Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549 #22 Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.b #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154314 ENSGT00940000154352.A ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00990000208599 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165097 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000155847 ENSGT00940000153710.a Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000156570.a ENSGT00940000154352.A ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a 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(ENSSGRG00000018870) valopb (ENSSGRG00000018871) ##22 gabrz (ENSSGRG00000018872) ##23 ENSSGRG00000018874 ##24 ENSSGRG00000018875 ##25 mxtx2 (ENSSGRG00000018876) ##26 bms1 (ENSSGRG00000018878) ##27 SH2D4B (ENSSGRG00000019014) ##28 ENSSGRG00000019016 ##29 ENSSGRG00000019017 ##29 gfra1b (ENSSGRG00000019022) ATRNL1 (ENSSGRG00000019036) trub1 (ENSSGRG00000019254) ablim1b (ENSSGRG00000019267) AFAP1L2 (ENSSGRG00000019728) KBTBD13 (ENSSGRG00000019731) VWA2 (ENSSGRG00000019732) Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 796 ENSGT00390000016042.v.a.a ENSGT00940000160573.k.a ENSGT00940000160735.c ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547.g.a ENSGT00940000161547.h ENSGT01030000234549.a.b.s.a ##22 ENSGT00940000164278.c.a ##23 ENSGT00940000160175.b.c ##24 Cyprininae_a DUPLICATION Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 663 ENSGT00940000160573.k.a ENSGT00940000160735.c ENSGT00390000015226.d.d ENSGT00940000161547.g.a ENSGT01030000234549.a.b.s.a.a ##22 ENSGT00940000164278.c.a ##23 ENSGT00940000160175.b.c ##24 Common carp reference MODERN SPECIES 18 slc30a10 (ENSCCRG00000059043) lclat1 (ENSCCRG00000064289) ENSCCRG00000020282 ENSCCRG00000069150 ENSCCRG00000053813 ENSCCRG00000081402 PTK7 (ENSCCRG00000019402) ENSCCRG00000010238 ENSCCRG00000032973 ENSCCRG00000062767 STK32C (ENSCCRG00000012039) PWWP2B (ENSCCRG00000068911) INPP5A (ENSCCRG00000061360) nkx6.2 (ENSCCRG00000073800) ENSCCRG00000057951 valopa (ENSCCRG00000049544) ##22 ENSCCRG00000078714 ##23 ENSCCRG00000063083 ENSCCRG00000081671 ##24 KNDC1 (ENSCCRG00000053314) vox (ENSCCRG00000005196) ENSCCRG00000005203 ENSCCRG00000063277 ENSCCRG00000071898 dntt (ENSCCRG00000069298) blnk (ENSCCRG00000042136) ENSCCRG00000056399 ENSCCRG00000023179 ENSCCRG00000074425 cox5b2 (ENSCCRG00000080759) ENSCCRG00000044698 Golden-line barbel MODERN SPECIES 1516 valopa (ENSSGRG00000019395) ##22 ENSSGRG00000019393 ##23 ENSSGRG00000019392 ##24 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 1057 ENSGT00940000161547.h ENSGT01030000234549.a.b.s.a.b ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 1472 ENSSGRG00000007325 INPP5A (ENSSGRG00000007320) nkx6.2 (ENSSGRG00000007318) valopa (ENSSGRG00000007317) ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 406 ENSGT00940000157952 ENSGT00940000154800.e ENSGT00940000179241 ENSGT00940000159967 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189.o ENSGT00950000183209.b.a.a.h.a.a ENSGT00940000164764.j.a.b ENSGT00940000157908.g.i ENSGT00400000022158.a.e ENSGT00390000016042.u ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573.k.b ENSGT00940000160735.d ENSGT00940000161547.g.b ENSGT01030000234549.a.b.s.b ##22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278.c.b ##23 ENSGT00940000160175.b.d ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a.a ENSGT00940000164759.f ENSGT00940000158584.a ENSGT00940000155715.ub.a ENSGT00940000156981.t ENSGT00940000158924.d Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 215 ENSGT00390000009189.o ENSGT00950000183209.b.a.a.h.a.a ENSGT00940000164764.j.a.b ENSGT00950000183209.b.a.a.g ENSGT00940000164764.i.b ENSGT00940000164764.j.a.a 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MODERN SPECIES 26 calm2a (ENSTNIG00000017098) ENSTNIG00000000458 ENSTNIG00000017097 mcfd2 (ENSTNIG00000017096) ENSTNIG00000017095 socs5b (ENSTNIG00000017094) rhoq (ENSTNIG00000017093) mxtx1 (ENSTNIG00000017092) ##26 tmem254 (ENSTNIG00000017091) ENSTNIG00000017090 STK32C (ENSTNIG00000017089) ENSTNIG00000000261 PWWP2B (ENSTNIG00000017088) INPP5A (ENSTNIG00000017087) nkx6.2 (ENSTNIG00000017086) valopa (ENSTNIG00000017085) #22 ENSTNIG00000000187 ENSTNIG00000017084 #23 ENSTNIG00000017083 ADGRA1 (ENSTNIG00000017082) ##24 KNDC1 (ENSTNIG00000017081) vox (ENSTNIG00000001621) ENSTNIG00000017080 ENSTNIG00000017079 dntt (ENSTNIG00000017078) blnk (ENSTNIG00000001501) tiprl (ENSTNIG00000014243) PPP1R14A (ENSTNIG00000014242) ENSTNIG00000014241 tfap2b (ENSTNIG00000014240) tfap2b (ENSTNIG00000014239) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00390000013481.c.b.b.d ENSGT00940000155970 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ENSGT00940000155780 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000162292 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00940000170679 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780 ENSGT00390000000747 Climbing perch MODERN SPECIES 6 si:ch211-93n23.7 (ENSATEG00000009420) TTC7A (ENSATEG00000009434) mcfd2 (ENSATEG00000009468) ENSATEG00000009486 socs5b (ENSATEG00000009505) ENSATEG00000009510 ENSATEG00000009520 ##26 ENSATEG00000009533 ENSATEG00000009538 ENSATEG00000009581 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ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780 ENSGT00390000000747 Turbot MODERN SPECIES 6 ENSSMAG00000015375 ENSSMAG00000023870 ENSSMAG00000015338 ENSSMAG00000015262 mcfd2 (ENSSMAG00000026884) ENSSMAG00000015240 socs5b (ENSSMAG00000015236) ENSSMAG00000032665 ENSSMAG00000015185 ##26 ENSSMAG00000029523 ENSSMAG00000015139 STK32C (ENSSMAG00000015069) PWWP2B (ENSSMAG00000015035) INPP5A (ENSSMAG00000014975) nkx6.2 (ENSSMAG00000035901) valopa (ENSSMAG00000014945) #22 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(ENSSLDG00000021741) ##24 ENSSLDG00000021735 vox (ENSSLDG00000021724) ENSSLDG00000021719 ENSSLDG00000021711 dntt (ENSSLDG00000021672) ENSSLDG00000021663 ENSSLDG00000021654 ENSSLDG00000021646 ##25 CCNJ (ENSSLDG00000021633) BTAF1 (ENSSLDG00000021505) cpeb3 (ENSSLDG00000021438) marchf5 (ENSSLDG00000021414) Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 412 valopa (ENSLCAG00010000719) #22 ENSLCAG00010000708 ENSLCAG00010000703 ENSLCAG00010000653 ENSLCAG00010000636 #23 ADGRA1 (ENSLCAG00010000600) ##24 ENSLCAG00010000577 Barramundi perch MODERN SPECIES 1789 ENSLCAG00010020082 #22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000177920 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00730000110943.B.c ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000177920 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01030000234532.A.a.a.b.j.a ENSGT00940000154866.B.a ENSGT00940000154200.A.b ENSGT00940000156083 ENSGT00940000157348 ENSGT00390000012337 ENSGT00940000153577.A ENSGT00510000046499.f ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000177920 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780.k.a Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT01030000234532.A.a.a.b.j.a ENSGT00940000154866.B.a ENSGT00940000154200.A.b ENSGT00940000156083 ENSGT00940000157348 ENSGT00390000012337 ENSGT00940000153577.A ENSGT00510000046499.f ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780.k.a ENSGT00940000157736 Indian medaka MODERN SPECIES 27 RIN2 (ENSOMEG00000001939) ENSOMEG00000001925 pcca (ENSOMEG00000001912) ENSOMEG00000001896 ENSOMEG00000000998 CDT1 (ENSOMEG00000001880) ENSOMEG00000001859 cbr1 (ENSOMEG00000001847) mxtx1 (ENSOMEG00000001842) ##26 ENSOMEG00000001836 ENSOMEG00000000665 STK32C (ENSOMEG00000001824) PWWP2B (ENSOMEG00000001817) INPP5A (ENSOMEG00000001808) nkx6.2 (ENSOMEG00000001792) valopa (ENSOMEG00000001785) #22 ENSOMEG00000001777 ENSOMEG00000001767 ENSOMEG00000001759 #23 ENSOMEG00000001748 ##24 ENSOMEG00000001733 vox (ENSOMEG00000001730) ENSOMEG00000001729 dntt (ENSOMEG00000001723) ENSOMEG00000001709 ENSOMEG00000001703 macroh2a2 (ENSOMEG00000001698) GBF1 (ENSOMEG00000001687) GBF1 (ENSOMEG00000001669) pitx3 (ENSOMEG00000001662) hspa12a (ENSOMEG00000001644) Javanese ricefish MODERN SPECIES 6 ENSOJAG00000015517 SLC24A3 (ENSOJAG00000015537) RIN2 (ENSOJAG00000015841) ENSOJAG00000015870 pcca (ENSOJAG00000015899) CDT1 (ENSOJAG00000018238) ENSOJAG00000018262 cbr1 (ENSOJAG00000018300) mxtx1 (ENSOJAG00000018319) ##26 tmem254 (ENSOJAG00000018330) ENSOJAG00000018344 STK32C (ENSOJAG00000018392) PWWP2B (ENSOJAG00000018710) INPP5A (ENSOJAG00000018734) nkx6.2 (ENSOJAG00000018968) valopa (ENSOJAG00000018981) #22 ENSOJAG00000019031 ENSOJAG00000005117 ENSOJAG00000005135 #23 ADGRA1 (ENSOJAG00000005149) ##24 ENSOJAG00000005165 vox (ENSOJAG00000005173) ENSOJAG00000005184 dntt (ENSOJAG00000005201) blnk (ENSOJAG00000005236) ENSOJAG00000005271 ##25 CCNJ (ENSOJAG00000005276) cpeb3 (ENSOJAG00000006321) marchf5 (ENSOJAG00000006507) ide (ENSOJAG00000006576) cdc42ep3 (ENSOJAG00000007125) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000007683 ENSGT00990000204611.d ENSGT01030000234532.A.a.a.b.j.a ENSGT00940000154866.B.a ENSGT00940000154200.A.b ENSGT00940000156083 ENSGT00940000157348 ENSGT00390000012337 ENSGT00940000153577.A ENSGT00940000182531 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000177920 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780.k.a Chinese medaka MODERN SPECIES 1329 RNF166 (ENSOSIG00000009927) cyp17a1 (ENSOSIG00000009662) borcs7 (ENSOSIG00000009658) ENSOSIG00000009656 ENSOSIG00000009426 RIN2 (ENSOSIG00000009424) ENSOSIG00000009423 pcca (ENSOSIG00000009007) PIEZO1 (ENSOSIG00000008364) ENSOSIG00000008353 ENSOSIG00000008352 STK32C (ENSOSIG00000008351) PWWP2B (ENSOSIG00000008350) INPP5A (ENSOSIG00000008316) nkx6.2 (ENSOSIG00000008305) valopa (ENSOSIG00000008303) #22 ENSOSIG00000008301 ENSOSIG00000008298 #23 ADGRA1 (ENSOSIG00000008297) ##24 ENSOSIG00000008294 vox (ENSOSIG00000008292) ENSOSIG00000008289 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 6 PIEZO1 (ENSORLG00000000402) ENSORLG00000029276 CDT1 (ENSORLG00000000411) SETD4 (ENSORLG00000000434) ENSORLG00000029693 ENSORLG00000027490 cbr1 (ENSORLG00000000452) mxtx1 (ENSORLG00000000457) ##26 ENSORLG00000025443 ENSORLG00000000468 STK32C (ENSORLG00000000480) ENSORLG00000023918 PWWP2B (ENSORLG00000000489) INPP5A (ENSORLG00000000540) nkx6.2 (ENSORLG00000026825) valopa (ENSORLG00000000556) #22 ENSORLG00000022977 ENSORLG00000029700 ENSORLG00000000601 #23 ENSORLG00000030623 ADGRA1 (ENSORLG00000000620) ##24 ENSORLG00000024250 vox (ENSORLG00000000633) ENSORLG00000024036 dntt (ENSORLG00000000644) ENSORLG00000029694 blnk (ENSORLG00000000661) ENSORLG00000000665 ##25 ENSORLG00000000674 BTAF1 (ENSORLG00000000700) cpeb3 (ENSORLG00000000726) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00730000110943.B.c ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000177920 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00730000110943.B.c ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000158638 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ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 Amazon molly MODERN SPECIES 449 rhoq (ENSPFOG00000004834) ENSPFOG00000004918 ##26 tmem254 (ENSPFOG00000004937) ENSPFOG00000005014 ENSPFOG00000005146 STK32C (ENSPFOG00000005239) ENSPFOG00000024408 PWWP2B (ENSPFOG00000005628) INPP5A (ENSPFOG00000005662) nkx6.2 (ENSPFOG00000005993) INPP5A (ENSPFOG00000006039) nkx6.2 (ENSPFOG00000006051) valopa (ENSPFOG00000006068) #22 ENSPFOG00000022798 ENSPFOG00000006137 ENSPFOG00000006396 #23 ENSPFOG00000006646 ##24 KNDC1 (ENSPFOG00000007111) vox (ENSPFOG00000007396) ENSPFOG00000020031 Sailfin molly MODERN SPECIES 2785 valopa (ENSPLAG00000007621) #22 Guppy MODERN SPECIES 445 ENSPREG00000010681 calm2a (ENSPREG00000010724) TTC7A 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(ENSKMAG00000015693) ENSKMAG00000015689 dntt (ENSKMAG00000015664) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1012 valopa (ENSNFUG00015011975) #22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000177920 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000162292 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ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000177920 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c Clown anemonefish MODERN SPECIES 1703 nkx6.2 (ENSAOCG00000006772) valopa (ENSAOCG00000006757) #22 ENSAOCG00000000333 ENSAOCG00000006729 ENSAOCG00000006691 #23 ADGRA1 (ENSAOCG00000000323) ##24 ENSAOCG00000006654 ENSAOCG00000006638 Orange clownfish MODERN SPECIES 12 calm2a (ENSAPEG00000006472) si:ch211-93n23.7 (ENSAPEG00000006439) TTC7A (ENSAPEG00000006408) mcfd2 (ENSAPEG00000006376) ENSAPEG00000006362 socs5b (ENSAPEG00000006338) rhoq (ENSAPEG00000006311) mxtx1 (ENSAPEG00000006288) ##26 tmem254 (ENSAPEG00000006280) ENSAPEG00000006236 STK32C (ENSAPEG00000006194) ENSAPEG00000006153 PWWP2B (ENSAPEG00000006145) INPP5A (ENSAPEG00000006102) nkx6.2 (ENSAPEG00000006080) valopa (ENSAPEG00000006064) #22 ENSAPEG00000006047 ENSAPEG00000005996 ENSAPEG00000005962 #23 ENSAPEG00000005860 ADGRA1 (ENSAPEG00000005838) ##24 ENSAPEG00000005822 vox (ENSAPEG00000005806) ENSAPEG00000005784 ENSAPEG00000005778 dntt (ENSAPEG00000005646) blnk (ENSAPEG00000005568) ENSAPEG00000005536 ##25 CCNJ (ENSAPEG00000005522) BTAF1 (ENSAPEG00000005376) cpeb3 (ENSAPEG00000005329) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1621 valopa (ENSSPAG00000015356) #22 ENSSPAG00000015322 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780.p Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780.p Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780.p Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 481 calm2a (ENSHBUG00000008419) si:ch211-93n23.7 (ENSHBUG00000000209) TTC7A (ENSHBUG00000008456) mcfd2 (ENSHBUG00000008473) ENSHBUG00000008480 socs5b (ENSHBUG00000008489) rhoq (ENSHBUG00000008514) ENSHBUG00000008528 ##26 ENSHBUG00000008541 ENSHBUG00000008604 STK32C (ENSHBUG00000008646) ENSHBUG00000008653 PWWP2B (ENSHBUG00000000215) INPP5A (ENSHBUG00000008724) nkx6.2 (ENSHBUG00000008756) valopa (ENSHBUG00000008799) #22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780.p ENSGT00940000155780.o P. nyererei MODERN SPECIES 357 ENSPNYG00000006335 ENSPNYG00000006295 calm2a (ENSPNYG00000006272) si:ch211-93n23.7 (ENSPNYG00000006257) TTC7A (ENSPNYG00000006096) mcfd2 (ENSPNYG00000006022) ENSPNYG00000006008 socs5b (ENSPNYG00000005996) rhoq (ENSPNYG00000005981) ENSPNYG00000005967 ##26 ENSPNYG00000005941 STK32C (ENSPNYG00000005894) PWWP2B (ENSPNYG00000005877) INPP5A (ENSPNYG00000005824) nkx6.2 (ENSPNYG00000005795) valopa (ENSPNYG00000005773) #22 ENSPNYG00000005725 ENSPNYG00000005676 #23 ADGRA1 (ENSPNYG00000005639) ##24 ENSPNYG00000005624 vox (ENSPNYG00000005586) ENSPNYG00000005561 dntt (ENSPNYG00000005503) ENSPNYG00000005468 ENSPNYG00000005457 ##25 CCNJ (ENSPNYG00000005440) BTAF1 (ENSPNYG00000005349) cpeb3 (ENSPNYG00000005300) marchf5 (ENSPNYG00000005261) ide (ENSPNYG00000005074) kmo (ENSPNYG00000005012) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000177959 ENSGT00940000165707 ENSGT00950000183206.a.b.a.a.b.d ENSGT00940000159804 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.b.b ENSGT00940000157686 ENSGT00940000153635.A ENSGT00940000158592 ENSGT00940000159359 ENSGT00940000156765.a.b Eastern happy MODERN SPECIES 4 si:ch211-93n23.7 (ENSACLG00000016569) TTC7A (ENSACLG00000016632) mcfd2 (ENSACLG00000016947) ENSACLG00000016952 socs5b (ENSACLG00000016971) rhoq (ENSACLG00000016986) ENSACLG00000017012 ##26 ENSACLG00000017026 ENSACLG00000017033 STK32C (ENSACLG00000017108) ENSACLG00000017200 LRRC27 (ENSACLG00000017210) PWWP2B (ENSACLG00000017264) INPP5A (ENSACLG00000017291) nkx6.2 (ENSACLG00000017440) valopa (ENSACLG00000017468) #22 CFAP46 (ENSACLG00000017504) ENSACLG00000017665 #23 ENSACLG00000017692 ENSACLG00000017709 ENSACLG00000017723 ##24 KNDC1 (ENSACLG00000017774) vox (ENSACLG00000017850) vent (ENSACLG00000017858) ENSACLG00000017879 ENSACLG00000017891 dntt (ENSACLG00000017957) ENSACLG00000018158 ENSACLG00000018295 ##25 CCNJ (ENSACLG00000018307) BTAF1 (ENSACLG00000018336) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1095 calm2a (ENSMZEG00005018099) si:ch211-93n23.7 (ENSMZEG00005018098) TTC7A (ENSMZEG00005018070) mcfd2 (ENSMZEG00005018060) ENSMZEG00005018057 socs5b (ENSMZEG00005018055) rhoq (ENSMZEG00005018052) ENSMZEG00005018050 ##26 ENSMZEG00005018049 ENSMZEG00005018046 STK32C (ENSMZEG00005018031) LRRC27 (ENSMZEG00005018023) PWWP2B (ENSMZEG00005018021) INPP5A (ENSMZEG00005018019) nkx6.2 (ENSMZEG00005018013) valopa (ENSMZEG00005012467) #22 ENSMZEG00005012435 ENSMZEG00005012425 ENSMZEG00005012412 ENSMZEG00005012402 ENSMZEG00005012395 ENSMZEG00005012386 ENSMZEG00005012379 ENSMZEG00005012374 ENSMZEG00005012358 ENSMZEG00005012342 #23 ENSMZEG00005012324 ##24 ENSMZEG00005012308 ENSMZEG00005012305 vox (ENSMZEG00005012301) vent (ENSMZEG00005012295) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 349 ENSNBRG00000019453 calm2a (ENSNBRG00000019426) si:ch211-93n23.7 (ENSNBRG00000019404) TTC7A (ENSNBRG00000019362) mcfd2 (ENSNBRG00000019344) ENSNBRG00000019331 socs5b (ENSNBRG00000019321) rhoq (ENSNBRG00000019299) ENSNBRG00000019284 ##26 ENSNBRG00000019266 ENSNBRG00000019239 STK32C (ENSNBRG00000019203) PWWP2B (ENSNBRG00000019188) INPP5A (ENSNBRG00000019130) nkx6.2 (ENSNBRG00000019104) valopa (ENSNBRG00000018880) #22 ENSNBRG00000018710 ENSNBRG00000018663 #23 ADGRA1 (ENSNBRG00000018642) ##24 ENSNBRG00000018628 ENSNBRG00000018619 ENSNBRG00000018600 ENSNBRG00000018593 dntt (ENSNBRG00000018516) ENSNBRG00000018484 ENSNBRG00000018479 ##25 CCNJ (ENSNBRG00000018463) BTAF1 (ENSNBRG00000018377) cpeb3 (ENSNBRG00000018343) marchf5 (ENSNBRG00000018316) ide (ENSNBRG00000018270) Nile tilapia MODERN SPECIES 4 ENSONIG00000036065 vox (ENSONIG00000014851) ENSONIG00000014855 ENSONIG00000014860 ##24 ENSONIG00000014863 #23 zgc:162816 (ENSONIG00000034617) ENSONIG00000022337 LRRC27 (ENSONIG00000030055) PWWP2B (ENSONIG00000034603) INPP5A (ENSONIG00000007492) ENSONIG00000021280 ENSONIG00000033984 nkx6.2 (ENSONIG00000029020) ENSONIG00000034911 ENSONIG00000039179 valopa (ENSONIG00000007484) #22 ENSONIG00000007480 ENSONIG00000007473 STK32C (ENSONIG00000007502) ENSONIG00000007510 ENSONIG00000042662 ENSONIG00000039859 ##26 ENSONIG00000036340 ENSONIG00000037366 ENSONIG00000032600 ##26 ENSONIG00000032248 rhoq (ENSONIG00000003044) ENSONIG00000042326 ENSONIG00000036965 ENSONIG00000030620 socs5b (ENSONIG00000020613) Midas cichlid MODERN SPECIES 989 ENSACIG00000014437 calm2a (ENSACIG00000014472) si:ch211-93n23.7 (ENSACIG00000015301) TTC7A (ENSACIG00000015319) mcfd2 (ENSACIG00000015394) ENSACIG00000015406 rhoq (ENSACIG00000015449) ENSACIG00000015464 ##26 tmem254 (ENSACIG00000015480) ENSACIG00000015519 ENSACIG00000015553 STK32C (ENSACIG00000015592) PWWP2B (ENSACIG00000015619) INPP5A (ENSACIG00000015636) nkx6.2 (ENSACIG00000015666) valopa (ENSACIG00000015704) #22 ENSACIG00000015959 ENSACIG00000016011 #23 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 6 calm2a (ENSMMDG00005021233) si:ch211-93n23.7 (ENSMMDG00005021220) TTC7A (ENSMMDG00005021216) mcfd2 (ENSMMDG00005021213) ENSMMDG00005021212 socs5b (ENSMMDG00005021211) rhoq (ENSMMDG00005021207) mxtx1 (ENSMMDG00005021204) ##26 tmem254 (ENSMMDG00005021203) ENSMMDG00005021198 STK32C (ENSMMDG00005021182) LRRC27 (ENSMMDG00005021176) PWWP2B (ENSMMDG00005021175) INPP5A (ENSMMDG00005020875) nkx6.2 (ENSMMDG00005020858) valopa (ENSMMDG00005020837) #22 ENSMMDG00005020834 ENSMMDG00005020830 #23 ADGRA1 (ENSMMDG00005020626) ##24 ENSMMDG00005020597 vox (ENSMMDG00005020596) ENSMMDG00005020593 ENSMMDG00005020592 dntt (ENSMMDG00005020116) ENSMMDG00005020089 ENSMMDG00005020085 ENSMMDG00005020082 ##25 CCNJ (ENSMMDG00005020076) BTAF1 (ENSMMDG00005017880) cpeb3 (ENSMMDG00005017732) marchf5 (ENSMMDG00005017709) Cod MODERN SPECIES 6 ENSGMOG00000006917 calm2a (ENSGMOG00000035072) ENSGMOG00000023737 TTC7A (ENSGMOG00000029809) ENSGMOG00000006867 mcfd2 (ENSGMOG00000026763) ENSGMOG00000006852 ENSGMOG00000029837 ENSGMOG00000023749 ##26 ENSGMOG00000001725 ENSGMOG00000001694 STK32C (ENSGMOG00000001734) ENSGMOG00000036145 PWWP2B (ENSGMOG00000001770) nkx6.2 (ENSGMOG00000033363) valopa (ENSGMOG00000009622) #22 ENSGMOG00000035697 ENSGMOG00000017488 ENSGMOG00000036116 ENSGMOG00000024400 ENSGMOG00000029682 ENSGMOG00000024120 ENSGMOG00000029967 ENSGMOG00000024618 ENSGMOG00000024349 #23 ENSGMOG00000033324 ENSGMOG00000026971 ADGRA1 (ENSGMOG00000035007) ##24 ENSGMOG00000029976 ENSGMOG00000035229 vox (ENSGMOG00000007231) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000164285.a ENSGT00390000013481.c.b.b ENSGT00940000155970 ENSGT00940000154537.lb ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626 ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00940000158240 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215.a ENSGT00940000165215.b ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000160595.a.a ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.fc ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638.c ENSGT00940000154141.B.hb ENSGT00940000165391.e ENSGT00940000164285.a.b ENSGT00940000155970.z.b ENSGT00940000154537.lb.c ##26 ENSGT00600000084626.e ENSGT00940000160573.i ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735.b ENSGT00940000158240.o.a.a ENSGT00390000015226.d.i ENSGT00940000161547.a ENSGT01030000234549.a.b.g #22 ENSGT00940000164278.a #23 ENSGT00940000160175.b.b ##24 ENSGT00390000011408.r.b ENSGT00940000165215.a.g ENSGT00940000165215.b.c ENSGT00940000164759.c ENSGT00940000158584.e ENSGT00940000155715.ob.a ENSGT00940000160595.a.a.b ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590.qb ENSGT00940000157500.e ENSGT00940000158949.f ENSGT00390000009948.c.e ENSGT00940000155780.g Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.fc ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638.c ENSGT00940000154141.B.hb ENSGT00940000165391.e ENSGT00940000164285.a.b ENSGT00940000155970.z.b ENSGT00940000154537.lb.c ##26 ENSGT00600000084626.e ENSGT00940000160573.i ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735.b ENSGT00940000158240.o.a.a ENSGT00390000015226.d.i ENSGT00940000161547.a ENSGT01030000234549.a.b.g #22 ENSGT00940000164278.a #23 ENSGT00940000160175.b.b ##24 ENSGT00390000011408.r.b ENSGT00940000165215.a.g ENSGT00940000165215.b.c ENSGT00940000164759.c ENSGT00940000158584.e ENSGT00940000155715.ob.a ENSGT00940000160595.a.a.b ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590.qb ENSGT00940000157500.e ENSGT00940000158949.f ENSGT00390000009948.c.e ENSGT00940000155780.g Salmo ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.fc ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638.c ENSGT00940000154141.B.hb ENSGT00940000165391.e ENSGT00940000164285.a.b ENSGT00940000155970.z.b ENSGT00940000154537.lb.c ##26 ENSGT00600000084626.e ENSGT00940000160573.i ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735.b ENSGT00940000158240.o.a.a ENSGT00390000015226.d.i ENSGT00940000161547.a ENSGT01030000234549.a.b.g #22 ENSGT00940000164278.a #23 ENSGT00940000160175.b.b ##24 ENSGT00390000011408.r.b ENSGT00940000165215.a.g ENSGT00940000165215.b.c ENSGT00940000164759.c ENSGT00940000158584.e ENSGT00940000155715.ob.a ENSGT00940000160595.a.a.b ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590.qb ENSGT00940000157500.e ENSGT00940000158949.f ENSGT00390000009948.c.e ENSGT00940000155780.g River trout MODERN SPECIES 35 si:ch211-93n23.7 (ENSSTUG00000000852) TTC7A (ENSSTUG00000000889) mcfd2 (ENSSTUG00000000972) ENSSTUG00000000979 socs5b (ENSSTUG00000000983) rhoq (ENSSTUG00000000990) mxtx1 (ENSSTUG00000000998) ##26 ENSSTUG00000001011 ENSSTUG00000001013 STK32C (ENSSTUG00000001052) LRRC27 (ENSSTUG00000001132) PWWP2B (ENSSTUG00000001147) csad (ENSSTUG00000001209) INPP5A (ENSSTUG00000001855) nkx6.2 (ENSSTUG00000002355) valopa (ENSSTUG00000002359) #22 ENSSTUG00000002386 #23 ADGRA1 (ENSSTUG00000002423) ##24 ENSSTUG00000002521 KNDC1 (ENSSTUG00000002537) vox (ENSSTUG00000002610) ENSSTUG00000002622 ENSSTUG00000002643 dntt (ENSSTUG00000002660) blnk (ENSSTUG00000002735) ENSSTUG00000002791 ##25 CCNJ (ENSSTUG00000002803) ENSSTUG00000002818 BTAF1 (ENSSTUG00000003038) cpeb3 (ENSSTUG00000007732) marchf5 (ENSSTUG00000007796) Atlantic salmon MODERN SPECIES 9 cssa18h2orf61 (ENSSSAG00000067311) ENSSSAG00000097460 TTC7A (ENSSSAG00000067301) ENSSSAG00000067292 ENSSSAG00000067289 ENSSSAG00000122159 ENSSSAG00000112162 ##26 ENSSSAG00000067266 ENSSSAG00000086684 STK32C (ENSSSAG00000067124) ENSSSAG00000104485 PWWP2B (ENSSSAG00000067115) ENSSSAG00000065855 INPP5A (ENSSSAG00000065803) nkx6.2 (ENSSSAG00000065797) valopa (ENSSSAG00000065787) #22 ENSSSAG00000088138 #23 ADGRA1 (ENSSSAG00000065761) ##24 KNDC1 (ENSSSAG00000065748) vox (ENSSSAG00000065728) ENSSSAG00000065726 ENSSSAG00000065716 dntt (ENSSSAG00000065644) blnk (ENSSSAG00000065613) ENSSSAG00000065602 ##25 ENSSSAG00000065592 ENSSSAG00000096692 BTAF1 (ENSSSAG00000057145) cpeb3 (ENSSSAG00000056801) marchf5 (ENSSSAG00000056762) ide (ENSSSAG00000053985) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.fc ENSGT00940000167263 ENSGT00940000158638.c 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ENSGT00940000158240.o.a.a ENSGT00390000015226.d.i ENSGT00940000161547.a ENSGT01030000234549.a.b.g #22 ENSGT00940000164278.a #23 ENSGT00940000160175.b.b ##24 ENSGT00390000011408.r.b ENSGT00940000165215.a.g ENSGT00940000165215.b.c ENSGT00940000164759.c ENSGT00940000158584.e ENSGT00940000155715.ob.a ENSGT00940000160595.a.a.b ##25 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000157500.e ENSGT00940000158949.f ENSGT00390000009948.c.e ENSGT00940000155780.g ENSGT00390000000747.m Chinook salmon MODERN SPECIES 30 ENSOTSG00005020052 calm2a (ENSOTSG00005020051) si:ch211-93n23.7 (ENSOTSG00005020050) TTC7A (ENSOTSG00005045631) mcfd2 (ENSOTSG00005045630) ENSOTSG00005045629 rhoq (ENSOTSG00005045627) mxtx1 (ENSOTSG00005045626) ##26 ENSOTSG00005045624 STK32C (ENSOTSG00005045461) ENSOTSG00005045458 PWWP2B (ENSOTSG00005045456) csad (ENSOTSG00005045122) INPP5A (ENSOTSG00005045087) nkx6.2 (ENSOTSG00005045086) valopa (ENSOTSG00005045085) #22 ENSOTSG00005045083 #23 ADGRA1 (ENSOTSG00005044945) ##24 KNDC1 (ENSOTSG00005044931) vox (ENSOTSG00005044929) ENSOTSG00005044927 ENSOTSG00005044926 dntt (ENSOTSG00005044826) ENSOTSG00005044824 ENSOTSG00005044823 ##25 CCNJ (ENSOTSG00005044822) BTAF1 (ENSOTSG00005044677) cpeb3 (ENSOTSG00005044646) marchf5 (ENSOTSG00005044644) ide (ENSOTSG00005044060) kmo (ENSOTSG00005044050) Coho salmon MODERN SPECIES 24 si:ch211-93n23.7 (ENSOKIG00005011548) TTC7A (ENSOKIG00005011519) ENSOKIG00005011497 socs5b (ENSOKIG00005011485) ENSOKIG00005011443 ENSOKIG00005011432 ##26 mcfd2 (ENSOKIG00005011417) ENSOKIG00005011401 ENSOKIG00005011149 LRRC27 (ENSOKIG00005011091) PWWP2B (ENSOKIG00005011077) csad (ENSOKIG00005010723) INPP5A (ENSOKIG00005010375) nkx6.2 (ENSOKIG00005010347) ENSOKIG00005010345 valopa (ENSOKIG00005010333) #22 ENSOKIG00005010320 ENSOKIG00005010310 #23 ADGRA1 (ENSOKIG00005010100) ##24 ENSOKIG00005010067 ENSOKIG00005010056 vox (ENSOKIG00005010048) ENSOKIG00005010043 ENSOKIG00005010036 dntt (ENSOKIG00005009711) ENSOKIG00005009650 ENSOKIG00005009640 ##25 CCNJ (ENSOKIG00005009635) BTAF1 (ENSOKIG00005008535) cpeb3 (ENSOKIG00005008299) marchf5 (ENSOKIG00005008211) Rainbow trout MODERN SPECIES calm2a (ENSOMYG00000025867) si:ch211-93n23.7 (ENSOMYG00000025740) TTC7A (ENSOMYG00000025716) mcfd2 (ENSOMYG00000025666) ENSOMYG00000025655 socs5b (ENSOMYG00000025644) ENSOMYG00000025627 ENSOMYG00000025603 ##26 ENSOMYG00000069861 STK32C (ENSOMYG00000025216) LRRC27 (ENSOMYG00000024922) PWWP2B (ENSOMYG00000024888) ENSOMYG00000024325 INPP5A (ENSOMYG00000023695) nkx6.2 (ENSOMYG00000023516) valopa (ENSOMYG00000023494) #22 ENSOMYG00000066860 ENSOMYG00000023469 #23 ADGRA1 (ENSOMYG00000023227) ##24 ENSOMYG00000063671 ENSOMYG00000023039 vox (ENSOMYG00000022992) ENSOMYG00000022970 ENSOMYG00000022960 dntt (ENSOMYG00000022843) ENSOMYG00000022758 ENSOMYG00000022726 ##25 ENSOMYG00000059912 ENSOMYG00000022716 ENSOMYG00000066160 BTAF1 (ENSOMYG00000017095) Huchen MODERN SPECIES 10 calm2a (ENSHHUG00000020730) si:ch211-93n23.7 (ENSHHUG00000020883) TTC7A (ENSHHUG00000020888) mcfd2 (ENSHHUG00000020904) ENSHHUG00000020907 socs5b (ENSHHUG00000020918) rhoq (ENSHHUG00000020923) mxtx1 (ENSHHUG00000020946) ##26 ENSHHUG00000020947 STK32C (ENSHHUG00000020972) LRRC27 (ENSHHUG00000021016) PWWP2B (ENSHHUG00000021051) csad (ENSHHUG00000021064) INPP5A (ENSHHUG00000021230) nkx6.2 (ENSHHUG00000021277) valopa (ENSHHUG00000021286) #22 ENSHHUG00000021300 #23 ENSHHUG00000021307 ENSHHUG00000021316 ##24 ADGRA1 (ENSHHUG00000021321) ##24 KNDC1 (ENSHHUG00000021340) vox (ENSHHUG00000021396) ENSHHUG00000021397 ENSHHUG00000021403 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 380 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.ec ENSGT00940000158638.d ENSGT00940000154141.B.ib ENSGT00940000165391.f ENSGT00940000164285.a.a ENSGT00390000013481.c.b.b ENSGT00940000155970.z.a ENSGT00940000154537.lb.d ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626.f ENSGT00940000160573.j ENSGT00940000160735.a ENSGT00940000158240.o.b ENSGT00390000015226.d.j ENSGT00940000161547.b ENSGT01030000234549.a.b.h #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278.b #23 ENSGT00940000160175.b.a ##24 ENSGT00390000011408.r.a ENSGT00940000165215.a.h ENSGT00940000165215.b.d ENSGT00940000164759.d Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.ec ENSGT00940000158638.d ENSGT00940000154141.B.ib ENSGT00940000165391.f ENSGT00940000164285.a.a ENSGT00390000013481.c.b.b ENSGT00940000155970.z.a ENSGT00940000154537.lb.d ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626.f ENSGT00940000160573.j ENSGT00940000160735.a ENSGT00940000158240.o.b ENSGT00390000015226.d.j ENSGT00940000161547.b ENSGT01030000234549.a.b.h #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278.b #23 ENSGT00940000160175.b.a ##24 ENSGT00390000011408.r.a ENSGT00940000165215.a.h ENSGT00940000165215.b.d ENSGT00940000164759.d ENSGT00940000158584.f ENSGT00940000155715.ob.b ENSGT00940000160595.a.a.a ##25 ENSGT00940000157500.f ENSGT00940000158949.e ENSGT00390000009948.c.f ENSGT00940000155780.h ENSGT00390000000747.n Salmo ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.ec ENSGT00940000158638.d ENSGT00940000154141.B.ib ENSGT00970000197742 ENSGT00940000164285.a.a ENSGT00390000013481.c.b.b ENSGT00940000155970.z.a ENSGT00940000154537.lb.d ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626.f ENSGT00940000160573.j ENSGT00940000160735.a ENSGT00940000158240.o.b ENSGT00390000015226.d.j ENSGT00940000161547.b ENSGT01030000234549.a.b.h #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278.b #23 ENSGT00940000160175.b.a ##24 ENSGT00390000011408.r.a ENSGT00940000165215.a.h ENSGT00940000165215.b.d ENSGT00940000164759.d ENSGT00940000158584.f ENSGT00940000155715.ob.b ENSGT00940000160595.a.a.a ##25 ENSGT00940000157500.f ENSGT00940000158949.e ENSGT00390000009948.c.f ENSGT00940000155780.h ENSGT00390000000747.n Atlantic salmon MODERN SPECIES calm2a (ENSSSAG00000001376) TTC7A (ENSSSAG00000001340) mcfd2 (ENSSSAG00000001329) prop1 (ENSSSAG00000001323) socs5b (ENSSSAG00000097820) ENSSSAG00000001313 rhoq (ENSSSAG00000001304) ENSSSAG00000121086 ##26 tmem254 (ENSSSAG00000001290) ENSSSAG00000001279 ENSSSAG00000001166 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(ENSSTUG00000009543) ##24 KNDC1 (ENSSTUG00000009511) vox (ENSSTUG00000009491) ENSSTUG00000009480 ENSSTUG00000009471 dntt (ENSSTUG00000009420) ENSSTUG00000009349 ENSSTUG00000009344 ##25 BTAF1 (ENSSTUG00000008964) cpeb3 (ENSSTUG00000008786) marchf5 (ENSSTUG00000008753) ide (ENSSTUG00000008606) kmo (ENSSTUG00000008056) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182980.a.b.b.b.ec ENSGT00940000158638.d ENSGT00940000154141.B.ib ENSGT00940000165391.f ENSGT00940000164285.a.a ENSGT00390000013481.c.b.b ENSGT00940000155970.z.a ENSGT00940000154537.lb.d ##26 ENSGT00390000016042 ENSGT00600000084626.f ENSGT00940000160573.j ENSGT00940000160735.a ENSGT00940000158240.o.b ENSGT00390000015226.d.j ENSGT00940000161547.b ENSGT01030000234549.a.b.h #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278.b #23 ENSGT00940000160175.b.a ##24 ENSGT00390000011408.r.a ENSGT01050000248004 ENSGT00940000164759.d ENSGT00940000158584.f ENSGT00940000155715.ob.b ENSGT00940000160595.a.a.a ##25 ENSGT00940000157500.f 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ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215 ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000155847 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c ENSGT00940000155780 ENSGT00940000155921 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156570.a ENSGT00940000154352.A ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000165215 ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000155847 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c Amniota ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000163757 ENSGT00940000165215 ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000155847 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 Sauria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000163757 ENSGT00940000165215 ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000157500 ENSGT00940000158949 ENSGT00390000009948.c Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00940000164278 #23 ENSGT00940000160175.b ##24 ENSGT00390000011408 ENSGT00940000163757 ENSGT00940000165097.b ENSGT00940000165097.a ENSGT00940000165215 ENSGT00940000164759 ENSGT00940000158584 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000155847 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 Aves ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 Duck MODERN SPECIES 24 CLRN3 (ENSAPLG00000023018) PTPRE (ENSAPLG00000009861) MGMT (ENSAPLG00000030688) ENSAPLG00000012647 GLRX3 (ENSAPLG00000012790) TCERG1L (ENSAPLG00000012399) PPP2R2D (ENSAPLG00000006225) BNIP3 (ENSAPLG00000005950) JAKMIP3 (ENSAPLG00000003318) DPYSL4 (ENSAPLG00000003668) STK32C (ENSAPLG00000004989) ENSAPLG00000018848 LRRC27 (ENSAPLG00000023192) PWWP2B (ENSAPLG00000005281) INPP5A (ENSAPLG00000005286) ENSAPLG00000005542 #22 ENSAPLG00000006027 TCTN3 (ENSAPLG00000006229) ALDH18A1 (ENSAPLG00000006363) Pink-footed goose MODERN SPECIES 429 INPP5A (ENSABRG00000009429) NKX6-2 (ENSABRG00000009610) ENSABRG00000009632 #22 TCTN3 (ENSABRG00000009667) ALDH18A1 (ENSABRG00000009704) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00400000024769 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00400000024769 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 Chicken MODERN SPECIES 35 CLRN3 (ENSGALG00010002617) PTPRE (ENSGALG00010002712) ENSGALG00010002750 MGMT (ENSGALG00010001308) EBF3 (ENSGALG00010001334) GLRX3 (ENSGALG00010001353) TCERG1L (ENSGALG00010001358) PPP2R2D (ENSGALG00010001369) BNIP3 (ENSGALG00010001382) JAKMIP3 (ENSGALG00010001480) DPYSL4 (ENSGALG00010001506) STK32C (ENSGALG00010001527) PWWP2B (ENSGALG00010001547) INPP5A (ENSGALG00010001567) NKX6-2 (ENSGALG00010001577) OPNVA (ENSGALG00010001616) #22 TCTN3 (ENSGALG00010001661) ALDH18A1 (ENSGALG00010001692) Turkey MODERN SPECIES 28 ENSMGAG00000011398 BAG3 (ENSMGAG00000011390) ENSMGAG00000011368 ENSMGAG00000017692 ENSMGAG00000011359 ENSMGAG00000011341 ENSMGAG00000011337 ENSMGAG00000011324 ENSMGAG00000011328 ENSMGAG00000011305 ENSMGAG00000011298 ENSMGAG00000015338 ENSMGAG00000011290 ENSMGAG00000011914 ENSMGAG00000011912 ENSMGAG00000011907 #22 ENSMGAG00000015341 ENSMGAG00000011899 ENSMGAG00000011859 ENSMGAG00000011869 JAKMIP3 (ENSMGAG00000011861) ENSMGAG00000019998 ENSMGAG00000011837 ENSMGAG00000011844 GLRX3 (ENSMGAG00000012648) ENSMGAG00000016563 ENSMGAG00000011826 Japanese quail MODERN SPECIES 24 CLRN3 (ENSCJPG00005001282) PTPRE (ENSCJPG00005001286) ENSCJPG00005001294 MGMT (ENSCJPG00005001320) EBF3 (ENSCJPG00005001333) GLRX3 (ENSCJPG00005001349) TCERG1L (ENSCJPG00005001381) PPP2R2D (ENSCJPG00005001393) ENSCJPG00005001397 JAKMIP3 (ENSCJPG00005001465) DPYSL4 (ENSCJPG00005001567) STK32C (ENSCJPG00005004188) PWWP2B (ENSCJPG00005004191) INPP5A (ENSCJPG00005004193) NKX6-2 (ENSCJPG00005004206) ENSCJPG00005004208 #22 ENSCJPG00005004209 ALDH18A1 (ENSCJPG00005004248) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00390000007203 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000170313 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 ENSGT00550000074897 Great tit MODERN SPECIES 26 EBF3 (ENSPMJG00000005976) ENSPMJG00000005982 TCERG1L (ENSPMJG00000005986) ENSPMJG00000005989 ENSPMJG00000005996 GLRX3 (ENSPMJG00000006006) ENSPMJG00000006022 ENSPMJG00000006025 BNIP3 (ENSPMJG00000006026) JAKMIP3 (ENSPMJG00000006028) DPYSL4 (ENSPMJG00000006037) STK32C (ENSPMJG00000006041) ENSPMJG00000006106 INPP5A (ENSPMJG00000006120) NKX6-2 (ENSPMJG00000006128) ENSPMJG00000006130 #22 ENSPMJG00000006139 ENSPMJG00000006140 TCTN3 (ENSPMJG00000006142) ALDH18A1 (ENSPMJG00000006143) MSH4 (ENSPMJG00000006147) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000170313 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 ENSGT00550000074897 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00850000132319.b ENSGT00940000156570.a ENSGT00390000015799 ENSGT00950000182859.A.b ENSGT00550000075030 ENSGT00940000160593 ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00940000153713.E ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000160573.b ENSGT00940000160573.a ENSGT00940000160735 ENSGT00390000015226.d ENSGT00940000161547 ENSGT01030000234549.a.b #22 ENSGT00570000079216 ENSGT00570000079101.a.a ENSGT00500000044903 ENSGT00550000074897 Medium ground finch MODERN SPECIES 209 GLRX3 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ENSTGUG00000011674 ENSTGUG00000020450 ENSTGUG00000011634 ENSTGUG00000025290 ENSTGUG00000021176 ENSTGUG00000027640 ENSTGUG00000022770 ENSTGUG00000029017 ENSTGUG00000025617 INPP5A (ENSTGUG00000011675) NKX6-2 (ENSTGUG00000011692) ENSTGUG00000011694 #22 ENSTGUG00000026788 ENSTGUG00000011696 ALDH18A1 (ENSTGUG00000011707) MSH4 (ENSTGUG00000010473) Common canary MODERN SPECIES 7 ENSSCAG00000010598 MGMT (ENSSCAG00000010591) EBF3 (ENSSCAG00000010428) GLRX3 (ENSSCAG00000010380) ENSSCAG00000010378 TCERG1L (ENSSCAG00000010367) ENSSCAG00000010361 PPP2R2D (ENSSCAG00000010356) BNIP3 (ENSSCAG00000010352) JAKMIP3 (ENSSCAG00000010331) DPYSL4 (ENSSCAG00000010192) STK32C (ENSSCAG00000010150) ENSSCAG00000010141 INPP5A (ENSSCAG00000010070) NKX6-2 (ENSSCAG00000010038) ENSSCAG00000010025 #22 ENSSCAG00000010010 TCTN3 (ENSSCAG00000009979) ALDH18A1 (ENSSCAG00000009961) MSH4 (ENSSCAG00000009902) Flycatcher MODERN SPECIES 25 MGMT (ENSFALG00000001209) EBF3 (ENSFALG00000001212) GLRX3 (ENSFALG00000001218) TCERG1L 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39 ENSTMTG00000014237 ENSTMTG00000014255 MGMT (ENSTMTG00000014270) EBF3 (ENSTMTG00000014291) GLRX3 (ENSTMTG00000014369) TCERG1L (ENSTMTG00000014402) PPP2R2D (ENSTMTG00000014455) BNIP3 (ENSTMTG00000014470) JAKMIP3 (ENSTMTG00000014491) DPYSL4 (ENSTMTG00000014557) STK32C (ENSTMTG00000014863) LRRC27 (ENSTMTG00000014898) PWWP2B (ENSTMTG00000014912) INPP5A (ENSTMTG00000014936) NKX6-2 (ENSTMTG00000014987) ENSTMTG00000015005 #22 ENSTMTG00000015034 ENSTMTG00000015068 #23 ENSTMTG00000015098 ADGRA1 (ENSTMTG00000015104) ##24 ENSTMTG00000015113 ENSTMTG00000015121 ENSTMTG00000015145 DNTT (ENSTMTG00000015164) ENSTMTG00000015246 ZNF518A (ENSTMTG00000015255) CCNJ (ENSTMTG00000015257) ENSTMTG00000015270 BTAF1 (ENSTMTG00000015288) CPEB3 (ENSTMTG00000015321) MARCHF5 (ENSTMTG00000015344) painted turtle MODERN SPECIES 801 TCERG1L (ENSCPBG00000013586) PPP2R2D (ENSCPBG00000013593) BNIP3 (ENSCPBG00000013596) JAKMIP3 (ENSCPBG00000013601) DPYSL4 (ENSCPBG00000013611) STK32C (ENSCPBG00000013633) LRRC27 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Eastern brown snake MODERN SPECIES 48 ENSPTXG00000006286 MGMT (ENSPTXG00000006288) EBF3 (ENSPTXG00000006293) GLRX3 (ENSPTXG00000006314) TCERG1L (ENSPTXG00000006317) PPP2R2D (ENSPTXG00000006320) BNIP3 (ENSPTXG00000006323) JAKMIP3 (ENSPTXG00000006332) DPYSL4 (ENSPTXG00000006426) STK32C (ENSPTXG00000006427) PWWP2B (ENSPTXG00000006597) ENSPTXG00000006598 INPP5A (ENSPTXG00000006599) NKX6-2 (ENSPTXG00000006600) ENSPTXG00000006602 #22 ENSPTXG00000006910 ADGRA1 (ENSPTXG00000006920) ##24 ENSPTXG00000006921 ENSPTXG00000006922 DNTT (ENSPTXG00000006924) ENSPTXG00000006930 ZNF518A (ENSPTXG00000006531) CCNJ (ENSPTXG00000006532) ENSPTXG00000006533 BTAF1 (ENSPTXG00000006539) CPEB3 (ENSPTXG00000008486) MARCHF5 (ENSPTXG00000008489) IDE (ENSPTXG00000008490) KIF11 (ENSPTXG00000008491) HHEX (ENSPTXG00000008558) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 34 PTPRE (ENSNSUG00000011131) MGMT (ENSNSUG00000011250) EBF3 (ENSNSUG00000011251) GLRX3 (ENSNSUG00000011286) TCERG1L (ENSNSUG00000011287) PPP2R2D 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ENSCMIG00000017797 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.b #22 Lamprey MODERN SPECIES 3907 valopb (ENSPMAG00000007441) #22 Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 152 ENSGT00940000159855 ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000153629.a.b ENSGT00940000158528 ENSGT00600000085663 ENSGT00990000203541.b ENSGT00940000159563 ENSGT00940000159128 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00950000182827.B ENSGT00940000161689 ENSGT00940000158963 ENSGT00940000155317.a.a ENSGT00390000002062 ENSGT01030000234648.a.b.a.b ENSGT00390000012692 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT01030000234648.a.b.a.b.b ENSGT00940000155317.a.a ENSGT00940000156963.a.b ENSGT00390000012692 ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.a ENSGT00390000002062 ENSGT00600000085663 ENSGT00990000203541.b ENSGT00940000159563 ENSGT00940000166313 ENSGT00940000159128 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 131 ENSGT01030000234648.a.b.a.b.b ENSGT00940000155317.a.a ENSGT00940000156963.a.b ENSGT00390000012692 ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.a ENSGT00390000002062 ENSGT00600000085663 ENSGT00990000203541.b ENSGT00940000159563 ENSGT00940000166313 ENSGT00940000159128 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 356 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bonytongue MODERN SPECIES 14 PDZD4 (ENSSFOG00015032743) kdm5c (ENSSFOG00015010111) IQSEC2 (ENSSFOG00015009998) ENSSFOG00015029093 gpkow (ENSSFOG00015009901) pqbp1 (ENSSFOG00015032016) TIMM17B (ENSSFOG00015028880) praf2 (ENSSFOG00015009826) ENSSFOG00015026127 sypb (ENSSFOG00015009670) plp2b (ENSSFOG00015024717) PRICKLE3 (ENSSFOG00015009613) gata1a (ENSSFOG00015009587) si:dkey-13a21.4 (ENSSFOG00015009566) HCFC1 (ENSSFOG00015009466) opn1sw2 (ENSSFOG00015009411) ##22 ENSSFOG00015009394 ##22 ENSSFOG00015032823 ENSSFOG00015008941 ##22 ENSSFOG00015008893 gnl3l (ENSSFOG00015008883) tfe3b (ENSSFOG00015008689) ccdc120b (ENSSFOG00015008622) ENSSFOG00015008591 otud5b (ENSSFOG00015027588) cenps (ENSSFOG00015026443) tardbpb (ENSSFOG00015008512) RER1 (ENSSFOG00015008467) tas1r2.1 (ENSSFOG00015008301) ENSSFOG00015008268 GPR153 (ENSSFOG00015008256) P. kingsleyae MODERN SPECIES 32 IQSEC2 (ENSPKIG00000008307) ENSPKIG00000008365 gpkow (ENSPKIG00000008382) pqbp1 (ENSPKIG00000008420) timm17b (ENSPKIG00000008438) praf2 (ENSPKIG00000008455) ENSPKIG00000008476 ENSPKIG00000008537 ENSPKIG00000008552 sypb (ENSPKIG00000008577) plp2b (ENSPKIG00000008615) PRICKLE3 (ENSPKIG00000008640) gata1a (ENSPKIG00000008667) si:dkey-13a21.4 (ENSPKIG00000008691) HCFC1 (ENSPKIG00000008723) opn1sw2 (ENSPKIG00000009651) ##22 opn1lw1 (ENSPKIG00000011983) ##22 gnl3l (ENSPKIG00000012014) tfe3b (ENSPKIG00000012043) ccdc120b (ENSPKIG00000012066) otud5b (ENSPKIG00000012110) cenps (ENSPKIG00000012136) tardbpb (ENSPKIG00000012179) RER1 (ENSPKIG00000012231) tas1r2.1 (ENSPKIG00000012286) her3 (ENSPKIG00000012352) GPR153 (ENSPKIG00000012380) espn (ENSPKIG00000012406) ARHGEF16 (ENSPKIG00000012442) ybx1 (ENSPKIG00000012488) ENSPKIG00000012512 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 189 ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT00940000167532 ENSGT00940000160502 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ENSGT00940000163942.a ENSGT00940000158374.d Mexicana tetra MODERN SPECIES 14 ephb2b (ENSAMXG00000006326) fam83d (ENSAMXG00000036827) adnpa (ENSAMXG00000006355) gata1a (ENSAMXG00000040272) si:dkey-13a21.4 (ENSAMXG00000032663) opn1sw2 (ENSAMXG00000037260) ##22 opn1lw1 (ENSAMXG00000006368) ##22 gnl3l (ENSAMXG00000006376) tfe3b (ENSAMXG00000020781) cxxc1b (ENSAMXG00000006383) ccdc120b (ENSAMXG00000042805) grm6b (ENSAMXG00000006398) MON1B (ENSAMXG00000006415) BRPF3 (ENSAMXG00000041882) ENSAMXG00000031120 PLCH2 (ENSAMXG00000006425) ENSAMXG00000024789 LACTBL1 (ENSAMXG00000004600) ENSAMXG00000043590 ENSAMXG00000029622 smarcd1 (ENSAMXG00000004577) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 348 ENSPNAG00000009321 myh7ba (ENSPNAG00000009413) ENSPNAG00000009446 myg1 (ENSPNAG00000009469) ENSPNAG00000009483 top1a (ENSPNAG00000009507) ENSPNAG00000009533 fam83d (ENSPNAG00000009546) ENSPNAG00000009555 ENSPNAG00000009623 adnpa (ENSPNAG00000009630) gata1a (ENSPNAG00000009646) si:dkey-13a21.4 (ENSPNAG00000009664) HCFC1 (ENSPNAG00000009697) opn1sw2 (ENSPNAG00000009708) ##22 ENSPNAG00000009733 ##22 ENSPNAG00000009746 ##22 gnl3l (ENSPNAG00000005179) tfe3b (ENSPNAG00000001347) cxxc1b (ENSPNAG00000006461) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000160318.c.a ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000161531.b ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT01060000253577 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00940000169444 ENSGT00940000154102.b.a.b ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b.g ENSGT00390000012692 ENSGT00940000156963.a.b Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 212 ENSGT00940000160331.l ENSGT00390000018330.n.b ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d.e ENSGT00530000063829.C.a.a ENSGT00390000018123.b.a ENSGT00940000155006.e.a.f ENSGT00950000182893.a.a.b.b.b ENSGT00940000158405.e ENSGT00940000161531.b.a ENSGT00940000164411.b ENSGT00530000063631.b.n.a.a ENSGT00940000166313.a.a ENSGT00940000166196.f ENSGT00940000164702.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.gb ##22 ENSGT00940000155877.b ENSGT00940000157503.i.b.b ENSGT01060000253577 ENSGT00940000166392.a ENSGT00950000183005.a.a.f ENSGT00940000154102.b.a.a.b ENSGT00940000155317.a.a.j.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.b ENSGT00940000158963.b.a.a ENSGT00390000006665.b.g.b ENSGT00940000155056.b.a ENSGT00940000163942.a.b ENSGT00940000158374.d.a ENSGT00940000166894.a Goldfish MODERN SPECIES 142 arhgap46a (ENSCARG00000034008) ENSCARG00000034061 ndrg3a (ENSCARG00000034089) trpc4apa (ENSCARG00000034821) myh7ba (ENSCARG00000035006) snai1a (ENSCARG00000035323) tp53inp2 (ENSCARG00000035332) ENSCARG00000035337 top1a (ENSCARG00000035362) ENSCARG00000036550 fam83d (ENSCARG00000036570) mafbb (ENSCARG00000036595) adnpa (ENSCARG00000036603) gata1a (ENSCARG00000036620) hcfc1a (ENSCARG00000036717) opn1sw2 (ENSCARG00000037260) ##22 ENSCARG00000037307 ##22 tfe3b (ENSCARG00000037442) cxxc1b (ENSCARG00000040392) mbd1b (ENSCARG00000040889) ccdc120b (ENSCARG00000040903) comtb (ENSCARG00000040935) grm6b (ENSCARG00000040997) otud5b (ENSCARG00000042249) MON1B (ENSCARG00000042471) BRPF3 (ENSCARG00000042547) ENSCARG00000042717 PLCH2 (ENSCARG00000042766) skib (ENSCARG00000043193) tmem51b (ENSCARG00000043270) kaznb (ENSCARG00000043310) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160331.l ENSGT00390000018330.n.b ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d.e ENSGT00530000063829.C.a.a ENSGT00390000018123.b.a ENSGT00940000155006.e.a.f ENSGT00950000182893.a.a.b.b.b ENSGT00940000158405.e ENSGT00940000161531.b.a ENSGT00940000164411.b ENSGT00530000063631.b.n.a.a ENSGT00940000166313.a.a ENSGT00940000166196.f ENSGT00940000164702.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.gb ##22 ENSGT00940000155877.b ENSGT00940000157503.i.b.b ENSGT01060000253577 ENSGT00940000166392.a ENSGT00950000183005.a.a.f ENSGT00940000154102.b.a.a.b ENSGT00940000155317.a.a.j.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.b ENSGT00940000158963.b.a.a ENSGT00390000006665.b.g.b ENSGT00940000155056.b.a ENSGT00940000163942.a.b ENSGT00940000158374.d.a ENSGT00940000166894.a Common carp reference MODERN SPECIES 42 sulf2a (ENSCCRG00000041869) arhgap46a (ENSCCRG00000003147) ENSCCRG00000039400 ndrg3a (ENSCCRG00000006676) trpc4apa (ENSCCRG00000017847) myh7ba (ENSCCRG00000017821) snai1a (ENSCCRG00000057413) tp53inp2 (ENSCCRG00000043585) ENSCCRG00000063625 ENSCCRG00000043578 top1a (ENSCCRG00000076066) fam83d (ENSCCRG00000043564) ENSCCRG00000043364 adnpa (ENSCCRG00000043343) hcfc1a (ENSCCRG00000058227) opn1sw2 (ENSCCRG00000034760) ##22 ENSCCRG00000042194 ##22 tfe3b (ENSCCRG00000076795) ENSCCRG00000082624 cxxc1b (ENSCCRG00000041918) mbd1b (ENSCCRG00000079505) ccdc120b (ENSCCRG00000040452) comtb (ENSCCRG00000055844) grm6b (ENSCCRG00000040460) otud5b (ENSCCRG00000039550) ENSCCRG00000039580 ENSCCRG00000039624 ENSCCRG00000066958 ENSCCRG00000040353 skib (ENSCCRG00000055470) kaznb (ENSCCRG00000048175) Golden-line barbel MODERN SPECIES 1 ENSSGRG00000037577 ndrg3a (ENSSGRG00000037502) ENSSGRG00000037500 trpc4apa (ENSSGRG00000037499) trpc4apa (ENSSGRG00000037498) myh7ba (ENSSGRG00000030364) snai1a (ENSSGRG00000030274) tp53inp2 (ENSSGRG00000030273) top1a (ENSSGRG00000029390) fam83d (ENSSGRG00000029370) mafbb (ENSSGRG00000029369) ENSSGRG00000029368 ENSSGRG00000029367 si:dkey-13a21.4 (ENSSGRG00000029365) hcfc1a (ENSSGRG00000028465) opn1sw2 (ENSSGRG00000028454) ##22 LWS1 (ENSSGRG00000028050) ##22 gnl3l (ENSSGRG00000028038) tfe3b (ENSSGRG00000028032) cxxc1b (ENSSGRG00000027621) mbd1b (ENSSGRG00000027615) ccdc120b (ENSSGRG00000027614) comtb (ENSSGRG00000027613) grm6b (ENSSGRG00000027612) otud5b (ENSSGRG00000027407) ENSSGRG00000027405 BRPF3 (ENSSGRG00000027403) ENSSGRG00000027402 ENSSGRG00000027280 skib (ENSSGRG00000027272) tmem51b (ENSSGRG00000027271) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182872.f.a.a.a.b.h ENSGT00390000018330.n.a ENSGT00940000160318.c.a ENSGT00940000154681.b.d.f ENSGT00980000199461 ENSGT00390000018123.b.b ENSGT00940000155006.e.a.e ENSGT00950000182893.a.a.b.b.a ENSGT00940000158405.f ENSGT00940000161531.b.b ENSGT00940000164411.a ENSGT00530000063631.b.n.a.b ENSGT00940000166313.a.b ENSGT00940000166196.e ENSGT00940000164702.b.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.fb ##22 ENSGT00940000155877.a ENSGT00940000157503.i.b.a ENSGT00940000166392.b ENSGT00950000183005.a.a.e ENSGT00940000154102.b.a.a.a ENSGT00940000155317.a.a.j.b ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.a ENSGT00940000158963.b.a.b ENSGT00390000006665.b.g.a ENSGT00940000155056.b.b 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ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a Percomorphaceae DUPLICATION Percomorphaceae DUPLICATION Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000161383.d.a 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ENSGT00390000012692 ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.a Pike perch MODERN SPECIES 11 myh7ba (ENSSLUG00000021243) snai1a (ENSSLUG00000021306) ENSSLUG00000021307 ENSSLUG00000021311 ENSSLUG00000021321 top1a (ENSSLUG00000021371) ENSSLUG00000021794 fam83d (ENSSLUG00000021803) MAFB (ENSSLUG00000021811) ENSSLUG00000021816 adnpa (ENSSLUG00000021822) BCL2L1 (ENSSLUG00000021825) gata1a (ENSSLUG00000021830) si:dkey-13a21.4 (ENSSLUG00000021834) hcfc1a (ENSSLUG00000021854) opn1sw2 (ENSSLUG00000021888) ##22 ENSSLUG00000021893 ##22 ENSSLUG00000021896 ##22 ENSSLUG00000021899 ##22 ENSSLUG00000021917 ##22 gnl3l (ENSSLUG00000021972) tfe3b (ENSSLUG00000022004) CXXC1 (ENSSLUG00000022049) mbd1b (ENSSLUG00000022140) ccdc120b (ENSSLUG00000022153) SRPK3 (ENSSLUG00000022192) comtb (ENSSLUG00000022361) grm6b (ENSSLUG00000022374) traip (ENSSLUG00000022387) mon1a (ENSSLUG00000022403) ENSSLUG00000022410 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 Large yellow croaker MODERN SPECIES 478 myh7ba (ENSLCRG00005022334) snai1a (ENSLCRG00005022344) ENSLCRG00005022347 ENSLCRG00005022348 top1a (ENSLCRG00005022352) ENSLCRG00005022423 fam83d (ENSLCRG00005022424) MAFB (ENSLCRG00005022425) ENSLCRG00005022426 adnpa (ENSLCRG00005022428) ENSLCRG00005022429 gata1a (ENSLCRG00005022430) si:dkey-13a21.4 (ENSLCRG00005022432) hcfc1a (ENSLCRG00005022434) opn1sw2 (ENSLCRG00005022439) ##22 opn1sw2 (ENSLCRG00005022440) ##22 opn1lw1 (ENSLCRG00005022441) ##22 gnl3l (ENSLCRG00005022442) tfe3b (ENSLCRG00005022462) cxxc1b (ENSLCRG00005002269) ap5b1 (ENSLCRG00005004025) zgc:112255 (ENSLCRG00005004027) P3H1 (ENSLCRG00005004095) cldn19 (ENSLCRG00005004160) ENSLCRG00005004286 nucks1a (ENSLCRG00005004986) slc45a3 (ENSLCRG00005005000) ENSLCRG00005005013 elk4 (ENSLCRG00005005023) ENSLCRG00005005096 ephb2b (ENSLCRG00005005574) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 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ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a Climbing perch MODERN SPECIES 18 ndrg3a (ENSATEG00000015891) trpc4apa (ENSATEG00000015800) myh7ba (ENSATEG00000015668) snai1a (ENSATEG00000015639) ENSATEG00000025418 ENSATEG00000015102 top1a (ENSATEG00000015061) ENSATEG00000015047 fam83d (ENSATEG00000015038) ENSATEG00000029851 adnpa (ENSATEG00000015001) ENSATEG00000014989 gata1a (ENSATEG00000014966) si:dkey-13a21.4 (ENSATEG00000014958) hcfc1a (ENSATEG00000014798) opn1sw2 (ENSATEG00000014765) ##22 opn1sw2 (ENSATEG00000014431) ##22 ENSATEG00000011811 ##22 ENSATEG00000009817 ##22 gnl3l (ENSATEG00000009762) tfe3b 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ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00730000111044 ENSGT00940000159563 ENSGT00990000203541.b ENSGT01030000234637.b.c.g ENSGT00940000160502 ENSGT00940000167532 ENSGT00940000154102.b.a.b ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b.g ENSGT00390000012692 Channel bull blenny MODERN SPECIES 19 trpc4apa (ENSCGOG00000002360) myh7ba (ENSCGOG00000002037) snai1a (ENSCGOG00000002015) ENSCGOG00000002001 ENSCGOG00000001997 top1a (ENSCGOG00000001478) ENSCGOG00000001439 fam83d (ENSCGOG00000001435) ENSCGOG00000001432 MAFB (ENSCGOG00000001430) adnpa (ENSCGOG00000001427) BCL2L1 (ENSCGOG00000001425) gata1a (ENSCGOG00000001418) si:dkey-13a21.4 (ENSCGOG00000001417) hcfc1a (ENSCGOG00000001124) opn1sw2 (ENSCGOG00000001101) ##22 opn1sw2 (ENSCGOG00000001089) ##22 opn1lw1 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ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a Gilthead seabream MODERN SPECIES 20 ENSSAUG00010012035 trpc4apa (ENSSAUG00010012056) myh7ba (ENSSAUG00010013596) snai1a (ENSSAUG00010013621) ENSSAUG00010013623 ENSSAUG00010013624 top1a (ENSSAUG00010013632) ENSSAUG00010014343 fam83d (ENSSAUG00010014344) MAFB (ENSSAUG00010014345) ENSSAUG00010014348 BCL2L (ENSSAUG00010014353) gata1a (ENSSAUG00010014355) si:dkey-13a21.4 (ENSSAUG00010014358) hcfc1a (ENSSAUG00010014373) opn1sw2 (ENSSAUG00010014432) ##22 opn1sw2 (ENSSAUG00010014437) ##22 opn1lw1 (ENSSAUG00010014442) ##22 gnl3l (ENSSAUG00010014448) tfe3b (ENSSAUG00010014478) cxxc1b (ENSSAUG00010014492) mbd1b (ENSSAUG00010014539) ccdc120b (ENSSAUG00010014546) SRPK3 (ENSSAUG00010014567) comtb (ENSSAUG00010017170) grm6b (ENSSAUG00010017188) traip (ENSSAUG00010017395) mon1a (ENSSAUG00010017406) ENSSAUG00010017412 camkvb (ENSSAUG00010017420) SEMA3F (ENSSAUG00010017498) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a Large yellow croaker MODERN SPECIES 478 trpc4apa (ENSLCRG00005022321) myh7ba (ENSLCRG00005022334) snai1a (ENSLCRG00005022344) ENSLCRG00005022347 ENSLCRG00005022348 top1a (ENSLCRG00005022352) ENSLCRG00005022423 fam83d (ENSLCRG00005022424) MAFB (ENSLCRG00005022425) ENSLCRG00005022426 adnpa (ENSLCRG00005022428) ENSLCRG00005022429 gata1a (ENSLCRG00005022430) si:dkey-13a21.4 (ENSLCRG00005022432) hcfc1a (ENSLCRG00005022434) opn1sw2 (ENSLCRG00005022439) ##22 opn1sw2 (ENSLCRG00005022440) ##22 opn1lw1 (ENSLCRG00005022441) ##22 gnl3l (ENSLCRG00005022442) tfe3b (ENSLCRG00005022462) cxxc1b (ENSLCRG00005002269) ap5b1 (ENSLCRG00005004025) zgc:112255 (ENSLCRG00005004027) P3H1 (ENSLCRG00005004095) cldn19 (ENSLCRG00005004160) ENSLCRG00005004286 nucks1a (ENSLCRG00005004986) slc45a3 (ENSLCRG00005005000) ENSLCRG00005005013 elk4 (ENSLCRG00005005023) ENSLCRG00005005096 European seabass MODERN SPECIES 10 trpc4apa (ENSDLAG00005005884) myh7ba (ENSDLAG00005005626) SNAI (ENSDLAG00005033824) ENSDLAG00005005462 ENSDLAG00005005453 top1a (ENSDLAG00005004446) ENSDLAG00005004319 fam83d (ENSDLAG00005025742) ENSDLAG00005025739 MAFB 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(ENSMAMG00000023357) ENSMAMG00000023360 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b 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traip (ENSLCAG00010018680) mon1a (ENSLCAG00010018669) ENSLCAG00010018663 camkvb (ENSLCAG00010018655) Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 281 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160331 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160331 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b 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##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f Chinese medaka MODERN SPECIES 655 ndrg3a (ENSOSIG00000013905) ENSOSIG00000013872 trpc4apa (ENSOSIG00000011196) snai1a (ENSOSIG00000011180) ENSOSIG00000011178 top1a (ENSOSIG00000009347) ENSOSIG00000009333 fam83d (ENSOSIG00000009332) MAFB (ENSOSIG00000009330) ENSOSIG00000009299 adnpa (ENSOSIG00000009297) BCL2L1 (ENSOSIG00000009295) gata1a (ENSOSIG00000009293) si:dkey-13a21.4 (ENSOSIG00000009290) hcfc1a (ENSOSIG00000009288) opn1sw2 (ENSOSIG00000009284) ##22 opn1sw2 (ENSOSIG00000009282) ##22 ENSOSIG00000009264 ##22 gnl3l (ENSOSIG00000008975) tfe3b (ENSOSIG00000008770) cxxc1b (ENSOSIG00000008735) ENSOSIG00000008731 ccdc120b (ENSOSIG00000008730) SRPK3 (ENSOSIG00000006352) comtb (ENSOSIG00000006338) grm6b 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ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00940000165164.b.j ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b Guppy MODERN SPECIES 457 ndrg3a (ENSPREG00000022358) ENSPREG00000022344 trpc4apa (ENSPREG00000022319) snai1a (ENSPREG00000022303) ENSPREG00000022295 top1a (ENSPREG00000022283) ENSPREG00000022277 fam83d (ENSPREG00000022272) MAFB (ENSPREG00000022267) ENSPREG00000022260 adnpa (ENSPREG00000022255) BCL2L1 (ENSPREG00000022250) gata1a (ENSPREG00000022245) si:dkey-13a21.4 (ENSPREG00000022241) hcfc1a (ENSPREG00000022223) opn1sw2 (ENSPREG00000022208) ##22 opn1sw2 (ENSPREG00000022188) ##22 ENSPREG00000022153 ##22 ENSPREG00000022087 ##22 ENSPREG00000022016 ##22 gnl3l (ENSPREG00000021994) tfe3b (ENSPREG00000021875) cxxc1b (ENSPREG00000021824) mbd1b (ENSPREG00000021805) ccdc120b (ENSPREG00000021798) SRPK3 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ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a Turbot MODERN SPECIES 18 trpc4apa (ENSSMAG00000013512) myh7ba (ENSSMAG00000013574) snai1a (ENSSMAG00000013652) ENSSMAG00000013670 ENSSMAG00000013722 top1a (ENSSMAG00000013729) ENSSMAG00000026820 fam83d (ENSSMAG00000013878) ENSSMAG00000013891 ENSSMAG00000013903 ENSSMAG00000013917 ENSSMAG00000028451 gata1a (ENSSMAG00000013930) si:dkey-13a21.4 (ENSSMAG00000013945) hcfc1a (ENSSMAG00000013953) opn1sw2 (ENSSMAG00000014006) ##22 opn1sw2 (ENSSMAG00000014457) ##22 opn1lw1 (ENSSMAG00000014476) ##22 gnl3l (ENSSMAG00000014518) tfe3b (ENSSMAG00000014563) cxxc1b (ENSSMAG00000014604) mbd1b (ENSSMAG00000014640) ccdc120b (ENSSMAG00000014764) ENSSMAG00000014783 comtb (ENSSMAG00000014805) grm6b (ENSSMAG00000014847) traip (ENSSMAG00000014911) mon1a (ENSSMAG00000014977) ENSSMAG00000014995 camkvb (ENSSMAG00000015020) ENSSMAG00000015037 Tongue sole MODERN SPECIES 2 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ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000164702.b 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ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f Cottioidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f Lumpfish MODERN SPECIES 20 trpc4apa (ENSCLMG00005013282) myh7ba (ENSCLMG00005013269) snai1a (ENSCLMG00005013267) ENSCLMG00005013266 ENSCLMG00005013265 top1a (ENSCLMG00005013136) ENSCLMG00005013131 fam83d (ENSCLMG00005013129) MAFB (ENSCLMG00005013128) ENSCLMG00005013112 ENSCLMG00005013109 BCL2L1 (ENSCLMG00005013107) gata1a (ENSCLMG00005013105) si:dkey-13a21.4 (ENSCLMG00005013104) HCFC1 (ENSCLMG00005012898) opn1sw2 (ENSCLMG00005012893) ##22 opn1sw2 (ENSCLMG00005012891) ##22 opn1lw1 (ENSCLMG00005012888) ##22 gnl3l (ENSCLMG00005012879) tfe3b (ENSCLMG00005012790) ENSCLMG00005012788 cxxc1b (ENSCLMG00005012498) ENSCLMG00005012492 ccdc120b (ENSCLMG00005012490) ENSCLMG00005012489 ENSCLMG00005012487 SRPK3 (ENSCLMG00005012486) comtb (ENSCLMG00005012436) grm6b (ENSCLMG00005012426) traip (ENSCLMG00005012422) mon1a (ENSCLMG00005012421) Stickleback MODERN SPECIES 17 PHF20 (ENSGACG00000010085) ndrg3a (ENSGACG00000010090) trpc4apa (ENSGACG00000010137) snai1a (ENSGACG00000010147) ENSGACG00000010154 ENSGACG00000010157 ENSGACG00000010167 top1a (ENSGACG00000010175) fam83d (ENSGACG00000010183) MAFB (ENSGACG00000010185) ENSGACG00000010189 adnpa (ENSGACG00000010194) BCL2L1 (ENSGACG00000010199) gata1a (ENSGACG00000010218) hcfc1a (ENSGACG00000010222) opn1sw2 (ENSGACG00000010229) ##22 opn1lw1 (ENSGACG00000010287) ##22 gnl3l (ENSGACG00000010320) tfe3b (ENSGACG00000010355) cav4a (ENSGACG00000010378) ENSGACG00000010382 ENSGACG00000010387 rrp9 (ENSGACG00000010391) grm2b (ENSGACG00000010427) TEX264 (ENSGACG00000010452) ENSGACG00000010455 BRK1 (ENSGACG00000010458) rbm5 (ENSGACG00000010469) SLC38A3 (ENSGACG00000010478) gnai2b (ENSGACG00000010512) inka1b (ENSGACG00000010537) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 Channel bull blenny MODERN SPECIES 19 myh7ba (ENSCGOG00000002037) snai1a (ENSCGOG00000002015) ENSCGOG00000002001 ENSCGOG00000001997 top1a (ENSCGOG00000001478) ENSCGOG00000001439 fam83d (ENSCGOG00000001435) ENSCGOG00000001432 MAFB (ENSCGOG00000001430) adnpa (ENSCGOG00000001427) BCL2L1 (ENSCGOG00000001425) gata1a (ENSCGOG00000001418) si:dkey-13a21.4 (ENSCGOG00000001417) hcfc1a (ENSCGOG00000001124) opn1sw2 (ENSCGOG00000001101) ##22 opn1sw2 (ENSCGOG00000001089) ##22 opn1lw1 (ENSCGOG00000001051) ##22 gnl3l (ENSCGOG00000001042) tfe3b (ENSCGOG00000001023) cxxc1a (ENSCGOG00000000995) ENSCGOG00000000992 ENSCGOG00000000965 ccdc120b (ENSCGOG00000000963) SRPK3 (ENSCGOG00000000936) comtb (ENSCGOG00000000932) grm6b (ENSCGOG00000000769) traip (ENSCGOG00000000727) mon1a (ENSCGOG00000000725) ENSCGOG00000000720 camkvb (ENSCGOG00000000660) SEMA3F (ENSCGOG00000000535) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 19 myh7ba (ENSMMDG00005006989) snai1a (ENSMMDG00005007012) 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rivulus MODERN SPECIES 139 ENSKMAG00000021276 trpc4apa (ENSKMAG00000021251) snai1a (ENSKMAG00000021206) ENSKMAG00000021175 ENSKMAG00000021153 top1a (ENSKMAG00000021133) ENSKMAG00000021125 fam83d (ENSKMAG00000021120) MAFB (ENSKMAG00000021111) ENSKMAG00000021087 adnpa (ENSKMAG00000021072) BCL2L1 (ENSKMAG00000021065) gata1a (ENSKMAG00000021051) si:dkey-13a21.4 (ENSKMAG00000021039) hcfc1a (ENSKMAG00000020984) opn1sw2 (ENSKMAG00000020951) ##22 opn1lw1 (ENSKMAG00000020908) ##22 gnl3l (ENSKMAG00000020874) tfe3b (ENSKMAG00000020858) ENSKMAG00000020845 cxxc1b (ENSKMAG00000020802) mbd1b (ENSKMAG00000020760) ccdc120b (ENSKMAG00000020721) SRPK3 (ENSKMAG00000020698) ENSKMAG00000020685 comtb (ENSKMAG00000020662) grm6b (ENSKMAG00000020636) traip (ENSKMAG00000020606) mon1a (ENSKMAG00000020581) ENSKMAG00000020521 camkvb (ENSKMAG00000020494) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a 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ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.s ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Mummichog MODERN SPECIES 681 top1a (ENSFHEG00000002423) ENSFHEG00000002437 fam83d (ENSFHEG00000002445) MAFB (ENSFHEG00000002455) ENSFHEG00000002462 ENSFHEG00000002477 adnpa (ENSFHEG00000002485) BCL2L1 (ENSFHEG00000002488) gata1a (ENSFHEG00000002494) si:dkey-13a21.4 (ENSFHEG00000002502) HCFC1 (ENSFHEG00000002519) opn1sw2 (ENSFHEG00000002618) ##22 opn1sw2 (ENSFHEG00000002627) ##22 ENSFHEG00000002642 ##22 ENSFHEG00000002660 ##22 ENSFHEG00000002671 ENSFHEG00000003999 ##22 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 141 ENSCVAG00000000611 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Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a 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ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000179368 ENSGT00940000156703.e.a P. nyererei MODERN SPECIES 473 snai1a (ENSPNYG00000018944) ENSPNYG00000018904 ENSPNYG00000018819 top1a (ENSPNYG00000018784) ENSPNYG00000018777 fam83d (ENSPNYG00000018750) MAFB (ENSPNYG00000018735) ENSPNYG00000018683 adnpa (ENSPNYG00000018659) ENSPNYG00000018650 gata1a (ENSPNYG00000018638) ENSPNYG00000018625 si:dkey-13a21.4 (ENSPNYG00000018613) ENSPNYG00000018593 opn1sw2 (ENSPNYG00000018575) ##22 opn1sw2 (ENSPNYG00000018558) ##22 opn1lw1 (ENSPNYG00000017356) ##22 gnl3l (ENSPNYG00000017256) tfe3b (ENSPNYG00000017235) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a 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ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160331 ENSGT00390000018330 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Fugu MODERN SPECIES 10 ndrg3a (ENSTRUG00000010616) trpc4apa (ENSTRUG00000010773) myh7ba (ENSTRUG00000011087) sna1 (ENSTRUG00000031120) ENSTRUG00000024117 top1a (ENSTRUG00000012346) ENSTRUG00000019804 fam83d (ENSTRUG00000023235) MAFB (ENSTRUG00000032052) ENSTRUG00000012597 adnpa (ENSTRUG00000033492) ENSTRUG00000030489 BCL2L1 (ENSTRUG00000012724) gata1a (ENSTRUG00000012781) hcfc1a (ENSTRUG00000012807) opn1sw2 (ENSTRUG00000013002) ##22 opn1lw1 (ENSTRUG00000013052) ##22 gnl3l (ENSTRUG00000013131) tfe3b (ENSTRUG00000013198) cxxc1b (ENSTRUG00000013293) mbd1b (ENSTRUG00000013422) ccdc120b (ENSTRUG00000013456) SRPK3 (ENSTRUG00000029636) comtb (ENSTRUG00000013666) grm6b (ENSTRUG00000013670) traip (ENSTRUG00000013872) mon1a (ENSTRUG00000013941) ENSTRUG00000013975 camkvb (ENSTRUG00000014152) SEMA3F (ENSTRUG00000014242) arl8bb (ENSTRUG00000011496) Tetraodon MODERN SPECIES 2 trpc4apa (ENSTNIG00000007309) myh7ba (ENSTNIG00000007310) snai1a (ENSTNIG00000007311) ENSTNIG00000002452 ENSTNIG00000007312 top1a (ENSTNIG00000007313) ENSTNIG00000001316 ENSTNIG00000007314 fam83d (ENSTNIG00000007315) MAFB (ENSTNIG00000007316) ENSTNIG00000000511 adnpa (ENSTNIG00000007317) BCL2L1 (ENSTNIG00000007318) gata1a (ENSTNIG00000007319) hcfc1a (ENSTNIG00000007320) opn1sw2 (ENSTNIG00000007321) ##22 opn1lw1 (ENSTNIG00000007322) ##22 gnl3l (ENSTNIG00000007323) tfe3b (ENSTNIG00000007324) cxxc1b (ENSTNIG00000007325) ENSTNIG00000007326 ccdc120b (ENSTNIG00000007327) SRPK3 (ENSTNIG00000007328) comtb (ENSTNIG00000007329) grm6b (ENSTNIG00000007330) traip (ENSTNIG00000007331) mon1a (ENSTNIG00000007332) MST1R (ENSTNIG00000007333) camkvb (ENSTNIG00000007334) SEMA3F (ENSTNIG00000007335) arl8bb (ENSTNIG00000007336) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l 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(ENSSLDG00000012422) ccdc120b (ENSSLDG00000012502) SRPK3 (ENSSLDG00000012560) comtb (ENSSLDG00000012626) Barramundi perch MODERN SPECIES 93 snai1a (ENSLCAG00010019688) GGT7 (ENSLCAG00010019687) ENSLCAG00010019685 top1a (ENSLCAG00010019460) ENSLCAG00010019417 fam83d (ENSLCAG00010019414) MAFB (ENSLCAG00010019413) ENSLCAG00010019399 ENSLCAG00010019393 adnpa (ENSLCAG00010019391) BCL2L1 (ENSLCAG00010019389) gata1a (ENSLCAG00010019384) si:dkey-13a21.4 (ENSLCAG00010019380) opn1sw2 (ENSLCAG00010019363) ##22 opn1sw2 (ENSLCAG00010019332) ##22 opn1sw2 (ENSLCAG00010019314) ##22 opn1lw1 (ENSLCAG00010019185) ##22 gnl3l (ENSLCAG00010019117) tfe3b (ENSLCAG00010018845) cxxc1b (ENSLCAG00010018774) mbd1b (ENSLCAG00010018764) ccdc120b (ENSLCAG00010018757) SRPK3 (ENSLCAG00010018737) comtb (ENSLCAG00010018721) grm6b (ENSLCAG00010018700) traip (ENSLCAG00010018680) mon1a (ENSLCAG00010018669) ENSLCAG00010018663 camkvb (ENSLCAG00010018655) SEMA3F (ENSLCAG00010018634) arl8bb (ENSLCAG00010018615) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Turbot MODERN SPECIES 18 myh7ba (ENSSMAG00000013574) snai1a (ENSSMAG00000013652) ENSSMAG00000013670 ENSSMAG00000013722 top1a (ENSSMAG00000013729) ENSSMAG00000026820 fam83d (ENSSMAG00000013878) ENSSMAG00000013891 ENSSMAG00000013903 ENSSMAG00000013917 ENSSMAG00000028451 gata1a (ENSSMAG00000013930) si:dkey-13a21.4 (ENSSMAG00000013945) hcfc1a (ENSSMAG00000013953) opn1sw2 (ENSSMAG00000014006) ##22 opn1sw2 (ENSSMAG00000014457) ##22 opn1lw1 (ENSSMAG00000014476) ##22 gnl3l (ENSSMAG00000014518) tfe3b (ENSSMAG00000014563) cxxc1b (ENSSMAG00000014604) mbd1b (ENSSMAG00000014640) ccdc120b (ENSSMAG00000014764) ENSSMAG00000014783 comtb (ENSSMAG00000014805) grm6b (ENSSMAG00000014847) traip (ENSSMAG00000014911) mon1a (ENSSMAG00000014977) ENSSMAG00000014995 camkvb (ENSSMAG00000015020) ENSSMAG00000015037 arl8bb (ENSSMAG00000036408) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Climbing perch MODERN SPECIES 18 trpc4apa (ENSATEG00000015800) myh7ba (ENSATEG00000015668) snai1a (ENSATEG00000015639) ENSATEG00000025418 ENSATEG00000015102 top1a (ENSATEG00000015061) ENSATEG00000015047 fam83d (ENSATEG00000015038) ENSATEG00000029851 adnpa (ENSATEG00000015001) ENSATEG00000014989 gata1a (ENSATEG00000014966) si:dkey-13a21.4 (ENSATEG00000014958) hcfc1a (ENSATEG00000014798) opn1sw2 (ENSATEG00000014765) ##22 opn1sw2 (ENSATEG00000014431) ##22 ENSATEG00000011811 ##22 ENSATEG00000009817 ##22 gnl3l (ENSATEG00000009762) tfe3b (ENSATEG00000009661) cxxc1b (ENSATEG00000009642) mbd1b (ENSATEG00000009608) ccdc120b (ENSATEG00000009583) ENSATEG00000009561 comtb (ENSATEG00000009551) grm6b (ENSATEG00000009522) traip (ENSATEG00000009440) mon1a (ENSATEG00000009424) ENSATEG00000009407 camkvb (ENSATEG00000009278) ENSATEG00000009213 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 16 myh7ba (ENSBSLG00000023220) snai1a (ENSBSLG00000023459) ENSBSLG00000023478 ENSBSLG00000023500 top1a (ENSBSLG00000023553) ENSBSLG00000023820 fam83d (ENSBSLG00000023822) MAFB (ENSBSLG00000023841) ENSBSLG00000023864 adnpa (ENSBSLG00000023899) BCL2L1 (ENSBSLG00000023910) gata1a (ENSBSLG00000023916) si:dkey-13a21.4 (ENSBSLG00000007864) hcfc1a (ENSBSLG00000007920) opn1sw2 (ENSBSLG00000008108) ##22 opn1sw2 (ENSBSLG00000008155) ##22 opn1lw1 (ENSBSLG00000008207) ##22 gnl3l (ENSBSLG00000008417) tfe3b (ENSBSLG00000008528) cxxc1b (ENSBSLG00000008835) mbd1b (ENSBSLG00000009328) ccdc120b (ENSBSLG00000009387) SRPK3 (ENSBSLG00000009779) comtb (ENSBSLG00000010327) grm6b (ENSBSLG00000010337) traip (ENSBSLG00000010544) mon1a (ENSBSLG00000010555) ENSBSLG00000010560 camkvb (ENSBSLG00000010678) SEMA3F (ENSBSLG00000010913) arl8bb (ENSBSLG00000013136) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 19 snai1a (ENSMMDG00005007012) ENSMMDG00005007015 ENSMMDG00005007017 ENSMMDG00005007023 top1a (ENSMMDG00005007045) ZHX3 (ENSMMDG00005007888) fam83d (ENSMMDG00005007889) MAFB (ENSMMDG00005007892) ENSMMDG00005007895 adnpa (ENSMMDG00005007898) BCL2L1 (ENSMMDG00005007904) gata1a (ENSMMDG00005007905) si:dkey-13a21.4 (ENSMMDG00005007907) hcfc1a (ENSMMDG00005007918) opn1sw2 (ENSMMDG00005007982) ##22 opn1sw2 (ENSMMDG00005008017) ##22 opn1lw1 (ENSMMDG00005008024) ##22 gnl3l (ENSMMDG00005008026) tfe3b (ENSMMDG00005008031) cxxc1b (ENSMMDG00005008061) mbd1b (ENSMMDG00005008899) ccdc120b (ENSMMDG00005008902) SRPK3 (ENSMMDG00005008906) comtb (ENSMMDG00005008931) grm6b (ENSMMDG00005008936) traip (ENSMMDG00005008941) mon1a (ENSMMDG00005008952) ENSMMDG00005008960 camkvb (ENSMMDG00005008983) SEMA3F (ENSMMDG00005008991) arl8bb (ENSMMDG00005008996) Cod MODERN SPECIES 4 trpc4apa (ENSGMOG00000017782) myh7ba (ENSGMOG00000028291) snai1a (ENSGMOG00000017815) ENSGMOG00000017837 top1a (ENSGMOG00000017862) ENSGMOG00000017894 fam83d (ENSGMOG00000025512) ENSGMOG00000033843 ENSGMOG00000017945 adnpa (ENSGMOG00000036285) ENSGMOG00000025656 gata1a (ENSGMOG00000029187) si:dkey-13a21.4 (ENSGMOG00000024459) ENSGMOG00000018011 opn1sw2 (ENSGMOG00000018045) ##22 opn1sw2 (ENSGMOG00000018054) ##22 gnl3l (ENSGMOG00000018085) tfe3b (ENSGMOG00000018115) cxxc1b (ENSGMOG00000002734) ENSGMOG00000036759 ccdc120b (ENSGMOG00000029914) ENSGMOG00000002647 ENSGMOG00000011937 ENSGMOG00000020337 ENSGMOG00000002636 grm6b (ENSGMOG00000002607) traip (ENSGMOG00000002576) mon1a (ENSGMOG00000024519) ENSGMOG00000032890 camkvb (ENSGMOG00000002479) ENSGMOG00000002430 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000013764.hb ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.a ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392.c ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00940000160331.f.b ENSGT00390000018330.f.b ENSGT00940000154681.b.d.c ENSGT00980000199461.b ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b.d ENSGT00940000155006.e.a.d ENSGT00950000182893.a.a.b.b.e ENSGT00940000158405.h ENSGT00940000160486.d.b ENSGT00940000164411.d ENSGT00530000063631.b.n.a.d ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l.d ENSGT00940000166313.a.d ENSGT00940000161383.d.a.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 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(ENSOMYG00000016028) ENSOMYG00000016036 ENSOMYG00000016059 ENSOMYG00000016211 top1a (ENSOMYG00000016294) ENSOMYG00000017866 fam83d (ENSOMYG00000017880) ENSOMYG00000017882 ENSOMYG00000067327 adnpa (ENSOMYG00000017914) ENSOMYG00000017923 gata1a (ENSOMYG00000017940) ENSOMYG00000066542 ENSOMYG00000018008 ENSOMYG00000019621 opn1sw2 (ENSOMYG00000019627) ##22 ENSOMYG00000019730 ##22 gnl3l (ENSOMYG00000019850) tfe3b (ENSOMYG00000020367) cxxc1b (ENSOMYG00000020532) mbd1b (ENSOMYG00000020593) ccdc120b (ENSOMYG00000020609) ENSOMYG00000020776 comtb (ENSOMYG00000021878) grm6b (ENSOMYG00000021991) ENSOMYG00000075273 mon1a (ENSOMYG00000022263) ENSOMYG00000022319 camkvb (ENSOMYG00000022384) ENSOMYG00000022540 arl8bb (ENSOMYG00000022701) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160331.f.b ENSGT00390000018330.f.b ENSGT00940000154681.b.d.c ENSGT00980000199461.b ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b.d ENSGT00940000155006.e.a.d ENSGT00950000182893.a.a.b.b.e ENSGT00940000158405.h ENSGT00940000160486.d.b ENSGT00940000164411.d ENSGT00530000063631.b.n.a.d ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l.d ENSGT00940000166313.a.d ENSGT00940000161383.d.a.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.a.b.a ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b.d ENSGT00940000166392.c.a ENSGT00950000183005.a.a.d ENSGT00940000154102.b.a.a.d ENSGT00940000157877.b.h.g ENSGT00940000155317.a.a.q.b ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.e ENSGT00980000202247 ENSGT00390000006665.a.a ENSGT00940000157842.b.e ENSGT00940000156468.f.d ENSGT00940000156703.e.a.a ENSGT00940000154861.n.a Coho salmon MODERN SPECIES ENSOKIG00005016457 trpc4apa (ENSOKIG00005016395) snai1a (ENSOKIG00005016381) ENSOKIG00005016366 GGT7 (ENSOKIG00005016175) ENSOKIG00005016152 top1a (ENSOKIG00005014623) ENSOKIG00005014529 fam83d (ENSOKIG00005014522) MAFB (ENSOKIG00005014519) adnpa (ENSOKIG00005014512) BCL2L1 (ENSOKIG00005014496) gata1a (ENSOKIG00005014483) HCFC1 (ENSOKIG00005014244) ENSOKIG00005014220 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(ENSOTSG00005043438) SRPK3 (ENSOTSG00005043456) comtb (ENSOTSG00005045196) grm6b (ENSOTSG00005045198) ENSOTSG00005045212 mon1a (ENSOTSG00005045213) MST1R (ENSOTSG00005045214) camkvb (ENSOTSG00005000406) SEMA3F (ENSOTSG00005000749) arl8bb (ENSOTSG00005001141) Salmo ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000160331.f.b ENSGT00390000018330.f.b ENSGT00940000154681.b.d.c ENSGT00980000199461.b ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b.d ENSGT00940000155006.e.a.d ENSGT00950000182893.a.a.b.b.e ENSGT00940000158405.h ENSGT00940000160486.d.b ENSGT00940000164411.d ENSGT00530000063631.b.n.a.d ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l.d ENSGT00940000166313.a.d ENSGT00940000161383.d.a.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.a.b.a ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b.d ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a.d ENSGT00940000154102.b.a.a.d ENSGT00940000157877.b.h.g ENSGT00940000155317.a.a.q.b ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.e ENSGT00390000006665.a.a ENSGT00940000157842.b.e ENSGT00940000156468.f.d ENSGT00940000156703.e.a.a ENSGT00940000154861.n.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 3 ENSSSAG00000121631 snai (ENSSSAG00000006387) ENSSSAG00000089348 ENSSSAG00000006413 ENSSSAG00000006547 top1a (ENSSSAG00000006599) ENSSSAG00000008483 fam83d (ENSSSAG00000110755) MAFB (ENSSSAG00000008494) ENSSSAG00000008500 adnpa (ENSSSAG00000008505) BCLX (ENSSSAG00000008513) gata1a (ENSSSAG00000008520) ENSSSAG00000089688 ENSSSAG00000008592 opn1sw2 (ENSSSAG00000104363) ##22 ENSSSAG00000010443 ##22 ENSSSAG00000114717 ##22 gnl3l (ENSSSAG00000015523) ENSSSAG00000118599 tfe3b (ENSSSAG00000015673) ENSSSAG00000020016 ENSSSAG00000092788 mbd1b (ENSSSAG00000035232) ccdc120b (ENSSSAG00000035547) ENSSSAG00000036227 comtb (ENSSSAG00000042490) grm6b (ENSSSAG00000093082) mon1a (ENSSSAG00000043049) ENSSSAG00000043080 camkvb (ENSSSAG00000043153) River trout MODERN SPECIES 5 ENSSTUG00000018631 trpc4apa (ENSSTUG00000018336) snai1a (ENSSTUG00000018304) ENSSTUG00000018297 GGT7 (ENSSTUG00000018075) ENSSTUG00000018033 top1a (ENSSTUG00000017781) ENSSTUG00000017748 fam83d (ENSSTUG00000017744) MAFB (ENSSTUG00000017739) ENSSTUG00000017723 adnpa (ENSSTUG00000017712) BCL2L1 (ENSSTUG00000017701) gata1a (ENSSTUG00000017690) HCFC1 (ENSSTUG00000017458) opn1sw2 (ENSSTUG00000017425) ##22 ENSSTUG00000017235 ##22 ENSSTUG00000017145 ##22 gnl3l (ENSSTUG00000017058) tfe3b (ENSSTUG00000017011) CXXC1 (ENSSTUG00000016765) mbd1b (ENSSTUG00000016736) ENSSTUG00000016732 ccdc120b (ENSSTUG00000016723) SRPK3 (ENSSTUG00000016695) comtb (ENSSTUG00000016606) grm6b (ENSSTUG00000016561) traip (ENSSTUG00000016538) mon1a (ENSSTUG00000016521) ENSSTUG00000016484 camkvb (ENSSTUG00000016452) Spotted gar MODERN SPECIES 647 timm17b (ENSLOCG00000014774) ENSLOCG00000014772 ENSLOCG00000014770 sypb (ENSLOCG00000014767) PLP2 (ENSLOCG00000014766) pcsk1nl (ENSLOCG00000014765) ENSLOCG00000014763 ENSLOCG00000014762 gata1a (ENSLOCG00000014759) cdk20 (ENSLOCG00000014752) si:dkey-13a21.4 (ENSLOCG00000014749) HCFC1 (ENSLOCG00000014733) TMEM187 (ENSLOCG00000017979) IRAK1 (ENSLOCG00000014730) mecp2 (ENSLOCG00000014725) opn1sw2 (ENSLOCG00000014721) ##22 opn1lw1 (ENSLOCG00000014714) ##22 ENSLOCG00000014710 gnl3l (ENSLOCG00000014702) FGD1 (ENSLOCG00000014698) tfe3a (ENSLOCG00000014691) zgc:113363 (ENSLOCG00000014689) cxxc1a (ENSLOCG00000014684) ENSLOCG00000014682 abcd1 (ENSLOCG00000014676) PLXNB3 (ENSLOCG00000014660) SRPK3 (ENSLOCG00000014658) ENSLOCG00000014656 IQSEC2 (ENSLOCG00000014645) ENSLOCG00000014644 ENSLOCG00000014641 Reedfish MODERN SPECIES 2 ENSECRG00000019006 nt5dc2 (ENSECRG00000019029) zgc:162200 (ENSECRG00000019059) apex2 (ENSECRG00000019086) ENSECRG00000019105 sema3ga (ENSECRG00000019132) tspy (ENSECRG00000019185) wasb (ENSECRG00000019242) ENSECRG00000019275 ccdc22 (ENSECRG00000019320) ENSECRG00000019376 ENSECRG00000019430 gpr173 (ENSECRG00000019448) ENSECRG00000019467 suv39h1b (ENSECRG00000019506) opn1sw2 (ENSECRG00000019604) ##22 opn1lw1 (ENSECRG00000019957) ##22 SRPK3 (ENSECRG00000019992) ENSECRG00000020026 abcd1 (ENSECRG00000020092) ccdc120b (ENSECRG00000020130) tfe3a (ENSECRG00000020165) ENSECRG00000020187 cxxc1a (ENSECRG00000020205) ENSECRG00000007589 FGD1 (ENSECRG00000007611) gnl3l (ENSECRG00000007644) mecp2 (ENSECRG00000007685) IRAK1 (ENSECRG00000007760) ENSECRG00000007782 TMEM187 (ENSECRG00000007796) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 277 ENSGT00940000159855 ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000153629.a.b ENSGT00940000158528 ENSGT00600000085663 ENSGT00990000203541.b ENSGT00940000159563 ENSGT00940000159128 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 922 CDK20 (ENSLACG00000014418) ENSLACG00000014206 HCFC1 (ENSLACG00000013598) TMEM187 (ENSLACG00000013533) IRAK1 (ENSLACG00000013100) ENSLACG00000011882 MECP2 (ENSLACG00000011281) opn1sw2 (ENSLACG00000010843) ##22 ENSLACG00000010305 FTSJ1 (ENSLACG00000009913) ENSLACG00000009383 ENSLACG00000009254 GPR173 (ENSLACG00000007798) ENSLACG00000006662 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 272 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES 326 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Frog MODERN SPECIES 8 atp6v1g1 (ENSXETG00000043091) whrn (ENSXETG00000014264) akna (ENSXETG00000036617) stxbp1 (ENSXETG00000014261) niban2 (ENSXETG00000014260) slc31a2 (ENSXETG00000025574) emd (ENSXETG00000047326) ENSXETG00000047204 mgc75872 (ENSXETG00000014257) hcfc1 (ENSXETG00000014251) tmem187 (ENSXETG00000046949) irak1 (ENSXETG00000014246) mecp2 (ENSXETG00000014242) ENSXETG00000036700 ENSXETG00000044975 XB5817984 [provisional:opn1sw] (ENSXETG00000025579) ##22 opn1lw (ENSXETG00000014236) ##22 avpr2 (ENSXETG00000014233) ENSXETG00000044634 ENSXETG00000037697 ENSXETG00000045839 ENSXETG00000044239 ENSXETG00000044106 ENSXETG00000044823 brinp1 (ENSXETG00000036540) ENSXETG00000040192 astn2 (ENSXETG00000021737) trim32 (ENSXETG00000021730) XB5932841 [provisional:cav2] (ENSXETG00000032332) cav3.2 (ENSXETG00000021728) arhgap4 (ENSXETG00000021725) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 12 SLC31A2 (ENSLLEG00000030208) NIBAN2 (ENSLLEG00000030175) STXBP1 (ENSLLEG00000030044) AKNA (ENSLLEG00000029979) WHRN (ENSLLEG00000029940) ATP6V1G1 (ENSLLEG00000029921) TMEM268 (ENSLLEG00000029890) FLNA (ENSLLEG00000029849) ENSLLEG00000029786 HCFC1 (ENSLLEG00000029710) TMEM187 (ENSLLEG00000029695) ENSLLEG00000029688 IRAK1 (ENSLLEG00000029624) ENSLLEG00000029612 MECP2 (ENSLLEG00000029597) ENSLLEG00000029506 ##22 ENSLLEG00000029429 ##22 ENSLLEG00000029412 ENSLLEG00000029395 NAA10 (ENSLLEG00000029337) RENBP (ENSLLEG00000029302) ENSLLEG00000029294 ENSLLEG00000029266 ENSLLEG00000029243 ENSLLEG00000029229 ENSLLEG00000029077 ENSLLEG00000028301 ENSLLEG00000028221 ENSLLEG00000028216 ENSLLEG00000028188 ENSLLEG00000028135 Amniota ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.b ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C Mammalia ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00950000182989.D.a.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.j.a ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.b ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C Platypus MODERN SPECIES 17 SRPK3 (ENSOANG00000005184) IDH3G (ENSOANG00000005183) SSR4 (ENSOANG00000036977) PDZD4 (ENSOANG00000005181) L1CAM (ENSOANG00000009415) AVPR2 (ENSOANG00000005890) ENSOANG00000005889 ARHGAP4 (ENSOANG00000005180) NAA10 (ENSOANG00000002893) RENBP (ENSOANG00000002892) ENSOANG00000041748 HCFC1 (ENSOANG00000005871) TMEM187 (ENSOANG00000016003) IRAK1 (ENSOANG00000011027) ENSOANG00000040139 ENSOANG00000037077 ##22 OPN1LW (ENSOANG00000011023) ##22 ENSOANG00000045052 TKTL2 (ENSOANG00000045224) ENSOANG00000011020 ENSOANG00000011019 ENSOANG00000036188 FLNA (ENSOANG00000011016) ENSOANG00000011015 ENSOANG00000011014 ENSOANG00000049949 TAFAZZIN (ENSOANG00000012765) ENSOANG00000050800 GDI1 (ENSOANG00000042523) ENSOANG00000004116 PLXNA3 (ENSOANG00000007979) Sauria ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000163880 ENSGT00390000017780.e ENSGT00950000183102.C ENSGT00950000182827.B ENSGT00940000161689 ENSGT00940000158963 ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00530000063168.a.a.b ENSGT00940000157847 ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 Laterata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 ENSGT00940000155170 ENSGT00390000010825.a Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 12 PDZD4 (ENSSMRG00000002457) L1CAM (ENSSMRG00000002421) AVPR2 (ENSSMRG00000002377) ENSSMRG00000002373 CAV3 (ENSSMRG00000002372) ARHGAP4 (ENSSMRG00000002350) ENSSMRG00000002344 NAA10 (ENSSMRG00000002335) ENSSMRG00000002333 RENBP (ENSSMRG00000002327) ENSSMRG00000002324 HCFC1 (ENSSMRG00000001871) TMEM187 (ENSSMRG00000001862) IRAK1 (ENSSMRG00000001848) MECP2 (ENSSMRG00000001840) ENSSMRG00000000831 ##22 ENSSMRG00000000019 ##22 TEX28 (ENSSMRG00000015688) TKTL2 (ENSSMRG00000015686) ENSSMRG00000015685 ENSSMRG00000015648 ENSSMRG00000015647 ENSSMRG00000015646 TREX2 (ENSSMRG00000015645) SYP (ENSSMRG00000015644) CACNA1F (ENSSMRG00000015642) CCDC22 (ENSSMRG00000015640) PPP1R3F (ENSSMRG00000015639) GPR173 (ENSSMRG00000015637) TSPYL1 (ENSSMRG00000015636) HSD17B10 (ENSSMRG00000015635) Common wall lizard MODERN SPECIES 8 PDZD4 (ENSPMRG00000021208) L1CAM (ENSPMRG00000021230) ENSPMRG00000021287 ENSPMRG00000021296 AVPR2 (ENSPMRG00000021305) ENSPMRG00000021311 CAV3 (ENSPMRG00000021320) ARHGAP4 (ENSPMRG00000021373) NAA10 (ENSPMRG00000021587) RENBP (ENSPMRG00000021609) ENSPMRG00000021615 HCFC1 (ENSPMRG00000021629) TMEM187 (ENSPMRG00000021643) IRAK1 (ENSPMRG00000021661) MECP2 (ENSPMRG00000021754) ENSPMRG00000021757 ##22 ENSPMRG00000021772 ##22 TEX28 (ENSPMRG00000021784) ENSPMRG00000021797 ENSPMRG00000021817 ENSPMRG00000021824 TREX2 (ENSPMRG00000021832) SYP (ENSPMRG00000021837) CACNA1F (ENSPMRG00000022455) CCDC22 (ENSPMRG00000023634) PPP1R3F (ENSPMRG00000023641) GPR173 (ENSPMRG00000023644) TSPYL1 (ENSPMRG00000023646) ENSPMRG00000023649 RIBC1 (ENSPMRG00000023653) SMC1A (ENSPMRG00000023656) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 Lizard MODERN SPECIES 1 ENSACAG00000040437 L1CAM (ENSACAG00000011487) AVPR2 (ENSACAG00000021016) ENSACAG00000011878 CAV3 (ENSACAG00000040122) ARHGAP4 (ENSACAG00000011924) ENSACAG00000012219 NAA10 (ENSACAG00000012233) RENBP (ENSACAG00000012283) ENSACAG00000012345 HCFC1 (ENSACAG00000012364) TMEM187 (ENSACAG00000012472) IRAK1 (ENSACAG00000012475) ENSACAG00000041142 MECP2 (ENSACAG00000012519) ENSACAG00000012537 ##22 ENSACAG00000012605 ##22 TEX28 (ENSACAG00000012680) ENSACAG00000012690 ENSACAG00000012827 ENSACAG00000012833 ENSACAG00000039495 ENSACAG00000024462 ENSACAG00000041583 ENSACAG00000012912 SYP (ENSACAG00000012914) CACNA1F (ENSACAG00000012965) ENSACAG00000044867 CCDC22 (ENSACAG00000013447) FOXP3 (ENSACAG00000013491) ENSACAG00000021937 tuatara MODERN SPECIES 802 HCFC1 (ENSSPUG00000011906) IRAK1 (ENSSPUG00000012015) ENSSPUG00000012166 ##22 ENSSPUG00000012390 ##22 TKTL2 (ENSSPUG00000012419) ENSSPUG00000012439 ENSSPUG00000012452 ENSSPUG00000012459 ENSSPUG00000012467 ENSSPUG00000012477 ENSSPUG00000012485 ENSSPUG00000012496 ENSSPUG00000012508 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000182989.D.a.a ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182955.a.b.a Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000155311.C ENSGT00940000160765 ENSGT00940000155445 ENSGT00940000161880 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a Emydidae ANCESTRAL SPECIES 161 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 painted turtle MODERN SPECIES 1371 TMEM187 (ENSCPBG00000006847) IRAK1 (ENSCPBG00000006854) MECP2 (ENSCPBG00000006868) ENSCPBG00000006874 ##22 ENSCPBG00000006893 ##22 TKTL2 (ENSCPBG00000006938) ENSCPBG00000007031 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 548 IRAK1 (ENSCABG00000011210) MECP2 (ENSCABG00000011208) ENSCABG00000011206 ##22 ENSCABG00000011205 ##22 Chinese turtle MODERN SPECIES 294 MECP2 (ENSPSIG00000002254) ENSPSIG00000002239 ##22 ENSPSIG00000002231 ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 162 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 124 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 121 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 Chicken MODERN SPECIES 129 WDR45 (ENSGALG00010001902) PLP2 (ENSGALG00010001870) ENSGALG00010001868 ENSGALG00010001853 MECP2 (ENSGALG00010001835) OPN2SW (ENSGALG00010001810) ##22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 76 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Flycatcher MODERN SPECIES 419 ENSFALG00000009285 ##22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 104 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 109 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Zebra finch DUPLICATION Zebra finch MODERN SPECIES 38 ENSTGUG00000015465 ENSTGUG00000021389 ENSTGUG00000028745 ENSTGUG00000028409 ENSTGUG00000026008 ENSTGUG00000019864 ENSTGUG00000019181 ENSTGUG00000016885 ENSTGUG00000028534 ENSTGUG00000023830 ENSTGUG00000022053 ENSTGUG00000019600 ENSTGUG00000024745 ENSTGUG00000021254 ENSTGUG00000020036 ENSTGUG00000021834 ##22 ENSTGUG00000028475 ##22 ENSTGUG00000017464 ENSTGUG00000021680 ENSTGUG00000029006 ENSTGUG00000029370 ENSTGUG00000019992 Zebra finch MODERN SPECIES 38 TRMT112 (ENSTGUG00000026050) ENSTGUG00000026133 ENSTGUG00000023429 ENSTGUG00000025676 ENSTGUG00000028030 ENSTGUG00000026708 ENSTGUG00000023010 ENSTGUG00000020916 ENSTGUG00000020650 ENSTGUG00000023057 ENSTGUG00000019880 ENSTGUG00000019525 ENSTGUG00000019253 ENSTGUG00000025859 ENSTGUG00000023188 SWS2 (ENSTGUG00000026520) ##22 LWS (ENSTGUG00000020605) ##22 ENSTGUG00000022784 ENSTGUG00000026390 ENSTGUG00000024305 ENSTGUG00000029033 ENSTGUG00000023368 ENSTGUG00000025286 ENSTGUG00000026718 SRPK3 (ENSTGUG00000021949) OTUD5 (ENSTGUG00000025602) ENSTGUG00000025634 ENSTGUG00000029601 ENSTGUG00000019568 ENSTGUG00000020951 ENSTGUG00000022796 Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 1520 ENSGT00940000160955 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 767 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 310 ENSGT00940000163908 ENSGT00390000014270 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT00950000182815.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00970000198189 ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 195 ENSGT00940000163908 ENSGT00390000014270 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT00950000182815.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000158700 ENSGT00940000153835.a.a ENSGT00470000042297 ENSGT00940000164212 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT00950000182815.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT00390000000489 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.a ENSGT00730000111329 ENSGT00410000025882.b ENSGT00940000157882 ENSGT00440000034918.r ENSGT00950000182973.a.c.a ENSGT00940000157549 ENSGT00490000043415 ENSGT00730000110997 ENSGT00600000084428.a ENSGT00390000013228 ENSGT00940000155806 ENSGT00940000160792 ENSGT00940000153185.a.a.b ENSGT00940000160911 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT00950000182815.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT00390000000489 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.a ENSGT00730000111329 ENSGT00410000025882.b ENSGT00940000157882 ENSGT00440000034918.r ENSGT00950000182973.a.c.a ENSGT00940000157549 ENSGT00490000043415 ENSGT00730000110997 ENSGT00600000084428.a ENSGT00390000013228 ENSGT00940000155806 ENSGT00940000160792 ENSGT00940000153185.a.a.b ENSGT00940000160911 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00910000144115.a ENSGT00940000169569 ENSGT00940000153544.a ENSGT00390000007975.b ENSGT00940000162211 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT00390000000489 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.a ENSGT00730000111329 ENSGT00410000025882.b ENSGT00940000157882 ENSGT00440000034918.r ENSGT00950000182973.a.c.a ENSGT00940000157549 ENSGT00490000043415 ENSGT00730000110997 ENSGT00600000084428.a ENSGT00390000013228 ENSGT00940000155806 ENSGT00940000160792 ENSGT00940000153185.a.a.b ENSGT00940000160911 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 Lizard MODERN SPECIES 3 ETV7 (ENSACAG00000016570) NFYA (ENSACAG00000016527) OARD1 (ENSACAG00000016516) APOBEC2 (ENSACAG00000016506) TSPO2 (ENSACAG00000042000) ENSACAG00000039795 BAK1 (ENSACAG00000016485) ENSACAG00000036976 ENSACAG00000045112 ITPR3 (ENSACAG00000016163) UQCC2 (ENSACAG00000038971) IP6K3 (ENSACAG00000016147) ENSACAG00000016140 MLN (ENSACAG00000022014) ENSACAG00000039336 rh2 (ENSACAG00000016065) ##22 ENSACAG00000045221 ENSACAG00000039763 ENSACAG00000036298 ENSACAG00000016044 ENSACAG00000042036 GRM4 (ENSACAG00000015953) HMGA1 (ENSACAG00000015910) SMIM29 (ENSACAG00000024314) NUDT3 (ENSACAG00000028344) ENSACAG00000015886 PACSIN1 (ENSACAG00000015801) SPDEF (ENSACAG00000015770) ENSACAG00000037538 ILRUN (ENSACAG00000015742) SNRPC (ENSACAG00000015721) Laterata ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00910000144115.a ENSGT00940000169569 ENSGT00940000153544.a ENSGT00390000007975.b ENSGT00940000162211 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT00390000000489 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.a ENSGT00730000111329 ENSGT00410000025882.b ENSGT00940000157882 ENSGT00440000034918.r ENSGT00950000182973.a.c.a ENSGT00940000157549 ENSGT00490000043415 ENSGT00730000110997 ENSGT00600000084428.a ENSGT00390000013228 ENSGT00940000155806 ENSGT00940000160792 ENSGT00940000153185.a.a.b ENSGT00940000160911 Common wall lizard MODERN SPECIES 14 ENSPMRG00000007217 ENSPMRG00000007228 KCTD20 (ENSPMRG00000007241) ETV7 (ENSPMRG00000007255) NFYA (ENSPMRG00000007262) OARD1 (ENSPMRG00000007277) APOBEC2 (ENSPMRG00000007289) TSPO2 (ENSPMRG00000007294) BAK1 (ENSPMRG00000007303) ENSPMRG00000007310 ITPR3 (ENSPMRG00000008140) UQCC2 (ENSPMRG00000012294) IP6K3 (ENSPMRG00000012298) LEMD2 (ENSPMRG00000012303) MLN (ENSPMRG00000012308) ENSPMRG00000012313 ##22 GRM4 (ENSPMRG00000012324) HMGA1 (ENSPMRG00000012333) SMIM29 (ENSPMRG00000012339) NUDT3 (ENSPMRG00000012347) RPS10 (ENSPMRG00000012353) PACSIN1 (ENSPMRG00000012362) SPDEF (ENSPMRG00000012387) ILRUN (ENSPMRG00000012393) SNRPC (ENSPMRG00000012398) BLTP3A (ENSPMRG00000012404) ANKS1A (ENSPMRG00000012513) ENSPMRG00000012945 ENSPMRG00000013016 SCUBE3 (ENSPMRG00000013119) ENSPMRG00000013624 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 16 SRSF3 (ENSSMRG00000021016) ENSSMRG00000021017 STK38 (ENSSMRG00000021018) KCTD20 (ENSSMRG00000021019) ETV7 (ENSSMRG00000021020) NFYA (ENSSMRG00000021023) OARD1 (ENSSMRG00000021024) APOBEC2 (ENSSMRG00000021025) TSPO2 (ENSSMRG00000021026) BAK1 (ENSSMRG00000021028) ITPR3 (ENSSMRG00000021174) UQCC2 (ENSSMRG00000023116) IP6K3 (ENSSMRG00000023117) LEMD2 (ENSSMRG00000023118) ENSSMRG00000000018 ENSSMRG00000000044 ##22 GRM4 (ENSSMRG00000000779) ENSSMRG00000000807 SMIM29 (ENSSMRG00000000816) NUDT3 (ENSSMRG00000000821) RPS10 (ENSSMRG00000000829) PACSIN1 (ENSSMRG00000000840) SPDEF (ENSSMRG00000000860) ILRUN (ENSSMRG00000000912) SNRPC (ENSSMRG00000000931) BLTP3A (ENSSMRG00000000949) ENSSMRG00000000997 ANKS1A (ENSSMRG00000001033) ENSSMRG00000001079 ENSSMRG00000001082 SCUBE3 (ENSSMRG00000001879) tuatara MODERN SPECIES 943 TBC1D22B (ENSSPUG00000010671) ENSSPUG00000010679 BRPF3 (ENSSPUG00000010698) MAPK13 (ENSSPUG00000010741) MAPK14 (ENSSPUG00000010797) NFYA (ENSSPUG00000010813) OARD1 (ENSSPUG00000010828) APOBEC2 (ENSSPUG00000010839) TSPO2 (ENSSPUG00000010848) UNC5CL (ENSSPUG00000010858) BAK1 (ENSSPUG00000010867) ENSSPUG00000011057 IP6K3 (ENSSPUG00000011063) LEMD2 (ENSSPUG00000011077) MLN (ENSSPUG00000011091) ENSSPUG00000011123 ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000153835.a.a ENSGT00470000042297 ENSGT00950000185061 ENSGT00940000164212 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT00950000182815.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT00390000000489 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.a ENSGT00730000111329 ENSGT00410000025882.b ENSGT00940000157882 ENSGT00440000034918.r ENSGT00950000182973.a.c.a ENSGT00940000157549 ENSGT00490000043415 ENSGT00730000110997 ENSGT00600000084428.a ENSGT00390000013228 ENSGT00940000155806 ENSGT00940000160792 ENSGT00940000153185.a.a.b ENSGT00390000008767.c.b Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000153835.a.a.c ENSGT00470000042297 ENSGT00940000153835.a.b ENSGT00950000185061 ENSGT00940000164212 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT00390000000489 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.a ENSGT00730000111329 ENSGT00410000025882.b ENSGT00940000157882 ENSGT00440000034918.r ENSGT00950000182973.a.c.a ENSGT00940000157549 ENSGT00490000043415 ENSGT00730000110997 ENSGT00600000084428.a 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Three-toed box turtle MODERN SPECIES 94 ENSTMTG00000013740 ENSTMTG00000013764 ENSTMTG00000013874 ENSTMTG00000013887 ENSTMTG00000013901 ENSTMTG00000013914 ENSTMTG00000013922 ENSTMTG00000013971 UQCC2 (ENSTMTG00000014119) ENSTMTG00000014127 ENSTMTG00000014142 ENSTMTG00000014169 MLN (ENSTMTG00000014180) ENSTMTG00000014196 ##22 ENSTMTG00000014223 ENSTMTG00000014285 painted turtle MODERN SPECIES 914 ENSCPBG00000027128 ##22 ENSCPBG00000027130 GRM4 (ENSCPBG00000027131) ENSCPBG00000027133 ENSCPBG00000027135 PACSIN1 (ENSCPBG00000027137) SPDEF (ENSCPBG00000027138) ILRUN (ENSCPBG00000027140) SNRPC (ENSCPBG00000027142) BLTP3A (ENSCPBG00000027144) ENSCPBG00000027153 ANKS1A (ENSCPBG00000027158) ENSCPBG00000027163 SCUBE3 (ENSCPBG00000027165) ENSCPBG00000027167 TBC1D22B (ENSCPBG00000027169) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00470000042297 ENSGT00940000153835.a.b ENSGT00950000185061.a.b.a ENSGT00950000185061.a.a ENSGT00940000164212 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 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tortoise MODERN SPECIES 18 TREM2 (ENSGEVG00005003645) ENSGEVG00005003638 ENSGEVG00005003622 ENSGEVG00005003594 ENSGEVG00005003574 NFYA (ENSGEVG00005003561) OARD1 (ENSGEVG00005003547) APOBEC2 (ENSGEVG00005003537) TSPO2 (ENSGEVG00005003523) BAK1 (ENSGEVG00005003511) ITPR3 (ENSGEVG00005003357) UQCC2 (ENSGEVG00005003169) IP6K3 (ENSGEVG00005003153) LEMD2 (ENSGEVG00005003130) ENSGEVG00005003122 ENSGEVG00005003110 ##22 ENSGEVG00005003101 GRM4 (ENSGEVG00005003070) HMGA1 (ENSGEVG00005003047) SMIM29 (ENSGEVG00005003030) ENSGEVG00005003018 NUDT3 (ENSGEVG00005003006) ENSGEVG00005002990 PACSIN1 (ENSGEVG00005002971) SPDEF (ENSGEVG00005002951) ILRUN (ENSGEVG00005002910) SNRPC (ENSGEVG00005002884) BLTP3A (ENSGEVG00005002842) ENSGEVG00005002812 ANKS1A (ENSGEVG00005002406) ENSGEVG00005002149 Chinese turtle MODERN SPECIES 774 FOXP4 (ENSPSIG00000011832) ENSPSIG00000001498 ENSPSIG00000012572 TREM2 (ENSPSIG00000012815) ENSPSIG00000012825 ENSPSIG00000012831 ENSPSIG00000012854 NFYA (ENSPSIG00000013239) OARD1 (ENSPSIG00000013464) APOBEC2 (ENSPSIG00000013480) TSPO2 (ENSPSIG00000013531) BAK1 (ENSPSIG00000013536) ITPR3 (ENSPSIG00000013648) IP6K3 (ENSPSIG00000014194) MLN (ENSPSIG00000014243) ENSPSIG00000014246 ##22 GRM4 (ENSPSIG00000014424) Archosauria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000153835.a.a ENSGT00470000042297 ENSGT00950000185061 ENSGT00940000164212 ENSGT00390000015714 ENSGT00390000006988 ENSGT00940000156616 ENSGT00390000012980.b ENSGT00950000182815.b ENSGT01090000260100.A ENSGT00940000157078 ENSGT00510000048041 ENSGT00940000160887 ENSGT00940000160955 ENSGT00390000000489 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.a ENSGT00730000111329 ENSGT00410000025882.b ENSGT00940000157882 ENSGT00440000034918.r ENSGT00950000182973.a.c.a ENSGT00940000157549 ENSGT00490000043415 ENSGT00730000110997 ENSGT00600000084428.a ENSGT00390000013228 ENSGT00940000155806 ENSGT00940000160792 ENSGT00940000153185.a.a.b ENSGT00390000008767.c.b Aves ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000158700 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Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT01100000263542.B.a ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f Pinecone sodierfish DUPLICATION Pinecone sodierfish DUPLICATION Pinecone sodierfish DUPLICATION Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 19 ENSMMDG00005005828 EIF4ENIF1 (ENSMMDG00005005804) PATZ1 (ENSMMDG00005005796) ENSMMDG00005005785 SLC2A11 (ENSMMDG00005005284) tgfa (ENSMMDG00005005273) hdhd3 (ENSMMDG00005005270) trub2 (ENSMMDG00005005268) srsf3a (ENSMMDG00005005266) fkbp5 (ENSMMDG00005005247) slc6a22.1 (ENSMMDG00005004379) slc6a22.2 (ENSMMDG00005004005) opn1mw1 (ENSMMDG00005003988) ##22 ENSMMDG00005014366 ##22 ENSMMDG00005014231 ##22 ENSMMDG00005014196 ##22 ENSMMDG00005014190 ##22 ENSMMDG00005014055 ##22 synprb (ENSMMDG00005013988) ENSMMDG00005013780 PTPRG (ENSMMDG00005013274) ENSMMDG00005013249 ENSMMDG00005013244 ENSMMDG00005013232 ENSMMDG00005013228 CAMK1 (ENSMMDG00005013217) pbrm1l (ENSMMDG00005012721) stau1 (ENSMMDG00005012622) ENSMMDG00005012611 ENSMMDG00005012607 KCNB1 (ENSMMDG00005012602) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 19 EIF4ENIF1 (ENSMMDG00005005804) PATZ1 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2 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b ENSGT00950000182998.C.b.b Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 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MODERN SPECIES 1619 PPIL1 (ENSNFUG00015021758) CU855953.1 (ENSNFUG00015021770) TSPO (ENSNFUG00015021774) SIRT4 (ENSNFUG00015021777) ENSNFUG00015021783 EIF4ENIF1 (ENSNFUG00015021787) PATZ1 (ENSNFUG00015021798) ENSNFUG00015021803 tgfa (ENSNFUG00015022056) HDHD3 (ENSNFUG00015022062) trub2 (ENSNFUG00015022069) ENSNFUG00015022099 srsf3a (ENSNFUG00015022103) fkbp5 (ENSNFUG00015022105) SLC6A13 (ENSNFUG00015022130) opn1mw1 (ENSNFUG00015022200) ##22 SYNPR (ENSNFUG00015022226) CADPSB (ENSNFUG00015022397) CA16B (ENSNFUG00015024541) ENSNFUG00015024855 ENSNFUG00015024857 ENSNFUG00015024858 cfap20dc (ENSNFUG00015024860) ENSNFUG00015024861 CAMK1 (ENSNFUG00015024900) pbrm1l (ENSNFUG00015025092) STAU1 (ENSNFUG00015004728) KCNB1 (ENSNFUG00015004774) PTGIS (ENSNFUG00015004815) SRGAP3 (ENSNFUG00015005261) ENSNFUG00015006951 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b 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Amazon molly MODERN SPECIES 254 zgc:112163 (ENSPFOG00000020367) sirt4 (ENSPFOG00000018154) sxph (ENSPFOG00000018133) SFI1 (ENSPFOG00000018097) EIF4ENIF1 (ENSPFOG00000018072) PATZ1 (ENSPFOG00000018058) SLC2A11 (ENSPFOG00000018035) tgfa (ENSPFOG00000022903) hdhd3 (ENSPFOG00000018032) trub2 (ENSPFOG00000018018) ENSPFOG00000024194 srsf3a (ENSPFOG00000018005) fkbp5 (ENSPFOG00000017970) slc6a22.1 (ENSPFOG00000017791) slc6a22.2 (ENSPFOG00000017541) ENSPFOG00000017510 ##22 ENSPFOG00000017487 ##22 synprb (ENSPFOG00000017471) ENSPFOG00000017467 PTPRG (ENSPFOG00000017406) cfap20dc (ENSPFOG00000017372) CAMK1 (ENSPFOG00000017343) pbrm1l (ENSPFOG00000017300) stau1 (ENSPFOG00000017253) KCNB1 (ENSPFOG00000017250) ptgis (ENSPFOG00000017222) SRGAP3 (ENSPFOG00000017034) OXTR (ENSPFOG00000016999) cav4a (ENSPFOG00000016995) ENSPFOG00000016992 ENSPFOG00000016991 Sailfin molly MODERN SPECIES 585 zgc:112163 (ENSPLAG00000010301) sirt4 (ENSPLAG00000010305) sxph (ENSPLAG00000010362) SFI1 (ENSPLAG00000010384) 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PTPRG (ENSORLG00000020215) ENSORLG00000027895 Chinese medaka MODERN SPECIES 3331 ENSOSIG00000002213 ##22 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.w ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.x ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b Javanese ricefish MODERN SPECIES 19 zgc:112163 (ENSOJAG00000015377) sirt4 (ENSOJAG00000015369) sxph (ENSOJAG00000015229) ENSOJAG00000015215 EIF4ENIF1 (ENSOJAG00000015181) PATZ1 (ENSOJAG00000015149) SLC2A11 (ENSOJAG00000014798) tgfa (ENSOJAG00000014767) hdhd3 (ENSOJAG00000014754) trub2 (ENSOJAG00000014724) ENSOJAG00000014707 srsf3a (ENSOJAG00000014634) fkbp5 (ENSOJAG00000014430) slc6a22.1 (ENSOJAG00000013860) slc6a22.2 (ENSOJAG00000013176) ENSOJAG00000012957 ##22 ENSOJAG00000012883 ##22 synprb (ENSOJAG00000012866) ENSOJAG00000012081 PTPRG (ENSOJAG00000010037) cfap20dc (ENSOJAG00000009907) ENSOJAG00000009882 CAMK1 (ENSOJAG00000009200) pbrm1l (ENSOJAG00000003954) stau1 (ENSOJAG00000003262) KCNB1 (ENSOJAG00000003247) ptgis (ENSOJAG00000003197) SRGAP3 (ENSOJAG00000001990) OXTR (ENSOJAG00000001760) cav4a (ENSOJAG00000001753) ENSOJAG00000001743 Indian medaka MODERN SPECIES 8 zgc:112163 (ENSOMEG00000006454) sirt4 (ENSOMEG00000006473) sxph (ENSOMEG00000006516) ENSOMEG00000006539 EIF4ENIF1 (ENSOMEG00000000155) PATZ1 (ENSOMEG00000006636) SLC2A11 (ENSOMEG00000006658) tgfa (ENSOMEG00000006671) hdhd3 (ENSOMEG00000006682) trub2 (ENSOMEG00000006702) ENSOMEG00000006718 srsf3a (ENSOMEG00000006746) fkbp5 (ENSOMEG00000006787) slc6a22.1 (ENSOMEG00000006935) slc6a22.2 (ENSOMEG00000007010) ENSOMEG00000007059 ##22 ENSOMEG00000007091 ##22 ENSOMEG00000007148 ##22 synprb (ENSOMEG00000007182) ENSOMEG00000007413 PTPRG (ENSOMEG00000007483) ENSOMEG00000007506 ENSOMEG00000007525 ENSOMEG00000007539 ENSOMEG00000007557 ENSOMEG00000007579 ENSOMEG00000007630 atp6ap1a (ENSOMEG00000007690) tafazzin (ENSOMEG00000007792) acss2 (ENSOMEG00000007920) mapre1b (ENSOMEG00000007955) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 356 ENSHBUG00000022321 tgfa (ENSHBUG00000022338) hdhd3 (ENSHBUG00000022347) trub2 (ENSHBUG00000022384) ENSHBUG00000022390 srsf3a (ENSHBUG00000022402) fkbp5 (ENSHBUG00000022411) slc6a22.1 (ENSHBUG00000022446) slc6a22.2 (ENSHBUG00000022489) ENSHBUG00000022547 ##22 ENSHBUG00000022586 ##22 ENSHBUG00000022646 ##22 synprb (ENSHBUG00000022658) ENSHBUG00000022995 PTPRG (ENSHBUG00000023031) cfap20dc (ENSHBUG00000023060) ENSHBUG00000023220 FAM107A (ENSHBUG00000023239) CAMK1 (ENSHBUG00000023294) pbrm1l (ENSHBUG00000023605) stau1 (ENSHBUG00000023668) ENSHBUG00000023677 ENSHBUG00000023703 KCNB1 (ENSHBUG00000023718) ptgis (ENSHBUG00000000721) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000176155.e.b ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b P. nyererei MODERN SPECIES 307 ENSPNYG00000013358 sxph (ENSPNYG00000013376) SFI1 (ENSPNYG00000013422) EIF4ENIF1 (ENSPNYG00000013471) PATZ1 (ENSPNYG00000013542) ENSPNYG00000013570 SLC2A11 (ENSPNYG00000013599) tgfa (ENSPNYG00000013629) hdhd3 (ENSPNYG00000013649) trub2 (ENSPNYG00000013666) ENSPNYG00000013698 srsf3a (ENSPNYG00000013747) fkbp5 (ENSPNYG00000013801) slc6a22.1 (ENSPNYG00000013819) slc6a22.2 (ENSPNYG00000013897) ENSPNYG00000013978 ##22 ENSPNYG00000013994 ##22 ENSPNYG00000014010 ##22 synprb (ENSPNYG00000014029) ENSPNYG00000014061 PTPRG (ENSPNYG00000014118) ENSPNYG00000014163 ENSPNYG00000014199 ENSPNYG00000014239 CAMK1 (ENSPNYG00000014260) pbrm1l (ENSPNYG00000014336) stau1 (ENSPNYG00000014436) ENSPNYG00000014472 KCNB1 (ENSPNYG00000014507) ptgis (ENSPNYG00000014521) SRGAP3 (ENSPNYG00000014550) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 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ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b Fugu MODERN SPECIES 10 ENSTRUG00000031157 EIF4ENIF1 (ENSTRUG00000015303) PATZ1 (ENSTRUG00000015366) ENSTRUG00000025708 SLC2A11 (ENSTRUG00000015382) tgfa (ENSTRUG00000024683) hdhd3 (ENSTRUG00000033187) trub2 (ENSTRUG00000015499) ENSTRUG00000022896 srsf3a (ENSTRUG00000023965) fkbp5 (ENSTRUG00000015512) slc6a22.1 (ENSTRUG00000028380) slc6a22.1 (ENSTRUG00000032801) slc6a22.2 (ENSTRUG00000003053) slc6a22.2 (ENSTRUG00000003335) ENSTRUG00000002306 ##22 ENSTRUG00000002372 ##22 synprb (ENSTRUG00000003258) ENSTRUG00000003536 PTPRG (ENSTRUG00000004636) ENSTRUG00000024993 ENSTRUG00000021663 CAMK1 (ENSTRUG00000005116) pbrm1l (ENSTRUG00000005335) stau1 (ENSTRUG00000005837) ENSTRUG00000006351 KCNB1 (ENSTRUG00000006520) ptgis (ENSTRUG00000006596) SRGAP3 (ENSTRUG00000006997) OXTR (ENSTRUG00000007606) cav4a (ENSTRUG00000007707) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a Ballan wrasse MODERN SPECIES 415 tmcc1b (ENSLBEG00000001275) sxph (ENSLBEG00000001183) ENSLBEG00000001109 EIF4ENIF1 (ENSLBEG00000001074) PATZ1 (ENSLBEG00000001052) ENSLBEG00000001011 ENSLBEG00000000958 tgfa (ENSLBEG00000000942) hdhd3 (ENSLBEG00000000931) trub2 (ENSLBEG00000000907) ENSLBEG00000000894 srsf3a (ENSLBEG00000000877) fkbp5 (ENSLBEG00000000833) slc6a22.1 (ENSLBEG00000000806) slc6a22.2 (ENSLBEG00000000639) ENSLBEG00000000588 ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154388 ENSGT00940000166668 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.gb ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f Pike perch DUPLICATION Pike perch MODERN SPECIES 73 sirt4 (ENSSLUG00000018076) sxph (ENSSLUG00000018056) SFI1 (ENSSLUG00000018032) EIF4ENIF1 (ENSSLUG00000018005) PATZ1 (ENSSLUG00000017989) SLC2A11 (ENSSLUG00000017824) tgfa (ENSSLUG00000017819) hdhd3 (ENSSLUG00000017817) trub2 (ENSSLUG00000017813) ENSSLUG00000017808 srsf3a (ENSSLUG00000017804) ENSSLUG00000017802 fkbp5 (ENSSLUG00000017747) slc6a22.1 (ENSSLUG00000015066) slc6a22.2 (ENSSLUG00000014859) ENSSLUG00000014813 ##22 synprb (ENSSLUG00000014798) ENSSLUG00000013930 PTPRG (ENSSLUG00000010937) cfap20dc (ENSSLUG00000010785) ENSSLUG00000010769 FAM107A (ENSSLUG00000010766) CAMK1 (ENSSLUG00000008510) pbrm1l (ENSSLUG00000007847) ENSSLUG00000007798 Pike perch MODERN SPECIES 204 ENSSLUG00000021998 ENSSLUG00000022000 ##22 ENSSLUG00000022006 ENSSLUG00000022007 ENSSLUG00000022009 CALML4 (ENSSLUG00000022011) ENSSLUG00000022017 ENSSLUG00000022018 ENSSLUG00000022019 ENSSLUG00000022025 ENSSLUG00000022028 ENSSLUG00000022032 CLN6 (ENSSLUG00000022044) ENSSLUG00000022091 ITGA11 (ENSSLUG00000022105) ENSSLUG00000022142 ENSSLUG00000022145 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Lumpfish MODERN SPECIES 20 sirt4 (ENSCLMG00005014192) sxph (ENSCLMG00005014194) ENSCLMG00005014195 EIF4ENIF1 (ENSCLMG00005014197) PATZ1 (ENSCLMG00005014201) ENSCLMG00005014211 ENSCLMG00005014214 tgfa (ENSCLMG00005014520) hdhd3 (ENSCLMG00005014522) trub2 (ENSCLMG00005014524) ENSCLMG00005014529 srsf3a (ENSCLMG00005014530) fkbp5 (ENSCLMG00005014532) slc6a22.1 (ENSCLMG00005014566) slc6a22.2 (ENSCLMG00005017409) ENSCLMG00005017578 ##22 ENSCLMG00005017597 ##22 ENSCLMG00005017605 ##22 synprb (ENSCLMG00005017658) ENSCLMG00005017692 PTPRG (ENSCLMG00005017865) ENSCLMG00005018393 ENSCLMG00005018394 ENSCLMG00005018395 CAMK1 (ENSCLMG00005018396) pbrm1l (ENSCLMG00005018411) stau1 (ENSCLMG00005018555) ENSCLMG00005018559 ENSCLMG00005018561 ENSCLMG00005018563 KCNB1 (ENSCLMG00005018567) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a Gilthead seabream MODERN SPECIES 20 sxph (ENSSAUG00010021558) SFI1 (ENSSAUG00010021551) EIF4ENIF1 (ENSSAUG00010021532) PATZ1 (ENSSAUG00010021531) ENSSAUG00010021530 SLC2A11 (ENSSAUG00010021332) tgfa (ENSSAUG00010021324) hdhd3 (ENSSAUG00010021323) trub2 (ENSSAUG00010021321) ENSSAUG00010021320 srsf3a (ENSSAUG00010021319) fkbp5 (ENSSAUG00010021302) slc6a22.1 (ENSSAUG00010021239) slc6a22.2 (ENSSAUG00010020171) ENSSAUG00010020148 ##22 ENSSAUG00010020129 ##22 synprb (ENSSAUG00010020127) ENSSAUG00010014963 PTPRG (ENSSAUG00010014428) cfap20dc (ENSSAUG00010014413) ENSSAUG00010014409 FAM107A (ENSSAUG00010014408) CAMK1 (ENSSAUG00010012768) pbrm1l (ENSSAUG00010003714) stau1 (ENSSAUG00010003501) ENSSAUG00010003491 ENSSAUG00010003487 KCNB1 (ENSSAUG00010003485) ptgis (ENSSAUG00010003471) SRGAP3 (ENSSAUG00010000587) OXTR (ENSSAUG00010000360) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379.h ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b European seabass MODERN SPECIES 10 PATZ1 (ENSDLAG00005026428) ENSDLAG00005026856 ENSDLAG00005023149 ENSDLAG00005023163 tgfa (ENSDLAG00005027901) hdhd3 (ENSDLAG00005023238) ENSDLAG00005023240 ENSDLAG00005023244 fkbp5 (ENSDLAG00005031856) slc6a22.1 (ENSDLAG00005033698) slc6a22.2 (ENSDLAG00005028850) ENSDLAG00005003100 ##22 ENSDLAG00005019649 ENSDLAG00005030434 ##22 slc6a22.1 (ENSDLAG00005032723) ENSDLAG00005018127 ##22 ENSDLAG00005020236 ##22 synprb (ENSDLAG00005032345) ENSDLAG00005011156 ##22 ENSDLAG00005011443 PTPRG (ENSDLAG00005018629) cfap20dc (ENSDLAG00005020705) ENSDLAG00005020713 FAM107A (ENSDLAG00005018013) ENSDLAG00005020763 pbrm1l (ENSDLAG00005021862) ENSDLAG00005022190 ENSDLAG00005022207 ENSDLAG00005022209 ptgis (ENSDLAG00005022212) ENSDLAG00005022263 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b 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ENSSMAG00000024088 ENSSMAG00000020843 ENSSMAG00000020832 tgfa (ENSSMAG00000020829) hdhd3 (ENSSMAG00000020823) ENSSMAG00000020820 ENSSMAG00000033456 srsf3a (ENSSMAG00000020812) fkbp5 (ENSSMAG00000020806) slc6a22.1 (ENSSMAG00000020801) slc6a22.2 (ENSSMAG00000020739) RH2-A1 (ENSSMAG00000018072) ##22 RH2-B1 (ENSSMAG00000018084) ##22 RH2-B2 (ENSSMAG00000018144) ##22 synprb (ENSSMAG00000022669) ENSSMAG00000017781 ENSSMAG00000017683 cfap20dc (ENSSMAG00000017654) ENSSMAG00000017637 ENSSMAG00000017597 pbrm1l (ENSSMAG00000017461) stau1 (ENSSMAG00000017410) ENSSMAG00000017385 ENSSMAG00000017363 ENSSMAG00000029776 ptgis (ENSSMAG00000017341) SRGAP3 (ENSSMAG00000017241) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00390000018446.b ENSGT00390000017965 ENSGT00940000168333 ENSGT00950000183210.g.b ENSGT00390000006452.b.b.h ENSGT00950000183180.b ENSGT00940000153190.A.g ENSGT00940000164612.a ENSGT00390000005897.j ENSGT01100000263497.E.b.q.a ENSGT00950000182964.a.a.g.b 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ENSGT00940000155048.d.b.d ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f Greater amberjack DUPLICATION Greater amberjack MODERN SPECIES 47 sirt4 (ENSSDUG00000016662) sxph (ENSSDUG00000016688) EIF4ENIF1 (ENSSDUG00000016719) PATZ1 (ENSSDUG00000016819) ENSSDUG00000016825 SLC2A11 (ENSSDUG00000016856) tgfa (ENSSDUG00000016889) hdhd3 (ENSSDUG00000016917) trub2 (ENSSDUG00000016928) ENSSDUG00000016963 srsf3a (ENSSDUG00000016982) fkbp5 (ENSSDUG00000017003) slc6a22.1 (ENSSDUG00000017029) slc6a22.2 (ENSSDUG00000017092) ENSSDUG00000017178 ##22 ENSSDUG00000019004 ##22 ENSSDUG00000019022 ##22 ENSSDUG00000019040 ##22 synprb (ENSSDUG00000019054) ENSSDUG00000019087 PTPRG (ENSSDUG00000019155) ENSSDUG00000019206 cfap20dc (ENSSDUG00000019218) ENSSDUG00000019238 FAM107A (ENSSDUG00000019338) CAMK1 (ENSSDUG00000019354) pbrm1l (ENSSDUG00000019381) stau1 (ENSSDUG00000019439) ENSSDUG00000019462 ENSSDUG00000019489 KCNB1 (ENSSDUG00000019497) Greater amberjack MODERN SPECIES 47 zgc:112163 (ENSSDUG00000016660) sirt4 (ENSSDUG00000016662) sxph (ENSSDUG00000016688) EIF4ENIF1 (ENSSDUG00000016719) PATZ1 (ENSSDUG00000016819) ENSSDUG00000016825 SLC2A11 (ENSSDUG00000016856) tgfa (ENSSDUG00000016889) hdhd3 (ENSSDUG00000016917) trub2 (ENSSDUG00000016928) ENSSDUG00000016963 srsf3a (ENSSDUG00000016982) fkbp5 (ENSSDUG00000017003) slc6a22.1 (ENSSDUG00000017029) slc6a22.2 (ENSSDUG00000017092) ENSSDUG00000017178 ##22 ENSSDUG00000019004 ##22 ENSSDUG00000019022 ##22 ENSSDUG00000019040 ##22 synprb (ENSSDUG00000019054) ENSSDUG00000019087 PTPRG (ENSSDUG00000019155) ENSSDUG00000019206 cfap20dc (ENSSDUG00000019218) ENSSDUG00000019238 FAM107A (ENSSDUG00000019338) CAMK1 (ENSSDUG00000019354) pbrm1l (ENSSDUG00000019381) stau1 (ENSSDUG00000019439) ENSSDUG00000019462 ENSSDUG00000019489 Yellowtail amberjack DUPLICATION Yellowtail 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ENSLCAG00010009155 ##22 Barramundi perch MODERN SPECIES 315 zgc:112163 (ENSLCAG00010009717) sirt4 (ENSLCAG00010009714) sxph (ENSLCAG00010009709) EIF4ENIF1 (ENSLCAG00010009681) ENSLCAG00010009671 ENSLCAG00010009650 tgfa (ENSLCAG00010009624) hdhd3 (ENSLCAG00010009619) trub2 (ENSLCAG00010009596) ENSLCAG00010009588 srsf3a (ENSLCAG00010009579) fkbp5 (ENSLCAG00010009571) slc6a22.1 (ENSLCAG00010009562) slc6a22.2 (ENSLCAG00010009557) ENSLCAG00010009551 ENSLCAG00010009464 ##22 ENSLCAG00010009155 ##22 Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii DUPLICATION Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000166668 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT01100000263542.B.a ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000157304 ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000156378.a.b.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00950000182998.C.b.b ENSGT00940000158328 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.r.a.a ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.f.b ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.r.a.a ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.f.b.a ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.d ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00990000211485.a.a ENSGT00940000155048.d.b.e ENSGT00590000083094.a.a.c.b.c.b Salmo ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.q.b ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.c.b ENSGT00990000212577 ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00990000211485.a.a ENSGT00940000155048.d.b.e Atlantic salmon MODERN SPECIES 14 ENSSSAG00000054000 tgfa (ENSSSAG00000054011) ENSSSAG00000117392 trub2 (ENSSSAG00000054021) ENSSSAG00000104706 ENSSSAG00000085612 entpd8 (ENSSSAG00000054031) ENSSSAG00000105670 ENSSSAG00000054070 ENSSSAG00000122006 fkbp5 (ENSSSAG00000099623) slc6a22.1 (ENSSSAG00000104794) slc6a22.2 (ENSSSAG00000054751) ENSSSAG00000055587 ##22 ENSSSAG00000110368 ##22 ENSSSAG00000088508 ##22 ENSSSAG00000093435 ##22 synprb (ENSSSAG00000083113) CAV3 (ENSSSAG00000071903) ENSSSAG00000122213 SRGAP3 (ENSSSAG00000055833) ptgis (ENSSSAG00000064171) ENSSSAG00000064298 ENSSSAG00000064305 stau1 (ENSSSAG00000064428) pbrm1l (ENSSSAG00000065235) ENSSSAG00000073372 ENSSSAG00000112938 ENSSSAG00000075480 ENSSSAG00000075534 ENSSSAG00000098557 River trout MODERN SPECIES 7 SFI1 (ENSSTUG00000043931) EIF4ENIF1 (ENSSTUG00000043690) PATZ1 (ENSSTUG00000043668) ENSSTUG00000043615 tgfa (ENSSTUG00000043603) hdhd3 (ENSSTUG00000043602) trub2 (ENSSTUG00000043575) entpd8 (ENSSTUG00000043537) ENSSTUG00000043514 SRSF3 (ENSSTUG00000043493) fkbp5 (ENSSTUG00000043404) slc6a22.1 (ENSSTUG00000043118) 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(ENSSSAG00000054021) ENSSSAG00000104706 ENSSSAG00000085612 entpd8 (ENSSSAG00000054031) ENSSSAG00000105670 ENSSSAG00000054070 ENSSSAG00000122006 fkbp5 (ENSSSAG00000099623) slc6a22.1 (ENSSSAG00000104794) slc6a22.2 (ENSSSAG00000054751) ENSSSAG00000055587 ##22 ENSSSAG00000110368 ##22 ENSSSAG00000088508 ##22 ENSSSAG00000093435 ##22 synprb (ENSSSAG00000083113) CAV3 (ENSSSAG00000071903) ENSSSAG00000122213 SRGAP3 (ENSSSAG00000055833) ptgis (ENSSSAG00000064171) ENSSSAG00000064298 ENSSSAG00000064305 stau1 (ENSSSAG00000064428) pbrm1l (ENSSSAG00000065235) ENSSSAG00000073372 ENSSSAG00000112938 ENSSSAG00000075480 ENSSSAG00000075534 ENSSSAG00000098557 ENSSSAG00000076633 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.b ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.b ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.b ##22 Rainbow trout MODERN SPECIES 28 EIF4ENIF1 (ENSOMYG00000009732) PATZ1 (ENSOMYG00000009823) 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(ENSELUG00000003829) znf76 (ENSELUG00000003812) zgc:162255 (ENSELUG00000003782) arl8a (ENSELUG00000003770) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000166668 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT01100000263542.B.a ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000157304 ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000156378.a.b.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00950000182998.C.b.b Salmoninae DUPLICATION Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 92 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ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b Huchen DUPLICATION Huchen MODERN SPECIES 2328 slc6a22.2 (ENSHHUG00000045699) ENSHHUG00000046134 ##22 ENSHHUG00000046799 ##22 ENSHHUG00000046829 ##22 ENSHHUG00000046962 ##22 ENSHHUG00000047042 ##22 synprb (ENSHHUG00000047193) Huchen MODERN SPECIES 2328 slc6a22.2 (ENSHHUG00000045699) ENSHHUG00000046134 ##22 ENSHHUG00000046799 ##22 ENSHHUG00000046829 ##22 ENSHHUG00000046962 ##22 ENSHHUG00000047042 ##22 synprb (ENSHHUG00000047193) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158891.f ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.r.a.a ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.f.b.a ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.d ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.r.a.a ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.f.b.a ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.d ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00990000211485.a.a ENSGT00940000155048.d.b.e Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.r.a.a ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.f.b.a ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.d ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000155048.d.b.e ENSGT00590000083094.a.a.c.b.c.b Coho salmon MODERN SPECIES 25 SFI1 (ENSOKIG00005001086) EIF4ENIF1 (ENSOKIG00005001108) PATZ1 (ENSOKIG00005001122) ENSOKIG00005001128 ENSOKIG00005001136 tgfa (ENSOKIG00005001143) hdhd3 (ENSOKIG00005001148) trub2 (ENSOKIG00005001154) entpd8 (ENSOKIG00005001163) ENSOKIG00005001167 SRSF3 (ENSOKIG00005001176) fkbp5 (ENSOKIG00005001207) ENSOKIG00005001257 slc6a22.1 (ENSOKIG00005001261) slc6a22.2 (ENSOKIG00005001326) opn1mw1 (ENSOKIG00005001493) ##22 synprb (ENSOKIG00005001513) cav4a (ENSOKIG00005001516) CAV3 (ENSOKIG00005001520) OXTR (ENSOKIG00005001525) SRGAP3 (ENSOKIG00005001629) ptgis (ENSOKIG00005002348) KCNB1 (ENSOKIG00005002383) ENSOKIG00005002396 stau1 (ENSOKIG00005002424) pbrm1l (ENSOKIG00005002602) CAMK1 (ENSOKIG00005003084) ENSOKIG00005003182 PTPRG (ENSOKIG00005003249) ENSOKIG00005003636 ENSOKIG00005005075 Chinook salmon MODERN SPECIES 31 tomm6 (ENSOTSG00005025627) zgc:112163 (ENSOTSG00005025629) SFI1 (ENSOTSG00005025637) EIF4ENIF1 (ENSOTSG00005025649) PATZ1 (ENSOTSG00005025650) ENSOTSG00005025652 tgfa (ENSOTSG00005025653) hdhd3 (ENSOTSG00005025654) trub2 (ENSOTSG00005025655) entpd8 (ENSOTSG00005025658) ENSOTSG00005025659 SRSF3 (ENSOTSG00005025660) fkbp5 (ENSOTSG00005025663) slc6a22.1 (ENSOTSG00005025680) slc6a22.2 (ENSOTSG00005025685) ENSOTSG00005025689 ##22 ENSOTSG00005025694 ##22 synprb (ENSOTSG00005025699) cav4a (ENSOTSG00005025701) cav3 (ENSOTSG00005025702) OXTR (ENSOTSG00005025703) ENSOTSG00005025704 SRGAP3 (ENSOTSG00005025722) ptgis (ENSOTSG00005026781) KCNB1 (ENSOTSG00005026884) stau1 (ENSOTSG00005026885) pbrm1l (ENSOTSG00005027078) ENSOTSG00005027759 PTPRG (ENSOTSG00005027775) ENSOTSG00005028099 ENSOTSG00005033010 Rainbow trout MODERN SPECIES 28 SFI1 (ENSOMYG00000009519) EIF4ENIF1 (ENSOMYG00000009732) PATZ1 (ENSOMYG00000009823) ENSOMYG00000009834 tgfa (ENSOMYG00000009867) hdhd3 (ENSOMYG00000009888) trub2 (ENSOMYG00000009941) entpd8 (ENSOMYG00000010002) ENSOMYG00000071671 ENSOMYG00000010087 ENSOMYG00000075502 ENSOMYG00000049906 fkbp5 (ENSOMYG00000010194) slc6a22.1 (ENSOMYG00000010268) slc6a22.2 (ENSOMYG00000010327) ENSOMYG00000010467 ##22 ENSOMYG00000010506 ##22 synprb (ENSOMYG00000010550) ENSOMYG00000010564 CAV3 (ENSOMYG00000029688) ENSOMYG00000029701 ENSOMYG00000073533 SRGAP3 (ENSOMYG00000030878) ENSOMYG00000051904 ptgis (ENSOMYG00000036530) ENSOMYG00000036544 ENSOMYG00000036561 ENSOMYG00000055564 stau1 (ENSOMYG00000062808) pbrm1l (ENSOMYG00000036827) ENSOMYG00000059623 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.b ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.b ##22 Salmo ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00390000002240 ENSGT00940000158891.f ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.q.b ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.c.b ENSGT00990000212577 ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b River trout MODERN SPECIES 7 zgc:112163 (ENSSTUG00000044018) sirt4 (ENSSTUG00000043998) SFI1 (ENSSTUG00000043931) EIF4ENIF1 (ENSSTUG00000043690) PATZ1 (ENSSTUG00000043668) ENSSTUG00000043615 tgfa (ENSSTUG00000043603) hdhd3 (ENSSTUG00000043602) trub2 (ENSSTUG00000043575) entpd8 (ENSSTUG00000043537) ENSSTUG00000043514 SRSF3 (ENSSTUG00000043493) fkbp5 (ENSSTUG00000043404) slc6a22.1 (ENSSTUG00000043118) ENSSTUG00000043084 ENSSTUG00000043008 ##22 ENSSTUG00000042937 ##22 ENSSTUG00000042555 ##22 synprb (ENSSTUG00000042351) ENSSTUG00000042325 cav3 (ENSSTUG00000042300) OXTR (ENSSTUG00000042286) SRGAP3 (ENSSTUG00000039778) ptgis (ENSSTUG00000039563) KCNB1 (ENSSTUG00000039548) stau1 (ENSSTUG00000038881) pbrm1l (ENSSTUG00000029132) CAMK1 (ENSSTUG00000028454) ENSSTUG00000028427 ENSSTUG00000028365 ENSSTUG00000028354 Atlantic salmon MODERN SPECIES 14 PATZ1 (ENSSSAG00000116588) ENSSSAG00000053988 ENSSSAG00000054000 tgfa (ENSSSAG00000054011) ENSSSAG00000117392 trub2 (ENSSSAG00000054021) ENSSSAG00000104706 ENSSSAG00000085612 entpd8 (ENSSSAG00000054031) ENSSSAG00000105670 ENSSSAG00000054070 ENSSSAG00000122006 fkbp5 (ENSSSAG00000099623) slc6a22.1 (ENSSSAG00000104794) slc6a22.2 (ENSSSAG00000054751) ENSSSAG00000055587 ##22 ENSSSAG00000110368 ##22 ENSSSAG00000088508 ##22 ENSSSAG00000093435 ##22 synprb (ENSSSAG00000083113) CAV3 (ENSSSAG00000071903) ENSSSAG00000122213 SRGAP3 (ENSSSAG00000055833) ptgis (ENSSSAG00000064171) ENSSSAG00000064298 ENSSSAG00000064305 stau1 (ENSSSAG00000064428) pbrm1l (ENSSSAG00000065235) ENSSSAG00000073372 ENSSSAG00000112938 ENSSSAG00000075480 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.r.a.a ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.f.b ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.r.a.a ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.f.b.a ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.d ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00990000211485.a.a ENSGT00940000155048.d.b.e Salmo ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00940000158891.f ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071.s ENSGT00940000159296.s ENSGT00940000161061.b.q.b ENSGT00940000160058.d ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.h ENSGT01100000263542.B.a.w ENSGT00940000160379.e ENSGT00910000144115.a.hc.a.e ENSGT00940000158726.o ENSGT00940000163827.a.b.i.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.b.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.l ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a.k.a.a.a ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b.b ENSGT00950000183006.A.a.a.b.f ENSGT00950000183006.B.f.b.b.cb.a ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b.b ENSGT00940000153709.A.f.e ENSGT00940000154899.fb.b.c ENSGT00390000008325.b.a.c ENSGT00940000157304.m ENSGT00390000003017.c.b.b.e ENSGT00940000156378.a.b.c.b ENSGT00990000212577 ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00990000211485.a.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 14 ENSSSAG00000053988 ENSSSAG00000054000 tgfa (ENSSSAG00000054011) ENSSSAG00000117392 trub2 (ENSSSAG00000054021) ENSSSAG00000104706 ENSSSAG00000085612 entpd8 (ENSSSAG00000054031) ENSSSAG00000105670 ENSSSAG00000054070 ENSSSAG00000122006 fkbp5 (ENSSSAG00000099623) slc6a22.1 (ENSSSAG00000104794) slc6a22.2 (ENSSSAG00000054751) ENSSSAG00000055587 ##22 ENSSSAG00000110368 ##22 ENSSSAG00000088508 ##22 ENSSSAG00000093435 ##22 synprb (ENSSSAG00000083113) CAV3 (ENSSSAG00000071903) ENSSSAG00000122213 SRGAP3 (ENSSSAG00000055833) ptgis (ENSSSAG00000064171) ENSSSAG00000064298 ENSSSAG00000064305 stau1 (ENSSSAG00000064428) pbrm1l (ENSSSAG00000065235) ENSSSAG00000073372 ENSSSAG00000112938 ENSSSAG00000075480 ENSSSAG00000075534 River trout MODERN SPECIES 7 sirt4 (ENSSTUG00000043998) SFI1 (ENSSTUG00000043931) EIF4ENIF1 (ENSSTUG00000043690) PATZ1 (ENSSTUG00000043668) ENSSTUG00000043615 tgfa (ENSSTUG00000043603) hdhd3 (ENSSTUG00000043602) trub2 (ENSSTUG00000043575) entpd8 (ENSSTUG00000043537) ENSSTUG00000043514 SRSF3 (ENSSTUG00000043493) fkbp5 (ENSSTUG00000043404) slc6a22.1 (ENSSTUG00000043118) ENSSTUG00000043084 ENSSTUG00000043008 ##22 ENSSTUG00000042937 ##22 ENSSTUG00000042555 ##22 synprb (ENSSTUG00000042351) ENSSTUG00000042325 cav3 (ENSSTUG00000042300) OXTR (ENSSTUG00000042286) SRGAP3 (ENSSTUG00000039778) ptgis (ENSSTUG00000039563) KCNB1 (ENSSTUG00000039548) stau1 (ENSSTUG00000038881) pbrm1l (ENSSTUG00000029132) CAMK1 (ENSSTUG00000028454) ENSSTUG00000028427 ENSSTUG00000028365 ENSSTUG00000028354 PTPRG (ENSSTUG00000026560) Huchen MODERN SPECIES 2328 slc6a22.2 (ENSHHUG00000045699) ENSHHUG00000046134 ##22 ENSHHUG00000046799 ##22 ENSHHUG00000046829 ##22 ENSHHUG00000046962 ##22 ENSHHUG00000047042 ##22 synprb (ENSHHUG00000047193) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 460 sxph (ENSHCOG00000017495) ENSHCOG00000017516 EIF4ENIF1 (ENSHCOG00000017603) PATZ1 (ENSHCOG00000017644) ENSHCOG00000017674 SLC2A11 (ENSHCOG00000017703) tgfa (ENSHCOG00000017712) ENSHCOG00000017718 trub2 (ENSHCOG00000017748) ENSHCOG00000017776 srsf3a (ENSHCOG00000017795) fkbp5 (ENSHCOG00000017809) slc6a22.1 (ENSHCOG00000017840) slc6a22.2 (ENSHCOG00000017881) ENSHCOG00000017899 opn1mw1 (ENSHCOG00000017910) ##22 synprb (ENSHCOG00000017944) ENSHCOG00000018022 PTPRG (ENSHCOG00000018143) ENSHCOG00000018188 ENSHCOG00000018205 CAMK1 (ENSHCOG00000018224) pbrm1l (ENSHCOG00000018411) stau1 (ENSHCOG00000018461) ENSHCOG00000018473 KCNB1 (ENSHCOG00000018482) ptgis (ENSHCOG00000018498) SRGAP3 (ENSHCOG00000018857) OXTR (ENSHCOG00000018896) cav4a (ENSHCOG00000018903) rrp9 (ENSHCOG00000018967) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000157304 ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000166826 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000158726 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000160379 ENSGT00940000156773 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000160058 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000166177 ENSGT00940000159296 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000154388 ENSGT00940000158891 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000157304 ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b 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ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.a ##22 ENSGT00940000166826 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000158726 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000160379 ENSGT00940000156773 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000160058 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000159296 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000154388 ENSGT00940000158891 Climbing perch MODERN SPECIES 18 cav4a (ENSATEG00000024636) ENSATEG00000024633 ENSATEG00000024620 ptgis (ENSATEG00000024612) ENSATEG00000024609 ENSATEG00000024607 stau1 (ENSATEG00000024600) pbrm1l (ENSATEG00000024583) ENSATEG00000024573 ENSATEG00000024569 ENSATEG00000029054 cfap20dc (ENSATEG00000024563) ENSATEG00000024537 ENSATEG00000024512 synprb (ENSATEG00000024507) ENSATEG00000027793 ##22 ENSATEG00000029137 ##22 ENSATEG00000027686 ##22 slc6a22.2 (ENSATEG00000011564) slc6a22.1 (ENSATEG00000011540) fkbp5 (ENSATEG00000011527) srsf3a (ENSATEG00000011511) ENSATEG00000011482 ENSATEG00000011371 hdhd3 (ENSATEG00000011364) tgfa (ENSATEG00000011337) 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ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000166826 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000158726 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000160379.h ENSGT00940000156773 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000160058 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000159296 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000154388 ENSGT00940000158891 Large yellow croaker DUPLICATION Large yellow croaker MODERN SPECIES 478 SRGAP3 (ENSLCRG00005012334) ptgis (ENSLCRG00005012296) KCNB1 (ENSLCRG00005012288) ENSLCRG00005012285 ENSLCRG00005012267 stau1 (ENSLCRG00005012188) pbrm1l (ENSLCRG00005006349) CAMK1 (ENSLCRG00005005644) FAM107A (ENSLCRG00005005631) ENSLCRG00005005628 cfap20dc (ENSLCRG00005005625) PTPRG (ENSLCRG00005000378) ENSLCRG00005023840 synprb 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ENSDLAG00005022209 European seabass MODERN SPECIES 10 ENSDLAG00005023163 tgfa (ENSDLAG00005027901) hdhd3 (ENSDLAG00005023238) ENSDLAG00005023240 ENSDLAG00005023244 fkbp5 (ENSDLAG00005031856) slc6a22.1 (ENSDLAG00005033698) slc6a22.2 (ENSDLAG00005028850) ENSDLAG00005003100 ##22 ENSDLAG00005019649 ENSDLAG00005030434 ##22 slc6a22.1 (ENSDLAG00005032723) ENSDLAG00005018127 ##22 ENSDLAG00005020236 ##22 synprb (ENSDLAG00005032345) ENSDLAG00005011156 ##22 ENSDLAG00005011443 PTPRG (ENSDLAG00005018629) cfap20dc (ENSDLAG00005020705) ENSDLAG00005020713 FAM107A (ENSDLAG00005018013) ENSDLAG00005020763 pbrm1l (ENSDLAG00005021862) ENSDLAG00005022190 ENSDLAG00005022207 ENSDLAG00005022209 ptgis (ENSDLAG00005022212) ENSDLAG00005022263 ENSDLAG00005023113 cav4a (ENSDLAG00005030654) ENSDLAG00005023122 European seabass MODERN SPECIES 10 ENSDLAG00005023113 ENSDLAG00005022263 ptgis (ENSDLAG00005022212) ENSDLAG00005022209 ENSDLAG00005022207 ENSDLAG00005022190 pbrm1l (ENSDLAG00005021862) ENSDLAG00005020763 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Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388.c ENSGT00940000154388.d ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.c ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.w ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.x ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b Chinese medaka MODERN SPECIES 3530 ENSOSIG00000003332 ##22 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 19 sirt4 (ENSORLG00000019934) sxph (ENSORLG00000019946) ENSORLG00000025902 eif4enif1 (ENSORLG00000019961) PATZ1 (ENSORLG00000027129) SLC2A11 (ENSORLG00000019991) tgfa (ENSORLG00000023298) hdhd3 (ENSORLG00000028269) trub2 (ENSORLG00000020011) ENSORLG00000024741 srsf3a (ENSORLG00000020054) fkbp5 (ENSORLG00000029600) slc6a22.1 (ENSORLG00000020091) ENSORLG00000023153 kfh-g (ENSORLG00000020100) ##22 ENSORLG00000028704 ##22 ENSORLG00000020133 ##22 synprb (ENSORLG00000026402) ENSORLG00000025356 ENSORLG00000030464 PTPRG (ENSORLG00000020215) ENSORLG00000027895 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.w ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.x ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b ENSGT00950000182998.C.b.b Indian medaka MODERN SPECIES 8 sirt4 (ENSOMEG00000006473) sxph (ENSOMEG00000006516) ENSOMEG00000006539 EIF4ENIF1 (ENSOMEG00000000155) PATZ1 (ENSOMEG00000006636) SLC2A11 (ENSOMEG00000006658) tgfa (ENSOMEG00000006671) hdhd3 (ENSOMEG00000006682) trub2 (ENSOMEG00000006702) ENSOMEG00000006718 srsf3a (ENSOMEG00000006746) fkbp5 (ENSOMEG00000006787) slc6a22.1 (ENSOMEG00000006935) slc6a22.2 (ENSOMEG00000007010) ENSOMEG00000007059 ##22 ENSOMEG00000007091 ##22 ENSOMEG00000007148 ##22 synprb (ENSOMEG00000007182) ENSOMEG00000007413 PTPRG (ENSOMEG00000007483) ENSOMEG00000007506 ENSOMEG00000007525 ENSOMEG00000007539 ENSOMEG00000007557 ENSOMEG00000007579 ENSOMEG00000007630 atp6ap1a (ENSOMEG00000007690) tafazzin (ENSOMEG00000007792) acss2 (ENSOMEG00000007920) mapre1b (ENSOMEG00000007955) dnmt3bb.2 (ENSOMEG00000008012) Oryzias ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.w ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.x ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b ENSGT00950000182998.C.b.b ENSGT00940000158328 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000154388.c ENSGT00940000154388.d ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773.c ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.w ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.x ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b Chinese medaka MODERN SPECIES 4876 ENSOSIG00000004652 ##22 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 19 sxph (ENSORLG00000019946) ENSORLG00000025902 eif4enif1 (ENSORLG00000019961) PATZ1 (ENSORLG00000027129) SLC2A11 (ENSORLG00000019991) tgfa (ENSORLG00000023298) hdhd3 (ENSORLG00000028269) trub2 (ENSORLG00000020011) ENSORLG00000024741 srsf3a (ENSORLG00000020054) fkbp5 (ENSORLG00000029600) slc6a22.1 (ENSORLG00000020091) ENSORLG00000023153 kfh-g (ENSORLG00000020100) ##22 ENSORLG00000028704 ##22 ENSORLG00000020133 ##22 synprb (ENSORLG00000026402) ENSORLG00000025356 ENSORLG00000030464 PTPRG (ENSORLG00000020215) ENSORLG00000027895 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.w ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.x ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b ENSGT00950000182998.C.b.b ENSGT00940000158328 Indian medaka MODERN SPECIES 8 sxph (ENSOMEG00000006516) ENSOMEG00000006539 EIF4ENIF1 (ENSOMEG00000000155) PATZ1 (ENSOMEG00000006636) SLC2A11 (ENSOMEG00000006658) tgfa (ENSOMEG00000006671) hdhd3 (ENSOMEG00000006682) trub2 (ENSOMEG00000006702) ENSOMEG00000006718 srsf3a (ENSOMEG00000006746) fkbp5 (ENSOMEG00000006787) slc6a22.1 (ENSOMEG00000006935) slc6a22.2 (ENSOMEG00000007010) ENSOMEG00000007059 ##22 ENSOMEG00000007091 ##22 ENSOMEG00000007148 ##22 synprb (ENSOMEG00000007182) ENSOMEG00000007413 PTPRG (ENSOMEG00000007483) ENSOMEG00000007506 ENSOMEG00000007525 ENSOMEG00000007539 ENSOMEG00000007557 ENSOMEG00000007579 ENSOMEG00000007630 atp6ap1a (ENSOMEG00000007690) tafazzin (ENSOMEG00000007792) acss2 (ENSOMEG00000007920) mapre1b (ENSOMEG00000007955) dnmt3bb.2 (ENSOMEG00000008012) ENSOMEG00000008030 Javanese ricefish MODERN SPECIES 19 sirt4 (ENSOJAG00000015369) sxph (ENSOJAG00000015229) ENSOJAG00000015215 EIF4ENIF1 (ENSOJAG00000015181) PATZ1 (ENSOJAG00000015149) SLC2A11 (ENSOJAG00000014798) tgfa (ENSOJAG00000014767) hdhd3 (ENSOJAG00000014754) trub2 (ENSOJAG00000014724) ENSOJAG00000014707 srsf3a (ENSOJAG00000014634) fkbp5 (ENSOJAG00000014430) slc6a22.1 (ENSOJAG00000013860) slc6a22.2 (ENSOJAG00000013176) ENSOJAG00000012957 ##22 ENSOJAG00000012883 ##22 synprb (ENSOJAG00000012866) ENSOJAG00000012081 PTPRG (ENSOJAG00000010037) cfap20dc (ENSOJAG00000009907) ENSOJAG00000009882 CAMK1 (ENSOJAG00000009200) pbrm1l 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ENSGT00950000182998.C.b.b ENSGT00530000069347 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b ENSGT00950000182998.C.b.b ENSGT00530000069347 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b 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OXTR (ENSAPOG00000016876) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 246 SFI1 (ENSSPAG00000017632) EIF4ENIF1 (ENSSPAG00000017672) PATZ1 (ENSSPAG00000017709) ENSSPAG00000017723 SLC2A11 (ENSSPAG00000017764) tgfa (ENSSPAG00000017847) hdhd3 (ENSSPAG00000017863) trub2 (ENSSPAG00000017865) ENSSPAG00000017880 srsf3a (ENSSPAG00000017902) fkbp5 (ENSSPAG00000017911) slc6a22.1 (ENSSPAG00000017938) slc6a22.2 (ENSSPAG00000018011) odad3 (ENSSPAG00000018598) ENSSPAG00000018702 ##22 ENSSPAG00000018720 ##22 synprb (ENSSPAG00000018733) ENSSPAG00000018760 PTPRG (ENSSPAG00000018833) ENSSPAG00000018947 ENSSPAG00000018981 FAM107A (ENSSPAG00000019002) CAMK1 (ENSSPAG00000019054) pbrm1l (ENSSPAG00000019107) stau1 (ENSSPAG00000019275) ENSSPAG00000019296 ENSSPAG00000019324 KCNB1 (ENSSPAG00000019351) ptgis (ENSSPAG00000019362) SRGAP3 (ENSSPAG00000019377) OXTR (ENSSPAG00000019480) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 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ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 356 ENSHBUG00000022321 tgfa (ENSHBUG00000022338) hdhd3 (ENSHBUG00000022347) trub2 (ENSHBUG00000022384) ENSHBUG00000022390 srsf3a (ENSHBUG00000022402) fkbp5 (ENSHBUG00000022411) slc6a22.1 (ENSHBUG00000022446) slc6a22.2 (ENSHBUG00000022489) ENSHBUG00000022547 ##22 ENSHBUG00000022586 ##22 ENSHBUG00000022646 ##22 synprb (ENSHBUG00000022658) ENSHBUG00000022995 PTPRG (ENSHBUG00000023031) cfap20dc (ENSHBUG00000023060) ENSHBUG00000023220 FAM107A (ENSHBUG00000023239) CAMK1 (ENSHBUG00000023294) pbrm1l (ENSHBUG00000023605) stau1 (ENSHBUG00000023668) ENSHBUG00000023677 ENSHBUG00000023703 KCNB1 (ENSHBUG00000023718) ptgis (ENSHBUG00000000721) SRGAP3 (ENSHBUG00000023791) OXTR (ENSHBUG00000001833) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b P. nyererei MODERN SPECIES 307 SFI1 (ENSPNYG00000013422) EIF4ENIF1 (ENSPNYG00000013471) PATZ1 (ENSPNYG00000013542) ENSPNYG00000013570 SLC2A11 (ENSPNYG00000013599) tgfa (ENSPNYG00000013629) hdhd3 (ENSPNYG00000013649) trub2 (ENSPNYG00000013666) ENSPNYG00000013698 srsf3a (ENSPNYG00000013747) fkbp5 (ENSPNYG00000013801) slc6a22.1 (ENSPNYG00000013819) slc6a22.2 (ENSPNYG00000013897) ENSPNYG00000013978 ##22 ENSPNYG00000013994 ##22 ENSPNYG00000014010 ##22 synprb (ENSPNYG00000014029) ENSPNYG00000014061 PTPRG (ENSPNYG00000014118) ENSPNYG00000014163 ENSPNYG00000014199 ENSPNYG00000014239 CAMK1 (ENSPNYG00000014260) pbrm1l (ENSPNYG00000014336) stau1 (ENSPNYG00000014436) ENSPNYG00000014472 KCNB1 (ENSPNYG00000014507) ptgis (ENSPNYG00000014521) SRGAP3 (ENSPNYG00000014550) OXTR (ENSPNYG00000014581) cav4a (ENSPNYG00000014593) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000166177 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.cb ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b.bb ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000153709.A.f ENSGT00950000182824.a.b.a.j.b ENSGT01050000244882.a.a.b.a.a ENSGT00950000183006.A.a.a.b Eastern happy MODERN SPECIES 17 SFI1 (ENSACLG00000010590) EIF4ENIF1 (ENSACLG00000010640) PATZ1 (ENSACLG00000010690) ENSACLG00000010703 SLC2A11 (ENSACLG00000010716) tgfa (ENSACLG00000010739) hdhd3 (ENSACLG00000010788) trub2 (ENSACLG00000010793) ENSACLG00000010848 srsf3a (ENSACLG00000010873) fkbp5 (ENSACLG00000010908) slc6a22.1 (ENSACLG00000010928) slc6a22.2 (ENSACLG00000010967) ENSACLG00000011010 ##22 ENSACLG00000011041 ##22 ENSACLG00000011070 ##22 synprb (ENSACLG00000011098) ENSACLG00000011254 PTPRG (ENSACLG00000011378) cfap20dc (ENSACLG00000011721) 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ptgis (ENSMZEG00005015522) SRGAP3 (ENSMZEG00005015480) OXTR (ENSMZEG00005015467) Lyretail cichlid MODERN SPECIES 294 ENSNBRG00000015901 EIF4ENIF1 (ENSNBRG00000015925) PATZ1 (ENSNBRG00000016032) ENSNBRG00000016070 ENSNBRG00000016097 tgfa (ENSNBRG00000016157) hdhd3 (ENSNBRG00000016279) trub2 (ENSNBRG00000016294) ENSNBRG00000016337 srsf3a (ENSNBRG00000016360) fkbp5 (ENSNBRG00000016378) slc6a22.1 (ENSNBRG00000016451) slc6a22.2 (ENSNBRG00000016737) ENSNBRG00000016795 ##22 ENSNBRG00000016841 ##22 ENSNBRG00000016907 ##22 synprb (ENSNBRG00000017171) ENSNBRG00000017208 PTPRG (ENSNBRG00000017259) ENSNBRG00000017330 ENSNBRG00000017372 FAM107A (ENSNBRG00000017436) CAMK1 (ENSNBRG00000017444) pbrm1l (ENSNBRG00000017496) stau1 (ENSNBRG00000017596) ENSNBRG00000017633 KCNB1 (ENSNBRG00000017665) ptgis (ENSNBRG00000017712) SRGAP3 (ENSNBRG00000017824) OXTR (ENSNBRG00000017883) cav4a (ENSNBRG00000017945) Nile tilapia MODERN SPECIES 17 SFI1 (ENSONIG00000004256) EIF4ENIF1 (ENSONIG00000004251) patz1 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(ENSONIG00000004152) pbrm1l (ENSONIG00000004158) CAMK1 (ENSONIG00000004166) FAM107A (ENSONIG00000004173) ENSONIG00000004174 cfap20dc (ENSONIG00000004176) PTPRG (ENSONIG00000004184) ENSONIG00000004194 synprb (ENSONIG00000004202) ENSONIG00000004204 ##22 ENSONIG00000004206 ##22 ENSONIG00000004207 ##22 slc6a22.2 (ENSONIG00000004210) slc6a22.1 (ENSONIG00000004216) srsf3a (ENSONIG00000004224) fkbp5 (ENSONIG00000004221) ENSONIG00000039490 trub2 (ENSONIG00000004230) hdhd3 (ENSONIG00000004233) tgfa (ENSONIG00000035959) ENSONIG00000004236 ENSONIG00000004244 patz1 (ENSONIG00000004248) EIF4ENIF1 (ENSONIG00000004251) SFI1 (ENSONIG00000004256) sxph (ENSONIG00000004257) Midas cichlid MODERN SPECIES 1343 sirt4 (ENSACIG00000016969) sxph (ENSACIG00000016918) EIF4ENIF1 (ENSACIG00000016848) PATZ1 (ENSACIG00000016779) SLC2A11 (ENSACIG00000016741) tgfa (ENSACIG00000016584) hdhd3 (ENSACIG00000016541) trub2 (ENSACIG00000016500) ENSACIG00000016471 srsf3a (ENSACIG00000016419) fkbp5 (ENSACIG00000016383) slc6a22.1 (ENSACIG00000016350) ENSACIG00000016335 slc6a22.2 (ENSACIG00000016308) ENSACIG00000016288 ##22 ENSACIG00000016277 ##22 synprb (ENSACIG00000016263) ENSACIG00000016210 PTPRG (ENSACIG00000016138) ENSACIG00000016112 ENSACIG00000016098 ENSACIG00000016060 FAM107A (ENSACIG00000016041) CAMK1 (ENSACIG00000016025) pbrm1l (ENSACIG00000015948) stau1 (ENSACIG00000015918) ENSACIG00000015908 KCNB1 (ENSACIG00000015902) ptgis (ENSACIG00000015884) SRGAP3 (ENSACIG00000015847) OXTR (ENSACIG00000015830) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 19 PATZ1 (ENSMMDG00005005796) ENSMMDG00005005785 SLC2A11 (ENSMMDG00005005284) tgfa (ENSMMDG00005005273) hdhd3 (ENSMMDG00005005270) trub2 (ENSMMDG00005005268) srsf3a (ENSMMDG00005005266) fkbp5 (ENSMMDG00005005247) slc6a22.1 (ENSMMDG00005004379) slc6a22.2 (ENSMMDG00005004005) opn1mw1 (ENSMMDG00005003988) ##22 ENSMMDG00005014366 ##22 ENSMMDG00005014231 ##22 ENSMMDG00005014196 ##22 ENSMMDG00005014190 ##22 ENSMMDG00005014055 ##22 synprb (ENSMMDG00005013988) ENSMMDG00005013780 PTPRG (ENSMMDG00005013274) ENSMMDG00005013249 ENSMMDG00005013244 ENSMMDG00005013232 ENSMMDG00005013228 CAMK1 (ENSMMDG00005013217) pbrm1l (ENSMMDG00005012721) stau1 (ENSMMDG00005012622) ENSMMDG00005012611 ENSMMDG00005012607 KCNB1 (ENSMMDG00005012602) ptgis (ENSMMDG00005012309) SRGAP3 (ENSMMDG00005004952) Cod DUPLICATION Cod MODERN SPECIES 4 cav4a (ENSGMOG00000030221) ENSGMOG00000031309 ENSGMOG00000016745 ptgis (ENSGMOG00000016802) ENSGMOG00000028035 ENSGMOG00000016833 stau1 (ENSGMOG00000016850) pbrm1l (ENSGMOG00000016872) ENSGMOG00000016883 ENSGMOG00000016897 ENSGMOG00000017097 PTPRG (ENSGMOG00000017157) ENSGMOG00000017240 ENSGMOG00000017300 ENSGMOG00000017343 ##22 ENSGMOG00000017321 ##22 ENSGMOG00000031019 ENSGMOG00000027015 ninj1 (ENSGMOG00000017428) card19 (ENSGMOG00000017439) ENSGMOG00000028357 ENSGMOG00000023920 cacna1da (ENSGMOG00000017493) parapinopsinb (ENSGMOG00000017584) ENSGMOG00000017604 ENSGMOG00000017664 tmcc1b (ENSGMOG00000017680) ENSGMOG00000034613 ENSGMOG00000017700 rpusd4 (ENSGMOG00000017726) ENSGMOG00000036802 Cod MODERN SPECIES 4 rpusd4 (ENSGMOG00000017726) ENSGMOG00000017700 ENSGMOG00000034613 tmcc1b (ENSGMOG00000017680) ENSGMOG00000017664 ENSGMOG00000017604 parapinopsinb (ENSGMOG00000017584) cacna1da (ENSGMOG00000017493) ENSGMOG00000023920 ENSGMOG00000028357 card19 (ENSGMOG00000017439) ninj1 (ENSGMOG00000017428) ENSGMOG00000027015 ENSGMOG00000031019 ENSGMOG00000017321 ##22 ENSGMOG00000017343 ##22 ENSGMOG00000017300 ENSGMOG00000017240 PTPRG (ENSGMOG00000017157) ENSGMOG00000017097 ENSGMOG00000016897 ENSGMOG00000016883 pbrm1l (ENSGMOG00000016872) stau1 (ENSGMOG00000016850) ENSGMOG00000016833 ENSGMOG00000028035 ptgis (ENSGMOG00000016802) ENSGMOG00000016745 ENSGMOG00000031309 cav4a (ENSGMOG00000030221) ENSGMOG00000025182 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.c.b ##22 Atlantic herring MODERN SPECIES 2 ENSCHAG00000019381 macc1 (ENSCHAG00000019484) ENSCHAG00000019495 hdac9b (ENSCHAG00000019505) DEPDC7 (ENSCHAG00000019569) lin37 (ENSCHAG00000019603) ENSCHAG00000019610 ENSCHAG00000019618 hsc70 (ENSCHAG00000019635) ENSCHAG00000020007 rnf183 (ENSCHAG00000020024) dhx16 (ENSCHAG00000020072) ppt2a.2 (ENSCHAG00000020768) ENSCHAG00000020818 ENSCHAG00000020869 ENSCHAG00000021397 ##22 AIF1 (ENSCHAG00000021437) fzd6 (ENSCHAG00000021440) mc2r (ENSCHAG00000021448) ENSCHAG00000021548 ENSCHAG00000021682 ENSCHAG00000021711 ENSCHAG00000021843 ENSCHAG00000021960 agmo (ENSCHAG00000021968) crppa (ENSCHAG00000022035) etv1 (ENSCHAG00000022050) ENSCHAG00000022328 mag (ENSCHAG00000022340) ankmy2a (ENSCHAG00000000795) lsr (ENSCHAG00000001564) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00940000166668 ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT01100000263542.B.a ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.d ##22 ENSGT01030000234637.b.d.a.b ENSGT00590000083094.a.a.c.b ENSGT00940000155048.d.b ENSGT00390000005497 ENSGT00940000178103 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00390000011228.b.a.e.b ENSGT00940000156378.a.b ENSGT00390000003017.c.b ENSGT00940000157304 ENSGT00940000165342.a ENSGT00390000008325.b.a ENSGT00940000154899.fb.b ENSGT00940000158328 ENSGT00940000154899.gb Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.d ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.d ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.d ##22 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 19 zgc:112163 (ENSMMDG00005005864) sirt4 (ENSMMDG00005005860) sxph (ENSMMDG00005005844) ENSMMDG00005005828 EIF4ENIF1 (ENSMMDG00005005804) PATZ1 (ENSMMDG00005005796) ENSMMDG00005005785 SLC2A11 (ENSMMDG00005005284) tgfa (ENSMMDG00005005273) hdhd3 (ENSMMDG00005005270) trub2 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ENSIPUG00000016432 ENSIPUG00000016412 ENSIPUG00000016395 ENSIPUG00000016384 ENSIPUG00000016375 Csnk1g2 (ENSIPUG00000016316) mfsd12a (ENSIPUG00000016251) Prrx1 (ENSIPUG00000016228) kifap3b (ENSIPUG00000016067) ENSIPUG00000016042 msh5 (ENSIPUG00000016018) RH11 (ENSIPUG00000016013) ##22 ROBO1 (ENSIPUG00000015850) robo2 (ENSIPUG00000015618) ENSIPUG00000015562 ENSIPUG00000015551 ENSIPUG00000015481 stim1a (ENSIPUG00000015417) Rhog (ENSIPUG00000015404) ENSIPUG00000015385 ENSIPUG00000015338 ENSIPUG00000015316 ENSIPUG00000015304 ENSIPUG00000015284 ENSIPUG00000015276 ENSIPUG00000015268 Mrps23 (ENSIPUG00000015227) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154388 ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000159296 ENSGT00940000161061.b ENSGT00940000160058 ENSGT00390000015582 ENSGT00940000156773 ENSGT01100000263542.B.a ENSGT00940000160379 ENSGT00910000144115.a.hc.a ENSGT00940000158726 ENSGT00940000163827.a.b ENSGT00940000166826 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.a.d 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CISH (ENSCHAG00000022038) hemk1 (ENSCHAG00000022022) nprl2 (ENSCHAG00000021953) zmynd10 (ENSCHAG00000021791) ENSCHAG00000021779 RASSF1 (ENSCHAG00000021774) Atlantic herring MODERN SPECIES 21 ENSCHAG00000006535 SLC2A11 (ENSCHAG00000006356) ENSCHAG00000006339 ENSCHAG00000006317 tgfa (ENSCHAG00000006299) hdhd3 (ENSCHAG00000006288) trub2 (ENSCHAG00000006274) entpd8 (ENSCHAG00000006264) ENSCHAG00000006252 ENSCHAG00000006219 ENSCHAG00000006198 slc6a22.2 (ENSCHAG00000005445) ENSCHAG00000005367 ##22 ENSCHAG00000005251 ##22 ENSCHAG00000005223 ENSCHAG00000005015 ##22 synprb (ENSCHAG00000004740) ENSCHAG00000004724 ENSCHAG00000004662 ENSCHAG00000001407 ddi2 (ENSCHAG00000022280) ENSCHAG00000022274 wdr82 (ENSCHAG00000022046) CISH (ENSCHAG00000022038) hemk1 (ENSCHAG00000022022) nprl2 (ENSCHAG00000021953) zmynd10 (ENSCHAG00000021791) ENSCHAG00000021779 RASSF1 (ENSCHAG00000021774) tusc2a (ENSCHAG00000021763) HYAL2 (ENSCHAG00000021760) Atlantic herring MODERN SPECIES 21 ENSCHAG00000006790 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(ENSCMIG00000001059) arl8a (ENSCMIG00000001067) GPR37L1 (ENSCMIG00000001074) ENSCMIG00000001079 ENSCMIG00000001083 itpr3 (ENSCMIG00000001206) ENSCMIG00000001379 nudt3a (ENSCMIG00000001383) ENSCMIG00000001387 ENSCMIG00000001396 ENSCMIG00000001401 ENSCMIG00000001407 ENSCMIG00000001414 ENSCMIG00000001419 opn1mw3 (ENSCMIG00000001426) ##22 ENSCMIG00000001435 RNF122 (ENSCMIG00000001449) ENSCMIG00000001465 ENSCMIG00000001474 ENSCMIG00000001482 ENSCMIG00000001484 ENSCMIG00000001491 ENSCMIG00000001495 ENSCMIG00000001506 ENSCMIG00000001514 ENSCMIG00000001519 ENSCMIG00000001521 LMOD1 (ENSCMIG00000001528) timm17a (ENSCMIG00000001556) rnpep (ENSCMIG00000001620) Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 308 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000175089 ENSGT00530000063687.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 Elephant shark MODERN SPECIES 1500 tusc2a (ENSCMIG00000020083) ENSCMIG00000020084 oxtr (ENSCMIG00000020085) cav3 (ENSCMIG00000020086) cav4a (ENSCMIG00000020087) ENSCMIG00000020088 ENSCMIG00000020089 GRIP2 (ENSCMIG00000020090) sec13 (ENSCMIG00000020091) cand2 (ENSCMIG00000020092) CCDC174 (ENSCMIG00000020093) ENSCMIG00000020094 ENSCMIG00000020095 ENSCMIG00000000225 IFT122 (ENSCMIG00000000237) rho (ENSCMIG00000000254) ##22 ENSCMIG00000000328 PLXND1 (ENSCMIG00000000415) tmcc1b (ENSCMIG00000000535) abhd14a (ENSCMIG00000000546) tmem115 (ENSCMIG00000000556) CACNA2D2 (ENSCMIG00000000661) acy1 (ENSCMIG00000001032) ENSCMIG00000001047 IP6K1 (ENSCMIG00000001052) RNF123 (ENSCMIG00000001075) AMIGO3 (ENSCMIG00000001099) gmppb (ENSCMIG00000001112) abhd14b (ENSCMIG00000001132) ENSCMIG00000001144 MST1 (ENSCMIG00000001169) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000164258 ENSGT00390000015136 ENSGT00940000165132 ENSGT00390000013132 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000013951 ENSGT00940000154583 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00940000175089 ENSGT00530000063687.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00960000189798 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 Actinopterygii DUPLICATION Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT00940000155048 ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a ENSGT01030000234637.b.d.b ENSGT00390000003322 ENSGT00940000173126 ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a ENSGT00940000156409 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155820 ENSGT00550000074950 ENSGT00940000158502 ENSGT00940000158653 ENSGT00940000164303 ENSGT00390000010170.a.a ENSGT00940000162607 ENSGT00940000159882 ENSGT00940000156493 ENSGT00390000010697 ENSGT00550000074831 ENSGT00390000008631.a ENSGT00940000159731 ENSGT01020000230354.A.a ENSGT00940000156326 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00510000047967 ENSGT00940000155048.d.a ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a ENSGT00940000173126 ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155820.a ENSGT00550000074950 ENSGT00940000158502 ENSGT00940000158653 ENSGT00940000164303.b.a ENSGT00390000010170.a.a ENSGT00940000162607.b ENSGT00940000159882 ENSGT00940000156493 ENSGT00390000010697 ENSGT00550000074831.k ENSGT00390000008631.a.o.a ENSGT01020000230354.A.a.a ENSGT00940000156326.a.b ENSGT00940000165309 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 193 ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b ENSGT00940000163342.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000157898 ENSGT00390000015805.b Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.a ENSGT00940000163342.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000157898 ENSGT00390000015805.b ENSGT00940000157007.i.a 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ENSGT00940000163342.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000157898 ENSGT00390000015805.b ENSGT00940000157007.i.a ENSGT00940000157261.k.b ENSGT00550000074865 ENSGT00940000170563 ENSGT00940000165387.a ENSGT00950000182844.a.a.b ENSGT00940000154468.tb.b.b ENSGT00940000157106 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a ENSGT00940000157238.b ENSGT00390000013390 ENSGT00940000157869.e.a Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 404 ihhb (ENSHCOG00000007869) nhej1 (ENSHCOG00000007870) ENSHCOG00000007906 dnpep (ENSHCOG00000007928) tmem198b (ENSHCOG00000007941) ENSHCOG00000007980 nr2c2 (ENSHCOG00000008017) B3GALT4 (ENSHCOG00000008027) wdr46 (ENSHCOG00000008102) ENSHCOG00000008114 ENSHCOG00000008134 ogg1 (ENSHCOG00000008142) qars1 (ENSHCOG00000008150) QRICH1 (ENSHCOG00000008161) prickle2a (ENSHCOG00000008264) rho (ENSHCOG00000008782) ##22 MAGI1 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ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.a ENSGT00940000163342.b.a ENSGT00940000163342.a.b.a.b.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00940000164079 ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000157898 ENSGT00390000015805.b ENSGT00940000157007.i.a ENSGT00940000157261.k.b ENSGT00550000074865 ENSGT00940000165387.a ENSGT00950000182844.a.a.b ENSGT00940000154468.tb.b.b ENSGT00940000157106 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a ENSGT00940000157238.b ENSGT00390000013390 ENSGT00940000157869.e.a ENSGT00510000047225.b Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.a ENSGT00940000163342.b.a ENSGT00940000163342.a.b.a.b.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00940000164079 ENSGT00390000016228.b 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ENSGT00510000047225.b ENSGT00940000167624 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000166600 ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000157898 ENSGT00390000015805.b ENSGT00940000157007.i.a ENSGT00940000157261.k.b ENSGT00550000074865 ENSGT00940000165387.a ENSGT00940000154468.tb.b.b ENSGT00940000157106 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a ENSGT00940000157238.b ENSGT00390000013390 ENSGT00940000157869.e.a ENSGT00510000047225.b ENSGT00940000167624 Clown anemonefish MODERN SPECIES 1599 intu (ENSAOCG00000019137) ino80b (ENSAOCG00000019122) AADAT (ENSAOCG00000019102) mfap3l (ENSAOCG00000019054) CLCN3 (ENSAOCG00000019023) nit1 (ENSAOCG00000018937) pfdn2 (ENSAOCG00000018923) b4gat1 (ENSAOCG00000018900) six7 (ENSAOCG00000002782) zgc:101810 (ENSAOCG00000018874) QRICH1 (ENSAOCG00000018842) ENSAOCG00000018778 ENSAOCG00000018751 prickle2a (ENSAOCG00000018729) rho (ENSAOCG00000018646) ##22 MAGI1 (ENSAOCG00000018032) ren 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ENSOMYG00000038182 kctd6b (ENSOMYG00000038189) abhd6b (ENSOMYG00000038205) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000016951.e ENSGT00940000158219.a ENSGT00390000007159.d ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798.`b ENSGT00390000007075.e ENSGT00940000163342.a.b.b.e.b ENSGT00940000163342.a.b.b.e.a.b ENSGT00730000111360.a.c ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b.a ENSGT00940000153629.a.a.a.d ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000155820.b.c ENSGT00940000157898.j ENSGT00390000015805.b.d ENSGT00940000157261.k.b.c ENSGT00550000074865.j ENSGT00940000165387.a.d ENSGT00940000154468.tb.b.b.a ENSGT00940000157106 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a.c ENSGT00950000182952.C.g.a ENSGT00940000157238.b.e ENSGT00390000013390 ENSGT00940000155306.a.o.a ENSGT00940000157869.e.a ENSGT00510000047225.b Coho salmon MODERN SPECIES 16 mrps25 (ENSOKIG00005022188) trh (ENSOKIG00005022200) ENSOKIG00005022226 RBSN (ENSOKIG00005022235) nr2c2 (ENSOKIG00005022281) ENSOKIG00005023072 wdr46 (ENSOKIG00005023089) ENSOKIG00005023167 ENSOKIG00005023330 ENSOKIG00005023411 ogg1 (ENSOKIG00005023434) qars1 (ENSOKIG00005023491) QRICH1 (ENSOKIG00005025765) ENSOKIG00005006173 prickle2a (ENSOKIG00005006218) rho (ENSOKIG00005006244) ##22 MAGI1 (ENSOKIG00005006281) REN (ENSOKIG00005006402) ENSOKIG00005006474 mapkapk2b (ENSOKIG00005006524) ENSOKIG00005006940 ENSOKIG00005007249 rbm39b (ENSOKIG00005012301) pabpc1l (ENSOKIG00005012571) YWHAB (ENSOKIG00005012677) ENSOKIG00005012915 ognb (ENSOKIG00005012922) UQCC5 (ENSOKIG00005012934) ENSOKIG00005012938 kctd6b (ENSOKIG00005012943) abhd6b (ENSOKIG00005012954) Chinook salmon MODERN SPECIES 14 trh (ENSOTSG00005032366) ENSOTSG00005032370 RBSN (ENSOTSG00005032374) mrps25 (ENSOTSG00005032376) nr2c2 (ENSOTSG00005032379) B3GALT4 (ENSOTSG00005033054) wdr46 (ENSOTSG00005033056) ENSOTSG00005033134 ENSOTSG00005033167 ENSOTSG00005033168 ogg1 (ENSOTSG00005033170) qars1 (ENSOTSG00005033175) QRICH1 (ENSOTSG00005036390) ENSOTSG00005036393 prickle2a (ENSOTSG00005036394) rho (ENSOTSG00005036395) ##22 MAGI1 (ENSOTSG00005036397) ren (ENSOTSG00005036679) ENSOTSG00005037103 mapkapk2b (ENSOTSG00005037107) ENSOTSG00005037110 ENSOTSG00005037142 rbm39b (ENSOTSG00005044319) pabpc1l (ENSOTSG00005044378) YWHAB (ENSOTSG00005044379) ENSOTSG00005044381 ognb (ENSOTSG00005044382) UQCC5 (ENSOTSG00005044383) ENSOTSG00005044384 kctd6b (ENSOTSG00005044385) abhd6b (ENSOTSG00005044386) Northern pike MODERN SPECIES 11 ENSELUG00000031756 trh (ENSELUG00000023514) RBSN (ENSELUG00000023595) mrps25 (ENSELUG00000023537) ENSELUG00000031650 nr2c2 (ENSELUG00000023672) B3GALT4 (ENSELUG00000023696) wdr46 (ENSELUG00000023712) sult1st1 (ENSELUG00000023977) ENSELUG00000024008 ogg1 (ENSELUG00000024024) qars1 (ENSELUG00000024142) QRICH1 (ENSELUG00000024155) ENSELUG00000024192 prickle2a (ENSELUG00000024293) rho (ENSELUG00000024311) ##22 MAGI1 (ENSELUG00000024590) ren (ENSELUG00000024611) ENSELUG00000001787 ENSELUG00000024616 FMOD (ENSELUG00000001788) ENSELUG00000001789 eif2d (ENSELUG00000001790) ENSELUG00000001791 ENSELUG00000001793 rbm39b (ENSELUG00000001796) ENSELUG00000027816 ENSELUG00000025560 or90j1 (ENSELUG00000032119) ENSELUG00000001801 ENSELUG00000001800 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00510000047967 ENSGT00940000155048.d.a ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a ENSGT00940000164201.c.a ENSGT00940000155686 ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000155820.a ENSGT00550000074950 ENSGT00940000158502 ENSGT00940000158653 ENSGT00940000163880 ENSGT00940000155644.b.a.a ENSGT00940000156493 ENSGT00390000010697 ENSGT00550000074831.k ENSGT00940000157922.b ENSGT00940000155327.g ENSGT00940000157363 ENSGT00940000153920.b ENSGT00940000153920.a.b.b 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ENSGT00940000158653.l ENSGT00940000164303.b.a.b ENSGT00390000010170.a.a.b ENSGT00940000162607.b ENSGT00940000155644.b.a.a ENSGT00940000156493.e ENSGT00390000010697.e ENSGT00940000157922.b.e.b ENSGT00940000155327.g.a ENSGT00940000157363.i.b ENSGT00940000153920.b.d ENSGT00990000213681 Salmo ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00510000047967 ENSGT00940000155048.d.a.b ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100.d ENSGT00590000083094.a.a.c.a.n ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a.e ENSGT00940000164201.c.a.s ENSGT00940000155686 ENSGT00390000002873.fb.a ENSGT00940000157279.k ENSGT00510000046608.B.r ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b.d ENSGT00940000156409.f ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000155820.a.f.b ENSGT00550000074950.a ENSGT00940000158502.f ENSGT00940000158653.l ENSGT00940000164303.b.a.b ENSGT00390000010170.a.a.b ENSGT00940000162607.b.c ENSGT00940000159882.l.f.a ENSGT00940000156493.e ENSGT00390000010697.e ENSGT01060000253495 ENSGT00940000157922.b.e.b ENSGT00940000155327.g.a ENSGT00940000157363.i.b ENSGT00940000153920.b.d River trout MODERN SPECIES 5 ENSSTUG00000049660 fhit (ENSSTUG00000049656) ptprga (ENSSTUG00000048747) C3orf14 (ENSSTUG00000048691) fezf2 (ENSSTUG00000048682) ENSSTUG00000047683 nampt2 (ENSSTUG00000047600) ENSSTUG00000047594 mxa (ENSSTUG00000046959) ENSSTUG00000046924 ATXN7 (ENSSTUG00000046907) psmd6 (ENSSTUG00000046866) slc2a9l1 (ENSSTUG00000046802) prickle2b (ENSSTUG00000046785) ADAMTS9 (ENSSTUG00000045845) RHO (ENSSTUG00000045775) ##22 magi1b (ENSSTUG00000045570) slc25a26 (ENSSTUG00000045459) LRIG1 (ENSSTUG00000045194) kbtbd8 (ENSSTUG00000045170) ENSSTUG00000045152 suclg2 (ENSSTUG00000044590) TAFA1 (ENSSTUG00000044557) TAFA4 (ENSSTUG00000044548) EOGT (ENSSTUG00000044445) tmf1 (ENSSTUG00000044281) ENSSTUG00000044270 ENSSTUG00000044246 PRKCD (ENSSTUG00000044077) SFMBT1 (ENSSTUG00000043856) stimate (ENSSTUG00000043841) Atlantic salmon MODERN SPECIES 3 fhit (ENSSSAG00000091443) PTPRG (ENSSSAG00000066821) ENSSSAG00000098297 fezf2 (ENSSSAG00000071953) ENSSSAG00000072132 nampt2 (ENSSSAG00000077480) synpr (ENSSSAG00000085340) mx2 (ENSSSAG00000077530) ENSSSAG00000098558 thoc7 (ENSSSAG00000077684) atxn7 (ENSSSAG00000077698) psmd6 (ENSSSAG00000077709) slc2a9l1 (ENSSSAG00000077730) prickle2b (ENSSSAG00000077734) ADAMTS9 (ENSSSAG00000077769) ENSSSAG00000077893 ##22 magi1b (ENSSSAG00000078077) SAMC (ENSSSAG00000078485) LRIG1 (ENSSSAG00000078515) ENSSSAG00000087561 kbtbd8 (ENSSSAG00000078589) ENSSSAG00000078595 suclg2 (ENSSSAG00000078618) TAFA1 (ENSSSAG00000078671) tafa4b (ENSSSAG00000121989) EOGT (ENSSSAG00000078690) tmf1 (ENSSSAG00000111964) ENSSSAG00000100253 ENSSSAG00000078755 ENSSSAG00000078795 ENSSSAG00000079512 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.b ##22 Rainbow trout MODERN SPECIES 8 PTPRG (ENSOMYG00000030506) ENSOMYG00000070386 C3orf14 (ENSOMYG00000035610) fezf2 (ENSOMYG00000035616) ENSOMYG00000035992 nampt2 (ENSOMYG00000038345) SYNPR (ENSOMYG00000038398) mx 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ENSGT00940000164303.b.a ENSGT00390000010170.a.a ENSGT00940000162607.b ENSGT00940000155644.b.a.a ENSGT00940000156493 ENSGT00390000010697 ENSGT00550000074831.k Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000153920.b ENSGT00940000157363.f ENSGT00940000155327.g ENSGT00940000157922.b ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.c ##22 ENSGT00940000155820.a ENSGT00550000074950 ENSGT00940000158502 ENSGT00940000158653 ENSGT00940000164303.b.a ENSGT00390000010170.a.a ENSGT00940000162607.b ENSGT00940000159882 ENSGT00940000156493 ENSGT00390000010697 ENSGT00550000074831.k ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00390000018439 ENSGT00390000008947 ENSGT00390000016233.e.b Channel catfish MODERN SPECIES 13 tmem110 (ENSIPUG00000023613) SFMBT1 (ENSIPUG00000023595) PRKCD (ENSIPUG00000023580) ENSIPUG00000023568 c21h3orf14 (ENSIPUG00000023563) fezf2 (ENSIPUG00000023562) cadps (ENSIPUG00000023525) nampt2 (ENSIPUG00000023511) synpr (ENSIPUG00000023506) thoc7 (ENSIPUG00000023494) atxn7 (ENSIPUG00000023487) psmd6 (ENSIPUG00000023471) slc2a9l1 (ENSIPUG00000023460) prickle2 (ENSIPUG00000023453) ADAMTS9 (ENSIPUG00000023410) rhol (ENSIPUG00000022715) ##22 magi1 (ENSIPUG00000022691) slc25a26 (ENSIPUG00000022658) LRIG1 (ENSIPUG00000022644) kbtbd8 (ENSIPUG00000022640) ENSIPUG00000022630 ENSIPUG00000022626 suclg2 (ENSIPUG00000022597) TAFA1 (ENSIPUG00000022567) FAM19A4 (ENSIPUG00000022548) eogt (ENSIPUG00000022513) tmf1 (ENSIPUG00000022461) rab7a (ENSIPUG00000022445) hmces (ENSIPUG00000022435) tada3 (ENSIPUG00000022423) arpc4l (ENSIPUG00000022412) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000153920.b ENSGT00940000157363.f ENSGT00940000155327.g ENSGT00940000157922.b ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.c ##22 ENSGT00940000155820.a ENSGT00550000074950 ENSGT00940000158502 ENSGT00940000158653 ENSGT00940000164303.b.a ENSGT00390000010170.a.a ENSGT00940000162607.b ENSGT00940000155644.b.a.a ENSGT00940000156493 ENSGT00390000010697 ENSGT00550000074831.k ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00390000018439 ENSGT00390000008947 ENSGT00390000016233.e.b Characoidei ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000157363.f ENSGT00940000155327.g ENSGT00940000157922.b ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173.h ENSGT00940000166173.g ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.c ##22 ENSGT00940000155820.a ENSGT00550000074950 ENSGT00940000158502 ENSGT00940000158653 ENSGT00940000164303.b.a ENSGT00390000010170.a.a ENSGT00940000163880 ENSGT00940000159882 ENSGT00940000156493 ENSGT00390000010697 ENSGT00550000074831.k ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00390000018439 ENSGT00390000008947 ENSGT00390000016233.e.b Mexicana tetra MODERN SPECIES 14 ENSAMXG00000014950 nampt2 (ENSAMXG00000014630) SYNPR (ENSAMXG00000033187) ENSAMXG00000040770 thoc7 (ENSAMXG00000014367) ATXN7 (ENSAMXG00000014312) psmd6 (ENSAMXG00000014223) slc2a9l1 (ENSAMXG00000043633) slc2a9l1 (ENSAMXG00000018046) ENSAMXG00000032656 ENSAMXG00000035712 prickle2b (ENSAMXG00000009231) ENSAMXG00000035440 ENSAMXG00000038363 ADAMTS9 (ENSAMXG00000009208) rhol (ENSAMXG00000024894) ##22 magi1b (ENSAMXG00000009203) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 6 C3orf14 (ENSPNAG00000013651) fezf2 (ENSPNAG00000002872) ENSPNAG00000013996 nampt2 (ENSPNAG00000014075) SYNPR (ENSPNAG00000014106) thoc7 (ENSPNAG00000003038) ATXN7 (ENSPNAG00000014199) psmd6 (ENSPNAG00000003057) slc2a9l1 (ENSPNAG00000014276) slc2a9l1 (ENSPNAG00000014307) slc2a9l1 (ENSPNAG00000014345) slc2a9l1 (ENSPNAG00000014380) ENSPNAG00000014405 prickle2b (ENSPNAG00000014453) ADAMTS9 (ENSPNAG00000014476) rhol (ENSPNAG00000014670) ##22 magi1b (ENSPNAG00000014718) slc25a26 (ENSPNAG00000014744) LRIG1 (ENSPNAG00000014762) ENSPNAG00000014775 kbtbd8 (ENSPNAG00000007189) ENSPNAG00000014813 suclg2 (ENSPNAG00000014836) ENSPNAG00000003282 ENSPNAG00000003293 TAFA4 (ENSPNAG00000003303) EOGT (ENSPNAG00000006724) tmf1 (ENSPNAG00000015005) uba3 (ENSPNAG00000015103) rab7a (ENSPNAG00000015164) hmces (ENSPNAG00000005410) Electric eel MODERN SPECIES 242 ENSEEEG00000011192 ENSEEEG00000011240 SPHK1 (ENSEEEG00000011242) ENSEEEG00000011244 rhol (ENSEEEG00000011249) ##22 magi1b (ENSEEEG00000011377) slc25a26 (ENSEEEG00000011400) LRIG1 (ENSEEEG00000011403) kbtbd8 (ENSEEEG00000011407) ENSEEEG00000011409 suclg2 (ENSEEEG00000011449) TAFA1 (ENSEEEG00000011454) tafa4b (ENSEEEG00000011467) EOGT (ENSEEEG00000011470) tmf1 (ENSEEEG00000011481) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159688 ENSGT00390000011620.a.a.b.e ENSGT00940000158073.b ENSGT00390000018730.A.f ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a.c ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.c ##22 ENSGT00940000155820.a ENSGT00390000011648.b ENSGT00950000182835.d.a.k.a ENSGT00940000161109 ENSGT00950000183021.a.b.d ENSGT00940000154897.r ENSGT00940000155532 ENSGT00940000157922.b ENSGT00940000155327.g ENSGT00940000157363 ENSGT00940000153920.b ENSGT00940000153920.a.b.b ENSGT00940000155189.pb.a ENSGT01030000234812 ENSGT00730000111360.b Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 520 ENSGT00940000153456.b.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a.c.a.b ENSGT00390000002873.eb ENSGT00940000157279.x ENSGT00510000046608.B.i ENSGT00940000166173.k 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ENSGT00950000182835.d.a.k.a.a ENSGT00940000161109.q ENSGT00950000183021.a.b.d.a ENSGT00940000154897.r.a ENSGT00940000155532.ke.a ENSGT01030000234812.c.a ENSGT00940000157922.b.d ENSGT00940000155327.g.h ENSGT00940000157363.d ENSGT00940000153920.b.f ENSGT00940000163969.A.c.b ENSGT00940000155189.pb.a.d.b ENSGT01030000234812.d Golden-line barbel MODERN SPECIES 1 fmoda (ENSSGRG00000046209) slc6a14 (ENSSGRG00000046210) ENSSGRG00000046212 cdh4 (ENSSGRG00000046225) ENSSGRG00000047042 C3orf14 (ENSSGRG00000047044) fezf2 (ENSSGRG00000047045) ENSSGRG00000047060 nampt2 (ENSSGRG00000049206) SYNPR (ENSSGRG00000049398) thoc7 (ENSSGRG00000049402) ATXN7 (ENSSGRG00000049405) psmd6 (ENSSGRG00000049410) prickle2b (ENSSGRG00000049467) ADAMTS9 (ENSSGRG00000049470) rhol (ENSSGRG00000049473) ##22 magi1b (ENSSGRG00000049475) phtf1 (ENSSGRG00000049523) PFKFB2 (ENSSGRG00000049546) id1 (ENSSGRG00000049547) NCOA3 (ENSSGRG00000049548) ZMYND8 (ENSSGRG00000049570) dido1 (ENSSGRG00000050399) Goldfish MODERN SPECIES 29 fmoda (ENSCARG00000028990) slc6a14 (ENSCARG00000029024) cdh4 (ENSCARG00000029449) ENSCARG00000035665 ENSCARG00000035682 C3orf14 (ENSCARG00000035736) fezf2 (ENSCARG00000035746) ENSCARG00000035868 nampt2 (ENSCARG00000036768) SYNPR (ENSCARG00000036815) thoc7 (ENSCARG00000036830) ATXN7 (ENSCARG00000036875) psmd6 (ENSCARG00000036886) prickle2b (ENSCARG00000037057) ADAMTS9 (ENSCARG00000037338) rhol (ENSCARG00000038606) ##22 magi1b (ENSCARG00000038632) phtf1 (ENSCARG00000038765) ENSCARG00000038851 id1 (ENSCARG00000038860) NCOA3 (ENSCARG00000038885) ZMYND8 (ENSCARG00000039082) dido1 (ENSCARG00000045186) ENSCARG00000045211 ENSCARG00000045234 ENSCARG00000045309 PRKCD (ENSCARG00000045393) SFMBT1 (ENSCARG00000046287) stimate (ENSCARG00000046590) ENSCARG00000046739 ENSCARG00000046745 Zebrafish MODERN SPECIES 2 ENSDARG00000103677 ENSDARG00000068192 cdh4 (ENSDARG00000015002) ogfr2 (ENSDARG00000024815) fezf2 (ENSDARG00000070677) C11H3orf14 (ENSDARG00000086324) ENSDARG00000043661 nampt2 (ENSDARG00000027183) SYNPR (ENSDARG00000037587) thoc7 (ENSDARG00000015394) ATXN7 (ENSDARG00000074804) psmd6 (ENSDARG00000070674) slc2a9l1 (ENSDARG00000070672) prickle2b (ENSDARG00000037593) adamts9 (ENSDARG00000077778) rhol (ENSDARG00000070666) ##22 magi1b (ENSDARG00000003169) phtf1 (ENSDARG00000057708) PFKFB2 (ENSDARG00000002037) id1 (ENSDARG00000040764) NCOA3 (ENSDARG00000077404) ZMYND8 (ENSDARG00000007601) dido1 (ENSDARG00000057940) ENSDARG00000088801 PRKCD (ENSDARG00000070651) SFMBT1 (ENSDARG00000109830) stimate (ENSDARG00000013694) mustn1b (ENSDARG00000089086) tmcc1b (ENSDARG00000060954) ENSDARG00000116193 ENSDARG00000113425 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00510000047967 ENSGT00940000155048.d.a ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279 ENSGT00510000046608.B ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 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(ENSCHAG00000025288) EOGT (ENSCHAG00000025205) tmf1 (ENSCHAG00000024737) uba3 (ENSCHAG00000024652) ENSCHAG00000024610 PRKCD (ENSCHAG00000024129) SFMBT1 (ENSCHAG00000023789) stimate (ENSCHAG00000023699) mustn1b (ENSCHAG00000023683) ITIH3 (ENSCHAG00000022080) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.a.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000157898 ENSGT00390000015805.b ENSGT00940000154468.tb.b.b ENSGT00950000182844.a.a.b ENSGT00940000165387.a ENSGT00940000170563 ENSGT00550000074865 ENSGT00940000157261.k.b Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 285 ENSGT00730000111482 ENSGT00390000017213.B ENSGT00940000155229 ENSGT00940000161602.n.a ENSGT00940000161602.m ENSGT00940000160408 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000157898 ENSGT00390000015805.b ENSGT00950000182944.B.a ENSGT00940000154468.tb.b.b ENSGT00950000182844.a.a.b ENSGT00940000165387.a ENSGT00550000074865 ENSGT00940000157261.k.b ENSGT00940000157007.i.a Denticle herring MODERN SPECIES 1 ENSDCDG00000028998 CDH4 (ENSDCDG00000025404) TAF4 (ENSDCDG00000025155) lsm14b (ENSDCDG00000025151) ENSDCDG00000025143 SS18L1 (ENSDCDG00000025139) MTG2 (ENSDCDG00000025136) her3 (ENSDCDG00000025135) GPR153 (ENSDCDG00000025132) acot7 (ENSDCDG00000025020) hes2.2 (ENSDCDG00000025002) espn (ENSDCDG00000024995) qars1 (ENSDCDG00000024876) QRICH1 (ENSDCDG00000024832) prickle2a (ENSDCDG00000024823) rho (ENSDCDG00000024819) ##22 ENSDCDG00000024817 ENSDCDG00000024815 MAGI1 (ENSDCDG00000023403) ren (ENSDCDG00000023354) csf1b (ENSDCDG00000023348) ENSDCDG00000023344 neu4 (ENSDCDG00000023253) rbm39b (ENSDCDG00000023139) rh50 (ENSDCDG00000023117) ENSDCDG00000023107 ENSDCDG00000022663 eif2d (ENSDCDG00000022643) mapkapk2b (ENSDCDG00000022612) FMOD (ENSDCDG00000022475) pabpc1l (ENSDCDG00000022431) Atlantic herring MODERN SPECIES 20 HCK (ENSCHAG00000026993) gata5 (ENSCHAG00000026919) ENSCHAG00000026911 ENSCHAG00000026909 her3 (ENSCHAG00000026907) GPR153 (ENSCHAG00000026905) acot7 (ENSCHAG00000026796) hes2.2 (ENSCHAG00000026777) HES2 (ENSCHAG00000026775) espn (ENSCHAG00000026767) qars1 (ENSCHAG00000026024) ENSCHAG00000025895 ENSCHAG00000025886 ENSCHAG00000025879 ENSCHAG00000025875 rho (ENSCHAG00000025873) ##22 MAGI1 (ENSCHAG00000025774) tbc1d25 (ENSCHAG00000025739) nt5dc2 (ENSCHAG00000025665) ccdc22 (ENSCHAG00000025621) slc38a5b (ENSCHAG00000024776) wasb (ENSCHAG00000024714) sema3gb (ENSCHAG00000023679) ENSCHAG00000023582 gpr173 (ENSCHAG00000023579) suv39h1a (ENSCHAG00000023568) ENSCHAG00000023563 porcnl (ENSCHAG00000023537) PDZD4 (ENSCHAG00000023531) IQSEC2 (ENSCHAG00000023492) ENSCHAG00000023482 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 434 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 285 ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 1082 ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b.e Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 649 ENSCARG00000027345 PTCHD3 (ENSCARG00000027334) ENSCARG00000027322 prickle2a (ENSCARG00000027298) rho (ENSCARG00000027276) ##22 MAGI1 (ENSCARG00000026617) RHO (ENSCARG00000026550) ##22 PLXND1 (ENSCARG00000026310) Goldfish MODERN SPECIES 2005 ENSCARG00000042071 rho (ENSCARG00000042045) ##22 ENSCARG00000042039 ENSCARG00000042028 MAGI1 (ENSCARG00000041790) ENSCARG00000041730 ENSCARG00000041721 IFT122 (ENSCARG00000040431) exorh (ENSCARG00000040341) ##22 ENSCARG00000040325 ENSCARG00000040318 ENSCARG00000040307 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 760 ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b.e Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 23 ENSCCRG00000070557 ENSCCRG00000075842 prickle2a (ENSCCRG00000038149) ENSCCRG00000057393 ENSCCRG00000054567 rho (ENSCCRG00000009712) ##22 ENSCCRG00000031669 ENSCCRG00000065954 ENSCCRG00000072229 exorh (ENSCCRG00000020764) ##22 PLXND1 (ENSCCRG00000062039) TMCC1 (ENSCCRG00000063241) ENSCCRG00000052417 ENSCCRG00000067391 ENSCCRG00000077981 ENSCCRG00000062721 trh (ENSCCRG00000045246) ENSCCRG00000045252 ENSCCRG00000010514 ENSCCRG00000028830 ENSCCRG00000075920 Common carp reference MODERN SPECIES 17 ENSCCRG00000058174 ##22 ENSCCRG00000053638 ENSCCRG00000066059 ENSCCRG00000065980 IFT122 (ENSCCRG00000064748) exorh (ENSCCRG00000075419) ##22 PLXND1 (ENSCCRG00000020744) TMCC1 (ENSCCRG00000079068) trh (ENSCCRG00000010511) ENSCCRG00000010512 ENSCCRG00000015060 ENSCCRG00000072902 ENSCCRG00000080063 ENSCCRG00000038260 ENSCCRG00000050892 ENSCCRG00000065129 Golden-line barbel MODERN SPECIES 3931 rho (ENSSGRG00000008596) ##22 Zebrafish MODERN SPECIES 23 exorh (ENSDARG00000111860) ##22 ENSDARG00000086057 TMCC1 (ENSDARG00000076747) trh (ENSDARG00000006868) ENSDARG00000110298 CRELD1 (ENSDARG00000006990) ENSDARG00000105863 BRPF1 (ENSDARG00000103665) prickle2a (ENSDARG00000020982) rho (ENSDARG00000002193) ##22 MAGI1 (ENSDARG00000070145) ENSDARG00000099650 SLC35E2B (ENSDARG00000109717) cdk11b (ENSDARG00000102546) MMP23B (ENSDARG00000043079) ubiad1 (ENSDARG00000013009) mib2 (ENSDARG00000103609) BSN (ENSDARG00000111110) ENSDARG00000008703 tlr9 (ENSDARG00000044490) wnt5a (ENSDARG00000104973) lrtm1 (ENSDARG00000098742) CACNA2D3 (ENSDARG00000106018) parapinopsina (ENSDARG00000116976) selenok (ENSDARG00000100823) Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00940000157794 ENSGT00940000157161.a.b ENSGT01030000235645 ENSGT00940000159597 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000158097 ENSGT00390000012439 ENSGT00940000161187 ENSGT00940000158459 ENSGT00940000159351 ENSGT00520000060938 ENSGT00390000013792 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000160122 ENSGT00900000141054 ENSGT01000000214413.b.a.b.b.a ENSGT00940000155552.r ENSGT00940000158818 ENSGT00940000154839.A ENSGT00920000150085 ENSGT00530000063260 ENSGT01030000235284 ENSGT00390000001763 ENSGT00390000016119 ENSGT01100000263502.A.b.a.a ENSGT00940000155766.a ENSGT00940000158933 Channel catfish MODERN SPECIES 24 ENSIPUG00000023557 ENSIPUG00000023564 susd3 (ENSIPUG00000023585) fgd3 (ENSIPUG00000023591) BICD2 (ENSIPUG00000023601) mib2 (ENSIPUG00000023607) ubiad1 (ENSIPUG00000023631) mmp23b (ENSIPUG00000023634) cdk11b (ENSIPUG00000023640) SLC35E2B (ENSIPUG00000023657) ENSIPUG00000023663 nadk (ENSIPUG00000024154) ENSIPUG00000024161 ENSIPUG00000024164 prickle2a (ENSIPUG00000024167) rho (ENSIPUG00000024180) ##22 MAGI1 (ENSIPUG00000024280) gabrd (ENSIPUG00000024293) cfap74 (ENSIPUG00000024295) gnb1a (ENSIPUG00000024302) tkt (ENSIPUG00000024304) dcp1a (ENSIPUG00000024374) CACNA1D (ENSIPUG00000024379) chdh (ENSIPUG00000024382) ENSIPUG00000024383 actr8 (ENSIPUG00000024385) selenok (ENSIPUG00000024390) KCNJ1 (ENSIPUG00000024391) parapinopsina (ENSIPUG00000024392) CACNA2D3 (ENSIPUG00000024489) LRTM1 (ENSIPUG00000024506) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 68 ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000168452 ENSGT00940000159597 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000158097 ENSGT00390000012439 ENSGT00940000161187 ENSGT00940000158459 ENSGT00940000159351 ENSGT00520000060938 ENSGT00390000013792 ENSGT00940000155241.c ENSGT00390000016228.b ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000160122 ENSGT00900000141054 ENSGT01000000214413.b.a.b.b.a ENSGT00940000155552.r ENSGT00940000158818 ENSGT00940000154839.A ENSGT00920000150085 ENSGT00530000063260 ENSGT01030000235284 ENSGT00390000001763 ENSGT00390000016119 ENSGT01100000263502.A.b.a.a ENSGT00940000158933 ENSGT00940000155766.a Characoidei ANCESTRAL SPECIES 114 ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000168452 ENSGT00940000159597 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000158097 ENSGT00390000012439 ENSGT00940000161187 ENSGT00940000158459 ENSGT00940000159351 ENSGT00520000060938 ENSGT00390000013792 ENSGT00940000155241.c ENSGT00940000153629.a.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000155820.b ENSGT00940000160122 ENSGT00900000141054 ENSGT01000000214413.b.a.b.b.a ENSGT00940000155552.r ENSGT00940000158818 ENSGT00940000154839.A ENSGT00920000150085 ENSGT00530000063260 ENSGT01030000235284 ENSGT00390000001763 ENSGT00390000016119 ENSGT00940000163205.c ENSGT01100000263502.A.b.a.a ENSGT00940000155766.a Mexicana tetra MODERN SPECIES 21 FGD3 (ENSAMXG00000015438) BICD2 (ENSAMXG00000015418) ENSAMXG00000026348 ENSAMXG00000037634 ENSAMXG00000031961 ENSAMXG00000043825 mib2 (ENSAMXG00000015366) ubiad1 (ENSAMXG00000029286) MMP23B (ENSAMXG00000015304) cdk11b (ENSAMXG00000015292) SLC35E2B (ENSAMXG00000041242) ENSAMXG00000015254 nadka (ENSAMXG00000038095) QRICH1 (ENSAMXG00000015226) prickle2a (ENSAMXG00000015173) rho (ENSAMXG00000026346) ##22 MAGI1 (ENSAMXG00000015135) GABRD (ENSAMXG00000015087) ENSAMXG00000015017 gnb1a (ENSAMXG00000014987) ENSAMXG00000033276 TKT (ENSAMXG00000014979) ENSAMXG00000029751 dcp1a (ENSAMXG00000014974) CACNA1D (ENSAMXG00000014965) ENSAMXG00000035781 CHDH (ENSAMXG00000014958) ENSAMXG00000042027 actr8 (ENSAMXG00000014954) selenok (ENSAMXG00000014949) gstt1a (ENSAMXG00000014946) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 881 QRICH1 (ENSPNAG00000024390) prickle2a (ENSPNAG00000024417) rho (ENSPNAG00000004073) ##22 Electric eel MODERN SPECIES 232 ENSEEEG00000002097 FGD3 (ENSEEEG00000002017) ENSEEEG00000002015 BICD2 (ENSEEEG00000002007) mib2 (ENSEEEG00000001971) ubiad1 (ENSEEEG00000001958) MMP23B (ENSEEEG00000001951) cdk11b (ENSEEEG00000001930) SLC35E2B (ENSEEEG00000001928) ENSEEEG00000001925 nadka (ENSEEEG00000001700) QRICH1 (ENSEEEG00000001680) ENSEEEG00000001677 prickle2a (ENSEEEG00000001674) rho (ENSEEEG00000001671) ##22 MAGI1 (ENSEEEG00000001668) GABRD (ENSEEEG00000001664) ENSEEEG00000001662 gnb1a (ENSEEEG00000001623) dcp1a (ENSEEEG00000001619) CHDH (ENSEEEG00000001615) ENSEEEG00000001613 actr8 (ENSEEEG00000001612) selenok (ENSEEEG00000001610) ENSEEEG00000001603 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00950000183004.a.a.b ENSGT00510000047967 ENSGT00940000155048.d.a ENSGT00390000005214 ENSGT00940000160100 ENSGT00590000083094.a.a.c.a ENSGT00940000153456.b.b ENSGT01030000234637.b.d.a.a.a ENSGT00940000173126 ENSGT00390000002873 ENSGT00940000157279.i ENSGT00510000046608.B.s ENSGT00940000166173 ENSGT00940000153629.a.a.b ENSGT00940000156409 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193 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00730000111286 ENSGT00940000160255 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT00960000189798 ENSGT00930000152979 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b ENSGT00940000163342.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT00390000005874.i ENSGT00940000155514.d ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000168503.B ENSGT00730000111286 ENSGT00940000160255 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT00960000189798 ENSGT00930000152979 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.a.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c Otophysi ANCESTRAL SPECIES 220 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000168503.B ENSGT00730000111286 ENSGT00940000160255 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT00960000189798 ENSGT00930000152979 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.a.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00930000151037 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00940000159351 ENSGT00940000158459 ENSGT00940000161187 ENSGT00390000012439 ENSGT00940000158097 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT01030000235645 ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000168503.B ENSGT00940000160255 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.a.b.b ENSGT00940000163342.a.a.b.a ENSGT00940000163342.a.a.a ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00930000151037 Channel catfish MODERN SPECIES 24 cdk11b (ENSIPUG00000023640) mmp23b (ENSIPUG00000023634) ubiad1 (ENSIPUG00000023631) mib2 (ENSIPUG00000023607) BICD2 (ENSIPUG00000023601) fgd3 (ENSIPUG00000023591) susd3 (ENSIPUG00000023585) ENSIPUG00000023564 ENSIPUG00000023557 brpf1 (ENSIPUG00000023545) ENSIPUG00000023537 ENSIPUG00000023536 Creld1 (ENSIPUG00000023523) ENSIPUG00000023518 ift122 (ENSIPUG00000023491) exorh (ENSIPUG00000022599) ##22 plxnd1 (ENSIPUG00000022519) tmcc1 (ENSIPUG00000022503) trh (ENSIPUG00000022493) mrps25 (ENSIPUG00000022462) nr2c2 (ENSIPUG00000022437) ENSIPUG00000022431 wdr46 (ENSIPUG00000022420) st1s3 (ENSIPUG00000022384) ENSIPUG00000022375 ENSIPUG00000022361 ENSIPUG00000022192 ENSIPUG00000022172 prrt3 (ENSIPUG00000022168) Ogg1 (ENSIPUG00000022146) qars1 (ENSIPUG00000022101) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 68 ENSGT00940000161187 ENSGT00390000012439 ENSGT00940000158097 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000168503.B ENSGT00940000160255 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.a.b.a.a ENSGT00940000163342.a.a.b.a.b.a.a ENSGT00940000163342.a.a.a ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00930000151037 Electric eel MODERN SPECIES 382 IFT122 (ENSEEEG00000000912) exorh (ENSEEEG00000000876) ##22 PLXND1 (ENSEEEG00000000830) TMCC1 (ENSEEEG00000000801) RBSN (ENSEEEG00000000780) mrps25 (ENSEEEG00000000773) nr2c2 (ENSEEEG00000000716) ENSEEEG00000000697 wdr46 (ENSEEEG00000000550) ENSEEEG00000000522 ENSEEEG00000000507 ENSEEEG00000000489 ENSEEEG00000000457 ENSEEEG00000000443 ogg1 (ENSEEEG00000000432) qars1 (ENSEEEG00000000275) angptl7 (ENSEEEG00000021451) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 114 ENSGT00940000161187 ENSGT00390000012439 ENSGT00940000158097 ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000168503.B ENSGT00940000160255 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.a.b.a.a.a Red-bellied piranha MODERN SPECIES 113 ENSPNAG00000008018 ENSPNAG00000000581 BRPF1 (ENSPNAG00000007904) ENSPNAG00000007881 ENSPNAG00000007864 CRELD1 (ENSPNAG00000007855) ENSPNAG00000000509 IFT122 (ENSPNAG00000007835) exorh (ENSPNAG00000000255) ##22 PLXND1 (ENSPNAG00000007399) TMCC1 (ENSPNAG00000007398) trh (ENSPNAG00000007396) RBSN (ENSPNAG00000000161) mrps25 (ENSPNAG00000000160) nr2c2 (ENSPNAG00000007395) B3GALT4 (ENSPNAG00000007394) wdr46 (ENSPNAG00000007393) ENSPNAG00000000159 ENSPNAG00000007392 ENSPNAG00000007391 ENSPNAG00000000158 ENSPNAG00000007390 ENSPNAG00000029502 ENSPNAG00000029498 Mexicana tetra MODERN SPECIES 21 snrnp200 (ENSAMXG00000005684) DTX1 (ENSAMXG00000035252) ENSAMXG00000005777 tssk6 (ENSAMXG00000021341) tssk6 (ENSAMXG00000031512) dgcr6 (ENSAMXG00000039795) ENSAMXG00000033873 ENSAMXG00000030759 ENSAMXG00000039873 ENSAMXG00000037200 LRRTM4 (ENSAMXG00000019110) ENSAMXG00000037733 CRELD1 (ENSAMXG00000036937) ENSAMXG00000017271 IFT122 (ENSAMXG00000017213) exorh (ENSAMXG00000017182) ##22 PLXND1 (ENSAMXG00000017099) TMCC1 (ENSAMXG00000034799) trh (ENSAMXG00000029674) RBSN (ENSAMXG00000019879) mrps25 (ENSAMXG00000019894) nr2c2 (ENSAMXG00000019916) B3GALT4 (ENSAMXG00000024986) wdr46 (ENSAMXG00000019928) ENSAMXG00000014616 ENSAMXG00000003670 BRPF1 (ENSAMXG00000003661) WNK2 (ENSAMXG00000003641) ENSAMXG00000003632 NINJ1 (ENSAMXG00000032325) ENSAMXG00000041555 Cyprinoidei DUPLICATION Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 175 ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.a ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.h ENSGT00960000189798 ENSGT00930000152979 ENSGT01020000230394.e.b.a.g ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00940000160255.k ENSGT00730000111286 ENSGT00940000175110 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000157794 ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000168452 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 613 ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.a ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.g.a ENSGT00940000155189.pb.b.d.a ENSGT01020000230394.e.b.a.h ENSGT00940000155189.pb.b.c ENSGT00390000016951.c ENSGT00940000160255.k.a ENSGT00940000161421.s ENSGT00940000157161.a.b.c ENSGT00940000168452.c ENSGT00940000159597.b ENSGT00940000159351.c.a ENSGT00940000158459.o ENSGT00940000161187.f ENSGT00940000158097.j Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 2005 ENSCARG00000042071 rho (ENSCARG00000042045) ##22 ENSCARG00000042039 ENSCARG00000042028 MAGI1 (ENSCARG00000041790) ENSCARG00000041730 ENSCARG00000041721 IFT122 (ENSCARG00000040431) exorh (ENSCARG00000040341) ##22 ENSCARG00000040325 ENSCARG00000040318 ENSCARG00000040307 Goldfish MODERN SPECIES 649 ENSCARG00000027345 PTCHD3 (ENSCARG00000027334) ENSCARG00000027322 prickle2a (ENSCARG00000027298) rho (ENSCARG00000027276) ##22 MAGI1 (ENSCARG00000026617) RHO (ENSCARG00000026550) ##22 PLXND1 (ENSCARG00000026310) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 438 ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.a ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.g.a ENSGT00940000155189.pb.b.d.a ENSGT01020000230394.e.b.a.h ENSGT00940000155189.pb.b.c ENSGT00390000016951.c ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00940000160255.k.b ENSGT00730000111286 ENSGT00940000161421.t ENSGT00940000157794 ENSGT00940000179763 ENSGT00940000158892.b.i.b.b ENSGT00940000168452.c ENSGT00940000159597.b ENSGT00940000159351.d Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 17 ENSCCRG00000058174 ##22 ENSCCRG00000053638 ENSCCRG00000066059 ENSCCRG00000065980 IFT122 (ENSCCRG00000064748) exorh (ENSCCRG00000075419) ##22 PLXND1 (ENSCCRG00000020744) TMCC1 (ENSCCRG00000079068) trh (ENSCCRG00000010511) ENSCCRG00000010512 ENSCCRG00000015060 ENSCCRG00000072902 ENSCCRG00000080063 ENSCCRG00000038260 ENSCCRG00000050892 ENSCCRG00000065129 ENSCCRG00000054980 ENSCCRG00000033063 ENSCCRG00000033067 SLC35E2B (ENSCCRG00000042957) ENSCCRG00000075588 Common carp reference MODERN SPECIES 23 ENSCCRG00000070557 ENSCCRG00000075842 prickle2a (ENSCCRG00000038149) ENSCCRG00000057393 ENSCCRG00000054567 rho (ENSCCRG00000009712) ##22 ENSCCRG00000031669 ENSCCRG00000065954 ENSCCRG00000072229 exorh (ENSCCRG00000020764) ##22 PLXND1 (ENSCCRG00000062039) TMCC1 (ENSCCRG00000063241) ENSCCRG00000052417 ENSCCRG00000067391 ENSCCRG00000077981 ENSCCRG00000062721 trh (ENSCCRG00000045246) ENSCCRG00000045252 ENSCCRG00000010514 ENSCCRG00000028830 ENSCCRG00000075920 ENSCCRG00000052810 ENSCCRG00000054181 ENSCCRG00000054242 ENSCCRG00000028837 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 353 prickle2a (ENSSGRG00000049094) ENSSGRG00000049095 MAGI1 (ENSSGRG00000049096) IFT122 (ENSSGRG00000049101) exorh (ENSSGRG00000049458) ##22 PLXND1 (ENSSGRG00000049474) ENSSGRG00000049476 ENSSGRG00000049477 TMCC1 (ENSSGRG00000049479) ENSSGRG00000049482 ENSSGRG00000049483 CRELD1 (ENSSGRG00000049484) ENSSGRG00000049491 BRPF1 (ENSSGRG00000049496) ENSSGRG00000049499 ENSSGRG00000049506 ENSSGRG00000049508 ENSSGRG00000049510 ENSSGRG00000049511 Golden-line barbel MODERN SPECIES 3090 exorh (ENSSGRG00000001410) ##22 ENSSGRG00000001407 ENSSGRG00000001401 Zebrafish MODERN SPECIES 23 exorh (ENSDARG00000111860) ##22 ENSDARG00000086057 TMCC1 (ENSDARG00000076747) trh (ENSDARG00000006868) ENSDARG00000110298 CRELD1 (ENSDARG00000006990) ENSDARG00000105863 BRPF1 (ENSDARG00000103665) prickle2a (ENSDARG00000020982) rho (ENSDARG00000002193) ##22 MAGI1 (ENSDARG00000070145) ENSDARG00000099650 SLC35E2B (ENSDARG00000109717) cdk11b (ENSDARG00000102546) MMP23B (ENSDARG00000043079) ubiad1 (ENSDARG00000013009) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.b ##22 Zebrafish MODERN SPECIES 976 RHO (ENSDARG00000103574) ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 154 ENSGT00720000108866 ENSGT00490000043380.b ENSGT01100000263545.a.b.c.b ENSGT00940000167348 ENSGT00940000164142 ENSGT00940000156300.l ENSGT01090000261049 ENSGT00940000155769.`b.a ENSGT00390000005874.i ENSGT00940000155514.d ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00940000156963.a.a ENSGT00390000006813 ENSGT00940000164642 ENSGT00940000163342.a.a.a ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.a.b.e ENSGT00940000163873.c.a ENSGT00940000155615.i.b Atlantic herring MODERN SPECIES ENSCHAG00000027460 ENSCHAG00000027436 ccnf (ENSCHAG00000027357) ABCA3 (ENSCHAG00000026851) actr5 (ENSCHAG00000026751) SLC32A1 (ENSCHAG00000026750) ENSCHAG00000026748 atp5f1e (ENSCHAG00000026747) ENSCHAG00000026729 ENSCHAG00000026723 GNAS (ENSCHAG00000026666) VAPB (ENSCHAG00000026656) DCAF1 (ENSCHAG00000026637) DOCK3 (ENSCHAG00000025595) IFT122 (ENSCHAG00000024796) exorh (ENSCHAG00000024744) ##22 PLXND1 (ENSCHAG00000024489) TMCC1 (ENSCHAG00000024474) trh (ENSCHAG00000024472) ENSCHAG00000024394 cs (ENSCHAG00000024358) ENSCHAG00000024341 ENSCHAG00000024336 ogg1 (ENSCHAG00000024331) nr2c2 (ENSCHAG00000024228) ENSCHAG00000024212 wdr46 (ENSCHAG00000024207) sult1st3 (ENSCHAG00000024205) ssuh2rs1 (ENSCHAG00000024187) grip2a (ENSCHAG00000023254) slc6a6a (ENSCHAG00000022868) Denticle herring MODERN SPECIES 17 HSPA2 (ENSDCDG00000012196) ENSDCDG00000012201 pitpnbl (ENSDCDG00000012215) cabp5b (ENSDCDG00000012274) sun1b (ENSDCDG00000012310) actr5 (ENSDCDG00000012348) SLC32A1 (ENSDCDG00000012356) ENSDCDG00000012366 atp5f1e (ENSDCDG00000012392) ENSDCDG00000012412 GNAS (ENSDCDG00000012458) ENSDCDG00000012506 VAPB (ENSDCDG00000012511) DCAF1 (ENSDCDG00000012534) IFT122 (ENSDCDG00000013175) RHO (ENSDCDG00000016639) ##22 PLXND1 (ENSDCDG00000016646) TMCC1 (ENSDCDG00000016677) ENSDCDG00000016678 ENSDCDG00000016690 cs (ENSDCDG00000018730) ENSDCDG00000020100 ENSDCDG00000020110 ogg1 (ENSDCDG00000020113) nr2c2 (ENSDCDG00000020122) B3GALT4 (ENSDCDG00000020152) ENSDCDG00000020157 ENSDCDG00000020167 ENSDCDG00000020169 ENSDCDG00000020171 ENSDCDG00000020174 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000164112.a ENSGT00530000064244.a ENSGT00940000156915.f.a ENSGT00390000009491.d ENSGT00940000156047.b ENSGT00940000158523.c.a ENSGT00940000162955 ENSGT00940000179763 ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00730000111286 ENSGT00940000160255 ENSGT00660000097455 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT00930000152979 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.a ENSGT00940000163342.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000162955 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00730000111286 ENSGT00940000160255 ENSGT00660000097455 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT00930000152979 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.a ENSGT00940000163342.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000162955 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 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ENSKMAG00000015568 ENSKMAG00000015654 ENSKMAG00000015676 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000162955 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00730000111286 ENSGT00940000160255 ENSGT00660000097455 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT00930000152979 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT01100000263573.b.b ENSGT01030000234515.a.a.a.l ENSGT00940000167624 ENSGT00510000047225.b ENSGT00940000157869.e.a ENSGT00390000013390 ENSGT00940000157238.b ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a ENSGT00940000157106 ENSGT00940000154468.tb.b.b ENSGT00950000182844.a.a.b NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b 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rh50 (ENSCVAG00000015989) ENSCVAG00000016053 eif2d (ENSCVAG00000016064) Mummichog MODERN SPECIES 277 FGD3 (ENSFHEG00000001260) ENSFHEG00000001265 ENSFHEG00000001268 NINJ1 (ENSFHEG00000001272) WNK2 (ENSFHEG00000001287) BRPF1 (ENSFHEG00000001299) ENSFHEG00000001307 ENSFHEG00000001316 CRELD1 (ENSFHEG00000001323) ENSFHEG00000001327 ENSFHEG00000001329 ENSFHEG00000001333 IFT122 (ENSFHEG00000001341) exorh (ENSFHEG00000002887) ##22 PLXND1 (ENSFHEG00000003171) TMCC1 (ENSFHEG00000003206) trh (ENSFHEG00000003237) ENSFHEG00000003271 cers5 (ENSFHEG00000003287) slmapb (ENSFHEG00000003299) abhd6b (ENSFHEG00000003313) kctd6b (ENSFHEG00000003324) UQCC5 (ENSFHEG00000003329) ENSFHEG00000003343 YWHAB (ENSFHEG00000003358) pabpc1l (ENSFHEG00000003398) rbm39b (ENSFHEG00000003421) rh50 (ENSFHEG00000003430) ENSFHEG00000003466 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b 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ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b ENSGT00940000157161.a.b.j ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000168503.B ENSGT00940000160255 ENSGT00660000097455 ENSGT00940000179063 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.a ENSGT00940000163342.b.a ENSGT00940000163342.a.b.a.b.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c Gilthead seabream MODERN SPECIES 21 zgc:171857 (ENSSAUG00010013155) ENSSAUG00010013152 BICD2 (ENSSAUG00010012894) ENSSAUG00010012891 ENSSAUG00010012889 ENSSAUG00010012888 ENSSAUG00010012887 ENSSAUG00010012885 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ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.a ENSGT00940000163342.b.a ENSGT00940000163342.a.b.a.b.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c European seabass MODERN SPECIES 14 zgc:171857 (ENSDLAG00005008532) ENSDLAG00005008548 ENSDLAG00005008696 ENSDLAG00005008852 ENSDLAG00005027932 ENSDLAG00005009176 ENSDLAG00005031065 ENSDLAG00005009188 ENSDLAG00005009222 ENSDLAG00005009228 ENSDLAG00005009246 ENSDLAG00005009295 ENSDLAG00005009317 ENSDLAG00005035111 IFT122 (ENSDLAG00005009407) exorh (ENSDLAG00005009507) ##22 PLXND1 (ENSDLAG00005009532) TMCC1 (ENSDLAG00005009862) trh (ENSDLAG00005009871) ENSDLAG00005009879 nr2c2 (ENSDLAG00005009955) ENSDLAG00005010075 wdr46 (ENSDLAG00005026705) ENSDLAG00005010203 ENSDLAG00005010241 ENSDLAG00005010413 ENSDLAG00005010529 ENSDLAG00005034137 qars1 (ENSDLAG00005010569) ENSDLAG00005011036 ENSDLAG00005029930 Large yellow croaker MODERN SPECIES 18 zgc:171857 (ENSLCRG00005006407) ENSLCRG00005006368 BICD2 (ENSLCRG00005006354) FGD3 (ENSLCRG00005006289) ENSLCRG00005006285 ENSLCRG00005006274 NINJ1 (ENSLCRG00005006270) WNK2 (ENSLCRG00005006266) BRPF1 (ENSLCRG00005006259) ENSLCRG00005006251 ENSLCRG00005006244 CRELD1 (ENSLCRG00005006235) ENSLCRG00005006232 ENSLCRG00005006229 IFT122 (ENSLCRG00005005928) exorh (ENSLCRG00005005920) ##22 ENSLCRG00005005919 PLXND1 (ENSLCRG00005005888) trh (ENSLCRG00005005876) RBSN (ENSLCRG00005005874) mrps25 (ENSLCRG00005005871) nr2c2 (ENSLCRG00005005851) ENSLCRG00005005846 wdr46 (ENSLCRG00005005768) ENSLCRG00005005764 ENSLCRG00005005642 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000162955 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT01010000229954 ENSGT00940000157161.a.b.g ENSGT00940000157794 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ENSBSLG00000016108 ENSBSLG00000016123 ENSBSLG00000016130 ENSBSLG00000016164 Zig-zag eel MODERN SPECIES 21 zgc:171857 (ENSMAMG00000024099) ENSMAMG00000024098 ENSMAMG00000024097 ENSMAMG00000024096 ENSMAMG00000024095 ENSMAMG00000024094 ENSMAMG00000024093 ENSMAMG00000027098 ENSMAMG00000024090 ENSMAMG00000024089 ENSMAMG00000024088 CRELD1 (ENSMAMG00000024087) ENSMAMG00000024086 ENSMAMG00000024084 IFT122 (ENSMAMG00000024083) exorh (ENSMAMG00000013645) ##22 PLXND1 (ENSMAMG00000013234) TMCC1 (ENSMAMG00000013203) trh (ENSMAMG00000013128) ENSMAMG00000025442 mrps25 (ENSMAMG00000013121) nr2c2 (ENSMAMG00000013058) ENSMAMG00000013047 wdr46 (ENSMAMG00000012974) sult1st3 (ENSMAMG00000012921) ENSMAMG00000012899 ENSMAMG00000026158 ENSMAMG00000012857 qars1 (ENSMAMG00000012801) ENSMAMG00000012785 ENSMAMG00000012769 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000162955 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000158892.b.i.b 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ENSSMAG00000022952 Tongue sole MODERN SPECIES 1 pcbp4 (ENSCSEG00000021041) DOCK3 (ENSCSEG00000021042) DCAF1 (ENSCSEG00000021043) ssuh2rs1 (ENSCSEG00000021044) rpl32 (ENSCSEG00000021045) BICD2 (ENSCSEG00000021046) ENSCSEG00000021047 ENSCSEG00000021048 ENSCSEG00000021049 BRPF1 (ENSCSEG00000021109) ENSCSEG00000021111 CRELD1 (ENSCSEG00000021112) ENSCSEG00000021113 ENSCSEG00000021114 IFT122 (ENSCSEG00000021116) exorh (ENSCSEG00000021130) ##22 TMCC1 (ENSCSEG00000021293) trh (ENSCSEG00000021294) pabpc1l (ENSCSEG00000021295) YWHAB (ENSCSEG00000021297) ognb (ENSCSEG00000021298) UQCC5 (ENSCSEG00000021299) kctd6b (ENSCSEG00000021300) abhd6b (ENSCSEG00000021302) slmapb (ENSCSEG00000021303) cers5 (ENSCSEG00000021304) ENSCSEG00000021305 RBSN (ENSCSEG00000021306) rbm39b (ENSCSEG00000021307) ENSCSEG00000021308 eif2d (ENSCSEG00000021328) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000162955 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 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SPECIES 8 ENSGT00940000158523.c.a ENSGT00940000162955 ENSGT00940000164549.a.a ENSGT00940000154471.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000159597 ENSGT00940000168452 ENSGT00940000164282.a ENSGT00940000157161.a.b ENSGT00940000157794 ENSGT00940000161421 ENSGT00940000168503.B ENSGT00940000160255 ENSGT00660000097455 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189.pb.b ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798 ENSGT00390000007075 ENSGT00940000163342.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000163342.b.a ENSGT00940000163342.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000163342.b.b ENSGT00730000111360.a ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 Greater amberjack MODERN SPECIES 16 WNT7A (ENSSDUG00000000696) zgc:171857 (ENSSDUG00000000727) ENSSDUG00000000747 BICD2 (ENSSDUG00000000859) FGD3 (ENSSDUG00000000908) ENSSDUG00000000993 ENSSDUG00000000999 ENSSDUG00000001021 ENSSDUG00000001060 BRPF1 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ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.e ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.j.b ENSGT00940000155189.pb.b.b ENSGT00390000016951.e ENSGT00940000158219.a ENSGT00390000007159.d ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798.`b ENSGT00390000007075.e ENSGT00940000163342.a.b.b.e ENSGT00940000163342.a.b.b.f ENSGT00730000111360.a.c ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c Huchen MODERN SPECIES 1239 ENSHHUG00000015077 ENSHHUG00000015090 CRELD1 (ENSHHUG00000015131) IFT122 (ENSHHUG00000015168) RHO (ENSHHUG00000015650) ##22 PLXND1 (ENSHHUG00000015893) TMCC1 (ENSHHUG00000015908) ENSHHUG00000015917 trh (ENSHHUG00000015933) ENSHHUG00000015936 RBSN (ENSHHUG00000015942) mrps25 (ENSHHUG00000015950) nr2c2 (ENSHHUG00000015960) ENSHHUG00000016008 wdr46 (ENSHHUG00000016021) ENSHHUG00000016037 ENSHHUG00000016148 ENSHHUG00000016163 ogg1 (ENSHHUG00000016171) qars1 (ENSHHUG00000016189) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000156047.b.d ENSGT00940000158523.c.a.c 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ENSGT00940000157161.a.b.f.b ENSGT00940000157794.n ENSGT00940000161421.r ENSGT00940000168503.B ENSGT00940000160255.i ENSGT00390000001016.b.i ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.e ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.j.b ENSGT00940000155189.pb.b.b ENSGT00390000016951.e ENSGT00940000158219.a ENSGT00390000007159.d ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000161798.`b ENSGT00390000007075.e ENSGT00940000163342.a.b.b.e.a.a ENSGT00940000163342.a.b.b.e.a.b ENSGT00730000111360.a.c ENSGT00640000091554 ENSGT00550000074972 ENSGT00940000155241.c.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 4 WNT7A (ENSSSAG00000098279) ENSSSAG00000008699 adtrp1 (ENSSSAG00000008678) ENSSSAG00000119561 ENSSSAG00000007544 ENSSSAG00000086223 ENSSSAG00000007478 SUSD3 (ENSSSAG00000007472) ENSSSAG00000007466 ENSSSAG00000098234 ENSSSAG00000007436 ENSSSAG00000102076 ENSSSAG00000007212 ENSSSAG00000101866 IFT122 (ENSSSAG00000004394) RHO (ENSSSAG00000083338) ##22 PLXND1 (ENSSSAG00000079145) TMCC1 (ENSSSAG00000079133) trh (ENSSSAG00000079119) ENSSSAG00000084122 ENSSSAG00000079043 mrps25 (ENSSSAG00000079033) nr2c2 (ENSSSAG00000078763) ENSSSAG00000078743 wdr46 (ENSSSAG00000078719) st1s3 (ENSSSAG00000078712) ENSSSAG00000078689 ENSSSAG00000095223 ogg1 (ENSSSAG00000078670) qars (ENSSSAG00000078464) ENSSSAG00000078423 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.e ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.e ##22 Chinook salmon MODERN SPECIES 7 BICD2 (ENSOTSG00005007187) ENSOTSG00005007179 ENSOTSG00005007175 ciz1b (ENSOTSG00005007173) ENSOTSG00005007171 snap29 (ENSOTSG00005007169) ENSOTSG00005007150 ENSOTSG00005007148 ENSOTSG00005007126 BRPF1 (ENSOTSG00005007054) ENSOTSG00005007047 ENSOTSG00005007043 CRELD1 (ENSOTSG00005007034) ENSOTSG00005007032 ENSOTSG00005007031 RHO (ENSOTSG00005007029) ##22 PLXND1 (ENSOTSG00005006970) TMCC1 (ENSOTSG00005006966) trh (ENSOTSG00005006965) ENSOTSG00005006962 RBSN (ENSOTSG00005006868) ENSOTSG00005006865 ENSOTSG00005006862 prickle2a (ENSOTSG00005006860) MAGI1 (ENSOTSG00005006837) ren (ENSOTSG00005006825) ENSOTSG00005006824 ENSOTSG00005006823 mapkapk2b (ENSOTSG00005006808) eif2d (ENSOTSG00005005726) ENSOTSG00005004654 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 704 ENSGT00940000157161.a.b.f.a ENSGT00940000157794.m ENSGT00940000161421.q ENSGT00940000175110 ENSGT00940000160255.j ENSGT00660000097455 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.f ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.j.a ENSGT00940000155189.pb.b.a ENSGT00390000016951.f Huchen MODERN SPECIES 40 ENSHHUG00000026056 adtrp1 (ENSHHUG00000026055) BICD2 (ENSHHUG00000025955) FGD3 (ENSHHUG00000025935) ENSHHUG00000025934 ENSHHUG00000025931 ENSHHUG00000025886 BRPF1 (ENSHHUG00000025878) ENSHHUG00000025871 CRELD1 (ENSHHUG00000025840) ENSHHUG00000025830 ENSHHUG00000025774 ENSHHUG00000025770 ENSHHUG00000025765 ENSHHUG00000025762 exorh (ENSHHUG00000025731) ##22 PLXND1 (ENSHHUG00000025605) TMCC1 (ENSHHUG00000025581) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT00940000157161.a.b.f.a ENSGT00940000157794.m ENSGT00940000161421.q ENSGT00940000175110 ENSGT00940000160255.j ENSGT00660000097455 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.f ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.j.a ENSGT00940000155189.pb.b.a ENSGT00390000016951.f ENSGT00940000161798.ab ENSGT00390000007159.c ENSGT00730000111360.a.d ENSGT01010000229500 ENSGT00390000016228.b.b ENSGT00940000153629.a.a.a.c ENSGT00940000155820.b.d ENSGT00940000157898.i ENSGT00390000015805.b.c ENSGT00940000157261.k.b.d ENSGT00550000074865.i ENSGT00940000165387.a.c Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 93 ENSGT00940000157161.a.b.f.a ENSGT00940000157794.m ENSGT00940000161421.q ENSGT00940000175110 ENSGT00940000160255.j ENSGT00660000097455 ENSGT00530000063687.b.b.a ENSGT00390000001016.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.b.f ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a.j.a ENSGT00940000155189.pb.b.a ENSGT00390000016951.f ENSGT00940000161798.ab ENSGT00390000007159.c 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ENSGT00550000074865.i ENSGT00940000165387.a.c Coho salmon MODERN SPECIES 8 ENSOKIG00005038393 ENSOKIG00005038373 ciz1b (ENSOKIG00005038298) snap29 (ENSOKIG00005038273) ENSOKIG00005038224 ENSOKIG00005038207 ENSOKIG00005038199 ENSOKIG00005038167 ENSOKIG00005038149 BRPF1 (ENSOKIG00005037995) ENSOKIG00005037955 CRELD1 (ENSOKIG00005037740) ENSOKIG00005037696 ENSOKIG00005037687 ENSOKIG00005037650 exorh (ENSOKIG00005037616) ##22 PLXND1 (ENSOKIG00005036680) TMCC1 (ENSOKIG00005036589) trh (ENSOKIG00005036568) ENSOKIG00005036324 RBSN (ENSOKIG00005035505) ENSOKIG00005035464 ENSOKIG00005035457 ENSOKIG00005035406 ENSOKIG00005035353 PRICKLE2 (ENSOKIG00005035312) MAGI1 (ENSOKIG00005034935) REN (ENSOKIG00005034802) ENSOKIG00005034759 mapkapk2b (ENSOKIG00005034502) eif2d (ENSOKIG00005033500) Rainbow trout MODERN SPECIES 30 ENSOMYG00000068493 ENSOMYG00000048952 ENSOMYG00000012692 ENSOMYG00000012712 ENSOMYG00000064288 ENSOMYG00000012736 ENSOMYG00000012769 ENSOMYG00000052684 ENSOMYG00000033861 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ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 Arabian camel MODERN SPECIES 8 VGLL4 (ENSCDRG00005016647) TAMM41 (ENSCDRG00005016988) SYN2 (ENSCDRG00005017059) TIMP4 (ENSCDRG00005017087) PPARG (ENSCDRG00005017141) TSEN2 (ENSCDRG00005017293) MKRN2OS (ENSCDRG00005017382) MKRN2 (ENSCDRG00005017406) RAF1 (ENSCDRG00005017576) TMEM40 (ENSCDRG00005017673) CAND2 (ENSCDRG00005017872) ENSCDRG00005018038 EFCAB12 (ENSCDRG00005018119) MBD4 (ENSCDRG00005018206) IFT122 (ENSCDRG00005018267) RHO (ENSCDRG00005018442) ##22 ENSCDRG00005018477 ENSCDRG00005018504 ENSCDRG00005018533 PLXND1 (ENSCDRG00005018551) TMCC1 (ENSCDRG00005018594) TRH (ENSCDRG00005003364) RBSN (ENSCDRG00005003390) MRPS25 (ENSCDRG00005003419) NR2C2 (ENSCDRG00005003539) FGD5 (ENSCDRG00005003759) C3orf20 (ENSCDRG00005003918) CCDC174 (ENSCDRG00005003993) ENSCDRG00005004055 GRIP2 (ENSCDRG00005004071) SLC6A6 (ENSCDRG00005004206) Alpaca MODERN SPECIES 2237 RHO (ENSVPAG00000003334) ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT01010000229800 ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000175447 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 Pecora ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 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(ENSOARG00020025721) TRH (ENSOARG00020025716) TAMM41 (ENSOARG00020025710) ENSOARG00020025707 VGLL4 (ENSOARG00020025701) ATG7 (ENSOARG00020025688) HRH1 (ENSOARG00020025679) SLC6A1 (ENSOARG00020025620) SLC6A11 (ENSOARG00020025603) ATP2B2 (ENSOARG00020025546) ENSOARG00020025530 SEC13 (ENSOARG00020025523) GHRL (ENSOARG00020025502) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000000616.l ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000175447 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000000616.k ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 ENSGT00940000157569 ENSGT00940000161461 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000004064 Bos ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000000616.l ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000175447 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000000616.k ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 ENSGT00940000157569 ENSGT00940000161461 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000004064 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158393 ENSGT00640000091558 ENSGT00390000007159 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT00940000175447 ENSGT00930000152979 ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000000616.k ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 ENSGT00940000157569 ENSGT00940000161461 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000004064 ENSGT00940000155616.c.a.b Domestic yak MODERN SPECIES 14 NR2C2 (ENSBGRG00000021614) MRPS25 (ENSBGRG00000021676) RBSN (ENSBGRG00000021762) SYN2 (ENSBGRG00000021920) TIMP4 (ENSBGRG00000022226) ENSBGRG00000022315 MKRN2OS (ENSBGRG00000022696) MKRN2 (ENSBGRG00000022735) RAF1 (ENSBGRG00000022891) TMEM40 (ENSBGRG00000023210) CAND2 (ENSBGRG00000023333) RPL32 (ENSBGRG00000023548) EFCAB12 (ENSBGRG00000023675) MBD4 (ENSBGRG00000023851) IFT122 (ENSBGRG00000023990) RHO (ENSBGRG00000024373) ##22 ENSBGRG00000024409 ENSBGRG00000024437 ENSBGRG00000024462 TMCC1 (ENSBGRG00000024493) ENSBGRG00000024583 TRH (ENSBGRG00000024598) TAMM41 (ENSBGRG00000024630) ENSBGRG00000024715 ATG7 (ENSBGRG00000024846) HRH1 (ENSBGRG00000025141) SLC6A1 (ENSBGRG00000025174) SLC6A11 (ENSBGRG00000025316) ATP2B2 (ENSBGRG00000025371) SEC13 (ENSBGRG00000025449) ENSBGRG00000025505 Wild yak MODERN SPECIES 1473 ENSBMUG00000011252 SYN2 (ENSBMUG00000011214) PPARG (ENSBMUG00000011177) MKRN2OS (ENSBMUG00000011070) MKRN2 (ENSBMUG00000011049) RAF1 (ENSBMUG00000011029) ENSBMUG00000010983 TMEM40 (ENSBMUG00000010953) CAND2 (ENSBMUG00000010855) RPL32 (ENSBMUG00000010768) EFCAB12 (ENSBMUG00000010745) MBD4 (ENSBMUG00000010711) IFT122 (ENSBMUG00000010042) RHO (ENSBMUG00000009767) ##22 ENSBMUG00000009729 ENSBMUG00000009719 TMCC1 (ENSBMUG00000009638) ENSBMUG00000009609 TRH (ENSBMUG00000009602) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000007159 ENSGT00390000000616.l ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000000616.k ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000017509 ENSGT00940000160690 ENSGT00940000156027 ENSGT00940000157569 ENSGT00940000161461 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000004064 ENSGT00940000155616.c.a.b ENSGT00390000012690 Cow MODERN SPECIES 14 RBSN (ENSBTAG00000013725) ENSBTAG00000031115 TIMP4 (ENSBTAG00000020263) SYN2 (ENSBTAG00000020260) PPARG (ENSBTAG00000001333) TSEN2 (ENSBTAG00000037980) MKRN2OS (ENSBTAG00000024991) MKRN2 (ENSBTAG00000004512) RAF1 (ENSBTAG00000045748) TMEM40 (ENSBTAG00000000161) CAND2 (ENSBTAG00000015273) RPL32 (ENSBTAG00000015283) EFCAB12 (ENSBTAG00000021643) MBD4 (ENSBTAG00000021645) IFT122 (ENSBTAG00000019121) RHO (ENSBTAG00000001310) ##22 H1-8 (ENSBTAG00000001812) PLXND1 (ENSBTAG00000001814) TMCC1 (ENSBTAG00000006614) TRH (ENSBTAG00000005306) TAMM41 (ENSBTAG00000003328) VGLL4 (ENSBTAG00000018600) ATG7 (ENSBTAG00000035827) SLC6A1 (ENSBTAG00000005857) SLC6A11 (ENSBTAG00000038962) ATP2B2 (ENSBTAG00000001305) SEC13 (ENSBTAG00000017825) GHRL (ENSBTAG00000012328) TMEM42 (ENSBTAG00000016731) ZDHHC3 (ENSBTAG00000011484) EXOSC7 (ENSBTAG00000018329) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 14 FGD5 (ENSBIXG00005027347) NR2C2 (ENSBIXG00005026766) MRPS25 (ENSBIXG00005026733) RBSN (ENSBIXG00005026693) SYN2 (ENSBIXG00005026582) TIMP4 (ENSBIXG00005026516) ENSBIXG00005026465 MKRN2OS (ENSBIXG00005026155) MKRN2 (ENSBIXG00005026143) RAF1 (ENSBIXG00005004450) TMEM40 (ENSBIXG00005026020) CAND2 (ENSBIXG00005025955) RPL32 (ENSBIXG00005025898) MBD4 (ENSBIXG00005025831) IFT122 (ENSBIXG00005025735) RHO (ENSBIXG00005025616) ##22 ENSBIXG00005025593 PLXND1 (ENSBIXG00005025560) TMCC1 (ENSBIXG00005025216) ENSBIXG00005025137 ENSBIXG00005025108 TRH (ENSBIXG00005025098) ENSBIXG00005025048 ATG7 (ENSBIXG00005024877) HRH1 (ENSBIXG00005024745) SLC6A1 (ENSBIXG00005024690) SLC6A11 (ENSBIXG00005024278) ATP2B2 (ENSBIXG00005024165) SEC13 (ENSBIXG00005023854) ENSBIXG00005023770 ENSBIXG00005004068 American bison MODERN SPECIES 3340 MRPS25 (ENSBBBG00000011234) RBSN (ENSBBBG00000011250) TIMP4 (ENSBBBG00000011264) SYN2 (ENSBBBG00000011280) PPARG (ENSBBBG00000011336) TSEN2 (ENSBBBG00000002087) MKRN2OS (ENSBBBG00000006934) MKRN2 (ENSBBBG00000011440) RAF1 (ENSBBBG00000011493) TMEM40 (ENSBBBG00000011569) CAND2 (ENSBBBG00000002144) RPL32 (ENSBBBG00000002148) EFCAB12 (ENSBBBG00000011681) MBD4 (ENSBBBG00000011698) IFT122 (ENSBBBG00000002240) RHO (ENSBBBG00000012003) ##22 ENSBBBG00000012007 ENSBBBG00000012012 TMCC1 (ENSBBBG00000012034) ENSBBBG00000012036 TRH (ENSBBBG00000012040) TAMM41 (ENSBBBG00000012063) VGLL4 (ENSBBBG00000012100) ATG7 (ENSBBBG00000012188) HRH1 (ENSBBBG00000012197) SLC6A1 (ENSBBBG00000012788) SLC6A11 (ENSBBBG00000001746) ATP2B2 (ENSBBBG00000013332) SEC13 (ENSBBBG00000002763) GHRL (ENSBBBG00000013480) ENSBBBG00000002767 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1221 VGLL4 (ENSMMSG00000015264) TAMM41 (ENSMMSG00000015235) TIMP4 (ENSMMSG00000015209) SYN2 (ENSMMSG00000015141) PPARG (ENSMMSG00000015004) TSEN2 (ENSMMSG00000014963) MKRN2OS (ENSMMSG00000014926) MKRN2 (ENSMMSG00000014895) RAF1 (ENSMMSG00000024157) TMEM40 (ENSMMSG00000024144) CAND2 (ENSMMSG00000024132) RPL32 (ENSMMSG00000024124) EFCAB12 (ENSMMSG00000024116) MBD4 (ENSMMSG00000024114) IFT122 (ENSMMSG00000024092) RHO (ENSMMSG00000024086) ##22 ENSMMSG00000024082 PLXND1 (ENSMMSG00000024073) TMCC1 (ENSMMSG00000024064) ENSMMSG00000024063 TRH (ENSMMSG00000024061) RBSN (ENSMMSG00000024056) MRPS25 (ENSMMSG00000024052) NR2C2 (ENSMMSG00000024042) FGD5 (ENSMMSG00000023995) C3orf20 (ENSMMSG00000023974) ENSMMSG00000023958 GRIP2 (ENSMMSG00000023940) SLC6A6 (ENSMMSG00000023907) LSM3 (ENSMMSG00000023892) XPC (ENSMMSG00000023884) Yarkand deer MODERN SPECIES 16 ENSCHYG00000025128 TIMP4 (ENSCHYG00000025170) PPARG (ENSCHYG00000025198) TSEN2 (ENSCHYG00000025333) MKRN2OS 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Sperm whale MODERN SPECIES 9 HRH1 (ENSPCTG00005006823) ATG7 (ENSPCTG00005006565) VGLL4 (ENSPCTG00005006432) TAMM41 (ENSPCTG00005006384) TIMP4 (ENSPCTG00005006355) SYN2 (ENSPCTG00005006330) PPARG (ENSPCTG00005006236) MKRN2OS (ENSPCTG00005006199) MKRN2 (ENSPCTG00005006141) RAF1 (ENSPCTG00005006081) ENSPCTG00005006042 ENSPCTG00005006016 EFCAB12 (ENSPCTG00005005960) MBD4 (ENSPCTG00005005918) IFT122 (ENSPCTG00005005825) RHO (ENSPCTG00005005781) ##22 H1-8 (ENSPCTG00005005747) ENSPCTG00005005647 ENSPCTG00005005684 TRH (ENSPCTG00005005621) ENSPCTG00005005601 TMCC1 (ENSPCTG00005005558) RBSN (ENSPCTG00005005519) MRPS25 (ENSPCTG00005005475) NR2C2 (ENSPCTG00005005417) ENSPCTG00005005367 FGD5 (ENSPCTG00005004623) C3orf20 (ENSPCTG00005004416) CCDC174 (ENSPCTG00005004364) ENSPCTG00005004303 SLC6A6 (ENSPCTG00005022008) Blue whale MODERN SPECIES 2 TAMM41 (ENSBMSG00010010044) SYN2 (ENSBMSG00010010076) TIMP4 (ENSBMSG00010010106) PPARG (ENSBMSG00010010135) TSEN2 (ENSBMSG00010010317) MKRN2OS 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ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Ursus ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000012138.a.a.j.s.b ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.d ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 American black bear MODERN SPECIES 1810 CAND2 (ENSUAMG00000000579) RPL32 (ENSUAMG00000000711) EFCAB12 (ENSUAMG00000000773) MBD4 (ENSUAMG00000000814) ENSUAMG00000000828 IFT122 (ENSUAMG00000000962) RHO (ENSUAMG00000002736) ##22 H1-8 (ENSUAMG00000002750) ENSUAMG00000002755 Polar bear MODERN SPECIES 210 TAMM41 (ENSUMAG00000017859) TIMP4 (ENSUMAG00000017853) SYN2 (ENSUMAG00000017656) PPARG (ENSUMAG00000017617) TSEN2 (ENSUMAG00000017610) MKRN2OS (ENSUMAG00000017608) MKRN2 (ENSUMAG00000017606) RAF1 (ENSUMAG00000017600) TMEM40 (ENSUMAG00000017596) CAND2 (ENSUMAG00000017566) RPL32 (ENSUMAG00000017557) EFCAB12 (ENSUMAG00000017549) ENSUMAG00000017544 MBD4 (ENSUMAG00000017542) IFT122 (ENSUMAG00000017522) RHO (ENSUMAG00000017511) ##22 PLXND1 (ENSUMAG00000017372) TMCC1 (ENSUMAG00000017322) TRH (ENSUMAG00000017316) RBSN (ENSUMAG00000017308) MRPS25 (ENSUMAG00000017301) NR2C2 (ENSUMAG00000017295) FGD5 (ENSUMAG00000017065) C3orf20 (ENSUMAG00000017032) CCDC174 (ENSUMAG00000017022) GRIP2 (ENSUMAG00000016889) SLC6A6 (ENSUMAG00000016085) LSM3 (ENSUMAG00000015905) XPC (ENSUMAG00000015898) TMEM43 (ENSUMAG00000015893) CHCHD4 (ENSUMAG00000015891) Giant Panda MODERN SPECIES 14 SYN2 (ENSAMEG00000004794) TIMP4 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ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.d ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.b.b.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Microbat MODERN SPECIES 945 VGLL4 (ENSMLUG00000010597) TAMM41 (ENSMLUG00000015063) TIMP4 (ENSMLUG00000006263) SYN2 (ENSMLUG00000006253) PPARG (ENSMLUG00000017638) TSEN2 (ENSMLUG00000017641) MKRN2OS (ENSMLUG00000024734) MKRN2 (ENSMLUG00000017643) RAF1 (ENSMLUG00000017645) TMEM40 (ENSMLUG00000002835) CAND2 (ENSMLUG00000006333) RPL32 (ENSMLUG00000022528) ENSMLUG00000014759 MBD4 (ENSMLUG00000014766) IFT122 (ENSMLUG00000014771) RHO (ENSMLUG00000014786) ##22 ENSMLUG00000025226 PLXND1 (ENSMLUG00000014790) TMCC1 (ENSMLUG00000016755) TRH (ENSMLUG00000007249) RBSN (ENSMLUG00000010088) ENSMLUG00000017504 NR2C2 (ENSMLUG00000010062) FGD5 (ENSMLUG00000010008) C3orf20 (ENSMLUG00000010404) CCDC174 (ENSMLUG00000010390) GRIP2 (ENSMLUG00000003868) SLC6A6 (ENSMLUG00000003862) LSM3 (ENSMLUG00000010677) XPC (ENSMLUG00000010655) TMEM43 (ENSMLUG00000010638) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 8 VGLL4 (ENSRFEG00010019005) TAMM41 (ENSRFEG00010018912) TIMP4 (ENSRFEG00010018875) SYN2 (ENSRFEG00010018840) PPARG (ENSRFEG00010018692) TSEN2 (ENSRFEG00010018592) MKRN2OS (ENSRFEG00010018565) MKRN2 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ENSGT00940000153973.d ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583.l ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Donkey MODERN SPECIES 13 TAMM41 (ENSEASG00005014302) SYN2 (ENSEASG00005014311) TIMP4 (ENSEASG00005030754) PPARG (ENSEASG00005014732) TSEN2 (ENSEASG00005014763) ENSEASG00005014772 MKRN2OS (ENSEASG00005035083) MKRN2 (ENSEASG00005014776) ENSEASG00005014777 TMEM40 (ENSEASG00005033260) ENSEASG00005025405 CAND2 (ENSEASG00005014788) ENSEASG00005014792 MBD4 (ENSEASG00005014800) IFT122 (ENSEASG00005014840) RHO (ENSEASG00005015347) ##22 H1-8 (ENSEASG00005025925) PLXND1 (ENSEASG00005015351) TMCC1 (ENSEASG00005015373) ENSEASG00005015376 ENSEASG00005015384 ENSEASG00005015419 NR2C2 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ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000008647.e.a.b ENSGT00510000047003.i.b.a.b ENSGT00510000047003.i.a.a.a.a.b ENSGT00940000162990 ENSGT00940000155619 ENSGT00390000016225 ENSGT00940000155351.cb ENSGT00940000156421 ENSGT00390000010145.c.b ENSGT00940000160525 ENSGT00390000016224.j.a.e.b Human MODERN SPECIES 15 RAB7A (ENSG00000075785) ACAD9 (ENSG00000177646) CFAP92 (ENSG00000114656) EFCC1 (ENSG00000114654) GP9 (ENSG00000169704) RAB43 (ENSG00000172780) ISY1-RAB43 (ENSG00000261796) ISY1 (ENSG00000240682) CNBP (ENSG00000169714) COPG1 (ENSG00000181789) HMCES (ENSG00000183624) H1-10 (ENSG00000184897) EFCAB12 (ENSG00000172771) IFT122 (ENSG00000163913) MBD4 (ENSG00000129071) RHO (ENSG00000163914) ##22 H1-8 (ENSG00000178804) PLXND1 (ENSG00000004399) TMCC1 (ENSG00000172765) TRH (ENSG00000170893) ALG1L2 (ENSG00000251287) COL6A5 (ENSG00000172752) COL6A6 (ENSG00000206384) PIK3R4 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ENSPPAG00000011218 ACAD9 (ENSPPAG00000041609) ENSPPAG00000043474 ENSPPAG00000036989 GP9 (ENSPPAG00000004366) RAB43 (ENSPPAG00000025920) ISY1 (ENSPPAG00000042141) CNBP (ENSPPAG00000028059) COPG1 (ENSPPAG00000028236) HMCES (ENSPPAG00000030370) EFCAB12 (ENSPPAG00000040617) MBD4 (ENSPPAG00000036528) IFT122 (ENSPPAG00000037293) RHO (ENSPPAG00000041243) ##22 H1-8 (ENSPPAG00000026022) ENSPPAG00000009247 TMCC1 (ENSPPAG00000035364) TRH (ENSPPAG00000041209) ENSPPAG00000025254 COL6A5 (ENSPPAG00000017205) COL6A6 (ENSPPAG00000037829) PIK3R4 (ENSPPAG00000030160) ATP2C1 (ENSPPAG00000032801) ASTE1 (ENSPPAG00000027980) NEK11 (ENSPPAG00000024112) ENSPPAG00000037844 ENSPPAG00000031532 MRPL3 (ENSPPAG00000015358) ENSPPAG00000036016 Chimpanzee MODERN SPECIES 16 RAB7A (ENSPTRG00000015359) ENSPTRG00000049707 ACAD9 (ENSPTRG00000015362) ENSPTRG00000015363 EFCC1 (ENSPTRG00000015366) GP9 (ENSPTRG00000041466) RAB43 (ENSPTRG00000050264) ISY1 (ENSPTRG00000015367) CNBP (ENSPTRG00000015369) COPG1 (ENSPTRG00000015370) 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ENSPPYG00000013414 PLXND1 (ENSPPYG00000013413) TMCC1 (ENSPPYG00000013412) TRH (ENSPPYG00000013411) RBSN (ENSPPYG00000013410) MRPS25 (ENSPPYG00000032891) NR2C2 (ENSPPYG00000013408) FGD5 (ENSPPYG00000013407) C3orf20 (ENSPPYG00000013406) CCDC174 (ENSPPYG00000013405) GRIP2 (ENSPPYG00000013404) SLC6A6 (ENSPPYG00000013403) LSM3 (ENSPPYG00000013402) XPC (ENSPPYG00000013401) TMEM43 (ENSPPYG00000013400) Gibbon MODERN SPECIES 13 RPN1 (ENSNLEG00000014337) RAB7A (ENSNLEG00000029309) ACAD9 (ENSNLEG00000014382) ENSNLEG00000014439 ENSNLEG00000028765 ENSNLEG00000014447 RAB43 (ENSNLEG00000028802) ISY1 (ENSNLEG00000028747) CNBP (ENSNLEG00000035879) COPG1 (ENSNLEG00000014499) HMCES (ENSNLEG00000014523) H1-10 (ENSNLEG00000019298) EFCAB12 (ENSNLEG00000005355) MBD4 (ENSNLEG00000005337) IFT122 (ENSNLEG00000005298) RHO (ENSNLEG00000005288) ##22 H1-8 (ENSNLEG00000005285) PLXND1 (ENSNLEG00000005261) TMCC1 (ENSNLEG00000005249) TRH (ENSNLEG00000005245) RBSN (ENSNLEG00000005222) MRPS25 (ENSNLEG00000031537) NR2C2 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ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00390000007704 ENSGT00940000157312 ENSGT00390000008330 ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00530000064244.a ENSGT00940000161980 ENSGT00390000014109 ENSGT00950000183041.A.e.a ENSGT00390000016313.a.b.e.b ENSGT00390000018439 ENSGT00730000111536 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00910000146921 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 Marmoset MODERN SPECIES 6 EFCC1 (ENSCJAG00000017469) GP9 (ENSCJAG00000017461) ENSCJAG00000087267 RAB43 (ENSCJAG00000035984) ISY1 (ENSCJAG00000017419) CNBP (ENSCJAG00000017430) ENSCJAG00000083673 COPG1 (ENSCJAG00000017327) HMCES (ENSCJAG00000017396) H1-10 (ENSCJAG00000039596) EFCAB12 (ENSCJAG00000017314) MBD4 (ENSCJAG00000017293) IFT122 (ENSCJAG00000017213) ENSCJAG00000087235 ENSCJAG00000076224 RHO (ENSCJAG00000017195) ##22 ENSCJAG00000017209 PLXND1 (ENSCJAG00000005429) TMCC1 (ENSCJAG00000017178) ENSCJAG00000021040 TRH (ENSCJAG00000047087) RBSN (ENSCJAG00000017163) MRPS25 (ENSCJAG00000017160) ENSCJAG00000058001 NR2C2 (ENSCJAG00000017131) FGD5 (ENSCJAG00000017099) C3orf20 (ENSCJAG00000017083) CCDC174 (ENSCJAG00000017045) GRIP2 (ENSCJAG00000017014) SLC6A6 (ENSCJAG00000016992) ENSCJAG00000079599 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00390000009630 ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00390000007704 ENSGT00940000157312 ENSGT00390000008330 ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00940000161980 ENSGT00390000014109 ENSGT00950000183041.A.e.a ENSGT00390000016313.a.b.e.b ENSGT00390000018439 ENSGT00730000111536 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00910000146921 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 Capuchin MODERN SPECIES 332 EFCAB12 (ENSCCAG00000037525) MBD4 (ENSCCAG00000029796) IFT122 (ENSCCAG00000034647) RHO (ENSCCAG00000003711) ##22 H1-8 (ENSCCAG00000028548) PLXND1 (ENSCCAG00000026590) TMCC1 (ENSCCAG00000034223) TRH (ENSCCAG00000025977) RBSN (ENSCCAG00000015545) MRPS25 (ENSCCAG00000029293) NR2C2 (ENSCCAG00000028267) FGD5 (ENSCCAG00000034009) C3orf20 (ENSCCAG00000025317) CCDC174 (ENSCCAG00000030530) ENSCCAG00000021896 GRIP2 (ENSCCAG00000023870) SLC6A6 (ENSCCAG00000024571) ENSCCAG00000036499 XPC (ENSCCAG00000021946) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 59 RAB7A (ENSSBOG00000014322) ENSSBOG00000012845 ACAD9 (ENSSBOG00000032638) ENSSBOG00000034861 ENSSBOG00000018727 EFCC1 (ENSSBOG00000030437) RAB43 (ENSSBOG00000021775) ISY1 (ENSSBOG00000029301) CNBP (ENSSBOG00000023735) COPG1 (ENSSBOG00000031709) HMCES (ENSSBOG00000023491) H1-10 (ENSSBOG00000019873) EFCAB12 (ENSSBOG00000024520) MBD4 (ENSSBOG00000016810) IFT122 (ENSSBOG00000035867) RHO (ENSSBOG00000020736) ##22 H1-8 (ENSSBOG00000020996) PLXND1 (ENSSBOG00000025455) TMCC1 (ENSSBOG00000032556) TRH (ENSSBOG00000032057) RBSN (ENSSBOG00000029767) ENSSBOG00000035105 NR2C2 (ENSSBOG00000024072) FGD5 (ENSSBOG00000035174) C3orf20 (ENSSBOG00000031678) CCDC174 (ENSSBOG00000020532) ENSSBOG00000024640 ENSSBOG00000029285 GRIP2 (ENSSBOG00000004102) SLC6A6 (ENSSBOG00000029944) ENSSBOG00000024310 Mas night monkey MODERN SPECIES 321 EFCAB12 (ENSANAG00000028408) MBD4 (ENSANAG00000005085) IFT122 (ENSANAG00000033342) RHO (ENSANAG00000032928) ##22 ENSANAG00000026706 PLXND1 (ENSANAG00000037480) TMCC1 (ENSANAG00000024697) TRH (ENSANAG00000024416) ENSANAG00000022989 RBSN (ENSANAG00000022849) MRPS25 (ENSANAG00000036121) NR2C2 (ENSANAG00000037853) ENSANAG00000019989 FGD5 (ENSANAG00000021931) C3orf20 (ENSANAG00000020657) CCDC174 (ENSANAG00000036650) GRIP2 (ENSANAG00000037475) SLC6A6 (ENSANAG00000025733) LSM3 (ENSANAG00000034627) Tarsier MODERN SPECIES 1622 RPL32 (ENSTSYG00000037015) EFCAB12 (ENSTSYG00000011145) ENSTSYG00000011147 IFT122 (ENSTSYG00000011151) RHO (ENSTSYG00000032662) ##22 H1-8 (ENSTSYG00000012036) ENSTSYG00000035139 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 76 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a Mouse lemur MODERN SPECIES 15 ENSMICG00000012731 SYN2 (ENSMICG00000003565) TIMP4 (ENSMICG00000045817) PPARG (ENSMICG00000016663) TSEN2 (ENSMICG00000016672) MKRN2OS (ENSMICG00000038087) MKRN2 (ENSMICG00000012164) RAF1 (ENSMICG00000012172) ENSMICG00000033639 TMEM40 (ENSMICG00000003715) CAND2 (ENSMICG00000041434) ENSMICG00000034607 EFCAB12 (ENSMICG00000008010) MBD4 (ENSMICG00000008022) IFT122 (ENSMICG00000008033) RHO (ENSMICG00000047910) ##22 H1-8 (ENSMICG00000030377) PLXND1 (ENSMICG00000008079) ENSMICG00000028823 MSX2 (ENSMICG00000026941) NSG2 (ENSMICG00000035993) C5orf47 (ENSMICG00000047468) CPEB4 (ENSMICG00000029322) ENSMICG00000035035 STC2 (ENSMICG00000032988) NKX2-5 (ENSMICG00000017468) ENSMICG00000009130 ENSMICG00000017726 CREBRF (ENSMICG00000030817) ATP6V0E1 (ENSMICG00000011317) RPL26L1 (ENSMICG00000002762) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 162 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 130 TAMM41 (ENSPSMG00000000346) SYN2 (ENSPSMG00000000398) TIMP4 (ENSPSMG00000000419) PPARG (ENSPSMG00000000463) TSEN2 (ENSPSMG00000000537) MKRN2OS (ENSPSMG00000000584) MKRN2 (ENSPSMG00000000636) RAF1 (ENSPSMG00000000725) TMEM40 (ENSPSMG00000000837) ENSPSMG00000000888 CAND2 (ENSPSMG00000000926) ENSPSMG00000000953 EFCAB12 (ENSPSMG00000000969) MBD4 (ENSPSMG00000001016) IFT122 (ENSPSMG00000001543) RHO (ENSPSMG00000002457) ##22 H1-8 (ENSPSMG00000002466) ENSPSMG00000002470 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 614 TAMM41 (ENSPCOG00000021554) TIMP4 (ENSPCOG00000025232) SYN2 (ENSPCOG00000020181) PPARG (ENSPCOG00000017510) TSEN2 (ENSPCOG00000019328) MKRN2OS (ENSPCOG00000027519) MKRN2 (ENSPCOG00000013481) RAF1 (ENSPCOG00000013436) ENSPCOG00000024646 TMEM40 (ENSPCOG00000027785) CAND2 (ENSPCOG00000020368) ENSPCOG00000026378 EFCAB12 (ENSPCOG00000020532) ENSPCOG00000018583 IFT122 (ENSPCOG00000023934) RHO (ENSPCOG00000024236) ##22 H1-8 (ENSPCOG00000024479) PLXND1 (ENSPCOG00000027312) Bushbaby MODERN SPECIES 216 ENSOGAG00000031076 ENSOGAG00000006595 TIMP4 (ENSOGAG00000016704) SYN2 (ENSOGAG00000016700) PPARG (ENSOGAG00000002971) ENSOGAG00000002976 MKRN2OS (ENSOGAG00000031425) MKRN2 (ENSOGAG00000003255) RAF1 (ENSOGAG00000003256) TMEM40 (ENSOGAG00000003261) CAND2 (ENSOGAG00000028928) RPL32 (ENSOGAG00000028498) ENSOGAG00000010234 MBD4 (ENSOGAG00000010236) IFT122 (ENSOGAG00000010245) RHO (ENSOGAG00000010259) ##22 PLXND1 (ENSOGAG00000010266) ENSOGAG00000032612 TMCC1 (ENSOGAG00000010283) ENSOGAG00000031381 TRH (ENSOGAG00000017199) RBSN (ENSOGAG00000014042) MRPS25 (ENSOGAG00000014041) NR2C2 (ENSOGAG00000014038) FGD5 (ENSOGAG00000013279) C3orf20 (ENSOGAG00000013270) CCDC174 (ENSOGAG00000013264) GRIP2 (ENSOGAG00000002892) SLC6A6 (ENSOGAG00000002891) ENSOGAG00000007659 XPC (ENSOGAG00000024108) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Tree shrew MODERN SPECIES 3159 ENSTBEG00000011354 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 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ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 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Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.d ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00940000153997.b.a.a ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.a ENSGT01090000260086.F.a.a.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 ENSGT00390000017909 ENSGT00390000006888 Golden Hamster MODERN SPECIES 622 Tamm41 (ENSMAUG00000017519) ENSMAUG00000013097 Timp4 (ENSMAUG00000018049) ENSMAUG00000020153 ENSMAUG00000012323 ENSMAUG00000013859 Mkrn2os (ENSMAUG00000010492) Mkrn2 (ENSMAUG00000014200) Raf1 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ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00940000153997.b.a.a ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.a ENSGT01090000260086.F.a.a.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 ENSGT00390000017909 ENSGT00390000006888 Mus ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a 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ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00940000153997.b.a.a ENSGT00940000155716.g ENSGT00940000155716.h ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.b.o ENSGT01090000260086.F.a.a.a.b.p ENSGT01090000260086.F.a.a.a.a ENSGT01090000260086.F.a.a.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 spretus MODERN SPECIES 15 Tamm41 (MGP_SPRETEiJ_G0029775) Syn2 (MGP_SPRETEiJ_G0029776) MGP_SPRETEiJ_G0029777 Timp4 (MGP_SPRETEiJ_G0029778) Pparg (MGP_SPRETEiJ_G0029779) Tsen2 (MGP_SPRETEiJ_G0029780) Mkrn2os (MGP_SPRETEiJ_G0029781) 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ENSGT00390000009671 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 27 ENSHGLG00000032284 ENSHGLG00000045316 ENSHGLG00000017856 ENSHGLG00000018194 ENSHGLG00000018214 ENSHGLG00000037560 ENSHGLG00000032617 ENSHGLG00000039038 ENSHGLG00000033042 ENSHGLG00000015498 ENSHGLG00000015580 ENSHGLG00000040769 ENSHGLG00000015777 MBD4 (ENSHGLG00000009034) IFT122 (ENSHGLG00000009113) RHO (ENSHGLG00000006668) ##22 ENSHGLG00000040416 ENSHGLG00000040044 ENSHGLG00000000240 ENSHGLG00000000266 KBTBD12 (ENSHGLG00000000289) ENSHGLG00000033458 ENSHGLG00000007193 ENSHGLG00000049201 ENSHGLG00000007514 MRPS25 (ENSHGLG00000037247) NR2C2 (ENSHGLG00000038117) ENSHGLG00000032475 ENSHGLG00000037703 ENSHGLG00000048268 SLC6A6 (ENSHGLG00000000641) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158155 ENSGT00390000003219 ENSGT00940000158804 ENSGT00390000006066 ENSGT00390000005378 ENSGT00940000157200 ENSGT00940000157312.h ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b 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SPECIES 34 ENSGT00390000000616 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00940000153973.c.a.b.b ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 868 ENSGT00940000153973.c.a.b.b ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a Armadillo MODERN SPECIES 3629 RPL32 (ENSDNOG00000043660) EFCAB12 (ENSDNOG00000049183) MBD4 (ENSDNOG00000049619) IFT122 (ENSDNOG00000015117) RHO (ENSDNOG00000015133) ##22 PLXND1 (ENSDNOG00000038684) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000156027 ENSGT00940000160690 ENSGT00390000017509 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00390000017509 ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Elephant MODERN SPECIES 49 ATG7 (ENSLAFG00000017130) VGLL4 (ENSLAFG00000017133) TAMM41 (ENSLAFG00000011239) TIMP4 (ENSLAFG00000004660) SYN2 (ENSLAFG00000004657) PPARG (ENSLAFG00000030870) TSEN2 (ENSLAFG00000009300) MKRN2 (ENSLAFG00000011601) RAF1 (ENSLAFG00000011608) TMEM40 (ENSLAFG00000010230) CAND2 (ENSLAFG00000017706) ENSLAFG00000032737 EFCAB12 (ENSLAFG00000010605) MBD4 (ENSLAFG00000010609) IFT122 (ENSLAFG00000010612) RHO (ENSLAFG00000001359) ##22 PLXND1 (ENSLAFG00000003012) TMCC1 (ENSLAFG00000013730) TRH (ENSLAFG00000015165) RBSN (ENSLAFG00000004227) MRPS25 (ENSLAFG00000022178) NR2C2 (ENSLAFG00000010224) FGD5 (ENSLAFG00000010491) C3orf20 (ENSLAFG00000015670) CCDC174 (ENSLAFG00000012663) GRIP2 (ENSLAFG00000032264) SLC6A6 (ENSLAFG00000015145) LSM3 (ENSLAFG00000023308) XPC (ENSLAFG00000022512) TMEM43 (ENSLAFG00000006731) CHCHD4 (ENSLAFG00000018489) Hyrax MODERN SPECIES 2091 MBD4 (ENSPCAG00000012915) IFT122 (ENSPCAG00000012964) RHO (ENSPCAG00000013147) ##22 H1-8 (ENSPCAG00000013200) PLXND1 (ENSPCAG00000013240) TMCC1 (ENSPCAG00000013426) Tenrec MODERN SPECIES 5531 IFT122 (ENSETEG00000000276) RHO (ENSETEG00000000282) ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132 tuatara MODERN SPECIES 1257 RAD18 (ENSSPUG00000017486) SRGAP3 (ENSSPUG00000017469) THUMPD3 (ENSSPUG00000017461) ENSSPUG00000017457 IRAK2 (ENSSPUG00000017447) TATDN2 (ENSSPUG00000017440) GHRL (ENSSPUG00000017426) SEC13 (ENSSPUG00000017415) CAND2 (ENSSPUG00000017390) ENSSPUG00000017356 MBD4 (ENSSPUG00000017344) IFT122 (ENSSPUG00000017322) RHO (ENSSPUG00000017307) ##22 PLXND1 (ENSSPUG00000017263) ENSSPUG00000017249 ENSSPUG00000017245 TRH (ENSSPUG00000017236) RBSN (ENSSPUG00000017211) MRPS25 (ENSSPUG00000017201) NR2C2 (ENSSPUG00000017164) FGD5 (ENSSPUG00000017109) CCDC174 (ENSSPUG00000017085) GRIP2 (ENSSPUG00000017068) ENSSPUG00000017063 ENSSPUG00000017055 ENSSPUG00000017047 XPC (ENSSPUG00000017028) TMEM43 (ENSSPUG00000017015) Episquamata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163873.k ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132 Laterata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163873.k ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951.d ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132 Common wall lizard MODERN SPECIES 10 OXTR (ENSPMRG00000005313) RAD18 (ENSPMRG00000005296) ENSPMRG00000005292 SRGAP3 (ENSPMRG00000005264) THUMPD3 (ENSPMRG00000005254) ENSPMRG00000005246 IRAK2 (ENSPMRG00000005238) TATDN2 (ENSPMRG00000005231) GHRL (ENSPMRG00000005213) SEC13 (ENSPMRG00000005203) CAND2 (ENSPMRG00000005087) ENSPMRG00000005060 ENSPMRG00000005051 MBD4 (ENSPMRG00000005046) IFT122 (ENSPMRG00000005031) RHO (ENSPMRG00000005016) ##22 PLXND1 (ENSPMRG00000005004) TMCC1 (ENSPMRG00000004998) RBSN (ENSPMRG00000004989) MRPS25 (ENSPMRG00000004986) NR2C2 (ENSPMRG00000004983) FGD5 (ENSPMRG00000004976) C3orf20 (ENSPMRG00000004963) CCDC174 (ENSPMRG00000004947) GRIP2 (ENSPMRG00000004886) SLC6A6 (ENSPMRG00000004867) LSM3 (ENSPMRG00000004857) XPC (ENSPMRG00000011328) TMEM43 (ENSPMRG00000011312) CHCHD4 (ENSPMRG00000011303) ENSPMRG00000011299 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 8 OXTR (ENSSMRG00000003334) RAD18 (ENSSMRG00000003315) ENSSMRG00000003306 SRGAP3 (ENSSMRG00000003257) THUMPD3 (ENSSMRG00000003192) ENSSMRG00000003190 IRAK2 (ENSSMRG00000003184) TATDN2 (ENSSMRG00000003178) GHRL (ENSSMRG00000003101) SEC13 (ENSSMRG00000003096) CAND2 (ENSSMRG00000003068) ENSSMRG00000003058 ENSSMRG00000003057 MBD4 (ENSSMRG00000003044) IFT122 (ENSSMRG00000003022) RHO (ENSSMRG00000003021) ##22 PLXND1 (ENSSMRG00000002931) TMCC1 (ENSSMRG00000002914) TRH (ENSSMRG00000002898) RBSN (ENSSMRG00000002888) MRPS25 (ENSSMRG00000002859) NR2C2 (ENSSMRG00000002839) FGD5 (ENSSMRG00000002830) C3orf20 (ENSSMRG00000002762) CCDC174 (ENSSMRG00000002656) GRIP2 (ENSSMRG00000002602) SLC6A6 (ENSSMRG00000002572) ENSSMRG00000002551 XPC (ENSSMRG00000002538) TMEM43 (ENSSMRG00000002526) CHCHD4 (ENSSMRG00000002521) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT01030000235965 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163873.k ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT01030000235965 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132 Indian cobra MODERN SPECIES 1 LMCD1 (ENSNNAG00000018484) SSUH2 (ENSNNAG00000018487) ENSNNAG00000018494 OXTR (ENSNNAG00000018500) ENSNNAG00000018503 SRGAP3 (ENSNNAG00000018519) THUMPD3 (ENSNNAG00000018537) ENSNNAG00000018544 ENSNNAG00000018550 TATDN2 (ENSNNAG00000018553) SEC13 (ENSNNAG00000018559) CAND2 (ENSNNAG00000018590) ENSNNAG00000018642 ENSNNAG00000018649 IFT122 (ENSNNAG00000018719) RHO (ENSNNAG00000018891) ##22 ENSNNAG00000018895 ENSNNAG00000018896 TMCC1 (ENSNNAG00000018897) TRH (ENSNNAG00000018901) RBSN (ENSNNAG00000018903) MRPS25 (ENSNNAG00000018905) NR2C2 (ENSNNAG00000018912) FGD5 (ENSNNAG00000018923) C3orf20 (ENSNNAG00000018933) CCDC174 (ENSNNAG00000018938) GRIP2 (ENSNNAG00000018949) SLC6A6 (ENSNNAG00000018965) LSM3 (ENSNNAG00000018966) XPC (ENSNNAG00000018970) TMEM43 (ENSNNAG00000018972) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00440000038003 ENSGT00940000163873.k ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a.c ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616.e ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 10440 RHO (ENSLLTG00000011725) ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00440000038003 ENSGT00940000163873.k ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a.c ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616.e ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 ENSGT00390000013132 Eastern brown snake MODERN SPECIES 3 ENSPTXG00000002905 OXTR (ENSPTXG00000002906) RAD18 (ENSPTXG00000002908) SRGAP3 (ENSPTXG00000002911) THUMPD3 (ENSPTXG00000002916) ENSPTXG00000002920 IRAK2 (ENSPTXG00000002922) ENSPTXG00000002923 SEC13 (ENSPTXG00000002924) CAND2 (ENSPTXG00000002928) ENSPTXG00000002933 ENSPTXG00000002935 MBD4 (ENSPTXG00000002936) ENSPTXG00000002938 ENSPTXG00000002940 RHO (ENSPTXG00000002941) ##22 PLXND1 (ENSPTXG00000002956) TMCC1 (ENSPTXG00000003030) RBSN (ENSPTXG00000003032) MRPS25 (ENSPTXG00000003034) NR2C2 (ENSPTXG00000003035) FGD5 (ENSPTXG00000003045) C3orf20 (ENSPTXG00000003048) CCDC174 (ENSPTXG00000003052) GRIP2 (ENSPTXG00000003056) SLC6A6 (ENSPTXG00000003063) LSM3 (ENSPTXG00000003064) XPC (ENSPTXG00000003066) TMEM43 (ENSPTXG00000003067) CHCHD4 (ENSPTXG00000003068) ENSPTXG00000003070 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 2 LMCD1 (ENSNSUG00000006355) SSUH2 (ENSNSUG00000006353) ENSNSUG00000006350 OXTR (ENSNSUG00000006347) ENSNSUG00000006346 SRGAP3 (ENSNSUG00000006301) THUMPD3 (ENSNSUG00000006295) ENSNSUG00000006287 IRAK2 (ENSNSUG00000006285) ENSNSUG00000006283 SEC13 (ENSNSUG00000006282) CAND2 (ENSNSUG00000006281) ENSNSUG00000006279 ENSNSUG00000006278 IFT122 (ENSNSUG00000006277) RHO (ENSNSUG00000006276) ##22 ENSNSUG00000006275 ENSNSUG00000006274 TMCC1 (ENSNSUG00000006273) TRH (ENSNSUG00000006272) RBSN (ENSNSUG00000006202) MRPS25 (ENSNSUG00000006200) NR2C2 (ENSNSUG00000006199) FGD5 (ENSNSUG00000006181) C3orf20 (ENSNSUG00000006177) CCDC174 (ENSNSUG00000006176) GRIP2 (ENSNSUG00000006160) SLC6A6 (ENSNSUG00000002092) LSM3 (ENSNSUG00000002076) XPC (ENSNSUG00000002003) TMEM43 (ENSNSUG00000001998) Lizard MODERN SPECIES 887 OXTR (ENSACAG00000011241) ENSACAG00000037426 ENSACAG00000014985 THUMPD3 (ENSACAG00000014974) vhl (ENSACAG00000042965) ENSACAG00000039666 IRAK2 (ENSACAG00000014931) TATDN2 (ENSACAG00000014909) GHRL (ENSACAG00000043636) SEC13 (ENSACAG00000014855) ENSACAG00000014771 rpl32 (ENSACAG00000037005) ENSACAG00000014760 MBD4 (ENSACAG00000014733) IFT122 (ENSACAG00000014304) rho (ENSACAG00000014258) ##22 PLXND1 (ENSACAG00000014092) TMCC1 (ENSACAG00000014065) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 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ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874.d ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 Kakapo MODERN SPECIES 3 H1-10 (ENSSHBG00005018576) ENSSHBG00005018580 HMCES (ENSSHBG00005018584) COPG1 (ENSSHBG00005018592) ENSSHBG00005018599 UQCRC1 (ENSSHBG00005018615) SLC26A6 (ENSSHBG00005018632) CELSR3 (ENSSHBG00005018745) NCKIPSD (ENSSHBG00005019000) IP6K2 (ENSSHBG00005019005) SEC13 (ENSSHBG00005019010) CAND2 (ENSSHBG00005019016) ENSSHBG00005019020 MBD4 (ENSSHBG00005019025) IFT122 (ENSSHBG00005019033) RHO (ENSSHBG00005019040) ##22 ENSSHBG00005019044 PLXND1 (ENSSHBG00005019050) TMCC1 (ENSSHBG00005019058) TRH (ENSSHBG00005019061) RBSN (ENSSHBG00005019063) MRPS25 (ENSSHBG00005019064) NR2C2 (ENSSHBG00005019067) FGD5 (ENSSHBG00005019073) Golden eagle MODERN SPECIES 12 LMCD1 (ENSACCG00020010014) SSUH2 (ENSACCG00020010024) CAV3 (ENSACCG00020010035) OXTR (ENSACCG00020010045) RAD18 (ENSACCG00020010080) SRGAP3 (ENSACCG00020010374) THUMPD3 (ENSACCG00020010551) ENSACCG00020010562 IRAK2 (ENSACCG00020010579) SEC13 (ENSACCG00020010591) CAND2 (ENSACCG00020010611) ENSACCG00020010634 ENSACCG00020010648 MBD4 (ENSACCG00020010658) IFT122 (ENSACCG00020010690) RHO (ENSACCG00020010735) ##22 ENSACCG00020010746 PLXND1 (ENSACCG00020010906) TMCC1 (ENSACCG00020011044) TRH (ENSACCG00020011054) RBSN (ENSACCG00020011067) MRPS25 (ENSACCG00020011077) NR2C2 (ENSACCG00020011085) FGD5 (ENSACCG00020011108) Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157717 ENSGT01030000234648.a.a.d ENSGT00940000158813 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b 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ENSGT00940000158813 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 Flycatcher MODERN SPECIES 3 ENSFALG00000025075 LMCD1 (ENSFALG00000013612) CAV3 (ENSFALG00000024966) OXTR (ENSFALG00000013622) RAD18 (ENSFALG00000013625) SRGAP3 (ENSFALG00000013628) ENSFALG00000023660 ENSFALG00000026425 THUMPD3 (ENSFALG00000013631) ENSFALG00000013639 ENSFALG00000013647 ENSFALG00000013653 ENSFALG00000013662 MBD4 (ENSFALG00000013663) IFT122 (ENSFALG00000013670) RHO (ENSFALG00000013673) ##22 ENSFALG00000013675 PLXND1 (ENSFALG00000013678) ENSFALG00000025056 TMCC1 (ENSFALG00000013680) TRH (ENSFALG00000027430) RBSN (ENSFALG00000025775) ENSFALG00000013684 NR2C2 (ENSFALG00000013685) ENSFALG00000013687 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157717 ENSGT01030000234648.a.a.d ENSGT00940000158813 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 Medium ground finch MODERN SPECIES 123 GRM7 (ENSGFOG00000008966) LMCD1 (ENSGFOG00000008974) ENSGFOG00000008981 CAV3 (ENSGFOG00000008983) OXTR (ENSGFOG00000008986) RAD18 (ENSGFOG00000008990) SRGAP3 (ENSGFOG00000009033) THUMPD3 (ENSGFOG00000009508) ENSGFOG00000009517 IRAK2 (ENSGFOG00000009530) SEC13 (ENSGFOG00000009539) CAND2 (ENSGFOG00000009552) ENSGFOG00000009571 ENSGFOG00000009581 IFT122 (ENSGFOG00000009686) RHO (ENSGFOG00000012583) ##22 ENSGFOG00000012587 PLXND1 (ENSGFOG00000012603) TMCC1 (ENSGFOG00000012645) TRH (ENSGFOG00000012648) RBSN (ENSGFOG00000012655) MRPS25 (ENSGFOG00000012665) NR2C2 (ENSGFOG00000012670) FGD5 (ENSGFOG00000012681) Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157717 ENSGT01030000234648.a.a.d ENSGT00940000158813 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 Zebra finch MODERN SPECIES 3 EDEM1 (ENSTGUG00000010316) GRM7 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RHO (ENSSCAG00000016206) ##22 ENSSCAG00000016208 PLXND1 (ENSSCAG00000016217) TMCC1 (ENSSCAG00000016238) TRH (ENSSCAG00000016240) RBSN (ENSSCAG00000016242) MRPS25 (ENSSCAG00000016246) NR2C2 (ENSSCAG00000016251) FGD5 (ENSSCAG00000016268) Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158813 ENSGT00440000038003 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000158813 ENSGT00440000038003 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a 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ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 Chicken MODERN SPECIES 3 GRM7 (ENSGALG00010019426) LMCD1 (ENSGALG00010019441) CAV3 (ENSGALG00010019451) OXTR (ENSGALG00010019473) RAD18 (ENSGALG00010019584) SRGAP3 (ENSGALG00010019624) THUMPD3 (ENSGALG00010018999) ENSGALG00010019006 IRAK2 (ENSGALG00010019017) GHRL (ENSGALG00010019047) SEC13 (ENSGALG00010022642) CAND2 (ENSGALG00010019065) RPL32 (ENSGALG00010019093) MBD4 (ENSGALG00010019110) IFT122 (ENSGALG00010019144) RHO (ENSGALG00010019173) ##22 ENSGALG00010019190 PLXND1 (ENSGALG00010019208) TMCC1 (ENSGALG00010021874) TRH (ENSGALG00010021890) RBSN (ENSGALG00010021905) MRPS25 (ENSGALG00010021916) NR2C2 (ENSGALG00010021978) FGD5 (ENSGALG00010022028) Turkey MODERN SPECIES 5 GRM7 (ENSMGAG00000010102) ENSMGAG00000018916 ENSMGAG00000019285 ENSMGAG00000010131 OXTR (ENSMGAG00000010127) ENSMGAG00000010109 ENSMGAG00000010119 ENSMGAG00000010182 IRAK2 (ENSMGAG00000010194) ENSMGAG00000010214 SEC13 (ENSMGAG00000010222) ENSMGAG00000010238 ENSMGAG00000010254 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ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000003964.b ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000003964.b ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 33 CAV3 (ENSTMTG00000019214) OXTR (ENSTMTG00000019224) RAD18 (ENSTMTG00000019261) SRGAP3 (ENSTMTG00000019297) THUMPD3 (ENSTMTG00000019533) ENSTMTG00000019550 IRAK2 (ENSTMTG00000019566) TATDN2 (ENSTMTG00000019600) GHRL (ENSTMTG00000019620) SEC13 (ENSTMTG00000019636) CAND2 (ENSTMTG00000019657) ENSTMTG00000019675 ENSTMTG00000019685 MBD4 (ENSTMTG00000019713) IFT122 (ENSTMTG00000019743) RHO (ENSTMTG00000019780) ##22 PLXND1 (ENSTMTG00000019795) TMCC1 (ENSTMTG00000019834) RBSN (ENSTMTG00000019843) MRPS25 (ENSTMTG00000019859) NR2C2 (ENSTMTG00000019882) FGD5 (ENSTMTG00000019978) C3orf20 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ENSCPBG00000014537 LSM3 (ENSCPBG00000014531) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT01050000244882.a.a.b ENSGT00390000011230 ENSGT00950000182824.a.b.a ENSGT00530000063557.a ENSGT00390000014353 ENSGT00940000159835 ENSGT00940000155616 ENSGT00390000004064 ENSGT00940000153393.B ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000158890 ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 ENSGT00390000005194 ENSGT00390000009671 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 21 CAV3 (ENSGEVG00005009176) OXTR (ENSGEVG00005009121) RAD18 (ENSGEVG00005009041) SRGAP3 (ENSGEVG00005007925) THUMPD3 (ENSGEVG00005007694) ENSGEVG00005007674 IRAK2 (ENSGEVG00005007624) TATDN2 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ENSLLEG00000022931 SEC13 (ENSLLEG00000022998) RHO (ENSLLEG00000008001) ##22 ENSLLEG00000008046 PLXND1 (ENSLLEG00000008132) ENSLLEG00000008397 ENSLLEG00000008428 TRH (ENSLLEG00000008447) ENSLLEG00000008473 RBSN (ENSLLEG00000008498) MRPS25 (ENSLLEG00000008585) Coelacanth MODERN SPECIES 636 ENSLACG00000015953 ENSLACG00000015485 USP19 (ENSLACG00000015154) LAMB2 (ENSLACG00000014833) ENSLACG00000014341 ENSLACG00000014041 ENSLACG00000014016 SEC13 (ENSLACG00000013908) CAND2 (ENSLACG00000013720) RPL32 (ENSLACG00000013692) ENSLACG00000013572 ENSLACG00000013513 IFT122 (ENSLACG00000013147) RHO (ENSLACG00000013050) ##22 ENSLACG00000012953 PLXND1 (ENSLACG00000012134) ENSLACG00000011971 TRH (ENSLACG00000009747) RBSN (ENSLACG00000009214) MRPS25 (ENSLACG00000009006) NR2C2 (ENSLACG00000008303) FGD5 (ENSLACG00000006660) CCDC174 (ENSLACG00000003678) Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b ##22 Hagfish MODERN SPECIES 928 rpn1 (ENSEBUG00000002783) ENSEBUG00000007132 ENSEBUG00000003385 ENSEBUG00000004596 ENSEBUG00000006196 ENSEBUG00000008979 iars1 (ENSEBUG00000016686) rho (ENSEBUG00000016733) ##22 ENSEBUG00000012445 ENSEBUG00000015014 ENSEBUG00000005853 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 1109 znf143a (ENSPMAG00000003747) ipo7 (ENSPMAG00000003697) ENSPMAG00000003694 nat10 (ENSPMAG00000003621) ENSPMAG00000003620 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00390000000510 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000162027 ENSGT00730000111591 ENSGT00530000064743 ENSGT00550000074976 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000165441 ENSGT00940000153772.A ENSGT00660000097187 ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000009899.b ENSGT01050000244956.a.b ENSGT00940000155263 ENSGT00940000154380.a Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00390000000510 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000162027 ENSGT00730000111591 ENSGT00530000064743 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000165441 ENSGT00940000153772.A ENSGT00660000097187 ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000009899.b ENSGT01050000244956.a.b ENSGT00940000155263 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000000510 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000162027 ENSGT00730000111591 ENSGT00530000064743 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000165441 ENSGT00940000153772.A ENSGT00660000097187 ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000009899.b ENSGT00940000155263 ENSGT00940000154380.a Amniota ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000160284 ENSGT00940000156551 ENSGT00940000162777 ENSGT00940000153561.b.b ENSGT00940000157610 ENSGT00940000160461 ENSGT00390000003014 ENSGT00950000182939.a.b.a ENSGT00940000165068 ENSGT00940000156265 ENSGT01060000248595.b.a.a ENSGT00940000161995 ENSGT00390000009250 ENSGT00390000004323.a Sauria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153561.b.b ENSGT00940000157610 ENSGT00940000162777.b ENSGT00940000162777.a ENSGT00940000162430 ENSGT00940000156551 ENSGT00940000173712 ENSGT00940000158997 ENSGT00730000111007.a.a ENSGT00940000164333 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159484 ENSGT00940000157206 ENSGT01030000235325 ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00400000022095.a ENSGT00640000091917 ENSGT00390000006835 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006086 ENSGT00970000194206 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000016897 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159484 ENSGT00940000157206 ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00400000022095.a ENSGT00640000091917 ENSGT00390000006835 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006086 ENSGT00970000194206 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000016897 ENSGT00390000013963 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00960000189403.b ENSGT00940000162430.a.a ENSGT00940000162777.a.l ENSGT00940000156551 ENSGT00940000173712 ENSGT00940000158997 ENSGT00730000111007.a.a ENSGT00940000164333 ENSGT00390000016211 ENSGT00530000063702.a ENSGT00390000014443 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159484 ENSGT00940000157206 ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00400000022095.a ENSGT00640000091917 ENSGT00390000006835 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006086 ENSGT00970000194206 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000016897 ENSGT00390000013963 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000162430.a.b ENSGT00940000162777.a.k.a.a.a ENSGT00940000162777.a.k.a.a.b ENSGT00940000162430.a.a ENSGT00940000162777.a.l ENSGT00940000156551 ENSGT00940000173712 ENSGT00940000158997 ENSGT00730000111007.a.a ENSGT00390000016211 ENSGT00530000063702.a ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159484 ENSGT00940000157206 ENSGT00950000182981.b.f.a.e.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00400000022095.a ENSGT00640000091917 ENSGT00390000006835 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006086 ENSGT00970000194206 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000013963 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000162777.a.k.a.a.a ENSGT00940000162777.a.k.a.a.b ENSGT00940000162430.a.a ENSGT00940000162777.a.l ENSGT00940000156551 ENSGT00940000173712 ENSGT00940000158997 ENSGT00730000111007.a.a ENSGT00390000016211 ENSGT00530000063702.a ENSGT00950000182946.cb ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT01010000222360.E.c.l ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c.k ENSGT00940000159926.a ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159484 ENSGT00940000157206 ENSGT00950000182981.b.f.a.e.a ENSGT00400000022095.a ENSGT00640000091917 ENSGT00390000006835 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006086 ENSGT00970000194206 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000013963 ENSGT00940000160121 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 207 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c.k ENSGT00940000159926.a ENSGT00530000063347.B Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 197 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c.k ENSGT00940000159926.a ENSGT00530000063347.B Eastern brown snake MODERN SPECIES 248 ENSPTXG00000014207 OPN1SW (ENSPTXG00000014206) ##22 CALU (ENSPTXG00000014205) IRF5 (ENSPTXG00000014204) TNPO3 (ENSPTXG00000013807) Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 4330 OPN1SW (ENSLLTG00000016447) ##22 Lizard MODERN SPECIES 1424 ENSACAG00000030946 OPN1SW (ENSACAG00000008827) ##22 CALU (ENSACAG00000008928) Laterata ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159484 ENSGT00940000157206 ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00400000022095.a ENSGT00640000091917 ENSGT00390000006835 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006086 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000016897 ENSGT00390000013963 ENSGT00940000160121 Common wall lizard MODERN SPECIES 1 ENSPMRG00000014111 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ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES TMEM209 (ENSGEVG00005006382) KLHDC10 (ENSGEVG00005006423) ZC3HC1 (ENSGEVG00005006460) UBE2H (ENSGEVG00005006498) NRF1 (ENSGEVG00005006539) ENSGEVG00005006597 STRIP2 (ENSGEVG00005006654) AHCYL2 (ENSGEVG00005006985) SMO (ENSGEVG00005007448) TSPAN33 (ENSGEVG00005007520) KCP (ENSGEVG00005007588) ATP6V1FNB (ENSGEVG00005007839) ATP6V1F (ENSGEVG00005007853) FLNC (ENSGEVG00005008504) ENSGEVG00005011240 OPN1SW (ENSGEVG00005011418) ##22 CALU (ENSGEVG00005011482) IRF5 (ENSGEVG00005011520) TNPO3 (ENSGEVG00005011559) ENSGEVG00005011590 ENSGEVG00005011660 ENSGEVG00005011748 ENSGEVG00005011824 ENSGEVG00005012039 ENSGEVG00005012107 ENSGEVG00005012288 ENSGEVG00005012331 ENSGEVG00005012346 ENSGEVG00005012380 ENSGEVG00005012402 ENSGEVG00005000006 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 2205 KCP (ENSCABG00000001788) ENSCABG00000001806 ATP6V1FNB (ENSCABG00000001807) ATP6V1F (ENSCABG00000001811) FLNC 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ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Primates ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00390000013354.d.a.a.a.a ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00390000013354.d.a.a.a.a ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 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(ENSRROG00000024509) AHCYL2 (ENSRROG00000036535) SMO (ENSRROG00000030252) TSPAN33 (ENSRROG00000030869) ENSRROG00000044830 ENSRROG00000002587 TNPO3 (ENSRROG00000039264) IRF5 (ENSRROG00000030142) KCP (ENSRROG00000041604) ATP6V1FNB (ENSRROG00000045325) ATP6V1F (ENSRROG00000041403) FLNC (ENSRROG00000027456) CCDC136 (ENSRROG00000039714) OPN1SW (ENSRROG00000035396) ##22 CALU (ENSRROG00000039876) GARIN1B (ENSRROG00000045564) GARIN1A (ENSRROG00000035800) HILPDA (ENSRROG00000022886) IMPDH1 (ENSRROG00000045406) PRRT4 (ENSRROG00000042520) RBM28 (ENSRROG00000040747) LEP (ENSRROG00000033244) LRRC4 (ENSRROG00000032151) SND1 (ENSRROG00000033020) PAX4 (ENSRROG00000015595) FSCN3 (ENSRROG00000042888) ARF5 (ENSRROG00000041157) GCC1 (ENSRROG00000031945) ENSRROG00000029281 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00390000013354.d.a.a.a.a 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ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00390000013354.d.a.a.a.a ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.u ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Olive baboon MODERN SPECIES 14 ENSPANG00000041876 UBE2H (ENSPANG00000025045) NRF1 (ENSPANG00000020183) SMKR1 (ENSPANG00000019785) STRIP2 (ENSPANG00000001240) AHCYL2 (ENSPANG00000014474) SMO (ENSPANG00000000814) TSPAN33 (ENSPANG00000000813) TNPO3 (ENSPANG00000022226) IRF5 (ENSPANG00000018384) KCP (ENSPANG00000021951) ATP6V1FNB (ENSPANG00000030450) ENSPANG00000021225 FLNC (ENSPANG00000025046) CCDC136 (ENSPANG00000018192) OPN1SW (ENSPANG00000010444) ##22 CALU (ENSPANG00000019818) GARIN1B (ENSPANG00000021952) GARIN1A (ENSPANG00000022684) ENSPANG00000043463 IMPDH1 (ENSPANG00000011996) PRRT4 (ENSPANG00000048387) RBM28 (ENSPANG00000022295) ENSPANG00000049281 LEP (ENSPANG00000000989) SND1 (ENSPANG00000011997) LRRC4 (ENSPANG00000000836) PAX4 (ENSPANG00000010445) FSCN3 (ENSPANG00000022296) ARF5 (ENSPANG00000032970) GCC1 (ENSPANG00000024025) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00390000013354.d.a.a.a.a ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.u ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Sooty mangabey MODERN SPECIES 283 SMKR1 (ENSCATG00000036171) STRIP2 (ENSCATG00000038915) AHCYL2 (ENSCATG00000039735) SMO (ENSCATG00000033618) TSPAN33 (ENSCATG00000032115) ENSCATG00000040381 ENSCATG00000033314 TNPO3 (ENSCATG00000030018) IRF5 (ENSCATG00000042022) ENSCATG00000043121 KCP (ENSCATG00000041916) ATP6V1FNB (ENSCATG00000045123) ATP6V1F (ENSCATG00000033101) FLNC (ENSCATG00000045130) CCDC136 (ENSCATG00000044881) OPN1SW (ENSCATG00000036352) ##22 CALU (ENSCATG00000045109) GARIN1B (ENSCATG00000040551) GARIN1A (ENSCATG00000035689) HILPDA (ENSCATG00000014956) IMPDH1 (ENSCATG00000044375) PRRT4 (ENSCATG00000039412) RBM28 (ENSCATG00000040497) LEP (ENSCATG00000031090) LRRC4 (ENSCATG00000039367) SND1 (ENSCATG00000035214) PAX4 (ENSCATG00000019674) FSCN3 (ENSCATG00000033014) ARF5 (ENSCATG00000010217) GCC1 (ENSCATG00000035591) ZNF800 (ENSCATG00000043593) Drill MODERN SPECIES 1191 NRF1 (ENSMLEG00000044405) SMKR1 (ENSMLEG00000030285) STRIP2 (ENSMLEG00000036316) AHCYL2 (ENSMLEG00000043174) SMO (ENSMLEG00000014098) TSPAN33 (ENSMLEG00000034615) ENSMLEG00000035786 ENSMLEG00000007953 TNPO3 (ENSMLEG00000037881) IRF5 (ENSMLEG00000030409) KCP (ENSMLEG00000044089) ATP6V1FNB (ENSMLEG00000038182) ATP6V1F (ENSMLEG00000037581) FLNC (ENSMLEG00000042309) CCDC136 (ENSMLEG00000028513) OPN1SW (ENSMLEG00000031571) ##22 CALU (ENSMLEG00000043790) GARIN1B (ENSMLEG00000036468) ENSMLEG00000035321 HILPDA (ENSMLEG00000027323) IMPDH1 (ENSMLEG00000037858) ENSMLEG00000006201 RBM28 (ENSMLEG00000037717) LEP (ENSMLEG00000041444) SND1 (ENSMLEG00000029040) LRRC4 (ENSMLEG00000005660) PAX4 (ENSMLEG00000039701) FSCN3 (ENSMLEG00000008758) ARF5 (ENSMLEG00000039540) GCC1 (ENSMLEG00000031210) ZNF800 (ENSMLEG00000021544) Macaca ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.u ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT00950000182810.A.a.a.mb.a Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 95 ENSMNEG00000001209 CCDC136 (ENSMNEG00000032492) OPN1SW (ENSMNEG00000036912) ##22 CALU (ENSMNEG00000029701) GARIN1B (ENSMNEG00000028954) GARIN1A (ENSMNEG00000028708) IMPDH1 (ENSMNEG00000031042) PRRT4 (ENSMNEG00000031115) RBM28 (ENSMNEG00000036970) LEP (ENSMNEG00000034814) SND1 (ENSMNEG00000039808) LRRC4 (ENSMNEG00000037000) PAX4 (ENSMNEG00000043809) FSCN3 (ENSMNEG00000042501) ARF5 (ENSMNEG00000040893) GCC1 (ENSMNEG00000043499) ZNF800 (ENSMNEG00000041752) ENSMNEG00000003199 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.u ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000163244.d.b.a.b.b.b.b.a.b.a ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 13 SMKR1 (ENSMFAG00000039339) STRIP2 (ENSMFAG00000041411) AHCYL2 (ENSMFAG00000039128) SMO (ENSMFAG00000045402) ENSMFAG00000054840 TSPAN33 (ENSMFAG00000038610) ENSMFAG00000052465 TNPO3 (ENSMFAG00000032385) IRF5 (ENSMFAG00000043616) ENSMFAG00000037942 KCP (ENSMFAG00000035427) ATP6V1FNB (ENSMFAG00000038017) ENSMFAG00000049671 FLNC (ENSMFAG00000001934) CCDC136 (ENSMFAG00000001602) OPN1SW (ENSMFAG00000036697) ##22 CALU (ENSMFAG00000033268) GARIN1B (ENSMFAG00000000842) GARIN1A (ENSMFAG00000045927) ENSMFAG00000050825 IMPDH1 (ENSMFAG00000035403) ENSMFAG00000046010 RBM28 (ENSMFAG00000031036) LEP (ENSMFAG00000044033) LRRC4 (ENSMFAG00000040001) SND1 (ENSMFAG00000038114) PAX4 (ENSMFAG00000040823) FSCN3 (ENSMFAG00000036958) ARF5 (ENSMFAG00000019772) ENSMFAG00000038295 ZNF800 (ENSMFAG00000000453) Rhesus MODERN SPECIES 13 UBE2H (ENSMMUG00000017542) NRF1 (ENSMMUG00000041919) SMKR1 (ENSMMUG00000058224) STRIP2 (ENSMMUG00000019359) AHCYL2 (ENSMMUG00000019358) SMO (ENSMMUG00000012110) TSPAN33 (ENSMMUG00000012109) TNPO3 (ENSMMUG00000004311) IRF5 (ENSMMUG00000018478) ENSMMUG00000058562 KCP (ENSMMUG00000006306) ATP6V1FNB (ENSMMUG00000054920) ENSMMUG00000039360 FLNC (ENSMMUG00000006296) CCDC136 (ENSMMUG00000009625) OPN1SW (ENSMMUG00000060185) ##22 CALU (ENSMMUG00000009616) GARIN1B (ENSMMUG00000009612) GARIN1A (ENSMMUG00000014512) ENSMMUG00000059386 IMPDH1 (ENSMMUG00000014509) PRRT4 (ENSMMUG00000037473) RBM28 (ENSMMUG00000007250) LEP (ENSMMUG00000005322) ENSMMUG00000055746 LRRC4 (ENSMMUG00000015436) SND1 (ENSMMUG00000015432) PAX4 (ENSMMUG00000015429) FSCN3 (ENSMMUG00000015427) ARF5 (ENSMMUG00000046381) GCC1 (ENSMMUG00000015421) Vervet Monkey MODERN SPECIES 13 ZC3HC1 (ENSCSAG00000009881) UBE2H (ENSCSAG00000009886) NRF1 (ENSCSAG00000009893) ENSCSAG00000019139 SMKR1 (ENSCSAG00000009896) STRIP2 (ENSCSAG00000009916) AHCYL2 (ENSCSAG00000009928) SMO (ENSCSAG00000009935) TSPAN33 (ENSCSAG00000009943) ENSCSAG00000019138 TNPO3 (ENSCSAG00000009966) IRF5 (ENSCSAG00000009970) ATP6V1F (ENSCSAG00000009973) FLNC (ENSCSAG00000009985) CCDC136 (ENSCSAG00000010021) OPN1SW (ENSCSAG00000010043) ##22 CALU (ENSCSAG00000010054) GARIN1B (ENSCSAG00000010065) GARIN1A (ENSCSAG00000010068) HILPDA (ENSCSAG00000010075) IMPDH1 (ENSCSAG00000010128) PRRT4 (ENSCSAG00000010151) RBM28 (ENSCSAG00000010161) LEP (ENSCSAG00000010170) LRRC4 (ENSCSAG00000019137) SND1 (ENSCSAG00000010182) PAX4 (ENSCSAG00000010195) FSCN3 (ENSCSAG00000010205) ARF5 (ENSCSAG00000010208) GCC1 (ENSCSAG00000010213) ZNF800 (ENSCSAG00000010217) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00510000046985.h.b.a.a.a ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Hominidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00510000046985.h.b.a.a.a ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.y.a ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00940000153487.b.a.f ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00390000013354.d.a.a.a.a ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.y.a ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00910000147243 ENSGT00940000156059.k ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b Gorilla MODERN SPECIES 20 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(ENSG00000205085) METTL2B (ENSG00000165055) HILPDA (ENSG00000135245) IMPDH1 (ENSG00000106348) PRRT4 (ENSG00000224940) RBM28 (ENSG00000106344) LEP (ENSG00000174697) LRRC4 (ENSG00000128594) SND1 (ENSG00000197157) PAX4 (ENSG00000106331) FSCN3 (ENSG00000106328) ARF5 (ENSG00000004059) GCC1 (ENSG00000179562) Pan ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00940000153487.b.a.f ENSGT00390000003721.d.a.d ENSGT00390000013354.d.a.a.a.a ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.y.a.a ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000156059.l.b ENSGT00940000161358.c.a ENSGT00940000156059.k ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.n.a.b ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 Chimpanzee MODERN SPECIES 20 ENSPTRG00000048623 STRIP2 (ENSPTRG00000019682) AHCYL2 (ENSPTRG00000019681) SMO (ENSPTRG00000019680) TSPAN33 (ENSPTRG00000019678) ENSPTRG00000042432 ENSPTRG00000043840 ENSPTRG00000050813 TNPO3 (ENSPTRG00000019676) IRF5 (ENSPTRG00000019675) KCP (ENSPTRG00000045199) ATP6V1FNB (ENSPTRG00000050196) ATP6V1F (ENSPTRG00000019672) FLNC (ENSPTRG00000019671) CCDC136 (ENSPTRG00000019670) OPN1SW (ENSPTRG00000019669) ##22 CALU (ENSPTRG00000050961) GARIN1B (ENSPTRG00000019667) GARIN1A (ENSPTRG00000028396) ENSPTRG00000019664 ENSPTRG00000049622 HILPDA (ENSPTRG00000043255) IMPDH1 (ENSPTRG00000019660) PRRT4 (ENSPTRG00000041628) RBM28 (ENSPTRG00000019659) ENSPTRG00000044947 LEP (ENSPTRG00000047519) LRRC4 (ENSPTRG00000019656) SND1 (ENSPTRG00000023911) PAX4 (ENSPTRG00000019653) FSCN3 (ENSPTRG00000019652) Bonobo MODERN SPECIES 20 UBE2H (ENSPPAG00000040966) NRF1 (ENSPPAG00000040353) STRIP2 (ENSPPAG00000036173) AHCYL2 (ENSPPAG00000039508) SMO (ENSPPAG00000032237) TSPAN33 (ENSPPAG00000029860) ENSPPAG00000026536 ENSPPAG00000010380 TNPO3 (ENSPPAG00000034975) IRF5 (ENSPPAG00000031382) KCP (ENSPPAG00000001412) ATP6V1FNB (ENSPPAG00000034113) ENSPPAG00000027671 FLNC (ENSPPAG00000035541) CCDC136 (ENSPPAG00000038709) OPN1SW (ENSPPAG00000040601) ##22 CALU (ENSPPAG00000028481) ENSPPAG00000041706 GARIN1A (ENSPPAG00000036357) ENSPPAG00000041977 HILPDA (ENSPPAG00000022117) IMPDH1 (ENSPPAG00000037421) ENSPPAG00000030645 RBM28 (ENSPPAG00000041730) ENSPPAG00000001828 LEP (ENSPPAG00000035749) LRRC4 (ENSPPAG00000029697) SND1 (ENSPPAG00000042947) PAX4 (ENSPPAG00000033297) FSCN3 (ENSPPAG00000043161) ARF5 (ENSPPAG00000037755) Orangutan MODERN SPECIES 20 ZC3HC1 (ENSPPYG00000017998) UBE2H (ENSPPYG00000039929) NRF1 (ENSPPYG00000017996) SMKR1 (ENSPPYG00000040980) STRIP2 (ENSPPYG00000017995) AHCYL2 (ENSPPYG00000017994) SMO (ENSPPYG00000017993) TSPAN33 (ENSPPYG00000017992) TNPO3 (ENSPPYG00000017990) IRF5 (ENSPPYG00000017989) KCP (ENSPPYG00000017988) 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ENSNLEG00000012374 ENSNLEG00000012368 HILPDA (ENSNLEG00000028127) ENSNLEG00000012341 PRRT4 (ENSNLEG00000012335) RBM28 (ENSNLEG00000012307) LEP (ENSNLEG00000012302) LRRC4 (ENSNLEG00000035843) SND1 (ENSNLEG00000012263) PAX4 (ENSNLEG00000012257) FSCN3 (ENSNLEG00000012245) ENSNLEG00000030696 GCC1 (ENSNLEG00000012234) ZNF800 (ENSNLEG00000012232) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.m ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Cebidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d.m ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Marmoset MODERN SPECIES 20 NRF1 (ENSCJAG00000010505) SMKR1 (ENSCJAG00000043602) STRIP2 (ENSCJAG00000010399) AHCYL2 (ENSCJAG00000010323) ENSCJAG00000085310 SMO (ENSCJAG00000010304) TSPAN33 (ENSCJAG00000010295) TNPO3 (ENSCJAG00000018085) IRF5 (ENSCJAG00000018061) KCP (ENSCJAG00000018035) ENSCJAG00000078135 ATP6V1FNB (ENSCJAG00000045477) ATP6V1F (ENSCJAG00000046281) FLNC (ENSCJAG00000017889) CCDC136 (ENSCJAG00000017866) OPN1SW (ENSCJAG00000017852) ##22 CALU (ENSCJAG00000017825) GARIN1B (ENSCJAG00000017818) ENSCJAG00000070472 GARIN1A (ENSCJAG00000017814) ENSCJAG00000072209 ENSCJAG00000017770 PRRT4 (ENSCJAG00000041855) RBM28 (ENSCJAG00000017731) LEP (ENSCJAG00000017729) SND1 (ENSCJAG00000017668) LRRC4 (ENSCJAG00000045218) PAX4 (ENSCJAG00000017652) FSCN3 (ENSCJAG00000017639) ARF5 (ENSCJAG00000017604) GCC1 (ENSCJAG00000017602) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d.m ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00550000076332 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 44 UBE2H (ENSSBOG00000003551) ENSSBOG00000016230 NRF1 (ENSSBOG00000022785) SMKR1 (ENSSBOG00000023260) STRIP2 (ENSSBOG00000026530) AHCYL2 (ENSSBOG00000027053) SMO (ENSSBOG00000034649) TSPAN33 (ENSSBOG00000026557) TNPO3 (ENSSBOG00000029642) IRF5 (ENSSBOG00000024381) KCP (ENSSBOG00000024349) ATP6V1FNB (ENSSBOG00000021896) ATP6V1F (ENSSBOG00000029644) FLNC (ENSSBOG00000025708) CCDC136 (ENSSBOG00000028704) OPN1SW (ENSSBOG00000022139) ##22 CALU (ENSSBOG00000025729) GARIN1B (ENSSBOG00000031604) ENSSBOG00000022858 ENSSBOG00000002650 PRRT4 (ENSSBOG00000025268) RBM28 (ENSSBOG00000012308) ENSSBOG00000035277 LEP (ENSSBOG00000014945) SND1 (ENSSBOG00000032461) LRRC4 (ENSSBOG00000022816) PAX4 (ENSSBOG00000023750) FSCN3 (ENSSBOG00000035306) ARF5 (ENSSBOG00000021669) GCC1 (ENSSBOG00000021698) ZNF800 (ENSSBOG00000028846) Capuchin MODERN SPECIES 219 SMKR1 (ENSCCAG00000035007) STRIP2 (ENSCCAG00000034944) ENSCCAG00000030747 AHCYL2 (ENSCCAG00000024928) SMO (ENSCCAG00000014906) TSPAN33 (ENSCCAG00000016865) TNPO3 (ENSCCAG00000033826) IRF5 (ENSCCAG00000027172) KCP (ENSCCAG00000024511) ATP6V1FNB (ENSCCAG00000033294) ENSCCAG00000034897 FLNC (ENSCCAG00000022550) CCDC136 (ENSCCAG00000034758) OPN1SW (ENSCCAG00000037669) ##22 CALU (ENSCCAG00000037513) FAM71F1 (ENSCCAG00000032023) FAM71F2 (ENSCCAG00000028902) IMPDH (ENSCCAG00000020872) PRRT4 (ENSCCAG00000024784) RBM28 (ENSCCAG00000035105) ENSCCAG00000022053 LEP (ENSCCAG00000032161) ENSCCAG00000025380 LRRC4 (ENSCCAG00000002650) ENSCCAG00000014968 SND1 (ENSCCAG00000036847) PAX4 (ENSCCAG00000005730) FSCN3 (ENSCCAG00000026519) ENSCCAG00000027943 Mas night monkey MODERN SPECIES 299 UBE2H (ENSANAG00000037214) NRF1 (ENSANAG00000023619) STRIP2 (ENSANAG00000018966) AHCYL2 (ENSANAG00000037152) ENSANAG00000029950 SMO (ENSANAG00000020298) TSPAN33 (ENSANAG00000036420) TNPO3 (ENSANAG00000037940) IRF5 (ENSANAG00000038213) ENSANAG00000038296 KCP (ENSANAG00000037944) ATP6V1FNB (ENSANAG00000037209) ATP6V1F (ENSANAG00000030314) FLNC (ENSANAG00000026943) CCDC136 (ENSANAG00000022224) OPN1SW (ENSANAG00000021023) ##22 CALU (ENSANAG00000035615) GARIN1B (ENSANAG00000027825) GARIN1A (ENSANAG00000029574) ENSANAG00000025900 ENSANAG00000037340 PRRT4 (ENSANAG00000009262) RBM28 (ENSANAG00000033922) ENSANAG00000026541 LEP (ENSANAG00000026453) LRRC4 (ENSANAG00000022458) SND1 (ENSANAG00000034463) PAX4 (ENSANAG00000036211) FSCN3 (ENSANAG00000030175) ARF5 (ENSANAG00000026446) GCC1 (ENSANAG00000026102) Tarsier MODERN SPECIES 5404 GRK3 (ENSTSYG00000007859) MYO18B (ENSTSYG00000002448) SEZ6L (ENSTSYG00000011898) ASPHD2 (ENSTSYG00000008057) SMO (ENSTSYG00000033887) TSPAN33 (ENSTSYG00000004914) TNPO3 (ENSTSYG00000002989) ENSTSYG00000036632 IRF5 (ENSTSYG00000032877) KCP (ENSTSYG00000031612) ATP6V1FNB (ENSTSYG00000033671) ATP6V1F (ENSTSYG00000001415) FLNC (ENSTSYG00000012835) CCDC136 (ENSTSYG00000004111) OPN1SW (ENSTSYG00000009677) ##22 CALU (ENSTSYG00000009674) GARIN1B (ENSTSYG00000012829) FAM71F2 (ENSTSYG00000013591) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b Mouse lemur MODERN SPECIES 2 UBE2H (ENSMICG00000044025) NRF1 (ENSMICG00000004218) ENSMICG00000047458 SMKR1 (ENSMICG00000045930) STRIP2 (ENSMICG00000015996) AHCYL2 (ENSMICG00000015985) SMO (ENSMICG00000015350) TSPAN33 (ENSMICG00000015338) TNPO3 (ENSMICG00000000140) IRF5 (ENSMICG00000000138) KCP (ENSMICG00000000136) ATP6V1FNB (ENSMICG00000041907) ATP6V1F (ENSMICG00000046492) FLNC (ENSMICG00000000126) CCDC136 (ENSMICG00000000123) OPN1SW (ENSMICG00000045275) ##22 CALU (ENSMICG00000000120) GARIN1B (ENSMICG00000036122) GARIN1A (ENSMICG00000000114) IMPDH1 (ENSMICG00000000111) PRRT4 (ENSMICG00000027302) RBM28 (ENSMICG00000000107) LEP (ENSMICG00000031814) SND1 (ENSMICG00000000097) LRRC4 (ENSMICG00000000102) PAX4 (ENSMICG00000000095) FSCN3 (ENSMICG00000000092) ARF5 (ENSMICG00000000091) GCC1 (ENSMICG00000037038) ZNF800 (ENSMICG00000030435) GRM8 (ENSMICG00000008884) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 111 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.q ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1458 ATP6V1FNB (ENSPSMG00000012143) ENSPSMG00000012139 FLNC (ENSPSMG00000012127) CCDC136 (ENSPSMG00000012065) OPN1SW (ENSPSMG00000012026) ##22 CALU (ENSPSMG00000012001) GARIN1B (ENSPSMG00000011971) ENSPSMG00000011953 GARIN1A (ENSPSMG00000011948) ENSPSMG00000011938 ENSPSMG00000011932 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 1007 UBE2H (ENSPCOG00000023838) NRF1 (ENSPCOG00000025682) SMKR1 (ENSPCOG00000022145) STRIP2 (ENSPCOG00000027430) AHCYL2 (ENSPCOG00000019538) SMO (ENSPCOG00000026716) TSPAN33 (ENSPCOG00000018235) ENSPCOG00000016900 TNPO3 (ENSPCOG00000023901) IRF5 (ENSPCOG00000011325) KCP (ENSPCOG00000017217) ATP6V1FNB (ENSPCOG00000021691) ATP6V1F (ENSPCOG00000015785) FLNC (ENSPCOG00000017493) CCDC136 (ENSPCOG00000019053) OPN1SW (ENSPCOG00000020982) ##22 CALU (ENSPCOG00000027459) GARIN1B (ENSPCOG00000019037) GARIN1A (ENSPCOG00000026970) IMPDH1 (ENSPCOG00000017804) PRRT4 (ENSPCOG00000014989) RBM28 (ENSPCOG00000016797) LEP (ENSPCOG00000014023) LRRC4 (ENSPCOG00000019833) ENSPCOG00000021188 SND1 (ENSPCOG00000026791) PAX4 (ENSPCOG00000019659) FSCN3 (ENSPCOG00000006185) ARF5 (ENSPCOG00000027640) GCC1 (ENSPCOG00000013515) MRPS30 (ENSPCOG00000018431) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Tree shrew MODERN SPECIES 5251 OPN1SW (ENSTBEG00000004393) ##22 CALU (ENSTBEG00000004111) GARIN1B (ENSTBEG00000003158) GARIN1A (ENSTBEG00000002423) Glires ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.`b ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Rabbit MODERN SPECIES 18 NRF1 (ENSOCUG00000012174) SMKR1 (ENSOCUG00000036751) ENSOCUG00000037307 STRIP2 (ENSOCUG00000008316) AHCYL2 (ENSOCUG00000011749) SMO (ENSOCUG00000013176) ENSOCUG00000027421 TSPAN33 (ENSOCUG00000013168) TNPO3 (ENSOCUG00000010105) IRF5 (ENSOCUG00000010101) KCP (ENSOCUG00000017565) ATP6V1FNB (ENSOCUG00000032998) ENSOCUG00000014136 FLNC (ENSOCUG00000011942) CCDC136 (ENSOCUG00000008182) OPN1SW (ENSOCUG00000008173) ##22 CALU (ENSOCUG00000008167) GARIN1B (ENSOCUG00000008160) GARIN1A (ENSOCUG00000013274) ENSOCUG00000013266 HILPDA (ENSOCUG00000011823) IMPDH1 (ENSOCUG00000003015) RBM28 (ENSOCUG00000003009) PRRT4 (ENSOCUG00000039585) LEP (ENSOCUG00000010189) SND1 (ENSOCUG00000001620) LRRC4 (ENSOCUG00000015121) PAX4 (ENSOCUG00000001612) FSCN3 (ENSOCUG00000001609) ARF5 (ENSOCUG00000024365) GCC1 (ENSOCUG00000006344) Pika MODERN SPECIES 40 ATP6V1F (ENSOPRG00000015367) FLNC (ENSOPRG00000015288) CCDC136 (ENSOPRG00000015246) OPN1SW (ENSOPRG00000015235) ##22 CALU (ENSOPRG00000015222) GARIN1B (ENSOPRG00000015209) IMPDH1 (ENSOPRG00000015168) RBM28 (ENSOPRG00000015140) ENSOPRG00000015136 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Kangaroo rat MODERN SPECIES 367 Nrf1 (ENSDORG00000016661) Strip2 (ENSDORG00000004127) Ahcyl2 (ENSDORG00000013584) ENSDORG00000027273 Smo (ENSDORG00000005306) Tspan33 (ENSDORG00000006516) Tnpo3 (ENSDORG00000002433) Irf5 (ENSDORG00000010627) Kcp (ENSDORG00000015865) Atp6v1fnb (ENSDORG00000026486) Atp6v1f (ENSDORG00000028428) Flnc (ENSDORG00000011105) Ccdc136 (ENSDORG00000011103) Opn1sw (ENSDORG00000015986) ##22 Calu (ENSDORG00000015990) Garin1b (ENSDORG00000007174) Garin1a (ENSDORG00000010506) Impdh1 (ENSDORG00000015870) Prrt4 (ENSDORG00000028011) ENSDORG00000028147 Rbm28 (ENSDORG00000004184) Lep (ENSDORG00000004170) Snd1 (ENSDORG00000000336) Lrrc4 (ENSDORG00000023470) Pax4 (ENSDORG00000000332) Fscn3 (ENSDORG00000000330) Gcc1 (ENSDORG00000024135) Zfp800 (ENSDORG00000029548) Grm8 (ENSDORG00000006238) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c 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ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Mouse MODERN SPECIES 15 Klhdc10 (ENSMUSG00000029775) Zc3hc1 (ENSMUSG00000039130) Ube2h 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ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 spretus MODERN SPECIES 15 Klhdc10 (MGP_SPRETEiJ_G0029184) Zc3hc1 (MGP_SPRETEiJ_G0029183) Ube2h (MGP_SPRETEiJ_G0029182) Nrf1 (MGP_SPRETEiJ_G0029181) Strip2 (MGP_SPRETEiJ_G0029180) Ahcyl2 (MGP_SPRETEiJ_G0029179) Smo (MGP_SPRETEiJ_G0029178) Tspan33 (MGP_SPRETEiJ_G0029177) Tnpo3 (MGP_SPRETEiJ_G0029176) Irf5 (MGP_SPRETEiJ_G0029175) Kcp (MGP_SPRETEiJ_G0029174) Atp6v1fnb (MGP_SPRETEiJ_G0029173) Atp6v1f (MGP_SPRETEiJ_G0029172) Flnc (MGP_SPRETEiJ_G0029171) Ccdc136 (MGP_SPRETEiJ_G0029170) Opn1sw 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(MGP_CAROLIEiJ_G0028166) Hilpda (MGP_CAROLIEiJ_G0028165) Impdh1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028164) Prrt4 (MGP_CAROLIEiJ_G0028163) Rbm28 (MGP_CAROLIEiJ_G0028162) Lep (MGP_CAROLIEiJ_G0028161) Lrrc4 (MGP_CAROLIEiJ_G0028160) Snd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028159) Pax4 (MGP_CAROLIEiJ_G0028158) Fscn3 (MGP_CAROLIEiJ_G0028157) Arf5 (MGP_CAROLIEiJ_G0028156) Gcc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028155) Zfp800 (MGP_CAROLIEiJ_G0028154) Shrew mouse MODERN SPECIES 11 Ube2h (MGP_PahariEiJ_G0021940) Nrf1 (MGP_PahariEiJ_G0021939) Strip2 (MGP_PahariEiJ_G0021938) Ahcyl2 (MGP_PahariEiJ_G0021937) Smo (MGP_PahariEiJ_G0021936) MGP_PahariEiJ_G0002044 MGP_PahariEiJ_G0002043 Tspan33 (MGP_PahariEiJ_G0021935) Tnpo3 (MGP_PahariEiJ_G0021934) Irf5 (MGP_PahariEiJ_G0021933) Kcp (MGP_PahariEiJ_G0021932) Atp6v1fnb (MGP_PahariEiJ_G0021931) Atp6v1f (MGP_PahariEiJ_G0021930) Flnc (MGP_PahariEiJ_G0021929) Ccdc136 (MGP_PahariEiJ_G0021928) Opn1sw (MGP_PahariEiJ_G0021927) ##22 Calu (MGP_PahariEiJ_G0021926) Garin1b (MGP_PahariEiJ_G0021925) Garin1a 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(ENSNGAG00000019454) ENSNGAG00000008360 Pax4 (ENSNGAG00000018745) Fscn3 (ENSNGAG00000010217) Arf5 (ENSNGAG00000011743) Gcc1 (ENSNGAG00000017580) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 81 Cpa4 (ENSJJAG00000000289) Ssmem1 (ENSJJAG00000023921) ENSJJAG00000012506 Klhdc10 (ENSJJAG00000012472) ENSJJAG00000008041 Strip2 (ENSJJAG00000021639) Ahcyl2 (ENSJJAG00000009214) Smo (ENSJJAG00000000655) Tspan33 (ENSJJAG00000002952) Tnpo3 (ENSJJAG00000013530) Irf5 (ENSJJAG00000018231) Atp6v1fnb (ENSJJAG00000023149) Atp6v1f (ENSJJAG00000023984) Flnc (ENSJJAG00000017159) ENSJJAG00000023327 Opn1sw (ENSJJAG00000000331) ##22 Calu (ENSJJAG00000019710) Garin1b (ENSJJAG00000011943) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 5 UBE2H (ENSHGLG00000033292) NRF1 (ENSHGLG00000005939) ENSHGLG00000026519 STRIP2 (ENSHGLG00000003806) AHCYL2 (ENSHGLG00000007569) SMO (ENSHGLG00000004118) TSPAN33 (ENSHGLG00000004629) ENSHGLG00000032102 TNPO3 (ENSHGLG00000004463) IRF5 (ENSHGLG00000008448) ATP6V1FNB (ENSHGLG00000045075) ENSHGLG00000003789 FLNC (ENSHGLG00000007789) CCDC136 (ENSHGLG00000010818) ENSHGLG00000017204 OPN1SW (ENSHGLG00000012102) ##22 GARIN1B (ENSHGLG00000014946) GARIN1A (ENSHGLG00000013393) ENSHGLG00000045038 ENSHGLG00000003834 PRRT4 (ENSHGLG00000004653) RBM28 (ENSHGLG00000005409) LEP (ENSHGLG00000042168) ENSHGLG00000042470 SND1 (ENSHGLG00000003618) LRRC4 (ENSHGLG00000004237) PAX4 (ENSHGLG00000004644) FSCN3 (ENSHGLG00000006438) ARF5 (ENSHGLG00000007494) GCC1 (ENSHGLG00000050471) ZNF800 (ENSHGLG00000003680) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Guinea pig MODERN SPECIES 11 KLHDC10 (ENSCPOG00000003674) ZC3HC1 (ENSCPOG00000014034) UBE2H (ENSCPOG00000030275) NRF1 (ENSCPOG00000009384) STRIP2 (ENSCPOG00000025878) AHCYL2 (ENSCPOG00000021923) SMO (ENSCPOG00000013127) TSPAN33 (ENSCPOG00000026557) TNPO3 (ENSCPOG00000039784) IRF5 (ENSCPOG00000000246) KCP (ENSCPOG00000025035) ATP6V1FNB (ENSCPOG00000038022) ATP6V1F (ENSCPOG00000040466) FLNC (ENSCPOG00000001395) CCDC136 (ENSCPOG00000007170) OPN1SW (ENSCPOG00000010209) ##22 CALU (ENSCPOG00000010201) GARIN1B (ENSCPOG00000003688) GARIN1A (ENSCPOG00000020934) ENSCPOG00000037525 HILPDA (ENSCPOG00000037851) IMPDH1 (ENSCPOG00000006264) PRRT4 (ENSCPOG00000040639) RBM28 (ENSCPOG00000006253) LEP (ENSCPOG00000034742) LRRC4 (ENSCPOG00000032605) SND1 (ENSCPOG00000006251) PAX4 (ENSCPOG00000006244) FSCN3 (ENSCPOG00000005661) ARF5 (ENSCPOG00000006239) GCC1 (ENSCPOG00000038340) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 186 ENSCLAG00000014939 UBE2H (ENSCLAG00000014785) NRF1 (ENSCLAG00000011653) STRIP2 (ENSCLAG00000006452) ENSCLAG00000005979 AHCYL2 (ENSCLAG00000010097) SMO (ENSCLAG00000012672) TSPAN33 (ENSCLAG00000015056) TNPO3 (ENSCLAG00000016298) IRF5 (ENSCLAG00000010292) KCP (ENSCLAG00000008238) ATP6V1FNB (ENSCLAG00000008131) ATP6V1F (ENSCLAG00000007944) FLNC (ENSCLAG00000004512) ENSCLAG00000006490 OPN1SW (ENSCLAG00000006304) ##22 CALU (ENSCLAG00000005800) GARIN1B (ENSCLAG00000005300) GARIN1A (ENSCLAG00000005230) ENSCLAG00000005074 IMPDH1 (ENSCLAG00000004262) PRRT4 (ENSCLAG00000003937) RBM28 (ENSCLAG00000003707) LEP (ENSCLAG00000003590) LRRC4 (ENSCLAG00000003547) SND1 (ENSCLAG00000011796) PAX4 (ENSCLAG00000008291) FSCN3 (ENSCLAG00000008067) ARF5 (ENSCLAG00000007930) GCC1 (ENSCLAG00000007735) ZNF800 (ENSCLAG00000007288) Degu MODERN SPECIES 201 STRIP2 (ENSODEG00000014429) AHCYL2 (ENSODEG00000014499) ENSODEG00000020258 ENSODEG00000020155 ENSODEG00000012926 SMO (ENSODEG00000012811) TSPAN33 (ENSODEG00000012549) ENSODEG00000013695 TNPO3 (ENSODEG00000012826) IRF5 (ENSODEG00000013467) KCP (ENSODEG00000012598) ATP6V1FNB (ENSODEG00000012220) ATP6V1F (ENSODEG00000013471) FLNC (ENSODEG00000012609) ENSODEG00000013040 OPN1SW (ENSODEG00000013213) ##22 CALU (ENSODEG00000011897) GARIN1B (ENSODEG00000011956) GARIN1A (ENSODEG00000012901) IMPDH1 (ENSODEG00000013707) PRRT4 (ENSODEG00000013465) ENSODEG00000013217 LEP (ENSODEG00000012966) LRRC4 (ENSODEG00000013567) SND1 (ENSODEG00000011502) PAX4 (ENSODEG00000015565) FSCN3 (ENSODEG00000011950) ARF5 (ENSODEG00000011800) GCC1 (ENSODEG00000011696) ZNF800 (ENSODEG00000012385) GRM8 (ENSODEG00000012191) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT01050000244841.A.b.b.a ENSGT00390000004586 ENSGT00550000074907 ENSGT00390000011863.d ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.a ENSGT00510000047522 ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b ENSGT00550000074844 ENSGT00940000156003 ENSGT00940000162514 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000153314.a.a ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Alpin marmot MODERN SPECIES 22 HBP1 (ENSMMMG00000016540) GPR22 (ENSMMMG00000016530) COG5 (ENSMMMG00000016519) DUS4L (ENSMMMG00000016513) BCAP29 (ENSMMMG00000016504) SLC26A4 (ENSMMMG00000016494) CBLL1 (ENSMMMG00000016477) SLC26A3 (ENSMMMG00000016464) DLD (ENSMMMG00000016446) LAMB1 (ENSMMMG00000016413) LAMB4 (ENSMMMG00000016384) ATP6V1FNB (ENSMMMG00000016351) ATP6V1F (ENSMMMG00000016346) FLNC (ENSMMMG00000016242) CCDC136 (ENSMMMG00000015944) OPN1SW (ENSMMMG00000015924) ##22 CALU (ENSMMMG00000015910) GARIN1B (ENSMMMG00000015890) GARIN1A (ENSMMMG00000015879) HILPDA (ENSMMMG00000015877) IMPDH1 (ENSMMMG00000015789) PRRT4 (ENSMMMG00000015777) RBM28 (ENSMMMG00000015736) LEP (ENSMMMG00000015724) ENSMMMG00000015714 LRRC4 (ENSMMMG00000015704) SND1 (ENSMMMG00000015627) ENSMMMG00000015616 PAX4 (ENSMMMG00000015595) FSCN3 (ENSMMMG00000015585) ARF5 (ENSMMMG00000015574) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT01050000244841.A.b.b.a ENSGT00390000004586 ENSGT00550000074907 ENSGT00390000011863.d ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.a ENSGT00510000047522 ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b ENSGT00550000074844 ENSGT00940000156003 ENSGT00940000162514 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000153314.a.a ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Squirrel MODERN SPECIES 79 GPR22 (ENSSTOG00000023580) COG5 (ENSSTOG00000034441) DUS4L (ENSSTOG00000000212) BCAP29 (ENSSTOG00000000215) SLC26A4 (ENSSTOG00000010945) CBLL1 (ENSSTOG00000027668) SLC26A3 (ENSSTOG00000010967) DLD (ENSSTOG00000007445) LAMB1 (ENSSTOG00000007474) LAMB4 (ENSSTOG00000031581) KCP (ENSSTOG00000014371) ATP6V1FNB (ENSSTOG00000024361) ATP6V1F (ENSSTOG00000014368) FLNC (ENSSTOG00000014349) ENSSTOG00000014335 OPN1SW (ENSSTOG00000026017) ##22 CALU (ENSSTOG00000022028) GARIN1B (ENSSTOG00000026261) GARIN1A (ENSSTOG00000008506) HILPDA (ENSSTOG00000029766) IMPDH1 (ENSSTOG00000002177) PRRT4 (ENSSTOG00000023582) RBM28 (ENSSTOG00000002169) LEP (ENSSTOG00000027970) LRRC4 (ENSSTOG00000021081) SND1 (ENSSTOG00000002140) PAX4 (ENSSTOG00000002127) FSCN3 (ENSSTOG00000002115) ARF5 (ENSSTOG00000002104) GCC1 (ENSSTOG00000002099) ZNF800 (ENSSTOG00000023294) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 501 ATP6V1FNB (ENSUPAG00010002399) ATP6V1F (ENSUPAG00010002394) FLNC (ENSUPAG00010002251) CCDC136 (ENSUPAG00010002072) OPN1SW (ENSUPAG00010002051) ##22 CALU (ENSUPAG00010002015) GARIN1B (ENSUPAG00010001974) GARIN1A (ENSUPAG00010001961) HILPDA (ENSUPAG00010001958) IMPDH1 (ENSUPAG00010001856) PRRT4 (ENSUPAG00010001841) RBM28 (ENSUPAG00010001783) LEP (ENSUPAG00010001772) LRRC4 (ENSUPAG00010001766) SND1 (ENSUPAG00010001727) ENSUPAG00010001679 PAX4 (ENSUPAG00010001638) FSCN3 (ENSUPAG00010001614) ARF5 (ENSUPAG00010001595) GCC1 (ENSUPAG00010001589) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 17 MORN2 (ENSSVLG00005004940) ENSSVLG00005004958 ENSSVLG00005004972 SMKR1 (ENSSVLG00005004987) STRIP2 (ENSSVLG00005005033) AHCYL2 (ENSSVLG00005005255) SMO (ENSSVLG00005005533) TSPAN33 (ENSSVLG00005005565) TNPO3 (ENSSVLG00005005607) IRF5 (ENSSVLG00005005731) KCP (ENSSVLG00005005808) ATP6V1FNB (ENSSVLG00005005988) ATP6V1F (ENSSVLG00005006014) FLNC (ENSSVLG00005006076) CCDC136 (ENSSVLG00005006165) OPN1SW (ENSSVLG00005006222) ##22 ENSSVLG00005006280 GARIN1B (ENSSVLG00005006383) GARIN1A (ENSSVLG00005006434) HILPDA (ENSSVLG00005006462) ENSSVLG00005006479 IMPDH1 (ENSSVLG00005006574) PRRT4 (ENSSVLG00005006756) RBM28 (ENSSVLG00005006856) LEP (ENSSVLG00005006935) SND1 (ENSSVLG00005006972) LRRC4 (ENSSVLG00005007018) ENSSVLG00005007031 PAX4 (ENSSVLG00005007068) FSCN3 (ENSSVLG00005007223) ARF5 (ENSSVLG00005007263) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00950000185983 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00950000185983 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Suina ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Pig MODERN SPECIES 9 UBE2H (ENSSSCG00000016564) NRF1 (ENSSSCG00000016566) SMKR1 (ENSSSCG00000062966) STRIP2 (ENSSSCG00000016567) AHCYL2 (ENSSSCG00000016568) SMO (ENSSSCG00000016569) TSPAN33 (ENSSSCG00000016570) TNPO3 (ENSSSCG00000016572) ENSSSCG00000016571 IRF5 (ENSSSCG00000016573) KCP (ENSSSCG00000016574) ATP6V1FNB (ENSSSCG00000023540) ATP6V1F (ENSSSCG00000016577) FLNC (ENSSSCG00000016578) CCDC136 (ENSSSCG00000016579) OPN1SW (ENSSSCG00000016580) ##22 CALU (ENSSSCG00000016581) GARIN1B (ENSSSCG00000016582) GARIN1A (ENSSSCG00000016583) HILPDA (ENSSSCG00000031109) IMPDH1 (ENSSSCG00000016585) ENSSSCG00000048237 PRRT4 (ENSSSCG00000037087) RBM28 (ENSSSCG00000031847) LEP (ENSSSCG00000040464) SND1 (ENSSSCG00000016590) LRRC4 (ENSSSCG00000016589) PAX4 (ENSSSCG00000016591) FSCN3 (ENSSSCG00000016592) ARF5 (ENSSSCG00000016593) GCC1 (ENSSSCG00000035211) Chacoan peccary MODERN SPECIES 72 ZC3HC1 (ENSCWAG00000006305) UBE2H 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ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Pecora ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ZC3HC1 (ENSCHYG00000021177) UBE2H (ENSCHYG00000021029) NRF1 (ENSCHYG00000020814) SMKR1 (ENSCHYG00000020757) STRIP2 (ENSCHYG00000020354) AHCYL2 (ENSCHYG00000019988) SMO (ENSCHYG00000019882) TSPAN33 (ENSCHYG00000019736) TNPO3 (ENSCHYG00000019439) IRF5 (ENSCHYG00000019113) KCP (ENSCHYG00000018473) ATP6V1FNB (ENSCHYG00000018427) ATP6V1F (ENSCHYG00000018387) FLNC (ENSCHYG00000016957) CCDC136 (ENSCHYG00000016583) OPN1SW (ENSCHYG00000016509) ##22 CALU (ENSCHYG00000016210) GARIN1B (ENSCHYG00000016076) GARIN1A (ENSCHYG00000015992) ENSCHYG00000015886 IMPDH1 (ENSCHYG00000015595) ENSCHYG00000015549 ENSCHYG00000015520 RBM28 (ENSCHYG00000015085) LEP (ENSCHYG00000014999) ENSCHYG00000014949 LRRC4 (ENSCHYG00000014918) SND1 (ENSCHYG00000014315) PAX4 (ENSCHYG00000014112) FSCN3 (ENSCHYG00000013994) ARF5 (ENSCHYG00000013895) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Bovidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Bovinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000005102.f ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000154431.f.c.b ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Bos ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000005102.f ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000154431.f.c.b ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.ob ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027.b ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Bos_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000005102.f ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.ob ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027.b ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Wild yak MODERN SPECIES 1761 UBE2H (ENSBMUG00000023579) ENSBMUG00000023568 NRF1 (ENSBMUG00000023541) SMKR1 (ENSBMUG00000023521) STRIP2 (ENSBMUG00000023516) AHCYL2 (ENSBMUG00000023493) SMO (ENSBMUG00000023453) TSPAN33 (ENSBMUG00000023441) TNPO3 (ENSBMUG00000023399) IRF5 (ENSBMUG00000023320) KCP (ENSBMUG00000023263) ATP6V1FNB (ENSBMUG00000023140) ENSBMUG00000023139 FLNC (ENSBMUG00000023112) CCDC136 (ENSBMUG00000023016) OPN1SW (ENSBMUG00000022998) ##22 CALU (ENSBMUG00000022990) GARIN1B (ENSBMUG00000022914) Domestic yak MODERN SPECIES 23 ENSBGRG00000007949 NRF1 (ENSBGRG00000008004) SMKR1 (ENSBGRG00000008134) STRIP2 (ENSBGRG00000008162) AHCYL2 (ENSBGRG00000008318) ENSBGRG00000009523 SMO (ENSBGRG00000009570) TSPAN33 (ENSBGRG00000009713) TNPO3 (ENSBGRG00000009809) IRF5 (ENSBGRG00000010195) KCP (ENSBGRG00000010458) ATP6V1FNB (ENSBGRG00000011423) ENSBGRG00000011477 FLNC (ENSBGRG00000011802) CCDC136 (ENSBGRG00000022169) OPN1SW (ENSBGRG00000022278) ##22 CALU (ENSBGRG00000022337) GARIN1B (ENSBGRG00000022749) ENSBGRG00000022771 ENSBGRG00000022817 ENSBGRG00000022825 IMPDH1 (ENSBGRG00000022841) ENSBGRG00000023028 PRRT4 (ENSBGRG00000023047) RBM28 (ENSBGRG00000023073) LEP (ENSBGRG00000023249) SND1 (ENSBGRG00000023300) LRRC4 (ENSBGRG00000023653) PAX4 (ENSBGRG00000023672) FSCN3 (ENSBGRG00000023843) ARF5 (ENSBGRG00000023869) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000005102.f ENSGT00390000006835 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000154431.f.c.b ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208.ob ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027.b ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 ENSBIXG00005025101 NRF1 (ENSBIXG00005025039) STRIP2 (ENSBIXG00005024926) AHCYL2 (ENSBIXG00005024776) ENSBIXG00005024648 SMO (ENSBIXG00005004209) TSPAN33 (ENSBIXG00005024609) TNPO3 (ENSBIXG00005024544) IRF5 (ENSBIXG00005024387) KCP (ENSBIXG00005024276) ATP6V1FNB (ENSBIXG00005024258) ENSBIXG00005024244 FLNC (ENSBIXG00005024221) CCDC136 (ENSBIXG00005024099) ENSBIXG00005024008 OPN1SW (ENSBIXG00005023745) ##22 GARIN1A (ENSBIXG00005006904) ENSBIXG00005004057 IMPDH1 (ENSBIXG00005023654) ENSBIXG00005004012 PRRT4 (ENSBIXG00005023455) RBM28 (ENSBIXG00005023387) LEP (ENSBIXG00005003976) SND1 (ENSBIXG00005023220) LRRC4 (ENSBIXG00005023138) PAX4 (ENSBIXG00005007616) FSCN3 (ENSBIXG00005003929) ARF5 (ENSBIXG00005023029) GCC1 (ENSBIXG00005022996) ZNF800 (ENSBIXG00005022911) GRM8 (ENSBIXG00005022834) Cow MODERN SPECIES 23 UBE2H (ENSBTAG00000000911) ENSBTAG00000047845 NRF1 (ENSBTAG00000014273) STRIP2 (ENSBTAG00000007206) ENSBTAG00000051697 AHCYL2 (ENSBTAG00000001754) SMO (ENSBTAG00000013287) TSPAN33 (ENSBTAG00000007253) TNPO3 (ENSBTAG00000004992) IRF5 (ENSBTAG00000004989) KCP (ENSBTAG00000003449) ATP6V1FNB (ENSBTAG00000045645) ATP6V1F (ENSBTAG00000007572) FLNC (ENSBTAG00000006253) CCDC136 (ENSBTAG00000011002) OPN1SW (ENSBTAG00000016485) ##22 CALU (ENSBTAG00000016481) GARIN1B (ENSBTAG00000009867) GARIN1A (ENSBTAG00000024291) IMPDH1 (ENSBTAG00000000296) ENSBTAG00000031866 PRRT4 (ENSBTAG00000047482) RBM28 (ENSBTAG00000017001) LEP (ENSBTAG00000014911) LRRC4 (ENSBTAG00000010704) SND1 (ENSBTAG00000010692) PAX4 (ENSBTAG00000000410) FSCN3 (ENSBTAG00000009365) ARF5 (ENSBTAG00000009366) GCC1 (ENSBTAG00000003102) ZNF800 (ENSBTAG00000020004) American bison MODERN SPECIES 3374 ENSBBBG00000014555 NRF1 (ENSBBBG00000014541) SMKR1 (ENSBBBG00000014511) STRIP2 (ENSBBBG00000014505) AHCYL2 (ENSBBBG00000003347) ENSBBBG00000001412 SMO (ENSBBBG00000014370) ENSBBBG00000001413 TNPO3 (ENSBBBG00000003272) IRF5 (ENSBBBG00000003226) KCP (ENSBBBG00000003212) ATP6V1FNB (ENSBBBG00000013937) ATP6V1F (ENSBBBG00000013933) FLNC (ENSBBBG00000003024) ENSBBBG00000002958 OPN1SW (ENSBBBG00000013791) ##22 CALU (ENSBBBG00000002950) GARIN1B (ENSBBBG00000013746) GARIN1A (ENSBBBG00000013741) ENSBBBG00000002928 IMPDH1 (ENSBBBG00000002924) PRRT4 (ENSBBBG00000013673) RBM28 (ENSBBBG00000002849) LEP (ENSBBBG00000002840) SND1 (ENSBBBG00000013628) LRRC4 (ENSBBBG00000013605) PAX4 (ENSBBBG00000002828) FSCN3 (ENSBBBG00000013578) ARF5 (ENSBBBG00000002812) GCC1 (ENSBBBG00000013561) ZNF800 (ENSBBBG00000002809) Caprinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 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ENSGT00940000156878 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000158491.d ENSGT00390000011958.j ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 Beluga whale MODERN SPECIES 72 ZC3HC1 (ENSDLEG00000010726) UBE2H (ENSDLEG00000010770) NRF1 (ENSDLEG00000010842) SMKR1 (ENSDLEG00000010881) STRIP2 (ENSDLEG00000010900) AHCYL2 (ENSDLEG00000011027) SMO (ENSDLEG00000011091) TSPAN33 (ENSDLEG00000011119) TNPO3 (ENSDLEG00000011142) 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(ENSBMSG00010005567) ENSBMSG00010005580 #15 RBM28 (ENSBMSG00010005595) LEP (ENSBMSG00010005621) SND1 (ENSBMSG00010005644) ENSBMSG00010005674 ENSBMSG00010005681 PAX4 (ENSBMSG00010005697) FSCN3 (ENSBMSG00010005721) ARF5 (ENSBMSG00010005732) GCC1 (ENSBMSG00010005744) Camelidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Alpaca MODERN SPECIES 539 ENSVPAG00000005079 OPN1SW (ENSVPAG00000005078) ##22 CALU (ENSVPAG00000005077) GARIN1B (ENSVPAG00000005076) ENSVPAG00000005075 Arabian camel MODERN SPECIES 33 ZC3HC1 (ENSCDRG00005000669) UBE2H (ENSCDRG00005000616) NRF1 (ENSCDRG00005000576) SMKR1 (ENSCDRG00005000557) STRIP2 (ENSCDRG00005000481) AHCYL2 (ENSCDRG00005000196) ENSCDRG00005000133 TSPAN33 (ENSCDRG00005000117) TNPO3 (ENSCDRG00005009872) IRF5 (ENSCDRG00005009623) KCP (ENSCDRG00005007916) ATP6V1FNB (ENSCDRG00005007847) ATP6V1F (ENSCDRG00005007832) FLNC (ENSCDRG00005006906) CCDC136 (ENSCDRG00005006752) OPN1SW (ENSCDRG00005006689) ##22 CALU (ENSCDRG00005006437) GARIN1B (ENSCDRG00005006342) GARIN1A (ENSCDRG00005006296) ENSCDRG00005006285 IMPDH1 (ENSCDRG00005006025) ENSCDRG00005005987 PRRT4 (ENSCDRG00005005971) RBM28 (ENSCDRG00005005861) LEP (ENSCDRG00005005841) LRRC4 (ENSCDRG00005005827) ENSCDRG00005005816 SND1 (ENSCDRG00005005782) PAX4 (ENSCDRG00005005680) FSCN3 (ENSCDRG00005005640) ARF5 (ENSCDRG00005005607) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00950000185983 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00950000185983 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Caniformia ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00950000185983 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Ursus ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000168340 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b Polar bear MODERN SPECIES 281 UBE2H (ENSUMAG00000009264) NRF1 (ENSUMAG00000009234) SMKR1 (ENSUMAG00000009222) STRIP2 (ENSUMAG00000009078) AHCYL2 (ENSUMAG00000007310) SMO (ENSUMAG00000006946) TSPAN33 (ENSUMAG00000006916) TNPO3 (ENSUMAG00000006882) IRF5 (ENSUMAG00000006864) ENSUMAG00000006860 KCP (ENSUMAG00000006764) ATP6V1FNB (ENSUMAG00000006753) ATP6V1F (ENSUMAG00000006749) FLNC (ENSUMAG00000006701) CCDC136 (ENSUMAG00000006415) OPN1SW (ENSUMAG00000006346) ##22 CALU (ENSUMAG00000006337) GARIN1B (ENSUMAG00000006332) GARIN1A (ENSUMAG00000006328) IMPDH1 (ENSUMAG00000006045) RBM28 (ENSUMAG00000005997) LEP (ENSUMAG00000005993) LRRC4 (ENSUMAG00000005972) SND1 (ENSUMAG00000005960) ENSUMAG00000005899 FSCN3 (ENSUMAG00000005891) ENSUMAG00000005886 ENSUMAG00000005879 ZNF800 (ENSUMAG00000005877) GRM8 (ENSUMAG00000005860) POT1 (ENSUMAG00000005740) American black bear MODERN SPECIES 1204 SMO (ENSUAMG00000021232) TSPAN33 (ENSUAMG00000021280) TNPO3 (ENSUAMG00000021281) IRF5 (ENSUAMG00000021285) ENSUAMG00000021288 KCP (ENSUAMG00000021291) ATP6V1FNB (ENSUAMG00000021294) ATP6V1F (ENSUAMG00000021295) FLNC (ENSUAMG00000021311) CCDC136 (ENSUAMG00000022367) OPN1SW (ENSUAMG00000022372) ##22 CALU (ENSUAMG00000022373) Giant Panda MODERN SPECIES ZC3HC1 (ENSAMEG00000005425) UBE2H (ENSAMEG00000029524) NRF1 (ENSAMEG00000005353) SMKR1 (ENSAMEG00000025309) STRIP2 (ENSAMEG00000005285) AHCYL2 (ENSAMEG00000005214) SMO (ENSAMEG00000005185) TSPAN33 (ENSAMEG00000005167) TNPO3 (ENSAMEG00000005135) IRF5 (ENSAMEG00000005109) KCP (ENSAMEG00000005092) ATP6V1FNB (ENSAMEG00000005091) ATP6V1F (ENSAMEG00000005090) FLNC (ENSAMEG00000004952) CCDC136 (ENSAMEG00000004945) OPN1SW (ENSAMEG00000004922) ##22 CALU (ENSAMEG00000004885) GARIN1B (ENSAMEG00000004877) GARIN1A (ENSAMEG00000004872) ENSAMEG00000004871 IMPDH1 (ENSAMEG00000004824) RBM28 (ENSAMEG00000004776) LEP (ENSAMEG00000027137) LRRC4 (ENSAMEG00000019025) SND1 (ENSAMEG00000004664) PAX4 (ENSAMEG00000004648) FSCN3 (ENSAMEG00000004642) ARF5 (ENSAMEG00000004635) GCC1 (ENSAMEG00000004631) ZNF800 (ENSAMEG00000004627) GRM8 (ENSAMEG00000004617) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 American mink MODERN SPECIES 3 KLHDC10 (ENSNVIG00000022934) ZC3HC1 (ENSNVIG00000022938) UBE2H (ENSNVIG00000022946) NRF1 (ENSNVIG00000022959) STRIP2 (ENSNVIG00000023005) AHCYL2 (ENSNVIG00000023011) SMO (ENSNVIG00000023033) TSPAN33 (ENSNVIG00000023035) TNPO3 (ENSNVIG00000023041) IRF5 (ENSNVIG00000023089) KCP (ENSNVIG00000023112) ATP6V1FNB (ENSNVIG00000023138) ATP6V1F (ENSNVIG00000023142) FLNC (ENSNVIG00000023149) CCDC136 (ENSNVIG00000023245) OPN1SW (ENSNVIG00000000043) ##22 CALU (ENSNVIG00000000059) GARIN1B (ENSNVIG00000000204) GARIN1A (ENSNVIG00000000229) ENSNVIG00000000238 IMPDH1 (ENSNVIG00000000252) PRRT4 (ENSNVIG00000000314) RBM28 (ENSNVIG00000000320) LEP (ENSNVIG00000000369) E7ESM6 (ENSNVIG00000000397) LRRC4 (ENSNVIG00000000448) PAX4 (ENSNVIG00000000457) FSCN3 (ENSNVIG00000000474) ARF5 (ENSNVIG00000000489) GCC1 (ENSNVIG00000000492) ZNF800 (ENSNVIG00000000502) Ferret MODERN SPECIES 168 UBE2H (ENSMPUG00000005309) NRF1 (ENSMPUG00000005319) ENSMPUG00000018741 SMKR1 (ENSMPUG00000005431) STRIP2 (ENSMPUG00000005438) AHCYL2 (ENSMPUG00000005673) SMO (ENSMPUG00000005883) TSPAN33 (ENSMPUG00000005894) ENSMPUG00000006013 TNPO3 (ENSMPUG00000006021) IRF5 (ENSMPUG00000006034) KCP (ENSMPUG00000006115) ATP6V1F (ENSMPUG00000006253) FLNC (ENSMPUG00000006260) CCDC136 (ENSMPUG00000006305) OPN1SW (ENSMPUG00000006323) ##22 CALU (ENSMPUG00000006394) GARIN1B (ENSMPUG00000006404) GARIN1A (ENSMPUG00000006446) ENSMPUG00000006475 IMPDH1 (ENSMPUG00000006480) ENSMPUG00000006497 ENSMPUG00000006503 RBM28 (ENSMPUG00000006511) LEP (ENSMPUG00000006529) ENSMPUG00000006536 SND1 (ENSMPUG00000006545) LRRC4 (ENSMPUG00000006565) PAX4 (ENSMPUG00000006575) FSCN3 (ENSMPUG00000006639) ARF5 (ENSMPUG00000006675) Canidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 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ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000167126 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 Dog MODERN SPECIES 5 NRF1 (ENSCAFG00845019891) STRIP2 (ENSCAFG00845020214) SMKR1 (ENSCAFG00845020464) AHCYL2 (ENSCAFG00845020537) ENSCAFG00845020690 SMO (ENSCAFG00845020728) TSPAN33 (ENSCAFG00845020805) TNPO3 (ENSCAFG00845020947) ENSCAFG00845021349 IRF5 (ENSCAFG00845021435) ENSCAFG00845021771 ATP6V1FNB (ENSCAFG00845022312) ATP6V1F (ENSCAFG00845022337) FLNC (ENSCAFG00845022554) CCDC136 (ENSCAFG00845023460) OPN1SW (ENSCAFG00845023668) ##22 CALU (ENSCAFG00845023757) FAM71F1 (ENSCAFG00845023982) GARIN1A (ENSCAFG00845024028) ENSCAFG00845024069 IMPDH (ENSCAFG00845024195) PRRT4 (ENSCAFG00845024597) RBM28 (ENSCAFG00845024695) LEP (ENSCAFG00845025165) SND1 (ENSCAFG00845025303) LRRC4 (ENSCAFG00845025632) ENSCAFG00845025672 PAX4 (ENSCAFG00845025704) FSCN3 (ENSCAFG00845025795) ARF5 (ENSCAFG00845025859) GCC1 (ENSCAFG00845025919) Dingo MODERN SPECIES 203 NRF1 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TSPAN33 (ENSVVUG00000012208) TNPO3 (ENSVVUG00000011004) IRF5 (ENSVVUG00000010949) KCP (ENSVVUG00000010493) ATP6V1FNB (ENSVVUG00000010471) ATP6V1F (ENSVVUG00000010470) FLNC (ENSVVUG00000010437) CCDC136 (ENSVVUG00000010413) OPN1SW (ENSVVUG00000010402) ##22 CALU (ENSVVUG00000010389) GARIN1B (ENSVVUG00000010383) GARIN1A (ENSVVUG00000010379) ENSVVUG00000010373 ENSVVUG00000010368 IMPDH1 (ENSVVUG00000007352) RBM28 (ENSVVUG00000007270) LEP (ENSVVUG00000007265) LRRC4 (ENSVVUG00000007250) ENSVVUG00000007246 SND1 (ENSVVUG00000007226) PAX4 (ENSVVUG00000007146) FSCN3 (ENSVVUG00000007136) ARF5 (ENSVVUG00000007062) GCC1 (ENSVVUG00000007055) Felidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Panthera ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00960000187999 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Tiger MODERN SPECIES 109 ZC3HC1 (ENSPTIG00000007823) UBE2H (ENSPTIG00000006312) NRF1 (ENSPTIG00000021708) ENSPTIG00000021137 SMKR1 (ENSPTIG00000020786) STRIP2 (ENSPTIG00000017007) AHCYL2 (ENSPTIG00000010641) SMO (ENSPTIG00000008685) TSPAN33 (ENSPTIG00000005418) TNPO3 (ENSPTIG00000016167) IRF5 (ENSPTIG00000011636) ATP6V1FNB (ENSPTIG00000016205) ATP6V1F (ENSPTIG00000015589) FLNC (ENSPTIG00000008651) ENSPTIG00000002833 OPN1SW (ENSPTIG00000000315) ##22 CALU (ENSPTIG00000018066) GARIN1B (ENSPTIG00000017013) GARIN1A (ENSPTIG00000016417) IMPDH1 (ENSPTIG00000012727) ENSPTIG00000011837 RBM28 (ENSPTIG00000008550) LEP (ENSPTIG00000008315) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00960000187999 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914.a ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 leopard MODERN SPECIES 23 UBE2H (ENSPPRG00000001068) NRF1 (ENSPPRG00000001152) ENSPPRG00000001228 ENSPPRG00000001236 SMKR1 (ENSPPRG00000001247) STRIP2 (ENSPPRG00000001272) AHCYL2 (ENSPPRG00000001412) SMO (ENSPPRG00000001467) TSPAN33 (ENSPPRG00000001477) TNPO3 (ENSPPRG00000002050) IRF5 (ENSPPRG00000002195) ATP6V1FNB (ENSPPRG00000002532) ATP6V1F (ENSPPRG00000002543) FLNC (ENSPPRG00000002721) ENSPPRG00000002789 OPN1SW (ENSPPRG00000002803) ##22 CALU (ENSPPRG00000002880) GARIN1B (ENSPPRG00000003211) GARIN1A (ENSPPRG00000003232) IMPDH1 (ENSPPRG00000004153) PRRT4 (ENSPPRG00000004214) RBM28 (ENSPPRG00000004420) LEP (ENSPPRG00000004465) LRRC4 (ENSPPRG00000004476) SND1 (ENSPPRG00000004494) PAX4 (ENSPPRG00000004640) FSCN3 (ENSPPRG00000004664) ARF5 (ENSPPRG00000004674) GCC1 (ENSPPRG00000004679) ZNF800 (ENSPPRG00000004753) GRM8 (ENSPPRG00000004848) lion MODERN SPECIES 2 UBE2H (ENSPLOG00000016346) ENSPLOG00000016280 NRF1 (ENSPLOG00000016212) SMKR1 (ENSPLOG00000016163) STRIP2 (ENSPLOG00000015863) AHCYL2 (ENSPLOG00000015366) SMO (ENSPLOG00000015145) TSPAN33 (ENSPLOG00000015074) TNPO3 (ENSPLOG00000014381) IRF5 (ENSPLOG00000014206) ENSPLOG00000014143 ATP6V1FNB (ENSPLOG00000014108) ATP6V1F (ENSPLOG00000014078) FLNC (ENSPLOG00000013283) CCDC136 (ENSPLOG00000012842) OPN1SW (ENSPLOG00000012745) ##22 CALU (ENSPLOG00000012712) GARIN1B (ENSPLOG00000012642) GARIN1A (ENSPLOG00000012554) ENSPLOG00000012531 IMPDH1 (ENSPLOG00000012239) PRRT4 (ENSPLOG00000012122) RBM28 (ENSPLOG00000012090) LEP (ENSPLOG00000012046) LRRC4 (ENSPLOG00000012023) SND1 (ENSPLOG00000011908) PAX4 (ENSPLOG00000011588) FSCN3 (ENSPLOG00000011529) ARF5 (ENSPLOG00000011492) GCC1 (ENSPLOG00000011454) ZNF800 (ENSPLOG00000011404) Cat MODERN SPECIES 1 ZC3HC1 (ENSFCAG00000010429) UBE2H (ENSFCAG00000044906) NRF1 (ENSFCAG00000010212) SMKR1 (ENSFCAG00000039173) STRIP2 (ENSFCAG00000023901) AHCYL2 (ENSFCAG00000028700) SMO (ENSFCAG00000026041) TSPAN33 (ENSFCAG00000014547) TNPO3 (ENSFCAG00000018186) IRF5 (ENSFCAG00000000956) KCP (ENSFCAG00000027848) ATP6V1FNB (ENSFCAG00000030475) ATP6V1F (ENSFCAG00000000364) FLNC (ENSFCAG00000000954) CCDC136 (ENSFCAG00000043434) OPN1SW (ENSFCAG00000000952) ##22 CALU (ENSFCAG00000034966) GARIN1B (ENSFCAG00000008096) GARIN1A (ENSFCAG00000000950) ENSFCAG00000023233 IMPDH1 (ENSFCAG00000000949) PRRT4 (ENSFCAG00000028746) LEP (ENSFCAG00000035912) LRRC4 (ENSFCAG00000031071) ENSFCAG00000051986 SND1 (ENSFCAG00000008289) PAX4 (ENSFCAG00000005485) FSCN3 (ENSFCAG00000005484) ARF5 (ENSFCAG00000005482) GCC1 (ENSFCAG00000005480) ZNF800 (ENSFCAG00000025630) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b Megabat MODERN SPECIES 8267 CCDC136 (ENSPVAG00000001078) OPN1SW (ENSPVAG00000001081) ##22 CALU (ENSPVAG00000001082) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000169914 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Microbat MODERN SPECIES 983 AHCYL2 (ENSMLUG00000017565) ENSMLUG00000023097 ENSMLUG00000023124 ENSMLUG00000029505 SMO (ENSMLUG00000000966) TSPAN33 (ENSMLUG00000000974) ENSMLUG00000030322 TNPO3 (ENSMLUG00000000947) ENSMLUG00000026557 IRF5 (ENSMLUG00000001406) KCP (ENSMLUG00000001394) ATP6V1FNB (ENSMLUG00000027620) ENSMLUG00000001392 FLNC (ENSMLUG00000001339) CCDC136 (ENSMLUG00000001322) OPN1SW (ENSMLUG00000001320) ##22 CALU (ENSMLUG00000001309) ENSMLUG00000026420 Equus ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000165441 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Donkey MODERN SPECIES KLHDC10 (ENSEASG00005008795) ZC3HC1 (ENSEASG00005008789) UBE2H (ENSEASG00005008786) NRF1 (ENSEASG00005008777) SMKR1 (ENSEASG00005037203) STRIP2 (ENSEASG00005008770) AHCYL2 (ENSEASG00005008764) SMO (ENSEASG00005008716) TSPAN33 (ENSEASG00005008685) TNPO3 (ENSEASG00005008677) IRF5 (ENSEASG00005008667) KCP (ENSEASG00005008620) ATP6V1FNB (ENSEASG00005026227) FLNC (ENSEASG00005008563) CCDC136 (ENSEASG00005008548) OPN1SW (ENSEASG00005008544) ##22 CALU (ENSEASG00005008542) GARIN1B (ENSEASG00005008541) GARIN1A (ENSEASG00005008539) HILPDA (ENSEASG00005008537) IMPDH1 (ENSEASG00005008533) PRRT4 (ENSEASG00005038080) RBM28 (ENSEASG00005008528) LEP (ENSEASG00005038822) SND1 (ENSEASG00005008513) LRRC4 (ENSEASG00005008518) PAX4 (ENSEASG00005008510) FSCN3 (ENSEASG00005008505) ENSEASG00005008504 GCC1 (ENSEASG00005008503) ZNF800 (ENSEASG00005008502) Horse MODERN SPECIES 25 TMEM209 (ENSECAG00000012438) ZC3HC1 (ENSECAG00000017886) KLHDC10 (ENSECAG00000007654) UBE2H (ENSECAG00000015420) NRF1 (ENSECAG00000012837) ENSECAG00000029629 STRIP2 (ENSECAG00000023334) AHCYL2 (ENSECAG00000014138) SMO (ENSECAG00000004904) TSPAN33 (ENSECAG00000019800) TNPO3 (ENSECAG00000012815) IRF5 (ENSECAG00000009902) KCP (ENSECAG00000024406) FLNC (ENSECAG00000010052) CCDC136 (ENSECAG00000004534) OPN1SW (ENSECAG00000023205) ##22 CALU (ENSECAG00000055523) GARIN1B (ENSECAG00000022119) GARIN1A (ENSECAG00000047048) ENSECAG00000003049 IMPDH1 (ENSECAG00000015391) PRRT4 (ENSECAG00000037532) RBM28 (ENSECAG00000007745) LEP (ENSECAG00000030283) LRRC4 (ENSECAG00000002958) SND1 (ENSECAG00000011451) PAX4 (ENSECAG00000008343) FSCN3 (ENSECAG00000021353) ARF5 (ENSECAG00000020291) GCC1 (ENSECAG00000019925) ZNF800 (ENSECAG00000019340) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 1103 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c Common shrew MODERN SPECIES 2383 OPN1SW (ENSSARG00000000634) ##22 CALU (ENSSARG00000000624) Hedgehog MODERN SPECIES 2643 OPN1SW (ENSEEUG00000006306) ##22 CALU (ENSEEUG00000006226) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00390000014201 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 1724 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c Sloth MODERN SPECIES 2271 ENSCHOG00000012103 ##22 CALU (ENSCHOG00000012096) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000013963 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b Tenrec MODERN SPECIES 2539 OPN1SW (ENSETEG00000018461) ##22 CALU (ENSETEG00000018460) Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000013963 ENSGT00940000155977 ENSGT00390000006086 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477 ENSGT00940000162027 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000008140 ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b Elephant MODERN SPECIES 428 TMEM209 (ENSLAFG00000005527) KLHDC10 (ENSLAFG00000005526) ZC3HC1 (ENSLAFG00000001292) UBE2H (ENSLAFG00000007810) NRF1 (ENSLAFG00000003500) STRIP2 (ENSLAFG00000021474) AHCYL2 (ENSLAFG00000005481) SMO (ENSLAFG00000013328) TSPAN33 (ENSLAFG00000025948) TNPO3 (ENSLAFG00000002738) IRF5 (ENSLAFG00000021568) KCP (ENSLAFG00000014260) ATP6V1F (ENSLAFG00000008724) FLNC (ENSLAFG00000008705) CCDC136 (ENSLAFG00000003804) OPN1SW (ENSLAFG00000003803) ##22 CALU (ENSLAFG00000003798) GARIN1B (ENSLAFG00000003795) GARIN1A (ENSLAFG00000029416) IMPDH1 (ENSLAFG00000008090) ENSLAFG00000030090 RBM28 (ENSLAFG00000010717) LEP (ENSLAFG00000010714) LRRC4 (ENSLAFG00000009705) SND1 (ENSLAFG00000009696) PAX4 (ENSLAFG00000005297) FSCN3 (ENSLAFG00000011474) ARF5 (ENSLAFG00000011469) GCC1 (ENSLAFG00000000145) ZNF800 (ENSLAFG00000000456) ENSLAFG00000029686 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477.a ENSGT00940000161477.b ENSGT00940000169914 ENSGT00950000185983 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Opossum MODERN SPECIES 7 ENSMODG00000024477 SMKR1 (ENSMODG00000041471) STRIP2 (ENSMODG00000014664) ENSMODG00000024483 ENSMODG00000014672 SMO (ENSMODG00000014680) TSPAN33 (ENSMODG00000014684) ENSMODG00000038571 TNPO3 (ENSMODG00000014700) ENSMODG00000049892 ENSMODG00000031839 ATP6V1FNB (ENSMODG00000029411) ATP6V1F (ENSMODG00000049684) FLNC (ENSMODG00000015048) ENSMODG00000015065 OPN1SW (ENSMODG00000015071) ##22 CALU (ENSMODG00000015080) ENSMODG00000015091 ENSMODG00000029529 ENSMODG00000038899 IMPDH1 (ENSMODG00000015140) RBM28 (ENSMODG00000015151) LEP (ENSMODG00000048845) LRRC4 (ENSMODG00000015194) ENSMODG00000040907 SND1 (ENSMODG00000015182) FSCN3 (ENSMODG00000015224) ARF5 (ENSMODG00000015229) GCC1 (ENSMODG00000015233) ENSMODG00000040001 ZNF800 (ENSMODG00000015235) Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477.a ENSGT00940000161477.b ENSGT00940000169914 ENSGT00950000185983 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477.a ENSGT00940000161477.b ENSGT00940000169914 ENSGT00950000185983 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00390000004852.a.b ENSGT00390000006835 ENSGT00640000091917 ENSGT00400000022095.a ENSGT00950000182981.b.f.a.f ENSGT01030000235325 ENSGT00940000157206 ENSGT00940000159484 ENSGT00530000063347.B ENSGT00940000159926 ENSGT00940000160243 ENSGT00390000003224.B ENSGT00390000013208 ENSGT00940000153588.a.b ENSGT00940000159122 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000161477.a ENSGT00940000161477.b ENSGT00940000169914 ENSGT00950000185983 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000161709 ENSGT00950000183157.b ENSGT00940000156878 ENSGT00940000153772.A Common wonbat MODERN SPECIES 1071 ZC3HC1 (ENSVURG00010005087) UBE2H (ENSVURG00010005072) NRF1 (ENSVURG00010005027) SMKR1 (ENSVURG00010004988) STRIP2 (ENSVURG00010004937) AHCYL2 (ENSVURG00010004886) ENSVURG00010004854 SMO (ENSVURG00010004827) TSPAN33 (ENSVURG00010004797) TNPO3 (ENSVURG00010004478) IRF5 (ENSVURG00010004438) ATP6V1FNB (ENSVURG00010004431) ENSVURG00010004428 FLNC (ENSVURG00010004413) ENSVURG00010004398 OPN1SW (ENSVURG00010004385) ##22 CALU (ENSVURG00010004310) GARIN1B (ENSVURG00010004277) ENSVURG00010004265 IMPDH1 (ENSVURG00010003732) PRRT4 (ENSVURG00010003660) RBM28 (ENSVURG00010003624) LEP (ENSVURG00010003614) LRRC4 (ENSVURG00010003602) SND1 (ENSVURG00010003582) PAX4 (ENSVURG00010003324) FSCN3 (ENSVURG00010003289) GCC1 (ENSVURG00010003282) ENSVURG00010003258 ZNF800 (ENSVURG00010003230) ENSVURG00010003219 koala MODERN SPECIES 96 NRF1 (ENSPCIG00000020610) SMKR1 (ENSPCIG00000028737) STRIP2 (ENSPCIG00000028495) AHCYL2 (ENSPCIG00000000784) SMO (ENSPCIG00000011357) TSPAN33 (ENSPCIG00000011364) TNPO3 (ENSPCIG00000011366) IRF5 (ENSPCIG00000033269) ENSPCIG00000011377 KCP (ENSPCIG00000011394) ATP6V1FNB (ENSPCIG00000011493) ATP6V1F (ENSPCIG00000011494) ENSPCIG00000032966 ENSPCIG00000011585 ENSPCIG00000036887 OPN1SW (ENSPCIG00000012769) ##22 CALU (ENSPCIG00000012771) ENSPCIG00000012803 ENSPCIG00000012804 ENSPCIG00000012805 ENSPCIG00000031795 IMPDH1 (ENSPCIG00000012807) PRRT4 (ENSPCIG00000012808) ENSPCIG00000012809 RBM28 (ENSPCIG00000012810) LEP (ENSPCIG00000012815) SND1 (ENSPCIG00000011561) LRRC4 (ENSPCIG00000011570) PAX4 (ENSPCIG00000011481) FSCN3 (ENSPCIG00000011477) ARF5 (ENSPCIG00000037383) Wallaby MODERN SPECIES 3454 OPN1SW (ENSMEUG00000007021) ##22 CALU (ENSMEUG00000007006) Tasmanian devil MODERN SPECIES 4 KLHDC10 (ENSSHAG00000004388) ZC3HC1 (ENSSHAG00000002529) UBE2H (ENSSHAG00000027272) NRF1 (ENSSHAG00000011427) STRIP2 (ENSSHAG00000010279) AHCYL2 (ENSSHAG00000009906) SMO (ENSSHAG00000008843) TSPAN33 (ENSSHAG00000025493) TNPO3 (ENSSHAG00000006837) IRF5 (ENSSHAG00000006683) KCP (ENSSHAG00000005683) ATP6V1FNB (ENSSHAG00000005474) ATP6V1F (ENSSHAG00000021210) ENSSHAG00000003962 FLNC (ENSSHAG00000004623) OPN1SW (ENSSHAG00000021418) ##22 CALU (ENSSHAG00000002536) GARIN1B (ENSSHAG00000021537) ENSSHAG00000022514 IMPDH1 (ENSSHAG00000024079) PRRT4 (ENSSHAG00000029521) RBM28 (ENSSHAG00000017017) LEP (ENSSHAG00000024371) LRRC4 (ENSSHAG00000020655) ENSSHAG00000031981 SND1 (ENSSHAG00000015359) ENSSHAG00000015143 FSCN3 (ENSSHAG00000015072) ARF5 (ENSSHAG00000022657) GCC1 (ENSSHAG00000015034) ZNF800 (ENSSHAG00000014391) Anura ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160243 ENSGT00940000165748 ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT00390000008126 ENSGT00730000111591 ENSGT00530000064743 ENSGT00550000074976 ENSGT00390000011772 ENSGT00940000159260 ENSGT00940000165785 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000154156.d ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000009899.b ENSGT00940000155263 ENSGT00940000175182 ENSGT00390000016211 ENSGT00530000063702.a ENSGT00390000014443 ENSGT00390000004323.a ENSGT00390000009250 ENSGT00940000161995 ENSGT00940000160284 ENSGT00940000156551 ENSGT00940000162777.f Leishan spiny toad MODERN SPECIES 6 TNPO3 (ENSLLEG00000026939) ENSLLEG00000026768 ENSLLEG00000026739 ENSLLEG00000026717 RBM28 (ENSLLEG00000026253) ENSLLEG00000026178 ENSLLEG00000026164 ENSLLEG00000026153 LRRC4 (ENSLLEG00000026134) ENSLLEG00000026109 SND1 (ENSLLEG00000024055) ENSLLEG00000023830 PAX4 (ENSLLEG00000023743) ENSLLEG00000023558 IMPDH1 (ENSLLEG00000023196) OPN1SW (ENSLLEG00000023103) ##22 CALU (ENSLLEG00000022911) ENSLLEG00000022856 DENND6B (ENSLLEG00000022454) PPP6R2 (ENSLLEG00000022134) SBF1 (ENSLLEG00000019370) ENSLLEG00000019227 ENSLLEG00000019191 MIOX (ENSLLEG00000018979) LMF2 (ENSLLEG00000018828) SCO2 (ENSLLEG00000018762) NCAPH2 (ENSLLEG00000018366) ENSLLEG00000018321 ENSLLEG00000018253 ENSLLEG00000018136 ENSLLEG00000017935 Frog MODERN SPECIES 3 kcp (ENSXETG00000014993) ENSXETG00000037895 irf5 (ENSXETG00000015005) tnpo3 (ENSXETG00000015009) ENSXETG00000047103 polr1h (ENSXETG00000040925) prrt4 (ENSXETG00000034558) XB5749398 [provisional] (ENSXETG00000027673) rbm28 (ENSXETG00000009271) lep (ENSXETG00000042746) ENSXETG00000049436 snd1 (ENSXETG00000023043) LRRC4 (ENSXETG00000030410) ENSXETG00000037969 impdh1 (ENSXETG00000023047) opn1sw (ENSXETG00000023057) ##22 calu (ENSXETG00000023059) gcc1 (ENSXETG00000023063) dennd6b (ENSXETG00000023066) ppp6r2 (ENSXETG00000023068) sbf1 (ENSXETG00000023079) ENSXETG00000034576 miox (ENSXETG00000023087) lmf2 (ENSXETG00000023089) ncaph2 (ENSXETG00000023090) ENSXETG00000049228 tymp (ENSXETG00000015724) odf3 (ENSXETG00000015719) nme6 (ENSXETG00000015714) rabl2b (ENSXETG00000015712) arsa.2 (ENSXETG00000033466) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158022 ENSGT00950000183119.b ENSGT00390000000873.a.b ENSGT00940000159231 ENSGT00880000138051.a ENSGT00940000158567 ENSGT00940000158293 ENSGT00730000111212 ENSGT00940000163982 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160243 ENSGT00940000165748 ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00390000000510 ENSGT00940000154156.d ENSGT00910000146976 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000165441 ENSGT00940000153772.A ENSGT00660000097187 ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000009899.b ENSGT00940000155263 ENSGT00940000154380.a.a.b ENSGT01050000244956.a.b ENSGT00940000154380.a.a.a Reedfish MODERN SPECIES st7 (ENSECRG00000010843) wnt2 (ENSECRG00000010952) asz1 (ENSECRG00000010962) cftr (ENSECRG00000011130) ENSECRG00000013120 ENSECRG00000013151 lsm8 (ENSECRG00000013166) ENSECRG00000013191 ENSECRG00000013243 atp6v1f (ENSECRG00000013258) ENSECRG00000013280 ENSECRG00000013312 KCP (ENSECRG00000013392) irf5 (ENSECRG00000013532) tnpo3 (ENSECRG00000013547) opn1sw1 (ENSECRG00000013590) ##22 calub (ENSECRG00000013667) ENSECRG00000013695 impdh1a (ENSECRG00000013797) ENSECRG00000013892 si:dkey-5i3.5 (ENSECRG00000013909) rbm28 (ENSECRG00000013936) ENSECRG00000013968 snd1 (ENSECRG00000014071) lrrc4.2 (ENSECRG00000014416) ENSECRG00000014436 ENSECRG00000014467 hgfa (ENSECRG00000014510) cacna2d1a (ENSECRG00000014602) ENSECRG00000014744 sema3e (ENSECRG00000014917) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00950000183119.b ENSGT00390000000873.a.b ENSGT00940000159231 ENSGT00880000138051.a ENSGT00940000158567 ENSGT00940000158293 ENSGT00730000111212 ENSGT00940000163982 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000160243 ENSGT00940000165748 ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00390000000510 ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00530000064743 ENSGT00550000074976 ENSGT01060000248794 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000165441 ENSGT00940000153772.A ENSGT00660000097187 ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000009899.b Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00950000183119.b ENSGT00390000000873.a.b ENSGT00940000159231 ENSGT00880000138051.a ENSGT00940000158567 ENSGT00940000158293 ENSGT00730000111212 ENSGT00940000163982 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000160243 ENSGT00940000165748 ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00940000154156.d ENSGT00730000111591 ENSGT00530000064743.a ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00390000000510 ENSGT00530000064743.b ENSGT00550000074976 ENSGT01060000248794 ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000165785 ENSGT00940000156019 ENSGT00940000155209.mb ENSGT00940000165441 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 300 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926.o ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT01010000222360.E.c ENSGT00390000000510 ENSGT00940000154156.d ENSGT00910000146976 ENSGT00730000111591 ENSGT00550000074976 ENSGT01060000248794.d ENSGT01060000248794.c ENSGT00940000159260 ENSGT00510000047270 ENSGT00940000156019.b ENSGT00940000155209.mb ENSGT00620000087961.a.b.a.a.b.b Asian bonytongue MODERN SPECIES 16 SERINC3 (ENSSFOG00015024781) ENSSFOG00015001815 tp53rk (ENSSFOG00015025433) slc2a10 (ENSSFOG00015001778) ENSSFOG00015001727 ENSSFOG00015029276 ASB14 (ENSSFOG00015001693) CTTNBP2 (ENSSFOG00015001684) ENSSFOG00015028096 ENSSFOG00015001668 atp6v1f (ENSSFOG00015027249) ENSSFOG00015030567 ENSSFOG00015028564 irf5 (ENSSFOG00015001567) tnpo3 (ENSSFOG00015001474) opn1sw1 (ENSSFOG00015001440) ##22 calua (ENSSFOG00015001402) ENSSFOG00015001369 ENSSFOG00015029139 IMPDH1 (ENSSFOG00015001260) PRRT4 (ENSSFOG00015001242) rbm28 (ENSSFOG00015001231) lepa (ENSSFOG00015001202) LRRC4 (ENSSFOG00015001192) snd1 (ENSSFOG00015001103) ENSSFOG00015001072 HGF (ENSSFOG00015001061) CACNA2D1 (ENSSFOG00015000923) ENSSFOG00015000881 sema3e (ENSSFOG00015000800) sema3ab (ENSSFOG00015000724) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 216 ENSGT00940000156878.i.b.b ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00940000154156.d ENSGT00530000064743.b ENSGT00940000154156.c.b ENSGT00730000111591.b ENSGT00940000159260.h ENSGT00510000047270 ENSGT00940000165785 ENSGT00940000156019.c.b ENSGT00940000155209.mb ENSGT00620000087961.a.b.a.b.a ENSGT00940000167336 ENSGT00940000161249 ENSGT00940000155867.a.b ENSGT00440000033504.B.b Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000156878.i.b.b ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00530000064318 ENSGT01010000222533 ENSGT00940000157926 ENSGT00940000156715 ENSGT00940000155461.A ENSGT00940000159247 ENSGT00390000006837 ENSGT00390000005903 ENSGT00940000157945 ENSGT00940000158317 ENSGT00940000153920.a.a ENSGT00940000158123 ENSGT00940000157638 ENSGT00950000182835.d.b Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00950000182824.a.a.a.a.b ENSGT00390000009583 ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00530000064318 ENSGT01010000222533 ENSGT00940000157926 ENSGT00940000155461.A ENSGT01100000263550 ENSGT01040000240375.D ENSGT00390000006837 ENSGT00390000005903 ENSGT00940000157945 ENSGT00940000158317 ENSGT00940000153920.a.a ENSGT00940000158123 ENSGT00940000157638 ENSGT00940000159226 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000158780.e ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00530000064318 ENSGT01010000222533 ENSGT00940000157926 ENSGT00940000156715 ENSGT00940000155461.A ENSGT00940000159247 ENSGT00390000006837 ENSGT00390000005903 ENSGT00940000157945 ENSGT00940000158317 ENSGT00940000153920.a.a ENSGT00940000158123 ENSGT00940000157638 ENSGT00940000159226 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000159401.c ENSGT00940000158780.e ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b.f ENSGT00940000163529 ENSGT00940000155580.b.a.b.e.b ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b.f ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01010000222360.E.d ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000004323.a ENSGT00390000014443 ENSGT01020000230616 ENSGT00940000155472.a.b.a.a ENSGT00510000047764 ENSGT00940000156619 ENSGT00390000015216 ENSGT00940000157480 ENSGT00940000156566.d ENSGT00940000163017 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00940000153588.a.a.a ENSGT00940000157983 ENSGT00390000014448 ENSGT00940000154814.b Oryzias ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000159122.h ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b.f ENSGT00940000177211.a.a ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157983 ENSGT00390000014448 ENSGT00940000160758 ENSGT00940000161105 ENSGT00440000035348 ENSGT00390000004190 ENSGT00390000006670 ENSGT00940000155911 ENSGT00390000007890 ENSGT00390000015797 ENSGT00390000004933.k.a ENSGT00390000002615 ENSGT00940000169980 ENSGT00940000158990.t ENSGT00950000182937.B.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000155472.a.b.a.a ENSGT00390000014443 ENSGT00390000004323.a ENSGT00940000159122.h ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b.f ENSGT00940000177211.a.a ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157983 ENSGT00390000014448 ENSGT00940000160758 ENSGT00940000161105 ENSGT00440000035348 ENSGT00390000004190 ENSGT00390000006670 ENSGT00940000155911 ENSGT00390000007890 ENSGT00390000015797 ENSGT00390000004933.k.a ENSGT00390000002615 ENSGT00940000169980 ENSGT00940000158990.t ENSGT00950000182937.B.b Indian medaka MODERN SPECIES 2 ENSOMEG00000020598 svopl (ENSOMEG00000020637) ENSOMEG00000020672 ENSOMEG00000020692 lta4h (ENSOMEG00000020722) gcc1 (ENSOMEG00000020737) dennd6b (ENSOMEG00000020800) zgc:77650 (ENSOMEG00000020821) lamtor4 (ENSOMEG00000020846) atp6v1f (ENSOMEG00000020862) ENSOMEG00000020875 ENSOMEG00000020882 ENSOMEG00000020895 irf5 (ENSOMEG00000020932) tnpo3 (ENSOMEG00000021006) opn1sw1 (ENSOMEG00000021044) ##22 socs2 (ENSOMEG00000021092) cradd 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ENSGT00940000153588.a.a.a ENSGT00940000157983 ENSGT00390000014448 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 267 ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00390000004323.a ENSGT00390000014443 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 626 ENSKMAG00000010582 irf5 (ENSKMAG00000010547) tnpo3 (ENSKMAG00000010497) opn1sw1 (ENSKMAG00000010455) ##22 calua (ENSKMAG00000010439) sco2 (ENSKMAG00000010429) ncaph2 (ENSKMAG00000010398) ENSKMAG00000010362 Turquoise killifish MODERN SPECIES 900 opn1sw1 (ENSNFUG00015014948) ##22 calua (ENSNFUG00015014965) sco2 (ENSNFUG00015014985) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 74 ENSGT00940000158632 ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000159122.h ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00390000004323.a ENSGT00390000014443 ENSGT01020000230616 ENSGT00940000155472.a.b.a.a ENSGT00510000047764 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ENSGT00940000155472.a.b.a.a ENSGT00510000047764 ENSGT00940000156619 ENSGT00390000015216 ENSGT00940000157480 ENSGT00940000156566.d ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00940000153588.a.a.a ENSGT00940000157983 ENSGT00390000014448 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 318 ENSGT00940000158632 ENSGT00530000063472.a.e ENSGT00940000159122.h ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00390000004323.a ENSGT00940000156566.d ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00940000153588.a.a.a ENSGT00940000157983 ENSGT00390000014448 Sailfin molly MODERN SPECIES 3354 opn1sw1 (ENSPLAG00000021425) ##22 calua (ENSPLAG00000021406) ncaph2 (ENSPLAG00000021400) sco2 (ENSPLAG00000021386) Amazon molly MODERN SPECIES 842 ENSPFOG00000013236 svopl (ENSPFOG00000013243) ENSPFOG00000013411 ENSPFOG00000013456 ENSPFOG00000013492 ENSPFOG00000013518 irf5 (ENSPFOG00000013528) tnpo3 (ENSPFOG00000013592) opn1sw1 (ENSPFOG00000013853) ##22 calua (ENSPFOG00000013734) sco2 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MODERN SPECIES 2373 svopl (ENSFHEG00000013362) ENSFHEG00000013346 ENSFHEG00000013050 ENSFHEG00000012930 ENSFHEG00000012888 irf5 (ENSFHEG00000012870) tnpo3 (ENSFHEG00000012859) opn1sw1 (ENSFHEG00000012792) ##22 opn1sw1 (ENSFHEG00000012300) ##22 calua (ENSFHEG00000012115) ncaph2 (ENSFHEG00000012107) sco2 (ENSFHEG00000012099) ENSFHEG00000012086 kcnd2 (ENSFHEG00000012076) ENSFHEG00000012052 tspan12 (ENSFHEG00000012042) ing3 (ENSFHEG00000012033) ENSFHEG00000011962 wnt16 (ENSFHEG00000011958) ENSFHEG00000011953 ENSFHEG00000011925 ovch1 (ENSFHEG00000011871) ENSFHEG00000011857 FLNC (ENSFHEG00000011850) Mummichog MODERN SPECIES 2373 svopl (ENSFHEG00000013362) ENSFHEG00000013346 ENSFHEG00000013050 ENSFHEG00000012930 ENSFHEG00000012888 irf5 (ENSFHEG00000012870) tnpo3 (ENSFHEG00000012859) opn1sw1 (ENSFHEG00000012792) ##22 opn1sw1 (ENSFHEG00000012300) ##22 calua (ENSFHEG00000012115) ncaph2 (ENSFHEG00000012107) sco2 (ENSFHEG00000012099) ENSFHEG00000012086 kcnd2 (ENSFHEG00000012076) ENSFHEG00000012052 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(ENSONIG00000007647) rad54l (ENSONIG00000007659) ARHGAP39 (ENSONIG00000007661) ENSONIG00000007664 ENSONIG00000035183 EPS15L1 (ENSONIG00000007674) Midas cichlid MODERN SPECIES 698 ENSACIG00000005951 irf5 (ENSACIG00000005937) tnpo3 (ENSACIG00000005897) opn1sw1 (ENSACIG00000005879) ##22 atp6v1f (ENSACIG00000005873) lamtor4 (ENSACIG00000005858) arf5 (ENSACIG00000005843) gcc1 (ENSACIG00000005829) dennd6b (ENSACIG00000005789) lta4h (ENSACIG00000005748) ENSACIG00000005733 ENSACIG00000005721 ENSACIG00000005712 svopl (ENSACIG00000005639) ENSACIG00000005584 parp12b (ENSACIG00000005553) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00940000163017 ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000156375 ENSGT00940000177211.a.b ENSGT00940000155580.b.a.b.f ENSGT00940000158632 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000016053 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00950000183089.c.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b.p.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ENSGT00390000001285.i ENSGT00950000183039.A ENSGT00940000156088.c.a ENSGT00940000157212.B ENSGT00940000166983.c.b ENSGT00940000156786 ENSGT00940000160214 ENSGT00530000063626.b ENSGT00550000074930 ENSGT00940000164590 ENSGT00940000157777 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00950000183089.c.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b.p.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ENSGT00390000001285.i ENSGT00950000183039.A ENSGT00940000156088.c.a ENSGT00940000157212.B ENSGT00940000166983.c.b ENSGT00940000156786 ENSGT00940000160214 ENSGT00530000063626.b ENSGT00550000074930 ENSGT00940000164590 ENSGT00940000168658 Amphiprion DUPLICATION Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 277 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.h ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.g ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00950000183089.c.b Clown anemonefish MODERN SPECIES 2841 opn1sw1 (ENSAOCG00000001112) ##22 calua (ENSAOCG00000002824) ENSAOCG00000016169 histh1l1 (ENSAOCG00000016071) ENSAOCG00000016042 ENSAOCG00000015954 Orange clownfish MODERN SPECIES 13 ing3 (ENSAPEG00000024493) tspan12 (ENSAPEG00000024481) kcnd2 (ENSAPEG00000024473) ncaph2 (ENSAPEG00000024465) sco2 (ENSAPEG00000024462) ENSAPEG00000024451 FLNC (ENSAPEG00000024425) socs2 (ENSAPEG00000024410) ENSAPEG00000024406 PTPRO (ENSAPEG00000024366) dennd6b (ENSAPEG00000024340) ENSAPEG00000024335 irf5 (ENSAPEG00000024328) tnpo3 (ENSAPEG00000024300) opn1sw1 (ENSAPEG00000024262) ##22 opn1sw1 (ENSAPEG00000024257) ##22 calua (ENSAPEG00000024235) ENSAPEG00000024229 ENSAPEG00000024223 ENSAPEG00000024214 ENSAPEG00000024187 ENSAPEG00000024176 ENSAPEG00000024171 CNOT2 (ENSAPEG00000024152) KCNMB4 (ENSAPEG00000024141) PTPRB (ENSAPEG00000024112) PTPRR (ENSAPEG00000024058) ENSAPEG00000024020 rab21 (ENSAPEG00000024002) LGR5 (ENSAPEG00000023978) ENSAPEG00000023962 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 277 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.h ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.g ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00950000183089.c.b Clown anemonefish MODERN SPECIES 773 dennd6b (ENSAOCG00000008099) ENSAOCG00000008134 ENSAOCG00000008163 irf5 (ENSAOCG00000008199) tnpo3 (ENSAOCG00000008264) opn1sw1 (ENSAOCG00000008288) ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 13 ENSAPEG00000024502 ing3 (ENSAPEG00000024493) tspan12 (ENSAPEG00000024481) kcnd2 (ENSAPEG00000024473) ncaph2 (ENSAPEG00000024465) sco2 (ENSAPEG00000024462) ENSAPEG00000024451 FLNC (ENSAPEG00000024425) socs2 (ENSAPEG00000024410) ENSAPEG00000024406 PTPRO (ENSAPEG00000024366) dennd6b (ENSAPEG00000024340) ENSAPEG00000024335 irf5 (ENSAPEG00000024328) tnpo3 (ENSAPEG00000024300) opn1sw1 (ENSAPEG00000024262) ##22 opn1sw1 (ENSAPEG00000024257) ##22 calua (ENSAPEG00000024235) ENSAPEG00000024229 ENSAPEG00000024223 ENSAPEG00000024214 ENSAPEG00000024187 ENSAPEG00000024176 ENSAPEG00000024171 CNOT2 (ENSAPEG00000024152) KCNMB4 (ENSAPEG00000024141) PTPRB (ENSAPEG00000024112) PTPRR (ENSAPEG00000024058) ENSAPEG00000024020 rab21 (ENSAPEG00000024002) LGR5 (ENSAPEG00000023978) Spiny chromis MODERN SPECIES 1174 ENSAPOG00000018473 ENSAPOG00000018454 ENSAPOG00000018443 irf5 (ENSAPOG00000018390) tnpo3 (ENSAPOG00000018347) opn1sw1 (ENSAPOG00000018235) ##22 calua (ENSAPOG00000018215) ENSAPOG00000018184 ENSAPOG00000018165 ENSAPOG00000018150 ENSAPOG00000018021 ENSAPOG00000017962 CNOT2 (ENSAPOG00000017950) KCNMB4 (ENSAPOG00000017903) PTPRB (ENSAPOG00000017874) ENSAPOG00000017859 ENSAPOG00000017832 tmco6 (ENSAPOG00000017819) aldob (ENSAPOG00000017748) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1177 ovch1 (ENSSPAG00000014669) ENSSPAG00000014598 lta4h (ENSSPAG00000014533) ENSSPAG00000014520 ENSSPAG00000014504 svopl (ENSSPAG00000014479) atp6v1f (ENSSPAG00000014471) lamtor4 (ENSSPAG00000014458) arf5 (ENSSPAG00000014434) gcc1 (ENSSPAG00000014427) dennd6b (ENSSPAG00000014340) ENSSPAG00000014309 ENSSPAG00000014285 irf5 (ENSSPAG00000014262) tnpo3 (ENSSPAG00000014209) opn1sw1 (ENSSPAG00000014174) ##22 calua (ENSSPAG00000014149) ENSSPAG00000014037 CNOT2 (ENSSPAG00000013982) KCNMB4 (ENSSPAG00000013967) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000163017 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 837 ENSLBEG00000016208 ENSLBEG00000016261 nup107 (ENSLBEG00000016298) mdm2 (ENSLBEG00000016335) UPF2 (ENSLBEG00000016394) ENSLBEG00000016488 rab3ip (ENSLBEG00000016523) tnpo3 (ENSLBEG00000016595) opn1sw1 (ENSLBEG00000016673) ##22 calua (ENSLBEG00000016693) Ballan wrasse MODERN SPECIES 1622 opn1sw1 (ENSLBEG00000008530) ##22 calua (ENSLBEG00000008511) IRF5 (ENSLBEG00000008321) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000163017 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Gilthead seabream MODERN SPECIES 5 ENSSAUG00010005464 svopl (ENSSAUG00010005481) mical3b (ENSSAUG00010005511) mical3b (ENSSAUG00010005514) lta4h (ENSSAUG00010005528) dennd6b (ENSSAUG00010005606) gcc1 (ENSSAUG00010005679) arf5 (ENSSAUG00010005680) ENSSAUG00010005684 lamtor4 (ENSSAUG00010005685) atp6v1f (ENSSAUG00010005687) ENSSAUG00010005689 ENSSAUG00010005691 irf5 (ENSSAUG00010005695) tnpo3 (ENSSAUG00010005710) opn1sw1 (ENSSAUG00010005724) ##22 calua (ENSSAUG00010005727) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000163017 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000016053 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000163017 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000016053 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000167915.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 Stickleback MODERN SPECIES 591 wnt16 (ENSGACG00000000657) ovch1 (ENSGACG00000000658) ENSGACG00000000660 svopl (ENSGACG00000000662) mical3b (ENSGACG00000000668) ENSGACG00000000673 lta4h (ENSGACG00000000675) atp6v1f (ENSGACG00000000683) lamtor4 (ENSGACG00000000684) arf5 (ENSGACG00000000686) gcc1 (ENSGACG00000000688) dennd6b (ENSGACG00000000689) ENSGACG00000000693 irf5 (ENSGACG00000000695) tnpo3 (ENSGACG00000000699) opn1sw1 (ENSGACG00000000716) ##22 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000157480 ENSGT00940000163017 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000156375 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000016053 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Channel bull blenny MODERN SPECIES 67 wnt16 (ENSCGOG00000012352) ovch1 (ENSCGOG00000012192) parp12b (ENSCGOG00000012187) ENSCGOG00000012170 mical3b (ENSCGOG00000012150) lta4h (ENSCGOG00000012075) atp6v1f (ENSCGOG00000012068) lamtor4 (ENSCGOG00000012057) zgc:77650 (ENSCGOG00000011739) gcc1 (ENSCGOG00000011728) dennd6b (ENSCGOG00000011670) irf5 (ENSCGOG00000011650) tnpo3 (ENSCGOG00000011622) opn1sw1 (ENSCGOG00000011607) ##22 calua (ENSCGOG00000011605) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Carangaria ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000164581.A.a.b ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000156375 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00940000156566.d ENSGT00940000163017 ENSGT00940000181823 ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000156375 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Turbot MODERN SPECIES 11 wnt16 (ENSSMAG00000011086) ENSSMAG00000011097 ENSSMAG00000024126 ENSSMAG00000011235 mical3b (ENSSMAG00000011272) ENSSMAG00000011295 ENSSMAG00000011361 ENSSMAG00000013453 ENSSMAG00000013342 ENSSMAG00000027042 ATP6V1F (ENSSMAG00000030672) ENSSMAG00000013487 ENSSMAG00000018461 irf5 (ENSSMAG00000010470) tnpo3 (ENSSMAG00000010422) opn1sw1 (ENSSMAG00000010400) ##22 calua (ENSSMAG00000026592) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 109 ENSGT00940000156375 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT01020000231185 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Seriola ANCESTRAL SPECIES 170 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d Yellowtail amberjack DUPLICATION Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 475 opn1sw1 (ENSSLDG00000012506) ##22 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3149 arf5 (ENSSLDG00000017188) dennd6b (ENSSLDG00000017168) lamtor4 (ENSSLDG00000017150) atp6v1f (ENSSLDG00000017110) ENSSLDG00000017066 ENSSLDG00000017030 irf5 (ENSSLDG00000017001) tnpo3 (ENSSLDG00000016927) opn1sw1 (ENSSLDG00000016878) ##22 calua (ENSSLDG00000016852) ENSSLDG00000016830 Greater amberjack MODERN SPECIES 254 arf5 (ENSSDUG00000005105) gcc1 (ENSSDUG00000005087) dennd6b (ENSSDUG00000005017) lamtor4 (ENSSDUG00000005000) atp6v1f (ENSSDUG00000004992) ENSSDUG00000004979 ENSSDUG00000004949 irf5 (ENSSDUG00000004912) tnpo3 (ENSSDUG00000004850) opn1sw1 (ENSSDUG00000004282) ##22 calua (ENSSDUG00000004228) Barramundi perch MODERN SPECIES 639 lta4h (ENSLCAG00010010687) arf5 (ENSLCAG00010010754) gcc1 (ENSLCAG00010010846) dennd6b (ENSLCAG00010010890) atp6v1f (ENSLCAG00010011257) ENSLCAG00010011262 ENSLCAG00010011267 ENSLCAG00010011271 irf5 (ENSLCAG00010011274) tnpo3 (ENSLCAG00010011292) opn1sw1 (ENSLCAG00010011335) ##22 calua (ENSLCAG00010011369) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 15 ENSMMDG00005020465 parp12b (ENSMMDG00005020466) ENSMMDG00005020468 svopl (ENSMMDG00005020471) ENSMMDG00005020474 lta4h (ENSMMDG00005020483) dennd6b (ENSMMDG00005020835) gcc1 (ENSMMDG00005021070) ARF5 (ENSMMDG00005021072) lamtor4 (ENSMMDG00005021077) atp6v1f (ENSMMDG00005021078) ENSMMDG00005021081 ENSMMDG00005021087 irf5 (ENSMMDG00005021093) tnpo3 (ENSMMDG00005021110) opn1sw1 (ENSMMDG00005014431) ##22 calua (ENSMMDG00005014436) ENSMMDG00005014440 UPF2 (ENSMMDG00005014465) ENSMMDG00005014489 ECHDC3 (ENSMMDG00005014493) usp6nl (ENSMMDG00005014498) celf2 (ENSMMDG00005014675) gata3 (ENSMMDG00005017072) atp5f1c (ENSMMDG00005017078) kin (ENSMMDG00005017143) itih2 (ENSMMDG00005017156) ITIH5 (ENSMMDG00005017164) tmem110l (ENSMMDG00005017173) SFMBT2 (ENSMMDG00005017192) prkcq (ENSMMDG00005017277) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00530000063472.a ENSGT00940000158632 ENSGT00940000155580.b.a.b ENSGT00940000163529 ENSGT00940000156375 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000153772.A ENSGT00940000156878.i.b.b ENSGT00390000016053 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00530000064318 ENSGT01030000235060 ENSGT00940000155197.a ENSGT00940000154098.a.f ENSGT00390000008708.b ENSGT00940000153525.i.a ENSGT00940000178181 ENSGT00390000018612.a.b ENSGT00390000012501 ENSGT00390000014507.a.b ENSGT00940000157013 ENSGT00390000014894 ENSGT00510000048671 ENSGT01080000257336.b.e.a.a Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 208 ENSGT00390000005529.b.d ENSGT00940000153772.A.b ENSGT00940000156878.i.b.b.a ENSGT00390000016053.b ENSGT00390000013208 ENSGT00390000003224.B ENSGT00940000160974.a.c ENSGT00940000165748.a.c ENSGT00940000156024.i.a ENSGT00940000160974.a.d ENSGT00940000165748.a.d ENSGT00940000159926.g ENSGT00530000063347.B.o ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.m ##22 ENSGT01010000222360.E.d.h ENSGT00530000064318.j.b ENSGT01030000235060.e.b ENSGT00940000155197.a.a ENSGT00940000154098.a.f.f ENSGT00390000008708.b.a ENSGT00940000153525.i.a.a ENSGT00940000178181.a ENSGT00390000018612.a.b.f ENSGT00390000012501.f ENSGT00390000014507.a.b.b ENSGT00940000157013.g ENSGT00390000014894.h ENSGT00510000048671.b ENSGT01080000257336.b.e.a.a Huchen MODERN SPECIES 120 ENSHHUG00000030001 mical3b (ENSHHUG00000030005) ENSHHUG00000030009 lta4h (ENSHHUG00000030052) ENSHHUG00000030109 dennd6b (ENSHHUG00000030121) gcc1 (ENSHHUG00000030135) ARF5 (ENSHHUG00000030138) lamtor4 (ENSHHUG00000030188) atp6v1f (ENSHHUG00000030191) ENSHHUG00000030240 ENSHHUG00000030242 ENSHHUG00000030255 irf5 (ENSHHUG00000030286) tnpo3 (ENSHHUG00000030299) opn1sw1 (ENSHHUG00000030406) ##22 calua (ENSHHUG00000030509) UPF2 (ENSHHUG00000030516) ENSHHUG00000030551 strap (ENSHHUG00000030554) ENSHHUG00000030561 slc25a3b (ENSHHUG00000030564) LDHB 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ENSGT01080000257336.b.e.a.a ENSGT00940000155870.a.a.e.a Coho salmon MODERN SPECIES 29 srgap1b (ENSOKIG00005014977) kics2 (ENSOKIG00005015175) parp12b (ENSOKIG00005015187) ENSOKIG00005015204 mical3b (ENSOKIG00005015238) LTA4H (ENSOKIG00005015332) dennd6b (ENSOKIG00005016131) gcc1 (ENSOKIG00005016254) ENSOKIG00005016261 ARF5 (ENSOKIG00005016268) lamtor4 (ENSOKIG00005016304) ENSOKIG00005016332 ENSOKIG00005016354 irf5 (ENSOKIG00005016371) tnpo3 (ENSOKIG00005016417) opn1sw1 (ENSOKIG00005016572) ##22 calua (ENSOKIG00005016587) UPF2 (ENSOKIG00005016613) ENSOKIG00005016681 STRAP (ENSOKIG00005016702) ENSOKIG00005016776 SLC25A3 (ENSOKIG00005016823) SLC2A13 (ENSOKIG00005016874) ENSOKIG00005016944 SPX (ENSOKIG00005016956) golt1ba (ENSOKIG00005016993) RECQL (ENSOKIG00005017032) IAPP (ENSOKIG00005017586) ENSOKIG00005017631 ENSOKIG00005017902 ABCD2 (ENSOKIG00005017930) Chinook salmon MODERN SPECIES 6 ENSOTSG00005007624 TIMP3 (ENSOTSG00005008172) AVPR1A (ENSOTSG00005008183) srgap1b 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(ENSCARG00000037034) ##22 calua (ENSCARG00000036996) mdm1 (ENSCARG00000036967) ENSCARG00000036938 il26 (ENSCARG00000036910) ENSCARG00000036892 ifng1r (ENSCARG00000036880) ifng1 (ENSCARG00000036862) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 213 ENSGT00810000125439.B.c.a.e ENSGT00530000063868.b.l.d.a ENSGT00940000157529.i.b.b ENSGT00390000016228.a.a.a ENSGT00730000111061.i.a ENSGT00390000013995.b.b.k.a.a.b ENSGT00940000156242.c.b.b ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.d ENSGT00940000155915.b.b ENSGT00940000155419.c.b.a ENSGT00940000154738.a.r.a ENSGT00390000003444.c ENSGT00390000018647 ENSGT00940000159926.m ENSGT00530000063347.B.i ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.o ##22 ENSGT01010000222360.E.d.d ENSGT00390000004106.i ENSGT00980000199676.b ENSGT00940000178824.b ENSGT00940000175936.a ENSGT00390000007831.d.a ENSGT00390000007831.c.b ENSGT00940000180228 ENSGT00940000158113.h ENSGT00740000116838.b ENSGT00390000017740.a.a.h ENSGT00940000158692.d ENSGT01050000244940.b.f ENSGT00940000160401.a ENSGT00940000157643.p Golden-line barbel MODERN SPECIES 89 twf1b (ENSSGRG00000050700) pus7l (ENSSGRG00000050699) prickle1b (ENSSGRG00000050696) pphln1 (ENSSGRG00000050694) zcrb1 (ENSSGRG00000050693) yaf2 (ENSSGRG00000050692) gxylt1b (ENSSGRG00000050691) pdzrn4 (ENSSGRG00000050690) cntn1b (ENSSGRG00000050186) nrcama (ENSSGRG00000045487) ENSSGRG00000045350 ENSSGRG00000045349 ENSSGRG00000045347 irf5 (ENSSGRG00000045204) tnpo3 (ENSSGRG00000044778) opn1sw1 (ENSSGRG00000044758) ##22 calua (ENSSGRG00000044756) ENSSGRG00000044754 ENSSGRG00000044753 ifng1r (ENSSGRG00000044752) ifng1 (ENSSGRG00000044747) dyrk2 (ENSSGRG00000044746) si:dkey-39a18.1 (ENSSGRG00000044745) cand1 (ENSSGRG00000044407) grip1 (ENSSGRG00000043548) tmbim4 (ENSSGRG00000043512) wif1 (ENSSGRG00000043495) lemd3 (ENSSGRG00000043480) msrb3 (ENSSGRG00000043479) ENSSGRG00000043478 b2m (ENSSGRG00000043476) Common carp reference MODERN SPECIES 8 ENSCCRG00000069855 twf1b (ENSCCRG00000051869) prickle1b (ENSCCRG00000017147) PPHLN1 (ENSCCRG00000052277) zcrb1 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prl2 (ENSSGRG00000004889) NELL2 (ENSSGRG00000001888) twf1b (ENSSGRG00000001399) pus7l (ENSSGRG00000001367) prickle1b (ENSSGRG00000001360) yaf2 (ENSSGRG00000001358) gxylt1b (ENSSGRG00000001353) pphln1 (ENSSGRG00000001340) pdzrn4 (ENSSGRG00000001329) cntn1b (ENSSGRG00000000926) nrcama (ENSSGRG00000000923) ENSSGRG00000000922 PNPLA8 (ENSSGRG00000000920) irf5 (ENSSGRG00000000867) tnpo3 (ENSSGRG00000000853) opn1sw1 (ENSSGRG00000000818) ##22 calua (ENSSGRG00000000813) mdm1 (ENSSGRG00000000812) ENSSGRG00000000807 il26 (ENSSGRG00000000806) ENSSGRG00000000797 ENSSGRG00000000796 ifng1r (ENSSGRG00000000795) ifng1 (ENSSGRG00000000793) dyrk2 (ENSSGRG00000000790) si:dkey-39a18.1 (ENSSGRG00000000789) cand1 (ENSSGRG00000000725) grip1 (ENSSGRG00000000598) tmbim4 (ENSSGRG00000000591) vhll (ENSSGRG00000000593) wif1 (ENSSGRG00000000584) Zebrafish MODERN SPECIES 19 ENSDARG00000109403 prickle1b (ENSDARG00000045694) zcrb1 (ENSDARG00000045691) yaf2 (ENSDARG00000015966) pphln1 (ENSDARG00000045692) gxylt1b 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opn1sw1 (ENSLOCG00000015553) ##22 opn1sw1 (ENSLOCG00000015552) ##22 calua (ENSLOCG00000015549) ENSLOCG00000015548 ENSLOCG00000015547 impdh1a (ENSLOCG00000015544) ENSLOCG00000015543 si:dkey-5i3.5 (ENSLOCG00000015542) rbm28 (ENSLOCG00000015541) ENSLOCG00000015540 lrrc4.2 (ENSLOCG00000017901) snd1 (ENSLOCG00000015537) pax4 (ENSLOCG00000015535) hgfa (ENSLOCG00000015530) cacna2d1a (ENSLOCG00000015521) ENSLOCG00000015517 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 152 ENSGT00940000159855 ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000153629.a.b ENSGT00940000158528 ENSGT00600000085663 ENSGT00990000203541.b ENSGT00940000159563 ENSGT00940000159128 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00950000182827.B ENSGT00940000161689 ENSGT00940000158963 ENSGT00940000155317.a.a ENSGT00390000002062 ENSGT01030000234648.a.b.a.b ENSGT00390000012692 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 277 ENSGT00940000159855 ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000153629.a.b ENSGT00940000158528 ENSGT00600000085663 ENSGT00990000203541.b ENSGT00940000159563 ENSGT00940000159128 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 272 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.b ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C ENSGT01050000244850.A.a Mammalia ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.j.a ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.b ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C ENSGT01050000244850.A.a Platypus MODERN SPECIES 17 IDH3G (ENSOANG00000005183) SSR4 (ENSOANG00000036977) PDZD4 (ENSOANG00000005181) L1CAM (ENSOANG00000009415) AVPR2 (ENSOANG00000005890) ENSOANG00000005889 ARHGAP4 (ENSOANG00000005180) NAA10 (ENSOANG00000002893) RENBP (ENSOANG00000002892) ENSOANG00000041748 HCFC1 (ENSOANG00000005871) TMEM187 (ENSOANG00000016003) IRAK1 (ENSOANG00000011027) ENSOANG00000040139 ENSOANG00000037077 ##22 OPN1LW (ENSOANG00000011023) ##22 ENSOANG00000045052 TKTL2 (ENSOANG00000045224) ENSOANG00000011020 ENSOANG00000011019 ENSOANG00000036188 FLNA (ENSOANG00000011016) ENSOANG00000011015 ENSOANG00000011014 ENSOANG00000049949 TAFAZZIN (ENSOANG00000012765) ENSOANG00000050800 GDI1 (ENSOANG00000042523) ENSOANG00000004116 PLXNA3 (ENSOANG00000007979) UBL4A (ENSOANG00000048880) Theria ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.j.a ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.b ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.j.a ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383.e ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a Opossum MODERN SPECIES 627 ENSMODG00000005195 ZC3H12B (ENSMODG00000005206) ZC4H2 (ENSMODG00000005213) ENSMODG00000028633 ENSMODG00000005221 ENSMODG00000028495 ENSMODG00000040112 ENSMODG00000011526 NUDT16 (ENSMODG00000011534) NAA10 (ENSMODG00000045161) RENBP (ENSMODG00000011560) HCFC1 (ENSMODG00000011597) ENSMODG00000025357 IRAK1 (ENSMODG00000011627) MECP2 (ENSMODG00000011643) OPN1LW (ENSMODG00000025355) ##22 TKTL2 (ENSMODG00000011673) ENSMODG00000011609 ENSMODG00000015024 ENSMODG00000047481 GRIA3 (ENSMODG00000015003) THOC2 (ENSMODG00000014984) XIAP (ENSMODG00000014970) STAG2 (ENSMODG00000014957) SH2D1A (ENSMODG00000014931) TENM1 (ENSMODG00000014906) ENSMODG00000014514 IL1RAPL2 (ENSMODG00000003219) ENSMODG00000003195 ENSMODG00000025331 ENSMODG00000002996 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.j.a ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383.e ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.g ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.j.a ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383.e ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.g ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b ENSGT00390000008992.a ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.j.a ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383.e ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.g ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a koala MODERN SPECIES 310 PLXNB3 (ENSPCIG00000016447) SRPK3 (ENSPCIG00000016407) ENSPCIG00000016406 ENSPCIG00000016404 PDZD4 (ENSPCIG00000016403) L1CAM (ENSPCIG00000003277) AVPR2 (ENSPCIG00000012251) ARHGAP4 (ENSPCIG00000012250) ENSPCIG00000037377 NAA10 (ENSPCIG00000035783) RENBP (ENSPCIG00000016399) HCFC1 (ENSPCIG00000016397) TMEM187 (ENSPCIG00000016396) IRAK1 (ENSPCIG00000016394) MECP2 (ENSPCIG00000016390) ENSPCIG00000016043 ##22 ENSPCIG00000016098 TKTL2 (ENSPCIG00000016101) ENSPCIG00000016102 Common wonbat MODERN SPECIES 1157 PLXNB3 (ENSVURG00010021147) SRPK3 (ENSVURG00010021162) ENSVURG00010021172 ENSVURG00010021186 PDZD4 (ENSVURG00010021202) L1CAM (ENSVURG00010021232) AVPR2 (ENSVURG00010021274) ARHGAP4 (ENSVURG00010021281) ENSVURG00010021294 NAA10 (ENSVURG00010021302) RENBP (ENSVURG00010021310) ENSVURG00010021324 TMEM187 (ENSVURG00010021342) IRAK1 (ENSVURG00010021347) ENSVURG00010021357 ENSVURG00010021367 ##22 TKTL2 (ENSVURG00010021394) ENSVURG00010021407 Wallaby MODERN SPECIES 11690 ENSMEUG00000005649 ##22 Tasmanian devil MODERN SPECIES 21 PLXNB3 (ENSSHAG00000009796) SRPK3 (ENSSHAG00000000037) ENSSHAG00000001102 SSR4 (ENSSHAG00000021208) PDZD4 (ENSSHAG00000000157) L1CAM (ENSSHAG00000003280) AVPR2 (ENSSHAG00000004862) ENSSHAG00000005769 ARHGAP4 (ENSSHAG00000004979) NAA10 (ENSSHAG00000005952) RENBP (ENSSHAG00000006063) ENSSHAG00000006391 TMEM187 (ENSSHAG00000021524) IRAK1 (ENSSHAG00000007531) MECP2 (ENSSHAG00000007851) ENSSHAG00000009224 ##22 ENSSHAG00000009316 ENSSHAG00000010031 ENSSHAG00000010291 ENSSHAG00000024012 ENSSHAG00000001048 ENSSHAG00000002533 ENSSHAG00000002114 ENSSHAG00000003600 ENSSHAG00000001119 ENSSHAG00000022773 ENSSHAG00000002647 ENSSHAG00000023331 ENSSHAG00000022828 ENSSHAG00000028949 ENSSHAG00000006530 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.h ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 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ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.h ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Hyrax MODERN SPECIES 8571 ENSPCAG00000000951 ##22 TEX28 (ENSPCAG00000000984) Elephant MODERN SPECIES 50 SRPK3 (ENSLAFG00000006899) IDH3G (ENSLAFG00000006904) SSR4 (ENSLAFG00000006908) PDZD4 (ENSLAFG00000025865) L1CAM (ENSLAFG00000021925) AVPR2 (ENSLAFG00000027738) ARHGAP4 (ENSLAFG00000014809) NAA10 (ENSLAFG00000007025) RENBP (ENSLAFG00000007027) ENSLAFG00000028984 HCFC1 (ENSLAFG00000004418) TMEM187 (ENSLAFG00000003455) IRAK1 (ENSLAFG00000016212) MECP2 (ENSLAFG00000016292) ENSLAFG00000027266 ENSLAFG00000010311 ##22 ENSLAFG00000005142 ENSLAFG00000005145 EMD (ENSLAFG00000005993) FLNA (ENSLAFG00000006359) ENSLAFG00000031860 DNASE1L1 (ENSLAFG00000003498) TAFAZZIN (ENSLAFG00000003502) ATP6AP1 (ENSLAFG00000008757) 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Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Camelidae ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a ENSGT00530000063808.a Arabian camel MODERN SPECIES 204 SRPK3 (ENSCDRG00005020984) ENSCDRG00005008129 IDH3G (ENSCDRG00005008174) SSR4 (ENSCDRG00005008385) PDZD4 (ENSCDRG00005008529) L1CAM (ENSCDRG00005008678) AVPR2 (ENSCDRG00005009433) ARHGAP4 (ENSCDRG00005009571) NAA10 (ENSCDRG00005010090) RENBP (ENSCDRG00005010267) HCFC1 (ENSCDRG00005010537) TMEM187 (ENSCDRG00005011270) IRAK1 (ENSCDRG00005011306) ENSCDRG00005011350 MECP2 (ENSCDRG00005011374) ENSCDRG00005011483 ##22 TEX28 (ENSCDRG00005011542) TKTL1 (ENSCDRG00005011584) FLNA (ENSCDRG00005011684) ENSCDRG00005011914 ENSCDRG00005012077 DNASE1L1 (ENSCDRG00005012179) TAZ (ENSCDRG00005012375) ATP6AP1 (ENSCDRG00005012618) GDI1 (ENSCDRG00005012702) FAM50A (ENSCDRG00005012822) LAGE3 (ENSCDRG00005015984) SLC10A3 (ENSCDRG00005016014) FAM3A (ENSCDRG00005016065) G6PD (ENSCDRG00005016281) IKBKG (ENSCDRG00005016363) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 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ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A.n ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A.m ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034.i ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A.m ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Dolphin MODERN SPECIES 3165 ENSTTRG00000003617 ##22 TEX28 (ENSTTRG00000003618) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034.i ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A.m ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034.i ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A.m ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Narwhal MODERN SPECIES 309 BCAP31 (ENSMMNG00015012134) ABCD1 (ENSMMNG00015012167) PLXNB3 (ENSMMNG00015012205) SRPK3 (ENSMMNG00015012303) IDH3G (ENSMMNG00015012488) SSR4 (ENSMMNG00015012518) PDZD4 (ENSMMNG00015012532) L1CAM (ENSMMNG00015012599) AVPR2 (ENSMMNG00015012757) ARHGAP4 (ENSMMNG00015012794) RENBP (ENSMMNG00015012853) HCFC1 (ENSMMNG00015012895) TMEM187 (ENSMMNG00015012935) IRAK1 (ENSMMNG00015012947) MECP2 (ENSMMNG00015012982) ENSMMNG00015013034 ##22 ENSMMNG00015013048 ENSMMNG00015013056 TKTL1 (ENSMMNG00015013076) FLNA (ENSMMNG00015013139) ENSMMNG00015013213 ENSMMNG00015013277 DNASE1L1 (ENSMMNG00015013295) ENSMMNG00015013313 ENSMMNG00015013329 ATP6AP1 (ENSMMNG00015013337) GDI1 (ENSMMNG00015013359) ENSMMNG00015013390 PLXNA3 (ENSMMNG00015013425) LAGE3 (ENSMMNG00015013456) UBL4A (ENSMMNG00015013467) Beluga whale MODERN SPECIES 139 BCAP31 (ENSDLEG00000009436) ABCD1 (ENSDLEG00000009490) PLXNB3 (ENSDLEG00000009548) SRPK3 (ENSDLEG00000009748) IDH3G (ENSDLEG00000010539) SSR4 (ENSDLEG00000010578) PDZD4 (ENSDLEG00000010618) L1CAM (ENSDLEG00000010633) AVPR2 (ENSDLEG00000010715) ARHGAP4 (ENSDLEG00000010745) RENBP (ENSDLEG00000010782) HCFC1 (ENSDLEG00000010826) TMEM187 (ENSDLEG00000010884) IRAK1 (ENSDLEG00000010892) MECP2 (ENSDLEG00000010908) ENSDLEG00000010916 ##22 TKTL1 (ENSDLEG00000010974) FLNA (ENSDLEG00000010999) EMD (ENSDLEG00000011102) ENSDLEG00000011125 DNASE1L1 (ENSDLEG00000011154) TAZ (ENSDLEG00000011183) ATP6AP1 (ENSDLEG00000011212) GDI1 (ENSDLEG00000011245) FAM50A (ENSDLEG00000011270) PLXNA3 (ENSDLEG00000011331) LAGE3 (ENSDLEG00000011398) UBL4A (ENSDLEG00000011413) FAM3A (ENSDLEG00000011447) G6PD (ENSDLEG00000011468) IKBKG (ENSDLEG00000011500) Vaquita MODERN SPECIES 34 ABCD1 (ENSPSNG00000020339) PLXNB3 (ENSPSNG00000020397) SRPK3 (ENSPSNG00000020624) IDH3G (ENSPSNG00000021007) SSR4 (ENSPSNG00000021050) PDZD4 (ENSPSNG00000021105) L1CAM (ENSPSNG00000021249) AVPR2 (ENSPSNG00000021500) ARHGAP4 (ENSPSNG00000021560) NAA10 (ENSPSNG00000021621) ENSPSNG00000021660 HCFC1 (ENSPSNG00000021713) TMEM187 (ENSPSNG00000021804) IRAK1 (ENSPSNG00000021819) MECP2 (ENSPSNG00000021858) ENSPSNG00000021893 ##22 TEX28 (ENSPSNG00000021914) ENSPSNG00000021927 ENSPSNG00000021942 ENSPSNG00000021951 ENSPSNG00000021965 TKTL1 (ENSPSNG00000021994) FLNA (ENSPSNG00000022089) ENSPSNG00000022266 ENSPSNG00000022280 DNASE1L1 (ENSPSNG00000022297) TAFAZZIN (ENSPSNG00000022306) ATP6AP1 (ENSPSNG00000022314) GDI1 (ENSPSNG00000022323) ENSPSNG00000022331 PLXNA3 (ENSPSNG00000022341) Sperm whale MODERN SPECIES 13 BCAP31 (ENSPCTG00005020665) ABCD1 (ENSPCTG00005020693) PLXNB3 (ENSPCTG00005020721) SRPK3 (ENSPCTG00005020896) IDH3G (ENSPCTG00005021222) SSR4 (ENSPCTG00005021260) PDZD4 (ENSPCTG00005021324) L1CAM (ENSPCTG00005021438) AVPR2 (ENSPCTG00005021602) ARHGAP4 (ENSPCTG00005021658) NAA10 (ENSPCTG00005021859) RENBP (ENSPCTG00005021884) HCFC1 (ENSPCTG00005021915) ENSPCTG00005022009 MECP2 (ENSPCTG00005022045) ENSPCTG00005022067 ##22 TEX28 (ENSPCTG00005022073) ENSPCTG00005022081 TKTL1 (ENSPCTG00005012476) FLNA (ENSPCTG00005012993) EMD (ENSPCTG00005013517) RPL10 (ENSPCTG00005013674) DNASE1L1 (ENSPCTG00005013759) FAM3A (ENSPCTG00005013803) SLC10A3 (ENSPCTG00005014048) UBL4A (ENSPCTG00005014090) ENSPCTG00005014136 PLXNA3 (ENSPCTG00005014209) FAM50A (ENSPCTG00005014324) GDI1 (ENSPCTG00005014385) IKBKG (ENSPCTG00005014430) Blue whale MODERN SPECIES 40 ABCD1 (ENSBMSG00010017634) PLXNB3 (ENSBMSG00010017695) SRPK3 (ENSBMSG00010017917) IDH3G (ENSBMSG00010018140) SSR4 (ENSBMSG00010018296) PDZD4 (ENSBMSG00010018349) L1CAM (ENSBMSG00010018510) AVPR2 (ENSBMSG00010018770) ARHGAP4 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ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.b ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.a.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b Percora_a ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.b ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.a.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b Bovidae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Bos ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Cow MODERN SPECIES 177 SRPK3 (ENSBTAG00000001058) IDH3G (ENSBTAG00000001059) SSR4 (ENSBTAG00000021421) PDZD4 (ENSBTAG00000021422) ENSBTAG00000038379 L1CAM (ENSBTAG00000013462) AVPR2 (ENSBTAG00000047138) ARHGAP4 (ENSBTAG00000047531) NAA10 (ENSBTAG00000047702) RENBP (ENSBTAG00000047827) HCFC1 (ENSBTAG00000011904) TMEM187 (ENSBTAG00000008278) IRAK1 (ENSBTAG00000016085) MECP2 (ENSBTAG00000047855) ENSBTAG00000052492 OPN1LW (ENSBTAG00000020299) ##22 TEX28 (ENSBTAG00000020300) TKTL1 (ENSBTAG00000020127) FLNA (ENSBTAG00000011190) EMD (ENSBTAG00000022314) RPL10 (ENSBTAG00000007454) DNASE1L1 (ENSBTAG00000007455) TAFAZZIN (ENSBTAG00000007456) ATP6AP1 (ENSBTAG00000012117) GDI1 (ENSBTAG00000012125) FAM50A (ENSBTAG00000033032) PLXNA3 (ENSBTAG00000008552) LAGE3 (ENSBTAG00000054868) UBL4A (ENSBTAG00000014331) SLC10A3 (ENSBTAG00000014333) FAM3A (ENSBTAG00000012747) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 PLXNB3 (ENSBIXG00005012308) SRPK3 (ENSBIXG00005012339) SSR4 (ENSBIXG00005012375) PDZD4 (ENSBIXG00005012442) ENSBIXG00005012493 L1CAM (ENSBIXG00005012618) AVPR2 (ENSBIXG00005012700) ARHGAP4 (ENSBIXG00005001429) NAA10 (ENSBIXG00005012916) RENBP (ENSBIXG00005007005) HCFC1 (ENSBIXG00005013025) TMEM187 (ENSBIXG00005013053) IRAK1 (ENSBIXG00005013081) ENSBIXG00005013100 MECP2 (ENSBIXG00005013169) ENSBIXG00005013198 ##22 TEX28 (ENSBIXG00005013213) TKTL1 (ENSBIXG00005013244) FLNA (ENSBIXG00005013367) EMD (ENSBIXG00005013423) ENSBIXG00005001627 DNASE1L1 (ENSBIXG00005005490) ENSBIXG00005013746 ATP6AP1 (ENSBIXG00005001714) GDI1 (ENSBIXG00005001727) FAM50A (ENSBIXG00005013872) PLXNA3 (ENSBIXG00005013935) LAGE3 (ENSBIXG00005006122) ENSBIXG00005013979 SLC10A3 (ENSBIXG00005013999) ENSBIXG00005014028 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00530000063435.a Domestic yak MODERN SPECIES 69 ABCD1 (ENSBGRG00000019899) SRPK3 (ENSBGRG00000020582) IDH3G (ENSBGRG00000020629) ENSBGRG00000020770 PDZD4 (ENSBGRG00000020897) ENSBGRG00000020944 L1CAM (ENSBGRG00000020974) AVPR2 (ENSBGRG00000021537) ARHGAP4 (ENSBGRG00000021595) NAA10 (ENSBGRG00000021764) RENBP (ENSBGRG00000021852) HCFC1 (ENSBGRG00000021965) TMEM187 (ENSBGRG00000023012) IRAK1 (ENSBGRG00000023042) MECP2 (ENSBGRG00000023220) ENSBGRG00000023305 ##22 TKTL1 (ENSBGRG00000023403) FLNA (ENSBGRG00000023487) GDI1 (ENSBGRG00000023696) EMD (ENSBGRG00000023778) ENSBGRG00000023896 DNASE1L1 (ENSBGRG00000024010) TAFAZZIN (ENSBGRG00000024079) ATP6AP1 (ENSBGRG00000024299) FAM50A (ENSBGRG00000024395) PLXNA3 (ENSBGRG00000024820) ENSBGRG00000026228 UBL4A (ENSBGRG00000026234) SLC10A3 (ENSBGRG00000026237) G6PD (ENSBGRG00000026248) ENSBGRG00000026272 Wild yak MODERN SPECIES 2347 HCFC1 (ENSBMUG00000013678) TMEM187 (ENSBMUG00000014421) IRAK1 (ENSBMUG00000014559) MECP2 (ENSBMUG00000014662) ENSBMUG00000014668 ENSBMUG00000014681 ##22 TEX28 (ENSBMUG00000014694) TKTL1 (ENSBMUG00000014713) American bison MODERN SPECIES 1738 ENSBBBG00000023898 ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.a.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Goat MODERN SPECIES 94 ENSCHIG00000015283 ##22 TKTL1 (ENSCHIG00000006118) ENSCHIG00000020606 FLNA (ENSCHIG00000011282) EMD (ENSCHIG00000022498) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 205 BCAP31 (ENSOARG00020024614) ABCD1 (ENSOARG00020024584) PLXNB3 (ENSOARG00020024564) IDH3G (ENSOARG00020024407) SSR4 (ENSOARG00020024383) PDZD4 (ENSOARG00020024315) L1CAM (ENSOARG00020023921) AVPR2 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SPECIES 29 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Panthera ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 lion MODERN SPECIES 50 ABCD1 (ENSPLOG00000015686) PLXNB3 (ENSPLOG00000015318) SRPK3 (ENSPLOG00000014529) IDH3G (ENSPLOG00000014245) SSR4 (ENSPLOG00000014154) PDZD4 (ENSPLOG00000013907) L1CAM (ENSPLOG00000013396) AVPR2 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(ENSFCAG00000043991) IDH3G (ENSFCAG00000033410) SSR4 (ENSFCAG00000004040) ARHGAP4 (ENSFCAG00000011385) L1CAM (ENSFCAG00000008614) AVPR2 (ENSFCAG00000011384) NAA10 (ENSFCAG00000028705) RENBP (ENSFCAG00000018690) HCFC1 (ENSFCAG00000011387) TMEM187 (ENSFCAG00000011388) IRAK1 (ENSFCAG00000010847) MECP2 (ENSFCAG00000011389) OPN1LW (ENSFCAG00000011390) ##22 TEX28 (ENSFCAG00000044525) TKTL1 (ENSFCAG00000011392) FLNA (ENSFCAG00000011393) EMD (ENSFCAG00000011394) ENSFCAG00000011395 DNASE1L1 (ENSFCAG00000011396) TAFAZZIN (ENSFCAG00000023652) ATP6AP1 (ENSFCAG00000011397) GDI1 (ENSFCAG00000011398) FAM50A (ENSFCAG00000011399) PLXNA3 (ENSFCAG00000011400) LAGE3 (ENSFCAG00000038204) UBL4A (ENSFCAG00000025607) SLC10A3 (ENSFCAG00000022989) FAM3A (ENSFCAG00000035237) Caniformia ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.h ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Ferret MODERN SPECIES 531 BCAP31 (ENSMPUG00000008469) ABCD1 (ENSMPUG00000008475) PLXNB3 (ENSMPUG00000008484) SRPK3 (ENSMPUG00000008795) IDH3G (ENSMPUG00000008781) ENSMPUG00000008803 PDZD4 (ENSMPUG00000008855) L1CAM (ENSMPUG00000008943) ARHGAP4 (ENSMPUG00000008967) AVPR2 (ENSMPUG00000008979) NAA10 (ENSMPUG00000008989) HCFC1 (ENSMPUG00000009029) ENSMPUG00000009052 IRAK1 (ENSMPUG00000009059) MECP2 (ENSMPUG00000009072) ENSMPUG00000009081 ##22 TEX28 (ENSMPUG00000009202) TKTL1 (ENSMPUG00000009214) ENSMPUG00000019510 EMD (ENSMPUG00000009232) FLNA (ENSMPUG00000009293) ENSMPUG00000009320 DNASE1L1 (ENSMPUG00000009354) TAFAZZIN (ENSMPUG00000009363) ATP6AP1 (ENSMPUG00000009450) GDI1 (ENSMPUG00000009461) ENSMPUG00000009476 PLXNA3 (ENSMPUG00000009629) UBL4A (ENSMPUG00000009650) SLC10A3 (ENSMPUG00000019511) FAM3A (ENSMPUG00000009671) American mink MODERN SPECIES 402 ABCD1 (ENSNVIG00000023981) PLXNB3 (ENSNVIG00000023976) SRPK3 (ENSNVIG00000023970) IDH3G (ENSNVIG00000023966) SSR4 (ENSNVIG00000023964) PDZD4 (ENSNVIG00000023958) L1CAM (ENSNVIG00000023921) AVPR2 (ENSNVIG00000023918) ARHGAP4 (ENSNVIG00000023893) NAA10 (ENSNVIG00000023879) RENBP (ENSNVIG00000023874) HCFC1 (ENSNVIG00000023869) ENSNVIG00000023868 IRAK1 (ENSNVIG00000023867) MECP2 (ENSNVIG00000023863) ENSNVIG00000023859 ##22 TEX28 (ENSNVIG00000023857) TKTL1 (ENSNVIG00000023854) FLNA (ENSNVIG00000023832) EMD (ENSNVIG00000023823) ENSNVIG00000023818 DNASE1L1 (ENSNVIG00000023816) ENSNVIG00000023810 ATP6AP1 (ENSNVIG00000023809) GDI1 (ENSNVIG00000023807) PLXNA3 (ENSNVIG00000023655) GAB3 (ENSNVIG00000023627) DKC1 (ENSNVIG00000023613) MPP1 (ENSNVIG00000023597) SMIM9 (ENSNVIG00000023589) ENSNVIG00000023588 Ursidae DUPLICATION Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b.a ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 2092 ENSAMEG00000026313 ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.h ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Giant Panda MODERN SPECIES 2288 PLXNB3 (ENSAMEG00000018468) SRPK3 (ENSAMEG00000018467) IDH3G (ENSAMEG00000018466) SSR4 (ENSAMEG00000018465) PDZD4 (ENSAMEG00000018464) ENSAMEG00000009528 L1CAM (ENSAMEG00000018461) AVPR2 (ENSAMEG00000018460) ARHGAP4 (ENSAMEG00000018458) NAA10 (ENSAMEG00000018457) RENBP (ENSAMEG00000018452) HCFC1 (ENSAMEG00000018450) TMEM187 (ENSAMEG00000019206) IRAK1 (ENSAMEG00000018449) MECP2 (ENSAMEG00000029148) ENSAMEG00000018445 ##22 TEX28 (ENSAMEG00000018444) ENSAMEG00000018441 ENSAMEG00000007222 ENSAMEG00000007261 ENSAMEG00000030923 RPL10 (ENSAMEG00000000227) ENSAMEG00000000229 ENSAMEG00000000230 ATP6AP1 (ENSAMEG00000000239) GDI1 (ENSAMEG00000000265) FAM50A (ENSAMEG00000000273) PLXNA3 (ENSAMEG00000000281) ENSAMEG00000026988 UBL4A (ENSAMEG00000026286) SLC10A3 (ENSAMEG00000000359) Ursus ANCESTRAL SPECIES 83 ENSGT00940000156423 ENSGT00530000064292 ENSGT00940000157298 ENSGT00940000162168 ENSGT00940000162130 ENSGT00940000159174 ENSGT00940000157548 ENSGT00940000155291 ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000163834 ENSGT01000000214434.B.b.e.b ENSGT00940000156320 ENSGT00390000011272 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 Polar bear MODERN SPECIES 330 HAUS7 (ENSUMAG00000021248) BGN (ENSUMAG00000021244) ATP2B3 (ENSUMAG00000020942) CCNQ (ENSUMAG00000020894) DUSP9 (ENSUMAG00000020891) ENSUMAG00000020857 BCAP31 (ENSUMAG00000020844) SRPK3 (ENSUMAG00000020820) IDH3G (ENSUMAG00000020814) SSR4 (ENSUMAG00000020804) NAA10 (ENSUMAG00000020773) RENBP (ENSUMAG00000020768) ENSUMAG00000020761 TMEM187 (ENSUMAG00000020759) ENSUMAG00000020747 ENSUMAG00000020714 ##22 TEX28 (ENSUMAG00000020707) TKTL1 (ENSUMAG00000020693) EMD (ENSUMAG00000020684) FLNA (ENSUMAG00000019645) ENSUMAG00000019583 DNASE1L1 (ENSUMAG00000019505) ENSUMAG00000019531 ATP6AP1 (ENSUMAG00000019476) GDI1 (ENSUMAG00000019473) FAM50A (ENSUMAG00000019470) SLC10A3 (ENSUMAG00000019457) FAM3A (ENSUMAG00000019452) G6PD (ENSUMAG00000019300) IKBKG (ENSUMAG00000019273) ENSUMAG00000019269 American black bear MODERN SPECIES 938 MECP2 (ENSUAMG00000020446) ENSUAMG00000020431 ##22 TEX28 (ENSUAMG00000020430) TKTL1 (ENSUAMG00000020429) Canidae ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Red fox MODERN SPECIES 263 ENSVVUG00000029695 ENSVVUG00000029694 PLXNB3 (ENSVVUG00000029634) IDH3G (ENSVVUG00000029622) ENSVVUG00000029621 PDZD4 (ENSVVUG00000029620) L1CAM (ENSVVUG00000029611) AVPR2 (ENSVVUG00000029607) ARHGAP4 (ENSVVUG00000029605) NAA10 (ENSVVUG00000029603) RENBP (ENSVVUG00000029602) HCFC1 (ENSVVUG00000029596) TMEM187 (ENSVVUG00000029595) IRAK1 (ENSVVUG00000029594) MECP2 (ENSVVUG00000029591) ENSVVUG00000029585 ##22 TKTL1 (ENSVVUG00000029580) TEX28 (ENSVVUG00000029579) EMD (ENSVVUG00000029577) FLNA (ENSVVUG00000029569) RPL10 (ENSVVUG00000029559) DNASE1L1 (ENSVVUG00000029556) TAZ (ENSVVUG00000029551) ATP6AP1 (ENSVVUG00000029548) GDI1 (ENSVVUG00000029546) ENSVVUG00000029545 PLXNA3 (ENSVVUG00000029541) SLC10A3 (ENSVVUG00000029540) FAM3A (ENSVVUG00000029538) G6PD (ENSVVUG00000029537) IKBKG (ENSVVUG00000029536) Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a.g ENSGT00410000025802.g.a.h ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b Dog MODERN SPECIES 144 BCAP31 (ENSCAFG00845024213) ABCD1 (ENSCAFG00845024327) PLXNB3 (ENSCAFG00845024556) SRPK3 (ENSCAFG00845024967) IDH3G (ENSCAFG00845025145) SSR4 (ENSCAFG00845025375) PDZD4 (ENSCAFG00845025486) L1CAM (ENSCAFG00845025647) AVPR2 (ENSCAFG00845026015) ARHGAP4 (ENSCAFG00845026108) RENBP (ENSCAFG00845026554) HCFC1 (ENSCAFG00845026790) TMEM187 (ENSCAFG00845027090) IRAK1 (ENSCAFG00845027126) MECP2 (ENSCAFG00845027255) OPN1LW (ENSCAFG00845027363) ##22 TEX28 (ENSCAFG00845027400) TKTL1 (ENSCAFG00845027442) EMD (ENSCAFG00845027618) FLNA (ENSCAFG00845027901) RPL10 (ENSCAFG00845028627) DNASE1L1 (ENSCAFG00845028675) TAZ (ENSCAFG00845028739) GDI1 (ENSCAFG00845028921) ATP6AP1 (ENSCAFG00845029004) FAM50A (ENSCAFG00845029041) PLXNA3 (ENSCAFG00845029121) ENSCAFG00845029273 UBL4A (ENSCAFG00845029287) SLC10A3 (ENSCAFG00845029316) ENSCAFG00845029578 Dingo MODERN SPECIES 383 BCAP31 (ENSCAFG00020022946) ABCD1 (ENSCAFG00020022942) PLXNB3 (ENSCAFG00020022936) SRPK3 (ENSCAFG00020022932) IDH3G (ENSCAFG00020022931) SSR4 (ENSCAFG00020022930) PDZD4 (ENSCAFG00020022928) L1CAM (ENSCAFG00020022925) AVPR2 (ENSCAFG00020022923) ARHGAP4 (ENSCAFG00020022156) NAA10 (ENSCAFG00020022123) RENBP (ENSCAFG00020022111) HCFC1 (ENSCAFG00020022091) IRAK1 (ENSCAFG00020022089) MECP2 (ENSCAFG00020022079) ENSCAFG00020022061 ##22 TEX28 (ENSCAFG00020022059) ENSCAFG00020022055 TKTL1 (ENSCAFG00020022053) EMD (ENSCAFG00020022046) FLNA (ENSCAFG00020009434) ENSCAFG00020009114 DNASE1L1 (ENSCAFG00020009104) TAFAZZIN (ENSCAFG00020009089) ATP6AP1 (ENSCAFG00020009077) GDI1 (ENSCAFG00020009070) FAM50A (ENSCAFG00020009064) PLXNA3 (ENSCAFG00020009040) ENSCAFG00020009037 UBL4A (ENSCAFG00020009032) SLC10A3 (ENSCAFG00020009027) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Equus ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Horse MODERN SPECIES 480 ABCD1 (ENSECAG00000022935) PLXNB3 (ENSECAG00000000639) SRPK3 (ENSECAG00000058187) IDH3G (ENSECAG00000018509) SSR4 (ENSECAG00000023150) PDZD4 (ENSECAG00000024310) L1CAM (ENSECAG00000002810) AVPR2 (ENSECAG00000022974) ARHGAP4 (ENSECAG00000023201) NAA10 (ENSECAG00000015203) RENBP (ENSECAG00000018888) HCFC1 (ENSECAG00000022440) TMEM187 (ENSECAG00000001086) IRAK1 (ENSECAG00000009585) MECP2 (ENSECAG00000018208) OPN1LW (ENSECAG00000018684) ##22 TEX28 (ENSECAG00000021904) TKTL1 (ENSECAG00000021992) EMD (ENSECAG00000013908) FLNA (ENSECAG00000009550) RPL10 (ENSECAG00000017154) DNASE1L1 (ENSECAG00000003758) TAFAZZIN (ENSECAG00000010872) ATP6AP1 (ENSECAG00000014216) GDI1 (ENSECAG00000017687) FAM50A (ENSECAG00000023594) PLXNA3 (ENSECAG00000025088) LAGE3 (ENSECAG00000038130) UBL4A (ENSECAG00000013506) SLC10A3 (ENSECAG00000013796) FAM3A (ENSECAG00000013840) Donkey MODERN SPECIES 36 ABCD1 (ENSEASG00005019529) PLXNB3 (ENSEASG00005019471) SRPK3 (ENSEASG00005019451) IDH3G (ENSEASG00005019382) SSR4 (ENSEASG00005019363) PDZD4 (ENSEASG00005028120) L1CAM (ENSEASG00005019353) AVPR2 (ENSEASG00005027808) ARHGAP4 (ENSEASG00005019296) NAA10 (ENSEASG00005030165) RENBP (ENSEASG00005019286) HCFC1 (ENSEASG00005019244) TMEM187 (ENSEASG00005038494) IRAK1 (ENSEASG00005019196) MECP2 (ENSEASG00005019188) ENSEASG00005019183 ##22 TEX28 (ENSEASG00005019182) TKTL1 (ENSEASG00005019179) FLNA (ENSEASG00005018577) EMD (ENSEASG00005019177) ENSEASG00005025120 DNASE1L1 (ENSEASG00005028299) TAFAZZIN (ENSEASG00005025100) ATP6AP1 (ENSEASG00005034458) GDI1 (ENSEASG00005018454) FAM50A (ENSEASG00005018449) PLXNA3 (ENSEASG00005018440) UBL4A (ENSEASG00005018436) SLC10A3 (ENSEASG00005018434) FAM3A (ENSEASG00005018431) G6PD (ENSEASG00005018430) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00910000146500 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Megabat MODERN SPECIES 3183 L1CAM (ENSPVAG00000000456) ENSPVAG00000000460 AVPR2 (ENSPVAG00000000461) ARHGAP4 (ENSPVAG00000000462) NAA10 (ENSPVAG00000000463) RENBP (ENSPVAG00000000464) HCFC1 (ENSPVAG00000000466) TMEM187 (ENSPVAG00000000467) IRAK1 (ENSPVAG00000000469) MECP2 (ENSPVAG00000000472) ENSPVAG00000000474 ##22 TEX28 (ENSPVAG00000000476) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Microbat MODERN SPECIES 977 PLXNB3 (ENSMLUG00000004428) SRPK3 (ENSMLUG00000004445) ENSMLUG00000004457 SSR4 (ENSMLUG00000004462) PDZD4 (ENSMLUG00000004464) L1CAM (ENSMLUG00000014234) AVPR2 (ENSMLUG00000014253) ARHGAP4 (ENSMLUG00000014257) NAA10 (ENSMLUG00000014267) RENBP (ENSMLUG00000014271) HCFC1 (ENSMLUG00000014275) TMEM187 (ENSMLUG00000014286) IRAK1 (ENSMLUG00000014288) MECP2 (ENSMLUG00000014297) ENSMLUG00000024727 ENSMLUG00000014299 ##22 TEX28 (ENSMLUG00000014304) TKTL1 (ENSMLUG00000014306) EMD (ENSMLUG00000005200) FLNA (ENSMLUG00000014316) ENSMLUG00000014337 DNASE1L1 (ENSMLUG00000014342) TAFAZZIN (ENSMLUG00000024037) ATP6AP1 (ENSMLUG00000003493) ENSMLUG00000022234 GDI1 (ENSMLUG00000003501) PLXNA3 (ENSMLUG00000010006) ENSMLUG00000030030 UBL4A (ENSMLUG00000027145) SLC10A3 (ENSMLUG00000008199) FAM3A (ENSMLUG00000005226) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES PLXNB3 (ENSRFEG00010005005) SRPK3 (ENSRFEG00010004974) IDH3G (ENSRFEG00010004950) SSR4 (ENSRFEG00010004934) PDZD4 (ENSRFEG00010004912) L1CAM (ENSRFEG00010004838) ENSRFEG00010004798 AVPR2 (ENSRFEG00010004785) ARHGAP4 (ENSRFEG00010004760) ARD1A (ENSRFEG00010004730) RENBP (ENSRFEG00010004689) HCFC1 (ENSRFEG00010004542) TMEM187 (ENSRFEG00010004460) IRAK1 (ENSRFEG00010004369) MECP2 (ENSRFEG00010004285) ENSRFEG00010004230 ##22 TEX28 (ENSRFEG00010004212) TKTL1 (ENSRFEG00010004159) FLNA (ENSRFEG00010004101) EMD (ENSRFEG00010004008) RPL10 (ENSRFEG00010003909) BT_m006_jsm59FD5r (ENSRFEG00010003791) TAZ (ENSRFEG00010003720) ATP6AP1 (ENSRFEG00010003617) GDI1 (ENSRFEG00010003480) FAM50A (ENSRFEG00010003417) PLXNA3 (ENSRFEG00010003374) LAGE3 (ENSRFEG00010003340) UBL4A (ENSRFEG00010003315) SLC10A3 (ENSRFEG00010003285) FAM3A (ENSRFEG00010003196) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 600 ENSEEUG00000003155 ##22 Common shrew MODERN SPECIES 8604 ENSSARG00000005115 ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Tree shrew MODERN SPECIES 4932 ENSTBEG00000006768 ENSTBEG00000007321 ENSTBEG00000007948 HCFC1 (ENSTBEG00000008117) ENSTBEG00000000367 ENSTBEG00000000488 ##22 TEX28 (ENSTBEG00000000535) Glires ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00390000011863.c ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a ENSGT00530000063808.a Rabbit MODERN SPECIES 549 PLXNB3 (ENSOCUG00000016506) ABCD1 (ENSOCUG00000017922) IDH3G (ENSOCUG00000016554) SSR4 (ENSOCUG00000027360) ENSOCUG00000026260 PDZD4 (ENSOCUG00000017200) L1CAM (ENSOCUG00000001102) AVPR2 (ENSOCUG00000015695) ARHGAP4 (ENSOCUG00000001107) NAA10 (ENSOCUG00000001111) RENBP (ENSOCUG00000025840) HCFC1 (ENSOCUG00000001113) TMEM187 (ENSOCUG00000001116) IRAK1 (ENSOCUG00000025860) MECP2 (ENSOCUG00000013147) OPN1MW (ENSOCUG00000011466) ##22 TEX28 (ENSOCUG00000021000) TKTL1 (ENSOCUG00000000883) FLNA (ENSOCUG00000000880) EMD (ENSOCUG00000000882) RA_m006_jsm7BED4f (ENSOCUG00000024511) TAFAZZIN (ENSOCUG00000000885) ENSOCUG00000017631 GDI1 (ENSOCUG00000017639) FAM50A (ENSOCUG00000017644) PLXNA3 (ENSOCUG00000015623) LAGE3 (ENSOCUG00000028990) SLC10A3 (ENSOCUG00000022433) FAM3A (ENSOCUG00000015663) G6PD (ENSOCUG00000007866) IKBKG (ENSOCUG00000007873) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Marmotini ANCESTRAL SPECIES 83 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A.e ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 124 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A.e ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 562 ABCD1 (ENSUPAG00010012506) ENSUPAG00010012496 ENSUPAG00010012465 SRPK3 (ENSUPAG00010012441) IDH3G (ENSUPAG00010012400) SSR4 (ENSUPAG00010012375) PDZD4 (ENSUPAG00010012358) L1CAM (ENSUPAG00010012204) AVPR2 (ENSUPAG00010012191) ARHGAP4 (ENSUPAG00010012018) NAA10 (ENSUPAG00010011976) RENBP (ENSUPAG00010011941) HCFC1 (ENSUPAG00010011877) IRAK1 (ENSUPAG00010010971) MECP2 (ENSUPAG00010010936) ENSUPAG00010010918 ##22 TEX28 (ENSUPAG00010010912) TKTL1 (ENSUPAG00010010904) Squirrel MODERN SPECIES 409 ABCD1 (ENSSTOG00000008153) ENSSTOG00000008188 PLXNB3 (ENSSTOG00000008197) SRPK3 (ENSSTOG00000008233) IDH3G (ENSSTOG00000008261) SSR4 (ENSSTOG00000008278) PDZD4 (ENSSTOG00000021423) L1CAM (ENSSTOG00000008316) AVPR2 (ENSSTOG00000008352) ARHGAP4 (ENSSTOG00000022503) NAA10 (ENSSTOG00000010237) RENBP (ENSSTOG00000010247) HCFC1 (ENSSTOG00000029220) IRAK1 (ENSSTOG00000007991) MECP2 (ENSSTOG00000006094) ENSSTOG00000024701 ##22 TEX28 (ENSSTOG00000022078) TKTL1 (ENSSTOG00000005014) FLNA (ENSSTOG00000005036) EMD (ENSSTOG00000014689) ENSSTOG00000011857 DNASE1L1 (ENSSTOG00000011867) TAFAZZIN (ENSSTOG00000011873) ATP6AP1 (ENSSTOG00000004401) GDI1 (ENSSTOG00000004429) ENSSTOG00000004448 PLXNA3 (ENSSTOG00000003432) UBL4A (ENSSTOG00000022150) SLC10A3 (ENSSTOG00000026515) FAM3A (ENSSTOG00000022234) IKBKG (ENSSTOG00000011082) Alpin marmot MODERN SPECIES 136 ENSMMMG00000008033 BCAP31 (ENSMMMG00000008080) ABCD1 (ENSMMMG00000008089) PLXNB3 (ENSMMMG00000008113) IDH3G (ENSMMMG00000008193) SSR4 (ENSMMMG00000008221) PDZD4 (ENSMMMG00000008247) L1CAM (ENSMMMG00000008292) AVPR2 (ENSMMMG00000008488) ARHGAP4 (ENSMMMG00000008497) ENSMMMG00000009143 RENBP (ENSMMMG00000009149) HCFC1 (ENSMMMG00000009171) IRAK1 (ENSMMMG00000009239) MECP2 (ENSMMMG00000009970) ENSMMMG00000010010 ##22 TEX28 (ENSMMMG00000010023) TKTL1 (ENSMMMG00000010036) FLNA (ENSMMMG00000010080) EMD (ENSMMMG00000014270) ENSMMMG00000014279 DNASE1L1 (ENSMMMG00000014299) TAFAZZIN (ENSMMMG00000014302) GDI1 (ENSMMMG00000014475) FAM50A (ENSMMMG00000014490) PLXNA3 (ENSMMMG00000014513) UBL4A (ENSMMMG00000014537) SLC10A3 (ENSMMMG00000014545) FAM3A (ENSMMMG00000014550) G6PD (ENSMMMG00000014645) IKBKG (ENSMMMG00000014671) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 156 BCAP31 (ENSSVLG00005020208) ABCD1 (ENSSVLG00005020163) ENSSVLG00005020066 SRPK3 (ENSSVLG00005020004) IDH3G (ENSSVLG00005019902) SSR4 (ENSSVLG00005019816) PDZD4 (ENSSVLG00005019686) AVPR2 (ENSSVLG00005019578) ENSSVLG00005019536 ARHGAP4 (ENSSVLG00005019458) NAA10 (ENSSVLG00005019123) RENBP (ENSSVLG00005019023) HCFC1 (ENSSVLG00005018524) ENSSVLG00005018093 MECP2 (ENSSVLG00005017899) ENSSVLG00005017793 ##22 ENSSVLG00005017738 TEX28 (ENSSVLG00005017596) TKTL1 (ENSSVLG00005017318) EMD (ENSSVLG00005019520) FLNA (ENSSVLG00005018546) ENSSVLG00005018375 DNASE1L1 (ENSSVLG00005018343) TAFAZZIN (ENSSVLG00005018196) ATP6AP1 (ENSSVLG00005018016) GDI1 (ENSSVLG00005017962) FAM50A (ENSSVLG00005017921) PLXNA3 (ENSSVLG00005017881) LAGE3 (ENSSVLG00005017858) UBL4A (ENSSVLG00005017819) SLC10A3 (ENSSVLG00005017774) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.B.a.a ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 61 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.B.a.a ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 84 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.B.a.a ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 287 BCAP31 (ENSCLAG00000002843) ABCD1 (ENSCLAG00000001650) PLXNB3 (ENSCLAG00000001828) SRPK3 (ENSCLAG00000001932) IDH3G (ENSCLAG00000002456) SSR4 (ENSCLAG00000002670) PDZD4 (ENSCLAG00000002707) L1CAM (ENSCLAG00000001453) AVPR2 (ENSCLAG00000002650) ENSCLAG00000001334 NAA10 (ENSCLAG00000001427) RENBP (ENSCLAG00000003810) HCFC1 (ENSCLAG00000004175) IRAK1 (ENSCLAG00000006192) MECP2 (ENSCLAG00000001648) ENSCLAG00000001715 ##22 TKTL1 (ENSCLAG00000001825) EMD (ENSCLAG00000002874) FLNA (ENSCLAG00000003106) ENSCLAG00000003108 DNASE1L1 (ENSCLAG00000003494) TAFAZZIN (ENSCLAG00000010970) ATP6AP1 (ENSCLAG00000002132) GDI1 (ENSCLAG00000002425) ENSCLAG00000002733 PLXNA3 (ENSCLAG00000001910) LAGE3 (ENSCLAG00000002127) UBL4A (ENSCLAG00000002161) SLC10A3 (ENSCLAG00000002307) FAM3A (ENSCLAG00000002528) G6PD (ENSCLAG00000003284) Degu MODERN SPECIES 259 PLXNB3 (ENSODEG00000002965) SRPK3 (ENSODEG00000002869) IDH3G (ENSODEG00000002774) SSR4 (ENSODEG00000002732) PDZD4 (ENSODEG00000005482) L1CAM (ENSODEG00000005259) ENSODEG00000005204 AVPR2 (ENSODEG00000005166) ARHGAP4 (ENSODEG00000005124) ENSODEG00000005100 RENBP (ENSODEG00000005065) HCFC1 (ENSODEG00000004823) IRAK1 (ENSODEG00000004583) MECP2 (ENSODEG00000004523) ENSODEG00000004516 ENSODEG00000004473 ##22 ENSODEG00000004454 TKTL1 (ENSODEG00000004431) FLNA (ENSODEG00000004055) EMD (ENSODEG00000003890) ENSODEG00000003868 DNASE1L1 (ENSODEG00000003830) TAFAZZIN (ENSODEG00000003758) ATP6AP1 (ENSODEG00000003643) GDI1 (ENSODEG00000006550) ENSODEG00000006510 PLXNA3 (ENSODEG00000006368) ENSODEG00000006315 UBL4A (ENSODEG00000006287) FAM3A (ENSODEG00000006189) ENSODEG00000006077 Guinea pig MODERN SPECIES 148 ENSCPOG00000011710 BCAP31 (ENSCPOG00000008510) ABCD1 (ENSCPOG00000011702) PLXNB3 (ENSCPOG00000006868) SRPK3 (ENSCPOG00000006881) IDH3G (ENSCPOG00000006890) SSR4 (ENSCPOG00000006898) PDZD4 (ENSCPOG00000019482) L1CAM (ENSCPOG00000005519) AVPR2 (ENSCPOG00000012697) ENSCPOG00000026143 NAA10 (ENSCPOG00000011495) ENSCPOG00000024784 IRAK1 (ENSCPOG00000039151) MECP2 (ENSCPOG00000012579) ENSCPOG00000011198 ##22 ENSCPOG00000021789 TKTL1 (ENSCPOG00000011767) FLNA (ENSCPOG00000002672) EMD (ENSCPOG00000002642) ENSCPOG00000002355 DNASE1L1 (ENSCPOG00000005648) TAFAZZIN (ENSCPOG00000020454) ATP6AP1 (ENSCPOG00000005972) GDI1 (ENSCPOG00000032738) ENSCPOG00000005974 PLXNA3 (ENSCPOG00000011493) ENSCPOG00000034445 UBL4A (ENSCPOG00000040690) SLC10A3 (ENSCPOG00000007289) FAM3A (ENSCPOG00000019367) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Kangaroo rat MODERN SPECIES 526 Bcap31 (ENSDORG00000006022) Abcd1 (ENSDORG00000006023) Plxnb3 (ENSDORG00000006024) Srpk3 (ENSDORG00000006026) Idh3g (ENSDORG00000006029) Ssr4 (ENSDORG00000006030) Pdzd4 (ENSDORG00000028112) L1cam (ENSDORG00000014093) Avpr2 (ENSDORG00000002747) Arhgap4 (ENSDORG00000002750) Naa10 (ENSDORG00000002753) Renbp (ENSDORG00000002755) Hcfc1 (ENSDORG00000002756) Irak1 (ENSDORG00000013876) Mecp2 (ENSDORG00000014978) Opn1mw (ENSDORG00000026454) ##22 Tex28 (ENSDORG00000010136) Tktl1 (ENSDORG00000013785) Emd (ENSDORG00000004375) Flna (ENSDORG00000004370) ENSDORG00000004369 Tafazzin (ENSDORG00000029677) Atp6ap1 (ENSDORG00000008847) Gdi1 (ENSDORG00000008848) Fam50a (ENSDORG00000008851) Plxna3 (ENSDORG00000000853) Lage3 (ENSDORG00000029875) Ubl4a (ENSDORG00000005196) Slc10a3 (ENSDORG00000005197) Fam3a (ENSDORG00000025173) ENSDORG00000012731 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 224 Abcd1 (ENSJJAG00000012430) Plxnb3 (ENSJJAG00000017006) Srpk3 (ENSJJAG00000019785) Idh3g (ENSJJAG00000015962) Ssr4 (ENSJJAG00000017842) Pdzd4 (ENSJJAG00000018534) L1cam (ENSJJAG00000021077) Avpr2 (ENSJJAG00000018314) Arhgap4 (ENSJJAG00000021798) Naa10 (ENSJJAG00000023398) Renbp (ENSJJAG00000010739) Hcfc1 (ENSJJAG00000012815) Irak1 (ENSJJAG00000013849) Mecp2 (ENSJJAG00000022463) ENSJJAG00000022596 Opn1mw (ENSJJAG00000022699) ##22 Tex28 (ENSJJAG00000019769) Tktl1 (ENSJJAG00000010328) Flna (ENSJJAG00000015450) Emd (ENSJJAG00000019656) ENSJJAG00000014235 Tafazzin (ENSJJAG00000015233) ENSJJAG00000019557 Gdi1 (ENSJJAG00000008815) Fam50a (ENSJJAG00000010389) Plxna3 (ENSJJAG00000020257) Lage3 (ENSJJAG00000022478) ENSJJAG00000022788 Slc10a3 (ENSJJAG00000022929) Fam3a (ENSJJAG00000023156) ENSJJAG00000023806 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 660 Bcap31 (ENSNGAG00000005195) Abcd1 (ENSNGAG00000023420) Plxnb3 (ENSNGAG00000023368) Srpk3 (ENSNGAG00000021121) Idh3g (ENSNGAG00000017889) ENSNGAG00000015787 Pdzd4 (ENSNGAG00000009443) L1cam (ENSNGAG00000013550) Avpr2 (ENSNGAG00000009849) Arhgap4 (ENSNGAG00000015413) Naa10 (ENSNGAG00000020303) Renbp (ENSNGAG00000021686) Hcfc1 (ENSNGAG00000013083) Irak1 (ENSNGAG00000011647) Mecp2 (ENSNGAG00000009171) Opn1mw (ENSNGAG00000011604) ##22 Tex28 (ENSNGAG00000023701) Flna (ENSNGAG00000013524) Emd (ENSNGAG00000018770) ENSNGAG00000023746 Dnase1l1 (ENSNGAG00000024155) Tafazzin (ENSNGAG00000008680) Atp6ap1 (ENSNGAG00000021512) Gdi1 (ENSNGAG00000023333) Fam50a (ENSNGAG00000021495) ENSNGAG00000012608 Plxna3 (ENSNGAG00000022548) Lage3 (ENSNGAG00000023293) Ubl4a (ENSNGAG00000023782) Slc10a3 (ENSNGAG00000007975) Fam3a (ENSNGAG00000016683) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Murinae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Mus ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 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Ssr4 (MGP_SPRETEiJ_G0034316) Pdzd4 (MGP_SPRETEiJ_G0034317) L1cam (MGP_SPRETEiJ_G0034318) Arhgap4 (MGP_SPRETEiJ_G0034319) Avpr2 (MGP_SPRETEiJ_G0034320) Naa10 (MGP_SPRETEiJ_G0034321) Renbp (MGP_SPRETEiJ_G0034322) Hcfc1 (MGP_SPRETEiJ_G0034323) Irak1 (MGP_SPRETEiJ_G0034324) Mecp2 (MGP_SPRETEiJ_G0034325) Opn1mw (MGP_SPRETEiJ_G0034326) ##22 Tex28 (MGP_SPRETEiJ_G0034327) Tktl1 (MGP_SPRETEiJ_G0034328) Flna (MGP_SPRETEiJ_G0034329) Emd (MGP_SPRETEiJ_G0034330) MGP_SPRETEiJ_G0034331 Dnase1l1 (MGP_SPRETEiJ_G0034332) Tafazzin (MGP_SPRETEiJ_G0034333) Atp6ap1 (MGP_SPRETEiJ_G0034334) Gdi1 (MGP_SPRETEiJ_G0034335) Fam50a (MGP_SPRETEiJ_G0034336) Plxna3 (MGP_SPRETEiJ_G0034337) Lage3 (MGP_SPRETEiJ_G0034338) Ubl4a (MGP_SPRETEiJ_G0034339) Slc10a3 (MGP_SPRETEiJ_G0034340) Fam3a (MGP_SPRETEiJ_G0034341) Ryukyu mouse MODERN SPECIES 19 Bcap31 (MGP_CAROLIEiJ_G0033156) Abcd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033157) Plxnb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033158) Srpk3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033159) Idh3g (MGP_CAROLIEiJ_G0033160) Ssr4 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(MGP_PahariEiJ_G0031704) Pdzd4 (MGP_PahariEiJ_G0031705) L1cam (MGP_PahariEiJ_G0031706) Arhgap4 (MGP_PahariEiJ_G0031707) Avpr2 (MGP_PahariEiJ_G0031708) Naa10 (MGP_PahariEiJ_G0031709) Renbp (MGP_PahariEiJ_G0031710) Hcfc1 (MGP_PahariEiJ_G0031711) Irak1 (MGP_PahariEiJ_G0031712) Mecp2 (MGP_PahariEiJ_G0031713) Opn1mw (MGP_PahariEiJ_G0031714) ##22 Tex28 (MGP_PahariEiJ_G0031715) MGP_PahariEiJ_G0031716 Flna (MGP_PahariEiJ_G0031717) Emd (MGP_PahariEiJ_G0031718) MGP_PahariEiJ_G0031719 Dnase1l1 (MGP_PahariEiJ_G0031720) Tafazzin (MGP_PahariEiJ_G0031721) Atp6ap1 (MGP_PahariEiJ_G0031722) Gdi1 (MGP_PahariEiJ_G0031723) Fam50a (MGP_PahariEiJ_G0031724) Plxna3 (MGP_PahariEiJ_G0031725) Lage3 (MGP_PahariEiJ_G0031726) Ubl4a (MGP_PahariEiJ_G0031727) Slc10a3 (MGP_PahariEiJ_G0031728) Fam3a (MGP_PahariEiJ_G0031729) Rat MODERN SPECIES 46 Bcap31 (ENSRNOG00000055756) Abcd1 (ENSRNOG00000056524) Plxnb3 (ENSRNOG00000061731) Srpk3 (ENSRNOG00000054548) Idh3g (ENSRNOG00000055572) Ssr4 (ENSRNOG00000053172) Pdzd4 (ENSRNOG00000056174) L1cam (ENSRNOG00000061230) Arhgap4 (ENSRNOG00000058545) Avpr2 (ENSRNOG00000059862) Naa10 (ENSRNOG00000060063) Renbp (ENSRNOG00000054765) Hcfc1 (ENSRNOG00000051948) Irak1 (ENSRNOG00000060869) Mecp2 (ENSRNOG00000056659) Opn1mw (ENSRNOG00000051529) ##22 Tex28 (ENSRNOG00000051438) Tktl1 (ENSRNOG00000055557) Flna (ENSRNOG00000054890) Emd (ENSRNOG00000058882) Rpl10 (ENSRNOG00000056765) Dnase1l1 (ENSRNOG00000055641) ENSRNOG00000063225 Tafazzin (ENSRNOG00000053023) Atp6ap1 (ENSRNOG00000054352) Gdi1 (ENSRNOG00000056870) Fam50a (ENSRNOG00000058439) Plxna3 (ENSRNOG00000060464) Lage3 (ENSRNOG00000053456) Slc10a3 (ENSRNOG00000060580) Ubl4a (ENSRNOG00000053061) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Bcap31 (ENSPEMG00000018100) Abcd1 (ENSPEMG00000010748) Plxnb3 (ENSPEMG00000019022) Srpk3 (ENSPEMG00000012149) Idh3g (ENSPEMG00000011232) Ssr4 (ENSPEMG00000008760) Pdzd4 (ENSPEMG00000008494) L1cam (ENSPEMG00000011592) Avpr2 (ENSPEMG00000008325) Arhgap4 (ENSPEMG00000019112) ENSPEMG00000010870 Hcfc1 (ENSPEMG00000011837) Irak1 (ENSPEMG00000001469) ENSPEMG00000025112 Mecp2 (ENSPEMG00000015115) Opn1mw (ENSPEMG00000010994) ##22 Tex28 (ENSPEMG00000009005) Tktl1 (ENSPEMG00000012644) Flna (ENSPEMG00000009562) Emd (ENSPEMG00000012081) ENSPEMG00000015703 Dnase1l1 (ENSPEMG00000013008) Tafazzin (ENSPEMG00000007822) Atp6ap1 (ENSPEMG00000009724) Gdi1 (ENSPEMG00000010952) Fam50a (ENSPEMG00000001727) Plxna3 (ENSPEMG00000012781) Lage3 (ENSPEMG00000011229) Ubl4a (ENSPEMG00000027881) Fam3a (ENSPEMG00000004757) ENSPEMG00000017532 Prairie vole MODERN SPECIES 168 ENSMOCG00000017630 ##22 Tex28 (ENSMOCG00000011491) Flna (ENSMOCG00000007826) Emd (ENSMOCG00000003977) ENSMOCG00000013831 Dnase1l1 (ENSMOCG00000017402) Tafazzin (ENSMOCG00000010108) Atp6ap1 (ENSMOCG00000001026) Gdi1 (ENSMOCG00000006575) Fam50a (ENSMOCG00000015890) Plxna3 (ENSMOCG00000002375) ENSMOCG00000002473 Ubl4a (ENSMOCG00000000785) Slc10a3 (ENSMOCG00000008789) Fam3a (ENSMOCG00000016025) ENSMOCG00000015421 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000155869.v ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00530000063435.a Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 16 ENSCGRG00001022627 Abcd1 (ENSCGRG00001017773) Plxnb3 (ENSCGRG00001024658) Srpk3 (ENSCGRG00001005920) Idh3g (ENSCGRG00001012756) Ssr4 (ENSCGRG00001019369) Pdzd4 (ENSCGRG00001012732) L1cam (ENSCGRG00001020541) Avpr2 (ENSCGRG00001010799) Arhgap4 (ENSCGRG00001023232) Naa10 (ENSCGRG00001012595) Hcfc1 (ENSCGRG00001019535) Irak1 (ENSCGRG00001013928) ENSCGRG00001022957 Mecp2 (ENSCGRG00001017650) Opn1mw (ENSCGRG00001024157) ##22 Tex28 (ENSCGRG00001014288) ENSCGRG00001010950 Flna (ENSCGRG00001013154) Emd (ENSCGRG00001023962) ENSCGRG00001008387 DNASE1L1 (ENSCGRG00001019882) TAZ (ENSCGRG00001016189) Atp6ap1 (ENSCGRG00001015351) Gdi1 (ENSCGRG00001020747) Fam50a (ENSCGRG00001022147) Plxna3 (ENSCGRG00001018950) Lage3 (ENSCGRG00001006943) Ubl4a (ENSCGRG00001024649) Fam3a (ENSCGRG00001017590) G6PDH (ENSCGRG00001009805) Golden Hamster MODERN SPECIES 857 Slc6a8 (ENSMAUG00000017007) Bcap31 (ENSMAUG00000009135) Abcd1 (ENSMAUG00000020103) Plxnb3 (ENSMAUG00000005458) Srpk3 (ENSMAUG00000009935) Idh3g (ENSMAUG00000000657) ENSMAUG00000015090 Pdzd4 (ENSMAUG00000000466) L1cam (ENSMAUG00000008575) Avpr2 (ENSMAUG00000001098) Arhgap4 (ENSMAUG00000020011) Naa10 (ENSMAUG00000019021) Hcfc1 (ENSMAUG00000018495) Irak1 (ENSMAUG00000002430) Mecp2 (ENSMAUG00000018195) Opn1mw (ENSMAUG00000017549) ##22 Tex28 (ENSMAUG00000011775) Emd (ENSMAUG00000016655) ENSMAUG00000013615 Dnase1l1 (ENSMAUG00000005714) Tafazzin (ENSMAUG00000001836) Atp6ap1 (ENSMAUG00000014514) Gdi1 (ENSMAUG00000001476) Fam50a (ENSMAUG00000020359) Plxna3 (ENSMAUG00000019645) Lage3 (ENSMAUG00000021750) Ubl4a (ENSMAUG00000019612) Slc10a3 (ENSMAUG00000005496) Fam3a (ENSMAUG00000009961) ENSMAUG00000008547 Ikbkg (ENSMAUG00000008491) Primates ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Mouse lemur MODERN SPECIES 169 ABCD1 (ENSMICG00000003441) PLXNB3 (ENSMICG00000003449) SRPK3 (ENSMICG00000003464) IDH3G (ENSMICG00000003472) SSR4 (ENSMICG00000003476) PDZD4 (ENSMICG00000027183) L1CAM (ENSMICG00000003486) AVPR2 (ENSMICG00000037091) ARHGAP4 (ENSMICG00000016246) NAA10 (ENSMICG00000010278) RENBP (ENSMICG00000033869) HCFC1 (ENSMICG00000016286) TMEM187 (ENSMICG00000033392) IRAK1 (ENSMICG00000005136) MECP2 (ENSMICG00000005149) ENSMICG00000011536 ##22 TKTL1 (ENSMICG00000035660) KLF8 (ENSMICG00000001146) UBQLN2 (ENSMICG00000027033) ENSMICG00000042349 NBDY (ENSMICG00000036898) ENSMICG00000044069 ENSMICG00000006648 ENSMICG00000029540 ENSMICG00000037905 SPIN4 (ENSMICG00000033616) BRS3 (ENSMICG00000047770) HTATSF1 (ENSMICG00000009348) CD40LG (ENSMICG00000017847) ARHGEF6 (ENSMICG00000017848) RBMX (ENSMICG00000006856) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 110 ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Coquerels sifaka MODERN SPECIES 882 ABCD1 (ENSPCOG00000016908) PLXNB3 (ENSPCOG00000024468) SRPK3 (ENSPCOG00000018569) IDH3G (ENSPCOG00000023374) SSR4 (ENSPCOG00000028866) PDZD4 (ENSPCOG00000025180) L1CAM (ENSPCOG00000010437) AVPR2 (ENSPCOG00000008409) ARHGAP4 (ENSPCOG00000009927) ENSPCOG00000027024 RENBP (ENSPCOG00000013414) HCFC1 (ENSPCOG00000028065) TMEM187 (ENSPCOG00000024026) IRAK1 (ENSPCOG00000027349) MECP2 (ENSPCOG00000024848) ENSPCOG00000015866 ##22 TKTL1 (ENSPCOG00000023105) FLNA (ENSPCOG00000011059) EMD (ENSPCOG00000015697) ENSPCOG00000027122 DNASE1L1 (ENSPCOG00000022635) TAFAZZIN (ENSPCOG00000023186) ATP6AP1 (ENSPCOG00000015508) GDI1 (ENSPCOG00000015358) ENSPCOG00000024061 PLXNA3 (ENSPCOG00000015843) LAGE3 (ENSPCOG00000027993) UBL4A (ENSPCOG00000022735) SLC10A3 (ENSPCOG00000025772) FAM3A (ENSPCOG00000016869) G6PD (ENSPCOG00000028512) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 265 SRPK3 (ENSPSMG00000023528) IDH3G (ENSPSMG00000023441) SSR4 (ENSPSMG00000023367) PDZD4 (ENSPSMG00000023341) L1CAM (ENSPSMG00000023248) ENSPSMG00000023102 AVPR2 (ENSPSMG00000023097) ARHGAP4 (ENSPSMG00000023028) NAA10 (ENSPSMG00000022912) RENBP (ENSPSMG00000022840) HCFC1 (ENSPSMG00000022815) TMEM187 (ENSPSMG00000022767) IRAK1 (ENSPSMG00000022745) ENSPSMG00000022715 MECP2 (ENSPSMG00000022685) ENSPSMG00000022609 ##22 TEX28 (ENSPSMG00000022603) TKTL1 (ENSPSMG00000022591) Bushbaby MODERN SPECIES 364 ABCD1 (ENSOGAG00000027153) PLXNB3 (ENSOGAG00000003133) SRPK3 (ENSOGAG00000003138) ENSOGAG00000006735 SSR4 (ENSOGAG00000006738) PDZD4 (ENSOGAG00000006741) L1CAM (ENSOGAG00000015077) AVPR2 (ENSOGAG00000030887) ARHGAP4 (ENSOGAG00000015087) NAA10 (ENSOGAG00000013263) RENBP (ENSOGAG00000032778) HCFC1 (ENSOGAG00000015100) TMEM187 (ENSOGAG00000026922) IRAK1 (ENSOGAG00000015108) MECP2 (ENSOGAG00000015115) ENSOGAG00000000897 ##22 TEX28 (ENSOGAG00000000900) TKTL1 (ENSOGAG00000000901) ENSOGAG00000027452 ENSOGAG00000017264 FLNA (ENSOGAG00000015265) EMD (ENSOGAG00000029264) ENSOGAG00000000099 DNASE1L1 (ENSOGAG00000000100) TAFAZZIN (ENSOGAG00000008304) ATP6AP1 (ENSOGAG00000008310) GDI1 (ENSOGAG00000008317) FAM50A (ENSOGAG00000008322) PLXNA3 (ENSOGAG00000008330) UBL4A (ENSOGAG00000030091) SLC10A3 (ENSOGAG00000002637) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Tarsier MODERN SPECIES 6821 AVPR2 (ENSTSYG00000036329) ARHGAP4 (ENSTSYG00000003825) NAA10 (ENSTSYG00000036062) RENBP (ENSTSYG00000036926) HCFC1 (ENSTSYG00000002123) IRAK1 (ENSTSYG00000033020) MECP2 (ENSTSYG00000007420) OPN1LW (ENSTSYG00000029368) ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a.f ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426.a ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b.n ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Cebidae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a.f ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426.a ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b.n ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a.f ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426.a ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b.n ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Capuchin MODERN SPECIES 597 ABCD1 (ENSCCAG00000019717) PLXNB3 (ENSCCAG00000024352) SRPK3 (ENSCCAG00000021599) SSR4 (ENSCCAG00000020454) PDZD4 (ENSCCAG00000022158) L1CAM (ENSCCAG00000032233) AVPR2 (ENSCCAG00000028592) ARHGAP4 (ENSCCAG00000025262) ENSCCAG00000033959 RENBP (ENSCCAG00000037940) HCFC1 (ENSCCAG00000021425) IRAK1 (ENSCCAG00000023583) ENSCCAG00000020001 ENSCCAG00000028727 MECP2 (ENSCCAG00000037407) ENSCCAG00000036350 ##22 ENSCCAG00000034334 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 236 PLXNB3 (ENSSBOG00000025081) SRPK3 (ENSSBOG00000024085) IDH3G (ENSSBOG00000019899) SSR4 (ENSSBOG00000022316) PDZD4 (ENSSBOG00000033217) L1CAM (ENSSBOG00000033301) AVPR2 (ENSSBOG00000031595) ARHGAP4 (ENSSBOG00000023946) ENSSBOG00000020071 RENBP (ENSSBOG00000034728) HCFC1 (ENSSBOG00000034222) IRAK1 (ENSSBOG00000018599) ENSSBOG00000017747 MECP2 (ENSSBOG00000024999) ENSSBOG00000025722 ENSSBOG00000022236 ##22 TEX28 (ENSSBOG00000035728) TKTL1 (ENSSBOG00000020176) FLNA (ENSSBOG00000035541) EMD (ENSSBOG00000027560) ENSSBOG00000025724 DNASE1L1 (ENSSBOG00000028977) ENSSBOG00000033124 TAFAZZIN (ENSSBOG00000029961) ATP6AP1 (ENSSBOG00000027327) GDI1 (ENSSBOG00000021247) FAM50A (ENSSBOG00000029861) PLXNA3 (ENSSBOG00000034877) LAGE3 (ENSSBOG00000024470) UBL4A (ENSSBOG00000030369) SLC10A3 (ENSSBOG00000027728) Marmoset MODERN SPECIES 78 BCAP31 (ENSCJAG00000011348) ABCD1 (ENSCJAG00000011337) PLXNB3 (ENSCJAG00000011267) SRPK3 (ENSCJAG00000011233) PDZD4 (ENSCJAG00000011185) SSR4 (ENSCJAG00000011167) ENSCJAG00000074256 ENSCJAG00000022809 L1CAM (ENSCJAG00000011023) ARHGAP4 (ENSCJAG00000011008) AVPR2 (ENSCJAG00000011022) NAA10 (ENSCJAG00000014506) RENBP (ENSCJAG00000014500) IRAK1 (ENSCJAG00000014452) MECP2 (ENSCJAG00000016796) ENSCJAG00000014412 ##22 TEX28 (ENSCJAG00000042631) TKTL1 (ENSCJAG00000014368) FLNA (ENSCJAG00000034881) EMD (ENSCJAG00000011853) ENSCJAG00000011822 DNASE1L1 (ENSCJAG00000011800) ENSCJAG00000016995 ATP6AP1 (ENSCJAG00000040642) GDI1 (ENSCJAG00000016910) FAM50A (ENSCJAG00000063509) PLXNA3 (ENSCJAG00000016816) LAGE3 (ENSCJAG00000041329) UBL4A (ENSCJAG00000074416) SLC10A3 (ENSCJAG00000077479) FAM3A (ENSCJAG00000016787) Mas night monkey MODERN SPECIES 1312 ABCD1 (ENSANAG00000035583) PLXNB3 (ENSANAG00000036384) SRPK3 (ENSANAG00000037077) ENSANAG00000024077 SSR4 (ENSANAG00000035059) PDZD4 (ENSANAG00000026191) L1CAM (ENSANAG00000035752) AVPR2 (ENSANAG00000022496) ARHGAP4 (ENSANAG00000023680) NAA10 (ENSANAG00000019745) RENBP (ENSANAG00000034421) HCFC1 (ENSANAG00000030898) IRAK1 (ENSANAG00000030752) ENSANAG00000019708 MECP2 (ENSANAG00000019603) ENSANAG00000034691 ##22 ENSANAG00000030933 TKTL1 (ENSANAG00000030105) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.e.a ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a.m ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 Vervet Monkey MODERN SPECIES 203 BCAP31 (ENSCSAG00000006911) PLXNB3 (ENSCSAG00000006893) SRPK3 (ENSCSAG00000006884) IDH3G (ENSCSAG00000006879) SSR4 (ENSCSAG00000006874) PDZD4 (ENSCSAG00000006871) L1CAM (ENSCSAG00000006864) AVPR2 (ENSCSAG00000006857) ARHGAP4 (ENSCSAG00000006854) NAA10 (ENSCSAG00000006823) RENBP (ENSCSAG00000006814) HCFC1 (ENSCSAG00000006809) TMEM187 (ENSCSAG00000000523) IRAK1 (ENSCSAG00000006804) MECP2 (ENSCSAG00000006798) ENSCSAG00000006792 ##22 TEX28 (ENSCSAG00000006786) TKTL1 (ENSCSAG00000006779) FLNA (ENSCSAG00000006772) EMD (ENSCSAG00000006760) PLXNA3 (ENSCSAG00000006756) ENSCSAG00000006746 UBL4A (ENSCSAG00000006742) SLC10A3 (ENSCSAG00000000522) FAM3A (ENSCSAG00000006738) G6PD (ENSCSAG00000006732) IKBKG (ENSCSAG00000006727) ENSCSAG00000006721 GAB3 (ENSCSAG00000006717) DKC1 (ENSCSAG00000006706) MPP1 (ENSCSAG00000006698) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a.m ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Macaca ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a.m ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 390 PLXNB3 (ENSMNEG00000032414) SRPK3 (ENSMNEG00000030566) IDH3G (ENSMNEG00000042620) SSR4 (ENSMNEG00000042721) PDZD4 (ENSMNEG00000041450) L1CAM (ENSMNEG00000042796) AVPR2 (ENSMNEG00000029040) ARHGAP4 (ENSMNEG00000039860) NAA10 (ENSMNEG00000034261) RENBP (ENSMNEG00000038526) HCFC1 (ENSMNEG00000033780) IRAK1 (ENSMNEG00000021597) ENSMNEG00000003405 ENSMNEG00000037974 MECP2 (ENSMNEG00000017455) ENSMNEG00000033070 ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000011863.c ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00390000002034 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a.m ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Crab-eating macaque MODERN SPECIES 175 SLC6A8 (ENSMFAG00000032070) BCAP31 (ENSMFAG00000039860) SRPK3 (ENSMFAG00000035943) IDH3G (ENSMFAG00000036641) SSR4 (ENSMFAG00000041921) PDZD4 (ENSMFAG00000031705) L1CAM (ENSMFAG00000030653) AVPR2 (ENSMFAG00000043716) ARHGAP4 (ENSMFAG00000038733) NAA10 (ENSMFAG00000044161) RENBP (ENSMFAG00000044051) HCFC1 (ENSMFAG00000035763) IRAK1 (ENSMFAG00000042818) MECP2 (ENSMFAG00000033178) ENSMFAG00000049901 ENSMFAG00000043960 ##22 ENSMFAG00000039596 ENSMFAG00000059786 TKTL1 (ENSMFAG00000031072) EMD (ENSMFAG00000045316) FLNA (ENSMFAG00000035790) ENSMFAG00000040824 DNASE1L1 (ENSMFAG00000038787) TAFAZZIN (ENSMFAG00000028691) ATP6AP1 (ENSMFAG00000003619) GDI1 (ENSMFAG00000037198) FAM50A (ENSMFAG00000021581) PLXNA3 (ENSMFAG00000040837) LAGE3 (ENSMFAG00000004038) UBL4A (ENSMFAG00000000884) SLC10A3 (ENSMFAG00000035989) Rhesus DUPLICATION Rhesus MODERN SPECIES 327 BCAP31 (ENSMMUG00000012744) ABCD1 (ENSMMUG00000012746) SRPK3 (ENSMMUG00000003372) IDH3G (ENSMMUG00000003374) SSR4 (ENSMMUG00000003375) PDZD4 (ENSMMUG00000003377) L1CAM (ENSMMUG00000003379) AVPR2 (ENSMMUG00000064945) ARHGAP4 (ENSMMUG00000000323) NAA10 (ENSMMUG00000000322) RENBP (ENSMMUG00000000320) HCFC1 (ENSMMUG00000000319) TMEM187 (ENSMMUG00000005132) IRAK1 (ENSMMUG00000018703) MECP2 (ENSMMUG00000018704) ENSMMUG00000006166 ##22 ENSMMUG00000055487 ENSMMUG00000054361 ##22 ENSMMUG00000050314 TKTL1 (ENSMMUG00000013667) EMD (ENSMMUG00000013678) FLNA (ENSMMUG00000013668) RPL10 (ENSMMUG00000005494) DNASE1L1 (ENSMMUG00000050873) TAFAZZIN (ENSMMUG00000005498) ATP6AP1 (ENSMMUG00000005501) GDI1 (ENSMMUG00000005502) FAM50A (ENSMMUG00000005505) PLXNA3 (ENSMMUG00000005507) LAGE3 (ENSMMUG00000040340) UBL4A (ENSMMUG00000009015) Rhesus MODERN SPECIES 327 SRPK3 (ENSMMUG00000003372) IDH3G (ENSMMUG00000003374) SSR4 (ENSMMUG00000003375) PDZD4 (ENSMMUG00000003377) L1CAM (ENSMMUG00000003379) AVPR2 (ENSMMUG00000064945) ARHGAP4 (ENSMMUG00000000323) NAA10 (ENSMMUG00000000322) RENBP (ENSMMUG00000000320) HCFC1 (ENSMMUG00000000319) TMEM187 (ENSMMUG00000005132) IRAK1 (ENSMMUG00000018703) MECP2 (ENSMMUG00000018704) ENSMMUG00000006166 ##22 ENSMMUG00000055487 ENSMMUG00000054361 ##22 ENSMMUG00000050314 TKTL1 (ENSMMUG00000013667) EMD (ENSMMUG00000013678) FLNA (ENSMMUG00000013668) RPL10 (ENSMMUG00000005494) DNASE1L1 (ENSMMUG00000050873) TAFAZZIN (ENSMMUG00000005498) ATP6AP1 (ENSMMUG00000005501) GDI1 (ENSMMUG00000005502) FAM50A (ENSMMUG00000005505) PLXNA3 (ENSMMUG00000005507) LAGE3 (ENSMMUG00000040340) UBL4A (ENSMMUG00000009015) ENSMMUG00000063935 FAM3A (ENSMMUG00000009012) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000002566 ENSGT00530000063808.a ENSGT00910000147580 ENSGT00530000063435.a ENSGT00950000183004.a.a.a.b ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00730000111022 ENSGT00410000025802.g.a.m ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00390000004735.A ENSGT00950000182994.B.a.a.a Olive baboon MODERN SPECIES 792 ABCD1 (ENSPANG00000025399) PLXNB3 (ENSPANG00000008014) SRPK3 (ENSPANG00000004220) IDH3G (ENSPANG00000023323) SSR4 (ENSPANG00000006591) PDZD4 (ENSPANG00000000291) L1CAM (ENSPANG00000013145) AVPR2 (ENSPANG00000004382) ARHGAP4 (ENSPANG00000010087) NAA10 (ENSPANG00000014390) RENBP (ENSPANG00000008961) HCFC1 (ENSPANG00000024276) TMEM187 (ENSPANG00000050796) IRAK1 (ENSPANG00000015781) MECP2 (ENSPANG00000011691) OPN1LW (ENSPANG00000011135) ##22 TEX28 (ENSPANG00000041590) TKTL1 (ENSPANG00000011938) SLC10A3 (ENSPANG00000014876) UBL4A (ENSPANG00000010838) LAGE3 (ENSPANG00000021408) PLXNA3 (ENSPANG00000022718) GDI1 (ENSPANG00000023322) ATP6AP1 (ENSPANG00000012092) TAFAZZIN (ENSPANG00000023866) DNASE1L1 (ENSPANG00000026075) RPL10 (ENSPANG00000008309) FLNA (ENSPANG00000025614) ENSPANG00000046902 SMIM9 (ENSPANG00000014914) MPP1 (ENSPANG00000013144) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 Drill MODERN SPECIES 1411 ABCD1 (ENSMLEG00000041428) PLXNB3 (ENSMLEG00000032454) IDH3G (ENSMLEG00000038908) SSR4 (ENSMLEG00000016802) PDZD4 (ENSMLEG00000004595) L1CAM (ENSMLEG00000036326) AVPR2 (ENSMLEG00000042889) ARHGAP4 (ENSMLEG00000038659) NAA10 (ENSMLEG00000032424) RENBP (ENSMLEG00000038487) HCFC1 (ENSMLEG00000042451) IRAK1 (ENSMLEG00000029062) ENSMLEG00000009357 ENSMLEG00000027410 MECP2 (ENSMLEG00000032763) ENSMLEG00000033448 ##22 ENSMLEG00000028186 ENSMLEG00000035487 TKTL1 (ENSMLEG00000031544) FLNA (ENSMLEG00000037979) EMD (ENSMLEG00000038835) Sooty mangabey MODERN SPECIES 286 PLXNB3 (ENSCATG00000037895) SRPK3 (ENSCATG00000045096) IDH3G (ENSCATG00000042112) SSR4 (ENSCATG00000006344) PDZD4 (ENSCATG00000043997) L1CAM (ENSCATG00000041515) AVPR2 (ENSCATG00000036647) ARHGAP4 (ENSCATG00000042499) NAA10 (ENSCATG00000038709) RENBP (ENSCATG00000037009) HCFC1 (ENSCATG00000022004) IRAK1 (ENSCATG00000044264) ENSCATG00000020302 ENSCATG00000018741 MECP2 (ENSCATG00000017038) ENSCATG00000040717 ##22 TEX28 (ENSCATG00000040472) TKTL1 (ENSCATG00000033495) FLNA (ENSCATG00000041295) EMD (ENSCATG00000030421) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 846 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 701 ENSRBIG00000037245 ##22 TEX28 (ENSRBIG00000032463) TKTL1 (ENSRBIG00000034298) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1753 ENSRROG00000036811 ##22 TEX28 (ENSRROG00000038899) TKTL1 (ENSRROG00000040219) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00390000009405.b.c.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00940000167437 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.e.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a.m ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b ENSGT00950000183004.a.a.a.b Gibbon MODERN SPECIES 449 ENSNLEG00000013518 IDH3G (ENSNLEG00000013540) SSR4 (ENSNLEG00000013602) PDZD4 (ENSNLEG00000013626) ENSNLEG00000034251 L1CAM (ENSNLEG00000013647) ENSNLEG00000031864 AVPR2 (ENSNLEG00000013671) ARHGAP4 (ENSNLEG00000013678) NAA10 (ENSNLEG00000013724) ENSNLEG00000013753 HCFC1 (ENSNLEG00000026624) TMEM187 (ENSNLEG00000013763) ENSNLEG00000013767 ENSNLEG00000013783 ENSNLEG00000013787 ##22 TEX28 (ENSNLEG00000013808) TKTL1 (ENSNLEG00000013813) FLNA (ENSNLEG00000013842) EMD (ENSNLEG00000014117) ENSNLEG00000028143 DNASE1L1 (ENSNLEG00000014149) ENSNLEG00000014176 ATP6AP1 (ENSNLEG00000014184) GDI1 (ENSNLEG00000014222) FAM50A (ENSNLEG00000014266) PLXNA3 (ENSNLEG00000014273) LAGE3 (ENSNLEG00000028687) ENSNLEG00000014292 SLC10A3 (ENSNLEG00000014293) FAM3A (ENSNLEG00000030950) Hominidae DUPLICATION Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b.e ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b.e ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b.e ##22 Human MODERN SPECIES 1827 ABCD1 (ENSG00000101986) PLXNB3 (ENSG00000198753) SRPK3 (ENSG00000184343) IDH3G (ENSG00000067829) SSR4 (ENSG00000180879) PDZD4 (ENSG00000067840) L1CAM (ENSG00000198910) AVPR2 (ENSG00000126895) ARHGAP4 (ENSG00000089820) NAA10 (ENSG00000102030) RENBP (ENSG00000102032) HCFC1 (ENSG00000172534) TMEM187 (ENSG00000177854) IRAK1 (ENSG00000184216) MECP2 (ENSG00000169057) OPN1LW (ENSG00000102076) ##22 OPN1MW (ENSG00000268221) ##22 OPN1MW2 (ENSG00000166160) ##22 OPN1MW3 (ENSG00000269433) ##22 TEX28 (ENSG00000278057) TKTL1 (ENSG00000007350) FLNA (ENSG00000196924) EMD (ENSG00000102119) RPL10 (ENSG00000147403) DNASE1L1 (ENSG00000013563) TAFAZZIN (ENSG00000102125) ATP6AP1 (ENSG00000071553) GDI1 (ENSG00000203879) FAM50A (ENSG00000071859) PLXNA3 (ENSG00000130827) LAGE3 (ENSG00000196976) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00390000009405.b.c.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00940000167437 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00910000146917 ENSGT00910000147052 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b.f ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000162426 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000002034 ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.f ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.A ENSGT01050000244850.A.a ENSGT00410000025802.g.a.m ENSGT00730000111022 ENSGT00950000182808.b.b Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 9 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ATP6AP1 (ENSG00000071553) GDI1 (ENSG00000203879) FAM50A (ENSG00000071859) PLXNA3 (ENSG00000130827) LAGE3 (ENSG00000196976) UBL4A (ENSG00000102178) Orangutan MODERN SPECIES 242 ABCD1 (ENSPPYG00000020852) SRPK3 (ENSPPYG00000020854) IDH3G (ENSPPYG00000020855) SSR4 (ENSPPYG00000020856) PDZD4 (ENSPPYG00000020857) ENSPPYG00000031511 L1CAM (ENSPPYG00000020858) ENSPPYG00000020859 ARHGAP4 (ENSPPYG00000020860) NAA10 (ENSPPYG00000020861) RENBP (ENSPPYG00000020862) HCFC1 (ENSPPYG00000020863) TMEM187 (ENSPPYG00000020864) IRAK1 (ENSPPYG00000020865) MECP2 (ENSPPYG00000020866) ENSPPYG00000020867 ##22 TEX28 (ENSPPYG00000020869) TKTL1 (ENSPPYG00000020870) FLNA (ENSPPYG00000020871) EMD (ENSPPYG00000020873) RPL10 (ENSPPYG00000020874) DNASE1L1 (ENSPPYG00000020875) TAFAZZIN (ENSPPYG00000020876) ATP6AP1 (ENSPPYG00000020877) GDI1 (ENSPPYG00000020878) FAM50A (ENSPPYG00000020879) LAGE3 (ENSPPYG00000033247) UBL4A (ENSPPYG00000020882) SLC10A3 (ENSPPYG00000020883) FAM3A (ENSPPYG00000020884) G6PD (ENSPPYG00000020885) Sauria ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00390000017780.e ENSGT00950000183102.C ENSGT00950000182827.B ENSGT00940000161689 ENSGT00940000158963 ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000182989.D.a.a ENSGT00940000157877.b ENSGT00950000182955.a.b.a Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000155311.C ENSGT00940000160765 ENSGT00940000155445 ENSGT00940000161880 ENSGT00940000153588.b ENSGT00390000003897.s.a ENSGT00950000182846.a.a.a.a.b ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a ENSGT00390000018621 ENSGT00940000156650 ENSGT00950000182994.B.a.a.a ENSGT00390000004735.C Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 194 L1CAM (ENSGEVG00005019079) ENSGEVG00005019065 IDH3G (ENSGEVG00005019054) TMEM187 (ENSGEVG00005019030) IRAK1 (ENSGEVG00005018287) MECP2 (ENSGEVG00005018139) ENSGEVG00005018118 ##22 TKTL2 (ENSGEVG00005017921) ENSGEVG00005017874 ENSGEVG00005017852 BGN (ENSGEVG00005017820) ATP2B3 (ENSGEVG00005016987) CCNQ (ENSGEVG00005016840) DUSP9 (ENSGEVG00005016821) ENSGEVG00005016786 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 548 IRAK1 (ENSCABG00000011210) MECP2 (ENSCABG00000011208) ENSCABG00000011206 ##22 ENSCABG00000011205 ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 161 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b.j ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 painted turtle MODERN SPECIES 1371 TMEM187 (ENSCPBG00000006847) IRAK1 (ENSCPBG00000006854) MECP2 (ENSCPBG00000006868) ENSCPBG00000006874 ##22 ENSCPBG00000006893 ##22 TKTL2 (ENSCPBG00000006938) ENSCPBG00000007031 Chinese turtle MODERN SPECIES 294 MECP2 (ENSPSIG00000002254) ENSPSIG00000002239 ##22 ENSPSIG00000002231 ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES 108 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 76 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 94 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 104 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 109 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000161383 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Zebra finch DUPLICATION Zebra finch MODERN SPECIES 38 ENSTGUG00000021389 ENSTGUG00000028745 ENSTGUG00000028409 ENSTGUG00000026008 ENSTGUG00000019864 ENSTGUG00000019181 ENSTGUG00000016885 ENSTGUG00000028534 ENSTGUG00000023830 ENSTGUG00000022053 ENSTGUG00000019600 ENSTGUG00000024745 ENSTGUG00000021254 ENSTGUG00000020036 ENSTGUG00000021834 ##22 ENSTGUG00000028475 ##22 ENSTGUG00000017464 ENSTGUG00000021680 ENSTGUG00000029006 ENSTGUG00000029370 ENSTGUG00000019992 Zebra finch MODERN SPECIES 38 ENSTGUG00000026133 ENSTGUG00000023429 ENSTGUG00000025676 ENSTGUG00000028030 ENSTGUG00000026708 ENSTGUG00000023010 ENSTGUG00000020916 ENSTGUG00000020650 ENSTGUG00000023057 ENSTGUG00000019880 ENSTGUG00000019525 ENSTGUG00000019253 ENSTGUG00000025859 ENSTGUG00000023188 SWS2 (ENSTGUG00000026520) ##22 LWS (ENSTGUG00000020605) ##22 ENSTGUG00000022784 ENSTGUG00000026390 ENSTGUG00000024305 ENSTGUG00000029033 ENSTGUG00000023368 ENSTGUG00000025286 ENSTGUG00000026718 SRPK3 (ENSTGUG00000021949) OTUD5 (ENSTGUG00000025602) ENSTGUG00000025634 ENSTGUG00000029601 ENSTGUG00000019568 ENSTGUG00000020951 ENSTGUG00000022796 ENSTGUG00000022259 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 Chicken MODERN SPECIES 79 OPN1LW (ENSGALG00010001265) ##22 ENSGALG00010001262 Japanese quail MODERN SPECIES 100 ENSCJPG00005006316 ##22 ENSCJPG00005006311 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00530000063168.a.a.b ENSGT00940000157847 ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 tuatara MODERN SPECIES 802 HCFC1 (ENSSPUG00000011906) IRAK1 (ENSSPUG00000012015) ENSSPUG00000012166 ##22 ENSSPUG00000012390 ##22 TKTL2 (ENSSPUG00000012419) ENSSPUG00000012439 ENSSPUG00000012452 ENSSPUG00000012459 ENSSPUG00000012467 ENSSPUG00000012477 ENSSPUG00000012485 ENSSPUG00000012496 ENSSPUG00000012508 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 ENSGT00940000155170 Laterata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 ENSGT00940000155170 ENSGT00390000010825.a ENSGT00940000155614 Common wall lizard MODERN SPECIES 8 L1CAM (ENSPMRG00000021230) ENSPMRG00000021287 ENSPMRG00000021296 AVPR2 (ENSPMRG00000021305) ENSPMRG00000021311 CAV3 (ENSPMRG00000021320) ARHGAP4 (ENSPMRG00000021373) NAA10 (ENSPMRG00000021587) RENBP (ENSPMRG00000021609) ENSPMRG00000021615 HCFC1 (ENSPMRG00000021629) TMEM187 (ENSPMRG00000021643) IRAK1 (ENSPMRG00000021661) MECP2 (ENSPMRG00000021754) ENSPMRG00000021757 ##22 ENSPMRG00000021772 ##22 TEX28 (ENSPMRG00000021784) ENSPMRG00000021797 ENSPMRG00000021817 ENSPMRG00000021824 TREX2 (ENSPMRG00000021832) SYP (ENSPMRG00000021837) CACNA1F (ENSPMRG00000022455) CCDC22 (ENSPMRG00000023634) PPP1R3F (ENSPMRG00000023641) GPR173 (ENSPMRG00000023644) TSPYL1 (ENSPMRG00000023646) ENSPMRG00000023649 RIBC1 (ENSPMRG00000023653) SMC1A (ENSPMRG00000023656) IQSEC2 (ENSPMRG00000023662) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 12 L1CAM (ENSSMRG00000002421) AVPR2 (ENSSMRG00000002377) ENSSMRG00000002373 CAV3 (ENSSMRG00000002372) ARHGAP4 (ENSSMRG00000002350) ENSSMRG00000002344 NAA10 (ENSSMRG00000002335) ENSSMRG00000002333 RENBP (ENSSMRG00000002327) ENSSMRG00000002324 HCFC1 (ENSSMRG00000001871) TMEM187 (ENSSMRG00000001862) IRAK1 (ENSSMRG00000001848) MECP2 (ENSSMRG00000001840) ENSSMRG00000000831 ##22 ENSSMRG00000000019 ##22 TEX28 (ENSSMRG00000015688) TKTL2 (ENSSMRG00000015686) ENSSMRG00000015685 ENSSMRG00000015648 ENSSMRG00000015647 ENSSMRG00000015646 TREX2 (ENSSMRG00000015645) SYP (ENSSMRG00000015644) CACNA1F (ENSSMRG00000015642) CCDC22 (ENSSMRG00000015640) PPP1R3F (ENSSMRG00000015639) GPR173 (ENSSMRG00000015637) TSPYL1 (ENSSMRG00000015636) HSD17B10 (ENSSMRG00000015635) RIBC1 (ENSSMRG00000015634) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506 ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 ENSGT00940000155170 Lizard MODERN SPECIES 1 L1CAM (ENSACAG00000011487) AVPR2 (ENSACAG00000021016) ENSACAG00000011878 CAV3 (ENSACAG00000040122) ARHGAP4 (ENSACAG00000011924) ENSACAG00000012219 NAA10 (ENSACAG00000012233) RENBP (ENSACAG00000012283) ENSACAG00000012345 HCFC1 (ENSACAG00000012364) TMEM187 (ENSACAG00000012472) IRAK1 (ENSACAG00000012475) ENSACAG00000041142 MECP2 (ENSACAG00000012519) ENSACAG00000012537 ##22 ENSACAG00000012605 ##22 TEX28 (ENSACAG00000012680) ENSACAG00000012690 ENSACAG00000012827 ENSACAG00000012833 ENSACAG00000039495 ENSACAG00000024462 ENSACAG00000041583 ENSACAG00000012912 SYP (ENSACAG00000012914) CACNA1F (ENSACAG00000012965) ENSACAG00000044867 CCDC22 (ENSACAG00000013447) FOXP3 (ENSACAG00000013491) ENSACAG00000021937 ENSACAG00000021048 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506.a ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 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TREX2 (ENSNNAG00000018754) SYP (ENSNNAG00000018757) CACNA1F (ENSNNAG00000018765) CCDC22 (ENSNNAG00000018777) ENSNNAG00000018780 GPR173 (ENSNNAG00000018783) TSPYL1 (ENSNNAG00000018785) HSD17B10 (ENSNNAG00000018788) RIBC1 (ENSNNAG00000018793) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000157506.b ENSGT00940000157506.a ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196.b ENSGT00940000166196.a ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00940000161807 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 ENSGT00940000155170 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000008992 ENSGT00950000183062.a.b ENSGT00940000157506.a ENSGT01050000244882.b.c.b ENSGT00950000183006.A.a.b ENSGT00950000183006.B.f.b.b ENSGT00950000182824.a.b.b ENSGT00390000016224.i ENSGT00550000074803 ENSGT00390000013740 ENSGT00940000166196.b ENSGT00940000161383 ENSGT00390000011272 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162843 ENSGT00940000161969 ENSGT01060000248768 ENSGT00940000154471.a.a ENSGT00940000164911 ENSGT00390000002034 ENSGT00390000012715.a ENSGT01030000234637.b.c ENSGT00940000159855 ENSGT00390000003809 ENSGT00390000013859 ENSGT00890000139436.A.b ENSGT00940000162821 ENSGT00940000155170 ENSGT00390000010825.a Mainland tiger snake MODERN SPECIES 81 SSR4 (ENSNSUG00000015011) PDZD4 (ENSNSUG00000015010) L1CAM (ENSNSUG00000015009) AVPR2 (ENSNSUG00000015007) ENSNSUG00000015006 CAV3 (ENSNSUG00000015005) ARHGAP4 (ENSNSUG00000014999) ENSNSUG00000014943 NAA10 (ENSNSUG00000014942) RENBP (ENSNSUG00000014941) 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ENSXETG00000044823 brinp1 (ENSXETG00000036540) ENSXETG00000040192 astn2 (ENSXETG00000021737) trim32 (ENSXETG00000021730) XB5932841 [provisional:cav2] (ENSXETG00000032332) cav3.2 (ENSXETG00000021728) arhgap4 (ENSXETG00000021725) naa10 (ENSXETG00000044663) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT00940000155317.a.a ENSGT00940000156963.a.b ENSGT00390000012692 ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.a ENSGT00390000002062 ENSGT00600000085663 ENSGT00990000203541.b ENSGT00940000159563 ENSGT00940000166313 ENSGT00940000159128 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a Reedfish MODERN SPECIES 2 nt5dc2 (ENSECRG00000019029) zgc:162200 (ENSECRG00000019059) apex2 (ENSECRG00000019086) ENSECRG00000019105 sema3ga (ENSECRG00000019132) tspy (ENSECRG00000019185) wasb (ENSECRG00000019242) ENSECRG00000019275 ccdc22 (ENSECRG00000019320) 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ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a Spotted gar MODERN SPECIES 647 ENSLOCG00000014772 ENSLOCG00000014770 sypb (ENSLOCG00000014767) PLP2 (ENSLOCG00000014766) pcsk1nl (ENSLOCG00000014765) ENSLOCG00000014763 ENSLOCG00000014762 gata1a (ENSLOCG00000014759) cdk20 (ENSLOCG00000014752) si:dkey-13a21.4 (ENSLOCG00000014749) HCFC1 (ENSLOCG00000014733) TMEM187 (ENSLOCG00000017979) IRAK1 (ENSLOCG00000014730) mecp2 (ENSLOCG00000014725) opn1sw2 (ENSLOCG00000014721) ##22 opn1lw1 (ENSLOCG00000014714) ##22 ENSLOCG00000014710 gnl3l (ENSLOCG00000014702) FGD1 (ENSLOCG00000014698) tfe3a (ENSLOCG00000014691) zgc:113363 (ENSLOCG00000014689) cxxc1a (ENSLOCG00000014684) ENSLOCG00000014682 abcd1 (ENSLOCG00000014676) PLXNB3 (ENSLOCG00000014660) SRPK3 (ENSLOCG00000014658) ENSLOCG00000014656 IQSEC2 (ENSLOCG00000014645) ENSLOCG00000014644 ENSLOCG00000014641 ENSLOCG00000014638 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 356 ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 189 ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT00940000167532 ENSGT00940000160502 ENSGT00530000063687.b.b.b ENSGT00390000003348 ENSGT00940000159438 ENSGT00940000157503.i.a ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a 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##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00530000063548.A Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00530000063548.A Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00530000063548.A Tiger tail seahorse DUPLICATION Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 280 ENSHCOG00000003397 snai1a (ENSHCOG00000003407) ENSHCOG00000000102 top1a (ENSHCOG00000003669) ENSHCOG00000003720 fam83d (ENSHCOG00000003731) MAFB (ENSHCOG00000003739) adnpa (ENSHCOG00000003771) ENSHCOG00000003780 gata1a (ENSHCOG00000003808) HCFC1 (ENSHCOG00000003837) opn1sw2 (ENSHCOG00000005841) ##22 opn1sw2 (ENSHCOG00000006937) ##22 opn1sw2 (ENSHCOG00000007007) ##22 ENSHCOG00000008361 ##22 ENSHCOG00000009761 ##22 gnl3l (ENSHCOG00000009877) tfe3b (ENSHCOG00000009907) cxxc1b (ENSHCOG00000009945) mbd1b (ENSHCOG00000009952) ccdc120b (ENSHCOG00000000314) SRPK3 (ENSHCOG00000009982) comtb (ENSHCOG00000010157) grm6b (ENSHCOG00000010199) traip (ENSHCOG00000010255) mon1a (ENSHCOG00000010263) ENSHCOG00000010321 camkvb (ENSHCOG00000010400) SEMA3F (ENSHCOG00000010442) arl8bb (ENSHCOG00000010468) ENSHCOG00000010474 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 280 ENSHCOG00000003377 ENSHCOG00000003397 snai1a (ENSHCOG00000003407) 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tfe3b (ENSMAMG00000023336) ENSMAMG00000023337 cxxc1b (ENSMAMG00000023339) ENSMAMG00000027411 ccdc120b (ENSMAMG00000024568) ENSMAMG00000023345 comtb (ENSMAMG00000023349) grm6b (ENSMAMG00000023356) mon1a (ENSMAMG00000023358) traip (ENSMAMG00000023357) ENSMAMG00000023360 camkvb (ENSMAMG00000023367) ENSMAMG00000023374 arl8bb (ENSMAMG00000027917) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00530000063548.A Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00530000063548.A Turbot MODERN SPECIES 18 snai1a (ENSSMAG00000013652) ENSSMAG00000013670 ENSSMAG00000013722 top1a (ENSSMAG00000013729) ENSSMAG00000026820 fam83d (ENSSMAG00000013878) ENSSMAG00000013891 ENSSMAG00000013903 ENSSMAG00000013917 ENSSMAG00000028451 gata1a (ENSSMAG00000013930) si:dkey-13a21.4 (ENSSMAG00000013945) hcfc1a (ENSSMAG00000013953) opn1sw2 (ENSSMAG00000014006) ##22 opn1sw2 (ENSSMAG00000014457) ##22 opn1lw1 (ENSSMAG00000014476) ##22 gnl3l (ENSSMAG00000014518) tfe3b (ENSSMAG00000014563) cxxc1b (ENSSMAG00000014604) mbd1b (ENSSMAG00000014640) ccdc120b (ENSSMAG00000014764) ENSSMAG00000014783 comtb (ENSSMAG00000014805) grm6b (ENSSMAG00000014847) traip (ENSSMAG00000014911) mon1a (ENSSMAG00000014977) ENSSMAG00000014995 camkvb (ENSSMAG00000015020) ENSSMAG00000015037 arl8bb (ENSSMAG00000036408) ENSSMAG00000022883 Tongue sole MODERN SPECIES 2 stab1 (ENSCSEG00000012611) ENSCSEG00000012601 ENSCSEG00000012598 ENSCSEG00000012590 ENSCSEG00000012584 ENSCSEG00000012578 pcsk1 (ENSCSEG00000012536) ENSCSEG00000012527 ell2 (ENSCSEG00000012516) ENSCSEG00000012505 rfesd (ENSCSEG00000012484) nudt2 (ENSCSEG00000012479) ube2r2 (ENSCSEG00000012472) ubap1 (ENSCSEG00000012455) dcaf12 (ENSCSEG00000012439) opn1lw1 (ENSCSEG00000011345) ##22 gnl3l (ENSCSEG00000011209) dido1 (ENSCSEG00000011175) ubap2a (ENSCSEG00000011158) KCNK15 (ENSCSEG00000011149) opn1sw2 (ENSCSEG00000011138) ##22 hcfc1a (ENSCSEG00000011118) shmt2 (ENSCSEG00000011047) NXPH4 (ENSCSEG00000011029) STAC3 (ENSCSEG00000011014) R3HDM2 (ENSCSEG00000010925) INHBC (ENSCSEG00000010908) gli1 (ENSCSEG00000010901) ENSCSEG00000010889 ARHGAP9 (ENSCSEG00000010868) mars1 (ENSCSEG00000010816) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00530000063548.A Barramundi perch MODERN SPECIES 93 GGT7 (ENSLCAG00010019687) ENSLCAG00010019685 top1a (ENSLCAG00010019460) ENSLCAG00010019417 fam83d (ENSLCAG00010019414) MAFB (ENSLCAG00010019413) ENSLCAG00010019399 ENSLCAG00010019393 adnpa (ENSLCAG00010019391) BCL2L1 (ENSLCAG00010019389) gata1a (ENSLCAG00010019384) si:dkey-13a21.4 (ENSLCAG00010019380) opn1sw2 (ENSLCAG00010019363) ##22 opn1sw2 (ENSLCAG00010019332) ##22 opn1sw2 (ENSLCAG00010019314) ##22 opn1lw1 (ENSLCAG00010019185) ##22 gnl3l (ENSLCAG00010019117) tfe3b (ENSLCAG00010018845) cxxc1b (ENSLCAG00010018774) mbd1b (ENSLCAG00010018764) ccdc120b (ENSLCAG00010018757) SRPK3 (ENSLCAG00010018737) comtb (ENSLCAG00010018721) grm6b (ENSLCAG00010018700) traip (ENSLCAG00010018680) mon1a (ENSLCAG00010018669) ENSLCAG00010018663 camkvb (ENSLCAG00010018655) SEMA3F (ENSLCAG00010018634) arl8bb (ENSLCAG00010018615) NAAA (ENSLCAG00010018609) Seriola ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a.n ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00530000063548.A Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2037 GGT7 (ENSSLDG00000011429) ENSSLDG00000011453 top1a (ENSSLDG00000011470) ENSSLDG00000011497 fam83d (ENSSLDG00000011509) ENSSLDG00000011521 MAFB (ENSSLDG00000011540) adnpa (ENSSLDG00000011550) BCL2L1 (ENSSLDG00000011562) gata1a (ENSSLDG00000011572) si:dkey-13a21.4 (ENSSLDG00000011597) hcfc1a (ENSSLDG00000011619) opn1sw2 (ENSSLDG00000011730) ##22 opn1sw2 (ENSSLDG00000012051) ##22 opn1sw2 (ENSSLDG00000012230) ##22 opn1lw1 (ENSSLDG00000012258) ##22 gnl3l (ENSSLDG00000012278) tfe3b (ENSSLDG00000012336) cxxc1b (ENSSLDG00000012368) mbd1b (ENSSLDG00000012422) ccdc120b (ENSSLDG00000012502) SRPK3 (ENSSLDG00000012560) comtb (ENSSLDG00000012626) Greater amberjack MODERN SPECIES 37 GGT7 (ENSSDUG00000019918) ENSSDUG00000019899 top1a (ENSSDUG00000019876) ENSSDUG00000019863 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(ENSTNIG00000007333) camkvb (ENSTNIG00000007334) SEMA3F (ENSTNIG00000007335) arl8bb (ENSTNIG00000007336) NAAA (ENSTNIG00000007337) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.c.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.d ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000181969 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 2088 ENSLBEG00000005804 ##22 gnl3l (ENSLBEG00000005837) Ballan wrasse MODERN SPECIES 61 myh7ba (ENSLBEG00000017468) snai1a (ENSLBEG00000017605) ENSLBEG00000017621 ENSLBEG00000017656 top1a (ENSLBEG00000017737) ENSLBEG00000017950 fam83d (ENSLBEG00000017964) MAFB (ENSLBEG00000017971) ENSLBEG00000017986 adnpa (ENSLBEG00000018017) BCL2L1 (ENSLBEG00000018039) gata1a (ENSLBEG00000018106) hcfc1a (ENSLBEG00000018128) si:dkey-13a21.4 (ENSLBEG00000018180) opn1sw2 (ENSLBEG00000018213) ##22 ENSLBEG00000018236 ##22 gnl3l (ENSLBEG00000018256) tfe3b (ENSLBEG00000018288) cxxc1b (ENSLBEG00000018337) ENSLBEG00000018506 ccdc120b (ENSLBEG00000018545) SRPK3 (ENSLBEG00000018572) comtb (ENSLBEG00000018603) grm6b (ENSLBEG00000018623) traip (ENSLBEG00000018662) mon1a (ENSLBEG00000018702) MST1R (ENSLBEG00000018750) camkvb (ENSLBEG00000018889) SEMA3F (ENSLBEG00000018957) arl8bb (ENSLBEG00000019016) NAAA (ENSLBEG00000019157) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00980000199461 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ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.a ENSGT00390000002062 Pike perch DUPLICATION Pike perch DUPLICATION Pike perch MODERN SPECIES 11 ENSSLUG00000021311 ENSSLUG00000021321 top1a (ENSSLUG00000021371) ENSSLUG00000021794 fam83d (ENSSLUG00000021803) MAFB (ENSSLUG00000021811) ENSSLUG00000021816 adnpa (ENSSLUG00000021822) BCL2L1 (ENSSLUG00000021825) gata1a (ENSSLUG00000021830) si:dkey-13a21.4 (ENSSLUG00000021834) hcfc1a (ENSSLUG00000021854) opn1sw2 (ENSSLUG00000021888) ##22 ENSSLUG00000021893 ##22 ENSSLUG00000021896 ##22 ENSSLUG00000021899 ##22 ENSSLUG00000021917 ##22 gnl3l (ENSSLUG00000021972) tfe3b (ENSSLUG00000022004) CXXC1 (ENSSLUG00000022049) mbd1b (ENSSLUG00000022140) ccdc120b (ENSSLUG00000022153) SRPK3 (ENSSLUG00000022192) comtb (ENSSLUG00000022361) grm6b (ENSSLUG00000022374) traip (ENSSLUG00000022387) mon1a (ENSSLUG00000022403) ENSSLUG00000022410 camkvb (ENSSLUG00000005084) SEMA3F (ENSSLUG00000005295) arl8bb (ENSSLUG00000007380) Pike perch MODERN SPECIES 11 ENSSLUG00000021321 top1a 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DUPLICATION Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000161383.d.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.a ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392.c ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h ENSGT00940000155317.a.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a ENSGT00940000157842.b ENSGT00940000156468.f ENSGT00940000156703.e.a ENSGT00940000154861.n.a ENSGT00940000158384.d Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00390000018330.f.b ENSGT00940000154681.b.d.c ENSGT00980000199461.b ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b.d 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Huchen MODERN SPECIES 2095 fam83d (ENSHHUG00000019163) MAFB (ENSHHUG00000019154) ENSHHUG00000019149 ENSHHUG00000019136 adnpa (ENSHHUG00000019123) BCL2L1 (ENSHHUG00000019112) gata1a (ENSHHUG00000019104) HCFC1 (ENSHHUG00000019091) ENSHHUG00000019084 ##22 ENSHHUG00000018987 ##22 tfe3b (ENSHHUG00000018985) cxxc1b (ENSHHUG00000018861) mbd1b (ENSHHUG00000018835) ccdc120b (ENSHHUG00000018833) ENSHHUG00000018832 SRPK3 (ENSHHUG00000018790) comtb (ENSHHUG00000018775) grm6b (ENSHHUG00000018125) traip (ENSHHUG00000018113) mon1a (ENSHHUG00000018109) ENSHHUG00000018068 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000182872.f.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000160331.f.a ENSGT00390000018330.f.a ENSGT00940000154681.b.d.d ENSGT00980000199461.a ENSGT00390000018123.b.c ENSGT00940000155006.e.a.c ENSGT00950000182893.a.a.b.b.f ENSGT00940000158405.g ENSGT00940000160486.d.a ENSGT00940000164411.c ENSGT00530000063631.b.n.a.c ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l.c ENSGT00940000166313.a.c ENSGT00940000161383.d.a.a 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(ENSOMYG00000021343) ENSOMYG00000019619 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182872.f.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000160331.f.a ENSGT00390000018330.f.a ENSGT00940000154681.b.d.d ENSGT00980000199461.a ENSGT00390000018123.b.c ENSGT00940000155006.e.a.c ENSGT00950000182893.a.a.b.b.f ENSGT00940000158405.g ENSGT00940000160486.d.a ENSGT00940000164411.c ENSGT00530000063631.b.n.a.c ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.b.a.l.c ENSGT00940000166313.a.c ENSGT00940000161383.d.a.a ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.a.b.b ##22 ENSGT00940000157503.i.b.c ENSGT00940000166392.c.b ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a.c ENSGT00940000154102.b.a.a.c ENSGT00940000157877.b.h.h ENSGT00940000155317.a.a.q.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.f ENSGT00390000007696 ENSGT00390000006665.a.b ENSGT00940000157842.b.f ENSGT00940000175393 ENSGT00940000156468.f.c ENSGT00940000156703.e.a.b ENSGT00940000158384.d.c Chinook salmon MODERN SPECIES 31 ENSOTSG00005027901 trpc4apa (ENSOTSG00005026368) snai1a (ENSOTSG00005026359) 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ENSGT00530000063539.b ENSGT01100000263529.a.a.a.a.b.d.c.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 144 ENSGT00390000017998 ENSGT00990000203619.A.b.b.a.i.b ENSGT00940000156786 ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000156429.s.a.a ENSGT00940000155878.s.a ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.b ##22 ENSGT00940000161222 ENSGT00390000006913 ENSGT00940000158692.h ENSGT00390000017740.a.a ENSGT00740000116838 ENSGT00970000195479.B ENSGT00940000158113 ENSGT00390000007831 ENSGT01060000248984.a ENSGT01000000215532.d ENSGT00390000004106 ENSGT00940000154429 ENSGT00390000012080 ENSGT00730000111164 ENSGT00530000063539.b Salmo DUPLICATION Salmo ANCESTRAL SPECIES 249 ENSGT00940000155878.s.a ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.b.a ##22 ENSGT00940000161222 ENSGT00390000006913.g ENSGT00940000158692.h ENSGT00390000017740.a.a ENSGT00740000116838 ENSGT00970000195479.B ENSGT00940000158113 ENSGT00390000007831.b.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 26 KCNMB4 (ENSSSAG00000102367) PTPRB (ENSSSAG00000104773) ENSSSAG00000102228 TSN8 (ENSSSAG00000087231) ENSSSAG00000006793 ENSSSAG00000005017 TSPAN8 (ENSSSAG00000101400) LGR5 (ENSSSAG00000106318) TMEM19 (ENSSSAG00000005378) ENSSSAG00000084994 RAB21 (ENSSSAG00000103181) ENSSSAG00000014694 TBC1D15 (ENSSSAG00000092897) ENSSSAG00000085325 ENSSSAG00000122049 ENSSSAG00000095674 ##22 IRAK3 (ENSSSAG00000090400) ENSSSAG00000084292 ENSSSAG00000088068 ENSSSAG00000085509 grip1 (ENSSSAG00000092985) CAND1 (ENSSSAG00000090446) ENSSSAG00000115342 ENSSSAG00000051868 ENSSSAG00000115672 ifng1 (ENSSSAG00000116696) ENSSSAG00000122263 ENSSSAG00000086488 ENSSSAG00000095443 ENSSSAG00000114715 MDM1 (ENSSSAG00000102083) River trout MODERN SPECIES 545 ENSSTUG00000038522 ENSSTUG00000038489 ##22 ENSSTUG00000038435 ##22 ENSSTUG00000038421 TRHDE (ENSSTUG00000038361) ENSSTUG00000038334 TBC1D15 (ENSSTUG00000037076) ENSSTUG00000037019 rab21 (ENSSTUG00000037007) ENSSTUG00000036996 TMEM19 (ENSSTUG00000036969) ENSSTUG00000036944 TBC1D15 (ENSSTUG00000035817) ENSSTUG00000035773 rab21 (ENSSTUG00000035767) ENSSTUG00000035758 TMEM19 (ENSSTUG00000035725) Salmo ANCESTRAL SPECIES 262 ENSGT00940000156786.u ENSGT00390000017998 ENSGT00990000203619.A.b.b.a.i.b ENSGT00940000156786.v ENSGT00940000163520.A.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000156429.s.a.b ENSGT00940000156429.s.b ENSGT00940000155878.s.b ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.b.b ##22 Atlantic salmon MODERN SPECIES 8 ENSSSAG00000113897 PTPRR (ENSSSAG00000121856) ENSSSAG00000086178 ENSSSAG00000100547 ENSSSAG00000089806 TSPAN8 (ENSSSAG00000059623) LGR5 (ENSSSAG00000102999) ENSSSAG00000115713 TMEM19 (ENSSSAG00000061875) RAB21 (ENSSSAG00000091849) ENSSSAG00000053155 TBC1D15 (ENSSSAG00000012790) ENSSSAG00000104898 ENSSSAG00000095227 ENSSSAG00000051862 ENSSSAG00000044160 ##22 IRAK3 (ENSSSAG00000115488) HELB (ENSSSAG00000112284) GRIP1 (ENSSSAG00000094936) ENSSSAG00000116586 cand1 (ENSSSAG00000059140) ENSSSAG00000099723 ENSSSAG00000005296 ENSSSAG00000102271 ENSSSAG00000091489 ifng (ENSSSAG00000105299) ENSSSAG00000062378 ENSSSAG00000112202 ENSSSAG00000088656 ENSSSAG00000012592 ENSSSAG00000089402 River trout MODERN SPECIES 545 LGR5 (ENSSTUG00000035677) TMEM19 (ENSSTUG00000035725) ENSSTUG00000035758 rab21 (ENSSTUG00000035767) ENSSTUG00000035773 TBC1D15 (ENSSTUG00000035817) ENSSTUG00000036944 TMEM19 (ENSSTUG00000036969) ENSSTUG00000036996 rab21 (ENSSTUG00000037007) ENSSTUG00000037019 TBC1D15 (ENSSTUG00000037076) ENSSTUG00000038334 TRHDE (ENSSTUG00000038361) ENSSTUG00000038421 ENSSTUG00000038435 ##22 ENSSTUG00000038489 ##22 ENSSTUG00000038522 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 215 ENSGT00940000156429.s.a.a ENSGT00940000155878.s.a ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.b ##22 ENSGT00940000161222 ENSGT00390000006913 ENSGT00940000158692.h Rainbow trout DUPLICATION Rainbow trout MODERN SPECIES 13 PTPRR (ENSOMYG00000070055) ENSOMYG00000010852 ENSOMYG00000075421 ENSOMYG00000010863 TSPAN8 (ENSOMYG00000010877) ENSOMYG00000052447 LGR5 (ENSOMYG00000058777) ENSOMYG00000011436 ENSOMYG00000011446 ENSOMYG00000031680 ENSOMYG00000052686 ENSOMYG00000061806 ENSOMYG00000071813 ENSOMYG00000011412 ENSOMYG00000074536 ENSOMYG00000036127 ##22 IRAK3 (ENSOMYG00000011524) HELB (ENSOMYG00000011480) GRIP1 (ENSOMYG00000070544) ENSOMYG00000049895 ENSOMYG00000057303 CAND1 (ENSOMYG00000075211) ENSOMYG00000062180 ENSOMYG00000058222 ENSOMYG00000011430 ENSOMYG00000067201 ENSOMYG00000061657 il22 (ENSOMYG00000053511) ENSOMYG00000056040 ENSOMYG00000018457 MDM1 (ENSOMYG00000062028) Rainbow trout MODERN SPECIES 6 ENSOMYG00000026141 rergla (ENSOMYG00000052730) ENSOMYG00000059849 arhgef39 (ENSOMYG00000055613) ENSOMYG00000067961 ENSOMYG00000056619 ENSOMYG00000055817 ENSOMYG00000057296 ENSOMYG00000049498 ENSOMYG00000035890 ENSOMYG00000063194 ENSOMYG00000054805 ENSOMYG00000063937 ENSOMYG00000060328 ENSOMYG00000073844 ENSOMYG00000019662 ##22 ENSOMYG00000049707 IRAK3 (ENSOMYG00000071585) HELB (ENSOMYG00000070914) ENSOMYG00000050563 ENSOMYG00000073131 GRIP1 (ENSOMYG00000070615) ENSOMYG00000060226 ENSOMYG00000070700 cand1 (ENSOMYG00000026113) ENSOMYG00000051030 ENSOMYG00000057891 ENSOMYG00000066243 ENSOMYG00000023428 ifng1 (ENSOMYG00000023065) ENSOMYG00000051259 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 317 ENSGT00940000156429.s.a.a ENSGT00940000155878.s.a ENSGT01030000234549.a.a.a.b.cb.b ##22 ENSGT00940000161222 ENSGT00390000006913 ENSGT00940000158692.g.b Coho salmon MODERN SPECIES 37 PTPRR (ENSOKIG00005045113) ENSOKIG00005045165 ENSOKIG00005045183 ENSOKIG00005045201 TSPAN8 (ENSOKIG00005045225) ENSOKIG00005045244 LGR5 (ENSOKIG00005045266) ENSOKIG00005045314 TMEM19 (ENSOKIG00005045319) ENSOKIG00005045328 RAB21 (ENSOKIG00005045334) ENSOKIG00005045351 ENSOKIG00005045358 ENSOKIG00005045443 ENSOKIG00005040674 ENSOKIG00005040791 ##22 IRAK3 (ENSOKIG00005041512) HELB (ENSOKIG00005041717) ENSOKIG00005041727 grip1 (ENSOKIG00005041800) ENSOKIG00005043014 cand1 (ENSOKIG00005043037) ENSOKIG00005043371 ENSOKIG00005043385 DYRK2 (ENSOKIG00005043402) ENSOKIG00005043437 ifng1 (ENSOKIG00005043459) ENSOKIG00005043467 ENSOKIG00005043489 MDM1 (ENSOKIG00005043511) rap1b (ENSOKIG00005043574) Chinook salmon MODERN SPECIES 1335 ENSOTSG00005039565 ##22 Huchen MODERN SPECIES 5966 ENSHHUG00000005625 ##22 Northern pike MODERN SPECIES 17 rab3ip (ENSELUG00000011844) CNOT2 (ENSELUG00000012055) KCNMB4 (ENSELUG00000028988) ptprb (ENSELUG00000012231) PTPRR (ENSELUG00000012287) ENSELUG00000026150 ENSELUG00000034428 ENSELUG00000012333 ENSELUG00000000453 TSPAN8 (ENSELUG00000012403) LGR5 (ENSELUG00000012448) TMEM19 (ENSELUG00000012549) rab21 (ENSELUG00000012584) TBC1D15 (ENSELUG00000012747) TRHDE (ENSELUG00000012888) ENSELUG00000012924 ##22 IRAK3 (ENSELUG00000012994) HELB (ENSELUG00000001170) grip1 (ENSELUG00000013071) cand1 (ENSELUG00000013248) ENSELUG00000013276 dyrk2 (ENSELUG00000000482) ENSELUG00000031636 ifng1 (ENSELUG00000013327) ENSELUG00000013337 ENSELUG00000013370 MDM1 (ENSELUG00000013414) ENSELUG00000025357 rap1b (ENSELUG00000013516) nup107 (ENSELUG00000013560) slc35e3 (ENSELUG00000013570) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 257 ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000161383.d.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00940000157877.b.h Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00980000199461 ENSGT00940000156917.b ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000161531.b ENSGT00940000160486.d.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000161383.d.a ENSGT00530000063687.b.b.b.u ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b Atlantic herring DUPLICATION Atlantic herring MODERN SPECIES 21 ENSCHAG00000006463 ENSCHAG00000006443 ndrg3a (ENSCHAG00000006188) ENSCHAG00000006168 trpc4apa (ENSCHAG00000003004) snai1a (ENSCHAG00000002866) ENSCHAG00000002843 ENSCHAG00000002600 ENSCHAG00000002536 MAFB (ENSCHAG00000002515) ENSCHAG00000002335 adnpa (ENSCHAG00000002315) gata1a (ENSCHAG00000002296) HCFC1 (ENSCHAG00000001262) mecp2 (ENSCHAG00000025011) ENSCHAG00000024994 ##22 ENSCHAG00000024977 ##22 gnl3l (ENSCHAG00000024890) tfe3b (ENSCHAG00000024871) ENSCHAG00000024868 ENSCHAG00000024865 ENSCHAG00000024858 ENSCHAG00000024850 ENSCHAG00000024847 ENSCHAG00000024842 ENSCHAG00000024840 ENSCHAG00000024837 ENSCHAG00000024833 ENSCHAG00000024831 ENSCHAG00000024828 ENSCHAG00000024827 Atlantic herring MODERN SPECIES 21 ENSCHAG00000006443 ndrg3a (ENSCHAG00000006188) ENSCHAG00000006168 trpc4apa (ENSCHAG00000003004) snai1a (ENSCHAG00000002866) ENSCHAG00000002843 ENSCHAG00000002600 ENSCHAG00000002536 MAFB (ENSCHAG00000002515) ENSCHAG00000002335 adnpa (ENSCHAG00000002315) gata1a (ENSCHAG00000002296) HCFC1 (ENSCHAG00000001262) mecp2 (ENSCHAG00000025011) ENSCHAG00000024994 ##22 ENSCHAG00000024977 ##22 gnl3l (ENSCHAG00000024890) tfe3b (ENSCHAG00000024871) ENSCHAG00000024868 ENSCHAG00000024865 ENSCHAG00000024858 ENSCHAG00000024850 ENSCHAG00000024847 ENSCHAG00000024842 ENSCHAG00000024840 ENSCHAG00000024837 ENSCHAG00000024833 ENSCHAG00000024831 ENSCHAG00000024828 ENSCHAG00000024827 ENSCHAG00000024825 Denticle herring MODERN SPECIES 3 trpc4apa (ENSDCDG00000024032) snai1a (ENSDCDG00000024020) ENSDCDG00000024019 ENSDCDG00000024016 top1a (ENSDCDG00000023981) ENSDCDG00000023946 fam83d (ENSDCDG00000023929) mafbb (ENSDCDG00000023928) ENSDCDG00000023924 adnpa (ENSDCDG00000023922) gata1a (ENSDCDG00000023920) si:dkey-13a21.4 (ENSDCDG00000023906) HCFC1 (ENSDCDG00000023838) MECP2 (ENSDCDG00000023819) opn1sw2 (ENSDCDG00000023817) ##22 opn1lw1 (ENSDCDG00000023816) ##22 gnl3l (ENSDCDG00000023810) tfe3b (ENSDCDG00000023742) ITPR1 (ENSDCDG00000023173) pfkfb4b (ENSDCDG00000015652) ENSDCDG00000015409 uroc1 (ENSDCDG00000015360) arl8bb (ENSDCDG00000015351) ENSDCDG00000015348 SEMA3F (ENSDCDG00000021551) camkvb (ENSDCDG00000021439) ENSDCDG00000021427 mon1a (ENSDCDG00000021422) ENSDCDG00000021417 ENSDCDG00000021412 nelfcd (ENSDCDG00000021242) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 303 ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000160486.d.d ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000160318.c.b ENSGT00940000160318.c.a ENSGT00940000154681.b.d ENSGT00980000199461 ENSGT00390000018123.b ENSGT00940000155006.e.a ENSGT00950000182893.a.a.b.b ENSGT00940000158405 ENSGT00940000161531.b ENSGT00940000164411 ENSGT00530000063631.b.n.a ENSGT00940000166313.a ENSGT00940000166196 ENSGT00940000164702.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155877 ENSGT00940000157503.i.b ENSGT01060000253577 ENSGT00940000166392 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000154102.b.a.a ENSGT00730000111044 ENSGT00940000169444 ENSGT00940000154102.b.a.b ENSGT00950000182955.a.b.a ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b ENSGT00940000157877.b.g ENSGT00390000012692 ENSGT00940000156963.a.b ENSGT00940000155317.a.a Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000018330.n.a ENSGT00940000160318.c.a ENSGT00940000154681.b.d.f ENSGT00980000199461 ENSGT00390000018123.b.b ENSGT00940000155006.e.a.e ENSGT00950000182893.a.a.b.b.a ENSGT00940000158405.f ENSGT00940000161531.b.b ENSGT00940000164411.a ENSGT00530000063631.b.n.a.b ENSGT00940000166313.a.b ENSGT00940000166196.e ENSGT00940000164702.b.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.fb ##22 ENSGT00940000155877.a ENSGT00940000157503.i.b.a ENSGT00940000166392.b ENSGT00950000183005.a.a.e ENSGT00940000154102.b.a.a.a ENSGT00940000155317.a.a.j.b ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.a ENSGT00940000158963.b.a.b ENSGT00390000006665.b.g.a ENSGT00940000155056.b.b ENSGT00940000163942.a.a ENSGT00940000158374.d.b ENSGT00940000166894.b ENSGT00390000009278.a.a ENSGT00940000154570.a.a.d Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000018330.n.a ENSGT00940000160318.c.a ENSGT00940000154681.b.d.f ENSGT00530000063829.C.a.b ENSGT00390000018123.b.b ENSGT00940000155006.e.a.e ENSGT00950000182893.a.a.b.b.a ENSGT00940000158405.f ENSGT00940000161531.b.b ENSGT00940000164411.a ENSGT00530000063631.b.n.a.b ENSGT00940000166313.a.b ENSGT00940000166196.e ENSGT00940000164702.b.a ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01030000234549.a.a.a.b.fb ##22 ENSGT00940000155877.a ENSGT00940000157503.i.b.a ENSGT00940000166392.b ENSGT00950000183005.a.a.e ENSGT00940000154102.b.a.a.a ENSGT00940000155317.a.a.j.b 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ENSGT01060000253577 ENSGT00940000166392.a ENSGT00950000183005.a.a.f ENSGT00940000154102.b.a.a.b ENSGT00940000155317.a.a.j.a ENSGT01030000234648.a.b.a.b.a.b.b ENSGT00940000158963.b.a.a ENSGT00390000006665.b.g.b ENSGT00940000155056.b.a ENSGT00940000163942.a.b ENSGT00940000158374.d.a ENSGT00940000166894.a ENSGT00390000009278.a.b Common carp reference MODERN SPECIES 42 arhgap46a (ENSCCRG00000003147) ENSCCRG00000039400 ndrg3a (ENSCCRG00000006676) trpc4apa (ENSCCRG00000017847) myh7ba (ENSCCRG00000017821) snai1a (ENSCCRG00000057413) tp53inp2 (ENSCCRG00000043585) ENSCCRG00000063625 ENSCCRG00000043578 top1a (ENSCCRG00000076066) fam83d (ENSCCRG00000043564) ENSCCRG00000043364 adnpa (ENSCCRG00000043343) hcfc1a (ENSCCRG00000058227) opn1sw2 (ENSCCRG00000034760) ##22 ENSCCRG00000042194 ##22 tfe3b (ENSCCRG00000076795) ENSCCRG00000082624 cxxc1b (ENSCCRG00000041918) mbd1b (ENSCCRG00000079505) ccdc120b (ENSCCRG00000040452) comtb (ENSCCRG00000055844) grm6b (ENSCCRG00000040460) otud5b (ENSCCRG00000039550) 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ENSGT00940000157944 ENSGT00940000163062 ENSGT00940000163327 ENSGT00940000161894 ENSGT00940000164902 ENSGT00390000012340 ENSGT00390000012296 ENSGT01010000222313.A.b.b.b ENSGT00390000015165 ENSGT00390000016836.b ENSGT00440000034248 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 ENSGT01030000235145 ENSGT00390000015123.b ENSGT00940000156805 ENSGT00940000157884 ENSGT00410000025800 ENSGT00390000009588 ENSGT00510000046704.a ENSGT00390000018533 ENSGT00940000156673 ENSGT00940000159010 ENSGT00940000158902 ENSGT00950000183166.a.a.a.a ENSGT00390000015991 ENSGT00390000007230 ENSGT00940000157069 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000157881 ENSGT00940000157588 ENSGT00960000189444 ENSGT00940000157944 ENSGT00940000163062 ENSGT00940000163327 ENSGT00940000161894 ENSGT00940000164902 ENSGT00390000012340 ENSGT00390000012296 ENSGT01010000222313.A.b.b.b ENSGT00390000015165 ENSGT00390000016836.b ENSGT00960000189399 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 ENSGT01030000235145 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SPECIES 63 ULK2 (ENSABRG00000011467) ENSABRG00000011456 ENSABRG00000011452 ENSABRG00000011412 ENSABRG00000011402 NXN (ENSABRG00000011366) ENSABRG00000011331 GLOD4 (ENSABRG00000011290) GEMIN4 (ENSABRG00000011286) ENSABRG00000011278 VPS53 (ENSABRG00000007850) RFLNB (ENSABRG00000007597) ENSABRG00000007593 ENSABRG00000007579 DOC2B (ENSABRG00000007501) ENSABRG00000007493 ##22 ENSABRG00000007479 RAD51C (ENSABRG00000007474) PPM1E (ENSABRG00000007470) TRIM37 (ENSABRG00000007452) SKA2 (ENSABRG00000007444) SMG8 (ENSABRG00000007439) GDPD1 (ENSABRG00000007437) YPEL2 (ENSABRG00000007432) DHX40 (ENSABRG00000007210) CLTC (ENSABRG00000005928) PTRH2 (ENSABRG00000005900) VMP1 (ENSABRG00000005663) TUBD1 (ENSABRG00000005528) RPS6KB1 (ENSABRG00000004190) RNFT1 (ENSABRG00000004039) Duck MODERN SPECIES 11 ENSAPLG00000000660 AKAP10 (ENSAPLG00000004170) NLE1 (ENSAPLG00000003941) ULK2 (ENSAPLG00000003309) ENSAPLG00000002714 ENSAPLG00000018341 ENSAPLG00000000857 ENSAPLG00000027015 GEMIN4 (ENSAPLG00000021083) 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ENSGT00940000159010 ENSGT00940000158902 ENSGT00950000183166.a.a.a.a ENSGT00390000015991 ENSGT00390000007230 ENSGT00940000157069 ENSGT00940000154203 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000015077 ENSGT00940000157881 ENSGT00940000157588 ENSGT00940000157944 ENSGT00940000163062 ENSGT00940000163327 ENSGT00940000161894 ENSGT00940000164902 ENSGT00390000012340 ENSGT00390000012296 ENSGT01010000222313.A.b.b.b ENSGT00390000015165 ENSGT00390000016836.b ENSGT00960000189399 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b.b ##22 ENSGT00390000015123.b ENSGT00940000156805 ENSGT00940000157884 ENSGT00410000025800 ENSGT00390000009588 ENSGT00510000046704.a ENSGT00390000018533 ENSGT00940000156673 ENSGT00940000159010 ENSGT00940000158902 ENSGT00950000183166.a.a.a.a ENSGT00390000015991 ENSGT00390000007230 ENSGT00940000157069 ENSGT00940000154203 Common canary MODERN SPECIES 28 NLE1 (ENSSCAG00000010489) ULK2 (ENSSCAG00000010499) ALDH3A2 (ENSSCAG00000010515) ENSSCAG00000010523 ENSSCAG00000010527 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ENSTGUG00000024604 DOC2B (ENSTGUG00000022522) ENSTGUG00000007365 ##22 TEX14 (ENSTGUG00000007388) RAD51C (ENSTGUG00000007397) PPM1E (ENSTGUG00000028395) TRIM37 (ENSTGUG00000007430) ENSTGUG00000007482 PRR11 (ENSTGUG00000007485) SMG8 (ENSTGUG00000007488) GDPD1 (ENSTGUG00000028481) ENSTGUG00000007505 ENSTGUG00000028189 DHX40 (ENSTGUG00000007512) CLTC (ENSTGUG00000007540) PTRH2 (ENSTGUG00000007610) VMP1 (ENSTGUG00000007616) TUBD1 (ENSTGUG00000007642) Medium ground finch MODERN SPECIES 71 ULK2 (ENSGFOG00000011767) ENSGFOG00000011758 ENSGFOG00000011745 ENSGFOG00000011732 ENSGFOG00000011717 NXN (ENSGFOG00000011644) ENSGFOG00000011629 GLOD4 (ENSGFOG00000011620) GEMIN4 (ENSGFOG00000011618) TLCD3A (ENSGFOG00000011615) VPS53 (ENSGFOG00000011610) RFLNB (ENSGFOG00000011604) ENSGFOG00000011600 ENSGFOG00000011592 DOC2B (ENSGFOG00000011584) ENSGFOG00000011578 ##22 TEX14 (ENSGFOG00000011565) RAD51C (ENSGFOG00000011542) PPM1E (ENSGFOG00000011537) TRIM37 (ENSGFOG00000011524) ENSGFOG00000011516 PRR11 (ENSGFOG00000011510) SMG8 (ENSGFOG00000011500) GDPD1 (ENSGFOG00000011490) YPEL2 (ENSGFOG00000011484) DHX40 (ENSGFOG00000011461) CLTC (ENSGFOG00000011412) PTRH2 (ENSGFOG00000011404) VMP1 (ENSGFOG00000011397) TUBD1 (ENSGFOG00000011382) RPS6KB1 (ENSGFOG00000011373) Flycatcher MODERN SPECIES 9 ENSFALG00000005884 ENSFALG00000005874 ENSFALG00000005864 ENSFALG00000005825 ENSFALG00000027132 ENSFALG00000005809 ENSFALG00000005799 GLOD4 (ENSFALG00000005791) GEMIN4 (ENSFALG00000005780) TLCD3A (ENSFALG00000005764) VPS53 (ENSFALG00000005726) RFLNB (ENSFALG00000005707) RPH3AL (ENSFALG00000005700) DOC2B (ENSFALG00000025599) ENSFALG00000023504 ##22 ENSFALG00000005686 ##22 TEX14 (ENSFALG00000005679) RAD51C (ENSFALG00000005667) PPM1E (ENSFALG00000023551) TRIM37 (ENSFALG00000005640) ENSFALG00000005626 PRR11 (ENSFALG00000005623) SMG8 (ENSFALG00000005614) GDPD1 (ENSFALG00000025109) YPEL2 (ENSFALG00000025770) DHX40 (ENSFALG00000005587) CLTC (ENSFALG00000005575) PTRH2 (ENSFALG00000015110) VMP1 (ENSFALG00000005565) TUBD1 (ENSFALG00000005556) RPS6KB1 (ENSFALG00000005531) Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 50 ULK2 (ENSCPRG00005012702) ALDH3A2 (ENSCPRG00005012668) SLC47A2 (ENSCPRG00005012649) ENSCPRG00005012637 NXN (ENSCPRG00005012624) ENSCPRG00005012593 GLOD4 (ENSCPRG00005012586) ENSCPRG00005012581 GEMIN4 (ENSCPRG00005012575) TLCD3A (ENSCPRG00005012557) VPS53 (ENSCPRG00005012537) RFLNB (ENSCPRG00005012533) ENSCPRG00005012531 ENSCPRG00005012519 DOC2B (ENSCPRG00005012509) ENSCPRG00005012214 ##22 TEX14 (ENSCPRG00005012167) RAD51C (ENSCPRG00005012159) PPM1E (ENSCPRG00005012152) TRIM37 (ENSCPRG00005012136) ENSCPRG00005012119 PRR11 (ENSCPRG00005012106) SMG8 (ENSCPRG00005012103) GDPD1 (ENSCPRG00005012095) ENSCPRG00005012088 DHX40 (ENSCPRG00005012036) CLTC (ENSCPRG00005011656) PTRH2 (ENSCPRG00005011628) VMP1 (ENSCPRG00005011594) TUBD1 (ENSCPRG00005011576) RPS6KB1 (ENSCPRG00005011561) Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000163327 ENSGT00960000189920 ENSGT01030000235164 ENSGT00940000164902 ENSGT00940000179359 ENSGT00940000161894 ENSGT00940000166642 ENSGT00390000012340 ENSGT00940000163490 ENSGT00390000012296 ENSGT01010000222313.A.b.b.b ENSGT00390000015165 ENSGT00390000016836.b ENSGT00440000034248 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 ENSGT00390000015123.b ENSGT01030000235145 ENSGT00940000156805 ENSGT00940000157884 ENSGT00410000025800 ENSGT00390000009588 ENSGT00510000046704.a ENSGT00390000018533 ENSGT00940000156673 ENSGT00940000159010 ENSGT00940000158902 ENSGT00950000183166.a.a.a.a ENSGT00390000015991 ENSGT00390000007230 ENSGT00940000157069 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157588 ENSGT00960000189444 ENSGT00940000157944 ENSGT00940000163062 ENSGT00940000163327 ENSGT01030000235164 ENSGT00940000164902 ENSGT00940000179359 ENSGT00390000012340 ENSGT00390000012296 ENSGT01010000222313.A.b.b.b ENSGT00390000015165 ENSGT00390000016836.b ENSGT00440000034248 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 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wall lizard MODERN SPECIES 6 NLE1 (ENSPMRG00000023895) ULK2 (ENSPMRG00000023903) ALDH3A2 (ENSPMRG00000023905) ENSPMRG00000023906 ENSPMRG00000023909 NXN (ENSPMRG00000023911) ENSPMRG00000023912 ENSPMRG00000023915 GLOD4 (ENSPMRG00000023917) GEMIN4 (ENSPMRG00000023919) TLCD3A (ENSPMRG00000023920) VPS53 (ENSPMRG00000023921) RFLNB (ENSPMRG00000023923) ENSPMRG00000023924 DOC2B (ENSPMRG00000023925) ENSPMRG00000023926 ##22 ENSPMRG00000023933 RAD51C (ENSPMRG00000013714) PPM1E (ENSPMRG00000013729) TRIM37 (ENSPMRG00000013802) ENSPMRG00000014349 SMG8 (ENSPMRG00000014369) GDPD1 (ENSPMRG00000014422) ENSPMRG00000014440 ENSPMRG00000014445 DHX40 (ENSPMRG00000014458) CLTC (ENSPMRG00000014577) PTRH2 (ENSPMRG00000015275) VMP1 (ENSPMRG00000015305) TUBD1 (ENSPMRG00000015492) RPS6KB1 (ENSPMRG00000015545) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 Lizard MODERN SPECIES 602 ENSACAG00000008548 ##22 tuatara MODERN SPECIES 1079 NLE1 (ENSSPUG00000008129) ULK2 (ENSSPUG00000008183) ALDH3A2 (ENSSPUG00000008545) SLC47A2 (ENSSPUG00000008589) ENSSPUG00000008850 ENSSPUG00000008877 ENSSPUG00000008881 GLOD4 (ENSSPUG00000008913) ENSSPUG00000008918 GEMIN4 (ENSSPUG00000008926) TLCD3A (ENSSPUG00000008932) VPS53 (ENSSPUG00000008941) RFLNB (ENSSPUG00000008982) ENSSPUG00000009021 DOC2B (ENSSPUG00000009062) ENSSPUG00000009086 ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT00390000015165 ENSGT00390000016836.b ENSGT00440000034248 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 ENSGT00390000015123.b ENSGT00940000156805 ENSGT00940000157884 ENSGT00410000025800 ENSGT00390000009588 ENSGT00510000046704.a ENSGT00390000018533 ENSGT00940000159407 ENSGT00940000154164.d ENSGT00940000163807 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000158080 ENSGT00940000153392.b.b.d.b.a ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000155463 Frog MODERN SPECIES 2 ENSXETG00000036877 rffl (ENSXETG00000022465) tlcd3a (ENSXETG00000022464) GEMIN4 (ENSXETG00000022460) ENSXETG00000049264 glod4 (ENSXETG00000022458) mrm3 (ENSXETG00000022451) nxn (ENSXETG00000022447) ENSXETG00000033045 ENSXETG00000036546 slc47a1 (ENSXETG00000022438) vps53 (ENSXETG00000022432) rflnb (ENSXETG00000022429) rph3al (ENSXETG00000022428) doc2b (ENSXETG00000034803) opnpl [provisonal] (ENSXETG00000001124) ##22 tex14 (ENSXETG00000033650) rad51c (ENSXETG00000001122) ENSXETG00000045837 ppm1e (ENSXETG00000001119) trim37 (ENSXETG00000001118) ska2 (ENSXETG00000038558) prr11 (ENSXETG00000026988) smg8 (ENSXETG00000001117) ENSXETG00000043222 scml2 (ENSXETG00000001116) rai2 (ENSXETG00000001114) bend2 (ENSXETG00000035686) nhs (ENSXETG00000001112) tubb4b (ENSXETG00000001110) ENSXETG00000044842 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 5 ENSLLEG00000000826 ENSLLEG00000000816 ENSLLEG00000000790 ENSLLEG00000000709 ENSLLEG00000000591 ENSLLEG00000000553 ENSLLEG00000002431 ENSLLEG00000002396 VPS53 (ENSLLEG00000002304) RFLNB (ENSLLEG00000002250) ENSLLEG00000002243 RPH3AL (ENSLLEG00000002184) ENSLLEG00000002157 ENSLLEG00000002151 ENSLLEG00000002133 ENSLLEG00000002115 ##22 ENSLLEG00000001923 ENSLLEG00000001899 ENSLLEG00000001890 ENSLLEG00000001884 ENSLLEG00000001872 ENSLLEG00000001865 ENSLLEG00000001860 PPM1E (ENSLLEG00000001835) TRIM37 (ENSLLEG00000001660) ENSLLEG00000001619 SKA2 (ENSLLEG00000001596) PRR11 (ENSLLEG00000001570) SMG8 (ENSLLEG00000001546) ENSLLEG00000001525 SCML2 (ENSLLEG00000001481) Coelacanth MODERN SPECIES 235 AKAP1 (ENSLACG00000016864) MSI2 (ENSLACG00000016798) MRPS23 (ENSLACG00000015044) CUEDC1 (ENSLACG00000014669) VEZF1 (ENSLACG00000014318) SRSF1 (ENSLACG00000014160) HEATR6 (ENSLACG00000012983) DDX52 (ENSLACG00000012514) SYNRG (ENSLACG00000011849) DUSP14 (ENSLACG00000011781) TADA2A (ENSLACG00000011233) VPS53 (ENSLACG00000010127) ENSLACG00000022419 ENSLACG00000008378 ENSLACG00000004040 ENSLACG00000003557 ##22 ENSLACG00000001702 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 759 ENSGT00440000034248 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 593 ENSGT00440000034248 ENSGT00940000156758 ENSGT01030000234549.a.a.b ##22 Spotted gar MODERN SPECIES 661 rasa4 (ENSLOCG00000002287) ENSLOCG00000002276 ENSLOCG00000002256 dtx2 (ENSLOCG00000002231) ENSLOCG00000002222 GTF2IRD1 (ENSLOCG00000002184) CLIP2 (ENSLOCG00000002159) ENSLOCG00000017870 tmem132e (ENSLOCG00000002145) lig3 (ENSLOCG00000002087) ENSLOCG00000002059 rad51d (ENSLOCG00000002045) tmem248 (ENSLOCG00000002034) ENSLOCG00000002023 DOC2B (ENSLOCG00000002007) ENSLOCG00000001991 ##22 ENSLOCG00000001977 castor2 (ENSLOCG00000001947) rcc1l (ENSLOCG00000001933) ncf1 (ENSLOCG00000001899) polr2j (ENSLOCG00000001885) alkbh4 (ENSLOCG00000001872) lrwd1 (ENSLOCG00000001842) bckdk (ENSLOCG00000001821) orai2 (ENSLOCG00000001815) pex12 (ENSLOCG00000001797) ap2b1 (ENSLOCG00000001756) RASL10B (ENSLOCG00000001742) ENSLOCG00000001720 mdh2 (ENSLOCG00000001699) styxl1 (ENSLOCG00000001692) Reedfish MODERN SPECIES 16 cluha (ENSECRG00000011479) CCDC92B (ENSECRG00000011610) tlcd2 (ENSECRG00000011625) aifm4 (ENSECRG00000011643) vps53 (ENSECRG00000011701) ENSECRG00000011826 exo5 (ENSECRG00000011835) ENSECRG00000011841 AIPL1 (ENSECRG00000011868) TRARG1 (ENSECRG00000011924) gosr1 (ENSECRG00000011948) cpdb (ENSECRG00000011986) ENSECRG00000012103 ENSECRG00000012377 ENSECRG00000012388 ENSECRG00000012418 ##22 castor2 (ENSECRG00000012477) rcc1l (ENSECRG00000012499) mdh2 (ENSECRG00000012525) styxl1 (ENSECRG00000012550) ENSECRG00000012575 ankfy1 (ENSECRG00000012614) ube2g1a (ENSECRG00000012686) SPNS2 (ENSECRG00000012702) mybbp1a (ENSECRG00000012754) eif4h (ENSECRG00000012803) ENSECRG00000012836 hip1 (ENSECRG00000012886) ENSECRG00000012979 nsun5 (ENSECRG00000013037) tbl2 (ENSECRG00000013055) Elephant shark MODERN SPECIES 1532 ENSCMIG00000013402 slc13a2 (ENSCMIG00000013422) slc46a1 (ENSCMIG00000013433) sarm1 (ENSCMIG00000013437) vtn (ENSCMIG00000013446) RSKR (ENSCMIG00000013460) BLTP2 (ENSCMIG00000013494) ENSCMIG00000013571 emc6 (ENSCMIG00000013575) SHPK (ENSCMIG00000013579) TRPV1 (ENSCMIG00000013598) ENSCMIG00000013615 fam222ba (ENSCMIG00000013619) eral1 (ENSCMIG00000013627) flot2a (ENSCMIG00000013649) ENSCMIG00000014193 ##22 ppm1db (ENSCMIG00000015721) bcas3 (ENSCMIG00000015769) SMARCA5 (ENSCMIG00000016087) HGSNAT (ENSCMIG00000016644) tbx2b (ENSCMIG00000016655) tbx4 (ENSCMIG00000016661) brip1 (ENSCMIG00000016693) ints2 (ENSCMIG00000016735) med13b (ENSCMIG00000016812) unc93b1 (ENSCMIG00000016987) ENSCMIG00000017011 hspb1 (ENSCMIG00000017013) ENSCMIG00000017016 ywhag1 (ENSCMIG00000017025) ENSCMIG00000017027 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Lizard MODERN SPECIES 1 MUSTN1 (ENSACAG00000036067) ITIH4 (ENSACAG00000007955) ENSACAG00000027634 ENSACAG00000007499 NEK4 (ENSACAG00000007481) SPCS1 (ENSACAG00000007470) GLT8D1 (ENSACAG00000007417) GNL3 (ENSACAG00000007357) PBRM1 (ENSACAG00000007132) UQCC5 (ENSACAG00000007129) ENSACAG00000007122 NT5DC2 (ENSACAG00000007080) STAB1 (ENSACAG00000006988) NISCH (ENSACAG00000006939) TNNC1 (ENSACAG00000006898) ENSACAG00000006891 ##22 RPL29 (ENSACAG00000006888) ENSACAG00000044449 DUSP7 (ENSACAG00000006861) POC1A (ENSACAG00000006781) ALAS1 (ENSACAG00000006743) ENSACAG00000006715 TWF2 (ENSACAG00000006679) PPM1M (ENSACAG00000006676) WDR82 (ENSACAG00000006639) GLYCTK (ENSACAG00000006619) ACY1 (ENSACAG00000011945) ABHD14A (ENSACAG00000011932) ABHD14B (ENSACAG00000011916) ENSACAG00000011698 PCBP4 (ENSACAG00000011701) Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.b ##22 Common wall lizard MODERN SPECIES 10 MUSTN1 (ENSPMRG00000012139) ENSPMRG00000011828 ENSPMRG00000011754 ITIH3 (ENSPMRG00000011271) NEK4 (ENSPMRG00000011179) SPCS1 (ENSPMRG00000011177) GLT8D1 (ENSPMRG00000011170) GNL3 (ENSPMRG00000011155) PBRM1 (ENSPMRG00000009441) UQCC5 (ENSPMRG00000009272) ENSPMRG00000008970 ENSPMRG00000008920 STAB1 (ENSPMRG00000008904) NISCH (ENSPMRG00000008674) TNNC1 (ENSPMRG00000008598) ENSPMRG00000008588 ##22 ENSPMRG00000008575 DUSP7 (ENSPMRG00000008572) POC1A (ENSPMRG00000008555) ALAS1 (ENSPMRG00000008541) ENSPMRG00000008532 TWF2 (ENSPMRG00000008508) PPM1M (ENSPMRG00000008481) WDR82 (ENSPMRG00000008466) GLYCTK (ENSPMRG00000008461) ENSPMRG00000008451 DNAH1 (ENSPMRG00000007635) BAP1 (ENSPMRG00000007327) SEMA3G (ENSPMRG00000007308) ACY1 (ENSPMRG00000007279) ABHD14A (ENSPMRG00000008430) Ciona DUPLICATION Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.c #22 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 118 ENSCING00000023605 ENSCING00000001720 ENSCING00000016593 ENSCING00000019373 ENSCING00000001142 ENSCING00000001146 #22 ENSCING00000016640 ENSCING00000001169 ENSCING00000014887 ENSCING00000016914 ENSCING00000014906 ENSCING00000002308 ENSCING00000014904 ENSCING00000002300 ENSCING00000018098 ENSCING00000020278 ENSCING00000014891 ENSCING00000014903 ENSCING00000014902 ENSCING00000002303 Ciona savignyi MODERN SPECIES 240 ENSCSAVG00000007533 ENSCSAVG00000007528 ENSCSAVG00000007373 ENSCSAVG00000007372 ENSCSAVG00000007340 ENSCSAVG00000007337 ENSCSAVG00000007335 ENSCSAVG00000007333 ENSCSAVG00000007297 ENSCSAVG00000007277 ENSCSAVG00000007272 ENSCSAVG00000007270 ENSCSAVG00000007268 ENSCSAVG00000007265 ENSCSAVG00000007263 ENSCSAVG00000007258 #22 ENSCSAVG00000007251 ENSCSAVG00000006829 ENSCSAVG00000006821 ENSCSAVG00000006410 ENSCSAVG00000006406 ENSCSAVG00000006387 ENSCSAVG00000006374 ENSCSAVG00000006371 ENSCSAVG00000006337 ENSCSAVG00000006320 ENSCSAVG00000006318 ENSCSAVG00000006317 ENSCSAVG00000006315 ENSCSAVG00000006240 ENSCSAVG00000006239 Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01030000234549.d #22 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 93 ENSCING00000015598 ENSCING00000001876 ENSCING00000001873 ENSCING00000001863 ENSCING00000001858 ENSCING00000001853 ENSCING00000015647 ENSCING00000023234 ENSCING00000015652 ENSCING00000018735 ENSCING00000024763 ENSCING00000015660 ENSCING00000015661 hox1 (ENSCING00000001273) hex (ENSCING00000001270) opsin1 (ENSCING00000001265) #22 Ciona savignyi MODERN SPECIES 272 ENSCSAVG00000001076 ENSCSAVG00000001080 ENSCSAVG00000001081 ENSCSAVG00000001085 ENSCSAVG00000001247 ENSCSAVG00000001252 ENSCSAVG00000001254 ENSCSAVG00000001259 ENSCSAVG00000001262 ENSCSAVG00000001263 ENSCSAVG00000001266 ENSCSAVG00000001270 ENSCSAVG00000001395 ENSCSAVG00000001396 ENSCSAVG00000001402 ENSCSAVG00000001618 #22 ENSCSAVG00000001632 ENSCSAVG00000001634 ENSCSAVG00000001639 ENSCSAVG00000001643 ENSCSAVG00000001645 ENSCSAVG00000001655 ENSCSAVG00000001789 ENSCSAVG00000001790 ENSCSAVG00000001801 ENSCSAVG00000001809 ENSCSAVG00000001844 ENSCSAVG00000001848 ENSCSAVG00000001852 ENSCSAVG00000001854 ENSCSAVG00000001856