Amniota	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Theria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00960000188521	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
Primates	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000011417.l.b
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1197									DMAC1 (ENSANAG00000029014) #15	ENSANAG00000033377 #16	KDM4C (ENSANAG00000024798) #17	GLDC (ENSANAG00000034753) #18	UHRF2 (ENSANAG00000025453) #19	ENSANAG00000028396 #20	ENSANAG00000024963 #21	SMAD6 (ENSANAG00000020717) #22	SMAD3 (ENSANAG00000001462) #23	ENSANAG00000031752 #24	AAGAB (ENSANAG00000038049) #25	ENSANAG00000037777 #26	IQCH (ENSANAG00000037205) #27	C15orf61 (ENSANAG00000019347) #28	ENSANAG00000033304 #29	MAP2K5 (ENSANAG00000026610) #30	SKOR1 (ENSANAG00000026767) #31	PIAS1 (ENSANAG00000023771) #32	CALML4 (ENSANAG00000036088) #33	ENSANAG00000035306 #34	ENSANAG00000022199 #35	CLN6 (ENSANAG00000031462) #36	FEM1B (ENSANAG00000036003) #37
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00940000170330	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000005362
Marmoset	MODERN SPECIES	1	DPP8 (ENSCJAG00000006987)	HACD3 (ENSCJAG00000007084)	INTS14 (ENSCJAG00000007118)	SLC24A1 (ENSCJAG00000007180)	DENND4A (ENSCJAG00000007209)	RAB11A (ENSCJAG00000042037)	ENSCJAG00000083582	MEGF11 (ENSCJAG00000007353)	DIS3L (ENSCJAG00000007411)	ENSCJAG00000085355	MAP2K1 (ENSCJAG00000007460)	SNAPC5 (ENSCJAG00000070895)	ENSCJAG00000007491	ZWILCH (ENSCJAG00000007524)	LCTL (ENSCJAG00000007558)	SMAD6 (ENSCJAG00000044644) #22	SMAD3 (ENSCJAG00000002088) #23	AAGAB (ENSCJAG00000002113) #25	IQCH (ENSCJAG00000002130) #27	ENSCJAG00000051609	ENSCJAG00000073121	C15orf61 (ENSCJAG00000054412) #28	MAP2K5 (ENSCJAG00000002156) #30	SKOR1 (ENSCJAG00000002196) #31	PIAS1 (ENSCJAG00000002224) #32	CALML4 (ENSCJAG00000002243) #33	ENSCJAG00000002250 #36	ENSCJAG00000074396	FEM1B (ENSCJAG00000002264) #37	ITGA11 (ENSCJAG00000002269)	CORO2B (ENSCJAG00000002319)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb	ENSGT01020000230346.C.c.b.a.b.a.b
Capuchin	MODERN SPECIES	248	TFAP2B (ENSCCAG00000036297)	TFAP2D (ENSCCAG00000027869)	DEFB110 (ENSCCAG00000030485)	DEFB113 (ENSCCAG00000014271)	DEFB114 (ENSCCAG00000027397)	CRISP1 (ENSCCAG00000024689)	PGK2 (ENSCCAG00000004646)	CRISP3 (ENSCCAG00000027207)	CRISP2 (ENSCCAG00000035454)	RHAG (ENSCCAG00000027136)	MAP2K1 (ENSCCAG00000024279)	SNAPC5 (ENSCCAG00000020529)	ENSCCAG00000022533	ZWILCH (ENSCCAG00000027333)	LCTL (ENSCCAG00000000633)	SMAD6 (ENSCCAG00000026913) #22	SMAD3 (ENSCCAG00000020767) #23	AAGAB (ENSCCAG00000024283) #25
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	76										MAP2K1 (ENSSBOG00000023083)	SNAPC5 (ENSSBOG00000028815)	ENSSBOG00000015863	ZWILCH (ENSSBOG00000033149)	ENSSBOG00000031231	LCTL (ENSSBOG00000023227)	ENSSBOG00000022363 #22	SMAD3 (ENSSBOG00000020894) #23	AAGAB (ENSSBOG00000035741) #25	IQCH (ENSSBOG00000024935) #27	C15orf61 (ENSSBOG00000022188) #28	MAP2K5 (ENSSBOG00000028179) #30	SKOR1 (ENSSBOG00000031705) #31	ENSSBOG00000032111	PIAS1 (ENSSBOG00000030212) #32	CALML4 (ENSSBOG00000031073) #33	CLN6 (ENSSBOG00000035779) #36	FEM1B (ENSSBOG00000030419) #37	ITGA11 (ENSSBOG00000030635)	CORO2B (ENSSBOG00000019665)	ANP32A (ENSSBOG00000030699)	ENSSBOG00000020197
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000011417.l
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000011417.l
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000005362
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000011417.l
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	77	DPP8 (ENSMNEG00000033598)	HACD3 (ENSMNEG00000037877)	INTS14 (ENSMNEG00000039516)	SLC24A1 (ENSMNEG00000041188)	DENND4A (ENSMNEG00000031159)	RAB11A (ENSMNEG00000043040)	MEGF11 (ENSMNEG00000028540)	DIS3L (ENSMNEG00000035066)	TIPIN (ENSMNEG00000031947)	MAP2K1 (ENSMNEG00000027299)	SNAPC5 (ENSMNEG00000032504)	ENSMNEG00000027886	ZWILCH (ENSMNEG00000034955)	LCTL (ENSMNEG00000002923)	ENSMNEG00000031888 #21	SMAD6 (ENSMNEG00000034598) #22	ENSMNEG00000032567	ENSMNEG00000030486	SMAD3 (ENSMNEG00000033094) #23	AAGAB (ENSMNEG00000040056) #25	IQCH (ENSMNEG00000034386) #27	C15orf61 (ENSMNEG00000034192) #28	MAP2K5 (ENSMNEG00000043681) #30	SKOR1 (ENSMNEG00000032875) #31	PIAS1 (ENSMNEG00000030278) #32	CALML4 (ENSMNEG00000033193) #33	CLN6 (ENSMNEG00000034743) #36	FEM1B (ENSMNEG00000033491) #37	ITGA11 (ENSMNEG00000031314)	CORO2B (ENSMNEG00000028626)	ANP32A (ENSMNEG00000043179)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000005362
Rhesus	MODERN SPECIES	17	DPP8 (ENSMMUG00000015447)	HACD3 (ENSMMUG00000015450)	INTS14 (ENSMMUG00000008095)	SLC24A1 (ENSMMUG00000022059)	DENND4A (ENSMMUG00000022056)	RAB11A (ENSMMUG00000008006)	MEGF11 (ENSMMUG00000008007)	DIS3L (ENSMMUG00000003693)	TIPIN (ENSMMUG00000003695)	MAP2K1 (ENSMMUG00000016840)	SNAPC5 (ENSMMUG00000060148)	RPL4 (ENSMMUG00000016844)	ZWILCH (ENSMMUG00000029588)	LCTL (ENSMMUG00000017447)	ENSMMUG00000063378	SMAD6 (ENSMMUG00000019018) #22	ENSMMUG00000057696	SMAD3 (ENSMMUG00000015455) #23	ENSMMUG00000051534	AAGAB (ENSMMUG00000041415) #25	IQCH (ENSMMUG00000015458) #27	C7H15orf61 (ENSMMUG00000060549) #28	MAP2K5 (ENSMMUG00000014482) #30	SKOR1 (ENSMMUG00000014485) #31	PIAS1 (ENSMMUG00000011699) #32	CLN6 (ENSMMUG00000011703) #36	FEM1B (ENSMMUG00000008311) #37	ITGA11 (ENSMMUG00000004026)	CORO2B (ENSMMUG00000006356)	ANP32A (ENSMMUG00000022717)	ENSMMUG00000064021
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000005362
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a.c.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000005362
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	336	DPP8 (ENSCATG00000037927)	HACD3 (ENSCATG00000030252)	INTS14 (ENSCATG00000039488)	SLC24A1 (ENSCATG00000034684)	DENND4A (ENSCATG00000030001)	RAB11A (ENSCATG00000034739)	MEGF11 (ENSCATG00000032543)	DIS3L (ENSCATG00000044661)	TIPIN (ENSCATG00000040328)	MAP2K1 (ENSCATG00000038127)	SNAPC5 (ENSCATG00000029571)	ENSCATG00000031544	ZWILCH (ENSCATG00000036836)	LCTL (ENSCATG00000033622)	ENSCATG00000019079 #21	SMAD6 (ENSCATG00000002013) #22	ENSCATG00000035445	ENSCATG00000000879	SMAD3 (ENSCATG00000009733) #23	AAGAB (ENSCATG00000043588) #25	IQCH (ENSCATG00000042766) #27	C15orf61 (ENSCATG00000012736) #28	MAP2K5 (ENSCATG00000040709) #30	SKOR1 (ENSCATG00000011653) #31	PIAS1 (ENSCATG00000010291) #32	CALML4 (ENSCATG00000040034) #33	CLN6 (ENSCATG00000003907) #36	FEM1B (ENSCATG00000044684) #37	ITGA11 (ENSCATG00000030599)	CORO2B (ENSCATG00000040950)	ENSCATG00000024063
Olive baboon	MODERN SPECIES	17	HACD3 (ENSPANG00000016698)	INTS14 (ENSPANG00000016699)	SLC24A1 (ENSPANG00000016700)	DENND4A (ENSPANG00000016685)	RAB11A (ENSPANG00000016687)	MEGF11 (ENSPANG00000016670)	ENSPANG00000024144	ENSPANG00000046531	DIS3L (ENSPANG00000016671)	TIPIN (ENSPANG00000016672)	MAP2K1 (ENSPANG00000016664)	SNAPC5 (ENSPANG00000016665)	ENSPANG00000016666	ZWILCH (ENSPANG00000016646)	LCTL (ENSPANG00000016647)	SMAD6 (ENSPANG00000016648) #22	ENSPANG00000016626	SMAD3 (ENSPANG00000016627) #23	AAGAB (ENSPANG00000016628) #25	IQCH (ENSPANG00000016625) #27	C15orf61 (ENSPANG00000016591) #28	MAP2K5 (ENSPANG00000016592) #30	SKOR1 (ENSPANG00000016593) #31	ENSPANG00000043681	PIAS1 (ENSPANG00000016583) #32	CALML4 (ENSPANG00000016584) #33	CLN6 (ENSPANG00000016585) #36	ENSPANG00000037059	FEM1B (ENSPANG00000016581) #37	ITGA11 (ENSPANG00000016582)	CORO2B (ENSPANG00000016540)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	18	IGDCC4 (ENSCSAG00000012938)	DPP8 (ENSCSAG00000012960)	HACD3 (ENSCSAG00000012971)	INTS14 (ENSCSAG00000012981)	SLC24A1 (ENSCSAG00000013003)	DENND4A (ENSCSAG00000013032)	RAB11A (ENSCSAG00000013038)	MEGF11 (ENSCSAG00000013112)	DIS3L (ENSCSAG00000013140)	TIPIN (ENSCSAG00000013176)	MAP2K1 (ENSCSAG00000013191)	SNAPC5 (ENSCSAG00000013199)	ENSCSAG00000013205	ZWILCH (ENSCSAG00000013218)	LCTL (ENSCSAG00000013237)	SMAD6 (ENSCSAG00000013248) #22	ENSCSAG00000013271	ENSCSAG00000019736	SMAD3 (ENSCSAG00000013275) #23	AAGAB (ENSCSAG00000013281) #25	IQCH (ENSCSAG00000013352) #27	C15orf61 (ENSCSAG00000013380) #28	MAP2K5 (ENSCSAG00000013397) #30	SKOR1 (ENSCSAG00000013424) #31	PIAS1 (ENSCSAG00000013455) #32	CALML4 (ENSCSAG00000013468) #33	CLN6 (ENSCSAG00000013477) #36	ENSCSAG00000013485	ITGA11 (ENSCSAG00000013505)	CORO2B (ENSCSAG00000013518)	ANP32A (ENSCSAG00000013528)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub	ENSGT00390000005362
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1519	HACD3 (ENSRBIG00000040553)	INTS14 (ENSRBIG00000037004)	SLC24A1 (ENSRBIG00000029938)	DENND4A (ENSRBIG00000043812)	RAB11A (ENSRBIG00000035649)	MEGF11 (ENSRBIG00000032238)	DIS3L (ENSRBIG00000029360)	TIPIN (ENSRBIG00000035207)	MAP2K1 (ENSRBIG00000031516)	SNAPC5 (ENSRBIG00000033556)	ENSRBIG00000043139	ZWILCH (ENSRBIG00000043121)	ENSRBIG00000038789	LCTL (ENSRBIG00000034724)	ENSRBIG00000044058 #21	SMAD6 (ENSRBIG00000039005) #22	SMAD3 (ENSRBIG00000026650) #23	AAGAB (ENSRBIG00000027896) #25	IQCH (ENSRBIG00000037509) #27	C15orf61 (ENSRBIG00000041044) #28	MAP2K5 (ENSRBIG00000042741) #30	SKOR1 (ENSRBIG00000027225) #31	PIAS1 (ENSRBIG00000035465) #32	CALML4 (ENSRBIG00000022837) #33	CLN6 (ENSRBIG00000028123) #36	FEM1B (ENSRBIG00000029847) #37	ITGA11 (ENSRBIG00000032002)	CORO2B (ENSRBIG00000035447)	ANP32A (ENSRBIG00000032599)	SPESP1 (ENSRBIG00000038257)	NOX5 (ENSRBIG00000038740)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1106					RAB11A (ENSRROG00000035305)	MEGF11 (ENSRROG00000025747)	DIS3L (ENSRROG00000038323)	TIPIN (ENSRROG00000004107)	MAP2K1 (ENSRROG00000034405)	SNAPC5 (ENSRROG00000042536)	ENSRROG00000036201	ZWILCH (ENSRROG00000042656)	LCTL (ENSRROG00000040652)	ENSRROG00000034499	ENSRROG00000009183 #21	ENSRROG00000043245 #22	ENSRROG00000012076	ENSRROG00000003570	SMAD3 (ENSRROG00000024517) #23	AAGAB (ENSRROG00000042217) #25	IQCH (ENSRROG00000023549) #27	C15orf61 (ENSRROG00000026466) #28	MAP2K5 (ENSRROG00000043911) #30	ENSRROG00000000680 #29	SKOR1 (ENSRROG00000040038) #31	PIAS1 (ENSRROG00000029180) #32	CALML4 (ENSRROG00000045323) #33	CLN6 (ENSRROG00000033033) #36	FEM1B (ENSRROG00000030899) #37	ITGA11 (ENSRROG00000032503)	CORO2B (ENSRROG00000043899)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.b	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub
Gibbon	MODERN SPECIES	21	IGDCC4 (ENSNLEG00000012668)	DPP8 (ENSNLEG00000012689)	HACD3 (ENSNLEG00000012725)	INTS14 (ENSNLEG00000012745)	ENSNLEG00000012767	DENND4A (ENSNLEG00000012772)	RAB11A (ENSNLEG00000012853)	MEGF11 (ENSNLEG00000012863)	DIS3L (ENSNLEG00000012891)	TIPIN (ENSNLEG00000012909)	MAP2K1 (ENSNLEG00000012913)	SNAPC5 (ENSNLEG00000033124)	ENSNLEG00000012938	ZWILCH (ENSNLEG00000012950)	LCTL (ENSNLEG00000012956)	SMAD6 (ENSNLEG00000032864) #22	ENSNLEG00000028836	SMAD3 (ENSNLEG00000012983) #23	AAGAB (ENSNLEG00000013006) #25	IQCH (ENSNLEG00000013025) #27	C15orf61 (ENSNLEG00000013065) #28	MAP2K5 (ENSNLEG00000013066) #30	ENSNLEG00000032785 #29	SKOR1 (ENSNLEG00000013091) #31	ENSNLEG00000031759	PIAS1 (ENSNLEG00000013103) #32	ENSNLEG00000013164 #33	CLN6 (ENSNLEG00000013178) #36	FEM1B (ENSNLEG00000013213) #37	ITGA11 (ENSNLEG00000013220)	CORO2B (ENSNLEG00000013333)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.b	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub
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Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.b.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689
Pan	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.g.a	ENSGT00510000046986.m.a	ENSGT00940000153487.b.b.i.a	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a.b.a.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689
Chimpanzee	MODERN SPECIES	6	HACD3 (ENSPTRG00000007183)	INTS14 (ENSPTRG00000007184)	SLC24A1 (ENSPTRG00000007185)	DENND4A (ENSPTRG00000007186)	RAB11A (ENSPTRG00000044358)	MEGF11 (ENSPTRG00000007189)	DIS3L (ENSPTRG00000007191)	TIPIN (ENSPTRG00000007192)	ENSPTRG00000051889	MAP2K1 (ENSPTRG00000007193)	ENSPTRG00000049603	SNAPC5 (ENSPTRG00000007194)	RPL4 (ENSPTRG00000007195)	ZWILCH (ENSPTRG00000007196)	LCTL (ENSPTRG00000007197)	SMAD6 (ENSPTRG00000007198) #22	ENSPTRG00000044014 #21	ENSPTRG00000047146	SMAD3 (ENSPTRG00000007199) #23	AAGAB (ENSPTRG00000007202) #25	IQCH (ENSPTRG00000007205) #27	C15H15orf61 (ENSPTRG00000030250) #28	MAP2K5 (ENSPTRG00000007207) #30	ENSPTRG00000048990 #29	SKOR1 (ENSPTRG00000007209) #31	PIAS1 (ENSPTRG00000007210) #32	CALML4 (ENSPTRG00000007211) #33	CLN6 (ENSPTRG00000007212) #36	FEM1B (ENSPTRG00000007214) #37	ITGA11 (ENSPTRG00000007215)	CORO2B (ENSPTRG00000007218)
Bonobo	MODERN SPECIES	6	INTS14 (ENSPPAG00000030391)	SLC24A1 (ENSPPAG00000042941)	DENND4A (ENSPPAG00000022752)	RAB11A (ENSPPAG00000030195)	MEGF11 (ENSPPAG00000043580)	DIS3L (ENSPPAG00000019888)	TIPIN (ENSPPAG00000033427)	ENSPPAG00000041842	ENSPPAG00000038145	MAP2K1 (ENSPPAG00000028577)	ENSPPAG00000033063	SNAPC5 (ENSPPAG00000041196)	ENSPPAG00000035309	ZWILCH (ENSPPAG00000033861)	LCTL (ENSPPAG00000040836)	SMAD6 (ENSPPAG00000027722) #22	ENSPPAG00000036915 #21	ENSPPAG00000020485	SMAD3 (ENSPPAG00000033769) #23	AAGAB (ENSPPAG00000041055) #25	IQCH (ENSPPAG00000042974) #27	C15orf61 (ENSPPAG00000026999) #28	MAP2K5 (ENSPPAG00000036945) #30	ENSPPAG00000033373 #29	ENSPPAG00000036055 #31	PIAS1 (ENSPPAG00000041443) #32	ENSPPAG00000033363 #33	CLN6 (ENSPPAG00000030498) #36	FEM1B (ENSPPAG00000030523) #37	ITGA11 (ENSPPAG00000030683)	CORO2B (ENSPPAG00000030458)
Human	MODERN SPECIES	6	IGDCC4 (ENSG00000103742)	DPP8 (ENSG00000074603)	HACD3 (ENSG00000074696)	INTS14 (ENSG00000138614)	SLC24A1 (ENSG00000074621)	DENND4A (ENSG00000174485)	RAB11A (ENSG00000103769)	MEGF11 (ENSG00000157890)	DIS3L (ENSG00000166938)	TIPIN (ENSG00000075131)	MAP2K1 (ENSG00000169032)	SNAPC5 (ENSG00000174446)	RPL4 (ENSG00000174444)	ZWILCH (ENSG00000174442)	LCTL (ENSG00000188501)	SMAD6 (ENSG00000137834) #22	SMAD3 (ENSG00000166949) #23	AAGAB (ENSG00000103591) #25	IQCH (ENSG00000103599) #27	C15orf61 (ENSG00000189227) #28	MAP2K5 (ENSG00000137764) #30	SKOR1 (ENSG00000188779) #31	PIAS1 (ENSG00000033800) #32	ENSG00000260007	CALML4 (ENSG00000129007) #33	CLN6 (ENSG00000128973) #36	FEM1B (ENSG00000169018) #37	ITGA11 (ENSG00000137809)	CORO2B (ENSG00000103647)	ANP32A (ENSG00000140350)	SPESP1 (ENSG00000258484)
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Orangutan	MODERN SPECIES	6	DPP8 (ENSPPYG00000006568)	HACD3 (ENSPPYG00000006569)	INTS14 (ENSPPYG00000006570)	SLC24A1 (ENSPPYG00000006571)	DENND4A (ENSPPYG00000006572)	RAB11A (ENSPPYG00000006573)	MEGF11 (ENSPPYG00000039385)	DIS3L (ENSPPYG00000006575)	TIPIN (ENSPPYG00000031745)	MAP2K1 (ENSPPYG00000006576)	ENSPPYG00000032290 ##35	SNAPC5 (ENSPPYG00000040277)	RPL4 (ENSPPYG00000006578)	ZWILCH (ENSPPYG00000006579)	LCTL (ENSPPYG00000006580)	ENSPPYG00000006581 #22	ENSPPYG00000006582	SMAD3 (ENSPPYG00000006583) #23	AAGAB (ENSPPYG00000006584) #25	IQCH (ENSPPYG00000006585) #27	C15orf61 (ENSPPYG00000006586) #28	MAP2K5 (ENSPPYG00000006587) #30	SKOR1 (ENSPPYG00000006588) #31	PIAS1 (ENSPPYG00000006589) #32	ENSPPYG00000006590 #33	CLN6 (ENSPPYG00000006591) #36	FEM1B (ENSPPYG00000032577) #37	ITGA11 (ENSPPYG00000006593)	CORO2B (ENSPPYG00000006594)	ENSPPYG00000006595	SPESP1 (ENSPPYG00000029816)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.cb.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Mouse lemur	MODERN SPECIES	22	SLC24A1 (ENSMICG00000003996)	ENSMICG00000034025	ENSMICG00000028970	ENSMICG00000044235	DENND4A (ENSMICG00000004000)	RAB11A (ENSMICG00000041504)	ENSMICG00000035335	MEGF11 (ENSMICG00000004354)	DIS3L (ENSMICG00000004374)	TIPIN (ENSMICG00000004386)	MAP2K1 (ENSMICG00000004393)	SNAPC5 (ENSMICG00000004401)	RPL4 (ENSMICG00000004419)	ZWILCH (ENSMICG00000004429)	LCTL (ENSMICG00000004455)	SMAD6 (ENSMICG00000035205) #22	SMAD3 (ENSMICG00000006119) #23	AAGAB (ENSMICG00000044554) #25	IQCH (ENSMICG00000006127) #27	ENSMICG00000041604	ENSMICG00000005597	BLOC1S6 (ENSMICG00000005595)	SLC30A4 (ENSMICG00000005588)	C15orf48 (ENSMICG00000033332)	SPATA5L1 (ENSMICG00000035916)	GATM (ENSMICG00000005565)	ENSMICG00000032669	SLC28A2 (ENSMICG00000009242)	SHF (ENSMICG00000033037)	DUOX1 (ENSMICG00000009207)	DUOXA1 (ENSMICG00000009195)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	115	ENSGT00830000128422	ENSGT00940000158581	ENSGT00390000002216	ENSGT00510000046908.a.b	ENSGT00390000000973.a.b	ENSGT00390000010318	ENSGT00500000045231	ENSGT00940000157217	ENSGT00940000160120	ENSGT00390000011904	ENSGT00940000159015	ENSGT00950000182932.B	ENSGT00390000013043	ENSGT00390000005342	ENSGT00940000157429	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00950000183167.a.b.a	ENSGT00940000159880
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	1035																SMAD6 (ENSPCOG00000005411) #22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	313																SMAD6 (ENSPSMG00000000845) #22	ENSPSMG00000000854	SMAD3 (ENSPSMG00000001058) #23	AAGAB (ENSPSMG00000001327) #25	IQCH (ENSPSMG00000001397) #27	C15orf61 (ENSPSMG00000001411) #28	MAP2K5 (ENSPSMG00000001626) #30	SKOR1 (ENSPSMG00000001884) #31	ENSPSMG00000001902	PIAS1 (ENSPSMG00000001932) #32	CALML4 (ENSPSMG00000001943) #33	CLN6 (ENSPSMG00000002045) #36	FEM1B (ENSPSMG00000002150) #37	ITGA11 (ENSPSMG00000002246)	CORO2B (ENSPSMG00000002320)	ENSPSMG00000002406
Bushbaby	MODERN SPECIES	126	DPP8 (ENSOGAG00000013651)	HACD3 (ENSOGAG00000013661)	INTS14 (ENSOGAG00000013667)	SLC24A1 (ENSOGAG00000013674)	DENND4A (ENSOGAG00000013678)	RAB11A (ENSOGAG00000007642)	MEGF11 (ENSOGAG00000007644)	ENSOGAG00000034665	DIS3L (ENSOGAG00000024086)	ENSOGAG00000028488	MAP2K1 (ENSOGAG00000015876)	SNAPC5 (ENSOGAG00000015881)	ENSOGAG00000015884	ZWILCH (ENSOGAG00000015886)	LCTL (ENSOGAG00000015893)	SMAD6 (ENSOGAG00000015387) #22	ENSOGAG00000034467	ENSOGAG00000029245	SMAD3 (ENSOGAG00000014217) #23	AAGAB (ENSOGAG00000014219) #25	IQCH (ENSOGAG00000014224) #27	ENSOGAG00000028206	C15orf61 (ENSOGAG00000027440) #28	MAP2K5 (ENSOGAG00000002480) #30	SKOR1 (ENSOGAG00000025983) #31	PIAS1 (ENSOGAG00000014134) #32	CALML4 (ENSOGAG00000014140) #33	CLN6 (ENSOGAG00000014142) #36	FEM1B (ENSOGAG00000014143) #37	ITGA11 (ENSOGAG00000014144)	CORO2B (ENSOGAG00000026008)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Tree shrew	MODERN SPECIES	1810																ENSTBEG00000001301 #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	20	Igdcc4 (ENSPEMG00000020857)	Dpp8 (ENSPEMG00000024195)	Hacd3 (ENSPEMG00000008076)	Ints14 (ENSPEMG00000008550)	Slc24a1 (ENSPEMG00000022814)	Dennd4a (ENSPEMG00000022452)	ENSPEMG00000021125	Megf11 (ENSPEMG00000017797)	Dis3l (ENSPEMG00000001213)	Tipin (ENSPEMG00000002370)	Map2k1 (ENSPEMG00000007282)	Snapc5 (ENSPEMG00000007852)	Rpl4 (ENSPEMG00000012064)	Zwilch (ENSPEMG00000014485)	Lctl (ENSPEMG00000016229)	Smad6 (ENSPEMG00000017040) #22	Smad3 (ENSPEMG00000028676) #23	Aagab (ENSPEMG00000018465) #25	ENSPEMG00000028831	Iqch (ENSPEMG00000005753) #27	2300009A05Rik (ENSPEMG00000009306) #28	Map2k5 (ENSPEMG00000010361) #30	Skor1 (ENSPEMG00000010499) #31	Pias1 (ENSPEMG00000012119) #32	Calml4 (ENSPEMG00000012833) #33	Cln6 (ENSPEMG00000030484) #36	ENSPEMG00000000682	Fem1b (ENSPEMG00000028410) #37	Itga11 (ENSPEMG00000014149)	Coro2b (ENSPEMG00000016326)	Anp32a (ENSPEMG00000017392)
Prairie vole	MODERN SPECIES	13	Igdcc4 (ENSMOCG00000017733)	Dpp8 (ENSMOCG00000018103)	Hacd3 (ENSMOCG00000004995)	Ints14 (ENSMOCG00000020364)	Slc24a1 (ENSMOCG00000002968)	Dennd4a (ENSMOCG00000008521)	Rab11a (ENSMOCG00000021138)	Megf11 (ENSMOCG00000003573)	Dis3l (ENSMOCG00000005278)	Tipin (ENSMOCG00000010343)	Map2k1 (ENSMOCG00000013072)	Snapc5 (ENSMOCG00000015348)	ENSMOCG00000021901	Zwilch (ENSMOCG00000017159)	Lctl (ENSMOCG00000004744)	Smad6 (ENSMOCG00000014458) #22	Smad3 (ENSMOCG00000018490) #23	Aagab (ENSMOCG00000021340) #25	Iqch (ENSMOCG00000016873) #27	2300009A05Rik (ENSMOCG00000013991) #28	Map2k5 (ENSMOCG00000022058) #30	Skor1 (ENSMOCG00000018261) #31	ENSMOCG00000019235	Pias1 (ENSMOCG00000022074) #32	Calml4 (ENSMOCG00000018493) #33	Cln6 (ENSMOCG00000021992) #36	Fem1b (ENSMOCG00000005442) #37	Itga11 (ENSMOCG00000003119)	Coro2b (ENSMOCG00000011097)	ENSMOCG00000004428	ENSMOCG00000014776
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.kb	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	284	Parp16 (ENSCGRG00001011381)	Igdcc3 (ENSCGRG00001015803)	Igdcc4 (ENSCGRG00001004819)	Dpp8 (ENSCGRG00001024771)	Hacd3 (ENSCGRG00001019214)	Ints14 (ENSCGRG00001022061)	Slc24a1 (ENSCGRG00001023812)	Dennd4a (ENSCGRG00001019979)	Rab11a (ENSCGRG00001023313)	Megf11 (ENSCGRG00001019210)	Dis3l (ENSCGRG00001017825)	Tipin (ENSCGRG00001018146)	Snapc5 (ENSCGRG00001013968)	Zwilch (ENSCGRG00001018206)	Lctl (ENSCGRG00001017716)	Smad6 (ENSCGRG00001002733) #22	Smad3 (ENSCGRG00001013999) #23	Aagab (ENSCGRG00001020082) #25	Iqch (ENSCGRG00001006084) #27	ENSCGRG00001000811	2300009A05Rik (ENSCGRG00001009275) #28	Map2k5 (ENSCGRG00001024707) #30	Skor1 (ENSCGRG00001000300) #31	Pias1 (ENSCGRG00001018818) #32	Calml4 (ENSCGRG00001023410) #33	Cln6 (ENSCGRG00001016348) #36	Fem1b (ENSCGRG00001018487) #37	Itga11 (ENSCGRG00001016586)	Coro2b (ENSCGRG00001025051)	ENSCGRG00001022637	Spesp1 (ENSCGRG00001015906)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	672	Igdcc4 (ENSMAUG00000021589)	Dpp8 (ENSMAUG00000020059)	Hacd3 (ENSMAUG00000004278)	Ints14 (ENSMAUG00000020937)	Slc24a1 (ENSMAUG00000012813)	Dennd4a (ENSMAUG00000018527)	Rab11a (ENSMAUG00000018551)	Megf11 (ENSMAUG00000003129)	Dis3l (ENSMAUG00000008265)	Tipin (ENSMAUG00000012421)	Map2k1 (ENSMAUG00000011379)	Snapc5 (ENSMAUG00000008645)	Rpl4 (ENSMAUG00000018867)	Zwilch (ENSMAUG00000021210)	Lctl (ENSMAUG00000009957)	Smad6 (ENSMAUG00000009859) #22	Smad3 (ENSMAUG00000022258) #23	Aagab (ENSMAUG00000005383) #25	Iqch (ENSMAUG00000004333) #27	Map2k5 (ENSMAUG00000015370) #30	Skor1 (ENSMAUG00000020780) #31	Pias1 (ENSMAUG00000000785) #32	Calml4 (ENSMAUG00000015006) #33	Cln6 (ENSMAUG00000009546) #36	Itga11 (ENSMAUG00000002222)	Coro2b (ENSMAUG00000009618)	Anp32a (ENSMAUG00000000632)	Spesp1 (ENSMAUG00000008837)	Glce (ENSMAUG00000013447)	Paqr5 (ENSMAUG00000009377)	Kif23 (ENSMAUG00000009848)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Mus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000154925.c.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859.e.b #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Mouse	MODERN SPECIES	18	Dpp8 (ENSMUSG00000032393)	Hacd3 (ENSMUSG00000033629)	Ints14 (ENSMUSG00000034263)	Slc24a1 (ENSMUSG00000034452)	Dennd4a (ENSMUSG00000053641)	Rab11a (ENSMUSG00000004771)	Megf11 (ENSMUSG00000036466)	Dis3l (ENSMUSG00000032396)	Tipin (ENSMUSG00000032397)	Uchl4 (ENSMUSG00000035337)	Map2k1 (ENSMUSG00000004936)	Snapc5 (ENSMUSG00000032398)	Rpl4 (ENSMUSG00000032399)	Zwilch (ENSMUSG00000032400)	Lctl (ENSMUSG00000032401)	Smad6 (ENSMUSG00000036867) #22	Smad3 (ENSMUSG00000032402) #23	Aagab (ENSMUSG00000037257) #25	Iqch (ENSMUSG00000037801) #27	2300009A05Rik (ENSMUSG00000032403) #28	Map2k5 (ENSMUSG00000058444) #30	Skor1 (ENSMUSG00000022245) #31	Pias1 (ENSMUSG00000032405) #32	Calml4 (ENSMUSG00000032246) #33	Cln6 (ENSMUSG00000032245) #36	Fem1b (ENSMUSG00000032244) #37	Itga11 (ENSMUSG00000032243)	Coro2b (ENSMUSG00000041729)	Anp32a (ENSMUSG00000032249)	Spesp1 (ENSMUSG00000046846)	Glce (ENSMUSG00000032252)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000154925.c.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859.e.b #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
spretus	MODERN SPECIES	18	Dpp8 (MGP_SPRETEiJ_G0033490)	Hacd3 (MGP_SPRETEiJ_G0033489)	Ints14 (MGP_SPRETEiJ_G0033488)	Slc24a1 (MGP_SPRETEiJ_G0033487)	Dennd4a (MGP_SPRETEiJ_G0033486)	Rab11a (MGP_SPRETEiJ_G0033485)	Megf11 (MGP_SPRETEiJ_G0033484)	Dis3l (MGP_SPRETEiJ_G0033483)	Tipin (MGP_SPRETEiJ_G0033482)	MGP_SPRETEiJ_G0033481	Map2k1 (MGP_SPRETEiJ_G0033480)	Snapc5 (MGP_SPRETEiJ_G0033479)	Rpl4 (MGP_SPRETEiJ_G0033478)	Zwilch (MGP_SPRETEiJ_G0033477)	Lctl (MGP_SPRETEiJ_G0033476)	Smad6 (MGP_SPRETEiJ_G0033475) #22	Smad3 (MGP_SPRETEiJ_G0033474) #23	Aagab (MGP_SPRETEiJ_G0033473) #25	Iqch (MGP_SPRETEiJ_G0033472) #27	2300009A05Rik (MGP_SPRETEiJ_G0033471) #28	Map2k5 (MGP_SPRETEiJ_G0033470) #30	Skor1 (MGP_SPRETEiJ_G0033469) #31	Pias1 (MGP_SPRETEiJ_G0033468) #32	Calml4 (MGP_SPRETEiJ_G0033467) #33	MGP_SPRETEiJ_G0033466	Cln6 (MGP_SPRETEiJ_G0033465) #36	Fem1b (MGP_SPRETEiJ_G0033464) #37	Itga11 (MGP_SPRETEiJ_G0033463)	Coro2b (MGP_SPRETEiJ_G0033462)	Anp32a (MGP_SPRETEiJ_G0033461)	Spesp1 (MGP_SPRETEiJ_G0033460)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3365	Ints14 (ENSMSIG00000005077)	Slc24a1 (ENSMSIG00000005039)	Dennd4a (ENSMSIG00000004975)	Rab11a (ENSMSIG00000004938)	Megf11 (ENSMSIG00000004481)	Dis3l (ENSMSIG00000004353)	Tipin (ENSMSIG00000004296)	Uchl4 (ENSMSIG00000004289)	Map2k1 (ENSMSIG00000004246)	Snapc5 (ENSMSIG00000004231)	Rpl4 (ENSMSIG00000004124)	Zwilch (ENSMSIG00000003872)	Lctl (ENSMSIG00000003776)	ENSMSIG00000003769	ENSMSIG00000003749	Smad6 (ENSMSIG00000003718) #22	ENSMSIG00000003710	Smad3 (ENSMSIG00000003679) #23	Aagab (ENSMSIG00000003642) #25	ENSMSIG00000003630	Iqch (ENSMSIG00000002651) #27	2300009A05Rik (ENSMSIG00000002599) #28	Map2k5 (ENSMSIG00000002321) #30	Skor1 (ENSMSIG00000002179) #31	Pias1 (ENSMSIG00000002027) #32	ENSMSIG00000001996 #33	Cln6 (ENSMSIG00000001974) #36	Fem1b (ENSMSIG00000001951) #37	Itga11 (ENSMSIG00000001884)	Coro2b (ENSMSIG00000001799)	ENSMSIG00000001693
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	18	Dpp8 (MGP_CAROLIEiJ_G0032351)	Hacd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032350)	Ints14 (MGP_CAROLIEiJ_G0032349)	Slc24a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032348)	Dennd4a (MGP_CAROLIEiJ_G0032347)	Rab11a (MGP_CAROLIEiJ_G0032346)	Megf11 (MGP_CAROLIEiJ_G0032345)	Dis3l (MGP_CAROLIEiJ_G0032344)	Tipin (MGP_CAROLIEiJ_G0032343)	MGP_CAROLIEiJ_G0032342	Map2k1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032341)	Snapc5 (MGP_CAROLIEiJ_G0032340)	Rpl4 (MGP_CAROLIEiJ_G0032339)	Zwilch (MGP_CAROLIEiJ_G0032338)	Lctl (MGP_CAROLIEiJ_G0032337)	Smad6 (MGP_CAROLIEiJ_G0032336) #22	Smad3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032335) #23	Aagab (MGP_CAROLIEiJ_G0032334) #25	Iqch (MGP_CAROLIEiJ_G0032333) #27	2300009A05Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0032332) #28	Map2k5 (MGP_CAROLIEiJ_G0032331) #30	Skor1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032330) #31	Pias1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032329) #32	Calml4 (MGP_CAROLIEiJ_G0032328) #33	Cln6 (MGP_CAROLIEiJ_G0032327) #36	Fem1b (MGP_CAROLIEiJ_G0032326) #37	Itga11 (MGP_CAROLIEiJ_G0032325)	Coro2b (MGP_CAROLIEiJ_G0032324)	Anp32a (MGP_CAROLIEiJ_G0032323)	Spesp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032322)	Glce (MGP_CAROLIEiJ_G0032321)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	1	MGP_PahariEiJ_G0015218	Igdcc4 (MGP_PahariEiJ_G0015217)	Dpp8 (MGP_PahariEiJ_G0015216)	Hacd3 (MGP_PahariEiJ_G0015215)	Ints14 (MGP_PahariEiJ_G0015214)	Slc24a1 (MGP_PahariEiJ_G0015213)	Dennd4a (MGP_PahariEiJ_G0015212)	Rab11a (MGP_PahariEiJ_G0015211)	Megf11 (MGP_PahariEiJ_G0015210)	Dis3l (MGP_PahariEiJ_G0015209)	Tipin (MGP_PahariEiJ_G0015208)	Map2k1 (MGP_PahariEiJ_G0015207)	Snapc5 (MGP_PahariEiJ_G0015206)	Rpl4 (MGP_PahariEiJ_G0015205)	Zwilch (MGP_PahariEiJ_G0015204)	Smad6 (MGP_PahariEiJ_G0015202) #22	Smad3 (MGP_PahariEiJ_G0015201) #23	Aagab (MGP_PahariEiJ_G0015200) #25	Iqch (MGP_PahariEiJ_G0015199) #27	2300009A05Rik (MGP_PahariEiJ_G0015198) #28	Map2k5 (MGP_PahariEiJ_G0015197) #30	Skor1 (MGP_PahariEiJ_G0015196) #31	Pias1 (MGP_PahariEiJ_G0015195) #32	Calml4 (MGP_PahariEiJ_G0015194) #33	MGP_PahariEiJ_G0015193	Fem1b (MGP_PahariEiJ_G0015192) #37	Itga11 (MGP_PahariEiJ_G0015191)	Coro2b (MGP_PahariEiJ_G0015190)	Anp32a (MGP_PahariEiJ_G0015189)	Spesp1 (MGP_PahariEiJ_G0015188)	Glce (MGP_PahariEiJ_G0015187)
Rat	MODERN SPECIES	18	Igdcc4 (ENSRNOG00000033496)	Dpp8 (ENSRNOG00000019105)	Hacd3 (ENSRNOG00000030232)	Ints14 (ENSRNOG00000012469)	Slc24a1 (ENSRNOG00000052051)	Dennd4a (ENSRNOG00000011739)	LOC120094392 (ENSRNOG00000071140)	Rab11a (ENSRNOG00000011302)	Megf11 (ENSRNOG00000010634)	Dis3l (ENSRNOG00000010537)	Tipin (ENSRNOG00000043068)	Map2k1 (ENSRNOG00000010176)	Rpl4 (ENSRNOG00000009378)	Zwilch (ENSRNOG00000009303)	Lctl (ENSRNOG00000009193)	Smad6 (ENSRNOG00000009173) #22	Smad3 (ENSRNOG00000008620) #23	Aagab (ENSRNOG00000008424) #25	Iqch (ENSRNOG00000008353) #27	C8h15orf61 (ENSRNOG00000008340) #28	AC132740.1 (ENSRNOG00000054780)	Map2k5 (ENSRNOG00000007926) #30	Skor1 (ENSRNOG00000013959) #31	Pias1 (ENSRNOG00000034272) #32	Calml4 (ENSRNOG00000038202) #33	Cln6 (ENSRNOG00000007164) #36	Fem1b (ENSRNOG00000007077) #37	Itga11 (ENSRNOG00000006723)	Coro2b (ENSRNOG00000015257)	Anp32a (ENSRNOG00000014846)	Spesp1 (ENSRNOG00000025359)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	955	Igdcc4 (ENSNGAG00000022064)	Dpp8 (ENSNGAG00000019579)	Hacd3 (ENSNGAG00000016924)	Ints14 (ENSNGAG00000007105)	Slc24a1 (ENSNGAG00000010674)	ENSNGAG00000022619	Rab11a (ENSNGAG00000013726)	Megf11 (ENSNGAG00000011352)	Dis3l (ENSNGAG00000017008)	Tipin (ENSNGAG00000018237)	Map2k1 (ENSNGAG00000006894)	Snapc5 (ENSNGAG00000006133)	ENSNGAG00000006653	Zwilch (ENSNGAG00000016626)	Lctl (ENSNGAG00000012911)	Smad6 (ENSNGAG00000021223) #22	ENSNGAG00000022756	Smad3 (ENSNGAG00000023535) #23	ENSNGAG00000010708 #25	Iqch (ENSNGAG00000019505) #27	2300009A05Rik (ENSNGAG00000004715) #28	Map2k5 (ENSNGAG00000011076) #30	Skor1 (ENSNGAG00000020060) #31	Pias1 (ENSNGAG00000022735) #32	Calml4 (ENSNGAG00000016088) #33	Cln6 (ENSNGAG00000023832) #36	ENSNGAG00000021620 #37	Itga11 (ENSNGAG00000024101)	Coro2b (ENSNGAG00000024331)	ENSNGAG00000017524	ENSNGAG00000005322
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	92	Dpp8 (ENSJJAG00000018252)	Hacd3 (ENSJJAG00000016608)	Ints14 (ENSJJAG00000005359)	Slc24a1 (ENSJJAG00000009344)	ENSJJAG00000012113	ENSJJAG00000015445	Megf11 (ENSJJAG00000023890)	ENSJJAG00000019234	Dis3l (ENSJJAG00000016147)	Tipin (ENSJJAG00000017947)	Map2k1 (ENSJJAG00000021452)	Snapc5 (ENSJJAG00000022013)	ENSJJAG00000013677	Zwilch (ENSJJAG00000010189)	Lctl (ENSJJAG00000013579)	Smad6 (ENSJJAG00000019623) #22	Smad3 (ENSJJAG00000021414) #23	ENSJJAG00000018312 #25	Iqch (ENSJJAG00000024416) #27	2300009A05Rik (ENSJJAG00000019436) #28	Map2k5 (ENSJJAG00000024208) #30	Skor1 (ENSJJAG00000003624) #31	ENSJJAG00000019728 #32	Calml4 (ENSJJAG00000014113) #33	Cln6 (ENSJJAG00000024405) #36	Fem1b (ENSJJAG00000018686) #37	Itga11 (ENSJJAG00000007244)	Coro2b (ENSJJAG00000003058)	Anp32a (ENSJJAG00000019278)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	330	Dpp8 (ENSDORG00000009050)	Hacd3 (ENSDORG00000009307)	Ints14 (ENSDORG00000009309)	Slc24a1 (ENSDORG00000007185)	Dennd4a (ENSDORG00000002146)	ENSDORG00000028034	ENSDORG00000026125	Megf11 (ENSDORG00000001008)	Dis3l (ENSDORG00000014909)	Tipin (ENSDORG00000028988)	Map2k1 (ENSDORG00000001301)	Snapc5 (ENSDORG00000030051)	Rpl4 (ENSDORG00000016287)	Zwilch (ENSDORG00000016288)	Lctl (ENSDORG00000016291)	Smad6 (ENSDORG00000028234) #22	ENSDORG00000026894	Smad3 (ENSDORG00000029949) #23	ENSDORG00000026611 #25	Iqch (ENSDORG00000006468) #27	2300009A05Rik (ENSDORG00000028687) #28	Map2k5 (ENSDORG00000005673) #30	Skor1 (ENSDORG00000005677) #31
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Squirrel	MODERN SPECIES	71	DPP8 (ENSSTOG00000002203)	ENSSTOG00000025872	HACD3 (ENSSTOG00000002211)	INTS14 (ENSSTOG00000002217)	SLC24A1 (ENSSTOG00000002228)	DENND4A (ENSSTOG00000026966)	RAB11A (ENSSTOG00000015255)	MEGF11 (ENSSTOG00000015258)	DIS3L (ENSSTOG00000009158)	TIPIN (ENSSTOG00000009182)	MAP2K1 (ENSSTOG00000009190)	SNAPC5 (ENSSTOG00000009201)	RPL4 (ENSSTOG00000009221)	ZWILCH (ENSSTOG00000009607)	LCTL (ENSSTOG00000028073)	SMAD6 (ENSSTOG00000000696) #22	SMAD3 (ENSSTOG00000010286) #23	AAGAB (ENSSTOG00000010291) #25	IQCH (ENSSTOG00000010299) #27	C15orf61 (ENSSTOG00000010312) #28	MAP2K5 (ENSSTOG00000010318) #30	SKOR1 (ENSSTOG00000002675) #31	PIAS1 (ENSSTOG00000015532) #32	CALML4 (ENSSTOG00000015539) #33	CLN6 (ENSSTOG00000015540) #36	FEM1B (ENSSTOG00000015544) #37	ITGA11 (ENSSTOG00000015545)	CORO2B (ENSSTOG00000015918)	ENSSTOG00000015929	GLCE (ENSSTOG00000019509)	PAQR5 (ENSSTOG00000000507)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	397											MAP2K1 (ENSUPAG00010018149)	SNAPC5 (ENSUPAG00010018142)	RPL4 (ENSUPAG00010018119)	ZWILCH (ENSUPAG00010018079)	LCTL (ENSUPAG00010018063)	SMAD6 (ENSUPAG00010018050) #22	ENSUPAG00010018048	SMAD3 (ENSUPAG00010018010) #23	AAGAB (ENSUPAG00010018001) #25	IQCH (ENSUPAG00010017914) #27	C15orf61 (ENSUPAG00010017904) #28	MAP2K5 (ENSUPAG00010017819) #30	SKOR1 (ENSUPAG00010017792) #31	ENSUPAG00010017781	PIAS1 (ENSUPAG00010017772) #32	CALML4 (ENSUPAG00010017747) #33	CLN6 (ENSUPAG00010017740) #36	FEM1B (ENSUPAG00010017736) #37	ITGA11 (ENSUPAG00010017705)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	7	HACD3 (ENSMMMG00000006884)	INTS14 (ENSMMMG00000006868)	SLC24A1 (ENSMMMG00000006817)	DENND4A (ENSMMMG00000006769)	ENSMMMG00000006762	RAB11A (ENSMMMG00000006747)	MEGF11 (ENSMMMG00000006311)	DIS3L (ENSMMMG00000006220)	TIPIN (ENSMMMG00000006196)	MAP2K1 (ENSMMMG00000006173)	SNAPC5 (ENSMMMG00000006163)	RPL4 (ENSMMMG00000006109)	ENSMMMG00000006104	ZWILCH (ENSMMMG00000006077)	LCTL (ENSMMMG00000006061)	SMAD6 (ENSMMMG00000006032) #22	ENSMMMG00000006027	SMAD3 (ENSMMMG00000005977) #23	AAGAB (ENSMMMG00000005970) #25	IQCH (ENSMMMG00000005869) #27	ENSMMMG00000005844	MAP2K5 (ENSMMMG00000005809) #30	SKOR1 (ENSMMMG00000005773) #31	PIAS1 (ENSMMMG00000005733) #32	CALML4 (ENSMMMG00000005699) #33	CLN6 (ENSMMMG00000005687) #36	ENSMMMG00000005671 #37	ITGA11 (ENSMMMG00000005622)	CORO2B (ENSMMMG00000005600)	ENSMMMG00000005555	SPESP1 (ENSMMMG00000005545)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	11	DPP8 (ENSSVLG00005023347)	ENSSVLG00005023642	HACD3 (ENSSVLG00005023708)	INTS14 (ENSSVLG00005023820)	SLC24A1 (ENSSVLG00005023979)	DENND4A (ENSSVLG00005024160)	RAB11A (ENSSVLG00005024246)	MEGF11 (ENSSVLG00005024351)	DIS3L (ENSSVLG00005024622)	TIPIN (ENSSVLG00005024668)	MAP2K1 (ENSSVLG00005024707)	SNAPC5 (ENSSVLG00005024729)	ENSSVLG00005024744	ZWILCH (ENSSVLG00005024833)	LCTL (ENSSVLG00005024912)	SMAD6 (ENSSVLG00005024946) #22	ENSSVLG00005024968	SMAD3 (ENSSVLG00005024991) #23	AAGAB (ENSSVLG00005025018) #25	IQCH (ENSSVLG00005025085) #27	C15orf61 (ENSSVLG00005006592) #28	MAP2K5 (ENSSVLG00005006656) #30	SKOR1 (ENSSVLG00005006917) #31	PIAS1 (ENSSVLG00005007019) #32	CALML4 (ENSSVLG00005007109) #33	CLN6 (ENSSVLG00005007215) #36	FEM1B (ENSSVLG00005007302) #37	ITGA11 (ENSSVLG00005007326)	CORO2B (ENSSVLG00005007364)	ENSSVLG00005007452	ENSSVLG00005007513
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.vb	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	19	HACD3 (ENSHGLG00000011870)	INTS14 (ENSHGLG00000010722)	SLC24A1 (ENSHGLG00000008872)	DENND4A (ENSHGLG00000009810)	ENSHGLG00000044288	RAB11A (ENSHGLG00000048551)	MEGF11 (ENSHGLG00000011012)	ENSHGLG00000007770	ENSHGLG00000005971	ENSHGLG00000048822	ENSHGLG00000010036	ENSHGLG00000040904	ENSHGLG00000008054	ZWILCH (ENSHGLG00000016059)	LCTL (ENSHGLG00000015669)	SMAD6 (ENSHGLG00000008453) #22	SMAD3 (ENSHGLG00000048787) #23	AAGAB (ENSHGLG00000038898) #25	ENSHGLG00000026352 #27	C15orf61 (ENSHGLG00000038870) #28	MAP2K5 (ENSHGLG00000006627) #30	SKOR1 (ENSHGLG00000017297) #31	Pias1 (ENSHGLG00000019002) #32	Calml4 (ENSHGLG00000018794) #33	CLN6 (ENSHGLG00000017958) #36	FEM1B (ENSHGLG00000017948) #37	ITGA11 (ENSHGLG00000007233)	CORO2B (ENSHGLG00000015273)	ENSHGLG00000013229	SPESP1 (ENSHGLG00000046924)	GLCE (ENSHGLG00000033764)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.vb	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Guinea pig	MODERN SPECIES		SNX1 (ENSCPOG00000000253)	CIAO2A (ENSCPOG00000033175)	DAPK2 (ENSCPOG00000000890)	ENSCPOG00000030019	ENSCPOG00000007146	PTP4A1 (ENSCPOG00000032105)	LGSN (ENSCPOG00000008736)	KHDRBS2 (ENSCPOG00000025621)	PRIM2 (ENSCPOG00000003912)	ENSCPOG00000035048	RAB23 (ENSCPOG00000030218)	BAG2 (ENSCPOG00000040302)	ZNF451 (ENSCPOG00000002491)	BEND6 (ENSCPOG00000015453)	DST (ENSCPOG00000005092)	SMAD6 (ENSCPOG00000001535) #22	SMAD3 (ENSCPOG00000021314) #23	AAGAB (ENSCPOG00000000965) #25	C15orf61 (ENSCPOG00000022542) #28	MAP2K5 (ENSCPOG00000000970) #30	SKOR1 (ENSCPOG00000012665) #31	PIAS1 (ENSCPOG00000007278) #32	CALML4 (ENSCPOG00000033517) #33	CLN6 (ENSCPOG00000007282) #36	FEM1B (ENSCPOG00000031057) #37	ITGA11 (ENSCPOG00000012877)	CORO2B (ENSCPOG00000023117)	ENSCPOG00000008829	GLCE (ENSCPOG00000020608)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.vb	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00390000006043
Degu	MODERN SPECIES	67	IGDCC4 (ENSODEG00000016455)	DPP8 (ENSODEG00000016356)	HACD3 (ENSODEG00000016975)	INTS14 (ENSODEG00000017006)	SLC24A1 (ENSODEG00000016047)	ENSODEG00000016544	ENSODEG00000016435	ENSODEG00000016878	MEGF11 (ENSODEG00000015967)	DIS3L (ENSODEG00000015811)	MAP2K1 (ENSODEG00000016739)	ENSODEG00000016495	ZWILCH (ENSODEG00000016374)	LCTL (ENSODEG00000016271)	ENSODEG00000020317	SMAD6 (ENSODEG00000016272) #22	SMAD3 (ENSODEG00000015739) #23	ENSODEG00000015886 #25	ENSODEG00000020336	IQCH (ENSODEG00000016134) #27	C15orf61 (ENSODEG00000016721) #28	ENSODEG00000016511	MAP2K5 (ENSODEG00000015607) #30	SKOR1 (ENSODEG00000015903) #31	PIAS1 (ENSODEG00000016418) #32	CALML4 (ENSODEG00000015441) #33	CLN6 (ENSODEG00000015888) #36	ENSODEG00000016475 #37	ENSODEG00000020366	ITGA11 (ENSODEG00000015700)	CORO2B (ENSODEG00000016099)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	157	IGDCC4 (ENSCLAG00000007751)	DPP8 (ENSCLAG00000014937)	HACD3 (ENSCLAG00000010725)	INTS14 (ENSCLAG00000009395)	SLC24A1 (ENSCLAG00000013073)	DENND4A (ENSCLAG00000007003)	RAB11A (ENSCLAG00000007435)	MEGF11 (ENSCLAG00000013146)	DIS3L (ENSCLAG00000005741)	TIPIN (ENSCLAG00000004924)	MAP2K1 (ENSCLAG00000013042)	SNAPC5 (ENSCLAG00000011660)	RPL4 (ENSCLAG00000010827)	ZWILCH (ENSCLAG00000010124)	LCTL (ENSCLAG00000004564)	ENSCLAG00000005550 #22	SMAD3 (ENSCLAG00000005027) #23	AAGAB (ENSCLAG00000008364) #25	IQCH (ENSCLAG00000011031) #27	C15orf61 (ENSCLAG00000008894) #28	MAP2K5 (ENSCLAG00000005277) #30	SKOR1 (ENSCLAG00000007488) #31	PIAS1 (ENSCLAG00000008129) #32	CALML4 (ENSCLAG00000008707) #33	CLN6 (ENSCLAG00000007035) #36	FEM1B (ENSCLAG00000004834) #37	ITGA11 (ENSCLAG00000006568)	CORO2B (ENSCLAG00000006658)	ENSCLAG00000010256	SPESP1 (ENSCLAG00000009992)	GLCE (ENSCLAG00000009057)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00950000183167.a.b.a	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000154905	ENSGT00390000014038	ENSGT00940000159572	ENSGT00390000008859.b.d.j
Pika	MODERN SPECIES	1524															IQCH (ENSOPRG00000014936) #27	SMAD6 (ENSOPRG00000014974) #22	SMAD3 (ENSOPRG00000014996) #23	AAGAB (ENSOPRG00000015012) #25
Rabbit	MODERN SPECIES	8	DPP8 (ENSOCUG00000011751)	HACD3 (ENSOCUG00000007513)	INTS14 (ENSOCUG00000007520)	ENSOCUG00000027844	DENND4A (ENSOCUG00000007953)	RAB11A (ENSOCUG00000014755)	MEGF11 (ENSOCUG00000014760)	DIS3L (ENSOCUG00000002206)	TIPIN (ENSOCUG00000002212)	ENSOCUG00000023060	MAP2K1 (ENSOCUG00000008782)	SNAPC5 (ENSOCUG00000039231)	ENSOCUG00000008794	ZWILCH (ENSOCUG00000008800)	LCTL (ENSOCUG00000021771)	ENSOCUG00000006134 #22	ENSOCUG00000014186	SMAD3 (ENSOCUG00000029601) #23	ENSOCUG00000039204	AAGAB (ENSOCUG00000006644) #25	IQCH (ENSOCUG00000006647) #27	MAP2K5 (ENSOCUG00000009024) #30	PIAS1 (ENSOCUG00000000618) #32	CLN6 (ENSOCUG00000017533) #36	FEM1B (ENSOCUG00000026586) #37	ITGA11 (ENSOCUG00000017726)	ENSOCUG00000036279	MYO9A (ENSOCUG00000017425)	SENP8 (ENSOCUG00000026054)	GRAMD2A (ENSOCUG00000006107)	ENSOCUG00000006119
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00960000188521	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00960000188521	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Suina	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Pig	MODERN SPECIES		DPP8 (ENSSSCG00000004934)	HACD3 (ENSSSCG00000004935)	INTS14 (ENSSSCG00000004936)	SLC24A1 (ENSSSCG00000004937)	DENND4A (ENSSSCG00000004938)	RAB11A (ENSSSCG00000032312)	MEGF11 (ENSSSCG00000004939)	DIS3L (ENSSSCG00000004941)	TIPIN (ENSSSCG00000004942)	MAP2K1 (ENSSSCG00000004943)	SNAPC5 (ENSSSCG00000038941)	RPL4 (ENSSSCG00000004945)	ZWILCH (ENSSSCG00000004946)	ENSSSCG00000051767	LCTL (ENSSSCG00000004947)	SMAD6 (ENSSSCG00000004948) #22	SMAD3 (ENSSSCG00000004952) #23	AAGAB (ENSSSCG00000004951) #25	ENSSSCG00000057448 #27	ENSSSCG00000034963 #27	C15orf61 (ENSSSCG00000004954) #28	MAP2K5 (ENSSSCG00000004955) #30	SKOR1 (ENSSSCG00000004956) #31	PIAS1 (ENSSSCG00000004958) #32	CALML4 (ENSSSCG00000026517) #33	CLN6 (ENSSSCG00000004957) #36	FEM1B (ENSSSCG00000022419) #37	ITGA11 (ENSSSCG00000004961)	CORO2B (ENSSSCG00000004962)	ENSSSCG00000004963	SPESP1 (ENSSSCG00000032244)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	786	IGDCC4 (ENSCWAG00000018683)	DPP8 (ENSCWAG00000018161)	HACD3 (ENSCWAG00000017975)	INTS14 (ENSCWAG00000017595)	SLC24A1 (ENSCWAG00000017106)	DENND4A (ENSCWAG00000016363)	RAB11A (ENSCWAG00000016259)	MEGF11 (ENSCWAG00000015726)	DIS3L (ENSCWAG00000015597)	TIPIN (ENSCWAG00000015560)	MAP2K1 (ENSCWAG00000015519)	SNAPC5 (ENSCWAG00000015485)	RPL4 (ENSCWAG00000015376)	ZWILCH (ENSCWAG00000015266)	LCTL (ENSCWAG00000015109)	SMAD6 (ENSCWAG00000015079) #22	SMAD3 (ENSCWAG00000015026) #23	AAGAB (ENSCWAG00000014993) #25	IQCH (ENSCWAG00000014432) #27	C15orf61 (ENSCWAG00000014382) #28	MAP2K5 (ENSCWAG00000013886) #30	SKOR1 (ENSCWAG00000013676) #31	PIAS1 (ENSCWAG00000013465) #32	CALML4 (ENSCWAG00000013422) #33	CLN6 (ENSCWAG00000013181) #36	FEM1B (ENSCWAG00000013140) #37	ITGA11 (ENSCWAG00000013057)	CORO2B (ENSCWAG00000012937)	ENSCWAG00000012876	SPESP1 (ENSCWAG00000012853)	GLCE (ENSCWAG00000012796)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36
Arabian camel	MODERN SPECIES	32	DPP8 (ENSCDRG00005001839)	HACD3 (ENSCDRG00005001929)	INTS14 (ENSCDRG00005001994)	SLC24A1 (ENSCDRG00005002129)	DENND4A (ENSCDRG00005002286)	RAB11A (ENSCDRG00005002443)	MEGF11 (ENSCDRG00005002479)	DIS3L (ENSCDRG00005002526)	TIPIN (ENSCDRG00005002562)	MAP2K1 (ENSCDRG00005002580)	SNAPC5 (ENSCDRG00005002604)	ENSCDRG00005002627	ZWILCH (ENSCDRG00005002673)	LCTL (ENSCDRG00005002712)	ENSCDRG00005002745	ENSCDRG00005002755 #22	SMAD3 (ENSCDRG00005002780) #23	AAGAB (ENSCDRG00005002843) #25	IQCH (ENSCDRG00005002929) #27	C15orf61 (ENSCDRG00005003109) #28	MAP2K5 (ENSCDRG00005003152) #30	PIAS1 (ENSCDRG00005003494) #32	ENSCDRG00005003580	CALML4 (ENSCDRG00005003629) #33	CLN6 (ENSCDRG00005003662) #36	ENSCDRG00005003720	ENSCDRG00005003749	RAB8B (ENSCDRG00005003808)	APH1B (ENSCDRG00005003835)	CA12 (ENSCDRG00005003913)	ENSCDRG00005004006
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00390000012563.i.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.b	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00390000012563.i.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.b	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00390000000134.b.p.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00390000012563.i.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.b	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00390000000134.b.p.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00390000012563.i.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.b	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00390000000134.b.p.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00390000012563.i.a	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.b	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00390000000134.b.p.b	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT00940000158086	ENSGT00940000157725	ENSGT00860000136093.c	ENSGT00390000008748.b	ENSGT00940000164579.e.b	ENSGT00390000005300	ENSGT00510000048252	ENSGT00940000155628
Narwhal	MODERN SPECIES	308	HACD3 (ENSMMNG00015006843)	INTS14 (ENSMMNG00015006934)	SLC24A1 (ENSMMNG00015007028)	DENND4A (ENSMMNG00015007114)	RAB11A (ENSMMNG00015007170)	MEGF11 (ENSMMNG00015007280)	DIS3L (ENSMMNG00015007393)	TIPIN (ENSMMNG00015007474)	ENSMMNG00015007536	MAP2K1 (ENSMMNG00015007579)	SNAPC5 (ENSMMNG00015007601)	ENSMMNG00015007652	ZWILCH (ENSMMNG00015007746)	LCTL (ENSMMNG00015007784)	ENSMMNG00015007816	SMAD6 (ENSMMNG00015007869) #22	ENSMMNG00015007889	SMAD3 (ENSMMNG00015007909) #23	AAGAB (ENSMMNG00015007942) #25	IQCH (ENSMMNG00015008052) #27	C15orf61 (ENSMMNG00015008139) #28	MAP2K5 (ENSMMNG00015008216) #30	SKOR1 (ENSMMNG00015008331) #31	ENSMMNG00015008358	PIAS1 (ENSMMNG00015008373) #32	CALML4 (ENSMMNG00015008408) #33	CLN6 (ENSMMNG00015008469) #36	FEM1B (ENSMMNG00015008513) #37	ITGA11 (ENSMMNG00015008533)	CORO2B (ENSMMNG00015008567)	ENSMMNG00015008598
Beluga whale	MODERN SPECIES	20	INTS14 (ENSDLEG00000009368)	SLC24A1 (ENSDLEG00000009406)	DENND4A (ENSDLEG00000009569)	RAB11A (ENSDLEG00000009643)	MEGF11 (ENSDLEG00000009720)	DIS3L (ENSDLEG00000009982)	TIPIN (ENSDLEG00000010313)	ENSDLEG00000010343	MAP2K1 (ENSDLEG00000010364)	SNAPC5 (ENSDLEG00000010421)	RPL4 (ENSDLEG00000010430)	ZWILCH (ENSDLEG00000010482)	LCTL (ENSDLEG00000010607)	ENSDLEG00000010647	ENSDLEG00000010657	SMAD6 (ENSDLEG00000010676) #22	ENSDLEG00000010689	SMAD3 (ENSDLEG00000010707) #23	AAGAB (ENSDLEG00000010803) #25	IQCH (ENSDLEG00000010864) #27	CUNH15orf61 (ENSDLEG00000010984) #28	MAP2K5 (ENSDLEG00000011046) #30	SKOR1 (ENSDLEG00000011320) #31	ENSDLEG00000011378	ENSDLEG00000011393	PIAS1 (ENSDLEG00000011410) #32	CALML4 (ENSDLEG00000011480) #33	CLN6 (ENSDLEG00000011495) #36	FEM1B (ENSDLEG00000011544) #37	ITGA11 (ENSDLEG00000000304)	CORO2B (ENSDLEG00000000393)
Vaquita	MODERN SPECIES	11	HACD3 (ENSPSNG00000003119)	INTS14 (ENSPSNG00000003047)	SLC24A1 (ENSPSNG00000002890)	DENND4A (ENSPSNG00000002770)	ENSPSNG00000002715	RAB11A (ENSPSNG00000002694)	MEGF11 (ENSPSNG00000002539)	ENSPSNG00000002464	TIPIN (ENSPSNG00000002436)	MAP2K1 (ENSPSNG00000002407)	SNAPC5 (ENSPSNG00000002388)	ENSPSNG00000002352	ZWILCH (ENSPSNG00000002336)	LCTL (ENSPSNG00000002318)	ENSPSNG00000002306	SMAD6 (ENSPSNG00000002293) #22	ENSPSNG00000002286	SMAD3 (ENSPSNG00000002263) #23	AAGAB (ENSPSNG00000002239) #25	IQCH (ENSPSNG00000002126) #27	C15orf61 (ENSPSNG00000002043) #28	MAP2K5 (ENSPSNG00000001943) #30	SKOR1 (ENSPSNG00000001839) #31	ENSPSNG00000001804	PIAS1 (ENSPSNG00000001758) #32	CALML4 (ENSPSNG00000001723) #33	CLN6 (ENSPSNG00000001671) #36	FEM1B (ENSPSNG00000001608) #37	ITGA11 (ENSPSNG00000001465)	CORO2B (ENSPSNG00000001338)	ENSPSNG00000001312
Dolphin	MODERN SPECIES	1669									DIS3L (ENSTTRG00000010174)	TIPIN (ENSTTRG00000010187)	MAP2K1 (ENSTTRG00000010193)	SNAPC5 (ENSTTRG00000010201)	RPL4 (ENSTTRG00000010206)	ZWILCH (ENSTTRG00000010212)	LCTL (ENSTTRG00000010226)	SMAD6 (ENSTTRG00000010237) #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	2	DPP8 (ENSPCTG00005014761)	HACD3 (ENSPCTG00005015026)	INTS14 (ENSPCTG00005015317)	SLC24A1 (ENSPCTG00005015689)	DENND4A (ENSPCTG00005016168)	RAB11A (ENSPCTG00005016434)	MEGF11 (ENSPCTG00005016590)	DIS3L (ENSPCTG00005017408)	TIPIN (ENSPCTG00005017493)	MAP2K1 (ENSPCTG00005017538)	SNAPC5 (ENSPCTG00005017569)	ENSPCTG00005017611	ZWILCH (ENSPCTG00005017727)	LCTL (ENSPCTG00005017782)	ENSPCTG00005018004	SMAD6 (ENSPCTG00005018032) #22	ENSPCTG00005018068	SMAD3 (ENSPCTG00005018084) #23	AAGAB (ENSPCTG00005018169) #25	IQCH (ENSPCTG00005018285) #27	C11H15orf61 (ENSPCTG00005018901) #28	MAP2K5 (ENSPCTG00005018992) #30	SKOR1 (ENSPCTG00005019628) #31	ENSPCTG00005019847	ENSPCTG00005019890	PIAS1 (ENSPCTG00005019931) #32	CALML4 (ENSPCTG00005019999) #33	CLN6 (ENSPCTG00005020048) #36	FEM1B (ENSPCTG00005020203) #37	ITGA11 (ENSPCTG00005020249)	SPESP1 (ENSPCTG00005020391)
Blue whale	MODERN SPECIES	11	DPP8 (ENSBMSG00010004802)	HACD3 (ENSBMSG00010004707)	INTS14 (ENSBMSG00010004651)	SLC24A1 (ENSBMSG00010004497)	DENND4A (ENSBMSG00010004402)	RAB11A (ENSBMSG00010004363)	MEGF11 (ENSBMSG00010004218)	DIS3L (ENSBMSG00010004171)	ENSBMSG00010004151	ENSBMSG00010004137	MAP2K1 (ENSBMSG00010004109)	ENSBMSG00010004081	ENSBMSG00010004041	ZWILCH (ENSBMSG00010004025)	LCTL (ENSBMSG00010003979)	SMAD6 (ENSBMSG00010003960) #22	SMAD3 (ENSBMSG00010003929) #23	AAGAB (ENSBMSG00010003912) #25	IQCH (ENSBMSG00010003720) #27	C15orf61 (ENSBMSG00010003681) #28	MAP2K5 (ENSBMSG00010003598) #30	SKOR1 (ENSBMSG00010003555) #31	PIAS1 (ENSBMSG00010003520) #32	CALML4 (ENSBMSG00010003507) #33	CLN6 (ENSBMSG00010003453) #36	FEM1B (ENSBMSG00010003441) #37	ITGA11 (ENSBMSG00010003422)	ENSBMSG00010003412	CORO2B (ENSBMSG00010003388)	ENSBMSG00010003371	SPESP1 (ENSBMSG00010003359)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Yarkand deer	MODERN SPECIES	3	INTS14 (ENSCHYG00000008447)	SLC24A1 (ENSCHYG00000008613)	DENND4A (ENSCHYG00000008838)	ENSCHYG00000009117	ENSCHYG00000009145	MEGF11 (ENSCHYG00000009296)	DIS3L (ENSCHYG00000010099)	TIPIN (ENSCHYG00000010297)	MAP2K1 (ENSCHYG00000010364)	ENSCHYG00000010432	SNAPC5 (ENSCHYG00000010450)	ENSCHYG00000010506	ZWILCH (ENSCHYG00000010774)	LCTL (ENSCHYG00000011283)	ENSCHYG00000011323	SMAD6 (ENSCHYG00000011380) #22	SMAD3 (ENSCHYG00000011473) #23	AAGAB (ENSCHYG00000011610) #25	IQCH (ENSCHYG00000011825) #27	C15orf61 (ENSCHYG00000012160) #28	MAP2K5 (ENSCHYG00000012261) #30	SKOR1 (ENSCHYG00000013681) #31	PIAS1 (ENSCHYG00000013992) #32	CALML4 (ENSCHYG00000014198) #33	CLN6 (ENSCHYG00000014290) #36	FEM1B (ENSCHYG00000014524) #37	ITGA11 (ENSCHYG00000014651)	CORO2B (ENSCHYG00000016934)	ENSCHYG00000017234	SPESP1 (ENSCHYG00000017531)	NOX5 (ENSCHYG00000017570)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.o	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	23	IGDCC4 (ENSOARG00020005613)	DPP8 (ENSOARG00020005690)	HACD3 (ENSOARG00020005830)	INTS14 (ENSOARG00020006021)	SLC24A1 (ENSOARG00020006188)	DENND4A (ENSOARG00020006221)	ENSOARG00020006812	MEGF11 (ENSOARG00020006928)	DIS3L (ENSOARG00020007756)	TIPIN (ENSOARG00020007825)	MAP2K1 (ENSOARG00020007890)	SNAPC5 (ENSOARG00020007973)	RPL4 (ENSOARG00020008040)	ZWILCH (ENSOARG00020008203)	LCTL (ENSOARG00020008384)	SMAD6 (ENSOARG00020008552) #22	SMAD3 (ENSOARG00020008589) #23	ENSOARG00020008703 #25	IQCH (ENSOARG00020008820) #27	C15orf61 (ENSOARG00020009584) #28	MAP2K5 (ENSOARG00020009665) #30	SKOR1 (ENSOARG00020010969) #31	PIAS1 (ENSOARG00020011172) #32	CALML4 (ENSOARG00020011634) #33	CLN6 (ENSOARG00020011715) #36	FEM1B (ENSOARG00020011984) #37	ITGA11 (ENSOARG00020012015)	CORO2B (ENSOARG00020012576)	ENSOARG00020012822	SPESP1 (ENSOARG00020012911)	NOX5 (ENSOARG00020012967)
Goat	MODERN SPECIES	1	HACD3 (ENSCHIG00000020855)	INTS14 (ENSCHIG00000012971)	SLC24A1 (ENSCHIG00000023644)	ENSCHIG00000015128	DENND4A (ENSCHIG00000024015)	ENSCHIG00000012183	ENSCHIG00000006809	MEGF11 (ENSCHIG00000023140)	DIS3L (ENSCHIG00000009744)	ENSCHIG00000000481	MAP2K1 (ENSCHIG00000021340)	SNAPC5 (ENSCHIG00000011315)	RPL4 (ENSCHIG00000012421)	ZWILCH (ENSCHIG00000015830)	LCTL (ENSCHIG00000017181)	SMAD6 (ENSCHIG00000012651) #22	SMAD3 (ENSCHIG00000013774) #23	ENSCHIG00000015028 #25	IQCH (ENSCHIG00000009034) #27	C15orf61 (ENSCHIG00000026630) #28	MAP2K5 (ENSCHIG00000022039) #30	SKOR1 (ENSCHIG00000017580) #31	ENSCHIG00000010951	ENSCHIG00000003884	PIAS1 (ENSCHIG00000014001) #32	CALML4 (ENSCHIG00000005207) #33	CLN6 (ENSCHIG00000024128) #36	FEM1B (ENSCHIG00000023393) #37	ITGA11 (ENSCHIG00000025296)	CORO2B (ENSCHIG00000023253)	ENSCHIG00000011806
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914.ib	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Bos	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914.ib	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.e.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914.ib	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.e.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147890	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Cow	MODERN SPECIES	1	DPP8 (ENSBTAG00000014807)	HACD3 (ENSBTAG00000015155)	INTS14 (ENSBTAG00000015158)	SLC24A1 (ENSBTAG00000025826)	DENND4A (ENSBTAG00000017095)	RAB11A (ENSBTAG00000018959)	MEGF11 (ENSBTAG00000034140)	DIS3L (ENSBTAG00000000371)	TIPIN (ENSBTAG00000000372)	MAP2K1 (ENSBTAG00000033983)	SNAPC5 (ENSBTAG00000005210)	RPL4 (ENSBTAG00000005211)	ZWILCH (ENSBTAG00000005213)	LCTL (ENSBTAG00000005214)	ENSBTAG00000050356	SMAD6 (ENSBTAG00000000625) #22	SMAD3 (ENSBTAG00000012599) #23	AAGAB (ENSBTAG00000040368) #25	IQCH (ENSBTAG00000013638) #27	C10H15orf61 (ENSBTAG00000045628) #28	MAP2K5 (ENSBTAG00000000218) #30	PIAS1 (ENSBTAG00000005564) #32	CALML4 (ENSBTAG00000025822) #33	CLN6 (ENSBTAG00000005565) #36	FEM1B (ENSBTAG00000008378) #37	ITGA11 (ENSBTAG00000008380)	CORO2B (ENSBTAG00000012681)	ANP32A (ENSBTAG00000012365)	SPESP1 (ENSBTAG00000005994)	NOX5 (ENSBTAG00000009030)	GLCE (ENSBTAG00000001405)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	1	DPP8 (ENSBIXG00005007925)	DENND4A (ENSBIXG00005007862)	HACD3 (ENSBIXG00005029324)	INTS14 (ENSBIXG00005029402)	SLC24A1 (ENSBIXG00005029443)	ENSBIXG00005029457	RAB11A (ENSBIXG00005029469)	MEGF11 (ENSBIXG00005029582)	DIS3L (ENSBIXG00005029839)	TIPIN (ENSBIXG00005029852)	ENSBIXG00005029869	SNAPC5 (ENSBIXG00005029881)	ENSBIXG00005029889	ZWILCH (ENSBIXG00005029921)	LCTL (ENSBIXG00005029961)	SMAD6 (ENSBIXG00005030012) #22	SMAD3 (ENSBIXG00005030065) #23	AAGAB (ENSBIXG00005030085) #25	IQCH (ENSBIXG00005030120) #27	C15orf61 (ENSBIXG00005030179) #28	MAP2K5 (ENSBIXG00005030309) #30	SKOR1 (ENSBIXG00005030471) #31	PIAS1 (ENSBIXG00005030503) #32	CALML4 (ENSBIXG00005030510) #33	ENSBIXG00005030548 #36	FEM1B (ENSBIXG00005030567) #37	ITGA11 (ENSBIXG00005030585)	CORO2B (ENSBIXG00005030625)	ENSBIXG00005030667	SPESP1 (ENSBIXG00005030688)	NOX5 (ENSBIXG00005030704)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	40								ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.xc.e.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00960000188521	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362
Domestic yak	MODERN SPECIES	2	DPP8 (ENSBGRG00000025360)	HACD3 (ENSBGRG00000025307)	INTS14 (ENSBGRG00000025180)	SLC24A1 (ENSBGRG00000025095)	ENSBGRG00000025078	DENND4A (ENSBGRG00000024953)	ENSBGRG00000024884	MEGF11 (ENSBGRG00000024819)	DIS3L (ENSBGRG00000024760)	TIPIN (ENSBGRG00000024730)	MAP2K1 (ENSBGRG00000024678)	SNAPC5 (ENSBGRG00000024649)	ENSBGRG00000024489	ZWILCH (ENSBGRG00000024356)	LCTL (ENSBGRG00000024229)	SMAD6 (ENSBGRG00000024050) #22	SMAD3 (ENSBGRG00000023965) #23	AAGAB (ENSBGRG00000023783) #25	IQCH (ENSBGRG00000023490) #27	ENSBGRG00000023451 #28	ENSBGRG00000023428	MAP2K5 (ENSBGRG00000023013) #30	SKOR1 (ENSBGRG00000022855) #31	PIAS1 (ENSBGRG00000022493) #32	CALML4 (ENSBGRG00000022400) #33	CLN6 (ENSBGRG00000022143) #36	FEM1B (ENSBGRG00000022079) #37	ITGA11 (ENSBGRG00000021881)	CORO2B (ENSBGRG00000021747)	ENSBGRG00000021463	ENSBGRG00000021382
Wild yak	MODERN SPECIES	552									DIS3L (ENSBMUG00000005883)	TIPIN (ENSBMUG00000005904)	MAP2K1 (ENSBMUG00000005924)	SNAPC5 (ENSBMUG00000005936)	ENSBMUG00000005950	ZWILCH (ENSBMUG00000006013)	LCTL (ENSBMUG00000006040)	ENSBMUG00000006090 #22	SMAD3 (ENSBMUG00000006115) #23	AAGAB (ENSBMUG00000006202) #25	IQCH (ENSBMUG00000006265) #27	ENSBMUG00000006346	MAP2K5 (ENSBMUG00000006406) #30	SKOR1 (ENSBMUG00000006456) #31	PIAS1 (ENSBMUG00000006486) #32	CALML4 (ENSBMUG00000006499) #33	CLN6 (ENSBMUG00000006571) #36	FEM1B (ENSBMUG00000006589) #37	ITGA11 (ENSBMUG00000006621)	CORO2B (ENSBMUG00000006646)	ENSBMUG00000006692
American bison	MODERN SPECIES	2972	IGDCC4 (ENSBBBG00000009376)	DPP8 (ENSBBBG00000001480)	HACD3 (ENSBBBG00000009384)	INTS14 (ENSBBBG00000001482)	SLC24A1 (ENSBBBG00000009385)	DENND4A (ENSBBBG00000009388)	ENSBBBG00000001484	MEGF11 (ENSBBBG00000009393)	DIS3L (ENSBBBG00000001485)	ENSBBBG00000009401	MAP2K1 (ENSBBBG00000009402)	SNAPC5 (ENSBBBG00000009405)	RPL4 (ENSBBBG00000009410)	ZWILCH (ENSBBBG00000007486)	LCTL (ENSBBBG00000009415)	SMAD6 (ENSBBBG00000001493) #22	SMAD3 (ENSBBBG00000009419) #23	AAGAB (ENSBBBG00000009422) #25	IQCH (ENSBBBG00000009426) #27	C15orf61 (ENSBBBG00000009428) #28	MAP2K5 (ENSBBBG00000009430) #30	PIAS1 (ENSBBBG00000009435) #32	CALML4 (ENSBBBG00000009437) #33	CLN6 (ENSBBBG00000001505) #36	FEM1B (ENSBBBG00000009440) #37	ITGA11 (ENSBBBG00000009443)	CORO2B (ENSBBBG00000009445)	ENSBBBG00000009447	SPESP1 (ENSBBBG00000001512)	NOX5 (ENSBBBG00000009452)	GLCE (ENSBBBG00000009453)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	70	ENSMMSG00000000445	HACD3 (ENSMMSG00000000485)	INTS14 (ENSMMSG00000000581)	SLC24A1 (ENSMMSG00000000735)	ENSMMSG00000000783	DENND4A (ENSMMSG00000000845)	ENSMMSG00000000971	MEGF11 (ENSMMSG00000001023)	DIS3L (ENSMMSG00000001148)	TIPIN (ENSMMSG00000001178)	MAP2K1 (ENSMMSG00000001210)	SNAPC5 (ENSMMSG00000001249)	ENSMMSG00000001277	ZWILCH (ENSMMSG00000001358)	LCTL (ENSMMSG00000001442)	SMAD6 (ENSMMSG00000001473) #22	SMAD3 (ENSMMSG00000001493) #23	AAGAB (ENSMMSG00000001517) #25	IQCH (ENSMMSG00000001575) #27	C15orf61 (ENSMMSG00000001796) #28	MAP2K5 (ENSMMSG00000001850) #30	SKOR1 (ENSMMSG00000002112) #31	PIAS1 (ENSMMSG00000002174) #32	CALML4 (ENSMMSG00000002206) #33	CLN6 (ENSMMSG00000002230) #36	FEM1B (ENSMMSG00000002327) #37	ITGA11 (ENSMMSG00000002350)	CORO2B (ENSMMSG00000002385)	ENSMMSG00000002437	ENSMMSG00000002461	ENSMMSG00000002508
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00960000188521	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00860000136046	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00910000146962 #29	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
lion	MODERN SPECIES	6	DPP8 (ENSPLOG00000010171)	ENSPLOG00000010122	HACD3 (ENSPLOG00000009943)	INTS14 (ENSPLOG00000009755)	SLC24A1 (ENSPLOG00000009464)	DENND4A (ENSPLOG00000008717)	RAB11A (ENSPLOG00000008488)	MEGF11 (ENSPLOG00000008100)	DIS3L (ENSPLOG00000007929)	TIPIN (ENSPLOG00000007894)	MAP2K1 (ENSPLOG00000007836)	SNAPC5 (ENSPLOG00000007792)	RPL4 (ENSPLOG00000007707)	ZWILCH (ENSPLOG00000007600)	LCTL (ENSPLOG00000007528)	SMAD6 (ENSPLOG00000007495) #22	ENSPLOG00000007093	SMAD3 (ENSPLOG00000007068) #23	AAGAB (ENSPLOG00000007046) #25	IQCH (ENSPLOG00000006897) #27	C15orf61 (ENSPLOG00000006817) #28	MAP2K5 (ENSPLOG00000006228) #30	SKOR1 (ENSPLOG00000005020) #31	PIAS1 (ENSPLOG00000004975) #32	CALML4 (ENSPLOG00000004955) #33	CLN6 (ENSPLOG00000004871) #36	FEM1B (ENSPLOG00000004841) #37	ITGA11 (ENSPLOG00000004793)	CORO2B (ENSPLOG00000004744)	ENSPLOG00000004724	SPESP1 (ENSPLOG00000004706)
leopard	MODERN SPECIES	7	DPP8 (ENSPPRG00000001353)	ENSPPRG00000001945	HACD3 (ENSPPRG00000003107)	INTS14 (ENSPPRG00000003935)	SLC24A1 (ENSPPRG00000006682)	DENND4A (ENSPPRG00000009637)	RAB11A (ENSPPRG00000010471)	MEGF11 (ENSPPRG00000014069)	DIS3L (ENSPPRG00000019912)	TIPIN (ENSPPRG00000022554)	MAP2K1 (ENSPPRG00000022608)	SNAPC5 (ENSPPRG00000000465)	ENSPPRG00000000610	ZWILCH (ENSPPRG00000001390)	LCTL (ENSPPRG00000002315)	SMAD6 (ENSPPRG00000002502) #22	SMAD3 (ENSPPRG00000003306) #23	AAGAB (ENSPPRG00000003564) #25	IQCH (ENSPPRG00000005647) #27	C15orf61 (ENSPPRG00000005929) #28	ENSPPRG00000005987 #29	MAP2K5 (ENSPPRG00000006923) #30	SKOR1 (ENSPPRG00000007828) #31	PIAS1 (ENSPPRG00000008695) #32	CALML4 (ENSPPRG00000009014) #33	CLN6 (ENSPPRG00000011593) #36	FEM1B (ENSPPRG00000011995) #37	ITGA11 (ENSPPRG00000014106)	CORO2B (ENSPPRG00000015002)	ENSPPRG00000015452	NOX5 (ENSPPRG00000020694)
Cat	MODERN SPECIES	237	IGDCC4 (ENSFCAG00000011466)	DPP8 (ENSFCAG00000025415)	HACD3 (ENSFCAG00000008691)	INTS14 (ENSFCAG00000008692)	SLC24A1 (ENSFCAG00000008693)	DENND4A (ENSFCAG00000008694)	RAB11A (ENSFCAG00000030174)	MEGF11 (ENSFCAG00000003091)	DIS3L (ENSFCAG00000029869)	TIPIN (ENSFCAG00000035191)	MAP2K1 (ENSFCAG00000028389)	SNAPC5 (ENSFCAG00000012291)	RPL4 (ENSFCAG00000012293)	ZWILCH (ENSFCAG00000012294)	LCTL (ENSFCAG00000012298)	SMAD6 (ENSFCAG00000012300) #22	SMAD3 (ENSFCAG00000027081) #23	AAGAB (ENSFCAG00000004418) #25	IQCH (ENSFCAG00000004419) #27	CB3H15orf61 (ENSFCAG00000040546) #28	MAP2K5 (ENSFCAG00000004420) #30	SKOR1 (ENSFCAG00000043709) #31	PIAS1 (ENSFCAG00000018490) #32	CALML4 (ENSFCAG00000006497) #33	CLN6 (ENSFCAG00000025647) #36	ENSFCAG00000049632	FEM1B (ENSFCAG00000045964) #37	ITGA11 (ENSFCAG00000006499)	CORO2B (ENSFCAG00000006500)	ENSFCAG00000034954	SPESP1 (ENSFCAG00000048668)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B.p	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Giant Panda	MODERN SPECIES	15	IGDCC4 (ENSAMEG00000002889)	DPP8 (ENSAMEG00000002924)	HACD3 (ENSAMEG00000002983)	INTS14 (ENSAMEG00000003002)	SLC24A1 (ENSAMEG00000003029)	DENND4A (ENSAMEG00000003046)	RAB11A (ENSAMEG00000003119)	MEGF11 (ENSAMEG00000003131)	DIS3L (ENSAMEG00000003166)	TIPIN (ENSAMEG00000027725)	MAP2K1 (ENSAMEG00000003218)	SNAPC5 (ENSAMEG00000003249)	ENSAMEG00000029170	ZWILCH (ENSAMEG00000003251)	LCTL (ENSAMEG00000003300)	SMAD6 (ENSAMEG00000029979) #22	SMAD3 (ENSAMEG00000003318) #23	AAGAB (ENSAMEG00000028433) #25	IQCH (ENSAMEG00000005044) #27	C15orf61 (ENSAMEG00000029099) #28	MAP2K5 (ENSAMEG00000005013) #30	SKOR1 (ENSAMEG00000004996) #31	PIAS1 (ENSAMEG00000014025) #32	CALML4 (ENSAMEG00000014054) #33	CLN6 (ENSAMEG00000014058) #36	FEM1B (ENSAMEG00000014073) #37	ITGA11 (ENSAMEG00000014076)	CORO2B (ENSAMEG00000014093)	ENSAMEG00000014117	SPESP1 (ENSAMEG00000014134)	NOX5 (ENSAMEG00000014136)
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B.p	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
American black bear	MODERN SPECIES	83																SMAD6 (ENSUAMG00000020556) #22	SMAD3 (ENSUAMG00000020554) #23	AAGAB (ENSUAMG00000020553) #25	IQCH (ENSUAMG00000020552) #27	C15orf61 (ENSUAMG00000020551) #28
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
American mink	MODERN SPECIES	46	IGDCC4 (ENSNVIG00000017489)	DPP8 (ENSNVIG00000017340)	HACD3 (ENSNVIG00000017259)	CO044 (ENSNVIG00000017199)	SLC24A1 (ENSNVIG00000017089)	DENND4A (ENSNVIG00000016862)	RAB11A (ENSNVIG00000016821)	MEGF11 (ENSNVIG00000016583)	DIS3L (ENSNVIG00000016535)	TIPIN (ENSNVIG00000016513)	MAP2K1 (ENSNVIG00000016498)	SNAPC5 (ENSNVIG00000016483)	RPL4 (ENSNVIG00000016412)	ZWILC (ENSNVIG00000016326)	LCTL (ENSNVIG00000016282)	SMAD6 (ENSNVIG00000016271) #22	SMAD3 (ENSNVIG00000016249) #23	AAGAB (ENSNVIG00000016212) #25	IQCH (ENSNVIG00000016136) #27	MP2K5 (ENSNVIG00000015958) #30	SKOR1 (ENSNVIG00000015923) #31	PIAS1 (ENSNVIG00000015868) #32	CALML4 (ENSNVIG00000015844) #33	CLN6 (ENSNVIG00000015741) #36	FEM1B (ENSNVIG00000015730) #37	ITGA11 (ENSNVIG00000015665)	ENSNVIG00000015659	CORO2B (ENSNVIG00000015623)	ENSNVIG00000015596	ENSNVIG00000015562	SPESP1 (ENSNVIG00000015552)
Ferret	MODERN SPECIES	228	DPP8 (ENSMPUG00000000480)	HACD3 (ENSMPUG00000000475)	INTS14 (ENSMPUG00000000472)	SLC24A1 (ENSMPUG00000000468)	DENND4A (ENSMPUG00000000388)	RAB11A (ENSMPUG00000000387)	MEGF11 (ENSMPUG00000000383)	DIS3L (ENSMPUG00000000378)	TIPIN (ENSMPUG00000000365)	MAP2K1 (ENSMPUG00000000363)	SNAPC5 (ENSMPUG00000000356)	ENSMPUG00000000337	ZWILCH (ENSMPUG00000000333)	LCTL (ENSMPUG00000000312)	ENSMPUG00000000309	SMAD6 (ENSMPUG00000000307) #22	SMAD3 (ENSMPUG00000000304) #23	AAGAB (ENSMPUG00000000292) #25	IQCH (ENSMPUG00000000289) #27	C15orf61 (ENSMPUG00000000287) #28	MAP2K5 (ENSMPUG00000000285) #30	SKOR1 (ENSMPUG00000000283) #31	PIAS1 (ENSMPUG00000000281) #32	CALML4 (ENSMPUG00000000270) #33	CLN6 (ENSMPUG00000000267) #36	FEM1B (ENSMPUG00000000266) #37	ITGA11 (ENSMPUG00000000221)	CORO2B (ENSMPUG00000000220)	ENSMPUG00000000218	ENSMPUG00000000216	SPESP1 (ENSMPUG00000000214)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00950000185603	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218.m #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145.lc.a	ENSGT00390000013696	ENSGT00950000185603	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218.m #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Dingo	MODERN SPECIES	205	IGDCC4 (ENSCAFG00020008701)	DPP8 (ENSCAFG00020008685)	HACD3 (ENSCAFG00020008678)	INTS14 (ENSCAFG00020008669)	SLC24A1 (ENSCAFG00020008562)	DENND4A (ENSCAFG00020008501)	RAB11A (ENSCAFG00020008478)	MEGF11 (ENSCAFG00020008443)	DIS3L (ENSCAFG00020008413)	TIPIN (ENSCAFG00020008398)	MAP2K1 (ENSCAFG00020008392)	SNAPC5 (ENSCAFG00020008387)	ENSCAFG00020008355	ZWILCH (ENSCAFG00020008215)	LCTL (ENSCAFG00020008195)	SMAD6 (ENSCAFG00020008193) #22	SMAD3 (ENSCAFG00020008177) #23	ENSCAFG00020008170 #25	IQCH (ENSCAFG00020008118) #27	C15orf61 (ENSCAFG00020008094) #28	MAP2K5 (ENSCAFG00020008071) #30	SKOR1 (ENSCAFG00020008049) #31	PIAS1 (ENSCAFG00020008026) #32	CALML4 (ENSCAFG00020008020) #33	CLN6 (ENSCAFG00020008011) #36	FEM1B (ENSCAFG00020008006) #37	ITGA11 (ENSCAFG00020007730)	CORO2B (ENSCAFG00020007691)	ENSCAFG00020007674	ENSCAFG00020007670	SPESP1 (ENSCAFG00020007667)
Dog	MODERN SPECIES	23	HACD3 (ENSCAFG00845025953)	INTS14 (ENSCAFG00845026081)	SLC24A1 (ENSCAFG00845026323)	DENND4A (ENSCAFG00845026536)	RAB11A (ENSCAFG00845027320)	ENSCAFG00845014976	DIS3L (ENSCAFG00845015076)	TIPIN (ENSCAFG00845015229)	ENSCAFG00845015268	MAP2K1 (ENSCAFG00845015371)	SNAPC5 (ENSCAFG00845015512)	RPL4 (ENSCAFG00845015609)	ZWILCH (ENSCAFG00845015845)	ENSCAFG00845016122	LCTL (ENSCAFG00845016168)	SMAD6 (ENSCAFG00845016415) #22	SMAD3 (ENSCAFG00845016639) #23	AAGAB (ENSCAFG00845016886) #25	IQCH (ENSCAFG00845017088) #27	C15orf61 (ENSCAFG00845017380) #28	MAP2K5 (ENSCAFG00845017514) #30	SKOR1 (ENSCAFG00845017976) #31	PIAS1 (ENSCAFG00845018319) #32	CALML4 (ENSCAFG00845018790) #33	CLN6 (ENSCAFG00845018935) #36	FEM1B (ENSCAFG00845019340) #37	ITGA11 (ENSCAFG00845019410)	CORO2B (ENSCAFG00845019590)	ANP32A (ENSCAFG00845019800)	SPESP1 (ENSCAFG00845019873)	NOX5 (ENSCAFG00845020023)
Red fox	MODERN SPECIES		INTS14 (ENSVVUG00000014296)	SLC24A1 (ENSVVUG00000014313)	DENND4A (ENSVVUG00000014392)	RAB11A (ENSVVUG00000014435)	MEGF11 (ENSVVUG00000014448)	DIS3L (ENSVVUG00000014492)	TIPIN (ENSVVUG00000014501)	MAP2K1 (ENSVVUG00000014514)	SNAPC5 (ENSVVUG00000014527)	ENSVVUG00000014531	ZWILCH (ENSVVUG00000014559)	ENSVVUG00000014578	LCTL (ENSVVUG00000014585)	ENSVVUG00000014612	ENSVVUG00000014615	SMAD6 (ENSVVUG00000014625) #22	SMAD3 (ENSVVUG00000014647) #23	AAGAB (ENSVVUG00000014658) #25	IQCH (ENSVVUG00000014665) #27	C15orf61 (ENSVVUG00000014693) #28	MAP2K5 (ENSVVUG00000014703) #30	ENSVVUG00000014708 #31	PIAS1 (ENSVVUG00000014713) #32	ENSVVUG00000014716 #33	CLN6 (ENSVVUG00000014717) #36	FEM1B (ENSVVUG00000014718) #37	ITGA11 (ENSVVUG00000014719)	CORO2B (ENSVVUG00000014724)	ANP32A (ENSVVUG00000014726)	SPESP1 (ENSVVUG00000014730)	NOX5 (ENSVVUG00000014734)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914.db.a	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914.db.a	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465.h	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914.db.a	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00910000147041 #21	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465.h	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	24	DPP8 (ENSRFEG00010007043)	HACD3 (ENSRFEG00010004527)	INTS14 (ENSRFEG00010004454)	SLC24A1 (ENSRFEG00010004368)	DENND4A (ENSRFEG00010004242)	ENSRFEG00010004168	MEGF11 (ENSRFEG00010004126)	DIS3L (ENSRFEG00010004058)	TIPIN (ENSRFEG00010004026)	MAP2K1 (ENSRFEG00010004010)	SNAPC5 (ENSRFEG00010003999)	ENSRFEG00010003980	ZWILCH (ENSRFEG00010003952)	LCTL (ENSRFEG00010003917)	ENSRFEG00010003900 #21	SMAD6 (ENSRFEG00010003887) #22	SMAD3 (ENSRFEG00010003872) #23	AAGAB (ENSRFEG00010003850) #25	IQCH (ENSRFEG00010003782) #27	MAP2K5 (ENSRFEG00010003624) #30	SKOR1 (ENSRFEG00010003500) #31	ENSRFEG00010003474	ENSRFEG00010003431 #32	ENSRFEG00010003398 #33	CLN6 (ENSRFEG00010003356) #36	FEM1B (ENSRFEG00010003282) #37	ITGA11 (ENSRFEG00010003262)	CORO2B (ENSRFEG00010003225)	ENSRFEG00010003201	SPESP1 (ENSRFEG00010003175)	ENSRFEG00010003165
Megabat	MODERN SPECIES	7136																SMAD6 (ENSPVAG00000001721) #22
Equus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914.eb	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Horse	MODERN SPECIES		IGDCC3 (ENSECAG00000024763)	IGDCC4 (ENSECAG00000024668)	DPP8 (ENSECAG00000010846)	HACD3 (ENSECAG00000023082)	INTS14 (ENSECAG00000018884)	SLC24A1 (ENSECAG00000013327)	DENND4A (ENSECAG00000024306)	RAB11A (ENSECAG00000023865)	MEGF11 (ENSECAG00000000706)	DIS3L (ENSECAG00000007302)	TIPIN (ENSECAG00000004590)	MAP2K1 (ENSECAG00000010640)	RPL4 (ENSECAG00000023179)	ZWILCH (ENSECAG00000018367)	LCTL (ENSECAG00000014254)	SMAD6 (ENSECAG00000013706) #22	SMAD3 (ENSECAG00000020259) #23	ENSECAG00000047849 #27	AAGAB (ENSECAG00000013142) #25	IQCH (ENSECAG00000007674) #27	ENSECAG00000029823	MAP2K5 (ENSECAG00000022411) #30	SKOR1 (ENSECAG00000036584) #31	ENSECAG00000005747	PIAS1 (ENSECAG00000007993) #32	CALML4 (ENSECAG00000021844) #33	CLN6 (ENSECAG00000016991) #36	FEM1B (ENSECAG00000015587)	ITGA11 (ENSECAG00000023104)	CORO2B (ENSECAG00000014020)	ENSECAG00000002541
Donkey	MODERN SPECIES	11	IGDCC4 (ENSEASG00005006466)	DPP8 (ENSEASG00005006459)	HACD3 (ENSEASG00005006456)	INTS14 (ENSEASG00005006454)	SLC24A1 (ENSEASG00005006448)	DENND4A (ENSEASG00005006437)	RAB11A (ENSEASG00005006431)	MEGF11 (ENSEASG00005006429)	DIS3L (ENSEASG00005006407)	TIPIN (ENSEASG00005006396)	MAP2K1 (ENSEASG00005006387)	SNAPC5 (ENSEASG00005006384)	RPL4 (ENSEASG00005006373)	ZWILCH (ENSEASG00005006339)	LCTL (ENSEASG00005006319)	ENSEASG00005025450 #22	SMAD3 (ENSEASG00005006315) #23	AAGAB (ENSEASG00005006311) #25	IQCH (ENSEASG00005006301) #27	ENSEASG00005006297 #28	MAP2K5 (ENSEASG00005006290) #30	SKOR1 (ENSEASG00005006277) #31	ENSEASG00005006267	PIAS1 (ENSEASG00005006262) #32	CALML4 (ENSEASG00005033729) #33	CLN6 (ENSEASG00005034200) #36	FEM1B (ENSEASG00005006255) #37	ITGA11 (ENSEASG00005006251)	CORO2B (ENSEASG00005006245)	ENSEASG00005006243	SPESP1 (ENSEASG00005028304)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00390000005362	ENSGT00940000162591
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	230	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22
Armadillo	MODERN SPECIES	984	IGDCC4 (ENSDNOG00000015741)	DPP8 (ENSDNOG00000001444)	HACD3 (ENSDNOG00000001687)	INTS14 (ENSDNOG00000001690)	SLC24A1 (ENSDNOG00000000816)	DENND4A (ENSDNOG00000019872)	ENSDNOG00000038479	MEGF11 (ENSDNOG00000016951)	DIS3L (ENSDNOG00000016967)	TIPIN (ENSDNOG00000003177)	MAP2K1 (ENSDNOG00000016563)	ENSDNOG00000006689	ENSDNOG00000006693	ZWILCH (ENSDNOG00000006711)	LCTL (ENSDNOG00000006740)	SMAD6 (ENSDNOG00000008227) #22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465
Elephant	MODERN SPECIES	466	PARP16 (ENSLAFG00000014938)	IGDCC3 (ENSLAFG00000000244)	IGDCC4 (ENSLAFG00000022955)	DPP8 (ENSLAFG00000013000)	HACD3 (ENSLAFG00000010226)	INTS14 (ENSLAFG00000010235)	DENND4A (ENSLAFG00000010247)	RAB11A (ENSLAFG00000011418)	MEGF11 (ENSLAFG00000011424)	DIS3L (ENSLAFG00000006866)	TIPIN (ENSLAFG00000026016)	MAP2K1 (ENSLAFG00000006487)	SNAPC5 (ENSLAFG00000006491)	RPL4 (ENSLAFG00000006494)	LCTL (ENSLAFG00000012306)	SMAD6 (ENSLAFG00000013285) #22	SMAD3 (ENSLAFG00000021903) #23	AAGAB (ENSLAFG00000022590) #25	IQCH (ENSLAFG00000011381) #27	C15orf61 (ENSLAFG00000000737) #28	MAP2K5 (ENSLAFG00000001427) #30	SKOR1 (ENSLAFG00000018189) #31	ENSLAFG00000029244	PIAS1 (ENSLAFG00000018150) #32	CALML4 (ENSLAFG00000021943) #33	CLN6 (ENSLAFG00000029055) #36	FEM1B (ENSLAFG00000013998) #37	ITGA11 (ENSLAFG00000018505)
Hyrax	MODERN SPECIES	8519																SMAD6 (ENSPCAG00000004267) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	3388																SMAD6 (ENSETEG00000006896) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
koala	MODERN SPECIES		IGDCC4 (ENSPCIG00000024106)	DPP8 (ENSPCIG00000024105)	HACD3 (ENSPCIG00000008851)	INTS14 (ENSPCIG00000008852)	ENSPCIG00000008854	DENND4A (ENSPCIG00000006919)	RAB11A (ENSPCIG00000006878)	MEGF11 (ENSPCIG00000006843)	DIS3L (ENSPCIG00000006827)	TIPIN (ENSPCIG00000006818)	MAP2K1 (ENSPCIG00000006816)	ENSPCIG00000006812	RPL4 (ENSPCIG00000006799)	ZWILCH (ENSPCIG00000006798)	LCTL (ENSPCIG00000006796)	SMAD6 (ENSPCIG00000006792) #22	SMAD3 (ENSPCIG00000014066) #23	AAGAB (ENSPCIG00000014065) #25	IQCH (ENSPCIG00000023221) #27	C15orf61 (ENSPCIG00000023229) #28	MAP2K5 (ENSPCIG00000023233) #30	SKOR1 (ENSPCIG00000023240) #31	PIAS1 (ENSPCIG00000023245) #32	CALML4 (ENSPCIG00000023241) #33	CLN6 (ENSPCIG00000023237) #36	ENSPCIG00000023218	ITGA11 (ENSPCIG00000023209)	CORO2B (ENSPCIG00000023206)	ENSPCIG00000023204	NOX5 (ENSPCIG00000013880)	GLCE (ENSPCIG00000013869)
Common wonbat	MODERN SPECIES	581	IGDCC4 (ENSVURG00010016817)	DPP8 (ENSVURG00010016847)	HACD3 (ENSVURG00010016877)	INTS14 (ENSVURG00010016912)	ENSVURG00010017031	DENND4A (ENSVURG00010017069)	RAB11A (ENSVURG00010017156)	MEGF11 (ENSVURG00010017205)	DIS3L (ENSVURG00010017304)	TIPIN (ENSVURG00010017324)	MAP2K1 (ENSVURG00010017352)	SNAPC5 (ENSVURG00010017361)	RPL4 (ENSVURG00010017371)	ZWILCH (ENSVURG00010017403)	LCTL (ENSVURG00010017479)	SMAD6 (ENSVURG00010017499) #22	SMAD3 (ENSVURG00010017513) #23	AAGAB (ENSVURG00010017532) #25	IQCH (ENSVURG00010017554) #27	ENSVURG00010017577	C15orf61 (ENSVURG00010017585) #28	MAP2K5 (ENSVURG00010017619) #30	SKOR1 (ENSVURG00010017727) #31	PIAS1 (ENSVURG00010017756) #32	CALML4 (ENSVURG00010017772) #33	CLN6 (ENSVURG00010017776) #36	FEM1B (ENSVURG00010017788) #37	ITGA11 (ENSVURG00010017821)	CORO2B (ENSVURG00010018179)	ENSVURG00010018193	NOX5 (ENSVURG00010018209)
Wallaby	MODERN SPECIES	4464																SMAD6 (ENSMEUG00000009103) #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	1	IGDCC4 (ENSSHAG00000012686)	DPP8 (ENSSHAG00000012989)	HACD3 (ENSSHAG00000013349)	INTS14 (ENSSHAG00000013462)	SLC24A1 (ENSSHAG00000013623)	DENND4A (ENSSHAG00000002367)	RAB11A (ENSSHAG00000006622)	MEGF11 (ENSSHAG00000006869)	DIS3L (ENSSHAG00000010970)	TIPIN (ENSSHAG00000011237)	MAP2K1 (ENSSHAG00000029460)	SNAPC5 (ENSSHAG00000025154)	RPL4 (ENSSHAG00000002421)	ZWILCH (ENSSHAG00000002622)	LCTL (ENSSHAG00000003461)	SMAD6 (ENSSHAG00000007962) #22	SMAD3 (ENSSHAG00000023904) #23	AAGAB (ENSSHAG00000012729) #25	IQCH (ENSSHAG00000012985) #27	C15orf61 (ENSSHAG00000031222) #28	MAP2K5 (ENSSHAG00000014400) #30	SKOR1 (ENSSHAG00000027578) #31	PIAS1 (ENSSHAG00000022295) #32	CALML4 (ENSSHAG00000028912) #33	ENSSHAG00000003272 #36	FEM1B (ENSSHAG00000030104) #37	ITGA11 (ENSSHAG00000005006)	CORO2B (ENSSHAG00000009104)	ENSSHAG00000010906	NOX5 (ENSSHAG00000012412)	GLCE (ENSSHAG00000023440)
Opossum	MODERN SPECIES		DPP8 (ENSMODG00000010208)	HACD3 (ENSMODG00000009893)	INTS14 (ENSMODG00000009876)	SLC24A1 (ENSMODG00000009861)	DENND4A (ENSMODG00000009838)	RAB11A (ENSMODG00000009810)	MEGF11 (ENSMODG00000009795)	DIS3L (ENSMODG00000009760)	TIPIN (ENSMODG00000009724)	ENSMODG00000039883	MAP2K1 (ENSMODG00000009715)	ENSMODG00000025470	RPL4 (ENSMODG00000009657)	ZWILCH (ENSMODG00000009648)	LCTL (ENSMODG00000009632)	SMAD6 (ENSMODG00000009620) #22	SMAD3 (ENSMODG00000038564) #23	ENSMODG00000009585 #25	ENSMODG00000009566 #27	C15orf61 (ENSMODG00000036723) #28	MAP2K5 (ENSMODG00000009527) #30	SKOR1 (ENSMODG00000024583) #31	PIAS1 (ENSMODG00000009467) #32	CALML4 (ENSMODG00000009430) #33	CLN6 (ENSMODG00000009425) #36	FEM1B (ENSMODG00000051021) #37	ITGA11 (ENSMODG00000009413)	ENSMODG00000040904	CORO2B (ENSMODG00000009371)	ENSMODG00000009359	NOX5 (ENSMODG00000009308)
Platypus	MODERN SPECIES	16	IGDCC4 (ENSOANG00000011112)	DPP8 (ENSOANG00000008346)	ENSOANG00000046972	INTS14 (ENSOANG00000001669)	ENSOANG00000043682	DENND4A (ENSOANG00000044994)	RAB11A (ENSOANG00000038794)	MEGF11 (ENSOANG00000037204)	DIS3L (ENSOANG00000009753)	TIPIN (ENSOANG00000048848)	MAP2K1 (ENSOANG00000009750)	SNAPC5 (ENSOANG00000039654)	RPL4 (ENSOANG00000048650)	ZWILCH (ENSOANG00000004555)	LCTL (ENSOANG00000004554)	SMAD6 (ENSOANG00000042174) #22	SMAD3 (ENSOANG00000037003) #23	AAGAB (ENSOANG00000046695) #25	ENSOANG00000013556 #27	C15orf61 (ENSOANG00000042403) #28	MAP2K5 (ENSOANG00000013555) #30	SKOR1 (ENSOANG00000041839) #31	PIAS1 (ENSOANG00000013547) #32	CALML4 (ENSOANG00000036767) #33	CLN6 (ENSOANG00000044196) #36	ENSOANG00000013544	ITGA11 (ENSOANG00000013543)	CORO2B (ENSOANG00000013538)	ENSOANG00000048109	ENSOANG00000013537	NOX5 (ENSOANG00000012494)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156969	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000164138	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
tuatara	MODERN SPECIES	842			ENSSPUG00000013730	ENSSPUG00000013724	ENSSPUG00000013716	ENSSPUG00000013706	RAB11A (ENSSPUG00000013698)	MEGF11 (ENSSPUG00000013679)	DIS3L (ENSSPUG00000013652)	TIPIN (ENSSPUG00000013622)	MAP2K1 (ENSSPUG00000013607)	SNAPC5 (ENSSPUG00000013599)	RPL4 (ENSSPUG00000013570)	ENSSPUG00000013505	LCTL (ENSSPUG00000013481)	SMAD6 (ENSSPUG00000013465) #22	SMAD3 (ENSSPUG00000013429) #23	AAGAB (ENSSPUG00000013388) #25	C15orf61 (ENSSPUG00000013351) #28	MAP2K5 (ENSSPUG00000013303) #30	PIAS1 (ENSSPUG00000013205) #32	CALML4 (ENSSPUG00000013190) #33	CLN6 (ENSSPUG00000013176) #36	ENSSPUG00000013166	ITGA11 (ENSSPUG00000013143)	CORO2B (ENSSPUG00000013122)	ENSSPUG00000013106	NOX5 (ENSSPUG00000013079)	GLCE (ENSSPUG00000013062)	PAQR5 (ENSSPUG00000013045)	KIF23 (ENSSPUG00000012998)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00950000183129.a	ENSGT00940000156969	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000164138	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000183129.a	ENSGT00940000156969	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000164138	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Common wall lizard	DUPLICATION
Common wall lizard	MODERN SPECIES	7	ENSPMRG00000015406	IL6R (ENSPMRG00000015769)	SHE (ENSPMRG00000015789)	TDRD10 (ENSPMRG00000015796)	UBE2Q1 (ENSPMRG00000015807)	CHRNB2 (ENSPMRG00000015817)	ADAR (ENSPMRG00000015826)	KCNN3 (ENSPMRG00000015860)	PMVK (ENSPMRG00000015873)	PBXIP1 (ENSPMRG00000015884)	PYGO2 (ENSPMRG00000015899)	SHC1 (ENSPMRG00000015905)	CKS1B (ENSPMRG00000015922)	FLAD1 (ENSPMRG00000015930)	ENSPMRG00000015939	ENSPMRG00000015945 #22	ZBTB7B (ENSPMRG00000015953)	ENSPMRG00000015965	ENSPMRG00000015976	ADAM15 (ENSPMRG00000015997)	EFNA4 (ENSPMRG00000016031)	EFNA3 (ENSPMRG00000016035)	ENSPMRG00000016044	SLC50A1 (ENSPMRG00000016053)	DPM3 (ENSPMRG00000016060)	KRTCAP2 (ENSPMRG00000016066)	TRIM46 (ENSPMRG00000016070)	ENSPMRG00000016083	THBS3 (ENSPMRG00000016198)	ENSPMRG00000016793	ENSPMRG00000016807
Common wall lizard	MODERN SPECIES	5	ENSPMRG00000014139	ENSPMRG00000014144	HACD3 (ENSPMRG00000014152)	INTS14 (ENSPMRG00000014159)	DENND4A (ENSPMRG00000014169)	RAB11A (ENSPMRG00000014183)	MEGF11 (ENSPMRG00000014263)	ENSPMRG00000014534	ENSPMRG00000014537	DIS3L (ENSPMRG00000014540)	TIPIN (ENSPMRG00000014546)	MAP2K1 (ENSPMRG00000014555)	SNAPC5 (ENSPMRG00000014563)	RPL4 (ENSPMRG00000014570)	ZWILCH (ENSPMRG00000014603)	SMAD6 (ENSPMRG00000014612) #22	ENSPMRG00000014621 #23	AAGAB (ENSPMRG00000014629) #25	IQCH (ENSPMRG00000014635) #27	C15orf61 (ENSPMRG00000014653) #28	MAP2K5 (ENSPMRG00000014661) #30	SKOR1 (ENSPMRG00000014676) #31	PIAS1 (ENSPMRG00000014688) #32	CALML4 (ENSPMRG00000014698) #33	CLN6 (ENSPMRG00000014706) #36	ENSPMRG00000014712	ENSPMRG00000014717	ITGA11 (ENSPMRG00000014723)	CORO2B (ENSPMRG00000014736)	ENSPMRG00000014760	NOX5 (ENSPMRG00000014775)
Argentine black and white tegu	DUPLICATION
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	78													CKS1B (ENSSMRG00000011890)	FLAD1 (ENSSMRG00000011889)	ENSSMRG00000011888	ENSSMRG00000011887 #22	ZBTB7B (ENSSMRG00000011886)	ENSSMRG00000011885	ADAM15 (ENSSMRG00000011884)	EFNA4 (ENSSMRG00000011883)	EFNA3 (ENSSMRG00000011871)	EFNA1 (ENSSMRG00000011870)	SLC50A1 (ENSSMRG00000011868)	DPM3 (ENSSMRG00000011867)	ENSSMRG00000011866	TRIM46 (ENSSMRG00000011864)	THBS3 (ENSSMRG00000011858)	MTX1 (ENSSMRG00000011857)	ENSSMRG00000011856	RIT1 (ENSSMRG00000011855)	SYT11 (ENSSMRG00000011854)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	46	PARP16 (ENSSMRG00000021595)	IGDCC3 (ENSSMRG00000021594)	IGDCC4 (ENSSMRG00000021593)	DPP8 (ENSSMRG00000021592)	HACD3 (ENSSMRG00000021591)	INTS14 (ENSSMRG00000021590)	DENND4A (ENSSMRG00000021589)	RAB11A (ENSSMRG00000021588)	MEGF11 (ENSSMRG00000021585)	DIS3L (ENSSMRG00000021584)	TIPIN (ENSSMRG00000021582)	MAP2K1 (ENSSMRG00000021581)	SNAPC5 (ENSSMRG00000021580)	RPL4 (ENSSMRG00000021574)	ZWILCH (ENSSMRG00000021573)	SMAD6 (ENSSMRG00000021572) #22	SMAD3 (ENSSMRG00000021571) #23	AAGAB (ENSSMRG00000021570) #25	IQCH (ENSSMRG00000021569) #27	C15orf61 (ENSSMRG00000021568) #28	MAP2K5 (ENSSMRG00000021567) #30	SKOR1 (ENSSMRG00000021566) #31	PIAS1 (ENSSMRG00000021565) #32	CALML4 (ENSSMRG00000021564) #33	CLN6 (ENSSMRG00000021563) #36	ENSSMRG00000021562	ITGA11 (ENSSMRG00000021561)	CORO2B (ENSSMRG00000021560)	ENSSMRG00000021559	NOX5 (ENSSMRG00000021557)	GLCE (ENSSMRG00000021556)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00950000183129.a	ENSGT00940000156969	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000164138	ENSGT00940000155465.c	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Lizard	MODERN SPECIES	1079												ENSACAG00000005016	ENSACAG00000004994	RPL4 (ENSACAG00000009759)	ZWILCH (ENSACAG00000009844)	SMAD6 (ENSACAG00000009899) #22	SMAD3 (ENSACAG00000009914) #23	AAGAB (ENSACAG00000010006) #25	IQCH (ENSACAG00000010052) #27	C15orf61 (ENSACAG00000038258) #28	MAP2K5 (ENSACAG00000010072) #30	PIAS1 (ENSACAG00000010183) #32	CALML4 (ENSACAG00000010259) #33	CLN6 (ENSACAG00000010272) #36	FEM1B (ENSACAG00000001361) #37
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00510000048902.b	ENSGT00940000156682	ENSGT00940000159268.d	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b.d	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000164138	ENSGT00940000155465.c	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Indian cobra	MODERN SPECIES	14	ENSNNAG00000004785	IGF1R (ENSNNAG00000004949)	SYNM (ENSNNAG00000007433)	DPP8 (ENSNNAG00000007591)	HACD3 (ENSNNAG00000009979)	INTS14 (ENSNNAG00000010021)	DENND4A (ENSNNAG00000010330)	RAB11A (ENSNNAG00000010435)	MEGF11 (ENSNNAG00000010468)	DIS3L (ENSNNAG00000010799)	TIPIN (ENSNNAG00000010924)	MAP2K1 (ENSNNAG00000010963)	SNAPC5 (ENSNNAG00000011012)	RPL4 (ENSNNAG00000011026)	ZWILCH (ENSNNAG00000011099)	SMAD6 (ENSNNAG00000011230) #22	SMAD3 (ENSNNAG00000011272) #23	AAGAB (ENSNNAG00000011287) #25	ENSNNAG00000011356	IQCH (ENSNNAG00000011412) #27	C15orf61 (ENSNNAG00000011603) #28	MAP2K5 (ENSNNAG00000011631) #30	SKOR1 (ENSNNAG00000011796) #31	PIAS1 (ENSNNAG00000012101) #32	CLN6 (ENSNNAG00000012206) #36	ENSNNAG00000012296	ITGA11 (ENSNNAG00000012334)	CORO2B (ENSNNAG00000012805)	ENSNNAG00000012830	NOX5 (ENSNNAG00000012871)	GLCE (ENSNNAG00000012927)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	114									ENSGT00950000182904.a.a.a	ENSGT00390000014801	ENSGT00940000162147	ENSGT00530000063948.a	ENSGT00950000182870.a.a.b	ENSGT00950000182971.B.b	ENSGT00390000007266	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000160219	ENSGT00940000153269.a.b	ENSGT00940000162071	ENSGT00940000161355	ENSGT00940000159919	ENSGT00390000007801	ENSGT00390000008892	ENSGT00390000003552	ENSGT00940000158021	ENSGT01030000235260	ENSGT00940000159283.d	ENSGT00950000182919.B.a	ENSGT00390000009464.j	ENSGT00390000009464.i.b	ENSGT00390000009464.i.a
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	6456														CKS1B (ENSLLTG00000003633)	FLAD1 (ENSLLTG00000003615)	SMAD6 (ENSLLTG00000003605) #22
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	107										ENSGT00950000182904.a.a.a	ENSGT00390000014801	ENSGT00530000063948.a	ENSGT00950000182870.a.a.b	ENSGT00950000182971.B.b	ENSGT00390000007266	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000160219	ENSGT00940000153269.a.b	ENSGT00940000162071	ENSGT00940000161355	ENSGT00940000159919	ENSGT00940000159283.d	ENSGT00950000182919.B.a	ENSGT00390000009464.j	ENSGT00940000160917	ENSGT00940000154947	ENSGT00960000192064	ENSGT00940000154743.A.b	ENSGT00900000141074	ENSGT00900000141033.b.b.db	ENSGT00940000156698
Eastern brown snake	DUPLICATION
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	85										KCNN3 (ENSPTXG00000008402)	ENSPTXG00000008433	PYGO2 (ENSPTXG00000008435)	SHC1 (ENSPTXG00000008436)	CKS1B (ENSPTXG00000008438)	FLAD1 (ENSPTXG00000008440)	ENSPTXG00000008441 #22	ZBTB7B (ENSPTXG00000008442)	ENSPTXG00000008443	ENSPTXG00000008445	EFNA4 (ENSPTXG00000008446)	EFNA3 (ENSPTXG00000008447)	EFNA1 (ENSPTXG00000008448)	THBS3 (ENSPTXG00000008469)	MTX1 (ENSPTXG00000009253)	ENSPTXG00000009258	ENSPTXG00000009297	ENSPTXG00000009299	FDPS (ENSPTXG00000009300)	ENSPTXG00000009302	ENSPTXG00000009304	ASH1L (ENSPTXG00000009306)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	43	NR2F2 (ENSPTXG00000015588)	ARRDC4 (ENSPTXG00000015586)	IGF1R (ENSPTXG00000015585)	SYNM (ENSPTXG00000015583)	DPP8 (ENSPTXG00000015569)	HACD3 (ENSPTXG00000015568)	INTS14 (ENSPTXG00000015567)	DENND4A (ENSPTXG00000015565)	RAB11A (ENSPTXG00000015564)	MEGF11 (ENSPTXG00000015560)	DIS3L (ENSPTXG00000015557)	TIPIN (ENSPTXG00000015555)	MAP2K1 (ENSPTXG00000015554)	SNAPC5 (ENSPTXG00000015552)	RPL4 (ENSPTXG00000015545)	SMAD6 (ENSPTXG00000015543) #22	SMAD3 (ENSPTXG00000015540) #23	AAGAB (ENSPTXG00000015539) #25	IQCH (ENSPTXG00000015536) #27	C15orf61 (ENSPTXG00000015534) #28	MAP2K5 (ENSPTXG00000015531) #30	ENSPTXG00000015529	PIAS1 (ENSPTXG00000015528) #32	CALML4 (ENSPTXG00000015527) #33	CLN6 (ENSPTXG00000015526) #36	ENSPTXG00000015525	ITGA11 (ENSPTXG00000015524)	CORO2B (ENSPTXG00000015523)	ENSPTXG00000015522	NOX5 (ENSPTXG00000015521)	GLCE (ENSPTXG00000015519)
Mainland tiger snake	DUPLICATION
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2040																ENSNSUG00000001665 #22
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	1891																SMAD6 (ENSNSUG00000000757) #22
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00960000193170	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00950000186456	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591
Abingdon island giant tortoise	DUPLICATION
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Goode s thornscrub tortoise	DUPLICATION
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Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764.b	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
painted turtle	DUPLICATION
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Three-toed box turtle	DUPLICATION
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	1002																ENSTMTG00000009036 #22
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	27	IGDCC4 (ENSTMTG00000007233)	DPP8 (ENSTMTG00000007513)	HACD3 (ENSTMTG00000007567)	INTS14 (ENSTMTG00000007590)	SLC24A1 (ENSTMTG00000007638)	DENND4A (ENSTMTG00000007680)	RAB11A (ENSTMTG00000007735)	MEGF11 (ENSTMTG00000007756)	DIS3L (ENSTMTG00000007906)	ENSTMTG00000007940	MAP2K1 (ENSTMTG00000007966)	ENSTMTG00000007987	ENSTMTG00000008003	ZWILCH (ENSTMTG00000008057)	LCTL (ENSTMTG00000008371)	SMAD6 (ENSTMTG00000008403) #22	SMAD3 (ENSTMTG00000008413) #23	AAGAB (ENSTMTG00000008426) #25	IQCH (ENSTMTG00000008467) #27	ENSTMTG00000008700 #28	MAP2K5 (ENSTMTG00000008725) #30	SKOR1 (ENSTMTG00000008807) #31	PIAS1 (ENSTMTG00000008856) #32	CALML4 (ENSTMTG00000008891) #33	CLN6 (ENSTMTG00000008908) #36	FEM1B (ENSTMTG00000008924) #37	ITGA11 (ENSTMTG00000008937)	ENSTMTG00000009016	ENSTMTG00000009040	NOX5 (ENSTMTG00000009057)	GLCE (ENSTMTG00000009094)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Australian saltwater crocodile	DUPLICATION
Australian saltwater crocodile	DUPLICATION
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Aves	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
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Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
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Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT01060000252718	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240.oc #36	ENSGT00940000164138	ENSGT00400000022240.nc #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b
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Medium ground finch	DUPLICATION
Medium ground finch	MODERN SPECIES	247	UBAP2L (ENSGFOG00000010247)	ENSGFOG00000010280	AQP10 (ENSGFOG00000010284)	ATP8B2 (ENSGFOG00000010292)	IL6R (ENSGFOG00000010325)	SHE (ENSGFOG00000010337)	UBE2Q1 (ENSGFOG00000010349)	CHRNB2 (ENSGFOG00000010362)	ADAR (ENSGFOG00000010376)	KCNN3 (ENSGFOG00000010391)	PMVK (ENSGFOG00000010424)	ENSGFOG00000010428	SHC1 (ENSGFOG00000010435)	CKS1B (ENSGFOG00000010444)	FLAD1 (ENSGFOG00000010451)	ENSGFOG00000010456 #22	ENSGFOG00000010460	ENSGFOG00000010468	CCT3 (ENSGFOG00000010483)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	69	IGDCC4 (ENSGFOG00000010130)	DPP8 (ENSGFOG00000010227)	HACD3 (ENSGFOG00000010246)	INTS14 (ENSGFOG00000010255)	SLC24A1 (ENSGFOG00000010269)	DENND4A (ENSGFOG00000010346)	RAB11A (ENSGFOG00000011557)	MEGF11 (ENSGFOG00000011585)	DIS3L (ENSGFOG00000011782)	TIPIN (ENSGFOG00000011794)	MAP2K1 (ENSGFOG00000011801)	ENSGFOG00000011806	RPL4 (ENSGFOG00000011811)	ZWILCH (ENSGFOG00000011836)	LCTL (ENSGFOG00000011846)	SMAD6 (ENSGFOG00000011856) #22	SMAD3 (ENSGFOG00000011865) #23	ENSGFOG00000011872 #25	ENSGFOG00000011876 #25	IQCH (ENSGFOG00000011884) #27	ENSGFOG00000011897 #28	MAP2K5 (ENSGFOG00000011911) #30	PIAS1 (ENSGFOG00000011939) #32	CALML4 (ENSGFOG00000011946) #33	CLN6 (ENSGFOG00000011952) #36	ENSGFOG00000011958	ITGA11 (ENSGFOG00000011965)	CORO2B (ENSGFOG00000011982)	ENSGFOG00000011990	NOX5 (ENSGFOG00000011998)	GLCE (ENSGFOG00000012008)
Flycatcher	DUPLICATION
Flycatcher	MODERN SPECIES	17	AQP10 (ENSFALG00000001191)	ATP8B2 (ENSFALG00000001195)	IL6R (ENSFALG00000028652)	SHE (ENSFALG00000001203)	UBE2Q1 (ENSFALG00000001215)	CHRNB2 (ENSFALG00000001220)	ADAR (ENSFALG00000001232)	KCNN3 (ENSFALG00000001246)	PMVK (ENSFALG00000024139)	PBXIP1 (ENSFALG00000001259)	PYGO2 (ENSFALG00000015227)	SHC1 (ENSFALG00000001262)	CKS1B (ENSFALG00000024948)	FLAD1 (ENSFALG00000001270)	ENSFALG00000024050	ENSFALG00000024658 #22	ENSFALG00000024237	ENSFALG00000002550	ENSFALG00000002555	ENSFALG00000002560	ENSFALG00000024781	PMF1 (ENSFALG00000028987)	SLC25A44 (ENSFALG00000002568)	SEMA4A (ENSFALG00000002573)	LMNA (ENSFALG00000002586)	MEX3A (ENSFALG00000014982)	ENSFALG00000002594	RAB25 (ENSFALG00000002597)	LAMTOR2 (ENSFALG00000002604)	UBQLN4 (ENSFALG00000002609)	NAXE (ENSFALG00000002625)
Flycatcher	MODERN SPECIES	1	BNIP2 (ENSFALG00000012551)	FOXB1 (ENSFALG00000012555)	ANXA2 (ENSFALG00000028021)	ICE2 (ENSFALG00000012586)	ENSFALG00000026543	RORA (ENSFALG00000012589)	VPS13C (ENSFALG00000012641)	ENSFALG00000012743	TLN2 (ENSFALG00000012750)	TPM1 (ENSFALG00000026833)	LACTB (ENSFALG00000012785)	RPL4 (ENSFALG00000024664)	ZWILCH (ENSFALG00000012802)	LCTL (ENSFALG00000012819)	ENSFALG00000023761	SMAD6 (ENSFALG00000012842) #22	SMAD3 (ENSFALG00000028582) #23	AAGAB (ENSFALG00000028875) #25	IQCH (ENSFALG00000012896) #27	ENSFALG00000012905	MAP2K5 (ENSFALG00000028460) #30	PIAS1 (ENSFALG00000010137) #32	ENSFALG00000028365	CALML4 (ENSFALG00000010143) #33	CLN6 (ENSFALG00000023153) #36	FEM1B (ENSFALG00000010149) #37	ITGA11 (ENSFALG00000010154)	CORO2B (ENSFALG00000010159)	ENSFALG00000026588	NOX5 (ENSFALG00000026351)	ENSFALG00000010185
Great tit	DUPLICATION
Great tit	MODERN SPECIES	17	HAX1 (ENSPMJG00000000564)	AQP10 (ENSPMJG00000000574)	ATP8B2 (ENSPMJG00000000586)	IL6R (ENSPMJG00000000621)	SHE (ENSPMJG00000000635)	UBE2Q1 (ENSPMJG00000000644)	CHRNB2 (ENSPMJG00000000651)	ADAR (ENSPMJG00000000663)	KCNN3 (ENSPMJG00000000707)	PBXIP1 (ENSPMJG00000000711)	PYGO2 (ENSPMJG00000000730)	SHC1 (ENSPMJG00000000735)	CKS1B (ENSPMJG00000000778)	FLAD1 (ENSPMJG00000000781)	ENSPMJG00000000789	ENSPMJG00000000793 #22	ZBTB7B (ENSPMJG00000000800)	SSR2 (ENSPMJG00000000808)	CCT3 (ENSPMJG00000000811)	ENSPMJG00000000870	ENSPMJG00000000877
Great tit	MODERN SPECIES	1	IGDCC4 (ENSPMJG00000009904)	DPP8 (ENSPMJG00000009912)	HACD3 (ENSPMJG00000009915)	INTS14 (ENSPMJG00000009916)	SLC24A1 (ENSPMJG00000009917)	DENND4A (ENSPMJG00000009918)	RAB11A (ENSPMJG00000009921)	MEGF11 (ENSPMJG00000009924)	DIS3L (ENSPMJG00000009931)	TIPIN (ENSPMJG00000009939)	MAP2K1 (ENSPMJG00000009964)	SNAPC5 (ENSPMJG00000009967)	RPL4 (ENSPMJG00000009971)	ZWILCH (ENSPMJG00000009977)	LCTL (ENSPMJG00000009979)	SMAD6 (ENSPMJG00000009983) #22	SMAD3 (ENSPMJG00000009991) #23	AAGAB (ENSPMJG00000009992) #25	IQCH (ENSPMJG00000009995) #27	C15orf61 (ENSPMJG00000009998) #28	MAP2K5 (ENSPMJG00000010012) #30	PIAS1 (ENSPMJG00000010016) #32	ENSPMJG00000010020 #33	FEM1B (ENSPMJG00000010022) #37	ITGA11 (ENSPMJG00000010024)	ENSPMJG00000010045	ENSPMJG00000010057	ENSPMJG00000010061	NOX5 (ENSPMJG00000010066)	GLCE (ENSPMJG00000010071)	KIF23 (ENSPMJG00000010072)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Golden eagle	DUPLICATION
Golden eagle	MODERN SPECIES	25	AQP10 (ENSACCG00020008387)	ATP8B2 (ENSACCG00020008415)	IL6R (ENSACCG00020008435)	SHE (ENSACCG00020008450)	UBE2Q1 (ENSACCG00020008458)	CHRNB2 (ENSACCG00020008474)	ADAR (ENSACCG00020008502)	KCNN3 (ENSACCG00020008522)	PMVK (ENSACCG00020008535)	ENSACCG00020008562	PYGO2 (ENSACCG00020008581)	SHC1 (ENSACCG00020008593)	CKS1B (ENSACCG00020008608)	FLAD1 (ENSACCG00020008618)	ENSACCG00020008636	ENSACCG00020008645 #22	ZBTB7B (ENSACCG00020008654)	ENSACCG00020008666	ENSACCG00020008682	ADAM15 (ENSACCG00020008706)	ENSACCG00020008752	EFNA3 (ENSACCG00020008766)	EFNA1 (ENSACCG00020008782)	SLC50A1 (ENSACCG00020008802)	DPM3 (ENSACCG00020008812)	KRTCAP2 (ENSACCG00020008826)	TRIM46 (ENSACCG00020008850)	ENSACCG00020008865	THBS3 (ENSACCG00020008890)	MTX1 (ENSACCG00020008916)	ENSACCG00020009038
Golden eagle	MODERN SPECIES	21	IGDCC4 (ENSACCG00020009048)	DPP8 (ENSACCG00020009512)	HACD3 (ENSACCG00020009900)	INTS14 (ENSACCG00020009917)	SLC24A1 (ENSACCG00020009936)	DENND4A (ENSACCG00020009959)	RAB11A (ENSACCG00020009992)	MEGF11 (ENSACCG00020010081)	DIS3L (ENSACCG00020010156)	TIPIN (ENSACCG00020010172)	MAP2K1 (ENSACCG00020010187)	SNAPC5 (ENSACCG00020010201)	RPL4 (ENSACCG00020000310)	ZWILCH (ENSACCG00020000434)	LCTL (ENSACCG00020000480)	SMAD6 (ENSACCG00020000507) #22	SMAD3 (ENSACCG00020000522) #23	AAGAB (ENSACCG00020000560) #25	C15orf61 (ENSACCG00020000661) #28	MAP2K5 (ENSACCG00020000704) #30	SKOR1 (ENSACCG00020000753) #31	PIAS1 (ENSACCG00020000781) #32	CALML4 (ENSACCG00020000839) #33	CLN6 (ENSACCG00020000865) #36	FEM1B (ENSACCG00020000880) #37	ITGA11 (ENSACCG00020001060)	CORO2B (ENSACCG00020001194)	ENSACCG00020001229	NOX5 (ENSACCG00020001264)	GLCE (ENSACCG00020001293)	PAQR5 (ENSACCG00020001307)
Kakapo	DUPLICATION
Kakapo	MODERN SPECIES	60	AQP10 (ENSSHBG00005017184)	ATP8B2 (ENSSHBG00005017006)	IL6R (ENSSHBG00005016959)	SHE (ENSSHBG00005016951)	UBE2Q1 (ENSSHBG00005016943)	CHRNB2 (ENSSHBG00005016930)	ADAR (ENSSHBG00005016925)	KCNN3 (ENSSHBG00005016916)	PMVK (ENSSHBG00005016909)	PBXIP1 (ENSSHBG00005016894)	PYGO2 (ENSSHBG00005016882)	SHC1 (ENSSHBG00005016875)	CKS1B (ENSSHBG00005016866)	ENSSHBG00005016858	FLAD1 (ENSSHBG00005016852)	ENSSHBG00005016842 #22	ZBTB7B (ENSSHBG00005016837)	ADAM15 (ENSSHBG00005016804)	EFNA4 (ENSSHBG00005016776)	EFNA3 (ENSSHBG00005016770)	EFNA1 (ENSSHBG00005016762)	SLC50A1 (ENSSHBG00005016756)	ENSSHBG00005016750	ENSSHBG00005016744	TRIM46 (ENSSHBG00005016735)	ENSSHBG00005016731	THBS3 (ENSSHBG00005016709)	MTX1 (ENSSHBG00005016701)	ENSSHBG00005016684	ENSSHBG00005016645	ENSSHBG00005016627
Kakapo	MODERN SPECIES	1	DPP8 (ENSSHBG00005009877)	HACD3 (ENSSHBG00005009669)	INTS14 (ENSSHBG00005009649)	SLC24A1 (ENSSHBG00005009620)	DENND4A (ENSSHBG00005009346)	RAB11A (ENSSHBG00005009201)	ENSSHBG00005009181	ENSSHBG00005009158	DIS3L (ENSSHBG00005009084)	TIPIN (ENSSHBG00005009068)	MAP2K1 (ENSSHBG00005009053)	SNAPC5 (ENSSHBG00005009047)	RPL4 (ENSSHBG00005009017)	ZWILCH (ENSSHBG00005008951)	LCTL (ENSSHBG00005008922)	SMAD6 (ENSSHBG00005000779) #22	SMAD3 (ENSSHBG00005000770) #23	AAGAB (ENSSHBG00005000737) #25	IQCH (ENSSHBG00005000728) #27	C15orf61 (ENSSHBG00005000716) #28	MAP2K5 (ENSSHBG00005000699) #30	SKOR1 (ENSSHBG00005011833) #31	PIAS1 (ENSSHBG00005011813) #32	CALML4 (ENSSHBG00005011797) #33	CLN6 (ENSSHBG00005011786) #36	FEM1B (ENSSHBG00005011772) #37	ITGA11 (ENSSHBG00005011743)	CORO2B (ENSSHBG00005011717)	ENSSHBG00005011703	NOX5 (ENSSHBG00005011668)	GLCE (ENSSHBG00005011650)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000157369	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689.c	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043	ENSGT00940000158844
Duck	DUPLICATION
Duck	MODERN SPECIES	2636														FLAD1 (ENSAPLG00000023792)	ENSAPLG00000022834	ENSAPLG00000020208 #22
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Pink-footed goose	DUPLICATION
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Japanese quail	DUPLICATION
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Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156969	ENSGT00940000159637	ENSGT00940000160717	ENSGT00530000062962.b.a	ENSGT00390000009486	ENSGT01030000234532.B.e.b	ENSGT00940000155836.B	ENSGT00940000154914	ENSGT00940000155333.B	ENSGT00530000063106.B	ENSGT00390000005764	ENSGT00940000153487.b.b	ENSGT00390000010331	ENSGT00390000018145	ENSGT00390000013696	ENSGT00940000158146 #22	ENSGT00940000153499.b.b #23	ENSGT00390000007218 #25	ENSGT00390000008908 #27	ENSGT00390000015942 #28	ENSGT00940000157505 #30	ENSGT00940000158440 #31	ENSGT01030000234539.a.a.b.a.b #32	ENSGT00940000157859 #33	ENSGT00400000022240 #36	ENSGT00940000161115 #37	ENSGT00940000155465	ENSGT00940000158689	ENSGT00950000182907.a.b.b.b	ENSGT00940000162591	ENSGT00390000006043
Chicken	DUPLICATION
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Turkey	DUPLICATION
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