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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182860.a.a.a #9	ENSGT00940000156497 #10	ENSGT00940000156292 #11	ENSGT00390000002808.a #12	ENSGT00940000160739 #13	ENSGT00940000156993 #14	ENSGT00390000017837.a #15	ENSGT00550000075038 #16	ENSGT00940000162478 #17	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00390000004038 #19	ENSGT00940000155685 #20	ENSGT00940000161778 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000159790 #23	ENSGT00390000015009 #24	ENSGT00390000003267 #25	ENSGT00940000161812 #26	ENSGT00940000159523 #27	ENSGT00940000160724 #28	ENSGT00950000183184.b #29	ENSGT00470000042293.a.b #30	ENSGT00940000156382 #31	ENSGT00940000158922 #32	ENSGT00940000157423 #33	ENSGT00940000161141 #34	ENSGT00940000158253 #35	ENSGT00390000014069.b #36	ENSGT00940000160773 #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	67	ENSCPOG00000037249 #7	PLEKHM1 (ENSCPOG00000011348) #8	ARHGAP27 (ENSCPOG00000033813) #9	MAP3K14 (ENSCPOG00000004839) #10	FMNL1 (ENSCPOG00000024625) #11	HEXIM1 (ENSCPOG00000007132) #12	ACBD4 (ENSCPOG00000034610) #13	PLCD3 (ENSCPOG00000007126) #14	NMT1 (ENSCPOG00000000854) #15	DCAKD (ENSCPOG00000040615) #16	C1QL1 (ENSCPOG00000023818) #17	GFAP (ENSCPOG00000020899) #18	CCDC103 (ENSCPOG00000013479) #19	EFTUD2 (ENSCPOG00000010566) #20	HIGD1B (ENSCPOG00000034697) #21	GJC1 (ENSCPOG00000030590) #22	ADAM11 (ENSCPOG00000001083) #23	CCDC43 (ENSCPOG00000032545) #24	MEIOC (ENSCPOG00000022459) #25	FZD2 (ENSCPOG00000033417) #26	GPATCH8 (ENSCPOG00000039068) #27	ITGA2B (ENSCPOG00000006801) #28	FAM171A2 (ENSCPOG00000010204) #29	GRN (ENSCPOG00000008789) #30	SLC25A39 (ENSCPOG00000021740) #31	RUNDC3A (ENSCPOG00000024590) #32	SLC4A1 (ENSCPOG00000023295) #33	UBTF (ENSCPOG00000009039) #34	ATXN7L3 (ENSCPOG00000027448) #35	TMUB2 (ENSCPOG00000007784) #36	ASB16 (ENSCPOG00000035086) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES											ENSGT00940000161200	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00390000004038 #19	ENSGT00940000155685 #20	ENSGT00940000161778 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000159790 #23	ENSGT00390000015009 #24	ENSGT00390000003267 #25	ENSGT00940000161812 #26	ENSGT00940000159523 #27	ENSGT00940000160724 #28	ENSGT00950000183184.b #29	ENSGT00470000042293.a.b #30	ENSGT00940000156382 #31	ENSGT00940000158922 #32	ENSGT00940000157423 #33	ENSGT00940000161141 #34	ENSGT00940000158253 #35	ENSGT00390000014069.b #36	ENSGT00940000160773 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	PLEKHM1 (ENSCLAG00000015679) #8	ARHGAP27 (ENSCLAG00000016731) #9	MAP3K14 (ENSCLAG00000016893) #10	FMNL1 (ENSCLAG00000016137) #11	ACBD4 (ENSCLAG00000016891) #13	PLCD3 (ENSCLAG00000016894) #14	NMT1 (ENSCLAG00000016926) #15	DCAKD (ENSCLAG00000016633) #16	ENSCLAG00000016592	KIF18B (ENSCLAG00000016007)	GFAP (ENSCLAG00000016644) #18	FAM187A (ENSCLAG00000016620)	CCDC103 (ENSCLAG00000016424) #19	HIGD1B (ENSCLAG00000016357) #21	EFTUD2 (ENSCLAG00000014733) #20	GJC1 (ENSCLAG00000016073) #22	ADAM11 (ENSCLAG00000015429) #23	CCDC43 (ENSCLAG00000016525) #24	MEIOC (ENSCLAG00000016838) #25	GPATCH8 (ENSCLAG00000016710) #27	ITGA2B (ENSCLAG00000016572) #28	GRN (ENSCLAG00000015498) #30	SLC25A39 (ENSCLAG00000017101) #31	RUNDC3A (ENSCLAG00000016257) #32	SLC4A1 (ENSCLAG00000015354) #33	UBTF (ENSCLAG00000016520) #34	ATXN7L3 (ENSCLAG00000015820) #35	TMUB2 (ENSCLAG00000017138) #36	ENSCLAG00000015374 #37	HDAC5 (ENSCLAG00000015499)	G6PC3 (ENSCLAG00000014421)
Degu	MODERN SPECIES	97	ENSODEG00000017941	ENSODEG00000017987 #9	MAP3K14 (ENSODEG00000017916) #10	FMNL1 (ENSODEG00000018088) #11	HEXIM1 (ENSODEG00000018098) #12	ACBD4 (ENSODEG00000018134) #13	PLCD3 (ENSODEG00000018045) #14	ENSODEG00000018078 #15	DCAKD (ENSODEG00000018054) #16	ENSODEG00000018024	KIF18B (ENSODEG00000018090)	GFAP (ENSODEG00000018068) #18	CCDC103 (ENSODEG00000018091) #19	ENSODEG00000018041 #20	HIGD1B (ENSODEG00000018046) #21	GJC1 (ENSODEG00000020541) #22	ADAM11 (ENSODEG00000018140) #23	ENSODEG00000018067 #24	MEIOC (ENSODEG00000018018) #25	FZD2 (ENSODEG00000020558) #26	ENSODEG00000018026	ENSODEG00000020549	GPATCH8 (ENSODEG00000018121) #27	ITGA2B (ENSODEG00000018065) #28	ENSODEG00000018005 #29	GRN (ENSODEG00000018021) #30	SLC25A39 (ENSODEG00000018066) #31	RUNDC3A (ENSODEG00000018079) #32	SLC4A1 (ENSODEG00000018199) #33	UBTF (ENSODEG00000018087) #34	ATXN7L3 (ENSODEG00000018003) #35
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	ENSHGLG00000048030 #8	MAP3K14 (ENSHGLG00000011804) #10	ENSHGLG00000041244	FMNL1 (ENSHGLG00000008766) #11	HEXIM1 (ENSHGLG00000042985) #12	ACBD4 (ENSHGLG00000011655) #13	PLCD3 (ENSHGLG00000015527) #14	ENSHGLG00000048005 #15	DCAKD (ENSHGLG00000049718) #16	C1QL1 (ENSHGLG00000013928) #17	GFAP (ENSHGLG00000014157) #18	FAM187A (ENSHGLG00000020801)	ENSHGLG00000012252 #19	EFTUD2 (ENSHGLG00000014497) #20	ENSHGLG00000013391	GJC1 (ENSHGLG00000011195) #22	ADAM11 (ENSHGLG00000012235) #23	CCDC43 (ENSHGLG00000010178) #24	MEIOC (ENSHGLG00000013724) #25	FZD2 (ENSHGLG00000021338) #26	ENSHGLG00000046586	GPATCH8 (ENSHGLG00000042737) #27	ITGA2B (ENSHGLG00000011773) #28	FAM171A2 (ENSHGLG00000041698) #29	GRN (ENSHGLG00000010728) #30	SLC25A39 (ENSHGLG00000048120) #31	RUNDC3A (ENSHGLG00000017650) #32	SLC4A1 (ENSHGLG00000016913) #33	UBTF (ENSHGLG00000006625) #34	ENSHGLG00000013149 #35	TMUB2 (ENSHGLG00000007515) #36
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156292 #11	ENSGT01020000230794	ENSGT00390000002808.b ##12	ENSGT00390000002808.a #12	ENSGT00940000160739 #13	ENSGT00940000156993 #14	ENSGT00390000017837.a #15	ENSGT00550000075038 #16	ENSGT00940000162478 #17	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00390000004038.c #19	ENSGT00940000155685 #20	ENSGT00940000161778 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000159790 #23	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00390000015009.g #24	ENSGT00390000003267 #25	ENSGT00940000161812 #26	ENSGT00940000159523 #27	ENSGT00940000160724 #28	ENSGT00950000183184.b #29	ENSGT00470000042293.a.b #30	ENSGT00940000156382 #31	ENSGT00940000158922 #32	ENSGT00940000157423 #33	ENSGT00940000161141 #34	ENSGT00940000158253 #35	ENSGT01100000263648
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156292 #11	ENSGT01020000230794	ENSGT00390000002808.b ##12	ENSGT00390000002808.a #12	ENSGT00940000160739 #13	ENSGT00940000156993 #14	ENSGT00390000017837.a #15	ENSGT00550000075038 #16	ENSGT00940000162478 #17	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00390000004038.c #19	ENSGT00940000155685 #20	ENSGT00940000161778 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000159790 #23	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00390000015009.g #24	ENSGT00390000003267 #25	ENSGT00940000161812 #26	ENSGT00940000159523 #27	ENSGT00940000160724 #28	ENSGT00950000183184.b #29	ENSGT00470000042293.a.b #30	ENSGT00940000156382 #31	ENSGT00940000158922 #32	ENSGT00940000157423 #33	ENSGT00940000161141 #34	ENSGT00940000158253 #35	ENSGT01100000263648
Alpin marmot	MODERN SPECIES	42	ENSMMMG00000002245	FMNL1 (ENSMMMG00000002279) #11	HEXIM2 (ENSMMMG00000002534) ##12	HEXIM1 (ENSMMMG00000002544) #12	ACBD4 (ENSMMMG00000002555) #13	PLCD3 (ENSMMMG00000002605) #14	NMT1 (ENSMMMG00000002632) #15	DCAKD (ENSMMMG00000002645) #16	C1QL1 (ENSMMMG00000002680) #17	KIF18B (ENSMMMG00000002688)	GFAP (ENSMMMG00000002725) #18	FAM187A (ENSMMMG00000002758)	CCDC103 (ENSMMMG00000002764) #19	EFTUD2 (ENSMMMG00000002775) #20	HIGD1B (ENSMMMG00000002903) #21	GJC1 (ENSMMMG00000002917) #22	ADAM11 (ENSMMMG00000002933) #23	ENSMMMG00000003051	ENSMMMG00000003058 #24	MEIOC (ENSMMMG00000003098) #25	FZD2 (ENSMMMG00000003141) #26	GPATCH8 (ENSMMMG00000003155) #27	ENSMMMG00000003164	ITGA2B (ENSMMMG00000003175) #28	ENSMMMG00000003230	GRN (ENSMMMG00000003248) #30	SLC25A39 (ENSMMMG00000003284) #31	RUNDC3A (ENSMMMG00000003338) #32	SLC4A1 (ENSMMMG00000003472) #33	UBTF (ENSMMMG00000003518) #34	ATXN7L3 (ENSMMMG00000003746) #35
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000156292 #11	ENSGT01020000230794	ENSGT00390000002808.b ##12	ENSGT00390000002808.a #12	ENSGT00940000160739 #13	ENSGT00940000156993 #14	ENSGT00390000017837.a #15	ENSGT00550000075038 #16	ENSGT00940000162478 #17	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00390000004038.c #19	ENSGT00940000155685 #20	ENSGT00940000161778 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #22	ENSGT00940000159790 #23	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00390000015009.g #24	ENSGT00390000003267 #25	ENSGT00940000161812 #26	ENSGT00940000159523 #27	ENSGT00940000160724 #28	ENSGT00950000183184.b #29	ENSGT00470000042293.a.b #30	ENSGT00940000156382 #31	ENSGT00940000158922 #32	ENSGT00940000157423 #33	ENSGT00940000161141 #34	ENSGT00940000158253 #35	ENSGT01100000263648
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Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	379	FMNL1 (ENSUPAG00010000986) #11	ENSUPAG00010001317	HEXIM2 (ENSUPAG00010001321) ##12	HEXIM1 (ENSUPAG00010001331) #12	ACBD4 (ENSUPAG00010001336) #13	PLCD3 (ENSUPAG00010001368) #14	NMT1 (ENSUPAG00010001400) #15	DCAKD (ENSUPAG00010001427) #16	C1QL1 (ENSUPAG00010001449) #17	KIF18B (ENSUPAG00010001459)	GFAP (ENSUPAG00010001498) #18	FAM187A (ENSUPAG00010001588)	CCDC103 (ENSUPAG00010001591) #19	EFTUD2 (ENSUPAG00010001600) #20	HIGD1B (ENSUPAG00010001713) #21	GJC1 (ENSUPAG00010001746) #22	ADAM11 (ENSUPAG00010001755) #23	ENSUPAG00010001892	ENSUPAG00010001907	ENSUPAG00010001914 #24	ENSUPAG00010001931
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	HEXIM2 (ENSSVLG00005005809) ##12	HEXIM1 (ENSSVLG00005005826) #12	ACBD4 (ENSSVLG00005005848) #13	PLCD3 (ENSSVLG00005005888) #14	NMT1 (ENSSVLG00005005981) #15	DCAKD (ENSSVLG00005000198) #16	C1QL1 (ENSSVLG00005000210) #17	KIF18B (ENSSVLG00005000240)	ENSSVLG00005000314 #18	ENSSVLG00005000360 #18	FAM187A (ENSSVLG00005000382)	ENSSVLG00005000400 #19	CCDC103 (ENSSVLG00005000436) #19	EFTUD2 (ENSSVLG00005000481) #20	HIGD1B (ENSSVLG00005000547) #21	GJC1 (ENSSVLG00005000568) #22	ENSSVLG00005000580 #23	ENSSVLG00005000608	ENSSVLG00005000626	ENSSVLG00005000644	ENSSVLG00005000659 #24	MEIOC (ENSSVLG00005000691) #25	FZD2 (ENSSVLG00005000735) #26	GPATCH8 (ENSSVLG00005000756) #27	ITGA2B (ENSSVLG00005000827) #28	FAM171A2 (ENSSVLG00005000926) #29	GRN (ENSSVLG00005000988) #30	SLC25A39 (ENSSVLG00005001051) #31	RUNDC3A (ENSSVLG00005001151) #32	SLC4A1 (ENSSVLG00005001224) #33	UBTF (ENSSVLG00005001329) #34