Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 1236 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 143 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067 #10 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000156386 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000160656 ENSGT00940000159784 ENSGT00390000004029 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067 #10 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 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Cow MODERN SPECIES 26 ENSBTAG00000048645 PCDHGA5 (ENSBTAG00000045683) PCDHGC3 (ENSBTAG00000017349) ENSBTAG00000053294 ENSBTAG00000054576 ENSBTAG00000055200 PCDHGC4 (ENSBTAG00000054197) ENSBTAG00000030499 HDAC3 (ENSBTAG00000017360) RELL2 (ENSBTAG00000017371) FCHSD1 (ENSBTAG00000049248) ARAP3 (ENSBTAG00000015938) PCDH1 (ENSBTAG00000012518) DELE1 (ENSBTAG00000008435) PCDH12 (ENSBTAG00000008437) RNF14 (ENSBTAG00000005249) #12 GNPDA1 (ENSBTAG00000007865) #11 NDFIP1 (ENSBTAG00000047747) #16 SPRY4 (ENSBTAG00000008250) #17 FGF1 (ENSBTAG00000005198) #18 ARHGAP26 (ENSBTAG00000027151) NR3C1 (ENSBTAG00000019472) ENSBTAG00000053427 YIPF5 (ENSBTAG00000012758) KCTD16 (ENSBTAG00000019012) PRELID2 (ENSBTAG00000044169) GRXCR2 (ENSBTAG00000035966) SH3RF2 (ENSBTAG00000006762) PLAC8L1 (ENSBTAG00000044067) LARS1 (ENSBTAG00000006765) RBM27 (ENSBTAG00000011642) American bison MODERN SPECIES 3206 TAF7 (ENSBBBG00000011039) PCDHGA4 (ENSBBBG00000006830) ENSBBBG00000001920 PCDHGB5 (ENSBBBG00000010891) PCDHGA10 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ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000165041 ENSGT00940000164742 ENSGT00940000156683.j ENSGT00940000164213 ENSGT00940000159725.k ENSGT00940000162232 ENSGT00940000164266 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 965 PCDHGA5 (ENSMLUG00000024872) PCDHGA7 (ENSMLUG00000030560) PCDHGB4 (ENSMLUG00000024024) PCDHGA10 (ENSMLUG00000026036) ENSMLUG00000028837 PCDHGC4 (ENSMLUG00000023592) PCDHGC3 (ENSMLUG00000001812) DIAPH1 (ENSMLUG00000001822) HDAC3 (ENSMLUG00000008662) RELL2 (ENSMLUG00000023054) FCHSD1 (ENSMLUG00000008699) ARAP3 (ENSMLUG00000008745) PCDH1 (ENSMLUG00000016121) DELE1 (ENSMLUG00000013039) PCDH12 (ENSMLUG00000003402) ENSMLUG00000003410 #12 ENSMLUG00000003413 #11 NDFIP1 (ENSMLUG00000003418) #16 SPRY4 (ENSMLUG00000012443) #17 FGF1 (ENSMLUG00000007107) #18 ENSMLUG00000007111 ENSMLUG00000024725 NR3C1 (ENSMLUG00000011289) YIPF5 (ENSMLUG00000011143) KCTD16 (ENSMLUG00000012507) PRELID2 (ENSMLUG00000001107) ENSMLUG00000027921 GRXCR2 (ENSMLUG00000028885) SH3RF2 (ENSMLUG00000001112) PLAC8L1 (ENSMLUG00000001117) LARS1 (ENSMLUG00000001125) Microbat MODERN SPECIES 1597 ENSMLUG00000024908 #12 ENSMLUG00000016759 ENSMLUG00000004342 ENSMLUG00000023632 DMRTC2 (ENSMLUG00000026555) RPS19 (ENSMLUG00000006143) CD79A (ENSMLUG00000006146) ARHGEF1 (ENSMLUG00000012943) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 16 PCDHB15 (ENSRFEG00010006143) ENSRFEG00010006171 SLC25A2 (ENSRFEG00010006191) TAF7 (ENSRFEG00010006204) PCDHGC3 (ENSRFEG00010006307) ENSRFEG00010006496 DIAPH1 (ENSRFEG00010006574) ENSRFEG00010006781 RELL2 (ENSRFEG00010006841) FCHSD1 (ENSRFEG00010006953) ARAP3 (ENSRFEG00010007170) ENSRFEG00010007296 PCDH1 (ENSRFEG00010007326) DELE1 (ENSRFEG00010007416) PCDH12 (ENSRFEG00010007543) RNF14 (ENSRFEG00010007576) #12 GNPDA1 (ENSRFEG00010007628) #11 NDFIP1 (ENSRFEG00010007668) #16 SPRY4 (ENSRFEG00010007705) #17 FGF1 (ENSRFEG00010007768) #18 ARHGAP26 (ENSRFEG00010007845) NR3C1 (ENSRFEG00010008132) HMHB1 (ENSRFEG00010008275) YIPF5 (ENSRFEG00010008320) ENSRFEG00010008367 KCTD16 (ENSRFEG00010008389) PRELID2 (ENSRFEG00010008426) GRXCR2 (ENSRFEG00010008510) SH3RF2 (ENSRFEG00010008576) PLAC8L1 (ENSRFEG00010008620) LARS1 (ENSRFEG00010008684) Megabat MODERN SPECIES 4981 RNF14 (ENSPVAG00000014001) #12 Equus ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154335.a.e ENSGT00940000163424 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ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 Primates ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000165737 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164848 ENSGT00940000164062.a ENSGT00940000164062.b ENSGT00940000164266 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00910000146907 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000165737 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164848 ENSGT00940000164062.a ENSGT00940000164062.b ENSGT00940000164266 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00910000146907 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.g #12 Catarrhini DUPLICATION Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.g.a #12 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.g.a #12 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.g.a #12 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.a ENSGT00390000005809.m.b ENSGT01050000244850.B ENSGT00390000000903.a.f.b.b ENSGT00390000007552.f.x.h.b ENSGT00390000000903.a.f.a ENSGT00390000001439 ENSGT00940000157992 ENSGT00390000002915 ENSGT00940000153272.a.b.o.a ENSGT00940000154773.o ENSGT00940000164182.a.b ENSGT00950000182926.a ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000160916 ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00390000014089 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000010003.w.a.d ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00470000042642 ENSGT00430000031071 ENSGT01020000230346.C.c.a.a.a.a ENSGT00940000158940 ENSGT00390000007640.a Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.a ENSGT00390000005809.m.b ENSGT01050000244850.B ENSGT00390000000903.a.f.b.b ENSGT00390000007552.f.x.h.b ENSGT00390000000903.a.f.a ENSGT00390000001439 ENSGT00940000157992 ENSGT00390000002915 ENSGT00940000153272.a.b.o.a ENSGT00940000154773.o ENSGT00940000164182.a.b ENSGT00950000182926.a ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000160916 ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00390000014089 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000010003.w.a.d ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00470000042642 ENSGT00430000031071 ENSGT01020000230346.C.c.a.a.a.a ENSGT00940000158940 ENSGT00390000007640.a Pan ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00730000111314 ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.a ENSGT00390000005809.m.b ENSGT01050000244850.B ENSGT00390000000903.a.f.b.b ENSGT00390000007552.f.x.h.b ENSGT00390000001439 ENSGT00940000157992 ENSGT00390000002915 ENSGT00940000153272.a.b.o.a ENSGT00940000154773.o ENSGT00940000164182.a.b ENSGT00950000182926.a ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000160916 ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00390000014089 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000010003.w.a.d ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00470000042642 ENSGT00430000031071 ENSGT01020000230346.C.c.a.a.a.a ENSGT00940000158940 ENSGT00390000007640.a Bonobo MODERN SPECIES 20 ENSPPAG00000041347 ENSPPAG00000039044 ENSPPAG00000033968 ENSPPAG00000019389 ENSPPAG00000007374 ENSPPAG00000035760 EXOC4 (ENSPPAG00000035477) LRGUK (ENSPPAG00000026937) SLC35B4 (ENSPPAG00000036396) ENSPPAG00000010783 AKR1B10 (ENSPPAG00000032122) AKR1B15 (ENSPPAG00000027085) BPGM (ENSPPAG00000028646) CALD1 (ENSPPAG00000033595) ENSPPAG00000042375 ENSPPAG00000039575 #12 TMEM140 (ENSPPAG00000009309) ENSPPAG00000041815 WDR91 (ENSPPAG00000043535) STRA8 (ENSPPAG00000019246) CNOT4 (ENSPPAG00000041937) ENSPPAG00000043864 NUP205 (ENSPPAG00000007169) STMP1 (ENSPPAG00000027554) SLC13A4 (ENSPPAG00000037383) FAM180A (ENSPPAG00000040338) MTPN (ENSPPAG00000041624) ENSPPAG00000025209 ENSPPAG00000027019 CHRM2 (ENSPPAG00000003032) PTN (ENSPPAG00000033237) Chimpanzee MODERN SPECIES 20 PODXL (ENSPTRG00000019705) ENSPTRG00000043790 ENSPTRG00000045758 PLXNA4 (ENSPTRG00000041884) CHCHD3 (ENSPTRG00000019711) ENSPTRG00000039432 EXOC4 (ENSPTRG00000019712) LRGUK 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(ENSGGOG00000024585) ENSGGOG00000025238 #12 TMEM140 (ENSGGOG00000039750) CYREN (ENSGGOG00000000896) WDR91 (ENSGGOG00000000897) STRA8 (ENSGGOG00000012953) CNOT4 (ENSGGOG00000000142) ENSGGOG00000043295 NUP205 (ENSGGOG00000011519) STMP1 (ENSGGOG00000041119) SLC13A4 (ENSGGOG00000000373) FAM180A (ENSGGOG00000034922) MTPN (ENSGGOG00000038259) CHRM2 (ENSGGOG00000036119) PTN (ENSGGOG00000026927) DGKI (ENSGGOG00000010790) CREB3L2 (ENSGGOG00000004216) Gibbon MODERN SPECIES 3 MKLN1 (ENSNLEG00000012902) ENSNLEG00000012939 ENSNLEG00000033979 PLXNA4 (ENSNLEG00000012960) CHCHD3 (ENSNLEG00000027609) ENSNLEG00000027210 EXOC4 (ENSNLEG00000012988) LRGUK (ENSNLEG00000012993) SLC35B4 (ENSNLEG00000031117) AKR1B1 (ENSNLEG00000013037) ENSNLEG00000028014 ENSNLEG00000013088 BPGM (ENSNLEG00000013099) CALD1 (ENSNLEG00000013110) AGBL3 (ENSNLEG00000013163) ENSNLEG00000031154 #12 CYREN (ENSNLEG00000013225) WDR91 (ENSNLEG00000013246) ENSNLEG00000013340 CNOT4 (ENSNLEG00000013352) ENSNLEG00000018611 NUP205 (ENSNLEG00000013422) STMP1 (ENSNLEG00000036220) SLC13A4 (ENSNLEG00000013581) FAM180A (ENSNLEG00000013609) ENSNLEG00000018612 MTPN (ENSNLEG00000013619) ENSNLEG00000035281 CHRM2 (ENSNLEG00000030880) ENSNLEG00000029510 PTN (ENSNLEG00000013636) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.g.a #12 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.g.a #12 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.d ENSGT00390000001702 ENSGT00730000111314 ENSGT01050000244850.B ENSGT00390000000903.a.f.a.a ENSGT00390000001439 ENSGT00940000157992 ENSGT00910000147194 ENSGT00390000002915 ENSGT00940000153272.a.b.o.a ENSGT00940000154773.r.b ENSGT00940000154773.q.b ENSGT00950000182926.a ENSGT00910000148215 ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00940000160916 ENSGT00390000014089 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00690000103950 ENSGT00430000031071 ENSGT01020000230346.C.c.a.a.a.a ENSGT00940000158940 ENSGT00390000007640.a Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00730000111314 ENSGT01050000244850.B ENSGT00390000000903.a.f.a.a ENSGT00390000001439 ENSGT00940000157992 ENSGT00910000147194 ENSGT00390000002915 ENSGT00940000153272.a.b.o.a ENSGT00940000154773.r.b ENSGT00940000164182.b ENSGT00940000164182.a.a.a.a ENSGT00940000154773.r.a ENSGT00950000182926.a ENSGT00910000148215 ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00940000160916 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00690000103950 ENSGT00430000031071 ENSGT01020000230346.C.c.a.a.a.a ENSGT00940000158940 ENSGT00390000007640.a ENSGT00910000147899 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000154773.q.b ENSGT00940000164182.a.a.a.a ENSGT00940000154773.r.a ENSGT00950000182926.a ENSGT00910000148215 ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00940000160916 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00430000031071 ENSGT01020000230346.C.c.a.a.a.a ENSGT00940000158940 ENSGT00390000007640.a ENSGT00910000147899 ENSGT00940000158094 Drill MODERN SPECIES 320 BPGM (ENSMLEG00000036209) CALD1 (ENSMLEG00000008257) ENSMLEG00000038321 #12 AGBL3 (ENSMLEG00000031423) CYREN (ENSMLEG00000008942) WDR91 (ENSMLEG00000017378) STRA8 (ENSMLEG00000037626) Macaca ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000009822 ENSGT00940000163415 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.d ENSGT00390000001702 ENSGT00730000111314 ENSGT01050000244850.B ENSGT00390000000903.a.f.a.a ENSGT00390000001439 ENSGT00940000157992 ENSGT00390000002915 ENSGT00940000153272.a.b.o.a ENSGT00940000154773.q.b ENSGT00950000182926.a ENSGT00910000148215 ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00940000160916 ENSGT00390000014089 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00430000031071 ENSGT00940000158940 ENSGT00390000007640.a ENSGT00940000158094 ENSGT00940000157659 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 479 PLXNA4 (ENSMNEG00000039422) ENSMNEG00000041898 EXOC4 (ENSMNEG00000041325) ENSMNEG00000043244 LRGUK (ENSMNEG00000044123) ENSMNEG00000035577 SLC35B4 (ENSMNEG00000043258) AKR1B1 (ENSMNEG00000030878) ENSMNEG00000028677 ENSMNEG00000033249 ENSMNEG00000037295 ENSMNEG00000019874 BPGM (ENSMNEG00000033622) ENSMNEG00000037794 CALD1 (ENSMNEG00000029547) ENSMNEG00000030428 #12 AGBL3 (ENSMNEG00000043627) ENSMNEG00000030877 CYREN (ENSMNEG00000034913) WDR91 (ENSMNEG00000033355) STRA8 (ENSMNEG00000029267) CNOT4 (ENSMNEG00000042164) NUP205 (ENSMNEG00000044578) STMP1 (ENSMNEG00000035136) SLC13A4 (ENSMNEG00000036754) FAM180A (ENSMNEG00000030484) MTPN (ENSMNEG00000045193) CHRM2 (ENSMNEG00000004416) PTN (ENSMNEG00000015808) DGKI (ENSMNEG00000011223) CREB3L2 (ENSMNEG00000040567) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 443 ENSGT00940000153901.a.a ENSGT00940000160916 ENSGT00940000154507.g.a #12 ENSGT00390000013192 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00390000000068 ENSGT00390000004003 ENSGT00550000076278 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.b ENSGT00940000154479.b ENSGT00430000031071 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 884 AKR1B10 (ENSRBIG00000041338) CALD1 (ENSRBIG00000034934) ENSRBIG00000018333 AGBL3 (ENSRBIG00000043358) ENSRBIG00000036570 #12 CYREN (ENSRBIG00000022840) WDR91 (ENSRBIG00000037454) STRA8 (ENSRBIG00000029577) CNOT4 (ENSRBIG00000043977) NUP205 (ENSRBIG00000027468) STMP1 (ENSRBIG00000041677) SLC13A4 (ENSRBIG00000042495) FAM180A (ENSRBIG00000013617) MTPN (ENSRBIG00000037833) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.g.b #12 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT00940000154507.g.b #12 ENSGT00390000008527.k.a.d ENSGT00390000002862 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 72 ENSGT00940000154507.g.b #12 ENSGT00390000008527.k.a.d ENSGT00390000002862.i.b Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000154507.g.b #12 ENSGT00390000008527.k.a.d ENSGT00390000002862.i.b Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 113 ENSGT00940000154507.g.b #12 ENSGT00390000008527.k.a.d ENSGT00390000002862.i.a Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000016542 ENSGT00940000157233 ENSGT01040000240515.h ENSGT01020000230615 ENSGT00950000183208.A.c.a.e ENSGT00900000143214 ENSGT00910000147897 ENSGT00390000006631 ENSGT00950000182860.a.b.b ENSGT00390000008033 ENSGT00940000157521.b ENSGT00910000147617 ENSGT00390000015060.m.d ENSGT00950000182883.b.a.a ENSGT00940000155953 ENSGT00940000154507.g.b #12 ENSGT00390000008527.k.a.d ENSGT00390000002862.i.a Sooty mangabey MODERN SPECIES 480 ENSCATG00000039190 ENSCATG00000012613 ENSCATG00000012956 ZEB2 (ENSCATG00000038567) ENSCATG00000017157 GTDC1 (ENSCATG00000040626) ENSCATG00000042700 ARHGAP15 (ENSCATG00000036437) KYNU (ENSCATG00000038620) ENSCATG00000013264 LRP1B (ENSCATG00000014557) ENSCATG00000007439 ENSCATG00000004097 NXPH2 (ENSCATG00000006119) SPOPL (ENSCATG00000045289) ENSCATG00000042403 #12 Drill MODERN SPECIES 1158 ENSMLEG00000027996 NXPH2 (ENSMLEG00000039107) SPOPL (ENSMLEG00000031046) ENSMLEG00000031709 #12 ENSMLEG00000038098 HNMT (ENSMLEG00000016453) Macaca ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00530000064137.a.b ENSGT00390000016542 ENSGT00940000157233 ENSGT01020000230615 ENSGT00950000183208.A.c.a.e ENSGT00900000143214 ENSGT00390000006631 ENSGT00950000182860.a.b.b ENSGT00390000008033 ENSGT00940000157521.b ENSGT00910000147617 ENSGT00390000015060.m.d ENSGT00950000182883.b.a.a ENSGT00940000155953 ENSGT00390000002862.i.a ENSGT00940000154507.g.b #12 ENSGT00390000008527.k.a.d ENSGT00390000002862.i.b ENSGT00390000008859.b.d.k.b.f ENSGT00940000159262 ENSGT00940000163355 ENSGT01050000244848.C.a ENSGT01030000234618.F ENSGT01050000244824.D.b ENSGT00940000155324 ENSGT00940000160205 ENSGT00940000156095 ENSGT01050000244986.a.a.a.a.b.a.b.b.a.b ENSGT00940000158559 ENSGT00390000006705 ENSGT00940000160383 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 192 ENSMNEG00000015507 ENSMNEG00000007919 ZEB2 (ENSMNEG00000039161) GTDC1 (ENSMNEG00000045082) ENSMNEG00000031658 ARHGAP15 (ENSMNEG00000032082) KYNU (ENSMNEG00000028278) ENSMNEG00000000025 LRP1B (ENSMNEG00000044502) ENSMNEG00000019241 ENSMNEG00000007981 NXPH2 (ENSMNEG00000042710) SPOPL (ENSMNEG00000039162) ENSMNEG00000037114 #12 ENSMNEG00000043854 ENSMNEG00000043214 ENSMNEG00000045373 THSD7B (ENSMNEG00000030691) ENSMNEG00000028907 CXCR4 (ENSMNEG00000032574) DARS1 (ENSMNEG00000028601) MCM6 (ENSMNEG00000030267) LCT (ENSMNEG00000041995) UBXN4 (ENSMNEG00000009382) R3HDM1 (ENSMNEG00000027793) ENSMNEG00000042994 ZRANB3 (ENSMNEG00000015978) RAB3GAP1 (ENSMNEG00000031864) MAP3K19 (ENSMNEG00000033333) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 137 ENSGT00940000154507.g.b #12 ENSGT00390000008527.k.a.d Gibbon MODERN SPECIES 12 MBD5 (ENSNLEG00000009103) ORC4 (ENSNLEG00000009077) ACVR2A (ENSNLEG00000009051) ENSNLEG00000034154 ENSNLEG00000029139 ZEB2 (ENSNLEG00000009020) ENSNLEG00000033258 ENSNLEG00000031423 GTDC1 (ENSNLEG00000009003) ARHGAP15 (ENSNLEG00000008984) KYNU (ENSNLEG00000008970) LRP1B (ENSNLEG00000008924) ENSNLEG00000030102 ENSNLEG00000028194 NXPH2 (ENSNLEG00000008920) ENSNLEG00000030338 #12 ENSNLEG00000033628 HNMT (ENSNLEG00000008899) THSD7B (ENSNLEG00000008876) ENSNLEG00000028168 ENSNLEG00000031448 CXCR4 (ENSNLEG00000008873) DARS1 (ENSNLEG00000032858) MCM6 (ENSNLEG00000008748) LCT (ENSNLEG00000008718) UBXN4 (ENSNLEG00000008675) R3HDM1 (ENSNLEG00000008622) ZRANB3 (ENSNLEG00000008561) ENSNLEG00000030245 RAB3GAP1 (ENSNLEG00000008500) MAP3K19 (ENSNLEG00000008465) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000165737 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164848 ENSGT00940000164062.a ENSGT00940000164062.b ENSGT00940000164266 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.h #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00910000146907 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000165737 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164848 ENSGT00940000164062.a ENSGT00940000164062.b ENSGT00940000164266 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.h #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00910000148348 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 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ENSGT00940000156683.j ENSGT00940000164488 ENSGT00940000156683.i ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.h #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00910000148348 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00960000187994 ENSGT00910000147098 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00530000063666.a.n Vervet Monkey MODERN SPECIES 15 PCDHB14 (ENSCSAG00000012505) PCDHB15 (ENSCSAG00000000486) SLC25A2 (ENSCSAG00000000485) TAF7 (ENSCSAG00000000484) PCDHGA1 (ENSCSAG00000012500) PCDHGB7 (ENSCSAG00000012497) DIAPH1 (ENSCSAG00000012491) ENSCSAG00000012474 RELL2 (ENSCSAG00000012463) FCHSD1 (ENSCSAG00000012453) ARAP3 (ENSCSAG00000012438) ENSCSAG00000000483 PCDH1 (ENSCSAG00000012421) DELE1 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#18 ENSGT00940000157254 ENSGT00910000147553 ENSGT00940000156385 ENSGT00960000187994 ENSGT00910000147098 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 Macaca ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000162842 ENSGT00940000163424 ENSGT00940000160861 ENSGT01030000234870 ENSGT00940000164488 ENSGT00940000156683.i ENSGT00940000163745 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.h #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00910000148348 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00910000147553 ENSGT00940000156385 ENSGT00910000147098 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00530000063666.a.n Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000164011 ENSGT00940000162842 ENSGT00940000163424 ENSGT00940000160861 ENSGT01030000234870 ENSGT00940000164488 ENSGT00940000156683.i ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.h #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00910000148348 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00910000147098 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 Rhesus MODERN SPECIES 16 PCDHB13 (ENSMMUG00000049686) ENSMMUG00000053051 PCDHB15 (ENSMMUG00000021941) SLC25A2 (ENSMMUG00000021943) TAF7 (ENSMMUG00000057240) PCDHGB5 (ENSMMUG00000021963) ENSMMUG00000052308 DIAPH1 (ENSMMUG00000021964) HDAC3 (ENSMMUG00000012588) RELL2 (ENSMMUG00000012591) FCHSD1 (ENSMMUG00000012593) ARAP3 (ENSMMUG00000000465) PCDH1 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#11 NDFIP1 (ENSMFAG00000039431) #16 ENSMFAG00000058025 SPRY4 (ENSMFAG00000033414) #17 ENSMFAG00000052119 ENSMFAG00000031417 #18 ENSMFAG00000049353 ARHGAP26 (ENSMFAG00000002069) NR3C1 (ENSMFAG00000039004) ENSMFAG00000053370 ENSMFAG00000056491 ENSMFAG00000056016 ENSMFAG00000049129 ENSMFAG00000055681 HMHB1 (ENSMFAG00000004056) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 383 ENSMNEG00000032300 PCDHB10 (ENSMNEG00000023270) ENSMNEG00000040142 PCDHB14 (ENSMNEG00000026635) ENSMNEG00000026891 PCDHGA10 (ENSMNEG00000031767) PCDHGA4 (ENSMNEG00000029363) DIAPH1 (ENSMNEG00000034458) HDAC3 (ENSMNEG00000030557) RELL2 (ENSMNEG00000031835) FCHSD1 (ENSMNEG00000042045) ARAP3 (ENSMNEG00000039626) PCDH1 (ENSMNEG00000030768) DELE1 (ENSMNEG00000000602) PCDH12 (ENSMNEG00000036632) RNF14 (ENSMNEG00000041094) #12 GNPDA1 (ENSMNEG00000039381) #11 NDFIP1 (ENSMNEG00000039206) #16 SPRY4 (ENSMNEG00000035869) #17 FGF1 (ENSMNEG00000032265) #18 ARHGAP26 (ENSMNEG00000040205) ENSMNEG00000029836 NR3C1 (ENSMNEG00000033020) ENSMNEG00000001356 HMHB1 (ENSMNEG00000028636) YIPF5 (ENSMNEG00000039921) KCTD16 (ENSMNEG00000039497) ENSMNEG00000011852 ENSMNEG00000038711 PRELID2 (ENSMNEG00000035321) GRXCR2 (ENSMNEG00000040216) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159725.l ENSGT00940000164018 ENSGT00940000164906 ENSGT00940000163837.B ENSGT01030000234870 ENSGT00940000163745 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.h #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00910000148348 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00910000147553 ENSGT00940000156385 ENSGT00960000187994 ENSGT00910000147098 ENSGT00390000009781 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00910000146907 ENSGT00950000182810.A.b Olive baboon MODERN SPECIES 15 ENSPANG00000034312 PCDHB14 (ENSPANG00000019433) PCDHB15 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KCTD16 (ENSANAG00000026211) ENSANAG00000037716 PRELID2 (ENSANAG00000037895) Tarsier MODERN SPECIES 6072 PCDHGC5 (ENSTSYG00000028163) DIAPH1 (ENSTSYG00000002613) HDAC3 (ENSTSYG00000008102) RELL2 (ENSTSYG00000008165) FCHSD1 (ENSTSYG00000029441) ARAP3 (ENSTSYG00000012881) PCDH1 (ENSTSYG00000028908) KIAA0141 (ENSTSYG00000000885) PCDH12 (ENSTSYG00000026259) RNF14 (ENSTSYG00000002455) #12 GNPDA1 (ENSTSYG00000032103) #11 NDFIP1 (ENSTSYG00000006010) #16 SPRY4 (ENSTSYG00000034788) #17 MBNL3 (ENSTSYG00000014189) RAP2C (ENSTSYG00000026223) FRMD7 (ENSTSYG00000013880) STK26 (ENSTSYG00000013875) ENSTSYG00000037056 ENSTSYG00000035451 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000165041 ENSGT00940000164471 ENSGT00940000164742 ENSGT00940000164488 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164266 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B.m ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507 #12 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SPECIES 118 PCDHGA5 (ENSOGAG00000034050) PCDHGA6 (ENSOGAG00000027597) PCDHGA7 (ENSOGAG00000034417) PCDHGA8 (ENSOGAG00000027960) PCDHGA10 (ENSOGAG00000025963) PCDHGC3 (ENSOGAG00000027829) PCDHGC5 (ENSOGAG00000000603) DIAPH1 (ENSOGAG00000000604) HDAC3 (ENSOGAG00000000605) RELL2 (ENSOGAG00000000607) FCHSD1 (ENSOGAG00000032557) ARAP3 (ENSOGAG00000030775) PCDH1 (ENSOGAG00000032935) DELE1 (ENSOGAG00000003528) PCDH12 (ENSOGAG00000029106) RNF14 (ENSOGAG00000003535) #12 GNPDA1 (ENSOGAG00000007303) #11 NDFIP1 (ENSOGAG00000015910) #16 SPRY4 (ENSOGAG00000005080) #17 FGF1 (ENSOGAG00000005081) #18 ENSOGAG00000024728 ENSOGAG00000011397 NR3C1 (ENSOGAG00000003356) ENSOGAG00000025196 YIPF5 (ENSOGAG00000001543) ENSOGAG00000002243 KCTD16 (ENSOGAG00000001547) PRELID2 (ENSOGAG00000010025) GRXCR2 (ENSOGAG00000010027) SH3RF2 (ENSOGAG00000010029) LARS1 (ENSOGAG00000008750) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000165737 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164848 ENSGT00940000164062.a 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18 ENSGT00940000165737 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164848 ENSGT00940000164062.a ENSGT00940000164062.b ENSGT00940000164266 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00940000153773.a.a.b.e.a ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156683.j ENSGT00940000165392 ENSGT00940000165737 ENSGT00940000164213 ENSGT00940000164848 ENSGT00940000164062.a ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 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ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 92 Taf7 (ENSCGRG00001008337) Pcdhgc5 (ENSCGRG00001014048) Pcdhgb1 (ENSCGRG00001000864) Pcdhgb2 (ENSCGRG00001008251) Pcdhga8 (ENSCGRG00001013599) Pcdhgb7 (ENSCGRG00001009927) Diaph1 (ENSCGRG00001022620) Hdac3 (ENSCGRG00001010047) Rell2 (ENSCGRG00001020596) Fchsd1 (ENSCGRG00001023716) Arap3 (ENSCGRG00001020709) Pcdh1 (ENSCGRG00001019962) ENSCGRG00001023147 Dele1 (ENSCGRG00001001000) Pcdh12 (ENSCGRG00001016477) Rnf14 (ENSCGRG00001021566) #12 Gnpda1 (ENSCGRG00001022546) #11 Ndfip1 (ENSCGRG00001005355) #16 Spry4 (ENSCGRG00001006586) #17 Fgf1 (ENSCGRG00001017683) #18 Arhgap26 (ENSCGRG00001014813) ENSCGRG00001023620 Nr3c1 (ENSCGRG00001023458) ENSCGRG00001000351 Yipf5 (ENSCGRG00001011656) Kctd16 (ENSCGRG00001017823) Prelid2 (ENSCGRG00001018946) Grxcr2 (ENSCGRG00001003107) Sh3rf2 (ENSCGRG00001015279) Plac8l1 (ENSCGRG00001020122) Lars (ENSCGRG00001004647) Golden Hamster MODERN SPECIES 634 Pcdhga5 (ENSMAUG00000015270) Pcdhga6 (ENSMAUG00000015208) Pcdhga7 (ENSMAUG00000018245) Pcdhga8 (ENSMAUG00000008624) Pcdhga10 (ENSMAUG00000000803) Pcdhgb7 (ENSMAUG00000000546) Pcdhgc5 (ENSMAUG00000019330) ENSMAUG00000013628 Hdac3 (ENSMAUG00000011562) Rell2 (ENSMAUG00000004682) Fchsd1 (ENSMAUG00000004330) Arap3 (ENSMAUG00000001406) Pcdh1 (ENSMAUG00000019390) Dele1 (ENSMAUG00000016596) Pcdh12 (ENSMAUG00000016530) Rnf14 (ENSMAUG00000014979) #12 Gnpda1 (ENSMAUG00000013980) #11 Ndfip1 (ENSMAUG00000013654) #16 Spry4 (ENSMAUG00000013467) #17 Fgf1 (ENSMAUG00000011876) #18 Arhgap26 (ENSMAUG00000003540) ENSMAUG00000020019 Pabpc2 (ENSMAUG00000017991) Yipf5 (ENSMAUG00000017919) Kctd16 (ENSMAUG00000013733) ENSMAUG00000013226 ENSMAUG00000012663 Prelid2 (ENSMAUG00000012304) Grxcr2 (ENSMAUG00000011001) Sh3rf2 (ENSMAUG00000010120) Plac8l1 (ENSMAUG00000012870) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000156683.j ENSGT00940000165392 ENSGT00940000165737 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ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 Guinea pig MODERN SPECIES 6 PCDHB7 (ENSCPOG00000031892) ENSCPOG00000031156 ENSCPOG00000001688 PCDHB15 (ENSCPOG00000036858) TAF7 (ENSCPOG00000034331) PCDHGA1 (ENSCPOG00000020995) PCDHGA6 (ENSCPOG00000030704) DIAPH1 (ENSCPOG00000019643) HDAC3 (ENSCPOG00000014275) RELL2 (ENSCPOG00000014276) FCHSD1 (ENSCPOG00000020773) ARAP3 (ENSCPOG00000012363) PCDH1 (ENSCPOG00000005750) DELE1 (ENSCPOG00000005755) PCDH12 (ENSCPOG00000005759) RNF14 (ENSCPOG00000002723) #12 GNPDA1 (ENSCPOG00000002726) #11 NDFIP1 (ENSCPOG00000009399) #16 SPRY4 (ENSCPOG00000039083) #17 FGF1 (ENSCPOG00000034859) #18 ARHGAP26 (ENSCPOG00000008244) NR3C1 (ENSCPOG00000005188) YIPF5 (ENSCPOG00000030944) KCTD16 (ENSCPOG00000009247) PRELID2 (ENSCPOG00000036397) GRXCR2 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(ENSCLAG00000011073) PCDHGB2 (ENSCLAG00000012061) PCDHGC3 (ENSCLAG00000011461) DIAPH1 (ENSCLAG00000015293) HDAC3 (ENSCLAG00000014357) RELL2 (ENSCLAG00000011716) FCHSD1 (ENSCLAG00000011207) ARAP3 (ENSCLAG00000012705) PCDH1 (ENSCLAG00000016393) DELE1 (ENSCLAG00000017360) ENSCLAG00000013861 RNF14 (ENSCLAG00000014054) #12 GNPDA1 (ENSCLAG00000013704) #11 NDFIP1 (ENSCLAG00000016618) #16 FGF1 (ENSCLAG00000009907) #18 ARHGAP26 (ENSCLAG00000012088) NR3C1 (ENSCLAG00000009640) ENSCLAG00000011558 YIPF5 (ENSCLAG00000011264) KCTD16 (ENSCLAG00000011042) PRELID2 (ENSCLAG00000016109) GRXCR2 (ENSCLAG00000014652) ENSCLAG00000014607 SH3RF2 (ENSCLAG00000014809) PLAC8L1 (ENSCLAG00000016637) ENSCLAG00000011566 LARS1 (ENSCLAG00000011193) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 226 ENSODEG00000011684 PCDHGA10 (ENSODEG00000019952) PCDHGA11 (ENSODEG00000012695) ENSODEG00000012563 PCDHGC3 (ENSODEG00000020090) PCDHGC4 (ENSODEG00000012720) DIAPH1 (ENSODEG00000011691) HDAC3 (ENSODEG00000013234) RELL2 (ENSODEG00000010688) FCHSD1 (ENSODEG00000011662) ARAP3 (ENSODEG00000015338) ENSODEG00000011015 PCDH1 (ENSODEG00000013806) DELE1 (ENSODEG00000010984) PCDH12 (ENSODEG00000010851) ENSODEG00000010454 #12 GNPDA1 (ENSODEG00000010602) #11 NDFIP1 (ENSODEG00000012497) #16 ENSODEG00000019847 SPRY4 (ENSODEG00000010979) #17 FGF1 (ENSODEG00000010661) #18 ARHGAP26 (ENSODEG00000012456) ENSODEG00000011051 YIPF5 (ENSODEG00000011644) KCTD16 (ENSODEG00000011222) Degu MODERN SPECIES 44 ASXL3 (ENSODEG00000018431) NOL4 (ENSODEG00000018414) ENSODEG00000018326 DTNA (ENSODEG00000018476) MAPRE2 (ENSODEG00000018430) ZNF397 (ENSODEG00000018455) ENSODEG00000018301 ENSODEG00000018345 ZNF24 (ENSODEG00000018328) ENSODEG00000020539 ENSODEG00000018420 ENSODEG00000018453 ENSODEG00000018436 ENSODEG00000020532 GALNT1 (ENSODEG00000018395) ENSODEG00000018309 #12 RPRD1A (ENSODEG00000018331) SLC39A6 (ENSODEG00000018391) ELP2 (ENSODEG00000018360) MOCOS (ENSODEG00000018329) FHOD3 (ENSODEG00000018487) ENSODEG00000018387 ENSODEG00000018344 ENSODEG00000018350 ENSODEG00000018449 ENSODEG00000018335 CELF4 (ENSODEG00000018464) ENSODEG00000018343 ENSODEG00000018374 PIK3C3 (ENSODEG00000018465) RIT2 (ENSODEG00000018423) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 ENSHGLG00000042757 SLC25A2 (ENSHGLG00000021391) TAF7 (ENSHGLG00000050349) ENSHGLG00000046870 ENSHGLG00000040713 PCDHGB4 (ENSHGLG00000008984) PCDHGA8 (ENSHGLG00000033339) DIAPH1 (ENSHGLG00000011183) HDAC3 (ENSHGLG00000007216) RELL2 (ENSHGLG00000006031) FCHSD1 (ENSHGLG00000006085) ARAP3 (ENSHGLG00000006972) PCDH1 (ENSHGLG00000009729) DELE1 (ENSHGLG00000010824) PCDH12 (ENSHGLG00000003799) RNF14 (ENSHGLG00000004111) #12 GNPDA1 (ENSHGLG00000005017) #11 NDFIP1 (ENSHGLG00000006077) #16 ENSHGLG00000007479 ENSHGLG00000007801 #17 FGF1 (ENSHGLG00000037888) #18 ENSHGLG00000032544 ENSHGLG00000034200 ENSHGLG00000035295 ENSHGLG00000047598 ENSHGLG00000005132 ENSHGLG00000004110 YIPF5 (ENSHGLG00000042369) ENSHGLG00000042339 ENSHGLG00000006088 ENSHGLG00000042921 Atlantogenata DUPLICATION Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.m #12 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.m #12 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.m #12 Elephant MODERN SPECIES 597 ENSLAFG00000029293 #12 ENSLAFG00000030515 ENSLAFG00000029351 ENSLAFG00000032582 ENSLAFG00000027519 ENSLAFG00000026954 ENSLAFG00000021704 ENSLAFG00000031274 ENSLAFG00000031787 ENSLAFG00000004292 INTS6L (ENSLAFG00000004001) ENSLAFG00000006881 MMGT1 (ENSLAFG00000004024) SLC9A6 (ENSLAFG00000000085) FHL1 (ENSLAFG00000026557) ENSLAFG00000006921 Tenrec MODERN SPECIES 15564 ENSETEG00000018688 #12 ENSETEG00000018691 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000164018 ENSGT00940000159725 ENSGT00940000164906 ENSGT00940000164488 ENSGT00940000156683.i ENSGT00940000164266 ENSGT00940000162232 ENSGT00940000159910 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.n #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00940000160861 ENSGT00940000164018 ENSGT00940000159725 ENSGT00940000164906 ENSGT00940000164488 ENSGT00940000156683.i ENSGT00940000164266 ENSGT00940000157822 ENSGT00940000160487 ENSGT00940000160541 ENSGT00510000046732.B ENSGT00940000158869 ENSGT00940000155521 ENSGT00390000002137 ENSGT00940000160403 ENSGT00940000154507.n #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 927 ENSDNOG00000000130 PCDHGA1 (ENSDNOG00000032701) PCDHGA2 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ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000157770 Elephant MODERN SPECIES 2 PCDHA3 (ENSLAFG00000001880) ENSLAFG00000014278 PCDHB1 (ENSLAFG00000005554) PCDHB2 (ENSLAFG00000009131) PCDHB3 (ENSLAFG00000008803) ENSLAFG00000001302 PCDHGC5 (ENSLAFG00000004545) DIAPH1 (ENSLAFG00000007578) ENSLAFG00000007960 RELL2 (ENSLAFG00000031336) FCHSD1 (ENSLAFG00000028321) ARAP3 (ENSLAFG00000007967) ENSLAFG00000032418 DELE1 (ENSLAFG00000017081) PCDH12 (ENSLAFG00000017085) RNF14 (ENSLAFG00000007438) #12 GNPDA1 (ENSLAFG00000003999) #11 NDFIP1 (ENSLAFG00000016964) #16 FGF1 (ENSLAFG00000005484) #18 ARHGAP26 (ENSLAFG00000017734) NR3C1 (ENSLAFG00000005015) YIPF5 (ENSLAFG00000016961) KCTD16 (ENSLAFG00000016966) PRELID2 (ENSLAFG00000018461) GRXCR2 (ENSLAFG00000018464) SH3RF2 (ENSLAFG00000000315) PLAC8L1 (ENSLAFG00000000316) LARS1 (ENSLAFG00000000318) RBM27 (ENSLAFG00000022447) POU4F3 (ENSLAFG00000006932) ENSLAFG00000026509 Hyrax MODERN SPECIES 668 RNF14 (ENSPCAG00000003069) #12 Platypus MODERN SPECIES 84 DPYSL3 (ENSOANG00000012564) ENSOANG00000008710 RBM27 (ENSOANG00000012563) LARS1 (ENSOANG00000005755) ENSOANG00000032054 SH3RF2 (ENSOANG00000005754) GRXCR2 (ENSOANG00000050122) PRELID2 (ENSOANG00000043534) KCTD16 (ENSOANG00000005749) YIPF5 (ENSOANG00000005747) NR3C1 (ENSOANG00000005745) ARHGAP26 (ENSOANG00000046105) SPRY4 (ENSOANG00000050843) #17 NDFIP1 (ENSOANG00000044026) #16 ENSOANG00000038385 #11 RNF14 (ENSOANG00000007432) #12 HSPA4 (ENSOANG00000007430) #10 ENSOANG00000007429 #9 AFF4 (ENSOANG00000007428) #8 ENSOANG00000048396 LEAP2 (ENSOANG00000048336) #7 UQCRQ (ENSOANG00000042160) GDF9 (ENSOANG00000044501) ENSOANG00000049290 SOWAHA (ENSOANG00000036102) SEPTIN8 (ENSOANG00000007424) ENSOANG00000007421 KIF3A (ENSOANG00000007422) RAD50 (ENSOANG00000008019) #20 ENSOANG00000040098 IRF1 (ENSOANG00000036485) #26 Coelacanth MODERN SPECIES 1120 KIF3A (ENSLACG00000004822) CCNI2 (ENSLACG00000005697) SEPTIN8 (ENSLACG00000005880) SOWAHA (ENSLACG00000007318) ENSLACG00000007532 GDF9 (ENSLACG00000008346) UQCRQ (ENSLACG00000008524) AFF4 (ENSLACG00000008849) #8 ENSLACG00000009069 ZCCHC10 (ENSLACG00000009762) HSPA4 (ENSLACG00000010299) #10 RNF14 (ENSLACG00000010710) #12 gnpda1 (ENSLACG00000010995) #11 endou2 (ENSLACG00000011188) NDFIP1 (ENSLACG00000011391) #16 SPRY4 (ENSLACG00000012427) #17 FGF1 (ENSLACG00000013294) #18 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000156722 ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00390000001644 ENSGT00940000154726 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068 ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000160656 ENSGT00940000159784 ENSGT00390000004029 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067 #10 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160067 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000154245.A ENSGT00940000156722 ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00390000001644 ENSGT00940000154726 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000160656 ENSGT00940000159784 ENSGT00390000004029 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067 #10 ENSGT00940000154507 #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000160557 #18 ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 Osteoglossocephalai DUPLICATION Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 195 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b ENSGT00940000160656 ENSGT00940000159784 ENSGT00390000004029 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00390000014316.c.b #11 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.a ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00940000160067 ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000016221 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d 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ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 137 ENSGT00940000159751.y ENSGT00940000161811.a ENSGT00940000161542 ENSGT00940000159751.x.b ENSGT00940000155578.f ENSGT00940000161716.kc.b ENSGT00390000002172.A.a.e ENSGT00390000013836 ENSGT00940000155974 ENSGT00940000153253.b.a ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00940000154049.a ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781 #20 Denticle herring MODERN SPECIES 16 ENSDCDG00000034109 ENSDCDG00000034111 ENSDCDG00000034112 coa4 (ENSDCDG00000034113) kctd7 (ENSDCDG00000034115) ENSDCDG00000034116 CUX1 (ENSDCDG00000034118) myl10 (ENSDCDG00000034119) ENSDCDG00000034121 bcl7ba (ENSDCDG00000034122) tbl2 (ENSDCDG00000034123) nsun5 (ENSDCDG00000034124) ENSDCDG00000034127 hspa4a (ENSDCDG00000034139) #10 ENSDCDG00000034305 rnf14 (ENSDCDG00000034306) #12 endou2 (ENSDCDG00000034309) ndfip1l (ENSDCDG00000034317) #16 spry4 (ENSDCDG00000034332) #17 fgf1b (ENSDCDG00000034334) ARHGAP26 (ENSDCDG00000034407) NR3C1 (ENSDCDG00000034853) yipf5 (ENSDCDG00000034855) kctd16b (ENSDCDG00000034856) GRXCR2 (ENSDCDG00000034858) PLAC8L1 (ENSDCDG00000034860) LARS1 (ENSDCDG00000034864) nsrp1 (ENSDCDG00000034959) RBM27 (ENSDCDG00000034963) pou4f3 (ENSDCDG00000034965) RAD50 (ENSDCDG00000034984) #20 Atlantic herring MODERN SPECIES 24 or30bv1 (ENSCHAG00000013348) or30bv1 (ENSCHAG00000013329) ENSCHAG00000013307 ENSCHAG00000013286 ENSCHAG00000013277 or80a5 (ENSCHAG00000013266) ENSCHAG00000013256 ENSCHAG00000013236 ENSCHAG00000013128 ENSCHAG00000013108 bcl7ba (ENSCHAG00000013098) tbl2 (ENSCHAG00000013045) nsun5 (ENSCHAG00000012931) ENSCHAG00000012924 hspa4a (ENSCHAG00000011973) #10 rnf14 (ENSCHAG00000011948) #12 endou2 (ENSCHAG00000011911) ndfip1l (ENSCHAG00000011787) #16 spry4 (ENSCHAG00000011777) #17 ENSCHAG00000011768 ARHGAP26 (ENSCHAG00000006304) NR3C1 (ENSCHAG00000006120) yipf5 (ENSCHAG00000006102) kctd16b (ENSCHAG00000006089) ENSCHAG00000006081 GRXCR2 (ENSCHAG00000006064) PLAC8L1 (ENSCHAG00000006032) LARS1 (ENSCHAG00000004966) nsrp1 (ENSCHAG00000004910) RBM27 (ENSCHAG00000004835) pou4f3 (ENSCHAG00000004811) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 137 ENSGT01060000248564.b.a.b.b.b.b ENSGT00990000210151 ENSGT00940000160883.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000158388.a.a ENSGT00940000157904.b ENSGT00940000158972 ENSGT00390000001134.b.`b.b ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00950000182962.a.b.b ENSGT01060000248564.b.a.b.b.b.b ENSGT00940000160883.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000158388.a.a ENSGT00940000157904.b ENSGT00940000158972 ENSGT00390000001134.b.`b.b ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781.w.a #20 ENSGT00390000018781.x #20 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000160883.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000164076.a.a ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158388.a.a ENSGT00940000157904.b ENSGT00940000158972 ENSGT00390000001134.b.`b.b ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781.x #20 ENSGT00940000155857.f.b Characoidei ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000160883.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000164076.a.a ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158388.a.a ENSGT00940000157904.b ENSGT00940000158972 ENSGT00390000001134.b.`b.b ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00940000168656 #9 ENSGT00940000156067.g.a.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254 ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781.x #20 ENSGT00940000155857.f.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 73 ENSPNAG00000005258 ENSPNAG00000025795 ENSPNAG00000003963 atg4a (ENSPNAG00000025863) ANKRD46 (ENSPNAG00000025887) tmem185 (ENSPNAG00000025933) stk26 (ENSPNAG00000005204) frmd7 (ENSPNAG00000026085) CCNI2 (ENSPNAG00000006260) septin8a (ENSPNAG00000005865) SOWAHA (ENSPNAG00000005600) ENSPNAG00000026258 AFF4 (ENSPNAG00000004777) #8 ENSPNAG00000026350 #9 hspa4a (ENSPNAG00000004058) #10 rnf14 (ENSPNAG00000004066) #12 endou2 (ENSPNAG00000026537) ndfip1l 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SPECIES 372 ENSEEEG00000008629 eif3ja (ENSEEEG00000008632) parp16 (ENSEEEG00000008633) scamp5a (ENSEEEG00000008635) ENSEEEG00000008636 ubl7a (ENSEEEG00000008637) acot19 (ENSEEEG00000008640) lamb4 (ENSEEEG00000008657) lamb1a (ENSEEEG00000008698) dldh (ENSEEEG00000009082) ENSEEEG00000009210 znf800a (ENSEEEG00000009212) grm8b (ENSEEEG00000009214) pot1 (ENSEEEG00000009215) hspa4a (ENSEEEG00000009226) #10 rnf14 (ENSEEEG00000009986) #12 endou2 (ENSEEEG00000009993) ndfip1l (ENSEEEG00000010001) #16 Channel catfish MODERN SPECIES 9 atg4a (ENSIPUG00000012181) ENSIPUG00000012166 gucy2f (ENSIPUG00000012144) ENSIPUG00000012132 GPR12 (ENSIPUG00000012125) ENSIPUG00000012063 HTR2C (ENSIPUG00000012032) tmem185a (ENSIPUG00000011988) stk26 (ENSIPUG00000011923) septin8a (ENSIPUG00000011782) ENSIPUG00000011754 ENSIPUG00000011720 aff4 (ENSIPUG00000011689) #8 Zcchc10 (ENSIPUG00000011660) #9 HSPA4 (ENSIPUG00000011525) #10 rnf14 (ENSIPUG00000011466) #12 endou2 (ENSIPUG00000011459) NFI1L (ENSIPUG00000011367) #16 spry4 (ENSIPUG00000011350) #17 Fgf1 (ENSIPUG00000011328) ARHGAP26 (ENSIPUG00000010994) nr3c1 (ENSIPUG00000010944) yipf5 (ENSIPUG00000010902) kctd16 (ENSIPUG00000010898) grxcr2 (ENSIPUG00000010891) ENSIPUG00000010884 lars (ENSIPUG00000010756) RNF121 (ENSIPUG00000010700) kif4 (ENSIPUG00000010666) ammecr1 (ENSIPUG00000010641) TMEM164 (ENSIPUG00000010615) Cyprinoidei DUPLICATION Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.s.a #12 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 473 ENSGT00940000156685.u ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00940000154507.s.a.a.a #12 ENSGT00940000159028 ENSGT00940000164655 ENSGT00870000136493.c ENSGT00940000156285.xb ENSGT00940000176119 ENSGT00940000156285.yb ENSGT00940000156931 ENSGT00940000153727.a ENSGT00940000159577.g ENSGT00390000007221.a.a.b ENSGT00390000002845.j ENSGT00390000014889.b.c ENSGT00940000157753.a ENSGT00390000015996.k ENSGT00940000156288.a.a.b #26 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 393 ENSGT00940000156685.u 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(ENSCARG00000018811) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.s.a.a.b #12 Goldfish MODERN SPECIES 40 ENSCARG00000018220 ENSCARG00000018215 ENSCARG00000018210 #21 p4ha2 (ENSCARG00000018143) #21 JAKMIP2 (ENSCARG00000017909) dpysl3 (ENSCARG00000016836) STK32A (ENSCARG00000015798) stk10 (ENSCARG00000015594) SH3PXD2B (ENSCARG00000015561) ENSCARG00000015555 GABRB2 (ENSCARG00000015290) GABRA6 (ENSCARG00000015233) ENSCARG00000015223 ##36 gabra1 (ENSCARG00000015131) GABRG2 (ENSCARG00000014821) rnf14 (ENSCARG00000014796) #12 cct6a (ENSCARG00000068371) ENSCARG00000068342 ENSCARG00000068176 ENSCARG00000068080 ENSCARG00000068069 lipia (ENSCARG00000068027) kif20a (ENSCARG00000068000) wdr55 (ENSCARG00000067965) LARP1 (ENSCARG00000067783) ENSCARG00000067759 ENSCARG00000067630 pitx1 (ENSCARG00000067589) PCBD2 (ENSCARG00000067571) txndc15 (ENSCARG00000067558) zgc:77058 (ENSCARG00000067546) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154507.s.a.b #12 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 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(ENSDARG00000104834) ece2b (ENSDARG00000102142) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00500000044890.a.b.c ENSGT00940000164751.a.a ENSGT00990000205057.a.a ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a.a ENSGT01100000263484.C.a.e ENSGT00940000159319.i ENSGT00990000203619.B.a.a.a ENSGT00940000158925.e ENSGT00950000183026.B.c.a.d ENSGT00730000110966.b ENSGT00940000161558.b.a ENSGT00390000013518.i ENSGT00990000203589.a.b.a.b.rb.a ENSGT00940000159738 ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154507.s.b #12 ENSGT00390000017288 ENSGT00390000003919 ENSGT00940000159055.j ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00940000161398.e.c ENSGT00940000156342.d ENSGT00940000157522.e ENSGT00390000006095.a ENSGT00940000159610.r ENSGT00940000160281.n ENSGT00940000161057.n ENSGT00940000154866.A.c.b ENSGT00940000157514.a.c ENSGT00940000160500 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i.a Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00940000164751.a.a ENSGT01100000263547.a.b.b.b.b.a.b.a.a.b.b ENSGT00990000205057.b ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a.a 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ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000182424 ENSGT00940000164327.a ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000177390 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000177390 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000177390 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00940000164327.a ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158185 ENSGT00940000177390 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000158185 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00940000177067 ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00940000168656 #9 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 58 ENSKMAG00000011444 stk10 (ENSKMAG00000011349) SH3PXD2B (ENSKMAG00000011254) ENSKMAG00000011122 GABRB2 (ENSKMAG00000011052) GABRA6 (ENSKMAG00000011013) gabra1 (ENSKMAG00000010965) GABRG2 (ENSKMAG00000010884) CCNI2 (ENSKMAG00000010841) septin8a (ENSKMAG00000010785) ENSKMAG00000010558 ENSKMAG00000010515 AFF4 (ENSKMAG00000010443) #8 ENSKMAG00000010417 #9 hspa4a (ENSKMAG00000010299) #10 rnf14 (ENSKMAG00000010260) #12 endou2 (ENSKMAG00000010243) ndfip1l (ENSKMAG00000010223) #16 spry4 (ENSKMAG00000010183) #17 fgf1b (ENSKMAG00000010169) ARHGAP26 (ENSKMAG00000010140) NR3C1 (ENSKMAG00000010085) yipf5 (ENSKMAG00000010061) kctd16b (ENSKMAG00000010051) GRXCR2 (ENSKMAG00000010041) PLAC8L1 (ENSKMAG00000010005) LARS1 (ENSKMAG00000009903) RBM27 (ENSKMAG00000009801) pou4f3 (ENSKMAG00000009766) RAD50 (ENSKMAG00000009633) #20 drd1b (ENSKMAG00000009582) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1620 KCTD7 (ENSNFUG00015012444) PGK1 (ENSNFUG00015012478) COX7B2 (ENSNFUG00015012932) PGRMC1 (ENSNFUG00015012937) RAB24 (ENSNFUG00015012948) ENSNFUG00015013052 fgfr4 (ENSNFUG00015015879) ZNF346 (ENSNFUG00015024210) zgc:56585 (ENSNFUG00015024214) LARP1 (ENSNFUG00015024238) C21H5ORF4 (ENSNFUG00015024469) H2AFY (ENSNFUG00015024478) pitx1 (ENSNFUG00015024490) ENSNFUG00015024502 hspa4a (ENSNFUG00015024519) #10 RNF14 (ENSNFUG00015024636) #12 endou2 (ENSNFUG00015024637) ndfip1l (ENSNFUG00015024638) #16 ENSNFUG00015024641 SPRY4 (ENSNFUG00015024644) #17 ENSNFUG00015024647 ARHGAP26 (ENSNFUG00015024664) NR3C1 (ENSNFUG00015024817) YIPF5 (ENSNFUG00015024825) kctd16b (ENSNFUG00015024828) GRXCR2 (ENSNFUG00015024830) ENSNFUG00015024833 PLAC8L1 (ENSNFUG00015024837) LARS1 (ENSNFUG00015004999) RBM27 (ENSNFUG00015006341) POU4F3 (ENSNFUG00015006394) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158185 ENSGT00940000177390 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000158185 ENSGT00940000177390 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396.d ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a 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ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 5 SH3PXD2B (ENSORLG00000030603) ENSORLG00000004601 ENSORLG00000027283 ENSORLG00000023683 GABRB2 (ENSORLG00000018987) GABRA6 (ENSORLG00000018969) gabra1 (ENSORLG00000027019) GABRG2 (ENSORLG00000001267) CCNI2 (ENSORLG00000001274) septin8a (ENSORLG00000001313) ENSORLG00000028838 ENSORLG00000030255 AFF4 (ENSORLG00000001361) #8 ENSORLG00000001372 #9 hspa4a (ENSORLG00000001448) #10 rnf14 (ENSORLG00000001462) #12 endou2 (ENSORLG00000001471) ndfip1l (ENSORLG00000001479) #16 spry4 (ENSORLG00000001490) #17 ENSORLG00000001499 ARHGAP26 (ENSORLG00000001552) NR3C1 (ENSORLG00000001565) yipf5 (ENSORLG00000001576) kctd16b (ENSORLG00000001580) GRXCR2 (ENSORLG00000001588) PLAC8L1 (ENSORLG00000026879) LARS1 (ENSORLG00000001622) RBM27 (ENSORLG00000001645) pou4f3 (ENSORLG00000001657) RAD50 (ENSORLG00000001678) #20 drd1b (ENSORLG00000001681) Chinese medaka MODERN SPECIES 365 kctd16b (ENSOSIG00000014647) yipf5 (ENSOSIG00000014643) NR3C1 (ENSOSIG00000014612) ARHGAP26 (ENSOSIG00000007499) fgf1b (ENSOSIG00000007442) spry4 (ENSOSIG00000007440) #17 ndfip1l (ENSOSIG00000007100) #16 endou2 (ENSOSIG00000007095) HSPA4 (ENSOSIG00000005190) #10 rnf14 (ENSOSIG00000005149) #12 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a ENSGT00940000158185 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b Javanese ricefish MODERN SPECIES 5 SH3PXD2B (ENSOJAG00000002664) ENSOJAG00000002644 GABRB2 (ENSOJAG00000002595) GABRA6 (ENSOJAG00000002476) gabra1 (ENSOJAG00000002418) GABRG2 (ENSOJAG00000001922) CCNI2 (ENSOJAG00000001727) septin8a (ENSOJAG00000015153) SOWAHA (ENSOJAG00000015024) ENSOJAG00000015017 ENSOJAG00000014998 ENSOJAG00000014993 AFF4 (ENSOJAG00000014976) #8 ENSOJAG00000014970 #9 hspa4a (ENSOJAG00000014533) #10 rnf14 (ENSOJAG00000014491) #12 endou2 (ENSOJAG00000014466) ndfip1l (ENSOJAG00000014339) #16 spry4 (ENSOJAG00000014322) #17 ENSOJAG00000014311 ARHGAP26 (ENSOJAG00000013998) NR3C1 (ENSOJAG00000013765) yipf5 (ENSOJAG00000013710) kctd16b (ENSOJAG00000013698) GRXCR2 (ENSOJAG00000013688) PLAC8L1 (ENSOJAG00000013679) LARS1 (ENSOJAG00000012350) RBM27 (ENSOJAG00000012123) pou4f3 (ENSOJAG00000012111) RAD50 (ENSOJAG00000011480) #20 drd1b (ENSOJAG00000011402) Indian medaka MODERN SPECIES 4 STK32B (ENSOMEG00000004589) stk10 (ENSOMEG00000004657) SH3PXD2B (ENSOMEG00000004742) ins (ENSOMEG00000004777) GABRB2 (ENSOMEG00000004814) GABRA6 (ENSOMEG00000004845) gabra1 (ENSOMEG00000004870) GABRG2 (ENSOMEG00000004910) CCNI2 (ENSOMEG00000004930) septin8a (ENSOMEG00000004959) ENSOMEG00000000109 ENSOMEG00000005013 AFF4 (ENSOMEG00000005078) #8 zcchc10 (ENSOMEG00000005102) hspa4a (ENSOMEG00000005193) #10 rnf14 (ENSOMEG00000005243) #12 endou2 (ENSOMEG00000005264) ndfip1l (ENSOMEG00000005304) #16 spry4 (ENSOMEG00000005320) #17 ENSOMEG00000005336 ARHGAP26 (ENSOMEG00000000119) NR3C1 (ENSOMEG00000005484) yipf5 (ENSOMEG00000005512) kctd16b (ENSOMEG00000005525) GRXCR2 (ENSOMEG00000005551) PLAC8L1 (ENSOMEG00000005569) LARS1 (ENSOMEG00000005677) RBM27 (ENSOMEG00000005785) pou4f3 (ENSOMEG00000005808) RAD50 (ENSOMEG00000005935) #20 drd1b (ENSOMEG00000005994) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000177390 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000177067 ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000177067 ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00940000168656 #9 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000158396 ENSGT00390000015484.j ENSGT00940000177067 ENSGT00940000154245.A.jb.a ENSGT00940000156722.a ENSGT00940000159136 ENSGT00940000156685 ENSGT00940000162679 ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656 ENSGT00950000182974.a.a.b #8 ENSGT00940000168656 #9 ENSGT00940000156067.g.a #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00530000063825.A.d ENSGT00390000012721.a.g.a #16 ENSGT00950000183055.b.b #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.r ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00390000012163 ENSGT00510000046929.b ENSGT00940000160880 ENSGT00940000176998 ENSGT00390000018781 #20 Orange clownfish MODERN SPECIES 6 stk10 (ENSAPEG00000019012) SH3PXD2B (ENSAPEG00000018943) ENSAPEG00000018893 ENSAPEG00000018752 GABRB2 (ENSAPEG00000018559) GABRA6 (ENSAPEG00000018522) gabra1 (ENSAPEG00000018467) GABRG2 (ENSAPEG00000018442) CCNI2 (ENSAPEG00000018394) septin8a (ENSAPEG00000018357) SOWAHA (ENSAPEG00000018334) ENSAPEG00000018318 AFF4 (ENSAPEG00000018275) #8 ENSAPEG00000018258 #9 hspa4a (ENSAPEG00000018179) #10 rnf14 (ENSAPEG00000018135) #12 endou2 (ENSAPEG00000018083) ndfip1l (ENSAPEG00000018059) #16 spry4 (ENSAPEG00000018043) #17 ENSAPEG00000018031 ARHGAP26 (ENSAPEG00000017953) NR3C1 (ENSAPEG00000017923) yipf5 (ENSAPEG00000017896) kctd16b (ENSAPEG00000017863) GRXCR2 (ENSAPEG00000017834) PLAC8L1 (ENSAPEG00000017823) LARS1 (ENSAPEG00000017720) RBM27 (ENSAPEG00000017681) pou4f3 (ENSAPEG00000017661) ENSAPEG00000017640 RAD50 (ENSAPEG00000017535) #20 Clown anemonefish MODERN SPECIES 1836 CCNI2 (ENSAOCG00000008527) septin8a (ENSAOCG00000008571) ENSAOCG00000008521 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ENSSSAG00000074157 #20 ENSSSAG00000082153 drd1b (ENSSSAG00000074115) ENSSSAG00000121958 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000164397.b.c ENSGT00940000158570.n ENSGT00940000157177.b ENSGT00940000156580.c ENSGT00550000074618.a.a.mb.a ENSGT00940000154245.A.kb.c.a ENSGT00940000156722.a.c ENSGT00940000159136.n ENSGT00940000156685.w ENSGT00940000162679.g ENSGT00940000156068.i.a ENSGT00940000160656.i ENSGT00950000182974.a.a.b.m #8 ENSGT00730000111200.ib ENSGT00940000156067.g.a.j #10 ENSGT00940000154507.s.e #12 ENSGT00530000063825.A.d.c ENSGT00390000012721.a.h.b #16 ENSGT00950000183055.b.b.e #17 ENSGT00940000157254.q.b.a.a ENSGT00940000156385.b.f ENSGT00940000153168.C.a.a.d ENSGT00940000156071.b.b ENSGT00940000160864.a ENSGT00390000012163.c ENSGT00510000046929.b.d ENSGT00940000160880.h ENSGT00970000197177 ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b.d ENSGT00940000164716.B.b Rainbow trout MODERN SPECIES 3 stk10 (ENSOMYG00000004332) ENSOMYG00000005621 ENSOMYG00000005687 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ENSOTSG00005033347 spry4 (ENSOTSG00005033350) #17 ENSOTSG00005033351 ARHGAP26 (ENSOTSG00005033353) NR3C1 (ENSOTSG00005033628) yipf5 (ENSOTSG00005034126) kctd16b (ENSOTSG00005034129) ENSOTSG00005034131 LARS1 (ENSOTSG00005034165) RBM27 (ENSOTSG00005035553) pou4f3 (ENSOTSG00005035554) ENSOTSG00005035555 RAD50 (ENSOTSG00005035558) #20 Coho salmon DUPLICATION Coho salmon MODERN SPECIES 26 SH3PXD2B (ENSOKIG00005049254) ENSOKIG00005049270 ENSOKIG00005049271 GABRB2 (ENSOKIG00005049276) GABRA6 (ENSOKIG00005049293) gabra1 (ENSOKIG00005049341) GABRG2 (ENSOKIG00005049503) ENSOKIG00005049629 CCNI2 (ENSOKIG00005049631) septin8a (ENSOKIG00005049697) ENSOKIG00005049890 AFF4 (ENSOKIG00005049901) #8 zcchc10 (ENSOKIG00005049916) hspa4a (ENSOKIG00005049927) #10 RNF14 (ENSOKIG00005049985) #12 RNF14 (ENSOKIG00005049987) #12 endou2 (ENSOKIG00005049988) ndfip1l (ENSOKIG00005049998) #16 spry4 (ENSOKIG00005050005) #17 ENSOKIG00005050007 ARHGAP26 (ENSOKIG00005050019) NR3C1 (ENSOKIG00005050038) yipf5 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#17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.q.a ENSGT00940000156385.b.e ENSGT00940000153168.C.a.a.c ENSGT00940000156071.b.a ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864.b ENSGT00390000012163.d ENSGT00510000046929.b.c ENSGT00940000160880.g ENSGT00940000155857.f.b.c ENSGT00940000164716.B.a Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000158185.h.a ENSGT00390000016221.yb ENSGT00940000156818.`c.a ENSGT00940000158396.b ENSGT00940000154245.A.kb.c.b ENSGT00940000156722.a.d ENSGT00940000159136.m ENSGT00940000156685.x ENSGT00940000162679.h ENSGT00940000156068.i.b ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000160656.j ENSGT00950000182974.a.a.b.n #8 ENSGT00730000111200.hb ENSGT00940000156067.g.a.i #10 ENSGT00940000154507.s.f #12 ENSGT00530000063825.A.d.d ENSGT00390000012721.a.h.a #16 ENSGT00950000183055.b.b.f #17 ENSGT00940000165035.b ENSGT00940000157254.q.a ENSGT00940000156385.b.e ENSGT00940000153168.C.a.a.c ENSGT00940000156071.b.a ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864.b ENSGT00390000012163.d 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RBM27 (ENSELUG00000023148) pou4f3 (ENSELUG00000023118) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000156685.y.b ENSGT00940000162679.d ENSGT00940000156068.i ENSGT00950000183003.a.a.a.a.b.f ENSGT00940000160656.c ENSGT00950000182974.a.a.b.i #8 ENSGT00730000111200 ENSGT00940000156067.h #10 ENSGT00940000154507.s #12 ENSGT00950000183055.b.b.a #17 ENSGT00940000157254.p ENSGT00940000156385.b ENSGT00940000156071.b ENSGT00940000158849 ENSGT00940000160864 ENSGT00510000046929.b.g ENSGT00940000160880.d ENSGT00940000156386.c ENSGT00390000018781 #20 ENSGT00940000155857.f.b ENSGT00390000000483.a.a.e ENSGT00940000154998.a.a.s ENSGT00940000156198.c.b ENSGT00390000005989.a.b Asian bonytongue MODERN SPECIES 19 ENSSFOG00015024473 stk10 (ENSSFOG00015001218) SH3PXD2B (ENSSFOG00015001146) ENSSFOG00015001114 gabrb2a (ENSSFOG00015001078) GABRA6 (ENSSFOG00015001032) gabra1 (ENSSFOG00015000992) GABRG2 (ENSSFOG00015002914) CCNI2 (ENSSFOG00015000927) septin8a (ENSSFOG00015000919) SOWAHA (ENSSFOG00015031119) 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rivulus MODERN SPECIES 53 fkbp2 (ENSKMAG00000009726) ncbp2 (ENSKMAG00000009686) ENSKMAG00000009656 cp (ENSKMAG00000009603) ENSKMAG00000009583 ENSKMAG00000009538 tm4sf4 (ENSKMAG00000009516) tmem69 (ENSKMAG00000009502) slc25a24 (ENSKMAG00000009445) fam102bb (ENSKMAG00000009363) HENMT1 (ENSKMAG00000009299) ENSKMAG00000009204 ENSKMAG00000009166 stxbp3 (ENSKMAG00000009088) ENSKMAG00000009064 ENSKMAG00000009014 #12 ENSKMAG00000008962 PIK3CA (ENSKMAG00000008853) ENSKMAG00000008822 ENSKMAG00000008804 mccc1 (ENSKMAG00000008763) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1626 CP (ENSNFUG00015021159) TM4SF18 (ENSNFUG00015021091) ENSNFUG00015021086 tm4sf4 (ENSNFUG00015021079) TMEM69 (ENSNFUG00015021076) SLC25A24 (ENSNFUG00015020534) FAM102BB (ENSNFUG00015020518) henmt1 (ENSNFUG00015020514) ENSNFUG00015020505 ENSNFUG00015020496 FNDC7 (ENSNFUG00015020481) STXBP3 (ENSNFUG00015019624) ENSNFUG00015019565 ENSNFUG00015019560 ENSNFUG00015019556 ENSNFUG00015019547 #12 BX548160.2 (ENSNFUG00015019542) PIK3CA 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ENSGT00950000183189.a.b.a ENSGT00390000013701 ENSGT00950000182865.b.a.b.b.a.a.a ENSGT00390000015458 ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000164186.a Javanese ricefish MODERN SPECIES 18 ncbp2 (ENSOJAG00000017672) ENSOJAG00000017732 ENSOJAG00000017811 cp (ENSOJAG00000017873) TM4SF1 (ENSOJAG00000020132) tm4sf4 (ENSOJAG00000020149) tmem69 (ENSOJAG00000020157) slc25a24 (ENSOJAG00000020182) fam102bb (ENSOJAG00000020389) henmt1 (ENSOJAG00000020437) ENSOJAG00000020449 ENSOJAG00000020464 FNDC7 (ENSOJAG00000020494) stxbp3 (ENSOJAG00000020548) ENSOJAG00000021089 ENSOJAG00000021105 #12 ENSOJAG00000021109 PIK3CA (ENSOJAG00000021116) kng1 (ENSOJAG00000021146) ENSOJAG00000021150 mccc1 (ENSOJAG00000021188) ATP11B (ENSOJAG00000021737) ENSOJAG00000021914 dnajc19 (ENSOJAG00000021937) fxr1 (ENSOJAG00000022030) ttc14 (ENSOJAG00000022381) ENSOJAG00000003787 hps3 (ENSOJAG00000003815) bcar3 (ENSOJAG00000003879) fnbp1l (ENSOJAG00000003974) si:ch211-198n5.11 (ENSOJAG00000004102) Indian medaka MODERN SPECIES 13 cp (ENSOMEG00000010674) TM4SF1 (ENSOMEG00000010695) ENSOMEG00000010724 tm4sf4 (ENSOMEG00000010763) tmem69 (ENSOMEG00000010792) slc25a24 (ENSOMEG00000010867) fam102bb (ENSOMEG00000010933) henmt1 (ENSOMEG00000010988) ENSOMEG00000011001 ENSOMEG00000011070 ENSOMEG00000011097 FNDC7 (ENSOMEG00000011142) stxbp3 (ENSOMEG00000011180) ENSOMEG00000011198 ENSOMEG00000011225 ENSOMEG00000011259 #12 ENSOMEG00000011303 PIK3CA (ENSOMEG00000011383) kng1 (ENSOMEG00000011412) ENSOMEG00000011439 mccc1 (ENSOMEG00000011470) ATP11B (ENSOMEG00000011605) sox2 (ENSOMEG00000011636) dnajc19 (ENSOMEG00000011655) fxr1 (ENSOMEG00000011753) ttc14 (ENSOMEG00000011795) ENSOMEG00000011872 hps3 (ENSOMEG00000011957) gnb5a (ENSOMEG00000011983) bcar3 (ENSOMEG00000012147) fnbp1l (ENSOMEG00000012284) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000003197 ENSGT00940000155866.q.b ENSGT00940000160228.i.a.b ENSGT00940000155866.q.a ENSGT01030000234590.A.b.a.a ENSGT00940000165445 ENSGT01030000234590.A.b.b 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(ENSORLG00000011644) kng1 (ENSORLG00000011656) ENSORLG00000025358 mccc1 (ENSORLG00000011678) ATP11B (ENSORLG00000025942) sox2 (ENSORLG00000011685) ENSORLG00000023151 dnajc19 (ENSORLG00000026035) fxr1 (ENSORLG00000011787) ttc14 (ENSORLG00000011825) ENSORLG00000029868 ENSORLG00000011842 hps3 (ENSORLG00000011881) bcar3 (ENSORLG00000011935) Chinese medaka MODERN SPECIES 141 ENSOSIG00000005922 cp (ENSOSIG00000005940) ENSOSIG00000007930 tm4sf4 (ENSOSIG00000007931) tmem69 (ENSOSIG00000007932) slc25a24 (ENSOSIG00000007941) fam102bb (ENSOSIG00000008133) ENSOSIG00000008138 ENSOSIG00000008140 ENSOSIG00000008146 stxbp3 (ENSOSIG00000008178) ENSOSIG00000010616 ENSOSIG00000010619 #12 ENSOSIG00000010625 PIK3CA (ENSOSIG00000010753) ENSOSIG00000010773 ENSOSIG00000010776 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160228.i.a.b ENSGT00940000155866 ENSGT01030000234590.A.b.a.a ENSGT00940000165445 ENSGT01030000234590.A.b.b ENSGT00390000015318.b ENSGT00940000164927.a ENSGT00940000156132.h ENSGT00390000004798 ENSGT01050000244823.d.b.b.b ENSGT00940000157064.a.b.b.a.a ENSGT00980000198596.B ENSGT00390000004674.i.b ENSGT00940000157607 ENSGT00460000041630 ENSGT00940000154507.t #12 ENSGT00730000111202 ENSGT00940000155531.a.a ENSGT00950000182930.B ENSGT00950000182899.C.a ENSGT00940000156941 ENSGT00940000156162.C ENSGT00940000160614 ENSGT00940000154384 ENSGT00950000183189.a.b.a ENSGT00390000013701 ENSGT00950000182865.b.a.b.b.a.a.a ENSGT00390000015458 ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000164186.a Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00950000182976.b.a ENSGT00950000182913.B.f ENSGT00940000164186.a ENSGT00950000183047.c.b ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00390000015458 ENSGT00390000013701 ENSGT00950000183189.a.b.a ENSGT00940000154384 ENSGT00940000160614 ENSGT00940000164897.a.b.b ENSGT00940000156162.C ENSGT00940000156941 ENSGT01000000216191 ENSGT00460000041630 ENSGT00940000154507.t #12 ENSGT00730000111202 ENSGT00940000155531.a.a ENSGT00950000182930.B Midas cichlid DUPLICATION Midas cichlid MODERN SPECIES 487 depdc1a (ENSACIG00000023461) rpe65c (ENSACIG00000023446) si:ch211-198n5.11 (ENSACIG00000023426) fnbp1l (ENSACIG00000023410) bcar3 (ENSACIG00000023397) cd248a (ENSACIG00000023389) hps3 (ENSACIG00000023368) ttc14 (ENSACIG00000023360) fxr1 (ENSACIG00000023354) dnajc19 (ENSACIG00000023350) sox2 (ENSACIG00000023348) ENSACIG00000023342 ATP11B (ENSACIG00000023329) mccc1 (ENSACIG00000023146) ENSACIG00000023097 ENSACIG00000023068 #12 PIK3CA (ENSACIG00000023052) ZMAT3 (ENSACIG00000023037) ENSACIG00000023030 #12 stxbp3 (ENSACIG00000022914) ENSACIG00000022889 Midas cichlid MODERN SPECIES 487 ENSACIG00000022889 stxbp3 (ENSACIG00000022914) ENSACIG00000023030 #12 ZMAT3 (ENSACIG00000023037) PIK3CA (ENSACIG00000023052) ENSACIG00000023068 #12 ENSACIG00000023097 mccc1 (ENSACIG00000023146) ATP11B (ENSACIG00000023329) ENSACIG00000023342 sox2 (ENSACIG00000023348) dnajc19 (ENSACIG00000023350) fxr1 (ENSACIG00000023354) ttc14 (ENSACIG00000023360) hps3 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ENSSPAG00000011189 mccc1 (ENSSPAG00000011206) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155866 ENSGT01030000234590.A.b.a.a ENSGT00940000165445 ENSGT01030000234590.A.b.b ENSGT00390000015318.b ENSGT00940000164927.a ENSGT00940000156132.h ENSGT00390000004798 ENSGT01050000244823.d.b.b.b ENSGT00940000157064.a.b.b.a.a ENSGT00980000198596.B ENSGT00390000004674.i.b ENSGT00940000157607 ENSGT00460000041630 ENSGT00940000178727 ENSGT00940000154507.t #12 ENSGT00730000111202 ENSGT00940000155531.a.a ENSGT00950000182930.B ENSGT00950000182899.C.a ENSGT00940000156941 ENSGT00940000156162.C ENSGT00940000160614 ENSGT00940000154384 ENSGT00950000183189.a.b.a ENSGT00940000180153 ENSGT01060000252104 ENSGT00390000013701 ENSGT00950000182865.b.a.b.b.a.a.a ENSGT00390000015458 ENSGT00940000154130.a.a.b Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155866 ENSGT01030000234590.A.b.a.a ENSGT00940000165445 ENSGT01030000234590.A.b.b ENSGT00390000015318.b ENSGT00940000164927.a ENSGT00940000156132.h ENSGT00390000004798 ENSGT01050000244823.d.b.b.b ENSGT00940000157064.a.b.b.a.a ENSGT00980000198596.B ENSGT00390000004674.i.b ENSGT00940000157607 ENSGT00460000041630 ENSGT00940000178727 ENSGT00940000154507.t #12 ENSGT00730000111202 ENSGT00940000155531.a.a ENSGT00950000182930.B ENSGT00950000182899.C.a ENSGT00940000156941 ENSGT00940000156162.C ENSGT00940000160614 ENSGT00940000154384 ENSGT00950000183189.a.b.a ENSGT01060000252104 ENSGT00390000013701 ENSGT00950000182865.b.a.b.b.a.a.a ENSGT00390000015458 ENSGT00940000154130.a.a.b ENSGT00950000183047.c.b Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160228.i.a.b ENSGT00940000155866 ENSGT01030000234590.A.b.a.a ENSGT00940000165445 ENSGT01030000234590.A.b.b ENSGT00390000015318.b ENSGT00940000164927.a ENSGT00940000156132.h ENSGT00390000004798 ENSGT01050000244823.d.b.b.b ENSGT00940000157064.a.b.b.a.a ENSGT00980000198596.B ENSGT00390000004674.i.b ENSGT00940000157607 ENSGT00460000041630 ENSGT00940000154507.t #12 ENSGT00730000111202 ENSGT00940000155531.a.a ENSGT00950000182930.B ENSGT00950000182899.C.a ENSGT00940000156941 ENSGT00940000156162.C.f ENSGT00940000160614 ENSGT00940000154384 ENSGT00950000183189.a.b.a.h ENSGT00390000013701 ENSGT00940000157153.x ENSGT00940000166222 ENSGT00390000010872 ENSGT00940000162937.a.a ENSGT00940000163866.a.b Fugu MODERN SPECIES 12 slc25a24 (ENSTRUG00000018295) fam102bb (ENSTRUG00000030064) henmt1 (ENSTRUG00000018279) ENSTRUG00000030511 ENSTRUG00000031390 ENSTRUG00000030627 ENSTRUG00000029768 ENSTRUG00000032789 ENSTRUG00000028319 ENSTRUG00000030385 ENSTRUG00000030298 ENSTRUG00000029469 FNDC7 (ENSTRUG00000006252) stxbp3 (ENSTRUG00000005412) ENSTRUG00000005137 ENSTRUG00000020845 #12 ENSTRUG00000031285 PIK3CA (ENSTRUG00000004021) ENSTRUG00000003951 ENSTRUG00000024510 mccc1 (ENSTRUG00000003436) ENSTRUG00000033406 ATP11B (ENSTRUG00000002878) ENSTRUG00000031205 sox2 (ENSTRUG00000004861) dnajc19 (ENSTRUG00000004352) fxr1 (ENSTRUG00000003486) ttc14 (ENSTRUG00000001224) ENSTRUG00000026690 ENSTRUG00000003462 ENSTRUG00000002946 Tetraodon MODERN SPECIES ENSTNIG00000006066 cp (ENSTNIG00000003319) TM4SF1 (ENSTNIG00000003318) ENSTNIG00000000290 tm4sf4 (ENSTNIG00000003317) tmem69 (ENSTNIG00000003316) slc25a24 (ENSTNIG00000003315) EEIG2 (ENSTNIG00000003314) henmt1 (ENSTNIG00000003313) ENSTNIG00000005506 ENSTNIG00000006786 ENSTNIG00000006982 ENSTNIG00000006785 stxbp3 (ENSTNIG00000006784) ENSTNIG00000006783 ENSTNIG00000006782 #12 ZMAT3 (ENSTNIG00000006781) PIK3CA (ENSTNIG00000006780) ENSTNIG00000006779 mccc1 (ENSTNIG00000006778) ATP11B (ENSTNIG00000006777) sox2 (ENSTNIG00000003970) dnajc19 (ENSTNIG00000003791) fxr1 (ENSTNIG00000003790) ttc14 (ENSTNIG00000003789) ENSTNIG00000004324 ENSTNIG00000008222 exoc2 (ENSTNIG00000008223) ENSTNIG00000008224 foxc1b (ENSTNIG00000001080) gmds (ENSTNIG00000008225) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000160228.i.a.b ENSGT00940000155866 ENSGT01030000234590.A.b.a.a ENSGT00940000165445 ENSGT01030000234590.A.b.b ENSGT00390000015318.b 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