Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000167916 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000164385.a.b ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00390000011376 ENSGT00940000156096 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000167916 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT01100000263543 ENSGT00940000161569 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a 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ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A ENSGT00390000007284 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A ENSGT00390000007284 Theria ANCESTRAL SPECIES 4 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ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A ENSGT00390000007284 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT01090000263402 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 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ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A ENSGT00390000007284 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 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SPECIES 13 Akirin2 (ENSMUSG00000028291) Spaca1 (ENSMUSG00000028264) Cnr1 (ENSMUSG00000044288) Rngtt (ENSMUSG00000028274) Pnrc1 (ENSMUSG00000040128) Srsf12 (ENSMUSG00000054679) Pm20d2 (ENSMUSG00000054659) Gabrr1 (ENSMUSG00000028280) Gabrr2 (ENSMUSG00000023267) Ube2j1 (ENSMUSG00000028277) Rragd (ENSMUSG00000028278) Ankrd6 (ENSMUSG00000040183) Lyrm2 (ENSMUSG00000045854) Mdn1 (ENSMUSG00000058006) Casp8ap2 (ENSMUSG00000028282) Gja10 (ENSMUSG00000051056) #22 Bach2 (ENSMUSG00000040270) #23 Map3k7 (ENSMUSG00000028284) Epha7 (ENSMUSG00000028289) Manea (ENSMUSG00000040520) Fut9 (ENSMUSG00000055373) Ufl1 (ENSMUSG00000040359) Fhl5 (ENSMUSG00000028259) Gpr63 (ENSMUSG00000040372) Ndufaf4 (ENSMUSG00000028261) Klhl32 (ENSMUSG00000040387) Mms22l (ENSMUSG00000045751) Pou3f2 (ENSMUSG00000095139) Fbxl4 (ENSMUSG00000040410) Faxc (ENSMUSG00000028246) Coq3 (ENSMUSG00000028247) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a 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jerboa MODERN SPECIES 104 Pm20d2 (ENSJJAG00000006896) Gabrr1 (ENSJJAG00000003602) Gabrr2 (ENSJJAG00000001074) ENSJJAG00000000713 Rragd (ENSJJAG00000000282) ENSJJAG00000022275 Ankrd6 (ENSJJAG00000021174) Lyrm2 (ENSJJAG00000020170) Mdn1 (ENSJJAG00000015545) ENSJJAG00000010339 ENSJJAG00000009996 Gja10 (ENSJJAG00000006111) #22 Bach2 (ENSJJAG00000002786) #23 ENSJJAG00000013324 #23 Map3k7 (ENSJJAG00000020494) ENSJJAG00000018365 ENSJJAG00000018137 ENSJJAG00000017896 ENSJJAG00000017791 ENSJJAG00000017512 ENSJJAG00000017184 Epha7 (ENSJJAG00000016879) ENSJJAG00000023379 ENSJJAG00000023315 Manea (ENSJJAG00000023182) ENSJJAG00000023083 Fut9 (ENSJJAG00000022594) Kangaroo rat MODERN SPECIES 351 Pm20d2 (ENSDORG00000026875) Gabrr1 (ENSDORG00000012059) Gabrr2 (ENSDORG00000013019) ENSDORG00000027921 Rragd (ENSDORG00000030039) Ankrd6 (ENSDORG00000014887) Lyrm2 (ENSDORG00000004849) Mdn1 (ENSDORG00000005460) ENSDORG00000026051 Gja10 (ENSDORG00000028097) #22 ENSDORG00000023620 #23 ENSDORG00000013233 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ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 Squirrel MODERN SPECIES 110 AKIRIN2 (ENSSTOG00000024046) SPACA1 (ENSSTOG00000005329) CNR1 (ENSSTOG00000020390) RNGTT (ENSSTOG00000007145) ENSSTOG00000007163 SRSF12 (ENSSTOG00000007170) PM20D2 (ENSSTOG00000027181) GABRR1 (ENSSTOG00000007192) GABRR2 (ENSSTOG00000007223) UBE2J1 (ENSSTOG00000007287) RRAGD (ENSSTOG00000007300) ANKRD6 (ENSSTOG00000016195) LYRM2 (ENSSTOG00000016198) MDN1 (ENSSTOG00000016199) CASP8AP2 (ENSSTOG00000023968) GJA10 (ENSSTOG00000004334) #22 BACH2 (ENSSTOG00000005129) #23 MAP3K7 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ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00390000014122.i.b.a.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627.e ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00970000193421.B.w.a ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627.e ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A ENSGT00390000007284 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 14 SPACA1 (ENSMFAG00000046308) CNR1 (ENSMFAG00000040164) RNGTT (ENSMFAG00000030988) ENSMFAG00000031569 PNRC1 (ENSMFAG00000046306) ENSMFAG00000054442 ENSMFAG00000059889 SRSF12 (ENSMFAG00000048779) GABRR2 (ENSMFAG00000043423) UBE2J1 (ENSMFAG00000046333) RRAGD (ENSMFAG00000038149) ANKRD6 (ENSMFAG00000034278) LYRM2 (ENSMFAG00000055976) MDN1 (ENSMFAG00000041968) CASP8AP2 (ENSMFAG00000036833) GJA10 (ENSMFAG00000035012) #22 ENSMFAG00000060642 BACH2 (ENSMFAG00000040061) #23 MAP3K7 (ENSMFAG00000035469) ENSMFAG00000048262 ENSMFAG00000049481 ENSMFAG00000049903 ENSMFAG00000048694 ENSMFAG00000005773 EPHA7 (ENSMFAG00000033589) ENSMFAG00000002472 MANEA (ENSMFAG00000035666) FUT9 (ENSMFAG00000006659) UFL1 (ENSMFAG00000038476) FHL5 (ENSMFAG00000038694) GPR63 (ENSMFAG00000007033) Rhesus MODERN SPECIES 14 ORC3 (ENSMMUG00000002821) AKIRIN2 (ENSMMUG00000002824) SPACA1 (ENSMMUG00000004947) CNR1 (ENSMMUG00000000763) RNGTT (ENSMMUG00000020097) SRSF12 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ANKRD6 (ENSMNEG00000043528) ENSMNEG00000035722 MDN1 (ENSMNEG00000042497) CASP8AP2 (ENSMNEG00000041673) GJA10 (ENSMNEG00000011947) #22 BACH2 (ENSMNEG00000038521) #23 MAP3K7 (ENSMNEG00000039436) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156953 ENSGT00970000193421.B.w.a ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000159115.p ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT00940000153314.a.b.a.k ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00390000000153.l.a.cb.i.a.a ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00390000014122.i.b.a.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627.e ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184.e Olive baboon MODERN SPECIES 16 ENSPANG00000039569 SPACA1 (ENSPANG00000023127) CNR1 (ENSPANG00000018644) RNGTT (ENSPANG00000010454) ENSPANG00000013953 PM20D2 (ENSPANG00000020356) SRSF12 (ENSPANG00000016731) GABRR1 (ENSPANG00000020411) GABRR2 (ENSPANG00000010453) UBE2J1 (ENSPANG00000016471) RRAGD (ENSPANG00000021498) ANKRD6 (ENSPANG00000017857) LYRM2 (ENSPANG00000024769) MDN1 (ENSPANG00000033473) CASP8AP2 (ENSPANG00000016264) GJA10 (ENSPANG00000011128) #22 BACH2 (ENSPANG00000006817) #23 MAP3K7 (ENSPANG00000021959) ENSPANG00000045484 ENSPANG00000050211 ENSPANG00000042299 EPHA7 (ENSPANG00000020691) ENSPANG00000049735 ENSPANG00000043370 ENSPANG00000043325 MANEA (ENSPANG00000004978) FUT9 (ENSPANG00000006352) UFL1 (ENSPANG00000024032) FHL5 (ENSPANG00000000712) GPR63 (ENSPANG00000023781) NDUFAF4 (ENSPANG00000038646) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000156953 ENSGT00970000193421.B.w.a ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000159115.p ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT00940000153314.a.b.a.k ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00910000148408 ENSGT00940000157785 ENSGT00910000146649 ENSGT00390000000153.l.a.cb.h.a ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00390000014122.i.b.a.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627.e ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 Drill MODERN SPECIES 896 RNGTT (ENSMLEG00000036501) ENSMLEG00000025014 PNRC1 (ENSMLEG00000035351) SRSF12 (ENSMLEG00000042204) PM20D2 (ENSMLEG00000034819) GABRR1 (ENSMLEG00000037111) ENSMLEG00000036657 GABRR2 (ENSMLEG00000035249) UBE2J1 (ENSMLEG00000033818) RRAGD (ENSMLEG00000002405) ANKRD6 (ENSMLEG00000035340) LYRM2 (ENSMLEG00000033284) MDN1 (ENSMLEG00000042713) CASP8AP2 (ENSMLEG00000040162) ENSMLEG00000031189 GJA10 (ENSMLEG00000032578) #22 BACH2 (ENSMLEG00000043165) #23 ENSMLEG00000009775 MAP3K7 (ENSMLEG00000039595) Sooty mangabey MODERN SPECIES 139 SPACA1 (ENSCATG00000038646) RNGTT (ENSCATG00000045048) ENSCATG00000044563 PNRC1 (ENSCATG00000042984) SRSF12 (ENSCATG00000030620) PM20D2 (ENSCATG00000028215) GABRR1 (ENSCATG00000044484) ENSCATG00000043258 GABRR2 (ENSCATG00000041117) UBE2J1 (ENSCATG00000039458) RRAGD (ENSCATG00000017528) ANKRD6 (ENSCATG00000034920) LYRM2 (ENSCATG00000038992) MDN1 (ENSCATG00000045011) CASP8AP2 (ENSCATG00000014543) GJA10 (ENSCATG00000005843) #22 BACH2 (ENSCATG00000037186) #23 ENSCATG00000033625 MAP3K7 (ENSCATG00000043799) ENSCATG00000037109 ENSCATG00000039613 EPHA7 (ENSCATG00000017708) MANEA (ENSCATG00000042657) FUT9 (ENSCATG00000018263) UFL1 (ENSCATG00000044470) FHL5 (ENSCATG00000040405) GPR63 (ENSCATG00000018743) NDUFAF4 (ENSCATG00000033077) KLHL32 (ENSCATG00000039902) MMS22L (ENSCATG00000040956) ENSCATG00000009616 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 386 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132.q.a.a ENSGT00940000158523 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Yarkand deer MODERN SPECIES 20 ORC3 (ENSCHYG00000018091) AKIRIN2 (ENSCHYG00000017965) SPACA1 (ENSCHYG00000017894) CNR1 (ENSCHYG00000017842) RNGTT (ENSCHYG00000016761) SRSF12 (ENSCHYG00000016627) PM20D2 (ENSCHYG00000016435) GABRR1 (ENSCHYG00000016366) GABRR2 (ENSCHYG00000016264) UBE2J1 (ENSCHYG00000016187) RRAGD (ENSCHYG00000016025) ANKRD6 (ENSCHYG00000015728) ENSCHYG00000015660 MDN1 (ENSCHYG00000015140) CASP8AP2 (ENSCHYG00000014964) GJA10 (ENSCHYG00000014902) #22 BACH2 (ENSCHYG00000014828) #23 MAP3K7 (ENSCHYG00000014445) ENSCHYG00000014181 EPHA7 (ENSCHYG00000013949) ENSCHYG00000013893 MANEA (ENSCHYG00000025768) FUT9 (ENSCHYG00000025764) UFL1 (ENSCHYG00000025727) FHL5 (ENSCHYG00000025707) NDUFAF4 (ENSCHYG00000025688) KLHL32 (ENSCHYG00000025369) MMS22L (ENSCHYG00000025279) POU3F2 (ENSCHYG00000025261) FBXL4 (ENSCHYG00000025242) FAXC (ENSCHYG00000025221) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 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MANEA (ENSEASG00005006055) FUT9 (ENSEASG00005031320) UFL1 (ENSEASG00005006057) FHL5 (ENSEASG00005006061) GPR63 (ENSEASG00005025897) NDUFAF4 (ENSEASG00005023899) KLHL32 (ENSEASG00005025751) ENSEASG00005006075 ENSEASG00005006121 ENSEASG00005031507 FBXL4 (ENSEASG00005006132) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A ENSGT00390000007284 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000011376 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179 ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A ENSGT00390000007284 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000011376 ENSGT00940000156096 ENSGT00390000004211 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00940000160519 ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 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Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00960000189421 ENSGT00490000043453 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864 ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887 ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179.i.b ENSGT00940000157179.i.a ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A Great tit MODERN SPECIES 22 AKIRIN2 (ENSPMJG00000002559) CNR1 (ENSPMJG00000002372) RNGTT (ENSPMJG00000002327) ENSPMJG00000002291 ENSPMJG00000002275 PNRC1 (ENSPMJG00000002268) PM20D2 (ENSPMJG00000002254) GABRR1 (ENSPMJG00000002240) GABRR2 (ENSPMJG00000002200) UBE2J1 (ENSPMJG00000002194) RRAGD 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Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011376 ENSGT00940000156096 ENSGT01060000248564.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00490000043453 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00390000003365 ENSGT00940000158591 ENSGT00940000156864.b ENSGT00940000156652 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.g ENSGT00970000193844 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000160189 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00940000157179.i.b ENSGT00940000157179.i.a ENSGT00390000011769 ENSGT00940000162208 ENSGT00940000155184 ENSGT00950000182919.A Zebra finch MODERN SPECIES 23 RARS2 (ENSTGUG00000012447) ORC3 (ENSTGUG00000012439) AKIRIN2 (ENSTGUG00000021919) CNR1 (ENSTGUG00000020322) RNGTT (ENSTGUG00000012427) BORCS6 (ENSTGUG00000019650) PNRC1 (ENSTGUG00000012423) PM20D2 (ENSTGUG00000012421) GABRR1 (ENSTGUG00000012419) GABRR2 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sea krait MODERN SPECIES 417 CASP8AP2 (ENSLLTG00000000839) GJA10 (ENSLLTG00000000866) #22 ENSLLTG00000000878 #23 Indian cobra MODERN SPECIES SPACA1 (ENSNNAG00000006680) ENSNNAG00000006664 RNGTT (ENSNNAG00000003014) ENSNNAG00000003000 PNRC1 (ENSNNAG00000002992) SRSF12 (ENSNNAG00000002985) PM20D2 (ENSNNAG00000002966) GABRR1 (ENSNNAG00000002940) GABRR2 (ENSNNAG00000002929) UBE2J1 (ENSNNAG00000002908) RRAGD (ENSNNAG00000002891) ANKRD6 (ENSNNAG00000002872) LYRM2 (ENSNNAG00000002865) MDN1 (ENSNNAG00000002821) CASP8AP2 (ENSNNAG00000002807) GJA10 (ENSNNAG00000002802) #22 BACH2 (ENSNNAG00000002797) #23 MAP3K7 (ENSNNAG00000002778) EPHA7 (ENSNNAG00000002760) ENSNNAG00000002749 MANEA (ENSNNAG00000002745) ENSNNAG00000002743 UFL1 (ENSNNAG00000002722) FHL5 (ENSNNAG00000002712) GPR63 (ENSNNAG00000002705) NDUFAF4 (ENSNNAG00000002699) KLHL32 (ENSNNAG00000002678) MMS22L (ENSNNAG00000002613) POU3F2 (ENSNNAG00000002590) FBXL4 (ENSNNAG00000002586) FAXC (ENSNNAG00000002571) Lizard MODERN SPECIES PNRC1 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Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000016036 ENSGT00950000182827.E ENSGT00530000063407.a ENSGT00940000156096.e.b ENSGT01060000248564.a.a.a.a ENSGT00940000156953 ENSGT00530000063881.a.a ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000155095.j ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987.i ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00990000210177.a ENSGT00730000111419.a Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 177 ENSGT00940000156953.i.a ENSGT00530000063881.a.a.b ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a.d ENSGT00940000156864.d.a ENSGT00940000156652.p ENSGT00940000155887.b.c ENSGT00390000002957 ENSGT00620000088063.i.a 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ENSGT00940000156652 ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000155723 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00970000193844 ENSGT00620000088063 ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000155723 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00550000075141 ENSGT00940000160597 ENSGT00740000116948 ENSGT00940000156157 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000166728 ENSGT00390000016036 ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00550000075141 ENSGT00940000160597 ENSGT00740000116948 ENSGT00940000156157 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000166728 ENSGT00390000016036 ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00550000075141 ENSGT00740000116948 ENSGT00940000160597 ENSGT00940000156157 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000166728 ENSGT00390000016036 ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 222 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 Tetraodon MODERN SPECIES 26 ENSTNIG00000000859 fgf8b (ENSTNIG00000003830) ENSTNIG00000003831 ENSTNIG00000001250 AMIGO3 (ENSTNIG00000003837) ENSTNIG00000003838 tfap2c (ENSTNIG00000003840) ENSTNIG00000003841 det1 (ENSTNIG00000003849) SKI (ENSTNIG00000001491) ENSTNIG00000003856 PFKFB2 (ENSTNIG00000003857) myh7l (ENSTNIG00000003860) ENSTNIG00000003859 ENSTNIG00000000081 ENSTNIG00000003863 #22 BACH2 (ENSTNIG00000003864) #23 mbnl1 (ENSTNIG00000003878) ENSTNIG00000003883 ENSTNIG00000003884 gripap1 (ENSTNIG00000003886) ENSTNIG00000003895 ABLIM2 (ENSTNIG00000003898) ENSTNIG00000001060 zbtb49 (ENSTNIG00000003905) ENSTNIG00000003906 ENSTNIG00000000947 PALS1 (ENSTNIG00000003911) ENSTNIG00000003912 ENSTNIG00000003918 ENSTNIG00000001636 Fugu MODERN SPECIES 7 si:ch211-63o20.7 (ENSTRUG00000024378) elp3 (ENSTRUG00000003113) KIF13B (ENSTRUG00000003931) HMBOX1 (ENSTRUG00000020592) disp1 (ENSTRUG00000004602) ENSTRUG00000004759 ENSTRUG00000029235 ENSTRUG00000004836 ENSTRUG00000029069 ENSTRUG00000004865 brox (ENSTRUG00000004871) ENSTRUG00000029350 ENSTRUG00000026793 ENSTRUG00000033113 ENSTRUG00000019952 GJA10 (ENSTRUG00000005845) #22 BACH2 (ENSTRUG00000030234) #23 map3k7 (ENSTRUG00000005867) epha7 (ENSTRUG00000033069) ppil4 (ENSTRUG00000006670) katna1 (ENSTRUG00000006850) slc5a6a (ENSTRUG00000007105) rpl7l1 (ENSTRUG00000024765) ankrd6b (ENSTRUG00000029552) ENSTRUG00000027112 LYRM2 (ENSTRUG00000024054) tab2 (ENSTRUG00000007732) CDK19 (ENSTRUG00000007920) amd1 (ENSTRUG00000018256) rpf2 (ENSTRUG00000018264) slc16a10 (ENSTRUG00000017401) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000160597 ENSGT00740000116948 ENSGT00940000156157 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000166728 ENSGT00390000016036 ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00940000165360 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a Ballan wrasse MODERN SPECIES 450 ube2j1 (ENSLBEG00000026273) GABRR2 (ENSLBEG00000026285) LYRM2 (ENSLBEG00000026301) ankrd6b (ENSLBEG00000026321) MDN1 (ENSLBEG00000026376) casp8ap2 (ENSLBEG00000026547) GJA10 (ENSLBEG00000026590) #22 BACH2 (ENSLBEG00000026600) #23 ENSLBEG00000026613 map3k7 (ENSLBEG00000026646) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000011674 ENSGT00550000075141 ENSGT00940000160597 ENSGT00940000156157 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000166728 ENSGT00390000016036 ENSGT00390000003365.a ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a Perciformes ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00390000011674 ENSGT00550000075141 ENSGT00940000160597 ENSGT00940000156157 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000166728 ENSGT00390000016036 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a ENSGT00940000165424.b Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00990000203619.A.b.b.a.h ENSGT00940000165219 ENSGT00940000153417.B ENSGT00940000157241 ENSGT00940000164252.a.a ENSGT00940000154004.b ENSGT00940000154473.b ENSGT00940000160891 ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00390000006522.b ENSGT00390000001627 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000163149.a.b.c.a.a ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000155723 ENSGT00940000160119 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MODERN SPECIES 7 smim8 (ENSDLAG00005033722) ENSDLAG00005004728 ENSDLAG00005030831 ENSDLAG00005017287 ENSDLAG00005027320 ENSDLAG00005031431 ENSDLAG00005004910 ENSDLAG00005005215 ENSDLAG00005034051 ENSDLAG00005005354 ankrd6b (ENSDLAG00005005390) lyrm2 (ENSDLAG00005026971) MDN1 (ENSDLAG00005005914) ENSDLAG00005007692 casp8ap2 (ENSDLAG00005007702) GJA10 (ENSDLAG00005007716) #22 BACH2 (ENSDLAG00005007725) #23 ENSDLAG00005007741 ENSDLAG00005007749 map3k7 (ENSDLAG00005007772) ENSDLAG00005027871 epha7 (ENSDLAG00005008250) ufl1 (ENSDLAG00005008918) GPR63 (ENSDLAG00005034962) NDUFAF4 (ENSDLAG00005009019) ENSDLAG00005009031 NT5DC1 (ENSDLAG00005029124) COL10A1 (ENSDLAG00005009072) ENSDLAG00005009075 FRK (ENSDLAG00005009085) HDAC2 (ENSDLAG00005009118) Large yellow croaker MODERN SPECIES 482 ENSLCRG00005012121 ENSLCRG00005012120 ENSLCRG00005012118 si:ch211-241j12.3 (ENSLCRG00005012115) cfap206 (ENSLCRG00005012112) PM20D2 (ENSLCRG00005012089) ENSLCRG00005012087 PM20D2 (ENSLCRG00005012085) GABRR1 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(ENSLCAG00010012458) nt5dc1 (ENSLCAG00010012469) COL10A1 (ENSLCAG00010012480) FRK (ENSLCAG00010012485) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000166260 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.c.b ENSGT00940000161395 ENSGT00940000155731.a ENSGT00950000182878.b.b ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000155723 Tongue sole MODERN SPECIES 17 ENSCSEG00000018604 lbr (ENSCSEG00000018597) enah (ENSCSEG00000018587) ENSCSEG00000018443 srp9 (ENSCSEG00000018438) ephx1 (ENSCSEG00000018424) slc5a6a 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ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00940000169801 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000156535 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01030000235133.a.a ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000167916 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00940000155906 ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00940000169801 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000156535 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 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SPECIES 183 ENSGT00390000004542 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00950000183034.C.a.a ENSGT00390000011674 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00390000016036 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 Sailfin molly MODERN SPECIES 2253 GJA10 (ENSPLAG00000020825) #22 BACH2 (ENSPLAG00000020838) #23 Amazon molly MODERN SPECIES 514 nus1 (ENSPFOG00000014815) cgrrf1 (ENSPFOG00000014706) psmc6 (ENSPFOG00000014622) znf292b (ENSPFOG00000014543) smim8 (ENSPFOG00000014530) GABRR1 (ENSPFOG00000014517) cfap206 (ENSPFOG00000014453) ENSPFOG00000014416 rmdn3 (ENSPFOG00000014339) rad51 (ENSPFOG00000014300) ube2j1 (ENSPFOG00000014265) GABRR2 (ENSPFOG00000014194) ankrd6b (ENSPFOG00000014122) MDN1 (ENSPFOG00000013400) casp8ap2 (ENSPFOG00000013352) GJA10 (ENSPFOG00000020916) #22 BACH2 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gabrr1 (ENSXMAG00000005354) cfap206 (ENSXMAG00000023168) si:ch211-241j12.3 (ENSXMAG00000028387) rmdn3 (ENSXMAG00000000585) rad51 (ENSXMAG00000000592) ube2j1 (ENSXMAG00000000600) GABRR2 (ENSXMAG00000027658) ankrd6b (ENSXMAG00000005373) ENSXMAG00000014390 LYRM2 (ENSXMAG00000014392) MDN1 (ENSXMAG00000014394) casp8ap2 (ENSXMAG00000014426) GJA10 (ENSXMAG00000014427) #22 BACH2 (ENSXMAG00000028595) #23 map3k7 (ENSXMAG00000004986) ENSXMAG00000022453 ENSXMAG00000023649 epha7 (ENSXMAG00000025190) ENSXMAG00000023935 ENSXMAG00000023207 ENSXMAG00000029228 nt5dc1 (ENSXMAG00000004762) COL10A1 (ENSXMAG00000004766) ENSXMAG00000028087 ENSXMAG00000024473 dse (ENSXMAG00000009005) GPR63 (ENSXMAG00000018550) ufl1 (ENSXMAG00000025685) NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 350 ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 Mummichog MODERN SPECIES 594 ENSFHEG00000010336 LYRM2 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ENSGT00940000177477 ENSGT00730000111419.a Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01030000235133.a.a ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000167916 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000155723 Javanese ricefish MODERN SPECIES 16 ENSOJAG00000015693 THBS1 (ENSOJAG00000015703) ENSOJAG00000015894 katnbl1 (ENSOJAG00000015919) emc7b (ENSOJAG00000015922) chrm5b (ENSOJAG00000015932) aven (ENSOJAG00000015938) ENSOJAG00000017895 ube2j1 (ENSOJAG00000017955) ENSOJAG00000017960 GABRR2 (ENSOJAG00000017969) ENSOJAG00000018030 ankrd6b (ENSOJAG00000018034) LYRM2 (ENSOJAG00000018070) ENSOJAG00000014333 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ENSOMEG00000000043 ENSOMEG00000002528 ENSOMEG00000002552 ENSOMEG00000002560 ENSOMEG00000002564 pcdh18a (ENSOMEG00000002576) ENSOMEG00000002588 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000158591.g.a ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00950000182892.b.b ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000177477 ENSGT00730000111419.a Chinese medaka MODERN SPECIES 1105 ENSOSIG00000014522 ENSOSIG00000014521 ankrd6b (ENSOSIG00000014520) LYRM2 (ENSOSIG00000014519) casp8ap2 (ENSOSIG00000014438) GJA10 (ENSOSIG00000014437) #22 ENSOSIG00000014436 map3k7 (ENSOSIG00000013927) ENSOSIG00000013910 epha7 (ENSOSIG00000013222) Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 16 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SPECIES 3 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00740000116948 ENSGT00940000160597 ENSGT00550000075141 ENSGT00390000011674 ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00950000183034.C.a.a ENSGT00390000002768.b ENSGT00940000164440 ENSGT00940000155887.b ENSGT00390000002957 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000155676 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000155725 ENSGT00730000111419.a ENSGT00940000165424.b ENSGT00940000155723 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00740000116948 ENSGT00940000160597 ENSGT00550000075141 ENSGT00390000011674 ENSGT01030000234513.A.a.b ENSGT00950000183034.C.a.a ENSGT00390000002768.b ENSGT00940000164440 ENSGT00940000155887.b.r.b ENSGT00940000155887.b.q 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cichlid MODERN SPECIES 333 kcnk10a (ENSNBRG00000013906) ENSNBRG00000013885 rmdn3 (ENSNBRG00000013857) rad51 (ENSNBRG00000013824) ENSNBRG00000013808 ddx51 (ENSNBRG00000013764) smim8 (ENSNBRG00000013756) znf292b (ENSNBRG00000013738) ENSNBRG00000013732 zgc:112001 (ENSNBRG00000013714) ankrd6b (ENSNBRG00000013689) ENSNBRG00000013661 LYRM2 (ENSNBRG00000013657) MDN1 (ENSNBRG00000013284) casp8ap2 (ENSNBRG00000013219) GJA10 (ENSNBRG00000013201) #22 BACH2 (ENSNBRG00000013186) #23 map3k7 (ENSNBRG00000012646) ENSNBRG00000012595 ENSNBRG00000012582 ENSNBRG00000012567 ENSNBRG00000012548 epha7 (ENSNBRG00000011772) ufl1 (ENSNBRG00000011618) GPR63 (ENSNBRG00000011608) NDUFAF4 (ENSNBRG00000011600) dse (ENSNBRG00000011590) ENSNBRG00000011576 COL10A1 (ENSNBRG00000011556) nt5dc1 (ENSNBRG00000011520) FRK (ENSNBRG00000011483) Nile tilapia MODERN SPECIES 6 rad51 (ENSONIG00000001629) ENSONIG00000033793 ddx51 (ENSONIG00000001627) smim8 (ENSONIG00000001626) ENSONIG00000032931 gjb7 (ENSONIG00000001624) znf292b 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ENSGT00940000155725 ENSGT00940000180297 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00550000074802 ENSGT00620000088063 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000167164 ENSGT00390000002112 ENSGT00950000183001.a.b.a ENSGT00390000001627 ENSGT00390000006522.b ENSGT00940000155676.f ENSGT00940000154317.a.b.b ENSGT00940000156987 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000177477 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000180297 ENSGT00730000111419.a Clown anemonefish MODERN SPECIES 634 SPRED2 (ENSAOCG00000005903) meis1b (ENSAOCG00000005931) MDN1 (ENSAOCG00000006164) ENSAOCG00000006208 casp8ap2 (ENSAOCG00000006225) GJA10 (ENSAOCG00000006247) #22 BACH2 (ENSAOCG00000006261) #23 map3k7 (ENSAOCG00000006329) Orange clownfish MODERN SPECIES 2 ENSAPEG00000000906 smim8 (ENSAPEG00000000918) ENSAPEG00000000921 ENSAPEG00000000949 rad51 (ENSAPEG00000000962) rmdn3 (ENSAPEG00000001029) ENSAPEG00000001088 ENSAPEG00000001128 cfap206 (ENSAPEG00000001144) PM20D2 (ENSAPEG00000001176) 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seahorse MODERN SPECIES 84 ENSHCOG00000020013 ENSHCOG00000019993 GJA10 (ENSHCOG00000019977) #22 kcnk10a (ENSHCOG00000019968) BDKRB2 (ENSHCOG00000019954) ENSHCOG00000019936 FRK (ENSHCOG00000019705) nt5dc1 (ENSHCOG00000019685) dse (ENSHCOG00000019654) ENSHCOG00000019644 GPR63 (ENSHCOG00000019635) epha7 (ENSHCOG00000019631) ENSHCOG00000019604 map3k7 (ENSHCOG00000019579) ENSHCOG00000018949 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 16 znf292b (ENSMMDG00005015101) gjb7 (ENSMMDG00005015103) ENSMMDG00005015105 smim8 (ENSMMDG00005015106) ENSMMDG00005015108 cfap206 (ENSMMDG00005015111) PM20D2 (ENSMMDG00005015116) PM20D2 (ENSMMDG00005015117) gabrr1 (ENSMMDG00005015118) GABRR2 (ENSMMDG00005015122) ube2j1 (ENSMMDG00005015124) ankrd6b (ENSMMDG00005015132) LYRM2 (ENSMMDG00005015140) MDN1 (ENSMMDG00005015147) casp8ap2 (ENSMMDG00005015156) GJA10 (ENSMMDG00005015158) #22 BACH2 (ENSMMDG00005015159) #23 map3k7 (ENSMMDG00005015168) ENSMMDG00005016392 epha7 (ENSMMDG00005016397) ufl1 (ENSMMDG00005016601) GPR63 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ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00550000075082 ENSGT00700000106116.a.a ENSGT00990000204393 ENSGT01030000234534.A.c.b.b.b ENSGT00940000156147.c ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000162287.A.j ENSGT00940000161979.B.o ENSGT00940000154710.a.b.b.n.a.a ENSGT01090000260005.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000156065.b ENSGT00390000004542 ENSGT01020000230346.A.d Otophysi ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159071.y.a ENSGT00940000156384.o ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095.i.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a ENSGT00730000111419.b ENSGT00940000155462.`b.a ENSGT00940000156713.n ENSGT00530000063669.b.b ENSGT00390000002403 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666 ENSGT00940000166202 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT00940000162083 ENSGT00940000159071.y.a ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095.i.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a ENSGT00730000111419.b ENSGT00940000155462.`b.a ENSGT01100000264266 ENSGT01090000260506 ENSGT00940000156713.n ENSGT00940000155843 ENSGT00530000063669.b.b ENSGT00940000160831 ENSGT00940000154859 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000162083 ENSGT00940000159071.y.a ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095.i.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a ENSGT00730000111419.b ENSGT00940000155462.`b.a ENSGT01100000264266 ENSGT01090000260506 ENSGT00940000156713.n ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155843 ENSGT00530000063669.b.b ENSGT00940000160831 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00940000162083 ENSGT00940000159071.y.a ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095.i.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a ENSGT00730000111419.b ENSGT00940000155462.`b.a ENSGT01100000264266 ENSGT01090000260506 ENSGT00940000156713.n ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00530000063669.b.b ENSGT00940000160831 ENSGT00940000154859 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 182 vrk1 (ENSPNAG00000000923) ak7b (ENSPNAG00000008383) FLRT2 (ENSPNAG00000008391) gsc (ENSPNAG00000000960) dicer1 (ENSPNAG00000001012) CLMN (ENSPNAG00000008460) syne3 (ENSPNAG00000001037) gabrr2a (ENSPNAG00000008494) rragd (ENSPNAG00000008517) ANKRD6 (ENSPNAG00000001067) gja10a (ENSPNAG00000001071) #22 ENSPNAG00000001074 ##23 manea (ENSPNAG00000001085) Mexicana tetra MODERN SPECIES 24 ENSAMXG00000029814 vrk1 (ENSAMXG00000034294) ENSAMXG00000000598 ENSAMXG00000042310 ak7b (ENSAMXG00000000582) galcb (ENSAMXG00000000578) FLRT2 (ENSAMXG00000010699) ENSAMXG00000035796 gsc (ENSAMXG00000010712) dicer1 (ENSAMXG00000010730) ENSAMXG00000042440 syne3 (ENSAMXG00000020778) gabrr2a (ENSAMXG00000020794) rragd (ENSAMXG00000042253) ANKRD6 (ENSAMXG00000020831) gja10a (ENSAMXG00000025303) #22 ENSAMXG00000020851 ##23 ENSAMXG00000038128 ##23 ENSAMXG00000037021 manea (ENSAMXG00000035648) fut9a (ENSAMXG00000025304) fhl5 (ENSAMXG00000020860) ENSAMXG00000020863 col10a1a (ENSAMXG00000020866) marcksb (ENSAMXG00000030242) fyna (ENSAMXG00000020869) ENSAMXG00000033801 fabp7a (ENSAMXG00000039521) GJA1 (ENSAMXG00000025305) ##22 ENSAMXG00000039557 ENSAMXG00000029394 Channel catfish MODERN SPECIES 28 ENSIPUG00000004405 ENSIPUG00000004429 rtraf (ENSIPUG00000004522) nid2 (ENSIPUG00000004639) ptger2a (ENSIPUG00000004854) txndc16 (ENSIPUG00000004868) gpr137c (ENSIPUG00000004968) flrt2 (ENSIPUG00000004990) gsc (ENSIPUG00000005011) dicer1 (ENSIPUG00000005080) clmn (ENSIPUG00000005191) syne3 (ENSIPUG00000005233) gabrr2a (ENSIPUG00000005251) rragd (ENSIPUG00000005270) ENSIPUG00000005284 gja10a (ENSIPUG00000005290) #22 MANEA (ENSIPUG00000005304) fut9 (ENSIPUG00000005333) Fhl2 (ENSIPUG00000005345) ENSIPUG00000005385 col10a1a (ENSIPUG00000005423) marcksb (ENSIPUG00000005449) fyna (ENSIPUG00000005468) ENSIPUG00000005529 ENSIPUG00000005545 fabp7a (ENSIPUG00000005561) GJA1 (ENSIPUG00000005576) ##22 ENSIPUG00000005598 fam184aa (ENSIPUG00000005644) PLN (ENSIPUG00000005705) styx (ENSIPUG00000005713) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000168142 ENSGT00940000166774 ENSGT00390000004917.c ENSGT00390000002211 ENSGT00940000157960.k.a ENSGT00940000154928.c.a.a ENSGT00940000155500.e ENSGT00950000183149.C.a ENSGT00940000157136.a ENSGT00950000182941.a.a.a.b ENSGT00940000180472 ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a ENSGT00940000155887.a.c ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095.i.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a ENSGT00730000111419.b ENSGT00940000155462.`b.a ENSGT00940000156713.n ENSGT00940000155843 ENSGT00530000063669.b.b ENSGT00390000002403 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666 Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 308 ENSGT00940000168142.b ENSGT00940000166774.d ENSGT00390000004917.c ENSGT00390000002211.a ENSGT00940000157960.k.a.b ENSGT00940000154928.c.a.a.a ENSGT00940000155500.e.b ENSGT00950000183149.C.a.a ENSGT00940000157136.a.a ENSGT00950000182941.a.a.a.b.b ENSGT00940000159056.h.a ENSGT00440000039367.d ENSGT00940000156864.c.c ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.a.b ENSGT00940000155887.a.c.a.b ENSGT01090000260070.D.b.a #22 ENSGT00940000158228.b.d ##23 ENSGT00390000016054.a.k ENSGT00940000155095.i.a.b ENSGT00950000183028.a.a.b.e.b ENSGT00940000154317.a.b.a.b ENSGT00730000111419.b.c ENSGT00940000155462.`b.a.a ENSGT00940000156713.n.j ENSGT01090000260070.A.pc.a ##22 ENSGT01030000235398 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000168142.b ENSGT00940000166774.d ENSGT00390000004917.c ENSGT00390000002211.a ENSGT00940000157960.k.a.b ENSGT00940000154928.c.a.a.a ENSGT00940000155500.e.b ENSGT00950000183149.C.a.a ENSGT00940000157136.a.a ENSGT00950000182941.a.a.a.b.b ENSGT00940000159056.h.a ENSGT00440000039367.d ENSGT00940000156864.c.c ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.b ENSGT00940000155887.a.c.a.b ENSGT01090000260070.D.b.a #22 ENSGT00940000158228.b.d ##23 ENSGT00390000016054.a.k ENSGT00940000155095.i.a.b ENSGT00950000183028.a.a.b.e.b Golden-line barbel MODERN SPECIES 970 ENSSGRG00000036201 ENSSGRG00000036203 znf395a (ENSSGRG00000036204) ENSSGRG00000036211 syne3 (ENSSGRG00000036217) gabrr2a (ENSSGRG00000036218) rragd (ENSSGRG00000036220) gja10a (ENSSGRG00000036282) #22 ENSSGRG00000036283 ##23 manea (ENSSGRG00000036284) fut9a (ENSSGRG00000036285) FHL5 (ENSSGRG00000036286) ENSSGRG00000036289 col10a1a (ENSSGRG00000036292) ENSSGRG00000036298 marcksb (ENSSGRG00000036299) fyna (ENSSGRG00000036302) fabp7a (ENSSGRG00000036352) GJA1 (ENSSGRG00000036365) ##22 ENSSGRG00000036366 ENSSGRG00000036367 fam184aa (ENSSGRG00000036370) ENSSGRG00000036373 Common carp reference MODERN SPECIES 4 dio2 (ENSCCRG00000062568) ston2 (ENSCCRG00000027709) foxn3 (ENSCCRG00000060978) ENSCCRG00000050899 kcnk13a (ENSCCRG00000032522) hmbox1a (ENSCCRG00000032520) ENSCCRG00000032041 ENSCCRG00000017076 znf395a (ENSCCRG00000006628) ENSCCRG00000006637 ENSCCRG00000035888 syne3 (ENSCCRG00000034549) ENSCCRG00000054114 gabrr2a (ENSCCRG00000072526) ENSCCRG00000040762 gja10a (ENSCCRG00000040767) #22 ENSCCRG00000040773 ##23 manea (ENSCCRG00000046838) fut9a (ENSCCRG00000069903) fhl5 (ENSCCRG00000055640) col10a1a (ENSCCRG00000082308) marcksb (ENSCCRG00000081648) fyna (ENSCCRG00000006855) fabp7a (ENSCCRG00000007322) ENSCCRG00000061875 ##22 fam184aa (ENSCCRG00000007333) ENSCCRG00000043843 styx (ENSCCRG00000004188) gnpnat1 (ENSCCRG00000056753) socs4 (ENSCCRG00000004183) wdhd1 (ENSCCRG00000075583) Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 828 rragd (ENSCARG00000034485) ENSCARG00000034545 gja10a (ENSCARG00000034569) #22 ENSCARG00000034584 ##23 manea (ENSCARG00000034594) fut9a (ENSCARG00000034604) fhl5 (ENSCARG00000034616) col10a1a (ENSCARG00000034626) Goldfish MODERN SPECIES 36 ENSCARG00000055521 tfb2m (ENSCARG00000055555) smyd3 (ENSCARG00000055602) KIF26B (ENSCARG00000055748) efcab11 (ENSCARG00000055831) ENSCARG00000055840 kcnk13a (ENSCARG00000055915) hmbox1a (ENSCARG00000055932) KIF13B (ENSCARG00000056353) ENSCARG00000062685 znf395a (ENSCARG00000062694) ENSCARG00000062712 syne3 (ENSCARG00000062731) gabrr2a (ENSCARG00000062753) rragd (ENSCARG00000062771) gja10a (ENSCARG00000062796) #22 ENSCARG00000062800 ##23 manea (ENSCARG00000062803) fut9a (ENSCARG00000062812) fhl5 (ENSCARG00000062818) col10a1a (ENSCARG00000062843) marcksb (ENSCARG00000062856) fyna (ENSCARG00000062879) fabp7a (ENSCARG00000063628) GJA1 (ENSCARG00000063650) ##22 fam184aa (ENSCARG00000063670) ENSCARG00000063785 ENSCARG00000063791 styx (ENSCARG00000063818) gnpnat1 (ENSCARG00000063864) socs4 (ENSCARG00000063896) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 163 ENSGT00940000168142.a ENSGT00940000166774.c ENSGT00390000004917.d ENSGT00390000002211.b ENSGT00940000157960.k.a.a ENSGT00940000154928.c.a.a.b ENSGT00940000155500.e.a ENSGT00950000183149.C.a.b ENSGT00940000157136.a.b ENSGT00950000182941.a.a.a.b.a ENSGT00940000159056.h.b ENSGT00440000039367.c ENSGT00940000156864.c.d ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.a.a ENSGT00940000155887.a.c.a.a ENSGT01090000260070.D.b.b #22 ENSGT00940000158228.b.c ##23 ENSGT00390000016054.a.l ENSGT00940000155095.i.a.a ENSGT00950000183028.a.a.b.f ENSGT00950000183028.a.a.b.e.a ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a.a ENSGT00730000111419.b.d ENSGT00940000155462.`b.a.b ENSGT00940000156713.n.i ENSGT01090000260070.A.pc.b ##22 ENSGT00940000155843.z ENSGT00530000063669.b.b.a ENSGT00390000002403.p.b ENSGT00940000160831 Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 2693 ENSCARG00000069825 gja10a (ENSCARG00000069827) #22 ENSCARG00000069828 ##23 manea (ENSCARG00000069833) ENSCARG00000069836 fhl5 (ENSCARG00000069842) col10a1a (ENSCARG00000047205) marcksb (ENSCARG00000047222) Goldfish MODERN SPECIES 2744 syne3 (ENSCARG00000041693) gabrr2a (ENSCARG00000041742) rragd (ENSCARG00000041943) ANKRD6 (ENSCARG00000041987) gja10a (ENSCARG00000042104) #22 ENSCARG00000042118 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000168142.a ENSGT00940000166774.c ENSGT00390000004917.d ENSGT00390000002211.b ENSGT00940000157960.k.a.a ENSGT00940000154928.c.a.a.b ENSGT00940000155500.e.a ENSGT00950000183149.C.a.b ENSGT00940000157136.a.b ENSGT00950000182941.a.a.a.b.a ENSGT00940000159056.h.b ENSGT00440000039367.c ENSGT00940000156864.c.d ENSGT00950000183031.A.a.b.e.a.a.a ENSGT00940000155887.a.c.a.a ENSGT01090000260070.D.b.b #22 ENSGT00940000158228.b.c ##23 ENSGT00390000016054.a.l ENSGT00940000155095.i.a.a ENSGT00950000183028.a.a.b.f ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a.a ENSGT00730000111419.b.d ENSGT00940000155462.`b.a.b ENSGT00940000156713.n.i ENSGT01090000260070.A.pc.b ##22 ENSGT00940000155843.z ENSGT00530000063669.b.b.a ENSGT00390000002403.p.b ENSGT00940000160831 ENSGT00940000154859.db.b Golden-line barbel MODERN SPECIES 53 foxn3 (ENSSGRG00000036577) efcab11 (ENSSGRG00000036575) TDP1 (ENSSGRG00000036105) kcnk13a (ENSSGRG00000036089) hmbox1a (ENSSGRG00000036087) KIF13B (ENSSGRG00000035456) ENSSGRG00000035438 znf395a (ENSSGRG00000035437) ENSSGRG00000035435 ENSSGRG00000035430 syne3 (ENSSGRG00000035429) gabrr2a (ENSSGRG00000035427) RRAGD (ENSSGRG00000035403) ENSSGRG00000035401 ENSSGRG00000035400 gja10a (ENSSGRG00000035399) #22 ENSSGRG00000035397 ##23 manea (ENSSGRG00000035396) fut9a (ENSSGRG00000035394) fhl5 (ENSSGRG00000035388) ENSSGRG00000035385 col10a1a (ENSSGRG00000035383) marcksb (ENSSGRG00000035381) fyna (ENSSGRG00000031585) fabp7a (ENSSGRG00000031525) ENSSGRG00000031524 fam184aa (ENSSGRG00000031522) ENSSGRG00000031519 ENSSGRG00000031509 styx (ENSSGRG00000031508) gnpnat1 (ENSSGRG00000031504) Common carp reference MODERN SPECIES 30 EFCAB11 (ENSCCRG00000064009) ENSCCRG00000044959 kcnk13a (ENSCCRG00000051500) hmbox1a (ENSCCRG00000051501) ENSCCRG00000051517 ENSCCRG00000062805 znf395a (ENSCCRG00000017072) ENSCCRG00000079345 ENSCCRG00000056925 ENSCCRG00000040595 syne3 (ENSCCRG00000040613) gabrr2a (ENSCCRG00000040640) rragd (ENSCCRG00000050528) ENSCCRG00000034803 ENSCCRG00000034808 gja10a (ENSCCRG00000034809) #22 ENSCCRG00000034810 ##23 manea (ENSCCRG00000046859) fut9a (ENSCCRG00000060835) fhl5 (ENSCCRG00000046780) ENSCCRG00000046870 col10a1a (ENSCCRG00000079131) fyna (ENSCCRG00000000748) marcksb (ENSCCRG00000073846) fabp7a (ENSCCRG00000034923) ENSCCRG00000034920 ##22 ENSCCRG00000063701 fam184aa (ENSCCRG00000021073) styx (ENSCCRG00000004084) gnpnat1 (ENSCCRG00000004069) socs4 (ENSCCRG00000004067) Zebrafish MODERN SPECIES 8 foxn3 (ENSDARG00000012833) efcab11 (ENSDARG00000043740) TDP1 (ENSDARG00000073866) kcnk13a (ENSDARG00000008212) hmbox1a (ENSDARG00000027082) KIF13B (ENSDARG00000079731) ENSDARG00000025024 znf395a (ENSDARG00000060113) ENSDARG00000078241 ENSDARG00000097902 ENSDARG00000096867 syne3 (ENSDARG00000023237) gabrr2a (ENSDARG00000052982) rragd (ENSDARG00000006279) ANKRD6 (ENSDARG00000057790) gja10a (ENSDARG00000057792) #22 manea (ENSDARG00000001898) fut9a (ENSDARG00000016460) fhl5 (ENSDARG00000014805) ENSDARG00000075905 ENSDARG00000036569 ##23 col10a1a (ENSDARG00000054753) marcksb (ENSDARG00000008803) fyna (ENSDARG00000011370) ENSDARG00000057903 fabp7a (ENSDARG00000007697) GJA1 (ENSDARG00000071192) ##22 ENSDARG00000003381 fam184aa (ENSDARG00000002635) ENSDARG00000097256 ENSDARG00000087197 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00940000157454 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367.e ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01030000235133.d.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00390000016054.a ENSGT00940000155095.i.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a ENSGT00940000155462.`b.a Atlantic herring MODERN SPECIES 5 ENSCHAG00000019286 OR6B1 (ENSCHAG00000019408) vrk1 (ENSCHAG00000019438) ENSCHAG00000020216 ak7b (ENSCHAG00000020244) galcb (ENSCHAG00000020334) FLRT2 (ENSCHAG00000020468) gsc (ENSCHAG00000020473) dicer1 (ENSCHAG00000020501) ENSCHAG00000021610 ENSCHAG00000021638 syne3 (ENSCHAG00000021674) gabrr2a (ENSCHAG00000021691) rragd (ENSCHAG00000021782) ANKRD6 (ENSCHAG00000021794) gja10a (ENSCHAG00000021865) #22 ENSCHAG00000021877 ##23 manea (ENSCHAG00000021889) fut9a (ENSCHAG00000021892) fhl5 (ENSCHAG00000021908) ENSCHAG00000021937 col10a1a (ENSCHAG00000021944) fyna (ENSCHAG00000021975) fabp7a (ENSCHAG00000023763) GJA1 (ENSCHAG00000023765) ##22 ENSCHAG00000023769 fam184aa (ENSCHAG00000023775) ENSCHAG00000023867 ENSCHAG00000023868 ENSCHAG00000023876 rtraf (ENSCHAG00000023986) Denticle herring MODERN SPECIES setd3 (ENSDCDG00000002751) BCL11B (ENSDCDG00000002745) ENSDCDG00000002739 vrk1 (ENSDCDG00000002458) ak7b (ENSDCDG00000002426) galcb (ENSDCDG00000002394) FLRT2 (ENSDCDG00000002381) gsc (ENSDCDG00000002380) dicer1 (ENSDCDG00000002148) CLMN (ENSDCDG00000002067) syne3 (ENSDCDG00000002053) gabrr2a (ENSDCDG00000002031) rragd (ENSDCDG00000002015) ANKRD6 (ENSDCDG00000001956) ENSDCDG00000001946 gja10a (ENSDCDG00000001943) #22 ENSDCDG00000001941 manea (ENSDCDG00000001939) fut9a (ENSDCDG00000001937) fhl5 (ENSDCDG00000001934) ENSDCDG00000001932 ENSDCDG00000001929 ENSDCDG00000001927 col10a1a (ENSDCDG00000001924) fyna (ENSDCDG00000000554) ENSDCDG00000000126 afg1la (ENSDCDG00000030822) fabp7a (ENSDCDG00000030817) ENSDCDG00000030810 fam184aa (ENSDCDG00000030803) ENSDCDG00000030793 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 155 ENSGT00940000159071.y.b ENSGT00940000156384.p ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000161352.e Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602 ENSGT00940000166410 ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000161352.e ENSGT00390000005794 ENSGT00550000074910 ENSGT00550000074866 ENSGT00880000138028.b.b ENSGT00940000155695.i.b.a.b ENSGT00940000155695.i.b.a.a ENSGT01030000234667.b.f.b ENSGT00940000164908 ENSGT00940000157666 ENSGT00940000155671.y.a ENSGT00730000111137.i.a ENSGT00390000002448 ENSGT00390000008195 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000157219.f.c ENSGT00390000008041.A.c ENSGT00390000011270 ENSGT00940000153433.B.a.b.g.b ENSGT00940000170735 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ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157219.f.c ENSGT00390000008041.A.c ENSGT00390000011270 ENSGT00940000153433.B.a.b.g.b ENSGT00940000153881.a.e ENSGT00940000155605.a.b.a.a ENSGT00390000004700.b.f ENSGT00940000156491.b.b ENSGT01100000263520.a.b.a.a.b ENSGT00600000084860.D.a ENSGT00390000013762.b.b.g ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602.o ENSGT00940000166410.c ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.D.b.c #22 ENSGT00940000158228.b.f ##23 ENSGT00940000161352.e.a.a ENSGT00390000005794.f ENSGT00550000074910.f ENSGT00550000074866.q.a ENSGT00880000138028.b.b.s ENSGT00990000210716 ENSGT00940000155695.i.b.a.b ENSGT01030000234667.b.f.b.a ENSGT00940000157666.e ENSGT00940000155671.y.a.a ENSGT00730000111137.i.a ENSGT00390000002448.j ENSGT00390000008195 ENSGT00950000182852.A.a.a.b.d River trout MODERN SPECIES 17 ENSSTUG00000019073 ENSSTUG00000019005 spata17 (ENSSTUG00000018983) ENSSTUG00000018978 ENSSTUG00000018976 KCTD3 (ENSSTUG00000018651) NRBP1 (ENSSTUG00000017785) KRTCAP3 (ENSSTUG00000017716) 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Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00940000157454 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000161352.e ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154245.B Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 138 gja10a (ENSHCOG00000005164) #22 ENSHCOG00000005153 ##23 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b 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ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000178787 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00950000182892.b ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000161352.e ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.D.b #22 Fugu MODERN SPECIES 11 rbks (ENSTRUG00000006172) mrpl33 (ENSTRUG00000023587) ENSTRUG00000006151 SLC4A1AP (ENSTRUG00000005910) ENSTRUG00000025057 ENSTRUG00000005438 adi1 (ENSTRUG00000005308) trappc12 (ENSTRUG00000004924) eipr1 (ENSTRUG00000004596) ENSTRUG00000003414 PXDN (ENSTRUG00000002824) ENSTRUG00000026149 cacna1sa (ENSTRUG00000032387) ENSTRUG00000030089 ENSTRUG00000003902 gja10a (ENSTRUG00000001958) #22 rrh (ENSTRUG00000001973) enpep (ENSTRUG00000002148) commd8 (ENSTRUG00000004045) lamtor3 (ENSTRUG00000004058) dapp1 (ENSTRUG00000004262) atp10d (ENSTRUG00000004296) osr1 (ENSTRUG00000005046) dio2 (ENSTRUG00000033292) ENSTRUG00000028739 nrxn3a (ENSTRUG00000005194) adck1 (ENSTRUG00000000665) slirp (ENSTRUG00000020127) alkbh1 (ENSTRUG00000029819) ldah (ENSTRUG00000000578) ENSTRUG00000029332 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b 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ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000178787 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000161352.e ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00390000002237 ENSGT00950000183136.a.a ENSGT00940000154785.A Lumpfish MODERN SPECIES 14 ENSCLMG00005009501 ak7b (ENSCLMG00005009502) galcb (ENSCLMG00005009511) ENSCLMG00005009554 ENSCLMG00005009555 FLRT2 (ENSCLMG00005009557) ENSCLMG00005009559 gsc (ENSCLMG00005009560) dicer1 (ENSCLMG00005009566) ENSCLMG00005010510 syne3 (ENSCLMG00005010511) gabrr2a (ENSCLMG00005010512) ENSCLMG00005010514 ENSCLMG00005010515 rragd (ENSCLMG00005010516) gja10a (ENSCLMG00005010517) #22 ENSCLMG00005010519 ENSCLMG00005010520 ENSCLMG00005010521 ##23 ENSCLMG00005010523 ENSCLMG00005010956 GPR135 (ENSCLMG00005011403) ENSCLMG00005011405 jkamp (ENSCLMG00005011406) fam241a (ENSCLMG00005011407) enpep (ENSCLMG00005011411) rrh (ENSCLMG00005011419) ENSCLMG00005011428 ENSCLMG00005011429 DGLUCY (ENSCLMG00005011435) GPR68 (ENSCLMG00005011618) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00950000182892.b ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B ENSGT00390000018121 Pike perch MODERN SPECIES 39 ENSSLUG00000005768 ENSSLUG00000005752 ENSSLUG00000005747 ARHGAP5 (ENSSLUG00000005743) nubpl (ENSSLUG00000005625) FLRT2 (ENSSLUG00000021673) gsc (ENSSLUG00000021670) dicer1 (ENSSLUG00000021548) CLMN (ENSSLUG00000021513) syne3 (ENSSLUG00000021504) gabrr2a (ENSSLUG00000021493) rragd (ENSSLUG00000021487) ENSSLUG00000021485 gja10a (ENSSLUG00000021482) #22 ENSSLUG00000021480 ENSSLUG00000021476 ##23 ENSSLUG00000021440 ENSSLUG00000020187 GPR135 (ENSSLUG00000020142) jkamp (ENSSLUG00000020140) fam241a (ENSSLUG00000020138) enpep (ENSSLUG00000020114) rrh (ENSSLUG00000020103) ENSSLUG00000020100 ENSSLUG00000020092 GABRG1 (ENSSLUG00000019882) ENSSLUG00000019864 ENSSLUG00000019850 commd8 (ENSSLUG00000019840) Channel bull blenny MODERN SPECIES 14 BCL11B (ENSCGOG00000010421) vrk1 (ENSCGOG00000010273) ak7b (ENSCGOG00000010200) galcb (ENSCGOG00000009787) ENSCGOG00000009752 ENSCGOG00000009750 FLRT2 (ENSCGOG00000009749) ENSCGOG00000009740 ENSCGOG00000009733 gsc (ENSCGOG00000009724) dicer1 (ENSCGOG00000009036) ENSCGOG00000009009 syne3 (ENSCGOG00000008989) rragd (ENSCGOG00000008947) ENSCGOG00000008941 gja10a (ENSCGOG00000008929) #22 ENSCGOG00000008906 ##23 ENSCGOG00000008895 GPR135 (ENSCGOG00000008890) jkamp (ENSCGOG00000008872) fam241a (ENSCGOG00000008868) rrh (ENSCGOG00000008818) ENSCGOG00000008810 ENSCGOG00000008772 GABRG1 (ENSCGOG00000008746) ENSCGOG00000007753 ENSCGOG00000007725 atp10d (ENSCGOG00000007577) dapp1 (ENSCGOG00000007573) lamtor3 (ENSCGOG00000007557) zgc:123321 (ENSCGOG00000007554) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000161352.e ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000156384.p ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000161352.e ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B European seabass MODERN SPECIES 2 galcb (ENSDLAG00005014472) ENSDLAG00005027991 ENSDLAG00005030139 ENSDLAG00005032541 ENSDLAG00005031505 ENSDLAG00005026676 GSC (ENSDLAG00005031602) DICER1 (ENSDLAG00005015215) CLMN (ENSDLAG00005015362) syne3 (ENSDLAG00005015426) gabrr2a (ENSDLAG00005033998) rragd (ENSDLAG00005034769) ENSDLAG00005003984 ENSDLAG00005014114 ENSDLAG00005015497 gja10a (ENSDLAG00005015516) #22 ENSDLAG00005015525 ##23 ENSDLAG00005015569 ENSDLAG00005015623 ENSDLAG00005016582 ENSDLAG00005027400 ENSDLAG00005016636 lrit3b (ENSDLAG00005016643) ENSDLAG00005016662 rrh (ENSDLAG00005016912) ENSDLAG00005016924 ENSDLAG00005016931 ENSDLAG00005016961 ENSDLAG00005034857 ENSDLAG00005016996 commd8 (ENSDLAG00005017077) Gilthead seabream MODERN SPECIES 7 ENSSAUG00010020648 ENSSAUG00010020646 ENSSAUG00010020643 ENSSAUG00010020642 FLRT2 (ENSSAUG00010020641) ENSSAUG00010020639 gsc (ENSSAUG00010020638) ENSSAUG00010020637 ENSSAUG00010020635 dicer1 (ENSSAUG00010019784) CLMN (ENSSAUG00010019700) syne3 (ENSSAUG00010019693) gabrr2a (ENSSAUG00010019692) rragd (ENSSAUG00010019689) ANKRD6 (ENSSAUG00010019687) gja10a (ENSSAUG00010019685) #22 ENSSAUG00010019674 ##23 ENSSAUG00010019672 ENSSAUG00010019670 ENSSAUG00010019668 jkamp (ENSSAUG00010019666) ENSSAUG00010019664 lrit3b (ENSSAUG00010019662) enpep (ENSSAUG00010019647) rrh (ENSSAUG00010019635) GPR135 (ENSSAUG00010019631) ENSSAUG00010019556 ENSSAUG00010019548 ENSSAUG00010019545 SPTLC2 (ENSSAUG00010018435) ENSSAUG00010018350 Ballan wrasse MODERN SPECIES 160 dicer1 (ENSLBEG00000008928) ENSLBEG00000008839 syne3 (ENSLBEG00000008784) gabrr2a (ENSLBEG00000008742) rragd (ENSLBEG00000008694) ANKRD6 (ENSLBEG00000008663) gja10a (ENSLBEG00000008641) #22 ENSLBEG00000008586 ##23 ENSLBEG00000008555 ENSLBEG00000008510 ENSLBEG00000008484 GPR135 (ENSLBEG00000008474) jkamp (ENSLBEG00000008442) ENSLBEG00000008422 lrit3b (ENSLBEG00000008413) enpep (ENSLBEG00000008259) rrh (ENSLBEG00000008172) ENSLBEG00000008146 ENSLBEG00000008110 GABRG1 (ENSLBEG00000008070) ENSLBEG00000008049 ENSLBEG00000008016 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 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ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B ENSGT00390000018121 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.D.b #22 Turbot MODERN SPECIES 8 ENSSMAG00000013346 ENSSMAG00000013362 ENSSMAG00000033470 ENSSMAG00000013373 ENSSMAG00000026866 ENSSMAG00000028545 ENSSMAG00000013391 ENSSMAG00000013451 ENSSMAG00000013456 ENSSMAG00000013483 ENSSMAG00000013577 ENSSMAG00000013584 ENSSMAG00000024234 ENSSMAG00000015151 ENSSMAG00000015132 ENSSMAG00000023267 #22 ENSSMAG00000035287 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000156384.p ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B ENSGT00390000018121 Barramundi perch MODERN SPECIES 481 rragd (ENSLCAG00010000911) gja10a (ENSLCAG00010000892) #22 ENSLCAG00010000888 ##23 map3k7 (ENSLCAG00010000882) ENSLCAG00010000851 GPR135 (ENSLCAG00010000833) ENSLCAG00010000831 jkamp (ENSLCAG00010000826) fam241a (ENSLCAG00010000822) lrit3b (ENSLCAG00010000818) enpep (ENSLCAG00010000536) rrh (ENSLCAG00010000390) ENSLCAG00010000386 ENSLCAG00010000382 Seriola ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00940000157454 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.b ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.a.a.b.a.b.a.b.a.c.b.a.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B ENSGT00390000018121 Greater amberjack MODERN SPECIES 62 galcb (ENSSDUG00000021719) ENSSDUG00000021711 ENSSDUG00000021707 FLRT2 (ENSSDUG00000021694) gsc (ENSSDUG00000021690) dicer1 (ENSSDUG00000021652) CLMN (ENSSDUG00000021644) syne3 (ENSSDUG00000021629) gabrr2a (ENSSDUG00000021625) rragd (ENSSDUG00000021595) ENSSDUG00000021582 ENSSDUG00000021569 ENSSDUG00000021525 ENSSDUG00000021492 ENSSDUG00000021480 gja10a (ENSSDUG00000021476) #22 ENSSDUG00000021470 ##23 ENSSDUG00000021462 ENSSDUG00000021411 GPR135 (ENSSDUG00000021398) jkamp (ENSSDUG00000021377) ENSSDUG00000021371 lrit3b (ENSSDUG00000021362) enpep (ENSSDUG00000021313) rrh (ENSSDUG00000021290) ENSSDUG00000021277 ENSSDUG00000021269 ENSSDUG00000021258 GABRG1 (ENSSDUG00000021234) ENSSDUG00000021071 ENSSDUG00000021040 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3240 gsc (ENSSLDG00000012066) dicer1 (ENSSLDG00000012087) CLMN (ENSSLDG00000012157) syne3 (ENSSLDG00000012177) gabrr2a (ENSSLDG00000012214) rragd (ENSSLDG00000012262) ANKRD6 (ENSSLDG00000012301) ENSSLDG00000012347 gja10a (ENSSLDG00000012410) #22 ENSSLDG00000012423 ##23 ENSSLDG00000012442 ENSSLDG00000012562 GPR135 (ENSSLDG00000012952) jkamp (ENSSLDG00000012969) ENSSLDG00000012997 lrit3b (ENSSLDG00000013009) enpep (ENSSLDG00000013029) rrh (ENSSLDG00000013069) ENSSLDG00000013088 ENSSLDG00000013101 GABRG1 (ENSSLDG00000013115) ENSSLDG00000013153 ENSSLDG00000013268 commd8 (ENSSLDG00000013291) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 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ENSGT00940000155887.a ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT00940000159071.y.b ENSGT00940000162083 ENSGT00940000163359.a.b ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154482.b.b.b ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00950000182892.b.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT01100000263524.I ENSGT00990000203829 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00940000160193 ENSGT00940000157266.a ENSGT00940000154713.B ENSGT00390000018121 ENSGT00940000156728 ENSGT00910000144274 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 206 ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 288 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 83 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00390000011642.f.d ENSGT00940000155913.c ENSGT00940000156674 ENSGT00940000156509 ENSGT00940000167949 ENSGT00950000182941.a.a.a.b ENSGT00940000155086.A ENSGT00490000043329.a.b.g.a ENSGT01030000234527.A.a.a.b.a ENSGT00940000155459.x.b ENSGT00940000153897.b.a.b ENSGT00520000055578.a.b ENSGT00940000153739.a.b.t 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(ENSAOCG00000013136) ahi1 (ENSAOCG00000013157) ENSAOCG00000013174 ENSAOCG00000013203 OTOF (ENSAOCG00000013459) Spiny chromis MODERN SPECIES 1846 rragd (ENSAPOG00000019616) gja10a (ENSAPOG00000019627) #22 ENSAPOG00000000862 ##23 map3k7 (ENSAPOG00000019651) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1683 gja10a (ENSSPAG00000010233) #22 ENSSPAG00000010219 ENSSPAG00000010213 fam241a (ENSSPAG00000010200) jkamp (ENSSPAG00000010190) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00950000182892.b.b ENSGT00950000182998.A Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00950000182892.b.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000162083 ENSGT00940000158993 ENSGT00390000013159 ENSGT00910000144274 ENSGT00940000156728 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000018097 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000177099 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000162083 ENSGT00940000158993 ENSGT00390000013159 ENSGT00910000144274 ENSGT00940000156728 ENSGT00390000018121 ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 ENSGT00940000154340.A Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT00390000003303.g ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000178898 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000177099 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000162083 ENSGT00940000158993 ENSGT00390000013159 ENSGT00910000144274 ENSGT00940000156728.ab ENSGT00940000156728.`b ENSGT00390000018121.p.b ENSGT00390000018121.o ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00390000003303.g ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000178898 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000177099 ENSGT00950000182998.A ENSGT00940000162083 ENSGT00940000158993 ENSGT00390000013159 ENSGT00910000144274 ENSGT00940000156728.`b ENSGT00390000018121.o ENSGT00940000160193 ENSGT00390000014316.c.a ENSGT00990000203829 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156946 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 83 ENSGT00390000003303.g 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(ENSACLG00000007350) ENSACLG00000007346 ENSACLG00000007343 osr1 (ENSACLG00000007340) ENSACLG00000007324 lamtor3 (ENSACLG00000007280) dapp1 (ENSACLG00000007239) ENSACLG00000007233 atp10d (ENSACLG00000007214) commd8 (ENSACLG00000007209) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1101 galcb (ENSMZEG00005016931) ENSMZEG00005016964 gsc (ENSMZEG00005016973) dicer1 (ENSMZEG00005016989) CLMN (ENSMZEG00005017009) ENSMZEG00005017017 syne3 (ENSMZEG00005017024) gabrr2a (ENSMZEG00005017037) rragd (ENSMZEG00005017048) gja10a (ENSMZEG00005017055) #22 ENSMZEG00005017062 ##23 lamtor3 (ENSMZEG00005017072) dapp1 (ENSMZEG00005017089) atp10d (ENSMZEG00005017103) ENSMZEG00005017115 commd8 (ENSMZEG00005017117) GABRG1 (ENSMZEG00005017122) ENSMZEG00005017132 ENSMZEG00005017137 rrh (ENSMZEG00005017143) enpep (ENSMZEG00005017153) fam241a (ENSMZEG00005017162) jkamp (ENSMZEG00005017163) BAZ1A (ENSMZEG00005017169) cfl2 (ENSMZEG00005017176) P. nyererei MODERN SPECIES 557 galcb (ENSPNYG00000017882) zgc:152658 (ENSPNYG00000017911) 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(ENSONIG00000011060) Midas cichlid MODERN SPECIES 751 gja10a (ENSACIG00000023301) #22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT00940000158937.a ENSGT00390000011980.a.j ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00940000155887.a ENSGT01030000235133.a.b ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000154713.B ENSGT00940000156946 ENSGT00940000159071.y.b.e.b ENSGT00940000159071.y.b.e.a ENSGT00940000162083 ENSGT00940000163359.a.b ENSGT00390000009688 ENSGT00590000083139.c Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b 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ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT00940000159071.y.b.e.a ENSGT00950000183075.a.a.a.b.db ENSGT00390000001830 ENSGT00940000159462.a.a ENSGT00550000074847 ENSGT00390000006979.b ENSGT00730000112193 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153577.B ENSGT00940000161060 ENSGT00940000155554 ENSGT00390000015102.a.b ENSGT00390000003303 ENSGT01100000263483.E.b.a.a.b ENSGT01100000263483.E.b.a.a.a ENSGT00390000011980.a.j ENSGT00940000158937.a ENSGT00940000160635 ENSGT00940000156287 ENSGT00940000159056.h ENSGT00440000039367 ENSGT00940000156864.c ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.b ##23 ENSGT00940000169464 ENSGT00940000156452.b ENSGT00950000182998.A ENSGT00390000018097 ENSGT00940000154340.A ENSGT00940000156627.b ENSGT00940000156946 ENSGT00940000159071.y.b.f ENSGT00940000159071.y.b.e.a 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ENSGT00940000156096.h.a ENSGT01060000248564.a.a.a.b ENSGT00940000158591.e ENSGT00940000156864.c ENSGT00950000183031.A.a.b ENSGT00940000155887.a ENSGT01090000260070.D.b #22 ENSGT00940000158228.a.t #23 ENSGT00390000016054.a ENSGT00950000183028.a.a.b ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00940000154317.a.b.a ENSGT00730000111419.b ENSGT00940000155462.ab ENSGT00940000164609 ENSGT00940000161329 ENSGT00970000197070 ENSGT00940000155208.b ENSGT00940000155089 ENSGT00940000157418.b ENSGT00940000156512.b.a ENSGT00440000035378.d Asian bonytongue MODERN SPECIES 6 ENSSFOG00015030842 ENSSFOG00015031571 hadhab (ENSSFOG00015014954) rab10 (ENSSFOG00015014932) ENSSFOG00015014919 dnmt3ab (ENSSFOG00015014853) MAPRE3 (ENSSFOG00015014816) OTOF (ENSSFOG00015014727) orc3 (ENSSFOG00015014381) akirin2 (ENSSFOG00015014031) CNR1 (ENSSFOG00015013994) GABRR1 (ENSSFOG00015013972) gabrr2a (ENSSFOG00015013943) rragd (ENSSFOG00015013913) ANKRD6 (ENSSFOG00015013830) gja10a (ENSSFOG00015031485) #22 BACH2 (ENSSFOG00015026786) #23 manea (ENSSFOG00015013714) fhl5 (ENSSFOG00015013696) col10a1a (ENSSFOG00015013673) marcksb (ENSSFOG00015027980) FYN (ENSSFOG00015013610) ENSSFOG00015013580 FABP7 (ENSSFOG00015013562) GJA1 (ENSSFOG00015013556) ##22 ENSSFOG00015013547 dusp23b (ENSSFOG00015013533) slc22a3 (ENSSFOG00015013509) ENSSFOG00015013489 txlnbb (ENSSFOG00015013473) GJE1 (ENSSFOG00015013462) P. kingsleyae MODERN SPECIES 34 ENSPKIG00000016175 ENSPKIG00000016203 ENSPKIG00000016217 HHIPL2 (ENSPKIG00000016234) ENSPKIG00000016272 ENSPKIG00000016301 ENSPKIG00000016324 cga (ENSPKIG00000016334) orc3 (ENSPKIG00000016370) AKIRIN2 (ENSPKIG00000016435) CNR1 (ENSPKIG00000016456) GABRR1 (ENSPKIG00000016472) GABRR2 (ENSPKIG00000016515) rragd (ENSPKIG00000016566) ANKRD6 (ENSPKIG00000016616) gja10a (ENSPKIG00000016640) #22 BACH2 (ENSPKIG00000016663) #23 manea (ENSPKIG00000016711) fhl5 (ENSPKIG00000016743) ENSPKIG00000016762 col10a1a (ENSPKIG00000016786) marcksb (ENSPKIG00000016809) FYN (ENSPKIG00000016841) ENSPKIG00000016873 FABP7 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(ENSLOCG00000016970) Reedfish MODERN SPECIES 239 lyrm2 (ENSECRG00000017807) MDN1 (ENSECRG00000017861) ENSECRG00000018018 gja10a (ENSECRG00000018049) #22 Elephant shark MODERN SPECIES 1511 nr2e1 (ENSCMIG00000015117) OSTM1 (ENSCMIG00000015122) sec63 (ENSCMIG00000015146) ENSCMIG00000015171 ENSCMIG00000015172 pbk (ENSCMIG00000015175) ENSCMIG00000015178 ccdc25 (ENSCMIG00000015183) ENSCMIG00000015188 ENSCMIG00000015189 SCARA3 (ENSCMIG00000015193) clu (ENSCMIG00000015198) slc35f6 (ENSCMIG00000015200) kcnk3a (ENSCMIG00000015203) ENSCMIG00000015205 gja10a (ENSCMIG00000015208) #22 ENSCMIG00000015210 ENSCMIG00000015212 #23 map3k7 (ENSCMIG00000015230) ENSCMIG00000015271 EPHA7 (ENSCMIG00000015303) ENSCMIG00000015360 manea (ENSCMIG00000015362) FUT9 (ENSCMIG00000015365) ENSCMIG00000015366 ENSCMIG00000015367 ufl1 (ENSCMIG00000015399) fhl5 (ENSCMIG00000015489) GPR63 (ENSCMIG00000015491) NDUFAF4 (ENSCMIG00000015492) klhl32 (ENSCMIG00000015494) Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.C ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 290 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147 ENSGT00940000160519 ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 143 ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338 ENSGT00940000159312 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147 ENSGT00940000160519 ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00390000015257 ENSGT00940000156553 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000166920 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338 ENSGT00600000085465 ENSGT00940000159312 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147 ENSGT00940000160519 ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00390000015257 ENSGT00940000156553 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000166920 Osteoglossocephalai DUPLICATION Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000160519 ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 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ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00950000183172.B ENSGT00940000155194.v.b ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585.c.a ENSGT00940000165028.a ENSGT00940000157034 ENSGT00940000157669.b Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT00940000163155.e ENSGT00940000164536.a.b.d ENSGT00940000160200.f ENSGT00940000154272.A.a ENSGT00950000183134.c.a.b.f.a ENSGT00390000000155.b.b.a ENSGT00950000183068.b.c.a.b.b ENSGT00390000016421.b.b.i ENSGT00530000063881.a.b.q ENSGT01060000248564.a.b.c.b ENSGT00940000158787.d ENSGT00940000159442.a ENSGT01090000260070.C.a.a ##22 ENSGT00950000183031.A.a.a.rd.a ENSGT00940000165372.a ENSGT00390000005813.l ENSGT00950000183028.a.b.a.h.b ENSGT00940000158871.b ENSGT00810000125524.b ENSGT00390000003012.d ENSGT00940000156553.b ENSGT00940000155320.x ENSGT00950000183172.B.b ENSGT00940000155194.v.b.b ENSGT00390000013174.b ENSGT00940000156585.c.a.b ENSGT00940000165028.a.b ENSGT00940000157034.n Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 35 PIK3R4 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ENSSGRG00000002190 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000007284.c ENSGT00730000111138.b ENSGT00940000157719.c ENSGT00940000163155.f ENSGT00940000164536.a.b.c ENSGT00940000160200.e ENSGT00940000154272.A.b ENSGT00950000183134.c.a.b.e ENSGT00390000000155.b.b.b ENSGT00950000183068.b.c.a.b.a ENSGT00390000016421.b.b.j ENSGT00530000063881.a.b.r ENSGT01060000248564.a.b.c.a ENSGT00940000158787.c ENSGT00940000159442.b ENSGT01090000260070.C.a.b ##22 ENSGT00950000183031.A.a.a.rd.b ENSGT00940000165372.b ENSGT00390000005813.k ENSGT00950000183028.a.b.a.h.a ENSGT00940000158871.a ENSGT00810000125524.a ENSGT00390000003012.c ENSGT00940000156553.a ENSGT00950000183172.B.a ENSGT00940000155194.v.b.a ENSGT00390000013174.a ENSGT00940000156585.c.a.a ENSGT00940000165028.a.a ENSGT00940000157034.m ENSGT00940000157669.b.d.b Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000007284.c ENSGT00730000111138.b ENSGT00940000157719.c ENSGT00940000163155.f ENSGT00940000164536.a.b.c ENSGT00940000160200.e ENSGT00940000154272.A.b ENSGT00950000183134.c.a.b.e ENSGT00390000000155.b.b.b ENSGT00950000183068.b.c.a.b.a ENSGT00390000016421.b.b.j ENSGT00530000063881.a.b.r ENSGT01060000248564.a.b.c.a ENSGT00940000158787.c ENSGT00940000159442.b ENSGT01090000260070.C.a.b ##22 ENSGT00950000183031.A.a.a.rd.b ENSGT00940000165372.b ENSGT00390000005813.k ENSGT00950000183028.a.b.a.h.a ENSGT00940000158871.a ENSGT00810000125524.a ENSGT00390000003012.c ENSGT00940000156553.a ENSGT00950000183172.B.a ENSGT00940000155194.v.b.a ENSGT00390000013174.a ENSGT00940000156585.c.a.a ENSGT00940000165028.a.a ENSGT00940000157034.m ENSGT00940000157669.b.d.b Common carp reference MODERN SPECIES 47 mms22l (ENSCCRG00000054586) pou3f2b (ENSCCRG00000063906) fbxl4 (ENSCCRG00000023871) FAXC (ENSCCRG00000011835) coq3 (ENSCCRG00000011832) pnisr (ENSCCRG00000011870) ENSCCRG00000080709 ENSCCRG00000047397 usp45 (ENSCCRG00000064928) ME1 (ENSCCRG00000003468) prss35 (ENSCCRG00000003447) SNAP91 (ENSCCRG00000071478) ENSCCRG00000006887 cnr2 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ENSGT00390000015257 ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ENSGT00950000183163.a.a.bb ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a ENSGT00510000048364 ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b ENSGT00940000155107.a.a.b ENSGT00560000078630 ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00390000016054.b.i ENSGT00940000153295.a.a.c ENSGT00950000183182.a.a ENSGT00390000010045.s.b ENSGT00530000063770.c.a.g.a ENSGT00940000156115.d.b ENSGT00940000161527.w.a ENSGT00390000003312.a ENSGT00940000165224.a.b.c ENSGT00940000164147.a.c ENSGT00940000154450.uc.c ENSGT00530000063881.a.b.t ENSGT01060000248564.a.b.e ENSGT00940000158787.g.b ENSGT00940000159442.d ENSGT01090000260070.C.a.c ##22 ENSGT00390000017974.nb.d ENSGT00950000183031.A.a.a.a.b ENSGT00940000165372.d ENSGT00390000005813.j ENSGT00950000183028.a.b.a.f ENSGT00940000158871.d ENSGT00810000125524.d ENSGT00940000179482 ENSGT00940000156553.h ENSGT00940000159398.c 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ENSGT00940000155256.c.a ENSGT00940000158568.q.b ENSGT00390000007879.i.a ENSGT00990000214076 ENSGT00530000067301.d ENSGT00950000183056.A.a.f ENSGT00940000156338.a.f ENSGT00940000159312.c.a ENSGT00940000174221.b ENSGT00940000164147.a.c ENSGT00940000154450.uc.c ENSGT00530000063881.a.b.t ENSGT01060000248564.a.b.e ENSGT00940000158787.g.b ENSGT00940000159442.d ENSGT01090000260070.C.a.c ##22 ENSGT00980000199494.a.b ENSGT00950000183031.A.a.a.a.b ENSGT00940000165372.d ENSGT00390000005813.j ENSGT00950000183028.a.b.a.f ENSGT00940000158871.d ENSGT00810000125524.d ENSGT00940000156553.h ENSGT00940000159398.c ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.f ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.b ENSGT00950000183163.a.a.ab.d ENSGT00940000160627.l ENSGT00990000211290.A ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b.a River trout MODERN SPECIES 22 ENSSTUG00000035052 ENSSTUG00000032836 dhdds (ENSSTUG00000032713) ENSSTUG00000032696 ENSSTUG00000032693 fam110d (ENSSTUG00000032690) SLC9A1 (ENSSTUG00000031777) ENSSTUG00000029747 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ENSSSAG00000107037 rragca (ENSSSAG00000042174) utp11 (ENSSSAG00000042064) FHL3 (ENSSSAG00000042046) rspo1 (ENSSSAG00000112303) gnl2 (ENSSSAG00000041915) dnali1 (ENSSSAG00000041885) ENSSSAG00000041874 ENSSSAG00000041598 MAP7D1 (ENSSSAG00000041522) ENSSSAG00000010394 ENSSSAG00000039686 ENSSSAG00000114956 THRAP3 (ENSSSAG00000039533) sh3d21 (ENSSSAG00000041288) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000158568.r ENSGT00390000007879.i.a ENSGT00530000067301.c ENSGT00950000183056.A.a.f ENSGT00940000156338.a.f ENSGT00940000159312.c.b ENSGT00940000174221.a ENSGT00940000159312.c.a ENSGT00940000174221.b ENSGT00940000164147.a.c ENSGT00940000154450.uc.c ENSGT00530000063881.a.b.t ENSGT01060000248564.a.b.e ENSGT00940000158787.g.b ENSGT00940000159442.c.a ENSGT01090000260070.C.a.c ##22 ENSGT00390000017974.nb.d ENSGT00950000183031.A.a.a.a.b ENSGT00940000165372.d ENSGT00390000005813.j ENSGT00950000183028.a.b.a.f ENSGT00940000158871.d ENSGT00810000125524.d ENSGT00940000179482 ENSGT00940000156553.h ENSGT00940000159398.c ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b.f ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.d ENSGT00940000154063.C.a.a.b.j.b.c ENSGT00950000183163.a.a.ab.d ENSGT00940000160627.l Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ENSGT00940000158568.r ENSGT00390000007879.i.a ENSGT00530000067301.c ENSGT00950000183056.A.a.f ENSGT00940000156338.a.f ENSGT00940000159312.c.b.d ENSGT00940000174221.b ENSGT00940000164147.a.c ENSGT00940000154450.uc.c ENSGT00530000063881.a.b.t ENSGT01060000248564.a.b.e ENSGT00940000158787.g.b ENSGT00940000159442.d ENSGT01090000260070.C.a.c ##22 ENSGT00390000017974.nb.d ENSGT00950000183031.A.a.a.a.b ENSGT00940000165134.a.b.f.b ENSGT00390000010549.h.b ENSGT00940000162000 ENSGT00390000013354.b.a.e ENSGT01030000234564.b.e ENSGT00950000183086.a.b.d ENSGT00940000156605.t ENSGT00390000017343.s ENSGT01000000214413.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000159164.d ENSGT00940000156036.ob ENSGT00510000054197.m ENSGT00390000001745.a.b Coho salmon 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##22 MYCBP (ENSOMYG00000036056) rragca (ENSOMYG00000036070) pou3f1 (ENSOMYG00000036081) utp11 (ENSOMYG00000036096) FHL3 (ENSOMYG00000036105) rspo1 (ENSOMYG00000036112) ENSOMYG00000074317 gnl2 (ENSOMYG00000036245) ENSOMYG00000037484 ENSOMYG00000047915 ENSOMYG00000037595 MAP7D1 (ENSOMYG00000038006) ENSOMYG00000038040 ENSOMYG00000050329 ENSOMYG00000038029 Huchen MODERN SPECIES 1254 ENSHHUG00000024758 ENSHHUG00000024754 fabp10a (ENSHHUG00000024737) ENSHHUG00000024734 SRSF10 (ENSHHUG00000024726) pnrc2 (ENSHHUG00000024723) cnr2 (ENSHHUG00000024718) ENSHHUG00000024715 akirin1 (ENSHHUG00000024709) rhbdl2 (ENSHHUG00000024707) GJA9 (ENSHHUG00000024706) ##22 ENSHHUG00000024628 rragca (ENSHHUG00000024595) ENSHHUG00000024594 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ENSGT00940000158568.r ENSGT00390000007879.i.b ENSGT00950000183056.A.a.e ENSGT00940000156338.a.e ENSGT00940000159312.c.b ENSGT00940000174221.a ENSGT00940000158669 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ENSGT00990000211290.B Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon MODERN SPECIES 2914 ENSOTSG00005032819 dhdds (ENSOTSG00005032815) ENSOTSG00005032814 fam110d (ENSOTSG00005032813) SLC9A1 (ENSOTSG00005032547) ENSOTSG00005032545 ENSOTSG00005030402 ENSOTSG00005030395 MYOM3 (ENSOTSG00005030394) fabp10a (ENSOTSG00005030393) SRSF10 (ENSOTSG00005030392) pnrc2 (ENSOTSG00005030390) cnr2 (ENSOTSG00005030388) akirin1 (ENSOTSG00005030319) rhbdl2 (ENSOTSG00005030317) GJA9 (ENSOTSG00005030316) ##22 ENSOTSG00005030315 rragca (ENSOTSG00005030314) ENSOTSG00005030313 pou3f1 (ENSOTSG00005030312) utp11 (ENSOTSG00005030311) FHL3 (ENSOTSG00005030310) rspo1 (ENSOTSG00005030309) gnl2 (ENSOTSG00005030301) ENSOTSG00005030258 SNIP1 (ENSOTSG00005030257) ENSOTSG00005030207 MAP7D1 (ENSOTSG00005030200) ENSOTSG00005030197 ENSOTSG00005030117 THRAP3 (ENSOTSG00005030112) Chinook salmon MODERN SPECIES 2899 MYOM3 (ENSOTSG00005034513) fabp10a (ENSOTSG00005034510) SRSF10 (ENSOTSG00005034515) pnrc2 (ENSOTSG00005034516) cnr2 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Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263551.b.b.a ENSGT00940000155256.c.d ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b ENSGT00390000004808.e Turbot MODERN SPECIES ENSSMAG00000034597 ENSSMAG00000002751 ENSSMAG00000024070 ago1 (ENSSMAG00000002841) dhdds (ENSSMAG00000002887) ENSSMAG00000002923 ENSSMAG00000002938 ENSSMAG00000003004 MYOM3 (ENSSMAG00000003085) ENSSMAG00000003146 SRSF10 (ENSSMAG00000003165) pnrc2 (ENSSMAG00000003176) cnr2 (ENSSMAG00000003186) akirin1 (ENSSMAG00000003202) rhbdl2 (ENSSMAG00000003252) GJA9 (ENSSMAG00000003266) ##22 ENSSMAG00000003287 rragca (ENSSMAG00000003327) pou3f1 (ENSSMAG00000003341) ENSSMAG00000035984 utp11 (ENSSMAG00000003346) FHL3 (ENSSMAG00000027104) rspo1 (ENSSMAG00000003444) gnl2 (ENSSMAG00000003472) dnali1 (ENSSMAG00000003563) SNIP1 (ENSSMAG00000003570) ENSSMAG00000003583 MAP7D1 (ENSSMAG00000003648) THRAP3 (ENSSMAG00000003703) sh3d21 (ENSSMAG00000003747) eva1ba (ENSSMAG00000023907) Tongue sole MODERN SPECIES 4 casp2 (ENSCSEG00000020158) ENSCSEG00000020193 gstk1 (ENSCSEG00000020205) styk1b (ENSCSEG00000020218) phc1 (ENSCSEG00000020222) m6pr (ENSCSEG00000020228) SLC9A1 (ENSCSEG00000020232) MAN1C1 (ENSCSEG00000020237) ENSCSEG00000020244 MYOM3 (ENSCSEG00000020252) fabp10a (ENSCSEG00000020259) pnrc2 (ENSCSEG00000020261) cnr2 (ENSCSEG00000020263) akirin1 (ENSCSEG00000020264) rhbdl2 (ENSCSEG00000020266) GJA9 (ENSCSEG00000020269) ##22 ENSCSEG00000020270 rragca (ENSCSEG00000020277) pou3f1 (ENSCSEG00000020279) utp11 (ENSCSEG00000020281) FHL3 (ENSCSEG00000020285) rspo1 (ENSCSEG00000020287) gnl2 (ENSCSEG00000020296) dnali1 (ENSCSEG00000020307) snip1 (ENSCSEG00000020310) ENSCSEG00000020313 MAP7D1 (ENSCSEG00000020319) ENSCSEG00000020325 sh3d21 (ENSCSEG00000020331) ENSCSEG00000020336 ENSCSEG00000020343 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Barramundi perch MODERN SPECIES 104 ENSLCAG00010002230 ENSLCAG00010002233 ago1 (ENSLCAG00010002423) dhdds (ENSLCAG00010003122) ENSLCAG00010003126 fam110d (ENSLCAG00010003129) SLC9A1 (ENSLCAG00010003168) MAN1C1 (ENSLCAG00010003314) ENSLCAG00010003384 MYOM3 (ENSLCAG00010003391) SRSF10 (ENSLCAG00010003403) pnrc2 (ENSLCAG00010003408) cnr2 (ENSLCAG00010003413) akirin1 (ENSLCAG00010003420) rhbdl2 (ENSLCAG00010003426) GJA9 (ENSLCAG00010003430) ##22 ENSLCAG00010003436 rragca (ENSLCAG00010003445) pou3f1 (ENSLCAG00010003450) utp11 (ENSLCAG00010003455) FHL3 (ENSLCAG00010003463) rspo1 (ENSLCAG00010003470) gnl2 (ENSLCAG00010003490) dnali1 (ENSLCAG00010003510) snip1 (ENSLCAG00010003515) ENSLCAG00010003538 MAP7D1 (ENSLCAG00010003586) THRAP3 (ENSLCAG00010003595) sh3d21 (ENSLCAG00010003598) eva1ba (ENSLCAG00010003602) STK40 (ENSLCAG00010003605) Seriola ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000163467.a.b.b.a.a.g.b ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Greater amberjack MODERN SPECIES 154 AGO3 (ENSSDUG00000010918) ago1 (ENSSDUG00000010864) dhdds (ENSSDUG00000010830) ENSSDUG00000010818 fam110d (ENSSDUG00000010816) SLC9A1 (ENSSDUG00000010768) ENSSDUG00000010756 MAN1C1 (ENSSDUG00000010728) MYOM3 (ENSSDUG00000010685) fabp10a (ENSSDUG00000010668) SRSF10 (ENSSDUG00000010657) pnrc2 (ENSSDUG00000010643) cnr2 (ENSSDUG00000010638) akirin1 (ENSSDUG00000010616) rhbdl2 (ENSSDUG00000010587) GJA9 (ENSSDUG00000010578) ##22 ENSSDUG00000010570 rragca (ENSSDUG00000010543) pou3f1 (ENSSDUG00000010532) utp11 (ENSSDUG00000010501) FHL3 (ENSSDUG00000010483) rspo1 (ENSSDUG00000010472) gnl2 (ENSSDUG00000010382) dnali1 (ENSSDUG00000010345) SNIP1 (ENSSDUG00000010325) MAP3K6 (ENSSDUG00000010287) MAP7D1 (ENSSDUG00000010208) THRAP3 (ENSSDUG00000010132) sh3d21 (ENSSDUG00000010098) eva1ba (ENSSDUG00000010078) STK40 (ENSSDUG00000010024) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2938 ENSSLDG00000002626 MYOM3 (ENSSLDG00000002653) fabp10a (ENSSLDG00000002700) ENSSLDG00000002710 pnrc2 (ENSSLDG00000002725) cnr2 (ENSSLDG00000002743) akirin1 (ENSSLDG00000002773) rhbdl2 (ENSSLDG00000002824) GJA9 (ENSSLDG00000002865) ##22 ENSSLDG00000002881 rragca (ENSSLDG00000002931) pou3f1 (ENSSLDG00000002965) utp11 (ENSSLDG00000002990) FHL3 (ENSSLDG00000003064) rspo1 (ENSSLDG00000003101) gnl2 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ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 58 AGO3 (ENSLBEG00000007592) ENSLBEG00000007651 ago1 (ENSLBEG00000007694) dhdds (ENSLBEG00000007766) ENSLBEG00000007843 fam110d (ENSLBEG00000007862) SLC9A1 (ENSLBEG00000007890) MAN1C1 (ENSLBEG00000007941) MYOM3 (ENSLBEG00000007996) fabp10a (ENSLBEG00000008069) pnrc2 (ENSLBEG00000008094) cnr2 (ENSLBEG00000008175) akirin1 (ENSLBEG00000008199) rhbdl2 (ENSLBEG00000008248) ENSLBEG00000008283 GJA9 (ENSLBEG00000008301) ##22 ENSLBEG00000008336 rragca (ENSLBEG00000008360) pou3f1 (ENSLBEG00000008388) utp11 (ENSLBEG00000008407) FHL3 (ENSLBEG00000008447) rspo1 (ENSLBEG00000008477) gnl2 (ENSLBEG00000008518) dnali1 (ENSLBEG00000008589) ENSLBEG00000008632 ENSLBEG00000008644 ENSLBEG00000008678 MAP7D1 (ENSLBEG00000008723) THRAP3 (ENSLBEG00000008813) sh3d21 (ENSLBEG00000008879) eva1ba (ENSLBEG00000008911) Ballan wrasse MODERN SPECIES 2199 GJA9 (ENSLBEG00000013407) ##22 MYCBP (ENSLBEG00000013445) rragca (ENSLBEG00000013478) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Perciformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b ENSGT00390000004808.e Lumpfish MODERN SPECIES 7 AGO3 (ENSCLMG00005011716) ago1 (ENSCLMG00005011699) dhdds (ENSCLMG00005011696) ENSCLMG00005011693 fam110d (ENSCLMG00005011690) SLC9A1 (ENSCLMG00005011688) MAN1C1 (ENSCLMG00005009440) ENSCLMG00005009435 ENSCLMG00005009433 fabp10a (ENSCLMG00005009432) ENSCLMG00005009431 pnrc2 (ENSCLMG00005009430) cnr2 (ENSCLMG00005009429) akirin1 (ENSCLMG00005009427) rhbdl2 (ENSCLMG00005009374) GJA9 (ENSCLMG00005009373) ##22 ENSCLMG00005009372 rragca (ENSCLMG00005009371) pou3f1 (ENSCLMG00005009370) utp11 (ENSCLMG00005009369) FHL3 (ENSCLMG00005009368) rspo1 (ENSCLMG00005009363) gnl2 (ENSCLMG00005009359) dnali1 (ENSCLMG00005009357) snip1 (ENSCLMG00005009356) MAP3K6 (ENSCLMG00005009166) MAP7D1 (ENSCLMG00005009165) THRAP3 (ENSCLMG00005009163) sh3d21 (ENSCLMG00005009162) eva1ba (ENSCLMG00005009161) STK40 (ENSCLMG00005009160) Stickleback MODERN SPECIES 19 ENSGACG00000013568 sema6e (ENSGACG00000013572) ptpn23a (ENSGACG00000013574) dhdds (ENSGACG00000013581) fam110d (ENSGACG00000013597) SLC9A1 (ENSGACG00000013601) MAN1C1 (ENSGACG00000013607) ENSGACG00000013616 MYOM3 (ENSGACG00000013620) fabp10a (ENSGACG00000013639) SRSF10 (ENSGACG00000013650) pnrc2 (ENSGACG00000013653) cnr2 (ENSGACG00000013656) akirin1 (ENSGACG00000013657) rhbdl2 (ENSGACG00000013668) GJA9 (ENSGACG00000013675) ##22 ENSGACG00000013676 rragca (ENSGACG00000013678) pou3f1 (ENSGACG00000013679) utp11 (ENSGACG00000013680) FHL3 (ENSGACG00000013685) rspo1 (ENSGACG00000013691) gnl2 (ENSGACG00000013692) dnali1 (ENSGACG00000013717) snip1 (ENSGACG00000013718) MAP3K6 (ENSGACG00000013722) ENSGACG00000013737 ENSGACG00000013740 THRAP3 (ENSGACG00000013745) sh3d21 (ENSGACG00000013749) eva1ba (ENSGACG00000013751) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263551.b.b.a ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b ENSGT00390000004808.e Pike perch MODERN SPECIES 104 ENSSLUG00000009734 ENSSLUG00000009738 ago1 (ENSSLUG00000009902) dhdds (ENSSLUG00000011994) ENSSLUG00000012006 fam110d (ENSSLUG00000013511) SLC9A1 (ENSSLUG00000013532) MAN1C1 (ENSSLUG00000013567) MYOM3 (ENSSLUG00000014204) fabp10a (ENSSLUG00000014249) SRSF10 (ENSSLUG00000014259) pnrc2 (ENSSLUG00000014265) cnr2 (ENSSLUG00000014267) akirin1 (ENSSLUG00000014276) rhbdl2 (ENSSLUG00000014286) GJA9 (ENSSLUG00000014293) ##22 MYCBP (ENSSLUG00000014297) rragca (ENSSLUG00000014307) pou3f1 (ENSSLUG00000014314) utp11 (ENSSLUG00000014322) FHL3 (ENSSLUG00000014332) rspo1 (ENSSLUG00000014343) gnl2 (ENSSLUG00000014363) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 2 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ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b ENSGT00390000004808.e ENSGT00390000001737 Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 cbln17 (ENSLCRG00005011900) dhdds (ENSLCRG00005011906) ENSLCRG00005011916 fam110d (ENSLCRG00005011945) SLC9A1 (ENSLCRG00005012056) ENSLCRG00005012674 ENSLCRG00005014038 MYOM3 (ENSLCRG00005014062) fabp10a (ENSLCRG00005014080) SRSF10 (ENSLCRG00005014090) ENSLCRG00005014102 pnrc2 (ENSLCRG00005014109) cnr2 (ENSLCRG00005014118) akirin1 (ENSLCRG00005014129) rhbdl2 (ENSLCRG00005014147) GJA9 (ENSLCRG00005014160) ##22 ENSLCRG00005014166 pycard (ENSLCRG00005014220) pycard (ENSLCRG00005014230) 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(ENSTNIG00000012103) fam110d (ENSTNIG00000012104) ENSTNIG00000012105 SLC9A1 (ENSTNIG00000012106) MAN1C1 (ENSTNIG00000005215) GJA9 (ENSTNIG00000006130) ##22 rragca (ENSTNIG00000006131) ENSTNIG00000019794 cnr2 (ENSTNIG00000004059) kirrel1a (ENSTNIG00000003847) ndufs2 (ENSTNIG00000003846) ENSTNIG00000003845 ENSTNIG00000003844 cskmt (ENSTNIG00000001012) ENSTNIG00000002095 ENSTNIG00000002096 RASGRP2 (ENSTNIG00000002097) ENSTNIG00000004432 ENSTNIG00000010867 MAP3K11 (ENSTNIG00000003891) taf6l (ENSTNIG00000004574) Fugu MODERN SPECIES 19 ENSTRUG00000024528 AGO3 (ENSTRUG00000005992) ago1 (ENSTRUG00000024431) dhdds (ENSTRUG00000007224) ENSTRUG00000032374 fam110d (ENSTRUG00000007360) SLC9A1 (ENSTRUG00000007456) MAN1C1 (ENSTRUG00000007812) ENSTRUG00000022282 MYOM3 (ENSTRUG00000007897) fabp10a (ENSTRUG00000019589) pnrc2 (ENSTRUG00000022856) cnr2 (ENSTRUG00000008915) akirin1 (ENSTRUG00000024601) rhbdl2 (ENSTRUG00000009100) GJA9 (ENSTRUG00000033096) ##22 ENSTRUG00000020122 rragca (ENSTRUG00000009237) 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ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01100000263551.b.b.a ENSGT00940000155256.c.d ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000174221 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b ENSGT00390000004808.e Indian medaka MODERN SPECIES 5 ENSOMEG00000020543 ago1 (ENSOMEG00000020528) dhdds (ENSOMEG00000020469) C1orf232 (ENSOMEG00000020440) fam110d (ENSOMEG00000020425) SLC9A1 (ENSOMEG00000000533) ENSOMEG00000020363 MAN1C1 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ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879.g ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000160519.a.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553.f ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Bicolor damselfish MODERN SPECIES 437 MAN1C1 (ENSSPAG00000020598) MYOM3 (ENSSPAG00000020544) fabp10a (ENSSPAG00000020525) SRSF10 (ENSSPAG00000020494) pnrc2 (ENSSPAG00000020486) cnr2 (ENSSPAG00000020477) akirin1 (ENSSPAG00000020453) rhbdl2 (ENSSPAG00000020430) GJA9 (ENSSPAG00000020427) ##22 ENSSPAG00000020415 rragca (ENSSPAG00000020382) Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879.g ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000160519.a.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553.f ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155256.d.b.a ENSGT00940000158568 ENSGT00390000007879.g ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312.a ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000154450.uc ENSGT00940000160519.a.a ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553.f ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a.b ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b ENSGT00950000182986.b Orange clownfish MODERN SPECIES 21 AGO3 (ENSAPEG00000004375) ago1 (ENSAPEG00000004458) dhdds (ENSAPEG00000004502) ENSAPEG00000004543 fam110d (ENSAPEG00000004558) SLC9A1 (ENSAPEG00000004565) ENSAPEG00000004642 ENSAPEG00000004709 ENSAPEG00000004720 fabp10a (ENSAPEG00000004848) ENSAPEG00000004873 pnrc2 (ENSAPEG00000004927) cnr2 (ENSAPEG00000004941) akirin1 (ENSAPEG00000005009) rhbdl2 (ENSAPEG00000005028) GJA9 (ENSAPEG00000005061) ##22 MYCBP (ENSAPEG00000005073) rragca (ENSAPEG00000005106) pou3f1 (ENSAPEG00000005174) utp11 (ENSAPEG00000005214) FHL3 (ENSAPEG00000005272) rspo1 (ENSAPEG00000005307) gnl2 (ENSAPEG00000005375) dnali1 (ENSAPEG00000005453) SNIP1 (ENSAPEG00000005542) MAP3K6 (ENSAPEG00000005570) MAP7D1 (ENSAPEG00000005614) THRAP3 (ENSAPEG00000005696) sh3d21 (ENSAPEG00000005738) eva1ba (ENSAPEG00000005773) STK40 (ENSAPEG00000005892) Clown anemonefish DUPLICATION Clown anemonefish MODERN SPECIES 1971 rhbdl2 (ENSAOCG00000003720) ENSAOCG00000003709 ##22 Clown anemonefish MODERN SPECIES 1953 rhbdl2 (ENSAOCG00000009837) GJA9 (ENSAOCG00000009817) ##22 MYCBP (ENSAOCG00000009800) rragca (ENSAOCG00000009793) pou3f1 (ENSAOCG00000009766) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 7 AGO3 (ENSMMDG00005021149) ago1 (ENSMMDG00005019216) dhdds (ENSMMDG00005019171) ENSMMDG00005019164 fam110d (ENSMMDG00005019160) SLC9A1 (ENSMMDG00005018064) ENSMMDG00005018053 MAN1C1 (ENSMMDG00005017869) MYOM3 (ENSMMDG00005017860) fabp10a (ENSMMDG00005017859) SRSF10 (ENSMMDG00005017856) pnrc2 (ENSMMDG00005017854) cnr2 (ENSMMDG00005017851) akirin1 (ENSMMDG00005017848) rhbdl2 (ENSMMDG00005017845) GJA9 (ENSMMDG00005017842) ##22 MYCBP (ENSMMDG00005017840) rragca (ENSMMDG00005017838) pou3f1 (ENSMMDG00005017837) utp11 (ENSMMDG00005017835) FHL3 (ENSMMDG00005017832) rspo1 (ENSMMDG00005017827) gnl2 (ENSMMDG00005017817) dnali1 (ENSMMDG00005017815) snip1 (ENSMMDG00005017814) MAP3K6 (ENSMMDG00005015884) MAP7D1 (ENSMMDG00005015855) THRAP3 (ENSMMDG00005015833) sh3d21 (ENSMMDG00005015819) eva1ba (ENSMMDG00005015816) STK40 (ENSMMDG00005015813) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00390000007879 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000156338.a ENSGT00940000159312 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147.a ENSGT00940000160519 ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.C.a ##22 ENSGT00390000017974.nb ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b.a ENSGT00390000015257 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00940000159398 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.a ENSGT00950000183163.a.a.ab ENSGT00940000160627 ENSGT00940000154096.b.b.b.b.b Asian bonytongue MODERN SPECIES 9 dhdds (ENSSFOG00015020950) ENSSFOG00015020929 fam110d (ENSSFOG00015032808) ENSSFOG00015032526 SLC9A1 (ENSSFOG00015020791) MAN1C1 (ENSSFOG00015020717) ENSSFOG00015020703 ENSSFOG00015020693 MYOM3 (ENSSFOG00015020617) fabp10a (ENSSFOG00015033162) srsf10b (ENSSFOG00015020577) pnrc2 (ENSSFOG00015020565) cnr2 (ENSSFOG00015020558) akirin1 (ENSSFOG00015020545) rhbdl2 (ENSSFOG00015020519) GJA9 (ENSSFOG00015020499) ##22 MYCBP (ENSSFOG00015020481) rragca (ENSSFOG00015020466) pou3f1 (ENSSFOG00015029682) utp11 (ENSSFOG00015020388) FHL3 (ENSSFOG00015020369) meaf6 (ENSSFOG00015020331) rspo1 (ENSSFOG00015020311) gnl2 (ENSSFOG00015020300) dnali1 (ENSSFOG00015020284) dnali1 (ENSSFOG00015020255) SNIP1 (ENSSFOG00015020244) ENSSFOG00015020153 map7d1a (ENSSFOG00015020090) ENSSFOG00015020057 sh3d21 (ENSSFOG00015020035) P. kingsleyae MODERN SPECIES 135 ENSPKIG00000000274 ENSPKIG00000000292 fam110d (ENSPKIG00000000300) SLC9A1 (ENSPKIG00000000323) MAN1C1 (ENSPKIG00000000394) ENSPKIG00000000450 MYOM3 (ENSPKIG00000000489) ENSPKIG00000000580 fabp10a (ENSPKIG00000000593) ENSPKIG00000000613 pnrc2 (ENSPKIG00000000627) cnr2 (ENSPKIG00000000635) akirin1 (ENSPKIG00000000640) rhbdl2 (ENSPKIG00000000655) ENSPKIG00000000676 GJA9 (ENSPKIG00000000689) ##22 MYCBP (ENSPKIG00000000699) rragca (ENSPKIG00000000736) utp11 (ENSPKIG00000000780) FHL3 (ENSPKIG00000000805) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00950000183028.a.b.b ENSGT00390000015257 ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ENSGT01050000246199 ENSGT00560000078630 ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 ENSGT00950000183053.D ENSGT00390000008812.b.a ENSGT00940000158053 ENSGT00940000164496.a.a ENSGT00950000182978.B Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00530000063880.b.e ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00950000183028.a.b.b ENSGT00390000015257 ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ENSGT00950000183163.a.a.bb ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a ENSGT00510000048364 ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b ENSGT00940000155107.a.a.b ENSGT00560000078630 ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00950000183028.a.b.b ENSGT00390000015257 ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ENSGT00950000183163.a.a.bb ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a ENSGT00510000048364 ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b ENSGT00940000155107.a.a.b ENSGT00560000078630 ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 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ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000162741 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00400000024746 ENSGT00950000183029.A ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582 ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154576 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000162741 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00950000183029.A ENSGT00400000024746 ENSGT00940000164334 ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 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ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000162741 ENSGT00690000103882 ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.A ENSGT00400000024746 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000176110 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01030000235133.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000162741 ENSGT00690000103882 ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT01020000230590.b.b ENSGT00940000166582.b Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000177483 ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 ENSGT00950000183053.D ENSGT00390000008812.b.a ENSGT00940000158053 ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01030000235133.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00690000103882 ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT01020000230590.b.b ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d.b Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000177483.a ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 ENSGT00950000183053.D ENSGT00390000008812.b.a ENSGT00940000158053 ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01030000235133.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00690000103882 ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT01020000230590.b.b ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d.b Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000182929.B.a.b.d ENSGT00940000177483.a ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 ENSGT00950000183053.D ENSGT00390000008812.b.a ENSGT00940000158053 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ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000176110 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00940000161029 ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00940000162741 ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000166582.b ENSGT00940000177548 ENSGT00940000154576 Indian medaka MODERN SPECIES 3 ENSOMEG00000019108 TMEM74 (ENSOMEG00000019095) trhrb (ENSOMEG00000019080) nudcd1 (ENSOMEG00000019070) ENY2 (ENSOMEG00000019029) ENSOMEG00000018999 gdf6b (ENSOMEG00000018981) ENSOMEG00000018929 ints8 (ENSOMEG00000018846) DPY19L4 (ENSOMEG00000000655) KDM1B (ENSOMEG00000018643) ENSOMEG00000018507 slc9a1b 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pithd1 (ENSOJAG00000006737) lypla2 (ENSOJAG00000006764) sfpq (ENSOJAG00000006800) ENSOJAG00000006950 ENSOJAG00000007433 ENSOJAG00000007448 AK2 (ENSOJAG00000007468) ENSOJAG00000007484 ndufs5 (ENSOJAG00000007571) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154843.F.d ENSGT00940000162855.a.a.a.b ENSGT00530000063880.b.e ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000177548 ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 ENSGT00390000002919 ENSGT00940000155824.C.fc.k.b Chinese medaka MODERN SPECIES 136 TMEM74 (ENSOSIG00000009196) 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KDM1B (ENSORLG00000007744) ENSORLG00000007724 slc9a1b (ENSORLG00000007714) ENSORLG00000007702 srsf10b (ENSORLG00000007691) gja9b (ENSORLG00000007682) ##22 mycbp (ENSORLG00000027339) ENSORLG00000007671 eef1a (ENSORLG00000007614) ENSORLG00000007585 ENSORLG00000025116 rpl11 (ENSORLG00000007578) ENSORLG00000007567 eloa (ENSORLG00000007504) pithd1 (ENSORLG00000007480) lypla2 (ENSORLG00000007466) sfpq (ENSORLG00000007459) ENSORLG00000030569 ENSORLG00000026715 ENSORLG00000030398 ENSORLG00000027563 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00940000161029 ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.A ENSGT00400000024746 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ENSONIG00000040077 Midas cichlid MODERN SPECIES 62 slc9a1b (ENSACIG00000001555) ENSACIG00000001537 ENSACIG00000001374 ENSACIG00000001359 gja9b (ENSACIG00000001350) ##22 mycbp (ENSACIG00000001337) ENSACIG00000001248 ENSACIG00000001243 ENSACIG00000001219 ENSACIG00000001197 rpl11 (ENSACIG00000001176) ENSACIG00000001158 eloa (ENSACIG00000001104) pithd1 (ENSACIG00000001083) lypla2 (ENSACIG00000001058) sfpq (ENSACIG00000000905) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776.n ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00940000164334 ENSGT00950000183029.A ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 117 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776.n ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 104 ENSGT00940000155272.oc ENSGT00940000155824.C.fc ENSGT00390000002919 ENSGT00940000158451 ENSGT00940000154576 ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d.c ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d.d ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000166582.b ENSGT00940000165604 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000156338.b 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ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000154576 Seriola ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00390000007597 ENSGT00940000156934.k ENSGT00940000161029 ENSGT00940000157594 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00390000007776 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00530000063880.b.e ENSGT00390000002661.b.ub.a ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01030000235133 ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00990000203527.a.a.a.e.b ENSGT00940000155256.d.b.b ENSGT00390000015518 ENSGT00940000158616 ENSGT00730000111056.h ENSGT00990000204044 ENSGT01050000244883.B.d ENSGT00940000165835.b ENSGT00390000003308.a.b ENSGT00950000182929.B.a.b.c.a ENSGT00950000182929.B.a.b.c.b ENSGT00950000182929.B.b.a ENSGT00530000064067 ENSGT00940000156213.r Greater amberjack MODERN SPECIES 94 DPY19L4 (ENSSDUG00000009264) ints8 (ENSSDUG00000009164) CCNE2 (ENSSDUG00000009106) ENSSDUG00000009084 pkhd1l1.2 (ENSSDUG00000008620) ENY2 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ENSMAMG00000008032 ENSMAMG00000028477 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00940000161029 ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01030000235133 ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000162741 ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 ENSGT00390000002919 Climbing perch MODERN SPECIES 2 eif3eb (ENSATEG00000004268) TMEM74 (ENSATEG00000004263) trhrb (ENSATEG00000027005) nudcd1 (ENSATEG00000004216) ENY2 (ENSATEG00000004203) gdf6b (ENSATEG00000003839) ENSATEG00000003787 CCNE2 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ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 ENSGT00390000002919 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000014833 ENSGT00390000000878 ENSGT00940000155137.a.b ENSGT00940000159108 ENSGT00940000157827 ENSGT01090000259987.b.a ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00940000164334 ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000165604 ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 Tetraodon MODERN SPECIES 15 ENSTNIG00000002544 RAPGEF5 (ENSTNIG00000002906) CDCA7L (ENSTNIG00000002905) sp4 (ENSTNIG00000002904) ENSTNIG00000002903 ENSTNIG00000019517 pkhd1l1.2 (ENSTNIG00000005470) ENSTNIG00000004138 ENSTNIG00000004139 ENSTNIG00000004235 ints8 (ENSTNIG00000004234) DPY19L4 (ENSTNIG00000004233) KDM1B (ENSTNIG00000019845) ENSTNIG00000005724 slc9a1b (ENSTNIG00000005725) gja9b (ENSTNIG00000005726) ##22 mycbp (ENSTNIG00000005727) ENSTNIG00000005728 ENSTNIG00000002619 ENSTNIG00000002618 ENSTNIG00000002617 rpl11 (ENSTNIG00000002616) ENSTNIG00000003754 Fugu MODERN SPECIES 3 il-6 (ENSTRUG00000008735) RAPGEF5 (ENSTRUG00000008504) CDCA7L (ENSTRUG00000008420) sp4 (ENSTRUG00000008217) ENSTRUG00000008153 ENSTRUG00000007871 gdf6b (ENSTRUG00000028197) ENSTRUG00000023770 ints8 (ENSTRUG00000007434) DPY19L4 (ENSTRUG00000006943) KDM1B (ENSTRUG00000004004) ENSTRUG00000026704 slc9a1b (ENSTRUG00000006336) ENSTRUG00000020508 ENSTRUG00000033169 gja9b (ENSTRUG00000006302) ##22 mycbp (ENSTRUG00000023350) ENSTRUG00000006072 ef-1a (ENSTRUG00000005066) rpl11 (ENSTRUG00000020944) ENSTRUG00000004371 eloa (ENSTRUG00000004133) pithd1 (ENSTRUG00000025313) lypla2 (ENSTRUG00000003956) sfpq (ENSTRUG00000003783) 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ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d Lumpfish MODERN SPECIES 2 trhrb (ENSCLMG00005008624) nudcd1 (ENSCLMG00005008617) ENY2 (ENSCLMG00005008615) pkhd1l1.2 (ENSCLMG00005008598) gdf6b (ENSCLMG00005008596) ENSCLMG00005008595 CCNE2 (ENSCLMG00005008594) ints8 (ENSCLMG00005008585) DPY19L4 (ENSCLMG00005008567) tekt1 (ENSCLMG00005008555) KDM1B (ENSCLMG00005007339) ENSCLMG00005007319 slc9a1b (ENSCLMG00005004800) ENSCLMG00005004437 srsf10b (ENSCLMG00005004403) gja9b (ENSCLMG00005004384) ##22 mycbp (ENSCLMG00005004359) ENSCLMG00005004309 ENSCLMG00005011069 ENSCLMG00005011060 rpl11 (ENSCLMG00005011042) ENSCLMG00005011038 eloa (ENSCLMG00005011035) pithd1 (ENSCLMG00005011032) lypla2 (ENSCLMG00005011029) sfpq (ENSCLMG00005011028) ENSCLMG00005011026 ENSCLMG00005011021 ENSCLMG00005011017 ak2 (ENSCLMG00005011015) rnf19b (ENSCLMG00005011010) Stickleback MODERN SPECIES 9 eva1bb 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ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 ENSGT00390000002919 Channel bull blenny MODERN SPECIES 2 ENY2 (ENSCGOG00000005814) ENSCGOG00000005806 ENSCGOG00000005805 gdf6b (ENSCGOG00000005795) ENSCGOG00000005783 CCNE2 (ENSCGOG00000005761) ints8 (ENSCGOG00000004741) DPY19L4 (ENSCGOG00000004660) ENSCGOG00000004652 tekt1 (ENSCGOG00000004650) KDM1B (ENSCGOG00000004226) ENSCGOG00000004187 ENSCGOG00000004081 slc9a1b (ENSCGOG00000018231) ENSCGOG00000018202 gja9b (ENSCGOG00000018200) ##22 mycbp (ENSCGOG00000018199) ENSCGOG00000018194 ENSCGOG00000017593 rpl11 (ENSCGOG00000017530) ENSCGOG00000017522 eloa (ENSCGOG00000017516) pithd1 (ENSCGOG00000017509) lypla2 (ENSCGOG00000017508) sfpq (ENSCGOG00000017504) ENSCGOG00000017499 ENSCGOG00000017497 ENSCGOG00000017496 ENSCGOG00000017490 ENSCGOG00000017485 ak2 (ENSCGOG00000017476) Pike perch MODERN SPECIES 13 ENSSLUG00000023775 PKHD1L1 (ENSSLUG00000023607) PKHD1L1 (ENSSLUG00000023485) gdf6b (ENSSLUG00000023462) ENSSLUG00000023459 CCNE2 (ENSSLUG00000023456) ints8 (ENSSLUG00000023436) DPY19L4 (ENSSLUG00000023332) tekt1 (ENSSLUG00000023309) KDM1B (ENSSLUG00000023030) CFAP69 (ENSSLUG00000022985) slc9a1b (ENSSLUG00000022498) ENSSLUG00000022440 ENSSLUG00000022436 srsf10b (ENSSLUG00000022432) gja9b (ENSSLUG00000022428) ##22 mycbp (ENSSLUG00000022422) ENSSLUG00000022417 ENSSLUG00000022411 ENSSLUG00000022364 ENSSLUG00000022276 ENSSLUG00000022255 rpl11 (ENSSLUG00000022216) ENSSLUG00000022202 eloa (ENSSLUG00000022193) pithd1 (ENSSLUG00000022186) lypla2 (ENSSLUG00000022173) sfpq (ENSSLUG00000022159) ENSSLUG00000022143 ENSSLUG00000022122 ENSSLUG00000022096 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00940000161029 ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00400000024746 ENSGT00940000164334 ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000154576 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00940000161029 ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000160519.a.b ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00940000166232 ENSGT00950000183029.B.j.d ENSGT00400000024746 ENSGT00940000164334 ENSGT00910000144211 ENSGT00940000166197 ENSGT00390000002428.a ENSGT00490000043398 ENSGT00940000156197 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000166582.a ENSGT00940000166582.b ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00940000154576 Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 rcvrn3 (ENSLCRG00005023925) si:ch211-232m10.6 (ENSLCRG00005023927) epn1b (ENSLCRG00005023928) necap1 (ENSLCRG00005023929) ENSLCRG00005023932 ENSLCRG00005023933 ENSLCRG00005023934 ints8 (ENSLCRG00005023935) CCNE2 (ENSLCRG00005023936) DPY19L4 (ENSLCRG00005023937) KDM1B (ENSLCRG00005023948) ENSLCRG00005023950 slc9a1b (ENSLCRG00005023951) ENSLCRG00005023952 ENSLCRG00005023953 gja9b (ENSLCRG00005023954) ##22 mycbp 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(ENSHHUG00000014538) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 362 ENSGT00550000074870.y.b.b ENSGT00910000144277.f.b.a ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b.d ENSGT00940000159312.d ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc.a ENSGT00940000158787.h.a ENSGT01090000260070.C.b.d ##22 ENSGT00390000017974.ob.f ENSGT00950000183031.A.a.a.b ENSGT00950000183028.a.b.b.f ENSGT00390000015257.h ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ENSGT00950000183163.a.a.bb.c ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b ENSGT00940000181189 ENSGT00510000049601.j ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b.c ENSGT00940000155107.a.a.b.d ENSGT00560000078630 ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00550000074870.y.b.b ENSGT00910000144277.f.b.a ENSGT00390000008818 ENSGT00940000164635 ENSGT00940000156215 ENSGT00940000159300 ENSGT00940000159104.d.d ENSGT00940000158587.c.a ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b.d ENSGT00940000159312.d ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc.a ENSGT00990000212118 ENSGT00940000158787.h.a ENSGT01090000260070.C.b.d ##22 ENSGT00390000017974.ob.f ENSGT00950000183031.A.a.a.b ENSGT00950000183028.a.b.b.f ENSGT00390000015257.h ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ENSGT00950000183163.a.a.bb.c ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b ENSGT00940000181189 ENSGT00510000049601.j ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b.c ENSGT00940000155107.a.a.b.d ENSGT00560000078630.h ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00530000063461.A.b.b ENSGT00940000155549.a.a.a.a ENSGT00940000157893.c.a ENSGT00990000213672 ENSGT00550000074870.y.b.b ENSGT00910000144277.f.b.a ENSGT00390000008818 ENSGT00940000164635 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b.d ENSGT00940000159312.d ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc.a ENSGT00990000212118 ENSGT00940000158787.h.a ENSGT01090000260070.C.b.d ##22 ENSGT00390000017974.ob.f ENSGT00950000183031.A.a.a.b ENSGT00950000183028.a.b.b.f ENSGT00390000015257.h ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ENSGT00950000183163.a.a.bb.c ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b ENSGT00940000181189 ENSGT00510000049601.j ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b.c ENSGT00940000155107.a.a.b.d ENSGT00560000078630.h ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g Rainbow trout MODERN SPECIES 24 ENSOMYG00000050767 ENSOMYG00000005216 ENSOMYG00000063231 ENSOMYG00000056482 ENSOMYG00000005230 ENSOMYG00000005522 ENSOMYG00000000281 ENSOMYG00000006505 ENSOMYG00000006584 slc9a1b (ENSOMYG00000007199) ENSOMYG00000008042 ENSOMYG00000008120 srsf10b (ENSOMYG00000071968) ENSOMYG00000008154 ENSOMYG00000008192 gja9b (ENSOMYG00000069617) ##22 mycbp (ENSOMYG00000008266) ENSOMYG00000008221 fhl3b (ENSOMYG00000008287) meaf6 (ENSOMYG00000008396) stpg1 (ENSOMYG00000008440) map7d1b (ENSOMYG00000008563) thrap3b (ENSOMYG00000008733) eva1bb (ENSOMYG00000008754) ENSOMYG00000054099 ENSOMYG00000008773 ENSOMYG00000008805 oscp1a (ENSOMYG00000008917) ENSOMYG00000008955 zc3h12ab (ENSOMYG00000058082) smim13 (ENSOMYG00000008986) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155113.a.a.c.b ENSGT00550000074698.c.b ENSGT00980000199189.d ENSGT00530000063461.A.b.b ENSGT00940000155549.a.a.a.a ENSGT00940000157893.c.a ENSGT00550000074870.y.b.a.b ENSGT00910000144277.f.b.a ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b.d ENSGT00940000159312.d ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc.a ENSGT00990000212118 ENSGT00940000158787.h.a ENSGT01090000260070.C.b.d ##22 ENSGT00390000017974.ob.f ENSGT00950000183031.A.a.a.b ENSGT00950000183028.a.b.b.f ENSGT00390000015257.h ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ENSGT00950000183163.a.a.bb.c ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b ENSGT00940000181189 ENSGT00510000049601.j ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b.c ENSGT00940000155107.a.a.b.d ENSGT00560000078630.h ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g Chinook salmon MODERN SPECIES 24 rplp1 (ENSOTSG00005006091) ENSOTSG00005006092 clptm1l (ENSOTSG00005006095) CSMD3 (ENSOTSG00005006167) trps1 (ENSOTSG00005006357) 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(ENSOKIG00005022322) ENSOKIG00005022314 ENSOKIG00005022300 gja9b (ENSOKIG00005022289) ##22 mycbp (ENSOKIG00005022266) ENSOKIG00005022253 fhl3b (ENSOKIG00005022242) meaf6 (ENSOKIG00005022194) stpg1 (ENSOKIG00005022179) map7d1b (ENSOKIG00005022142) thrap3b (ENSOKIG00005022125) eva1bb (ENSOKIG00005022113) ENSOKIG00005022105 gstr (ENSOKIG00005022094) oscp1a (ENSOKIG00005022041) ENSOKIG00005022035 zc3h12ab (ENSOKIG00005022030) smim13 (ENSOKIG00005022016) nedd9 (ENSOKIG00005022006) Salmo ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00550000074698.c.b ENSGT00980000199189.d ENSGT00530000063461.A.b.b ENSGT00940000155549.a.a.a.a ENSGT00940000157893.c.a ENSGT00990000213672 ENSGT00550000074870.y.b.b ENSGT00910000144277.f.b.a ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b.d ENSGT00940000159312.d ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc.a ENSGT00990000212118 ENSGT00940000158787.h.a ENSGT01090000260070.C.b.d ##22 ENSGT00390000017974.ob.f ENSGT00950000183031.A.a.a.b ENSGT00950000183028.a.b.b.f ENSGT00390000015257.h ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b.e ENSGT00950000183163.a.a.bb.c ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a.b ENSGT00940000181189 ENSGT00510000049601.j ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b.c ENSGT00940000155107.a.a.b.d ENSGT00560000078630.h ENSGT00950000183008.a.a.a.b.g Atlantic salmon MODERN SPECIES 5 ENSSSAG00000090735 ENSSSAG00000038648 ENSSSAG00000084152 ENSSSAG00000109998 ENSSSAG00000029270 ENSSSAG00000029022 PSA2 (ENSSSAG00000026601) ENSSSAG00000020652 ccdc127 (ENSSSAG00000020001) ENSSSAG00000018117 slc9a1b (ENSSSAG00000017046) ENSSSAG00000009871 srsf10b (ENSSSAG00000104443) ENSSSAG00000009809 ENSSSAG00000009802 gja9b (ENSSSAG00000009793) ##22 mycbp (ENSSSAG00000115673) ENSSSAG00000101880 fhl3 (ENSSSAG00000009766) meaf6 (ENSSSAG00000009744) stpg1 (ENSSSAG00000009729) map7d1b (ENSSSAG00000009702) thrap3b (ENSSSAG00000009695) CA078 (ENSSSAG00000009689) ENSSSAG00000106209 oscp1a (ENSSSAG00000009407) ENSSSAG00000009391 zc3h12ab (ENSSSAG00000087542) ENSSSAG00000092580 nedd9 (ENSSSAG00000009361) TMEM170B (ENSSSAG00000112888) Huchen MODERN SPECIES 249 ENSHHUG00000028680 sdha (ENSHHUG00000028697) ccdc127b (ENSHHUG00000029169) ENSHHUG00000029171 CFAP69 (ENSHHUG00000029173) slc9a1b (ENSHHUG00000029191) MAN1C1 (ENSHHUG00000029227) ENSHHUG00000029263 srsf10b (ENSHHUG00000029267) ENSHHUG00000029272 gja9b (ENSHHUG00000029286) ##22 mycbp (ENSHHUG00000029287) ENSHHUG00000029301 fhl3b (ENSHHUG00000029346) meaf6 (ENSHHUG00000029351) stpg1 (ENSHHUG00000029428) map7d1b (ENSHHUG00000029434) thrap3b (ENSHHUG00000029460) eva1bb (ENSHHUG00000029470) ENSHHUG00000029474 gstr (ENSHHUG00000029478) oscp1a (ENSHHUG00000029498) ENSHHUG00000029507 zc3h12ab (ENSHHUG00000029509) ENSHHUG00000029512 nedd9 (ENSHHUG00000029518) Northern pike MODERN SPECIES 9 anln (ENSELUG00000008550) asns (ENSELUG00000008407) tac1 (ENSELUG00000008347) sdhaf3 (ENSELUG00000028468) sdha (ENSELUG00000008178) ccdc127b (ENSELUG00000008130) KDM1B (ENSELUG00000008094) CFAP69 (ENSELUG00000007995) slc9a1b (ENSELUG00000007970) ENSELUG00000034496 ENSELUG00000000287 ENSELUG00000007901 srsf10b (ENSELUG00000007888) ENSELUG00000029192 akirin1 (ENSELUG00000007858) gja9b (ENSELUG00000007830) ##22 mycbp (ENSELUG00000031004) ENSELUG00000007786 fhl3b (ENSELUG00000007755) meaf6 (ENSELUG00000028481) stpg1 (ENSELUG00000007684) map7d1b (ENSELUG00000007639) thrap3b (ENSELUG00000007499) eva1bb (ENSELUG00000030974) LSM10 (ENSELUG00000007452) oscp1a (ENSELUG00000007413) ENSELUG00000007378 ENSELUG00000029369 zc3h12ab (ENSELUG00000007368) smim13 (ENSELUG00000030404) nedd9 (ENSELUG00000007314) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00530000063880.b.e ENSGT01100000263484.B.b.b.a.a ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.ab ENSGT00940000157594 ENSGT00940000160140.a.a ENSGT00950000183145.C ENSGT00940000156934.k ENSGT00390000007597 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00950000183028.a.b.b ENSGT00390000015257 ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ENSGT00950000183163.a.a.bb ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a ENSGT00510000048364 ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b ENSGT00940000155107.a.a.b ENSGT00560000078630 ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT01030000235133.c ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob ENSGT00950000183028.a.b.b ENSGT00390000015257.d ENSGT00390000011598 ENSGT00950000182941.a.a.b.e.b ENSGT00950000183163.a.a.bb ENSGT00940000154096.b.b.b.b.a ENSGT00510000048364 ENSGT00390000004808.f ENSGT00390000010118.c.a.b ENSGT00940000155107.a.a.b ENSGT00560000078630 ENSGT00950000183008.a.a.a.b ENSGT00940000160424 ENSGT00940000158242 Atlantic herring MODERN SPECIES 10 eif3eb (ENSCHAG00000009906) pleca (ENSCHAG00000010083) mindy1 (ENSCHAG00000010407) ENSCHAG00000010463 ENSCHAG00000010477 PI4KB (ENSCHAG00000010496) PI4KB (ENSCHAG00000010721) gabpb2a (ENSCHAG00000011246) ENSCHAG00000011296 ctnnb2 (ENSCHAG00000011330) ENSCHAG00000012419 ENSCHAG00000000551 ENSCHAG00000000596 ENSCHAG00000000655 ENSCHAG00000000674 gja9b (ENSCHAG00000000710) ##22 mycbp (ENSCHAG00000000761) rragca (ENSCHAG00000000775) fhl3b (ENSCHAG00000000790) meaf6 (ENSCHAG00000000917) stpg1 (ENSCHAG00000001040) map7d1b (ENSCHAG00000001085) thrap3b (ENSCHAG00000001178) eva1bb (ENSCHAG00000001235) LSM10 (ENSCHAG00000001270) oscp1a (ENSCHAG00000001289) ENSCHAG00000001342 smim13 (ENSCHAG00000001366) nedd9 (ENSCHAG00000001391) TMEM170B (ENSCHAG00000001423) HIVEP1 (ENSCHAG00000001481) Denticle herring MODERN SPECIES 12 psmg2 (ENSDCDG00000019625) ptpn2b (ENSDCDG00000019618) ENSDCDG00000019615 PRRT1 (ENSDCDG00000019611) skic2 (ENSDCDG00000019113) nelfe (ENSDCDG00000019076) zbtb12.2 (ENSDCDG00000019073) ehmt2 (ENSDCDG00000011830) ENSDCDG00000011588 slc44a4 (ENSDCDG00000007527) RNF5 (ENSDCDG00000007104) ENSDCDG00000007061 ENSDCDG00000007050 mhc1zka (ENSDCDG00000006963) ENSDCDG00000006887 gja9b (ENSDCDG00000006875) ##22 mycbp (ENSDCDG00000005973) ENSDCDG00000005859 ENSDCDG00000005755 fhl3b (ENSDCDG00000035449) meaf6 (ENSDCDG00000035448) stpg1 (ENSDCDG00000035447) map7d1b (ENSDCDG00000035444) thrap3b (ENSDCDG00000035440) eva1bb (ENSDCDG00000035438) LSM10 (ENSDCDG00000035437) oscp1a (ENSDCDG00000035436) zc3h12ab (ENSDCDG00000035435) smim13 (ENSDCDG00000035434) nedd9 (ENSDCDG00000035433) TMEM170B (ENSDCDG00000035431) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 383 ENSGT00530000063023.A.b ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 239 ENSGT00940000157751 ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 349 ENSGT00940000158932.j ENSGT00950000183108.a.d ENSGT00940000155112.B.b ENSGT00940000155167.b.a.b.g ENSGT00940000157432.A ENSGT00940000165091.d.d.a.b ENSGT00940000153511.a ENSGT00390000012569.a ENSGT00950000182893.a.a.a.b.d.b ENSGT00940000157751.q.b ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000160519 ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00980000199494 Goldfish MODERN SPECIES 38 tatdn1 (ENSCARG00000030779) ENSCARG00000030760 ENSCARG00000030447 ENPP2 (ENSCARG00000029425) ADGRB1 (ENSCARG00000028750) atp5if1a (ENSCARG00000028715) hnrnpr (ENSCARG00000028637) dnajc8 (ENSCARG00000028588) ZHX2 (ENSCARG00000028578) KDM1B (ENSCARG00000046833) ENSCARG00000046799 ENSCARG00000046792 slc9a1b (ENSCARG00000046341) ENSCARG00000046243 ENSCARG00000046214 gja9b (ENSCARG00000046201) ##22 ENSCARG00000046024 gstr (ENSCARG00000045782) ENSCARG00000044932 nup42 (ENSCARG00000044818) cyp51 (ENSCARG00000043458) tmem79a (ENSCARG00000043395) ENSCARG00000043374 il6 (ENSCARG00000043341) TOMM7 (ENSCARG00000043304) hycc1 (ENSCARG00000043034) sp4 (ENSCARG00000042972) sp8a (ENSCARG00000042957) ENSCARG00000042914 ENSCARG00000042881 twist1a (ENSCARG00000042851) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 457 ENSGT00940000158932.i ENSGT00940000156272 ENSGT00940000155167.b.a.b.h.b ENSGT00940000156034.b ENSGT00940000155778.A ENSGT00940000165091.d.d.a.b ENSGT00940000153511.a ENSGT00390000012569.a ENSGT00950000182893.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000153769.F.m.c ENSGT00950000182893.a.a.a.b.d.b ENSGT00940000157751.q.b ENSGT00390000014274 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00980000199494 Common carp reference MODERN SPECIES 31 ENSCCRG00000065053 ENSCCRG00000031775 ENSCCRG00000023891 ENSCCRG00000069466 ENSCCRG00000015798 atp5if1a (ENSCCRG00000074826) hnrnpr (ENSCCRG00000015930) dnajc8 (ENSCCRG00000015892) ENSCCRG00000072658 ENSCCRG00000069481 ENSCCRG00000057177 ENSCCRG00000074174 ENSCCRG00000067313 slc9a1b (ENSCCRG00000034926) srsf10b (ENSCCRG00000056509) gja9b (ENSCCRG00000075684) ##22 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 2247 slc9a1b (ENSSGRG00000015148) srsf10b (ENSSGRG00000015146) gja9b (ENSSGRG00000015145) ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 2016 ENSSGRG00000021806 ENSSGRG00000002766 gja9b (ENSSGRG00000002781) ##22 ENSSGRG00000002783 Golden-line barbel MODERN SPECIES 2944 gja9b (ENSSGRG00000004961) ##22 ENSSGRG00000004958 Zebrafish MODERN SPECIES 8 GABRR1 (ENSDARG00000098081) atxn3 (ENSDARG00000099274) ENSDARG00000036968 DDX24 (ENSDARG00000104708) ENSDARG00000101867 asb2b (ENSDARG00000102490) exd1 (ENSDARG00000098669) ENSDARG00000099534 ENSDARG00000034063 ENSDARG00000112675 ENSDARG00000110616 ENSDARG00000005627 slc9a1b (ENSDARG00000097339) ENSDARG00000091101 srsf10b (ENSDARG00000086411) gja9b (ENSDARG00000086453) ##22 mycbp (ENSDARG00000091001) ENSDARG00000097314 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 227 ENSGT00390000007153.a.b ENSGT00390000003114.e.b.a ENSGT00940000166429 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob Channel catfish MODERN SPECIES 5 ENSIPUG00000022507 ENSIPUG00000022499 ENSIPUG00000022491 ENSIPUG00000022486 ENSIPUG00000022401 ENSIPUG00000022390 ENSIPUG00000022385 IRGC (ENSIPUG00000022382) GSTA (ENSIPUG00000022366) ENSIPUG00000022356 ENSIPUG00000022353 gpd1c (ENSIPUG00000022341) ctss1 (ENSIPUG00000022334) slc9a1b (ENSIPUG00000022329) ENSIPUG00000022325 gja9 (ENSIPUG00000022316) ##22 mycbp (ENSIPUG00000022301) ENSIPUG00000022287 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 258 ENSGT00390000007153.a.b ENSGT00390000003114.e.b.a ENSGT00940000166429 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob Characoidei ANCESTRAL SPECIES 353 ENSGT00390000007153.a.b ENSGT00390000003114.e.b.a ENSGT00940000166429 ENSGT00940000156338.b ENSGT00940000164147.b ENSGT00940000154450.tc ENSGT01090000260070.C.b ##22 ENSGT00390000017974.ob Mexicana tetra MODERN SPECIES 467 golph3l (ENSAMXG00000015511) gpd1c (ENSAMXG00000015468) ctss1 (ENSAMXG00000033203) slc9a1b (ENSAMXG00000015396) ENSAMXG00000040447 srsf10b (ENSAMXG00000015367) gja9b (ENSAMXG00000015360) ##22 mycbp (ENSAMXG00000030728) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 1853 gja9b (ENSPNAG00000011832) ##22 mycbp (ENSPNAG00000011825) Spotted gar MODERN SPECIES 672 ENSLOCG00000018286 ENSLOCG00000018287 dhdds (ENSLOCG00000005552) fam110d (ENSLOCG00000018288) slc9a1b (ENSLOCG00000005573) ENSLOCG00000005589 ENSLOCG00000005609 ENSLOCG00000005622 MYOM3 (ENSLOCG00000005636) fabp10a (ENSLOCG00000005668) SRSF10 (ENSLOCG00000005685) pnrc2 (ENSLOCG00000018289) cnr2 (ENSLOCG00000018290) akirin1 (ENSLOCG00000005708) rhbdl2 (ENSLOCG00000005736) gja9b (ENSLOCG00000018291) ##22 mycbp (ENSLOCG00000005758) rragca (ENSLOCG00000005778) pou3f1 (ENSLOCG00000018292) utp11 (ENSLOCG00000005795) fhl3b (ENSLOCG00000005810) meaf6 (ENSLOCG00000005842) SNIP1 (ENSLOCG00000005868) ENSLOCG00000005883 dnali1 (ENSLOCG00000005894) ENSLOCG00000005925 rspo1 (ENSLOCG00000005961) c19h1orf109 (ENSLOCG00000005970) cdca8 (ENSLOCG00000005985) ENSLOCG00000006007 timm29 (ENSLOCG00000006044) Reedfish MODERN SPECIES 5 ENSECRG00000015687 ENSECRG00000015726 ENSECRG00000015770 fndc5b (ENSECRG00000015820) ENSECRG00000015856 olig4 (ENSECRG00000015914) bsdc1 (ENSECRG00000015930) hdac1 (ENSECRG00000016007) marcksl1a (ENSECRG00000016275) ENSECRG00000016299 ENSECRG00000016343 cnr2 (ENSECRG00000016390) akirin1 (ENSECRG00000016404) rhbdl2 (ENSECRG00000016429) ENSECRG00000016459 gja9b (ENSECRG00000016486) ##22 mycbp (ENSECRG00000016519) rragca (ENSECRG00000016535) pou3f1 (ENSECRG00000016559) utp11 (ENSECRG00000016587) fhl3b (ENSECRG00000016619) meaf6 (ENSECRG00000016666) snip1 (ENSECRG00000016732) dnali1 (ENSECRG00000016747) gnl2 (ENSECRG00000016774) ENSECRG00000016807 rspo1 (ENSECRG00000016821) ENSECRG00000016873 maneal (ENSECRG00000016998) yrdc (ENSECRG00000017034) mtf1 (ENSECRG00000017059) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00390000011598 ENSGT00940000157970 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147 ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000156553 ENSGT00390000015257 ENSGT00990000203803 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00940000155017 ENSGT00730000111080.b ENSGT00940000159501 ENSGT00940000158233 ENSGT00390000011598 ENSGT00940000157970 ENSGT00510000048978 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147 ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 Amniota ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000178211 ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 Sauria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000178211 ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000178211 ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 Aves ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000156115 ENSGT00950000183182.a.a ENSGT00390000010045 ENSGT01090000260093.b ENSGT00950000182978.B ENSGT01060000248589.D ENSGT00390000012569.a ENSGT00390000006264 ENSGT00940000165091 ENSGT00940000153511.a ENSGT00940000154484.B.a.b ENSGT00950000182852.A.b ENSGT00940000157193 ENSGT00390000002053 ENSGT00950000183034.B ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a.a.b ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 Great tit MODERN SPECIES 15 PPP1R8 (ENSPMJG00000007111) SMPDL3B (ENSPMJG00000007106) RPA2 (ENSPMJG00000007097) XKR8 (ENSPMJG00000007095) EYA3 (ENSPMJG00000007089) PTAFR (ENSPMJG00000007087) DNAJC8 (ENSPMJG00000007082) ATP5IF1 (ENSPMJG00000007080) HNRNPR (ENSPMJG00000007076) HTR1D (ENSPMJG00000007068) LUZP1 (ENSPMJG00000007066) KDM1A (ENSPMJG00000006928) ZMPSTE24 (ENSPMJG00000006926) RLF (ENSPMJG00000006923) ENSPMJG00000006922 GJA9 (ENSPMJG00000006919) ##22 MYCBP (ENSPMJG00000006912) RRAGC (ENSPMJG00000006909) ENSPMJG00000006894 UTP11 (ENSPMJG00000006889) FHL3 (ENSPMJG00000006888) SF3A3 (ENSPMJG00000006882) INPP5B (ENSPMJG00000006867) MTF1 (ENSPMJG00000006861) YRDC (ENSPMJG00000006858) ENSPMJG00000006857 CDCA8 (ENSPMJG00000006856) ENSPMJG00000006855 RSPO1 (ENSPMJG00000006854) ENSPMJG00000006852 DNALI1 (ENSPMJG00000006847) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000156115 ENSGT00950000183182.a.a ENSGT00390000010045 ENSGT01090000260093.b ENSGT00950000182978.B ENSGT01060000248589.D ENSGT00390000012569.a ENSGT00940000165091 ENSGT00940000153511.a ENSGT00940000154484.B.a.b ENSGT01010000222287.B.b.a.b.a ENSGT00950000182852.A.b ENSGT00940000157193 ENSGT00390000002053 ENSGT00950000183034.B ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a.a.b ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 ENSGT00390000003012 Flycatcher MODERN SPECIES 15 ENSFALG00000026558 ENSFALG00000001127 ENSFALG00000001120 XKR8 (ENSFALG00000023427) ENSFALG00000001113 PTAFR (ENSFALG00000014284) ENSFALG00000001106 ENSFALG00000023458 HNRNPR (ENSFALG00000001096) ENSFALG00000014281 ENSFALG00000023466 KDM1A (ENSFALG00000001081) ENSFALG00000001065 ENSFALG00000001054 ENSFALG00000028211 GJA9 (ENSFALG00000014276) ##22 MYCBP (ENSFALG00000027073) RRAGC (ENSFALG00000001037) ENSFALG00000028927 UTP11 (ENSFALG00000001026) FHL3 (ENSFALG00000026222) SF3A3 (ENSFALG00000001003) INPP5B (ENSFALG00000000990) MTF1 (ENSFALG00000000973) YRDC (ENSFALG00000000964) ENSFALG00000025288 ENSFALG00000000938 CDCA8 (ENSFALG00000000920) ENSFALG00000023058 RSPO1 (ENSFALG00000029044) GNL2 (ENSFALG00000000909) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000156933 ENSGT00390000012352 ENSGT00940000161289 ENSGT00940000154525.b.b ENSGT00940000161353 ENSGT00390000016584 ENSGT00940000155838 ENSGT00940000155772.b ENSGT00950000182849.A.f.a ENSGT00940000159493 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MODERN SPECIES 16 ENSTGUG00000001436 LUZP1 (ENSTGUG00000001438) KDM1A (ENSTGUG00000001439) ZMPSTE24 (ENSTGUG00000001445) RLF (ENSTGUG00000001447) ENSTGUG00000029717 GJA9 (ENSTGUG00000024329) ##22 RRAGC (ENSTGUG00000001449) ENSTGUG00000028583 UTP11 (ENSTGUG00000001453) FHL3 (ENSTGUG00000001464) SF3A3 (ENSTGUG00000001466) INPP5B (ENSTGUG00000001481) MTF1 (ENSTGUG00000001500) ENSTGUG00000001509 CDCA8 (ENSTGUG00000001531) C23H1orf109 (ENSTGUG00000001534) ENSTGUG00000022284 ENSTGUG00000019470 RSPO1 (ENSTGUG00000001536) GNL2 (ENSTGUG00000001547) DNALI1 (ENSTGUG00000001557) Medium ground finch MODERN SPECIES 202 CITED4 (ENSGFOG00000003145) STX12 (ENSGFOG00000003132) PPP1R8 (ENSGFOG00000003102) SMPDL3B (ENSGFOG00000003088) RPA2 (ENSGFOG00000003053) XKR8 (ENSGFOG00000003036) EYA3 (ENSGFOG00000002997) PTAFR (ENSGFOG00000002971) DNAJC8 (ENSGFOG00000002905) HNRNPR (ENSGFOG00000002883) HTR1D (ENSGFOG00000002859) LUZP1 (ENSGFOG00000002824) KDM1A (ENSGFOG00000002574) ZMPSTE24 (ENSGFOG00000002529) RLF (ENSGFOG00000002519) GJA9 (ENSGFOG00000002490) ##22 MYCBP (ENSGFOG00000002347) RRAGC (ENSGFOG00000002171) UTP11 (ENSGFOG00000001885) ENSGFOG00000014369 FHL3 (ENSGFOG00000014368) SF3A3 (ENSGFOG00000014363) INPP5B (ENSGFOG00000014358) MTF1 (ENSGFOG00000014353) YRDC (ENSGFOG00000014351) ENSGFOG00000014349 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 Golden eagle MODERN SPECIES 7 GJA9 (ENSACCG00020016083) ##22 MYCBP (ENSACCG00020016093) RRAGC (ENSACCG00020016104) ENSACCG00020016117 UTP11 (ENSACCG00020016125) FHL3 (ENSACCG00020016138) SF3A3 (ENSACCG00020016154) INPP5B (ENSACCG00020016200) MTF1 (ENSACCG00020016241) YRDC (ENSACCG00020016247) MANEAL 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SPECIES 25 ENSGT00940000157740 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157260 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000159599 ENSGT00390000004173 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000158412 ENSGT00940000156529 ENSGT00940000156072 ENSGT00940000163960 ENSGT00390000005233.a ENSGT01030000234597.a.a ENSGT00940000161438 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000164552 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 ENSGT00810000125524 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000007879 ENSGT00940000153295.a ENSGT00940000157740 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157260 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000159599 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000158412 ENSGT00940000156529 ENSGT00940000156072 ENSGT00940000163960 ENSGT00390000005233.a ENSGT01030000234597.a.a 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SPECIES 11 MYCL (ENSECAG00000008765) ENSECAG00000038999 TRIT1 (ENSECAG00000010597) ENSECAG00000008528 ENSECAG00000031692 HPCAL4 (ENSECAG00000019203) NT5C1A (ENSECAG00000019710) HEYL (ENSECAG00000007220) PABPC4 (ENSECAG00000009396) ENSECAG00000038706 OXCT2 (ENSECAG00000010065) MACF1 (ENSECAG00000013366) NDUFS5 (ENSECAG00000011681) AKIRIN1 (ENSECAG00000012589) RHBDL2 (ENSECAG00000015194) GJA9 (ENSECAG00000004967) ##22 RRAGC (ENSECAG00000019915) POU3F1 (ENSECAG00000026886) UTP11 (ENSECAG00000021551) FHL3 (ENSECAG00000011590) SF3A3 (ENSECAG00000017333) INPP5B (ENSECAG00000019874) MTF1 (ENSECAG00000017235) MANEAL (ENSECAG00000022543) YRDC (ENSECAG00000022522) EPHA10 (ENSECAG00000022781) CDCA8 (ENSECAG00000015871) C2H1orf109 (ENSECAG00000021402) RSPO1 (ENSECAG00000022683) GNL2 (ENSECAG00000008068) DNALI1 (ENSECAG00000018337) Donkey MODERN SPECIES 25 ENSEASG00005000897 TRIT1 (ENSEASG00005000884) ENSEASG00005031332 ENSEASG00005014118 HPCAL4 (ENSEASG00005030469) NT5C1A (ENSEASG00005014123) 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ENSGT00730000111729 ENSGT00940000155824.C ENSGT00390000002919.u ENSGT00390000002919.v.b.b ENSGT00940000158787.nb ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00940000165268 ENSGT00910000147413 ENSGT00390000017974.db ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000154787.z ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a.h.a ENSGT00940000178211 ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000009130.a.b ENSGT00940000158790 ENSGT00390000004380.m.a.a.b ENSGT00940000161166 ENSGT00910000147126 ENSGT00390000017767.b.b ENSGT00940000161351 ENSGT00940000154788 ENSGT00860000135787 ENSGT00940000155272.`c.b ENSGT00940000155824.C ENSGT00390000002919.u ENSGT00390000002919.v.b.a.b ENSGT00940000158787.nb ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974.db ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a.h.a ENSGT00940000178211 ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 217 PPIE (ENSMNEG00000031362) ENSMNEG00000033191 HPCAL4 (ENSMNEG00000028502) ENSMNEG00000002154 NT5C1A (ENSMNEG00000031973) HEYL (ENSMNEG00000009070) ENSMNEG00000043139 PABPC4 (ENSMNEG00000043054) ENSMNEG00000043485 ENSMNEG00000038372 ENSMNEG00000035118 MACF1 (ENSMNEG00000033514) NDUFS5 (ENSMNEG00000027516) AKIRIN1 (ENSMNEG00000038763) RHBDL2 (ENSMNEG00000033107) GJA9 (ENSMNEG00000012033) ##22 ENSMNEG00000006212 RRAGC (ENSMNEG00000036698) ENSMNEG00000043355 ENSMNEG00000041499 POU3F1 (ENSMNEG00000009418) UTP11 (ENSMNEG00000041655) FHL3 (ENSMNEG00000010982) SF3A3 (ENSMNEG00000044291) INPP5B (ENSMNEG00000033845) MTF1 (ENSMNEG00000038330) C1orf122 (ENSMNEG00000011544) YRDC (ENSMNEG00000029348) MANEAL (ENSMNEG00000036440) EPHA10 (ENSMNEG00000032931) CDCA8 (ENSMNEG00000042921) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158613 ENSGT01100000263493.a.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a ENSGT00390000015214 ENSGT00940000155272.`c.a ENSGT00390000009130.a.b ENSGT00940000158790 ENSGT00940000161166 ENSGT00390000017767.b.b ENSGT00940000161351 ENSGT00940000154788 ENSGT00940000155272.`c.b ENSGT00940000155824.C ENSGT00390000002919.u ENSGT00940000158787.nb ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974.db ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a.h.a ENSGT00940000178211 ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 Crab-eating macaque MODERN SPECIES TRIT1 (ENSMFAG00000001316) ENSMFAG00000058462 ENSMFAG00000041908 ENSMFAG00000031586 PPIE (ENSMFAG00000002082) HPCAL4 (ENSMFAG00000033968) NT5C1A (ENSMFAG00000056414) HEYL (ENSMFAG00000045585) PABPC4 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MANEAL (ENSPANG00000017578) EPHA10 (ENSPANG00000023477) CDCA8 (ENSPANG00000025284) C1orf109 (ENSPANG00000046454) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000015214 ENSGT00940000155272.`c.a ENSGT00940000158790 ENSGT00390000004380.m.a.a.b ENSGT00940000161166 ENSGT00390000017767.b.b ENSGT00910000147126 ENSGT00940000161351 ENSGT00940000154788 ENSGT00940000155272.ac ENSGT00730000111729 ENSGT00940000155824.C ENSGT00390000002919.v.b.b ENSGT00940000158787.nb ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00940000165268 ENSGT00910000147413 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000154787.z ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a.h.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00910000147664 Sooty mangabey MODERN SPECIES 227 PPIE (ENSCATG00000034495) ENSCATG00000032456 HPCAL4 (ENSCATG00000032488) NT5C1A (ENSCATG00000038875) ENSCATG00000036036 HEYL (ENSCATG00000037907) ENSCATG00000005536 ENSCATG00000002769 PABPC4 (ENSCATG00000042164) ENSCATG00000033745 MACF1 (ENSCATG00000039558) ENSCATG00000043856 NDUFS5 (ENSCATG00000034399) AKIRIN1 (ENSCATG00000036878) RHBDL2 (ENSCATG00000036212) GJA9 (ENSCATG00000002745) ##22 ENSCATG00000035175 ENSCATG00000002978 RRAGC (ENSCATG00000036245) ENSCATG00000043118 POU3F1 (ENSCATG00000006621) UTP11 (ENSCATG00000042680) FHL3 (ENSCATG00000035550) SF3A3 (ENSCATG00000043496) INPP5B (ENSCATG00000037843) MTF1 (ENSCATG00000037876) C1orf122 (ENSCATG00000035798) YRDC (ENSCATG00000036928) MANEAL (ENSCATG00000035882) EPHA10 (ENSCATG00000032555) ENSCATG00000038225 Drill MODERN SPECIES 672 MYCL (ENSMLEG00000017162) TRIT1 (ENSMLEG00000035296) ENSMLEG00000044426 PPIE (ENSMLEG00000040735) ENSMLEG00000040607 NT5C1A (ENSMLEG00000038970) ENSMLEG00000032704 HEYL (ENSMLEG00000032705) PABPC4 (ENSMLEG00000040716) ENSMLEG00000006499 MACF1 (ENSMLEG00000044445) ENSMLEG00000040128 ENSMLEG00000043083 AKIRIN1 (ENSMLEG00000044218) 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(ENSCSAG00000001111) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 179 ENSGT00940000155824.C ENSGT00940000165766 ENSGT00390000002919 ENSGT00940000158787.nb ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00940000165268 ENSGT00910000147413 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000154787.z ENSGT00940000153096.b.d.fb.b.a.b ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a.h.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT01050000247123 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2761 ENSRROG00000045142 ENSRROG00000035666 NDUFS5 (ENSRROG00000019572) AKIRIN1 (ENSRROG00000015889) RHBDL2 (ENSRROG00000035713) GJA9 (ENSRROG00000027410) ##22 ENSRROG00000041803 ENSRROG00000042967 RRAGC (ENSRROG00000004713) ENSRROG00000043761 ENSRROG00000037856 UTP11 (ENSRROG00000011983) FHL3 (ENSRROG00000045533) SF3A3 (ENSRROG00000033888) INPP5B (ENSRROG00000035588) MTF1 (ENSRROG00000031591) ENSRROG00000038617 YRDC 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ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115.n.a ENSGT00390000008551 Marmoset MODERN SPECIES 19 MFSD2A (ENSCJAG00000002712) MYCL (ENSCJAG00000002700) TRIT1 (ENSCJAG00000002620) PPIE (ENSCJAG00000002589) HPCAL4 (ENSCJAG00000041542) NT5C1A (ENSCJAG00000002566) HEYL (ENSCJAG00000065395) ENSCJAG00000002512 ENSCJAG00000002504 ENSCJAG00000083308 MACF1 (ENSCJAG00000002323) ENSCJAG00000045917 ENSCJAG00000043919 ENSCJAG00000082857 RHBDL2 (ENSCJAG00000002293) GJA9 (ENSCJAG00000002288) ##22 ENSCJAG00000073854 RRAGC (ENSCJAG00000045612) ENSCJAG00000080579 POU3F1 (ENSCJAG00000048677) UTP11 (ENSCJAG00000002244) FHL3 (ENSCJAG00000002239) ENSCJAG00000002176 INPP5B (ENSCJAG00000002125) MTF1 (ENSCJAG00000002097) C1orf122 (ENSCJAG00000071251) YRDC (ENSCJAG00000002078) MANEAL (ENSCJAG00000002066) EPHA10 (ENSCJAG00000002019) CDCA8 (ENSCJAG00000002008) C1orf109 (ENSCJAG00000062886) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015214 ENSGT00940000164770 ENSGT00390000009130.a.b 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ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015214 ENSGT00940000164770 ENSGT00390000009130.a.b ENSGT00940000155272 ENSGT00940000158790 ENSGT00940000161166 ENSGT00390000017767.b.b ENSGT00940000161351 ENSGT00940000154788 ENSGT00980000198642 ENSGT00940000155824.C ENSGT00730000111729 ENSGT00390000002919 ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00860000135887 ENSGT00940000165268 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015214 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##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158613 ENSGT00960000186932 ENSGT00390000015214 ENSGT00940000158790 ENSGT00940000161166 ENSGT00390000017767.b.b ENSGT00940000161351 ENSGT00940000154788 ENSGT00940000155272 ENSGT00940000155824.C ENSGT00390000002919.l ENSGT00730000111729 ENSGT00390000002919.k.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 Alpin marmot MODERN SPECIES 15 MFSD2A (ENSMMMG00000002807) MYCL (ENSMMMG00000002838) ENSMMMG00000002850 TRIT1 (ENSMMMG00000002859) PPIE (ENSMMMG00000002879) HPCAL4 (ENSMMMG00000002894) NT5C1A (ENSMMMG00000002912) HEYL (ENSMMMG00000002927) PABPC4 (ENSMMMG00000002940) MACF1 (ENSMMMG00000003103) ENSMMMG00000003276 ENSMMMG00000003287 ENSMMMG00000003299 ENSMMMG00000003320 RHBDL2 (ENSMMMG00000003332) GJA9 (ENSMMMG00000003355) ##22 ENSMMMG00000003363 RRAGC (ENSMMMG00000003368) UTP11 (ENSMMMG00000003393) FHL3 (ENSMMMG00000003415) SF3A3 (ENSMMMG00000003437) INPP5B (ENSMMMG00000003529) MTF1 (ENSMMMG00000005593) ENSMMMG00000005905 YRDC (ENSMMMG00000005923) MANEAL (ENSMMMG00000005925) ENSMMMG00000005932 ENSMMMG00000005943 CDCA8 (ENSMMMG00000005956) C1orf109 (ENSMMMG00000006007) RSPO1 (ENSMMMG00000006021) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158613 ENSGT00960000186932 ENSGT00390000015214 ENSGT00940000158790 ENSGT00940000161166 ENSGT00390000017767.b.b ENSGT00940000161351 ENSGT00940000154788 ENSGT00940000155272 ENSGT00940000155824.C ENSGT00390000002919.l ENSGT00730000111729 ENSGT00390000002919.k.a ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000163458 ENSGT00390000005813 ENSGT00950000183028.a.b ENSGT00530000063402.a ENSGT00940000156762 ENSGT00940000157291 ENSGT00570000079623 ENSGT00390000015364.b ENSGT00390000016054.b ENSGT00940000160752 ENSGT00390000011115 ENSGT00390000008551 ENSGT00940000158871 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 120 MFSD2A (ENSUPAG00010016486) MYCL (ENSUPAG00010016508) ENSUPAG00010016518 TRIT1 (ENSUPAG00010016523) PPIE (ENSUPAG00010016536) HPCAL4 (ENSUPAG00010016554) NT5C1A (ENSUPAG00010016564) HEYL (ENSUPAG00010016578) ENSUPAG00010016593 ENSUPAG00010016600 MACF1 (ENSUPAG00010016632) ENSUPAG00010016776 NDUFS5 (ENSUPAG00010016787) ENSUPAG00010016799 RHBDL2 (ENSUPAG00010016814) GJA9 (ENSUPAG00010016834) ##22 MYCBP (ENSUPAG00010016841) RRAGC (ENSUPAG00010016855) POU3F1 (ENSUPAG00010016876) UTP11 (ENSUPAG00010016879) FHL3 (ENSUPAG00010016892) SF3A3 (ENSUPAG00010016898) INPP5B (ENSUPAG00010016932) MTF1 (ENSUPAG00010017110) C1orf122 (ENSUPAG00010017170) YRDC (ENSUPAG00010017183) MANEAL (ENSUPAG00010017206) ENSUPAG00010017214 ENSUPAG00010017225 CDCA8 (ENSUPAG00010017236) C1orf109 (ENSUPAG00010017276) Squirrel MODERN SPECIES 74 MYCL (ENSSTOG00000005037) ENSSTOG00000034207 TRIT1 (ENSSTOG00000006446) ENSSTOG00000031537 PPIE (ENSSTOG00000010445) HPCAL4 (ENSSTOG00000033957) NT5C1A (ENSSTOG00000010430) HEYL (ENSSTOG00000010427) PABPC4 (ENSSTOG00000010416) ENSSTOG00000029371 MACF1 (ENSSTOG00000028672) NDUFS5 (ENSSTOG00000011059) ENSSTOG00000030751 AKIRIN1 (ENSSTOG00000023219) RHBDL2 (ENSSTOG00000027167) GJA9 (ENSSTOG00000027990) ##22 MYCBP (ENSSTOG00000021547) RRAGC (ENSSTOG00000011043) UTP11 (ENSSTOG00000022805) FHL3 (ENSSTOG00000024538) SF3A3 (ENSSTOG00000001691) INPP5B (ENSSTOG00000001670) MTF1 (ENSSTOG00000025276) C1orf122 (ENSSTOG00000024011) YRDC (ENSSTOG00000001643) MANEAL (ENSSTOG00000001640) ENSSTOG00000031171 ENSSTOG00000005714 CDCA8 (ENSSTOG00000000833) C1orf109 (ENSSTOG00000000834) RSPO1 (ENSSTOG00000005254) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES MFSD2A (ENSSVLG00005006874) MYCL (ENSSVLG00005006832) TRIT1 (ENSSVLG00005006559) ENSSVLG00005006472 PPIE (ENSSVLG00005006402) HPCAL4 (ENSSVLG00005006346) NT5C1A (ENSSVLG00005006307) HEYL (ENSSVLG00005006277) PABPC4 (ENSSVLG00005006197) ENSSVLG00005006142 ENSSVLG00005006096 MACF1 (ENSSVLG00005004041) NDUFS5 (ENSSVLG00005003321) AKIRIN1 (ENSSVLG00005003301) RHBDL2 (ENSSVLG00005003273) GJA9 (ENSSVLG00005003263) ##22 ENSSVLG00005003250 ENSSVLG00005003228 POU3F1 (ENSSVLG00005003210) UTP11 (ENSSVLG00005003193) FHL3 (ENSSVLG00005003179) SF3A3 (ENSSVLG00005003142) ENSSVLG00005002913 MTF1 (ENSSVLG00005002841) C1orf122 (ENSSVLG00005002816) YRDC (ENSSVLG00005002793) MANEAL (ENSSVLG00005002768) EPHA10 (ENSSVLG00005002692) CDCA8 (ENSSVLG00005002670) C1orf109 (ENSSVLG00005002644) RSPO1 (ENSSVLG00005002610) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 294 ENSGT00940000155824.C ENSGT00730000111729 ENSGT00390000002919 ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00940000165268 ENSGT00950000183031.A.a.a Rabbit MODERN SPECIES 4 TRIT1 (ENSOCUG00000002054) ENSOCUG00000007677 ENSOCUG00000031949 PPIE (ENSOCUG00000007665) HPCAL4 (ENSOCUG00000022645) NT5C1A (ENSOCUG00000004298) HEYL (ENSOCUG00000000560) PABPC4 (ENSOCUG00000000562) ENSOCUG00000023797 ENSOCUG00000032823 MACF1 (ENSOCUG00000000677) ENSOCUG00000022318 NDUFS5 (ENSOCUG00000024417) ENSOCUG00000005500 RHBDL2 (ENSOCUG00000016197) GJA9 (ENSOCUG00000016515) ##22 ENSOCUG00000022203 RRAGC (ENSOCUG00000016521) ENSOCUG00000008635 LDLRAP1 (ENSOCUG00000008056) MACO1 (ENSOCUG00000001827) ENSOCUG00000001823 ENSOCUG00000001820 SYF2 (ENSOCUG00000013050) ENSOCUG00000033189 ENSOCUG00000036162 ENSOCUG00000017751 CLIC4 (ENSOCUG00000003196) ENSOCUG00000008438 ENSOCUG00000005252 NIPAL3 (ENSOCUG00000000381) Pika MODERN SPECIES 1094 ENSOPRG00000011306 ENSOPRG00000011279 ##22 Tree shrew MODERN SPECIES 9202 GJA9 (ENSTBEG00000013091) ##22 Platypus MODERN SPECIES 7 ENSOANG00000007329 PAX2 (ENSOANG00000013304) HIF1AN (ENSOANG00000008340) NDUFB8 (ENSOANG00000045128) SEC31B (ENSOANG00000002978) WNT8B (ENSOANG00000011077) SCD (ENSOANG00000002477) PKD2L1 (ENSOANG00000015212) ENSOANG00000039079 BLOC1S2 (ENSOANG00000050408) CWF19L1 (ENSOANG00000002486) CHUK (ENSOANG00000002485) ERLIN1 (ENSOANG00000002484) AKIRIN1 (ENSOANG00000049289) RHBDL2 (ENSOANG00000002483) GJA9 (ENSOANG00000002482) ##22 ENSOANG00000046575 RRAGC (ENSOANG00000002479) POU3F1 (ENSOANG00000039859) UTP11 (ENSOANG00000002476) FHL3 (ENSOANG00000041084) SF3A3 (ENSOANG00000002473) INPP5B (ENSOANG00000002045) MTF1 (ENSOANG00000002047) YRDC (ENSOANG00000002048) MANEAL (ENSOANG00000039574) ENSOANG00000002050 CDCA8 (ENSOANG00000002052) ENSOANG00000002053 RSPO1 (ENSOANG00000002054) GNL2 (ENSOANG00000002057) Anura ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000155017 ENSGT00940000159501 ENSGT00940000158233 ENSGT00390000011598 ENSGT00940000157970 ENSGT00940000161507 ENSGT00510000048978 ENSGT00940000161366 ENSGT00940000158669 ENSGT00940000164147 ENSGT00940000154450 ENSGT00530000063881.a.b ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00940000158787 ENSGT00940000159442 ENSGT01090000260070.C ##22 ENSGT00390000017974 ENSGT00950000183031.A.a.a ENSGT00940000165372 ENSGT00390000005813 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 5 ENSLLEG00000001072 ENSLLEG00000001079 ENSLLEG00000001084 ENSLLEG00000001091 ENSLLEG00000001098 BCAS3 (ENSLLEG00000001138) ENSLLEG00000001387 PPM1D (ENSLLEG00000001395) ENSLLEG00000001422 APPBP2 (ENSLLEG00000001470) ENSLLEG00000001606 ENSLLEG00000001717 ENSLLEG00000002005 RHBDL2 (ENSLLEG00000002017) ENSLLEG00000002033 GJA9 (ENSLLEG00000002043) ##22 MYCBP (ENSLLEG00000002064) RRAGC (ENSLLEG00000002092) ENSLLEG00000002148 ENSLLEG00000002156 ENSLLEG00000002170 ENSLLEG00000002185 ENSLLEG00000002194 ENSLLEG00000002202 ENSLLEG00000002224 UTP11 (ENSLLEG00000002245) ENSLLEG00000002258 MANEAL (ENSLLEG00000002269) YRDC (ENSLLEG00000002289) MTF1 (ENSLLEG00000002317) INPP5B (ENSLLEG00000002420) Frog MODERN SPECIES 2 zbtb8b (ENSXETG00000003914) nipal3 (ENSXETG00000003907) stpg1 (ENSXETG00000031811) grhl3 (ENSXETG00000003899) cyp4f2 (ENSXETG00000027109) ENSXETG00000037297 ifnlr1 (ENSXETG00000031947) il22ra1 (ENSXETG00000048975) myom3 (ENSXETG00000005275) XB5907626 [provisional:fabp1] (ENSXETG00000005274) srsf10 (ENSXETG00000036317) pnrc2 (ENSXETG00000046314) cnr2 (ENSXETG00000005272) akirin1 (ENSXETG00000005271) rhbdl2 (ENSXETG00000005270) gja9 (ENSXETG00000037857) ##22 mycbp (ENSXETG00000005266) pou3f1 (ENSXETG00000047666) ENSXETG00000046992 utp11 (ENSXETG00000023077) maneal (ENSXETG00000011508) ppp1r8 (ENSXETG00000011507) themis2 (ENSXETG00000001835) ENSXETG00000048899 rpa2 (ENSXETG00000001834) smpdl3b (ENSXETG00000012883) xkr8 (ENSXETG00000030874) eya3 (ENSXETG00000012888) ptafr (ENSXETG00000012892) dnajc8 (ENSXETG00000012902) pum1 (ENSXETG00000012904) Coelacanth MODERN SPECIES 253 SRRM1 (ENSLACG00000014793) CLIC4 (ENSLACG00000014571) RUNX3 (ENSLACG00000013776) SYF2 (ENSLACG00000012064) ldlrap1a (ENSLACG00000011820) GALE (ENSLACG00000011700) LYPLA2 (ENSLACG00000011352) PITHD1 (ENSLACG00000011199) ENSLACG00000010829 ENSLACG00000010634 RPL11 (ENSLACG00000010502) HMGCL (ENSLACG00000010365) FUCA1 (ENSLACG00000010105) AKIRIN1 (ENSLACG00000009809) RHBDL2 (ENSLACG00000009493) GJA9 (ENSLACG00000009298) ##22 MYCBP (ENSLACG00000009085) RRAGC (ENSLACG00000008775) Elephant shark MODERN SPECIES 839 gja9b (ENSCMIG00000003363) ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.B ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 544 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT01030000234911 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01020000230683 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b ENSGT01020000230683 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ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 Amniota ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000165648 ENSGT00940000159209 ENSGT00940000155689 ENSGT00940000159332 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000166312.b.a ENSGT00940000164318 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234911 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01020000230683 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00980000199132 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT01100000263536.A.b ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000156221 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000155018 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 Sauria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159209 ENSGT00940000155689 ENSGT00940000159332 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000161290 ENSGT00960000189425 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000166312.b.a 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(ENSPMRG00000011438) ENSPMRG00000011431 ENSPMRG00000011429 ENSPMRG00000011426 GJB4 (ENSPMRG00000011424) GJB3 (ENSPMRG00000011422) GJA4 (ENSPMRG00000011419) ##22 SMIM12 (ENSPMRG00000011417) DLGAP3 (ENSPMRG00000011410) ENSPMRG00000011406 ENSPMRG00000011405 ZMYM4 (ENSPMRG00000011364) MAP7D1 (ENSPMRG00000011347) ENSPMRG00000011336 TRAPPC3 (ENSPMRG00000011329) ENSPMRG00000011325 COL8A2 (ENSPMRG00000011302) ADPRS (ENSPMRG00000011296) TEKT2 (ENSPMRG00000011285) AGO3 (ENSPMRG00000011185) AGO1 (ENSPMRG00000010343) AGO4 (ENSPMRG00000009986) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 82 ENSSMRG00000011964 ADGRB2 (ENSSMRG00000011919) COL16A1 (ENSSMRG00000011911) PEF1 (ENSSMRG00000011909) TINAGL1 (ENSSMRG00000011908) KCNQ4 (ENSSMRG00000011833) NFYC (ENSSMRG00000011832) RIMS3 (ENSSMRG00000011831) SMAP2 (ENSSMRG00000011830) ENSSMRG00000011828 ENSSMRG00000011726 C1orf94 (ENSSMRG00000011719) GJB5 (ENSSMRG00000011709) ENSSMRG00000011708 GJB3 (ENSSMRG00000011703) GJA4 (ENSSMRG00000011702) ##22 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Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000160103.b ENSGT00940000161782 ENSGT00940000155722 ENSGT00940000160023 ENSGT00940000159209 ENSGT00940000155689 ENSGT00940000159332 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000161290 ENSGT00960000189425 ENSGT00940000159768 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234911 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT01100000263536.A.b ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000156221 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000165614 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000160103.b ENSGT00940000161782 ENSGT00940000155722 ENSGT00940000160023 ENSGT00940000159209 ENSGT00940000155689 ENSGT00940000159332 ENSGT00940000158387 ENSGT00390000017672 ENSGT00940000161290 ENSGT00960000189425 ENSGT00940000159768 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ENSGT00390000001867 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000004700.a ENSGT00940000158451 ENSGT00940000154576 ENSGT00950000182995.e.a.a.b ENSGT00940000158433 ENSGT00940000156275 ENSGT00950000182858.C ENSGT00940000160840 ENSGT00940000161580 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000004700.a ENSGT00940000158451 ENSGT00940000154576.i.a ENSGT00950000182995.e.a.a.b ENSGT00940000158433 ENSGT00940000156275 ENSGT00950000182858.C ENSGT00940000160840 ENSGT00940000161580 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ENSMFAG00000035543 ENSMFAG00000055085 AGO1 (ENSMFAG00000002846) ENSMFAG00000004521 TEKT2 (ENSMFAG00000003542) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000004700.a ENSGT00940000158451 ENSGT00940000154576.i.a ENSGT00950000182995.e.a.a.b ENSGT00940000158433 ENSGT00940000156275 ENSGT00950000182858.C ENSGT00940000160840 ENSGT00940000161580 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221.d ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ENSGT00940000156221.c.b ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 Olive baboon MODERN SPECIES RNF19B (ENSPANG00000025214) ENSPANG00000031237 AK2 (ENSPANG00000023826) AZIN2 (ENSPANG00000013367) TRIM62 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ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154576 ENSGT00950000182995.e.a.a.b ENSGT00940000158433 ENSGT00940000156275 ENSGT00950000182858.C ENSGT00940000160840 ENSGT00940000161580 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01020000230683 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT00980000199132 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT01100000263536.A.b ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 Suina ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158451 ENSGT00940000154576.o ENSGT00950000182995.e.a.a.b ENSGT00940000158433 ENSGT00940000156275 ENSGT00950000182858.C ENSGT00940000160840 ENSGT00940000161580 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ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT00980000199132 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT01100000263536.A.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 Donkey MODERN SPECIES 25 AK2 (ENSEASG00005011774) AZIN2 (ENSEASG00005011775) TRIM62 (ENSEASG00005011776) ZNF362 (ENSEASG00005011777) PHC2 (ENSEASG00005011780) ENSEASG00005011865 ZSCAN20 (ENSEASG00005011869) ENSEASG00005029574 CSMD2 (ENSEASG00005011905) HMGB4 (ENSEASG00005011986) C1orf94 (ENSEASG00005011987) ENSEASG00005006615 GJB5 (ENSEASG00005011990) ENSEASG00005027012 GJB3 (ENSEASG00005038362) GJA4 (ENSEASG00005035337) ##22 ENSEASG00005031601 DLGAP3 (ENSEASG00005011999) ENSEASG00005038698 ZMYM6 (ENSEASG00005012005) 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Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 137 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00940000157491 ENSGT00440000035378.c ENSGT00940000158484 ENSGT00940000158000 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00940000154383 ENSGT00940000160103 ENSGT00940000161782 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00940000155689 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000158110 ENSGT00390000004700.a ENSGT01030000234911 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01020000230683 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.c ENSGT00940000154928.c.b ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00940000157491 ENSGT00440000035378.c ENSGT00940000158484 ENSGT00940000158000 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00940000154383 ENSGT00940000160103 ENSGT00940000161782 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00940000155689 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000015214 ENSGT00940000178388 ENSGT00390000015159.a.a ENSGT00940000165764 ENSGT00390000017767.b.b.a ENSGT00940000158110 ENSGT00390000004700.a.h ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a.f ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000154928.c.b ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00960000186902 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000160103 ENSGT00940000158302.d.a ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00940000178388 ENSGT00390000015159.a.a ENSGT00940000165764 ENSGT00390000017767.b.b.a ENSGT00940000158110 ENSGT00390000004700.a.h ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a.f ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000154928.c.b ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00960000186902 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000160103 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 359 ENSGT00940000154879 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000160103 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 359 ENSGT00940000154879 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000160103 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000165091.d.d Atlantic herring MODERN SPECIES 10 eva1bb (ENSCHAG00000001235) LSM10 (ENSCHAG00000001270) oscp1a (ENSCHAG00000001289) ENSCHAG00000001342 smim13 (ENSCHAG00000001366) nedd9 (ENSCHAG00000001391) TMEM170B (ENSCHAG00000001423) HIVEP1 (ENSCHAG00000001481) edn1 (ENSCHAG00000001595) ENSCHAG00000001663 ENSCHAG00000001909 ENSCHAG00000001932 dlgap3 (ENSCHAG00000002240) ENSCHAG00000002422 ENSCHAG00000002439 gja4 (ENSCHAG00000002465) ##22 smim12 (ENSCHAG00000002472) pef1 (ENSCHAG00000002509) gjb9b (ENSCHAG00000002549) ENSCHAG00000002638 ENSCHAG00000002718 edn1 (ENSCHAG00000002785) ENSCHAG00000002824 ENSCHAG00000003146 ENSCHAG00000006212 angpt2b (ENSCHAG00000006260) trappc3 (ENSCHAG00000006329) ENSCHAG00000006382 banf1 (ENSCHAG00000006394) col8a2 (ENSCHAG00000006448) ptp4a2b (ENSCHAG00000006473) Denticle herring MODERN SPECIES 12 ENSDCDG00000012422 grb10a (ENSDCDG00000007355) RPRD1A (ENSDCDG00000006809) grinaa (ENSDCDG00000006775) mapk15 (ENSDCDG00000006535) vps28 (ENSDCDG00000006318) pex11b (ENSDCDG00000006276) rit1 (ENSDCDG00000006232) syt11a (ENSDCDG00000006160) ENSDCDG00000005967 snapin (ENSDCDG00000005878) chtopa (ENSDCDG00000005838) ilf2 (ENSDCDG00000005767) dlgap3 (ENSDCDG00000022110) ENSDCDG00000022108 gja4 (ENSDCDG00000022107) ##22 smim12 (ENSDCDG00000022105) pef1 (ENSDCDG00000022103) gjb9b (ENSDCDG00000022100) ENSDCDG00000022098 ENSDCDG00000022097 ENSDCDG00000020909 angpt2b (ENSDCDG00000020822) trappc3 (ENSDCDG00000020819) col8a2 (ENSDCDG00000020818) lcp1 (ENSDCDG00000020162) esd (ENSDCDG00000020119) HTR2A (ENSDCDG00000020116) ENSDCDG00000020114 ENSDCDG00000020111 med4 (ENSDCDG00000020104) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00940000154879 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00940000154383.a ENSGT00390000008749.e ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 ENSGT00390000002919 ENSGT00940000155824.C.fc ENSGT00940000155272 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154018.b.a ENSGT00390000014900.a ENSGT00390000016820.c ENSGT00390000012561.a ENSGT00940000153375 ENSGT00390000018108.b ENSGT00950000182963.a.b ENSGT00940000156949 ENSGT00390000005318.b.b.b.b ENSGT00940000158613.k ENSGT00390000015214 ENSGT00390000015159.a.a ENSGT00940000165764 ENSGT00940000154879 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00940000154383.a ENSGT00390000008749.e ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 ENSGT00390000002919 ENSGT00940000155824.C.fc ENSGT00940000155272 Channel catfish MODERN SPECIES 16 sostdc1b (ENSIPUG00000021640) ANKMY2 (ENSIPUG00000021645) bzw2 (ENSIPUG00000021662) rbbp4 (ENSIPUG00000021702) ENSIPUG00000021727 kiaa1522 (ENSIPUG00000021743) yars (ENSIPUG00000021749) mfsd2a (ENSIPUG00000021776) mycl (ENSIPUG00000021814) trit1 (ENSIPUG00000021822) fam49al (ENSIPUG00000021846) ENSIPUG00000021880 Vsnl1 (ENSIPUG00000021882) ilf2 (ENSIPUG00000021905) dlgap3 (ENSIPUG00000021956) gja4 (ENSIPUG00000021973) ##22 smim12 (ENSIPUG00000021976) pef1 (ENSIPUG00000021978) gjb9b (ENSIPUG00000021994) ENSIPUG00000021996 ENSIPUG00000022006 angpt2b (ENSIPUG00000022071) trappc3 (ENSIPUG00000022089) col8a2 (ENSIPUG00000022113) ENSIPUG00000022116 ptp4a2b (ENSIPUG00000022124) anln (ENSIPUG00000022151) ak2 (ENSIPUG00000022202) rnf19b (ENSIPUG00000022224) ndufs5 (ENSIPUG00000022243) MACF1 (ENSIPUG00000022260) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154546.b ENSGT00940000154018.b.a ENSGT00390000014900.a ENSGT00390000012561.a ENSGT00940000153375 ENSGT00390000018108.b ENSGT00950000182963.a.b ENSGT00940000156949 ENSGT00390000005318.b.b.b.b ENSGT00940000158613.k ENSGT00390000015214 ENSGT00390000015159.a.a ENSGT00940000165764 ENSGT00940000154879 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00940000154383.a ENSGT00390000008749.e ENSGT00940000154576 ENSGT00940000158451 ENSGT00390000002919 ENSGT00940000155824.C.fc ENSGT00940000155272 Electric eel MODERN SPECIES 97 arl4ab (ENSEEEG00000015340) meox2b (ENSEEEG00000015341) sostdc1b (ENSEEEG00000015344) bzw2 (ENSEEEG00000015350) ENSEEEG00000015401 ENSEEEG00000015468 ENSEEEG00000015469 yars1 (ENSEEEG00000015470) mfsd2ab (ENSEEEG00000015477) myclb (ENSEEEG00000015478) trit1 (ENSEEEG00000015481) fam49al (ENSEEEG00000015484) hpcal4 (ENSEEEG00000015488) ilf2 (ENSEEEG00000015493) dlgap3 (ENSEEEG00000015626) gja4 (ENSEEEG00000015630) ##22 smim12 (ENSEEEG00000015632) pef1 (ENSEEEG00000015634) gjb9b (ENSEEEG00000015635) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154546.b ENSGT00940000154018.b.a ENSGT00390000014900.a ENSGT00390000012561.a ENSGT00940000153375 ENSGT00390000018108.b ENSGT00950000182963.a.b ENSGT00940000156949 ENSGT00390000005318.b.b.b.b ENSGT00940000158613.k ENSGT00390000015214 ENSGT00390000015159.a.a ENSGT00940000165764 ENSGT00940000154879 ENSGT00940000159513 ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000154317.a.a 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ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b Sailfin molly MODERN SPECIES 2224 gja4 (ENSPLAG00000004218) ##22 smim12 (ENSPLAG00000004207) pef1 (ENSPLAG00000004176) gjb9b (ENSPLAG00000003952) Amazon molly MODERN SPECIES 358 slc6a19a.1 (ENSPFOG00000024668) ENSPFOG00000015182 ENSPFOG00000022310 ENSPFOG00000022153 gstr (ENSPFOG00000015361) gstr (ENSPFOG00000015366) gstr (ENSPFOG00000015412) gstr (ENSPFOG00000015417) ENSPFOG00000015438 ENSPFOG00000015485 ENSPFOG00000024478 heyl (ENSPFOG00000015536) zbtb8b (ENSPFOG00000015515) FUCA1 (ENSPFOG00000015579) dlgap3 (ENSPFOG00000015632) gja4 (ENSPFOG00000020594) ##22 smim12 (ENSPFOG00000020595) pef1 (ENSPFOG00000015674) gjb9b (ENSPFOG00000015685) ENSPFOG00000022663 gjb9b (ENSPFOG00000015689) ENSPFOG00000015777 angpt2b (ENSPFOG00000016477) col9a2 (ENSPFOG00000016563) ENSPFOG00000016712 Guppy MODERN SPECIES 441 trnau1apa (ENSPREG00000019821) oard1 (ENSPREG00000019879) ENSPREG00000019971 ENSPREG00000019980 ENSPREG00000020008 STX12 (ENSPREG00000020074) 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1105 CX39.4 (ENSNFUG00015009356) ##22 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 2 ENSKMAG00000017750 gstr (ENSKMAG00000017761) gstr (ENSKMAG00000017789) gstr (ENSKMAG00000017819) ENSKMAG00000017875 heyl (ENSKMAG00000017889) zbtb8b (ENSKMAG00000017904) FUCA1 (ENSKMAG00000017917) dlgap3 (ENSKMAG00000017947) gja4 (ENSKMAG00000017974) ##22 smim12 (ENSKMAG00000018017) pef1 (ENSKMAG00000018032) gjb9b (ENSKMAG00000018047) ENSKMAG00000018061 ENSKMAG00000018094 angpt2b (ENSKMAG00000018251) col9a2 (ENSKMAG00000018326) ADGRB2 (ENSKMAG00000018384) ptp4a2b (ENSKMAG00000018464) col8a2 (ENSKMAG00000018490) ENSKMAG00000018503 trappc3 (ENSKMAG00000018518) ENSKMAG00000018554 rims3 (ENSKMAG00000018578) nup42 (ENSKMAG00000018611) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000154748.B ENSGT00390000018531 ENSGT00940000158906.j ENSGT00940000154896.k.b ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.h ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 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ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.h ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000169449 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT01030000234973 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00530000063480.b ENSGT00530000063609.b.x ENSGT00390000004280 Tetraodon MODERN SPECIES 15 yars1 (ENSTNIG00000009237) ENSTNIG00000009236 tert (ENSTNIG00000001503) slc6a18 (ENSTNIG00000009235) slc6a19a.1 (ENSTNIG00000009234) ENSTNIG00000009233 ENSTNIG00000009232 gstr (ENSTNIG00000009231) gstr (ENSTNIG00000009230) ENSTNIG00000009229 heyl (ENSTNIG00000009228) ENSTNIG00000003816 fuca1.2 (ENSTNIG00000009227) ENSTNIG00000009225 dlgap3 (ENSTNIG00000009224) gja4 (ENSTNIG00000009223) ##22 pef1 (ENSTNIG00000009222) gjb9b (ENSTNIG00000009221) ENSTNIG00000009220 angpt2b (ENSTNIG00000009219) col9a2 (ENSTNIG00000009218) ENSTNIG00000009217 ENSTNIG00000000175 ENSTNIG00000009216 ENSTNIG00000001705 ptp4a2b (ENSTNIG00000001611) col8a2 (ENSTNIG00000009215) trappc3 (ENSTNIG00000009214) dazl (ENSTNIG00000001115) ENSTNIG00000009213 oxnad1 (ENSTNIG00000009212) Fugu MODERN SPECIES 3 tert (ENSTRUG00000014198) slc6a18 (ENSTRUG00000014298) SLC6A19 (ENSTRUG00000024039) SLC6A19 (ENSTRUG00000021324) FHOD3 (ENSTRUG00000014678) gstr (ENSTRUG00000014824) gstr (ENSTRUG00000023684) gstr (ENSTRUG00000019544) ENSTRUG00000023496 ENSTRUG00000021382 ENSTRUG00000023065 heyl (ENSTRUG00000003399) zbtb8b (ENSTRUG00000014848) FUCA1 (ENSTRUG00000025553) dlgap3 (ENSTRUG00000014901) gja4 (ENSTRUG00000019570) ##22 smim12 (ENSTRUG00000015020) pef1 (ENSTRUG00000015023) gjb9b (ENSTRUG00000015038) ENSTRUG00000015057 angpt2b (ENSTRUG00000015237) col9a2 (ENSTRUG00000015261) ENSTRUG00000019764 ADGRB2 (ENSTRUG00000028305) ptp4a2b (ENSTRUG00000015716) col8a2 (ENSTRUG00000024438) trappc3 (ENSTRUG00000015734) dazl (ENSTRUG00000015745) oxnad1 (ENSTRUG00000015784) ENSTRUG00000020614 ENSTRUG00000015805 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154748.B ENSGT00390000018531 ENSGT00940000158906.j ENSGT00940000154896.k.b ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.h ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000155356.d.b.a.a.a ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT01030000234973 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 Ballan wrasse MODERN SPECIES 276 ENSLBEG00000001695 ENSLBEG00000001713 ENSLBEG00000001756 ENSLBEG00000001881 ENSLBEG00000001927 ENSLBEG00000002055 mcm9 (ENSLBEG00000002081) ENSLBEG00000002109 gopc (ENSLBEG00000002170) ENSLBEG00000002222 ENSLBEG00000002278 ENSLBEG00000002357 ENSLBEG00000002563 ENSLBEG00000002573 gja1b (ENSLBEG00000002598) ##22 gja4 (ENSLBEG00000002604) ##22 smim12 (ENSLBEG00000002612) pef1 (ENSLBEG00000002649) gjb9b (ENSLBEG00000002710) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154748.B ENSGT00390000018531 ENSGT00940000158906.j ENSGT00940000154896.k.b ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.h ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000155356.d.b.a.a.a ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156949 ENSGT00940000171296 ENSGT00390000018531 ENSGT00940000158906.j ENSGT00940000154896.k.b.x ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569.j ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00390000000118 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000155361 ENSGT00940000166269 ENSGT00940000155194.v.a.d ENSGT00940000158906.j.e ENSGT00940000154896.k.b.x ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569.j ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00390000000118 ENSGT00940000155880.f Lumpfish MODERN SPECIES 2 ENSCLMG00005002530 slc6a19a.1 (ENSCLMG00005002525) ENSCLMG00005002250 ENSCLMG00005002244 ENSCLMG00005002242 ENSCLMG00005002239 ENSCLMG00005002237 gstr (ENSCLMG00005002227) gstr (ENSCLMG00005002224) ENSCLMG00005002219 heyl (ENSCLMG00005002216) zbtb8b (ENSCLMG00005002215) fuca1.2 (ENSCLMG00005002214) 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##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000155356.d.b.a.a.a ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00390000000118 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154748.B ENSGT00390000018531 ENSGT00940000158906.j ENSGT00940000154896.k.b ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.h ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000155356.d.b.a.a.a ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00390000000118 European seabass MODERN SPECIES 22 ENSDLAG00005014075 ENSDLAG00005014058 tert (ENSDLAG00005014253) slc6a18 (ENSDLAG00005014489) ENSDLAG00005014903 slc6a19a.1 (ENSDLAG00005015306) slc6a19a.1 (ENSDLAG00005009878) ENSDLAG00005015321 gstr (ENSDLAG00005030493) ENSDLAG00005015645 heyl (ENSDLAG00005015663) ENSDLAG00005015667 fuca1.2 (ENSDLAG00005028622) ENSDLAG00005015690 dlgap3 (ENSDLAG00005015722) gja4 (ENSDLAG00005033262) ##22 smim12 (ENSDLAG00005034558) pef1 (ENSDLAG00005015743) gjb9b (ENSDLAG00005015791) ENSDLAG00005015894 ENSDLAG00005018620 angpt2b (ENSDLAG00005018644) col9a2 (ENSDLAG00005026861) ENSDLAG00005029100 ENSDLAG00005018728 ptp4a2b (ENSDLAG00005019420) ENSDLAG00005019445 trappc3 (ENSDLAG00005019448) ENSDLAG00005019451 ENSDLAG00005033407 ENSDLAG00005019459 Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 RBBP4 (ENSLCRG00005012612) tert (ENSLCRG00005012654) slc6a18 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ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.h ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000169449 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000155356.d.b.a.a.a ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000158302.e ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00960000186902 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 Seriola ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000171296 ENSGT00390000018108.b ENSGT00390000018531 ENSGT00940000154896.k.b.r.b ENSGT00940000154896.k.b.r.a ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.e ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00390000000118 ENSGT00940000155880.f Greater amberjack MODERN SPECIES 48 ENSSDUG00000001822 RBBP4 (ENSSDUG00000001862) tert (ENSSDUG00000001907) ENSSDUG00000001991 ENSSDUG00000002356 slc6a19a.1 (ENSSDUG00000002405) ENSSDUG00000002566 gstr (ENSSDUG00000002663) gstr (ENSSDUG00000003207) ENSSDUG00000003220 heyl (ENSSDUG00000003237) zbtb8b (ENSSDUG00000003263) fuca1.2 (ENSSDUG00000003274) FUCA1 (ENSSDUG00000003307) dlgap3 (ENSSDUG00000003361) gja4 (ENSSDUG00000003475) ##22 smim12 (ENSSDUG00000003486) pef1 (ENSSDUG00000003496) gjb9b (ENSSDUG00000003518) ENSSDUG00000003547 angpt2b (ENSSDUG00000003697) col9a2 (ENSSDUG00000003739) ADGRB2 (ENSSDUG00000003886) ptp4a2b 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rims3 (ENSSLDG00000006487) nup42 (ENSSLDG00000006438) ENSSLDG00000006408 Barramundi perch MODERN SPECIES 264 ENSLCAG00010009017 ENSLCAG00010009020 heyl (ENSLCAG00010009022) zbtb8b (ENSLCAG00010009029) fuca1.2 (ENSLCAG00010009031) FUCA1 (ENSLCAG00010009034) dlgap3 (ENSLCAG00010009036) gja4 (ENSLCAG00010009040) ##22 smim12 (ENSLCAG00010009042) pef1 (ENSLCAG00010009043) gjb9b (ENSLCAG00010009047) ENSLCAG00010009164 ENSLCAG00010009804 angpt2b (ENSLCAG00010009811) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000182963.a.b ENSGT00390000018108.b ENSGT00940000154748.B ENSGT00390000018531 ENSGT00940000158906.j ENSGT00940000154896.k.b ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.a.b ENSGT00510000049601.g.b ENSGT00510000049601.g.a ENSGT00940000158569 ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.h ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.d.a ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158302.d.b ENSGT00940000160103 ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00390000000118 ENSGT00940000155880.f Turbot MODERN SPECIES 14 meox2b (ENSSMAG00000017175) ENSSMAG00000017141 ENSSMAG00000017089 LRRC3B (ENSSMAG00000017080) ENSSMAG00000017066 NGLY1 (ENSSMAG00000017054) ENSSMAG00000017021 ENSSMAG00000017014 ENSSMAG00000016995 ENSSMAG00000016992 ENSSMAG00000016986 ENSSMAG00000016967 ENSSMAG00000016917 ENSSMAG00000016901 smim12 (ENSSMAG00000016894) gja4 (ENSSMAG00000016899) ##22 pef1 (ENSSMAG00000016877) gjb9b (ENSSMAG00000016862) ENSSMAG00000016528 angpt2b (ENSSMAG00000016430) ENSSMAG00000016298 ENSSMAG00000015825 ENSSMAG00000017840 ENSSMAG00000017831 ENSSMAG00000029130 ENSSMAG00000029353 ENSSMAG00000036183 ENSSMAG00000017858 ENSSMAG00000035107 ptp4a2b (ENSSMAG00000017865) ENSSMAG00000017888 Tongue sole MODERN SPECIES 9 ENSCSEG00000013448 cpsf1 (ENSCSEG00000013464) adck5 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ENSGT00950000183176.b.f.m.a.b ENSGT00390000017350 ENSGT00950000182986.a.b.b.k ENSGT00940000159198.g.k.b Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT00940000159332.g ENSGT00940000158387.i ENSGT00940000157248.c.b ENSGT00940000157858.j ENSGT00940000160267 ENSGT00390000000118.d ENSGT00390000018531 ENSGT00940000158906.j.r ENSGT00940000154896.l.z ENSGT00510000049601.i ENSGT00940000166437.e ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00940000159513.j ENSGT01090000260070.B.j.a ##22 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000155722 ENSGT00940000161110.a.b.g.a ENSGT00940000164972.h.a ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.a.c.b.b ENSGT00390000008115.m ENSGT00390000014242.k ENSGT00390000007813.g ENSGT00390000003680.b.g.b ENSGT00390000012840 ENSGT00950000183176.b.f.n ENSGT00950000182986.a.b.b.k ENSGT00940000159198.g.k.b ENSGT00390000009543.o ENSGT00940000157647.c Coho salmon MODERN SPECIES 5 smap2 (ENSOKIG00005004924) ENSOKIG00005004935 FKBP14 (ENSOKIG00005004945) ENSOKIG00005004955 nup42 (ENSOKIG00005004962) 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(ENSOMYG00000034408) heyl (ENSOMYG00000059343) ENSOMYG00000075100 fuca1.2 (ENSOMYG00000034376) dlgap3 (ENSOMYG00000069851) ENSOMYG00000048414 gja4 (ENSOMYG00000034211) ##22 smim12 (ENSOMYG00000070571) pef1 (ENSOMYG00000034195) ENSOMYG00000034205 ENSOMYG00000074507 ENSOMYG00000062726 ENSOMYG00000070065 ENSOMYG00000052787 ENSOMYG00000073642 ENSOMYG00000075909 ENSOMYG00000049663 angpt2b (ENSOMYG00000068292) ENSOMYG00000061117 ENSOMYG00000055727 ENSOMYG00000007296 tdp2b (ENSOMYG00000008522) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000015214.db.b ENSGT00940000158613.k.e ENSGT00390000005318.b.b.b.b.f ENSGT00940000156949 ENSGT00940000171296.b ENSGT00950000182963.a.b.f.b ENSGT00390000018108.b.c ENSGT00940000159332.h ENSGT00940000158387.j ENSGT00390000000118.c ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.b ENSGT00940000166437.f ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.i ENSGT01090000260070.B.j.b ##22 ENSGT00940000153269.b.b.n ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.b.d ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A.h.b.b.b ENSGT00390000012138.a.b.c.a.b ENSGT00940000154181.b.b ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.e ENSGT00390000009543.p ENSGT00940000159198.g.k.a ENSGT00950000182986.a.b.b.l.a.b Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.B.j.b ##22 Coho salmon MODERN SPECIES 8 mfsd2ab (ENSOKIG00005025002) si:ch211-194e15.5 (ENSOKIG00005024948) ENSOKIG00005024935 rims3 (ENSOKIG00005024919) ENSOKIG00005024914 nup42 (ENSOKIG00005024881) ENSOKIG00005023728 ENSOKIG00005023677 ENSOKIG00005023672 ENSOKIG00005023666 ENSOKIG00005023635 heyl (ENSOKIG00005023605) FUCA1 (ENSOKIG00005023563) ENSOKIG00005023555 ENSOKIG00005023549 gja4 (ENSOKIG00005023533) ##22 gjb9b (ENSOKIG00005023512) ENSOKIG00005023495 ENSOKIG00005023487 ENSOKIG00005023475 ENSOKIG00005021440 ENSOKIG00005021206 angpt2b (ENSOKIG00005021146) zgc:111986 (ENSOKIG00005021122) acot13 (ENSOKIG00005021112) 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(ENSELUG00000016160) ##22 smim12 (ENSELUG00000030328) pef1 (ENSELUG00000016175) gjb9b (ENSELUG00000016186) ENSELUG00000016224 ENSELUG00000016320 ENSELUG00000028634 ENSELUG00000027871 angpt2b (ENSELUG00000016379) ENSELUG00000016397 ENSELUG00000033458 ENSELUG00000030468 zgc:111986 (ENSELUG00000016413) acot13 (ENSELUG00000016423) tdp2b (ENSELUG00000016449) tmem64 (ENSELUG00000016459) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000015214 ENSGT00390000015159.a.a ENSGT00940000165764 ENSGT00390000017767.b.b.a ENSGT00940000158110.d ENSGT00390000004700.a.h ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a.f ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000154928.c.b ENSGT00940000158790 ENSGT00940000158569.a ENSGT00940000166437 ENSGT00940000154994.b ENSGT00440000035378.c ENSGT00940000159513.k ENSGT01090000260070.B ##22 ENSGT00940000155722 ENSGT00940000161110.a.b ENSGT00940000164972 ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00960000186902 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00940000154383.a ENSGT00940000160103 ENSGT00940000158302.d.a ENSGT00940000161290 ENSGT00940000158387 ENSGT00940000159332 ENSGT00940000155689 ENSGT00940000159209 ENSGT00940000160023 Asian bonytongue MODERN SPECIES 15 trit1 (ENSSFOG00015007284) fam49al (ENSSFOG00015007331) hpcal4 (ENSSFOG00015027530) nt5c1aa (ENSSFOG00015007412) hpca (ENSSFOG00015029017) tmem54b (ENSSFOG00015026244) GJB3 (ENSSFOG00015023522) zgc:91944 (ENSSFOG00015007503) ppie (ENSSFOG00015007542) ENSSFOG00015007582 ENSSFOG00015007659 heyl (ENSSFOG00015007862) zbtb8b (ENSSFOG00015031527) fuca1.2 (ENSSFOG00015007917) dlgap3 (ENSSFOG00015007946) gja4 (ENSSFOG00015008075) ##22 GJB5 (ENSSFOG00015023521) ENSSFOG00015008138 angpt2b (ENSSFOG00015008279) trappc3 (ENSSFOG00015008327) ENSSFOG00015025579 col8a2 (ENSSFOG00015008345) ptp4a2b (ENSSFOG00015025849) ADGRB2 (ENSSFOG00015008397) ENSSFOG00015008435 ENSSFOG00015029580 ENSSFOG00015025746 smap2 (ENSSFOG00015008537) rims3 (ENSSFOG00015008570) nfyc (ENSSFOG00015008658) KCNQ4 (ENSSFOG00015008758) Spotted gar MODERN SPECIES 672 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ENSGT01090000260070.A ##22 Elephant shark DUPLICATION Elephant shark MODERN SPECIES 1556 ENSCMIG00000006292 nus1 (ENSCMIG00000006296) SLC35F1 (ENSCMIG00000006299) CEP85L (ENSCMIG00000006302) PLN (ENSCMIG00000006303) mcm9 (ENSCMIG00000006304) ENSCMIG00000006305 ENSCMIG00000006308 fam184aa (ENSCMIG00000006316) MAN1A1 (ENSCMIG00000006346) ENSCMIG00000006388 ENSCMIG00000006391 tbc1d32 (ENSCMIG00000006395) hsdl1 (ENSCMIG00000006399) gja13.2 (ENSCMIG00000006401) GJA1 (ENSCMIG00000006402) ##22 ENSCMIG00000006404 ##22 Elephant shark MODERN SPECIES 1556 nus1 (ENSCMIG00000006296) SLC35F1 (ENSCMIG00000006299) CEP85L (ENSCMIG00000006302) PLN (ENSCMIG00000006303) mcm9 (ENSCMIG00000006304) ENSCMIG00000006305 ENSCMIG00000006308 fam184aa (ENSCMIG00000006316) MAN1A1 (ENSCMIG00000006346) ENSCMIG00000006388 ENSCMIG00000006391 tbc1d32 (ENSCMIG00000006395) hsdl1 (ENSCMIG00000006399) gja13.2 (ENSCMIG00000006401) GJA1 (ENSCMIG00000006402) ##22 ENSCMIG00000006404 ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000089228 ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00940000174281 ENSGT00950000185010 ENSGT01050000244864.A.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00660000097134 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000089228 ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00940000174281 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ENSGT00660000097134 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Amniota ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00660000097134 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 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ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906.k ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00940000163102 ENSGT00960000186966 ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000158245 ENSGT00940000154451.g.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906.k ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00940000163102 ENSGT00960000186966 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ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000169249 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b 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ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Arabian camel MODERN SPECIES 34 ENSCDRG00005002682 ROS1 (ENSCDRG00005002608) DCBLD1 (ENSCDRG00005002557) GOPC (ENSCDRG00005002474) ENSCDRG00005002449 ENSCDRG00005002434 NUS1 (ENSCDRG00005002419) SLC35F1 (ENSCDRG00005002366) PLN (ENSCDRG00005002352) CEP85L (ENSCDRG00005002324) ASF1A (ENSCDRG00005002302) MCM9 (ENSCDRG00005002280) FAM184A (ENSCDRG00005002168) MAN1A1 (ENSCDRG00005002122) TBC1D32 (ENSCDRG00005002001) GJA1 (ENSCDRG00005001981) ##22 HSF2 (ENSCDRG00005001943) SERINC1 (ENSCDRG00005001918) PKIB (ENSCDRG00005001894) FABP7 (ENSCDRG00005001881) SMPDL3A (ENSCDRG00005001863) CLVS2 (ENSCDRG00005001848) TRDN (ENSCDRG00005001816) NKAIN2 (ENSCDRG00005001761) RNF217 (ENSCDRG00005001737) TPD52L1 (ENSCDRG00005001593) HDDC2 (ENSCDRG00005001551) ENSCDRG00005001542 HEY2 (ENSCDRG00005001524) NCOA7 (ENSCDRG00005001450) HINT3 (ENSCDRG00005001416) Alpaca MODERN SPECIES 985 TBC1D32 (ENSVPAG00000009381) GJA1 (ENSVPAG00000009386) ##22 HSF2 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ENSGT00390000003223 ENSGT00940000155203.c.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT01010000228859 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223.fb.a ENSGT00940000155203.c.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a 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ENSGT00390000009937.m.a ENSGT00390000009937.m.b ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Dolphin MODERN SPECIES 908 TBC1D32 (ENSTTRG00000015773) GJA1 (ENSTTRG00000015777) ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223.fb.a ENSGT00940000155203.c.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00950000182925.D.a.a.b.b ENSGT00940000158188 ENSGT01020000234430 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937.m.b ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Vaquita MODERN SPECIES 3 ENSPSNG00000012618 ENSPSNG00000012573 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ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Bovidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT01030000235179 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00970000197476 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT01030000235179 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00970000197476 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Goat MODERN SPECIES 28 ENSCHIG00000010524 GOPC (ENSCHIG00000017940) ENSCHIG00000018408 ENSCHIG00000025425 ENSCHIG00000010902 SLC35F1 (ENSCHIG00000020935) ENSCHIG00000021349 PLN (ENSCHIG00000011759) CEP85L (ENSCHIG00000025357) ASF1A (ENSCHIG00000008452) MCM9 (ENSCHIG00000018451) FAM184A (ENSCHIG00000023584) MAN1A1 (ENSCHIG00000010436) ENSCHIG00000011575 TBC1D32 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(ENSOARG00020021014) TRDN (ENSOARG00020020875) ENSOARG00020020804 NKAIN2 (ENSOARG00020020659) RNF217 (ENSOARG00020020542) TPD52L1 (ENSOARG00020019652) HDDC2 (ENSOARG00020019569) ENSOARG00020019540 ENSOARG00020019518 HEY2 (ENSOARG00020019458) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b.o ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00970000197476 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Bos ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b.o ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00970000197476 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Bos_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT01030000237615 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000003114.e.b.b.w.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b.o ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00970000197476 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Wild yak MODERN SPECIES 299 TBC1D32 (ENSBMUG00000012725) GJA1 (ENSBMUG00000012768) ##22 HSF2 (ENSBMUG00000012844) SERINC1 (ENSBMUG00000012871) ENSBMUG00000012892 FABP7 (ENSBMUG00000012922) SMPDL3A (ENSBMUG00000012955) CLVS2 (ENSBMUG00000012977) TRDN (ENSBMUG00000013055) NKAIN2 (ENSBMUG00000013080) ENSBMUG00000013091 ENSBMUG00000013114 ENSBMUG00000013127 TPD52L1 (ENSBMUG00000013254) HDDC2 (ENSBMUG00000013326) HEY2 (ENSBMUG00000013337) NCOA7 (ENSBMUG00000013449) Domestic yak MODERN SPECIES 1 GOPC (ENSBGRG00000007399) ENSBGRG00000007720 NUS1 (ENSBGRG00000007754) SLC35F1 (ENSBGRG00000007815) 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ENSBIXG00005011574 ENSBIXG00005001132 ENSBIXG00005001145 ENSBIXG00005011667 NKAIN2 (ENSBIXG00005001158) RNF217 (ENSBIXG00005011850) TPD52L1 (ENSBIXG00005000415) HDDC2 (ENSBIXG00005001234) Cow MODERN SPECIES 28 VGLL2 (ENSBTAG00000046282) ROS1 (ENSBTAG00000047600) DCBLD1 (ENSBTAG00000047338) GOPC (ENSBTAG00000016046) NEPN (ENSBTAG00000039574) NUS1 (ENSBTAG00000053374) SLC35F1 (ENSBTAG00000033657) PLN (ENSBTAG00000012931) CEP85L (ENSBTAG00000012929) ASF1A (ENSBTAG00000002058) MCM9 (ENSBTAG00000002059) FAM184A (ENSBTAG00000015467) MAN1A1 (ENSBTAG00000024381) ENSBTAG00000039169 TBC1D32 (ENSBTAG00000009575) GJA1 (ENSBTAG00000001835) ##22 ENSBTAG00000053171 HSF2 (ENSBTAG00000012946) SERINC1 (ENSBTAG00000000019) PKIB (ENSBTAG00000004394) FABP7 (ENSBTAG00000033803) SMPDL3A (ENSBTAG00000021587) CLVS2 (ENSBTAG00000021099) ENSBTAG00000038849 ENSBTAG00000003656 ENSBTAG00000033195 ENSBTAG00000051569 NKAIN2 (ENSBTAG00000052924) RNF217 (ENSBTAG00000033961) TPD52L1 (ENSBTAG00000003336) HDDC2 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ENSCWAG00000004587 HEY2 (ENSCWAG00000004539) NCOA7 (ENSCWAG00000004394) Pig MODERN SPECIES DCBLD1 (ENSSSCG00000004254) GOPC (ENSSSCG00000004253) ENSSSCG00000004252 NUS1 (ENSSSCG00000020885) ENSSSCG00000055064 SLC35F1 (ENSSSCG00000004250) PLN (ENSSSCG00000062089) ENSSSCG00000044405 CEP85L (ENSSSCG00000004249) ASF1A (ENSSSCG00000004247) ENSSSCG00000004246 FAM184A (ENSSSCG00000004245) MAN1A1 (ENSSSCG00000004244) ENSSSCG00000004243 TBC1D32 (ENSSSCG00000004242) GJA1 (ENSSSCG00000004241) ##22 ENSSSCG00000028308 HSF2 (ENSSSCG00000004238) SERINC1 (ENSSSCG00000004237) PKIB (ENSSSCG00000004236) FABP7 (ENSSSCG00000004234) SMPDL3A (ENSSSCG00000004233) CLVS2 (ENSSSCG00000004232) TRDN (ENSSSCG00000027613) ENSSSCG00000060549 ENSSSCG00000059697 NKAIN2 (ENSSSCG00000036607) RNF217 (ENSSSCG00000021149) TPD52L1 (ENSSSCG00000004225) HDDC2 (ENSSSCG00000004224) ENSSSCG00000058657 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Carnivora ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 ENSGT00910000147133 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 Felidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Cat DUPLICATION Cat MODERN SPECIES 236 RFX6 (ENSFCAG00000018903) VGLL2 (ENSFCAG00000043286) ROS1 (ENSFCAG00000006448) DCBLD1 (ENSFCAG00000013925) GOPC (ENSFCAG00000025564) NEPN (ENSFCAG00000025529) NUS1 (ENSFCAG00000028875) SLC35F1 (ENSFCAG00000031290) CEP85L (ENSFCAG00000024766) PLN (ENSFCAG00000005573) MCM9 (ENSFCAG00000028710) ASF1A (ENSFCAG00000035514) FAM184A (ENSFCAG00000018859) MAN1A1 (ENSFCAG00000025282) TBC1D32 (ENSFCAG00000029706) GJA1 (ENSFCAG00000014657) ##22 ENSFCAG00000034604 HSF2 (ENSFCAG00000025714) SERINC1 (ENSFCAG00000028792) PKIB (ENSFCAG00000011594) ENSFCAG00000052368 FABP7 (ENSFCAG00000006544) SMPDL3A (ENSFCAG00000011596) CLVS2 (ENSFCAG00000010835) TRDN (ENSFCAG00000031496) NKAIN2 (ENSFCAG00000000886) ENSFCAG00000003938 RNF217 (ENSFCAG00000003319) HDDC2 (ENSFCAG00000031276) HEY2 (ENSFCAG00000026914) NCOA7 (ENSFCAG00000011097) Cat MODERN SPECIES 252 ENSFCAG00000033472 ENSFCAG00000013713 CTPS2 (ENSFCAG00000006519) S100G (ENSFCAG00000042272) SYAP1 (ENSFCAG00000031081) TXLNG (ENSFCAG00000006523) RBBP7 (ENSFCAG00000028919) REPS2 (ENSFCAG00000006527) ENSFCAG00000052354 NHS (ENSFCAG00000000186) ENSFCAG00000043428 ENSFCAG00000047052 ENSFCAG00000053338 SCML2 (ENSFCAG00000006438) CDKL5 (ENSFCAG00000001075) ENSFCAG00000026145 ##22 RS1 (ENSFCAG00000037717) PPEF1 (ENSFCAG00000001528) PHKA2 (ENSFCAG00000001529) ADGRG2 (ENSFCAG00000018328) ENSFCAG00000006395 PDHA1 (ENSFCAG00000012903) MAP3K15 (ENSFCAG00000012906) SH3KBP1 (ENSFCAG00000003908) BCLAF3 (ENSFCAG00000003909) MAP7D2 (ENSFCAG00000010791) EIF1AX (ENSFCAG00000035249) RPS6KA3 (ENSFCAG00000010795) ENSFCAG00000053775 ENSFCAG00000049761 CNKSR2 (ENSFCAG00000026807) Panthera ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000154837.f.d ENSGT00940000166998 ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00530000064238 ENSGT00390000007662 ENSGT00940000155463 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000158080 ENSGT00510000046986.v.b.b.b ENSGT00540000073670 ENSGT01000000221142 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000159407 ENSGT00940000157355 ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000159830 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000156341 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000159562 ENSGT00940000155886 ENSGT00950000183163.b ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00390000008256 ENSGT00940000159370 ENSGT01030000235848 Tiger MODERN SPECIES 120 RFX6 (ENSPTIG00000012468) ENSPTIG00000012308 ROS1 (ENSPTIG00000011449) DCBLD1 (ENSPTIG00000011183) GOPC (ENSPTIG00000010692) ENSPTIG00000010605 ENSPTIG00000010304 SLC35F1 (ENSPTIG00000009914) PLN (ENSPTIG00000006283) CEP85L (ENSPTIG00000008858) ASF1A (ENSPTIG00000008424) MCM9 (ENSPTIG00000007411) FAM184A (ENSPTIG00000005855) MAN1A1 (ENSPTIG00000005236) TBC1D32 (ENSPTIG00000000454) GJA1 (ENSPTIG00000006224) ##22 ENSPTIG00000006209 HSF2 (ENSPTIG00000019419) SERINC1 (ENSPTIG00000019112) PKIB (ENSPTIG00000018969) FABP7 (ENSPTIG00000018816) SMPDL3A (ENSPTIG00000018668) CLVS2 (ENSPTIG00000018520) ENSPTIG00000018240 NKAIN2 (ENSPTIG00000018032) ENSPTIG00000017780 TPD52L1 (ENSPTIG00000017092) HDDC2 (ENSPTIG00000016152) HEY2 (ENSPTIG00000015947) NCOA7 (ENSPTIG00000015490) HINT3 (ENSPTIG00000015288) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00390000014814.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b leopard MODERN SPECIES 73 RFX6 (ENSPPRG00000003259) VGLL2 (ENSPPRG00000003064) ROS1 (ENSPPRG00000002853) DCBLD1 (ENSPPRG00000001730) GOPC (ENSPPRG00000001061) ENSPPRG00000000587 NUS1 (ENSPPRG00000000572) SLC35F1 (ENSPPRG00000000427) CEP85L (ENSPPRG00000000205) PLN (ENSPPRG00000021508) MCM9 (ENSPPRG00000023166) ASF1A (ENSPPRG00000023408) FAM184A (ENSPPRG00000023708) MAN1A1 (ENSPPRG00000021130) TBC1D32 (ENSPPRG00000020092) GJA1 (ENSPPRG00000021192) ##22 ENSPPRG00000021164 ENSPPRG00000016309 SERINC1 (ENSPPRG00000015687) PKIB (ENSPPRG00000015551) FABP7 (ENSPPRG00000015525) SMPDL3A (ENSPPRG00000015328) CLVS2 (ENSPPRG00000015040) ENSPPRG00000014722 NKAIN2 (ENSPPRG00000013937) RNF217 (ENSPPRG00000013485) TPD52L1 (ENSPPRG00000013333) HDDC2 (ENSPPRG00000012113) HEY2 (ENSPPRG00000011537) NCOA7 (ENSPPRG00000011152) HINT3 (ENSPPRG00000010790) lion DUPLICATION lion MODERN SPECIES 5 RFX6 (ENSPLOG00000003852) VGLL2 (ENSPLOG00000010770) ROS1 (ENSPLOG00000011040) DCBLD1 (ENSPLOG00000011135) GOPC (ENSPLOG00000011210) ENSPLOG00000011382 NUS1 (ENSPLOG00000011433) SLC35F1 (ENSPLOG00000011485) CEP85L 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FAM184A (ENSUMAG00000002839) MAN1A1 (ENSUMAG00000002127) TBC1D32 (ENSUMAG00000001855) GJA1 (ENSUMAG00000001844) ##22 ENSUMAG00000001838 HSF2 (ENSUMAG00000001492) SERINC1 (ENSUMAG00000001452) ENSUMAG00000001440 FABP7 (ENSUMAG00000001403) SMPDL3A (ENSUMAG00000001396) CLVS2 (ENSUMAG00000001385) ENSUMAG00000001325 ENSUMAG00000001313 NKAIN2 (ENSUMAG00000001310) ENSUMAG00000001305 TPD52L1 (ENSUMAG00000001285) HDDC2 (ENSUMAG00000001255) NCOA7 (ENSUMAG00000001218) HINT3 (ENSUMAG00000001206) American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 1109 GJA1 (ENSUAMG00000026820) ##22 American black bear MODERN SPECIES 1189 ENSUAMG00000020844 ##22 CDKL5 (ENSUAMG00000020833) RS1 (ENSUAMG00000020832) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Ferret MODERN SPECIES 166 DCBLD1 (ENSMPUG00000014308) GOPC (ENSMPUG00000014330) ENSMPUG00000014336 NUS1 (ENSMPUG00000014339) ENSMPUG00000014352 SLC35F1 (ENSMPUG00000014357) ENSMPUG00000014371 CEP85L (ENSMPUG00000014374) ENSMPUG00000014381 MCM9 (ENSMPUG00000014384) ASF1A (ENSMPUG00000014391) FAM184A (ENSMPUG00000014395) MAN1A1 (ENSMPUG00000014435) TBC1D32 (ENSMPUG00000014437) ENSMPUG00000014444 GJA1 (ENSMPUG00000014446) ##22 HSF2 (ENSMPUG00000014453) SERINC1 (ENSMPUG00000014458) PKIB (ENSMPUG00000014463) FABP7 (ENSMPUG00000014466) SMPDL3A (ENSMPUG00000014477) CLVS2 (ENSMPUG00000014480) TRDN (ENSMPUG00000014482) ENSMPUG00000014490 ENSMPUG00000014496 NKAIN2 (ENSMPUG00000014499) ENSMPUG00000014500 TPD52L1 (ENSMPUG00000014507) HDDC2 (ENSMPUG00000014527) ENSMPUG00000014531 NCOA7 (ENSMPUG00000014535) American mink DUPLICATION American mink MODERN SPECIES 319 TBC1D32 (ENSNVIG00000019638) GJA1 (ENSNVIG00000019628) ##22 ENSNVIG00000019621 HSF2 (ENSNVIG00000019608) SERINC1 (ENSNVIG00000019594) ENSNVIG00000019593 FABP7 (ENSNVIG00000019562) SMPDL3A (ENSNVIG00000019518) CLVS2 (ENSNVIG00000019478) American mink MODERN SPECIES 42 GRPR (ENSNVIG00000020546) ENSNVIG00000020554 PYRG2 (ENSNVIG00000020576) ENSNVIG00000020648 S100G (ENSNVIG00000020652) SYAP1 (ENSNVIG00000020662) TXLNG (ENSNVIG00000020678) RBBP7 (ENSNVIG00000020723) REPS2 (ENSNVIG00000020761) NHS (ENSNVIG00000020801) ENSNVIG00000020825 ENSNVIG00000020836 ENSNVIG00000020854 SCML2 (ENSNVIG00000020875) CDKL5 (ENSNVIG00000020913) ENSNVIG00000020953 ##22 RS1 (ENSNVIG00000000088) PPEF1 (ENSNVIG00000000126) PHKA2 (ENSNVIG00000000195) ADGRG2 (ENSNVIG00000000398) ENSNVIG00000001555 ENSNVIG00000001566 MAP3K15 (ENSNVIG00000001576) SH3KBP1 (ENSNVIG00000001649) BCLAF3 (ENSNVIG00000001781) ENSNVIG00000001808 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 ENSRFEG00010018893 DCBLD1 (ENSRFEG00010018940) GOPC (ENSRFEG00010019030) ENSRFEG00010019124 NUS1 (ENSRFEG00010019153) SLC35F1 (ENSRFEG00010019218) CEP85L (ENSRFEG00010019296) PLN (ENSRFEG00010019359) ENSRFEG00010019370 MCM9 (ENSRFEG00010019411) ENSRFEG00010019496 FAM184A (ENSRFEG00010019553) MAN1A1 (ENSRFEG00010019711) ENSRFEG00010019745 TBC1D32 (ENSRFEG00010019790) GJA1 (ENSRFEG00010019842) ##22 ENSRFEG00010019855 HSF2 (ENSRFEG00010019880) SERINC1 (ENSRFEG00010000152) PKIB (ENSRFEG00010000160) ENSRFEG00010000168 SMPDL3A (ENSRFEG00010000177) 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ENSMLUG00000029201 Equus ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Donkey MODERN SPECIES 16 VGLL2 (ENSEASG00005009087) ROS1 (ENSEASG00005009099) DCBLD1 (ENSEASG00005009128) GOPC (ENSEASG00005009135) ENSEASG00005009139 NUS1 (ENSEASG00005009141) SLC35F1 (ENSEASG00005009146) CEP85L (ENSEASG00005009156) PLN (ENSEASG00005009167) MCM9 (ENSEASG00005009172) ASF1A (ENSEASG00005009179) FAM184A (ENSEASG00005009206) MAN1A1 (ENSEASG00005009271) ENSEASG00005009275 TBC1D32 (ENSEASG00005009286) GJA1 (ENSEASG00005026896) ##22 HSF2 (ENSEASG00005009307) SERINC1 (ENSEASG00005009315) ENSEASG00005009319 FABP7 (ENSEASG00005032428) SMPDL3A (ENSEASG00005009333) CLVS2 (ENSEASG00005009336) TRDN (ENSEASG00005033610) NKAIN2 (ENSEASG00005031109) RNF217 (ENSEASG00005009356) TPD52L1 (ENSEASG00005009360) HDDC2 (ENSEASG00005009371) HEY2 (ENSEASG00005024401) NCOA7 (ENSEASG00005009391) HINT3 (ENSEASG00005032993) TRMT11 (ENSEASG00005009411) Horse MODERN SPECIES 1 RFX6 (ENSECAG00000019804) ROS1 (ENSECAG00000023669) VGLL2 (ENSECAG00000022074) DCBLD1 (ENSECAG00000007808) GOPC (ENSECAG00000009566) NEPN (ENSECAG00000010804) NUS1 (ENSECAG00000010823) SLC35F1 (ENSECAG00000011313) CEP85L (ENSECAG00000012601) PLN (ENSECAG00000036379) MCM9 (ENSECAG00000014548) ASF1A (ENSECAG00000014665) FAM184A (ENSECAG00000015023) MAN1A1 (ENSECAG00000021301) TBC1D32 (ENSECAG00000005580) GJA1 (ENSECAG00000005525) ##22 HSF2 (ENSECAG00000012553) SERINC1 (ENSECAG00000017369) PKIB (ENSECAG00000022383) FABP7 (ENSECAG00000022399) SMPDL3A (ENSECAG00000023408) CLVS2 (ENSECAG00000006114) TRDN (ENSECAG00000043793) NKAIN2 (ENSECAG00000029767) RNF217 (ENSECAG00000010611) TPD52L1 (ENSECAG00000010643) HDDC2 (ENSECAG00000012184) HEY2 (ENSECAG00000038178) NCOA7 (ENSECAG00000014283) HINT3 (ENSECAG00000016598) TRMT11 (ENSECAG00000017788) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Primates ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Bushbaby MODERN SPECIES 117 VGLL2 (ENSOGAG00000031570) ROS1 (ENSOGAG00000005027) GOPC (ENSOGAG00000014241) ENSOGAG00000025632 ENSOGAG00000001894 SLC35F1 (ENSOGAG00000001897) ENSOGAG00000029442 CEP85L (ENSOGAG00000009073) PLN (ENSOGAG00000009077) MCM9 (ENSOGAG00000005084) ASF1A (ENSOGAG00000034346) FAM184A (ENSOGAG00000005088) ENSOGAG00000026157 MAN1A1 (ENSOGAG00000012653) TBC1D32 (ENSOGAG00000001616) GJA1 (ENSOGAG00000031102) ##22 HSF2 (ENSOGAG00000015721) SERINC1 (ENSOGAG00000015725) PKIB (ENSOGAG00000015729) FABP7 (ENSOGAG00000031110) SMPDL3A (ENSOGAG00000014474) CLVS2 (ENSOGAG00000014477) ENSOGAG00000026714 ENSOGAG00000001252 RNF217 (ENSOGAG00000015414) TPD52L1 (ENSOGAG00000015418) HDDC2 (ENSOGAG00000015421) ENSOGAG00000029689 HEY2 (ENSOGAG00000027812) NCOA7 (ENSOGAG00000008760) HINT3 (ENSOGAG00000033384) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Mouse lemur MODERN SPECIES 28 ENSMICG00000038117 RFX6 (ENSMICG00000044294) VGLL2 (ENSMICG00000007779) ROS1 (ENSMICG00000007792) DCBLD1 (ENSMICG00000007818) GOPC (ENSMICG00000037737) ENSMICG00000027119 NUS1 (ENSMICG00000045489) SLC35F1 (ENSMICG00000014553) CEP85L (ENSMICG00000014569) MCM9 (ENSMICG00000016579) ASF1A (ENSMICG00000048055) FAM184A (ENSMICG00000016591) MAN1A1 (ENSMICG00000003859) TBC1D32 (ENSMICG00000033229) GJA1 (ENSMICG00000041650) ##22 HSF2 (ENSMICG00000031761) SERINC1 (ENSMICG00000006427) PKIB (ENSMICG00000043869) FABP7 (ENSMICG00000047291) SMPDL3A (ENSMICG00000046662) CLVS2 (ENSMICG00000036266) ENSMICG00000007255 NKAIN2 (ENSMICG00000014034) RNF217 (ENSMICG00000036781) TPD52L1 (ENSMICG00000014048) ENSMICG00000014059 HEY2 (ENSMICG00000033476) ENSMICG00000041649 NCOA7 (ENSMICG00000014076) ENSMICG00000043026 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 204 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000157355 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000159830 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000156341 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000159562 ENSGT00940000155886 ENSGT00950000183163.b ENSGT00950000182941.b.b ENSGT00390000008256 ENSGT00940000159370 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 290 GJA1 (ENSPCOG00000026808) ##22 ENSPCOG00000022736 ENSPCOG00000016250 PKIB (ENSPCOG00000013166) FABP7 (ENSPCOG00000022253) SMPDL3A (ENSPCOG00000017366) CLVS2 (ENSPCOG00000011744) ENSPCOG00000016139 Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1282 TBC1D32 (ENSPSMG00000021340) GJA1 (ENSPSMG00000021350) ##22 ENSPSMG00000021355 HSF2 (ENSPSMG00000021452) SERINC1 (ENSPSMG00000021507) PKIB (ENSPSMG00000021516) ENSPSMG00000021522 ENSPSMG00000021543 SMPDL3A (ENSPSMG00000021552) CLVS2 (ENSPSMG00000021566) TRDN (ENSPSMG00000021594) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 881 ENSPSMG00000010018 ENSPSMG00000010015 ENSPSMG00000010014 ##22 CDKL5 (ENSPSMG00000010005) RS1 (ENSPSMG00000009969) PPEF1 (ENSPSMG00000009943) PHKA2 (ENSPSMG00000009922) ADGRG2 (ENSPSMG00000009483) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223.u ENSGT00390000015655.b ENSGT00910000147104 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 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ENSGT00950000182878.b.a.c.a.a.a.b.a ENSGT00910000147133 ENSGT00940000153288.a.b.a.b.m.b ENSGT00940000155906.s ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000154639.o.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00390000003223.u ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00950000182952.C.pc.a ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 ENSGT00980000202068.a.b.a.a.b.a.a.a ENSGT00940000155906.s ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000154639.o.a ENSGT00940000160565 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(ENSCSAG00000016309) HEY2 (ENSCSAG00000016312) NCOA7 (ENSCSAG00000016320) HINT3 (ENSCSAG00000016326) TRMT11 (ENSCSAG00000016335) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 628 ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 ENSGT00940000162501 ENSGT00940000156733 ENSGT00940000156801 ENSGT00940000158403 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1727 ENSRBIG00000013900 ENSRBIG00000036198 ENSRBIG00000013183 ##22 ENSRBIG00000035543 FREM3 (ENSRBIG00000043128) SMARCA5 (ENSRBIG00000044644) GAB1 (ENSRBIG00000039258) USP38 (ENSRBIG00000034798) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3122 ENSRROG00000030176 ##22 ENSRROG00000039590 SMARCA5 (ENSRROG00000029591) GAB1 (ENSRROG00000030069) USP38 (ENSRROG00000036566) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223.u ENSGT00390000015655.b ENSGT00910000147104 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a 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(ENSPPYG00000016962) DCBLD1 (ENSPPYG00000016963) GOPC (ENSPPYG00000016964) NUS1 (ENSPPYG00000025886) SLC35F1 (ENSPPYG00000016966) CEP85L (ENSPPYG00000016967) PLN (ENSPPYG00000018685) MCM9 (ENSPPYG00000016969) ASF1A (ENSPPYG00000016970) FAM184A (ENSPPYG00000016971) ENSPPYG00000032551 MAN1A1 (ENSPPYG00000016972) TBC1D32 (ENSPPYG00000016973) ENSPPYG00000032256 GJA1 (ENSPPYG00000016974) ##22 ENSPPYG00000016975 HSF2 (ENSPPYG00000016976) SERINC1 (ENSPPYG00000016977) PKIB (ENSPPYG00000037590) ENSPPYG00000016979 SMPDL3A (ENSPPYG00000016980) CLVS2 (ENSPPYG00000035183) TRDN (ENSPPYG00000016982) NKAIN2 (ENSPPYG00000016983) RNF217 (ENSPPYG00000016984) TPD52L1 (ENSPPYG00000016985) HDDC2 (ENSPPYG00000016986) HEY2 (ENSPPYG00000041541) NCOA7 (ENSPPYG00000016988) HINT3 (ENSPPYG00000016989) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223.u ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906.s ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Gorilla MODERN SPECIES 18 ENSGGOG00000027482 ENSGGOG00000038397 APC (ENSGGOG00000005972) EPB41L4A (ENSGGOG00000011203) ENSGGOG00000036761 ENSGGOG00000003725 STARD4 (ENSGGOG00000040002) CAMK4 (ENSGGOG00000007589) RPS3A (ENSGGOG00000002161) WDR36 (ENSGGOG00000026914) TSLP (ENSGGOG00000038272) ENSGGOG00000042018 SLC25A46 (ENSGGOG00000024980) TMEM232 (ENSGGOG00000005241) MAN2A1 (ENSGGOG00000001547) ENSGGOG00000010526 ##22 FER (ENSGGOG00000010028) FBXL17 (ENSGGOG00000015039) ENSGGOG00000042159 EFNA5 (ENSGGOG00000000371) ENSGGOG00000027503 NUDT12 (ENSGGOG00000023955) MACIR (ENSGGOG00000040406) PPIP5K2 (ENSGGOG00000012250) GIN1 (ENSGGOG00000023118) EIF3K (ENSGGOG00000027517) PAM (ENSGGOG00000009306) SLCO6A1 (ENSGGOG00000014715) ENSGGOG00000027219 SLCO4C1 (ENSGGOG00000023256) ST8SIA4 (ENSGGOG00000011260) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223.u ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906.s ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Human MODERN SPECIES 18 RFX6 (ENSG00000185002) VGLL2 (ENSG00000170162) ROS1 (ENSG00000047936) ENSG00000282218 DCBLD1 (ENSG00000164465) GOPC (ENSG00000047932) NUS1 (ENSG00000153989) SLC35F1 (ENSG00000196376) CEP85L (ENSG00000111860) PLN (ENSG00000198523) MCM9 (ENSG00000111877) ASF1A (ENSG00000111875) FAM184A (ENSG00000111879) MAN1A1 (ENSG00000111885) TBC1D32 (ENSG00000146350) GJA1 (ENSG00000152661) ##22 HSF2 (ENSG00000025156) SERINC1 (ENSG00000111897) PKIB (ENSG00000135549) FABP7 (ENSG00000164434) SMPDL3A (ENSG00000172594) CLVS2 (ENSG00000146352) TRDN (ENSG00000186439) NKAIN2 (ENSG00000188580) RNF217 (ENSG00000146373) TPD52L1 (ENSG00000111907) HDDC2 (ENSG00000111906) HEY2 (ENSG00000135547) NCOA7 (ENSG00000111912) HINT3 (ENSG00000111911) TRMT11 (ENSG00000066651) Pan ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000159623 ENSGT00390000016521.a.b ENSGT00940000165306 ENSGT00940000159243 ENSGT00940000160006 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(ENSPTRG00000017117) ENSPTRG00000052594 FBXL17 (ENSPTRG00000017116) ENSPTRG00000051006 EFNA5 (ENSPTRG00000017115) ENSPTRG00000043710 ENSPTRG00000034210 NUDT12 (ENSPTRG00000017114) MACIR (ENSPTRG00000045376) PPIP5K2 (ENSPTRG00000017112) GIN1 (ENSPTRG00000030296) PAM (ENSPTRG00000017110) SLCO6A1 (ENSPTRG00000028663) ENSPTRG00000050297 SLCO4C1 (ENSPTRG00000017107) Bonobo MODERN SPECIES 18 ENSPPAG00000039695 ENSPPAG00000031387 STARD4 (ENSPPAG00000039524) CAMK4 (ENSPPAG00000041231) ENSPPAG00000029092 WDR36 (ENSPPAG00000023560) ENSPPAG00000043068 TSLP (ENSPPAG00000037495) ENSPPAG00000029536 SLC25A46 (ENSPPAG00000042617) TMEM232 (ENSPPAG00000039615) ENSPPAG00000001922 ENSPPAG00000036482 MAN2A1 (ENSPPAG00000037961) PJA2 (ENSPPAG00000039234) ENSPPAG00000035716 ##22 ENSPPAG00000043941 FER (ENSPPAG00000039597) ENSPPAG00000035591 ENSPPAG00000028652 ENSPPAG00000029397 EFNA5 (ENSPPAG00000014646) ENSPPAG00000030911 NUDT12 (ENSPPAG00000036756) MACIR (ENSPPAG00000021533) PPIP5K2 (ENSPPAG00000027206) GIN1 (ENSPPAG00000034818) ENSPPAG00000034972 PAM (ENSPPAG00000029053) SLCO6A1 (ENSPPAG00000026067) SLCO4C1 (ENSPPAG00000043922) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00550000074801.g.a ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00390000007279.c.b.b.a.a Cebidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00550000074801.g.a ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000168450.f Marmoset MODERN SPECIES 16 ENSCJAG00000070188 ENSCJAG00000004257 GOPC (ENSCJAG00000004242) ENSCJAG00000033961 SLC35F1 (ENSCJAG00000004231) CEP85L (ENSCJAG00000004178) PLN (ENSCJAG00000053732) MCM9 (ENSCJAG00000004148) ENSCJAG00000085958 ASF1A (ENSCJAG00000068342) FAM184A (ENSCJAG00000004071) ENSCJAG00000077965 MAN1A1 (ENSCJAG00000004049) ENSCJAG00000070821 TBC1D32 (ENSCJAG00000004029) GJA1 (ENSCJAG00000065421) ##22 ENSCJAG00000072310 ENSCJAG00000055287 ENSCJAG00000081882 ENSCJAG00000056564 ENSCJAG00000084099 ENSCJAG00000074998 ENSCJAG00000083124 ENSCJAG00000085902 HSF2 (ENSCJAG00000003956) SERINC1 (ENSCJAG00000003940) ENSCJAG00000040212 FABP7 (ENSCJAG00000043644) ENSCJAG00000039431 SMPDL3A (ENSCJAG00000048484) ENSCJAG00000077184 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 198 ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00910000147797 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 144 FZD6 (ENSSBOG00000028934) CTHRC1 (ENSSBOG00000019766) SLC25A32 (ENSSBOG00000027220) DCAF13 (ENSSBOG00000025597) ENSSBOG00000034049 RIMS2 (ENSSBOG00000030048) DCSTAMP (ENSSBOG00000030948) ENSSBOG00000026499 DPYS (ENSSBOG00000023359) LRP12 (ENSSBOG00000023275) ZFPM2 (ENSSBOG00000021615) OXR1 (ENSSBOG00000032819) ABRA (ENSSBOG00000026553) ENSSBOG00000021619 ##22 ENSSBOG00000035671 ANGPT1 (ENSSBOG00000030985) RSPO2 (ENSSBOG00000022676) EIF3E (ENSSBOG00000030471) EMC2 (ENSSBOG00000021278) TRHR (ENSSBOG00000000592) NUDCD1 (ENSSBOG00000023373) ENY2 (ENSSBOG00000027777) PKHD1L1 (ENSSBOG00000025918) EBAG9 (ENSSBOG00000026346) ENSSBOG00000028433 SYBU (ENSSBOG00000020397) KCNV1 (ENSSBOG00000021268) ENSSBOG00000022379 Mas night monkey MODERN SPECIES 1108 PLN (ENSANAG00000031426) CEP85L (ENSANAG00000034537) ASF1A (ENSANAG00000029437) MCM9 (ENSANAG00000030665) FAM184A (ENSANAG00000022084) MAN1A1 (ENSANAG00000023327) TBC1D32 (ENSANAG00000030430) ENSANAG00000007082 GJA1 (ENSANAG00000033124) ##22 ENSANAG00000028315 HSF2 (ENSANAG00000036085) SERINC1 (ENSANAG00000021397) PKIB (ENSANAG00000029799) ENSANAG00000018474 FABP7 (ENSANAG00000024415) ENSANAG00000020602 SMPDL3A (ENSANAG00000032038) CLVS2 (ENSANAG00000022399) TRDN (ENSANAG00000034014) ENSANAG00000025173 Tarsier MODERN SPECIES 6489 GJA1 (ENSTSYG00000006515) ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Tree shrew MODERN SPECIES 2591 ENSTBEG00000009238 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.A ##22 Rabbit MODERN SPECIES 3 NUS1 (ENSOCUG00000011553) ENSOCUG00000033048 SLC35F1 (ENSOCUG00000015307) ENSOCUG00000038043 CEP85L (ENSOCUG00000013854) PLN (ENSOCUG00000013865) MCM9 (ENSOCUG00000015885) ASF1A (ENSOCUG00000015897) ENSOCUG00000005736 ENSOCUG00000006620 ENSOCUG00000022640 ENSOCUG00000012162 ENSOCUG00000037742 TBC1D32 (ENSOCUG00000013938) ENSOCUG00000034717 GJA1 (ENSOCUG00000009324) ##22 ENSOCUG00000022859 ENSOCUG00000038408 HSF2 (ENSOCUG00000025991) SERINC1 (ENSOCUG00000015793) ENSOCUG00000023091 FABP7 (ENSOCUG00000001497) SMPDL3A (ENSOCUG00000001501) CLVS2 (ENSOCUG00000008486) TRDN (ENSOCUG00000008064) NKAIN2 (ENSOCUG00000029465) ENSOCUG00000030099 ENSOCUG00000031798 ENSOCUG00000012576 ENSOCUG00000031694 TPD52L1 (ENSOCUG00000011858) Pika MODERN SPECIES 1982 ENSOPRG00000003039 ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Kangaroo rat MODERN SPECIES 521 Tbc1d32 (ENSDORG00000001571) Gja1 (ENSDORG00000025476) ##22 ENSDORG00000025390 Hsf2 (ENSDORG00000012571) ENSDORG00000026777 Pkib (ENSDORG00000005033) Fabp7 (ENSDORG00000005034) Smpdl3a (ENSDORG00000005036) Clvs2 (ENSDORG00000001584) ENSDORG00000010340 ENSDORG00000025942 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 44 Cep85l (ENSJJAG00000016233) Asf1a (ENSJJAG00000009705) ENSJJAG00000008541 Fam184a (ENSJJAG00000020537) Man1a (ENSJJAG00000010615) ENSJJAG00000021033 ENSJJAG00000003548 ENSJJAG00000021008 ENSJJAG00000011638 ENSJJAG00000016250 ENSJJAG00000004227 Tbc1d32 (ENSJJAG00000003021) ENSJJAG00000010763 ENSJJAG00000012035 ENSJJAG00000020258 Gja1 (ENSJJAG00000004532) ##22 ENSJJAG00000016585 ENSJJAG00000003614 ENSJJAG00000002297 ENSJJAG00000005021 ENSJJAG00000023698 ENSJJAG00000020920 Serinc1 (ENSJJAG00000018188) Pkib (ENSJJAG00000001584) Fabp7 (ENSJJAG00000004827) Smpdl3a (ENSJJAG00000006023) Clvs2 (ENSJJAG00000024228) ENSJJAG00000018586 ENSJJAG00000004400 Nkain2 (ENSJJAG00000010837) Rnf217 (ENSJJAG00000006629) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01060000253571 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Upper Galilee mountains blind mole rat DUPLICATION Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1503 ENSNGAG00000016453 ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 965 Polr1a (ENSNGAG00000017907) Ptcd3 (ENSNGAG00000016760) Immt (ENSNGAG00000015632) Mrpl35 (ENSNGAG00000012550) Reep1 (ENSNGAG00000018026) Kdm3a (ENSNGAG00000014242) ENSNGAG00000002810 ##22 Chmp3 (ENSNGAG00000001448) Rnf103 (ENSNGAG00000000952) Rmnd5a (ENSNGAG00000021170) Cd8a (ENSNGAG00000020565) Cd8b1 (ENSNGAG00000015944) Krcc1 (ENSNGAG00000014757) Smyd1 (ENSNGAG00000012634) Fabp1 (ENSNGAG00000011198) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01060000253571 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00950000182965.b.fb ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Murinae ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00950000182965.b.fb ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b Mus ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT01100000265115 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00950000182965.b.fb ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00950000183078.a ENSGT00940000153518.d.b.b ENSGT00910000148474 ENSGT00940000154389.a ENSGT00390000000217 ENSGT00940000153259.a.b ENSGT00940000160405 ENSGT00940000155238 ENSGT00950000183003.a.a.b ENSGT00940000156635 Shrew mouse DUPLICATION Shrew mouse MODERN SPECIES 22 Ros1 (MGP_PahariEiJ_G0030728) Dcbld1 (MGP_PahariEiJ_G0030729) Gopc (MGP_PahariEiJ_G0030730) MGP_PahariEiJ_G0030731 Nepn (MGP_PahariEiJ_G0030732) Nus1 (MGP_PahariEiJ_G0030733) Slc35f1 (MGP_PahariEiJ_G0030734) Cep85l (MGP_PahariEiJ_G0030735) Pln (MGP_PahariEiJ_G0030736) MGP_PahariEiJ_G0030737 Asf1a (MGP_PahariEiJ_G0030738) Fam184a (MGP_PahariEiJ_G0030739) Man1a (MGP_PahariEiJ_G0030740) Tbc1d32 (MGP_PahariEiJ_G0030741) Msl3l2 (MGP_PahariEiJ_G0030742) Gja1 (MGP_PahariEiJ_G0030743) ##22 Hsf2 (MGP_PahariEiJ_G0030744) Serinc1 (MGP_PahariEiJ_G0030745) Pkib (MGP_PahariEiJ_G0030746) MGP_PahariEiJ_G0030747 Smpdl3a (MGP_PahariEiJ_G0030748) Gcc2 (MGP_PahariEiJ_G0030749) Lims1 (MGP_PahariEiJ_G0030750) Ranbp2 (MGP_PahariEiJ_G0030751) Ccdc138 (MGP_PahariEiJ_G0030752) Edar (MGP_PahariEiJ_G0030753) MGP_PahariEiJ_G0030754 Sh3rf3 (MGP_PahariEiJ_G0030755) Septin10 (MGP_PahariEiJ_G0030756) Sowahc (MGP_PahariEiJ_G0030757) P4ha1 (MGP_PahariEiJ_G0030758) Shrew mouse MODERN SPECIES 23 Siah1b (MGP_PahariEiJ_G0032096) Car5b (MGP_PahariEiJ_G0032095) Zrsr2 (MGP_PahariEiJ_G0032094) Ap1s2 (MGP_PahariEiJ_G0032093) Rnf138rt1 (MGP_PahariEiJ_G0032092) Grpr (MGP_PahariEiJ_G0032091) S100g (MGP_PahariEiJ_G0032090) Ctps2 (MGP_PahariEiJ_G0032089) Syap1 (MGP_PahariEiJ_G0032088) Txlng (MGP_PahariEiJ_G0032087) Rbbp7 (MGP_PahariEiJ_G0032086) Reps2 (MGP_PahariEiJ_G0032085) Nhs (MGP_PahariEiJ_G0032084) Rai2 (MGP_PahariEiJ_G0032083) MGP_PahariEiJ_G0032082 Gja6 (MGP_PahariEiJ_G0032081) ##22 Cdkl5 (MGP_PahariEiJ_G0032080) Rs1 (MGP_PahariEiJ_G0032079) Ppef1 (MGP_PahariEiJ_G0032078) Phka2 (MGP_PahariEiJ_G0032077) Adgrg2 (MGP_PahariEiJ_G0032076) Pdha1 (MGP_PahariEiJ_G0032075) Map3k15 (MGP_PahariEiJ_G0032074) Sh3kbp1 (MGP_PahariEiJ_G0032073) Bclaf3 (MGP_PahariEiJ_G0032072) Map7d2 (MGP_PahariEiJ_G0032071) MGP_PahariEiJ_G0032070 Rps6ka3 (MGP_PahariEiJ_G0032069) MGP_PahariEiJ_G0032068 Cnksr2 (MGP_PahariEiJ_G0032067) Klhl34 (MGP_PahariEiJ_G0032066) Mus_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT01100000265115 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00950000182965.b.fb ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00950000183078.a ENSGT00940000153518.d.b.b ENSGT00910000148474 ENSGT00940000154389.a ENSGT00390000000217 ENSGT00940000153259.a.b ENSGT00940000160405 ENSGT00940000155238 ENSGT00950000183003.a.a.b ENSGT00940000156635 Ryukyu mouse DUPLICATION Ryukyu mouse MODERN SPECIES 1 Ros1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015311) Dcbld1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015312) Gopc (MGP_CAROLIEiJ_G0015313) MGP_CAROLIEiJ_G0015314 Nepn (MGP_CAROLIEiJ_G0015315) Nus1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015316) Slc35f1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015317) Cep85l (MGP_CAROLIEiJ_G0015318) Pln (MGP_CAROLIEiJ_G0015319) MGP_CAROLIEiJ_G0015320 Asf1a (MGP_CAROLIEiJ_G0015321) Fam184a (MGP_CAROLIEiJ_G0015322) Man1a (MGP_CAROLIEiJ_G0015323) Tbc1d32 (MGP_CAROLIEiJ_G0015324) Msl3l2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015325) Gja1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015326) ##22 Hsf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015327) Serinc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015328) Pkib (MGP_CAROLIEiJ_G0015329) MGP_CAROLIEiJ_G0015330 MGP_CAROLIEiJ_G0015331 Gcc2 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ENSGT00940000156635 Mus_C ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00950000182965.b.fb ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00950000183078.a ENSGT00940000153518.d.b.b ENSGT00910000148474 ENSGT00940000154389.a ENSGT00390000000217 ENSGT00940000153259.a.b ENSGT00940000160405 ENSGT00940000155238 ENSGT00950000183003.a.a.b ENSGT00940000156635 Steppe mouse MODERN SPECIES 2891 ENSMSIG00000026585 Gja1 (ENSMSIG00000026588) ##22 ENSMSIG00000026594 spretus DUPLICATION spretus MODERN SPECIES 1 Dcbld1 (MGP_SPRETEiJ_G0016121) Gopc (MGP_SPRETEiJ_G0016122) MGP_SPRETEiJ_G0016123 MGP_SPRETEiJ_G0016124 Nus1 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ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 160 ENSCGRG00001016329 Gopc (ENSCGRG00001012164) Nepn (ENSCGRG00001011193) Nus1 (ENSCGRG00001010462) Slc35f1 (ENSCGRG00001016195) ENSCGRG00001014500 Pln (ENSCGRG00001002992) Cep85l (ENSCGRG00001013524) Asf1a (ENSCGRG00001012443) Mcm9 (ENSCGRG00001011225) Fam184a (ENSCGRG00001007474) Man1a (ENSCGRG00001016134) ENSCGRG00001015155 Msl3l2 (ENSCGRG00001016197) Tbc1d32 (ENSCGRG00001012592) Gja1 (ENSCGRG00001015560) ##22 Hsf2 (ENSCGRG00001000171) Serinc1 (ENSCGRG00001010306) Pkib (ENSCGRG00001008708) Fabp7 (ENSCGRG00001007502) Smpdl3a (ENSCGRG00001005977) Clvs2 (ENSCGRG00001003937) ENSCGRG00001002537 ENSCGRG00001002075 ENSCGRG00001001192 ENSCGRG00001000599 Nkain2 (ENSCGRG00001000295) Rnf217 (ENSCGRG00001022463) Tpd52l1 (ENSCGRG00001021259) Hddc2 (ENSCGRG00001020909) Hey2 (ENSCGRG00001020489) Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 655 Gopc (ENSMAUG00000007546) Nepn (ENSMAUG00000018286) Nus1 (ENSMAUG00000019803) Slc35f1 (ENSMAUG00000011113) Cep85l (ENSMAUG00000015193) Pln (ENSMAUG00000007750) ENSMAUG00000012325 Mcm9 (ENSMAUG00000015317) Asf1a (ENSMAUG00000014310) ENSMAUG00000016420 ENSMAUG00000021290 Man1a (ENSMAUG00000005709) ENSMAUG00000008410 Tbc1d32 (ENSMAUG00000010218) ENSMAUG00000008105 Gja1 (ENSMAUG00000006558) ##22 Hsf2 (ENSMAUG00000011405) Serinc1 (ENSMAUG00000013116) Fabp7 (ENSMAUG00000020171) Smpdl3a (ENSMAUG00000013580) ENSMAUG00000020333 Ing1 (ENSMAUG00000021473) Ankrd10 (ENSMAUG00000008891) Arhgef7 (ENSMAUG00000017686) Sox1 (ENSMAUG00000007129) ENSMAUG00000003554 Tubgcp3 (ENSMAUG00000020305) Atp11a (ENSMAUG00000008557) Mcf2l (ENSMAUG00000019731) F7 (ENSMAUG00000010922) Proz (ENSMAUG00000022249) Golden Hamster MODERN SPECIES 661 Cltrn (ENSMAUG00000009407) Car5b (ENSMAUG00000014459) ENSMAUG00000009754 Ap1s2 (ENSMAUG00000001929) Grpr (ENSMAUG00000020061) Ctps2 (ENSMAUG00000017364) S100g (ENSMAUG00000018622) Syap1 (ENSMAUG00000004105) 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ENSGT00390000018131 Hystricomorpha_a DUPLICATION Hystricomorpha_a DUPLICATION Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A.fb.a ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Guinea pig MODERN SPECIES 1 ENSCPOG00000038245 ENSCPOG00000010954 PLN (ENSCPOG00000037471) CEP85L (ENSCPOG00000005126) ASF1A (ENSCPOG00000033289) MCM9 (ENSCPOG00000005443) FAM184A (ENSCPOG00000009729) MAN1A1 (ENSCPOG00000020421) TBC1D32 (ENSCPOG00000011302) Gja1 (ENSCPOG00000015249) ##22 HSF2 (ENSCPOG00000007509) SERINC1 (ENSCPOG00000007907) PKIB (ENSCPOG00000030553) FABP7 (ENSCPOG00000014056) SMPDL3A (ENSCPOG00000014059) CLVS2 (ENSCPOG00000002795) TRDN (ENSCPOG00000033029) NKAIN2 (ENSCPOG00000006805) ENSCPOG00000039894 RNF146 (ENSCPOG00000004785) RSPO3 (ENSCPOG00000036879) CENPW (ENSCPOG00000032077) TRMT11 (ENSCPOG00000009124) HINT3 (ENSCPOG00000021856) NCOA7 (ENSCPOG00000014357) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.A.fb.a ##22 Degu MODERN SPECIES 292 TENM1 (ENSODEG00000003679) SH2D1A (ENSODEG00000002801) ENSODEG00000002773 ENSODEG00000018867 STAG2 (ENSODEG00000002646) XIAP (ENSODEG00000002573) ENSODEG00000018889 ##22 THOC2 (ENSODEG00000002478) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.A.fb.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.A.fb.b ##22 Degu MODERN SPECIES 75 ROS1 (ENSODEG00000006047) ENSODEG00000004793 GOPC (ENSODEG00000005332) NUS1 (ENSODEG00000005194) ENSODEG00000019196 SLC35F1 (ENSODEG00000005040) CEP85L (ENSODEG00000005733) PLN (ENSODEG00000019260) MCM9 (ENSODEG00000005446) ENSODEG00000005478 FAM184A (ENSODEG00000004943) MAN1A1 (ENSODEG00000004631) TBC1D32 (ENSODEG00000004851) ENSODEG00000004379 ENSODEG00000004519 ENSODEG00000019248 ##22 ENSODEG00000006416 ENSODEG00000006873 SERINC1 (ENSODEG00000005793) FABP7 (ENSODEG00000005455) SMPDL3A (ENSODEG00000004932) CLVS2 (ENSODEG00000005352) NKAIN2 (ENSODEG00000006086) ENSODEG00000004749 TPD52L1 (ENSODEG00000005223) HDDC2 (ENSODEG00000005034) ENSODEG00000005167 HINT3 (ENSODEG00000005459) ENSODEG00000005269 TRMT11 (ENSODEG00000005552) CENPW (ENSODEG00000005769) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.A.gb ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.A.gb ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 143 GPRC6A (ENSCLAG00000007059) RFX6 (ENSCLAG00000008090) ROS1 (ENSCLAG00000007326) ENSCLAG00000007845 GOPC (ENSCLAG00000008237) NUS1 (ENSCLAG00000010652) SLC35F1 (ENSCLAG00000008410) CEP85L (ENSCLAG00000010088) PLN (ENSCLAG00000007403) MCM9 (ENSCLAG00000009689) ASF1A (ENSCLAG00000013483) FAM184A (ENSCLAG00000006832) MAN1A1 (ENSCLAG00000007613) TBC1D32 (ENSCLAG00000012414) ENSCLAG00000011032 GJA1 (ENSCLAG00000011423) ##22 ENSCLAG00000011853 HSF2 (ENSCLAG00000015819) SERINC1 (ENSCLAG00000013912) ENSCLAG00000008366 FABP7 (ENSCLAG00000009420) SMPDL3A (ENSCLAG00000012977) CLVS2 (ENSCLAG00000014159) ENSCLAG00000014066 NKAIN2 (ENSCLAG00000012237) ENSCLAG00000015070 TPD52L1 (ENSCLAG00000011312) HDDC2 (ENSCLAG00000009168) HEY2 (ENSCLAG00000011802) NCOA7 (ENSCLAG00000011361) HINT3 (ENSCLAG00000014283) Naked mole-rat female MODERN SPECIES ENSHGLG00000046831 TCF21 (ENSHGLG00000035092) ENSHGLG00000040407 ENSHGLG00000032159 ENSHGLG00000003172 ENSHGLG00000035822 CEP85L (ENSHGLG00000003335) PLN (ENSHGLG00000050941) MCM9 (ENSHGLG00000002805) ENSHGLG00000039943 FAM184A (ENSHGLG00000002320) MAN1A1 (ENSHGLG00000002233) ENSHGLG00000002141 ENSHGLG00000001744 TBC1D32 (ENSHGLG00000001631) GJA1 (ENSHGLG00000047888) ##22 ENSHGLG00000032930 HSF2 (ENSHGLG00000000864) SERINC1 (ENSHGLG00000035221) ENSHGLG00000036667 FABP7 (ENSHGLG00000001824) SMPDL3A (ENSHGLG00000001781) CLVS2 (ENSHGLG00000001622) TRDN (ENSHGLG00000001423) ENSHGLG00000032242 ENSHGLG00000001275 ENSHGLG00000044736 ENSHGLG00000033903 ENSHGLG00000038906 ENSHGLG00000038009 ENSHGLG00000001350 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00940000169249 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 16 GOPC (ENSSVLG00005008267) ENSSVLG00005008200 ENSSVLG00005008163 SLC35F1 (ENSSVLG00005008070) ENSSVLG00005008035 PLN (ENSSVLG00005008023) ENSSVLG00005008007 CEP85L (ENSSVLG00005007817) ENSSVLG00005007753 ASF1A (ENSSVLG00005007714) MCM9 (ENSSVLG00005007606) FAM184A (ENSSVLG00005007328) MAN1A1 (ENSSVLG00005007126) ENSSVLG00005007082 TBC1D32 (ENSSVLG00005006779) GJA1 (ENSSVLG00005006680) ##22 ENSSVLG00005006646 HSF2 (ENSSVLG00005006581) ENSSVLG00005021700 PKIB (ENSSVLG00005021666) FABP7 (ENSSVLG00005021624) SMPDL3A (ENSSVLG00005021570) CLVS2 (ENSSVLG00005021484) ENSSVLG00005021405 NKAIN2 (ENSSVLG00005021300) RNF217 (ENSSVLG00005021242) TPD52L1 (ENSSVLG00005021020) HDDC2 (ENSSVLG00005020938) ENSSVLG00005020842 NCOA7 (ENSSVLG00005020521) ENSSVLG00005020414 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT01100000266009 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000161381.k.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT01100000266009 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000161381.k.a ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 Arctic ground squirrel DUPLICATION Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 133 DCBLD1 (ENSUPAG00010021968) GOPC (ENSUPAG00010021972) ENSUPAG00010021976 ENSUPAG00010021978 NUS1 (ENSUPAG00010021980) SLC35F1 (ENSUPAG00010021982) CEP85L (ENSUPAG00010021985) PLN (ENSUPAG00010021993) MCM9 (ENSUPAG00010021995) ASF1A (ENSUPAG00010021997) FAM184A (ENSUPAG00010021999) ENSUPAG00010022002 MAN1A1 (ENSUPAG00010022003) ENSUPAG00010022004 TBC1D32 (ENSUPAG00010022005) ENSUPAG00010022007 ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 8 ENSUPAG00010011516 EML5 (ENSUPAG00010011527) ENSUPAG00010011612 ZC3H14 (ENSUPAG00010011622) PTPN21 (ENSUPAG00010012013) SPATA7 (ENSUPAG00010012070) KCNK10 (ENSUPAG00010012169) GPR65 (ENSUPAG00010012196) GALC (ENSUPAG00010012199) ENSUPAG00010012286 ##22 FLRT2 (ENSUPAG00010012291) ENSUPAG00010012297 ENSUPAG00010012302 SEL1L (ENSUPAG00010012308) STON2 (ENSUPAG00010012363) GTF2A1 (ENSUPAG00010012382) TSHR (ENSUPAG00010012401) CEP128 (ENSUPAG00010012514) ENSUPAG00010012553 ENSUPAG00010012556 NRXN3 (ENSUPAG00010012611) ENSUPAG00010012789 ADCK1 (ENSUPAG00010012794) SNW1 (ENSUPAG00010012840) SLIRP (ENSUPAG00010012869) Squirrel MODERN SPECIES 258 GPRC6A (ENSSTOG00000012356) RFX6 (ENSSTOG00000012365) VGLL2 (ENSSTOG00000023802) ROS1 (ENSSTOG00000006606) DCBLD1 (ENSSTOG00000019521) GOPC (ENSSTOG00000006712) ENSSTOG00000020085 NUS1 (ENSSTOG00000024807) SLC35F1 (ENSSTOG00000030358) CEP85L (ENSSTOG00000004892) PLN (ENSSTOG00000033902) ASF1A (ENSSTOG00000027796) FAM184A (ENSSTOG00000012121) MAN1A1 (ENSSTOG00000027299) TBC1D32 (ENSSTOG00000000993) GJA1 (ENSSTOG00000024105) ##22 Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 2 ENSMMMG00000015941 NUS1 (ENSMMMG00000015950) SLC35F1 (ENSMMMG00000015966) CEP85L (ENSMMMG00000015976) PLN (ENSMMMG00000016004) ENSMMMG00000016017 ENSMMMG00000016031 ENSMMMG00000016039 FAM184A (ENSMMMG00000016044) ENSMMMG00000016065 MAN1A1 (ENSMMMG00000016070) ENSMMMG00000016091 ENSMMMG00000016094 TBC1D32 (ENSMMMG00000016106) ENSMMMG00000016126 ##22 ENSMMMG00000016130 ##22 ENSMMMG00000016141 HSF2 (ENSMMMG00000016145) SERINC1 (ENSMMMG00000016167) PKIB (ENSMMMG00000016187) FABP7 (ENSMMMG00000016199) SMPDL3A (ENSMMMG00000016203) ENSMMMG00000016206 CLVS2 (ENSMMMG00000016235) ENSMMMG00000016246 ENSMMMG00000016296 RNF217 (ENSMMMG00000016319) TPD52L1 (ENSMMMG00000016339) HDDC2 (ENSMMMG00000016409) HEY2 (ENSMMMG00000016429) NCOA7 (ENSMMMG00000016443) Alpin marmot MODERN SPECIES 57 ENSMMMG00000018893 ENSMMMG00000018873 ENSMMMG00000018852 MARCHF8 (ENSMMMG00000018833) ENSMMMG00000018821 ENSMMMG00000018817 DKK1 (ENSMMMG00000018805) CSTF2T (ENSMMMG00000018794) PRKG1 (ENSMMMG00000018751) ENSMMMG00000018683 A1CF (ENSMMMG00000018647) ENSMMMG00000018616 SGMS1 (ENSMMMG00000018607) MINPP1 (ENSMMMG00000018583) PAPSS2 (ENSMMMG00000018529) ENSMMMG00000018524 ##22 ATAD1 (ENSMMMG00000018512) PTEN (ENSMMMG00000018507) RNLS (ENSMMMG00000018475) LIPF (ENSMMMG00000018417) LIPK (ENSMMMG00000018400) LIPN (ENSMMMG00000018385) LIPM (ENSMMMG00000018373) ANKRD22 (ENSMMMG00000018351) STAMBPL1 (ENSMMMG00000018314) ACTA2 (ENSMMMG00000018299) FAS (ENSMMMG00000018289) ENSMMMG00000018286 ENSMMMG00000018269 ENSMMMG00000018259 PCDH15 (ENSMMMG00000017658) Alpin marmot MODERN SPECIES 2 ENSMMMG00000015939 ENSMMMG00000015941 NUS1 (ENSMMMG00000015950) SLC35F1 (ENSMMMG00000015966) CEP85L (ENSMMMG00000015976) PLN (ENSMMMG00000016004) ENSMMMG00000016017 ENSMMMG00000016031 ENSMMMG00000016039 FAM184A (ENSMMMG00000016044) ENSMMMG00000016065 MAN1A1 (ENSMMMG00000016070) ENSMMMG00000016091 ENSMMMG00000016094 TBC1D32 (ENSMMMG00000016106) ENSMMMG00000016126 ##22 ENSMMMG00000016130 ##22 ENSMMMG00000016141 HSF2 (ENSMMMG00000016145) SERINC1 (ENSMMMG00000016167) PKIB (ENSMMMG00000016187) FABP7 (ENSMMMG00000016199) SMPDL3A (ENSMMMG00000016203) ENSMMMG00000016206 CLVS2 (ENSMMMG00000016235) ENSMMMG00000016246 ENSMMMG00000016296 RNF217 (ENSMMMG00000016319) TPD52L1 (ENSMMMG00000016339) HDDC2 (ENSMMMG00000016409) HEY2 (ENSMMMG00000016429) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00640000091497.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 866 ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b Armadillo MODERN SPECIES 2614 ENSDNOG00000048180 GJA1 (ENSDNOG00000007333) ##22 HSF2 (ENSDNOG00000031260) SERINC1 (ENSDNOG00000001971) PKIB (ENSDNOG00000049147) FABP7 (ENSDNOG00000013118) SMPDL3A (ENSDNOG00000043659) ENSDNOG00000039516 ENSDNOG00000011390 ENSDNOG00000037314 TSEN15 (ENSDNOG00000040399) COLGALT2 (ENSDNOG00000017976) RGL1 (ENSDNOG00000043040) APOBEC4 (ENSDNOG00000044664) ARPC5 (ENSDNOG00000043037) NCF2 (ENSDNOG00000010350) ENSDNOG00000010295 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01090000260080.b.a ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00390000018131 Hyrax MODERN SPECIES 11061 ENSPCAG00000003871 ##22 Elephant MODERN SPECIES 1 RFX6 (ENSLAFG00000003465) VGLL2 (ENSLAFG00000009803) ROS1 (ENSLAFG00000009804) DCBLD1 (ENSLAFG00000009399) GOPC (ENSLAFG00000007801) ENSLAFG00000025930 NUS1 (ENSLAFG00000016764) SLC35F1 (ENSLAFG00000006145) PLN (ENSLAFG00000014849) ENSLAFG00000014839 ASF1A (ENSLAFG00000013912) MCM9 (ENSLAFG00000013902) FAM184A (ENSLAFG00000013915) ENSLAFG00000010501 TBC1D32 (ENSLAFG00000005139) GJA1 (ENSLAFG00000011349) ##22 HSF2 (ENSLAFG00000006440) SERINC1 (ENSLAFG00000006444) PKIB (ENSLAFG00000002153) FABP7 (ENSLAFG00000002151) SMPDL3A (ENSLAFG00000010744) CLVS2 (ENSLAFG00000007550) ENSLAFG00000027475 ENSLAFG00000007317 ENSLAFG00000014955 ENSLAFG00000001599 TPD52L1 (ENSLAFG00000001601) HDDC2 (ENSLAFG00000001602) HEY2 (ENSLAFG00000014208) NCOA7 (ENSLAFG00000014213) HINT3 (ENSLAFG00000015651) Sauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00660000097134 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00660000097134 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Aves ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a 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ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Kakapo MODERN SPECIES 23 VGLL2 (ENSSHBG00005003458) ROS1 (ENSSHBG00005003030) DCBLD1 (ENSSHBG00005002782) GOPC (ENSSHBG00005002757) ENSSHBG00005002743 NUS1 (ENSSHBG00005002724) ENSSHBG00005002709 SLC35F1 (ENSSHBG00005002697) PLN (ENSSHBG00005002660) CEP85L (ENSSHBG00005002612) ASF1A (ENSSHBG00005002562) ENSSHBG00005002545 FAM184A (ENSSHBG00005002437) MAN1A1 (ENSSHBG00005002370) TBC1D32 (ENSSHBG00005002264) GJA1 (ENSSHBG00005002214) ##22 HSF2 (ENSSHBG00005002197) SERINC1 (ENSSHBG00005002179) PKIB (ENSSHBG00005002171) SMPDL3A (ENSSHBG00005002152) FABP7 (ENSSHBG00005002139) CLVS2 (ENSSHBG00005002125) ENSSHBG00005002107 ENSSHBG00005002074 RNF217 (ENSSHBG00005002021) TPD52L1 (ENSSHBG00005001988) HDDC2 (ENSSHBG00005001969) HEY2 (ENSSHBG00005001953) NCOA7 (ENSSHBG00005001935) HINT3 (ENSSHBG00005001917) ENSSHBG00005001897 Golden eagle MODERN SPECIES 11 AK9 (ENSACCG00020006076) ZBTB24 (ENSACCG00020006020) PPIL6 (ENSACCG00020005991) ENSACCG00020005920 DCBLD1 (ENSACCG00020005910) GOPC (ENSACCG00020005891) ENSACCG00020006297 NUS1 (ENSACCG00020006287) SLC35F1 (ENSACCG00020006275) CEP85L (ENSACCG00020006260) ASF1A (ENSACCG00020006250) ENSACCG00020006239 FAM184A (ENSACCG00020006215) MAN1A1 (ENSACCG00020006094) ENSACCG00020005966 GJA1 (ENSACCG00020005955) ##22 ENSACCG00020005944 HSF2 (ENSACCG00020005926) SERINC1 (ENSACCG00020005900) PKIB (ENSACCG00020005889) FABP7 (ENSACCG00020005873) SMPDL3A (ENSACCG00020005853) CLVS2 (ENSACCG00020005834) ENSACCG00020005807 ENSACCG00020005778 NKAIN2 (ENSACCG00020005736) RNF217 (ENSACCG00020005719) TPD52L1 (ENSACCG00020005703) HDDC2 (ENSACCG00020005681) HEY2 (ENSACCG00020005663) NCOA7 (ENSACCG00020005630) Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Great tit MODERN SPECIES 22 VGLL2 (ENSPMJG00000014058) ROS1 (ENSPMJG00000014055) DCBLD1 (ENSPMJG00000014053) GOPC (ENSPMJG00000014050) ENSPMJG00000014049 NUS1 (ENSPMJG00000014047) ENSPMJG00000014037 SLC35F1 (ENSPMJG00000014036) PLN (ENSPMJG00000014007) CEP85L (ENSPMJG00000013996) ASF1A (ENSPMJG00000013994) ENSPMJG00000013993 FAM184A (ENSPMJG00000013989) MAN1A1 (ENSPMJG00000013873) TBC1D32 (ENSPMJG00000013805) GJA1 (ENSPMJG00000013803) ##22 HSF2 (ENSPMJG00000013768) SERINC1 (ENSPMJG00000013767) ENSPMJG00000013762 FABP7 (ENSPMJG00000013761) SMPDL3A (ENSPMJG00000013760) CLVS2 (ENSPMJG00000013759) ENSPMJG00000013746 NKAIN2 (ENSPMJG00000013701) RNF217 (ENSPMJG00000013684) TPD52L1 (ENSPMJG00000013683) HDDC2 (ENSPMJG00000013675) HEY2 (ENSPMJG00000013672) NCOA7 (ENSPMJG00000013664) HINT3 (ENSPMJG00000013661) TRMT11 (ENSPMJG00000013658) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Flycatcher MODERN SPECIES 21 RFX6 (ENSFALG00000011057) VGLL2 (ENSFALG00000011071) ROS1 (ENSFALG00000011085) DCBLD1 (ENSFALG00000011109) GOPC (ENSFALG00000011117) ENSFALG00000011131 NUS1 (ENSFALG00000022865) SLC35F1 (ENSFALG00000011158) PLN (ENSFALG00000015284) CEP85L (ENSFALG00000011168) ASF1A (ENSFALG00000011201) ENSFALG00000011180 FAM184A (ENSFALG00000011225) MAN1A1 (ENSFALG00000011257) TBC1D32 (ENSFALG00000011270) GJA1 (ENSFALG00000015301) ##22 HSF2 (ENSFALG00000011294) SERINC1 (ENSFALG00000011329) PKIB (ENSFALG00000023276) FABP7 (ENSFALG00000027820) SMPDL3A (ENSFALG00000011393) CLVS2 (ENSFALG00000024679) ENSFALG00000026618 NKAIN2 (ENSFALG00000023828) RNF217 (ENSFALG00000011436) TPD52L1 (ENSFALG00000028310) HDDC2 (ENSFALG00000011450) ENSFALG00000024113 HEY2 (ENSFALG00000011461) NCOA7 (ENSFALG00000011469) HINT3 (ENSFALG00000011477) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Common canary MODERN SPECIES 1 RFX6 (ENSSCAG00000014718) VGLL2 (ENSSCAG00000014711) ROS1 (ENSSCAG00000014691) DCBLD1 (ENSSCAG00000014671) GOPC (ENSSCAG00000014666) ENSSCAG00000014659 NUS1 (ENSSCAG00000014650) SLC35F1 (ENSSCAG00000014641) CEP85L (ENSSCAG00000014635) ASF1A (ENSSCAG00000014626) ENSSCAG00000014619 FAM184A (ENSSCAG00000014546) MAN1A1 (ENSSCAG00000014413) ENSSCAG00000014337 ENSSCAG00000014329 GJA1 (ENSSCAG00000014328) ##22 HSF2 (ENSSCAG00000014292) SERINC1 (ENSSCAG00000014278) PKIB (ENSSCAG00000014270) FABP7 (ENSSCAG00000014265) SMPDL3A (ENSSCAG00000014258) CLVS2 (ENSSCAG00000014224) ENSSCAG00000014209 NKAIN2 (ENSSCAG00000014190) RNF217 (ENSSCAG00000014171) TPD52L1 (ENSSCAG00000014160) HDDC2 (ENSSCAG00000014151) HEY2 (ENSSCAG00000014139) NCOA7 (ENSSCAG00000014132) HINT3 (ENSSCAG00000014125) ENSSCAG00000014120 Zebra finch MODERN SPECIES 23 RFX6 (ENSTGUG00000011924) VGLL2 (ENSTGUG00000011922) ROS1 (ENSTGUG00000011909) DCBLD1 (ENSTGUG00000011905) GOPC (ENSTGUG00000011901) ENSTGUG00000011898 NUS1 (ENSTGUG00000011892) SLC35F1 (ENSTGUG00000028242) CEP85L (ENSTGUG00000011879) PLN (ENSTGUG00000022055) ENSTGUG00000011874 ASF1A (ENSTGUG00000019264) FAM184A (ENSTGUG00000011868) MAN1A1 (ENSTGUG00000011863) TBC1D32 (ENSTGUG00000011850) GJA1 (ENSTGUG00000011847) ##22 HSF2 (ENSTGUG00000011838) SERINC1 (ENSTGUG00000011827) PKIB (ENSTGUG00000029133) FABP7 (ENSTGUG00000011826) SMPDL3A (ENSTGUG00000011820) CLVS2 (ENSTGUG00000026233) ENSTGUG00000011813 NKAIN2 (ENSTGUG00000019299) RNF217 (ENSTGUG00000026978) TPD52L1 (ENSTGUG00000011802) HDDC2 (ENSTGUG00000020430) HEY2 (ENSTGUG00000011792) NCOA7 (ENSTGUG00000011787) ENSTGUG00000011781 TRMT11 (ENSTGUG00000011774) Medium ground finch MODERN SPECIES 9 RFX6 (ENSGFOG00000007776) VGLL2 (ENSGFOG00000007798) ROS1 (ENSGFOG00000007810) DCBLD1 (ENSGFOG00000007857) GOPC (ENSGFOG00000007881) ENSGFOG00000007920 NUS1 (ENSGFOG00000007937) SLC35F1 (ENSGFOG00000007946) CEP85L 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ENSGT00940000165475 Duck MODERN SPECIES 21 VGLL2 (ENSAPLG00000027398) ROS1 (ENSAPLG00000002159) DCBLD1 (ENSAPLG00000001269) GOPC (ENSAPLG00000000612) ENSAPLG00000000593 NUS1 (ENSAPLG00000015621) SLC35F1 (ENSAPLG00000015578) PLN (ENSAPLG00000002357) CEP85L (ENSAPLG00000015522) ASF1A (ENSAPLG00000027204) ENSAPLG00000015174 ENSAPLG00000021038 ENSAPLG00000026286 MAN1A1 (ENSAPLG00000015044) TBC1D32 (ENSAPLG00000014789) GJA1 (ENSAPLG00000000726) ##22 HSF2 (ENSAPLG00000014710) SERINC1 (ENSAPLG00000014540) PKIB (ENSAPLG00000019363) FABP7 (ENSAPLG00000014523) SMPDL3A (ENSAPLG00000014509) CLVS2 (ENSAPLG00000014464) ENSAPLG00000026000 MSH5 (ENSAPLG00000000949) ENSAPLG00000010992 EPB41L2 (ENSAPLG00000011001) ENSAPLG00000021880 TMEM200A (ENSAPLG00000000951) SAMD3 (ENSAPLG00000011115) L3MBTL3 (ENSAPLG00000011121) TMEM244 (ENSAPLG00000020682) Pink-footed goose MODERN SPECIES 146 SLC35F1 (ENSABRG00000000062) CEP85L (ENSABRG00000000069) PLN (ENSABRG00000000072) ENSABRG00000000082 ASF1A 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ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Chicken MODERN SPECIES 22 VGLL2 (ENSGALG00010012376) ROS1 (ENSGALG00010012360) DCBLD1 (ENSGALG00010012354) GOPC (ENSGALG00010012341) ENSGALG00010014560 NUS1 (ENSGALG00010012629) SLC35F1 (ENSGALG00010015035) PLN (ENSGALG00010015134) CEP85L (ENSGALG00010015123) ASF1A (ENSGALG00010015080) MCM9 (ENSGALG00010015028) FAM184A (ENSGALG00010015017) MAN1A1 (ENSGALG00010014922) ENS-1 (ENSGALG00010015173) TBC1D32 (ENSGALG00010012959) GJA1 (ENSGALG00010012939) ##22 HSF2 (ENSGALG00010012875) SERINC1 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ENSMGAG00000014640 ENSMGAG00000014639 ENSMGAG00000018107 ENSMGAG00000013118 African ostrich MODERN SPECIES 735 TBC1D32 (ENSSCUG00000011392) GJA1 (ENSSCUG00000011390) ##22 ENSSCUG00000011388 HSF2 (ENSSCUG00000011384) SERINC1 (ENSSCUG00000011377) PKIB (ENSSCUG00000011372) FABP7 (ENSSCUG00000011371) SMPDL3A (ENSSCUG00000011370) ENSSCUG00000011369 CLVS2 (ENSSCUG00000011366) ENSSCUG00000011358 ENSSCUG00000011355 Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 38 ROS1 (ENSCPRG00005004284) DCBLD1 (ENSCPRG00005004302) GOPC (ENSCPRG00005004309) ENSCPRG00005004319 NUS1 (ENSCPRG00005004326) SLC35F1 (ENSCPRG00005004339) CEP85L (ENSCPRG00005004358) PLN (ENSCPRG00005004410) ENSCPRG00005004423 ASF1A (ENSCPRG00005004429) FAM184A (ENSCPRG00005004448) MAN1A1 (ENSCPRG00005004507) ENSCPRG00005004749 ENSCPRG00005004762 TBC1D32 (ENSCPRG00005004778) GJA1 (ENSCPRG00005004819) ##22 HSF2 (ENSCPRG00005004852) SERINC1 (ENSCPRG00005004876) PKIB (ENSCPRG00005004890) FABP7 (ENSCPRG00005004895) SMPDL3A 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ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000013102.f ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937.o ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01050000244824.E ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000013102.f ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00960000186966 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632.d ENSGT00940000157632.c ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937.o ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 2370 GJA1 (ENSCABG00000003278) ##22 HSF2 (ENSCABG00000003285) SERINC1 (ENSCABG00000003290) Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 17 ROS1 (ENSGEVG00005016750) DCBLD1 (ENSGEVG00005017616) GOPC (ENSGEVG00005017652) ENSGEVG00005017671 NUS1 (ENSGEVG00005017695) SLC35F1 (ENSGEVG00005017730) CEP85L (ENSGEVG00005017768) PLN (ENSGEVG00005017789) ENSGEVG00005017804 ASF1A (ENSGEVG00005017831) FAM184A (ENSGEVG00005017851) ENSGEVG00005017901 ENSGEVG00005018048 ENSGEVG00005018462 TBC1D32 (ENSGEVG00005018504) GJA1 (ENSGEVG00005018760) ##22 HSF2 (ENSGEVG00005018770) SERINC1 (ENSGEVG00005018791) ENSGEVG00005018804 FABP7 (ENSGEVG00005018817) SMPDL3A (ENSGEVG00005018845) CCDC185 (ENSGEVG00005000108) CLVS2 (ENSGEVG00005000130) ENSGEVG00005000147 NKAIN2 (ENSGEVG00005000166) RNF217 (ENSGEVG00005000184) TPD52L1 (ENSGEVG00005000210) HDDC2 (ENSGEVG00005000237) HEY2 (ENSGEVG00005000263) NCOA7 (ENSGEVG00005000310) HINT3 (ENSGEVG00005000344) Emydidae ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00390000013102.f ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00390000009937.o ENSGT00940000159202 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 painted turtle MODERN SPECIES 12 RFX6 (ENSCPBG00000018850) VGLL2 (ENSCPBG00000018846) ROS1 (ENSCPBG00000018832) DCBLD1 (ENSCPBG00000018829) GOPC (ENSCPBG00000018825) ENSCPBG00000018824 NUS1 (ENSCPBG00000018822) SLC35F1 (ENSCPBG00000018818) CEP85L (ENSCPBG00000018810) ASF1A (ENSCPBG00000018809) ENSCPBG00000018796 FAM184A (ENSCPBG00000018775) MAN1A1 (ENSCPBG00000018765) ENSCPBG00000018759 TBC1D32 (ENSCPBG00000018735) GJA1 (ENSCPBG00000018721) ##22 HSF2 (ENSCPBG00000018706) SERINC1 (ENSCPBG00000018696) ENSCPBG00000018690 FABP7 (ENSCPBG00000018684) SMPDL3A (ENSCPBG00000018678) CLVS2 (ENSCPBG00000018665) ENSCPBG00000018607 ENSCPBG00000018571 ENSCPBG00000018562 NKAIN2 (ENSCPBG00000018559) RNF217 (ENSCPBG00000018556) ENSCPBG00000018553 TPD52L1 (ENSCPBG00000018552) HEY2 (ENSCPBG00000018549) NCOA7 (ENSCPBG00000018541) Three-toed box turtle MODERN SPECIES 31 ROS1 (ENSTMTG00000001045) DCBLD1 (ENSTMTG00000000948) GOPC (ENSTMTG00000000933) ENSTMTG00000000924 NUS1 (ENSTMTG00000000917) SLC35F1 (ENSTMTG00000000885) PLN (ENSTMTG00000000877) CEP85L (ENSTMTG00000000850) ASF1A (ENSTMTG00000000831) ENSTMTG00000000804 FAM184A (ENSTMTG00000000715) MAN1A1 (ENSTMTG00000000667) ENSTMTG00000000653 ENSTMTG00000000643 TBC1D32 (ENSTMTG00000000490) GJA1 (ENSTMTG00000000404) ##22 HSF2 (ENSTMTG00000000381) SERINC1 (ENSTMTG00000000354) PKIB (ENSTMTG00000000336) FABP7 (ENSTMTG00000000319) SMPDL3A (ENSTMTG00000000307) ENSTMTG00000000296 CLVS2 (ENSTMTG00000000284) ENSTMTG00000000268 ENSTMTG00000000246 NKAIN2 (ENSTMTG00000000230) RNF217 (ENSTMTG00000000218) TPD52L1 (ENSTMTG00000000151) HEY2 (ENSTMTG00000000102) NCOA7 (ENSTMTG00000000063) HINT3 (ENSTMTG00000011396) Chinese turtle MODERN SPECIES 1760 ENSPSIG00000000685 TBC1D32 (ENSPSIG00000004186) GJA1 (ENSPSIG00000004245) ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01050000244824.E ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b Laterata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b.w ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Common wall lizard MODERN SPECIES 11 ENSPMRG00000006208 GPRC6A (ENSPMRG00000006219) RFX6 (ENSPMRG00000006227) DCBLD1 (ENSPMRG00000006247) ENSPMRG00000006271 GOPC (ENSPMRG00000006277) ENSPMRG00000006290 SLC35F1 (ENSPMRG00000006298) CEP85L (ENSPMRG00000006312) PLN (ENSPMRG00000006326) ENSPMRG00000006330 ASF1A (ENSPMRG00000006339) FAM184A (ENSPMRG00000006351) MAN1A1 (ENSPMRG00000006395) ENSPMRG00000006416 GJA1 (ENSPMRG00000006425) ##22 HSF2 (ENSPMRG00000002813) SERINC1 (ENSPMRG00000002839) ENSPMRG00000002847 FABP7 (ENSPMRG00000002861) SMPDL3A (ENSPMRG00000002880) ENSPMRG00000002899 CLVS2 (ENSPMRG00000002912) TRDN (ENSPMRG00000002933) ENSPMRG00000002993 ENSPMRG00000003003 NKAIN2 (ENSPMRG00000003014) RNF217 (ENSPMRG00000003029) TPD52L1 (ENSPMRG00000003052) HDDC2 (ENSPMRG00000003075) HEY2 (ENSPMRG00000003087) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 2 ENSSMRG00000012485 VGLL2 (ENSSMRG00000012484) DCBLD1 (ENSSMRG00000012481) GOPC (ENSSMRG00000012464) ENSSMRG00000012462 NUS1 (ENSSMRG00000012461) SLC35F1 (ENSSMRG00000012458) PLN (ENSSMRG00000012356) CEP85L (ENSSMRG00000012355) ENSSMRG00000012353 ENSSMRG00000012350 FAM184A (ENSSMRG00000012304) MAN1A1 (ENSSMRG00000012301) TBC1D32 (ENSSMRG00000012241) ENSSMRG00000012224 GJA1 (ENSSMRG00000012223) ##22 HSF2 (ENSSMRG00000012164) SERINC1 (ENSSMRG00000012160) PKIB (ENSSMRG00000012159) ENSSMRG00000012158 SMPDL3A (ENSSMRG00000012156) CCDC185 (ENSSMRG00000012098) ENSSMRG00000012097 CLVS2 (ENSSMRG00000012096) ENSSMRG00000012048 NKAIN2 (ENSSMRG00000011996) RNF217 (ENSSMRG00000011882) TPD52L1 (ENSSMRG00000011838) HDDC2 (ENSSMRG00000011836) HEY2 (ENSSMRG00000011822) NCOA7 (ENSSMRG00000011821) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b 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ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000156535.l ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000002403 ENSGT01050000244824.E ENSGT00390000004692.d.b ENSGT00530000063669.b.h ENSGT00940000169801 ENSGT00530000063669.b.g ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b.l.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906.w ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00740000115684 ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141 ENSGT00510000047616.b ENSGT00940000165475 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT01050000244950.a.a.b ENSGT00940000158416 ENSGT01050000244879.b.a.b.b 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ENSACAG00000001690 ENSACAG00000039588 tuatara MODERN SPECIES 611 ENSSPUG00000007382 GJA1 (ENSSPUG00000007392) ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00530000063353.a.b.a ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000089228 ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00390000004692.d.b ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 Frog MODERN SPECIES 5 ENSXETG00000043626 slc35f1 (ENSXETG00000012876) ENSXETG00000031627 pln (ENSXETG00000043179) cep85l (ENSXETG00000012874) ENSXETG00000041871 ENSXETG00000035493 ENSXETG00000045413 mcm9 (ENSXETG00000012868) asf1a (ENSXETG00000035875) ankrd60 (ENSXETG00000037038) fam184a (ENSXETG00000022616) ENSXETG00000043468 man1a1 (ENSXETG00000022600) ENSXETG00000036917 gja1 (ENSXETG00000044635) ##22 ENSXETG00000040434 mtfr2 (ENSXETG00000017718) pde7b (ENSXETG00000017719) ahi1 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CLVS2 (ENSLLEG00000018946) Coelacanth MODERN SPECIES 1455 TBC1D32 (ENSLACG00000009944) ENSLACG00000009534 gja13.1 (ENSLACG00000022245) GJA1 (ENSLACG00000008784) ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000160831 ENSGT00940000157334 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000162914 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000089228 ENSGT00390000002403 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT00530000063669.b ENSGT00940000158188 ENSGT00940000153528.a.b.a.b ENSGT00940000174281 ENSGT01050000244864.A.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00530000064264 ENSGT00940000156713 ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207 ENSGT00940000157989.a.a ENSGT00940000160565 ENSGT00730000111285 ENSGT00660000097134 ENSGT00940000159202 ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636 ENSGT00940000155141.w.b Reedfish MODERN SPECIES 11 ENSECRG00000002901 nus1 (ENSECRG00000002893) dgat2 (ENSECRG00000002314) SLC35F1 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ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00960000186966 ENSGT00940000156713.m ENSGT00950000183182.a.b ENSGT00940000157632 ENSGT00510000049207.a Cod DUPLICATION Cod MODERN SPECIES 20 ENSGMOG00000006957 ENSGMOG00000035449 ENSGMOG00000005700 ENSGMOG00000005046 ENSGMOG00000024095 ALS2 (ENSGMOG00000007250) ENSGMOG00000002312 ENSGMOG00000026893 tmem237b (ENSGMOG00000002511) abi2b (ENSGMOG00000029004) ENSGMOG00000034307 ENSGMOG00000029267 ENSGMOG00000035489 ENSGMOG00000032597 CLCN4 (ENSGMOG00000009849) ENSGMOG00000036603 ##22 ENSGMOG00000003663 ENSGMOG00000031509 ENSGMOG00000033698 ENSGMOG00000030697 ENSGMOG00000026621 ENSGMOG00000031910 ENSGMOG00000033346 ENSGMOG00000028375 ENSGMOG00000028152 MXRA5 (ENSGMOG00000028745) ENSGMOG00000035296 ENSGMOG00000028832 ENSGMOG00000035909 ENSGMOG00000032604 PRKX (ENSGMOG00000003669) Cod MODERN SPECIES 13 ENSGMOG00000031612 ENSGMOG00000033652 ENSGMOG00000027300 ENSGMOG00000028231 ENSGMOG00000022988 MAN1A1 (ENSGMOG00000000467) ENSGMOG00000024767 ENSGMOG00000032967 tbc1d32 (ENSGMOG00000018871) hsdl1 (ENSGMOG00000018891) gja11 (ENSGMOG00000018894) ENSGMOG00000027729 gja12.1 (ENSGMOG00000018912) ENSGMOG00000018916 ENSGMOG00000030339 gja1b (ENSGMOG00000020304) ##22 ENSGMOG00000029138 ENSGMOG00000029353 cmtr1 (ENSGMOG00000014482) ENSGMOG00000014527 fbxo25 (ENSGMOG00000014539) ENSGMOG00000035906 ENSGMOG00000026720 acp1 (ENSGMOG00000012983) ENSGMOG00000012987 tmem18 (ENSGMOG00000029839) ENSGMOG00000013355 AK9 (ENSGMOG00000005018) ENSGMOG00000026770 ENSGMOG00000005089 GPR6 (ENSGMOG00000020521) Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 146 ENSGT00940000156535 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000156065.b ENSGT00390000004542 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT01050000244902.b.c.a.b ENSGT00940000155076.a.c ENSGT00940000160169 ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 465 naa20 (ENSHCOG00000006379) crnkl1 (ENSHCOG00000006420) CFAP61 (ENSHCOG00000006457) insm1a (ENSHCOG00000006459) ENSHCOG00000006506 ENSHCOG00000006527 ENSHCOG00000006547 gja1b (ENSHCOG00000006554) ##22 mcm9 (ENSHCOG00000006578) hsf2 (ENSHCOG00000000774) FNDC4 (ENSHCOG00000006607) ENSHCOG00000006611 ENSHCOG00000006643 znf513a (ENSHCOG00000006652) snx17 (ENSHCOG00000006690) atraid (ENSHCOG00000006717) eif2b4 (ENSHCOG00000006727) ENSHCOG00000006754 ENSHCOG00000006767 ENSHCOG00000006789 ENSHCOG00000006820 ENSHCOG00000006840 COX7A2 (ENSHCOG00000006862) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT00940000160169 ENSGT00940000155076.a.c ENSGT01050000244902.b.c.a.b ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT01090000260005.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000156147.c Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000169801 ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000156147.c Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000156147.c ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000156065.b ENSGT00390000004542 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000003223 ENSGT00390000015655.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 157 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT00940000169801 ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000166622 ENSGT00940000159157 ENSGT00560000077266.a ENSGT00940000159097 ENSGT00390000016168.a ENSGT01070000253766.C.o.a ENSGT00940000157818 ENSGT00390000014037.c ENSGT00450000040279 ENSGT00940000161092 ENSGT00940000175432 ENSGT00940000165962 ENSGT00940000156535 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT00940000155906 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000166622 ENSGT00940000159157 ENSGT00560000077266.a ENSGT00940000159097 ENSGT00390000016168.a ENSGT01070000253766.C.o.a ENSGT00940000157818 ENSGT00390000014037.c ENSGT00450000040279 ENSGT00940000161092 ENSGT00940000175432 ENSGT00940000165962 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000171557 ENSGT00390000018318 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT00940000155906 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000166622 ENSGT00940000159157 ENSGT00560000077266.a ENSGT00390000018318 ENSGT00940000171557 ENSGT00940000156535 ENSGT00940000165962 ENSGT00940000175432 ENSGT00940000161092 ENSGT00450000040279 ENSGT00390000014037.c ENSGT00940000157818 ENSGT01070000253766.C.o.a ENSGT00390000016168.a ENSGT00950000182978.A.a.a Orange clownfish MODERN SPECIES 2 ENSAPEG00000010167 ENSAPEG00000010157 nus1 (ENSAPEG00000010121) SLC35F1 (ENSAPEG00000010089) serinc1 (ENSAPEG00000010073) serinc1 (ENSAPEG00000010038) SLC35F1 (ENSAPEG00000010012) nus1 (ENSAPEG00000009993) ENSAPEG00000009964 hsf2 (ENSAPEG00000009898) ENSAPEG00000009829 mcm9 (ENSAPEG00000009808) ENSAPEG00000009787 ENSAPEG00000009754 gja1b (ENSAPEG00000009745) ##22 ENSAPEG00000009726 ENSAPEG00000009709 ENSAPEG00000009232 sh3bgrl2 (ENSAPEG00000009160) ENSAPEG00000009172 rps12 (ENSAPEG00000009104) ENSAPEG00000009023 gopc (ENSAPEG00000008968) ENSAPEG00000008939 ENSAPEG00000008933 sox7 (ENSAPEG00000008893) pinx1 (ENSAPEG00000008823) tdh (ENSAPEG00000008777) ENSAPEG00000008747 xkr6b (ENSAPEG00000008694) Clown anemonefish MODERN SPECIES 2993 mcm9 (ENSAOCG00000022837) ENSAOCG00000022822 ENSAOCG00000022814 gja1b (ENSAOCG00000022809) ##22 Spiny chromis MODERN SPECIES 1891 ENSAPOG00000012472 ENSAPOG00000012496 ENSAPOG00000012510 gja1b (ENSAPOG00000012520) ##22 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1337 tcf21 (ENSSPAG00000014898) serinc1 (ENSSPAG00000014866) nus1 (ENSSPAG00000014855) SLC35F1 (ENSSPAG00000014832) ENSSPAG00000014826 ENSSPAG00000014726 mcm9 (ENSSPAG00000014704) ENSSPAG00000014698 ENSSPAG00000014684 ENSSPAG00000014664 gja1b (ENSSPAG00000014659) ##22 ENSSPAG00000014527 sh3bgrl2 (ENSSPAG00000014499) ENSSPAG00000014459 fam167ab (ENSSPAG00000014437) ccm2 (ENSSPAG00000014402) xkr6b (ENSSPAG00000014383) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00390000002112 ENSGT00940000167164 ENSGT00940000157785 ENSGT00940000158228.a #23 ENSGT01090000260070.D.a #22 ENSGT00620000088063 ENSGT00550000074802 ENSGT00390000002957 ENSGT00940000155887.b ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000156147.c Midas cichlid MODERN SPECIES 484 ENSACIG00000019231 ENSACIG00000019228 ENSACIG00000019220 gja1b (ENSACIG00000019202) ##22 hsf2 (ENSACIG00000019157) serinc1 (ENSACIG00000019142) ENSACIG00000019119 SLC35F1 (ENSACIG00000019108) nus1 (ENSACIG00000019084) psmc6 (ENSACIG00000019064) cgrrf1 (ENSACIG00000019031) ddhd1b (ENSACIG00000019008) stxbp6l (ENSACIG00000018997) Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155197 ENSGT00940000154098.a.f ENSGT00390000008708 ENSGT00940000153525.i.a ENSGT00670000099475 ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.b ENSGT00940000157013 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000156147.c ENSGT00390000016036 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00740000116948 Pseudocrenilabrinae_A DUPLICATION Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260070.A.rb ##22 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 528 slc26a5 (ENSNBRG00000009221) psmc2 (ENSNBRG00000009236) ENSNBRG00000009211 ENSNBRG00000009199 pmpcb (ENSNBRG00000009168) phax (ENSNBRG00000009151) ENSNBRG00000009145 kcnc2 (ENSNBRG00000009105) ENSNBRG00000009098 ENSNBRG00000009089 cmah (ENSNBRG00000009063) NXPE3 (ENSNBRG00000009030) GJA1 (ENSNBRG00000009020) ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000155197 ENSGT00940000154098.a.f ENSGT00390000008708 ENSGT00940000153525.i.a ENSGT00670000099475 ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.b ENSGT00940000157013 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652 ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01090000260070.A.sb ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000155643.d ENSGT00940000156147.c ENSGT00390000016036 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 333 GABRR2 (ENSNBRG00000014303) ube2j1 (ENSNBRG00000014292) gopc (ENSNBRG00000014271) ENSNBRG00000014159 ENSNBRG00000014137 ENSNBRG00000014122 gja1b (ENSNBRG00000014115) ##22 hsf2 (ENSNBRG00000014096) serinc1 (ENSNBRG00000014078) SLC35F1 (ENSNBRG00000014056) nus1 (ENSNBRG00000014050) psmc6 (ENSNBRG00000014031) ENSNBRG00000014022 ENSNBRG00000014011 ddhd1b (ENSNBRG00000013974) stxbp6l (ENSNBRG00000013958) meis2b (ENSNBRG00000013932) ENSNBRG00000013918 kcnk10a (ENSNBRG00000013906) ENSNBRG00000013885 rmdn3 (ENSNBRG00000013857) rad51 (ENSNBRG00000013824) Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000155197 ENSGT00940000154098.a.f ENSGT00390000008708 ENSGT00940000153525.i.a ENSGT00670000099475 ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.b ENSGT00940000157013 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652.m ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244824.E ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01090000260070.A.sb ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000155643.d ENSGT00940000156147.c ENSGT00390000016036 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 562 strap (ENSHBUG00000001375) tmpoa (ENSHBUG00000001370) slc25a3b (ENSHBUG00000001368) LDHB (ENSHBUG00000001364) ENSHBUG00000001360 gys2 (ENSHBUG00000001356) spx (ENSHBUG00000001349) golt1ba (ENSHBUG00000001346) recql (ENSHBUG00000001341) GABRR2 (ENSHBUG00000000005) ube2j1 (ENSHBUG00000001333) gopc (ENSHBUG00000001330) ENSHBUG00000001324 mcm9 (ENSHBUG00000001321) ENSHBUG00000001318 gja1b (ENSHBUG00000001315) ##22 hsf2 (ENSHBUG00000001314) serinc1 (ENSHBUG00000001310) SLC35F1 (ENSHBUG00000001308) nus1 (ENSHBUG00000001303) psmc6 (ENSHBUG00000001300) ENSHBUG00000001297 ENSHBUG00000001293 ENSHBUG00000001291 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000154098.a.f ENSGT00390000008708 ENSGT00940000153525.i.a ENSGT00670000099475 ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.b ENSGT00940000157013 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652.m ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT00940000169801 ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244824.E ENSGT01090000260070.A.sb ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000156147.c ENSGT00390000016036 ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00740000116948 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000154098.a.f ENSGT00390000008708 ENSGT00940000153525.i.a ENSGT00670000099475 ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.b ENSGT00940000157013 ENSGT00940000156864.d ENSGT00940000156652.m ENSGT00940000156652.n ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244824.E ENSGT01090000260070.A.sb ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT00940000155643.c.b.b ENSGT00940000156147.c ENSGT00390000016036.e ENSGT00940000166728 ENSGT00950000182992.a.b.a.b ENSGT00940000156157 ENSGT00740000116948 Eastern happy MODERN SPECIES 6 slc25a3b (ENSACLG00000021624) LDHB (ENSACLG00000021613) 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ABI2 (ENSLBEG00000022910) cnot11 (ENSLBEG00000022855) lcp1 (ENSLBEG00000022808) alg11 (ENSLBEG00000022778) ENSLBEG00000022745 ENSLBEG00000022721 itm2bb (ENSLBEG00000022694) med4 (ENSLBEG00000022667) sucla2 (ENSLBEG00000022560) HTR2A (ENSLBEG00000022509) esd (ENSLBEG00000022454) C1QL2 (ENSLBEG00000022410) gja1b (ENSLBEG00000022370) ##22 ENSLBEG00000022340 EN1 (ENSLBEG00000022326) insig2 (ENSLBEG00000022277) si:dkey-251i10.3 (ENSLBEG00000022133) ccdc93 (ENSLBEG00000021931) ENSLBEG00000021837 TMPRSS3 (ENSLBEG00000021752) pknox1.1 (ENSLBEG00000021695) ENSLBEG00000021668 ENSLBEG00000021633 wdr4 (ENSLBEG00000021605) PDE9A (ENSLBEG00000021554) slc37a1 (ENSLBEG00000021479) RRP1 (ENSLBEG00000021417) arglu1a (ENSLBEG00000021379) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT01050000244824.E ENSGT00940000156535 ENSGT00620000087993.a.a ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.d ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT00940000155076.a.c ENSGT01050000244902.b.c.a.b ENSGT01020000230346.A.d ENSGT00390000004542 ENSGT00940000156065.b ENSGT00940000156499.a.b ENSGT01090000260005.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000155643.c.b.b Perciformes ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000182934.a.b.h.b.d.c.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154603.B.k ENSGT00940000156212 ENSGT00940000157566 ENSGT01100000263524.B.a.b ENSGT00940000156827 ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000166260 ENSGT00950000182878.b.b ENSGT00940000155731.a ENSGT00940000161395 ENSGT00390000002210.c.b ENSGT00390000018505 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT00940000156638 ENSGT00390000008373 ENSGT00940000156283 ENSGT00940000155107.a.b ENSGT00940000158473 ENSGT00940000158213 ENSGT00390000011776 ENSGT00390000007279 ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00950000182934.a.b.h.b.d.c.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154603.B.k ENSGT00940000156212 ENSGT00940000157566 ENSGT01100000263524.B.a.b ENSGT00940000156827 ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000166260 ENSGT00950000182878.b.b ENSGT00940000155731.a ENSGT00940000161395 ENSGT00390000002210.c.b ENSGT00390000018505 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT01090000260070.A ##22 ENSGT00940000155906 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b ENSGT00390000015655.b ENSGT00390000003223 ENSGT00940000156638 ENSGT00390000008373 ENSGT00940000156283 ENSGT00940000155107.a.b ENSGT00940000158473 ENSGT00940000158213 ENSGT00390000011776 ENSGT00390000007279 ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 Lumpfish MODERN SPECIES 16 ENSCLMG00005019866 ENSCLMG00005019864 ENSCLMG00005019861 ENSCLMG00005019859 brox (ENSCLMG00005019857) ENSCLMG00005019854 mep1a.1 (ENSCLMG00005019837) mep1a.2 (ENSCLMG00005019830) ENSCLMG00005019828 ephx1 (ENSCLMG00005019827) srp9 (ENSCLMG00005019826) ENSCLMG00005019825 ENSCLMG00005019824 enah (ENSCLMG00005019823) lbr (ENSCLMG00005019796) gja1b (ENSCLMG00005019794) ##22 hsf2 (ENSCLMG00005019793) serinc1 (ENSCLMG00005019745) SLC35F1 (ENSCLMG00005019737) nus1 (ENSCLMG00005019736) katna1 (ENSCLMG00005019735) ginm1 (ENSCLMG00005019734) ppil4 (ENSCLMG00005019730) ENSCLMG00005019727 tab2 (ENSCLMG00005019724) CDK19 (ENSCLMG00005019712) amd1 (ENSCLMG00005019702) rpf2 (ENSCLMG00005019701) slc16a10 (ENSCLMG00005019698) mfsd4b (ENSCLMG00005019697) REV3L (ENSCLMG00005019696) Stickleback MODERN SPECIES 18 TAAR1 (ENSGACG00000004274) ENSGACG00000004270 tnfrsf21 (ENSGACG00000004266) cd2ap (ENSGACG00000004255) opn5 (ENSGACG00000004253) ptchd4 (ENSGACG00000004251) CNIH3 (ENSGACG00000004246) ENSGACG00000004242 rpl7l1 (ENSGACG00000004217) slc5a6a (ENSGACG00000004185) ENSGACG00000004183 ephx1 (ENSGACG00000004116) srp9 (ENSGACG00000004110) enah (ENSGACG00000004100) lbr (ENSGACG00000004093) gja1b (ENSGACG00000004089) ##22 hsf2 (ENSGACG00000004065) serinc1 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ENSSLUG00000011753 ENSSLUG00000011740 katna1 (ENSSLUG00000011704) GINM1 (ENSSLUG00000011697) Pike perch MODERN SPECIES 373 ncf1 (ENSSLUG00000022454) st6gal1 (ENSSLUG00000022476) gja1b (ENSSLUG00000022491) ##22 Channel bull blenny MODERN SPECIES 16 olfcb1 (ENSCGOG00000004249) zgc:112001 (ENSCGOG00000004272) LRFN2 (ENSCGOG00000004278) C14orf132 (ENSCGOG00000004280) BDKRB2 (ENSCGOG00000004337) ENSCGOG00000004340 gopc (ENSCGOG00000004349) mcm9 (ENSCGOG00000004369) rpl7l1 (ENSCGOG00000004550) ENSCGOG00000004557 ephx1 (ENSCGOG00000004562) srp9 (ENSCGOG00000004643) ENSCGOG00000004658 enah (ENSCGOG00000004663) lbr (ENSCGOG00000004668) gja1b (ENSCGOG00000004743) ##22 hsf2 (ENSCGOG00000004751) serinc1 (ENSCGOG00000004758) SLC35F1 (ENSCGOG00000004818) nus1 (ENSCGOG00000004823) katna1 (ENSCGOG00000004840) ENSCGOG00000005025 ginm1 (ENSCGOG00000005027) ppil4 (ENSCGOG00000005032) ENSCGOG00000005339 tab2 (ENSCGOG00000005342) CDK19 (ENSCGOG00000005382) amd1 (ENSCGOG00000006540) rpf2 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ENSGT00940000155906.a ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b.n ENSGT00960000186966.a ENSGT00940000156713.m.l ENSGT00950000183182.a.b.h ENSGT00940000157632.r ENSGT00510000049207.a.b ENSGT00770000121629.g ENSGT00940000160565.c.a ENSGT00730000111285.i ENSGT00940000159202.c.b ENSGT00390000009937 ENSGT00940000160636.f ENSGT00940000160083.d ENSGT00940000157314.A.f Atlantic salmon MODERN SPECIES 25 vgll2a (ENSSSAG00000039680) dcbld1 (ENSSSAG00000039508) gopc (ENSSSAG00000101654) nus1 (ENSSSAG00000038419) SLC35F1 (ENSSSAG00000037898) CEP85L (ENSSSAG00000080943) ENSSSAG00000080940 FAM184A (ENSSSAG00000080850) MAN1A1 (ENSSSAG00000080818) tbc1d32 (ENSSSAG00000080767) hsdl1 (ENSSSAG00000080756) gja11 (ENSSSAG00000102427) ENSSSAG00000109954 gja12.1 (ENSSSAG00000091385) ENSSSAG00000100408 gja1b (ENSSSAG00000099876) ##22 ENSSSAG00000106869 hsf2 (ENSSSAG00000080731) serinc1 (ENSSSAG00000080704) ENSSSAG00000080696 fabp7b (ENSSSAG00000086777) smpdl3a (ENSSSAG00000080679) clvs2 (ENSSSAG00000120757) 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(ENSCARG00000062803) ENSCARG00000062800 ##23 gja10a (ENSCARG00000062796) #22 rragd (ENSCARG00000062771) gabrr2a (ENSCARG00000062753) syne3 (ENSCARG00000062731) ENSCARG00000062712 znf395a (ENSCARG00000062694) ENSCARG00000062685 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 398 ENSGT00390000005163.g.b ENSGT00940000157901.s.a ENSGT01050000244902.b.c.a.a.d ENSGT00940000153986.a.a ENSGT00390000007753.b.g ENSGT00940000157933.b ENSGT00390000013481.c.a.f ENSGT00390000002030.t ENSGT00940000166202.a ENSGT00390000008666.z ENSGT00940000154859.eb ENSGT00940000154859.db.a ENSGT00390000002403.p.a ENSGT00530000063669.b.b.b ENSGT01030000235398 ENSGT01090000260070.A.pc.a ##22 ENSGT00940000156713.n.j ENSGT00940000155462.`b.a.a ENSGT00730000111419.b.c.a ENSGT00940000154317.a.b.a.b Common carp reference MODERN SPECIES 4 ENSCCRG00000021169 rtraf (ENSCCRG00000080546) NID2 (ENSCCRG00000021161) ptger2a (ENSCCRG00000025440) ENSCCRG00000067518 gpr137c (ENSCCRG00000060829) ero1a (ENSCCRG00000003606) SAMD4A (ENSCCRG00000076406) 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GJA1 (ENSSGRG00000036365) ##22 fabp7a (ENSSGRG00000036352) fyna (ENSSGRG00000036302) marcksb (ENSSGRG00000036299) ENSSGRG00000036298 col10a1a (ENSSGRG00000036292) ENSSGRG00000036289 FHL5 (ENSSGRG00000036286) fut9a (ENSSGRG00000036285) manea (ENSSGRG00000036284) ENSSGRG00000036283 ##23 gja10a (ENSSGRG00000036282) #22 rragd (ENSSGRG00000036220) gabrr2a (ENSSGRG00000036218) syne3 (ENSSGRG00000036217) ENSSGRG00000036211 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 163 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030.t ENSGT00940000166202.a ENSGT00390000008666.z ENSGT00940000154859.eb ENSGT00390000002403.p.a ENSGT00530000063669.b.b.b ENSGT00390000002030.s ENSGT00940000166202.b ENSGT00390000008666.y ENSGT00940000154859.db.b ENSGT00940000160831 ENSGT00390000002403.p.b ENSGT00530000063669.b.b.a ENSGT00940000155843.z ENSGT01090000260070.A.pc.b ##22 ENSGT00940000156713.n.i ENSGT00940000155462.`b.a.b ENSGT00730000111419.b.d ENSGT00940000154317.a.b.a.a ENSGT00530000063596.A.j ENSGT00950000183028.a.a.b.e.a 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ENSGT00940000157264.i ENSGT00940000160083.e Cyprininae_a DUPLICATION Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT00390000003223.b.b ENSGT00390000015655.b.a ENSGT00620000089228.d ENSGT00390000002403.o.a ENSGT00620000087993.a.a.c ENSGT01050000244824.E.a ENSGT00530000063669.b.a.a ENSGT00940000158188.e.b ENSGT00940000153528.a.b.a.b.h ENSGT00940000160053.c ENSGT01050000244864.A.a.a.d ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.b.b.b ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.a.a ENSGT01050000244864.A.a.b.a.a.b.c ENSGT01050000244864.A.a.b.a.b.b.a.b ENSGT01090000260070.A.qc.a.a ##22 ENSGT00940000155906.g ENSGT01030000234623.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000156713.m.b ENSGT00950000183182.a.b.e ENSGT00940000157632.i ENSGT00510000049207.a.d ENSGT00940000160565.f.a.b ENSGT00730000111285.h ENSGT00940000159202.a.a ENSGT00390000009937.e ENSGT00940000160636.c ENSGT00940000157264.j ENSGT00940000160083.e ENSGT00720000108839.r ENSGT00940000158598.b Common carp reference MODERN SPECIES 34 SLC35F1 (ENSCCRG00000072579) si:dkeyp-114g9.1 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