Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160065 ENSGT00940000155609 ENSGT00950000183092.a ENSGT00940000161040 ENSGT00390000002762.a.a ENSGT00950000182883.b.a.b ENSGT00940000157899.b ENSGT01080000257420.C.b.a ENSGT00390000006330.a.b ENSGT00390000002174.a ENSGT00940000160660 ENSGT00390000000335 ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000154118.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000154118.b #22 ENSGT00940000161764 #23 ENSGT00940000162028 ENSGT00390000011466 ENSGT00440000033468.c.a ENSGT00940000154256 ENSGT00550000074800 ENSGT00940000159490 ENSGT00940000155250 ENSGT00390000010463.a.a.a ENSGT00940000159780 ENSGT00940000156260 ENSGT00390000015124 ENSGT00500000045104.h ENSGT00500000045104.g ENSGT01050000244905.C Tree shrew MODERN SPECIES 10465 RDH16 (ENSTBEG00000015696) #22 SDR9C7 (ENSTBEG00000015595) #23 Glires ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000160065 ENSGT00940000155609 ENSGT00950000183092.a ENSGT00940000161040 ENSGT00390000002762.a.a ENSGT00950000182883.b.a.b 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ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000162107 ENSGT00940000160065 ENSGT00940000155609 ENSGT00950000183092.a ENSGT00940000161040 ENSGT00390000002762.a.a ENSGT00950000182883.b.a.b ENSGT00940000157899.b ENSGT01080000257420.C.b.a ENSGT00390000006330.a.b ENSGT00390000002174.a ENSGT00940000160660 ENSGT00390000000335 ENSGT00940000160722 ENSGT00940000154307.D ENSGT00940000154118.b #22 ENSGT00940000161764 #23 ENSGT00940000162028 ENSGT00390000011466 ENSGT00440000033468.c.a ENSGT00940000154256 ENSGT00550000074800 ENSGT00940000159490 ENSGT00940000155250 ENSGT00390000010463.a.a.a ENSGT00940000159780 ENSGT00940000156260 ENSGT00390000015124 ENSGT00500000045104.g ENSGT01050000244905.C ENSGT00390000006482 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000162107 ENSGT00940000160065 ENSGT00940000155609 ENSGT00950000183092.a ENSGT00940000161040 ENSGT00390000002762.a.a ENSGT00950000182883.b.a.b ENSGT00940000157899.b ENSGT01080000257420.C.b.a ENSGT00390000006330.a.b ENSGT00390000002174.a ENSGT00940000160660 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chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 165 NDUFA4L2 (ENSCLAG00000017351) SHMT2 (ENSCLAG00000014378) NXPH4 (ENSCLAG00000016280) LRP1 (ENSCLAG00000011741) STAT6 (ENSCLAG00000011587) NAB2 (ENSCLAG00000009310) NEMP1 (ENSCLAG00000011169) MYO1A (ENSCLAG00000009254) TAC3 (ENSCLAG00000014146) ZBTB39 (ENSCLAG00000012800) GPR182 (ENSCLAG00000012163) ENSCLAG00000009985 #22 ENSCLAG00000012992 ENSCLAG00000011030 #22 ENSCLAG00000013334 #22 ENSCLAG00000012956 #22 SDR9C7 (ENSCLAG00000009483) #23 ENSCLAG00000013306 PRIM1 (ENSCLAG00000010248) Naca (ENSCLAG00000013441) ENSCLAG00000013717 ATP5F1B (ENSCLAG00000011615) BAZ2A (ENSCLAG00000010711) RBMS2 (ENSCLAG00000012661) SPRYD4 (ENSCLAG00000013017) GLS2 (ENSCLAG00000009741) MIP (ENSCLAG00000009467) TIMELESS (ENSCLAG00000012850) APOF (ENSCLAG00000017022) STAT2 (ENSCLAG00000012105) IL23A (ENSCLAG00000011380) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 165 STAC3 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ENSGT00940000155250 ENSGT00390000010463.a.a.a ENSGT00940000159780 ENSGT00940000156260 ENSGT00390000015124 Mouse MODERN SPECIES 1 Inhbe (ENSMUSG00000047492) Inhbc (ENSMUSG00000025405) R3hdm2 (ENSMUSG00000025404) Stac3 (ENSMUSG00000040287) Ndufa4l2 (ENSMUSG00000040280) Shmt2 (ENSMUSG00000025403) Nxph4 (ENSMUSG00000040258) Lrp1 (ENSMUSG00000040249) Stat6 (ENSMUSG00000002147) Nab2 (ENSMUSG00000025402) Nemp1 (ENSMUSG00000040195) Myo1a (ENSMUSG00000025401) Tac2 (ENSMUSG00000025400) Zbtb39 (ENSMUSG00000044617) Gpr182 (ENSMUSG00000058396) Rdh1 (ENSMUSG00000089789) #22 Rdh16f1 (ENSMUSG00000099009) Rdh9 (ENSMUSG00000056148) #22 Rdh16 (ENSMUSG00000069456) #22 Rdh19 (ENSMUSG00000054052) #22 Rdh16f2 (ENSMUSG00000074639) #22 Rdh7 (ENSMUSG00000040134) #22 Sdr9c7 (ENSMUSG00000040127) #23 Hsd17b6 (ENSMUSG00000025396) Prim1 (ENSMUSG00000025395) Naca (ENSMUSG00000061315) Ptges3 (ENSMUSG00000071072) Atp5b (ENSMUSG00000025393) Baz2a (ENSMUSG00000040054) Rbms2 (ENSMUSG00000040043) Gls2 (ENSMUSG00000044005) Shrew mouse DUPLICATION Shrew mouse MODERN SPECIES 22 Inhbe (MGP_PahariEiJ_G0031191) Inhbc (MGP_PahariEiJ_G0031190) R3hdm2 (MGP_PahariEiJ_G0031189) Stac3 (MGP_PahariEiJ_G0031188) Ndufa4l2 (MGP_PahariEiJ_G0031187) Shmt2 (MGP_PahariEiJ_G0031186) Nxph4 (MGP_PahariEiJ_G0031185) Lrp1 (MGP_PahariEiJ_G0031184) Stat6 (MGP_PahariEiJ_G0031183) Nab2 (MGP_PahariEiJ_G0031182) Nemp1 (MGP_PahariEiJ_G0031181) Myo1a (MGP_PahariEiJ_G0031180) Tac2 (MGP_PahariEiJ_G0031179) Zbtb39 (MGP_PahariEiJ_G0031178) Gpr182 (MGP_PahariEiJ_G0031177) MGP_PahariEiJ_G0031176 #22 MGP_PahariEiJ_G0031175 #22 MGP_PahariEiJ_G0031174 #22 MGP_PahariEiJ_G0031173 #22 Rdh16f2 (MGP_PahariEiJ_G0031172) #22 MGP_PahariEiJ_G0031171 #22 Sdr9c7 (MGP_PahariEiJ_G0031170) #23 Hsd17b6 (MGP_PahariEiJ_G0031169) Prim1 (MGP_PahariEiJ_G0031168) Naca (MGP_PahariEiJ_G0031167) Atp5b (MGP_PahariEiJ_G0031165) Baz2a (MGP_PahariEiJ_G0031164) Rbms2 (MGP_PahariEiJ_G0031163) Gls2 (MGP_PahariEiJ_G0031162) Spryd4 (MGP_PahariEiJ_G0031161) Mip (MGP_PahariEiJ_G0031160) Shrew mouse MODERN SPECIES 22 Inhbc (MGP_PahariEiJ_G0031190) R3hdm2 (MGP_PahariEiJ_G0031189) Stac3 (MGP_PahariEiJ_G0031188) Ndufa4l2 (MGP_PahariEiJ_G0031187) Shmt2 (MGP_PahariEiJ_G0031186) Nxph4 (MGP_PahariEiJ_G0031185) Lrp1 (MGP_PahariEiJ_G0031184) Stat6 (MGP_PahariEiJ_G0031183) Nab2 (MGP_PahariEiJ_G0031182) Nemp1 (MGP_PahariEiJ_G0031181) Myo1a (MGP_PahariEiJ_G0031180) Tac2 (MGP_PahariEiJ_G0031179) Zbtb39 (MGP_PahariEiJ_G0031178) Gpr182 (MGP_PahariEiJ_G0031177) MGP_PahariEiJ_G0031176 #22 MGP_PahariEiJ_G0031175 #22 MGP_PahariEiJ_G0031174 #22 MGP_PahariEiJ_G0031173 #22 Rdh16f2 (MGP_PahariEiJ_G0031172) #22 MGP_PahariEiJ_G0031171 #22 Sdr9c7 (MGP_PahariEiJ_G0031170) #23 Hsd17b6 (MGP_PahariEiJ_G0031169) Prim1 (MGP_PahariEiJ_G0031168) Naca (MGP_PahariEiJ_G0031167) Atp5b (MGP_PahariEiJ_G0031165) Baz2a (MGP_PahariEiJ_G0031164) Rbms2 (MGP_PahariEiJ_G0031163) Gls2 (MGP_PahariEiJ_G0031162) Spryd4 (MGP_PahariEiJ_G0031161) Mip (MGP_PahariEiJ_G0031160) Timeless (MGP_PahariEiJ_G0031159) Rat MODERN SPECIES 17 Inhbe (ENSRNOG00000007601) Inhbc (ENSRNOG00000007700) R3hdm2 (ENSRNOG00000007801) Stac3 (ENSRNOG00000008050) Ndufa4l2 (ENSRNOG00000031851) Shmt2 (ENSRNOG00000008106) Nxph4 (ENSRNOG00000025059) Lrp1 (ENSRNOG00000025053) Stat6 (ENSRNOG00000025023) Nemp1 (ENSRNOG00000046492) Nab2 (ENSRNOG00000008415) Myo1a (ENSRNOG00000004177) Tac3 (ENSRNOG00000004229) Zbtb39 (ENSRNOG00000004306) Gpr182 (ENSRNOG00000004311) Rdh16 (ENSRNOG00000029651) #22 ENSRNOG00000067654 Rdh7 (ENSRNOG00000004391) #22 Sdr9c7 (ENSRNOG00000004459) #23 Uqcrb (ENSRNOG00000024967) Mterf3 (ENSRNOG00000004492) Ptdss1 (ENSRNOG00000052289) AABR07057438.1 (ENSRNOG00000033952) Sdc2 (ENSRNOG00000004936) Cpq (ENSRNOG00000005931) Tspyl5 (ENSRNOG00000006278) RGD1562404 (ENSRNOG00000014169) ENSRNOG00000066306 Mtdh (ENSRNOG00000006870) ENSRNOG00000068626 Laptm4b (ENSRNOG00000006766) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154118.b.x #22 Mus ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01050000244905.C 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