Mammalia ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000164539 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.a.b.a ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Theria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b ENSGT00950000182767.b.a.b.a ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Eutheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00950000182767.b.a.b.a ENSGT00950000182767.b.b.c.a.b Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00950000182767.b.a.b.a ENSGT00730000111160 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Rat MODERN SPECIES ENSRNOG00000063281 Taar3 (ENSRNOG00000025982) Taar4 (ENSRNOG00000029877) Taar5 (ENSRNOG00000039869) Taar6 (ENSRNOG00000016089) Taar7a (ENSRNOG00000062468) Taar7b (ENSRNOG00000071181) Taar7c (ENSRNOG00000071165) Taar7d (ENSRNOG00000068797) Taar7e (ENSRNOG00000064447) Taar7h (ENSRNOG00000063959) ENSRNOG00000067484 Taar8a (ENSRNOG00000070320) Taar8c (ENSRNOG00000062917) Taar9 (ENSRNOG00000026096) LOC108349831 (ENSRNOG00000068524) #22 Stx7 (ENSRNOG00000015670) Moxd1 (ENSRNOG00000015321) Ccn2 (ENSRNOG00000015036) Enpp1 (ENSRNOG00000013994) Enpp3 (ENSRNOG00000013791) Med23 (ENSRNOG00000013422) Arg1 (ENSRNOG00000013304) Ccnb2-ps2 (ENSRNOG00000055111) Akap7 (ENSRNOG00000013202) Epb41l2 (ENSRNOG00000012346) ENSRNOG00000067501 Hmgb2-ps6 (ENSRNOG00000026462) Tmem200a (ENSRNOG00000047783) LOC100360791 (ENSRNOG00000033517) Samd3 (ENSRNOG00000039955) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Golden Hamster MODERN SPECIES 742 Ss18l2 (ENSMAUG00000018546) Sec22c (ENSMAUG00000000375) Vipr1 (ENSMAUG00000008883) Lyzl4 (ENSMAUG00000015844) Cck (ENSMAUG00000016999) Trak1 (ENSMAUG00000018480) Ulk4 (ENSMAUG00000016164) Ctnnb1 (ENSMAUG00000001076) ENSMAUG00000014583 Entpd3 (ENSMAUG00000021114) Eif1b (ENSMAUG00000016815) Myrip (ENSMAUG00000012297) ENSMAUG00000012669 Rpsa (ENSMAUG00000018437) Slc25a38 (ENSMAUG00000016265) ENSMAUG00000005362 #22 Cx3cr1 (ENSMAUG00000008446) Xirp1 (ENSMAUG00000015987) Csrnp1 (ENSMAUG00000003691) Ttc21a (ENSMAUG00000008403) Gorasp1 (ENSMAUG00000004125) Wdr48 (ENSMAUG00000017329) Scn11a (ENSMAUG00000007489) Scn10a (ENSMAUG00000014414) Scn5a (ENSMAUG00000015120) Exog (ENSMAUG00000013540) Acvr2b (ENSMAUG00000020481) Xylb (ENSMAUG00000021136) ENSMAUG00000019971 Myd88 (ENSMAUG00000010168) Oxsr1 (ENSMAUG00000017746) Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Degu MODERN SPECIES 87 ENSODEG00000006071 MYOF (ENSODEG00000004826) ENSODEG00000004069 ENSODEG00000005256 ENSODEG00000005072 ENSODEG00000004737 ENSODEG00000004562 DNA2 (ENSODEG00000004357) ENSODEG00000004211 HNRNPH3 (ENSODEG00000004517) PBLD (ENSODEG00000004402) ATOH7 (ENSODEG00000004225) MYPN (ENSODEG00000008662) HERC4 (ENSODEG00000008527) SIRT1 (ENSODEG00000005951) ENSODEG00000019249 ##22 ENSODEG00000005484 CTNNA3 (ENSODEG00000005148) ENSODEG00000005042 ENSODEG00000019144 REEP3 (ENSODEG00000004708) JMJD1C (ENSODEG00000004131) NRBF2 (ENSODEG00000004485) ENSODEG00000004415 ADO (ENSODEG00000004378) ENSODEG00000004333 ZNF365 (ENSODEG00000004279) ENSODEG00000004053 RTKN2 (ENSODEG00000006218) ARID5B (ENSODEG00000006194) CABCOCO1 (ENSODEG00000006135) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 706 Gpt2 (ENSMAUG00000017417) Dnaja2 (ENSMAUG00000013341) ENSMAUG00000008382 Neto2 (ENSMAUG00000005646) Itfg1 (ENSMAUG00000011749) Phkb (ENSMAUG00000016799) Abcc12 (ENSMAUG00000005078) ENSMAUG00000001567 ENSMAUG00000017496 Siah1a (ENSMAUG00000001370) N4bp1 (ENSMAUG00000019066) Cbln1 (ENSMAUG00000020791) 4933402J07Rik (ENSMAUG00000017355) ENSMAUG00000015721 ENSMAUG00000019410 ##22 Zfp423 (ENSMAUG00000015448) ENSMAUG00000013750 Cnep1r1 (ENSMAUG00000012481) Heatr3 (ENSMAUG00000020748) Tent4b (ENSMAUG00000018042) Adcy7 (ENSMAUG00000005638) Brd7 (ENSMAUG00000000695) Nkd1 (ENSMAUG00000000515) Snx20 (ENSMAUG00000020254) Nod2 (ENSMAUG00000004325) Cyld (ENSMAUG00000001344) ENSMAUG00000018753 Sall1 (ENSMAUG00000019093) Tox3 (ENSMAUG00000000550) ENSMAUG00000018971 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Degu MODERN SPECIES 78 AHCY (ENSODEG00000013391) ASIP (ENSODEG00000013289) ENSODEG00000020169 ENSODEG00000015189 ENSODEG00000012943 ENSODEG00000012151 ENSODEG00000012831 ENSODEG00000012366 ZNF341 (ENSODEG00000013884) PXMP4 (ENSODEG00000015173) E2F1 (ENSODEG00000012327) ENSODEG00000013210 NECAB3 (ENSODEG00000012739) ENSODEG00000013862 CBFA2T2 (ENSODEG00000012562) ENSODEG00000019960 ##22 SNTA1 (ENSODEG00000012817) CDK5RAP1 (ENSODEG00000013190) BPIFB1 (ENSODEG00000012392) BPIFA1 (ENSODEG00000011803) BPIFA3 (ENSODEG00000011797) ENSODEG00000013174 ENSODEG00000012886 ENSODEG00000012670 BPIFB4 (ENSODEG00000013037) BPIFB3 (ENSODEG00000012502) BPIFB6 (ENSODEG00000011706) BPIFB2 (ENSODEG00000012498) SUN5 (ENSODEG00000012284) ENSODEG00000012036 DNMT3B (ENSODEG00000011753) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES HPDL (ENSPANG00000046630) MUTYH (ENSPANG00000014791) TOE1 (ENSPANG00000012549) TESK2 (ENSPANG00000006622) ENSPANG00000009590 PRDX1 (ENSPANG00000017082) AKR1A1 (ENSPANG00000005968) NASP (ENSPANG00000015884) CCDC17 (ENSPANG00000008893) GPBP1L1 (ENSPANG00000016209) TMEM69 (ENSPANG00000023339) IPP (ENSPANG00000004692) MAST2 (ENSPANG00000013684) PIK3R3 (ENSPANG00000008892) ENSPANG00000030223 ENSPANG00000043011 ##22 TSPAN1 (ENSPANG00000005967) P3R3URF (ENSPANG00000035602) POMGNT1 (ENSPANG00000008891) LURAP1 (ENSPANG00000006505) RAD54L (ENSPANG00000016295) LRRC41 (ENSPANG00000004655) FAAH (ENSPANG00000024429) DMBX1 (ENSPANG00000018121) TMEM275 (ENSPANG00000042200) KNCN (ENSPANG00000004348) MKNK1 (ENSPANG00000017534) MOB3C (ENSPANG00000024015) ENSPANG00000035797 ENSPANG00000008381 TEX38 (ENSPANG00000003011) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Glires ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Rodentia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 320 Epsti1 (ENSDORG00000004992) Fam216b (ENSDORG00000007655) Tnfsf11 (ENSDORG00000026136) Dgkh (ENSDORG00000005024) Vwa8 (ENSDORG00000011298) Rgcc (ENSDORG00000015195) Naa16 (ENSDORG00000012584) Mtrf1 (ENSDORG00000016429) Kbtbd7 (ENSDORG00000023750) Wbp4 (ENSDORG00000007755) Elf1 (ENSDORG00000026436) Sugt1 (ENSDORG00000013064) Cnmd (ENSDORG00000013065) Pcdh8 (ENSDORG00000009041) Olfm4 (ENSDORG00000012987) ENSDORG00000013874 ##22 Pcdh17 (ENSDORG00000025566) Diaph3 (ENSDORG00000000055) Tdrd3 (ENSDORG00000008714) ENSDORG00000001884 ENSDORG00000027613 Pcdh9 (ENSDORG00000000735) Klhl1 (ENSDORG00000014310) Mzt1 (ENSDORG00000007292) Dis3 (ENSDORG00000007295) Pibf1 (ENSDORG00000007297) Klf5 (ENSDORG00000005117) Klf12 (ENSDORG00000015820) Tbc1d4 (ENSDORG00000001614) ENSDORG00000011048 ENSDORG00000004556 Kangaroo rat MODERN SPECIES 324 Stk39 (ENSDORG00000015053) B3galt1 (ENSDORG00000007446) Xirp2 (ENSDORG00000008838) Scn7a (ENSDORG00000005720) Scn9a (ENSDORG00000014776) Scn1a (ENSDORG00000003321) Ttc21b (ENSDORG00000003317) Galnt3 (ENSDORG00000003316) Csrnp3 (ENSDORG00000003313) ENSDORG00000024148 ENSDORG00000026906 Scn3a (ENSDORG00000006416) Slc38a11 (ENSDORG00000007638) Cobll1 (ENSDORG00000008623) Grb14 (ENSDORG00000008621) ENSDORG00000026532 ##22 Fign (ENSDORG00000011181) ENSDORG00000028425 ENSDORG00000001911 Gca (ENSDORG00000001909) Ifih1 (ENSDORG00000001907) Fap (ENSDORG00000001902) Gcg (ENSDORG00000001900) Dpp4 (ENSDORG00000001896) Slc4a10 (ENSDORG00000001895) Tbr1 (ENSDORG00000011049) Psmd14 (ENSDORG00000011046) Tank (ENSDORG00000015075) Rbms1 (ENSDORG00000007103) Itgb6 (ENSDORG00000005479) Pla2r1 (ENSDORG00000012445) Kangaroo rat MODERN SPECIES 320 Ikzf2 (ENSDORG00000007539) ENSDORG00000028919 ENSDORG00000023387 Erbb4 (ENSDORG00000013025) Cps1 (ENSDORG00000007835) Lancl1 (ENSDORG00000009233) Myl1 (ENSDORG00000027836) ENSDORG00000024057 Acadl (ENSDORG00000005849) Kansl1l (ENSDORG00000005847) Rpe (ENSDORG00000005846) Unc80 (ENSDORG00000005840) Map2 (ENSDORG00000005837) ENSDORG00000014386 ENSDORG00000029050 ENSDORG00000028731 ##22 Pth2r (ENSDORG00000005747) Pikfyve (ENSDORG00000005745) Idh1 (ENSDORG00000005744) ENSDORG00000003879 Cryga (ENSDORG00000028587) ENSDORG00000023215 Crygc (ENSDORG00000023173) Crygd (ENSDORG00000003876) ENSDORG00000027705 Plekhm3 (ENSDORG00000029697) ENSDORG00000023690 Fzd5 (ENSDORG00000027490) Ccnyl1 (ENSDORG00000009933) Mettl21a (ENSDORG00000012543) Creb1 (ENSDORG00000012535) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 43 Copb1 (ENSJJAG00000013738) Rras2 (ENSJJAG00000023091) Spon1 (ENSJJAG00000021081) Far1 (ENSJJAG00000023677) Pth (ENSJJAG00000020801) ENSJJAG00000021998 Arntl (ENSJJAG00000018760) Rassf10 (ENSJJAG00000013526) Tead1 (ENSJJAG00000020173) Parva (ENSJJAG00000013058) ENSJJAG00000022447 Mical2 (ENSJJAG00000021294) Dkk3 (ENSJJAG00000013289) Usp47 (ENSJJAG00000022599) Galnt18 (ENSJJAG00000021987) ENSJJAG00000011627 ##22 ENSJJAG00000011119 ENSJJAG00000021142 ENSJJAG00000006637 Ctr9 (ENSJJAG00000003972) Irag1 (ENSJJAG00000013023) Lyve1 (ENSJJAG00000018545) ENSJJAG00000014778 ENSJJAG00000000841 Ampd3 (ENSJJAG00000010237) Adm (ENSJJAG00000024387) ENSJJAG00000020513 ENSJJAG00000015333 ENSJJAG00000013130 ENSJJAG00000008080 Swap70 (ENSJJAG00000020532) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194423 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00900000143197 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194423 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00900000143197 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 Prairie vole MODERN SPECIES Dmac2l (ENSMOCG00000018826) L2hgdh (ENSMOCG00000013172) Sos2 (ENSMOCG00000022743) Vcpkmt (ENSMOCG00000016386) Arf6 (ENSMOCG00000016767) ENSMOCG00000015415 Nemf (ENSMOCG00000009325) Klhdc2 (ENSMOCG00000004420) Klhdc1 (ENSMOCG00000020719) Pole2 (ENSMOCG00000012838) ENSMOCG00000007212 Dnaaf2 (ENSMOCG00000005708) Mgat2 (ENSMOCG00000007181) ENSMOCG00000021414 Lrr1 (ENSMOCG00000018456) Rps29 (ENSMOCG00000017681) ##22 Mdga2 (ENSMOCG00000022499) ENSMOCG00000005109 Rpl10l (ENSMOCG00000009910) Mis18bp1 (ENSMOCG00000017171) Fancm (ENSMOCG00000008775) Fkbp3 (ENSMOCG00000011130) Prpf39 (ENSMOCG00000009148) Togaram1 (ENSMOCG00000021755) Klhl28 (ENSMOCG00000006562) Gm527 (ENSMOCG00000005543) ENSMOCG00000015843 Lrfn5 (ENSMOCG00000021045) ENSMOCG00000014206 ENSMOCG00000013030 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 5 Cdkl1 (ENSPEMG00000011830) Dmac2l (ENSPEMG00000020580) L2hgdh (ENSPEMG00000017428) Sos2 (ENSPEMG00000018079) Vcpkmt (ENSPEMG00000011230) Arf6 (ENSPEMG00000024869) Nemf (ENSPEMG00000026713) Klhdc2 (ENSPEMG00000000018) Klhdc1 (ENSPEMG00000001943) Pole2 (ENSPEMG00000015042) Dnaaf2 (ENSPEMG00000011084) Mgat2 (ENSPEMG00000000956) ENSPEMG00000028168 Lrr1 (ENSPEMG00000013165) ENSPEMG00000027114 Rps29 (ENSPEMG00000027801) ##22 ENSPEMG00000018179 ENSPEMG00000013803 Dlk1 (ENSPEMG00000015106) ENSPEMG00000028103 Mdga2 (ENSPEMG00000021900) Rpl10l (ENSPEMG00000031167) Mis18bp1 (ENSPEMG00000021507) ENSPEMG00000027540 ENSPEMG00000005619 Fkbp3 (ENSPEMG00000022009) Prpf39 (ENSPEMG00000002480) ENSPEMG00000027932 Togaram1 (ENSPEMG00000022307) Klhl28 (ENSPEMG00000021364) Gm527 (ENSPEMG00000023124) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 ENSPEMG00000005508 ENSPEMG00000029137 ENSPEMG00000028269 ENSPEMG00000024499 Alas2 (ENSPEMG00000009715) Apex2 (ENSPEMG00000016475) Pfkfb1 (ENSPEMG00000007169) ENSPEMG00000026930 ENSPEMG00000018106 Maged2 (ENSPEMG00000015948) ENSPEMG00000027867 Gnl3l (ENSPEMG00000012235) ENSPEMG00000008376 Fgd1 (ENSPEMG00000017278) Tsr2 (ENSPEMG00000015713) ENSPEMG00000025064 ##22 Wnk3 (ENSPEMG00000014760) Fam120c (ENSPEMG00000012802) Phf8 (ENSPEMG00000018201) Huwe1 (ENSPEMG00000007064) ENSPEMG00000006148 ENSPEMG00000003682 Hsd17b10 (ENSPEMG00000016342) Ribc1 (ENSPEMG00000012701) Smc1a (ENSPEMG00000003801) Iqsec2 (ENSPEMG00000016485) Kdm5c (ENSPEMG00000018041) Kantr (ENSPEMG00000026622) Tspyl2 (ENSPEMG00000006058) Gpr173 (ENSPEMG00000027332) ENSPEMG00000025543 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Psmg4 (ENSPEMG00000020434) Slc22a23 (ENSPEMG00000020810) Pxdc1 (ENSPEMG00000021893) Fam50b (ENSPEMG00000024324) ENSPEMG00000031049 Prpf4b (ENSPEMG00000020358) Fam217a (ENSPEMG00000020354) Tex56 (ENSPEMG00000020583) ENSPEMG00000021161 ENSPEMG00000021110 Cdyl (ENSPEMG00000022690) Rpp40 (ENSPEMG00000020809) Ppp1r3g (ENSPEMG00000014441) Lyrm4 (ENSPEMG00000030913) Fars2 (ENSPEMG00000017477) ENSPEMG00000028708 ##22 ENSPEMG00000029972 ##22 ENSPEMG00000027489 Nrn1 (ENSPEMG00000010532) F13a1 (ENSPEMG00000016989) Ly86 (ENSPEMG00000008759) Rreb1 (ENSPEMG00000014153) Ssr1 (ENSPEMG00000010303) Cage1 (ENSPEMG00000008259) Riok1 (ENSPEMG00000017844) Dsp (ENSPEMG00000014596) Snrnp48 (ENSPEMG00000008872) Bmp6 (ENSPEMG00000014388) Txndc5 (ENSPEMG00000009019) Bloc1s5 (ENSPEMG00000030914) Eef1e1 (ENSPEMG00000018182) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Slc22a23 (ENSPEMG00000020810) Pxdc1 (ENSPEMG00000021893) Fam50b (ENSPEMG00000024324) ENSPEMG00000031049 Prpf4b (ENSPEMG00000020358) Fam217a (ENSPEMG00000020354) Tex56 (ENSPEMG00000020583) ENSPEMG00000021161 ENSPEMG00000021110 Cdyl (ENSPEMG00000022690) Rpp40 (ENSPEMG00000020809) Ppp1r3g (ENSPEMG00000014441) Lyrm4 (ENSPEMG00000030913) Fars2 (ENSPEMG00000017477) ENSPEMG00000028708 ##22 ENSPEMG00000029972 ##22 ENSPEMG00000027489 Nrn1 (ENSPEMG00000010532) F13a1 (ENSPEMG00000016989) Ly86 (ENSPEMG00000008759) Rreb1 (ENSPEMG00000014153) Ssr1 (ENSPEMG00000010303) Cage1 (ENSPEMG00000008259) Riok1 (ENSPEMG00000017844) Dsp (ENSPEMG00000014596) Snrnp48 (ENSPEMG00000008872) Bmp6 (ENSPEMG00000014388) Txndc5 (ENSPEMG00000009019) Bloc1s5 (ENSPEMG00000030914) Eef1e1 (ENSPEMG00000018182) Slc35b3 (ENSPEMG00000001883) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194423 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00900000143162 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00900000143197 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Golden Hamster MODERN SPECIES 652 Map4k5 (ENSMAUG00000020655) Cdkl1 (ENSMAUG00000020825) Dmac2l (ENSMAUG00000020577) L2hgdh (ENSMAUG00000015336) Sos2 (ENSMAUG00000013147) Vcpkmt (ENSMAUG00000001299) ENSMAUG00000000792 ENSMAUG00000009106 Klhdc2 (ENSMAUG00000012014) Pole2 (ENSMAUG00000001075) Dnaaf2 (ENSMAUG00000014305) ENSMAUG00000007273 Mgat2 (ENSMAUG00000009453) ENSMAUG00000016113 Lrr1 (ENSMAUG00000009765) ENSMAUG00000000899 ##22 Mdga2 (ENSMAUG00000006354) ENSMAUG00000020516 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 229 Pxdn (ENSCGRG00001003434) Tpo (ENSCGRG00001011361) Sntg2 (ENSCGRG00001008435) Tmem18 (ENSCGRG00001009444) Alkal2 (ENSCGRG00001011661) ENSCGRG00001003399 Sh3yl1 (ENSCGRG00001012436) Fam110c (ENSCGRG00001001095) Pla2g10 (ENSCGRG00001006810) Bfar (ENSCGRG00001018222) ENSCGRG00001013064 ENSCGRG00001023948 Parn (ENSCGRG00001012096) Mrtfb (ENSCGRG00001010790) Ercc4 (ENSCGRG00001003669) ENSCGRG00001000990 ##22 ENSCGRG00001011152 Shisa9 (ENSCGRG00001023863) Cpped1 (ENSCGRG00001012402) Snx29 (ENSCGRG00001004219) Tnfrsf17 (ENSCGRG00001018459) Gspt1 (ENSCGRG00001009583) Rsl1d1 (ENSCGRG00001014989) Zc3h7a (ENSCGRG00001020639) Txndc11 (ENSCGRG00001016914) Snn (ENSCGRG00001001355) Litaf (ENSCGRG00001018758) Rmi2 (ENSCGRG00001020594) ENSCGRG00001021045 Prm3 (ENSCGRG00001001713) Tnp2 (ENSCGRG00001023391) Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 317 Fam8a1 (ENSCGRG00001015823) Nup153 (ENSCGRG00001021016) Kif13a (ENSCGRG00001014277) Nhlrc1 (ENSCGRG00001012520) Tpmt (ENSCGRG00001000696) Kdm1b (ENSCGRG00001017531) ENSCGRG00001004976 Rnf144b (ENSCGRG00001009668) Id4 (ENSCGRG00001009628) Zfp169 (ENSCGRG00001010605) Ptpdc1 (ENSCGRG00001017296) Barx1 (ENSCGRG00001020884) Phf2 (ENSCGRG00001019829) Fam120a (ENSCGRG00001009892) Wnk2 (ENSCGRG00001020589) ENSCGRG00001010167 ##22 Ninj1 (ENSCGRG00001011059) Card19 (ENSCGRG00001014208) Susd3 (ENSCGRG00001020631) Fgd3 (ENSCGRG00001016233) Bicd2 (ENSCGRG00001024102) Ippk (ENSCGRG00001000859) Cenpp (ENSCGRG00001017117) Ecm2 (ENSCGRG00001014317) Aspn (ENSCGRG00001018512) Omd (ENSCGRG00001022773) Ogn (ENSCGRG00001017043) ENSCGRG00001016459 ENSCGRG00001017507 Iars (ENSCGRG00001023981) Nutm2 (ENSCGRG00001008000) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 Cnot7 (ENSCGRG00001011174) Zdhhc2 (ENSCGRG00001012910) Micu3 (ENSCGRG00001013964) Fgf20 (ENSCGRG00001017693) ENSCGRG00001012099 Msr1 (ENSCGRG00001004518) ENSCGRG00001005908 ENSCGRG00001008370 Tusc3 (ENSCGRG00001010762) Sgcz (ENSCGRG00001012345) ENSCGRG00001005641 AI429214 (ENSCGRG00001009617) Dlc1 (ENSCGRG00001019041) Trmt9b (ENSCGRG00001019764) Lonrf1 (ENSCGRG00001020250) ENSCGRG00001005461 ##22 Prag1 (ENSCGRG00001023518) Cldn23 (ENSCGRG00001006104) Gm19410 (ENSCGRG00001024429) ENSCGRG00001016163 Eri1 (ENSCGRG00001017852) Ppp1r3b (ENSCGRG00001005666) Tnks (ENSCGRG00001020318) Dusp4 (ENSCGRG00001022778) ENSCGRG00001007762 ENSCGRG00001005245 Saraf (ENSCGRG00001024847) Leprotl1 (ENSCGRG00001000543) Mboat4 (ENSCGRG00001015723) Dctn6 (ENSCGRG00001001182) Rbpms (ENSCGRG00001002814) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 66 Chil6 (ENSCGRG00001019821) ENSCGRG00001000291 Chia1 (ENSCGRG00001018747) ENSCGRG00001023048 Pifo (ENSCGRG00001012700) Ovgp1 (ENSCGRG00001006238) Wdr77 (ENSCGRG00001002232) Atp5pb (ENSCGRG00001013168) I830077J02Rik (ENSCGRG00001009120) Tmigd3 (ENSCGRG00001018286) Adora3 (ENSCGRG00001021966) Rap1a (ENSCGRG00001016141) Inka2 (ENSCGRG00001010315) Ddx20 (ENSCGRG00001014132) Kcnd3 (ENSCGRG00001015791) ENSCGRG00001001537 ##22 Cttnbp2nl (ENSCGRG00001022371) ENSCGRG00001004537 Wnt2b (ENSCGRG00001012445) St7l (ENSCGRG00001014565) Capza1 (ENSCGRG00001002836) Mov10 (ENSCGRG00001010914) Rhoc (ENSCGRG00001021156) Ppm1j (ENSCGRG00001010908) Tafa3 (ENSCGRG00001000102) Slc16a1 (ENSCGRG00001016479) Lrig2 (ENSCGRG00001000172) ENSCGRG00001012904 Magi3 (ENSCGRG00001019918) Phtf1 (ENSCGRG00001000594) Rsbn1 (ENSCGRG00001018807) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 L2hgdh (ENSCGRG00001023345) Sos2 (ENSCGRG00001012314) ENSCGRG00001009974 Vcpkmt (ENSCGRG00001023926) Arf6 (ENSCGRG00001010290) ENSCGRG00001002262 Nemf (ENSCGRG00001017898) Klhdc2 (ENSCGRG00001019467) Klhdc1 (ENSCGRG00001020229) Pole2 (ENSCGRG00001011322) Dnaaf2 (ENSCGRG00001013061) ENSCGRG00001018548 Mgat2 (ENSCGRG00001010693) Rpl36al (ENSCGRG00001021589) Lrr1 (ENSCGRG00001022235) ENSCGRG00001020113 ##22 Mdga2 (ENSCGRG00001023756) ENSCGRG00001000984 Rpl10l (ENSCGRG00001009841) ENSCGRG00001002491 ENSCGRG00001005241 ENSCGRG00001007634 Fancm (ENSCGRG00001023573) ENSCGRG00001020987 Prpf39 (ENSCGRG00001022389) Togaram1 (ENSCGRG00001020874) Klhl28 (ENSCGRG00001022249) Gm527 (ENSCGRG00001022771) ENSCGRG00001023445 ENSCGRG00001003341 ENSCGRG00001006380 Murinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES LOC108349848 (ENSRNOG00000070349) Synm (ENSRNOG00000014030) Ttc23 (ENSRNOG00000013877) Lrrc28 (ENSRNOG00000023274) Mef2a (ENSRNOG00000047756) Lysmd4 (ENSRNOG00000050624) Adamts17 (ENSRNOG00000037080) Cers3 (ENSRNOG00000013823) Lins1 (ENSRNOG00000042776) Asb7 (ENSRNOG00000013795) Aldh1a3 (ENSRNOG00000052070) Lrrk1 (ENSRNOG00000012730) Chsy1 (ENSRNOG00000012698) Selenos (ENSRNOG00000012576) Snrpa1 (ENSRNOG00000011932) ENSRNOG00000070428 ##22 Pcsk6 (ENSRNOG00000011526) AABR07004134.1 (ENSRNOG00000056928) Tm2d3 (ENSRNOG00000011290) Tars3 (ENSRNOG00000024460) Tjp1 (ENSRNOG00000011077) AABR07004112.1 (ENSRNOG00000016498) Entrep2 (ENSRNOG00000023496) Apba2 (ENSRNOG00000016358) Mcee (ENSRNOG00000016327) Mphosph10 (ENSRNOG00000016266) Fan1 (ENSRNOG00000023985) Mtmr10 (ENSRNOG00000016090) Trpm1 (ENSRNOG00000015829) ENSRNOG00000064709 Klf13 (ENSRNOG00000015822) Rat MODERN SPECIES 6 Dlgap5 (ENSRNOG00000010721) Lgals3 (ENSRNOG00000010645) Mapk1ip1l (ENSRNOG00000011611) Socs4 (ENSRNOG00000068183) Wdhd1 (ENSRNOG00000011167) Gch1 (ENSRNOG00000011039) ENSRNOG00000070489 Samd4a (ENSRNOG00000010489) Rpl39-ps12 (ENSRNOG00000029267) Cgrrf1 (ENSRNOG00000010178) Gmfb (ENSRNOG00000064480) Cnih1 (ENSRNOG00000009811) Cdkn3 (ENSRNOG00000009785) Bmp4 (ENSRNOG00000009694) Ddhd1 (ENSRNOG00000009481) LOC108353033 (ENSRNOG00000068233) ##22 Fermt2 (ENSRNOG00000009102) Gnpnat1 (ENSRNOG00000008641) Styx (ENSRNOG00000007956) Psmc6 (ENSRNOG00000007203) Ero1a (ENSRNOG00000006462) ENSRNOG00000031251 Gpr137c (ENSRNOG00000026328) Txndc16 (ENSRNOG00000006334) AABR07017250.1 (ENSRNOG00000049099) Ptger2 (ENSRNOG00000050968) ENSRNOG00000065866 AABR07017241.1 (ENSRNOG00000031307) LOC120096940 (ENSRNOG00000065026) LOC498465 (ENSRNOG00000069977) LOC120093162 (ENSRNOG00000062372) Rat MODERN SPECIES 4 Atp1a4 (ENSRNOG00000032378) Atp1a2 (ENSRNOG00000007290) Igsf8 (ENSRNOG00000007604) Kcnj9 (ENSRNOG00000007645) Kcnj10 (ENSRNOG00000068444) Pigm (ENSRNOG00000007735) Slamf9 (ENSRNOG00000008045) Igsf9 (ENSRNOG00000008054) Tagln2 (ENSRNOG00000008301) Cfap45 (ENSRNOG00000008492) Vsig8 (ENSRNOG00000008668) Slamf8 (ENSRNOG00000008736) Fcrl6 (ENSRNOG00000000055) Dusp23 (ENSRNOG00000022143) Crp (ENSRNOG00000000053) LOC108348980 (ENSRNOG00000028939) ##22 Apcs (ENSRNOG00000009086) Or10j5 (ENSRNOG00000009141) Or10j7 (ENSRNOG00000064078) Or10j27 (ENSRNOG00000064146) Or10j3 (ENSRNOG00000062538) Or10j3b (ENSRNOG00000067763) Fcer1a (ENSRNOG00000009177) Or10j2 (ENSRNOG00000049477) Mptx1 (ENSRNOG00000046165) Ackr1 (ENSRNOG00000069330) Cadm3 (ENSRNOG00000003365) Aim2 (ENSRNOG00000003480) LOC102556096 (ENSRNOG00000065208) RGD1562462 (ENSRNOG00000065043) ENSRNOG00000069878 Mus ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Shrew mouse MODERN SPECIES 20 Dmac2l (MGP_PahariEiJ_G0029566) L2hgdh (MGP_PahariEiJ_G0029565) Sos2 (MGP_PahariEiJ_G0029564) Vcpkmt (MGP_PahariEiJ_G0029563) Arf6 (MGP_PahariEiJ_G0029562) MGP_PahariEiJ_G0029561 MGP_PahariEiJ_G0029560 Klhdc2 (MGP_PahariEiJ_G0029559) Klhdc1 (MGP_PahariEiJ_G0029558) Pole2 (MGP_PahariEiJ_G0029557) MGP_PahariEiJ_G0029556 Dnaaf2 (MGP_PahariEiJ_G0029555) Mgat2 (MGP_PahariEiJ_G0029554) MGP_PahariEiJ_G0029553 Lrr1 (MGP_PahariEiJ_G0029552) Rps29 (MGP_PahariEiJ_G0029551) ##22 Mdga2 (MGP_PahariEiJ_G0029550) Rpl10l (MGP_PahariEiJ_G0029549) Mis18bp1 (MGP_PahariEiJ_G0029548) Fancm (MGP_PahariEiJ_G0029547) Fkbp3 (MGP_PahariEiJ_G0029546) Prpf39 (MGP_PahariEiJ_G0029545) MGP_PahariEiJ_G0029544 Klhl28 (MGP_PahariEiJ_G0029543) Gm527 (MGP_PahariEiJ_G0029542) MGP_PahariEiJ_G0029541 MGP_PahariEiJ_G0029540 Lrfn5 (MGP_PahariEiJ_G0029539) Fbxo33 (MGP_PahariEiJ_G0029538) MGP_PahariEiJ_G0029537 MGP_PahariEiJ_G0029536 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 3 Dmac2l (MGP_CAROLIEiJ_G0017810) L2hgdh (MGP_CAROLIEiJ_G0017809) Sos2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017808) Vcpkmt (MGP_CAROLIEiJ_G0017807) Arf6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017806) MGP_CAROLIEiJ_G0017805 Nemf (MGP_CAROLIEiJ_G0017804) Klhdc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017803) Klhdc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017802) Pole2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017801) MGP_CAROLIEiJ_G0017800 Dnaaf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017799) Mgat2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017798) MGP_CAROLIEiJ_G0017797 Lrr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017796) Rps29 (MGP_CAROLIEiJ_G0017795) ##22 Mdga2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017794) Rpl10l (MGP_CAROLIEiJ_G0017793) Mis18bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017792) Fancm (MGP_CAROLIEiJ_G0017791) Fkbp3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017790) Prpf39 (MGP_CAROLIEiJ_G0017789) Togaram1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017788) Klhl28 (MGP_CAROLIEiJ_G0017787) Gm527 (MGP_CAROLIEiJ_G0017786) MGP_CAROLIEiJ_G0017785 MGP_CAROLIEiJ_G0017784 Lrfn5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017783) Fbxo33 (MGP_CAROLIEiJ_G0017782) MGP_CAROLIEiJ_G0017781 MGP_CAROLIEiJ_G0017780 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421.g ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007686.b.d.q.a.b ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d Mouse MODERN SPECIES 3 Cdkl1 (ENSMUSG00000020990) Dmac2l (ENSMUSG00000054894) L2hgdh (ENSMUSG00000020988) Sos2 (ENSMUSG00000034801) Vcpkmt (ENSMUSG00000049882) Arf6 (ENSMUSG00000044147) Nemf (ENSMUSG00000020982) Klhdc2 (ENSMUSG00000020978) Klhdc1 (ENSMUSG00000051890) Pole2 (ENSMUSG00000020974) Dnaaf2 (ENSMUSG00000020973) Mgat2 (ENSMUSG00000043998) Gm49383 (ENSMUSG00000113149) Rpl36al (ENSMUSG00000049751) Lrr1 (ENSMUSG00000034883) Rps29 (ENSMUSG00000034892) ##22 Mdga2 (ENSMUSG00000034912) Rpl10l (ENSMUSG00000060499) Wdr20rt (ENSMUSG00000035560) Mis18bp1 (ENSMUSG00000047534) Fancm (ENSMUSG00000055884) Fkbp3 (ENSMUSG00000020949) Prpf39 (ENSMUSG00000035597) Togaram1 (ENSMUSG00000035614) Klhl28 (ENSMUSG00000020948) Gm527 (ENSMUSG00000047227) Fscb (ENSMUSG00000043060) Lrfn5 (ENSMUSG00000035653) Fbxo33 (ENSMUSG00000035329) Mia2 (ENSMUSG00000021000) Pnn (ENSMUSG00000020994) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421.g ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007686.b.d.q.a.b ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d spretus DUPLICATION spretus MODERN SPECIES 3 Cdkl1 (MGP_SPRETEiJ_G0018656) Dmac2l (MGP_SPRETEiJ_G0018655) L2hgdh (MGP_SPRETEiJ_G0018654) Sos2 (MGP_SPRETEiJ_G0018653) Vcpkmt (MGP_SPRETEiJ_G0018652) Arf6 (MGP_SPRETEiJ_G0018651) MGP_SPRETEiJ_G0018650 Nemf (MGP_SPRETEiJ_G0018649) Klhdc2 (MGP_SPRETEiJ_G0018648) Klhdc1 (MGP_SPRETEiJ_G0018647) Pole2 (MGP_SPRETEiJ_G0018646) MGP_SPRETEiJ_G0018645 Dnaaf2 (MGP_SPRETEiJ_G0018644) Mgat2 (MGP_SPRETEiJ_G0018643) Lrr1 (MGP_SPRETEiJ_G0018642) Rps29 (MGP_SPRETEiJ_G0018641) ##22 Mdga2 (MGP_SPRETEiJ_G0018640) Rpl10l (MGP_SPRETEiJ_G0018639) MGP_SPRETEiJ_G0018638 Mis18bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0018637) Fancm (MGP_SPRETEiJ_G0018636) Fkbp3 (MGP_SPRETEiJ_G0018635) Prpf39 (MGP_SPRETEiJ_G0018634) Togaram1 (MGP_SPRETEiJ_G0018633) Klhl28 (MGP_SPRETEiJ_G0018632) Gm527 (MGP_SPRETEiJ_G0018631) Fscb (MGP_SPRETEiJ_G0018630) MGP_SPRETEiJ_G0018629 Lrfn5 (MGP_SPRETEiJ_G0018628) Fbxo33 (MGP_SPRETEiJ_G0018627) MGP_SPRETEiJ_G0018626 spretus MODERN SPECIES 4 Glrx (MGP_SPRETEiJ_G0019612) Ell2 (MGP_SPRETEiJ_G0019611) Pcsk1 (MGP_SPRETEiJ_G0019610) Cast (MGP_SPRETEiJ_G0019609) Erap1 (MGP_SPRETEiJ_G0019608) Zfp72 (MGP_SPRETEiJ_G0019607) Lrrc14b (MGP_SPRETEiJ_G0019606) MGP_SPRETEiJ_G0019605 Sdha (MGP_SPRETEiJ_G0019604) Pdcd6 (MGP_SPRETEiJ_G0019603) Ahrr (MGP_SPRETEiJ_G0019602) Exoc3 (MGP_SPRETEiJ_G0019601) Slc9a3 (MGP_SPRETEiJ_G0019600) Cep72 (MGP_SPRETEiJ_G0019599) Tppp (MGP_SPRETEiJ_G0019598) MGP_SPRETEiJ_G0019597 ##22 Zdhhc11 (MGP_SPRETEiJ_G0019596) Brd9 (MGP_SPRETEiJ_G0019595) Trip13 (MGP_SPRETEiJ_G0019594) Nkd2 (MGP_SPRETEiJ_G0019593) Slc12a7 (MGP_SPRETEiJ_G0019592) Slc6a19 (MGP_SPRETEiJ_G0019591) Slc6a18 (MGP_SPRETEiJ_G0019590) Tert (MGP_SPRETEiJ_G0019589) Clptm1l (MGP_SPRETEiJ_G0019588) Slc6a3 (MGP_SPRETEiJ_G0019587) Lpcat1 (MGP_SPRETEiJ_G0019586) Mrpl36 (MGP_SPRETEiJ_G0019585) Ndufs6 (MGP_SPRETEiJ_G0019584) Irx4 (MGP_SPRETEiJ_G0019583) Irx2 (MGP_SPRETEiJ_G0019582) Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 2796 ENSMSIG00000007061 ##22 Cd244a (ENSMSIG00000007075) Ly9 (ENSMSIG00000007115) Slamf7 (ENSMSIG00000007231) Cd48 (ENSMSIG00000007298) Slamf1 (ENSMSIG00000007332) ENSMSIG00000007351 Cd84 (ENSMSIG00000007368) ENSMSIG00000007449 Slamf6 (ENSMSIG00000007456) Vangl2 (ENSMSIG00000007506) Nhlh1 (ENSMSIG00000007585) Ncstn (ENSMSIG00000007600) Copa (ENSMSIG00000007673) Pex19 (ENSMSIG00000007845) Dcaf8 (ENSMSIG00000007890) Steppe mouse MODERN SPECIES 3136 Cdkl1 (ENSMSIG00000028792) Dmac2l (ENSMSIG00000028784) L2hgdh (ENSMSIG00000028773) Sos2 (ENSMSIG00000028726) Vcpkmt (ENSMSIG00000028718) ENSMSIG00000028714 Arf6 (ENSMSIG00000028712) Nemf (ENSMSIG00000028656) Klhdc2 (ENSMSIG00000028652) Klhdc1 (ENSMSIG00000028633) Pole2 (ENSMSIG00000028607) Dnaaf2 (ENSMSIG00000028604) Mgat2 (ENSMSIG00000028600) ENSMSIG00000028597 Lrr1 (ENSMSIG00000028593) ENSMSIG00000028587 ##22 ENSMSIG00000028576 Steppe mouse MODERN SPECIES 3330 Zfp72 (ENSMSIG00000015539) Lrrc14b (ENSMSIG00000015555) Ccdc127 (ENSMSIG00000015569) Sdha (ENSMSIG00000015586) Pdcd6 (ENSMSIG00000015609) Ahrr (ENSMSIG00000015635) Exoc3 (ENSMSIG00000015690) Slc9a3 (ENSMSIG00000015760) Cep72 (ENSMSIG00000015901) Tppp (ENSMSIG00000015921) Zdhhc11 (ENSMSIG00000015943) ENSMSIG00000015988 ##22 ENSMSIG00000016004 Trip13 (ENSMSIG00000016051) Nkd2 (ENSMSIG00000016110) Slc12a7 (ENSMSIG00000016137) ENSMSIG00000016283 Slc6a19 (ENSMSIG00000016300) Slc6a18 (ENSMSIG00000016330) Tert (ENSMSIG00000016999) Clptm1l (ENSMSIG00000017023) Slc6a3 (ENSMSIG00000017069) Lpcat1 (ENSMSIG00000017129) Mrpl36 (ENSMSIG00000017166) Ndufs6 (ENSMSIG00000017174) Irx4 (ENSMSIG00000017201) Irx2 (ENSMSIG00000017231) Steppe mouse MODERN SPECIES 3169 Lmcd1 (ENSMSIG00000027786) Ssu2 (ENSMSIG00000027771) ENSMSIG00000027768 Cav3 (ENSMSIG00000027763) Oxtr (ENSMSIG00000027756) Rad18 (ENSMSIG00000027593) Srgap3 (ENSMSIG00000027543) ENSMSIG00000027539 ##22 Thumpd3 (ENSMSIG00000027513) Setd5 (ENSMSIG00000027396) Lhfpl4 (ENSMSIG00000027387) Mtmr14 (ENSMSIG00000027342) Cpne9 (ENSMSIG00000027293) Brpf1 (ENSMSIG00000026906) Ogg1 (ENSMSIG00000026897) Camk1 (ENSMSIG00000026881) Tada3 (ENSMSIG00000026832) Arpc4 (ENSMSIG00000026788) ENSMSIG00000026760 Ttll3 (ENSMSIG00000026655) Cidec (ENSMSIG00000026617) Jagn1 (ENSMSIG00000026610) Il17re (ENSMSIG00000026416) Upper Galilee mountains blind mole rat DUPLICATION Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 955 Rala (ENSNGAG00000020171) Cdk13 (ENSNGAG00000021278) ENSNGAG00000024052 Sugct (ENSNGAG00000004026) Inhba (ENSNGAG00000016837) ENSNGAG00000017257 ENSNGAG00000005007 Psma2 (ENSNGAG00000014399) Mrpl32 (ENSNGAG00000014806) Hecw1 (ENSNGAG00000002566) ENSNGAG00000011632 ##22 Ciao2a (ENSNGAG00000011845) Snx1 (ENSNGAG00000008529) Snx22 (ENSNGAG00000009778) Ppib (ENSNGAG00000010794) Csnk1g1 (ENSNGAG00000020698) Pclaf (ENSNGAG00000014228) Trip4 (ENSNGAG00000019566) Zfp609 (ENSNGAG00000013924) ENSNGAG00000015132 Rbpms2 (ENSNGAG00000023569) Pif1 (ENSNGAG00000021720) Plekho2 (ENSNGAG00000021787) ENSNGAG00000003639 Ankdd1a (ENSNGAG00000009321) ENSNGAG00000021527 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 684 L2hgdh (ENSNGAG00000015201) Sos2 (ENSNGAG00000020145) Vcpkmt (ENSNGAG00000010479) ENSNGAG00000001008 Arf6 (ENSNGAG00000021182) ENSNGAG00000020523 ENSNGAG00000021321 Klhdc2 (ENSNGAG00000002689) Klhdc1 (ENSNGAG00000019790) Pole2 (ENSNGAG00000018619) Dnaaf2 (ENSNGAG00000019379) ENSNGAG00000011083 Mgat2 (ENSNGAG00000012185) ENSNGAG00000021930 Lrr1 (ENSNGAG00000006447) ENSNGAG00000013159 ##22 Mdga2 (ENSNGAG00000000533) ENSNGAG00000018918 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000168019 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000168019 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 11 L2HGDH (ENSHGLG00000010171) SOS2 (ENSHGLG00000011807) ENSHGLG00000044017 METTL21D (ENSHGLG00000011833) ENSHGLG00000012671 ARF6 (ENSHGLG00000040454) NEMF (ENSHGLG00000014110) KLHDC2 (ENSHGLG00000014323) KLHDC1 (ENSHGLG00000014487) POLE2 (ENSHGLG00000015308) ENSHGLG00000032032 ENSHGLG00000010009 MGAT2 (ENSHGLG00000020857) ENSHGLG00000035140 ENSHGLG00000013547 RPS29 (ENSHGLG00000033323) ##22 ENSHGLG00000047775 ENSHGLG00000038797 ENSHGLG00000033780 ENSHGLG00000017089 ENSHGLG00000036645 ENSHGLG00000016763 ENSHGLG00000032093 ENSHGLG00000048747 ENSHGLG00000048597 ENSHGLG00000040429 ENSHGLG00000019549 ENSHGLG00000000611 ENSHGLG00000016363 FANCM (ENSHGLG00000013787) ENSHGLG00000012727 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000164190 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Guinea pig MODERN SPECIES 23 MAP4K5 (ENSCPOG00000014479) CDKL1 (ENSCPOG00000034915) DMAC2L (ENSCPOG00000014471) L2HGDH (ENSCPOG00000010700) SOS2 (ENSCPOG00000010690) VCPKMT (ENSCPOG00000011127) ARF6 (ENSCPOG00000008137) NEMF (ENSCPOG00000011839) KLHDC2 (ENSCPOG00000011835) KLHDC1 (ENSCPOG00000038390) POLE2 (ENSCPOG00000004304) DNAAF2 (ENSCPOG00000009147) MGAT2 (ENSCPOG00000009139) ENSCPOG00000037100 LRR1 (ENSCPOG00000032561) RPS29 (ENSCPOG00000032637) ##22 MDGA2 (ENSCPOG00000001953) RPL10L (ENSCPOG00000015183) MIS18BP1 (ENSCPOG00000001453) FANCM (ENSCPOG00000001446) FKBP3 (ENSCPOG00000031983) PRPF39 (ENSCPOG00000001443) TOGARAM1 (ENSCPOG00000015482) KLHL28 (ENSCPOG00000011148) C14orf28 (ENSCPOG00000030521) KIF4B (ENSCPOG00000033325) LRFN5 (ENSCPOG00000005325) ENSCPOG00000035115 ENSCPOG00000007732 ENSCPOG00000030116 PNN (ENSCPOG00000030068) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 84 ENSODEG00000006288 ENSODEG00000019205 ENSODEG00000009554 ENSODEG00000009106 ENSODEG00000006477 PDE12 (ENSODEG00000006268) ENSODEG00000006837 DENND6A (ENSODEG00000005908) ENSODEG00000019341 ENSODEG00000006496 SLMAP (ENSODEG00000005798) FLNB (ENSODEG00000008526) ENSODEG00000006739 DNASE1L3 (ENSODEG00000006359) BTD (ENSODEG00000006036) ENSODEG00000019220 ##22 ENSODEG00000019255 ENSODEG00000008690 ENSODEG00000019376 ANKRD28 (ENSODEG00000007156) GALNT15 (ENSODEG00000005854) ENSODEG00000005288 OXNAD1 (ENSODEG00000005968) RFTN1 (ENSODEG00000005477) ENSODEG00000019190 ENSODEG00000006167 ENSODEG00000019240 PLCL2 (ENSODEG00000005955) TBC1D5 (ENSODEG00000006516) SATB1 (ENSODEG00000006082) KCNH8 (ENSODEG00000005720) Degu MODERN SPECIES 311 ENSODEG00000000166 ENSODEG00000018519 ##22 ENSODEG00000000147 Degu MODERN SPECIES 172 ENSODEG00000019135 ENSODEG00000005507 NFASC (ENSODEG00000006271) CNTN2 (ENSODEG00000005095) RBBP5 (ENSODEG00000005136) DSTYK (ENSODEG00000007490) TMCC2 (ENSODEG00000005555) NUAK2 (ENSODEG00000006060) KLHDC8A (ENSODEG00000006709) ENSODEG00000005112 CDK18 (ENSODEG00000005608) MFSD4A (ENSODEG00000005247) ELK4 (ENSODEG00000006084) ENSODEG00000019457 ##22 SLC45A3 (ENSODEG00000007692) ENSODEG00000005090 RAB29 (ENSODEG00000006357) SLC41A1 (ENSODEG00000006495) PM20D1 (ENSODEG00000005792) SLC26A9 (ENSODEG00000005539) RAB7B (ENSODEG00000005589) CTSE (ENSODEG00000005548) AVPR1B (ENSODEG00000006394) ENSODEG00000005913 ENSODEG00000007417 IKBKE (ENSODEG00000005963) RASSF5 (ENSODEG00000007254) EIF2D (ENSODEG00000005533) DYRK3 (ENSODEG00000005989) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00390000018085.a.a.a.b.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d.t ENSGT00730000111160.j Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 CDKL1 (ENSSVLG00005008203) DMAC2L (ENSSVLG00005008238) L2HGDH (ENSSVLG00005008301) SOS2 (ENSSVLG00005008363) VCPKMT (ENSSVLG00005008401) ARF6 (ENSSVLG00005008433) NEMF (ENSSVLG00005008455) KLHDC2 (ENSSVLG00005008503) KLHDC1 (ENSSVLG00005008548) ENSSVLG00005008574 POLE2 (ENSSVLG00005008639) DNAAF2 (ENSSVLG00005008952) MGAT2 (ENSSVLG00005008964) RPL36AL (ENSSVLG00005008979) LRR1 (ENSSVLG00005008998) ENSSVLG00005009087 ##22 ENSSVLG00005009142 ENSSVLG00005009176 MDGA2 (ENSSVLG00005009198) ENSSVLG00005009425 RPL10L (ENSSVLG00005009435) ENSSVLG00005009496 ENSSVLG00005009546 MIS18BP1 (ENSSVLG00005009570) FANCM (ENSSVLG00005009709) FKBP3 (ENSSVLG00005010096) ENSSVLG00005010123 TOGARAM1 (ENSSVLG00005010233) ENSSVLG00005010384 KLHL28 (ENSSVLG00005010413) C14orf28 (ENSSVLG00005010455) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 18 ENSSVLG00005009691 ENSSVLG00005009661 ENSSVLG00005009520 ADH7 (ENSSVLG00005009430) C4orf17 (ENSSVLG00005009347) TRMT10A (ENSSVLG00005009297) MTTP (ENSSVLG00005009151) C4orf54 (ENSSVLG00005009113) ENSSVLG00005009094 DAPP1 (ENSSVLG00005008968) ENSSVLG00005008864 DNAJB14 (ENSSVLG00005008827) ENSSVLG00005008769 DDIT4L (ENSSVLG00005008748) EMCN (ENSSVLG00005008557) ENSSVLG00005008499 ##22 PPP3CA (ENSSVLG00005008404) ENSSVLG00005008348 ENSSVLG00005008327 BANK1 (ENSSVLG00005008002) SLC39A8 (ENSSVLG00005007869) ENSSVLG00005007842 ENSSVLG00005007814 NFKB1 (ENSSVLG00005007655) MANBA (ENSSVLG00005007586) ENSSVLG00005007472 CISD2 (ENSSVLG00005007409) SLC9B1 (ENSSVLG00005007310) SLC9B2 (ENSSVLG00005007129) BDH2 (ENSSVLG00005007067) CENPE (ENSSVLG00005006634) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d.t ENSGT00730000111160.j ENSGT00390000012948.b Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES RGS19 (ENSMMMG00000000211) TCEA2 (ENSMMMG00000000252) C20orf204 (ENSMMMG00000000267) PRPF6 (ENSMMMG00000000333) ENSMMMG00000000797 SAMD10 (ENSMMMG00000000802) ZNF512B (ENSMMMG00000000818) UCKL1 (ENSMMMG00000000881) DNAJC5 (ENSMMMG00000000914) TPD52L2 (ENSMMMG00000000947) ABHD16B (ENSMMMG00000001062) ZBTB46 (ENSMMMG00000001077) SLC2A4RG (ENSMMMG00000001105) ENSMMMG00000001114 ZGPAT (ENSMMMG00000001152) ENSMMMG00000001208 ##22 ARFRP1 (ENSMMMG00000001220) RTEL1 (ENSMMMG00000001278) STMN3 (ENSMMMG00000001758) GMEB2 (ENSMMMG00000001787) ENSMMMG00000001804 HELZ2 (ENSMMMG00000001816) FNDC11 (ENSMMMG00000001907) SRMS (ENSMMMG00000001913) PTK6 (ENSMMMG00000001940) PPDPF (ENSMMMG00000001957) EEF1A2 (ENSMMMG00000001969) KCNQ2 (ENSMMMG00000002019) CHRNA4 (ENSMMMG00000002798) COL20A1 (ENSMMMG00000002849) ARFGAP1 (ENSMMMG00000003181) Alpin marmot MODERN SPECIES 1 MAP4K5 (ENSMMMG00000001735) CDKL1 (ENSMMMG00000001936) DMAC2L (ENSMMMG00000001954) L2HGDH (ENSMMMG00000001966) SOS2 (ENSMMMG00000002005) VCPKMT (ENSMMMG00000002166) ARF6 (ENSMMMG00000002177) NEMF (ENSMMMG00000002268) KLHDC2 (ENSMMMG00000002856) KLHDC1 (ENSMMMG00000002951) POLE2 (ENSMMMG00000002980) DNAAF2 (ENSMMMG00000003007) MGAT2 (ENSMMMG00000003019) ENSMMMG00000003026 LRR1 (ENSMMMG00000003031) ENSMMMG00000003048 ##22 ENSMMMG00000003059 ENSMMMG00000003083 ENSMMMG00000003100 RPL10L (ENSMMMG00000003144) ENSMMMG00000003154 ENSMMMG00000003166 ENSMMMG00000003184 ENSMMMG00000003194 FKBP3 (ENSMMMG00000003203) PRPF39 (ENSMMMG00000003250) TOGARAM1 (ENSMMMG00000003305) ENSMMMG00000003419 KLHL28 (ENSMMMG00000003427) C14orf28 (ENSMMMG00000003444) LRFN5 (ENSMMMG00000003466) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00390000018085.a.a.a.b.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 Arctic ground squirrel DUPLICATION Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 345 SHCBP1 (ENSUPAG00010006909) ENSUPAG00010006814 VPS35 (ENSUPAG00010006777) ORC6 (ENSUPAG00010006762) MYLK3 (ENSUPAG00010006742) C16orf87 (ENSUPAG00010006726) ENSUPAG00010006721 GPT2 (ENSUPAG00010006694) ENSUPAG00010006682 ENSUPAG00010006680 ##22 NETO2 (ENSUPAG00010006651) ITFG1 (ENSUPAG00010006623) PHKB (ENSUPAG00010006450) ABCC12 (ENSUPAG00010006392) ENSUPAG00010006386 ABCC11 (ENSUPAG00010006358) ENSUPAG00010006356 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 84 MAP4K5 (ENSUPAG00010007764) CDKL1 (ENSUPAG00010007853) DMAC2L (ENSUPAG00010007867) L2HGDH (ENSUPAG00010007904) SOS2 (ENSUPAG00010007931) VCPKMT (ENSUPAG00010008108) ARF6 (ENSUPAG00010008117) NEMF (ENSUPAG00010008130) KLHDC2 (ENSUPAG00010008179) KLHDC1 (ENSUPAG00010008181) POLE2 (ENSUPAG00010008225) DNAAF2 (ENSUPAG00010008249) ENSUPAG00010008252 ENSUPAG00010008255 LRR1 (ENSUPAG00010008259) ENSUPAG00010008281 ##22 ENSUPAG00010008297 MDGA2 (ENSUPAG00010008313) RPL10L (ENSUPAG00010008397) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 8 CDKL1 (ENSOCUG00000023744) DMAC2L (ENSOCUG00000003348) L2HGDH (ENSOCUG00000011422) SOS2 (ENSOCUG00000006052) VCPKMT (ENSOCUG00000006049) ARF6 (ENSOCUG00000001692) NEMF (ENSOCUG00000017384) KLHDC2 (ENSOCUG00000017378) KLHDC1 (ENSOCUG00000017367) ENSOCUG00000031174 POLE2 (ENSOCUG00000015480) ENSOCUG00000015466 MGAT2 (ENSOCUG00000015463) ENSOCUG00000027946 LRR1 (ENSOCUG00000000121) ENSOCUG00000027423 ##22 ENSOCUG00000033024 MDGA2 (ENSOCUG00000017002) RPL10L (ENSOCUG00000015485) ENSOCUG00000012678 ENSOCUG00000021198 ENSOCUG00000027427 ENSOCUG00000035475 ENSOCUG00000007451 MIS18BP1 (ENSOCUG00000007550) FANCM (ENSOCUG00000007539) ENSOCUG00000007535 PRPF39 (ENSOCUG00000007531) TOGARAM1 (ENSOCUG00000006378) KLHL28 (ENSOCUG00000006372) ENSOCUG00000008733 Rabbit MODERN SPECIES 14 ENSOCUG00000039638 ENSOCUG00000037614 TMEM74 (ENSOCUG00000000175) EMC2 (ENSOCUG00000002461) ENSOCUG00000027337 EIF3E (ENSOCUG00000008050) RSPO2 (ENSOCUG00000000779) ANGPT1 (ENSOCUG00000003722) ENSOCUG00000023959 ABRA (ENSOCUG00000006570) OXR1 (ENSOCUG00000000462) ZFPM2 (ENSOCUG00000005930) LRP12 (ENSOCUG00000002245) DPYS (ENSOCUG00000011148) ENSOCUG00000004398 ENSOCUG00000025731 ##22 ENSOCUG00000033506 RIMS2 (ENSOCUG00000011775) SLC25A32 (ENSOCUG00000009191) DCAF13 (ENSOCUG00000009197) FZD6 (ENSOCUG00000009180) ENSOCUG00000021507 ENSOCUG00000013717 ATP6V1C1 (ENSOCUG00000017814) AZIN1 (ENSOCUG00000015196) KLF10 (ENSOCUG00000016141) ODF1 (ENSOCUG00000017222) ENSOCUG00000030455 UBR5 (ENSOCUG00000008549) RRM2B (ENSOCUG00000008545) NCALD (ENSOCUG00000009431) Primates ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159132.a ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 48 ENSOGAG00000032475 ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 49 ENSOGAG00000033843 ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 951 MAP4K5 (ENSPCOG00000016345) CDKL1 (ENSPCOG00000023543) DMAC2L (ENSPCOG00000014032) L2HGDH (ENSPCOG00000028342) SOS2 (ENSPCOG00000016272) VCPKMT (ENSPCOG00000020609) ARF6 (ENSPCOG00000000684) NEMF (ENSPCOG00000013328) KLHDC2 (ENSPCOG00000027810) ENSPCOG00000013951 POLE2 (ENSPCOG00000027285) ENSPCOG00000008650 DNAAF2 (ENSPCOG00000022293) ENSPCOG00000012793 LRR1 (ENSPCOG00000026498) ENSPCOG00000024671 ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 357 EDN2 (ENSPCOG00000017654) HIVEP3 (ENSPCOG00000005141) GUCA2B (ENSPCOG00000022939) GUCA2A (ENSPCOG00000021933) FOXJ3 (ENSPCOG00000024504) RIMKLA (ENSPCOG00000023531) ZMYND12 (ENSPCOG00000024191) PPCS (ENSPCOG00000014596) CCDC30 (ENSPCOG00000017863) PPIH (ENSPCOG00000027670) ENSPCOG00000019145 CLDN19 (ENSPCOG00000018973) P3H1 (ENSPCOG00000013340) C1orf50 (ENSPCOG00000020558) TMEM269 (ENSPCOG00000027633) ENSPCOG00000015576 ##22 SVBP (ENSPCOG00000008995) ERMAP (ENSPCOG00000019494) ZNF691 (ENSPCOG00000020513) SLC2A1 (ENSPCOG00000006556) ENSPCOG00000027063 ENSPCOG00000009811 Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 788 ENSPSMG00000000380 SIRPB2 (ENSPSMG00000000385) NSFL1C (ENSPSMG00000000485) ENSPSMG00000000590 SDCBP2 (ENSPSMG00000000649) RAD21L1 (ENSPSMG00000000712) C20orf202 (ENSPSMG00000000723) TMEM74B (ENSPSMG00000000728) PSMF1 (ENSPSMG00000000770) RSPO4 (ENSPSMG00000000817) ANGPT4 (ENSPSMG00000000838) FAM110A (ENSPSMG00000000851) ENSPSMG00000000857 ##22 SLC52A3 (ENSPSMG00000000875) SCRT2 (ENSPSMG00000000880) SRXN1 (ENSPSMG00000000890) TCF15 (ENSPSMG00000000898) ENSPSMG00000001646 TBC1D20 (ENSPSMG00000003053) RBCK1 (ENSPSMG00000003139) TRIB3 (ENSPSMG00000003170) NRSN2 (ENSPSMG00000003176) SOX12 (ENSPSMG00000003183) ZCCHC3 (ENSPSMG00000003190) C20orf96 (ENSPSMG00000003204) DEFB129 (ENSPSMG00000003207) ENSPSMG00000003215 DEFB127 (ENSPSMG00000003221) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 861 ENSPSMG00000021190 ##22 Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 22 ATL1 (ENSMICG00000005443) MAP4K5 (ENSMICG00000015101) CDKL1 (ENSMICG00000027499) DMAC2L (ENSMICG00000037018) L2HGDH (ENSMICG00000013196) SOS2 (ENSMICG00000017573) VCPKMT (ENSMICG00000017572) ARF6 (ENSMICG00000047517) NEMF (ENSMICG00000026600) KLHDC2 (ENSMICG00000007045) KLHDC1 (ENSMICG00000005617) POLE2 (ENSMICG00000005594) DNAAF2 (ENSMICG00000030317) ENSMICG00000042436 LRR1 (ENSMICG00000033385) RPS29 (ENSMICG00000045654) ##22 ENSMICG00000028011 FBXO33 (ENSMICG00000027968) ENSMICG00000004833 ENSMICG00000030723 TRAPPC6B (ENSMICG00000005942) ENSMICG00000004811 SEC23A (ENSMICG00000014339) CLEC14A (ENSMICG00000044146) SSTR1 (ENSMICG00000047915) ENSMICG00000012083 ENSMICG00000004725 FOXA1 (ENSMICG00000031066) MIPOL1 (ENSMICG00000003130) SLC25A21 (ENSMICG00000010812) PAX9 (ENSMICG00000010808) Mouse lemur MODERN SPECIES 22 CCDC32 (ENSMICG00000008817) RPUSD2 (ENSMICG00000028637) KNL1 (ENSMICG00000045152) RAD51 (ENSMICG00000005941) RMDN3 (ENSMICG00000005945) GCHFR (ENSMICG00000033887) DNAJC17 (ENSMICG00000026885) ZFYVE19 (ENSMICG00000005962) PPP1R14D (ENSMICG00000032223) SPINT1 (ENSMICG00000005969) RHOV (ENSMICG00000037315) VPS18 (ENSMICG00000010011) DLL4 (ENSMICG00000027357) CHAC1 (ENSMICG00000027924) INO80 (ENSMICG00000005801) ENSMICG00000041582 ##22 EXD1 (ENSMICG00000014337) CHP1 (ENSMICG00000014362) ENSMICG00000028982 ENSMICG00000043421 ENSMICG00000028077 NUSAP1 (ENSMICG00000037799) NDUFAF1 (ENSMICG00000016845) ENSMICG00000036037 RTF1 (ENSMICG00000016852) ENSMICG00000030208 ITPKA (ENSMICG00000046128) LTK (ENSMICG00000015875) RPAP1 (ENSMICG00000015898) TYRO3 (ENSMICG00000015918) MGA (ENSMICG00000001788) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163351 ENSGT00940000154557.c.b ENSGT00940000154557.c.a ENSGT00390000001017 ENSGT00940000163644 ENSGT00940000162223 ENSGT00390000010711 ENSGT00390000001958 ENSGT00390000015005 ENSGT00930000151073 ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000160251 ENSGT00530000063849.B ENSGT00940000158400 ENSGT00940000155343 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00950000182852.B ENSGT00940000159166 ENSGT00390000000873.a.a ENSGT00950000183119.a.e.a.d ENSGT00940000156024 ENSGT00950000182945.b.a.a.b.a ENSGT00940000160965 ENSGT00940000155644 ENSGT00940000154955.f ENSGT00940000158791 ENSGT00940000156496 ENSGT00390000011648.b ENSGT00390000001969.a ENSGT00940000160958 ENSGT00390000018096 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 7298 SERINC5 (ENSTSYG00000003468) ENSTSYG00000012410 ##22 ENSTSYG00000035012 ENSTSYG00000003554 FAM151B (ENSTSYG00000003593) Tarsier MODERN SPECIES 2949 LRR1 (ENSTSYG00000006667) RPS29 (ENSTSYG00000030415) ##22 Simiiformes DUPLICATION Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 722 CCDC141 (ENSRROG00000037411) TTN (ENSRROG00000045525) PLEKHA3 (ENSRROG00000041107) FKBP7 (ENSRROG00000020947) PJVK (ENSRROG00000007464) PRKRA (ENSRROG00000035389) OSBPL6 (ENSRROG00000036096) RBM45 (ENSRROG00000031398) ENSRROG00000041594 PDE11A (ENSRROG00000028809) TTC30A (ENSRROG00000023478) AGPS (ENSRROG00000035068) NFE2L2 (ENSRROG00000045317) ENSRROG00000028794 MTX2 (ENSRROG00000030249) ENSRROG00000020854 ##22 ENSRROG00000042876 ENSRROG00000038369 HOXD1 (ENSRROG00000035364) HOXD3 (ENSRROG00000044509) HOXD4 (ENSRROG00000026646) ENSRROG00000024611 HOXD10 (ENSRROG00000036162) HOXD9 (ENSRROG00000032216) ENSRROG00000043226 HOXD12 (ENSRROG00000043268) HOXD13 (ENSRROG00000040419) EVX2 (ENSRROG00000044705) ENSRROG00000044546 ENSRROG00000041768 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3029 TRAV8-6 (ENSRROG00000022111) TRAV12-3 (ENSRROG00000006826) TRAV14DV4 (ENSRROG00000034938) TRAV8-3 (ENSRROG00000025195) ENSRROG00000007368 TRAV12-2 (ENSRROG00000038216) TRAV13-1 (ENSRROG00000009009) ENSRROG00000022214 TRAV10 (ENSRROG00000038233) TRAV6 (ENSRROG00000014762) ENSRROG00000027556 TRAV3 (ENSRROG00000043216) TRAV2 (ENSRROG00000013627) OR4E1 (ENSRROG00000027332) OR4E2 (ENSRROG00000027486) ENSRROG00000009364 ##22 TRAV1-1 (ENSRROG00000025446) OR10G2 (ENSRROG00000005233) OR10G3 (ENSRROG00000003578) ENSRROG00000045157 SALL2 (ENSRROG00000035352) METTL3 (ENSRROG00000029791) ENSRROG00000010285 ENSRROG00000038128 RAB2B (ENSRROG00000039326) CHD8 (ENSRROG00000044285) SUPT16H (ENSRROG00000040444) RPGRIP1 (ENSRROG00000043617) ENSRROG00000006722 TMEM253 (ENSRROG00000030331) ZNF219 (ENSRROG00000038491) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2061 CDH8 (ENSRROG00000035054) ENSRROG00000040098 ENSRROG00000011987 ##22 ENSRROG00000044200 ENSRROG00000029432 ENSRROG00000040522 SLC38A7 (ENSRROG00000037816) CNOT1 (ENSRROG00000000906) SETD6 (ENSRROG00000042680) NDRG4 (ENSRROG00000037815) GINS3 (ENSRROG00000037290) PRSS54 (ENSRROG00000040802) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 126 C4orf17 (ENSMNEG00000035254) TRMT10A (ENSMNEG00000044321) MTTP (ENSMNEG00000033442) C4orf54 (ENSMNEG00000036400) DAPP1 (ENSMNEG00000045303) LAMTOR3 (ENSMNEG00000033312) DNAJB14 (ENSMNEG00000035915) ENSMNEG00000036937 DDIT4L (ENSMNEG00000040634) EMCN (ENSMNEG00000033602) PPP3CA (ENSMNEG00000036863) BANK1 (ENSMNEG00000045046) SLC39A8 (ENSMNEG00000025853) NFKB1 (ENSMNEG00000029847) ENSMNEG00000032895 ENSMNEG00000027952 ##22 MANBA (ENSMNEG00000040770) ENSMNEG00000029341 CISD2 (ENSMNEG00000041045) ENSMNEG00000027081 SLC9B1 (ENSMNEG00000037351) SLC9B2 (ENSMNEG00000044785) BDH2 (ENSMNEG00000029165) CENPE (ENSMNEG00000040148) ENSMNEG00000018206 TACR3 (ENSMNEG00000033579) CXXC4 (ENSMNEG00000038974) ENSMNEG00000016504 TET2 (ENSMNEG00000032282) PPA2 (ENSMNEG00000043169) ENSMNEG00000028407 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Orangutan MODERN SPECIES 10 RASIP1 (ENSPPYG00000010211) MAMSTR (ENSPPYG00000010591) NTN5 (ENSPPYG00000010209) ENSPPYG00000010210 CA11 (ENSPPYG00000010208) SPHK2 (ENSPPYG00000010207) RPL18 (ENSPPYG00000010206) SPACA4 (ENSPPYG00000010205) FAM83E (ENSPPYG00000010204) SULT2B1 (ENSPPYG00000010203) LMTK3 (ENSPPYG00000010202) ENSPPYG00000010201 ENSPPYG00000010200 KCNJ14 (ENSPPYG00000029820) GRWD1 (ENSPPYG00000010199) ENSPPYG00000034873 ##22 GRIN2D (ENSPPYG00000010198) ENSPPYG00000010197 SYNGR4 (ENSPPYG00000010196) TMEM143 (ENSPPYG00000010195) EMP3 (ENSPPYG00000010194) ODAD1 (ENSPPYG00000010193) ENSPPYG00000010192 CARD8 (ENSPPYG00000010191) ZSWIM9 (ENSPPYG00000010189) ENSPPYG00000010188 PLA2G4C (ENSPPYG00000010187) CABP5 (ENSPPYG00000010186) ELSPBP1 (ENSPPYG00000010185) BSPH1 (ENSPPYG00000035619) SULT2A1 (ENSPPYG00000010184) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 652 ACSM6 (ENSCCAG00000030626) ENSCCAG00000024704 PDLIM1 (ENSCCAG00000000705) SORBS1 (ENSCCAG00000030342) ENSCCAG00000021452 ALDH18A1 (ENSCCAG00000022827) ENSCCAG00000019033 ##22 TCTN3 (ENSCCAG00000028266) ENTPD1 (ENSCCAG00000032990) ENSCCAG00000019439 Capuchin MODERN SPECIES 47 TBC1D1 (ENSCCAG00000029938) KLF3 (ENSCCAG00000035557) ENSCCAG00000035205 FAM114A1 (ENSCCAG00000001555) TMEM156 (ENSCCAG00000019785) KLHL5 (ENSCCAG00000033107) WDR19 (ENSCCAG00000038131) RFC1 (ENSCCAG00000019643) KLB (ENSCCAG00000030177) ENSCCAG00000000333 LIAS (ENSCCAG00000034504) UGDH (ENSCCAG00000037253) ENSCCAG00000022448 ENSCCAG00000021205 ENSCCAG00000029185 ENSCCAG00000032225 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163351 ENSGT00940000154557.c.b ENSGT00940000154557.c.a ENSGT00390000001017 ENSGT00940000163644 ENSGT00940000162223 ENSGT00390000010711 ENSGT00390000001958.t.a ENSGT00390000015005 ENSGT00930000151073 ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000160251.g ENSGT00530000063849.B ENSGT00940000158400 ENSGT00940000155343 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00950000182852.B ENSGT00940000159166 ENSGT00390000000873.a.a ENSGT00950000183119.a.e.a.d.b ENSGT00940000156024 ENSGT00950000182945.b.a.a.b.a ENSGT00940000160965 ENSGT00940000155644 ENSGT00940000154955.f ENSGT00940000158791 ENSGT00940000156496 ENSGT00390000011648.b ENSGT00390000001969.a ENSGT00940000160958 ENSGT00390000018096 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Mas night monkey MODERN SPECIES 1263 MAP4K5 (ENSANAG00000028658) CDKL1 (ENSANAG00000032697) DMAC2L (ENSANAG00000030024) ENSANAG00000032284 L2HGDH (ENSANAG00000030355) SOS2 (ENSANAG00000019050) VCPKMT (ENSANAG00000007501) ARF6 (ENSANAG00000017264) NEMF (ENSANAG00000021820) KLHDC2 (ENSANAG00000019065) KLHDC1 (ENSANAG00000036333) POLE2 (ENSANAG00000024494) DNAAF2 (ENSANAG00000031647) RPL36AL (ENSANAG00000019555) LRR1 (ENSANAG00000027788) RPS29 (ENSANAG00000024423) ##22 MDGA2 (ENSANAG00000022758) ENSANAG00000001580 ENSANAG00000023525 MIS18BP1 (ENSANAG00000019792) FANCM (ENSANAG00000025075) FKBP3 (ENSANAG00000020220) PRPF39 (ENSANAG00000027511) TOGARAM1 (ENSANAG00000025127) KLHL28 (ENSANAG00000029452) C14orf28 (ENSANAG00000031811) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.pb ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 18 ENSCCAG00000018652 ANO4 (ENSCCAG00000034484) GAS2L3 (ENSCCAG00000037369) NR1H4 (ENSCCAG00000021055) SLC17A8 (ENSCCAG00000001913) ENSCCAG00000008128 ENSCCAG00000031769 ACTR6 (ENSCCAG00000024707) ENSCCAG00000037286 UHRF1BP1L (ENSCCAG00000037649) FAM71C (ENSCCAG00000035595) ANKS1B (ENSCCAG00000032069) APAF1 (ENSCCAG00000036130) IKBIP (ENSCCAG00000035750) ENSCCAG00000021600 ENSCCAG00000001210 ##22 ENSCCAG00000019847 ##22 ENSCCAG00000021602 ENSCCAG00000037273 NEDD1 (ENSCCAG00000021182) CFAP54 (ENSCCAG00000030981) ENSCCAG00000030942 CDK17 (ENSCCAG00000031013) ELK3 (ENSCCAG00000027140) ENSCCAG00000023776 ENSCCAG00000019612 LTA4H (ENSCCAG00000000096) HAL (ENSCCAG00000033366) AMDHD1 (ENSCCAG00000029504) CCDC38 (ENSCCAG00000025127) SNRPF (ENSCCAG00000037378) Capuchin MODERN SPECIES 35 ENSCCAG00000030740 TRIO (ENSCCAG00000027836) OTULINL (ENSCCAG00000037191) OTULIN (ENSCCAG00000025591) ANKH (ENSCCAG00000011430) FBXL7 (ENSCCAG00000027611) MARCHF11 (ENSCCAG00000024495) ENSCCAG00000023780 ENSCCAG00000032090 ##22 ZNF622 (ENSCCAG00000035492) RETREG1 (ENSCCAG00000037769) MYO10 (ENSCCAG00000031156) CDH18 (ENSCCAG00000025772) CDH12 (ENSCCAG00000019124) Capuchin MODERN SPECIES 18 ANO4 (ENSCCAG00000034484) GAS2L3 (ENSCCAG00000037369) NR1H4 (ENSCCAG00000021055) SLC17A8 (ENSCCAG00000001913) ENSCCAG00000008128 ENSCCAG00000031769 ACTR6 (ENSCCAG00000024707) ENSCCAG00000037286 UHRF1BP1L (ENSCCAG00000037649) FAM71C (ENSCCAG00000035595) ANKS1B (ENSCCAG00000032069) APAF1 (ENSCCAG00000036130) IKBIP (ENSCCAG00000035750) ENSCCAG00000021600 ENSCCAG00000001210 ##22 ENSCCAG00000019847 ##22 ENSCCAG00000021602 ENSCCAG00000037273 NEDD1 (ENSCCAG00000021182) CFAP54 (ENSCCAG00000030981) ENSCCAG00000030942 CDK17 (ENSCCAG00000031013) ELK3 (ENSCCAG00000027140) ENSCCAG00000023776 ENSCCAG00000019612 LTA4H (ENSCCAG00000000096) HAL (ENSCCAG00000033366) AMDHD1 (ENSCCAG00000029504) CCDC38 (ENSCCAG00000025127) SNRPF (ENSCCAG00000037378) ENSCCAG00000037291 Capuchin MODERN SPECIES 18 MAP1LC3A (ENSCCAG00000026883) ENSCCAG00000026601 ITCH (ENSCCAG00000036090) ENSCCAG00000036415 ASIP (ENSCCAG00000034213) ENSCCAG00000035446 RALY (ENSCCAG00000024548) CHMP4B (ENSCCAG00000035412) ZNF341 (ENSCCAG00000022663) PXMP4 (ENSCCAG00000023929) E2F1 (ENSCCAG00000031862) NECAB3 (ENSCCAG00000025337) ACTL10 (ENSCCAG00000020021) C20orf144 (ENSCCAG00000001393) CBFA2T2 (ENSCCAG00000030202) ENSCCAG00000020608 ##22 ENSCCAG00000023290 SNTA1 (ENSCCAG00000037245) CDK5RAP1 (ENSCCAG00000031228) BPIFB1 (ENSCCAG00000015758) BPIFA1 (ENSCCAG00000021907) BPIFA3 (ENSCCAG00000022344) ENSCCAG00000034919 BPIFA2 (ENSCCAG00000021755) BPIFB4 (ENSCCAG00000027553) BPIFB3 (ENSCCAG00000022192) BPIFB6 (ENSCCAG00000030049) BPIFB2 (ENSCCAG00000030652) SUN5 (ENSCCAG00000034764) EFCAB8 (ENSCCAG00000022910) MAPRE1 (ENSCCAG00000030764) Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 55 TEX35 (ENSSBOG00000028682) CLEC20A (ENSSBOG00000017566) RASAL2 (ENSSBOG00000025004) ENSSBOG00000034883 SEC16B (ENSSBOG00000022359) BRINP2 (ENSSBOG00000033541) ASTN1 (ENSSBOG00000034330) PAPPA2 (ENSSBOG00000021098) COP1 (ENSSBOG00000029509) TNR (ENSSBOG00000024041) TNN (ENSSBOG00000024049) ENSSBOG00000024419 MRPS14 (ENSSBOG00000020487) ENSSBOG00000020859 RABGAP1L (ENSSBOG00000020228) ENSSBOG00000019207 ##22 RC3H1 (ENSSBOG00000010664) SERPINC1 (ENSSBOG00000023213) ZBTB37 (ENSSBOG00000019613) DARS2 (ENSSBOG00000023515) CENPL (ENSSBOG00000022675) KLHL20 (ENSSBOG00000028329) ANKRD45 (ENSSBOG00000035742) TEX50 (ENSSBOG00000009572) SLC9C2 (ENSSBOG00000020366) ENSSBOG00000028872 TNFSF4 (ENSSBOG00000026040) TNFSF18 (ENSSBOG00000025177) FASLG (ENSSBOG00000027621) SUCO (ENSSBOG00000028672) C1orf105 (ENSSBOG00000033157) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 59 LTF (ENSSBOG00000029832) RTP3 (ENSSBOG00000035247) LRRC2 (ENSSBOG00000026178) FAM240A (ENSSBOG00000030734) ALS2CL (ENSSBOG00000035656) TMIE (ENSSBOG00000027096) PRSS50 (ENSSBOG00000031754) ENSSBOG00000028894 ENSSBOG00000024974 ENSSBOG00000028992 MYL3 (ENSSBOG00000030319) PTH1R (ENSSBOG00000025002) CCDC12 (ENSSBOG00000035443) NBEAL2 (ENSSBOG00000032401) SETD2 (ENSSBOG00000018044) ENSSBOG00000009349 ##22 KIF9 (ENSSBOG00000035834) KLHL18 (ENSSBOG00000027931) PTPN23 (ENSSBOG00000003424) SCAP (ENSSBOG00000027955) ELP6 (ENSSBOG00000009153) ENSSBOG00000034659 CSPG5 (ENSSBOG00000030429) SMARCC1 (ENSSBOG00000034716) ENSSBOG00000020538 DHX30 (ENSSBOG00000035810) MAP4 (ENSSBOG00000033564) CDC25A (ENSSBOG00000025104) CAMP (ENSSBOG00000034385) ENSSBOG00000028662 NME6 (ENSSBOG00000021349) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 62 ENSSBOG00000026921 ATP11B (ENSSBOG00000025969) DCUN1D1 (ENSSBOG00000028062) MCCC1 (ENSSBOG00000026219) ENSSBOG00000021035 MCF2L2 (ENSSBOG00000029425) KLHL6 (ENSSBOG00000020503) KLHL24 (ENSSBOG00000034313) YEATS2 (ENSSBOG00000024142) ENSSBOG00000029528 ENSSBOG00000026916 PARL (ENSSBOG00000023148) ABCC5 (ENSSBOG00000021176) ENSSBOG00000013776 HTR3C (ENSSBOG00000029560) ENSSBOG00000012724 ##22 HTR3E (ENSSBOG00000021223) EIF2B5 (ENSSBOG00000028500) DVL3 (ENSSBOG00000035979) ENSSBOG00000033126 ABCF3 (ENSSBOG00000029094) VWA5B2 (ENSSBOG00000026464) ALG3 (ENSSBOG00000029414) ECE2 (ENSSBOG00000032623) CAMK2N2 (ENSSBOG00000025366) PSMD2 (ENSSBOG00000023851) EIF4G1 (ENSSBOG00000026347) FAM131A (ENSSBOG00000023167) CLCN2 (ENSSBOG00000027612) POLR2H (ENSSBOG00000033101) THPO (ENSSBOG00000003075) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 80 ATL1 (ENSSBOG00000021977) MAP4K5 (ENSSBOG00000033531) CDKL1 (ENSSBOG00000023817) DMAC2L (ENSSBOG00000004361) L2HGDH (ENSSBOG00000034119) SOS2 (ENSSBOG00000027880) VCPKMT (ENSSBOG00000027755) ARF6 (ENSSBOG00000004103) NEMF (ENSSBOG00000035900) KLHDC2 (ENSSBOG00000009647) KLHDC1 (ENSSBOG00000018788) POLE2 (ENSSBOG00000033545) DNAAF2 (ENSSBOG00000033917) RPL36AL (ENSSBOG00000018012) LRR1 (ENSSBOG00000034749) ENSSBOG00000029046 ##22 ENSSBOG00000034651 ENSSBOG00000022302 ENSSBOG00000029350 MDGA2 (ENSSBOG00000033263) RPL10L (ENSSBOG00000018952) ENSSBOG00000034100 MIS18BP1 (ENSSBOG00000025159) FANCM (ENSSBOG00000030882) FKBP3 (ENSSBOG00000033978) PRPF39 (ENSSBOG00000029641) TOGARAM1 (ENSSBOG00000023110) KLHL28 (ENSSBOG00000026587) C14orf28 (ENSSBOG00000022243) ENSSBOG00000019589 FSCB (ENSSBOG00000023329) Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES FBXO7 (ENSCJAG00000006238) BPIFC (ENSCJAG00000006209) RTCB (ENSCJAG00000006128) SLC5A4 (ENSCJAG00000044264) ENSCJAG00000078413 LARGE1 (ENSCJAG00000000968) ENSCJAG00000022754 ISX (ENSCJAG00000071825) HMGXB4 (ENSCJAG00000000537) TOM1 (ENSCJAG00000000519) ENSCJAG00000074738 HMOX1 (ENSCJAG00000000516) MCM5 (ENSCJAG00000000511) RASD2 (ENSCJAG00000000509) MB (ENSCJAG00000000506) ENSCJAG00000071958 ##22 APOL6 (ENSCJAG00000080326) ENSCJAG00000019456 ENSCJAG00000079777 MYH9 (ENSCJAG00000013642) ENSCJAG00000069972 ENSCJAG00000072380 TXN2 (ENSCJAG00000038379) ENSCJAG00000076912 FOXRED2 (ENSCJAG00000013822) EIF3D (ENSCJAG00000013831) CACNG2 (ENSCJAG00000013947) IFT27 (ENSCJAG00000013961) NCF4 (ENSCJAG00000013982) PVALB (ENSCJAG00000013970) CSF2RB (ENSCJAG00000012695) Marmoset MODERN SPECIES 1 ENSCJAG00000070792 SOS2 (ENSCJAG00000006256) VCPKMT (ENSCJAG00000057893) ARF6 (ENSCJAG00000039337) NEMF (ENSCJAG00000006093) KLHDC2 (ENSCJAG00000006021) KLHDC1 (ENSCJAG00000006013) ENSCJAG00000074566 ENSCJAG00000074511 POLE2 (ENSCJAG00000017431) DNAAF2 (ENSCJAG00000047844) MGAT2 (ENSCJAG00000017412) ENSCJAG00000079121 LRR1 (ENSCJAG00000017394) ENSCJAG00000022603 ENSCJAG00000087039 ##22 ENSCJAG00000078416 ENSCJAG00000051936 ENSCJAG00000080762 MDGA2 (ENSCJAG00000017353) ENSCJAG00000072188 RPL10L (ENSCJAG00000076382) ENSCJAG00000074579 ENSCJAG00000077837 ENSCJAG00000079332 MIS18BP1 (ENSCJAG00000015929) FANCM (ENSCJAG00000015945) FKBP3 (ENSCJAG00000015972) PRPF39 (ENSCJAG00000015991) TOGARAM1 (ENSCJAG00000016027) KLHL28 (ENSCJAG00000016063) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163351 ENSGT00940000154557.c.b ENSGT00940000154557.c.a ENSGT00390000001017 ENSGT00940000163644 ENSGT00940000162223 ENSGT00390000010711 ENSGT00390000001958.t.a ENSGT00390000015005 ENSGT00930000151073 ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000160251.g ENSGT00530000063849.B ENSGT00940000158400 ENSGT00940000155343 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00950000182852.B ENSGT00940000159166 ENSGT00910000145979 ENSGT00390000000873.a.a ENSGT00950000183119.a.e.a.d.b ENSGT00940000156024 ENSGT00950000182945.b.a.a.b.a ENSGT00940000160965 ENSGT00940000155644 ENSGT00940000154955.f ENSGT00940000158791 ENSGT00940000156496 ENSGT00390000011648.b ENSGT00390000001969.a ENSGT00940000160958 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182931.A ENSGT00940000163351 ENSGT00940000154557.c.b ENSGT00940000154557.c.a ENSGT00390000001017 ENSGT00940000163644 ENSGT00940000162223 ENSGT00390000010711 ENSGT00390000001958.t.a ENSGT00390000015005 ENSGT00930000151073 ENSGT00940000160251.g ENSGT00530000063849.B ENSGT00940000158400 ENSGT00940000155343 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00950000182852.B ENSGT00940000159166 ENSGT00910000145979 ENSGT00390000000873.a.a ENSGT00950000183119.a.e.a.d.b ENSGT00940000156024 ENSGT00950000182945.b.a.a.b.a ENSGT00940000160965 ENSGT00940000155644 ENSGT00510000047030.xb.a.d ENSGT00940000154955.f ENSGT00940000158791 ENSGT00940000156496 ENSGT00390000011648.b ENSGT00390000001969.a Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 172 ENSGT00940000154818.a.a ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00700000106049 ENSGT00940000158851 ENSGT00530000063632.A ENSGT00530000063790.a ENSGT00940000156897 ENSGT00390000015908 ENSGT00390000003860.h.a.a ENSGT00940000153665.b.a.b ENSGT00940000161237 ENSGT00940000155505.a ENSGT00400000024146 ENSGT00940000162886 ENSGT01050000244898.a.a.b ENSGT00620000089223 ENSGT00390000012765 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3344 DENND2D (ENSRROG00000031952) CHI3L2 (ENSRROG00000029297) ENSRROG00000044336 CHIA (ENSRROG00000029001) PIFO (ENSRROG00000045188) ENSRROG00000037346 OVGP1 (ENSRROG00000044113) WDR77 (ENSRROG00000043838) ENSRROG00000037065 C1orf162 (ENSRROG00000027897) TMIGD3 (ENSRROG00000024975) RAP1A (ENSRROG00000043025) INKA2 (ENSRROG00000024632) DDX20 (ENSRROG00000030608) KCND3 (ENSRROG00000034849) ENSRROG00000009633 ##22 CTTNBP2NL (ENSRROG00000031464) WNT2B (ENSRROG00000033069) ST7L (ENSRROG00000036748) CAPZA1 (ENSRROG00000038535) MOV10 (ENSRROG00000041135) RHOC (ENSRROG00000035409) PPM1J (ENSRROG00000042626) TAFA3 (ENSRROG00000044261) ENSRROG00000042524 SLC16A1 (ENSRROG00000045095) LRIG2 (ENSRROG00000045450) ENSRROG00000035234 ENSRROG00000026617 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1975 ENSRROG00000037175 ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3161 ENSRROG00000021975 ENSRROG00000017887 ##22 ENSRROG00000044689 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1055 MUTYH (ENSRROG00000028711) TOE1 (ENSRROG00000026371) TESK2 (ENSRROG00000030783) MMACHC (ENSRROG00000043790) ENSRROG00000042920 ENSRROG00000044891 ENSRROG00000043765 NASP (ENSRROG00000026624) CCDC17 (ENSRROG00000041688) GPBP1L1 (ENSRROG00000008564) TMEM69 (ENSRROG00000037598) IPP (ENSRROG00000031961) MAST2 (ENSRROG00000040137) ENSRROG00000012128 PIK3R3 (ENSRROG00000039135) ENSRROG00000015879 ##22 P3R3URF (ENSRROG00000038849) TSPAN1 (ENSRROG00000037921) POMGNT1 (ENSRROG00000045345) LURAP1 (ENSRROG00000045648) RAD54L (ENSRROG00000020844) LRRC41 (ENSRROG00000040000) ENSRROG00000041043 NSUN4 (ENSRROG00000000359) FAAH (ENSRROG00000042930) DMBX1 (ENSRROG00000013894) KNCN (ENSRROG00000036847) MKNK1 (ENSRROG00000039899) MOB3C (ENSRROG00000038186) ATPAF1 (ENSRROG00000042673) TEX38 (ENSRROG00000030489) Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 469 ENSRBIG00000030029 FLRT2 (ENSRBIG00000029300) ENSRBIG00000030414 ENSRBIG00000011261 ##22 ENSRBIG00000030555 ENSRBIG00000013582 ENSRBIG00000038904 ENSRBIG00000030877 SEL1L (ENSRBIG00000027300) STON2 (ENSRBIG00000038554) GTF2A1 (ENSRBIG00000036069) TSHR (ENSRBIG00000040331) CEP128 (ENSRBIG00000036572) ENSRBIG00000027810 ENSRBIG00000038227 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1997 ENSRBIG00000016462 ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 299 DENND2D (ENSRBIG00000038291) CHI3L2 (ENSRBIG00000028615) ENSRBIG00000035219 CHIA (ENSRBIG00000030484) PIFO (ENSRBIG00000026378) ENSRBIG00000028657 OVGP1 (ENSRBIG00000043088) WDR77 (ENSRBIG00000033413) ENSRBIG00000036835 C1orf162 (ENSRBIG00000040804) TMIGD3 (ENSRBIG00000027992) RAP1A (ENSRBIG00000016227) INKA2 (ENSRBIG00000020811) DDX20 (ENSRBIG00000030629) KCND3 (ENSRBIG00000027724) ENSRBIG00000020563 ##22 CTTNBP2NL (ENSRBIG00000038104) WNT2B (ENSRBIG00000027268) ST7L (ENSRBIG00000042439) CAPZA1 (ENSRBIG00000015622) MOV10 (ENSRBIG00000040802) RHOC (ENSRBIG00000040896) PPM1J (ENSRBIG00000030076) TAFA3 (ENSRBIG00000040034) SLC16A1 (ENSRBIG00000029892) LRIG2 (ENSRBIG00000032197) ENSRBIG00000033233 ENSRBIG00000032312 MAGI3 (ENSRBIG00000030469) PHTF1 (ENSRBIG00000033612) RSBN1 (ENSRBIG00000038594) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 693 HPDL (ENSRBIG00000023806) MUTYH (ENSRBIG00000027534) TOE1 (ENSRBIG00000031463) TESK2 (ENSRBIG00000038409) MMACHC (ENSRBIG00000010274) ENSRBIG00000028267 ENSRBIG00000044745 NASP (ENSRBIG00000038388) CCDC17 (ENSRBIG00000044458) GPBP1L1 (ENSRBIG00000040924) TMEM69 (ENSRBIG00000029272) IPP (ENSRBIG00000031821) MAST2 (ENSRBIG00000039234) ENSRBIG00000014916 PIK3R3 (ENSRBIG00000010667) ENSRBIG00000007567 ##22 P3R3URF (ENSRBIG00000029879) TSPAN1 (ENSRBIG00000028021) POMGNT1 (ENSRBIG00000025961) LURAP1 (ENSRBIG00000044781) RAD54L (ENSRBIG00000043495) LRRC41 (ENSRBIG00000032151) ENSRBIG00000026841 NSUN4 (ENSRBIG00000033827) FAAH (ENSRBIG00000033681) DMBX1 (ENSRBIG00000044024) KNCN (ENSRBIG00000026528) MKNK1 (ENSRBIG00000033459) MOB3C (ENSRBIG00000027087) ENSRBIG00000024866 ATPAF1 (ENSRBIG00000043521) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1640 TRAV9-2 (ENSRBIG00000026551) TRAV8-3 (ENSRBIG00000003858) ENSRBIG00000026808 TRAV12-2 (ENSRBIG00000014215) TRAV13-1 (ENSRBIG00000003755) ENSRBIG00000030095 TRAV10 (ENSRBIG00000017713) TRAV9-1 (ENSRBIG00000014178) TRAV6 (ENSRBIG00000009403) ENSRBIG00000032836 TRAV3 (ENSRBIG00000030418) TRAV2 (ENSRBIG00000029270) OR4E1 (ENSRBIG00000029781) ENSRBIG00000033533 OR4E2 (ENSRBIG00000036549) ENSRBIG00000017110 ##22 TRAV1-1 (ENSRBIG00000020335) ENSRBIG00000033577 OR10G3 (ENSRBIG00000029634) ENSRBIG00000041530 SALL2 (ENSRBIG00000009332) METTL3 (ENSRBIG00000031923) ENSRBIG00000029660 ENSRBIG00000037588 ENSRBIG00000039273 RAB2B (ENSRBIG00000027517) CHD8 (ENSRBIG00000039239) SUPT16H (ENSRBIG00000038166) RPGRIP1 (ENSRBIG00000042134) HNRNPC (ENSRBIG00000038355) TMEM253 (ENSRBIG00000044892) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135.i ENSGT00940000155525.n ENSGT00390000013555 ENSGT00940000156593 ENSGT00550000076327 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00390000009819.a.b.a.b ENSGT00390000003682.ib.a.b.f.a.a.b.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.d.a.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00390000004832.c.a.a Vervet Monkey MODERN SPECIES 16 DMAC2L (ENSCSAG00000015171) L2HGDH (ENSCSAG00000015176) SOS2 (ENSCSAG00000015182) VCPKMT (ENSCSAG00000015192) ENSCSAG00000015194 ARF6 (ENSCSAG00000019408) ENSCSAG00000019407 NEMF (ENSCSAG00000015208) KLHDC2 (ENSCSAG00000015231) KLHDC1 (ENSCSAG00000015240) POLE2 (ENSCSAG00000015257) DNAAF2 (ENSCSAG00000015265) MGAT2 (ENSCSAG00000019406) ENSCSAG00000015268 LRR1 (ENSCSAG00000015272) RPS29 (ENSCSAG00000015276) ##22 ENSCSAG00000019405 MDGA2 (ENSCSAG00000015293) RPL10L (ENSCSAG00000019404) MIS18BP1 (ENSCSAG00000015301) FANCM (ENSCSAG00000015308) ENSCSAG00000015323 PRPF39 (ENSCSAG00000015332) TOGARAM1 (ENSCSAG00000015341) KLHL28 (ENSCSAG00000015349) C14orf28 (ENSCSAG00000015356) ENSCSAG00000015366 LRFN5 (ENSCSAG00000015372) FBXO33 (ENSCSAG00000015375) ENSCSAG00000015379 PNN (ENSCSAG00000015399) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 234 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00390000009819.a.b.a.b Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.pb ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 290 CCN6 (ENSMNEG00000028868) TUBE1 (ENSMNEG00000035971) FAM229B (ENSMNEG00000033688) ENSMNEG00000037857 LAMA4 (ENSMNEG00000036579) ENSMNEG00000040319 ENSMNEG00000038587 MARCKS (ENSMNEG00000000430) HDAC2 (ENSMNEG00000001940) ENSMNEG00000037893 ##22 HS3ST5 (ENSMNEG00000031955) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000004586 ENSGT00550000074907 ENSGT00390000011863.d ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.a ENSGT00510000047522 ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b ENSGT00550000074844 ENSGT00940000156003 ENSGT00940000162514 ENSGT00940000155419 ENSGT00940000154738.a ENSGT00940000162392 ENSGT00940000156246 ENSGT00940000160513 ENSGT00550000075044 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00940000155659 ENSGT00390000010852 ENSGT00390000013347.a ENSGT00390000010292 ENSGT00390000005941 ENSGT00390000010382 ENSGT00890000139436.B ENSGT00400000023684 ENSGT00940000157682.B ENSGT00940000155480 ENSGT00940000158685 ENSGT00940000159404 ENSGT00940000155993 ENSGT00950000183006.A.b ENSGT00950000183006.B.f.b.a Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00550000074907 ENSGT00390000011863.d ENSGT00390000018613.b.s.b.a.a.b.b ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.a ENSGT00510000047522 ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b ENSGT00550000074844 ENSGT00940000156003 ENSGT00940000162514 ENSGT00940000155419 ENSGT00940000154738.a ENSGT00940000162392 ENSGT00940000156246 ENSGT00390000013961.b.b ENSGT00550000075044 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00940000155659 ENSGT00390000010852 ENSGT00390000013347.a ENSGT00390000010292 ENSGT00390000005941 ENSGT00390000010382 ENSGT00890000139436.B ENSGT00400000023684 ENSGT00940000157682.B ENSGT00940000155480 ENSGT00940000158685 ENSGT00940000159404 ENSGT00940000155993 ENSGT00950000183006.A.b ENSGT00950000183006.B.f.b.a Drill MODERN SPECIES 1672 ENSMLEG00000019640 ENSMLEG00000040608 ENSMLEG00000030805 ENSMLEG00000026733 ##22 ENSMLEG00000034901 ENSMLEG00000034088 ENSMLEG00000036206 SLC16A2 (ENSMLEG00000029672) RLIM (ENSMLEG00000038789) NEXMIF (ENSMLEG00000016322) ENSMLEG00000019415 Sooty mangabey DUPLICATION Sooty mangabey MODERN SPECIES 612 DUS4L (ENSCATG00000031611) BCAP29 (ENSCATG00000038162) ENSCATG00000029448 SLC26A4 (ENSCATG00000045147) CBLL1 (ENSCATG00000038218) SLC26A3 (ENSCATG00000042862) DLD (ENSCATG00000032210) LAMB1 (ENSCATG00000018312) LAMB4 (ENSCATG00000036037) NRCAM (ENSCATG00000040869) PNPLA8 (ENSCATG00000038703) THAP5 (ENSCATG00000031844) DNAJB9 (ENSCATG00000044003) ENSCATG00000033957 IMMP2L (ENSCATG00000037375) ENSCATG00000011469 ##22 DOCK4 (ENSCATG00000033543) ZNF277 (ENSCATG00000030331) IFRD1 (ENSCATG00000040248) LSMEM1 (ENSCATG00000045255) TMEM168 (ENSCATG00000045315) BMT2 (ENSCATG00000040645) ENSCATG00000036076 SMIM30 (ENSCATG00000005575) PPP1R3A (ENSCATG00000018828) ENSCATG00000037409 Sooty mangabey MODERN SPECIES 238 USP1 (ENSCATG00000015135) ANGPTL3 (ENSCATG00000012804) DOCK7 (ENSCATG00000040198) ATG4C (ENSCATG00000042641) FOXD3 (ENSCATG00000018412) ALG6 (ENSCATG00000042255) ITGB3BP (ENSCATG00000041208) EFCAB7 (ENSCATG00000034513) PGM1 (ENSCATG00000043055) ROR1 (ENSCATG00000032220) UBE2U (ENSCATG00000040169) CACHD1 (ENSCATG00000036728) ENSCATG00000001153 RAVER2 (ENSCATG00000040658) JAK1 (ENSCATG00000041174) ENSCATG00000041319 ##22 AK4 (ENSCATG00000029189) DNAJC6 (ENSCATG00000034774) LEPROT (ENSCATG00000035075) LEPR (ENSCATG00000032495) ENSCATG00000034318 PDE4B (ENSCATG00000039238) SGIP1 (ENSCATG00000038351) DYNLT5 (ENSCATG00000010584) INSL5 (ENSCATG00000029366) DNAI4 (ENSCATG00000039576) MIER1 (ENSCATG00000040832) SLC35D1 (ENSCATG00000044973) C1orf141 (ENSCATG00000030751) IL23R (ENSCATG00000043155) ENSCATG00000031536 Sooty mangabey MODERN SPECIES 499 ST8SIA4 (ENSCATG00000040100) ENSCATG00000035176 SLCO4C1 (ENSCATG00000029437) SLCO6A1 (ENSCATG00000024448) ENSCATG00000021679 PAM (ENSCATG00000013479) GIN1 (ENSCATG00000038330) PPIP5K2 (ENSCATG00000038434) MACIR (ENSCATG00000016827) NUDT12 (ENSCATG00000029567) EFNA5 (ENSCATG00000034296) ENSCATG00000030057 FBXL17 (ENSCATG00000037828) FER (ENSCATG00000041630) PJA2 (ENSCATG00000039073) ENSCATG00000017816 ##22 ENSCATG00000017547 MAN2A1 (ENSCATG00000039559) TMEM232 (ENSCATG00000029729) SLC25A46 (ENSCATG00000005940) TSLP (ENSCATG00000041761) ENSCATG00000041596 WDR36 (ENSCATG00000035085) ENSCATG00000034396 CAMK4 (ENSCATG00000034037) STARD4 (ENSCATG00000031302) ENSCATG00000036388 NREP (ENSCATG00000038908) EPB41L4A (ENSCATG00000001003) Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 1 NDUFS1 (ENSPANG00000019101) ENSPANG00000011248 CMKLR2 (ENSPANG00000007301) ZDBF2 (ENSPANG00000023236) ENSPANG00000032033 ADAM23 (ENSPANG00000025872) FAM237A (ENSPANG00000032174) DYTN (ENSPANG00000011028) MDH1B (ENSPANG00000022792) ENSPANG00000043039 FASTKD2 (ENSPANG00000012835) CPO (ENSPANG00000005004) KLF7 (ENSPANG00000005240) CREB1 (ENSPANG00000009083) METTL21A (ENSPANG00000024440) ENSPANG00000047863 ##22 ENSPANG00000050559 CCNYL1 (ENSPANG00000011206) FZD5 (ENSPANG00000004676) ENSPANG00000050051 ENSPANG00000049745 PLEKHM3 (ENSPANG00000020994) ENSPANG00000041891 ENSPANG00000040505 CRYGD (ENSPANG00000039491) CRYGC (ENSPANG00000051332) CRYGB (ENSPANG00000049951) IDH1 (ENSPANG00000005239) C2orf80 (ENSPANG00000033159) PIKFYVE (ENSPANG00000010442) PTH2R (ENSPANG00000002436) Olive baboon MODERN SPECIES 14 COG5 (ENSPANG00000007065) DUS4L (ENSPANG00000007111) BCAP29 (ENSPANG00000022687) SLC26A4 (ENSPANG00000000830) CBLL1 (ENSPANG00000021270) SLC26A3 (ENSPANG00000021181) LAMB1 (ENSPANG00000025367) DLD (ENSPANG00000025127) LAMB4 (ENSPANG00000022685) NRCAM (ENSPANG00000016022) PNPLA8 (ENSPANG00000018692) THAP5 (ENSPANG00000006063) DNAJB9 (ENSPANG00000030958) LRRN3 (ENSPANG00000009269) IMMP2L (ENSPANG00000031290) ENSPANG00000038598 ##22 DOCK4 (ENSPANG00000023666) ZNF277 (ENSPANG00000012693) IFRD1 (ENSPANG00000021877) LSMEM1 (ENSPANG00000032836) ENSPANG00000049042 TMEM168 (ENSPANG00000025365) BMT2 (ENSPANG00000022368) GPR85 (ENSPANG00000038655) SMIM30 (ENSPANG00000031865) PPP1R3A (ENSPANG00000017583) FOXP2 (ENSPANG00000024715) MDFIC (ENSPANG00000015175) TFEC (ENSPANG00000022367) TES (ENSPANG00000008934) CAV2 (ENSPANG00000045499) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.pb ##22 Gibbon DUPLICATION Gibbon MODERN SPECIES 9 GUCY2D (ENSNLEG00000009820) CNTROB (ENSNLEG00000009803) TRAPPC1 (ENSNLEG00000009796) KCNAB3 (ENSNLEG00000036112) RNF227 (ENSNLEG00000032354) CHD3 (ENSNLEG00000009770) ENSNLEG00000027601 CYB5D1 (ENSNLEG00000009777) TMEM88 (ENSNLEG00000009773) KDM6B (ENSNLEG00000036136) DNAH2 (ENSNLEG00000009763) ENSNLEG00000009761 WRAP53 (ENSNLEG00000009753) TP53 (ENSNLEG00000009730) ATP1B2 (ENSNLEG00000009726) ENSNLEG00000018259 ##22 SHBG (ENSNLEG00000009705) SAT2 (ENSNLEG00000009698) FXR2 (ENSNLEG00000009662) MPDU1 (ENSNLEG00000009643) SOX15 (ENSNLEG00000009660) CD68 (ENSNLEG00000009633) EIF4A1 (ENSNLEG00000009547) SENP3 (ENSNLEG00000009529) TNFSF13 (ENSNLEG00000009510) TNFSF12 (ENSNLEG00000029187) POLR2A (ENSNLEG00000009460) ENSNLEG00000009458 ENSNLEG00000030377 FGF11 (ENSNLEG00000009446) ENSNLEG00000009444 Gibbon MODERN SPECIES 19 NKIRAS1 (ENSNLEG00000031997) UBE2E1 (ENSNLEG00000003557) UBE2E2 (ENSNLEG00000003554) ZNF385D (ENSNLEG00000003543) ENSNLEG00000028275 SGO1 (ENSNLEG00000003467) ENSNLEG00000003459 PP2D1 (ENSNLEG00000003458) RAB5A (ENSNLEG00000003434) EFHB (ENSNLEG00000003393) LPL (ENSNLEG00000003337) INTS10 (ENSNLEG00000003259) CSGALNACT1 (ENSNLEG00000003221) SH2D4A (ENSNLEG00000003183) PSD3 (ENSNLEG00000003131) ENSNLEG00000031810 ##22 ENSNLEG00000031527 NAT2 (ENSNLEG00000003123) ENSNLEG00000033506 ASAH1 (ENSNLEG00000003032) PCM1 (ENSNLEG00000002836) FGL1 (ENSNLEG00000002774) MTUS1 (ENSNLEG00000002754) PDGFRL (ENSNLEG00000002734) SLC7A2 (ENSNLEG00000002678) MTMR7 (ENSNLEG00000002611) VPS37A (ENSNLEG00000002558) CNOT7 (ENSNLEG00000002489) ZDHHC2 (ENSNLEG00000002411) MICU3 (ENSNLEG00000002400) FGF20 (ENSNLEG00000035374) Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.pb ##22 Orangutan DUPLICATION Orangutan MODERN SPECIES 17 KCNIP4 (ENSPPYG00000030455) ADGRA3 (ENSPPYG00000014637) ENSPPYG00000014638 GBA3 (ENSPPYG00000014639) PPARGC1A (ENSPPYG00000014640) DHX15 (ENSPPYG00000014641) ENSPPYG00000036250 SOD3 (ENSPPYG00000014642) CCDC149 (ENSPPYG00000014643) LGI2 (ENSPPYG00000039828) SEPSECS (ENSPPYG00000014645) PI4K2B (ENSPPYG00000014646) ZCCHC4 (ENSPPYG00000014647) ANAPC4 (ENSPPYG00000034769) SLC34A2 (ENSPPYG00000014649) ENSPPYG00000031785 ##22 SEL1L3 (ENSPPYG00000014650) SMIM20 (ENSPPYG00000014651) RBPJ (ENSPPYG00000014652) CCKAR (ENSPPYG00000014653) TBC1D19 (ENSPPYG00000014654) STIM2 (ENSPPYG00000014655) PCDH7 (ENSPPYG00000031272) ENSPPYG00000031494 ENSPPYG00000034474 ARAP2 (ENSPPYG00000032983) DTHD1 (ENSPPYG00000037872) NWD2 (ENSPPYG00000030808) C4orf19 (ENSPPYG00000038950) RELL1 (ENSPPYG00000031559) PGM2 (ENSPPYG00000014661) Orangutan MODERN SPECIES SLC9C2 (ENSPPYG00000000497) TEX50 (ENSPPYG00000032275) ANKRD45 (ENSPPYG00000000496) KLHL20 (ENSPPYG00000000495) CENPL (ENSPPYG00000000494) DARS2 (ENSPPYG00000000493) ZBTB37 (ENSPPYG00000000492) SERPINC1 (ENSPPYG00000000491) RC3H1 (ENSPPYG00000000490) RABGAP1L (ENSPPYG00000000487) CACYBP (ENSPPYG00000041413) MRPS14 (ENSPPYG00000000485) TNN (ENSPPYG00000000484) ENSPPYG00000034381 TNR (ENSPPYG00000000482) ENSPPYG00000032419 ##22 COP1 (ENSPPYG00000000480) ENSPPYG00000037863 PAPPA2 (ENSPPYG00000000479) ASTN1 (ENSPPYG00000000478) BRINP2 (ENSPPYG00000000477) SEC16B (ENSPPYG00000000476) RASAL2 (ENSPPYG00000000473) CLEC20A (ENSPPYG00000034235) TEX35 (ENSPPYG00000000472) ANGPTL1 (ENSPPYG00000000468) RALGPS2 (ENSPPYG00000000467) FAM20B (ENSPPYG00000000466) TOR3A (ENSPPYG00000000465) ABL2 (ENSPPYG00000000464) ENSPPYG00000031755 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.pb ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.pb ##22 Human MODERN SPECIES 5 MAP4K5 (ENSG00000012983) CDKL1 (ENSG00000100490) DMAC2L (ENSG00000125375) L2HGDH (ENSG00000087299) SOS2 (ENSG00000100485) VCPKMT (ENSG00000100483) ARF6 (ENSG00000165527) NEMF (ENSG00000165525) KLHDC2 (ENSG00000165516) KLHDC1 (ENSG00000197776) POLE2 (ENSG00000100479) DNAAF2 (ENSG00000165506) MGAT2 (ENSG00000168282) RPL36AL (ENSG00000165502) LRR1 (ENSG00000165501) RPS29 (ENSG00000213741) ##22 MDGA2 (ENSG00000139915) RPL10L (ENSG00000165496) MIS18BP1 (ENSG00000129534) FANCM (ENSG00000187790) FKBP3 (ENSG00000100442) PRPF39 (ENSG00000185246) TOGARAM1 (ENSG00000198718) KLHL28 (ENSG00000179454) C14orf28 (ENSG00000179476) FSCB (ENSG00000189139) LRFN5 (ENSG00000165379) FBXO33 (ENSG00000165355) MIA2 (ENSG00000150527) PNN (ENSG00000100941) TRAPPC6B (ENSG00000182400) Gorilla DUPLICATION Gorilla MODERN SPECIES 16 ENSGGOG00000036950 APOD (ENSGGOG00000001887) ENSGGOG00000013586 ENSGGOG00000013585 ENSGGOG00000025791 TNK2 (ENSGGOG00000008767) ENSGGOG00000039150 TFRC (ENSGGOG00000007229) ZDHHC19 (ENSGGOG00000004822) SLC51A (ENSGGOG00000005877) ENSGGOG00000001988 DYNLT2B (ENSGGOG00000013275) ENSGGOG00000038913 UBXN7 (ENSGGOG00000014753) RNF168 (ENSGGOG00000014184) ENSGGOG00000042896 ##22 WDR53 (ENSGGOG00000014196) FBXO45 (ENSGGOG00000014199) NRROS (ENSGGOG00000008057) CEP19 (ENSGGOG00000025058) PIGX (ENSGGOG00000006859) PAK2 (ENSGGOG00000007239) SENP5 (ENSGGOG00000007248) PIGZ (ENSGGOG00000006672) MELTF (ENSGGOG00000014002) DLG1 (ENSGGOG00000001688) BDH1 (ENSGGOG00000011171) ENSGGOG00000037406 ENSGGOG00000043225 RUBCN (ENSGGOG00000011498) FYTTD1 (ENSGGOG00000011665) Gorilla MODERN SPECIES 284 ENSGGOG00000042996 ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00950000182767.b.a.b.a ENSGT00730000111160 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.a #22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.a #22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.a #22 Pig MODERN SPECIES 15 SCAPER (ENSSSCG00000001865) ISL2 (ENSSSCG00000033348) ETFA (ENSSSCG00000001862) TMEM266 (ENSSSCG00000001863) ENSSSCG00000045165 NRG4 (ENSSSCG00000052301) FBXO22 (ENSSSCG00000061790) UBE2Q2 (ENSSSCG00000027457) PRC1 (ENSSSCG00000037307) VPS33B (ENSSSCG00000033954) NGRN (ENSSSCG00000055255) TTLL13 (ENSSSCG00000031810) GDPGP1 (ENSSSCG00000059314) CIB1 (ENSSSCG00000001858) SEMA4B (ENSSSCG00000031719) ENSSSCG00000062022 #22 IDH2 (ENSSSCG00000001852) ZNF710 (ENSSSCG00000021361) ARPIN (ENSSSCG00000001850) AP3S2 (ENSSSCG00000030174) ANPEP (ENSSSCG00000001849) MESP2 (ENSSSCG00000001848) MESP1 (ENSSSCG00000001847) WDR93 (ENSSSCG00000001846) PEX11A (ENSSSCG00000027052) PLIN1 (ENSSSCG00000001844) ENSSSCG00000036100 KIF7 (ENSSSCG00000001840) TICRR (ENSSSCG00000040355) RHCG (ENSSSCG00000001841) POLG (ENSSSCG00000001838) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.a #22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.a #22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.a #22 Horse MODERN SPECIES ENSECAG00000031563 ENSECAG00000028111 ENSECAG00000035507 ENSECAG00000039092 ENSECAG00000033765 ENSECAG00000033981 ENSECAG00000006005 ENSECAG00000000602 ENSECAG00000054247 ENSECAG00000031454 ENSECAG00000038214 ENSECAG00000034164 OR4E1 (ENSECAG00000003531) OR4E2 (ENSECAG00000002752) OR10G3 (ENSECAG00000002552) RPS29 (ENSECAG00000011782) #22 SALL2 (ENSECAG00000024449) METTL3 (ENSECAG00000013168) TOX4 (ENSECAG00000006400) RAB2B (ENSECAG00000006219) CHD8 (ENSECAG00000016102) SUPT16H (ENSECAG00000021686) RPGRIP1 (ENSECAG00000013157) ENSECAG00000017645 OR5AU1 (ENSECAG00000044657) TMEM253 (ENSECAG00000016663) ZNF219 (ENSECAG00000013524) ARHGEF40 (ENSECAG00000021434) RAE1 (ENSECAG00000051149) RNASE13 (ENSECAG00000031881) TPPP2 (ENSECAG00000053851) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.b #22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.b #22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.c.b #22 Pig MODERN SPECIES EHD4 (ENSSSCG00000020666) SPTBN5 (ENSSSCG00000004736) PLA2G4B (ENSSSCG00000004737) JMJD7 (ENSSSCG00000057430) MAPKBP1 (ENSSSCG00000004738) MGA (ENSSSCG00000004739) ENSSSCG00000056368 TYRO3 (ENSSSCG00000004744) RPAP1 (ENSSSCG00000004745) ITPKA (ENSSSCG00000004746) RTF1 (ENSSSCG00000004747) NDUFAF1 (ENSSSCG00000004748) NUSAP1 (ENSSSCG00000035544) OIP5 (ENSSSCG00000004750) CHP1 (ENSSSCG00000004751) ENSSSCG00000056841 #22 EXD1 (ENSSSCG00000004752) INO80 (ENSSSCG00000004753) CHAC1 (ENSSSCG00000038521) DLL4 (ENSSSCG00000004755) VPS18 (ENSSSCG00000004757) RHOV (ENSSSCG00000004758) SPINT1 (ENSSSCG00000004759) ENSSSCG00000004760 ENSSSCG00000005612 ZFYVE19 (ENSSSCG00000004761) DNAJC17 (ENSSSCG00000004762) C15orf62 (ENSSSCG00000032022) ENSSSCG00000061289 RMDN3 (ENSSSCG00000004765) RAD51 (ENSSSCG00000004766) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01090000260413 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00950000182767.b.a.b.a ENSGT00730000111160 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156502 ENSGT01090000260413 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00950000182767.b.a.b.a ENSGT00730000111160 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT01100000264967 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT01100000264967 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Canidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000012955.t.b ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159194 ENSGT00940000158117 ENSGT00390000015984 ENSGT00940000155187.B ENSGT00530000063823.b.b ENSGT00940000158307 ENSGT01030000234527.A.a.a.a ENSGT00940000153269.b.b ENSGT00940000155236 ENSGT00390000005711 ENSGT00920000149145 ENSGT00390000018094 ENSGT00940000158485 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ENSGT00390000013853 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00390000004263.a ENSGT00950000182995.e.b ENSGT00940000159405 ENSGT00440000038909 ENSGT00940000156357 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.f ENSGT00390000003465.b.b ENSGT01090000260040.a.a.a.d ENSGT00940000153773.a.b ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.b Dog DUPLICATION Dog MODERN SPECIES 20 ENSCAFG00845029588 TNKS2 (ENSCAFG00845029629) FGFBP3 (ENSCAFG00845029747) ENSCAFG00845029761 BTAF1 (ENSCAFG00845029828) CPEB3 (ENSCAFG00845029945) MARCHF5 (ENSCAFG00845030038) IDE (ENSCAFG00845030157) KIF11 (ENSCAFG00845017021) HHEX (ENSCAFG00845017433) ENSCAFG00845017616 EXOC6 (ENSCAFG00845017746) ENSCAFG00845018261 CYP26C1 (ENSCAFG00845018303) CYP26A1 (ENSCAFG00845018365) ENSCAFG00845018446 #22 MYOF (ENSCAFG00845018608) CEP55 (ENSCAFG00845019276) FFAR4 (ENSCAFG00845019433) RBP4 (ENSCAFG00845019496) PDE6C (ENSCAFG00845019588) FRA10AC1 (ENSCAFG00845019945) LGI1 (ENSCAFG00845020109) ENSCAFG00845020404 PLCE1 (ENSCAFG00845020610) ENSCAFG00845021652 NOC3L (ENSCAFG00845021841) TBC1D12 (ENSCAFG00845021962) HELLS (ENSCAFG00845022200) CYP2C18 (ENSCAFG00845022726) PDLIM1 (ENSCAFG00845022801) Dog MODERN SPECIES 4 SF3A3 (ENSCAFG00845010874) ABRA (ENSCAFG00845010850) OXR1 (ENSCAFG00845010507) ENSCAFG00845010384 ZFPM2 (ENSCAFG00845010270) LRP12 (ENSCAFG00845010152) DPYS (ENSCAFG00845010050) DCSTAMP (ENSCAFG00845010012) RIMS2 (ENSCAFG00845008955) ENSCAFG00845008711 DCAF13 (ENSCAFG00845008632) SLC25A32 (ENSCAFG00845008584) CTHRC1 (ENSCAFG00845008553) FZD6 (ENSCAFG00845008513) ENSCAFG00845008487 ENSCAFG00845008474 #22 BAALC (ENSCAFG00845008431) ATP6V1C1 (ENSCAFG00845008268) ENSCAFG00845008149 ENSCAFG00845008121 AZIN1 (ENSCAFG00845008052) KLF10 (ENSCAFG00845008004) ODF1 (ENSCAFG00845007988) ENSCAFG00845007963 ENSCAFG00845007937 UBR5 (ENSCAFG00845007659) RRM2B (ENSCAFG00845007500) NCALD (ENSCAFG00845007325) GRHL2 (ENSCAFG00845007182) ZNF706 (ENSCAFG00845029017) ENSCAFG00845028981 Dog MODERN SPECIES 36 ENSCAFG00845003013 CDKL1 (ENSCAFG00845002935) DMAC2L (ENSCAFG00845002883) L2HGDH (ENSCAFG00845002841) SOS2 (ENSCAFG00845002710) VCPKMT (ENSCAFG00845002639) ARF6 (ENSCAFG00845002543) NEMF (ENSCAFG00845002470) KLHDC2 (ENSCAFG00845002423) KLHDC1 (ENSCAFG00845002378) POLE2 (ENSCAFG00845002340) DNAAF2 (ENSCAFG00845002292) MGAT2 (ENSCAFG00845002282) RPL36AL (ENSCAFG00845002270) LRR1 (ENSCAFG00845002248) RPS29 (ENSCAFG00845002205) #22 ENSCAFG00845002173 MDGA2 (ENSCAFG00845002096) RPL10L (ENSCAFG00845002023) ENSCAFG00845001952 ENSCAFG00845001936 FANCM (ENSCAFG00845001871) FKBP3 (ENSCAFG00845001823) MIS18BP1 (ENSCAFG00845001722) PRPF39 (ENSCAFG00845001636) TOGARAM1 (ENSCAFG00845001513) KLHL28 (ENSCAFG00845004145) C8H14orf28 (ENSCAFG00845004109) ENSCAFG00845004072 LRFN5 (ENSCAFG00845004006) ENSCAFG00845003987 Dingo DUPLICATION Dingo MODERN SPECIES 165 ENSCAFG00020000432 TNKS2 (ENSCAFG00020000625) FGFBP3 (ENSCAFG00020001860) ENSCAFG00020001865 BTAF1 (ENSCAFG00020001875) CPEB3 (ENSCAFG00020001981) MARCHF5 (ENSCAFG00020002121) IDE (ENSCAFG00020002136) KIF11 (ENSCAFG00020002242) HHEX (ENSCAFG00020002281) ENSCAFG00020002283 EXOC6 (ENSCAFG00020002347) ENSCAFG00020002996 CYP26C1 (ENSCAFG00020002999) CYP26A1 (ENSCAFG00020003012) ENSCAFG00020003021 #22 MYOF (ENSCAFG00020003088) CEP55 (ENSCAFG00020004353) FFAR4 (ENSCAFG00020004389) RBP4 (ENSCAFG00020004397) PDE6C (ENSCAFG00020004404) FRA10AC1 (ENSCAFG00020004464) LGI1 (ENSCAFG00020004497) SLC35G1 (ENSCAFG00020004583) ENSCAFG00020004585 PLCE1 (ENSCAFG00020004619) NOC3L (ENSCAFG00020004781) TBC1D12 (ENSCAFG00020004792) HELLS (ENSCAFG00020004809) ENSCAFG00020004873 ENSCAFG00020004895 Dingo MODERN SPECIES 88 ANGPT1 (ENSCAFG00020003297) ABRA (ENSCAFG00020003289) OXR1 (ENSCAFG00020003286) ZFPM2 (ENSCAFG00020003252) LRP12 (ENSCAFG00020003246) DPYS (ENSCAFG00020003238) DCSTAMP (ENSCAFG00020003225) RIMS2 (ENSCAFG00020003071) ENSCAFG00020003051 DCAF13 (ENSCAFG00020003044) SLC25A32 (ENSCAFG00020003015) CTHRC1 (ENSCAFG00020002983) FZD6 (ENSCAFG00020002971) ENSCAFG00020002963 ENSCAFG00020002957 ENSCAFG00020002956 #22 ENSCAFG00020002949 ATP6V1C1 (ENSCAFG00020002943) ENSCAFG00020002930 AZIN1 (ENSCAFG00020002928) KLF10 (ENSCAFG00020002925) ODF1 (ENSCAFG00020002923) ENSCAFG00020002921 ENSCAFG00020002920 UBR5 (ENSCAFG00020000901) ENSCAFG00020000716 RRM2B (ENSCAFG00020000711) NCALD (ENSCAFG00020000694) GRHL2 (ENSCAFG00020000549) ENSCAFG00020000521 ENSCAFG00020000447 Dingo MODERN SPECIES 161 CDKL1 (ENSCAFG00020021749) DMAC2L (ENSCAFG00020021759) L2HGDH (ENSCAFG00020021765) SOS2 (ENSCAFG00020021773) VCPKMT (ENSCAFG00020021818) ARF6 (ENSCAFG00020021820) NEMF (ENSCAFG00020021836) KLHDC2 (ENSCAFG00020021947) KLHDC1 (ENSCAFG00020021956) ENSCAFG00020021970 POLE2 (ENSCAFG00020021974) DNAAF2 (ENSCAFG00020021981) MGAT2 (ENSCAFG00020021983) ENSCAFG00020021984 LRR1 (ENSCAFG00020021986) ENSCAFG00020021989 #22 ENSCAFG00020021990 ENSCAFG00020021995 MDGA2 (ENSCAFG00020022000) ENSCAFG00020022032 ENSCAFG00020022036 MIS18BP1 (ENSCAFG00020022041) ENSCAFG00020022058 ENSCAFG00020022069 ENSCAFG00020022073 PRPF39 (ENSCAFG00020022077) ENSCAFG00020022088 TOGARAM1 (ENSCAFG00020022105) KLHL28 (ENSCAFG00020022204) C14orf28 (ENSCAFG00020022206) ENSCAFG00020022211 Red fox DUPLICATION Red fox MODERN SPECIES 17 ANGPT1 (ENSVVUG00000017163) ENSVVUG00000017152 ABRA (ENSVVUG00000017135) OXR1 (ENSVVUG00000017071) ZFPM2 (ENSVVUG00000017054) LRP12 (ENSVVUG00000017042) DPYS (ENSVVUG00000017033) DCSTAMP (ENSVVUG00000017026) RIMS2 (ENSVVUG00000016949) DCAF13 (ENSVVUG00000016884) SLC25A32 (ENSVVUG00000016846) CTHRC1 (ENSVVUG00000016836) FZD6 (ENSVVUG00000016827) ENSVVUG00000016821 ENSVVUG00000016817 ENSVVUG00000016811 #22 ATP6V1C1 (ENSVVUG00000016786) AZIN1 (ENSVVUG00000016768) KLF10 (ENSVVUG00000016762) ODF1 (ENSVVUG00000016754) ENSVVUG00000016748 UBR5 (ENSVVUG00000013461) RRM2B (ENSVVUG00000013296) ENSVVUG00000013282 NCALD (ENSVVUG00000013269) GRHL2 (ENSVVUG00000013233) ZNF706 (ENSVVUG00000013199) YWHAZ (ENSVVUG00000013173) PABPC1 (ENSVVUG00000013156) ENSVVUG00000013146 SNX31 (ENSVVUG00000013135) Red fox MODERN SPECIES ENSVVUG00000000013 ENSVVUG00000000014 FAM214A (ENSVVUG00000000015) ONECUT1 (ENSVVUG00000000018) ENSVVUG00000000027 WDR72 (ENSVVUG00000000068) UNC13C (ENSVVUG00000000196) RSL24D1 (ENSVVUG00000000235) RAB27A (ENSVVUG00000000413) PIGB (ENSVVUG00000000616) CCPG1 (ENSVVUG00000000630) ENSVVUG00000000655 DNAAF4 (ENSVVUG00000000666) PYGO1 (ENSVVUG00000000736) PRTG (ENSVVUG00000000755) ENSVVUG00000000785 #22 NEDD4 (ENSVVUG00000000843) RFX7 (ENSVVUG00000000901) TEX9 (ENSVVUG00000000942) MNS1 (ENSVVUG00000000969) ZNF280D (ENSVVUG00000001009) ENSVVUG00000001065 TCF12 (ENSVVUG00000001081) CGNL1 (ENSVVUG00000001119) MYZAP (ENSVVUG00000001200) POLR2M (ENSVVUG00000001253) ALDH1A2 (ENSVVUG00000001283) AQP9 (ENSVVUG00000001306) LIPC (ENSVVUG00000001352) ADAM10 (ENSVVUG00000001386) MINDY2 (ENSVVUG00000001426) Red fox MODERN SPECIES 33 CDKL1 (ENSVVUG00000029800) ENSVVUG00000029801 ATP5S (ENSVVUG00000029802) L2HGDH (ENSVVUG00000029805) SOS2 (ENSVVUG00000029810) VCPKMT (ENSVVUG00000029815) ARF6 (ENSVVUG00000029816) NEMF (ENSVVUG00000029818) KLHDC2 (ENSVVUG00000029826) KLHDC1 (ENSVVUG00000029835) POLE2 (ENSVVUG00000029837) DNAAF2 (ENSVVUG00000029866) MGAT2 (ENSVVUG00000029867) RPL36AL (ENSVVUG00000029868) LRR1 (ENSVVUG00000029869) ENSVVUG00000029871 #22 ENSVVUG00000000116 ENSVVUG00000000157 ENSVVUG00000000326 FANCM (ENSVVUG00000000357) MIS18BP1 (ENSVVUG00000000411) ENSVVUG00000000462 PRPF39 (ENSVVUG00000000486) TOGARAM1 (ENSVVUG00000000530) KLHL28 (ENSVVUG00000000590) CUNH14orf28 (ENSVVUG00000000605) ENSVVUG00000000618 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000156480 ENSGT01100000264967 ENSGT00390000007395 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000161931 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000161656 ENSGT00390000007341.a ENSGT00510000048466 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000157150 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000168019 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000156593 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000158324 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000156502 ENSGT00950000185463 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000158072 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000156106 ENSGT00660000095541.a.b ENSGT00940000161597 ENSGT00950000183148.a ENSGT00940000154071.A ENSGT00940000155959 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000159132.a ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT01100000264967 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00990000207410 ENSGT01100000265486 ENSGT00940000158296 ENSGT01000000220957 ENSGT00390000017718.b Ursus ANCESTRAL SPECIES 98 ENSGT00940000159132.a ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000007395 ENSGT01100000264967 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00990000207410 ENSGT01100000265486 ENSGT00940000158296 ENSGT01000000220957 ENSGT00390000017718.b ENSGT00950000182767.b.b.d American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 3175 ENSUAMG00000022825 RPS29 (ENSUAMG00000022821) #22 American black bear MODERN SPECIES 727 CHST8 (ENSUAMG00000017000) KCTD15 (ENSUAMG00000016996) ENSUAMG00000016993 #22 American black bear MODERN SPECIES 8963 ENSUAMG00000002506 #22 American black bear MODERN SPECIES 9030 ENSUAMG00000003050 #22 American black bear MODERN SPECIES 912 KLHDC1 (ENSUAMG00000011492) KLHDC2 (ENSUAMG00000011519) NEMF (ENSUAMG00000012209) ENSUAMG00000012422 #22 ARF6 (ENSUAMG00000012426) VCPKMT (ENSUAMG00000012428) SOS2 (ENSUAMG00000012432) L2HGDH (ENSUAMG00000012569) DMAC2L (ENSUAMG00000012573) ENSUAMG00000012578 CDKL1 (ENSUAMG00000012583) ENSUAMG00000012586 American black bear MODERN SPECIES 5300 ENSUAMG00000005201 #22 Polar bear DUPLICATION Polar bear MODERN SPECIES 329 CEBPG (ENSUMAG00000019245) PEPD (ENSUMAG00000019161) KCTD15 (ENSUMAG00000019139) ENSUMAG00000019137 #22 ENSUMAG00000019134 LSM14A (ENSUMAG00000019127) GARRE1 (ENSUMAG00000019012) GPI (ENSUMAG00000018968) PDCD2L (ENSUMAG00000018961) UBA2 (ENSUMAG00000018569) ENSUMAG00000018473 ENSUMAG00000018446 ENSUMAG00000018433 ENSUMAG00000018429 Polar bear MODERN SPECIES 239 DIAPH2 (ENSUMAG00000012920) ENSUMAG00000012903 #22 ENSUMAG00000012901 ENSUMAG00000012897 ENSUMAG00000012895 ENSUMAG00000012893 ENSUMAG00000012892 Polar bear MODERN SPECIES 149 ANKRD49 (ENSUMAG00000007092) PIWIL4 (ENSUMAG00000007117) AMOTL1 (ENSUMAG00000007154) CWC15 (ENSUMAG00000007161) ENSUMAG00000007170 ENSUMAG00000007175 ENDOD1 (ENSUMAG00000007178) SESN3 (ENSUMAG00000007186) FAM76B (ENSUMAG00000007226) CEP57 (ENSUMAG00000007244) MTMR2 (ENSUMAG00000007301) ENSUMAG00000008078 ENSUMAG00000008084 CCDC82 (ENSUMAG00000008097) JRKL (ENSUMAG00000008102) ENSUMAG00000008130 #22 CNTN5 (ENSUMAG00000008194) ENSUMAG00000008293 ARHGAP42 (ENSUMAG00000008322) ENSUMAG00000008495 ENSUMAG00000008510 Polar bear MODERN SPECIES 98 ENSUMAG00000007321 SOS2 (ENSUMAG00000007337) VCPKMT (ENSUMAG00000007342) ARF6 (ENSUMAG00000007345) NEMF (ENSUMAG00000007353) KLHDC2 (ENSUMAG00000007370) KLHDC1 (ENSUMAG00000007434) POLE2 (ENSUMAG00000007457) ENSUMAG00000007634 MGAT2 (ENSUMAG00000007638) ENSUMAG00000007641 LRR1 (ENSUMAG00000007643) ENSUMAG00000007648 #22 ENSUMAG00000007657 ENSUMAG00000007664 MIS18BP1 (ENSUMAG00000007683) ENSUMAG00000007693 ENSUMAG00000007697 ENSUMAG00000007704 FKBP3 (ENSUMAG00000007714) PRPF39 (ENSUMAG00000007716) TOGARAM1 (ENSUMAG00000007784) KLHL28 (ENSUMAG00000008258) C14orf28 (ENSUMAG00000008262) ENSUMAG00000008316 ENSUMAG00000008318 LRFN5 (ENSUMAG00000008323) ENSUMAG00000008325 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 858 RPS29 (ENSAMEG00000028160) #22 Giant Panda MODERN SPECIES 14 PROKR1 (ENSAMEG00000027677) APLF (ENSAMEG00000000409) ENSAMEG00000029506 PLEK (ENSAMEG00000004920) CNRIP1 (ENSAMEG00000004912) PPP3R1 (ENSAMEG00000027372) PNO1 (ENSAMEG00000004897) DNAAF10 (ENSAMEG00000004868) C1D (ENSAMEG00000004859) ETAA1 (ENSAMEG00000015785) MEIS1 (ENSAMEG00000015779) ENSAMEG00000029782 ENSAMEG00000015767 ENSAMEG00000015749 ENSAMEG00000024763 ENSAMEG00000031136 #22 RAB1A (ENSAMEG00000026261) CEP68 (ENSAMEG00000001121) SLC1A4 (ENSAMEG00000001092) SERTAD2 (ENSAMEG00000028964) AFTPH (ENSAMEG00000001080) LGALSL (ENSAMEG00000027975) PELI1 (ENSAMEG00000001167) ENSAMEG00000027202 MDH1 (ENSAMEG00000005414) WDPCP (ENSAMEG00000005449) OTX1 (ENSAMEG00000026277) EHBP1 (ENSAMEG00000005488) TMEM17 (ENSAMEG00000005503) B3GNT2 (ENSAMEG00000005508) COMMD1 (ENSAMEG00000008249) Giant Panda MODERN SPECIES 9 ENSAMEG00000019395 ENSAMEG00000031514 CDKN2AIP (ENSAMEG00000008216) ENSAMEG00000008262 ING2 (ENSAMEG00000008264) RWDD4 (ENSAMEG00000008268) TRAPPC11 (ENSAMEG00000008280) STOX2 (ENSAMEG00000008361) ENPP6 (ENSAMEG00000008369) IRF2 (ENSAMEG00000008380) ENSAMEG00000026874 CASP3 (ENSAMEG00000008419) PRIMPOL (ENSAMEG00000008468) CENPU (ENSAMEG00000008494) ACSL1 (ENSAMEG00000008506) ENSAMEG00000030230 #22 HELT (ENSAMEG00000030990) SLC25A4 (ENSAMEG00000008743) CFAP97 (ENSAMEG00000008759) SNX25 (ENSAMEG00000005326) LRP2BP (ENSAMEG00000005311) ENSAMEG00000005304 UFSP2 (ENSAMEG00000005281) C4orf47 (ENSAMEG00000005269) ENSAMEG00000005260 PDLIM3 (ENSAMEG00000005233) SORBS2 (ENSAMEG00000005191) TLR3 (ENSAMEG00000005179) ENSAMEG00000005160 CYP4V2 (ENSAMEG00000005138) KLKB1 (ENSAMEG00000005097) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00940000174635 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 American mink DUPLICATION American mink MODERN SPECIES MAP4K5 (ENSNVIG00000000900) CDKL1 (ENSNVIG00000000890) DMAC2L (ENSNVIG00000000850) ENSNVIG00000000847 SOS2 (ENSNVIG00000000740) MT21D (ENSNVIG00000000711) ARF6 (ENSNVIG00000000704) NEMF (ENSNVIG00000000665) KLHDC2 (ENSNVIG00000000566) KLHDC1 (ENSNVIG00000000539) ENSNVIG00000000530 DNAAF2 (ENSNVIG00000000507) MGAT2 (ENSNVIG00000000500) RPL36AL (ENSNVIG00000000493) LRR1 (ENSNVIG00000000484) RPS29 (ENSNVIG00000000475) #22 ENSNVIG00000000461 ENSNVIG00000000447 MDGA2 (ENSNVIG00000000405) RPL10L (ENSNVIG00000000394) ENSNVIG00000000376 MIS18BP1 (ENSNVIG00000000346) FANCM (ENSNVIG00000000308) FKBP3 (ENSNVIG00000000280) PRPF39 (ENSNVIG00000000218) TOGARAM1 (ENSNVIG00000000156) KLHL28 (ENSNVIG00000000147) CN028 (ENSNVIG00000000068) American mink MODERN SPECIES 19 CCNJL (ENSNVIG00000005319) C1QTNF2 (ENSNVIG00000005333) FAM200C (ENSNVIG00000005345) SLU7 (ENSNVIG00000005356) ENSNVIG00000005399 ATP10B (ENSNVIG00000005440) GABRB2 (ENSNVIG00000005552) GABRA6 (ENSNVIG00000005627) GABRA1 (ENSNVIG00000005663) GABRG2 (ENSNVIG00000005781) CCNG1 (ENSNVIG00000005987) NUDC2 (ENSNVIG00000006051) HMMR (ENSNVIG00000006061) MAT2B (ENSNVIG00000006078) ENSNVIG00000006145 ENSNVIG00000006155 #22 ENSNVIG00000006168 TENM2 (ENSNVIG00000006186) WWC1 (ENSNVIG00000006279) SYRC (ENSNVIG00000006326) PANK3 (ENSNVIG00000006386) SLIT3 (ENSNVIG00000006405) SPDL1 (ENSNVIG00000006556) Felidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502.e ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000168422 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT01100000264967 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d Cat DUPLICATION Cat MODERN SPECIES NNT (ENSFCAG00000004113) FGF10 (ENSFCAG00000036606) MRPS30 (ENSFCAG00000028632) HCN1 (ENSFCAG00000022760) EMB (ENSFCAG00000018860) PARP8 (ENSFCAG00000019374) ISL1 (ENSFCAG00000011470) ENSFCAG00000027344 PELO (ENSFCAG00000032341) ITGA1 (ENSFCAG00000012064) ENSFCAG00000032863 ITGA2 (ENSFCAG00000012065) MOCS2 (ENSFCAG00000025757) FST (ENSFCAG00000002427) NDUFS4 (ENSFCAG00000042720) ENSFCAG00000024162 #22 ARL15 (ENSFCAG00000003414) HSPB3 (ENSFCAG00000005331) SNX18 (ENSFCAG00000030748) CSPG4B (ENSFCAG00000027319) ESM1 (ENSFCAG00000031977) GZMK (ENSFCAG00000014052) SPINK13 (ENSFCAG00000041823) SPINK7 (ENSFCAG00000038097) SPINK9 (ENSFCAG00000035030) ENSFCAG00000047904 FBXO38 (ENSFCAG00000006106) HTR4 (ENSFCAG00000009931) ADRB2 (ENSFCAG00000007954) SH3TC2 (ENSFCAG00000007955) ABLIM3 (ENSFCAG00000003622) Cat MODERN SPECIES 237 MAP4K5 (ENSFCAG00000018425) CDKL1 (ENSFCAG00000029255) ENSFCAG00000029962 L2HGDH (ENSFCAG00000025658) SOS2 (ENSFCAG00000031655) VCPKMT (ENSFCAG00000025771) ENSFCAG00000051973 NEMF (ENSFCAG00000018946) KLHDC2 (ENSFCAG00000031902) KLHDC1 (ENSFCAG00000036283) POLE2 (ENSFCAG00000009126) DNAAF2 (ENSFCAG00000022138) MGAT2 (ENSFCAG00000022561) RPL36AL (ENSFCAG00000026053) LRR1 (ENSFCAG00000032707) ENSFCAG00000046197 #22 ENSFCAG00000039280 MDGA2 (ENSFCAG00000029286) RPL10L (ENSFCAG00000014828) MIS18BP1 (ENSFCAG00000012599) FANCM (ENSFCAG00000022146) FKBP3 (ENSFCAG00000027304) PRPF39 (ENSFCAG00000026797) TOGARAM1 (ENSFCAG00000027683) KLHL28 (ENSFCAG00000023398) CB3H14orf28 (ENSFCAG00000001384) LRFN5 (ENSFCAG00000012145) FBXO33 (ENSFCAG00000024450) ENSFCAG00000029260 PNN (ENSFCAG00000030565) ENSFCAG00000047888 Panthera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502.e.a ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000168422 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT01100000264967 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d Tiger MODERN SPECIES 497 ENSPTIG00000006294 LMBRD2 (ENSPTIG00000000997) SKP2 (ENSPTIG00000019289) NADK2 (ENSPTIG00000015649) RANBP3L (ENSPTIG00000012107) ENSPTIG00000006207 #22 SLC1A3 (ENSPTIG00000006100) NIPBL (ENSPTIG00000017937) CPLANE1 (ENSPTIG00000010544) NUP155 (ENSPTIG00000007172) WDR70 (ENSPTIG00000003961) GDNF (ENSPTIG00000001499) EGFLAM (ENSPTIG00000018864) LIFR (ENSPTIG00000017603) OSMR (ENSPTIG00000015925) RICTOR (ENSPTIG00000010050) FYB1 (ENSPTIG00000001694) C9 (ENSPTIG00000021299) DAB2 (ENSPTIG00000018885) PTGER4 (ENSPTIG00000018762) TTC33 (ENSPTIG00000017527) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502.e.a ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000168422 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT01100000264967 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d lion DUPLICATION lion MODERN SPECIES 6 MAP4K5 (ENSPLOG00000001362) CDKL1 (ENSPLOG00000001322) ENSPLOG00000001255 L2HGDH (ENSPLOG00000001197) SOS2 (ENSPLOG00000001026) VCPKMT (ENSPLOG00000000948) ARF6 (ENSPLOG00000000935) NEMF (ENSPLOG00000000814) KLHDC2 (ENSPLOG00000000674) KLHDC1 (ENSPLOG00000000582) POLE2 (ENSPLOG00000004310) DNAAF2 (ENSPLOG00000004289) MGAT2 (ENSPLOG00000004277) RPL36AL (ENSPLOG00000004270) LRR1 (ENSPLOG00000004257) ENSPLOG00000004241 #22 ENSPLOG00000004235 MDGA2 (ENSPLOG00000004208) RPL10L (ENSPLOG00000004189) ENSPLOG00000004181 MIS18BP1 (ENSPLOG00000004136) FANCM (ENSPLOG00000004073) ENSPLOG00000004019 PRPF39 (ENSPLOG00000003989) TOGARAM1 (ENSPLOG00000003919) KLHL28 (ENSPLOG00000003866) C14orf28 (ENSPLOG00000003849) ENSPLOG00000003829 LRFN5 (ENSPLOG00000003802) ENSPLOG00000003717 FBXO33 (ENSPLOG00000003702) lion MODERN SPECIES NNT (ENSPLOG00000001012) ENSPLOG00000001052 FGF10 (ENSPLOG00000001061) MRPS30 (ENSPLOG00000001075) HCN1 (ENSPLOG00000001092) EMB (ENSPLOG00000001131) PARP8 (ENSPLOG00000001195) ISL1 (ENSPLOG00000001269) ENSPLOG00000001287 ITGA1 (ENSPLOG00000001316) PELO (ENSPLOG00000001373) ITGA2 (ENSPLOG00000001390) MOCS2 (ENSPLOG00000001427) FST (ENSPLOG00000001465) NDUFS4 (ENSPLOG00000001481) ENSPLOG00000001501 #22 ARL15 (ENSPLOG00000001509) HSPB3 (ENSPLOG00000001528) SNX18 (ENSPLOG00000001535) ENSPLOG00000001546 ESM1 (ENSPLOG00000001557) GZMK (ENSPLOG00000001565) ENSPLOG00000001576 ENSPLOG00000001587 SPINK13 (ENSPLOG00000001600) SPINK7 (ENSPLOG00000001613) SPINK9 (ENSPLOG00000001627) FBXO38 (ENSPLOG00000001656) HTR4 (ENSPLOG00000001716) ADRB2 (ENSPLOG00000001745) SH3TC2 (ENSPLOG00000001760) lion MODERN SPECIES 4 LCORL (ENSPLOG00000018632) NCAPG (ENSPLOG00000018793) DCAF16 (ENSPLOG00000018834) ENSPLOG00000018846 FAM184B (ENSPLOG00000018870) MED28 (ENSPLOG00000019074) LAP3 (ENSPLOG00000019113) CLRN2 (ENSPLOG00000019148) QDPR (ENSPLOG00000019184) LDB2 (ENSPLOG00000019312) ENSPLOG00000019558 TAPT1 (ENSPLOG00000019592) PROM1 (ENSPLOG00000019624) FGFBP1 (ENSPLOG00000019894) CD38 (ENSPLOG00000019968) ENSPLOG00000000109 #22 BST1 (ENSPLOG00000000121) FAM200B (ENSPLOG00000000149) FBXL5 (ENSPLOG00000000191) CC2D2A (ENSPLOG00000000281) C1QTNF7 (ENSPLOG00000000338) CPEB2 (ENSPLOG00000000382) BOD1L1 (ENSPLOG00000000511) NKX3-2 (ENSPLOG00000000588) RAB28 (ENSPLOG00000000656) HS3ST1 (ENSPLOG00000000719) CLNK (ENSPLOG00000000755) ZNF518B (ENSPLOG00000000802) WDR1 (ENSPLOG00000000822) SLC2A9 (ENSPLOG00000000857) DRD5 (ENSPLOG00000000883) leopard DUPLICATION leopard MODERN SPECIES 219 ENSPPRG00000005210 LMBRD2 (ENSPPRG00000005202) SKP2 (ENSPPRG00000005174) NADK2 (ENSPPRG00000005027) RANBP3L (ENSPPRG00000004869) ENSPPRG00000011061 #22 ENSPPRG00000004642 ENSPPRG00000004636 SLC1A3 (ENSPPRG00000004584) NIPBL (ENSPPRG00000004319) leopard MODERN SPECIES 44 FGF10 (ENSPPRG00000001904) MRPS30 (ENSPPRG00000001754) HCN1 (ENSPPRG00000001554) EMB (ENSPPRG00000001056) ENSPPRG00000000200 PARP8 (ENSPPRG00000023163) ISL1 (ENSPPRG00000024562) ENSPPRG00000017569 ITGA1 (ENSPPRG00000021904) PELO (ENSPPRG00000018800) ENSPPRG00000017500 ITGA2 (ENSPPRG00000016570) MOCS2 (ENSPPRG00000014462) FST (ENSPPRG00000013345) NDUFS4 (ENSPPRG00000012826) ENSPPRG00000017352 #22 ARL15 (ENSPPRG00000011207) HSPB3 (ENSPPRG00000017335) SNX18 (ENSPPRG00000009820) ENSPPRG00000009307 ESM1 (ENSPPRG00000008350) GZMK (ENSPPRG00000008035) ENSPPRG00000007951 SPINK13 (ENSPPRG00000007556) SPINK7 (ENSPPRG00000007094) ENSPPRG00000006706 FBXO38 (ENSPPRG00000005614) HTR4 (ENSPPRG00000004837) ENSPPRG00000003920 ENSPPRG00000003693 SH3TC2 (ENSPPRG00000003501) leopard MODERN SPECIES 21 ATL1 (ENSPPRG00000007854) MAP4K5 (ENSPPRG00000006661) CDKL1 (ENSPPRG00000005762) ENSPPRG00000005231 L2HGDH (ENSPPRG00000004990) SOS2 (ENSPPRG00000003514) VCPKMT (ENSPPRG00000002795) ARF6 (ENSPPRG00000015754) NEMF (ENSPPRG00000002202) KLHDC2 (ENSPPRG00000001279) KLHDC1 (ENSPPRG00000000142) POLE2 (ENSPPRG00000023043) DNAAF2 (ENSPPRG00000024751) RPL36AL (ENSPPRG00000015457) LRR1 (ENSPPRG00000022551) ENSPPRG00000022391 #22 ENSPPRG00000021699 ENSPPRG00000020955 ENSPPRG00000020313 MDGA2 (ENSPPRG00000019712) RPL10L (ENSPPRG00000015389) MIS18BP1 (ENSPPRG00000014930) ENSPPRG00000013299 ENSPPRG00000012540 ENSPPRG00000011952 FKBP3 (ENSPPRG00000011501) PRPF39 (ENSPPRG00000011165) TOGARAM1 (ENSPPRG00000010364) KLHL28 (ENSPPRG00000008383) C14orf28 (ENSPPRG00000007874) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.d #22 Equus ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000182815.b ENSGT00940000156417 ENSGT00390000016567 ENSGT00940000157801 ENSGT00940000157697 ENSGT00940000159813 ENSGT00940000162681 ENSGT00940000156775 ENSGT00390000004313 ENSGT00940000161009 ENSGT00940000158992 ENSGT00390000009312 ENSGT00940000158298 ENSGT00390000014679 ENSGT00940000159201 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000166032 ENSGT00940000157172 ENSGT00400000022349 ENSGT00940000157472 ENSGT00730000111479.b ENSGT00730000111479.a ENSGT00940000153394.c.a.h ENSGT00940000161251 ENSGT00390000000020.a ENSGT00940000162458 ENSGT00390000014270 ENSGT00940000153189.C ENSGT00940000156194 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00940000160379 Donkey DUPLICATION Donkey MODERN SPECIES 28 MOCS1 (ENSEASG00005002889) DAAM2 (ENSEASG00005001233) ENSEASG00005024336 KIF6 (ENSEASG00005001065) KCNK16 (ENSEASG00005001048) KCNK17 (ENSEASG00005001038) KCNK5 (ENSEASG00005001035) SAYSD1 (ENSEASG00005001027) GLP1R (ENSEASG00005000954) ENSEASG00005038320 DNAH8 (ENSEASG00005000540) GLO1 (ENSEASG00005000497) BTBD9 (ENSEASG00005000490) ENSEASG00005034940 MDGA1 (ENSEASG00005000163) ENSEASG00005011558 #22 ENSEASG00005028728 CMTR1 (ENSEASG00005021434) RNF8 (ENSEASG00005021429) TBC1D22B (ENSEASG00005021418) TMEM217 (ENSEASG00005021410) TMEM217B (ENSEASG00005031896) PIM1 (ENSEASG00005021403) FGD2 (ENSEASG00005021386) MTCH1 (ENSEASG00005021370) PI16 (ENSEASG00005021366) C6orf89 (ENSEASG00005021359) PPIL1 (ENSEASG00005021354) CPNE5 (ENSEASG00005021349) ENSEASG00005021346 RAB44 (ENSEASG00005021342) Donkey MODERN SPECIES 11 CDKL1 (ENSEASG00005008282) ENSEASG00005008277 ENSEASG00005008276 L2HGDH (ENSEASG00005008274) SOS2 (ENSEASG00005008273) VCPKMT (ENSEASG00005008271) ARF6 (ENSEASG00005030715) NEMF (ENSEASG00005007919) KLHDC2 (ENSEASG00005007878) KLHDC1 (ENSEASG00005007874) POLE2 (ENSEASG00005007848) ENSEASG00005030497 MGAT2 (ENSEASG00005007835) ENSEASG00005031371 LRR1 (ENSEASG00005007829) ENSEASG00005029997 #22 ENSEASG00005007816 MDGA2 (ENSEASG00005007808) RPL10L (ENSEASG00005007804) MIS18BP1 (ENSEASG00005007795) FANCM (ENSEASG00005007781) FKBP3 (ENSEASG00005007770) PRPF39 (ENSEASG00005007761) ENSEASG00005027716 TOGARAM1 (ENSEASG00005007669) KLHL28 (ENSEASG00005007643) C14orf28 (ENSEASG00005007641) ENSEASG00005007639 LRFN5 (ENSEASG00005007635) FBXO33 (ENSEASG00005007632) ENSEASG00005007624 Horse DUPLICATION Horse MODERN SPECIES MAP4K5 (ENSECAG00000005718) CDKL1 (ENSECAG00000023015) DMAC2L (ENSECAG00000022429) ENSECAG00000005247 L2HGDH (ENSECAG00000020354) SOS2 (ENSECAG00000004420) VCPKMT (ENSECAG00000024379) ARF6 (ENSECAG00000005219) NEMF (ENSECAG00000017376) KLHDC2 (ENSECAG00000009997) KLHDC1 (ENSECAG00000022174) POLE2 (ENSECAG00000013298) MGAT2 (ENSECAG00000005166) ENSECAG00000032916 LRR1 (ENSECAG00000011978) ENSECAG00000052423 #22 ENSECAG00000019402 MDGA2 (ENSECAG00000007565) RPL10L (ENSECAG00000004957) MIS18BP1 (ENSECAG00000004339) FANCM (ENSECAG00000018694) FKBP3 (ENSECAG00000018299) PRPF39 (ENSECAG00000015289) TOGARAM1 (ENSECAG00000011619) ENSECAG00000004908 KLHL28 (ENSECAG00000008626) C1H14orf28 (ENSECAG00000007020) FSCB (ENSECAG00000006042) ENSECAG00000033131 LRFN5 (ENSECAG00000024060) FBXO33 (ENSECAG00000021752) Horse MODERN SPECIES 12 LRFN2 (ENSECAG00000023621) MOCS1 (ENSECAG00000016924) DAAM2 (ENSECAG00000009501) ENSECAG00000044687 KIF6 (ENSECAG00000006304) KCNK16 (ENSECAG00000000522) KCNK17 (ENSECAG00000024584) KCNK5 (ENSECAG00000023134) SAYSD1 (ENSECAG00000023121) GLP1R (ENSECAG00000016951) DNAH8 (ENSECAG00000021618) GLO1 (ENSECAG00000019652) BTBD9 (ENSECAG00000018393) ZFAND3 (ENSECAG00000017336) MDGA1 (ENSECAG00000008700) ENSECAG00000038862 #22 CCDC167 (ENSECAG00000041577) CMTR1 (ENSECAG00000014822) RNF8 (ENSECAG00000059062) TBC1D22B (ENSECAG00000045844) TMEM217 (ENSECAG00000027748) TMEM217B (ENSECAG00000044346) PIM1 (ENSECAG00000020563) FGD2 (ENSECAG00000014016) MTCH1 (ENSECAG00000024883) PI16 (ENSECAG00000024845) C20H6orf89 (ENSECAG00000024122) PPIL1 (ENSECAG00000022373) CPNE5 (ENSECAG00000008178) RAB44 (ENSECAG00000000519) CDKN1A (ENSECAG00000021543) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT01090000260046 ENSGT01050000244818.s.a ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00950000182767.b.a.b.a Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.d #22 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1373 UVRAG (ENSMLUG00000017450) ENSMLUG00000025262 #22 DGAT2 (ENSMLUG00000017447) ENSMLUG00000025797 ENSMLUG00000024749 MOGAT2 (ENSMLUG00000001572) MAP6 (ENSMLUG00000004112) SERPINH1 (ENSMLUG00000004105) GDPD5 (ENSMLUG00000004089) KLHL35 (ENSMLUG00000004083) RPS3 (ENSMLUG00000004079) ENSMLUG00000028728 ARRB1 (ENSMLUG00000028342) TPBGL (ENSMLUG00000008995) Microbat MODERN SPECIES 2174 ENSMLUG00000029871 #22 Microbat MODERN SPECIES 986 REPS2 (ENSMLUG00000008125) NHS (ENSMLUG00000015408) ENSMLUG00000029397 RAI2 (ENSMLUG00000015416) SCML2 (ENSMLUG00000015450) CDKL5 (ENSMLUG00000006808) RS1 (ENSMLUG00000006836) PPEF1 (ENSMLUG00000005487) PHKA2 (ENSMLUG00000015264) SCARB1 (ENSMLUG00000002680) ADGRG2 (ENSMLUG00000005218) ENSMLUG00000030082 ENSMLUG00000011884 PDHA1 (ENSMLUG00000012932) MAP3K15 (ENSMLUG00000012936) ENSMLUG00000025007 #22 SH3KBP1 (ENSMLUG00000012949) BCLAF3 (ENSMLUG00000012956) MAP7D2 (ENSMLUG00000012967) ENSMLUG00000012977 RPS6KA3 (ENSMLUG00000012980) Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 24 THSD4 (ENSRFEG00010010073) LRRC49 (ENSRFEG00010009664) LARP6 (ENSRFEG00010009619) UACA (ENSRFEG00010009507) ENSRFEG00010009445 TLE3 (ENSRFEG00010008825) ENSRFEG00010008792 NEMF (ENSRFEG00010008645) KLHDC2 (ENSRFEG00010008555) KLHDC1 (ENSRFEG00010008482) POLE2 (ENSRFEG00010008365) DNAAF2 (ENSRFEG00010008313) MGAT2 (ENSRFEG00010008292) RPL36AL (ENSRFEG00010008282) LRR1 (ENSRFEG00010008216) ENSRFEG00010008166 #22 ENSRFEG00010008114 ENSRFEG00010008085 ENSRFEG00010008061 MDGA2 (ENSRFEG00010007738) ENSRFEG00010007654 MIS18BP1 (ENSRFEG00010007507) FANCM (ENSRFEG00010007420) ENSRFEG00010007384 PRPF39 (ENSRFEG00010007319) TOGARAM1 (ENSRFEG00010007154) KLHL28 (ENSRFEG00010007068) C14orf28 (ENSRFEG00010006989) ENSRFEG00010006909 ENSRFEG00010006889 ENSRFEG00010006875 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES ENSRFEG00010010269 NHS (ENSRFEG00010010332) ENSRFEG00010010721 REPS2 (ENSRFEG00010010751) ENSRFEG00010011230 ENSRFEG00010011296 RBBP7 (ENSRFEG00010011331) TXLNG (ENSRFEG00010011633) SYAP1 (ENSRFEG00010011796) CTPS2 (ENSRFEG00010011957) S100G (ENSRFEG00010012059) ENSRFEG00010012100 ENSRFEG00010012123 GRPR (ENSRFEG00010012238) ENSRFEG00010012289 ENSRFEG00010012341 #22 AP1S2 (ENSRFEG00010012366) ZRSR2 (ENSRFEG00010012465) CA5B (ENSRFEG00010012512) ENSRFEG00010012576 CLTRN (ENSRFEG00010012597) ACE2 (ENSRFEG00010012680) BMX (ENSRFEG00010013074) PIR (ENSRFEG00010013957) VEGFD (ENSRFEG00010014059) PIGA (ENSRFEG00010014131) ASB11 (ENSRFEG00010014410) ASB9 (ENSRFEG00010014550) ENSRFEG00010014640 MOSPD2 (ENSRFEG00010014667) FANCB (ENSRFEG00010014790) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156502 ENSGT01090000260413 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156502 ENSGT01090000260413 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Camelidae ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000159149 ENSGT00940000159060 ENSGT00940000158987 ENSGT00940000161632 ENSGT00390000003231.a.f ENSGT00940000161284 ENSGT00530000063723.b ENSGT00940000154325.a ENSGT00390000013235 ENSGT00940000153467.a.b ENSGT00940000161565 ENSGT00940000154661.b ENSGT00940000158469 ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00390000018085.b ENSGT00390000008751.b ENSGT00940000153503.a.b ENSGT00940000162587 ENSGT00940000162561 ENSGT00940000163042 ENSGT00940000162753 ENSGT00940000163008 ENSGT00390000007539.i.b.a ENSGT00940000161244 ENSGT00950000183164.A ENSGT00950000183164.B.f ENSGT00940000153412.B ENSGT01030000234531.A.a ENSGT00940000163141 Arabian camel MODERN SPECIES 32 MAP4K5 (ENSCDRG00005000725) CDKL1 (ENSCDRG00005000667) DMAC2L (ENSCDRG00005000628) L2HGDH (ENSCDRG00005000598) SOS2 (ENSCDRG00005000487) VCPKMT (ENSCDRG00005000447) ARF6 (ENSCDRG00005000426) NEMF (ENSCDRG00005000306) KLHDC2 (ENSCDRG00005000239) KLHDC1 (ENSCDRG00005000150) POLE2 (ENSCDRG00005000080) DNAAF2 (ENSCDRG00005000047) MGAT2 (ENSCDRG00005000038) RPL36AL (ENSCDRG00005020216) LRR1 (ENSCDRG00005020201) RPS29 (ENSCDRG00005020184) #22 MDGA2 (ENSCDRG00005020132) RPL10L (ENSCDRG00005020115) MIS18BP1 (ENSCDRG00005020096) FANCM (ENSCDRG00005019818) ENSCDRG00005019780 PRPF39 (ENSCDRG00005019715) TOGARAM1 (ENSCDRG00005019611) KLHL28 (ENSCDRG00005019589) C14orf28 (ENSCDRG00005019566) LRFN5 (ENSCDRG00005019537) ENSCDRG00005019525 ENSCDRG00005019518 ENSCDRG00005018740 ENSCDRG00005018682 TRAPPC6B (ENSCDRG00005018629) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156502 ENSGT01090000260413 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00990000207410 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Cetacea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156502 ENSGT01090000260413 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000154451.k.b.a ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00990000207410 ENSGT01070000253911 ENSGT00940000169314 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000154451.k.b.a ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00990000207410 ENSGT01070000253911 ENSGT00940000169314 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 2 CDKL1 (ENSPCTG00005012442) DMAC2L (ENSPCTG00005011981) L2HGDH (ENSPCTG00005011546) SOS2 (ENSPCTG00005011239) VCPKMT (ENSPCTG00005010868) ENSPCTG00005010574 NEMF (ENSPCTG00005009974) KLHDC2 (ENSPCTG00005009495) KLHDC1 (ENSPCTG00005009005) POLE2 (ENSPCTG00005008659) DNAAF2 (ENSPCTG00005008238) MGAT2 (ENSPCTG00005008112) RPL36AL (ENSPCTG00005008036) LRR1 (ENSPCTG00005007870) ENSPCTG00005007750 RPS29 (ENSPCTG00005007460) #22 ENSPCTG00005007124 MDGA2 (ENSPCTG00005006405) RPL10L (ENSPCTG00005006129) ENSPCTG00005006004 MIS18BP1 (ENSPCTG00005005248) FANCM (ENSPCTG00005002676) FKBP3 (ENSPCTG00005001685) PRPF39 (ENSPCTG00005014054) TOGARAM1 (ENSPCTG00005013510) KLHL28 (ENSPCTG00005013374) C11H14orf28 (ENSPCTG00005013271) ENSPCTG00005013201 ENSPCTG00005013146 ENSPCTG00005013112 ENSPCTG00005013052 Sperm whale MODERN SPECIES 10 KDSR (ENSPCTG00005009238) VPS4B (ENSPCTG00005009408) SERPINB5 (ENSPCTG00005009477) ENSPCTG00005009522 SERPINB2 (ENSPCTG00005009549) SERPINB10 (ENSPCTG00005009593) SERPINB8 (ENSPCTG00005009653) CDH7 (ENSPCTG00005009714) CDH19 (ENSPCTG00005009951) TMX3 (ENSPCTG00005010175) CCDC102B (ENSPCTG00005010246) DOK6 (ENSPCTG00005010396) CD226 (ENSPCTG00005010438) RTTN (ENSPCTG00005010566) ENSPCTG00005010685 ENSPCTG00005010702 #22 SOCS6 (ENSPCTG00005010719) CBLN2 (ENSPCTG00005010740) NETO1 (ENSPCTG00005010835) ENSPCTG00005011000 FBXO15 (ENSPCTG00005011070) TIMM21 (ENSPCTG00005011204) CYB5A (ENSPCTG00005011274) C19H18orf63 (ENSPCTG00005011353) ENSPCTG00005011486 CNDP2 (ENSPCTG00005011552) CNDP1 (ENSPCTG00005011859) ZNF407 (ENSPCTG00005012106) PTGR3 (ENSPCTG00005012131) TSHZ1 (ENSPCTG00005012158) ZNF516 (ENSPCTG00005012183) Sperm whale MODERN SPECIES 15 TMEM69 (ENSPCTG00005018297) GPBP1L1 (ENSPCTG00005018338) CCDC17 (ENSPCTG00005018379) NASP (ENSPCTG00005018744) AKR1A1 (ENSPCTG00005019332) KIF2C (ENSPCTG00005019390) ENSPCTG00005019615 ENSPCTG00005019639 RPS8 (ENSPCTG00005019669) BEST4 (ENSPCTG00005019737) PLK3 (ENSPCTG00005019816) TCTEX1D4 (ENSPCTG00005019883) BTBD19 (ENSPCTG00005019896) PTCH2 (ENSPCTG00005019986) EIF2B3 (ENSPCTG00005020317) ENSPCTG00005020371 #22 HECTD3 (ENSPCTG00005020400) UROD (ENSPCTG00005020476) ZSWIM5 (ENSPCTG00005020577) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000154451.k.b.a ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00990000207410 ENSGT01070000253911 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT01060000249343 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000154451.k.b.a ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00990000207410 ENSGT01070000253911 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000010130.c.b ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157263 ENSGT00940000162020 ENSGT01000000221424 ENSGT00390000016466 ENSGT00530000063205.C ENSGT00390000016573.d ENSGT00390000000715 ENSGT00390000001593 ENSGT00940000154046.a ENSGT00390000012433.a.b ENSGT00940000160852 ENSGT00940000159121 ENSGT00940000162474 ENSGT00940000162133 ENSGT00940000159901 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00510000047486 ENSGT00940000159923 ENSGT00390000018302 ENSGT00940000158362 ENSGT00530000063474.A ENSGT00510000047220 ENSGT00940000153167.B ENSGT00940000158765 ENSGT00940000165040 ENSGT00390000003464 ENSGT00940000154277.a.b.b.n.k.a ENSGT00940000156539.q ENSGT00390000016650 ENSGT00390000006459 ENSGT00420000029753.b Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 74 ENSDLEG00000012817 KLF17 (ENSDLEG00000012829) ENSDLEG00000012840 DMAP1 (ENSDLEG00000012850) ERI3 (ENSDLEG00000012874) RNF220 (ENSDLEG00000012906) TMEM53 (ENSDLEG00000012983) ARMH1 (ENSDLEG00000012995) KIF2C (ENSDLEG00000013032) RPS8 (ENSDLEG00000013081) BEST4 (ENSDLEG00000013112) PLK3 (ENSDLEG00000013157) BTBD19 (ENSDLEG00000013203) PTCH2 (ENSDLEG00000013226) EIF2B3 (ENSDLEG00000013309) ENSDLEG00000013327 #22 HECTD3 (ENSDLEG00000013345) UROD (ENSDLEG00000013397) ZSWIM5 (ENSDLEG00000013413) ENSDLEG00000013422 HPDL (ENSDLEG00000013431) MUTYH (ENSDLEG00000013470) TOE1 (ENSDLEG00000013566) TESK2 (ENSDLEG00000013577) ENSDLEG00000013601 CCDC163 (ENSDLEG00000013618) MMACHC (ENSDLEG00000013639) PRDX1 (ENSDLEG00000013654) AKR1A1 (ENSDLEG00000013676) NASP (ENSDLEG00000013715) CCDC17 (ENSDLEG00000013779) Beluga whale MODERN SPECIES 79 LST1 (ENSDLEG00000019540) LTB (ENSDLEG00000019533) TNF (ENSDLEG00000019530) LTA (ENSDLEG00000019505) NFKBIL1 (ENSDLEG00000019488) ATP6V1G2 (ENSDLEG00000019479) DDX39B (ENSDLEG00000019465) MCCD1 (ENSDLEG00000019462) ENSDLEG00000019459 POU5F1 (ENSDLEG00000019444) TCF19 (ENSDLEG00000019438) CCHCR1 (ENSDLEG00000019349) CDSN (ENSDLEG00000019327) CUNH6orf15 (ENSDLEG00000019324) ENSDLEG00000019315 ENSDLEG00000019311 #22 ENSDLEG00000019296 ENSDLEG00000019285 SFTA2 (ENSDLEG00000019276) VARS2 (ENSDLEG00000018832) GTF2H4 (ENSDLEG00000018527) DDR1 (ENSDLEG00000018045) IER3 (ENSDLEG00000017991) FLOT1 (ENSDLEG00000017791) ENSDLEG00000017733 MDC1 (ENSDLEG00000017697) NRM (ENSDLEG00000017666) PPP1R18 (ENSDLEG00000017651) DHX16 (ENSDLEG00000017627) CUNH6orf136 (ENSDLEG00000017595) ATAT1 (ENSDLEG00000017576) Beluga whale MODERN SPECIES 44 CDKL1 (ENSDLEG00000009991) ATP5S (ENSDLEG00000010048) L2HGDH (ENSDLEG00000010068) SOS2 (ENSDLEG00000010181) VCPKMT (ENSDLEG00000010678) ENSDLEG00000010695 NEMF (ENSDLEG00000010733) KLHDC2 (ENSDLEG00000010929) KLHDC1 (ENSDLEG00000010967) ENSDLEG00000010993 DNAAF2 (ENSDLEG00000011002) MGAT2 (ENSDLEG00000011008) RPL36AL (ENSDLEG00000011016) LRR1 (ENSDLEG00000011024) SUMO4 (ENSDLEG00000011037) ENSDLEG00000011056 #22 RCHY1 (ENSDLEG00000011086) MDGA2 (ENSDLEG00000011093) ENSDLEG00000011136 RPL10L (ENSDLEG00000011152) ENSDLEG00000011165 MIS18BP1 (ENSDLEG00000011193) FANCM (ENSDLEG00000011267) FKBP3 (ENSDLEG00000011337) PRPF39 (ENSDLEG00000011359) TOGARAM1 (ENSDLEG00000011465) KLHL28 (ENSDLEG00000011522) CUNH14orf28 (ENSDLEG00000011535) ENSDLEG00000011547 ENSDLEG00000011553 LRFN5 (ENSDLEG00000011571) Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 304 SLC6A9 (ENSMMNG00015006033) KLF17 (ENSMMNG00015005995) DMAP1 (ENSMMNG00015005971) ERI3 (ENSMMNG00015005937) RNF220 (ENSMMNG00015005911) TMEM53 (ENSMMNG00015005884) ENSMMNG00015005862 ARMH1 (ENSMMNG00015005840) KIF2C (ENSMMNG00015005755) RPS8 (ENSMMNG00015005675) BEST4 (ENSMMNG00015005650) PLK3 (ENSMMNG00015005534) DYNLT4 (ENSMMNG00015005521) BTBD19 (ENSMMNG00015005506) PTCH2 (ENSMMNG00015005438) ENSMMNG00015005406 #22 EIF2B3 (ENSMMNG00015005385) HECTD3 (ENSMMNG00015005338) UROD (ENSMMNG00015005247) ZSWIM5 (ENSMMNG00015005184) HPDL (ENSMMNG00015005177) MUTYH (ENSMMNG00015005144) TOE1 (ENSMMNG00015005124) TESK2 (ENSMMNG00015005100) CCDC163 (ENSMMNG00015005086) MMACHC (ENSMMNG00015005078) ENSMMNG00015005060 ENSMMNG00015005045 NASP (ENSMMNG00015004977) CCDC17 (ENSMMNG00015004922) TMEM69 (ENSMMNG00015004911) Narwhal MODERN SPECIES 310 LST1 (ENSMMNG00015012612) LTB (ENSMMNG00015012597) TNF (ENSMMNG00015012579) LTA (ENSMMNG00015012572) NFKBIL1 (ENSMMNG00015012565) ATP6V1G2 (ENSMMNG00015012554) DDX39B (ENSMMNG00015012531) MCCD1 (ENSMMNG00015012524) ENSMMNG00015012511 TCF19 (ENSMMNG00015012498) CCHCR1 (ENSMMNG00015012357) PSORS1C2 (ENSMMNG00015012279) CDSN (ENSMMNG00015012267) C6orf15 (ENSMMNG00015012253) ENSMMNG00015012129 ENSMMNG00015012059 #22 ENSMMNG00015012041 ENSMMNG00015012018 ENSMMNG00015012009 SFTA2 (ENSMMNG00015011992) VARS2 (ENSMMNG00015011915) GTF2H4 (ENSMMNG00015011858) DDR1 (ENSMMNG00015011782) ENSMMNG00015011727 C6orf136 (ENSMMNG00015011638) ATAT1 (ENSMMNG00015011447) MRPS18B (ENSMMNG00015011363) PPP1R10 (ENSMMNG00015011332) ABCF1 (ENSMMNG00015011285) PRR3 (ENSMMNG00015011249) GNL1 (ENSMMNG00015011200) Narwhal MODERN SPECIES 308 SOS2 (ENSMMNG00015015168) VCPKMT (ENSMMNG00015015112) ENSMMNG00015015096 ENSMMNG00015015085 ARF6 (ENSMMNG00015015073) ENSMMNG00015015051 NEMF (ENSMMNG00015015008) KLHDC2 (ENSMMNG00015014971) KLHDC1 (ENSMMNG00015014948) POLE2 (ENSMMNG00015014865) DNAAF2 (ENSMMNG00015014825) MGAT2 (ENSMMNG00015014820) RPL36AL (ENSMMNG00015014806) LRR1 (ENSMMNG00015014796) ENSMMNG00015014775 ENSMMNG00015014762 #22 ENSMMNG00015014745 MDGA2 (ENSMMNG00015014684) ENSMMNG00015014655 ENSMMNG00015014644 MIS18BP1 (ENSMMNG00015014605) FANCM (ENSMMNG00015014517) FKBP3 (ENSMMNG00015014480) PRPF39 (ENSMMNG00015014443) TOGARAM1 (ENSMMNG00015014363) KLHL28 (ENSMMNG00015021431) C14orf28 (ENSMMNG00015021420) ENSMMNG00015021413 ENSMMNG00015021407 LRFN5 (ENSMMNG00015021390) ENSMMNG00015021383 Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES 11 CDKL1 (ENSPSNG00000015390) DMAC2L (ENSPSNG00000015252) L2HGDH (ENSPSNG00000014943) SOS2 (ENSPSNG00000014809) VCPKMT (ENSPSNG00000014707) ENSPSNG00000014645 ARF6 (ENSPSNG00000014599) NEMF (ENSPSNG00000014455) KLHDC2 (ENSPSNG00000014341) KLHDC1 (ENSPSNG00000014247) POLE2 (ENSPSNG00000014074) DNAAF2 (ENSPSNG00000013973) MGAT2 (ENSPSNG00000013944) RPL36AL (ENSPSNG00000013911) LRR1 (ENSPSNG00000013807) RPS29 (ENSPSNG00000013692) #22 ENSPSNG00000013557 MDGA2 (ENSPSNG00000013019) ENSPSNG00000012944 MIS18BP1 (ENSPSNG00000012752) FANCM (ENSPSNG00000012151) FKBP3 (ENSPSNG00000012043) PRPF39 (ENSPSNG00000011904) TOGARAM1 (ENSPSNG00000011785) KLHL28 (ENSPSNG00000011700) C14orf28 (ENSPSNG00000011621) ENSPSNG00000011564 ENSPSNG00000011503 LRFN5 (ENSPSNG00000011447) ENSPSNG00000011428 FBXO33 (ENSPSNG00000011388) Vaquita MODERN SPECIES 2 AIF1 (ENSPSNG00000009519) NCR3 (ENSPSNG00000009593) LST1 (ENSPSNG00000009643) LTB (ENSPSNG00000009738) TNF (ENSPSNG00000009827) LTA (ENSPSNG00000009884) NFKBIL1 (ENSPSNG00000009929) DDX39B (ENSPSNG00000010033) MCCD1 (ENSPSNG00000010219) ENSPSNG00000010289 ENSPSNG00000010539 TCF19 (ENSPSNG00000010672) CCHCR1 (ENSPSNG00000010754) CDSN (ENSPSNG00000011271) C6orf15 (ENSPSNG00000011332) ENSPSNG00000011376 #22 ENSPSNG00000011393 ENSPSNG00000011446 ENSPSNG00000011488 ENSPSNG00000011536 SFTA2 (ENSPSNG00000011605) VARS2 (ENSPSNG00000011683) GTF2H4 (ENSPSNG00000011865) DDR1 (ENSPSNG00000011975) ENSPSNG00000012354 FLOT1 (ENSPSNG00000012401) TUBB (ENSPSNG00000012487) MDC1 (ENSPSNG00000012588) NRM (ENSPSNG00000012695) PPP1R18 (ENSPSNG00000012770) DHX16 (ENSPSNG00000012843) Blue whale DUPLICATION Blue whale MODERN SPECIES 11 MAP4K5 (ENSBMSG00010004241) CDKL1 (ENSBMSG00010004194) DMAC2L (ENSBMSG00010004144) ENSBMSG00010004115 L2HGDH (ENSBMSG00010004093) SOS2 (ENSBMSG00010004018) VCPKMT (ENSBMSG00010003933) NEMF (ENSBMSG00010003828) KLHDC2 (ENSBMSG00010003726) KLHDC1 (ENSBMSG00010003665) POLE2 (ENSBMSG00010003567) DNAAF2 (ENSBMSG00010003488) MGAT2 (ENSBMSG00010003463) ENSBMSG00010003452 ENSBMSG00010003444 RPS29 (ENSBMSG00010003406) #22 ENSBMSG00010003375 MDGA2 (ENSBMSG00010003332) RPL10L (ENSBMSG00010003305) MIS18BP1 (ENSBMSG00010003246) ENSBMSG00010003215 ENSBMSG00010003188 FKBP3 (ENSBMSG00010003176) PRPF39 (ENSBMSG00010003158) ENSBMSG00010003087 KLHL28 (ENSBMSG00010003056) C14orf28 (ENSBMSG00010003032) ENSBMSG00010003001 ENSBMSG00010002983 ENSBMSG00010002934 ENSBMSG00010002916 Blue whale MODERN SPECIES 5 ENSBMSG00010012791 SERPINB2 (ENSBMSG00010012803) SERPINB10 (ENSBMSG00010012811) SERPINB8 (ENSBMSG00010012832) ENSBMSG00010012856 CDH7 (ENSBMSG00010012866) CDH19 (ENSBMSG00010012892) DSEL (ENSBMSG00010012909) ENSBMSG00010012919 TMX3 (ENSBMSG00010012929) CCDC102B (ENSBMSG00010012939) DOK6 (ENSBMSG00010012950) CD226 (ENSBMSG00010012961) RTTN (ENSBMSG00010012983) ENSBMSG00010013043 ENSBMSG00010013048 #22 SOCS6 (ENSBMSG00010013057) CBLN2 (ENSBMSG00010013061) NETO1 (ENSBMSG00010013073) ENSBMSG00010013087 FBXO15 (ENSBMSG00010013097) TIMM21 (ENSBMSG00010013111) CYB5A (ENSBMSG00010013121) C18orf63 (ENSBMSG00010013137) DIPK1C (ENSBMSG00010013145) CNDP2 (ENSBMSG00010013159) CNDP1 (ENSBMSG00010013181) ZNF407 (ENSBMSG00010013216) PTGR3 (ENSBMSG00010009206) TSHZ1 (ENSBMSG00010009213) ENSBMSG00010009286 Pecora ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT01050000244866.A.b ENSGT00390000018016 ENSGT00390000016216 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT01050000244866.A.b ENSGT00390000018016 ENSGT00390000016216 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT01050000244866.A.b ENSGT00390000018016 ENSGT00390000016216 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 ENSGT00940000159230 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.d #22 Goat MODERN SPECIES 13 CIB1 (ENSCHIG00000010453) GDPGP1 (ENSCHIG00000009003) NGRN (ENSCHIG00000005996) VPS33B (ENSCHIG00000013457) PRC1 (ENSCHIG00000002572) RCCD1 (ENSCHIG00000017401) UNC45A (ENSCHIG00000021276) HDDC3 (ENSCHIG00000016009) MAN2A2 (ENSCHIG00000014616) FES (ENSCHIG00000017144) FURIN (ENSCHIG00000022482) BLM (ENSCHIG00000010329) ENSCHIG00000006931 CRTC3 (ENSCHIG00000018523) IQGAP1 (ENSCHIG00000010086) ENSCHIG00000010682 #22 ZNF774 (ENSCHIG00000022555) ZSCAN2 (ENSCHIG00000009795) ENSCHIG00000012909 WDR73 (ENSCHIG00000021388) NMB (ENSCHIG00000010123) SEC11A (ENSCHIG00000000513) ZNF592 (ENSCHIG00000014764) ALPK3 (ENSCHIG00000015898) SLC28A1 (ENSCHIG00000010176) PDE8A (ENSCHIG00000017618) ENSCHIG00000023561 CPEB1 (ENSCHIG00000026000) AP3B2 (ENSCHIG00000002499) FSD2 (ENSCHIG00000022656) WHAMM (ENSCHIG00000014865) Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 23 MAP4K5 (ENSOARG00020022416) CDKL1 (ENSOARG00020022279) DMAC2L (ENSOARG00020022235) L2HGDH (ENSOARG00020022135) SOS2 (ENSOARG00020021878) VCPKMT (ENSOARG00020021706) ARF6 (ENSOARG00020021666) NEMF (ENSOARG00020021333) KLHDC2 (ENSOARG00020021157) KLHDC1 (ENSOARG00020021073) POLE2 (ENSOARG00020020524) DNAAF2 (ENSOARG00020020477) MGAT2 (ENSOARG00020020468) RPL36AL (ENSOARG00020020454) LRR1 (ENSOARG00020020342) ENSOARG00020020312 #22 ENSOARG00020020288 ENSOARG00020020242 MDGA2 (ENSOARG00020020011) RPL10L (ENSOARG00020019986) ENSOARG00020019955 EPB42 (ENSOARG00020019440) CCNDBP1 (ENSOARG00020019380) TMEM62 (ENSOARG00020019209) UBR1 (ENSOARG00020018530) ENSOARG00020018471 TTBK2 (ENSOARG00020018417) CDAN1 (ENSOARG00020018319) ENSOARG00020017231 HAUS2 (ENSOARG00020017073) LRRC57 (ENSOARG00020016995) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 5 ENSOARG00020008428 ENSOARG00020008543 ENSOARG00020008577 ENSOARG00020008774 ENSOARG00020008823 ENSOARG00020008894 ENSOARG00020008982 ENSOARG00020009007 ENSOARG00020009075 ENSOARG00020009508 ZNF606 (ENSOARG00020009567) ENSOARG00020009645 ZNF274 (ENSOARG00020009697) ENSOARG00020009749 A1BG (ENSOARG00020009860) ENSOARG00020010025 #22 RPS5 (ENSOARG00020010069) RNF225 (ENSOARG00020009964) ZNF584 (ENSOARG00020009997) ZNF446 (ENSOARG00020010097) TRIM28 (ENSOARG00020010446) CHMP2A (ENSOARG00020011198) UBE2M (ENSOARG00020011272) MZF1 (ENSOARG00020011327) ENSOARG00020011398 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 9 SEMA4B (ENSOARG00020013998) CIB1 (ENSOARG00020014063) GDPGP1 (ENSOARG00020014196) ENSOARG00020014240 ENSOARG00020014295 PRC1 (ENSOARG00020014648) ENSOARG00020015471 UNC45A (ENSOARG00020015762) HDDC3 (ENSOARG00020016307) MAN2A2 (ENSOARG00020016456) FES (ENSOARG00020016619) FURIN (ENSOARG00020017222) BLM (ENSOARG00020017449) CRTC3 (ENSOARG00020017636) IQGAP1 (ENSOARG00020017864) ENSOARG00020018410 #22 ENSOARG00020018434 WDR73 (ENSOARG00020018465) NMB (ENSOARG00020018557) SEC11A (ENSOARG00020018653) SLC28A1 (ENSOARG00020018876) ENSOARG00020019009 CPEB1 (ENSOARG00020019377) AP3B2 (ENSOARG00020019721) FSD2 (ENSOARG00020020619) HOMER2 (ENSOARG00020020763) RAMAC (ENSOARG00020020863) C18H15orf40 (ENSOARG00020020903) ENSOARG00020021019 BTBD1 (ENSOARG00020021086) TM6SF1 (ENSOARG00020021147) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 22 WDR1 (ENSOARG00020003043) SLC2A9 (ENSOARG00020002984) DRD5 (ENSOARG00020024384) OTOP1 (ENSOARG00020024371) TMEM128 (ENSOARG00020024364) LYAR (ENSOARG00020024350) ZBTB49 (ENSOARG00020024332) NSG1 (ENSOARG00020024305) MSX1 (ENSOARG00020024231) CYTL1 (ENSOARG00020024206) STK32B (ENSOARG00020024051) EVC2 (ENSOARG00020024014) EVC (ENSOARG00020023672) CRMP1 (ENSOARG00020023499) ENSOARG00020023479 ENSOARG00020023467 #22 JAKMIP1 (ENSOARG00020023163) WFS1 (ENSOARG00020023129) PPP2R2C (ENSOARG00020023090) ENSOARG00020022932 ENSOARG00020022892 DMP1 (ENSOARG00020022854) DSPP (ENSOARG00020022784) SPARCL1 (ENSOARG00020022579) NUDT9 (ENSOARG00020022482) ENSOARG00020022244 ENSOARG00020021968 AFF1 (ENSOARG00020021386) C4orf36 (ENSOARG00020021226) SLC10A6 (ENSOARG00020021292) PTPN13 (ENSOARG00020019325) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00940000154141.B.s.b ENSGT01050000244866.A.b ENSGT00390000018016 ENSGT00390000016216 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00940000163117 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 Bos ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00940000154141.B.s.b ENSGT01050000244866.A.b ENSGT00390000018016 ENSGT00390000016216 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 ENSGT00940000156092 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00970000193722 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00940000154141.B.s.b ENSGT01050000244866.A.b ENSGT00390000018016 ENSGT00390000016216 ENSGT00950000183075.a.a.a.b ENSGT00940000160367 ENSGT00390000000491 ENSGT00940000164484 ENSGT00390000004927 ENSGT00940000157393 ENSGT00950000182843.a.a.a.a ENSGT00940000157336 Cow MODERN SPECIES 1 MAP4K5 (ENSBTAG00000014792) CDKL1 (ENSBTAG00000004780) DMAC2L (ENSBTAG00000015202) L2HGDH (ENSBTAG00000015200) SOS2 (ENSBTAG00000005550) VCPKMT (ENSBTAG00000005547) ARF6 (ENSBTAG00000045980) NEMF (ENSBTAG00000004934) KLHDC2 (ENSBTAG00000004933) KLHDC1 (ENSBTAG00000031697) POLE2 (ENSBTAG00000004931) DNAAF2 (ENSBTAG00000004930) MGAT2 (ENSBTAG00000033891) RPL36AL (ENSBTAG00000025564) LRR1 (ENSBTAG00000004926) RPS29 (ENSBTAG00000052337) #22 ENSBTAG00000055255 ENSBTAG00000034580 ENSBTAG00000055000 MDGA2 (ENSBTAG00000005697) ENSBTAG00000054557 RPL10L (ENSBTAG00000024582) ENSBTAG00000046363 EPB42 (ENSBTAG00000011439) CCNDBP1 (ENSBTAG00000013032) TMEM62 (ENSBTAG00000013031) UBR1 (ENSBTAG00000021087) TTBK2 (ENSBTAG00000006470) CDAN1 (ENSBTAG00000005751) ENSBTAG00000048958 HAUS2 (ENSBTAG00000005663) Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 ENSBIXG00005001185 ENSBIXG00005011845 ENSBIXG00005011809 CNTNAP5 (ENSBIXG00005001154) ENSBIXG00005011625 ENSBIXG00005011594 ENSBIXG00005006423 ENSBIXG00005011436 GLS (ENSBIXG00005011326) STAT1 (ENSBIXG00005011100) STAT4 (ENSBIXG00005010855) ENSBIXG00005010825 MYO1B (ENSBIXG00005010764) ENSBIXG00005010536 TMEFF2 (ENSBIXG00005000872) ENSBIXG00005000844 #22 ENSBIXG00005010317 ENSBIXG00005000832 ENSBIXG00005010274 SLC39A10 (ENSBIXG00005000815) DNAH7 (ENSBIXG00005010123) STK17B (ENSBIXG00005010089) HECW2 (ENSBIXG00005000763) CCDC150 (ENSBIXG00005006499) GTF3C3 (ENSBIXG00005005945) C2orf66 (ENSBIXG00005009722) PGAP1 (ENSBIXG00005009684) ANKRD44 (ENSBIXG00005009540) ENSBIXG00005009496 SF3B1 (ENSBIXG00005000503) COQ10B (ENSBIXG00005009394) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 MAP4K5 (ENSBIXG00005024085) CDKL1 (ENSBIXG00005004128) DMAC2L (ENSBIXG00005004131) L2HGDH (ENSBIXG00005024233) SOS2 (ENSBIXG00005004150) VCPKMT (ENSBIXG00005024347) ARF6 (ENSBIXG00005024374) NEMF (ENSBIXG00005024651) KLHDC2 (ENSBIXG00005024756) KLHDC1 (ENSBIXG00005007705) POLE2 (ENSBIXG00005025043) DNAAF2 (ENSBIXG00005025065) MGAT2 (ENSBIXG00005025088) RPL36AL (ENSBIXG00005025097) LRR1 (ENSBIXG00005006854) ENSBIXG00005006176 #22 ENSBIXG00005025201 ENSBIXG00005025269 MDGA2 (ENSBIXG00005025365) RPL10L (ENSBIXG00005025410) ENSBIXG00005025440 EPB42 (ENSBIXG00005004355) CCNDBP1 (ENSBIXG00005025617) TMEM62 (ENSBIXG00005004373) ENSBIXG00005025668 UBR1 (ENSBIXG00005025697) TTBK2 (ENSBIXG00005025739) CDAN1 (ENSBIXG00005025819) ENSBIXG00005026441 HAUS2 (ENSBIXG00005026508) LRRC57 (ENSBIXG00005004533) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a Domestic yak MODERN SPECIES 2 CDKL1 (ENSBGRG00000019004) DMAC2L (ENSBGRG00000018944) L2HGDH (ENSBGRG00000018807) SOS2 (ENSBGRG00000018125) VCPKMT (ENSBGRG00000017893) ARF6 (ENSBGRG00000017840) NEMF (ENSBGRG00000017281) KLHDC2 (ENSBGRG00000016910) KLHDC1 (ENSBGRG00000016768) POLE2 (ENSBGRG00000016044) DNAAF2 (ENSBGRG00000015937) MGAT2 (ENSBGRG00000015912) RPL36AL (ENSBGRG00000015893) ENSBGRG00000015836 LRR1 (ENSBGRG00000015650) RPS29 (ENSBGRG00000015577) #22 MDGA2 (ENSBGRG00000015069) MCC (ENSBGRG00000014150) DCP2 (ENSBGRG00000013921) ENSBGRG00000013905 REEP5 (ENSBGRG00000013810) SRP19 (ENSBGRG00000013394) ENSBGRG00000013363 ENSBGRG00000013311 EPB41L4A (ENSBGRG00000012470) ENSBGRG00000012347 NREP (ENSBGRG00000012240) YTHDC2 (ENSBGRG00000011689) ENSBGRG00000011641 ENSBGRG00000011606 KCNN2 (ENSBGRG00000011476) Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 3043 ENSBMUG00000001865 #22 PODN (ENSBMUG00000001834) SLC1A7 (ENSBMUG00000001785) CPT2 (ENSBMUG00000001760) CZIB (ENSBMUG00000001722) MAGOH (ENSBMUG00000001682) ENSBMUG00000001663 LRP8 (ENSBMUG00000001574) Wild yak MODERN SPECIES 1335 ENSBMUG00000013198 ENSBMUG00000013183 ENSBMUG00000013169 ENSBMUG00000013159 ENSBMUG00000013153 ENSBMUG00000013145 OR11H6 (ENSBMUG00000013135) ENSBMUG00000013122 ENSBMUG00000013106 OR11H4 (ENSBMUG00000013088) TTC5 (ENSBMUG00000013074) CCNB1IP1 (ENSBMUG00000013051) ENSBMUG00000013026 #22 PARP2 (ENSBMUG00000013007) TEP1 (ENSBMUG00000012809) KLHL33 (ENSBMUG00000012291) OSGEP (ENSBMUG00000012247) APEX1 (ENSBMUG00000012225) PIP4P1 (ENSBMUG00000012217) ENSBMUG00000012204 ENSBMUG00000012188 ENSBMUG00000012179 RNASE10 (ENSBMUG00000012173) ENSBMUG00000012165 RNASE11 (ENSBMUG00000012152) RNASE12 (ENSBMUG00000012148) OR6S1 (ENSBMUG00000012139) ENSBMUG00000012124 Wild yak MODERN SPECIES 637 ATL1 (ENSBMUG00000021288) MAP4K5 (ENSBMUG00000021310) CDKL1 (ENSBMUG00000021338) DMAC2L (ENSBMUG00000021345) L2HGDH (ENSBMUG00000021360) SOS2 (ENSBMUG00000021429) VCPKMT (ENSBMUG00000021463) ARF6 (ENSBMUG00000021475) NEMF (ENSBMUG00000021497) KLHDC2 (ENSBMUG00000021542) KLHDC1 (ENSBMUG00000021594) POLE2 (ENSBMUG00000021625) DNAAF2 (ENSBMUG00000021641) LRR1 (ENSBMUG00000021694) ENSBMUG00000021722 #22 ENSBMUG00000021731 American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3096 MAP4K5 (ENSBBBG00000003841) CDKL1 (ENSBBBG00000015419) DMAC2L (ENSBBBG00000015446) L2HGDH (ENSBBBG00000015468) SOS2 (ENSBBBG00000015540) VCPKMT (ENSBBBG00000003876) ARF6 (ENSBBBG00000000787) NEMF (ENSBBBG00000003891) KLHDC2 (ENSBBBG00000015634) KLHDC1 (ENSBBBG00000015649) POLE2 (ENSBBBG00000008293) ENSBBBG00000003925 RPL36AL (ENSBBBG00000015732) MGAT2 (ENSBBBG00000015739) LRR1 (ENSBBBG00000015755) ENSBBBG00000015768 #22 ENSBBBG00000015779 ENSBBBG00000015785 REPS2 (ENSBBBG00000015806) American bison MODERN SPECIES 3170 CDKN3 (ENSBBBG00000018754) CNIH1 (ENSBBBG00000018822) GMFB (ENSBBBG00000018858) CGRRF1 (ENSBBBG00000018871) SAMD4A (ENSBBBG00000004789) GCH1 (ENSBBBG00000018927) WDHD1 (ENSBBBG00000004815) SOCS4 (ENSBBBG00000004821) MAPK1IP1L (ENSBBBG00000018974) LGALS3 (ENSBBBG00000004851) DLGAP5 (ENSBBBG00000008355) FBXO34 (ENSBBBG00000019056) ATG14 (ENSBBBG00000019076) TBPL2 (ENSBBBG00000019082) KTN1 (ENSBBBG00000005359) ENSBBBG00000019861 #22 ENSBBBG00000019867 PELI2 (ENSBBBG00000005390) TMEM260 (ENSBBBG00000005126) ENSBBBG00000019961 ENSBBBG00000007439 EXOC5 (ENSBBBG00000020012) AP5M1 (ENSBBBG00000020032) ENSBBBG00000020043 CCDC198 (ENSBBBG00000005091) SLC35F4 (ENSBBBG00000005428) ENSBBBG00000020068 ARMH4 (ENSBBBG00000008369) ACTR10 (ENSBBBG00000020095) PSMA3 (ENSBBBG00000020117) ARID4A (ENSBBBG00000020226) American bison MODERN SPECIES 1224 ENSBBBG00000009024 #22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 367 CDKL1 (ENSMMSG00000014797) DMAC2L (ENSMMSG00000014785) L2HGDH (ENSMMSG00000014759) SOS2 (ENSMMSG00000014665) VCPKMT (ENSMMSG00000011959) ARF6 (ENSMMSG00000011947) NEMF (ENSMMSG00000011746) KLHDC2 (ENSMMSG00000011673) KLHDC1 (ENSMMSG00000011642) ENSMMSG00000011631 POLE2 (ENSMMSG00000011159) DNAAF2 (ENSMMSG00000011094) MGAT2 (ENSMMSG00000011086) ENSMMSG00000011073 ENSMMSG00000011035 ENSMMSG00000011017 #22 MDGA2 (ENSMMSG00000010907) RPL10L (ENSMMSG00000010890) ENSMMSG00000010878 EPB42 (ENSMMSG00000010800) CCNDBP1 (ENSMMSG00000010730) TMEM62 (ENSMMSG00000010595) UBR1 (ENSMMSG00000010297) ENSMMSG00000010254 TTBK2 (ENSMMSG00000010169) CDAN1 (ENSMMSG00000010034) ENSMMSG00000009954 HAUS2 (ENSMMSG00000009928) LRRC57 (ENSMMSG00000009897) SNAP23 (ENSMMSG00000009778) ZNF106 (ENSMMSG00000009575) Siberian musk deer MODERN SPECIES 1227 SYNPO2L (ENSMMSG00000011327) MYOZ1 (ENSMMSG00000011294) USP54 (ENSMMSG00000011085) PPP3CB (ENSMMSG00000010994) MSS51 (ENSMMSG00000010963) ENSMMSG00000010906 CFAP70 (ENSMMSG00000010507) DNAJC9 (ENSMMSG00000010419) FAM149B1 (ENSMMSG00000010309) ECD (ENSMMSG00000010214) NUDT13 (ENSMMSG00000010143) P4HA1 (ENSMMSG00000010006) PLA2G12B (ENSMMSG00000009960) OIT3 (ENSMMSG00000009879) MCU (ENSMMSG00000009844) ENSMMSG00000009830 #22 MICU1 (ENSMMSG00000009754) DNAJB12 (ENSMMSG00000009689) DDIT4 (ENSMMSG00000009663) ANAPC16 (ENSMMSG00000009645) ENSMMSG00000009634 ASCC1 (ENSMMSG00000009578) SPOCK2 (ENSMMSG00000009487) ENSMMSG00000009451 PSAP (ENSMMSG00000009378) VSIR (ENSMMSG00000009345) C10orf105 (ENSMMSG00000009325) CDH23 (ENSMMSG00000008341) SLC29A3 (ENSMMSG00000008235) UNC5B (ENSMMSG00000008054) PCBD1 (ENSMMSG00000008012) Siberian musk deer MODERN SPECIES 367 OIP5 (ENSMMSG00000007110) ENSMMSG00000007154 NDUFAF1 (ENSMMSG00000007201) RTF1 (ENSMMSG00000007234) ITPKA (ENSMMSG00000007338) RPAP1 (ENSMMSG00000007386) TYRO3 (ENSMMSG00000007491) ENSMMSG00000007595 MGA (ENSMMSG00000007661) MAPKBP1 (ENSMMSG00000007846) JMJD7 (ENSMMSG00000008096) PLA2G4B (ENSMMSG00000008134) SPTBN5 (ENSMMSG00000008269) EHD4 (ENSMMSG00000008554) PLA2G4E (ENSMMSG00000008583) ENSMMSG00000008707 #22 PLA2G4D (ENSMMSG00000008723) PLA2G4F (ENSMMSG00000008826) VPS39 (ENSMMSG00000008894) TMEM87A (ENSMMSG00000008982) GANC (ENSMMSG00000009193) CAPN3 (ENSMMSG00000009301) ZNF106 (ENSMMSG00000009575) SNAP23 (ENSMMSG00000009778) LRRC57 (ENSMMSG00000009897) HAUS2 (ENSMMSG00000009928) ENSMMSG00000009954 CDAN1 (ENSMMSG00000010034) TTBK2 (ENSMMSG00000010169) ENSMMSG00000010254 UBR1 (ENSMMSG00000010297) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 29 GNRHR (ENSCHYG00000025176) UBA6 (ENSCHYG00000025042) STAP1 (ENSCHYG00000024987) CENPC (ENSCHYG00000024832) EPHA5 (ENSCHYG00000024412) ENSCHYG00000024307 ENSCHYG00000024282 ENSCHYG00000024236 ENSCHYG00000024229 ADGRL3 (ENSCHYG00000020724) ENSCHYG00000020352 IGFBP7 (ENSCHYG00000020252) POLR2B (ENSCHYG00000019734) NOA1 (ENSCHYG00000019675) ENSCHYG00000019601 ENSCHYG00000019556 #22 ENSCHYG00000019423 ENSCHYG00000019329 HOPX (ENSCHYG00000019225) ENSCHYG00000019165 ENSCHYG00000019140 THEGL (ENSCHYG00000019032) ENSCHYG00000018979 SRP72 (ENSCHYG00000018278) PAICS (ENSCHYG00000017941) PPAT (ENSCHYG00000017831) AASDH (ENSCHYG00000017692) ENSCHYG00000017672 CRACD (ENSCHYG00000017500) ENSCHYG00000017453 CEP135 (ENSCHYG00000016897) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 28 ENSCHYG00000010377 MYO1C (ENSCHYG00000010415) INPP5K (ENSCHYG00000011223) PITPNA (ENSCHYG00000011308) SLC43A2 (ENSCHYG00000011402) SCARF1 (ENSCHYG00000011550) RILP (ENSCHYG00000011703) PRPF8 (ENSCHYG00000011798) TLCD2 (ENSCHYG00000012095) WDR81 (ENSCHYG00000012153) SERPINF2 (ENSCHYG00000012451) SERPINF1 (ENSCHYG00000012630) SMYD4 (ENSCHYG00000012733) RPA1 (ENSCHYG00000012864) RTN4RL1 (ENSCHYG00000012919) ENSCHYG00000012940 #22 DPH1 (ENSCHYG00000012962) OVCA2 (ENSCHYG00000013040) HIC1 (ENSCHYG00000013104) SMG6 (ENSCHYG00000013168) SRR (ENSCHYG00000013634) TSR1 (ENSCHYG00000013728) SGSM2 (ENSCHYG00000013905) MNT (ENSCHYG00000014480) METTL16 (ENSCHYG00000014564) PAFAH1B1 (ENSCHYG00000014658) CLUH (ENSCHYG00000014841) CCDC92B (ENSCHYG00000015269) RAP1GAP2 (ENSCHYG00000015366) ENSCHYG00000016196 OR1D5 (ENSCHYG00000016236) Yarkand deer MODERN SPECIES 1323 SNX12 (ENSCHYG00000025217) TEX11 (ENSCHYG00000025297) SLC7A3 (ENSCHYG00000008701) DLG3 (ENSCHYG00000008879) GDPD2 (ENSCHYG00000009410) KIF4A (ENSCHYG00000009559) P2RY4 (ENSCHYG00000009899) ARR3 (ENSCHYG00000010125) AWAT1 (ENSCHYG00000010414) ENSCHYG00000010515 DGAT2L6 (ENSCHYG00000010532) ENSCHYG00000010617 AWAT2 (ENSCHYG00000010677) OTUD6A (ENSCHYG00000010784) EDA (ENSCHYG00000010808) ENSCHYG00000010850 #22 ENSCHYG00000010871 EFNB1 (ENSCHYG00000011013) STARD8 (ENSCHYG00000011208) OPHN1 (ENSCHYG00000011647) ENSCHYG00000012187 AR (ENSCHYG00000012242) ENSCHYG00000012623 ENSCHYG00000012635 ENSCHYG00000012671 EDA2R (ENSCHYG00000012702) CHST7 (ENSCHYG00000012799) SLC9A7 (ENSCHYG00000012816) ENSCHYG00000012899 RP2 (ENSCHYG00000012920) JADE3 (ENSCHYG00000012941) Yarkand deer MODERN SPECIES 32 GABRB2 (ENSCHYG00000019184) ATP10B (ENSCHYG00000018780) ENSCHYG00000018717 ENSCHYG00000018499 FAM200C (ENSCHYG00000018480) C1QTNF2 (ENSCHYG00000018379) CCNJL (ENSCHYG00000018329) FABP6 (ENSCHYG00000018257) PWWP2A (ENSCHYG00000018129) TTC1 (ENSCHYG00000018034) ADRA1B (ENSCHYG00000017986) ENSCHYG00000017898 IL12B (ENSCHYG00000017821) UBLCP1 (ENSCHYG00000017659) RNF145 (ENSCHYG00000017338) ENSCHYG00000017306 #22 EBF1 (ENSCHYG00000016399) CLINT1 (ENSCHYG00000016060) LSM11 (ENSCHYG00000015958) THG1L (ENSCHYG00000015881) SOX30 (ENSCHYG00000015834) ENSCHYG00000015753 ADAM19 (ENSCHYG00000015589) NIPAL4 (ENSCHYG00000015526) FNDC9 (ENSCHYG00000015510) CYFIP2 (ENSCHYG00000014487) ITK (ENSCHYG00000014169) GARIN3 (ENSCHYG00000014111) MED7 (ENSCHYG00000014070) HAVCR2 (ENSCHYG00000013938) ENSCHYG00000013888 Yarkand deer MODERN SPECIES 19 YES1 (ENSCHYG00000016589) ENOSF1 (ENSCHYG00000016711) TYMS (ENSCHYG00000017585) CLUL1 (ENSCHYG00000017782) ENSCHYG00000017911 COLEC12 (ENSCHYG00000017963) THOC1 (ENSCHYG00000018198) USP14 (ENSCHYG00000019218) ROCK1 (ENSCHYG00000019635) ENSCHYG00000019893 ENSCHYG00000019921 GREB1L (ENSCHYG00000019949) ESCO1 (ENSCHYG00000020069) ENSCHYG00000020240 ABHD3 (ENSCHYG00000020338) ENSCHYG00000020417 #22 ENSCHYG00000020438 MIB1 (ENSCHYG00000020504) ENSCHYG00000020783 GATA6 (ENSCHYG00000020858) ENSCHYG00000020964 CABLES1 (ENSCHYG00000021058) TMEM241 (ENSCHYG00000021258) RIOK3 (ENSCHYG00000021752) RMC1 (ENSCHYG00000021923) NPC1 (ENSCHYG00000022083) ANKRD29 (ENSCHYG00000022311) LAMA3 (ENSCHYG00000022890) TTC39C (ENSCHYG00000025288) ENSCHYG00000025325 OSBPL1A (ENSCHYG00000025361) Yarkand deer MODERN SPECIES 28 ENSCHYG00000017026 #22 NOL11 (ENSCHYG00000017046) PITPNC1 (ENSCHYG00000017096) PSMD12 (ENSCHYG00000017208) ENSCHYG00000017380 METRNL (ENSCHYG00000017404) B3GNTL1 (ENSCHYG00000017526) TBCD (ENSCHYG00000017773) ZNF750 (ENSCHYG00000019158) FN3K (ENSCHYG00000019188) FN3KRP (ENSCHYG00000019272) RAB40B (ENSCHYG00000019364) ENSCHYG00000019502 ENSCHYG00000019527 FOXK2 (ENSCHYG00000019584) ENSCHYG00000019808 #22 NARF (ENSCHYG00000019867) CYBC1 (ENSCHYG00000020139) HEXD (ENSCHYG00000020278) OGFOD3 (ENSCHYG00000020379) UTS2R (ENSCHYG00000020531) ENSCHYG00000020553 ENSCHYG00000020574 ENSCHYG00000020586 ENSCHYG00000020630 ENSCHYG00000020725 CSNK1D (ENSCHYG00000020797) SLC16A3 (ENSCHYG00000021398) CCDC57 (ENSCHYG00000021504) FASN (ENSCHYG00000021802) DUS1L (ENSCHYG00000022440) Yarkand deer MODERN SPECIES 16 DUSP7 (ENSCHYG00000015667) ENSCHYG00000015558 ACY1 (ENSCHYG00000014802) ABHD14A (ENSCHYG00000014566) ABHD14B (ENSCHYG00000014486) PCBP4 (ENSCHYG00000014304) GPR62 (ENSCHYG00000014250) PARP3 (ENSCHYG00000013999) RRP9 (ENSCHYG00000013757) IQCF1 (ENSCHYG00000026137) IQCF5 (ENSCHYG00000026130) IQCF2 (ENSCHYG00000026121) ENSCHYG00000026109 ENSCHYG00000026101 ENSCHYG00000026089 ENSCHYG00000026083 #22 ENSCHYG00000026074 IQCF6 (ENSCHYG00000026060) GRM2 (ENSCHYG00000026034) RAD54L2 (ENSCHYG00000025933) DCAF1 (ENSCHYG00000025854) RBM15B (ENSCHYG00000025836) MANF (ENSCHYG00000025822) DOCK3 (ENSCHYG00000025486) MAPKAPK3 (ENSCHYG00000025419) CISH (ENSCHYG00000025404) HEMK1 (ENSCHYG00000025360) C3orf18 (ENSCHYG00000025299) CACNA2D2 (ENSCHYG00000025204) TMEM115 (ENSCHYG00000025178) CYB561D2 (ENSCHYG00000025162) Yarkand deer MODERN SPECIES 28 ENSCHYG00000012299 CD79B (ENSCHYG00000012647) SCN4A (ENSCHYG00000012837) ENSCHYG00000013121 ERN1 (ENSCHYG00000013186) TEX2 (ENSCHYG00000013398) PECAM1 (ENSCHYG00000013588) MILR1 (ENSCHYG00000013943) POLG2 (ENSCHYG00000013988) DDX5 (ENSCHYG00000014057) CEP95 (ENSCHYG00000014467) SMURF2 (ENSCHYG00000014913) KPNA2 (ENSCHYG00000015232) ENSCHYG00000015384 BPTF (ENSCHYG00000015527) ENSCHYG00000017026 #22 NOL11 (ENSCHYG00000017046) PITPNC1 (ENSCHYG00000017096) PSMD12 (ENSCHYG00000017208) ENSCHYG00000017380 METRNL (ENSCHYG00000017404) B3GNTL1 (ENSCHYG00000017526) TBCD (ENSCHYG00000017773) ZNF750 (ENSCHYG00000019158) FN3K (ENSCHYG00000019188) FN3KRP (ENSCHYG00000019272) RAB40B (ENSCHYG00000019364) ENSCHYG00000019502 ENSCHYG00000019527 FOXK2 (ENSCHYG00000019584) ENSCHYG00000019808 #22 Yarkand deer MODERN SPECIES 26 RAPGEF4 (ENSCHYG00000019936) MAP3K20 (ENSCHYG00000019464) ENSCHYG00000019193 SP3 (ENSCHYG00000019030) ENSCHYG00000018536 SP9 (ENSCHYG00000018463) CIR1 (ENSCHYG00000018323) ENSCHYG00000018263 GPR155 (ENSCHYG00000018083) ENSCHYG00000017877 CHRNA1 (ENSCHYG00000017619) ENSCHYG00000017575 CHN1 (ENSCHYG00000017015) ATF2 (ENSCHYG00000016575) ATP5MC3 (ENSCHYG00000016464) ENSCHYG00000016417 #22 ENSCHYG00000016391 LNPK (ENSCHYG00000016125) HOXD13 (ENSCHYG00000015985) HOXD12 (ENSCHYG00000015954) ENSCHYG00000015846 HOXD10 (ENSCHYG00000015831) HOXD9 (ENSCHYG00000015808) HOXD8 (ENSCHYG00000015741) HOXD4 (ENSCHYG00000015683) HOXD3 (ENSCHYG00000015650) HOXD1 (ENSCHYG00000015562) MTX2 (ENSCHYG00000015392) ENSCHYG00000015305 ENSCHYG00000015038 NFE2L2 (ENSCHYG00000024719) Yarkand deer MODERN SPECIES 18 OPRM1 (ENSCHYG00000026823) ENSCHYG00000026812 RGS17 (ENSCHYG00000026801) ENSCHYG00000026781 FBXO5 (ENSCHYG00000026768) VIP (ENSCHYG00000026757) MYCT1 (ENSCHYG00000026747) SYNE1 (ENSCHYG00000025778) ESR1 (ENSCHYG00000025561) CCDC170 (ENSCHYG00000025505) ARMT1 (ENSCHYG00000025462) RMND1 (ENSCHYG00000025421) ZBTB2 (ENSCHYG00000025392) AKAP12 (ENSCHYG00000025364) MTHFD1L (ENSCHYG00000024773) ENSCHYG00000024716 #22 PLEKHG1 (ENSCHYG00000024587) IYD (ENSCHYG00000024472) PPP1R14C (ENSCHYG00000024443) ENSCHYG00000024426 ENSCHYG00000024396 ENSCHYG00000024218 ENSCHYG00000024059 ENSCHYG00000024023 ENSCHYG00000023991 ENSCHYG00000023963 PCMT1 (ENSCHYG00000023657) NUP43 (ENSCHYG00000023555) ENSCHYG00000023530 LATS1 (ENSCHYG00000023456) ENSCHYG00000023317 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 27 TERF2 (ENSCHYG00000020670) TMED6 (ENSCHYG00000020585) NIP7 (ENSCHYG00000020453) COG8 (ENSCHYG00000020343) PDF (ENSCHYG00000020295) ENSCHYG00000019942 UTP4 (ENSCHYG00000019789) HAS3 (ENSCHYG00000019692) DERPC (ENSCHYG00000019546) TANGO6 (ENSCHYG00000019265) CDH1 (ENSCHYG00000019041) CDH3 (ENSCHYG00000018461) ENSCHYG00000018411 ZFP90 (ENSCHYG00000018229) SMPD3 (ENSCHYG00000018154) ENSCHYG00000018133 #22 PRMT7 (ENSCHYG00000017921) SLC7A6OS (ENSCHYG00000017862) SLC7A6 (ENSCHYG00000017732) PLA2G15 (ENSCHYG00000017583) ESRP2 (ENSCHYG00000017451) NFATC3 (ENSCHYG00000017012) DUS2 (ENSCHYG00000016831) DDX28 (ENSCHYG00000016790) DPEP2 (ENSCHYG00000016637) DPEP3 (ENSCHYG00000016357) SLC12A4 (ENSCHYG00000013256) LCAT (ENSCHYG00000012936) PSMB10 (ENSCHYG00000012898) CTRL (ENSCHYG00000012817) PSKH1 (ENSCHYG00000012774) Yarkand deer MODERN SPECIES 25 ENSCHYG00000020323 XKR5 (ENSCHYG00000020261) AGPAT5 (ENSCHYG00000020093) ANGPT2 (ENSCHYG00000019963) ENSCHYG00000019816 ENSCHYG00000019738 ENSCHYG00000019705 ENSCHYG00000019652 CSMD1 (ENSCHYG00000017716) ENSCHYG00000017638 MYOM2 (ENSCHYG00000017350) KBTBD11 (ENSCHYG00000017325) ARHGEF10 (ENSCHYG00000016800) ENSCHYG00000016723 CLN8 (ENSCHYG00000016697) ENSCHYG00000016673 #22 DLGAP2 (ENSCHYG00000016375) ENSCHYG00000016339 ENSCHYG00000016267 ENSCHYG00000016248 ENSCHYG00000016234 ENSCHYG00000015849 ENSCHYG00000015837 ENSCHYG00000015784 ENSCHYG00000015628 ENSCHYG00000015534 ENSCHYG00000015487 ENSCHYG00000015471 ENSCHYG00000015455 ENSCHYG00000015429 OR5M8 (ENSCHYG00000015361) Yarkand deer MODERN SPECIES 3 CDKL1 (ENSCHYG00000023705) DMAC2L (ENSCHYG00000023617) L2HGDH (ENSCHYG00000023388) ENSCHYG00000023369 SOS2 (ENSCHYG00000022880) VCPKMT (ENSCHYG00000022716) ARF6 (ENSCHYG00000022680) NEMF (ENSCHYG00000022447) KLHDC2 (ENSCHYG00000022046) KLHDC1 (ENSCHYG00000021746) POLE2 (ENSCHYG00000021571) DNAAF2 (ENSCHYG00000021512) ENSCHYG00000021495 RPL36AL (ENSCHYG00000021472) LRR1 (ENSCHYG00000021388) ENSCHYG00000021301 #22 ENSCHYG00000021270 ENSCHYG00000021253 ENSCHYG00000021239 ENSCHYG00000021226 ENSCHYG00000021213 MDGA2 (ENSCHYG00000020749) RPL10L (ENSCHYG00000020714) EPB42 (ENSCHYG00000020016) CCNDBP1 (ENSCHYG00000019864) TMEM62 (ENSCHYG00000019664) ENSCHYG00000019622 UBR1 (ENSCHYG00000019460) TTBK2 (ENSCHYG00000019387) CDAN1 (ENSCHYG00000019122) ENSCHYG00000018495 Suina ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.d #22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Chacoan peccary MODERN SPECIES 785 CDKL1 (ENSCWAG00000014631) DMAC2L (ENSCWAG00000014684) L2HGDH (ENSCWAG00000014752) SOS2 (ENSCWAG00000014880) VCPKMT (ENSCWAG00000015004) ENSCWAG00000015116 ARF6 (ENSCWAG00000015149) NEMF (ENSCWAG00000003697) KLHDC2 (ENSCWAG00000003879) KLHDC1 (ENSCWAG00000003952) POLE2 (ENSCWAG00000003999) DNAAF2 (ENSCWAG00000004295) MGAT2 (ENSCWAG00000004305) ENSCWAG00000004319 LRR1 (ENSCWAG00000004332) RPS29 (ENSCWAG00000004408) #22 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 14 ENSSSCG00000003599 SERINC2 (ENSSSCG00000023585) FABP3 (ENSSSCG00000036883) ZCCHC17 (ENSSSCG00000031639) SNRNP40 (ENSSSCG00000003596) NKAIN1 (ENSSSCG00000032193) PUM1 (ENSSSCG00000003591) SDC3 (ENSSSCG00000003592) LAPTM5 (ENSSSCG00000025034) MATN1 (ENSSSCG00000022554) ENSSSCG00000049560 PTPRU (ENSSSCG00000003590) MECR (ENSSSCG00000003589) SRSF4 (ENSSSCG00000051929) TMEM200B (ENSSSCG00000058017) ENSSSCG00000059283 #22 EPB41 (ENSSSCG00000003586) OPRD1 (ENSSSCG00000047080) YTHDF2 (ENSSSCG00000027686) GMEB1 (ENSSSCG00000038872) TAF12 (ENSSSCG00000027530) RAB42 (ENSSSCG00000030432) ENSSSCG00000046793 TRNAU1AP (ENSSSCG00000030284) RCC1 (ENSSSCG00000029097) PHACTR4 (ENSSSCG00000028973) MED18 (ENSSSCG00000044404) SESN2 (ENSSSCG00000029438) ATP5IF1 (ENSSSCG00000027072) DNAJC8 (ENSSSCG00000038907) PTAFR (ENSSSCG00000031788) Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 10 ENSSSCG00000035884 ENSSSCG00000033851 ENSSSCG00000048482 ENSSSCG00000029755 ENSSSCG00000027225 ENSSSCG00000040716 ENSSSCG00000040050 OR2W3 (ENSSSCG00000023821) TRIM58 (ENSSSCG00000040066) OR11L1 (ENSSSCG00000052358) ENSSSCG00000013954 ENSSSCG00000040114 ENSSSCG00000056472 ENSSSCG00000060158 ENSSSCG00000013949 ENSSSCG00000055519 #22 ENSSSCG00000043398 ENSSSCG00000062976 ENSSSCG00000013951 OR14K1 (ENSSSCG00000036683) OR13G1 (ENSSSCG00000023700) ENSSSCG00000036591 ENSSSCG00000037353 ENSSSCG00000013947 OR2G3 (ENSSSCG00000013944) OR2G2 (ENSSSCG00000013945) ENSSSCG00000031624 GCSAML (ENSSSCG00000036630) OR2C3 (ENSSSCG00000041930) ENSSSCG00000013942 OR2B11 (ENSSSCG00000013941) Pig MODERN SPECIES 3 ENSSSCG00000045459 SPAG9 (ENSSSCG00000033228) WFIKKN2 (ENSSSCG00000017557) ANKRD40CL (ENSSSCG00000017556) LUC7L3 (ENSSSCG00000017555) ENSSSCG00000055086 ANKRD40 (ENSSSCG00000038760) ABCC3 (ENSSSCG00000017561) CACNA1G (ENSSSCG00000017562) SPATA20 (ENSSSCG00000017565) EPN3 (ENSSSCG00000027226) MYCBPAP (ENSSSCG00000017563) RSAD1 (ENSSSCG00000017567) CHAD (ENSSSCG00000017569) ACSF2 (ENSSSCG00000017566) ENSSSCG00000058743 #22 LRRC59 (ENSSSCG00000028019) EME1 (ENSSSCG00000017571) ENSSSCG00000061531 MRPL27 (ENSSSCG00000023783) XYLT2 (ENSSSCG00000017573) ENSSSCG00000028962 ENSSSCG00000039259 TMEM92 (ENSSSCG00000037168) COL1A1 (ENSSSCG00000036135) ENSSSCG00000031307 SGCA (ENSSSCG00000017583) PPP1R9B (ENSSSCG00000017584) SAMD14 (ENSSSCG00000017585) PDK2 (ENSSSCG00000027198) ITGA3 (ENSSSCG00000017578) Pig MODERN SPECIES 7 PLK2 (ENSSSCG00000016925) ACTBL2 (ENSSSCG00000016923) ENSSSCG00000048073 GPBP1 (ENSSSCG00000016922) MIER3 (ENSSSCG00000016920) SETD9 (ENSSSCG00000016919) MAP3K1 (ENSSSCG00000016918) ENSSSCG00000038692 ANKRD55 (ENSSSCG00000016917) IL6ST (ENSSSCG00000016916) IL31RA (ENSSSCG00000016915) DDX4 (ENSSSCG00000016913) SLC38A9 (ENSSSCG00000030343) ENSSSCG00000047477 PLPP1 (ENSSSCG00000016912) ENSSSCG00000062846 #22 MTREX (ENSSSCG00000016911) DHX29 (ENSSSCG00000016907) CCNO (ENSSSCG00000026849) MCIDAS (ENSSSCG00000036183) GPX8 (ENSSSCG00000021973) CDC20B (ENSSSCG00000048484) GZMA (ENSSSCG00000016903) GZMA (ENSSSCG00000016902) GZMK (ENSSSCG00000016901) ESM1 (ENSSSCG00000016900) ENSSSCG00000016898 ENSSSCG00000056604 SNX18 (ENSSSCG00000031337) HSPB3 (ENSSSCG00000036059) ARL15 (ENSSSCG00000016894) Pig MODERN SPECIES CDKL1 (ENSSSCG00000034516) DMAC2L (ENSSSCG00000031354) L2HGDH (ENSSSCG00000005016) ENSSSCG00000050792 SOS2 (ENSSSCG00000005015) VCPKMT (ENSSSCG00000036735) ARF6 (ENSSSCG00000005012) NEMF (ENSSSCG00000005011) KLHDC2 (ENSSSCG00000005009) KLHDC1 (ENSSSCG00000032489) POLE2 (ENSSSCG00000005008) DNAAF2 (ENSSSCG00000058931) MGAT2 (ENSSSCG00000035611) RPL36AL (ENSSSCG00000005006) LRR1 (ENSSSCG00000005004) RPS29 (ENSSSCG00000038507) #22 ENSSSCG00000046948 MDGA2 (ENSSSCG00000005002) RPL10L (ENSSSCG00000005001) ENSSSCG00000049486 MIS18BP1 (ENSSSCG00000004999) FANCM (ENSSSCG00000005000) FKBP3 (ENSSSCG00000021217) PRPF39 (ENSSSCG00000004997) TOGARAM1 (ENSSSCG00000027765) KLHL28 (ENSSSCG00000004996) C14orf28 (ENSSSCG00000030679) ENSSSCG00000061989 ENSSSCG00000047027 LRFN5 (ENSSSCG00000004990) ENSSSCG00000055452 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720 #22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720 #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720 #22 Elephant MODERN SPECIES 72 ENSLAFG00000027883 TRMT2B (ENSLAFG00000001545) TMEM35A (ENSLAFG00000029812) CENPI (ENSLAFG00000011299) DRP2 (ENSLAFG00000006936) TAF7L (ENSLAFG00000006941) TIMM8A (ENSLAFG00000017367) BTK (ENSLAFG00000017369) ENSLAFG00000017385 GLA (ENSLAFG00000017388) ENSLAFG00000029688 ARMCX1 (ENSLAFG00000022433) ARMCX6 (ENSLAFG00000004154) ARMCX3 (ENSLAFG00000010556) ARMCX2 (ENSLAFG00000018583) ENSLAFG00000031145 #22 ENSLAFG00000015213 ENSLAFG00000000381 ZMAT1 (ENSLAFG00000015656) ENSLAFG00000026911 ENSLAFG00000025950 ENSLAFG00000031232 ENSLAFG00000030268 ENSLAFG00000031135 ENSLAFG00000026933 ENSLAFG00000031277 ENSLAFG00000031251 ENSLAFG00000025665 ENSLAFG00000028203 ENSLAFG00000020541 ARMCX5 (ENSLAFG00000000902) Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720 #22 Sloth MODERN SPECIES 10157 ENSCHOG00000011358 #22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161456 ENSGT00390000002030 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000004542 ENSGT00390000008920.c.a ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000004717 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00950000182808.a.a.b.a ENSGT00940000158275 ENSGT00940000157120 ENSGT00740000115643 ENSGT00950000183017.a ENSGT00390000010094.a ENSGT00390000003316.d ENSGT00940000158846 ENSGT00390000014318 ENSGT00950000182900.A.b ENSGT00940000155548 ENSGT00940000155076.a ENSGT00940000160169 ENSGT00920000149143 ENSGT00940000180073 Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 7 ENSMODG00000025012 OTOGL (ENSMODG00000020473) PTPRQ (ENSMODG00000020476) MYF6 (ENSMODG00000039074) MYF5 (ENSMODG00000020478) LIN7A (ENSMODG00000020479) ENSMODG00000037278 ACSS3 (ENSMODG00000020480) ENSMODG00000020481 ENSMODG00000020484 METTL25 (ENSMODG00000020485) TMTC2 (ENSMODG00000020487) ENSMODG00000020488 SLC6A15 (ENSMODG00000020492) ALX1 (ENSMODG00000020494) ENSMODG00000041685 #22 RASSF9 (ENSMODG00000020496) NTS (ENSMODG00000020497) MGAT4C (ENSMODG00000047285) C12orf50 (ENSMODG00000020505) C12orf29 (ENSMODG00000020507) ENSMODG00000039426 ENSMODG00000025093 ENSMODG00000020510 TMTC3 (ENSMODG00000020513) KITLG (ENSMODG00000046786) DUSP6 (ENSMODG00000020516) PRICKLE1 (ENSMODG00000008880) PPHLN1 (ENSMODG00000008885) ENSMODG00000008893 YAF2 (ENSMODG00000038258) Opossum MODERN SPECIES 1 KIF2C (ENSMODG00000002620) ARMH1 (ENSMODG00000002628) ENSMODG00000002648 ENSMODG00000002685 ENSMODG00000045815 ERI3 (ENSMODG00000002644) DMAP1 (ENSMODG00000002705) SLC6A9 (ENSMODG00000002931) ENSMODG00000025317 B4GALT2 (ENSMODG00000002949) ATP6V0B (ENSMODG00000002974) DPH2 (ENSMODG00000002987) IPO13 (ENSMODG00000003017) ENSMODG00000028042 ST3GAL3 (ENSMODG00000003040) ENSMODG00000025305 #22 KDM4A (ENSMODG00000003080) SZT2 (ENSMODG00000011289) ENSMODG00000011310 ELOVL1 (ENSMODG00000011324) CDC20 (ENSMODG00000036628) TIE1 (ENSMODG00000011374) ENSMODG00000038256 TMEM125 (ENSMODG00000025284) CFAP57 (ENSMODG00000011400) EBNA1BP2 (ENSMODG00000011412) ENSMODG00000011415 ENSMODG00000011425 ENSMODG00000028863 ENSMODG00000025281 DIPK1A (ENSMODG00000011623) Opossum MODERN SPECIES SOCS4 (ENSMODG00000023917) WDHD1 (ENSMODG00000011703) GCH1 (ENSMODG00000011684) SAMD4A (ENSMODG00000011669) CGRRF1 (ENSMODG00000011646) GMFB (ENSMODG00000011639) CNIH1 (ENSMODG00000011634) CDKN3 (ENSMODG00000011594) NEMF (ENSMODG00000011586) KLHDC2 (ENSMODG00000011565) KLHDC1 (ENSMODG00000011456) ENSMODG00000011437 ENSMODG00000011405 MGAT2 (ENSMODG00000011389) LRR1 (ENSMODG00000011383) ENSMODG00000011376 #22 ENSMODG00000011372 SLC10A1 (ENSMODG00000011367) SRSF5 (ENSMODG00000011362) SUSD6 (ENSMODG00000011354) PLEKHD1 (ENSMODG00000011302) SLC39A9 (ENSMODG00000050181) ERH (ENSMODG00000010274) ENSMODG00000029745 GALNT16 (ENSMODG00000010265) EXD2 (ENSMODG00000010228) DCAF5 (ENSMODG00000010219) ACTN1 (ENSMODG00000010180) ZFP36L1 (ENSMODG00000010122) RAD51B (ENSMODG00000010114) ENSMODG00000048396 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000158296 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000156106 ENSGT00660000095541.a.b ENSGT00390000008920.c.a ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000004717 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00950000182808.a.a.b.a ENSGT00940000158275 ENSGT00940000157120 ENSGT00740000115643 ENSGT00950000183017.a ENSGT00390000010094.a ENSGT00390000003316.d ENSGT00940000158846 ENSGT00390000014318 ENSGT00950000182900.A.b ENSGT00940000155548 ENSGT00940000155076.a ENSGT00940000160169 ENSGT00920000149143 ENSGT00940000161505 Tasmanian devil MODERN SPECIES 1 TXNDC16 (ENSSHAG00000001610) PTGDR (ENSSHAG00000001165) NID2 (ENSSHAG00000006301) ENSSHAG00000005877 ENSSHAG00000003492 ENSSHAG00000020911 ENSSHAG00000009147 ENSSHAG00000008977 ENSSHAG00000031482 KLHDC2 (ENSSHAG00000007935) KLHDC1 (ENSSHAG00000024075) ENSSHAG00000027619 ENSSHAG00000031927 MGAT2 (ENSSHAG00000005935) ENSSHAG00000000730 ENSSHAG00000031259 #22 ENSSHAG00000025450 ENSSHAG00000003115 SRSF5 (ENSSHAG00000002871) SUSD6 (ENSSHAG00000028499) CCDC177 (ENSSHAG00000022157) PLEKHD1 (ENSSHAG00000003621) SLC39A9 (ENSSHAG00000021009) ERH (ENSSHAG00000022924) GALNT16 (ENSSHAG00000006715) EXD2 (ENSSHAG00000005008) DCAF5 (ENSSHAG00000025722) ACTN1 (ENSSHAG00000012215) ZFP36L1 (ENSSHAG00000021843) ZFYVE26 (ENSSHAG00000012572) RDH12 (ENSSHAG00000012445) Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000158296 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000156106 ENSGT00660000095541.a.b ENSGT00390000008920.c.a ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000004717 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00950000182808.a.a.b.a ENSGT00940000158275 ENSGT00940000157120 ENSGT00950000183017.a ENSGT00390000010094.a ENSGT00390000003316.d ENSGT00940000158846 ENSGT00390000014318 ENSGT00950000182900.A.b ENSGT00940000155548 ENSGT00940000155076.a ENSGT00940000160169 ENSGT00920000149143 ENSGT00940000161505 ENSGT00940000158191 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000155369.A ENSGT00940000158296 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000156106 ENSGT00660000095541.a.b ENSGT00390000008920.c.a ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000004717.f ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720 #22 ENSGT00950000182808.a.a.b.a ENSGT00940000158275 ENSGT00940000157120 ENSGT00950000183017.a ENSGT00390000010094.a ENSGT00390000003316.d.c.b ENSGT00940000158846 ENSGT00390000014318 ENSGT00950000182900.A.b ENSGT00940000155548 ENSGT00940000155076.a ENSGT00940000160169 ENSGT00920000149143 ENSGT00940000161505 ENSGT00940000158191 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 23 MYLK (ENSPCIG00000006541) ENSPCIG00000006554 ENSPCIG00000006560 ENSPCIG00000031061 ENSPCIG00000002539 UMPS (ENSPCIG00000002525) ITGB5 (ENSPCIG00000002499) CLDN8 (ENSPCIG00000002482) ENSPCIG00000002475 ENSPCIG00000012340 SLC12A8 (ENSPCIG00000018762) ZNF148 (ENSPCIG00000018738) ENSPCIG00000031985 SNX4 (ENSPCIG00000018735) OSBPL11 (ENSPCIG00000018734) ENSPCIG00000036738 #22 ENSPCIG00000018731 ENSPCIG00000018732 LMLN (ENSPCIG00000018730) ENSPCIG00000032276 IQCG (ENSPCIG00000018728) LRCH3 (ENSPCIG00000018724) FYTTD1 (ENSPCIG00000018720) RUBCN (ENSPCIG00000018710) ENSPCIG00000018708 ENSPCIG00000036364 ENSPCIG00000007429 TNK2 (ENSPCIG00000018703) TFRC (ENSPCIG00000019941) ENSPCIG00000019947 PCYT1A (ENSPCIG00000018697) koala MODERN SPECIES 229 ENSPCIG00000023232 ENSPCIG00000016616 EMP2 (ENSPCIG00000006225) TEKT5 (ENSPCIG00000006223) NUBP1 (ENSPCIG00000006220) ENSPCIG00000006218 TVP23A (ENSPCIG00000006216) CIITA (ENSPCIG00000005524) ENSPCIG00000034176 CLEC16A (ENSPCIG00000010455) ENSPCIG00000010462 ENSPCIG00000004862 ENSPCIG00000004831 RMI2 (ENSPCIG00000034250) ENSPCIG00000004795 ENSPCIG00000037479 #22 ENSPCIG00000004770 ENSPCIG00000004749 ENSPCIG00000004966 SNN (ENSPCIG00000001028) TXNDC11 (ENSPCIG00000001046) ZC3H7A (ENSPCIG00000001063) ENSPCIG00000002823 ENSPCIG00000002739 ENSPCIG00000002716 PARN (ENSPCIG00000001259) MRTFB (ENSPCIG00000012142) ERCC4 (ENSPCIG00000012134) koala MODERN SPECIES 268 INTS1 (ENSPCIG00000006029) ENSPCIG00000006604 MAFK (ENSPCIG00000007415) TMEM184A (ENSPCIG00000007432) PSMG3 (ENSPCIG00000007485) ELFN1 (ENSPCIG00000007487) MAD1L1 (ENSPCIG00000009430) ENSPCIG00000031347 #22 MRM2 (ENSPCIG00000003826) ENSPCIG00000003825 SNX8 (ENSPCIG00000002502) EIF3B (ENSPCIG00000009464) ENSPCIG00000010079 CHST12 (ENSPCIG00000010085) ENSPCIG00000010088 LFNG (ENSPCIG00000010090) TTYH3 (ENSPCIG00000010093) ENSPCIG00000010100 BRAT1 (ENSPCIG00000006980) AMZ1 (ENSPCIG00000013426) GNA12 (ENSPCIG00000013427) CARD11 (ENSPCIG00000013434) koala MODERN SPECIES 63 GPR75 (ENSPCIG00000008642) PSME4 (ENSPCIG00000008643) ENSPCIG00000026923 ENSPCIG00000026924 ENSPCIG00000026925 SPTBN1 (ENSPCIG00000018457) ENSPCIG00000010434 ENSPCIG00000010431 EML6 (ENSPCIG00000010427) RTN4 (ENSPCIG00000010419) CLHC1 (ENSPCIG00000010411) ENSPCIG00000010410 ENSPCIG00000010408 MTIF2 (ENSPCIG00000010405) ENSPCIG00000010404 ENSPCIG00000036178 #22 CCDC88A (ENSPCIG00000010379) CFAP36 (ENSPCIG00000010245) ENSPCIG00000010238 PNPT1 (ENSPCIG00000010236) EFEMP1 (ENSPCIG00000010235) CCDC85A (ENSPCIG00000010231) ENSPCIG00000034270 VRK2 (ENSPCIG00000030044) FANCL (ENSPCIG00000030042) ENSPCIG00000030041 koala MODERN SPECIES DHRS1 (ENSPCIG00000002082) NOP9 (ENSPCIG00000002112) CIDEB (ENSPCIG00000002131) LTB4R2 (ENSPCIG00000010396) LTB4R (ENSPCIG00000010394) ADCY4 (ENSPCIG00000010387) NFATC4 (ENSPCIG00000010381) ENSPCIG00000010380 CBLN3 (ENSPCIG00000010375) ENSPCIG00000010373 SDR39U1 (ENSPCIG00000010371) ENSPCIG00000035028 CMA1 (ENSPCIG00000010370) SEMA6D (ENSPCIG00000022047) ENSPCIG00000030465 ENSPCIG00000036053 #22 SLC24A5 (ENSPCIG00000022914) MYEF2 (ENSPCIG00000022902) CTXN2 (ENSPCIG00000022900) SLC12A1 (ENSPCIG00000022889) ENSPCIG00000022883 FBN1 (ENSPCIG00000022869) CEP152 (ENSPCIG00000018054) SHC4 (ENSPCIG00000018049) SECISBP2L (ENSPCIG00000018047) COPS2 (ENSPCIG00000018046) GALK2 (ENSPCIG00000018043) ENSPCIG00000018038 FGF7 (ENSPCIG00000018042) ENSPCIG00000018040 DTWD1 (ENSPCIG00000004173) koala MODERN SPECIES 368 ENSPCIG00000025257 EIF2AK4 (ENSPCIG00000025256) GPR176 (ENSPCIG00000025255) ENSPCIG00000025253 THBS1 (ENSPCIG00000025252) ENSPCIG00000033417 #22 koala MODERN SPECIES 105 MDGA2 (ENSPCIG00000012334) LRFN5 (ENSPCIG00000012328) ATL1 (ENSPCIG00000012325) SAV1 (ENSPCIG00000012324) ENSPCIG00000012321 GMFB (ENSPCIG00000012315) ENSPCIG00000012314 ENSPCIG00000012313 NEMF (ENSPCIG00000015034) KLHDC2 (ENSPCIG00000012310) KLHDC1 (ENSPCIG00000012308) POLE2 (ENSPCIG00000011901) ENSPCIG00000011887 MGAT2 (ENSPCIG00000011889) LRR1 (ENSPCIG00000011885) ENSPCIG00000034318 #22 SLC10A1 (ENSPCIG00000011880) SRSF5 (ENSPCIG00000011877) SUSD6 (ENSPCIG00000011870) PLEKHD1 (ENSPCIG00000010356) SLC39A9 (ENSPCIG00000010360) ENSPCIG00000010363 ENSPCIG00000010367 GALNT16 (ENSPCIG00000010369) EXD2 (ENSPCIG00000012390) DCAF5 (ENSPCIG00000010372) ACTN1 (ENSPCIG00000019896) ZFP36L1 (ENSPCIG00000019895) ENSPCIG00000019894 ENSPCIG00000036898 RAD51B (ENSPCIG00000023306) Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 974 ENSVURG00010007902 #22 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1046 ENSVURG00010021379 RTP1 (ENSVURG00010021374) MROH2A (ENSVURG00010021359) ENSVURG00010021355 NEU4 (ENSVURG00010021251) GAL3ST2 (ENSVURG00010021234) ENSVURG00010021230 #22 D2HGDH (ENSVURG00010021224) ING5 (ENSVURG00010021216) DTYMK (ENSVURG00010021210) ATG4B (ENSVURG00010021203) THAP4 (ENSVURG00010021195) BOK (ENSVURG00010021188) STK25 (ENSVURG00010021165) ENSVURG00010021157 ENSVURG00010021155 FARP2 (ENSVURG00010021133) SEPTIN2 (ENSVURG00010021113) HDLBP (ENSVURG00010021098) PPP1R7 (ENSVURG00010021089) ENSVURG00010021082 ENSVURG00010021080 Common wonbat MODERN SPECIES 1057 ENPEP (ENSVURG00010005197) ENSVURG00010005319 FAM241A (ENSVURG00010005397) AP1AR (ENSVURG00010005412) TIFA (ENSVURG00010005432) ALPK1 (ENSVURG00010005462) NEUROG2 (ENSVURG00010005498) ENSVURG00010005502 ENSVURG00010005523 LARP7 (ENSVURG00010005534) ENSVURG00010005649 ENSVURG00010005941 ARSJ (ENSVURG00010006021) UGT8 (ENSVURG00010006063) ENSVURG00010006101 ENSVURG00010006132 #22 ENSVURG00010006144 ENSVURG00010006154 ENSVURG00010006191 NDST3 (ENSVURG00010006239) ENSVURG00010006317 ENSVURG00010006335 ENSVURG00010006376 MTNR1A (ENSVURG00010006416) F11 (ENSVURG00010006435) KLKB1 (ENSVURG00010006471) ENSVURG00010006525 TLR3 (ENSVURG00010006531) SORBS2 (ENSVURG00010006578) ENSVURG00010006675 ENSVURG00010006686 Common wonbat MODERN SPECIES 1131 ENSVURG00010014290 ENSVURG00010014276 GALC (ENSVURG00010014251) GPR65 (ENSVURG00010014234) KCNK10 (ENSVURG00010014177) SPATA7 (ENSVURG00010014137) PTPN21 (ENSVURG00010014118) ZC3H14 (ENSVURG00010014039) EML5 (ENSVURG00010013856) TTC8 (ENSVURG00010013574) FOXN3 (ENSVURG00010013525) EFCAB11 (ENSVURG00010013503) TDP1 (ENSVURG00010013486) ENSVURG00010013481 ENSVURG00010013473 ENSVURG00010013462 #22 PSMC1 (ENSVURG00010013446) NRDE2 (ENSVURG00010013433) CALM1 (ENSVURG00010013395) ENSVURG00010013381 TTC7B (ENSVURG00010013368) RPS6KA5 (ENSVURG00010013346) ENSVURG00010013338 ENSVURG00010013325 ENSVURG00010011327 ENSVURG00010011225 ENSVURG00010011213 ENSVURG00010011172 ENSVURG00010011161 ENSVURG00010011154 ENSVURG00010011141