Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.a.b.b.a.b ##18	ENSGT00950000183076.a.a ##18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Theria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Glires	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.b	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.b.f	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	45	Fam169a (ENSJJAG00000011041) #7	ENSJJAG00000016281 #8	Gcnt4 (ENSJJAG00000010750) #9	ENSJJAG00000010566 #10	Hmgcr (ENSJJAG00000010723) #11	Cert1 (ENSJJAG00000023198) #12	Polk (ENSJJAG00000004931) #13	Ankdd1b (ENSJJAG00000013237) #14	Poc5 (ENSJJAG00000019666) #15	Sv2c (ENSJJAG00000012121) #16	F2rl2 (ENSJJAG00000020545) #17	Iqgap2 (ENSJJAG00000023927) #18	F2r (ENSJJAG00000021467) #19	F2rl1 (ENSJJAG00000005361) #20	ENSJJAG00000018088 #21	S100z (ENSJJAG00000013195) #22	Crhbp (ENSJJAG00000010630) #23	Prrc1 (ENSJJAG00000011454) #24	Ctxn3 (ENSJJAG00000011014) #25	ENSJJAG00000017426 #26	Slc12a2 (ENSJJAG00000019580) #27	Fbn2 (ENSJJAG00000020592) #28	ENSJJAG00000017710 #29	Slc27a6 (ENSJJAG00000020519) #30	Isoc1 (ENSJJAG00000019157) #31	Adamts19 (ENSJJAG00000021431) #32	Minar2 (ENSJJAG00000000279) #33	Frmd4b (ENSJJAG00000023390) #34	Mitf (ENSJJAG00000018472) #35	Mdfic2 (ENSJJAG00000012963) #36	Foxp1 (ENSJJAG00000022621) #37
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.b.f	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.b.f	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Golden Hamster	MODERN SPECIES	620	Gfm2 (ENSMAUG00000022103)	Nsa2 (ENSMAUG00000002302)	Fam169a (ENSMAUG00000009954) #7	Gcnt4 (ENSMAUG00000017229) #9	Ankrd31 (ENSMAUG00000020142) #10	Hmgcr (ENSMAUG00000012278) #11	Cert1 (ENSMAUG00000019472) #12	Polk (ENSMAUG00000016560) #13	Ankdd1b (ENSMAUG00000018964) #14	Poc5 (ENSMAUG00000003174) #15	Sv2c (ENSMAUG00000005414) #16	Iqgap2 (ENSMAUG00000022130) #18	F2rl2 (ENSMAUG00000015710) #17	F2r (ENSMAUG00000010556) #19	F2rl1 (ENSMAUG00000012126) #20	S100z (ENSMAUG00000001531) #22	Crhbp (ENSMAUG00000010702) #23	Aggf1 (ENSMAUG00000012678)	Pde8b (ENSMAUG00000015472)	Wdr41 (ENSMAUG00000004461)	Otp (ENSMAUG00000007760)	Tbca (ENSMAUG00000018233)	Ap3b1 (ENSMAUG00000001490)	Scamp1 (ENSMAUG00000018961)	Lhfpl2 (ENSMAUG00000020241)	Arsb (ENSMAUG00000005115)	Dmgdh (ENSMAUG00000011337)	Bhmt2 (ENSMAUG00000008057)	ENSMAUG00000004226	Jmy (ENSMAUG00000015175)	Homer1 (ENSMAUG00000011151)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	Gcnt4 (ENSCGRG00001008293) #9	ENSCGRG00001008489	ENSCGRG00001014554	Ankrd31 (ENSCGRG00001018162) #10	HMGCR (ENSCGRG00001016870) #11	Cert1 (ENSCGRG00001020451) #12	Polk (ENSCGRG00001013007) #13	ENSCGRG00001012277	Ankdd1b (ENSCGRG00001016471) #14	Poc5 (ENSCGRG00001015817) #15	Sv2c (ENSCGRG00001015770) #16	F2rl2 (ENSCGRG00001014616) #17	Iqgap2 (ENSCGRG00001019858) #18	F2r (ENSCGRG00001016531) #19	F2rl1 (ENSCGRG00001012796) #20	S100z (ENSCGRG00001009971) #22	Crhbp (ENSCGRG00001008314) #23	Aggf1 (ENSCGRG00001017039)	Zbed3 (ENSCGRG00001010271)	Pde8b (ENSCGRG00001015606)	Wdr41 (ENSCGRG00001008129)	ENSCGRG00001008932	Otp (ENSCGRG00001022392)	Tbca (ENSCGRG00001021971)	Ap3b1 (ENSCGRG00001009397)	Scamp1 (ENSCGRG00001004428)	Lhfpl2 (ENSCGRG00001003627)	Arsb (ENSCGRG00001015736)	Dmgdh (ENSCGRG00001014647)	Bhmt2 (ENSCGRG00001007704)	ENSCGRG00001019116
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Prairie vole	MODERN SPECIES	6	Fam169a (ENSMOCG00000014172) #7	Gcnt4 (ENSMOCG00000017465) #9	Ankrd31 (ENSMOCG00000009502) #10	ENSMOCG00000019171	Hmgcr (ENSMOCG00000008012) #11	ENSMOCG00000019480 #12	Polk (ENSMOCG00000016143) #13	ENSMOCG00000014817	Ankdd1b (ENSMOCG00000003243) #14	Poc5 (ENSMOCG00000009038) #15	Sv2c (ENSMOCG00000021524) #16	Iqgap2 (ENSMOCG00000002734) #18	F2rl2 (ENSMOCG00000008663) #17	F2r (ENSMOCG00000012362) #19	F2rl1 (ENSMOCG00000013582) #20	S100z (ENSMOCG00000020194) #22	Crhbp (ENSMOCG00000021245) #23	ENSMOCG00000001987	Aggf1 (ENSMOCG00000003377)	Zbed3 (ENSMOCG00000011692)	Pde8b (ENSMOCG00000012277)	Wdr41 (ENSMOCG00000006320)	ENSMOCG00000006214	Otp (ENSMOCG00000019228)	Tbca (ENSMOCG00000005814)	ENSMOCG00000006493	ENSMOCG00000005321	Ap3b1 (ENSMOCG00000017264)	Scamp1 (ENSMOCG00000001373)	Lhfpl2 (ENSMOCG00000001998)	Arsb (ENSMOCG00000000278)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	6	Nsa2 (ENSPEMG00000015289)	Fam169a (ENSPEMG00000010978) #7	Gcnt4 (ENSPEMG00000018132) #9	Ankrd31 (ENSPEMG00000018561) #10	Hmgcr (ENSPEMG00000016961) #11	Cert1 (ENSPEMG00000010777) #12	ENSPEMG00000017070	Polk (ENSPEMG00000019237) #13	Ankdd1b (ENSPEMG00000005192) #14	Poc5 (ENSPEMG00000008614) #15	Sv2c (ENSPEMG00000013942) #16	F2rl2 (ENSPEMG00000019142) #17	Iqgap2 (ENSPEMG00000013395) #18	F2r (ENSPEMG00000025363) #19	F2rl1 (ENSPEMG00000029040) #20	S100z (ENSPEMG00000013966) #22	Crhbp (ENSPEMG00000009836) #23	Aggf1 (ENSPEMG00000015659)	Pde8b (ENSPEMG00000020359)	ENSPEMG00000023412	Tbca (ENSPEMG00000015419)	Ap3b1 (ENSPEMG00000021014)	Scamp1 (ENSPEMG00000029280)	Lhfpl2 (ENSPEMG00000029932)	Arsb (ENSPEMG00000020554)	Dmgdh (ENSPEMG00000021307)	Bhmt2 (ENSPEMG00000021198)	ENSPEMG00000020841	ENSPEMG00000030474	ENSPEMG00000026488	Jmy (ENSPEMG00000021018)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.b.f.b	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Mus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.b.f.b	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00900000143364	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00860000136215	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00900000143364	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00860000136215	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00900000143364	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Mouse	MODERN SPECIES	4	Fam169a (ENSMUSG00000041817) #7	1700029F12Rik (ENSMUSG00000052075)	Gcnt4 (ENSMUSG00000091387) #9	Ankrd31 (ENSMUSG00000109561) #10	Hmgcr (ENSMUSG00000021670) #11	Cert1 (ENSMUSG00000021669) #12	Polk (ENSMUSG00000021668) #13	Ankdd1b (ENSMUSG00000047117) #14	Poc5 (ENSMUSG00000021671) #15	Btf3l4b (ENSMUSG00000114133)	Sv2c (ENSMUSG00000051111) #16	F2rl2 (ENSMUSG00000021675) #17	Iqgap2 (ENSMUSG00000021676) #18	F2r (ENSMUSG00000048376) #19	F2rl1 (ENSMUSG00000021678) #20	S100z (ENSMUSG00000021679) #22	Crhbp (ENSMUSG00000021680) #23	Aggf1 (ENSMUSG00000021681)	Zbed3 (ENSMUSG00000041995)	Pde8b (ENSMUSG00000021684)	Wdr41 (ENSMUSG00000042015)	Otp (ENSMUSG00000021685)	Tbca (ENSMUSG00000042043)	Ap3b1 (ENSMUSG00000021686)	Scamp1 (ENSMUSG00000021687)	Lhfpl2 (ENSMUSG00000045312)	Arsb (ENSMUSG00000042082)	Dmgdh (ENSMUSG00000042102)	Bhmt2 (ENSMUSG00000042118)	Bhmt (ENSMUSG00000074768)	Jmy (ENSMUSG00000021690)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00860000136215	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00900000143364	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a.a
spretus	MODERN SPECIES	4	MGP_SPRETEiJ_G0019695	Fam169a (MGP_SPRETEiJ_G0019694) #7	1700029F12Rik (MGP_SPRETEiJ_G0019693)	Gcnt4 (MGP_SPRETEiJ_G0019692) #9	Hmgcr (MGP_SPRETEiJ_G0019691) #11	Cert1 (MGP_SPRETEiJ_G0019690) #12	MGP_SPRETEiJ_G0019689	Polk (MGP_SPRETEiJ_G0019688) #13	Ankdd1b (MGP_SPRETEiJ_G0019687) #14	Poc5 (MGP_SPRETEiJ_G0019686) #15	Sv2c (MGP_SPRETEiJ_G0019685) #16	F2rl2 (MGP_SPRETEiJ_G0019684) #17	Iqgap2 (MGP_SPRETEiJ_G0019683) #18	F2r (MGP_SPRETEiJ_G0019682) #19	F2rl1 (MGP_SPRETEiJ_G0019681) #20	S100z (MGP_SPRETEiJ_G0019680) #22	Crhbp (MGP_SPRETEiJ_G0019679) #23	Aggf1 (MGP_SPRETEiJ_G0019678)	Zbed3 (MGP_SPRETEiJ_G0019677)	Pde8b (MGP_SPRETEiJ_G0019676)	MGP_SPRETEiJ_G0019675	Otp (MGP_SPRETEiJ_G0019674)	Tbca (MGP_SPRETEiJ_G0019673)	Ap3b1 (MGP_SPRETEiJ_G0019672)	MGP_SPRETEiJ_G0019671	Scamp1 (MGP_SPRETEiJ_G0019670)	Lhfpl2 (MGP_SPRETEiJ_G0019669)	Arsb (MGP_SPRETEiJ_G0019668)	Dmgdh (MGP_SPRETEiJ_G0019667)	Bhmt2 (MGP_SPRETEiJ_G0019666)	MGP_SPRETEiJ_G0019665
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3412												Iqgap2 (ENSMSIG00000011044) #18	F2rl2 (ENSMSIG00000011060) #17	F2r (ENSMSIG00000011072) #19	F2rl1 (ENSMSIG00000011086) #20	S100z (ENSMSIG00000011096) #22	Crhbp (ENSMSIG00000011120) #23	Aggf1 (ENSMSIG00000011146)	ENSMSIG00000011178	Pde8b (ENSMSIG00000011209)	ENSMSIG00000011421	Otp (ENSMSIG00000011481)	ENSMSIG00000011491	Ap3b1 (ENSMSIG00000011521)	Scamp1 (ENSMSIG00000011596)	Lhfpl2 (ENSMSIG00000011618)	Arsb (ENSMSIG00000011652)	Dmgdh (ENSMSIG00000011670)	Bhmt2 (ENSMSIG00000011736)	ENSMSIG00000011793	Jmy (ENSMSIG00000011806)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	4	Fam169a (MGP_CAROLIEiJ_G0018812) #7	1700029F12Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0018811)	Gcnt4 (MGP_CAROLIEiJ_G0018810) #9	MGP_CAROLIEiJ_G0018809 #10	Hmgcr (MGP_CAROLIEiJ_G0018808) #11	Cert1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018807) #12	MGP_CAROLIEiJ_G0018806	Polk (MGP_CAROLIEiJ_G0018805) #13	Ankdd1b (MGP_CAROLIEiJ_G0018804) #14	Poc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0018803) #15	Sv2c (MGP_CAROLIEiJ_G0018802) #16	F2rl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018801) #17	Iqgap2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018800) #18	F2r (MGP_CAROLIEiJ_G0018799) #19	F2rl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018798) #20	S100z (MGP_CAROLIEiJ_G0018797) #22	Crhbp (MGP_CAROLIEiJ_G0018796) #23	Aggf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018795)	Zbed3 (MGP_CAROLIEiJ_G0018794)	Pde8b (MGP_CAROLIEiJ_G0018793)	MGP_CAROLIEiJ_G0018792	Otp (MGP_CAROLIEiJ_G0018791)	Tbca (MGP_CAROLIEiJ_G0018790)	Ap3b1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018789)	MGP_CAROLIEiJ_G0018788	Scamp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018787)	Lhfpl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018786)	MGP_CAROLIEiJ_G0018785	Arsb (MGP_CAROLIEiJ_G0018784)	MGP_CAROLIEiJ_G0018783	Dmgdh (MGP_CAROLIEiJ_G0018782)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	2	Gfm2 (MGP_PahariEiJ_G0015889)	Nsa2 (MGP_PahariEiJ_G0015888)	Fam169a (MGP_PahariEiJ_G0015887) #7	Gcnt4 (MGP_PahariEiJ_G0015886) #9	Hmgcr (MGP_PahariEiJ_G0015885) #11	Cert1 (MGP_PahariEiJ_G0015884) #12	MGP_PahariEiJ_G0015883	Polk (MGP_PahariEiJ_G0015882) #13	Ankdd1b (MGP_PahariEiJ_G0015881) #14	Poc5 (MGP_PahariEiJ_G0015880) #15	Sv2c (MGP_PahariEiJ_G0015879) #16	F2rl2 (MGP_PahariEiJ_G0015878) #17	Iqgap2 (MGP_PahariEiJ_G0015877) #18	F2r (MGP_PahariEiJ_G0015876) #19	F2rl1 (MGP_PahariEiJ_G0015875) #20	S100z (MGP_PahariEiJ_G0015874) #22	Crhbp (MGP_PahariEiJ_G0015873) #23	Aggf1 (MGP_PahariEiJ_G0015872)	Zbed3 (MGP_PahariEiJ_G0015871)	Pde8b (MGP_PahariEiJ_G0015870)	MGP_PahariEiJ_G0015869	Otp (MGP_PahariEiJ_G0015868)	Tbca (MGP_PahariEiJ_G0015867)	Ap3b1 (MGP_PahariEiJ_G0015866)	MGP_PahariEiJ_G0015865	Scamp1 (MGP_PahariEiJ_G0015864)	Lhfpl2 (MGP_PahariEiJ_G0015863)	Arsb (MGP_PahariEiJ_G0015862)	Dmgdh (MGP_PahariEiJ_G0015861)	MGP_PahariEiJ_G0015860	MGP_PahariEiJ_G0015859
Rat	MODERN SPECIES	11	Gcnt4 (ENSRNOG00000064612) #9	Ankrd31 (ENSRNOG00000025321) #10	Hmgcr (ENSRNOG00000016122) #11	Cert1 (ENSRNOG00000015686) #12	ENSRNOG00000067644	Polk (ENSRNOG00000060626) #13	Ankdd1b (ENSRNOG00000025377) #14	Poc5 (ENSRNOG00000018193) #15	AABR07007744.2 (ENSRNOG00000060714)	Sv2c (ENSRNOG00000018094) #16	F2rl2 (ENSRNOG00000018054) #17	Iqgap2 (ENSRNOG00000025406) #18	F2r (ENSRNOG00000048043) #19	AABR07007730.1 (ENSRNOG00000018045)	F2rl1 (ENSRNOG00000018003) #20	S100z (ENSRNOG00000017998) #22	Crhbp (ENSRNOG00000017890) #23	Aggf1 (ENSRNOG00000029304)	ENSRNOG00000063007	Zbed3 (ENSRNOG00000028941)	LOC100912266 (ENSRNOG00000059441)	ENSRNOG00000067662	Pde8b (ENSRNOG00000010280)	Wdr41 (ENSRNOG00000025462)	Otp (ENSRNOG00000010560)	Tbca (ENSRNOG00000048342)	ENSRNOG00000068970	Ap3b1 (ENSRNOG00000010624)	Scamp1 (ENSRNOG00000061582)	Lhfpl2 (ENSRNOG00000011032)	Arsb (ENSRNOG00000011150)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1748											Sv2c (ENSNGAG00000014621) #16	F2rl2 (ENSNGAG00000013049) #17	Iqgap2 (ENSNGAG00000005917) #18	F2r (ENSNGAG00000001548) #19	F2rl1 (ENSNGAG00000019243) #20	S100z (ENSNGAG00000014093) #22	Crhbp (ENSNGAG00000013680) #23	Aggf1 (ENSNGAG00000008354)	Zbed3 (ENSNGAG00000000806)	Pde8b (ENSNGAG00000003750)	ENSNGAG00000018792	Otp (ENSNGAG00000016224)	Tbca (ENSNGAG00000020367)	Ap3b1 (ENSNGAG00000015487)	ENSNGAG00000011149
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	402	Nsa2 (ENSDORG00000012640)	Fam169a (ENSDORG00000012641) #7	Gcnt4 (ENSDORG00000015957) #9	Ankrd31 (ENSDORG00000008528) #10	ENSDORG00000005455 #11	Cert1 (ENSDORG00000005457) #12	Polk (ENSDORG00000007761) #13	Ankdd1b (ENSDORG00000007845) #14	Poc5 (ENSDORG00000000829) #15	Sv2c (ENSDORG00000004739) #16	Iqgap2 (ENSDORG00000006829) #18	F2rl2 (ENSDORG00000006832) #17	F2r (ENSDORG00000023264) #19	ENSDORG00000024082	F2rl1 (ENSDORG00000004660) #20	S100z (ENSDORG00000026410) #22	Crhbp (ENSDORG00000002200) #23	Ppwd1 (ENSDORG00000007359)	ENSDORG00000028726	Adamts6 (ENSDORG00000004761)	Cwc27 (ENSDORG00000009898)	ENSDORG00000028891	Srek1ip1 (ENSDORG00000009897)	Shisal2b (ENSDORG00000009896)	Rgs7bp (ENSDORG00000024658)	Nt5el (ENSDORG00000025625)	ENSDORG00000004059	Htr1a (ENSDORG00000026772)	Ipo11 (ENSDORG00000002721)	Dimt1 (ENSDORG00000006336)	Kif2a (ENSDORG00000006335)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23
Squirrel	MODERN SPECIES	149	HEXB (ENSSTOG00000007903)	GFM2 (ENSSTOG00000007931)	ENSSTOG00000007959	FAM169A (ENSSTOG00000007975) #7	ANKRD31 (ENSSTOG00000034383) #10	HMGCR (ENSSTOG00000009610) #11	CERT1 (ENSSTOG00000003170) #12	ENSSTOG00000003205 #13	ANKDD1B (ENSSTOG00000009832) #14	POC5 (ENSSTOG00000009839) #15	SV2C (ENSSTOG00000013490) #16	F2RL2 (ENSSTOG00000034743) #17	IQGAP2 (ENSSTOG00000013504) #18	F2R (ENSSTOG00000008252) #19	F2RL1 (ENSSTOG00000026512) #20	S100Z (ENSSTOG00000009498) #22	CRHBP (ENSSTOG00000009510) #23
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	299	GFM2 (ENSUPAG00010005333)	NSA2 (ENSUPAG00010005383)	FAM169A (ENSUPAG00010005409) #7	GCNT4 (ENSUPAG00010005440) #9	ENSUPAG00010005442 #10	HMGCR (ENSUPAG00010005462) #11	ENSUPAG00010005498 #12	POLK (ENSUPAG00010005814) #13	ANKDD1B (ENSUPAG00010005945) #14	POC5 (ENSUPAG00010005963) #15	SV2C (ENSUPAG00010006006) #16	IQGAP2 (ENSUPAG00010006026) #18	F2RL2 (ENSUPAG00010006042) #17	F2R (ENSUPAG00010006053) #19	F2RL1 (ENSUPAG00010006060) #20	S100Z (ENSUPAG00010006063) #22	CRHBP (ENSUPAG00010006069) #23
Alpin marmot	MODERN SPECIES	48	GFM2 (ENSMMMG00000001763)	NSA2 (ENSMMMG00000001722)	FAM169A (ENSMMMG00000001677) #7	GCNT4 (ENSMMMG00000001657) #9	ENSMMMG00000001628 #10	HMGCR (ENSMMMG00000001547) #11	CERT1 (ENSMMMG00000001422) #12	POLK (ENSMMMG00000001203) #13	ANKDD1B (ENSMMMG00000001142) #14	POC5 (ENSMMMG00000000939) #15	SV2C (ENSMMMG00000000845) #16	F2RL2 (ENSMMMG00000000828) #17	IQGAP2 (ENSMMMG00000000750) #18	F2R (ENSMMMG00000000732) #19	F2RL1 (ENSMMMG00000000723) #20	S100Z (ENSMMMG00000000720) #22
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	15	GCNT4 (ENSSVLG00005006815) #9	ANKRD31 (ENSSVLG00005006845) #10	HMGCR (ENSSVLG00005006942) #11	CERT1 (ENSSVLG00005007093) #12	ENSSVLG00005007250	POLK (ENSSVLG00005007352) #13	ANKDD1B (ENSSVLG00005007433) #14	POC5 (ENSSVLG00005007522) #15	ENSSVLG00005007604	SV2C (ENSSVLG00005007661) #16	IQGAP2 (ENSSVLG00005007881) #18	F2RL2 (ENSSVLG00005008481) #17	F2R (ENSSVLG00005008506) #19	ENSSVLG00005008525 #20	ENSSVLG00005008549	S100Z (ENSSVLG00005008555) #22	CRHBP (ENSSVLG00005008579) #23	ENSSVLG00005008651	ENSSVLG00005008740	OCLN (ENSSVLG00005008798)	MARVELD2 (ENSSVLG00005008937)	RAD17 (ENSSVLG00005009140)	ENSSVLG00005009362	CCDC125 (ENSSVLG00005009466)	CDK7 (ENSSVLG00005009632)	ENSSVLG00005009714	CENPH (ENSSVLG00005009762)	CCNB1 (ENSSVLG00005009823)	SLC30A5 (ENSSVLG00005009911)	ENSSVLG00005010000	PIK3R1 (ENSSVLG00005010056)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Guinea pig	MODERN SPECIES	29											SV2C (ENSCPOG00000008567) #16	IQGAP2 (ENSCPOG00000025031) #18	F2RL2 (ENSCPOG00000002801) #17	F2R (ENSCPOG00000032667) #19	F2RL1 (ENSCPOG00000033414) #20	S100Z (ENSCPOG00000030952) #22	CRHBP (ENSCPOG00000002422) #23	ENSCPOG00000009626	ENSCPOG00000035041	ELOVL7 (ENSCPOG00000037993)	DEPDC1B (ENSCPOG00000011483)	PDE4D (ENSCPOG00000004873)	ENSCPOG00000039531	RAB3C (ENSCPOG00000001394)	PLK2 (ENSCPOG00000021250)	ACTBL2 (ENSCPOG00000011023)	GPBP1 (ENSCPOG00000012341)	ENSCPOG00000015027	SETD9 (ENSCPOG00000015025)	MAP3K1 (ENSCPOG00000015017)	ANKRD55 (ENSCPOG00000007787)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	95	ENSGT00390000008107.c.a	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.c	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Degu	MODERN SPECIES	218	GFM2 (ENSODEG00000002193)	ENSODEG00000002883	FAM169A (ENSODEG00000002906) #7	ENSODEG00000002941	GCNT4 (ENSODEG00000018869) #9	ANKRD31 (ENSODEG00000003017) #10	HMGCR (ENSODEG00000003319) #11	CERT1 (ENSODEG00000002483) #12	POLK (ENSODEG00000002687) #13	ANKDD1B (ENSODEG00000003019) #14	POC5 (ENSODEG00000003014) #15	SV2C (ENSODEG00000003155) #16	IQGAP2 (ENSODEG00000003459) #18	ENSODEG00000003730	F2RL1 (ENSODEG00000002463) #20	S100Z (ENSODEG00000002505) #22	CRHBP (ENSODEG00000002524) #23	ENSODEG00000002814
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	132	NSA2 (ENSCLAG00000010179)	FAM169A (ENSCLAG00000009619) #7	ENSCLAG00000011385	GCNT4 (ENSCLAG00000010436) #9	ENSCLAG00000009641	ANKRD31 (ENSCLAG00000011065) #10	HMGCR (ENSCLAG00000010132) #11	CERT1 (ENSCLAG00000011527) #12	POLK (ENSCLAG00000011236) #13	ANKDD1B (ENSCLAG00000010494) #14	POC5 (ENSCLAG00000009830) #15	SV2C (ENSCLAG00000013949) #16	F2RL2 (ENSCLAG00000012739) #17	IQGAP2 (ENSCLAG00000011435) #18	F2RL1 (ENSCLAG00000010304) #20	S100Z (ENSCLAG00000010354) #22	CRHBP (ENSCLAG00000009942) #23	AGGF1 (ENSCLAG00000012928)	PDE8B (ENSCLAG00000011619)	WDR41 (ENSCLAG00000010095)	OTP (ENSCLAG00000011647)	TBCA (ENSCLAG00000011463)	AP3B1 (ENSCLAG00000017374)	ENSCLAG00000017966	SCAMP1 (ENSCLAG00000010430)	LHFPL2 (ENSCLAG00000010028)	ENSCLAG00000009820	ARSB (ENSCLAG00000013316)	DMGDH (ENSCLAG00000014854)	BHMT2 (ENSCLAG00000013633)	BHMT (ENSCLAG00000010253)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	7	ERCC6 (ENSHGLG00000000923)	SLC18A3 (ENSHGLG00000020633)	CHAT (ENSHGLG00000000867)	ENSHGLG00000002348	OGDHL (ENSHGLG00000001655)	ENSHGLG00000036050	PARG (ENSHGLG00000001430)	ENSHGLG00000001351	ENSHGLG00000002909	ENSHGLG00000000494 #16	ENSHGLG00000001079	F2RL2 (ENSHGLG00000001444) #17	ENSHGLG00000001189 #18	ENSHGLG00000000412 #19	ENSHGLG00000044569	S100Z (ENSHGLG00000047331) #22	ENSHGLG00000001594 #23	ENSHGLG00000001729	AGGF1 (ENSHGLG00000000455)	ZBED3 (ENSHGLG00000042521)	ENSHGLG00000038975	ENSHGLG00000002178	ENSHGLG00000041303	ENSHGLG00000038347	ENSHGLG00000017808	OTP (ENSHGLG00000003908)	ENSHGLG00000000425	ENSHGLG00000019786	AP3B1 (ENSHGLG00000001480)	SCAMP1 (ENSHGLG00000048514)	ENSHGLG00000035099
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	211				ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23
Rabbit	MODERN SPECIES	588									ENSOCUG00000002900 #13	ANKDD1B (ENSOCUG00000002937) #14	POC5 (ENSOCUG00000002940) #15	SV2C (ENSOCUG00000024422) #16	IQGAP2 (ENSOCUG00000003397) #18	F2R (ENSOCUG00000022794) #19	F2RL1 (ENSOCUG00000002582) #20	ENSOCUG00000023729 #22	CRHBP (ENSOCUG00000010027) #23
Pika	MODERN SPECIES	10074														F2R (ENSOPRG00000009364) #19	F2RL1 (ENSOPRG00000009367) #20	S100Z (ENSOPRG00000009376) #22
Tree shrew	MODERN SPECIES	3816																S100Z (ENSTBEG00000006278) #22	CRHBP (ENSTBEG00000006508) #23	AGGF1 (ENSTBEG00000006876)
Primates	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.f	ENSGT00390000009710.e	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.e	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.e	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	488															F2RL1 (ENSPSMG00000021725) #20	S100Z (ENSPSMG00000021731) #22	CRHBP (ENSPSMG00000021746) #23	AGGF1 (ENSPSMG00000021774)	PDE8B (ENSPSMG00000022043)	WDR41 (ENSPSMG00000022198)	OTP (ENSPSMG00000022216)	TBCA (ENSPSMG00000022229)	AP3B1 (ENSPSMG00000022301)	SCAMP1 (ENSPSMG00000022346)	LHFPL2 (ENSPSMG00000022352)	ARSB (ENSPSMG00000022382)	DMGDH (ENSPSMG00000022423)	BHMT2 (ENSPSMG00000022458)	BHMT (ENSPSMG00000022496)	ENSPSMG00000022516	JMY (ENSPSMG00000022524)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	999	ENC1 (ENSPCOG00000026678)	HEXB (ENSPCOG00000017903)	GFM2 (ENSPCOG00000022606)	NSA2 (ENSPCOG00000016622)	FAM169A (ENSPCOG00000020536) #7	ANKRD31 (ENSPCOG00000017441) #10	HMGCR (ENSPCOG00000016696) #11	CERT1 (ENSPCOG00000016749) #12	POLK (ENSPCOG00000027526) #13	ANKDD1B (ENSPCOG00000020302) #14	POC5 (ENSPCOG00000025218) #15	SV2C (ENSPCOG00000018991) #16	F2RL2 (ENSPCOG00000018657) #17	IQGAP2 (ENSPCOG00000026521) #18	F2RL1 (ENSPCOG00000015685) #20	S100Z (ENSPCOG00000005734) #22	CRHBP (ENSPCOG00000026267) #23	AGGF1 (ENSPCOG00000026723)	PDE8B (ENSPCOG00000017117)	WDR41 (ENSPCOG00000019741)	OTP (ENSPCOG00000028773)	TBCA (ENSPCOG00000005770)	ENSPCOG00000012906	ENSPCOG00000004066	SCAMP1 (ENSPCOG00000022266)	LHFPL2 (ENSPCOG00000006098)	ARSB (ENSPCOG00000024261)	DMGDH (ENSPCOG00000014759)	BHMT2 (ENSPCOG00000027821)	BHMT (ENSPCOG00000000488)	JMY (ENSPCOG00000019253)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	3	ENSMICG00000027319	FAM169A (ENSMICG00000000753) #7	GCNT4 (ENSMICG00000014409) #9	ANKRD31 (ENSMICG00000014418) #10	HMGCR (ENSMICG00000014536) #11	CERT1 (ENSMICG00000028951) #12	POLK (ENSMICG00000000006) #13	ANKDD1B (ENSMICG00000031448) #14	ENSMICG00000006494 #15	ENSMICG00000044813	SV2C (ENSMICG00000007347) #16	F2RL2 (ENSMICG00000036441) #17	IQGAP2 (ENSMICG00000007353) #18	F2R (ENSMICG00000029417) #19	F2RL1 (ENSMICG00000032411) #20	S100Z (ENSMICG00000026826) #22	CRHBP (ENSMICG00000034984) #23	AGGF1 (ENSMICG00000028679)	PDE8B (ENSMICG00000016635)	WDR41 (ENSMICG00000016642)	OTP (ENSMICG00000030234)	ENSMICG00000016668	ENSMICG00000044997	ERCC8 (ENSMICG00000008906)	ELOVL7 (ENSMICG00000042937)	DEPDC1B (ENSMICG00000013552)	ENSMICG00000045425	ENSMICG00000031463	ENSMICG00000029043	PDE4D (ENSMICG00000014743)	RAB3C (ENSMICG00000002783)
Bushbaby	MODERN SPECIES	132	GFM2 (ENSOGAG00000008961)	FAM169A (ENSOGAG00000006270) #7	GCNT4 (ENSOGAG00000011857) #9	ENSOGAG00000028567 #10	HMGCR (ENSOGAG00000003776) #11	CERT1 (ENSOGAG00000003782) #12	POLK (ENSOGAG00000007007) #13	ANKDD1B (ENSOGAG00000007012) #14	POC5 (ENSOGAG00000016674) #15	SV2C (ENSOGAG00000013571) #16	ENSOGAG00000012074	IQGAP2 (ENSOGAG00000013579) #18	F2RL2 (ENSOGAG00000030469) #17	F2R (ENSOGAG00000013594) #19	F2RL1 (ENSOGAG00000001151) #20	S100Z (ENSOGAG00000027239) #22	CRHBP (ENSOGAG00000003437) #23	AGGF1 (ENSOGAG00000003439)	ZBED3 (ENSOGAG00000033172)	PDE8B (ENSOGAG00000006930)	WDR41 (ENSOGAG00000006937)	OTP (ENSOGAG00000010197)	TBCA (ENSOGAG00000010198)	ENSOGAG00000026363	AP3B1 (ENSOGAG00000002145)	SCAMP1 (ENSOGAG00000014059)	LHFPL2 (ENSOGAG00000024907)	ARSB (ENSOGAG00000008620)	DMGDH (ENSOGAG00000008622)	BHMT2 (ENSOGAG00000008629)	BHMT (ENSOGAG00000006820)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000165612	ENSGT00940000164545	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00900000143509	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000165612	ENSGT00940000164545	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00900000143509	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.p.b	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000165612	ENSGT00940000164545	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.p.b	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000165612	ENSGT00940000164545.a	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000154938.f.b	ENSGT00900000143509	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.p.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000165612	ENSGT00940000164545.a	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000154938.f.b	ENSGT00900000143509	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.p.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b
Pan	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000165612	ENSGT00940000164545.a	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000154938.f.b	ENSGT00900000143509	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.b.i.b	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.p.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176
Chimpanzee	MODERN SPECIES	18	GCNT4 (ENSPTRG00000040943) #9	ANKRD31 (ENSPTRG00000016993) #10	HMGCR (ENSPTRG00000016994) #11	CERT1 (ENSPTRG00000016996) #12	POLK (ENSPTRG00000016997) #13	ANKDD1B (ENSPTRG00000016998) #14	POC5 (ENSPTRG00000016999) #15	ENSPTRG00000051331	ENSPTRG00000044990	SV2C (ENSPTRG00000017000) #16	ENSPTRG00000046035	F2RL2 (ENSPTRG00000017003) #17	IQGAP2 (ENSPTRG00000017002) #18	F2R (ENSPTRG00000017004) #19	F2RL1 (ENSPTRG00000017005) #20	S100Z (ENSPTRG00000017006) #22	CRHBP (ENSPTRG00000017007) #23	AGGF1 (ENSPTRG00000017008)	ZBED3 (ENSPTRG00000050050)	ENSPTRG00000046179	ENSPTRG00000042930	PDE8B (ENSPTRG00000017010)	WDR41 (ENSPTRG00000017011)	ENSPTRG00000023613	OTP (ENSPTRG00000017012)	TBCA (ENSPTRG00000017013)	AP3B1 (ENSPTRG00000017015)	SCAMP1 (ENSPTRG00000047664)	LHFPL2 (ENSPTRG00000045309)	ARSB (ENSPTRG00000017019)	DMGDH (ENSPTRG00000017020)
Bonobo	MODERN SPECIES	18	ENSPPAG00000041224	ENSPPAG00000035800	ANKRD31 (ENSPPAG00000033501) #10	HMGCR (ENSPPAG00000034707) #11	CERT1 (ENSPPAG00000042589) #12	POLK (ENSPPAG00000026238) #13	ANKDD1B (ENSPPAG00000039465) #14	POC5 (ENSPPAG00000037734) #15	ENSPPAG00000035826	ENSPPAG00000038410	SV2C (ENSPPAG00000042256) #16	F2RL2 (ENSPPAG00000036549) #17	IQGAP2 (ENSPPAG00000029477) #18	F2R (ENSPPAG00000034950) #19	F2RL1 (ENSPPAG00000023823) #20	S100Z (ENSPPAG00000038063) #22	CRHBP (ENSPPAG00000041280) #23	AGGF1 (ENSPPAG00000035969)	ENSPPAG00000015926	ENSPPAG00000042326	PDE8B (ENSPPAG00000037153)	ENSPPAG00000035224	WDR41 (ENSPPAG00000036126)	OTP (ENSPPAG00000042915)	TBCA (ENSPPAG00000037014)	ENSPPAG00000044127	AP3B1 (ENSPPAG00000038854)	SCAMP1 (ENSPPAG00000037862)	LHFPL2 (ENSPPAG00000036923)	ARSB (ENSPPAG00000040516)	DMGDH (ENSPPAG00000022080)
Human	MODERN SPECIES	17	GFM2 (ENSG00000164347)	NSA2 (ENSG00000164346)	FAM169A (ENSG00000198780) #7	GCNT4 (ENSG00000176928) #9	ANKRD31 (ENSG00000145700) #10	HMGCR (ENSG00000113161) #11	CERT1 (ENSG00000113163) #12	POLK (ENSG00000122008) #13	ANKDD1B (ENSG00000189045) #14	POC5 (ENSG00000152359) #15	SV2C (ENSG00000122012) #16	IQGAP2 (ENSG00000145703) #18	F2RL2 (ENSG00000164220) #17	F2R (ENSG00000181104) #19	F2RL1 (ENSG00000164251) #20	S100Z (ENSG00000171643) #22	CRHBP (ENSG00000145708) #23	AGGF1 (ENSG00000164252)	ZBED3 (ENSG00000132846)	ENSG00000284762	PDE8B (ENSG00000113231)	WDR41 (ENSG00000164253)	OTP (ENSG00000171540)	TBCA (ENSG00000171530)	AP3B1 (ENSG00000132842)	SCAMP1 (ENSG00000085365)	LHFPL2 (ENSG00000145685)	ARSB (ENSG00000113273)	DMGDH (ENSG00000132837)	BHMT2 (ENSG00000132840)	BHMT (ENSG00000145692)
Gorilla	MODERN SPECIES	8	GCNT4 (ENSGGOG00000027775) #9	ANKRD31 (ENSGGOG00000017052) #10	HMGCR (ENSGGOG00000010919) #11	CERT1 (ENSGGOG00000005049) #12	POLK (ENSGGOG00000015644) #13	ENSGGOG00000015099 #14	POC5 (ENSGGOG00000015106) #15	ENSGGOG00000039885	ENSGGOG00000042268	ENSGGOG00000039209	SV2C (ENSGGOG00000007723) #16	F2RL2 (ENSGGOG00000011789) #17	IQGAP2 (ENSGGOG00000014696) #18	F2R (ENSGGOG00000010442) #19	F2RL1 (ENSGGOG00000007078) #20	S100Z (ENSGGOG00000025895) #22	CRHBP (ENSGGOG00000011139) #23	AGGF1 (ENSGGOG00000010269)	ZBED3 (ENSGGOG00000002896)	ENSGGOG00000037102	ENSGGOG00000039702	PDE8B (ENSGGOG00000005317)	WDR41 (ENSGGOG00000026798)	ENSGGOG00000027406	OTP (ENSGGOG00000015687)	ENSGGOG00000023547	ENSGGOG00000027597	AP3B1 (ENSGGOG00000001771)	SCAMP1 (ENSGGOG00000015191)	LHFPL2 (ENSGGOG00000003771)	ARSB (ENSGGOG00000010450)
Orangutan	MODERN SPECIES	18	FAM169A (ENSPPYG00000015557) #7	ENSPPYG00000029971	GCNT4 (ENSPPYG00000015558) #9	ANKRD31 (ENSPPYG00000015559) #10	HMGCR (ENSPPYG00000015560) #11	CERT1 (ENSPPYG00000015561) #12	POLK (ENSPPYG00000015562) #13	ANKDD1B (ENSPPYG00000015563) #14	POC5 (ENSPPYG00000015564) #15	ENSPPYG00000015565	SV2C (ENSPPYG00000015566) #16	IQGAP2 (ENSPPYG00000015568) #18	F2RL2 (ENSPPYG00000015569) #17	F2R (ENSPPYG00000015570) #19	F2RL1 (ENSPPYG00000041489) #20	S100Z (ENSPPYG00000015572) #22	CRHBP (ENSPPYG00000015573) #23	AGGF1 (ENSPPYG00000015574)	ZBED3 (ENSPPYG00000015575)	PDE8B (ENSPPYG00000015576)	ENSPPYG00000030861	WDR41 (ENSPPYG00000015577)	OTP (ENSPPYG00000015578)	TBCA (ENSPPYG00000015579)	ENSPPYG00000040806	AP3B1 (ENSPPYG00000015580)	SCAMP1 (ENSPPYG00000015581)	LHFPL2 (ENSPPYG00000015582)	ARSB (ENSPPYG00000015583)	DMGDH (ENSPPYG00000015584)	BHMT2 (ENSPPYG00000015585)
Gibbon	MODERN SPECIES	11	PDILT (ENSNLEG00000012398)	UMOD (ENSNLEG00000012413)	GP2 (ENSNLEG00000012434)	GPR139 (ENSNLEG00000012460)	GPRC5B (ENSNLEG00000012461)	IQCK (ENSNLEG00000034248)	KNOP1 (ENSNLEG00000012496)	VPS35L (ENSNLEG00000012499)	CCP110 (ENSNLEG00000012522)	GDE1 (ENSNLEG00000012560)	IQGAP2 (ENSNLEG00000012573) #18	F2RL2 (ENSNLEG00000012616) #17	F2R (ENSNLEG00000012619) #19	F2RL1 (ENSNLEG00000012622) #20	ENSNLEG00000031332	S100Z (ENSNLEG00000012623) #22	CRHBP (ENSNLEG00000012627) #23	AGGF1 (ENSNLEG00000026907)	PDE8B (ENSNLEG00000012655)	ENSNLEG00000028936	WDR41 (ENSNLEG00000012712)	OTP (ENSNLEG00000012728)	TBCA (ENSNLEG00000012734)	ENSNLEG00000012739	AP3B1 (ENSNLEG00000012740)	SCAMP1 (ENSNLEG00000029924)	LHFPL2 (ENSNLEG00000035509)	ENSNLEG00000018637	ARSB (ENSNLEG00000012786)	DMGDH (ENSNLEG00000012801)	BHMT2 (ENSNLEG00000012819)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000153335.a.b.w.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00390000015047.d.a	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.i.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000153335.a.b.w.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00390000015047.d.a	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.i.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000153335.a.b.w.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00390000015047.d.a	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00510000047029.z.e	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00900000143509	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.i.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	43	ANKRD31 (ENSSBOG00000030519) #10	ENSSBOG00000030051	HMGCR (ENSSBOG00000028283) #11	CERT1 (ENSSBOG00000027229) #12	POLK (ENSSBOG00000034732) #13	ANKDD1B (ENSSBOG00000027462) #14	POC5 (ENSSBOG00000034084) #15	ENSSBOG00000028612	SV2C (ENSSBOG00000034394) #16	ENSSBOG00000032555	F2RL2 (ENSSBOG00000026294) #17	IQGAP2 (ENSSBOG00000020078) #18	F2R (ENSSBOG00000033584) #19	ENSSBOG00000027642	F2RL1 (ENSSBOG00000028683) #20	S100Z (ENSSBOG00000016013) #22	ENSSBOG00000013156	CRHBP (ENSSBOG00000024077) #23	AGGF1 (ENSSBOG00000019539)	ENSSBOG00000032840	PDE8B (ENSSBOG00000020456)	WDR41 (ENSSBOG00000019142)	ENSSBOG00000021924	OTP (ENSSBOG00000035833)	TBCA (ENSSBOG00000031001)	AP3B1 (ENSSBOG00000029511)	ENSSBOG00000034436	SCAMP1 (ENSSBOG00000029488)	LHFPL2 (ENSSBOG00000033083)	ARSB (ENSSBOG00000031483)	ENSSBOG00000011617
Capuchin	MODERN SPECIES	50	ENSCCAG00000030843	GCNT4 (ENSCCAG00000012660) #9	ANKRD31 (ENSCCAG00000025762) #10	ENSCCAG00000024833	HMGCR (ENSCCAG00000023164) #11	CERT1 (ENSCCAG00000021594) #12	POLK (ENSCCAG00000029021) #13	ANKDD1B (ENSCCAG00000020279) #14	POC5 (ENSCCAG00000013495) #15	ENSCCAG00000030179	SV2C (ENSCCAG00000036246) #16	IQGAP2 (ENSCCAG00000032875) #18	F2RL2 (ENSCCAG00000023100) #17	F2R (ENSCCAG00000035401) #19	F2RL1 (ENSCCAG00000020451) #20	S100Z (ENSCCAG00000021575) #22	ENSCCAG00000027406	CRHBP (ENSCCAG00000017626) #23	AGGF1 (ENSCCAG00000023174)	PDE8B (ENSCCAG00000035315)	ENSCCAG00000024360	ENSCCAG00000033428	OTP (ENSCCAG00000028580)	TBCA (ENSCCAG00000034960)	ENSCCAG00000036687	AP3B1 (ENSCCAG00000024221)	ENSCCAG00000001996	SCAMP1 (ENSCCAG00000020394)	LHFPL2 (ENSCCAG00000034151)	ARSB (ENSCCAG00000026253)	DMGDH (ENSCCAG00000029570)
Marmoset	MODERN SPECIES	11	FAM169A (ENSCJAG00000016884) #7	GCNT4 (ENSCJAG00000016941) #9	ANKRD31 (ENSCJAG00000016943) #10	HMGCR (ENSCJAG00000016954) #11	CERT1 (ENSCJAG00000017020) #12	POLK (ENSCJAG00000017052) #13	ANKDD1B (ENSCJAG00000017129) #14	ENSCJAG00000071025	POC5 (ENSCJAG00000017148) #15	SV2C (ENSCJAG00000020031) #16	F2RL2 (ENSCJAG00000020029) #17	IQGAP2 (ENSCJAG00000019985) #18	F2R (ENSCJAG00000086495) #19	ENSCJAG00000084566	F2RL1 (ENSCJAG00000062182) #20	S100Z (ENSCJAG00000081437) #22	CRHBP (ENSCJAG00000019970) #23	ENSCJAG00000070903	AGGF1 (ENSCJAG00000019955)	ZBED3 (ENSCJAG00000019950)	PDE8B (ENSCJAG00000019876)	WDR41 (ENSCJAG00000019853)	OTP (ENSCJAG00000071567)	ENSCJAG00000085518	ENSCJAG00000072122	ENSCJAG00000019848	ENSCJAG00000071117	ENSCJAG00000085539	AP3B1 (ENSCJAG00000019804)	SCAMP1 (ENSCJAG00000019794)	LHFPL2 (ENSCJAG00000085814)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	670	ENSANAG00000022225	FAM169A (ENSANAG00000030731) #7	GCNT4 (ENSANAG00000019837) #9	ANKRD31 (ENSANAG00000022634) #10	ENSANAG00000019757	HMGCR (ENSANAG00000030341) #11	CERT1 (ENSANAG00000035049) #12	POLK (ENSANAG00000033747) #13	POC5 (ENSANAG00000033971) #15	SV2C (ENSANAG00000020779) #16	ENSANAG00000023009	IQGAP2 (ENSANAG00000027336) #18	F2RL2 (ENSANAG00000019493) #17	F2R (ENSANAG00000020328) #19	F2RL1 (ENSANAG00000021399) #20	S100Z (ENSANAG00000027821) #22	ENSANAG00000028007	CRHBP (ENSANAG00000022343) #23	AGGF1 (ENSANAG00000023021)	PDE8B (ENSANAG00000031594)	WDR41 (ENSANAG00000004152)	OTP (ENSANAG00000029433)	ENSANAG00000035527	AP3B1 (ENSANAG00000035703)	ENSANAG00000036326	SCAMP1 (ENSANAG00000023081)	LHFPL2 (ENSANAG00000021404)	ARSB (ENSANAG00000028965)	ENSANAG00000019436	DMGDH (ENSANAG00000019881)	BHMT (ENSANAG00000023575)
Tarsier	MODERN SPECIES	3860																S100Z (ENSTSYG00000014598) #22	ENSTSYG00000034235	CRHBP (ENSTSYG00000005668) #23
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161125 #22
Common shrew	MODERN SPECIES	5202																S100Z (ENSSARG00000011672) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Suina	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026.f	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT01050000246247	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Pig	MODERN SPECIES	10	GCNT4 (ENSSSCG00000029710) #9	ENSSSCG00000014078	ANKRD31 (ENSSSCG00000014079) #10	HMGCR (ENSSSCG00000014080) #11	CERT1 (ENSSSCG00000014081) #12	ENSSSCG00000058855	POLK (ENSSSCG00000014082) #13	ANKDD1B (ENSSSCG00000014083) #14	POC5 (ENSSSCG00000014084) #15	SV2C (ENSSSCG00000034062) #16	IQGAP2 (ENSSSCG00000014088) #18	ENSSSCG00000045040	F2RL2 (ENSSSCG00000037582) #17	F2R (ENSSSCG00000035355) #19	F2RL1 (ENSSSCG00000014091) #20	S100Z (ENSSSCG00000014092) #22	CRHBP (ENSSSCG00000014093) #23	AGGF1 (ENSSSCG00000014094)	ENSSSCG00000050058	PDE8B (ENSSSCG00000014097)	ENSSSCG00000014096	ENSSSCG00000051837	ENSSSCG00000014098	OTP (ENSSSCG00000014099)	TBCA (ENSSSCG00000014100)	ENSSSCG00000034241	AP3B1 (ENSSSCG00000014101)	SCAMP1 (ENSSSCG00000034795)	LHFPL2 (ENSSSCG00000028536)	ARSB (ENSSSCG00000038535)	DMGDH (ENSSSCG00000014110)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	204						HMGCR (ENSCWAG00000003368) #11	CERT1 (ENSCWAG00000003403) #12	POLK (ENSCWAG00000003477) #13	ANKDD1B (ENSCWAG00000003540) #14	POC5 (ENSCWAG00000003563) #15	SV2C (ENSCWAG00000003605) #16	IQGAP2 (ENSCWAG00000003644) #18	F2RL2 (ENSCWAG00000007970) #17	F2R (ENSCWAG00000008004) #19	F2RL1 (ENSCWAG00000008039) #20	ENSCWAG00000008077 #22	CRHBP (ENSCWAG00000008117) #23	AGGF1 (ENSCWAG00000008243)	ZBED3 (ENSCWAG00000008305)	PDE8B (ENSCWAG00000008441)	WDR41 (ENSCWAG00000010043)	OTP (ENSCWAG00000010193)	TBCA (ENSCWAG00000010250)	AP3B1 (ENSCWAG00000010356)	SCAMP1 (ENSCWAG00000010485)	LHFPL2 (ENSCWAG00000010566)	ARSB (ENSCWAG00000010599)	DMGDH (ENSCWAG00000010632)	BHMT2 (ENSCWAG00000010749)	BHMT (ENSCWAG00000010882)	JMY (ENSCWAG00000010992)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00390000018706.n	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Alpaca	MODERN SPECIES	5935															F2RL1 (ENSVPAG00000001070) #20	ENSVPAG00000001069 #22
Arabian camel	MODERN SPECIES	22	ENSCDRG00005002639	FAM169A (ENSCDRG00005002601) #7	ENSCDRG00005002592	GCNT4 (ENSCDRG00005002583) #9	ANKRD31 (ENSCDRG00005002546) #10	HMGCR (ENSCDRG00005002491) #11	CERT1 (ENSCDRG00005001455) #12	POLK (ENSCDRG00005001206) #13	ANKDD1B (ENSCDRG00005001160) #14	POC5 (ENSCDRG00005001127) #15	SV2C (ENSCDRG00005001113) #16	F2RL2 (ENSCDRG00005001095) #17	IQGAP2 (ENSCDRG00005000766) #18	F2R (ENSCDRG00005000707) #19	F2RL1 (ENSCDRG00005000688) #20	S100Z (ENSCDRG00005000678) #22	ENSCDRG00005000661	CRHBP (ENSCDRG00005000645) #23	AGGF1 (ENSCDRG00005000618)	ZBED3 (ENSCDRG00005000608)	PDE8B (ENSCDRG00005000565)	WDR41 (ENSCDRG00005000509)	OTP (ENSCDRG00005000470)	TBCA (ENSCDRG00005000444)	AP3B1 (ENSCDRG00005000366)	SCAMP1 (ENSCDRG00005000299)	LHFPL2 (ENSCDRG00005000275)	ARSB (ENSCDRG00005000234)	DMGDH (ENSCDRG00005000085)	BHMT2 (ENSCDRG00005000037)	BHMT (ENSCDRG00005019118)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158761	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158761	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158761	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00950000182938.a	ENSGT00940000158761	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	23	CPLX2 (ENSOARG00020020263)	HRH2 (ENSOARG00020020329)	SFXN1 (ENSOARG00020020382)	ENSOARG00020020572	GCNT4 (ENSOARG00020020622) #9	ENSOARG00020020636 #10	HMGCR (ENSOARG00020020760) #11	CERT1 (ENSOARG00020020967) #12	POLK (ENSOARG00020021498) #13	POC5 (ENSOARG00020021712) #15	SV2C (ENSOARG00020021763) #16	IQGAP2 (ENSOARG00020021962) #18	F2RL2 (ENSOARG00020022973) #17	F2R (ENSOARG00020022990) #19	F2RL1 (ENSOARG00020023002) #20	S100Z (ENSOARG00020023021) #22	CRHBP (ENSOARG00020023047) #23	AGGF1 (ENSOARG00020023108)	ZBED3 (ENSOARG00020023150)	PDE8B (ENSOARG00020023251)	ENSOARG00020024389	WDR41 (ENSOARG00020024404)	OTP (ENSOARG00020024451)	TBCA (ENSOARG00020024464)	AP3B1 (ENSOARG00020024527)	ENSOARG00020024603	SCAMP1 (ENSOARG00020024609)	ENSOARG00020024626 #22	LHFPL2 (ENSOARG00020024639)	ARSB (ENSOARG00020002992)	DMGDH (ENSOARG00020003036)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	23	F2RL2 (ENSOARG00020022973) #17	F2R (ENSOARG00020022990) #19	F2RL1 (ENSOARG00020023002) #20	S100Z (ENSOARG00020023021) #22	CRHBP (ENSOARG00020023047) #23	AGGF1 (ENSOARG00020023108)	ZBED3 (ENSOARG00020023150)	PDE8B (ENSOARG00020023251)	ENSOARG00020024389	WDR41 (ENSOARG00020024404)	OTP (ENSOARG00020024451)	TBCA (ENSOARG00020024464)	AP3B1 (ENSOARG00020024527)	ENSOARG00020024603	SCAMP1 (ENSOARG00020024609)	ENSOARG00020024626 #22	LHFPL2 (ENSOARG00020024639)	ARSB (ENSOARG00020002992)	DMGDH (ENSOARG00020003036)	BHMT (ENSOARG00020003124)	JMY (ENSOARG00020003148)	HOMER1 (ENSOARG00020003237)	TENT2 (ENSOARG00020003488)	CMYA5 (ENSOARG00020003611)	MTX3 (ENSOARG00020004194)	THBS4 (ENSOARG00020004359)	SERINC5 (ENSOARG00020004451)	GNPNAT1 (ENSOARG00020004685)	STYX (ENSOARG00020004723)	ENSOARG00020004750	PSMC6 (ENSOARG00020004771)
Goat	MODERN SPECIES	1	SFXN1 (ENSCHIG00000022473)	DRD1 (ENSCHIG00000024371)	ENSCHIG00000015735	GCNT4 (ENSCHIG00000008602) #9	ENSCHIG00000021264 #10	HMGCR (ENSCHIG00000015556) #11	CERT1 (ENSCHIG00000021950) #12	POLK (ENSCHIG00000008105) #13	ENSCHIG00000008486	POC5 (ENSCHIG00000009080) #15	SV2C (ENSCHIG00000016655) #16	F2RL2 (ENSCHIG00000002096) #17	IQGAP2 (ENSCHIG00000020854) #18	F2R (ENSCHIG00000022474) #19	F2RL1 (ENSCHIG00000026366) #20	S100Z (ENSCHIG00000018486) #22	CRHBP (ENSCHIG00000024251) #23	AGGF1 (ENSCHIG00000012662)	ZBED3 (ENSCHIG00000004171)	PDE8B (ENSCHIG00000023152)	WDR41 (ENSCHIG00000023139)	OTP (ENSCHIG00000018904)	TBCA (ENSCHIG00000021233)	AP3B1 (ENSCHIG00000018755)	ENSCHIG00000026947	SCAMP1 (ENSCHIG00000025008)	LHFPL2 (ENSCHIG00000014180)	ARSB (ENSCHIG00000001349)	DMGDH (ENSCHIG00000021924)	BHMT2 (ENSCHIG00000027021)	BHMT (ENSCHIG00000009078)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00390000001830.j	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Bos	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000158761	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00390000001830.i.a.a.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158761	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00390000001830.i.a.a.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	1					GCNT4 (ENSBIXG00005011458) #9	ANKRD31 (ENSBIXG00005011423) #10	HMGCR (ENSBIXG00005011318) #11	CERT1 (ENSBIXG00005011247) #12	POLK (ENSBIXG00005011147) #13	POC5 (ENSBIXG00005010780) #15	SV2C (ENSBIXG00005010694) #16	ENSBIXG00005007521	IQGAP2 (ENSBIXG00005010623) #18	F2RL2 (ENSBIXG00005010387) #17	F2R (ENSBIXG00005000862) #19	S100Z (ENSBIXG00005010347) #22	CRHBP (ENSBIXG00005000840) #23	AGGF1 (ENSBIXG00005010286)	ENSBIXG00005010267	PDE8B (ENSBIXG00005010189)	ENSBIXG00005000677	WDR41 (ENSBIXG00005009893)	OTP (ENSBIXG00005009799)	TBCA (ENSBIXG00005000599)	ENSBIXG00005009736	AP3B1 (ENSBIXG00005009658)	ENSBIXG00005009460	SCAMP1 (ENSBIXG00005009438)	ARSB (ENSBIXG00005009357)	ENSBIXG00005009344	DMGDH (ENSBIXG00005009320)
Cow	MODERN SPECIES	1	HRH2 (ENSBTAG00000044071)	SFXN1 (ENSBTAG00000014536)	DRD1 (ENSBTAG00000047719)	GCNT4 (ENSBTAG00000050091) #9	ANKRD31 (ENSBTAG00000024878) #10	HMGCR (ENSBTAG00000007840) #11	CERT1 (ENSBTAG00000000081) #12	POLK (ENSBTAG00000004028) #13	POC5 (ENSBTAG00000007114) #15	SV2C (ENSBTAG00000017507) #16	ENSBTAG00000052974	IQGAP2 (ENSBTAG00000000897) #18	F2RL2 (ENSBTAG00000000898) #17	F2R (ENSBTAG00000020199) #19	F2RL1 (ENSBTAG00000034848) #20	S100Z (ENSBTAG00000020201) #22	CRHBP (ENSBTAG00000020202) #23	AGGF1 (ENSBTAG00000034823)	ZBED3 (ENSBTAG00000052845)	PDE8B (ENSBTAG00000020205)	WDR41 (ENSBTAG00000020212)	OTP (ENSBTAG00000009249)	TBCA (ENSBTAG00000003263)	ENSBTAG00000052130	AP3B1 (ENSBTAG00000005016)	SCAMP1 (ENSBTAG00000007371)	LHFPL2 (ENSBTAG00000007374)	ARSB (ENSBTAG00000008341)	DMGDH (ENSBTAG00000002110)	BHMT2 (ENSBTAG00000038234)	BHMT (ENSBTAG00000002255)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000158761	ENSGT01030000234641.b.a.b.a.b	ENSGT00940000155857	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00390000001830.i.a.a.b	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Domestic yak	MODERN SPECIES	2	DRD1 (ENSBGRG00000011292)	GCNT4 (ENSBGRG00000011247) #9	ENSBGRG00000011228	ANKRD31 (ENSBGRG00000010828) #10	HMGCR (ENSBGRG00000010597) #11	CERT1 (ENSBGRG00000009779) #12	POLK (ENSBGRG00000009306) #13	POC5 (ENSBGRG00000008737) #15	SV2C (ENSBGRG00000008621) #16	ENSBGRG00000008593	F2RL2 (ENSBGRG00000008567) #17	IQGAP2 (ENSBGRG00000007931) #18	F2R (ENSBGRG00000007892) #19	F2RL1 (ENSBGRG00000007822) #20	ENSBGRG00000007803	S100Z (ENSBGRG00000007761) #22	ENSBGRG00000007739	AGGF1 (ENSBGRG00000007412)	ZBED3 (ENSBGRG00000007380)	PDE8B (ENSBGRG00000006555)	WDR41 (ENSBGRG00000006363)	OTP (ENSBGRG00000006298)	TBCA (ENSBGRG00000006236)	ENSBGRG00000006222	AP3B1 (ENSBGRG00000006021)	SCAMP1 (ENSBGRG00000005900)	LHFPL2 (ENSBGRG00000005875)	ENSBGRG00000005848	ARSB (ENSBGRG00000005773)	DMGDH (ENSBGRG00000005663)	ENSBGRG00000005598
Wild yak	MODERN SPECIES	297				GCNT4 (ENSBMUG00000012260) #9	ANKRD31 (ENSBMUG00000012237) #10	HMGCR (ENSBMUG00000012171) #11	CERT1 (ENSBMUG00000011873) #12	POLK (ENSBMUG00000011634) #13	POC5 (ENSBMUG00000011568) #15	SV2C (ENSBMUG00000011496) #16	ENSBMUG00000011462	F2RL2 (ENSBMUG00000011445) #17	IQGAP2 (ENSBMUG00000011350) #18	F2R (ENSBMUG00000011164) #19	F2RL1 (ENSBMUG00000011152) #20	S100Z (ENSBMUG00000011148) #22	AGGF1 (ENSBMUG00000011125)	PDE8B (ENSBMUG00000011054)	WDR41 (ENSBMUG00000010747)	OTP (ENSBMUG00000010682)	TBCA (ENSBMUG00000010673)	ENSBMUG00000010660	ENSBMUG00000010637
American bison	MODERN SPECIES	3169	ENSBBBG00000005945	ENSBBBG00000022510	GCNT4 (ENSBBBG00000005939) #9	ANKRD31 (ENSBBBG00000022499) #10	HMGCR (ENSBBBG00000005907) #11	CERT1 (ENSBBBG00000022291) #12	POLK (ENSBBBG00000021965) #13	ANKDD1B (ENSBBBG00000008030) #14	POC5 (ENSBBBG00000021773) #15	SV2C (ENSBBBG00000006918) #16	ENSBBBG00000021689	IQGAP2 (ENSBBBG00000021677) #18	F2RL2 (ENSBBBG00000021481) #17	F2R (ENSBBBG00000021478) #19	F2RL1 (ENSBBBG00000021471) #20	S100Z (ENSBBBG00000021469) #22	CRHBP (ENSBBBG00000021464) #23	AGGF1 (ENSBBBG00000021443)	PDE8B (ENSBBBG00000021396)	WDR41 (ENSBBBG00000021018)	TBCA (ENSBBBG00000005639)	ENSBBBG00000005636	AP3B1 (ENSBBBG00000005629)	SCAMP1 (ENSBBBG00000020857)	LHFPL2 (ENSBBBG00000020821)	ARSB (ENSBBBG00000020814)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	69	SFXN1 (ENSMMSG00000014529)	DRD1 (ENSMMSG00000014544)	ENSMMSG00000014552	ENSMMSG00000014567	GCNT4 (ENSMMSG00000014582) #9	ANKRD31 (ENSMMSG00000014614) #10	HMGCR (ENSMMSG00000014812) #11	CERT1 (ENSMMSG00000014921) #12	POLK (ENSMMSG00000015182) #13	POC5 (ENSMMSG00000015294) #15	SV2C (ENSMMSG00000015327) #16	IQGAP2 (ENSMMSG00000015431) #18	F2RL2 (ENSMMSG00000015650) #17	F2R (ENSMMSG00000015666) #19	F2RL1 (ENSMMSG00000015677) #20	S100Z (ENSMMSG00000015687) #22	CRHBP (ENSMMSG00000015697) #23	ENSMMSG00000015737	AGGF1 (ENSMMSG00000015751)	ZBED3 (ENSMMSG00000015777)	PDE8B (ENSMMSG00000015917)	WDR41 (ENSMMSG00000017180)	OTP (ENSMMSG00000017274)	ENSMMSG00000017301	ENSMMSG00000017442	AP3B1 (ENSMMSG00000017470)	SCAMP1 (ENSMMSG00000017674)	LHFPL2 (ENSMMSG00000017736)	ARSB (ENSMMSG00000017759)	DMGDH (ENSMMSG00000017858)	BHMT2 (ENSMMSG00000017965)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	3	HRH2 (ENSCHYG00000005212)	SFXN1 (ENSCHYG00000005262)	DRD1 (ENSCHYG00000005319)	GCNT4 (ENSCHYG00000005367) #9	ANKRD31 (ENSCHYG00000005425) #10	HMGCR (ENSCHYG00000005715) #11	CERT1 (ENSCHYG00000005851) #12	POLK (ENSCHYG00000006041) #13	POC5 (ENSCHYG00000006247) #15	SV2C (ENSCHYG00000006307) #16	IQGAP2 (ENSCHYG00000006385) #18	F2RL2 (ENSCHYG00000006675) #17	F2R (ENSCHYG00000006697) #19	ENSCHYG00000006719	F2RL1 (ENSCHYG00000006741) #20	S100Z (ENSCHYG00000006771) #22	CRHBP (ENSCHYG00000006799) #23	AGGF1 (ENSCHYG00000006866)	ZBED3 (ENSCHYG00000006906)	ENSCHYG00000006937	ENSCHYG00000006952	ENSCHYG00000006962	ENSCHYG00000007028	WDR41 (ENSCHYG00000007090)	OTP (ENSCHYG00000007305)	TBCA (ENSCHYG00000007320)	ENSCHYG00000007338	ENSCHYG00000007344	ENSCHYG00000007356	AP3B1 (ENSCHYG00000007402)	SCAMP1 (ENSCHYG00000007687)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00530000063000.a.a.a.f	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00530000063000.a.a.a.f	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000154586.g.b	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00940000154586.g.b	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Beluga whale	MODERN SPECIES	71	NSA2 (ENSDLEG00000008766)	FAM169A (ENSDLEG00000008731) #7	GCNT4 (ENSDLEG00000008712) #9	ANKRD31 (ENSDLEG00000008542) #10	HMGCR (ENSDLEG00000008447) #11	COL4A3BP (ENSDLEG00000008328) #12	POLK (ENSDLEG00000008261) #13	POC5 (ENSDLEG00000008196) #15	ENSDLEG00000008154	SV2C (ENSDLEG00000008107) #16	ENSDLEG00000008092	F2RL2 (ENSDLEG00000008080) #17	IQGAP2 (ENSDLEG00000008039) #18	F2R (ENSDLEG00000008028) #19	F2RL1 (ENSDLEG00000008016) #20	S100Z (ENSDLEG00000008008) #22	CRHBP (ENSDLEG00000007986) #23	AGGF1 (ENSDLEG00000007958)	ZBED3 (ENSDLEG00000007936)	PDE8B (ENSDLEG00000015062)	WDR41 (ENSDLEG00000014960)	OTP (ENSDLEG00000014945)	TBCA (ENSDLEG00000014906)	AP3B1 (ENSDLEG00000014741)	SCAMP1 (ENSDLEG00000014708)	LHFPL2 (ENSDLEG00000014699)	ARSB (ENSDLEG00000014686)	DMGDH (ENSDLEG00000014641)	BHMT2 (ENSDLEG00000014617)	BHMT (ENSDLEG00000014599)	JMY (ENSDLEG00000014574)
Narwhal	MODERN SPECIES	298	ENSMMNG00015006875	FAM169A (ENSMMNG00015006911) #7	GCNT4 (ENSMMNG00015006954) #9	ANKRD31 (ENSMMNG00015007010) #10	HMGCR (ENSMMNG00015007107) #11	CERT1 (ENSMMNG00015007218) #12	POLK (ENSMMNG00015007374) #13	ANKDD1B (ENSMMNG00015007467) #14	POC5 (ENSMMNG00015007540) #15	SV2C (ENSMMNG00015007600) #16	ENSMMNG00015007640	IQGAP2 (ENSMMNG00015007731) #18	F2RL2 (ENSMMNG00015007923) #17	F2R (ENSMMNG00015007933) #19	F2RL1 (ENSMMNG00015007943) #20	S100Z (ENSMMNG00015007958) #22	CRHBP (ENSMMNG00015007977) #23	AGGF1 (ENSMMNG00015008009)	ZBED3 (ENSMMNG00015008041)	PDE8B (ENSMMNG00015008112)	WDR41 (ENSMMNG00015008176)	OTP (ENSMMNG00015008215)	TBCA (ENSMMNG00015008230)	AP3B1 (ENSMMNG00015008260)	SCAMP1 (ENSMMNG00015008303)	LHFPL2 (ENSMMNG00015008328)	ARSB (ENSMMNG00015008346)	DMGDH (ENSMMNG00015008374)	BHMT2 (ENSMMNG00015008393)	BHMT (ENSMMNG00015008415)	JMY (ENSMMNG00015008440)
Vaquita	MODERN SPECIES	14	GFM2 (ENSPSNG00000006458)	ENSPSNG00000006396	FAM169A (ENSPSNG00000006255) #7	GCNT4 (ENSPSNG00000006178) #9	ANKRD31 (ENSPSNG00000006120) #10	HMGCR (ENSPSNG00000006005) #11	CERT1 (ENSPSNG00000005809) #12	POLK (ENSPSNG00000005609) #13	POC5 (ENSPSNG00000005438) #15	ENSPSNG00000005362	SV2C (ENSPSNG00000005309) #16	F2RL2 (ENSPSNG00000005286) #17	IQGAP2 (ENSPSNG00000005144) #18	F2R (ENSPSNG00000005065) #19	F2RL1 (ENSPSNG00000005843) #20	S100Z (ENSPSNG00000005821) #22	CRHBP (ENSPSNG00000005773) #23	AGGF1 (ENSPSNG00000005724)	ZBED3 (ENSPSNG00000005710)	PDE8B (ENSPSNG00000005114)	WDR41 (ENSPSNG00000004776)	OTP (ENSPSNG00000004725)	TBCA (ENSPSNG00000004666)	AP3B1 (ENSPSNG00000004553)	SCAMP1 (ENSPSNG00000004447)	LHFPL2 (ENSPSNG00000004403)	ARSB (ENSPSNG00000004356)	DMGDH (ENSPSNG00000004287)	BHMT2 (ENSPSNG00000004227)	BHMT (ENSPSNG00000004175)	JMY (ENSPSNG00000004120)
Dolphin	MODERN SPECIES	5128																S100Z (ENSTTRG00000004749) #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	19	NSA2 (ENSPCTG00005001800)	FAM169A (ENSPCTG00005001823) #7	ENSPCTG00005001839	GCNT4 (ENSPCTG00005001860) #9	ANKRD31 (ENSPCTG00005001908) #10	HMGCR (ENSPCTG00005002015) #11	COL4A3BP (ENSPCTG00005002102) #12	POLK (ENSPCTG00005002299) #13	POC5 (ENSPCTG00005002372) #15	SV2C (ENSPCTG00005002439) #16	IQGAP2 (ENSPCTG00005002535) #18	F2RL2 (ENSPCTG00005002767) #17	ENSPCTG00005002778	F2R (ENSPCTG00005002792) #19	F2RL1 (ENSPCTG00005002799) #20	S100Z (ENSPCTG00005002807) #22	AGGF1 (ENSPCTG00005002832)	ZBED3 (ENSPCTG00005002866)	PDE8B (ENSPCTG00005002983)	WDR41 (ENSPCTG00005003516)	OTP (ENSPCTG00005003577)	TBCA (ENSPCTG00005003597)	AP3B1 (ENSPCTG00005003664)	SCAMP1 (ENSPCTG00005003758)	LHFPL2 (ENSPCTG00005003792)	ARSB (ENSPCTG00005003811)	DMGDH (ENSPCTG00005003853)	BHMT (ENSPCTG00005003876)	JMY (ENSPCTG00005003899)	HOMER1 (ENSPCTG00005003925)	TENT2 (ENSPCTG00005003973)
Blue whale	MODERN SPECIES	14	ENSBMSG00010004702	ENSBMSG00010004714 #7	ENSBMSG00010004732	GCNT4 (ENSBMSG00010004754) #9	ANKRD31 (ENSBMSG00010004774) #10	HMGCR (ENSBMSG00010004832) #11	CERT1 (ENSBMSG00010004912) #12	POLK (ENSBMSG00010005438) #13	POC5 (ENSBMSG00010005501) #15	SV2C (ENSBMSG00010005531) #16	ENSBMSG00010005549	IQGAP2 (ENSBMSG00010005591) #18	F2RL2 (ENSBMSG00010005686) #17	F2R (ENSBMSG00010005694) #19	F2RL1 (ENSBMSG00010005699) #20	S100Z (ENSBMSG00010005711) #22	CRHBP (ENSBMSG00010005714) #23	AGGF1 (ENSBMSG00010005734)	ZBED3 (ENSBMSG00010005760)	PDE8B (ENSBMSG00010005858)	WDR41 (ENSBMSG00010006297)	OTP (ENSBMSG00010006319)	ENSBMSG00010006335	ENSBMSG00010006352	AP3B1 (ENSBMSG00010006360)	SCAMP1 (ENSBMSG00010006378)	LHFPL2 (ENSBMSG00010006395)	ARSB (ENSBMSG00010006407)	DMGDH (ENSBMSG00010006427)	BHMT2 (ENSBMSG00010006453)	BHMT (ENSBMSG00010006489)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00390000003115.j	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00390000003115.j	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Tiger	MODERN SPECIES	134	ENSPTIG00000021404	ENSPTIG00000005537	FAM169A (ENSPTIG00000020456) #7	GCNT4 (ENSPTIG00000005529) #9	ENSPTIG00000019989 #10	HMGCR (ENSPTIG00000018612) #11	CERT1 (ENSPTIG00000016589) #12	POLK (ENSPTIG00000014864) #13	ANKDD1B (ENSPTIG00000013441) #14	POC5 (ENSPTIG00000011856) #15	SV2C (ENSPTIG00000010098) #16	F2RL2 (ENSPTIG00000009666) #17	IQGAP2 (ENSPTIG00000021975) #18	F2R (ENSPTIG00000021894) #19	F2RL1 (ENSPTIG00000021859) #20	S100Z (ENSPTIG00000021832) #22	CRHBP (ENSPTIG00000021691) #23	AGGF1 (ENSPTIG00000021519)	PDE8B (ENSPTIG00000014747)	WDR41 (ENSPTIG00000011923)	OTP (ENSPTIG00000011169)	TBCA (ENSPTIG00000009506)	AP3B1 (ENSPTIG00000008485)	SCAMP1 (ENSPTIG00000007335)	LHFPL2 (ENSPTIG00000006957)	ARSB (ENSPTIG00000003156)	DMGDH (ENSPTIG00000021430)	BHMT2 (ENSPTIG00000020984)	BHMT (ENSPTIG00000020191)	JMY (ENSPTIG00000019858)	HOMER1 (ENSPTIG00000018119)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00390000003115.j	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00390000009443.j	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
leopard	MODERN SPECIES	40	ENSPPRG00000004205	FAM169A (ENSPPRG00000005349) #7	GCNT4 (ENSPPRG00000017075) #9	ENSPPRG00000006600 #10	HMGCR (ENSPPRG00000008332) #11	CERT1 (ENSPPRG00000009941) #12	POLK (ENSPPRG00000012504) #13	ANKDD1B (ENSPPRG00000013528) #14	POC5 (ENSPPRG00000017915) #15	ENSPPRG00000021813	SV2C (ENSPPRG00000024498) #16	F2RL2 (ENSPPRG00000024088) #17	IQGAP2 (ENSPPRG00000001278) #18	F2R (ENSPPRG00000001748) #19	F2RL1 (ENSPPRG00000001778) #20	S100Z (ENSPPRG00000002129) #22	CRHBP (ENSPPRG00000002387) #23	AGGF1 (ENSPPRG00000004438)	ZBED3 (ENSPPRG00000017742)	PDE8B (ENSPPRG00000012726)	WDR41 (ENSPPRG00000015058)	OTP (ENSPPRG00000015334)	TBCA (ENSPPRG00000018237)	AP3B1 (ENSPPRG00000019993)	ENSPPRG00000020501	SCAMP1 (ENSPPRG00000000330)	LHFPL2 (ENSPPRG00000000681)	ENSPPRG00000000967	ARSB (ENSPPRG00000002867)	DMGDH (ENSPPRG00000002973)	BHMT2 (ENSPPRG00000003496)
lion	MODERN SPECIES		ENSPLOG00000002461	GCNT4 (ENSPLOG00000002455) #9	ENSPLOG00000002438 #10	ENSPLOG00000002411	HMGCR (ENSPLOG00000002361) #11	CERT1 (ENSPLOG00000002211) #12	POLK (ENSPLOG00000002076) #13	ANKDD1B (ENSPLOG00000002011) #14	POC5 (ENSPLOG00000001946) #15	ENSPLOG00000001913	SV2C (ENSPLOG00000001869) #16	F2RL2 (ENSPLOG00000001850) #17	IQGAP2 (ENSPLOG00000001777) #18	F2R (ENSPLOG00000001727) #19	F2RL1 (ENSPLOG00000001714) #20	S100Z (ENSPLOG00000001701) #22	CRHBP (ENSPLOG00000001686) #23	AGGF1 (ENSPLOG00000001638)	ZBED3 (ENSPLOG00000001610)	PDE8B (ENSPLOG00000001335)	WDR41 (ENSPLOG00000001110)	OTP (ENSPLOG00000001071)	TBCA (ENSPLOG00000001046)	AP3B1 (ENSPLOG00000000902)	SCAMP1 (ENSPLOG00000000849)	LHFPL2 (ENSPLOG00000000832)	ENSPLOG00000000818	ARSB (ENSPLOG00000000803)	DMGDH (ENSPLOG00000000773)	BHMT2 (ENSPLOG00000000718)	BHMT (ENSPLOG00000000665)
Cat	MODERN SPECIES		GFM2 (ENSFCAG00000011977)	ENSFCAG00000011978	FAM169A (ENSFCAG00000031781) #7	GCNT4 (ENSFCAG00000010125) #9	ENSFCAG00000029332 #10	HMGCR (ENSFCAG00000000007) #11	CERT1 (ENSFCAG00000031307) #12	POLK (ENSFCAG00000001614) #13	ANKDD1B (ENSFCAG00000009659) #14	POC5 (ENSFCAG00000009661) #15	ENSFCAG00000048312	SV2C (ENSFCAG00000003321) #16	IQGAP2 (ENSFCAG00000003323) #18	F2RL2 (ENSFCAG00000040850) #17	F2R (ENSFCAG00000003325) #19	S100Z (ENSFCAG00000044986) #22	CRHBP (ENSFCAG00000023090) #23	AGGF1 (ENSFCAG00000018724)	ZBED3 (ENSFCAG00000044339)	PDE8B (ENSFCAG00000005432)	WDR41 (ENSFCAG00000026146)	OTP (ENSFCAG00000032267)	TBCA (ENSFCAG00000026107)	AP3B1 (ENSFCAG00000030762)	SCAMP1 (ENSFCAG00000007805)	ARSB (ENSFCAG00000033754)	ENSFCAG00000035649	DMGDH (ENSFCAG00000011882)	BHMT (ENSFCAG00000040239)	JMY (ENSFCAG00000025959)	HOMER1 (ENSFCAG00000015755)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161125 #22
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	25	ENSRFEG00010012400	FAM169A (ENSRFEG00010012573) #7	GCNT4 (ENSRFEG00010012676) #9	ANKRD31 (ENSRFEG00010012703) #10	HMGCR (ENSRFEG00010013017) #11	CERT1 (ENSRFEG00010013140) #12	POLK (ENSRFEG00010013650) #13	ANKDD1B (ENSRFEG00010013842) #14	POC5 (ENSRFEG00010014089) #15	SV2C (ENSRFEG00010014249) #16	IQGAP2 (ENSRFEG00010014371) #18	F2RL2 (ENSRFEG00010015786) #17	F2R (ENSRFEG00010015825) #19	F2RL1 (ENSRFEG00010015917) #20	CRHBP (ENSRFEG00010015859) #23	S100Z (ENSRFEG00010015950) #22	AGGF1 (ENSRFEG00010016035)	ZBED3 (ENSRFEG00010016086)	PDE8B (ENSRFEG00010016179)	WDR41 (ENSRFEG00010017690)	OTP (ENSRFEG00010017860)	TBCA (ENSRFEG00010017900)	AP3B1 (ENSRFEG00010018051)	ENSRFEG00010018153	ENSRFEG00010018181	SCAMP1 (ENSRFEG00010018228)	LHFPL2 (ENSRFEG00010018294)	ARSB (ENSRFEG00010018336)	DMGDH (ENSRFEG00010018532)	BHMT2 (ENSRFEG00010018710)	BHMT (ENSRFEG00010018771)
Megabat	MODERN SPECIES	259											SV2C (ENSPVAG00000009721) #16	IQGAP2 (ENSPVAG00000009723) #18	F2RL2 (ENSPVAG00000009726) #17	F2R (ENSPVAG00000009728) #19	F2RL1 (ENSPVAG00000009729) #20	S100Z (ENSPVAG00000009731) #22	CRHBP (ENSPVAG00000009732) #23	AGGF1 (ENSPVAG00000009733)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Donkey	MODERN SPECIES	29	GFM2 (ENSEASG00005018285)	ENSEASG00005018414	FAM169A (ENSEASG00005018417) #7	GCNT4 (ENSEASG00005037231) #9	ANKRD31 (ENSEASG00005018424) #10	HMGCR (ENSEASG00005018428) #11	CERT1 (ENSEASG00005018435) #12	POLK (ENSEASG00005018442) #13	ANKDD1B (ENSEASG00005035528) #14	POC5 (ENSEASG00005018452) #15	SV2C (ENSEASG00005018455) #16	F2RL2 (ENSEASG00005036850) #17	IQGAP2 (ENSEASG00005000244) #18	F2R (ENSEASG00005037330) #19	F2RL1 (ENSEASG00005001812) #20	S100Z (ENSEASG00005001816) #22	CRHBP (ENSEASG00005001822) #23	AGGF1 (ENSEASG00005001829)	ZBED3 (ENSEASG00005034455)	PDE8B (ENSEASG00005001845)	WDR41 (ENSEASG00005001862)	OTP (ENSEASG00005001863)	ENSEASG00005032921	ENSEASG00005028729	AP3B1 (ENSEASG00005001889)	SCAMP1 (ENSEASG00005001900)	LHFPL2 (ENSEASG00005001904)	ARSB (ENSEASG00005001910)	DMGDH (ENSEASG00005001920)	BHMT2 (ENSEASG00005001941)	BHMT (ENSEASG00005001952)
Horse	MODERN SPECIES	5	HEXB (ENSECAG00000011657)	GFM2 (ENSECAG00000006640)	NSA2 (ENSECAG00000005528)	FAM169A (ENSECAG00000024132) #7	GCNT4 (ENSECAG00000005515) #9	ANKRD31 (ENSECAG00000024123) #10	HMGCR (ENSECAG00000021330) #11	CERT1 (ENSECAG00000017349) #12	POLK (ENSECAG00000014876) #13	ANKDD1B (ENSECAG00000014521) #14	POC5 (ENSECAG00000013824) #15	SV2C (ENSECAG00000010569) #16	F2RL2 (ENSECAG00000010531) #17	IQGAP2 (ENSECAG00000004274) #18	F2RL1 (ENSECAG00000002867) #20	S100Z (ENSECAG00000000977) #22	F2R (ENSECAG00000004055) #19	CRHBP (ENSECAG00000017949) #23	ZBED3 (ENSECAG00000040464)	PDE8B (ENSECAG00000012189)	WDR41 (ENSECAG00000009496)	OTP (ENSECAG00000009423)	TBCA (ENSECAG00000009383)	AP3B1 (ENSECAG00000022849)	SCAMP1 (ENSECAG00000021921)	LHFPL2 (ENSECAG00000021890)	ARSB (ENSECAG00000020847)	BHMT2 (ENSECAG00000018440)	DMGDH (ENSECAG00000019851)	BHMT (ENSECAG00000015626)	ENSECAG00000052194
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Elephant	MODERN SPECIES	526	GFM2 (ENSLAFG00000018575)	ENSLAFG00000009910	FAM169A (ENSLAFG00000009907) #7	GCNT4 (ENSLAFG00000027464) #9	ENSLAFG00000026415 #10	HMGCR (ENSLAFG00000013291) #11	CERT1 (ENSLAFG00000013294) #12	POLK (ENSLAFG00000013297) #13	ANKDD1B (ENSLAFG00000020937) #14	POC5 (ENSLAFG00000014703) #15	SV2C (ENSLAFG00000003003) #16	IQGAP2 (ENSLAFG00000000760) #18	F2RL2 (ENSLAFG00000029045) #17	F2R (ENSLAFG00000003741) #19	F2RL1 (ENSLAFG00000001287) #20	S100Z (ENSLAFG00000013035) #22	CRHBP (ENSLAFG00000013037) #23	ENSLAFG00000027371	AGGF1 (ENSLAFG00000012029)	ZBED3 (ENSLAFG00000001192)	PDE8B (ENSLAFG00000015612)	WDR41 (ENSLAFG00000005066)	OTP (ENSLAFG00000007704)	TBCA (ENSLAFG00000005316)	AP3B1 (ENSLAFG00000010496)	SCAMP1 (ENSLAFG00000009372)	LHFPL2 (ENSLAFG00000009378)	ARSB (ENSLAFG00000018055)	DMGDH (ENSLAFG00000018061)	BHMT2 (ENSLAFG00000018070)	BHMT (ENSLAFG00000018074)
Hyrax	MODERN SPECIES	11053																S100Z (ENSPCAG00000012458) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	16140																S100Z (ENSETEG00000011170) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	234					ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000164103
Armadillo	MODERN SPECIES	2327			ENSDNOG00000001464	HMGCR (ENSDNOG00000006472) #11	CERT1 (ENSDNOG00000037153) #12	POLK (ENSDNOG00000003405) #13	ANKDD1B (ENSDNOG00000025636) #14	POC5 (ENSDNOG00000010175) #15	ENSDNOG00000035029	ENSDNOG00000034724	SV2C (ENSDNOG00000005312) #16	IQGAP2 (ENSDNOG00000005342) #18	F2RL2 (ENSDNOG00000035458) #17	F2R (ENSDNOG00000047767) #19	F2RL1 (ENSDNOG00000010306) #20	S100Z (ENSDNOG00000002472) #22	CRHBP (ENSDNOG00000015234) #23	AGGF1 (ENSDNOG00000018473)	ZBED3 (ENSDNOG00000041041)	ENSDNOG00000049258	ENSDNOG00000038167
Sloth	MODERN SPECIES	5947																S100Z (ENSCHOG00000004923) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000170332	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000163343	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000170332	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000170332	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000163343	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a	ENSGT00510000046704.b.a
Wallaby	MODERN SPECIES	10662																S100Z (ENSMEUG00000005536) #22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706.m.b.a	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000170332	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00390000004454 #15	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00980000201383.C	ENSGT00940000163343	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.c.b	ENSGT00390000003122.c.a
koala	MODERN SPECIES	73	NSA2 (ENSPCIG00000010269)	FAM169A (ENSPCIG00000010270) #7	GCNT4 (ENSPCIG00000015727) #9	ENSPCIG00000015721	ENSPCIG00000027474	HMGCR (ENSPCIG00000027473) #11	CERT1 (ENSPCIG00000027317) #12	POLK (ENSPCIG00000027316) #13	ENSPCIG00000027312 #14	ENSPCIG00000027308 #15	SV2C (ENSPCIG00000027306) #16	F2RL2 (ENSPCIG00000029189) #17	IQGAP2 (ENSPCIG00000028736) #18	F2R (ENSPCIG00000002013) #19	F2RL1 (ENSPCIG00000002046) #20	S100Z (ENSPCIG00000036527) #22	CRHBP (ENSPCIG00000032088) #23	AGGF1 (ENSPCIG00000002077)	ENSPCIG00000002090	ENSPCIG00000002120	PDE8B (ENSPCIG00000002178)	WDR41 (ENSPCIG00000002260)	OTP (ENSPCIG00000014906)	ENSPCIG00000014903	ENSPCIG00000017497	ENSPCIG00000031686	SCAMP1 (ENSPCIG00000024949)	LHFPL2 (ENSPCIG00000024952)	ARSB (ENSPCIG00000028419)	DMGDH (ENSPCIG00000013849)	ENSPCIG00000032210
Common wonbat	MODERN SPECIES	1011						HMGCR (ENSVURG00010016331) #11	CERT1 (ENSVURG00010016371) #12	POLK (ENSVURG00010016425) #13	ANKDD1B (ENSVURG00010016454) #14	POC5 (ENSVURG00010016492) #15	SV2C (ENSVURG00010016524) #16	IQGAP2 (ENSVURG00010016559) #18	F2RL2 (ENSVURG00010016587) #17	F2R (ENSVURG00010016592) #19	F2RL1 (ENSVURG00010016599) #20	S100Z (ENSVURG00010016607) #22	CRHBP (ENSVURG00010016624) #23	ENSVURG00010016641	ENSVURG00010016651	ENSVURG00010016663	ENSVURG00010016681	PDE8B (ENSVURG00010016850)	WDR41 (ENSVURG00010019111)	OTP (ENSVURG00010019123)	ENSVURG00010019130	ENSVURG00010019136	AP3B1 (ENSVURG00010019144)	ENSVURG00010019164	SCAMP1 (ENSVURG00010019174)	LHFPL2 (ENSVURG00010019186)	ARSB (ENSVURG00010019193)
Tasmanian devil	MODERN SPECIES		GFM2 (ENSSHAG00000017593)	NSA2 (ENSSHAG00000017654)	FAM169A (ENSSHAG00000017681) #7	GCNT4 (ENSSHAG00000018019) #9	ENSSHAG00000018123	HMGCR (ENSSHAG00000004177) #11	CERT1 (ENSSHAG00000004954) #12	POLK (ENSSHAG00000006899) #13	ANKDD1B (ENSSHAG00000028889) #14	POC5 (ENSSHAG00000008712) #15	SV2C (ENSSHAG00000011331) #16	F2RL2 (ENSSHAG00000028606) #17	IQGAP2 (ENSSHAG00000001152) #18	F2R (ENSSHAG00000009153) #19	F2RL1 (ENSSHAG00000008088) #20	S100Z (ENSSHAG00000028739) #22	CRHBP (ENSSHAG00000006864) #23	AGGF1 (ENSSHAG00000004570)	PDE8B (ENSSHAG00000018263)	WDR41 (ENSSHAG00000018180)	OTP (ENSSHAG00000018090)	TBCA (ENSSHAG00000025953)	AP3B1 (ENSSHAG00000017224)	SCAMP1 (ENSSHAG00000016943)	LHFPL2 (ENSSHAG00000028883)	ARSB (ENSSHAG00000015401)	DMGDH (ENSSHAG00000014992)	BHMT2 (ENSSHAG00000014959)	BHMT (ENSSHAG00000014860)	JMY (ENSSHAG00000014317)	HOMER1 (ENSSHAG00000013501)
Opossum	MODERN SPECIES	2	ENSMODG00000001250	ENSMODG00000001247 #28	GADD45G (ENSMODG00000001225)	ENSMODG00000001216	ENSMODG00000027439	ZNF608 (ENSMODG00000001045)	ENSMODG00000044426	GRAMD2B (ENSMODG00000001027)	ALDH7A1 (ENSMODG00000001001)	PHAX (ENSMODG00000000986)	F2RL1 (ENSMODG00000013578) #20	ENSMODG00000038124	F2R (ENSMODG00000013575) #19	F2RL2 (ENSMODG00000036999) #17	ENSMODG00000013568 #18	S100Z (ENSMODG00000019747) #22	CRHBP (ENSMODG00000019745) #23	AGGF1 (ENSMODG00000019743)	ENSMODG00000025309	ENSMODG00000044321	PDE8B (ENSMODG00000019740)	WDR41 (ENSMODG00000019738)	OTP (ENSMODG00000019736)	ENSMODG00000050562	ENSMODG00000050949	AP3B1 (ENSMODG00000019733)	SCAMP1 (ENSMODG00000019731)	LHFPL2 (ENSMODG00000019730)	ENSMODG00000050358	ENSMODG00000044503	ARSB (ENSMODG00000019728)
Platypus	MODERN SPECIES		ENC1 (ENSOANG00000015778)	HEXB (ENSOANG00000015777)	ENSOANG00000015776	NSA2 (ENSOANG00000015775)	GCNT4 (ENSOANG00000015773) #9	ENSOANG00000020639 #10	HMGCR (ENSOANG00000014109) #11	CERT1 (ENSOANG00000015771) #12	POLK (ENSOANG00000015770) #13	ENSOANG00000040574	POC5 (ENSOANG00000015769) #15	SV2C (ENSOANG00000015768) #16	IQGAP2 (ENSOANG00000015766) #18	F2RL2 (ENSOANG00000015767) #17	F2R (ENSOANG00000039957) #19	S100Z (ENSOANG00000015763) #22	CRHBP (ENSOANG00000031473) #23	AGGF1 (ENSOANG00000015762)	ENSOANG00000015761	PDE8B (ENSOANG00000003104)	WDR41 (ENSOANG00000003103)	OTP (ENSOANG00000039355)	ENSOANG00000036619	AP3B1 (ENSOANG00000003100)	SCAMP1 (ENSOANG00000045234)	LHFPL2 (ENSOANG00000037815)	ARSB (ENSOANG00000007901)	DMGDH (ENSOANG00000007898)	ENSOANG00000007895	JMY (ENSOANG00000007892)	HOMER1 (ENSOANG00000007891)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667.g #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Indian cobra	MODERN SPECIES	1	FAM169A (ENSNNAG00000006185) #7	GCNT4 (ENSNNAG00000006323) #9	HMGCR (ENSNNAG00000006352) #11	CERT1 (ENSNNAG00000006429) #12	POLK (ENSNNAG00000006564) #13	ANKDD1B (ENSNNAG00000006589) #14	ENSNNAG00000006634	SV2C (ENSNNAG00000006660) #16	ENSNNAG00000006703 ##18	ENSNNAG00000006718	F2RL2 (ENSNNAG00000006742) #17	IQGAP2 (ENSNNAG00000006766) #18	ENSNNAG00000003737 #19	ENSNNAG00000003747 #19	F2RL1 (ENSNNAG00000003782) #20	S100Z (ENSNNAG00000003790) #22	CRHBP (ENSNNAG00000003821) #23	AGGF1 (ENSNNAG00000003959)	ENSNNAG00000004588	PDE8B (ENSNNAG00000004615)	WDR41 (ENSNNAG00000004669)	OTP (ENSNNAG00000004735)	TBCA (ENSNNAG00000004751)	AP3B1 (ENSNNAG00000004770)	SCAMP1 (ENSNNAG00000004867)	LHFPL2 (ENSNNAG00000004879)	ENSNNAG00000004894	ENSNNAG00000004946	DMGDH (ENSNNAG00000004972)	ENSNNAG00000005025	ENSNNAG00000005034
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667.g #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.fb	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667.g #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710.fb	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	33	GFM2 (ENSNSUG00000010550)	NSA2 (ENSNSUG00000010546)	FAM169A (ENSNSUG00000010538) #7	GCNT4 (ENSNSUG00000010536) #9	HMGCR (ENSNSUG00000010526) #11	CERT1 (ENSNSUG00000010520) #12	POLK (ENSNSUG00000010513) #13	ANKDD1B (ENSNSUG00000010511) #14	ENSNSUG00000010508	SV2C (ENSNSUG00000010481) #16	F2RL2 (ENSNSUG00000010480) #17	IQGAP2 (ENSNSUG00000008168) #18	ENSNSUG00000008166 #19	ENSNSUG00000008165 #19	F2RL1 (ENSNSUG00000008164) #20	S100Z (ENSNSUG00000008153) #22	CRHBP (ENSNSUG00000008150) #23	AGGF1 (ENSNSUG00000008042)	PDE8B (ENSNSUG00000007470)	ENSNSUG00000007467	OTP (ENSNSUG00000007466)	ENSNSUG00000007432	AP3B1 (ENSNSUG00000007370)	SCAMP1 (ENSNSUG00000007366)	LHFPL2 (ENSNSUG00000007360)	ARSB (ENSNSUG00000007357)	DMGDH (ENSNSUG00000007356)	ENSNSUG00000007351	JMY (ENSNSUG00000007346)	HOMER1 (ENSNSUG00000007342)	TENT2 (ENSNSUG00000007340)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	2	GFM2 (ENSPTXG00000002694)	NSA2 (ENSPTXG00000002688)	FAM169A (ENSPTXG00000002682) #7	GCNT4 (ENSPTXG00000002679) #9	HMGCR (ENSPTXG00000002673) #11	CERT1 (ENSPTXG00000002617) #12	POLK (ENSPTXG00000002608) #13	ANKDD1B (ENSPTXG00000002606) #14	ENSPTXG00000002603	SV2C (ENSPTXG00000002599) #16	F2RL2 (ENSPTXG00000002598) #17	IQGAP2 (ENSPTXG00000002592) #18	ENSPTXG00000002587 #19	ENSPTXG00000002586 #19	F2RL1 (ENSPTXG00000002584) #20	S100Z (ENSPTXG00000002582) #22	CRHBP (ENSPTXG00000002580) #23	AGGF1 (ENSPTXG00000002575)	PDE8B (ENSPTXG00000002569)	WDR41 (ENSPTXG00000002565)	OTP (ENSPTXG00000002560)	TBCA (ENSPTXG00000002558)	AP3B1 (ENSPTXG00000002552)	SCAMP1 (ENSPTXG00000002548)	LHFPL2 (ENSPTXG00000002546)	ARSB (ENSPTXG00000002543)	DMGDH (ENSPTXG00000002538)	ENSPTXG00000002535	JMY (ENSPTXG00000002530)	HOMER1 (ENSPTXG00000002526)	TENT2 (ENSPTXG00000002511)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	10023															F2RL1 (ENSLLTG00000006569) #20	S100Z (ENSLLTG00000006552) #22
Lizard	MODERN SPECIES	1	HMGCR (ENSACAG00000008698) #11	CERT1 (ENSACAG00000008556) #12	POLK (ENSACAG00000008458) #13	ANKDD1B (ENSACAG00000008414) #14	ENSACAG00000022708	ENSACAG00000008393	SV2C (ENSACAG00000008315) #16	ENSACAG00000043111	ENSACAG00000035710	ENSACAG00000041042	F2RL2 (ENSACAG00000008312) #17	IQGAP2 (ENSACAG00000007992) #18	ENSACAG00000037432 #19	ENSACAG00000037420 #19	F2RL1 (ENSACAG00000007980) #20	S100Z (ENSACAG00000036691) #22	CRHBP (ENSACAG00000007916) #23	AGGF1 (ENSACAG00000007847)	PDE8B (ENSACAG00000007748)	WDR41 (ENSACAG00000007717)	OTP (ENSACAG00000030602)	tbca (ENSACAG00000035436)	AP3B1 (ENSACAG00000007430)	SCAMP1 (ENSACAG00000012476)	LHFPL2 (ENSACAG00000012574)	ENSACAG00000040664	ARSB (ENSACAG00000016838)	DMGDH (ENSACAG00000016799)	ENSACAG00000016768	JMY (ENSACAG00000016753)	HOMER1 (ENSACAG00000016736)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Common wall lizard	MODERN SPECIES	2	HMGCR (ENSPMRG00000017104) #11	CERT1 (ENSPMRG00000017088) #12	ENSPMRG00000017083	POLK (ENSPMRG00000017080) #13	ANKDD1B (ENSPMRG00000017071) #14	ENSPMRG00000017062	SV2C (ENSPMRG00000017039) #16	F2RL2 (ENSPMRG00000017024) #17	IQGAP2 (ENSPMRG00000016986) #18	ENSPMRG00000016977	ENSPMRG00000016973 #19	ENSPMRG00000016969 #19	ENSPMRG00000016964 #19	ENSPMRG00000016958 #19	F2RL1 (ENSPMRG00000016949) #20	S100Z (ENSPMRG00000016943) #22	CRHBP (ENSPMRG00000016936) #23	AGGF1 (ENSPMRG00000016929)	PDE8B (ENSPMRG00000016915)	WDR41 (ENSPMRG00000016907)	OTP (ENSPMRG00000016904)	ENSPMRG00000016902	TBCA (ENSPMRG00000016895)	ENSPMRG00000016887	ENSPMRG00000016877	ENSPMRG00000016558	SCAMP1 (ENSPMRG00000016489)	ENSPMRG00000016483	LHFPL2 (ENSPMRG00000016477)	ARSB (ENSPMRG00000016472)	DMGDH (ENSPMRG00000016457)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	10	CERT1 (ENSSMRG00000004058) #12	POLK (ENSSMRG00000004038) #13	ANKDD1B (ENSSMRG00000004024) #14	ENSSMRG00000004013	SV2C (ENSSMRG00000003152) #16	F2RL2 (ENSSMRG00000003145) #17	IQGAP2 (ENSSMRG00000003117) #18	ENSSMRG00000003045 #19	ENSSMRG00000003039 #19	ENSSMRG00000003030 #19	ENSSMRG00000003024 #19	ENSSMRG00000003017 #19	ENSSMRG00000003014 #19	ENSSMRG00000003010 #19	F2RL1 (ENSSMRG00000003003) #20	S100Z (ENSSMRG00000002998) #22	CRHBP (ENSSMRG00000002991) #23	AGGF1 (ENSSMRG00000002967)	PDE8B (ENSSMRG00000002916)	WDR41 (ENSSMRG00000002897)	OTP (ENSSMRG00000002889)	ENSSMRG00000002745	ENSSMRG00000002743	AP3B1 (ENSSMRG00000002658)	SCAMP1 (ENSSMRG00000002646)	LHFPL2 (ENSSMRG00000002636)	ARSB (ENSSMRG00000002586)	DMGDH (ENSSMRG00000002569)	ENSSMRG00000002563	JMY (ENSSMRG00000002543)	HOMER1 (ENSSMRG00000002536)
tuatara	MODERN SPECIES	1540													ENSSPUG00000016211 #19	ENSSPUG00000016204 #19	F2RL1 (ENSSPUG00000016201) #20	S100Z (ENSSPUG00000016188) #22	CRHBP (ENSSPUG00000016153) #23	AGGF1 (ENSSPUG00000016142)	PDE8B (ENSSPUG00000015771)	WDR41 (ENSSPUG00000015653)	OTP (ENSSPUG00000015641)	TBCA (ENSSPUG00000015638)	AP3B1 (ENSSPUG00000015564)
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00910000147370	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Aves	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00960000190052
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b.k #12	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b.l.a #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00960000190052
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b.k #12	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b.l.a #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b.k #12	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b.l.a #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00940000170540	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b.k #12	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b.l.a #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00940000170540	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Medium ground finch	MODERN SPECIES	143											SV2C (ENSGFOG00000011368) #16	F2RL2 (ENSGFOG00000011362) #17	IQGAP2 (ENSGFOG00000010045) #18	F2R (ENSGFOG00000009977) #19	F2RL1 (ENSGFOG00000009974) #20	S100Z (ENSGFOG00000009967) #22	CRHBP (ENSGFOG00000009960) #23	AGGF1 (ENSGFOG00000009755)	PDE8B (ENSGFOG00000009122)	WDR41 (ENSGFOG00000009104)	ENSGFOG00000009093	AP3B1 (ENSGFOG00000009046)	ENSGFOG00000009028	LHFPL2 (ENSGFOG00000009025)	ARSB (ENSGFOG00000009010)	DMGDH (ENSGFOG00000008906)	ENSGFOG00000008891	JMY (ENSGFOG00000008880)	HOMER1 (ENSGFOG00000008874)	TENT2 (ENSGFOG00000008863)	ENSGFOG00000008794
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b.k #12	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b.l.a #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00940000170540	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603
Common canary	MODERN SPECIES	25	NSA2 (ENSSCAG00000004842)	FAM169A (ENSSCAG00000004849) #7	ENSSCAG00000004859	GCNT4 (ENSSCAG00000004865) #9	ENSSCAG00000004870 #10	HMGCR (ENSSCAG00000004885) #11	ENSSCAG00000004892 #12	POLK (ENSSCAG00000004901) #13	ANKDD1B (ENSSCAG00000004916) #14	ENSSCAG00000004934	SV2C (ENSSCAG00000004946) #16	IQGAP2 (ENSSCAG00000004970) #18	F2RL2 (ENSSCAG00000005003) #17	F2R (ENSSCAG00000005008) #19	F2RL1 (ENSSCAG00000005013) #20	S100Z (ENSSCAG00000005020) #22	CRHBP (ENSSCAG00000005029) #23	AGGF1 (ENSSCAG00000005040)	PDE8B (ENSSCAG00000005086)	WDR41 (ENSSCAG00000005134)	TBCA (ENSSCAG00000005139)	AP3B1 (ENSSCAG00000005147)	MTX3 (ENSSCAG00000005156)	ENSSCAG00000005348	SERINC5 (ENSSCAG00000006465)	CDK7 (ENSSCAG00000006471)	ENSSCAG00000006477	CENPH (ENSSCAG00000006479)	SLC30A5 (ENSSCAG00000006486)	ENSSCAG00000006494	LHFPL2 (ENSSCAG00000006502)
Flycatcher	MODERN SPECIES	561	NSA2 (ENSFALG00000010090)	FAM169A (ENSFALG00000027800) #7	ENSFALG00000026352	GCNT4 (ENSFALG00000014564) #9	ENSFALG00000028313	HMGCR (ENSFALG00000010078) #11	ENSFALG00000014553	CERT1 (ENSFALG00000010073) #12	POLK (ENSFALG00000010061) #13	ENSFALG00000010043	SV2C (ENSFALG00000010041) #16	F2RL2 (ENSFALG00000026321) #17	IQGAP2 (ENSFALG00000010034) #18	F2R (ENSFALG00000010030) #19	F2RL1 (ENSFALG00000014541) #20	S100Z (ENSFALG00000028933) #22	CRHBP (ENSFALG00000010024) #23	AGGF1 (ENSFALG00000010018)	PDE8B (ENSFALG00000010015)	WDR41 (ENSFALG00000010010)	TBCA (ENSFALG00000027625)	AP3B1 (ENSFALG00000009993)	SCAMP1 (ENSFALG00000009973)	LHFPL2 (ENSFALG00000025830)	ARSB (ENSFALG00000027321)	DMGDH (ENSFALG00000009949)	ENSFALG00000026736	JMY (ENSFALG00000009914)	HOMER1 (ENSFALG00000009906)	TENT2 (ENSFALG00000009901)	ENSFALG00000023211
Great tit	MODERN SPECIES	642	NSA2 (ENSPMJG00000016164)	FAM169A (ENSPMJG00000016163) #7	GCNT4 (ENSPMJG00000016162) #9	ENSPMJG00000016161 #10	HMGCR (ENSPMJG00000016159) #11	MED18 (ENSPMJG00000016158)	CERT1 (ENSPMJG00000016157) #12	ENSPMJG00000016156	POLK (ENSPMJG00000016155) #13	ENSPMJG00000016154	SV2C (ENSPMJG00000016153) #16	F2RL2 (ENSPMJG00000016152) #17	IQGAP2 (ENSPMJG00000016151) #18	F2R (ENSPMJG00000016150) #19	F2RL1 (ENSPMJG00000016149) #20	S100Z (ENSPMJG00000016148) #22	CRHBP (ENSPMJG00000016147) #23	PDE8B (ENSPMJG00000016145)	AGGF1 (ENSPMJG00000016144)	WDR41 (ENSPMJG00000016143)	OTP (ENSPMJG00000016142)	TBCA (ENSPMJG00000016141)	AP3B1 (ENSPMJG00000016140)	SCAMP1 (ENSPMJG00000016139)	LHFPL2 (ENSPMJG00000016138)	ARSB (ENSPMJG00000016137)	DMGDH (ENSPMJG00000016136)	ENSPMJG00000016135	JMY (ENSPMJG00000016134)	HOMER1 (ENSPMJG00000016133)	TENT2 (ENSPMJG00000016132)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b.l.a #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.b	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00960000190052
Kakapo	MODERN SPECIES	19	NSA2 (ENSSHBG00005021010)	ENSSHBG00005021012 #7	GCNT4 (ENSSHBG00005000099) #9	ENSSHBG00005000109 #10	HMGCR (ENSSHBG00005000137) #11	MED18 (ENSSHBG00005000150)	ENSSHBG00005010064 #12	POLK (ENSSHBG00005010150) #13	ANKDD1B (ENSSHBG00005010251) #14	ENSSHBG00005010286	SV2C (ENSSHBG00005010367) #16	IQGAP2 (ENSSHBG00005010448) #18	F2RL2 (ENSSHBG00005010691) #17	F2R (ENSSHBG00005010723) #19	F2RL1 (ENSSHBG00005010738) #20	S100Z (ENSSHBG00005010751) #22	CRHBP (ENSSHBG00005010788) #23	AGGF1 (ENSSHBG00005010807)	PDE8B (ENSSHBG00005010892)	WDR41 (ENSSHBG00005011087)	OTP (ENSSHBG00005011114)	TBCA (ENSSHBG00005011141)	AP3B1 (ENSSHBG00005011362)	SCAMP1 (ENSSHBG00005012135)	LHFPL2 (ENSSHBG00005012173)	ARSB (ENSSHBG00005012188)	DMGDH (ENSSHBG00005012214)	ENSSHBG00005012228	ENSSHBG00005012252	ENSSHBG00005012268	ENSSHBG00005012280
Golden eagle	MODERN SPECIES	91	NSA2 (ENSACCG00020010586)	FAM169A (ENSACCG00020010593) #7	GCNT4 (ENSACCG00020010610) #9	ENSACCG00020010622 #10	HMGCR (ENSACCG00020010636) #11	MED18 (ENSACCG00020010650)	CERT1 (ENSACCG00020010683) #12	POLK (ENSACCG00020010794) #13	ANKDD1B (ENSACCG00020010842) #14	ENSACCG00020010857	SV2C (ENSACCG00020010876) #16	IQGAP2 (ENSACCG00020010944) #18	F2RL2 (ENSACCG00020011007) #17	F2R (ENSACCG00020011014) #19	F2RL1 (ENSACCG00020011018) #20	S100Z (ENSACCG00020011028) #22	CRHBP (ENSACCG00020011040) #23	AGGF1 (ENSACCG00020011059)	PDE8B (ENSACCG00020011101)	WDR41 (ENSACCG00020011137)	OTP (ENSACCG00020011154)	TBCA (ENSACCG00020011162)	AP3B1 (ENSACCG00020011192)	SCAMP1 (ENSACCG00020011232)	LHFPL2 (ENSACCG00020011242)	ARSB (ENSACCG00020011260)	DMGDH (ENSACCG00020011281)	ENSACCG00020011296	JMY (ENSACCG00020011307)	HOMER1 (ENSACCG00020011321)	ENSACCG00020011331
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00960000190052
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00960000189505	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	496																S100Z (ENSABRG00000001717) #22	CRHBP (ENSABRG00000001746) #23	AGGF1 (ENSABRG00000001766)
Duck	MODERN SPECIES	4281	FAM169A (ENSAPLG00000006999) #7	GCNT4 (ENSAPLG00000018100) #9	ENSAPLG00000006971 #10	HMGCR (ENSAPLG00000006209) #11	MED18 (ENSAPLG00000006194)	CERT1 (ENSAPLG00000005669) #12	POLK (ENSAPLG00000005033) #13	ANKDD1B (ENSAPLG00000004990) #14	ENSAPLG00000004910	ENSAPLG00000021753	SV2C (ENSAPLG00000004492) #16	F2RL2 (ENSAPLG00000004486) #17	IQGAP2 (ENSAPLG00000002992) #18	F2R (ENSAPLG00000001030) #19	F2RL1 (ENSAPLG00000028669) #20	S100Z (ENSAPLG00000002758) #22	CRHBP (ENSAPLG00000002564) #23	AGGF1 (ENSAPLG00000001528)	ENSAPLG00000027714	PDE8B (ENSAPLG00000007395)	WDR41 (ENSAPLG00000007656)	ENSAPLG00000027407	ENSAPLG00000023605	AP3B1 (ENSAPLG00000013675)	ENSAPLG00000016508	SCAMP1 (ENSAPLG00000030262)	LHFPL2 (ENSAPLG00000018490)	ARSB (ENSAPLG00000009330)	DMGDH (ENSAPLG00000008567)	ENSAPLG00000008403	JMY (ENSAPLG00000008348)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618.a #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01070000257240	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00960000190052
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618.a #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT01070000257240	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.a.a	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Chicken	MODERN SPECIES	131	NSA2 (ENSGALG00010010713)	FAM169A (ENSGALG00010010625) #7	GCNT4 (ENSGALG00010011128) #9	ENSGALG00010011059 #10	HMGCR (ENSGALG00010011029) #11	MED18 (ENSGALG00010010990)	CERT1 (ENSGALG00010010985) #12	POLK (ENSGALG00010010980) #13	ANKDD1B (ENSGALG00010010962) #14	ENSGALG00010010951	SV2C (ENSGALG00010011403) #16	ENSGALG00010011395	F2RL2 (ENSGALG00010010783) #17	IQGAP2 (ENSGALG00010010688) #18	F2RL1 (ENSGALG00010010599) #19	S100Z (ENSGALG00010011454) #22	CRHBP (ENSGALG00010011451) #23	AGGF1 (ENSGALG00010010457)	PDE8B (ENSGALG00010010275)	WDR41 (ENSGALG00010010254)	OTP (ENSGALG00010011364)	TBCA (ENSGALG00010012795)	AP3B1 (ENSGALG00010012751)	SCAMP1 (ENSGALG00010012667)	LHFPL2 (ENSGALG00010012614)	ARSB (ENSGALG00010013306)	DMGDH (ENSGALG00010012599)	ENSGALG00010012555	JMY (ENSGALG00010012535)	HOMER1 (ENSGALG00010012521)	ENSGALG00010012457
Turkey	MODERN SPECIES	1299	ENSMGAG00000021702	ENSMGAG00000001400	ENSMGAG00000022603	ENSMGAG00000022393 #10	ENSMGAG00000017664	ENSMGAG00000014911 #12	ENSMGAG00000004910	ENSMGAG00000017860 #13	ENSMGAG00000002014 #13	ENSMGAG00000022885 #12	SV2C (ENSMGAG00000004851) #16	F2RL2 (ENSMGAG00000016024) #17	IQGAP2 (ENSMGAG00000004823) #18	F2R (ENSMGAG00000020653) #19	F2RL1 (ENSMGAG00000016031) #20	S100Z (ENSMGAG00000020183) #22	CRHBP (ENSMGAG00000018504) #23	AGGF1 (ENSMGAG00000004796)	PDE8B (ENSMGAG00000004773)	WDR41 (ENSMGAG00000004765)	ENSMGAG00000019777	AP3B1 (ENSMGAG00000016635)	ENSMGAG00000018452	LHFPL2 (ENSMGAG00000004731)	ENSMGAG00000009256	ARSB (ENSMGAG00000018561)	HOMER1 (ENSMGAG00000020868)	TENT2 (ENSMGAG00000017305)	ENSMGAG00000018641	MTX3 (ENSMGAG00000008907)	ENSMGAG00000020927
Japanese quail	MODERN SPECIES	699	WDR70 (ENSCJPG00005007178)	GDNF (ENSCJPG00005007181)	EGFLAM (ENSCJPG00005007208)	LIFR (ENSCJPG00005007224)	ENSCJPG00005007226	RICTOR (ENSCJPG00005007227)	FYB1 (ENSCJPG00005007860)	ENSCJPG00005007870	ENSCJPG00005007873	PTGER4 (ENSCJPG00005007909)	TTC33 (ENSCJPG00005007920)	PRKAA1 (ENSCJPG00005007921)	RPL37 (ENSCJPG00005007923)	ENSCJPG00005007926	F2RL1 (ENSCJPG00005007928) #20	S100Z (ENSCJPG00005007930) #22	CRHBP (ENSCJPG00005007931) #23	AGGF1 (ENSCJPG00005007934)	PDE8B (ENSCJPG00005007937)	WDR41 (ENSCJPG00005007966)	OTP (ENSCJPG00005007969)	TBCA (ENSCJPG00005007972)	AP3B1 (ENSCJPG00005007978)	SCAMP1 (ENSCJPG00005007980)	LHFPL2 (ENSCJPG00005007982)	ARSB (ENSCJPG00005007983)	DMGDH (ENSCJPG00005007984)	ENSCJPG00005007985	JMY (ENSCJPG00005007986)	HOMER1 (ENSCJPG00005008006)	ENSCJPG00005008008
African ostrich	MODERN SPECIES	1070	HEXB (ENSSCUG00000018982)	GFM2 (ENSSCUG00000018983)	NSA2 (ENSSCUG00000018985)	FAM169A (ENSSCUG00000018986) #7	GCNT4 (ENSSCUG00000018988) #9	ENSSCUG00000018991 #10	HMGCR (ENSSCUG00000018992) #11	MED18 (ENSSCUG00000018993)	CERT1 (ENSSCUG00000018994) #12	POLK (ENSSCUG00000018995) #13	ENSSCUG00000018996	IQGAP2 (ENSSCUG00000012832) #18	F2RL2 (ENSSCUG00000012855) #17	F2R (ENSSCUG00000012856) #19	F2RL1 (ENSSCUG00000012858) #20	S100Z (ENSSCUG00000012861) #22	CRHBP (ENSSCUG00000012866) #23	AGGF1 (ENSSCUG00000012874)	PDE8B (ENSSCUG00000012877)	WDR41 (ENSSCUG00000012878)	TBCA (ENSSCUG00000012882)	ENSSCUG00000012883	AP3B1 (ENSSCUG00000012886)	SCAMP1 (ENSSCUG00000012902)	LHFPL2 (ENSSCUG00000012905)	ARSB (ENSSCUG00000012909)	DMGDH (ENSSCUG00000012911)	ENSSCUG00000012912	JMY (ENSSCUG00000012913)	HOMER1 (ENSSCUG00000012916)	ENSSCUG00000012918
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	29	ENSCPRG00005000598	HMGCR (ENSCPRG00005000561) #11	MED18 (ENSCPRG00005000551)	CERT1 (ENSCPRG00005000523) #12	POLK (ENSCPRG00005000468) #13	ANKDD1B (ENSCPRG00005000445) #14	ENSCPRG00005000427	ENSCPRG00005000416	ENSCPRG00005000401	SV2C (ENSCPRG00005000334) #16	ENSCPRG00005000328	F2RL2 (ENSCPRG00005000293) #17	IQGAP2 (ENSCPRG00005000163) #18	F2R (ENSCPRG00005000123) #19	F2RL1 (ENSCPRG00005000107) #20	S100Z (ENSCPRG00005017455) #22	CRHBP (ENSCPRG00005017451) #23	AGGF1 (ENSCPRG00005017448)	PDE8B (ENSCPRG00005017420)	WDR41 (ENSCPRG00005017397)	OTP (ENSCPRG00005017395)	TBCA (ENSCPRG00005017393)	AP3B1 (ENSCPRG00005017376)	SCAMP1 (ENSCPRG00005017372)	LHFPL2 (ENSCPRG00005017371)	ARSB (ENSCPRG00005017367)	DMGDH (ENSCPRG00005017362)	ENSCPRG00005017356	JMY (ENSCPRG00005017344)	HOMER1 (ENSCPRG00005017334)	TENT2 (ENSCPRG00005017326)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354.c	ENSGT00940000156640
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354.c	ENSGT00940000156640
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00990000214262	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354.c	ENSGT00940000156640
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	29	GCNT4 (ENSTMTG00000010834) #9	ENSTMTG00000010801 #10	HMGCR (ENSTMTG00000010742) #11	MED18 (ENSTMTG00000010732)	CERT1 (ENSTMTG00000010650) #12	POLK (ENSTMTG00000010623) #13	ANKDD1B (ENSTMTG00000010565) #14	ENSTMTG00000010543	ENSTMTG00000010519	SV2C (ENSTMTG00000010477) #16	ENSTMTG00000010456	F2RL2 (ENSTMTG00000010445) #17	IQGAP2 (ENSTMTG00000010288) #18	F2R (ENSTMTG00000010274) #19	F2RL1 (ENSTMTG00000010266) #20	S100Z (ENSTMTG00000010247) #22	CRHBP (ENSTMTG00000010221) #23	AGGF1 (ENSTMTG00000010202)	PDE8B (ENSTMTG00000010141)	WDR41 (ENSTMTG00000010122)	OTP (ENSTMTG00000019954)	TBCA (ENSTMTG00000019947)	AP3B1 (ENSTMTG00000019939)	SCAMP1 (ENSTMTG00000019932)	LHFPL2 (ENSTMTG00000019928)	ARSB (ENSTMTG00000019924)	DMGDH (ENSTMTG00000019910)	ENSTMTG00000019899	JMY (ENSTMTG00000019893)	HOMER1 (ENSTMTG00000019867)	ENSTMTG00000019855
painted turtle	MODERN SPECIES	695	FAM169A (ENSCPBG00000000858) #7	GCNT4 (ENSCPBG00000000877) #9	ENSCPBG00000000893 #10	HMGCR (ENSCPBG00000000934) #11	MED18 (ENSCPBG00000000959)	CERT1 (ENSCPBG00000000976) #12	POLK (ENSCPBG00000001045) #13	ANKDD1B (ENSCPBG00000001071) #14	ENSCPBG00000001139	SV2C (ENSCPBG00000001171) #16	ENSCPBG00000001231 #18	F2RL2 (ENSCPBG00000001709) #17	ENSCPBG00000001716 #18	F2R (ENSCPBG00000001721) #19	F2RL1 (ENSCPBG00000001729) #20	S100Z (ENSCPBG00000001741) #22	CRHBP (ENSCPBG00000001749) #23	AGGF1 (ENSCPBG00000001764)	PDE8B (ENSCPBG00000001910)	WDR41 (ENSCPBG00000004211)	OTP (ENSCPBG00000004217)	TBCA (ENSCPBG00000004229)	AP3B1 (ENSCPBG00000004265)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00390000003312	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354.c	ENSGT00940000156354.d
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	20	FAM169A (ENSGEVG00005002497) #7	GCNT4 (ENSGEVG00005002526) #9	ENSGEVG00005002534 #10	HMGCR (ENSGEVG00005002550) #11	MED18 (ENSGEVG00005002570)	CERT1 (ENSGEVG00005002596) #12	POLK (ENSGEVG00005002673) #13	ANKDD1B (ENSGEVG00005002744) #14	ENSGEVG00005002779	SV2C (ENSGEVG00005002796) #16	ENSGEVG00005002861	IQGAP2 (ENSGEVG00005004397) #18	F2RL2 (ENSGEVG00005017004) #17	F2R (ENSGEVG00005017019) #19	F2RL1 (ENSGEVG00005017035) #20	S100Z (ENSGEVG00005017053) #22	CRHBP (ENSGEVG00005017082) #23	AGGF1 (ENSGEVG00005017135)	PDE8B (ENSGEVG00005017191)	WDR41 (ENSGEVG00005017322)	OTP (ENSGEVG00005017397)	TBCA (ENSGEVG00005017424)	AP3B1 (ENSGEVG00005017453)	SCAMP1 (ENSGEVG00005017551)	LHFPL2 (ENSGEVG00005017571)	ARSB (ENSGEVG00005017597)	DMGDH (ENSGEVG00005017878)	ENSGEVG00005019199	JMY (ENSGEVG00005019239)	ENSGEVG00005019265	HOMER1 (ENSGEVG00005019288)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	25											SV2C (ENSCABG00000012314) #16	IQGAP2 (ENSCABG00000012321) #18	F2RL2 (ENSCABG00000012438) #17	F2R (ENSCABG00000012440) #19	F2RL1 (ENSCABG00000012443) #20	S100Z (ENSCABG00000012444) #22
Chinese turtle	MODERN SPECIES	769												ENSPSIG00000012702 #18	F2RL2 (ENSPSIG00000000934) #17	F2R (ENSPSIG00000013235) #19	F2RL1 (ENSPSIG00000000941) #20	S100Z (ENSPSIG00000013240) #22	CRHBP (ENSPSIG00000013255) #23	AGGF1 (ENSPSIG00000014397)	PDE8B (ENSPSIG00000014953)	WDR41 (ENSPSIG00000015621)	OTP (ENSPSIG00000015830)	TBCA (ENSPSIG00000015832)	AP3B1 (ENSPSIG00000015957)	SCAMP1 (ENSPSIG00000005353)	LHFPL2 (ENSPSIG00000006003)	ARSB (ENSPSIG00000006010)	ENSPSIG00000000958	DMGDH (ENSPSIG00000006338)	ENSPSIG00000006482	JMY (ENSPSIG00000007866)	HOMER1 (ENSPSIG00000008043)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00550000074890	ENSGT00390000018706	ENSGT00510000048902.a #7	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000170332	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00950000183076.b #18	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362 #23	ENSGT00730000111121	ENSGT01100000264050	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES		ENSLLEG00000020608	ENSLLEG00000020543 #19	ENSLLEG00000020439	ENSLLEG00000020343 #19	ENSLLEG00000020309 #19	ENSLLEG00000020275 #19	ENSLLEG00000020238	F2RL1 (ENSLLEG00000020148) #20	ENSLLEG00000020113	ENSLLEG00000019700	ENSLLEG00000019606	ENSLLEG00000019542	ENSLLEG00000019525	ENSLLEG00000019437	ENSLLEG00000019355	S100Z (ENSLLEG00000019309) #22	ENSLLEG00000019291	CRHBP (ENSLLEG00000019109) #23	AGGF1 (ENSLLEG00000018958)	ENSLLEG00000018871	ENSLLEG00000018821	ENSLLEG00000018804	PDE8B (ENSLLEG00000018182)	WDR41 (ENSLLEG00000018088)	OTP (ENSLLEG00000018020)	TBCA (ENSLLEG00000017966)	ENSLLEG00000017928	AP3B1 (ENSLLEG00000016817)	ENSLLEG00000016758	SCAMP1 (ENSLLEG00000016533)	ENSLLEG00000016488
Frog	MODERN SPECIES		homer1 (ENSXETG00000000519)	jmy (ENSXETG00000000520)	ENSXETG00000046595	bhmt (ENSXETG00000000523)	dmgdh (ENSXETG00000000527)	arsb (ENSXETG00000045303)	lhfpl2 (ENSXETG00000044028)	scamp1 (ENSXETG00000000547)	ap3b1 (ENSXETG00000030391)	tbca (ENSXETG00000016574)	otp (ENSXETG00000035719)	wdr41 (ENSXETG00000017074)	pde8b (ENSXETG00000017075)	aggf1 (ENSXETG00000017077)	ENSXETG00000047318	s100z (ENSXETG00000017078) #22	crhbp (ENSXETG00000017080) #23	ENSXETG00000043113	f2rl1 (ENSXETG00000001420) #20	ENSXETG00000042651	f2r (ENSXETG00000003338) #19	f2rl2 (ENSXETG00000003340) #17	iqgap2 (ENSXETG00000003339) #18	sv2c (ENSXETG00000030792) #16	poc5 (ENSXETG00000003349)	ankdd1b (ENSXETG00000032144) #14	polk (ENSXETG00000005087) #13	cert1 (ENSXETG00000005085) #12	hmgcr (ENSXETG00000005084) #11	ankrd31 (ENSXETG00000048346)	gcnt4 (ENSXETG00000005081) #9
Coelacanth	DUPLICATION
Coelacanth	MODERN SPECIES	3428																ENSLACG00000004252 #22	ENSLACG00000003745	SNX27 (ENSLACG00000002261)	ENSLACG00000001088
Coelacanth	MODERN SPECIES	354									SV2C (ENSLACG00000000841) #16	ENSLACG00000007149 ##18	F2RL2 (ENSLACG00000008066) #17	F2R (ENSLACG00000009553) #19	ENSLACG00000022384 #20	ENSLACG00000022473 #20	ENSLACG00000010563 #20	S100Z (ENSLACG00000011069) #22	CRHBP (ENSLACG00000011704) #23	AGGF1 (ENSLACG00000012448)	PDE8B (ENSLACG00000014400)	WDR41 (ENSLACG00000014972)	OTP (ENSLACG00000015564)	TBCA (ENSLACG00000015660)	AP3B1 (ENSLACG00000016462)	SCAMP1 (ENSLACG00000016971)	LHFPL2 (ENSLACG00000017142)	ARSB (ENSLACG00000017542)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.a.b.a ##18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Reedfish	MODERN SPECIES	15	ENSECRG00000016271	hmgcra (ENSECRG00000016297) #11	CERT1 (ENSECRG00000016356) #12	POLK (ENSECRG00000016538) #13	ANKDD1B (ENSECRG00000016596) #14	ENSECRG00000016654	ENSECRG00000016683	ENSECRG00000016694	sv2ca (ENSECRG00000016710) #16	iqgap2 (ENSECRG00000016760) ##18	F2RL2 (ENSECRG00000004843) #17	f2r2.1 (ENSECRG00000004853) #19	f2rl1.1 (ENSECRG00000004864) #20	ch25hl2 (ENSECRG00000004872)	ENSECRG00000004877	s100z (ENSECRG00000004884) #22	crhbp (ENSECRG00000004895) #23	aggf1 (ENSECRG00000004908)	PDE8B (ENSECRG00000004936)	wdr41 (ENSECRG00000004971)	otpa (ENSECRG00000004985)	tbca (ENSECRG00000004988)	AP3B1 (ENSECRG00000005004)	scamp1 (ENSECRG00000005024)	lhfpl2a (ENSECRG00000005036)	ARSB (ENSECRG00000005042)	DMGDH (ENSECRG00000005056)	bhmt (ENSECRG00000005095)	JMY (ENSECRG00000005242)	homer1b (ENSECRG00000005272)	tent2 (ENSECRG00000005304)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000159721 #9	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.a.b.a ##18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Spotted gar	MODERN SPECIES	658	hmgcra (ENSLOCG00000005433) #11	CERT1 (ENSLOCG00000005451) #12	POLK (ENSLOCG00000005477) #13	ANKDD1B (ENSLOCG00000005494) #14	ENSLOCG00000005510	sv2ca (ENSLOCG00000005520) #16	iqgap2 (ENSLOCG00000005540) ##18	F2RL2 (ENSLOCG00000017525) #17	F2R (ENSLOCG00000017526) #19	F2R (ENSLOCG00000017527) #19	F2R (ENSLOCG00000017528) #19	F2RL1 (ENSLOCG00000005575) #20	F2RL1 (ENSLOCG00000005593) #20	ch25hl2 (ENSLOCG00000017529)	ENSLOCG00000005613	s100z (ENSLOCG00000005654) #22	crhbp (ENSLOCG00000005670) #23	aggf1 (ENSLOCG00000005688)	PDE8B (ENSLOCG00000005705)	wdr41 (ENSLOCG00000005746)	otpa (ENSLOCG00000005761)	tbca (ENSLOCG00000005775)	AP3B1 (ENSLOCG00000005786)	scamp1 (ENSLOCG00000005808)	lhfpl2a (ENSLOCG00000005821)	ARSB (ENSLOCG00000005844)	DMGDH (ENSLOCG00000005858)	bhmt (ENSLOCG00000005877)	JMY (ENSLOCG00000005899)	homer1b (ENSLOCG00000005916)	tent2 (ENSLOCG00000005954)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162618 #10	ENSGT00940000154742.b	ENSGT00940000155305 #11	ENSGT00940000155123.b #12	ENSGT00940000156667 #13	ENSGT00940000154170.A #14	ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b #16	ENSGT00940000174521	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT00950000183076.a.b.a ##18	ENSGT01050000244840.A.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a	ENSGT00510000046704.b.a	ENSGT00940000156354	ENSGT00940000156640
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	160	ENSGT00940000165531.b.b	ENSGT00950000183197.b.a.b	ENSGT00670000099470	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00510000048902.a.f #7	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00510000047710	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00510000048902.a.f #7	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00980000198836	ENSGT00510000050587	ENSGT00940000156006	ENSGT00390000008457	ENSGT00940000155147	ENSGT00940000154399	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.i #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.j #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00510000050587.b	ENSGT00940000156006.n.b	ENSGT00390000008457.c	ENSGT00940000155147.i	ENSGT00940000154399.c	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b.c #12	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.a	ENSGT00950000182940.b.b.f.e #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.d #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.b #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.i #20	ENSGT00940000163793.A.a.g	ENSGT00940000161125.c #22	ENSGT00390000001362.b.h #23	ENSGT00730000111121.c	ENSGT00940000157817.f	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b.a	ENSGT00390000009710.a	ENSGT00940000157603.fb.a	ENSGT00940000157310.g.a	ENSGT00990000203589.b.b.h	ENSGT00940000158176.a	ENSGT00390000003122.a.a.a.f	ENSGT00510000046704.b.a.c.h	ENSGT00940000156354.p.a	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b.a.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000050587.b	ENSGT00940000156006.n.b	ENSGT00390000008457.c	ENSGT00940000155147.i	ENSGT00940000154399.c	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b.c #12	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.a	ENSGT00950000182940.b.b.f.e #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.d #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.b #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.i #20	ENSGT00940000163793.A.a.g	ENSGT00940000161125.c #22	ENSGT00390000001362.b.h #23	ENSGT00730000111121.c	ENSGT00940000157817.f	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b.a	ENSGT00390000009710.b	ENSGT00940000157603.fb.a	ENSGT00940000157310.g.a	ENSGT00990000203589.b.b.h	ENSGT00940000158176.a	ENSGT00390000003122.a.a.a.f	ENSGT00510000046704.b.a.c.h	ENSGT00940000156354.p.a	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b.a.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00980000198836.d	ENSGT00510000050587.b	ENSGT00940000156006.n.b	ENSGT00390000008457.c	ENSGT00940000155147.i	ENSGT00940000154399.c	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b.c #12	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.a	ENSGT00950000182940.b.b.f.e #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.d #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.b #20	ENSGT00940000163793.A.a.g	ENSGT00940000161125.c #22	ENSGT00390000001362.b.h #23	ENSGT00730000111121.c	ENSGT00940000157817.f	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b.a	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000157603.fb.a	ENSGT00940000157310.g.a	ENSGT00990000203589.b.b.h	ENSGT01100000263538.A.a.a.b.b.m	ENSGT00940000158176.a	ENSGT00390000003122.a.a.a.f	ENSGT00510000046704.b.a.c.h	ENSGT00940000156354.p.a	ENSGT00390000006867
River trout	MODERN SPECIES	15	rnf224 (ENSSTUG00000050523)	ENSSTUG00000050526	cdc26 (ENSSTUG00000050527)	slc31a1 (ENSSTUG00000050530)	atp6v1g1 (ENSSTUG00000050531)	hmgcrb (ENSSTUG00000035385) #11	CERT1 (ENSSTUG00000036109) #12	ENSSTUG00000038095	SV2C (ENSSTUG00000038115) #16	ENSSTUG00000038453	F2RL2 (ENSSTUG00000038460) #17	F2R (ENSSTUG00000038465) #19	f2rl1.1 (ENSSTUG00000038471) #20	f2rl1.1 (ENSSTUG00000038485) #20	ch25hl2 (ENSSTUG00000038497)	s100z (ENSSTUG00000038505) #22	crhbp (ENSSTUG00000038512) #23	aggf1 (ENSSTUG00000038521)	AP3B1 (ENSSTUG00000038574)	scamp1 (ENSSTUG00000039388)	lhfpl2a (ENSSTUG00000039418)	ENSSTUG00000039420	DMGDH (ENSSTUG00000039448)	bhmt (ENSSTUG00000040918)	JMY (ENSSTUG00000041093)	HOMER1 (ENSSTUG00000041264)	DTWD2 (ENSSTUG00000041448)	tia1 (ENSSTUG00000041520)	C2orf42 (ENSSTUG00000042757)	ZNF703 (ENSSTUG00000042816)	GFRA2 (ENSSTUG00000042863)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES		ENSSSAG00000077616	rnf224 (ENSSSAG00000077619)	prpf4 (ENSSSAG00000104108)	cdc26 (ENSSSAG00000095124)	slc31a1 (ENSSSAG00000077631)	hmdh (ENSSSAG00000077677) #11	ENSSSAG00000082186	ENSSSAG00000078315 #12	ENSSSAG00000078409	F2RL2 (ENSSSAG00000098455) #17	F2R (ENSSSAG00000077489) #19	f2rl1.1 (ENSSSAG00000078421) #20	f2rl1.1 (ENSSSAG00000078417) #20	f2rl1.1 (ENSSSAG00000084722) #20	ch25hl2 (ENSSSAG00000078425)	s100z (ENSSSAG00000120666) #22	crhbp (ENSSSAG00000078436) #23	aggf1 (ENSSSAG00000078440)	PDE8B (ENSSSAG00000077426)	wdr41 (ENSSSAG00000078906)	otp (ENSSSAG00000078916)	tbca (ENSSSAG00000078918)	ap3b1 (ENSSSAG00000078995)	scamp1 (ENSSSAG00000080106)	LHFPL2 (ENSSSAG00000115220)	ENSSSAG00000108005	DMGDH (ENSSSAG00000080134)	bhmt (ENSSSAG00000080258)	JMY (ENSSSAG00000080283)	HOMER1 (ENSSSAG00000076069)	dtwd2 (ENSSSAG00000080299)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01060000253486	ENSGT00940000156006.n.b	ENSGT00390000008457.c	ENSGT00940000155147.i	ENSGT00940000154399.c	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b.c #12	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.a	ENSGT00950000182940.b.b.f.e #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.d #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.b #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.i #20	ENSGT00940000163793.A.a.g	ENSGT00940000161125.c #22	ENSGT00390000001362.b.h #23	ENSGT00730000111121.c	ENSGT00940000157817.f	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b.a	ENSGT00390000009710.a.b	ENSGT00940000157603.fb.a	ENSGT00940000157310.g.a	ENSGT00990000203589.b.b.h	ENSGT00940000158176.a	ENSGT00390000003122.a.a.a.f	ENSGT00510000046704.b.a.c.h	ENSGT00940000156354.p.a.a	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b.a.a
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01060000253486	ENSGT00940000156006.n.b	ENSGT00390000008457.c	ENSGT00940000155147.i	ENSGT00940000154399.c	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b.c #12	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.a	ENSGT00950000182940.b.b.f.e #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.d #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.j #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.f.b #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.i #20	ENSGT00940000163793.A.a.g	ENSGT00940000161125.c #22	ENSGT00390000001362.b.h #23	ENSGT00730000111121.c	ENSGT00940000157817.f	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b.a	ENSGT00390000009710.a.b	ENSGT00940000157603.gb	ENSGT00940000157310.g.a	ENSGT00990000203589.b.b.h	ENSGT00940000158176.a	ENSGT00390000003122.a.a.a.f	ENSGT00510000046704.b.a.c.h	ENSGT00940000156354.p.a.a	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b.a.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	15	ENSOKIG00005017918	slc31a1 (ENSOKIG00005017953)	cdc26 (ENSOKIG00005017973)	atp6v1g1 (ENSOKIG00005017977)	hmgcrb (ENSOKIG00005018005) #11	CERT1 (ENSOKIG00005018187) #12	ENSOKIG00005018354	SV2C (ENSOKIG00005018365) #16	ENSOKIG00005018429	F2RL2 (ENSOKIG00005018438) #17	F2R (ENSOKIG00005018463) #19	f2rl1.1 (ENSOKIG00005018471) #20	f2rl1.1 (ENSOKIG00005018474) #20	f2rl1.2 (ENSOKIG00005018486) #20	ch25hl2 (ENSOKIG00005018528)	s100z (ENSOKIG00005018551) #22	crhbp (ENSOKIG00005018561) #23	aggf1 (ENSOKIG00005018578)	PDE8B (ENSOKIG00005018615)	wdr41 (ENSOKIG00005018890)	otpa (ENSOKIG00005018943)	tbca (ENSOKIG00005018976)	AP3B1 (ENSOKIG00005019349)	SCAMP1 (ENSOKIG00005026634)	lhfpl2a (ENSOKIG00005026687)	ENSOKIG00005026697	DMGDH (ENSOKIG00005026761)	bhmt (ENSOKIG00005027395)	JMY (ENSOKIG00005027562)	HOMER1 (ENSOKIG00005027685)	DTWD2 (ENSOKIG00005027772)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	12	ENSOTSG00005001969	prpf4 (ENSOTSG00005001967)	cdc26 (ENSOTSG00005001966)	slc31a1 (ENSOTSG00005001964)	atp6v1g1 (ENSOTSG00005001785)	hmgcrb (ENSOTSG00005036211) #11	CERT1 (ENSOTSG00005035862) #12	ENSOTSG00005035858	SV2C (ENSOTSG00005035394) #16	F2RL2 (ENSOTSG00005035390) #17	F2R (ENSOTSG00005035389) #19	f2rl1.1 (ENSOTSG00005035388) #20	f2rl1.1 (ENSOTSG00005035387) #20	f2rl1.2 (ENSOTSG00005035386) #20	ch25hl2 (ENSOTSG00005035385)	s100z (ENSOTSG00005035384) #22	crhbp (ENSOTSG00005035382) #23	aggf1 (ENSOTSG00005035381)	PDE8B (ENSOTSG00005035380)	wdr41 (ENSOTSG00005035379)	otpa (ENSOTSG00005035378)	tbca (ENSOTSG00005035356)	ENSOTSG00005035353	DMGDH (ENSOTSG00005033116)	bhmt (ENSOTSG00005032687)	JMY (ENSOTSG00005032667)	HOMER1 (ENSOTSG00005032662)	DTWD2 (ENSOTSG00005032660)	tia1 (ENSOTSG00005032437)	C2orf42 (ENSOTSG00005032435)	AP3B1 (ENSOTSG00005024796)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	26	cdc26 (ENSOMYG00000008014)	slc31a1 (ENSOMYG00000007997)	vatg1 (ENSOMYG00000007947)	hmgcrb (ENSOMYG00000006390) #11	ENSOMYG00000061878	ENSOMYG00000004355 #12	ENSOMYG00000003693	ENSOMYG00000067030	ENSOMYG00000049365	SV2C (ENSOMYG00000003632) #16	ENSOMYG00000054402	F2R (ENSOMYG00000068290) #19	f2rl1.1 (ENSOMYG00000076572) #20	f2rl1.1 (ENSOMYG00000003516) #20	ch25hl2 (ENSOMYG00000003453)	s100z (ENSOMYG00000003438) #22	crhbp (ENSOMYG00000003389) #23	aggf1 (ENSOMYG00000003353)	PDE8B (ENSOMYG00000003268)	wdr41 (ENSOMYG00000003184)	otpa (ENSOMYG00000003096)	tbca (ENSOMYG00000032310)	ENSOMYG00000070555	AP3B1 (ENSOMYG00000002708)	SCAMP1 (ENSOMYG00000001807)	ENSOMYG00000074845	LHFPL2 (ENSOMYG00000001799)	ENSOMYG00000001788	DMGDH (ENSOMYG00000001494)	bhmt (ENSOMYG00000001033)	JMY (ENSOMYG00000001010)
Huchen	MODERN SPECIES	356									ENSHHUG00000004886	F2RL2 (ENSHHUG00000004882) #17	F2R (ENSHHUG00000004876) #19	f2rl1.1 (ENSHHUG00000004874) #20	f2rl1.1 (ENSHHUG00000004873) #20	f2rl1.2 (ENSHHUG00000004795) #20	ch25hl2 (ENSHHUG00000004780)	s100z (ENSHHUG00000004773) #22	crhbp (ENSHHUG00000004761) #23	aggf1 (ENSHHUG00000004753)	PDE8B (ENSHHUG00000004183)	wdr41 (ENSHHUG00000004143)	otpa (ENSHHUG00000004114)	tbca (ENSHHUG00000004085)	AP3B1 (ENSHHUG00000003988)	scamp1 (ENSHHUG00000003948)	lhfpl2a (ENSHHUG00000003940)	bhmt (ENSHHUG00000003824)	DMGDH (ENSHHUG00000003757)	JMY (ENSHHUG00000003684)	HOMER1 (ENSHHUG00000003679)	ENSHHUG00000003673	DTWD2 (ENSHHUG00000003670)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	573	ENSGT00390000013484.h	ENSGT00510000050587.a	ENSGT00940000156006.n.a	ENSGT00390000008457.d	ENSGT00940000155147.j	ENSGT00940000154399.d	ENSGT00940000155123.b.b.d #12	ENSGT00950000183116.a.a.b	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182940.b.b.f.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.c #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.e #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.j #20	ENSGT00940000163793.A.a.h	ENSGT00940000161125.d #22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00980000198836.c	ENSGT00510000050587.a	ENSGT00940000156006.n.a	ENSGT00390000008457.d.a	ENSGT00940000155147.j	ENSGT00940000154399.d	ENSGT00940000155123.b.b.d #12	ENSGT00950000183116.a.a.b	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182940.b.b.f.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.c #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.e #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.j #20	ENSGT00940000163793.A.a.h	ENSGT00940000161125.d #22	ENSGT00390000001362.b.g #23	ENSGT00730000111121.d	ENSGT00940000157817.e	ENSGT00940000159952.a.b.b	ENSGT00390000009710.a	ENSGT00940000157603.fb.b	ENSGT00940000157310.g.b	ENSGT00990000204064.a.a.b	ENSGT00990000203589.b.b.g	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176.b	ENSGT00390000003122.a.a.a.e	ENSGT00510000046704.b.a.c.g	ENSGT00940000156354.p.b	ENSGT00940000154962.A.a.b.a.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00980000198836.c	ENSGT00510000050587.a	ENSGT00940000156006.n.a	ENSGT00390000008457.d.a	ENSGT00940000155147.j	ENSGT00940000154399.d	ENSGT00940000155123.b.b.d #12	ENSGT00950000183116.a.a.b	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182940.b.b.f.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.c #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.e #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.j #20	ENSGT00940000163793.A.a.h	ENSGT00940000161125.d #22	ENSGT00390000001362.b.g #23	ENSGT00730000111121.d	ENSGT00940000157817.e	ENSGT00940000159952.a.b.b	ENSGT00390000009710.b	ENSGT00390000009710.a	ENSGT00940000157603.fb.b	ENSGT00940000157310.g.b	ENSGT00990000204064.a.a.b	ENSGT00990000203589.b.b.g	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176.b	ENSGT00390000003122.a.a.a.e	ENSGT00510000046704.b.a.c.g	ENSGT00940000156354.p.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	2	pisd (ENSSSAG00000105002)	rnf224 (ENSSSAG00000089994)	prpf4 (ENSSSAG00000014066)	cdc26 (ENSSSAG00000087152)	ENSSSAG00000121570	slc31a1 (ENSSSAG00000097858)	VATG1 (ENSSSAG00000078764)	ENSSSAG00000078152 #12	ENSSSAG00000101380	ENSSSAG00000078276	SV2C (ENSSSAG00000077524) #16	F2RL2 (ENSSSAG00000077494) #17	F2R (ENSSSAG00000089851) #19	par2 (ENSSSAG00000077482) #20	ch25hl2 (ENSSSAG00000113693)	s100z (ENSSSAG00000112998) #22	crhbp (ENSSSAG00000077468) #23	aggf1 (ENSSSAG00000077434)	PDE8B (ENSSSAG00000078477)	ENSSSAG00000089049	otpa (ENSSSAG00000100514)	tbca (ENSSSAG00000077412)	ENSSSAG00000091845	AP3B1 (ENSSSAG00000076252)	ENSSSAG00000099787	SCAMP1 (ENSSSAG00000076200)	LHFPL2 (ENSSSAG00000076195)	arsb (ENSSSAG00000076193)	DMGDH (ENSSSAG00000076180)	bhmt (ENSSSAG00000076167)	ENSSSAG00000106565
River trout	MODERN SPECIES	3	ENSSTUG00000013135	rnf224 (ENSSTUG00000013121)	prpf4 (ENSSTUG00000012837)	cdc26 (ENSSTUG00000012816)	slc31a1 (ENSSTUG00000012802)	atp6v1g1 (ENSSTUG00000012790)	CERT1 (ENSSTUG00000010713) #12	ENSSTUG00000010643	ENSSTUG00000010636	SV2C (ENSSTUG00000010522) #16	F2RL2 (ENSSTUG00000010510) #17	F2R (ENSSTUG00000010507) #19	f2rl1.1 (ENSSTUG00000010502) #20	f2rl1.2 (ENSSTUG00000010495) #20	ch25hl2 (ENSSTUG00000010489)	s100z (ENSSTUG00000010478) #22	crhbp (ENSSTUG00000010464) #23	aggf1 (ENSSTUG00000010412)	PDE8B (ENSSTUG00000010269)	ENSSTUG00000010259	otpa (ENSSTUG00000010242)	tbca (ENSSTUG00000010231)	AP3B1 (ENSSTUG00000007196)	ENSSTUG00000007106	scamp1 (ENSSTUG00000007065)	lhfpl2a (ENSSTUG00000007040)	ARSB (ENSSTUG00000007026)	bhmt (ENSSTUG00000006978)	JMY (ENSSTUG00000006925)	HOMER1 (ENSSTUG00000006894)	tia1 (ENSSTUG00000006490)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000013484.h	ENSGT00980000198836.c	ENSGT00510000050587.a	ENSGT00940000156006.n.a	ENSGT00390000008457.d.a	ENSGT00940000155147.j	ENSGT00940000154399.d	ENSGT00940000155123.b.b.d #12	ENSGT00950000183116.a.a.b	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182940.b.b.f.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.c #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.j #20	ENSGT00940000163793.A.a.h	ENSGT00940000161125.d #22	ENSGT00390000001362.b.g #23	ENSGT00730000111121.d	ENSGT00940000157817.e	ENSGT00940000159952.a.b.b	ENSGT00390000009710.a.a	ENSGT00390000009710.b	ENSGT00940000157603.fb.b	ENSGT00940000157310.g.b	ENSGT00990000204064.a.a.b	ENSGT00990000203589.b.b.g	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176.b	ENSGT00390000003122.a.a.a.e	ENSGT00510000046704.b.a.c.g	ENSGT00940000156354.p.b
Rainbow trout	MODERN SPECIES	364	ENSOMYG00000032928	rnf224 (ENSOMYG00000032924)	prpf4 (ENSOMYG00000032829)	cdc26 (ENSOMYG00000075708)	slc31a1 (ENSOMYG00000032732)	atp6v1g1 (ENSOMYG00000032720)	ENSOMYG00000032608 #12	ENSOMYG00000056356	ENSOMYG00000032540	SV2C (ENSOMYG00000060958) #16	F2RL2 (ENSOMYG00000032523) #17	ENSOMYG00000062425	F2R (ENSOMYG00000003544) #19	f2rl1.2 (ENSOMYG00000032514) #20	ch25hl2 (ENSOMYG00000032508)	s100z (ENSOMYG00000032501) #22	crf-bp (ENSOMYG00000071371) #23	aggf1 (ENSOMYG00000032485)	PDE8B (ENSOMYG00000032379)	otpa (ENSOMYG00000032321)	tbca (ENSOMYG00000050741)	ENSOMYG00000060792	AP3B1 (ENSOMYG00000030926)	SCAMP1 (ENSOMYG00000023337)	ENSOMYG00000030518	LHFPL2 (ENSOMYG00000030501)	ARSB (ENSOMYG00000030463)	DMGDH (ENSOMYG00000030429)	ENSOMYG00000069246	bhmt (ENSOMYG00000030375)	JMY (ENSOMYG00000030347)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00520000055626.a.d	ENSGT00390000013484.h	ENSGT00980000198836.c	ENSGT00510000050587.a	ENSGT00940000156006.n.a	ENSGT00390000008457.d.a	ENSGT00940000155147.j	ENSGT00940000154399.d	ENSGT00940000155123.b.b.d #12	ENSGT01040000240385.A.b.b.a.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182940.b.b.f.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.c #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.i #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.j #20	ENSGT00940000163793.A.a.h	ENSGT00940000161125.d #22	ENSGT00390000001362.b.g #23	ENSGT00730000111121.d	ENSGT00940000157817.e	ENSGT00940000159952.a.b.b	ENSGT00390000009710.b	ENSGT00940000157603.fb.b	ENSGT00940000157310.g.b	ENSGT00990000204064.a.a.b	ENSGT00990000203589.b.b.g	ENSGT00940000158270	ENSGT00390000003122.a.a.a.e	ENSGT00510000046704.b.a.c.g	ENSGT00940000156354.p.b	ENSGT00940000154962.A.a.b.a.b	ENSGT00390000014618.b.c.d
Coho salmon	MODERN SPECIES	21	ENSOKIG00005048264	PISD (ENSOKIG00005048274)	ENSOKIG00005048284	rnf224 (ENSOKIG00005048285)	prpf4 (ENSOKIG00005048306)	cdc26 (ENSOKIG00005048436)	slc31a1 (ENSOKIG00005048447)	atp6v1g1 (ENSOKIG00005048457)	CERT1 (ENSOKIG00005048556) #12	ENSOKIG00005049142	SV2C (ENSOKIG00005049163) #16	F2RL2 (ENSOKIG00005049244) #17	F2R (ENSOKIG00005049246) #19	f2rl1.2 (ENSOKIG00005049249) #20	ch25hl2 (ENSOKIG00005049253)	s100z (ENSOKIG00005049257) #22	crhbp (ENSOKIG00005049260) #23	aggf1 (ENSOKIG00005049268)	PDE8B (ENSOKIG00005049318)	ENSOKIG00005049404	otpa (ENSOKIG00005049408)	tbca (ENSOKIG00005049413)	AP3B1 (ENSOKIG00005049495)	scamp1 (ENSOKIG00005049660)	ENSOKIG00005049665	LHFPL2 (ENSOKIG00005049668)	ENSOKIG00005049671	ARSB (ENSOKIG00005038211)	bhmt (ENSOKIG00005039211)	JMY (ENSOKIG00005039343)	HOMER1 (ENSOKIG00005039439)
Huchen	MODERN SPECIES	1611	prpf4 (ENSHHUG00000041542)	cdc26 (ENSHHUG00000041614)	slc31a1 (ENSHHUG00000041620)	atp6v1g1 (ENSHHUG00000041631)	ENSHHUG00000041646 ##12	CERT1 (ENSHHUG00000041649) #12	ENSHHUG00000041658 #12	ENSHHUG00000041664	ENSHHUG00000041670	SV2C (ENSHHUG00000041673) #16	F2RL2 (ENSHHUG00000041712) #17	F2R (ENSHHUG00000041713) #19	f2rl1.1 (ENSHHUG00000041720) #20	f2rl1.2 (ENSHHUG00000041732) #20	ch25hl2 (ENSHHUG00000041737)	s100z (ENSHHUG00000041742) #22
Northern pike	MODERN SPECIES	13	pisd (ENSELUG00000007552)	ENSELUG00000007530	rnf224 (ENSELUG00000007522)	cdc26 (ENSELUG00000007352)	prpf4 (ENSELUG00000007510)	atp6v1g1 (ENSELUG00000034652)	hmgcrb (ENSELUG00000007320) #11	CERT1 (ENSELUG00000007230) #12	SV2C (ENSELUG00000007129) #16	F2RL2 (ENSELUG00000007103) #17	f2rl1.1 (ENSELUG00000007001) #20	f2r2.1 (ENSELUG00000007082) #19	f2rl1.1 (ENSELUG00000006993) #20	f2rl1.2 (ENSELUG00000006989) #20	ch25hl2 (ENSELUG00000006977)	s100z (ENSELUG00000006972) #22	crhbp (ENSELUG00000006962) #23	aggf1 (ENSELUG00000000226)	PDE8B (ENSELUG00000006875)	wdr41 (ENSELUG00000006803)	otpa (ENSELUG00000006749)	tbca (ENSELUG00000006728)	AP3B1 (ENSELUG00000006692)	scamp1 (ENSELUG00000006644)	lhfpl2a (ENSELUG00000006588)	ARSB (ENSELUG00000006567)	bhmt (ENSELUG00000006487)	DMGDH (ENSELUG00000006530)	JMY (ENSELUG00000006465)	HOMER1 (ENSELUG00000006436)	DTWD2 (ENSELUG00000006394)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000159952.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p
Cod	DUPLICATION
Cod	MODERN SPECIES	2	ENSGMOG00000007897	s100t (ENSGMOG00000017367)	ENSGMOG00000031542	ENSGMOG00000029170	lenep (ENSGMOG00000025565)	ENSGMOG00000007874	flad1 (ENSGMOG00000007867)	ENSGMOG00000026658	ENSGMOG00000022656	ENSGMOG00000033271	efna1b (ENSGMOG00000019142)	slc50a1 (ENSGMOG00000019135)	ENSGMOG00000019117	ENSGMOG00000019110	ENSGMOG00000023656	ENSGMOG00000029217 #22	s100w (ENSGMOG00000032708)	ENSGMOG00000019093	ENSGMOG00000034031	ENSGMOG00000019076	adar (ENSGMOG00000019052)	ENSGMOG00000035529	ENSGMOG00000019033	rab13 (ENSGMOG00000035469)	ENSGMOG00000019001	fdps (ENSGMOG00000018991)	ENSGMOG00000031890	dap3 (ENSGMOG00000018965)	ENSGMOG00000018954	rnf115a (ENSGMOG00000018949)	polr3c (ENSGMOG00000018937)
Cod	MODERN SPECIES	17	ASS1 (ENSGMOG00000017022)	ENSGMOG00000016991	ENSGMOG00000016983	ENSGMOG00000014888	ENSGMOG00000014912 #11	ENSGMOG00000014970 ##12	ENSGMOG00000025813	SV2C (ENSGMOG00000023463) #16	f2r2.1 (ENSGMOG00000027262) #19	f2rl1.1 (ENSGMOG00000025867) #20	f2rl1.1 (ENSGMOG00000001234) #20	f2rl1.1 (ENSGMOG00000027511) #20	f2rl1.1 (ENSGMOG00000031845) #20	f2rl1.2 (ENSGMOG00000034124) #20	ch25hl2 (ENSGMOG00000019768)	s100z (ENSGMOG00000022360) #22	crhbp (ENSGMOG00000001248) #23	PDE8B (ENSGMOG00000008392)	wdr41 (ENSGMOG00000008396)	otpa (ENSGMOG00000033256)	tbca (ENSGMOG00000008399)	AP3B1 (ENSGMOG00000008400)	LHFPL2 (ENSGMOG00000025040)	ARSB (ENSGMOG00000008406)	DMGDH (ENSGMOG00000008408)	bhmt (ENSGMOG00000008411)	JMY (ENSGMOG00000034971)	HOMER1 (ENSGMOG00000008419)	ENSGMOG00000028315	ENSGMOG00000008423	ENSGMOG00000027352
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Zig-zag eel	DUPLICATION
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	7	lysmd1 (ENSMAMG00000012263)	scnm1 (ENSMAMG00000012279)	tmod4 (ENSMAMG00000012308)	mcl1b (ENSMAMG00000012338)	ensab (ENSMAMG00000027952)	hormad1 (ENSMAMG00000012350)	onecutl (ENSMAMG00000012369)	ctss2.1 (ENSMAMG00000025508)	ctsk (ENSMAMG00000012398)	lingo4b (ENSMAMG00000012677)	si:ch211-113g11.6 (ENSMAMG00000012682)	tlr18 (ENSMAMG00000012711)	s100a1 (ENSMAMG00000012730)	ENSMAMG00000012751	ENSMAMG00000013606	ENSMAMG00000028216 #22	ENSMAMG00000013620	ENSMAMG00000013638	ENSMAMG00000013678	ENSMAMG00000013688	ENSMAMG00000013737	ENSMAMG00000013779	ENSMAMG00000013847	ENSMAMG00000013872	ENSMAMG00000027429	ENSMAMG00000013899	ENSMAMG00000028220	ENSMAMG00000013913	ENSMAMG00000013978	ENSMAMG00000014000	ENSMAMG00000014035
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	3	ENSMAMG00000004760	ENSMAMG00000004661	ENSMAMG00000004609	ENSMAMG00000004557	mzt2b (ENSMAMG00000004537)	ENSMAMG00000004519	GCNT4 (ENSMAMG00000004514) #9	ENSMAMG00000004461 #11	CERT1 (ENSMAMG00000004370) #12	SV2C (ENSMAMG00000004324) #16	F2RL2 (ENSMAMG00000004316) #17	f2r2.1 (ENSMAMG00000027882) #19	f2rl1.1 (ENSMAMG00000004308) #20	f2rl1.2 (ENSMAMG00000004294) #20	ch25hl2 (ENSMAMG00000004284)	s100z (ENSMAMG00000004265) #22	crhbp (ENSMAMG00000004254) #23	PDE8B (ENSMAMG00000004204)	wdr41 (ENSMAMG00000004169)	otpa (ENSMAMG00000004156)	tbca (ENSMAMG00000004128)	AP3B1 (ENSMAMG00000004074)	SCAMP1 (ENSMAMG00000004014)	LHFPL2 (ENSMAMG00000003982)	ARSB (ENSMAMG00000003940)	DMGDH (ENSMAMG00000003893)	bhmt (ENSMAMG00000003856)	JMY (ENSMAMG00000003843)	HOMER1 (ENSMAMG00000024864)	ENSMAMG00000003747	ENSMAMG00000003680
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	3	GCNT4 (ENSBSLG00000009653) #9	GCNT4 (ENSBSLG00000009651) #9	GCNT4 (ENSBSLG00000009647) #9	GCNT4 (ENSBSLG00000009643) #9	ENSBSLG00000009637 #9	GCNT4 (ENSBSLG00000009603) #9	GCNT4 (ENSBSLG00000009600) #9	GCNT4 (ENSBSLG00000009596) #9	hmgcrb (ENSBSLG00000009538) #11	CERT1 (ENSBSLG00000008877) #12	SV2C (ENSBSLG00000008749) #16	f2r2.1 (ENSBSLG00000008727) #19	f2rl1.1 (ENSBSLG00000008723) #20	f2rl1.2 (ENSBSLG00000008716) #20	ch25hl2 (ENSBSLG00000008714)	s100z (ENSBSLG00000008710) #22	crhbp (ENSBSLG00000008673) #23	PDE8B (ENSBSLG00000007946)	wdr41 (ENSBSLG00000007776)	otpa (ENSBSLG00000007751)	tbca (ENSBSLG00000007725)	AP3B1 (ENSBSLG00000006839)	scamp1 (ENSBSLG00000006367)	lhfpl2a (ENSBSLG00000005975)	DMGDH (ENSBSLG00000005714)	bhmt (ENSBSLG00000005481)	JMY (ENSBSLG00000005382)	ENSBSLG00000005349	HOMER1 (ENSBSLG00000005153)	DTWD2 (ENSBSLG00000005111)	tia1 (ENSBSLG00000004847)
Climbing perch	MODERN SPECIES	3	ENSATEG00000007557	ENSATEG00000007567	ENSATEG00000007627	mzt2b (ENSATEG00000007666)	ENSATEG00000007676	GCNT4 (ENSATEG00000007693) #9	GCNT4 (ENSATEG00000007703) #9	ENSATEG00000007723 #11	CERT1 (ENSATEG00000007810) #12	SV2C (ENSATEG00000007944) #16	F2RL2 (ENSATEG00000007994) #17	f2r2.1 (ENSATEG00000029426) #19	f2rl1.1 (ENSATEG00000026082) #20	f2rl1.2 (ENSATEG00000008020) #20	ch25hl2 (ENSATEG00000008028)	s100z (ENSATEG00000008043) #22	crhbp (ENSATEG00000008060) #23	PDE8B (ENSATEG00000008314)	wdr41 (ENSATEG00000008464)	otpa (ENSATEG00000008473)	tbca (ENSATEG00000008490)	AP3B1 (ENSATEG00000008505)	SCAMP1 (ENSATEG00000008541)	LHFPL2 (ENSATEG00000008588)	ARSB (ENSATEG00000008598)	DMGDH (ENSATEG00000008607)	bhmt (ENSATEG00000008673)	JMY (ENSATEG00000008706)	HOMER1 (ENSATEG00000008778)	ENSATEG00000008828	ENSATEG00000008865
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00950000182888.a.a.a.e	ENSGT00390000018706
Turbot	MODERN SPECIES	16	ENSSMAG00000009966	ENSSMAG00000010093	ENSSMAG00000010108	ENSSMAG00000010139	mzt2b (ENSSMAG00000010171)	ENSSMAG00000035108	hmgcrb (ENSSMAG00000010211) #11	GCNT4 (ENSSMAG00000010203) #9	ENSSMAG00000010255 #12	SV2C (ENSSMAG00000010339) #16	F2RL2 (ENSSMAG00000024561) #17	f2r2.1 (ENSSMAG00000030722) #19	f2rl1.1 (ENSSMAG00000010383) #20	f2rl1.2 (ENSSMAG00000027655) #20	ch25hl2 (ENSSMAG00000010398)	s100z (ENSSMAG00000024918) #22	crhbp (ENSSMAG00000010424) #23	PDE8B (ENSSMAG00000010435)	wdr41 (ENSSMAG00000010452)	otpa (ENSSMAG00000026303)	tbca (ENSSMAG00000010486)	AP3B1 (ENSSMAG00000010503)	SCAMP1 (ENSSMAG00000010527)	ENSSMAG00000026772	LHFPL2 (ENSSMAG00000010559)	ARSB (ENSSMAG00000010569)	DMGDH (ENSSMAG00000010584)	bhmt (ENSSMAG00000010622)	JMY (ENSSMAG00000010657)	HOMER1 (ENSSMAG00000010667)	ENSSMAG00000010704
Tongue sole	MODERN SPECIES	5	ADAMTS6 (ENSCSEG00000011127)	cwc27 (ENSCSEG00000011251)	ppwd1 (ENSCSEG00000011265)	trim23 (ENSCSEG00000011286)	mzt2b (ENSCSEG00000011312)	lhx5 (ENSCSEG00000011321)	GCNT4 (ENSCSEG00000011334) #9	hmgcrb (ENSCSEG00000011342) #11	CERT1 (ENSCSEG00000011385) #12	SV2C (ENSCSEG00000011413) #16	F2RL2 (ENSCSEG00000011425) #17	f2r2.1 (ENSCSEG00000011427) #19	f2rl1.1 (ENSCSEG00000011434) #20	f2rl1.2 (ENSCSEG00000011438) #20	ch25hl2 (ENSCSEG00000011443)	s100z (ENSCSEG00000011450) #22	slc27a6 (ENSCSEG00000011454) #30	ENSCSEG00000011463	SEZ6L (ENSCSEG00000011474)	ENSCSEG00000011496	grk3 (ENSCSEG00000011551)	cryba4 (ENSCSEG00000011585)	crybb1 (ENSCSEG00000011597)	acads (ENSCSEG00000011604)	ENSCSEG00000011625	ENSCSEG00000011631	ENSCSEG00000011639	ENSCSEG00000011660	PURB (ENSCSEG00000011673)	ENSCSEG00000011676	ENSCSEG00000011684
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603.n	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603.n	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00390000012762
Greater amberjack	MODERN SPECIES	297												f2r2.1 (ENSSDUG00000023504) #19	f2rl1.1 (ENSSDUG00000023505) #20	f2rl1.2 (ENSSDUG00000023507) #20	ch25hl2 (ENSSDUG00000023510)	s100z (ENSSDUG00000023512) #22	crhbp (ENSSDUG00000023513) #23	PDE8B (ENSSDUG00000023518)
Yellowtail amberjack	DUPLICATION
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3102	ENSSLDG00000013056 ##25	sema6e (ENSSLDG00000013092)	tnfaip8l2b (ENSSLDG00000013178)	lysmd1 (ENSSLDG00000013182)	scnm1 (ENSSLDG00000013191)	tmod4 (ENSSLDG00000013202)	mcl1b (ENSSLDG00000013220)	ensab (ENSSLDG00000013229)	ENSSLDG00000013237	onecutl (ENSSLDG00000013250)	ctss2.1 (ENSSLDG00000013260)	ctsk (ENSSLDG00000013277)	lingo4b (ENSSLDG00000013296)	si:ch211-113g11.6 (ENSSLDG00000013322)	tlr18 (ENSSLDG00000013390)	ENSSLDG00000013402 #22	ENSSLDG00000013424	prdm1a (ENSSLDG00000013463)	atg5 (ENSSLDG00000013590)	dctn3 (ENSSLDG00000013614)	ENSSLDG00000013633	nt5c3a (ENSSLDG00000013648)	BBS9 (ENSSLDG00000013678)	bmper (ENSSLDG00000013736)	eaf1 (ENSSLDG00000013768)	mettl6 (ENSSLDG00000013783)	ENSSLDG00000013796	sh3bp5b (ENSSLDG00000013807)
Yellowtail amberjack	DUPLICATION
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3042	ADAMTS6 (ENSSLDG00000013672)	cwc27 (ENSSLDG00000013750)	ppwd1 (ENSSLDG00000013794)	trim23 (ENSSLDG00000013815)	mzt2b (ENSSLDG00000013865)	lhx5 (ENSSLDG00000013882)	GCNT4 (ENSSLDG00000013894) #9	hmgcrb (ENSSLDG00000013913) #11	CERT1 (ENSSLDG00000013970) #12	SV2C (ENSSLDG00000014039) #16	F2RL2 (ENSSLDG00000014063) #17	f2r2.1 (ENSSLDG00000014072) #19	f2rl1.1 (ENSSLDG00000014079) #20	f2rl1.2 (ENSSLDG00000014088) #20	ch25hl2 (ENSSLDG00000014097)	s100z (ENSSLDG00000014112) #22	crhbp (ENSSLDG00000014122) #23	PDE8B (ENSSLDG00000014147)	wdr41 (ENSSLDG00000014187)	otpa (ENSSLDG00000014245)	tbca (ENSSLDG00000014269)	AP3B1 (ENSSLDG00000014297)	scamp1 (ENSSLDG00000014368)	lhfpl2a (ENSSLDG00000014391)	ARSB (ENSSLDG00000014410)	DMGDH (ENSSLDG00000014440)	bhmt (ENSSLDG00000014491)	JMY (ENSSLDG00000014512)	HOMER1 (ENSSLDG00000014538)	TNPO1 (ENSSLDG00000014578)	fcho2 (ENSSLDG00000014677)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	625																s100z (ENSSLDG00000005468) #22
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	6	sema6e (ENSLCAG00010004632)	ENSLCAG00010004631	tnfaip8l2b (ENSLCAG00010004628)	lysmd1 (ENSLCAG00010004624)	scnm1 (ENSLCAG00010004622)	tmod4 (ENSLCAG00010004620)	mcl1b (ENSLCAG00010004617)	ensab (ENSLCAG00010004613)	hormad1 (ENSLCAG00010004609)	onecutl (ENSLCAG00010004605)	ctss2.1 (ENSLCAG00010004540)	ctsk (ENSLCAG00010004516)	lingo4b (ENSLCAG00010004514)	si:ch211-113g11.6 (ENSLCAG00010004510)	tlr18 (ENSLCAG00010004507)	ENSLCAG00010004506 #22	prdm1a (ENSLCAG00010004496)	atg5 (ENSLCAG00010004479)	dctn3 (ENSLCAG00010004469)	ENSLCAG00010004466	nt5c3a (ENSLCAG00010004454)	ENSLCAG00010004447
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1348															tlr18 (ENSLCAG00010005308)	ENSLCAG00010005303 #22
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	552															ch25hl2 (ENSLCAG00010010813)	s100z (ENSLCAG00010010810) #22	crhbp (ENSLCAG00010010809) #23	PDE8B (ENSLCAG00010010752)	ENSLCAG00010010726	otpa (ENSLCAG00010010724)	tbca (ENSLCAG00010010721)	AP3B1 (ENSLCAG00010010665)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1250														f2rl1.2 (ENSLCAG00010002543) #20	ch25hl2 (ENSLCAG00010002538)	s100z (ENSLCAG00010002535) #22
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.a.g #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Fugu	MODERN SPECIES	18	plac8 (ENSTRUG00000027976)	ADAMTS6 (ENSTRUG00000018410)	cwc27 (ENSTRUG00000018406)	ppwd1 (ENSTRUG00000018397)	trim23 (ENSTRUG00000018393)	mzt2b (ENSTRUG00000020389)	lhx5 (ENSTRUG00000018387)	GCNT4 (ENSTRUG00000018386) #9	hmgcrb (ENSTRUG00000018375) #11	CERT1 (ENSTRUG00000018369) #12	F2RL2 (ENSTRUG00000027056) #17	SV2C (ENSTRUG00000018362) #16	f2rl1.1 (ENSTRUG00000018352) #20	f2rl1.2 (ENSTRUG00000025409) #20	ch25hl2 (ENSTRUG00000018350)	s100z (ENSTRUG00000029087) #22	crhbp (ENSTRUG00000018344) #23	PDE8B (ENSTRUG00000018324)	wdr41 (ENSTRUG00000018319)	otpa (ENSTRUG00000018317)	tbca (ENSTRUG00000018312)	AP3B1 (ENSTRUG00000018286)	scamp1 (ENSTRUG00000018272)	lhfpl2a (ENSTRUG00000022518)	ENSTRUG00000026160	ARSB (ENSTRUG00000003412)	DMGDH (ENSTRUG00000003979)	bhmt (ENSTRUG00000004203)	JMY (ENSTRUG00000027651)	HOMER1 (ENSTRUG00000004898)	DTWD2 (ENSTRUG00000005327)
Tetraodon	MODERN SPECIES	19	cops4 (ENSTNIG00000013495)	plac8.1 (ENSTNIG00000013494)	ADAMTS6 (ENSTNIG00000013493)	cwc27 (ENSTNIG00000013492)	ppwd1 (ENSTNIG00000013491)	trim23 (ENSTNIG00000013490)	lhx5 (ENSTNIG00000013489)	GCNT4 (ENSTNIG00000013488) #9	hmgcrb (ENSTNIG00000013487) #11	CERT1 (ENSTNIG00000013486) #12	SV2C (ENSTNIG00000013485) #16	F2RL2 (ENSTNIG00000013484) #17	ENSTNIG00000000913 #20	f2rl1.2 (ENSTNIG00000013483) #20	ch25hl2 (ENSTNIG00000013482)	s100z (ENSTNIG00000013481) #22	crhbp (ENSTNIG00000013480) #23	PDE8B (ENSTNIG00000013479)	wdr41 (ENSTNIG00000013478)	otpa (ENSTNIG00000013477)	tbca (ENSTNIG00000000561)	AP3B1 (ENSTNIG00000013476)	scamp1 (ENSTNIG00000013475)	lhfpl2a (ENSTNIG00000013474)	JMY (ENSTNIG00000013473)	ENSTNIG00000013472	DTWD2 (ENSTNIG00000013471)	tia1 (ENSTNIG00000013470)	C2orf42 (ENSTNIG00000013469)	ZNF703 (ENSTNIG00000013468)	ENSTNIG00000013467
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	528									SV2C (ENSLBEG00000027198) #16	F2RL2 (ENSLBEG00000027190) #17	F2R (ENSLBEG00000027145) #19	F2R (ENSLBEG00000027117) #19	f2rl1.1 (ENSLBEG00000027106) #20	f2rl1.2 (ENSLBEG00000027102) #20	ch25hl2 (ENSLBEG00000027095)	s100z (ENSLBEG00000027087) #22	crhbp (ENSLBEG00000027080) #23	PDE8B (ENSLBEG00000027056)	wdr41 (ENSLBEG00000027031)	otpa (ENSLBEG00000027017)	ENSLBEG00000026976	tbca (ENSLBEG00000026946)	AP3B1 (ENSLBEG00000026927)	ENSLBEG00000026912
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Eupecaria_C	DUPLICATION
Eupecaria_C	DUPLICATION
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161125.m.a #22
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	8	scnm1 (ENSSAUG00010011073)	tmod4 (ENSSAUG00010011076)	mcl1b (ENSSAUG00010011087)	ensab (ENSSAUG00010011089)	hormad1 (ENSSAUG00010011090)	onecutl (ENSSAUG00010011092)	CTSS (ENSSAUG00010011098)	ENSSAUG00010011115	CTSS (ENSSAUG00010011128)	CTSS (ENSSAUG00010011147)	CTSS (ENSSAUG00010011632)	ctsk (ENSSAUG00010011634)	lingo4b (ENSSAUG00010011635)	si:ch211-113g11.6 (ENSSAUG00010011636)	tlr18 (ENSSAUG00010011637)	ENSSAUG00010011638 #22	ENSSAUG00010011639	prdm1a (ENSSAUG00010011640)	atg5 (ENSSAUG00010011642)	dctn3 (ENSSAUG00010011644)	nt5c3a (ENSSAUG00010011646)	BBS9 (ENSSAUG00010011679)	bmper (ENSSAUG00010011694)	eaf1 (ENSSAUG00010012946)	mettl6 (ENSSAUG00010012958)	ENSSAUG00010013013	sh3bp5b (ENSSAUG00010013015)	capn7 (ENSSAUG00010013017)	ENSSAUG00010013022	ENSSAUG00010013023	ENSSAUG00010013025
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161125.m.b #22
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	8	ENSSAUG00010011335	plekhf2 (ENSSAUG00010011332)	wdr73 (ENSSAUG00010011327)	ENSSAUG00010011318	zgc:113232 (ENSSAUG00010011311)	ENSSAUG00010011308	ENSSAUG00010011300	ENSSAUG00010011297	ENSSAUG00010011294	ENSSAUG00010011286	ENSSAUG00010011283	ENSSAUG00010011282	ENSSAUG00010011279	ENSSAUG00010011271	ENSSAUG00010014366	ENSSAUG00010014362 #22	mettl25b (ENSSAUG00010014356)	isg20l2 (ENSSAUG00010014349)	hapln2 (ENSSAUG00010014346)	bcan (ENSSAUG00010014339)	rhbg (ENSSAUG00010013071)	mef2d (ENSSAUG00010013044)	ENSSAUG00010013038	ENSSAUG00010013035	ENSSAUG00010013033	ENSSAUG00010013030	ENSSAUG00010013027	ENSSAUG00010013025	ENSSAUG00010013023	ENSSAUG00010013022	capn7 (ENSSAUG00010013017)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000161125.m.b #22
European seabass	MODERN SPECIES	6	ENSDLAG00005031443	ENSDLAG00005027934	ENSDLAG00005004254	ENSDLAG00005032427	ENSDLAG00005030182	ENSDLAG00005004379	ENSDLAG00005029446	ENSDLAG00005004561	ENSDLAG00005027674	ENSDLAG00005032713	ENSDLAG00005032668	ENSDLAG00005015655	ENSDLAG00005003502	ENSDLAG00005034285	ENSDLAG00005015704	ENSDLAG00005034433 #22	ENSDLAG00005028160	mettl25b (ENSDLAG00005015730)	bcan (ENSDLAG00005015750)	hapln2 (ENSDLAG00005015797)	rhbg (ENSDLAG00005015829)	mef2d (ENSDLAG00005031315)	ENSDLAG00005016246	ENSDLAG00005033477	ENSDLAG00005005534	CAPN7 (ENSDLAG00005034519)	ENSDLAG00005019247 ##16	SH3BP5 (ENSDLAG00005028810)	ENSDLAG00005027193	ENSDLAG00005016416	METTL6 (ENSDLAG00005016450)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125.n #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125.n #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
European seabass	MODERN SPECIES	9	plac8.1 (ENSDLAG00005020949)	ENSDLAG00005020960	ENSDLAG00005021155	ENSDLAG00005021185	ENSDLAG00005013686	mzt2b (ENSDLAG00005031291)	ENSDLAG00005028991	GCNT4 (ENSDLAG00005027499) #9	hmgcrb (ENSDLAG00005021232) #11	CERT1 (ENSDLAG00005021764) #12	SV2C (ENSDLAG00005022048) #16	F2RL2 (ENSDLAG00005022059) #17	f2r2.1 (ENSDLAG00005022061) #19	f2rl1.2 (ENSDLAG00005022063) #20	ch25hl2 (ENSDLAG00005022068)	s100z (ENSDLAG00005022069) #22	crhbp (ENSDLAG00005022074) #23	PDE8B (ENSDLAG00005022099)	wdr41 (ENSDLAG00005022564)	otpa (ENSDLAG00005022587)	AP3B1 (ENSDLAG00005022652)	SCAMP1 (ENSDLAG00005034904)	LHFPL2 (ENSDLAG00005023771)	ARSB (ENSDLAG00005023776)	DMGDH (ENSDLAG00005000598)	bhmt (ENSDLAG00005000880)	JMY (ENSDLAG00005000911)	HOMER1 (ENSDLAG00005029240)	ENSDLAG00005030106	ENSDLAG00005000940	ENSDLAG00005030934
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	4	CNNM3 (ENSLCRG00005007677)	ENSLCRG00005007680	PURB (ENSLCRG00005007682)	ved (ENSLCRG00005007685)	polm (ENSLCRG00005007689)	mzt2b (ENSLCRG00005007793)	lhx5 (ENSLCRG00005007797)	GCNT4 (ENSLCRG00005007802) #9	hmgcrb (ENSLCRG00005007812) #11	CERT1 (ENSLCRG00005008123) #12	SV2C (ENSLCRG00005010695) #16	F2RL2 (ENSLCRG00005010753) #17	f2r2.1 (ENSLCRG00005010755) #19	f2rl1.1 (ENSLCRG00005010756) #20	f2rl1.2 (ENSLCRG00005010757) #20	s100z (ENSLCRG00005010758) #22	ch25hl2 (ENSLCRG00005010760)	crhbp (ENSLCRG00005010764) #23	PDE8B (ENSLCRG00005010781)	wdr41 (ENSLCRG00005010827)	otpa (ENSLCRG00005010920)	tbca (ENSLCRG00005010923)	AP3B1 (ENSLCRG00005010933)	scamp1 (ENSLCRG00005011792)	lhfpl2a (ENSLCRG00005011798)	ARSB (ENSLCRG00005011801)	bhmt (ENSLCRG00005011814)	DMGDH (ENSLCRG00005011869)	JMY (ENSLCRG00005013114)	HOMER1 (ENSLCRG00005013125)	ENSLCRG00005013202
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	3	CERT1 (ENSSAUG00010002220) #12	ENSSAUG00010005153	SV2C (ENSSAUG00010005160) #16	F2RL2 (ENSSAUG00010005726) #17	F2R (ENSSAUG00010005729) #19	F2R (ENSSAUG00010005731) #19	F2R (ENSSAUG00010005733) #19	F2R (ENSSAUG00010005734) #19	F2R (ENSSAUG00010005737) #19	F2R (ENSSAUG00010005740) #19	f2rl1.1 (ENSSAUG00010005743) #20	ENSSAUG00010005745	f2rl1.2 (ENSSAUG00010005746) #20	PDE8B (ENSSAUG00010005798)	ch25hl2 (ENSSAUG00010008783)	s100z (ENSSAUG00010008785) #22	crhbp (ENSSAUG00010008786) #23	ENSSAUG00010008788	ENSSAUG00010008789	wdr41 (ENSSAUG00010008792)	otpa (ENSSAUG00010009047)	tbca (ENSSAUG00010009050)	ENSSAUG00010009054	AP3B1 (ENSSAUG00010009064)	scamp1 (ENSSAUG00010009142)	lhfpl2a (ENSSAUG00010009145)	ARSB (ENSSAUG00010009148)	DMGDH (ENSSAUG00010009189)	bhmt (ENSSAUG00010011150)	ENSSAUG00010011175	ENSSAUG00010011179
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.a.g #20	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Stickleback	MODERN SPECIES	13	cops4 (ENSGACG00000015697)	plac8.1 (ENSGACG00000015705)	ADAMTS6 (ENSGACG00000015707)	cwc27 (ENSGACG00000015712)	ppwd1 (ENSGACG00000015717)	trim23 (ENSGACG00000015730)	mzt2b (ENSGACG00000015736)	GCNT4 (ENSGACG00000015737) #9	hmgcrb (ENSGACG00000015741) #11	CERT1 (ENSGACG00000015744) #12	SV2C (ENSGACG00000015751) #16	F2RL2 (ENSGACG00000015753) #17	ENSGACG00000015755 #20	f2rl1.2 (ENSGACG00000015756) #20	ch25hl2 (ENSGACG00000015757)	s100z (ENSGACG00000015758) #22	crhbp (ENSGACG00000015759) #23	PDE8B (ENSGACG00000015761)	wdr41 (ENSGACG00000015762)	otpa (ENSGACG00000015770)	tbca (ENSGACG00000015771)	AP3B1 (ENSGACG00000015772)	ARSB (ENSGACG00000015775)	DMGDH (ENSGACG00000015777)	bhmt (ENSGACG00000015778)	JMY (ENSGACG00000015780)	HOMER1 (ENSGACG00000015784)	ENSGACG00000015792	DTWD2 (ENSGACG00000015793)	tia1 (ENSGACG00000015800)	C2orf42 (ENSGACG00000015801)
Lumpfish	MODERN SPECIES	3	plac8.1 (ENSCLMG00005018495)	ADAMTS6 (ENSCLMG00005018496)	cwc27 (ENSCLMG00005018500)	ppwd1 (ENSCLMG00005018502)	trim23 (ENSCLMG00005018578)	mzt2b (ENSCLMG00005018711)	lhx5 (ENSCLMG00005018712)	GCNT4 (ENSCLMG00005018715) #9	hmgcrb (ENSCLMG00005018721) #11	CERT1 (ENSCLMG00005018833) #12	SV2C (ENSCLMG00005019494) #16	f2r2.1 (ENSCLMG00005019506) #19	f2rl1.1 (ENSCLMG00005019507) #20	f2rl1.2 (ENSCLMG00005019508) #20	ch25hl2 (ENSCLMG00005019509)	s100z (ENSCLMG00005019510) #22	crhbp (ENSCLMG00005004294) #23	PDE8B (ENSCLMG00005004331)	wdr41 (ENSCLMG00005004503)	otpa (ENSCLMG00005004607)	tbca (ENSCLMG00005004813)	AP3B1 (ENSCLMG00005004891)	scamp1 (ENSCLMG00005010083)	lhfpl2a (ENSCLMG00005010085)	ARSB (ENSCLMG00005010086)	DMGDH (ENSCLMG00005010089)	bhmt (ENSCLMG00005010092)	JMY (ENSCLMG00005010111)	HOMER1 (ENSCLMG00005010119)	ENSCLMG00005010565	tia1 (ENSCLMG00005010569)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Pike perch	MODERN SPECIES	33	ppwd1 (ENSSLUG00000016134)	trim23 (ENSSLUG00000015714)	mzt2b (ENSSLUG00000015678)	lhx5 (ENSSLUG00000015671)	GCNT4 (ENSSLUG00000015667) #9	hmgcrb (ENSSLUG00000014926) #11	CERT1 (ENSSLUG00000012625) #12	SV2C (ENSSLUG00000012183) #16	F2RL2 (ENSSLUG00000012168) #17	f2r2.1 (ENSSLUG00000012165) #19	f2rl1.1 (ENSSLUG00000012162) #20	f2rl1.1 (ENSSLUG00000012156) #20	f2rl1.1 (ENSSLUG00000012154) #20	f2rl1.2 (ENSSLUG00000012151) #20	ch25hl2 (ENSSLUG00000012148)	s100z (ENSSLUG00000012144) #22	crhbp (ENSSLUG00000012137) #23	PDE8B (ENSSLUG00000012130)	wdr41 (ENSSLUG00000011958)	otpa (ENSSLUG00000011935)	tbca (ENSSLUG00000011926)	AP3B1 (ENSSLUG00000011801)	scamp1 (ENSSLUG00000011766)	lhfpl2a (ENSSLUG00000011761)	ARSB (ENSSLUG00000011744)	DMGDH (ENSSLUG00000011623)	bhmt (ENSSLUG00000011582)	JMY (ENSSLUG00000011567)	HOMER1 (ENSSLUG00000011333)	DTWD2 (ENSSLUG00000011320)	tia1 (ENSSLUG00000011052)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	3	plac8.1 (ENSCGOG00000015587)	ADAMTS6 (ENSCGOG00000015595)	cwc27 (ENSCGOG00000015627)	ppwd1 (ENSCGOG00000015933)	trim23 (ENSCGOG00000016037)	mzt2b (ENSCGOG00000016240)	lhx5 (ENSCGOG00000016241)	GCNT4 (ENSCGOG00000016250) #9	hmgcrb (ENSCGOG00000016256) #11	CERT1 (ENSCGOG00000016569) #12	SV2C (ENSCGOG00000017410) #16	ENSCGOG00000017878 #17	f2r2.1 (ENSCGOG00000017879) #19	f2rl1.1 (ENSCGOG00000017880) #20	f2rl1.2 (ENSCGOG00000017882) #20	s100z (ENSCGOG00000017887) #22	crhbp (ENSCGOG00000017890) #23	PDE8B (ENSCGOG00000017917)	wdr41 (ENSCGOG00000018568)	otpa (ENSCGOG00000018661)	tbca (ENSCGOG00000018671)	AP3B1 (ENSCGOG00000018679)	scamp1 (ENSCGOG00000018847)	lhfpl2a (ENSCGOG00000018856)	ARSB (ENSCGOG00000018860)	DMGDH (ENSCGOG00000018919)	bhmt (ENSCGOG00000019370)	JMY (ENSCGOG00000019494)	ENSCGOG00000019503	HOMER1 (ENSCGOG00000019507)	DTWD2 (ENSCGOG00000019527)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Mangrove rivulus	DUPLICATION
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	112	ENSKMAG00000017946	tnfaip8l2b (ENSKMAG00000017937)	lysmd1 (ENSKMAG00000017929)	scnm1 (ENSKMAG00000017892)	tmod4 (ENSKMAG00000017859)	mcl1b (ENSKMAG00000017846)	ensab (ENSKMAG00000017830)	hormad1 (ENSKMAG00000017813)	onecutl (ENSKMAG00000017805)	ctss2.1 (ENSKMAG00000017771)	ctsk (ENSKMAG00000017740)	lingo4b (ENSKMAG00000017727)	si:ch211-113g11.6 (ENSKMAG00000017678)	tlr18 (ENSKMAG00000017659)	s100a1 (ENSKMAG00000017647)	ENSKMAG00000017639 #22	prdm1a (ENSKMAG00000017597)	atg5 (ENSKMAG00000017505)	dctn3 (ENSKMAG00000017491)	nt5c3a (ENSKMAG00000017452)	BBS9 (ENSKMAG00000017384)	bmper (ENSKMAG00000017334)	eaf1 (ENSKMAG00000017313)	mettl6 (ENSKMAG00000017283)	ENSKMAG00000017264	sh3bp5b (ENSKMAG00000017214)	capn7 (ENSKMAG00000017123)	ENSKMAG00000017079	ENSKMAG00000017045	mef2d (ENSKMAG00000016918)	rhbg (ENSKMAG00000016699)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	149	ppwd1 (ENSKMAG00000011602)	trim23 (ENSKMAG00000011663)	mzt2b (ENSKMAG00000011725)	ENSKMAG00000011767	lhx5 (ENSKMAG00000011869)	GCNT4 (ENSKMAG00000011886) #9	hmgcrb (ENSKMAG00000011914) #11	CERT1 (ENSKMAG00000012022) #12	SV2C (ENSKMAG00000012134) #16	ENSKMAG00000012156	F2RL2 (ENSKMAG00000012168) #17	f2r2.1 (ENSKMAG00000012181) #19	f2rl1.1 (ENSKMAG00000012189) #20	f2rl1.2 (ENSKMAG00000012201) #20	ch25hl2 (ENSKMAG00000012213)	s100z (ENSKMAG00000012227) #22	crhbp (ENSKMAG00000012248) #23
Turquoise killifish	DUPLICATION
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1614	SEMA6E (ENSNFUG00015018522)	ENSNFUG00015019394	TNFAIP8L2A (ENSNFUG00015019396)	lysmd1 (ENSNFUG00015019422)	SCNM1 (ENSNFUG00015019426)	MCL1B (ENSNFUG00015019428)	TMOD4 (ENSNFUG00015019435)	ensab (ENSNFUG00015019438)	hormad1 (ENSNFUG00015019441)	onecutl (ENSNFUG00015019449)	CTSS (ENSNFUG00015019454)	CTSK (ENSNFUG00015019460)	lingo4b (ENSNFUG00015019464)	Nfu_g_1_010954 (ENSNFUG00015019469)	tlr18 (ENSNFUG00015019483)	ENSNFUG00015019497 #22	ENSNFUG00015019591	ENSNFUG00015019592	ENSNFUG00015019610	ENSNFUG00015019623	iqgap3 (ENSNFUG00015019692) ##18	ANKRD34A (ENSNFUG00015019848)	PNP4B (ENSNFUG00015019852)	DECR1 (ENSNFUG00015019875)	PMVK (ENSNFUG00015019934)	Nfu_g_1_010950 (ENSNFUG00015019938)	ARHGEF2 (ENSNFUG00015019974)	ENSNFUG00015020191	ENSNFUG00015020194	ENSNFUG00015020206	prdm1a (ENSNFUG00015020207)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1611	ADAMTS6 (ENSNFUG00015008782)	cwc27 (ENSNFUG00015008838)	ppwd1 (ENSNFUG00015008872)	trim23 (ENSNFUG00015009218)	mzt2b (ENSNFUG00015009462)	lhx5 (ENSNFUG00015009471)	GCNT4 (ENSNFUG00015009486) #9	HMGCRB (ENSNFUG00015009514) #11	COL4A3BP (ENSNFUG00015009754) #12	SV2C (ENSNFUG00015010761) #16	F2RL2 (ENSNFUG00015010814) #17	Nfu_g_1_006533 (ENSNFUG00015010823) #19	f2rl1.1 (ENSNFUG00015010828) #20	F2RL1.2 (ENSNFUG00015010834) #20	ch25hl2 (ENSNFUG00015010842)	S100Z (ENSNFUG00015010858) #22	CRHBP (ENSNFUG00015003890) #23	PDE8B (ENSNFUG00015003954)	WDR41 (ENSNFUG00015004234)	OTPB (ENSNFUG00015004263)	tbca (ENSNFUG00015004274)	AP3B1 (ENSNFUG00015004371)	Nfu_g_1_006313 (ENSNFUG00015004582)	LHFPL2A (ENSNFUG00015004591)	ARSB (ENSNFUG00015004599)	DMGDH (ENSNFUG00015004648)	bhmt (ENSNFUG00015005047)	JMY (ENSNFUG00015005078)	HOMER1 (ENSNFUG00015005124)	DTWD2 (ENSNFUG00015005273)	TIA1 (ENSNFUG00015005301)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Mummichog	MODERN SPECIES	2267	cwc27 (ENSFHEG00000006320)	ppwd1 (ENSFHEG00000006293)	trim23 (ENSFHEG00000000170)	mzt2b (ENSFHEG00000006201)	lhx5 (ENSFHEG00000006182)	ENSFHEG00000006150	GCNT4 (ENSFHEG00000006132) #9	hmgcrb (ENSFHEG00000006120) #11	CERT1 (ENSFHEG00000006058) #12	SV2C (ENSFHEG00000005978) #16	F2RL2 (ENSFHEG00000005955) #17	f2r2.1 (ENSFHEG00000000158) #19	f2rl1.1 (ENSFHEG00000005947) #20	f2rl1.2 (ENSFHEG00000005941) #20	ch25hl2 (ENSFHEG00000005932)	s100z (ENSFHEG00000005920) #22	crhbp (ENSFHEG00000005908) #23	PDE8B (ENSFHEG00000005895)	wdr41 (ENSFHEG00000005844)	otpa (ENSFHEG00000000677)	tbca (ENSFHEG00000005810)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	404						lhx5 (ENSCVAG00000013138)	GCNT4 (ENSCVAG00000013140) #9	hmgcrb (ENSCVAG00000013227) #11	CERT1 (ENSCVAG00000013343) #12	SV2C (ENSCVAG00000013393) #16	F2RL2 (ENSCVAG00000013402) #17	f2r2.1 (ENSCVAG00000013411) #19	f2rl1.1 (ENSCVAG00000013419) #20	f2rl1.2 (ENSCVAG00000013422) #20	ch25hl2 (ENSCVAG00000013436)	s100z (ENSCVAG00000013443) #22	ENSCVAG00000013475	ENSCVAG00000000344	itgb1b (ENSCVAG00000013623)	NRP1 (ENSCVAG00000013684)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158491.b	ENSGT00940000163584.a	ENSGT00950000182815.a.a.b.g	ENSGT00940000165531.b.b	ENSGT00940000168653.b	ENSGT00390000015280	ENSGT00940000159721.h.a #9	ENSGT00940000155305.b.b.c #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00940000169994	ENSGT00390000006867
Amazon molly	MODERN SPECIES	280	ENSPFOG00000023715	unc5da (ENSPFOG00000009678)	tnfrsfa (ENSPFOG00000009564)	ENSPFOG00000022291	trappc13 (ENSPFOG00000009469)	ENSPFOG00000024112	GCNT4 (ENSPFOG00000020252) #9	hmgcrb (ENSPFOG00000009328) #11	CERT1 (ENSPFOG00000009132) #12	SV2C (ENSPFOG00000009066) #16	F2RL2 (ENSPFOG00000009061) #17	f2r2.1 (ENSPFOG00000009051) #19	f2rl1.1 (ENSPFOG00000020251) #20	f2rl1.2 (ENSPFOG00000020250) #20	ch25hl2 (ENSPFOG00000020249)	s100z (ENSPFOG00000009037) #22	crhbp (ENSPFOG00000008990) #23	PDE8B (ENSPFOG00000008456)	PDE8B (ENSPFOG00000022318)	wdr41 (ENSPFOG00000008295)	ENSPFOG00000008261	tbca (ENSPFOG00000008215)	AP3B1 (ENSPFOG00000008022)	scamp1 (ENSPFOG00000007907)	lhfpl2a (ENSPFOG00000007888)	ARSB (ENSPFOG00000007724)	DMGDH (ENSPFOG00000007360)	bhmt (ENSPFOG00000007257)	JMY (ENSPFOG00000007145)	HOMER1 (ENSPFOG00000006986)	ENSPFOG00000020248
Sailfin molly	MODERN SPECIES	502										SV2C (ENSPLAG00000011754) #16	F2RL2 (ENSPLAG00000011769) #17	f2r2.1 (ENSPLAG00000011774) #19	f2rl1.1 (ENSPLAG00000011776) #20	f2rl1.2 (ENSPLAG00000011780) #20	ch25hl2 (ENSPLAG00000011801)	s100z (ENSPLAG00000011835) #22	crhbp (ENSPLAG00000011943) #23	PDE8B (ENSPLAG00000012008)	wdr41 (ENSPLAG00000012032)	otpa (ENSPLAG00000012052)	tbca (ENSPLAG00000012073)	AP3B1 (ENSPLAG00000012095)	scamp1 (ENSPLAG00000012134)	lhfpl2a (ENSPLAG00000012161)	ARSB (ENSPLAG00000012289)
Guppy	MODERN SPECIES	442	cwc27 (ENSPREG00000018364)	ppwd1 (ENSPREG00000018430)	trim23 (ENSPREG00000018458)	mzt2b (ENSPREG00000018479)	lhx5 (ENSPREG00000018491)	GCNT4 (ENSPREG00000018502) #9	hmgcrb (ENSPREG00000018525) #11	CERT1 (ENSPREG00000018596) #12	SV2C (ENSPREG00000018654) #16	F2RL2 (ENSPREG00000018676) #17	f2r2.1 (ENSPREG00000018683) #19	f2rl1.1 (ENSPREG00000018692) #20	f2rl1.2 (ENSPREG00000018699) #20	ENSPREG00000018708	ch25hl2 (ENSPREG00000018722)	s100z (ENSPREG00000018742) #22	crhbp (ENSPREG00000018766) #23	PDE8B (ENSPREG00000018782)	wdr41 (ENSPREG00000018815)	otpa (ENSPREG00000018848)	ENSPREG00000018858	AP3B1 (ENSPREG00000018892)	scamp1 (ENSPREG00000018981)	lhfpl2a (ENSPREG00000019023)	ARSB (ENSPREG00000019046)	DMGDH (ENSPREG00000019090)	bhmt (ENSPREG00000019126)	JMY (ENSPREG00000019156)	HOMER1 (ENSPREG00000019187)	DTWD2 (ENSPREG00000019213)	tia1 (ENSPREG00000019232)
Platyfish	DUPLICATION
Platyfish	MODERN SPECIES	17	ENSXMAG00000024000 ##25	sema6e (ENSXMAG00000019150)	tnfaip8l2b (ENSXMAG00000021720)	lysmd1 (ENSXMAG00000028482)	scnm1 (ENSXMAG00000019171)	tmod4 (ENSXMAG00000019176)	mcl1b (ENSXMAG00000028458)	ensab (ENSXMAG00000008997)	hormad1 (ENSXMAG00000008994)	onecutl (ENSXMAG00000024545)	ctss2.1 (ENSXMAG00000008983)	ctsk (ENSXMAG00000008976)	lingo4b (ENSXMAG00000019541)	si:ch211-113g11.6 (ENSXMAG00000013372)	tlr18 (ENSXMAG00000013367)	ENSXMAG00000013365 #22	prdm1a (ENSXMAG00000013351)	atg5 (ENSXMAG00000013338)	dctn3 (ENSXMAG00000025325)	BBS9 (ENSXMAG00000013314)	bmper (ENSXMAG00000013307)	eaf1 (ENSXMAG00000013306)	mettl6 (ENSXMAG00000013302)	ENSXMAG00000029968	sh3bp5b (ENSXMAG00000017255)	capn7 (ENSXMAG00000017258)	ENSXMAG00000022661	ENSXMAG00000013295	ENSXMAG00000025695	ENSXMAG00000013294	ENSXMAG00000013500
Platyfish	MODERN SPECIES	22	cwc27 (ENSXMAG00000019028)	ppwd1 (ENSXMAG00000019013)	trim23 (ENSXMAG00000019005)	mzt2b (ENSXMAG00000019000)	lhx5 (ENSXMAG00000025364)	GCNT4 (ENSXMAG00000023542) #9	ENSXMAG00000029435	hmgcrb (ENSXMAG00000018982) #11	CERT1 (ENSXMAG00000018963) #12	SV2C (ENSXMAG00000018926) #16	F2RL2 (ENSXMAG00000018925) #17	f2r2.1 (ENSXMAG00000018922) #19	f2rl1.1 (ENSXMAG00000018920) #20	f2rl1.2 (ENSXMAG00000022315) #20	ch25hl2 (ENSXMAG00000019422)	s100z (ENSXMAG00000018916) #22	crhbp (ENSXMAG00000018907) #23	PDE8B (ENSXMAG00000018842)	wdr41 (ENSXMAG00000018834)	otpa (ENSXMAG00000029861)	tbca (ENSXMAG00000024381)	AP3B1 (ENSXMAG00000018805)	scamp1 (ENSXMAG00000028164)	lhfpl2a (ENSXMAG00000018753)	ARSB (ENSXMAG00000018745)	DMGDH (ENSXMAG00000018724)	bhmt (ENSXMAG00000024462)	JMY (ENSXMAG00000018710)	HOMER1 (ENSXMAG00000018702)	DTWD2 (ENSXMAG00000018696)	tia1 (ENSXMAG00000018689)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.e #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	3	ADAMTS6 (ENSOJAG00000007539)	cwc27 (ENSOJAG00000007407)	ppwd1 (ENSOJAG00000007397)	trim23 (ENSOJAG00000007342)	mzt2b (ENSOJAG00000007325)	lhx5 (ENSOJAG00000007311)	GCNT4 (ENSOJAG00000007303) #9	hmgcrb (ENSOJAG00000007200) #11	CERT1 (ENSOJAG00000007089) #12	SV2C (ENSOJAG00000006583) #16	F2RL2 (ENSOJAG00000006540) #17	f2r2.1 (ENSOJAG00000006533) #19	f2rl1.1 (ENSOJAG00000006526) #20	f2rl1.2 (ENSOJAG00000006457) #20	ch25hl2 (ENSOJAG00000006368)	s100z (ENSOJAG00000006352) #22	crhbp (ENSOJAG00000006339) #23	PDE8B (ENSOJAG00000006231)	wdr41 (ENSOJAG00000005989)	otpa (ENSOJAG00000005941)	tbca (ENSOJAG00000021072)	AP3B1 (ENSOJAG00000021042)	scamp1 (ENSOJAG00000021017)	ENSOJAG00000021004	lhfpl2a (ENSOJAG00000020996)	ARSB (ENSOJAG00000020969)	DMGDH (ENSOJAG00000020352)	bhmt (ENSOJAG00000020234)	JMY (ENSOJAG00000020221)	HOMER1 (ENSOJAG00000020158)	DTWD2 (ENSOJAG00000020140)
Indian medaka	MODERN SPECIES	30	cwc27 (ENSOMEG00000018078)	ENSOMEG00000018032	ppwd1 (ENSOMEG00000017997)	trim23 (ENSOMEG00000017937)	mzt2b (ENSOMEG00000017910)	lhx5 (ENSOMEG00000017880)	hmgcrb (ENSOMEG00000017841) #11	GCNT4 (ENSOMEG00000017718) #9	CERT1 (ENSOMEG00000017675) #12	SV2C (ENSOMEG00000000862) #16	F2RL2 (ENSOMEG00000017449) #17	f2r2.1 (ENSOMEG00000017436) #19	f2rl1.1 (ENSOMEG00000017425) #20	f2rl1.2 (ENSOMEG00000017412) #20	ch25hl2 (ENSOMEG00000017408)	s100z (ENSOMEG00000017389) #22	crhbp (ENSOMEG00000017356) #23	PDE8B (ENSOMEG00000017299)	wdr41 (ENSOMEG00000017120)	otpa (ENSOMEG00000017048)	ENSOMEG00000017042	AP3B1 (ENSOMEG00000017029)	scamp1 (ENSOMEG00000016923)	lhfpl2a (ENSOMEG00000016802)	bhmt (ENSOMEG00000016763)	ARSB (ENSOMEG00000016709)	ENSOMEG00000016612	JMY (ENSOMEG00000016581)	HOMER1 (ENSOMEG00000016545)	DTWD2 (ENSOMEG00000016510)	tia1 (ENSOMEG00000016484)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000181707	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Chinese medaka	DUPLICATION
Chinese medaka	MODERN SPECIES	286	ptpn23a (ENSOSIG00000004597)	ENSOSIG00000004594 ##25	sema6e (ENSOSIG00000004301)	scnm1 (ENSOSIG00000004262)	tmod4 (ENSOSIG00000004198)	tnfaip8l2b (ENSOSIG00000004194)	mcl1b (ENSOSIG00000004191)	ensab (ENSOSIG00000004188)	hormad1 (ENSOSIG00000004183)	onecutl (ENSOSIG00000004177)	ctss2.1 (ENSOSIG00000004175)	ctsk (ENSOSIG00000004171)	lingo4b (ENSOSIG00000004168)	si:ch211-113g11.6 (ENSOSIG00000004164)	tlr18 (ENSOSIG00000004159)	ENSOSIG00000004156 #22	prdm1a (ENSOSIG00000004149)	atg5 (ENSOSIG00000004137)	dctn3 (ENSOSIG00000004124)	ENSOSIG00000004120	ENSOSIG00000004119	ENSOSIG00000004108	snrnp48 (ENSOSIG00000004105)	ENSOSIG00000004101	ENSOSIG00000004091	ENSOSIG00000004082	mettl25b (ENSOSIG00000004070)	ISG20L2 (ENSOSIG00000004064)	ENSOSIG00000004060	hapln2 (ENSOSIG00000004053)	rhbg (ENSOSIG00000003910)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	753	bhmt (ENSOSIG00000017866)	DMGDH (ENSOSIG00000017872)	ARSB (ENSOSIG00000017895)	lhfpl2a (ENSOSIG00000017898)	scamp1 (ENSOSIG00000017901)	AP3B1 (ENSOSIG00000017913)	tbca (ENSOSIG00000017957)	otpa (ENSOSIG00000017960)	crhbp (ENSOSIG00000017963) #23	SV2C (ENSOSIG00000017982) #16	F2RL2 (ENSOSIG00000018032) #17	f2r2.1 (ENSOSIG00000018033) #19	f2rl1.1 (ENSOSIG00000018034) #20	f2rl1.2 (ENSOSIG00000018038) #20	ch25hl2 (ENSOSIG00000018039)	s100z (ENSOSIG00000018041) #22
Japanese Medaka HdrR	DUPLICATION
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	7	ENSORLG00000026527	ENSORLG00000022997	tnfaip8l2b (ENSORLG00000028043)	lysmd1 (ENSORLG00000015824)	scnm1 (ENSORLG00000015819)	tmod4 (ENSORLG00000015802)	mcl1b (ENSORLG00000015753)	ensab (ENSORLG00000028623)	hormad1 (ENSORLG00000015746)	onecutl (ENSORLG00000024818)	ctss2.1 (ENSORLG00000015733)	ctsk (ENSORLG00000015716)	lingo4b (ENSORLG00000023866)	si:ch211-113g11.6 (ENSORLG00000027544)	tlr18 (ENSORLG00000015704)	ENSORLG00000023818 #22	prdm1a (ENSORLG00000015684)	atg5 (ENSORLG00000015681)	ENSORLG00000022470	dctn3 (ENSORLG00000023253)	ENSORLG00000015663	zgc:113232 (ENSORLG00000015661)	snrnp48 (ENSORLG00000015654)	ENSORLG00000023743	ENSORLG00000015649	ENSORLG00000026501	ENSORLG00000028659	ENSORLG00000022914	bcan (ENSORLG00000015637)	hapln2 (ENSORLG00000015619)	rhbg (ENSORLG00000015596)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	3	cwc27 (ENSORLG00000001991)	ENSORLG00000030025	ppwd1 (ENSORLG00000002002)	trim23 (ENSORLG00000002016)	mzt2b (ENSORLG00000002030)	lhx5 (ENSORLG00000002044)	GCNT4 (ENSORLG00000002049) #9	hmgcrb (ENSORLG00000002060) #11	CERT1 (ENSORLG00000002149) #12	SV2C (ENSORLG00000002175) #16	F2RL2 (ENSORLG00000029096) #17	f2r2.1 (ENSORLG00000023591) #19	f2rl1.1 (ENSORLG00000022298) #20	f2rl1.2 (ENSORLG00000002198) #20	ch25hl2 (ENSORLG00000002205)	s100z (ENSORLG00000030634) #22	crhbp (ENSORLG00000002228) #23	PDE8B (ENSORLG00000002273)	wdr41 (ENSORLG00000002299)	otpa (ENSORLG00000022528)	tbca (ENSORLG00000022186)	AP3B1 (ENSORLG00000002365)	scamp1 (ENSORLG00000002381)	lhfpl2a (ENSORLG00000002386)	ARSB (ENSORLG00000002398)	ENSORLG00000025896	DMGDH (ENSORLG00000002405)	bhmt (ENSORLG00000002431)	JMY (ENSORLG00000002448)	HOMER1 (ENSORLG00000002474)	DTWD2 (ENSORLG00000002490)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Orange clownfish	MODERN SPECIES	7	hmgcrb (ENSAPEG00000004677) #11	CERT1 (ENSAPEG00000004574) #12	ENSAPEG00000004515	SV2C (ENSAPEG00000004477) #16	ENSAPEG00000004446	ENSAPEG00000004414	ENSAPEG00000004380	ENSAPEG00000004369	ENSAPEG00000004345	SV2C (ENSAPEG00000004307) #16	F2RL2 (ENSAPEG00000004295) #17	f2r2.1 (ENSAPEG00000004248) #19	f2rl1.1 (ENSAPEG00000004237) #20	f2rl1.2 (ENSAPEG00000004215) #20	ch25hl2 (ENSAPEG00000004200)	s100z (ENSAPEG00000004132) #22	crhbp (ENSAPEG00000004114) #23	PDE8B (ENSAPEG00000003990)	wdr41 (ENSAPEG00000003933)	otpa (ENSAPEG00000003913)	tbca (ENSAPEG00000003898)	ENSAPEG00000003873	AP3B1 (ENSAPEG00000003852)	scamp1 (ENSAPEG00000003780)	lhfpl2a (ENSAPEG00000003763)	scamp1 (ENSAPEG00000003704)	ENSAPEG00000003682	scamp1 (ENSAPEG00000003628)	ENSAPEG00000003605	lhfpl2a (ENSAPEG00000003590)	ENSAPEG00000003561
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1313											F2RL2 (ENSAOCG00000001624) #17	f2r2.1 (ENSAOCG00000022288) #19	f2rl1.1 (ENSAOCG00000022291) #20	f2rl1.2 (ENSAOCG00000022302) #20	ch25hl2 (ENSAOCG00000022312)	s100z (ENSAOCG00000022366) #22	crhbp (ENSAOCG00000022382) #23	PDE8B (ENSAOCG00000022435)	wdr41 (ENSAOCG00000022458)	otpa (ENSAOCG00000001634)	tbca (ENSAOCG00000022489)	AP3B1 (ENSAOCG00000001638)	scamp1 (ENSAOCG00000022572)	ENSAOCG00000022604	taf6l (ENSAOCG00000022645)	cth1 (ENSAOCG00000001644)	mta2 (ENSAOCG00000022686)	ENSAOCG00000022694
Spiny chromis	MODERN SPECIES	830								CERT1 (ENSAPOG00000017976) #12	ENSAPOG00000017894	SV2C (ENSAPOG00000000802) #16	F2RL2 (ENSAPOG00000017795) #17	f2r2.1 (ENSAPOG00000017788) #19	f2rl1.1 (ENSAPOG00000017781) #20	f2rl1.2 (ENSAPOG00000017767) #20	ch25hl2 (ENSAPOG00000017761)	s100z (ENSAPOG00000017741) #22	crhbp (ENSAPOG00000017678) #23	PDE8B (ENSAPOG00000017665)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1279									ENSSPAG00000013781	SV2C (ENSSPAG00000013822) #16	F2RL2 (ENSSPAG00000013850) #17	f2r2.1 (ENSSPAG00000013860) #19	f2rl1.1 (ENSSPAG00000013870) #20	f2rl1.2 (ENSSPAG00000013879) #20	ch25hl2 (ENSSPAG00000013882)	s100z (ENSSPAG00000013895) #22	crhbp (ENSSPAG00000013933) #23
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156571	ENSGT00940000155967	ENSGT00940000158733	ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.d #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.d #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158562	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.d #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	380											ENSHBUG00000006042 #19	F2R (ENSHBUG00000006089) #19	f2rl1.1 (ENSHBUG00000006111) #20	f2rl1.2 (ENSHBUG00000006100) #20	ch25hl2 (ENSHBUG00000006126)	s100z (ENSHBUG00000006132) #22	crhbp (ENSHBUG00000000153) #23	PDE8B (ENSHBUG00000006197)	wdr41 (ENSHBUG00000006222)	otpa (ENSHBUG00000006237)	tbca (ENSHBUG00000006256)	AP3B1 (ENSHBUG00000006320)	scamp1 (ENSHBUG00000006341)	lhfpl2a (ENSHBUG00000006355)	ARSB (ENSHBUG00000006398)	DMGDH (ENSHBUG00000006495)	bhmt (ENSHBUG00000006515)	JMY (ENSHBUG00000006526)	HOMER1 (ENSHBUG00000006589)	DTWD2 (ENSHBUG00000006635)	tia1 (ENSHBUG00000006676)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.e #17	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.f #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.d #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
P. nyererei	MODERN SPECIES	297	mzt2b (ENSPNYG00000005538)	lhx5 (ENSPNYG00000005549)	GCNT4 (ENSPNYG00000005563) #9	ENSPNYG00000005572	hmgcrb (ENSPNYG00000005594) #11	CERT1 (ENSPNYG00000005673) #12	SV2C (ENSPNYG00000005738) #16	F2RL2 (ENSPNYG00000005774) #17	F2RL2 (ENSPNYG00000005804) #17	F2R (ENSPNYG00000005812) #19	F2R (ENSPNYG00000005833) #19	F2R (ENSPNYG00000005859) #19	f2rl1.1 (ENSPNYG00000005869) #20	f2rl1.2 (ENSPNYG00000005884) #20	ch25hl2 (ENSPNYG00000005891)	s100z (ENSPNYG00000005915) #22	crhbp (ENSPNYG00000005959) #23	PDE8B (ENSPNYG00000005997)	wdr41 (ENSPNYG00000006061)	otpa (ENSPNYG00000006080)	tbca (ENSPNYG00000006104)	AP3B1 (ENSPNYG00000006176)	scamp1 (ENSPNYG00000006292)	lhfpl2a (ENSPNYG00000006322)	ARSB (ENSPNYG00000006334)	DMGDH (ENSPNYG00000006358)	bhmt (ENSPNYG00000006436)	JMY (ENSPNYG00000006512)	HOMER1 (ENSPNYG00000006531)	DTWD2 (ENSPNYG00000006563)	tia1 (ENSPNYG00000006589)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.e #17	ENSGT01050000244840.A.b.b.b.f #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.d #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.c.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.g	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867	ENSGT00940000154962.A.a.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1110	mzt2b (ENSMZEG00005007140)	lhx5 (ENSMZEG00005007128)	GCNT4 (ENSMZEG00005007116) #9	hmgcrb (ENSMZEG00005007061) #11	CERT1 (ENSMZEG00005007008) #12	SV2C (ENSMZEG00005006941) #16	F2RL2 (ENSMZEG00005006925) #17	F2RL2 (ENSMZEG00005006917) #17	F2R (ENSMZEG00005006911) #19	F2R (ENSMZEG00005006898) #19	F2R (ENSMZEG00005006884) #19	F2R (ENSMZEG00005006871) #19	f2rl1.1 (ENSMZEG00005006863) #20	f2rl1.2 (ENSMZEG00005006848) #20	ch25hl2 (ENSMZEG00005006834)	s100z (ENSMZEG00005006797) #22	crhbp (ENSMZEG00005006393) #23	PDE8B (ENSMZEG00005006348)	wdr41 (ENSMZEG00005006325)	otpa (ENSMZEG00005006314)	tbca (ENSMZEG00005006300)	AP3B1 (ENSMZEG00005006264)	scamp1 (ENSMZEG00005006251)	lhfpl2a (ENSMZEG00005006236)	ARSB (ENSMZEG00005006208)	ENSMZEG00005006197	DMGDH (ENSMZEG00005006121)	bhmt (ENSMZEG00005006090)	JMY (ENSMZEG00005006081)	HOMER1 (ENSMZEG00005006061)	DTWD2 (ENSMZEG00005006042)
Eastern happy	MODERN SPECIES	19	lhx5 (ENSACLG00000025781)	GCNT4 (ENSACLG00000025787) #9	hmgcrb (ENSACLG00000025791) #11	CERT1 (ENSACLG00000025839) #12	SV2C (ENSACLG00000025881) #16	F2RL2 (ENSACLG00000025896) #17	F2RL2 (ENSACLG00000025905) #17	F2R (ENSACLG00000025911) #19	F2R (ENSACLG00000025920) #19	F2R (ENSACLG00000025951) #19	ENSACLG00000025957	F2R (ENSACLG00000025972) #19	f2rl1.1 (ENSACLG00000025981) #20	f2rl1.2 (ENSACLG00000025984) #20	ch25hl2 (ENSACLG00000025988)	s100z (ENSACLG00000025995) #22	crhbp (ENSACLG00000026018) #23	PDE8B (ENSACLG00000026032)	wdr41 (ENSACLG00000026095)	otpa (ENSACLG00000026112)	tbca (ENSACLG00000026126)	AP3B1 (ENSACLG00000026156)	scamp1 (ENSACLG00000026234)	lhfpl2a (ENSACLG00000026258)	ARSB (ENSACLG00000026268)	ENSACLG00000026286	ENSACLG00000026291	DMGDH (ENSACLG00000026324)	bhmt (ENSACLG00000026404)	JMY (ENSACLG00000026423)	HOMER1 (ENSACLG00000026430)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	419	cwc27 (ENSNBRG00000019906)	ppwd1 (ENSNBRG00000019956)	trim23 (ENSNBRG00000019976)	mzt2b (ENSNBRG00000019985)	lhx5 (ENSNBRG00000019994)	GCNT4 (ENSNBRG00000020005) #9	hmgcrb (ENSNBRG00000020016) #11	CERT1 (ENSNBRG00000020026) #12	SV2C (ENSNBRG00000020050) #16	F2R (ENSNBRG00000020074) #19	F2RL2 (ENSNBRG00000020084) #17	F2R (ENSNBRG00000020103) #19	f2rl1.1 (ENSNBRG00000020117) #20	f2rl1.2 (ENSNBRG00000020123) #20	ch25hl2 (ENSNBRG00000020125)	s100z (ENSNBRG00000020136) #22	crhbp (ENSNBRG00000020174) #23	PDE8B (ENSNBRG00000020198)	wdr41 (ENSNBRG00000000420)	otpa (ENSNBRG00000000509)	tbca (ENSNBRG00000000529)	AP3B1 (ENSNBRG00000000578)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	19	lhx5 (ENSONIG00000015427)	GCNT4 (ENSONIG00000015429) #9	hmgcrb (ENSONIG00000015431) #11	CERT1 (ENSONIG00000015433) #12	SV2C (ENSONIG00000015437) #16	cmklr1 (ENSONIG00000035231)	cmklr1 (ENSONIG00000042385)	F2RL2 (ENSONIG00000028117) #17	F2R (ENSONIG00000042992) #19	F2R (ENSONIG00000015442) #19	F2R (ENSONIG00000015444) #19	F2R (ENSONIG00000015441) #19	f2rl1.1 (ENSONIG00000015446) #20	f2rl1.2 (ENSONIG00000015447) #20	ch25hl2 (ENSONIG00000021002)	s100z (ENSONIG00000035896) #22	crhbp (ENSONIG00000015451) #23	PDE8B (ENSONIG00000015454)	wdr41 (ENSONIG00000015465)	otpa (ENSONIG00000015466)	tbca (ENSONIG00000038998)	AP3B1 (ENSONIG00000015468)	scamp1 (ENSONIG00000015481)	lhfpl2 (ENSONIG00000040189)	ARSB (ENSONIG00000015486)	slc1a1 (ENSONIG00000007386)	DMGDH (ENSONIG00000007381)	bhmt (ENSONIG00000007379)	JMY (ENSONIG00000040021)	HOMER1 (ENSONIG00000007371)	DTWD2 (ENSONIG00000007368)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	991													f2rl1.1 (ENSACIG00000016939) #20	f2rl1.2 (ENSACIG00000016930) #20	ch25hl2 (ENSACIG00000016920)	s100z (ENSACIG00000016874) #22	crhbp (ENSACIG00000016747) #23	PDE8B (ENSACIG00000016694)	wdr41 (ENSACIG00000016654)	otpa (ENSACIG00000016644)	ENSACIG00000016630	AP3B1 (ENSACIG00000016606)	ENSACIG00000016574	scamp1 (ENSACIG00000016545)	lhfpl2a (ENSACIG00000016531)	ARSB (ENSACIG00000016480)	DMGDH (ENSACIG00000016447)	bhmt (ENSACIG00000016426)	ENSACIG00000016416	HOMER1 (ENSACIG00000016398)	DTWD2 (ENSACIG00000016379)
Tiger tail seahorse	DUPLICATION
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	100	ENSHCOG00000013036	tnfaip8l2b (ENSHCOG00000013051)	lysmd1 (ENSHCOG00000013057)	scnm1 (ENSHCOG00000013064)	tmod4 (ENSHCOG00000013091)	mcl1b (ENSHCOG00000013101)	ensab (ENSHCOG00000013110)	hormad1 (ENSHCOG00000000648)	onecutl (ENSHCOG00000013140)	ENSHCOG00000013154	ctsk (ENSHCOG00000013303)	ENSHCOG00000013320	lingo4b (ENSHCOG00000000383)	si:ch211-113g11.6 (ENSHCOG00000013374)	tlr18 (ENSHCOG00000013391)	ENSHCOG00000013404 #22	prdm1a (ENSHCOG00000013422)	atg5 (ENSHCOG00000000649)	dctn3 (ENSHCOG00000013447)	nt5c3a (ENSHCOG00000013469)	BBS9 (ENSHCOG00000000662)	bmper (ENSHCOG00000013598)	eaf1 (ENSHCOG00000013619)	mettl6 (ENSHCOG00000013637)	sh3bp5b (ENSHCOG00000013639)	capn7 (ENSHCOG00000013697)	ENSHCOG00000013736	mef2d (ENSHCOG00000013771)	rhbg (ENSHCOG00000013802)	hapln2 (ENSHCOG00000013840)	bcan (ENSHCOG00000013875)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	547									ENSHCOG00000010964	CERT1 (ENSHCOG00000011013) #12	SV2C (ENSHCOG00000011047) #16	F2RL2 (ENSHCOG00000011054) #17	f2r2.1 (ENSHCOG00000011058) #19	f2rl1.2 (ENSHCOG00000011067) #20	ch25hl2 (ENSHCOG00000011084)	s100z (ENSHCOG00000011089) #22	crhbp (ENSHCOG00000011105) #23
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	7	lysmd1 (ENSMMDG00005015038)	scnm1 (ENSMMDG00005015040)	tmod4 (ENSMMDG00005015045)	mcl1b (ENSMMDG00005015058)	ensab (ENSMMDG00005015062)	ENSMMDG00005015063	onecutl (ENSMMDG00005015065)	ctss2.1 (ENSMMDG00005015075)	ctsk (ENSMMDG00005015313)	ctsk (ENSMMDG00005018098)	ctsk (ENSMMDG00005018323)	lingo4b (ENSMMDG00005018324)	si:ch211-113g11.6 (ENSMMDG00005018326)	tlr18 (ENSMMDG00005018329)	s100a1 (ENSMMDG00005018330)	ENSMMDG00005018335 #22	mettl25b (ENSMMDG00005018344)	ISG20L2 (ENSMMDG00005018347)	bcan (ENSMMDG00005018353)	hapln2 (ENSMMDG00005018369)	rhbg (ENSMMDG00005018373)	mef2d (ENSMMDG00005018523)	ENSMMDG00005018531	ENSMMDG00005018533	ENSMMDG00005018534	ENSMMDG00005018535	ENSMMDG00005018536	ENSMMDG00005018539	ENSMMDG00005018541	ENSMMDG00005018542	ENSMMDG00005018543
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	2	C1orf43 (ENSMMDG00005019435)	ENSMMDG00005019428	cgnb (ENSMMDG00005019414)	pygo2 (ENSMMDG00005019404)	SHE (ENSMMDG00005019400)	s100s (ENSMMDG00005019390)	ENSMMDG00005019376	ENSMMDG00005019374	ENSMMDG00005019369	cks1b (ENSMMDG00005019366)	ENSMMDG00005019363	efna1a (ENSMMDG00005019360)	dpm3 (ENSMMDG00005019358)	trim46b (ENSMMDG00005019227)	s100a10a (ENSMMDG00005019210)	ENSMMDG00005019208 #22	snx27a (ENSMMDG00005019134)	chrna11 (ENSMMDG00005019119)	ENSMMDG00005019098	ENSMMDG00005019077	lrrc71 (ENSMMDG00005019074)	ash1l (ENSMMDG00005019071)	ENSMMDG00005019068	scamp3 (ENSMMDG00005019065)	crabp2b (ENSMMDG00005019059)	mrps21 (ENSMMDG00005019054)	ciarta (ENSMMDG00005019051)	rprd2a (ENSMMDG00005019047)	celf3a (ENSMMDG00005019040)	cers2a (ENSMMDG00005019037)	clk2a (ENSMMDG00005017688)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	3	ADAMTS6 (ENSMMDG00005003397)	cwc27 (ENSMMDG00005003407)	ppwd1 (ENSMMDG00005003414)	trim23 (ENSMMDG00005003417)	mzt2b (ENSMMDG00005004523)	lhx5 (ENSMMDG00005004528)	GCNT4 (ENSMMDG00005004536) #9	hmgcrb (ENSMMDG00005004551) #11	CERT1 (ENSMMDG00005004619) #12	SV2C (ENSMMDG00005004990) #16	F2RL2 (ENSMMDG00005005395) #17	f2r2.1 (ENSMMDG00005005400) #19	f2rl1.1 (ENSMMDG00005005405) #20	f2rl1.2 (ENSMMDG00005005408) #20	ch25hl2 (ENSMMDG00005005410)	s100z (ENSMMDG00005005417) #22	crhbp (ENSMMDG00005005426) #23	PDE8B (ENSMMDG00005005550)	wdr41 (ENSMMDG00005005908)	otpa (ENSMMDG00005005938)	tbca (ENSMMDG00005005944)	AP3B1 (ENSMMDG00005005969)	scamp1 (ENSMMDG00005006270)	lhfpl2a (ENSMMDG00005006275)	ARSB (ENSMMDG00005006283)	DMGDH (ENSMMDG00005006293)	bhmt (ENSMMDG00005006373)	bhmt (ENSMMDG00005006407)	JMY (ENSMMDG00005006450)	HOMER1 (ENSMMDG00005006456)	DTWD2 (ENSMMDG00005006498)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000165531.b.b	ENSGT00950000183197.b.a.b	ENSGT00670000099470	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00510000048902.a.f #7	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310	ENSGT00990000203589.b.b	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a.a.a	ENSGT00510000046704.b.a.c	ENSGT00940000156354.p	ENSGT00390000006867
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	129	ENSGT00940000157242.a.b	ENSGT00950000182815.a.a.b.g	ENSGT00940000165531.b.b	ENSGT00670000099470	ENSGT00390000014845	ENSGT00940000166328	ENSGT00510000048902.a.f #7	ENSGT00940000159721.h #9	ENSGT00940000155305.b.b #11	ENSGT00940000155123.b.b #12	ENSGT00950000182940.b.b.f #16	ENSGT01050000244840.A.b.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b
Denticle herring	MODERN SPECIES	13	unc5da (ENSDCDG00000028972)	tnfrsfa (ENSDCDG00000028939)	zgc:193801 (ENSDCDG00000028935)	mzt2b (ENSDCDG00000028932)	lhx5 (ENSDCDG00000028930)	FAM169A (ENSDCDG00000028929) #7	GCNT4 (ENSDCDG00000028927) #9	hmgcrb (ENSDCDG00000027394) #11	CERT1 (ENSDCDG00000027303) #12	SV2C (ENSDCDG00000027291) #16	F2RL2 (ENSDCDG00000027288) #17	f2rl1.1 (ENSDCDG00000027287) #20	f2rl1.2 (ENSDCDG00000027286) #20	f2rl1.2 (ENSDCDG00000027284) #20	ch25hl2 (ENSDCDG00000027283)	s100z (ENSDCDG00000027282) #22	crhbp (ENSDCDG00000027281) #23	aggf1 (ENSDCDG00000027278)	ENSDCDG00000027275	PDE8B (ENSDCDG00000027214)	wdr41 (ENSDCDG00000027205)	otpa (ENSDCDG00000027203)	tbca (ENSDCDG00000027202)	AP3B1 (ENSDCDG00000020440)	scamp1 (ENSDCDG00000020319)	lhfpl2a (ENSDCDG00000020317)	ARSB (ENSDCDG00000020316)	DMGDH (ENSDCDG00000018398)	bhmt (ENSDCDG00000018312)	JMY (ENSDCDG00000018277)	HOMER1 (ENSDCDG00000018077)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	3	ERMP1 (ENSCHAG00000012730)	RIC1 (ENSCHAG00000011451)	rln1 (ENSCHAG00000011415)	jak2a (ENSCHAG00000008676)	DTWD2 (ENSCHAG00000008583)	HOMER1 (ENSCHAG00000008500)	JMY (ENSCHAG00000008365)	bhmt (ENSCHAG00000008253)	tbca (ENSCHAG00000008227)	scamp1 (ENSCHAG00000008150)	ARSB (ENSCHAG00000007970)	ARSB (ENSCHAG00000007889)	ENSCHAG00000007860	wdr41 (ENSCHAG00000007850)	aggf1 (ENSCHAG00000007708)	s100z (ENSCHAG00000007692) #22	ch25hl2 (ENSCHAG00000007670)	f2rl1.2 (ENSCHAG00000007661) #20	ENSCHAG00000007613	ENSCHAG00000007572	ENSCHAG00000007553
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	248							ENSGT00950000183101.a.b.b.a.b	ENSGT00940000156261	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000160015	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A.c.a	ENSGT00940000159211.C.jb.b	ENSGT00950000183047.d.e
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000010355	ENSGT01060000253463	ENSGT00940000155152.e	ENSGT00940000156261	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b	ENSGT01060000248575.C	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.a	ENSGT00940000157936	ENSGT00940000157194.d	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817.c	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000160015	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A.c.a	ENSGT00940000155373	ENSGT00390000016526
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	447	ENSGT00390000010355.d	ENSGT00940000153232.b.h	ENSGT00950000183101.a.b.b.a.b	ENSGT00940000156261.gb	ENSGT00940000159990.e	ENSGT00940000157419.v	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b.b	ENSGT00940000157936.o.b	ENSGT00940000157194.d.a	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.n.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.m.b.a.a.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.m.b.a.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.r #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.c #20	ENSGT00940000163793.A.a.d	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b.a #23	ENSGT00940000157817.c.a.b	ENSGT00390000017026.h	ENSGT00940000159952.a.b.c	ENSGT00940000170540
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	40	CRB2 (ENSCARG00000016368)	DENND1A (ENSCARG00000015942)	NEK6 (ENSCARG00000015728)	psmb7 (ENSCARG00000015702)	nr5a1b (ENSCARG00000015694)	nr6a1b (ENSCARG00000015425)	OLFML2A (ENSCARG00000015409)	F2R (ENSCARG00000015398) #19	F2R (ENSCARG00000015385) #19	F2R (ENSCARG00000015381) #19	F2R (ENSCARG00000015375) #19	F2R (ENSCARG00000015371) #19	f2rl1.1 (ENSCARG00000015365) #20	f2rl1.2 (ENSCARG00000015363) #20	ch25hl2 (ENSCARG00000015358)	s100z (ENSCARG00000015351) #22	crhbp (ENSCARG00000015341) #23	dipk1b (ENSCARG00000015305)	mrps2 (ENSCARG00000015292)	ppp1r26 (ENSCARG00000015289)	ENSCARG00000069244	stx5al (ENSCARG00000069200)	ENSCARG00000069187	ENSCARG00000069181	prdx5 (ENSCARG00000069176)	ENSCARG00000069126	bscl2 (ENSCARG00000069099)	gng3 (ENSCARG00000069089)	banf1 (ENSCARG00000069082)	ENSCARG00000068991	prdx5 (ENSCARG00000068975)
Goldfish	MODERN SPECIES	2468														f2rl1.2 (ENSCARG00000039493) #20	ch25hl2 (ENSCARG00000039497)	s100z (ENSCARG00000039501) #22	crhbp (ENSCARG00000039512) #23	aggf1 (ENSCARG00000039528)
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	13	ENSCARG00000021387	ccng2 (ENSCARG00000021397)	ccni (ENSCARG00000021404)	ENSCARG00000021412	SHROOM3 (ENSCARG00000021426)	ENSCARG00000021454	ENSCARG00000021458	ENSCARG00000021464	ENSCARG00000021470	ENSCARG00000021475	pdcl (ENSCARG00000021486)	ENSCARG00000021530	ENSCARG00000021674	rpl28 (ENSCARG00000021683)	ch25hl2 (ENSCARG00000021788)	s100z (ENSCARG00000021799) #22	crhbp (ENSCARG00000021809) #23	aggf1 (ENSCARG00000021820)	PDE8B (ENSCARG00000021983)	wdr41 (ENSCARG00000025745)	otpa (ENSCARG00000025755)	tbca (ENSCARG00000025781)	AP3B1 (ENSCARG00000026044)	egfl7 (ENSCARG00000033120)	agpat2 (ENSCARG00000033142)	dipk1b (ENSCARG00000033171)	mrps2 (ENSCARG00000033188)	ppp1r26 (ENSCARG00000033208)	ZBTB7C (ENSCARG00000033216)	hnrnpabb (ENSCARG00000033221)	ENSCARG00000033235
Goldfish	MODERN SPECIES	2482																s100z (ENSCARG00000043960) #22	crhbp (ENSCARG00000043973) #23
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00940000156261.gb	ENSGT00940000158821.r.b	ENSGT00940000159990.f	ENSGT00940000157419.v	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b.b	ENSGT00940000157936.o.b	ENSGT00940000157194.d.a	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.n.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.m.b.a.a.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.m.b.a.a.b #19	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.m.a.b.a #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a.r #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b.c #20	ENSGT00940000163793.A.a.d	ENSGT01050000244840.A.a.b.f.m.a.b.b #19	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b.a #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817.c.b	ENSGT00940000157817.c.a.b	ENSGT00390000017026.h	ENSGT00940000159952.a.b.c	ENSGT00940000170540	ENSGT00940000157603.mb	ENSGT00940000160015.g	ENSGT00390000008726.h.a.a	ENSGT00390000006452.b.a.h	ENSGT00390000017382.l	ENSGT00390000014118.j	ENSGT00940000156959.A.c.a.a	ENSGT00940000159211.C.jb.b.f
Common carp reference	MODERN SPECIES	38	ENSCCRG00000054544	ENSCCRG00000023244	ENSCCRG00000023239	ENSCCRG00000023193	lhx2a (ENSCCRG00000046488)	psmb7 (ENSCCRG00000074098)	NEK6 (ENSCCRG00000046205)	nr5a1b (ENSCCRG00000016558)	nr6a1b (ENSCCRG00000041881)	ENSCCRG00000074926	F2R (ENSCCRG00000059546) #19	F2R (ENSCCRG00000077171) #19	F2R (ENSCCRG00000037167) #19	ENSCCRG00000055039 #19	f2rl1.1 (ENSCCRG00000081208) #20	S100Z (ENSCCRG00000058180) #22	ch25hl2 (ENSCCRG00000059117)	aggf1 (ENSCCRG00000036413)	crhbp (ENSCCRG00000029542) #23	PDE8B (ENSCCRG00000052016)	wdr41 (ENSCCRG00000080357)	otpa (ENSCCRG00000031449)	tbca (ENSCCRG00000071108)	AP3B1 (ENSCCRG00000072213)	egfl7 (ENSCCRG00000007399)	agpat2 (ENSCCRG00000065975)	dipk1b (ENSCCRG00000061312)	ppp1r26 (ENSCCRG00000077967)	olfm1b (ENSCCRG00000027210)	ENSCCRG00000080133	ENSCCRG00000008076
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	60	ENSSGRG00000051556	CRB2 (ENSSGRG00000051557)	DENND1A (ENSSGRG00000051566)	lhx2a (ENSSGRG00000051632)	NEK6 (ENSSGRG00000051636)	psmb7 (ENSSGRG00000051638)	nr5a1b (ENSSGRG00000051754)	nr6a1b (ENSSGRG00000051757)	OLFML2A (ENSSGRG00000051767)	F2R (ENSSGRG00000051768) #19	F2R (ENSSGRG00000051769) #19	F2R (ENSSGRG00000051770) #19	f2rl1.1 (ENSSGRG00000051772) #20	f2rl1.2 (ENSSGRG00000051773) #20	ch25hl2 (ENSSGRG00000051774)	s100z (ENSSGRG00000051775) #22	crhbp (ENSSGRG00000000115) #23	aggf1 (ENSSGRG00000000196)	PDE8B (ENSSGRG00000000287)	wdr41 (ENSSGRG00000000371)	otpa (ENSSGRG00000000460)	ENSSGRG00000000466	AP3B1 (ENSSGRG00000000515)	egfl7 (ENSSGRG00000001475)	agpat2 (ENSSGRG00000001488)	dipk1b (ENSSGRG00000001503)	mrps2 (ENSSGRG00000001507)	ppp1r26 (ENSSGRG00000001508)	olfm1b (ENSSGRG00000001512)	ENSSGRG00000001643	FNBP1 (ENSSGRG00000001756)
Zebrafish	MODERN SPECIES	13	NEK6 (ENSDARG00000037963)	psmb7 (ENSDARG00000037962)	nr5a1b (ENSDARG00000023362)	nr6a1b (ENSDARG00000014480)	OLFML2A (ENSDARG00000113533)	F2R (ENSDARG00000059507) #19	F2R (ENSDARG00000087469) #19	F2R (ENSDARG00000090041) #19	F2R (ENSDARG00000086236) #19	f2r2.1 (ENSDARG00000077638) #19	F2R (ENSDARG00000086262) #19	f2rl1.1 (ENSDARG00000068856) #20	f2rl1.2 (ENSDARG00000077540) #20	ENSDARG00000114567	ch25hl2 (ENSDARG00000038728)	s100z (ENSDARG00000038729) #22	crhbp (ENSDARG00000024831) #23	aggf1 (ENSDARG00000060109)	PDE8B (ENSDARG00000063706)	wdr41 (ENSDARG00000009851)	otpa (ENSDARG00000014201)	tbca (ENSDARG00000016754)	AP3B1 (ENSDARG00000100082)	ENSDARG00000110056	egfl7 (ENSDARG00000100657)	agpat2 (ENSDARG00000101139)	dipk1b (ENSDARG00000117093)	zgc:113019 (ENSDARG00000099743)	mrps2 (ENSDARG00000103198)	ppp1r26 (ENSDARG00000102891)	ENSDARG00000093602
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	68							ENSGT00940000155152.e	ENSGT00940000156261	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603.hb	ENSGT00940000160015	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A.c.a	ENSGT00940000159211.C.jb.b	ENSGT00950000183047.d.e
Channel catfish	MODERN SPECIES	9	ENSIPUG00000022269	ccni (ENSIPUG00000022251)	CCNG2 (ENSIPUG00000022244)	ENSIPUG00000022239	F2RL2 (ENSIPUG00000022237) #17	wdr38 (ENSIPUG00000022200)	rpl35 (ENSIPUG00000022186)	uqcr10 (ENSIPUG00000022177)	nr5a1b (ENSIPUG00000021672)	wdr41 (ENSIPUG00000021613)	aggf1 (ENSIPUG00000021569)	psmb7 (ENSIPUG00000021532)	f2rl1 (ENSIPUG00000021530) #20	ENSIPUG00000021507	ch25hl2 (ENSIPUG00000021505)	s100z (ENSIPUG00000021500) #22	otpa (ENSIPUG00000021492)	tbca (ENSIPUG00000021474)	ap3b1 (ENSIPUG00000021394)	EGFL7 (ENSIPUG00000021382)	agpat2 (ENSIPUG00000021366)	fam69b (ENSIPUG00000021354)	ppp1r26 (ENSIPUG00000021349)	olfm1b (ENSIPUG00000021337)	cdk9 (ENSIPUG00000021318)	CDK9 (ENSIPUG00000021301)	FNBP1 (ENSIPUG00000021216)	ENSIPUG00000021199	ENSIPUG00000021195	ENSIPUG00000021157	FPGS (ENSIPUG00000021134)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	73							ENSGT00940000155152.e	ENSGT00940000156261	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603.hb	ENSGT00940000160015	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00940000156959.A.c.a	ENSGT00940000159211.C.jb.b	ENSGT00950000183047.d.e
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	67							ENSGT00940000155152.e	ENSGT00940000156261	ENSGT00940000159990	ENSGT00940000157419	ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b	ENSGT01050000244840.A.a.b.f #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.b #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603.hb	ENSGT00940000160015	ENSGT00390000008726.h.a	ENSGT00390000006452.b.a	ENSGT00390000017382	ENSGT00390000014118	ENSGT00950000183007.b.e.b.a.d	ENSGT00940000156959.A.c.a	ENSGT00940000159211.C.jb.b
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	1866																s100z (ENSPNAG00000001771) #22
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	5	ENSAMXG00000037670	ENSAMXG00000036268	f2rl1.1 (ENSAMXG00000040817) #20	F2R (ENSAMXG00000032056) #19	ENSAMXG00000039800	f2rl1.1 (ENSAMXG00000038686) #20	f2rl1.1 (ENSAMXG00000033732) #20	f2rl1.1 (ENSAMXG00000032386) #20	f2rl1.1 (ENSAMXG00000029451) #20	f2rl1.1 (ENSAMXG00000029935) #20	f2rl1.1 (ENSAMXG00000019610) #20	f2rl1.1 (ENSAMXG00000035707) #20	f2rl1.1 (ENSAMXG00000041729) #20	f2rl1.2 (ENSAMXG00000041505) #20	ch25hl2 (ENSAMXG00000024958)	s100z (ENSAMXG00000036740) #22	crhbp (ENSAMXG00000019578) #23	aggf1 (ENSAMXG00000042451)	PDE8B (ENSAMXG00000019516)	wdr41 (ENSAMXG00000019497)	otpa (ENSAMXG00000005573)	tbca (ENSAMXG00000038893)	AP3B1 (ENSAMXG00000041586)	ENSAMXG00000039059	ENSAMXG00000033430	egfl7 (ENSAMXG00000037257)	agpat2 (ENSAMXG00000030286)	dipk1b (ENSAMXG00000030250)	ENSAMXG00000029280	ENSAMXG00000037986	ENSAMXG00000034188
Electric eel	DUPLICATION
Electric eel	MODERN SPECIES	1031														TRIM46 (ENSEEEG00000011761)	krtcap2 (ENSEEEG00000011834)	ENSEEEG00000011836 #22	icn (ENSEEEG00000011837)	snx27b (ENSEEEG00000011844)	adar (ENSEEEG00000011947)
Electric eel	MODERN SPECIES	330															ch25hl2 (ENSEEEG00000024606)	s100z (ENSEEEG00000024607) #22	crhbp (ENSEEEG00000024609) #23	aggf1 (ENSEEEG00000024610)	PDE8B (ENSEEEG00000024611)	wdr41 (ENSEEEG00000024613)	otpa (ENSEEEG00000024614)	tbca (ENSEEEG00000024615)	ENSEEEG00000024616	AP3B1 (ENSEEEG00000024617)	zeb2b (ENSEEEG00000024618)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	83										ENSGT00940000164571	ENSGT00950000182940.b.b.h #16	ENSGT01050000244840.A.b.b #17	ENSGT01050000244840.A.a.b.h #19	ENSGT01050000244840.A.a.a.h.a #20	ENSGT00940000163793.A.a	ENSGT00940000161125 #22	ENSGT00390000001362.b #23	ENSGT00730000111121	ENSGT00940000157817	ENSGT00390000017026	ENSGT00940000159952.a.b	ENSGT00390000009710	ENSGT00940000157603	ENSGT00940000157310.j	ENSGT00990000203589.b.b.d	ENSGT00940000158270	ENSGT00940000158176	ENSGT00390000003122.a	ENSGT00510000046704.b.a.e	ENSGT00940000156354.m	ENSGT00940000156640
Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	15	golph3l (ENSSFOG00015030024)	onecutl (ENSSFOG00015028071)	ENSSFOG00015003456	ENSSFOG00015003489	ENSSFOG00015007407	ENSSFOG00015007235	ENSSFOG00015006339	ENSSFOG00015007451	ENSSFOG00015007675	ENSSFOG00015004423	CTSK (ENSSFOG00015026714)	lingo4a (ENSSFOG00015007697)	si:ch211-113g11.6 (ENSSFOG00015007705)	mrpl9 (ENSSFOG00015008036)	ENSSFOG00015007739	ENSSFOG00015008049 #22	prcc (ENSSFOG00015008087)	HDGF (ENSSFOG00015029454)	mrpl24 (ENSSFOG00015008161)	ENSSFOG00015008192	rhbg (ENSSFOG00015008244)	mef2d (ENSSFOG00015008372)	ENSSFOG00015008427	APOA1BP (ENSSFOG00015008464)	ENSSFOG00015008507	LMNA (ENSSFOG00015008546)	ENSSFOG00015030773	rab11al (ENSSFOG00015028707)	rab25a (ENSSFOG00015028188)	UBQLN4 (ENSSFOG00015008691)	rpz4 (ENSSFOG00015008728)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	21	ENC1 (ENSSFOG00015025627)	hexb (ENSSFOG00015015989)	gfm2 (ENSSFOG00015016059)	nsa2 (ENSSFOG00015016191)	fam169aa (ENSSFOG00015016217) #7	GCNT4 (ENSSFOG00015016238) #9	hmgcra (ENSSFOG00015016250) #11	ENSSFOG00015016294 #12	ENSSFOG00015016366	SV2C (ENSSFOG00015016383) #16	F2RL2 (ENSSFOG00015029501) #17	F2R (ENSSFOG00015028768) #19	f2rl1.1 (ENSSFOG00015016419) #20	ch25hl2 (ENSSFOG00015028366)	ENSSFOG00015016427	s100z (ENSSFOG00015016441) #22	crhbp (ENSSFOG00015016445) #23	aggf1 (ENSSFOG00015016459)	PDE8B (ENSSFOG00015016473)	wdr41 (ENSSFOG00015016506)	otpa (ENSSFOG00015016563)	tbca (ENSSFOG00015030159)	AP3B1 (ENSSFOG00015016624)	SCAMP1 (ENSSFOG00015016716)	lhfpl2a (ENSSFOG00015031014)	ARSB (ENSSFOG00015016765)	DMGDH (ENSSFOG00015016787)	bhmt (ENSSFOG00015016840)	JMY (ENSSFOG00015016891)	homer1b (ENSSFOG00015016907)	tent2 (ENSSFOG00015016954)
P. kingsleyae	DUPLICATION
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	256											ENSPKIG00000021515	CTSK (ENSPKIG00000021458)	lingo4a (ENSPKIG00000021436)	si:ch211-113g11.6 (ENSPKIG00000021361)	mrpl9 (ENSPKIG00000021327)	ENSPKIG00000021296 #22	prcc (ENSPKIG00000021265)	HDGF (ENSPKIG00000021241)	mrpl24 (ENSPKIG00000021226)	ENSPKIG00000021193	rhbg (ENSPKIG00000021145)	ENSPKIG00000021128	naxe (ENSPKIG00000021115)	ENSPKIG00000021015	LMNA (ENSPKIG00000020936)	ENSPKIG00000020911	rab11al (ENSPKIG00000020893)	rab25a (ENSPKIG00000020869)	UBQLN4 (ENSPKIG00000020843)	rpz4 (ENSPKIG00000020827)	ENSPKIG00000020809
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	2	FAM169A (ENSPKIG00000018819) #7	GCNT4 (ENSPKIG00000018802) #9	hmgcra (ENSPKIG00000018702) #11	ENSPKIG00000018585 #12	ENSPKIG00000018516	ENSPKIG00000018484	SV2C (ENSPKIG00000018429) #16	F2RL2 (ENSPKIG00000018396) #17	F2R (ENSPKIG00000018365) #19	f2rl1.2 (ENSPKIG00000018335) #20	f2rl1.1 (ENSPKIG00000018318) #20	f2rl1.1 (ENSPKIG00000018310) #20	f2rl1.2 (ENSPKIG00000018301) #20	ch25hl2 (ENSPKIG00000018280)	ENSPKIG00000018266	s100z (ENSPKIG00000018247) #22	crhbp (ENSPKIG00000018218) #23	aggf1 (ENSPKIG00000018193)	PDE8B (ENSPKIG00000018112)	wdr41 (ENSPKIG00000018046)	otpa (ENSPKIG00000018024)	tbca (ENSPKIG00000018004)	AP3B1 (ENSPKIG00000017939)	SCAMP1 (ENSPKIG00000017903)	lhfpl2a (ENSPKIG00000017855)	ARSB (ENSPKIG00000017800)	DMGDH (ENSPKIG00000017764)	bhmt (ENSPKIG00000017692)	JMY (ENSPKIG00000017638)	homer1b (ENSPKIG00000017568)	tent2 (ENSPKIG00000017504)
Elephant shark	DUPLICATION
Elephant shark	MODERN SPECIES	1549	pik3r2 (ENSCMIG00000006897)	MAST3 (ENSCMIG00000006760)	ENSCMIG00000006728	klhl26 (ENSCMIG00000006708)	crtc1a (ENSCMIG00000006701)	ENSCMIG00000006370	upf1 (ENSCMIG00000006233)	ddx49 (ENSCMIG00000006215)	homer3b (ENSCMIG00000006208)	kxd1 (ENSCMIG00000006204)	ENSCMIG00000006201	uba52 (ENSCMIG00000006182)	ENSCMIG00000006176 ##17	ENSCMIG00000006170 ##17	S100A1 (ENSCMIG00000006167)	ENSCMIG00000006166 #22	ENSCMIG00000006163	ENSCMIG00000006159	ENSCMIG00000006155	sin3b (ENSCMIG00000006128)	TPGS1 (ENSCMIG00000006107)	ENSCMIG00000006104	shc2 (ENSCMIG00000006075)	lsm4 (ENSCMIG00000006055)	jund (ENSCMIG00000006046)	ENSCMIG00000006040	ENSCMIG00000006039	ENSCMIG00000006036	ENSCMIG00000006033	ENSCMIG00000006031	MYO9B (ENSCMIG00000006006)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1625	hmgcra (ENSCMIG00000000216) #11	CERT1 (ENSCMIG00000000500) #12	ENSCMIG00000000697 #13	ENSCMIG00000000705 #13	ENSCMIG00000000718 #13	ENSCMIG00000000736 #14	ENSCMIG00000000756	sv2ca (ENSCMIG00000000779) #16	ENSCMIG00000000914 ##18	F2RL2 (ENSCMIG00000001290) #17	F2R (ENSCMIG00000001296) #19	ENSCMIG00000001298 #19	f2rl1.1 (ENSCMIG00000001302) #20	ENSCMIG00000001311	ch25hl2 (ENSCMIG00000001313)	s100z (ENSCMIG00000001333) #22	crhbp (ENSCMIG00000001390) #23	aggf1 (ENSCMIG00000001406)	ENSCMIG00000001456	ENSCMIG00000001540	wdr41 (ENSCMIG00000001693)	otpa (ENSCMIG00000001871)	tbca (ENSCMIG00000001877)