Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 398 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593 #22 ENSGT00940000166035 ENSGT00940000156569.b ##24 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000155227 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 122 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000164492 ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00950000185433 ENSGT00940000165458 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593 #22 ENSGT00940000166035 ENSGT00940000156569.a.a ##24 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000155227 ENSGT00940000157413 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000164492 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ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478.b ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Red fox MODERN SPECIES 5 PIK3R2 (ENSVVUG00000008441) IFI30 (ENSVVUG00000008281) MPV17L2 (ENSVVUG00000008270) RAB3A (ENSVVUG00000008188) PDE4C (ENSVVUG00000008178) ENSVVUG00000008151 LSM4 (ENSVVUG00000008136) PGPEP1 (ENSVVUG00000008129) GDF15 (ENSVVUG00000008127) #16 LRRC25 (ENSVVUG00000008124) ENSVVUG00000008114 SSBP4 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ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478.b ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Dingo MODERN SPECIES 313 C6 (ENSCAFG00020011760) MROH2B (ENSCAFG00020012118) C7 (ENSCAFG00020012179) CARD6 (ENSCAFG00020012185) ENSCAFG00020012191 ENSCAFG00020012194 PRKAA1 (ENSCAFG00020012199) TTC33 (ENSCAFG00020012202) PTGER4 (ENSCAFG00020012207) ENSCAFG00020012213 DAB2 (ENSCAFG00020012220) C9 (ENSCAFG00020012230) FYB1 (ENSCAFG00020012241) RICTOR (ENSCAFG00020012256) OSMR (ENSCAFG00020012366) ENSCAFG00020012396 #22 LIFR (ENSCAFG00020012405) EGFLAM (ENSCAFG00020012614) ENSCAFG00020012665 GDNF (ENSCAFG00020012672) WDR70 (ENSCAFG00020012697) NUP155 (ENSCAFG00020013105) CPLANE1 (ENSCAFG00020014796) NIPBL (ENSCAFG00020014920) ENSCAFG00020016583 ENSCAFG00020016588 RANBP3L 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Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395.j #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 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ENSGT00390000002913 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192.q #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00530000064192.r #21 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Arabian camel MODERN SPECIES 14 IFI30 (ENSCDRG00005011860) MPV17L2 (ENSCDRG00005011813) RAB3A (ENSCDRG00005011718) PDE4C (ENSCDRG00005011492) ENSCDRG00005011454 ENSCDRG00005011380 LSM4 (ENSCDRG00005011254) PGPEP1 (ENSCDRG00005011120) GDF15 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ENSGT00940000153593.c.b ##22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00910000147684 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 ENSGT00390000000672.a.a Vaquita MODERN SPECIES 14 RAB3A (ENSPSNG00000003382) PDE4C (ENSPSNG00000003220) ENSPSNG00000003167 JUND (ENSPSNG00000003153) ENSPSNG00000003131 PGPEP1 (ENSPSNG00000003067) GDF15 (ENSPSNG00000003041) #16 LRRC25 (ENSPSNG00000003029) SSBP4 (ENSPSNG00000002994) #17 ISYNA1 (ENSPSNG00000002918) #18 ELL (ENSPSNG00000002839) #19 FKBP8 (ENSPSNG00000002784) #20 KXD1 (ENSPSNG00000002749) #21 ENSPSNG00000002729 REX1BD (ENSPSNG00000002705) #23 UBA52 (ENSPSNG00000002675) #22 CRLF1 (ENSPSNG00000002653) #24 TMEM59L (ENSPSNG00000002614) #25 KLHL26 (ENSPSNG00000002575) #26 CRTC1 (ENSPSNG00000002462) COMP (ENSPSNG00000002298) UPF1 (ENSPSNG00000002213) GDF1 (ENSPSNG00000002175) CERS1 (ENSPSNG00000002156) COPE (ENSPSNG00000002124) DDX49 (ENSPSNG00000002062) HOMER3 (ENSPSNG00000002016) SUGP2 (ENSPSNG00000001966) ARMC6 (ENSPSNG00000001939) SLC25A42 (ENSPSNG00000001921) TMEM161A (ENSPSNG00000001898) Dolphin MODERN SPECIES 3273 ELL (ENSTTRG00000010436) #19 FKBP8 (ENSTTRG00000010470) #20 KXD1 (ENSTTRG00000010477) #21 UBA52 (ENSTTRG00000021461) #22 ENSTTRG00000010481 #23 CRLF1 (ENSTTRG00000010484) #24 TMEM59L (ENSTTRG00000010492) #25 KLHL26 (ENSTTRG00000010497) #26 CRTC1 (ENSTTRG00000010501) COMP (ENSTTRG00000010509) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Yarkand deer MODERN SPECIES 32 IFI30 (ENSCHYG00000019975) MPV17L2 (ENSCHYG00000019897) RAB3A (ENSCHYG00000019752) PDE4C (ENSCHYG00000019445) ENSCHYG00000019351 JUND (ENSCHYG00000019284) LSM4 (ENSCHYG00000019053) PGPEP1 (ENSCHYG00000018924) GDF15 (ENSCHYG00000018886) #16 LRRC25 (ENSCHYG00000018842) SSBP4 (ENSCHYG00000018441) #17 ISYNA1 (ENSCHYG00000018077) #18 ELL (ENSCHYG00000017915) #19 FKBP8 (ENSCHYG00000017721) #20 KXD1 (ENSCHYG00000017621) #21 UBA52 (ENSCHYG00000017560) #22 REX1BD (ENSCHYG00000017438) #23 CRLF1 (ENSCHYG00000017284) #24 TMEM59L (ENSCHYG00000017122) #25 KLHL26 (ENSCHYG00000017020) #26 CRTC1 (ENSCHYG00000016471) COMP (ENSCHYG00000016040) UPF1 (ENSCHYG00000015773) GDF1 (ENSCHYG00000015658) CERS1 (ENSCHYG00000015529) DDX49 (ENSCHYG00000015448) ENSCHYG00000014561 SUGP2 (ENSCHYG00000014360) ARMC6 (ENSCHYG00000014214) SLC25A42 (ENSCHYG00000014137) TMEM161A (ENSCHYG00000013806) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705.q.b #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 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MODERN SPECIES 2845 Ccdc157 (ENSMSIG00000002493) Rnf215 (ENSMSIG00000002532) ENSMSIG00000002570 Sec14l2 (ENSMSIG00000002585) Mtfp1 (ENSMSIG00000002619) ENSMSIG00000002649 Sec14l4 (ENSMSIG00000002672) Gal3st1 (ENSMSIG00000002697) Pes1 (ENSMSIG00000002758) 4930556J24Rik (ENSMSIG00000002859) ENSMSIG00000002894 Tcn2 (ENSMSIG00000002908) Slc35e4 (ENSMSIG00000002976) Dusp18 (ENSMSIG00000002994) ENSMSIG00000003003 ENSMSIG00000003026 #22 Osbp2 (ENSMSIG00000003063) Morc2a (ENSMSIG00000003158) ENSMSIG00000003275 ENSMSIG00000003292 Smtn (ENSMSIG00000003334) Selenom (ENSMSIG00000003733) Inpp5j (ENSMSIG00000003757) Pla2g3 (ENSMSIG00000003865) ENSMSIG00000003911 Rnf185 (ENSMSIG00000003936) Limk2 (ENSMSIG00000004000) Pik3ip1 (ENSMSIG00000004277) Patz1 (ENSMSIG00000004323) Drg1 (ENSMSIG00000004401) spretus DUPLICATION spretus MODERN SPECIES 17 Ifi30 (MGP_SPRETEiJ_G0032283) Mpv17l2 (MGP_SPRETEiJ_G0032282) Rab3a (MGP_SPRETEiJ_G0032281) Pde4c (MGP_SPRETEiJ_G0032280) Gm3336 (MGP_SPRETEiJ_G0032279) 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DIS3L2 (ENSODEG00000007857) ENSODEG00000019419 NPPC (ENSODEG00000007066) COPS7B (ENSODEG00000006886) ENSODEG00000006860 ENSODEG00000007492 NMUR1 (ENSODEG00000006998) ENSODEG00000007803 B3GNT7 (ENSODEG00000008876) ARMC9 (ENSODEG00000008401) HTR2B (ENSODEG00000007544) ENSODEG00000006511 SPATA3 (ENSODEG00000006991) ENSODEG00000019367 #22 ITM2C (ENSODEG00000007143) CAB39 (ENSODEG00000006973) ENSODEG00000006353 ENSODEG00000010013 ENSODEG00000007283 SLC16A14 (ENSODEG00000007138) TRIP12 (ENSODEG00000009098) ENSODEG00000007427 DNER (ENSODEG00000006981) PID1 (ENSODEG00000008905) Degu MODERN SPECIES 118 SPATA2 (ENSODEG00000006882) SLC9A8 (ENSODEG00000007225) ENSODEG00000006524 PTGIS (ENSODEG00000006946) KCNB1 (ENSODEG00000007239) ZNFX1 (ENSODEG00000006490) DDX27 (ENSODEG00000006281) STAU1 (ENSODEG00000006523) ENSODEG00000006918 ARFGEF2 (ENSODEG00000008385) PREX1 (ENSODEG00000007710) ENSODEG00000007170 SULF2 (ENSODEG00000007688) ENSODEG00000006958 NCOA3 (ENSODEG00000007613) ENSODEG00000019407 #22 ZMYND8 (ENSODEG00000008445) EYA2 (ENSODEG00000007072) ENSODEG00000008444 ENSODEG00000008838 SLC2A10 (ENSODEG00000009271) TP53RK (ENSODEG00000009596) SLC13A3 (ENSODEG00000007662) OCSTAMP (ENSODEG00000007890) ENSODEG00000019611 ENSODEG00000009097 ELMO2 (ENSODEG00000007725) ENSODEG00000008484 ENSODEG00000008707 CDH22 (ENSODEG00000007669) CD40 (ENSODEG00000008051) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705.k #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 7 IFI30 (ENSSVLG00005025456) MPV17L2 (ENSSVLG00005025463) RAB3A (ENSSVLG00005025472) PDE4C (ENSSVLG00005025492) ENSSVLG00005025525 JUND (ENSSVLG00005025531) LSM4 (ENSSVLG00005025539) PGPEP1 (ENSSVLG00005025546) GDF15 (ENSSVLG00005025552) #16 LRRC25 (ENSSVLG00005025559) SSBP4 (ENSSVLG00005025573) #17 ISYNA1 (ENSSVLG00005025602) #18 ELL (ENSSVLG00005025617) #19 FKBP8 (ENSSVLG00005025627) #20 KXD1 (ENSSVLG00005025639) #21 UBA52 (ENSSVLG00005025643) #22 REX1BD (ENSSVLG00005015816) #23 CRLF1 (ENSSVLG00005015862) #24 TMEM59L (ENSSVLG00005015929) #25 KLHL26 (ENSSVLG00005015974) #26 CRTC1 (ENSSVLG00005016088) COMP (ENSSVLG00005016356) UPF1 (ENSSVLG00005016436) CERS1 (ENSSVLG00005016494) COPE (ENSSVLG00005016567) DDX49 (ENSSVLG00005016654) HOMER3 (ENSSVLG00005016701) SUGP2 (ENSSVLG00005016823) ARMC6 (ENSSVLG00005016951) SLC25A42 (ENSSVLG00005017005) TMEM161A (ENSSVLG00005017057) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705.k #20 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705.k #20 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 73 PIK3R2 (ENSUPAG00010018802) IFI30 (ENSUPAG00010018797) MPV17L2 (ENSUPAG00010018792) RAB3A (ENSUPAG00010018778) PDE4C (ENSUPAG00010018713) ENSUPAG00010018681 JUND (ENSUPAG00010018676) ENSUPAG00010018660 PGPEP1 (ENSUPAG00010018652) GDF15 (ENSUPAG00010018644) #16 LRRC25 (ENSUPAG00010018637) SSBP4 (ENSUPAG00010018547) #17 ISYNA1 (ENSUPAG00010018527) #18 ELL (ENSUPAG00010018509) #19 FKBP8 (ENSUPAG00010018474) #20 UBA52 (ENSUPAG00010018444) #22 REX1BD (ENSUPAG00010018419) #23 CRLF1 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(ENSPTXG00000002368) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 372 APC2 (ENSNSUG00000011723) APBA3 (ENSNSUG00000011720) ENSNSUG00000011717 C19orf25 (ENSNSUG00000011716) ENSNSUG00000011715 ENSNSUG00000011711 ENSNSUG00000011710 FSTL3 (ENSNSUG00000011704) UBA52 (ENSNSUG00000011703) #22 CRLF1 (ENSNSUG00000011702) #24 Laterata ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00390000007991 ENSGT00390000001201 ENSGT00940000159258 ENSGT00940000162457 ENSGT00940000161332 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00940000166035 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238.b.c #26 ENSGT00940000159238.b.d.a #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000155227 ENSGT00390000007336 ENSGT00510000049316 ENSGT00390000016934 ENSGT00530000063974.a ENSGT00940000160748 ENSGT00940000165052 ENSGT00950000182904.a.b.b ENSGT00390000012482 Common wall lizard MODERN SPECIES 9 FGF22 (ENSPMRG00000020360) RNF126 (ENSPMRG00000020338) ARID3A (ENSPMRG00000020321) ENSPMRG00000020315 SCAMP4 (ENSPMRG00000020310) ENSPMRG00000020302 #25 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SUGP2 (ENSSHBG00005016643) Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000157050 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b.f ENSGT00940000164492 ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00950000185433 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00940000166035 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238.b #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000155227 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000164416 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00940000167763 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000157166 ENSGT00940000157050 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b.f ENSGT00940000164492 ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00940000166035 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238.b #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000155227 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000164416 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00940000167763 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 Japanese quail MODERN SPECIES 20 ARRDC2 (ENSCJPG00005011929) ENSCJPG00005011928 MAST3 (ENSCJPG00005011912) PIK3R2 (ENSCJPG00005011909) IFI30 (ENSCJPG00005011906) MPV17L2 (ENSCJPG00005011905) RAB3A (ENSCJPG00005011904) JUND (ENSCJPG00005011902) LSM4 (ENSCJPG00005011900) PGPEP1 (ENSCJPG00005011899) ENSCJPG00005011898 #16 ISYNA1 (ENSCJPG00005011896) #18 SSBP4 (ENSCJPG00005011692) #17 ELL (ENSCJPG00005011687) #19 KXD1 (ENSCJPG00005011685) #21 UBA52 (ENSCJPG00005011684) #22 FKBP8 (ENSCJPG00005011613) #20 ENSCJPG00005011611 CRLF1 (ENSCJPG00005011610) #24 ENSCJPG00005011609 KLHL26 (ENSCJPG00005011608) #26 CRTC1 (ENSCJPG00005011543) ENSCJPG00005011352 UPF1 (ENSCJPG00005011267) ENSCJPG00005011266 CERS1 (ENSCJPG00005011264) COPE (ENSCJPG00005011259) DDX49 (ENSCJPG00005011191) ENSCJPG00005011190 ENSCJPG00005011189 ENSCJPG00005011188 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000157166 ENSGT00940000157050 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b.f ENSGT00940000164492 ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00940000166035 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238.b #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000155227 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000164416 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00940000167763 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 Chicken MODERN SPECIES 20 MAST3 (ENSGALG00010027335) PIK3R2 (ENSGALG00010027324) ENSGALG00010027321 MPV17L2 (ENSGALG00010027317) RAB3A (ENSGALG00010027315) ENSGALG00010027314 JUND (ENSGALG00010027307) LSM4 (ENSGALG00010027305) PGPEP1 (ENSGALG00010027299) ENSGALG00010027172 #16 SSBP4 (ENSGALG00010027168) #17 ISYNA1 (ENSGALG00010027156) #18 ELL (ENSGALG00010027148) #19 KXD1 (ENSGALG00010027146) #21 FKBP8 (ENSGALG00010027137) #20 UBA52 (ENSGALG00010027131) #22 ENSGALG00010028465 CRLF1 (ENSGALG00010028460) #24 TMEM59L (ENSGALG00010028451) #25 KLHL26 (ENSGALG00010028191) #26 CRTC1 (ENSGALG00010028183) COMP (ENSGALG00010028177) UPF1 (ENSGALG00010028176) GDF3 (ENSGALG00010028173) CERS1 (ENSGALG00010028172) COPE (ENSGALG00010028170) DDX49 (ENSGALG00010028158) HOMER3 (ENSGALG00010028744) ENSGALG00010028152 ENSGALG00010028446 SUGP2 (ENSGALG00010028124) Turkey MODERN SPECIES 23 ARRDC2 (ENSMGAG00000004224) MAST3 (ENSMGAG00000004850) PIK3R2 (ENSMGAG00000005021) IFI30 (ENSMGAG00000005001) ENSMGAG00000018897 ENSMGAG00000018526 ENSMGAG00000020125 ENSMGAG00000021438 LSM4 (ENSMGAG00000020592) PGPEP1 (ENSMGAG00000005130) ENSMGAG00000022829 #16 ENSMGAG00000018105 #18 ELL (ENSMGAG00000005093) #19 FKBP8 (ENSMGAG00000004939) #20 KXD1 (ENSMGAG00000018696) #21 UBA52 (ENSMGAG00000021275) #22 ENSMGAG00000021060 CRLF1 (ENSMGAG00000008435) #24 TMEM59L (ENSMGAG00000004986) #25 ENSMGAG00000004970 #26 ENSMGAG00000004780 UPF1 (ENSMGAG00000004745) ENSMGAG00000004721 CERS1 (ENSMGAG00000004709) COPE (ENSMGAG00000004649) DDX49 (ENSMGAG00000004605) HOMER3 (ENSMGAG00000004581) ENSMGAG00000004513 SUGP2 (ENSMGAG00000004496) ARMC6 (ENSMGAG00000004486) SLC25A42 (ENSMGAG00000004473) Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 3 ENSCPRG00005016343 MAST3 (ENSCPRG00005015910) PIK3R2 (ENSCPRG00005015821) IFI30 (ENSCPRG00005015813) MPV17L2 (ENSCPRG00005015809) RAB3A (ENSCPRG00005015806) ENSCPRG00005015804 ENSCPRG00005015785 ENSCPRG00005015779 LSM4 (ENSCPRG00005015775) PGPEP1 (ENSCPRG00005015771) ISYNA1 (ENSCPRG00005015768) #18 ELL (ENSCPRG00005015766) #19 FKBP8 (ENSCPRG00005015761) #20 KXD1 (ENSCPRG00005015756) #21 UBA52 (ENSCPRG00005015755) #22 ENSCPRG00005015753 CRLF1 (ENSCPRG00005015750) #24 ENSCPRG00005015749 ENSCPRG00005015746 KLHL26 (ENSCPRG00005015744) #26 ENSCPRG00005015741 ENSCPRG00005015738 CRTC1 (ENSCPRG00005015733) ENSCPRG00005015729 UPF1 (ENSCPRG00005015727) ENSCPRG00005015724 COPE (ENSCPRG00005015722) DDX49 (ENSCPRG00005015719) HOMER3 (ENSCPRG00005015713) ENSCPRG00005015709 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2148 ENSDNOG00000039571 DTNA (ENSDNOG00000010172) MAPRE2 (ENSDNOG00000013080) ENSDNOG00000040387 ##22 ZNF397 (ENSDNOG00000007835) ZSCAN30 (ENSDNOG00000007840) ENSDNOG00000037307 ZNF24 (ENSDNOG00000042508) ZNF396 (ENSDNOG00000041114) INO80C (ENSDNOG00000038430) GALNT1 (ENSDNOG00000012559) C18orf21 (ENSDNOG00000040725) RPRD1A (ENSDNOG00000038659) SLC39A6 (ENSDNOG00000045829) ELP2 (ENSDNOG00000009587) MOCOS (ENSDNOG00000009638) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 4218 ENSTSYG00000029276 ##22 ENSTSYG00000002154 TSHR (ENSTSYG00000006890) GTF2A1 (ENSTSYG00000036105) Tarsier MODERN SPECIES 4196 IL37 (ENSTSYG00000007924) ENSTSYG00000004044 IL1B (ENSTSYG00000007934) IL1A (ENSTSYG00000012203) CKAP2L (ENSTSYG00000012201) SLC20A1 (ENSTSYG00000014417) CHCHD5 (ENSTSYG00000029644) POLR1B (ENSTSYG00000003669) ENSTSYG00000033254 ENSTSYG00000030860 ##22 ZC3H6 (ENSTSYG00000031857) ZC3H8 (ENSTSYG00000006668) FBLN7 (ENSTSYG00000009436) TMEM87B (ENSTSYG00000003012) MERTK (ENSTSYG00000014720) ENSTSYG00000037405 Tarsier MODERN SPECIES 7185 PKP2 (ENSTSYG00000011724) YARS2 (ENSTSYG00000013725) DNM1L (ENSTSYG00000013712) FGD4 (ENSTSYG00000005033) BICD1 (ENSTSYG00000000268) ENSTSYG00000032965 ENSTSYG00000032929 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Catarrhini DUPLICATION Catarrhini DUPLICATION Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000155903 ENSGT00390000004438 ENSGT00530000062962.b.b ENSGT01000000214430.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000155903 ENSGT00390000004438 ENSGT00530000062962.b.b ENSGT01000000214430.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Gibbon MODERN SPECIES 10 MLLT3 (ENSNLEG00000017518) FOCAD (ENSNLEG00000017507) HACD4 (ENSNLEG00000031309) IFNB1 (ENSNLEG00000018983) IFNW1 (ENSNLEG00000018982) IFNA5 (ENSNLEG00000036196) KLHL9 (ENSNLEG00000019003) IFNA6 (ENSNLEG00000029201) ENSNLEG00000033796 IFNA8 (ENSNLEG00000030844) ENSNLEG00000034867 IFNE (ENSNLEG00000017501) MTAP (ENSNLEG00000017496) CDKN2A (ENSNLEG00000017493) CDKN2B (ENSNLEG00000035407) ENSNLEG00000027862 ##22 DNAJC25 (ENSNLEG00000035715) PTGR1 (ENSNLEG00000017487) ZNF483 (ENSNLEG00000017483) ECPAS (ENSNLEG00000017480) LPAR1 (ENSNLEG00000017476) MUSK (ENSNLEG00000017469) SVEP1 (ENSNLEG00000017463) ENSNLEG00000033326 ENSNLEG00000032849 C9orf152 (ENSNLEG00000035418) PALM2AKAP2 (ENSNLEG00000017455) ENSNLEG00000035302 ENSNLEG00000028962 PTPN3 (ENSNLEG00000017436) EPB41L4B (ENSNLEG00000017431) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01000000214430.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.b.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.a.c.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.c ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.a.c.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.b.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Pan ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.a.c.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.a.d.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.d.a.c.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000165099 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Chimpanzee MODERN SPECIES 22 IFNW1 (ENSPTRG00000048978) IFNA21 (ENSPTRG00000048249) IFNA17 (ENSPTRG00000045595) IFNA14 (ENSPTRG00000044822) IFNA5 (ENSPTRG00000048038) KLHL9 (ENSPTRG00000022846) IFNA6 (ENSPTRG00000041238) ENSPTRG00000050673 IFNA2 (ENSPTRG00000020820) IFNA8 (ENSPTRG00000045477) ENSPTRG00000043432 IFNE (ENSPTRG00000020823) MTAP (ENSPTRG00000020825) CDKN2A (ENSPTRG00000020827) CDKN2B (ENSPTRG00000049465) ENSPTRG00000043190 ##22 DMRTA1 (ENSPTRG00000050201) MTRNR2L14 (ENSPTRG00000042327) ENSPTRG00000051343 ENSPTRG00000047423 ELAVL2 (ENSPTRG00000020830) IZUMO3 (ENSPTRG00000029308) TUSC1 (ENSPTRG00000029307) CAAP1 (ENSPTRG00000020831) PLAA (ENSPTRG00000020832) IFT74 (ENSPTRG00000020833) LRRC19 (ENSPTRG00000020834) TEK (ENSPTRG00000020835) EQTN (ENSPTRG00000020836) MOB3B (ENSPTRG00000020837) IFNK (ENSPTRG00000020838) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155903 ENSGT00390000004438 ENSGT00530000062962.b.b ENSGT01000000214430.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00940000161278 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 582 ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2851 MTAP (ENSRROG00000004628) CDKN2A (ENSRROG00000037214) CDKN2B (ENSRROG00000037735) ENSRROG00000042295 ##22 DMRTA1 (ENSRROG00000034145) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 94 KLHL9 (ENSRBIG00000028501) IFNA8 (ENSRBIG00000029844) IFNE (ENSRBIG00000042935) MTAP (ENSRBIG00000039442) ENSRBIG00000033170 ENSRBIG00000030222 ##22 DMRTA1 (ENSRBIG00000034841) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01000000214430.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.c ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.h ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.d ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.g ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00940000161278 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a.a.b ENSGT00940000156665 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.c ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a 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ENSMLEG00000036838 Macaca ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.c ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.h ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.d ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.b.b.a.g ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT00950000182991.B.yb.a ENSGT00940000163078 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000153593.c.b.d.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00910000147619 ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000017601 ENSGT00390000017010 ENSGT00550000074944 ENSGT00940000161278 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000010786 ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT01000000214430.b ENSGT00390000005644 ENSGT00940000156665 ENSGT00950000183134.c.b.p Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 265 ENSMNEG00000043566 IFNA14 (ENSMNEG00000041515) KLHL9 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ENSGT00390000015089.d ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153095.g.b.a.b.n.a ENSGT00940000154957.B Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a ENSGT00940000167156 ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.b.c.a ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.a ENSGT00390000017856.a ENSGT00570000080653 ENSGT00390000009854 ENSGT00940000156007 ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00950000182892.a.b.b ENSGT00940000153593.c.b.d.b ##22 ENSGT00390000003271 ENSGT00390000015236 ENSGT00940000155957 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475 ENSGT00390000007287 ENSGT00770000120611.B ENSGT00910000146860.b.b ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000154947.f.b ENSGT00390000015089.d ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153095.g.b.a.b.n.a ENSGT00940000154957.B Drill MODERN SPECIES 1382 ENSMLEG00000037971 MAPK10 (ENSMLEG00000025936) ARHGAP24 (ENSMLEG00000039721) ENSMLEG00000026242 ##22 NPVF (ENSMLEG00000040253) C7orf31 (ENSMLEG00000036577) Sooty mangabey MODERN SPECIES 98 HOXA7 (ENSCATG00000032186) HOXA4 (ENSCATG00000029977) HOXA3 (ENSCATG00000035121) HOXA2 (ENSCATG00000033672) HOXA1 (ENSCATG00000034436) ENSCATG00000036904 ENSCATG00000033949 ENSCATG00000012253 SKAP2 (ENSCATG00000015604) ENSCATG00000044879 ENSCATG00000044832 SNX10 (ENSCATG00000044201) ENSCATG00000007882 HNRNPA2B1 (ENSCATG00000033325) NFE2L3 (ENSCATG00000040425) ENSCATG00000022058 ##22 NPVF (ENSCATG00000042042) C7orf31 (ENSCATG00000010408) OSBPL3 (ENSCATG00000043751) GSDME (ENSCATG00000037274) PALS2 (ENSCATG00000036634) NPY (ENSCATG00000041237) STK31 (ENSCATG00000021541) FAM221A (ENSCATG00000044412) ENSCATG00000040316 CCDC126 (ENSCATG00000033060) ENSCATG00000040046 ENSCATG00000043573 TRA2A (ENSCATG00000041219) ENSCATG00000036717 IGF2BP3 (ENSCATG00000036018) Macaca ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000157315 ENSGT00940000153395.a.rb.b.b.a ENSGT00940000167156 ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.b.c.a ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.a ENSGT00390000017856.a ENSGT00570000080653 ENSGT00390000009854 ENSGT00940000156007 ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00950000182892.a.b.b ENSGT00940000153593.c.b.d.b ##22 ENSGT00390000003271 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.b.b.a.a.a ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.b.b.a.a.b.a ENSGT00940000155957 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475 ENSGT00390000007287 ENSGT00770000120611.B ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000154947.f.b ENSGT00390000015089.d ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153095.g.b.a.b.n.a Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 534 HOXA5 (ENSMNEG00000041820) HOXA4 (ENSMNEG00000038108) HOXA3 (ENSMNEG00000045278) HOXA2 (ENSMNEG00000028148) HOXA1 (ENSMNEG00000043463) ENSMNEG00000027963 ENSMNEG00000040022 ENSMNEG00000045177 SKAP2 (ENSMNEG00000029161) ENSMNEG00000001360 ENSMNEG00000027968 SNX10 (ENSMNEG00000032503) ENSMNEG00000039531 HNRNPA2B1 (ENSMNEG00000029148) NFE2L3 (ENSMNEG00000040959) ENSMNEG00000011490 ##22 NPVF (ENSMNEG00000044212) C7orf31 (ENSMNEG00000040993) ENSMNEG00000040882 OSBPL3 (ENSMNEG00000037365) GSDME (ENSMNEG00000038751) PALS2 (ENSMNEG00000017368) NPY (ENSMNEG00000037164) STK31 (ENSMNEG00000030763) FAM221A (ENSMNEG00000040337) CCDC126 (ENSMNEG00000041538) ENSMNEG00000043436 ENSMNEG00000035994 TRA2A (ENSMNEG00000040670) IGF2BP3 (ENSMNEG00000029494) MALSU1 (ENSMNEG00000035724) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155168.a.b ENSGT00910000147671 ENSGT00940000156809.b ENSGT00910000147406 ENSGT00940000156196 ENSGT00940000157921 ENSGT00940000165752 ENSGT00390000006540 ENSGT00940000161697.e ENSGT00940000157768 ENSGT00940000157780 ENSGT00940000161037 ENSGT00940000165502.b ENSGT00910000147705 ENSGT00940000157045 ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 ENSGT00940000158728 ENSGT00390000018696 ENSGT00940000153704.A ENSGT00560000077278.b ENSGT00510000047602.r ENSGT00940000157131.b ENSGT00940000157527 ENSGT00940000158391 ENSGT00940000154355.e.a.b.b ENSGT00940000155488 ENSGT00940000157880 ENSGT00940000154397.b.c.b.b ENSGT00390000003114.e.b.b ENSGT00940000160520 ENSGT00510000048725 Chimpanzee MODERN SPECIES 16 RPL15 (ENSPTRG00000014695) NR1D2 (ENSPTRG00000014696) ENSPTRG00000050678 THRB (ENSPTRG00000014697) RARB (ENSPTRG00000014698) ENSPTRG00000052750 TOP2B (ENSPTRG00000014699) ENSPTRG00000043412 NGLY1 (ENSPTRG00000014700) ENSPTRG00000047793 OXSM (ENSPTRG00000014701) LRRC3B (ENSPTRG00000014702) NEK10 (ENSPTRG00000014703) ENSPTRG00000048639 SLC4A7 (ENSPTRG00000014704) ENSPTRG00000039223 ##22 ENSPTRG00000044197 ENSPTRG00000047583 EOMES (ENSPTRG00000014705) CMC1 (ENSPTRG00000014706) AZI2 (ENSPTRG00000014707) ZCWPW2 (ENSPTRG00000030289) ENSPTRG00000048417 RBMS3 (ENSPTRG00000014709) TGFBR2 (ENSPTRG00000014711) GADL1 (ENSPTRG00000014712) ENSPTRG00000051512 STT3B (ENSPTRG00000014713) OSBPL10 (ENSPTRG00000014714) ZNF860 (ENSPTRG00000011428) GPD1L (ENSPTRG00000043993) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000017405 ENSGT00510000046787.e.a ENSGT00730000111489 ENSGT00730000111375 ENSGT00390000002485 ENSGT00390000010702 ENSGT00390000002509 ENSGT00940000159025 ENSGT00940000160729 ENSGT00940000156633 ENSGT00940000162279 ENSGT00940000162703 ENSGT00390000015889 ENSGT00730000111564 ENSGT00940000158189 ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 ENSGT00950000183033.a.b.a ENSGT00940000162273 ENSGT00570000079168.b.b.b ENSGT00950000183175.B.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00390000001063 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00510000046787.e.a ENSGT00730000111489 ENSGT00730000111375 ENSGT00390000002485 ENSGT00390000010702 ENSGT00390000002509 ENSGT00940000159025 ENSGT00940000160729 ENSGT00940000154826.nb.a.a ENSGT00940000156633 ENSGT00940000162279 ENSGT00940000162703 ENSGT00390000015889 ENSGT00730000111564 ENSGT00940000158189 ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 ENSGT00950000183033.a.b.a ENSGT00940000162273 ENSGT00570000079168.b.b.b ENSGT00950000183175.B.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00390000001063 Vervet Monkey MODERN SPECIES 6 ZNF385D (ENSCSAG00000009784) ENSCSAG00000009780 UBE2E2 (ENSCSAG00000009772) UBE2E1 (ENSCSAG00000009770) NKIRAS1 (ENSCSAG00000009767) RPL15 (ENSCSAG00000009762) NR1D2 (ENSCSAG00000009757) THRB (ENSCSAG00000009750) RARB (ENSCSAG00000009736) TOP2B (ENSCSAG00000009724) NGLY1 (ENSCSAG00000009710) OXSM (ENSCSAG00000009700) LRRC3B (ENSCSAG00000018924) ENSCSAG00000009690 SLC4A7 (ENSCSAG00000009685) ENSCSAG00000018925 ##22 EOMES (ENSCSAG00000009676) ENSCSAG00000009671 AZI2 (ENSCSAG00000009664) ENSCSAG00000009660 RBMS3 (ENSCSAG00000009655) TGFBR2 (ENSCSAG00000009648) GADL1 (ENSCSAG00000009641) STT3B (ENSCSAG00000009633) OSBPL10 (ENSCSAG00000009622) GPD1L (ENSCSAG00000009615) CMTM8 (ENSCSAG00000009600) CMTM7 (ENSCSAG00000009595) CMTM6 (ENSCSAG00000009588) DYNC1LI1 (ENSCSAG00000009575) CNOT10 (ENSCSAG00000009525) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00510000046787.e.a ENSGT00730000111489 ENSGT00730000111375 ENSGT00390000002485 ENSGT00390000010702 ENSGT00390000002509 ENSGT00940000159025 ENSGT00940000160729 ENSGT00940000154826.nb.a.a ENSGT00940000156633 ENSGT00940000162279 ENSGT00940000162703 ENSGT00390000015889 ENSGT00730000111564 ENSGT00940000158189 ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 ENSGT00950000183033.a.b.a ENSGT00940000162273 ENSGT00570000079168.b.b.b ENSGT00950000183175.B.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00390000001063 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 13 SPARCL1 (ENSPANG00000014207) DMP1 (ENSPANG00000014206) IBSP (ENSPANG00000008567) MEPE (ENSPANG00000019861) SPP1 (ENSPANG00000017630) ENSPANG00000019860 PKD2 (ENSPANG00000008259) ENSPANG00000045201 PPM1K (ENSPANG00000017893) HERC6 (ENSPANG00000021686) HERC5 (ENSPANG00000014742) PYURF (ENSPANG00000041123) HERC3 (ENSPANG00000011209) NAP1L5 (ENSPANG00000000430) FAM13A (ENSPANG00000018305) ENSPANG00000011877 ##22 TIGD2 (ENSPANG00000017875) GPRIN3 (ENSPANG00000036816) ENSPANG00000021437 MMRN1 (ENSPANG00000022092) CCSER1 (ENSPANG00000023715) ENSPANG00000051085 GRID2 (ENSPANG00000009186) ENSPANG00000046446 ENSPANG00000051321 ENSPANG00000030511 ENSPANG00000045919 SMARCAD1 (ENSPANG00000019757) HPGDS (ENSPANG00000017690) ENSPANG00000037029 ENSPANG00000004585 Macaca ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000017405 ENSGT00510000046787.e.a ENSGT00730000111489 ENSGT00730000111375 ENSGT00390000002485 ENSGT00390000010702 ENSGT00390000002509 ENSGT00940000159025 ENSGT00940000160729 ENSGT00940000156633 ENSGT00940000162279 ENSGT00940000162703 ENSGT00390000015889 ENSGT00730000111564 ENSGT00940000158189 ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 ENSGT00950000183033.a.b.a ENSGT00940000162273 ENSGT00570000079168.b.b.b ENSGT00950000183175.B.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00390000001063 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 560 NUDT9 (ENSMNEG00000033450) SPARCL1 (ENSMNEG00000028043) DSPP (ENSMNEG00000028809) DMP1 (ENSMNEG00000031482) IBSP (ENSMNEG00000041631) MEPE (ENSMNEG00000025404) SPP1 (ENSMNEG00000043112) PKD2 (ENSMNEG00000029251) ENSMNEG00000035519 PPM1K (ENSMNEG00000039204) HERC6 (ENSMNEG00000043508) HERC5 (ENSMNEG00000040366) PYURF (ENSMNEG00000040100) NAP1L5 (ENSMNEG00000042035) HERC3 (ENSMNEG00000045189) ENSMNEG00000019048 ##22 FAM13A (ENSMNEG00000034375) TIGD2 (ENSMNEG00000001240) SNCA (ENSMNEG00000004974) MMRN1 (ENSMNEG00000029143) CCSER1 (ENSMNEG00000030774) ENSMNEG00000032609 GRID2 (ENSMNEG00000015816) ATOH1 (ENSMNEG00000006193) SMARCAD1 (ENSMNEG00000038117) HPGDS (ENSMNEG00000033422) PDLIM5 (ENSMNEG00000031120) CNTN6 (ENSMNEG00000018635) CHL1 (ENSMNEG00000028818) CNTN3 (ENSMNEG00000035492) ENSMNEG00000038271 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 660 ENSGT00940000162703 ENSGT00390000015889.k ENSGT00730000111564 ENSGT00940000158189 ENSGT00940000153593.c.b.e ##22 ENSGT00950000183033.a.b.a.gb Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 62 ENSRBIG00000032958 HS3ST1 (ENSRBIG00000003620) CLNK (ENSRBIG00000028108) ZNF518B (ENSRBIG00000023435) WDR1 (ENSRBIG00000000105) SLC2A9 (ENSRBIG00000044385) OTOP1 (ENSRBIG00000033498) TMEM128 (ENSRBIG00000028884) ENSRBIG00000024083 ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 193 NEK10 (ENSRBIG00000038842) ENSRBIG00000044525 SLC4A7 (ENSRBIG00000031613) ENSRBIG00000036521 ##22 ENSRBIG00000033614 HTR3D (ENSRBIG00000032796) HTR3C (ENSRBIG00000036099) HTR3E (ENSRBIG00000033134) ENSRBIG00000035285 EIF2B5 (ENSRBIG00000043590) DVL3 (ENSRBIG00000028805) AP2M1 (ENSRBIG00000009213) ABCF3 (ENSRBIG00000019800) VWA5B2 (ENSRBIG00000032106) ALG3 (ENSRBIG00000040140) ECE2 (ENSRBIG00000036172) PSMD2 (ENSRBIG00000006300) EIF4G1 (ENSRBIG00000037279) FAM131A (ENSRBIG00000041210) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1386 HERC5 (ENSRBIG00000028904) ENSRBIG00000031193 NAP1L5 (ENSRBIG00000009898) HERC3 (ENSRBIG00000029948) ENSRBIG00000021635 ##22 ENSRBIG00000028587 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3176 ENSRROG00000036519 NEK10 (ENSRROG00000017949) ENSRROG00000031406 SLC4A7 (ENSRROG00000041486) ENSRROG00000041109 ##22 ENSRROG00000014575 EOMES (ENSRROG00000034501) CMC1 (ENSRROG00000038802) AZI2 (ENSRROG00000030560) ZCWPW2 (ENSRROG00000002893) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3138 HERC5 (ENSRROG00000044042) PYURF (ENSRROG00000002819) NAP1L5 (ENSRROG00000028999) HERC3 (ENSRROG00000041192) ENSRROG00000011924 ##22 FAM13A (ENSRROG00000042409) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 1045 MINDY2 (ENSANAG00000028968) SLTM (ENSANAG00000037031) RNF111 (ENSANAG00000030291) ENSANAG00000034564 MYO1E (ENSANAG00000031231) ENSANAG00000024145 FAM81A (ENSANAG00000030930) ENSANAG00000033630 BNIP2 (ENSANAG00000036618) FOXB1 (ENSANAG00000004930) ENSANAG00000014778 ANXA2 (ENSANAG00000023201) ICE2 (ENSANAG00000029936) ENSANAG00000028963 RORA (ENSANAG00000024475) ENSANAG00000035524 ##22 VPS13C (ENSANAG00000028331) ENSANAG00000030627 TLN2 (ENSANAG00000038172) TPM1 (ENSANAG00000030021) ENSANAG00000031826 LACTB (ENSANAG00000033008) ENSANAG00000028244 ENSANAG00000020165 RAB8B (ENSANAG00000014540) ENSANAG00000019426 APH1B (ENSANAG00000024233) CA12 (ENSANAG00000031578) USP3 (ENSANAG00000038125) ENSANAG00000019672 FBXL22 (ENSANAG00000018462) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Marmoset MODERN SPECIES 3 BTRC (ENSCJAG00000017573) LBX1 (ENSCJAG00000017569) ENSCJAG00000087194 TLX1 (ENSCJAG00000017563) KAZALD1 (ENSCJAG00000017554) SFXN3 (ENSCJAG00000017527) PDZD7 (ENSCJAG00000017518) LZTS2 (ENSCJAG00000041968) ENSCJAG00000078679 ENSCJAG00000017487 ENSCJAG00000062174 ENSCJAG00000017480 SEMA4G (ENSCJAG00000070347) SLF2 (ENSCJAG00000017425) PAX2 (ENSCJAG00000017397) ENSCJAG00000023350 ##22 HIF1AN (ENSCJAG00000041066) NDUFB8 (ENSCJAG00000037906) SEC31B (ENSCJAG00000017347) ENSCJAG00000081845 WNT8B (ENSCJAG00000046770) ENSCJAG00000045682 PKD2L1 (ENSCJAG00000042503) BLOC1S2 (ENSCJAG00000017269) CWF19L1 (ENSCJAG00000017176) CHUK (ENSCJAG00000017244) ERLIN1 (ENSCJAG00000017211) ENSCJAG00000072049 CPN1 (ENSCJAG00000017197) DNMBP (ENSCJAG00000017162) ENSCJAG00000085790 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Capuchin DUPLICATION Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES INKA1 (ENSCCAG00000031235) CDHR4 (ENSCCAG00000035033) IP6K1 (ENSCCAG00000020144) ENSCCAG00000024445 ENSCCAG00000025025 GMPPB (ENSCCAG00000009003) RNF123 (ENSCCAG00000035650) MST1 (ENSCCAG00000029861) APEH (ENSCCAG00000030064) BSN (ENSCCAG00000027614) ENSCCAG00000031188 DAG1 (ENSCCAG00000033794) ENSCCAG00000037470 ENSCCAG00000027946 AMT (ENSCCAG00000030285) ENSCCAG00000037011 ##22 TCTA (ENSCCAG00000020886) ENSCCAG00000029968 ENSCCAG00000035444 USP4 (ENSCCAG00000030853) C3orf62 (ENSCCAG00000025866) IHO1 (ENSCCAG00000030209) C3orf84 (ENSCCAG00000036643) KLHDC8B (ENSCCAG00000028139) CCDC71 (ENSCCAG00000027094) LAMB2 (ENSCCAG00000035337) USP19 (ENSCCAG00000035273) ENSCCAG00000037772 QRICH1 (ENSCCAG00000037655) IMPDH2 (ENSCCAG00000037618) ENSCCAG00000025458 Capuchin MODERN SPECIES NFRKB (ENSCCAG00000022547) TMEM45B (ENSCCAG00000024426) BARX2 (ENSCCAG00000027214) ENSCCAG00000037290 ARHGAP32 (ENSCCAG00000036347) ENSCCAG00000000172 KCNJ5 (ENSCCAG00000021826) C11orf45 (ENSCCAG00000035237) KCNJ1 (ENSCCAG00000027825) FLI1 (ENSCCAG00000014342) ETS1 (ENSCCAG00000025251) ENSCCAG00000030721 KIRREL3 (ENSCCAG00000026745) ST3GAL4 (ENSCCAG00000034084) DCPS (ENSCCAG00000030779) ENSCCAG00000028368 ##22 TIRAP (ENSCCAG00000035574) FOXRED1 (ENSCCAG00000025248) SRPRA (ENSCCAG00000025602) FAM118B (ENSCCAG00000020310) RPUSD4 (ENSCCAG00000027838) CDON (ENSCCAG00000001077) VSIG10L2 (ENSCCAG00000006965) DDX25 (ENSCCAG00000027629) PUS3 (ENSCCAG00000035999) ENSCCAG00000019073 PATE4 (ENSCCAG00000035746) PATE3 (ENSCCAG00000020418) PATE2 (ENSCCAG00000025200) PATE1 (ENSCCAG00000029626) ACRV1 (ENSCCAG00000035549) Capuchin MODERN SPECIES 56 DPYS (ENSCCAG00000031986) DCSTAMP (ENSCCAG00000021560) ENSCCAG00000034487 ENSCCAG00000016651 RIMS2 (ENSCCAG00000037616) DCAF13 (ENSCCAG00000033103) SLC25A32 (ENSCCAG00000021065) ENSCCAG00000026753 CTHRC1 (ENSCCAG00000026640) FZD6 (ENSCCAG00000037830) BAALC (ENSCCAG00000028012) ATP6V1C1 (ENSCCAG00000027772) AZIN1 (ENSCCAG00000032476) KLF10 (ENSCCAG00000033474) ODF1 (ENSCCAG00000035817) ENSCCAG00000031229 ##22 UBR5 (ENSCCAG00000037120) RRM2B (ENSCCAG00000022244) ENSCCAG00000008235 ENSCCAG00000025833 NCALD (ENSCCAG00000026748) GRHL2 (ENSCCAG00000022767) SIRT5 (ENSCCAG00000019021) ZNF706 (ENSCCAG00000030190) ENSCCAG00000031187 YWHAZ (ENSCCAG00000037757) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 30 CEBPZOS (ENSMICG00000046596) SULT6B1 (ENSMICG00000042050) EIF2AK2 (ENSMICG00000003317) GPATCH11 (ENSMICG00000003312) HEATR5B (ENSMICG00000003296) STRN (ENSMICG00000008661) VIT (ENSMICG00000008646) FEZ2 (ENSMICG00000014974) CRIM1 (ENSMICG00000045986) ENSMICG00000037378 ENSMICG00000043251 RASGRP3 (ENSMICG00000009609) LTBP1 (ENSMICG00000009581) TTC27 (ENSMICG00000043484) BIRC6 (ENSMICG00000009525) ENSMICG00000042221 ##22 YIPF4 (ENSMICG00000042040) SLC30A6 (ENSMICG00000016134) ENSMICG00000046776 SPAST (ENSMICG00000015575) ENSMICG00000032136 DPY30 (ENSMICG00000027078) MEMO1 (ENSMICG00000032271) SRD5A2 (ENSMICG00000035505) XDH (ENSMICG00000012384) EHD3 (ENSMICG00000043744) CAPN14 (ENSMICG00000034259) GALNT14 (ENSMICG00000012342) CAPN13 (ENSMICG00000012320) LCLAT1 (ENSMICG00000000644) ENSMICG00000047228 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 293 ENSPSMG00000006512 RNF208 (ENSPSMG00000006509) CYSRT1 (ENSPSMG00000006502) RNF224 (ENSPSMG00000006499) ENSPSMG00000006496 TUBB4B (ENSPSMG00000006176) FAM166A (ENSPSMG00000006028) STPG3 (ENSPSMG00000006024) NELFB (ENSPSMG00000006014) TOR4A (ENSPSMG00000005966) ENSPSMG00000005957 NRARP (ENSPSMG00000005946) ENSPSMG00000005940 ENTPD8 (ENSPSMG00000005932) NSMF (ENSPSMG00000005410) ENSPSMG00000005218 ##22 PNPLA7 (ENSPSMG00000005206) MRPL41 (ENSPSMG00000005173) DPH7 (ENSPSMG00000005166) ZMYND19 (ENSPSMG00000005163) ARRDC1 (ENSPSMG00000005146) EHMT1 (ENSPSMG00000005076) ENSPSMG00000004994 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 599 TMEM203 (ENSPCOG00000011268) NDOR1 (ENSPCOG00000017736) RNF208 (ENSPCOG00000026627) CYSRT1 (ENSPCOG00000025629) RNF224 (ENSPCOG00000014998) SLC34A3 (ENSPCOG00000015740) TUBB4B (ENSPCOG00000021987) FAM166A (ENSPCOG00000013156) ENSPCOG00000021029 NELFB (ENSPCOG00000017895) NRARP (ENSPCOG00000002426) ENSPCOG00000021123 ENTPD8 (ENSPCOG00000017702) NSMF (ENSPCOG00000005696) PNPLA7 (ENSPCOG00000018486) ENSPCOG00000023919 ##22 DPH7 (ENSPCOG00000016304) ENSPCOG00000028798 ARRDC1 (ENSPCOG00000020949) EHMT1 (ENSPCOG00000025217) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 589 PIK3R2 (ENSPCOG00000021064) IFI30 (ENSPCOG00000015786) MPV17L2 (ENSPCOG00000003636) RAB3A (ENSPCOG00000013539) PDE4C (ENSPCOG00000014383) IQCN (ENSPCOG00000025626) JUND (ENSPCOG00000014234) LSM4 (ENSPCOG00000019837) PGPEP1 (ENSPCOG00000022097) GDF15 (ENSPCOG00000019844) #16 LRRC25 (ENSPCOG00000028609) SSBP4 (ENSPCOG00000017141) #17 ISYNA1 (ENSPCOG00000023528) #18 ELL (ENSPCOG00000024473) #19 FKBP8 (ENSPCOG00000024761) #20 ENSPCOG00000012784 ##22 REX1BD (ENSPCOG00000014515) #23 CRLF1 (ENSPCOG00000013640) #24 TMEM59L (ENSPCOG00000026454) #25 KLHL26 (ENSPCOG00000028544) #26 CRTC1 (ENSPCOG00000027092) COMP (ENSPCOG00000023117) UPF1 (ENSPCOG00000023813) GDF1 (ENSPCOG00000015607) COPE (ENSPCOG00000015758) DDX49 (ENSPCOG00000024973) HOMER3 (ENSPCOG00000014798) SUGP2 (ENSPCOG00000016042) ARMC6 (ENSPCOG00000017481) SLC25A42 (ENSPCOG00000026001) TMEM161A (ENSPCOG00000012683) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 387 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.b ##22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 Pika MODERN SPECIES 6984 KXD1 (ENSOPRG00000004769) #21 ENSOPRG00000004784 ##22 REX1BD (ENSOPRG00000004796) #23 CRLF1 (ENSOPRG00000004812) #24 Rabbit MODERN SPECIES 14 ZBTB10 (ENSOCUG00000001857) ZNF704 (ENSOCUG00000016504) ENSOCUG00000023452 PAG1 (ENSOCUG00000014767) FABP5 (ENSOCUG00000010425) ENSOCUG00000007445 FABP12 (ENSOCUG00000013189) SNX16 (ENSOCUG00000023666) ENSOCUG00000035758 IMPA1 (ENSOCUG00000014535) CHMP4C (ENSOCUG00000006847) ENSOCUG00000023213 RALYL (ENSOCUG00000025694) ENSOCUG00000032856 ENSOCUG00000024529 ENSOCUG00000026096 ##22 LRRCC1 (ENSOCUG00000014653) ENSOCUG00000031215 ENSOCUG00000012890 ENSOCUG00000024948 CA13 (ENSOCUG00000007328) ENSOCUG00000005039 ENSOCUG00000035812 CA3 (ENSOCUG00000011736) CA2 (ENSOCUG00000011742) ATP6V0D2 (ENSOCUG00000010247) PSKH2 (ENSOCUG00000003992) ENSOCUG00000026370 SLC7A13 (ENSOCUG00000017971) WWP1 (ENSOCUG00000001081) RMDN1 (ENSOCUG00000001086) Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.a ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 122 ENSODEG00000005041 TOMM70 (ENSODEG00000005476) ENSODEG00000007594 LNP1 (ENSODEG00000005232) ENSODEG00000005682 ENSODEG00000019267 ENSODEG00000006299 TMEM45A (ENSODEG00000005098) ADGRG7 (ENSODEG00000005676) ENSODEG00000005535 ABI3BP (ENSODEG00000005855) IMPG2 (ENSODEG00000006079) ENSODEG00000005550 SENP7 (ENSODEG00000006738) ENSODEG00000005207 ENSODEG00000019290 ##22 ZBTB11 (ENSODEG00000006262) ENSODEG00000005842 ENSODEG00000006503 NXPE3 (ENSODEG00000006809) ENSODEG00000007096 ENSODEG00000005326 NFKBIZ (ENSODEG00000005703) ENSODEG00000005667 ENSODEG00000007067 ZPLD1 (ENSODEG00000007525) ENSODEG00000006114 Degu MODERN SPECIES 135 PTPN3 (ENSODEG00000004452) EPB41L4B (ENSODEG00000004839) FRRS1L (ENSODEG00000004637) TMEM245 (ENSODEG00000004253) CTNNAL1 (ENSODEG00000004314) ABITRAM (ENSODEG00000004189) ELP1 (ENSODEG00000004049) ACTL7A (ENSODEG00000019643) ACTL7B (ENSODEG00000019638) ENSODEG00000019579 ENSODEG00000019543 ENSODEG00000006716 ENSODEG00000006336 ENSODEG00000006058 ZNF462 (ENSODEG00000005606) ENSODEG00000019163 ##22 TMEM38B (ENSODEG00000005342) TAL2 (ENSODEG00000019145) ENSODEG00000005239 FSD1L (ENSODEG00000004623) ENSODEG00000004572 SLC44A1 (ENSODEG00000004590) ENSODEG00000004309 ABCA1 (ENSODEG00000005925) ENSODEG00000004959 ENSODEG00000004904 ENSODEG00000019193 ENSODEG00000004859 OR13C4 (ENSODEG00000004667) ENSODEG00000004581 ENSODEG00000004541 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 98 WLS (ENSODEG00000006216) GNG12 (ENSODEG00000005519) GADD45A (ENSODEG00000007377) ENSODEG00000005146 ENSODEG00000006835 ENSODEG00000006396 SLC35D1 (ENSODEG00000005492) ENSODEG00000004802 DNAI4 (ENSODEG00000005891) ENSODEG00000005348 DYNLT5 (ENSODEG00000006520) SGIP1 (ENSODEG00000005002) ENSODEG00000005863 PDE4B (ENSODEG00000004887) LEPR (ENSODEG00000005568) ENSODEG00000019195 ##22 LEPROT (ENSODEG00000006321) ENSODEG00000006173 ENSODEG00000006986 ENSODEG00000006541 JAK1 (ENSODEG00000004472) RAVER2 (ENSODEG00000005253) CACHD1 (ENSODEG00000004991) ENSODEG00000004610 ROR1 (ENSODEG00000004832) ENSODEG00000005033 PGM1 (ENSODEG00000005752) ENSODEG00000005465 ENSODEG00000019103 ITGB3BP (ENSODEG00000005479) ENSODEG00000005048 Degu MODERN SPECIES 85 ENSODEG00000020288 HACD4 (ENSODEG00000014342) ENSODEG00000020253 FOCAD (ENSODEG00000015002) ENSODEG00000014558 MLLT3 (ENSODEG00000016615) ENSODEG00000015587 SLC24A2 (ENSODEG00000016346) ACER2 (ENSODEG00000014450) ENSODEG00000014595 ENSODEG00000020327 DENND4C (ENSODEG00000014636) PLIN2 (ENSODEG00000014348) HAUS6 (ENSODEG00000014005) ENSODEG00000020152 ##22 RRAGA (ENSODEG00000020270) ENSODEG00000020135 ENSODEG00000015675 ENSODEG00000014643 ADAMTSL1 (ENSODEG00000014029) SH3GL2 (ENSODEG00000014695) CNTLN (ENSODEG00000014534) ENSODEG00000014452 BNC2 (ENSODEG00000014630) CCDC171 (ENSODEG00000013824) ENSODEG00000014203 SNAPC3 (ENSODEG00000013737) TTC39B (ENSODEG00000014143) ENSODEG00000020161 ZDHHC21 (ENSODEG00000014991) Degu MODERN SPECIES 244 SOX2 (ENSODEG00000020013) ENSODEG00000013084 ENSODEG00000013066 ENSODEG00000020056 ATP11B (ENSODEG00000014170) ENSODEG00000012228 ENSODEG00000013129 ENSODEG00000020145 ENSODEG00000020304 ##22 MCCC1 (ENSODEG00000012286) LMLN (ENSODEG00000013287) ENSODEG00000012656 IQCG (ENSODEG00000012008) ENSODEG00000011786 LRCH3 (ENSODEG00000012839) ENSODEG00000012844 RUBCN (ENSODEG00000011517) ENSODEG00000011946 TFRC (ENSODEG00000012223) ZDHHC19 (ENSODEG00000011492) SLC51A (ENSODEG00000011108) PCYT1A (ENSODEG00000012250) DYNLT2B (ENSODEG00000012040) TM4SF19 (ENSODEG00000011698) Degu MODERN SPECIES 310 ENSODEG00000002294 ADAMTS3 (ENSODEG00000002211) GC (ENSODEG00000002161) SLC4A4 (ENSODEG00000002118) ENSODEG00000002024 DCK (ENSODEG00000001972) MOB1B (ENSODEG00000001893) ENSODEG00000001826 RUFY3 (ENSODEG00000001800) UTP3 (ENSODEG00000018723) ENSODEG00000018766 ##22 JCHAIN (ENSODEG00000001758) ENAM (ENSODEG00000001550) AMBN (ENSODEG00000001513) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.j.b ##22 Shrew mouse DUPLICATION Shrew mouse MODERN SPECIES 10 Ifi30 (MGP_PahariEiJ_G0021630) Mpv17l2 (MGP_PahariEiJ_G0021629) Rab3a (MGP_PahariEiJ_G0021628) Pde4c (MGP_PahariEiJ_G0021627) MGP_PahariEiJ_G0021626 MGP_PahariEiJ_G0021625 Jund (MGP_PahariEiJ_G0021624) Lsm4 (MGP_PahariEiJ_G0021623) Pgpep1 (MGP_PahariEiJ_G0021622) Gdf15 (MGP_PahariEiJ_G0021621) #16 Lrrc25 (MGP_PahariEiJ_G0021620) Ssbp4 (MGP_PahariEiJ_G0021619) #17 Isyna1 (MGP_PahariEiJ_G0021618) #18 Ell (MGP_PahariEiJ_G0021617) #19 Fkbp8 (MGP_PahariEiJ_G0021616) #20 MGP_PahariEiJ_G0021615 ##22 MGP_PahariEiJ_G0021614 ##22 Rex1bd (MGP_PahariEiJ_G0021613) #23 Crlf1 (MGP_PahariEiJ_G0021612) #24 Tmem59l (MGP_PahariEiJ_G0021611) #25 Klhl26 (MGP_PahariEiJ_G0021610) #26 Crtc1 (MGP_PahariEiJ_G0021609) Comp (MGP_PahariEiJ_G0021608) Upf1 (MGP_PahariEiJ_G0021607) MGP_PahariEiJ_G0021606 Cope (MGP_PahariEiJ_G0021605) Ddx49 (MGP_PahariEiJ_G0021604) Homer3 (MGP_PahariEiJ_G0021603) Sugp2 (MGP_PahariEiJ_G0021602) Armc6 (MGP_PahariEiJ_G0021601) Slc25a42 (MGP_PahariEiJ_G0021600) Shrew mouse MODERN SPECIES 10 Mpv17l2 (MGP_PahariEiJ_G0021629) Rab3a (MGP_PahariEiJ_G0021628) Pde4c (MGP_PahariEiJ_G0021627) MGP_PahariEiJ_G0021626 MGP_PahariEiJ_G0021625 Jund (MGP_PahariEiJ_G0021624) Lsm4 (MGP_PahariEiJ_G0021623) Pgpep1 (MGP_PahariEiJ_G0021622) Gdf15 (MGP_PahariEiJ_G0021621) #16 Lrrc25 (MGP_PahariEiJ_G0021620) Ssbp4 (MGP_PahariEiJ_G0021619) #17 Isyna1 (MGP_PahariEiJ_G0021618) #18 Ell (MGP_PahariEiJ_G0021617) #19 Fkbp8 (MGP_PahariEiJ_G0021616) #20 MGP_PahariEiJ_G0021615 ##22 MGP_PahariEiJ_G0021614 ##22 Rex1bd (MGP_PahariEiJ_G0021613) #23 Crlf1 (MGP_PahariEiJ_G0021612) #24 Tmem59l (MGP_PahariEiJ_G0021611) #25 Klhl26 (MGP_PahariEiJ_G0021610) #26 Crtc1 (MGP_PahariEiJ_G0021609) Comp (MGP_PahariEiJ_G0021608) Upf1 (MGP_PahariEiJ_G0021607) MGP_PahariEiJ_G0021606 Cope (MGP_PahariEiJ_G0021605) Ddx49 (MGP_PahariEiJ_G0021604) Homer3 (MGP_PahariEiJ_G0021603) Sugp2 (MGP_PahariEiJ_G0021602) Armc6 (MGP_PahariEiJ_G0021601) Slc25a42 (MGP_PahariEiJ_G0021600) Tmem161a (MGP_PahariEiJ_G0021599) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 Rodentia_A DUPLICATION Rodentia_A DUPLICATION Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 274 ENSODEG00000002030 RBSN (ENSODEG00000001991) MRPS25 (ENSODEG00000001966) NR2C2 (ENSODEG00000001892) ENSODEG00000001861 ENSODEG00000001849 ##22 ENSODEG00000001772 TMCC1 (ENSODEG00000001710) PLXND1 (ENSODEG00000003347) RHO (ENSODEG00000003304) IFT122 (ENSODEG00000003013) ENSODEG00000002902 ENSODEG00000002891 CAND2 (ENSODEG00000002821) TMEM40 (ENSODEG00000002755) RAF1 (ENSODEG00000002734) MKRN2 (ENSODEG00000002702) MKRN2OS (ENSODEG00000002688) ENSODEG00000002676 SLC6A11 (ENSODEG00000002665) SLC6A1 (ENSODEG00000002644) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000161715.eb ENSGT00940000161715.db ENSGT00390000010047.b ENSGT00390000010047.a.a ENSGT00940000163676 ENSGT00940000155601 ENSGT00900000141021.a ENSGT01100000263517.b.d.m.b.b ENSGT00940000157639 ENSGT00390000013003 ENSGT00500000044895 ENSGT00940000157458 ENSGT00940000157906 ENSGT00940000159504 ENSGT00940000155130 ENSGT00940000153593.c.b.k.a.b ##22 ENSGT00390000012166.p ENSGT00390000012166.o ENSGT00940000159228 ENSGT00940000159902 ENSGT01030000234614.B.b ENSGT00390000005554 ENSGT00950000183081.a.a.a ENSGT00940000154298.a.a.xb.b ENSGT00940000153838.b ENSGT00950000182888.a.a.b ENSGT00950000182951.B ENSGT00940000154079.a ENSGT00940000155091 ENSGT00390000011962 ENSGT00940000157702 Alpin marmot MODERN SPECIES 29 ENSMMMG00000015340 ENSMMMG00000015350 ENSMMMG00000015356 ENSMMMG00000015360 GLUL (ENSMMMG00000015363) ZNF648 (ENSMMMG00000015377) CACNA1E (ENSMMMG00000015391) MR1 (ENSMMMG00000015625) STX6 (ENSMMMG00000015643) KIAA1614 (ENSMMMG00000015664) XPR1 (ENSMMMG00000015684) ACBD6 (ENSMMMG00000015782) LHX4 (ENSMMMG00000015816) QSOX1 (ENSMMMG00000015840) CEP350 (ENSMMMG00000016323) ENSMMMG00000016730 ##22 TOR1AIP1 (ENSMMMG00000016740) TOR1AIP2 (ENSMMMG00000016746) FAM163A (ENSMMMG00000016748) TDRD5 (ENSMMMG00000016757) NPHS2 (ENSMMMG00000016793) ENSMMMG00000016805 SOAT1 (ENSMMMG00000016816) ENSMMMG00000016835 ENSMMMG00000016837 ABL2 (ENSMMMG00000016841) TOR3A (ENSMMMG00000016859) FAM20B (ENSMMMG00000016898) ENSMMMG00000016916 ANGPTL1 (ENSMMMG00000017095) TEX35 (ENSMMMG00000017108) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000164414 ENSGT00940000161715.eb ENSGT00940000161715.db ENSGT00390000010047.b ENSGT00940000163676 ENSGT00940000155601 ENSGT00900000141021.a ENSGT01100000263517.b.d.m.b.b ENSGT00940000157639 ENSGT00390000013003 ENSGT00500000044895 ENSGT00940000157458 ENSGT00940000157906 ENSGT00940000159504 ENSGT00940000155130 ENSGT00940000153593.c.b.k.a.b ##22 ENSGT00390000012166.p ENSGT00390000012166.o ENSGT00940000159228 ENSGT00940000159902 ENSGT01030000234614.B.b ENSGT00390000005554 ENSGT00950000183081.a.a.a ENSGT00940000154298.a.a.xb.b ENSGT00940000153838.b ENSGT00950000182888.a.a.b ENSGT00950000182951.B ENSGT00940000155091 ENSGT00940000154079.a ENSGT00390000011962 ENSGT00940000157702 Squirrel MODERN SPECIES 81 RNASEL (ENSSTOG00000007352) RGSL1 (ENSSTOG00000007337) GLUL (ENSSTOG00000014529) ZNF648 (ENSSTOG00000022536) CACNA1E (ENSSTOG00000009320) ENSSTOG00000023971 MR1 (ENSSTOG00000001462) STX6 (ENSSTOG00000001458) KIAA1614 (ENSSTOG00000001446) XPR1 (ENSSTOG00000021832) ACBD6 (ENSSTOG00000026856) LHX4 (ENSSTOG00000015761) QSOX1 (ENSSTOG00000015748) CEP350 (ENSSTOG00000015733) ENSSTOG00000030648 ENSSTOG00000027995 ##22 TOR1AIP1 (ENSSTOG00000022434) TOR1AIP2 (ENSSTOG00000019763) ENSSTOG00000019717 FAM163A (ENSSTOG00000012589) TDRD5 (ENSSTOG00000026328) NPHS2 (ENSSTOG00000012132) ENSSTOG00000012115 SOAT1 (ENSSTOG00000012105) ENSSTOG00000012349 ABL2 (ENSSTOG00000021312) TOR3A (ENSSTOG00000005108) FAM20B (ENSSTOG00000005086) RALGPS2 (ENSSTOG00000005052) ANGPTL1 (ENSSTOG00000019428) ENSSTOG00000034454 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 163 ENSODEG00000005825 ENSODEG00000005242 ELF1 (ENSODEG00000005272) ENSODEG00000005378 WBP4 (ENSODEG00000005811) ENSODEG00000004948 KBTBD7 (ENSODEG00000019293) MTRF1 (ENSODEG00000005782) ENSODEG00000006513 RGCC (ENSODEG00000005723) VWA8 (ENSODEG00000006290) ENSODEG00000005696 ENSODEG00000019364 ##22 ENSODEG00000019318 ENSODEG00000006776 DGKH (ENSODEG00000006365) AKAP11 (ENSODEG00000006558) ENSODEG00000007562 CPB2 (ENSODEG00000005426) ZC3H13 (ENSODEG00000005178) SIAH3 (ENSODEG00000006861) CBY2 (ENSODEG00000007190) COG3 (ENSODEG00000006373) SLC25A30 (ENSODEG00000005522) ENSODEG00000005658 GTF2F2 (ENSODEG00000006595) KCTD4 (ENSODEG00000019362) ENSODEG00000006647 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 24 ENSMMMG00000001094 IFI30 (ENSMMMG00000001207) MPV17L2 (ENSMMMG00000001276) RAB3A (ENSMMMG00000001289) ENSMMMG00000001307 ENSMMMG00000001318 ENSMMMG00000001330 ENSMMMG00000001343 LSM4 (ENSMMMG00000001362) PGPEP1 (ENSMMMG00000001398) LRRC25 (ENSMMMG00000001420) SSBP4 (ENSMMMG00000001427) #17 ISYNA1 (ENSMMMG00000001488) #18 ELL (ENSMMMG00000001572) #19 FKBP8 (ENSMMMG00000001633) #20 ENSMMMG00000001669 ##22 REX1BD (ENSMMMG00000001721) #23 CRLF1 (ENSMMMG00000001730) #24 ENSMMMG00000001749 #26 CRTC1 (ENSMMMG00000001771) COMP (ENSMMMG00000001807) UPF1 (ENSMMMG00000001874) CERS1 (ENSMMMG00000002619) COPE (ENSMMMG00000002634) DDX49 (ENSMMMG00000002658) HOMER3 (ENSMMMG00000002691) SUGP2 (ENSMMMG00000002743) ARMC6 (ENSMMMG00000002877) SLC25A42 (ENSMMMG00000002914) TMEM161A (ENSMMMG00000002937) MEF2B (ENSMMMG00000002982) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 DCXR (ENSSVLG00005016612) RFNG (ENSSVLG00005016551) DUS1L (ENSSVLG00005016028) CCDC57 (ENSSVLG00005015874) SLC16A3 (ENSSVLG00005015807) CSNK1D (ENSSVLG00005015703) ENSSVLG00005015524 ENSSVLG00005015478 ENSSVLG00005015429 ENSSVLG00005015399 ENSSVLG00005015380 ENSSVLG00005015359 OGFOD3 (ENSSVLG00005015237) HEXD (ENSSVLG00005015204) CYBC1 (ENSSVLG00005015097) ENSSVLG00005015071 ##22 NARF (ENSSVLG00005015005) FOXK2 (ENSSVLG00005014929) WDR45B (ENSSVLG00005014878) ENSSVLG00005014860 FN3KRP (ENSSVLG00005014751) FN3K (ENSSVLG00005014714) ENSSVLG00005014674 TBCD (ENSSVLG00005014621) B3GNTL1 (ENSSVLG00005014264) METRNL (ENSSVLG00005014147) ENSSVLG00005014084 ENSSVLG00005013969 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.b ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 8 MFSD1 (ENSCPOG00000015291) ENSCPOG00000015295 SCHIP1 (ENSCPOG00000003961) Il12a (ENSCPOG00000000016) ENSCPOG00000026743 SMC4 (ENSCPOG00000006130) TRIM59 (ENSCPOG00000006122) KPNA4 (ENSCPOG00000010671) ARL14 (ENSCPOG00000010678) PPM1L (ENSCPOG00000005920) B3GALNT1 (ENSCPOG00000002846) NMD3 (ENSCPOG00000005953) SPTSSB (ENSCPOG00000038001) OTOL1 (ENSCPOG00000000011) ENSCPOG00000021511 ENSCPOG00000024936 ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k.b ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 105 ENSODEG00000012932 ENSODEG00000013250 XPNPEP3 (ENSODEG00000013851) ENSODEG00000014217 SLC25A17 (ENSODEG00000013252) MCHR1 (ENSODEG00000012909) MRTFA (ENSODEG00000012960) SGSM3 (ENSODEG00000014094) ENSODEG00000020099 ##22 ADSL (ENSODEG00000012612) TNRC6B (ENSODEG00000013146) FAM83F (ENSODEG00000012376) ENSODEG00000012455 ENTHD1 (ENSODEG00000013716) CACNA1I (ENSODEG00000012240) RPS19BP1 (ENSODEG00000012767) ATF4 (ENSODEG00000012791) MIEF1 (ENSODEG00000012181) MGAT3 (ENSODEG00000013842) TAB1 (ENSODEG00000015803) SYNGR1 (ENSODEG00000016219) ENSODEG00000013672 PDGFB (ENSODEG00000012860) CBX7 (ENSODEG00000013496) Degu MODERN SPECIES 183 PTGER4 (ENSODEG00000003031) ENSODEG00000018877 TTC33 (ENSODEG00000003010) PRKAA1 (ENSODEG00000002974) ENSODEG00000002946 CARD6 (ENSODEG00000002921) MROH2B (ENSODEG00000002798) PLCXD3 (ENSODEG00000002710) OXCT1 (ENSODEG00000002607) ENSODEG00000002517 FBXO4 (ENSODEG00000001886) ENSODEG00000001859 GHR (ENSODEG00000001839) CCDC152 (ENSODEG00000001811) ENSODEG00000001793 ENSODEG00000018733 ##22 ENSODEG00000001566 ENSODEG00000018779 ARSJ (ENSODEG00000001386) ENSODEG00000001350 UGT8 (ENSODEG00000001338) ENSODEG00000001313 NDST4 (ENSODEG00000001269) ENSODEG00000001224 TRAM1L1 (ENSODEG00000001206) Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 42 ITGAD (ENSODEG00000014989) COX6A2 (ENSODEG00000016022) ARMC5 (ENSODEG00000015387) TGFB1I1 (ENSODEG00000014864) SLC5A2 (ENSODEG00000015719) RUSF1 (ENSODEG00000015529) ENSODEG00000016207 ENSODEG00000015107 ENSODEG00000015248 MTO1 (ENSODEG00000015147) ENSODEG00000015292 CD109 (ENSODEG00000016097) ENSODEG00000015695 COL12A1 (ENSODEG00000015572) DST (ENSODEG00000015725) ENSODEG00000020392 ##22 ENSODEG00000020300 BEND6 (ENSODEG00000015776) ZNF451 (ENSODEG00000015693) ENSODEG00000015324 ENSODEG00000015963 RAB23 (ENSODEG00000016056) PRIM2 (ENSODEG00000015933) KHDRBS2 (ENSODEG00000015927) ENSODEG00000016695 ENSODEG00000015713 ENSODEG00000016016 LGSN (ENSODEG00000016651) ENSODEG00000016255 ENSODEG00000020332 ENSODEG00000015899 Degu MODERN SPECIES 194 ENSODEG00000015120 ENSODEG00000014495 ENSODEG00000014147 ENSODEG00000014415 RRP7A (ENSODEG00000015126) POLDIP3 (ENSODEG00000014224) CYB5R3 (ENSODEG00000014899) ENSODEG00000020211 ##22 A4GALT (ENSODEG00000014971) ARFGAP3 (ENSODEG00000014423) ENSODEG00000014382 PACSIN2 (ENSODEG00000013973) TTLL1 (ENSODEG00000015690) ENSODEG00000015823 MCAT (ENSODEG00000014684) TSPO (ENSODEG00000015371) TTLL12 (ENSODEG00000015110) ENSODEG00000014829 MPPED1 (ENSODEG00000016392) EFCAB6 (ENSODEG00000014555) SULT4A1 (ENSODEG00000014672) PNPLA5 (ENSODEG00000015510) PNPLA3 (ENSODEG00000014968) Degu MODERN SPECIES 264 DIPK2B (ENSODEG00000001640) KDM6A (ENSODEG00000001759) ENSODEG00000018726 ENSODEG00000018729 ##22 ENSODEG00000002036 ENSODEG00000018784 EFHC2 (ENSODEG00000002110) ENSODEG00000001919 NDP (ENSODEG00000001957) MAOB (ENSODEG00000001994) ENSODEG00000002078 MAOA (ENSODEG00000002111) ENSODEG00000002139 ENSODEG00000018778 ENSODEG00000002153 ENSODEG00000002169 ENSODEG00000002190 ENSODEG00000018783 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00940000166941 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 Kangaroo rat MODERN SPECIES 427 Fcho1 (ENSDORG00000007853) Jak3 (ENSDORG00000012761) ENSDORG00000012479 Slc5a5 (ENSDORG00000012480) Ccdc124 (ENSDORG00000029588) Kcnn1 (ENSDORG00000028845) ENSDORG00000028690 ENSDORG00000004244 Mpv17l2 (ENSDORG00000009072) Rab3a (ENSDORG00000009070) Lsm4 (ENSDORG00000024225) ENSDORG00000014394 Isyna1 (ENSDORG00000025359) #18 Fkbp8 (ENSDORG00000010135) #20 ENSDORG00000025514 #21 Gm11808 (ENSDORG00000026093) ##22 Tmem59l (ENSDORG00000024894) #25 Klhl26 (ENSDORG00000000436) #26 Crtc1 (ENSDORG00000026183) Comp (ENSDORG00000027719) Upf1 (ENSDORG00000009984) ENSDORG00000023557 Cope (ENSDORG00000004298) Ddx49 (ENSDORG00000004301) ENSDORG00000004302 Sugp2 (ENSDORG00000011519) ENSDORG00000004418 Slc25a42 (ENSDORG00000010998) ENSDORG00000010999 ENSDORG00000011003 Borcs8 (ENSDORG00000027906) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 127 Mpv17l2 (ENSJJAG00000017660) Rab3a (ENSJJAG00000018501) ENSJJAG00000010785 Iqcn (ENSJJAG00000019138) Jund (ENSJJAG00000004780) Lsm4 (ENSJJAG00000017420) ENSJJAG00000015593 Gdf15 (ENSJJAG00000023889) #16 Lrrc25 (ENSJJAG00000018044) Ssbp4 (ENSJJAG00000022395) #17 Isyna1 (ENSJJAG00000023621) #18 ENSJJAG00000018151 Ell (ENSJJAG00000015761) #19 Fkbp8 (ENSJJAG00000012734) #20 ENSJJAG00000016159 #21 ENSJJAG00000005654 ##22 Rex1bd (ENSJJAG00000013226) #23 Crlf1 (ENSJJAG00000023822) #24 Tmem59l (ENSJJAG00000015054) #25 Klhl26 (ENSJJAG00000015486) #26 Crtc1 (ENSJJAG00000014073) Comp (ENSJJAG00000011685) Upf1 (ENSJJAG00000023151) ENSJJAG00000000262 ENSJJAG00000016264 Cope (ENSJJAG00000017037) Homer3 (ENSJJAG00000014551) Sugp2 (ENSJJAG00000005264) Armc6 (ENSJJAG00000014237) Slc25a42 (ENSJJAG00000018672) Mef2b (ENSJJAG00000009955) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1893 Syde2 (ENSNGAG00000012962) 2410004B18Rik (ENSNGAG00000014421) Bcl10 (ENSNGAG00000015335) Ddah1 (ENSNGAG00000018033) ENSNGAG00000003738 Ccn1 (ENSNGAG00000001335) Znhit6 (ENSNGAG00000007630) ENSNGAG00000015725 Odf2l (ENSNGAG00000018510) Clca2 (ENSNGAG00000017320) Clca1 (ENSNGAG00000020353) ENSNGAG00000021773 ENSNGAG00000020840 ENSNGAG00000022151 Sh3glb1 (ENSNGAG00000008323) ENSNGAG00000011552 ##22 ENSNGAG00000017891 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 8 ENSPEMG00000029300 Pik3r2 (ENSPEMG00000013483) Ifi30 (ENSPEMG00000016976) Rab3a (ENSPEMG00000021028) ENSPEMG00000008172 ENSPEMG00000010765 ENSPEMG00000025156 Jund (ENSPEMG00000005556) Lsm4 (ENSPEMG00000001358) Pgpep1 (ENSPEMG00000015017) Lrrc25 (ENSPEMG00000012960) Ssbp4 (ENSPEMG00000016738) #17 Isyna1 (ENSPEMG00000010118) #18 Ell (ENSPEMG00000006782) #19 Fkbp8 (ENSPEMG00000008423) #20 ENSPEMG00000018177 ##22 Rex1bd (ENSPEMG00000017857) #23 Crlf1 (ENSPEMG00000010464) #24 Tmem59l (ENSPEMG00000014170) #25 Klhl26 (ENSPEMG00000016863) #26 Crtc1 (ENSPEMG00000005110) Comp (ENSPEMG00000019103) Upf1 (ENSPEMG00000001085) ENSPEMG00000029913 ENSPEMG00000012430 Cope (ENSPEMG00000018557) Ddx49 (ENSPEMG00000009238) Homer3 (ENSPEMG00000016382) Sugp2 (ENSPEMG00000009700) Armc6 (ENSPEMG00000012468) Slc25a42 (ENSPEMG00000011354) Prairie vole MODERN SPECIES 91 Mfsd6 (ENSMOCG00000019895) Inpp1 (ENSMOCG00000009111) Hibch (ENSMOCG00000020330) 1700019D03Rik (ENSMOCG00000021918) Mstn (ENSMOCG00000001300) 1700019A02Rik (ENSMOCG00000017364) ENSMOCG00000005449 Osgepl1 (ENSMOCG00000015854) Ankar (ENSMOCG00000020533) Asnsd1 (ENSMOCG00000009149) Slc40a1 (ENSMOCG00000006006) Wdr75 (ENSMOCG00000000741) Col5a2 (ENSMOCG00000002191) Col3a1 (ENSMOCG00000002459) Gulp1 (ENSMOCG00000017436) ENSMOCG00000000218 ##22 Mettl21e (ENSMOCG00000015480) Ercc5 (ENSMOCG00000000914) Bivm (ENSMOCG00000002409) Poglut2 (ENSMOCG00000011914) ENSMOCG00000000908 Tpp2 (ENSMOCG00000022482) Mettl21c (ENSMOCG00000017850) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b.k ##22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 284 Rec114 (ENSCGRG00001023909) Hcn4 (ENSCGRG00001024944) Neo1 (ENSCGRG00001022676) Adpgk (ENSCGRG00001009816) Bbs4 (ENSCGRG00001024924) Arih1 (ENSCGRG00001022908) Tmem202 (ENSCGRG00001017888) Hexa (ENSCGRG00001024953) Celf6 (ENSCGRG00001012872) Parp6 (ENSCGRG00001016223) ENSCGRG00001007673 Gramd2 (ENSCGRG00001007702) Senp8 (ENSCGRG00001023506) Myo9a (ENSCGRG00001009430) Nr2e3 (ENSCGRG00001022587) ENSCGRG00001017487 ##22 Thsd4 (ENSCGRG00001003064) Lrrc49 (ENSCGRG00001011265) Larp6 (ENSCGRG00001024472) Uaca (ENSCGRG00001000355) Tle3 (ENSCGRG00001024081) ENSCGRG00001022135 Kif23 (ENSCGRG00001024682) Paqr5 (ENSCGRG00001021586) Glce (ENSCGRG00001019156) Spesp1 (ENSCGRG00001015906) ENSCGRG00001022637 Coro2b (ENSCGRG00001025051) Itga11 (ENSCGRG00001016586) Fem1b 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SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173.b ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.b ##22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00910000147684 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173.b ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.b ##22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00910000147684 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 Narwhal MODERN SPECIES 298 MPV17L2 (ENSMMNG00015000089) RAB3A (ENSMMNG00015000026) PDE4C (ENSMMNG00015008093) ENSMMNG00015008048 JUND (ENSMMNG00015008033) ENSMMNG00015008004 ENSMMNG00015007982 PGPEP1 (ENSMMNG00015007946) GDF15 (ENSMMNG00015007911) #16 LRRC25 (ENSMMNG00015007891) SSBP4 (ENSMMNG00015007789) #17 ISYNA1 (ENSMMNG00015007654) #18 ELL (ENSMMNG00015007605) #19 FKBP8 (ENSMMNG00015007578) #20 KXD1 (ENSMMNG00015007547) #21 ENSMMNG00015007512 ##22 REX1BD (ENSMMNG00015007469) #23 CRLF1 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ENSGT00940000177631 ENSGT00940000156307.b ENSGT00950000182965.b ENSGT00940000159094 ENSGT00940000158720.c.b.t ENSGT00940000156597.b ENSGT00640000091496 ENSGT00390000001447 ENSGT00530000063688.a Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 27 RAB3A (ENSBGRG00000026189) PDE4C (ENSBGRG00000026196) ENSBGRG00000026213 JUND (ENSBGRG00000026238) LSM4 (ENSBGRG00000026242) ENSBGRG00000026247 PGPEP1 (ENSBGRG00000026256) GDF15 (ENSBGRG00000026276) #16 LRRC25 (ENSBGRG00000026281) SSBP4 (ENSBGRG00000026307) #17 ISYNA1 (ENSBGRG00000026356) #18 ELL (ENSBGRG00000026367) #19 ENSBGRG00000026374 ENSBGRG00000026382 #20 ENSBGRG00000026397 #21 ENSBGRG00000026400 ##22 ENSBGRG00000026408 #23 CRLF1 (ENSBGRG00000000399) #24 TMEM59L (ENSBGRG00000000427) #25 KLHL26 (ENSBGRG00000000466) #26 CRTC1 (ENSBGRG00000000542) COMP (ENSBGRG00000000772) UPF1 (ENSBGRG00000000885) CERS1 (ENSBGRG00000000977) COPE (ENSBGRG00000001045) DDX49 (ENSBGRG00000001122) HOMER3 (ENSBGRG00000001163) ENSBGRG00000001213 SUGP2 (ENSBGRG00000001227) ARMC6 (ENSBGRG00000001271) SLC25A42 (ENSBGRG00000001293) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705.q.b #20 ENSGT00530000064192.s #21 ENSGT00940000153593.c.b ##22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 ENSGT00940000158163 Cow MODERN SPECIES 26 PDE4C (ENSBTAG00000010652) CIST1 (ENSBTAG00000033886) ENSBTAG00000054700 JUND (ENSBTAG00000052791) 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(ENSBBBG00000010898) ENSBBBG00000010890 KLF7 (ENSBBBG00000010885) CREB1 (ENSBBBG00000010873) METTL21A (ENSBBBG00000010854) ENSBBBG00000010833 FZD5 (ENSBBBG00000010805) PLEKHM3 (ENSBBBG00000010799) ENSBBBG00000010792 ENSBBBG00000010781 ##22 CRYGD (ENSBBBG00000010778) CRYGC (ENSBBBG00000001889) CRYGB (ENSBBBG00000010771) CRYGA (ENSBBBG00000010767) C2orf80 (ENSBBBG00000010761) IDH1 (ENSBBBG00000010731) PIKFYVE (ENSBBBG00000010714) ENSBBBG00000010646 PTH2R (ENSBBBG00000010642) ENSBBBG00000010626 MAP2 (ENSBBBG00000010617) UNC80 (ENSBBBG00000010561) ENSBBBG00000007586 KANSL1L (ENSBBBG00000010441) ACADL (ENSBBBG00000001806) American bison MODERN SPECIES 3165 LSM4 (ENSBBBG00000001281) ENSBBBG00000001263 PGPEP1 (ENSBBBG00000001256) GDF15 (ENSBBBG00000001254) #16 LRRC25 (ENSBBBG00000015319) ENSBBBG00000015324 ##17 ISYNA1 (ENSBBBG00000015329) #18 ELL (ENSBBBG00000015350) #19 ENSBBBG00000015360 #20 KXD1 (ENSBBBG00000015390) #21 ENSBBBG00000002734 ##22 ENSBBBG00000015406 #23 CRLF1 (ENSBBBG00000003846) #24 TMEM59L (ENSBBBG00000015452) #25 ENSBBBG00000015461 #26 CRTC1 (ENSBBBG00000015471) COMP (ENSBBBG00000002699) UPF1 (ENSBBBG00000003867) CERS1 (ENSBBBG00000015545) COPE (ENSBBBG00000015595) DDX49 (ENSBBBG00000015616) ENSBBBG00000003467 ENSBBBG00000003456 SUGP2 (ENSBBBG00000003426) ARMC6 (ENSBBBG00000015629) TMEM161A (ENSBBBG00000007455) Camelidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00420000029858 ENSGT00420000029847 ENSGT00940000156370 ENSGT00390000018876 ENSGT00390000009456 ENSGT00940000153837.a.b ENSGT00390000007074 ENSGT00940000162291 ENSGT00940000160021 ENSGT00940000156469 ENSGT00940000162646 ENSGT00940000160676 ENSGT00940000153657.B ENSGT00940000159100 ENSGT00940000159496 ENSGT00940000153593.c.b ##22 ENSGT00940000154415 ENSGT00390000003210 ENSGT00390000000707 ENSGT00940000158339 ENSGT00550000074924 ENSGT00940000160924 ENSGT00390000009774 ENSGT00900000141269 ENSGT00940000161431 ENSGT00940000159953.C ENSGT00940000162928 ENSGT00940000161007 ENSGT00390000018560.a.b ENSGT00940000159697 ENSGT00940000153062.A.a.a.a Arabian camel DUPLICATION Arabian camel MODERN SPECIES 15 KCNH1 (ENSCDRG00005019055) HHAT (ENSCDRG00005019106) SERTAD4 (ENSCDRG00005019140) SYT14 (ENSCDRG00005019164) UTP25 (ENSCDRG00005019236) IRF6 (ENSCDRG00005019267) C1orf74 (ENSCDRG00005006685) TRAF3IP3 (ENSCDRG00005006709) HSD11B1 (ENSCDRG00005006991) LAMB3 (ENSCDRG00005007050) ENSCDRG00005007162 CAMK1G (ENSCDRG00005007186) PLXNA2 (ENSCDRG00005007260) ENSCDRG00005007376 ENSCDRG00005007409 ENSCDRG00005007627 ##22 ENSCDRG00005007699 ENSCDRG00005007863 CR2 (ENSCDRG00005008133) ENSCDRG00005008303 CD55 (ENSCDRG00005008350) C4BPA (ENSCDRG00005008485) C4BPB (ENSCDRG00005008532) PFKFB2 (ENSCDRG00005008647) C1orf116 (ENSCDRG00005008886) PIGR (ENSCDRG00005009102) FCMR (ENSCDRG00005009174) IL24 (ENSCDRG00005009389) IL20 (ENSCDRG00005009495) IL19 (ENSCDRG00005009619) IL10 (ENSCDRG00005009710) Arabian camel MODERN SPECIES 35 NUDT19 (ENSCDRG00005020362) TDRD12 (ENSCDRG00005020226) SLC7A9 (ENSCDRG00005019910) CEP89 (ENSCDRG00005019493) FAAP24 (ENSCDRG00005019258) RHPN2 (ENSCDRG00005019052) GPATCH1 (ENSCDRG00005018715) ENSCDRG00005018548 LRP3 (ENSCDRG00005018325) SLC7A10 (ENSCDRG00005018085) CEBPA (ENSCDRG00005017974) CEBPG (ENSCDRG00005017885) PEPD (ENSCDRG00005017266) CHST8 (ENSCDRG00005016814) KCTD15 (ENSCDRG00005016516) ENSCDRG00005016335 ##22 LSM14A (ENSCDRG00005015883) GARRE1 (ENSCDRG00005015403) GPI (ENSCDRG00005015064) PDCD2L (ENSCDRG00005014775) UBA2 (ENSCDRG00005014360) ENSCDRG00005014244 WTIP (ENSCDRG00005014097) ENSCDRG00005013890 ENSCDRG00005013802 ENSCDRG00005013626 ENSCDRG00005013282 ZNF599 (ENSCDRG00005012866) ENSCDRG00005012543 ENSCDRG00005012360 ENSCDRG00005012136 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00940000157050 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.c.b ##22 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00940000166035 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00940000167763 ENSGT00410000025695.b Wallaby MODERN SPECIES 9146 KXD1 (ENSMEUG00000013150) #21 ENSMEUG00000013159 ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.c.b ##22 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 52 SEC14L2 (ENSVURG00010010922) ENSVURG00010010909 ENSVURG00010010905 SF3A1 (ENSVURG00010010891) TBC1D10A (ENSVURG00010010880) CASTOR1 (ENSVURG00010010845) ENSVURG00010010836 LIF (ENSVURG00010010829) HORMAD2 (ENSVURG00010010819) ENSVURG00010010800 MTMR3 (ENSVURG00010010731) ASCC2 (ENSVURG00010010677) ENSVURG00010010670 ZMAT5 (ENSVURG00010010659) CABP7 (ENSVURG00010010647) ENSVURG00010010643 ##22 NF2 (ENSVURG00010010476) NIPSNAP1 (ENSVURG00010010451) THOC5 (ENSVURG00010010413) AP1B1 (ENSVURG00010010361) RASL10A (ENSVURG00010010348) ENSVURG00010010338 EWSR1 (ENSVURG00010010313) RHBDD3 (ENSVURG00010010302) EMID1 (ENSVURG00010010243) KREMEN1 (ENSVURG00010010195) ENSVURG00010010185 ZNRF3 (ENSVURG00010010166) ENSVURG00010010136 HSCB (ENSVURG00010010060) CHEK2 (ENSVURG00010009950) Common wonbat MODERN SPECIES 36 PNRC1 (ENSVURG00010006394) RNGTT (ENSVURG00010006355) ENSVURG00010006331 AKIRIN2 (ENSVURG00010006300) ORC3 (ENSVURG00010006262) RARS2 (ENSVURG00010006188) SLC35A1 (ENSVURG00010006159) CFAP206 (ENSVURG00010006139) ENSVURG00010006123 SMIM8 (ENSVURG00010006103) ZNF292 (ENSVURG00010006095) ENSVURG00010006077 CGA (ENSVURG00010006057) HTR1E (ENSVURG00010006032) ENSVURG00010006023 ENSVURG00010006007 ##22 SYNCRIP (ENSVURG00010005943) SNX14 (ENSVURG00010005762) NT5E (ENSVURG00010005712) ENSVURG00010005697 ENSVURG00010005656 TBX18 (ENSVURG00010005622) CEP162 (ENSVURG00010005590) CYB5R4 (ENSVURG00010005497) ENSVURG00010005478 SNAP91 (ENSVURG00010005394) PRSS35 (ENSVURG00010005357) ME1 (ENSVURG00010005337) RWDD2A (ENSVURG00010005311) PGM3 (ENSVURG00010005289) DOP1A (ENSVURG00010005218) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 2498 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.d ##22 Common shrew MODERN SPECIES 6322 KXD1 (ENSSARG00000000982) #21 UBA52 (ENSSARG00000000984) ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 American black bear MODERN SPECIES 2801 ENSUAMG00000008442 ERI3 (ENSUAMG00000008434) DMAP1 (ENSUAMG00000008428) ENSUAMG00000008427 ##22 ENSUAMG00000008425 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 lion MODERN SPECIES 88 ARHGEF6 (ENSPLOG00000008877) CD40LG (ENSPLOG00000009098) VGLL1 (ENSPLOG00000009146) HTATSF1 (ENSPLOG00000009192) BRS3 (ENSPLOG00000009224) ADGRG4 (ENSPLOG00000009287) MAP7D3 (ENSPLOG00000009510) FHL1 (ENSPLOG00000009599) SLC9A6 (ENSPLOG00000009714) ENSPLOG00000009771 ENSPLOG00000009789 INTS6L (ENSPLOG00000009843) SMIM10 (ENSPLOG00000009944) MOSPD1 (ENSPLOG00000009970) ENSPLOG00000009997 ENSPLOG00000010014 ##22 ENSPLOG00000010039 PABIR2 (ENSPLOG00000010063) PLAC1 (ENSPLOG00000010082) ENSPLOG00000010108 PHF6 (ENSPLOG00000010140) CCDC160 (ENSPLOG00000010192) GPC3 (ENSPLOG00000010226) GPC4 (ENSPLOG00000010319) USP26 (ENSPLOG00000010378) HS6ST2 (ENSPLOG00000010402) MBNL3 (ENSPLOG00000010507) RAP2C (ENSPLOG00000010601) FRMD7 (ENSPLOG00000010646) STK26 (ENSPLOG00000010858) OR13H1 (ENSPLOG00000011050) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Horse DUPLICATION Horse MODERN SPECIES 13 RAB3A (ENSECAG00000023115) PDE4C (ENSECAG00000008059) ENSECAG00000032603 ENSECAG00000053894 IQCN (ENSECAG00000010024) LSM4 (ENSECAG00000010141) PGPEP1 (ENSECAG00000011676) GDF15 (ENSECAG00000039579) #16 LRRC25 (ENSECAG00000017682) ISYNA1 (ENSECAG00000019571) #18 SSBP4 (ENSECAG00000017720) #17 ELL (ENSECAG00000000466) #19 FKBP8 (ENSECAG00000012306) #20 KXD1 (ENSECAG00000020539) #21 CRLF1 (ENSECAG00000023854) #24 UBA52 (ENSECAG00000020660) ##22 REX1BD (ENSECAG00000021433) #23 TMEM59L (ENSECAG00000000133) #25 KLHL26 (ENSECAG00000046223) #26 CRTC1 (ENSECAG00000012748) COMP (ENSECAG00000000336) UPF1 (ENSECAG00000010639) GDF1 (ENSECAG00000026851) CERS1 (ENSECAG00000052582) COPE (ENSECAG00000024390) DDX49 (ENSECAG00000012194) HOMER3 (ENSECAG00000023105) SUGP2 (ENSECAG00000000129) ARMC6 (ENSECAG00000006428) SLC25A42 (ENSECAG00000011367) TMEM161A (ENSECAG00000013963) Horse DUPLICATION Horse MODERN SPECIES 5 PRR16 (ENSECAG00000016902) ENSECAG00000001605 FTMT (ENSECAG00000036892) SRFBP1 (ENSECAG00000015330) ENSECAG00000001436 LOX (ENSECAG00000014771) SNCAIP (ENSECAG00000012686) ENSECAG00000012472 SNX2 (ENSECAG00000007426) PPIC (ENSECAG00000006273) SNX24 (ENSECAG00000007403) PRDM6 (ENSECAG00000004532) CEP120 (ENSECAG00000021916) CSNK1G3 (ENSECAG00000019198) ENSECAG00000060272 ENSECAG00000006913 ##22 ZNF608 (ENSECAG00000017943) ENSECAG00000016787 GRAMD2B (ENSECAG00000017800) ALDH7A1 (ENSECAG00000010547) PHAX (ENSECAG00000009967) TEX43 (ENSECAG00000009955) LMNB1 (ENSECAG00000007942) ENSECAG00000057834 ENSECAG00000036855 MARCHF3 (ENSECAG00000007518) C14H5orf63 (ENSECAG00000007492) MEGF10 (ENSECAG00000024752) PRRC1 (ENSECAG00000024659) CTXN3 (ENSECAG00000055448) CCDC192 (ENSECAG00000034646) Horse MODERN SPECIES 25 SEMA3C (ENSECAG00000020113) CD36 (ENSECAG00000015229) GNAT3 (ENSECAG00000020511) GNAI1 (ENSECAG00000000229) ENSECAG00000054218 MAGI2 (ENSECAG00000008564) ENSECAG00000007204 ##22 PHTF2 (ENSECAG00000015920) ENSECAG00000045540 TMEM60 (ENSECAG00000001903) RSBN1L (ENSECAG00000002691) PTPN12 (ENSECAG00000008693) GSAP (ENSECAG00000014974) CCDC146 (ENSECAG00000019177) FAM185A (ENSECAG00000000460) FBXL13 (ENSECAG00000007087) LRRC17 (ENSECAG00000010291) ARMC10 (ENSECAG00000011461) NAPEPLD (ENSECAG00000011986) PMPCB (ENSECAG00000014253) DNAJC2 (ENSECAG00000007573) SLC26A5 (ENSECAG00000006986) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 PERP (ENSRFEG00010004754) TNFAIP3 (ENSRFEG00010004741) OLIG3 (ENSRFEG00010004731) IFNGR1 (ENSRFEG00010004717) IL22RA2 (ENSRFEG00010004706) IL20RA (ENSRFEG00010004692) ENSRFEG00010004684 SLC35D3 (ENSRFEG00010004673) PEX7 (ENSRFEG00010004663) ENSRFEG00010004658 MAP3K5 (ENSRFEG00010004611) MAP7 (ENSRFEG00010004535) BCLAF1 (ENSRFEG00010004398) MTFR2 (ENSRFEG00010004336) PDE7B (ENSRFEG00010004294) ENSRFEG00010004274 ##22 AHI1 (ENSRFEG00010004178) MYB (ENSRFEG00010004034) HBS1L (ENSRFEG00010003918) ALDH8A1 (ENSRFEG00010003820) SGK1 (ENSRFEG00010003588) SLC2A12 (ENSRFEG00010003467) TBPL1 (ENSRFEG00010003438) TCF21 (ENSRFEG00010003415) EYA4 (ENSRFEG00010003348) ENSRFEG00010003233 SLC18B1 (ENSRFEG00010003181) VNN2 (ENSRFEG00010003139) VNN1 (ENSRFEG00010003067) ENSRFEG00010002997 TAAR5 (ENSRFEG00010002986) Microbat MODERN SPECIES 956 CENPJ (ENSMLUG00000003913) ENSMLUG00000022252 PARP4 (ENSMLUG00000003797) MPHOSPH8 (ENSMLUG00000017661) PSPC1 (ENSMLUG00000017663) ENSMLUG00000028534 ZMYM2 (ENSMLUG00000012333) ENSMLUG00000029529 ENSMLUG00000001601 ENSMLUG00000004903 ENSMLUG00000030582 ZAR1L (ENSMLUG00000010357) FRY (ENSMLUG00000011686) RXFP2 (ENSMLUG00000013834) B3GLCT (ENSMLUG00000012104) ENSMLUG00000023344 ##22 HSPH1 (ENSMLUG00000007926) TEX26 (ENSMLUG00000008800) MEDAG (ENSMLUG00000008786) ENSMLUG00000028124 ALOX5AP (ENSMLUG00000006023) USPL1 (ENSMLUG00000012347) HMGB1 (ENSMLUG00000025979) KATNAL1 (ENSMLUG00000006028) UBL3 (ENSMLUG00000009645) ENSMLUG00000013428 SLC7A1 (ENSMLUG00000014626) ENSMLUG00000014608 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 27 ENSDLEG00000005840 MPV17L2 (ENSDLEG00000005851) RAB3A (ENSDLEG00000005860) PDE4C (ENSDLEG00000005873) KIAA1683 (ENSDLEG00000005933) JUND (ENSDLEG00000005939) LSM4 (ENSDLEG00000005942) PGPEP1 (ENSDLEG00000005952) GDF15 (ENSDLEG00000005966) #16 LRRC25 (ENSDLEG00000005971) SSBP4 (ENSDLEG00000005979) #17 ISYNA1 (ENSDLEG00000005989) #18 ELL (ENSDLEG00000006014) #19 FKBP8 (ENSDLEG00000006024) #20 KXD1 (ENSDLEG00000006030) #21 UBA52 (ENSDLEG00000006044) ##22 REX1BD (ENSDLEG00000006050) #23 ENSDLEG00000006057 CRLF1 (ENSDLEG00000006067) #24 TMEM59L (ENSDLEG00000006084) #25 KLHL26 (ENSDLEG00000006086) #26 CRTC1 (ENSDLEG00000006096) COMP (ENSDLEG00000006134) UPF1 (ENSDLEG00000006145) GDF1 (ENSDLEG00000006157) CERS1 (ENSDLEG00000006163) COPE (ENSDLEG00000006169) DDX49 (ENSDLEG00000006176) HOMER3 (ENSDLEG00000006185) SUGP2 (ENSDLEG00000006190) ARMC6 (ENSDLEG00000006199) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 342 ENSCHYG00000010252 ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Goat MODERN SPECIES 2 CALM2 (ENSCHIG00000011230) EPCAM (ENSCHIG00000022999) MSH2 (ENSCHIG00000021960) KCNK12 (ENSCHIG00000009025) MSH6 (ENSCHIG00000014129) FBXO11 (ENSCHIG00000024805) ENSCHIG00000011530 FOXN2 (ENSCHIG00000025720) PPP1R21 (ENSCHIG00000018575) ENSCHIG00000022262 STON1 (ENSCHIG00000013272) GTF2A1L (ENSCHIG00000019307) LHCGR (ENSCHIG00000005935) FSHR (ENSCHIG00000023353) ENSCHIG00000021404 ENSCHIG00000023509 ##22 ENSCHIG00000013329 ENSCHIG00000023901 ENSCHIG00000016778 ENSCHIG00000027041 ASB3 (ENSCHIG00000025413) CHAC2 (ENSCHIG00000016681) ERLEC1 (ENSCHIG00000012003) GPR75 (ENSCHIG00000009039) PSME4 (ENSCHIG00000022596) ENSCHIG00000001765 ENSCHIG00000025445 C2orf73 (ENSCHIG00000022786) SPTBN1 (ENSCHIG00000014950) EML6 (ENSCHIG00000023364) RTN4 (ENSCHIG00000007157) Siberian musk deer MODERN SPECIES 1231 MPV17L2 (ENSMMSG00000021294) RAB3A (ENSMMSG00000021318) PDE4C (ENSMMSG00000021382) ENSMMSG00000021641 ENSMMSG00000021650 JUND (ENSMMSG00000021662) LSM4 (ENSMMSG00000021677) PGPEP1 (ENSMMSG00000021709) GDF15 (ENSMMSG00000021745) #16 LRRC25 (ENSMMSG00000021754) SSBP4 (ENSMMSG00000021774) #17 ISYNA1 (ENSMMSG00000021864) #18 ELL (ENSMMSG00000021935) #19 FKBP8 (ENSMMSG00000021969) #20 KXD1 (ENSMMSG00000021990) #21 ENSMMSG00000022005 ##22 REX1BD (ENSMMSG00000022031) #23 CRLF1 (ENSMMSG00000022062) #24 TMEM59L (ENSMMSG00000022096) #25 KLHL26 (ENSMMSG00000022113) #26 CRTC1 (ENSMMSG00000022161) COMP (ENSMMSG00000022327) UPF1 (ENSMMSG00000022501) GDF1 (ENSMMSG00000022528) CERS1 (ENSMMSG00000022516) COPE (ENSMMSG00000022538) DDX49 (ENSMMSG00000022565) HOMER3 (ENSMMSG00000022598) SUGP2 (ENSMMSG00000022643) ARMC6 (ENSMMSG00000022659) SLC25A42 (ENSMMSG00000022673) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 650 Drp2 (ENSMAUG00000017615) Cenpi (ENSMAUG00000001206) Tmem35a (ENSMAUG00000010898) Trmt2b (ENSMAUG00000019081) Xkrx (ENSMAUG00000017694) Nox1 (ENSMAUG00000016770) Cstf2 (ENSMAUG00000000965) Sytl4 (ENSMAUG00000000946) Srpx2 (ENSMAUG00000012454) Tspan6 (ENSMAUG00000010520) Tnmd (ENSMAUG00000017637) Pcdh19 (ENSMAUG00000009556) ENSMAUG00000005459 Diaph2 (ENSMAUG00000000817) ENSMAUG00000007588 ENSMAUG00000008421 ##22 ENSMAUG00000013214 ENSMAUG00000009921 Nap1l3 (ENSMAUG00000021329) ENSMAUG00000008019 Pcdh11x (ENSMAUG00000021322) Trib3 (ENSMAUG00000016011) Rbck1 (ENSMAUG00000015947) Csnk2a1 (ENSMAUG00000022120) Tcf15 (ENSMAUG00000022078) Srxn1 (ENSMAUG00000019700) Scrt2 (ENSMAUG00000021738) Slc52a3 (ENSMAUG00000015206) Fam110a (ENSMAUG00000021554) Angpt4 (ENSMAUG00000012987) Rspo4 (ENSMAUG00000020781) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 8 ENSPEMG00000000392 ENSPEMG00000030231 ENSPEMG00000028468 Shcbp1 (ENSPEMG00000018747) Slc10a2 (ENSPEMG00000015438) ENSPEMG00000027030 ENSPEMG00000012755 ENSPEMG00000019589 ##22 Efnb2 (ENSPEMG00000029267) ENSPEMG00000019958 ENSPEMG00000029880 ENSPEMG00000027339 Nalf1 (ENSPEMG00000000217) Lig4 (ENSPEMG00000000076) Abhd13 (ENSPEMG00000012812) Tnfsf13b (ENSPEMG00000017940) Myo16 (ENSPEMG00000000246) Irs2 (ENSPEMG00000019911) Col4a1 (ENSPEMG00000019749) Col4a2 (ENSPEMG00000016638) Rab20 (ENSPEMG00000026156) Naxd (ENSPEMG00000020061) Cars2 (ENSPEMG00000019776) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3363 Cxcl14 (ENSMSIG00000019603) Neurog1 (ENSMSIG00000019595) ENSMSIG00000019581 Tifab (ENSMSIG00000019578) Macroh2a1 (ENSMSIG00000019507) Pitx1 (ENSMSIG00000019484) Catsper3 (ENSMSIG00000019447) ENSMSIG00000019438 ENSMSIG00000019428 Pcbd2 (ENSMSIG00000019409) Txndc15 (ENSMSIG00000019395) B230219D22Rik (ENSMSIG00000019391) Ddx46 (ENSMSIG00000019031) Caml (ENSMSIG00000019011) B4galt7 (ENSMSIG00000018964) ENSMSIG00000018954 ##22 Tmed9 (ENSMSIG00000018897) Fam193b (ENSMSIG00000018874) Ddx41 (ENSMSIG00000018747) Dok3 (ENSMSIG00000018717) Pdlim7 (ENSMSIG00000018669) Dbn1 (ENSMSIG00000018582) Prr7 (ENSMSIG00000018573) Grk6 (ENSMSIG00000017847) F12 (ENSMSIG00000017816) Pfn3 (ENSMSIG00000017804) Slc34a1 (ENSMSIG00000017772) Rgs14 (ENSMSIG00000017761) Lman2 (ENSMSIG00000017738) Mxd3 (ENSMSIG00000017720) Prelid1 (ENSMSIG00000017709) Rat MODERN SPECIES 11 ENSRNOG00000069676 Fcgr1a (ENSRNOG00000021199) H2bc18 (ENSRNOG00000070591) Hist2h3c2 (ENSRNOG00000063016) Hist1h4b (ENSRNOG00000032224) LOC102549173 (ENSRNOG00000065886) LOC102549173 (ENSRNOG00000068046) ENSRNOG00000062927 Bola1 (ENSRNOG00000021185) Sv2a (ENSRNOG00000021182) Sf3b4 (ENSRNOG00000021181) Mtmr11 (ENSRNOG00000021176) Otud7b (ENSRNOG00000042068) Vps45 (ENSRNOG00000021173) Plekho1 (ENSRNOG00000021170) RGD1562196 (ENSRNOG00000065202) ##22 Anp32e (ENSRNOG00000021168) Car14 (ENSRNOG00000023162) Aph1a (ENSRNOG00000023816) C2H1orf54 (ENSRNOG00000059750) Ciart (ENSRNOG00000042717) Mrps21 (ENSRNOG00000024845) Prpf3 (ENSRNOG00000025629) Rprd2 (ENSRNOG00000054294) Tars2 (ENSRNOG00000057194) Ecm1 (ENSRNOG00000021166) Adamtsl4 (ENSRNOG00000049385) Mcl1 (ENSRNOG00000063678) Ensa (ENSRNOG00000048617) Golph3l (ENSRNOG00000047620) Hormad1 (ENSRNOG00000021160) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 59 ACBD6 (ENSUPAG00010003972) LHX4 (ENSUPAG00010003955) QSOX1 (ENSUPAG00010003921) CEP350 (ENSUPAG00010003864) ENSUPAG00010003856 ##22 TOR1AIP1 (ENSUPAG00010003787) TOR1AIP2 (ENSUPAG00010003748) FAM163A (ENSUPAG00010003739) TDRD5 (ENSUPAG00010003635) NPHS2 (ENSUPAG00010003620) ENSUPAG00010003596 SOAT1 (ENSUPAG00010003568) ENSUPAG00010003560 ABL2 (ENSUPAG00010003513) TOR3A (ENSUPAG00010003508) FAM20B (ENSUPAG00010003491) ANGPTL1 (ENSUPAG00010003483) RALGPS2 (ENSUPAG00010002884) TEX35 (ENSUPAG00010002849) RASAL2 (ENSUPAG00010002770) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT00940000156018.A ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 #16 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C #17 ENSGT00390000018395 #18 ENSGT00940000155914 #19 ENSGT00940000156705 #20 ENSGT00530000064192 #21 ENSGT00940000153593.d ##22 ENSGT00940000153593.c.a #22 ENSGT00390000011631 #23 ENSGT00940000156569.a.b #24 ENSGT00390000008279.b #25 ENSGT00940000159238 #26 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000162169 ENSGT00940000157413 ENSGT00940000162926 ENSGT01030000234515.b ENSGT00390000003478 ENSGT00730000111231 ENSGT00940000158081 ENSGT00410000025695.b ENSGT00390000002913 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Degu MODERN SPECIES 80 ENSODEG00000010012 CHAMP1 (ENSODEG00000010584) ENSODEG00000009176 CDC16 (ENSODEG00000008438) ENSODEG00000019558 ##22 ENSODEG00000008845 RASA3 (ENSODEG00000008030) C13orf46 (ENSODEG00000007606) GAS6 (ENSODEG00000012335) TMEM255B (ENSODEG00000007605) GRK1 (ENSODEG00000007663) ATP4B (ENSODEG00000007695) ENSODEG00000009187 TMCO3 (ENSODEG00000009661) DCUN1D2 (ENSODEG00000008899) ENSODEG00000007633 ENSODEG00000008619 GRTP1 (ENSODEG00000007871) LAMP1 (ENSODEG00000009126) CUL4A (ENSODEG00000007751) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 21 PDE4C (ENSHGLG00000002262) ENSHGLG00000037483 ENSHGLG00000032754 LSM4 (ENSHGLG00000006568) PGPEP1 (ENSHGLG00000006686) GDF15 (ENSHGLG00000032564) #16 LRRC25 (ENSHGLG00000038777) ENSHGLG00000047162 ENSHGLG00000039382 #17 ENSHGLG00000046442 ISYNA1 (ENSHGLG00000010290) #18 ELL (ENSHGLG00000011254) #19 ENSHGLG00000047901 #19 ENSHGLG00000012226 #20 KXD1 (ENSHGLG00000044958) #21 UBA52 (ENSHGLG00000019381) ##22 REX1BD (ENSHGLG00000018788) #23 CRLF1 (ENSHGLG00000006747) #24 TMEM59L (ENSHGLG00000035873) #25 ENSHGLG00000041161 #26 COMP (ENSHGLG00000009575) UPF1 (ENSHGLG00000010900) GDF1 (ENSHGLG00000042377) CERS1 (ENSHGLG00000013716) COPE (ENSHGLG00000006648) ENSHGLG00000006789 HOMER3 (ENSHGLG00000006851) ARMC6 (ENSHGLG00000008147) SLC25A42 (ENSHGLG00000008826) TMEM161A (ENSHGLG00000009517) ENSHGLG00000003123 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Orangutan MODERN SPECIES PLEKHG5 (ENSPPYG00000001941) NOL9 (ENSPPYG00000001940) TAS1R1 (ENSPPYG00000001939) ZBTB48 (ENSPPYG00000001938) KLHL21 (ENSPPYG00000001937) PHF13 (ENSPPYG00000001936) THAP3 (ENSPPYG00000001935) DNAJC11 (ENSPPYG00000001934) CAMTA1 (ENSPPYG00000001932) PER3 (ENSPPYG00000001930) ENSPPYG00000001929 TNFRSF9 (ENSPPYG00000001926) ENSPPYG00000001925 ERRFI1 (ENSPPYG00000035660) SLC45A1 (ENSPPYG00000001923) ENSPPYG00000001922 ##22 RERE (ENSPPYG00000001921) ENO1 (ENSPPYG00000001920) CA6 (ENSPPYG00000001919) SLC2A7 (ENSPPYG00000001918) SLC2A5 (ENSPPYG00000001917) GPR157 (ENSPPYG00000001916) H6PD (ENSPPYG00000001914) SPSB1 (ENSPPYG00000001913) SLC25A33 (ENSPPYG00000001912) TMEM201 (ENSPPYG00000001911) PIK3CD (ENSPPYG00000001909) CLSTN1 (ENSPPYG00000001908) ENSPPYG00000038753 LZIC (ENSPPYG00000038102) NMNAT1 (ENSPPYG00000033515) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 554 ENSMNEG00000034538 SEH1L (ENSMNEG00000042897) PTPN2 (ENSMNEG00000033855) PSMG2 (ENSMNEG00000042845) CEP76 (ENSMNEG00000028570) SPIRE1 (ENSMNEG00000038657) PRELID3A (ENSMNEG00000032362) AFG3L2 (ENSMNEG00000012516) TUBB6 (ENSMNEG00000030804) CIDEA (ENSMNEG00000036316) ANKRD62 (ENSMNEG00000033792) ENSMNEG00000036251 PIEZO2 (ENSMNEG00000040869) GNAL (ENSMNEG00000033151) MPPE1 (ENSMNEG00000035283) ENSMNEG00000028719 ##22 IMPA2 (ENSMNEG00000038945) NAPG (ENSMNEG00000042658) APCDD1 (ENSMNEG00000029289) ENSMNEG00000028020 ENSMNEG00000032121 ENSMNEG00000036959 TXNDC2 (ENSMNEG00000035714) ENSMNEG00000039292 RAB31 (ENSMNEG00000031511) PPP4R1 (ENSMNEG00000029461) ENSMNEG00000001867 ENSMNEG00000036996 TWSG1 (ENSMNEG00000030452) ENSMNEG00000044863 ANKRD12 (ENSMNEG00000036122) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153593.d ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 507 NUDT9 (ENSCATG00000040205) SPARCL1 (ENSCATG00000045171) DSPP (ENSCATG00000039736) DMP1 (ENSCATG00000035040) IBSP (ENSCATG00000040962) MEPE (ENSCATG00000042357) SPP1 (ENSCATG00000036269) PKD2 (ENSCATG00000043739) ENSCATG00000037267 PPM1K (ENSCATG00000041000) HERC6 (ENSCATG00000045034) HERC5 (ENSCATG00000038271) PYURF (ENSCATG00000043821) NAP1L5 (ENSCATG00000039043) HERC3 (ENSCATG00000018920) ENSCATG00000019340 ##22 FAM13A 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ENSCCAG00000034303 PAEP (ENSCCAG00000027279) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 50 TOMT (ENSSBOG00000033709) ENSSBOG00000035680 FOLR2 (ENSSBOG00000030720) ENSSBOG00000027615 FOLR1 (ENSSBOG00000032792) INPPL1 (ENSSBOG00000028042) PHOX2A (ENSSBOG00000019317) CLPB (ENSSBOG00000031007) PDE2A (ENSSBOG00000035008) ARAP1 (ENSSBOG00000031716) STARD10 (ENSSBOG00000022143) ATG16L2 (ENSSBOG00000027588) FCHSD2 (ENSSBOG00000018307) ENSSBOG00000023173 ENSSBOG00000027673 ENSSBOG00000027043 ##22 P2RY2 (ENSSBOG00000010684) ARHGEF17 (ENSSBOG00000024564) RELT (ENSSBOG00000027236) FAM168A (ENSSBOG00000005248) PLEKHB1 (ENSSBOG00000033986) RAB6A (ENSSBOG00000028389) ENSSBOG00000014336 ENSSBOG00000028791 PAAF1 (ENSSBOG00000022025) ENSSBOG00000026075 DNAJB13 (ENSSBOG00000022356) UCP2 (ENSSBOG00000028197) UCP3 (ENSSBOG00000019272) C2CD3 (ENSSBOG00000023741) PPME1 (ENSSBOG00000031236) Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 2 STX5 (ENSCJAG00000018606) TEX54 (ENSCJAG00000047769) ENSCJAG00000018581 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