Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153421.a.b	ENSGT00950000183039.B.b.a ##8	ENSGT00730000111202	ENSGT00940000155531.b #7	ENSGT00950000183039.B.a #8	ENSGT00940000156335 #9	ENSGT00390000013727.d #10	ENSGT01000000214413.b.a.a #12	ENSGT00940000156305 #13	ENSGT00390000002837 #14	ENSGT00390000009980 #15	ENSGT00940000157401 #16	ENSGT00940000155931 #17	ENSGT00390000013701 #19	ENSGT00390000015010 #20	ENSGT00950000183189.a.b.a #22	ENSGT00940000154384.h.a #23	ENSGT00940000160614 #26	ENSGT00940000156162.C.k #27	ENSGT00940000154552.a.a.a ##28	ENSGT00940000156941 #30	ENSGT00390000008796 #31	ENSGT00390000016972.b.j.a.a ##32	ENSGT00730000111263 #33	ENSGT00940000158330 #34	ENSGT00390000012807 #36	ENSGT00940000160658 #37	ENSGT00730000111453	ENSGT00730000110943.C	ENSGT00940000160853	ENSGT01030000234598.a.a.a
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	27	ENSHGLG00000011894 #7	KCNMB3 (ENSHGLG00000012132) #8	ZNF639 (ENSHGLG00000050776) #9	MFN1 (ENSHGLG00000012515) #10	ENSHGLG00000044219 #11	GNB4 (ENSHGLG00000012880) #12	ACTL6A (ENSHGLG00000013350) #13	MRPL47 (ENSHGLG00000033799) #14	NDUFB5 (ENSHGLG00000014377) #15	USP13 (ENSHGLG00000014472) #16	PEX5L (ENSHGLG00000016946) #17	ENSHGLG00000016952 #18	TTC14 (ENSHGLG00000016959) #19	CCDC39 (ENSHGLG00000016969) #20	ENSHGLG00000039606 #21	FXR1 (ENSHGLG00000018814) #22	ENSHGLG00000014387 #23	ENSHGLG00000050891 #24	ENSHGLG00000032116 #25	SOX2 (ENSHGLG00000046210) #26	ATP11B (ENSHGLG00000014553) #27	ENSHGLG00000014589 #28	ENSHGLG00000041896 #29	ENSHGLG00000014650 #30	ENSHGLG00000014676 #31	RPL35A (ENSHGLG00000046416) #32	IQCG (ENSHGLG00000018834) #33	LRCH3 (ENSHGLG00000019171) #34	ENSHGLG00000035747 #35	ENSHGLG00000019355 #36	ENSHGLG00000017149 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153421.a.b	ENSGT00950000183039.B.b.a ##8	ENSGT00730000111202	ENSGT00940000155531.b #7	ENSGT00950000183039.B.a #8	ENSGT00940000156335 #9	ENSGT00390000013727.d #10	ENSGT01000000214413.b.a.a #12	ENSGT00940000156305 #13	ENSGT00390000002837 #14	ENSGT00390000009980 #15	ENSGT00940000157401 #16	ENSGT00940000155931 #17	ENSGT00390000013701 #19	ENSGT00390000015010 #20	ENSGT00950000183189.a.b.a #22	ENSGT00940000154384.h.b.f ##23	ENSGT00940000154384.h.a #23	ENSGT00940000160614 #26	ENSGT00940000156162.C.k #27	ENSGT00940000154552.a.a.a ##28	ENSGT00940000156941 #30	ENSGT00390000008796 #31	ENSGT00390000016972.b.j.a.a ##32	ENSGT00730000111263 #33	ENSGT00940000158330 #34	ENSGT00390000012807 #36	ENSGT00940000160658 #37	ENSGT00940000160853	ENSGT01030000234598.a.a.a	ENSGT00940000161784
Guinea pig	MODERN SPECIES	47	TBL1XR1 (ENSCPOG00000005472)	KCNMB2 (ENSCPOG00000013955) ##8	ZMAT3 (ENSCPOG00000003865)	PIK3CA (ENSCPOG00000006574) #7	KCNMB3 (ENSCPOG00000025991) #8	ZNF639 (ENSCPOG00000039664) #9	MFN1 (ENSCPOG00000033188) #10	GNB4 (ENSCPOG00000034790) #12	ACTL6A (ENSCPOG00000025370) #13	ENSCPOG00000002312 #14	NDUFB5 (ENSCPOG00000036110) #15	USP13 (ENSCPOG00000002315) #16	PEX5L (ENSCPOG00000002319) #17	TTC14 (ENSCPOG00000015311) #19	CCDC39 (ENSCPOG00000015314) #20	FXR1 (ENSCPOG00000010418) #22	ENSCPOG00000021198 ##23	SPTLC1 (ENSCPOG00000015106)	ROR2 (ENSCPOG00000021707)	AUH (ENSCPOG00000001066)	SYK (ENSCPOG00000010410)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153421.a.b	ENSGT00950000183039.B.b.a ##8	ENSGT00730000111202	ENSGT00940000155531.b #7	ENSGT00950000183039.B.a #8	ENSGT00940000156335 #9	ENSGT00390000013727.d #10	ENSGT01000000214413.b.a.a #12	ENSGT00940000156305 #13	ENSGT00390000002837 #14	ENSGT00390000009980 #15	ENSGT00940000157401 #16	ENSGT00940000155931 #17	ENSGT00390000013701 #19	ENSGT00390000015010 #20	ENSGT00950000183189.a.b.a #22	ENSGT00940000154384.h.a #23	ENSGT00940000160614 #26	ENSGT00940000156162.C.k #27	ENSGT00940000170892	ENSGT00940000156941 #30	ENSGT00390000008796 #31	ENSGT00390000016972.b.j.a.a ##32	ENSGT00730000111263 #33	ENSGT00940000158330 #34	ENSGT00390000012807 #36	ENSGT00940000160658 #37	ENSGT00940000160853	ENSGT01030000234598.a.a.a	ENSGT00940000161784	ENSGT00940000160780
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	127	TBL1XR1 (ENSCLAG00000013893)	KCNMB2 (ENSCLAG00000014319) ##8	ZMAT3 (ENSCLAG00000013464)	PIK3CA (ENSCLAG00000015135) #7	KCNMB3 (ENSCLAG00000014741) #8	ZNF639 (ENSCLAG00000011168) #9	MFN1 (ENSCLAG00000015912) #10	GNB4 (ENSCLAG00000015522) #12	ACTL6A (ENSCLAG00000012251) #13	ENSCLAG00000015039 #14	ENSCLAG00000014903 #15	USP13 (ENSCLAG00000015308) #16	PEX5L (ENSCLAG00000014042) #17	TTC14 (ENSCLAG00000013302) #19	CCDC39 (ENSCLAG00000012683) #20	FXR1 (ENSCLAG00000014182) #22	DNAJC19 (ENSCLAG00000011246) #23	SOX2 (ENSCLAG00000017978) #26	ATP11B (ENSCLAG00000012551) #27	ENSCLAG00000014207	MCCC1 (ENSCLAG00000014174) #30	LMLN (ENSCLAG00000011520) #31	ENSCLAG00000012348 ##32	IQCG (ENSCLAG00000013851) #33	LRCH3 (ENSCLAG00000015543) #34	ENSCLAG00000012210 #36	RUBCN (ENSCLAG00000013495) #37	TNK2 (ENSCLAG00000012555)	TFRC (ENSCLAG00000014371)	ZDHHC19 (ENSCLAG00000010728)	SLC51A (ENSCLAG00000011171)
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	339				MFN1 (ENSODEG00000002887) #10	GNB4 (ENSODEG00000002845) #12	ENSODEG00000002804 #13	ENSODEG00000002762 #14	NDUFB5 (ENSODEG00000002740) #15	ENSODEG00000002050	ENSODEG00000018753	USP13 (ENSODEG00000001943) #16	PEX5L (ENSODEG00000001608) #17	ENSODEG00000001450 #19	CCDC39 (ENSODEG00000001427) #20	ENSODEG00000001368	ENSODEG00000001069 #22	ENSODEG00000000914 ##23
Degu	MODERN SPECIES	235						PCMTD2 (ENSODEG00000004359)	ENSODEG00000004395	MYT1 (ENSODEG00000004469)	OPRL1 (ENSODEG00000004636)	LKAAEAR1 (ENSODEG00000004644)	RGS19 (ENSODEG00000004661)	TCEA2 (ENSODEG00000004734)	SOX18 (ENSODEG00000004785)	C20orf204 (ENSODEG00000004800)	PRPF6 (ENSODEG00000004841)	ENSODEG00000006177 #22	SAMD10 (ENSODEG00000006200)	ZNF512B (ENSODEG00000006241)	UCKL1 (ENSODEG00000006332)	DNAJC5 (ENSODEG00000006383)	ENSODEG00000006430	ABHD16B (ENSODEG00000019323)	ZBTB46 (ENSODEG00000006493)	SLC2A4RG (ENSODEG00000006508)	LIME1 (ENSODEG00000006535)	ZGPAT (ENSODEG00000006562)	ENSODEG00000006608	ARFRP1 (ENSODEG00000006629)	RTEL1 (ENSODEG00000006769)	STMN3 (ENSODEG00000007140)	ENSODEG00000007154
Degu	MODERN SPECIES	200		ENSODEG00000001487	ENSODEG00000001474	ZDHHC13 (ENSODEG00000001434)	CSRP3 (ENSODEG00000001395)	E2F8 (ENSODEG00000001309)	ENSODEG00000001265	NAV2 (ENSODEG00000001086)	DBX1 (ENSODEG00000000930)	HTATIP2 (ENSODEG00000000910)	ENSODEG00000000894	PRMT3 (ENSODEG00000000824)	SLC6A5 (ENSODEG00000000719)	ENSODEG00000018648	NELL1 (ENSODEG00000000600)	ENSODEG00000000998 #22	ANO5 (ENSODEG00000000906)	SLC17A6 (ENSODEG00000000829)	FANCF (ENSODEG00000000786)	ENSODEG00000000779	ENSODEG00000000771	SVIP (ENSODEG00000000706)	CCDC179 (ENSODEG00000000686)	ENSODEG00000000674