Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156522 #8	ENSGT00930000150969.A.c.b.a #9	ENSGT00930000150969.A.c.a #10	ENSGT00930000150969.A.c.b.b #11	ENSGT00940000156279 #12	ENSGT00950000183015.A #13	ENSGT00940000154544.a	ENSGT00940000164891 #14	ENSGT00390000010591 #15	ENSGT00390000012248 #16	ENSGT00940000157885 #17	ENSGT00390000004284 #18	ENSGT00940000156530.c #19	ENSGT00390000018052 #20	ENSGT00950000183091.A.b #21	ENSGT00390000015405 #22	ENSGT00390000009597 #23	ENSGT00940000156327 #24	ENSGT00940000156841 #26	ENSGT00960000190724	ENSGT00940000154556 #27	ENSGT00940000154958 #28	ENSGT00810000125473.A #29	ENSGT00940000157081 #30	ENSGT00530000063867.b #31	ENSGT00390000001858 #32	ENSGT00940000154186.a #33	ENSGT00940000155337 #34	ENSGT00950000183050.b.b.a #35	ENSGT00390000000583 #36	ENSGT00940000153464.B #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158488 #7	ENSGT00940000156522 #8	ENSGT00930000150969.A.c.b.a #9	ENSGT00930000150969.A.c.a #10	ENSGT00930000150969.A.c.b.b #11	ENSGT00940000156279 #12	ENSGT00950000183015.A #13	ENSGT00940000164891 #14	ENSGT00390000010591 #15	ENSGT00390000012248 #16	ENSGT00940000157885 #17	ENSGT00390000004284 #18	ENSGT00940000156530.c #19	ENSGT00390000018052 #20	ENSGT00950000183091.A.b #21	ENSGT00390000015405 #22	ENSGT00390000009597 #23	ENSGT00940000156327 #24	ENSGT00940000154431.e.a.f #25	ENSGT00940000156841 #26	ENSGT00960000190724	ENSGT00940000154556 #27	ENSGT00940000154958 #28	ENSGT00810000125473.A #29	ENSGT00940000157081 #30	ENSGT00530000063867.b #31	ENSGT00390000001858 #32	ENSGT00940000154186.a #33	ENSGT00940000155337 #34	ENSGT00950000183050.b.b.a #35	ENSGT00390000000583 #36
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000158488 #7	ENSGT00940000156522 #8	ENSGT00930000150969.A.c.b.a #9	ENSGT00930000150969.A.c.a #10	ENSGT00930000150969.A.c.b.b #11	ENSGT00940000156279 #12	ENSGT00950000183015.A #13	ENSGT00940000164891 #14	ENSGT00390000010591 #15	ENSGT00390000012248 #16	ENSGT00940000157885 #17	ENSGT00390000004284 #18	ENSGT00940000156530.c #19	ENSGT00390000018052 #20	ENSGT00950000183091.A.b #21	ENSGT00390000015405 #22	ENSGT00390000009597 #23	ENSGT00940000156327 #24	ENSGT00940000154431.e.a.f #25	ENSGT00940000156841 #26	ENSGT00960000190724	ENSGT00940000154556 #27	ENSGT00940000154958 #28	ENSGT00810000125473.A #29	ENSGT00940000157081 #30	ENSGT00530000063867.b #31	ENSGT00390000001858 #32	ENSGT00940000154186.a #33	ENSGT00940000155337 #34	ENSGT00950000183050.b.b.a #35	ENSGT00390000000583 #36
Squirrel	MODERN SPECIES	91	GFPT1 (ENSSTOG00000013461) #7	ANTXR1 (ENSSTOG00000010370) #8	GKN1 (ENSSTOG00000024019) #9	GKN2 (ENSSTOG00000010364) #10	ENSSTOG00000025416 #11	BMP10 (ENSSTOG00000010358) #12	ARHGAP25 (ENSSTOG00000010347) #13	ENSSTOG00000010343 #14	APLF (ENSSTOG00000014677) #15	FBXO48 (ENSSTOG00000014675) #16	PLEK (ENSSTOG00000014667) #17	CNRIP1 (ENSSTOG00000004875) #18	PPP3R1 (ENSSTOG00000025985) #19	PNO1 (ENSSTOG00000026989) #20	DNAAF10 (ENSSTOG00000024192) #21	C1D (ENSSTOG00000012346) #22	ETAA1 (ENSSTOG00000027144) #23	MEIS1 (ENSSTOG00000009914) #24	ENSSTOG00000024155 #25	SPRED2 (ENSSTOG00000022318) #26	ACTR2 (ENSSTOG00000012608) #27	ENSSTOG00000020693 #28	CEP68 (ENSSTOG00000011479) #29	SLC1A4 (ENSSTOG00000025160) #30	SERTAD2 (ENSSTOG00000008454) #31	ENSSTOG00000030042 #32	AFTPH (ENSSTOG00000020828) #33	LGALSL (ENSSTOG00000024204) #34	PELI1 (ENSSTOG00000026315) #35	VPS54 (ENSSTOG00000023517) #36	UGP2 (ENSSTOG00000000789) #37
Arctic ground squirrel	DUPLICATION
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Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	389														CNOT11 (ENSUPAG00010008934)	RNF149 (ENSUPAG00010008945)	ENSUPAG00010008977 #22	CREG2 (ENSUPAG00010008997)	RFX8 (ENSUPAG00010009009)	MAP4K4 (ENSUPAG00010009052)	IL1R2 (ENSUPAG00010010625)	IL1R1 (ENSUPAG00010010814)	IL1RL2 (ENSUPAG00010010855)	ENSUPAG00010010880	IL18R1 (ENSUPAG00010010899)	IL18RAP (ENSUPAG00010010926)	SLC9A4 (ENSUPAG00010010967)	SLC9A2 (ENSUPAG00010010983)	MFSD9 (ENSUPAG00010011005)	TMEM182 (ENSUPAG00010011013)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	6	GKN1 (ENSMMMG00000005442) #9	GKN2 (ENSMMMG00000005457) #10	ENSMMMG00000005470 #11	BMP10 (ENSMMMG00000005486) #12	ENSMMMG00000005514	ARHGAP25 (ENSMMMG00000005520) #13	ENSMMMG00000005553 #14	APLF (ENSMMMG00000005578) #15	FBXO48 (ENSMMMG00000005580) #16	PLEK (ENSMMMG00000005592) #17	CNRIP1 (ENSMMMG00000005618) #18	ENSMMMG00000005630	PPP3R1 (ENSMMMG00000005651) #19	PNO1 (ENSMMMG00000005661) #20	DNAAF10 (ENSMMMG00000005668) #21	C1D (ENSMMMG00000005685) #22	ETAA1 (ENSMMMG00000005704) #23	ENSMMMG00000005754	ENSMMMG00000005757	MEIS1 (ENSMMMG00000005763) #24	ENSMMMG00000005870 #25	ENSMMMG00000005873	SPRED2 (ENSMMMG00000005882) #26	ENSMMMG00000005906	ACTR2 (ENSMMMG00000005910) #27	RAB1A (ENSMMMG00000005929) #28	CEP68 (ENSMMMG00000005980) #29	SLC1A4 (ENSMMMG00000006026) #30	ENSMMMG00000006042	ENSMMMG00000006048	AFTPH (ENSMMMG00000006097) #33
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	5	ANTXR1 (ENSSVLG00005022150) #8	GKN1 (ENSSVLG00005022077) #9	GKN2 (ENSSVLG00005021978) #10	ENSSVLG00005021937 #11	BMP10 (ENSSVLG00005021912) #12	ARHGAP25 (ENSSVLG00005021763) #13	PROKR1 (ENSSVLG00005021730)	ENSSVLG00005021708	APLF (ENSSVLG00005021663) #15	FBXO48 (ENSSVLG00005021637) #16	PLEK (ENSSVLG00005021563) #17	CNRIP1 (ENSSVLG00005021502) #18	PPP3R1 (ENSSVLG00005021432) #19	PNO1 (ENSSVLG00005021413) #20	DNAAF10 (ENSSVLG00005021285) #21	C1D (ENSSVLG00005021246) #22	ETAA1 (ENSSVLG00005021110) #23	MEIS1 (ENSSVLG00005020894) #24	ENSSVLG00005020854	SPRED2 (ENSSVLG00005020765) #26	ACTR2 (ENSSVLG00005020565) #27	ENSSVLG00005020476 #28	CEP68 (ENSSVLG00005020379) #29	SOWAHC (ENSSVLG00005020212)	SEPTIN10 (ENSSVLG00005020034)	SH3RF3 (ENSSVLG00005019900)	EDAR (ENSSVLG00005019677)	CCDC138 (ENSSVLG00005019503)	RANBP2 (ENSSVLG00005018522)	ENSSVLG00005018289	ENSSVLG00005018042