Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Rat MODERN SPECIES ENSRNOG00000063281 Taar3 (ENSRNOG00000025982) Taar4 (ENSRNOG00000029877) Taar5 (ENSRNOG00000039869) Taar6 (ENSRNOG00000016089) Taar7a (ENSRNOG00000062468) Taar7b (ENSRNOG00000071181) Taar7c (ENSRNOG00000071165) Taar7d (ENSRNOG00000068797) Taar7e (ENSRNOG00000064447) Taar7h (ENSRNOG00000063959) ENSRNOG00000067484 Taar8a (ENSRNOG00000070320) Taar8c (ENSRNOG00000062917) Taar9 (ENSRNOG00000026096) LOC108349831 (ENSRNOG00000068524) #22 Stx7 (ENSRNOG00000015670) Moxd1 (ENSRNOG00000015321) Ccn2 (ENSRNOG00000015036) Enpp1 (ENSRNOG00000013994) Enpp3 (ENSRNOG00000013791) Med23 (ENSRNOG00000013422) Arg1 (ENSRNOG00000013304) Ccnb2-ps2 (ENSRNOG00000055111) Akap7 (ENSRNOG00000013202) Epb41l2 (ENSRNOG00000012346) ENSRNOG00000067501 Hmgb2-ps6 (ENSRNOG00000026462) Tmem200a (ENSRNOG00000047783) LOC100360791 (ENSRNOG00000033517) Samd3 (ENSRNOG00000039955) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.a #22 Golden Hamster MODERN SPECIES 742 Ss18l2 (ENSMAUG00000018546) Sec22c (ENSMAUG00000000375) Vipr1 (ENSMAUG00000008883) Lyzl4 (ENSMAUG00000015844) Cck (ENSMAUG00000016999) Trak1 (ENSMAUG00000018480) Ulk4 (ENSMAUG00000016164) Ctnnb1 (ENSMAUG00000001076) ENSMAUG00000014583 Entpd3 (ENSMAUG00000021114) Eif1b (ENSMAUG00000016815) Myrip (ENSMAUG00000012297) ENSMAUG00000012669 Rpsa (ENSMAUG00000018437) Slc25a38 (ENSMAUG00000016265) ENSMAUG00000005362 #22 Cx3cr1 (ENSMAUG00000008446) Xirp1 (ENSMAUG00000015987) Csrnp1 (ENSMAUG00000003691) Ttc21a (ENSMAUG00000008403) Gorasp1 (ENSMAUG00000004125) Wdr48 (ENSMAUG00000017329) Scn11a (ENSMAUG00000007489) Scn10a (ENSMAUG00000014414) Scn5a (ENSMAUG00000015120) Exog (ENSMAUG00000013540) Acvr2b (ENSMAUG00000020481) Xylb (ENSMAUG00000021136) ENSMAUG00000019971 Myd88 (ENSMAUG00000010168) Oxsr1 (ENSMAUG00000017746) Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Degu MODERN SPECIES 87 ENSODEG00000006071 MYOF (ENSODEG00000004826) ENSODEG00000004069 ENSODEG00000005256 ENSODEG00000005072 ENSODEG00000004737 ENSODEG00000004562 DNA2 (ENSODEG00000004357) ENSODEG00000004211 HNRNPH3 (ENSODEG00000004517) PBLD (ENSODEG00000004402) ATOH7 (ENSODEG00000004225) MYPN (ENSODEG00000008662) HERC4 (ENSODEG00000008527) SIRT1 (ENSODEG00000005951) ENSODEG00000019249 ##22 ENSODEG00000005484 CTNNA3 (ENSODEG00000005148) ENSODEG00000005042 ENSODEG00000019144 REEP3 (ENSODEG00000004708) JMJD1C (ENSODEG00000004131) NRBF2 (ENSODEG00000004485) ENSODEG00000004415 ADO (ENSODEG00000004378) ENSODEG00000004333 ZNF365 (ENSODEG00000004279) ENSODEG00000004053 RTKN2 (ENSODEG00000006218) ARID5B (ENSODEG00000006194) CABCOCO1 (ENSODEG00000006135) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.a ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 706 Gpt2 (ENSMAUG00000017417) Dnaja2 (ENSMAUG00000013341) ENSMAUG00000008382 Neto2 (ENSMAUG00000005646) Itfg1 (ENSMAUG00000011749) Phkb (ENSMAUG00000016799) Abcc12 (ENSMAUG00000005078) ENSMAUG00000001567 ENSMAUG00000017496 Siah1a (ENSMAUG00000001370) N4bp1 (ENSMAUG00000019066) Cbln1 (ENSMAUG00000020791) 4933402J07Rik (ENSMAUG00000017355) ENSMAUG00000015721 ENSMAUG00000019410 ##22 Zfp423 (ENSMAUG00000015448) ENSMAUG00000013750 Cnep1r1 (ENSMAUG00000012481) Heatr3 (ENSMAUG00000020748) Tent4b (ENSMAUG00000018042) Adcy7 (ENSMAUG00000005638) Brd7 (ENSMAUG00000000695) Nkd1 (ENSMAUG00000000515) Snx20 (ENSMAUG00000020254) Nod2 (ENSMAUG00000004325) Cyld (ENSMAUG00000001344) ENSMAUG00000018753 Sall1 (ENSMAUG00000019093) Tox3 (ENSMAUG00000000550) ENSMAUG00000018971 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Degu MODERN SPECIES 78 AHCY (ENSODEG00000013391) ASIP (ENSODEG00000013289) ENSODEG00000020169 ENSODEG00000015189 ENSODEG00000012943 ENSODEG00000012151 ENSODEG00000012831 ENSODEG00000012366 ZNF341 (ENSODEG00000013884) PXMP4 (ENSODEG00000015173) E2F1 (ENSODEG00000012327) ENSODEG00000013210 NECAB3 (ENSODEG00000012739) ENSODEG00000013862 CBFA2T2 (ENSODEG00000012562) ENSODEG00000019960 ##22 SNTA1 (ENSODEG00000012817) CDK5RAP1 (ENSODEG00000013190) BPIFB1 (ENSODEG00000012392) BPIFA1 (ENSODEG00000011803) BPIFA3 (ENSODEG00000011797) ENSODEG00000013174 ENSODEG00000012886 ENSODEG00000012670 BPIFB4 (ENSODEG00000013037) BPIFB3 (ENSODEG00000012502) BPIFB6 (ENSODEG00000011706) BPIFB2 (ENSODEG00000012498) SUN5 (ENSODEG00000012284) ENSODEG00000012036 DNMT3B (ENSODEG00000011753) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.a.b.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES HPDL (ENSPANG00000046630) MUTYH (ENSPANG00000014791) TOE1 (ENSPANG00000012549) TESK2 (ENSPANG00000006622) ENSPANG00000009590 PRDX1 (ENSPANG00000017082) AKR1A1 (ENSPANG00000005968) NASP (ENSPANG00000015884) CCDC17 (ENSPANG00000008893) GPBP1L1 (ENSPANG00000016209) TMEM69 (ENSPANG00000023339) IPP (ENSPANG00000004692) MAST2 (ENSPANG00000013684) PIK3R3 (ENSPANG00000008892) ENSPANG00000030223 ENSPANG00000043011 ##22 TSPAN1 (ENSPANG00000005967) P3R3URF (ENSPANG00000035602) POMGNT1 (ENSPANG00000008891) LURAP1 (ENSPANG00000006505) RAD54L (ENSPANG00000016295) LRRC41 (ENSPANG00000004655) FAAH (ENSPANG00000024429) DMBX1 (ENSPANG00000018121) TMEM275 (ENSPANG00000042200) KNCN (ENSPANG00000004348) MKNK1 (ENSPANG00000017534) MOB3C (ENSPANG00000024015) ENSPANG00000035797 ENSPANG00000008381 TEX38 (ENSPANG00000003011) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00940000174635 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Glires ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 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ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 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ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194423 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00900000143162 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00900000143197 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Golden Hamster MODERN SPECIES 652 Map4k5 (ENSMAUG00000020655) Cdkl1 (ENSMAUG00000020825) Dmac2l (ENSMAUG00000020577) L2hgdh (ENSMAUG00000015336) Sos2 (ENSMAUG00000013147) Vcpkmt (ENSMAUG00000001299) ENSMAUG00000000792 ENSMAUG00000009106 Klhdc2 (ENSMAUG00000012014) Pole2 (ENSMAUG00000001075) Dnaaf2 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Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 Cnot7 (ENSCGRG00001011174) Zdhhc2 (ENSCGRG00001012910) Micu3 (ENSCGRG00001013964) Fgf20 (ENSCGRG00001017693) ENSCGRG00001012099 Msr1 (ENSCGRG00001004518) ENSCGRG00001005908 ENSCGRG00001008370 Tusc3 (ENSCGRG00001010762) Sgcz (ENSCGRG00001012345) ENSCGRG00001005641 AI429214 (ENSCGRG00001009617) Dlc1 (ENSCGRG00001019041) Trmt9b (ENSCGRG00001019764) Lonrf1 (ENSCGRG00001020250) ENSCGRG00001005461 ##22 Prag1 (ENSCGRG00001023518) Cldn23 (ENSCGRG00001006104) Gm19410 (ENSCGRG00001024429) ENSCGRG00001016163 Eri1 (ENSCGRG00001017852) Ppp1r3b (ENSCGRG00001005666) Tnks (ENSCGRG00001020318) Dusp4 (ENSCGRG00001022778) ENSCGRG00001007762 ENSCGRG00001005245 Saraf (ENSCGRG00001024847) Leprotl1 (ENSCGRG00001000543) Mboat4 (ENSCGRG00001015723) Dctn6 (ENSCGRG00001001182) Rbpms (ENSCGRG00001002814) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 66 Chil6 (ENSCGRG00001019821) ENSCGRG00001000291 Chia1 (ENSCGRG00001018747) ENSCGRG00001023048 Pifo (ENSCGRG00001012700) Ovgp1 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MODERN SPECIES 4 Atp1a4 (ENSRNOG00000032378) Atp1a2 (ENSRNOG00000007290) Igsf8 (ENSRNOG00000007604) Kcnj9 (ENSRNOG00000007645) Kcnj10 (ENSRNOG00000068444) Pigm (ENSRNOG00000007735) Slamf9 (ENSRNOG00000008045) Igsf9 (ENSRNOG00000008054) Tagln2 (ENSRNOG00000008301) Cfap45 (ENSRNOG00000008492) Vsig8 (ENSRNOG00000008668) Slamf8 (ENSRNOG00000008736) Fcrl6 (ENSRNOG00000000055) Dusp23 (ENSRNOG00000022143) Crp (ENSRNOG00000000053) LOC108348980 (ENSRNOG00000028939) ##22 Apcs (ENSRNOG00000009086) Or10j5 (ENSRNOG00000009141) Or10j7 (ENSRNOG00000064078) Or10j27 (ENSRNOG00000064146) Or10j3 (ENSRNOG00000062538) Or10j3b (ENSRNOG00000067763) Fcer1a (ENSRNOG00000009177) Or10j2 (ENSRNOG00000049477) Mptx1 (ENSRNOG00000046165) Ackr1 (ENSRNOG00000069330) Cadm3 (ENSRNOG00000003365) Aim2 (ENSRNOG00000003480) LOC102556096 (ENSRNOG00000065208) RGD1562462 (ENSRNOG00000065043) ENSRNOG00000069878 Mus ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Shrew mouse MODERN SPECIES 20 Dmac2l (MGP_PahariEiJ_G0029566) L2hgdh (MGP_PahariEiJ_G0029565) Sos2 (MGP_PahariEiJ_G0029564) Vcpkmt (MGP_PahariEiJ_G0029563) Arf6 (MGP_PahariEiJ_G0029562) MGP_PahariEiJ_G0029561 MGP_PahariEiJ_G0029560 Klhdc2 (MGP_PahariEiJ_G0029559) Klhdc1 (MGP_PahariEiJ_G0029558) Pole2 (MGP_PahariEiJ_G0029557) MGP_PahariEiJ_G0029556 Dnaaf2 (MGP_PahariEiJ_G0029555) Mgat2 (MGP_PahariEiJ_G0029554) MGP_PahariEiJ_G0029553 Lrr1 (MGP_PahariEiJ_G0029552) Rps29 (MGP_PahariEiJ_G0029551) ##22 Mdga2 (MGP_PahariEiJ_G0029550) Rpl10l (MGP_PahariEiJ_G0029549) Mis18bp1 (MGP_PahariEiJ_G0029548) Fancm (MGP_PahariEiJ_G0029547) Fkbp3 (MGP_PahariEiJ_G0029546) Prpf39 (MGP_PahariEiJ_G0029545) MGP_PahariEiJ_G0029544 Klhl28 (MGP_PahariEiJ_G0029543) Gm527 (MGP_PahariEiJ_G0029542) MGP_PahariEiJ_G0029541 MGP_PahariEiJ_G0029540 Lrfn5 (MGP_PahariEiJ_G0029539) Fbxo33 (MGP_PahariEiJ_G0029538) MGP_PahariEiJ_G0029537 MGP_PahariEiJ_G0029536 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 3 Dmac2l (MGP_CAROLIEiJ_G0017810) L2hgdh (MGP_CAROLIEiJ_G0017809) Sos2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017808) Vcpkmt (MGP_CAROLIEiJ_G0017807) Arf6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017806) MGP_CAROLIEiJ_G0017805 Nemf (MGP_CAROLIEiJ_G0017804) Klhdc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017803) Klhdc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017802) Pole2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017801) MGP_CAROLIEiJ_G0017800 Dnaaf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017799) Mgat2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017798) MGP_CAROLIEiJ_G0017797 Lrr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017796) Rps29 (MGP_CAROLIEiJ_G0017795) ##22 Mdga2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017794) Rpl10l (MGP_CAROLIEiJ_G0017793) Mis18bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017792) Fancm (MGP_CAROLIEiJ_G0017791) Fkbp3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017790) Prpf39 (MGP_CAROLIEiJ_G0017789) Togaram1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017788) Klhl28 (MGP_CAROLIEiJ_G0017787) Gm527 (MGP_CAROLIEiJ_G0017786) MGP_CAROLIEiJ_G0017785 MGP_CAROLIEiJ_G0017784 Lrfn5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017783) Fbxo33 (MGP_CAROLIEiJ_G0017782) MGP_CAROLIEiJ_G0017781 MGP_CAROLIEiJ_G0017780 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421.g ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00900000143162 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007686.b.d.q.a.b ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00700000106038.B ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d Mouse MODERN SPECIES 3 Cdkl1 (ENSMUSG00000020990) Dmac2l (ENSMUSG00000054894) L2hgdh (ENSMUSG00000020988) Sos2 (ENSMUSG00000034801) Vcpkmt (ENSMUSG00000049882) Arf6 (ENSMUSG00000044147) Nemf (ENSMUSG00000020982) Klhdc2 (ENSMUSG00000020978) Klhdc1 (ENSMUSG00000051890) Pole2 (ENSMUSG00000020974) Dnaaf2 (ENSMUSG00000020973) Mgat2 (ENSMUSG00000043998) Gm49383 (ENSMUSG00000113149) Rpl36al (ENSMUSG00000049751) Lrr1 (ENSMUSG00000034883) Rps29 (ENSMUSG00000034892) ##22 Mdga2 (ENSMUSG00000034912) Rpl10l (ENSMUSG00000060499) Wdr20rt (ENSMUSG00000035560) Mis18bp1 (ENSMUSG00000047534) Fancm (ENSMUSG00000055884) Fkbp3 (ENSMUSG00000020949) Prpf39 (ENSMUSG00000035597) Togaram1 (ENSMUSG00000035614) Klhl28 (ENSMUSG00000020948) Gm527 (ENSMUSG00000047227) Fscb (ENSMUSG00000043060) Lrfn5 (ENSMUSG00000035653) Fbxo33 (ENSMUSG00000035329) Mia2 (ENSMUSG00000021000) Pnn (ENSMUSG00000020994) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421.g ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00970000194876 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 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(MGP_SPRETEiJ_G0018640) Rpl10l (MGP_SPRETEiJ_G0018639) MGP_SPRETEiJ_G0018638 Mis18bp1 (MGP_SPRETEiJ_G0018637) Fancm (MGP_SPRETEiJ_G0018636) Fkbp3 (MGP_SPRETEiJ_G0018635) Prpf39 (MGP_SPRETEiJ_G0018634) Togaram1 (MGP_SPRETEiJ_G0018633) Klhl28 (MGP_SPRETEiJ_G0018632) Gm527 (MGP_SPRETEiJ_G0018631) Fscb (MGP_SPRETEiJ_G0018630) MGP_SPRETEiJ_G0018629 Lrfn5 (MGP_SPRETEiJ_G0018628) Fbxo33 (MGP_SPRETEiJ_G0018627) MGP_SPRETEiJ_G0018626 spretus MODERN SPECIES 4 Glrx (MGP_SPRETEiJ_G0019612) Ell2 (MGP_SPRETEiJ_G0019611) Pcsk1 (MGP_SPRETEiJ_G0019610) Cast (MGP_SPRETEiJ_G0019609) Erap1 (MGP_SPRETEiJ_G0019608) Zfp72 (MGP_SPRETEiJ_G0019607) Lrrc14b (MGP_SPRETEiJ_G0019606) MGP_SPRETEiJ_G0019605 Sdha (MGP_SPRETEiJ_G0019604) Pdcd6 (MGP_SPRETEiJ_G0019603) Ahrr (MGP_SPRETEiJ_G0019602) Exoc3 (MGP_SPRETEiJ_G0019601) Slc9a3 (MGP_SPRETEiJ_G0019600) Cep72 (MGP_SPRETEiJ_G0019599) Tppp (MGP_SPRETEiJ_G0019598) MGP_SPRETEiJ_G0019597 ##22 Zdhhc11 (MGP_SPRETEiJ_G0019596) Brd9 (MGP_SPRETEiJ_G0019595) Trip13 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ENSNGAG00000005007 Psma2 (ENSNGAG00000014399) Mrpl32 (ENSNGAG00000014806) Hecw1 (ENSNGAG00000002566) ENSNGAG00000011632 ##22 Ciao2a (ENSNGAG00000011845) Snx1 (ENSNGAG00000008529) Snx22 (ENSNGAG00000009778) Ppib (ENSNGAG00000010794) Csnk1g1 (ENSNGAG00000020698) Pclaf (ENSNGAG00000014228) Trip4 (ENSNGAG00000019566) Zfp609 (ENSNGAG00000013924) ENSNGAG00000015132 Rbpms2 (ENSNGAG00000023569) Pif1 (ENSNGAG00000021720) Plekho2 (ENSNGAG00000021787) ENSNGAG00000003639 Ankdd1a (ENSNGAG00000009321) ENSNGAG00000021527 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 684 L2hgdh (ENSNGAG00000015201) Sos2 (ENSNGAG00000020145) Vcpkmt (ENSNGAG00000010479) ENSNGAG00000001008 Arf6 (ENSNGAG00000021182) ENSNGAG00000020523 ENSNGAG00000021321 Klhdc2 (ENSNGAG00000002689) Klhdc1 (ENSNGAG00000019790) Pole2 (ENSNGAG00000018619) Dnaaf2 (ENSNGAG00000019379) ENSNGAG00000011083 Mgat2 (ENSNGAG00000012185) ENSNGAG00000021930 Lrr1 (ENSNGAG00000006447) ENSNGAG00000013159 ##22 Mdga2 (ENSNGAG00000000533) ENSNGAG00000018918 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000168019 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 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ENSHGLG00000048747 ENSHGLG00000048597 ENSHGLG00000040429 ENSHGLG00000019549 ENSHGLG00000000611 ENSHGLG00000016363 FANCM (ENSHGLG00000013787) ENSHGLG00000012727 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000164190 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Guinea pig MODERN SPECIES 23 MAP4K5 (ENSCPOG00000014479) CDKL1 (ENSCPOG00000034915) DMAC2L (ENSCPOG00000014471) L2HGDH (ENSCPOG00000010700) 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ENSODEG00000019341 ENSODEG00000006496 SLMAP (ENSODEG00000005798) FLNB (ENSODEG00000008526) ENSODEG00000006739 DNASE1L3 (ENSODEG00000006359) BTD (ENSODEG00000006036) ENSODEG00000019220 ##22 ENSODEG00000019255 ENSODEG00000008690 ENSODEG00000019376 ANKRD28 (ENSODEG00000007156) GALNT15 (ENSODEG00000005854) ENSODEG00000005288 OXNAD1 (ENSODEG00000005968) RFTN1 (ENSODEG00000005477) ENSODEG00000019190 ENSODEG00000006167 ENSODEG00000019240 PLCL2 (ENSODEG00000005955) TBC1D5 (ENSODEG00000006516) SATB1 (ENSODEG00000006082) KCNH8 (ENSODEG00000005720) Degu MODERN SPECIES 311 ENSODEG00000000166 ENSODEG00000018519 ##22 ENSODEG00000000147 Degu MODERN SPECIES 172 ENSODEG00000019135 ENSODEG00000005507 NFASC (ENSODEG00000006271) CNTN2 (ENSODEG00000005095) RBBP5 (ENSODEG00000005136) DSTYK (ENSODEG00000007490) TMCC2 (ENSODEG00000005555) NUAK2 (ENSODEG00000006060) KLHDC8A (ENSODEG00000006709) ENSODEG00000005112 CDK18 (ENSODEG00000005608) MFSD4A (ENSODEG00000005247) ELK4 (ENSODEG00000006084) ENSODEG00000019457 ##22 SLC45A3 (ENSODEG00000007692) ENSODEG00000005090 RAB29 (ENSODEG00000006357) SLC41A1 (ENSODEG00000006495) PM20D1 (ENSODEG00000005792) SLC26A9 (ENSODEG00000005539) RAB7B (ENSODEG00000005589) CTSE (ENSODEG00000005548) AVPR1B (ENSODEG00000006394) ENSODEG00000005913 ENSODEG00000007417 IKBKE (ENSODEG00000005963) RASSF5 (ENSODEG00000007254) EIF2D (ENSODEG00000005533) DYRK3 (ENSODEG00000005989) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00390000018085.a.a.a.b.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d.t ENSGT00730000111160.j Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 CDKL1 (ENSSVLG00005008203) DMAC2L (ENSSVLG00005008238) L2HGDH (ENSSVLG00005008301) SOS2 (ENSSVLG00005008363) VCPKMT (ENSSVLG00005008401) ARF6 (ENSSVLG00005008433) NEMF (ENSSVLG00005008455) KLHDC2 (ENSSVLG00005008503) KLHDC1 (ENSSVLG00005008548) ENSSVLG00005008574 POLE2 (ENSSVLG00005008639) DNAAF2 (ENSSVLG00005008952) MGAT2 (ENSSVLG00005008964) RPL36AL (ENSSVLG00005008979) LRR1 (ENSSVLG00005008998) ENSSVLG00005009087 ##22 ENSSVLG00005009142 ENSSVLG00005009176 MDGA2 (ENSSVLG00005009198) ENSSVLG00005009425 RPL10L (ENSSVLG00005009435) ENSSVLG00005009496 ENSSVLG00005009546 MIS18BP1 (ENSSVLG00005009570) FANCM (ENSSVLG00005009709) FKBP3 (ENSSVLG00005010096) ENSSVLG00005010123 TOGARAM1 (ENSSVLG00005010233) ENSSVLG00005010384 KLHL28 (ENSSVLG00005010413) C14orf28 (ENSSVLG00005010455) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 18 ENSSVLG00005009691 ENSSVLG00005009661 ENSSVLG00005009520 ADH7 (ENSSVLG00005009430) C4orf17 (ENSSVLG00005009347) TRMT10A (ENSSVLG00005009297) MTTP (ENSSVLG00005009151) C4orf54 (ENSSVLG00005009113) ENSSVLG00005009094 DAPP1 (ENSSVLG00005008968) ENSSVLG00005008864 DNAJB14 (ENSSVLG00005008827) ENSSVLG00005008769 DDIT4L (ENSSVLG00005008748) EMCN (ENSSVLG00005008557) ENSSVLG00005008499 ##22 PPP3CA (ENSSVLG00005008404) ENSSVLG00005008348 ENSSVLG00005008327 BANK1 (ENSSVLG00005008002) SLC39A8 (ENSSVLG00005007869) ENSSVLG00005007842 ENSSVLG00005007814 NFKB1 (ENSSVLG00005007655) MANBA (ENSSVLG00005007586) ENSSVLG00005007472 CISD2 (ENSSVLG00005007409) SLC9B1 (ENSSVLG00005007310) SLC9B2 (ENSSVLG00005007129) BDH2 (ENSSVLG00005007067) CENPE (ENSSVLG00005006634) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d.t ENSGT00730000111160.j ENSGT00390000012948.b Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES RGS19 (ENSMMMG00000000211) TCEA2 (ENSMMMG00000000252) C20orf204 (ENSMMMG00000000267) PRPF6 (ENSMMMG00000000333) ENSMMMG00000000797 SAMD10 (ENSMMMG00000000802) ZNF512B (ENSMMMG00000000818) UCKL1 (ENSMMMG00000000881) DNAJC5 (ENSMMMG00000000914) TPD52L2 (ENSMMMG00000000947) ABHD16B (ENSMMMG00000001062) ZBTB46 (ENSMMMG00000001077) SLC2A4RG (ENSMMMG00000001105) ENSMMMG00000001114 ZGPAT (ENSMMMG00000001152) ENSMMMG00000001208 ##22 ARFRP1 (ENSMMMG00000001220) RTEL1 (ENSMMMG00000001278) STMN3 (ENSMMMG00000001758) GMEB2 (ENSMMMG00000001787) ENSMMMG00000001804 HELZ2 (ENSMMMG00000001816) FNDC11 (ENSMMMG00000001907) SRMS (ENSMMMG00000001913) PTK6 (ENSMMMG00000001940) PPDPF (ENSMMMG00000001957) EEF1A2 (ENSMMMG00000001969) KCNQ2 (ENSMMMG00000002019) CHRNA4 (ENSMMMG00000002798) COL20A1 (ENSMMMG00000002849) ARFGAP1 (ENSMMMG00000003181) Alpin marmot MODERN SPECIES 1 MAP4K5 (ENSMMMG00000001735) CDKL1 (ENSMMMG00000001936) DMAC2L (ENSMMMG00000001954) L2HGDH (ENSMMMG00000001966) SOS2 (ENSMMMG00000002005) VCPKMT (ENSMMMG00000002166) ARF6 (ENSMMMG00000002177) NEMF (ENSMMMG00000002268) KLHDC2 (ENSMMMG00000002856) KLHDC1 (ENSMMMG00000002951) POLE2 (ENSMMMG00000002980) DNAAF2 (ENSMMMG00000003007) MGAT2 (ENSMMMG00000003019) ENSMMMG00000003026 LRR1 (ENSMMMG00000003031) ENSMMMG00000003048 ##22 ENSMMMG00000003059 ENSMMMG00000003083 ENSMMMG00000003100 RPL10L (ENSMMMG00000003144) ENSMMMG00000003154 ENSMMMG00000003166 ENSMMMG00000003184 ENSMMMG00000003194 FKBP3 (ENSMMMG00000003203) PRPF39 (ENSMMMG00000003250) TOGARAM1 (ENSMMMG00000003305) ENSMMMG00000003419 KLHL28 (ENSMMMG00000003427) C14orf28 (ENSMMMG00000003444) LRFN5 (ENSMMMG00000003466) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00390000018085.a.a.a.b.a ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514.b ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 Arctic ground squirrel DUPLICATION Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 345 SHCBP1 (ENSUPAG00010006909) ENSUPAG00010006814 VPS35 (ENSUPAG00010006777) ORC6 (ENSUPAG00010006762) MYLK3 (ENSUPAG00010006742) C16orf87 (ENSUPAG00010006726) ENSUPAG00010006721 GPT2 (ENSUPAG00010006694) ENSUPAG00010006682 ENSUPAG00010006680 ##22 NETO2 (ENSUPAG00010006651) ITFG1 (ENSUPAG00010006623) PHKB (ENSUPAG00010006450) ABCC12 (ENSUPAG00010006392) ENSUPAG00010006386 ABCC11 (ENSUPAG00010006358) ENSUPAG00010006356 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 84 MAP4K5 (ENSUPAG00010007764) CDKL1 (ENSUPAG00010007853) DMAC2L (ENSUPAG00010007867) L2HGDH (ENSUPAG00010007904) SOS2 (ENSUPAG00010007931) VCPKMT (ENSUPAG00010008108) ARF6 (ENSUPAG00010008117) NEMF (ENSUPAG00010008130) KLHDC2 (ENSUPAG00010008179) KLHDC1 (ENSUPAG00010008181) POLE2 (ENSUPAG00010008225) DNAAF2 (ENSUPAG00010008249) ENSUPAG00010008252 ENSUPAG00010008255 LRR1 (ENSUPAG00010008259) ENSUPAG00010008281 ##22 ENSUPAG00010008297 MDGA2 (ENSUPAG00010008313) RPL10L (ENSUPAG00010008397) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 8 CDKL1 (ENSOCUG00000023744) DMAC2L (ENSOCUG00000003348) L2HGDH (ENSOCUG00000011422) SOS2 (ENSOCUG00000006052) VCPKMT (ENSOCUG00000006049) ARF6 (ENSOCUG00000001692) NEMF (ENSOCUG00000017384) KLHDC2 (ENSOCUG00000017378) KLHDC1 (ENSOCUG00000017367) ENSOCUG00000031174 POLE2 (ENSOCUG00000015480) ENSOCUG00000015466 MGAT2 (ENSOCUG00000015463) ENSOCUG00000027946 LRR1 (ENSOCUG00000000121) ENSOCUG00000027423 ##22 ENSOCUG00000033024 MDGA2 (ENSOCUG00000017002) RPL10L (ENSOCUG00000015485) ENSOCUG00000012678 ENSOCUG00000021198 ENSOCUG00000027427 ENSOCUG00000035475 ENSOCUG00000007451 MIS18BP1 (ENSOCUG00000007550) FANCM (ENSOCUG00000007539) ENSOCUG00000007535 PRPF39 (ENSOCUG00000007531) TOGARAM1 (ENSOCUG00000006378) KLHL28 (ENSOCUG00000006372) ENSOCUG00000008733 Rabbit MODERN SPECIES 14 ENSOCUG00000039638 ENSOCUG00000037614 TMEM74 (ENSOCUG00000000175) EMC2 (ENSOCUG00000002461) ENSOCUG00000027337 EIF3E (ENSOCUG00000008050) RSPO2 (ENSOCUG00000000779) ANGPT1 (ENSOCUG00000003722) ENSOCUG00000023959 ABRA (ENSOCUG00000006570) OXR1 (ENSOCUG00000000462) ZFPM2 (ENSOCUG00000005930) LRP12 (ENSOCUG00000002245) DPYS (ENSOCUG00000011148) ENSOCUG00000004398 ENSOCUG00000025731 ##22 ENSOCUG00000033506 RIMS2 (ENSOCUG00000011775) SLC25A32 (ENSOCUG00000009191) DCAF13 (ENSOCUG00000009197) FZD6 (ENSOCUG00000009180) ENSOCUG00000021507 ENSOCUG00000013717 ATP6V1C1 (ENSOCUG00000017814) AZIN1 (ENSOCUG00000015196) KLF10 (ENSOCUG00000016141) ODF1 (ENSOCUG00000017222) ENSOCUG00000030455 UBR5 (ENSOCUG00000008549) RRM2B (ENSOCUG00000008545) NCALD (ENSOCUG00000009431) Primates ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159132.a ENSGT00950000185463 ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00390000018085.a.a.a.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00940000161931 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 48 ENSOGAG00000032475 ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 49 ENSOGAG00000033843 ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b ##22 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 951 MAP4K5 (ENSPCOG00000016345) CDKL1 (ENSPCOG00000023543) DMAC2L (ENSPCOG00000014032) L2HGDH (ENSPCOG00000028342) SOS2 (ENSPCOG00000016272) VCPKMT (ENSPCOG00000020609) ARF6 (ENSPCOG00000000684) NEMF (ENSPCOG00000013328) KLHDC2 (ENSPCOG00000027810) ENSPCOG00000013951 POLE2 (ENSPCOG00000027285) ENSPCOG00000008650 DNAAF2 (ENSPCOG00000022293) ENSPCOG00000012793 LRR1 (ENSPCOG00000026498) ENSPCOG00000024671 ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 357 EDN2 (ENSPCOG00000017654) HIVEP3 (ENSPCOG00000005141) GUCA2B (ENSPCOG00000022939) GUCA2A (ENSPCOG00000021933) FOXJ3 (ENSPCOG00000024504) RIMKLA (ENSPCOG00000023531) ZMYND12 (ENSPCOG00000024191) PPCS (ENSPCOG00000014596) CCDC30 (ENSPCOG00000017863) PPIH (ENSPCOG00000027670) ENSPCOG00000019145 CLDN19 (ENSPCOG00000018973) P3H1 (ENSPCOG00000013340) C1orf50 (ENSPCOG00000020558) TMEM269 (ENSPCOG00000027633) ENSPCOG00000015576 ##22 SVBP (ENSPCOG00000008995) ERMAP (ENSPCOG00000019494) ZNF691 (ENSPCOG00000020513) SLC2A1 (ENSPCOG00000006556) ENSPCOG00000027063 ENSPCOG00000009811 Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 788 ENSPSMG00000000380 SIRPB2 (ENSPSMG00000000385) NSFL1C (ENSPSMG00000000485) ENSPSMG00000000590 SDCBP2 (ENSPSMG00000000649) RAD21L1 (ENSPSMG00000000712) C20orf202 (ENSPSMG00000000723) TMEM74B (ENSPSMG00000000728) PSMF1 (ENSPSMG00000000770) RSPO4 (ENSPSMG00000000817) ANGPT4 (ENSPSMG00000000838) FAM110A (ENSPSMG00000000851) ENSPSMG00000000857 ##22 SLC52A3 (ENSPSMG00000000875) SCRT2 (ENSPSMG00000000880) SRXN1 (ENSPSMG00000000890) TCF15 (ENSPSMG00000000898) ENSPSMG00000001646 TBC1D20 (ENSPSMG00000003053) RBCK1 (ENSPSMG00000003139) TRIB3 (ENSPSMG00000003170) NRSN2 (ENSPSMG00000003176) SOX12 (ENSPSMG00000003183) ZCCHC3 (ENSPSMG00000003190) C20orf96 (ENSPSMG00000003204) DEFB129 (ENSPSMG00000003207) ENSPSMG00000003215 DEFB127 (ENSPSMG00000003221) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 861 ENSPSMG00000021190 ##22 Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 22 ATL1 (ENSMICG00000005443) MAP4K5 (ENSMICG00000015101) CDKL1 (ENSMICG00000027499) DMAC2L (ENSMICG00000037018) L2HGDH (ENSMICG00000013196) SOS2 (ENSMICG00000017573) VCPKMT (ENSMICG00000017572) ARF6 (ENSMICG00000047517) NEMF (ENSMICG00000026600) KLHDC2 (ENSMICG00000007045) KLHDC1 (ENSMICG00000005617) POLE2 (ENSMICG00000005594) DNAAF2 (ENSMICG00000030317) ENSMICG00000042436 LRR1 (ENSMICG00000033385) RPS29 (ENSMICG00000045654) ##22 ENSMICG00000028011 FBXO33 (ENSMICG00000027968) ENSMICG00000004833 ENSMICG00000030723 TRAPPC6B (ENSMICG00000005942) ENSMICG00000004811 SEC23A (ENSMICG00000014339) CLEC14A (ENSMICG00000044146) SSTR1 (ENSMICG00000047915) ENSMICG00000012083 ENSMICG00000004725 FOXA1 (ENSMICG00000031066) MIPOL1 (ENSMICG00000003130) SLC25A21 (ENSMICG00000010812) PAX9 (ENSMICG00000010808) Mouse lemur MODERN SPECIES 22 CCDC32 (ENSMICG00000008817) RPUSD2 (ENSMICG00000028637) KNL1 (ENSMICG00000045152) RAD51 (ENSMICG00000005941) RMDN3 (ENSMICG00000005945) GCHFR (ENSMICG00000033887) DNAJC17 (ENSMICG00000026885) ZFYVE19 (ENSMICG00000005962) PPP1R14D (ENSMICG00000032223) SPINT1 (ENSMICG00000005969) RHOV (ENSMICG00000037315) VPS18 (ENSMICG00000010011) DLL4 (ENSMICG00000027357) CHAC1 (ENSMICG00000027924) INO80 (ENSMICG00000005801) ENSMICG00000041582 ##22 EXD1 (ENSMICG00000014337) CHP1 (ENSMICG00000014362) ENSMICG00000028982 ENSMICG00000043421 ENSMICG00000028077 NUSAP1 (ENSMICG00000037799) NDUFAF1 (ENSMICG00000016845) ENSMICG00000036037 RTF1 (ENSMICG00000016852) ENSMICG00000030208 ITPKA (ENSMICG00000046128) LTK (ENSMICG00000015875) RPAP1 (ENSMICG00000015898) TYRO3 (ENSMICG00000015918) MGA (ENSMICG00000001788) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163351 ENSGT00940000154557.c.b ENSGT00940000154557.c.a ENSGT00390000001017 ENSGT00940000163644 ENSGT00940000162223 ENSGT00390000010711 ENSGT00390000001958 ENSGT00390000015005 ENSGT00930000151073 ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000160251 ENSGT00530000063849.B ENSGT00940000158400 ENSGT00940000155343 ENSGT00940000154720.b ##22 ENSGT00950000182852.B ENSGT00940000159166 ENSGT00390000000873.a.a ENSGT00950000183119.a.e.a.d ENSGT00940000156024 ENSGT00950000182945.b.a.a.b.a ENSGT00940000160965 ENSGT00940000155644 ENSGT00940000154955.f ENSGT00940000158791 ENSGT00940000156496 ENSGT00390000011648.b ENSGT00390000001969.a ENSGT00940000160958 ENSGT00390000018096 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 7298 SERINC5 (ENSTSYG00000003468) ENSTSYG00000012410 ##22 ENSTSYG00000035012 ENSTSYG00000003554 FAM151B (ENSTSYG00000003593) Tarsier MODERN SPECIES 2949 LRR1 (ENSTSYG00000006667) RPS29 (ENSTSYG00000030415) ##22 Simiiformes DUPLICATION Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 722 CCDC141 (ENSRROG00000037411) TTN (ENSRROG00000045525) PLEKHA3 (ENSRROG00000041107) FKBP7 (ENSRROG00000020947) PJVK (ENSRROG00000007464) PRKRA (ENSRROG00000035389) OSBPL6 (ENSRROG00000036096) RBM45 (ENSRROG00000031398) ENSRROG00000041594 PDE11A (ENSRROG00000028809) TTC30A (ENSRROG00000023478) AGPS (ENSRROG00000035068) NFE2L2 (ENSRROG00000045317) ENSRROG00000028794 MTX2 (ENSRROG00000030249) ENSRROG00000020854 ##22 ENSRROG00000042876 ENSRROG00000038369 HOXD1 (ENSRROG00000035364) HOXD3 (ENSRROG00000044509) HOXD4 (ENSRROG00000026646) ENSRROG00000024611 HOXD10 (ENSRROG00000036162) HOXD9 (ENSRROG00000032216) ENSRROG00000043226 HOXD12 (ENSRROG00000043268) HOXD13 (ENSRROG00000040419) EVX2 (ENSRROG00000044705) ENSRROG00000044546 ENSRROG00000041768 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3029 TRAV8-6 (ENSRROG00000022111) TRAV12-3 (ENSRROG00000006826) TRAV14DV4 (ENSRROG00000034938) TRAV8-3 (ENSRROG00000025195) ENSRROG00000007368 TRAV12-2 (ENSRROG00000038216) TRAV13-1 (ENSRROG00000009009) ENSRROG00000022214 TRAV10 (ENSRROG00000038233) TRAV6 (ENSRROG00000014762) ENSRROG00000027556 TRAV3 (ENSRROG00000043216) TRAV2 (ENSRROG00000013627) OR4E1 (ENSRROG00000027332) OR4E2 (ENSRROG00000027486) ENSRROG00000009364 ##22 TRAV1-1 (ENSRROG00000025446) OR10G2 (ENSRROG00000005233) OR10G3 (ENSRROG00000003578) ENSRROG00000045157 SALL2 (ENSRROG00000035352) METTL3 (ENSRROG00000029791) ENSRROG00000010285 ENSRROG00000038128 RAB2B (ENSRROG00000039326) CHD8 (ENSRROG00000044285) SUPT16H (ENSRROG00000040444) RPGRIP1 (ENSRROG00000043617) ENSRROG00000006722 TMEM253 (ENSRROG00000030331) ZNF219 (ENSRROG00000038491) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2061 CDH8 (ENSRROG00000035054) ENSRROG00000040098 ENSRROG00000011987 ##22 ENSRROG00000044200 ENSRROG00000029432 ENSRROG00000040522 SLC38A7 (ENSRROG00000037816) CNOT1 (ENSRROG00000000906) SETD6 (ENSRROG00000042680) NDRG4 (ENSRROG00000037815) GINS3 (ENSRROG00000037290) PRSS54 (ENSRROG00000040802) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 126 C4orf17 (ENSMNEG00000035254) TRMT10A (ENSMNEG00000044321) MTTP (ENSMNEG00000033442) C4orf54 (ENSMNEG00000036400) DAPP1 (ENSMNEG00000045303) LAMTOR3 (ENSMNEG00000033312) DNAJB14 (ENSMNEG00000035915) ENSMNEG00000036937 DDIT4L (ENSMNEG00000040634) EMCN (ENSMNEG00000033602) PPP3CA (ENSMNEG00000036863) BANK1 (ENSMNEG00000045046) SLC39A8 (ENSMNEG00000025853) NFKB1 (ENSMNEG00000029847) ENSMNEG00000032895 ENSMNEG00000027952 ##22 MANBA (ENSMNEG00000040770) ENSMNEG00000029341 CISD2 (ENSMNEG00000041045) ENSMNEG00000027081 SLC9B1 (ENSMNEG00000037351) SLC9B2 (ENSMNEG00000044785) BDH2 (ENSMNEG00000029165) CENPE (ENSMNEG00000040148) ENSMNEG00000018206 TACR3 (ENSMNEG00000033579) CXXC4 (ENSMNEG00000038974) ENSMNEG00000016504 TET2 (ENSMNEG00000032282) PPA2 (ENSMNEG00000043169) ENSMNEG00000028407 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Orangutan MODERN SPECIES 10 RASIP1 (ENSPPYG00000010211) MAMSTR (ENSPPYG00000010591) NTN5 (ENSPPYG00000010209) ENSPPYG00000010210 CA11 (ENSPPYG00000010208) SPHK2 (ENSPPYG00000010207) RPL18 (ENSPPYG00000010206) SPACA4 (ENSPPYG00000010205) FAM83E (ENSPPYG00000010204) SULT2B1 (ENSPPYG00000010203) LMTK3 (ENSPPYG00000010202) ENSPPYG00000010201 ENSPPYG00000010200 KCNJ14 (ENSPPYG00000029820) GRWD1 (ENSPPYG00000010199) ENSPPYG00000034873 ##22 GRIN2D (ENSPPYG00000010198) ENSPPYG00000010197 SYNGR4 (ENSPPYG00000010196) TMEM143 (ENSPPYG00000010195) EMP3 (ENSPPYG00000010194) ODAD1 (ENSPPYG00000010193) ENSPPYG00000010192 CARD8 (ENSPPYG00000010191) ZSWIM9 (ENSPPYG00000010189) ENSPPYG00000010188 PLA2G4C (ENSPPYG00000010187) CABP5 (ENSPPYG00000010186) ELSPBP1 (ENSPPYG00000010185) BSPH1 (ENSPPYG00000035619) SULT2A1 (ENSPPYG00000010184) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.ob.b ##22 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 652 ACSM6 (ENSCCAG00000030626) ENSCCAG00000024704 PDLIM1 (ENSCCAG00000000705) SORBS1 (ENSCCAG00000030342) ENSCCAG00000021452 ALDH18A1 (ENSCCAG00000022827) ENSCCAG00000019033 ##22 TCTN3 (ENSCCAG00000028266) ENTPD1 (ENSCCAG00000032990) ENSCCAG00000019439 Capuchin MODERN SPECIES 47 TBC1D1 (ENSCCAG00000029938) KLF3 (ENSCCAG00000035557) ENSCCAG00000035205 FAM114A1 (ENSCCAG00000001555) TMEM156 (ENSCCAG00000019785) KLHL5 (ENSCCAG00000033107) WDR19 (ENSCCAG00000038131) RFC1 (ENSCCAG00000019643) KLB (ENSCCAG00000030177) ENSCCAG00000000333 LIAS (ENSCCAG00000034504) UGDH (ENSCCAG00000037253) ENSCCAG00000022448 ENSCCAG00000021205 ENSCCAG00000029185 ENSCCAG00000032225 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163351 ENSGT00940000154557.c.b ENSGT00940000154557.c.a ENSGT00390000001017 ENSGT00940000163644 ENSGT00940000162223 ENSGT00390000010711 ENSGT00390000001958.t.a ENSGT00390000015005 ENSGT00930000151073 ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000160251.g ENSGT00530000063849.B ENSGT00940000158400 ENSGT00940000155343 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00950000182852.B ENSGT00940000159166 ENSGT00390000000873.a.a ENSGT00950000183119.a.e.a.d.b ENSGT00940000156024 ENSGT00950000182945.b.a.a.b.a ENSGT00940000160965 ENSGT00940000155644 ENSGT00940000154955.f ENSGT00940000158791 ENSGT00940000156496 ENSGT00390000011648.b ENSGT00390000001969.a ENSGT00940000160958 ENSGT00390000018096 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00390000007341.a ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d.hb.a ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b Mas night monkey MODERN SPECIES 1263 MAP4K5 (ENSANAG00000028658) CDKL1 (ENSANAG00000032697) DMAC2L (ENSANAG00000030024) ENSANAG00000032284 L2HGDH (ENSANAG00000030355) SOS2 (ENSANAG00000019050) VCPKMT (ENSANAG00000007501) ARF6 (ENSANAG00000017264) NEMF (ENSANAG00000021820) KLHDC2 (ENSANAG00000019065) KLHDC1 (ENSANAG00000036333) POLE2 (ENSANAG00000024494) DNAAF2 (ENSANAG00000031647) RPL36AL (ENSANAG00000019555) LRR1 (ENSANAG00000027788) RPS29 (ENSANAG00000024423) ##22 MDGA2 (ENSANAG00000022758) ENSANAG00000001580 ENSANAG00000023525 MIS18BP1 (ENSANAG00000019792) FANCM (ENSANAG00000025075) FKBP3 (ENSANAG00000020220) PRPF39 (ENSANAG00000027511) TOGARAM1 (ENSANAG00000025127) KLHL28 (ENSANAG00000029452) C14orf28 (ENSANAG00000031811) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154720.b.pb ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000158704 ENSGT00940000158072 ENSGT00940000159132.a ENSGT00940000156502 ENSGT00490000043421 ENSGT00940000158324 ENSGT00940000157135 ENSGT00940000156593 ENSGT00390000018516 ENSGT00940000157150 ENSGT00940000157509 ENSGT00390000012435 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000161656 ENSGT00940000158830 ENSGT00940000154720.b.pb ##22 ENSGT00940000155369.A ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT00730000111477 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 18 ENSCCAG00000018652 ANO4 (ENSCCAG00000034484) GAS2L3 (ENSCCAG00000037369) NR1H4 (ENSCCAG00000021055) SLC17A8 (ENSCCAG00000001913) ENSCCAG00000008128 ENSCCAG00000031769 ACTR6 (ENSCCAG00000024707) ENSCCAG00000037286 UHRF1BP1L (ENSCCAG00000037649) FAM71C (ENSCCAG00000035595) ANKS1B (ENSCCAG00000032069) APAF1 (ENSCCAG00000036130) IKBIP (ENSCCAG00000035750) ENSCCAG00000021600 ENSCCAG00000001210 ##22 ENSCCAG00000019847 ##22 ENSCCAG00000021602 ENSCCAG00000037273 NEDD1 (ENSCCAG00000021182) CFAP54 (ENSCCAG00000030981) ENSCCAG00000030942 CDK17 (ENSCCAG00000031013) ELK3 (ENSCCAG00000027140) ENSCCAG00000023776 ENSCCAG00000019612 LTA4H (ENSCCAG00000000096) HAL (ENSCCAG00000033366) AMDHD1 (ENSCCAG00000029504) CCDC38 (ENSCCAG00000025127) SNRPF (ENSCCAG00000037378) Capuchin MODERN SPECIES 35 ENSCCAG00000030740 TRIO (ENSCCAG00000027836) OTULINL (ENSCCAG00000037191) OTULIN (ENSCCAG00000025591) ANKH (ENSCCAG00000011430) FBXL7 (ENSCCAG00000027611) MARCHF11 (ENSCCAG00000024495) ENSCCAG00000023780 ENSCCAG00000032090 ##22 ZNF622 (ENSCCAG00000035492) RETREG1 (ENSCCAG00000037769) MYO10 (ENSCCAG00000031156) CDH18 (ENSCCAG00000025772) CDH12 (ENSCCAG00000019124) Capuchin MODERN SPECIES 18 ANO4 (ENSCCAG00000034484) GAS2L3 (ENSCCAG00000037369) NR1H4 (ENSCCAG00000021055) SLC17A8 (ENSCCAG00000001913) ENSCCAG00000008128 ENSCCAG00000031769 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