Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	481																ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000178777	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00530000063873.A #10
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	107										ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000176171	ENSGT00500000044939	ENSGT00390000005159	ENSGT00940000156444	ENSGT00940000155861.C	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000158239.b
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	293									ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163494.a.b.g.b	ENSGT00940000159232	ENSGT00940000156190
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000159232	ENSGT00940000156190	ENSGT00390000004840	ENSGT00960000187202
Theria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272	ENSGT00940000158720	ENSGT00940000159232	ENSGT00940000156190
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000163272	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT01090000260046	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Primates	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00910000147537	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.a #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000147537	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.a #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b.c	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2758	RAPH1 (ENSRROG00000010278) #7	ENSRROG00000006311 #8	ENSRROG00000034411 #9	CD28 (ENSRROG00000043826) #10	ENSRROG00000034095 #11	CTLA4 (ENSRROG00000028565) #12	ICOS (ENSRROG00000038288) #13	PARD3B (ENSRROG00000013717) #14	NRP2 (ENSRROG00000040911) #15	INO80D (ENSRROG00000003571) #16	NDUFS1 (ENSRROG00000033953) #17	ENSRROG00000041925 #18	CMKLR2 (ENSRROG00000015659) #19	ENSRROG00000038360 #20	ZDBF2 (ENSRROG00000032109) #21	ADAM23 (ENSRROG00000036437) #22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1164									PARD3B (ENSRBIG00000039853) #14	NRP2 (ENSRBIG00000035417) #15	INO80D (ENSRBIG00000044868) #16	NDUFS1 (ENSRBIG00000020611) #17	ENSRBIG00000040112 #18	ENSRBIG00000031452 #20	ZDBF2 (ENSRBIG00000033928) #21	ADAM23 (ENSRBIG00000032092) #22	FAM237A (ENSRBIG00000033114)	DYTN (ENSRBIG00000028505)	ENSRBIG00000025761	FASTKD2 (ENSRBIG00000039778)	CPO (ENSRBIG00000037719)	KLF7 (ENSRBIG00000040855)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.a #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00910000147537	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	1	CYP20A1 (ENSCSAG00000010341)	ABI2 (ENSCSAG00000010327)	RAPH1 (ENSCSAG00000010318) #7	CD28 (ENSCSAG00000010308) #10	ENSCSAG00000010293 #11	CTLA4 (ENSCSAG00000010288) #12	ICOS (ENSCSAG00000010281) #13	PARD3B (ENSCSAG00000010270) #14	NRP2 (ENSCSAG00000010258) #15	INO80D (ENSCSAG00000010251) #16	NDUFS1 (ENSCSAG00000010247) #17	ENSCSAG00000010238 ##18	CMKLR2 (ENSCSAG00000018769) #19	ZDBF2 (ENSCSAG00000010233) #21	ENSCSAG00000010220	ADAM23 (ENSCSAG00000010198) #22	DYTN (ENSCSAG00000010181)	MDH1B (ENSCSAG00000010163)	FASTKD2 (ENSCSAG00000010158)	CPO (ENSCSAG00000010143)	KLF7 (ENSCSAG00000010117)	CREB1 (ENSCSAG00000010111)	METTL21A (ENSCSAG00000010107)	CCNYL1 (ENSCSAG00000010093)	FZD5 (ENSCSAG00000018771)	PLEKHM3 (ENSCSAG00000010071)	CRYGD (ENSCSAG00000010066)	CRYGC (ENSCSAG00000010063)	CRYGB (ENSCSAG00000010058)	CRYGA (ENSCSAG00000010050)	C2orf80 (ENSCSAG00000010044)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.a #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00950000182810.A.a.a.lb.d	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00910000147537	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552.b #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00950000182810.A.a.a.lb.d	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00910000147537	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552.b #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000147537	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Rhesus	MODERN SPECIES	3	ABI2 (ENSMMUG00000000312)	RAPH1 (ENSMMUG00000000314) #7	CD28 (ENSMMUG00000057214) #10	CTLA4 (ENSMMUG00000015903) #12	ICOS (ENSMMUG00000002648) #13	ENSMMUG00000052080	PARD3B (ENSMMUG00000014814) #14	ENSMMUG00000055410	NRP2 (ENSMMUG00000020052) #15	INO80D (ENSMMUG00000001053) #16	ENSMMUG00000054550	NDUFS1 (ENSMMUG00000016788) #17	EEF1B2 (ENSMMUG00000001054) #18	CMKLR2 (ENSMMUG00000008334) #19	ZDBF2 (ENSMMUG00000031276) #21	ADAM23 (ENSMMUG00000011641) #22	FAM237A (ENSMMUG00000052987)	DYTN (ENSMMUG00000048288)	MDH1B (ENSMMUG00000017734)	FASTKD2 (ENSMMUG00000017735)	CPO (ENSMMUG00000063052)	ENSMMUG00000051957	KLF7 (ENSMMUG00000000190)	CREB1 (ENSMMUG00000022601)	METTL21A (ENSMMUG00000022602)	CCNYL1 (ENSMMUG00000020211)	FZD5 (ENSMMUG00000057651)	PLEKHM3 (ENSMMUG00000008113)	ENSMMUG00000060339	ENSMMUG00000059636	ENSMMUG00000045625
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	3	ENSMFAG00000048556	ABI2 (ENSMFAG00000031286)	ENSMFAG00000003148 #7	ENSMFAG00000062324 #7	CD28 (ENSMFAG00000003864) #10	CTLA4 (ENSMFAG00000004047) #12	ICOS (ENSMFAG00000053159) #13	PARD3B (ENSMFAG00000043904) #14	NRP2 (ENSMFAG00000038385) #15	ENSMFAG00000053377	INO80D (ENSMFAG00000001629) #16	NDUFS1 (ENSMFAG00000039201) #17	ENSMFAG00000038364 #18	CMKLR2 (ENSMFAG00000013528) #19	ZDBF2 (ENSMFAG00000044616) #21	ADAM23 (ENSMFAG00000030094) #22	FAM237A (ENSMFAG00000031105)	DYTN (ENSMFAG00000044098)	MDH1B (ENSMFAG00000035811)	ENSMFAG00000049460	FASTKD2 (ENSMFAG00000033471)	CPO (ENSMFAG00000062349)	KLF7 (ENSMFAG00000039083)	ENSMFAG00000041805	CREB1 (ENSMFAG00000039629)	CCNYL1 (ENSMFAG00000001361)	ENSMFAG00000009381	PLEKHM3 (ENSMFAG00000033450)	ENSMFAG00000064501	ENSMFAG00000065752	CRYGD (ENSMFAG00000052291)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	409	ABI2 (ENSMNEG00000028519)	RAPH1 (ENSMNEG00000030823) #7	ENSMNEG00000036304 #9	CD28 (ENSMNEG00000033642) #10	ENSMNEG00000030427 #11	CTLA4 (ENSMNEG00000043834) #12	ICOS (ENSMNEG00000029598) #13	PARD3B (ENSMNEG00000040103) #14	ENSMNEG00000031020	NRP2 (ENSMNEG00000039082) #15	INO80D (ENSMNEG00000032459) #16	NDUFS1 (ENSMNEG00000032822) #17	ENSMNEG00000030060 #18	ZDBF2 (ENSMNEG00000031863) #21	ENSMNEG00000028225	ADAM23 (ENSMNEG00000027959) #22	FAM237A (ENSMNEG00000032870)	DYTN (ENSMNEG00000038040)	MDH1B (ENSMNEG00000043559)	FASTKD2 (ENSMNEG00000043091)	CPO (ENSMNEG00000008835)	KLF7 (ENSMNEG00000027996)	CREB1 (ENSMNEG00000030274)	METTL21A (ENSMNEG00000034465)	CCNYL1 (ENSMNEG00000035559)	FZD5 (ENSMNEG00000024425)	ENSMNEG00000045370	ENSMNEG00000028169	ENSMNEG00000044317	PLEKHM3 (ENSMNEG00000044217)	ENSMNEG00000037076
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00950000182810.A.a.a.lb.d	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00950000182810.A.a.a.lb.d	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Drill	MODERN SPECIES	1118											ENSMLEG00000011609 #17	ENSMLEG00000036475 #18	CMKLR2 (ENSMLEG00000027347) #19	ZDBF2 (ENSMLEG00000026949) #21	ENSMLEG00000039767	ADAM23 (ENSMLEG00000028493) #22	FAM237A (ENSMLEG00000037673)	DYTN (ENSMLEG00000040225)	MDH1B (ENSMLEG00000030914)	FASTKD2 (ENSMLEG00000030777)	CPO (ENSMLEG00000034929)	KLF7 (ENSMLEG00000003421)	CREB1 (ENSMLEG00000033904)	METTL21A (ENSMLEG00000028195)	CCNYL1 (ENSMLEG00000041254)	ENSMLEG00000039230	ENSMLEG00000039137	PLEKHM3 (ENSMLEG00000029115)	ENSMLEG00000040026	CRYGD (ENSMLEG00000027151)	CRYGC (ENSMLEG00000044264)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	570	NBEAL1 (ENSCATG00000036478)	CYP20A1 (ENSCATG00000034415)	ABI2 (ENSCATG00000038300)	RAPH1 (ENSCATG00000044686) #7	ENSCATG00000043923 #9	CD28 (ENSCATG00000043017) #10	CTLA4 (ENSCATG00000036235) #12	ICOS (ENSCATG00000043591) #13	PARD3B (ENSCATG00000022284) #14	NRP2 (ENSCATG00000032051) #15	INO80D (ENSCATG00000044654) #16	NDUFS1 (ENSCATG00000037259) #17	ENSCATG00000037736 #18	ZDBF2 (ENSCATG00000037091) #21	ENSCATG00000037624	ADAM23 (ENSCATG00000043626) #22	FAM237A (ENSCATG00000036777)	DYTN (ENSCATG00000035275)	MDH1B (ENSCATG00000035467)	FASTKD2 (ENSCATG00000038647)	CPO (ENSCATG00000043384)	KLF7 (ENSCATG00000041615)	CREB1 (ENSCATG00000037133)	METTL21A (ENSCATG00000041598)	CCNYL1 (ENSCATG00000037115)	FZD5 (ENSCATG00000004406)	ENSCATG00000036323	PLEKHM3 (ENSCATG00000036070)	ENSCATG00000036671	CRYGD (ENSCATG00000037915)	CRYGC (ENSCATG00000036220)
Olive baboon	MODERN SPECIES	1	CYP20A1 (ENSPANG00000002439)	ABI2 (ENSPANG00000023238)	RAPH1 (ENSPANG00000018186) #7	CD28 (ENSPANG00000011488) #10	CTLA4 (ENSPANG00000007100) #12	ICOS (ENSPANG00000010251) #13	ENSPANG00000042490	PARD3B (ENSPANG00000017315) #14	NRP2 (ENSPANG00000011487) #15	INO80D (ENSPANG00000005753) #16	NDUFS1 (ENSPANG00000019101) #17	ENSPANG00000011248 #18	CMKLR2 (ENSPANG00000007301) #19	ZDBF2 (ENSPANG00000023236) #21	ENSPANG00000032033	ADAM23 (ENSPANG00000025872) #22	FAM237A (ENSPANG00000032174)	DYTN (ENSPANG00000011028)	MDH1B (ENSPANG00000022792)	ENSPANG00000043039	FASTKD2 (ENSPANG00000012835)	CPO (ENSPANG00000005004)	KLF7 (ENSPANG00000005240)	CREB1 (ENSPANG00000009083)	METTL21A (ENSPANG00000024440)	ENSPANG00000047863	ENSPANG00000050559	CCNYL1 (ENSPANG00000011206)	FZD5 (ENSPANG00000004676)	ENSPANG00000050051	ENSPANG00000049745
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.d #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.b ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00910000147537	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.d #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.b ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000147537	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.d #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.b.a.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00950000182985.b.b.i.b.d.a	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000147537	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.d #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.b.a.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00950000182985.b.b.i.b.d.a	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000147537	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b
Pan	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.d #11	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.b.a.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00390000015060.n #20	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.b	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00950000182985.b.b.i.b.d.a	ENSGT00940000154453.b.a.b.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000147537	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b
Bonobo	MODERN SPECIES	15	CYP20A1 (ENSPPAG00000040724)	ABI2 (ENSPPAG00000030582)	RAPH1 (ENSPPAG00000024317) #7	ENSPPAG00000032675 #9	CD28 (ENSPPAG00000034998) #10	CTLA4 (ENSPPAG00000041661) #12	ICOS (ENSPPAG00000037117) #13	PARD3B (ENSPPAG00000033958) #14	NRP2 (ENSPPAG00000041062) #15	ENSPPAG00000040957	INO80D (ENSPPAG00000017120) #16	NDUFS1 (ENSPPAG00000032284) #17	ENSPPAG00000033754 ##18	ENSPPAG00000031391 #20	ZDBF2 (ENSPPAG00000038901) #21	ADAM23 (ENSPPAG00000030147) #22	FAM237A (ENSPPAG00000028915)	DYTN (ENSPPAG00000008787)	ENSPPAG00000031338	FASTKD2 (ENSPPAG00000021300)	CPO (ENSPPAG00000033230)	KLF7 (ENSPPAG00000035305)	CREB1 (ENSPPAG00000042817)	METTL21A (ENSPPAG00000041715)	ENSPPAG00000010296	ENSPPAG00000029502	CCNYL1 (ENSPPAG00000034051)	FZD5 (ENSPPAG00000000897)	ENSPPAG00000004988	ENSPPAG00000034737	PLEKHM3 (ENSPPAG00000028938)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	15	ABI2 (ENSPTRG00000012830)	RAPH1 (ENSPTRG00000012831) #7	ENSPTRG00000043246 #9	CD28 (ENSPTRG00000012833) #10	ENSPTRG00000051964 #11	CTLA4 (ENSPTRG00000044793) #12	ICOS (ENSPTRG00000012837) #13	PARD3B (ENSPTRG00000012838) #14	NRP2 (ENSPTRG00000012839) #15	INO80D (ENSPTRG00000012841) #16	NDUFS1 (ENSPTRG00000012842) #17	EEF1B2 (ENSPTRG00000049619) ##18	CMKLR2 (ENSPTRG00000012844) #19	ENSPTRG00000052002 #20	ZDBF2 (ENSPTRG00000029052) #21	ADAM23 (ENSPTRG00000012846) #22	FAM237A (ENSPTRG00000045763)	DYTN (ENSPTRG00000042355)	MDH1B (ENSPTRG00000012847)	FASTKD2 (ENSPTRG00000012848)	CPO (ENSPTRG00000012849)	KLF7 (ENSPTRG00000012850)	CREB1 (ENSPTRG00000043959)	METTL21A (ENSPTRG00000012852)	ENSPTRG00000045370	CCNYL1 (ENSPTRG00000012853)	FZD5 (ENSPTRG00000012855)	ENSPTRG00000049925	ENSPTRG00000043594	PLEKHM3 (ENSPTRG00000012857)	ENSPTRG00000049376
Human	MODERN SPECIES	11	CARF (ENSG00000138380)	NBEAL1 (ENSG00000144426)	CYP20A1 (ENSG00000119004)	ABI2 (ENSG00000138443)	RAPH1 (ENSG00000173166) #7	CD28 (ENSG00000178562) #10	CTLA4 (ENSG00000163599) #12	ICOS (ENSG00000163600) #13	PARD3B (ENSG00000116117) #14	NRP2 (ENSG00000118257) #15	INO80D (ENSG00000114933) #16	NDUFS1 (ENSG00000023228) #17	EEF1B2 (ENSG00000114942) ##18	CMKLR2 (ENSG00000183671) #19	ZDBF2 (ENSG00000204186) #21	ADAM23 (ENSG00000114948) #22	FAM237A (ENSG00000235118)	DYTN (ENSG00000232125)	MDH1B (ENSG00000138400)	FASTKD2 (ENSG00000118246)	CPO (ENSG00000144410)	KLF7 (ENSG00000118263)	CREB1 (ENSG00000118260)	METTL21A (ENSG00000144401)	CCNYL1 (ENSG00000163249)	FZD5 (ENSG00000163251)	PLEKHM3 (ENSG00000178385)	CRYGD (ENSG00000118231)	CRYGC (ENSG00000163254)	CRYGB (ENSG00000182187)	CRYGA (ENSG00000168582)
Gorilla	MODERN SPECIES	15	ABI2 (ENSGGOG00000016384)	RAPH1 (ENSGGOG00000016399) #7	ENSGGOG00000023735 #9	CD28 (ENSGGOG00000041735) #10	ENSGGOG00000039900 #11	CTLA4 (ENSGGOG00000007961) #12	ICOS (ENSGGOG00000014097) #13	PARD3B (ENSGGOG00000034911) #14	NRP2 (ENSGGOG00000009537) #15	INO80D (ENSGGOG00000015570) #16	NDUFS1 (ENSGGOG00000001513) #17	EEF1B2 (ENSGGOG00000007002) ##18	ENSGGOG00000042195 #20	ZDBF2 (ENSGGOG00000023142) #21	ENSGGOG00000024971	ADAM23 (ENSGGOG00000012509) #22	FAM237A (ENSGGOG00000037017)	DYTN (ENSGGOG00000027242)	MDH1B (ENSGGOG00000002059)	FASTKD2 (ENSGGOG00000002062)	CPO (ENSGGOG00000016053)	KLF7 (ENSGGOG00000009338)	CREB1 (ENSGGOG00000024394)	METTL21A (ENSGGOG00000015815)	ENSGGOG00000022138	CCNYL1 (ENSGGOG00000039803)	FZD5 (ENSGGOG00000042758)	ENSGGOG00000043005	PLEKHM3 (ENSGGOG00000000998)	ENSGGOG00000040001	CRYGD (ENSGGOG00000027001)
Orangutan	MODERN SPECIES	15	NBEAL1 (ENSPPYG00000013092)	CYP20A1 (ENSPPYG00000013093)	ABI2 (ENSPPYG00000013094)	RAPH1 (ENSPPYG00000013096) #7	CD28 (ENSPPYG00000039922) #10	CTLA4 (ENSPPYG00000036623) #12	ICOS (ENSPPYG00000013100) #13	PARD3B (ENSPPYG00000013101) #14	NRP2 (ENSPPYG00000013102) #15	INO80D (ENSPPYG00000013104) #16	ENSPPYG00000038957	NDUFS1 (ENSPPYG00000013106) #17	EEF1B2 (ENSPPYG00000013107) ##18	CMKLR2 (ENSPPYG00000013108) #19	ZDBF2 (ENSPPYG00000013109) #21	ADAM23 (ENSPPYG00000013110) #22	FAM237A (ENSPPYG00000036282)	DYTN (ENSPPYG00000031262)	MDH1B (ENSPPYG00000013111)	FASTKD2 (ENSPPYG00000013112)	CPO (ENSPPYG00000013113)	KLF7 (ENSPPYG00000013114)	CREB1 (ENSPPYG00000013115)	METTL21A (ENSPPYG00000013116)	CCNYL1 (ENSPPYG00000013118)	FZD5 (ENSPPYG00000013119)	ENSPPYG00000013120	PLEKHM3 (ENSPPYG00000013121)	ENSPPYG00000040257	CRYGC (ENSPPYG00000035452)	CRYGB (ENSPPYG00000013386)
Gibbon	MODERN SPECIES	14	RAPH1 (ENSNLEG00000007048) #7	ENSNLEG00000030127	ENSNLEG00000035533 #9	ENSNLEG00000029125	CD28 (ENSNLEG00000007057) #10	CTLA4 (ENSNLEG00000007059) #12	ICOS (ENSNLEG00000007065) #13	ENSNLEG00000007066 #14	ENSNLEG00000036209 #14	NRP2 (ENSNLEG00000007071) #15	INO80D (ENSNLEG00000032256) #16	NDUFS1 (ENSNLEG00000007090) #17	ENSNLEG00000007098 ##18	ENSNLEG00000033131	ZDBF2 (ENSNLEG00000007100) #21	ADAM23 (ENSNLEG00000007102) #22	FAM237A (ENSNLEG00000007112)	DYTN (ENSNLEG00000007113)	MDH1B (ENSNLEG00000007114)	FASTKD2 (ENSNLEG00000007116)	CPO (ENSNLEG00000007121)	KLF7 (ENSNLEG00000035258)	CREB1 (ENSNLEG00000007124)	METTL21A (ENSNLEG00000007129)	CCNYL1 (ENSNLEG00000007131)	FZD5 (ENSNLEG00000029167)	ENSNLEG00000035287	ENSNLEG00000031847	ENSNLEG00000032494	PLEKHM3 (ENSNLEG00000007136)	ENSNLEG00000035688
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000000685.o.b.a	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00390000001455.`b.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.a	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249.c	ENSGT00940000157249.d	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b
Mas night monkey	MODERN SPECIES	357	CYP20A1 (ENSANAG00000026608)	ABI2 (ENSANAG00000037183)	RAPH1 (ENSANAG00000037926) #7	CD28 (ENSANAG00000027528) #10	CTLA4 (ENSANAG00000027709) #12	ICOS (ENSANAG00000027294) #13	ENSANAG00000037162	ENSANAG00000037079	PARD3B (ENSANAG00000024698) #14	NRP2 (ENSANAG00000033490) #15	ENSANAG00000037758	INO80D (ENSANAG00000029568) #16	NDUFS1 (ENSANAG00000020079) #17	ENSANAG00000024356 ##18	ZDBF2 (ENSANAG00000020305) #21	ADAM23 (ENSANAG00000035087) #22	FAM237A (ENSANAG00000024386)	DYTN (ENSANAG00000031986)	MDH1B (ENSANAG00000008683)	FASTKD2 (ENSANAG00000034550)	CPO (ENSANAG00000023194)	KLF7 (ENSANAG00000036279)	CREB1 (ENSANAG00000025888)	ENSANAG00000020586	CCNYL1 (ENSANAG00000020995)	FZD5 (ENSANAG00000014539)	PLEKHM3 (ENSANAG00000028108)	ENSANAG00000009967	CRYGD (ENSANAG00000036850)	CRYGC (ENSANAG00000035987)	CRYGB (ENSANAG00000001941)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00390000001455.`b.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b.b ##18	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.a	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249.c	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Marmoset	MODERN SPECIES	18	RAPH1 (ENSCJAG00000005339) #7	CD28 (ENSCJAG00000042321) #10	CTLA4 (ENSCJAG00000005495) #12	ICOS (ENSCJAG00000005516) #13	PARD3B (ENSCJAG00000005521) #14	ENSCJAG00000076910	NRP2 (ENSCJAG00000005577) #15	ENSCJAG00000045767	INO80D (ENSCJAG00000005682) #16	NDUFS1 (ENSCJAG00000005725) #17	ENSCJAG00000005805 ##18	CMKLR2 (ENSCJAG00000077852) #19	ENSCJAG00000079037	ENSCJAG00000085853	ZDBF2 (ENSCJAG00000005812) #21	ADAM23 (ENSCJAG00000005821) #22	DYTN (ENSCJAG00000005926)	MDH1B (ENSCJAG00000005953)	FASTKD2 (ENSCJAG00000005971)	ENSCJAG00000073541	CPO (ENSCJAG00000005991)	ENSCJAG00000006023	CREB1 (ENSCJAG00000006039)	ENSCJAG00000086572	METTL21A (ENSCJAG00000006072)	CCNYL1 (ENSCJAG00000002901)	FZD5 (ENSCJAG00000022490)	PLEKHM3 (ENSCJAG00000002896)	ENSCJAG00000073032	ENSCJAG00000080445	ENSCJAG00000077681
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000000685.o.b.a	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00390000001455.`b.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b.a ##18	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b.b ##18	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235.g.a	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249.c	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00910000146869	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	56	CYP20A1 (ENSSBOG00000025384)	ABI2 (ENSSBOG00000031443)	RAPH1 (ENSSBOG00000036069) #7	ENSSBOG00000030839 #9	CD28 (ENSSBOG00000032327) #10	ENSSBOG00000030167	CTLA4 (ENSSBOG00000034817) #12	ICOS (ENSSBOG00000000744) #13	PARD3B (ENSSBOG00000029267) #14	NRP2 (ENSSBOG00000035290) #15	ENSSBOG00000034794	INO80D (ENSSBOG00000020878) #16	NDUFS1 (ENSSBOG00000028426) #17	ENSSBOG00000036258 ##18	ZDBF2 (ENSSBOG00000011111) #21	ADAM23 (ENSSBOG00000001918) #22	FAM237A (ENSSBOG00000033809)	DYTN (ENSSBOG00000026100)	MDH1B (ENSSBOG00000029880)	FASTKD2 (ENSSBOG00000029513)	CPO (ENSSBOG00000030310)	ENSSBOG00000027628	ENSSBOG00000018885	CREB1 (ENSSBOG00000034085)	ENSSBOG00000033378	CCNYL1 (ENSSBOG00000034567)	ENSSBOG00000031757	PLEKHM3 (ENSSBOG00000027559)	ENSSBOG00000020159	CRYGC (ENSSBOG00000026600)	CRYGB (ENSSBOG00000023184)
Capuchin	MODERN SPECIES	101	ABI2 (ENSCCAG00000027705)	RAPH1 (ENSCCAG00000029188) #7	ENSCCAG00000031812	CD28 (ENSCCAG00000035864) #10	CTLA4 (ENSCCAG00000029978) #12	ICOS (ENSCCAG00000019210) #13	PARD3B (ENSCCAG00000034949) #14	NRP2 (ENSCCAG00000026361) #15	ENSCCAG00000029458	LSM5 (ENSCCAG00000032792)	INO80D (ENSCCAG00000028441) #16	NDUFS1 (ENSCCAG00000021875) #17	ENSCCAG00000033644 ##18	ENSCCAG00000029547	ZDBF2 (ENSCCAG00000026606) #21	ADAM23 (ENSCCAG00000031476) #22	FAM237A (ENSCCAG00000025434)	DYTN (ENSCCAG00000036386)
Tarsier	MODERN SPECIES	3332																ADAM23 (ENSTSYG00000010297) #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Bushbaby	MODERN SPECIES	128	CYP20A1 (ENSOGAG00000015164)	ENSOGAG00000033059	ABI2 (ENSOGAG00000011602)	RAPH1 (ENSOGAG00000015099) #7	CD28 (ENSOGAG00000012567) #10	CTLA4 (ENSOGAG00000002578) #12	PARD3B (ENSOGAG00000007396) #14	NRP2 (ENSOGAG00000007405) #15	INO80D (ENSOGAG00000005756) #16	NDUFS1 (ENSOGAG00000011226) #17	EEF1B2 (ENSOGAG00000011229) ##18	CMKLR2 (ENSOGAG00000011232) #19	ENSOGAG00000031172	ZDBF2 (ENSOGAG00000016996) #21	ENSOGAG00000031644	ADAM23 (ENSOGAG00000016997) #22	DYTN (ENSOGAG00000027434)	MDH1B (ENSOGAG00000017006)	FASTKD2 (ENSOGAG00000017008)	CPO (ENSOGAG00000017012)	KLF7 (ENSOGAG00000017014)	CREB1 (ENSOGAG00000007121)	METTL21A (ENSOGAG00000007128)	ENSOGAG00000003673	FZD5 (ENSOGAG00000003677)	PLEKHM3 (ENSOGAG00000003678)	ENSOGAG00000031869	ENSOGAG00000031316	CRYGD (ENSOGAG00000025720)	CRYGC (ENSOGAG00000014846)	ENSOGAG00000014842
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Mouse lemur	MODERN SPECIES	30	ENSMICG00000026752	NBEAL1 (ENSMICG00000003736)	CYP20A1 (ENSMICG00000010806)	ABI2 (ENSMICG00000048062)	RAPH1 (ENSMICG00000001085) #7	CD28 (ENSMICG00000044645) #10	CTLA4 (ENSMICG00000032206) #12	ICOS (ENSMICG00000037046) #13	PARD3B (ENSMICG00000009358) #14	NRP2 (ENSMICG00000009376) #15	ENSMICG00000044290	INO80D (ENSMICG00000010590) #16	NDUFS1 (ENSMICG00000010601) #17	EEF1B2 (ENSMICG00000047922) ##18	ZDBF2 (ENSMICG00000044925) #21	ADAM23 (ENSMICG00000009477) #22	FAM237A (ENSMICG00000044768)	DYTN (ENSMICG00000027944)	MDH1B (ENSMICG00000009487)	FASTKD2 (ENSMICG00000026515)	CPO (ENSMICG00000015370)	KLF7 (ENSMICG00000037405)	CREB1 (ENSMICG00000009731)	METTL21A (ENSMICG00000009739)	ENSMICG00000009744	FZD5 (ENSMICG00000044967)	PLEKHM3 (ENSMICG00000009771)	ENSMICG00000045926	CRYGD (ENSMICG00000043795)	CRYGC (ENSMICG00000037493)	ENSMICG00000033287
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	72														ZDBF2 (ENSPSMG00000007318) #21	ENSPSMG00000007324	ADAM23 (ENSPSMG00000007400) #22	FAM237A (ENSPSMG00000007448)	DYTN (ENSPSMG00000007453)	MDH1B (ENSPSMG00000007477)	FASTKD2 (ENSPSMG00000007493)	CPO (ENSPSMG00000007503)	KLF7 (ENSPSMG00000007540)	METTL21A (ENSPSMG00000007593)	ENSPSMG00000007649	FZD5 (ENSPSMG00000007673)	ENSPSMG00000007677	PLEKHM3 (ENSPSMG00000007709)	ENSPSMG00000007717	CRYGD (ENSPSMG00000007725)	CRYGC (ENSPSMG00000007741)	ENSPSMG00000007746
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	847									PARD3B (ENSPCOG00000018611) #14	NRP2 (ENSPCOG00000020112) #15	INO80D (ENSPCOG00000024934) #16	ENSPCOG00000018961 #17	EEF1B2 (ENSPCOG00000016289) ##18	ENSPCOG00000013632	ZDBF2 (ENSPCOG00000019226) #21	ADAM23 (ENSPCOG00000023473) #22	FAM237A (ENSPCOG00000018015)	DYTN (ENSPCOG00000020018)	MDH1B (ENSPCOG00000017083)	FASTKD2 (ENSPCOG00000028714)	CPO (ENSPCOG00000028646)	KLF7 (ENSPCOG00000018231)	CREB1 (ENSPCOG00000021255)	METTL21A (ENSPCOG00000018442)	ENSPCOG00000013286	FZD5 (ENSPCOG00000011393)	PLEKHM3 (ENSPCOG00000024736)	ENSPCOG00000017843	CRYGC (ENSPCOG00000004093)	ENSPCOG00000022043	CRYGA (ENSPCOG00000028701)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Tree shrew	MODERN SPECIES	580																ADAM23 (ENSTBEG00000009883) #22	ENSTBEG00000010847
Glires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155041.ob	ENSGT00940000155041.nb	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000158720.d	ENSGT00940000156190.h	ENSGT00390000004840	ENSGT00390000012547.b
Rabbit	MODERN SPECIES	18	CYP20A1 (ENSOCUG00000008054)	ENSOCUG00000008062	ENSOCUG00000016722 #7	CD28 (ENSOCUG00000016134) #10	ENSOCUG00000030918	CTLA4 (ENSOCUG00000017274) #12	ICOS (ENSOCUG00000001858) #13	PARD3B (ENSOCUG00000007959) #14	NRP2 (ENSOCUG00000007978) #15	INO80D (ENSOCUG00000014786) #16	ENSOCUG00000009848 ##18	NDUFS1 (ENSOCUG00000012368) #17	CMKLR2 (ENSOCUG00000012384) #19	ENSOCUG00000024602	ENSOCUG00000009421 #21	ADAM23 (ENSOCUG00000010659) #22	DYTN (ENSOCUG00000021490)	MDH1B (ENSOCUG00000010506)	ENSOCUG00000010515	CPO (ENSOCUG00000009806)	KLF7 (ENSOCUG00000009813)	ENSOCUG00000027419	CREB1 (ENSOCUG00000005427)	ENSOCUG00000005431	ENSOCUG00000015013	FZD5 (ENSOCUG00000027916)	ENSOCUG00000036167	PLEKHM3 (ENSOCUG00000015383)	CRYGD (ENSOCUG00000029414)	CRYGA (ENSOCUG00000010973)	C2orf80 (ENSOCUG00000010976)
Pika	MODERN SPECIES	4573															ENSOPRG00000002455 #21	ADAM23 (ENSOPRG00000002473) #22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	ENSSVLG00005000686	ENSSVLG00005000784	NBEAL1 (ENSSVLG00005000853)	CYP20A1 (ENSSVLG00005000970)	ABI2 (ENSSVLG00005001071)	CD28 (ENSSVLG00005001473) #10	CTLA4 (ENSSVLG00005001529) #12	ICOS (ENSSVLG00005001570) #13	PARD3B (ENSSVLG00005001789) #14	NRP2 (ENSSVLG00005002141) #15	INO80D (ENSSVLG00005002283) #16	ENSSVLG00005002396 #17	ENSSVLG00005002606 ##18	CMKLR2 (ENSSVLG00005002631) #19	ENSSVLG00005002653 #21	ADAM23 (ENSSVLG00005002721) #22	FAM237A (ENSSVLG00005002854)	DYTN (ENSSVLG00005002873)	MDH1B (ENSSVLG00005002924)	FASTKD2 (ENSSVLG00005002985)	CPO (ENSSVLG00005003015)	KLF7 (ENSSVLG00005003049)	CREB1 (ENSSVLG00005003093)	METTL21A (ENSSVLG00005003134)	ENSSVLG00005003181	FZD5 (ENSSVLG00005003258)	PLEKHM3 (ENSSVLG00005003272)	ENSSVLG00005003291	ENSSVLG00005003302	CRYGD (ENSSVLG00005003312)	CRYGC (ENSSVLG00005003325)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.g ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00940000156190.h
Alpin marmot	MODERN SPECIES	8	NBEAL1 (ENSMMMG00000013229)	CYP20A1 (ENSMMMG00000013312)	ABI2 (ENSMMMG00000013329)	ENSMMMG00000013568 #7	CD28 (ENSMMMG00000013599) #10	CTLA4 (ENSMMMG00000013609) #12	ICOS (ENSMMMG00000013624) #13	PARD3B (ENSMMMG00000013680) #14	ENSMMMG00000013911	NRP2 (ENSMMMG00000013924) #15	INO80D (ENSMMMG00000014555) #16	NDUFS1 (ENSMMMG00000014566) #17	ENSMMMG00000014596 ##18	CMKLR2 (ENSMMMG00000014632) #19	ZDBF2 (ENSMMMG00000014650) #21	ADAM23 (ENSMMMG00000014678) #22	FAM237A (ENSMMMG00000014819)	DYTN (ENSMMMG00000014828)	ENSMMMG00000014844	MDH1B (ENSMMMG00000014852)	FASTKD2 (ENSMMMG00000014857)	CPO (ENSMMMG00000014874)	KLF7 (ENSMMMG00000014897)	CREB1 (ENSMMMG00000014914)	METTL21A (ENSMMMG00000015010)	CCNYL1 (ENSMMMG00000015025)	ENSMMMG00000015050	PLEKHM3 (ENSMMMG00000015063)	ENSMMMG00000015075	CRYGC (ENSMMMG00000015089)	CRYGB (ENSMMMG00000015095)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.g ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.b
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	141		CYP20A1 (ENSUPAG00010007092)	ABI2 (ENSUPAG00010007107)	RAPH1 (ENSUPAG00010007232) #7	ENSUPAG00010007347	CD28 (ENSUPAG00010007360) #10	CTLA4 (ENSUPAG00010007371) #12	ICOS (ENSUPAG00010007386) #13	PARD3B (ENSUPAG00010007426) #14	NRP2 (ENSUPAG00010007567) #15	INO80D (ENSUPAG00010007624) #16	NDUFS1 (ENSUPAG00010007661) #17	EEF1B2 (ENSUPAG00010007678) ##18	CMKLR2 (ENSUPAG00010007707) #19	ZDBF2 (ENSUPAG00010007725) #21	ADAM23 (ENSUPAG00010007731) #22	FAM237A (ENSUPAG00010007856)	DYTN (ENSUPAG00010007862)	MDH1B (ENSUPAG00010007886)	FASTKD2 (ENSUPAG00010007916)	CPO (ENSUPAG00010007941)	KLF7 (ENSUPAG00010007967)	CREB1 (ENSUPAG00010007984)	METTL21A (ENSUPAG00010008009)	CCNYL1 (ENSUPAG00010008021)	FZD5 (ENSUPAG00010008046)	PLEKHM3 (ENSUPAG00010008049)	ENSUPAG00010008065
Squirrel	MODERN SPECIES	231				ABI2 (ENSSTOG00000015888)	RAPH1 (ENSSTOG00000028594) #7	CD28 (ENSSTOG00000026213) #10	CTLA4 (ENSSTOG00000020540) #12	ICOS (ENSSTOG00000013542) #13	PARD3B (ENSSTOG00000010207) #14	NRP2 (ENSSTOG00000010229) #15	INO80D (ENSSTOG00000028419) #16	NDUFS1 (ENSSTOG00000010255) #17	EEF1B2 (ENSSTOG00000005437) ##18	CMKLR2 (ENSSTOG00000005452) #19	ZDBF2 (ENSSTOG00000001663) #21	ADAM23 (ENSSTOG00000024094) #22	DYTN (ENSSTOG00000019822)	MDH1B (ENSSTOG00000003194)	FASTKD2 (ENSSTOG00000022821)	CPO (ENSSTOG00000013351)	KLF7 (ENSSTOG00000011069)	CREB1 (ENSSTOG00000016482)	METTL21A (ENSSTOG00000016483)	ENSSTOG00000021511	CCNYL1 (ENSSTOG00000016484)	FZD5 (ENSSTOG00000028314)	PLEKHM3 (ENSSTOG00000016489)	ENSSTOG00000034608
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g	ENSGT00940000156190.h	ENSGT00390000004840
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	17	CD28 (ENSHGLG00000037192) #10	CTLA4 (ENSHGLG00000009115) #12	ICOS (ENSHGLG00000008777) #13	ENSHGLG00000043313	ENSHGLG00000016877	ENSHGLG00000048100	PARD3B (ENSHGLG00000004982) #14	NRP2 (ENSHGLG00000010562) #15	ENSHGLG00000049876	INO80D (ENSHGLG00000018537) #16	NDUFS1 (ENSHGLG00000015179) #17	EEF1B2 (ENSHGLG00000015147) ##18	ENSHGLG00000045433	CMKLR2 (ENSHGLG00000046982) #19	ENSHGLG00000044712 #21	ADAM23 (ENSHGLG00000006393) #22	FAM237A (ENSHGLG00000030355)	ENSHGLG00000005368	MDH1B (ENSHGLG00000004936)	FASTKD2 (ENSHGLG00000004761)	ENSHGLG00000045814	KLF7 (ENSHGLG00000044157)	ENSHGLG00000017319	ENSHGLG00000047324	ENSHGLG00000011676	ENSHGLG00000010806	ENSHGLG00000007598	ENSHGLG00000035240	ENSHGLG00000048045	ENSHGLG00000044286	ENSHGLG00000034881
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g	ENSGT00940000156190.h	ENSGT00390000004840	ENSGT00390000012547.b.d	ENSGT00940000156307.b
Guinea pig	MODERN SPECIES	13	WDR12 (ENSCPOG00000008824)	CARF (ENSCPOG00000008827)	NBEAL1 (ENSCPOG00000008009)	CYP20A1 (ENSCPOG00000009758)	ABI2 (ENSCPOG00000007562)	RAPH1 (ENSCPOG00000020239) #7	CD28 (ENSCPOG00000035938) #10	CTLA4 (ENSCPOG00000019534) #12	ICOS (ENSCPOG00000030931) #13	ENSCPOG00000030358	PARD3B (ENSCPOG00000004380) #14	NRP2 (ENSCPOG00000004390) #15	ENSCPOG00000010964 #16	NDUFS1 (ENSCPOG00000005555) #17	EEF1B2 (ENSCPOG00000014496) ##18	ADAM23 (ENSCPOG00000005871) #22	MDH1B (ENSCPOG00000005608)	FASTKD2 (ENSCPOG00000005624)	KLF7 (ENSCPOG00000009080)	CREB1 (ENSCPOG00000010778)	METTL21A (ENSCPOG00000034803)	ENSCPOG00000035156	FZD5 (ENSCPOG00000038146)	PLEKHM3 (ENSCPOG00000004119)	CRYGC (ENSCPOG00000000186)	ENSCPOG00000022025	CRYGA (ENSCPOG00000015047)	C2orf80 (ENSCPOG00000015050)	IDH1 (ENSCPOG00000013587)	PIKFYVE (ENSCPOG00000003863)	PTH2R (ENSCPOG00000027198)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g	ENSGT00940000156190.h	ENSGT00390000004840	ENSGT00390000012547.b.d	ENSGT00940000156307.b
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	164	ENSCLAG00000006025	ENSCLAG00000004760	ABI2 (ENSCLAG00000004021)	ENSCLAG00000003175 #7	CD28 (ENSCLAG00000004670) #10	CTLA4 (ENSCLAG00000004042) #12	ICOS (ENSCLAG00000003964) #13	PARD3B (ENSCLAG00000010240) #14	NRP2 (ENSCLAG00000009120) #15	INO80D (ENSCLAG00000006191) #16	NDUFS1 (ENSCLAG00000009634) #17	EEF1B2 (ENSCLAG00000009181) ##18	CMKLR2 (ENSCLAG00000008973) #19	ENSCLAG00000008490	ATXN3L (ENSCLAG00000005825)	ADAM23 (ENSCLAG00000004674) #22	DYTN (ENSCLAG00000003705)	MDH1B (ENSCLAG00000003385)	FASTKD2 (ENSCLAG00000007036)	KLF7 (ENSCLAG00000006083)	CREB1 (ENSCLAG00000005853)	METTL21A (ENSCLAG00000005572)	ENSCLAG00000005432	ENSCLAG00000004502	FZD5 (ENSCLAG00000008821)	PLEKHM3 (ENSCLAG00000010825)	CRYGC (ENSCLAG00000010342)	ENSCLAG00000010298	CRYGA (ENSCLAG00000013039)	C2orf80 (ENSCLAG00000012137)	IDH1 (ENSCLAG00000013186)
Degu	MODERN SPECIES	57	ENSODEG00000013477 #7	CTLA4 (ENSODEG00000009327) #12	ENSODEG00000010295	ICOS (ENSODEG00000011327) #13	ENSODEG00000009131	ENSODEG00000010021	PARD3B (ENSODEG00000012523) #14	ENSODEG00000010455 #15	INO80D (ENSODEG00000009769) #16	ENSODEG00000019630	ENSODEG00000008842 #17	ENSODEG00000009030 #17	ENSODEG00000008974 #17	ENSODEG00000010229 ##18	ENSODEG00000019757	ADAM23 (ENSODEG00000011161) #22	DYTN (ENSODEG00000009029)	MDH1B (ENSODEG00000009494)	FASTKD2 (ENSODEG00000009880)	KLF7 (ENSODEG00000010345)	ENSODEG00000009956	ENSODEG00000009302	CREB1 (ENSODEG00000010264)	METTL21A (ENSODEG00000009859)	ENSODEG00000009393	FZD5 (ENSODEG00000019794)	PLEKHM3 (ENSODEG00000010028)	ENSODEG00000019703	ENSODEG00000019682	CRYGC (ENSODEG00000008672)	ENSODEG00000009966
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	320	Nbeal1 (ENSDORG00000015714)	Cyp20a1 (ENSDORG00000015715)	ENSDORG00000028647	Abi2 (ENSDORG00000028252)	ENSDORG00000007525 #7	Cd28 (ENSDORG00000013428) #10	Ctla4 (ENSDORG00000008556) #12	Icos (ENSDORG00000010237) #13	ENSDORG00000029364	Pard3b (ENSDORG00000014139) #14	ENSDORG00000029450 #15	Ino80d (ENSDORG00000027999) #16	ENSDORG00000025350 #17	ENSDORG00000023550 #17	Cmklr2 (ENSDORG00000013107) #19	Adam23 (ENSDORG00000015422) #22	Dytn (ENSDORG00000028814)	Mdh1b (ENSDORG00000011290)	Fastkd2 (ENSDORG00000011295)	Klf7 (ENSDORG00000009634)	Creb1 (ENSDORG00000012535)	Mettl21a (ENSDORG00000012543)	Ccnyl1 (ENSDORG00000009933)	Fzd5 (ENSDORG00000027490)	ENSDORG00000023690	Plekhm3 (ENSDORG00000029697)	ENSDORG00000027705	Crygd (ENSDORG00000003876)	Crygc (ENSDORG00000023173)	ENSDORG00000023215	Cryga (ENSDORG00000028587)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00940000156190.h
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00940000156190.h
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00940000156190.h
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g	ENSGT00940000156190.h
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	Carf (ENSCGRG00001016848)	Nbeal1 (ENSCGRG00001018313)	Cyp20a1 (ENSCGRG00001018508)	Abi2 (ENSCGRG00001017572)	Raph1 (ENSCGRG00001019075) #7	Cd28 (ENSCGRG00001021553) #10	Ctla4 (ENSCGRG00001017244) #12	Icos (ENSCGRG00001016804) #13	Pard3b (ENSCGRG00001023180) #14	Nrp2 (ENSCGRG00001001140) #15	Ino80d (ENSCGRG00001020225) #16	Ndufs1 (ENSCGRG00001018185) #17	Eef1b2 (ENSCGRG00001017503) ##18	Cmklr2 (ENSCGRG00001010463) #19	Zdbf2 (ENSCGRG00001018156) #21	Adam23 (ENSCGRG00001021362) #22	Gm39653 (ENSCGRG00001017288)	Dytn (ENSCGRG00001017611)	Mdh1b (ENSCGRG00001017642)	Fastkd2 (ENSCGRG00001020432)	Klf7 (ENSCGRG00001018794)	ENSCGRG00001018665	Creb1 (ENSCGRG00001018838)	Mettl21a (ENSCGRG00001017438)	Ccnyl1 (ENSCGRG00001017467)	Fzd5 (ENSCGRG00001010794)	Plekhm3 (ENSCGRG00001023068)	ENSCGRG00001020657	Crygd (ENSCGRG00001020195)	Crygc (ENSCGRG00001020149)	ENSCGRG00001020560
Golden Hamster	MODERN SPECIES	640	ENSMAUG00000007926	ENSMAUG00000001805	ENSMAUG00000007020	Abi2 (ENSMAUG00000016724)	ENSMAUG00000008616 #7	Cd28 (ENSMAUG00000020132) #10	Ctla4 (ENSMAUG00000017208) #12	Icos (ENSMAUG00000019187) #13	Pard3b (ENSMAUG00000019516) #14	Nrp2 (ENSMAUG00000020662) #15	Ino80d (ENSMAUG00000012087) #16	ENSMAUG00000017015 #17	Eef1b2 (ENSMAUG00000011478) ##18	Cmklr2 (ENSMAUG00000009931) #19	Zdbf2 (ENSMAUG00000017491) #21	Adam23 (ENSMAUG00000012410) #22	Dytn (ENSMAUG00000021422)	Mdh1b (ENSMAUG00000016431)	Fastkd2 (ENSMAUG00000009136)	Klf7 (ENSMAUG00000022037)	Creb1 (ENSMAUG00000018215)	Mettl21a (ENSMAUG00000020877)	Fzd5 (ENSMAUG00000022033)	Plekhm3 (ENSMAUG00000021638)	ENSMAUG00000022028	Crygd (ENSMAUG00000020101)	Crygc (ENSMAUG00000009964)	ENSMAUG00000022086	Cryga (ENSMAUG00000019430)	D630023F18Rik (ENSMAUG00000022108)	ENSMAUG00000001360
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.a	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00940000156190.h
Prairie vole	MODERN SPECIES	354	Fbxo36 (ENSMOCG00000015360)	Slc16a14 (ENSMOCG00000006969)	Nbeal1 (ENSMOCG00000015319)	Abi2 (ENSMOCG00000013762)	Raph1 (ENSMOCG00000016577) #7	Cd28 (ENSMOCG00000003240) #10	Ctla4 (ENSMOCG00000018484) #12	ENSMOCG00000017292	Icos (ENSMOCG00000008578) #13	Pard3b (ENSMOCG00000021107) #14	Nrp2 (ENSMOCG00000018160) #15	Ino80d (ENSMOCG00000022487) #16	Ndufs1 (ENSMOCG00000018918) #17	Eef1b2 (ENSMOCG00000004803) ##18	Zdbf2 (ENSMOCG00000021962) #21	Adam23 (ENSMOCG00000012227) #22	ENSMOCG00000001238	Dytn (ENSMOCG00000015652)	Mdh1b (ENSMOCG00000001314)	Fastkd2 (ENSMOCG00000019859)	ENSMOCG00000008631	Klf7 (ENSMOCG00000009593)	Creb1 (ENSMOCG00000002192)	Mettl21a (ENSMOCG00000017410)	Ccnyl1 (ENSMOCG00000016018)	Fzd5 (ENSMOCG00000013581)	Plekhm3 (ENSMOCG00000013149)	ENSMOCG00000018497	Crygd (ENSMOCG00000018181)	Crygc (ENSMOCG00000017760)	ENSMOCG00000015565
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	4	ENSPEMG00000028509	Nbeal1 (ENSPEMG00000029402)	Cyp20a1 (ENSPEMG00000023627)	Abi2 (ENSPEMG00000020443)	Raph1 (ENSPEMG00000022086) #7	Cd28 (ENSPEMG00000028537) #10	Ctla4 (ENSPEMG00000020722) #12	Icos (ENSPEMG00000015472) #13	Pard3b (ENSPEMG00000020745) #14	Nrp2 (ENSPEMG00000020944) #15	Ino80d (ENSPEMG00000020652) #16	Ndufs1 (ENSPEMG00000020453) #17	Eef1b2 (ENSPEMG00000016842) ##18	Cmklr2 (ENSPEMG00000000909) #19	Zdbf2 (ENSPEMG00000029531) #21	Adam23 (ENSPEMG00000020455) #22	Gm39653 (ENSPEMG00000029994)	Dytn (ENSPEMG00000020630)	Mdh1b (ENSPEMG00000012142)	Fastkd2 (ENSPEMG00000010593)	ENSPEMG00000029845	Klf7 (ENSPEMG00000028836)	Creb1 (ENSPEMG00000012416)	Mettl21a (ENSPEMG00000027520)	Ccnyl1 (ENSPEMG00000022762)	Fzd5 (ENSPEMG00000026977)	Plekhm3 (ENSPEMG00000009141)	ENSPEMG00000029603	Crygd (ENSPEMG00000031321)	Crygc (ENSPEMG00000027882)	Crygb (ENSPEMG00000011613)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00940000156190.h	ENSGT00390000004840
Mus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00860000135862	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000153677.u.b.b.a.a.b	ENSGT00940000163272.a.a.j	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00860000135862	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a.c	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000153677.u.b.b.a.a.b	ENSGT00940000163272.a.a.j	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES		Carf (MGP_CAROLIEiJ_G0014186)	Nbeal1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014187)	Cyp20a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014188)	Abi2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014189)	Raph1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014190) #7	Cd28 (MGP_CAROLIEiJ_G0014191) #10	Ctla4 (MGP_CAROLIEiJ_G0014192) #12	Icos (MGP_CAROLIEiJ_G0014193) #13	Pard3b (MGP_CAROLIEiJ_G0014194) #14	Nrp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014195) #15	Ino80d (MGP_CAROLIEiJ_G0014196) #16	Ndufs1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014197) #17	Eef1b2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014198) ##18	Cmklr2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014199) #19	Zdbf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014200) #21	Adam23 (MGP_CAROLIEiJ_G0014201) #22	Dytn (MGP_CAROLIEiJ_G0014202)	Mdh1b (MGP_CAROLIEiJ_G0014203)	Fastkd2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014204)	MGP_CAROLIEiJ_G0014205	Klf7 (MGP_CAROLIEiJ_G0014206)	Creb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014207)	Mettl21a (MGP_CAROLIEiJ_G0014208)	Ccnyl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014209)	Fzd5 (MGP_CAROLIEiJ_G0014210)	Plekhm3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014211)	Akr1cl (MGP_CAROLIEiJ_G0014212)	Cryge (MGP_CAROLIEiJ_G0014213)	Crygd (MGP_CAROLIEiJ_G0014214)	Crygc (MGP_CAROLIEiJ_G0014215)	Crygb (MGP_CAROLIEiJ_G0014216)
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089.l	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00860000135862	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a.c	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000153677.u.b.b.a.a.b	ENSGT00940000163272.a.a.j	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089.l	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00860000135862	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a.c	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000153677.u.b.b.a.a.b	ENSGT00940000163272.a.a.j	ENSGT00940000163272.a.b	ENSGT00940000159232.h.b
spretus	MODERN SPECIES		Carf (MGP_SPRETEiJ_G0014993)	Nbeal1 (MGP_SPRETEiJ_G0014994)	Cyp20a1 (MGP_SPRETEiJ_G0014995)	Abi2 (MGP_SPRETEiJ_G0014996)	Raph1 (MGP_SPRETEiJ_G0014997) #7	Cd28 (MGP_SPRETEiJ_G0014998) #10	Ctla4 (MGP_SPRETEiJ_G0014999) #12	Icos (MGP_SPRETEiJ_G0015000) #13	Pard3b (MGP_SPRETEiJ_G0015001) #14	Nrp2 (MGP_SPRETEiJ_G0015002) #15	Ino80d (MGP_SPRETEiJ_G0015003) #16	Ndufs1 (MGP_SPRETEiJ_G0015004) #17	Eef1b2 (MGP_SPRETEiJ_G0015005) ##18	Cmklr2 (MGP_SPRETEiJ_G0015006) #19	Zdbf2 (MGP_SPRETEiJ_G0015007) #21	Adam23 (MGP_SPRETEiJ_G0015008) #22	Dytn (MGP_SPRETEiJ_G0015009)	Mdh1b (MGP_SPRETEiJ_G0015010)	Fastkd2 (MGP_SPRETEiJ_G0015011)	MGP_SPRETEiJ_G0015012	Klf7 (MGP_SPRETEiJ_G0015013)	Creb1 (MGP_SPRETEiJ_G0015014)	Mettl21a (MGP_SPRETEiJ_G0015015)	Ccnyl1 (MGP_SPRETEiJ_G0015016)	Fzd5 (MGP_SPRETEiJ_G0015017)	Plekhm3 (MGP_SPRETEiJ_G0015018)	Akr1cl (MGP_SPRETEiJ_G0015019)	Cryge (MGP_SPRETEiJ_G0015020)	Crygd (MGP_SPRETEiJ_G0015021)	Crygc (MGP_SPRETEiJ_G0015022)	Crygb (MGP_SPRETEiJ_G0015023)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	44	ENSMSIG00000010702	Raph1 (ENSMSIG00000010756) #7	Cd28 (ENSMSIG00000011356) #10	ENSMSIG00000011370	Ctla4 (ENSMSIG00000011388) #12	Icos (ENSMSIG00000011424) #13	Pard3b (ENSMSIG00000011469) #14	ENSMSIG00000011764	Nrp2 (ENSMSIG00000011775) #15	Ino80d (ENSMSIG00000012604) #16	Ndufs1 (ENSMSIG00000012674) #17	Eef1b2 (ENSMSIG00000012804) ##18	Cmklr2 (ENSMSIG00000012880) #19	Zdbf2 (ENSMSIG00000012889) #21	ENSMSIG00000012937	Adam23 (ENSMSIG00000012957) #22	ENSMSIG00000013264	Gm39653 (ENSMSIG00000013270)	Dytn (ENSMSIG00000013289)
Mouse	MODERN SPECIES		Carf (ENSMUSG00000026017)	Nbeal1 (ENSMUSG00000073664)	Cyp20a1 (ENSMUSG00000049439)	Abi2 (ENSMUSG00000026782)	Raph1 (ENSMUSG00000026014) #7	Cd28 (ENSMUSG00000026012) #10	Ctla4 (ENSMUSG00000026011) #12	Icos (ENSMUSG00000026009) #13	Pard3b (ENSMUSG00000052062) #14	Nrp2 (ENSMUSG00000025969) #15	Ino80d (ENSMUSG00000040865) #16	Ndufs1 (ENSMUSG00000025968) #17	Eef1b2 (ENSMUSG00000025967) ##18	Cmklr2 (ENSMUSG00000046856) #19	Zdbf2 (ENSMUSG00000027520) #21	Adam23 (ENSMUSG00000025964) #22	Gm39653 (ENSMUSG00000115378)	Dytn (ENSMUSG00000069085)	Mdh1b (ENSMUSG00000025963)	Fastkd2 (ENSMUSG00000025962)	Klf7 (ENSMUSG00000025959)	Creb1 (ENSMUSG00000025958)	Mettl21a (ENSMUSG00000025956)	Ccnyl1 (ENSMUSG00000070871)	Fzd5 (ENSMUSG00000045005)	Plekhm3 (ENSMUSG00000051344)	Akr1cl (ENSMUSG00000025955)	Cryge (ENSMUSG00000070870)	Crygd (ENSMUSG00000067299)	Crygc (ENSMUSG00000025952)	Crygb (ENSMUSG00000073658)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	18	Carf (MGP_PahariEiJ_G0027424)	MGP_PahariEiJ_G0027425	Cyp20a1 (MGP_PahariEiJ_G0027426)	Abi2 (MGP_PahariEiJ_G0027427)	Raph1 (MGP_PahariEiJ_G0027428) #7	Cd28 (MGP_PahariEiJ_G0027429) #10	Ctla4 (MGP_PahariEiJ_G0027430) #12	MGP_PahariEiJ_G0027431 #13	Pard3b (MGP_PahariEiJ_G0027432) #14	Nrp2 (MGP_PahariEiJ_G0027433) #15	Ino80d (MGP_PahariEiJ_G0027434) #16	MGP_PahariEiJ_G0027435 #17	Eef1b2 (MGP_PahariEiJ_G0027436) ##18	Cmklr2 (MGP_PahariEiJ_G0027437) #19	Zdbf2 (MGP_PahariEiJ_G0027438) #21	Adam23 (MGP_PahariEiJ_G0027439) #22	Dytn (MGP_PahariEiJ_G0027440)	Mdh1b (MGP_PahariEiJ_G0027441)	Fastkd2 (MGP_PahariEiJ_G0027442)	MGP_PahariEiJ_G0027443	Klf7 (MGP_PahariEiJ_G0027444)	Creb1 (MGP_PahariEiJ_G0027445)	Mettl21a (MGP_PahariEiJ_G0027446)	Ccnyl1 (MGP_PahariEiJ_G0027447)	Fzd5 (MGP_PahariEiJ_G0027448)	Plekhm3 (MGP_PahariEiJ_G0027449)	Akr1cl (MGP_PahariEiJ_G0027450)	MGP_PahariEiJ_G0027451	Crygd (MGP_PahariEiJ_G0027452)	Crygc (MGP_PahariEiJ_G0027453)	Crygb (MGP_PahariEiJ_G0027454)
Rat	MODERN SPECIES	19	Nbeal1 (ENSRNOG00000021525)	Cyp20a1 (ENSRNOG00000017631)	Abi2 (ENSRNOG00000017707)	Raph1 (ENSRNOG00000014722) #7	Cd28 (ENSRNOG00000010283) #10	Ctla4 (ENSRNOG00000054129) #12	Icos (ENSRNOG00000046196) #13	Pard3b (ENSRNOG00000024345) #14	Nrp2 (ENSRNOG00000031232) #15	Rpl37-ps5 (ENSRNOG00000033803)	Ino80d (ENSRNOG00000024272) #16	Ndufs1 (ENSRNOG00000011849) #17	Eef1b2 (ENSRNOG00000024186) ##18	Cmklr2 (ENSRNOG00000045532) #19	Zdbf2 (ENSRNOG00000024114) #21	Adam23 (ENSRNOG00000012424) #22	Fam237a (ENSRNOG00000054699)	Dytn (ENSRNOG00000042181)	Mdh1b (ENSRNOG00000012891)	ENSRNOG00000063009	Fastkd2 (ENSRNOG00000023923)	ENSRNOG00000063607	Klf7 (ENSRNOG00000046242)	LOC103690545 (ENSRNOG00000064370)	Creb1 (ENSRNOG00000013412)	Mettl21a (ENSRNOG00000014212)	Ccnyl1 (ENSRNOG00000023807)	Fzd5 (ENSRNOG00000014678)	Plekhm3 (ENSRNOG00000023760)	Cryga (ENSRNOG00000014790)	Crygd (ENSRNOG00000032219)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1322	Nbeal1 (ENSNGAG00000020072)	Cyp20a1 (ENSNGAG00000020232)	Abi2 (ENSNGAG00000012110)	ENSNGAG00000001490 #7	Cd28 (ENSNGAG00000015761) #10	Ctla4 (ENSNGAG00000019017) #12	ENSNGAG00000010975	Icos (ENSNGAG00000015325) #13	Pard3b (ENSNGAG00000019309) #14	Nrp2 (ENSNGAG00000014175) #15	Ino80d (ENSNGAG00000007370) #16	Ndufs1 (ENSNGAG00000016531) #17	Eef1b2 (ENSNGAG00000020801) ##18	Cmklr2 (ENSNGAG00000014936) #19	Zdbf2 (ENSNGAG00000010826) #21	Adam23 (ENSNGAG00000014933) #22	Mdh1b (ENSNGAG00000000139)	Fastkd2 (ENSNGAG00000001279)	Klf7 (ENSNGAG00000016561)	Creb1 (ENSNGAG00000018967)	Mettl21a (ENSNGAG00000013752)	ENSNGAG00000014167	Ccnyl1 (ENSNGAG00000004870)	Fzd5 (ENSNGAG00000014954)	Plekhm3 (ENSNGAG00000007962)	Crygc (ENSNGAG00000017419)	D630023F18Rik (ENSNGAG00000013154)	Idh1 (ENSNGAG00000006870)	Pikfyve (ENSNGAG00000013615)	Pth2r (ENSNGAG00000017148)	ENSNGAG00000018453
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	52	Ica1l (ENSJJAG00000022732)	ENSJJAG00000000724	Carf (ENSJJAG00000014072)	Nbeal1 (ENSJJAG00000023210)	Cyp20a1 (ENSJJAG00000007155)	Abi2 (ENSJJAG00000006918)	ENSJJAG00000023840 #7	Cd28 (ENSJJAG00000001227) #10	Ctla4 (ENSJJAG00000013112) #12	Icos (ENSJJAG00000007794) #13	Pard3b (ENSJJAG00000015271) #14	Nrp2 (ENSJJAG00000016788) #15	Ino80d (ENSJJAG00000018074) #16	Ndufs1 (ENSJJAG00000013916) #17	Eef1b2 (ENSJJAG00000004915) ##18	Adam23 (ENSJJAG00000016078) #22	Dytn (ENSJJAG00000016868)	Mdh1b (ENSJJAG00000010713)	Fastkd2 (ENSJJAG00000000986)	ENSJJAG00000021742	Klf7 (ENSJJAG00000011480)	Creb1 (ENSJJAG00000013846)	ENSJJAG00000023618	Ccnyl1 (ENSJJAG00000024111)	Fzd5 (ENSJJAG00000004014)	Plekhm3 (ENSJJAG00000012116)	ENSJJAG00000021625	Crygd (ENSJJAG00000014362)	Crygc (ENSJJAG00000023810)	ENSJJAG00000013715	Cryga (ENSJJAG00000018493)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Suina	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	33															ENSCWAG00000000466	ADAM23 (ENSCWAG00000000308) #22
Pig	MODERN SPECIES	6	NBEAL1 (ENSSSCG00000016118)	CYP20A1 (ENSSSCG00000055761)	ABI2 (ENSSSCG00000034630)	ENSSSCG00000016119 #7	CD28 (ENSSSCG00000028561) #10	CTLA4 (ENSSSCG00000016122) #12	ICOS (ENSSSCG00000025042) #13	PARD3B (ENSSSCG00000016123) #14	ENSSSCG00000055400	NRP2 (ENSSSCG00000026383) #15	INO80D (ENSSSCG00000016125) #16	NDUFS1 (ENSSSCG00000016127) #17	EEF1B2 (ENSSSCG00000016128) ##18	CMKLR2 (ENSSSCG00000016129) #19	ZDBF2 (ENSSSCG00000016130) #21	ADAM23 (ENSSSCG00000016131) #22	FAM237A (ENSSSCG00000036691)	DYTN (ENSSSCG00000035158)	MDH1B (ENSSSCG00000016133)	FASTKD2 (ENSSSCG00000016134)	CPO (ENSSSCG00000016135)	KLF7 (ENSSSCG00000029998)	ENSSSCG00000042730	CREB1 (ENSSSCG00000034395)	METTL21A (ENSSSCG00000036466)	ENSSSCG00000024696	FZD5 (ENSSSCG00000016140)	PLEKHM3 (ENSSSCG00000016141)	ENSSSCG00000036186	CRYGD (ENSSSCG00000034967)	CRYGC (ENSSSCG00000039620)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Alpaca	MODERN SPECIES	3657																ADAM23 (ENSVPAG00000007489) #22	MDH1B (ENSVPAG00000007490)	FASTKD2 (ENSVPAG00000007491)	CPO (ENSVPAG00000007492)	KLF7 (ENSVPAG00000007495)	CREB1 (ENSVPAG00000007496)	METTL21A (ENSVPAG00000007498)	ENSVPAG00000007499
Arabian camel	MODERN SPECIES	31	WDR12 (ENSCDRG00005019221)	CARF (ENSCDRG00005019098)	NBEAL1 (ENSCDRG00005019031)	ABI2 (ENSCDRG00005018744)	ENSCDRG00005018577 #7	CD28 (ENSCDRG00005018484) #10	CTLA4 (ENSCDRG00005018448) #12	ICOS (ENSCDRG00005018420) #13	PARD3B (ENSCDRG00005018074) #14	NRP2 (ENSCDRG00005017938) #15	INO80D (ENSCDRG00005017847) #16	NDUFS1 (ENSCDRG00005017509) #17	EEF1B2 (ENSCDRG00005017418) ##18	CMKLR2 (ENSCDRG00005017405) #19	ZDBF2 (ENSCDRG00005017378) #21	ADAM23 (ENSCDRG00005016801) #22	FAM237A (ENSCDRG00005016730)	DYTN (ENSCDRG00005016665)	MDH1B (ENSCDRG00005016545)	FASTKD2 (ENSCDRG00005016506)	CPO (ENSCDRG00005016423)	KLF7 (ENSCDRG00005016375)	CREB1 (ENSCDRG00005016249)	METTL21A (ENSCDRG00005016143)	ENSCDRG00005016106	FZD5 (ENSCDRG00005016088)	PLEKHM3 (ENSCDRG00005016026)	ENSCDRG00005015995	CRYGD (ENSCDRG00005015948)	CRYGC (ENSCDRG00005015923)	CRYGB (ENSCDRG00005015889)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00390000001958.n.a.g	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000006670.d	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Blue whale	MODERN SPECIES	18	ENSBMSG00010000193 #10	ENSBMSG00010000215 #10	ENSBMSG00010000230	ENSBMSG00010000252	ICOS (ENSBMSG00010000278) #13	ENSBMSG00010000353	PARD3B (ENSBMSG00010000409) #14	NRP2 (ENSBMSG00010000535) #15	ENSBMSG00010001002	INO80D (ENSBMSG00010001021) #16	ENSBMSG00010001036	NDUFS1 (ENSBMSG00010001085) #17	EEF1B2 (ENSBMSG00010001199) ##18	CMKLR2 (ENSBMSG00010001229) #19	ZDBF2 (ENSBMSG00010001246) #21	ADAM23 (ENSBMSG00010001305) #22	FAM237A (ENSBMSG00010001408)	DYTN (ENSBMSG00010001424)	MDH1B (ENSBMSG00010001465)	FASTKD2 (ENSBMSG00010001509)	KLF7 (ENSBMSG00010001534)	CREB1 (ENSBMSG00010001606)	METTL21A (ENSBMSG00010001644)	ENSBMSG00010001661	ENSBMSG00010001666	IDH1 (ENSBMSG00010001674)	PIKFYVE (ENSBMSG00010001711)	PTH2R (ENSBMSG00010001780)	ENSBMSG00010001803	MAP2 (ENSBMSG00010001833)	UNC80 (ENSBMSG00010002392)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00390000001958.n.a.g	ENSGT00390000004738.q.b	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	RAPH1 (ENSPCTG00005003938) #7	ENSPCTG00005005119 #10	CTLA4 (ENSPCTG00005005168) #12	ICOS (ENSPCTG00005005246) #13	ENSPCTG00005005318	ENSPCTG00005005328	PARD3B (ENSPCTG00005005375) #14	NRP2 (ENSPCTG00005005530) #15	ENSPCTG00005006370	INO80D (ENSPCTG00005006389) #16	ENSPCTG00005006412	NDUFS1 (ENSPCTG00005006448) #17	EEF1B2 (ENSPCTG00005006746) ##18	GPR1 (ENSPCTG00005006803) #19	ZDBF2 (ENSPCTG00005006840) #21	ADAM23 (ENSPCTG00005007031) #22	FAM237A (ENSPCTG00005007294)	DYTN (ENSPCTG00005007310)	MDH1B (ENSPCTG00005007378)	FASTKD2 (ENSPCTG00005004965)	KLF7 (ENSPCTG00005005002)	CREB1 (ENSPCTG00005005085)	METTL21A (ENSPCTG00005005122)	ENSPCTG00005005181	ENSPCTG00005005205	CCNYL1 (ENSPCTG00005005234)	FZD5 (ENSPCTG00005005280)	PLEKHM3 (ENSPCTG00005005303)	ENSPCTG00005005346	CRYGD (ENSPCTG00005005372)	CRYGC (ENSPCTG00005005389)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00390000001958.n.a.g	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000006670.d	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Dolphin	MODERN SPECIES	3529																ADAM23 (ENSTTRG00000001388) #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00960000190610	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00910000144184.r.a.a.a.a	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00390000001958.n.a.g	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.w	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00960000190610	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00910000144184.r.a.a.a.a	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00390000001958.n.a.g	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000006670.d	ENSGT00940000158720.c.b.w	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Narwhal	MODERN SPECIES	302	ENSMMNG00015006290	CD28 (ENSMMNG00015006278) #10	CTLA4 (ENSMMNG00015006260) #12	ICOS (ENSMMNG00015006232) #13	ENSMMNG00015006206	ENSMMNG00015006192	PARD3B (ENSMMNG00015005987) #14	NRP2 (ENSMMNG00015005855) #15	INO80D (ENSMMNG00015005802) #16	NDUFS1 (ENSMMNG00015005695) #17	EEF1B2 (ENSMMNG00015005617) ##18	CMKLR2 (ENSMMNG00015005602) #19	ENSMMNG00015005593	ZDBF2 (ENSMMNG00015005582) #21	ENSMMNG00015005570	ADAM23 (ENSMMNG00015005478) #22	FAM237A (ENSMMNG00015005439)	DYTN (ENSMMNG00015005422)	MDH1B (ENSMMNG00015005351)	FASTKD2 (ENSMMNG00015005336)	KLF7 (ENSMMNG00015005320)	CREB1 (ENSMMNG00015005293)	METTL21A (ENSMMNG00015005268)	ENSMMNG00015005252	ENSMMNG00015005240	ENSMMNG00015005216	FZD5 (ENSMMNG00015005204)	ENSMMNG00015005195	PLEKHM3 (ENSMMNG00015008741)	ENSMMNG00015008733	CRYGC (ENSMMNG00015008725)
Beluga whale	MODERN SPECIES	84	ENSDLEG00000008980	ENSDLEG00000009004 #10	CTLA4 (ENSDLEG00000009020) #12	ICOS (ENSDLEG00000009050) #13	ENSDLEG00000009073	ENSDLEG00000009090	ENSDLEG00000009108	PARD3B (ENSDLEG00000009127) #14	NRP2 (ENSDLEG00000009192) #15	INO80D (ENSDLEG00000009298) #16	NDUFS1 (ENSDLEG00000009340) #17	EEF1B2 (ENSDLEG00000009390) ##18	GPR1 (ENSDLEG00000009434) #19	ENSDLEG00000009440	ZDBF2 (ENSDLEG00000009453) #21	ADAM23 (ENSDLEG00000009497) #22	FAM237A (ENSDLEG00000009620)	DYTN (ENSDLEG00000009655)	MDH1B (ENSDLEG00000009773)	FASTKD2 (ENSDLEG00000009822)	KLF7 (ENSDLEG00000009871)	CREB1 (ENSDLEG00000009895)	METTL21A (ENSDLEG00000009925)	ENSDLEG00000009942	ENSDLEG00000009965	CCNYL1 (ENSDLEG00000009986)	FZD5 (ENSDLEG00000010035)	PLEKHM3 (ENSDLEG00000010056)	ENSDLEG00000010082	ENSDLEG00000010093	CRYGD (ENSDLEG00000010113)
Vaquita	MODERN SPECIES	18	ABI2 (ENSPSNG00000011330)	RAPH1 (ENSPSNG00000009801) #7	ENSPSNG00000009309 #10	CTLA4 (ENSPSNG00000009249) #12	ICOS (ENSPSNG00000009099) #13	PARD3B (ENSPSNG00000008898) #14	NRP2 (ENSPSNG00000008707) #15	ENSPSNG00000008614	INO80D (ENSPSNG00000008590) #16	NDUFS1 (ENSPSNG00000008252) #17	EEF1B2 (ENSPSNG00000008153) ##18	CMKLR2 (ENSPSNG00000008130) #19	ENSPSNG00000008115	ZDBF2 (ENSPSNG00000008096) #21	ENSPSNG00000008082	ADAM23 (ENSPSNG00000007702) #22	FAM237A (ENSPSNG00000022142)	DYTN (ENSPSNG00000022128)	MDH1B (ENSPSNG00000022108)	FASTKD2 (ENSPSNG00000022088)	KLF7 (ENSPSNG00000022054)	CREB1 (ENSPSNG00000022021)	METTL21A (ENSPSNG00000022000)	ENSPSNG00000021984	ENSPSNG00000021964	ENSPSNG00000021936	ENSPSNG00000021913	ENSPSNG00000021899	PLEKHM3 (ENSPSNG00000021878)	ENSPSNG00000021854	CRYGD (ENSPSNG00000021845)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Yarkand deer	MODERN SPECIES	31	RAPH1 (ENSCHYG00000002595) #7	CD28 (ENSCHYG00000002432) #10	CTLA4 (ENSCHYG00000002394) #12	ICOS (ENSCHYG00000002371) #13	ENSCHYG00000002349	ENSCHYG00000002345	PARD3B (ENSCHYG00000002220) #14	NRP2 (ENSCHYG00000002124) #15	ENSCHYG00000002093	INO80D (ENSCHYG00000002072) #16	NDUFS1 (ENSCHYG00000001983) #17	ENSCHYG00000001947 ##18	ENSCHYG00000001938	CMKLR2 (ENSCHYG00000001927) #19	ZDBF2 (ENSCHYG00000001897) #21	ADAM23 (ENSCHYG00000001792) #22	FAM237A (ENSCHYG00000001756)	DYTN (ENSCHYG00000001729)	ENSCHYG00000001715	MDH1B (ENSCHYG00000001680)	FASTKD2 (ENSCHYG00000001648)	CPO (ENSCHYG00000001618)	KLF7 (ENSCHYG00000001583)	CREB1 (ENSCHYG00000001543)	ENSCHYG00000001504	FZD5 (ENSCHYG00000001477)	ENSCHYG00000001470	PLEKHM3 (ENSCHYG00000001407)	ENSCHYG00000001381	CRYGD (ENSCHYG00000001364)	CRYGC (ENSCHYG00000001360)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	352						CD28 (ENSMMSG00000016228) #10	CTLA4 (ENSMMSG00000016291) #12	ICOS (ENSMMSG00000016369) #13	ENSMMSG00000016441	PARD3B (ENSMMSG00000016488) #14	NRP2 (ENSMMSG00000016704) #15	INO80D (ENSMMSG00000016888) #16	NDUFS1 (ENSMMSG00000016943) #17	ENSMMSG00000017130 ##18	ZDBF2 (ENSMMSG00000017183) #21	ADAM23 (ENSMMSG00000017291) #22	FAM237A (ENSMMSG00000017572)	DYTN (ENSMMSG00000017587)	MDH1B (ENSMMSG00000017649)	FASTKD2 (ENSMMSG00000017717)	CPO (ENSMMSG00000017798)	KLF7 (ENSMMSG00000017874)	ENSMMSG00000017910	CREB1 (ENSMMSG00000017935)	ENSMMSG00000017981	ENSMMSG00000018078	FZD5 (ENSMMSG00000018190)	ENSMMSG00000018199	PLEKHM3 (ENSMMSG00000018216)	ENSMMSG00000018240	CRYGD (ENSMMSG00000018278)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000153593.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.b ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000153593.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Goat	MODERN SPECIES	11	ENSCHIG00000016764	NBEAL1 (ENSCHIG00000000921)	CYP20A1 (ENSCHIG00000022946)	ABI2 (ENSCHIG00000002652)	RAPH1 (ENSCHIG00000025930) #7	CD28 (ENSCHIG00000024564) #10	CTLA4 (ENSCHIG00000008042) #12	ICOS (ENSCHIG00000024943) #13	PARD3B (ENSCHIG00000007723) #14	NRP2 (ENSCHIG00000016092) #15	INO80D (ENSCHIG00000010718) #16	NDUFS1 (ENSCHIG00000014971) #17	EEF1B2 (ENSCHIG00000026794) ##18	CMKLR2 (ENSCHIG00000007661) #19	ZDBF2 (ENSCHIG00000022575) #21	ADAM23 (ENSCHIG00000011689) #22	FAM237A (ENSCHIG00000010865)	DYTN (ENSCHIG00000016602)	MDH1B (ENSCHIG00000022560)	FASTKD2 (ENSCHIG00000015121)	ENSCHIG00000003872	ENSCHIG00000026347	CPO (ENSCHIG00000020644)	KLF7 (ENSCHIG00000006619)	CREB1 (ENSCHIG00000027161)	METTL21A (ENSCHIG00000003332)	ENSCHIG00000011033	FZD5 (ENSCHIG00000007513)	PLEKHM3 (ENSCHIG00000008278)	ENSCHIG00000012358	ENSCHIG00000012148
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	CYP20A1 (ENSOARG00020007538)	ABI2 (ENSOARG00020007596)	RAPH1 (ENSOARG00020007863) #7	ENSOARG00020008167	CD28 (ENSOARG00020008197) #10	CTLA4 (ENSOARG00020008302) #12	ICOS (ENSOARG00020008420) #13	PARD3B (ENSOARG00020008587) #14	NRP2 (ENSOARG00020013172) #15	ENSOARG00020013371	INO80D (ENSOARG00020013391) #16	NDUFS1 (ENSOARG00020013502) #17	ENSOARG00020014163 ##18	GPR1 (ENSOARG00020014248) #19	ZDBF2 (ENSOARG00020014286) #21	ADAM23 (ENSOARG00020014405) #22	FAM237A (ENSOARG00020014982)	DYTN (ENSOARG00020015031)	MDH1B (ENSOARG00020015160)	FASTKD2 (ENSOARG00020015403)	CPO (ENSOARG00020015466)	KLF7 (ENSOARG00020015555)	CREB1 (ENSOARG00020015664)	METTL21A (ENSOARG00020015859)	ENSOARG00020016023	FZD5 (ENSOARG00020016197)	PLEKHM3 (ENSOARG00020016241)	ENSOARG00020016435	CRYGD (ENSOARG00020016483)	CRYGC (ENSOARG00020016523)	CRYGB (ENSOARG00020016583)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000153593.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
American bison	MODERN SPECIES	3330	CARF (ENSBBBG00000012044)	NBEAL1 (ENSBBBG00000011985)	CYP20A1 (ENSBBBG00000002236)	ABI2 (ENSBBBG00000011940)	ENSBBBG00000011830 #7	CD28 (ENSBBBG00000002157) #10	CTLA4 (ENSBBBG00000002155) #12	ICOS (ENSBBBG00000011656) #13	PARD3B (ENSBBBG00000011555) #14	NRP2 (ENSBBBG00000011269) #15	INO80D (ENSBBBG00000011164) #16	NDUFS1 (ENSBBBG00000011148) #17	ENSBBBG00000011052 ##18	CMKLR2 (ENSBBBG00000011031) #19	ZDBF2 (ENSBBBG00000011029) #21	ADAM23 (ENSBBBG00000011005) #22	FAM237A (ENSBBBG00000010954)	DYTN (ENSBBBG00000010949)	MDH1B (ENSBBBG00000010925)	FASTKD2 (ENSBBBG00000010905)	CPO (ENSBBBG00000010898)	ENSBBBG00000010890	KLF7 (ENSBBBG00000010885)	CREB1 (ENSBBBG00000010873)	METTL21A (ENSBBBG00000010854)	ENSBBBG00000010833	FZD5 (ENSBBBG00000010805)	PLEKHM3 (ENSBBBG00000010799)	ENSBBBG00000010792	ENSBBBG00000010781	CRYGD (ENSBBBG00000010778)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00510000047245.w.a.a.b	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11	CYP20A1 (ENSBIXG00005031589)	ABI2 (ENSBIXG00005031590)	RAPH1 (ENSBIXG00005031591) #7	CD28 (ENSBIXG00005031593) #10	CTLA4 (ENSBIXG00005031594) #12	ICOS (ENSBIXG00005031595) #13	PARD3B (ENSBIXG00005031598) #14	ENSBIXG00005031599	NRP2 (ENSBIXG00005031600) #15	INO80D (ENSBIXG00005031603) #16	ENSBIXG00005031604	NDUFS1 (ENSBIXG00005031605) #17	ENSBIXG00005031606 ##18	CMKLR2 (ENSBIXG00005031611) #19	ZDBF2 (ENSBIXG00005031612) #21	ADAM23 (ENSBIXG00005031613) #22	ENSBIXG00005031614	DYTN (ENSBIXG00005031615)	MDH1B (ENSBIXG00005031616)	FASTKD2 (ENSBIXG00005031617)	CPO (ENSBIXG00005031618)	KLF7 (ENSBIXG00005031620)	ENSBIXG00005031623	CREB1 (ENSBIXG00005031624)	FZD5 (ENSBIXG00005031625)	ENSBIXG00005031627	ENSBIXG00005001549	PLEKHM3 (ENSBIXG00005001556)	ENSBIXG00005005279	CRYGD (ENSBIXG00005005265)	CRYGC (ENSBIXG00005029223)
Cow	MODERN SPECIES	11	ENSBTAG00000051061	CTLA4 (ENSBTAG00000013170) #12	ICOS (ENSBTAG00000021596) #13	ENSBTAG00000040367	ENSBTAG00000051630	ENSBTAG00000049320	PARD3B (ENSBTAG00000010293) #14	ENSBTAG00000053833 #14	NRP2 (ENSBTAG00000011971) #15	INO80D (ENSBTAG00000014407) #16	ENSBTAG00000055132	NDUFS1 (ENSBTAG00000021976) #17	EEF1B2 (ENSBTAG00000021979) ##18	CMKLR2 (ENSBTAG00000017043) #19	ZDBF2 (ENSBTAG00000031166) #21	ADAM23 (ENSBTAG00000019694) #22	ENSBTAG00000055316	FAM237A (ENSBTAG00000050134)	DYTN (ENSBTAG00000046454)	MDH1B (ENSBTAG00000016192)	FASTKD2 (ENSBTAG00000016193)	CPO (ENSBTAG00000019190)	KLF7 (ENSBTAG00000044097)	CREB1 (ENSBTAG00000005474)	METTL21A (ENSBTAG00000052083)	CCNYL1 (ENSBTAG00000016297)	FZD5 (ENSBTAG00000020957)	PLEKHM3 (ENSBTAG00000007830)	ENSBTAG00000049856	CRYGD (ENSBTAG00000015054)	CRYGC (ENSBTAG00000014783)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00510000047245.w.a.a.b	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.s	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Wild yak	MODERN SPECIES	1700														ZDBF2 (ENSBMUG00000019818) #21	ENSBMUG00000019797	ADAM23 (ENSBMUG00000019771) #22	FAM237A (ENSBMUG00000019701)	DYTN (ENSBMUG00000019682)	MDH1B (ENSBMUG00000019631)	FASTKD2 (ENSBMUG00000019599)	CPO (ENSBMUG00000019582)
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	ENSBGRG00000012733 #7	CD28 (ENSBGRG00000012545) #10	CTLA4 (ENSBGRG00000012384) #12	ENSBGRG00000012357	ICOS (ENSBGRG00000012246) #13	ENSBGRG00000012209	PARD3B (ENSBGRG00000011721) #14	NRP2 (ENSBGRG00000010098) #15	ENSBGRG00000010010	INO80D (ENSBGRG00000009960) #16	NDUFS1 (ENSBGRG00000009516) #17	ENSBGRG00000009445 ##18	CMKLR2 (ENSBGRG00000009401) #19	ZDBF2 (ENSBGRG00000009322) #21	ENSBGRG00000009270	ADAM23 (ENSBGRG00000008490) #22	FAM237A (ENSBGRG00000008425)	MDH1B (ENSBGRG00000008141)	FASTKD2 (ENSBGRG00000008051)	CPO (ENSBGRG00000007969)	ENSBGRG00000007943	KLF7 (ENSBGRG00000007842)	CREB1 (ENSBGRG00000007627)	METTL21A (ENSBGRG00000007457)	ENSBGRG00000007199	FZD5 (ENSBGRG00000007062)	ENSBGRG00000007042	PLEKHM3 (ENSBGRG00000006928)	ENSBGRG00000006903	CRYGD (ENSBGRG00000006881)	CRYGC (ENSBGRG00000006857)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000153064.b.d	ENSGT01050000244818.s.a	ENSGT01090000260046	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Equus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00950000186238	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00940000156190.h
Horse	MODERN SPECIES	9	CARF (ENSECAG00000017624)	NBEAL1 (ENSECAG00000020049)	CYP20A1 (ENSECAG00000010884)	ABI2 (ENSECAG00000018236)	ENSECAG00000022376 #7	CD28 (ENSECAG00000022853) #10	CTLA4 (ENSECAG00000003996) #12	ICOS (ENSECAG00000006253) #13	PARD3B (ENSECAG00000008768) #14	NRP2 (ENSECAG00000016824) #15	INO80D (ENSECAG00000015076) #16	NDUFS1 (ENSECAG00000015914) #17	EEF1B2 (ENSECAG00000016653) ##18	CMKLR2 (ENSECAG00000004408) #19	ZDBF2 (ENSECAG00000039959) #21	ADAM23 (ENSECAG00000018514) #22	FAM237A (ENSECAG00000050449)	DYTN (ENSECAG00000006820)	MDH1B (ENSECAG00000007491)	FASTKD2 (ENSECAG00000008822)	KLF7 (ENSECAG00000012215)	CREB1 (ENSECAG00000013667)	METTL21A (ENSECAG00000017536)	PLEKHM3 (ENSECAG00000008108)	FZD5 (ENSECAG00000007309)	ENSECAG00000039306	CRYGA (ENSECAG00000009588)	ENSECAG00000049516	CRYGB (ENSECAG00000010883)	C18H2orf80 (ENSECAG00000011588)	IDH1 (ENSECAG00000011931)
Donkey	MODERN SPECIES	24	CARF (ENSEASG00005002591)	NBEAL1 (ENSEASG00005002684)	CYP20A1 (ENSEASG00005002770)	ABI2 (ENSEASG00005002778)	ENSEASG00005002800 #7	CD28 (ENSEASG00005002842) #10	CTLA4 (ENSEASG00005002849) #12	ICOS (ENSEASG00005002854) #13	PARD3B (ENSEASG00005002870) #14	NRP2 (ENSEASG00005002875) #15	INO80D (ENSEASG00005002880) #16	NDUFS1 (ENSEASG00005002883) #17	EEF1B2 (ENSEASG00005026194) ##18	CMKLR2 (ENSEASG00005002916) #19	ZDBF2 (ENSEASG00005023969) #21	ADAM23 (ENSEASG00005002928) #22	FAM237A (ENSEASG00005002935)	DYTN (ENSEASG00005002938)	MDH1B (ENSEASG00005002948)	FASTKD2 (ENSEASG00005002958)	KLF7 (ENSEASG00005002973)	CREB1 (ENSEASG00005002983)	ENSEASG00005024979	CCNYL1 (ENSEASG00005003014)	FZD5 (ENSEASG00005003041)	ENSEASG00005003042	PLEKHM3 (ENSEASG00005003046)	ENSEASG00005028742	CRYGB (ENSEASG00005028155)	ENSEASG00005033359	C2orf80 (ENSEASG00005003060)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Megabat	MODERN SPECIES	34																ADAM23 (ENSPVAG00000007311) #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.a	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	26	CARF (ENSRFEG00010013855)	NBEAL1 (ENSRFEG00010013724)	CYP20A1 (ENSRFEG00010013600)	ABI2 (ENSRFEG00010013372)	RAPH1 (ENSRFEG00010013239) #7	CD28 (ENSRFEG00010013138) #10	ENSRFEG00010013108 #12	ICOS (ENSRFEG00010013045) #13	PARD3B (ENSRFEG00010012777) #14	NRP2 (ENSRFEG00010012560) #15	INO80D (ENSRFEG00010012508) #16	NDUFS1 (ENSRFEG00010011973) #17	EEF1B2 (ENSRFEG00010011873) ##18	CMKLR2 (ENSRFEG00010011856) #19	ENSRFEG00010011751 #21	ADAM23 (ENSRFEG00010010998) #22	FAM237A (ENSRFEG00010010918)	DYTN (ENSRFEG00010010740)	MDH1B (ENSRFEG00010010537)	FASTKD2 (ENSRFEG00010010475)	CPO (ENSRFEG00010010427)	KLF7 (ENSRFEG00010010310)	CREB1 (ENSRFEG00010020193)	ENSRFEG00010020167	METTL21A (ENSRFEG00010020119)	CCNYL1 (ENSRFEG00010020079)	FZD5 (ENSRFEG00010020064)	PLEKHM3 (ENSRFEG00010020009)	CRYGC (ENSRFEG00010019976)	CRYGB (ENSRFEG00010019933)	C2orf80 (ENSRFEG00010019768)
Microbat	MODERN SPECIES	940	CTLA4 (ENSMLUG00000009619) #12	ICOS (ENSMLUG00000009627) #13	ENSMLUG00000024002	ENSMLUG00000025717 #14	ENSMLUG00000013841 #14	ENSMLUG00000026514	ENSMLUG00000022709 #14	ENSMLUG00000028553 #14	NRP2 (ENSMLUG00000013862) #15	INO80D (ENSMLUG00000007714) #16	NDUFS1 (ENSMLUG00000016594) #17	ENSMLUG00000016602 ##18	CMKLR2 (ENSMLUG00000016607) #19	ENSMLUG00000023597	ZDBF2 (ENSMLUG00000014265) #21	ADAM23 (ENSMLUG00000009364) #22	FAM237A (ENSMLUG00000030140)	DYTN (ENSMLUG00000028179)	MDH1B (ENSMLUG00000009390)	FASTKD2 (ENSMLUG00000009411)	CPO (ENSMLUG00000009428)	KLF7 (ENSMLUG00000009436)	CREB1 (ENSMLUG00000016119)	METTL21A (ENSMLUG00000015747)	ENSMLUG00000016122	PLEKHM3 (ENSMLUG00000011905)	ENSMLUG00000028817	CRYGC (ENSMLUG00000015767)	C2orf80 (ENSMLUG00000025398)	ENSMLUG00000000891	PIKFYVE (ENSMLUG00000000897)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000157820.a.a	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT01090000260046	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000157820.a.a	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.o ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.ab	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Cat	MODERN SPECIES	239	ENSFCAG00000048141	CYP20A1 (ENSFCAG00000022927)	ABI2 (ENSFCAG00000012982)	RAPH1 (ENSFCAG00000019050) #7	ENSFCAG00000034107	CD28 (ENSFCAG00000014271) #10	CTLA4 (ENSFCAG00000014272) #12	ICOS (ENSFCAG00000038001) #13	PARD3B (ENSFCAG00000025870) #14	NRP2 (ENSFCAG00000000423) #15	INO80D (ENSFCAG00000022035) #16	NDUFS1 (ENSFCAG00000023344) #17	EEF1B2 (ENSFCAG00000010239) ##18	CMKLR2 (ENSFCAG00000028762) #19	ZDBF2 (ENSFCAG00000041779) #21	ADAM23 (ENSFCAG00000018551) #22	DYTN (ENSFCAG00000024422)	MDH1B (ENSFCAG00000015372)	FASTKD2 (ENSFCAG00000015373)	CPO (ENSFCAG00000002513)	KLF7 (ENSFCAG00000002514)	CREB1 (ENSFCAG00000008220)	METTL21A (ENSFCAG00000035900)	CCNYL1 (ENSFCAG00000028003)	ENSFCAG00000039577	FZD5 (ENSFCAG00000037566)	PLEKHM3 (ENSFCAG00000002716)	ENSFCAG00000046445	CRYGD (ENSFCAG00000042141)	CRYGC (ENSFCAG00000040128)	CRYGB (ENSFCAG00000003972)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00520000059926.a.b	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.o ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.ab	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00520000059926.a.b	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.o ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.ab	ENSGT00940000158720.c.b.`b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
leopard	MODERN SPECIES	12		NBEAL1 (ENSPPRG00000024650)	CYP20A1 (ENSPPRG00000024582)	ABI2 (ENSPPRG00000024330)	ENSPPRG00000023758 #7	CD28 (ENSPPRG00000023378) #10	CTLA4 (ENSPPRG00000023337) #12	ICOS (ENSPPRG00000023149) #13	ENSPPRG00000020852	PARD3B (ENSPPRG00000001193) #14	NRP2 (ENSPPRG00000001684) #15	INO80D (ENSPPRG00000001843) #16	NDUFS1 (ENSPPRG00000003837) #17	ENSPPRG00000004175 ##18	CMKLR2 (ENSPPRG00000020893) #19	ADAM23 (ENSPPRG00000004864) #22	FAM237A (ENSPPRG00000005451)	DYTN (ENSPPRG00000005491)	MDH1B (ENSPPRG00000005932)	FASTKD2 (ENSPPRG00000006075)	CPO (ENSPPRG00000006106)	KLF7 (ENSPPRG00000006377)	CREB1 (ENSPPRG00000006712)	METTL21A (ENSPPRG00000006796)	ENSPPRG00000007043	PLEKHM3 (ENSPPRG00000007268)	ENSPPRG00000007573	CRYGD (ENSPPRG00000007631)	CRYGC (ENSPPRG00000007729)	ENSPPRG00000007792	CRYGA (ENSPPRG00000007869)
lion	MODERN SPECIES	8	ABI2 (ENSPLOG00000010377)	ENSPLOG00000010151 #7	CD28 (ENSPLOG00000010049) #10	CTLA4 (ENSPLOG00000010005) #12	ICOS (ENSPLOG00000009959) #13	ENSPLOG00000009936	PARD3B (ENSPLOG00000008780) #14	NRP2 (ENSPLOG00000008415) #15	INO80D (ENSPLOG00000008354) #16	NDUFS1 (ENSPLOG00000008138) #17	ENSPLOG00000008015	ENSPLOG00000007981 ##18	CMKLR2 (ENSPLOG00000007963) #19	ZDBF2 (ENSPLOG00000007898) #21	ENSPLOG00000007877	ADAM23 (ENSPLOG00000007574) #22	FAM237A (ENSPLOG00000007523)	DYTN (ENSPLOG00000007459)	MDH1B (ENSPLOG00000007375)	FASTKD2 (ENSPLOG00000007345)	CPO (ENSPLOG00000007242)	KLF7 (ENSPLOG00000007130)	CREB1 (ENSPLOG00000007090)	METTL21A (ENSPLOG00000007061)	ENSPLOG00000006998	FZD5 (ENSPLOG00000006965)	PLEKHM3 (ENSPLOG00000006915)	ENSPLOG00000006884	ENSPLOG00000006864	CRYGC (ENSPLOG00000006841)	CRYGB (ENSPLOG00000006808)
Tiger	MODERN SPECIES	313	ENSPTIG00000008218	NBEAL1 (ENSPTIG00000012887)	CYP20A1 (ENSPTIG00000012850)	ABI2 (ENSPTIG00000012734)	ENSPTIG00000012473 #7	CD28 (ENSPTIG00000012428) #10	CTLA4 (ENSPTIG00000012408) #12	ICOS (ENSPTIG00000012385) #13	ENSPTIG00000008211	PARD3B (ENSPTIG00000012297) #14	NRP2 (ENSPTIG00000012139) #15	INO80D (ENSPTIG00000012089) #16	NDUFS1 (ENSPTIG00000012021) #17	ENSPTIG00000011994 ##18	CMKLR2 (ENSPTIG00000008203) #19	ADAM23 (ENSPTIG00000011931) #22	FAM237A (ENSPTIG00000011920)	DYTN (ENSPTIG00000011914)	MDH1B (ENSPTIG00000011902)	FASTKD2 (ENSPTIG00000011891)	CPO (ENSPTIG00000011884)	KLF7 (ENSPTIG00000011869)	CREB1 (ENSPTIG00000011848)	METTL21A (ENSPTIG00000011823)	ENSPTIG00000011797	PLEKHM3 (ENSPTIG00000011775)	CRYGD (ENSPTIG00000011767)	CRYGC (ENSPTIG00000011760)	CRYGB (ENSPTIG00000011753)	CRYGA (ENSPTIG00000011747)	C2orf80 (ENSPTIG00000011733)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000157820.a.a	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT01090000260046	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT01090000260046.e.a.a.b	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.q ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Red fox	MODERN SPECIES	39																ADAM23 (ENSVVUG00000011988) #22	FAM237A (ENSVVUG00000011979)	DYTN (ENSVVUG00000011958)	MDH1B (ENSVVUG00000011942)	FASTKD2 (ENSVVUG00000011933)	CPO (ENSVVUG00000011923)	KLF7 (ENSVVUG00000011906)	CREB1 (ENSVVUG00000011892)	METTL21A (ENSVVUG00000011888)	ENSVVUG00000011880	CCNYL1 (ENSVVUG00000011860)	FZD5 (ENSVVUG00000011856)	PLEKHM3 (ENSVVUG00000011844)	CRYGD (ENSVVUG00000011838)	CRYGC (ENSVVUG00000011828)	ENSVVUG00000011820
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000154694.l.b.b.a.a.b	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h.q ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.ib	ENSGT00940000158720.c.b.hb	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b
Dingo	MODERN SPECIES	398	CYP20A1 (ENSCAFG00020001812)	ENSCAFG00020001801	ENSCAFG00020001784	ABI2 (ENSCAFG00020001752)	RAPH1 (ENSCAFG00020001630) #7	CD28 (ENSCAFG00020001531) #10	CTLA4 (ENSCAFG00020001506) #12	ICOS (ENSCAFG00020001489) #13	PARD3B (ENSCAFG00020001089) #14	NRP2 (ENSCAFG00020000746) #15	INO80D (ENSCAFG00020000661) #16	NDUFS1 (ENSCAFG00020000642) #17	EEF1B2 (ENSCAFG00020000617) ##18	CMKLR2 (ENSCAFG00020000614) #19	ZDBF2 (ENSCAFG00020000545) #21	ADAM23 (ENSCAFG00020000240) #22	FAM237A (ENSCAFG00020000156)	DYTN (ENSCAFG00020027434)	MDH1B (ENSCAFG00020027429)	FASTKD2 (ENSCAFG00020027426)	CPO (ENSCAFG00020027425)	KLF7 (ENSCAFG00020027423)	CREB1 (ENSCAFG00020027420)	METTL21A (ENSCAFG00020027418)	ENSCAFG00020027415	FZD5 (ENSCAFG00020027413)	PLEKHM3 (ENSCAFG00020027411)	ENSCAFG00020027409	CRYGD (ENSCAFG00020027405)	CRYGC (ENSCAFG00020027402)	ENSCAFG00020027399
Dog	MODERN SPECIES	30	ABI2 (ENSCAFG00845016661)	ENSCAFG00845016782	ENSCAFG00845016818	RAPH1 (ENSCAFG00845017225) #7	ENSCAFG00845017896	CD28 (ENSCAFG00845018097) #10	CTLA4 (ENSCAFG00845018252) #12	ICOS (ENSCAFG00845018403) #13	PARD3B (ENSCAFG00845018916) #14	NRP2 (ENSCAFG00845019968) #15	INO80D (ENSCAFG00845020375) #16	NDUFS1 (ENSCAFG00845020511) #17	EEF1B2 (ENSCAFG00845020822) ##18	GPR1 (ENSCAFG00845020895) #19	ZDBF2 (ENSCAFG00845020911) #21	ADAM23 (ENSCAFG00845021040) #22	FAM237A (ENSCAFG00845021430)	DYTN (ENSCAFG00845021457)	MDH1B (ENSCAFG00845021551)	FASTKD2 (ENSCAFG00845021685)	CPO (ENSCAFG00845021788)	KLF7 (ENSCAFG00845021900)	CREB1 (ENSCAFG00845022020)	METTL21A (ENSCAFG00845022171)	CCNYL1 (ENSCAFG00845022326)	FZD5 (ENSCAFG00845022521)	PLEKHM3 (ENSCAFG00845022580)	ENSCAFG00845022685	CRYGD (ENSCAFG00845022754)	CRYGB (ENSCAFG00845023028)	CRYGA (ENSCAFG00845023182)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000157820.a.a	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000159232.h.a
Ferret	MODERN SPECIES	265	ABI2 (ENSMPUG00000000402)	RAPH1 (ENSMPUG00000000405) #7	CD28 (ENSMPUG00000000418) #10	CTLA4 (ENSMPUG00000000422) #12	ICOS (ENSMPUG00000000425) #13	ENSMPUG00000000428	ENSMPUG00000000430 ##14	PARD3B (ENSMPUG00000000432) #14	NRP2 (ENSMPUG00000000435) #15	ENSMPUG00000000437	INO80D (ENSMPUG00000000439) #16	NDUFS1 (ENSMPUG00000000442) #17	EEF1B2 (ENSMPUG00000000444) ##18	CMKLR2 (ENSMPUG00000018909) #19	ZDBF2 (ENSMPUG00000000463) #21	ADAM23 (ENSMPUG00000000467) #22	ENSMPUG00000000471	MDH1B (ENSMPUG00000000473)	FASTKD2 (ENSMPUG00000000477)	CPO (ENSMPUG00000000481)	KLF7 (ENSMPUG00000000483)	CREB1 (ENSMPUG00000000485)	ENSMPUG00000018911	ENSMPUG00000000487	ENSMPUG00000000489	FZD5 (ENSMPUG00000018918)	PLEKHM3 (ENSMPUG00000000492)	ENSMPUG00000000496	CRYGD (ENSMPUG00000000497)	CRYGC (ENSMPUG00000000499)	ENSMPUG00000000510
American mink	MODERN SPECIES	40	NBEAL1 (ENSNVIG00000007140)	CYP20A1 (ENSNVIG00000007093)	ABI2 (ENSNVIG00000006920)	RAPH1 (ENSNVIG00000006475) #7	ENSNVIG00000006462	CD28 (ENSNVIG00000006426) #10	CTLA4 (ENSNVIG00000006392) #12	ICOS (ENSNVIG00000006380) #13	PARD3B (ENSNVIG00000005889) #14	NRP2 (ENSNVIG00000005651) #15	INO80D (ENSNVIG00000005634) #16	NDUFS1 (ENSNVIG00000005404) #17	EEF1B2 (ENSNVIG00000005362) ##18	GPR1 (ENSNVIG00000005355) #19	ZDBF2 (ENSNVIG00000005326) #21	ADAM23 (ENSNVIG00000005209) #22	FAM237A (ENSNVIG00000005198)	DYTN (ENSNVIG00000005190)	MDH1B (ENSNVIG00000005145)	FASTKD2 (ENSNVIG00000005116)	CBPO (ENSNVIG00000005106)	KLF7 (ENSNVIG00000005091)	CREB1 (ENSNVIG00000005058)	METTL21A (ENSNVIG00000005027)	ENSNVIG00000005020	ENSNVIG00000004981	FZD5 (ENSNVIG00000004971)	PKHM3 (ENSNVIG00000004953)	ENSNVIG00000004919	CRYGD (ENSNVIG00000004910)	CRYGC (ENSNVIG00000004904)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000157820.a.a.k	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.bb	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	NBEAL1 (ENSAMEG00000013020)	ABI2 (ENSAMEG00000012960)	ENSAMEG00000002970 #7	ENSAMEG00000030945	ENSAMEG00000028551	CD28 (ENSAMEG00000002955) #10	CTLA4 (ENSAMEG00000002942) #12	ICOS (ENSAMEG00000002936) #13	PARD3B (ENSAMEG00000002930) #14	NRP2 (ENSAMEG00000003086) #15	INO80D (ENSAMEG00000003072) #16	NDUFS1 (ENSAMEG00000003030) #17	ENSAMEG00000003015 ##18	ZDBF2 (ENSAMEG00000029468) #21	CMKLR2 (ENSAMEG00000003011) #19	ADAM23 (ENSAMEG00000002950) #22	FAM237A (ENSAMEG00000029073)	DYTN (ENSAMEG00000025472)	MDH1B (ENSAMEG00000002932)	FASTKD2 (ENSAMEG00000002917)	CPO (ENSAMEG00000015096)	KLF7 (ENSAMEG00000015148)	CREB1 (ENSAMEG00000015152)	METTL21A (ENSAMEG00000015168)	ENSAMEG00000015175	FZD5 (ENSAMEG00000015206)	PLEKHM3 (ENSAMEG00000015216)	ENSAMEG00000023570	CRYGD (ENSAMEG00000031493)	CRYGC (ENSAMEG00000025725)	ENSAMEG00000023505
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000157820.a.a.k	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00910000148124	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b.bb	ENSGT00940000158720.c.a	ENSGT00940000159232.h.b	ENSGT00940000156190.g
Polar bear	MODERN SPECIES	142	NBEAL1 (ENSUMAG00000021925)	CYP20A1 (ENSUMAG00000022062)	ABI2 (ENSUMAG00000022146)	RAPH1 (ENSUMAG00000022157) #7	ENSUMAG00000022213	CD28 (ENSUMAG00000022222) #10	CTLA4 (ENSUMAG00000022223) #12	ICOS (ENSUMAG00000022228) #13	PARD3B (ENSUMAG00000022273) #14	NRP2 (ENSUMAG00000022446) #15	ENSUMAG00000022452	INO80D (ENSUMAG00000022462) #16	NDUFS1 (ENSUMAG00000022473) #17	EEF1B2 (ENSUMAG00000022481) ##18	ZDBF2 (ENSUMAG00000022505) #21	ADAM23 (ENSUMAG00000022533) #22	FAM237A (ENSUMAG00000022571)	DYTN (ENSUMAG00000022576)	MDH1B (ENSUMAG00000022585)	FASTKD2 (ENSUMAG00000022590)	CPO (ENSUMAG00000022606)	KLF7 (ENSUMAG00000022629)	METTL21A (ENSUMAG00000022649)	CREB1 (ENSUMAG00000022656)	ENSUMAG00000022665	PLEKHM3 (ENSUMAG00000022668)	ENSUMAG00000022672	CRYGD (ENSUMAG00000022673)	CRYGC (ENSUMAG00000022675)	ENSUMAG00000022680	CRYGA (ENSUMAG00000022681)
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000158781 #22
Common shrew	MODERN SPECIES	1133																ADAM23 (ENSSARG00000007745) #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	1664																ENSEEUG00000002055 #22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00390000004840	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00390000004840	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.h ##18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000159232.h.a	ENSGT00390000004840	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094
Elephant	MODERN SPECIES	301	CD28 (ENSLAFG00000017773) #10	CTLA4 (ENSLAFG00000006654) #12	ICOS (ENSLAFG00000006657) #13	ENSLAFG00000026263	ENSLAFG00000030813 #14	ENSLAFG00000007708 #14	ENSLAFG00000026835 #14	ENSLAFG00000025673 #14	ENSLAFG00000030808 #14	NRP2 (ENSLAFG00000016414) #15	INO80D (ENSLAFG00000015352) #16	NDUFS1 (ENSLAFG00000013782) #17	EEF1B2 (ENSLAFG00000011812) ##18	CMKLR2 (ENSLAFG00000009005) #19	ZDBF2 (ENSLAFG00000014253) #21	ADAM23 (ENSLAFG00000014452) #22	DYTN (ENSLAFG00000032161)	MDH1B (ENSLAFG00000015578)	FASTKD2 (ENSLAFG00000005198)	CPO (ENSLAFG00000009772)	KLF7 (ENSLAFG00000005822)	CREB1 (ENSLAFG00000013257)	METTL21A (ENSLAFG00000017103)	ENSLAFG00000021558	FZD5 (ENSLAFG00000017105)	PLEKHM3 (ENSLAFG00000030211)	ENSLAFG00000016869	ENSLAFG00000016874	C2orf80 (ENSLAFG00000016878)	IDH1 (ENSLAFG00000016882)	PIKFYVE (ENSLAFG00000016887)
Hyrax	MODERN SPECIES	1274																ADAM23 (ENSPCAG00000009186) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	1603																ADAM23 (ENSETEG00000015378) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	283																ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.a.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.c.b	ENSGT00390000004840	ENSGT00940000156307.b
Armadillo	MODERN SPECIES	1524																ADAM23 (ENSDNOG00000045614) #22	DYTN (ENSDNOG00000038637)	MDH1B (ENSDNOG00000012637)	FASTKD2 (ENSDNOG00000012653)	CPO (ENSDNOG00000012917)	KLF7 (ENSDNOG00000035718)	CREB1 (ENSDNOG00000008373)	ENSDNOG00000044669	CCNYL1 (ENSDNOG00000006969)	FZD5 (ENSDNOG00000049235)	PLEKHM3 (ENSDNOG00000004208)	ENSDNOG00000000659	ENSDNOG00000003591	C2orf80 (ENSDNOG00000034064)	PIKFYVE (ENSDNOG00000004447)
Sloth	MODERN SPECIES	1402																ADAM23 (ENSCHOG00000006581) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000155877	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.b	ENSGT00940000163272	ENSGT00940000158720.a	ENSGT00940000159232.f	ENSGT00940000159232.e
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270.c #15	ENSGT00940000155877	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.b	ENSGT00940000163272	ENSGT00940000158720.a	ENSGT00940000159232.f	ENSGT00940000159232.e
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270.c #15	ENSGT00940000155877	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.b	ENSGT00940000158720.a	ENSGT00940000159232.f	ENSGT00940000159232.e	ENSGT00940000156190.i
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT01030000234979.a	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270.c #15	ENSGT00940000155877	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000162639	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000158720.b	ENSGT00940000158720.a	ENSGT00940000159232.f	ENSGT00940000159232.e	ENSGT00940000156190.i
koala	MODERN SPECIES	132																ADAM23 (ENSPCIG00000018785) #22	FAM237A (ENSPCIG00000018781)	MDH1B (ENSPCIG00000018779)	FASTKD2 (ENSPCIG00000018777)	CPO (ENSPCIG00000018775)	KLF7 (ENSPCIG00000018773)	CREB1 (ENSPCIG00000032499)	METTL21A (ENSPCIG00000018395)	ENSPCIG00000012056	FZD5 (ENSPCIG00000012060)	PLEKHM3 (ENSPCIG00000012063)	ENSPCIG00000035095	ENSPCIG00000031919	ENSPCIG00000036210	ENSPCIG00000034463	ENSPCIG00000012076
Wallaby	MODERN SPECIES	2374																ADAM23 (ENSMEUG00000002212) #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	ABI2 (ENSSHAG00000008450)	ENSSHAG00000007679 #7	CD28 (ENSSHAG00000028743) #10	CTLA4 (ENSSHAG00000016177) #12	ENSSHAG00000015832 #13	ENSSHAG00000024535	PARD3B (ENSSHAG00000001616) #14	ENSSHAG00000024159 #15	ENSSHAG00000018322 #15	ENSSHAG00000026001	INO80D (ENSSHAG00000029318) #16	NDUFS1 (ENSSHAG00000017865) #17	EEF1B2 (ENSSHAG00000017853) #18	CMKLR2 (ENSSHAG00000021936) #19	ENSSHAG00000028209 #21	ADAM23 (ENSSHAG00000017245) #22	FAM237A (ENSSHAG00000017064)	MDH1B (ENSSHAG00000016820)	ENSSHAG00000016740	ENSSHAG00000022521	CPO (ENSSHAG00000026232)	KLF7 (ENSSHAG00000015861)	CREB1 (ENSSHAG00000013905)	METTL21A (ENSSHAG00000013828)	ENSSHAG00000013219	FZD5 (ENSSHAG00000027632)	PLEKHM3 (ENSSHAG00000011794)	ENSSHAG00000011379	CRYGD (ENSSHAG00000028541)	ENSSHAG00000011184	ENSSHAG00000026286
Opossum	MODERN SPECIES	6	CYP20A1 (ENSMODG00000016255)	ABI2 (ENSMODG00000016244)	ENSMODG00000016237 #7	CD28 (ENSMODG00000016234) #10	CTLA4 (ENSMODG00000016230) #12	ENSMODG00000025487 #13	ENSMODG00000024816	ENSMODG00000024817	PARD3B (ENSMODG00000016213) #14	NRP2 (ENSMODG00000016052) #15	ENSMODG00000016028	INO80D (ENSMODG00000016027) #16	NDUFS1 (ENSMODG00000016019) #17	EEF1B2 (ENSMODG00000016012) #18	GPR1 (ENSMODG00000046264) #19	ADAM23 (ENSMODG00000016005) #22	FAM237A (ENSMODG00000027693)	ENSMODG00000016001	FASTKD2 (ENSMODG00000015997)	CPO (ENSMODG00000015987)	KLF7 (ENSMODG00000015982)	CREB1 (ENSMODG00000015970)	METTL21A (ENSMODG00000015959)	ENSMODG00000015954	FZD5 (ENSMODG00000015949)	PLEKHM3 (ENSMODG00000027343)	ENSMODG00000024830	CRYGD (ENSMODG00000051256)	ENSMODG00000044652	ENSMODG00000049632	CRYGA (ENSMODG00000015939)
Platypus	MODERN SPECIES	18	ABI2 (ENSOANG00000001380)	ENSOANG00000006769 #7	ENSOANG00000048576	CD28 (ENSOANG00000040633) #10	CTLA4 (ENSOANG00000010895) #12	ENSOANG00000007435 #13	ENSOANG00000041151	PARD3B (ENSOANG00000014041) #14	ENSOANG00000044745 #14	NRP2 (ENSOANG00000012962) #15	ENSOANG00000038688	INO80D (ENSOANG00000012965) #16	NDUFS1 (ENSOANG00000002321) #17	EEF1B2 (ENSOANG00000012964) #18	CMKLR2 (ENSOANG00000012797) #19	ADAM23 (ENSOANG00000000660) #22	FAM237A (ENSOANG00000045785)	MDH1B (ENSOANG00000000659)	ENSOANG00000020472	KLF7 (ENSOANG00000047076)	TIMM17A (ENSOANG00000043200)	LMOD1 (ENSOANG00000041996)	SHISA4 (ENSOANG00000009360)	IPO9 (ENSOANG00000009358)	ENSOANG00000009356	ENSOANG00000048097	NAV1 (ENSOANG00000009353)	ENSOANG00000009350	PHLDA3 (ENSOANG00000009349)	TNNI1 (ENSOANG00000040983)	ENSOANG00000049867
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163494.a.b.g.b	ENSGT00940000159232	ENSGT00940000156190	ENSGT00390000004840
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163494.a.b.g.b	ENSGT00940000159232	ENSGT00940000156190	ENSGT00940000163322.a.b
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00960000187202	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000177631	ENSGT00940000156307.b
Aves	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000003964.b	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408.b	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.d	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000163494.a.b.g.b	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408.b	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.d	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449	ENSGT00940000153534.A
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	120					ABI2 (ENSABRG00000018029)	RAPH1 (ENSABRG00000018013) #7	CD28 (ENSABRG00000018006) #10	CTLA4 (ENSABRG00000018000) #12	ICOS (ENSABRG00000017991) #13	PARD3B (ENSABRG00000017834) #14	NRP2 (ENSABRG00000017280) #15	INO80D (ENSABRG00000017222) #16	NDUFS1 (ENSABRG00000017107) #17	EEF1B2 (ENSABRG00000017085) #18	CMKLR2 (ENSABRG00000017081) #19	ADAM23 (ENSABRG00000016867) #22	FAM237A (ENSABRG00000016843)	MDH1B (ENSABRG00000016828)	FASTKD2 (ENSABRG00000016816)	CPO (ENSABRG00000016806)	KLF7 (ENSABRG00000016797)	CREB1 (ENSABRG00000016788)	ENSABRG00000016786	ENSABRG00000016702	ENSABRG00000016686	PLEKHM3 (ENSABRG00000016681)	CARF (ENSABRG00000016665)	WDR12 (ENSABRG00000016630)	FAM117B (ENSABRG00000016605)	BMPR2 (ENSABRG00000016558)	NOP58 (ENSABRG00000016523)
Duck	MODERN SPECIES	25	ENSAPLG00000027901	ENSAPLG00000025723	ENSAPLG00000025132	CYP20A1 (ENSAPLG00000015942)	ABI2 (ENSAPLG00000016216)	RAPH1 (ENSAPLG00000000860) #7	CD28 (ENSAPLG00000001723) #10	CTLA4 (ENSAPLG00000001966) #12	ICOS (ENSAPLG00000002410) #13	PARD3B (ENSAPLG00000002583) #14	NRP2 (ENSAPLG00000002735) #15	INO80D (ENSAPLG00000004131) #16	NDUFS1 (ENSAPLG00000004262) #17	EEF1B2 (ENSAPLG00000004841) #18	CMKLR2 (ENSAPLG00000001630) #19	ADAM23 (ENSAPLG00000005205) #22	FAM237A (ENSAPLG00000005882)	ENSAPLG00000005888	MDH1B (ENSAPLG00000006087)	FASTKD2 (ENSAPLG00000006177)	CPO (ENSAPLG00000006729)	KLF7 (ENSAPLG00000006752)	CREB1 (ENSAPLG00000006786)	METTL21A (ENSAPLG00000007133)	ENSAPLG00000007167	ENSAPLG00000001632	PLEKHM3 (ENSAPLG00000007354)	CARF (ENSAPLG00000007561)	WDR12 (ENSAPLG00000007646)	FAM117B (ENSAPLG00000007980)	BMPR2 (ENSAPLG00000008092)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408.b	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.d	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449
Japanese quail	MODERN SPECIES	25	ABI2 (ENSCJPG00005015864)	EEF1B2 (ENSCJPG00005015859) #18	NDUFS1 (ENSCJPG00005015858) #17	INO80D (ENSCJPG00005015857) #16	NRP2 (ENSCJPG00005015851) #15	ENSCJPG00005015848	ENSCJPG00005015847	ENSCJPG00005015846	PARD3B (ENSCJPG00005015409) #14	ICOS (ENSCJPG00005015381) #13	CTLA4 (ENSCJPG00005015379) #12	CD28 (ENSCJPG00005015378) #10	ENSCJPG00005015375	RAPH1 (ENSCJPG00005015370) #7	CMKLR2 (ENSCJPG00005015367) #19	ADAM23 (ENSCJPG00005015363) #22	MDH1B (ENSCJPG00005015360)	FASTKD2 (ENSCJPG00005015357)	CPO (ENSCJPG00005015355)	KLF7 (ENSCJPG00005015354)	CREB1 (ENSCJPG00005015351)	METTL21A (ENSCJPG00005015350)	ENSCJPG00005015349	ENSCJPG00005015348	PLEKHM3 (ENSCJPG00005015346)	CARF (ENSCJPG00005015344)	WDR12 (ENSCJPG00005015343)	FAM117B (ENSCJPG00005015342)	BMPR2 (ENSCJPG00005015341)	NOP58 (ENSCJPG00005015334)	SUMO1 (ENSCJPG00005015331)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408.b	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b.d	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449
Chicken	MODERN SPECIES	36	NBEAL1 (ENSGALG00010022149)	ENSGALG00010022124	CYP20A1 (ENSGALG00010022116)	ABI2 (ENSGALG00010022079)	RAPH1 (ENSGALG00010022033) #7	CD28 (ENSGALG00010021995) #10	CTLA4 (ENSGALG00010021983) #12	ICOS (ENSGALG00010021971) #13	PARD3B (ENSGALG00010021734) #14	NRP2 (ENSGALG00010026008) #15	INO80D (ENSGALG00010025994) #16	NDUFS1 (ENSGALG00010025984) #17	EEF1B2 (ENSGALG00010025974) #18	GPR1 (ENSGALG00010025960) #19	ENSGALG00010025836 #21	ADAM23 (ENSGALG00010026825) #22	FAM237A (ENSGALG00010025900)	DYTN (ENSGALG00010025894)	MDH1B (ENSGALG00010025874)	FASTKD2 (ENSGALG00010025869)	CPO (ENSGALG00010025855)	KLF7 (ENSGALG00010025822)	CREB1 (ENSGALG00010025351)	METTL21A (ENSGALG00010025340)	FZD5 (ENSGALG00010025333)	PLEKHM3 (ENSGALG00010025312)	CARF (ENSGALG00010025262)	WDR12 (ENSGALG00010025233)	FAM117B (ENSGALG00010025222)	BMPR2 (ENSGALG00010025207)	NOP58 (ENSGALG00010025157)
Turkey	MODERN SPECIES	27	ENSMGAG00000019768	NBEAL1 (ENSMGAG00000008870)	ENSMGAG00000019797	CYP20A1 (ENSMGAG00000008831)	ABI2 (ENSMGAG00000008821)	RAPH1 (ENSMGAG00000008794) #7	CD28 (ENSMGAG00000008783) #10	CTLA4 (ENSMGAG00000008759) #12	ICOS (ENSMGAG00000008751) #13	ENSMGAG00000021009 #15	PARD3B (ENSMGAG00000008728) #14	INO80D (ENSMGAG00000008621) #16	NDUFS1 (ENSMGAG00000008573) #17	EEF1B2 (ENSMGAG00000008548) #18	CMKLR2 (ENSMGAG00000016159) #19	ADAM23 (ENSMGAG00000008433) #22	FAM237A (ENSMGAG00000020531)	MDH1B (ENSMGAG00000008532)	FASTKD2 (ENSMGAG00000008516)	CPO (ENSMGAG00000008430)	KLF7 (ENSMGAG00000008396)	CREB1 (ENSMGAG00000008360)	METTL21A (ENSMGAG00000008350)	ENSMGAG00000008327	ENSMGAG00000016153	PLEKHM3 (ENSMGAG00000008315)	CARF (ENSMGAG00000008291)	WDR12 (ENSMGAG00000008240)	FAM117B (ENSMGAG00000008139)	BMPR2 (ENSMGAG00000008156)	NOP58 (ENSMGAG00000008189)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449
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Kakapo	MODERN SPECIES	22	NBEAL1 (ENSSHBG00005003608)	ENSSHBG00005002906	CYP20A1 (ENSSHBG00005002889)	ABI2 (ENSSHBG00005002858)	RAPH1 (ENSSHBG00005002809) #7	CTLA4 (ENSSHBG00005002762) #12	ICOS (ENSSHBG00005002727) #13	PARD3B (ENSSHBG00005002706) #14	ENSSHBG00005002675 #14	NRP2 (ENSSHBG00005002621) #15	INO80D (ENSSHBG00005002582) #16	NDUFS1 (ENSSHBG00005002546) #17	EEF1B2 (ENSSHBG00005002514) #18	CMKLR2 (ENSSHBG00005002504) #19	ENSSHBG00005002492 #21	ADAM23 (ENSSHBG00005002434) #22	FAM237A (ENSSHBG00005002374)	MDH1B (ENSSHBG00005002354)	FASTKD2 (ENSSHBG00005002335)	CPO (ENSSHBG00005002311)	KLF7 (ENSSHBG00005002296)	CREB1 (ENSSHBG00005002287)	METTL21A (ENSSHBG00005002278)	ENSSHBG00005002269	ENSSHBG00005002253	PLEKHM3 (ENSSHBG00005002232)	CARF (ENSSHBG00005002136)	WDR12 (ENSSHBG00005002114)	FAM117B (ENSSHBG00005002099)	BMPR2 (ENSSHBG00005002078)	NOP58 (ENSSHBG00005002029)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449
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Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155041.n	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000013916	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00950000183046.a.a	ENSGT00940000156449	ENSGT00940000153534.A
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Flycatcher	MODERN SPECIES	26	ENSFALG00000003658	ENSFALG00000003669	CYP20A1 (ENSFALG00000003678)	ABI2 (ENSFALG00000003705)	RAPH1 (ENSFALG00000003713) #7	CD28 (ENSFALG00000003718) #10	CTLA4 (ENSFALG00000003729) #12	ICOS (ENSFALG00000003743) #13	PARD3B (ENSFALG00000003749) #14	ENSFALG00000024358	NRP2 (ENSFALG00000003789) #15	INO80D (ENSFALG00000003838) #16	NDUFS1 (ENSFALG00000003849) #17	EEF1B2 (ENSFALG00000003879) #18	CMKLR2 (ENSFALG00000015287) #19	ADAM23 (ENSFALG00000003913) #22	FAM237A (ENSFALG00000003948)	DYTN (ENSFALG00000003952)	MDH1B (ENSFALG00000003957)	FASTKD2 (ENSFALG00000003964)	CPO (ENSFALG00000003980)	KLF7 (ENSFALG00000003989)	ENSFALG00000023985	CREB1 (ENSFALG00000003996)	METTL21A (ENSFALG00000004003)	ENSFALG00000027089	PLEKHM3 (ENSFALG00000004020)	CARF (ENSFALG00000004023)	WDR12 (ENSFALG00000004032)	FAM117B (ENSFALG00000004036)	BMPR2 (ENSFALG00000004047)
Great tit	MODERN SPECIES	27	ENSPMJG00000018332	NBEAL1 (ENSPMJG00000018330)	ENSPMJG00000018329	CYP20A1 (ENSPMJG00000018328)	ABI2 (ENSPMJG00000018327)	RAPH1 (ENSPMJG00000018308) #7	CD28 (ENSPMJG00000018298) #10	CTLA4 (ENSPMJG00000018297) #12	ICOS (ENSPMJG00000018295) #13	PARD3B (ENSPMJG00000018290) #14	NRP2 (ENSPMJG00000018287) #15	INO80D (ENSPMJG00000018285) #16	NDUFS1 (ENSPMJG00000018281) #17	EEF1B2 (ENSPMJG00000018274) #18	CMKLR2 (ENSPMJG00000018273) #19	ADAM23 (ENSPMJG00000018267) #22	FAM237A (ENSPMJG00000018264)	DYTN (ENSPMJG00000018263)	MDH1B (ENSPMJG00000018262)	FASTKD2 (ENSPMJG00000018261)	CPO (ENSPMJG00000018259)	KLF7 (ENSPMJG00000018257)	CREB1 (ENSPMJG00000018256)	METTL21A (ENSPMJG00000018255)	ENSPMJG00000018252	ENSPMJG00000018250	PLEKHM3 (ENSPMJG00000018247)	CARF (ENSPMJG00000018244)	WDR12 (ENSPMJG00000018243)	FAM117B (ENSPMJG00000018242)	BMPR2 (ENSPMJG00000018240)
African ostrich	MODERN SPECIES	602										ENSSCUG00000009062 #14	NRP2 (ENSSCUG00000009065) #15	INO80D (ENSSCUG00000009069) #16	NDUFS1 (ENSSCUG00000009074) #17	EEF1B2 (ENSSCUG00000009076) #18	CMKLR2 (ENSSCUG00000009084) #19	ADAM23 (ENSSCUG00000009094) #22	FAM237A (ENSSCUG00000009115)	DYTN (ENSSCUG00000009118)	MDH1B (ENSSCUG00000009125)	FASTKD2 (ENSSCUG00000009126)	CPO (ENSSCUG00000009130)	KLF7 (ENSSCUG00000009135)	CREB1 (ENSSCUG00000009137)	METTL21A (ENSSCUG00000009140)	ENSSCUG00000009142	PLEKHM3 (ENSSCUG00000009146)	ENSSCUG00000009148	CARF (ENSSCUG00000009150)	WDR12 (ENSSCUG00000009160)	ENSSCUG00000009168
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	66	NBEAL1 (ENSCPRG00005001495)	ENSCPRG00005001521	CYP20A1 (ENSCPRG00005001526)	ABI2 (ENSCPRG00005001556)	RAPH1 (ENSCPRG00005001588) #7	CD28 (ENSCPRG00005001690) #10	CTLA4 (ENSCPRG00005001699) #12	ICOS (ENSCPRG00005001703) #13	ENSCPRG00005001708	PARD3B (ENSCPRG00005001781) #14	NRP2 (ENSCPRG00005001802) #15	INO80D (ENSCPRG00005001847) #16	NDUFS1 (ENSCPRG00005001849) #17	EEF1B2 (ENSCPRG00005001854) #18	CMKLR2 (ENSCPRG00005001863) #19	ADAM23 (ENSCPRG00005001887) #22	FAM237A (ENSCPRG00005001904)	DYTN (ENSCPRG00005001912)	MDH1B (ENSCPRG00005001923)	FASTKD2 (ENSCPRG00005001926)	CPO (ENSCPRG00005001934)	KLF7 (ENSCPRG00005001954)	CREB1 (ENSCPRG00005001961)	METTL21A (ENSCPRG00005001979)	ENSCPRG00005001990	ENSCPRG00005002000	PLEKHM3 (ENSCPRG00005002005)	ENSCPRG00005002018	ENSCPRG00005002022	CRYGA (ENSCPRG00005002034)	ENSCPRG00005002039
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163494.a.b.g.b	ENSGT00940000159232	ENSGT00940000156190	ENSGT00390000004840
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Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	25	CARF (ENSTMTG00000011136)	ENSTMTG00000011258	NBEAL1 (ENSTMTG00000011535)	ENSTMTG00000000064	ABI2 (ENSTMTG00000000124)	RAPH1 (ENSTMTG00000000330) #7	CD28 (ENSTMTG00000000707) #10	CTLA4 (ENSTMTG00000000717) #12	ICOS (ENSTMTG00000000728) #13	PARD3B (ENSTMTG00000000749) #14	NRP2 (ENSTMTG00000000762) #15	INO80D (ENSTMTG00000000797) #16	NDUFS1 (ENSTMTG00000000828) #17	EEF1B2 (ENSTMTG00000000857) #18	CMKLR2 (ENSTMTG00000000886) #19	ADAM23 (ENSTMTG00000000910) #22	FAM237A (ENSTMTG00000000963)	DYTN (ENSTMTG00000000982)	MDH1B (ENSTMTG00000001002)	FASTKD2 (ENSTMTG00000001072)	CPO (ENSTMTG00000001098)	KLF7 (ENSTMTG00000001122)	CREB1 (ENSTMTG00000001136)	METTL21A (ENSTMTG00000001153)	ENSTMTG00000001162	ENSTMTG00000001184	PLEKHM3 (ENSTMTG00000001191)	ENSTMTG00000001219	ENSTMTG00000001256	ENSTMTG00000001279	ENSTMTG00000001290
painted turtle	MODERN SPECIES	805						ENSCPBG00000015084	STK32A (ENSCPBG00000018970)	ENSCPBG00000019076	ENSCPBG00000019086 #14	NRP2 (ENSCPBG00000019110) #15	INO80D (ENSCPBG00000019181) #16	NDUFS1 (ENSCPBG00000019234) #17	EEF1B2 (ENSCPBG00000019285) #18	ENSCPBG00000019321	CMKLR2 (ENSCPBG00000019397) #19	ADAM23 (ENSCPBG00000019586) #22	FAM237A (ENSCPBG00000020040)	DYTN (ENSCPBG00000020053)	MDH1B (ENSCPBG00000020070)	FASTKD2 (ENSCPBG00000020108)	CPO (ENSCPBG00000020174)	KLF7 (ENSCPBG00000020188)	CREB1 (ENSCPBG00000020191)	METTL21A (ENSCPBG00000020196)	ENSCPBG00000020210	ENSCPBG00000020270	PLEKHM3 (ENSCPBG00000020373)	ENSCPBG00000020472	ENSCPBG00000020500	CRYGA (ENSCPBG00000020534)	ENSCPBG00000020642
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000176171	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00960000187394	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163494.a.b.g.b	ENSGT00960000190368	ENSGT00940000156190	ENSGT00940000163322.a.b.e
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	2	CYP20A1 (ENSGEVG00005007271)	ENSGEVG00005007253	ABI2 (ENSGEVG00005007221)	RAPH1 (ENSGEVG00005007171) #7	CD28 (ENSGEVG00005007000) #10	CTLA4 (ENSGEVG00005006968) #12	ICOS (ENSGEVG00005006946) #13	PARD3B (ENSGEVG00005006583) #14	ENSGEVG00005006463	NRP2 (ENSGEVG00005006393) #15	INO80D (ENSGEVG00005006347) #16	NDUFS1 (ENSGEVG00005006314) #17	EEF1B2 (ENSGEVG00005006284) #18	CMKLR2 (ENSGEVG00005006269) #19	ENSGEVG00005006255 #21	ADAM23 (ENSGEVG00005006163) #22	FAM237A (ENSGEVG00005006142)	DYTN (ENSGEVG00005006111)	MDH1B (ENSGEVG00005006096)	FASTKD2 (ENSGEVG00005006068)	CPO (ENSGEVG00005005978)	KLF7 (ENSGEVG00005005958)	CREB1 (ENSGEVG00005005883)	METTL21A (ENSGEVG00005005862)	ENSGEVG00005005842	ENSGEVG00005005818	PLEKHM3 (ENSGEVG00005005792)	ENSGEVG00005005756	ENSGEVG00005005746	CRYGA (ENSGEVG00005005709)	ENSGEVG00005005668
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2493																ADAM23 (ENSCABG00000021632) #22	FAM237A (ENSCABG00000021631)	DYTN (ENSCABG00000021630)	MDH1B (ENSCABG00000021626)	FASTKD2 (ENSCABG00000021583)	CPO (ENSCABG00000021572)	KLF7 (ENSCABG00000021571)	CREB1 (ENSCABG00000021569)	METTL21A (ENSCABG00000021568)	ENSCABG00000021553	ENSCABG00000021547	PLEKHM3 (ENSCABG00000021546)	ENSCABG00000021540	ENSCABG00000021536	ENSCABG00000021534	ENSCABG00000021532
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1524									ENSPSIG00000001658	INO80D (ENSPSIG00000015512) #16	ENSPSIG00000015732	EEF1B2 (ENSPSIG00000016994) #18	CMKLR2 (ENSPSIG00000001662) #19	ENSPSIG00000017017 #21	ENSPSIG00000001667 #21	ADAM23 (ENSPSIG00000017026) #22	DYTN (ENSPSIG00000017788)	MDH1B (ENSPSIG00000017813)	FASTKD2 (ENSPSIG00000017841)	CPO (ENSPSIG00000017869)	KLF7 (ENSPSIG00000005254)	CREB1 (ENSPSIG00000005343)	ENSPSIG00000005475	METTL21A (ENSPSIG00000005482)	ENSPSIG00000005491	ENSPSIG00000005504	PLEKHM3 (ENSPSIG00000005544)	ENSPSIG00000005584	MRPS16 (ENSPSIG00000005589)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094	ENSGT00940000156597.b	ENSGT00640000091496
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094	ENSGT00940000156597.b	ENSGT00640000091496
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00930000150950.b	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000004840	ENSGT00940000154107.b	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094
Common wall lizard	MODERN SPECIES		CARF (ENSPMRG00000006921)	ENSPMRG00000006930	NBEAL1 (ENSPMRG00000007358)	CYP20A1 (ENSPMRG00000008728)	ABI2 (ENSPMRG00000008747)	RAPH1 (ENSPMRG00000008789) #7	CD28 (ENSPMRG00000008873) #10	CTLA4 (ENSPMRG00000008883) #12	PARD3B (ENSPMRG00000008900) #14	ENSPMRG00000008928	ENSPMRG00000008932	NRP2 (ENSPMRG00000008950) #15	INO80D (ENSPMRG00000009029) #16	EEF1B2 (ENSPMRG00000009046) #18	NDUFS1 (ENSPMRG00000009096) #17	ADAM23 (ENSPMRG00000009258) #22	FAM237A (ENSPMRG00000009266)	DYTN (ENSPMRG00000000114)	ENSPMRG00000000134	ENSPMRG00000000143	FASTKD2 (ENSPMRG00000000149)	KLF7 (ENSPMRG00000000188)	CREB1 (ENSPMRG00000000233)	METTL21A (ENSPMRG00000000269)	ENSPMRG00000000296	ENSPMRG00000000317	ENSPMRG00000000354	PLEKHM3 (ENSPMRG00000000374)	C2orf80 (ENSPMRG00000000402)	IDH1 (ENSPMRG00000000420)	PIKFYVE (ENSPMRG00000000782)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	12	WDR12 (ENSSMRG00000020782)	ENSSMRG00000020781	NBEAL1 (ENSSMRG00000020780)	ENSSMRG00000020779	CYP20A1 (ENSSMRG00000020778)	ABI2 (ENSSMRG00000020777)	RAPH1 (ENSSMRG00000020776) #7	ENSSMRG00000020658	CTLA4 (ENSSMRG00000020651) #12	PARD3B (ENSSMRG00000020645) #14	NRP2 (ENSSMRG00000020640) #15	INO80D (ENSSMRG00000020639) #16	NDUFS1 (ENSSMRG00000020638) #17	EEF1B2 (ENSSMRG00000020633) #18	CMKLR2 (ENSSMRG00000020632) #19	ADAM23 (ENSSMRG00000020333) #22	FAM237A (ENSSMRG00000020332)	MDH1B (ENSSMRG00000020330)	FASTKD2 (ENSSMRG00000020328)	KLF7 (ENSSMRG00000020327)	CREB1 (ENSSMRG00000020325)	METTL21A (ENSSMRG00000020324)	ENSSMRG00000020322	ENSSMRG00000020321	PLEKHM3 (ENSSMRG00000020318)	C2orf80 (ENSSMRG00000020315)	ENSSMRG00000020312	IDH1 (ENSSMRG00000020311)	PIKFYVE (ENSSMRG00000020308)	PTH2R (ENSSMRG00000020291)	ENSSMRG00000020288
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000003964.b	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094	ENSGT00940000156597.b	ENSGT00640000091496	ENSGT00390000001447
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000003964.b	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089.g	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00960000187202	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b	ENSGT00940000159094	ENSGT00940000156597.b	ENSGT00640000091496	ENSGT00390000001447
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	39										ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00960000187202	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b.g	ENSGT00940000159094	ENSGT00940000156597.b	ENSGT00640000091496	ENSGT00390000001447
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	39										ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00960000187202	ENSGT00390000012547.b	ENSGT00940000156307.b.g	ENSGT00940000159094	ENSGT00940000156597.b	ENSGT00640000091496	ENSGT00390000001447
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	36								ENSPTXG00000008221	ENSPTXG00000008219	PARD3B (ENSPTXG00000008179) #14	NRP2 (ENSPTXG00000008167) #15	INO80D (ENSPTXG00000008163) #16	NDUFS1 (ENSPTXG00000008161) #17	EEF1B2 (ENSPTXG00000008156) #18	CMKLR2 (ENSPTXG00000008154) #19	ADAM23 (ENSPTXG00000008147) #22	MDH1B (ENSPTXG00000008146)	FASTKD2 (ENSPTXG00000008144)	KLF7 (ENSPTXG00000008140)	CREB1 (ENSPTXG00000008139)	METTL21A (ENSPTXG00000008138)	ENSPTXG00000008137	ENSPTXG00000008136	PLEKHM3 (ENSPTXG00000008135)	IDH1 (ENSPTXG00000008132)	PIKFYVE (ENSPTXG00000007358)	PTH2R (ENSPTXG00000007351)	ENSPTXG00000007270	UNC80 (ENSPTXG00000007262)	ENSPTXG00000007256	ENSPTXG00000007255
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	50									ENSNSUG00000005042	PARD3B (ENSNSUG00000005020) #14	NRP2 (ENSNSUG00000005004) #15	INO80D (ENSNSUG00000004988) #16	NDUFS1 (ENSNSUG00000004982) #17	EEF1B2 (ENSNSUG00000004974) #18	CMKLR2 (ENSNSUG00000004973) #19	ADAM23 (ENSNSUG00000004968) #22	MDH1B (ENSNSUG00000004966)	FASTKD2 (ENSNSUG00000004850)	KLF7 (ENSNSUG00000004849)	CREB1 (ENSNSUG00000004838)	METTL21A (ENSNSUG00000004836)	ENSNSUG00000004835	ENSNSUG00000004833	ENSNSUG00000004832	PLEKHM3 (ENSNSUG00000004824)	ENSNSUG00000004822	ENSNSUG00000004820	IDH1 (ENSNSUG00000004817)	PIKFYVE (ENSNSUG00000004809)	PTH2R (ENSNSUG00000004799)	ENSNSUG00000004751
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	1202																ADAM23 (ENSLLTG00000018110) #22
Indian cobra	MODERN SPECIES		NBEAL1 (ENSNNAG00000008400)	ENSNNAG00000008350	CYP20A1 (ENSNNAG00000008325)	ABI2 (ENSNNAG00000008284)	RAPH1 (ENSNNAG00000007996) #7	CD28 (ENSNNAG00000007953) #10	CTLA4 (ENSNNAG00000007939) #12	ICOS (ENSNNAG00000007918) #13	ENSNNAG00000007910	PARD3B (ENSNNAG00000007817) #14	NRP2 (ENSNNAG00000007682) #15	INO80D (ENSNNAG00000007613) #16	NDUFS1 (ENSNNAG00000007093) #17	EEF1B2 (ENSNNAG00000006992) #18	CMKLR2 (ENSNNAG00000006981) #19	ADAM23 (ENSNNAG00000006219) #22	MDH1B (ENSNNAG00000006119)	FASTKD2 (ENSNNAG00000006083)	KLF7 (ENSNNAG00000006050)	CREB1 (ENSNNAG00000006029)	METTL21A (ENSNNAG00000005999)	ENSNNAG00000005945	ENSNNAG00000005932	PLEKHM3 (ENSNNAG00000005905)	ENSNNAG00000005842	ENSNNAG00000005828	IDH1 (ENSNNAG00000005790)	PIKFYVE (ENSNNAG00000005522)	PTH2R (ENSNNAG00000005410)	ENSNNAG00000005292	UNC80 (ENSNNAG00000005183)
Lizard	MODERN SPECIES	822	NBEAL1 (ENSACAG00000004721)	ENSACAG00000004658	CYP20A1 (ENSACAG00000004604)	ENSACAG00000045333	ABI2 (ENSACAG00000004539)	RAPH1 (ENSACAG00000004500) #7	CD28 (ENSACAG00000004486) #10	ENSACAG00000028063 #12	ENSACAG00000037252	PARD3B (ENSACAG00000004428) #14	NRP2 (ENSACAG00000004128) #15	INO80D (ENSACAG00000004095) #16	NDUFS1 (ENSACAG00000001471) #17	CMKLR2 (ENSACAG00000001415) #19	EEF1B2 (ENSACAG00000001423) #18	ADAM23 (ENSACAG00000009477) #22	ENSACAG00000028631	MDH1B (ENSACAG00000009563)	FASTKD2 (ENSACAG00000009610)	KLF7 (ENSACAG00000009642)
tuatara	MODERN SPECIES	638											INO80D (ENSSPUG00000001624) #16	NDUFS1 (ENSSPUG00000001696) #17	EEF1B2 (ENSSPUG00000001704) #18	CMKLR2 (ENSSPUG00000001735) #19	ENSSPUG00000001749 #21	ADAM23 (ENSSPUG00000001758) #22	FAM237A (ENSSPUG00000001808)	MDH1B (ENSSPUG00000001821)	ENSSPUG00000001879
Anura	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00390000013916	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619	ENSGT00500000044939	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00390000000801 #13	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642.b #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00940000161508.d	ENSGT00940000155235	ENSGT00940000155408	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000154453.b	ENSGT00940000161191.B	ENSGT00940000159743	ENSGT00940000163494.a.b.f	ENSGT00940000163494.a.b.e.a.a.b	ENSGT00940000163322.a.b.c.b.a	ENSGT00940000163494.a.b.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000163494.a.b.e.a.a.a.a.a
Frog	MODERN SPECIES	9	ENSXETG00000040147	ENSXETG00000037714	cdk15 (ENSXETG00000012405)	als2 (ENSXETG00000012406)	ICOS (ENSXETG00000040525) #13	pard3b (ENSXETG00000012407) #14	nrp2 (ENSXETG00000010095) #15	ENSXETG00000048152	ino80d (ENSXETG00000033629) #16	eef1b2 (ENSXETG00000010098) #18	ndufs1 (ENSXETG00000010108) #17	cops8 (ENSXETG00000025427)	cmklr2 (ENSXETG00000043302) #19	ENSXETG00000042410	ENSXETG00000046685	adam23 (ENSXETG00000010118) #22	ENSXETG00000044734	mdh1b (ENSXETG00000034073)	fastkd2 (ENSXETG00000031283)	ENSXETG00000048816	klf7 (ENSXETG00000046427)	creb1 (ENSXETG00000016392)	mettl21a (ENSXETG00000046854)	fzd5 (ENSXETG00000046962)	ccnyl1 (ENSXETG00000016385)	plekhm3 (ENSXETG00000016380)	ENSXETG00000043212	ENSXETG00000044470	ENSXETG00000040211	cryga.6 (ENSXETG00000038861)	cryga.5 (ENSXETG00000042016)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	10	ENSLLEG00000024478	ENSLLEG00000026251	SLC19A1 (ENSLLEG00000026312)	ENSLLEG00000026468	ENSLLEG00000026502	ENSLLEG00000026550	ENSLLEG00000026571	ENSLLEG00000026634	INO80D (ENSLLEG00000026673) #16	ENSLLEG00000026753	NDUFS1 (ENSLLEG00000026791) #17	NDUFA3 (ENSLLEG00000027063)	ENSLLEG00000027121 #18	CMKLR2 (ENSLLEG00000027365) #19	ENSLLEG00000027417	ADAM23 (ENSLLEG00000027464) #22	ENSLLEG00000027839	ENSLLEG00000027867	MDH1B (ENSLLEG00000027901)	ENSLLEG00000027975	ENSLLEG00000028046	ENSLLEG00000028099	KLF7 (ENSLLEG00000028217)	ENSLLEG00000028248	ENSLLEG00000028325	ENSLLEG00000028357	ENSLLEG00000028383	ENSLLEG00000028397	ENSLLEG00000028422	ENSLLEG00000028447	ENSLLEG00000028467
Coelacanth	MODERN SPECIES	2931															ENSLACG00000001646 #21	ADAM23 (ENSLACG00000004473) #22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	116					ENSGT00390000004553	ENSGT00940000168433	ENSGT00940000155126	ENSGT00940000166348	ENSGT00940000161508	ENSGT00950000183214.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155270 #15	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00530000063410.b	ENSGT01030000234607.A.b	ENSGT00530000063873.B #12	ENSGT00530000063873.A #10	ENSGT00940000156552 #7	ENSGT00940000156089	ENSGT00940000176171	ENSGT00500000044939	ENSGT00390000005159	ENSGT00940000156444	ENSGT00940000155861.C	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000158239.b
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	287												ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000162403	ENSGT00940000160319.i.a	ENSGT00940000158202	ENSGT00940000155390	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156862	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT01030000234621.F	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000160319.i.a	ENSGT00940000158202	ENSGT00940000155390	ENSGT00940000155041	ENSGT00390000017619
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	133	ENSGT00940000162795.a	ENSGT00940000153931.b	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000156862	ENSGT00940000165805	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b	ENSGT00940000160594.g.b	ENSGT00940000155502	ENSGT00940000155318.b.b	ENSGT00940000155972.B.db	ENSGT00940000153476.b.o.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974.a #16	ENSGT00940000153514.b #17	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781.a #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000178777	ENSGT00940000164225	ENSGT00940000166591.n	ENSGT00940000160319.i.a	ENSGT00940000158202.o	ENSGT00940000164444.a.k	ENSGT00950000182882.A.b.b.e	ENSGT00950000182905.a.b.c
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	236							lancl1 (ENSPKIG00000016438)	myl1 (ENSPKIG00000016470)	acadl (ENSPKIG00000016509)	FARP1 (ENSPKIG00000016568)	DOCK9 (ENSPKIG00000016672)	ENSPKIG00000016861	INO80D (ENSPKIG00000016907) #16	ndufs1 (ENSPKIG00000016957) #17	ENSPKIG00000017005 #21	ADAM23 (ENSPKIG00000017042) #22	FAM237A (ENSPKIG00000017119)	ENSPKIG00000017134	ENSPKIG00000017154	CASP8 (ENSPKIG00000017175)	TRAK2 (ENSPKIG00000017216)	ihha (ENSPKIG00000017310)	BIN1 (ENSPKIG00000017362)	cyp27c1 (ENSPKIG00000017426)	ENSPKIG00000017463	TUBA4A (ENSPKIG00000017497)	tuba8l3 (ENSPKIG00000017527)	DNAJB2 (ENSPKIG00000017548)	PTPRN (ENSPKIG00000017581)	desma (ENSPKIG00000017657)	TMEM198 (ENSPKIG00000017682)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	5	dct (ENSSFOG00015031286)	ENSSFOG00015028902	CLDN10 (ENSSFOG00015003436)	ENSSFOG00015003454	ENSSFOG00015030004	CLDN10 (ENSSFOG00015003645)	HS6ST3 (ENSSFOG00015003659)	mbnl2 (ENSSFOG00015003664)	RAP2A (ENSSFOG00015032681)	kpnb3 (ENSSFOG00015003715)	FARP1 (ENSSFOG00015003801)	DOCK9 (ENSSFOG00015003841)	ENSSFOG00015004062	INO80D (ENSSFOG00015004125) #16	ndufs1 (ENSSFOG00015004134) #17	ENSSFOG00015004237 #22	ENSSFOG00015004328	ENSSFOG00015004336	ENSSFOG00015004346	casp8 (ENSSFOG00015028433)	TRAK2 (ENSSFOG00015004411)	ihha (ENSSFOG00015004663)	BIN1 (ENSSFOG00015004707)	cyp27c1 (ENSSFOG00015004772)	TMEM198 (ENSSFOG00015004809)	desma (ENSSFOG00015004838)	PTPRN (ENSSFOG00015004881)	ENSSFOG00015032440	tuba8l3 (ENSSFOG00015026320)	TUBA4A (ENSSFOG00015005821)	ENSSFOG00015005840
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	335								ENSGT00940000155318.b.a	ENSGT00940000155972.B.eb	ENSGT00940000155995.e.a	ENSGT00940000153476.b.p	ENSGT00940000157974.b #16	ENSGT00970000193449	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000160642.g #19	ENSGT00940000158781.b #22	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000166591.m	ENSGT00940000164538	ENSGT00940000158202.p	ENSGT00940000155390	ENSGT00940000155041
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Asian bonytongue	MODERN SPECIES	3	HS6ST3 (ENSSFOG00015006050)	oxgr1a.2 (ENSSFOG00015006077)	mbnl2 (ENSSFOG00015006106)	RAP2A (ENSSFOG00015006212)	ENSSFOG00015006223	ENSSFOG00015024727	ENSSFOG00015026887	FARP1 (ENSSFOG00015011616)	DOCK9 (ENSSFOG00015011710)	ENSSFOG00015011838	STK24 (ENSSFOG00015011871)	INO80D (ENSSFOG00015011916) #16	ENSSFOG00015011977	eef1b2 (ENSSFOG00015026020) #18	CMKLR2 (ENSSFOG00015011987) #19	ADAM23 (ENSSFOG00015012028) #22	CASP10 (ENSSFOG00015030722)	ENSSFOG00015012196	ENSSFOG00015024498	TRAK2 (ENSSFOG00015012256)	STRADB (ENSSFOG00015012425)	NBEAL1 (ENSSFOG00015012448)	si:dkey-69o16.5 (ENSSFOG00015012557)	nhej1 (ENSSFOG00015012574)	ihha (ENSSFOG00015012595)	ENSSFOG00015012660	ENSSFOG00015027977	bin1b (ENSSFOG00015030999)	cyp27c1 (ENSSFOG00015012737)	ercc3 (ENSSFOG00015012753)	MAP3K2 (ENSSFOG00015012793)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a	ENSGT00940000176946	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000153476.b.p	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000157883.a.a	ENSGT00390000003271	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000159503	ENSGT00940000158354.c.a	ENSGT00940000165065.b
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000157883.a.a	ENSGT01030000234992	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000159503	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155232.s	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059.j	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.c	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266.h	ENSGT00940000161308
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.l	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.b	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.a	ENSGT00940000160594.g.a.a	ENSGT00940000155318.b.a.b.c	ENSGT00940000155972.B.bb	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a.a	ENSGT00940000157974.d #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642.i #19	ENSGT00940000158781.c #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.e	ENSGT00940000157618.s	ENSGT00940000156791.k	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.b	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112.d.a	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b	ENSGT00940000154808.a.a.o.b	ENSGT00940000160027.c	ENSGT00940000157270.s	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266.h.a	ENSGT00940000161308.c	ENSGT00940000159938.a
Huchen	MODERN SPECIES	7	ENSHHUG00000036783	ENSHHUG00000036780	dnajc3a (ENSHHUG00000036759)	UGGT2 (ENSHHUG00000036620)	HS6ST3 (ENSHHUG00000036615)	OXGR1 (ENSHHUG00000036614)	MBNL2 (ENSHHUG00000036576)	RAP2A (ENSHHUG00000036565)	FARP1 (ENSHHUG00000036487)	DOCK9 (ENSHHUG00000035445)	SLC15A1 (ENSHHUG00000035209)	STK24 (ENSHHUG00000034752)	INO80D (ENSHHUG00000034725) #16	NDUFS1 (ENSHHUG00000034654) #17	CMKLR2 (ENSHHUG00000034650) #19	ADAM23 (ENSHHUG00000034486) #22	FAM237A (ENSHHUG00000034479)	ENSHHUG00000034465	prkra (ENSHHUG00000034458)	OSBPL6 (ENSHHUG00000034033)	ENSHHUG00000033983	ENSHHUG00000033970	agps (ENSHHUG00000033666)	nfe2l2a (ENSHHUG00000033612)	hnrnpa3 (ENSHHUG00000033596)	ENSHHUG00000033593	hoxd4a (ENSHHUG00000033580)	hoxd3a (ENSHHUG00000033566)	hoxd9a (ENSHHUG00000033557)	hoxd10a (ENSHHUG00000033547)	hoxd11a (ENSHHUG00000033535)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.l	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.b	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.a	ENSGT00940000160594.g.a.a	ENSGT00940000155318.b.a.b.c	ENSGT00940000155972.B.bb	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a.a	ENSGT00940000157974.d #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642.i #19	ENSGT00940000158781.c #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.e	ENSGT00940000157618.s	ENSGT00940000156791.k	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.b	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112.d.a	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b	ENSGT00940000154808.a.a.o.b	ENSGT00940000160027.c	ENSGT00940000157270.s	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266.h.a	ENSGT00940000161308.c	ENSGT00940000159938.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.l	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.b	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.a	ENSGT00940000160594.g.a.a	ENSGT00940000155318.b.a.b.c	ENSGT00940000155972.B.bb	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a.a	ENSGT00940000157974.d #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642.i #19	ENSGT00940000158781.c #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.e	ENSGT00940000157618.s	ENSGT00940000156791.k	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.b	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112.d.a	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b	ENSGT00940000154808.a.a.o.b	ENSGT00940000160027.c	ENSGT00940000157270.s	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266.h.a	ENSGT00940000161308.c	ENSGT00940000159938.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	21	CLDN10 (ENSOMYG00000042315)	dnajc3a (ENSOMYG00000042251)	UGGT2 (ENSOMYG00000041825)	HS6ST3 (ENSOMYG00000041768)	OXGR1 (ENSOMYG00000050579)	ENSOMYG00000069937	MBNL2 (ENSOMYG00000041695)	RAP2A (ENSOMYG00000041668)	FARP1 (ENSOMYG00000040192)	DOCK9 (ENSOMYG00000033583)	ENSOMYG00000031992	STK24 (ENSOMYG00000022511)	INO80D (ENSOMYG00000031575) #16	NDUFS1 (ENSOMYG00000031087) #17	CMKLR2 (ENSOMYG00000031001) #19	ADAM23 (ENSOMYG00000030881) #22	FAM237A (ENSOMYG00000064639)	ENSOMYG00000030743	prkra (ENSOMYG00000030727)	ENSOMYG00000030172	ENSOMYG00000001314	ENSOMYG00000029761	ENSOMYG00000069592	ENSOMYG00000029706	agps (ENSOMYG00000025901)	nfe2l2a (ENSOMYG00000024868)	hnrnpa3 (ENSOMYG00000024811)	ENSOMYG00000024731	hoxd3a (ENSOMYG00000024709)	hoxd4a (ENSOMYG00000024685)	hoxd9a (ENSOMYG00000024667)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.l	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.b	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.a	ENSGT00940000160594.g.a.a	ENSGT00940000155318.b.a.b.c	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B.bb	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a.a	ENSGT00940000157974.d #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642.i #19	ENSGT00940000158781.c #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.e	ENSGT00940000157618.s	ENSGT00940000156791.k	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.b	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112.d.a	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b	ENSGT00940000154808.a.a.o.b	ENSGT00940000160027.c	ENSGT00940000157270.s	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266.h.a	ENSGT00940000161308.c	ENSGT00940000159938.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	11	ENSOKIG00005036780	dnajc3a (ENSOKIG00005036383)	UGGT2 (ENSOKIG00005031772)	HS6ST3 (ENSOKIG00005031565)	OXGR1 (ENSOKIG00005031560)	MBNL2 (ENSOKIG00005031458)	RAP2A (ENSOKIG00005031425)	FARP1 (ENSOKIG00005030832)	ENSOKIG00005030798	DOCK9 (ENSOKIG00005028370)	SLC15A1 (ENSOKIG00005026269)	STK24 (ENSOKIG00005025874)	INO80D (ENSOKIG00005025836) #16	NDUFS1 (ENSOKIG00005025190) #17	CMKLR2 (ENSOKIG00005025167) #19	ADAM23 (ENSOKIG00005024317) #22	FAM237A (ENSOKIG00005024261)	ENSOKIG00005024257	prkra (ENSOKIG00005024246)	OSBPL6 (ENSOKIG00005020386)	ENSOKIG00005020200	ENSOKIG00005020172	agps (ENSOKIG00005019901)	nfe2l2a (ENSOKIG00005028699)	hnrnpa3 (ENSOKIG00005028673)	ENSOKIG00005028665	ENSOKIG00005028652	hoxd3a (ENSOKIG00005028636)	hoxd4a (ENSOKIG00005028622)	hoxd9a (ENSOKIG00005028604)	hoxd10a (ENSOKIG00005028587)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	2908										DOCK9 (ENSOTSG00005046651)	SLC15A1 (ENSOTSG00005046813)	STK24 (ENSOTSG00005046847)	INO80D (ENSOTSG00005046929) #16	NDUFS1 (ENSOTSG00005046935) #17	CMKLR2 (ENSOTSG00005046970) #19	ADAM23 (ENSOTSG00005046971) #22	FAM237A (ENSOTSG00005046972)	ENSOTSG00005046973	prkra (ENSOTSG00005046974)	OSBPL6 (ENSOTSG00005046983)	cycsb (ENSOTSG00005047596)	ENSOTSG00005047598	agps (ENSOTSG00005047599)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.l	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.b	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.a	ENSGT00940000160594.g.a.a	ENSGT00940000155318.b.a.b.c	ENSGT00940000155972.B.bb	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a.a	ENSGT00940000157974.d #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642.i #19	ENSGT00940000158781.c #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.e	ENSGT00940000157618.s	ENSGT00940000156791.k	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.b	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112.d.a	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.b	ENSGT00940000154808.a.a.o.b	ENSGT00940000160027.c	ENSGT00940000157270.s	ENSGT00940000161503.a.d	ENSGT00940000158266.h.a	ENSGT00940000161308.c	ENSGT00940000159938.a
River trout	MODERN SPECIES	16	ENSSTUG00000050748	CLDN10 (ENSSTUG00000050746)	dnajc3a (ENSSTUG00000050699)	UGGT2 (ENSSTUG00000050158)	HS6ST3 (ENSSTUG00000050111)	OXGR1 (ENSSTUG00000050110)	MBNL2 (ENSSTUG00000050073)	RAP2A (ENSSTUG00000050070)	ENSSTUG00000049957	DOCK9 (ENSSTUG00000049451)	SLC15A1 (ENSSTUG00000047400)	STK24 (ENSSTUG00000047087)	INO80D (ENSSTUG00000047067) #16	NDUFS1 (ENSSTUG00000046938) #17	CMKLR2 (ENSSTUG00000046936) #19	ADAM23 (ENSSTUG00000046527) #22	FAM237A (ENSSTUG00000046514)	ENSSTUG00000046510	ENSSTUG00000046494	prkra (ENSSTUG00000046491)	OSBPL6 (ENSSTUG00000044669)	ENSSTUG00000044594	ENSSTUG00000044546	agps (ENSSTUG00000043222)	nfe2l2a (ENSSTUG00000043132)	hnrnpa3 (ENSSTUG00000043022)	ENSSTUG00000043006	hoxd3a (ENSSTUG00000042989)	hoxd4a (ENSSTUG00000042983)	hoxd9a (ENSSTUG00000042958)	hoxd10a (ENSSTUG00000042936)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	17	ENSSSAG00000097966	CLDN10 (ENSSSAG00000081129)	dnajc3a (ENSSSAG00000081124)	UGGT2 (ENSSSAG00000081076)	HS6ST3 (ENSSSAG00000122059)	OXGR1 (ENSSSAG00000081068)	MBNL2 (ENSSSAG00000081035)	ENSSSAG00000113001	ENSSSAG00000083959	DOCK9 (ENSSSAG00000076706)	ENSSSAG00000115615	STK24 (ENSSSAG00000076047)	ino80d (ENSSSAG00000076036) #16	NDUFS1 (ENSSSAG00000075973) #17	CMKLR2 (ENSSSAG00000105275) #19	ADAM23 (ENSSSAG00000074953) #22	FAM237A (ENSSSAG00000074893)	ENSSSAG00000091412	ENSSSAG00000074890	ENSSSAG00000108953	prkra (ENSSSAG00000074885)	ENSSSAG00000087255	ENSSSAG00000070393	CYC (ENSSSAG00000070257)	ENSSSAG00000070236	agps (ENSSSAG00000064751)	nfe2l2a (ENSSSAG00000064591)	hnrnpa3 (ENSSSAG00000064576)	hoxd1aa (ENSSSAG00000064567)	hoxd3a (ENSSSAG00000064556)	hoxd4a (ENSSSAG00000064551)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	401								ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.b	ENSGT00940000160594.h	ENSGT00940000155318.b.a.b.d	ENSGT00940000155972.B.cb	ENSGT00940000153476.b.o.a.b	ENSGT00940000157974.c #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000160642.j #19	ENSGT00940000158781.d #22	ENSGT00940000160994.f	ENSGT00940000157618.t	ENSGT00940000156791.l	ENSGT00680000100059.j	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a	ENSGT00940000156112.d.b	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a	ENSGT00940000154808.a.a.o.a	ENSGT00940000157270.t	ENSGT00940000160027.d	ENSGT00940000160866.gb	ENSGT00940000158266.h.b	ENSGT00940000161308.d	ENSGT00940000159938.b	ENSGT00940000161025.m.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156856.c.b	ENSGT00940000162795.f	ENSGT00940000155232.t.b.b.d.a	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.k	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.a	ENSGT00990000211313	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.b	ENSGT00940000160594.h	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000155318.b.a.b.d	ENSGT00940000155972.B.cb	ENSGT00940000153476.b.o.a.b	ENSGT00940000157974.c #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000160642.j #19	ENSGT00940000158781.d #22	ENSGT00940000160994.f	ENSGT00940000157618.t	ENSGT00940000156791.l	ENSGT00680000100059.j	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a	ENSGT00940000156112.d.b	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a	ENSGT00940000154808.a.a.o.a	ENSGT00940000160027.d	ENSGT00940000157270.t	ENSGT00940000160866.gb	ENSGT00940000158266.h.b	ENSGT00940000161308.d	ENSGT00940000159938.b	ENSGT01000000220984
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155232.t.b.b.d.a	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.k	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.a	ENSGT00990000211313	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.b	ENSGT00940000160594.h	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.b.b	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000155318.b.a.b.d	ENSGT00940000155972.B.cb	ENSGT00940000153476.b.o.a.b	ENSGT00940000157974.c #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000160642.j #19	ENSGT00940000158781.d #22	ENSGT00940000160994.f	ENSGT00940000157618.t	ENSGT00940000156791.l	ENSGT00680000100059.j	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a	ENSGT00940000156112.d.b	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a	ENSGT00940000154808.a.a.o.a	ENSGT00940000160027.d	ENSGT00940000157270.t	ENSGT00940000161503.a.c	ENSGT00940000158266.h.b	ENSGT00940000161308.d	ENSGT00940000159938.b	ENSGT01000000220984
River trout	MODERN SPECIES	12	RAP2A (ENSSTUG00000002344)	ENSSTUG00000001982	ENSSTUG00000045448	ENSSTUG00000045436	ENSSTUG00000045431	ENSSTUG00000045426	ENSSTUG00000045421	ENSSTUG00000045416	ENSSTUG00000044475	ENSSTUG00000044430	DOCK9 (ENSSTUG00000042342)	ENSSTUG00000041451	INO80D (ENSSTUG00000041397) #16	NDUFS1 (ENSSTUG00000041157) #17	CMKLR2 (ENSSTUG00000041146) #19	ADAM23 (ENSSTUG00000040139) #22	ENSSTUG00000040122	ENSSTUG00000040093	prkra (ENSSTUG00000040084)	ENSSTUG00000040073	ENSSTUG00000040059	OSBPL6 (ENSSTUG00000034789)	rbm45 (ENSSTUG00000034593)	ENSSTUG00000034579	agps (ENSSTUG00000033702)	nfe2l2a (ENSSTUG00000033577)	hnrnpa3 (ENSSTUG00000033528)	ENSSTUG00000033512	hoxd4a (ENSSTUG00000033499)	hoxd3a (ENSSTUG00000033467)	hoxd10a (ENSSTUG00000033441)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	13	RAP2A (ENSSSAG00000113659)	ENSSSAG00000068508	ENSSSAG00000115040	ENSSSAG00000113440	ENSSSAG00000110345	ENSSSAG00000103291	ENSSSAG00000089995	FARP1 (ENSSSAG00000086641)	ENSSSAG00000050282	ENSSSAG00000066871	ENSSSAG00000097932	ENSSSAG00000066879	ENSSSAG00000067506 #16	ENSSSAG00000067509	ENSSSAG00000067511 #19	ENSSSAG00000067526 #22	ENSSSAG00000067744	prkra (ENSSSAG00000067754)	ENSSSAG00000067836	ENSSSAG00000107935	rbm45 (ENSSSAG00000070764)	nf2l2 (ENSSSAG00000072873)	hnrnpa3 (ENSSSAG00000072882)	hoxd3ab (ENSSSAG00000072911)	hoxd4ab (ENSSSAG00000072913)	hoxd9ab (ENSSSAG00000072921)	hoxd10ab (ENSSSAG00000072925)	hoxd12a (ENSSSAG00000072927)	ENSSSAG00000099792	evx2 (ENSSSAG00000112174)	LNPA (ENSSSAG00000072944)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162795.f	ENSGT00940000155232.t.b.b.d.a	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.k	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.a	ENSGT00990000211313	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.b	ENSGT00940000160594.g.a.b	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b.b.a	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000155318.b.a.b.d	ENSGT00940000155972.B.cb	ENSGT00940000153476.b.o.a.b	ENSGT00940000157974.c #16	ENSGT00990000212112	ENSGT00940000160642.j #19	ENSGT00940000158781.d #22	ENSGT00940000160994.f	ENSGT00940000157618.t	ENSGT00940000156791.l	ENSGT00680000100059.j	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a	ENSGT00940000156112.d.b	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a	ENSGT00940000154808.a.a.o.a	ENSGT00940000160027.d	ENSGT00940000157270.t	ENSGT00940000160866.gb	ENSGT00940000158266.h.b	ENSGT00940000161308.d	ENSGT00940000159938.b	ENSGT01000000220984
Rainbow trout	MODERN SPECIES	14	ENSOMYG00000062273	ENSOMYG00000050388	ENSOMYG00000050773	ENSOMYG00000054676	ENSOMYG00000019310	ENSOMYG00000019294	ENSOMYG00000019304	ENSOMYG00000049892	FARP1 (ENSOMYG00000019379)	ENSOMYG00000050313	ENSOMYG00000019458	ENSOMYG00000019824	ENSOMYG00000073097	ENSOMYG00000022640 #16	ENSOMYG00000022657 #19	ENSOMYG00000022667 #22	ENSOMYG00000074865	ENSOMYG00000070686	ENSOMYG00000022703	prkra (ENSOMYG00000022718)	OSBPL6 (ENSOMYG00000022745)	ENSOMYG00000072268	rbm45 (ENSOMYG00000022770)	ENSOMYG00000022793	agps (ENSOMYG00000023081)	nfe2l2a (ENSOMYG00000023416)	hnrnpa3 (ENSOMYG00000023446)	ENSOMYG00000074773	hoxd3a (ENSOMYG00000049485)	hoxd4a (ENSOMYG00000023496)	ENSOMYG00000023519
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162795.f	ENSGT00940000155232.t.b.b.d.a	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.k	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a.a	ENSGT00990000211313	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a.b	ENSGT00940000160594.g.a.b	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b.b.a	ENSGT01050000244823.d.a.b.a.a.b.a.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000155318.b.a.b.d	ENSGT00940000155972.B.cb	ENSGT00940000153476.b.o.a.b	ENSGT00940000157974.c #16	ENSGT00990000212112	ENSGT00940000160642.j #19	ENSGT00940000158781.d #22	ENSGT00940000160994.f	ENSGT00940000157618.t	ENSGT00940000156791.l	ENSGT00680000100059.j	ENSGT00940000157883.a.b.f.vb.a.a	ENSGT00940000156112.d.b	ENSGT00950000182892.a.a.b.c.a	ENSGT00940000154808.a.a.o.a	ENSGT00940000160027.d	ENSGT00940000157270.t	ENSGT00940000160866.gb	ENSGT00940000158266.h.b	ENSGT00940000161308.d	ENSGT00940000159938.b	ENSGT01000000220984
Chinook salmon	MODERN SPECIES	18	ENSOTSG00005017072	ENSOTSG00005017073	CNTNAP5 (ENSOTSG00005017074)	ENSOTSG00005017085	ENSOTSG00005017086	ENSOTSG00005017089	ENSOTSG00005017091	ENSOTSG00005017093	ENSOTSG00005017094	FARP1 (ENSOTSG00005017102)	DOCK9 (ENSOTSG00005017228)	STK24 (ENSOTSG00005044523)	INO80D (ENSOTSG00005044544) #16	ENSOTSG00005044546	CMKLR2 (ENSOTSG00005044548) #19	ENSOTSG00005044552 #22	ENSOTSG00005044569	prkra (ENSOTSG00005044570)	OSBPL6 (ENSOTSG00005044574)	rbm45 (ENSOTSG00005044575)	cycsb (ENSOTSG00005044576)	agps (ENSOTSG00005044597)	nfe2l2a (ENSOTSG00005045902)	hnrnpa3 (ENSOTSG00005045950)	ENSOTSG00005045952	ENSOTSG00005045954	ENSOTSG00005045955	ercc1 (ENSOTSG00005045956)	olig1 (ENSOTSG00005045957)	olig2 (ENSOTSG00005045958)	nup35 (ENSOTSG00005045959)
Coho salmon	MODERN SPECIES	18	RAP2A (ENSOKIG00005010089)	ENSOKIG00005010095	ENSOKIG00005010108	ENSOKIG00005010112	ENSOKIG00005010126	ENSOKIG00005010130	ENSOKIG00005010142	ENSOKIG00005010147	ENSOKIG00005010152	ENSOKIG00005010181	FARP1 (ENSOKIG00005010233)	DOCK9 (ENSOKIG00005011248)	ENSOKIG00005030959	INO80D (ENSOKIG00005031209) #16	CMKLR2 (ENSOKIG00005031349) #19	ENSOKIG00005031448 #22	ENSOKIG00005031841	prkra (ENSOKIG00005031859)	OSBPL6 (ENSOKIG00005032043)	rbm45 (ENSOKIG00005034624)	ENSOKIG00005034653	ENSOKIG00005034671	agps (ENSOKIG00005034721)	nfe2l2a (ENSOKIG00005035115)	hnrnpa3 (ENSOKIG00005035216)	ENSOKIG00005035231	hoxd3a (ENSOKIG00005035240)	hoxd4a (ENSOKIG00005035277)	ENSOKIG00005035300	hoxd10a (ENSOKIG00005035320)	hoxd11a (ENSOKIG00005035344)
Huchen	MODERN SPECIES	2953													ENSHHUG00000045268 #16	ENSHHUG00000045276	CMKLR2 (ENSHHUG00000045281) #19	ADAM23 (ENSHHUG00000045284) #22	ENSHHUG00000045302	prkra (ENSHHUG00000045309)	OSBPL6 (ENSHHUG00000045313)
Northern pike	MODERN SPECIES	15	ENSELUG00000003558	CLDN10 (ENSELUG00000003547)	dnajc3a (ENSELUG00000003522)	UGGT2 (ENSELUG00000003443)	HS6ST3 (ENSELUG00000003304)	ENSELUG00000003299	MBNL2 (ENSELUG00000003280)	RAP2A (ENSELUG00000003224)	FARP1 (ENSELUG00000003196)	DOCK9 (ENSELUG00000024595)	SLC15A1 (ENSELUG00000024361)	STK24 (ENSELUG00000023700)	INO80D (ENSELUG00000023689) #16	NDUFS1 (ENSELUG00000023649) #17	CMKLR2 (ENSELUG00000023346) #19	ADAM23 (ENSELUG00000023532) #22	FAM237A (ENSELUG00000023331)	ENSELUG00000023324	OSBPL6 (ENSELUG00000023307)	rbm45 (ENSELUG00000023238)	ENSELUG00000023205	ENSELUG00000023192	agps (ENSELUG00000023163)	nfe2l2a (ENSELUG00000023096)	hnrnpa3 (ENSELUG00000023080)	ENSELUG00000023012	hoxd4a (ENSELUG00000024879)	hoxd3a (ENSELUG00000023003)	HXD9A (ENSELUG00000022987)	hoxd10a (ENSELUG00000022940)	hoxd11a (ENSELUG00000022931)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	13	cldn10b (ENSMMDG00005023810)	ENSMMDG00005023808	CLDN10 (ENSMMDG00005023807)	dnajc3a (ENSMMDG00005023800)	UGGT2 (ENSMMDG00005023350)	HS6ST3 (ENSMMDG00005023300)	MBNL2 (ENSMMDG00005023241)	RAP2A (ENSMMDG00005023236)	FARP1 (ENSMMDG00005022636)	DOCK9 (ENSMMDG00005022137)	SLC15A1 (ENSMMDG00005021631)	STK24 (ENSMMDG00005021531)	INO80D (ENSMMDG00005021523) #16	NDUFS1 (ENSMMDG00005021178) #17	CMKLR2 (ENSMMDG00005021165) #19	ADAM23 (ENSMMDG00005021151) #22	FAM237A (ENSMMDG00005021148)	ENSMMDG00005021141	prkra (ENSMMDG00005021138)	OSBPL6 (ENSMMDG00005021137)	cycsb (ENSMMDG00005021133)	ENSMMDG00005021126	agps (ENSMMDG00005018127)	nfe2l2a (ENSMMDG00005018097)	hnrnpa3 (ENSMMDG00005018093)	hoxd3a (ENSMMDG00005018092)	hoxd4a (ENSMMDG00005018091)	hoxd9a (ENSMMDG00005018089)	hoxd10a (ENSMMDG00005018088)	hoxd11a (ENSMMDG00005018087)	hoxd12a (ENSMMDG00005018086)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	456	VGLL3 (ENSHCOG00000008220)	chmp2ba (ENSHCOG00000008210)	pou1f1 (ENSHCOG00000008196)	HTR1F (ENSHCOG00000008186)	ZNF654 (ENSHCOG00000008169)	zgc:152951 (ENSHCOG00000008131)	C3orf38 (ENSHCOG00000008082)	ENSHCOG00000008068	ENSHCOG00000008006	DOCK9 (ENSHCOG00000007992)	SLC15A1 (ENSHCOG00000007794)	sdhaf3 (ENSHCOG00000005498)	STK24 (ENSHCOG00000005480)	INO80D (ENSHCOG00000000853) #16	CMKLR2 (ENSHCOG00000005462) #19	ADAM23 (ENSHCOG00000005455) #22	FAM237A (ENSHCOG00000005420)	prkra (ENSHCOG00000000168)	OSBPL6 (ENSHCOG00000005404)	cycsb (ENSHCOG00000005386)	ENSHCOG00000005374	CFAP91 (ENSHCOG00000000160)	gsk3ba (ENSHCOG00000000150)	ENSHCOG00000005283	LRRC58 (ENSHCOG00000005255)	fstl1b (ENSHCOG00000000141)	ENSHCOG00000004744	gja8a (ENSHCOG00000004740)	gja5a (ENSHCOG00000004729)	acp6 (ENSHCOG00000004720)	bcl9 (ENSHCOG00000004712)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000153147.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938	ENSGT00940000161025
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938	ENSGT00940000161025
Climbing perch	MODERN SPECIES	12	cldn10b (ENSATEG00000013956)	ENSATEG00000013974	CLDN10 (ENSATEG00000013981)	ENSATEG00000013990	UGGT2 (ENSATEG00000014032)	HS6ST3 (ENSATEG00000014168)	MBNL2 (ENSATEG00000014258)	RAP2A (ENSATEG00000014298)	FARP1 (ENSATEG00000014315)	DOCK9 (ENSATEG00000014377)	ENSATEG00000014517	STK24 (ENSATEG00000014774)	INO80D (ENSATEG00000014792) #16	NDUFS1 (ENSATEG00000014830) #17	CMKLR2 (ENSATEG00000014960) #19	ADAM23 (ENSATEG00000014971) #22	FAM237A (ENSATEG00000015000)	ENSATEG00000015020	prkra (ENSATEG00000015036)	ENSATEG00000015064	ENSATEG00000015193	agps (ENSATEG00000015253)	nfe2l2a (ENSATEG00000015291)	hnrnpa3 (ENSATEG00000015304)	hoxd3a (ENSATEG00000015328)	hoxd4a (ENSATEG00000026293)	hoxd9a (ENSATEG00000015352)	hoxd10a (ENSATEG00000015361)	hoxd11a (ENSATEG00000015366)	hoxd12a (ENSATEG00000015376)	evx2 (ENSATEG00000015390)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	11	cldn10b (ENSBSLG00000023465)	ENSBSLG00000023527	CLDN10 (ENSBSLG00000023544)	dnajc3a (ENSBSLG00000023572)	UGGT2 (ENSBSLG00000023963)	HS6ST3 (ENSBSLG00000024404)	MBNL2 (ENSBSLG00000024428)	RAP2A (ENSBSLG00000024472)	FARP1 (ENSBSLG00000024508)	DOCK9 (ENSBSLG00000024853)	ENSBSLG00000025293	SLC15A1 (ENSBSLG00000025555)	STK24 (ENSBSLG00000025966)	INO80D (ENSBSLG00000025979) #16	CMKLR2 (ENSBSLG00000025999) #19	ADAM23 (ENSBSLG00000026024) #22	FAM237A (ENSBSLG00000026070)	ENSBSLG00000026074	prkra (ENSBSLG00000026075)	OSBPL6 (ENSBSLG00000026120)	ENSBSLG00000026217	agps (ENSBSLG00000026249)	nfe2l2a (ENSBSLG00000026266)	hnrnpa1b (ENSBSLG00000026269)	hoxd3a (ENSBSLG00000026271)	hoxd4a (ENSBSLG00000026272)	hoxd9a (ENSBSLG00000026273)	hoxd10a (ENSBSLG00000026275)	hoxd11a (ENSBSLG00000026276)	hoxd12a (ENSBSLG00000026277)	evx2 (ENSBSLG00000026279)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	13	cldn10b (ENSMAMG00000012738)	ENSMAMG00000012726	CLDN10 (ENSMAMG00000012710)	ENSMAMG00000012678	UGGT2 (ENSMAMG00000012582)	HS6ST3 (ENSMAMG00000012457)	MBNL2 (ENSMAMG00000012429)	RAP2A (ENSMAMG00000012424)	FARP1 (ENSMAMG00000012245)	DOCK9 (ENSMAMG00000012139)	ENSMAMG00000006800	STK24 (ENSMAMG00000006753)	INO80D (ENSMAMG00000006745) #16	NDUFS1 (ENSMAMG00000006691) #17	CMKLR2 (ENSMAMG00000006676) #19	ADAM23 (ENSMAMG00000006637) #22	FAM237A (ENSMAMG00000006615)	ENSMAMG00000006604	prkra (ENSMAMG00000006591)	ENSMAMG00000006471	ENSMAMG00000006431	agps (ENSMAMG00000006371)	nfe2l2a (ENSMAMG00000025109)	hnrnpa3 (ENSMAMG00000006307)	hoxd4a (ENSMAMG00000006292)	hoxd3a (ENSMAMG00000006302)	hoxd9a (ENSMAMG00000006260)	hoxd10a (ENSMAMG00000006254)	hoxd11a (ENSMAMG00000028586)	hoxd12a (ENSMAMG00000006228)	evx2 (ENSMAMG00000006208)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000153147.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000153147.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000153147.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Greater amberjack	MODERN SPECIES	21	ENSSDUG00000002515	CLDN10 (ENSSDUG00000002498)	dnajc3a (ENSSDUG00000002462)	UGGT2 (ENSSDUG00000002365)	HS6ST3 (ENSSDUG00000002285)	MBNL2 (ENSSDUG00000002243)	RAP2A (ENSSDUG00000002226)	FARP1 (ENSSDUG00000002084)	ENSSDUG00000002054	DOCK9 (ENSSDUG00000001909)	SLC15A1 (ENSSDUG00000001105)	STK24 (ENSSDUG00000000992)	INO80D (ENSSDUG00000000981) #16	NDUFS1 (ENSSDUG00000000927) #17	CMKLR2 (ENSSDUG00000000920) #19	ADAM23 (ENSSDUG00000000744) #22	FAM237A (ENSSDUG00000000722)	ENSSDUG00000000666	prkra (ENSSDUG00000000636)	OSBPL6 (ENSSDUG00000000600)	cycsb (ENSSDUG00000000582)	ENSSDUG00000000510	agps (ENSSDUG00000000434)	nfe2l2a (ENSSDUG00000000407)	hnrnpa3 (ENSSDUG00000000381)	hoxd3a (ENSSDUG00000000363)	hoxd4a (ENSSDUG00000000306)	hoxd9a (ENSSDUG00000000299)	hoxd10a (ENSSDUG00000000236)	hoxd11a (ENSSDUG00000000198)	evx2 (ENSSDUG00000000177)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	1908										DOCK9 (ENSSLDG00000001041)	SLC15A1 (ENSSLDG00000001010)	STK24 (ENSSLDG00000000997)	INO80D (ENSSLDG00000000942) #16	NDUFS1 (ENSSLDG00000000871) #17	CMKLR2 (ENSSLDG00000000857) #19	ADAM23 (ENSSLDG00000000820) #22	FAM237A (ENSSLDG00000000809)	ENSSLDG00000000713	prkra (ENSSLDG00000000652)	OSBPL6 (ENSSLDG00000000552)	cycsb (ENSSLDG00000000536)	ENSSLDG00000000529
Barramundi perch	MODERN SPECIES	45	CLDN10 (ENSLCAG00010026003)	CLDN10 (ENSLCAG00010026004)	dnajc3a (ENSLCAG00010026005)	UGGT2 (ENSLCAG00010026068)	HS6ST3 (ENSLCAG00010026217)	MBNL2 (ENSLCAG00010026224)	RAP2A (ENSLCAG00010026229)	FARP1 (ENSLCAG00010026250)	DOCK9 (ENSLCAG00010026623)	SLC15A1 (ENSLCAG00010027270)	STK24 (ENSLCAG00010027429)	INO80D (ENSLCAG00010027439) #16	ENSLCAG00010027442 #16	NDUFS1 (ENSLCAG00010027468) #17	CMKLR2 (ENSLCAG00010027512) #19	ADAM23 (ENSLCAG00010027534) #22	ENSLCAG00010027556	ENSLCAG00010027560	slc12a2 (ENSLCAG00010027711)	slc27a6 (ENSLCAG00010027825)	MARCHF3 (ENSLCAG00010027829)	lmnb1 (ENSLCAG00010027830)	CTXN3 (ENSLCAG00010027832)	prrc1 (ENSLCAG00010027833)	ENSLCAG00010027836	megf10 (ENSLCAG00010027840)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.a	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000153147.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Tongue sole	MODERN SPECIES	7	asb11 (ENSCSEG00000003287)	piga (ENSCSEG00000003284)	appb (ENSCSEG00000003260)	gabpa (ENSCSEG00000003241)	u2af1 (ENSCSEG00000003238)	CBS (ENSCSEG00000003180)	MBNL2 (ENSCSEG00000003163)	RAP2A (ENSCSEG00000003157)	FARP1 (ENSCSEG00000003070)	ENSCSEG00000003062	DOCK9 (ENSCSEG00000003035)	SLC15A1 (ENSCSEG00000003025)	STK24 (ENSCSEG00000003016)	INO80D (ENSCSEG00000002999) #16	CMKLR2 (ENSCSEG00000002998) #19	ADAM23 (ENSCSEG00000002969) #22	FAM237A (ENSCSEG00000002960)	prkra (ENSCSEG00000002954)	OSBPL6 (ENSCSEG00000002934)	cycsb (ENSCSEG00000002929)	ENSCSEG00000002906	ENSCSEG00000002899	ccdc80 (ENSCSEG00000002896)	slc35a5 (ENSCSEG00000002889)	f5 (ENSCSEG00000002876)	rgcc (ENSCSEG00000002871)	vwa8 (ENSCSEG00000002839)	lcmt2 (ENSCSEG00000002829)	rab5b (ENSCSEG00000002821)	dbr1 (ENSCSEG00000002813)	armc8 (ENSCSEG00000002786)
Turbot	MODERN SPECIES	5	ENSSMAG00000016539	CLDN10 (ENSSMAG00000016492)	ENSSMAG00000016446	UGGT2 (ENSSMAG00000016364)	HS6ST3 (ENSSMAG00000024124)	MBNL2 (ENSSMAG00000016268)	RAP2A (ENSSMAG00000025568)	FARP1 (ENSSMAG00000016077)	ENSSMAG00000016062	DOCK9 (ENSSMAG00000015986)	ENSSMAG00000015951	STK24 (ENSSMAG00000015903)	INO80D (ENSSMAG00000015863) #16	NDUFS1 (ENSSMAG00000015811) #17	CMKLR2 (ENSSMAG00000015806) #19	ADAM23 (ENSSMAG00000015705) #22	FAM237A (ENSSMAG00000015688)	ENSSMAG00000015624	prkra (ENSSMAG00000015615)	ENSSMAG00000015499	ENSSMAG00000032684	ENSSMAG00000015360	agps (ENSSMAG00000015285)	nfe2l2a (ENSSMAG00000015270)	hnrnpa3 (ENSSMAG00000015218)	hoxd3a (ENSSMAG00000015192)	hoxd4a (ENSSMAG00000015208)	hoxd9a (ENSSMAG00000015178)	hoxd10a (ENSSMAG00000015175)	hoxd11a (ENSSMAG00000015168)	hoxd12a (ENSSMAG00000015157)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155232.s	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Tetraodon	MODERN SPECIES	13	gpc6b (ENSTNIG00000013970)	dct (ENSTNIG00000013971)	ENSTNIG00000013973	dnajc3a (ENSTNIG00000013974)	UGGT2 (ENSTNIG00000013975)	HS6ST3 (ENSTNIG00000013976)	MBNL2 (ENSTNIG00000013977)	RAP2A (ENSTNIG00000013978)	ENSTNIG00000013979	FARP1 (ENSTNIG00000013980)	DOCK9 (ENSTNIG00000013981)	SLC15A1 (ENSTNIG00000013982)	STK24 (ENSTNIG00000013983)	INO80D (ENSTNIG00000013984) #16	NDUFS1 (ENSTNIG00000006545) #17	ADAM23 (ENSTNIG00000003428) #22	ENSTNIG00000016964	prkra (ENSTNIG00000016963)	OSBPL6 (ENSTNIG00000016962)	cycsb (ENSTNIG00000000282)	ENSTNIG00000016961	agps (ENSTNIG00000016960)	nfe2l2a (ENSTNIG00000016959)	hnrnpa3 (ENSTNIG00000016958)	hoxd3a (ENSTNIG00000001764)	hoxd4a (ENSTNIG00000001765)	hoxd9a (ENSTNIG00000016957)	hoxd10a (ENSTNIG00000001775)	hoxd11a (ENSTNIG00000001776)	hoxd12a (ENSTNIG00000001777)	evx2 (ENSTNIG00000001817)
Fugu	MODERN SPECIES		ABCC4 (ENSTRUG00000004390)	CLDN10 (ENSTRUG00000004199)	ENSTRUG00000029434	CLDN10 (ENSTRUG00000004065)	dnajc3a (ENSTRUG00000003410)	UGGT2 (ENSTRUG00000002530)	HS6ST3 (ENSTRUG00000002194)	MBNL2 (ENSTRUG00000017351)	RAP2A (ENSTRUG00000026484)	FARP1 (ENSTRUG00000017356)	DOCK9 (ENSTRUG00000017366)	ENSTRUG00000017397	INO80D (ENSTRUG00000017409) #16	NDUFS1 (ENSTRUG00000017410) #17	CMKLR2 (ENSTRUG00000017415) #19	ADAM23 (ENSTRUG00000017416) #22	FAM237A (ENSTRUG00000017425)	ENSTRUG00000017426	prkra (ENSTRUG00000021336)	OSBPL6 (ENSTRUG00000017442)	cyc-B (ENSTRUG00000032049)	ENSTRUG00000017461	agps (ENSTRUG00000017479)	nfe2l2a (ENSTRUG00000017486)	ENSTRUG00000033446	hnrnpa3 (ENSTRUG00000017504)	hoxd3a (ENSTRUG00000017520)	hoxd4a (ENSTRUG00000024818)	hoxd9a (ENSTRUG00000017521)	hoxd10a (ENSTRUG00000025243)	hoxd11a (ENSTRUG00000017526)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	68	ENSLBEG00000019355	CLDN10 (ENSLBEG00000019343)	CLDN10 (ENSLBEG00000019309)	dnajc3a (ENSLBEG00000019233)	UGGT2 (ENSLBEG00000019031)	HS6ST3 (ENSLBEG00000018968)	MBNL2 (ENSLBEG00000018916)	RAP2A (ENSLBEG00000018886)	FARP1 (ENSLBEG00000018535)	DOCK9 (ENSLBEG00000018292)	SLC15A1 (ENSLBEG00000017752)	STK24 (ENSLBEG00000017536)	INO80D (ENSLBEG00000017499) #16	NDUFS1 (ENSLBEG00000017451) #17	CMKLR2 (ENSLBEG00000017433) #19	ADAM23 (ENSLBEG00000017288) #22	FAM237A (ENSLBEG00000017258)	ENSLBEG00000017240	prkra (ENSLBEG00000017208)	OSBPL6 (ENSLBEG00000017090)	cycsb (ENSLBEG00000017009)	ENSLBEG00000016933	agps (ENSLBEG00000016832)	nfe2l2a (ENSLBEG00000016797)	hnrnpa3 (ENSLBEG00000016767)	hoxd3a (ENSLBEG00000016756)	hoxd4a (ENSLBEG00000016739)	hoxd9a (ENSLBEG00000016730)	hoxd10a (ENSLBEG00000016718)	hoxd11a (ENSLBEG00000016704)	hoxd12a (ENSLBEG00000016682)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155232.s	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
European seabass	MODERN SPECIES	5	ABCC4 (ENSDLAG00005024671)	CLDN10 (ENSDLAG00005024596)	ENSDLAG00005024593	CLDN10 (ENSDLAG00005024588)	ENSDLAG00005030044	UGGT2 (ENSDLAG00005024334)	HS6ST3 (ENSDLAG00005024312)	MBNL2 (ENSDLAG00005024282)	RAP2A (ENSDLAG00005026902)	FARP1 (ENSDLAG00005023084)	DOCK9 (ENSDLAG00005012371)	ENSDLAG00005010823	STK24 (ENSDLAG00005010485)	INO80D (ENSDLAG00005030557) #16	NDUFS1 (ENSDLAG00005009594) #17	ADAM23 (ENSDLAG00005008967) #22	FAM237A (ENSDLAG00005008945)	ENSDLAG00005008935	ENSDLAG00005006538	ENSDLAG00005029869	ENSDLAG00005006250	agps (ENSDLAG00005004780)	nfe2l2a (ENSDLAG00005004683)	hnrnpa3 (ENSDLAG00005004602)	hoxd3a (ENSDLAG00005004581)	hoxd4a (ENSDLAG00005031082)	hoxd9a (ENSDLAG00005034881)	hoxd10a (ENSDLAG00005004554)	hoxd11a (ENSDLAG00005004534)	hoxd12a (ENSDLAG00005004530)	evx2 (ENSDLAG00005004514)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	490	cldn10b (ENSLCRG00005023432)	ENSLCRG00005023431	CLDN10 (ENSLCRG00005023430)	dnajc3a (ENSLCRG00005023428)	UGGT2 (ENSLCRG00005023426)	HS6ST3 (ENSLCRG00005023422)	MBNL2 (ENSLCRG00005023419)	ENSLCRG00005023418	FARP1 (ENSLCRG00005023407)	DOCK9 (ENSLCRG00005022345)	SLC15A1 (ENSLCRG00005021809)	STK24 (ENSLCRG00005021776)	INO80D (ENSLCRG00005021775) #16	NDUFS1 (ENSLCRG00005021709) #17	CMKLR2 (ENSLCRG00005021704) #19	ADAM23 (ENSLCRG00005021108) #22	FAM237A (ENSLCRG00005021096)	ENSLCRG00005021093	prkra (ENSLCRG00005021092)	OSBPL6 (ENSLCRG00005020383)	cycsb (ENSLCRG00005020377)	ENSLCRG00005020375	agps (ENSLCRG00005019201)	nfe2l2a (ENSLCRG00005019184)	hnrnpa3 (ENSLCRG00005019181)	hoxd4a (ENSLCRG00005019180)	hoxd9a (ENSLCRG00005019178)	hoxd10a (ENSLCRG00005019177)	hoxd11a (ENSLCRG00005019175)	evx2 (ENSLCRG00005019172)	hoxd3a (ENSLCRG00005019169)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	23	ENSSAUG00010007749	cldn10b (ENSSAUG00010007753)	CLDN10 (ENSSAUG00010007773)	dnajc3a (ENSSAUG00010007791)	UGGT2 (ENSSAUG00010008126)	HS6ST3 (ENSSAUG00010013554)	MBNL2 (ENSSAUG00010013556)	RAP2A (ENSSAUG00010013559)	FARP1 (ENSSAUG00010013566)	DOCK9 (ENSSAUG00010013677)	SLC15A1 (ENSSAUG00010014675)	STK24 (ENSSAUG00010021366)	INO80D (ENSSAUG00010021382) #16	NDUFS1 (ENSSAUG00010021399) #17	CMKLR2 (ENSSAUG00010021592) #19	ADAM23 (ENSSAUG00010021625) #22	FAM237A (ENSSAUG00010023171)	ENSSAUG00010023173	prkra (ENSSAUG00010023174)	OSBPL6 (ENSSAUG00010023195)	CYCS (ENSSAUG00010024700)	ENSSAUG00010024705	agps (ENSSAUG00010024711)	nfe2l2a (ENSSAUG00010024752)	hnrnpa3 (ENSSAUG00010024754)	hoxd3a (ENSSAUG00010024756)	hoxd4a (ENSSAUG00010024757)	hoxd9a (ENSSAUG00010024758)	hoxd10a (ENSSAUG00010024759)	hoxd11a (ENSSAUG00010024760)	hoxd12a (ENSSAUG00010024761)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155232.s	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b.f	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155232.s	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b.f	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Stickleback	MODERN SPECIES	16	ABCC4 (ENSGACG00000004126)	CLDN10 (ENSGACG00000004153)	ENSGACG00000004159	CLDN10 (ENSGACG00000004162)	dnajc3a (ENSGACG00000004166)	UGGT2 (ENSGACG00000004189)	HS6ST3 (ENSGACG00000004221)	MBNL2 (ENSGACG00000004222)	FARP1 (ENSGACG00000004228)	DOCK9 (ENSGACG00000004237)	SLC15A1 (ENSGACG00000004265)	STK24 (ENSGACG00000004299)	INO80D (ENSGACG00000004314) #16	NDUFS1 (ENSGACG00000004321) #17	CMKLR2 (ENSGACG00000004337) #19	ADAM23 (ENSGACG00000004341) #22	casp10 (ENSGACG00000004378)	prkra (ENSGACG00000004394)	OSBPL6 (ENSGACG00000004410)	ENSGACG00000004421	agps (ENSGACG00000004444)	nfe2l2a (ENSGACG00000004470)	hnrnpa3 (ENSGACG00000004477)	hoxd3a (ENSGACG00000004548)	hoxd4a (ENSGACG00000004551)	hoxd9a (ENSGACG00000004556)	hoxd10a (ENSGACG00000004564)	hoxd11a (ENSGACG00000004569)	hoxd12a (ENSGACG00000004574)	evx2 (ENSGACG00000004579)	lnpa (ENSGACG00000004584)
Lumpfish	MODERN SPECIES	13	CLDN10 (ENSCLMG00005009171)	CLDN10 (ENSCLMG00005009173)	dnajc3a (ENSCLMG00005009174)	ENSCLMG00005009179	UGGT2 (ENSCLMG00005009188)	HS6ST3 (ENSCLMG00005009364)	MBNL2 (ENSCLMG00005009379)	RAP2A (ENSCLMG00005009380)	FARP1 (ENSCLMG00005009389)	DOCK9 (ENSCLMG00005010444)	SLC15A1 (ENSCLMG00005018954)	STK24 (ENSCLMG00005018957)	INO80D (ENSCLMG00005019041) #16	NDUFS1 (ENSCLMG00005019057) #17	CMKLR2 (ENSCLMG00005019624) #19	ADAM23 (ENSCLMG00005019627) #22	FAM237A (ENSCLMG00005020300)	ENSCLMG00005020302	prkra (ENSCLMG00005020304)	OSBPL6 (ENSCLMG00005020316)	ENSCLMG00005021004	ENSCLMG00005021005	agps (ENSCLMG00005021014)	nfe2l2a (ENSCLMG00005021034)	hnrnpa3 (ENSCLMG00005021035)	hoxd3a (ENSCLMG00005021036)	hoxd4a (ENSCLMG00005021037)	hoxd9a (ENSCLMG00005021038)	hoxd10a (ENSCLMG00005021039)	hoxd11a (ENSCLMG00005021040)	hoxd12a (ENSCLMG00005021041)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155232.s	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b.f	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	13	CLDN10 (ENSCGOG00000002695)	cldn10b (ENSCGOG00000002739)	CLDN10 (ENSCGOG00000002841)	dnajc3a (ENSCGOG00000002877)	UGGT2 (ENSCGOG00000003453)	HS6ST3 (ENSCGOG00000003596)	MBNL2 (ENSCGOG00000003597)	RAP2A (ENSCGOG00000003614)	FARP1 (ENSCGOG00000003665)	DOCK9 (ENSCGOG00000004936)	SLC15A1 (ENSCGOG00000005836)	STK24 (ENSCGOG00000005844)	INO80D (ENSCGOG00000005996) #16	NDUFS1 (ENSCGOG00000006001) #17	CMKLR2 (ENSCGOG00000006380) #19	ADAM23 (ENSCGOG00000006399) #22	FAM237A (ENSCGOG00000007653)	ENSCGOG00000007655	prkra (ENSCGOG00000007659)	OSBPL6 (ENSCGOG00000007738)	cycsb (ENSCGOG00000010607)	ENSCGOG00000010619	agps (ENSCGOG00000010712)	nfe2l2a (ENSCGOG00000012505)	hnrnpa3 (ENSCGOG00000012510)	hoxd3a (ENSCGOG00000012512)	hoxd4a (ENSCGOG00000012513)	hoxd9a (ENSCGOG00000012514)	hoxd10a (ENSCGOG00000012515)	hoxd11a (ENSCGOG00000012516)	hoxd12a (ENSCGOG00000012519)
Pike perch	MODERN SPECIES	1	CLDN10 (ENSSLUG00000000724)	CLDN10 (ENSSLUG00000000728)	CLDN10 (ENSSLUG00000000737)	dnajc3a (ENSSLUG00000000804)	UGGT2 (ENSSLUG00000000968)	HS6ST3 (ENSSLUG00000001060)	MBNL2 (ENSSLUG00000001074)	RAP2A (ENSSLUG00000001081)	FARP1 (ENSSLUG00000001193)	DOCK9 (ENSSLUG00000002213)	SLC15A1 (ENSSLUG00000007711)	STK24 (ENSSLUG00000007748)	INO80D (ENSSLUG00000007824) #16	NDUFS1 (ENSSLUG00000007838) #17	CMKLR2 (ENSSLUG00000007906) #19	ADAM23 (ENSSLUG00000007933) #22	FAM237A (ENSSLUG00000008599)	ENSSLUG00000008612	prkra (ENSSLUG00000008658)	OSBPL6 (ENSSLUG00000008720)	cycsb (ENSSLUG00000010048)	ENSSLUG00000010056	agps (ENSSLUG00000010199)	nfe2l2a (ENSSLUG00000013061)	HNRNPA1L3 (ENSSLUG00000013067)	hoxd3a (ENSSLUG00000013082)	hoxd4a (ENSSLUG00000013085)	hoxd9a (ENSSLUG00000013092)	hoxd10a (ENSSLUG00000013095)	hoxd11a (ENSSLUG00000013098)	hoxd12a (ENSSLUG00000013103)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f.qb	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234515.a.a.b	ENSGT00510000048120	ENSGT00390000002220	ENSGT00950000183150.a.b	ENSGT00940000166545	ENSGT00940000158665.c	ENSGT00940000164857	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f.qb	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000068431	ENSGT00940000159510	ENSGT00940000160603	ENSGT00940000155418.a.b.b	ENSGT00530000063252.b	ENSGT00940000154616.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00390000005702	ENSGT00940000163756.c.b	ENSGT00390000016319	ENSGT00940000161100	ENSGT00390000001986	ENSGT00390000002748	ENSGT01020000230438.D.k	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f.qb	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234515.a.a.b	ENSGT00510000048120	ENSGT00390000002220	ENSGT00950000183150.a.b	ENSGT00940000166545	ENSGT00940000158665.c	ENSGT00940000164857	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f.qb	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234515.a.a.b	ENSGT00510000048120	ENSGT00390000002220	ENSGT00950000183150.a.b	ENSGT00940000166545	ENSGT00940000158665.c	ENSGT00940000164857	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f.qb	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000153147.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Amazon molly	MODERN SPECIES	268	B3GALT1 (ENSPFOG00000020157)	CERS6 (ENSPFOG00000016559)	nostrin (ENSPFOG00000016491)	STK39 (ENSPFOG00000016609)	G6PC2 (ENSPFOG00000016460)	ENSPFOG00000016434	dhrs9 (ENSPFOG00000021982)	rdh1 (ENSPFOG00000016387)	FARP1 (ENSPFOG00000016177)	DOCK9 (ENSPFOG00000015761)	SLC15A1 (ENSPFOG00000015566)	STK24 (ENSPFOG00000015467)	INO80D (ENSPFOG00000015413) #16	NDUFS1 (ENSPFOG00000015342) #17	CMKLR2 (ENSPFOG00000020155) #19	ADAM23 (ENSPFOG00000015086) #22	FAM237A (ENSPFOG00000022272)	ENSPFOG00000015032	prkra (ENSPFOG00000015000)	cycsb (ENSPFOG00000014353)	OSBPL6 (ENSPFOG00000014393)	cycsb (ENSPFOG00000014345)	ENSPFOG00000014118	agps (ENSPFOG00000014109)	nfe2l2a (ENSPFOG00000014090)	hnrnpa3 (ENSPFOG00000014049)	hoxd3a (ENSPFOG00000014020)	hoxd4a (ENSPFOG00000014015)	hoxd9a (ENSPFOG00000024320)	hoxd10a (ENSPFOG00000014005)	hoxd11a (ENSPFOG00000023998)
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Platyfish	MODERN SPECIES	21	STK39 (ENSXMAG00000011767)	CERS6 (ENSXMAG00000011800)	nostrin (ENSXMAG00000011823)	spc25 (ENSXMAG00000011853)	G6PC2 (ENSXMAG00000023195)	ENSXMAG00000011856	dhrs9 (ENSXMAG00000023213)	rdh1 (ENSXMAG00000010887)	FARP1 (ENSXMAG00000010868)	ENSXMAG00000025823	DOCK9 (ENSXMAG00000010643)	ENSXMAG00000029912	INO80D (ENSXMAG00000010606) #16	NDUFS1 (ENSXMAG00000010573) #17	CMKLR2 (ENSXMAG00000027922) #19	ADAM23 (ENSXMAG00000010539) #22	FAM237A (ENSXMAG00000010538)	ENSXMAG00000010522	prkra (ENSXMAG00000027764)	OSBPL6 (ENSXMAG00000010498)	cycsb (ENSXMAG00000010497)	ENSXMAG00000023835	agps (ENSXMAG00000000454)	nfe2l2a (ENSXMAG00000029295)	hnrnpa3 (ENSXMAG00000000439)	hoxd4a (ENSXMAG00000022728)	hoxd3a (ENSXMAG00000000435)	hoxd9a (ENSXMAG00000024351)	hoxd10a (ENSXMAG00000000431)	hoxd11a (ENSXMAG00000000427)	hoxd12a (ENSXMAG00000000425)
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Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	158	CERS6 (ENSCVAG00000002253)	nostrin (ENSCVAG00000002265)	spc25 (ENSCVAG00000002270)	G6PC2 (ENSCVAG00000002278)	ENSCVAG00000002299	dhrs9 (ENSCVAG00000002308)	rdh1 (ENSCVAG00000002329)	FARP1 (ENSCVAG00000002368)	ENSCVAG00000002377	DOCK9 (ENSCVAG00000002415)	SLC15A1 (ENSCVAG00000000079)	STK24 (ENSCVAG00000002660)	INO80D (ENSCVAG00000002679) #16	NDUFS1 (ENSCVAG00000002713) #17	CMKLR2 (ENSCVAG00000002719) #19	ADAM23 (ENSCVAG00000002736) #22	FAM237A (ENSCVAG00000002738)	ENSCVAG00000000083	prkra (ENSCVAG00000002749)	OSBPL6 (ENSCVAG00000002772)	cycsb (ENSCVAG00000002778)	ENSCVAG00000002791	agps (ENSCVAG00000002813)	nfe2l2a (ENSCVAG00000002823)
Mummichog	MODERN SPECIES	305							ENSFHEG00000006481	ENSFHEG00000006515	ENSFHEG00000006536	ENSFHEG00000006544	ENSFHEG00000006577	STK24 (ENSFHEG00000007014)	INO80D (ENSFHEG00000007036) #16	NDUFS1 (ENSFHEG00000007110) #17	CMKLR2 (ENSFHEG00000007123) #19	ADAM23 (ENSFHEG00000007189) #22	ENSFHEG00000007210	ENSFHEG00000007229	OSBPL6 (ENSFHEG00000007291)	cycsb (ENSFHEG00000007308)	ENSFHEG00000007441	ENSFHEG00000007470	nfe2l2a (ENSFHEG00000007475)	HNRNPA3 (ENSFHEG00000007482)	hoxd4a (ENSFHEG00000007487)	hoxd3a (ENSFHEG00000007502)	hoxd9a (ENSFHEG00000007511)	hoxd10a (ENSFHEG00000007516)	hoxd11a (ENSFHEG00000007522)	hoxd12a (ENSFHEG00000007527)	evx2 (ENSFHEG00000007544)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000178366	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f.qb	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1623	cldn10b (ENSNFUG00015010152)	ENSNFUG00015010176	CLDN10 (ENSNFUG00015010185)	dnajc3a (ENSNFUG00015011416)	UGGT2 (ENSNFUG00015011587)	HS6ST3 (ENSNFUG00015013169)	ENSNFUG00015013171	MBNL2 (ENSNFUG00015013182)	RAP2A (ENSNFUG00015013191)	FARP1 (ENSNFUG00015013218)	DOCK9 (ENSNFUG00015013408)	SLC15A1 (ENSNFUG00015014013)	STK24 (ENSNFUG00015018815)	INO80D (ENSNFUG00015018830) #16	GPR1 (ENSNFUG00015018878) #19	ADAM23 (ENSNFUG00015018951) #22	FAM237A (ENSNFUG00015020730)	ENSNFUG00015020733	PRKRA (ENSNFUG00015020736)	OSBPL6 (ENSNFUG00015020780)	Nfu_g_1_017698 (ENSNFUG00015022429)	PDE11A (ENSNFUG00015022442)	AGPS (ENSNFUG00015022506)	NFE2L2A (ENSNFUG00015023300)	HNRNPA3 (ENSNFUG00015023301)	ENSNFUG00015023302	ENSNFUG00015023304	HOXD3A (ENSNFUG00015023307)	hoxd4a (ENSNFUG00015023309)	hoxd9a (ENSNFUG00015023312)	hoxd10a (ENSNFUG00015023313)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	66	ENSKMAG00000017103	CLDN10 (ENSKMAG00000017086)	dnajc3a (ENSKMAG00000017051)	UGGT2 (ENSKMAG00000016954)	HS6ST3 (ENSKMAG00000016929)	MBNL2 (ENSKMAG00000016876)	RAP2A (ENSKMAG00000016852)	FARP1 (ENSKMAG00000016718)	ENSKMAG00000016675	DOCK9 (ENSKMAG00000016587)	SLC15A1 (ENSKMAG00000016526)	STK24 (ENSKMAG00000016478)	INO80D (ENSKMAG00000016425) #16	ENSKMAG00000016397	CMKLR2 (ENSKMAG00000016387) #19	ADAM23 (ENSKMAG00000016314) #22	FAM237A (ENSKMAG00000016284)	ENSKMAG00000016238	prkra (ENSKMAG00000016206)	OSBPL6 (ENSKMAG00000016168)	cycsb (ENSKMAG00000016145)	ENSKMAG00000016087	agps (ENSKMAG00000016024)	nfe2l2a (ENSKMAG00000015997)	hnrnpa3 (ENSKMAG00000015973)	hoxd4a (ENSKMAG00000015964)	hoxd3a (ENSKMAG00000015943)	hoxd9a (ENSKMAG00000015921)	hoxd10a (ENSKMAG00000015911)	hoxd11a (ENSKMAG00000015906)	hoxd12a (ENSKMAG00000015886)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938	ENSGT00940000161025
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938	ENSGT00940000161025
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	13	sox21b (ENSOJAG00000015512)	ABCC4 (ENSOJAG00000015557)	cldn10b (ENSOJAG00000015917)	ENSOJAG00000015925	CLDN10 (ENSOJAG00000015931)	dnajc3a (ENSOJAG00000015972)	UGGT2 (ENSOJAG00000016219)	HS6ST3 (ENSOJAG00000016571)	MBNL2 (ENSOJAG00000016580)	RAP2A (ENSOJAG00000016606)	FARP1 (ENSOJAG00000016839)	STK24 (ENSOJAG00000022686)	INO80D (ENSOJAG00000022689) #16	NDUFS1 (ENSOJAG00000022690) #17	CMKLR2 (ENSOJAG00000022704) #19	ADAM23 (ENSOJAG00000022788) #22	ENSOJAG00000023004	prkra (ENSOJAG00000023006)	OSBPL6 (ENSOJAG00000023200)	cycsb (ENSOJAG00000023613)	ENSOJAG00000023620	agps (ENSOJAG00000023690)	nfe2l2a (ENSOJAG00000023772)	hnrnpa3 (ENSOJAG00000023773)	hoxd3a (ENSOJAG00000023775)	hoxd4a (ENSOJAG00000023776)	hoxd9a (ENSOJAG00000023777)	hoxd10a (ENSOJAG00000023778)	hoxd11a (ENSOJAG00000023779)	hoxd12a (ENSOJAG00000023780)	evx2 (ENSOJAG00000023781)
Indian medaka	MODERN SPECIES	18	dnajc3a (ENSOMEG00000006210)	UGGT2 (ENSOMEG00000006151)	HS6ST3 (ENSOMEG00000006037)	MBNL2 (ENSOMEG00000006027)	RAP2A (ENSOMEG00000006006)	FARP1 (ENSOMEG00000000750)	ENSOMEG00000005681	ENSOMEG00000005665	ENSOMEG00000005590	SLC15A1 (ENSOMEG00000005543)	STK24 (ENSOMEG00000005455)	INO80D (ENSOMEG00000005422) #16	NDUFS1 (ENSOMEG00000005408) #17	ENSOMEG00000005396 #17	CMKLR2 (ENSOMEG00000005381) #19	ADAM23 (ENSOMEG00000005340) #22	FAM237A (ENSOMEG00000005173)	prkra (ENSOMEG00000005162)	OSBPL6 (ENSOMEG00000005131)	cycsb (ENSOMEG00000005020)	ENSOMEG00000004995	agps (ENSOMEG00000004912)	nfe2l2a (ENSOMEG00000004847)	hnrnpa3 (ENSOMEG00000004838)	hoxd3a (ENSOMEG00000004819)	hoxd4a (ENSOMEG00000004802)	hoxd9a (ENSOMEG00000004787)	hoxd10a (ENSOMEG00000004774)	hoxd11a (ENSOMEG00000004768)	hoxd12a (ENSOMEG00000004758)	evx2 (ENSOMEG00000004750)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.n.c #17	ENSGT00940000178366	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791.g	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938	ENSGT00940000161025
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	13	HS6ST3 (ENSORLG00000025769)	MBNL2 (ENSORLG00000022713)	RAP2A (ENSORLG00000023558)	FARP1 (ENSORLG00000017665)	ENSORLG00000023726	ENSORLG00000017651	ENSORLG00000030136	ENSORLG00000024320	ENSORLG00000017640	ENSORLG00000022562	STK24 (ENSORLG00000017632)	INO80D (ENSORLG00000017623) #16	ENSORLG00000030457	ENSORLG00000027518	CMKLR2 (ENSORLG00000017619) #19	ADAM23 (ENSORLG00000017616) #22	FAM237A (ENSORLG00000023264)	prkra (ENSORLG00000017598)	ENSORLG00000017596	OSBPL6 (ENSORLG00000017589)	cycsb (ENSORLG00000027899)	ENSORLG00000024999	agps (ENSORLG00000017577)	nfe2l2a (ENSORLG00000017568)	hnrnpa3 (ENSORLG00000017561)	hoxd3a (ENSORLG00000017546)	hoxd4a (ENSORLG00000017548)	hoxd9a (ENSORLG00000017540)	hoxd11a (ENSORLG00000017538)	hoxd12a (ENSORLG00000017536)	evx2 (ENSORLG00000017534)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Orange clownfish	MODERN SPECIES	3	CLDN10 (ENSAPEG00000023683)	dnajc3a (ENSAPEG00000023642)	UGGT2 (ENSAPEG00000023582)	HS6ST3 (ENSAPEG00000023526)	MBNL2 (ENSAPEG00000023468)	RAP2A (ENSAPEG00000023444)	FARP1 (ENSAPEG00000023390)	ENSAPEG00000023378	DOCK9 (ENSAPEG00000023247)	SLC15A1 (ENSAPEG00000022998)	STK24 (ENSAPEG00000022931)	INO80D (ENSAPEG00000022901) #16	NDUFS1 (ENSAPEG00000022881) #17	ENSAPEG00000022870 #17	CMKLR2 (ENSAPEG00000022864) #19	ADAM23 (ENSAPEG00000022814) #22	FAM237A (ENSAPEG00000022800)	ENSAPEG00000022793	prkra (ENSAPEG00000022769)	OSBPL6 (ENSAPEG00000022704)	cycsb (ENSAPEG00000022678)	ENSAPEG00000022643	agps (ENSAPEG00000022568)	nfe2l2a (ENSAPEG00000022542)	hnrnpa3 (ENSAPEG00000022522)	hoxd3a (ENSAPEG00000022493)	hoxd4a (ENSAPEG00000022483)	hoxd9a (ENSAPEG00000022404)	hoxd10a (ENSAPEG00000022375)	hoxd11a (ENSAPEG00000022361)	hoxd12a (ENSAPEG00000022350)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2922																ADAM23 (ENSAOCG00000008589) #22	FAM237A (ENSAOCG00000008608)	ENSAOCG00000008626	prkra (ENSAOCG00000008651)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1096										DOCK9 (ENSAPOG00000020494)	SLC15A1 (ENSAPOG00000020270)	STK24 (ENSAPOG00000020103)	INO80D (ENSAPOG00000020045) #16	NDUFS1 (ENSAPOG00000019972) #17	CMKLR2 (ENSAPOG00000019898) #19	ADAM23 (ENSAPOG00000019882) #22	FAM237A (ENSAPOG00000019837)	ENSAPOG00000019830	prkra (ENSAPOG00000019819)	OSBPL6 (ENSAPOG00000019802)	cycsb (ENSAPOG00000019682)	ENSAPOG00000019653
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	510	ABCC4 (ENSSPAG00000005806)	cldn10b (ENSSPAG00000005854)	ENSSPAG00000005868	dnajc3a (ENSSPAG00000005884)	UGGT2 (ENSSPAG00000005936)	HS6ST3 (ENSSPAG00000006207)	MBNL2 (ENSSPAG00000006349)	RAP2A (ENSSPAG00000006449)	FARP1 (ENSSPAG00000006462)	DOCK9 (ENSSPAG00000006529)	SLC15A1 (ENSSPAG00000006750)	STK24 (ENSSPAG00000008192)	INO80D (ENSSPAG00000008232) #16	NDUFS1 (ENSSPAG00000008289) #17	CMKLR2 (ENSSPAG00000008355) #19	ADAM23 (ENSSPAG00000008371) #22	FAM237A (ENSSPAG00000008480)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Nile tilapia	MODERN SPECIES	7	ENSONIG00000008477	CLDN10 (ENSONIG00000008478)	ENSONIG00000039036	dnajc3a (ENSONIG00000008479)	UGGT2 (ENSONIG00000008484)	HS6ST3 (ENSONIG00000008496)	MBNL2 (ENSONIG00000008499)	RAP2A (ENSONIG00000034730)	FARP1 (ENSONIG00000008504)	DOCK9 (ENSONIG00000008513)	SLC15A1 (ENSONIG00000008539)	STK24 (ENSONIG00000008544)	INO80D (ENSONIG00000008551) #16	NDUFS1 (ENSONIG00000008555) #17	CMKLR2 (ENSONIG00000021104) #19	ADAM23 (ENSONIG00000008559) #22	FAM237A (ENSONIG00000034897)	ENSONIG00000008575	prkra (ENSONIG00000008579)	OSBPL6 (ENSONIG00000008582)	cycsb (ENSONIG00000039774)	ENSONIG00000008590	agps (ENSONIG00000008600)	nfe2l2a (ENSONIG00000008604)	hnrnpa3 (ENSONIG00000008607)	hoxd4a (ENSONIG00000008612)	hoxd3a (ENSONIG00000008610)	hoxd9 (ENSONIG00000035114)	hoxd10a (ENSONIG00000008614)	hoxd11 (ENSONIG00000040380)	hoxd12 (ENSONIG00000032619)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	303	cldn10b (ENSNBRG00000009661)	ENSNBRG00000009685	CLDN10 (ENSNBRG00000009696)	dnajc3a (ENSNBRG00000009711)	UGGT2 (ENSNBRG00000009753)	HS6ST3 (ENSNBRG00000009862)	MBNL2 (ENSNBRG00000009899)	RAP2A (ENSNBRG00000009947)	FARP1 (ENSNBRG00000010082)	DOCK9 (ENSNBRG00000010144)	SLC15A1 (ENSNBRG00000010310)	ENSNBRG00000010594	INO80D (ENSNBRG00000010607) #16	NDUFS1 (ENSNBRG00000010636) #17	CMKLR2 (ENSNBRG00000010681) #19	ADAM23 (ENSNBRG00000010690) #22	ENSNBRG00000010757	prkra (ENSNBRG00000010819)	OSBPL6 (ENSNBRG00000010837)	cycsb (ENSNBRG00000010901)	ENSNBRG00000010922	agps (ENSNBRG00000010969)	nfe2l2a (ENSNBRG00000011018)	HNRNPA1L3 (ENSNBRG00000011082)	hoxd3a (ENSNBRG00000011248)	hoxd4a (ENSNBRG00000011276)	hoxd9a (ENSNBRG00000011305)	hoxd10a (ENSNBRG00000011309)	hoxd11a (ENSNBRG00000011341)	hoxd12a (ENSNBRG00000011364)	evx2 (ENSNBRG00000011378)
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	311	ENSHBUG00000022091	CLDN10 (ENSHBUG00000022084)	dnajc3a (ENSHBUG00000022066)	UGGT2 (ENSHBUG00000022024)	HS6ST3 (ENSHBUG00000021885)	MBNL2 (ENSHBUG00000021860)	RAP2A (ENSHBUG00000000675)	FARP1 (ENSHBUG00000021791)	ENSHBUG00000021296	DOCK9 (ENSHBUG00000021272)	SLC15A1 (ENSHBUG00000021092)	STK24 (ENSHBUG00000020466)	INO80D (ENSHBUG00000020389) #16	NDUFS1 (ENSHBUG00000020324) #17	CMKLR2 (ENSHBUG00000020271) #19	ADAM23 (ENSHBUG00000000617) #22	FAM237A (ENSHBUG00000020198)	ENSHBUG00000020184	prkra (ENSHBUG00000020169)	OSBPL6 (ENSHBUG00000020154)	cycsb (ENSHBUG00000019969)	ENSHBUG00000019959	agps (ENSHBUG00000019890)	nfe2l2a (ENSHBUG00000019783)	hnrnpa3 (ENSHBUG00000019734)	hoxd3a (ENSHBUG00000019721)	hoxd4a (ENSHBUG00000019706)	hoxd9a (ENSHBUG00000019700)	hoxd10a (ENSHBUG00000019695)	hoxd11a (ENSHBUG00000019686)	hoxd12a (ENSHBUG00000019677)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a.b	ENSGT00940000176946.b	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974 #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781 #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157883.a.b.f	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000159938
Eastern happy	MODERN SPECIES	7	cldn10b (ENSACLG00000007647)	ENSACLG00000007658	CLDN10 (ENSACLG00000007665)	dnajc3a (ENSACLG00000007674)	UGGT2 (ENSACLG00000007693)	HS6ST3 (ENSACLG00000007838)	MBNL2 (ENSACLG00000007843)	RAP2A (ENSACLG00000007862)	FARP1 (ENSACLG00000007884)	DOCK9 (ENSACLG00000007989)	SLC15A1 (ENSACLG00000008071)	STK24 (ENSACLG00000008226)	INO80D (ENSACLG00000008245) #16	NDUFS1 (ENSACLG00000008263) #17	CMKLR2 (ENSACLG00000008289) #19	ADAM23 (ENSACLG00000008302) #22	FAM237A (ENSACLG00000008359)	ENSACLG00000008363	prkra (ENSACLG00000008370)	OSBPL6 (ENSACLG00000008382)	cycsb (ENSACLG00000008414)	ENSACLG00000008429	ENSACLG00000008459	agps (ENSACLG00000008469)	nfe2l2a (ENSACLG00000008524)	hnrnpa3 (ENSACLG00000008532)	hoxd3a (ENSACLG00000009027)	hoxd4a (ENSACLG00000009044)	hoxd9a (ENSACLG00000009056)	hoxd10a (ENSACLG00000009061)	hoxd11a (ENSACLG00000009065)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1098	ENSMZEG00005003224	CLDN10 (ENSMZEG00005003232)	dnajc3a (ENSMZEG00005003248)	UGGT2 (ENSMZEG00005003302)	HS6ST3 (ENSMZEG00005003479)	MBNL2 (ENSMZEG00005003492)	RAP2A (ENSMZEG00005003608)	FARP1 (ENSMZEG00005003629)	ENSMZEG00005003695	DOCK9 (ENSMZEG00005003710)	SLC15A1 (ENSMZEG00005003888)	STK24 (ENSMZEG00005004236)	INO80D (ENSMZEG00005004292) #16	NDUFS1 (ENSMZEG00005004312) #17	CMKLR2 (ENSMZEG00005004364) #19	ADAM23 (ENSMZEG00005004388) #22	FAM237A (ENSMZEG00005004441)	ENSMZEG00005004448	prkra (ENSMZEG00005004467)	OSBPL6 (ENSMZEG00005004482)	cycsb (ENSMZEG00005004503)	ENSMZEG00005004514	ENSMZEG00005004557	ENSMZEG00005004570	agps (ENSMZEG00005004577)	nfe2l2a (ENSMZEG00005004652)	hnrnpa3 (ENSMZEG00005004663)	hoxd3a (ENSMZEG00005004686)	hoxd4a (ENSMZEG00005004708)	hoxd9a (ENSMZEG00005004755)	hoxd10a (ENSMZEG00005004758)
P. nyererei	MODERN SPECIES	304	ENSPNYG00000010868	CLDN10 (ENSPNYG00000010847)	dnajc3a (ENSPNYG00000010810)	UGGT2 (ENSPNYG00000010642)	HS6ST3 (ENSPNYG00000010603)	MBNL2 (ENSPNYG00000010558)	RAP2A (ENSPNYG00000010521)	FARP1 (ENSPNYG00000010234)	ENSPNYG00000010161	DOCK9 (ENSPNYG00000010016)	SLC15A1 (ENSPNYG00000009305)	STK24 (ENSPNYG00000009151)	INO80D (ENSPNYG00000009117) #16	NDUFS1 (ENSPNYG00000009027) #17	CMKLR2 (ENSPNYG00000009000) #19	ADAM23 (ENSPNYG00000008866) #22	FAM237A (ENSPNYG00000008832)	ENSPNYG00000008815	prkra (ENSPNYG00000008795)	OSBPL6 (ENSPNYG00000008732)	cycsb (ENSPNYG00000008720)	ENSPNYG00000008651	agps (ENSPNYG00000008574)	nfe2l2a (ENSPNYG00000008539)	hnrnpa3 (ENSPNYG00000008424)	hoxd4a (ENSPNYG00000008399)	hoxd3a (ENSPNYG00000008361)	hoxd9a (ENSPNYG00000008331)	hoxd10a (ENSPNYG00000008321)	hoxd11a (ENSPNYG00000008301)	hoxd12a (ENSPNYG00000008289)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	998	cldn10b (ENSACIG00000018971)	ENSACIG00000018981	CLDN10 (ENSACIG00000018987)	dnajc3a (ENSACIG00000019002)	UGGT2 (ENSACIG00000019024)	HS6ST3 (ENSACIG00000019090)	MBNL2 (ENSACIG00000019146)	RAP2A (ENSACIG00000019158)	FARP1 (ENSACIG00000019288)	DOCK9 (ENSACIG00000019562)	ENSACIG00000019680	STK24 (ENSACIG00000019694)	INO80D (ENSACIG00000019720) #16	NDUFS1 (ENSACIG00000019751) #17	CMKLR2 (ENSACIG00000019795) #19	ADAM23 (ENSACIG00000019821) #22	FAM237A (ENSACIG00000020010)	ENSACIG00000020017	prkra (ENSACIG00000020131)	OSBPL6 (ENSACIG00000020175)	cycsb (ENSACIG00000020213)	ENSACIG00000020221	agps (ENSACIG00000020269)	nfe2l2a (ENSACIG00000020313)	ENSACIG00000020389	hoxd3a (ENSACIG00000020552)	hoxd4a (ENSACIG00000020571)	hoxd9a (ENSACIG00000020595)	hoxd10a (ENSACIG00000020621)	hoxd11a (ENSACIG00000020645)	hoxd12a (ENSACIG00000020660)
Otomorpha	DUPLICATION
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.b.a	ENSGT00940000160594.h	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a	ENSGT00940000176946	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974.g #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.g	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.f	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000159503	ENSGT00940000158354.c.a	ENSGT00940000165065.b	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155232.t.a.b.a	ENSGT00940000165805	ENSGT00390000004600.b.b	ENSGT00950000183071.a.a.a.e.a	ENSGT01030000234621.F.d	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.h	ENSGT00940000160594.g.a	ENSGT00940000155318.b.a	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974.g #16	ENSGT00940000153514.b.m.a #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.g	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.f	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000157315.jc.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Atlantic herring	MODERN SPECIES	11	mettl21cb (ENSCHAG00000006490)	ENSCHAG00000006569	jam2b (ENSCHAG00000006604)	gabpa (ENSCHAG00000006644)	appb (ENSCHAG00000006904)	ENSCHAG00000015903	MBNL2 (ENSCHAG00000015919)	RAP2A (ENSCHAG00000015991)	FARP1 (ENSCHAG00000016107)	DOCK9 (ENSCHAG00000020149)	SLC15A1 (ENSCHAG00000023630)	STK24 (ENSCHAG00000024093)	INO80D (ENSCHAG00000024111) #16	NDUFS1 (ENSCHAG00000024127) #17	CMKLR2 (ENSCHAG00000024325) #19	ADAM23 (ENSCHAG00000024337) #22	FAM237A (ENSCHAG00000024835)	ENSCHAG00000024839	prkra (ENSCHAG00000024870)	OSBPL6 (ENSCHAG00000024905)	rbm45 (ENSCHAG00000025773)	ENSCHAG00000025784	ENSCHAG00000025788	agps (ENSCHAG00000025841)	nfe2l2a (ENSCHAG00000026474)	hnrnpa3 (ENSCHAG00000026478)	ENSCHAG00000026496	hoxd3a (ENSCHAG00000026497)	hoxd4a (ENSCHAG00000026499)	hoxd9a (ENSCHAG00000026501)	hoxd10a (ENSCHAG00000026503)
Denticle herring	MODERN SPECIES	19	ENSDCDG00000020596	ENSDCDG00000020594	ENSDCDG00000020578	ENSDCDG00000020553	ENSDCDG00000020550	ENSDCDG00000020547	MBNL2 (ENSDCDG00000020527)	RAP2A (ENSDCDG00000020522)	FARP1 (ENSDCDG00000018905)	DOCK9 (ENSDCDG00000016686)	SLC15A1 (ENSDCDG00000015624)	STK24 (ENSDCDG00000014239)	INO80D (ENSDCDG00000014074) #16	ENSDCDG00000014052	CMKLR2 (ENSDCDG00000035150) #19	ADAM23 (ENSDCDG00000035033) #22	FAM237A (ENSDCDG00000035003)	ENSDCDG00000035000	prkra (ENSDCDG00000034999)	OSBPL6 (ENSDCDG00000034715)	rbm45 (ENSDCDG00000034683)	ENSDCDG00000034677	agps (ENSDCDG00000034246)	ENSDCDG00000034193	nfe2l2a (ENSDCDG00000034191)	hnrnpa3 (ENSDCDG00000034186)	hoxb1b (ENSDCDG00000034179)	hoxd3a (ENSDCDG00000034175)	hoxd4a (ENSDCDG00000034170)	hoxd9a (ENSDCDG00000034167)	hoxd10a (ENSDCDG00000034164)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	103					ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.b.a	ENSGT00940000155318.b.a	ENSGT00940000176946	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.p	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974.g #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.g	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.f	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000157315.jc.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156609	ENSGT00390000005979.b	ENSGT00940000163423.C.g.a	ENSGT00990000206932	ENSGT00940000157782	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.b.a	ENSGT00940000155318.b.a.c	ENSGT00940000176946	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974.g #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.g	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.f	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000157315.jc.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308
Channel catfish	MODERN SPECIES	25	XIRP2 (ENSIPUG00000015910)	csrnp3 (ENSIPUG00000015927)	galnt3 (ENSIPUG00000015975)	ttc21b (ENSIPUG00000016012)	scn1laa (ENSIPUG00000016486)	ENSIPUG00000018662	slc38a11 (ENSIPUG00000018668)	mbnl2 (ENSIPUG00000018701)	RAP2A (ENSIPUG00000018801)	farp1 (ENSIPUG00000018812)	DOCK9 (ENSIPUG00000018881)	SLC15A1 (ENSIPUG00000019129)	stk24 (ENSIPUG00000019188)	INO80D (ENSIPUG00000019234) #16	gpr1 (ENSIPUG00000019259) #19	ADAM23 (ENSIPUG00000019278) #22	FAM237A (ENSIPUG00000019343)	ENSIPUG00000019355	prkra (ENSIPUG00000019396)	osbpl6 (ENSIPUG00000019425)	RBM45 (ENSIPUG00000019576)	pde11a (ENSIPUG00000019607)	AGPS (ENSIPUG00000019647)	nfe2l2 (ENSIPUG00000019775)	RO32 (ENSIPUG00000019815)	ENSIPUG00000019858	hoxd3 (ENSIPUG00000019869)	hoxd4 (ENSIPUG00000019877)	hoxd9 (ENSIPUG00000019882)	hoxd10a (ENSIPUG00000019897)	hoxd11a (ENSIPUG00000019900)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156609	ENSGT00390000005979.b	ENSGT00940000163423.C.g.a	ENSGT00990000206932	ENSGT00940000157782	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.b.a	ENSGT00940000155318.b.a.c	ENSGT00940000176946	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974.g #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.g	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.f	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000157315.jc.a	ENSGT00940000159503	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156609	ENSGT00390000005979.b	ENSGT00940000163423.C.g.a	ENSGT00990000206932	ENSGT00940000157782	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.b.a	ENSGT00940000155318.b.a.c	ENSGT00940000176946.d	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b	ENSGT00940000153476.b.o.a	ENSGT00940000157974.g #16	ENSGT00940000153514.b.n #17	ENSGT00940000160642 #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00390000015769.B	ENSGT00940000160994.g	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.f	ENSGT00940000153147.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000157315.jc.a	ENSGT00940000159503	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	22	GALNT3 (ENSPNAG00000023067)	ttc21b (ENSPNAG00000023024)	scn1laa (ENSPNAG00000022861)	ENSPNAG00000022788	slc38a11 (ENSPNAG00000022782)	MBNL2 (ENSPNAG00000022728)	RAP2A (ENSPNAG00000022654)	FARP1 (ENSPNAG00000022639)	ENSPNAG00000022529	DOCK9 (ENSPNAG00000022518)	SLC15A1 (ENSPNAG00000022342)	STK24 (ENSPNAG00000022309)	INO80D (ENSPNAG00000022253) #16	NDUFS1 (ENSPNAG00000022179) #17	CMKLR2 (ENSPNAG00000022110) #19	ADAM23 (ENSPNAG00000022084) #22	FAM237A (ENSPNAG00000022022)	ENSPNAG00000022008	prkra (ENSPNAG00000021962)	OSBPL6 (ENSPNAG00000021928)	rbm45 (ENSPNAG00000021750)	ENSPNAG00000021682	agps (ENSPNAG00000021615)	nfe2l2a (ENSPNAG00000021429)	HNRNPA3 (ENSPNAG00000021384)	ENSPNAG00000003677	hoxd3a (ENSPNAG00000021306)	hoxd4a (ENSPNAG00000021286)	hoxd9a (ENSPNAG00000021281)	hoxd10a (ENSPNAG00000021276)	hoxd11a (ENSPNAG00000021265)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	10	GALNT3 (ENSAMXG00000010446)	ttc21b (ENSAMXG00000010419)	scn1laa (ENSAMXG00000010407)	slc38a11 (ENSAMXG00000010388)	MBNL2 (ENSAMXG00000010312)	RAP2A (ENSAMXG00000039568)	FARP1 (ENSAMXG00000009871)	ENSAMXG00000029822	DOCK9 (ENSAMXG00000009010)	SLC15A1 (ENSAMXG00000008443)	STK24 (ENSAMXG00000008289)	INO80D (ENSAMXG00000008221) #16	NDUFS1 (ENSAMXG00000008169) #17	ENSAMXG00000034457	CMKLR2 (ENSAMXG00000025165) #19	ADAM23 (ENSAMXG00000007893) #22	FAM237A (ENSAMXG00000039636)	ENSAMXG00000007768	prkra (ENSAMXG00000034602)	OSBPL6 (ENSAMXG00000007557)	rbm45 (ENSAMXG00000007463)	ENSAMXG00000007277	agps (ENSAMXG00000007175)	nfe2l2a (ENSAMXG00000007122)	hnrnpa3 (ENSAMXG00000007065)	ENSAMXG00000033411	hoxd3a (ENSAMXG00000007001)	hoxd4a (ENSAMXG00000007015)	hoxd9a (ENSAMXG00000040540)	hoxd10a (ENSAMXG00000006948)	hoxd11a (ENSAMXG00000006918)
Electric eel	MODERN SPECIES	297														INO80D (ENSEEEG00000011260) #16	CMKLR2 (ENSEEEG00000011258) #19	ADAM23 (ENSEEEG00000011255) #22	FAM237A (ENSEEEG00000011251)	ENSEEEG00000011250	prkra (ENSEEEG00000011243)	OSBPL6 (ENSEEEG00000011202)	rbm45 (ENSEEEG00000011198)	ENSEEEG00000011195	agps (ENSEEEG00000010447)	nfe2l2a (ENSEEEG00000010397)	hnrnpa3 (ENSEEEG00000010394)	ENSEEEG00000010393	hoxd3a (ENSEEEG00000010392)	hoxd4a (ENSEEEG00000010390)	hoxd9a (ENSEEEG00000010389)	hoxd10a (ENSEEEG00000010388)	hoxd11a (ENSEEEG00000010387)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	81					ENSGT00940000160594.h	ENSGT00940000155318.b.a.e	ENSGT00940000155972.B	ENSGT00940000155995.e.b.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.a	ENSGT00940000160594.g.b.a	ENSGT00940000155318.b.a.f	ENSGT00940000155995.e.b.a	ENSGT00940000153476.b.p	ENSGT00940000157974.g #16	ENSGT00940000160642.z #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00940000160994.g	ENSGT00940000157618	ENSGT00940000156791	ENSGT00680000100059	ENSGT00940000164822.a.b	ENSGT00940000164264	ENSGT00940000156112	ENSGT00950000182892.a.a.b.f	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a	ENSGT00940000158266	ENSGT00940000161308.a	ENSGT00940000159938
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	210		ENSGT00580000081600.c.b.q	ENSGT00990000210518	ENSGT00390000008042.A.b.c	ENSGT00390000015352	ENSGT00940000154846.b.d	ENSGT00390000006225.h	ENSGT00940000156402.A.b.b	ENSGT00940000160594.g.b.a.b	ENSGT00940000155318.b.a.e.b	ENSGT00940000155972.B.r	ENSGT00940000155995.e.b.b	ENSGT00940000153476.b.p.a	ENSGT00940000157974.g.a #16	ENSGT00940000160642.z.a #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00940000160994.g.a	ENSGT00940000157618.v	ENSGT00940000156791.e.a	ENSGT00680000100059.k	ENSGT00940000164822.a.b	ENSGT00940000164264.a	ENSGT00940000156112.a	ENSGT00950000182892.a.a.b.f.a	ENSGT00940000156112.b	ENSGT00950000182892.a.a.b.f.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a.b	ENSGT00940000158266
Goldfish	MODERN SPECIES	49	ENSCARG00000013270	ENSCARG00000013266	ENSCARG00000013259	ENSCARG00000013255	zgc:101851 (ENSCARG00000013244)	dbi (ENSCARG00000013238)	tmem37 (ENSCARG00000013227)	ENSCARG00000013211	ENSCARG00000013208	FARP1 (ENSCARG00000011424)	ENSCARG00000009349	SLC15A1 (ENSCARG00000003251)	stk24a (ENSCARG00000003029)	INO80D (ENSCARG00000003020) #16	ENSCARG00000003015 #19	ADAM23 (ENSCARG00000002879) #22	ENSCARG00000002785	prkra (ENSCARG00000002742)	OSBPL6 (ENSCARG00000002217)	rbm45 (ENSCARG00000002003)	si:ch211-222f23.6 (ENSCARG00000001984)	sik1 (ENSCARG00000001918)	ing1 (ENSCARG00000001898)	ube2al (ENSCARG00000001892)	ankrd10b (ENSCARG00000001883)	naxd (ENSCARG00000001728)	rab20 (ENSCARG00000068434)	COL4A2 (ENSCARG00000068355)	COL4A1 (ENSCARG00000068158)	IRS2 (ENSCARG00000068143)	MYO16 (ENSCARG00000068035)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	222			ENSGT00580000081600.c.b.q	ENSGT00990000210518	ENSGT00390000015352.a	ENSGT00940000154846.b.d	ENSGT00390000006225.h	ENSGT00940000156402.A.b.b	ENSGT00940000160594.g.b.a.b	ENSGT00940000155318.b.a.e.b	ENSGT00940000155972.B.r	ENSGT00940000155995.e.b.b	ENSGT00940000153476.b.p.a	ENSGT00940000157974.g.a #16	ENSGT00940000160642.z.a #19	ENSGT00940000158781.e #22	ENSGT00940000160994.g.a	ENSGT00940000157618.v	ENSGT00940000156791.e.a	ENSGT00940000164822.a.b	ENSGT00950000182996.b.a.b.c	ENSGT00940000164264.a	ENSGT00940000156112.a	ENSGT00950000182892.a.a.b.f.a	ENSGT00940000156112.b	ENSGT00950000182892.a.a.b.f.b	ENSGT00940000154808.a.a	ENSGT00940000160027	ENSGT00940000157270	ENSGT00940000161503.a.b	ENSGT00940000161503.a.a
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	742			ENSSGRG00000020497	STEAP3 (ENSSGRG00000020465)	zgc:101851 (ENSSGRG00000020455)	dbi (ENSSGRG00000020450)	tmem37 (ENSSGRG00000020448)	ENSSGRG00000020446	RAP2A (ENSSGRG00000020445)	FARP1 (ENSSGRG00000020395)	DOCK9 (ENSSGRG00000019322)	SLC15A1 (ENSSGRG00000019301)	stk24a (ENSSGRG00000019299)	ENSSGRG00000019298 #16	ENSSGRG00000019296 #19	ADAM23 (ENSSGRG00000019295) #22	ENSSGRG00000019289	prkra (ENSSGRG00000019288)	OSBPL6 (ENSSGRG00000018585)	rbm45 (ENSSGRG00000018571)
Common carp reference	MODERN SPECIES	46	ENSCCRG00000079733	ENSCCRG00000057401	ENSCCRG00000039058	zgc:101851 (ENSCCRG00000024056)	dbi (ENSCCRG00000052059)	tmem37 (ENSCCRG00000052058)	ENSCCRG00000030205	ENSCCRG00000071695	ENSCCRG00000036821	ENSCCRG00000041355	ENSCCRG00000041098	stk24a (ENSCCRG00000060240)	ENSCCRG00000058218 #16	ENSCCRG00000058585 #19	ENSCCRG00000058436	ENSCCRG00000074650 #22	ENSCCRG00000025797	prkra (ENSCCRG00000025780)	ENSCCRG00000060246	ENSCCRG00000055137	ENSCCRG00000070952	ENSCCRG00000074554	rbm45 (ENSCCRG00000007014)	ENSCCRG00000037767	ENSCCRG00000015043	ENSCCRG00000082895	ENSCCRG00000020753	agps (ENSCCRG00000025723)	nfe2l2a (ENSCCRG00000048514)	hnrnpa3 (ENSCCRG00000048768)	hoxd3a (ENSCCRG00000056734)
Zebrafish	MODERN SPECIES	24	ENSDARG00000059294	C1QL2 (ENSDARG00000015592)	ENSDARG00000097420	STEAP3 (ENSDARG00000075641)	C9H2orf76 (ENSDARG00000037199)	dbi (ENSDARG00000026369)	tmem37 (ENSDARG00000059305)	sctr (ENSDARG00000101077)	ENSDARG00000077553	ENSDARG00000112056	DOCK9 (ENSDARG00000114086)	SLC15A1 (ENSDARG00000100315)	stk24a (ENSDARG00000100955)	INO80D (ENSDARG00000104727) #16	CMKLR2 (ENSDARG00000101366) #19	ENSDARG00000112453 #22	ENSDARG00000070272	prkra (ENSDARG00000076718)	OSBPL6 (ENSDARG00000063730)	rbm45 (ENSDARG00000063731)	si:ch211-222f23.6 (ENSDARG00000042880)	ENSDARG00000063732	agps (ENSDARG00000042821)	nfe2l2a (ENSDARG00000042824)	hnrnpa3 (ENSDARG00000059351)	hoxd3a (ENSDARG00000059280)	hoxd4a (ENSDARG00000059276)	hoxd9a (ENSDARG00000059274)	hoxd10a (ENSDARG00000057859)	hoxd11a (ENSDARG00000059267)	hoxd12a (ENSDARG00000059263)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	393											ENSGT00940000157974.h #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781.f #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00940000178777	ENSGT00940000164225	ENSGT00940000166591	ENSGT00940000154101.a	ENSGT00940000158887	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a	ENSGT00530000065055
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	520										ENSGT00940000155515.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00940000157974.h #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00970000193449	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000158781.f #22
Atlantic herring	MODERN SPECIES	7	ENSCHAG00000011475	ENSCHAG00000011454	ENSCHAG00000011315	ENSCHAG00000011284	ENSCHAG00000011200	MYLK (ENSCHAG00000010889)	ENSCHAG00000003427	arl6ip6 (ENSCHAG00000003105)	rprmb (ENSCHAG00000003076)	rprmb (ENSCHAG00000003062)	KCNJ3 (ENSCHAG00000003013)	ino80db (ENSCHAG00000002966) #16	ndufs1 (ENSCHAG00000002609) #17	ENSCHAG00000002561	eef1b2 (ENSCHAG00000002376) #18	ADAM23 (ENSCHAG00000021280) #22	ENSCHAG00000021268	ENSCHAG00000021255	ENSCHAG00000021216	ENSCHAG00000021206	ENSCHAG00000021090	ENSCHAG00000021038	mcm6 (ENSCHAG00000020929)	si:ch73-71c20.5 (ENSCHAG00000020920)	tmbim1a (ENSCHAG00000020913)	ENSCHAG00000020694	ENSCHAG00000020677	ENSCHAG00000020670	si:ch211-214j24.10 (ENSCHAG00000020664)	ENSCHAG00000020644	ENSCHAG00000020638
Denticle herring	MODERN SPECIES	14	gtf3c6 (ENSDCDG00000026593)	emg1 (ENSDCDG00000026592)	zyx (ENSDCDG00000026591)	FAM131B (ENSDCDG00000026588)	CLCN1 (ENSDCDG00000021927)	casp2 (ENSDCDG00000021843)	ENSDCDG00000021837	GSTK1 (ENSDCDG00000021800)	MYLK (ENSDCDG00000021733)	ENSDCDG00000019672	arl6ip6 (ENSDCDG00000019579)	KCNJ3 (ENSDCDG00000019577)	ino80db (ENSDCDG00000019570) #16	ndufs1 (ENSDCDG00000019539) #17	eef1b2 (ENSDCDG00000019503) #18	ADAM23 (ENSDCDG00000019044) #22	nbn (ENSDCDG00000018983)	OSGIN2 (ENSDCDG00000018976)	ENSDCDG00000018970	gtpbp10 (ENSDCDG00000018342)	ncapd2 (ENSDCDG00000017694)	nppcl (ENSDCDG00000017623)	gapdh (ENSDCDG00000017435)	ENSDCDG00000017394	styk1b (ENSDCDG00000017385)	phc1 (ENSDCDG00000017378)	m6pr (ENSDCDG00000017372)	psmd4b (ENSDCDG00000017334)	pip5k1ab (ENSDCDG00000017214)	ENSDCDG00000017203	ENSDCDG00000017193
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000160306.o.a	ENSGT00390000008812.a.b	ENSGT01050000244857.B.b.g	ENSGT00940000159052.m.b.b	ENSGT00940000157018.i.b	ENSGT01030000234748.b	ENSGT00940000155515.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b.g.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a	ENSGT00940000157974.h #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00970000193449	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781.f #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00940000164225	ENSGT00940000166591	ENSGT00940000154101.a	ENSGT00940000158887	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a	ENSGT00530000065055
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000016940.c.b.b	ENSGT00940000160306.o.a	ENSGT00390000008812.a.b	ENSGT01050000244857.B.b.g	ENSGT00940000159052.m.b.b	ENSGT00940000157018.i.b	ENSGT00940000155515.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b.g.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a	ENSGT00940000157974.h #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00970000193449	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781.f #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00940000164225.y	ENSGT00940000166591	ENSGT00940000154101.a	ENSGT00940000158887	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a	ENSGT00530000065055	ENSGT01050000244824.D.b	ENSGT01050000244848.C.b	ENSGT00940000154774	ENSGT00940000154516.a.a	ENSGT00940000156146.`b.b	ENSGT00940000155331.A.f	ENSGT00940000159827.e	ENSGT01090000260052.a.a.b
Channel catfish	MODERN SPECIES	3	ENSIPUG00000013184	ENSIPUG00000013188	gmppa (ENSIPUG00000013225)	ENSIPUG00000013370	MYLK (ENSIPUG00000013381)	ENSIPUG00000013416	arl6ip6 (ENSIPUG00000013535)	ENSIPUG00000013567	rprmb (ENSIPUG00000013616)	KCNJ3 (ENSIPUG00000013622)	ino80db (ENSIPUG00000013638) #16	ndufs1 (ENSIPUG00000013659) #17	eef1b2 (ENSIPUG00000013694) #18	ENSIPUG00000013760	ENSIPUG00000013772 #21	adam23 (ENSIPUG00000013806) #22	casp8 (ENSIPUG00000013783)	dytn (ENSIPUG00000013845)	casp20 (ENSIPUG00000013871)	catip (ENSIPUG00000013888)	pnkd (ENSIPUG00000013907)	ube2o (ENSIPUG00000013940)	ENSIPUG00000014017	aanat (ENSIPUG00000014037)	rhbdf2 (ENSIPUG00000014071)	Acox1 (ENSIPUG00000014161)	ten1 (ENSIPUG00000014240)	evpl (ENSIPUG00000014268)	SRP68 (ENSIPUG00000014365)	polg2 (ENSIPUG00000014424)	ddx5 (ENSIPUG00000014448)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000160306.o.a	ENSGT00390000008812.a.b	ENSGT00940000159281	ENSGT01050000244857.B.b.g	ENSGT00940000159052.m.b.b	ENSGT00940000157018.i.b	ENSGT00940000155515.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b.g.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a	ENSGT00940000157974.h #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00970000193449	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781.f #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00940000164225.y	ENSGT00940000166591	ENSGT00940000164225.z	ENSGT00940000154101.a	ENSGT00940000158887	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a	ENSGT00530000065055	ENSGT01050000244824.D.b	ENSGT01050000244848.C.b	ENSGT00940000154774	ENSGT00940000154516.a.a	ENSGT00940000156146.`b.b	ENSGT00940000155331.A.f	ENSGT00940000159827.e
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000160306.o.a	ENSGT00390000008812.a.b	ENSGT01050000244857.B.b.g	ENSGT00940000159052.n	ENSGT01030000234748.b	ENSGT00940000157018.i.b	ENSGT00940000155515.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b.g.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a	ENSGT00940000157974.h #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00970000193449	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00440000037606.b #21	ENSGT00940000158781.f #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00940000164225.y	ENSGT00940000166591	ENSGT00940000154101.a	ENSGT00940000158887	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a	ENSGT00530000065055
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	579									JARID2 (ENSPNAG00000008972)	dtnbp1a (ENSPNAG00000001263)	mylipb (ENSPNAG00000008908)	ATXN1 (ENSPNAG00000001226)	ino80db (ENSPNAG00000008879) #16	ndufs1 (ENSPNAG00000008859) #17	eef1b2 (ENSPNAG00000001207) #18	ADAM23 (ENSPNAG00000001201) #22	dytn (ENSPNAG00000001178)	casp20 (ENSPNAG00000008713)	casp20 (ENSPNAG00000005930)	casp20 (ENSPNAG00000001157)	casp8 (ENSPNAG00000008676)	catip (ENSPNAG00000001141)	pnkd (ENSPNAG00000008655)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	4	romo1 (ENSAMXG00000009812)	ergic3 (ENSAMXG00000009793)	ENSAMXG00000030041	EIF2S2 (ENSAMXG00000040852)	asip1 (ENSAMXG00000032161)	ENSAMXG00000033300	ENSAMXG00000015213	arl6ip6 (ENSAMXG00000035122)	rprmb (ENSAMXG00000024814)	KCNJ3 (ENSAMXG00000015315)	ino80db (ENSAMXG00000038619) #16	ndufs1 (ENSAMXG00000015335) #17	ENSAMXG00000030270	eef1b2 (ENSAMXG00000030818) #18	ENSAMXG00000034650 #21	ADAM23 (ENSAMXG00000015410) #22	dytn (ENSAMXG00000015497)	casp20 (ENSAMXG00000029860)	casp20 (ENSAMXG00000015579)	casp8 (ENSAMXG00000015634)	catip (ENSAMXG00000015679)	pnkd (ENSAMXG00000043305)	tmbim1a (ENSAMXG00000029201)	ENSAMXG00000041875	mcm6 (ENSAMXG00000015786)	ENSAMXG00000015818	ENSAMXG00000004610	ENSAMXG00000038142	ical1 (ENSAMXG00000015858)	ENSAMXG00000015878	bmpr2a (ENSAMXG00000015904)
Electric eel	MODERN SPECIES	81	desmb (ENSEEEG00000019720)	tmem198b (ENSEEEG00000019721)	cdk5r2a (ENSEEEG00000019722)	ENSEEEG00000019724	CHPF (ENSEEEG00000019725)	asic4b (ENSEEEG00000019728)	gmppab (ENSEEEG00000019738)	MYLK (ENSEEEG00000019756)	ENSEEEG00000019759	arl6ip6 (ENSEEEG00000019762)	rprmb (ENSEEEG00000019763)	KCNJ3 (ENSEEEG00000019764)	ino80db (ENSEEEG00000019765) #16	ndufs1 (ENSEEEG00000019771) #17	eef1b2 (ENSEEEG00000019878) #18	ADAM23 (ENSEEEG00000019885) #22	dytn (ENSEEEG00000019887)	casp20 (ENSEEEG00000019888)	casp8 (ENSEEEG00000019890)	mcm7 (ENSEEEG00000019897)	ENSEEEG00000019948	COPS6 (ENSEEEG00000019949)	CRMP1 (ENSEEEG00000019964)	CYTL1 (ENSEEEG00000020158)	msx1a (ENSEEEG00000020159)	stx18 (ENSEEEG00000020160)	NSG1 (ENSEEEG00000020164)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000155522.g.b	ENSGT00390000016940.c.b.b	ENSGT00940000160306.o.a	ENSGT00390000008812.a.b	ENSGT01050000244857.B.b.g	ENSGT00940000159052.m.b.b	ENSGT00940000157018.i.b	ENSGT01030000234748.b	ENSGT00940000155515.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b.g.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a	ENSGT00940000157974.h #16	ENSGT00940000153514.b.m.b #17	ENSGT00950000183014.f.a #18	ENSGT00940000158781.f #22	ENSGT00940000162403	ENSGT00940000164225	ENSGT00940000166591	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000154101.a	ENSGT00940000158887	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a	ENSGT00530000065055	ENSGT01050000244824.D.b.ib	ENSGT01050000244848.C.a.h	ENSGT00390000005530.a.a	ENSGT00950000183046.a.a.gb	ENSGT00940000156449.b.a	ENSGT00940000155972.A	ENSGT00940000155995.e.a
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	23				ENSGT01050000244857.B.b.g.a	ENSGT00940000159052.m.b.b.b	ENSGT01030000234748.b.b	ENSGT00940000157018.i.b.a	ENSGT00940000157879.yb.a.a	ENSGT00940000155515.a.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b.g.b.a	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a.a	ENSGT00940000157974.h.a #16	ENSGT00940000153514.b.m.b.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.cb #18	ENSGT00940000158781.f.a #22	ENSGT00940000162403.a	ENSGT00940000164225.ab.b.b	ENSGT00940000164225.ab.a.b	ENSGT00940000166591.d	ENSGT00940000154101.a.a	ENSGT00940000158887.d	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a.a	ENSGT00530000065055.f	ENSGT01050000244824.D.b.ib.b	ENSGT01050000244848.C.a.h.d	ENSGT00390000005530.a.a.m	ENSGT00950000183046.a.a.gb.f	ENSGT00940000156449.b.a.h	ENSGT00940000155972.A.j	ENSGT00940000155995.e.a.a
Goldfish	MODERN SPECIES	46	tmem198b (ENSCARG00000025392)	cryba2a (ENSCARG00000025368)	cdk5r2a (ENSCARG00000025366)	ENSCARG00000025363	CHPF (ENSCARG00000025358)	asic4b (ENSCARG00000025178)	gmppab (ENSCARG00000024939)	MYLK (ENSCARG00000024481)	ENSCARG00000019966	arl6ip6 (ENSCARG00000019784)	rprmb (ENSCARG00000019778)	KCNJ3 (ENSCARG00000019769)	ino80db (ENSCARG00000052358) #16	ndufs1 (ENSCARG00000051504) #17	eef1b2 (ENSCARG00000051338) #18	ADAM23 (ENSCARG00000050746) #22	dytn (ENSCARG00000050683)	casp20 (ENSCARG00000050664)	ENSCARG00000050610	catip (ENSCARG00000050563)	pnkd (ENSCARG00000049840)	tmbim1a (ENSCARG00000049719)	si:ch73-71c20.5 (ENSCARG00000049704)	mcm6 (ENSCARG00000049591)	cxcr4a (ENSCARG00000049560)	ical1 (ENSCARG00000049350)	FAM117B (ENSCARG00000049305)	bmpr2a (ENSCARG00000046009)	ENSCARG00000027664	slc15a1b (ENSCARG00000026016)	stk24b (ENSCARG00000025872)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000160306.o.a.a.b	ENSGT00390000008812.a.b.a	ENSGT00940000159281.j.b	ENSGT01050000244857.B.b.g.a	ENSGT00940000159052.m.b.b.b	ENSGT01030000234748.b.b	ENSGT00940000157018.i.b.a	ENSGT00940000157879.yb.a.a	ENSGT00940000155515.a.a.a	ENSGT00390000009987	ENSGT00390000010523.c.b.g.b.a	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a.a	ENSGT00940000157974.h.a #16	ENSGT00940000153514.b.m.b.b #17	ENSGT00950000183014.f.a.cb #18	ENSGT00940000158781.f.a #22	ENSGT00940000162403.a	ENSGT00940000164225.ab.b.b	ENSGT00940000164225.ab.a.b	ENSGT00940000166591.d	ENSGT00940000154101.a.a	ENSGT00940000158887.d	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a.a	ENSGT01050000244824.D.b.ib.b	ENSGT01050000244848.C.a.h.d	ENSGT00390000005530.a.a.m	ENSGT00950000183046.a.a.gb.f	ENSGT00940000156449.b.a.h	ENSGT00940000155972.A.j	ENSGT00940000155995.e.a.a	ENSGT00940000153476.b.o.b.i
Common carp reference	MODERN SPECIES	10	cryba2a (ENSCCRG00000058026)	cdk5r2a (ENSCCRG00000061218)	ENSCCRG00000068062	CHPF (ENSCCRG00000073433)	asic4b (ENSCCRG00000033543)	gmppab (ENSCCRG00000025877)	ENSCCRG00000026142	ENSCCRG00000072960	ENSCCRG00000026324	arl6ip6 (ENSCCRG00000033889)	rprmb (ENSCCRG00000078403)	KCNJ3 (ENSCCRG00000030065)	ino80db (ENSCCRG00000030058) #16	ndufs1 (ENSCCRG00000002488) #17	ENSCCRG00000002514	ENSCCRG00000002526 #22	dytn (ENSCCRG00000008801)	casp20 (ENSCCRG00000060659)	ENSCCRG00000073135	casp8 (ENSCCRG00000030596)	catip (ENSCCRG00000048030)	pnkd (ENSCCRG00000067782)	tmbim1a (ENSCCRG00000047987)	mcm6 (ENSCCRG00000047778)	cxcr4a (ENSCCRG00000047765)	ical1 (ENSCCRG00000024243)	ENSCCRG00000024236	bmpr2a (ENSCCRG00000024160)	ENSCCRG00000033291	slc15a1b (ENSCCRG00000039269)	stk24b (ENSCCRG00000052670)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	533						CHPF (ENSSGRG00000018066)	asic4b (ENSSGRG00000018065)	ENSSGRG00000018064	gmppab (ENSSGRG00000017877)	MYLK (ENSSGRG00000017808)	ENSSGRG00000017788	KCNJ3 (ENSSGRG00000017787)	ino80db (ENSSGRG00000017786) #16	eef1b2 (ENSSGRG00000017768) #18	ndufs1 (ENSSGRG00000017685) #17	ENSSGRG00000017558 #22	ENSSGRG00000017552	ENSSGRG00000017544	casp8 (ENSSGRG00000017542)	catip (ENSSGRG00000017540)	pnkd (ENSSGRG00000017502)	tmbim1a (ENSSGRG00000017497)	mcm6 (ENSSGRG00000017490)	cxcr4a (ENSSGRG00000017488)	ical1 (ENSSGRG00000017451)	FAM117B (ENSSGRG00000017446)	bmpr2a (ENSSGRG00000017060)	ENSSGRG00000008080	slc15a1b (ENSSGRG00000007797)	stk24b (ENSSGRG00000007794)	ENSSGRG00000007793
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Goldfish	MODERN SPECIES	24	cryba2a (ENSCARG00000017697)	cdk5r2a (ENSCARG00000017715)	asic4b (ENSCARG00000017730)	gmppab (ENSCARG00000017805)	ENSCARG00000017855	ENSCARG00000017867	ENSCARG00000017882	ENSCARG00000017989	ENSCARG00000018553	rprmb (ENSCARG00000018580)	KCNJ3 (ENSCARG00000018583)	ino80db (ENSCARG00000018599) #16	ndufs1 (ENSCARG00000018650) #17	eef1b2 (ENSCARG00000019419) #18	ENSCARG00000019432	ADAM23 (ENSCARG00000019471) #22	casp20 (ENSCARG00000020011)	casp8 (ENSCARG00000020017)	pnkd (ENSCARG00000020048)	tmbim1a (ENSCARG00000020309)	si:ch73-71c20.5 (ENSCARG00000020329)	mcm6 (ENSCARG00000020347)	cxcr4a (ENSCARG00000020702)	ical1 (ENSCARG00000020718)	FAM117B (ENSCARG00000020761)	bmpr2a (ENSCARG00000020801)	ENSCARG00000021667	slc15a1b (ENSCARG00000022333)	stk24b (ENSCARG00000022990)	nr4a2b (ENSCARG00000023363)	gpd2 (ENSCARG00000023414)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160306.o.a.a.a	ENSGT00390000008812.a.b.b	ENSGT00940000159281.j.a	ENSGT01050000244857.B.b.g.b	ENSGT00940000159052.m.b.b.a	ENSGT01030000234748.b.a	ENSGT00940000157018.i.b.b	ENSGT00940000157879.yb.a.b	ENSGT00940000155515.a.a.b	ENSGT00390000010523.c.b.g.b.b	ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a.y.a.b	ENSGT00940000157974.h.b #16	ENSGT00940000153514.b.m.b.a #17	ENSGT00950000183014.f.a.bb #18	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000158781.f.b #22	ENSGT00940000162403.b	ENSGT00940000164225.ab.b.a	ENSGT00940000166591.c	ENSGT00940000154101.a.b	ENSGT00940000158887.c	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.a.b	ENSGT00530000065055.e	ENSGT01050000244824.D.b.ib.a	ENSGT01050000244848.C.a.h.c	ENSGT00390000005530.a.a.n	ENSGT00950000183046.a.a.gb.e	ENSGT00940000156449.b.a.g	ENSGT00940000155972.A.i	ENSGT00940000155995.e.a.b	ENSGT00940000153476.b.o.b.j
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1066	ENSSGRG00000017327	ENSSGRG00000017326	asic4b (ENSSGRG00000017325)	ENSSGRG00000017324	gmppab (ENSSGRG00000017318)	MYLK (ENSSGRG00000017316)	ENSSGRG00000016876	arl6ip6 (ENSSGRG00000016851)	rprmb (ENSSGRG00000016850)	KCNJ3 (ENSSGRG00000016849)	ino80db (ENSSGRG00000016847) #16	eef1b2 (ENSSGRG00000016808) #18	ndufs1 (ENSSGRG00000016800) #17	ENSSGRG00000016798	eef1b2 (ENSSGRG00000016786) #18	ADAM23 (ENSSGRG00000016780) #22	ENSSGRG00000016779	casp20 (ENSSGRG00000016778)	ENSSGRG00000016777	casp8 (ENSSGRG00000016776)
Common carp reference	MODERN SPECIES	16	tmem198b (ENSCCRG00000065674)	cryba2a (ENSCCRG00000014449)	cdk5r2a (ENSCCRG00000014962)	ENSCCRG00000079745	ENSCCRG00000014425	asic4b (ENSCCRG00000043321)	ENSCCRG00000002863	gmppab (ENSCCRG00000066120)	ENSCCRG00000026180	ENSCCRG00000037061	rprmb (ENSCCRG00000030067)	ENSCCRG00000060682	ino80db (ENSCCRG00000002484) #16	eef1b2 (ENSCCRG00000002495) #18	ndufs1 (ENSCCRG00000059554) #17	ADAM23 (ENSCCRG00000021237) #22	dytn (ENSCCRG00000022242)	casp20 (ENSCCRG00000008807)	casp8 (ENSCCRG00000022248)	catip (ENSCCRG00000022255)	pnkd (ENSCCRG00000047996)	tmbim1a (ENSCCRG00000038219)	si:ch73-71c20.5 (ENSCCRG00000038228)	mcm6 (ENSCCRG00000038238)	cxcr4a (ENSCCRG00000054142)	ical1 (ENSCCRG00000037124)	ENSCCRG00000037179	bmpr2a (ENSCCRG00000037215)	ENSCCRG00000052617	slc15a1b (ENSCCRG00000052633)	stk24b (ENSCCRG00000066300)
Zebrafish	MODERN SPECIES	21	tmem198b (ENSDARG00000034685)	cdk5r2a (ENSDARG00000071011)	ENSDARG00000038283	CHPF (ENSDARG00000078037)	asic4b (ENSDARG00000004243)	gmppab (ENSDARG00000023498)	MYLK (ENSDARG00000004753)	ENSDARG00000075041	arl6ip6 (ENSDARG00000071013)	rprmb (ENSDARG00000024006)	KCNJ3 (ENSDARG00000062217)	ino80db (ENSDARG00000062226) #16	ndufs1 (ENSDARG00000028546) #17	ENSDARG00000111107	eef1b2 (ENSDARG00000044521) #18	ADAM23 (ENSDARG00000062323) #22	dytn (ENSDARG00000071025)	casp20 (ENSDARG00000104367)	L3HYPDH (ENSDARG00000103763)	casp8 (ENSDARG00000058325)	catip (ENSDARG00000063009)	pnkd (ENSDARG00000071032)	tmbim1a (ENSDARG00000058323)	si:ch73-71c20.5 (ENSDARG00000097696)	mcm6 (ENSDARG00000057683)	cxcr4a (ENSDARG00000057633)	ical1 (ENSDARG00000057688)	FAM117B (ENSDARG00000074921)	bmpr2a (ENSDARG00000011941)	ENSDARG00000016311	slc15a1b (ENSDARG00000044528)
Spotted gar	MODERN SPECIES	650	ENSLOCG00000010972	CFAP65 (ENSLOCG00000010951)	mnx2b (ENSLOCG00000010942)	stk16 (ENSLOCG00000010936)	MAP3K2 (ENSLOCG00000010929)	ercc3 (ENSLOCG00000010907)	ENSLOCG00000010896	ENSLOCG00000010886	ENSLOCG00000010877	ihhb (ENSLOCG00000010869)	nhej1 (ENSLOCG00000010861)	ino80db (ENSLOCG00000010852) #16	ndufs1 (ENSLOCG00000010834) #17	CMKLR2 (ENSLOCG00000017843) #19	ENSLOCG00000010827 ##21	ADAM23 (ENSLOCG00000010807) #22	FAM237A (ENSLOCG00000010804)	dytn (ENSLOCG00000010790)	ENSLOCG00000010778	ENSLOCG00000010772	CASP8 (ENSLOCG00000010756)	ENSLOCG00000010742	ENSLOCG00000010735	TRAK2 (ENSLOCG00000010723)	STRADB (ENSLOCG00000010719)	NBEAL1 (ENSLOCG00000010703)	si:dkey-69o16.5 (ENSLOCG00000010697)	tuba8l2 (ENSLOCG00000010681)	tuba8l3 (ENSLOCG00000010664)	dnajb2 (ENSLOCG00000010653)	PTPRN (ENSLOCG00000010637)
Reedfish	MODERN SPECIES	16	nab1a (ENSECRG00000006135)	glsa (ENSECRG00000006167)	ENSECRG00000006225	STAT4 (ENSECRG00000006257)	atic (ENSECRG00000006296)	fn1a (ENSECRG00000006329)	ENSECRG00000006363	cpo (ENSECRG00000006382)	PARD3B (ENSECRG00000006452) #14	ENSECRG00000006477 #15	nrp2a (ENSECRG00000006488) #15	ino80db (ENSECRG00000006513) #16	ndufs1 (ENSECRG00000006523) #17	eef1b2 (ENSECRG00000006546) #18	CMKLR2 (ENSECRG00000006553) #19	ADAM23 (ENSECRG00000006567) #22	FAM237A (ENSECRG00000006588)	mdh1b (ENSECRG00000006596)	FASTKD2 (ENSECRG00000006608)	CTLA4 (ENSECRG00000006618) #12	raph1b (ENSECRG00000006637) #7	abi2b (ENSECRG00000006679)	cyp20a1 (ENSECRG00000006712)	ENSECRG00000006727	tmem237b (ENSECRG00000006739)	MPP4 (ENSECRG00000006757)	ALS2 (ENSECRG00000006808)	cdk15 (ENSECRG00000006849)	fzd7a (ENSECRG00000006864)	ENSECRG00000006871	sumo1 (ENSECRG00000006886)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1501											creb1b (ENSCMIG00000005105)	mettl21a (ENSCMIG00000005110)	ENSCMIG00000005114	ENSCMIG00000005122	PLEKHM3 (ENSCMIG00000005125)	ADAM23 (ENSCMIG00000005189) #22	FAM237A (ENSCMIG00000005397)	ENSCMIG00000005405	MDH1B (ENSCMIG00000005410)	ENSCMIG00000005417	ENSCMIG00000005423 #12	ENSCMIG00000005435 #10	ENSCMIG00000005441	ENSCMIG00000005484	trpm2 (ENSCMIG00000005586)	ENSCMIG00000005654	ENSCMIG00000005661	ADPRH (ENSCMIG00000005664)	raph1b (ENSCMIG00000005688) #7	abi2b (ENSCMIG00000005732)	cyp20a1 (ENSCMIG00000005758)