Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Frog MODERN SPECIES 8 ENSXETG00000040476 #7 max (ENSXETG00000046410) #8 fut8 (ENSXETG00000007644) #9 ENSXETG00000041492 #10 ENSXETG00000044444 #11 mtss1.1 (ENSXETG00000011223) #12 pals1 (ENSXETG00000011220) #13 atp6v1d (ENSXETG00000011222) #14 eif2s1 (ENSXETG00000011221) #15 ENSXETG00000035385 #16 fsip1 (ENSXETG00000030937) #17 thbs1 (ENSXETG00000011217) #18 ENSXETG00000040080 #19 fgl1l (ENSXETG00000030495) #20 emc7 (ENSXETG00000040778) #21 znf883l (ENSXETG00000038497) #22 katnbl1 (ENSXETG00000011204) #23 cyp2c8.2 (ENSXETG00000025408) #24 cyp2c8.1 (ENSXETG00000033706) #25 ENSXETG00000047816 #26 ENSXETG00000042579 #27 ENSXETG00000046241 #28 ENSXETG00000048323 #29 ENSXETG00000042840 #30 ENSXETG00000045598 #31 ENSXETG00000042738 #32 ENSXETG00000042192 #33 ENSXETG00000041530 #34 ENSXETG00000048653 #35 ENSXETG00000045434 #36 ENSXETG00000041524 #37 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Rat MODERN SPECIES Wdr11 (ENSRNOG00000020430) ENSRNOG00000066085 Plpp4 (ENSRNOG00000020424) Sec23ip (ENSRNOG00000020411) Mcmbp (ENSRNOG00000020394) Inpp5f (ENSRNOG00000020388) Bag3 (ENSRNOG00000020298) Rps2-ps13 (ENSRNOG00000069056) Tial1 (ENSRNOG00000020271) Rgs10 (ENSRNOG00000042592) Ahsp (ENSRNOG00000020165) Rusf1 (ENSRNOG00000020144) Slc5a2 (ENSRNOG00000020039) Tgfb1i1 (ENSRNOG00000019965) Armc5 (ENSRNOG00000019935) LOC103691238 (ENSRNOG00000064232) #22 Cox6a2 (ENSRNOG00000019851) Itgad (ENSRNOG00000068399) Itgax (ENSRNOG00000036703) Itgam (ENSRNOG00000019728) Trim72 (ENSRNOG00000022099) Pycard (ENSRNOG00000019675) Fus (ENSRNOG00000023360) Prss36 (ENSRNOG00000033343) Prss8 (ENSRNOG00000019616) Kat8 (ENSRNOG00000019485) Vkorc1 (ENSRNOG00000050828) Prss53 (ENSRNOG00000026040) Zfp646 (ENSRNOG00000026115) Zfp668 (ENSRNOG00000016683) ENSRNOG00000065597 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Arctic ground squirrel DUPLICATION Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 630 ENSUPAG00010012137 ENSUPAG00010012120 ENSUPAG00010012111 ENSUPAG00010012096 ENSUPAG00010012088 ENSUPAG00010012083 ENSUPAG00010012075 ENSUPAG00010012068 ENSUPAG00010012062 ENSUPAG00010012055 ENSUPAG00010012049 ENSUPAG00010012024 ENSUPAG00010012019 ENSUPAG00010012005 ENSUPAG00010011996 ENSUPAG00010011989 #22 ENSUPAG00010011977 ENSUPAG00010011971 ENSUPAG00010011966 ENSUPAG00010011960 ENSUPAG00010011956 ENSUPAG00010011953 ENSUPAG00010011950 ENSUPAG00010011944 ENSUPAG00010011938 H1-5 (ENSUPAG00010011937) ENSUPAG00010011929 ENSUPAG00010011928 ENSUPAG00010011908 ENSUPAG00010011906 ENSUPAG00010011892 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 12 ZHX1 (ENSUPAG00010009292) ENSUPAG00010009258 ENSUPAG00010009232 NTAQ1 (ENSUPAG00010009195) FBXO32 (ENSUPAG00010009164) KLHL38 (ENSUPAG00010009154) ANXA13 (ENSUPAG00010009130) FAM91A1 (ENSUPAG00010009049) FER1L6 (ENSUPAG00010008962) TMEM65 (ENSUPAG00010008948) TRMT12 (ENSUPAG00010008944) RNF139 (ENSUPAG00010008932) TATDN1 (ENSUPAG00010008902) NDUFB9 (ENSUPAG00010008893) MTSS1 (ENSUPAG00010008839) ENSUPAG00010008820 #22 SQLE (ENSUPAG00010008785) WASHC5 (ENSUPAG00010008692) NSMCE2 (ENSUPAG00010008658) TRIB1 (ENSUPAG00010008649) LRATD2 (ENSUPAG00010008630) MYC (ENSUPAG00010008617) GSDMC (ENSUPAG00010008550) ENSUPAG00010008543 CYRIB (ENSUPAG00010008508) ENSUPAG00010008499 ASAP1 (ENSUPAG00010007317) ENSUPAG00010007308 ENSUPAG00010007296 ADCY8 (ENSUPAG00010007199) EFR3A (ENSUPAG00010007015) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000155516.o.a ENSGT00940000160157 ENSGT00940000153168.A ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b ENSGT00940000159460 ENSGT00940000160507 ENSGT00940000153404.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000162034 ENSGT00940000160883 ENSGT00940000163293.b ENSGT00940000156381.b.b ENSGT00390000010397.a ENSGT00390000007430 ENSGT00940000157427 ENSGT00940000154488.A.a.a #22 ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.a Opossum MODERN SPECIES 627 STARD8 (ENSMODG00000011680) MID2 (ENSMODG00000011644) ENSMODG00000027596 PSMD10 (ENSMODG00000011621) ATG4A (ENSMODG00000011603) ENSMODG00000027952 ENSMODG00000011584 ENSMODG00000011507 ENSMODG00000045883 ENSMODG00000011492 ENSMODG00000029221 AMMECR1 (ENSMODG00000011480) TMEM164 (ENSMODG00000025395) ENSMODG00000037806 ACSL4 (ENSMODG00000011470) ENSMODG00000027717 #22 ENSMODG00000011427 ENSMODG00000004295 ENSMODG00000040079 CLIC2 (ENSMODG00000047773) ENSMODG00000006206 ENSMODG00000028790 VAMP7 (ENSMODG00000006160) ENSMODG00000025401 TMLHE (ENSMODG00000006132) ENSMODG00000006108 FAAH2 (ENSMODG00000006103) ENSMODG00000048424 ENSMODG00000009313 ENSMODG00000050119 MPP1 (ENSMODG00000009267) Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000153259.a.a.a ENSGT00940000155516.o.a ENSGT00940000160157 ENSGT00940000153168.A ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b ENSGT00940000159460 ENSGT00940000153404.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000162034 ENSGT00940000160883 ENSGT00940000163293.b ENSGT00940000156381.b.b ENSGT00390000010397.a ENSGT00390000007430 ENSGT00940000157427 ENSGT00940000154488.A.a.a #22 ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.a ENSGT00940000156656 ENSGT00950000182803.B.d.a ENSGT00950000183035.a.a ENSGT00390000015219.b ENSGT00940000161737.n.b.b ENSGT00530000063786.b ENSGT00940000161221 ENSGT00940000160785 ENSGT00940000159451 ENSGT00940000158347 ENSGT00940000156381.b.a ENSGT00950000182965.a.b.b.a.a.a.b.b Tasmanian devil MODERN SPECIES 21 ENSSHAG00000021777 AR (ENSSHAG00000020690) OPHN1 (ENSSHAG00000015639) YIPF6 (ENSSHAG00000028786) ENSSHAG00000014378 ENSSHAG00000013756 PSMD10 (ENSSHAG00000013315) ATG4A (ENSSHAG00000012992) ENSSHAG00000011659 ENSSHAG00000032039 ENSSHAG00000030647 ENSSHAG00000030973 ENSSHAG00000030922 ENSSHAG00000022639 ENSSHAG00000001713 ENSSHAG00000028079 #22 ENSSHAG00000025045 ENSSHAG00000022478 ENSSHAG00000001821 ENSSHAG00000027771 ENSSHAG00000022229 ENSSHAG00000031797 ENSSHAG00000028581 ENSSHAG00000027445 ENSSHAG00000029201 ENSSHAG00000029621 ENSSHAG00000000698 ENSSHAG00000000777 ENSSHAG00000030689 ENSSHAG00000021431 ENSSHAG00000026401 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 74 ENSGT00940000153259.a.a.a ENSGT00940000155516.o.a ENSGT00940000160157 ENSGT00940000153168.A ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b ENSGT00940000159460 ENSGT00940000153404.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000162034 ENSGT00940000160883 ENSGT00940000163293.b ENSGT00940000156381.b.b ENSGT00390000010397.a ENSGT00390000007430 ENSGT00940000157427 ENSGT00940000154488.A.a.a #22 ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.a ENSGT00940000156656 ENSGT00950000182803.B.d.a ENSGT00950000183035.a.a ENSGT00390000015219.b ENSGT00940000161737.n.b.b ENSGT00530000063786.b ENSGT00940000161221 ENSGT00940000160785 ENSGT00940000159451 ENSGT00940000158347 ENSGT00940000156381.b.a ENSGT00950000182965.a.b.b.a.a.a.b.b Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 72 ENSGT00940000155516.o.a ENSGT00940000160157 ENSGT00940000153168.A ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b ENSGT00940000159460 ENSGT00940000153404.a ENSGT00530000063000.a.b.a ENSGT00940000162034 ENSGT00940000160883 ENSGT00940000163293.b ENSGT00940000156381.b.b ENSGT00390000010397.a ENSGT00390000007430 ENSGT00940000157427 ENSGT00940000165794 ENSGT00940000154488.A.a.a #22 ENSGT00940000154411.`b.i.e.b.a ENSGT00940000156656 ENSGT00950000182803.B.d.a ENSGT00950000183035.a.a ENSGT00390000015219.b ENSGT00940000161737.n.b.b ENSGT00530000063786.b ENSGT00940000161221 ENSGT00940000160785 ENSGT00940000159451 ENSGT00940000158347 ENSGT00940000156381.b.a ENSGT00950000182965.a.b.b.a.a.a.b.b Common wonbat MODERN SPECIES 252 ENSVURG00010004837 ENSVURG00010004847 OPHN1 (ENSVURG00010004860) YIPF6 (ENSVURG00010004877) STARD8 (ENSVURG00010004912) MID2 (ENSVURG00010004976) PSMD10 (ENSVURG00010005004) ATG4A (ENSVURG00010005024) COL4A5 (ENSVURG00010005054) ENSVURG00010005128 ENSVURG00010005138 ENSVURG00010005145 TMEM164 (ENSVURG00010005153) ACSL4 (ENSVURG00010005162) ENSVURG00010005194 ENSVURG00010005200 #22 ENSVURG00010005205 ENSVURG00010005216 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 173 OPHN1 (ENSPCIG00000035418) ENSPCIG00000023742 YIPF6 (ENSPCIG00000023739) STARD8 (ENSPCIG00000023494) MID2 (ENSPCIG00000030592) PSMD10 (ENSPCIG00000030593) ATG4A (ENSPCIG00000006807) COL4A5 (ENSPCIG00000026732) ENSPCIG00000033219 ENSPCIG00000016193 ENSPCIG00000008562 ENSPCIG00000007094 TMEM164 (ENSPCIG00000007093) ACSL4 (ENSPCIG00000007091) ENSPCIG00000007090 ENSPCIG00000007089 #22 ENSPCIG00000007088 TSC22D3 (ENSPCIG00000007087) ENSPCIG00000007085 FRMPD3 (ENSPCIG00000026536) DNAAF6 (ENSPCIG00000007083) ENSPCIG00000007081 RBM41 (ENSPCIG00000007079) ENSPCIG00000007078 CLDN2 (ENSPCIG00000007077) TBC1D8B (ENSPCIG00000007076) ENSPCIG00000033094 RNF128 (ENSPCIG00000007073) ENSPCIG00000034114 ENSPCIG00000031481 ENSPCIG00000007069 koala MODERN SPECIES 59 ENSPCIG00000017300 ENSPCIG00000017303 ENSPCIG00000034657 KREMEN2 (ENSPCIG00000017308) ENSPCIG00000017310 PKMYT1 (ENSPCIG00000017311) CLDN9 (ENSPCIG00000017317) CLDN6 (ENSPCIG00000017318) TNFRSF12A (ENSPCIG00000017319) ENSPCIG00000012168 THOC6 (ENSPCIG00000017322) BICDL2 (ENSPCIG00000017323) ENSPCIG00000033368 ZSCAN10 (ENSPCIG00000017326) ENSPCIG00000033079 ENSPCIG00000017328 #22 ENSPCIG00000017332 OR1F1 (ENSPCIG00000017335) ENSPCIG00000035285 ENSPCIG00000022764 ZNF200 (ENSPCIG00000010640) ENSPCIG00000010637 ENSPCIG00000010632 TIGD7 (ENSPCIG00000010631) ENSPCIG00000033551 ENSPCIG00000010628 ENSPCIG00000034944 ENSPCIG00000036578 ENSPCIG00000031707 ENSPCIG00000010616 NAA60 (ENSPCIG00000010615) Platypus DUPLICATION Platypus MODERN SPECIES 10 CCDC167 (ENSOANG00000048275) MDGA1 (ENSOANG00000013169) ZFAND3 (ENSOANG00000013168) BTBD9 (ENSOANG00000013167) GLO1 (ENSOANG00000039552) DNAH8 (ENSOANG00000013163) ENSOANG00000013161 KCNK5 (ENSOANG00000037169) ENSOANG00000049604 KCNK16 (ENSOANG00000013159) KIF6 (ENSOANG00000013156) DAAM2 (ENSOANG00000013154) ENSOANG00000013153 LRFN2 (ENSOANG00000014625) ENSOANG00000042104 ENSOANG00000009973 #22 MARCKS (ENSOANG00000043701) LAMA4 (ENSOANG00000011587) TUBE1 (ENSOANG00000011589) CCN6 (ENSOANG00000011591) FYN (ENSOANG00000012162) TRAF3IP2 (ENSOANG00000013378) REV3L (ENSOANG00000047381) MFSD4B (ENSOANG00000000638) SLC16A10 (ENSOANG00000000636) RPF2 (ENSOANG00000048269) CDK19 (ENSOANG00000041611) ENSOANG00000021602 AMD1 (ENSOANG00000014234) SLC22A16 (ENSOANG00000038741) DDO (ENSOANG00000042851) Platypus MODERN SPECIES 14 ENSOANG00000007975 ENSOANG00000007978 ENSOANG00000010542 LRRC55 (ENSOANG00000009116) ENSOANG00000043381 ENSOANG00000037995 SSRP1 (ENSOANG00000043974) P2RX3 (ENSOANG00000004960) ENSOANG00000004959 ENSOANG00000048214 SLC43A3 (ENSOANG00000011864) RTN4RL2 (ENSOANG00000029328) SLC43A1 (ENSOANG00000012637) TIMM10 (ENSOANG00000003812) UBE2L6 (ENSOANG00000040640) ENSOANG00000003124 #22 ENSOANG00000031594 YPEL4 (ENSOANG00000011240) CLP1 (ENSOANG00000042986) ZDHHC5 (ENSOANG00000036367) MED19 (ENSOANG00000045240) TMX2 (ENSOANG00000043653) ENSOANG00000036210 ENSOANG00000050622 CTNND1 (ENSOANG00000009319) ENSOANG00000005513 ENSOANG00000005512 ENSOANG00000050316 LPXN (ENSOANG00000011149) ZFP91 (ENSOANG00000037804) CNTF (ENSOANG00000004510) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 tuatara MODERN SPECIES 156 ENSSPUG00000002248 ENSSPUG00000002253 ENSSPUG00000002263 ENSSPUG00000002269 ENSSPUG00000002281 ENSSPUG00000002287 ENSSPUG00000002296 #22 ENSSPUG00000002302 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 114 ENSSMRG00000020585 ENSSMRG00000020584 ENSSMRG00000020583 ENSSMRG00000020582 ENSSMRG00000020581 ENSSMRG00000020580 ENSSMRG00000020579 ENSSMRG00000020578 ENSSMRG00000020577 ENSSMRG00000020576 ENSSMRG00000020575 ENSSMRG00000020574 ENSSMRG00000020573 ENSSMRG00000020572 ENSSMRG00000020571 ENSSMRG00000020570 #22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a #22 Eastern brown snake MODERN SPECIES 53 ENSPTXG00000008904 TRIM72 (ENSPTXG00000008903) ENSPTXG00000008902 ENSPTXG00000008901 ITGAX (ENSPTXG00000008885) TGFB1I1 (ENSPTXG00000008883) ARMC5 (ENSPTXG00000008878) ENSPTXG00000008873 RUSF1 (ENSPTXG00000008872) RNF40 (ENSPTXG00000008871) PHKG2 (ENSPTXG00000008870) ENSPTXG00000008869 ENSPTXG00000008866 ENSPTXG00000008864 BORCS6 (ENSPTXG00000008862) ENSPTXG00000008860 #22 ENSPTXG00000008859 ENSPTXG00000008858 QPRT (ENSPTXG00000008856) ENSPTXG00000008850 TBC1D10B (ENSPTXG00000008848) ENSPTXG00000008847 CD2BP2 (ENSPTXG00000008845) ENSPTXG00000008844 BICDL2 (ENSPTXG00000008842) ENSPTXG00000008839 THOC6 (ENSPTXG00000008832) ENSPTXG00000008831 ENSPTXG00000008830 ENSPTXG00000008815 ENSPTXG00000008813 Lizard MODERN SPECIES 1 ENSACAG00000022862 ENSACAG00000037941 ENSACAG00000010519 ENSACAG00000035260 ENSACAG00000042914 ENSACAG00000039078 ENSACAG00000040143 ENSACAG00000042224 ENSACAG00000040972 ENSACAG00000013835 ENSACAG00000013854 ENSACAG00000037675 ENSACAG00000014009 ENSACAG00000043895 ENSACAG00000014483 ENSACAG00000034781 #22 ENSACAG00000043995 ENSACAG00000025611 ENSACAG00000037861 ENSACAG00000008682 ENSACAG00000025977 ENSACAG00000038349 ##22 ENSACAG00000041158 ENSACAG00000028683 ENSACAG00000034855 ENSACAG00000023059 ENSACAG00000036409 ENSACAG00000029589 ENSACAG00000037504 ENSACAG00000008675 ENSACAG00000044287 Archelosauria DUPLICATION Archelosauria DUPLICATION Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Flycatcher MODERN SPECIES 32 ENSFALG00000007024 ENSFALG00000027437 #22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Medium ground finch MODERN SPECIES 643 ENSGFOG00000010641 #22 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Common canary MODERN SPECIES 1059 ENSSCAG00000001053 #22 Zebra finch MODERN SPECIES 40 ENSTGUG00000024245 ENSTGUG00000025416 #22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 339 ENSTMTG00000003538 CLUAP1 (ENSTMTG00000003478) NLRC3 (ENSTMTG00000003388) DNAJA3 (ENSTMTG00000008642) VASN (ENSTMTG00000008636) CORO7 (ENSTMTG00000008597) PAM16 (ENSTMTG00000008581) GLIS2 (ENSTMTG00000008573) TFAP4 (ENSTMTG00000008562) ENSTMTG00000008552 SRL (ENSTMTG00000008536) ADCY9 (ENSTMTG00000008504) CREBBP (ENSTMTG00000008454) TRAP1 (ENSTMTG00000008416) SLX4 (ENSTMTG00000008401) ENSTMTG00000008391 #22 ENSTMTG00000008383 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.a #22 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 1 CLUAP1 (ENSGEVG00005005544) NLRC3 (ENSGEVG00005005625) DNAJA3 (ENSGEVG00005005715) CORO7 (ENSGEVG00005005798) VASN (ENSGEVG00005005879) ENSGEVG00005005897 PAM16 (ENSGEVG00005005906) GLIS2 (ENSGEVG00005005925) TFAP4 (ENSGEVG00005005962) SRL (ENSGEVG00005005982) ADCY9 (ENSGEVG00005006021) CREBBP (ENSGEVG00005006083) TRAP1 (ENSGEVG00005006290) SLX4 (ENSGEVG00005006903) ENSGEVG00005006930 ENSGEVG00005006942 #22 HMOX2 (ENSGEVG00005006981) CDIP1 (ENSGEVG00005007006) UBALD1 (ENSGEVG00005007022) MGRN1 (ENSGEVG00005007044) ENSGEVG00005007087 NUDT16L1 (ENSGEVG00005007111) NAA60 (ENSGEVG00005007137) INTS15 (ENSGEVG00005007165) DNASE1 (ENSGEVG00005007183) DNASE1L2 (ENSGEVG00005007217) ECI1 (ENSGEVG00005007248) PTX4 (ENSGEVG00005007266) CLCN7 (ENSGEVG00005007308) PERCC1 (ENSGEVG00005007388) LUC7L (ENSGEVG00005007405) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.b #22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.b #22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.b #22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.b #22 Three-toed box turtle DUPLICATION Three-toed box turtle MODERN SPECIES 404 ENSTMTG00000010553 TGFB1I1 (ENSTMTG00000010583) ARMC5 (ENSTMTG00000010622) SLC5A2 (ENSTMTG00000010638) ENSTMTG00000010710 RUSF1 (ENSTMTG00000010768) ENSTMTG00000010810 ENSTMTG00000010869 RNF40 (ENSTMTG00000010884) CFAP119 (ENSTMTG00000010940) PHKG2 (ENSTMTG00000010992) ENSTMTG00000011019 SRCAP (ENSTMTG00000011122) ENSTMTG00000011968 PRR14 (ENSTMTG00000012022) ENSTMTG00000012035 #22 ENSTMTG00000012045 ENSTMTG00000012052 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 210 MAMDC4 (ENSTMTG00000004888) EDF1 (ENSTMTG00000004916) ENSTMTG00000004940 ENSTMTG00000004948 FBXW5 (ENSTMTG00000004959) PTGDS (ENSTMTG00000004980) BSPRY (ENSTMTG00000004998) HDHD3 (ENSTMTG00000005017) ALAD (ENSTMTG00000005025) ENSTMTG00000005053 ENSTMTG00000005070 ENSTMTG00000005092 ZNF618 (ENSTMTG00000005112) GRIN1 (ENSTMTG00000005173) ENSTMTG00000005420 ENSTMTG00000005426 #22 RNF208 (ENSTMTG00000005436) NDOR1 (ENSTMTG00000005468) TMEM203 (ENSTMTG00000005499) ENSTMTG00000005505 ENSTMTG00000005515 ANAPC2 (ENSTMTG00000005533) TOR4A (ENSTMTG00000005577) ENSTMTG00000005587 ENSTMTG00000005608 ENSTMTG00000005638 ENSTMTG00000005707 ENSTMTG00000005731 NPDC1 (ENSTMTG00000005803) ENSTMTG00000005821 FUT7 (ENSTMTG00000005831) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.g.b #22 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 6 ENSGEVG00005009156 ENSGEVG00005009138 ENSGEVG00005009128 ENSGEVG00005009111 SH3BP5L (ENSGEVG00005009094) ENSGEVG00005009054 ENSGEVG00005009027 ENSGEVG00005009012 ENSGEVG00005008993 ENSGEVG00005008937 ENSGEVG00005008923 ENSGEVG00005008901 ENSGEVG00005008862 ENSGEVG00005008829 ENSGEVG00005008791 ENSGEVG00005008778 #22 ENSGEVG00005008767 ENSGEVG00005008708 ENSGEVG00005018779 ENSGEVG00005018771 ENSGEVG00005018762 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182849.A.f.b ENSGT00390000000684 ENSGT01050000244864.D ENSGT01050000244864.C ENSGT00940000158408 ENSGT00730000110915.b ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000167550 ENSGT00530000063627.b ENSGT00940000155177.b ENSGT00940000155177.a ENSGT00940000158367 ENSGT01020000230623 ENSGT00530000068641 ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 ENSGT00950000183058.A.a ENSGT00390000003645 ENSGT00940000160248 ENSGT00940000159723 ENSGT00940000157831 ENSGT00390000018208 ENSGT00390000005914.a ENSGT00940000153997.b.a.b ENSGT01030000234556.a.b.a ENSGT00510000047120 ENSGT00950000182900.C ENSGT00940000159906 ENSGT00390000000083.b ENSGT00940000160816 ENSGT00940000156459 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182849.A.f.b ENSGT00390000000684 ENSGT01050000244864.D ENSGT01050000244864.C ENSGT00940000158408 ENSGT00730000110915.b ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000167550 ENSGT00530000063627.b ENSGT00940000155177.b ENSGT00940000155177.a ENSGT00940000158367 ENSGT01020000230623 ENSGT00530000068641 ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 ENSGT00950000183058.A.a ENSGT00390000003645 ENSGT00940000160248 ENSGT00940000159723 ENSGT00940000157831 ENSGT00390000018208 ENSGT00390000005914.a ENSGT00940000153997.b.a.b ENSGT01030000234556.a.b.a ENSGT00510000047120 ENSGT00950000182900.C ENSGT00940000159906 ENSGT00390000000083.b ENSGT00940000160816 ENSGT00940000156459 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182849.A.f.b ENSGT00390000000684 ENSGT01050000244864.D ENSGT01050000244864.C ENSGT00940000158408 ENSGT00730000110915.b ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000167550 ENSGT00530000063627.b ENSGT00940000155177.b ENSGT00940000155177.a ENSGT00940000158367 ENSGT01020000230623 ENSGT00530000068641 ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 ENSGT00950000183058.A.a ENSGT00390000003645 ENSGT00940000160248 ENSGT00940000159723 ENSGT00940000157831 ENSGT00390000018208 ENSGT00390000005914.a ENSGT00940000153997.b.a.b ENSGT01030000234556.a.b.a ENSGT00510000047120 ENSGT00950000182900.C ENSGT00940000159906 ENSGT00390000000083.b ENSGT00940000160816 ENSGT00940000156459 Golden eagle MODERN SPECIES 23 PDZK1 (ENSACCG00020006376) ENSACCG00020006359 GJA8 (ENSACCG00020006352) GJA5 (ENSACCG00020006347) ACP6 (ENSACCG00020006338) BCL9 (ENSACCG00020006325) POGLUT1 (ENSACCG00020006305) ENSACCG00020006290 ENSACCG00020006282 ADPRH (ENSACCG00020006270) IGSF3 (ENSACCG00020006261) ENSACCG00020006252 PTGFRN (ENSACCG00020006235) ENSACCG00020006225 ENSACCG00020006220 ENSACCG00020006210 #22 ILDR2 (ENSACCG00020006190) MAEL (ENSACCG00020006160) GPA33 (ENSACCG00020006142) STYXL2 (ENSACCG00020006121) POU2F1 (ENSACCG00020006072) CD247 (ENSACCG00020006014) CREG1 (ENSACCG00020006000) RCSD1 (ENSACCG00020005984) MPZL1 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SPECIES ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182849.A.f.b ENSGT00390000000684 ENSGT01050000244864.D ENSGT01050000244864.C ENSGT00940000158408 ENSGT00730000110915.b ENSGT00940000158283 ENSGT00390000013817 ENSGT00940000167550 ENSGT00530000063627.b ENSGT00940000155177.b ENSGT00940000155177.a ENSGT00940000158367 ENSGT01020000230623 ENSGT00530000068641 ENSGT00940000154488.A.a.a.h #22 ENSGT00950000183058.A.a ENSGT00390000003645 ENSGT00940000160248 ENSGT00940000159723 ENSGT00940000157831 ENSGT00390000018208 ENSGT00390000005914.a ENSGT00940000153997.b.a.b ENSGT01030000234556.a.b.a ENSGT00510000047120 ENSGT00950000182900.C ENSGT00940000159906 ENSGT00390000000083.b ENSGT00940000160816 ENSGT00940000156459 Pink-footed goose MODERN SPECIES 5 ENSABRG00000001374 ENSABRG00000001412 PTGFRN (ENSABRG00000001435) ENSABRG00000001458 ENSABRG00000001473 ENSABRG00000001522 ENSABRG00000001538 #22 ILDR2 (ENSABRG00000001551) MAEL (ENSABRG00000001613) GPA33 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turtle MODERN SPECIES 49 GPR19 (ENSTMTG00000022922) ENSTMTG00000022924 CDKN1B (ENSTMTG00000022926) ENSTMTG00000022930 MRPS35 (ENSTMTG00000022932) MANSC4 (ENSTMTG00000022935) KLHL42 (ENSTMTG00000022937) PTHLH (ENSTMTG00000022940) CCDC91 (ENSTMTG00000022942) ENSTMTG00000022947 ENSTMTG00000022949 FAR2 (ENSTMTG00000022953) ENSTMTG00000022956 ENSTMTG00000022957 ENSTMTG00000022958 ENSTMTG00000022961 #22 ENSTMTG00000022965 ENSTMTG00000022980 CD9 (ENSTMTG00000022985) VWF (ENSTMTG00000023093) ENSTMTG00000023118 ENSTMTG00000023119 ENSTMTG00000023120 NTF3 (ENSTMTG00000023121) KCNA5 (ENSTMTG00000023122) ENSTMTG00000023123 KCNA1 (ENSTMTG00000023124) ENSTMTG00000014357 GALNT8 (ENSTMTG00000014414) NDUFA9 (ENSTMTG00000014542) AKAP3 (ENSTMTG00000014571) Three-toed box turtle MODERN SPECIES 192 ENSTMTG00000016982 ENSTMTG00000016970 ENSTMTG00000016968 #22 ENSTMTG00000016960 ENSTMTG00000016941 ENSTMTG00000016925 ENSTMTG00000016900 CCDC105 (ENSTMTG00000016883) ENSTMTG00000016845 ENSTMTG00000016800 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