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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154922.b #7	ENSGT00940000161321 #8	ENSGT00390000000614 #9	ENSGT00940000161082 #10	ENSGT00940000160761 #11	ENSGT00940000161543 #12	ENSGT00390000003256 #13	ENSGT00940000153766.A #14	ENSGT00950000183100.B #15	ENSGT00940000153408.A #16	ENSGT00940000157048 #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00390000003812 #19	ENSGT00390000018686 #20	ENSGT00390000006493 #21	ENSGT00940000157284 #22	ENSGT00390000001121 #23	ENSGT00940000157084 #24	ENSGT00940000158672 #25	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #27	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #28	ENSGT00940000157927 #29	ENSGT00940000159120 #30	ENSGT00390000013762.b.a #31	ENSGT00940000159341 #32	ENSGT00940000158246 #33	ENSGT00390000006786 #34	ENSGT00550000074922 #35	ENSGT00390000010738 #36	ENSGT00940000160171	ENSGT00940000156406.b
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154922.b #7	ENSGT00940000161321 #8	ENSGT00390000000614 #9	ENSGT00940000161082 #10	ENSGT00940000160761 #11	ENSGT00940000161543 #12	ENSGT00390000003256 #13	ENSGT00940000153766.A #14	ENSGT00950000183100.B #15	ENSGT00940000153408.A #16	ENSGT00940000157048 #17	ENSGT00940000155636 #18	ENSGT00390000003812 #19	ENSGT00390000018686 #20	ENSGT00390000006493 #21	ENSGT00940000157284 #22	ENSGT00390000001121 #23	ENSGT00940000157084 #24	ENSGT00940000158672 #25	ENSGT00950000182898.a.a.a.a.b #27	ENSGT01020000230401.a.a.a.i.a.a #28	ENSGT00940000157927 #29	ENSGT00940000159120 #30	ENSGT00390000013762.b.a #31	ENSGT00940000159341 #32	ENSGT00940000158246 #33	ENSGT00390000006786 #34	ENSGT00550000074922 #35	ENSGT00390000010738 #36	ENSGT00940000160171	ENSGT00940000156406.b
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	144	SLC22A7 (ENSCLAG00000009201) #7	CRIP3 (ENSCLAG00000010491) #8	ZNF318 (ENSCLAG00000009156) #9	ABCC10 (ENSCLAG00000012360) #10	DLK2 (ENSCLAG00000012976) #11	TJAP1 (ENSCLAG00000009058) #12	LRRC73 (ENSCLAG00000015757) #13	YIPF3 (ENSCLAG00000015747) #14	POLR1C (ENSCLAG00000009266) #15	XPO5 (ENSCLAG00000009723) #16	POLH (ENSCLAG00000010068) #17	GTPBP2 (ENSCLAG00000010271) #18	MAD2L1BP (ENSCLAG00000011121) #19	RSPH9 (ENSCLAG00000012706) #20	MRPS18A (ENSCLAG00000012929) #21	ENSCLAG00000014201 #22	MRPL14 (ENSCLAG00000016855) #23	TMEM63B (ENSCLAG00000014238) #24	CAPN11 (ENSCLAG00000013084) #25	SLC29A1 (ENSCLAG00000010529) #27	HSP90AB1 (ENSCLAG00000015740) #28	SLC35B2 (ENSCLAG00000010878) #29	NFKBIE (ENSCLAG00000011710) #30	TMEM151B (ENSCLAG00000016012) #31	TCTE1 (ENSCLAG00000013096) #32	AARS2 (ENSCLAG00000014983) #33	ENSCLAG00000017834	SPATS1 (ENSCLAG00000014840) #34	CDC5L (ENSCLAG00000014884) #35	SUPT3H (ENSCLAG00000016818) #36	RUNX2 (ENSCLAG00000010695)
Degu	MODERN SPECIES	46	CRIP3 (ENSODEG00000015500) #8	ENSODEG00000020345	ZNF318 (ENSODEG00000015646) #9	ABCC10 (ENSODEG00000016331) #10	DLK2 (ENSODEG00000015810) #11	TJAP1 (ENSODEG00000016503) #12	LRRC73 (ENSODEG00000015609) #13	YIPF3 (ENSODEG00000016177) #14	ENSODEG00000015831 #15	XPO5 (ENSODEG00000017078) #16	POLH (ENSODEG00000015994) #17	GTPBP2 (ENSODEG00000015979) #18	MAD2L1BP (ENSODEG00000015761) #19	RSPH9 (ENSODEG00000015426) #20	MRPS18A (ENSODEG00000015388) #21	ENSODEG00000016904 #22	MRPL14 (ENSODEG00000015718) #23	TMEM63B (ENSODEG00000015474) #24	CAPN11 (ENSODEG00000015728) #25	ENSODEG00000015863	ENSODEG00000015488 ##28	SLC35B2 (ENSODEG00000015458) #29	NFKBIE (ENSODEG00000015243) #30	TMEM151B (ENSODEG00000015150) #31	TCTE1 (ENSODEG00000015122) #32	AARS2 (ENSODEG00000015674) #33	SPATS1 (ENSODEG00000016233) #34	CDC5L (ENSODEG00000017235) #35	ENSODEG00000016394	SUPT3H (ENSODEG00000015634) #36	RUNX2 (ENSODEG00000015699)
Guinea pig	MODERN SPECIES	15	SLC22A7 (ENSCPOG00000012952) #7	CRIP3 (ENSCPOG00000025292) #8	ZNF318 (ENSCPOG00000009884) #9	ABCC10 (ENSCPOG00000009891) #10	DLK2 (ENSCPOG00000037284) #11	TJAP1 (ENSCPOG00000009903) #12	LRRC73 (ENSCPOG00000024689) #13	YIPF3 (ENSCPOG00000009908) #14	POLR1C (ENSCPOG00000038098) #15	XPO5 (ENSCPOG00000009917) #16	POLH (ENSCPOG00000013907) #17	GTPBP2 (ENSCPOG00000026957) #18	MAD2L1BP (ENSCPOG00000036430) #19	RSPH9 (ENSCPOG00000020076) #20	MRPS18A (ENSCPOG00000022949) #21	ENSCPOG00000013559 #22	MRPL14 (ENSCPOG00000031064) #23	TMEM63B (ENSCPOG00000026287) #24	CAPN11 (ENSCPOG00000020426) #25	SLC29A1 (ENSCPOG00000005137) #27	HSP90AB1 (ENSCPOG00000003887) #28	SLC35B2 (ENSCPOG00000032240) #29	NFKBIE (ENSCPOG00000020455) #30	TMEM151B (ENSCPOG00000024916) #31	TCTE1 (ENSCPOG00000003889) #32	AARS2 (ENSCPOG00000009676) #33	SPATS1 (ENSCPOG00000003588) #34	CDC5L (ENSCPOG00000000961) #35	SUPT3H (ENSCPOG00000024037) #36	RUNX2 (ENSCPOG00000005277)	CLIC5 (ENSCPOG00000036097)