Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000003290	ENSGT00940000156334 #7	ENSGT00940000158165 #8	ENSGT00390000005848 #9	ENSGT00940000157275 #10	ENSGT00940000154003.A #12	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.b.a.b #13	ENSGT00390000014448 #14	ENSGT00940000157983 #15	ENSGT00390000010491.e #16	ENSGT00540000070023.d ##17	ENSGT00940000155210.a.b #18	ENSGT00940000156910 #19	ENSGT00510000046843.b #20	ENSGT00430000032851 #21	ENSGT00950000182952.C #22	ENSGT00940000158382 #23	ENSGT00940000158177.b #24	ENSGT00940000158968 #25	ENSGT00940000157574 #26	ENSGT00730000111529 #27	ENSGT00940000158686 #28	ENSGT00940000160413 #29	ENSGT00940000158342.b #30	ENSGT00390000018272 #31	ENSGT00940000157538 #33	ENSGT00730000111039.C #34	ENSGT00500000044938 #35	ENSGT00920000149095.b #36	ENSGT00940000155352	ENSGT00640000091574
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000003290	ENSGT00940000156334 #7	ENSGT00940000158165 #8	ENSGT00390000005848 #9	ENSGT00940000157275 #10	ENSGT00940000154003.A #12	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.b.a.b #13	ENSGT00390000014448 #14	ENSGT00940000157983 #15	ENSGT00390000010491.e.a #16	ENSGT00540000070023.d ##17	ENSGT00940000155210.a.b #18	ENSGT00940000156910 #19	ENSGT00510000046843.b #20	ENSGT00430000032851 #21	ENSGT00950000182952.C #22	ENSGT00940000158382 #23	ENSGT00940000158177.b #24	ENSGT00940000158968 #25	ENSGT00940000157574 #26	ENSGT00730000111529 #27	ENSGT00940000158686 #28	ENSGT00940000160413 #29	ENSGT00940000158342.b #30	ENSGT00390000018272 #31	ENSGT00940000157538 #33	ENSGT00730000111039.C #34	ENSGT00500000044938 #35	ENSGT00920000149095.b #36	ENSGT00390000009130.a.a.b.h	ENSGT00940000155352
Alpin marmot	MODERN SPECIES	11	FGD6 (ENSMMMG00000020186) #7	NR2C1 (ENSMMMG00000020203) #8	NDUFA12 (ENSMMMG00000020249) #9	TMCC3 (ENSMMMG00000020256) #10	ENSMMMG00000020271 #11	CEP83 (ENSMMMG00000020275) #12	PLXNC1 (ENSMMMG00000020295) #13	CRADD (ENSMMMG00000020454) #14	SOCS2 (ENSMMMG00000020455) #15	ENSMMMG00000020461 #16	ENSMMMG00000020474 #17	ENSMMMG00000020505 #18	EEA1 (ENSMMMG00000020523) #19	ENSMMMG00000020545 #20	ENSMMMG00000020551 #21	BTG1 (ENSMMMG00000020559) #22	DCN (ENSMMMG00000020572) #23	LUM (ENSMMMG00000020574) #24	KERA (ENSMMMG00000020583) #25	EPYC (ENSMMMG00000020588) #26	CCER1 (ENSMMMG00000020597) #27	ATP2B1 (ENSMMMG00000020615) #28	POC1B (ENSMMMG00000020630) #29	DUSP6 (ENSMMMG00000020660) #30	KITLG (ENSMMMG00000000026) #31	ENSMMMG00000000046 #32	TMTC3 (ENSMMMG00000000074) #33	CEP290 (ENSMMMG00000000165) #34	C12orf29 (ENSMMMG00000000596) #35	C12orf50 (ENSMMMG00000000632) #36	ENSMMMG00000000830 #37
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000003290	ENSGT00940000156334 #7	ENSGT00940000158165 #8	ENSGT00390000005848 #9	ENSGT00940000157275 #10	ENSGT00940000154003.A #12	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.b.a.b #13	ENSGT00390000014448 #14	ENSGT00940000157983 #15	ENSGT00390000010491.e.a #16	ENSGT00540000070023.d ##17	ENSGT00940000155210.a.b #18	ENSGT00940000156910 #19	ENSGT00510000046843.b #20	ENSGT00430000032851 #21	ENSGT00950000182952.C #22	ENSGT00940000158382 #23	ENSGT00940000158177.b #24	ENSGT00940000158968 #25	ENSGT00940000157574 #26	ENSGT00730000111529 #27	ENSGT00940000158686 #28	ENSGT00940000160413 #29	ENSGT00940000158342.b #30	ENSGT00390000018272 #31	ENSGT00940000157538 #33	ENSGT00730000111039.C #34	ENSGT00500000044938 #35	ENSGT00920000149095.b #36	ENSGT00390000009130.a.a.b.h	ENSGT00940000155352
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	6	VEZT (ENSUPAG00010006572)	FGD6 (ENSUPAG00010006610) #7	NR2C1 (ENSUPAG00010006765) #8	NDUFA12 (ENSUPAG00010006899) #9	TMCC3 (ENSUPAG00010006912) #10	CEP83 (ENSUPAG00010006959) #12	PLXNC1 (ENSUPAG00010006977) #13	CRADD (ENSUPAG00010007012) #14	SOCS2 (ENSUPAG00010007030) #15	ENSUPAG00010007046 #16	ENSUPAG00010007081 ##17	ENSUPAG00010007093 #18	EEA1 (ENSUPAG00010007100) #19	ENSUPAG00010007127 #20	ENSUPAG00010007147 #21	BTG1 (ENSUPAG00010007152) #22	DCN (ENSUPAG00010007176) #23	LUM (ENSUPAG00010007216) #24	KERA (ENSUPAG00010007225) #25	EPYC (ENSUPAG00010007237) #26	CCER1 (ENSUPAG00010007261) #27	ATP2B1 (ENSUPAG00010007267) #28	POC1B (ENSUPAG00010007342) #29	DUSP6 (ENSUPAG00010007403) #30	KITLG (ENSUPAG00010007417) #31	TMTC3 (ENSUPAG00010007444) #33	CEP290 (ENSUPAG00010007458) #34	C12orf29 (ENSUPAG00010007666) #35	C12orf50 (ENSUPAG00010007681) #36	ENSUPAG00010007903
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	591																ENSSTOG00000019635 #22
Squirrel	MODERN SPECIES	107	USP44 (ENSSTOG00000023944)	METAP2 (ENSSTOG00000006960)	VEZT (ENSSTOG00000016388)	FGD6 (ENSSTOG00000016385) #7	NR2C1 (ENSSTOG00000027488) #8	TMCC3 (ENSSTOG00000015074) #10	CEP83 (ENSSTOG00000000737) #12	PLXNC1 (ENSSTOG00000000728) #13	ENSSTOG00000021839	CRADD (ENSSTOG00000012496) #14	SOCS2 (ENSSTOG00000012493) #15	MRPL42 (ENSSTOG00000026544) #16	ENSSTOG00000002166 ##17	ENSSTOG00000020306 #18	EEA1 (ENSSTOG00000001792) #19	ENSSTOG00000010616 #22	DCN (ENSSTOG00000008917) #23	LUM (ENSSTOG00000008915) #24	KERA (ENSSTOG00000011961) #25	EPYC (ENSSTOG00000023957) #26	CCER1 (ENSSTOG00000031809) #27	ATP2B1 (ENSSTOG00000016072) #28	POC1B (ENSSTOG00000006306) #29	DUSP6 (ENSSTOG00000006279) #30	KITLG (ENSSTOG00000031402) #31	ENSSTOG00000031881	TMTC3 (ENSSTOG00000004530) #33	CEP290 (ENSSTOG00000004444) #34	C12orf29 (ENSSTOG00000021949) #35	C12orf50 (ENSSTOG00000004396) #36	ENSSTOG00000032276
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	14	TMCC3 (ENSSVLG00005004280) #10	CEP83 (ENSSVLG00005004243) #12	PLXNC1 (ENSSVLG00005004224) #13	CRADD (ENSSVLG00005004194) #14	SOCS2 (ENSSVLG00005004170) #15	ENSSVLG00005004158	ENSSVLG00005004136 ##16	ENSSVLG00005004122	UBE2N (ENSSVLG00005004108) ##17	ENSSVLG00005004086 #18	ENSSVLG00005004071	ENSSVLG00005004057	EEA1 (ENSSVLG00005004013) #19	ENSSVLG00005003978 #20	ENSSVLG00005003961 #21	BTG1 (ENSSVLG00005003939) #22	DCN (ENSSVLG00005003889) #23	LUM (ENSSVLG00005003829) #24	KERA (ENSSVLG00005003814) #25	EPYC (ENSSVLG00005003799) #26	CCER1 (ENSSVLG00005003787) #27	ENSSVLG00005003775	ATP2B1 (ENSSVLG00005003665) #28	POC1B (ENSSVLG00005003557) #29	DUSP6 (ENSSVLG00005003537) #30	ENSSVLG00005003526	KITLG (ENSSVLG00005003404) #31	TMTC3 (ENSSVLG00005003348) #33	CEP290 (ENSSVLG00005003075) #34	ENSSVLG00005002975 #35	C12orf50 (ENSSVLG00005002902) #36