Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	667																ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00730000110871.a.a.b ##33	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000167569	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032	ENSGT00940000159344
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000110871.a.a.b ##33	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000167569	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032	ENSGT00940000159344
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00730000110871.b ##33	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000167569	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032	ENSGT00940000159344
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Theria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
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Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
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Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
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Gorilla	MODERN SPECIES	20	PPP1R9A (ENSGGOG00000040320) #11	ENSGGOG00000028270	PEG10 (ENSGGOG00000040792) #12	SGCE (ENSGGOG00000003172) #13	CASD1 (ENSGGOG00000013491) #14	ENSGGOG00000042812	COL1A2 (ENSGGOG00000006024) #15	BET1 (ENSGGOG00000002176) #16	GNG11 (ENSGGOG00000014922) #17	GNGT1 (ENSGGOG00000015062) #18	TFPI2 (ENSGGOG00000004510) #19	ENSGGOG00000026388	ENSGGOG00000022478	CALCR (ENSGGOG00000011549) #20	VPS50 (ENSGGOG00000022699) #21	HEPACAM2 (ENSGGOG00000002483) #22	SAMD9 (ENSGGOG00000026836) #23	CDK6 (ENSGGOG00000025851) #24	FAM133B (ENSGGOG00000044152)	ENSGGOG00000041366	RBM48 (ENSGGOG00000041453) #25	PEX1 (ENSGGOG00000005076) #26	GATAD1 (ENSGGOG00000023375) #27	ENSGGOG00000038174	ANKIB1 (ENSGGOG00000006851) #29	KRIT1 (ENSGGOG00000001906) #30	LRRD1 (ENSGGOG00000011266) #32	CYP51A1 (ENSGGOG00000011496) #31	AKAP9 (ENSGGOG00000007412) #33	MTERF1 (ENSGGOG00000025995) #34	FZD1 (ENSGGOG00000041639) #35
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Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00390000011417.l	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.b.a.b	ENSGT00390000004541.c #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00690000102286.a.b.l	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.b.a.b.a	ENSGT00390000004541.c #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00690000102286.a.b.l	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	534	PDK4 (ENSMNEG00000042419)	ASB4 (ENSMNEG00000034621) #7	PON2 (ENSMNEG00000037066) #8	PON1 (ENSMNEG00000041009) #10	PPP1R9A (ENSMNEG00000036491) #11	PEG10 (ENSMNEG00000037924) #12	SGCE (ENSMNEG00000044499) #13	CASD1 (ENSMNEG00000043682) #14	COL1A2 (ENSMNEG00000032242) #15	BET1 (ENSMNEG00000022838) #16	GNG11 (ENSMNEG00000031924) #17	GNGT1 (ENSMNEG00000043902) #18	TFPI2 (ENSMNEG00000042271) #19	CALCR (ENSMNEG00000043493) #20	VPS50 (ENSMNEG00000041180) #21	HEPACAM2 (ENSMNEG00000044752) #22	SAMD9 (ENSMNEG00000022873) #23	CDK6 (ENSMNEG00000040700) #24	ENSMNEG00000038815	RBM48 (ENSMNEG00000039222) #25	PEX1 (ENSMNEG00000018881) #26	GATAD1 (ENSMNEG00000034063) #27	ANKIB1 (ENSMNEG00000028340) #29	KRIT1 (ENSMNEG00000035084) #30	LRRD1 (ENSMNEG00000027250) #32	CYP51A1 (ENSMNEG00000042062) #31	AKAP9 (ENSMNEG00000043025) #33	MTERF1 (ENSMNEG00000041445) #34	ENSMNEG00000005293	CDK14 (ENSMNEG00000032203) #36	CLDN12 (ENSMNEG00000023407) #37
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00390000011417.l	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.b.a.b.a	ENSGT00390000004541.c #25	ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00690000102286.a.b.l	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	13	PON1 (ENSMFAG00000035691) #10	ENSMFAG00000055174	ENSMFAG00000062513	PPP1R9A (ENSMFAG00000034343) #11	PEG10 (ENSMFAG00000045560) #12	SGCE (ENSMFAG00000000448) #13	CASD1 (ENSMFAG00000002018) #14	COL1A2 (ENSMFAG00000045512) #15	BET1 (ENSMFAG00000031881) #16	GNGT1 (ENSMFAG00000052651) #18	TFPI2 (ENSMFAG00000035861) #19	ENSMFAG00000002796 #20	VPS50 (ENSMFAG00000044129) #21	ENSMFAG00000002168	ENSMFAG00000061656	HEPACAM2 (ENSMFAG00000002249) #22	ENSMFAG00000002155 ##23	SAMD9 (ENSMFAG00000002163) #23	CDK6 (ENSMFAG00000002529) #24	ENSMFAG00000003699	RBM48 (ENSMFAG00000029561) #25	ENSMFAG00000060191	PEX1 (ENSMFAG00000045505) #26	ENSMFAG00000065408	ERVW-1 (ENSMFAG00000065565)	GATAD1 (ENSMFAG00000062009) #27	ENSMFAG00000057487 #28	ENSMFAG00000056832	ANKIB1 (ENSMFAG00000040224) #29	ENSMFAG00000053045	KRIT1 (ENSMFAG00000033257) #30
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a.d #17	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.a.c #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00390000011417.l	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.b.a.b	ENSGT00730000111097.f.b	ENSGT00390000004541.c #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621.g #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Olive baboon	MODERN SPECIES	14	PON2 (ENSPANG00000005678) #8	PON1 (ENSPANG00000008433) #10	PPP1R9A (ENSPANG00000005010) #11	PEG10 (ENSPANG00000023893) #12	SGCE (ENSPANG00000008432) #13	CASD1 (ENSPANG00000005677) #14	COL1A2 (ENSPANG00000007613) #15	BET1 (ENSPANG00000009010) #16	GNG11 (ENSPANG00000037012) #17	ENSPANG00000016172	TFPI2 (ENSPANG00000007611) #19	ENSPANG00000049692	ENSPANG00000046613	CALCR (ENSPANG00000015889) #20	VPS50 (ENSPANG00000009009) #21	HEPACAM2 (ENSPANG00000021693) #22	SAMD9L (ENSPANG00000041195) ##23	SAMD9 (ENSPANG00000011875) #23	CDK6 (ENSPANG00000016091) #24	ENSPANG00000035106	RBM48 (ENSPANG00000020591) #25	PEX1 (ENSPANG00000021187) #26	GATAD1 (ENSPANG00000006522) #27	ANKIB1 (ENSPANG00000017286) #29	KRIT1 (ENSPANG00000024548) #30	LRRD1 (ENSPANG00000024550) #32	CYP51A1 (ENSPANG00000010214) #31	AKAP9 (ENSPANG00000000841) #33	MTERF1 (ENSPANG00000007445) #34	FZD1 (ENSPANG00000002491) #35	CDK14 (ENSPANG00000022338) #36
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a.c #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00390000011417.l	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.b.a.b	ENSGT00910000147819	ENSGT00390000004541.c #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621.g #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Drill	MODERN SPECIES	1266													CALCR (ENSMLEG00000017214) #20	VPS50 (ENSMLEG00000035845) #21	ENSMLEG00000034122	HEPACAM2 (ENSMLEG00000033837) #22	SAMD9 (ENSMLEG00000027432) #23	CDK6 (ENSMLEG00000036979) #24	ENSMLEG00000037559	ENSMLEG00000019422	RBM48 (ENSMLEG00000033995) #25	PEX1 (ENSMLEG00000028191) #26	ENSMLEG00000015921 #27	ENSMLEG00000038773 #29	SERHL2 (ENSMLEG00000035634)	RRP7A (ENSMLEG00000040230)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	288													ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00390000011417.l	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.b.b	ENSGT00910000147819	ENSGT00730000111097.f.a.b.a.b	ENSGT00390000004541.c #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.a	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026.g #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35	ENSGT00940000157640 #36	ENSGT00400000022250 #37	ENSGT00940000155589
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.a.a	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026.g #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35	ENSGT00940000157640 #36	ENSGT00400000022250 #37	ENSGT00940000155589
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Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b.c #33	ENSGT00530000063817.a #34
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Mus	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23
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Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1798	Pon1 (ENSNGAG00000023834) #10	ENSNGAG00000023210 #11	ENSNGAG00000014240 #11	ENSNGAG00000004615	Peg10 (ENSNGAG00000004018) #12	Sgce (ENSNGAG00000021165) #13	ENSNGAG00000001391 #14	ENSNGAG00000023372 #14	Col1a2 (ENSNGAG00000016057) #15	ENSNGAG00000018157 #16	ENSNGAG00000010457 #17	Gngt1 (ENSNGAG00000018170) #18	Tfpi2 (ENSNGAG00000022002) #19	Calcr (ENSNGAG00000022759) #20	Vps50 (ENSNGAG00000021548) #21	Hepacam2 (ENSNGAG00000012448) #22	ENSNGAG00000024174 ##23	Cdk6 (ENSNGAG00000019445) #24	Fam133b (ENSNGAG00000021412)	ENSNGAG00000023310 #25	Pex1 (ENSNGAG00000022685) #26	ENSNGAG00000018462 #27	Tmbim7 (ENSNGAG00000022696) #28	Ankib1 (ENSNGAG00000023377) #29	Krit1 (ENSNGAG00000017207) #30	ENSNGAG00000013213	Lrrd1 (ENSNGAG00000020640) #32	ENSNGAG00000023074	Cyp51 (ENSNGAG00000023930) #31	Akap9 (ENSNGAG00000024136) #33	ENSNGAG00000014383 #34
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000154295.t	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000154295.t	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33
Squirrel	MODERN SPECIES	403											GNG11 (ENSSTOG00000009667) #17	GNGT1 (ENSSTOG00000009664) #18	TFPI2 (ENSSTOG00000027438) #19	CALCR (ENSSTOG00000011852) #20	VPS50 (ENSSTOG00000011827) #21	HEPACAM2 (ENSSTOG00000011821) #22	ENSSTOG00000024928	SAMD9L (ENSSTOG00000029072) ##23	CDK6 (ENSSTOG00000021728) #24	FAM133B (ENSSTOG00000028195)	ENSSTOG00000028513	RBM48 (ENSSTOG00000001386) #25	PEX1 (ENSSTOG00000001365) #26	ENSSTOG00000033661 #27	ENSSTOG00000001360 #27	ENSSTOG00000034681 #28	ENSSTOG00000000720 #29
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	ASB4 (ENSHGLG00000000818) #7	PON2 (ENSHGLG00000044448) #8	PON3 (ENSHGLG00000003028) #9	PON1 (ENSHGLG00000048207) #10	PPP1R9A (ENSHGLG00000002745) #11	Peg10 (ENSHGLG00000039925) #12	SGCE (ENSHGLG00000002437) #13	CASD1 (ENSHGLG00000002281) #14	COL1A2 (ENSHGLG00000002062) #15	ENSHGLG00000002005	ENSHGLG00000044625 #17	GNGT1 (ENSHGLG00000001961) #18	TFPI2 (ENSHGLG00000042350) #19	CALCR (ENSHGLG00000001886) #20	VPS50 (ENSHGLG00000001554) #21	HEPACAM2 (ENSHGLG00000001360) #22	SAMD9 (ENSHGLG00000037413) #23	CDK6 (ENSHGLG00000013892) #24	ENSHGLG00000041177	FAM133B (ENSHGLG00000014949)	PEX1 (ENSHGLG00000015029) #26	GATAD1 (ENSHGLG00000013060) #27	ANKIB1 (ENSHGLG00000013431) #29	KRIT1 (ENSHGLG00000014048) #30	LRRD1 (ENSHGLG00000016636) #32	CYP51A1 (ENSHGLG00000016647) #31	AKAP9 (ENSHGLG00000016663) #33	MTERF1 (ENSHGLG00000036452) #34	FZD1 (ENSHGLG00000016691) #35	ENSHGLG00000018138	CDK14 (ENSHGLG00000017316) #36
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT00940000170462	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Tree shrew	MODERN SPECIES	4771														CALCR (ENSTBEG00000008568) #20	VPS50 (ENSTBEG00000007202) #21	HEPACAM2 (ENSTBEG00000006724) #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	1516															ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Suina	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
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Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT01000000219911	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00990000214152.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00390000007209.b	ENSGT00930000151026 #31
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT01000000219911	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00990000214152.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33
Beluga whale	MODERN SPECIES	72	PON2 (ENSDLEG00000018855) #8	PON3 (ENSDLEG00000018838) #9	PON1 (ENSDLEG00000018817) #10	PPP1R9A (ENSDLEG00000018752) #11	ENSDLEG00000018735 #12	SGCE (ENSDLEG00000018725) #13	CASD1 (ENSDLEG00000018711) #14	COL1A2 (ENSDLEG00000016060) #15	BET1 (ENSDLEG00000021247) #16	ENSDLEG00000021245	GNG11 (ENSDLEG00000021243) #17	GNGT1 (ENSDLEG00000021242) #18	TFPI2 (ENSDLEG00000021240) #19	CALCR (ENSDLEG00000021235) #20	VPS50 (ENSDLEG00000021229) #21	HEPACAM2 (ENSDLEG00000021226) #22	ENSDLEG00000021223	SAMD9 (ENSDLEG00000021221) #23	ENSDLEG00000021219	CDK6 (ENSDLEG00000021218) #24	ENSDLEG00000021213	ENSDLEG00000021210	RBM48 (ENSDLEG00000021208) #25	PEX1 (ENSDLEG00000021204) #26	GATAD1 (ENSDLEG00000021201) #27	ENSDLEG00000021199 #28	ENSDLEG00000021197	ANKIB1 (ENSDLEG00000021143) #29	KRIT1 (ENSDLEG00000021122) #30	LRRD1 (ENSDLEG00000021117) #32	CYP51A1 (ENSDLEG00000021105) #31
Narwhal	MODERN SPECIES	306	PON3 (ENSMMNG00015007714) #9	PON1 (ENSMMNG00015007758) #10	PPP1R9A (ENSMMNG00015007826) #11	PEG10 (ENSMMNG00015007902) #12	SGCE (ENSMMNG00015008053) #13	CASD1 (ENSMMNG00015008247) #14	COL1A2 (ENSMMNG00015008340) #15	BET1 (ENSMMNG00015008427) #16	ENSMMNG00015008439	ENSMMNG00015008445	GNG11 (ENSMMNG00015008455) #17	ENSMMNG00015008462	TFPI2 (ENSMMNG00015008470) #19	CALCR (ENSMMNG00015008496) #20	VPS50 (ENSMMNG00015008562) #21	HEPACAM2 (ENSMMNG00015008607) #22	ENSMMNG00015008641	SAMD9 (ENSMMNG00015008647) #23	CDK6 (ENSMMNG00015008661) #24	ENSMMNG00015008676	FAM133B (ENSMMNG00015008692)	RBM48 (ENSMMNG00015008704) #25	PEX1 (ENSMMNG00015008736) #26	GATAD1 (ENSMMNG00015008767) #27	ENSMMNG00015008779 #28	ANKIB1 (ENSMMNG00015008796) #29	KRIT1 (ENSMMNG00015008819) #30	LRRD1 (ENSMMNG00015008843) #32	CYP51A1 (ENSMMNG00015008868) #31	AKAP9 (ENSMMNG00015008980) #33	ENSMMNG00015009125
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000163089.b.w	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00950000183198.c.a.b.b	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33
Bos	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000163089.b.w	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.q.a	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442.o #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000163089.b.w	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.q.a	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Wild yak	MODERN SPECIES	1463															ENSBMUG00000007637 #21	HEPACAM2 (ENSBMUG00000007629) #22	SAMD9 (ENSBMUG00000007618) #23	ENSBMUG00000007611
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000163089.b.w	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f.q.a	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00950000183198.c.a.b.b	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Goat	MODERN SPECIES	23	PON2 (ENSCHIG00000023025) #8	PON3 (ENSCHIG00000011355) #9	PON1 (ENSCHIG00000012757) #10	ENSCHIG00000026533 #11	ENSCHIG00000017712	ENSCHIG00000008653 #11	SGCE (ENSCHIG00000012578) #13	CASD1 (ENSCHIG00000010702) #14	COL1A2 (ENSCHIG00000025647) #15	BET1 (ENSCHIG00000019249) #16	GNG11 (ENSCHIG00000024748) #17	GNGT1 (ENSCHIG00000019362) #18	TFPI2 (ENSCHIG00000026816) #19	CALCR (ENSCHIG00000012930) #20	VPS50 (ENSCHIG00000012919) #21	HEPACAM2 (ENSCHIG00000008983) #22	ENSCHIG00000012415	SAMD9 (ENSCHIG00000007683) #23	CDK6 (ENSCHIG00000011604) #24	ENSCHIG00000025157	ENSCHIG00000021463	RBM48 (ENSCHIG00000015110) #25	PEX1 (ENSCHIG00000027266) #26	GATAD1 (ENSCHIG00000006633) #27	ENSCHIG00000021464 #28	ANKIB1 (ENSCHIG00000026782) #29	KRIT1 (ENSCHIG00000023971) #30	ENSCHIG00000010640	LRRD1 (ENSCHIG00000018885) #32	CYP51A1 (ENSCHIG00000009890) #31	AKAP9 (ENSCHIG00000015192) #33
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1158	ASB4 (ENSMMSG00000016724) #7	PON2 (ENSMMSG00000016826) #8	PON3 (ENSMMSG00000016879) #9	PON1 (ENSMMSG00000016965) #10	PPP1R9A (ENSMMSG00000017055) #11	ENSMMSG00000017702 #12	SGCE (ENSMMSG00000017770) #13	CASD1 (ENSMMSG00000018464) #14	COL1A2 (ENSMMSG00000018614) #15	BET1 (ENSMMSG00000019037) #16	GNG11 (ENSMMSG00000019086) #17	GNGT1 (ENSMMSG00000019118) #18	TFPI2 (ENSMMSG00000019143) #19	CALCR (ENSMMSG00000019186) #20	VPS50 (ENSMMSG00000019320) #21	HEPACAM2 (ENSMMSG00000019537) #22	SAMD9 (ENSMMSG00000019591) #23	CDK6 (ENSMMSG00000019610) #24	FAM133B (ENSMMSG00000019652)	ENSMMSG00000019693	RBM48 (ENSMMSG00000019723) #25	PEX1 (ENSMMSG00000019776) #26	GATAD1 (ENSMMSG00000019893) #27	ENSMMSG00000019923 #28	ANKIB1 (ENSMMSG00000019956) #29	KRIT1 (ENSMMSG00000020021) #30	LRRD1 (ENSMMSG00000020133) #32	CYP51A1 (ENSMMSG00000020171) #31	AKAP9 (ENSMMSG00000020281) #33	MTERF1 (ENSMMSG00000020744) #34	FZD1 (ENSMMSG00000020757) #35
Yarkand deer	MODERN SPECIES	9	PON3 (ENSCHYG00000022263) #9	PON1 (ENSCHYG00000022194) #10	PPP1R9A (ENSCHYG00000021788) #11	ENSCHYG00000021731 #12	ENSCHYG00000021697 #12	SGCE (ENSCHYG00000015479) #13	CASD1 (ENSCHYG00000014622) #14	COL1A2 (ENSCHYG00000013003) #15	ENSCHYG00000012852	GNG11 (ENSCHYG00000012802) #17	GNGT1 (ENSCHYG00000012750) #18	TFPI2 (ENSCHYG00000012662) #19	CALCR (ENSCHYG00000012588) #20	VPS50 (ENSCHYG00000011303) #21	ENSCHYG00000011212	HEPACAM2 (ENSCHYG00000011024) #22	SAMD9 (ENSCHYG00000010983) #23	CDK6 (ENSCHYG00000010888) #24	FAM133B (ENSCHYG00000010767)	ENSCHYG00000010713	RBM48 (ENSCHYG00000010605) #25	PEX1 (ENSCHYG00000010398) #26	ENSCHYG00000010319 #28	ANKIB1 (ENSCHYG00000010181) #29	ENSCHYG00000010159	KRIT1 (ENSCHYG00000010032) #30	LRRD1 (ENSCHYG00000009941) #32	CYP51A1 (ENSCHYG00000009800) #31	AKAP9 (ENSCHYG00000009048) #33	MTERF1 (ENSCHYG00000008983) #34	FZD1 (ENSCHYG00000008807) #35
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Alpaca	MODERN SPECIES	275							SGCE (ENSVPAG00000002283) #13	CASD1 (ENSVPAG00000002280) #14	COL1A2 (ENSVPAG00000002265) #15	ENSVPAG00000002264 #16	GNG11 (ENSVPAG00000002263) #17	GNGT1 (ENSVPAG00000002262) #18	TFPI2 (ENSVPAG00000002261) #19	CALCR (ENSVPAG00000002260) #20	VPS50 (ENSVPAG00000002259) #21	HEPACAM2 (ENSVPAG00000002258) #22	SAMD9 (ENSVPAG00000002257) #23	CDK6 (ENSVPAG00000002256) #24	RBM48 (ENSVPAG00000002255) #25	PEX1 (ENSVPAG00000002254) #26	GATAD1 (ENSVPAG00000002253) #27	ANKIB1 (ENSVPAG00000002252) #29	KRIT1 (ENSVPAG00000002251) #30
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00910000147396	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00390000013973.A.a.d.a #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917.l #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000155398.dc.a	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639.cb.b #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917.l #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000155398.dc.a	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639.cb.b #15	ENSGT00900000143815	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917.l #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b.i #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917.k #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00390000018344.l.a	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427.d #32	ENSGT00940000161427.c #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008932.c.a.a #8	ENSGT00390000008932.c.b #9	ENSGT00390000008932.c.a.b #10	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00950000183173.P #12	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000162637 #16	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00390000018344.l.a	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d.b ##23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.f	ENSGT00940000163856	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427.d #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
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Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	57								ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442.n #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22
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Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	61							ENSGT00390000004199	ENSGT00940000161957	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442.n #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000156148	ENSGT00940000155574.C	ENSGT00940000163083	ENSGT00940000160796	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00940000159476	ENSGT00940000153370.b	ENSGT00950000182952.D	ENSGT00390000010053	ENSGT00390000011897	ENSGT00940000159941	ENSGT00940000157444	ENSGT00940000160986	ENSGT00940000157238	ENSGT00390000004860
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	10							ENSGT00390000004199	ENSGT00940000161957	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT00990000204321	ENSGT01100000263525.b.b.b #18	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442.n.a #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000156148	ENSGT00940000155574.C	ENSGT00940000163083	ENSGT00940000160453	ENSGT00940000160796	ENSGT00950000183092.b.b	ENSGT00940000159476	ENSGT00940000153370.b	ENSGT00950000182952.D	ENSGT00390000010053	ENSGT00390000011897	ENSGT00940000159941	ENSGT00940000157444	ENSGT00940000160986	ENSGT00940000157238
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Sauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584 #35
Aves	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00960000189068	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584 #35
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Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584 #35	ENSGT00940000157640 #36	ENSGT00940000164984
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Medium ground finch	MODERN SPECIES	10	ENSGFOG00000000956	SLC25A13 (ENSGFOG00000000964)	DYNC1I1 (ENSGFOG00000000981)	PDK4 (ENSGFOG00000001010)	ASB4 (ENSGFOG00000001056) #7	ENSGFOG00000001066 #8	PPP1R9A (ENSGFOG00000001092) #11	SGCE (ENSGFOG00000001144) #13	CASD1 (ENSGFOG00000001162) #14	COL1A2 (ENSGFOG00000001270) #15	ENSGFOG00000002023	ENSGFOG00000002076	TFPI2 (ENSGFOG00000002106) #19	CALCR (ENSGFOG00000002118) #20	VPS50 (ENSGFOG00000002197) #21	HEPACAM2 (ENSGFOG00000003151) #22	CDK6 (ENSGFOG00000003222) #24	ENSGFOG00000003239	CLXN (ENSGFOG00000003251)	RBM48 (ENSGFOG00000003266) #25	PEX1 (ENSGFOG00000003279) #26	GATAD1 (ENSGFOG00000003346) #27	ANKIB1 (ENSGFOG00000003360) #29	KRIT1 (ENSGFOG00000003400) #30	CYP51A1 (ENSGFOG00000003428) #31	AKAP9 (ENSGFOG00000003475) #33	FZD1 (ENSGFOG00000003702) #35	CDK14 (ENSGFOG00000003711) #36	CLDN12 (ENSGFOG00000003731) #37	GTPBP10 (ENSGFOG00000003741)	ENSGFOG00000003749
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584 #35	ENSGT00940000157640 #36	ENSGT00940000164984	ENSGT00400000022250 #37	ENSGT00940000155589
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584 #35	ENSGT00940000157640 #36	ENSGT00940000164984
Golden eagle	MODERN SPECIES	19	SEM1 (ENSACCG00020010928)	SLC25A13 (ENSACCG00020010955)	DYNC1I1 (ENSACCG00020010997)	PDK4 (ENSACCG00020000315)	ASB4 (ENSACCG00020000336) #7	ENSACCG00020000364 #8	PPP1R9A (ENSACCG00020000421) #11	SGCE (ENSACCG00020000514) #13	CASD1 (ENSACCG00020000568) #14	COL1A2 (ENSACCG00020001204) #15	ENSACCG00020001792	ENSACCG00020001809	TFPI2 (ENSACCG00020001845) #19	CALCR (ENSACCG00020001885) #20	VPS50 (ENSACCG00020001926) #21	HEPACAM2 (ENSACCG00020001974) #22	CDK6 (ENSACCG00020001993) #24	ENSACCG00020002010	CLXN (ENSACCG00020002037)	RBM48 (ENSACCG00020002052) #25	PEX1 (ENSACCG00020002073) #26	ENSACCG00020002108	GATAD1 (ENSACCG00020002144) #27	ANKIB1 (ENSACCG00020002178) #29	KRIT1 (ENSACCG00020002209) #30	ENSACCG00020002249 #32	CYP51A1 (ENSACCG00020002273) #31	ENSACCG00020002311 #33	ENSACCG00020002341 #33	FZD1 (ENSACCG00020002352) #35	CDK14 (ENSACCG00020002388) #36
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538.bb #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00960000189068	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584 #35
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538.bb #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00960000189068	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000164558.a.a	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584 #35
Pink-footed goose	MODERN SPECIES		SLC25A13 (ENSABRG00000003825)	DYNC1I1 (ENSABRG00000003856)	PDK4 (ENSABRG00000003915)	ASB4 (ENSABRG00000003971) #7	ENSABRG00000004054 #8	PPP1R9A (ENSABRG00000004918) #11	SGCE (ENSABRG00000006848) #13	CASD1 (ENSABRG00000007011) #14	COL1A2 (ENSABRG00000007323) #15	ENSABRG00000008162	ENSABRG00000008175	GNG11 (ENSABRG00000008206) #17	TFPI2 (ENSABRG00000008255) #19	CALCR (ENSABRG00000008441) #20	VPS50 (ENSABRG00000008511) #21	HEPACAM2 (ENSABRG00000008650) #22	ENSABRG00000008708 #23	CDK6 (ENSABRG00000008732) #24	ENSABRG00000008761	CLXN (ENSABRG00000008786)	RBM48 (ENSABRG00000008826) #25	PEX1 (ENSABRG00000008865) #26	ENSABRG00000008935	GATAD1 (ENSABRG00000009022) #27	ANKIB1 (ENSABRG00000009431) #29	KRIT1 (ENSABRG00000010210) #30	ENSABRG00000011018	ENSABRG00000011057	CYP51A1 (ENSABRG00000011095) #31	AKAP9 (ENSABRG00000012449) #33	FZD1 (ENSABRG00000015920) #35
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538.bb #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037.g #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380.ce #20	ENSGT00390000003442.k #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.j	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584.a #35	ENSGT00940000157640 #36
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538.bb #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037.g #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380.be #20	ENSGT00390000003442.k #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097.i	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000164558.a.a	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00940000162584.a #35	ENSGT00940000157640 #36
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.a	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.a	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1100					ENSCABG00000000683 #8	PPP1R9A (ENSCABG00000000689) #11	SGCE (ENSCABG00000000724) #13	ENSCABG00000001098	CASD1 (ENSCABG00000001104) #14	COL1A2 (ENSCABG00000001144) #15	ENSCABG00000001635	GNG11 (ENSCABG00000001636) #17	TFPI2 (ENSCABG00000001640) #19	CALCR (ENSCABG00000001655) #20	VPS50 (ENSCABG00000001918) #21	HEPACAM2 (ENSCABG00000002811) #22	ENSCABG00000002817	CDK6 (ENSCABG00000002824) #24
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.a	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	30	SLC25A13 (ENSTMTG00000005981)	DYNC1I1 (ENSTMTG00000006042)	PDK4 (ENSTMTG00000006214)	ASB4 (ENSTMTG00000006250) #7	ENSTMTG00000006278 #8	PPP1R9A (ENSTMTG00000006314) #11	SGCE (ENSTMTG00000006348) #13	CASD1 (ENSTMTG00000006388) #14	COL1A2 (ENSTMTG00000006595) #15	ENSTMTG00000009167	ENSTMTG00000009185	GNG11 (ENSTMTG00000009201) #17	TFPI2 (ENSTMTG00000009209) #19	CALCR (ENSTMTG00000009283) #20	VPS50 (ENSTMTG00000009626) #21	HEPACAM2 (ENSTMTG00000009695) #22	CDK6 (ENSTMTG00000009854) #24	ENSTMTG00000009871	CLXN (ENSTMTG00000009898)	RBM48 (ENSTMTG00000009981) #25	PEX1 (ENSTMTG00000010005) #26	ENSTMTG00000010106	GATAD1 (ENSTMTG00000010127) #27	ANKIB1 (ENSTMTG00000010139) #29	KRIT1 (ENSTMTG00000010183) #30	LRRD1 (ENSTMTG00000010220) #32	CYP51A1 (ENSTMTG00000010251) #31	ENSTMTG00000010340 #33	ENSTMTG00000010504 #33	MTERF1 (ENSTMTG00000010522) #34	FZD1 (ENSTMTG00000010532) #35
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000156270.h	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000156270.h	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00940000162584 #35
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00390000004541.b #25	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000156098	ENSGT00510000049635	ENSGT00940000161000.j.a	ENSGT00940000157476	ENSGT00940000156508	ENSGT00900000141099	ENSGT00940000156042.ib	ENSGT00390000015971.c	ENSGT00940000156678	ENSGT00940000157711	ENSGT00940000154775.c.b	ENSGT00940000156390
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Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	91	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b.l #13	ENSGT00390000004037.i.b #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00390000004541.b #25	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000156098.e	ENSGT00510000049635	ENSGT00940000161000.j.a	ENSGT00940000157476	ENSGT00940000156508	ENSGT00900000141099	ENSGT00940000156042.ib	ENSGT00390000015971.c	ENSGT00940000156678	ENSGT00940000157711	ENSGT00940000154775.c.b	ENSGT00940000156390
Lizard	MODERN SPECIES	5	SLC25A13 (ENSACAG00000014580)	DYNC1I1 (ENSACAG00000014180)	PDK4 (ENSACAG00000014020)	ASB4 (ENSACAG00000013993) #7	ENSACAG00000013907 #8	PPP1R9A (ENSACAG00000027389) #11	SGCE (ENSACAG00000013695) #13	CASD1 (ENSACAG00000013610) #14	COL1A2 (ENSACAG00000013301) #15	ENSACAG00000013288	ENSACAG00000028975	GNG11 (ENSACAG00000039873) #17	TFPI2 (ENSACAG00000013275) #19	CALCR (ENSACAG00000013135) #20	VPS50 (ENSACAG00000012934) #21	HEPACAM2 (ENSACAG00000012904) #22	ENSACAG00000012901 #23	ENSACAG00000040484	ENSACAG00000044913	CDK6 (ENSACAG00000015273) #24	ENSACAG00000015319	ENSACAG00000015360	RBM48 (ENSACAG00000015378) #25	PEX1 (ENSACAG00000015394) #26	ENSACAG00000036308	ENSACAG00000015461	GATAD1 (ENSACAG00000015498) #27	ANKIB1 (ENSACAG00000015516) #29	KRIT1 (ENSACAG00000015550) #30	ENSACAG00000015646	CYP51A1 (ENSACAG00000015660) #31
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000156032.g	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000164410	ENSGT01100000263525.b.b.a #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000159968	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00940000167569	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000156270.h	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00730000110871.a.b #33	ENSGT00530000063817.a #34
Common wall lizard	MODERN SPECIES	3	DYNC1I1 (ENSPMRG00000017921)	PDK4 (ENSPMRG00000017905)	ENSPMRG00000017894 #8	ENSPMRG00000017887	PPP1R9A (ENSPMRG00000017863) #11	SGCE (ENSPMRG00000017680) #13	CASD1 (ENSPMRG00000017616) #14	COL1A2 (ENSPMRG00000017574) #15	ENSPMRG00000017564	ENSPMRG00000017548	GNG11 (ENSPMRG00000017542) #17	ENSPMRG00000017522 #19	ENSPMRG00000017501 #19	CALCR (ENSPMRG00000017489) #20	VPS50 (ENSPMRG00000017368) #21	HEPACAM2 (ENSPMRG00000017339) #22	ENSPMRG00000017333 #23	ENSPMRG00000017330	CDK6 (ENSPMRG00000017323) #24	ENSPMRG00000017311	CLXN (ENSPMRG00000017304)	RBM48 (ENSPMRG00000017298) #25	PEX1 (ENSPMRG00000017282) #26	ENSPMRG00000017271	ENSPMRG00000017264 #27	ENSPMRG00000017257	ENSPMRG00000017251 #27	ANKIB1 (ENSPMRG00000017235) #29	KRIT1 (ENSPMRG00000016844) #30	ENSPMRG00000016783	CYP51A1 (ENSPMRG00000016769) #31
Anura	ANCESTRAL SPECIES	178													ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00390000013973.A.a.d #23	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032	ENSGT00940000159344
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00730000110871.a.a.a.a ##33	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000167569	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032	ENSGT00940000159344
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063817.a #34	ENSGT00730000110871.a.a.a.a ##33	ENSGT00930000151026 #31	ENSGT00940000161427 #32	ENSGT00530000063721.A #30	ENSGT00940000157621 #29	ENSGT01050000244890.b #28	ENSGT00390000018554 #27	ENSGT00940000167569	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00390000008932 #8	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032	ENSGT00940000159344
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	88	ENSGT01030000234543.F	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000171718	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00450000040303	ENSGT01030000234543.F	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994.a	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000157683
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000171718	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000179331	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	139	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000171718	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000179331	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234543.F	ENSGT00450000040303	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Atlantic herring	MODERN SPECIES	10	ctnnal1 (ENSCHAG00000013363)	abitram (ENSCHAG00000013496)	elp2 (ENSCHAG00000013564)	gabbr2 (ENSCHAG00000013812)	GALNT12 (ENSCHAG00000014024)	poc1bl (ENSCHAG00000014243)	si:dkey-184p18.2 (ENSCHAG00000014527)	rp9 (ENSCHAG00000014541)	elmo1 (ENSCHAG00000014572)	pex1 (ENSCHAG00000015194) #26	rbm48 (ENSCHAG00000016032) #25	efcab1 (ENSCHAG00000016037)	ENSCHAG00000016073	cdk6 (ENSCHAG00000016088) #24	fam133b (ENSCHAG00000016118)	hepacam2 (ENSCHAG00000016145) #22	VPS50 (ENSCHAG00000016211) #21	CALCR (ENSCHAG00000017530) #20	tfpi2 (ENSCHAG00000018479) #19	zgc:85777 (ENSCHAG00000018489)	bet1 (ENSCHAG00000018586)	ENSCHAG00000018627	col1a2 (ENSCHAG00000018665) #15	casd1 (ENSCHAG00000019396) #14	ENSCHAG00000019447	ENSCHAG00000019459	scn1bb (ENSCHAG00000019476)	ENSCHAG00000019480	ENSCHAG00000019491	ENSCHAG00000019506	SYNGAP1 (ENSCHAG00000019776)
Denticle herring	MODERN SPECIES	12	abitram (ENSDCDG00000034562)	elp2 (ENSDCDG00000034547)	gabbr2 (ENSDCDG00000034542)	GALNT12 (ENSDCDG00000034533)	poc1bl (ENSDCDG00000034516)	ENSDCDG00000034514	si:dkey-184p18.2 (ENSDCDG00000034512)	rp9 (ENSDCDG00000034510)	elmo1 (ENSDCDG00000034140)	pex1 (ENSDCDG00000034110) #26	rbm48 (ENSDCDG00000034101) #25	efcab1 (ENSDCDG00000034098)	ENSDCDG00000034096	cdk6 (ENSDCDG00000034093) #24	fam133b (ENSDCDG00000034091)	hepacam2 (ENSDCDG00000034090) #22	VPS50 (ENSDCDG00000033463) #21	CALCR (ENSDCDG00000032662) #20	tfpi2 (ENSDCDG00000032630) #19	gngt1 (ENSDCDG00000032628) #17	zgc:85777 (ENSDCDG00000032568)	bet1 (ENSDCDG00000032564)	ENSDCDG00000032562	col1a2 (ENSDCDG00000032255) #15	casd1 (ENSDCDG00000032234) #14	sgce (ENSDCDG00000031897) #13	PPP1R9A (ENSDCDG00000031664) #11	asb4 (ENSDCDG00000031641) #7	pdk4 (ENSDCDG00000030640)	DYNC1I1 (ENSDCDG00000029921)	SLC25A13 (ENSDCDG00000029510)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000171718	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000179331	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00470000042293.a.a.m.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000179331	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234543.F	ENSGT00450000040303	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a.m.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234543.F	ENSGT00450000040303	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a.m.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	15	ctnnal1 (ENSAMXG00000003430)	abitram (ENSAMXG00000032707)	elp2 (ENSAMXG00000003453)	gabbr2 (ENSAMXG00000003507)	GALNT12 (ENSAMXG00000030700)	poc1bl (ENSAMXG00000003530)	si:dkey-184p18.2 (ENSAMXG00000003545)	rp9 (ENSAMXG00000038776)	elmo1 (ENSAMXG00000003570)	pex1 (ENSAMXG00000014209) #26	rbm48 (ENSAMXG00000035300) #25	efcab1 (ENSAMXG00000029482)	ENSAMXG00000014237	cdk6 (ENSAMXG00000014264) #24	fam133b (ENSAMXG00000038416)	hepacam2 (ENSAMXG00000014291) #22	VPS50 (ENSAMXG00000014299) #21	CALCR (ENSAMXG00000014320) #20	ENSAMXG00000035288	tfpi2 (ENSAMXG00000014363) #19	gngt1 (ENSAMXG00000014381) #17	zgc:85777 (ENSAMXG00000037869)	bet1 (ENSAMXG00000014416)	col1a2 (ENSAMXG00000021065) #15	ENSAMXG00000033282	casd1 (ENSAMXG00000014424) #14	sgce (ENSAMXG00000014430) #13	PPP1R9A (ENSAMXG00000014444) #11	asb4 (ENSAMXG00000029158) #7	pdk4 (ENSAMXG00000036789)	DYNC1I1 (ENSAMXG00000014523)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000182883.a.b.a	ENSGT00940000156923	ENSGT00940000158387	ENSGT00940000161290	ENSGT00940000158302.d.b	ENSGT00940000160103	ENSGT00940000156221	ENSGT00940000166582.e	ENSGT00940000166582.f	ENSGT01030000234575.c.a.a.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	59														ENSGT00470000042293.a.a.i.a.a	ENSGT00940000157957.h #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.a #22	ENSGT00390000003442.b #21	ENSGT00940000155380.d.a #20	ENSGT00940000159917.a #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410.b	ENSGT00940000163414.d	ENSGT00940000155639.w.b #15	ENSGT00390000004037.k #14	ENSGT00390000005672.a.b.h #13	ENSGT00940000155538.a #11	ENSGT00940000158874.d #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.f	ENSGT00940000156032.`b.b.b.d	ENSGT00940000159344.i	ENSGT00940000162732
Goldfish	MODERN SPECIES	10	nxph1 (ENSCARG00000027494)	phf14 (ENSCARG00000027215)	smap2 (ENSCARG00000027176)	ENSCARG00000027141	ADGRB2 (ENSCARG00000026863)	ENSCARG00000026836	ENSCARG00000026832	sfpq (ENSCARG00000026786)	ENSCARG00000026771	zmym4.1 (ENSCARG00000026488)	rbm48 (ENSCARG00000026448) #25	efcab1 (ENSCARG00000026438)	ENSCARG00000026431	ENSCARG00000026422	cdk6 (ENSCARG00000026410) #24	hepacam2 (ENSCARG00000026397) #22	VPS50 (ENSCARG00000024902) #21	CALCR (ENSCARG00000024605) #20	tfpi2 (ENSCARG00000024572) #19	gngt1 (ENSCARG00000024567) #17	bet1 (ENSCARG00000052429)	zgc:85777 (ENSCARG00000052278)	col1a2 (ENSCARG00000051222) #15	casd1 (ENSCARG00000050967) #14	sgce (ENSCARG00000050615) #13	PPP1R9A (ENSCARG00000050506) #11	pdk4 (ENSCARG00000049871)	SLC25A13 (ENSCARG00000049510)	sem1 (ENSCARG00000049437)	DLX6 (ENSCARG00000049406)	dlx5a (ENSCARG00000049385)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155427.b.a	ENSGT00950000182883.a.b.a.i	ENSGT00940000156923.l	ENSGT00940000158387.e	ENSGT00940000161290.a	ENSGT00940000160103.k.b	ENSGT00940000160103.l	ENSGT00940000156221.u	ENSGT00940000166582.e.b	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a.i.b	ENSGT00470000042293.a.a.i.a.a	ENSGT00940000157957.h #24	ENSGT00730000111097.c	ENSGT01100000263551.b.b.b.a #22	ENSGT00390000003442.b #21	ENSGT00940000155380.d.a #20	ENSGT00940000159917.a #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410.b	ENSGT00940000163414.d	ENSGT00940000155639.w.b #15	ENSGT00390000004037.k #14	ENSGT00390000005672.a.b.h #13	ENSGT00940000155538.a #11	ENSGT00940000158874.d #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.f	ENSGT00940000156032.`b.b.b.d	ENSGT00940000159344.i	ENSGT00940000162732
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	97	ENSGT00940000155427.b.a	ENSGT00950000182883.a.b.a.i	ENSGT00940000156923.l	ENSGT00940000158387.e	ENSGT00940000161290.a	ENSGT00940000160103.k.b	ENSGT00940000158302.d.b.d	ENSGT00940000160103.l	ENSGT00940000156221.u	ENSGT00940000166582.e.b	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a.j	ENSGT00940000157957.i #24	ENSGT00730000111097	ENSGT01100000263551.b.b.b.b #22	ENSGT00390000003442.a #21	ENSGT00940000155380.d.b #20	ENSGT00940000159917.b #19	ENSGT00940000164410.a	ENSGT00940000163414.c	ENSGT00940000155639.w.a #15	ENSGT00390000004037.l #14	ENSGT00390000005672.a.b.g #13	ENSGT00940000155538.b #11	ENSGT00940000158874.c #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.e	ENSGT00940000156032.`b.b.b.c	ENSGT00940000159344.j	ENSGT00940000157683.a	ENSGT00940000159188.g
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Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000179331	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000000916	ENSGT01000000216370	ENSGT00940000155783	ENSGT00940000157173	ENSGT00940000163607	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490.d	ENSGT00940000162490.c	ENSGT00940000155994	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00990000204445.a	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	601				ENSGT00940000155783.q.a	ENSGT00940000157173.d.a	ENSGT00940000163607.f	ENSGT00940000165672.q	ENSGT00940000162490.c	ENSGT00940000155994.i.a.b	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968.j	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097.a	ENSGT00940000157957.j.b #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.c #22	ENSGT00390000003442.i.b #21	ENSGT00940000155380.td #20	ENSGT00940000177895
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00450000040303.u.a	ENSGT01030000234543.F.c.a	ENSGT01000000216370	ENSGT00940000155783.q.a	ENSGT00940000157173.d.a	ENSGT00940000163607.f	ENSGT00940000165672.q	ENSGT00940000162490.c	ENSGT00940000155994.i.a.b	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968.j	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097.a	ENSGT00940000157957.j.b #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.c #22	ENSGT00390000003442.i.b #21	ENSGT00940000155380.td #20	ENSGT00940000159917.d #19	ENSGT00990000204445.a.c	ENSGT00940000164410.e	ENSGT00940000163414.e	ENSGT00940000155639.p.a #15	ENSGT00390000004037.m #14	ENSGT00390000005672.a.b.b #13	ENSGT00940000155538.d.a #11	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.h	ENSGT00940000156032.`b.b.a.a	ENSGT00940000159344.l	ENSGT00940000162732.a	ENSGT00940000157683.e.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00450000040303.u.a	ENSGT01030000234543.F.c.a	ENSGT01000000216370	ENSGT00940000155783.q.a	ENSGT00940000157173.d.a	ENSGT00940000163607.f	ENSGT00940000165672.q	ENSGT00940000162490.c	ENSGT00940000155994.i.a.b	ENSGT00550000075032 #26	ENSGT00390000004541 #25	ENSGT00940000159968.j	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097.a	ENSGT00940000157957.j.b #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.c #22	ENSGT00390000003442.i.b #21	ENSGT00940000155380.td #20	ENSGT00940000159917.d #19	ENSGT00990000204445.a.c	ENSGT00940000164410.e	ENSGT00940000163414.e	ENSGT00940000155639.p.a #15	ENSGT00390000004037.m #14	ENSGT00390000005672.a.b.b #13	ENSGT00940000155538.d.a #11	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.h	ENSGT00940000156032.`b.b.a.a	ENSGT00940000159344.l	ENSGT00940000162732.a	ENSGT00940000157683.e.b
Rainbow trout	MODERN SPECIES	24	ENSOMYG00000055180	gabbr2 (ENSOMYG00000016401)	ENSOMYG00000016329	poc1bl (ENSOMYG00000016312)	ENSOMYG00000016302	rp9 (ENSOMYG00000016290)	ENSOMYG00000053036	ENSOMYG00000068424	ENSOMYG00000016008	pex1 (ENSOMYG00000015768) #26	rbm48 (ENSOMYG00000015989) #25	ENSOMYG00000015981	ENSOMYG00000015975	ENSOMYG00000066650	CDK6 (ENSOMYG00000015710) #24	hepacam2 (ENSOMYG00000015694) #22	ENSOMYG00000051035	VPS50 (ENSOMYG00000015474) #21	ENSOMYG00000068322	CALCR (ENSOMYG00000014069) #20	tfpi2 (ENSOMYG00000013946) #19	ENSOMYG00000060307	zgc:85777 (ENSOMYG00000013909)	bet1 (ENSOMYG00000061160)	col1a2 (ENSOMYG00000013646) #15	casd1 (ENSOMYG00000013526) #14	sgce (ENSOMYG00000013169) #13	PPP1R9A (ENSOMYG00000013088) #11	ENSOMYG00000062374	pdk4 (ENSOMYG00000013044)	DYNC1I1 (ENSOMYG00000012273)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000158587.c.b.e	ENSGT00940000159104.c.f	ENSGT00450000040303.u.b	ENSGT01030000234543.F.c.b	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783.q.b	ENSGT00940000157173.d.b	ENSGT00940000163607.e	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490.d	ENSGT00940000155994.i.a.a	ENSGT00940000159968.i	ENSGT00940000177254	ENSGT00730000111097.b	ENSGT00940000157957.j.a #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.d #22	ENSGT00390000003442.i.a #21	ENSGT00940000155380.ud #20	ENSGT00940000159917.c #19	ENSGT00990000204445.a.d	ENSGT00940000164410.f	ENSGT00940000175665	ENSGT00940000163414.f	ENSGT00940000155639.p.b #15	ENSGT00390000004037.n #14	ENSGT00390000005672.a.b.a #13	ENSGT00940000155538.d.b #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.g.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.g.a.a
Huchen	MODERN SPECIES	885									si:dkey-184p18.2 (ENSHHUG00000026622)	ENSHHUG00000026631	rp9 (ENSHHUG00000026633)	elmo1 (ENSHHUG00000026646)	efcab1 (ENSHHUG00000026991)	ENSHHUG00000027046	cdk6 (ENSHHUG00000027049) #24	hepacam2 (ENSHHUG00000027056) #22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158587.c.b.e	ENSGT00940000159104.c.f	ENSGT00450000040303.u.b	ENSGT01030000234543.F.c.b	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783.q.b	ENSGT00940000157173.d.b	ENSGT00940000163607.e	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490.d	ENSGT00940000155994.i.a.a	ENSGT00940000159968.i	ENSGT00940000177254	ENSGT00730000111097.b	ENSGT00940000157957.j.a #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.d #22	ENSGT00390000003442.i.a #21	ENSGT00940000155380.ud #20	ENSGT00940000159917.c #19	ENSGT00990000204445.a.d.a	ENSGT00940000164410.f	ENSGT00940000163414.f	ENSGT00940000155639.p.b #15	ENSGT00390000004037.n #14	ENSGT00390000005672.a.b.a #13	ENSGT00940000155538.d.b #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.g.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.g.a.a	ENSGT00940000156032.`b.b.a.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182872.f.a.b.p.d	ENSGT00940000158587.c.b.e	ENSGT00940000159104.c.f	ENSGT01030000234543.F.c.b	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783.q.b	ENSGT00940000157173.d.b	ENSGT00940000163607.e	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490.d	ENSGT00940000155994.i.a.a	ENSGT00390000004541.l #25	ENSGT00940000159968.i	ENSGT00730000111097.b	ENSGT00940000157957.j.a #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.d #22	ENSGT00390000003442.i.a.d.a #21	ENSGT00390000003442.i.a.d.b #21	ENSGT00940000155380.ud #20	ENSGT00940000159917.c #19	ENSGT00990000204445.a.d.a	ENSGT00940000164410.f	ENSGT00940000163414.f	ENSGT00940000155639.p.b #15	ENSGT00390000004037.n #14	ENSGT00390000005672.a.b.a #13	ENSGT00940000155538.d.b #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.g.a.a	ENSGT00940000156032.`b.b.a.b	ENSGT00940000159344.k
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	19	ENSSSAG00000094819	sla1a (ENSSSAG00000071290)	ENSSSAG00000102759	ENSSSAG00000083300	elp2 (ENSSSAG00000071114)	gabbr2 (ENSSSAG00000071063)	ENSSSAG00000071019	poc1bl (ENSSSAG00000070980)	si:dkey-184p18.2 (ENSSSAG00000070962)	ENSSSAG00000090888	rp9 (ENSSSAG00000101772)	elmo1 (ENSSSAG00000070608)	ENSSSAG00000115786	ENSSSAG00000070560	CDK6 (ENSSSAG00000100175) #24	hepacam2 (ENSSSAG00000070538) #22	ENSSSAG00000099757 #21	ENSSSAG00000084488 #21	ENSSSAG00000082530	VPS50 (ENSSSAG00000070526) #21	ENSSSAG00000101087 #21	CALCR (ENSSSAG00000069062) #20	ENSSSAG00000095030 #20	TFPI2 (ENSSSAG00000069027) #19	ENSSSAG00000109521	zgc:85777 (ENSSSAG00000069007)	bet1 (ENSSSAG00000068998)	col1a2 (ENSSSAG00000067809) #15	casd1 (ENSSSAG00000067730) #14	sgce (ENSSSAG00000065720) #13	PPP1R9A (ENSSSAG00000065549) #11
River trout	MODERN SPECIES	27	sla1a (ENSSTUG00000042833)	ctnnal1 (ENSSTUG00000042556)	elp2 (ENSSTUG00000042151)	gabbr2 (ENSSTUG00000042075)	ENSSTUG00000042040	poc1bl (ENSSTUG00000042002)	si:dkey-184p18.2 (ENSSTUG00000041993)	rp9 (ENSSTUG00000041949)	elmo1 (ENSSTUG00000041481)	rbm48 (ENSSTUG00000041427) #25	efcab1 (ENSSTUG00000041406)	ENSSTUG00000041368	ENSSTUG00000041364	fam133b (ENSSTUG00000041337)	cdk6 (ENSSTUG00000041308) #24	hepacam2 (ENSSTUG00000041280) #22	VPS50 (ENSSTUG00000041217) #21	ENSSTUG00000041206 #21	CALCR (ENSSTUG00000039334) #20	tfpi2 (ENSSTUG00000039283) #19	ENSSTUG00000039278	zgc:85777 (ENSSTUG00000039192)	bet1 (ENSSTUG00000039181)	col1a2 (ENSSTUG00000038533) #15	casd1 (ENSSTUG00000038477) #14	sgce (ENSSTUG00000037984) #13	PPP1R9A (ENSSTUG00000037635) #11	asb4 (ENSSTUG00000037601) #7	pdk4 (ENSSTUG00000037451)	DYNC1I1 (ENSSTUG00000035595)	SLC25A13 (ENSSTUG00000035528)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000159104.c.f	ENSGT00450000040303.u.b	ENSGT01030000234543.F.c.b	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783.q.b	ENSGT00940000157173.d.b	ENSGT00940000163607.e	ENSGT00390000013383	ENSGT00940000162490.d	ENSGT00940000155994.j	ENSGT00940000155994.i.a.a	ENSGT00940000159968.i	ENSGT00940000177254	ENSGT00730000111097.b	ENSGT00940000157957.j.a #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.d #22	ENSGT00390000003442.i.a #21	ENSGT00940000155380.ud #20	ENSGT00940000159917.c #19	ENSGT00990000204445.a.d.a	ENSGT00940000164410.f	ENSGT00940000163414.f	ENSGT00940000155639.p.b #15	ENSGT00390000004037.n #14	ENSGT00390000005672.a.b.a #13	ENSGT00940000155538.d.b #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.g.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344.k	ENSGT01030000234597.b.b.b.a.a.b
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00950000182872.f.a.b.p.d	ENSGT00940000158587.c.b.e	ENSGT00940000159104.c.f	ENSGT00450000040303.u.b	ENSGT01030000234543.F.c.b	ENSGT00390000000916	ENSGT00940000155783.q.b	ENSGT00940000157173.d.b	ENSGT00940000163607.e	ENSGT00390000013383	ENSGT01000000220518	ENSGT00940000155994.i.a.a	ENSGT00940000159968.i	ENSGT00730000111097.b	ENSGT00940000157957.j.a #24	ENSGT01100000263551.b.b.b.d #22	ENSGT00390000003442.i.a #21	ENSGT00940000155380.ud #20	ENSGT00940000164410.f.a	ENSGT00940000175665	ENSGT00940000159917.c #19	ENSGT00990000204445.a.d.a	ENSGT00940000164410.f.b	ENSGT00940000163414.f	ENSGT00940000155639.p.b #15	ENSGT00390000004037.n #14	ENSGT00390000005672.a.b.a #13	ENSGT00940000155538.d.b #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b.g.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	bop1 (ENSOTSG00005002381)	scxa (ENSOTSG00005002635)	hsf1 (ENSOTSG00005002796)	ENSOTSG00005002834	zgc:86598 (ENSOTSG00005002869)	ptp4a3a (ENSOTSG00005002908)	ndrg1a (ENSOTSG00005002933)	ccn4a (ENSOTSG00005002964)	sla1a (ENSOTSG00005002970)	abitram (ENSOTSG00005002989)	ctnnal1 (ENSOTSG00005002992)	elp2 (ENSOTSG00005003021)	GALNT12 (ENSOTSG00005003078)	si:dkey-184p18.2 (ENSOTSG00005003091)	ENSOTSG00005003095	hepacam2 (ENSOTSG00005003098) #22	ENSOTSG00005003101 #21	VPS50 (ENSOTSG00005003104) #21	zgc:85777 (ENSOTSG00005003108)	ENSOTSG00005003110	tfpi2 (ENSOTSG00005003112) #19	ENSOTSG00005003114	zgc:85777 (ENSOTSG00005003117)	bet1 (ENSOTSG00005003118)	col1a2 (ENSOTSG00005003152) #15	casd1 (ENSOTSG00005004123) #14	sgce (ENSOTSG00005004131) #13	ENSOTSG00005004804 #11	asb4 (ENSOTSG00005004806) #7	pdk4 (ENSOTSG00005004816)	ENSOTSG00005004822
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	49											ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000179331	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00940000179331	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000179331	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	390											btd (ENSHCOG00000009233)	ENSHCOG00000009261	ENSHCOG00000009282	fam133b (ENSHCOG00000009306)	cdk6 (ENSHCOG00000009338) #24	hepacam2 (ENSHCOG00000009343) #22	VPS50 (ENSHCOG00000009401) #21	CALCR (ENSHCOG00000009457) #20	ENSHCOG00000009479	tfpi2 (ENSHCOG00000009486) #19	gngt1 (ENSHCOG00000009519) #17	zgc:85777 (ENSHCOG00000009552)	bet1 (ENSHCOG00000000297)	col1a2 (ENSHCOG00000009651) #15	casd1 (ENSHCOG00000009695) #14
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000179331	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000179331	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000179331	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000162732
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a.b	ENSGT00470000042293.a.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000157683
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a.b	ENSGT00470000042293.a.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000157683
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1618	ITGB8 (ENSNFUG00015025236)	ENSNFUG00015025234	TWISTNB (ENSNFUG00015025232)	TWIST1A (ENSNFUG00015025231)	SNX13 (ENSNFUG00015025209)	ENSNFUG00015025208	ENSNFUG00015025207	C11H1ORF50 (ENSNFUG00015025205)	BTD (ENSNFUG00015025204)	ANKRD28 (ENSNFUG00015024851)	ENSNFUG00015024762	ENSNFUG00015024761	ENSNFUG00015024760	ENSNFUG00015024759	cdk6 (ENSNFUG00015024758) #24	hepacam2 (ENSNFUG00015024755) #22	VPS50 (ENSNFUG00015024746) #21	ENSNFUG00015024743	ENSNFUG00015024741	CALCR (ENSNFUG00015024313) #20	CABZ01081490.1 (ENSNFUG00015024273)	TFPI2 (ENSNFUG00015024269) #19	gngt1 (ENSNFUG00015024262) #17	OLA.3715 (ENSNFUG00015024258)	bet1 (ENSNFUG00015024255)	COL1A2 (ENSNFUG00015024212) #15	CASD1 (ENSNFUG00015024188) #14	sgce (ENSNFUG00015023847) #13	ENSNFUG00015023822 #11	ENSNFUG00015023809 #11	asb4 (ENSNFUG00015023805) #7
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Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.x.b	ENSGT00390000013823.a.x.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
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Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.x.b.a	ENSGT00390000013823.a.x.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a.c.b	ENSGT00470000042293.a.a.c.a.a	ENSGT00470000042293.a.a.c.a.b	ENSGT00940000177254	ENSGT00940000177506	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
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Midas cichlid	MODERN SPECIES	563	ITGB8 (ENSACIG00000020344)	polr1f (ENSACIG00000020400)	ENSACIG00000020423	SNX13 (ENSACIG00000020453)	ENSACIG00000020475	btd (ENSACIG00000020483)	btd (ENSACIG00000020494)	btd (ENSACIG00000020507)	ENSACIG00000020524	ENSACIG00000020560	ENSACIG00000020564	ENSACIG00000020601	ENSACIG00000020623	ENSACIG00000020659	cdk6 (ENSACIG00000020669) #24	hepacam2 (ENSACIG00000020688) #22	VPS50 (ENSACIG00000020723) #21	CALCR (ENSACIG00000000196) #20	tfpi2 (ENSACIG00000000272) #19	gngt1 (ENSACIG00000000345) #17	zgc:85777 (ENSACIG00000000376)	bet1 (ENSACIG00000000413)	col1a2 (ENSACIG00000000453) #15	casd1 (ENSACIG00000000834) #14	sgce (ENSACIG00000000891) #13	PPP1R9A (ENSACIG00000000918) #11	asb4 (ENSACIG00000000977) #7	pdk4 (ENSACIG00000001001)	DYNC1I1 (ENSACIG00000001041)	SLC25A13 (ENSACIG00000001085)	ENSACIG00000001146
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00990000204445.a	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
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Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000168253	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000168253	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Greater amberjack	MODERN SPECIES	48	ENSSDUG00000007136	ITGB8 (ENSSDUG00000007115)	ENSSDUG00000007104	fut9b.5 (ENSSDUG00000007064)	ENSSDUG00000007047	polr1f (ENSSDUG00000007038)	FERD3L (ENSSDUG00000007035)	ENSSDUG00000007028	SNX13 (ENSSDUG00000006938)	ENSSDUG00000006911	btd (ENSSDUG00000006882)	ENSSDUG00000006803	ENSSDUG00000006769	fam133b (ENSSDUG00000006753)	cdk6 (ENSSDUG00000006735) #24	hepacam2 (ENSSDUG00000006685) #22	VPS50 (ENSSDUG00000006570) #21	CALCR (ENSSDUG00000006509) #20	tfpi2 (ENSSDUG00000006475) #19	gngt1 (ENSSDUG00000006460) #17	zgc:85777 (ENSSDUG00000006406)	bet1 (ENSSDUG00000006388)	col1a2 (ENSSDUG00000006239) #15	casd1 (ENSSDUG00000006140) #14	sgce (ENSSDUG00000006087) #13	PPP1R9A (ENSSDUG00000006052) #11	asb4 (ENSSDUG00000006034) #7	ENSSDUG00000006026 #7	pdk4 (ENSSDUG00000005981)	DYNC1I1 (ENSSDUG00000005935)	SLC25A13 (ENSSDUG00000005870)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a.p	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Turbot	MODERN SPECIES	14	ENSSMAG00000023368	ENSSMAG00000012707	ENSSMAG00000012764	ENSSMAG00000012770	ENSSMAG00000012774	POLR1F (ENSSMAG00000012792)	ENSSMAG00000012799	ENSSMAG00000012801	ENSSMAG00000012807	ENSSMAG00000012904	ENSSMAG00000012914	ENSSMAG00000012923	ENSSMAG00000013075	ENSSMAG00000013092	cdk6 (ENSSMAG00000022076) #24	hepacam2 (ENSSMAG00000013127) #22	VPS50 (ENSSMAG00000013150) #21	CALCR (ENSSMAG00000013265) #20	tfpi2 (ENSSMAG00000013402) #19	gngt1 (ENSSMAG00000013446) #17	zgc:85777 (ENSSMAG00000013477)	bet1 (ENSSMAG00000013500)	col1a2 (ENSSMAG00000013511) #15	casd1 (ENSSMAG00000013550) #14	sgce (ENSSMAG00000013623) #13	PPP1R9A (ENSSMAG00000013688) #11	asb4 (ENSSMAG00000013749) #7	pdk4 (ENSSMAG00000013758)	DYNC1I1 (ENSSMAG00000013803)	SLC25A13 (ENSSMAG00000013855)	sem1 (ENSSMAG00000014052)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000168253	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000157683
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	2	CDCA7L (ENSMAMG00000010174)	sp4 (ENSMAMG00000010162)	ENSMAMG00000026329	ITGB8 (ENSMAMG00000010121)	ENSMAMG00000010099	ENSMAMG00000010095	ENSMAMG00000028648	ENSMAMG00000009910	ENSMAMG00000009831	ENSMAMG00000026141	ENSMAMG00000009788	ENSMAMG00000009614	ENSMAMG00000027656	ENSMAMG00000009579	CDK6 (ENSMAMG00000025835) #24	hepacam2 (ENSMAMG00000009531) #22	VPS50 (ENSMAMG00000009354) #21	CALCR (ENSMAMG00000009295) #20	tfpi2 (ENSMAMG00000009282) #19	gngt1 (ENSMAMG00000025870) #17	zgc:85777 (ENSMAMG00000009237)	bet1 (ENSMAMG00000009263)	col1a2 (ENSMAMG00000009132) #15	casd1 (ENSMAMG00000009075) #14	sgce (ENSMAMG00000009047) #13	PPP1R9A (ENSMAMG00000009004) #11	asb4 (ENSMAMG00000008961) #7	pdk4 (ENSMAMG00000008894)	DYNC1I1 (ENSMAMG00000008817)	ENSMAMG00000008797	ENSMAMG00000025565
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000157683
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00990000204445.a	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	56							ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380.sd #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b.d #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000163409	ENSGT00940000157683
Fugu	MODERN SPECIES	3	znf704 (ENSTRUG00000014603)	mrpl53 (ENSTRUG00000014652)	fabp4a (ENSTRUG00000014661)	ENSTRUG00000014693	ENSTRUG00000014705	polr1f (ENSTRUG00000019854)	ENSTRUG00000025781	ENSTRUG00000026755	SNX13 (ENSTRUG00000014752)	ENSTRUG00000020939	btd (ENSTRUG00000014869)	ENSTRUG00000014907	ENSTRUG00000015106	ENSTRUG00000015110	cdk6 (ENSTRUG00000015133) #24	hepacam2 (ENSTRUG00000015175) #22	VPS50 (ENSTRUG00000015181) #21	CALCR (ENSTRUG00000015319) #20	tfpi2 (ENSTRUG00000015369) #19	gngt1 (ENSTRUG00000022037) #17	zgc:85777 (ENSTRUG00000015393)	bet1 (ENSTRUG00000015403)	col1a2 (ENSTRUG00000015407) #15	casd1 (ENSTRUG00000015861) #14	sgce (ENSTRUG00000015890) #13	PPP1R9A (ENSTRUG00000015914) #11	asb4 (ENSTRUG00000015951) #7	pdk4 (ENSTRUG00000015972)	DYNC1I1 (ENSTRUG00000020585)	ENSTRUG00000020257	dlx6a (ENSTRUG00000007566)
Tetraodon	MODERN SPECIES	16	tpd52 (ENSTNIG00000017783)	znf704 (ENSTNIG00000017782)	fabp4a (ENSTNIG00000017781)	ENSTNIG00000017780	ENSTNIG00000017779	polr1f (ENSTNIG00000017778)	FERD3L (ENSTNIG00000017777)	ENSTNIG00000001678	SNX13 (ENSTNIG00000017776)	btd (ENSTNIG00000017775)	ENSTNIG00000017774	ENSTNIG00000017773	ENSTNIG00000017772	cdk6 (ENSTNIG00000017771) #24	ENSTNIG00000001616	hepacam2 (ENSTNIG00000017770) #22	VPS50 (ENSTNIG00000017769) #21	CALCR (ENSTNIG00000017768) #20	zgc:85777 (ENSTNIG00000017767)	bet1 (ENSTNIG00000017766)	col1a2 (ENSTNIG00000017765) #15	DYNC1I1 (ENSTNIG00000017764)	sem1 (ENSTNIG00000017763)	dlx6a (ENSTNIG00000017762)	dlx5a (ENSTNIG00000017761)	ago2 (ENSTNIG00000017760)	ENSTNIG00000017759	npy (ENSTNIG00000017758)	fam221a (ENSTNIG00000017757)	ccdc126 (ENSTNIG00000017756)	igf2bp3 (ENSTNIG00000017755)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.ab.a	ENSGT00390000013823.a.ab.b	ENSGT00390000013823.a.`b	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00990000204445.a	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.ab.b	ENSGT00390000013823.a.ab.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00990000204445.a	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.ab.b	ENSGT00390000013823.a.ab.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.ab.a	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000163409
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.ab.a	ENSGT00390000013823.a.ab.b	ENSGT00390000013823.a.`b	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162033.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.`b	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT01100000263525.b.b #17	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344	ENSGT00940000162732
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00940000164360.B	ENSGT00940000164360.A	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.b	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000174023	ENSGT00390000013823.a.ab.a	ENSGT00390000013823.a.ab.b	ENSGT00950000182908.C.a	ENSGT00470000042293.a.a	ENSGT00730000111097	ENSGT00940000157957 #24	ENSGT01100000263551.b.b.b #22	ENSGT00390000003442 #21	ENSGT00940000155380 #20	ENSGT00940000177895	ENSGT00940000159917 #19	ENSGT00990000204445.a	ENSGT00940000164410	ENSGT00940000163414	ENSGT00940000155639 #15	ENSGT00390000004037 #14	ENSGT00390000005672.a.b #13	ENSGT00940000155538 #11	ENSGT00940000158874 #7	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.b	ENSGT00940000156032.`b.b.b	ENSGT00940000159344
Pike perch	MODERN SPECIES	41	ENSSLUG00000019524	fut9b.5 (ENSSLUG00000019520)	ENSSLUG00000019515	polr1f (ENSSLUG00000019513)	ENSSLUG00000019511	ENSSLUG00000019509	SNX13 (ENSSLUG00000019350)	ENSSLUG00000019328	ENSSLUG00000019326	btd (ENSSLUG00000019317)	ENSSLUG00000019325	ENSSLUG00000019297	ENSSLUG00000019280	fam133b (ENSSLUG00000019276)	cdk6 (ENSSLUG00000019273) #24	hepacam2 (ENSSLUG00000019272) #22	VPS50 (ENSSLUG00000017082) #21	CALCR (ENSSLUG00000016940) #20	ENSSLUG00000016933 #20	ENSSLUG00000016928	ENSSLUG00000016926	ENSSLUG00000016919	tfpi2 (ENSSLUG00000016912) #19	zgc:85777 (ENSSLUG00000016870)	bet1 (ENSSLUG00000016859)	col1a2 (ENSSLUG00000014735) #15	casd1 (ENSSLUG00000014624) #14	sgce (ENSSLUG00000013563) #13	PPP1R9A (ENSSLUG00000013530) #11	asb4 (ENSSLUG00000013528) #7	pdk4 (ENSSLUG00000013373)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	2	ITGB8 (ENSMMDG00005010894)	ENSMMDG00005010897	fut9b.1 (ENSMMDG00005010898)	ENSMMDG00005010900	polr1f (ENSMMDG00005010902)	ENSMMDG00005010903	ENSMMDG00005010904	SNX13 (ENSMMDG00005010915)	ENSMMDG00005011918	btd (ENSMMDG00005011919)	ENSMMDG00005011935	ENSMMDG00005012137	ENSMMDG00005012146	fam133b (ENSMMDG00005012150)	cdk6 (ENSMMDG00005012151) #24	hepacam2 (ENSMMDG00005012156) #22	VPS50 (ENSMMDG00005012204) #21	CALCR (ENSMMDG00005013532) #20	ENSMMDG00005013534	tfpi2 (ENSMMDG00005013536) #19	gngt1 (ENSMMDG00005013537) #17	zgc:85777 (ENSMMDG00005013540)	bet1 (ENSMMDG00005013556)	col1a2 (ENSMMDG00005013559) #15	casd1 (ENSMMDG00005013566) #14	sgce (ENSMMDG00005013596) #13	PPP1R9A (ENSMMDG00005015321) #11	asb4 (ENSMMDG00005015480) #7	pdk4 (ENSMMDG00005015486)	DYNC1I1 (ENSMMDG00005015491)	SLC25A13 (ENSMMDG00005015575)
Spotted gar	MODERN SPECIES	649	fzd1 (ENSLOCG00000010570) #35	MTERF1 (ENSLOCG00000018348) #34	ENSLOCG00000010582 ##33	cyp51 (ENSLOCG00000010601) #31	LRRD1 (ENSLOCG00000010613) #32	krit1 (ENSLOCG00000010622) #30	ANKIB1 (ENSLOCG00000010636) #29	gatad1 (ENSLOCG00000010654) #27	ENSLOCG00000010663	pex1 (ENSLOCG00000010675) #26	rbm48 (ENSLOCG00000010688) #25	efcab1 (ENSLOCG00000010700)	ENSLOCG00000010709	FAM133B (ENSLOCG00000010716)	cdk6 (ENSLOCG00000010732) #24	hepacam2 (ENSLOCG00000010740) #22	VPS50 (ENSLOCG00000010759) #21	CALCR (ENSLOCG00000010787) #20	tfpi2 (ENSLOCG00000010795) #19	gngt1 (ENSLOCG00000010805) #17	zgc:85777 (ENSLOCG00000010811)	bet1 (ENSLOCG00000010821)	col1a2 (ENSLOCG00000010835) #15	casd1 (ENSLOCG00000010891) #14	sgce (ENSLOCG00000010901) #13	PPP1R9A (ENSLOCG00000010917) #11	pon1 (ENSLOCG00000010932) #8	asb4 (ENSLOCG00000010959) #7	pdk4 (ENSLOCG00000010966)	dync1i1 (ENSLOCG00000010982)	SLC25A13 (ENSLOCG00000010992)
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Elephant shark	MODERN SPECIES	1529	ENSCMIG00000004823	ARHGAP32 (ENSCMIG00000004814)	KCNJ5 (ENSCMIG00000004801)	kcnj1a.6 (ENSCMIG00000004788)	fli1 (ENSCMIG00000004779)	ets1 (ENSCMIG00000004760)	KIRREL3 (ENSCMIG00000004743)	ENSCMIG00000004730	st3gal4 (ENSCMIG00000004716)	dcps (ENSCMIG00000004710)	TIRAP (ENSCMIG00000004708)	foxred1 (ENSCMIG00000004701)	srpra (ENSCMIG00000004659)	FAM118B (ENSCMIG00000004633)	ilvbl (ENSCMIG00000004455)	ENSCMIG00000004396 ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	127											ENSGT00990000203527.b	ENSGT00990000203527.a.a.a	ENSGT00940000160467	ENSGT00940000160704.b	ENSGT00390000009936	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00950000183066.a.a.a	ENSGT01020000230438.B.a.a	ENSGT01100000263535.a.b	ENSGT00530000063991.b.a	ENSGT00950000183058.B	ENSGT01020000230346.D	ENSGT00940000164072	ENSGT01020000230438.A	ENSGT00390000010337.A	ENSGT00950000182952.E	ENSGT00950000182904.a.a.b	ENSGT00940000166443	ENSGT00390000003568	ENSGT00950000183007.b	ENSGT00940000163304
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	278												ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000158740	ENSGT00530000063252.a.a	ENSGT00940000164481.b.b	ENSGT00940000165538	ENSGT00390000016213	ENSGT00940000157181
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160519	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000161366	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00950000182894.D	ENSGT00990000203527.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.e	ENSGT00920000150761	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00940000179505	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000159046.C	ENSGT00940000172339
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00940000155256.d.a.b	ENSGT00920000150761	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	152	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.c	ENSGT00940000155256.d.a.b	ENSGT00920000150761	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263535.b.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234968	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00440000034259.b	ENSGT00940000166008	ENSGT00940000158694	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000047559	ENSGT00940000161966	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00950000183204.a.a.a.b	ENSGT00950000183204.a.a.a.a	ENSGT00940000162143	ENSGT00940000161227	ENSGT00940000161091	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000168885	ENSGT00940000159682	ENSGT00950000182903.b.b.p	ENSGT00740000117097	ENSGT00940000161288	ENSGT00940000157434.d	ENSGT00390000002905	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160797	ENSGT00390000012668.h	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D
Denticle herring	DUPLICATION
Atlantic herring	DUPLICATION
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT01030000234518.D	ENSGT00950000183115.b.b	ENSGT00940000161206	ENSGT00940000166733	ENSGT00940000162488.a	ENSGT00950000182802.D	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.c	ENSGT00390000012224	ENSGT00920000150761	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b.bb	ENSGT00940000176137	ENSGT00390000008096.C.a	ENSGT00940000155660.b	ENSGT00940000156439.d	ENSGT00530000063609.b.w
Characiphysae	DUPLICATION
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000162143	ENSGT00940000161227	ENSGT00940000161091	ENSGT00940000159828.a	ENSGT00390000014500	ENSGT00940000163496.a.j	ENSGT00940000163496.b.b.b	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b.c	ENSGT00940000163088.a.a	ENSGT00940000163088.a.b	ENSGT00940000168885.c	ENSGT00940000163088.b	ENSGT00940000156933.d.b.d	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.b ##22	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.a ##22	ENSGT00940000159682	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00990000204705	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00390000007918	ENSGT00390000006320	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156536.e.a.j	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.b	ENSGT00940000155677.b	ENSGT00390000015701	ENSGT00950000182944.A.a.a
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	349														ENSGT00940000156933.d.b.d	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.b ##22	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.a ##22
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	495														ENSGT00940000156933.d.b.d	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.b ##22	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.a ##22
Red-bellied piranha	DUPLICATION
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000183204.a.a.a.a	ENSGT00940000162143	ENSGT00940000161227	ENSGT00940000161091	ENSGT00940000159828.a	ENSGT00390000014500	ENSGT00940000163496.a.j	ENSGT00940000163496.b.b.b	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b.c	ENSGT00940000163088.a.a	ENSGT00940000163088.a.b	ENSGT00940000168885.c	ENSGT00940000163088.b	ENSGT00940000156933.d.b.d	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.b ##22	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.a ##22	ENSGT00940000159682	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT00990000204705	ENSGT00390000018651.a	ENSGT00390000007918	ENSGT00390000006320	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156536.e.a.j	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.b	ENSGT00940000155677.b	ENSGT00390000015701
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	349															ENSGT00940000156933.d.b.d	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.b ##22	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.a ##22
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	495															ENSGT00940000156933.d.b.d	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.b ##22	ENSGT01100000263551.b.b.a.e.a ##22
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	37												ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT01100000263551.b.b.a.f ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT01100000263535.b.a.b.ab.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b.bb	ENSGT00940000161037	ENSGT00940000155168.a.a	ENSGT00940000165358	ENSGT00940000160242.a	ENSGT00940000154337.a.a	ENSGT00530000063528.A.b	ENSGT00390000004145.a	ENSGT00390000008096.C.a	ENSGT00940000155660.b
Channel catfish	DUPLICATION
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	242										ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.d	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT01100000263551.b.b.a.f ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.c	ENSGT01100000263535.b.a.b.ab.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	160										ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.d	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT01100000263551.b.b.a.f ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.c.a	ENSGT01100000263535.b.a.b.ab.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b.bb	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00940000159046.C	ENSGT00940000160803	ENSGT00940000160311.a.a	ENSGT00390000015719.c.c	ENSGT00390000016565.g	ENSGT00940000154868.a.b.b	ENSGT00390000007371.f
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	496																ENSPNAG00000029619 ##22	ENSPNAG00000004661	ENSPNAG00000004663	ENSPNAG00000004668	ENSPNAG00000029646	ENSPNAG00000006890	ENSPNAG00000005070	iglon5 (ENSPNAG00000029662)	ENSPNAG00000029665	ENSPNAG00000029683	etfb (ENSPNAG00000007471)
Mexicana tetra	DUPLICATION
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	25			ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00940000154835.C.eb.b	ENSGT00990000204292	ENSGT00950000182802.D	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.a.b	ENSGT00940000155256.c	ENSGT00390000012224	ENSGT00920000150761	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.h	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.g.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT00940000161037	ENSGT00940000155168.a.a	ENSGT01070000256195	ENSGT00940000160242.a	ENSGT00940000154337.a.a.d
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	201	ENSGT00940000162143.i	ENSGT00940000161227.a	ENSGT00940000159828.a	ENSGT00390000014500	ENSGT00940000163496.a.j.a.b	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000163496.a.j.b.b	ENSGT00940000163496.a.j.b.a.a.b	ENSGT00390000012352.b	ENSGT00940000156933.d.b.b	ENSGT00940000163496.a.j.a.a	ENSGT00940000156933.d.b.a	ENSGT00940000168885.d	ENSGT00940000163088.a.b	ENSGT00940000159682.i	ENSGT01100000263551.b.b.a.g.a ##22	ENSGT00940000159682.j	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000155402.a.b.e.b	ENSGT00990000204705.a	ENSGT00390000018651.a.g	ENSGT00390000007918.b	ENSGT00390000006320.t	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h.f	ENSGT00390000009497.a.e	ENSGT00940000156536.e.a.j.b	ENSGT00940000156648.f.a	ENSGT00390000015655.a.m.b.f	ENSGT00940000159782.b.j	ENSGT00940000155677.b.l
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000155453.cb	ENSGT00440000034259.b.d	ENSGT00940000165087	ENSGT00940000158694	ENSGT00940000154175.a	ENSGT00510000047559.e	ENSGT00940000161966.a	ENSGT01060000248588.a.d.a.h.b.b	ENSGT00940000155492.a.a.a	ENSGT00950000183204.a.a.a.b	ENSGT00390000012352.b.b	ENSGT00940000156933.d.b.a	ENSGT00940000168885.d	ENSGT00940000163088.a.b	ENSGT00940000159682.i	ENSGT01100000263551.b.b.a.g.a ##22	ENSGT00940000159682.j	ENSGT00970000193642	ENSGT00940000155402.a.b.e.a	ENSGT00990000204705.b	ENSGT00940000156466.eb	ENSGT00390000018651.a.h	ENSGT00390000007918.a	ENSGT00390000006320.s	ENSGT00940000155350.h.e	ENSGT00390000009497.a.f	ENSGT00940000156536.e.a.j.a	ENSGT00940000156648.f.b	ENSGT00390000015655.a.m.b.e	ENSGT00940000159782.b.i	ENSGT00940000155677.b.k
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a.g.b ##22
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	84										ENSGT00940000155256.d.a.b.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.h.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.g.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.n	ENSGT00940000155256.d.a.b.a	ENSGT00920000150761	ENSGT01100000263551.b.b.a.h ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.h.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.g.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.m	ENSGT00940000160467.f	ENSGT00940000160467.e	ENSGT00390000013999.f	ENSGT00940000160704.a.a.d	ENSGT00390000009936.m	ENSGT00940000167735.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.d	ENSGT00940000161037	ENSGT00940000155168.a.a.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.c.a.b	ENSGT00940000155168.a.a.b
Goldfish	MODERN SPECIES	3176															ENSCARG00000058718	ENSCARG00000058691 ##22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	254		ENSGT00940000156338.a.b	ENSGT00950000183056.A.a.c	ENSGT00530000067301.b	ENSGT00940000154835.C.eb.b.b.a	ENSGT00940000154835.C.eb.b.b.b.b	ENSGT00940000154835.C.eb.b.b.b.a.a	ENSGT00940000154835.C.eb.b.b.b.a.b	ENSGT00940000154835.C.eb.b.a.a	ENSGT00390000007879.f	ENSGT00940000158568.g	ENSGT00940000155256.d.a.b.a	ENSGT00920000150761	ENSGT00940000160704.a.a.d	ENSGT00390000009936.m	ENSGT01100000263551.b.b.a.h ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.h.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.g.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.m	ENSGT00940000160467.f.b	ENSGT00390000013999.e	ENSGT00940000160704.a.a.c.a.a	ENSGT00390000009936.n	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.c.a.b	ENSGT00940000155168.a.a.b	ENSGT00940000165358	ENSGT00940000160242.a.b	ENSGT00940000154337.a.a.d	ENSGT00530000063528.A.b	ENSGT00390000008096.C.a.a.b
Common carp reference	DUPLICATION
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263535.b.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234968	ENSGT00990000203857
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000204040	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879.g	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1237									SLC9A1 (ENSSPAG00000019277)	fam110d (ENSSPAG00000019264)	ENSSPAG00000019250	dhdds (ENSSPAG00000019216)	ago1 (ENSSPAG00000019154)	AGO3 (ENSSPAG00000019104)	ENSSPAG00000019089	ENSSPAG00000019072 ##22
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879.g	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT01100000263714
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000159312.a	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879.g	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1307															ENSAOCG00000009386	ENSAOCG00000009395 ##22	ENSAOCG00000009405	ENSAOCG00000009413	iglon5 (ENSAOCG00000009423)	ENSAOCG00000002307	USF2 (ENSAOCG00000009479)	etfb (ENSAOCG00000009502)	ENSAOCG00000009515	lim2.5 (ENSAOCG00000009533)	ENSAOCG00000009550	ENSAOCG00000009559	ENSAOCG00000009579	ENSAOCG00000009589	xrcc1 (ENSAOCG00000009614)	drd2l (ENSAOCG00000009641)	ENSAOCG00000000597
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a.c	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.db	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000204040	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a.c	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.db	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.a	ENSGT00990000204040
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a.c	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00860000135013	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.i.b	ENSGT00990000204040.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.i.a	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a.c	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00860000135013	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.db	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.a	ENSGT00990000204040.a	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.i.b
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a.c	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00860000135013	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.db	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.a	ENSGT00990000204040.a	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.i.b
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a.c	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00860000135013	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.eb.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.db	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.j.a	ENSGT00990000204040.a	ENSGT00990000204040.b.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1093	cnr2 (ENSMZEG00005008219)	pnrc2 (ENSMZEG00005008200)	SRSF10 (ENSMZEG00005008188)	fabp10a (ENSMZEG00005008176)	MYOM3 (ENSMZEG00005008159)	ENSMZEG00005008150	MAN1C1 (ENSMZEG00005008120)	SLC9A1 (ENSMZEG00005008094)	fam110d (ENSMZEG00005008088)	ENSMZEG00005008083	ENSMZEG00005008077	ENSMZEG00005008067	dhdds (ENSMZEG00005008044)	ago1 (ENSMZEG00005007996)	AGO3 (ENSMZEG00005007949)	ENSMZEG00005007939 ##22	ENSMZEG00005007930	ENSMZEG00005007926	iglon5 (ENSMZEG00005007916)	ENSMZEG00005007905	USF2 (ENSMZEG00005007874)	etfb (ENSMZEG00005007854)	ENSMZEG00005007849	lim2.5 (ENSMZEG00005007837)	ENSMZEG00005007825	ENSMZEG00005007821	ENSMZEG00005007807	ENSMZEG00005007780	ENSMZEG00005007747	ENSMZEG00005007723	ENSMZEG00005007717
Nile tilapia	DUPLICATION
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000162314	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00940000173371
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000162314	ENSGT00940000175120	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00940000159046.C.g
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.d	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00990000204040	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00390000004140.a
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.d	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT00990000203857.d.b	ENSGT00990000204040	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857.c	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b
Platyfish	DUPLICATION
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.d	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.`b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857.d.b.b	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	69						ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.d	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.`b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.a.b	ENSGT00990000203857.c	ENSGT00990000203857.d.b.a.a	ENSGT00990000204040	ENSGT01100000263571.i.a.a.k.a.a	ENSGT00990000203857.d.b.b
Amazon molly	MODERN SPECIES	310								ENSPFOG00000022130	MAN1C1 (ENSPFOG00000006481)	SLC9A1 (ENSPFOG00000006211)	fam110d (ENSPFOG00000020320)	ENSPFOG00000023309	dhdds (ENSPFOG00000006134)	ago1 (ENSPFOG00000005867)	ENSPFOG00000005538	ENSPFOG00000024011 ##22	ENSPFOG00000005503	iglon5 (ENSPFOG00000005372)	ENSPFOG00000005338	USF2 (ENSPFOG00000005160)	etfb (ENSPFOG00000005104)	ENSPFOG00000005097	lim2.5 (ENSPFOG00000005053)	ENSPFOG00000020319	ENSPFOG00000005038	ENSPFOG00000024260	ENSPFOG00000004996	ENSPFOG00000005020	ENSPFOG00000023487	ENSPFOG00000024530	ENSPFOG00000004957
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.c.d	ENSGT00390000012224	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467.d	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b
Mummichog	DUPLICATION
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00940000159046.C.h
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00950000182802.A	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.c	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000159046.C.h	ENSGT00940000169097
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	7	pnrc2 (ENSORLG00000014784)	fabp10a (ENSORLG00000014794)	MYOM3 (ENSORLG00000014861)	ENSORLG00000027190	MAN1C1 (ENSORLG00000014871)	ENSORLG00000014904	fam110d (ENSORLG00000014917)	ENSORLG00000026460	ENSORLG00000030555	ENSORLG00000022990	dhdds (ENSORLG00000014943)	ago1 (ENSORLG00000014965)	AGO3 (ENSORLG00000015016)	ENSORLG00000029489 ##12	ENSORLG00000026442	ENSORLG00000022666 ##22	ENSORLG00000028442	iglon5 (ENSORLG00000015046)	ENSORLG00000026924	ENSORLG00000015114	etfb (ENSORLG00000015134)	ENSORLG00000022146	ENSORLG00000022225	lim2.5 (ENSORLG00000015140)	ENSORLG00000029166	ENSORLG00000015150	ENSORLG00000029558	ENSORLG00000030176	xrcc1 (ENSORLG00000015186)	drd2l (ENSORLG00000015196)	ethe1 (ENSORLG00000015211)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.c.d	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.e	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.f.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.f.a	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000204040	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	7	MYCBP (ENSOJAG00000008501)	GJA9 (ENSOJAG00000008511)	rhbdl2 (ENSOJAG00000008540)	akirin1 (ENSOJAG00000008552)	cnr2 (ENSOJAG00000008565)	pnrc2 (ENSOJAG00000008605)	fabp10a (ENSOJAG00000008614)	MYOM3 (ENSOJAG00000008657)	ENSOJAG00000008813	MAN1C1 (ENSOJAG00000009025)	SLC9A1 (ENSOJAG00000011143)	fam110d (ENSOJAG00000011426)	ENSOJAG00000011434	dhdds (ENSOJAG00000011441)	ago1 (ENSOJAG00000011585)	ENSOJAG00000013869 ##22	ENSOJAG00000013875	ENSOJAG00000013897	ENSOJAG00000013957	iglon5 (ENSOJAG00000014001)	ENSOJAG00000014120	USF2 (ENSOJAG00000014141)	etfb (ENSOJAG00000014251)	lim2.5 (ENSOJAG00000014293)	ENSOJAG00000014329	ENSOJAG00000014343	ENSOJAG00000014397	ENSOJAG00000014415	ENSOJAG00000014451	ENSOJAG00000014481	ENSOJAG00000014511
Indian medaka	DUPLICATION
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000175120	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00940000159046.C	ENSGT00940000160803
Lumpfish	DUPLICATION
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT00990000204040	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT01100000263714
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	484	akirin1 (ENSLCRG00005014129)	cnr2 (ENSLCRG00005014118)	pnrc2 (ENSLCRG00005014109)	ENSLCRG00005014102	SRSF10 (ENSLCRG00005014090)	fabp10a (ENSLCRG00005014080)	MYOM3 (ENSLCRG00005014062)	ENSLCRG00005014038	ENSLCRG00005012674	SLC9A1 (ENSLCRG00005012056)	fam110d (ENSLCRG00005011945)	ENSLCRG00005011916	dhdds (ENSLCRG00005011906)	cbln17 (ENSLCRG00005011900)	ago1 (ENSLCRG00005010947)	ENSLCRG00005010858 ##22	ENSLCRG00005010851	ENSLCRG00005010847	iglon5 (ENSLCRG00005010835)	ENSLCRG00005010824	USF2 (ENSLCRG00005010794)	etfb (ENSLCRG00005010750)	lim2.5 (ENSLCRG00005010724)	ENSLCRG00005010715	ENSLCRG00005010712	ENSLCRG00005010711	ENSLCRG00005010705	ENSLCRG00005010688	ENSLCRG00005010661	ENSLCRG00005010620	ENSLCRG00005010606
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000162314	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a.j
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000163467.a.b.b.a.a.g.b	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT00390000012224	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000162314	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT00940000172771	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT00940000173371
Greater amberjack	MODERN SPECIES	154	akirin1 (ENSSDUG00000010616)	cnr2 (ENSSDUG00000010638)	pnrc2 (ENSSDUG00000010643)	SRSF10 (ENSSDUG00000010657)	fabp10a (ENSSDUG00000010668)	MYOM3 (ENSSDUG00000010685)	MAN1C1 (ENSSDUG00000010728)	ENSSDUG00000010756	SLC9A1 (ENSSDUG00000010768)	fam110d (ENSSDUG00000010816)	ENSSDUG00000010818	dhdds (ENSSDUG00000010830)	ago1 (ENSSDUG00000010864)	AGO3 (ENSSDUG00000010918)	ENSSDUG00000010946	ENSSDUG00000010960 ##22	ENSSDUG00000010970	ENSSDUG00000010974	iglon5 (ENSSDUG00000010986)	ENSSDUG00000010999	USF2 (ENSSDUG00000011027)	etfb (ENSSDUG00000011067)	ENSSDUG00000011095	lim2.5 (ENSSDUG00000011131)	ENSSDUG00000011143	ENSSDUG00000011154	ENSSDUG00000011200	ENSSDUG00000011219	ENSSDUG00000011222	ENSSDUG00000011241	xrcc1 (ENSSDUG00000011286)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	104	ENSLCAG00010003436	GJA9 (ENSLCAG00010003430)	rhbdl2 (ENSLCAG00010003426)	akirin1 (ENSLCAG00010003420)	cnr2 (ENSLCAG00010003413)	pnrc2 (ENSLCAG00010003408)	SRSF10 (ENSLCAG00010003403)	MYOM3 (ENSLCAG00010003391)	ENSLCAG00010003384	MAN1C1 (ENSLCAG00010003314)	SLC9A1 (ENSLCAG00010003168)	fam110d (ENSLCAG00010003129)	ENSLCAG00010003126	dhdds (ENSLCAG00010003122)	ago1 (ENSLCAG00010002423)	ENSLCAG00010002233 ##22	ENSLCAG00010002230	ENSLCAG00010002228	iglon5 (ENSLCAG00010002226)	ENSLCAG00010002221	USF2 (ENSLCAG00010002215)	etfb (ENSLCAG00010002197)	ENSLCAG00010002182	lim2.5 (ENSLCAG00010002172)	ENSLCAG00010002168	ENSLCAG00010002164	ENSLCAG00010002161	xrcc1 (ENSLCAG00010002155)	drd2l (ENSLCAG00010002151)	ethe1 (ENSLCAG00010002139)	ENSLCAG00010002132
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01090000260070.C.a	ENSGT00940000159442	ENSGT00940000158787	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.c.d	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.d.b	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000159046.C	ENSGT00940000169097	ENSGT01100000263571.i.a.a.l
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00860000135013	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	7	ENSMAMG00000008023	rhbdl2 (ENSMAMG00000026530)	akirin1 (ENSMAMG00000008054)	cnr2 (ENSMAMG00000008073)	pnrc2 (ENSMAMG00000008081)	ENSMAMG00000008111	ENSMAMG00000008128	MYOM3 (ENSMAMG00000008152)	ENSMAMG00000027427	ENSMAMG00000008187	ENSMAMG00000008260	fam110d (ENSMAMG00000008309)	ENSMAMG00000008315	dhdds (ENSMAMG00000008341)	ago1 (ENSMAMG00000024302)	ENSMAMG00000008506 ##22	ENSMAMG00000025514	ENSMAMG00000008524	iglon5 (ENSMAMG00000008537)	ENSMAMG00000008556	ENSMAMG00000008951	etfb (ENSMAMG00000008983)	lim2.5 (ENSMAMG00000009005)	ENSMAMG00000024572	ENSMAMG00000009030	ENSMAMG00000026105	ENSMAMG00000009049	ENSMAMG00000009058	xrcc1 (ENSMAMG00000009066)	ENSMAMG00000009077	ethe1 (ENSMAMG00000009123)
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00970000193644	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.d.b.a	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999.c	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT00860000135013	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT01100000263571.i.a.a.k	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a	ENSGT00940000155539.a.b	ENSGT00940000155418.b
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	7	akirin1 (ENSBSLG00000021034)	cnr2 (ENSBSLG00000021011)	pnrc2 (ENSBSLG00000020985)	SRSF10 (ENSBSLG00000020961)	MYOM3 (ENSBSLG00000020001)	ENSBSLG00000019981	ENSBSLG00000019975	MAN1C1 (ENSBSLG00000018945)	SLC9A1 (ENSBSLG00000018251)	fam110d (ENSBSLG00000018162)	ENSBSLG00000018066	ENSBSLG00000018057	dhdds (ENSBSLG00000018037)	ago1 (ENSBSLG00000014947)	ENSBSLG00000013451	ENSBSLG00000013178 ##22	ENSBSLG00000013127	ENSBSLG00000013112	iglon5 (ENSBSLG00000013090)	ENSBSLG00000012071	USF2 (ENSBSLG00000012002)	etfb (ENSBSLG00000021774)	ENSBSLG00000021756	lim2.5 (ENSBSLG00000021737)	ENSBSLG00000021722	ENSBSLG00000021700	ENSBSLG00000021631	ENSBSLG00000021621	xrcc1 (ENSBSLG00000021492)	ENSBSLG00000021464	ENSBSLG00000021454
Climbing perch	MODERN SPECIES	7	rhbdl2 (ENSATEG00000009166)	akirin1 (ENSATEG00000009163)	cnr2 (ENSATEG00000030122)	pnrc2 (ENSATEG00000009149)	ENSATEG00000026230	SRSF10 (ENSATEG00000009138)	fabp10a (ENSATEG00000008953)	MYOM3 (ENSATEG00000008871)	ENSATEG00000008856	ENSATEG00000008787	ENSATEG00000008646	fam110d (ENSATEG00000008638)	ENSATEG00000008629	dhdds (ENSATEG00000008591)	ago1 (ENSATEG00000008458)	ENSATEG00000008430 ##22	ENSATEG00000008424	ENSATEG00000008407	iglon5 (ENSATEG00000008365)	ENSATEG00000008325	ENSATEG00000008303	etfb (ENSATEG00000008276)	ENSATEG00000025646	lim2.5 (ENSATEG00000026826)	ENSATEG00000008237	ENSATEG00000008212	ENSATEG00000008183	ENSATEG00000008179	ENSATEG00000008169	ENSATEG00000008230	ENSATEG00000029149
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450.uc	ENSGT00940000160519.a.a	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256.c	ENSGT00950000182894.D.e	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467	ENSGT00390000013999	ENSGT00940000160704.a.a	ENSGT00390000009936.l	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e	ENSGT00990000203527.a.a.b	ENSGT00940000172771	ENSGT00990000203857	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	85	ENSGT00390000017974.nb.c	ENSGT01090000260070.C.a.d	ENSGT00940000159442.c	ENSGT00940000158787.g.a	ENSGT01060000248564.a.b.f	ENSGT00530000063881.a.b.s	ENSGT00940000154450.uc.d	ENSGT00940000164147.a.d	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221.a	ENSGT00940000159312.c.b	ENSGT00940000156338.a.e	ENSGT00950000183056.A.a.e	ENSGT00390000007879.i.b	ENSGT00940000158568.r	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.l	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.a.b	ENSGT00390000013999.a.a.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT01090000260070.C.a.d	ENSGT00940000159442.c.b	ENSGT00940000158787.g.a	ENSGT01060000248564.a.b.f	ENSGT00530000063881.a.b.s	ENSGT00940000154450.uc.d	ENSGT00940000164147.a.d	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221.a	ENSGT00940000159312.c.b	ENSGT00940000156338.a.e	ENSGT00950000183056.A.a.e	ENSGT00530000067301.d	ENSGT00390000007879.i.b	ENSGT00940000158568.r	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.l	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.a.b	ENSGT00390000013999.a.a.a	ENSGT00940000160704.a.a.f.b	ENSGT00390000009936.l.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.a	ENSGT00940000172771
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000159442.c.a	ENSGT00940000158787.g.b	ENSGT01060000248564.a.b.e	ENSGT00530000063881.a.b.t	ENSGT00940000154450.uc.c	ENSGT00940000164147.a.c	ENSGT00940000174221.b	ENSGT00940000159312.c.a	ENSGT00940000174221.a	ENSGT00940000159312.c.b	ENSGT00940000156338.a.f	ENSGT00950000183056.A.a.f	ENSGT00530000067301.c	ENSGT00390000007879.i.a	ENSGT00940000158568.r	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.l	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.a.b	ENSGT00390000013999.a.a.a	ENSGT00940000160704.a.a.f.b	ENSGT00390000009936.l.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.a	ENSGT00940000172771.a	ENSGT00940000155256.c.a	ENSGT00950000182894.D.e.b	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.b ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.i	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.k
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00390000017974.nb.d	ENSGT01090000260070.C.a.c	ENSGT00940000159442.d	ENSGT00940000158787.g.b	ENSGT01060000248564.a.b.e	ENSGT00530000063881.a.b.t	ENSGT00940000154450.uc.c	ENSGT00940000164147.a.c	ENSGT00940000174221.b	ENSGT00940000159312.c.b.d	ENSGT00940000156338.a.f	ENSGT00950000183056.A.a.f	ENSGT00530000067301.c	ENSGT00390000007879.i.a	ENSGT00940000158568.r	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.l	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.a.b	ENSGT00390000013999.a.a.a	ENSGT00940000160704.a.a.f.b	ENSGT00390000009936.l.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.a	ENSGT00940000172771.a	ENSGT00390000004140.a.h	ENSGT00940000155539.a.b.b.b	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00940000159046.C.e
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000158787.g.a	ENSGT01060000248564.a.b.f	ENSGT00530000063881.a.b.s	ENSGT00940000154450.uc.d	ENSGT00940000164147.a.d	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000174221.a	ENSGT00940000159312.c.b	ENSGT00940000156338.a.e	ENSGT00950000183056.A.a.e	ENSGT00530000067301.c	ENSGT00390000007879.i.b	ENSGT00940000158568.q.a	ENSGT00940000155256.c.b	ENSGT00950000182894.D.e.a.b	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.l	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.a.b	ENSGT00390000013999.a.a.a	ENSGT00940000160704.a.a.f.b	ENSGT00390000009936.l.a	ENSGT01100000263535.b.a.b	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.a	ENSGT00940000172771	ENSGT00390000004140.a.h	ENSGT00940000155539.a.b.b.b	ENSGT00940000155418.b	ENSGT00940000159046.C.e
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	154							ENSGT00940000174221.b	ENSGT00940000159312.c.a	ENSGT00940000156338.a.f	ENSGT00950000183056.A.a.f	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879.i.a	ENSGT00940000158568.q.b	ENSGT00940000155256.c.a	ENSGT00950000182894.D.e.a.a	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.b ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.i	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.k	ENSGT00940000160467.a.a	ENSGT00390000013999.a.b	ENSGT00940000160704.a.a.f	ENSGT00390000009936.l.b	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.ib	ENSGT01100000263571.i.a.a.n	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371	ENSGT00390000004140.a.g	ENSGT00940000159046.C.f
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000159442.d	ENSGT00940000158787.g.b	ENSGT01060000248564.a.b.e	ENSGT00530000063881.a.b.t	ENSGT00940000154450.uc.c	ENSGT00940000164147.a.c	ENSGT00940000174221.b	ENSGT00940000159312.c.a	ENSGT00940000156338.a.f	ENSGT00950000183056.A.a.f	ENSGT00530000067301.c	ENSGT00390000007879.i.a	ENSGT00940000158568.q.b	ENSGT00940000155256.c.a	ENSGT00950000182894.D.e.a.a	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.b ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.i	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.k	ENSGT00940000160467.a.a	ENSGT00390000013999.a.a.b	ENSGT00390000013999.a.b	ENSGT00940000160704.a.a.f.a	ENSGT00940000160704.a.a.e	ENSGT00390000009936.l.b	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.ib	ENSGT01100000263571.i.a.a.n	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158787.g.b	ENSGT01060000248564.a.b.e	ENSGT00530000063881.a.b.t	ENSGT00940000154450.uc.c	ENSGT00940000164147.a.c	ENSGT00940000174221.b	ENSGT00940000159312.c.a	ENSGT00940000156338.a.f	ENSGT00950000183056.A.a.f	ENSGT00530000067301.d	ENSGT00990000214076	ENSGT00390000007879.i.a	ENSGT00940000158568.q.b	ENSGT00940000155256.c.a	ENSGT00950000182894.D.e.a.a	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.b ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.i	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.k	ENSGT00940000160467.a.a	ENSGT00390000013999.a.a.b	ENSGT00390000013999.a.b	ENSGT00940000160704.a.a.f.a	ENSGT00940000160704.a.a.e	ENSGT00390000009936.l.b	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.ib	ENSGT01100000263571.i.a.a.n	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00390000004140.a.g	ENSGT00940000159046.C.f
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00390000007879.i.a	ENSGT00940000158568.r	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.j	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.l	ENSGT00940000177020	ENSGT00940000160467.a.b	ENSGT00390000013999.a.a.a	ENSGT00940000160704.a.a.f.b	ENSGT00390000009936.l.a	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.a	ENSGT00940000172771.a	ENSGT00940000155256.c.a	ENSGT00950000182894.D.e.b	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.b ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.i	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.k	ENSGT00940000160467.a.a	ENSGT00390000013999.a.a.b	ENSGT00390000013999.a.b	ENSGT00940000160704.a.a.f.a	ENSGT00390000013999.b	ENSGT00940000160704.a.a.e	ENSGT00390000009936.l.b	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.ib	ENSGT01100000263571.i.a.a.n	ENSGT01100000263573.a.a.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	11	akirin1 (ENSOMYG00000036028)	cnr2 (ENSOMYG00000036009)	pnrc2 (ENSOMYG00000036006)	SRSF10 (ENSOMYG00000036002)	ENSOMYG00000035997	ENSOMYG00000035968	ENSOMYG00000035948	ENSOMYG00000071280	ENSOMYG00000035936	fam110d (ENSOMYG00000035924)	ENSOMYG00000056526	dhdds (ENSOMYG00000035914)	ENSOMYG00000065643	ago1 (ENSOMYG00000031185)	ENSOMYG00000030558	ENSOMYG00000030526 ##22	ENSOMYG00000030500	ENSOMYG00000030493	ENSOMYG00000077016	iglon5 (ENSOMYG00000030476)	ENSOMYG00000048117	ENSOMYG00000074079	ENSOMYG00000030455	ENSOMYG00000030443	ENSOMYG00000030424	etfb (ENSOMYG00000030373)	ENSOMYG00000030341	lim2.5 (ENSOMYG00000030329)	ENSOMYG00000030315	ENSOMYG00000076068	ENSOMYG00000030302
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	26														ENSGT00940000155256.c.a	ENSGT00950000182894.D.e.b	ENSGT01100000263551.b.b.a.w.b ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.e.a.i	ENSGT00990000203527.a.a.a.f.k	ENSGT00940000160467.a.a	ENSGT00390000013999.a.a.b	ENSGT00390000013999.a.b	ENSGT00940000160704.a.a.f.a	ENSGT00940000160704.a.a.e	ENSGT00390000009936.l.b	ENSGT00940000167735	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.a.a.d.a.e.a	ENSGT00990000203527.a.a.b.hb.b	ENSGT00990000203527.a.a.b.ib	ENSGT01100000263571.i.a.a.n	ENSGT01100000263573.a.a.a	ENSGT00940000173371.b
Huchen	MODERN SPECIES	299									ENSHHUG00000015585	SLC9A1 (ENSHHUG00000015295)	fam110d (ENSHHUG00000015265)	ENSHHUG00000015255	dhdds (ENSHHUG00000015239)	ago1 (ENSHHUG00000015104)	ENSHHUG00000014485	ENSHHUG00000014423 ##22	ENSHHUG00000014406	ENSHHUG00000014403	iglon5 (ENSHHUG00000014259)	ENSHHUG00000014240	USF2 (ENSHHUG00000014210)	etfb (ENSHHUG00000014085)	ENSHHUG00000014072	lim2.5 (ENSHHUG00000014066)	ENSHHUG00000014051	ENSHHUG00000014048	ENSHHUG00000014017	ENSHHUG00000014003	xrcc1 (ENSHHUG00000013992)	drd2l (ENSHHUG00000013958)	ethe1 (ENSHHUG00000013947)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	1892																ENSGT01100000263551.b.b.a.x ##22	ENSGT00940000163088
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	788																ENSGT01100000263551.b.b.a.x ##22	ENSGT00940000163088
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	659																ENSGT01100000263551.b.b.a.x ##22	ENSGT00940000163088
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	793																ENSGT01100000263551.b.b.a.x ##22	ENSGT00940000163088
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	101	ENSGT01060000248564.a.b	ENSGT00530000063881.a.b	ENSGT00940000154450	ENSGT00940000160519	ENSGT00940000164147.a	ENSGT00940000158669	ENSGT00940000161366	ENSGT00940000159312	ENSGT00940000156338.a	ENSGT00950000183056.A.a	ENSGT00530000067301	ENSGT00390000007879	ENSGT00940000158568	ENSGT00940000155256	ENSGT00920000150761	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00990000203527.a.a.a.f	ENSGT00940000160467	ENSGT00940000179505	ENSGT00940000160704.a.a.b	ENSGT00390000009936
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	135	fabp10a (ENSPKIG00000000593)	ENSPKIG00000000580	MYOM3 (ENSPKIG00000000489)	ENSPKIG00000000450	MAN1C1 (ENSPKIG00000000394)	SLC9A1 (ENSPKIG00000000323)	fam110d (ENSPKIG00000000300)	ENSPKIG00000000292	ENSPKIG00000000274	dhdds (ENSPKIG00000000236)	ENSPKIG00000000188	ENSPKIG00000000164	ENSPKIG00000000154	AGO3 (ENSPKIG00000000146)	ENSPKIG00000000132	ENSPKIG00000000113 ##22	ENSPKIG00000000104	ENSPKIG00000000095	iglon5 (ENSPKIG00000000081)	ENSPKIG00000000073	USF2 (ENSPKIG00000000057)	etfb (ENSPKIG00000000040)	ENSPKIG00000000033	ENSPKIG00000000025	rrp15 (ENSPKIG00000000018)	wdr26b (ENSPKIG00000000004)	CNIH4 (ENSPKIG00000025684)	vegfaa (ENSPKIG00000025613)	kpna5 (ENSPKIG00000025689)	zufsp (ENSPKIG00000025593)	ENSPKIG00000025625
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Theria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Sauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	62			ENSGT01100000263535.a.b	ENSGT00530000063991.b	ENSGT00950000183058.B	ENSGT00940000160272	ENSGT00390000013276	ENSGT00940000160297	ENSGT01100000263571	ENSGT00990000203527.b	ENSGT00990000203527.a.a.a.a	ENSGT00990000203527.a.b	ENSGT00950000185724	ENSGT01050000244814.a.a.b.b.a.a	ENSGT00390000009936	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00950000183066.a.a.a	ENSGT01020000230438.B.a.b	ENSGT01020000230438.B.b.b.a.j	ENSGT00940000167735	ENSGT00940000160467	ENSGT01080000257333.D.b.b	ENSGT01080000257333.F
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Aves	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000006114	ENSGT00550000074936	ENSGT00390000010215.B	ENSGT00510000048428	ENSGT00390000003924	ENSGT00940000158893	ENSGT00940000157126	ENSGT01040000244620	ENSGT00940000159519	ENSGT00940000158261	ENSGT00990000203615.b.b
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265.a	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT01080000259788	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000006114	ENSGT00550000074936	ENSGT00390000010215.B	ENSGT00510000048428	ENSGT00390000003924	ENSGT00940000158893	ENSGT00940000157126	ENSGT01040000244620	ENSGT00940000159519	ENSGT00940000158261	ENSGT00990000203615.b.b
Japanese quail	MODERN SPECIES	16	PKNOX2 (ENSCJPG00005005396)	ENSCJPG00005005411	SLC37A2 (ENSCJPG00005005418)	ENSCJPG00005005429	HEPACAM (ENSCJPG00005005431) ##22	ENSCJPG00005005446	ENSCJPG00005005447	MSANTD2 (ENSCJPG00005005523)	ESAM (ENSCJPG00005005527)	NRGN (ENSCJPG00005005533)	ENSCJPG00005005536	PANX3 (ENSCJPG00005005541)	RPUSD4 (ENSCJPG00005005543)	PUS3 (ENSCJPG00005005547)	HYLS1 (ENSCJPG00005005550)	ENSCJPG00005005551 ##22	CDON (ENSCJPG00005005577)	CHEK1 (ENSCJPG00005005689)	STT3A (ENSCJPG00005005693)	EI24 (ENSCJPG00005005702)	SRPRA (ENSCJPG00005005708)	FAM118B (ENSCJPG00005005710)	DCPS (ENSCJPG00005005716)	TIRAP (ENSCJPG00005005718)	ST3GAL4 (ENSCJPG00005005720)	KIRREL3 (ENSCJPG00005005735)	ETS1 (ENSCJPG00005006092)	FLI1 (ENSCJPG00005006095)	KCNJ1 (ENSCJPG00005006098)	KCNJ5 (ENSCJPG00005006100)	ENSCJPG00005006102
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265.a	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT01080000259788	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000006114	ENSGT00550000074936	ENSGT00390000010215.B	ENSGT00510000048428	ENSGT00390000003924	ENSGT00940000158893	ENSGT00940000157126	ENSGT01040000244620	ENSGT00940000159519	ENSGT00940000158261	ENSGT00990000203615.b.b
Chicken	MODERN SPECIES	16	SIK2 (ENSGALG00010024415)	FEZ1 (ENSGALG00010024431)	PKNOX2 (ENSGALG00010024440)	ENSGALG00010024511	HEPACAM (ENSGALG00010024521) ##22	ENSGALG00010024535	ROBO3 (ENSGALG00010024561)	MSANTD2 (ENSGALG00010024620)	ENSGALG00010024629	NRGN (ENSGALG00010024633)	ENSGALG00010024635	PANX3 (ENSGALG00010024636)	RPUSD4 (ENSGALG00010024647)	PUS3 (ENSGALG00010024652)	HYLS1 (ENSGALG00010024656)	ENSGALG00010024661 ##22	CDON (ENSGALG00010023809)	CHEK1 (ENSGALG00010023828)	STT3A (ENSGALG00010023837)	EI24 (ENSGALG00010023879)	FOXRED1 (ENSGALG00010023909)	SRPRA (ENSGALG00010023930)	FAM118B (ENSGALG00010023979)	TIRAP (ENSGALG00010024026)	DCPS (ENSGALG00010024042)	ST3GAL4 (ENSGALG00010024062)	KIRREL3 (ENSGALG00010024078)	ENSGALG00010024084	ETS1 (ENSGALG00010023311)	FLI1 (ENSGALG00010023337)	KCNJ1 (ENSGALG00010023426)
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.a ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.b	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.D	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT01100000263551.b.a ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a	ENSGT00940000155787	ENSGT00940000157301.b	ENSGT00390000000303	ENSGT00940000157141
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000002414	ENSGT00940000165703	ENSGT00940000164773	ENSGT00730000111220	ENSGT00940000161362	ENSGT00940000160128	ENSGT00940000167491	ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153168.A	ENSGT00940000160157	ENSGT00940000155516	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000158517	ENSGT00940000163454	ENSGT01100000263551.b.a ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000166267	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a	ENSGT00940000155787	ENSGT00940000157301.b	ENSGT00390000000303
Reedfish	MODERN SPECIES	12	naa50 (ENSECRG00000004558)	USF3 (ENSECRG00000004513)	boc (ENSECRG00000004478)	CFAP44 (ENSECRG00000004430)	ENSECRG00000004383	CASR (ENSECRG00000004153)	CSTA (ENSECRG00000004118)	mix23 (ENSECRG00000004108)	ENSECRG00000003977	fam162a (ENSECRG00000003946)	KPNA1 (ENSECRG00000003929)	taf13 (ENSECRG00000003920)	ENSECRG00000003910	ENSECRG00000003900	ENSECRG00000003893	VSTM5 (ENSECRG00000003888) ##22	med17 (ENSECRG00000003873)	ENSECRG00000003849	SMCO4 (ENSECRG00000003841)	DEUP1 (ENSECRG00000003831)	SLC36A4 (ENSECRG00000003814)	mtnr1bb (ENSECRG00000003806)	fat3a (ENSECRG00000003731)	chordc1a (ENSECRG00000003691)	naalad2 (ENSECRG00000003672)	NOX4 (ENSECRG00000003650)	tyr (ENSECRG00000003645)	grm5b (ENSECRG00000003638)	ctsc (ENSECRG00000003633)	RAB38 (ENSECRG00000003627)	polr3k (ENSECRG00000003622)
Sarcopterygii	DUPLICATION
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.a.a.a ##22
Coelacanth	DUPLICATION
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.a.a.b ##22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.a.a.b ##22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.a.a.b ##22
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.b.a.a.b ##22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.b	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.b	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.D	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b	ENSGT00940000167196	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a	ENSGT00940000155787	ENSGT00940000157301.b	ENSGT00390000000303
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183201.a	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.D	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000153972.A	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a	ENSGT00940000155787	ENSGT00940000157301.b	ENSGT00390000000303
Amniota	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000167196	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994.c	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994.c	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000161773	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994.c	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000161773	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00390000015701	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000161773	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b.i	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00390000015701	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000161773	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.g	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b.i	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00390000015701	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000161773	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.g	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b.i	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	33	FAM76B (ENSPTXG00000004789)	SESN3 (ENSPTXG00000004788)	ENDOD1 (ENSPTXG00000004786)	CWC15 (ENSPTXG00000004785)	AMOTL1 (ENSPTXG00000004778)	PIWIL4 (ENSPTXG00000004775)	FUT4 (ENSPTXG00000004772)	C11orf97 (ENSPTXG00000004770)	ANKRD49 (ENSPTXG00000004769)	MRE11 (ENSPTXG00000004736)	ENSPTXG00000004732	ENSPTXG00000004730	HEPHL1 (ENSPTXG00000004241)	ENSPTXG00000004224	ENSPTXG00000004222	VSTM5 (ENSPTXG00000004220) ##22	MED17 (ENSPTXG00000004217)	C11orf54 (ENSPTXG00000004213)	ENSPTXG00000004210	ENSPTXG00000004196	CMTR2 (ENSPTXG00000004193)	SMCO4 (ENSPTXG00000004192)	DEUP1 (ENSPTXG00000004188)	SLC36A4 (ENSPTXG00000004183)	MTNR1B (ENSPTXG00000004180)	FAT3 (ENSPTXG00000004176)	CHORDC1 (ENSPTXG00000004173)	NAALAD2 (ENSPTXG00000003043)	FOLH1 (ENSPTXG00000002913)	NOX4 (ENSPTXG00000002912)	TYR (ENSPTXG00000002601)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994.c	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000161773	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT00940000166029.c	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT00940000166029.c	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT00940000166029.c	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000153190.B.a.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	41	ENDOD1 (ENSTMTG00000020781)	CWC15 (ENSTMTG00000020776)	AMOTL1 (ENSTMTG00000020714)	PIWIL4 (ENSTMTG00000020697)	FUT4 (ENSTMTG00000020687)	C11orf97 (ENSTMTG00000020677)	ANKRD49 (ENSTMTG00000020673)	ENSTMTG00000020664	ENSTMTG00000020654	GPR83 (ENSTMTG00000020649)	ENSTMTG00000020644	HEPHL1 (ENSTMTG00000020465)	ENSTMTG00000020430	ENSTMTG00000020417	ENSTMTG00000020405	VSTM5 (ENSTMTG00000020399) ##22	MED17 (ENSTMTG00000020392)	C11orf54 (ENSTMTG00000020387)	ENSTMTG00000020383	ENSTMTG00000020319	ENSTMTG00000020305	ENSTMTG00000020296	ENSTMTG00000020287	MTNR1B (ENSTMTG00000020281)	FAT3 (ENSTMTG00000020266)	CHORDC1 (ENSTMTG00000020258)	NAALAD2 (ENSTMTG00000018096)	FOLH1 (ENSTMTG00000017450)	ENSTMTG00000017415	NOX4 (ENSTMTG00000017371)	TYR (ENSTMTG00000017343)
painted turtle	MODERN SPECIES	897	CWC15 (ENSCPBG00000024037)	AMOTL1 (ENSCPBG00000024034)	PIWIL4 (ENSCPBG00000024031)	ENSCPBG00000024029	FUT4 (ENSCPBG00000024027)	C11orf97 (ENSCPBG00000024025)	ANKRD49 (ENSCPBG00000024024)	MRE11 (ENSCPBG00000024022)	GPR83 (ENSCPBG00000024017)	PANX1 (ENSCPBG00000024014)	HEPHL1 (ENSCPBG00000024008)	ENSCPBG00000024002	ENSCPBG00000023999	ENSCPBG00000023995	ENSCPBG00000023990	VSTM5 (ENSCPBG00000023989) ##22	MED17 (ENSCPBG00000023986)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT00940000166029.c	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.e	ENSGT00940000154981.f	ENSGT00940000154174.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000169935	ENSGT00950000185226
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Aves	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Kakapo	MODERN SPECIES	11	CEP57 (ENSSHBG00005003137)	FAM76B (ENSSHBG00005003148)	SESN3 (ENSSHBG00005003167)	ENDOD1 (ENSSHBG00005003178)	CWC15 (ENSSHBG00005003187)	ENSSHBG00005003237	FUT4 (ENSSHBG00005003309)	C11orf97 (ENSSHBG00005003322)	ANKRD49 (ENSSHBG00005003336)	MRE11 (ENSSHBG00005003350)	GPR83 (ENSSHBG00005003385)	PANX1 (ENSSHBG00005003411)	HEPHL1 (ENSSHBG00005003506)	ENSSHBG00005003748	ENSSHBG00005003769	VSTM5 (ENSSHBG00005003780) ##22	MED17 (ENSSHBG00005003790)	TAF1D (ENSSHBG00005003808)	ENSSHBG00005003864	ENSSHBG00005003916	ENSSHBG00005003927	SLC36A4 (ENSSHBG00005003986)	MTNR1B (ENSSHBG00005004082)	FAT3 (ENSSHBG00005004336)	CHORDC1 (ENSSHBG00005005198)	ENSSHBG00005005219	ENSSHBG00005005233	FOLH1 (ENSSHBG00005005442)	ENSSHBG00005006050	NOX4 (ENSSHBG00005006075)	TYR (ENSSHBG00005006130)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000163982.sd.b	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000163982.sd.b	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Flycatcher	MODERN SPECIES		CEP57 (ENSFALG00000000337)	FAM76B (ENSFALG00000000336)	SESN3 (ENSFALG00000000333)	ENDOD1 (ENSFALG00000000330)	CWC15 (ENSFALG00000027709)	AMOTL1 (ENSFALG00000000320)	FUT4 (ENSFALG00000014231)	ENSFALG00000020356	ANKRD49 (ENSFALG00000027188)	MRE11 (ENSFALG00000000315)	GPR83 (ENSFALG00000000313)	PANX1 (ENSFALG00000000311)	HEPHL1 (ENSFALG00000000307)	ENSFALG00000025897	ENSFALG00000000300	VSTM5 (ENSFALG00000028517) ##22	MED17 (ENSFALG00000000295)	C11orf54 (ENSFALG00000000294)	TAF1D (ENSFALG00000000293)	ENSFALG00000000292	SMCO4 (ENSFALG00000014226)	DEUP1 (ENSFALG00000000285)	SLC36A4 (ENSFALG00000000281)	ENSFALG00000026085	ENSFALG00000000280	MTNR1B (ENSFALG00000000278)	FAT3 (ENSFALG00000000272)	CHORDC1 (ENSFALG00000007903)	NAALAD2 (ENSFALG00000007895)	ENSFALG00000007887	NOX4 (ENSFALG00000023852)
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000163982.sd.b	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000163982.sd.b	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336
Common canary	MODERN SPECIES	4	CEP57 (ENSSCAG00000003826)	FAM76B (ENSSCAG00000003820)	SESN3 (ENSSCAG00000003813)	ENDOD1 (ENSSCAG00000003802)	CWC15 (ENSSCAG00000003798)	AMOTL1 (ENSSCAG00000003677)	FUT4 (ENSSCAG00000003662)	ENSSCAG00000003659	ANKRD49 (ENSSCAG00000003657)	MRE11 (ENSSCAG00000003648)	GPR83 (ENSSCAG00000003647)	PANX1 (ENSSCAG00000003636)	HEPHL1 (ENSSCAG00000003621)	ENSSCAG00000003613	ENSSCAG00000003611	VSTM5 (ENSSCAG00000003607) ##22	MED17 (ENSSCAG00000003601)	C11orf54 (ENSSCAG00000003598)	TAF1D (ENSSCAG00000003597)	ENSSCAG00000003573	SMCO4 (ENSSCAG00000003568)	DEUP1 (ENSSCAG00000003544)	SLC36A4 (ENSSCAG00000003536)	MTNR1B (ENSSCAG00000003497)	FAT3 (ENSSCAG00000003312)	CHORDC1 (ENSSCAG00000003291)	NAALAD2 (ENSSCAG00000003286)	FOLH1 (ENSSCAG00000003270)	NOX4 (ENSSCAG00000003176)	TYR (ENSSCAG00000003149)	GRM5 (ENSSCAG00000003123)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	5	SESN3 (ENSGFOG00000003762)	ENDOD1 (ENSGFOG00000003780)	CWC15 (ENSGFOG00000003791)	AMOTL1 (ENSGFOG00000003833)	ENSGFOG00000004274	C11orf97 (ENSGFOG00000004289)	ANKRD49 (ENSGFOG00000004301)	MRE11 (ENSGFOG00000004308)	GPR83 (ENSGFOG00000004321)	PANX1 (ENSGFOG00000004334)	ENSGFOG00000004352	ENSGFOG00000004362	ENSGFOG00000004413	ENSGFOG00000004426	ENSGFOG00000004454	VSTM5 (ENSGFOG00000004486) ##22	MED17 (ENSGFOG00000004494)	C11orf54 (ENSGFOG00000004512)	TAF1D (ENSGFOG00000004531)	ENSGFOG00000004589	SMCO4 (ENSGFOG00000004649)	SLC36A4 (ENSGFOG00000004662)	MTNR1B (ENSGFOG00000004699)	FAT3 (ENSGFOG00000004779)	CHORDC1 (ENSGFOG00000005089)	NAALAD2 (ENSGFOG00000005109)	NOX4 (ENSGFOG00000005163)	TYR (ENSGFOG00000005224)	GRM5 (ENSGFOG00000005240)	CTSC (ENSGFOG00000005273)	RAB38 (ENSGFOG00000005283)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	69	FAM76B (ENSABRG00000022812)	SESN3 (ENSABRG00000022806)	ENDOD1 (ENSABRG00000022805)	CWC15 (ENSABRG00000022800)	AMOTL1 (ENSABRG00000022773)	FUT4 (ENSABRG00000022765)	C11orf97 (ENSABRG00000022763)	ANKRD49 (ENSABRG00000022759)	MRE11 (ENSABRG00000022756)	GPR83 (ENSABRG00000022752)	PANX1 (ENSABRG00000022749)	ENSABRG00000022746	ENSABRG00000022745	ENSABRG00000022743	ENSABRG00000022742	VSTM5 (ENSABRG00000022741) ##22	MED17 (ENSABRG00000022726)	C11orf54 (ENSABRG00000022718)	TAF1D (ENSABRG00000022716)	ENSABRG00000022699	SMCO4 (ENSABRG00000022697)	DEUP1 (ENSABRG00000022695)	SLC36A4 (ENSABRG00000022693)	MTNR1B (ENSABRG00000022688)	FAT3 (ENSABRG00000022682)	CHORDC1 (ENSABRG00000022674)	ENSABRG00000022673	ENSABRG00000022672	FOLH1 (ENSABRG00000022670)	NOX4 (ENSABRG00000022666)	TYR (ENSABRG00000022662)
Duck	MODERN SPECIES		MTMR2 (ENSAPLG00000004052)	CEP57 (ENSAPLG00000003812)	FAM76B (ENSAPLG00000003717)	SESN3 (ENSAPLG00000003440)	ENDOD1 (ENSAPLG00000025860)	CWC15 (ENSAPLG00000003221)	AMOTL1 (ENSAPLG00000002742)	FUT4 (ENSAPLG00000019961)	C11orf97 (ENSAPLG00000019178)	MRE11 (ENSAPLG00000021936)	PANX1 (ENSAPLG00000016177)	ENSAPLG00000027891	HEPHL1 (ENSAPLG00000015713)	ENSAPLG00000015524	ENSAPLG00000015429	VSTM5 (ENSAPLG00000015398) ##22	MED17 (ENSAPLG00000015087)	C11orf54 (ENSAPLG00000014882)	ENSAPLG00000024522	ENSAPLG00000014794	DEUP1 (ENSAPLG00000014531)	SLC36A4 (ENSAPLG00000014091)	MTNR1B (ENSAPLG00000014060)	FAT3 (ENSAPLG00000013451)	CHORDC1 (ENSAPLG00000000579)	NAALAD2 (ENSAPLG00000012368)	FOLH1 (ENSAPLG00000012440)	NOX4 (ENSAPLG00000012543)	TYR (ENSAPLG00000012676)	GRM5 (ENSAPLG00000009575)	ENSAPLG00000031170
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994.b	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.a	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B.`b	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994.b	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00940000166029.d	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.a	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Chicken	MODERN SPECIES		FAM76B (ENSGALG00010008339)	SESN3 (ENSGALG00010008386)	ENDOD1 (ENSGALG00010008395)	CWC15 (ENSGALG00010008409)	AMOTL1 (ENSGALG00010008453)	FUT4 (ENSGALG00010009149)	C11orf97 (ENSGALG00010008466)	ANKRD49 (ENSGALG00010008492)	MRE11 (ENSGALG00010008516)	GPR83 (ENSGALG00010008529)	PANX1 (ENSGALG00010008580)	ENSGALG00010009160	HEPHL1 (ENSGALG00010008641)	TM4SF1a (ENSGALG00010008664)	ENSGALG00010008694	VSTM5 (ENSGALG00010008739) ##22	MED17 (ENSGALG00010008775)	C11orf54 (ENSGALG00010008793)	ENSGALG00010008821	ENSGALG00010008837	SMCO4 (ENSGALG00010008974)	DEUP1 (ENSGALG00010009012)	SLC36A4 (ENSGALG00010009039)	MTNR1B (ENSGALG00010009056)	FAT3 (ENSGALG00010007920)	CHORDC1 (ENSGALG00010007375)	NAALAD2 (ENSGALG00010007392)	FOLH1 (ENSGALG00010007404)	NOX4 (ENSGALG00010007357)	TYR (ENSGALG00010007864)	ENSGALG00010007873
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161449	ENSGT00940000160895	ENSGT00390000001015	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT01100000263557.B	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT00390000009776	ENSGT00940000161675	ENSGT00940000164076.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000167196	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621
Theria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000167196	ENSGT00950000185226	ENSGT00940000159621
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.A	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000163778
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.B
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.B
Felidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.t	ENSGT00940000162152.s	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.B
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.s	ENSGT00390000012084.y.b	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.B
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.s.a	ENSGT00390000012084.y.a.a	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.B
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823.b	ENSGT00910000147289	ENSGT00520000058823.a	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823.b	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061.i.a	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a.h	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00950000183152.A.w.a	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.B.h	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.B.g
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.z	ENSGT00940000162152.y	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823.b	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061.i.a	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a.h	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000153314.a.b.a	ENSGT00950000183152.A.w.a	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.B.h	ENSGT00940000163778
Dingo	MODERN SPECIES	245	ENSCAFG00020016504	ENSCAFG00020016506	ENSCAFG00020016510	ENSCAFG00020016513	CWC15 (ENSCAFG00020016515)	AMOTL1 (ENSCAFG00020016518)	PIWIL4 (ENSCAFG00020016521)	FUT4 (ENSCAFG00020016526)	ANKRD49 (ENSCAFG00020016528)	ENSCAFG00020016530	MRE11 (ENSCAFG00020016532)	GPR83 (ENSCAFG00020016538)	IZUMO1R (ENSCAFG00020016546)	PANX1 (ENSCAFG00020016561)	HEPHL1 (ENSCAFG00020016564)	VSTM5 (ENSCAFG00020016572) ##22	MED17 (ENSCAFG00020016574)	C11orf54 (ENSCAFG00020016576)	CEP295 (ENSCAFG00020016598)	SMCO4 (ENSCAFG00020016620)	ENSCAFG00020016621	ENSCAFG00020016631	SLC36A4 (ENSCAFG00020016637)	MTNR1B (ENSCAFG00020016646)	FAT3 (ENSCAFG00020016652)	ENSCAFG00020016668	ENSCAFG00020016670	ENSCAFG00020016674	ENSCAFG00020016685	CHORDC1 (ENSCAFG00020016695)	NAALAD2 (ENSCAFG00020016699)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823.a	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.u	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823.a	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b.m	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a	ENSGT00940000155787
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	157	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.u.b	ENSGT00940000162152.u.a.a	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b.m
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823.a	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Ferret	MODERN SPECIES	259															ENSMPUG00000018691	VSTM5 (ENSMPUG00000010671) ##22	MED17 (ENSMPUG00000010667)	C11orf54 (ENSMPUG00000010663)	TAF1D (ENSMPUG00000010659)	CEP295 (ENSMPUG00000010628)	ENSMPUG00000010626	ENSMPUG00000010589	SLC36A4 (ENSMPUG00000010579)	ENSMPUG00000010574	ENSMPUG00000010572	FAT3 (ENSMPUG00000010556)	ENSMPUG00000018690	ENSMPUG00000018689	CHORDC1 (ENSMPUG00000010548)	NAALAD2 (ENSMPUG00000010401)	FOLH1 (ENSMPUG00000010390)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162129.d	ENSGT00940000155124	ENSGT00510000050180	ENSGT00940000160895	ENSGT00390000001015	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT01100000263557.B	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00950000183380	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.A	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000163858
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162129.d	ENSGT00940000155124	ENSGT00510000050180	ENSGT00940000160895	ENSGT00390000001015	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT01100000263557.B	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00950000183380	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.B	ENSGT00940000160005.A	ENSGT00940000163858
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162212	ENSGT00940000162129.d	ENSGT00940000155124	ENSGT00510000050180	ENSGT00940000160895	ENSGT00390000001015	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT01100000263557.B	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.B	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163440
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162212	ENSGT00940000162129.d	ENSGT00940000155124	ENSGT00510000050180	ENSGT00940000160895	ENSGT00390000001015	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT01100000263557.B	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00390000002414.ob	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.A	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000163858
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.B
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.B
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.o	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.B	ENSGT00940000163440	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a
Alpaca	MODERN SPECIES	1680														PANX1 (ENSVPAG00000009330)	HEPHL1 (ENSVPAG00000009327)	VSTM5 (ENSVPAG00000009326) ##22	MED17 (ENSVPAG00000009324)	C11orf54 (ENSVPAG00000009322)	TAF1D (ENSVPAG00000009321)	ENSVPAG00000009318
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.B
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	13														ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858.e.a.a	ENSGT00940000160005.A
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	16														ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A.q	ENSGT00940000162409.k.a.b
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	16														ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858.e.a.a	ENSGT00940000163858.f
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	27													ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT00960000192099	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858.e.a.a	ENSGT00940000162409.k.a.b	ENSGT00940000162409.l
Bos	ANCESTRAL SPECIES	42												ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT00960000192099	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858.e.a.a	ENSGT00940000162409.k.a.b	ENSGT00940000162409.k.a.a.a.b
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	10												ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT00960000192099	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858.e.a.a	ENSGT00940000162409.k.a.b	ENSGT01030000234531.A.b.b.b.i.a.a.a.b.b.a
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	103													ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858.e.a.a	ENSGT00940000162409.k.a.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	21										ENSBGRG00000019142	ENSBGRG00000019055	ENSBGRG00000018874	ENSBGRG00000018859	PANX1 (ENSBGRG00000018761)	HEPHL1 (ENSBGRG00000018644)	VSTM5 (ENSBGRG00000018604) ##22	MED17 (ENSBGRG00000018240)	C11orf54 (ENSBGRG00000017763)	TAF1D (ENSBGRG00000017699)	CEP295 (ENSBGRG00000017172)	SMCO4 (ENSBGRG00000017125)	DEUP1 (ENSBGRG00000016749)	SLC36A4 (ENSBGRG00000016674)	ENSBGRG00000016658	MTNR1B (ENSBGRG00000016629)	ENSBGRG00000016538	ENSBGRG00000016503	ENSBGRG00000016466	ENSBGRG00000016452	CHORDC1 (ENSBGRG00000016176)	NAALAD2 (ENSBGRG00000015428)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	29														ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858.e.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.n.a	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.q.a	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A	ENSGT00940000162409	ENSGT00940000163440.g
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.n.a	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.q.a	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A	ENSGT00940000162409.j	ENSGT00940000163858
Sperm whale	MODERN SPECIES	7	ENSPCTG00005012039	CWC15 (ENSPCTG00005012079)	AMOTL1 (ENSPCTG00005012114)	PIWIL4 (ENSPCTG00005012159)	FUT4 (ENSPCTG00005012401)	C11orf97 (ENSPCTG00005012423)	ANKRD49 (ENSPCTG00005012473)	MRE11 (ENSPCTG00005004248)	ENSPCTG00005004432	GPR83 (ENSPCTG00005004449)	IZUMO1R (ENSPCTG00005004480)	PANX1 (ENSPCTG00005004492)	HEPHL1 (ENSPCTG00005004530)	ENSPCTG00005004559	ENSPCTG00005004592	VSTM5 (ENSPCTG00005004678) ##22	MED17 (ENSPCTG00005004711)	C16H11orf54 (ENSPCTG00005004783)	TAF1D (ENSPCTG00005004998)	CEP295 (ENSPCTG00005005109)	ENSPCTG00005005216	ENSPCTG00005005223	DEUP1 (ENSPCTG00005005239)	SLC36A4 (ENSPCTG00005005320)	MTNR1B (ENSPCTG00005005362)	FAT3 (ENSPCTG00005005410)	ENSPCTG00005005441	ENSPCTG00005005478	CHORDC1 (ENSPCTG00005005523)	NAALAD2 (ENSPCTG00005005669)	TRIM77 (ENSPCTG00005005756)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.n.a	ENSGT00390000012084.w	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.q.a	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00940000156185.s	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000162409.i	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000169935
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.n.a.b	ENSGT00390000012084.w	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT00940000153309.d.g	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.q.a	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00940000156185.s.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000162409.i	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000169935
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.n.a.b	ENSGT00390000012084.w	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT00940000153309.d.g	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.q.a	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013276.r	ENSGT00940000156185.s.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000162409.i	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a
Narwhal	MODERN SPECIES	314	CEP57 (ENSMMNG00015019470)	FAM76B (ENSMMNG00015019558)	SESN3 (ENSMMNG00015019600)	ENDOD1 (ENSMMNG00015019650)	ENSMMNG00015019662	ENSMMNG00015019674	AMOTL1 (ENSMMNG00015019700)	PIWIL4 (ENSMMNG00015019794)	FUT4 (ENSMMNG00015019851)	ANKRD49 (ENSMMNG00015019870)	MRE11 (ENSMMNG00015019911)	GPR83 (ENSMMNG00015020020)	IZUMO1R (ENSMMNG00015020047)	PANX1 (ENSMMNG00015020072)	HEPHL1 (ENSMMNG00015020099)	VSTM5 (ENSMMNG00015020170) ##22	MED17 (ENSMMNG00015020217)	ENSMMNG00015020304	TAF1D (ENSMMNG00015020380)	CEP295 (ENSMMNG00015020472)	ENSMMNG00015020536	ENSMMNG00015020542	SMCO4 (ENSMMNG00015020556)	DEUP1 (ENSMMNG00015020581)	SLC36A4 (ENSMMNG00015020630)	MTNR1B (ENSMMNG00015020672)	FAT3 (ENSMMNG00015020732)	CHORDC1 (ENSMMNG00015020880)	NAALAD2 (ENSMMNG00015020956)	NOX4 (ENSMMNG00015021151)	TYR (ENSMMNG00015014453)
Beluga whale	MODERN SPECIES	87	CEP57 (ENSDLEG00000008152)	FAM76B (ENSDLEG00000008194)	SESN3 (ENSDLEG00000008313)	ENDOD1 (ENSDLEG00000008365)	CWC15 (ENSDLEG00000008381)	AMOTL1 (ENSDLEG00000008425)	PIWIL4 (ENSDLEG00000008525)	FUT4 (ENSDLEG00000008615)	ANKRD49 (ENSDLEG00000008640)	MRE11 (ENSDLEG00000008671)	GPR83 (ENSDLEG00000008769)	IZUMO1R (ENSDLEG00000008834)	PANX1 (ENSDLEG00000009144)	HEPHL1 (ENSDLEG00000009188)	ENSDLEG00000009395	VSTM5 (ENSDLEG00000009404) ##22	MED17 (ENSDLEG00000009424)	ENSDLEG00000009480	TAF1D (ENSDLEG00000009654)	CEP295 (ENSDLEG00000009788)	ENSDLEG00000010853	ENSDLEG00000010859	SMCO4 (ENSDLEG00000010877)	ENSDLEG00000010889	SLC36A4 (ENSDLEG00000010919)	MTNR1B (ENSDLEG00000010941)	FAT3 (ENSDLEG00000010985)	CHORDC1 (ENSDLEG00000011081)	ENSDLEG00000011110
Suina	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.B
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A
Primates	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.A.k	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000160005.A.l
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	147	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.a	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT00940000164415	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	414	ENSPSMG00000021017	CWC15 (ENSPSMG00000021030)	AMOTL1 (ENSPSMG00000021101)	PIWIL4 (ENSPSMG00000021185)	FUT4 (ENSPSMG00000021197)	C11orf97 (ENSPSMG00000021201)	ANKRD49 (ENSPSMG00000021206)	MRE11 (ENSPSMG00000021306)	ENSPSMG00000021347	GPR83 (ENSPSMG00000021362)	IZUMO1R (ENSPSMG00000021373)	PANX1 (ENSPSMG00000021384)	HEPHL1 (ENSPSMG00000021408)	ENSPSMG00000021414	ENSPSMG00000021429	VSTM5 (ENSPSMG00000021436) ##22	MED17 (ENSPSMG00000021504)	C11orf54 (ENSPSMG00000021573)	TAF1D (ENSPSMG00000021588)	CEP295 (ENSPSMG00000021623)	SMCO4 (ENSPSMG00000021635)	DEUP1 (ENSPSMG00000021664)	SLC36A4 (ENSPSMG00000021672)	MTNR1B (ENSPSMG00000021687)	FAT3 (ENSPSMG00000021711)	ENSPSMG00000021720
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000163778	ENSGT00940000160005.A
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154883.g.a	ENSGT00940000165078	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000162409
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000154883.g.a	ENSGT00940000165078	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b	ENSGT00940000165665	ENSGT00940000163419.j	ENSGT00940000163440
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154883.g.a	ENSGT00940000165078	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158.e.a	ENSGT00940000160158.e.b	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b	ENSGT00940000163419.j	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000160005.A.i
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	73						ENSGT00940000160158.e.b	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b	ENSGT00940000163419.j	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000160005.A.i
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	188							PIWIL4 (ENSSBOG00000024534)	FUT4 (ENSSBOG00000020691)	C11orf97 (ENSSBOG00000017516)	ANKRD49 (ENSSBOG00000034549)	MRE11 (ENSSBOG00000016957)	GPR83 (ENSSBOG00000024347)	IZUMO1R (ENSSBOG00000021841)	PANX1 (ENSSBOG00000009703)	HEPHL1 (ENSSBOG00000034453)	VSTM5 (ENSSBOG00000025938) ##22	MED17 (ENSSBOG00000003072)	C11orf54 (ENSSBOG00000032062)	TAF1D (ENSSBOG00000027735)	CEP295 (ENSSBOG00000019495)	SMCO4 (ENSSBOG00000011877)	DEUP1 (ENSSBOG00000026759)	SLC36A4 (ENSSBOG00000022344)	MTNR1B (ENSSBOG00000020942)	FAT3 (ENSSBOG00000020939)	ENSSBOG00000023416	NAALAD2 (ENSSBOG00000025125)	ENSSBOG00000030835	ENSSBOG00000020924
Capuchin	MODERN SPECIES	241					ENSCCAG00000036203	PIWIL4 (ENSCCAG00000017581)	ENSCCAG00000021211	FUT4 (ENSCCAG00000013593)	C11orf97 (ENSCCAG00000029425)	ANKRD49 (ENSCCAG00000027797)	MRE11 (ENSCCAG00000013972)	GPR83 (ENSCCAG00000028755)	IZUMO1R (ENSCCAG00000021617)	PANX1 (ENSCCAG00000007465)	HEPHL1 (ENSCCAG00000030082)	VSTM5 (ENSCCAG00000021584) ##22	MED17 (ENSCCAG00000034414)	ENSCCAG00000025059	TAF1D (ENSCCAG00000018289)	CEP295 (ENSCCAG00000025065)	SMCO4 (ENSCCAG00000019420)	DEUP1 (ENSCCAG00000025548)	SLC36A4 (ENSCCAG00000029908)	FAT3 (ENSCCAG00000029618)	ENSCCAG00000019974
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b	ENSGT00940000163440	ENSGT00940000162409
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b.b.a.b	ENSGT00940000163440.d	ENSGT00940000163419.c
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000165078.b	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b.b.a.a	ENSGT00940000163440.d	ENSGT00940000163419.c
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00390000018018.sb.a.b	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000163213.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163440.d
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00390000018018.sb.a.b	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163440.d	ENSGT00940000163419.c.b	ENSGT00940000165665.b.d	ENSGT00940000163778
Human	MODERN SPECIES	2	SRSF8 (ENSG00000263465)	KDM4F (ENSG00000255855)	KDM4E (ENSG00000235268)	KDM4D (ENSG00000186280)	CWC15 (ENSG00000150316)	AMOTL1 (ENSG00000166025)	FUT4 (ENSG00000196371)	PIWIL4 (ENSG00000134627)	C11orf97 (ENSG00000257057)	ANKRD49 (ENSG00000168876)	MRE11 (ENSG00000020922)	GPR83 (ENSG00000123901)	IZUMO1R (ENSG00000183560)	PANX1 (ENSG00000110218)	HEPHL1 (ENSG00000181333)	VSTM5 (ENSG00000214376) ##22	MED17 (ENSG00000042429)	ENSG00000284057	C11orf54 (ENSG00000182919)	TAF1D (ENSG00000166012)	CEP295 (ENSG00000166004)	SMCO4 (ENSG00000166002)	DEUP1 (ENSG00000165325)	SLC36A4 (ENSG00000180773)	MTNR1B (ENSG00000134640)	FAT3 (ENSG00000165323)	CHORDC1 (ENSG00000110172)	NAALAD2 (ENSG00000077616)	UBTFL1 (ENSG00000255009)	TRIM49C (ENSG00000204449)	TRIM64 (ENSG00000204450)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00390000018018.sb.a.b	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000008496.db.b	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000167275	ENSGT00950000182825.A.a.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000154174.s.a.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b
Orangutan	MODERN SPECIES	2	ENDOD1 (ENSPPYG00000040533)	SRSF8 (ENSPPYG00000035224)	KDM4F (ENSPPYG00000037461)	KDM4E (ENSPPYG00000041335)	CWC15 (ENSPPYG00000003785)	AMOTL1 (ENSPPYG00000003784)	PIWIL4 (ENSPPYG00000003783)	FUT4 (ENSPPYG00000037042)	ENSPPYG00000029760	ENSPPYG00000041706	MRE11 (ENSPPYG00000037469)	GPR83 (ENSPPYG00000041687)	IZUMO1R (ENSPPYG00000003780)	PANX1 (ENSPPYG00000003779)	HEPHL1 (ENSPPYG00000003778)	VSTM5 (ENSPPYG00000003777) ##22	MED17 (ENSPPYG00000003776)	C11orf54 (ENSPPYG00000003775)	TAF1D (ENSPPYG00000003774)	CEP295 (ENSPPYG00000003773)	DEUP1 (ENSPPYG00000003770)	SLC36A4 (ENSPPYG00000003769)	MTNR1B (ENSPPYG00000003768)	FAT3 (ENSPPYG00000003767)	CHORDC1 (ENSPPYG00000003764)	NAALAD2 (ENSPPYG00000003763)	ENSPPYG00000036793	ENSPPYG00000039594	ENSPPYG00000040269	ENSPPYG00000019959	ENSPPYG00000036641
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b.c.a	ENSGT00940000160005.A.h	ENSGT00940000163440.b.a
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b.c.a	ENSGT00940000163440.b.a	ENSGT00940000163419.g
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163213.a.b.d	ENSGT00940000163440.b.a	ENSGT00940000163778
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154883.g.a.a	ENSGT00940000165078.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163440.b.a	ENSGT00940000163778
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000154883.g.a.a	ENSGT00940000165078.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.s.a.a.a	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163440.a.b.a	ENSGT00940000163213.a.b.c.a	ENSGT00940000160005.A.g.a	ENSGT00940000163440.b.b
Rhesus	MODERN SPECIES	5	SESN3 (ENSMMUG00000009394)	ENDOD1 (ENSMMUG00000047793)	SRSF8 (ENSMMUG00000007639)	KDM4F (ENSMMUG00000045019)	KDM4E (ENSMMUG00000059644)	KDM4D (ENSMMUG00000023376)	CWC15 (ENSMMUG00000044962)	AMOTL1 (ENSMMUG00000001730)	PIWIL4 (ENSMMUG00000008965)	C14H11orf97 (ENSMMUG00000062781)	ANKRD49 (ENSMMUG00000061391)	MRE11 (ENSMMUG00000004112)	IZUMO1R (ENSMMUG00000040247)	PANX1 (ENSMMUG00000004503)	HEPHL1 (ENSMMUG00000004500)	VSTM5 (ENSMMUG00000061600) ##22	MED17 (ENSMMUG00000013601)	TAF1D (ENSMMUG00000011646)	CEP295 (ENSMMUG00000008025)	SMCO4 (ENSMMUG00000040519)	DEUP1 (ENSMMUG00000006665)	SLC36A4 (ENSMMUG00000017741)	ENSMMUG00000051474	FAT3 (ENSMMUG00000060452)	ENSMMUG00000061386	CHORDC1 (ENSMMUG00000005209)	NAALAD2 (ENSMMUG00000005207)	ENSMMUG00000063681	ENSMMUG00000041090	ENSMMUG00000053493	ENSMMUG00000051175
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	109	ENDOD1 (ENSMNEG00000040186)	SRSF8 (ENSMNEG00000027570)	ENSMNEG00000035040	KDM4D (ENSMNEG00000026134)	CWC15 (ENSMNEG00000033968)	AMOTL1 (ENSMNEG00000044021)	PIWIL4 (ENSMNEG00000037456)	C11orf97 (ENSMNEG00000031514)	ENSMNEG00000020136	ANKRD49 (ENSMNEG00000034043)	MRE11 (ENSMNEG00000029815)	GPR83 (ENSMNEG00000043160)	IZUMO1R (ENSMNEG00000030482)	PANX1 (ENSMNEG00000035007)	HEPHL1 (ENSMNEG00000038689)	VSTM5 (ENSMNEG00000045447) ##22	MED17 (ENSMNEG00000028879)	C11orf54 (ENSMNEG00000013934)	TAF1D (ENSMNEG00000040024)	CEP295 (ENSMNEG00000041554)	ENSMNEG00000042890	SMCO4 (ENSMNEG00000013588)	DEUP1 (ENSMNEG00000041961)	SLC36A4 (ENSMNEG00000044920)	MTNR1B (ENSMNEG00000031635)	FAT3 (ENSMNEG00000033595)	ENSMNEG00000032920	ENSMNEG00000013846	CHORDC1 (ENSMNEG00000039325)	NAALAD2 (ENSMNEG00000042681)	ENSMNEG00000009246
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000165078.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000167275	ENSGT00940000163213.a.a	ENSGT00940000162409
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000154883.g.a.b	ENSGT00940000165078.a	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00910000147289	ENSGT00390000003919.e	ENSGT00390000017288.c	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00910000147855	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000167275
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	449																ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000013073.a.b	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981
Tarsier	MODERN SPECIES	1298																VSTM5 (ENSTSYG00000012692) ##22	MED17 (ENSTSYG00000009789)	CUNH11orf54 (ENSTSYG00000000521)	TAF1D (ENSTSYG00000014258)	ENSTSYG00000014254
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Glires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000169594	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000169594	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.f	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084.u	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000169594	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.f	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084.u	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000169594	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.f	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	5									ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000169594	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.f	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.a	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336	ENSGT01030000234595.A.a
Degu	MODERN SPECIES	250								ENSODEG00000001233	ENSODEG00000001221	GPR83 (ENSODEG00000000724)	IZUMO1R (ENSODEG00000000695)	ENSODEG00000000623	ENSODEG00000000644	HEPHL1 (ENSODEG00000002492)	ENSODEG00000002422	VSTM5 (ENSODEG00000002406) ##22	MED17 (ENSODEG00000002353)	C11orf54 (ENSODEG00000002265)	TAF1D (ENSODEG00000002225)	SMCO4 (ENSODEG00000018804)	DEUP1 (ENSODEG00000002198)	SLC36A4 (ENSODEG00000002145)	MTNR1B (ENSODEG00000002125)	FAT3 (ENSODEG00000002606)	ENSODEG00000002534	ENSODEG00000018835
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	121									ANKRD49 (ENSCLAG00000015054)	ENSCLAG00000013392	GPR83 (ENSCLAG00000013629)	ENSCLAG00000013252	IZUMO1R (ENSCLAG00000015110)	PANX1 (ENSCLAG00000014612)	HEPHL1 (ENSCLAG00000015721)	VSTM5 (ENSCLAG00000016423) ##22	MED17 (ENSCLAG00000017202)	C11orf54 (ENSCLAG00000017272)	TAF1D (ENSCLAG00000014698)	CEP295 (ENSCLAG00000014683)	SMCO4 (ENSCLAG00000011932)	DEUP1 (ENSCLAG00000013832)	SLC36A4 (ENSCLAG00000015872)	MTNR1B (ENSCLAG00000012055)	ENSCLAG00000012677	FAT3 (ENSCLAG00000013669)	ENSCLAG00000014963	NAALAD2 (ENSCLAG00000012474)	FOLH1 (ENSCLAG00000014594)	NOX4 (ENSCLAG00000014011)	ENSCLAG00000013267
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.h	ENSGT00940000162152.g.b	ENSGT00940000162152.g.a	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174.f	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163419	ENSGT00940000162409	ENSGT00940000160005.A.n	ENSGT00940000163440
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.h	ENSGT00940000162152.g.b	ENSGT00940000162152.g.a	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000178162	ENSGT00940000154174.f	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.A.n
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	155	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152.g.b	ENSGT00940000162152.g.a	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000178162
Alpin marmot	MODERN SPECIES	25	ENSMMMG00000003662	ENSMMMG00000003674	ENSMMMG00000003680	ENSMMMG00000003692	CWC15 (ENSMMMG00000003695)	AMOTL1 (ENSMMMG00000003717)	PIWIL4 (ENSMMMG00000003741)	FUT4 (ENSMMMG00000003775)	C11orf97 (ENSMMMG00000003791)	ANKRD49 (ENSMMMG00000003801)	MRE11 (ENSMMMG00000003822)	GPR83 (ENSMMMG00000003939)	IZUMO1R (ENSMMMG00000003960)	PANX1 (ENSMMMG00000003980)	HEPHL1 (ENSMMMG00000003995)	VSTM5 (ENSMMMG00000004034) ##22	MED17 (ENSMMMG00000004045)	C11orf54 (ENSMMMG00000004067)	TAF1D (ENSMMMG00000004115)	CEP295 (ENSMMMG00000004214)	SMCO4 (ENSMMMG00000004447)	DEUP1 (ENSMMMG00000004469)	SLC36A4 (ENSMMMG00000004555)	MTNR1B (ENSMMMG00000004580)	FAT3 (ENSMMMG00000004600)	ENSMMMG00000004671	ENSMMMG00000004674	CHORDC1 (ENSMMMG00000004692)	NAALAD2 (ENSMMMG00000004701)	ENSMMMG00000004728
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000169594	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	87	ENSJJAG00000012566	Gabrg3 (ENSJJAG00000023522)	Herc2 (ENSJJAG00000018484)	Cyfip1 (ENSJJAG00000018373)	Tubgcp5 (ENSJJAG00000018158)	Naalad2 (ENSJJAG00000016701)	Chordc1 (ENSJJAG00000015757)	ENSJJAG00000011242	ENSJJAG00000010000	ENSJJAG00000000974	ENSJJAG00000024255	Fat3 (ENSJJAG00000018504)	Deup1 (ENSJJAG00000000219)	Smco4 (ENSJJAG00000000940)	Cep295 (ENSJJAG00000001043)	Vstm5 (ENSJJAG00000019443) ##22	Hephl1 (ENSJJAG00000015710)	Panx1 (ENSJJAG00000024378)	Izumo1r (ENSJJAG00000018637)	Mre11a (ENSJJAG00000009794)	Ankrd49 (ENSJJAG00000023374)	1700012B09Rik (ENSJJAG00000020782)	Fut4 (ENSJJAG00000015747)	ENSJJAG00000002783	Amotl1 (ENSJJAG00000000834)	ENSJJAG00000016968	ENSJJAG00000015656	Sesn3 (ENSJJAG00000019262)	Fam76b (ENSJJAG00000017450)	Cep57 (ENSJJAG00000013938)	Mtmr2 (ENSJJAG00000009913)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00950000183005.b.c.b	ENSGT00940000160844.a	ENSGT00950000183005.b.c.a
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.m	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00950000183005.b.c.b	ENSGT00940000160844.a	ENSGT00950000183005.b.c.a	ENSGT00440000039287
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.m	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	310				Kdm4d (ENSCGRG00001013157)	Cwc15 (ENSCGRG00001013337)	Amotl1 (ENSCGRG00001011579)	Piwil4 (ENSCGRG00001017873)	Fut4 (ENSCGRG00001013612)	1700012B09Rik (ENSCGRG00001015499)	Ankrd49 (ENSCGRG00001014107)	Mre11a (ENSCGRG00001006581)	Gpr83 (ENSCGRG00001018677)	Izumo1r (ENSCGRG00001016589)	PANX (ENSCGRG00001016361)	Hephl1 (ENSCGRG00001014172)	Vstm5 (ENSCGRG00001006156) ##22	MED17 (ENSCGRG00001017473)	4931406C07Rik (ENSCGRG00001008949)	Taf1d (ENSCGRG00001004962)	Cep295 (ENSCGRG00001000538)	ENSCGRG00001018019	Smco4 (ENSCGRG00001013247)	Deup1 (ENSCGRG00001012085)	Slc36a4 (ENSCGRG00001005789)	Mtnr1b (ENSCGRG00001017947)	Fat3 (ENSCGRG00001016740)	ENSCGRG00001007587	Chordc1 (ENSCGRG00001004673)	Naalad2 (ENSCGRG00001017192)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	778	Endod1 (ENSMAUG00000010649)	Kdm4d (ENSMAUG00000010975)	Cwc15 (ENSMAUG00000011686)	Amotl1 (ENSMAUG00000012162)	Piwil4 (ENSMAUG00000011382)	Fut4 (ENSMAUG00000015849)	ENSMAUG00000015824	1700012B09Rik (ENSMAUG00000014010)	Ankrd49 (ENSMAUG00000014988)	ENSMAUG00000016290	Gpr83 (ENSMAUG00000017943)	Izumo1r (ENSMAUG00000018564)	ENSMAUG00000015032	ENSMAUG00000015499	Hephl1 (ENSMAUG00000017278)	Vstm5 (ENSMAUG00000000333) ##22	Med17 (ENSMAUG00000000493)	4931406C07Rik (ENSMAUG00000000356)	Taf1d (ENSMAUG00000002515)	Smco4 (ENSMAUG00000000425)	Deup1 (ENSMAUG00000001957)	Slc36a4 (ENSMAUG00000001281)	Fat3 (ENSMAUG00000007614)	Chordc1 (ENSMAUG00000012157)	Naalad2 (ENSMAUG00000008805)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	61				ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214.m	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00950000183005.b.c.b	ENSGT00940000160844.a	ENSGT00950000183005.b.c.a	ENSGT00440000039287
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00950000183005.b.c.b	ENSGT00940000160844.a	ENSGT00950000183005.b.c.a
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Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00950000183005.b.c.b	ENSGT00940000160844.a	ENSGT00950000183005.b.c.a
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00950000183005.b.c.b	ENSGT00940000160844.a	ENSGT00950000183005.b.c.a
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00940000162152	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000153052.c.b.b.b.d.a.a	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00950000183005.b.c.b	ENSGT00940000160844.a
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3318		Sesn3 (ENSMSIG00000017068)	ENSMSIG00000017048	Cwc15 (ENSMSIG00000017024)	Amotl1 (ENSMSIG00000016862)	Piwil4 (ENSMSIG00000016745)	Fut4 (ENSMSIG00000016738)	1700012B09Rik (ENSMSIG00000016716)	Ankrd49 (ENSMSIG00000016701)	Mre11a (ENSMSIG00000016606)	ENSMSIG00000016588	Gpr83 (ENSMSIG00000016567)	Izumo1r (ENSMSIG00000016359)	Panx1 (ENSMSIG00000016343)	Hephl1 (ENSMSIG00000016306)	Vstm5 (ENSMSIG00000016281) ##22	Med17 (ENSMSIG00000016253)	4931406C07Rik (ENSMSIG00000016204)	Taf1d (ENSMSIG00000016165)	Cep295 (ENSMSIG00000015917)	ENSMSIG00000015880	Deup1 (ENSMSIG00000015751)	Slc36a4 (ENSMSIG00000015623)	Mtnr1b (ENSMSIG00000015621)	Fat3 (ENSMSIG00000015207)	ENSMSIG00000015183	ENSMSIG00000015180	ENSMSIG00000015167	Chordc1 (ENSMSIG00000015139)	Ubtfl1 (ENSMSIG00000015135)	Mbd3l2 (ENSMSIG00000015109)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	35				ENSGT00510000050180	ENSGT00940000160895	ENSGT00390000001015	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT01100000263557.B	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000163858	ENSGT00940000160005.A	ENSGT00940000160005.B
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	153						ENSGT00510000050180	ENSGT00940000160895	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	146						ENSGT00510000050180	ENSGT00940000160895	ENSGT00940000156517	ENSGT00940000158872	ENSGT00510000048154	ENSGT00940000153313.A	ENSGT00940000162537	ENSGT00950000183022.a.a.a	ENSGT00940000155511	ENSGT01030000234590.A.a.b	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000162741.i.b	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT00940000160005.A.d.b	ENSGT00940000160005.B	ENSGT00940000160005.A.c
Elephant	MODERN SPECIES	340	SESN3 (ENSLAFG00000001537)	ENDOD1 (ENSLAFG00000010482)	ENSLAFG00000028723	KDM4D (ENSLAFG00000004460)	CWC15 (ENSLAFG00000004456)	AMOTL1 (ENSLAFG00000022009)	PIWIL4 (ENSLAFG00000008418)	FUT4 (ENSLAFG00000008415)	ANKRD49 (ENSLAFG00000003825)	MRE11 (ENSLAFG00000016373)	GPR83 (ENSLAFG00000016367)	IZUMO1R (ENSLAFG00000032394)	PANX1 (ENSLAFG00000011329)	HEPHL1 (ENSLAFG00000012664)	ENSLAFG00000030318	VSTM5 (ENSLAFG00000020501) ##22	MED17 (ENSLAFG00000018587)	C11orf54 (ENSLAFG00000023184)	TAF1D (ENSLAFG00000023200)	ENSLAFG00000020915	SMCO4 (ENSLAFG00000006995)	DEUP1 (ENSLAFG00000015716)	SLC36A4 (ENSLAFG00000021548)	MTNR1B (ENSLAFG00000028028)	ENSLAFG00000025161	FAT3 (ENSLAFG00000017223)	ENSLAFG00000027345	ENSLAFG00000026935	CHORDC1 (ENSLAFG00000017340)	NAALAD2 (ENSLAFG00000007972)	ENSLAFG00000028928
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	612																ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A.e	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117
Armadillo	MODERN SPECIES	3404																VSTM5 (ENSDNOG00000025124) ##22	MED17 (ENSDNOG00000038310)	C11orf54 (ENSDNOG00000004224)	TAF1D (ENSDNOG00000041284)	CEP295 (ENSDNOG00000004202)	ENSDNOG00000031219	SMCO4 (ENSDNOG00000014946)	DEUP1 (ENSDNOG00000003919)	SLC36A4 (ENSDNOG00000040589)	ENSDNOG00000030964
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01040000240383.b.a.a.l.a.b	ENSGT01040000240383.b.a.a.k.a	ENSGT01040000240383.b.b.b	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.a.b
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159074	ENSGT00940000161737.n.b.a	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.j	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01040000240383.b.a.a.l.a.b	ENSGT01040000240383.b.a.a.k.a	ENSGT01040000240383.b.b.b	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.a.b
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159074	ENSGT00940000161737.n.b.a	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.j	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01040000240383.a.a.b.b	ENSGT01040000240383.b.a.a.k.b	ENSGT01040000240383.b.b.b	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.a.b
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159074	ENSGT00940000161737.n.b.a	ENSGT00950000183168.A	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00520000058823	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336.d	ENSGT00950000183144.A.j	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000157994	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00390000017214	ENSGT00390000009061	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981.j	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.k.b	ENSGT01040000240383.a.a.b.b.c.a	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT01040000240383.b.b.a
koala	MODERN SPECIES	86	FAM76B (ENSPCIG00000001260)	SESN3 (ENSPCIG00000001309)	ENDOD1 (ENSPCIG00000001331)	CWC15 (ENSPCIG00000001348)	AMOTL1 (ENSPCIG00000001368)	PIWIL4 (ENSPCIG00000030600)	ENSPCIG00000030597	C11orf97 (ENSPCIG00000034457)	ANKRD49 (ENSPCIG00000009610)	MRE11 (ENSPCIG00000009614)	GPR83 (ENSPCIG00000036706)	IZUMO1R (ENSPCIG00000003349)	ENSPCIG00000003364	PANX1 (ENSPCIG00000003374)	HEPHL1 (ENSPCIG00000012215)	VSTM5 (ENSPCIG00000003391) ##22	MED17 (ENSPCIG00000003395)	C11orf54 (ENSPCIG00000003405)	ENSPCIG00000003418	ENSPCIG00000003565	DEUP1 (ENSPCIG00000003590)	SLC36A4 (ENSPCIG00000003665)	ENSPCIG00000005509	MTNR1B (ENSPCIG00000003688)	ENSPCIG00000031045	ENSPCIG00000034515	ENSPCIG00000020779	CHORDC1 (ENSPCIG00000006836)	ENSPCIG00000036776	ENSPCIG00000006841	ENSPCIG00000014796
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	FAM76B (ENSSHAG00000030305)	ENSSHAG00000014772	SESN3 (ENSSHAG00000016018)	ENDOD1 (ENSSHAG00000016362)	ENSSHAG00000016534	AMOTL1 (ENSSHAG00000016815)	PIWIL4 (ENSSHAG00000017415)	FUT4 (ENSSHAG00000032130)	ENSSHAG00000028715	ENSSHAG00000021016	MRE11 (ENSSHAG00000017729)	GPR83 (ENSSHAG00000024803)	IZUMO1R (ENSSHAG00000029294)	PANX1 (ENSSHAG00000018175)	HEPHL1 (ENSSHAG00000018243)	VSTM5 (ENSSHAG00000021368) ##22	MED17 (ENSSHAG00000004223)	C11orf54 (ENSSHAG00000005435)	ENSSHAG00000005874	ENSSHAG00000006706	SMCO4 (ENSSHAG00000024792)	DEUP1 (ENSSHAG00000007373)	SLC36A4 (ENSSHAG00000010022)	ENSSHAG00000010485	ENSSHAG00000023084	MTNR1B (ENSSHAG00000011264)	FAT3 (ENSSHAG00000012153)	ENSSHAG00000025058	ENSSHAG00000009863	ENSSHAG00000010047	ENSSHAG00000010870
Anura	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.D	ENSGT01030000234592.B	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153972.A	ENSGT00940000158517	ENSGT00940000166029.a	ENSGT01100000263551.b.a.b ##22	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987	ENSGT00940000153190.B.a	ENSGT00940000160117	ENSGT00940000162341	ENSGT00940000154981	ENSGT00940000154174	ENSGT01030000234598.b.a.b.i	ENSGT00940000159621	ENSGT00940000155336.f	ENSGT01030000234595.A.a	ENSGT00940000155787	ENSGT00940000157301.b	ENSGT00390000000303
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	694												ENSGT00940000158793	ENSGT00940000155587.a.a	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	771													ENSGT00940000155587.a.a	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	102	ENSGT00550000074936	ENSGT00390000010215.B	ENSGT00940000158035	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000155587.a.a	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	131					ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00940000177774	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374
Anura	ANCESTRAL SPECIES	171						ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000177774	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B
Frog	MODERN SPECIES	7	panx3 (ENSXETG00000014652)	siae (ENSXETG00000014653)	ddx25 (ENSXETG00000000026)	ENSXETG00000038658	cdon (ENSXETG00000000029)	ENSXETG00000042378	chek1 (ENSXETG00000014861)	ENSXETG00000045066	stt3a (ENSXETG00000017775)	ei24 (ENSXETG00000039333)	fez1 (ENSXETG00000017780)	pknox2 (ENSXETG00000017781)	XB990243 [provisional] (ENSXETG00000003933)	slc37a2 (ENSXETG00000003934)	ccdc15 (ENSXETG00000033081)	hepacam (ENSXETG00000003936) ##22	robo4 (ENSXETG00000041019)	robo3 (ENSXETG00000003938)	msantd2 (ENSXETG00000031548)	esam (ENSXETG00000032940)	vsig2 (ENSXETG00000012656)	spa17 (ENSXETG00000028009)	XB5789557 [provisional] (ENSXETG00000012652)	ENSXETG00000012655	rbm7 (ENSXETG00000012648)	nxpe4 (ENSXETG00000032558)	ENSXETG00000012642	ENSXETG00000031143	ENSXETG00000045260	ENSXETG00000034991	ENSXETG00000045762
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	83		ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00960000189455
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000010215.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159712	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00960000189455
Theria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158436	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159712	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00510000048956	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.b.b.a	ENSGT01050000244869.a.a.a.b.a.b
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01050000244869.a.a.a.b.a.a.b.b	ENSGT01050000244869.b	ENSGT01050000244869.a.a.a.a
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	532																ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457
Common shrew	MODERN SPECIES	4638																HEPACAM (ENSSARG00000000881) ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Felidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.h.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	26					ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382.d	ENSGT00940000161382.c	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h.b.b	ENSGT01040000240383.a.b.h.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.h.a
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	29							ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382.d	ENSGT00940000161382.c	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h.b.b	ENSGT01040000240383.a.b.h.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.h.a
leopard	MODERN SPECIES	152								ACRV1 (ENSPPRG00000004928)	CHEK1 (ENSPPRG00000005878)	STT3A (ENSPPRG00000009710)	EI24 (ENSPPRG00000010939)	FEZ1 (ENSPPRG00000011074)	PKNOX2 (ENSPPRG00000011412)	TMEM218 (ENSPPRG00000012158)	SLC37A2 (ENSPPRG00000012672)	HEPACAM (ENSPPRG00000014227) ##22	ENSPPRG00000015432	ENSPPRG00000021143	ROBO3 (ENSPPRG00000018756)	MSANTD2 (ENSPPRG00000019791)	ESAM (ENSPPRG00000020322)	VSIG2 (ENSPPRG00000021099)	NRGN (ENSPPRG00000021438)	SPA17 (ENSPPRG00000021743)	SIAE (ENSPPRG00000022517)	TBRG1 (ENSPPRG00000023847)	PANX3 (ENSPPRG00000023760)	ENSPPRG00000023673	ENSPPRG00000021420	ENSPPRG00000021433	ENSPPRG00000021446
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00510000050363.c	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00510000050363.c	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00510000050363.c	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.b	ENSGT00940000157231.h	ENSGT00390000013593.a	ENSGT00940000157231.g	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00510000048956	ENSGT00510000050363.c	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.b	ENSGT00940000157231.h	ENSGT00390000013593.a	ENSGT00940000157231.g	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00510000050363.c	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.a.a
Ferret	MODERN SPECIES	188	DDX25 (ENSMPUG00000006577)	PUS3 (ENSMPUG00000006568)	HYLS1 (ENSMPUG00000006559)	ENSMPUG00000018414	ENSMPUG00000006549	ENSMPUG00000006544	ACRV1 (ENSMPUG00000006507)	CHEK1 (ENSMPUG00000006494)	STT3A (ENSMPUG00000006479)	EI24 (ENSMPUG00000006470)	FEZ1 (ENSMPUG00000006461)	PKNOX2 (ENSMPUG00000006449)	TMEM218 (ENSMPUG00000006437)	SLC37A2 (ENSMPUG00000006302)	CCDC15 (ENSMPUG00000006289)	HEPACAM (ENSMPUG00000006255) ##22	ROBO4 (ENSMPUG00000006238)	ROBO3 (ENSMPUG00000006103)	MSANTD2 (ENSMPUG00000006100)	ESAM (ENSMPUG00000006093)	VSIG2 (ENSMPUG00000006074)	NRGN (ENSMPUG00000018413)	SPA17 (ENSMPUG00000006071)	SIAE (ENSMPUG00000006066)	TBRG1 (ENSMPUG00000006060)	PANX3 (ENSMPUG00000006047)	OR8A1 (ENSMPUG00000018412)	OR8B12 (ENSMPUG00000018411)	OR8B8 (ENSMPUG00000018410)	ENSMPUG00000018409	ENSMPUG00000018408
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00510000050363.c	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00510000050363.c	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Dog	MODERN SPECIES	33	ENSCAFG00845010348	PATE1 (ENSCAFG00845010371)	ENSCAFG00845010399	ENSCAFG00845010435	ENSCAFG00845010451	ENSCAFG00845010479	ACRV1 (ENSCAFG00845010520)	CHEK1 (ENSCAFG00845010598)	STT3A (ENSCAFG00845010774)	EI24 (ENSCAFG00845010949)	FEZ1 (ENSCAFG00845011053)	PKNOX2 (ENSCAFG00845011164)	TMEM218 (ENSCAFG00845011210)	SLC37A2 (ENSCAFG00845011266)	CCDC15 (ENSCAFG00845011522)	HEPACAM (ENSCAFG00845011591) ##22	ROBO4 (ENSCAFG00845011649)	ROBO3 (ENSCAFG00845011736)	MSANTD2 (ENSCAFG00845011887)	ESAM (ENSCAFG00845012033)	VSIG2 (ENSCAFG00845010917)	ENSCAFG00845010938	SIAE (ENSCAFG00845010989)	SPA17 (ENSCAFG00845011095)	TBRG1 (ENSCAFG00845011132)	PANX3 (ENSCAFG00845011179)	OR8A1 (ENSCAFG00845011202)	OR8B12 (ENSCAFG00845011231)	ENSCAFG00845011256	OR8B9 (ENSCAFG00845011272)	ENSCAFG00845011292
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Equus	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00940000163158.b.b.c.b.b	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.c.b.a	ENSGT00940000163158.b.b.c.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.g	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.k	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.h	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.l	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Horse	MODERN SPECIES	28	PATE1 (ENSECAG00000018504)	ENSECAG00000018486	ENSECAG00000054565	ENSECAG00000047516	ENSECAG00000044123	ENSECAG00000016303	ACRV1 (ENSECAG00000031769)	CHEK1 (ENSECAG00000045231)	STT3A (ENSECAG00000022687)	EI24 (ENSECAG00000015861)	FEZ1 (ENSECAG00000006980)	PKNOX2 (ENSECAG00000018771)	TMEM218 (ENSECAG00000018738)	SLC37A2 (ENSECAG00000010251)	CCDC15 (ENSECAG00000009463)	HEPACAM (ENSECAG00000007839) ##22	ROBO4 (ENSECAG00000020664)	ROBO3 (ENSECAG00000013956)	MSANTD2 (ENSECAG00000012745)	ESAM (ENSECAG00000006110)	VSIG2 (ENSECAG00000000514)	SPA17 (ENSECAG00000020689)	SIAE (ENSECAG00000014040)	TBRG1 (ENSECAG00000007465)	PANX3 (ENSECAG00000001263)	OR8A1I (ENSECAG00000040477)	OR8A1 (ENSECAG00000030173)	OR8B12H (ENSECAG00000030475)	OR8A1J (ENSECAG00000036025)	ENSECAG00000058994	OR8B1 (ENSECAG00000034075)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00510000050363	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00510000050363	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	17	PATE2 (ENSRFEG00010008944)	ENSRFEG00010008889	PATE1 (ENSRFEG00010008784)	ENSRFEG00010008740	ENSRFEG00010008693	ENSRFEG00010008659	ENSRFEG00010008634	ACRV1 (ENSRFEG00010008599)	CHEK1 (ENSRFEG00010008393)	STT3A (ENSRFEG00010008084)	FEZ1 (ENSRFEG00010007983)	PKNOX2 (ENSRFEG00010007936)	TMEM218 (ENSRFEG00010007872)	SLC37A2 (ENSRFEG00010007767)	CCDC15 (ENSRFEG00010007724)	HEPACAM (ENSRFEG00010007630) ##22	ROBO4 (ENSRFEG00010007435)	ROBO3 (ENSRFEG00010007161)	MSANTD2 (ENSRFEG00010007093)	ESAM (ENSRFEG00010007062)	VSIG2 (ENSRFEG00010006948)	NRGN (ENSRFEG00010006891)	SPA17 (ENSRFEG00010006851)	SIAE (ENSRFEG00010006810)	TBRG1 (ENSRFEG00010006760)	PANX3 (ENSRFEG00010006713)	ENSRFEG00010006697	ENSRFEG00010006648	ENSRFEG00010006634	ENSRFEG00010006619	ENSRFEG00010006598
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00510000050363	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Pig	MODERN SPECIES	17	ENSSSCG00000033649	PATE1 (ENSSSCG00000040952)	ENSSSCG00000037332	ENSSSCG00000053223	ENSSSCG00000046169	ENSSSCG00000015217	ACRV1 (ENSSSCG00000015216)	CHEK1 (ENSSSCG00000015215)	STT3A (ENSSSCG00000015214)	EI24 (ENSSSCG00000015213)	FEZ1 (ENSSSCG00000015212)	PKNOX2 (ENSSSCG00000015211)	TMEM218 (ENSSSCG00000062098)	SLC37A2 (ENSSSCG00000022536)	CCDC15 (ENSSSCG00000015206)	HEPACAM (ENSSSCG00000015205) ##22	ROBO4 (ENSSSCG00000015203)	ROBO3 (ENSSSCG00000015202)	MSANTD2 (ENSSSCG00000015201)	ESAM (ENSSSCG00000015200)	VSIG2 (ENSSSCG00000015199)	NRGN (ENSSSCG00000039322)	SPA17 (ENSSSCG00000015197)	SIAE (ENSSSCG00000015196)	TBRG1 (ENSSSCG00000025661)	PANX3 (ENSSSCG00000015194)	ENSSSCG00000024455	ENSSSCG00000024117	OR8B12 (ENSSSCG00000060203)	ENSSSCG00000042221	OR8B8 (ENSSSCG00000055432)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Arabian camel	MODERN SPECIES	26	PATE1 (ENSCDRG00005017553)	ENSCDRG00005017526	ENSCDRG00005017501	ENSCDRG00005017478	ENSCDRG00005017457	ENSCDRG00005017427	ACRV1 (ENSCDRG00005017376)	CHEK1 (ENSCDRG00005017226)	STT3A (ENSCDRG00005017140)	EI24 (ENSCDRG00005016949)	FEZ1 (ENSCDRG00005016872)	PKNOX2 (ENSCDRG00005016833)	ENSCDRG00005016760	SLC37A2 (ENSCDRG00005016455)	ENSCDRG00005016357	HEPACAM (ENSCDRG00005016314) ##22	ENSCDRG00005016146	ROBO3 (ENSCDRG00005015895)	MSANTD2 (ENSCDRG00005015838)	ESAM (ENSCDRG00005015816)	VSIG2 (ENSCDRG00005015772)	ENSCDRG00005015737	ENSCDRG00005015701	SPA17 (ENSCDRG00005015662)	SIAE (ENSCDRG00005015613)	TBRG1 (ENSCDRG00005015552)	PANX (ENSCDRG00005015523)	ENSCDRG00005015501	OR8B12 (ENSCDRG00005015490)	ENSCDRG00005015466	ENSCDRG00005015451
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000009819.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.a.a
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000009819.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.a.a
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000009819.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.a
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.a.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000009819.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00940000163158.b.b.a.a.a	ENSGT00940000163158.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000009819.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.a
Dolphin	MODERN SPECIES	1152													TMEM218 (ENSTTRG00000013266)	SLC37A2 (ENSTTRG00000013262)	ENSTTRG00000013258	HEPACAM (ENSTTRG00000013256) ##22	ROBO4 (ENSTTRG00000013254)	ROBO3 (ENSTTRG00000013244)	MSANTD2 (ENSTTRG00000013241)	ENSTTRG00000013232	VSIG2 (ENSTTRG00000013223)	NRGN (ENSTTRG00000013219)	SPA17 (ENSTTRG00000013210)	SIAE (ENSTTRG00000013204)	TBRG1 (ENSTTRG00000013196)	PANX3 (ENSTTRG00000013191)
Blue whale	MODERN SPECIES	19	PATE1 (ENSBMSG00010011720)	ENSBMSG00010011731	ENSBMSG00010011743	ENSBMSG00010011750	ENSBMSG00010011760	ENSBMSG00010011767	ACRV1 (ENSBMSG00010011774)	CHEK1 (ENSBMSG00010011794)	STT3A (ENSBMSG00010011841)	ENSBMSG00010011882	FEZ1 (ENSBMSG00010011893)	PKNOX2 (ENSBMSG00010011900)	TMEM218 (ENSBMSG00010011910)	SLC37A2 (ENSBMSG00010011927)	ENSBMSG00010011971	HEPACAM (ENSBMSG00010011981) ##22	ROBO4 (ENSBMSG00010012001)	ROBO3 (ENSBMSG00010012012)	ENSBMSG00010012030	MSANTD2 (ENSBMSG00010012036)	ESAM (ENSBMSG00010012047)	VSIG2 (ENSBMSG00010009634)	NRGN (ENSBMSG00010009656)	SPA17 (ENSBMSG00010009678)	SIAE (ENSBMSG00010009700)	TBRG1 (ENSBMSG00010009728)	PANX3 (ENSBMSG00010009787)	OR8A1 (ENSBMSG00010009817)	ENSBMSG00010009848	OR8B8 (ENSBMSG00010009855)	ENSBMSG00010009882
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.b
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.b
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382.a	ENSGT00940000155457.sb	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382.b	ENSGT00940000155457.tb	ENSGT00940000155457.sb	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.a
Wild yak	MODERN SPECIES	2994																HEPACAM (ENSBMUG00000015968) ##22	ENSBMUG00000015945
Domestic yak	MODERN SPECIES	21	PATE3 (ENSBGRG00000020018)	PATE2 (ENSBGRG00000020078)	PATE1 (ENSBGRG00000020170)	ENSBGRG00000020215	ENSBGRG00000020246	ENSBGRG00000020333	ENSBGRG00000020362	ACRV1 (ENSBGRG00000020380)	CHEK1 (ENSBGRG00000020448)	STT3A (ENSBGRG00000020635)	ENSBGRG00000020849	FEZ1 (ENSBGRG00000021032)	PKNOX2 (ENSBGRG00000021171)	SLC37A2 (ENSBGRG00000021440)	ENSBGRG00000021655	HEPACAM (ENSBGRG00000021771) ##22	ROBO4 (ENSBGRG00000021903)	ENSBGRG00000022068	ENSBGRG00000022285	MSANTD2 (ENSBGRG00000022338)	ESAM (ENSBGRG00000022441)	VSIG2 (ENSBGRG00000022484)	NRGN (ENSBGRG00000022513)	ENSBGRG00000022554	SIAE (ENSBGRG00000022654)	TBRG1 (ENSBGRG00000022884)	PANX3 (ENSBGRG00000022964)	ENSBGRG00000023006	ENSBGRG00000023068	ENSBGRG00000023082	ENSBGRG00000023094
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00510000050363.b	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b.a.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382.a	ENSGT00940000155457.sb	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	21	ENSBIXG00005007582	PATE1 (ENSBIXG00005026965)	ENSBIXG00005026943	ENSBIXG00005026920	ENSBIXG00005026914	ACRV1 (ENSBIXG00005026890)	ENSBIXG00005026845	CHEK1 (ENSBIXG00005026800)	STT3A (ENSBIXG00005026602)	EI24 (ENSBIXG00005026519)	FEZ1 (ENSBIXG00005026442)	PKNOX2 (ENSBIXG00005026399)	TMEM218 (ENSBIXG00005026374)	SLC37A2 (ENSBIXG00005026334)	CCDC15 (ENSBIXG00005026289)	HEPACAM (ENSBIXG00005026271) ##22	ROBO4 (ENSBIXG00005026194)	ROBO3 (ENSBIXG00005026178)	MSANTD2 (ENSBIXG00005006701)	ESAM (ENSBIXG00005026037)	VSIG2 (ENSBIXG00005004437)	NRGN (ENSBIXG00005025982)	ENSBIXG00005025948	SIAE (ENSBIXG00005025871)	TBRG1 (ENSBIXG00005004390)	PANX3 (ENSBIXG00005025708)	ENSBIXG00005025700	ENSBIXG00005025695	ENSBIXG00005025681	ENSBIXG00005004379	ENSBIXG00005025670
Cow	MODERN SPECIES	21	PATE2 (ENSBTAG00000033375)	PATE1 (ENSBTAG00000052688)	ENSBTAG00000049707	ENSBTAG00000051470	ENSBTAG00000023301	SSLP1 (ENSBTAG00000052794)	ACRV1 (ENSBTAG00000033384)	CHEK1 (ENSBTAG00000017582)	STT3A (ENSBTAG00000007203)	EI24 (ENSBTAG00000007202)	FEZ1 (ENSBTAG00000009124)	PKNOX2 (ENSBTAG00000000052)	TMEM218 (ENSBTAG00000022382)	SLC37A2 (ENSBTAG00000016704)	CCDC15 (ENSBTAG00000003985)	HEPACAM (ENSBTAG00000018650) ##22	ROBO4 (ENSBTAG00000004356)	ROBO3 (ENSBTAG00000004355)	MSANTD2 (ENSBTAG00000011248)	ESAM (ENSBTAG00000001004)	VSIG2 (ENSBTAG00000022379)	NRGN (ENSBTAG00000001474)	SPA17 (ENSBTAG00000033464)	SIAE (ENSBTAG00000009412)	TBRG1 (ENSBTAG00000009410)	PANX3 (ENSBTAG00000009409)	OR8A1C (ENSBTAG00000048913)	OR8A1 (ENSBTAG00000054033)	ENSBTAG00000051107	OR8A1E (ENSBTAG00000051944)	OR8A1D (ENSBTAG00000054187)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.b.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.a.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.b.b	ENSGT01040000240383.a.b.g.a.b.a.b
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	13	PATE3 (ENSOARG00020006485)	PATE2 (ENSOARG00020006399)	PATE1 (ENSOARG00020006385)	ENSOARG00020006351	ENSOARG00020006327	ENSOARG00020018156	SOLD1 (ENSOARG00020018075)	ACRV1 (ENSOARG00020017966)	CHEK1 (ENSOARG00020017711)	STT3A (ENSOARG00020017209)	EI24 (ENSOARG00020016968)	FEZ1 (ENSOARG00020016876)	PKNOX2 (ENSOARG00020016792)	TMEM218 (ENSOARG00020016756)	SLC37A2 (ENSOARG00020016564)	HEPACAM (ENSOARG00020016470) ##22	ROBO4 (ENSOARG00020016351)	ROBO3 (ENSOARG00020016045)	MSANTD2 (ENSOARG00020015842)	ESAM (ENSOARG00020015670)	VSIG2 (ENSOARG00020015570)	NRGN (ENSOARG00020015525)	SPA17 (ENSOARG00020015473)	SIAE (ENSOARG00020015108)	TBRG1 (ENSOARG00020015043)	PANX3 (ENSOARG00020014975)	ENSOARG00020014960	ENSOARG00020014932	ENSOARG00020014910	ENSOARG00020014870	OR8B12 (ENSOARG00020014848)
Goat	MODERN SPECIES	21	PATE3 (ENSCHIG00000010781)	PATE2 (ENSCHIG00000021353)	PATE1 (ENSCHIG00000010129)	ENSCHIG00000022868	ENSCHIG00000010713	SOLD1 (ENSCHIG00000018973)	ACRV1 (ENSCHIG00000023273)	CHEK1 (ENSCHIG00000025345)	STT3A (ENSCHIG00000024693)	EI24 (ENSCHIG00000020494)	FEZ1 (ENSCHIG00000015748)	PKNOX2 (ENSCHIG00000021259)	TMEM218 (ENSCHIG00000025499)	SLC37A2 (ENSCHIG00000013351)	CCDC15 (ENSCHIG00000006217)	HEPACAM (ENSCHIG00000026385) ##22	ROBO4 (ENSCHIG00000016011)	ROBO3 (ENSCHIG00000014111)	MSANTD2 (ENSCHIG00000024717)	ESAM (ENSCHIG00000026464)	VSIG2 (ENSCHIG00000018777)	NRGN (ENSCHIG00000023145)	SPA17 (ENSCHIG00000024285)	SIAE (ENSCHIG00000026954)	TBRG1 (ENSCHIG00000020584)	PANX3 (ENSCHIG00000010896)	ENSCHIG00000023091	ENSCHIG00000014227	ENSCHIG00000008506	ENSCHIG00000002753	ENSCHIG00000010806
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Primates	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00510000055197	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00510000055197	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008848	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00510000055197	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00550000076001	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00510000055197	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00550000076001	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793.l	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00510000055197	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a
Gorilla	MODERN SPECIES	2	PATE4 (ENSGGOG00000025514)	PATE3 (ENSGGOG00000028216)	PATE2 (ENSGGOG00000003865)	PATE1 (ENSGGOG00000003861)	ACRV1 (ENSGGOG00000012891)	CHEK1 (ENSGGOG00000006741)	STT3A (ENSGGOG00000009848)	EI24 (ENSGGOG00000013776)	ENSGGOG00000042113	FEZ1 (ENSGGOG00000005186)	ENSGGOG00000005181	TMEM218 (ENSGGOG00000015561)	SLC37A2 (ENSGGOG00000015550)	CCDC15 (ENSGGOG00000001506)	HEPN1 (ENSGGOG00000037105)	HEPACAM (ENSGGOG00000015159) ##22	ROBO4 (ENSGGOG00000015141)	ROBO3 (ENSGGOG00000015125)	MSANTD2 (ENSGGOG00000012439)	ESAM (ENSGGOG00000005800)	VSIG2 (ENSGGOG00000005793)	ENSGGOG00000039627	NRGN (ENSGGOG00000036559)	SPA17 (ENSGGOG00000003757)	SIAE (ENSGGOG00000003753)	TBRG1 (ENSGGOG00000003750)	PANX (ENSGGOG00000003743)	OR8A1 (ENSGGOG00000028348)	ENSGGOG00000026386	OR8B8 (ENSGGOG00000037610)	OR8B4 (ENSGGOG00000008710)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008848	ENSGT00550000076001	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793.l	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT00510000055197	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Pan	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008848	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00550000076001	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793.l	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00510000055197	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Human	MODERN SPECIES	2	HYLS1 (ENSG00000198331)	PATE4 (ENSG00000237353)	PATE3 (ENSG00000236027)	PATE2 (ENSG00000196844)	PATE1 (ENSG00000171053)	ACRV1 (ENSG00000134940)	CHEK1 (ENSG00000149554)	STT3A (ENSG00000134910)	EI24 (ENSG00000149547)	FEZ1 (ENSG00000149557)	PKNOX2 (ENSG00000165495)	TMEM218 (ENSG00000150433)	SLC37A2 (ENSG00000134955)	CCDC15 (ENSG00000149548)	HEPN1 (ENSG00000221932)	HEPACAM (ENSG00000165478) ##22	ROBO4 (ENSG00000154133)	ROBO3 (ENSG00000154134)	MSANTD2 (ENSG00000120458)	ESAM (ENSG00000149564)	VSIG2 (ENSG00000019102)	NRGN (ENSG00000154146)	SPA17 (ENSG00000064199)	SIAE (ENSG00000110013)	TBRG1 (ENSG00000154144)	PANX3 (ENSG00000154143)	OR8A1 (ENSG00000196119)	OR8B12 (ENSG00000170953)	OR8B8 (ENSG00000197125)	OR8B4 (ENSG00000280090)	OR8B3 (ENSG00000284609)
Gibbon	MODERN SPECIES	5	HYLS1 (ENSNLEG00000007459)	PATE4 (ENSNLEG00000007458)	ENSNLEG00000033582	PATE3 (ENSNLEG00000031615)	PATE2 (ENSNLEG00000007456)	PATE1 (ENSNLEG00000007455)	ACRV1 (ENSNLEG00000007454)	ENSNLEG00000007453	STT3A (ENSNLEG00000007452)	EI24 (ENSNLEG00000032257)	FEZ1 (ENSNLEG00000007449)	PKNOX2 (ENSNLEG00000007448)	ENSNLEG00000033002	SLC37A2 (ENSNLEG00000007446)	CCDC15 (ENSNLEG00000007445)	HEPACAM (ENSNLEG00000007440) ##22	ROBO4 (ENSNLEG00000007443)	ROBO3 (ENSNLEG00000007442)	MSANTD2 (ENSNLEG00000034784)	ESAM (ENSNLEG00000030502)	VSIG2 (ENSNLEG00000007438)	NRGN (ENSNLEG00000007437)	SPA17 (ENSNLEG00000007436)	SIAE (ENSNLEG00000007435)	TBRG1 (ENSNLEG00000007434)	PANX3 (ENSNLEG00000007433)	ENSNLEG00000019246	OR10D3 (ENSNLEG00000019242)	ENSNLEG00000031108	VWA5A (ENSNLEG00000007430)	ENSNLEG00000032319
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	537	HYLS1 (ENSMNEG00000028176)	ENSMNEG00000027092	PATE4 (ENSMNEG00000042116)	PATE2 (ENSMNEG00000028871)	PATE3 (ENSMNEG00000045440)	PATE1 (ENSMNEG00000034376)	CHEK1 (ENSMNEG00000044946)	ACRV1 (ENSMNEG00000032872)	STT3A (ENSMNEG00000043543)	EI24 (ENSMNEG00000039166)	FEZ1 (ENSMNEG00000027684)	PKNOX2 (ENSMNEG00000035835)	TMEM218 (ENSMNEG00000028980)	SLC37A2 (ENSMNEG00000009671)	CCDC15 (ENSMNEG00000040047)	HEPACAM (ENSMNEG00000038102) ##22	ROBO4 (ENSMNEG00000034607)	ROBO3 (ENSMNEG00000031386)	ENSMNEG00000030588	ESAM (ENSMNEG00000030412)	VSIG2 (ENSMNEG00000041317)	NRGN (ENSMNEG00000033366)	SPA17 (ENSMNEG00000031653)	SIAE (ENSMNEG00000040354)	TBRG1 (ENSMNEG00000030277)	PANX3 (ENSMNEG00000029355)	OR8A1 (ENSMNEG00000022477)	ENSMNEG00000011052	OR8D1 (ENSMNEG00000028066)	ENSMNEG00000031064	OR10D3 (ENSMNEG00000005665)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT01100000263493.a.a.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	5	PATE4 (ENSMFAG00000045027)	PATE3 (ENSMFAG00000052555)	PATE2 (ENSMFAG00000003094)	PATE1 (ENSMFAG00000000989)	ENSMFAG00000052402	ACRV1 (ENSMFAG00000036664)	CHEK1 (ENSMFAG00000000771)	STT3A (ENSMFAG00000034547)	EI24 (ENSMFAG00000042989)	FEZ1 (ENSMFAG00000002076)	PKNOX2 (ENSMFAG00000046199)	TMEM218 (ENSMFAG00000035993)	SLC37A2 (ENSMFAG00000002233)	CCDC15 (ENSMFAG00000038419)	ENSMFAG00000059820	HEPACAM (ENSMFAG00000000658) ##22	ENSMFAG00000041428	ENSMFAG00000049192	ENSMFAG00000043395	ENSMFAG00000059698	MSANTD2 (ENSMFAG00000043111)	ESAM (ENSMFAG00000000739)	VSIG2 (ENSMFAG00000046060)	NRGN (ENSMFAG00000041687)	SPA17 (ENSMFAG00000031344)	SIAE (ENSMFAG00000003476)	TBRG1 (ENSMFAG00000036896)	PANX3 (ENSMFAG00000060960)	OR8A1 (ENSMFAG00000019193)	OR8B12 (ENSMFAG00000062748)	ENSMFAG00000063511
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00910000147854	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00910000147854	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00910000147949	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.a.b.i
Drill	MODERN SPECIES	1396													TMEM218 (ENSMLEG00000044202)	SLC37A2 (ENSMLEG00000028225)	CCDC15 (ENSMLEG00000017546)	HEPACAM (ENSMLEG00000036620) ##22	ROBO4 (ENSMLEG00000020486)	ROBO3 (ENSMLEG00000040429)	ENSMLEG00000021987	ESAM (ENSMLEG00000036221)	VSIG2 (ENSMLEG00000034586)	NRGN (ENSMLEG00000036526)	ENSMLEG00000038913	SPA17 (ENSMLEG00000028711)	SIAE (ENSMLEG00000000073)	TBRG1 (ENSMLEG00000030940)	PANX3 (ENSMLEG00000040203)	OR8A1 (ENSMLEG00000028254)	ENSMLEG00000021021	OR8B8 (ENSMLEG00000005484)	OR8D1 (ENSMLEG00000027925)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES		HYLS1 (ENSCSAG00000000583)	PUS3 (ENSCSAG00000002281)	PATE4 (ENSCSAG00000002282)	PATE2 (ENSCSAG00000002285)	PATE1 (ENSCSAG00000002287)	ACRV1 (ENSCSAG00000002289)	PATE3 (ENSCSAG00000002291)	CHEK1 (ENSCSAG00000002294)	STT3A (ENSCSAG00000002298)	EI24 (ENSCSAG00000002304)	FEZ1 (ENSCSAG00000002308)	PKNOX2 (ENSCSAG00000002312)	TMEM218 (ENSCSAG00000002313)	SLC37A2 (ENSCSAG00000002323)	CCDC15 (ENSCSAG00000002331)	HEPACAM (ENSCSAG00000002336) ##22	ENSCSAG00000002337	ROBO4 (ENSCSAG00000002341)	ROBO3 (ENSCSAG00000002362)	MSANTD2 (ENSCSAG00000002372)	ESAM (ENSCSAG00000002375)	VSIG2 (ENSCSAG00000002377)	NRGN (ENSCSAG00000000584)	SPA17 (ENSCSAG00000002379)	SIAE (ENSCSAG00000002381)	TBRG1 (ENSCSAG00000002382)	PANX3 (ENSCSAG00000002385)	OR8A1 (ENSCSAG00000000585)	OR8B12 (ENSCSAG00000002387)	OR8B8 (ENSCSAG00000000586)	OR8B4 (ENSCSAG00000002388)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	234													ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593.g	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.a.a.b.i	ENSGT01040000240383.b.b.b
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1660													TMEM218 (ENSRBIG00000031861)	SLC37A2 (ENSRBIG00000041078)	CCDC15 (ENSRBIG00000031993)	HEPACAM (ENSRBIG00000039468) ##22	ROBO4 (ENSRBIG00000011176)	ROBO3 (ENSRBIG00000000078)	MSANTD2 (ENSRBIG00000004059)	ESAM (ENSRBIG00000031517)	VSIG2 (ENSRBIG00000000677)	NRGN (ENSRBIG00000043944)	SPA17 (ENSRBIG00000025734)	SIAE (ENSRBIG00000036303)	TBRG1 (ENSRBIG00000002798)	PANX3 (ENSRBIG00000043291)	ENSRBIG00000024314	ENSRBIG00000041152	OR8B8 (ENSRBIG00000018940)	OR8D1 (ENSRBIG00000008826)	ENSRBIG00000030677
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00510000055197	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT01100000267111	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183160.A	ENSGT00550000076001	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT01100000267111	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Marmoset	MODERN SPECIES	2	PUS3 (ENSCJAG00000046645)	ENSCJAG00000041856	PATE4 (ENSCJAG00000070669)	ENSCJAG00000071012	PATE3 (ENSCJAG00000078069)	ENSCJAG00000004329	PATE1 (ENSCJAG00000008556)	ACRV1 (ENSCJAG00000044455)	STT3A (ENSCJAG00000008400)	EI24 (ENSCJAG00000008390)	FEZ1 (ENSCJAG00000008336)	PKNOX2 (ENSCJAG00000008279)	TMEM218 (ENSCJAG00000044833)	SLC37A2 (ENSCJAG00000008209)	CCDC15 (ENSCJAG00000008183)	HEPACAM (ENSCJAG00000008171) ##22	ROBO4 (ENSCJAG00000008130)	ROBO3 (ENSCJAG00000008040)	ENSCJAG00000046709	MSANTD2 (ENSCJAG00000038206)	ESAM (ENSCJAG00000008016)	VSIG2 (ENSCJAG00000007995)	NRGN (ENSCJAG00000040740)	SPA17 (ENSCJAG00000040807)	SIAE (ENSCJAG00000007950)	TBRG1 (ENSCJAG00000007920)	PANX3 (ENSCJAG00000007913)	OR8A1 (ENSCJAG00000038255)	OR8B12 (ENSCJAG00000053698)	ENSCJAG00000060012	OR8B8 (ENSCJAG00000022117)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000159712	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00550000076001	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT01100000267111	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.a	ENSGT01050000244869.a.a.a.b.a.b.a.a.b
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	50	PUS3 (ENSSBOG00000022433)	PATE4 (ENSSBOG00000023583)	PATE3 (ENSSBOG00000027550)	PATE2 (ENSSBOG00000028766)	PATE1 (ENSSBOG00000031534)	ENSSBOG00000021028	ACRV1 (ENSSBOG00000028509)	CHEK1 (ENSSBOG00000033230)	STT3A (ENSSBOG00000027272)	EI24 (ENSSBOG00000021524)	FEZ1 (ENSSBOG00000024441)	PKNOX2 (ENSSBOG00000020484)	TMEM218 (ENSSBOG00000025760)	SLC37A2 (ENSSBOG00000021824)	CCDC15 (ENSSBOG00000013640)	HEPACAM (ENSSBOG00000029499) ##22	ROBO4 (ENSSBOG00000024669)	ROBO3 (ENSSBOG00000023823)	ENSSBOG00000034958	ESAM (ENSSBOG00000030605)	VSIG2 (ENSSBOG00000021464)	NRGN (ENSSBOG00000028546)	SPA17 (ENSSBOG00000018929)	SIAE (ENSSBOG00000030080)	TBRG1 (ENSSBOG00000029487)	PANX3 (ENSSBOG00000019600)	ENSSBOG00000025144	ENSSBOG00000019896	ENSSBOG00000032507	ENSSBOG00000019871	VWA5A (ENSSBOG00000018587)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01050000244869.a.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT01040000240383.b.b.b	ENSGT01040000240383.b.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.b.i.c	ENSGT01010000222320.a.b.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	81							ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	164							ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	746			ENSPSMG00000002784	ENSPSMG00000002774	ACRV1 (ENSPSMG00000002765)	CHEK1 (ENSPSMG00000002459)	STT3A (ENSPSMG00000002250)	EI24 (ENSPSMG00000002170)	FEZ1 (ENSPSMG00000002118)	PKNOX2 (ENSPSMG00000002082)	TMEM218 (ENSPSMG00000002050)	SLC37A2 (ENSPSMG00000002030)	ENSPSMG00000002003	ENSPSMG00000001998	ENSPSMG00000001987	HEPACAM (ENSPSMG00000001979) ##22	DPEP2NB (ENSPSMG00000001972)	ROBO4 (ENSPSMG00000001965)	ROBO3 (ENSPSMG00000001946)	ENSPSMG00000001899	MSANTD2 (ENSPSMG00000001888)	ESAM (ENSPSMG00000001880)	VSIG2 (ENSPSMG00000001874)	NRGN (ENSPSMG00000001870)	SPA17 (ENSPSMG00000001864)	SIAE (ENSPSMG00000001847)	TBRG1 (ENSPSMG00000001809)	PANX3 (ENSPSMG00000001765)	OR8A1 (ENSPSMG00000001759)	OR8B12 (ENSPSMG00000001751)	ENSPSMG00000001747
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	735							ACRV1 (ENSPCOG00000020617)	CHEK1 (ENSPCOG00000020333)	STT3A (ENSPCOG00000018617)	ENSPCOG00000015350	ENSPCOG00000026711	PKNOX2 (ENSPCOG00000014487)	TMEM218 (ENSPCOG00000014369)	SLC37A2 (ENSPCOG00000018255)	ENSPCOG00000009125	HEPACAM (ENSPCOG00000025630) ##22	ENSPCOG00000016652
Bushbaby	MODERN SPECIES	223	OR8G5 (ENSOGAG00000024113)	ENSOGAG00000001853	OR8D1 (ENSOGAG00000032380)	OR8D2 (ENSOGAG00000007516)	ENSOGAG00000001852	ENSOGAG00000027403	ENSOGAG00000028046	ACRV1 (ENSOGAG00000001850)	CHEK1 (ENSOGAG00000001845)	STT3A (ENSOGAG00000001841)	EI24 (ENSOGAG00000001838)	FEZ1 (ENSOGAG00000005186)	PKNOX2 (ENSOGAG00000002815)	SLC37A2 (ENSOGAG00000015600)	ENSOGAG00000030768	HEPACAM (ENSOGAG00000015598) ##22	ROBO4 (ENSOGAG00000015722)	ROBO3 (ENSOGAG00000015715)	MSANTD2 (ENSOGAG00000033718)	ESAM (ENSOGAG00000015709)	VSIG2 (ENSOGAG00000015706)	NRGN (ENSOGAG00000015704)	SPA17 (ENSOGAG00000015702)	SIAE (ENSOGAG00000015699)	TBRG1 (ENSOGAG00000015693)	PANX3 (ENSOGAG00000008027)	OR8A1 (ENSOGAG00000015690)	OR8B12 (ENSOGAG00000000389)	ENSOGAG00000028721
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Glires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Pika	MODERN SPECIES	2340															ENSOPRG00000010503	HEPACAM (ENSOPRG00000010486) ##22	ROBO4 (ENSOPRG00000010441)	ENSOPRG00000010392
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629.a	ENSGT01100000263629.b	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01100000263629.b	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00510000050363	ENSGT00940000163158.a.a.a.b	ENSGT00940000163158.a.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01100000263629.a	ENSGT01100000263629.b	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00510000050363	ENSGT00940000163158.a.a.a.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629.a	ENSGT01100000263629.b	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050363	ENSGT00940000163158.a.a.a.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629.a	ENSGT01100000263629.b	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00510000050363	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c
Prairie vole	MODERN SPECIES	13	Pate10 (ENSMOCG00000000729)	Pate7 (ENSMOCG00000005821)	Pate6 (ENSMOCG00000010226)	ENSMOCG00000013726	Pate13 (ENSMOCG00000017438)	ENSMOCG00000018756	Acrv1 (ENSMOCG00000019968)	Chek1 (ENSMOCG00000003709)	Stt3a (ENSMOCG00000017001)	Ei24 (ENSMOCG00000006270)	Fez1 (ENSMOCG00000009218)	Pknox2 (ENSMOCG00000018820)	Tmem218 (ENSMOCG00000021261)	Slc37a2 (ENSMOCG00000006398)	Ccdc15 (ENSMOCG00000014777)	Hepacam (ENSMOCG00000016047) ##22	Robo4 (ENSMOCG00000010500)	Robo3 (ENSMOCG00000020743)	Msantd2 (ENSMOCG00000001761)	Esam (ENSMOCG00000011840)	Vsig2 (ENSMOCG00000013088)	Nrgn (ENSMOCG00000013776)	Spa17 (ENSMOCG00000014358)	Siae (ENSMOCG00000020482)	Tbrg1 (ENSMOCG00000018217)	Panx3 (ENSMOCG00000004239)	ENSMOCG00000008143	ENSMOCG00000021221	ENSMOCG00000006202	Or8b12c (ENSMOCG00000011599)	Or8b8 (ENSMOCG00000006874)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263629.b	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00510000050363	ENSGT00940000163158.a.a.a.b	ENSGT00940000163158.a.a.a.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.d	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.c	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Mus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629.a	ENSGT01100000263629.b.a	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.d	ENSGT01090000260017.d.c.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.c	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01100000263629.a	ENSGT01100000263629.b.a	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a.a.b	ENSGT00940000163158.a.b.b	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.d	ENSGT01090000260017.d.c.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.c	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163158.a.a.a.b.b	ENSGT00940000163158.a.a.b	ENSGT00940000163158.a.b.b	ENSGT00940000163158.a.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.p.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.d	ENSGT01090000260017.d.c.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.c	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a.a.a.b.a	ENSGT00940000163158.a.a.a.b.b	ENSGT00940000163158.a.a.b	ENSGT00940000163158.a.b.b	ENSGT00940000163158.a.b.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b.o	ENSGT01040000240383.a.b.p.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.e.d	ENSGT01090000260017.d.c.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.f
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2051															Ccdc15 (ENSMSIG00000015444)	Hepacam (ENSMSIG00000015402) ##22	Robo4 (ENSMSIG00000015110)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	1	Pate7 (MGP_PahariEiJ_G0014830)	MGP_PahariEiJ_G0014829	Pate6 (MGP_PahariEiJ_G0014831)	MGP_PahariEiJ_G0014832	MGP_PahariEiJ_G0014833	Pate14 (MGP_PahariEiJ_G0014834)	Acrv1 (MGP_PahariEiJ_G0014835)	Chek1 (MGP_PahariEiJ_G0014836)	Stt3a (MGP_PahariEiJ_G0014837)	MGP_PahariEiJ_G0014838	Fez1 (MGP_PahariEiJ_G0014839)	Pknox2 (MGP_PahariEiJ_G0014840)	Tmem218 (MGP_PahariEiJ_G0014841)	Slc37a2 (MGP_PahariEiJ_G0014842)	Ccdc15 (MGP_PahariEiJ_G0014843)	Hepacam (MGP_PahariEiJ_G0014844) ##22	Robo4 (MGP_PahariEiJ_G0014845)	Robo3 (MGP_PahariEiJ_G0014846)	Msantd2 (MGP_PahariEiJ_G0014847)	Esam (MGP_PahariEiJ_G0014848)	Vsig2 (MGP_PahariEiJ_G0014849)	Nrgn (MGP_PahariEiJ_G0014850)	Spa17 (MGP_PahariEiJ_G0014851)	Siae (MGP_PahariEiJ_G0014852)	Tbrg1 (MGP_PahariEiJ_G0014853)	Panx3 (MGP_PahariEiJ_G0014854)	MGP_PahariEiJ_G0014855	Or8b12 (MGP_PahariEiJ_G0014856)	MGP_PahariEiJ_G0014857	Or8b12c (MGP_PahariEiJ_G0014858)	MGP_PahariEiJ_G0014859
Rat	MODERN SPECIES	18	LOC688335 (ENSRNOG00000064617)	Rup2 (ENSRNOG00000045799)	LOC103693047 (ENSRNOG00000065852)	RGD1560112 (ENSRNOG00000050155)	LOC120094364 (ENSRNOG00000063923)	LOC171573 (ENSRNOG00000069348)	Acrv1 (ENSRNOG00000008508)	Chek1 (ENSRNOG00000071217)	Stt3a (ENSRNOG00000031896)	Ei24 (ENSRNOG00000030391)	Fez1 (ENSRNOG00000006075)	Pknox2 (ENSRNOG00000028856)	Tmem218 (ENSRNOG00000008757)	Slc37a2 (ENSRNOG00000039390)	Ccdc15 (ENSRNOG00000032180)	Hepacam (ENSRNOG00000009219) ##22	Robo4 (ENSRNOG00000049289)	Robo3 (ENSRNOG00000030016)	Msantd2 (ENSRNOG00000009950)	Esam (ENSRNOG00000033217)	Vsig2 (ENSRNOG00000033490)	Nrgn (ENSRNOG00000010688)	Spa17 (ENSRNOG00000010934)	Siae (ENSRNOG00000031266)	Tbrg1 (ENSRNOG00000023850)	Panx3 (ENSRNOG00000031675)	Or8a1b (ENSRNOG00000064876)	Or8a1 (ENSRNOG00000066152)	Or8b12 (ENSRNOG00000064114)	LOC120094365 (ENSRNOG00000062569)	Or8b9 (ENSRNOG00000064756)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	424	Pate3 (ENSNGAG00000020278)	ENSNGAG00000004667	Pate1 (ENSNGAG00000006866)	Pate10 (ENSNGAG00000008596)	Pate7 (ENSNGAG00000012302)	ENSNGAG00000007403	Acrv1 (ENSNGAG00000009796)	Chek1 (ENSNGAG00000011330)	Stt3a (ENSNGAG00000001094)	Ei24 (ENSNGAG00000008005)	Fez1 (ENSNGAG00000011753)	Pknox2 (ENSNGAG00000017813)	Tmem218 (ENSNGAG00000005428)	Slc37a2 (ENSNGAG00000019054)	Ccdc15 (ENSNGAG00000017351)	Hepacam (ENSNGAG00000022312) ##22	Robo4 (ENSNGAG00000023244)	Robo3 (ENSNGAG00000021375)	Msantd2 (ENSNGAG00000020716)	Esam (ENSNGAG00000021079)	Vsig2 (ENSNGAG00000000807)	Nrgn (ENSNGAG00000020480)	Spa17 (ENSNGAG00000012396)	Siae (ENSNGAG00000013767)	Tbrg1 (ENSNGAG00000018963)	Panx3 (ENSNGAG00000019745)	ENSNGAG00000020184
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	190			Pate10 (ENSJJAG00000008956)	ENSJJAG00000008228	ENSJJAG00000007666	ENSJJAG00000000042	Acrv1 (ENSJJAG00000024162)	Chek1 (ENSJJAG00000018820)	Stt3a (ENSJJAG00000017318)	Ei24 (ENSJJAG00000015344)	ENSJJAG00000019574	Fez1 (ENSJJAG00000019444)	Pknox2 (ENSJJAG00000019019)	Tmem218 (ENSJJAG00000018579)	Slc37a2 (ENSJJAG00000015861)	Hepacam (ENSJJAG00000015662) ##22	Robo4 (ENSJJAG00000019076)	Robo3 (ENSJJAG00000012565)	Msantd2 (ENSJJAG00000022389)	Esam (ENSJJAG00000023863)	Vsig2 (ENSJJAG00000023365)	Nrgn (ENSJJAG00000023345)	Spa17 (ENSJJAG00000022651)	Siae (ENSJJAG00000020788)	Tbrg1 (ENSJJAG00000020520)	Panx3 (ENSJJAG00000020454)	ENSJJAG00000019544	ENSJJAG00000019340	Or8b8 (ENSJJAG00000014220)	Or8b42 (ENSJJAG00000012000)	ENSJJAG00000011808
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	329	Pus3 (ENSDORG00000001819)	Hyls1 (ENSDORG00000026551)	Pate3 (ENSDORG00000028774)	ENSDORG00000023962	Pate1 (ENSDORG00000009056)	Pate10 (ENSDORG00000025642)	Acrv1 (ENSDORG00000004316)	Chek1 (ENSDORG00000013040)	Stt3a (ENSDORG00000013036)	ENSDORG00000010644	Fez1 (ENSDORG00000008636)	Pknox2 (ENSDORG00000008635)	Tmem218 (ENSDORG00000028050)	Slc37a2 (ENSDORG00000013140)	Ccdc15 (ENSDORG00000004976)	Hepacam (ENSDORG00000013112) ##22	Robo4 (ENSDORG00000011561)	Robo3 (ENSDORG00000010665)	Msantd2 (ENSDORG00000002743)	Esam (ENSDORG00000028051)	Vsig2 (ENSDORG00000002740)	Nrgn (ENSDORG00000002739)	Spa17 (ENSDORG00000023533)	Siae (ENSDORG00000002735)	Tbrg1 (ENSDORG00000002733)	Panx3 (ENSDORG00000002966)	ENSDORG00000027724	ENSDORG00000024857	ENSDORG00000027698	ENSDORG00000027629	ENSDORG00000024038
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629.c	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00950000183375	ENSGT01070000255982	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	75	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000163158.a	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00950000183375	ENSGT01070000255982	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT00940000157325.w.a	ENSGT00390000003710.c.a.a
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	ENSSVLG00005018662	ENSSVLG00005018628	ENSSVLG00005018577	ENSSVLG00005018542	ENSSVLG00005018489	ENSSVLG00005018441	ACRV1 (ENSSVLG00005018355)	ENSSVLG00005018204	ENSSVLG00005017870	EI24 (ENSSVLG00005017492)	FEZ1 (ENSSVLG00005017348)	PKNOX2 (ENSSVLG00005017211)	TMEM218 (ENSSVLG00005017108)	SLC37A2 (ENSSVLG00005016667)	CCDC15 (ENSSVLG00005016619)	HEPACAM (ENSSVLG00005016550) ##22	ROBO4 (ENSSVLG00005016212)	ENSSVLG00005015942	ENSSVLG00005015882	ENSSVLG00005015859	MSANTD2 (ENSSVLG00005015771)	ESAM (ENSSVLG00005015674)	VSIG2 (ENSSVLG00005015545)	NRGN (ENSSVLG00005015507)	SPA17 (ENSSVLG00005015480)	SIAE (ENSSVLG00005015262)	TBRG1 (ENSSVLG00005015166)	PANX3 (ENSSVLG00005015110)	OR8A1 (ENSSVLG00005015091)	OR8B12 (ENSSVLG00005015073)	ENSSVLG00005014960
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.h	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	ENSHGLG00000043553	ENSHGLG00000038580	ENSHGLG00000049645	ENSHGLG00000046035	ENSHGLG00000045533	ENSHGLG00000036192	CHEK1 (ENSHGLG00000002961)	STT3A (ENSHGLG00000002844)	EI24 (ENSHGLG00000009064)	FEZ1 (ENSHGLG00000008368)	ENSHGLG00000050906	PKNOX2 (ENSHGLG00000008049)	TMEM218 (ENSHGLG00000033058)	SLC37A2 (ENSHGLG00000005239)	CCDC15 (ENSHGLG00000004674)	HEPACAM (ENSHGLG00000045085) ##22	ROBO4 (ENSHGLG00000004050)	ENSHGLG00000046842	ENSHGLG00000042522	ENSHGLG00000003744	MSANTD2 (ENSHGLG00000003431)	ENSHGLG00000036570	ESAM (ENSHGLG00000003339)	VSIG2 (ENSHGLG00000003169)	ENSHGLG00000003057	SIAE (ENSHGLG00000002929)	SPA17 (ENSHGLG00000003025)	TBRG1 (ENSHGLG00000002891)	PANX3 (ENSHGLG00000002705)	OR8A1 (ENSHGLG00000020061)	ENSHGLG00000038186
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.h	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00510000050363	ENSGT00690000102487	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374.j	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a.g.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.c	ENSGT01010000222320.a.b.b
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	84	ENSGT00940000158436	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159712	ENSGT00390000008848	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00510000050363	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	86	ENSGT00940000158436	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159712	ENSGT00390000008848	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00510000050363	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B
Elephant	MODERN SPECIES	429	RPUSD4 (ENSLAFG00000005211)	CDON (ENSLAFG00000008045)	DDX25 (ENSLAFG00000000532)	HYLS1 (ENSLAFG00000027766)	PUS3 (ENSLAFG00000000535)	ENSLAFG00000030114	ACRV1 (ENSLAFG00000013378)	CHEK1 (ENSLAFG00000022165)	STT3A (ENSLAFG00000010894)	EI24 (ENSLAFG00000010888)	FEZ1 (ENSLAFG00000010884)	PKNOX2 (ENSLAFG00000010875)	TMEM218 (ENSLAFG00000017335)	ENSLAFG00000017317	CCDC15 (ENSLAFG00000027256)	HEPACAM (ENSLAFG00000014605) ##22	ROBO4 (ENSLAFG00000014592)	ROBO3 (ENSLAFG00000031269)	MSANTD2 (ENSLAFG00000008983)	ESAM (ENSLAFG00000008982)	VSIG2 (ENSLAFG00000008981)	NRGN (ENSLAFG00000008977)	SPA17 (ENSLAFG00000016264)	SIAE (ENSLAFG00000016257)	TBRG1 (ENSLAFG00000016248)	PANX3 (ENSLAFG00000006034)	ENSLAFG00000030621	ENSLAFG00000028289	ENSLAFG00000030568
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00510000048956	ENSGT00390000012586	ENSGT00670000099394	ENSGT01100000263629	ENSGT00510000050146.A	ENSGT00510000050146.B	ENSGT00940000162351	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.d.a
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159712	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00390000005569.w.b.b	ENSGT01100000265970	ENSGT00510000048956	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.b.a.a.b
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159712	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00390000005569.w.b.b	ENSGT01100000265970	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.b.a.a.b
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159712	ENSGT00390000008848	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000005569.w.b.b	ENSGT01100000265970	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a	ENSGT01040000240383.b.b.a	ENSGT01040000240383.a.a.b.a.b.a.a.b
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159712	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00390000005569.w.b.b	ENSGT01100000265970	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000161382	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00390000013374	ENSGT00940000153972.B	ENSGT01040000240383.a.b	ENSGT01010000222320.a.a.b.a.a.a	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.e	ENSGT01010000222320.a.a.a.a.f	ENSGT01040000240383.b.b.a
Common wonbat	MODERN SPECIES	1049	ENSVURG00010022099	ENSVURG00010022101	ENSVURG00010022105	ENSVURG00010022109	ENSVURG00010022111	ENSVURG00010022123	ENSVURG00010022206	CHEK1 (ENSVURG00010022215)	STT3A (ENSVURG00010022234)	EI24 (ENSVURG00010022240)	FEZ1 (ENSVURG00010022244)	PKNOX2 (ENSVURG00010022249)	ENSVURG00010022253	ENSVURG00010022258	ENSVURG00010022270	HEPACAM (ENSVURG00010022273) ##22	ROBO4 (ENSVURG00010022276)	ENSVURG00010022277	ENSVURG00010022278	MSANTD2 (ENSVURG00010022290)	ESAM (ENSVURG00010022293)	VSIG2 (ENSVURG00010022294)	NRGN (ENSVURG00010022295)	ENSVURG00010022299	SIAE (ENSVURG00010022302)	TBRG1 (ENSVURG00010022306)	PANX3 (ENSVURG00010022311)	ENSVURG00010022315	ENSVURG00010022316
Wallaby	MODERN SPECIES	5985																HEPACAM (ENSMEUG00000007813) ##22	ROBO4 (ENSMEUG00000007797)	ROBO3 (ENSMEUG00000007785)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	31											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000161682	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000159305	ENSGT00940000156732	ENSGT00940000157038	ENSGT00530000064712	ENSGT00940000164699	ENSGT00390000017613	ENSGT00390000009488	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000159305	ENSGT00940000156732	ENSGT00940000157038	ENSGT00530000064712	ENSGT00940000164699	ENSGT00390000017613.v	ENSGT00390000017613.u	ENSGT00390000009488	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000159305	ENSGT00940000156732	ENSGT00940000157038	ENSGT00530000064712	ENSGT00940000164699	ENSGT00390000017613.v	ENSGT00390000017613.u	ENSGT00390000009488	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00390000008848	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	166	AEBP1 (ENSSMRG00000003924)	CAPG (ENSSMRG00000004328)	ENSSMRG00000004331	DBNL (ENSSMRG00000004339)	TCF7L1 (ENSSMRG00000004346)	ENSSMRG00000004352	ENSSMRG00000004356	ENSSMRG00000004359	ENSSMRG00000004376	ELMOD3 (ENSSMRG00000004475)	FEZ1 (ENSSMRG00000004481)	PKNOX2 (ENSSMRG00000004499)	TMEM218 (ENSSMRG00000004502)	SLC37A2 (ENSSMRG00000004532)	ENSSMRG00000004538	HEPACAM (ENSSMRG00000004539) ##22
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000159305	ENSGT00940000156732	ENSGT00940000157038	ENSGT00530000064712	ENSGT00940000164699	ENSGT00390000017613.v	ENSGT00390000017613.u	ENSGT00390000009488	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000161418
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000182787.E.d.e.b	ENSGT00940000161682	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000159305	ENSGT00940000156732	ENSGT00940000157038.g	ENSGT00530000064712	ENSGT00940000164699	ENSGT00390000009488	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712.c	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000161418
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00390000012138.a.b	ENSGT00940000161682	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000159305	ENSGT00940000156732	ENSGT00940000157038.g	ENSGT00530000064712	ENSGT00940000164699	ENSGT00390000009488	ENSGT00390000017627.b.k	ENSGT00390000017627.b.l	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00390000008848	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00940000159712.c	ENSGT00940000157114
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00390000012138.a.b	ENSGT00940000161682	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000159305	ENSGT00940000156732	ENSGT00940000157038.g	ENSGT00530000064712	ENSGT00940000164699	ENSGT00390000009488	ENSGT00390000017627.b.k	ENSGT00390000017627.b.l	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00390000008848	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00940000159712.c	ENSGT00940000157114
Lizard	MODERN SPECIES	981							ENSACAG00000040093	ENSACAG00000000810	FEZ1 (ENSACAG00000000745)	ENSACAG00000043098	ENSACAG00000035073	PKNOX2 (ENSACAG00000000635)	TMEM218 (ENSACAG00000037520)	SLC37A2 (ENSACAG00000000548)	ENSACAG00000028857	HEPACAM (ENSACAG00000000481) ##22	ENSACAG00000000438	ENSACAG00000000237	MSANTD2 (ENSACAG00000000234)	ESAM (ENSACAG00000000227)	VSIG2 (ENSACAG00000003136)
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	31											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	32											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000155457	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	29											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	42											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682
painted turtle	MODERN SPECIES	758												PKNOX2 (ENSCPBG00000011418)	TMEM218 (ENSCPBG00000011410)	SLC37A2 (ENSCPBG00000011407)	ENSCPBG00000011404	HEPACAM (ENSCPBG00000011400) ##22	ENSCPBG00000011395	ENSCPBG00000011392	MSANTD2 (ENSCPBG00000011390)	ESAM (ENSCPBG00000011387)	VSIG2 (ENSCPBG00000011385)	NRGN (ENSCPBG00000011379)	SPA17 (ENSCPBG00000011376)	SIAE (ENSCPBG00000011181)	PANX3 (ENSCPBG00000011177)	RPUSD4 (ENSCPBG00000011175)	PUS3 (ENSCPBG00000011173)	HYLS1 (ENSCPBG00000011169)	DDX25 (ENSCPBG00000011165)	CDON (ENSCPBG00000011161)	CHEK1 (ENSCPBG00000011154)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	35											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	26											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00940000161544	ENSGT00440000039324	ENSGT00440000039164	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000163088
Aves	ANCESTRAL SPECIES	32											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT01030000236275	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	29											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000168265	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT01030000236275	ENSGT00940000163088
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	29											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT01030000236275	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000153566.b	ENSGT00940000156937	ENSGT00940000155900	ENSGT00940000160304	ENSGT00940000158679	ENSGT00950000182856.b	ENSGT00940000155801	ENSGT00940000159642	ENSGT00940000153306.A.b	ENSGT00940000154596.b.x.c.b	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457.p.a	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT01030000236275	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000153566.b	ENSGT00940000156937	ENSGT00940000155900	ENSGT00940000160304	ENSGT00940000158679	ENSGT00950000182856.b	ENSGT00940000155801	ENSGT00940000159642	ENSGT00940000153306.A.b	ENSGT00940000154596.b.x.c.b	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457.p.a	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT01030000236275	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153566.b	ENSGT00940000156937	ENSGT00940000155900	ENSGT00940000160304	ENSGT00940000158679	ENSGT00950000182856.b	ENSGT00940000155801	ENSGT00940000159642	ENSGT00940000153306.A.b	ENSGT00940000154596.b.x.c.b	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457.p.a	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT01030000236275	ENSGT00940000157114
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153566.b	ENSGT00940000156937	ENSGT00940000155900	ENSGT00940000160304	ENSGT00940000158679	ENSGT00950000182856.b	ENSGT00940000155801	ENSGT00940000159642	ENSGT00940000153306.A.b	ENSGT00940000154596.b.x.c.b	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000164559.A	ENSGT00940000155457.p.a	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00940000174459	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00940000159712	ENSGT01030000236275	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	32											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000173276	ENSGT00390000010608	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT00940000159712	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655
Kakapo	MODERN SPECIES	7	ZBTB44 (ENSSHBG00005015223)	ENSSHBG00005014771	NFRKB (ENSSHBG00005014722)	PRDM10 (ENSSHBG00005011217)	APLP2 (ENSSHBG00005010668)	ENSSHBG00005019832	TMEM45B (ENSSHBG00005019820)	BARX2 (ENSSHBG00005019819)	ARHGAP32 (ENSSHBG00005019818)	ENSSHBG00005019816	FEZ1 (ENSSHBG00005019814)	PKNOX2 (ENSSHBG00005019809)	TMEM218 (ENSSHBG00005019806)	SLC37A2 (ENSSHBG00005019658)	ENSSHBG00005019646	HEPACAM (ENSSHBG00005019645) ##22	ENSSHBG00005019643	ENSSHBG00005019642	MSANTD2 (ENSSHBG00005019641)	ESAM (ENSSHBG00005019639)	NRGN (ENSSHBG00005019638)	SIAE (ENSSHBG00005019603)	PANX3 (ENSSHBG00005019602)	RPUSD4 (ENSSHBG00005019601)	ENSSHBG00005019600	PUS3 (ENSSHBG00005019597)	DDX25 (ENSSHBG00005019594)	CDON (ENSSHBG00005019569)	FLI1 (ENSSHBG00005019552)	KCNJ1 (ENSSHBG00005019544)	KCNJ5 (ENSSHBG00005019542)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	27											ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633	ENSGT00390000006114
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158893	ENSGT00390000003924	ENSGT00510000048428	ENSGT00390000010215.B	ENSGT00550000074936	ENSGT00390000006114	ENSGT00390000018633	ENSGT00940000156655	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000157114	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00390000016247	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	270	ST3GAL4 (ENSABRG00000019165)	TIRAP (ENSABRG00000019148)	DCPS (ENSABRG00000019081)	FAM118B (ENSABRG00000019047)	SRPRA (ENSABRG00000019037)	FOXRED1 (ENSABRG00000019029)	EI24 (ENSABRG00000019025)	STT3A (ENSABRG00000019012)	CHEK1 (ENSABRG00000018996)	CDON (ENSABRG00000018975)	FEZ1 (ENSABRG00000018964)	PKNOX2 (ENSABRG00000018955)	ENSABRG00000018949	SLC37A2 (ENSABRG00000018926)	ENSABRG00000018914	HEPACAM (ENSABRG00000018908) ##22	ENSABRG00000018903	ENSABRG00000018884	MSANTD2 (ENSABRG00000018874)	ESAM (ENSABRG00000018863)	NRGN (ENSABRG00000018861)	PANX3 (ENSABRG00000018854)	RPUSD4 (ENSABRG00000018849)	PUS3 (ENSABRG00000018842)	HYLS1 (ENSABRG00000018839)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	27						ENSGT00530000063764.b	ENSGT00390000011424	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00390000009083	ENSGT00940000153635.A	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265.a	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT01080000259788	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	26						ENSGT00530000063764.b	ENSGT00390000011424	ENSGT01020000230360.c.a	ENSGT00390000009083	ENSGT00940000153635.A	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000158793	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00940000168265.a	ENSGT00940000155457	ENSGT00390000013593	ENSGT00940000157231	ENSGT00440000039324	ENSGT01080000259788	ENSGT00940000153972.B	ENSGT00940000158436	ENSGT00950000183160.A	ENSGT00390000008848	ENSGT01100000263551.b.b.a ##22	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000156655	ENSGT00390000018633
Chicken	MODERN SPECIES	16							C2CD2L (ENSGALG00010024354)	DPAGT1 (ENSGALG00010024368)	HMBS (ENSGALG00010024403)	H2AFX (ENSGALG00010024361)	VPS11 (ENSGALG00010026433)	SIK2 (ENSGALG00010024415)	FEZ1 (ENSGALG00010024431)	PKNOX2 (ENSGALG00010024440)	ENSGALG00010024511	HEPACAM (ENSGALG00010024521) ##22	ENSGALG00010024535	ROBO3 (ENSGALG00010024561)	MSANTD2 (ENSGALG00010024620)	ENSGALG00010024629	NRGN (ENSGALG00010024633)	ENSGALG00010024635	PANX3 (ENSGALG00010024636)	RPUSD4 (ENSGALG00010024647)	PUS3 (ENSGALG00010024652)	HYLS1 (ENSGALG00010024656)	ENSGALG00010024661 ##22	CDON (ENSGALG00010023809)	CHEK1 (ENSGALG00010023828)	STT3A (ENSGALG00010023837)	EI24 (ENSGALG00010023879)
Japanese quail	MODERN SPECIES	16					C2CD2L (ENSCJPG00005005177)	DPAGT1 (ENSCJPG00005005185)	H2AX (ENSCJPG00005005189)	HMBS (ENSCJPG00005005191)	VPS11 (ENSCJPG00005005379)	SIK2 (ENSCJPG00005005385)	FEZ1 (ENSCJPG00005005389)	PKNOX2 (ENSCJPG00005005396)	ENSCJPG00005005411	SLC37A2 (ENSCJPG00005005418)	ENSCJPG00005005429	HEPACAM (ENSCJPG00005005431) ##22	ENSCJPG00005005446	ENSCJPG00005005447	MSANTD2 (ENSCJPG00005005523)	ESAM (ENSCJPG00005005527)	NRGN (ENSCJPG00005005533)	ENSCJPG00005005536	PANX3 (ENSCJPG00005005541)	RPUSD4 (ENSCJPG00005005543)	PUS3 (ENSCJPG00005005547)	HYLS1 (ENSCJPG00005005550)	ENSCJPG00005005551 ##22	CDON (ENSCJPG00005005577)	CHEK1 (ENSCJPG00005005689)	STT3A (ENSCJPG00005005693)	EI24 (ENSCJPG00005005702)
Coelacanth	MODERN SPECIES	311	FAM118B (ENSLACG00000017746)	ILVBL (ENSLACG00000017679)	DDX25 (ENSLACG00000017651)	ENSLACG00000017585	CDON (ENSLACG00000017354)	CHEK1 (ENSLACG00000016703)	STT3A (ENSLACG00000016620)	EI24 (ENSLACG00000016527)	ENSLACG00000016431	FEZ1 (ENSLACG00000016300)	PKNOX2 (ENSLACG00000015873)	TMEM218 (ENSLACG00000014982)	ENSLACG00000014766	SLC37A2 (ENSLACG00000014471)	ENSLACG00000014274	HEPACAM (ENSLACG00000014010) ##22	ENSLACG00000013539	ENSLACG00000013255	robo3 (ENSLACG00000011447)	MSANTD2 (ENSLACG00000008747)	ESAM (ENSLACG00000007587)	VSIG2 (ENSLACG00000007181)	NRGN (ENSLACG00000006491)	ENSLACG00000004780	bsx (ENSLACG00000002680)	ENSLACG00000022407
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	108	ENSGT00940000161544	ENSGT00390000017627.b	ENSGT00940000157590	ENSGT00390000013297	ENSGT00950000183064.a.b.a	ENSGT00940000153566.b	ENSGT00940000156937	ENSGT00940000155900	ENSGT00870000136493.d	ENSGT00390000009255	ENSGT00940000164937	ENSGT00940000156649	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a	ENSGT00390000012008	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162	ENSGT00940000157662	ENSGT00940000159111	ENSGT00530000063405.b	ENSGT00960000189385	ENSGT00950000183155.a.a.a.b
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	109	ENSGT00940000158893	ENSGT01080000257365.b.a.b.a.b	ENSGT00990000203615.b.b	ENSGT00940000158261	ENSGT00940000159519	ENSGT00950000182818.C	ENSGT00940000157126	ENSGT00940000159663	ENSGT00870000136493.d	ENSGT00390000009255	ENSGT00940000164937	ENSGT00940000156649	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324	ENSGT01100000263551.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a	ENSGT00390000012008	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162	ENSGT00940000157662	ENSGT00940000159111
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00390000001844.a.b.b	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00940000166045	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00390000007799
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	363										ENSGT00940000156445.o.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.e
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	134											ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00940000166045	ENSGT00990000204269	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00940000154849.a	ENSGT00940000160764	ENSGT00940000155206	ENSGT00390000016209
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160797	ENSGT00390000012668.h	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b.g	ENSGT00940000156445.o.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.a.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT00390000015063
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160797	ENSGT00390000012668.h	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b.g	ENSGT00940000156445.o.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00990000204269	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.a.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT00390000015063
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160797	ENSGT00390000012668.h	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b.g	ENSGT00940000156445.o.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00990000204269	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.a.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT00390000015063
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00390000002905	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160797	ENSGT00390000012668.h	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b.g	ENSGT00940000156445.o.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00990000204269	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00940000163149.b.d	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.a.a	ENSGT00530000063743.b
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	2	ENSPNAG00000014794	TOMM40L (ENSPNAG00000014799)	ufc1 (ENSPNAG00000014824)	gig2p (ENSPNAG00000014831)	fdxacb1 (ENSPNAG00000003284)	alg9 (ENSPNAG00000014895)	ppp2r1ba (ENSPNAG00000003330)	sik2a (ENSPNAG00000015014)	LAYN (ENSPNAG00000003347)	hoatz (ENSPNAG00000015042)	btg4 (ENSPNAG00000015045)	ENSPNAG00000015059	drd2b (ENSPNAG00000003365)	zgc:113176 (ENSPNAG00000003369)	nrgna (ENSPNAG00000015121)	HEPACAM (ENSPNAG00000003371) ##22	ENSPNAG00000015153	slc37a2 (ENSPNAG00000015158)	ENSPNAG00000006902	OAF (ENSPNAG00000015227)	pou2f3 (ENSPNAG00000015295)	zgc:194948 (ENSPNAG00000015313)	foxr1 (ENSPNAG00000015339)	cenatac (ENSPNAG00000015376)	ENSPNAG00000006419	tlcd5b (ENSPNAG00000015472)	ENSPNAG00000015555	ENSPNAG00000015619	mis12 (ENSPNAG00000015631)	derl2 (ENSPNAG00000015646)	rabep1 (ENSPNAG00000015790)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160797	ENSGT00390000012668.h	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b.g	ENSGT00940000156445.o.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.a.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT00390000015063
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	162			ENSGT00940000160797.a	ENSGT00390000012668.h.b	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196.w.a	ENSGT00940000163496.b.a.a.a	ENSGT00940000160701.a	ENSGT00950000183090.D.e.a	ENSGT00950000183066.a.a.b.g.a	ENSGT00940000156445.o.b.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182952.A.a.b	ENSGT00990000204269.d	ENSGT00940000155539.a.a.m.b	ENSGT01100000263551.a.a.a ##22	ENSGT00500000044966.b	ENSGT00940000158657.a	ENSGT00940000155587.a.a.a.a	ENSGT00940000157627.d	ENSGT00940000162993.g	ENSGT00390000007799.d	ENSGT00940000157662.g.a.h	ENSGT00390000008162.e.b	ENSGT00940000155838.f.d	ENSGT00390000018665.x	ENSGT00530000063156.a.a.a.c	ENSGT00530000063743.b.d	ENSGT00390000015063.c	ENSGT00950000183012.B.a.f	ENSGT00390000005003.e
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES			ENSGT00940000157434.d.b	ENSGT00940000160797.a	ENSGT00390000012668.h.b	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196.w.a	ENSGT00940000163496.b.a.a.a	ENSGT00940000160701.a	ENSGT00950000183090.D.e.a	ENSGT00950000183066.a.a.b.g.a	ENSGT00940000156445.o.b.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182952.A.a.b	ENSGT00990000204269.d	ENSGT00940000155539.a.a.m.b	ENSGT01100000263551.a.a.a ##22	ENSGT00940000155587.a.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627.d	ENSGT00940000162993.g	ENSGT00390000007799.d	ENSGT00940000157662.g.a.h	ENSGT00390000008162.e.b	ENSGT00940000155838.f.d	ENSGT00390000018665.x	ENSGT00530000063156.a.a.a.c	ENSGT00530000063743.b.d	ENSGT00390000015063.c	ENSGT00950000183012.B.a.f	ENSGT00390000005003.e	ENSGT00940000153392.b.b.i
Common carp reference	MODERN SPECIES	15	gig2p (ENSCCRG00000061576)	fdxacb1 (ENSCCRG00000031790)	alg9 (ENSCCRG00000031793)	ppp2r1ba (ENSCCRG00000031822)	sik2a (ENSCCRG00000033370)	LAYN (ENSCCRG00000066920)	btg4 (ENSCCRG00000033493)	ENSCCRG00000018243	ENSCCRG00000060907	ENSCCRG00000074694	drd2b (ENSCCRG00000003799)	ENSCCRG00000057212	ENSCCRG00000061605	ENSCCRG00000059471	nrgna (ENSCCRG00000050718)	ENSCCRG00000050721 ##22	slc37a2 (ENSCCRG00000024608)	ENSCCRG00000024634	ENSCCRG00000081782	pou2f3 (ENSCCRG00000025122)	foxr1 (ENSCCRG00000040825)	cenatac (ENSCCRG00000038611)	ENSCCRG00000038630	tlcd5b (ENSCCRG00000077177)	ENSCCRG00000076547	ENSCCRG00000032620	mis12 (ENSCCRG00000064838)	derl2 (ENSCCRG00000067955)	rabep1 (ENSCCRG00000045844)	nup88 (ENSCCRG00000030730)	ENSCCRG00000082137
Goldfish	MODERN SPECIES	23	bicdl2 (ENSCARG00000008775)	crfb12 (ENSCARG00000008770)	TOMM40L (ENSCARG00000008762)	ufc1 (ENSCARG00000008754)	gig2p (ENSCARG00000008753)	fdxacb1 (ENSCARG00000008749)	alg9 (ENSCARG00000008599)	ppp2r1ba (ENSCARG00000007300)	sik2a (ENSCARG00000005918)	LAYN (ENSCARG00000005819)	btg4 (ENSCARG00000005791)	ENSCARG00000005784	ENSCARG00000024549	drd2b (ENSCARG00000024532)	nrgna (ENSCARG00000024510)	HEPACAM (ENSCARG00000024503) ##22	ENSCARG00000024493	slc37a2 (ENSCARG00000024191)	ENSCARG00000024159	pou2f3 (ENSCARG00000024085)	foxr1 (ENSCARG00000024075)	cenatac (ENSCARG00000024061)	ENSCARG00000022317	tlcd5b (ENSCARG00000022245)	ENSCARG00000022208	mis12 (ENSCARG00000022196)	derl2 (ENSCARG00000022190)	rabep1 (ENSCARG00000020618)	nup88 (ENSCARG00000020528)	ENSCARG00000020518	prkrip1 (ENSCARG00000020510)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	21					ENSGT00390000008196.w.b	ENSGT00940000163496.b.a.a.b	ENSGT00940000160701.b	ENSGT00950000183090.D.e.b	ENSGT00950000183066.a.a.b.g.b	ENSGT00940000156445.o.b.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a.a	ENSGT00950000182952.A.a.a	ENSGT00990000204269.c	ENSGT00940000155539.a.a.m.a	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a.b ##22	ENSGT00500000044966.a	ENSGT00940000158657.b	ENSGT00940000155587.a.a.a.b	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627.c	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993.h	ENSGT00390000007799.c.a.a	ENSGT00940000157662.g.a.g	ENSGT00390000008162.e.a	ENSGT00940000155838.f.c	ENSGT00390000018665.w	ENSGT00530000063156.a.a.a.d	ENSGT00530000063743.b.c	ENSGT00390000015063.d
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	75						ENSGT00940000163496.b.a.a.b	ENSGT00940000160701.b	ENSGT00950000183090.D.e.b	ENSGT00950000183066.a.a.b.g.b	ENSGT00940000156445.o.b.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a.a	ENSGT00950000182952.A.a.a	ENSGT00990000204269.c	ENSGT00940000155539.a.a.m.a	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a.b ##22	ENSGT00500000044966.a	ENSGT00940000158657.a	ENSGT00940000155587.a.a.a.b	ENSGT00940000157627.c	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000162993.h	ENSGT00390000007799.c.a.a	ENSGT00940000157662.g.a.g	ENSGT00390000008162.e.a	ENSGT00940000155838.f.c	ENSGT00390000018665.w	ENSGT00530000063156.a.a.a.d	ENSGT00530000063743.b.c	ENSGT00390000015063.d	ENSGT00950000183012.B.a.e
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	566												ENSSGRG00000052595	btg4 (ENSSGRG00000052597)	drd2b (ENSSGRG00000052600)	nrgna (ENSSGRG00000052602)	HEPACAM (ENSSGRG00000052603) ##22	ENSSGRG00000052604	slc37a2 (ENSSGRG00000052607)	ENSSGRG00000052635	OAF (ENSSGRG00000052637)	pou2f3 (ENSSGRG00000052638)	zgc:194948 (ENSSGRG00000052639)	foxr1 (ENSSGRG00000052640)	cenatac (ENSSGRG00000052641)	ENSSGRG00000052642	tlcd5b (ENSSGRG00000052649)	ENSSGRG00000052650
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	85	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	44												ENSGT00390000000083.b	ENSGT00390000006659	ENSGT00800000125277	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000007799	ENSGT00390000006115	ENSGT00940000162993	ENSGT00940000160014	ENSGT00940000157317	ENSGT00390000006208.a	ENSGT00940000156758.w.a.a.a	ENSGT00940000173997
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000159782.b.a	ENSGT00940000155677.b.i.a	ENSGT01090000260061.c.b.id.b	ENSGT00820000127055.a.b.b	ENSGT00940000161370.b	ENSGT00940000153571.a.h	ENSGT00940000154495.a.b.a	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.e	ENSGT00940000155545.b.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.c	ENSGT00530000063405.b.f.e	ENSGT00390000000083.b	ENSGT00390000006659.db	ENSGT00800000125277	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a.c ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657.g	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a.c	ENSGT00940000157627.e	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a.b	ENSGT00940000159111.j	ENSGT00390000007799	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.e	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000160014.d	ENSGT00940000157317.m	ENSGT00390000006208.a.i	ENSGT00940000173997
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000159782.b.a	ENSGT00940000155677.b.i.a	ENSGT01090000260061.c.b.id.b	ENSGT00820000127055.a.b.b	ENSGT00940000161370.b	ENSGT00940000153571.a.h	ENSGT00940000154495.a.b.a	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.e	ENSGT00940000155545.b.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.c	ENSGT00530000063405.b.f.e	ENSGT00390000000083.b	ENSGT00390000006659.db	ENSGT00800000125277	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a.c ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657.g	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a.c	ENSGT00940000157627.e	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a.b	ENSGT00940000159111.j	ENSGT00390000007799	ENSGT00390000006115	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.e	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000160014.d	ENSGT00940000157317.m	ENSGT00390000006208.a.i
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156648.c.a.a	ENSGT00940000159782.b.a	ENSGT00940000155677.b.i.a	ENSGT01090000260061.c.b.id.b	ENSGT00820000127055.a.b.b	ENSGT00940000153571.a.h	ENSGT00940000154495.a.b.a	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.e	ENSGT00940000155545.b.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.c	ENSGT00530000063405.b.f.e	ENSGT00390000000083.b	ENSGT00390000006659.db	ENSGT00800000125277	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a.c ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657.g	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a.c	ENSGT00940000157627.e	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a.b	ENSGT00940000159111.j	ENSGT00390000007799	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.e	ENSGT00390000006115	ENSGT00940000160014.d	ENSGT00940000157317.m	ENSGT00390000006208.a.i	ENSGT00940000173997
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	23	ENSSSAG00000105016	ENSSSAG00000080079	ENSSSAG00000116408	ENSSSAG00000120351	ENSSSAG00000008487	ENSSSAG00000008509	ENSSSAG00000099779	ENSSSAG00000106256	ENSSSAG00000008532	ENSSSAG00000086558	mina (ENSSSAG00000008878)	ENSSSAG00000088812	ENSSSAG00000112858	ENSSSAG00000089371	NEUG (ENSSSAG00000009082)	ENSSSAG00000009095 ##22	ENSSSAG00000090678	ENSSSAG00000009351	ENSSSAG00000037950	OAF (ENSSSAG00000118800)	pou2f3 (ENSSSAG00000039114)	ENSSSAG00000084996	tlcd5b (ENSSSAG00000084363)	ARHGEF12 (ENSSSAG00000039510)	GRIK4 (ENSSSAG00000040220)	cenatac (ENSSSAG00000041880)	ENSSSAG00000100142	zgc:194948 (ENSSSAG00000041918)	ncf1 (ENSSSAG00000041940)	rcc1l (ENSSSAG00000042111)	castor2 (ENSSSAG00000042315)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000159782.b.a	ENSGT00940000155677.b.i.a	ENSGT01090000260061.c.b.id.b	ENSGT00820000127055.a.b.b	ENSGT00940000161370.b	ENSGT00940000153571.a.h	ENSGT00940000154495.a.b.a	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.e	ENSGT00940000155545.b.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.c	ENSGT00530000063405.b.f.e	ENSGT00390000000083.b	ENSGT00390000006659.db	ENSGT00800000125277	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a.c ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657.g	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a.c	ENSGT00940000157627.e	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a.b	ENSGT00940000159111.j	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000178427	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.e	ENSGT00390000006115	ENSGT00940000160014.d	ENSGT00940000157317.m	ENSGT00390000006208.a.i
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000155677.b.i.a	ENSGT01090000260061.c.b.id.b	ENSGT00820000127055.a.b.b	ENSGT00940000161370.b	ENSGT00940000153571.a.h	ENSGT00940000154495.a.b.a	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.e	ENSGT00940000161289.n.a.b	ENSGT00940000155545.b.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.c	ENSGT00530000063405.b.f.e	ENSGT00390000000083.b	ENSGT00390000006659.db	ENSGT00800000125277	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a.c ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657.g	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a.c	ENSGT00940000157627.e	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a.b	ENSGT00970000193754.a.a	ENSGT00940000159111.j	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000178427	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.e	ENSGT00390000006115	ENSGT00940000160014.d	ENSGT00940000157317.m
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	1101														ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a.d ##22	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156648.c.a.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00940000155677.b.i.b	ENSGT01090000260061.c.b.id.a	ENSGT00820000127055.a.b.a	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00530000063405.b.f.f	ENSGT00940000161847.b.a.e.a.b.a.a	ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.b.j	ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a.d ##22	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00390000012008.a.d	ENSGT00940000157627.f	ENSGT00940000157662.g.a.a	ENSGT00940000162993	ENSGT00940000160014.c	ENSGT00940000157317.n	ENSGT00390000006208.a.j	ENSGT00940000156758.w.a.a.a	ENSGT01090000260030.a.b.a.b.b.b.c.b	ENSGT00990000203615.b.b.a	ENSGT00940000157126.f.c	ENSGT00940000164937.a.b.c	ENSGT00940000156649.c.b.f
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00940000155677.b.i.b	ENSGT00940000155677.b.j	ENSGT01090000260061.c.b.id.a	ENSGT00820000127055.a.b.a	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00530000063405.b.f.f	ENSGT00940000161847.b.a.e.a.b.a.a	ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.b.j	ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a.d ##22	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00390000012008.a.d	ENSGT00940000157627.f	ENSGT00940000157662.g.a.a	ENSGT00940000162993	ENSGT00940000160014.c	ENSGT00940000157317.n	ENSGT00390000006208.a.j	ENSGT00940000156758.w.a.a.a	ENSGT00940000158479.f	ENSGT00940000157641.l	ENSGT00940000159414.f.b	ENSGT00940000159426.u.b	ENSGT01030000234556.a.b.a.g
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156648.c.a.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00940000155677.b.j	ENSGT01090000260061.c.b.id.a	ENSGT00820000127055.a.b.a	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00530000063405.b.f.f.a	ENSGT00940000161847.b.a.e.a.b.a.a	ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.b.j	ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a.d ##22	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00390000012008.a.d	ENSGT00940000157627.f	ENSGT00940000157662.g.a.a	ENSGT00940000162993	ENSGT01000000222024	ENSGT00940000160014.c	ENSGT00940000157317.n	ENSGT00390000006208.a.j	ENSGT00940000156758.w.a.a.a	ENSGT00940000158479.f	ENSGT00940000157641.l	ENSGT00940000159414.f.a	ENSGT00940000159426.u.b
Chinook salmon	DUPLICATION
Coho salmon	MODERN SPECIES	26	elmod1 (ENSOKIG00005006729)	gria4b (ENSOKIG00005006992)	ywhae2 (ENSOKIG00005009953)	CRK (ENSOKIG00005009974)	ENSOKIG00005009989	ENSOKIG00005009997	ENSOKIG00005010006	ENSOKIG00005010018	ENSOKIG00005010092	TECTA (ENSOKIG00005010404)	TBCEL (ENSOKIG00005010538)	ENSOKIG00005010556	ENSOKIG00005010598	TIPRL (ENSOKIG00005010840)	nrgna (ENSOKIG00005010847)	HEPACAM (ENSOKIG00005010854) ##22	slc37a2 (ENSOKIG00005010987)	ENSOKIG00005012916	OAF (ENSOKIG00005012924)	pou2f3 (ENSOKIG00005012930)	ARHGEF12 (ENSOKIG00005012991)	ENSOKIG00005013271	foxr1 (ENSOKIG00005013275)	ENSOKIG00005013284	ncf1 (ENSOKIG00005013312)	rcc1l (ENSOKIG00005013411)	ENSOKIG00005013458	castor2 (ENSOKIG00005013467)	DOC2B (ENSOKIG00005013518)	ENSOKIG00005030240	tmem132e (ENSOKIG00005030279)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000156648.c.a.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00940000155677.b.i.b	ENSGT01090000260061.c.b.id.a	ENSGT00820000127055.a.b.a	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00530000063405.b.f.f	ENSGT00940000161847.b.a.e.a.b.a.a	ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.b.j	ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.a.d ##22	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00390000012008.a.d	ENSGT00940000157627.f	ENSGT00940000157662.g.a.a	ENSGT00940000162993	ENSGT00940000160014.c	ENSGT00940000157317.n	ENSGT00390000006208.a.j	ENSGT00940000156758.w.a.a.a	ENSGT00940000153883.b.j	ENSGT00940000156492.l	ENSGT00940000158479.f	ENSGT00940000157641.l	ENSGT00940000159414.f
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.a.a ##22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01100000263551.a.a ##22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	40									ENSGT00390000012905.d	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000013836	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000016427	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000164883	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000154248.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT00940000157670	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000156093.e.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	214	h2ax (ENSHCOG00000002170)	hspb9l (ENSHCOG00000002178)	fam53c (ENSHCOG00000002185)	slbp2 (ENSHCOG00000002192)	zmat2 (ENSHCOG00000002199)	lcp2a (ENSHCOG00000002220)	ENSHCOG00000002240	ENSHCOG00000002248	mybbp1a (ENSHCOG00000002264)	tbl2 (ENSHCOG00000002274)	ENSHCOG00000002292	ENSHCOG00000002304	zw10 (ENSHCOG00000002315)	mks1 (ENSHCOG00000002331)	ap2b1 (ENSHCOG00000000069)	HEPACAM (ENSHCOG00000002403) ##22	tmem120aa (ENSHCOG00000002417)	ENSHCOG00000002428	CBL (ENSHCOG00000002435)	alkbh4 (ENSHCOG00000002438)	lrwd1 (ENSHCOG00000002455)	bckdk (ENSHCOG00000002480)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00950000185259	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00950000185259	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00950000185259	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00940000169096	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	59													ENSGT00390000016427	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000164883	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000154248.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT00940000157670	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00550000075101.q
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	50	ENSKMAG00000018731	ENSKMAG00000018693	fgfr4 (ENSKMAG00000018622)	znf346 (ENSKMAG00000018586)	zgc:56585 (ENSKMAG00000018562)	LARP1 (ENSKMAG00000018468)	faxdc2 (ENSKMAG00000018433)	macroh2a1 (ENSKMAG00000018406)	pitx1 (ENSKMAG00000018375)	ENSKMAG00000018318	txndc15 (ENSKMAG00000018287)	ENSKMAG00000018266	zw10 (ENSKMAG00000018219)	mks1 (ENSKMAG00000018151)	ap2b1 (ENSKMAG00000017993)	HEPACAM (ENSKMAG00000017945) ##22	styxl1 (ENSKMAG00000017915)	tmem120aa (ENSKMAG00000017865)	ENSKMAG00000017837 ##12	ENSKMAG00000017788	CBL (ENSKMAG00000017742)	alkbh4 (ENSKMAG00000017732)	lrwd1 (ENSKMAG00000017709)	bckdk (ENSKMAG00000017680)	orai2 (ENSKMAG00000017667)	USP28 (ENSKMAG00000017634)	HTR3B (ENSKMAG00000017606)	HTR3A (ENSKMAG00000017587)	zbtb16a (ENSKMAG00000017553)	ncam1a (ENSKMAG00000017383)	cadm1a (ENSKMAG00000017298)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1620	pigw (ENSNFUG00015015372)	ggnbp2 (ENSNFUG00015015389)	DHRS11A (ENSNFUG00015015459)	ENSNFUG00015015489	FLOT2 (ENSNFUG00015015572)	ERAL1 (ENSNFUG00015015746)	fam222ba (ENSNFUG00015015803)	trpv1 (ENSNFUG00015015868)	SHPK (ENSNFUG00015016521)	emc6 (ENSNFUG00015016527)	p2rx5 (ENSNFUG00015016547)	ENSNFUG00015016586	zw10 (ENSNFUG00015016602)	MKS1 (ENSNFUG00015016919)	AP2B1 (ENSNFUG00015017314)	HEPACAM (ENSNFUG00015017506) ##22	ENSNFUG00015017548	DBN1 (ENSNFUG00015017576)	BX927237.2 (ENSNFUG00015017766)	GRK6 (ENSNFUG00015017890)	NOP16 (ENSNFUG00015020776)	ENSNFUG00015020777	ENSNFUG00015020782	WWC1 (ENSNFUG00015020792)	RARS (ENSNFUG00015020885)	ENSNFUG00015021045	ENSNFUG00015021051	SGCD (ENSNFUG00015021053)	MRPL22 (ENSNFUG00015021063)	ENSNFUG00015021067	GEMIN5 (ENSNFUG00015021073)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000006114	ENSGT00990000203615.b.b.a	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT01030000234556.a.b.a	ENSGT00940000163875.a.b.b	ENSGT00390000009554	ENSGT00940000157662.g.a
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.a.b.a.b.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000006114	ENSGT00990000203615.b.b.a	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT01030000234556.a.b.a	ENSGT00940000163875.a.b.b
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.a.b.a.b.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000006114	ENSGT00990000203615.b.b.a	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT01030000234556.a.b.a	ENSGT00940000163875.a.b.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.a.b.a.b.b.a.a.b.b.a.b	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000006114	ENSGT00990000203615.b.b.a	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT01030000234556.a.b.a	ENSGT00940000163875.a.b.b
Amazon molly	MODERN SPECIES	393	sc5d (ENSPFOG00000016232)	cadm1a (ENSPFOG00000016257)	ncam1a (ENSPFOG00000016319)	zbtb16a (ENSPFOG00000016496)	HTR3A (ENSPFOG00000016513)	HTR3B (ENSPFOG00000016571)	USP28 (ENSPFOG00000016610)	orai2 (ENSPFOG00000016719)	bckdk (ENSPFOG00000016728)	lrwd1 (ENSPFOG00000016751)	alkbh4 (ENSPFOG00000016780)	CBL (ENSPFOG00000016793)	ENSPFOG00000016824	tmem120aa (ENSPFOG00000016887)	styxl1 (ENSPFOG00000022292)	HEPACAM (ENSPFOG00000016926) ##22	CAPN5 (ENSPFOG00000016938)	ompb (ENSPFOG00000020859)	MYO7A (ENSPFOG00000017038)	ENSPFOG00000017311	ENSPFOG00000017383	ENSPFOG00000020860	ENSPFOG00000023805
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	117											ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000157247.b	ENSGT00940000166878	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000006114	ENSGT00990000203615.b.b.a	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT01030000234556.a.b.a	ENSGT00940000163875.a.b.b
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000018533	ENSGT00940000157884	ENSGT00950000185259	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT00500000044950	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000013836	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000016427	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000154248.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT00940000157670	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00390000013989.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000018533	ENSGT00940000157884	ENSGT00950000185259	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT00500000044950	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000013836	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000016427	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000154248.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT00940000157670	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00390000013989.b
Indian medaka	MODERN SPECIES	4	SMG8 (ENSOMEG00000002847)	ppm1e (ENSOMEG00000002835)	ENSOMEG00000002824	ENSOMEG00000002805	pou2f3 (ENSOMEG00000002799)	slc37a2 (ENSOMEG00000002775)	ENSOMEG00000000053	ENSOMEG00000002718	ENSOMEG00000000051	mybbp1a (ENSOMEG00000002701)	tbl2 (ENSOMEG00000002689)	ENSOMEG00000002678	zw10 (ENSOMEG00000002657)	mks1 (ENSOMEG00000002644)	ap2b1 (ENSOMEG00000002625)	HEPACAM (ENSOMEG00000002587) ##22	tmem120aa (ENSOMEG00000002571)	ENSOMEG00000001041	lrwd1 (ENSOMEG00000002529)	CBL (ENSOMEG00000002516)	alkbh4 (ENSOMEG00000002505)	bckdk (ENSOMEG00000002498)	orai2 (ENSOMEG00000002487)	USP28 (ENSOMEG00000002475)	ENSOMEG00000000648	HTR3A (ENSOMEG00000002452)	zbtb16a (ENSOMEG00000002434)	ncam1a (ENSOMEG00000002424)	ENSOMEG00000002402	ENSOMEG00000002397	cadm1a (ENSOMEG00000002384)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	5	KCNJ15 (ENSOJAG00000008158)	SMG8 (ENSOJAG00000008152)	ENSOJAG00000008133	ppm1e (ENSOJAG00000008124)	TRIM37 (ENSOJAG00000008065)	pou2f3 (ENSOJAG00000008034)	ENSOJAG00000005693	ENSOJAG00000005480	ENSOJAG00000005432	ENSOJAG00000005423	ENSOJAG00000005323	ENSOJAG00000005311	zw10 (ENSOJAG00000005116)	mks1 (ENSOJAG00000005025)	ap2b1 (ENSOJAG00000004766)	HEPACAM (ENSOJAG00000004591) ##22	tmem120aa (ENSOJAG00000004417)	ENSOJAG00000004377	CBL (ENSOJAG00000004198)	alkbh4 (ENSOJAG00000004153)	lrwd1 (ENSOJAG00000004121)	bckdk (ENSOJAG00000003839)	orai2 (ENSOJAG00000003752)	USP28 (ENSOJAG00000003216)	HTR3B (ENSOJAG00000003096)	HTR3A (ENSOJAG00000003089)	zbtb16a (ENSOJAG00000003079)	ncam1a (ENSOJAG00000002758)	cadm1a (ENSOJAG00000002600)	sc5d (ENSOJAG00000002565)	TBCEL (ENSOJAG00000002530)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b	ENSGT00390000018533	ENSGT00940000157884	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157627	ENSGT00940000158657	ENSGT00500000044966	ENSGT00500000044950	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000013836	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000016427	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000154248.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT00940000157670	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00390000013989.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	5	KCNJ15 (ENSORLG00000014220)	SMG8 (ENSORLG00000014233)	ppm1e (ENSORLG00000014237)	TRIM37 (ENSORLG00000025211)	pou2f3 (ENSORLG00000014257)	slc37a2 (ENSORLG00000014295)	ENSORLG00000014302	psmg1 (ENSORLG00000014314)	ENSORLG00000025339	mybbp1a (ENSORLG00000014339)	tbl2 (ENSORLG00000014368)	ENSORLG00000014376	zw10 (ENSORLG00000014405)	mks1 (ENSORLG00000014432)	ap2b1 (ENSORLG00000014475)	ENSORLG00000014485 ##22	tmem120aa (ENSORLG00000014498)	ENSORLG00000014510	ENSORLG00000014525	alkbh4 (ENSORLG00000025649)	lrwd1 (ENSORLG00000014559)	bckdk (ENSORLG00000014575)	orai2 (ENSORLG00000014583)	ENSORLG00000025543	USP28 (ENSORLG00000014609)	ENSORLG00000014619	HTR3A (ENSORLG00000014631)	zbtb16a (ENSORLG00000014640)	ncam1a (ENSORLG00000014681)	ENSORLG00000025108	cadm1a (ENSORLG00000014698)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b.a	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b.a	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b.a	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	282	sc5d (ENSHBUG00000012491)	cadm1a (ENSHBUG00000012460)	ncam1a (ENSHBUG00000012359)	zbtb16a (ENSHBUG00000012173)	HTR3A (ENSHBUG00000012136)	HTR3B (ENSHBUG00000012103)	USP28 (ENSHBUG00000012068)	orai2 (ENSHBUG00000012054)	bckdk (ENSHBUG00000012027)	lrwd1 (ENSHBUG00000011990)	alkbh4 (ENSHBUG00000011984)	CBL (ENSHBUG00000011977)	ENSHBUG00000000332	tmem120aa (ENSHBUG00000011945)	styxl1 (ENSHBUG00000011904)	HEPACAM (ENSHBUG00000011897) ##22
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b.a	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT01050000245001.a.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b.d	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT01080000257342.G.a.b.d.b.b.b.b.a	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1092	cadm1a (ENSMZEG00005010667)	ENSMZEG00005010641	ncam1a (ENSMZEG00005010503)	zbtb16a (ENSMZEG00005010471)	HTR3A (ENSMZEG00005010453)	HTR3B (ENSMZEG00005010442)	USP28 (ENSMZEG00005010418)	orai2 (ENSMZEG00005010395)	bckdk (ENSMZEG00005010369)	lrwd1 (ENSMZEG00005010320)	alkbh4 (ENSMZEG00005010298)	CBL (ENSMZEG00005010282)	ENSMZEG00005010230	tmem120aa (ENSMZEG00005010196)	styxl1 (ENSMZEG00005010185)	HEPACAM (ENSMZEG00005010176) ##22	ap2b1 (ENSMZEG00005010053)	mks1 (ENSMZEG00005010023)	zw10 (ENSMZEG00005010010)	ENSMZEG00005010000	ENSMZEG00005009987	tbl2 (ENSMZEG00005009976)	ENSMZEG00005009963	ENSMZEG00005009959	ENSMZEG00005009955	psmg1 (ENSMZEG00005009949)	ENSMZEG00005009945	slc37a2 (ENSMZEG00005009885)	pou2f3 (ENSMZEG00005009866)	TRIM37 (ENSMZEG00005009850)	ppm1e (ENSMZEG00005009842)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00940000156492	ENSGT00940000159095	ENSGT00940000158479	ENSGT00940000157641	ENSGT00940000159414	ENSGT00940000159426	ENSGT00940000160785	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	85																ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000154616.b	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	172																ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000155206	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160619	ENSGT00910000144316	ENSGT00940000155027.c.b	ENSGT00940000165564	ENSGT00940000163701.b.a.b.b.a	ENSGT00940000161111	ENSGT00390000006633.a	ENSGT00940000156690.e.a.b	ENSGT00940000156690.e.a.a	ENSGT00390000011576.b	ENSGT00390000010054.a	ENSGT00390000000080.a.b	ENSGT00620000088064	ENSGT00390000002110	ENSGT00940000158509.p	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00950000183061.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00530000063407.b	ENSGT00410000025556.a.a.a.a	ENSGT00940000160017	ENSGT00390000003426	ENSGT00940000158544	ENSGT00940000167475	ENSGT00940000159431	ENSGT00940000163584.b.a.a	ENSGT00950000182787.E.d.e.a	ENSGT00390000007635	ENSGT00940000164655	ENSGT00940000155506.f	ENSGT00940000157138.b	ENSGT00940000156647.b
Fugu	MODERN SPECIES	6	pgrmc1 (ENSTRUG00000005553)	rab24 (ENSTRUG00000005407)	ENSTRUG00000024629	fgfr4 (ENSTRUG00000004233)	znf346 (ENSTRUG00000004159)	ponzr2 (ENSTRUG00000021924)	HAND1 (ENSTRUG00000023064)	sap30l (ENSTRUG00000032871)	GALNT10 (ENSTRUG00000000238)	ENSTRUG00000028837	MFAP3 (ENSTRUG00000025482)	FAM114A2 (ENSTRUG00000000267)	cnot8 (ENSTRUG00000000395)	mrpl22 (ENSTRUG00000019671)	sgcd (ENSTRUG00000025659)	HEPACAM (ENSTRUG00000000452) ##22	ENSTRUG00000000463	rars1 (ENSTRUG00000000601)	WWC1 (ENSTRUG00000000744)	ENSTRUG00000000958	nop16 (ENSTRUG00000020255)	GRK6 (ENSTRUG00000001036)	ENSTRUG00000020514	DBN1 (ENSTRUG00000001232)	zgc:77151 (ENSTRUG00000024913)	ENSTRUG00000023438	ENSTRUG00000002871	ENSTRUG00000004733	ENSTRUG00000020956	ENSTRUG00000030704	ndufa2 (ENSTRUG00000022054)
Tetraodon	MODERN SPECIES	22	rab24 (ENSTNIG00000007636)	ENSTNIG00000007635	ENSTNIG00000007634	fgfr4 (ENSTNIG00000007633)	ponzr2 (ENSTNIG00000007632)	HAND1 (ENSTNIG00000007631)	sap30l (ENSTNIG00000007630)	GALNT10 (ENSTNIG00000007629)	GALNT10 (ENSTNIG00000007628)	FAM114A2 (ENSTNIG00000007627)	cnot8 (ENSTNIG00000007626)	GEMIN5 (ENSTNIG00000007625)	mrpl22 (ENSTNIG00000007624)	sgcd (ENSTNIG00000007623)	sgcd (ENSTNIG00000007622)	HEPACAM (ENSTNIG00000007621) ##22	ENSTNIG00000007620	rars1 (ENSTNIG00000007619)	ENSTNIG00000007618	WWC1 (ENSTNIG00000007617)	ARL10 (ENSTNIG00000001494)	nop16 (ENSTNIG00000007616)	GRK6 (ENSTNIG00000007615)	DBN1 (ENSTNIG00000007614)	ENSTNIG00000007613	ENSTNIG00000000432	ENSTNIG00000007612	ENSTNIG00000007611	ENSTNIG00000007610	ENSTNIG00000000702	ENSTNIG00000007609
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000175256	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000163827.a.a.a.b	ENSGT00940000153713.B.d	ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a	ENSGT00940000158185
Stickleback	MODERN SPECIES	7	stk10 (ENSGACG00000020745)	STK32A (ENSGACG00000020746)	dpysl3 (ENSGACG00000020747)	JAKMIP2 (ENSGACG00000020748)	ENSGACG00000020749	slc37a2 (ENSGACG00000020750)	ENSGACG00000020751	psmg1 (ENSGACG00000020752)	ENSGACG00000020753	mybbp1a (ENSGACG00000020754)	tbl2 (ENSGACG00000020755)	ENSGACG00000020756	zw10 (ENSGACG00000020757)	mks1 (ENSGACG00000020758)	ap2b1 (ENSGACG00000020759)	HEPACAM (ENSGACG00000020760) ##22	tmem120aa (ENSGACG00000020761)	ENSGACG00000020762	CBL (ENSGACG00000020763)	alkbh4 (ENSGACG00000020764)	lrwd1 (ENSGACG00000020765)	bckdk (ENSGACG00000020766)	orai2 (ENSGACG00000020767)	USP28 (ENSGACG00000020768)	HTR3B (ENSGACG00000020769)	HTR3A (ENSGACG00000020770)	zbtb16a (ENSGACG00000020771)	ENSGACG00000020772	ncam1a (ENSGACG00000020773)	ENSGACG00000020774	sc5d (ENSGACG00000020775)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00940000164883	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	5	plekhb1 (ENSCGOG00000006629)	cadm1a (ENSCGOG00000006586)	ncam1a (ENSCGOG00000003766)	zbtb16a (ENSCGOG00000003651)	HTR3A (ENSCGOG00000003639)	ENSCGOG00000003633	USP28 (ENSCGOG00000002448)	orai2 (ENSCGOG00000002399)	lrwd1 (ENSCGOG00000002242)	alkbh4 (ENSCGOG00000002223)	CBL (ENSCGOG00000002179)	ENSCGOG00000002165	tmem120aa (ENSCGOG00000002067)	styxl1 (ENSCGOG00000002059)	ENSCGOG00000002056	HEPACAM (ENSCGOG00000002051) ##22	mks1 (ENSCGOG00000001664)	ap2b1 (ENSCGOG00000020102)	zw10 (ENSCGOG00000019455)	ENSCGOG00000019445	ENSCGOG00000019443	tbl2 (ENSCGOG00000019439)	mybbp1a (ENSCGOG00000019416)	ENSCGOG00000019412	slc37a2 (ENSCGOG00000019408)	pou2f3 (ENSCGOG00000019405)	ENSCGOG00000019404	psmg1 (ENSCGOG00000019396)	ENSCGOG00000019389	slc37a2 (ENSCGOG00000018592)	pou2f3 (ENSCGOG00000018587)
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Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157670	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000154248.b	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000155772.a.b	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000007848.a.d	ENSGT00950000182996.b.b.c.b	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
European seabass	MODERN SPECIES	4	SC5D (ENSDLAG00005007407)	cadm1a (ENSDLAG00005007417)	ncam1a (ENSDLAG00005007552)	zbtb16a (ENSDLAG00005031923)	HTR3A (ENSDLAG00005009191)	ENSDLAG00005009202	USP28 (ENSDLAG00005009252)	ENSDLAG00005026494	ENSDLAG00005032202	ENSDLAG00005010912	ENSDLAG00005010976	ENSDLAG00005010994	ENSDLAG00005011444	ENSDLAG00005011479	ENSDLAG00005028799	ENSDLAG00005011617 ##22	ENSDLAG00005011687	ENSDLAG00005011842	ENSDLAG00005012011	ENSDLAG00005012326	ENSDLAG00005012370	ENSDLAG00005012388	ENSDLAG00005012402	ENSDLAG00005026439	ENSDLAG00005028665	ENSDLAG00005029079	ENSDLAG00005012785	ENSDLAG00005012833	ENSDLAG00005014749	ENSDLAG00005014792	ENSDLAG00005014895
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155947.b	ENSGT00390000000455.a	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000178002	ENSGT00950000183026.B.c.b	ENSGT01100000263624	ENSGT01030000234614.B.a.a.b.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000017209	ENSGT00390000013335	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00950000183182.b	ENSGT00940000155956.d	ENSGT00450000040326	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155947.b	ENSGT00390000000455.a	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000178002	ENSGT00950000183026.B.c.b	ENSGT01100000263624	ENSGT01030000234614.B.a.a.b.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000017209	ENSGT00390000013335	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00950000183182.b	ENSGT00940000155956.d	ENSGT00450000040326	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155947.b	ENSGT00390000000455.a	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000178002	ENSGT00950000183026.B.c.b	ENSGT01100000263624	ENSGT01030000234614.B.a.a.b.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000017209	ENSGT00390000013335	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00950000183182.b	ENSGT00940000155956.d	ENSGT00450000040326	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155947.b	ENSGT00390000000455.a	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000178002	ENSGT00950000183026.B.c.b	ENSGT01100000263624	ENSGT01030000234614.B.a.a.b.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000017209	ENSGT00390000013335	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00950000183182.b	ENSGT00940000155956.d	ENSGT00450000040326	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155947.b	ENSGT00390000000455.a	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000178002	ENSGT00950000183026.B.c.b	ENSGT01100000263624	ENSGT01030000234614.B.a.a.b.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000017209	ENSGT00390000013335	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00950000183182.b	ENSGT00940000155956.d	ENSGT00450000040326	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT01080000257365.b.a.a.a	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT01080000257338.A.a.b	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884
Greater amberjack	MODERN SPECIES	139	ENSSDUG00000003219	cadm2a (ENSSDUG00000003153)	paxbp1 (ENSSDUG00000003069)	SLC7A1 (ENSSDUG00000003020)	ENSSDUG00000002992	ENSSDUG00000002982	stoml3b (ENSSDUG00000002948)	ENSSDUG00000002916	vps36 (ENSSDUG00000002865)	ENSSDUG00000002854	fgl1b (ENSSDUG00000002826)	tpte (ENSSDUG00000002792)	smpd1 (ENSSDUG00000002781)	ILK (ENSSDUG00000002745)	timm10b (ENSSDUG00000002738)	HEPACAM (ENSSDUG00000002732) ##22	ap2b1 (ENSSDUG00000002587)	mks1 (ENSSDUG00000002303)	zw10 (ENSSDUG00000002280)	ENSSDUG00000002251	ENSSDUG00000002228	tbl2 (ENSSDUG00000002217)	mybbp1a (ENSSDUG00000002189)	ENSSDUG00000002170	ENSSDUG00000002165	psmg1 (ENSSDUG00000002153)	ENSSDUG00000002141	slc37a2 (ENSSDUG00000002097)	pou2f3 (ENSSDUG00000002026)	TRIM37 (ENSSDUG00000001973)	ppm1e (ENSSDUG00000001923)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000016055	ENSGT00940000155947.b	ENSGT00390000000455.a	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000178002	ENSGT00950000183026.B.c.b	ENSGT01030000234614.B.a.a.b.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000017209	ENSGT00390000013335	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00950000183182.b	ENSGT00940000155956.d	ENSGT00450000040326	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000016055	ENSGT00940000155947.b	ENSGT00390000000455.a	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000178002	ENSGT00950000183026.B.c.b	ENSGT01030000234614.B.a.a.b.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000017209	ENSGT00390000013335	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00950000183182.b	ENSGT00940000155956.d	ENSGT00450000040326	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00940000155206	ENSGT00510000047471	ENSGT00390000016427	ENSGT00940000153253.b.a	ENSGT00390000013836	ENSGT00390000017457	ENSGT00390000012905.d	ENSGT00500000044950	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000157627	ENSGT00410000025800	ENSGT00940000157884	ENSGT00390000018533	ENSGT00990000203615.b.a.a.a.b
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	5	ENSBSLG00000010524	cadm2a (ENSBSLG00000010744)	paxbp1 (ENSBSLG00000011129)	SLC7A1 (ENSBSLG00000011669)	ENSBSLG00000011915	ENSBSLG00000011893	stoml3b (ENSBSLG00000011945)	ENSBSLG00000012215	vps36 (ENSBSLG00000012414)	ENSBSLG00000012477	fgl1b (ENSBSLG00000012484)	tpte (ENSBSLG00000012498)	smpd1 (ENSBSLG00000012623)	ILK (ENSBSLG00000012632)	timm10b (ENSBSLG00000012642)	HEPACAM (ENSBSLG00000012643) ##22	ENSBSLG00000012658	ENSBSLG00000012663	ENSBSLG00000012666	ENSBSLG00000012669	ENSBSLG00000012670	ap2b1 (ENSBSLG00000013356)	mks1 (ENSBSLG00000013914)	zw10 (ENSBSLG00000014993)	ENSBSLG00000015589	tbl2 (ENSBSLG00000015601)	mybbp1a (ENSBSLG00000015640)	ENSBSLG00000015822	psmg1 (ENSBSLG00000016609)	ENSBSLG00000016645	slc37a2 (ENSBSLG00000016816)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	5	ywhae2 (ENSMMDG00005016020)	gria4b (ENSMMDG00005016022)	elmod1 (ENSMMDG00005016024)	slc35f2 (ENSMMDG00005016026)	CUL5 (ENSMMDG00005016029)	CAPN5 (ENSMMDG00005016036)	ompb (ENSMMDG00005016043)	MYO7A (ENSMMDG00005016059)	ENSMMDG00005016072	zw10 (ENSMMDG00005016076)	ENSMMDG00005016119	ENSMMDG00005016123	mybbp1a (ENSMMDG00005016132)	tbl2 (ENSMMDG00005016154)	ENSMMDG00005016158	HEPACAM (ENSMMDG00005016167) ##22	kctd7 (ENSMMDG00005016170)	rabgef1 (ENSMMDG00005016182)	TRIM37 (ENSMMDG00005016332)	ppm1e (ENSMMDG00005016364)	SMG8 (ENSMMDG00005016374)	ETS2 (ENSMMDG00005016375)	ENSMMDG00005016377	ENSMMDG00005016378	psmg1 (ENSMMDG00005005990)	ENSMMDG00005005995	slc37a2 (ENSMMDG00005006064)	pou2f3 (ENSMMDG00005008821)	DYRK1A (ENSMMDG00005008835)	KCNJ6 (ENSMMDG00005008857)	KCNJ15 (ENSMMDG00005008861)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000002905	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160797	ENSGT00390000012668.j	ENSGT00390000003308.b	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b.a	ENSGT00940000156445.m	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00940000155539.a.a.a	ENSGT00390000018560.b.b	ENSGT01100000263551.a.a.e ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00940000157627.a	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	19	bicdl2 (ENSSFOG00015010035)	ENSSFOG00015032235	TOMM40L (ENSSFOG00015009948)	ufc1 (ENSSFOG00015009917)	gig2p (ENSSFOG00015009887)	fdxacb1 (ENSSFOG00015025350)	alg9 (ENSSFOG00015009791)	ppp2r1bb (ENSSFOG00015025530)	SIK2 (ENSSFOG00015009671)	LAYN (ENSSFOG00015009642)	hoatz (ENSSFOG00015009618)	ENSSFOG00015028353	drd2b (ENSSFOG00015009581)	scn3b (ENSSFOG00015009569)	NRGN (ENSSFOG00015009549)	HEPACAM (ENSSFOG00015030511) ##22	ENSSFOG00015009507	slc37a2 (ENSSFOG00015009450)	ENSSFOG00015009399	OAF (ENSSFOG00015029993)	pou2f3 (ENSSFOG00015009341)	tlcd5b (ENSSFOG00015009325)	ARHGEF12 (ENSSFOG00015009144)	GRIK4 (ENSSFOG00015009067)	cenatac (ENSSFOG00015008992)	foxr1 (ENSSFOG00015031244)	ENSSFOG00015028909	CBL (ENSSFOG00015008909)	MCAM (ENSSFOG00015008862)	RNF26 (ENSSFOG00015008840)	C1QTNF5 (ENSSFOG00015028828)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00950000183066.a.a.b.b	ENSGT00940000156445.n	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00390000001844.a.b.b	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00940000166045	ENSGT00990000209478	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a.b	ENSGT00390000018560.b.a	ENSGT00990000207721	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324	ENSGT01100000263551.a.a.f ##22	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a.e	ENSGT00390000007799	ENSGT00940000162993	ENSGT00940000178427	ENSGT00940000155772.a.a.f	ENSGT00940000155838.f	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353.l	ENSGT00940000160099
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a	ENSGT00940000166624	ENSGT00390000001844.a.b.b	ENSGT00950000182952.A.a	ENSGT00940000166045	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493	ENSGT00390000014712.a
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445.o.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000162060.d	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493	ENSGT00940000157853.a
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008196	ENSGT00940000163496.b.a	ENSGT00940000160701	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445.o.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.a	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.d	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000010003.h	ENSGT00940000160928.n.a	ENSGT00940000167059	ENSGT00950000183066.a.a.b.h	ENSGT00940000156445.o.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.d	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000159222	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00950000182913.A.a.b.a	ENSGT00390000010003.h	ENSGT00940000160928.n.a	ENSGT00940000167059	ENSGT00950000183066.a.a.b.h	ENSGT00940000156445.o.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.d	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000159222	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493
Channel catfish	MODERN SPECIES	8	ENSIPUG00000012387	sdhdb (ENSIPUG00000012364)	ENSIPUG00000012315	c17h11orf57 (ENSIPUG00000012289)	ppp2r1bb (ENSIPUG00000012183)	SIK2 (ENSIPUG00000012135)	LAYN (ENSIPUG00000012116)	ENSIPUG00000012100	zgc:162608 (ENSIPUG00000012088)	ttc12 (ENSIPUG00000012033)	ankk1 (ENSIPUG00000011987)	drd2 (ENSIPUG00000011931)	ENSIPUG00000011907	scn3b (ENSIPUG00000011851)	ENSIPUG00000011824	hepacama (ENSIPUG00000011748) ##22	ENSIPUG00000011693	oaf (ENSIPUG00000011673)	tmem136 (ENSIPUG00000011664)	ENSIPUG00000011633	GRIK4 (ENSIPUG00000011572)	Cbl (ENSIPUG00000011475)	mcamb (ENSIPUG00000011368)	RNF26 (ENSIPUG00000011343)	C1qtnf5 (ENSIPUG00000011333)	KMT2A (ENSIPUG00000011268)	UBE4A (ENSIPUG00000011189)	phykpl (ENSIPUG00000011149)	ENSIPUG00000011121	nlrx1 (ENSIPUG00000011061)	ENSIPUG00000010578
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000182913.A.a.b.a	ENSGT00390000010003.h	ENSGT00940000160928.n.a	ENSGT00940000167059	ENSGT00950000183066.a.a.b.h	ENSGT00940000156445.o.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.d	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000159222	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000010003.h	ENSGT00940000160928.n.a	ENSGT00940000167059	ENSGT00950000183066.a.a.b.h	ENSGT00940000156445.o.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.d	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000159222	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	11	ENSAMXG00000032755	nkapd1 (ENSAMXG00000039247)	ENSAMXG00000029132	ppp2r1bb (ENSAMXG00000030614)	SIK2 (ENSAMXG00000018290)	LAYN (ENSAMXG00000029774)	zgc:162608 (ENSAMXG00000018321)	ttc12 (ENSAMXG00000018332)	ENSAMXG00000035693	ENSAMXG00000042538	ankk1 (ENSAMXG00000034918)	drd2a (ENSAMXG00000018359)	scn3b (ENSAMXG00000033760)	ENSAMXG00000038900	NRGN (ENSAMXG00000007384)	hepacama (ENSAMXG00000018373) ##22	ENSAMXG00000032456	ENSAMXG00000018380	OAF (ENSAMXG00000035174)	tlcd5a (ENSAMXG00000030511)	ARHGEF12 (ENSAMXG00000018410)	ENSAMXG00000036505	GRIK4 (ENSAMXG00000001339)	ENSAMXG00000034744	ccdc153 (ENSAMXG00000041747)	cbl (ENSAMXG00000001367)	mcamb (ENSAMXG00000001384)	RNF26 (ENSAMXG00000040780)	c1qtnf5 (ENSAMXG00000035471)	ENSAMXG00000030713	ENSAMXG00000034913
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000010003.h	ENSGT00940000160928.n.a	ENSGT00940000167059	ENSGT00950000183066.a.a.b.h	ENSGT00940000156445.o.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.d	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.d.a	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000159222	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00950000182913.A.a.b.a	ENSGT00390000010003.h.b	ENSGT00940000160928.n.a.h	ENSGT00940000167059.b	ENSGT00950000183066.a.a.b.h	ENSGT00940000156445.o.a.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.b	ENSGT00940000166045.c	ENSGT00410000028254.f	ENSGT00940000164257.d	ENSGT00940000162060.d.a.b	ENSGT00940000155539.a.a.n.b	ENSGT00390000018560.b.d	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b.a ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.d.a	ENSGT00390000012008.b.c	ENSGT00390000008162.f.c	ENSGT00940000157662.g.b.f	ENSGT00940000159111.c.a	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a.d	ENSGT00940000155838.e.b	ENSGT00390000016584.a	ENSGT00940000161353.j	ENSGT00940000160099.i	ENSGT00390000009300.b.c	ENSGT00940000159222.f	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.a	ENSGT00940000159493.d
Goldfish	MODERN SPECIES	6	bco2b (ENSCARG00000016119)	sdhdb (ENSCARG00000016077)	ENSCARG00000016071	nkapd1 (ENSCARG00000016061)	ppp2r1bb (ENSCARG00000015786)	ENSCARG00000015766	SIK2 (ENSCARG00000015434)	LAYN (ENSCARG00000015413)	ENSCARG00000015401	zgc:162608 (ENSCARG00000015390)	ankk1 (ENSCARG00000015376)	drd2a (ENSCARG00000015370)	scn3b (ENSCARG00000015360)	ENSCARG00000015350	ENSCARG00000015329	hepacama (ENSCARG00000015319) ##22	ENSCARG00000015209	OAF (ENSCARG00000015198)	tlcd5a (ENSCARG00000015194)	ARHGEF12 (ENSCARG00000015069)	GRIK4 (ENSCARG00000014914)	ccdc153 (ENSCARG00000014886)	cbl (ENSCARG00000014330)	mcamb (ENSCARG00000014291)	RNF26 (ENSCARG00000014287)	c1qtnf5 (ENSCARG00000014283)	UBE4A (ENSCARG00000013021)	phykpl (ENSCARG00000012534)	NHERF4 (ENSCARG00000012509)	NLRX1 (ENSCARG00000012491)	abcg4b (ENSCARG00000011305)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT01030000234563.a.b.b	ENSGT00990000204384.a	ENSGT00950000182913.A.a.b.a	ENSGT00390000010003.h.b	ENSGT00940000160928.n.a.h	ENSGT00940000167059.b	ENSGT00950000183066.a.a.b.h.a	ENSGT00940000156445.o.a.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.b	ENSGT00940000166045.c	ENSGT00410000028254.f	ENSGT00940000164257.d	ENSGT00940000162060.d.a.b	ENSGT00940000155539.a.a.n.b	ENSGT00390000018560.b.d	ENSGT01100000263551.a.b.a ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.d.a	ENSGT00390000012008.b.c	ENSGT00390000008162.f.c	ENSGT00940000157662.g.b.f	ENSGT00940000159111.c.a	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a.d	ENSGT00940000155838.e.b	ENSGT00390000016584.a	ENSGT00940000161353.j	ENSGT00940000160099.i	ENSGT00390000009300.b.c	ENSGT00940000159222.f	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.a	ENSGT00940000159493.d
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	78	ENSSGRG00000001972	bco2b (ENSSGRG00000001676)	sdhdb (ENSSGRG00000001655)	ENSSGRG00000001225	nkapd1 (ENSSGRG00000049891)	ppp2r1bb (ENSSGRG00000049675)	SIK2 (ENSSGRG00000049478)	ENSSGRG00000049472	ENSSGRG00000049471	zgc:162608 (ENSSGRG00000049468)	ttc12 (ENSSGRG00000049466)	ankk1 (ENSSGRG00000049465)	drd2a (ENSSGRG00000049464)	scn3b (ENSSGRG00000049462)	ENSSGRG00000049460	hepacama (ENSSGRG00000049459) ##22	ENSSGRG00000049457	OAF (ENSSGRG00000049456)	tlcd5a (ENSSGRG00000049455)	ARHGEF12 (ENSSGRG00000049453)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	155	ENSGT00940000156097.a.d	ENSGT01030000234563.a.b.a	ENSGT00990000204384.b	ENSGT00390000010003.h.a	ENSGT00940000160928.n.a.g	ENSGT00940000167059.a	ENSGT00940000156445.o.a.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.a	ENSGT00940000166045.d	ENSGT00410000028254.e	ENSGT00940000164257.c	ENSGT00940000162060.d.a.a	ENSGT00940000155539.a.a.n.a	ENSGT00390000018560.b.c	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.d.b	ENSGT00390000012008.b.d	ENSGT00390000008162.f.d	ENSGT00940000157662.g.b.e	ENSGT00940000159111.c.b	ENSGT00940000155772.a.a.c	ENSGT00940000155838.e.a	ENSGT00390000016584.b	ENSGT00940000161353.i	ENSGT00940000160099.j	ENSGT00390000009300.b.d	ENSGT00940000159222.e	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.b	ENSGT00940000159493.c	ENSGT00940000157853.a.a
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01030000234563.a.b.a	ENSGT00990000204384.b	ENSGT00390000010003.h.a	ENSGT00940000160928.n.a.g	ENSGT00940000167059.a	ENSGT00950000183066.a.a.b.h.b	ENSGT00940000156445.o.a.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.a	ENSGT00940000166045.d	ENSGT00410000028254.e	ENSGT00940000164257.c	ENSGT00940000162060.d.a.a	ENSGT00940000155539.a.a.n.a	ENSGT00390000018560.b.c	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.d.b	ENSGT00390000012008.b.d	ENSGT00390000008162.f.d	ENSGT00940000157662.g.b.e	ENSGT00940000159111.c.b	ENSGT00940000155772.a.a.c	ENSGT00940000155838.e.a	ENSGT00390000016584.b	ENSGT00940000161353.i	ENSGT00940000160099.j	ENSGT00390000009300.b.d	ENSGT00940000159222.e	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.b	ENSGT00940000159493.c	ENSGT00940000157853.a.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	39	ENSCCRG00000007519	ENSCCRG00000049011	sdhdb (ENSCCRG00000049007)	ENSCCRG00000052101	nkapd1 (ENSCCRG00000059818)	ENSCCRG00000055620	ENSCCRG00000060782	ENSCCRG00000045945	LAYN (ENSCCRG00000032910)	zgc:162608 (ENSCCRG00000032913)	ttc12 (ENSCCRG00000026376)	ankk1 (ENSCCRG00000071138)	drd2a (ENSCCRG00000065003)	scn3b (ENSCCRG00000013801)	ENSCCRG00000041152	hepacama (ENSCCRG00000041150) ##22	ENSCCRG00000009220	ENSCCRG00000060595	ARHGEF12 (ENSCCRG00000012344)	tlcd5a (ENSCCRG00000013773)	ENSCCRG00000063661	cbl (ENSCCRG00000024248)	mcamb (ENSCCRG00000024350)	RNF26 (ENSCCRG00000071103)	c1qtnf5 (ENSCCRG00000024367)	ENSCCRG00000077571	ENSCCRG00000024426	phykpl (ENSCCRG00000062524)	ENSCCRG00000025947	abcg4b (ENSCCRG00000026044)	hmbsb (ENSCCRG00000026061)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	310	ubash3bb (ENSSGRG00000036872)	SORL1 (ENSSGRG00000036899)	ENSSGRG00000037530	sdhdb (ENSSGRG00000037532)	ENSSGRG00000037533	nkapd1 (ENSSGRG00000037548)	ppp2r1bb (ENSSGRG00000037569)	SIK2 (ENSSGRG00000037818)	LAYN (ENSSGRG00000037821)	ENSSGRG00000037822	zgc:162608 (ENSSGRG00000037823)	ankk1 (ENSSGRG00000037843)	drd2a (ENSSGRG00000037844)	scn3b (ENSSGRG00000037845)	ENSSGRG00000037848	hepacama (ENSSGRG00000037849) ##22	ENSSGRG00000037850	OAF (ENSSGRG00000037851)	tlcd5a (ENSSGRG00000037852)	ARHGEF12 (ENSSGRG00000037853)	GRIK4 (ENSSGRG00000037855)	ccdc153 (ENSSGRG00000037858)	cbl (ENSSGRG00000037865)	mcamb (ENSSGRG00000038359)	RNF26 (ENSSGRG00000038381)	c1qtnf5 (ENSSGRG00000038385)	KMT2A (ENSSGRG00000038389)	UBE4A (ENSSGRG00000038410)	phykpl (ENSSGRG00000039148)	NHERF4 (ENSSGRG00000039218)	NLRX1 (ENSSGRG00000039221)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	85	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00940000177774	ENSGT01100000263551.a.a ##22	ENSGT00500000044966	ENSGT00940000158657	ENSGT00940000155587.a.a.a	ENSGT00390000012008.a	ENSGT00940000157627	ENSGT00390000008162.e	ENSGT00940000157662.g.a	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493	ENSGT00940000157853.a
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	4	rsrc1 (ENSMMDG00005010624)	MLF1 (ENSMMDG00005010622)	med29 (ENSMMDG00005010619)	ppp2r1bb (ENSMMDG00005010523)	SIK2 (ENSMMDG00005010513)	LAYN (ENSMMDG00005010502)	ENSMMDG00005010497	zgc:162608 (ENSMMDG00005010492)	ENSMMDG00005010489	ENSMMDG00005010487	ankk1 (ENSMMDG00005010483)	drd2a (ENSMMDG00005010478)	scn3b (ENSMMDG00005010475)	ENSMMDG00005010473	nrgna (ENSMMDG00005010470)	hepacama (ENSMMDG00005010468) ##22	ENSMMDG00005010463	OAF (ENSMMDG00005010458)	tlcd5a (ENSMMDG00005010457)	ARHGEF12 (ENSMMDG00005008753)	ENSMMDG00005008719	GRIK4 (ENSMMDG00005008717)	ccdc153 (ENSMMDG00005008713)	cbl (ENSMMDG00005008702)	mcamb (ENSMMDG00005008639)	RNF26 (ENSMMDG00005008629)	c1qtnf5 (ENSMMDG00005008627)	ENSMMDG00005008625	ENSMMDG00005008621	UBE4A (ENSMMDG00005007444)	ENSMMDG00005007423
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	357	mlf1 (ENSHCOG00000006281)	med29 (ENSHCOG00000006271)	ppp2r1bb (ENSHCOG00000006246)	ENSHCOG00000006216	SIK2 (ENSHCOG00000006203)	LAYN (ENSHCOG00000006145)	ENSHCOG00000006141	zgc:162608 (ENSHCOG00000006111)	ENSHCOG00000006104	ENSHCOG00000006095	ankk1 (ENSHCOG00000006068)	drd2a (ENSHCOG00000006001)	scn3b (ENSHCOG00000005954)	ENSHCOG00000005871	nrgna (ENSHCOG00000005853)	hepacama (ENSHCOG00000005845) ##22	ENSHCOG00000005801	OAF (ENSHCOG00000005768)	tlcd5a (ENSHCOG00000005759)	ARHGEF12 (ENSHCOG00000005742)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039324.c	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	ENSMAMG00000010419	rsrc1 (ENSMAMG00000010411)	ENSMAMG00000025193	ENSMAMG00000026577	ppp2r1bb (ENSMAMG00000010344)	ENSMAMG00000010301	LAYN (ENSMAMG00000010295)	ENSMAMG00000010264	zgc:162608 (ENSMAMG00000010285)	ttc12 (ENSMAMG00000010253)	ankk1 (ENSMAMG00000010175)	drd2a (ENSMAMG00000010140)	scn3b (ENSMAMG00000010126)	ENSMAMG00000026037	ENSMAMG00000010107	hepacama (ENSMAMG00000010077) ##22	ENSMAMG00000010033	ENSMAMG00000010019	cbl (ENSMAMG00000010011)	ccdc153 (ENSMAMG00000010002)	GRIK4 (ENSMAMG00000009964)	ENSMAMG00000009909	tlcd5a (ENSMAMG00000024339)	mcamb (ENSMAMG00000009839)	ENSMAMG00000009824	c1qtnf5 (ENSMAMG00000024351)	ENSMAMG00000009629	ENSMAMG00000009568	ENSMAMG00000009551	ENSMAMG00000025133	ENSMAMG00000009515
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000154287.b	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	4	shox2 (ENSBSLG00000014805)	rsrc1 (ENSBSLG00000014821)	mlf1 (ENSBSLG00000014830)	med29 (ENSBSLG00000014841)	ppp2r1bb (ENSBSLG00000014882)	SIK2 (ENSBSLG00000015067)	LAYN (ENSBSLG00000015380)	ENSBSLG00000015412	zgc:162608 (ENSBSLG00000015434)	ENSBSLG00000015460	ttc12 (ENSBSLG00000015477)	ankk1 (ENSBSLG00000015527)	drd2a (ENSBSLG00000015541)	scn3b (ENSBSLG00000015554)	ENSBSLG00000002282	hepacama (ENSBSLG00000002360) ##22	OAF (ENSBSLG00000002462)	tlcd5a (ENSBSLG00000002473)	ARHGEF12 (ENSBSLG00000002806)	ENSBSLG00000003590	GRIK4 (ENSBSLG00000003924)	ccdc153 (ENSBSLG00000004301)	cbl (ENSBSLG00000004882)	mcamb (ENSBSLG00000005332)	RNF26 (ENSBSLG00000005441)	c1qtnf5 (ENSBSLG00000005453)	KMT2A (ENSBSLG00000005497)	UBE4A (ENSBSLG00000005873)	ENSBSLG00000006357	ENSBSLG00000006419	chchd2 (ENSBSLG00000006498)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257.e	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000164257.f	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257.f	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000163756.d	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
Tetraodon	MODERN SPECIES	8	mre11a (ENSTNIG00000007771)	ENSTNIG00000007772	DOCK10 (ENSTNIG00000007773)	shox2 (ENSTNIG00000007774)	ENSTNIG00000007775	ENSTNIG00000007776	ENSTNIG00000007777	zgc:162608 (ENSTNIG00000000363)	ttc12 (ENSTNIG00000001367)	ankk1 (ENSTNIG00000007778)	drd2a (ENSTNIG00000007779)	scn3b (ENSTNIG00000007780)	ENSTNIG00000007781	ENSTNIG00000007782	nrgna (ENSTNIG00000000724)	hepacama (ENSTNIG00000007783) ##22	ENSTNIG00000007784	OAF (ENSTNIG00000007785)	tlcd5a (ENSTNIG00000000343)	ARHGEF12 (ENSTNIG00000007786)	GRIK4 (ENSTNIG00000007787)	cbl (ENSTNIG00000007788)	mcamb (ENSTNIG00000000245)	RNF26 (ENSTNIG00000007789)	c1qtnf5 (ENSTNIG00000007790)	ENSTNIG00000007791
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	12	shox2 (ENSLBEG00000019155)	mlf1 (ENSLBEG00000019182)	med29 (ENSLBEG00000019199)	ppp2r1bb (ENSLBEG00000019220)	SIK2 (ENSLBEG00000019272)	LAYN (ENSLBEG00000019345)	ENSLBEG00000019375	zgc:162608 (ENSLBEG00000019406)	ENSLBEG00000019416	ttc12 (ENSLBEG00000019434)	ankk1 (ENSLBEG00000019479)	drd2a (ENSLBEG00000019605)	scn3b (ENSLBEG00000019637)	ENSLBEG00000019654	nrgna (ENSLBEG00000019668)	hepacama (ENSLBEG00000019709) ##22	ENSLBEG00000019786	OAF (ENSLBEG00000019973)	tlcd5a (ENSLBEG00000019994)	ARHGEF12 (ENSLBEG00000020074)	GRIK4 (ENSLBEG00000020313)	ccdc153 (ENSLBEG00000020485)	cbl (ENSLBEG00000020523)	mcamb (ENSLBEG00000020580)	RNF26 (ENSLBEG00000020675)	c1qtnf5 (ENSLBEG00000020695)	hnf1ba (ENSLBEG00000020738)	dynll2a (ENSLBEG00000020813)	ENSLBEG00000020834	srsf1a (ENSLBEG00000020864)	aldoca (ENSLBEG00000020909)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000163756.d	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Pike perch	MODERN SPECIES	137	shox2 (ENSSLUG00000010173)	ENSSLUG00000010177	mlf1 (ENSSLUG00000010181)	med29 (ENSSLUG00000010187)	ppp2r1bb (ENSSLUG00000010223)	SIK2 (ENSSLUG00000011098)	LAYN (ENSSLUG00000011115)	zgc:162608 (ENSSLUG00000011118)	ENSSLUG00000011119	ENSSLUG00000011124	ankk1 (ENSSLUG00000011127)	drd2a (ENSSLUG00000011143)	scn3b (ENSSLUG00000011147)	SPA17 (ENSSLUG00000011152)	NRGN (ENSSLUG00000011156)	hepacama (ENSSLUG00000011158) ##22	ENSSLUG00000011177	OAF (ENSSLUG00000011542)	tlcd5a (ENSSLUG00000011543)	ARHGEF12 (ENSSLUG00000011613)	GRIK4 (ENSSLUG00000012647)	ccdc153 (ENSSLUG00000012663)	cbl (ENSSLUG00000012670)	mcamb (ENSSLUG00000012699)	RNF26 (ENSSLUG00000012743)	c1qtnf5 (ENSSLUG00000012747)	UBE4A (ENSSLUG00000012816)	ENSSLUG00000013666	im:7138535 (ENSSLUG00000013677)	chchd2 (ENSSLUG00000013686)	phkg1a (ENSSLUG00000013712)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	med29 (ENSLCRG00005012902)	mlf1 (ENSLCRG00005012901)	med29 (ENSLCRG00005012899)	ppp2r1bb (ENSLCRG00005012894)	SIK2 (ENSLCRG00005012414)	LAYN (ENSLCRG00005012407)	ENSLCRG00005012404	zgc:162608 (ENSLCRG00005012402)	ENSLCRG00005012400	ttc12 (ENSLCRG00005012397)	ankk1 (ENSLCRG00005012393)	drd2a (ENSLCRG00005012386)	scn3b (ENSLCRG00005012384)	SPA17 (ENSLCRG00005012383)	nrgna (ENSLCRG00005012382)	hepacama (ENSLCRG00005012381) ##22	ENSLCRG00005012375	OAF (ENSLCRG00005012374)	tlcd5a (ENSLCRG00005012372)	ARHGEF12 (ENSLCRG00005009518)	GRIK4 (ENSLCRG00005009508)	ccdc153 (ENSLCRG00005009501)	cbl (ENSLCRG00005008992)	mcamb (ENSLCRG00005008989)	RNF26 (ENSLCRG00005008988)	c1qtnf5 (ENSLCRG00005008986)	KMT2A (ENSLCRG00005008881)	UBE4A (ENSLCRG00005008035)	ENSLCRG00005008018	im:7138535 (ENSLCRG00005008016)	chchd2 (ENSLCRG00005008014)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.c.a	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.d	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.d	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.d	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000164641	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.d	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	shox2 (ENSAPEG00000012280)	ENSAPEG00000012312	mlf1 (ENSAPEG00000012337)	med29 (ENSAPEG00000012356)	ppp2r1bb (ENSAPEG00000012367)	SIK2 (ENSAPEG00000012467)	LAYN (ENSAPEG00000012529)	ENSAPEG00000012544	zgc:162608 (ENSAPEG00000012570)	ENSAPEG00000012585	ttc12 (ENSAPEG00000012606)	ankk1 (ENSAPEG00000012713)	drd2a (ENSAPEG00000012890)	scn3b (ENSAPEG00000012933)	ENSAPEG00000012957	hepacama (ENSAPEG00000012984) ##22	ENSAPEG00000012997	OAF (ENSAPEG00000013064)	tlcd5a (ENSAPEG00000013071)	ARHGEF12 (ENSAPEG00000013091)	GRIK4 (ENSAPEG00000013262)	ccdc153 (ENSAPEG00000013396)	cbl (ENSAPEG00000013441)	mcamb (ENSAPEG00000013470)	RNF26 (ENSAPEG00000013529)	c1qtnf5 (ENSAPEG00000013545)	KMT2A (ENSAPEG00000013559)	UBE4A (ENSAPEG00000013614)	ENSAPEG00000013694	ENSAPEG00000013731	chchd2 (ENSAPEG00000013734)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1064															ENSAPOG00000003300	hepacama (ENSAPOG00000003288) ##22	ENSAPOG00000003237	OAF (ENSAPOG00000003194)	tlcd5a (ENSAPOG00000000067)	ARHGEF12 (ENSAPOG00000003151)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	305													scn3b (ENSSPAG00000004037)	ENSSPAG00000004055	NRGN (ENSSPAG00000004091)	hepacama (ENSSPAG00000004126) ##22	ENSSPAG00000004159	OAF (ENSSPAG00000004203)	tlcd5a (ENSSPAG00000004208)	ARHGEF12 (ENSSPAG00000004223)	GRIK4 (ENSSPAG00000004335)	ccdc153 (ENSSPAG00000004365)	cbl (ENSSPAG00000004393)	mcamb (ENSSPAG00000004464)	RNF26 (ENSSPAG00000004543)	c1qtnf5 (ENSSPAG00000004560)	ENSSPAG00000004565	ENSSPAG00000004578	UBE4A (ENSSPAG00000004599)	ENSSPAG00000004677	im:7138535 (ENSSPAG00000004694)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.c.a	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00940000173276	ENSGT00940000177774	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.c.a	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00940000177774	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.c.a	ENSGT00940000164257	ENSGT01030000234792.c.b	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00940000177774	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.c.a	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b.h	ENSGT00440000038159.a
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.c.a	ENSGT00940000164257	ENSGT01030000234792.c.b	ENSGT00940000161758	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b.h	ENSGT00440000038159.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	298	mlf1 (ENSPNYG00000018044)	med29 (ENSPNYG00000018010)	ppp2r1bb (ENSPNYG00000017973)	SIK2 (ENSPNYG00000017921)	LAYN (ENSPNYG00000017889)	zgc:162608 (ENSPNYG00000017878)	ENSPNYG00000017774	ENSPNYG00000017748	ENSPNYG00000017732	ankk1 (ENSPNYG00000017677)	drd2a (ENSPNYG00000017641)	scn3b (ENSPNYG00000017623)	ENSPNYG00000017610	ENSPNYG00000017601	nrgna (ENSPNYG00000017571)	hepacama (ENSPNYG00000017554) ##22	ENSPNYG00000017471	OAF (ENSPNYG00000017432)	tlcd5a (ENSPNYG00000017415)	ARHGEF12 (ENSPNYG00000017338)	ENSPNYG00000017319	ENSPNYG00000017291	GRIK4 (ENSPNYG00000017255)	ccdc153 (ENSPNYG00000017225)	cbl (ENSPNYG00000017173)	mcamb (ENSPNYG00000017104)	RNF26 (ENSPNYG00000017065)	c1qtnf5 (ENSPNYG00000017052)	KMT2A (ENSPNYG00000017017)	UBE4A (ENSPNYG00000016937)	ENSPNYG00000016906
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792.c.a	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b.h	ENSGT00440000038159.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	ENSMZEG00005015979	mlf1 (ENSMZEG00005015965)	med29 (ENSMZEG00005015952)	ppp2r1bb (ENSMZEG00005015937)	SIK2 (ENSMZEG00005015908)	ENSMZEG00005015896	ENSMZEG00005015886	zgc:162608 (ENSMZEG00005015894)	ENSMZEG00005015883	ENSMZEG00005015875	ankk1 (ENSMZEG00005015851)	drd2a (ENSMZEG00005015835)	scn3b (ENSMZEG00005015827)	ENSMZEG00005015819	ENSMZEG00005015808	hepacama (ENSMZEG00005015799) ##22	ENSMZEG00005015781	OAF (ENSMZEG00005015767)	tlcd5a (ENSMZEG00005015761)	ARHGEF12 (ENSMZEG00005015720)	GRIK4 (ENSMZEG00005015657)	ccdc153 (ENSMZEG00005015631)	cbl (ENSMZEG00005015617)	mcamb (ENSMZEG00005015583)	RNF26 (ENSMZEG00005015543)	c1qtnf5 (ENSMZEG00005015530)	KMT2A (ENSMZEG00005015482)	UBE4A (ENSMZEG00005015418)	ENSMZEG00005015403	ENSMZEG00005015389	chchd2 (ENSMZEG00005015379)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	shox2 (ENSONIG00000006106)	mlf1 (ENSONIG00000006107)	med29 (ENSONIG00000006118)	ppp2r1bb (ENSONIG00000006124)	SIK2 (ENSONIG00000006144)	LAYN (ENSONIG00000006149)	ENSONIG00000006151	zgc:162608 (ENSONIG00000006152)	ENSONIG00000033478	ENSONIG00000033609	ttc12 (ENSONIG00000006155)	ankk1 (ENSONIG00000006158)	drd2 (ENSONIG00000006162)	scn3b (ENSONIG00000006166)	ENSONIG00000006168	hepacama (ENSONIG00000006170) ##22	ENSONIG00000006174	oaf (ENSONIG00000040493)	tmem136 (ENSONIG00000034041)	ARHGEF12 (ENSONIG00000006183)	GRIK4 (ENSONIG00000006200)	ccdc153 (ENSONIG00000006211)	cbl (ENSONIG00000006212)	mcamb (ENSONIG00000006220)	RNF26 (ENSONIG00000020471)	c1qtnf5 (ENSONIG00000035717)	KMT2A (ENSONIG00000006229)	UBE4A (ENSONIG00000006254)	ENSONIG00000038337	chchd2 (ENSONIG00000034505)	ENSONIG00000032231
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154287.b	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01100000264797	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00940000173276	ENSGT00940000177774	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01100000264797	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00940000173276	ENSGT00940000177774	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157469	ENSGT00940000154287.b	ENSGT00940000178578	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01100000264797	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039324.d	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
Chinese medaka	MODERN SPECIES	925	mre11a (ENSOSIG00000020827)	ENSOSIG00000020814	DOCK10 (ENSOSIG00000020507)	shox2 (ENSOSIG00000020473)	ENSOSIG00000020469	ENSOSIG00000020455	med29 (ENSOSIG00000020443)	ppp2r1bb (ENSOSIG00000018627)	SIK2 (ENSOSIG00000018527)	zgc:162608 (ENSOSIG00000018514)	ENSOSIG00000018493	ankk1 (ENSOSIG00000018485)	drd2a (ENSOSIG00000018478)	scn3b (ENSOSIG00000018472)	ENSOSIG00000018465	hepacama (ENSOSIG00000018464) ##22	ENSOSIG00000018457	OAF (ENSOSIG00000018455)	tlcd5a (ENSOSIG00000018454)	ARHGEF12 (ENSOSIG00000018444)	GRIK4 (ENSOSIG00000018412)	cbl (ENSOSIG00000018382)	mcamb (ENSOSIG00000018380)	RNF26 (ENSOSIG00000018378)	KMT2A (ENSOSIG00000018371)	UBE4A (ENSOSIG00000017360)	ENSOSIG00000017333	ENSOSIG00000017332	chchd2 (ENSOSIG00000017330)	phkg1a (ENSOSIG00000017320)	psph (ENSOSIG00000017313)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154287.b	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
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Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	117	ENSKMAG00000009323	med29 (ENSKMAG00000009390)	ppp2r1bb (ENSKMAG00000009413)	SIK2 (ENSKMAG00000009458)	LAYN (ENSKMAG00000009520)	zgc:162608 (ENSKMAG00000009559)	ENSKMAG00000009540	ENSKMAG00000009569	ENSKMAG00000009575	ENSKMAG00000009588	ankk1 (ENSKMAG00000009617)	drd2a (ENSKMAG00000009646)	scn3b (ENSKMAG00000009683)	ENSKMAG00000009716	NRGN (ENSKMAG00000009748)	hepacama (ENSKMAG00000009781) ##22	ENSKMAG00000009814	OAF (ENSKMAG00000009925)	tlcd5a (ENSKMAG00000009950)	ARHGEF12 (ENSKMAG00000009978)
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Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01050000245634	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00940000165761.a	ENSGT00440000037341.b.b	ENSGT00440000038159	ENSGT00940000158139
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Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b	ENSGT00940000164885	ENSGT00950000183066.a.a.b	ENSGT00940000156445	ENSGT00390000001844.a.b.a.b	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060	ENSGT00940000155539.a.a	ENSGT00390000018560.b	ENSGT00440000039164	ENSGT00440000039324.c.b	ENSGT01100000263551.a.b ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b	ENSGT00390000012008.b	ENSGT00390000008162.f	ENSGT00940000157662.g.b	ENSGT00940000159111	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a	ENSGT00940000155838.e	ENSGT00390000016584.d	ENSGT00940000161353	ENSGT00940000160099	ENSGT00390000009300.b	ENSGT00950000182849.A.f.a.a	ENSGT00940000159493	ENSGT00940000157853.a
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000005023.b.i	ENSGT00940000164885.d	ENSGT00950000183066.a.a.b.c	ENSGT00940000156445.q.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.c	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254.a	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.a	ENSGT00940000155539.a.a.c	ENSGT00390000018560.b.f	ENSGT00440000039324.c.b.a	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.c.a	ENSGT01100000263551.a.b.c ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.b	ENSGT00390000012008.b.a	ENSGT00390000008162.f.b	ENSGT00940000157662.g.b.a	ENSGT00940000159111.i.a.a.a	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a.a	ENSGT00940000155838.e.d	ENSGT00390000016584.d.a	ENSGT00940000161353.h	ENSGT00940000160099.l	ENSGT00390000009300.b.a	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.e	ENSGT00940000157853.a.e	ENSGT00390000009083.m.a.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154287.b.e	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b.i	ENSGT00940000164885.d	ENSGT00950000183066.a.a.b.c	ENSGT00940000156445.q.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.c	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254.a	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.a	ENSGT00940000155539.a.a.c	ENSGT00390000018560.b.f	ENSGT00440000039324.c.b.a	ENSGT01100000263551.a.b.c ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.b	ENSGT00390000012008.b.a	ENSGT00390000008162.f.a.b	ENSGT00390000008162.f.b	ENSGT00940000157662.g.b.a	ENSGT00940000159111.i.a.b	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a.a	ENSGT00940000155838.e.d	ENSGT00390000016584.d.a	ENSGT00940000161353.h	ENSGT00940000160099.l	ENSGT00390000009300.b.a	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.e	ENSGT00940000157853.a.e
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000154287.b.e	ENSGT00390000005023.b.i	ENSGT00940000164885.d	ENSGT00950000183066.a.a.b.c	ENSGT00940000156445.q.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.c	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254.a	ENSGT01030000234792	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.a	ENSGT00940000155539.a.a.c	ENSGT00390000018560.b.f	ENSGT00940000173276	ENSGT00440000039324.c.a	ENSGT01100000263551.a.b.c ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.b	ENSGT00390000012008.b.a	ENSGT00390000008162.f.b	ENSGT00940000157662.g.b.a	ENSGT00940000159111.i.a.a.a	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a.a	ENSGT00940000155838.e.d	ENSGT00390000016584.d.a	ENSGT00940000161353.h	ENSGT00940000160099.l	ENSGT00390000009300.b.a	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.e	ENSGT00940000157853.a.e	ENSGT00390000009083.m.a.b
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	ENSOMYG00000046599	ENSOMYG00000046602	PPP2R1B (ENSOMYG00000046680)	ENSOMYG00000046764	ENSOMYG00000052332	LAYN (ENSOMYG00000050675)	ENSOMYG00000046810	zgc:162608 (ENSOMYG00000046836)	ENSOMYG00000046838	ttc12 (ENSOMYG00000046855)	ankk1 (ENSOMYG00000046877)	drd2a (ENSOMYG00000046888)	scn3b (ENSOMYG00000065060)	ENSOMYG00000046903	ENSOMYG00000046909	hepacama (ENSOMYG00000046912) ##22	ENSOMYG00000046939	OAF (ENSOMYG00000046963)	tlcd5a (ENSOMYG00000046966)	ARHGEF12 (ENSOMYG00000046986)	GRIK4 (ENSOMYG00000047064)	ccdc153 (ENSOMYG00000016982)	cbl (ENSOMYG00000017035)	mcamb (ENSOMYG00000017122)	c1qtnf5 (ENSOMYG00000017185)	ENSOMYG00000017200	ENSOMYG00000017700	ENSOMYG00000019006	abcg4b (ENSOMYG00000019387)	hmbsb (ENSOMYG00000021000)	ENSOMYG00000021064
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00940000157469.fb	ENSGT00940000154287.b.e	ENSGT00390000005023.b.i	ENSGT00940000164885.d	ENSGT00950000183066.a.a.b.c	ENSGT00940000156445.q.a	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.c	ENSGT00940000166045	ENSGT00410000028254.a	ENSGT00990000204269	ENSGT00940000164257	ENSGT00940000162060.a	ENSGT00940000155539.a.a.c	ENSGT00390000018560.b.f	ENSGT00440000039324.c.a	ENSGT01100000263551.a.b.c ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.b	ENSGT00390000012008.b.a	ENSGT00390000008162.f.b	ENSGT00940000157662.g.b.a	ENSGT00940000159111.i.a.a.a	ENSGT00940000167064	ENSGT00940000155772.a.a.a	ENSGT00940000155838.e.d	ENSGT00390000016584.d.a	ENSGT00940000161353.h	ENSGT00940000160099.l	ENSGT00390000009300.b.a	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.e	ENSGT00940000157853.a.e	ENSGT00390000009083.m.a.b
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	ENSOTSG00005043307	shox2 (ENSOTSG00005043308)	mlf1 (ENSOTSG00005043309)	med29 (ENSOTSG00005043310)	PPP2R1B (ENSOTSG00005043319)	SIK2 (ENSOTSG00005043423)	ENSOTSG00005043424	LAYN (ENSOTSG00005043425)	zgc:162608 (ENSOTSG00005043426)	ENSOTSG00005043427	ttc12 (ENSOTSG00005043428)	ankk1 (ENSOTSG00005043431)	drd2a (ENSOTSG00005043432)	scn3b (ENSOTSG00005043433)	NRGN (ENSOTSG00005043436)	hepacama (ENSOTSG00005043439) ##22	ENSOTSG00005043450	OAF (ENSOTSG00005043635)	tlcd5a (ENSOTSG00005043639)	ARHGEF12 (ENSOTSG00005043640)	ENSOTSG00005043643	ENSOTSG00005043645	ENSOTSG00005043647	PTGIR (ENSOTSG00005043672)	ENSOTSG00005043673	ppm1na (ENSOTSG00005043674)	rtn2a (ENSOTSG00005043676)	rhoub (ENSOTSG00005043677)	rab4b (ENSOTSG00005043678)	ap2s1 (ENSOTSG00005043679)	ENSOTSG00005043680
Huchen	MODERN SPECIES	373															NRGN (ENSHHUG00000031502)	hepacama (ENSHHUG00000031514) ##22	ENSHHUG00000031525	OAF (ENSHHUG00000031562)	tlcd5a (ENSHHUG00000031564)	ARHGEF12 (ENSHHUG00000031582)	ENSHHUG00000032097	ENSHHUG00000032100	rgs18 (ENSHHUG00000032107)	RGS1 (ENSHHUG00000032113)	rgs13 (ENSHHUG00000032118)	RGS2 (ENSHHUG00000032127)	ro60 (ENSHHUG00000032137)	cdc73 (ENSHHUG00000032151)	ENSHHUG00000032295
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Huchen	MODERN SPECIES	90			ENSHHUG00000044341	mlf1 (ENSHHUG00000044336)	med29 (ENSHHUG00000044334)	PPP2R1B (ENSHHUG00000043877)	SIK2 (ENSHHUG00000043772)	LAYN (ENSHHUG00000043769)	zgc:162608 (ENSHHUG00000043757)	ENSHHUG00000043755	ENSHHUG00000043754	ankk1 (ENSHHUG00000043712)	drd2a (ENSHHUG00000043694)	scn3b (ENSHHUG00000043688)	ENSHHUG00000043680	hepacama (ENSHHUG00000043677) ##22	ENSHHUG00000043671	OAF (ENSHHUG00000043664)	tlcd5a (ENSHHUG00000043662)	ARHGEF12 (ENSHHUG00000043486)	GRIK4 (ENSHHUG00000043377)
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Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000155066.e.a.h	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000157469.gb	ENSGT00940000154287.b.f	ENSGT00390000005023.b.j	ENSGT00940000164885.c	ENSGT00950000183066.a.a.b.d	ENSGT00940000156445.q.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.d	ENSGT00410000028254.b	ENSGT00940000162060.b	ENSGT00940000155539.a.a.d	ENSGT00390000018560.b.e	ENSGT00440000039324.c.b.b	ENSGT01100000263551.a.b.d ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.a.b	ENSGT00390000012008.b.b	ENSGT00390000008162.f.a.a	ENSGT00940000157662.g.b.b	ENSGT00940000159111.i.b	ENSGT00940000155772.a.a.b	ENSGT00940000155838.e.c	ENSGT00390000016584.d.b	ENSGT00940000161353.g	ENSGT00940000160099.k	ENSGT00390000009300.b.b	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.f	ENSGT00940000159493	ENSGT00940000157853.a.f	ENSGT00390000014712.a.e.a
River trout	MODERN SPECIES	4	ENSSTUG00000010400	DOCK10 (ENSSTUG00000010735)	shox2 (ENSSTUG00000013263)	ENSSTUG00000013278	ENSSTUG00000013292	mlf1 (ENSSTUG00000013300)	med29 (ENSSTUG00000013310)	PPP2R1B (ENSSTUG00000013363)	SIK2 (ENSSTUG00000015353)	LAYN (ENSSTUG00000015537)	zgc:162608 (ENSSTUG00000015548)	ankk1 (ENSSTUG00000015569)	drd2a (ENSSTUG00000015646)	scn3b (ENSSTUG00000015679)	ENSSTUG00000015694	hepacama (ENSSTUG00000015732) ##22	ENSSTUG00000015771	OAF (ENSSTUG00000016275)	tlcd5a (ENSSTUG00000016282)	ARHGEF12 (ENSSTUG00000016313)	GRIK4 (ENSSTUG00000016958)	cbl (ENSSTUG00000017300)	mcamb (ENSSTUG00000018622)	RNF26 (ENSSTUG00000018663)	c1qtnf5 (ENSSTUG00000018669)	KMT2A (ENSSTUG00000018692)	UBE4A (ENSSTUG00000018917)	ENSSTUG00000020044	NLRX1 (ENSSTUG00000020063)	abcg4b (ENSSTUG00000020095)	ENSSTUG00000020126
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	ENSSSAG00000049728	SHOX2 (ENSSSAG00000084724)	rsrc1 (ENSSSAG00000061323)	ENSSSAG00000061363	MLF1 (ENSSSAG00000061394)	ENSSSAG00000114927	med29 (ENSSSAG00000061421)	PPP2R1B (ENSSSAG00000061606)	ENSSSAG00000062666	layn (ENSSSAG00000062778)	zgc:162608 (ENSSSAG00000062787)	ankk1 (ENSSSAG00000062800)	drd2a (ENSSSAG00000062837)	scn3b (ENSSSAG00000102455)	ENSSSAG00000062868	hepacama (ENSSSAG00000062896) ##22	ENSSSAG00000062908	OAF (ENSSSAG00000063066)	tlcd5a (ENSSSAG00000063071)	ARHGEF12 (ENSSSAG00000109653)	GRIK4 (ENSSSAG00000063175)	cbl (ENSSSAG00000063515)	ENSSSAG00000085893	mcamb (ENSSSAG00000066542)	c1qtnf5 (ENSSSAG00000066564)	ENSSSAG00000066772	NHERF4 (ENSSSAG00000068936)	nlrx1 (ENSSSAG00000068964)	abcg4b (ENSSSAG00000068993)	ENSSSAG00000069568	ENSSSAG00000069560
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000157469.gb	ENSGT00940000154287.b.f	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b.j	ENSGT00940000164885.c	ENSGT00950000183066.a.a.b.d	ENSGT00940000156445.q.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.d	ENSGT00410000028254.b	ENSGT00940000162060.b	ENSGT00940000155539.a.a.d	ENSGT00390000018560.b.e	ENSGT00440000039324.c.b.b	ENSGT01100000263551.a.b.d ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000012008.b.b	ENSGT00390000008162.f.a.b	ENSGT00390000008162.f.a.a	ENSGT00940000157662.g.b.b	ENSGT00940000159111.i.b	ENSGT00940000155772.a.a.b	ENSGT00940000155838.e.c	ENSGT00390000016584.d.b	ENSGT00940000161353.g	ENSGT00940000160099.k	ENSGT00390000009300.b.b	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.f	ENSGT00940000159493	ENSGT00390000014712.a.f
Rainbow trout	MODERN SPECIES	16	ENSOMYG00000034697	ENSOMYG00000018882	MLF1 (ENSOMYG00000034722)	ENSOMYG00000053055	PPP2R1B (ENSOMYG00000034785)	ENSOMYG00000034973	ENSOMYG00000063003	LAYN (ENSOMYG00000046834)	zgc:162608 (ENSOMYG00000035095)	d2r1 (ENSOMYG00000035107)	scn3b (ENSOMYG00000035130)	ENSOMYG00000070179	ENSOMYG00000036518	ENSOMYG00000035150	ENSOMYG00000048045	hepacama (ENSOMYG00000035174) ##22	ENSOMYG00000035228	OAF (ENSOMYG00000035415)	tlcd5a (ENSOMYG00000035443)	ARHGEF12 (ENSOMYG00000035741)	GRIK4 (ENSOMYG00000038001)	cbl (ENSOMYG00000038459)	mcamb (ENSOMYG00000040570)	RNF26 (ENSOMYG00000040597)	ENSOMYG00000040600	c1qtnf5 (ENSOMYG00000040603)	ENSOMYG00000040652	ENSOMYG00000040782	ENSOMYG00000040858	ENSOMYG00000040867	ENSOMYG00000028542
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00590000083134.a.b	ENSGT00940000165430	ENSGT00940000157469.gb	ENSGT00940000154287.b.f	ENSGT00730000111251	ENSGT00390000005023.b.j	ENSGT00940000164885.c	ENSGT00950000183066.a.a.b.d	ENSGT00940000156445.q.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.b.d	ENSGT00410000028254.b	ENSGT00940000162060.b	ENSGT00940000155539.a.a.d	ENSGT00390000018560.b.e	ENSGT00440000039324.c.b.b	ENSGT01100000263551.a.b.d ##22	ENSGT00940000155587.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000012008.b.b	ENSGT00390000008162.f.a.a	ENSGT00940000157662.g.b.b	ENSGT00940000159111.i.b	ENSGT00940000155772.a.a.b	ENSGT00940000155838.e.c	ENSGT00390000016584.d.b	ENSGT00940000161353.g	ENSGT00940000160099.k	ENSGT00390000009300.b.b	ENSGT00950000182849.A.f.a.a.f	ENSGT00940000159493	ENSGT00390000014712.a.f	ENSGT00390000014712.a.e
Chinook salmon	MODERN SPECIES	5	ENSOTSG00005020514	ENSOTSG00005020519	DOCK10 (ENSOTSG00005020539)	shox2 (ENSOTSG00005022278)	ENSOTSG00005022281	mlf1 (ENSOTSG00005022284)	med29 (ENSOTSG00005022286)	PPP2R1B (ENSOTSG00005022287)	SIK2 (ENSOTSG00005022297)	LAYN (ENSOTSG00005022309)	zgc:162608 (ENSOTSG00005022310)	ENSOTSG00005022311	drd2a (ENSOTSG00005022314)	scn3b (ENSOTSG00005022319)	ENSOTSG00005022324	hepacama (ENSOTSG00005022327) ##22	ENSOTSG00005022330	OAF (ENSOTSG00005022331)	tlcd5a (ENSOTSG00005022332)	tlcd5a (ENSOTSG00005022333)	ARHGEF12 (ENSOTSG00005022339)	ENSOTSG00005025846	GRIK4 (ENSOTSG00005025855)	cbl (ENSOTSG00005028053)	mcamb (ENSOTSG00005028193)	RNF26 (ENSOTSG00005028194)	c1qtnf5 (ENSOTSG00005028197)	KMT2A (ENSOTSG00005028202)	UBE4A (ENSOTSG00005028208)	NLRX1 (ENSOTSG00005029784)	ENSOTSG00005029787
Reedfish	MODERN SPECIES	17	acad8 (ENSECRG00000021320)	thyn1 (ENSECRG00000021348)	vps26b (ENSECRG00000021360)	ncapd3 (ENSECRG00000021381)	jam3b (ENSECRG00000021409)	IGSF9B (ENSECRG00000021451)	RBM7 (ENSECRG00000021515)	smfn (ENSECRG00000021522)	ENSECRG00000021531	ENSECRG00000021545	GRAMD1B (ENSECRG00000021564)	ENSECRG00000021607	scn3b (ENSECRG00000011308)	ENSECRG00000011331	nrgna (ENSECRG00000011349)	hepacama (ENSECRG00000011363) ##22	ENSECRG00000011380	slc37a2 (ENSECRG00000011413)	ENSECRG00000011453	OAF (ENSECRG00000011474)	pou2f3 (ENSECRG00000011483)	tlcd5a (ENSECRG00000011499)	ARHGEF12 (ENSECRG00000011526)	GRIK4 (ENSECRG00000011632)	tbcela (ENSECRG00000011665)	TECTA (ENSECRG00000011711)	ENSECRG00000011954	MFRP (ENSECRG00000011999)	c1qtnf5 (ENSECRG00000012013)	MCAM (ENSECRG00000012045)	CBL (ENSECRG00000012079)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1529	ENSCMIG00000005509	ENSCMIG00000005501	ENSCMIG00000005494	MSANTD2 (ENSCMIG00000005488)	ENSCMIG00000005478	ENSCMIG00000005472	ENSCMIG00000005468	ENSCMIG00000005449	ENSCMIG00000005440	ENSCMIG00000005434	ENSCMIG00000005429	pknox2 (ENSCMIG00000005426)	ENSCMIG00000005363	slc37a2 (ENSCMIG00000005207)	ENSCMIG00000005170	hepacama (ENSCMIG00000005166) ##22	fez1 (ENSCMIG00000005162)	BARX2 (ENSCMIG00000005151)	ENSCMIG00000005135	tmem45b (ENSCMIG00000005145)	nfrkb (ENSCMIG00000005111)	prdm10 (ENSCMIG00000005094)	aplp2 (ENSCMIG00000004974)	ST14 (ENSCMIG00000004897)	PANX3 (ENSCMIG00000004886)	acad8 (ENSCMIG00000004853)	ENSCMIG00000004825	ENSCMIG00000004823	ARHGAP32 (ENSCMIG00000004814)	KCNJ5 (ENSCMIG00000004801)	kcnj1a.6 (ENSCMIG00000004788)