Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	6				ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.b.j	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162449	ENSGT00940000163298	ENSGT00940000162748	ENSGT00940000163119	ENSGT00940000162851	ENSGT00950000183066.a.a.a #19	ENSGT00960000186612.B.a.a.d	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.b	ENSGT00390000010337.A #22	ENSGT01070000254759	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.a.b ##26	ENSGT01080000257333.A.a.a #26	ENSGT00660000097488	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a #27	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.a #28	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.b #29	ENSGT00390000009936 #30	ENSGT00940000162314 #31	ENSGT00940000160467 #32	ENSGT01080000257333.A.b ##26	ENSGT01080000257333.A.a.b.b #33	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.b.a.a ##26	ENSGT01100000263479.D.b	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.a.a.a ##26
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000014743	ENSGT00550000075069	ENSGT00390000016605	ENSGT00390000004322.b	ENSGT00390000007786.b	ENSGT01050000244893.c.b.a	ENSGT01050000244961.b	ENSGT00940000161219	ENSGT00950000182933.C	ENSGT01100000263534.b.k.a.b.b.a.b	ENSGT00950000183066.a.a.a.m #19	ENSGT00960000186612.B.a.a.d	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a.h	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a.g	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.b	ENSGT00390000010337.A #22	ENSGT00390000009010 #23	ENSGT01080000257333.C ##26	ENSGT01080000257333.A.a.a #26	ENSGT00660000097488	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a #27	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.a #28	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.b #29	ENSGT00390000009936 #30	ENSGT00940000162314 #31	ENSGT00940000160467 #32	ENSGT01080000257333.A.a.b.b #33	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.b.a.a.b ##26	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.a.a.a ##26	ENSGT00390000001041 #25	ENSGT01020000230389.b.a.b.d.a.b.b #36
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00550000075069	ENSGT00390000016605	ENSGT00390000004322.b	ENSGT00390000007786.b	ENSGT01050000244893.c.b.a	ENSGT01050000244961.b	ENSGT00940000161219	ENSGT00950000182933.C	ENSGT01100000263534.b.k.a.b.b.a.b	ENSGT00950000183066.a.a.a.m #19	ENSGT00940000162449	ENSGT00940000163119	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a.h	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a.g	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.b	ENSGT00390000010337.A #22	ENSGT00390000009010 #23	ENSGT01080000257333.C ##26	ENSGT01080000257333.A.a.a #26	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a #27	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.a #28	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.b #29	ENSGT00390000009936 #30	ENSGT00940000162314 #31	ENSGT00940000160467 #32	ENSGT01080000257333.A.a.b.b #33	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.b.a.a.b ##26	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.a.a.a ##26	ENSGT00390000001041 #25	ENSGT01020000230389.b.a.b.d.a.b.b #36	ENSGT01030000234551.k.d.a.d.a.a #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	130									ENSGT01100000263534.b.k.a.b.b.a.b	ENSGT00950000183066.a.a.a.m #19	ENSGT00940000162449	ENSGT00940000163119	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a.h	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a.g	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.b	ENSGT00390000010337.A #22	ENSGT00390000009010 #23
Degu	MODERN SPECIES	247											ENSODEG00000001568 #17	ENSODEG00000001551 #18	PPP2R1A (ENSODEG00000001538) #19	ENSODEG00000001511 #20	ENSODEG00000001486 #21	HAS1 (ENSODEG00000001436) #22	SPACA6 (ENSODEG00000001402) #23	ENSODEG00000018689 #24	ENSODEG00000001380 #25	ENSODEG00000001349 #26	LIM2 (ENSODEG00000001330) #27	NKG7 (ENSODEG00000001310) #28	CLDND2 (ENSODEG00000001280) #29	ETFB (ENSODEG00000001270) #30	VSIG10L (ENSODEG00000001244) #31	IGLON5 (ENSODEG00000001225) #32	ENSODEG00000001502 #33	ENSODEG00000001488 #34	ENSODEG00000001475 #35	KLK14 (ENSODEG00000001465) #36	KLK13 (ENSODEG00000001451) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	265						ENSCLAG00000002872 #17	ENSCLAG00000001713	ENSCLAG00000001725	ENSCLAG00000001749 #19	ZNF350 (ENSCLAG00000001884)	ZNF432 (ENSCLAG00000001933)	ENSCLAG00000001986	ENSCLAG00000002005	ENSCLAG00000017493	FPR1 (ENSCLAG00000001964)	HAS1 (ENSCLAG00000002507) #22	SPACA6 (ENSCLAG00000002583) #23	ENSCLAG00000002798 #33	LIM2 (ENSCLAG00000002813) #27	NKG7 (ENSCLAG00000001394) #28	CLDND2 (ENSCLAG00000001487) #29	ETFB (ENSCLAG00000001546) #30	VSIG10L (ENSCLAG00000001572) #31	IGLON5 (ENSCLAG00000001807) #32	ENSCLAG00000001850 #33	ENSCLAG00000001863 ##26	ENSCLAG00000002681 ##26	ENSCLAG00000002710 #26	KLK13 (ENSCLAG00000001353) #37	KLK14 (ENSCLAG00000001363) #36	KLK12 (ENSCLAG00000001373) ##36
Guinea pig	MODERN SPECIES	70	MYADM (ENSCPOG00000036678)	ENSCPOG00000001212	ENSCPOG00000025434	ENSCPOG00000037775	ENSCPOG00000032992	ENSCPOG00000033886 #17	ENSCPOG00000033450 #17	ENSCPOG00000038003	ENSCPOG00000031294	ENSCPOG00000008583 #19	ZNF350 (ENSCPOG00000037560)	ZNF432 (ENSCPOG00000037172)	ENSCPOG00000039638	ENSCPOG00000039634	ENSCPOG00000039351	HAS1 (ENSCPOG00000022257) #22	SPACA6 (ENSCPOG00000040279) #23	ENSCPOG00000039552 ##26	ENSCPOG00000033422 #25	ENSCPOG00000026684 ##26	ENSCPOG00000005525 #26	LIM2 (ENSCPOG00000021206) #27	NKG7 (ENSCPOG00000007150) #28	ENSCPOG00000000322	ETFB (ENSCPOG00000030309) #30	VSIG10L (ENSCPOG00000002074) #31	IGLON5 (ENSCPOG00000022606) #32	ENSCPOG00000003480 #33	ENSCPOG00000038458 ##26	ENSCPOG00000023339 ##26	ENSCPOG00000036731 ##26
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	21	ENSHGLG00000042875	ENSHGLG00000035949	ENSHGLG00000035507	ENSHGLG00000043735	ENSHGLG00000016742 #19	ENSHGLG00000036517	ENSHGLG00000035101	ENSHGLG00000018576	ZNF350 (ENSHGLG00000045910)	ENSHGLG00000015217	ENSHGLG00000044506	ENSHGLG00000021346	ENSHGLG00000043778	ENSHGLG00000043401	FPR1 (ENSHGLG00000020105)	HAS1 (ENSHGLG00000004680) #22	SPACA6 (ENSHGLG00000005223) #23	ENSHGLG00000048593 ##26	ENSHGLG00000044171 ##26	ENSHGLG00000013667 #25	ENSHGLG00000017485 ##26	ENSHGLG00000006266 #33	C19orf84 (ENSHGLG00000007012)	LIM2 (ENSHGLG00000007982) #27	NKG7 (ENSHGLG00000047075) #28	ENSHGLG00000040775	ETFB (ENSHGLG00000004666) #30	IGLON5 (ENSHGLG00000016424) #32	ENSHGLG00000035514 #33	ENSHGLG00000018406 ##26	ENSHGLG00000033500 ##26
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.a.a.a.i.b.a	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.b.f.a.b	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.a.a.a.i.a	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.b.f.a.a.a	ENSGT00950000183066.a.a.a #19	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.b.f.b.a	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.a.a.a.j	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.b.f.b.b	ENSGT00940000162449	ENSGT00940000163298	ENSGT00940000162748	ENSGT00940000163119	ENSGT00940000162851	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.b	ENSGT00390000010337.A #22	ENSGT01070000254759	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.a.b ##26	ENSGT01080000257333.A.a.a #26	ENSGT00660000097488	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a #27	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.a #28	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.b #29	ENSGT00390000009936 #30	ENSGT00940000162314 #31	ENSGT00940000160467 #32	ENSGT01080000257333.A.b ##26	ENSGT01100000263479.D.b	ENSGT01080000257333.A.a.b.a.b.a.a.a ##26	ENSGT00390000001041 #25	ENSGT01020000230389.b.a.b.d.a.b.b #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	8	ENSSVLG00005020378	ENSSVLG00005020268	ENSSVLG00005020215	ENSSVLG00005020196	ENSSVLG00005020154	ENSSVLG00005020106	ENSSVLG00005020038	ZNF350 (ENSSVLG00005019972)	ZNF615 (ENSSVLG00005019909)	ENSSVLG00005019894	ZNF614 (ENSSVLG00005019839)	ZNF432 (ENSSVLG00005019789)	ZNF613 (ENSSVLG00005019710)	FPR2 (ENSSVLG00005019655)	FPR1 (ENSSVLG00005019617)	HAS1 (ENSSVLG00005019553) #22	SPACA6 (ENSSVLG00005019454) #23	ENSSVLG00005019040 ##26	ENSSVLG00005018929 ##26	ENSSVLG00005018861 ##26	ENSSVLG00005017959 #26	C19orf84 (ENSSVLG00005017839)	LIM2 (ENSSVLG00005017694) #27	NKG7 (ENSSVLG00005017622) #28	CLDND2 (ENSSVLG00005017560) #29	ETFB (ENSSVLG00005017512) #30	VSIG10L (ENSSVLG00005017387) #31	IGLON5 (ENSSVLG00005017281) #32	ENSSVLG00005017148 ##26	ENSSVLG00005017083	ENSSVLG00005017028 ##26
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	111					ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.b.f.a.b.b.b	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.a.a.a.i.b.a.a	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.b.f.a.b.a.b	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.a.a.a.a.a.j	ENSGT00940000162449	ENSGT00940000163298	ENSGT00940000162748	ENSGT00940000163119	ENSGT00940000162851	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.b	ENSGT00390000010337.A #22	ENSGT00390000009010 #23	ENSGT01080000257333.C ##26	ENSGT00940000164072	ENSGT00940000163075
Alpin marmot	MODERN SPECIES	151	ENSMMMG00000022520	ENSMMMG00000022518	ENSMMMG00000022516	ENSMMMG00000022515	ENSMMMG00000022513	ENSMMMG00000022508	ENSMMMG00000022505	ENSMMMG00000022502	ZNF350 (ENSMMMG00000022501)	ZNF615 (ENSMMMG00000022499)	ZNF614 (ENSMMMG00000022497)	ZNF432 (ENSMMMG00000022495)	ZNF613 (ENSMMMG00000022493)	FPR2 (ENSMMMG00000022490)	FPR1 (ENSMMMG00000022489)	HAS1 (ENSMMMG00000022487) #22	ENSMMMG00000022480 ##26	ENSMMMG00000022470
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	243										ENSGT00940000163298	ENSGT00940000162748	ENSGT00940000163119.a	ENSGT00940000162851	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.a	ENSGT01020000230438.B.b.b.b.c.b	ENSGT00390000010337.A #22	ENSGT00390000009010 #23	ENSGT01080000257333.C ##26	ENSGT00940000164072	ENSGT00940000163075
Squirrel	MODERN SPECIES	584											ZNF614 (ENSSTOG00000031591)	ZNF432 (ENSSTOG00000031421)	ZNF613 (ENSSTOG00000034706)	FPR2 (ENSSTOG00000023717)	FPR1 (ENSSTOG00000006543)	HAS1 (ENSSTOG00000009484) #22	ENSSTOG00000025311	ENSSTOG00000025592	ZNF175 (ENSSTOG00000034517)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	981															FPR1 (ENSUPAG00010008605)	HAS1 (ENSUPAG00010008612) #22	SPACA6 (ENSUPAG00010008622) #23	ENSUPAG00010008650 ##26	ENSUPAG00010008722	ZNF175 (ENSUPAG00010008752)