Fungi/Metazoa group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504 #21 Bilateria DUPLICATION Bilateria DUPLICATION Bilateria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a #22 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a #22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 679 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 168 ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00970000197298 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 457 ENSGT00730000110939.b 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ENSGT01000000216149 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00390000013268 ENSGT00940000167542 ENSGT00940000157510 ENSGT00940000155709.i ENSGT00940000162720.b.a.a.a ENSGT00940000156854.s ENSGT00940000154076.C.d ENSGT00950000182979.a.b.b.b.a.c ENSGT00940000154744.a.b Salmoninae DUPLICATION Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.ob.b #22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.ob.b #22 Salmo ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000160308.b #7 ENSGT00390000009409.mb #8 ENSGT00940000165978 #9 ENSGT00940000159343 ENSGT00940000158344.a.a.c #11 ENSGT00910000144115.b.dc.b.a #12 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a.d #13 ENSGT00940000159610.n #14 ENSGT00940000160281.o #15 ENSGT00940000161057.h #16 ENSGT00940000154866.A.f #17 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i.c #19 ENSGT00390000017267.c #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.a.ob.b #22 ENSGT00940000164977.b.f #24 ENSGT00550000074807.c.e.a #25 ENSGT00940000153792.A.i #27 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Mangrove rivulus DUPLICATION Mangrove rivulus MODERN SPECIES 35 UTS2R (ENSKMAG00000001872) ENSKMAG00000001890 ENSKMAG00000001913 ENSKMAG00000001933 ogfod3 (ENSKMAG00000001951) hexdc (ENSKMAG00000002004) cybc1 (ENSKMAG00000002018) narf (ENSKMAG00000002039) FDXR (ENSKMAG00000002053) mrpl38 (ENSKMAG00000002099) ENSKMAG00000002130 ENSKMAG00000002153 wbp2 (ENSKMAG00000002169) UNC13D (ENSKMAG00000002183) unk (ENSKMAG00000002218) H3-3B (ENSKMAG00000002314) #22 ENSKMAG00000002331 zgc:194990 (ENSKMAG00000002346) itgb4 (ENSKMAG00000002366) sap30bp (ENSKMAG00000002510) ENSKMAG00000002561 gas7a (ENSKMAG00000002642) ENSKMAG00000002713 adprm (ENSKMAG00000002725) map2k4b (ENSKMAG00000002752) MYOCD (ENSKMAG00000002800) ENSKMAG00000002817 ENSKMAG00000002869 SHISA6 (ENSKMAG00000003183) ENSKMAG00000003264 foxk2a (ENSKMAG00000003295) Mangrove rivulus MODERN SPECIES 264 ENSKMAG00000020777 GJD2 (ENSKMAG00000020770) #19 nop53 (ENSKMAG00000020756) #20 ENSKMAG00000020743 ENSKMAG00000020735 #22 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Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00390000004836 ENSGT00940000159664 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00940000178199 ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000154457.a.b ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b Orange clownfish DUPLICATION Orange clownfish MODERN SPECIES 10 ENSAPEG00000019866 UTS2R (ENSAPEG00000019882) ogfod3 (ENSAPEG00000019888) hexdc (ENSAPEG00000019903) cybc1 (ENSAPEG00000019927) narf (ENSAPEG00000019945) ENSAPEG00000019971 FDXR (ENSAPEG00000019992) ENSAPEG00000020075 ENSAPEG00000020057 mrpl38 (ENSAPEG00000020085) ENSAPEG00000020107 wbp2 (ENSAPEG00000020125) UNC13D 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ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00510000049652 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000159664 ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00940000178199 ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a 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ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00940000159302 ENSGT00940000165141.a Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006095 ENSGT00940000157522 ENSGT00940000156342.d ENSGT00940000161398.e ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00950000183136.b.b.d ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.a.db.b #22 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00940000159302 ENSGT00940000165141.a Pike perch MODERN SPECIES 60 PER2 (ENSSLUG00000022765) her13 (ENSSLUG00000022759) her8.2 (ENSSLUG00000022756) ENSSLUG00000022753 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tail seahorse MODERN SPECIES 435 PDK2 (ENSHCOG00000015994) TBKBP1 (ENSHCOG00000015975) tbx21 (ENSHCOG00000015961) osbpl7 (ENSHCOG00000015840) mrpl10 (ENSHCOG00000015812) pnpo (ENSHCOG00000015796) GCGR (ENSHCOG00000015787) WDR90 (ENSHCOG00000015717) rhot2 (ENSHCOG00000015642) h1-0 (ENSHCOG00000000434) rhbdl1 (ENSHCOG00000015572) zgc:112496 (ENSHCOG00000015559) wdr24 (ENSHCOG00000015542) anks3 (ENSHCOG00000015518) zgc:112185 (ENSHCOG00000015502) ENSHCOG00000015494 #22 ENSHCOG00000015491 C7orf50 (ENSHCOG00000015488) gnptg (ENSHCOG00000015474) tsr3 (ENSHCOG00000015455) pdpk1b (ENSHCOG00000015447) kctd5a (ENSHCOG00000015392) ube2ia (ENSHCOG00000015373) ENSHCOG00000015357 ENSHCOG00000015322 phkg2 (ENSHCOG00000014957) RNF40 (ENSHCOG00000014932) ENSHCOG00000014890 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT01030000234872 ENSGT00940000159197 ENSGT00940000155418.a.a.b ENSGT01030000234556.b.b.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a.b ENSGT00950000183199.a.a.w ENSGT00950000182929.A ENSGT00940000159470 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herring DUPLICATION Denticle herring MODERN SPECIES 4 ENSDCDG00000031298 #15 ENSDCDG00000031302 #15 ech1 (ENSDCDG00000031320) #14 ech1 (ENSDCDG00000031621) #14 ech1 (ENSDCDG00000031629) #14 hnrnpl2 (ENSDCDG00000031696) #13 srsf7a (ENSDCDG00000031915) #12 slc8a2b (ENSDCDG00000031942) #11 ENSDCDG00000032153 actn4 (ENSDCDG00000032204) #10 zgc:85932 (ENSDCDG00000032586) #9 eif3k (ENSDCDG00000032588) #8 ENSDCDG00000032597 #7 DMWD (ENSDCDG00000032629) ENSDCDG00000032632 H3-3B (ENSDCDG00000032635) #22 ENSDCDG00000032636 ##21 ENSDCDG00000032637 #24 slc47a4 (ENSDCDG00000032643) slc47a4 (ENSDCDG00000032650) ENSDCDG00000032655 PITPNM3 (ENSDCDG00000032664) ENSDCDG00000032696 SLC35F2 (ENSDCDG00000032697) MNT (ENSDCDG00000032699) mettl16 (ENSDCDG00000032702) pafah1b1a (ENSDCDG00000032706) SLC35F2 (ENSDCDG00000032710) mettl16 (ENSDCDG00000032717) cluha (ENSDCDG00000032774) CCDC92B (ENSDCDG00000033581) Denticle herring MODERN SPECIES 11 ENSDCDG00000019322 ENSDCDG00000019319 mybpc2b 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ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Platypus DUPLICATION Platypus MODERN SPECIES 45 UBALD2 (ENSOANG00000038253) RNF157 (ENSOANG00000014383) FOXJ1 (ENSOANG00000014384) EXOC7 (ENSOANG00000003543) GALR2 (ENSOANG00000014385) SRP68 (ENSOANG00000014989) ENSOANG00000001866 TEN1 (ENSOANG00000043359) ACOX1 (ENSOANG00000001864) MRPL38 (ENSOANG00000001861) ENSOANG00000012909 TRIM47 (ENSOANG00000012910) WBP2 (ENSOANG00000040882) UNC13D (ENSOANG00000041715) UNK (ENSOANG00000041614) ENSOANG00000037145 #22 GALK1 (ENSOANG00000012912) ITGB4 (ENSOANG00000015842) SAP30BP (ENSOANG00000015843) ENSOANG00000045029 RECQL5 (ENSOANG00000015844) ENSOANG00000038802 LLGL2 (ENSOANG00000005718) TSEN54 (ENSOANG00000044411) ENSOANG00000008331 TMEM94 (ENSOANG00000008329) GRB2 (ENSOANG00000008328) SLC25A19 (ENSOANG00000008326) MIF4GD (ENSOANG00000008325) MRPS7 (ENSOANG00000008324) ENSOANG00000045951 Platypus MODERN SPECIES 10 TP53BP2 (ENSOANG00000001453) FBXO28 (ENSOANG00000001454) DEGS1 (ENSOANG00000001455) NVL (ENSOANG00000001457) CNIH4 (ENSOANG00000043482) WDR26 (ENSOANG00000037128) ENSOANG00000050981 ENSOANG00000001463 LBR (ENSOANG00000001469) ENAH (ENSOANG00000001471) SRP9 (ENSOANG00000050463) EPHX1 (ENSOANG00000001473) ENSOANG00000001474 ENSOANG00000001480 SDE2 (ENSOANG00000001481) ENSOANG00000037953 #22 ENSOANG00000050350 ENSOANG00000043340 MIXL1 (ENSOANG00000001484) LIN9 (ENSOANG00000001486) PARP1 (ENSOANG00000001488) ENSOANG00000050466 ENSOANG00000001517 PSEN2 (ENSOANG00000010238) COQ8A (ENSOANG00000010237) CDC42BPA (ENSOANG00000010240) AHCTF1 (ENSOANG00000010242) SCCPDH (ENSOANG00000010244) CNST (ENSOANG00000010245) ENSOANG00000041467 SMYD3 (ENSOANG00000019760) Theria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Eutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Polar bear MODERN SPECIES 185 ENSUMAG00000013360 RNF157 (ENSUMAG00000013352) EXOC7 (ENSUMAG00000011405) SRP68 (ENSUMAG00000010865) ENSUMAG00000010767 CDK3 (ENSUMAG00000010750) TEN1 (ENSUMAG00000010744) ACOX1 (ENSUMAG00000010732) FBF1 (ENSUMAG00000010714) MRPL38 (ENSUMAG00000010702) TRIM65 (ENSUMAG00000010696) TRIM47 (ENSUMAG00000010694) WBP2 (ENSUMAG00000010671) UNC13D (ENSUMAG00000010601) UNK (ENSUMAG00000010576) H3-5 (ENSUMAG00000010572) #22 ENSUMAG00000010571 ITGB4 (ENSUMAG00000009253) SAP30BP (ENSUMAG00000009122) ENSUMAG00000009118 RECQL5 (ENSUMAG00000009115) ENSUMAG00000009111 LLGL2 (ENSUMAG00000009023) TSEN54 (ENSUMAG00000008979) ENSUMAG00000008973 TMEM94 (ENSUMAG00000008703) GRB2 (ENSUMAG00000008668) SLC25A19 (ENSUMAG00000008660) MIF4GD (ENSUMAG00000008655) MRPS7 (ENSUMAG00000008652) GGA3 (ENSUMAG00000008648) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 30 NEBL (ENSRFEG00010007581) ENSRFEG00010007544 ENSRFEG00010007528 PLXDC2 (ENSRFEG00010007490) MALRD1 (ENSRFEG00010007438) ARL5B (ENSRFEG00010007388) NSUN6 (ENSRFEG00010007349) CACNB2 (ENSRFEG00010006472) SLC39A12 (ENSRFEG00010005999) MRC1 (ENSRFEG00010021400) TMEM236 (ENSRFEG00010021386) STAM (ENSRFEG00010021374) HACD1 (ENSRFEG00010021363) ST8SIA6 (ENSRFEG00010021356) VIM (ENSRFEG00010021345) ENSRFEG00010021330 #22 TRDMT1 (ENSRFEG00010021313) CUBN (ENSRFEG00010020510) RSU1 (ENSRFEG00010020311) C1QL3 (ENSRFEG00010020295) PTER (ENSRFEG00010020253) ENSRFEG00010020221 MINDY3 (ENSRFEG00010020170) ITGA8 (ENSRFEG00010019917) FAM171A1 (ENSRFEG00010019859) NMT2 (ENSRFEG00010019775) RPP38 (ENSRFEG00010019749) ACBD7 (ENSRFEG00010019720) OLAH (ENSRFEG00010019677) MEIG1 (ENSRFEG00010019650) DCLRE1C (ENSRFEG00010019540) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 10 HDHD5 (ENSCSAG00000014527) ADA2 (ENSCSAG00000014485) CECR2 (ENSCSAG00000014471) SLC25A18 (ENSCSAG00000014445) ATP6V1E1 (ENSCSAG00000014403) BCL2L13 (ENSCSAG00000014293) BID (ENSCSAG00000014281) MICAL3 (ENSCSAG00000014264) PEX26 (ENSCSAG00000014211) TUBA8 (ENSCSAG00000014167) USP18 (ENSCSAG00000014166) ENSCSAG00000014145 ENSCSAG00000014140 ENSCSAG00000014136 BCR (ENSCSAG00000014105) ENSCSAG00000019267 #22 RAB36 (ENSCSAG00000014082) RSPH14 (ENSCSAG00000014070) GNAZ (ENSCSAG00000014024) ENSCSAG00000014016 ENSCSAG00000014011 ENSCSAG00000014009 IGLV4-3 (ENSCSAG00000013977) ENSCSAG00000013975 IGLV3-9 (ENSCSAG00000013971) IGLV3-10 (ENSCSAG00000013966) ENSCSAG00000013960 ENSCSAG00000013935 ENSCSAG00000013933 ENSCSAG00000013931 ENSCSAG00000013923 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 Rabbit MODERN SPECIES 4 TMED5 (ENSOCUG00000012427) MTF2 (ENSOCUG00000013736) DIPK1A (ENSOCUG00000027778) ENSOCUG00000010089 EVI5 (ENSOCUG00000001807) GFI1 (ENSOCUG00000023553) RPAP2 (ENSOCUG00000001804) ENSOCUG00000001803 C1orf146 (ENSOCUG00000003953) ENSOCUG00000021982 BTBD8 (ENSOCUG00000011062) EPHX4 (ENSOCUG00000017476) BRDT (ENSOCUG00000017466) TGFBR3 (ENSOCUG00000016083) CDC7 (ENSOCUG00000026347) ENSOCUG00000024863 #22 HFM1 (ENSOCUG00000029252) ENSOCUG00000036391 ENSOCUG00000005209 BARHL2 (ENSOCUG00000004213) ZNF326 (ENSOCUG00000012291) LRRC8D (ENSOCUG00000022362) LRRC8C (ENSOCUG00000010782) LRRC8B (ENSOCUG00000010780) ENSOCUG00000023473 ENSOCUG00000014931 ENSOCUG00000003764 ENSOCUG00000036036 ENSOCUG00000034762 ENSOCUG00000038599 ENSOCUG00000008656 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 16 PGBD2 (ENSRFEG00010012615) ZNF692 (ENSRFEG00010012694) ENSRFEG00010013162 OR2T6 (ENSRFEG00010013205) ENSRFEG00010013256 ENSRFEG00010013308 ENSRFEG00010013524 OR2W3 (ENSRFEG00010013571) TRIM58 (ENSRFEG00010013589) OR11L1 (ENSRFEG00010010995) ENSRFEG00010011051 #22 ENSRFEG00010011138 OR13G1 (ENSRFEG00010011201) OR14K1 (ENSRFEG00010011310) OR2G3 (ENSRFEG00010011480) OR2G2 (ENSRFEG00010011520) GCSAML (ENSRFEG00010011703) OR2B11 (ENSRFEG00010011877) NLRP3 (ENSRFEG00010011921) ENSRFEG00010012199 ZNF496 (ENSRFEG00010012279) ENSRFEG00010012356 ENSRFEG00010012392 RNF187 (ENSRFEG00010012412) H2AC25 (ENSRFEG00010012511) H3-4 (ENSRFEG00010012529) Microbat MODERN SPECIES 941 SLC16A2 (ENSMLUG00000007771) EDA2R (ENSMLUG00000015826) ENSMLUG00000024201 ENSMLUG00000023153 ENSMLUG00000028292 ENSMLUG00000024925 AR (ENSMLUG00000014191) OPHN1 (ENSMLUG00000001484) YIPF6 (ENSMLUG00000014760) STARD8 (ENSMLUG00000015899) EFNB1 (ENSMLUG00000012361) PJA1 (ENSMLUG00000004315) ENSMLUG00000030216 ENSMLUG00000026107 ENSMLUG00000028972 ENSMLUG00000029796 #22 ENSMLUG00000028775 EDA (ENSMLUG00000008882) AWAT2 (ENSMLUG00000008905) ENSMLUG00000004183 ENSMLUG00000004190 ENSMLUG00000004179 DGAT2L6 (ENSMLUG00000001856) AWAT1 (ENSMLUG00000011002) P2RY4 (ENSMLUG00000011018) PDZD11 (ENSMLUG00000011031) KIF4A (ENSMLUG00000011048) GDPD2 (ENSMLUG00000011115) DLG3 (ENSMLUG00000011155) TEX11 (ENSMLUG00000006578) SLC7A3 (ENSMLUG00000023615) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Gorilla MODERN SPECIES 523 RHOXF1 (ENSGGOG00000016112) ZBTB33 (ENSGGOG00000010306) TMEM255A (ENSGGOG00000010310) ATP1B4 (ENSGGOG00000006495) LAMP2 (ENSGGOG00000000555) CUL4B (ENSGGOG00000011167) MCTS1 (ENSGGOG00000009420) C1GALT1C1 (ENSGGOG00000026235) ENSGGOG00000037852 ENSGGOG00000011433 CT47B1 (ENSGGOG00000015773) GLUD2 (ENSGGOG00000022665) ENSGGOG00000039654 ENSGGOG00000024589 GRIA3 (ENSGGOG00000009569) ENSGGOG00000044134 #22 THOC2 (ENSGGOG00000000486) ENSGGOG00000008637 STAG2 (ENSGGOG00000004109) SH2D1A (ENSGGOG00000034950) TENM1 (ENSGGOG00000003488) ENSGGOG00000039541 DCAF12L2 (ENSGGOG00000005923) DCAF12L1 (ENSGGOG00000016198) PRR32 (ENSGGOG00000022006) ACTRT1 (ENSGGOG00000015345) ENSGGOG00000041367 ENSGGOG00000012841 OCRL (ENSGGOG00000000824) APLN (ENSGGOG00000040354) XPNPEP2 (ENSGGOG00000015184) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Bushbaby MODERN SPECIES 130 FEZF2 (ENSOGAG00000008112) ENSOGAG00000008116 SYNPR (ENSOGAG00000000442) SNTN (ENSOGAG00000016059) ENSOGAG00000030192 C3orf49 (ENSOGAG00000015268) THOC7 (ENSOGAG00000024865) ATXN7 (ENSOGAG00000031555) PSMD6 (ENSOGAG00000015279) ENSOGAG00000028241 PRICKLE2 (ENSOGAG00000009507) ADAMTS9 (ENSOGAG00000015548) MAGI1 (ENSOGAG00000000286) ENSOGAG00000033711 SLC25A26 (ENSOGAG00000002219) ENSOGAG00000007944 #22 LRIG1 (ENSOGAG00000002220) ENSOGAG00000006131 ENSOGAG00000024724 KBTBD8 (ENSOGAG00000024533) ENSOGAG00000006190 ENSOGAG00000028255 TAFA4 (ENSOGAG00000012090) EOGT (ENSOGAG00000012093) TMF1 (ENSOGAG00000007764) UBA3 (ENSOGAG00000007771) ARL6IP5 (ENSOGAG00000007773) LMOD3 (ENSOGAG00000002704) FRMD4B (ENSOGAG00000002705) MITF (ENSOGAG00000000043) MDFIC2 (ENSOGAG00000030030) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.xb.b #22 Rabbit MODERN SPECIES 8 VCPKMT (ENSOCUG00000006049) ARF6 (ENSOCUG00000001692) NEMF (ENSOCUG00000017384) KLHDC2 (ENSOCUG00000017378) KLHDC1 (ENSOCUG00000017367) ENSOCUG00000031174 POLE2 (ENSOCUG00000015480) ENSOCUG00000015466 MGAT2 (ENSOCUG00000015463) ENSOCUG00000027946 LRR1 (ENSOCUG00000000121) ENSOCUG00000027423 ENSOCUG00000033024 MDGA2 (ENSOCUG00000017002) RPL10L (ENSOCUG00000015485) ENSOCUG00000012678 #22 ENSOCUG00000021198 ENSOCUG00000027427 ENSOCUG00000035475 ENSOCUG00000007451 MIS18BP1 (ENSOCUG00000007550) FANCM (ENSOCUG00000007539) ENSOCUG00000007535 PRPF39 (ENSOCUG00000007531) TOGARAM1 (ENSOCUG00000006378) KLHL28 (ENSOCUG00000006372) ENSOCUG00000008733 ENSOCUG00000031408 ENSOCUG00000010014 ENSOCUG00000038158 ENSOCUG00000036762 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Glires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Rodentia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Murinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Rat MODERN SPECIES 4 Lbr (ENSRNOG00000052574) Dnah14 (ENSRNOG00000070092) Ccdc121rt (ENSRNOG00000022717) Cnih3 (ENSRNOG00000022724) Wdr26 (ENSRNOG00000003723) Cnih4 (ENSRNOG00000003717) Nvl (ENSRNOG00000003629) RGD1564463 (ENSRNOG00000003601) LOC498300 (ENSRNOG00000050163) Ephx1 (ENSRNOG00000003515) Tmem63a (ENSRNOG00000003310) Lefty1 (ENSRNOG00000003263) Pycr2 (ENSRNOG00000003267) Lefty2 (ENSRNOG00000060325) Sde2 (ENSRNOG00000003247) H3f3b (ENSRNOG00000003220) #22 Acbd3 (ENSRNOG00000003185) Mixl1 (ENSRNOG00000003176) Lin9 (ENSRNOG00000023304) Parp1 (ENSRNOG00000003084) Stum (ENSRNOG00000071066) Itpkb (ENSRNOG00000002969) Psen2 (ENSRNOG00000002879) Coq8a (ENSRNOG00000043201) Cdc42bpa (ENSRNOG00000002841) Ahctf1 (ENSRNOG00000023541) Kif28p (ENSRNOG00000050602) Sccpdh (ENSRNOG00000066712) Cnst (ENSRNOG00000002710) Tfb2m (ENSRNOG00000002695) Smyd3 (ENSRNOG00000066304) Mus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Mus_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870.d ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Ryukyu mouse MODERN SPECIES 2 Foxj1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017440) Exoc7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017439) Galr2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017438) Srp68 (MGP_CAROLIEiJ_G0017437) Evpl (MGP_CAROLIEiJ_G0017436) MGP_CAROLIEiJ_G0008948 Ten1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017435) Acox1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017434) Fbf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017433) Mrpl38 (MGP_CAROLIEiJ_G0017432) Trim65 (MGP_CAROLIEiJ_G0017431) Trim47 (MGP_CAROLIEiJ_G0017430) Wbp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017429) Unc13d (MGP_CAROLIEiJ_G0017428) Unk (MGP_CAROLIEiJ_G0017427) MGP_CAROLIEiJ_G0017426 #22 Galk1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017425) Itgb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017424) Sap30bp (MGP_CAROLIEiJ_G0017423) Smim6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017422) Smim5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017421) Recql5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017420) Myo15b (MGP_CAROLIEiJ_G0017419) Llgl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017418) Tsen54 (MGP_CAROLIEiJ_G0017417) Caskin2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017416) MGP_CAROLIEiJ_G0017415 Grb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017414) Slc25a19 (MGP_CAROLIEiJ_G0017413) Mif4gd (MGP_CAROLIEiJ_G0017412) Mrps7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017411) Mus_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01000000214622.a.a.a ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a.j.b ENSGT00390000013448.a.a.j.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.z ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.y.b ENSGT00390000010056.y.a.b ENSGT00390000010056.y.a.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00860000135936 ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Mouse MODERN SPECIES Enah (ENSMUSG00000022995) Lbr (ENSMUSG00000004880) Dnah14 (ENSMUSG00000047369) Ccdc121rt1 (ENSMUSG00000050625) Cnih3 (ENSMUSG00000026514) Wdr26 (ENSMUSG00000038733) Cnih4 (ENSMUSG00000062169) Nvl (ENSMUSG00000026516) 9130409I23Rik (ENSMUSG00000038768) Ephx1 (ENSMUSG00000038776) Tmem63a (ENSMUSG00000026519) Lefty1 (ENSMUSG00000038793) Pycr2 (ENSMUSG00000026520) Lefty2 (ENSMUSG00000066652) Sde2 (ENSMUSG00000038806) H3f3a (ENSMUSG00000060743) #22 Acbd3 (ENSMUSG00000026499) Mixl1 (ENSMUSG00000026497) Lin9 (ENSMUSG00000058729) Parp1 (ENSMUSG00000026496) Stum (ENSMUSG00000053963) Itpkb (ENSMUSG00000038855) Psen2 (ENSMUSG00000010609) Coq8a (ENSMUSG00000026489) Cdc42bpa (ENSMUSG00000026490) Ahctf1 (ENSMUSG00000026491) Kif28 (ENSMUSG00000087236) Sccpdh (ENSMUSG00000038936) Cnst (ENSMUSG00000038949) Tfb2m (ENSMUSG00000026492) Smyd3 (ENSMUSG00000055067) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870.d ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 ENSGT00390000000204 spretus MODERN SPECIES 2 Foxj1 (MGP_SPRETEiJ_G0018285) Exoc7 (MGP_SPRETEiJ_G0018284) Galr2 (MGP_SPRETEiJ_G0018283) Srp68 (MGP_SPRETEiJ_G0018282) Evpl (MGP_SPRETEiJ_G0018281) Cdk3 (MGP_SPRETEiJ_G0009409) Ten1 (MGP_SPRETEiJ_G0018280) Acox1 (MGP_SPRETEiJ_G0018279) Fbf1 (MGP_SPRETEiJ_G0018278) Mrpl38 (MGP_SPRETEiJ_G0018277) Trim65 (MGP_SPRETEiJ_G0018276) Trim47 (MGP_SPRETEiJ_G0018275) Wbp2 (MGP_SPRETEiJ_G0018274) Unc13d (MGP_SPRETEiJ_G0018273) Unk (MGP_SPRETEiJ_G0018272) MGP_SPRETEiJ_G0018271 #22 Galk1 (MGP_SPRETEiJ_G0018270) Itgb4 (MGP_SPRETEiJ_G0018269) Sap30bp (MGP_SPRETEiJ_G0018268) Smim6 (MGP_SPRETEiJ_G0018267) Smim5 (MGP_SPRETEiJ_G0018266) Recql5 (MGP_SPRETEiJ_G0018265) Myo15b (MGP_SPRETEiJ_G0018264) Llgl2 (MGP_SPRETEiJ_G0018263) Tsen54 (MGP_SPRETEiJ_G0018262) Caskin2 (MGP_SPRETEiJ_G0018261) Tmem94 (MGP_SPRETEiJ_G0018260) Grb2 (MGP_SPRETEiJ_G0018259) Slc25a19 (MGP_SPRETEiJ_G0018258) Mif4gd (MGP_SPRETEiJ_G0018257) Mrps7 (MGP_SPRETEiJ_G0018256) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000167442 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Prairie vole MODERN SPECIES 13 Exog (ENSMOCG00000020900) Acvr2b (ENSMOCG00000019420) Xylb (ENSMOCG00000006242) ENSMOCG00000021760 Myd88 (ENSMOCG00000001673) Oxsr1 (ENSMOCG00000017814) ENSMOCG00000015259 Slc22a14 (ENSMOCG00000003432) ENSMOCG00000005097 Dlec1 (ENSMOCG00000020565) Plcd1 (ENSMOCG00000020441) Vill (ENSMOCG00000013015) Ctdspl (ENSMOCG00000012026) Itga9 (ENSMOCG00000004653) Golga4 (ENSMOCG00000022389) ENSMOCG00000010349 #22 Eomes (ENSMOCG00000020156) Cmc1 (ENSMOCG00000020815) Azi2 (ENSMOCG00000018171) Rbms3 (ENSMOCG00000006997) Tgfbr2 (ENSMOCG00000012279) Gadl1 (ENSMOCG00000005000) Stt3b (ENSMOCG00000021697) Osbpl10 (ENSMOCG00000019718) ENSMOCG00000012300 Cmtm8 (ENSMOCG00000010377) ENSMOCG00000008730 Cmtm6 (ENSMOCG00000001815) Dync1li1 (ENSMOCG00000020559) Cnot10 (ENSMOCG00000018672) Trim71 (ENSMOCG00000018592) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Phf8 (ENSPEMG00000018201) Huwe1 (ENSPEMG00000007064) ENSPEMG00000006148 ENSPEMG00000003682 Hsd17b10 (ENSPEMG00000016342) Ribc1 (ENSPEMG00000012701) Smc1a (ENSPEMG00000003801) Iqsec2 (ENSPEMG00000016485) Kdm5c (ENSPEMG00000018041) Kantr (ENSPEMG00000026622) Tspyl2 (ENSPEMG00000006058) Gpr173 (ENSPEMG00000027332) ENSPEMG00000025543 ENSPEMG00000028842 ENSPEMG00000026567 ENSPEMG00000028039 #22 Shroom2 (ENSPEMG00000025197) Gpr143 (ENSPEMG00000023764) ENSPEMG00000024517 ENSPEMG00000012532 Clcn4 (ENSPEMG00000010296) Msl3 (ENSPEMG00000011959) Amelx (ENSPEMG00000009304) Arhgap6 (ENSPEMG00000013179) ENSPEMG00000009950 Hccs (ENSPEMG00000006006) ENSPEMG00000029909 ENSPEMG00000025019 ENSPEMG00000025449 ENSPEMG00000029567 ENSPEMG00000024903 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 21 Foxj1 (ENSPEMG00000024551) Exoc7 (ENSPEMG00000017693) Galr2 (ENSPEMG00000017199) Srp68 (ENSPEMG00000015825) Evpl (ENSPEMG00000008116) Cdk3 (ENSPEMG00000018810) Ten1 (ENSPEMG00000010295) Acox1 (ENSPEMG00000002591) Fbf1 (ENSPEMG00000017634) Mrpl38 (ENSPEMG00000012196) Trim65 (ENSPEMG00000030571) Trim47 (ENSPEMG00000016814) Wbp2 (ENSPEMG00000014097) Unc13d (ENSPEMG00000010076) Unk (ENSPEMG00000016145) ENSPEMG00000029709 #22 Galk1 (ENSPEMG00000011665) Itgb4 (ENSPEMG00000013750) Sap30bp (ENSPEMG00000019248) Smim5 (ENSPEMG00000029199) Recql5 (ENSPEMG00000011938) ENSPEMG00000016324 Llgl2 (ENSPEMG00000008966) Tsen54 (ENSPEMG00000014857) Caskin2 (ENSPEMG00000007480) Tmem94 (ENSPEMG00000007436) Grb2 (ENSPEMG00000009134) Slc25a19 (ENSPEMG00000010997) Mif4gd (ENSPEMG00000012309) Mrps7 (ENSPEMG00000019065) Gga3 (ENSPEMG00000013193) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000167442 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 202 Gucy1a2 (ENSCGRG00001016426) ENSCGRG00001018331 Kbtbd3 (ENSCGRG00001018771) Msantd4 (ENSCGRG00001019387) Gria4 (ENSCGRG00001016770) Casp1 (ENSCGRG00001009135) Casp12 (ENSCGRG00001018352) ENSCGRG00001004505 Pdgfd (ENSCGRG00001019661) Ddi1 (ENSCGRG00001005855) Dync2h1 (ENSCGRG00001013236) Dcun1d5 (ENSCGRG00001014535) Mmp13 (ENSCGRG00001006492) Mmp12 (ENSCGRG00001013053) Mmp3 (ENSCGRG00001015501) ENSCGRG00001009381 #22 ENSCGRG00001020530 ENSCGRG00001014094 Mmp8 (ENSCGRG00001015038) Mmp27 (ENSCGRG00001021757) Mmp20 (ENSCGRG00001000330) ENSCGRG00001015482 Tmem123 (ENSCGRG00001018797) ENSCGRG00001022513 Birc2 (ENSCGRG00001023266) Birc3 (ENSCGRG00001008505) Yap1 (ENSCGRG00001011573) Cfap300 (ENSCGRG00001021391) Cep126 (ENSCGRG00001023949) Trpc6 (ENSCGRG00001006368) Pgr (ENSCGRG00001019400) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 33 Foxj1 (ENSCGRG00001024967) Exoc7 (ENSCGRG00001000581) Galr2 (ENSCGRG00001003541) Srp68 (ENSCGRG00001023743) Evpl (ENSCGRG00001023621) Cdk3 (ENSCGRG00001016520) Ten1 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ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a.e ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a.e ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Squirrel MODERN SPECIES 194 EXOC7 (ENSSTOG00000007475) ZACN (ENSSTOG00000007453) GALR2 (ENSSTOG00000007442) SRP68 (ENSSTOG00000007424) EVPL (ENSSTOG00000022668) CDK3 (ENSSTOG00000007350) TEN1 (ENSSTOG00000019554) ACOX1 (ENSSTOG00000013437) FBF1 (ENSSTOG00000013411) MRPL38 (ENSSTOG00000013400) TRIM65 (ENSSTOG00000013392) TRIM47 (ENSSTOG00000013386) ENSSTOG00000021421 UNC13D (ENSSTOG00000013367) UNK (ENSSTOG00000013344) ENSSTOG00000024226 #22 GALK1 (ENSSTOG00000013326) ITGB4 (ENSSTOG00000025173) SAP30BP (ENSSTOG00000012995) 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ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Pika MODERN SPECIES 3973 ENSOPRG00000015952 #22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 578 UNK (ENSOCUG00000014994) ENSOCUG00000014989 #22 GALK1 (ENSOCUG00000014973) ITGB4 (ENSOCUG00000014951) SAP30BP (ENSOCUG00000016220) RECQL5 (ENSOCUG00000016202) SMIM6 (ENSOCUG00000036696) ENSOCUG00000030919 ENSOCUG00000016181 LLGL2 (ENSOCUG00000022899) TSEN54 (ENSOCUG00000009875) ENSOCUG00000011862 TMEM94 (ENSOCUG00000005331) GRB2 (ENSOCUG00000006469) ENSOCUG00000017928 ENSOCUG00000006603 GGA3 (ENSOCUG00000006657) Rabbit MODERN SPECIES 7 ENSOCUG00000007393 LYPLAL1 (ENSOCUG00000000388) TGFB2 (ENSOCUG00000005279) RRP15 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(ENSTBEG00000015250) ENSTBEG00000015024 Primates ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Haplorrhini DUPLICATION Haplorrhini DUPLICATION Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.a #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.a #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.a #22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.a #22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT01080000257365.b.a.b.a.a ENSGT00940000157408 ENSGT00950000183064.b ENSGT00910000147749 ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.a #22 ENSGT00940000154465.C.o ENSGT00390000013771.u ENSGT00730000111429 ENSGT00390000002960 ENSGT00940000159985 ENSGT00940000161312 ENSGT00550000074968.a ENSGT00940000160495 ENSGT00390000016421.b.a ENSGT00940000162541 ENSGT00510000046499 ENSGT00940000153577.A ENSGT00940000159255 ENSGT00940000159602 ENSGT00940000159870 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 581 KCNJ6 (ENSRROG00000034548) DYRK1A (ENSRROG00000013490) VPS26C (ENSRROG00000039521) ENSRROG00000040777 TTC3 (ENSRROG00000042556) ENSRROG00000004087 #22 PIGP (ENSRROG00000036631) RIPPLY3 (ENSRROG00000038710) HLCS (ENSRROG00000034799) SIM2 (ENSRROG00000035852) CLDN14 (ENSRROG00000010989) CHAF1B (ENSRROG00000027429) MORC3 (ENSRROG00000027382) DOP1B (ENSRROG00000031861) CBR3 (ENSRROG00000037282) CBR1 (ENSRROG00000031699) SETD4 (ENSRROG00000044000) ENSRROG00000043469 ENSRROG00000039344 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1186 KCNJ6 (ENSRBIG00000039466) DYRK1A (ENSRBIG00000044558) VPS26C (ENSRBIG00000031672) ENSRBIG00000033842 ENSRBIG00000005142 #22 TTC3 (ENSRBIG00000044668) PIGP (ENSRBIG00000036738) RIPPLY3 (ENSRBIG00000033745) ENSRBIG00000028452 HLCS (ENSRBIG00000040559) SIM2 (ENSRBIG00000037240) CLDN14 (ENSRBIG00000011059) CHAF1B (ENSRBIG00000017497) Tarsier MODERN SPECIES 6584 NCOA6 (ENSTSYG00000030130) ENSTSYG00000029672 GGT7 (ENSTSYG00000003672) ACSS2 (ENSTSYG00000004518) GSS (ENSTSYG00000000906) ENSTSYG00000037054 #22 MYH7B (ENSTSYG00000007695) TRPC4AP (ENSTSYG00000007739) EDEM2 (ENSTSYG00000002139) PROCR (ENSTSYG00000037554) MMP24 (ENSTSYG00000005981) EIF6 (ENSTSYG00000030850) FAM83C (ENSTSYG00000036093) ENSTSYG00000036365 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1471 ENSRROG00000028587 ENSRROG00000004863 #22 DZANK1 (ENSRROG00000002317) POLR3F (ENSRROG00000039911) RBBP9 (ENSRROG00000042932) SEC23B (ENSRROG00000044371) DTD1 (ENSRROG00000039552) SLC24A3 (ENSRROG00000042604) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.m.b #22 Capuchin MODERN SPECIES 112 ENSCCAG00000015027 BACE2 (ENSCCAG00000035482) FAM3B (ENSCCAG00000030600) MX2 (ENSCCAG00000029612) ENSCCAG00000020180 #22 MX1 (ENSCCAG00000025192) TMPRSS2 (ENSCCAG00000030906) RIPK4 (ENSCCAG00000029896) PRDM15 (ENSCCAG00000030489) ENSCCAG00000029556 ZBTB21 (ENSCCAG00000037414) ENSCCAG00000030168 UMODL1 (ENSCCAG00000028529) ABCG1 (ENSCCAG00000022414) TFF3 (ENSCCAG00000022195) TFF2 (ENSCCAG00000022205) TFF1 (ENSCCAG00000022303) TMPRSS3 (ENSCCAG00000038076) UBASH3A (ENSCCAG00000029676) RSPH1 (ENSCCAG00000029158) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Tarsier MODERN SPECIES 2014 TRIM47 (ENSTSYG00000026333) WBP2 (ENSTSYG00000027971) UNC13D (ENSTSYG00000008180) UNK (ENSTSYG00000008096) ENSTSYG00000034925 #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00940000164172 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00940000164172 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A.c ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00940000164172 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Gibbon MODERN SPECIES 20 ENSNLEG00000032682 GPR180 (ENSNLEG00000016532) TGDS (ENSNLEG00000016509) DCT (ENSNLEG00000016495) GPC6 (ENSNLEG00000016493) GPC5 (ENSNLEG00000016490) ENSNLEG00000016486 ENSNLEG00000033876 SLITRK5 (ENSNLEG00000016482) ENSNLEG00000030993 ENSNLEG00000016480 SLITRK6 (ENSNLEG00000016473) ENSNLEG00000034721 SLITRK1 (ENSNLEG00000019091) SPRY2 (ENSNLEG00000034212) ENSNLEG00000031272 #22 NDFIP2 (ENSNLEG00000016460) RBM26 (ENSNLEG00000016429) OBI1 (ENSNLEG00000016406) ENSNLEG00000016405 EDNRB (ENSNLEG00000016385) SLAIN1 (ENSNLEG00000016365) SCEL (ENSNLEG00000016322) MYCBP2 (ENSNLEG00000016250) FBXL3 (ENSNLEG00000016246) ENSNLEG00000016242 ACOD1 (ENSNLEG00000016240) ENSNLEG00000027709 LMO7 (ENSNLEG00000016172) UCHL3 (ENSNLEG00000027639) ENSNLEG00000031435 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A.c ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000161656.r ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Orangutan DUPLICATION Orangutan MODERN SPECIES 3 SLC2A13 (ENSPPYG00000004415) C12orf40 (ENSPPYG00000004414) ABCD2 (ENSPPYG00000004413) KIF21A (ENSPPYG00000004412) CPNE8 (ENSPPYG00000004411) ALG10B (ENSPPYG00000004409) ENSPPYG00000034107 ALG10 (ENSPPYG00000004410) SYT10 (ENSPPYG00000004408) PKP2 (ENSPPYG00000004407) YARS2 (ENSPPYG00000004406) DNM1L (ENSPPYG00000004405) FGD4 (ENSPPYG00000004404) BICD1 (ENSPPYG00000004403) RESF1 (ENSPPYG00000004402) H3-5 (ENSPPYG00000004401) #22 AMN1 (ENSPPYG00000004400) ETFBKMT (ENSPPYG00000037212) DENND5B (ENSPPYG00000004398) ENSPPYG00000035593 SINHCAF (ENSPPYG00000004396) TSPAN11 (ENSPPYG00000039901) CAPRIN2 (ENSPPYG00000004394) IPO8 (ENSPPYG00000034647) TMTC1 (ENSPPYG00000004392) OVCH1 (ENSPPYG00000004391) ERGIC2 (ENSPPYG00000004390) FAR2 (ENSPPYG00000004389) CCDC91 (ENSPPYG00000004387) PTHLH (ENSPPYG00000004386) KLHL42 (ENSPPYG00000033094) Orangutan MODERN SPECIES 242 ENSPPYG00000020681 ZBTB33 (ENSPPYG00000020682) TMEM255A (ENSPPYG00000020683) ATP1B4 (ENSPPYG00000020684) LAMP2 (ENSPPYG00000020685) CUL4B (ENSPPYG00000020686) MCTS1 (ENSPPYG00000020687) C1GALT1C1 (ENSPPYG00000020689) ENSPPYG00000039491 CT47B1 (ENSPPYG00000033587) ENSPPYG00000020691 GLUD2 (ENSPPYG00000020692) ENSPPYG00000033514 ENSPPYG00000034575 GRIA3 (ENSPPYG00000020694) ENSPPYG00000033691 #22 THOC2 (ENSPPYG00000020695) XIAP (ENSPPYG00000020696) STAG2 (ENSPPYG00000020697) SH2D1A (ENSPPYG00000020698) TENM1 (ENSPPYG00000020699) ENSPPYG00000031077 DCAF12L2 (ENSPPYG00000037362) DCAF12L1 (ENSPPYG00000037034) PRR32 (ENSPPYG00000020701) ACTRT1 (ENSPPYG00000020702) SMARCA1 (ENSPPYG00000020703) OCRL (ENSPPYG00000020704) ENSPPYG00000041441 APLN (ENSPPYG00000020705) XPNPEP2 (ENSPPYG00000020706) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A.c ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000161656.r ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Gorilla MODERN SPECIES 18 FOXJ1 (ENSGGOG00000007282) EXOC7 (ENSGGOG00000008820) ZACN (ENSGGOG00000008814) GALR2 (ENSGGOG00000008813) SRP68 (ENSGGOG00000013895) EVPL (ENSGGOG00000013873) CDK3 (ENSGGOG00000013863) ACOX1 (ENSGGOG00000004590) FBF1 (ENSGGOG00000012586) MRPL38 (ENSGGOG00000013193) TRIM65 (ENSGGOG00000010533) TRIM47 (ENSGGOG00000009236) WBP2 (ENSGGOG00000009241) UNC13D (ENSGGOG00000009219) UNK (ENSGGOG00000009203) ENSGGOG00000037327 #22 GALK1 (ENSGGOG00000009534) ITGB4 (ENSGGOG00000009509) SAP30BP (ENSGGOG00000009499) RECQL5 (ENSGGOG00000009481) SMIM6 (ENSGGOG00000037869) SMIM5 (ENSGGOG00000009493) MYO15B (ENSGGOG00000009450) LLGL2 (ENSGGOG00000009428) TSEN54 (ENSGGOG00000009417) CASKIN2 (ENSGGOG00000009406) TMEM94 (ENSGGOG00000009391) GRB2 (ENSGGOG00000006122) SLC25A19 (ENSGGOG00000025764) MIF4GD (ENSGGOG00000028603) MRPS7 (ENSGGOG00000007640) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000157177.i.b ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00940000154251.A.a.a.a ENSGT00940000159380 ENSGT00910000147389 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000157177.i.b ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00940000154251.A.a.a.a ENSGT00940000159380 ENSGT00910000147389 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a Bonobo MODERN SPECIES DEGS1 (ENSPPAG00000033472) NVL (ENSPPAG00000030596) CNIH4 (ENSPPAG00000037258) WDR26 (ENSPPAG00000030839) CNIH3 (ENSPPAG00000041930) DNAH14 (ENSPPAG00000033548) LBR (ENSPPAG00000029928) ENSPPAG00000027545 SRP9 (ENSPPAG00000042680) EPHX1 (ENSPPAG00000037369) TMEM63A (ENSPPAG00000035003) LEFTY1 (ENSPPAG00000031732) PYCR2 (ENSPPAG00000029624) LEFTY2 (ENSPPAG00000029951) SDE2 (ENSPPAG00000037583) ENSPPAG00000003422 #22 ACBD3 (ENSPPAG00000034288) ENSPPAG00000013035 LIN9 (ENSPPAG00000029947) PARP1 (ENSPPAG00000040862) ENSPPAG00000035608 ENSPPAG00000026314 ITPKB (ENSPPAG00000034181) PSEN2 (ENSPPAG00000029453) COQ8A (ENSPPAG00000038783) CDC42BPA (ENSPPAG00000030700) ENSPPAG00000042857 ENSPPAG00000042694 JMJD4 (ENSPPAG00000041921) ENSPPAG00000043934 SNAP47 (ENSPPAG00000030087) Human DUPLICATION Human MODERN SPECIES 3 LRRK2 (ENSG00000188906) SLC2A13 (ENSG00000151229) C12orf40 (ENSG00000180116) ABCD2 (ENSG00000173208) KIF21A (ENSG00000139116) CPNE8 (ENSG00000139117) ALG10B (ENSG00000175548) ALG10 (ENSG00000139133) SYT10 (ENSG00000110975) PKP2 (ENSG00000057294) YARS2 (ENSG00000139131) DNM1L (ENSG00000087470) FGD4 (ENSG00000139132) BICD1 (ENSG00000151746) RESF1 (ENSG00000174718) H3-5 (ENSG00000188375) #22 AMN1 (ENSG00000151743) ETFBKMT (ENSG00000139160) AK4P3 (ENSG00000233381) DENND5B (ENSG00000170456) SINHCAF (ENSG00000139146) DDX11 (ENSG00000013573) TSPAN11 (ENSG00000110900) CAPRIN2 (ENSG00000110888) IPO8 (ENSG00000133704) TMTC1 (ENSG00000133687) OVCH1 (ENSG00000187950) ERGIC2 (ENSG00000087502) FAR2 (ENSG00000064763) CCDC91 (ENSG00000123106) PTHLH (ENSG00000087494) Human MODERN SPECIES 8 EXOC7 (ENSG00000182473) GALR2 (ENSG00000182687) ZACN (ENSG00000186919) SRP68 (ENSG00000167881) EVPL (ENSG00000167880) CDK3 (ENSG00000250506) TEN1 (ENSG00000257949) ACOX1 (ENSG00000161533) FBF1 (ENSG00000188878) MRPL38 (ENSG00000204316) TRIM65 (ENSG00000141569) TRIM47 (ENSG00000132481) WBP2 (ENSG00000132471) UNC13D (ENSG00000092929) UNK (ENSG00000132478) H3-3B (ENSG00000132475) #22 GALK1 (ENSG00000108479) ITGB4 (ENSG00000132470) SAP30BP (ENSG00000161526) SMIM6 (ENSG00000259120) SMIM5 (ENSG00000204323) RECQL5 (ENSG00000108469) MYO15B (ENSG00000266714) LLGL2 (ENSG00000073350) TSEN54 (ENSG00000182173) CASKIN2 (ENSG00000177303) TMEM94 (ENSG00000177728) GRB2 (ENSG00000177885) SLC25A19 (ENSG00000125454) MIF4GD (ENSG00000125457) MRPS7 (ENSG00000125445) Human MODERN SPECIES NVL (ENSG00000143748) CNIH4 (ENSG00000143771) WDR26 (ENSG00000162923) CNIH3 (ENSG00000143786) DNAH14 (ENSG00000185842) LBR (ENSG00000143815) ENAH (ENSG00000154380) SRP9 (ENSG00000143742) EPHX1 (ENSG00000143819) TMEM63A (ENSG00000196187) LEFTY1 (ENSG00000243709) ENSG00000255835 PYCR2 (ENSG00000143811) LEFTY2 (ENSG00000143768) SDE2 (ENSG00000143751) H3-3A (ENSG00000163041) #22 ACBD3 (ENSG00000182827) MIXL1 (ENSG00000185155) LIN9 (ENSG00000183814) PARP1 (ENSG00000143799) STUM (ENSG00000203685) ITPKB (ENSG00000143772) PSEN2 (ENSG00000143801) COQ8A (ENSG00000163050) CDC42BPA (ENSG00000143776) ZNF678 (ENSG00000181450) SNAP47 (ENSG00000143740) JMJD4 (ENSG00000081692) PRSS38 (ENSG00000185888) WNT9A (ENSG00000143816) WNT3A (ENSG00000154342) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 591 LRIG1 (ENSRROG00000042136) SLC25A26 (ENSRROG00000030090) ENSRROG00000041210 ENSRROG00000025517 #22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2251 ENSRROG00000015387 #22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1023 HES7 (ENSRROG00000045527) ALOXE3 (ENSRROG00000028855) ALOX12B (ENSRROG00000036486) ALOX15B (ENSRROG00000039498) ENSRROG00000019216 GUCY2D (ENSRROG00000005382) CNTROB (ENSRROG00000043667) TRAPPC1 (ENSRROG00000029283) KCNAB3 (ENSRROG00000040156) RNF227 (ENSRROG00000037731) CHD3 (ENSRROG00000029554) CYB5D1 (ENSRROG00000033738) 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ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000157333 ENSGT00390000014620 ENSGT00390000000204 Crab-eating macaque DUPLICATION Crab-eating macaque MODERN SPECIES SERPINC1 (ENSMFAG00000031906) RC3H1 (ENSMFAG00000033725) ENSMFAG00000048032 RABGAP1L (ENSMFAG00000034332) ENSMFAG00000050651 ENSMFAG00000064994 ENSMFAG00000000624 ENSMFAG00000048388 TNN (ENSMFAG00000001813) KIAA0040 (ENSMFAG00000051710) TNR (ENSMFAG00000038286) ENSMFAG00000048892 ENSMFAG00000064374 ENSMFAG00000056458 COP1 (ENSMFAG00000035358) ENSMFAG00000061100 #22 PAPPA2 (ENSMFAG00000040580) ENSMFAG00000029702 ASTN1 (ENSMFAG00000003043) BRINP2 (ENSMFAG00000036550) SEC16B (ENSMFAG00000040538) RASAL2 (ENSMFAG00000032705) CLEC20A (ENSMFAG00000040960) TEX35 (ENSMFAG00000046254) RALGPS2 (ENSMFAG00000001541) ANGPTL1 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ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00940000156644 ENSGT00940000157464 ENSGT00390000003512 ENSGT00940000156048.b ENSGT00390000011529 Capuchin MODERN SPECIES 234 RAB3D (ENSCCAG00000025383) TMEM205 (ENSCCAG00000036980) CCDC159 (ENSCCAG00000031662) PLPPR2 (ENSCCAG00000032464) SWSAP1 (ENSCCAG00000027417) EPOR (ENSCCAG00000036869) RGL3 (ENSCCAG00000028640) ODAD3 (ENSCCAG00000028303) PRKCSH (ENSCCAG00000022230) ELAVL3 (ENSCCAG00000034350) ZNF653 (ENSCCAG00000027104) ECSIT (ENSCCAG00000030491) ENSCCAG00000016051 CNN1 (ENSCCAG00000028138) ELOF1 (ENSCCAG00000033676) ENSCCAG00000018398 #22 ACP5 (ENSCCAG00000031739) ENSCCAG00000037049 ENSCCAG00000015998 ZNF823 (ENSCCAG00000037280) ZNF441 (ENSCCAG00000024894) ENSCCAG00000034489 ZNF433 (ENSCCAG00000031149) ZNF878 (ENSCCAG00000033113) ENSCCAG00000029056 ENSCCAG00000024419 ZNF20 (ENSCCAG00000000011) ZNF625 (ENSCCAG00000030631) ZNF136 (ENSCCAG00000017462) ZNF44 (ENSCCAG00000036843) ZNF563 (ENSCCAG00000030288) Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 79 WDR26 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ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Felidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Cat MODERN SPECIES 245 FOXJ1 (ENSFCAG00000005772) EXOC7 (ENSFCAG00000005771) ZACN (ENSFCAG00000005769) ENSFCAG00000045598 SRP68 (ENSFCAG00000005768) EVPL (ENSFCAG00000029136) CDK3 (ENSFCAG00000005766) ACOX1 (ENSFCAG00000005765) FBF1 (ENSFCAG00000005764) MRPL38 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ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 lion MODERN SPECIES 8 TAFA3 (ENSPLOG00000020057) ENSPLOG00000020035 ENSPLOG00000020002 LRIG2 (ENSPLOG00000019954) MAGI3 (ENSPLOG00000019634) PHTF1 (ENSPLOG00000019325) RSBN1 (ENSPLOG00000019230) PTPN22 (ENSPLOG00000018355) BCL2L15 (ENSPLOG00000018045) AP4B1 (ENSPLOG00000017914) DCLRE1B (ENSPLOG00000017828) HIPK1 (ENSPLOG00000017319) OLFML3 (ENSPLOG00000017170) SYT6 (ENSPLOG00000017004) TRIM33 (ENSPLOG00000016841) ENSPLOG00000016808 #22 BCAS2 (ENSPLOG00000016764) DENND2C (ENSPLOG00000016707) AMPD1 (ENSPLOG00000016449) NRAS (ENSPLOG00000016315) CSDE1 (ENSPLOG00000015680) SIKE1 (ENSPLOG00000015473) ENSPLOG00000015461 ENSPLOG00000015234 SYCP1 (ENSPLOG00000014657) TSHB (ENSPLOG00000014568) TSPAN2 (ENSPLOG00000014519) ENSPLOG00000014415 NGF (ENSPLOG00000014389) VANGL1 (ENSPLOG00000014377) CASQ2 (ENSPLOG00000014262) leopard MODERN SPECIES 4 DNAH14 (ENSPPRG00000006163) LBR (ENSPPRG00000018166) ENAH (ENSPPRG00000015078) SRP9 (ENSPPRG00000011732) EPHX1 (ENSPPRG00000011566) TMEM63A (ENSPPRG00000010133) ENSPPRG00000008898 PYCR2 (ENSPPRG00000008433) ENSPPRG00000006189 SDE2 (ENSPPRG00000005139) H3-3A (ENSPPRG00000004900) #22 ENSPPRG00000004470 MIXL1 (ENSPPRG00000004369) LIN9 (ENSPPRG00000003816) PARP1 (ENSPPRG00000003528) STUM (ENSPPRG00000002817) ITPKB (ENSPPRG00000002311) PSEN2 (ENSPPRG00000002017) COQ8A (ENSPPRG00000022935) CDC42BPA (ENSPPRG00000024128) ENSPPRG00000009605 SCCPDH (ENSPPRG00000008599) CNST (ENSPPRG00000008188) TFB2M (ENSPPRG00000007350) SMYD3 (ENSPPRG00000007149) KIF26B (ENSPPRG00000005611) Tiger DUPLICATION Tiger MODERN SPECIES 353 UBALD2 (ENSPTIG00000013491) RNF157 (ENSPTIG00000013103) EXOC7 (ENSPTIG00000011056) ZACN (ENSPTIG00000010722) ENSPTIG00000010540 SRP68 (ENSPTIG00000010191) ENSPTIG00000009173 CDK3 (ENSPTIG00000009022) TEN1 (ENSPTIG00000008942) ACOX1 (ENSPTIG00000008661) MRPL38 (ENSPTIG00000007049) TRIM65 (ENSPTIG00000006979) TRIM47 (ENSPTIG00000006661) WBP2 (ENSPTIG00000006329) UNK (ENSPTIG00000005435) ENSPTIG00000004952 #22 GALK1 (ENSPTIG00000003631) ITGB4 (ENSPTIG00000021246) SAP30BP (ENSPTIG00000021057) SMIM6 (ENSPTIG00000009586) SMIM5 (ENSPTIG00000020992) RECQL5 (ENSPTIG00000020601) ENSPTIG00000020332 ENSPTIG00000020188 ENSPTIG00000020097 ENSPTIG00000019340 TSEN54 (ENSPTIG00000019312) ENSPTIG00000019291 TMEM94 (ENSPTIG00000018810) GRB2 (ENSPTIG00000018194) SLC25A19 (ENSPTIG00000018082) Tiger MODERN SPECIES 571 TP53BP2 (ENSPTIG00000013719) FBXO28 (ENSPTIG00000013765) DEGS1 (ENSPTIG00000013966) NVL (ENSPTIG00000013981) CNIH4 (ENSPTIG00000014093) WDR26 (ENSPTIG00000014132) CNIH3 (ENSPTIG00000014198) DNAH14 (ENSPTIG00000014279) LBR (ENSPTIG00000014694) ENAH (ENSPTIG00000014773) SRP9 (ENSPTIG00000014838) ENSPTIG00000014848 TMEM63A (ENSPTIG00000014886) PYCR2 (ENSPTIG00000014933) SDE2 (ENSPTIG00000015111) ENSPTIG00000015121 #22 ACBD3 (ENSPTIG00000015131) Caniformia ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A 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ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Red fox MODERN SPECIES 31 FOXJ1 (ENSVVUG00000015093) EXOC7 (ENSVVUG00000015044) GALR2 (ENSVVUG00000015033) SRP68 (ENSVVUG00000015027) ENSVVUG00000014941 CDK3 (ENSVVUG00000014925) TEN1 (ENSVVUG00000014922) ACOX1 (ENSVVUG00000014918) FBF1 (ENSVVUG00000014915) MRPL38 (ENSVVUG00000014914) TRIM65 (ENSVVUG00000014913) TRIM47 (ENSVVUG00000014911) WBP2 (ENSVVUG00000014910) UNC13D (ENSVVUG00000014822) UNK (ENSVVUG00000014786) ENSVVUG00000014780 #22 GALK1 (ENSVVUG00000014776) ITGB4 (ENSVVUG00000011733) SAP30BP (ENSVVUG00000011535) SMIM5 (ENSVVUG00000011531) RECQL5 (ENSVVUG00000011515) ENSVVUG00000011506 ENSVVUG00000011461 LLGL2 (ENSVVUG00000011427) TSEN54 (ENSVVUG00000011411) CASKIN2 (ENSVVUG00000011393) TMEM94 (ENSVVUG00000011343) GRB2 (ENSVVUG00000011327) SLC25A19 (ENSVVUG00000011319) MIF4GD (ENSVVUG00000011277) MRPS7 (ENSVVUG00000011263) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 1467 ENSAMEG00000026636 #22 Giant Panda MODERN SPECIES 4 FOXJ1 (ENSAMEG00000010217) EXOC7 (ENSAMEG00000010140) ZACN (ENSAMEG00000010133) GALR2 (ENSAMEG00000010124) SRP68 (ENSAMEG00000010078) ENSAMEG00000010053 CDK3 (ENSAMEG00000010028) ACOX1 (ENSAMEG00000009993) FBF1 (ENSAMEG00000009960) MRPL38 (ENSAMEG00000009947) TRIM65 (ENSAMEG00000030442) TRIM47 (ENSAMEG00000009928) WBP2 (ENSAMEG00000027016) UNC13D (ENSAMEG00000009825) UNK (ENSAMEG00000009769) H3-3B (ENSAMEG00000009765) #22 GALK1 (ENSAMEG00000009739) ITGB4 (ENSAMEG00000009619) SAP30BP (ENSAMEG00000009518) SMIM5 (ENSAMEG00000009617) RECQL5 (ENSAMEG00000009566) MYO15B (ENSAMEG00000027824) LLGL2 (ENSAMEG00000009430) TSEN54 (ENSAMEG00000009414) CASKIN2 (ENSAMEG00000009400) TMEM94 (ENSAMEG00000009346) GRB2 (ENSAMEG00000009339) SLC25A19 (ENSAMEG00000009328) MIF4GD (ENSAMEG00000009313) MRPS7 (ENSAMEG00000009287) GGA3 (ENSAMEG00000009242) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 American mink MODERN SPECIES 27 EXOC7 (ENSNVIG00000012102) ZACN (ENSNVIG00000012074) GALR2 (ENSNVIG00000012065) SRP68 (ENSNVIG00000012003) ENSNVIG00000011966 CDK3 (ENSNVIG00000011927) TEN1 (ENSNVIG00000011899) ACOX1 (ENSNVIG00000011817) FBF1 (ENSNVIG00000011665) MRPL38 (ENSNVIG00000011652) TRIM65 (ENSNVIG00000011629) TRIM47 (ENSNVIG00000011613) WBP2 (ENSNVIG00000011593) UNC13D (ENSNVIG00000011435) UNK (ENSNVIG00000011415) ENSNVIG00000011392 #22 GALK1 (ENSNVIG00000011378) ITGB4 (ENSNVIG00000011198) SAP30BP (ENSNVIG00000011161) SMIM5 (ENSNVIG00000011133) RECQL5 (ENSNVIG00000011059) ENSNVIG00000011041 ENSNVIG00000011005 LLGL2 (ENSNVIG00000010973) TSEN54 (ENSNVIG00000010933) CASKIN2 (ENSNVIG00000010892) TMEM94 (ENSNVIG00000010819) GRB2 (ENSNVIG00000010758) SLC25A19 (ENSNVIG00000010719) MIF4GD (ENSNVIG00000010666) MRPS7 (ENSNVIG00000010616) Ferret DUPLICATION Ferret MODERN SPECIES 246 FBXO28 (ENSMPUG00000004002) DEGS1 (ENSMPUG00000004010) NVL (ENSMPUG00000004031) WDR26 (ENSMPUG00000004049) CNIH3 (ENSMPUG00000004163) ENSMPUG00000004174 LBR (ENSMPUG00000004384) ENAH (ENSMPUG00000004394) EPHX1 (ENSMPUG00000004409) ENSMPUG00000004459 TMEM63A (ENSMPUG00000004462) PYCR2 (ENSMPUG00000004479) ENSMPUG00000004487 ENSMPUG00000004540 SDE2 (ENSMPUG00000004543) ENSMPUG00000004555 #22 ACBD3 (ENSMPUG00000004563) LIN9 (ENSMPUG00000004573) PARP1 (ENSMPUG00000004585) ITPKB (ENSMPUG00000004596) ENSMPUG00000018474 PRDX6 (ENSMPUG00000004648) SLC9C2 (ENSMPUG00000004656) ANKRD45 (ENSMPUG00000004688) KLHL20 (ENSMPUG00000004695) CENPL (ENSMPUG00000004707) DARS2 (ENSMPUG00000004716) ZBTB37 (ENSMPUG00000004728) SERPINC1 (ENSMPUG00000004735) RC3H1 (ENSMPUG00000004747) ENSMPUG00000004762 Ferret MODERN SPECIES 186 EXOC7 (ENSMPUG00000013525) ZACN (ENSMPUG00000013532) GALR2 (ENSMPUG00000013542) SRP68 (ENSMPUG00000013547) ENSMPUG00000013619 CDK3 (ENSMPUG00000013625) ENSMPUG00000013676 ACOX1 (ENSMPUG00000013679) FBF1 (ENSMPUG00000013754) MRPL38 (ENSMPUG00000013759) TRIM65 (ENSMPUG00000013762) TRIM47 (ENSMPUG00000013773) WBP2 (ENSMPUG00000013775) UNC13D (ENSMPUG00000013795) UNK (ENSMPUG00000013806) ENSMPUG00000013811 #22 GALK1 (ENSMPUG00000013819) ITGB4 (ENSMPUG00000013821) SAP30BP (ENSMPUG00000013829) RECQL5 (ENSMPUG00000013833) ENSMPUG00000013837 LLGL2 (ENSMPUG00000013865) TSEN54 (ENSMPUG00000013870) CASKIN2 (ENSMPUG00000013874) TMEM94 (ENSMPUG00000013877) GRB2 (ENSMPUG00000013882) SLC25A19 (ENSMPUG00000013885) MIF4GD (ENSMPUG00000013909) MRPS7 (ENSMPUG00000013928) GGA3 (ENSMPUG00000013944) NUP85 (ENSMPUG00000013951) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 Donkey MODERN SPECIES 3 REEP2 (ENSEASG00005020807) KDM3B (ENSEASG00005020793) FAM53C (ENSEASG00005020786) ENSEASG00005020781 CDC25C (ENSEASG00005020776) GFRA3 (ENSEASG00005020771) CDC23 (ENSEASG00005020721) KIF20A (ENSEASG00005020674) BRD8 (ENSEASG00005020657) NME5 (ENSEASG00005020647) WNT8A (ENSEASG00005038334) FAM13B (ENSEASG00005020624) PKD2L2 (ENSEASG00005020612) MYOT (ENSEASG00005020604) ENSEASG00005020596 ENSEASG00005038534 #22 HNRNPA0 (ENSEASG00005028445) KLHL3 (ENSEASG00005020585) SPOCK1 (ENSEASG00005020567) TRPC7 (ENSEASG00005020538) SMIM32 (ENSEASG00005020531) SMAD5 (ENSEASG00005020529) TGFBI (ENSEASG00005020514) LECT2 (ENSEASG00005026412) ENSEASG00005023760 IL9 (ENSEASG00005020504) SLC25A48 (ENSEASG00005020501) ENSEASG00005020496 ENSEASG00005036931 NEUROG1 (ENSEASG00005020492) TIFAB (ENSEASG00005020490) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 32 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SDE2 (ENSCWAG00000007407) H3-3A (ENSCWAG00000007368) #22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Alpaca MODERN SPECIES 409 ENSVPAG00000011534 ENSVPAG00000011532 ENSVPAG00000011531 #22 Arabian camel MODERN SPECIES 15 NVL (ENSCDRG00005019414) CNIH4 (ENSCDRG00005019545) WDR26 (ENSCDRG00005019563) CNIH3 (ENSCDRG00005019575) DNAH14 (ENSCDRG00005019610) LBR (ENSCDRG00005019758) ENAH (ENSCDRG00005019805) ENSCDRG00005019933 SRP9 (ENSCDRG00005019952) EPHX1 (ENSCDRG00005019981) TMEM63A (ENSCDRG00005020005) ENSCDRG00005020045 PYCR2 (ENSCDRG00005020074) ENSCDRG00005003588 SDE2 (ENSCDRG00005003707) ENSCDRG00005003751 #22 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ACBD3 (ENSCHYG00000008896) MIXL1 (ENSCHYG00000008961) LIN9 (ENSCHYG00000009023) PARP1 (ENSCHYG00000009348) ENSCHYG00000009567 ITPKB (ENSCHYG00000009603) PSEN2 (ENSCHYG00000009644) COQ8A (ENSCHYG00000009793) CDC42BPA (ENSCHYG00000010016) ENSCHYG00000011242 AHCTF1 (ENSCHYG00000011282) ENSCHYG00000011764 ENSCHYG00000011947 ENSCHYG00000011989 ##21 ENSCHYG00000012025 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 1275 GPR33 (ENSMMSG00000022855) DTD2 (ENSMMSG00000022862) HEATR5A (ENSMMSG00000022882) ENSMMSG00000022922 #22 HECTD1 (ENSMMSG00000022929) AP4S1 (ENSMMSG00000022976) STRN3 (ENSMMSG00000022995) ENSMMSG00000023033 SCFD1 (ENSMMSG00000023110) G2E3 (ENSMMSG00000023121) PRKD1 (ENSMMSG00000023150) FOXG1 (ENSMMSG00000023196) NOVA1 (ENSMMSG00000023209) Siberian musk deer MODERN SPECIES 1210 ENSMMSG00000017814 ANKRD40 (ENSMMSG00000017837) ABCC3 (ENSMMSG00000017877) CACNA1G (ENSMMSG00000019001) SPATA20 (ENSMMSG00000024429) EPN3 (ENSMMSG00000024431) MYCBPAP (ENSMMSG00000024432) RSAD1 (ENSMMSG00000024434) ACSF2 (ENSMMSG00000024435) CHAD (ENSMMSG00000024437) LRRC59 (ENSMMSG00000024438) EME1 (ENSMMSG00000024439) MRPL27 (ENSMMSG00000024440) XYLT2 (ENSMMSG00000024441) TMEM92 (ENSMMSG00000024442) ENSMMSG00000024443 #22 COL1A1 (ENSMMSG00000024445) SGCA (ENSMMSG00000024448) ENSMMSG00000024449 PPP1R9B (ENSMMSG00000024450) SAMD14 (ENSMMSG00000024451) PDK2 (ENSMMSG00000024453) ITGA3 (ENSMMSG00000024456) DLX3 (ENSMMSG00000024461) DLX4 (ENSMMSG00000024462) TAC4 (ENSMMSG00000024465) KAT7 (ENSMMSG00000024468) FAM117A (ENSMMSG00000024473) SLC35B1 (ENSMMSG00000024476) ENSMMSG00000024479 NXPH3 (ENSMMSG00000024480) Siberian musk deer MODERN SPECIES 1210 EXOC7 (ENSMMSG00000023963) ZACN (ENSMMSG00000024001) GALR2 (ENSMMSG00000024006) SRP68 (ENSMMSG00000024024) ENSMMSG00000024038 CDK3 (ENSMMSG00000024048) TEN1 (ENSMMSG00000024049) ACOX1 (ENSMMSG00000024054) FBF1 (ENSMMSG00000024060) MRPL38 (ENSMMSG00000024071) TRIM65 (ENSMMSG00000024076) TRIM47 (ENSMMSG00000024078) WBP2 (ENSMMSG00000024083) UNC13D (ENSMMSG00000024093) UNK (ENSMMSG00000024105) ENSMMSG00000024113 #22 GALK1 (ENSMMSG00000024117) ITGB4 (ENSMMSG00000024137) SAP30BP (ENSMMSG00000024161) RECQL5 (ENSMMSG00000024167) SMIM6 (ENSMMSG00000024174) SMIM5 (ENSMMSG00000012703) ENSMMSG00000012749 LLGL2 (ENSMMSG00000013031) TSEN54 (ENSMMSG00000013144) CASKIN2 (ENSMMSG00000013186) TMEM94 (ENSMMSG00000013252) GRB2 (ENSMMSG00000013432) SLC25A19 (ENSMMSG00000013488) ENSMMSG00000013512 MRPS7 (ENSMMSG00000013525) Siberian musk deer MODERN SPECIES 127 SNAI2 (ENSMMSG00000001745) CLXN (ENSMMSG00000001763) UBE2V2 (ENSMMSG00000001792) MCM4 (ENSMMSG00000001854) PRKDC (ENSMMSG00000002095) ENSMMSG00000002200 #22 SPIDR (ENSMMSG00000002218) ENSMMSG00000002289 CEBPD (ENSMMSG00000002300) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000003289 ENSGT00940000157341 ENSGT00940000161936 ENSGT00390000015871 ENSGT00940000159969.a ENSGT00390000007918.g.b ENSGT00940000159905 ENSGT00950000183032.A.a.g.a ENSGT00950000182863.B.a ENSGT00390000009113.a.b ENSGT00940000154511.b ENSGT00940000159968 ENSGT00740000115534.a.b.f.a.b ENSGT01050000244824.A ENSGT00940000155633.D ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00390000014654 ENSGT00940000163032 ENSGT01030000235502 ENSGT00940000162302 ENSGT00390000010337.B.a.b.k.b ENSGT00950000182893.a.a.a.b ENSGT00530000063156.b ENSGT00940000153859.b ENSGT00940000160768 ENSGT00390000011435 ENSGT00950000182893.a.a.a.a ENSGT00550000074694.a ENSGT00390000014398 ENSGT00390000004915.a ENSGT00940000157647 Goat MODERN SPECIES 5 OPRK1 (ENSCHIG00000023230) NPBWR1 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SNTG1 (ENSOARG00020024728) PPDPFL (ENSOARG00020024587) SNAI2 (ENSOARG00020024572) CLXN (ENSOARG00020024519) MCM4 (ENSOARG00020024419) PRKDC (ENSOARG00020010704) ENSOARG00020009951 #22 CEBPD (ENSOARG00020009877) ENSOARG00020016702 ENSOARG00020016522 HAS2 (ENSOARG00020016454) ENSOARG00020016416 ZHX2 (ENSOARG00020016397) DERL1 (ENSOARG00020016190) TBC1D31 (ENSOARG00020015866) ENSOARG00020015775 C9H8orf76 (ENSOARG00020015718) ZHX1 (ENSOARG00020015701) ATAD2 (ENSOARG00020015273) NTAQ1 (ENSOARG00020015073) FBXO32 (ENSOARG00020014812) KLHL38 (ENSOARG00020014756) Bovinae DUPLICATION Bovinae DUPLICATION Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a.yb.fb.a #22 American bison MODERN SPECIES 3285 EXOC7 (ENSBBBG00000020401) ZACN (ENSBBBG00000000677) GALR2 (ENSBBBG00000000673) SRP68 (ENSBBBG00000000600) ENSBBBG00000000572 CDK3 (ENSBBBG00000000554) ENSBBBG00000000549 ACOX1 (ENSBBBG00000000512) FBF1 (ENSBBBG00000020556) MRPL38 (ENSBBBG00000020581) TRIM65 (ENSBBBG00000005555) TRIM47 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ENSGT00940000165552 ENSGT00390000010337.B.a.b ENSGT00950000182893.a.a.a.b ENSGT00530000063156.b ENSGT00940000153859.b ENSGT00940000160768 ENSGT00390000011435 ENSGT00950000182893.a.a.a.a ENSGT00550000074694.a ENSGT00390000014398 ENSGT00390000004915.a ENSGT00910000146912 American bison MODERN SPECIES 3036 OPRK1 (ENSBBBG00000017852) NPBWR1 (ENSBBBG00000017860) RB1CC1 (ENSBBBG00000017917) ALKAL1 (ENSBBBG00000004408) ENSBBBG00000017946 ENSBBBG00000004417 ST18 (ENSBBBG00000017983) ENSBBBG00000004427 SNTG1 (ENSBBBG00000018671) PPDPFL (ENSBBBG00000018734) SNAI2 (ENSBBBG00000018743) CLXN (ENSBBBG00000018768) UBE2V2 (ENSBBBG00000018781) MCM4 (ENSBBBG00000018801) PRKDC (ENSBBBG00000004878) ENSBBBG00000019084 #22 SPIDR (ENSBBBG00000019113) ENSBBBG00000019149 ENSBBBG00000019155 ENSBBBG00000004933 ENSBBBG00000019172 ZHX2 (ENSBBBG00000008388) DERL1 (ENSBBBG00000019213) TBC1D31 (ENSBBBG00000019387) FAM83A (ENSBBBG00000019415) C8orf76 (ENSBBBG00000019423) ZHX1 (ENSBBBG00000019432) ATAD2 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ENSBIXG00005026793 ENSBIXG00005026808 ENSBIXG00005006616 ZHX2 (ENSBIXG00005004591) DERL1 (ENSBIXG00005026942) TBC1D31 (ENSBIXG00005027049) FAM83A (ENSBIXG00005027081) C8orf76 (ENSBIXG00005027102) ZHX1 (ENSBIXG00005027195) ATAD2 (ENSBIXG00005004691) NTAQ1 (ENSBIXG00005027306) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb.gb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 American bison DUPLICATION 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ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620.k Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 14 PSMB2 (ENSPCTG00005004049) CLSPN (ENSPCTG00005004034) AGO4 (ENSPCTG00005004016) AGO1 (ENSPCTG00005003991) AGO3 (ENSPCTG00005003950) ENSPCTG00005003935 ADPRHL2 (ENSPCTG00005003914) COL8A2 (ENSPCTG00005003905) ENSPCTG00005003892 EVA1B (ENSPCTG00005003886) STK40 (ENSPCTG00005003877) LSM10 (ENSPCTG00005003868) OSCP1 (ENSPCTG00005003848) GRIK3 (ENSPCTG00005003798) ENSPCTG00005003777 ENSPCTG00005003767 #22 ENSPCTG00005003762 MANEAL (ENSPCTG00005003753) YRDC (ENSPCTG00005003745) C3H1orf122 (ENSPCTG00005003734) MTF1 (ENSPCTG00005003715) INPP5B (ENSPCTG00005003696) SF3A3 (ENSPCTG00005003674) GNL2 (ENSPCTG00005003644) DNALI1 (ENSPCTG00005003612) SNIP1 (ENSPCTG00005003594) MEAF6 (ENSPCTG00005003560) NDUFS5 (ENSPCTG00005003540) AKIRIN1 (ENSPCTG00005003521) ENSPCTG00005003503 ENSPCTG00005003493 Sperm whale MODERN SPECIES 1171 ENSPCTG00005017065 #22 ENSPCTG00005017109 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589.c ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620.k Dolphin MODERN SPECIES 2122 EXOC7 (ENSTTRG00000015914) ZACN (ENSTTRG00000015913) GALR2 (ENSTTRG00000015909) SRP68 (ENSTTRG00000015907) ENSTTRG00000015903 CDK3 (ENSTTRG00000015901) TEN1 (ENSTTRG00000015899) ACOX1 (ENSTTRG00000015897) FBF1 (ENSTTRG00000015896) MRPL38 (ENSTTRG00000015895) TRIM65 (ENSTTRG00000015894) TRIM47 (ENSTTRG00000015893) WBP2 (ENSTTRG00000015892) UNC13D (ENSTTRG00000015891) UNK (ENSTTRG00000015890) ENSTTRG00000015889 #22 GALK1 (ENSTTRG00000015888) ITGB4 (ENSTTRG00000015887) SAP30BP (ENSTTRG00000015886) RECQL5 (ENSTTRG00000015879) ENSTTRG00000015877 ENSTTRG00000015865 LLGL2 (ENSTTRG00000015839) TSEN54 (ENSTTRG00000015828) CASKIN2 (ENSTTRG00000015807) TMEM94 (ENSTTRG00000015787) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376.tb.a ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000013102.e.a.c.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT01010000223738 Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES DEGS1 (ENSPSNG00000000518) NVL (ENSPSNG00000000479) CNIH4 (ENSPSNG00000000427) WDR26 (ENSPSNG00000000396) CNIH3 (ENSPSNG00000000369) LBR (ENSPSNG00000000326) ENSPSNG00000000246 ENSPSNG00000000145 ENSPSNG00000000117 EPHX1 (ENSPSNG00000000088) TMEM63A (ENSPSNG00000000052) ENSPSNG00000003871 PYCR2 (ENSPSNG00000003860) ENSPSNG00000003838 SDE2 (ENSPSNG00000003818) H3-3A (ENSPSNG00000003793) #22 ACBD3 (ENSPSNG00000003774) MIXL1 (ENSPSNG00000003754) LIN9 (ENSPSNG00000003691) PARP1 (ENSPSNG00000003624) STUM (ENSPSNG00000003602) ITPKB (ENSPSNG00000003506) PSEN2 (ENSPSNG00000003404) COQ8A (ENSPSNG00000003309) ENSPSNG00000003290 CDC42BPA (ENSPSNG00000003179) AHCTF1 (ENSPSNG00000003012) ENSPSNG00000002969 SCCPDH (ENSPSNG00000002932) CNST (ENSPSNG00000002886) TFB2M (ENSPSNG00000002861) Vaquita MODERN SPECIES 12 FOXJ1 (ENSPSNG00000013938) EXOC7 (ENSPSNG00000014059) GALR2 (ENSPSNG00000014730) SRP68 (ENSPSNG00000014800) ENSPSNG00000014979 CDK3 (ENSPSNG00000015253) TEN1 (ENSPSNG00000015294) ACOX1 (ENSPSNG00000015365) FBF1 (ENSPSNG00000015481) MRPL38 (ENSPSNG00000015594) TRIM65 (ENSPSNG00000015646) TRIM47 (ENSPSNG00000015694) WBP2 (ENSPSNG00000015790) UNC13D (ENSPSNG00000015977) UNK (ENSPSNG00000016123) ENSPSNG00000016178 #22 GALK1 (ENSPSNG00000016224) ITGB4 (ENSPSNG00000016316) SAP30BP (ENSPSNG00000017385) ENSPSNG00000017480 RECQL5 (ENSPSNG00000017584) SMIM5 (ENSPSNG00000017821) ENSPSNG00000017920 LLGL2 (ENSPSNG00000018735) TSEN54 (ENSPSNG00000019026) CASKIN2 (ENSPSNG00000019079) TMEM94 (ENSPSNG00000019220) GRB2 (ENSPSNG00000019721) ENSPSNG00000019796 ENSPSNG00000019911 GGA3 (ENSPSNG00000019955) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376.tb.a ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000013102.e.a.c.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00530000063929.a.a.e.a ENSGT00390000014577.a.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 Narwhal MODERN SPECIES 295 SNRPD3 (ENSMMNG00015004825) LRRC75B (ENSMMNG00015004822) ENSMMNG00015004820 GGT5 (ENSMMNG00015004809) SUSD2 (ENSMMNG00015004805) CABIN1 (ENSMMNG00015004770) ENSMMNG00015004721 ENSMMNG00015004713 GSTT4 (ENSMMNG00015004703) ENSMMNG00015004695 MIF (ENSMMNG00015004692) SLC2A11 (ENSMMNG00015004683) DERL3 (ENSMMNG00015004675) SMARCB1 (ENSMMNG00015004655) MMP11 (ENSMMNG00015004644) ENSMMNG00015004637 #22 CHCHD10 (ENSMMNG00015004630) C22orf15 (ENSMMNG00015004620) VPREB3 (ENSMMNG00015004325) ZNF70 (ENSMMNG00015004317) ENSMMNG00015004309 VPREB1 (ENSMMNG00015004302) TOP3B (ENSMMNG00015004277) PPM1F (ENSMMNG00015004261) MAPK1 (ENSMMNG00015004241) ENSMMNG00015004224 PPIL2 (ENSMMNG00015004209) ENSMMNG00015004192 SDF2L1 (ENSMMNG00015004175) ENSMMNG00015004165 YDJC (ENSMMNG00015004150) Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 60 LRRC75B (ENSDLEG00000016498) GGT1 (ENSDLEG00000016492) GGT5 (ENSDLEG00000016444) SUSD2 (ENSDLEG00000016411) CABIN1 (ENSDLEG00000016282) ENSDLEG00000016254 ENSDLEG00000016234 ENSDLEG00000016198 GSTT4 (ENSDLEG00000016181) ENSDLEG00000016152 MIF (ENSDLEG00000016140) SLC2A11 (ENSDLEG00000015978) DERL3 (ENSDLEG00000015928) SMARCB1 (ENSDLEG00000015913) MMP11 (ENSDLEG00000015894) ENSDLEG00000015886 #22 CHCHD10 (ENSDLEG00000015863) C22orf15 (ENSDLEG00000015843) VPREB3 (ENSDLEG00000015833) ZNF70 (ENSDLEG00000015829) ENSDLEG00000015819 ENSDLEG00000015806 TOP3B (ENSDLEG00000015780) PPM1F (ENSDLEG00000015765) MAPK1 (ENSDLEG00000015738) ENSDLEG00000015726 PPIL2 (ENSDLEG00000015699) ENSDLEG00000015679 SDF2L1 (ENSDLEG00000015664) ENSDLEG00000015653 YDJC (ENSDLEG00000015648) Beluga whale MODERN SPECIES 21 DEGS1 (ENSDLEG00000000439) NVL (ENSDLEG00000000461) CNIH4 (ENSDLEG00000000514) WDR26 (ENSDLEG00000000539) CNIH3 (ENSDLEG00000000564) ENSDLEG00000000602 LBR (ENSDLEG00000000619) ENSDLEG00000000835 SRP9 (ENSDLEG00000001626) ENSDLEG00000001631 EPHX1 (ENSDLEG00000001643) TMEM63A (ENSDLEG00000001668) ENSDLEG00000001704 PYCR2 (ENSDLEG00000001719) SDE2 (ENSDLEG00000001732) H3-3A (ENSDLEG00000001740) #22 ACBD3 (ENSDLEG00000001749) MIXL1 (ENSDLEG00000001757) LIN9 (ENSDLEG00000001768) PARP1 (ENSDLEG00000001796) STUM (ENSDLEG00000001836) ITPKB (ENSDLEG00000001845) PSEN2 (ENSDLEG00000001858) COQ8A (ENSDLEG00000001874) CDC42BPA (ENSDLEG00000003384) ENSDLEG00000011842 ENSDLEG00000011853 AHCTF1 (ENSDLEG00000011885) SCCPDH (ENSDLEG00000012147) CNST (ENSDLEG00000012220) TFB2M (ENSDLEG00000012259) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 ENSGT00390000000204 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 5364 ENSETEG00000013980 #22 Tenrec DUPLICATION Tenrec DUPLICATION Tenrec DUPLICATION Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 12271 ENSETEG00000014375 #22 Tenrec MODERN SPECIES 13572 ENSETEG00000005160 #22 Tenrec MODERN SPECIES 15481 ENSETEG00000009628 #22 Tenrec MODERN SPECIES 10262 ENSETEG00000010157 #22 Tenrec MODERN SPECIES 9271 ENSETEG00000009117 #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a 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SPECIES 11 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870.a ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010009330 ENSVURG00010009318 ENSVURG00010009303 ENSVURG00010009284 ENSVURG00010009246 ENSVURG00010009226 ENSVURG00010009206 ENSVURG00010009183 ENSVURG00010009142 ENSVURG00010009136 ENSVURG00010009115 ENSVURG00010009085 ENSVURG00010009077 ENSVURG00010009049 ENSVURG00010009034 H3-3A (ENSVURG00010009028) #22 ENSVURG00010008978 ENSVURG00010008959 ENSVURG00010008938 ENSVURG00010008888 ENSVURG00010008845 ENSVURG00010008828 ENSVURG00010008755 ENSVURG00010008694 ENSVURG00010008553 ENSVURG00010008436 ENSVURG00010008421 ENSVURG00010008373 ENSVURG00010008362 ENSVURG00010008296 ENSVURG00010008267 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 305 BVES (ENSPCIG00000019470) POPDC3 (ENSPCIG00000019476) ENSPCIG00000019477 #22 PREP (ENSPCIG00000019479) PRDM1 (ENSPCIG00000015185) ATG5 (ENSPCIG00000015179) QRSL1 (ENSPCIG00000027397) CD24 (ENSPCIG00000000403) ENSPCIG00000032453 koala MODERN SPECIES 97 EXOC7 (ENSPCIG00000002974) ZACN (ENSPCIG00000003053) GALR2 (ENSPCIG00000003080) SRP68 (ENSPCIG00000003210) ENSPCIG00000020255 CDK3 (ENSPCIG00000020260) TEN1 (ENSPCIG00000020265) ACOX1 (ENSPCIG00000020266) FBF1 (ENSPCIG00000020271) MRPL38 (ENSPCIG00000020275) TRIM65 (ENSPCIG00000020276) TRIM47 (ENSPCIG00000020279) WBP2 (ENSPCIG00000020281) UNC13D (ENSPCIG00000020287) UNK (ENSPCIG00000020300) 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#22 ACBD3 (ENSSPUG00000007760) LIN9 (ENSSPUG00000007769) PARP1 (ENSSPUG00000007790) Episquamata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 Laterata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 Common wall lizard MODERN SPECIES 16 PRKD2 (ENSPMRG00000008708) STRN4 (ENSPMRG00000008722) FKRP (ENSPMRG00000008731) SLC1A5 (ENSPMRG00000008739) AP2S1 (ENSPMRG00000008748) ARHGAP35 (ENSPMRG00000008755) ENSPMRG00000008759 TMEM160 (ENSPMRG00000008765) ENSPMRG00000008769 ENSPMRG00000008772 EHD2 (ENSPMRG00000008778) NOP53 (ENSPMRG00000008785) #20 ENSPMRG00000008791 #19 ENSPMRG00000008794 SELENOW (ENSPMRG00000008798) ENSPMRG00000008802 #22 CRX (ENSPMRG00000008809) ENSPMRG00000008813 #15 DMAC2 (ENSPMRG00000008823) #18 B3GNT8 (ENSPMRG00000008827) ENSPMRG00000008833 BCKDHA (ENSPMRG00000008839) EXOSC5 (ENSPMRG00000008845) TMEM91 (ENSPMRG00000008852) B9D2 (ENSPMRG00000008855) TGFB1 (ENSPMRG00000008860) CCDC97 (ENSPMRG00000008866) HNRNPUL1 (ENSPMRG00000008875) AXL (ENSPMRG00000008957) CLPTM1 (ENSPMRG00000009434) RELB (ENSPMRG00000009458) Argentine black and white tegu DUPLICATION Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 59 ENSSMRG00000007620 PSMD8 (ENSSMRG00000007610) ENSSMRG00000007593 ENSSMRG00000007233 #16 SLC8A2 (ENSSMRG00000007223) ##11 KPTN (ENSSMRG00000007219) NAPA (ENSSMRG00000007212) ENSSMRG00000007202 ZNF541 (ENSSMRG00000007167) BICRA (ENSSMRG00000007162) ENSSMRG00000007159 EHD2 (ENSSMRG00000007155) NOP53 (ENSSMRG00000007150) #20 ENSSMRG00000007149 #19 SELENOW (ENSSMRG00000007145) ENSSMRG00000007141 #22 ENSSMRG00000007137 ENSSMRG00000007133 #15 DMAC2 (ENSSMRG00000007131) #18 B3GNT8 (ENSSMRG00000007130) BCKDHA (ENSSMRG00000007126) EXOSC5 (ENSSMRG00000007123) TMEM91 (ENSSMRG00000007117) B9D2 (ENSSMRG00000007116) TGFB1 (ENSSMRG00000007113) CCDC97 (ENSSMRG00000007112) HNRNPUL1 (ENSSMRG00000007108) ENSSMRG00000007105 AXL (ENSSMRG00000007094) CLPTM1 (ENSSMRG00000007085) RELB (ENSSMRG00000007077) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 9 TRAPPC12 (ENSSMRG00000006552) ADI1 (ENSSMRG00000006539) RNASEH1 (ENSSMRG00000006529) RPS7 (ENSSMRG00000006525) COLEC11 (ENSSMRG00000006522) ALLC (ENSSMRG00000006519) DCDC2C (ENSSMRG00000006515) SOX11 (ENSSMRG00000006504) ENSSMRG00000006493 ENSSMRG00000006489 ENSSMRG00000006484 ENSSMRG00000006470 CMPK2 (ENSSMRG00000006467) RSAD2 (ENSSMRG00000006397) RNF144A (ENSSMRG00000006394) ENSSMRG00000006368 #22 ID2 (ENSSMRG00000006348) KIDINS220 (ENSSMRG00000006306) MBOAT2 (ENSSMRG00000006296) ASAP2 (ENSSMRG00000006275) ITGB1BP1 (ENSSMRG00000006271) CPSF3 (ENSSMRG00000006269) IAH1 (ENSSMRG00000006268) ADAM17 (ENSSMRG00000006231) YWHAQ (ENSSMRG00000006227) TAF1B (ENSSMRG00000006214) ENSSMRG00000006208 ENSSMRG00000006187 KLF11 (ENSSMRG00000006180) RRM2 (ENSSMRG00000006152) HPCAL1 (ENSSMRG00000006133) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 1 EXOC7 (ENSSMRG00000023167) GALR2 (ENSSMRG00000023168) SRP68 (ENSSMRG00000023169) ENSSMRG00000023170 CDK3 (ENSSMRG00000023171) TEN1 (ENSSMRG00000023172) ACOX1 (ENSSMRG00000023173) FBF1 (ENSSMRG00000023174) MRPL38 (ENSSMRG00000023175) ENSSMRG00000023176 ENSSMRG00000023177 ENSSMRG00000023178 WBP2 (ENSSMRG00000023179) UNC13D (ENSSMRG00000023180) UNK (ENSSMRG00000023181) ENSSMRG00000023182 #22 ENSSMRG00000023183 GALK1 (ENSSMRG00000023184) ITGB4 (ENSSMRG00000023185) SAP30BP (ENSSMRG00000023186) RECQL5 (ENSSMRG00000023187) SMIM5 (ENSSMRG00000023188) ENSSMRG00000023189 LLGL2 (ENSSMRG00000023193) TSEN54 (ENSSMRG00000023194) ENSSMRG00000023195 CASKIN2 (ENSSMRG00000023196) TMEM94 (ENSSMRG00000023197) GRB2 (ENSSMRG00000023198) SLC25A19 (ENSSMRG00000023199) MIF4GD (ENSSMRG00000023200) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 7 ENSSMRG00000000585 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ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 Goode s thornscrub tortoise DUPLICATION Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 6 FOXJ1 (ENSGEVG00005013705) EXOC7 (ENSGEVG00005013783) GALR2 (ENSGEVG00005014016) SRP68 (ENSGEVG00005014107) ENSGEVG00005014859 CDK3 (ENSGEVG00005016384) TEN1 (ENSGEVG00005016422) ACOX1 (ENSGEVG00005016444) FBF1 (ENSGEVG00005016494) 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SELENOW (ENSPSIG00000018188) ENSPSIG00000018192 #22 ENSPSIG00000018193 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 60 CNIH4 (ENSCPRG00005002963) WDR26 (ENSCPRG00005002982) CNIH3 (ENSCPRG00005003107) ENSCPRG00005003133 ENSCPRG00005003164 ENSCPRG00005003169 LBR (ENSCPRG00005003175) 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ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870.h ENSGT00520000062027 ENSGT00390000007870.g.a ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Medium ground finch DUPLICATION Medium ground finch MODERN SPECIES 137 CAPN2 (ENSGFOG00000009111) TP53BP2 (ENSGFOG00000009095) FBXO28 (ENSGFOG00000009085) DEGS1 (ENSGFOG00000009082) NVL (ENSGFOG00000008086) CNIH4 (ENSGFOG00000008026) WDR26 (ENSGFOG00000007978) CNIH3 (ENSGFOG00000007963) LBR (ENSGFOG00000007940) ENAH (ENSGFOG00000007895) SRP9 (ENSGFOG00000007887) EPHX1 (ENSGFOG00000007862) TMEM63A (ENSGFOG00000007843) ENSGFOG00000007831 SDE2 (ENSGFOG00000007825) ENSGFOG00000007821 #22 ACBD3 (ENSGFOG00000007812) LIN9 (ENSGFOG00000007804) PARP1 (ENSGFOG00000005482) STUM (ENSGFOG00000005336) ITPKB (ENSGFOG00000005295) PSEN2 (ENSGFOG00000005275) COQ8A (ENSGFOG00000005254) CDC42BPA (ENSGFOG00000005198) XDH (ENSGFOG00000005138) EHD3 (ENSGFOG00000005125) ENSGFOG00000005113 GALNT14 (ENSGFOG00000005014) ENSGFOG00000004987 Medium ground finch MODERN SPECIES 73 RNF157 (ENSGFOG00000007148) FOXJ1 (ENSGFOG00000007171) EXOC7 (ENSGFOG00000007198) ENSGFOG00000007362 SRP68 (ENSGFOG00000007377) ENSGFOG00000007906 CDK3 (ENSGFOG00000008032) TEN1 (ENSGFOG00000008051) ACOX1 (ENSGFOG00000008063) MRPL38 (ENSGFOG00000008085) ENSGFOG00000008096 ENSGFOG00000008107 WBP2 (ENSGFOG00000008114) UNC13D (ENSGFOG00000008126) UNK (ENSGFOG00000008191) ENSGFOG00000008245 #22 GALK1 (ENSGFOG00000008270) ITGB4 (ENSGFOG00000008281) SAP30BP (ENSGFOG00000008328) RECQL5 (ENSGFOG00000008340) ENSGFOG00000008351 LLGL2 (ENSGFOG00000008365) TSEN54 (ENSGFOG00000008392) MCHR1 (ENSGFOG00000008402) CASKIN2 (ENSGFOG00000008411) TMEM94 (ENSGFOG00000008472) GRB2 (ENSGFOG00000008751) SLC25A19 (ENSGFOG00000008758) MIF4GD (ENSGFOG00000008762) MRPS7 (ENSGFOG00000008769) GGA3 (ENSGFOG00000008773) Elephant shark MODERN SPECIES 1495 ENSCMIG00000020024 ENSCMIG00000020025 ENSCMIG00000020026 ENSCMIG00000020027 birc7 (ENSCMIG00000020028) USH1G (ENSCMIG00000020030) OTOP2 (ENSCMIG00000020031) HID1 (ENSCMIG00000020041) cdr2l (ENSCMIG00000020043) MRPL58 (ENSCMIG00000020044) ENSCMIG00000020045 atp5pd (ENSCMIG00000020046) ENSCMIG00000020047 ENSCMIG00000020048 UNC13D (ENSCMIG00000020049) ENSCMIG00000020051 #22 ENSCMIG00000020053 galk1 (ENSCMIG00000020054) xylt2 (ENSCMIG00000020059) ENSCMIG00000000186 mrpl27 (ENSCMIG00000000192) ENSCMIG00000000223 LRRC59 (ENSCMIG00000000241) acsf2 (ENSCMIG00000000326) CHAD (ENSCMIG00000000530) rsad1 (ENSCMIG00000000534) ENSCMIG00000000545 EPN3 (ENSCMIG00000000559) gga3a (ENSCMIG00000000593) nherf1a (ENSCMIG00000000675) NUP85 (ENSCMIG00000000752) Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a #22 Hagfish MODERN SPECIES 195 ENSEBUG00000013704 ENSEBUG00000011221 ENSEBUG00000012216 ENSEBUG00000003135 ENSEBUG00000003364 ENSEBUG00000013871 brf1b (ENSEBUG00000009997) ENSEBUG00000013651 ENSEBUG00000005721 ENSEBUG00000011642 arl2 (ENSEBUG00000014954) ENSEBUG00000011876 ENSEBUG00000008661 ENSEBUG00000004224 ENSEBUG00000008734 ENSEBUG00000005229 #22 tmem121ab (ENSEBUG00000002407) si:dkey-202l22.3 (ENSEBUG00000015018) ENSEBUG00000010072 ENSEBUG00000005796 ENSEBUG00000008881 ENSEBUG00000016785 ENSEBUG00000011631 aqr (ENSEBUG00000015201) galnt2 (ENSEBUG00000012579) ENSEBUG00000012163 ENSEBUG00000000975 ENSEBUG00000007768 ENSEBUG00000012376 ENSEBUG00000004860 Lamprey MODERN SPECIES 2694 ENSPMAG00000006073 #22 Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a #22 Ciona savignyi MODERN SPECIES 129 ENSCSAVG00000004866 ENSCSAVG00000004683 ENSCSAVG00000004647 ENSCSAVG00000004646 ENSCSAVG00000004642 ENSCSAVG00000004573 ENSCSAVG00000004570 ENSCSAVG00000004564 ENSCSAVG00000004524 ENSCSAVG00000004505 ENSCSAVG00000004502 ENSCSAVG00000004492 ENSCSAVG00000004488 ENSCSAVG00000004476 ENSCSAVG00000004472 ENSCSAVG00000004463 #22 ENSCSAVG00000004456 ENSCSAVG00000004449 ENSCSAVG00000004437 ENSCSAVG00000004428 ENSCSAVG00000004422 ENSCSAVG00000004414 ENSCSAVG00000004396 ENSCSAVG00000004388 ENSCSAVG00000004266 ENSCSAVG00000004234 ENSCSAVG00000004226 ENSCSAVG00000004213 ENSCSAVG00000004090 ENSCSAVG00000004077 ENSCSAVG00000003532 Ecdysozoa ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.a #22 Fruitfly MODERN SPECIES 26 CG15368 (FBgn0030104) Obp8a (FBgn0030103) SmydA-9 (FBgn0030102) su(r) (FBgn0086450) CG12118 (FBgn0030101) CG12106 (FBgn0030100) CG12056 (FBgn0030099) CG12057 (FBgn0030098) CG12115 (FBgn0030097) mei-P26 (FBgn0026206) CG44532 (FBgn0265725) Zpr1 (FBgn0030096) CG9034 (FBgn0040931) Dlip1 (FBgn0040467) Ost48 (FBgn0014868) His3.3B (FBgn0004828) #22 Bap111 (FBgn0030093) fh (FBgn0030092) CG7065 (FBgn0030091) fend (FBgn0030090) AP-1gamma (FBgn0030089) Arfrp1 (FBgn0030088) Bx42 (FBgn0004856) CG7766 (FBgn0030087) CCT2 (FBgn0030086) CG6999 (FBgn0030085) CG32706 (FBgn0052706) CG32708 (FBgn0052708) APC4 (FBgn0052707) HP1b (FBgn0030082) CG7246 (FBgn0030081) Bilateria DUPLICATION Bilateria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a #21 Chordata DUPLICATION Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 935 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 1146 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00440000037341.b.b ENSGT00940000161445 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000155454 ENSGT00940000160232 Anura ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000153463.b ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00390000007539.c ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT01030000234555.a.b ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000017697.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921.h Frog MODERN SPECIES 5 degs1 (ENSXETG00000018586) nvl (ENSXETG00000018569) cnih4 (ENSXETG00000037711) wdr26 (ENSXETG00000018563) cnih3 (ENSXETG00000045361) dnah14 (ENSXETG00000018553) lbr (ENSXETG00000018551) enah (ENSXETG00000018550) srp9 (ENSXETG00000040743) ENSXETG00000041953 ephx1 (ENSXETG00000022654) ENSXETG00000044567 tmem63a (ENSXETG00000022650) lefty (ENSXETG00000043657) sde2 (ENSXETG00000022643) h3-3a (ENSXETG00000022641) #21 ENSXETG00000022637 acbd3 (ENSXETG00000022634) bix1.1 (ENSXETG00000022633) bix1.2 (ENSXETG00000042078) mix1 (ENSXETG00000025923) ENSXETG00000048528 lin9 (ENSXETG00000022620) ENSXETG00000036773 parp1 (ENSXETG00000022610) stum (ENSXETG00000045792) itpkb (ENSXETG00000022603) coq8a (ENSXETG00000022587) cdc42bpa (ENSXETG00000022112) ENSXETG00000043363 ciao2b (ENSXETG00000040114) Amniota ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000007971 ENSGT00390000009379 ENSGT01030000234620.a.b.b.a ENSGT00620000087966.b ENSGT00940000158249 ENSGT01030000234517.G Mammalia ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 Theria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B.i ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c.a ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 Opossum MODERN SPECIES 1 WDR26 (ENSMODG00000005227) ENSMODG00000040191 CNIH3 (ENSMODG00000038171) ENSMODG00000005248 ENSMODG00000005822 ENSMODG00000043253 ENSMODG00000005848 ENAH (ENSMODG00000005856) SRP9 (ENSMODG00000038570) EPHX1 (ENSMODG00000005882) TMEM63A (ENSMODG00000005934) ENSMODG00000005956 ENSMODG00000005964 ENSMODG00000050067 SDE2 (ENSMODG00000005979) H3F3B (ENSMODG00000045947) #21 ACBD3 (ENSMODG00000005990) MIXL1 (ENSMODG00000005994) LIN9 (ENSMODG00000006033) PARP1 (ENSMODG00000006076) STUM (ENSMODG00000027423) ITPKB (ENSMODG00000006095) PSEN2 (ENSMODG00000006114) COQ8A (ENSMODG00000006151) CDC42BPA (ENSMODG00000006246) AHCTF1 (ENSMODG00000006310) ENSMODG00000024676 SCCPDH (ENSMODG00000006356) CNST (ENSMODG00000006372) ENSMODG00000043627 ENSMODG00000038289 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Common wonbat MODERN SPECIES 1037 EXOC7 (ENSVURG00010010977) ZACN (ENSVURG00010011100) GALR2 (ENSVURG00010011113) SRP68 (ENSVURG00010011137) ENSVURG00010011174 CDK3 (ENSVURG00010011190) TEN1 (ENSVURG00010011211) ACOX1 (ENSVURG00010011218) FBF1 (ENSVURG00010011240) MRPL38 (ENSVURG00010011255) TRIM65 (ENSVURG00010011264) TRIM47 (ENSVURG00010011279) ENSVURG00010011299 UNC13D (ENSVURG00010011337) UNK (ENSVURG00010011426) ENSVURG00010011438 #21 GALK1 (ENSVURG00010011448) ITGB4 (ENSVURG00010011475) ENSVURG00010011557 RECQL5 (ENSVURG00010011571) SMIM5 (ENSVURG00010011608) ENSVURG00010011618 LLGL2 (ENSVURG00010011636) TSEN54 (ENSVURG00010011686) ENSVURG00010011710 TMEM94 (ENSVURG00010011727) GRB2 (ENSVURG00010011830) SLC25A19 (ENSVURG00010011865) MIF4GD (ENSVURG00010011874) MRPS7 (ENSVURG00010011908) GGA3 (ENSVURG00010011921) Wallaby MODERN SPECIES 3806 UNK (ENSMEUG00000004094) ENSMEUG00000004090 #21 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161294 ENSGT00390000008825.b.b ENSGT00390000009925.b ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800.h ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 ENSGT00390000000204 Armadillo MODERN SPECIES 792 ENSDNOG00000038549 MRPL38 (ENSDNOG00000013796) ENSDNOG00000039907 UNC13D (ENSDNOG00000041427) UNK (ENSDNOG00000038145) ENSDNOG00000041897 #21 GALK1 (ENSDNOG00000025875) ITGB4 (ENSDNOG00000037024) SAP30BP (ENSDNOG00000032103) ENSDNOG00000012832 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 567 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b Hedgehog MODERN SPECIES 2920 ENSEEUG00000015682 #21 GALK1 (ENSEEUG00000015670) ITGB4 (ENSEEUG00000015501) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Microbat MODERN SPECIES 1419 ACOX1 (ENSMLUG00000001210) FBF1 (ENSMLUG00000001196) MRPL38 (ENSMLUG00000006296) ENSMLUG00000006291 TRIM47 (ENSMLUG00000014887) UNK (ENSMLUG00000015453) ENSMLUG00000015447 #21 GALK1 (ENSMLUG00000015425) ITGB4 (ENSMLUG00000015402) SAP30BP (ENSMLUG00000015391) RECQL5 (ENSMLUG00000015374) ENSMLUG00000015365 LLGL2 (ENSMLUG00000015307) TSEN54 (ENSMLUG00000015298) CASKIN2 (ENSMLUG00000015284) TMEM94 (ENSMLUG00000015265) GRB2 (ENSMLUG00000015262) SLC25A19 (ENSMLUG00000015251) MIF4GD (ENSMLUG00000015242) MRPS7 (ENSMLUG00000015237) GGA3 (ENSMLUG00000015225) NUP85 (ENSMLUG00000015211) Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 15 ASIP (ENSRFEG00010007692) AHCY (ENSRFEG00010007632) ITCH (ENSRFEG00010007315) MAP1LC3A (ENSRFEG00010007180) PIGU (ENSRFEG00010007108) TP53INP2 (ENSRFEG00010007077) NCOA6 (ENSRFEG00010006952) GGT7 (ENSRFEG00010006853) ACSS2 (ENSRFEG00010006759) GSS (ENSRFEG00010006666) MYH7B (ENSRFEG00010006291) TRPC4AP (ENSRFEG00010006148) EDEM2 (ENSRFEG00010006007) PROCR (ENSRFEG00010019162) MMP24 (ENSRFEG00010019093) ENSRFEG00010019080 #21 EIF6 (ENSRFEG00010019027) FAM83C (ENSRFEG00010018993) UQCC1 (ENSRFEG00010018830) GDF5 (ENSRFEG00010018734) CEP250 (ENSRFEG00010018666) C20orf173 (ENSRFEG00010018613) ERGIC3 (ENSRFEG00010018538) ENSRFEG00010018119 SPAG4 (ENSRFEG00010017962) CPNE1 (ENSRFEG00010017487) NFS1 (ENSRFEG00010017113) BT_r333_jsm650C3f (ENSRFEG00010017053) ENSRFEG00010017015 RBM39 (ENSRFEG00010016851) PHF20 (ENSRFEG00010016802) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 RSPO3 (ENSRFEG00010000629) RNF146 (ENSRFEG00010000661) ECHDC1 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ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Giant Panda MODERN SPECIES 1005 ENSAMEG00000025127 #21 Canidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.a.x.a ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.a.x.a ENSGT00950000183123.g.a.a.b ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000000411.g.b ENSGT01030000238203 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT00390000018900 ENSGT00940000178689 ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b.i.b ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Dog MODERN SPECIES 35 WDR26 (ENSCAFG00845012382) CNIH3 (ENSCAFG00845012278) ENSCAFG00845012260 ENSCAFG00845012247 DNAH14 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ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Panthera ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 leopard MODERN SPECIES 48 EXOC7 (ENSPPRG00000022218) ZACN (ENSPPRG00000005339) GALR2 (ENSPPRG00000004457) SRP68 (ENSPPRG00000004278) ENSPPRG00000002492 CDK3 (ENSPPRG00000022805) TEN1 (ENSPPRG00000023117) ACOX1 (ENSPPRG00000023330) FBF1 (ENSPPRG00000023680) MRPL38 (ENSPPRG00000013859) TRIM65 (ENSPPRG00000013032) TRIM47 (ENSPPRG00000012820) WBP2 (ENSPPRG00000012059) UNC13D (ENSPPRG00000010231) UNK 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(ENSPLOG00000006487) ITPKB (ENSPLOG00000006512) PSEN2 (ENSPLOG00000006537) COQ8A (ENSPLOG00000006581) CDC42BPA (ENSPLOG00000006680) AHCTF1 (ENSPLOG00000006807) ENSPLOG00000007118 SCCPDH (ENSPLOG00000007254) CNST (ENSPLOG00000007297) TFB2M (ENSPLOG00000007355) SMYD3 (ENSPLOG00000007373) KIF26B (ENSPLOG00000007502) lion MODERN SPECIES 14 EXOC7 (ENSPLOG00000008501) ZACN (ENSPLOG00000008665) GALR2 (ENSPLOG00000008737) SRP68 (ENSPLOG00000008793) ENSPLOG00000008941 CDK3 (ENSPLOG00000009238) TEN1 (ENSPLOG00000009295) ACOX1 (ENSPLOG00000009370) FBF1 (ENSPLOG00000009657) MRPL38 (ENSPLOG00000010033) TRIM65 (ENSPLOG00000010056) TRIM47 (ENSPLOG00000010086) WBP2 (ENSPLOG00000010195) UNC13D (ENSPLOG00000010330) UNK (ENSPLOG00000010594) ENSPLOG00000010634 #21 ENSPLOG00000010696 ITGB4 (ENSPLOG00000010837) SAP30BP (ENSPLOG00000011693) RECQL5 (ENSPLOG00000011958) SMIM6 (ENSPLOG00000012155) SMIM5 (ENSPLOG00000012170) ENSPLOG00000012316 LLGL2 (ENSPLOG00000013411) TSEN54 (ENSPLOG00000013461) CASKIN2 (ENSPLOG00000013587) TMEM94 (ENSPLOG00000014091) GRB2 (ENSPLOG00000014679) SLC25A19 (ENSPLOG00000014750) MIF4GD (ENSPLOG00000014790) MRPS7 (ENSPLOG00000014877) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Alpaca MODERN SPECIES 4801 ENSVPAG00000005851 #21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 Pecora ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.tb ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.tb ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.b.a ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c Bos ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.tb ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058.l ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.b.a ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c Bos_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.tb ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058.l ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1666 DSPP (ENSBMUG00000025197) SPARCL1 (ENSBMUG00000025191) NUDT9 (ENSBMUG00000025184) HSD17B11 (ENSBMUG00000025178) HSD17B13 (ENSBMUG00000025176) ENSBMUG00000025168 #21 KLHL8 (ENSBMUG00000025163) AFF1 (ENSBMUG00000025155) Wild yak MODERN SPECIES 1893 PYCR2 (ENSBMUG00000015566) ENSBMUG00000015525 SDE2 (ENSBMUG00000015514) ENSBMUG00000015502 #21 ACBD3 (ENSBMUG00000015476) MIXL1 (ENSBMUG00000015459) LIN9 (ENSBMUG00000015437) ENSBMUG00000014506 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 3 ENSOARG00020016393 CNIH3 (ENSOARG00020016440) DNAH14 (ENSOARG00020016617) ENSOARG00020017311 LBR (ENSOARG00020017338) ENAH (ENSOARG00020017437) ENSOARG00020018058 ENSOARG00020018102 SRP9 (ENSOARG00020018121) EPHX1 (ENSOARG00020018225) TMEM63A (ENSOARG00020018308) ENSOARG00020018411 PYCR2 (ENSOARG00020018457) ENSOARG00020018575 SDE2 (ENSOARG00020018625) H3F3A (ENSOARG00020018672) #21 ACBD3 (ENSOARG00020018756) MIXL1 (ENSOARG00020018842) LIN9 (ENSOARG00020018902) PARP1 (ENSOARG00020019277) STUM (ENSOARG00020019418) ITPKB (ENSOARG00020019465) PSEN2 (ENSOARG00020019535) COQ8A (ENSOARG00020019681) CDC42BPA (ENSOARG00020019926) AHCTF1 (ENSOARG00020003268) ENSOARG00020003724 SCCPDH (ENSOARG00020003810) ENSOARG00020003854 ##21 TFB2M (ENSOARG00020003896) SMYD3 (ENSOARG00020003928) Goat MODERN SPECIES 10 EXOC7 (ENSCHIG00000010786) GALR2 (ENSCHIG00000017151) SRP68 (ENSCHIG00000009842) ENSCHIG00000026103 CDK3 (ENSCHIG00000019794) TEN1 (ENSCHIG00000009483) ENSCHIG00000014913 ACOX1 (ENSCHIG00000021549) FBF1 (ENSCHIG00000023306) MRPL38 (ENSCHIG00000016277) TRIM65 (ENSCHIG00000022135) TRIM47 (ENSCHIG00000016592) WBP2 (ENSCHIG00000025622) UNC13D (ENSCHIG00000023322) UNK (ENSCHIG00000015385) ENSCHIG00000023303 #21 GALK1 (ENSCHIG00000004957) ITGB4 (ENSCHIG00000005571) SAP30BP (ENSCHIG00000021087) RECQL5 (ENSCHIG00000009742) SMIM5 (ENSCHIG00000025984) ENSCHIG00000026451 ENSCHIG00000019066 LLGL2 (ENSCHIG00000013481) TSEN54 (ENSCHIG00000019908) CASKIN2 (ENSCHIG00000021700) TMEM94 (ENSCHIG00000013867) GRB2 (ENSCHIG00000016061) SLC25A19 (ENSCHIG00000004195) MIF4GD (ENSCHIG00000006682) MRPS7 (ENSCHIG00000026974) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 Primates ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Bushbaby MODERN SPECIES 299 SDC3 (ENSOGAG00000031276) PUM1 (ENSOGAG00000011063) NKAIN1 (ENSOGAG00000004537) ENSOGAG00000004538 ZCCHC17 (ENSOGAG00000013749) FABP3 (ENSOGAG00000013757) PGAM1 (ENSOGAG00000027180) SERINC2 (ENSOGAG00000013759) TINAGL1 (ENSOGAG00000004594) HCRTR1 (ENSOGAG00000004595) PEF1 (ENSOGAG00000004597) COL16A1 (ENSOGAG00000004599) ADGRB2 (ENSOGAG00000006787) SPOCD1 (ENSOGAG00000016702) PTP4A2 (ENSOGAG00000029603) ENSOGAG00000026969 #21 KHDRBS1 (ENSOGAG00000004582) ENSOGAG00000004583 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 892 EXOC7 (ENSPCOG00000028217) ZACN (ENSPCOG00000016757) GALR2 (ENSPCOG00000014187) SRP68 (ENSPCOG00000026772) EVPL (ENSPCOG00000013688) CDK3 (ENSPCOG00000023342) TEN1 (ENSPCOG00000025329) ACOX1 (ENSPCOG00000022848) FBF1 (ENSPCOG00000023624) MRPL38 (ENSPCOG00000028871) TRIM65 (ENSPCOG00000027183) TRIM47 (ENSPCOG00000026132) WBP2 (ENSPCOG00000012493) UNC13D (ENSPCOG00000026684) UNK (ENSPCOG00000027411) ENSPCOG00000022673 #21 GALK1 (ENSPCOG00000019252) ITGB4 (ENSPCOG00000025620) SAP30BP (ENSPCOG00000018378) SMIM5 (ENSPCOG00000005213) RECQL5 (ENSPCOG00000000050) ENSPCOG00000026940 LLGL2 (ENSPCOG00000020994) TSEN54 (ENSPCOG00000027880) CASKIN2 (ENSPCOG00000013857) TMEM94 (ENSPCOG00000023796) GRB2 (ENSPCOG00000020735) SLC25A19 (ENSPCOG00000028872) MIF4GD (ENSPCOG00000026945) MRPS7 (ENSPCOG00000014568) GGA3 (ENSPCOG00000028689) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b Tarsier MODERN SPECIES 2493 ENSTSYG00000036227 #21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00910000148176 ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a ENSGT00940000159618 ENSGT00940000160510 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000157177.i.b ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00940000154251.A.a.a.a ENSGT00910000147389 ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a Hominidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000157177.i.b ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00940000154251.A.a.a.a ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a Orangutan MODERN SPECIES CNIH4 (ENSPPYG00000040381) WDR26 (ENSPPYG00000000182) ENSPPYG00000002704 CNIH3 (ENSPPYG00000000181) DNAH14 (ENSPPYG00000039314) LBR (ENSPPYG00000000176) ENSPPYG00000000175 SRP9 (ENSPPYG00000000174) ENSPPYG00000000173 EPHX1 (ENSPPYG00000039616) TMEM63A (ENSPPYG00000029911) LEFTY1 (ENSPPYG00000033926) PYCR2 (ENSPPYG00000000171) LEFTY2 (ENSPPYG00000030151) SDE2 (ENSPPYG00000000169) ENSPPYG00000000168 #21 ENSPPYG00000032085 ACBD3 (ENSPPYG00000029541) MIXL1 (ENSPPYG00000000166) ENSPPYG00000000165 PARP1 (ENSPPYG00000000164) STUM (ENSPPYG00000000162) ITPKB (ENSPPYG00000000161) PSEN2 (ENSPPYG00000000160) COQ8A (ENSPPYG00000000159) CDC42BPA (ENSPPYG00000000158) ENSPPYG00000000155 JMJD4 (ENSPPYG00000000154) SNAP47 (ENSPPYG00000000153) PRSS38 (ENSPPYG00000000152) WNT9A (ENSPPYG00000000151) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000157177.i.b ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00940000154251.A.a.a.a ENSGT00940000159380 ENSGT00910000147389 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a Gorilla MODERN SPECIES 4 ENSGGOG00000022544 PCDH17 (ENSGGOG00000038108) ENSGGOG00000039321 DIAPH3 (ENSGGOG00000001745) ENSGGOG00000028580 TDRD3 (ENSGGOG00000025560) ENSGGOG00000039777 ENSGGOG00000038146 PCDH20 (ENSGGOG00000005530) ENSGGOG00000022721 ENSGGOG00000041716 PCDH9 (ENSGGOG00000004371) ENSGGOG00000038927 KLHL1 (ENSGGOG00000015147) DACH1 (ENSGGOG00000004058) ENSGGOG00000009197 #21 MZT1 (ENSGGOG00000039307) BORA (ENSGGOG00000004468) DIS3 (ENSGGOG00000006630) PIBF1 (ENSGGOG00000011491) KLF5 (ENSGGOG00000003245) ENSGGOG00000010447 KLF12 (ENSGGOG00000004142) ENSGGOG00000023270 TBC1D4 (ENSGGOG00000015734) ENSGGOG00000008976 UCHL3 (ENSGGOG00000015683) LMO7 (ENSGGOG00000012590) ENSGGOG00000026015 ENSGGOG00000037865 ACOD1 (ENSGGOG00000014878) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A.c ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000161656.r ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Pan ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A.c ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000161656.r ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Bonobo MODERN SPECIES 8 EXOC7 (ENSPPAG00000038827) ZACN (ENSPPAG00000036441) GALR2 (ENSPPAG00000031083) SRP68 (ENSPPAG00000029018) EVPL (ENSPPAG00000028982) CDK3 (ENSPPAG00000038619) TEN1 (ENSPPAG00000043907) ACOX1 (ENSPPAG00000036022) FBF1 (ENSPPAG00000042628) MRPL38 (ENSPPAG00000043735) ENSPPAG00000035634 TRIM47 (ENSPPAG00000028112) WBP2 (ENSPPAG00000003545) UNC13D (ENSPPAG00000018143) UNK (ENSPPAG00000032800) ENSPPAG00000037659 #21 GALK1 (ENSPPAG00000025985) ITGB4 (ENSPPAG00000017376) SAP30BP (ENSPPAG00000029956) SMIM6 (ENSPPAG00000006693) SMIM5 (ENSPPAG00000035228) RECQL5 (ENSPPAG00000034423) MYO15B (ENSPPAG00000025068) LLGL2 (ENSPPAG00000028840) TSEN54 (ENSPPAG00000043519) CASKIN2 (ENSPPAG00000033859) TMEM94 (ENSPPAG00000043879) ENSPPAG00000000113 GRB2 (ENSPPAG00000028137) SLC25A19 (ENSPPAG00000036265) MIF4GD (ENSPPAG00000019610) Chimpanzee MODERN SPECIES DEGS1 (ENSPTRG00000002023) NVL (ENSPTRG00000046422) CNIH4 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(ENSNLEG00000004365) SIT1 (ENSNLEG00000032199) CD72 (ENSNLEG00000034608) TESK1 (ENSNLEG00000031377) ENSNLEG00000004511 RUSC2 (ENSNLEG00000004449) ENSNLEG00000032146 UNC13B (ENSNLEG00000004514) ENSNLEG00000018373 ENSNLEG00000032255 #21 ATOSB (ENSNLEG00000004530) STOML2 (ENSNLEG00000004539) PIGO (ENSNLEG00000004616) FANCG (ENSNLEG00000004654) VCP (ENSNLEG00000004704) C9orf131 (ENSNLEG00000004743) DNAJB5 (ENSNLEG00000029383) ENSNLEG00000004754 ENSNLEG00000034908 ENSNLEG00000034510 ENSNLEG00000033475 ENSNLEG00000035392 CCL21 (ENSNLEG00000004768) ENSNLEG00000004787 GALT (ENSNLEG00000004796) Gibbon MODERN SPECIES 20 NVL (ENSNLEG00000013437) ENSNLEG00000032458 WDR26 (ENSNLEG00000013555) ENSNLEG00000033301 CNIH3 (ENSNLEG00000032625) ENSNLEG00000013644 LBR (ENSNLEG00000027476) ENSNLEG00000013693 SRP9 (ENSNLEG00000013740) EPHX1 (ENSNLEG00000013747) TMEM63A (ENSNLEG00000013755) LEFTY1 (ENSNLEG00000036199) PYCR2 (ENSNLEG00000026763) ENSNLEG00000013769 SDE2 (ENSNLEG00000013788) ENSNLEG00000013798 #21 ACBD3 (ENSNLEG00000034130) MIXL1 (ENSNLEG00000032618) LIN9 (ENSNLEG00000013837) PARP1 (ENSNLEG00000013905) ENSNLEG00000032044 ENSNLEG00000013913 ITPKB (ENSNLEG00000013915) PSEN2 (ENSNLEG00000013924) COQ8A (ENSNLEG00000013937) CDC42BPA (ENSNLEG00000013980) ZNF678 (ENSNLEG00000008917) ENSNLEG00000031801 JMJD4 (ENSNLEG00000032639) SNAP47 (ENSNLEG00000014097) PRSS38 (ENSNLEG00000014112) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00910000148176 ENSGT00940000153165.a.a.d.i.a ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a ENSGT00940000159618 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT01090000260030.b ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a ENSGT00940000159618 Vervet Monkey MODERN SPECIES 203 SYP (ENSCSAG00000012877) ENSCSAG00000012869 CCDC22 (ENSCSAG00000012858) FOXP3 (ENSCSAG00000012845) PPP1R3F (ENSCSAG00000012839) ENSCSAG00000012831 ENSCSAG00000012821 PAGE1 (ENSCSAG00000012814) PAGE4 (ENSCSAG00000012798) USP27X (ENSCSAG00000000130) CLCN5 (ENSCSAG00000012790) AKAP4 (ENSCSAG00000012776) CCNB3 (ENSCSAG00000012755) DGKK (ENSCSAG00000012745) SHROOM4 (ENSCSAG00000012729) ENSCSAG00000000129 #21 BMP15 (ENSCSAG00000012723) ENSCSAG00000012719 ENSCSAG00000012705 EZHIP (ENSCSAG00000012701) ENSCSAG00000012692 ENSCSAG00000000128 ENSCSAG00000000127 GSPT2 (ENSCSAG00000000126) MAGED1 (ENSCSAG00000012685) ENSCSAG00000012678 ENSCSAG00000012672 ENSCSAG00000012666 ENSCSAG00000012657 XAGE2 (ENSCSAG00000012647) GPR173 (ENSCSAG00000000125) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT01090000260030.b ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00910000148086 ENSGT00940000154494.a Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Olive baboon MODERN SPECIES 19 ETFBKMT (ENSPANG00000048959) AMN1 (ENSPANG00000025713) RESF1 (ENSPANG00000009884) BICD1 (ENSPANG00000004473) FGD4 (ENSPANG00000021903) DNM1L (ENSPANG00000017980) YARS2 (ENSPANG00000015833) PKP2 (ENSPANG00000009883) SYT10 (ENSPANG00000018998) ENSPANG00000006000 CPNE8 (ENSPANG00000013195) KIF21A (ENSPANG00000017444) ABCD2 (ENSPANG00000015335) C12orf40 (ENSPANG00000018245) SLC2A13 (ENSPANG00000019087) HIST1H3A (ENSPANG00000037957) #21 LRRK2 (ENSPANG00000010275) ENSPANG00000044765 ENSPANG00000047329 CNTN1 (ENSPANG00000022088) PDZRN4 (ENSPANG00000007816) ENSPANG00000049095 GXYLT1 (ENSPANG00000022965) PPHLN1 (ENSPANG00000009967) ENSPANG00000042854 ENSPANG00000038616 ENSPANG00000048843 ZCRB1 (ENSPANG00000010274) PRICKLE1 (ENSPANG00000005856) ADAMTS20 (ENSPANG00000015479) ENSPANG00000044997 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT01030000238203 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT01090000260030.b ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00910000148086 ENSGT00940000154494.a ENSGT00940000159618 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00940000173703 ENSGT00390000018505.a.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00390000010056.p ENSGT00950000183044.a.a.a.c.d ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01040000240755.A.b.b.a ENSGT00530000063651.a ENSGT00950000183105.B.a.a.b ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000161627.a.b.a.a.b ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT01090000260030.b ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b Crab-eating macaque MODERN SPECIES ENSMFAG00000003807 FBXO28 (ENSMFAG00000000604) DEGS1 (ENSMFAG00000039054) NVL (ENSMFAG00000003164) CNIH4 (ENSMFAG00000003700) WDR26 (ENSMFAG00000036710) CNIH3 (ENSMFAG00000039040) 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ENSMMUG00000063647 #21 PAPPA2 (ENSMMUG00000023214) ASTN1 (ENSMMUG00000023216) BRINP2 (ENSMMUG00000022935) SEC16B (ENSMMUG00000020320) RASAL2 (ENSMMUG00000021073) ENSMMUG00000053325 CLEC20A (ENSMMUG00000056058) TEX35 (ENSMMUG00000054486) RALGPS2 (ENSMMUG00000017551) ANGPTL1 (ENSMMUG00000017553) FAM20B (ENSMMUG00000006260) TOR3A (ENSMMUG00000006261) ABL2 (ENSMMUG00000006262) ENSMMUG00000049630 SOAT1 (ENSMMUG00000003768) Pig-tailed macaque DUPLICATION Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 432 EXOC7 (ENSMNEG00000034370) ZACN (ENSMNEG00000033868) GALR2 (ENSMNEG00000041199) SRP68 (ENSMNEG00000034783) EVPL (ENSMNEG00000033170) CDK3 (ENSMNEG00000028067) TEN1 (ENSMNEG00000030918) ACOX1 (ENSMNEG00000039353) FBF1 (ENSMNEG00000028846) MRPL38 (ENSMNEG00000025535) TRIM65 (ENSMNEG00000037740) TRIM47 (ENSMNEG00000040185) WBP2 (ENSMNEG00000042076) UNC13D (ENSMNEG00000023958) UNK (ENSMNEG00000036240) ENSMNEG00000028325 #21 GALK1 (ENSMNEG00000039872) ITGB4 (ENSMNEG00000036570) SAP30BP (ENSMNEG00000032576) SMIM5 (ENSMNEG00000032209) RECQL5 (ENSMNEG00000040154) MYO15B (ENSMNEG00000025709) LLGL2 (ENSMNEG00000028345) TSEN54 (ENSMNEG00000029199) CASKIN2 (ENSMNEG00000027134) TMEM94 (ENSMNEG00000031672) GRB2 (ENSMNEG00000036872) SLC25A19 (ENSMNEG00000036328) MIF4GD (ENSMNEG00000022755) MRPS7 (ENSMNEG00000022424) GGA3 (ENSMNEG00000042786) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 102 NVL (ENSMNEG00000042774) CNIH4 (ENSMNEG00000041190) WDR26 (ENSMNEG00000031309) CNIH3 (ENSMNEG00000035965) ENSMNEG00000034880 ENSMNEG00000043544 LBR (ENSMNEG00000008692) ENAH (ENSMNEG00000033447) SRP9 (ENSMNEG00000043512) EPHX1 (ENSMNEG00000041552) TMEM63A (ENSMNEG00000035779) ENSMNEG00000035765 PYCR2 (ENSMNEG00000033158) ENSMNEG00000042256 SDE2 (ENSMNEG00000038615) ENSMNEG00000029530 #21 ACBD3 (ENSMNEG00000039320) ENSMNEG00000041334 MIXL1 (ENSMNEG00000041606) LIN9 (ENSMNEG00000038790) PARP1 (ENSMNEG00000034074) STUM (ENSMNEG00000036609) ITPKB (ENSMNEG00000032813) PSEN2 (ENSMNEG00000035904) COQ8A (ENSMNEG00000037185) CDC42BPA (ENSMNEG00000034215) ENSMNEG00000033665 ZNF678 (ENSMNEG00000027914) JMJD4 (ENSMNEG00000044011) SNAP47 (ENSMNEG00000043435) ENSMNEG00000029686 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1685 ENSRBIG00000039333 TENM3 (ENSRBIG00000037111) DCTD (ENSRBIG00000044833) WWC2 (ENSRBIG00000040787) CDKN2AIP (ENSRBIG00000037956) ENSRBIG00000042448 ING2 (ENSRBIG00000010666) ENSRBIG00000005434 #21 RWDD4 (ENSRBIG00000036803) TRAPPC11 (ENSRBIG00000033668) STOX2 (ENSRBIG00000027490) ENPP6 (ENSRBIG00000025238) IRF2 (ENSRBIG00000039482) Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3244 ILRUN (ENSRROG00000039638) SPDEF (ENSRROG00000030067) PACSIN1 (ENSRROG00000044346) ENSRROG00000011959 #21 ENSRROG00000030593 NUDT3 (ENSRROG00000019323) ENSRROG00000014514 ENSRROG00000027348 SMIM29 (ENSRROG00000030413) ENSRROG00000022352 GRM4 (ENSRROG00000035463) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2065 SPRR2A (ENSRROG00000006815) ENSRROG00000026292 ENSRROG00000012379 ENSRROG00000001750 #21 SPRR2G (ENSRROG00000003366) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Marmoset MODERN SPECIES 1 ENSCJAG00000074511 POLE2 (ENSCJAG00000017431) DNAAF2 (ENSCJAG00000047844) MGAT2 (ENSCJAG00000017412) ENSCJAG00000079121 LRR1 (ENSCJAG00000017394) ENSCJAG00000022603 ENSCJAG00000087039 ENSCJAG00000078416 ENSCJAG00000051936 ENSCJAG00000080762 MDGA2 (ENSCJAG00000017353) ENSCJAG00000072188 RPL10L (ENSCJAG00000076382) ENSCJAG00000074579 ENSCJAG00000077837 #21 ENSCJAG00000079332 MIS18BP1 (ENSCJAG00000015929) FANCM (ENSCJAG00000015945) FKBP3 (ENSCJAG00000015972) PRPF39 (ENSCJAG00000015991) TOGARAM1 (ENSCJAG00000016027) KLHL28 (ENSCJAG00000016063) C14orf28 (ENSCJAG00000016071) ENSCJAG00000074434 ENSCJAG00000062743 ENSCJAG00000078869 LRFN5 (ENSCJAG00000016083) ENSCJAG00000080619 ENSCJAG00000081847 ENSCJAG00000087323 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00940000164172 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Capuchin MODERN SPECIES 93 ZACN (ENSCCAG00000019446) GALR2 (ENSCCAG00000024587) SRP68 (ENSCCAG00000025246) EVPL (ENSCCAG00000036868) CDK3 (ENSCCAG00000020947) TEN1 (ENSCCAG00000023058) ACOX1 (ENSCCAG00000030633) FBF1 (ENSCCAG00000001052) MRPL38 (ENSCCAG00000033197) TRIM65 (ENSCCAG00000028682) TRIM47 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ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Murinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000167442 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Mus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 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Galr2 (ENSMUSG00000020793) Srp68 (ENSMUSG00000020780) Evpl (ENSMUSG00000034282) Cdk3 (ENSMUSG00000092300) Ten1 (ENSMUSG00000020778) Acox1 (ENSMUSG00000020777) Fbf1 (ENSMUSG00000020776) Mrpl38 (ENSMUSG00000020775) Trim65 (ENSMUSG00000054517) Trim47 (ENSMUSG00000020773) Wbp2 (ENSMUSG00000034341) Unc13d (ENSMUSG00000057948) Unk (ENSMUSG00000020770) H3f3b (ENSMUSG00000016559) #21 Galk1 (ENSMUSG00000020766) Itgb4 (ENSMUSG00000020758) Sap30bp (ENSMUSG00000020755) Smim6 (ENSMUSG00000075420) Smim5 (ENSMUSG00000048442) Recql5 (ENSMUSG00000020752) Myo15b (ENSMUSG00000034427) Llgl2 (ENSMUSG00000020782) Tsen54 (ENSMUSG00000020781) Caskin2 (ENSMUSG00000034471) Tmem94 (ENSMUSG00000020747) Grb2 (ENSMUSG00000059923) Slc25a19 (ENSMUSG00000020744) Mif4gd (ENSMUSG00000020743) Mrps7 (ENSMUSG00000046756) Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 786 ENSMSIG00000002992 #21 Steppe mouse MODERN SPECIES 3135 Foxj1 (ENSMSIG00000026989) Exoc7 (ENSMSIG00000027010) Galr2 (ENSMSIG00000027109) Srp68 (ENSMSIG00000027117) Evpl (ENSMSIG00000027167) Cdk3 (ENSMSIG00000027206) ENSMSIG00000027222 Acox1 (ENSMSIG00000027230) Fbf1 (ENSMSIG00000027269) Mrpl38 (ENSMSIG00000027300) Trim65 (ENSMSIG00000027313) Trim47 (ENSMSIG00000027335) ENSMSIG00000027353 Unc13d (ENSMSIG00000027383) Unk (ENSMSIG00000027523) ENSMSIG00000027556 #21 Galk1 (ENSMSIG00000027567) Itgb4 (ENSMSIG00000027588) Sap30bp (ENSMSIG00000028005) Recql5 (ENSMSIG00000028015) Smim6 (ENSMSIG00000028032) Smim5 (ENSMSIG00000028034) Myo15b (ENSMSIG00000028039) Llgl2 (ENSMSIG00000028102) Tsen54 (ENSMSIG00000028141) Caskin2 (ENSMSIG00000028161) Tmem94 (ENSMSIG00000028168) ENSMSIG00000028209 Grb2 (ENSMSIG00000028212) Slc25a19 (ENSMSIG00000028240) Mif4gd (ENSMSIG00000028258) Steppe mouse MODERN SPECIES 3378 Cep70 (ENSMSIG00000014801) Esyt3 (ENSMSIG00000014739) Mras (ENSMSIG00000014726) Nme9 (ENSMSIG00000014688) Armc8 (ENSMSIG00000014484) Dbr1 (ENSMSIG00000014459) ENSMSIG00000014449 A4gnt (ENSMSIG00000014441) Dzip1l (ENSMSIG00000014303) Cldn18 (ENSMSIG00000014263) Sox14 (ENSMSIG00000014246) Il20rb (ENSMSIG00000014194) Nck1 (ENSMSIG00000014165) ENSMSIG00000014151 Stag1 (ENSMSIG00000013975) ENSMSIG00000013943 #21 Pccb (ENSMSIG00000013876) Msl2 (ENSMSIG00000013825) Ppp2r3a (ENSMSIG00000013723) ENSMSIG00000013691 ENSMSIG00000013676 Ephb1 (ENSMSIG00000013528) Ky (ENSMSIG00000013470) Cep63 (ENSMSIG00000013321) Anapc13 (ENSMSIG00000013301) Amotl2 (ENSMSIG00000013215) ENSMSIG00000013199 ENSMSIG00000013136 Slco2a1 (ENSMSIG00000013080) Rab6b (ENSMSIG00000013061) Srprb (ENSMSIG00000013033) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000160505 ENSGT01000000214622.a.a.a ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a.j.b ENSGT00390000013448.a.a.j.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.z ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.y ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000160505 ENSGT01000000214622.a.a.a ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a.j.b ENSGT00390000013448.a.a.j.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.z ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.y ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 697 Srp9 (ENSMAUG00000017552) Enah (ENSMAUG00000017836) Lbr (ENSMAUG00000012993) ENSMAUG00000014176 Ccdc121rt1 (ENSMAUG00000010926) Cnih3 (ENSMAUG00000012379) Wdr26 (ENSMAUG00000014280) Cnih4 (ENSMAUG00000012691) Nvl (ENSMAUG00000015157) ENSMAUG00000003804 ENSMAUG00000007599 Lefty1 (ENSMAUG00000009066) Pycr2 (ENSMAUG00000017705) Lefty2 (ENSMAUG00000018742) Sde2 (ENSMAUG00000019326) ENSMAUG00000019811 #21 Acbd3 (ENSMAUG00000008514) Mixl1 (ENSMAUG00000000244) Lin9 (ENSMAUG00000000458) Parp1 (ENSMAUG00000008306) Stum (ENSMAUG00000010054) Itpkb (ENSMAUG00000013424) Psen2 (ENSMAUG00000014629) Coq8a (ENSMAUG00000016955) Cdc42bpa (ENSMAUG00000010864) ENSMAUG00000018123 Ahctf1 (ENSMAUG00000007505) Kif28 (ENSMAUG00000011576) Sccpdh (ENSMAUG00000014050) Cnst (ENSMAUG00000014643) Tfb2m (ENSMAUG00000015170) Golden Hamster MODERN SPECIES 637 Foxj1 (ENSMAUG00000009773) Exoc7 (ENSMAUG00000012327) Galr2 (ENSMAUG00000006970) Srp68 (ENSMAUG00000016401) Evpl (ENSMAUG00000009352) Cdk3 (ENSMAUG00000014303) Ten1 (ENSMAUG00000010159) Acox1 (ENSMAUG00000015640) Fbf1 (ENSMAUG00000017497) Mrpl38 (ENSMAUG00000008267) Trim65 (ENSMAUG00000020340) Trim47 (ENSMAUG00000017693) Wbp2 (ENSMAUG00000020790) ENSMAUG00000009510 Unk (ENSMAUG00000011025) H3f3b (ENSMAUG00000014699) #21 Galk1 (ENSMAUG00000015380) Itgb4 (ENSMAUG00000017795) Sap30bp (ENSMAUG00000021680) Recql5 (ENSMAUG00000017594) Smim6 (ENSMAUG00000012003) ENSMAUG00000017715 ENSMAUG00000014909 Llgl2 (ENSMAUG00000015309) Tsen54 (ENSMAUG00000016838) ENSMAUG00000015366 Tmem94 (ENSMAUG00000018154) Grb2 (ENSMAUG00000016953) ENSMAUG00000018531 Mif4gd (ENSMAUG00000021885) Mrps7 (ENSMAUG00000015115) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000160505 ENSGT01000000214622.a.a.a ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a.j.b ENSGT00390000013448.a.a.j.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.z ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.y ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Prairie vole MODERN SPECIES 14 ENSMOCG00000004862 Enah (ENSMOCG00000016095) ENSMOCG00000009557 ENSMOCG00000011930 Cnih3 (ENSMOCG00000011071) Wdr26 (ENSMOCG00000018920) Cnih4 (ENSMOCG00000014531) Nvl (ENSMOCG00000017466) 9130409I23Rik (ENSMOCG00000021672) ENSMOCG00000002922 Tmem63a (ENSMOCG00000010850) Lefty1 (ENSMOCG00000013803) Pycr2 (ENSMOCG00000000522) Lefty2 (ENSMOCG00000020511) Sde2 (ENSMOCG00000003863) ENSMOCG00000017501 #21 Acbd3 (ENSMOCG00000021409) Mixl1 (ENSMOCG00000022650) Lin9 (ENSMOCG00000021496) Parp1 (ENSMOCG00000014315) Stum (ENSMOCG00000020677) Itpkb (ENSMOCG00000002630) Psen2 (ENSMOCG00000021854) Coq8a (ENSMOCG00000022622) Cdc42bpa (ENSMOCG00000019771) Ahctf1 (ENSMOCG00000004774) Kif28 (ENSMOCG00000022053) Sccpdh (ENSMOCG00000017380) Cnst (ENSMOCG00000006613) Tfb2m (ENSMOCG00000016864) Smyd3 (ENSMOCG00000019317) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 12 Alg10b (ENSPEMG00000025886) Cpne8 (ENSPEMG00000021609) Kif21a (ENSPEMG00000023536) Abcd2 (ENSPEMG00000023925) CN725425 (ENSPEMG00000023448) Slc2a13 (ENSPEMG00000000329) Lrrk2 (ENSPEMG00000008690) Cntn1 (ENSPEMG00000001410) ENSPEMG00000030528 Pdzrn4 (ENSPEMG00000005226) Gxylt1 (ENSPEMG00000025095) Yaf2 (ENSPEMG00000000787) Zcrb1 (ENSPEMG00000005293) ENSPEMG00000030409 Prickle1 (ENSPEMG00000013383) ENSPEMG00000025295 #21 Adamts20 (ENSPEMG00000017664) Pus7l (ENSPEMG00000016583) Irak4 (ENSPEMG00000018737) Twf1 (ENSPEMG00000000838) Tmem117 (ENSPEMG00000006395) ENSPEMG00000024666 Nell2 (ENSPEMG00000021060) Dbx2 (ENSPEMG00000021509) Ano6 (ENSPEMG00000022036) ENSPEMG00000030605 Arid2 (ENSPEMG00000014806) ENSPEMG00000030307 ENSPEMG00000027302 Slc38a2 (ENSPEMG00000016717) Slc38a4 (ENSPEMG00000012063) Sauria ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000161445 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000161445 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000157162 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Chinese turtle MODERN SPECIES 686 ENSPSIG00000011407 LBR (ENSPSIG00000013788) ENAH (ENSPSIG00000014372) SRP9 (ENSPSIG00000014842) EPHX1 (ENSPSIG00000015003) TMEM63A (ENSPSIG00000015072) ENSPSIG00000016169 SDE2 (ENSPSIG00000016286) ENSPSIG00000016288 ENSPSIG00000016297 #21 ACBD3 (ENSPSIG00000016300) ENSPSIG00000016352 LIN9 (ENSPSIG00000016362) PARP1 (ENSPSIG00000016374) STUM (ENSPSIG00000017291) ITPKB (ENSPSIG00000017341) PSEN2 (ENSPSIG00000017347) COQ8A (ENSPSIG00000017351) CDC42BPA (ENSPSIG00000017372) XDH (ENSPSIG00000007446) EHD3 (ENSPSIG00000017757) CAPN14 (ENSPSIG00000017963) GALNT14 (ENSPSIG00000005019) ENSPSIG00000000884 CAPN13 (ENSPSIG00000005500) Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00950000186173 ENSGT00940000158182 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A 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(ENSTMTG00000015936) ENSTMTG00000015912 #21 ENSTMTG00000015895 GALK1 (ENSTMTG00000015883) ITGB4 (ENSTMTG00000015826) SAP30BP (ENSTMTG00000015791) SMIM5 (ENSTMTG00000015772) RECQL5 (ENSTMTG00000015741) ENSTMTG00000015710 ENSTMTG00000015653 LLGL2 (ENSTMTG00000015592) TSEN54 (ENSTMTG00000015553) ENSTMTG00000015541 ENSTMTG00000015533 TMEM94 (ENSTMTG00000015482) GRB2 (ENSTMTG00000015461) SLC25A19 (ENSTMTG00000015450) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00950000183107.a.b.a ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00950000186173 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1080 ENSCABG00000010712 #21 ENSCABG00000010742 ENSCABG00000011536 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 17 NVL (ENSGEVG00005015719) CNIH4 (ENSGEVG00005015701) WDR26 (ENSGEVG00005015598) CNIH3 (ENSGEVG00005015546) ENSGEVG00005015495 ENSGEVG00005015462 ENSGEVG00005015408 ENSGEVG00005015386 LBR (ENSGEVG00005015360) ENAH (ENSGEVG00005015322) SRP9 (ENSGEVG00005015297) EPHX1 (ENSGEVG00005015263) TMEM63A (ENSGEVG00005015156) ENSGEVG00005015097 SDE2 (ENSGEVG00005015082) ENSGEVG00005015026 #21 ACBD3 (ENSGEVG00005015002) MIXL1 (ENSGEVG00005014953) LIN9 (ENSGEVG00005014867) PARP1 (ENSGEVG00005014820) STUM (ENSGEVG00005014790) ENSGEVG00005014678 ITPKB (ENSGEVG00005014643) PSEN2 (ENSGEVG00005014558) COQ8A (ENSGEVG00005014517) CDC42BPA (ENSGEVG00005014464) ENSGEVG00005014287 XDH (ENSGEVG00005014160) EHD3 (ENSGEVG00005014115) ENSGEVG00005014063 GALNT14 (ENSGEVG00005013754) Archosauria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000170136 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 47 RNF157 (ENSCPRG00005006773) EXOC7 (ENSCPRG00005006716) GALR2 (ENSCPRG00005006703) SRP68 (ENSCPRG00005006694) ENSCPRG00005006674 CDK3 (ENSCPRG00005006668) TEN1 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(ENSACCG00020012470) XDH (ENSACCG00020012219) ENSACCG00020012159 EHD3 (ENSACCG00020012137) GALNT14 (ENSACCG00020012100) ENSACCG00020012005 Golden eagle MODERN SPECIES 21 FOXJ1 (ENSACCG00020008912) EXOC7 (ENSACCG00020009061) GALR2 (ENSACCG00020009130) SRP68 (ENSACCG00020009145) ENSACCG00020000360 CDK3 (ENSACCG00020000403) TEN1 (ENSACCG00020000425) ACOX1 (ENSACCG00020000467) FBF1 (ENSACCG00020000538) MRPL38 (ENSACCG00020000593) TRIM65 (ENSACCG00020000648) ENSACCG00020000681 WBP2 (ENSACCG00020000707) UNC13D (ENSACCG00020000926) UNK (ENSACCG00020001070) ENSACCG00020001146 #21 ENSACCG00020001162 GALK1 (ENSACCG00020001171) ITGB4 (ENSACCG00020001247) SAP30BP (ENSACCG00020001354) RECQL5 (ENSACCG00020001399) ENSACCG00020001444 ENSACCG00020001485 LLGL2 (ENSACCG00020001535) TSEN54 (ENSACCG00020001570) ENSACCG00020001593 CASKIN2 (ENSACCG00020001614) TMEM94 (ENSACCG00020001672) GRB2 (ENSACCG00020001714) SLC25A19 (ENSACCG00020001738) MIF4GD (ENSACCG00020001751) Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Chicken MODERN SPECIES 31 ECH1 (ENSGALG00010009232) #14 ACTN4 (ENSGALG00010009277) MAP4K1 (ENSGALG00010009299) #7 EIF3K (ENSGALG00010009330) #8 RYR1 (ENSGALG00010009379) ENSGALG00010010765 SLC8A2 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ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B.k.b ENSGT00930000151032.B.l ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00960000189697 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Duck DUPLICATION Duck MODERN SPECIES 21 CENPF (ENSAPLG00000009924) PTPN14 (ENSAPLG00000010016) SMYD2 (ENSAPLG00000010622) PROX1 (ENSAPLG00000028813) RPS6KC1 (ENSAPLG00000011098) ANGEL2 (ENSAPLG00000011269) VASH2 (ENSAPLG00000011439) FLVCR1 (ENSAPLG00000011448) TATDN3 (ENSAPLG00000011801) NSL1 (ENSAPLG00000024285) BATF3 (ENSAPLG00000025402) ATF3 (ENSAPLG00000012304) ENSAPLG00000012312 ENSAPLG00000013195 SDE2 (ENSAPLG00000013231) ENSAPLG00000024151 #21 ACBD3 (ENSAPLG00000013267) MIXL1 (ENSAPLG00000025166) LIN9 (ENSAPLG00000013627) PARP1 (ENSAPLG00000014039) STUM (ENSAPLG00000017920) ITPKB (ENSAPLG00000014056) PSEN2 (ENSAPLG00000014082) COQ8A (ENSAPLG00000014501) CDC42BPA (ENSAPLG00000012422) XDH (ENSAPLG00000010946) EHD3 (ENSAPLG00000010467) GALNT14 (ENSAPLG00000009654) CAPN13 (ENSAPLG00000009169) LCLAT1 (ENSAPLG00000009124) LBH (ENSAPLG00000009024) Duck MODERN SPECIES 9 RNF157 (ENSAPLG00000004013) FOXJ1 (ENSAPLG00000003960) EXOC7 (ENSAPLG00000003256) GALR2 (ENSAPLG00000003239) SRP68 (ENSAPLG00000002532) ENSAPLG00000001088 CDK3 (ENSAPLG00000000888) TEN1 (ENSAPLG00000023536) ACOX1 (ENSAPLG00000016081) FBF1 (ENSAPLG00000015809) MRPL38 (ENSAPLG00000015690) ENSAPLG00000018146 WBP2 (ENSAPLG00000015622) UNC13D (ENSAPLG00000015199) UNK (ENSAPLG00000014891) ENSAPLG00000003917 #21 GALK1 (ENSAPLG00000013366) ITGB4 (ENSAPLG00000011722) SAP30BP (ENSAPLG00000011643) SMIM5 (ENSAPLG00000020078) RECQL5 (ENSAPLG00000011106) ENSAPLG00000010900 LLGL2 (ENSAPLG00000009521) TSEN54 (ENSAPLG00000009419) ENSAPLG00000001391 ENSAPLG00000028233 TMEM94 (ENSAPLG00000008675) ENSAPLG00000030191 GRB2 (ENSAPLG00000008555) SLC25A19 (ENSAPLG00000024769) MIF4GD (ENSAPLG00000025678) Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00570000079239 ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000162640 ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000162640 ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 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(ENSNNAG00000019130) ENSNNAG00000019133 CDK3 (ENSNNAG00000019134) TEN1 (ENSNNAG00000019136) ACOX1 (ENSNNAG00000019143) FBF1 (ENSNNAG00000019149) MRPL38 (ENSNNAG00000019153) ENSNNAG00000019155 ENSNNAG00000019157 WBP2 (ENSNNAG00000019158) UNC13D (ENSNNAG00000019159) UNK (ENSNNAG00000019162) ENSNNAG00000019163 #21 ENSNNAG00000019164 ENSNNAG00000019166 ENSNNAG00000019167 ENSNNAG00000019168 ENSNNAG00000019169 SAP30BP (ENSNNAG00000019172) RECQL5 (ENSNNAG00000019174) ENSNNAG00000019175 ENSNNAG00000019176 LLGL2 (ENSNNAG00000019178) TSEN54 (ENSNNAG00000019179) ENSNNAG00000019180 ENSNNAG00000019181 TMEM94 (ENSNNAG00000019184) GRB2 (ENSNNAG00000019185) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00960000189414 ENSGT00940000158182 ENSGT00960000189514 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189 ENSGT00940000154800 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 10335 ENSLLTG00000011558 #21 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00960000189414 ENSGT00940000158182 ENSGT00960000189514 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189 ENSGT00940000154800 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 3 DEGS1 (ENSNSUG00000009943) NVL (ENSNSUG00000009942) CNIH4 (ENSNSUG00000009941) WDR26 (ENSNSUG00000009940) CNIH3 (ENSNSUG00000009939) ENSNSUG00000009938 ENSNSUG00000009937 LBR (ENSNSUG00000009936) ENSNSUG00000009935 ENAH (ENSNSUG00000009934) SRP9 (ENSNSUG00000009933) EPHX1 (ENSNSUG00000009932) TMEM63A (ENSNSUG00000009855) ENSNSUG00000009854 SDE2 (ENSNSUG00000009853) ENSNSUG00000009852 #21 ACBD3 (ENSNSUG00000009851) LIN9 (ENSNSUG00000009850) PARP1 (ENSNSUG00000009467) STUM (ENSNSUG00000009466) ITPKB (ENSNSUG00000009465) PSEN2 (ENSNSUG00000009464) COQ8A (ENSNSUG00000009463) ENSNSUG00000009462 CDC42BPA (ENSNSUG00000009460) XDH (ENSNSUG00000009459) ENSNSUG00000009458 GALNT14 (ENSNSUG00000009455) ENSNSUG00000009454 LCLAT1 (ENSNSUG00000009452) LBH (ENSNSUG00000009450) Eastern brown snake MODERN SPECIES 5 FBXO28 (ENSPTXG00000012824) DEGS1 (ENSPTXG00000012823) NVL (ENSPTXG00000012820) CNIH4 (ENSPTXG00000012819) WDR26 (ENSPTXG00000012818) CNIH3 (ENSPTXG00000012817) ENSPTXG00000012816 ENSPTXG00000012815 LBR (ENSPTXG00000012814) ENAH (ENSPTXG00000012813) SRP9 (ENSPTXG00000012812) EPHX1 (ENSPTXG00000012811) TMEM63A (ENSPTXG00000012810) ENSPTXG00000012809 SDE2 (ENSPTXG00000012808) ENSPTXG00000012807 #21 ACBD3 (ENSPTXG00000012806) LIN9 (ENSPTXG00000012798) PARP1 (ENSPTXG00000012779) STUM (ENSPTXG00000012777) ITPKB (ENSPTXG00000012775) PSEN2 (ENSPTXG00000012773) COQ8A (ENSPTXG00000012772) CDC42BPA (ENSPTXG00000012771) XDH (ENSPTXG00000012770) ENSPTXG00000012769 GALNT14 (ENSPTXG00000012766) ENSPTXG00000012763 LCLAT1 (ENSPTXG00000012762) LBH (ENSPTXG00000012759) YPEL5 (ENSPTXG00000012758) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 1133 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 648 ENSGT00940000154096.b.b.a ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 Spotted gar MODERN SPECIES 239 cited2 (ENSLOCG00000018112) txlnbb (ENSLOCG00000001251) heca (ENSLOCG00000001223) abracl (ENSLOCG00000001211) reps1 (ENSLOCG00000001188) ENSLOCG00000001178 ENSLOCG00000001162 ENSLOCG00000001147 ENSLOCG00000001114 pfn4 (ENSLOCG00000001090) ENSLOCG00000001077 itsn2b (ENSLOCG00000001031) gcfc2 (ENSLOCG00000001009) mrpl19 (ENSLOCG00000000969) ENSLOCG00000000948 h3f3c (ENSLOCG00000000915) #21 efhc1 (ENSLOCG00000000899) tram2 (ENSLOCG00000000868) xkr5a (ENSLOCG00000000839) gata4 (ENSLOCG00000000817) fdft1 (ENSLOCG00000000791) ctsba (ENSLOCG00000000768) ABHD1 (ENSLOCG00000000740) ENSLOCG00000000687 ENSLOCG00000000653 kcnk2b (ENSLOCG00000000545) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000159302 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000160533 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00390000001278.a ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000159120.e ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.j ##19 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000159610 #14 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a #13 ENSGT00940000165978 #9 ENSGT00390000009409 #8 ENSGT00940000160308 #7 ENSGT00390000007686.a ENSGT00390000000417.a.a.b.b Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 305 ENSGT00940000160824 ENSGT00940000158822.g ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000154307.B.a ENSGT01100000265049 ENSGT00730000110939.a.g ENSGT00550000075088.a.a.a ENSGT00940000160374 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000167095.B ENSGT00940000161466.b ENSGT00940000158074 ENSGT00390000009084 ENSGT00530000069547 ENSGT00940000159613 ENSGT00390000012918.d ENSGT00390000012857 ENSGT00390000001653 P. kingsleyae DUPLICATION P. kingsleyae MODERN SPECIES 156 ENSPKIG00000002512 rhot2 (ENSPKIG00000002446) NLRC3 (ENSPKIG00000002323) IGFALS (ENSPKIG00000002260) UNKL (ENSPKIG00000002101) ENSPKIG00000002029 #21 ENSPKIG00000002015 ENSPKIG00000001999 gper1 (ENSPKIG00000001986) ENSPKIG00000001974 BAIAP3 (ENSPKIG00000001914) ube2ia (ENSPKIG00000001867) ENSPKIG00000001840 ENSPKIG00000001822 pdpk1a (ENSPKIG00000001776) ENSPKIG00000001727 USP31 (ENSPKIG00000001681) ENSPKIG00000001663 hs3st2 (ENSPKIG00000001650) ENSPKIG00000001639 hs3st4 (ENSPKIG00000001629) P. kingsleyae MODERN SPECIES 290 fzd3a (ENSPKIG00000017850) KRTCAP3 (ENSPKIG00000017819) nrbp1 (ENSPKIG00000017755) KCTD3 (ENSPKIG00000017710) ENSPKIG00000017694 ENSPKIG00000017677 esrrga (ENSPKIG00000017623) spata17 (ENSPKIG00000017557) ENSPKIG00000017358 lpin1a (ENSPKIG00000017210) pfn4 (ENSPKIG00000017157) ITSN2 (ENSPKIG00000017027) gcfc2 (ENSPKIG00000016963) ENSPKIG00000016935 ENSPKIG00000016916 #21 tram2 (ENSPKIG00000016877) ENSPKIG00000016840 ENSPKIG00000016817 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000015916 ENSGT00390000009825 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000015579.a.a.b ENSGT00940000164514.a ENSGT00390000009925.a ENSGT00390000008825.a ENSGT00940000157696 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000163474 ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.a ENSGT00940000163663.B.a ENSGT00940000160824 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00940000154307.B ENSGT01060000248742 ENSGT00730000110939.a ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000160374 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000167095.B ENSGT00510000049239.b.b ENSGT00390000001260 ENSGT00390000014665 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000017838 ENSGT00390000006068 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000166280 ENSGT00940000171912 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00730000110939.a ENSGT01060000248742 ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000166841 ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159664 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT00390000005895.h ENSGT01030000234534.C ENSGT00390000005895.g ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT01000000216149 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00390000013268 ENSGT00940000167542 ENSGT00940000157510 ENSGT00940000155709.i ENSGT00940000162720.b.a.a.a ENSGT00940000156854.s ENSGT00940000154076.C.d ENSGT00950000182979.a.b.b.b.a.c Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 360 ENSGT00940000160906.d ENSGT00940000167780 ENSGT00390000004836 ENSGT00940000159664.f.a ENSGT00940000156819.a.b.j ENSGT01030000234534.C ENSGT00390000005895.g ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691.g ENSGT00940000153514.a.b.q.b ENSGT00390000013574 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a.q ENSGT00730000110939.b.i ENSGT00940000159360.a ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000164977.a.b ##24 Huchen MODERN SPECIES 15 RDH13 (ENSHHUG00000043383) SBK1 (ENSHHUG00000043378) ENSHHUG00000043362 NLRC3 (ENSHHUG00000043305) cluap1 (ENSHHUG00000043264) ENSHHUG00000043243 WDR90 (ENSHHUG00000043116) ENSHHUG00000043100 rhot2 (ENSHHUG00000043080) h1-0 (ENSHHUG00000043049) rhbdl1 (ENSHHUG00000043045) zgc:112496 (ENSHHUG00000043040) wdr24 (ENSHHUG00000043032) anks3 (ENSHHUG00000043030) zgc:112185 (ENSHHUG00000043027) ENSHHUG00000042963 #21 ENSHHUG00000042962 ENSHHUG00000042961 ENSHHUG00000042960 C7orf50 (ENSHHUG00000042959) gnptg (ENSHHUG00000042934) tsr3 (ENSHHUG00000042929) pdpk1b (ENSHHUG00000042909) ENSHHUG00000042901 ENSHHUG00000042807 ENSHHUG00000042801 ENSHHUG00000042790 ccdc189 (ENSHHUG00000042777) phkg2 (ENSHHUG00000042737) RNF40 (ENSHHUG00000042722) ENSHHUG00000042717 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000160906.d ENSGT00940000167780 ENSGT00390000004836 ENSGT00940000159664.f.a ENSGT00940000156819.a.b.j ENSGT01030000234534.C ENSGT00390000005895.g ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691.g ENSGT00940000153514.a.b.q.b ENSGT00390000013574 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a.q ENSGT00730000110939.b.i ENSGT00940000159360.a ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000164977.a.b ##24 ENSGT00390000002548.i ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b.e ENSGT01100000263555.b.g.a ENSGT00390000007870.m ENSGT01000000216149.b ENSGT00390000018570.b.a.b ENSGT00390000013268 ENSGT00940000157510.b ENSGT00940000155709.i.c ENSGT00940000162720.b.a.a.a.b ENSGT00940000156854.s.y ENSGT00940000154076.C.d Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01090000260061.c.b.id.a ENSGT00940000155677.b.j ENSGT00940000155677.b.i.b ENSGT00940000159782.b.b ENSGT00390000015655.a.m.b ENSGT00940000156648.c.a.b ENSGT00390000009497.a.d ENSGT00940000156536.e.a.h ENSGT00940000155350.h.d ENSGT00940000156251.b.a ENSGT00530000064411.b.f ENSGT00390000008610.a.b.b.a.a.a ENSGT00510000046732.A.c.r ENSGT00390000005140.a.o.b ENSGT00390000013989.b.e ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000164977.a.b ##24 ENSGT00390000002548.i ENSGT00940000155573.g.b.a ENSGT00510000048626 ENSGT00940000155478.hb.b.a ENSGT00940000164418.a.b.f ENSGT00950000182985.a.b.a.a ENSGT01030000234613.b.b.h.b ENSGT00940000159555.v.b.d.a.b ENSGT00950000182772.A.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a ENSGT00950000182772.A.a.a.a.a.a ENSGT00940000173128.b ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b.d ##13 ENSGT00940000162120.f.a.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b.c Rainbow trout MODERN SPECIES 12 ENSOMYG00000012664 ENSOMYG00000012557 ENSOMYG00000069299 ENSOMYG00000012533 ENSOMYG00000051933 ogfod3 (ENSOMYG00000012520) ENSOMYG00000012462 ENSOMYG00000068594 ENSOMYG00000056621 NARF (ENSOMYG00000012350) ENSOMYG00000012092 ENSOMYG00000012061 wbp2 (ENSOMYG00000012053) UNC13D (ENSOMYG00000012040) unk (ENSOMYG00000011844) ENSOMYG00000011799 #21 ENSOMYG00000056335 zgc:194990 (ENSOMYG00000011787) ITGB4 (ENSOMYG00000010633) sap30bp (ENSOMYG00000010225) ENSOMYG00000010177 ENSOMYG00000059458 ENSOMYG00000010163 ENSOMYG00000010142 ENSOMYG00000010109 ENSOMYG00000010057 ENSOMYG00000010022 ENSOMYG00000010009 ENSOMYG00000008960 ENSOMYG00000007209 ENSOMYG00000007056 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00820000127055.a.b.a ENSGT01090000260061.c.b.id.a ENSGT00940000155677.b.j ENSGT00940000159782.b.b ENSGT00390000015655.a.m.b ENSGT00940000156648.c.a.b ENSGT00390000009497.a.d ENSGT00940000156536.e.a.h ENSGT00940000155350.h.d ENSGT00940000156251.b.a ENSGT00530000064411.b.f ENSGT00390000008610.a.b.b.a.a.a ENSGT00510000046732.A.c.r ENSGT00390000005140.a.o.b ENSGT00390000013989.b.e ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000164977.a.b ##24 ENSGT00390000002548.i ENSGT00940000155573.g.b.a ENSGT00510000048626 ENSGT00940000155478.hb.b.a ENSGT00940000164418.a.b.f ENSGT00950000182985.a.b.a.a ENSGT01030000234613.b.b.h.b ENSGT00940000159555.v.b.d.a.b ENSGT00950000182772.A.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a ENSGT00950000182772.A.a.a.a.a.a ENSGT00940000173784 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b.d ##13 ENSGT00940000162120.f.a.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b.c Chinook salmon MODERN SPECIES 33 ENSOTSG00005046427 ENSOTSG00005046426 ENSOTSG00005046425 gria4b (ENSOTSG00005044976) slc35f2 (ENSOTSG00005044958) CUL5 (ENSOTSG00005044924) ompb (ENSOTSG00005044916) CAPN5 (ENSOTSG00005044907) MYO7A (ENSOTSG00005044905) GDPD4 (ENSOTSG00005044903) ENSOTSG00005044901 ENSOTSG00005044899 FCHSD2 (ENSOTSG00005044891) fam168a (ENSOTSG00005044888) plekhb1 (ENSOTSG00005044887) ENSOTSG00005044886 #21 crx (ENSOTSG00005044885) ##24 ENSOTSG00005044884 nova1 (ENSOTSG00005044883) alkbh6 (ENSOTSG00005044882) ENSOTSG00005044881 dlb (ENSOTSG00005044880) ppp1r14aa (ENSOTSG00005044879) EXOC3L2 (ENSOTSG00005044878) MARK4 (ENSOTSG00005044877) ckma (ENSOTSG00005044876) ENSOTSG00005044875 hnrnpl (ENSOTSG00005044743) ##13 IRF2BP1 (ENSOTSG00005044741) micu2 (ENSOTSG00005044738) B3GAT1 (ENSOTSG00005044736) Coho salmon MODERN SPECIES 17 SPATA20 (ENSOKIG00005042907) ENSOKIG00005043691 CACNA1G (ENSOKIG00005043760) ENSOKIG00005044519 ENSOKIG00005044542 ogfod3 (ENSOKIG00005044548) hexdc (ENSOKIG00005044588) cybc1 (ENSOKIG00005044841) narf (ENSOKIG00005044867) FDXR (ENSOKIG00005044967) ENSOKIG00005045713 wbp2 (ENSOKIG00005045723) UNC13D (ENSOKIG00005045733) ENSOKIG00005045811 unk (ENSOKIG00005045818) ENSOKIG00005045847 #21 ENSOKIG00005045860 zgc:194990 (ENSOKIG00005045867) ENSOKIG00005045873 ENSOKIG00005045875 itgb4 (ENSOKIG00005045986) sap30bp 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Oryzias ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000180121 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000179470 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.hb.b #21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000166841 ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00940000165156 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000180121 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000179470 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.hb.b #21 ENSGT00510000049652 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000166841 ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b Javanese ricefish MODERN SPECIES 10 tmem204 (ENSOJAG00000018834) telo2 (ENSOJAG00000018852) RAB11FIP3 (ENSOJAG00000019308) decr2 (ENSOJAG00000019338) RDH13 (ENSOJAG00000019388) ENSOJAG00000019402 NLRC3 (ENSOJAG00000019423) ENSOJAG00000019601 rhot2 (ENSOJAG00000020001) h1-0 (ENSOJAG00000020261) rhbdl1 (ENSOJAG00000020270) zgc:112496 (ENSOJAG00000020300) wdr24 (ENSOJAG00000020315) anks3 (ENSOJAG00000020341) zgc:112185 (ENSOJAG00000020387) ENSOJAG00000020399 #21 UQCC4 (ENSOJAG00000020411) ENSOJAG00000020435 ENSOJAG00000020444 gnptg (ENSOJAG00000020475) tsr3 (ENSOJAG00000020510) pdpk1b (ENSOJAG00000020572) kctd5a (ENSOJAG00000021030) ube2ia (ENSOJAG00000021045) ENSOJAG00000021051 ENSOJAG00000021175 phkg2 (ENSOJAG00000021196) RNF40 (ENSOJAG00000021273) ENSOJAG00000021425 ENSOJAG00000021436 znf668 (ENSOJAG00000021443) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000004836 ENSGT00960000186809 ENSGT00940000159664 ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.hb.b #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 182 ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000156937.a.a ENSGT01100000263504.a.b.a.a.hb.b #21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a Mangrove rivulus MODERN SPECIES 110 ZBTB16 (ENSKMAG00000013166) ncam1b (ENSKMAG00000013322) cadm1b (ENSKMAG00000013545) ENSKMAG00000013621 IGSF9B (ENSKMAG00000013697) JAM3 (ENSKMAG00000013821) vps26b (ENSKMAG00000013850) thyn1 (ENSKMAG00000013897) acad8 (ENSKMAG00000013933) ENSKMAG00000013988 ENSKMAG00000014024 lim2.3 (ENSKMAG00000014049) hspa8b (ENSKMAG00000014084) ENSKMAG00000014134 ENSKMAG00000014151 h3f3c (ENSKMAG00000014172) #21 crx (ENSKMAG00000014191) ##24 kptn (ENSKMAG00000014205) nova1 (ENSKMAG00000014225) zgc:153990 (ENSKMAG00000014235) capns1b (ENSKMAG00000014268) kcnk9 (ENSKMAG00000014301) ENSKMAG00000014312 ENSKMAG00000014343 FAM135B (ENSKMAG00000014389) ENSKMAG00000014430 FAM171A2 (ENSKMAG00000014446) ENSKMAG00000014465 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1621 UNK (ENSNFUG00015024481) H3F3B.1 (ENSNFUG00015024472) #21 ENSNFUG00015024467 Nfu_g_1_023008 (ENSNFUG00015024463) itgb4 (ENSNFUG00015023956) SAP30BP (ENSNFUG00015023832) MRPL38 (ENSNFUG00015023824) ENSNFUG00015023813 ENSNFUG00015023807 ENSNFUG00015022861 ENSNFUG00015022731 Nfu_g_1_022781 (ENSNFUG00015022728) CABZ01073118.1 (ENSNFUG00015022288) DAGLB (ENSNFUG00015022225) ENSNFUG00015022219 CDR2L (ENSNFUG00015022216) ENSNFUG00015022212 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000162075 ENSGT00940000157522 ENSGT00940000156342.d ENSGT00940000161398.e ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00950000183136.b.b.d ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00940000164977.b.a.b #24 ENSGT00940000164977.b.a.a #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT01030000236106 ENSGT00940000159302 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000015165 ENSGT00940000161203 ENSGT00940000155076.b.a.b ENSGT01030000234927 ENSGT00940000159315 ENSGT00390000003413 ENSGT00390000002625 ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057.j #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00940000164977.b.a.b #24 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.b.a.a #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00940000165707 ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00940000164977.b.a.b #24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 5 pknox2 (ENSORLG00000027352) tmem218 (ENSORLG00000025587) ENSORLG00000027188 ENSORLG00000026532 robo3 (ENSORLG00000026278) MSANTD2 (ENSORLG00000028888) esama (ENSORLG00000029754) fez1 (ENSORLG00000018583) cfap58 (ENSORLG00000018596) ENSORLG00000000285 ENSORLG00000021801 ENSORLG00000023338 jam3b (ENSORLG00000027029) ARHGAP32 (ENSORLG00000000312) ENSORLG00000028706 h3f3c (ENSORLG00000026243) #21 ENSORLG00000000324 #24 kptn (ENSORLG00000000337) nova1 (ENSORLG00000000350) capns1b (ENSORLG00000000369) zgc:153990 (ENSORLG00000023232) dlb (ENSORLG00000000378) ENSORLG00000000382 ppp1r14aa (ENSORLG00000000395) ENSORLG00000023651 ENSORLG00000025181 MARK4 (ENSORLG00000000445) ckma (ENSORLG00000000449) nccrp1 (ENSORLG00000000459) slc8a2a (ENSORLG00000000474) ##11 hnrnpl (ENSORLG00000000486) ##13 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000015165 ENSGT00940000161203 ENSGT00940000155076.b.a.b ENSGT01030000234927 ENSGT00940000159315 ENSGT00390000003413 ENSGT00390000002625 ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057.j #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00940000164977.b.a.a #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00730000111885.f ENSGT00390000016324 ENSGT00940000156948.j ENSGT00940000156504.i.a Indian medaka MODERN SPECIES 12 vps53 (ENSOMEG00000017681) zgc:172282 (ENSOMEG00000017727) zgc:162730 (ENSOMEG00000017752) ENSOMEG00000017764 SGSM2 (ENSOMEG00000000457) ift20 (ENSOMEG00000017976) lyrm9 (ENSOMEG00000017962) ITM2C (ENSOMEG00000018006) ENSOMEG00000018030 #15 meis3 (ENSOMEG00000018062) #16 ENSOMEG00000018120 #17 sirt2 (ENSOMEG00000018164) dmac2 (ENSOMEG00000018198) #18 GJD2 (ENSOMEG00000018221) #19 nop53 (ENSOMEG00000018244) #20 ENSOMEG00000018259 #21 ENSOMEG00000018292 ##21 ENSOMEG00000018323 #24 psma6l (ENSOMEG00000018353) #25 sars2 (ENSOMEG00000018375) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSOMEG00000018383) #26 slc5a2 (ENSOMEG00000018418) fbxo46 (ENSOMEG00000018443) #28 coq8b (ENSOMEG00000018475) #29 numbl (ENSOMEG00000018554) #30 ENSOMEG00000018659 #31 dpf1 (ENSOMEG00000000482) #32 ENSOMEG00000018767 #34 ENSOMEG00000018788 pxylp1 (ENSOMEG00000018825) epha4a (ENSOMEG00000018872) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00510000049652 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.hb.a #21 ENSGT01030000235280 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000166841 ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00650000094874 ENSGT00940000164729.a.b NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b ENSGT00940000165156 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 225 decr2 (ENSCVAG00000001681) RDH13 (ENSCVAG00000001685) SBK1 (ENSCVAG00000001689) ENSCVAG00000001691 ENSCVAG00000001694 NLRC3 (ENSCVAG00000001704) ENSCVAG00000001708 WDR90 (ENSCVAG00000001759) rhot2 (ENSCVAG00000001772) h1-0 (ENSCVAG00000001782) rhbdl1 (ENSCVAG00000001790) zgc:112496 (ENSCVAG00000001798) wdr24 (ENSCVAG00000001805) anks3 (ENSCVAG00000001816) zgc:112185 (ENSCVAG00000001820) ENSCVAG00000001823 #21 ENSCVAG00000001826 ENSCVAG00000001831 ENSCVAG00000001834 ENSCVAG00000001839 gnptg (ENSCVAG00000001847) Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00650000094874 ENSGT00940000164729.a.b Poecilia ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665.c ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b.b ENSGT00650000094874 Guppy MODERN SPECIES 449 decr2 (ENSPREG00000018482) RDH13 (ENSPREG00000018465) SBK1 (ENSPREG00000018457) ENSPREG00000018441 ENSPREG00000018427 NLRC3 (ENSPREG00000018396) ENSPREG00000018369 ENSPREG00000018352 rhot2 (ENSPREG00000018095) h1-0 (ENSPREG00000018024) rhbdl1 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ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b Climbing perch MODERN SPECIES 10 ENSATEG00000027071 ENSATEG00000025267 ENSATEG00000003819 ENSATEG00000003967 UTS2R (ENSATEG00000003974) ogfod3 (ENSATEG00000003982) HEXD (ENSATEG00000004036) CYBC1 (ENSATEG00000004081) NARF (ENSATEG00000004092) ENSATEG00000004098 mrpl38 (ENSATEG00000004146) ENSATEG00000004155 wbp2 (ENSATEG00000004186) UNC13D (ENSATEG00000004200) UNK (ENSATEG00000004212) ENSATEG00000004222 #21 ENSATEG00000004239 zgc:194990 (ENSATEG00000004306) ITGB4 (ENSATEG00000004350) sap30bp (ENSATEG00000005071) ENSATEG00000005077 ENSATEG00000005111 ENSATEG00000005139 ENSATEG00000005157 ENSATEG00000005171 tob1b (ENSATEG00000005289) ENSATEG00000005297 ENSATEG00000005315 sox9a (ENSATEG00000005539) ENSATEG00000005578 ENSATEG00000005704 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 9 decr2 (ENSBSLG00000020452) RDH13 (ENSBSLG00000020442) ENSBSLG00000019908 ENSBSLG00000019819 ENSBSLG00000019785 NLRC3 (ENSBSLG00000019444) ENSBSLG00000019284 WDR90 (ENSBSLG00000018831) rhot2 (ENSBSLG00000018386) h1-0 (ENSBSLG00000018365) rhbdl1 (ENSBSLG00000018340) zgc:112496 (ENSBSLG00000018324) wdr24 (ENSBSLG00000018287) anks3 (ENSBSLG00000018216) zgc:112185 (ENSBSLG00000018178) ENSBSLG00000018064 #21 ENSBSLG00000018059 ENSBSLG00000018051 ENSBSLG00000018046 gnptg (ENSBSLG00000018036) tsr3 (ENSBSLG00000018025) pdpk1b (ENSBSLG00000017733) kctd5a (ENSBSLG00000017643) ube2ia (ENSBSLG00000017621) ENSBSLG00000017612 ENSBSLG00000017544 ENSBSLG00000017533 phkg2 (ENSBSLG00000017380) RNF40 (ENSBSLG00000016918) ENSBSLG00000016876 znf668 (ENSBSLG00000016833) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Gilthead seabream MODERN SPECIES 12 SPATA20 (ENSSAUG00010023452) CACNA1G (ENSSAUG00010020863) ENSSAUG00010020830 ENSSAUG00010020829 ogfod3 (ENSSAUG00010020826) hexdc (ENSSAUG00010020789) cybc1 (ENSSAUG00010020782) narf (ENSSAUG00010020747) FDXR (ENSSAUG00010020362) mrpl38 (ENSSAUG00010020343) mrpl38 (ENSSAUG00010020337) ENSSAUG00010020336 wbp2 (ENSSAUG00010020335) ENSSAUG00010020331 unk (ENSSAUG00010020204) ENSSAUG00010020201 #21 ENSSAUG00010020200 zgc:194990 (ENSSAUG00010020198) itgb4 (ENSSAUG00010015444) sap30bp (ENSSAUG00010015381) CDR2L (ENSSAUG00010015378) mrpl58 (ENSSAUG00010015375) DAGLB (ENSSAUG00010013729) SPAG9 (ENSSAUG00010012366) tob1b (ENSSAUG00010012319) ENSSAUG00010012318 ENSSAUG00010011408 ENSSAUG00010011371 ENSSAUG00010011357 rab3gap1 (ENSSAUG00010011349) CSNK1D (ENSSAUG00010011197) Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Channel bull blenny MODERN SPECIES 5 opcml (ENSCGOG00000022808) PANX3 (ENSCGOG00000022820) pknox2 (ENSCGOG00000022828) tmem218 (ENSCGOG00000022838) ENSCGOG00000022839 ENSCGOG00000022841 robo3 (ENSCGOG00000022868) MSANTD2 (ENSCGOG00000023128) esama (ENSCGOG00000023131) fez1 (ENSCGOG00000023133) ENSCGOG00000023142 IGSF9B (ENSCGOG00000023146) jam3b (ENSCGOG00000023149) vps26bl (ENSCGOG00000023160) ARHGAP32 (ENSCGOG00000023196) h3f3c (ENSCGOG00000023506) #21 crx (ENSCGOG00000023527) ##24 kptn (ENSCGOG00000023528) nova1 (ENSCGOG00000023557) capns1b (ENSCGOG00000023564) zgc:153990 (ENSCGOG00000023587) dlb (ENSCGOG00000023588) ppp1r14aa (ENSCGOG00000023589) ENSCGOG00000023592 MARK4 (ENSCGOG00000023623) ckma (ENSCGOG00000023727) nccrp1 (ENSCGOG00000023753) slc8a2a (ENSCGOG00000023761) ##11 hnrnpl (ENSCGOG00000023768) ##13 irf2bp1 (ENSCGOG00000023781) micu2 (ENSCGOG00000023783) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 132 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00390000006698 ENSGT00940000153417.A ENSGT00390000015528 ENSGT00940000160069 ENSGT00390000013678 ENSGT00390000001390.b ENSGT00530000063870.b Otophysi ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00390000006698 ENSGT00390000015528 ENSGT00940000153417.A ENSGT00390000013678 ENSGT00390000001390.b ENSGT00530000063870.b ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.h Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000167095.A 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ENSGT00940000158074 ENSGT00940000161466 ENSGT00940000160498 ENSGT00940000156355.n.a ENSGT00940000160352 ENSGT00940000160893 ENSGT00390000001260 ENSGT00510000048783.a ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00730000110939.a ENSGT00390000014665 ENSGT00510000048359 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00940000154307.B ENSGT01030000234518.B.b Reedfish DUPLICATION Reedfish MODERN SPECIES 11 ENSECRG00000001002 ENSECRG00000001023 ENSECRG00000001201 vip (ENSECRG00000001669) ENSECRG00000001683 fbxo5 (ENSECRG00000001692) MTRF1L (ENSECRG00000001698) cdc42bpab (ENSECRG00000001749) lft2 (ENSECRG00000001876) tmem63a (ENSECRG00000002026) rsph9 (ENSECRG00000002067) rsph9 (ENSECRG00000002101) rsph9 (ENSECRG00000002130) mrps18a (ENSECRG00000002145) vegfab (ENSECRG00000002185) ENSECRG00000002219 ##21 acbd3 (ENSECRG00000002232) lin9 (ENSECRG00000002268) ENSECRG00000002325 pgbd5 (ENSECRG00000002343) cog2 (ENSECRG00000002358) agt (ENSECRG00000002382) capn9 (ENSECRG00000002406) ENSECRG00000002432 PHACTR2 (ENSECRG00000002447) ltv1 (ENSECRG00000002473) ENSECRG00000002503 sf3b5 (ENSECRG00000002516) oprm1 (ENSECRG00000002528) rgs17 (ENSECRG00000002543) ENSECRG00000002619 Reedfish MODERN SPECIES 238 ENSECRG00000017349 ##21 ENSECRG00000017384 radil (ENSECRG00000017492) ap5z1 (ENSECRG00000017638) foxk1 (ENSECRG00000017703) ENSECRG00000017736 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 161 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000166280 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT00940000160824 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.B ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00510000048783.a ENSGT00390000001260 ENSGT00940000156355.n.a ENSGT00940000160498 ENSGT00940000161466 ENSGT00940000158074 ENSGT00390000009084 ENSGT00530000069547 ENSGT00940000159613 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000167780 ENSGT00940000162710.c.b ENSGT00390000004836 ENSGT00940000159664 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00940000165377 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000171204 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.a.p ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000171764 ENSGT00390000006233.c.b.z.b ENSGT00390000018868.B.a.i ENSGT00550000075186 ENSGT00940000161850 ENSGT00940000159603.b ENSGT00940000157351 ENSGT01070000253837.c ENSGT00640000091541 ENSGT01060000248591.a.a.b.a.b Asian bonytongue MODERN SPECIES 12 ENSSFOG00015001510 ENSSFOG00015001654 SPATA20 (ENSSFOG00015002529) CACNA1G (ENSSFOG00015002549) ENSSFOG00015002675 ogfod3 (ENSSFOG00015002687) hexdc (ENSSFOG00015002706) cybc1 (ENSSFOG00015002722) narf (ENSSFOG00015002768) ENSSFOG00015002779 mrpl38 (ENSSFOG00015002905) ENSSFOG00015002913 wbp2 (ENSSFOG00015030033) UNC13D (ENSSFOG00015002960) unk (ENSSFOG00015003052) ENSSFOG00015029368 ##21 ENSSFOG00015003124 ENSSFOG00015003185 itgb4 (ENSSFOG00015003244) sap30bp (ENSSFOG00015003821) CDR2L (ENSSFOG00015033176) ENSSFOG00015003875 ARHGDIA (ENSSFOG00015027887) alyref (ENSSFOG00015028304) anapc11 (ENSSFOG00015029727) MCRIP1 (ENSSFOG00015030182) ppp1r27b (ENSSFOG00015003997) p4hb (ENSSFOG00015004070) ENSSFOG00015004116 RPTOR (ENSSFOG00015004190) NPTX1 (ENSSFOG00015004398) P. kingsleyae MODERN SPECIES 312 ENSPKIG00000021070 SPATA20 (ENSPKIG00000021415) CACNA1G (ENSPKIG00000021560) ENSPKIG00000021857 ENSPKIG00000021869 ogfod3 (ENSPKIG00000021877) hexdc (ENSPKIG00000021896) cybc1 (ENSPKIG00000021931) narf (ENSPKIG00000021947) ENSPKIG00000021979 mrpl38 (ENSPKIG00000022027) ENSPKIG00000022052 wbp2 (ENSPKIG00000022073) UNC13D (ENSPKIG00000022138) unk (ENSPKIG00000022222) ENSPKIG00000022266 ##21 ENSPKIG00000022281 ENSPKIG00000022306 itgb4 (ENSPKIG00000022391) sap30bp (ENSPKIG00000022577) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 139 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00510000048626 ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000166947 ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT01070000253869 ENSGT00940000153582.a.m.a.a.b.b.b.b.b ENSGT00940000154411 ENSGT00940000162179.e.a.a Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.b.b ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00940000162179.e.a.a ENSGT00940000164427.a.a ENSGT00940000159555.v.a ENSGT01070000253869 ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT01010000228854 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT01100000264924 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000171912 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01030000235280 ENSGT00940000154307.A 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ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155076.b.a.b ENSGT01030000234927 ENSGT00940000159315 ENSGT00390000003413 ENSGT00390000002625 ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057.j #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.ib #21 ENSGT00940000164977.b.a.b #24 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.b.a.a #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00730000111885.f ENSGT00390000016324 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT01070000253869 ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Javanese ricefish MODERN SPECIES 5 GALNT10 (ENSOJAG00000011644) jam3b (ENSOJAG00000011598) IGSF9B (ENSOJAG00000011428) ENSOJAG00000011360 ARHGAP32 (ENSOJAG00000010905) ENSOJAG00000010869 ##21 crx (ENSOJAG00000010856) ##24 kptn (ENSOJAG00000010789) nova1 (ENSOJAG00000010732) capns1b (ENSOJAG00000010708) zgc:153990 (ENSOJAG00000010696) dlb (ENSOJAG00000010685) ppp1r14aa (ENSOJAG00000010676) ENSOJAG00000010571 MARK4 (ENSOJAG00000010267) ENSOJAG00000010224 ckma (ENSOJAG00000010121) ENSOJAG00000010110 nccrp1 (ENSOJAG00000010104) slc8a2a (ENSOJAG00000010019) ##11 hnrnpl (ENSOJAG00000009629) ##13 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000015165 ENSGT00940000161203 ENSGT00940000155076.b.a.b ENSGT01030000234927 ENSGT00940000159315 ENSGT00390000003413 ENSGT00390000002625 ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057.j #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.b.a.a #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00730000111885.f ENSGT00390000016324 ENSGT00940000156948.j Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 4 zgc:172282 (ENSORLG00000008364) zgc:162730 (ENSORLG00000027149) ENSORLG00000008381 SGSM2 (ENSORLG00000008415) lyrm9 (ENSORLG00000024775) ift20 (ENSORLG00000008436) ITM2C (ENSORLG00000008477) ENSORLG00000008506 #15 meis3 (ENSORLG00000008534) #16 ENSORLG00000027773 ENSORLG00000008542 #17 sirt2 (ENSORLG00000008571) dmac2 (ENSORLG00000008587) #18 ENSORLG00000008596 #19 nop53 (ENSORLG00000008659) #20 ENSORLG00000028044 ##21 ENSORLG00000024385 ##21 ENSORLG00000008681 #24 psma6l (ENSORLG00000008691) #25 sars2 (ENSORLG00000008723) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSORLG00000023288) #26 slc5a2 (ENSORLG00000008769) fbxo46 (ENSORLG00000027456) #28 coq8b (ENSORLG00000008795) #29 numbl (ENSORLG00000008819) #30 ENSORLG00000025972 #31 dpf1 (ENSORLG00000008855) #32 ENSORLG00000023826 #34 ENSORLG00000006780 pxylp1 (ENSORLG00000008865) ENSORLG00000028296 Chinese medaka MODERN SPECIES 584 nop53 (ENSOSIG00000000973) #20 ENSOSIG00000000985 ##21 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00960000186809 ENSGT00940000159664 ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.hb.b #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000004836 ENSGT00960000186809 ENSGT00940000159664 ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 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ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT01010000228854 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Pike perch MODERN SPECIES 25 ntm (ENSSLUG00000010320) opcml (ENSSLUG00000010326) PANX3 (ENSSLUG00000010328) pknox2 (ENSSLUG00000010333) tmem218 (ENSSLUG00000010339) ENSSLUG00000010343 ENSSLUG00000010347 robo3 (ENSSLUG00000010367) MSANTD2 (ENSSLUG00000010434) esama (ENSSLUG00000010438) fez1 (ENSSLUG00000010446) cfap58 (ENSSLUG00000010462) IGSF9B (ENSSLUG00000010484) jam3b (ENSSLUG00000010511) vps26bl (ENSSLUG00000010523) ENSSLUG00000010540 ##21 crx (ENSSLUG00000010543) ##24 kptn (ENSSLUG00000010558) nova1 (ENSSLUG00000010622) capns1b (ENSSLUG00000010645) zgc:153990 (ENSSLUG00000010699) dlb (ENSSLUG00000010711) ppp1r14aa (ENSSLUG00000010783) ENSSLUG00000010790 MARK4 (ENSSLUG00000010828) ckma (ENSSLUG00000011167) ENSSLUG00000011192 nccrp1 (ENSSLUG00000011197) slc8a2a (ENSSLUG00000011208) ##11 hnrnpl (ENSSLUG00000011278) ##13 irf2bp1 (ENSSLUG00000011361) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 European seabass MODERN SPECIES 11 rab11fip3 (ENSDLAG00005030794) decr2 (ENSDLAG00005006319) ENSDLAG00005006310 ENSDLAG00005026837 ENSDLAG00005006281 ENSDLAG00005006214 ENSDLAG00005006125 WDR90 (ENSDLAG00005005444) H10 (ENSDLAG00005032394) rhot2 (ENSDLAG00005005082) rhbdl1 (ENSDLAG00005005040) zgc:112496 (ENSDLAG00005005028) wdr24 (ENSDLAG00005005008) anks3 (ENSDLAG00005004974) zgc:112185 (ENSDLAG00005004961) h3f3d (ENSDLAG00005004948) ##21 ENSDLAG00005034972 ENSDLAG00005030251 ENSDLAG00005004760 ENSDLAG00005003673 ENSDLAG00005031692 UBE2I (ENSDLAG00005003573) ENSDLAG00005003559 ENSDLAG00005003355 PHKG2 (ENSDLAG00005002972) ENSDLAG00005001929 ENSDLAG00005001884 ENSDLAG00005001875 znf668 (ENSDLAG00005001872) ENSDLAG00005001825 ENSDLAG00005001804 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.b.b ENSGT00940000166369.h ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00950000183166.a.a.a.b.e.b ENSGT00390000015991 ENSGT00390000007230.a ENSGT00940000154203 ENSGT00940000156740 ENSGT00940000170767.a ENSGT00390000013680.b.a Fugu MODERN SPECIES 6 ENSTRUG00000027471 ##33 ntm (ENSTRUG00000003322) opcml (ENSTRUG00000001933) PANX3 (ENSTRUG00000002620) pknox2 (ENSTRUG00000003012) tmem218 (ENSTRUG00000025422) ENSTRUG00000003598 robo3 (ENSTRUG00000003711) MSANTD2 (ENSTRUG00000022314) esama (ENSTRUG00000020360) fez1 (ENSTRUG00000005144) cfap58 (ENSTRUG00000005415) jam3b (ENSTRUG00000022482) vps26bl (ENSTRUG00000021252) ARHGAP32 (ENSTRUG00000006062) ENSTRUG00000019983 ##21 crx (ENSTRUG00000006365) ##24 kptn (ENSTRUG00000006466) nova1 (ENSTRUG00000019498) capns1b (ENSTRUG00000006704) zgc:153990 (ENSTRUG00000006897) dlb (ENSTRUG00000006928) ppp1r14aa (ENSTRUG00000022620) ENSTRUG00000007139 tiprl (ENSTRUG00000007391) cltca (ENSTRUG00000007501) ptrh2 (ENSTRUG00000008299) VMP1 (ENSTRUG00000031097) RPS6KB1 (ENSTRUG00000008385) rnft1 (ENSTRUG00000008753) ENSTRUG00000008847 Tetraodon MODERN SPECIES 22 bsx (ENSTNIG00000008603) lim2.1 (ENSTNIG00000008604) ntm (ENSTNIG00000008605) opcml (ENSTNIG00000008606) PANX3 (ENSTNIG00000008607) pknox2 (ENSTNIG00000008608) ENSTNIG00000000367 tmem218 (ENSTNIG00000000479) ENSTNIG00000008609 ENSTNIG00000008610 fez1 (ENSTNIG00000004486) cfap58 (ENSTNIG00000005100) ENSTNIG00000005142 vps26bl (ENSTNIG00000011629) ARHGAP32 (ENSTNIG00000011630) ENSTNIG00000011631 ##21 crx (ENSTNIG00000011632) ##24 kptn (ENSTNIG00000011633) nova1 (ENSTNIG00000011634) zgc:153990 (ENSTNIG00000011635) ENSTNIG00000011636 rnft1 (ENSTNIG00000011637) ENSTNIG00000011638 ENSTNIG00000009033 med13a (ENSTNIG00000011639) ints2 (ENSTNIG00000011640) AUTS2 (ENSTNIG00000004427) cxadr (ENSTNIG00000004428) uvrag (ENSTNIG00000003753) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01030000235280 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000166841 ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00940000164729.a.b Carangaria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a 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decr2 (ENSSDUG00000001591) RDH13 (ENSSDUG00000001644) SBK1 (ENSSDUG00000001677) ENSSDUG00000001691 NLRC3 (ENSSDUG00000001713) NLRC3 (ENSSDUG00000001738) ENSSDUG00000001794 WDR90 (ENSSDUG00000001847) rhot2 (ENSSDUG00000002135) h1-0 (ENSSDUG00000002166) rhbdl1 (ENSSDUG00000002186) zgc:112496 (ENSSDUG00000002208) wdr24 (ENSSDUG00000002242) anks3 (ENSSDUG00000002292) zgc:112185 (ENSSDUG00000002307) h3f3d (ENSSDUG00000002317) ##21 ENSSDUG00000002331 ENSSDUG00000002343 gnptg (ENSSDUG00000002350) tsr3 (ENSSDUG00000002376) pdpk1b (ENSSDUG00000002401) kctd5a (ENSSDUG00000002442) ube2ia (ENSSDUG00000002471) ENSSDUG00000002502 ENSSDUG00000002512 ccdc189 (ENSSDUG00000002535) phkg2 (ENSSDUG00000002554) RNF40 (ENSSDUG00000002602) ENSSDUG00000002675 znf668 (ENSSDUG00000002686) ENSSDUG00000002695 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006095 ENSGT00940000157522 ENSGT00940000156342.d ENSGT00940000161398.e ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a 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ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00940000159302 ENSGT00940000165141.a Climbing perch DUPLICATION Climbing perch MODERN SPECIES 5 opcml (ENSATEG00000016746) ENSATEG00000015491 ENSATEG00000016834 pknox2 (ENSATEG00000016848) tmem218 (ENSATEG00000016868) ENSATEG00000016878 robo3 (ENSATEG00000016929) ENSATEG00000016962 esama (ENSATEG00000016998) fez1 (ENSATEG00000017013) ENSATEG00000017054 IGSF9B (ENSATEG00000017250) ENSATEG00000026696 VPS26B (ENSATEG00000025542) ENSATEG00000017355 ENSATEG00000017457 ##21 ENSATEG00000017467 ##24 ENSATEG00000017505 nova1 (ENSATEG00000025682) capns1a (ENSATEG00000017593) zgc:153990 (ENSATEG00000017609) dlb (ENSATEG00000017617) ppp1r14aa (ENSATEG00000025902) ENSATEG00000017678 ENSATEG00000017713 ckma (ENSATEG00000017761) ENSATEG00000017784 nccrp1 (ENSATEG00000017793) slc8a2a (ENSATEG00000000055) ##11 hnrnpl (ENSATEG00000000129) ##13 ENSATEG00000029648 Climbing perch MODERN SPECIES 4 MRPS22 (ENSATEG00000021646) PIK3CB (ENSATEG00000021657) ENSATEG00000021691 ENSATEG00000021709 ENSATEG00000025611 ENSATEG00000021754 ITM2C (ENSATEG00000021766) ENSATEG00000021777 ENSATEG00000021783 #15 meis3 (ENSATEG00000021799) #16 ENSATEG00000021821 #17 sirt2 (ENSATEG00000028072) dmac2 (ENSATEG00000021845) #18 ENSATEG00000021854 #19 nop53 (ENSATEG00000021860) #20 ENSATEG00000026782 ##21 ENSATEG00000021878 #24 ENSATEG00000021886 #25 ENSATEG00000030000 sars2 (ENSATEG00000021919) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSATEG00000021944) #26 slc5a2 (ENSATEG00000021955) fbxo46 (ENSATEG00000021969) #28 numbl (ENSATEG00000021980) #30 ENSATEG00000022033 #31 dpf1 (ENSATEG00000022056) #32 ENSATEG00000022068 #34 ENSATEG00000022086 ##33 ENSATEG00000022170 ##33 ENSATEG00000022235 ##33 ENSATEG00000022294 ##33 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000171017 ENSGT00940000158415 ENSGT00390000015655.a.m.a ENSGT00940000156648.c.b ENSGT00940000156155 ENSGT00940000156536.e.b ENSGT00390000009497.b ENSGT00940000155350.g ENSGT00940000156251.a ENSGT00950000182988.a.b.a ENSGT00530000063816.c.b ENSGT00390000010063 ENSGT00530000064411.b ENSGT00390000008610.a.b.b.b ENSGT00510000046732.A.c ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00510000048626 ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000166947 ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b.c ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT00910000144115.b.dc.a ##12 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 331 ENSGT00730000110939.b.j ENSGT00940000159360.b ENSGT01100000263504.a.a.pb ##21 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ENSSSAG00000109714 Atlantic salmon MODERN SPECIES 20 ENSSSAG00000058422 ENSSSAG00000058778 ENSSSAG00000063842 ENSSSAG00000086177 ENSSSAG00000009677 ENSSSAG00000006682 uts2r2 (ENSSSAG00000063972) HEXD (ENSSSAG00000063996) CYBC1 (ENSSSAG00000064025) narf (ENSSSAG00000064048) ENSSSAG00000064096 ENSSSAG00000065042 wbp2 (ENSSSAG00000006591) ENSSSAG00000065074 ENSSSAG00000065147 h3f3a (ENSSSAG00000121955) ##21 ENSSSAG00000065335 zgc:194990 (ENSSSAG00000083474) itgb4 (ENSSSAG00000065365) sap30bp (ENSSSAG00000065765) ENSSSAG00000106640 ENSSSAG00000098604 ENSSSAG00000065783 ENSSSAG00000076637 ENSSSAG00000065815 ENSSSAG00000111936 ENSSSAG00000107904 ENSSSAG00000065882 ENSSSAG00000066387 ENSSSAG00000107901 adprm (ENSSSAG00000066668) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000160906.c ENSGT00950000183187.B ENSGT00940000162710.c.b ENSGT00940000159664.f.b ENSGT00940000156819.a.b.k ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT00390000005895.h ENSGT00390000004691.h ENSGT00940000153514.a.b.q.a 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##21 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b.f ENSGT01100000263555.b.g.b ENSGT00390000007870.n ENSGT01000000216149.a.a.a ENSGT00390000018570.b.a.a ENSGT00940000157510.a ENSGT00940000155709.i.d ENSGT00940000162720.b.a.a.a.a ENSGT00940000156854.s.z.a ENSGT00950000182979.a.b.b.b.a.c.d ENSGT00940000154744.a.b.i ENSGT00940000156268.a.b.r ENSGT00940000166074.B ENSGT00940000158127.h ENSGT01050000244814.a.b.a.g Coho salmon MODERN SPECIES 12 ENSOKIG00005015632 ENSOKIG00005014120 ENSOKIG00005014042 ENSOKIG00005014035 ENSOKIG00005014019 ENSOKIG00005014001 UTS2R (ENSOKIG00005013993) CYBC1 (ENSOKIG00005013990) ENSOKIG00005013960 ENSOKIG00005013951 mrpl38 (ENSOKIG00005013943) ENSOKIG00005013933 WBP2 (ENSOKIG00005013926) UNC13D (ENSOKIG00005013848) UNK (ENSOKIG00005013761) ENSOKIG00005013734 ##21 zgc:194990 (ENSOKIG00005013723) ITGB4 (ENSOKIG00005009697) sap30bp (ENSOKIG00005009512) ENSOKIG00005009502 CDR2L (ENSOKIG00005009498) ENSOKIG00005009462 foxk2a (ENSOKIG00005009256) ENSOKIG00005009235 ENSOKIG00005009226 SHISA6 (ENSOKIG00005009215) ENSOKIG00005009171 ENSOKIG00005009167 ENSOKIG00005009153 ENSOKIG00005009147 ENSOKIG00005009137 Rainbow trout DUPLICATION Rainbow trout MODERN SPECIES 3 ENSOMYG00000072496 slc35f2 (ENSOMYG00000005785) ENSOMYG00000005684 ompb (ENSOMYG00000005437) CAPN5 (ENSOMYG00000005341) ENSOMYG00000072789 MYO7A (ENSOMYG00000004675) ENSOMYG00000056202 GDPD4 (ENSOMYG00000003888) ENSOMYG00000003825 ENSOMYG00000003794 ENSOMYG00000003707 ENSOMYG00000003572 ENSOMYG00000003495 ENSOMYG00000077580 ENSOMYG00000058244 ##21 ENSOMYG00000070407 ##24 ENSOMYG00000003312 nova1 (ENSOMYG00000003195) alkbh6 (ENSOMYG00000003168) ENSOMYG00000069295 ENSOMYG00000065368 ENSOMYG00000045205 dlb (ENSOMYG00000064695) ppp1r14aa (ENSOMYG00000077245) ENSOMYG00000045193 ENSOMYG00000045153 ENSOMYG00000045135 ckma (ENSOMYG00000045128) ENSOMYG00000045108 ENSOMYG00000049659 Rainbow trout MODERN SPECIES 12 tob1b (ENSOMYG00000019699) ENSOMYG00000019694 ENSOMYG00000019307 ENSOMYG00000018815 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ENSOMYG00000006889 zgc:153990 (ENSOMYG00000006899) ENSOMYG00000006924 dlb (ENSOMYG00000006961) CKM (ENSOMYG00000007272) ENSOMYG00000006984 ppp1r14aa (ENSOMYG00000061359) ENSOMYG00000007158 ENSOMYG00000007181 ckma (ENSOMYG00000066323) ENSOMYG00000052806 nccrp1 (ENSOMYG00000007311) slc8a2a (ENSOMYG00000008190) ##11 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 132 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00390000006698 ENSGT00940000153417.A ENSGT00390000015528 ENSGT00940000160069 ENSGT00390000013678 ENSGT00390000001390.b ENSGT00530000063870.b ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.h Otophysi ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00390000006698 ENSGT00390000015528 ENSGT00940000153417.A ENSGT00390000013678 ENSGT00390000001390.b ENSGT00530000063870.b ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.h ENSGT00930000151045.f Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Characoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 130 IGFALS (ENSPNAG00000010310) UNKL (ENSPNAG00000010422) ENSPNAG00000010461 ##21 gper1 (ENSPNAG00000010476) gpr146 (ENSPNAG00000010485) BAIAP3 (ENSPNAG00000010517) ube2ia (ENSPNAG00000010538) il21r.1 (ENSPNAG00000010551) ENSPNAG00000010563 pdpk1a (ENSPNAG00000001415) kctd5a (ENSPNAG00000010648) USP31 (ENSPNAG00000010699) hs3st2 (ENSPNAG00000010709) hs3st4 (ENSPNAG00000010734) kdm8 (ENSPNAG00000010769) nsmce1 (ENSPNAG00000010784) ENSPNAG00000010797 ENSPNAG00000010848 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000159788.a.a ENSGT00940000175510 ENSGT00940000160550 ENSGT00940000159869 ENSGT00940000159005.c.a.b ENSGT00940000157696 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT01100000263632 ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.a ENSGT00940000163663.B.a ENSGT00940000160824 ENSGT00940000176030 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00390000001474 ENSGT00390000008920.c.b ENSGT00940000159702 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160308 #7 ENSGT00390000007686.a ENSGT00390000000417.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000154307.B Zebrafish MODERN SPECIES 16 pdpk1b (ENSDARG00000018285) tsr3 (ENSDARG00000038567) gnptg (ENSDARG00000038566) SBK1 (ENSDARG00000056294) ENSDARG00000092499 NLRC3 (ENSDARG00000103146) cluap1 (ENSDARG00000079110) WDR90 (ENSDARG00000079241) rhot2 (ENSDARG00000056328) h1-0 (ENSDARG00000038559) rhbdl1 (ENSDARG00000087040) zgc:112496 (ENSDARG00000004274) wdr24 (ENSDARG00000025507) anks3 (ENSDARG00000038557) zgc:112185 (ENSDARG00000038556) h3f3d (ENSDARG00000045248) ##21 ENSDARG00000100025 ENSDARG00000045254 decr2 (ENSDARG00000045257) rab11fip3 (ENSDARG00000016490) telo2 (ENSDARG00000000830) IFT140 (ENSDARG00000031886) tmem204 (ENSDARG00000045273) ENSDARG00000030095 metrn (ENSDARG00000030367) ENSDARG00000087663 ENSDARG00000071454 crp2 (ENSDARG00000056462) crp3 (ENSDARG00000042613) ENSDARG00000056498 ENSDARG00000095730 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 301 ENSGT00940000160824.b.a.a ENSGT00940000176030 ENSGT00940000158822.c ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000154307.B.e ENSGT01060000248742.f ENSGT00730000110939.a.c.b ENSGT00550000075088.a.a.d ENSGT00510000049239.b.b.a ENSGT00940000167095.B ENSGT00940000155267.t.b ENSGT00940000160374.d.b.a ENSGT00940000156355.n.a.a ENSGT00940000160498.c.g ENSGT00940000161466.e ENSGT00940000158074 ENSGT00390000009084.a ENSGT00530000069547.f ENSGT00390000012918.d.a.b Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 224 ENSGT00940000157809.j.a.e.a.g ENSGT00980000201980.b ENSGT00940000163288.a.b.b.b.a.a.a.a.h.b ENSGT00940000161012.s ENSGT00940000159313.d ENSGT00940000160389.c.a ENSGT00510000047770.c.a.a ENSGT00940000159788.a.a.a ENSGT00940000160550.e ENSGT00940000159869.l ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.a.a ENSGT00940000163663.B.a.b ENSGT00940000160824.a ENSGT00940000176030 ENSGT00940000158822.c ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000154307.B.e ENSGT01060000248742.f ENSGT00730000110939.a.c.b ENSGT00550000075088.a.a.d ENSGT00510000049239.b.b.a ENSGT00940000167095.B ENSGT00940000155267.t.b ENSGT00940000160374.d.b.a ENSGT00940000156355.n.a.a ENSGT00940000160498.c.g ENSGT00940000161466.e ENSGT00940000158074.e ENSGT00390000009084.a ENSGT00530000069547.f ENSGT00390000012918.d.a.b Common carp reference MODERN SPECIES 3 ENSCCRG00000013305 elavl3 (ENSCCRG00000012388) prkcsh (ENSCCRG00000079846) ENSCCRG00000081262 raver1 (ENSCCRG00000030357) TYK2 (ENSCCRG00000027754) ENSCCRG00000027680 ENSCCRG00000027674 cdip1 (ENSCCRG00000066219) polr3k (ENSCCRG00000079852) ENSCCRG00000065133 shisa9b (ENSCCRG00000037221) ENSCCRG00000061778 ENSCCRG00000011140 ENSCCRG00000048566 ENSCCRG00000053829 ##21 gper1 (ENSCCRG00000082453) gpr146 (ENSCCRG00000058244) ENSCCRG00000011149 ube2ia (ENSCCRG00000080055) il21r.1 (ENSCCRG00000079035) il21r.2 (ENSCCRG00000075831) pdpk1a (ENSCCRG00000005652) kctd5a (ENSCCRG00000028838) ENSCCRG00000060625 hs3st2 (ENSCCRG00000006265) hs3st4 (ENSCCRG00000053736) kdm8 (ENSCCRG00000070522) nsmce1 (ENSCCRG00000002066) ENSCCRG00000076026 ENSCCRG00000020110 Goldfish MODERN SPECIES 34 paf1 (ENSCARG00000062681) ENSCARG00000062611 ENSCARG00000062602 SAMD4B (ENSCARG00000062440) psma6l (ENSCARG00000062392) #25 otx5 (ENSCARG00000062381) ENSCARG00000062331 #7 ENSCARG00000062311 h3f3b.1 (ENSCARG00000062294) ##21 ENSCARG00000062235 #8 ENSCARG00000062155 tomt (ENSCARG00000062129) DMWD (ENSCARG00000062096) ENSCARG00000062046 ENSCARG00000062023 #21 ENSCARG00000061999 ##21 eif3k (ENSCARG00000061797) #8 ENSCARG00000061787 tomt (ENSCARG00000061772) inppl1a (ENSCARG00000058711) inppl1a (ENSCARG00000061553) phox2a (ENSCARG00000058622) CLPB (ENSCARG00000054911) ENSCARG00000052655 ENSCARG00000052562 ENSCARG00000052534 ENSCARG00000052525 gap43 (ENSCARG00000052506) ENSCARG00000052473 stard10 (ENSCARG00000052433) PDE2A (ENSCARG00000051739) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 285 ENSGT00510000048783 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00730000110939.a ENSGT00390000014665 ENSGT00510000048359 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00940000154307.B ENSGT01030000234518.B.b Coelacanth MODERN SPECIES 3101 SDE2 (ENSLACG00000002453) h3f3d (ENSLACG00000004118) ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00510000048783 ENSGT00940000168576 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00730000110939.a ENSGT00390000014665 ENSGT00510000048359 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.B ENSGT00390000006068 ENSGT01030000234888 ENSGT00390000017838 ENSGT00940000161956 ENSGT00940000162649 ENSGT00390000016895 ENSGT00940000155698.A ENSGT00390000015750 ENSGT00940000155830 ENSGT00390000005666 ENSGT00940000157513 ENSGT00940000159039 ENSGT00940000162800 Anura ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000154307.B ENSGT00390000015973 ENSGT00940000155698.A ENSGT00390000015750 ENSGT00940000155830 ENSGT00390000005666 ENSGT00940000157513 ENSGT00940000159039 ENSGT00940000162800 ENSGT00950000182951.A.a.a ENSGT00390000017961 ENSGT00950000183188.A.b ENSGT01060000248591.a.a.a.a Leishan spiny toad MODERN SPECIES 7 TP53BP2 (ENSLLEG00000020879) FBXO28 (ENSLLEG00000020481) NVL (ENSLLEG00000020025) ENSLLEG00000019991 ENSLLEG00000019926 WDR26 (ENSLLEG00000019495) CNIH3 (ENSLLEG00000019334) ENSLLEG00000018068 LBR (ENSLLEG00000017765) ENAH (ENSLLEG00000017268) SRP9 (ENSLLEG00000017161) EPHX1 (ENSLLEG00000017054) TMEM63A (ENSLLEG00000016581) ENSLLEG00000016508 SDE2 (ENSLLEG00000016419) ENSLLEG00000016356 ##21 ENSLLEG00000016221 ENSLLEG00000016183 ACBD3 (ENSLLEG00000016048) LIN9 (ENSLLEG00000015844) ENSLLEG00000015804 PARP1 (ENSLLEG00000015662) STUM (ENSLLEG00000015570) ITPKB (ENSLLEG00000015339) COQ8A (ENSLLEG00000015209) CDC42BPA (ENSLLEG00000013288) CIAO2B (ENSLLEG00000013103) XDH (ENSLLEG00000012626) ENSLLEG00000012568 ENSLLEG00000012536 EHD3 (ENSLLEG00000012406) Frog MODERN SPECIES 9 trrap (ENSXETG00000020075) ENSXETG00000041447 fam20c (ENSXETG00000001395) ENSXETG00000009759 foxl3-ot1 (ENSXETG00000042095) ENSXETG00000024444 ENSXETG00000045491 pdgfa (ENSXETG00000001379) prkar1b (ENSXETG00000038988) dnaaf5 (ENSXETG00000021643) sun1 (ENSXETG00000021642) get4 (ENSXETG00000021638) adap1 (ENSXETG00000044491) cyp2w1 (ENSXETG00000047999) unkl (ENSXETG00000043178) h3f3b (ENSXETG00000012575) ##21 c16orf91 (ENSXETG00000019929) ENSXETG00000043742 gper1 (ENSXETG00000021597) ENSXETG00000043623 gpr146 (ENSXETG00000039072) gnptg (ENSXETG00000021590) tsr3 (ENSXETG00000021589) baiap3 (ENSXETG00000021585) ube2i (ENSXETG00000004027) kctd5 (ENSXETG00000041469) pdpk1 (ENSXETG00000004025) il21r (ENSXETG00000048851) nsmce1 (ENSXETG00000045416) ENSXETG00000039272 ENSXETG00000041770 Amniota ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Opossum MODERN SPECIES 1 EXOC7 (ENSMODG00000008295) ZACN (ENSMODG00000008222) SRP68 (ENSMODG00000008204) ENSMODG00000036915 ENSMODG00000047876 CDK3 (ENSMODG00000007835) TEN1 (ENSMODG00000027940) ENSMODG00000007822 FBF1 (ENSMODG00000007813) MRPL38 (ENSMODG00000007771) TRIM65 (ENSMODG00000007756) TRIM47 (ENSMODG00000007743) ENSMODG00000007725 UNC13D (ENSMODG00000007708) UNK (ENSMODG00000007684) H3F3B (ENSMODG00000040162) ##21 GALK1 (ENSMODG00000007636) ITGB4 (ENSMODG00000007605) ENSMODG00000007562 RECQL5 (ENSMODG00000007532) SMIM5 (ENSMODG00000048664) LLGL2 (ENSMODG00000007477) TSEN54 (ENSMODG00000007438) ENSMODG00000039897 ENSMODG00000007426 TMEM94 (ENSMODG00000007405) GRB2 (ENSMODG00000007342) SLC25A19 (ENSMODG00000007328) MIF4GD (ENSMODG00000007305) MRPS7 (ENSMODG00000007290) ENSMODG00000007282 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Hyrax MODERN SPECIES 6602 WBP2 (ENSPCAG00000004747) UNC13D (ENSPCAG00000004591) UNK (ENSPCAG00000004504) ENSPCAG00000004484 ##21 GALK1 (ENSPCAG00000004361) ITGB4 (ENSPCAG00000004155) SAP30BP (ENSPCAG00000004075) RECQL5 (ENSPCAG00000003894) ENSPCAG00000003790 ENSPCAG00000003558 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1005 EXOC7 (ENSPSMG00000004295) ZACN (ENSPSMG00000003469) GALR2 (ENSPSMG00000003467) SRP68 (ENSPSMG00000003438) EVPL (ENSPSMG00000003396) CDK3 (ENSPSMG00000003363) TEN1 (ENSPSMG00000003354) ACOX1 (ENSPSMG00000003273) FBF1 (ENSPSMG00000003109) MRPL38 (ENSPSMG00000002983) TRIM65 (ENSPSMG00000002961) TRIM47 (ENSPSMG00000002954) WBP2 (ENSPSMG00000002823) UNC13D (ENSPSMG00000002720) UNK (ENSPSMG00000002650) ENSPSMG00000002609 ##21 GALK1 (ENSPSMG00000002594) ITGB4 (ENSPSMG00000001696) SAP30BP (ENSPSMG00000001081) SMIM5 (ENSPSMG00000000956) RECQL5 (ENSPSMG00000000833) ENSPSMG00000000669 LLGL2 (ENSPSMG00000000582) TSEN54 (ENSPSMG00000000452) CASKIN2 (ENSPSMG00000000420) TMEM94 (ENSPSMG00000000357) GRB2 (ENSPSMG00000000178) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 245 ENSGT00940000160505.a ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00950000183105.B.a.a.b.b ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058.o ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00910000148176 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 768 EXOC7 (ENSRBIG00000044879) ZACN (ENSRBIG00000034162) GALR2 (ENSRBIG00000032931) SRP68 (ENSRBIG00000042887) EVPL (ENSRBIG00000009825) CDK3 (ENSRBIG00000039858) TEN1 (ENSRBIG00000009807) ACOX1 (ENSRBIG00000037228) FBF1 (ENSRBIG00000040270) MRPL38 (ENSRBIG00000014024) TRIM65 (ENSRBIG00000036508) TRIM47 (ENSRBIG00000042026) WBP2 (ENSRBIG00000042519) UNC13D (ENSRBIG00000038207) UNK (ENSRBIG00000025523) ENSRBIG00000038280 ##21 ENSRBIG00000043525 GALK1 (ENSRBIG00000039497) ITGB4 (ENSRBIG00000040945) SAP30BP (ENSRBIG00000044227) SMIM6 (ENSRBIG00000017485) SMIM5 (ENSRBIG00000029445) RECQL5 (ENSRBIG00000008500) MYO15B (ENSRBIG00000039818) LLGL2 (ENSRBIG00000027549) TSEN54 (ENSRBIG00000043040) CASKIN2 (ENSRBIG00000042182) TMEM94 (ENSRBIG00000035664) GRB2 (ENSRBIG00000032249) ENSRBIG00000033257 MIF4GD (ENSRBIG00000027917) Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 721 ENSRROG00000029457 ENSRROG00000038435 PYCR2 (ENSRROG00000044426) ENSRROG00000040509 SDE2 (ENSRROG00000043133) ENSRROG00000033769 ##21 ENSRROG00000036089 ACBD3 (ENSRROG00000040704) MIXL1 (ENSRROG00000043159) LIN9 (ENSRROG00000040247) PARP1 (ENSRROG00000029280) ENSRROG00000020327 STUM (ENSRROG00000009500) ITPKB (ENSRROG00000033942) PSEN2 (ENSRROG00000031052) COQ8A (ENSRROG00000034012) CDC42BPA (ENSRROG00000029107) ENSRROG00000021333 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2887 ENSRROG00000030186 ENSRROG00000016367 ##21 ENSRROG00000031097 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Olive baboon MODERN SPECIES CNIH4 (ENSPANG00000012290) WDR26 (ENSPANG00000012516) ENSPANG00000038502 ENSPANG00000030716 CNIH3 (ENSPANG00000016366) ENSPANG00000043776 LBR (ENSPANG00000006165) ENAH (ENSPANG00000007502) SRP9 (ENSPANG00000030164) EPHX1 (ENSPANG00000014172) TMEM63A (ENSPANG00000009888) ENSPANG00000023521 PYCR2 (ENSPANG00000013395) ENSPANG00000031485 SDE2 (ENSPANG00000017716) ENSPANG00000012291 ##21 ACBD3 (ENSPANG00000026078) MIXL1 (ENSPANG00000007593) LIN9 (ENSPANG00000007503) PARP1 (ENSPANG00000011198) ENSPANG00000041992 ENSPANG00000042335 ITPKB (ENSPANG00000014076) ENSPANG00000040643 PSEN2 (ENSPANG00000015683) COQ8A (ENSPANG00000005934) CDC42BPA (ENSPANG00000007777) ENSPANG00000048983 ENSPANG00000048924 JMJD4 (ENSPANG00000031507) SNAP47 (ENSPANG00000017951) Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Sooty mangabey DUPLICATION Sooty mangabey MODERN SPECIES 519 ENSCATG00000029592 ZACN (ENSCATG00000037431) GALR2 (ENSCATG00000038109) SRP68 (ENSCATG00000041299) EVPL (ENSCATG00000023023) CDK3 (ENSCATG00000040973) TEN1 (ENSCATG00000043817) ACOX1 (ENSCATG00000018885) FBF1 (ENSCATG00000040310) MRPL38 (ENSCATG00000035012) TRIM65 (ENSCATG00000041085) TRIM47 (ENSCATG00000045323) WBP2 (ENSCATG00000032023) UNC13D (ENSCATG00000019642) UNK (ENSCATG00000038041) ENSCATG00000038026 ##21 GALK1 (ENSCATG00000034347) ITGB4 (ENSCATG00000040230) SAP30BP (ENSCATG00000040200) RECQL5 (ENSCATG00000029763) SMIM5 (ENSCATG00000040629) MYO15B (ENSCATG00000035616) LLGL2 (ENSCATG00000030748) TSEN54 (ENSCATG00000042877) CASKIN2 (ENSCATG00000042009) TMEM94 (ENSCATG00000039566) GRB2 (ENSCATG00000043959) ENSCATG00000033370 SLC25A19 (ENSCATG00000039036) MIF4GD (ENSCATG00000029614) MRPS7 (ENSCATG00000045102) Sooty mangabey MODERN SPECIES 210 BRWD3 (ENSCATG00000038615) ENSCATG00000029713 ##21 ENSCATG00000029855 HMGN5 (ENSCATG00000018617) ENSCATG00000038731 SH3BGRL (ENSCATG00000031766) ENSCATG00000013910 ENSCATG00000036649 ENSCATG00000039091 POU3F4 (ENSCATG00000019383) CYLC1 (ENSCATG00000036867) RPS6KA6 (ENSCATG00000016428) HDX (ENSCATG00000038854) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 2 Dnah14 (ENSPEMG00000025670) Ccdc121rt1 (ENSPEMG00000029360) Cnih3 (ENSPEMG00000008307) Wdr26 (ENSPEMG00000010249) Cnih4 (ENSPEMG00000012374) Nvl (ENSPEMG00000001236) ENSPEMG00000025337 9130409I23Rik (ENSPEMG00000011902) ENSPEMG00000025705 ENSPEMG00000024494 Tmem63a (ENSPEMG00000016310) Lefty1 (ENSPEMG00000026696) Pycr2 (ENSPEMG00000018727) Lefty2 (ENSPEMG00000018991) Sde2 (ENSPEMG00000001047) ENSPEMG00000019940 ##21 Acbd3 (ENSPEMG00000019971) Mixl1 (ENSPEMG00000020007) Lin9 (ENSPEMG00000020176) Parp1 (ENSPEMG00000020230) Stum (ENSPEMG00000000087) Itpkb (ENSPEMG00000000832) Psen2 (ENSPEMG00000006562) Coq8a (ENSPEMG00000010057) Cdc42bpa (ENSPEMG00000016582) Ahctf1 (ENSPEMG00000000305) ENSPEMG00000016591 Kif28 (ENSPEMG00000014020) Sccpdh (ENSPEMG00000017539) Cnst (ENSPEMG00000018492) Tfb2m (ENSPEMG00000018713) Prairie vole MODERN SPECIES 15 Foxj1 (ENSMOCG00000017508) Exoc7 (ENSMOCG00000014303) Galr2 (ENSMOCG00000021612) Srp68 (ENSMOCG00000022200) Evpl (ENSMOCG00000014229) Cdk3 (ENSMOCG00000021888) Ten1 (ENSMOCG00000016408) Acox1 (ENSMOCG00000020348) Fbf1 (ENSMOCG00000015757) Mrpl38 (ENSMOCG00000013108) ENSMOCG00000014798 Trim47 (ENSMOCG00000017116) Wbp2 (ENSMOCG00000015478) Unc13d (ENSMOCG00000012654) Unk (ENSMOCG00000021657) ENSMOCG00000013773 ##21 Galk1 (ENSMOCG00000016831) Itgb4 (ENSMOCG00000018829) Sap30bp (ENSMOCG00000011898) Recql5 (ENSMOCG00000019642) Myo15b (ENSMOCG00000013403) Llgl2 (ENSMOCG00000016380) Tsen54 (ENSMOCG00000021585) ENSMOCG00000015226 Tmem94 (ENSMOCG00000014527) ENSMOCG00000002602 Grb2 (ENSMOCG00000017537) ENSMOCG00000013006 Mif4gd (ENSMOCG00000010287) Mrps7 (ENSMOCG00000005519) Gga3 (ENSMOCG00000003209) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Rat MODERN SPECIES 1 AABR07030823.1 (ENSRNOG00000046001) Rnf157 (ENSRNOG00000049862) Exoc7 (ENSRNOG00000070201) Galr2 (ENSRNOG00000061733) Srp68 (ENSRNOG00000009351) Evpl (ENSRNOG00000009343) Ten1 (ENSRNOG00000060307) Acox1 (ENSRNOG00000008755) Fbf1 (ENSRNOG00000008577) Mrpl38 (ENSRNOG00000008256) Trim65 (ENSRNOG00000024145) Trim47 (ENSRNOG00000008215) Wbp2 (ENSRNOG00000007971) Unc13d (ENSRNOG00000007439) Unk (ENSRNOG00000006600) H3f3a (ENSRNOG00000006532) ##21 ENSRNOG00000069138 Galk1 (ENSRNOG00000006359) Itgb4 (ENSRNOG00000005580) Rps18l1 (ENSRNOG00000033152) Sap30bp (ENSRNOG00000005482) Smim5 (ENSRNOG00000049642) Recql5 (ENSRNOG00000005107) Myo15b (ENSRNOG00000042445) Llgl2 (ENSRNOG00000004834) Tsen54 (ENSRNOG00000004598) Caskin2 (ENSRNOG00000004310) Tmem94 (ENSRNOG00000004032) LOC108350839 (ENSRNOG00000063632) Grb2 (ENSRNOG00000003990) Slc25a19 (ENSRNOG00000003918) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Steppe mouse MODERN SPECIES 3304 Cnih3 (ENSMSIG00000008251) ENSMSIG00000008233 Wdr26 (ENSMSIG00000008106) ENSMSIG00000008071 Nvl (ENSMSIG00000007946) ENSMSIG00000007861 9130409I23Rik (ENSMSIG00000007843) ENSMSIG00000007826 ENSMSIG00000007797 Ephx1 (ENSMSIG00000007746) Tmem63a (ENSMSIG00000007714) Lefty1 (ENSMSIG00000007710) Pycr2 (ENSMSIG00000007693) Lefty2 (ENSMSIG00000007680) Sde2 (ENSMSIG00000007635) ENSMSIG00000007594 ##21 Acbd3 (ENSMSIG00000007560) Mixl1 (ENSMSIG00000007539) ENSMSIG00000007488 Parp1 (ENSMSIG00000007405) Stum (ENSMSIG00000007366) Itpkb (ENSMSIG00000007328) Psen2 (ENSMSIG00000007254) Coq8a (ENSMSIG00000007186) Cdc42bpa (ENSMSIG00000006204) ENSMSIG00000006134 Ahctf1 (ENSMSIG00000005983) Kif28 (ENSMSIG00000005729) ENSMSIG00000005652 Cnst (ENSMSIG00000005608) Tfb2m (ENSMSIG00000005588) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Horse MODERN SPECIES 23 NVL (ENSECAG00000014421) CNIH4 (ENSECAG00000010873) WDR26 (ENSECAG00000020139) CNIH3 (ENSECAG00000019237) ENSECAG00000060177 DNAH14 (ENSECAG00000044830) LBR (ENSECAG00000011192) ENAH (ENSECAG00000022447) SRP9 (ENSECAG00000054865) EPHX1 (ENSECAG00000019677) TMEM63A (ENSECAG00000018566) ENSECAG00000039385 PYCR2 (ENSECAG00000010882) ENSECAG00000038401 SDE2 (ENSECAG00000008052) H3-3A (ENSECAG00000006904) ##21 ACBD3 (ENSECAG00000000084) MIXL1 (ENSECAG00000033929) LIN9 (ENSECAG00000014325) PARP1 (ENSECAG00000019207) STUM (ENSECAG00000037774) ITPKB (ENSECAG00000014769) PSEN2 (ENSECAG00000008285) COQ8A (ENSECAG00000019955) CDC42BPA (ENSECAG00000017881) AHCTF1 (ENSECAG00000011125) ENSECAG00000038309 SCCPDH (ENSECAG00000020866) CNST (ENSECAG00000019039) TFB2M (ENSECAG00000016462) ENSECAG00000057168 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Ursus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a.xb.a #22 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 American black bear MODERN SPECIES 319 TRIM47 (ENSUAMG00000003685) WBP2 (ENSUAMG00000003683) UNC13D (ENSUAMG00000003675) UNK (ENSUAMG00000003483) ENSUAMG00000003467 ##21 GALK1 (ENSUAMG00000003463) ITGB4 (ENSUAMG00000003371) Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 18 ENSAMEG00000029292 DEGS1 (ENSAMEG00000015906) NVL (ENSAMEG00000015910) CNIH4 (ENSAMEG00000015944) WDR26 (ENSAMEG00000015955) CNIH3 (ENSAMEG00000024773) DNAH14 (ENSAMEG00000015805) LBR (ENSAMEG00000015778) ENAH (ENSAMEG00000015746) SRP9 (ENSAMEG00000014710) EPHX1 (ENSAMEG00000027522) TMEM63A (ENSAMEG00000014638) PYCR2 (ENSAMEG00000014626) ENSAMEG00000014607 SDE2 (ENSAMEG00000014591) ENSAMEG00000029116 ##21 ACBD3 (ENSAMEG00000014568) MIXL1 (ENSAMEG00000014565) LIN9 (ENSAMEG00000014535) PARP1 (ENSAMEG00000014451) STUM (ENSAMEG00000009117) ITPKB (ENSAMEG00000009097) PSEN2 (ENSAMEG00000009070) COQ8A (ENSAMEG00000009019) ENSAMEG00000008890 ENSAMEG00000006501 ENSAMEG00000029183 SCCPDH (ENSAMEG00000006562) CNST (ENSAMEG00000006589) TFB2M (ENSAMEG00000006593) SMYD3 (ENSAMEG00000006619) Giant Panda MODERN SPECIES 1481 ENSAMEG00000029932 ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Sperm whale MODERN SPECIES 15 DEGS1 (ENSPCTG00005000386) NVL (ENSPCTG00005000438) ENSPCTG00005000568 CNIH4 (ENSPCTG00005000590) WDR26 (ENSPCTG00005000611) CNIH3 (ENSPCTG00005000645) LBR (ENSPCTG00005000679) ENAH (ENSPCTG00005000731) SRP9 (ENSPCTG00005000768) EPHX1 (ENSPCTG00005000792) TMEM63A (ENSPCTG00005000810) ENSPCTG00005000846 PYCR2 (ENSPCTG00005000862) ENSPCTG00005000889 SDE2 (ENSPCTG00005000908) ENSPCTG00005000927 ##21 ACBD3 (ENSPCTG00005000938) MIXL1 (ENSPCTG00005000953) LIN9 (ENSPCTG00005000990) PARP1 (ENSPCTG00005001077) STUM (ENSPCTG00005001169) ITPKB (ENSPCTG00005001181) PSEN2 (ENSPCTG00005001191) CDC42BPA (ENSPCTG00005001336) AHCTF1 (ENSPCTG00005001979) SCCPDH (ENSPCTG00005002144) ENSPCTG00005002163 ENSPCTG00005002174 ENSPCTG00005002183 ENSPCTG00005002195 ENSPCTG00005002217 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Domestic yak MODERN SPECIES 10 FOXJ1 (ENSBGRG00000024586) EXOC7 (ENSBGRG00000024133) ZACN (ENSBGRG00000024041) GALR2 (ENSBGRG00000024026) SRP68 (ENSBGRG00000023911) ENSBGRG00000023453 CDK3 (ENSBGRG00000023308) TEN1 (ENSBGRG00000023261) ACOX1 (ENSBGRG00000023172) FBF1 (ENSBGRG00000022706) MRPL38 (ENSBGRG00000022597) TRIM65 (ENSBGRG00000022555) TRIM47 (ENSBGRG00000022537) WBP2 (ENSBGRG00000022262) UNK (ENSBGRG00000021946) ENSBGRG00000021844 ##21 GALK1 (ENSBGRG00000021749) ITGB4 (ENSBGRG00000021071) SAP30BP (ENSBGRG00000020921) SMIM5 (ENSBGRG00000020864) RECQL5 (ENSBGRG00000020596) ENSBGRG00000019812 LLGL2 (ENSBGRG00000019559) TSEN54 (ENSBGRG00000019475) CASKIN2 (ENSBGRG00000019179) TMEM94 (ENSBGRG00000018413) ENSBGRG00000018365 ENSBGRG00000018158 SLC25A19 (ENSBGRG00000018059) ENSBGRG00000017780 MRPS7 (ENSBGRG00000017681) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Hedgehog DUPLICATION Hedgehog MODERN SPECIES 11966 ENSEEUG00000013796 ##21 Hedgehog MODERN SPECIES 9663 ENSEEUG00000002242 ##21 Sauria ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000170136 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000170136 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 Laterata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Common wall lizard MODERN SPECIES 10 EXOC7 (ENSPMRG00000007474) GALR2 (ENSPMRG00000007252) SRP68 (ENSPMRG00000007026) ENSPMRG00000006965 CDK3 (ENSPMRG00000006938) TEN1 (ENSPMRG00000006934) ACOX1 (ENSPMRG00000006491) FBF1 (ENSPMRG00000006389) MRPL38 (ENSPMRG00000006352) ENSPMRG00000006345 ENSPMRG00000006343 ENSPMRG00000006334 WBP2 (ENSPMRG00000006302) UNC13D (ENSPMRG00000006185) UNK (ENSPMRG00000006084) ENSPMRG00000006064 ##21 GALK1 (ENSPMRG00000006054) ITGB4 (ENSPMRG00000003570) SAP30BP (ENSPMRG00000003194) RECQL5 (ENSPMRG00000003180) ENSPMRG00000003157 LLGL2 (ENSPMRG00000002877) TSEN54 (ENSPMRG00000002771) ENSPMRG00000002756 ENSPMRG00000002745 TMEM94 (ENSPMRG00000015187) GRB2 (ENSPMRG00000015175) SLC25A19 (ENSPMRG00000015170) MIF4GD (ENSPMRG00000015162) MRPS7 (ENSPMRG00000015158) GGA3 (ENSPMRG00000014536) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Lizard MODERN SPECIES 1 EXOC7 (ENSACAG00000007951) ENSACAG00000041679 ENSACAG00000037848 SRP68 (ENSACAG00000007917) ENSACAG00000024058 CDK3 (ENSACAG00000007841) TEN1 (ENSACAG00000007837) ACOX1 (ENSACAG00000007694) FBF1 (ENSACAG00000007621) MRPL38 (ENSACAG00000007563) ENSACAG00000044599 ENSACAG00000040344 WBP2 (ENSACAG00000007483) UNC13D (ENSACAG00000007377) UNK (ENSACAG00000007303) ENSACAG00000041898 ##21 GALK1 (ENSACAG00000007236) ITGB4 (ENSACAG00000006986) ENSACAG00000035248 SAP30BP (ENSACAG00000006967) RECQL5 (ENSACAG00000006875) ENSACAG00000039759 ENSACAG00000036517 ENSACAG00000006818 LLGL2 (ENSACAG00000006728) TSEN54 (ENSACAG00000006714) ENSACAG00000036665 CASKIN2 (ENSACAG00000006671) TMEM94 (ENSACAG00000006582) ENSACAG00000041425 GRB2 (ENSACAG00000006524) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Abingdon island giant tortoise DUPLICATION Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1719 FOXJ1 (ENSCABG00000009302) EXOC7 (ENSCABG00000009303) GALR2 (ENSCABG00000009305) SRP68 (ENSCABG00000009308) ENSCABG00000009315 CDK3 (ENSCABG00000009316) TEN1 (ENSCABG00000009318) ACOX1 (ENSCABG00000009319) FBF1 (ENSCABG00000009320) MRPL38 (ENSCABG00000009323) ENSCABG00000009327 ENSCABG00000009328 WBP2 (ENSCABG00000009332) UNC13D (ENSCABG00000009342) UNK (ENSCABG00000009405) ENSCABG00000009633 ##21 GALK1 (ENSCABG00000009638) ITGB4 (ENSCABG00000009648) SAP30BP (ENSCABG00000009689) RECQL5 (ENSCABG00000009692) SMIM5 (ENSCABG00000009698) ENSCABG00000009699 LLGL2 (ENSCABG00000009723) TSEN54 (ENSCABG00000010152) ENSCABG00000010157 ENSCABG00000010158 TMEM94 (ENSCABG00000010165) GRB2 (ENSCABG00000010719) SLC25A19 (ENSCABG00000010720) MIF4GD (ENSCABG00000010722) MRPS7 (ENSCABG00000010723) Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1905 ENSCABG00000023210 ENSCABG00000023209 #19 ENSCABG00000023208 ENSCABG00000023207 ##21 CRX (ENSCABG00000023206) ENSCABG00000023205 #15 DMAC2 (ENSCABG00000023204) #18 B3GNT8 (ENSCABG00000023203) BCKDHA (ENSCABG00000023202) EXOSC5 (ENSCABG00000023201) B9D2 (ENSCABG00000023200) TGFB1 (ENSCABG00000023199) CCDC97 (ENSCABG00000023198) HNRNPUL1 (ENSCABG00000023197) ENSCABG00000023196 AXL (ENSCABG00000023195) ENSCABG00000023194 ENSCABG00000023193 ENSCABG00000023192 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851.a ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 186 DEGS1 (ENSTMTG00000015289) NVL (ENSTMTG00000015273) CNIH4 (ENSTMTG00000015260) ENSTMTG00000015235 CNIH3 (ENSTMTG00000015221) ENSTMTG00000015215 ENSTMTG00000015003 LBR (ENSTMTG00000014956) ENAH (ENSTMTG00000014893) SRP9 (ENSTMTG00000014878) EPHX1 (ENSTMTG00000014860) TMEM63A (ENSTMTG00000014830) ENSTMTG00000014798 SDE2 (ENSTMTG00000014789) ENSTMTG00000014776 ##21 ACBD3 (ENSTMTG00000014768) MIXL1 (ENSTMTG00000014749) LIN9 (ENSTMTG00000014586) PARP1 (ENSTMTG00000014530) ITPKB (ENSTMTG00000014515) PSEN2 (ENSTMTG00000014490) COQ8A (ENSTMTG00000014449) CDC42BPA (ENSTMTG00000014403) XDH (ENSTMTG00000014323) ENSTMTG00000014311 EHD3 (ENSTMTG00000014300) ENSTMTG00000014287 GALNT14 (ENSTMTG00000014235) CAPN13 (ENSTMTG00000014193) LCLAT1 (ENSTMTG00000014176) painted turtle MODERN SPECIES 2409 ENSCPBG00000028032 GALR2 (ENSCPBG00000028033) SRP68 (ENSCPBG00000028034) ENSCPBG00000028035 CDK3 (ENSCPBG00000028036) TEN1 (ENSCPBG00000028037) ACOX1 (ENSCPBG00000028038) FBF1 (ENSCPBG00000028039) MRPL38 (ENSCPBG00000028040) TRIM65 (ENSCPBG00000028041) ENSCPBG00000028043 WBP2 (ENSCPBG00000028044) UNC13D (ENSCPBG00000028045) UNK (ENSCPBG00000028046) ENSCPBG00000028048 ENSCPBG00000028053 ##21 GALK1 (ENSCPBG00000028055) ITGB4 (ENSCPBG00000028057) SAP30BP (ENSCPBG00000028059) RECQL5 (ENSCPBG00000028060) SMIM5 (ENSCPBG00000028063) ENSCPBG00000028064 LLGL2 (ENSCPBG00000028068) TSEN54 (ENSCPBG00000028071) ENSCPBG00000028077 CASKIN2 (ENSCPBG00000028080) TMEM94 (ENSCPBG00000028092) GRB2 (ENSCPBG00000028101) SLC25A19 (ENSCPBG00000028103) MIF4GD (ENSCPBG00000028104) MRPS7 (ENSCPBG00000028105) Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 Ciona savignyi MODERN SPECIES 1 ENSCSAVG00000009055 ENSCSAVG00000009082 ENSCSAVG00000009089 ENSCSAVG00000009114 #19 ENSCSAVG00000009117 ENSCSAVG00000009120 ENSCSAVG00000009130 ENSCSAVG00000009138 ENSCSAVG00000009141 ENSCSAVG00000009147 ENSCSAVG00000009151 ENSCSAVG00000009153 ENSCSAVG00000009161 ENSCSAVG00000009199 ENSCSAVG00000009201 ENSCSAVG00000009292 ##21 ENSCSAVG00000009295 ENSCSAVG00000009307 ENSCSAVG00000009324 ENSCSAVG00000009478 ENSCSAVG00000009496 ENSCSAVG00000009556 ENSCSAVG00000009565 ENSCSAVG00000009568 ENSCSAVG00000009572 ENSCSAVG00000009574 ENSCSAVG00000009584 ENSCSAVG00000009586 ENSCSAVG00000009587 ENSCSAVG00000009588 ENSCSAVG00000009595 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 739 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 Elephant shark MODERN SPECIES 1546 disp1 (ENSCMIG00000018158) susd4 (ENSCMIG00000018160) ENSCMIG00000018167 ENSCMIG00000018171 galnt14 (ENSCMIG00000018173) ENSCMIG00000018176 ENSCMIG00000018177 gpcpd1 (ENSCMIG00000018181) trmt6 (ENSCMIG00000018187) MCM8 (ENSCMIG00000018196) crls1 (ENSCMIG00000018210) ENSCMIG00000018213 FERMT1 (ENSCMIG00000018237) SDE2 (ENSCMIG00000018259) ENSCMIG00000018263 ENSCMIG00000018266 ##21 acbd3 (ENSCMIG00000018275) lin9 (ENSCMIG00000018283) SNX9 (ENSCMIG00000018290) SYNJ2 (ENSCMIG00000018293) ENSCMIG00000018295 ENSCMIG00000018296 ENSCMIG00000018302 mrpl2 (ENSCMIG00000018312) ENSCMIG00000018324 gtpbp2b (ENSCMIG00000018346) polh (ENSCMIG00000018367) lclat1 (ENSCMIG00000018373) ypel5 (ENSCMIG00000018374) ENSCMIG00000018378 actr2a (ENSCMIG00000018398) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 1297 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 1095 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 877 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 1086 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000166280 ENSGT00940000171912 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00390000001260 ENSGT00510000049239.b.b ENSGT00940000167095.B ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00730000110939.a ENSGT01060000248742 ENSGT00940000154307.B Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 715 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT01030000235280 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 681 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT01030000235280 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000162075 ENSGT00940000157522 ENSGT00940000156342.d ENSGT00940000161398.e ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00990000206928 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT01030000235280 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00990000207027 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000006095 ENSGT00940000162075 ENSGT00940000157522 ENSGT00940000156342.d ENSGT00940000161398.e ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT01030000235280 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00990000207027 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 124 ENSHCOG00000018700 col1a1b (ENSHCOG00000018831) UTS2R (ENSHCOG00000018844) ENSHCOG00000018852 ogfod3 (ENSHCOG00000018880) hexdc (ENSHCOG00000019854) cybc1 (ENSHCOG00000019895) narf (ENSHCOG00000019897) FDXR (ENSHCOG00000019912) cstf1 (ENSHCOG00000019972) mrpl38 (ENSHCOG00000019978) ENSHCOG00000020020 wbp2 (ENSHCOG00000020162) ENSHCOG00000020218 unk (ENSHCOG00000020255) ENSHCOG00000020262 ##21 ENSHCOG00000020292 zgc:194990 (ENSHCOG00000020304) itgb4 (ENSHCOG00000020991) sap30bp (ENSHCOG00000021023) ENSHCOG00000001835 ENPP7 (ENSHCOG00000001843) ENPP7 (ENSHCOG00000001851) ENSHCOG00000001855 RBFOX3 (ENSHCOG00000001863) c1qtnf1 (ENSHCOG00000001867) csnk1db (ENSHCOG00000001887) slc16a3b (ENSHCOG00000001897) ENSHCOG00000001904 ccdc57 (ENSHCOG00000001918) mettl9 (ENSHCOG00000001930) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159664 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00940000178199 ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b ENSGT00940000164900 ENSGT00940000169412 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT01010000228854 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT01100000264924 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT01010000228854 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Chinese medaka MODERN SPECIES 5278 ENSOSIG00000004910 ##21 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT01010000228854 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b 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ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000004836 ENSGT00960000186809 ENSGT00940000159664 ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b.n ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b.e ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT01080000257338.B.d ENSGT00390000013268 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867.p ENSGT00940000163867.o ENSGT00940000164726.b Platyfish DUPLICATION Platyfish MODERN SPECIES 1 ENSXMAG00000029004 ENSXMAG00000025150 CACNA1G (ENSXMAG00000024852) ENSXMAG00000025211 ENSXMAG00000012752 ogfod3 (ENSXMAG00000012750) hexdc (ENSXMAG00000012742) cybc1 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ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00990000207027 ENSGT00940000159302 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000177515 ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT01100000264924 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Midas cichlid MODERN SPECIES 155 opcml (ENSACIG00000017253) PANX3 (ENSACIG00000017269) pknox2 (ENSACIG00000017278) tmem218 (ENSACIG00000017293) ENSACIG00000017304 robo3 (ENSACIG00000017343) MSANTD2 (ENSACIG00000017603) esama (ENSACIG00000017617) fez1 (ENSACIG00000017636) ENSACIG00000017650 IGSF9B (ENSACIG00000017662) jam3b (ENSACIG00000017694) vps26bl (ENSACIG00000017742) ARHGAP32 (ENSACIG00000017763) ENSACIG00000017795 ##21 crx (ENSACIG00000017800) ##24 kptn (ENSACIG00000017806) nova1 (ENSACIG00000017818) capns1b (ENSACIG00000017831) zgc:153990 (ENSACIG00000017880) dlb (ENSACIG00000017888) ppp1r14aa (ENSACIG00000017904) ENSACIG00000017915 MARK4 (ENSACIG00000017934) ckma (ENSACIG00000017971) nccrp1 (ENSACIG00000017989) slc8a2a (ENSACIG00000018016) ##11 ENSACIG00000018047 akt2l (ENSACIG00000018062) Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000177515 ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT01100000264924 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00940000177515 ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT01100000264924 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679.q ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00940000177515 ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a.n.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT01100000264924 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 833 jam3b (ENSHBUG00000018364) vps26bl (ENSHBUG00000018400) ARHGAP32 (ENSHBUG00000018445) ENSHBUG00000018473 ##21 crx (ENSHBUG00000018495) ##24 kptn (ENSHBUG00000018533) nova1 (ENSHBUG00000018561) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000153801.a ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT01030000235280 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A 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ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a.c #34 ENSGT01030000234592.A.b.a.d #34 ENSGT00390000017365.b.dc.a ##33 ENSGT00390000017365.b.dc.b ##33 Clown anemonefish MODERN SPECIES 630 ENSAOCG00000006910 #17 sirt2 (ENSAOCG00000006930) dmac2 (ENSAOCG00000006943) #18 GJD2 (ENSAOCG00000006957) #19 nop53 (ENSAOCG00000007002) #20 ENSAOCG00000007021 ##21 ENSAOCG00000007027 ##21 ENSAOCG00000007046 #24 psma6l (ENSAOCG00000007062) #25 ENSAOCG00000007096 sars2 (ENSAOCG00000007157) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSAOCG00000007181) #26 slc5a2 (ENSAOCG00000007543) fbxo46 (ENSAOCG00000007609) #28 coq8b (ENSAOCG00000007653) #29 numbl (ENSAOCG00000007700) #30 Orange clownfish DUPLICATION Orange clownfish MODERN SPECIES 10 decr2 (ENSAPEG00000007393) RDH13 (ENSAPEG00000007357) SBK1 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(ENSOKIG00005034408) ##14 ENSOKIG00005034362 ##15 meis3 (ENSOKIG00005034269) ##16 ENSOKIG00005034253 ##17 sirt2 (ENSOKIG00005034106) ENSOKIG00005034080 GJD2 (ENSOKIG00005034068) ##19 nop53 (ENSOKIG00005034052) ##20 ENSOKIG00005034030 ENSOKIG00005045489 ##21 ENSOKIG00005045484 ##24 psma6l (ENSOKIG00005045479) #25 ENSOKIG00005045438 si:dkey-260j18.2 (ENSOKIG00005045411) ##26 slc5a2 (ENSOKIG00005044952) fbxo46 (ENSOKIG00005044901) ##28 coq8b (ENSOKIG00005043576) ##29 numbl (ENSOKIG00005043420) ##30 ENSOKIG00005043300 ##31 dpf1 (ENSOKIG00005042644) ##32 ENSOKIG00005042593 ##34 ENSOKIG00005042570 ##33 ENSOKIG00005042187 MFRP (ENSOKIG00005042118) ENSOKIG00005042099 Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon MODERN SPECIES 464 ENSOTSG00005041845 mrpl38 (ENSOTSG00005041847) wbp2 (ENSOTSG00005041849) ENSOTSG00005041867 unk (ENSOTSG00005041872) ENSOTSG00005042088 ##21 ENSOTSG00005042089 itgb4 (ENSOTSG00005042090) ENSOTSG00005037277 RAB3IL1 (ENSOTSG00005037298) ENSOTSG00005037299 HPS5 (ENSOTSG00005037301) gtf2h1 (ENSOTSG00005037309) ENSOTSG00005037422 Chinook salmon MODERN SPECIES 4 DMWD (ENSOTSG00005005984) ENSOTSG00005005980 ##7 eif3k (ENSOTSG00005005966) ##8 actn4 (ENSOTSG00005005711) ##10 ENSOTSG00005005707 slc8a2b (ENSOTSG00005005664) ##11 srsf7a (ENSOTSG00005005660) ##12 hnrnpl2 (ENSOTSG00005005181) ##13 ech1 (ENSOTSG00005002431) ##14 ENSOTSG00005002392 ##15 meis3 (ENSOTSG00005002385) ##16 ENSOTSG00005002375 ##17 sirt2 (ENSOTSG00005002294) GJD2 (ENSOTSG00005002187) ##19 nop53 (ENSOTSG00005001988) ##20 ENSOTSG00005001679 ##21 otx5 (ENSOTSG00005046969) psma6l (ENSOTSG00005046968) ##25 ENSOTSG00005046967 si:dkey-260j18.2 (ENSOTSG00005046966) ##26 slc5a2 (ENSOTSG00005046959) fbxo46 (ENSOTSG00005046950) ##28 coq8b (ENSOTSG00005046836) ##29 ENSOTSG00005046830 numbl (ENSOTSG00005046829) ##30 ENSOTSG00005046828 ##31 ENSOTSG00005046827 DDX39A (ENSOTSG00005046826) EVI5L (ENSOTSG00005046825) ENSOTSG00005046824 ENSOTSG00005046823 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 132 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00390000006698 ENSGT00940000153417.A ENSGT00390000015528 ENSGT00940000160069 ENSGT00390000013678 ENSGT00390000001390.b ENSGT00530000063870.b ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.h ENSGT00930000151045.f Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 600 ENSGT00940000159120.e ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.j ##19 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 Atlantic herring MODERN SPECIES 19 ENSCHAG00000013428 GCNT3 (ENSCHAG00000013448) GCNT3 (ENSCHAG00000013464) bnip2 (ENSCHAG00000013481) ENSCHAG00000013651 ENSCHAG00000013663 ENSCHAG00000013677 wdr55 (ENSCHAG00000013876) RPL27A (ENSCHAG00000013888) DENND2B (ENSCHAG00000013960) ENSCHAG00000014374 ANO3 (ENSCHAG00000014448) poglut3 (ENSCHAG00000015281) nfkbib (ENSCHAG00000015466) gjd1a (ENSCHAG00000015476) ##19 ENSCHAG00000015489 ##21 crx (ENSCHAG00000015501) ##24 kptn (ENSCHAG00000015517) ENSCHAG00000015640 ENSCHAG00000015738 lipia (ENSCHAG00000015758) kif20a (ENSCHAG00000015773) cdc23 (ENSCHAG00000015911) ENSCHAG00000016054 ENSCHAG00000016265 ENSCHAG00000016512 ENSCHAG00000016563 gtf2h1 (ENSCHAG00000016605) hps5 (ENSCHAG00000016916) ENSCHAG00000017201 RAB3IL1 (ENSCHAG00000017264) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00390000008957 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00390000006698 ENSGT00390000015528 ENSGT00940000153417.A ENSGT00390000013678 ENSGT00390000001390.b ENSGT00530000063870.b ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.h ENSGT00930000151045.f ENSGT00950000183213.a.a.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000163288.a.b.b.b.b ENSGT00940000157809.i ENSGT00390000015916 ENSGT00390000009825 ENSGT00940000156278.re.a ENSGT00390000015579.a.a.b ENSGT00390000009925.a.k.a ENSGT00390000008825.a.a ENSGT00940000157696 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.a ENSGT00940000163663.B.a ENSGT00940000160824 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000154307.B ENSGT01060000248742 ENSGT00730000110939.a ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00510000049239.b.b ENSGT00940000167095.B ENSGT00940000156355.n.a ENSGT00940000160498.c ENSGT00940000161466 ENSGT00940000158074 ENSGT00390000009084 ENSGT00530000069547.a ENSGT00390000012918.d ENSGT00390000012857 ENSGT00390000001653 Mexicana tetra MODERN SPECIES 71 FKBP10 (ENSAMXG00000017801) p3h4 (ENSAMXG00000017791) ENSAMXG00000017769 ENSAMXG00000036376 ENSAMXG00000036633 mgrn1b (ENSAMXG00000017741) ubald1b (ENSAMXG00000043303) cdip1 (ENSAMXG00000037142) polr3k (ENSAMXG00000039818) snrnp25 (ENSAMXG00000040057) MRTFB (ENSAMXG00000017729) ENSAMXG00000043686 shisa9b (ENSAMXG00000029150) IGFALS (ENSAMXG00000025897) UNKL (ENSAMXG00000007890) ENSAMXG00000035290 ##21 gper1 (ENSAMXG00000025934) BAIAP3 (ENSAMXG00000039125) ube2ia (ENSAMXG00000041809) ENSAMXG00000003010 il21r.2 (ENSAMXG00000032463) pdpk1a (ENSAMXG00000002744) kctd5a (ENSAMXG00000038345) USP31 (ENSAMXG00000002715) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.a ENSGT00940000163663.B.a ENSGT00940000160824 ENSGT00940000176030 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT00390000001474 ENSGT00390000008920.c.b ENSGT00940000159702 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160308 #7 ENSGT00390000007686.a ENSGT00390000000417.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000154307.B Zebrafish MODERN SPECIES 6 SAMD4B (ENSDARG00000086735) psma6l (ENSDARG00000043899) #25 otx5 (ENSDARG00000043483) DMWD (ENSDARG00000006585) ENSDARG00000075664 h3f3b.1 (ENSDARG00000068434) ##21 si:ch1073-429i10.3 (ENSDARG00000068436) ##21 eif3k (ENSDARG00000068289) #8 ENSDARG00000116346 KBTBD3 (ENSDARG00000060512) ENSDARG00000089563 tomt (ENSDARG00000115463) stard10 (ENSDARG00000097718) paf1 (ENSDARG00000098432) socs9 (ENSDARG00000101985) ENSDARG00000101186 SIDT2 (ENSDARG00000045976) SIK3 (ENSDARG00000088083) inppl1a (ENSDARG00000104222) phox2a (ENSDARG00000007406) ENSDARG00000090232 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 999 ENSGT00390000000306.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652.b ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000017838 Cyprininae_a DUPLICATION Cyprininae_a DUPLICATION Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 1197 ENSGT00390000000306.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.`b.a ##21 Golden-line barbel MODERN SPECIES 574 tsr3 (ENSSGRG00000024734) SBK1 (ENSSGRG00000024722) ENSSGRG00000024721 NLRC3 (ENSSGRG00000024719) ENSSGRG00000024716 rhot2 (ENSSGRG00000023356) h1-0 (ENSSGRG00000023337) rhbdl1 (ENSSGRG00000023336) wdr24 (ENSSGRG00000023334) ENSSGRG00000023331 zgc:112185 (ENSSGRG00000023330) ENSSGRG00000023329 ##21 decr2 (ENSSGRG00000023328) rab11fip3 (ENSSGRG00000023327) tmem204 (ENSSGRG00000023325) IFT140 (ENSSGRG00000023293) ENSSGRG00000023291 metrn (ENSSGRG00000023290) ENSSGRG00000023289 ENSSGRG00000023287 crp2 (ENSSGRG00000023286) ENSSGRG00000023285 ENSSGRG00000023278 LRRC4B (ENSSGRG00000023277) zgc:91999 (ENSSGRG00000023273) ENSSGRG00000023270 ENSSGRG00000023267 Common carp reference MODERN SPECIES 40 ENSCCRG00000008015 ENSCCRG00000062020 pdpk1b (ENSCCRG00000007123) tsr3 (ENSCCRG00000007114) gnptg (ENSCCRG00000007081) ENSCCRG00000079635 ENSCCRG00000073766 cluap1 (ENSCCRG00000058859) WDR90 (ENSCCRG00000038797) rhot2 (ENSCCRG00000036930) h1-0 (ENSCCRG00000057432) rhbdl1 (ENSCCRG00000077333) zgc:112496 (ENSCCRG00000003860) wdr24 (ENSCCRG00000003864) anks3 (ENSCCRG00000073395) ENSCCRG00000059888 ##21 ENSCCRG00000003903 ENSCCRG00000003922 ENSCCRG00000057882 tmem204 (ENSCCRG00000067137) ENSCCRG00000071644 metrn (ENSCCRG00000032793) ENSCCRG00000032785 ENSCCRG00000059828 ENSCCRG00000052314 ENSCCRG00000032779 ENSCCRG00000036703 ENSCCRG00000069944 ENSCCRG00000075547 ENSCCRG00000073559 ENSCCRG00000036695 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00510000047770.c.a.b ENSGT00940000159788.a.a.b ENSGT00940000175510 ENSGT00940000160550.f ENSGT00940000159869.k ENSGT00940000159005.c.a.b.a ENSGT00940000159005.c.a.a.f.a.h.a ENSGT00940000157696.k ENSGT00550000075071.u 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ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000155454 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000162064.c.a ENSGT00940000155736.D Anura ANCESTRAL SPECIES 120 ENSGT00950000182803.A.a.b ENSGT00390000008825.b.b ENSGT00390000009925.b ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00940000155335 ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 Frog MODERN SPECIES 1 sphk1 (ENSXETG00000019540) prpsap1 (ENSXETG00000019542) ubald2 (ENSXETG00000039165) rnf157 (ENSXETG00000019548) foxj1 (ENSXETG00000019549) exoc7 (ENSXETG00000019551) galr2 (ENSXETG00000012621) srp68 (ENSXETG00000012631) evpl (ENSXETG00000012599) ten1 (ENSXETG00000034100) acox1 (ENSXETG00000012601) fbf1 (ENSXETG00000031231) unc13d (ENSXETG00000032296) trim47 (ENSXETG00000030167) unk (ENSXETG00000012578) ENSXETG00000047269 ##21 ENSXETG00000037090 galk1 (ENSXETG00000012573) itgb4 (ENSXETG00000012556) sap30bp (ENSXETG00000012553) ENSXETG00000044674 recql5 (ENSXETG00000032721) myo15b (ENSXETG00000032978) llgl2 (ENSXETG00000012529) tsen54 (ENSXETG00000012532) caskin2 (ENSXETG00000012526) ENSXETG00000045143 tmem94 (ENSXETG00000012524) grb2 (ENSXETG00000012520) jpt1 (ENSXETG00000043697) sumo2 (ENSXETG00000012516) Amniota ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT00940000161069 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a ENSGT00940000155736.D Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Platypus MODERN SPECIES 16 ACTN4 (ENSOANG00000036034) EIF3K (ENSOANG00000012188) #8 MAP4K1 (ENSOANG00000000504) #7 RYR1 (ENSOANG00000047642) RASGRP4 (ENSOANG00000037488) ENSOANG00000037098 ENSOANG00000041545 PSMD8 (ENSOANG00000042903) ENSOANG00000003497 MEIS3 (ENSOANG00000048143) #16 SLC8A2 (ENSOANG00000040184) ##11 KPTN (ENSOANG00000021752) NAPA (ENSOANG00000036278) NOP53 (ENSOANG00000050511) #20 ENSOANG00000047615 #19 ENSOANG00000032145 ##21 ENSOANG00000036512 ENSOANG00000048851 #18 B3GNT8 (ENSOANG00000041802) BCKDHA (ENSOANG00000008790) EXOSC5 (ENSOANG00000044960) B9D2 (ENSOANG00000046421) TGFB1 (ENSOANG00000043657) CCDC97 (ENSOANG00000032082) HNRNPUL1 (ENSOANG00000011111) AXL (ENSOANG00000041297) ENSOANG00000000852 CYP2B6 (ENSOANG00000002327) ENSOANG00000011903 ENSOANG00000011904 ENSOANG00000041196 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Opossum MODERN SPECIES 6 ENSMODG00000029434 ENSMODG00000049908 ENSMODG00000045748 ENSMODG00000032767 C3orf38 (ENSMODG00000016949) ZNF654 (ENSMODG00000016943) CGGBP1 (ENSMODG00000048070) HTR1F (ENSMODG00000016947) ENSMODG00000016941 POU1F1 (ENSMODG00000016940) CHMP2B (ENSMODG00000016939) VGLL3 (ENSMODG00000016934) CADM2 (ENSMODG00000016922) ENSMODG00000042056 ENSMODG00000029019 ENSMODG00000025424 ##21 ENSMODG00000050682 ENSMODG00000016880 GBE1 (ENSMODG00000016876) ENSMODG00000029275 ROBO1 (ENSMODG00000016857) ENSMODG00000049434 ROBO2 (ENSMODG00000016811) ENSMODG00000025427 ENSMODG00000025428 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Tasmanian devil MODERN SPECIES 3 TP53BP2 (ENSSHAG00000015392) FBXO28 (ENSSHAG00000029324) DEGS1 (ENSSHAG00000004372) NVL (ENSSHAG00000005391) CNIH4 (ENSSHAG00000027162) WDR26 (ENSSHAG00000007205) ENSSHAG00000024047 LBR (ENSSHAG00000011098) ENAH (ENSSHAG00000029257) SRP9 (ENSSHAG00000013504) EPHX1 (ENSSHAG00000013636) TMEM63A (ENSSHAG00000020965) ENSSHAG00000014345 ENSSHAG00000014418 SDE2 (ENSSHAG00000023306) ENSSHAG00000031306 ##21 ACBD3 (ENSSHAG00000007387) ENSSHAG00000032275 MIXL1 (ENSSHAG00000008490) LIN9 (ENSSHAG00000008594) PARP1 (ENSSHAG00000001991) STUM (ENSSHAG00000025821) ITPKB (ENSSHAG00000026815) PSEN2 (ENSSHAG00000010004) COQ8A (ENSSHAG00000010722) ENSSHAG00000010887 ENSSHAG00000007631 SCCPDH (ENSSHAG00000023977) CNST (ENSSHAG00000009416) ENSSHAG00000010044 ENSSHAG00000030450 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Wallaby MODERN SPECIES 10577 ENSMEUG00000002508 ##21 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Common wonbat MODERN SPECIES 1142 SAT1 (ENSVURG00010010927) APOO (ENSVURG00010010940) ENSVURG00010010951 KLHL15 (ENSVURG00010010959) ENSVURG00010010970 ENSVURG00010010984 ENSVURG00010010997 PDK3 (ENSVURG00010011005) PCYT1B (ENSVURG00010011032) POLA1 (ENSVURG00010011074) ARX (ENSVURG00010011250) ENSVURG00010011259 ENSVURG00010011265 ENSVURG00010011267 ##21 ENSVURG00010011271 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Common shrew MODERN SPECIES 12559 ENSSARG00000008590 ##21 Hedgehog MODERN SPECIES 8898 IL17F (ENSEEUG00000004993) MCM3 (ENSEEUG00000005026) ENSEEUG00000005180 ##21 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.a ##21 Wild yak MODERN SPECIES 1263 ENSBMUG00000021351 ##21 SP4 (ENSBMUG00000021359) DNAH11 (ENSBMUG00000021473) CDCA7L (ENSBMUG00000021552) RAPGEF5 (ENSBMUG00000021608) ENSBMUG00000021670 TOMM7 (ENSBMUG00000021681) ENSBMUG00000021704 HYCC1 (ENSBMUG00000021772) ENSBMUG00000021806 ENSBMUG00000021819 NUP42 (ENSBMUG00000021833) GPNMB (ENSBMUG00000021869) ENSBMUG00000021884 MALSU1 (ENSBMUG00000021893) IGF2BP3 (ENSBMUG00000021927) Siberian musk deer MODERN SPECIES 352 FAM124B (ENSMMSG00000021882) SERPINE2 (ENSMMSG00000021812) MRPL44 (ENSMMSG00000021791) WDFY1 (ENSMMSG00000021759) AP1S3 (ENSMMSG00000021716) ENSMMSG00000021703 SCG2 (ENSMMSG00000021697) ENSMMSG00000021680 KCNE4 (ENSMMSG00000021674) ACSL3 (ENSMMSG00000021637) MOGAT1 (ENSMMSG00000021600) ENSMMSG00000021587 FARSB (ENSMMSG00000021542) SGPP2 (ENSMMSG00000021520) ENSMMSG00000021504 ENSMMSG00000021479 ##21 PAX3 (ENSMMSG00000021422) EPHA4 (ENSMMSG00000021358) SLC4A3 (ENSMMSG00000021303) STK11IP (ENSMMSG00000021269) INHA (ENSMMSG00000021236) OBSL1 (ENSMMSG00000021176) TMEM198 (ENSMMSG00000021123) CHPF (ENSMMSG00000021090) ASIC4 (ENSMMSG00000020936) ENSMMSG00000020906 GMPPA (ENSMMSG00000020877) SPEGNB (ENSMMSG00000020840) ENSMMSG00000020814 SPEG (ENSMMSG00000020273) DES (ENSMMSG00000020180) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Siberian musk deer MODERN SPECIES 188 NVL (ENSMMSG00000020360) ENSMMSG00000020244 WDR26 (ENSMMSG00000020076) CNIH3 (ENSMMSG00000020039) DNAH14 (ENSMMSG00000019767) LBR (ENSMMSG00000019704) ENAH (ENSMMSG00000019676) SRP9 (ENSMMSG00000019636) EPHX1 (ENSMMSG00000019599) TMEM63A (ENSMMSG00000019545) ENSMMSG00000019519 PYCR2 (ENSMMSG00000019466) ENSMMSG00000019436 ENSMMSG00000019422 SDE2 (ENSMMSG00000019388) ENSMMSG00000019373 ##21 ACBD3 (ENSMMSG00000019345) ENSMMSG00000019330 ENSMMSG00000019312 ENSMMSG00000019292 MIXL1 (ENSMMSG00000019256) LIN9 (ENSMMSG00000019171) PARP1 (ENSMMSG00000019082) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.hb.b ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Dingo MODERN SPECIES 68 EXOC7 (ENSCAFG00020005949) GALR2 (ENSCAFG00020005939) SRP68 (ENSCAFG00020005284) ENSCAFG00020005268 ENSCAFG00020004960 CDK3 (ENSCAFG00020004948) TEN1 (ENSCAFG00020004947) ACOX1 (ENSCAFG00020004736) FBF1 (ENSCAFG00020004706) MRPL38 (ENSCAFG00020004693) TRIM65 (ENSCAFG00020004679) TRIM47 (ENSCAFG00020004657) WBP2 (ENSCAFG00020004593) UNC13D (ENSCAFG00020004480) UNK (ENSCAFG00020004454) ENSCAFG00020004444 ##21 GALK1 (ENSCAFG00020004441) ITGB4 (ENSCAFG00020001183) SAP30BP (ENSCAFG00020000844) SMIM5 (ENSCAFG00020000833) RECQL5 (ENSCAFG00020000819) ENSCAFG00020000371 LLGL2 (ENSCAFG00020000323) TSEN54 (ENSCAFG00020000312) CASKIN2 (ENSCAFG00020000304) TMEM94 (ENSCAFG00020000293) ENSCAFG00020000272 GRB2 (ENSCAFG00020000264) SLC25A19 (ENSCAFG00020000256) MIF4GD (ENSCAFG00020000237) MRPS7 (ENSCAFG00020000224) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Pig MODERN SPECIES 17 OR2D2 (ENSSSCG00000031270) OR10A4 (ENSSSCG00000014602) ENSSSCG00000039077 ENSSSCG00000058386 OR6A2 (ENSSSCG00000014617) ENSSSCG00000061291 ENSSSCG00000059395 ENSSSCG00000014608 ENSSSCG00000014605 ENSSSCG00000043559 ENSSSCG00000062060 ENSSSCG00000057645 ENSSSCG00000055916 ENSSSCG00000057155 ENSSSCG00000052518 ENSSSCG00000053780 ##21 ENSSSCG00000033089 ENSSSCG00000058696 ENSSSCG00000061858 ENSSSCG00000014618 MRPL17 (ENSSSCG00000024693) DCHS1 (ENSSSCG00000029189) TPP1 (ENSSSCG00000023080) TAF10 (ENSSSCG00000029630) ILK (ENSSSCG00000023272) RRP8 (ENSSSCG00000023880) ENSSSCG00000039799 ENSSSCG00000045625 TIMM10B (ENSSSCG00000037299) ARFIP2 (ENSSSCG00000014625) TRIM3 (ENSSSCG00000059302) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Yarkand deer MODERN SPECIES 3 RBPMS2 (ENSCHYG00000005045) OAZ2 (ENSCHYG00000005167) ZNF609 (ENSCHYG00000005274) ENSCHYG00000005301 TRIP4 (ENSCHYG00000005334) PCLAF (ENSCHYG00000005442) CSNK1G1 (ENSCHYG00000005550) ENSCHYG00000005700 SNX22 (ENSCHYG00000005765) SNX1 (ENSCHYG00000005852) CIAO2A (ENSCHYG00000005972) ENSCHYG00000005987 HERC1 (ENSCHYG00000006046) FBXL22 (ENSCHYG00000006365) USP3 (ENSCHYG00000006402) ENSCHYG00000006718 ##21 CA12 (ENSCHYG00000006765) ENSCHYG00000006915 APH1B (ENSCHYG00000006935) RAB8B (ENSCHYG00000006985) ENSCHYG00000007049 ENSCHYG00000007078 LACTB (ENSCHYG00000007150) TPM1 (ENSCHYG00000007247) TLN2 (ENSCHYG00000007530) ENSCHYG00000007706 ENSCHYG00000007733 ENSCHYG00000007764 VPS13C (ENSCHYG00000008027) RORA (ENSCHYG00000012326) ICE2 (ENSCHYG00000012586) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 243 ENSMMSG00000001417 ENSMMSG00000001407 ENSMMSG00000001403 ENSMMSG00000001393 ENSMMSG00000001380 ENSMMSG00000001368 ENSMMSG00000001347 ENSMMSG00000001328 ENSMMSG00000000579 RPIA (ENSMMSG00000000421) EIF2AK3 (ENSMMSG00000000390) TEX37 (ENSMMSG00000000376) ENSMMSG00000000368 ENSMMSG00000000356 THNSL2 (ENSMMSG00000000263) ENSMMSG00000000180 ##21 FABP1 (ENSMMSG00000000158) SMYD1 (ENSMMSG00000013392) KRCC1 (ENSMMSG00000013372) ENSMMSG00000013362 ENSMMSG00000013353 ENSMMSG00000013342 ENSMMSG00000013307 ENSMMSG00000013170 RMND5A (ENSMMSG00000013127) RNF103 (ENSMMSG00000013106) CHMP3 (ENSMMSG00000013070) KDM3A (ENSMMSG00000013019) REEP1 (ENSMMSG00000012954) MRPL35 (ENSMMSG00000012898) IMMT (ENSMMSG00000012806) Siberian musk deer MODERN SPECIES 142 INTS10 (ENSMMSG00000000344) CSGALNACT1 (ENSMMSG00000000434) SH2D4A (ENSMMSG00000000491) PSD3 (ENSMMSG00000000549) ENSMMSG00000000666 ENSMMSG00000000675 ENSMMSG00000000687 LRRC3B (ENSMMSG00000000699) ENSMMSG00000000713 OXSM (ENSMMSG00000000726) ENSMMSG00000000761 TOP2B (ENSMMSG00000000938) RARB (ENSMMSG00000001288) THRB (ENSMMSG00000001321) NR1D2 (ENSMMSG00000001375) ENSMMSG00000001390 ##21 ENSMMSG00000001401 NKIRAS1 (ENSMMSG00000001410) UBE2E1 (ENSMMSG00000001430) UBE2E2 (ENSMMSG00000001470) ENSMMSG00000001509 ZNF385D (ENSMMSG00000001519) ENSMMSG00000001533 Siberian musk deer MODERN SPECIES 139 ZNF639 (ENSMMSG00000003462) KCNMB3 (ENSMMSG00000003476) PIK3CA (ENSMMSG00000003505) ZMAT3 (ENSMMSG00000003531) ENSMMSG00000003544 KCNMB2 (ENSMMSG00000003557) TBL1XR1 (ENSMMSG00000003575) NAALADL2 (ENSMMSG00000003624) ENSMMSG00000003679 NLGN1 (ENSMMSG00000003692) ENSMMSG00000003711 ENSMMSG00000003725 SPATA16 (ENSMMSG00000003744) ECT2 (ENSMMSG00000003783) NCEH1 (ENSMMSG00000003867) ENSMMSG00000003878 ##21 TNFSF10 (ENSMMSG00000003888) GHSR (ENSMMSG00000003895) FNDC3B (ENSMMSG00000003904) TMEM212 (ENSMMSG00000003921) PLD1 (ENSMMSG00000003941) TNIK (ENSMMSG00000004049) SLC2A2 (ENSMMSG00000004156) EIF5A2 (ENSMMSG00000004181) ENSMMSG00000004199 SLC7A14 (ENSMMSG00000004212) CLDN11 (ENSMMSG00000004219) SKIL (ENSMMSG00000004231) PRKCI (ENSMMSG00000004250) PHC3 (ENSMMSG00000004277) GPR160 (ENSMMSG00000004363) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 4 TLDC2 (ENSOARG00020007972) SOGA1 (ENSOARG00020007906) DSN1 (ENSOARG00020007612) NDRG3 (ENSOARG00020007088) SLA2 (ENSOARG00020006981) RAB5IF (ENSOARG00020006916) TGIF2 (ENSOARG00020006869) MYL9 (ENSOARG00020006826) DLGAP4 (ENSOARG00020006383) AAR2 (ENSOARG00020006319) EPB41L1 (ENSOARG00020005892) CNBD2 (ENSOARG00020005681) SCAND1 (ENSOARG00020005660) ATP5MD (ENSOARG00020005650) PHF20 (ENSOARG00020005596) ENSOARG00020005582 ##21 RBM39 (ENSOARG00020005497) ENSOARG00020005473 ROMO1 (ENSOARG00020005455) NFS1 (ENSOARG00020005227) CPNE1 (ENSOARG00020005144) SPAG4 (ENSOARG00020005086) ENSOARG00020005073 ENSOARG00020004424 ERGIC3 (ENSOARG00020004342) ENSOARG00020004304 ENSOARG00020004249 CEP250 (ENSOARG00020004083) ENSOARG00020004055 GDF5 (ENSOARG00020004033) UQCC1 (ENSOARG00020003944) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 2 ZACN (ENSOARG00020012158) GALR2 (ENSOARG00020012118) SRP68 (ENSOARG00020011952) ENSOARG00020011593 CDK3 (ENSOARG00020011491) ENSOARG00020011444 TEN1 (ENSOARG00020011418) ACOX1 (ENSOARG00020011301) MRPL38 (ENSOARG00020011228) TRIM65 (ENSOARG00020011145) FBF1 (ENSOARG00020010978) TRIM47 (ENSOARG00020010837) WBP2 (ENSOARG00020010630) UNC13D (ENSOARG00020010518) UNK (ENSOARG00020010345) H3F3A (ENSOARG00020010273) ##21 GALK1 (ENSOARG00020010209) ITGB4 (ENSOARG00020009797) SAP30BP (ENSOARG00020009689) SMIM5 (ENSOARG00020009636) RECQL5 (ENSOARG00020009478) ENSOARG00020007814 LLGL2 (ENSOARG00020007369) TSEN54 (ENSOARG00020007255) CASKIN2 (ENSOARG00020007127) TMEM94 (ENSOARG00020006269) GRB2 (ENSOARG00020006190) SLC25A19 (ENSOARG00020006160) MIF4GD (ENSOARG00020006079) MRPS7 (ENSOARG00020006002) GGA3 (ENSOARG00020005717) Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 21 PCNX3 (ENSCHIG00000014153) MAP3K11 (ENSCHIG00000010206) KCNK7 (ENSCHIG00000019755) EHBP1L1 (ENSCHIG00000013648) FAM89B (ENSCHIG00000013562) ZNRD2 (ENSCHIG00000024780) LTBP3 (ENSCHIG00000023571) SCYL1 (ENSCHIG00000001421) FRMD8 (ENSCHIG00000013492) SLC25A45 (ENSCHIG00000015690) TIGD3 (ENSCHIG00000006241) DPF2 (ENSCHIG00000011852) CDC42EP2 (ENSCHIG00000010857) POLA2 (ENSCHIG00000021506) ENSCHIG00000018381 ENSCHIG00000008287 ##21 CAPN1 (ENSCHIG00000022422) SPDYC (ENSCHIG00000008930) SYVN1 (ENSCHIG00000023946) ENSCHIG00000010487 ENSCHIG00000017446 MRPL49 (ENSCHIG00000013156) ZNHIT2 (ENSCHIG00000009990) TM7SF2 (ENSCHIG00000008956) VPS51 (ENSCHIG00000024782) ZFPL1 (ENSCHIG00000018515) ENSCHIG00000013142 NAALADL1 (ENSCHIG00000023747) SAC3D1 (ENSCHIG00000017675) SNX15 (ENSCHIG00000017487) ARL2 (ENSCHIG00000021231) Goat MODERN SPECIES 210 ENSCHIG00000014301 ENSCHIG00000000956 ##21 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003420.b ENSGT00730000111899 ENSGT01030000234559.a.a.a ENSGT00950000183102.A.a ENSGT00940000159258 ENSGT00940000160036 ENSGT00940000160384 ENSGT00390000001201 ENSGT00940000163572 ENSGT00940000160775 ENSGT00940000162148 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000162053 ENSGT00940000153487.b.a ENSGT00940000159261 ENSGT00940000160088 ENSGT01000000215054 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000160050 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000159004 ENSGT00390000007100 ENSGT00940000159440 ENSGT00530000063841.b ENSGT00940000160191 ENSGT00940000154737.c Bos ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000003420.b ENSGT00730000111899 ENSGT01030000234559.a.a.a ENSGT00950000183102.A.a ENSGT00940000159258 ENSGT00940000160036 ENSGT00940000160384 ENSGT00390000001201 ENSGT00940000163572 ENSGT00940000160775 ENSGT00940000162148 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000162053 ENSGT00940000153487.b.a ENSGT00940000159261 ENSGT00940000160088 ENSGT01000000215054 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000160050 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000159004 ENSGT00390000007100 ENSGT00940000159440 ENSGT00530000063841.b ENSGT00940000160191 ENSGT00940000154737.c Bos_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003420.b ENSGT00730000111899 ENSGT01030000234559.a.a.a ENSGT00950000183102.A.a ENSGT00940000159258 ENSGT00940000160036 ENSGT00940000160384 ENSGT00390000001201 ENSGT00940000163572 ENSGT00940000160775 ENSGT00940000162148 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000162053 ENSGT00940000153487.b.a ENSGT00940000159261 ENSGT00940000160088 ENSGT01000000215054 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000160050 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000159004 ENSGT00390000007100 ENSGT00940000159440 ENSGT00530000063841.b ENSGT00940000160191 ENSGT00940000154737.c Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 7 NVL (ENSBIXG00005028887) DEGS1 (ENSBIXG00005028737) CNIH4 (ENSBIXG00005002358) WDR26 (ENSBIXG00005002380) CNIH3 (ENSBIXG00005028617) DNAH14 (ENSBIXG00005004917) LBR (ENSBIXG00005028146) ENAH (ENSBIXG00005028092) SRP9 (ENSBIXG00005027974) EPHX1 (ENSBIXG00005027913) TMEM63A (ENSBIXG00005027791) ENSBIXG00005004759 PYCR2 (ENSBIXG00005004750) ENSBIXG00005027638 SDE2 (ENSBIXG00005027604) ENSBIXG00005027583 ##21 ACBD3 (ENSBIXG00005027541) ENSBIXG00005027464 MIXL1 (ENSBIXG00005027457) LIN9 (ENSBIXG00005027424) PARP1 (ENSBIXG00005027371) ENSBIXG00005007774 ENSBIXG00005027292 ENSBIXG00005027257 ITPKB (ENSBIXG00005027239) PSEN2 (ENSBIXG00005004681) COQ8A (ENSBIXG00005027082) CDC42BPA (ENSBIXG00005026924) AHCTF1 (ENSBIXG00005026527) ENSBIXG00005026353 ENSBIXG00005004497 Cow DUPLICATION Cow MODERN SPECIES 26 GIPC3 (ENSBTAG00000050809) ENSBTAG00000053812 TBXA2R (ENSBTAG00000014944) CACTIN (ENSBTAG00000010373) PIP5K1C (ENSBTAG00000000710) TJP3 (ENSBTAG00000018342) APBA3 (ENSBTAG00000008395) MRPL54 (ENSBTAG00000008396) RAX2 (ENSBTAG00000009750) MATK (ENSBTAG00000006619) ZFR2 (ENSBTAG00000000755) ATCAY (ENSBTAG00000018375) NMRK2 (ENSBTAG00000031573) DAPK3 (ENSBTAG00000020417) EEF2 (ENSBTAG00000004258) ENSBTAG00000045914 ##21 PIAS4 (ENSBTAG00000000753) ZBTB7A (ENSBTAG00000020117) MAP2K2 (ENSBTAG00000024450) CREB3L3 (ENSBTAG00000010215) SIRT6 (ENSBTAG00000019909) ENSBTAG00000052694 ENSBTAG00000054046 EBI3 (ENSBTAG00000012829) YJU2 (ENSBTAG00000012830) SHD (ENSBTAG00000039696) TMIGD2 (ENSBTAG00000004936) FSD1 (ENSBTAG00000005999) ENSBTAG00000054165 STAP2 (ENSBTAG00000006001) MPND (ENSBTAG00000006005) Cow MODERN SPECIES 7 DEGS1 (ENSBTAG00000012705) NVL (ENSBTAG00000006718) CNIH4 (ENSBTAG00000019471) WDR26 (ENSBTAG00000011785) CNIH3 (ENSBTAG00000053199) DNAH14 (ENSBTAG00000008449) LBR (ENSBTAG00000008453) ENAH (ENSBTAG00000016185) SRP9 (ENSBTAG00000033322) EPHX1 (ENSBTAG00000000140) TMEM63A (ENSBTAG00000002854) LEFTY2 (ENSBTAG00000055022) PYCR2 (ENSBTAG00000005835) ENSBTAG00000054752 SDE2 (ENSBTAG00000012787) H3-3A (ENSBTAG00000024561) ##21 ACBD3 (ENSBTAG00000013128) MIXL1 (ENSBTAG00000002139) LIN9 (ENSBTAG00000033267) PARP1 (ENSBTAG00000000837) ENSBTAG00000047233 STUM (ENSBTAG00000024560) ENSBTAG00000033252 ITPKB (ENSBTAG00000053007) PSEN2 (ENSBTAG00000013197) COQ8A (ENSBTAG00000021880) CDC42BPA (ENSBTAG00000022777) AHCTF1 (ENSBTAG00000013949) ENSBTAG00000049714 SCCPDH (ENSBTAG00000003804) H3-3D (ENSBTAG00000011508) ##21 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161213 ENSGT00390000003420.b ENSGT01030000234559.a.a.a ENSGT00950000183102.A.a ENSGT00940000159258 ENSGT00940000160036 ENSGT00940000160384 ENSGT00390000001201 ENSGT00940000163572 ENSGT00940000160775 ENSGT00940000162148 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000162053 ENSGT00940000153487.b.a ENSGT00940000159261 ENSGT00940000160088 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000160050 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000159004 ENSGT00390000007100 ENSGT00940000159440 ENSGT00530000063841.b ENSGT00940000160191 ENSGT00940000154737.c ENSGT00440000034888 Domestic yak MODERN SPECIES 27 HMG20B (ENSBGRG00000021064) GIPC3 (ENSBGRG00000021004) TBXA2R (ENSBGRG00000020972) CACTIN (ENSBGRG00000020942) PIP5K1C (ENSBGRG00000020521) TJP3 (ENSBGRG00000019950) APBA3 (ENSBGRG00000019857) MRPL54 (ENSBGRG00000019811) RAX2 (ENSBGRG00000019785) MATK (ENSBGRG00000019523) ZFR2 (ENSBGRG00000019327) ATCAY (ENSBGRG00000019249) NMRK2 (ENSBGRG00000019172) DAPK3 (ENSBGRG00000019101) EEF2 (ENSBGRG00000018816) ENSBGRG00000018795 ##21 PIAS4 (ENSBGRG00000018519) ZBTB7A (ENSBGRG00000018478) MAP2K2 (ENSBGRG00000018429) CREB3L3 (ENSBGRG00000017902) SIRT6 (ENSBGRG00000017784) ANKRD24 (ENSBGRG00000017470) EBI3 (ENSBGRG00000017377) ENSBGRG00000017328 SHD (ENSBGRG00000017098) ENSBGRG00000017038 FSD1 (ENSBGRG00000016795) STAP2 (ENSBGRG00000016477) MPND (ENSBGRG00000015810) SH3GL1 (ENSBGRG00000015300) CHAF1A (ENSBGRG00000015141) Wild yak MODERN SPECIES 1236 RNF125 (ENSBMUG00000012156) TRAPPC8 (ENSBMUG00000012133) B4GALT6 (ENSBMUG00000012114) ENSBMUG00000012093 ##21 TTR (ENSBMUG00000012078) DSG2 (ENSBMUG00000012065) DSG3 (ENSBMUG00000012028) DSG4 (ENSBMUG00000012005) DSG1 (ENSBMUG00000011962) DSC1 (ENSBMUG00000011909) DSC2 (ENSBMUG00000011851) DSC3 (ENSBMUG00000011763) ENSBMUG00000011721 American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3349 HMG20B (ENSBBBG00000023190) GIPC3 (ENSBBBG00000000334) TBXA2R (ENSBBBG00000000372) CACTIN (ENSBBBG00000000388) PIP5K1C (ENSBBBG00000000451) TJP3 (ENSBBBG00000023169) APBA3 (ENSBBBG00000006868) MRPL54 (ENSBBBG00000023057) RAX2 (ENSBBBG00000008182) MATK (ENSBBBG00000023026) ENSBBBG00000023003 ATCAY (ENSBBBG00000022991) ENSBBBG00000006028 DAPK3 (ENSBBBG00000022951) EEF2 (ENSBBBG00000022915) ENSBBBG00000022877 ##21 PIAS4 (ENSBBBG00000022869) ZBTB7A (ENSBBBG00000022852) MAP2K2 (ENSBBBG00000022851) CREB3L3 (ENSBBBG00000022831) SIRT6 (ENSBBBG00000022808) ENSBBBG00000008311 EBI3 (ENSBBBG00000022773) YJU2 (ENSBBBG00000022764) SHD (ENSBBBG00000022746) TMIGD2 (ENSBBBG00000022717) FSD1 (ENSBBBG00000022701) STAP2 (ENSBBBG00000008960) MPND (ENSBBBG00000022616) SH3GL1 (ENSBBBG00000022500) CHAF1A (ENSBBBG00000022444) American bison MODERN SPECIES 3054 ENSBBBG00000000689 ##21 VSTM2A (ENSBBBG00000000659) Cetacea ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376.tb.a ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Blue whale DUPLICATION Blue whale MODERN SPECIES 12 CDC27 (ENSBMSG00010018547) KANSL1 (ENSBMSG00010018746) ENSBMSG00010019109 SPPL2C (ENSBMSG00010019321) CRHR1 (ENSBMSG00010019636) ENSBMSG00010020964 NSF (ENSBMSG00010021007) WNT3 (ENSBMSG00010021104) WNT9B (ENSBMSG00010021124) GOSR2 (ENSBMSG00010021191) RPRML (ENSBMSG00010021227) ENSBMSG00010021232 LYZL6 (ENSBMSG00010021240) ENSBMSG00010021253 ENSBMSG00010021276 ENSBMSG00010021289 ##21 SCRN2 (ENSBMSG00010021305) LRRC46 (ENSBMSG00010021340) OSBPL7 (ENSBMSG00010021378) TBX21 (ENSBMSG00010021443) TBKBP1 (ENSBMSG00010021464) KPNB1 (ENSBMSG00010021489) NPEPPS (ENSBMSG00010021506) MRPL45 (ENSBMSG00010021543) GPR179 (ENSBMSG00010021578) SOCS7 (ENSBMSG00010021611) ARHGAP23 (ENSBMSG00010021635) SRCIN1 (ENSBMSG00010021712) EPOP (ENSBMSG00010021755) MLLT6 (ENSBMSG00010021759) CISD3 (ENSBMSG00010021765) Blue whale MODERN SPECIES 6 DTX2 (ENSBMSG00010010318) UPK3B (ENSBMSG00010010349) ENSBMSG00010010361 ENSBMSG00010010375 ENSBMSG00010010392 LRWD1 (ENSBMSG00010010398) ALKBH4 (ENSBMSG00010010417) ORAI2 (ENSBMSG00010010431) PRKRIP1 (ENSBMSG00010010444) ENSBMSG00010010447 SH2B2 (ENSBMSG00010010465) ENSBMSG00010010523 ENSBMSG00010010626 MYL10 (ENSBMSG00010010636) COL26A1 (ENSBMSG00010010656) ENSBMSG00010010687 ##21 IFT22 (ENSBMSG00010010699) FIS1 (ENSBMSG00010010724) CLDN15 (ENSBMSG00010010748) ZNHIT1 (ENSBMSG00010010767) PLOD3 (ENSBMSG00010010787) VGF (ENSBMSG00010010840) AP1S1 (ENSBMSG00010010846) SERPINE1 (ENSBMSG00010010867) TRIM56 (ENSBMSG00010010880) ACHE (ENSBMSG00010010898) UFSP1 (ENSBMSG00010010917) SRRT (ENSBMSG00010010942) TRIP6 (ENSBMSG00010010964) SLC12A9 (ENSBMSG00010010981) EPHB4 (ENSBMSG00010011026) Blue whale MODERN SPECIES 12 FOXJ1 (ENSBMSG00010018111) EXOC7 (ENSBMSG00010017803) GALR2 (ENSBMSG00010017639) SRP68 (ENSBMSG00010017518) ENSBMSG00010017412 CDK3 (ENSBMSG00010017355) ENSBMSG00010017319 ACOX1 (ENSBMSG00010017259) FBF1 (ENSBMSG00010016875) MRPL38 (ENSBMSG00010016803) TRIM65 (ENSBMSG00010016760) TRIM47 (ENSBMSG00010016737) WBP2 (ENSBMSG00010016579) UNC13D (ENSBMSG00010016442) UNK (ENSBMSG00010016398) ENSBMSG00010016358 ##21 GALK1 (ENSBMSG00010016254) ITGB4 (ENSBMSG00010016200) SAP30BP (ENSBMSG00010016133) SMIM5 (ENSBMSG00010016103) RECQL5 (ENSBMSG00010016008) ENSBMSG00010015905 ENSBMSG00010015556 LLGL2 (ENSBMSG00010015305) TSEN54 (ENSBMSG00010015258) CASKIN2 (ENSBMSG00010015224) TMEM94 (ENSBMSG00010014655) GRB2 (ENSBMSG00010014451) SLC25A19 (ENSBMSG00010014383) MIF4GD (ENSBMSG00010020366) ENSBMSG00010020331 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000153463.b ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b 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ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00910000147163 ENSGT00950000183193.B ENSGT01020000230438.B.b.b.a ENSGT00940000153431.a ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 ENSGT00970000193421.B ENSGT00950000183095.a.a ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 ENSGT00950000182865.b.a.a ENSGT00950000183024.a.b.a ENSGT00940000160678.a ENSGT00940000154563.m.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00940000155573 ENSGT00940000156499 ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b ENSGT01000000214889 ENSGT00390000000337 ENSGT00940000161993.a ENSGT00940000162110 ENSGT00940000161519 ENSGT00940000160923 ENSGT00940000160206 ENSGT00940000159445 ENSGT00950000182966.C.b Vaquita MODERN SPECIES 11 ENSPSNG00000017433 NUBPL (ENSPSNG00000017395) DTD2 (ENSPSNG00000017275) HEATR5A (ENSPSNG00000017090) HECTD1 (ENSPSNG00000016911) AP4S1 (ENSPSNG00000016811) STRN3 (ENSPSNG00000016653) COCH (ENSPSNG00000016321) ENSPSNG00000016285 SCFD1 (ENSPSNG00000016119) G2E3 (ENSPSNG00000015993) PRKD1 (ENSPSNG00000015859) FOXG1 (ENSPSNG00000015806) ENSPSNG00000015766 ENSPSNG00000015742 ENSPSNG00000015685 ##21 NOVA1 (ENSPSNG00000015532) STXBP6 (ENSPSNG00000015449) GZMB (ENSPSNG00000015289) ENSPSNG00000015017 GZMH (ENSPSNG00000014903) ENSPSNG00000014784 ENSPSNG00000014761 ENSPSNG00000014746 ENSPSNG00000014555 ENSPSNG00000014424 KHNYN (ENSPSNG00000014301) CBLN3 (ENSPSNG00000014168) NYNRIN (ENSPSNG00000014032) NFATC4 (ENSPSNG00000013549) ADCY4 (ENSPSNG00000013215) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00910000147163 ENSGT00950000183193.B ENSGT01020000230438.B.b.b.a ENSGT00940000153431.a ENSGT00390000006205.b ENSGT00940000156572 ENSGT00970000193421.B ENSGT00950000183095.a.a ENSGT00940000159386 ENSGT00550000074845 ENSGT00950000182865.b.a.a ENSGT00950000183024.a.b.a ENSGT00940000160678.a ENSGT00940000154563.m.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00940000155573 ENSGT00940000156499 ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b ENSGT01100000263511.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a.a.b.a.a.a.a.b.a Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 44 ARHGAP5 (ENSDLEG00000012779) ENSDLEG00000012791 NUBPL (ENSDLEG00000013432) GPR33 (ENSDLEG00000013450) DTD2 (ENSDLEG00000013452) HEATR5A (ENSDLEG00000013600) HECTD1 (ENSDLEG00000015830) AP4S1 (ENSDLEG00000015895) STRN3 (ENSDLEG00000015905) COCH (ENSDLEG00000015954) SCFD1 (ENSDLEG00000016160) G2E3 (ENSDLEG00000017592) PRKD1 (ENSDLEG00000017654) FOXG1 (ENSDLEG00000017768) ENSDLEG00000017774 ENSDLEG00000017806 ##21 NOVA1 (ENSDLEG00000017821) STXBP6 (ENSDLEG00000017850) GZMB (ENSDLEG00000017882) ENSDLEG00000017935 GZMH (ENSDLEG00000018044) ENSDLEG00000018087 ENSDLEG00000018089 CMA1 (ENSDLEG00000018102) SDR39U1 (ENSDLEG00000018121) ENSDLEG00000018130 ENSDLEG00000018139 CBLN3 (ENSDLEG00000018158) NYNRIN (ENSDLEG00000018176) NFATC4 (ENSDLEG00000018182) ENSDLEG00000018197 Beluga whale MODERN SPECIES 42 ARHGAP25 (ENSDLEG00000005744) ENSDLEG00000005710 BMP10 (ENSDLEG00000005697) ENSDLEG00000005689 GKN2 (ENSDLEG00000005673) GKN1 (ENSDLEG00000005657) ANTXR1 (ENSDLEG00000005620) GFPT1 (ENSDLEG00000005570) NFU1 (ENSDLEG00000005546) ENSDLEG00000005538 AAK1 (ENSDLEG00000005437) ANXA4 (ENSDLEG00000005419) GMCL1 (ENSDLEG00000005398) SNRNP27 (ENSDLEG00000005387) MXD1 (ENSDLEG00000005379) ENSDLEG00000005374 ##21 PCBP1 (ENSDLEG00000005372) ENSDLEG00000005367 CUNH2orf42 (ENSDLEG00000005359) ENSDLEG00000005347 PCYOX1 (ENSDLEG00000005335) SNRPG (ENSDLEG00000005308) ENSDLEG00000005295 TGFA (ENSDLEG00000005282) ADD2 (ENSDLEG00000005235) FIGLA (ENSDLEG00000005189) CLEC4F (ENSDLEG00000005176) CD207 (ENSDLEG00000005170) VAX2 (ENSDLEG00000005165) ATP6V1B1 (ENSDLEG00000005137) ANKRD53 (ENSDLEG00000005126) Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 308 ENSMMNG00015018891 NUBPL (ENSMMNG00015018841) GPR33 (ENSMMNG00015018815) DTD2 (ENSMMNG00015018797) HEATR5A (ENSMMNG00015018679) HECTD1 (ENSMMNG00015018463) AP4S1 (ENSMMNG00015018404) STRN3 (ENSMMNG00015018258) COCH (ENSMMNG00015018104) ENSMMNG00015018060 SCFD1 (ENSMMNG00015017990) G2E3 (ENSMMNG00015017922) PRKD1 (ENSMMNG00015017800) FOXG1 (ENSMMNG00015017758) ENSMMNG00015017733 ENSMMNG00015017696 ##21 NOVA1 (ENSMMNG00015017472) STXBP6 (ENSMMNG00015017391) GZMB (ENSMMNG00015017321) ENSMMNG00015017165 GZMH (ENSMMNG00015017095) ENSMMNG00015017063 ENSMMNG00015016597 ENSMMNG00015016445 ENSMMNG00015016428 CMA1 (ENSMMNG00015016383) ENSMMNG00015016329 ENSMMNG00015016268 CBLN3 (ENSMMNG00015016201) NYNRIN (ENSMMNG00015016108) NFATC4 (ENSMMNG00015015977) Narwhal MODERN SPECIES 305 PROKR1 (ENSMMNG00015015283) ARHGAP25 (ENSMMNG00015015108) BMP10 (ENSMMNG00015015084) ENSMMNG00015015070 GKN2 (ENSMMNG00015015048) GKN1 (ENSMMNG00015015029) ANTXR1 (ENSMMNG00015015005) GFPT1 (ENSMMNG00015014974) NFU1 (ENSMMNG00015014943) ENSMMNG00015014934 AAK1 (ENSMMNG00015014881) ANXA4 (ENSMMNG00015014849) ENSMMNG00015014824 ENSMMNG00015014799 MXD1 (ENSMMNG00015014776) ENSMMNG00015014724 ##21 PCBP1 (ENSMMNG00015014717) ENSMMNG00015014704 C2orf42 (ENSMMNG00015014664) ENSMMNG00015014614 PCYOX1 (ENSMMNG00015014565) ENSMMNG00015014552 ENSMMNG00015014529 TGFA (ENSMMNG00015014512) ADD2 (ENSMMNG00015014473) FIGLA (ENSMMNG00015014439) CLEC4F (ENSMMNG00015014409) CD207 (ENSMMNG00015014384) VAX2 (ENSMMNG00015014367) ATP6V1B1 (ENSMMNG00015014343) ANKRD53 (ENSMMNG00015014327) Narwhal MODERN SPECIES 304 ENSMMNG00015008235 DEGS1 (ENSMMNG00015008254) NVL (ENSMMNG00015008286) CNIH4 (ENSMMNG00015008342) WDR26 (ENSMMNG00015008361) CNIH3 (ENSMMNG00015008371) LBR (ENSMMNG00015008386) ENSMMNG00015008420 SRP9 (ENSMMNG00015008443) EPHX1 (ENSMMNG00015008464) TMEM63A (ENSMMNG00015008488) ENSMMNG00015008515 PYCR2 (ENSMMNG00015008531) ENSMMNG00015008553 SDE2 (ENSMMNG00015008574) ENSMMNG00015008586 ##21 ACBD3 (ENSMMNG00015008597) MIXL1 (ENSMMNG00015008612) LIN9 (ENSMMNG00015008632) PARP1 (ENSMMNG00015008660) STUM (ENSMMNG00015008698) ITPKB (ENSMMNG00015000098) PSEN2 (ENSMMNG00015000131) COQ8A (ENSMMNG00015000182) CDC42BPA (ENSMMNG00015000504) ENSMMNG00015001190 AHCTF1 (ENSMMNG00015001241) ENSMMNG00015001366 SCCPDH (ENSMMNG00015001432) CNST (ENSMMNG00015001499) TFB2M (ENSMMNG00015001555) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Horse MODERN SPECIES 2 NUFIP2 (ENSECAG00000004975) MYO18A (ENSECAG00000020855) PIPOX (ENSECAG00000020327) SEZ6 (ENSECAG00000017142) PHF12 (ENSECAG00000016493) DHRS13 (ENSECAG00000014655) FLOT2 (ENSECAG00000012055) ERAL1 (ENSECAG00000013325) FAM222B (ENSECAG00000012016) TRAF4 (ENSECAG00000011568) NEK8 (ENSECAG00000009500) ENSECAG00000008928 TLCD1 (ENSECAG00000009427) PROCA1 (ENSECAG00000007184) SUPT6H (ENSECAG00000020521) ENSECAG00000051975 ##21 KIAA0100 (ENSECAG00000017711) RSKR (ENSECAG00000017356) SPAG5 (ENSECAG00000015456) ALDOC (ENSECAG00000013037) UNC119 (ENSECAG00000011487) SLC13A2 (ENSECAG00000008304) SLC46A1 (ENSECAG00000006826) SARM1 (ENSECAG00000004020) VTN (ENSECAG00000015904) SEBOX (ENSECAG00000015882) TMEM199 (ENSECAG00000015855) POLDIP2 (ENSECAG00000014272) TNFAIP1 (ENSECAG00000012727) TMEM97 (ENSECAG00000012404) IFT20 (ENSECAG00000009950) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Megabat MODERN SPECIES 2385 ENSPVAG00000014903 ##21 ACP5 (ENSPVAG00000014902) ELOF1 (ENSPVAG00000014901) CNN1 (ENSPVAG00000014900) ECSIT (ENSPVAG00000014898) ZNF653 (ENSPVAG00000014895) ELAVL3 (ENSPVAG00000014893) PRKCSH (ENSPVAG00000014889) ODAD3 (ENSPVAG00000014886) RGL3 (ENSPVAG00000014884) EPOR (ENSPVAG00000014883) SWSAP1 (ENSPVAG00000014882) Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 22 RB1 (ENSRFEG00010000766) RCBTB2 (ENSRFEG00010000664) CYSLTR2 (ENSRFEG00010000615) ENSRFEG00010000603 FNDC3A (ENSRFEG00010000465) MLNR (ENSRFEG00010000358) CDADC1 (ENSRFEG00010000313) CAB39L (ENSRFEG00010000253) SETDB2 (ENSRFEG00010020537) PHF11 (ENSRFEG00010020499) RCBTB1 (ENSRFEG00010020444) ARL11 (ENSRFEG00010020430) ENSRFEG00010020394 KPNA3 (ENSRFEG00010020282) SPRYD7 (ENSRFEG00010020230) ENSRFEG00010020217 ##21 TRIM13 (ENSRFEG00010020213) KCNRG (ENSRFEG00010020187) DLEU7 (ENSRFEG00010020159) RNASEH2B (ENSRFEG00010020021) C13orf42 (ENSRFEG00010019956) FAM124A (ENSRFEG00010019925) INTS6 (ENSRFEG00010019695) WDFY2 (ENSRFEG00010019666) ATP7B (ENSRFEG00010019450) ALG11 (ENSRFEG00010019348) NEK5 (ENSRFEG00010018995) NEK3 (ENSRFEG00010018905) ENSRFEG00010018646 VPS36 (ENSRFEG00010018568) THSD1 (ENSRFEG00010018507) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 24 EFCAB11 (ENSRFEG00010009733) FOXN3 (ENSRFEG00010009812) TTC8 (ENSRFEG00010009898) EML5 (ENSRFEG00010010199) ZC3H14 (ENSRFEG00010010356) PTPN21 (ENSRFEG00010010878) SPATA7 (ENSRFEG00010010944) ENSRFEG00010011077 KCNK10 (ENSRFEG00010011135) ENSRFEG00010011219 GPR65 (ENSRFEG00010011274) GALC (ENSRFEG00010011294) ENSRFEG00010011765 FLRT2 (ENSRFEG00010011812) ENSRFEG00010011830 ENSRFEG00010011871 ##21 SEL1L (ENSRFEG00010011889) STON2 (ENSRFEG00010011966) ENSRFEG00010011999 GTF2A1 (ENSRFEG00010012049) TSHR (ENSRFEG00010012154) CEP128 (ENSRFEG00010012759) ENSRFEG00010012930 NRXN3 (ENSRFEG00010013015) ENSRFEG00010014071 ENSRFEG00010014112 ENSRFEG00010014135 ENSRFEG00010014210 ENSRFEG00010014256 ADCK1 (ENSRFEG00010014308) ENSRFEG00010014422 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 2 CFAP68 (ENSRFEG00010012325) ALG9 (ENSRFEG00010012163) PPP2R1B (ENSRFEG00010011926) SIK2 (ENSRFEG00010011852) LAYN (ENSRFEG00010011444) HOATZ (ENSRFEG00010011320) BTG4 (ENSRFEG00010011226) POU2AF1 (ENSRFEG00010011189) POU2AF3 (ENSRFEG00010011079) POU2AF2 (ENSRFEG00010011003) ARHGAP20 (ENSRFEG00010010551) ENSRFEG00010010451 RDX (ENSRFEG00010010314) ZC3H12C (ENSRFEG00010010192) C11orf87 (ENSRFEG00010010156) ENSRFEG00010010141 ##21 DDX10 (ENSRFEG00010010069) ACAT1 (ENSRFEG00010010049) NPAT (ENSRFEG00010009984) ENSRFEG00010009954 ATM (ENSRFEG00010009837) C11orf65 (ENSRFEG00010009749) POGLUT3 (ENSRFEG00010009660) EXPH5 (ENSRFEG00010009629) CUL5 (ENSRFEG00010009566) RAB39A (ENSRFEG00010009515) SLC35F2 (ENSRFEG00010009447) ENSRFEG00010009424 ELMOD1 (ENSRFEG00010009290) ALKBH8 (ENSRFEG00010009220) CWF19L2 (ENSRFEG00010009178) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 13 EXOC7 (ENSRFEG00010013084) ZACN (ENSRFEG00010012899) GALR2 (ENSRFEG00010012876) SRP68 (ENSRFEG00010012745) ENSRFEG00010012619 CDK3 (ENSRFEG00010012596) TEN1 (ENSRFEG00010012500) ACOX1 (ENSRFEG00010012060) FBF1 (ENSRFEG00010010985) MRPL38 (ENSRFEG00010010908) TRIM65 (ENSRFEG00010010806) TRIM47 (ENSRFEG00010010689) WBP2 (ENSRFEG00010010485) UNC13D (ENSRFEG00010016420) UNK (ENSRFEG00010016271) ENSRFEG00010016176 ##21 GALK1 (ENSRFEG00010016104) ITGB4 (ENSRFEG00010015927) ENSRFEG00010015848 SAP30BP (ENSRFEG00010015732) SMIM5 (ENSRFEG00010015623) RECQL5 (ENSRFEG00010015234) ENSRFEG00010013837 LLGL2 (ENSRFEG00010013729) TSEN54 (ENSRFEG00010013644) CASKIN2 (ENSRFEG00010013505) TMEM94 (ENSRFEG00010013061) GRB2 (ENSRFEG00010012913) SLC25A19 (ENSRFEG00010012851) MIF4GD (ENSRFEG00010012677) ENSRFEG00010012535 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Panthera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154427.A ENSGT01100000263540.A.b ENSGT00390000015152 ENSGT00940000159998 ENSGT00940000158098 ENSGT00940000156793 ENSGT00940000157459 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.a ENSGT00390000016904 ENSGT01010000222336.a.a.a.pb ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.b ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.b ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.a ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000013207 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00940000156005.f ENSGT00940000156891 ENSGT00940000158751 ENSGT00730000111019 ENSGT00390000016097 ENSGT00390000009546 ENSGT00940000159153 ENSGT00940000157159 ENSGT00950000183779 ENSGT00940000155944 ENSGT00940000157417 ENSGT00940000158243 ENSGT00940000161472 ENSGT00390000017666 ENSGT00940000161067 Tiger MODERN SPECIES 490 VSX2 (ENSPTIG00000016197) LIN52 (ENSPTIG00000016204) ALDH6A1 (ENSPTIG00000016228) BBOF1 (ENSPTIG00000016264) ENTPD5 (ENSPTIG00000016301) COQ6 (ENSPTIG00000016344) FAM161B (ENSPTIG00000016429) ZNF410 (ENSPTIG00000016457) PTGR2 (ENSPTIG00000016591) MIDEAS (ENSPTIG00000016612) PNMA1 (ENSPTIG00000006614) DNAL1 (ENSPTIG00000016650) ENSPTIG00000016670 ENSPTIG00000016688 HEATR4 (ENSPTIG00000016707) ENSPTIG00000006627 ##21 NUMB (ENSPTIG00000017010) PAPLN (ENSPTIG00000017131) PSEN1 (ENSPTIG00000017262) RBM25 (ENSPTIG00000017309) ZFYVE1 (ENSPTIG00000017344) ENSPTIG00000017388 DPF3 (ENSPTIG00000017482) RGS6 (ENSPTIG00000017631) SIPA1L1 (ENSPTIG00000017821) PCNX1 (ENSPTIG00000017962) MAP3K9 (ENSPTIG00000018191) MED6 (ENSPTIG00000018243) ENSPTIG00000018360 ENSPTIG00000018363 SYNJ2BP (ENSPTIG00000018377) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000154427.A ENSGT01100000263540.A.b ENSGT00390000015152 ENSGT00940000159998 ENSGT00940000158098 ENSGT00940000156793 ENSGT00940000157459 ENSGT01030000234522.C.b.e.b.a.a.a ENSGT00390000016904 ENSGT01010000222336.a.a.a.pb ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.b ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.b ENSGT01010000222336.a.a.a.ob.a.a ENSGT00390000000083.a ENSGT00390000013207 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00940000156005.f ENSGT00940000156891 ENSGT00940000158751 ENSGT00730000111019 ENSGT00390000016097 ENSGT00390000009546 ENSGT00940000159153 ENSGT00940000157159 ENSGT00950000183779 ENSGT00940000155944 ENSGT00940000157417 ENSGT00940000158243 ENSGT00940000161472 ENSGT00390000017666 ENSGT00940000161067 leopard MODERN SPECIES 109 ALDH6A1 (ENSPPRG00000016252) BBOF1 (ENSPPRG00000018080) ENTPD5 (ENSPPRG00000021643) COQ6 (ENSPPRG00000025059) FAM161B (ENSPPRG00000025014) ZNF410 (ENSPPRG00000024973) PTGR2 (ENSPPRG00000024906) MIDEAS (ENSPPRG00000024652) PNMA1 (ENSPPRG00000020738) DNAL1 (ENSPPRG00000024432) ENSPPRG00000024290 ACOT4 (ENSPPRG00000024125) ENSPPRG00000024078 RIOX1 (ENSPPRG00000024007) HEATR4 (ENSPPRG00000000114) ENSPPRG00000020804 ##21 NUMB (ENSPPRG00000004643) PAPLN (ENSPPRG00000008382) PSEN1 (ENSPPRG00000009940) RBM25 (ENSPPRG00000017374) ZFYVE1 (ENSPPRG00000024613) ENSPPRG00000000080 lion MODERN SPECIES 6 BBOF1 (ENSPLOG00000001180) ENTPD5 (ENSPLOG00000001145) COQ6 (ENSPLOG00000001111) FAM161B (ENSPLOG00000001079) ZNF410 (ENSPLOG00000001034) PTGR2 (ENSPLOG00000000929) MIDEAS (ENSPLOG00000000882) PNMA1 (ENSPLOG00000000861) DNAL1 (ENSPLOG00000000836) ENSPLOG00000000753 ACOT6 (ENSPLOG00000000692) ACOT4 (ENSPLOG00000000671) ENSPLOG00000000646 RIOX1 (ENSPLOG00000000634) ENSPLOG00000000621 ENSPLOG00000000607 ##21 ENSPLOG00000000547 PAPLN (ENSPLOG00000000483) PSEN1 (ENSPLOG00000019082) RBM25 (ENSPLOG00000019022) ZFYVE1 (ENSPLOG00000018965) ENSPLOG00000018852 DPF3 (ENSPLOG00000018551) RGS6 (ENSPLOG00000018169) ENSPLOG00000018078 SIPA1L1 (ENSPLOG00000017972) PCNX1 (ENSPLOG00000017454) MAP3K9 (ENSPLOG00000017344) TTC9 (ENSPLOG00000017301) MED6 (ENSPLOG00000017203) ADAM20 (ENSPLOG00000017171) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 Red fox MODERN SPECIES 44 CIITA (ENSVVUG00000017857) CLEC16A (ENSVVUG00000017880) SOCS1 (ENSVVUG00000017915) ENSVVUG00000017918 ENSVVUG00000017923 ENSVVUG00000017927 LITAF (ENSVVUG00000017969) SNN (ENSVVUG00000017985) TXNDC11 (ENSVVUG00000018015) ZC3H7A (ENSVVUG00000018163) RSL1D1 (ENSVVUG00000018170) GSPT1 (ENSVVUG00000018198) TNFRSF17 (ENSVVUG00000019344) ENSVVUG00000019349 SNX29 (ENSVVUG00000019366) ENSVVUG00000019436 ##21 CPPED1 (ENSVVUG00000019438) ENSVVUG00000019440 ENSVVUG00000019443 ENSVVUG00000019446 ERCC4 (ENSVVUG00000019453) MRTFB (ENSVVUG00000019462) PARN (ENSVVUG00000019509) BFAR (ENSVVUG00000019515) PLA2G10 (ENSVVUG00000019519) ENSVVUG00000019523 RRN3 (ENSVVUG00000019527) NTAN1 (ENSVVUG00000019538) PDXDC1 (ENSVVUG00000019544) MPV17L (ENSVVUG00000019567) ENSVVUG00000019570 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000162144 ENSGT00940000154470.a ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00530000063340 ENSGT00940000154437 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000160524 ENSGT00940000156873 ENSGT00940000158002 ENSGT01030000234618.E ENSGT00390000016258 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E ENSGT00940000155301 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00940000156170 ENSGT00940000159129 ENSGT00950000183065.C ENSGT00940000157449 ENSGT00730000111785 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000153112.D.h.b ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b Dog MODERN SPECIES CPLX4 (ENSCAFG00845000529) RAX (ENSCAFG00845000544) GRP (ENSCAFG00845000570) SEC11C (ENSCAFG00845000586) OACYL (ENSCAFG00845000613) ZNF532 (ENSCAFG00845000673) MALT1 (ENSCAFG00845000742) ALPK2 (ENSCAFG00845000830) NEDD4L (ENSCAFG00845001211) ATP8B1 (ENSCAFG00845001746) NARS1 (ENSCAFG00845001801) FECH (ENSCAFG00845001850) ONECUT2 (ENSCAFG00845001888) ST8SIA3 (ENSCAFG00845001921) WDR7 (ENSCAFG00845002062) ENSCAFG00845002237 ##21 TXNL1 (ENSCAFG00845002269) TCF4 (ENSCAFG00845002403) CCDC68 (ENSCAFG00845002566) RAB27B (ENSCAFG00845002581) ENSCAFG00845002605 CUPIN1 (ENSCAFG00845002731) STARD6 (ENSCAFG00845002868) POLI (ENSCAFG00845002887) MBD2 (ENSCAFG00845002942) ENSCAFG00845002966 DCC (ENSCAFG00845003053) ENSCAFG00845003189 MEX3C (ENSCAFG00845003206) SMAD4 (ENSCAFG00845003229) SMAD4 (ENSCAFG00845003249) Dingo DUPLICATION Dingo MODERN SPECIES 125 CPLX4 (ENSCAFG00020020089) RAX (ENSCAFG00020020090) GRP (ENSCAFG00020020093) SEC11C (ENSCAFG00020020098) ENSCAFG00020020107 ZNF532 (ENSCAFG00020020115) MALT1 (ENSCAFG00020020119) ALPK2 (ENSCAFG00020020128) NEDD4L (ENSCAFG00020020172) ATP8B1 (ENSCAFG00020020470) NARS1 (ENSCAFG00020021055) FECH (ENSCAFG00020021062) ONECUT2 (ENSCAFG00020021090) ST8SIA3 (ENSCAFG00020021095) WDR7 (ENSCAFG00020021129) ENSCAFG00020021173 ##21 TXNL1 (ENSCAFG00020021181) ENSCAFG00020021197 ENSCAFG00020021285 CCDC68 (ENSCAFG00020021589) RAB27B (ENSCAFG00020021594) ENSCAFG00020021601 ENSCAFG00020021603 C18orf54 (ENSCAFG00020021611) STARD6 (ENSCAFG00020021613) ENSCAFG00020021615 POLI (ENSCAFG00020021618) MBD2 (ENSCAFG00020021622) DCC (ENSCAFG00020021641) ENSCAFG00020021658 MEX3C (ENSCAFG00020021673) Dingo MODERN SPECIES 271 ENSCAFG00020001153 ENSCAFG00020001167 AHCTF1 (ENSCAFG00020001201) ENSCAFG00020001339 ENSCAFG00020001351 CDC42BPA (ENSCAFG00020001364) COQ8A (ENSCAFG00020001368) PSEN2 (ENSCAFG00020001399) ITPKB (ENSCAFG00020001406) STUM (ENSCAFG00020001421) PARP1 (ENSCAFG00020001660) LIN9 (ENSCAFG00020003192) ENSCAFG00020003200 ENSCAFG00020003202 ACBD3 (ENSCAFG00020003210) ENSCAFG00020003228 ##21 SDE2 (ENSCAFG00020003247) ENSCAFG00020003248 PYCR2 (ENSCAFG00020003264) TMEM63A (ENSCAFG00020003274) EPHX1 (ENSCAFG00020003279) SRP9 (ENSCAFG00020003285) ENAH (ENSCAFG00020003296) LBR (ENSCAFG00020003321) ENSCAFG00020003326 ENSCAFG00020003333 ENSCAFG00020003357 ENSCAFG00020003361 ENSCAFG00020003365 CNIH3 (ENSCAFG00020003397) WDR26 (ENSCAFG00020003429) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000161841.n ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00550000074794 ENSGT00940000162785 ENSGT00520000059630 ENSGT00390000008829 ENSGT00940000155161 ENSGT00390000013877 ENSGT01030000234618.B ENSGT00940000159554 ENSGT00940000157967 ENSGT00940000157143 American mink MODERN SPECIES 73 DEGS1 (ENSNVIG00000015892) NVL (ENSNVIG00000015670) CNIH4 (ENSNVIG00000015648) WDR26 (ENSNVIG00000015630) CNIH3 (ENSNVIG00000015610) DNAH14 (ENSNVIG00000015327) LBR (ENSNVIG00000015260) ENAH (ENSNVIG00000015156) SRP9 (ENSNVIG00000015125) EPHX1 (ENSNVIG00000015107) TMEM63A (ENSNVIG00000015042) ENSNVIG00000015022 PYCR2 (ENSNVIG00000014966) ENSNVIG00000014955 SDE2 (ENSNVIG00000014947) ENSNVIG00000014926 ##21 ACBD3 (ENSNVIG00000014901) LIN9 (ENSNVIG00000014864) PARP1 (ENSNVIG00000014805) STUM (ENSNVIG00000014784) ITPKB (ENSNVIG00000014754) PRDX6 (ENSNVIG00000014746) SLC9C2 (ENSNVIG00000014705) TEX50 (ENSNVIG00000014691) ANKRD45 (ENSNVIG00000014684) KLHL20 (ENSNVIG00000014655) CENPL (ENSNVIG00000014636) DARS2 (ENSNVIG00000014589) ZBTB37 (ENSNVIG00000014530) SERPINC1 (ENSNVIG00000014501) RC3H1 (ENSNVIG00000014438) Ursidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Giant Panda MODERN SPECIES 662 ENSAMEG00000025614 ##21 Ursus ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505.u ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ib ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000160590 Polar bear MODERN SPECIES 99 NVL (ENSUMAG00000016175) CNIH4 (ENSUMAG00000016149) WDR26 (ENSUMAG00000016061) CNIH3 (ENSUMAG00000016035) ENSUMAG00000016027 ENSUMAG00000015993 ENSUMAG00000015973 LBR (ENSUMAG00000015941) ENSUMAG00000015934 ENSUMAG00000015926 SRP9 (ENSUMAG00000015908) EPHX1 (ENSUMAG00000015847) TMEM63A (ENSUMAG00000015417) PYCR2 (ENSUMAG00000015272) SDE2 (ENSUMAG00000015254) ENSUMAG00000015236 ##21 ACBD3 (ENSUMAG00000015197) LIN9 (ENSUMAG00000015190) PARP1 (ENSUMAG00000014555) ENSUMAG00000014454 PSEN2 (ENSUMAG00000014436) COQ8A (ENSUMAG00000014369) CDC42BPA (ENSUMAG00000014320) AHCTF1 (ENSUMAG00000013411) ENSUMAG00000013333 SCCPDH (ENSUMAG00000013328) ENSUMAG00000013325 TFB2M (ENSUMAG00000013324) ENSUMAG00000013322 ENSUMAG00000013317 EFCAB2 (ENSUMAG00000013304) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 140 ENSOGAG00000013532 RALY (ENSOGAG00000032337) ENSOGAG00000001417 AHCY (ENSOGAG00000016787) ITCH (ENSOGAG00000016792) ENSOGAG00000016802 MAP1LC3A (ENSOGAG00000027682) PIGU (ENSOGAG00000003518) TP53INP2 (ENSOGAG00000006332) NCOA6 (ENSOGAG00000006333) GGT7 (ENSOGAG00000012970) ACSS2 (ENSOGAG00000001803) GSS (ENSOGAG00000001806) MYH7B (ENSOGAG00000001809) TRPC4AP (ENSOGAG00000001822) ENSOGAG00000029126 ##21 ENSOGAG00000026955 EDEM2 (ENSOGAG00000001826) PROCR (ENSOGAG00000001829) MMP24 (ENSOGAG00000008970) EIF6 (ENSOGAG00000001831) FAM83C (ENSOGAG00000001833) UQCC1 (ENSOGAG00000001840) GDF5 (ENSOGAG00000029192) ENSOGAG00000000333 CEP250 (ENSOGAG00000034414) ENSOGAG00000000342 ENSOGAG00000026840 ERGIC3 (ENSOGAG00000026774) ENSOGAG00000030487 SPAG4 (ENSOGAG00000000805) Bushbaby MODERN SPECIES 160 VSTM2A (ENSOGAG00000005539) SEC61G (ENSOGAG00000010262) ENSOGAG00000031014 EGFR (ENSOGAG00000009092) LANCL2 (ENSOGAG00000009098) VOPP1 (ENSOGAG00000008223) ENSOGAG00000002817 ENSOGAG00000033158 SDE2 (ENSOGAG00000002069) ENSOGAG00000024312 ##21 ACBD3 (ENSOGAG00000004334) MIXL1 (ENSOGAG00000027252) ENSOGAG00000007352 PARP1 (ENSOGAG00000016206) ENSOGAG00000032900 ENSOGAG00000026713 ENSOGAG00000027093 RHOU (ENSOGAG00000002345) RAB4A (ENSOGAG00000008356) ENSOGAG00000008357 ACTA1 (ENSOGAG00000016005) NUP133 (ENSOGAG00000006736) ENSOGAG00000006746 ENSOGAG00000003024 URB2 (ENSOGAG00000003021) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 970 ENSPSMG00000012716 ACER3 (ENSPSMG00000012733) B3GNT6 (ENSPSMG00000012738) CAPN5 (ENSPSMG00000012780) MYO7A (ENSPSMG00000012875) GDPD4 (ENSPSMG00000012887) ENSPSMG00000012895 PAK1 (ENSPSMG00000013092) AQP11 (ENSPSMG00000013331) CLNS1A (ENSPSMG00000013404) RSF1 (ENSPSMG00000013477) AAMDC (ENSPSMG00000013511) INTS4 (ENSPSMG00000013557) ENSPSMG00000013577 ##21 KCTD14 (ENSPSMG00000013579) THRSP (ENSPSMG00000013585) NDUFC2 (ENSPSMG00000013598) ALG8 (ENSPSMG00000013689) KCTD21 (ENSPSMG00000013751) ENSPSMG00000013755 USP35 (ENSPSMG00000013781) GAB2 (ENSPSMG00000013794) NARS2 (ENSPSMG00000013898) TENM4 (ENSPSMG00000014042) Mouse lemur MODERN SPECIES 7 EXOC7 (ENSMICG00000007750) ZACN (ENSMICG00000007743) GALR2 (ENSMICG00000038284) SRP68 (ENSMICG00000007726) EVPL (ENSMICG00000007705) CDK3 (ENSMICG00000045151) TEN1 (ENSMICG00000042402) ACOX1 (ENSMICG00000033103) FBF1 (ENSMICG00000007674) MRPL38 (ENSMICG00000045774) TRIM65 (ENSMICG00000035411) TRIM47 (ENSMICG00000007653) WBP2 (ENSMICG00000007645) UNC13D (ENSMICG00000007618) UNK (ENSMICG00000007591) ENSMICG00000041607 ##21 GALK1 (ENSMICG00000035768) ITGB4 (ENSMICG00000007555) SAP30BP (ENSMICG00000007548) RECQL5 (ENSMICG00000007529) SMIM5 (ENSMICG00000047767) MYO15B (ENSMICG00000043633) LLGL2 (ENSMICG00000007483) TSEN54 (ENSMICG00000044012) CASKIN2 (ENSMICG00000007455) TMEM94 (ENSMICG00000007421) GRB2 (ENSMICG00000007414) SLC25A19 (ENSMICG00000007405) MIF4GD (ENSMICG00000007607) MRPS7 (ENSMICG00000007599) GGA3 (ENSMICG00000007579) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Mas night monkey MODERN SPECIES 925 ENSANAG00000019875 ##21 ENSANAG00000023051 PLS3 (ENSANAG00000035343) ENSANAG00000025092 LRCH2 (ENSANAG00000032964) IL13RA2 (ENSANAG00000038042) HTR2C (ENSANAG00000029302) ENSANAG00000038242 AMOT (ENSANAG00000020413) LHFPL1 (ENSANAG00000033553) TRPC5 (ENSANAG00000034028) ALG13 (ENSANAG00000027292) SERTM2 (ENSANAG00000001590) DCX (ENSANAG00000036270) CAPN6 (ENSANAG00000038219) PAK3 (ENSANAG00000037154) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 165 TSPAN6 (ENSSBOG00000035182) SRPX2 (ENSSBOG00000027490) SYTL4 (ENSSBOG00000001847) ENSSBOG00000027919 CSTF2 (ENSSBOG00000021649) NOX1 (ENSSBOG00000026785) XKRX (ENSSBOG00000022190) ARL13A (ENSSBOG00000024611) TRMT2B (ENSSBOG00000020336) TMEM35A (ENSSBOG00000022548) CENPI (ENSSBOG00000010675) DRP2 (ENSSBOG00000023966) TAF7L (ENSSBOG00000023870) ENSSBOG00000029851 BTK (ENSSBOG00000028229) ENSSBOG00000018776 ##21 ENSSBOG00000033998 GLA (ENSSBOG00000035213) ARMCX4 (ENSSBOG00000033782) ARMCX1 (ENSSBOG00000018942) ENSSBOG00000021316 ZMAT1 (ENSSBOG00000029970) ENSSBOG00000028959 Marmoset MODERN SPECIES 11 ENSCJAG00000087109 PRKAA1 (ENSCJAG00000007341) TTC33 (ENSCJAG00000047411) PTGER4 (ENSCJAG00000007410) DAB2 (ENSCJAG00000007426) C9 (ENSCJAG00000007477) FYB1 (ENSCJAG00000007485) RICTOR (ENSCJAG00000007501) OSMR (ENSCJAG00000007577) ENSCJAG00000078983 ENSCJAG00000074673 LIFR (ENSCJAG00000007608) EGFLAM (ENSCJAG00000007668) GDNF (ENSCJAG00000007761) WDR70 (ENSCJAG00000007784) ENSCJAG00000070684 ##21 NUP155 (ENSCJAG00000017976) ENSCJAG00000085546 ENSCJAG00000078551 CPLANE1 (ENSCJAG00000018003) NIPBL (ENSCJAG00000018052) SLC1A3 (ENSCJAG00000018196) ENSCJAG00000082486 ENSCJAG00000069947 RANBP3L (ENSCJAG00000018235) NADK2 (ENSCJAG00000018248) SKP2 (ENSCJAG00000018275) LMBRD2 (ENSCJAG00000018328) UGT3A1 (ENSCJAG00000018354) ENSCJAG00000065949 CAPSL (ENSCJAG00000018371) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Gibbon DUPLICATION Gibbon MODERN SPECIES 5 CKAP5 (ENSNLEG00000014160) LRP4 (ENSNLEG00000014206) CSTPP1 (ENSNLEG00000014283) ARFGAP2 (ENSNLEG00000014290) PACSIN3 (ENSNLEG00000014344) DDB2 (ENSNLEG00000014385) ACP2 (ENSNLEG00000014425) NR1H3 (ENSNLEG00000014458) MADD (ENSNLEG00000014491) ENSNLEG00000014525 SPI1 (ENSNLEG00000014555) ENSNLEG00000014565 PSMC3 (ENSNLEG00000014572) RAPSN (ENSNLEG00000014627) CELF1 (ENSNLEG00000014638) ENSNLEG00000033020 ##21 PTPMT1 (ENSNLEG00000033815) KBTBD4 (ENSNLEG00000014672) NDUFS3 (ENSNLEG00000028559) ENSNLEG00000014694 MTCH2 (ENSNLEG00000034575) AGBL2 (ENSNLEG00000014711) FNBP4 (ENSNLEG00000014720) NUP160 (ENSNLEG00000014735) ENSNLEG00000033967 PTPRJ (ENSNLEG00000014775) ENSNLEG00000027973 ENSNLEG00000031203 ENSNLEG00000017985 SLC35C1 (ENSNLEG00000017984) ENSNLEG00000017983 Gibbon MODERN SPECIES 4 ENSNLEG00000002127 GALR2 (ENSNLEG00000002077) SRP68 (ENSNLEG00000030920) EVPL (ENSNLEG00000001989) CDK3 (ENSNLEG00000001987) ENSNLEG00000034654 ACOX1 (ENSNLEG00000001872) ENSNLEG00000033184 ENSNLEG00000001842 MRPL38 (ENSNLEG00000001792) ENSNLEG00000030489 ENSNLEG00000001753 WBP2 (ENSNLEG00000001625) UNC13D (ENSNLEG00000001584) UNK (ENSNLEG00000001120) ENSNLEG00000034288 ##21 GALK1 (ENSNLEG00000001523) ITGB4 (ENSNLEG00000001287) SAP30BP (ENSNLEG00000001192) RECQL5 (ENSNLEG00000001129) SMIM6 (ENSNLEG00000030376) SMIM5 (ENSNLEG00000030736) ENSNLEG00000001105 LLGL2 (ENSNLEG00000001073) ENSNLEG00000001071 CASKIN2 (ENSNLEG00000000997) TMEM94 (ENSNLEG00000000882) GRB2 (ENSNLEG00000000865) ENSNLEG00000027839 SLC25A19 (ENSNLEG00000000813) MIF4GD (ENSNLEG00000000764) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.a ##21 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.a ##21 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.a ##21 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 10 SPHK2 (ENSMFAG00000036114) CA11 (ENSMFAG00000003432) ENSMFAG00000049242 FUT2 (ENSMFAG00000065065) MAMSTR (ENSMFAG00000045502) ENSMFAG00000002655 IZUMO1 (ENSMFAG00000016667) FUT1 (ENSMFAG00000064726) FGF21 (ENSMFAG00000031896) BCAT2 (ENSMFAG00000001784) ENSMFAG00000050388 PLEKHA4 (ENSMFAG00000040559) PPP1R15A (ENSMFAG00000041869) TULP2 (ENSMFAG00000000586) NUCB1 (ENSMFAG00000003135) ENSMFAG00000029389 ##21 SLC6A16 (ENSMFAG00000017537) ENSMFAG00000032972 TEAD2 (ENSMFAG00000035667) DKKL1 (ENSMFAG00000033720) KASH5 (ENSMFAG00000008806) NOSIP (ENSMFAG00000031153) PRRG2 (ENSMFAG00000034285) RRAS (ENSMFAG00000029942) ENSMFAG00000048188 IRF3 (ENSMFAG00000033004) BCL2L12 (ENSMFAG00000042931) PRMT1 (ENSMFAG00000043429) ADM5 (ENSMFAG00000029240) CPT1C (ENSMFAG00000039271) TSKS (ENSMFAG00000046167) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 248 DPY19L4 (ENSMNEG00000032177) INTS8 (ENSMNEG00000032790) CCNE2 (ENSMNEG00000035282) TP53INP1 (ENSMNEG00000028730) LHB (ENSMNEG00000038560) ENSMNEG00000036413 RUVBL2 (ENSMNEG00000035982) ENSMNEG00000029682 NTF4 (ENSMNEG00000008451) KCNA7 (ENSMNEG00000036415) SNRNP70 (ENSMNEG00000038057) LIN7B (ENSMNEG00000036207) PPFIA3 (ENSMNEG00000044190) HRC (ENSMNEG00000032961) TRPM4 (ENSMNEG00000044458) ENSMNEG00000031663 ##21 SLC6A16 (ENSMNEG00000032765) CD37 (ENSMNEG00000040079) TEAD2 (ENSMNEG00000030869) DKKL1 (ENSMNEG00000040824) KASH5 (ENSMNEG00000040116) PTH2 (ENSMNEG00000045538) GFY (ENSMNEG00000045535) SLC17A7 (ENSMNEG00000036752) PIH1D1 (ENSMNEG00000035306) ALDH16A1 (ENSMNEG00000039451) FLT3LG (ENSMNEG00000029282) ENSMNEG00000034977 RPS11 (ENSMNEG00000043643) FCGRT (ENSMNEG00000036913) RCN3 (ENSMNEG00000031036) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000156821.e.a ENSGT00940000156821.e.b ENSGT00940000162786 ENSGT00940000156366.a.b ENSGT00940000161301.c.b.a ENSGT00390000008529 ENSGT00730000110943.B ENSGT00940000155794 ENSGT00940000154601.c.b ENSGT00940000154601.c.a ENSGT00940000162815 ENSGT00610000086153 ENSGT00390000000571 ENSGT00390000004906 ENSGT01030000234555.a.a.a.c.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.b ##21 ENSGT00940000153592.B.b.b ENSGT01100000263584.b.b.a ENSGT00940000163029.u.b ENSGT00940000154556.tb.b ENSGT00910000147500 ENSGT01100000263584.b.b.b ENSGT00940000153491.b.a ENSGT00390000003833 ENSGT00940000159687 ENSGT00500000044989 ENSGT00940000160353 ENSGT00940000153307.c.a.g ENSGT00940000153307.c.b.b.c.c.a ENSGT00940000153307.c.b.b.d.b ENSGT00940000153307.c.b.b.d.a Macaca ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000161301.c.a ENSGT00940000156821.e.a ENSGT00940000156821.e.b ENSGT00940000162786 ENSGT00940000156366.a.b ENSGT00940000161301.c.b.a ENSGT00390000008529 ENSGT00730000110943.B ENSGT00940000155794 ENSGT00940000154601.c.a ENSGT00940000162815 ENSGT00610000086153 ENSGT00390000000571 ENSGT00390000004906 ENSGT01030000234555.a.a.a.c.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.b ##21 ENSGT00940000153592.B.b.b ENSGT01100000263584.b.b.a ENSGT00940000163029.u.b ENSGT00940000154556.tb.b ENSGT00940000153491.b.a ENSGT01100000263584.b.b.b ENSGT00940000159687 ENSGT00500000044989 ENSGT00940000160353 ENSGT00940000153307.c.a.g ENSGT00940000153307.c.b.b.c.c.a ENSGT00940000153307.c.b.b.d.a.a ENSGT00940000153120.k.b ENSGT00940000154179.m.a.b.b ENSGT00940000153934.a.a.d Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000162786 ENSGT00940000156366.a.b ENSGT00940000161301.c.b.a ENSGT00390000008529 ENSGT00730000110943.B ENSGT00940000155794 ENSGT00940000154601.c.b ENSGT00940000154601.c.a ENSGT00940000162815 ENSGT01030000240290 ENSGT00610000086153 ENSGT00390000000571 ENSGT00390000004906 ENSGT01100000263493.a.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT01030000234555.a.a.a.c.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.b ##21 ENSGT00940000153592.B.b.b ENSGT01100000263584.b.b.a ENSGT00940000163029.u.b ENSGT00940000154556.tb.b ENSGT00940000153491.b.a ENSGT01100000263584.b.b.b ENSGT00940000159687 ENSGT00500000044989 ENSGT00940000160353 ENSGT00940000153307.c.a.g ENSGT00940000153307.c.b.b.c.c.a ENSGT00940000153307.c.b.b.d.a.a ENSGT00940000154179.m.a.b.b ENSGT00940000153934.a.a.d ENSGT00940000153120.k.a.b.a.k.a Crab-eating macaque MODERN SPECIES 1 ENSMFAG00000055306 ENSMFAG00000041281 ENSMFAG00000033266 CABIN1 (ENSMFAG00000045334) SUSD2 (ENSMFAG00000010252) GGT5 (ENSMFAG00000001878) ENSMFAG00000029063 LRRC75B (ENSMFAG00000037291) ENSMFAG00000060861 SNRPD3 (ENSMFAG00000033628) GUCD1 (ENSMFAG00000034092) UPB1 (ENSMFAG00000045510) ENSMFAG00000050188 ADORA2A (ENSMFAG00000031796) SPECC1L (ENSMFAG00000031971) ENSMFAG00000048124 ##21 ENSMFAG00000013705 ENSMFAG00000003707 ENSMFAG00000059927 ENSMFAG00000003497 BCR (ENSMFAG00000044501) ENSMFAG00000015927 RAB36 (ENSMFAG00000003128) RSPH14 (ENSMFAG00000044101) GNAZ (ENSMFAG00000045950) ENSMFAG00000001839 ENSMFAG00000063102 ENSMFAG00000062312 ENSMFAG00000035597 IGLV4-3 (ENSMFAG00000056661) IGLV3-9 (ENSMFAG00000025871) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00940000153307.c.a.h.k.a.a ENSGT00520000056310.A.d ENSGT00940000161598.f.c.b ENSGT01100000263584.a.b ENSGT00940000154601.c.a ENSGT00940000162815 ENSGT00610000086153 ENSGT00390000000571 ENSGT00390000004906 ENSGT01030000234555.a.a.a.c.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.b ##21 ENSGT00940000153592.B.b.b ENSGT01100000263584.b.a ENSGT00940000163029.u.b ENSGT00940000154556.tb.b ENSGT00910000147500 ENSGT00940000153491.b.a ENSGT00390000003833 ENSGT00940000159687 ENSGT00940000160353 ENSGT00500000044989 ENSGT00940000153307.c.a.g ENSGT00940000153120.k.b ENSGT00940000154179.m.a.b.b ENSGT00940000153934.a.a.d ENSGT00940000153120.k.a.b.a.k.a Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 107 ENSGT01100000263584.a.b ENSGT00940000154601.c.a ENSGT00940000162815 ENSGT00610000086153 ENSGT00390000000571 ENSGT00390000004906 ENSGT01030000234555.a.a.a.c.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.nb.b ##21 ENSGT00940000153592.B.b.b ENSGT01100000263584.b.a.a ENSGT01100000263584.b.a.b ENSGT00940000163029.u.b ENSGT00940000154556.tb.b ENSGT00910000147500 ENSGT00940000153491.b.a ENSGT01100000263584.b.b.b ENSGT00940000159687 ENSGT00500000044989 ENSGT00940000160353 ENSGT00940000153307.c.b.b.d.b ENSGT00940000153307.c.b.b.c.c.b ENSGT00940000153307.c.b.b.c.d ENSGT00940000153120.k.b Drill MODERN SPECIES 1003 ENSMLEG00000033515 ENSMLEG00000043324 ENSMLEG00000028427 ENSMLEG00000040213 LRRC75B (ENSMLEG00000037962) SNRPD3 (ENSMLEG00000037548) GUCD1 (ENSMLEG00000031029) UPB1 (ENSMLEG00000038023) ADORA2A (ENSMLEG00000028854) SPECC1L (ENSMLEG00000039212) ENSMLEG00000009871 ##21 ENSMLEG00000025505 ENSMLEG00000037438 ENSMLEG00000037929 BCR (ENSMLEG00000042208) ENSMLEG00000027968 RAB36 (ENSMLEG00000034054) RSPH14 (ENSMLEG00000035722) GNAZ (ENSMLEG00000036503) ENSMLEG00000028414 ENSMLEG00000020697 ENSMLEG00000041297 ENSMLEG00000020081 ENSMLEG00000035582 ENSMLEG00000011721 ENSMLEG00000027701 Olive baboon MODERN SPECIES 7 PPIL2 (ENSPANG00000020040) YPEL1 (ENSPANG00000022265) MAPK1 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ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 ENSGT00940000162821 ENSGT00390000006522.b Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00950000182962.b.b ENSGT00530000063583.b ENSGT00390000002881 ENSGT00390000018635.c ENSGT00940000160723 ENSGT00940000158213 ENSGT00940000162994.e.a.c ENSGT00390000011776.cb ENSGT01100000263539.a.a.b.b.b.b.a.b.a.b ENSGT00390000000510.c ENSGT00390000007279.c.a ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000161944 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ob ##21 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00940000159970 ENSGT00960000190362.E.b ENSGT00950000183105.A.m.a.r.j.a ENSGT00390000012138.a.a.j.b ENSGT00900000143015 ENSGT00940000155725 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000162991 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 14 ENSMFAG00000002281 SLC22A16 (ENSMFAG00000031557) ENSMFAG00000058474 CDK19 (ENSMFAG00000042294) ENSMFAG00000047745 AMD1 (ENSMFAG00000031017) ENSMFAG00000052069 GTF3C6 (ENSMFAG00000001340) RPF2 (ENSMFAG00000053628) SLC16A10 (ENSMFAG00000037297) MFSD4B (ENSMFAG00000041427) REV3L (ENSMFAG00000040266) ENSMFAG00000059257 ENSMFAG00000054213 TRAF3IP2 (ENSMFAG00000002710) ENSMFAG00000048845 ##21 FYN (ENSMFAG00000000074) CCN6 (ENSMFAG00000038144) TUBE1 (ENSMFAG00000043188) FAM229B (ENSMFAG00000045226) ENSMFAG00000056511 LAMA4 (ENSMFAG00000037073) ENSMFAG00000064818 ENSMFAG00000031632 ENSMFAG00000018794 ENSMFAG00000052224 HDAC2 (ENSMFAG00000040542) HS3ST5 (ENSMFAG00000061930) ENSMFAG00000063529 ENSMFAG00000047737 FRK (ENSMFAG00000000665) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182962.b.b ENSGT00530000063583.b ENSGT00390000002881 ENSGT00390000018635.c ENSGT00940000160723 ENSGT00940000158213 ENSGT00940000162994.e.a.c ENSGT00390000018509.a.n ENSGT00390000000510 ENSGT00390000007279.c.a ENSGT00940000155416.a.b.e.b ENSGT00940000157966 ENSGT00530000063320.B ENSGT00940000156226 ENSGT00940000161944 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.ob ##21 ENSGT00940000155462 ENSGT00940000160119 ENSGT00940000155723.a ENSGT00390000017996.b ENSGT00910000147633 ENSGT00940000159970 ENSGT00940000154281.m.b.a.a.a.a ENSGT00730000111419 ENSGT00940000155725 ENSGT00910000147939 ENSGT00940000158991 ENSGT00940000156987 ENSGT00940000154317.a.b ENSGT00940000155676.r ENSGT00940000162991 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 16 GPR6 (ENSPANG00000008203) WASF1 (ENSPANG00000007144) CDC40 (ENSPANG00000023241) METTL24 (ENSPANG00000000582) DDO (ENSPANG00000006524) SLC22A16 (ENSPANG00000016951) ENSPANG00000043778 ENSPANG00000044122 CDK19 (ENSPANG00000006920) AMD1 (ENSPANG00000006182) RPF2 (ENSPANG00000018834) SLC16A10 (ENSPANG00000005013) MFSD4B (ENSPANG00000006921) ENSPANG00000041335 REV3L (ENSPANG00000020083) ENSPANG00000046707 ##21 TRAF3IP2 (ENSPANG00000022012) FYN (ENSPANG00000003402) CCN6 (ENSPANG00000021139) TUBE1 (ENSPANG00000005681) FAM229B (ENSPANG00000046703) LAMA4 (ENSPANG00000012999) ENSPANG00000032439 ENSPANG00000040680 ENSPANG00000049180 MARCKS (ENSPANG00000023060) HDAC2 (ENSPANG00000004969) HS3ST5 (ENSPANG00000020863) ENSPANG00000039146 ENSPANG00000045691 FRK (ENSPANG00000015735) Olive baboon MODERN SPECIES 792 ATP1B4 (ENSPANG00000011672) LAMP2 (ENSPANG00000000964) ENSPANG00000041141 CUL4B (ENSPANG00000000965) MCTS1 (ENSPANG00000011471) C1GALT1C1 (ENSPANG00000023999) ENSPANG00000050037 ENSPANG00000050218 ENSPANG00000046726 ENSPANG00000049871 ENSPANG00000044422 ENSPANG00000043773 GRIA3 (ENSPANG00000023324) ENSPANG00000037614 THOC2 (ENSPANG00000004038) ENSPANG00000041096 ##21 ENSPANG00000050061 ENSPANG00000044057 STAG2 (ENSPANG00000013929) ENSPANG00000042118 ENSPANG00000044681 XIAP (ENSPANG00000019077) ENSPANG00000038162 ENSPANG00000045930 TEX13D (ENSPANG00000037467) SH2D1A (ENSPANG00000001186) TENM1 (ENSPANG00000002300) TEX13C (ENSPANG00000029900) ENSPANG00000048415 ENSPANG00000038760 DCAF12L1 (ENSPANG00000015250) Vervet Monkey DUPLICATION Vervet Monkey MODERN SPECIES 192 ENSCSAG00000019472 AKAP14 (ENSCSAG00000018346) NKAP (ENSCSAG00000018345) RHOXF1 (ENSCSAG00000018344) ENSCSAG00000018343 ZBTB33 (ENSCSAG00000019473) TMEM255A (ENSCSAG00000018341) ATP1B4 (ENSCSAG00000018340) LAMP2 (ENSCSAG00000018339) CUL4B (ENSCSAG00000018338) MCTS1 (ENSCSAG00000018337) C1GALT1C1 (ENSCSAG00000019474) ENSCSAG00000019475 GRIA3 (ENSCSAG00000018334) THOC2 (ENSCSAG00000018332) ENSCSAG00000019476 ##21 ENSCSAG00000018331 STAG2 (ENSCSAG00000018330) SH2D1A (ENSCSAG00000018329) TENM1 (ENSCSAG00000018328) ENSCSAG00000018327 ENSCSAG00000019477 PRR32 (ENSCSAG00000018326) Vervet Monkey MODERN SPECIES 28 CEP55 (ENSCSAG00000006295) FFAR4 (ENSCSAG00000006287) RBP4 (ENSCSAG00000006283) PDE6C (ENSCSAG00000006251) FRA10AC1 (ENSCSAG00000006223) LGI1 (ENSCSAG00000006218) SLC35G1 (ENSCSAG00000006214) PLCE1 (ENSCSAG00000006211) NOC3L (ENSCSAG00000006207) TBC1D12 (ENSCSAG00000006197) ENSCSAG00000006183 HELLS (ENSCSAG00000006181) CYP2C9 (ENSCSAG00000006176) ENSCSAG00000018443 CYP2C8 (ENSCSAG00000006171) ENSCSAG00000018444 ##21 PDLIM1 (ENSCSAG00000006169) SORBS1 (ENSCSAG00000006164) ALDH18A1 (ENSCSAG00000006154) TCTN3 (ENSCSAG00000006148) ENTPD1 (ENSCSAG00000006143) ENSCSAG00000006140 ENSCSAG00000006127 ENSCSAG00000006123 CCNJ (ENSCSAG00000006119) ZNF518A (ENSCSAG00000018445) BLNK (ENSCSAG00000006097) DNTT (ENSCSAG00000006057) OPALIN (ENSCSAG00000006053) TM9SF3 (ENSCSAG00000006050) PIK3AP1 (ENSCSAG00000006047) Vervet Monkey MODERN SPECIES 17 CDC73 (ENSCSAG00000013431) KCNT2 (ENSCSAG00000013529) CFH (ENSCSAG00000013551) CFHR4 (ENSCSAG00000013559) CFHR2 (ENSCSAG00000013569) CFHR5 (ENSCSAG00000013575) F13B (ENSCSAG00000013580) ASPM (ENSCSAG00000013591) ZBTB41 (ENSCSAG00000013610) CRB1 (ENSCSAG00000013619) DENND1B (ENSCSAG00000013627) C1orf53 (ENSCSAG00000013637) LHX9 (ENSCSAG00000013642) NEK7 (ENSCSAG00000013647) ATP6V1G3 (ENSCSAG00000013651) ENSCSAG00000013661 ##21 PTPRC (ENSCSAG00000013674) ENSCSAG00000000249 NR5A2 (ENSCSAG00000013702) ZNF281 (ENSCSAG00000000250) KIF14 (ENSCSAG00000013776) DDX59 (ENSCSAG00000013799) CAMSAP2 (ENSCSAG00000013807) GPR25 (ENSCSAG00000000251) INAVA (ENSCSAG00000013813) KIF21B (ENSCSAG00000013828) CACNA1S (ENSCSAG00000013846) ASCL5 (ENSCSAG00000000252) TMEM9 (ENSCSAG00000013860) PKP1 (ENSCSAG00000013888) TNNT2 (ENSCSAG00000013948) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3217 DSCC1 (ENSRROG00000038114) TAF2 (ENSRROG00000042488) ENPP2 (ENSRROG00000025107) CCN3 (ENSRROG00000031528) ENSRROG00000042191 ##21 MAL2 (ENSRROG00000045784) COLEC10 (ENSRROG00000022514) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 64 GNS (ENSRBIG00000027952) RASSF3 (ENSRBIG00000031466) TBK1 (ENSRBIG00000039261) XPOT (ENSRBIG00000041353) C12orf56 (ENSRBIG00000042657) ENSRBIG00000042123 KICS2 (ENSRBIG00000028281) SRGAP1 (ENSRBIG00000035921) ENSRBIG00000023256 ##21 RXYLT1 (ENSRBIG00000039309) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Ofcc1 (ENSPEMG00000020547) Slc35b3 (ENSPEMG00000001883) Eef1e1 (ENSPEMG00000018182) Bloc1s5 (ENSPEMG00000030914) Txndc5 (ENSPEMG00000009019) Bmp6 (ENSPEMG00000014388) Snrnp48 (ENSPEMG00000008872) Dsp (ENSPEMG00000014596) Riok1 (ENSPEMG00000017844) Cage1 (ENSPEMG00000008259) Ssr1 (ENSPEMG00000010303) Rreb1 (ENSPEMG00000014153) Ly86 (ENSPEMG00000008759) F13a1 (ENSPEMG00000016989) Nrn1 (ENSPEMG00000010532) ENSPEMG00000027489 ##21 ENSPEMG00000029972 ENSPEMG00000028708 Fars2 (ENSPEMG00000017477) Lyrm4 (ENSPEMG00000030913) Ppp1r3g (ENSPEMG00000014441) Rpp40 (ENSPEMG00000020809) Cdyl (ENSPEMG00000022690) ENSPEMG00000021110 ENSPEMG00000021161 Tex56 (ENSPEMG00000020583) Fam217a (ENSPEMG00000020354) Prpf4b (ENSPEMG00000020358) ENSPEMG00000031049 Fam50b (ENSPEMG00000024324) Pxdc1 (ENSPEMG00000021893) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 Hecw2 (ENSCGRG00001016301) Ccdc150 (ENSCGRG00001015128) Gtf3c3 (ENSCGRG00001014543) Pgap1 (ENSCGRG00001016707) Ankrd44 (ENSCGRG00001018584) Sf3b1 (ENSCGRG00001016990) Coq10b (ENSCGRG00001015271) HSPD1 (ENSCGRG00001021126) ENSCGRG00001015345 Mob4 (ENSCGRG00001024203) Rftn2 (ENSCGRG00001017788) Mars2 (ENSCGRG00001010364) Boll (ENSCGRG00001020168) ENSCGRG00001009537 Plcl1 (ENSCGRG00001015676) ENSCGRG00001010393 ##21 Hsfy2 (ENSCGRG00001009926) Satb2 (ENSCGRG00001019669) 1700066M21Rik (ENSCGRG00001016585) Tyw5 (ENSCGRG00001015297) Maip1 (ENSCGRG00001018639) Spats2l (ENSCGRG00001019123) Kctd18 (ENSCGRG00001016666) ENSCGRG00001016045 Aox1 (ENSCGRG00001018485) Aox3 (ENSCGRG00001016559) Aox4 (ENSCGRG00001016089) Aox2 (ENSCGRG00001017735) Bzw1 (ENSCGRG00001017178) Clk1 (ENSCGRG00001018410) Ppil3 (ENSCGRG00001021470) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.a ##21 Degu MODERN SPECIES 197 TTC4 (ENSODEG00000012043) MROH7 (ENSODEG00000011770) FAM151A (ENSODEG00000011460) ACOT11 (ENSODEG00000011967) ENSODEG00000020148 SSBP3 (ENSODEG00000011890) MRPL37 (ENSODEG00000013096) CYB5RL (ENSODEG00000013330) CDCP2 (ENSODEG00000012753) TCEANC2 (ENSODEG00000013526) ENSODEG00000013663 LDLRAD1 (ENSODEG00000011774) LRRC42 (ENSODEG00000012283) IFT25 (ENSODEG00000013069) DIO1 (ENSODEG00000012387) ENSODEG00000019895 ##21 L3MBTL2 (ENSODEG00000013665) CHADL (ENSODEG00000012116) RANGAP1 (ENSODEG00000014583) ZC3H7B (ENSODEG00000012411) TEF (ENSODEG00000014126) TOB2 (ENSODEG00000020030) ENSODEG00000013125 ACO2 (ENSODEG00000012550) ENSODEG00000013641 CSDC2 (ENSODEG00000015733) PMM1 (ENSODEG00000012155) DESI1 (ENSODEG00000012652) XRCC6 (ENSODEG00000015847) SNU13 (ENSODEG00000015632) ENSODEG00000012993 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 27 ENSHGLG00000019806 ENSHGLG00000034553 ENSHGLG00000046052 ENSHGLG00000000901 ENSHGLG00000001024 ENSHGLG00000019846 ENSHGLG00000000768 ENSHGLG00000000796 ENSHGLG00000041678 WDFY3 (ENSHGLG00000002966) CDS1 (ENSHGLG00000049384) ENSHGLG00000004589 ENSHGLG00000004204 ENSHGLG00000035706 ENSHGLG00000037327 ENSHGLG00000045281 ##21 ENSHGLG00000043322 Gpat3 (ENSHGLG00000003421) ENSHGLG00000037131 ENSHGLG00000036220 ENSHGLG00000036989 HELQ (ENSHGLG00000019137) HPSE (ENSHGLG00000018930) ENSHGLG00000016197 ENSHGLG00000049647 PLAC8 (ENSHGLG00000016121) COPS4 (ENSHGLG00000044616) ENSHGLG00000013973 SHCBP1 (ENSHGLG00000049778) ENSHGLG00000001863 ORC6 (ENSHGLG00000040263) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 ANK1 (ENSHGLG00000003086) KAT6A (ENSHGLG00000003976) ENSHGLG00000046201 AP3M2 (ENSHGLG00000003868) PLAT (ENSHGLG00000003529) IKBKB (ENSHGLG00000002996) Polb (ENSHGLG00000033147) DKK4 (ENSHGLG00000018668) VDAC3 (ENSHGLG00000018734) ENSHGLG00000034139 SLC20A2 (ENSHGLG00000019122) ENSHGLG00000035600 ENSHGLG00000020593 CHRNB3 (ENSHGLG00000017680) ENSHGLG00000003713 ENSHGLG00000020007 ##21 ENSHGLG00000040189 ENSHGLG00000003116 ENSHGLG00000040563 ENSHGLG00000037811 THAP1 (ENSHGLG00000036606) ENSHGLG00000038726 FNTA (ENSHGLG00000000048) SGK196 (ENSHGLG00000000861) ENSHGLG00000006947 ENSHGLG00000040922 ENSHGLG00000005486 SNCAIP (ENSHGLG00000004400) ENSHGLG00000004284 SNX2 (ENSHGLG00000004121) SNX24 (ENSHGLG00000044370) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.b ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.b ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.b ##21 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.b ##21 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.sb.b ##21 Degu MODERN SPECIES 92 ALG11 (ENSODEG00000006330) ATP7B (ENSODEG00000007053) CCDC70 (ENSODEG00000019333) ENSODEG00000019356 WDFY2 (ENSODEG00000009682) INTS6 (ENSODEG00000009210) SERPINE3 (ENSODEG00000006232) FAM124A (ENSODEG00000006565) ENSODEG00000006175 C13orf42 (ENSODEG00000005880) ENSODEG00000007411 ENSODEG00000006793 DLEU7 (ENSODEG00000006775) ENSODEG00000006650 ##21 ENSODEG00000006325 ENSODEG00000019247 TRIM13 (ENSODEG00000005624) ENSODEG00000006101 ENSODEG00000005796 ENSODEG00000006427 EBPL (ENSODEG00000006022) RCBTB1 (ENSODEG00000009239) SETDB2 (ENSODEG00000005653) CAB39L (ENSODEG00000005405) CDADC1 (ENSODEG00000005355) MLNR (ENSODEG00000005947) ENSODEG00000019344 FNDC3A (ENSODEG00000005882) ENSODEG00000005498 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 17 CHEK2 (ENSSVLG00005013622) HSCB (ENSSVLG00005013889) ENSSVLG00005013977 XBP1 (ENSSVLG00005014110) ENSSVLG00005014358 ZNRF3 (ENSSVLG00005014418) C22orf31 (ENSSVLG00005014531) KREMEN1 (ENSSVLG00005014585) EMID1 (ENSSVLG00005014741) RHBDD3 (ENSSVLG00005015229) ENSSVLG00005015564 GAS2L1 (ENSSVLG00005016901) RASL10A (ENSSVLG00005016957) AP1B1 (ENSSVLG00005017064) ENSSVLG00005017183 ENSSVLG00005017256 ##21 THOC5 (ENSSVLG00005017316) NIPSNAP1 (ENSSVLG00005017412) NF2 (ENSSVLG00005017565) CABP7 (ENSSVLG00005018067) ZMAT5 (ENSSVLG00005018150) UQCR10 (ENSSVLG00005018199) ASCC2 (ENSSVLG00005018252) MTMR3 (ENSSVLG00005018401) ENSSVLG00005018603 ENSSVLG00005018631 ENSSVLG00005018783 WSCD2 (ENSSVLG00005018822) CMKLR1 (ENSSVLG00005018877) FICD (ENSSVLG00005018898) SART3 (ENSSVLG00005018955) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 6 ENSSVLG00005015236 ENSSVLG00005015253 OSTF1 (ENSSVLG00005015295) NMRK1 (ENSSVLG00005015348) CARNMT1 (ENSSVLG00005015445) C9orf40 (ENSSVLG00005015497) TRPM6 (ENSSVLG00005015687) RORB (ENSSVLG00005016809) ANXA1 (ENSSVLG00005017085) ENSSVLG00005017133 TMC1 (ENSSVLG00005017203) ENSSVLG00005017634 ZFAND5 (ENSSVLG00005017720) ENSSVLG00005017771 GDA (ENSSVLG00005017869) ENSSVLG00005018403 ##21 ENSSVLG00005018452 C9orf85 (ENSSVLG00005018493) ABHD17B (ENSSVLG00005018539) CEMIP2 (ENSSVLG00005018615) TRPM3 (ENSSVLG00005019886) KLF9 (ENSSVLG00005021773) SMC5 (ENSSVLG00005021802) MAMDC2 (ENSSVLG00005021856) CFAP95 (ENSSVLG00005021956) PTAR1 (ENSSVLG00005022066) APBA1 (ENSSVLG00005022160) ENTREP1 (ENSSVLG00005022461) TJP2 (ENSSVLG00005022528) ENSSVLG00005022798 PIP5K1B (ENSSVLG00005022876) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 HEBP1 (ENSHGLG00000010439) ENSHGLG00000035694 FAM234B (ENSHGLG00000007444) GSG1 (ENSHGLG00000005919) EMP1 (ENSHGLG00000033633) GRIN2B (ENSHGLG00000007400) ATF7IP (ENSHGLG00000005472) PLBD1 (ENSHGLG00000017510) GUCY2C (ENSHGLG00000008125) HIST1H4I (ENSHGLG00000040933) H2AJ (ENSHGLG00000038135) WBP11 (ENSHGLG00000015110) SMCO3 (ENSHGLG00000016997) ART4 (ENSHGLG00000012046) MGP (ENSHGLG00000010697) ENSHGLG00000033085 ##21 ERP27 (ENSHGLG00000006570) ARHGDIB (ENSHGLG00000017937) PDE6H (ENSHGLG00000016447) RERG (ENSHGLG00000043638) PTPRO (ENSHGLG00000005809) EPS8 (ENSHGLG00000014063) ENSHGLG00000018779 ENSHGLG00000016785 DERA (ENSHGLG00000008563) SLC15A5 (ENSHGLG00000018627) MGST1 (ENSHGLG00000047521) LMO3 (ENSHGLG00000042625) RERGL (ENSHGLG00000010746) PIK3C2G (ENSHGLG00000006770) CAPZA3 (ENSHGLG00000020130) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 10 GPSM2 (ENSHGLG00000008243) CLCC1 (ENSHGLG00000012601) ENSHGLG00000047611 ENSHGLG00000032871 WDR47 (ENSHGLG00000016168) TAF13 (ENSHGLG00000044536) TMEM167B (ENSHGLG00000049341) ENSHGLG00000042516 ELAPOR1 (ENSHGLG00000006684) ENSHGLG00000032171 SARS (ENSHGLG00000004639) ##27 CELSR2 (ENSHGLG00000009055) PSRC1 (ENSHGLG00000047908) MYBPHL (ENSHGLG00000007407) ENSHGLG00000047296 ENSHGLG00000021182 ##21 SORT1 (ENSHGLG00000015001) PSMA5 (ENSHGLG00000044451) SYPL2 (ENSHGLG00000010069) ATXN7L2 (ENSHGLG00000005562) CYB561D1 (ENSHGLG00000035267) AMIGO1 (ENSHGLG00000032192) GPR61 (ENSHGLG00000009351) ENSHGLG00000011088 GNAT2 (ENSHGLG00000004723) AMPD2 (ENSHGLG00000006180) ENSHGLG00000034487 ENSHGLG00000042317 ENSHGLG00000006348 ENSHGLG00000049395 ENSHGLG00000020668 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 23 ENSHGLG00000033989 ENSHGLG00000033449 ENSHGLG00000040233 ENSHGLG00000031991 ENSHGLG00000031868 ENSHGLG00000047861 ENSHGLG00000045546 ENSHGLG00000041763 ENSHGLG00000041916 ENSHGLG00000035401 ENSHGLG00000035379 ENSHGLG00000046275 ENSHGLG00000039820 ENSHGLG00000045661 IGKC (ENSHGLG00000035237) ENSHGLG00000035924 ##21 RPIA (ENSHGLG00000033904) EIF2AK3 (ENSHGLG00000014965) ENSHGLG00000005434 ENSHGLG00000006125 ENSHGLG00000007187 ENSHGLG00000010289 ENSHGLG00000050979 FABP1 (ENSHGLG00000050149) SMYD1 (ENSHGLG00000050629) ENSHGLG00000042877 ENSHGLG00000037617 ENSHGLG00000038505 ENSHGLG00000004771 ENSHGLG00000048608 ENSHGLG00000033472 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 3 HEMGN (ENSHGLG00000002822) ENSHGLG00000049665 ANP32B (ENSHGLG00000046539) NANS (ENSHGLG00000002503) TRIM14 (ENSHGLG00000003771) CORO2A (ENSHGLG00000043978) TBC1D2 (ENSHGLG00000002200) GABBR2 (ENSHGLG00000003518) ANKS6 (ENSHGLG00000003003) GALNT12 (ENSHGLG00000002782) COL15A1 (ENSHGLG00000002025) TGFBR1 (ENSHGLG00000002925) ALG2 (ENSHGLG00000002815) SEC61B (ENSHGLG00000045366) ENSHGLG00000037562 ENSHGLG00000020212 ##21 NR4A3 (ENSHGLG00000047547) STX17 (ENSHGLG00000002172) ERP44 (ENSHGLG00000008208) ENSHGLG00000032583 INVS (ENSHGLG00000005116) TEX10 (ENSHGLG00000004561) MSANTD3 (ENSHGLG00000004426) TMEFF1 (ENSHGLG00000003019) MURC (ENSHGLG00000035685) PLPPR1 (ENSHGLG00000008477) ENSHGLG00000037623 BAAT (ENSHGLG00000006846) ENSHGLG00000042541 MRPL50 (ENSHGLG00000004483) ZNF189 (ENSHGLG00000011643) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Kangaroo rat MODERN SPECIES 322 ENSDORG00000009511 ENSDORG00000024387 ENSDORG00000027513 ENSDORG00000028332 Lrig3 (ENSDORG00000010362) ENSDORG00000028445 Slc16a7 (ENSDORG00000012107) ENSDORG00000025562 ENSDORG00000026705 Tafa2 (ENSDORG00000025792) Usp15 (ENSDORG00000004368) Mon2 (ENSDORG00000000894) Ppm1h (ENSDORG00000007916) Avpr1a (ENSDORG00000026784) ENSDORG00000027389 ENSDORG00000024673 ##21 Rxylt1 (ENSDORG00000006729) Srgap1 (ENSDORG00000006730) Kics2 (ENSDORG00000027543) D930020B18Rik (ENSDORG00000002715) Xpot (ENSDORG00000000259) Tbk1 (ENSDORG00000013423) Rassf3 (ENSDORG00000004445) Gns (ENSDORG00000015245) Tbc1d30 (ENSDORG00000003244) Wif1 (ENSDORG00000006658) Lemd3 (ENSDORG00000023349) Msrb3 (ENSDORG00000009037) Hmga2 (ENSDORG00000024316) Llph (ENSDORG00000027068) Tmbim4 (ENSDORG00000014156) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00390000018505.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000160505 ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1795 ENSNGAG00000007235 ENSNGAG00000013471 Tmem63a (ENSNGAG00000010999) ENSNGAG00000007205 Pycr2 (ENSNGAG00000004193) ENSNGAG00000023800 ENSNGAG00000006685 Sde2 (ENSNGAG00000022889) ENSNGAG00000008728 ##21 Acbd3 (ENSNGAG00000019285) Mixl1 (ENSNGAG00000018300) Lin9 (ENSNGAG00000010078) Parp1 (ENSNGAG00000003885) Stum (ENSNGAG00000007799) Itpkb (ENSNGAG00000006387) ENSNGAG00000004558 Psen2 (ENSNGAG00000023668) Coq8a (ENSNGAG00000022006) ENSNGAG00000015462 Cdc42bpa (ENSNGAG00000016580) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 22 Tmem253 (ENSPEMG00000023613) Zfp219 (ENSPEMG00000014102) Arhgef40 (ENSPEMG00000024242) Rnase13 (ENSPEMG00000006492) Tppp2 (ENSPEMG00000014496) Ndrg2 (ENSPEMG00000016941) Slc39a2 (ENSPEMG00000001593) Mettl17 (ENSPEMG00000022743) ENSPEMG00000023630 Rnase1 (ENSPEMG00000014451) Rnase6 (ENSPEMG00000031196) ENSPEMG00000014380 ENSPEMG00000029059 ENSPEMG00000027124 ##21 ENSPEMG00000025799 ENSPEMG00000027493 ##21 ENSPEMG00000030222 ENSPEMG00000028391 ENSPEMG00000027577 ENSPEMG00000026364 Or6s1 (ENSPEMG00000014845) Rnase12 (ENSPEMG00000017671) ENSPEMG00000027205 Rnase9 (ENSPEMG00000024580) ENSPEMG00000009458 Rnase10 (ENSPEMG00000006846) ENSPEMG00000007850 Pip4p1 (ENSPEMG00000007503) Apex1 (ENSPEMG00000019097) Osgep (ENSPEMG00000023499) Klhl33 (ENSPEMG00000007067) #26 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Atp2c2 (ENSPEMG00000014405) Wfdc1 (ENSPEMG00000009882) Kcng4 (ENSPEMG00000027802) Adad2 (ENSPEMG00000004734) Taf1c (ENSPEMG00000014044) Dnaaf1 (ENSPEMG00000000781) Hsdl1 (ENSPEMG00000013927) Mbtps1 (ENSPEMG00000016147) Slc38a8 (ENSPEMG00000024033) Necab2 (ENSPEMG00000019626) Osgin1 (ENSPEMG00000020010) Mlycd (ENSPEMG00000019846) ENSPEMG00000030115 Cdh13 (ENSPEMG00000019421) Mphosph6 (ENSPEMG00000019756) ENSPEMG00000031107 ##21 Hsd17b2 (ENSPEMG00000016574) Sdr42e1 (ENSPEMG00000029375) Plcg2 (ENSPEMG00000018570) Cmip (ENSPEMG00000019741) Gan (ENSPEMG00000020147) Bco1 (ENSPEMG00000020066) Pkd1l2 (ENSPEMG00000019583) Gcsh (ENSPEMG00000019328) 1700030J22Rik (ENSPEMG00000014171) ENSPEMG00000011494 Atmin (ENSPEMG00000019534) Cenpn (ENSPEMG00000002034) ENSPEMG00000020157 Cdyl2 (ENSPEMG00000019625) Dynlrb2 (ENSPEMG00000019948) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Edn1 (ENSPEMG00000026888) Phactr1 (ENSPEMG00000007922) Tbc1d7 (ENSPEMG00000020296) Gfod1 (ENSPEMG00000025051) Sirt5 (ENSPEMG00000006919) Nol7 (ENSPEMG00000013753) Ranbp9 (ENSPEMG00000010137) Mcur1 (ENSPEMG00000028181) Rnf182 (ENSPEMG00000014628) Cd83 (ENSPEMG00000017094) Jarid2 (ENSPEMG00000018289) Dtnbp1 (ENSPEMG00000010033) Mylip (ENSPEMG00000017674) Gmpr (ENSPEMG00000009461) Atxn1 (ENSPEMG00000014930) ENSPEMG00000024939 ##21 Stmnd1 (ENSPEMG00000018528) Rbm24 (ENSPEMG00000028542) Cap2 (ENSPEMG00000016116) Nup153 (ENSPEMG00000020772) Kif13a (ENSPEMG00000021156) Nhlrc1 (ENSPEMG00000014363) ENSPEMG00000031330 Tpmt (ENSPEMG00000013719) Kdm1b (ENSPEMG00000000253) ENSPEMG00000011094 Rnf144b (ENSPEMG00000026855) Id4 (ENSPEMG00000026044) Zfp169 (ENSPEMG00000000674) Ptpdc1 (ENSPEMG00000013276) ENSPEMG00000031327 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 22 Hnrnpc (ENSPEMG00000017899) Or5au1 (ENSPEMG00000026100) Tmem253 (ENSPEMG00000023613) Zfp219 (ENSPEMG00000014102) Arhgef40 (ENSPEMG00000024242) Rnase13 (ENSPEMG00000006492) Tppp2 (ENSPEMG00000014496) Ndrg2 (ENSPEMG00000016941) Slc39a2 (ENSPEMG00000001593) Mettl17 (ENSPEMG00000022743) ENSPEMG00000023630 Rnase1 (ENSPEMG00000014451) Rnase6 (ENSPEMG00000031196) ENSPEMG00000014380 ENSPEMG00000029059 ENSPEMG00000027124 ##21 ENSPEMG00000025799 ENSPEMG00000027493 ##21 ENSPEMG00000030222 ENSPEMG00000028391 ENSPEMG00000027577 ENSPEMG00000026364 Or6s1 (ENSPEMG00000014845) Rnase12 (ENSPEMG00000017671) ENSPEMG00000027205 Rnase9 (ENSPEMG00000024580) ENSPEMG00000009458 Rnase10 (ENSPEMG00000006846) ENSPEMG00000007850 Pip4p1 (ENSPEMG00000007503) Apex1 (ENSPEMG00000019097) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 111 Manea (ENSCGRG00001013459) ENSCGRG00001010511 ENSCGRG00001009500 Epha7 (ENSCGRG00001024038) Map3k7 (ENSCGRG00001006542) Bach2 (ENSCGRG00001022819) Gja10 (ENSCGRG00001006501) ENSCGRG00001015514 Mdn1 (ENSCGRG00001013549) Lyrm2 (ENSCGRG00001008264) Ankrd6 (ENSCGRG00001020575) Rragd (ENSCGRG00001002084) Ube2j1 (ENSCGRG00001011645) Gabrr2 (ENSCGRG00001000639) Gabrr1 (ENSCGRG00001023329) ENSCGRG00001007791 ##21 Pm20d2 (ENSCGRG00001020497) Srsf12 (ENSCGRG00001002679) Pnrc1 (ENSCGRG00001003862) ENSCGRG00001023707 ENSCGRG00001021982 Cnr1 (ENSCGRG00001010105) Spaca1 (ENSCGRG00001016168) Akirin2 (ENSCGRG00001013427) Orc3 (ENSCGRG00001023069) Rars2 (ENSCGRG00001021675) SLC35A1 (ENSCGRG00001019920) Cfap206 (ENSCGRG00001002156) ENSCGRG00001014099 Smim8 (ENSCGRG00001012821) ENSCGRG00001006646 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 33 Endov (ENSCGRG00001000788) Rnf213 (ENSCGRG00001011097) Slc26a11 (ENSCGRG00001011926) Sgsh (ENSCGRG00001023288) Card14 (ENSCGRG00001012254) ENSCGRG00001022918 Gaa (ENSCGRG00001017996) Ccdc40 (ENSCGRG00001000517) Tbc1d16 (ENSCGRG00001023861) Cbx4 (ENSCGRG00001019500) Cbx8 (ENSCGRG00001016000) Cbx2 (ENSCGRG00001021218) Enpp7 (ENSCGRG00001024304) Rbfox3 (ENSCGRG00001019476) Engase (ENSCGRG00001020002) ENSCGRG00001011091 ##21 C1qtnf1 (ENSCGRG00001013304) Cant1 (ENSCGRG00001017568) Lgals3bp (ENSCGRG00001017663) Cep295nl (ENSCGRG00001014121) Timp2 (ENSCGRG00001020133) Usp36 (ENSCGRG00001022244) Cyth1 (ENSCGRG00001012660) ENSCGRG00001024575 Dnah17 (ENSCGRG00001007869) PGS1 (ENSCGRG00001019173) Socs3 (ENSCGRG00001002299) Tha1 (ENSCGRG00001015743) Tmem235 (ENSCGRG00001003448) ENSCGRG00001024015 Afmid (ENSCGRG00001014003) Murinae ANCESTRAL SPECIES 11 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(MGP_PahariEiJ_G0028208) Itpkb (MGP_PahariEiJ_G0028207) Psen2 (MGP_PahariEiJ_G0028206) Coq8a (MGP_PahariEiJ_G0028205) Cdc42bpa (MGP_PahariEiJ_G0028204) MGP_PahariEiJ_G0028203 MGP_PahariEiJ_G0028202 Kif28 (MGP_PahariEiJ_G0028201) Sccpdh (MGP_PahariEiJ_G0028200) Cnst (MGP_PahariEiJ_G0028199) MGP_PahariEiJ_G0028198 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160505 ENSGT01000000214622.a.a.a ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a.j.b ENSGT00390000013448.a.a.j.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.z ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.y.a.b ENSGT00390000010056.y.a.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00860000135936 ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Ryukyu mouse MODERN SPECIES Srp9 (MGP_CAROLIEiJ_G0014997) Enah (MGP_CAROLIEiJ_G0014996) Lbr (MGP_CAROLIEiJ_G0014995) MGP_CAROLIEiJ_G0014994 Ccdc121rt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014993) Cnih3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014992) MGP_CAROLIEiJ_G0014991 Cnih4 (MGP_CAROLIEiJ_G0014990) Nvl (MGP_CAROLIEiJ_G0014989) Ephx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014988) Tmem63a (MGP_CAROLIEiJ_G0014987) Pycr2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014986) MGP_CAROLIEiJ_G0014985 MGP_CAROLIEiJ_G0014984 Sde2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014983) MGP_CAROLIEiJ_G0014982 ##21 Acbd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014981) Mixl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014980) MGP_CAROLIEiJ_G0014979 Parp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014978) Stum (MGP_CAROLIEiJ_G0014977) Itpkb (MGP_CAROLIEiJ_G0014976) Psen2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014975) Coq8a (MGP_CAROLIEiJ_G0014974) Cdc42bpa (MGP_CAROLIEiJ_G0014973) MGP_CAROLIEiJ_G0014972 Ahctf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014971) Kif28 (MGP_CAROLIEiJ_G0014970) Sccpdh (MGP_CAROLIEiJ_G0014969) Cnst (MGP_CAROLIEiJ_G0014968) MGP_CAROLIEiJ_G0014967 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 Mus_C ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160505 ENSGT01000000214622.a.a.a ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.B ENSGT00570000079239 ENSGT00390000013448.a.a.j.b ENSGT00390000013448.a.a.j.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.z ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.y.a.b ENSGT00390000010056.y.a.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b.tb ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188.u ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00860000135936 ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b spretus MODERN SPECIES Enah (MGP_SPRETEiJ_G0015796) Lbr (MGP_SPRETEiJ_G0015795) MGP_SPRETEiJ_G0015794 MGP_SPRETEiJ_G0015793 Cnih3 (MGP_SPRETEiJ_G0015792) Wdr26 (MGP_SPRETEiJ_G0015791) Cnih4 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Sccpdh (ENSJJAG00000016528) Cnst (ENSJJAG00000019924) Tfb2m (ENSJJAG00000019285) Smyd3 (ENSJJAG00000024434) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 59 Adck5 (ENSJJAG00000014921) Slc52a2 (ENSJJAG00000010981) Fbxl6 (ENSJJAG00000011494) Scrt1 (ENSJJAG00000015743) Dgat1 (ENSJJAG00000017517) Hsf1 (ENSJJAG00000024049) Scx (ENSJJAG00000023885) Bop1 (ENSJJAG00000003954) Mroh1 (ENSJJAG00000017014) Hgh1 (ENSJJAG00000023992) ENSJJAG00000022903 ENSJJAG00000014076 ENSJJAG00000019872 Sharpin (ENSJJAG00000011432) Cyc1 (ENSJJAG00000013463) ENSJJAG00000023798 ##21 ENSJJAG00000018517 ENSJJAG00000020202 Exosc4 (ENSJJAG00000009655) Oplah (ENSJJAG00000023595) Smpd5 (ENSJJAG00000018992) Spatc1 (ENSJJAG00000019701) ENSJJAG00000015533 Parp10 (ENSJJAG00000017801) Plec (ENSJJAG00000012390) BC024139 (ENSJJAG00000016163) Nrbp2 (ENSJJAG00000015418) Puf60 (ENSJJAG00000001076) Scrib (ENSJJAG00000016202) Iqank1 (ENSJJAG00000022777) Fam83h (ENSJJAG00000021217) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 138 ENSJJAG00000016758 ENSJJAG00000016531 ENSJJAG00000013189 Dusp4 (ENSJJAG00000015845) Tnks (ENSJJAG00000010315) ENSJJAG00000000167 ENSJJAG00000022750 Ppp1r3b (ENSJJAG00000012925) Eri1 (ENSJJAG00000015740) Mfhas1 (ENSJJAG00000015209) Gm19410 (ENSJJAG00000001787) Cldn23 (ENSJJAG00000013088) Prag1 (ENSJJAG00000022855) Lonrf1 (ENSJJAG00000001000) ENSJJAG00000000560 ENSJJAG00000013644 ##21 ENSJJAG00000021792 Arrb2 (ENSJJAG00000018893) Med11 (ENSJJAG00000018121) Cxcl16 (ENSJJAG00000012250) Zmynd15 (ENSJJAG00000007512) ENSJJAG00000000395 Tm4sf5 (ENSJJAG00000022769) Vmo1 (ENSJJAG00000021838) ENSJJAG00000013546 Psmb6 (ENSJJAG00000013428) Gm40193 (ENSJJAG00000013274) Pld2 (ENSJJAG00000006796) Mink1 (ENSJJAG00000004577) 4930544D05Rik (ENSJJAG00000021193) Chrne (ENSJJAG00000019286) Tree shrew DUPLICATION Tree shrew MODERN SPECIES 2289 ENSTBEG00000007579 ##21 CLVS2 (ENSTBEG00000007374) Tree shrew DUPLICATION Tree shrew MODERN SPECIES 6274 ENSTBEG00000001403 ##21 Tree shrew MODERN SPECIES 7503 ENSTBEG00000016588 ##21 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Armadillo MODERN SPECIES 2205 WDPCP (ENSDNOG00000038652) ENSDNOG00000047467 MDH1 (ENSDNOG00000013329) UGP2 (ENSDNOG00000014882) VPS54 (ENSDNOG00000010697) PELI1 (ENSDNOG00000047280) LGALSL (ENSDNOG00000036857) ENSDNOG00000043010 ENSDNOG00000044856 ENSDNOG00000047214 ENSDNOG00000040550 ##21 SERTAD2 (ENSDNOG00000005514) SLC1A4 (ENSDNOG00000005164) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Elephant DUPLICATION Elephant MODERN SPECIES 301 EVX2 (ENSLAFG00000013264) LNPK (ENSLAFG00000004502) ENSLAFG00000010768 ATF2 (ENSLAFG00000006463) CHN1 (ENSLAFG00000011074) CHRNA1 (ENSLAFG00000011067) WIPF1 (ENSLAFG00000028992) GPR155 (ENSLAFG00000010245) SCRN3 (ENSLAFG00000010241) CIR1 (ENSLAFG00000010236) SP9 (ENSLAFG00000026573) OLA1 (ENSLAFG00000002706) ENSLAFG00000032705 SP3 (ENSLAFG00000013121) CDCA7 (ENSLAFG00000013007) ENSLAFG00000002511 ##21 ENSLAFG00000017140 RAPGEF4 (ENSLAFG00000009822) PDK1 (ENSLAFG00000004732) ITGA6 (ENSLAFG00000004724) DLX2 (ENSLAFG00000003554) DLX1 (ENSLAFG00000003551) METAP1D (ENSLAFG00000008879) HAT1 (ENSLAFG00000010213) SLC25A12 (ENSLAFG00000018521) DYNC1I2 (ENSLAFG00000018517) CYBRD1 (ENSLAFG00000016525) DCAF17 (ENSLAFG00000003558) METTL8 (ENSLAFG00000003151) TLK1 (ENSLAFG00000004201) GORASP2 (ENSLAFG00000005881) Elephant MODERN SPECIES 369 GLRA2 (ENSLAFG00000003888) GEMIN8 (ENSLAFG00000001835) ENSLAFG00000025772 GPM6B (ENSLAFG00000014415) OFD1 (ENSLAFG00000014402) ENSLAFG00000014401 RAB9A (ENSLAFG00000022900) ENSLAFG00000012231 TCEANC (ENSLAFG00000011834) EGFL6 (ENSLAFG00000011830) TMSB4Y (ENSLAFG00000012453) TLR8 (ENSLAFG00000011755) TLR7 (ENSLAFG00000001156) PRPS2 (ENSLAFG00000013920) FRMPD4 (ENSLAFG00000026270) ENSLAFG00000015817 ##21 MSL3 (ENSLAFG00000021932) AMELX (ENSLAFG00000004777) ARHGAP6 (ENSLAFG00000004773) HCCS (ENSLAFG00000004769) MID1 (ENSLAFG00000008423) CLCN4 (ENSLAFG00000002239) WWC3 (ENSLAFG00000015423) ENSLAFG00000029687 Sauria ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.a ENSGT00940000161670 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT00940000161069 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.a Episquamata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT00940000161069 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000161445 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT00940000161069 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000161445.bb ENSGT00390000014682.a ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548.d ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT00940000161069 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT00940000162247.a ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457.d ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000161445.cb ENSGT00940000161445.bb ENSGT00390000014682.a ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548.d ENSGT00390000002548.c ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT00940000161069 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457.d ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000155288.b ENSGT00940000159883 ENSGT00940000161445.bb ENSGT00390000014682.a ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548.c ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT00940000161069 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457.d ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00530000063461.B ENSGT00940000160230 Eastern brown snake MODERN SPECIES 77 PSMD8 (ENSPTXG00000019025) ENSPTXG00000019026 ENSPTXG00000019027 ENSPTXG00000019028 #16 SLC8A2 (ENSPTXG00000019029) ##11 ENSPTXG00000019030 ENSPTXG00000019031 NAPA (ENSPTXG00000019032) ENSPTXG00000019033 ZNF541 (ENSPTXG00000019034) BICRA (ENSPTXG00000019035) EHD2 (ENSPTXG00000019036) NOP53 (ENSPTXG00000019037) #20 ENSPTXG00000019039 ENSPTXG00000019040 ENSPTXG00000019041 ##21 CRX (ENSPTXG00000019042) ENSPTXG00000019043 #15 DMAC2 (ENSPTXG00000019044) #18 B3GNT8 (ENSPTXG00000019045) BCKDHA (ENSPTXG00000019046) EXOSC5 (ENSPTXG00000019047) ENSPTXG00000019048 CCDC97 (ENSPTXG00000019049) ENSPTXG00000019050 AXL (ENSPTXG00000019051) CLPTM1 (ENSPTXG00000019052) ENSPTXG00000019053 CLASRP (ENSPTXG00000019054) GEMIN7 (ENSPTXG00000019056) ENSPTXG00000019057 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000157162 ENSGT00940000159399 ENSGT00940000165900 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Common canary MODERN SPECIES 897 ENSSCAG00000000261 ##21 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT00940000161069 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000157162 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000161445 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057.f #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000155454.t ENSGT00940000160232 ENSGT00940000157162 ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.a Emydidae ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000161445 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057.f #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000157823 ENSGT00940000155454.t ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000160457.e ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000157162 ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.a ENSGT00940000161670 ENSGT00940000162064.c.a.a.a.b.e painted turtle MODERN SPECIES 949 PSMD8 (ENSCPBG00000008752) ENSCPBG00000008758 MEIS3 (ENSCPBG00000008795) #16 SLC8A2 (ENSCPBG00000008974) ##11 KPTN (ENSCPBG00000008980) NAPA (ENSCPBG00000008994) ENSCPBG00000009000 ZNF541 (ENSCPBG00000009004) BICRA (ENSCPBG00000009017) ENSCPBG00000009030 ENSCPBG00000009033 EHD2 (ENSCPBG00000009041) NOP53 (ENSCPBG00000009047) #20 ENSCPBG00000009057 #19 ENSCPBG00000009062 ENSCPBG00000009066 ##21 CRX (ENSCPBG00000009076) ENSCPBG00000009093 #15 DMAC2 (ENSCPBG00000009103) #18 B3GNT8 (ENSCPBG00000009107) BCKDHA (ENSCPBG00000009111) ENSCPBG00000009119 ENSCPBG00000009125 ENSCPBG00000009126 ENSCPBG00000009133 ENSCPBG00000009142 CYP2B6 (ENSCPBG00000009150) ENSCPBG00000009158 ENSCPBG00000009199 ENSCPBG00000009208 ENSCPBG00000009724 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Lamprey MODERN SPECIES 2042 ENSPMAG00000005364 h3f3b.1 (ENSPMAG00000005373) ##21 ENSPMAG00000005403 Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 2 ENSCING00000019028 rps13 (ENSCING00000018058) ENSCING00000019720 ENSCING00000020964 ENSCING00000020063 ENSCING00000022810 ENSCING00000022560 ENSCING00000024304 ENSCING00000020281 ENSCING00000022717 ENSCING00000022901 ENSCING00000018297 ENSCING00000020475 ENSCING00000024875 ENSCING00000018655 ENSCING00000002753 ##21 ENSCING00000025054 ENSCING00000018166 ENSCING00000021659 ENSCING00000020986 ENSCING00000019736 ENSCING00000021526 ENSCING00000022627 ENSCING00000017945 ENSCING00000020921 ENSCING00000020016 ENSCING00000023027 ENSCING00000020685 ENSCING00000020492 ENSCING00000018049 ENSCING00000021097 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 River trout MODERN SPECIES 18 eif3k (ENSSTUG00000020428) ##8 actn4 (ENSSTUG00000019334) ##10 ENSSTUG00000019263 ENSSTUG00000019254 slc8a2b (ENSSTUG00000019177) ##11 srsf7a (ENSSTUG00000019123) ##12 hnrnpl2 (ENSSTUG00000018829) ##13 ech1 (ENSSTUG00000018505) ##14 ENSSTUG00000018423 ##15 meis3 (ENSSTUG00000018343) ##16 ENSSTUG00000018331 ##17 sirt2 (ENSSTUG00000018168) GJD2 (ENSSTUG00000018157) ##19 nop53 (ENSSTUG00000018111) ##20 ENSSTUG00000018105 ##21 ENSSTUG00000018091 ##21 ENSSTUG00000018083 ##24 psma6l (ENSSTUG00000018066) ##25 ENSSTUG00000018059 si:dkey-260j18.2 (ENSSTUG00000018020) ##26 slc5a2 (ENSSTUG00000017792) fbxo46 (ENSSTUG00000017765) ##28 ENSSTUG00000017761 coq8b (ENSSTUG00000016640) ##29 numbl (ENSSTUG00000016566) ##30 ENSSTUG00000016459 ##31 dpf1 (ENSSTUG00000016233) ##32 ENSSTUG00000016209 ##34 ENSSTUG00000016197 ##33 ENSSTUG00000016185 MFRP (ENSSTUG00000016169) Northern pike MODERN SPECIES 4 ENSELUG00000023832 ENSELUG00000023745 SPATA20 (ENSELUG00000023737) CACNA1G (ENSELUG00000023718) ENSELUG00000023587 ogfod3 (ENSELUG00000023571) hexdc (ENSELUG00000034259) cybc1 (ENSELUG00000023549) narf (ENSELUG00000023538) ENSELUG00000023521 mrpl38 (ENSELUG00000023497) ENSELUG00000023482 wbp2 (ENSELUG00000023452) UNC13D (ENSELUG00000023439) unk (ENSELUG00000023290) ENSELUG00000030500 ##21 ENSELUG00000023261 zgc:194990 (ENSELUG00000023153) itgb4 (ENSELUG00000023106) sap30bp (ENSELUG00000022580) CDR2L (ENSELUG00000022542) mrpl58 (ENSELUG00000022498) wdr45b (ENSELUG00000022460) foxk2a (ENSELUG00000022427) ENSELUG00000022374 SHISA6 (ENSELUG00000022348) DNAH17 (ENSELUG00000022292) ENSELUG00000026536 MYOCD (ENSELUG00000022024) map2k4b (ENSELUG00000021939) adprm (ENSELUG00000021889) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 349 PIK3CB (ENSHBUG00000023142) PER2 (ENSHBUG00000000709) her13 (ENSHBUG00000023176) her8.2 (ENSHBUG00000023184) ENSHBUG00000023216 ITM2C (ENSHBUG00000023261) lpar5b (ENSHBUG00000023274) lpar5b (ENSHBUG00000023292) ENSHBUG00000023359 #15 meis3 (ENSHBUG00000023485) #16 ENSHBUG00000023507 #17 sirt2 (ENSHBUG00000023526) dmac2 (ENSHBUG00000023540) #18 GJD2 (ENSHBUG00000023556) #19 nop53 (ENSHBUG00000023625) #20 ENSHBUG00000023636 ##21 ENSHBUG00000023653 #21 ENSHBUG00000023669 #24 psma6l (ENSHBUG00000023708) #25 ENSHBUG00000023820 sars2 (ENSHBUG00000023829) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSHBUG00000001323) #26 slc5a2 (ENSHBUG00000001326) fbxo46 (ENSHBUG00000001328) #28 coq8b (ENSHBUG00000001335) #29 numbl (ENSHBUG00000000006) #30 ENSHBUG00000001342 #31 dpf1 (ENSHBUG00000001350) #32 ENSHBUG00000000007 ENSHBUG00000001371 ENSHBUG00000001373 #34 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1699 ARL6IP6 (ENSRROG00000043370) PRPF40A (ENSRROG00000032937) FMNL2 (ENSRROG00000023932) ENSRROG00000030157 ENSRROG00000015902 ##21 STAM2 (ENSRROG00000030925) CACNB4 (ENSRROG00000044165) ARL5A (ENSRROG00000040290) ENSRROG00000035506 ENSRROG00000023658 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 3 ENSSVLG00005012197 LBR (ENSSVLG00005012135) ENSSVLG00005011796 ENSSVLG00005011720 ENSSVLG00005011663 ENSSVLG00005011588 BOP1 (ENSSVLG00005011521) ENAH (ENSSVLG00005011282) SRP9 (ENSSVLG00005011178) EPHX1 (ENSSVLG00005011131) TMEM63A (ENSSVLG00005011067) ENSSVLG00005010994 PYCR2 (ENSSVLG00005010901) ENSSVLG00005010786 SDE2 (ENSSVLG00005010717) ENSSVLG00005010668 ##21 ACBD3 (ENSSVLG00005010595) MIXL1 (ENSSVLG00005010553) ENSSVLG00005010350 ENSSVLG00005010227 PARP1 (ENSSVLG00005010193) STUM (ENSSVLG00005010162) ITPKB (ENSSVLG00005010130) PSEN2 (ENSSVLG00005010078) ENSSVLG00005010048 COQ8A (ENSSVLG00005009997) ENSSVLG00005009948 CDC42BPA (ENSSVLG00005009702) AHCTF1 (ENSSVLG00005009197) ENSSVLG00005009114 SCCPDH (ENSSVLG00005009073) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010016506 ENSVURG00010016496 ENSVURG00010016481 ENSVURG00010016460 ENSVURG00010016446 ENSVURG00010016426 ENSVURG00010016408 ENSVURG00010016298 ENSVURG00010016263 ENSVURG00010016255 ENSVURG00010016235 ENSVURG00010016227 ENSVURG00010016219 ENSVURG00010016197 ENSVURG00010016188 ENSVURG00010016172 ##21 ENSVURG00010016163 ENSVURG00010016150 ENSVURG00010016145 ENSVURG00010016132 ENSVURG00010016121 ENSVURG00010016107 ENSVURG00010016090 ENSVURG00010016076 ENSVURG00010016001 ENSVURG00010015965 ENSVURG00010015938 ENSVURG00010015925 ENSVURG00010015915 ENSVURG00010015901 ENSVURG00010015887 Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 3 ENSLLEG00000030492 ENSLLEG00000030488 PLTP (ENSLLEG00000030472) PCIF1 (ENSLLEG00000030447) ENSLLEG00000030434 ZNF335 (ENSLLEG00000030412) ENSLLEG00000030401 MMP9 (ENSLLEG00000030379) SLC12A5 (ENSLLEG00000030197) NCOA5 (ENSLLEG00000030129) CD40 (ENSLLEG00000030087) CDH22 (ENSLLEG00000030063) ENSLLEG00000030055 ENSLLEG00000029863 UNK (ENSLLEG00000029781) ENSLLEG00000029753 ##21 ENSLLEG00000029707 ITGB4 (ENSLLEG00000029094) SAP30BP (ENSLLEG00000028936) ENSLLEG00000028899 RECQL5 (ENSLLEG00000028644) ENSLLEG00000028556 ENSLLEG00000028439 ENSLLEG00000028334 SLC32A1 (ENSLLEG00000028300) ARHGAP40 (ENSLLEG00000028104) ACTR5 (ENSLLEG00000028027) PPP1R16B (ENSLLEG00000027912) ENSLLEG00000027880 ENSLLEG00000027872 DHX35 (ENSLLEG00000027484) Ciona ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a.b.b ##21 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 67 ENSCING00000006480 ENSCING00000022359 ##21 ENSCING00000006521 ENSCING00000024069 ENSCING00000014830 zf(fyve)-11 (ENSCING00000006524) ENSCING00000023845 ENSCING00000020396 ENSCING00000020945 ENSCING00000024809 ENSCING00000014820 #19 ENSCING00000019383 #19 ENSCING00000020942 ENSCING00000004177 ENSCING00000014822 ENSCING00000004143 ENSCING00000004146 Ecdysozoa ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.a #21 Fruitfly MODERN SPECIES 16 CG31917 (FBgn0031668) Tfb5 (FBgn0265968) SelT (FBgn0031670) vkg (FBgn0016075) Col4a1 (FBgn0000299) CG14042 (FBgn0260451) SP555 (FBgn0260470) CG31650 (FBgn0031673) CG33995 (FBgn0053995) CG44000 (FBgn0264742) CG44001 (FBgn0264743) CG9121 (FBgn0031675) eIF3h (FBgn0022023) senju (FBgn0031676) CG14036 (FBgn0031677) His3.3A (FBgn0014857) #21 Nepl3 (FBgn0031678) Rpn11 (FBgn0028694) qtc (FBgn0028572) RpL37A (FBgn0261608) Pgant5 (FBgn0031681) CG5828 (FBgn0031682) CG4230 (FBgn0031683) ND-13A (FBgn0031684) Msp300 (FBgn0261836) Cyp28d2 (FBgn0031688) Cyp28d1 (FBgn0031689) CG7742 (FBgn0031690) CG14034 (FBgn0250847) TpnC25D (FBgn0031692) tkv (FBgn0003716) Bilateria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b ##21 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b ##21 Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a ##21 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 1575 ENSGT01100000263504.a.b.b.a ##21 ENSGT00510000049652 Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 526 jam3b (ENSNBRG00000008240) VPS26B (ENSNBRG00000008218) ENSNBRG00000008204 ENSNBRG00000008189 ENSNBRG00000008170 ##21 crx (ENSNBRG00000008158) ##24 kptn (ENSNBRG00000008127) nova1 (ENSNBRG00000008100) capns1b (ENSNBRG00000008033) zgc:153990 (ENSNBRG00000008000) dlb (ENSNBRG00000007979) ppp1r14aa (ENSNBRG00000007959) ENSNBRG00000007912 MARK4 (ENSNBRG00000007855) ckma (ENSNBRG00000007831) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Denticle herring MODERN SPECIES 17 mpg (ENSDCDG00000031218) rhbdf1a (ENSDCDG00000031236) aanat2 (ENSDCDG00000031542) ENSDCDG00000031547 mgrn1b (ENSDCDG00000031557) ubald1b (ENSDCDG00000031584) cdip1 (ENSDCDG00000031586) polr3k (ENSDCDG00000031588) snrnp25 (ENSDCDG00000031593) ENSDCDG00000031597 MRTFB (ENSDCDG00000031603) ENSDCDG00000031611 shisa9b (ENSDCDG00000031617) UNKL (ENSDCDG00000031625) IGFALS (ENSDCDG00000031661) h3f3a (ENSDCDG00000031665) ##21 gper1 (ENSDCDG00000031667) gpr146 (ENSDCDG00000031669) BAIAP3 (ENSDCDG00000031673) ube2ia (ENSDCDG00000031680) ENSDCDG00000031693 kctd5a (ENSDCDG00000031699) USP31 (ENSDCDG00000031703) hs3st2 (ENSDCDG00000031705) ENSDCDG00000031710 hs3st4 (ENSDCDG00000002895) ENSDCDG00000002908 kdm8 (ENSDCDG00000002924) nsmce1 (ENSDCDG00000002957) stk17al (ENSDCDG00000002995) atp6v0a1a (ENSDCDG00000003169) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Narwhal MODERN SPECIES 316 FOXJ1 (ENSMMNG00015019453) EXOC7 (ENSMMNG00015019543) GALR2 (ENSMMNG00015019810) SRP68 (ENSMMNG00015019838) ENSMMNG00015019917 CDK3 (ENSMMNG00015020007) TEN1 (ENSMMNG00015020028) ACOX1 (ENSMMNG00015020076) FBF1 (ENSMMNG00015020178) MRPL38 (ENSMMNG00015020240) TRIM65 (ENSMMNG00015020262) TRIM47 (ENSMMNG00015020279) WBP2 (ENSMMNG00015020308) UNC13D (ENSMMNG00015020347) UNK (ENSMMNG00015020412) ENSMMNG00015020450 ##21 GALK1 (ENSMMNG00015020470) ITGB4 (ENSMMNG00015020539) SAP30BP (ENSMMNG00015020693) ENSMMNG00015020714 RECQL5 (ENSMMNG00015020738) SMIM5 (ENSMMNG00015020801) LLGL2 (ENSMMNG00015020903) TSEN54 (ENSMMNG00015020938) CASKIN2 (ENSMMNG00015020986) TMEM94 (ENSMMNG00015021085) GRB2 (ENSMMNG00015021220) SLC25A19 (ENSMMNG00015021299) ENSMMNG00015021329 GGA3 (ENSMMNG00015021349) NUP85 (ENSMMNG00015021391) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.a ##21 Lizard MODERN SPECIES WDR26 (ENSACAG00000005514) CNIH3 (ENSACAG00000037336) ENSACAG00000031958 ENSACAG00000038832 ENSACAG00000005625 LBR (ENSACAG00000005649) ENSACAG00000038070 ENAH (ENSACAG00000005736) ENSACAG00000037803 SRP9 (ENSACAG00000005788) ENSACAG00000043572 EPHX1 (ENSACAG00000005795) TMEM63A (ENSACAG00000005883) ENSACAG00000005997 SDE2 (ENSACAG00000006012) ENSACAG00000026224 ##21 ACBD3 (ENSACAG00000006052) LIN9 (ENSACAG00000006122) PARP1 (ENSACAG00000006189) STUM (ENSACAG00000006377) ITPKB (ENSACAG00000006393) PSEN2 (ENSACAG00000006455) COQ8A (ENSACAG00000006522) CDC42BPA (ENSACAG00000006624) XDH (ENSACAG00000006868) ENSACAG00000041707 ehd3 (ENSACAG00000043712) ENSACAG00000007149 ENSACAG00000041838 GALNT14 (ENSACAG00000007314) ENSACAG00000045389 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.b ##21 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.b ##21 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.b ##21 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.b ##21 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.b ##21 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.b ##21 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.a.b ##21 Denticle herring MODERN SPECIES 4 ENSDCDG00000031302 #15 ech1 (ENSDCDG00000031320) #14 ech1 (ENSDCDG00000031621) #14 ech1 (ENSDCDG00000031629) #14 hnrnpl2 (ENSDCDG00000031696) #13 srsf7a (ENSDCDG00000031915) #12 slc8a2b (ENSDCDG00000031942) #11 ENSDCDG00000032153 actn4 (ENSDCDG00000032204) #10 zgc:85932 (ENSDCDG00000032586) #9 eif3k (ENSDCDG00000032588) #8 ENSDCDG00000032597 #7 DMWD (ENSDCDG00000032629) ENSDCDG00000032632 H3-3B (ENSDCDG00000032635) #22 ENSDCDG00000032636 ##21 ENSDCDG00000032637 #24 slc47a4 (ENSDCDG00000032643) slc47a4 (ENSDCDG00000032650) ENSDCDG00000032655 PITPNM3 (ENSDCDG00000032664) ENSDCDG00000032696 SLC35F2 (ENSDCDG00000032697) MNT (ENSDCDG00000032699) mettl16 (ENSDCDG00000032702) pafah1b1a (ENSDCDG00000032706) SLC35F2 (ENSDCDG00000032710) mettl16 (ENSDCDG00000032717) cluha (ENSDCDG00000032774) CCDC92B (ENSDCDG00000033581) tlcd2 (ENSDCDG00000033583) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 168 ENSGT00940000157287 ENSGT00970000197298 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Coelacanth MODERN SPECIES 3855 h3f3a (ENSLACG00000001043) ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Sauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00570000079239 ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000161445 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT00940000161069 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00940000162064.c.a.a.a.a.b.a Episquamata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b ENSGT00940000161901 ENSGT00940000159256 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT00940000161069 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT00940000161895 ENSGT00530000063174.b ENSGT00940000153348.C ENSGT00950000183147.A.b.a ENSGT00940000161428 ENSGT00940000160457 ENSGT00390000015495 ENSGT00940000157823 ENSGT00940000178461 ENSGT00940000160232 ENSGT00530000063461.B Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000170136 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000181148 ENSGT00940000155738 Lizard MODERN SPECIES 805 ENSACAG00000027234 ENSACAG00000038262 ##21 ENSACAG00000011257 ENSACAG00000011239 #15 DMAC2 (ENSACAG00000038768) #18 ENSACAG00000040981 B3GNT8 (ENSACAG00000023978) BCKDHA (ENSACAG00000003703) EXOSC5 (ENSACAG00000003784) TMEM91 (ENSACAG00000003792) B9D2 (ENSACAG00000003795) TGFB1 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(ENSNSUG00000007116) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00570000079239 ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000170834 ENSGT00390000014682 ENSGT00390000014139 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000158344.b ##11 ENSGT00390000002548 ENSGT00390000005826.a.a ENSGT00940000158431.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000160330 ENSGT00940000159112.b 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ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00960000189414 ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B.k.b ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Pink-footed goose MODERN SPECIES 34 FOXJ1 (ENSABRG00000018734) EXOC7 (ENSABRG00000018727) GALR2 (ENSABRG00000018722) SRP68 (ENSABRG00000018715) ENSABRG00000018597 CDK3 (ENSABRG00000018573) ENSABRG00000018569 ACOX1 (ENSABRG00000017829) FBF1 (ENSABRG00000017801) MRPL38 (ENSABRG00000017797) TRIM65 (ENSABRG00000017795) ENSABRG00000017794 WBP2 (ENSABRG00000017788) UNC13D (ENSABRG00000017777) UNK (ENSABRG00000017765) ENSABRG00000017757 ##21 GALK1 (ENSABRG00000017750) ITGB4 (ENSABRG00000017153) SAP30BP (ENSABRG00000017102) SMIM5 (ENSABRG00000017098) RECQL5 (ENSABRG00000017078) ENSABRG00000017025 LLGL2 (ENSABRG00000017009) TSEN54 (ENSABRG00000017003) ENSABRG00000016999 ENSABRG00000016995 TMEM94 (ENSABRG00000016787) ENSABRG00000016758 GRB2 (ENSABRG00000016750) SLC25A19 (ENSABRG00000016719) MIF4GD (ENSABRG00000016713) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800.a ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B.k.b ENSGT00940000153536.a.b ENSGT01070000255542 ENSGT00940000158181 ENSGT00940000153251.b.b ENSGT00940000157276.d ENSGT00550000075089 ENSGT00510000046608.A ENSGT00940000160801 Japanese quail MODERN SPECIES 57 SLC8A2 (ENSCJPG00005003163) ##11 KPTN (ENSCJPG00005003168) ZNF541 (ENSCJPG00005003173) BICRA (ENSCJPG00005003184) ENSCJPG00005003186 ENSCJPG00005003189 ENSCJPG00005003191 ENSCJPG00005003194 ENSCJPG00005003197 ##21 BCKDHA (ENSCJPG00005003201) CRX (ENSCJPG00005003206) ENSCJPG00005003207 ENSCJPG00005003215 ENSCJPG00005003217 TGFB1 (ENSCJPG00005003218) HNRNPUL1 (ENSCJPG00005003224) ENSCJPG00005003249 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000156895 ENSGT00390000003595 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800.a ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800.b ENSGT00930000151032.B.k.b ENSGT00940000153536.a.b ENSGT01070000255542 ENSGT00940000158181 ENSGT00940000153251.b.b ENSGT00940000157276.d ENSGT00550000075089 ENSGT00510000046608.A Turkey MODERN SPECIES 12 RFNG (ENSMGAG00000005207) ENSMGAG00000005163 ENSMGAG00000005146 ENSMGAG00000005000 ENSMGAG00000005530 ENSMGAG00000018301 ENSMGAG00000005559 ENSMGAG00000004920 ENSMGAG00000004971 ENSMGAG00000022889 ENSMGAG00000020869 ENSMGAG00000004963 GALK1 (ENSMGAG00000004797) ENSMGAG00000004816 SAP30BP (ENSMGAG00000004899) ENSMGAG00000004778 ##21 ENSMGAG00000019759 UNK (ENSMGAG00000004713) ENSMGAG00000004609 ENSMGAG00000004632 ENSMGAG00000004664 MRPL38 (ENSMGAG00000004583) TRIM65 (ENSMGAG00000021689) ACOX1 (ENSMGAG00000004504) FBF1 (ENSMGAG00000004527) SRP68 (ENSMGAG00000004367) ENSMGAG00000004396 CDK3 (ENSMGAG00000004451) TEN1 (ENSMGAG00000004498) ENSMGAG00000004271 ENSMGAG00000004329 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00960000189414 ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00940000170165 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189 Kakapo MODERN SPECIES 2 FBXO28 (ENSSHBG00005019953) DEGS1 (ENSSHBG00005019951) NVL (ENSSHBG00005019949) ENSSHBG00005019945 CNIH4 (ENSSHBG00005019944) WDR26 (ENSSHBG00005019940) CNIH3 (ENSSHBG00005019936) ENSSHBG00005019932 LBR (ENSSHBG00005019928) ENAH (ENSSHBG00005019923) SRP9 (ENSSHBG00005019918) EPHX1 (ENSSHBG00005019915) TMEM63A (ENSSHBG00005019913) ENSSHBG00005019911 SDE2 (ENSSHBG00005019907) ENSSHBG00005019904 ##21 ACBD3 (ENSSHBG00005019903) MIXL1 (ENSSHBG00005019902) LIN9 (ENSSHBG00005019901) PARP1 (ENSSHBG00005019898) ITPKB (ENSSHBG00005019893) PSEN2 (ENSSHBG00005019888) COQ8A (ENSSHBG00005019880) CDC42BPA (ENSSHBG00005019873) XDH (ENSSHBG00005013552) EHD3 (ENSSHBG00005012372) ENSSHBG00005012362 GALNT14 (ENSSHBG00005012346) ENSSHBG00005012332 LCLAT1 (ENSSHBG00005012321) LBH (ENSSHBG00005012308) Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153463.b ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00960000189414 ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000154784.D.a.b ENSGT00940000153463.b ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00960000189414 ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000154784.D.a.b ENSGT00940000153463.b ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00960000189414 ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 Zebra finch MODERN SPECIES 23 CRIPT (ENSTGUG00000021464) ENSTGUG00000024367 TP53BP2 (ENSTGUG00000003997) FBXO28 (ENSTGUG00000004015) DEGS1 (ENSTGUG00000021206) NVL (ENSTGUG00000004033) CNIH4 (ENSTGUG00000025113) WDR26 (ENSTGUG00000004059) CNIH3 (ENSTGUG00000004070) LBR (ENSTGUG00000004083) ENAH (ENSTGUG00000004097) EPHX1 (ENSTGUG00000004133) TMEM63A (ENSTGUG00000004155) ENSTGUG00000004196 SDE2 (ENSTGUG00000004203) H3F3A (ENSTGUG00000004210) ##21 ACBD3 (ENSTGUG00000004214) MIXL1 (ENSTGUG00000004229) LIN9 (ENSTGUG00000004230) PARP1 (ENSTGUG00000004260) STUM (ENSTGUG00000019558) ITPKB (ENSTGUG00000004318) PSEN2 (ENSTGUG00000004332) COQ8A 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(ENSPMJG00000011838) ENSPMJG00000011836 EPHX1 (ENSPMJG00000011835) TMEM63A (ENSPMJG00000011834) ENSPMJG00000011833 SDE2 (ENSPMJG00000011831) ENSPMJG00000011830 ##21 ACBD3 (ENSPMJG00000011829) ENSPMJG00000011828 LIN9 (ENSPMJG00000011827) PARP1 (ENSPMJG00000011359) STUM (ENSPMJG00000011358) ITPKB (ENSPMJG00000011356) PSEN2 (ENSPMJG00000011355) COQ8A (ENSPMJG00000011352) CDC42BPA (ENSPMJG00000011335) XDH (ENSPMJG00000009005) ENSPMJG00000008998 EHD3 (ENSPMJG00000008997) CAPN14 (ENSPMJG00000008988) ENSPMJG00000008987 GALNT14 (ENSPMJG00000008984) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B.i ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 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ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B.i ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00940000154582.b.b.b.b ENSGT00950000183044.a.a.a.c.a ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 koala MODERN SPECIES 12 ENSPCIG00000016909 WDR26 (ENSPCIG00000016910) CNIH3 (ENSPCIG00000016913) ENSPCIG00000016915 ENSPCIG00000016922 ENSPCIG00000016927 LBR (ENSPCIG00000016938) ENAH (ENSPCIG00000017396) SRP9 (ENSPCIG00000017399) EPHX1 (ENSPCIG00000017401) TMEM63A (ENSPCIG00000017422) ENSPCIG00000017425 ENSPCIG00000017431 ENSPCIG00000017464 SDE2 (ENSPCIG00000017466) ENSPCIG00000017467 ##21 ACBD3 (ENSPCIG00000017469) MIXL1 (ENSPCIG00000033591) LIN9 (ENSPCIG00000017472) PARP1 (ENSPCIG00000006436) STUM (ENSPCIG00000006458) ITPKB (ENSPCIG00000006460) PSEN2 (ENSPCIG00000006466) COQ8A (ENSPCIG00000006475) CDC42BPA (ENSPCIG00000006500) AHCTF1 (ENSPCIG00000003367) ENSPCIG00000003346 SCCPDH (ENSPCIG00000003299) CNST (ENSPCIG00000003285) ENSPCIG00000003268 ENSPCIG00000003263 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00400000023425 ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000160590 Elephant MODERN SPECIES 126 DEGS1 (ENSLAFG00000001728) NVL (ENSLAFG00000014807) CNIH4 (ENSLAFG00000014819) WDR26 (ENSLAFG00000013154) CNIH3 (ENSLAFG00000005787) ENSLAFG00000026932 LBR (ENSLAFG00000010594) ENAH (ENSLAFG00000003931) SRP9 (ENSLAFG00000004081) EPHX1 (ENSLAFG00000017733) TMEM63A (ENSLAFG00000017739) ENSLAFG00000002109 ENSLAFG00000002110 ENSLAFG00000002111 SDE2 (ENSLAFG00000002195) ENSLAFG00000021624 ##21 ACBD3 (ENSLAFG00000009011) MIXL1 (ENSLAFG00000022623) LIN9 (ENSLAFG00000002421) PARP1 (ENSLAFG00000007830) ENSLAFG00000028339 ENSLAFG00000011453 PSEN2 (ENSLAFG00000007445) COQ8A (ENSLAFG00000002525) CDC42BPA (ENSLAFG00000002527) AHCTF1 (ENSLAFG00000009243) SCCPDH (ENSLAFG00000001357) CNST (ENSLAFG00000016089) TFB2M (ENSLAFG00000015061) ENSLAFG00000009695 ENSLAFG00000027832 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 Rabbit MODERN SPECIES 18 ENSOCUG00000025227 BIN1 (ENSOCUG00000014862) CYP27C1 (ENSOCUG00000009153) ERCC3 (ENSOCUG00000002248) MAP3K2 (ENSOCUG00000002258) ENSOCUG00000015270 ENSOCUG00000030597 ENSOCUG00000031677 ENSOCUG00000015846 IWS1 (ENSOCUG00000004854) ENSOCUG00000027875 MYO7B (ENSOCUG00000026619) LIMS2 (ENSOCUG00000021633) GPR17 (ENSOCUG00000011371) WDR33 (ENSOCUG00000011375) ENSOCUG00000027587 ##21 ENSOCUG00000021449 AMMECR1L (ENSOCUG00000004917) ENSOCUG00000003667 GLI2 (ENSOCUG00000000638) ENSOCUG00000036307 CCDC115 (ENSOCUG00000005099) IMP4 (ENSOCUG00000002845) PTPN18 (ENSOCUG00000010571) ENSOCUG00000006394 ENSOCUG00000001909 ENSOCUG00000017253 FAM168B (ENSOCUG00000017266) PLEKHB2 (ENSOCUG00000024282) ENSOCUG00000023211 ENSOCUG00000006712 Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 10 ENSHGLG00000050970 TRIM33 (ENSHGLG00000015394) BCAS2 (ENSHGLG00000013708) ENSHGLG00000015587 AMPD1 (ENSHGLG00000016007) ENSHGLG00000009388 CSDE1 (ENSHGLG00000009620) SIKE1 (ENSHGLG00000015408) ENSHGLG00000032648 ENSHGLG00000004974 ENSHGLG00000047308 ENSHGLG00000006103 TSHB (ENSHGLG00000014600) TSPAN2 (ENSHGLG00000010786) NGF (ENSHGLG00000044577) ENSHGLG00000032979 ##21 VANGL1 (ENSHGLG00000016399) CASQ2 (ENSHGLG00000038257) NHLH2 (ENSHGLG00000046588) SLC22A15 (ENSHGLG00000011061) MAB21L3 (ENSHGLG00000009205) ATP1A1 (ENSHGLG00000009304) IGSF3 (ENSHGLG00000018539) CD2 (ENSHGLG00000014947) PTGFRN (ENSHGLG00000019106) CD101 (ENSHGLG00000018298) TTF2 (ENSHGLG00000012459) TRIM45 (ENSHGLG00000017735) VTCN1 (ENSHGLG00000018792) ENSHGLG00000045985 MAN1A2 (ENSHGLG00000017646) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 22 PPIG (ENSHGLG00000010757) CFAP210 (ENSHGLG00000012662) PHOSPHO2 (ENSHGLG00000048235) KLHL23 (ENSHGLG00000017566) SSB (ENSHGLG00000017580) METTL5 (ENSHGLG00000016062) UBR3 (ENSHGLG00000016142) MYO3B (ENSHGLG00000009793) SP5 (ENSHGLG00000044879) ENSHGLG00000032720 ENSHGLG00000030999 GAD1 (ENSHGLG00000006981) ENSHGLG00000032679 GORASP2 (ENSHGLG00000050178) TLK1 (ENSHGLG00000007596) ENSHGLG00000036844 ##21 METTL8 (ENSHGLG00000038100) ENSHGLG00000046310 DCAF17 (ENSHGLG00000011952) CYBRD1 (ENSHGLG00000034556) DYNC1I2 (ENSHGLG00000018773) SLC25A12 (ENSHGLG00000016014) HAT1 (ENSHGLG00000006082) DLX1 (ENSHGLG00000008870) DLX2 (ENSHGLG00000043242) ENSHGLG00000033603 ITGA6 (ENSHGLG00000010983) ENSHGLG00000038370 PDK1 (ENSHGLG00000044084) ENSHGLG00000034511 RAPGEF4 (ENSHGLG00000004731) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 2 DLEU7 (ENSHGLG00000046292) RNASEH2B (ENSHGLG00000007730) ENSHGLG00000004840 C13orf42 (ENSHGLG00000004742) ENSHGLG00000039671 FAM124A (ENSHGLG00000039693) ENSHGLG00000003862 ENSHGLG00000003056 WDFY2 (ENSHGLG00000002396) ENSHGLG00000039522 CCDC70 (ENSHGLG00000019810) ENSHGLG00000048901 ENSHGLG00000050649 ATP7B (ENSHGLG00000010526) ALG11 (ENSHGLG00000009232) ENSHGLG00000033374 ##21 ENSHGLG00000007869 NEK3 (ENSHGLG00000011968) ENSHGLG00000048252 VPS36 (ENSHGLG00000041622) ENSHGLG00000009975 ENSHGLG00000034671 SLC25A15 (ENSHGLG00000040919) ENSHGLG00000006949 ENSHGLG00000038776 FOXO1 (ENSHGLG00000003833) ENSHGLG00000003733 ENSHGLG00000003368 ENSHGLG00000003091 ENSHGLG00000003042 ENSHGLG00000020548 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.a ##21 Rat MODERN SPECIES Slc15a3 (ENSRNOG00000021644) Cd6 (ENSRNOG00000020884) Cd5 (ENSRNOG00000020872) Vps37c (ENSRNOG00000046439) Pga5 (ENSRNOG00000047279) Vwce (ENSRNOG00000060269) Ddb1 (ENSRNOG00000020715) Tkfc (ENSRNOG00000020704) Cyb561a3 (ENSRNOG00000020702) Tmem216 (ENSRNOG00000020692) Cpsf7 (ENSRNOG00000020668) Sdhaf2 (ENSRNOG00000020646) Ppp1r32 (ENSRNOG00000020620) Syt7 (ENSRNOG00000026432) Lrrc10b (ENSRNOG00000030180) LOC108349691 (ENSRNOG00000067027) ##21 Dagla (ENSRNOG00000027264) Myrf (ENSRNOG00000028274) Fen1 (ENSRNOG00000020531) Fads1 (ENSRNOG00000020480) Fads2 (ENSRNOG00000020440) Fads3 (ENSRNOG00000020385) Rab3il1 (ENSRNOG00000020349) AABR07006255.1 (ENSRNOG00000036633) Best1 (ENSRNOG00000020346) Fth1 (ENSRNOG00000022619) Incenp (ENSRNOG00000032929) ENSRNOG00000062718 Scgb2a1 (ENSRNOG00000023151) AABR07006242.1 (ENSRNOG00000028909) Scgb2a1 (ENSRNOG00000020305) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.b ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.b ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.b ##21 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 11 VPS18 (ENSHGLG00000013278) RHOV (ENSHGLG00000018172) SPINT1 (ENSHGLG00000018272) PPP1R14D (ENSHGLG00000019253) ZFYVE19 (ENSHGLG00000010892) DNAJC17 (ENSHGLG00000009889) C15orf62 (ENSHGLG00000033545) RMDN3 (ENSHGLG00000009309) RAD51 (ENSHGLG00000018242) KNL1 (ENSHGLG00000049106) RPUSD2 (ENSHGLG00000012765) CCDC32 (ENSHGLG00000014485) ENSHGLG00000033763 CHST14 (ENSHGLG00000033751) BAHD1 (ENSHGLG00000012213) ENSHGLG00000043056 ##21 IVD (ENSHGLG00000011679) KNSTRN (ENSHGLG00000040791) ENSHGLG00000048346 ENSHGLG00000037601 CCDC9B (ENSHGLG00000015538) INAFM2 (ENSHGLG00000045548) PLCB2 (ENSHGLG00000012879) ANKRD63 (ENSHGLG00000050228) PAK6 (ENSHGLG00000016154) BUB1B (ENSHGLG00000016499) BMF (ENSHGLG00000013882) SRP14 (ENSHGLG00000013126) EIF2AK4 (ENSHGLG00000006278) GPR176 (ENSHGLG00000046525) ENSHGLG00000050069 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.b ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.a.b ##21 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 68 Stx6 (ENSJJAG00000020915) ENSJJAG00000013821 Ier5 (ENSJJAG00000020029) Cacna1e (ENSJJAG00000015689) ENSJJAG00000010392 ENSJJAG00000000531 Rgsl1 (ENSJJAG00000022486) Rnasel (ENSJJAG00000013606) Rgs16 (ENSJJAG00000021840) Rgs8 (ENSJJAG00000015352) ENSJJAG00000015587 Npl (ENSJJAG00000023361) Dhx9 (ENSJJAG00000003249) Shcbp1l (ENSJJAG00000010152) Lamc1 (ENSJJAG00000000735) ENSJJAG00000009043 ##21 Lamc2 (ENSJJAG00000012311) Nmnat2 (ENSJJAG00000019669) Smg7 (ENSJJAG00000012351) Ncf2 (ENSJJAG00000019127) Arpc5 (ENSJJAG00000000241) Rgl1 (ENSJJAG00000019151) Colgalt2 (ENSJJAG00000012914) ENSJJAG00000014344 ENSJJAG00000017918 1700025G04Rik (ENSJJAG00000015023) Edem3 (ENSJJAG00000014873) ENSJJAG00000024308 ENSJJAG00000011187 Trmt1l (ENSJJAG00000010929) Swt1 (ENSJJAG00000015927) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Kangaroo rat MODERN SPECIES 326 Rnf157 (ENSDORG00000001028) Foxj1 (ENSDORG00000028306) Exoc7 (ENSDORG00000004568) Srp68 (ENSDORG00000004564) Evpl (ENSDORG00000029925) Cdk3 (ENSDORG00000004562) ENSDORG00000027026 Acox1 (ENSDORG00000008606) Fbf1 (ENSDORG00000009994) Mrpl38 (ENSDORG00000008147) Trim65 (ENSDORG00000008145) Trim47 (ENSDORG00000008144) Wbp2 (ENSDORG00000008143) Unc13d (ENSDORG00000008138) Unk (ENSDORG00000008133) ENSDORG00000024467 ##21 Galk1 (ENSDORG00000008128) Itgb4 (ENSDORG00000008126) Sap30bp (ENSDORG00000004092) Recql5 (ENSDORG00000004086) Smim6 (ENSDORG00000029816) Myo15b (ENSDORG00000004075) Llgl2 (ENSDORG00000004074) Tsen54 (ENSDORG00000004073) ENSDORG00000026597 Tmem94 (ENSDORG00000004069) Grb2 (ENSDORG00000005146) ENSDORG00000005145 Mif4gd (ENSDORG00000023600) Mrps7 (ENSDORG00000005144) ENSDORG00000024732 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 758 Foxj1 (ENSNGAG00000021335) Exoc7 (ENSNGAG00000022727) Galr2 (ENSNGAG00000008285) Srp68 (ENSNGAG00000012176) Evpl (ENSNGAG00000000690) Cdk3 (ENSNGAG00000017644) Ten1 (ENSNGAG00000016703) Acox1 (ENSNGAG00000018856) Fbf1 (ENSNGAG00000023019) Mrpl38 (ENSNGAG00000014199) Trim65 (ENSNGAG00000015984) Trim47 (ENSNGAG00000013014) Wbp2 (ENSNGAG00000021126) Unc13d (ENSNGAG00000022537) Unk (ENSNGAG00000012366) ENSNGAG00000013294 ##21 Galk1 (ENSNGAG00000015295) Itgb4 (ENSNGAG00000011698) Sap30bp (ENSNGAG00000020971) Recql5 (ENSNGAG00000003784) Smim5 (ENSNGAG00000024307) ENSNGAG00000011024 ENSNGAG00000017909 Llgl2 (ENSNGAG00000022098) Tsen54 (ENSNGAG00000015673) ENSNGAG00000011797 Tmem94 (ENSNGAG00000010270) Grb2 (ENSNGAG00000017171) Slc25a19 (ENSNGAG00000021538) Mif4gd (ENSNGAG00000024319) Mrps7 (ENSNGAG00000005053) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 Lbr (ENSCGRG00001022299) ENSCGRG00001009826 Ccdc121rt1 (ENSCGRG00001005549) Cnih3 (ENSCGRG00001018492) Wdr26 (ENSCGRG00001018374) Cnih4 (ENSCGRG00001000385) Nvl (ENSCGRG00001007917) ENSCGRG00001016864 9130409I23Rik (ENSCGRG00001023435) Ephx1 (ENSCGRG00001023454) Tmem63a (ENSCGRG00001022346) Lefty1 (ENSCGRG00001024886) Pycr2 (ENSCGRG00001024961) Lefty2 (ENSCGRG00001017440) Sde2 (ENSCGRG00001018567) ENSCGRG00001021129 ##21 Acbd3 (ENSCGRG00001005103) Mixl1 (ENSCGRG00001012768) Lin9 (ENSCGRG00001014165) Parp1 (ENSCGRG00001020559) Stum (ENSCGRG00001022399) Itpkb (ENSCGRG00001024584) Psen2 (ENSCGRG00001018733) Coq8a (ENSCGRG00001022055) Cdc42bpa (ENSCGRG00001019928) Ahctf1 (ENSCGRG00001015843) Kif28 (ENSCGRG00001022967) ENSCGRG00001014096 ENSCGRG00001016196 Cnst (ENSCGRG00001019670) Tfb2m (ENSCGRG00001000953) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Prairie vole MODERN SPECIES 354 Nudt12 (ENSMOCG00000005692) ENSMOCG00000007368 ENSMOCG00000005450 Efna5 (ENSMOCG00000018750) ENSMOCG00000011127 ENSMOCG00000023037 ENSMOCG00000022954 Fer (ENSMOCG00000010661) Pja2 (ENSMOCG00000022161) Man2a1 (ENSMOCG00000018786) Tmem232 (ENSMOCG00000003862) Vapa (ENSMOCG00000001029) Rab31 (ENSMOCG00000022784) ENSMOCG00000020258 ENSMOCG00000005090 ENSMOCG00000000416 ##21 ENSMOCG00000020493 Ralbp1 (ENSMOCG00000019366) Twsg1 (ENSMOCG00000000463) Ankrd12 (ENSMOCG00000021346) ENSMOCG00000017040 ENSMOCG00000020596 Ddx11 (ENSMOCG00000015490) Rasgrp4 (ENSMOCG00000002853) Fam98c (ENSMOCG00000018846) Spred3 (ENSMOCG00000017207) Ggn (ENSMOCG00000018316) Psmd8 (ENSMOCG00000016263) ENSMOCG00000005858 Kcnk6 (ENSMOCG00000004349) Yif1b (ENSMOCG00000018850) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 20 Mlh1 (ENSPEMG00000009556) Lrrfip2 (ENSPEMG00000023258) Ccrl2 (ENSPEMG00000022959) Ltf (ENSPEMG00000021984) ENSPEMG00000015192 Lrrc2 (ENSPEMG00000000290) Tdgf1 (ENSPEMG00000012629) Fam240a (ENSPEMG00000005819) Als2cl (ENSPEMG00000015005) Tmie (ENSPEMG00000029291) Prss50 (ENSPEMG00000021430) Prss46 (ENSPEMG00000006916) Prss45 (ENSPEMG00000020465) Prss43 (ENSPEMG00000020355) Prss44 (ENSPEMG00000000134) ENSPEMG00000029953 ##21 Prss42 (ENSPEMG00000016065) Myl3 (ENSPEMG00000020661) Pth1r (ENSPEMG00000021463) ENSPEMG00000022196 Nbeal2 (ENSPEMG00000021191) Nradd (ENSPEMG00000013742) Setd2 (ENSPEMG00000018817) Kif9 (ENSPEMG00000001800) Ngp (ENSPEMG00000008056) Klhl18 (ENSPEMG00000010798) ENSPEMG00000028354 Scap (ENSPEMG00000010625) Elp6 (ENSPEMG00000012717) Cspg5 (ENSPEMG00000018898) Smarcc1 (ENSPEMG00000018205) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Wdr44 (ENSPEMG00000022311) Klhl13 (ENSPEMG00000021674) ENSPEMG00000025048 Prr32 (ENSPEMG00000015245) Dcaf12l1 (ENSPEMG00000026236) ENSPEMG00000026691 Dcaf12l2 (ENSPEMG00000025693) Tex13c1 (ENSPEMG00000016262) Tenm1 (ENSPEMG00000006985) Sh2d1a (ENSPEMG00000010822) Stag2 (ENSPEMG00000004299) ENSPEMG00000027841 Xiap (ENSPEMG00000020438) Thoc2 (ENSPEMG00000007626) Gria3 (ENSPEMG00000020768) ENSPEMG00000025713 ##21 ENSPEMG00000026463 C1galt1c1 (ENSPEMG00000003943) Mcts1 (ENSPEMG00000014914) Cul4b (ENSPEMG00000008902) ENSPEMG00000030809 Tex13c3 (ENSPEMG00000006117) Atp1b4 (ENSPEMG00000026754) Tmem255a (ENSPEMG00000020511) Zbtb33 (ENSPEMG00000023331) ENSPEMG00000017846 ENSPEMG00000013786 ENSPEMG00000026490 ENSPEMG00000002101 ENSPEMG00000025608 ENSPEMG00000017550 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Rat MODERN SPECIES 17 Aard (ENSRNOG00000004708) ENSRNOG00000067469 AABR07057877.1 (ENSRNOG00000028988) Slc30a8 (ENSRNOG00000004747) Med30 (ENSRNOG00000004844) Ext1 (ENSRNOG00000024886) Samd12 (ENSRNOG00000043390) LOC120093654 (ENSRNOG00000013191) Tnfrsf11b (ENSRNOG00000008336) Colec10 (ENSRNOG00000008591) Mal2 (ENSRNOG00000008615) Ccn3 (ENSRNOG00000008697) Enpp2 (ENSRNOG00000004089) Taf2 (ENSRNOG00000034022) Dscc1 (ENSRNOG00000026502) LOC100359421 (ENSRNOG00000032401) ##21 ENSRNOG00000069733 Deptor (ENSRNOG00000004328) Col14a1 (ENSRNOG00000026415) Mrpl13 (ENSRNOG00000004401) Mtbp (ENSRNOG00000004412) Sntb1 (ENSRNOG00000004821) Has2 (ENSRNOG00000004854) ENSRNOG00000069184 Slc22a22 (ENSRNOG00000004958) ENSRNOG00000063076 Zhx2 (ENSRNOG00000005417) Derl1 (ENSRNOG00000005551) Tbc1d31 (ENSRNOG00000006103) LOC690840 (ENSRNOG00000071113) Fam83a (ENSRNOG00000006251) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Shrew mouse MODERN SPECIES 5 Foxj1 (MGP_PahariEiJ_G0018569) Exoc7 (MGP_PahariEiJ_G0018568) Galr2 (MGP_PahariEiJ_G0018567) Srp68 (MGP_PahariEiJ_G0018566) Evpl (MGP_PahariEiJ_G0018565) Cdk3 (MGP_PahariEiJ_G0008422) Ten1 (MGP_PahariEiJ_G0018564) Acox1 (MGP_PahariEiJ_G0018563) Fbf1 (MGP_PahariEiJ_G0018562) Mrpl38 (MGP_PahariEiJ_G0018561) Trim65 (MGP_PahariEiJ_G0018560) Trim47 (MGP_PahariEiJ_G0018559) Wbp2 (MGP_PahariEiJ_G0018558) MGP_PahariEiJ_G0018557 Unk (MGP_PahariEiJ_G0018556) MGP_PahariEiJ_G0018555 ##21 Galk1 (MGP_PahariEiJ_G0018554) Itgb4 (MGP_PahariEiJ_G0018553) Sap30bp (MGP_PahariEiJ_G0018552) Smim5 (MGP_PahariEiJ_G0018551) Recql5 (MGP_PahariEiJ_G0018550) MGP_PahariEiJ_G0018549 Llgl2 (MGP_PahariEiJ_G0018548) Tsen54 (MGP_PahariEiJ_G0018547) Caskin2 (MGP_PahariEiJ_G0018546) Tmem94 (MGP_PahariEiJ_G0018545) Grb2 (MGP_PahariEiJ_G0018544) Slc25a19 (MGP_PahariEiJ_G0018543) Mif4gd (MGP_PahariEiJ_G0018542) Mrps7 (MGP_PahariEiJ_G0018541) Gga3 (MGP_PahariEiJ_G0018540) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 Guinea pig MODERN SPECIES 190 UBALD2 (ENSCPOG00000038214) RNF157 (ENSCPOG00000000794) FOXJ1 (ENSCPOG00000035134) EXOC7 (ENSCPOG00000005424) SRP68 (ENSCPOG00000009121) EVPL (ENSCPOG00000011545) TEN1 (ENSCPOG00000032644) ACOX1 (ENSCPOG00000015141) FBF1 (ENSCPOG00000015133) MRPL38 (ENSCPOG00000025936) TRIM65 (ENSCPOG00000015130) TRIM47 (ENSCPOG00000037371) WBP2 (ENSCPOG00000012691) UNC13D (ENSCPOG00000012684) UNK (ENSCPOG00000012679) ENSCPOG00000039393 ##21 GALK1 (ENSCPOG00000012670) ITGB4 (ENSCPOG00000012656) SAP30BP (ENSCPOG00000012653) ENSCPOG00000030894 RECQL5 (ENSCPOG00000012645) ENSCPOG00000039967 ENSCPOG00000038730 ENSCPOG00000036529 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 30 ENSHGLG00000009571 S100A14 (ENSHGLG00000008860) S100A1 (ENSHGLG00000044434) CHTOP (ENSHGLG00000010389) ENSHGLG00000042410 SNAPIN (ENSHGLG00000043471) ILF2 (ENSHGLG00000004134) NPR1 (ENSHGLG00000009046) ENSHGLG00000041750 INTS3 (ENSHGLG00000008354) ENSHGLG00000006919 ENSHGLG00000039078 ENSHGLG00000036089 ENSHGLG00000003338 SDE2 (ENSHGLG00000003670) ENSHGLG00000035710 ##21 ENSHGLG00000048882 ACBD3 (ENSHGLG00000005012) ENSHGLG00000041314 MIXL1 (ENSHGLG00000045669) LIN9 (ENSHGLG00000007823) Parp1 (ENSHGLG00000003992) ENSHGLG00000035038 PLAG1 (ENSHGLG00000001672) MOS (ENSHGLG00000049453) ENSHGLG00000033196 LYN (ENSHGLG00000002926) ENSHGLG00000000284 ENSHGLG00000000295 ENSHGLG00000000769 TBPL2 (ENSHGLG00000001017) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 12 ATP2A3 (ENSHGLG00000015593) ZZEF1 (ENSHGLG00000015849) CYB5D2 (ENSHGLG00000016651) ANKFY1 (ENSHGLG00000018027) UBE2G1 (ENSHGLG00000043318) SPNS3 (ENSHGLG00000017351) SPNS2 (ENSHGLG00000014461) MYBBP1A (ENSHGLG00000032892) GGT6 (ENSHGLG00000010123) ENSHGLG00000020871 ENSHGLG00000012976 ENSHGLG00000016444 FBXO39 (ENSHGLG00000009555) XAF1 (ENSHGLG00000011677) SLC13A5 (ENSHGLG00000014855) ENSHGLG00000047259 ##21 C17orf100 (ENSHGLG00000043683) ENSHGLG00000034309 MED31 (ENSHGLG00000014851) TXNDC17 (ENSHGLG00000010613) KIAA0753 (ENSHGLG00000042755) ENSHGLG00000011568 PITPNM3 (ENSHGLG00000016498) ENSHGLG00000041988 PIMREG (ENSHGLG00000034376) AIPL1 (ENSHGLG00000011845) ENSHGLG00000013151 ENSHGLG00000043726 ENSHGLG00000012390 ENSHGLG00000007393 MED11 (ENSHGLG00000007438) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 8 ENSHGLG00000035235 IFNG (ENSHGLG00000009377) DYRK2 (ENSHGLG00000009843) ENSHGLG00000041220 CAND1 (ENSHGLG00000011243) ENSHGLG00000046010 GRIP1 (ENSHGLG00000013837) ENSHGLG00000009070 HELB (ENSHGLG00000015896) IRAK3 (ENSHGLG00000014145) TMBIM4 (ENSHGLG00000048285) ENSHGLG00000047690 HMGA2 (ENSHGLG00000006760) ENSHGLG00000009103 MSRB3 (ENSHGLG00000050004) ENSHGLG00000035404 ##21 LEMD3 (ENSHGLG00000010766) ENSHGLG00000039179 WIF1 (ENSHGLG00000011348) ENSHGLG00000037140 TBC1D30 (ENSHGLG00000038485) ENSHGLG00000001799 ENSHGLG00000017335 ENSHGLG00000034507 ENSHGLG00000043214 ENSHGLG00000021064 ENSHGLG00000016725 XPOT (ENSHGLG00000005833) ENSHGLG00000032357 ENSHGLG00000011036 ENSHGLG00000036595 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.db ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.eb ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00940000171704 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 13 MYPN (ENSSVLG00005004968) ATOH7 (ENSSVLG00005004885) PBLD (ENSSVLG00005004852) HNRNPH3 (ENSSVLG00005004807) RUFY2 (ENSSVLG00005004673) DNA2 (ENSSVLG00005004528) ENSSVLG00005004490 SLC25A16 (ENSSVLG00005004417) ENSSVLG00005004373 TET1 (ENSSVLG00005004334) CCAR1 (ENSSVLG00005004161) STOX1 (ENSSVLG00005004061) DDX50 (ENSSVLG00005004023) ENSSVLG00005003965 ENSSVLG00005003906 ENSSVLG00005003878 ##21 SRGN (ENSSVLG00005003868) VPS26A (ENSSVLG00005003836) ENSSVLG00005003789 HKDC1 (ENSSVLG00005003724) HK1 (ENSSVLG00005003638) TACR2 (ENSSVLG00005003553) ENSSVLG00005003530 TSPAN15 (ENSSVLG00005003495) NEUROG3 (ENSSVLG00005003460) FAM241B (ENSSVLG00005003439) COL13A1 (ENSSVLG00005001757) MACROH2A2 (ENSSVLG00005000480) AIFM2 (ENSSVLG00005000439) TYSND1 (ENSSVLG00005000412) SAR1A (ENSSVLG00005000375) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.db ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.eb ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 84 ENSGT00390000013448.a.a.n ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.db ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.eb ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Squirrel MODERN SPECIES 126 ENSSTOG00000031649 NVL (ENSSTOG00000014728) CNIH4 (ENSSTOG00000027396) WDR26 (ENSSTOG00000021796) CNIH3 (ENSSTOG00000028458) DNAH14 (ENSSTOG00000021317) LBR (ENSSTOG00000005936) ENAH (ENSSTOG00000028215) SRP9 (ENSSTOG00000026827) EPHX1 (ENSSTOG00000026627) TMEM63A (ENSSTOG00000028603) ENSSTOG00000024360 PYCR2 (ENSSTOG00000026618) ENSSTOG00000032692 SDE2 (ENSSTOG00000012572) ENSSTOG00000026628 ##21 ACBD3 (ENSSTOG00000005981) MIXL1 (ENSSTOG00000019392) LIN9 (ENSSTOG00000015992) PARP1 (ENSSTOG00000016000) STUM (ENSSTOG00000004805) ITPKB (ENSSTOG00000019688) ENSSTOG00000033187 PSEN2 (ENSSTOG00000025166) COQ8A (ENSSTOG00000015395) CDC42BPA (ENSSTOG00000015415) AHCTF1 (ENSSTOG00000010795) ENSSTOG00000021998 SCCPDH (ENSSTOG00000007502) ENSSTOG00000025585 CNST (ENSSTOG00000000432) Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 12 CNIH4 (ENSMMMG00000024154) WDR26 (ENSMMMG00000024153) CNIH3 (ENSMMMG00000024152) ENSMMMG00000024151 ENSMMMG00000024150 ENSMMMG00000024149 LBR (ENSMMMG00000024148) ENAH (ENSMMMG00000024082) SRP9 (ENSMMMG00000024080) EPHX1 (ENSMMMG00000024079) TMEM63A (ENSMMMG00000024078) ENSMMMG00000024077 PYCR2 (ENSMMMG00000024076) ENSMMMG00000024075 SDE2 (ENSMMMG00000024074) ENSMMMG00000024073 ##21 ACBD3 (ENSMMMG00000024072) MIXL1 (ENSMMMG00000024071) LIN9 (ENSMMMG00000024070) PARP1 (ENSMMMG00000024069) ENSMMMG00000024068 ENSMMMG00000024067 STUM (ENSMMMG00000024066) ITPKB (ENSMMMG00000024065) PSEN2 (ENSMMMG00000024062) COQ8A (ENSMMMG00000024059) CDC42BPA (ENSMMMG00000024041) AHCTF1 (ENSMMMG00000024028) ENSMMMG00000024027 ENSMMMG00000024026 SCCPDH (ENSMMMG00000024025) Alpin marmot MODERN SPECIES 90 FOXJ1 (ENSMMMG00000009430) EXOC7 (ENSMMMG00000009453) GALR2 (ENSMMMG00000009625) SRP68 (ENSMMMG00000009641) EVPL (ENSMMMG00000009809) CDK3 (ENSMMMG00000009835) TEN1 (ENSMMMG00000009854) ACOX1 (ENSMMMG00000009864) FBF1 (ENSMMMG00000009930) MRPL38 (ENSMMMG00000010024) TRIM65 (ENSMMMG00000010032) TRIM47 (ENSMMMG00000010055) ENSMMMG00000010067 UNC13D (ENSMMMG00000010112) UNK (ENSMMMG00000010302) ENSMMMG00000010351 ##21 GALK1 (ENSMMMG00000010359) ENSMMMG00000010386 SAP30BP (ENSMMMG00000010396) RECQL5 (ENSMMMG00000010416) ENSMMMG00000010454 SMIM5 (ENSMMMG00000010460) ENSMMMG00000010467 LLGL2 (ENSMMMG00000010530) ENSMMMG00000010600 CASKIN2 (ENSMMMG00000010618) TMEM94 (ENSMMMG00000010651) GRB2 (ENSMMMG00000010717) SLC25A19 (ENSMMMG00000010758) MIF4GD (ENSMMMG00000010800) MRPS7 (ENSMMMG00000010811) Primates ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b.i.a ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 113 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 55 SDE2 (ENSPSMG00000004553) ENSPSMG00000004570 ##21 ACBD3 (ENSPSMG00000004582) MIXL1 (ENSPSMG00000004587) LIN9 (ENSPSMG00000004640) PARP1 (ENSPSMG00000004683) STUM (ENSPSMG00000004698) ITPKB (ENSPSMG00000004706) PSEN2 (ENSPSMG00000004722) COQ8A (ENSPSMG00000004751) CDC42BPA (ENSPSMG00000005377) AHCTF1 (ENSPSMG00000006652) ENSPSMG00000006664 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 304 SRP9 (ENSPCOG00000021743) EPHX1 (ENSPCOG00000013150) TMEM63A (ENSPCOG00000012985) ENSPCOG00000020232 PYCR2 (ENSPCOG00000018908) ENSPCOG00000028060 SDE2 (ENSPCOG00000015642) ENSPCOG00000026943 ##21 ACBD3 (ENSPCOG00000010358) MIXL1 (ENSPCOG00000024192) LIN9 (ENSPCOG00000007823) PARP1 (ENSPCOG00000016918) STUM (ENSPCOG00000013568) ITPKB (ENSPCOG00000028557) PSEN2 (ENSPCOG00000013955) COQ8A (ENSPCOG00000022285) CDC42BPA (ENSPCOG00000027076) AHCTF1 (ENSPCOG00000027036) SCCPDH (ENSPCOG00000019439) CNST (ENSPCOG00000014228) ENSPCOG00000025467 TFB2M (ENSPCOG00000017595) ENSPCOG00000018802 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 371 MRPS18C (ENSPCOG00000017634) ABRAXAS1 (ENSPCOG00000024017) GPAT3 (ENSPCOG00000015710) NKX6-1 (ENSPCOG00000026560) CDS1 (ENSPCOG00000017585) WDFY3 (ENSPCOG00000022708) ARHGAP24 (ENSPCOG00000000502) MAPK10 (ENSPCOG00000023059) ENSPCOG00000017982 PTPN13 (ENSPCOG00000023990) SLC10A6 (ENSPCOG00000026098) C4orf36 (ENSPCOG00000023888) AFF1 (ENSPCOG00000027339) KLHL8 (ENSPCOG00000018983) HSD17B13 (ENSPCOG00000016156) ENSPCOG00000003550 ##21 HSD17B11 (ENSPCOG00000024521) NUDT9 (ENSPCOG00000028049) SPARCL1 (ENSPCOG00000023448) DMP1 (ENSPCOG00000023727) IBSP (ENSPCOG00000018630) MEPE (ENSPCOG00000028720) SPP1 (ENSPCOG00000006026) PKD2 (ENSPCOG00000019291) ENSPCOG00000020069 PPM1K (ENSPCOG00000027984) ENSPCOG00000016223 HERC5 (ENSPCOG00000021926) PYURF (ENSPCOG00000016509) HERC3 (ENSPCOG00000019350) FAM13A (ENSPCOG00000013790) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00570000079239 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ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT01090000260030.b ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a ENSGT00940000159618 ENSGT00940000160510 Vervet Monkey DUPLICATION Vervet Monkey MODERN SPECIES 203 APEX2 (ENSCSAG00000012124) ALAS2 (ENSCSAG00000012117) FAM104B (ENSCSAG00000012104) PAGE3 (ENSCSAG00000012096) ENSCSAG00000012094 MAGEH1 (ENSCSAG00000000123) USP51 (ENSCSAG00000000122) ENSCSAG00000000121 FOXR2 (ENSCSAG00000000120) RRAGB (ENSCSAG00000012089) ENSCSAG00000000119 KLF8 (ENSCSAG00000012078) UBQLN2 (ENSCSAG00000000118) SPIN3 (ENSCSAG00000000117) ENSCSAG00000000116 ENSCSAG00000012068 ##21 ENSCSAG00000000115 FAAH2 (ENSCSAG00000012061) ENSCSAG00000000114 SPIN4 (ENSCSAG00000000113) ARHGEF9 (ENSCSAG00000012051) AMER1 (ENSCSAG00000000112) ASB12 (ENSCSAG00000012044) MTMR8 (ENSCSAG00000012035) ZC4H2 (ENSCSAG00000011958) ENSCSAG00000011955 LAS1L (ENSCSAG00000011953) MSN (ENSCSAG00000011947) VSIG4 (ENSCSAG00000011941) HEPH (ENSCSAG00000011935) EDA2R (ENSCSAG00000011908) Vervet Monkey MODERN SPECIES 8 ARMC12 (ENSCSAG00000010008) FKBP5 (ENSCSAG00000009994) TULP1 (ENSCSAG00000009987) TEAD3 (ENSCSAG00000009977) ENSCSAG00000009972 FANCE (ENSCSAG00000009968) PPARD (ENSCSAG00000009967) DEF6 (ENSCSAG00000009963) ZNF76 (ENSCSAG00000009955) SCUBE3 (ENSCSAG00000009938) ENSCSAG00000009901 TCP11 (ENSCSAG00000009892) ANKS1A (ENSCSAG00000009858) ENSCSAG00000009843 BLTP3A (ENSCSAG00000009829) ENSCSAG00000019305 ##21 SNRPC (ENSCSAG00000009821) ILRUN (ENSCSAG00000009818) SPDEF (ENSCSAG00000009798) PACSIN1 (ENSCSAG00000009789) NUDT3 (ENSCSAG00000009782) ENSCSAG00000009778 HMGA1 (ENSCSAG00000009775) GRM4 (ENSCSAG00000009763) MLN (ENSCSAG00000009706) LEMD2 (ENSCSAG00000009695) IP6K3 (ENSCSAG00000009672) UQCC2 (ENSCSAG00000009662) ITPR3 (ENSCSAG00000009649) BAK1 (ENSCSAG00000009617) ZBTB9 (ENSCSAG00000019306) Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.a ##21 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.a ##21 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.a ##21 Drill MODERN SPECIES 1700 SLC22A16 (ENSMLEG00000042326) ENSMLEG00000017803 CDK19 (ENSMLEG00000038836) ENSMLEG00000031838 ENSMLEG00000017363 ENSMLEG00000035323 GTF3C6 (ENSMLEG00000038851) ENSMLEG00000013067 ENSMLEG00000012574 ENSMLEG00000028269 SLC16A10 (ENSMLEG00000028623) MFSD4B (ENSMLEG00000039807) ENSMLEG00000036198 REV3L (ENSMLEG00000028817) TRAF3IP2 (ENSMLEG00000034359) ENSMLEG00000022121 ##21 FYN (ENSMLEG00000031948) CCN6 (ENSMLEG00000034915) TUBE1 (ENSMLEG00000024647) FAM229B (ENSMLEG00000038766) LAMA4 (ENSMLEG00000039998) ENSMLEG00000038407 ENSMLEG00000042196 HDAC2 (ENSMLEG00000040672) ENSMLEG00000022821 HS3ST5 (ENSMLEG00000017342) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.a ##21 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.a ##21 Rhesus MODERN SPECIES 13 CACNA2D1 (ENSMMUG00000030244) HGF (ENSMMUG00000018652) ENSMMUG00000043308 SEMA3C (ENSMMUG00000011785) CD36 (ENSMMUG00000042946) GNAT3 (ENSMMUG00000064838) GNAI1 (ENSMMUG00000023470) MAGI2 (ENSMMUG00000001801) ENSMMUG00000060885 ENSMMUG00000064503 ENSMMUG00000050435 ENSMMUG00000064056 PHTF2 (ENSMMUG00000009008) TMEM60 (ENSMMUG00000009007) RSBN1L (ENSMMUG00000009006) ENSMMUG00000061303 ##21 ENSMMUG00000063424 PTPN12 (ENSMMUG00000009004) GSAP (ENSMMUG00000006701) CCDC146 (ENSMMUG00000006696) FGL2 (ENSMMUG00000055568) ENSMMUG00000062116 FAM185A (ENSMMUG00000037761) FBXL13 (ENSMMUG00000012427) LRRC17 (ENSMMUG00000012432) ENSMMUG00000054290 ARMC10 (ENSMMUG00000012435) NAPEPLD (ENSMMUG00000004236) ENSMMUG00000051388 PMPCB (ENSMMUG00000003429) DNAJC2 (ENSMMUG00000003430) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT01090000260030.b ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00910000148086 ENSGT00940000154494.a ENSGT00940000159618 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00910000148176 ENSGT00940000153165.a.a.d.i.a ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00910000148086 ENSGT00940000154494.a Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.l.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b Drill MODERN SPECIES 1249 ENSMLEG00000032583 LBR (ENSMLEG00000030506) ENAH (ENSMLEG00000039485) SRP9 (ENSMLEG00000037309) EPHX1 (ENSMLEG00000036654) TMEM63A (ENSMLEG00000029246) ENSMLEG00000030559 PYCR2 (ENSMLEG00000038897) ENSMLEG00000043622 SDE2 (ENSMLEG00000043885) ENSMLEG00000041187 ##21 ACBD3 (ENSMLEG00000037935) ENSMLEG00000042005 MIXL1 (ENSMLEG00000030344) LIN9 (ENSMLEG00000030007) PARP1 (ENSMLEG00000012344) STUM (ENSMLEG00000013254) ITPKB (ENSMLEG00000039007) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.m ##21 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.m ##21 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c.m ##21 Rhesus MODERN SPECIES 5 ZNF202 (ENSMMUG00000056235) OR6X1 (ENSMMUG00000054171) OR6M1 (ENSMMUG00000057944) TMEM225 (ENSMMUG00000056037) OR8D4 (ENSMMUG00000053694) ENSMMUG00000058201 OR4D5 (ENSMMUG00000054033) OR10G9 (ENSMMUG00000051612) OR10G8 (ENSMMUG00000058858) OR10G7 (ENSMMUG00000051632) VWA5A (ENSMMUG00000020491) OR10D3 (ENSMMUG00000015425) OR8G5 (ENSMMUG00000061868) OR8D1 (ENSMMUG00000007822) ENSMMUG00000056825 ENSMMUG00000058037 ##21 ENSMMUG00000064241 ENSMMUG00000055992 OR8B4 (ENSMMUG00000062372) OR8B8 (ENSMMUG00000059415) ENSMMUG00000057837 OR8A1 (ENSMMUG00000008472) PANX3 (ENSMMUG00000051171) TBRG1 (ENSMMUG00000008474) SIAE (ENSMMUG00000008476) SPA17 (ENSMMUG00000008480) NRGN (ENSMMUG00000008481) VSIG2 (ENSMMUG00000057600) ESAM (ENSMMUG00000008486) MSANTD2 (ENSMMUG00000008488) ENSMMUG00000057483 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00910000148271 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902.c ENSGT00940000153432.A.a Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2632 EXOC7 (ENSRROG00000028555) ZACN (ENSRROG00000028610) GALR2 (ENSRROG00000043937) SRP68 (ENSRROG00000041814) EVPL (ENSRROG00000045518) CDK3 (ENSRROG00000037682) TEN1 (ENSRROG00000030175) ACOX1 (ENSRROG00000023980) FBF1 (ENSRROG00000039576) MRPL38 (ENSRROG00000029661) TRIM65 (ENSRROG00000032636) TRIM47 (ENSRROG00000032852) WBP2 (ENSRROG00000033029) UNC13D (ENSRROG00000032193) UNK (ENSRROG00000013651) ENSRROG00000043743 ##21 ENSRROG00000041765 GALK1 (ENSRROG00000028766) ITGB4 (ENSRROG00000000557) SAP30BP (ENSRROG00000041616) RECQL5 (ENSRROG00000043301) SMIM6 (ENSRROG00000006702) SMIM5 (ENSRROG00000041071) MYO15B (ENSRROG00000044616) LLGL2 (ENSRROG00000044594) TSEN54 (ENSRROG00000030797) CASKIN2 (ENSRROG00000033523) TMEM94 (ENSRROG00000035918) GRB2 (ENSRROG00000040617) ENSRROG00000028519 MIF4GD (ENSRROG00000033599) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2606 ENSRROG00000025050 MSRB3 (ENSRROG00000032500) LEMD3 (ENSRROG00000044769) WIF1 (ENSRROG00000032528) TBC1D30 (ENSRROG00000040499) GNS (ENSRROG00000029398) RASSF3 (ENSRROG00000030632) TBK1 (ENSRROG00000043280) XPOT (ENSRROG00000038276) C12orf56 (ENSRROG00000033878) ENSRROG00000039343 KICS2 (ENSRROG00000034272) SRGAP1 (ENSRROG00000028657) ENSRROG00000028383 ##21 ENSRROG00000028723 ENSRROG00000040684 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.q.b ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.q.a ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00940000157177.i.b ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00940000154251.A.a.a.a ENSGT00940000159380 ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000154494.a ENSGT00940000159618 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.c ##21 Chimpanzee MODERN SPECIES 8 EXOC7 (ENSPTRG00000009673) ZACN (ENSPTRG00000009672) GALR2 (ENSPTRG00000009671) SRP68 (ENSPTRG00000009670) EVPL (ENSPTRG00000009669) CDK3 (ENSPTRG00000009667) TEN1 (ENSPTRG00000034559) ACOX1 (ENSPTRG00000009665) FBF1 (ENSPTRG00000009663) MRPL38 (ENSPTRG00000030775) TRIM65 (ENSPTRG00000009662) TRIM47 (ENSPTRG00000009661) WBP2 (ENSPTRG00000009660) UNC13D (ENSPTRG00000009659) UNK (ENSPTRG00000009656) H3-3B (ENSPTRG00000043737) ##21 GALK1 (ENSPTRG00000009654) ITGB4 (ENSPTRG00000009653) SAP30BP (ENSPTRG00000009652) SMIM6 (ENSPTRG00000043001) SMIM5 (ENSPTRG00000049227) RECQL5 (ENSPTRG00000009651) MYO15B (ENSPTRG00000049499) LLGL2 (ENSPTRG00000009647) TSEN54 (ENSPTRG00000009646) CASKIN2 (ENSPTRG00000009645) TMEM94 (ENSPTRG00000009643) ENSPTRG00000049244 GRB2 (ENSPTRG00000009642) SLC25A19 (ENSPTRG00000009641) MIF4GD (ENSPTRG00000009640) Gorilla MODERN SPECIES ENSGGOG00000038475 CNIH4 (ENSGGOG00000005708) WDR26 (ENSGGOG00000008231) CNIH3 (ENSGGOG00000000242) DNAH14 (ENSGGOG00000040408) ENSGGOG00000040109 LBR (ENSGGOG00000015250) ENSGGOG00000022660 SRP9 (ENSGGOG00000011555) EPHX1 (ENSGGOG00000000859) TMEM63A (ENSGGOG00000000862) LEFTY1 (ENSGGOG00000038788) PYCR2 (ENSGGOG00000014247) LEFTY2 (ENSGGOG00000000866) SDE2 (ENSGGOG00000009850) ENSGGOG00000022526 ##21 ACBD3 (ENSGGOG00000001129) MIXL1 (ENSGGOG00000002122) LIN9 (ENSGGOG00000002125) PARP1 (ENSGGOG00000006308) ENSGGOG00000015658 ENSGGOG00000015112 PSEN2 (ENSGGOG00000003332) COQ8A (ENSGGOG00000009596) CDC42BPA (ENSGGOG00000009605) ZNF678 (ENSGGOG00000042328) ENSGGOG00000041432 JMJD4 (ENSGGOG00000008441) ENSGGOG00000037683 SNAP47 (ENSGGOG00000008442) PRSS38 (ENSGGOG00000012849) Orangutan MODERN SPECIES 8 EXOC7 (ENSPPYG00000008651) ZACN (ENSPPYG00000008650) GALR2 (ENSPPYG00000008649) SRP68 (ENSPPYG00000036985) EVPL (ENSPPYG00000008648) CDK3 (ENSPPYG00000008647) TEN1 (ENSPPYG00000008646) ACOX1 (ENSPPYG00000008645) FBF1 (ENSPPYG00000008644) MRPL38 (ENSPPYG00000008643) TRIM65 (ENSPPYG00000008642) TRIM47 (ENSPPYG00000008641) WBP2 (ENSPPYG00000008640) UNC13D (ENSPPYG00000008639) UNK (ENSPPYG00000008637) H3F3B (ENSPPYG00000008636) ##21 GALK1 (ENSPPYG00000008635) ITGB4 (ENSPPYG00000008634) SAP30BP (ENSPPYG00000008633) SMIM5 (ENSPPYG00000037700) RECQL5 (ENSPPYG00000008632) ENSPPYG00000008631 LLGL2 (ENSPPYG00000008630) TSEN54 (ENSPPYG00000008629) CASKIN2 (ENSPPYG00000035280) TMEM94 (ENSPPYG00000008628) ENSPPYG00000008627 GRB2 (ENSPPYG00000008626) SLC25A19 (ENSPPYG00000008625) ENSPPYG00000008624 ENSPPYG00000008623 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 985 LRRC75B (ENSRBIG00000037384) SNRPD3 (ENSRBIG00000029017) GUCD1 (ENSRBIG00000037183) UPB1 (ENSRBIG00000037732) ADORA2A (ENSRBIG00000036189) SPECC1L (ENSRBIG00000038513) ENSRBIG00000015730 ##21 ENSRBIG00000016242 ENSRBIG00000028975 ENSRBIG00000037813 ENSRBIG00000032184 BCR (ENSRBIG00000028728) RAB36 (ENSRBIG00000035268) RSPH14 (ENSRBIG00000033872) GNAZ (ENSRBIG00000028071) ENSRBIG00000031514 ENSRBIG00000034020 IGLV3-1 (ENSRBIG00000005126) ENSRBIG00000033004 ENSRBIG00000039675 IGLV3-10 (ENSRBIG00000034449) ENSRBIG00000031718 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Capuchin MODERN SPECIES 297 ENSCCAG00000024256 ENSCCAG00000018715 ##21 GOT2 (ENSCCAG00000031805) ENSCCAG00000037879 SLC38A7 (ENSCCAG00000023373) CNOT1 (ENSCCAG00000026333) SETD6 (ENSCCAG00000037152) NDRG4 (ENSCCAG00000029223) GINS3 (ENSCCAG00000001219) PRSS54 (ENSCCAG00000037893) CCDC113 (ENSCCAG00000036389) CSNK2A2 (ENSCCAG00000026530) CFAP20 (ENSCCAG00000033141) MMP15 (ENSCCAG00000032522) USB1 (ENSCCAG00000022132) ZNF319 (ENSCCAG00000020232) TEPP (ENSCCAG00000034017) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.a ##21 Steppe mouse MODERN SPECIES 3302 Tsr1 (ENSMSIG00000023593) Sgsm2 (ENSMSIG00000023359) Mnt (ENSMSIG00000023333) Mettl16 (ENSMSIG00000023280) Pafah1b1 (ENSMSIG00000023249) Cluh (ENSMSIG00000023143) Ccdc92b (ENSMSIG00000023126) Rap1gap2 (ENSMSIG00000022979) Or1d2 (ENSMSIG00000022969) Or3a1d (ENSMSIG00000022959) Or3a1 (ENSMSIG00000022948) ENSMSIG00000022928 Or1p1 (ENSMSIG00000022920) Or1p1c (ENSMSIG00000022912) Or1p1b (ENSMSIG00000022907) ENSMSIG00000022857 ##21 ENSMSIG00000022851 ENSMSIG00000022844 Or3a1c (ENSMSIG00000022838) Or3a1b (ENSMSIG00000022834) ENSMSIG00000022825 Or3a4 (ENSMSIG00000022816) Or3a10 (ENSMSIG00000022812) ENSMSIG00000022805 Or1r1 (ENSMSIG00000022788) Or1e1f (ENSMSIG00000022777) Or1e17 (ENSMSIG00000022772) ENSMSIG00000022766 Or1e35 (ENSMSIG00000022756) Or1e34 (ENSMSIG00000022730) Or1e33 (ENSMSIG00000022719) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b ##21 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b ##21 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b ##21 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b ##21 Cebidae_a DUPLICATION Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b.a ##21 Capuchin MODERN SPECIES 75 SMYD3 (ENSCCAG00000021189) TFB2M (ENSCCAG00000028811) CNST (ENSCCAG00000038009) ENSCCAG00000020404 SCCPDH (ENSCCAG00000022176) AHCTF1 (ENSCCAG00000023436) ENSCCAG00000018435 ENSCCAG00000025344 RNF187 (ENSCCAG00000028705) ENSCCAG00000012567 H2BU1 (ENSCCAG00000015023) H2AW (ENSCCAG00000012315) ENSCCAG00000036407 ##21 TRIM17 (ENSCCAG00000025121) TRIM11 (ENSCCAG00000036943) ENSCCAG00000016195 ##21 OBSCN (ENSCCAG00000032571) ENSCCAG00000023630 IBA57 (ENSCCAG00000019844) GJC2 (ENSCCAG00000020287) ##19 GUK1 (ENSCCAG00000035707) MRPL55 (ENSCCAG00000031724) C1orf35 (ENSCCAG00000020266) ENSCCAG00000023374 WNT3A (ENSCCAG00000009359) WNT9A (ENSCCAG00000030978) PRSS38 (ENSCCAG00000020907) SNAP47 (ENSCCAG00000027134) JMJD4 (ENSCCAG00000035807) ENSCCAG00000021671 ENSCCAG00000031402 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 42 SLC6A5 (ENSSBOG00000008436) NELL1 (ENSSBOG00000034539) ENSSBOG00000033404 ANO5 (ENSSBOG00000023476) SLC17A6 (ENSSBOG00000021851) GAS2 (ENSSBOG00000027647) ENSSBOG00000025364 CCDC179 (ENSSBOG00000029408) ENSSBOG00000025434 LUZP2 (ENSSBOG00000032937) ANO3 (ENSSBOG00000028227) MUC15 (ENSSBOG00000022062) SLC5A12 (ENSSBOG00000026192) BBOX1 (ENSSBOG00000031174) ENSSBOG00000018680 ENSSBOG00000018158 ##21 CCDC34 (ENSSBOG00000032847) LGR4 (ENSSBOG00000016508) LIN7C (ENSSBOG00000032877) BDNF (ENSSBOG00000027637) KIF18A (ENSSBOG00000028620) ENSSBOG00000018245 FSHB (ENSSBOG00000034865) ARL14EP (ENSSBOG00000021179) MPPED2 (ENSSBOG00000000302) ENSSBOG00000032990 ENSSBOG00000032797 ENSSBOG00000032005 DNAJC24 (ENSSBOG00000031346) ENSSBOG00000015478 ELP4 (ENSSBOG00000020947) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.a.b.b ##21 Capuchin MODERN SPECIES 203 STOML1 (ENSCCAG00000023798) PML (ENSCCAG00000025553) STRA6 (ENSCCAG00000020528) ENSCCAG00000031164 CCDC33 (ENSCCAG00000028671) CYP11A1 (ENSCCAG00000023262) SEMA7A (ENSCCAG00000024555) UBL7 (ENSCCAG00000017567) ARID3B (ENSCCAG00000027273) SNUPN (ENSCCAG00000016169) PTPN9 (ENSCCAG00000029127) SIN3A (ENSCCAG00000026920) MAN2C1 (ENSCCAG00000034854) NEIL1 (ENSCCAG00000020814) COMMD4 (ENSCCAG00000025714) ENSCCAG00000020673 ##21 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 7 CDH26 (ENSPANG00000021462) FAM217B (ENSPANG00000015362) PPP1R3D (ENSPANG00000018275) SYCP2 (ENSPANG00000020632) PHACTR3 (ENSPANG00000020631) EDN3 (ENSPANG00000000369) ZNF831 (ENSPANG00000000370) ENSPANG00000049124 ATP5F1E (ENSPANG00000048306) TUBB1 (ENSPANG00000019323) CTSZ (ENSPANG00000020630) NELFCD (ENSPANG00000011168) GNAS (ENSPANG00000020508) ENSPANG00000043768 NPEPL1 (ENSPANG00000020629) ENSPANG00000045832 ##21 ENSPANG00000037303 APCDD1L (ENSPANG00000022762) ENSPANG00000044704 VAPB (ENSPANG00000022764) RAB22A (ENSPANG00000022760) ENSPANG00000003916 ANKRD60 (ENSPANG00000011166) C20orf85 (ENSPANG00000026178) ENSPANG00000051302 PMEPA1 (ENSPANG00000042070) ZBP1 (ENSPANG00000023211) PCK1 (ENSPANG00000022759) CTCFL (ENSPANG00000014250) RBM38 (ENSPANG00000020919) ENSPANG00000036940 Olive baboon MODERN SPECIES 16 ENSPANG00000021758 FAM217A (ENSPANG00000009605) PRPF4B (ENSPANG00000008444) ENSPANG00000039354 FAM50B (ENSPANG00000006202) ENSPANG00000037486 SLC22A23 (ENSPANG00000023485) PSMG4 (ENSPANG00000007366) TUBB2B (ENSPANG00000047634) RIPK1 (ENSPANG00000024400) ENSPANG00000038780 ENSPANG00000033442 NQO2 (ENSPANG00000033064) ENSPANG00000015755 SERPINB1 (ENSPANG00000030460) ENSPANG00000041893 ##21 WRNIP1 (ENSPANG00000044052) MYLK4 (ENSPANG00000007409) GMDS (ENSPANG00000020544) FOXC1 (ENSPANG00000011156) FOXF2 (ENSPANG00000044013) FOXQ1 (ENSPANG00000037731) EXOC2 (ENSPANG00000010769) IRF4 (ENSPANG00000023389) DUSP22 (ENSPANG00000018613) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Gibbon MODERN SPECIES 3 ASZ1 (ENSNLEG00000011649) WNT2 (ENSNLEG00000011635) ENSNLEG00000036065 ST7 (ENSNLEG00000011617) ENSNLEG00000032514 ENSNLEG00000011604 MET (ENSNLEG00000011530) CAV1 (ENSNLEG00000028023) ENSNLEG00000011523 TES (ENSNLEG00000011494) TFEC (ENSNLEG00000011480) ENSNLEG00000033212 FOXP2 (ENSNLEG00000011394) PPP1R3A (ENSNLEG00000011388) SMIM30 (ENSNLEG00000030553) ENSNLEG00000032204 ##21 ENSNLEG00000034107 BMT2 (ENSNLEG00000011360) TMEM168 (ENSNLEG00000011346) LSMEM1 (ENSNLEG00000011338) IFRD1 (ENSNLEG00000011280) ZNF277 (ENSNLEG00000011240) DOCK4 (ENSNLEG00000011076) LRRN3 (ENSNLEG00000018600) IMMP2L (ENSNLEG00000011071) ENSNLEG00000035270 ENSNLEG00000033818 DNAJB9 (ENSNLEG00000008287) THAP5 (ENSNLEG00000035889) ENSNLEG00000008309 PNPLA8 (ENSNLEG00000008297) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Marmoset MODERN SPECIES OR1N2 (ENSCJAG00000020076) OR1L8 (ENSCJAG00000085216) OR1Q1 (ENSCJAG00000040823) OR1L3 (ENSCJAG00000020065) ENSCJAG00000079179 ENSCJAG00000086095 OR5C1 (ENSCJAG00000022331) PDCL (ENSCJAG00000087386) RC3H2 (ENSCJAG00000020050) ZBTB6 (ENSCJAG00000020049) ZBTB26 (ENSCJAG00000021770) RABGAP1 (ENSCJAG00000020027) STRBP (ENSCJAG00000019997) CRB2 (ENSCJAG00000006432) DENND1A (ENSCJAG00000006461) ENSCJAG00000085719 ##21 LHX2 (ENSCJAG00000006496) NEK6 (ENSCJAG00000006507) PSMB7 (ENSCJAG00000006541) ADGRD2 (ENSCJAG00000040439) NR5A1 (ENSCJAG00000006624) NR6A1 (ENSCJAG00000006631) ENSCJAG00000078726 OLFML2A (ENSCJAG00000006668) ENSCJAG00000077082 WDR38 (ENSCJAG00000006695) ENSCJAG00000006724 ENSCJAG00000006730 GOLGA1 (ENSCJAG00000006745) SCAI (ENSCJAG00000006789) ENSCJAG00000077976 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 579 THADA (ENSPCOG00000020158) ZFP36L2 (ENSPCOG00000015409) HAAO (ENSPCOG00000012942) ENSPCOG00000027393 MTA3 (ENSPCOG00000017679) ENSPCOG00000007681 KCNG3 (ENSPCOG00000015590) ENSPCOG00000025599 EML4 (ENSPCOG00000023644) PKDCC (ENSPCOG00000023606) ENSPCOG00000011700 SLC8A1 (ENSPCOG00000017952) ENSPCOG00000000396 TMEM178A (ENSPCOG00000014803) MAP4K3 (ENSPCOG00000025640) ENSPCOG00000005687 ##21 CDKL4 (ENSPCOG00000027374) SOS1 (ENSPCOG00000015906) ARHGEF33 (ENSPCOG00000020196) MORN2 (ENSPCOG00000021598) DHX57 (ENSPCOG00000016267) ENSPCOG00000025051 #12 GALM (ENSPCOG00000017955) HNRNPLL (ENSPCOG00000025638) ##13 ATL2 (ENSPCOG00000016075) CYP1B1 (ENSPCOG00000023121) ENSPCOG00000018111 ENSPCOG00000022382 CDC42EP3 (ENSPCOG00000000538) QPCT (ENSPCOG00000012564) PRKD3 (ENSPCOG00000012644) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.a ##21 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 142 PRMT6 (ENSCLAG00000017949) NTNG1 (ENSCLAG00000011116) VAV3 (ENSCLAG00000011456) SLC25A24 (ENSCLAG00000004369) ENSCLAG00000004666 ENSCLAG00000005273 EEIG2 (ENSCLAG00000005356) HENMT1 (ENSCLAG00000005459) ENSCLAG00000005801 FNDC7 (ENSCLAG00000006340) STXBP3 (ENSCLAG00000007515) ENSCLAG00000008026 GPSM2 (ENSCLAG00000008553) ENSCLAG00000012561 WDR47 (ENSCLAG00000005699) ENSCLAG00000017658 ##21 TAF13 (ENSCLAG00000004606) TMEM167B (ENSCLAG00000005530) CFAP276 (ENSCLAG00000005566) ELAPOR1 (ENSCLAG00000005923) SARS1 (ENSCLAG00000004902) ##27 CELSR2 (ENSCLAG00000008165) PSRC1 (ENSCLAG00000009061) MYBPHL (ENSCLAG00000004648) SORT1 (ENSCLAG00000004904) PSMA5 (ENSCLAG00000005650) SYPL2 (ENSCLAG00000005995) ATXN7L2 (ENSCLAG00000006826) CYB561D1 (ENSCLAG00000006746) AMIGO1 (ENSCLAG00000007157) GPR61 (ENSCLAG00000017870) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 296 PSMB4 (ENSCLAG00000001775) POGZ (ENSCLAG00000001558) CGN (ENSCLAG00000000672) TUFT1 (ENSCLAG00000000570) SNX27 (ENSCLAG00000000162) CELF3 (ENSCLAG00000000586) MRPL9 (ENSCLAG00000000458) ENSCLAG00000000442 TDRKH (ENSCLAG00000001088) LINGO4 (ENSCLAG00000000770) RORC (ENSCLAG00000000624) THEM5 (ENSCLAG00000000481) THEM4 (ENSCLAG00000000400) ENSCLAG00000000368 ##21 ENSCLAG00000000361 S100A11 (ENSCLAG00000000334) ENSCLAG00000000326 CRNN (ENSCLAG00000000319) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 4 ENSHGLG00000014009 CMTR1 (ENSHGLG00000019562) ENSHGLG00000018112 RNF8 (ENSHGLG00000018097) TBC1D22B (ENSHGLG00000018129) ENSHGLG00000041942 ENSHGLG00000031980 PIM1 (ENSHGLG00000040441) ENSHGLG00000049714 MTCH1 (ENSHGLG00000019558) ENSHGLG00000042001 ENSHGLG00000019450 PPIL1 (ENSHGLG00000017369) CPNE5 (ENSHGLG00000017384) RAB44 (ENSHGLG00000017024) ENSHGLG00000000630 ##21 CDKN1A (ENSHGLG00000017033) SRSF3 (ENSHGLG00000017042) ##12 ENSHGLG00000017051 STK38 (ENSHGLG00000017058) ENSHGLG00000017397 ENSHGLG00000050754 ENSHGLG00000036842 PNPLA1 (ENSHGLG00000015567) BRPF3 (ENSHGLG00000015657) MAPK13 (ENSHGLG00000015728) MAPK14 (ENSHGLG00000015825) ENSHGLG00000015890 Srpk1 (ENSHGLG00000010559) LHFPL5 (ENSHGLG00000010688) CLPS (ENSHGLG00000010953) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Vervet Monkey MODERN SPECIES 203 ATRX (ENSCSAG00000010797) MAGT1 (ENSCSAG00000010777) ATP7A (ENSCSAG00000010766) ENSCSAG00000010747 TAF9B (ENSCSAG00000010740) CYSLTR1 (ENSCSAG00000000088) LPAR4 (ENSCSAG00000000086) P2RY10 (ENSCSAG00000000084) ENSCSAG00000000082 GPR174 (ENSCSAG00000000080) ITM2A (ENSCSAG00000010721) TBX22 (ENSCSAG00000010713) TENT5D (ENSCSAG00000000078) ENSCSAG00000010700 BRWD3 (ENSCSAG00000010659) ENSCSAG00000000076 ##21 HMGN5 (ENSCSAG00000010621) SH3BGRL (ENSCSAG00000010614) ENSCSAG00000010588 POU3F4 (ENSCSAG00000000074) CYLC1 (ENSCSAG00000010571) RPS6KA6 (ENSCSAG00000010555) HDX (ENSCSAG00000010546) SATL1 (ENSCSAG00000010536) ZNF711 (ENSCSAG00000010527) ENSCSAG00000010519 CHM (ENSCSAG00000010508) DACH2 (ENSCSAG00000010460) KLHL4 (ENSCSAG00000010443) ENSCSAG00000000071 CPXCR1 (ENSCSAG00000010435) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Gibbon MODERN SPECIES 6 POP1 (ENSNLEG00000002541) NIPAL2 (ENSNLEG00000002626) ENSNLEG00000030963 STK3 (ENSNLEG00000002668) ENSNLEG00000027654 ENSNLEG00000002725 ENSNLEG00000002742 ENSNLEG00000029708 COX6C (ENSNLEG00000002864) RGS22 (ENSNLEG00000002877) FBXO43 (ENSNLEG00000002980) ENSNLEG00000002993 SPAG1 (ENSNLEG00000002998) ENSNLEG00000030526 RNF19A (ENSNLEG00000003030) ENSNLEG00000029724 ##21 ANKRD46 (ENSNLEG00000028498) SNX31 (ENSNLEG00000003099) ENSNLEG00000003142 YWHAZ (ENSNLEG00000030006) ZNF706 (ENSNLEG00000003260) ENSNLEG00000018390 GRHL2 (ENSNLEG00000003271) ENSNLEG00000030983 NCALD (ENSNLEG00000003344) ENSNLEG00000030326 RRM2B (ENSNLEG00000003370) UBR5 (ENSNLEG00000003404) ENSNLEG00000031244 ODF1 (ENSNLEG00000003644) KLF10 (ENSNLEG00000003646) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 30 ENSHGLG00000018789 ENSHGLG00000031955 ENSHGLG00000040680 ENSHGLG00000044562 ENSHGLG00000039247 ENSHGLG00000035614 ENSHGLG00000033604 ENSHGLG00000041015 ENSHGLG00000040100 ENSHGLG00000044692 ENSHGLG00000033471 ENSHGLG00000048245 ENSHGLG00000035594 ENSHGLG00000047954 ENSHGLG00000046577 ENSHGLG00000005627 ##21 ENSHGLG00000005138 ENSHGLG00000047943 ENSHGLG00000046713 ENSHGLG00000003513 ENSHGLG00000050212 ENSHGLG00000037447 ENSHGLG00000001150 ENSHGLG00000043419 ENSHGLG00000037239 ENSHGLG00000039108 ENSHGLG00000042124 ENSHGLG00000034006 ENSHGLG00000036530 ENSHGLG00000014738 ENSHGLG00000015295 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b.d.b.b ##21 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 251 ULK4 (ENSUPAG00010011069) CTNNB1 (ENSUPAG00010011046) ENSUPAG00010011038 ##21 ZNF621 (ENSUPAG00010011035) ZNF619 (ENSUPAG00010011027) RPL14 (ENSUPAG00010011004) ENTPD3 (ENSUPAG00010010992) EIF1B (ENSUPAG00010010987) MYRIP (ENSUPAG00010010972) ENSUPAG00010010964 ENSUPAG00010010947 SLC25A38 (ENSUPAG00010010942) CCR8 (ENSUPAG00010010938) CX3CR1 (ENSUPAG00010010933) CSRNP1 (ENSUPAG00010010921) TTC21A (ENSUPAG00010010809) GORASP1 (ENSUPAG00010010776) WDR48 (ENSUPAG00010010707) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Common shrew MODERN SPECIES 10720 ENSSARG00000014516 ENSSARG00000014517 ##21 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000165228 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Arabian camel MODERN SPECIES 7 EXOC7 (ENSCDRG00005004183) ZACN (ENSCDRG00005004594) GALR2 (ENSCDRG00005004635) SRP68 (ENSCDRG00005004658) ENSCDRG00005004739 CDK3 (ENSCDRG00005004773) TEN1 (ENSCDRG00005004805) ACOX1 (ENSCDRG00005004838) FBF1 (ENSCDRG00005004944) MRPL38 (ENSCDRG00005005114) TRIM65 (ENSCDRG00005005156) TRIM47 (ENSCDRG00005005190) ENSCDRG00005005221 UNC13D (ENSCDRG00005005325) UNK (ENSCDRG00005005478) ENSCDRG00005005518 ##21 GALK1 (ENSCDRG00005005536) ITGB4 (ENSCDRG00005005589) SAP30BP (ENSCDRG00005005647) RECQL5 (ENSCDRG00005005744) SMIM6 (ENSCDRG00005005981) SMIM5 (ENSCDRG00005005996) ENSCDRG00005006040 LLGL2 (ENSCDRG00005006411) TSEN54 (ENSCDRG00005006499) CASKIN2 (ENSCDRG00005006534) TMEM94 (ENSCDRG00005006633) GRB2 (ENSCDRG00005006824) SLC25A19 (ENSCDRG00005006954) MIF4GD (ENSCDRG00005007027) MRPS7 (ENSCDRG00005007079) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.tb ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Goat DUPLICATION Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 24 ENSCHIG00000010628 ENSCHIG00000024299 ENSCHIG00000012307 GPR182 (ENSCHIG00000008110) ZBTB39 (ENSCHIG00000001253) TAC3 (ENSCHIG00000026341) MYO1A (ENSCHIG00000011774) NEMP1 (ENSCHIG00000015757) NAB2 (ENSCHIG00000019285) STAT6 (ENSCHIG00000025666) LRP1 (ENSCHIG00000024408) NXPH4 (ENSCHIG00000003451) SHMT2 (ENSCHIG00000003271) STAC3 (ENSCHIG00000000887) R3HDM2 (ENSCHIG00000014022) ENSCHIG00000007552 ##21 INHBC (ENSCHIG00000017660) INHBE (ENSCHIG00000022416) GLI1 (ENSCHIG00000007287) ARHGAP9 (ENSCHIG00000013388) MARS1 (ENSCHIG00000027023) DDIT3 (ENSCHIG00000011897) MBD6 (ENSCHIG00000017594) DCTN2 (ENSCHIG00000021509) ENSCHIG00000023881 KIF5A (ENSCHIG00000015115) PIP4K2C (ENSCHIG00000010259) DTX3 (ENSCHIG00000017813) ARHGEF25 (ENSCHIG00000001591) ENSCHIG00000012447 B4GALNT1 (ENSCHIG00000026781) Goat MODERN SPECIES 22 RAD54L (ENSCHIG00000020118) LURAP1 (ENSCHIG00000013931) POMGNT1 (ENSCHIG00000014882) TSPAN1 (ENSCHIG00000018316) P3R3URF (ENSCHIG00000014270) PIK3R3 (ENSCHIG00000015779) MAST2 (ENSCHIG00000022319) IPP (ENSCHIG00000023256) TMEM69 (ENSCHIG00000022471) ENSCHIG00000003469 ENSCHIG00000022480 ENSCHIG00000016081 NASP (ENSCHIG00000014381) AKR1A1 (ENSCHIG00000005900) TMSB4X (ENSCHIG00000012574) ENSCHIG00000006672 ##21 ENSCHIG00000016357 ENSCHIG00000009892 MMACHC (ENSCHIG00000026675) ENSCHIG00000023686 ENSCHIG00000009639 ENSCHIG00000006507 TESK2 (ENSCHIG00000024948) TOE1 (ENSCHIG00000026678) MUTYH (ENSCHIG00000011167) HPDL (ENSCHIG00000010279) ENSCHIG00000023611 ZSWIM5 (ENSCHIG00000026563) UROD (ENSCHIG00000026792) HECTD3 (ENSCHIG00000025462) EIF2B3 (ENSCHIG00000015663) Goat MODERN SPECIES 17 IL27 (ENSCHIG00000010751) APOBR (ENSCHIG00000021439) CLN3 (ENSCHIG00000020622) ENSCHIG00000024795 ATXN2L (ENSCHIG00000009907) TUFM (ENSCHIG00000020583) SH2B1 (ENSCHIG00000024260) ATP2A1 (ENSCHIG00000024152) RABEP2 (ENSCHIG00000023058) CD19 (ENSCHIG00000023420) NFATC2IP (ENSCHIG00000018034) SPNS1 (ENSCHIG00000017567) LAT (ENSCHIG00000025007) ENSCHIG00000010844 SBK1 (ENSCHIG00000007938) ENSCHIG00000010418 ##21 XPO6 (ENSCHIG00000022341) GSG1L (ENSCHIG00000017943) KATNIP (ENSCHIG00000014045) GTF3C1 (ENSCHIG00000012815) IL21R (ENSCHIG00000023851) IL4R (ENSCHIG00000020331) NSMCE1 (ENSCHIG00000019879) KDM8 (ENSCHIG00000016272) ENSCHIG00000020945 ZKSCAN2 (ENSCHIG00000016181) AQP8 (ENSCHIG00000011928) ENSCHIG00000019227 LCMT1 (ENSCHIG00000015353) ARHGAP17 (ENSCHIG00000021692) SLC5A11 (ENSCHIG00000019741) Goat MODERN SPECIES 15 TMEM14A (ENSCHIG00000018513) TRAM2 (ENSCHIG00000014597) EFHC1 (ENSCHIG00000014186) PAQR8 (ENSCHIG00000004272) MCM3 (ENSCHIG00000020423) ENSCHIG00000008358 IL17A (ENSCHIG00000022239) PKHD1 (ENSCHIG00000021972) TFAP2B (ENSCHIG00000007665) TFAP2D (ENSCHIG00000023280) ENSCHIG00000008615 DEFB110 (ENSCHIG00000017625) DEFB114 (ENSCHIG00000020648) CRISP1 (ENSCHIG00000015225) ENSCHIG00000010083 ENSCHIG00000004238 ##21 PGK2 (ENSCHIG00000003650) CRISP3 (ENSCHIG00000012989) CRISP2 (ENSCHIG00000009328) RHAG (ENSCHIG00000019103) GLYATL3 (ENSCHIG00000019294) CENPQ (ENSCHIG00000021694) MMUT (ENSCHIG00000023231) PTCHD4 (ENSCHIG00000007711) OPN5 (ENSCHIG00000022101) ADGRF4 (ENSCHIG00000015162) ENSCHIG00000020762 CD2AP (ENSCHIG00000025885) TNFRSF21 (ENSCHIG00000026271) ADGRF1 (ENSCHIG00000024674) ADGRF5 (ENSCHIG00000008724) Goat MODERN SPECIES 7 CNIH3 (ENSCHIG00000015311) DNAH14 (ENSCHIG00000021801) LBR (ENSCHIG00000013607) ENAH (ENSCHIG00000022407) ENSCHIG00000000542 ENSCHIG00000004057 SRP9 (ENSCHIG00000006407) EPHX1 (ENSCHIG00000017919) TMEM63A (ENSCHIG00000026549) ENSCHIG00000017375 PYCR2 (ENSCHIG00000022032) ENSCHIG00000010623 ENSCHIG00000016605 SDE2 (ENSCHIG00000022358) ENSCHIG00000013022 ENSCHIG00000021907 ##21 ACBD3 (ENSCHIG00000010539) MIXL1 (ENSCHIG00000017640) LIN9 (ENSCHIG00000003005) PARP1 (ENSCHIG00000018072) STUM (ENSCHIG00000026813) ITPKB (ENSCHIG00000016348) PSEN2 (ENSCHIG00000025180) COQ8A (ENSCHIG00000012633) CDC42BPA (ENSCHIG00000021878) ENSCHIG00000010278 AHCTF1 (ENSCHIG00000023392) ENSCHIG00000011366 SCCPDH (ENSCHIG00000022401) ENSCHIG00000011881 ##21 ENSCHIG00000022887 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157010 ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00950000182856.a.a.a ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a ENSGT00940000160307 ENSGT00940000162831 ENSGT00940000161409 ENSGT00390000005553 ENSGT00940000163002 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT01090000259987.b.a ENSGT00940000161340 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000157827 ENSGT00940000158880 ENSGT00940000159108 ENSGT00940000155137 ENSGT00390000000878 ENSGT00390000014833 ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000011295.b ENSGT00940000155602.j ENSGT00510000046985.h.b.a.a.a ENSGT00390000000118 ENSGT00950000183188.B ENSGT00390000015035 ENSGT00940000154957.B ENSGT00940000157167 American bison MODERN SPECIES 3037 ENSBBBG00000016814 ##21 SP4 (ENSBBBG00000006959) DNAH11 (ENSBBBG00000004150) CDCA7L (ENSBBBG00000016553) RAPGEF5 (ENSBBBG00000016410) ENSBBBG00000016334 IL6 (ENSBBBG00000016329) TOMM7 (ENSBBBG00000016279) ENSBBBG00000016269 HYCC1 (ENSBBBG00000016257) ENSBBBG00000016211 ENSBBBG00000016187 NUP42 (ENSBBBG00000000771) GPNMB (ENSBBBG00000008553) MALSU1 (ENSBBBG00000004003) IGF2BP3 (ENSBBBG00000004000) Bos ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000012561.a ENSGT00940000157010 ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a ENSGT00940000154486.b.a.b ENSGT00950000182856.a.a.a ENSGT00940000160307 ENSGT00940000162831 ENSGT00940000161409 ENSGT00390000005553 ENSGT00940000163002 ENSGT00390000013151.a.b ENSGT01090000259987.b.a ENSGT00940000161340 ENSGT00940000162033.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000157827 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ENSGT00940000161587 ENSGT00950000184459 Wild yak MODERN SPECIES 420 ZNF514 (ENSBMUG00000024836) ZNF2 (ENSBMUG00000024851) ZNF892 (ENSBMUG00000024859) PROM2 (ENSBMUG00000024882) KCNIP3 (ENSBMUG00000024925) FAHD2A (ENSBMUG00000024931) GPAT2 (ENSBMUG00000024953) ADRA2B (ENSBMUG00000024964) ASTL (ENSBMUG00000024973) DUSP2 (ENSBMUG00000024979) STARD7 (ENSBMUG00000024981) TMEM127 (ENSBMUG00000024989) CIAO1 (ENSBMUG00000024991) SNRNP200 (ENSBMUG00000025000) ENSBMUG00000025005 ENSBMUG00000025010 ##21 ITPRIPL1 (ENSBMUG00000025013) NCAPH (ENSBMUG00000025028) NEURL3 (ENSBMUG00000025034) ARID5A (ENSBMUG00000025040) KANSL3 (ENSBMUG00000025054) FER1L5 (ENSBMUG00000025137) LMAN2L (ENSBMUG00000025162) ENSBMUG00000025169 ENSBMUG00000025174 ANKRD23 (ENSBMUG00000025186) SEMA4C (ENSBMUG00000025190) ENSBMUG00000025195 ENSBMUG00000025199 ENSBMUG00000025202 ACTR1B (ENSBMUG00000025209) Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 28 ZNF514 (ENSBGRG00000026774) ZNF2 (ENSBGRG00000026775) ZNF892 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(ENSMMSG00000012882) ENSMMSG00000012906 ##21 TSEN15 (ENSMMSG00000012916) COLGALT2 (ENSMMSG00000012973) RGL1 (ENSMMSG00000013004) APOBEC4 (ENSMMSG00000013090) ARPC5 (ENSMMSG00000013103) NCF2 (ENSMMSG00000013150) SMG7 (ENSMMSG00000013283) NMNAT2 (ENSMMSG00000013788) LAMC2 (ENSMMSG00000013846) LAMC1 (ENSMMSG00000013934) SHCBP1L (ENSMMSG00000013978) DHX9 (ENSMMSG00000014054) NPL (ENSMMSG00000014092) RGS8 (ENSMMSG00000014129) RGS16 (ENSMMSG00000014157) Siberian musk deer MODERN SPECIES 1274 CCDC158 (ENSMMSG00000021996) STBD1 (ENSMMSG00000022116) FAM47E (ENSMMSG00000022132) SCARB2 (ENSMMSG00000022167) NUP54 (ENSMMSG00000022298) ART3 (ENSMMSG00000022325) CXCL11 (ENSMMSG00000022349) CXCL10 (ENSMMSG00000022364) CXCL9 (ENSMMSG00000022371) SDAD1 (ENSMMSG00000022401) NAAA (ENSMMSG00000022466) PPEF2 (ENSMMSG00000022483) ENSMMSG00000022497 ENSMMSG00000022502 USO1 (ENSMMSG00000022526) ENSMMSG00000022615 ##21 G3BP2 (ENSMMSG00000022629) CDKL2 (ENSMMSG00000022671) ODAPH (ENSMMSG00000022711) THAP6 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HOXB1 (ENSBMSG00010017892) HOXB2 (ENSBMSG00010017860) HOXB3 (ENSBMSG00010017838) HOXB4 (ENSBMSG00010017814) HOXB5 (ENSBMSG00010017772) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000013344.t ENSGT00450000040303.i.a.a.b.a ENSGT00940000162158.h ENSGT00940000162582.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154103.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000153902.b ENSGT00940000162717 ENSGT00390000018389 ENSGT01050000244986.b.b.b.b.d.a.a.b ENSGT00940000159316 ENSGT00390000014785 ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a ENSGT00390000001432 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000158517 ENSGT00950000182925.D.a.b.b ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00840000130063 ENSGT00940000153097.B.a.b ENSGT00940000162763 ENSGT00950000182835.c.c ENSGT00530000063540.a ENSGT00940000159912 ENSGT00390000001055.e ENSGT00940000161795 ENSGT00940000155877 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000013344.t ENSGT00450000040303.i.a.a.b.a ENSGT00940000162158.h ENSGT00940000162582.b ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000154103.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000153902.b ENSGT00940000162717 ENSGT00390000018389 ENSGT00940000159316 ENSGT00390000014785 ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a ENSGT00390000001432 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000158517 ENSGT00950000182925.D.a.b.b ENSGT00390000004891 ENSGT00940000162603 ENSGT00940000161062 ENSGT00950000183031.B.e.a ENSGT00840000130063 ENSGT00940000153097.B.a.b ENSGT00940000162763 ENSGT00950000182835.c.c ENSGT00530000063540.a ENSGT00940000159912 ENSGT00390000001055.e ENSGT00940000161795 ENSGT00940000155877 Beluga whale MODERN SPECIES 98 SPIN4 (ENSDLEG00000009791) ARHGEF9 (ENSDLEG00000009811) AMER1 (ENSDLEG00000009854) ASB12 (ENSDLEG00000009861) MTMR8 (ENSDLEG00000009883) ZC4H2 (ENSDLEG00000009931) ZC3H12B (ENSDLEG00000010016) LAS1L (ENSDLEG00000010044) MSN (ENSDLEG00000010089) VSIG4 (ENSDLEG00000010131) ENSDLEG00000010156 ##21 HEPH (ENSDLEG00000010175) EDA2R (ENSDLEG00000010256) ENSDLEG00000010305 Narwhal MODERN SPECIES 309 ENSMMNG00015009322 ENSMMNG00015009316 ABITRAM (ENSMMNG00015009309) ENSMMNG00015009307 ENSMMNG00015009302 SPIN4 (ENSMMNG00015009295) ARHGEF9 (ENSMMNG00015009261) AMER1 (ENSMMNG00015016946) ASB12 (ENSMMNG00015016925) MTMR8 (ENSMMNG00015016867) ZC4H2 (ENSMMNG00015016824) ZC3H12B (ENSMMNG00015016788) LAS1L (ENSMMNG00015016763) MSN (ENSMMNG00015016724) VSIG4 (ENSMMNG00015016697) ENSMMNG00015016678 ##21 HEPH (ENSMMNG00015016499) NBDY (ENSMMNG00015016427) UBQLN2 (ENSMMNG00015016410) KLF8 (ENSMMNG00015016332) RRAGB (ENSMMNG00015016249) MAGEH1 (ENSMMNG00015016219) ENSMMNG00015016171 ENSMMNG00015016046 PFKFB1 (ENSMMNG00015015867) APEX2 (ENSMMNG00015015760) ALAS2 (ENSMMNG00015015724) ENSMMNG00015015694 MAGED2 (ENSMMNG00015015643) ENSMMNG00015015611 GNL3L (ENSMMNG00015015584) Vaquita MODERN SPECIES 34 ENSPSNG00000019376 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ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a.b ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799.j ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 3 EXOC7 (ENSSSCG00000017190) ZACN (ENSSSCG00000017188) GALR2 (ENSSSCG00000017189) SRP68 (ENSSSCG00000017191) ENSSSCG00000017192 CDK3 (ENSSSCG00000017193) TEN1 (ENSSSCG00000017194) ACOX1 (ENSSSCG00000017198) FBF1 (ENSSSCG00000017197) MRPL38 (ENSSSCG00000017196) TRIM65 (ENSSSCG00000017195) TRIM47 (ENSSSCG00000017199) WBP2 (ENSSSCG00000021672) UNC13D (ENSSSCG00000017200) UNK (ENSSSCG00000017201) ENSSSCG00000017202 ##21 GALK1 (ENSSSCG00000017203) ITGB4 (ENSSSCG00000017204) SAP30BP (ENSSSCG00000017205) RECQL5 (ENSSSCG00000023978) SMIM5 (ENSSSCG00000038844) MYO15B (ENSSSCG00000036248) LLGL2 (ENSSSCG00000033518) TSEN54 (ENSSSCG00000036852) CASKIN2 (ENSSSCG00000040578) TMEM94 (ENSSSCG00000034608) GRB2 (ENSSSCG00000017206) SLC25A19 (ENSSSCG00000017208) MIF4GD (ENSSSCG00000017209) MRPS7 (ENSSSCG00000035134) GGA3 (ENSSSCG00000017211) Pig MODERN SPECIES 1 NVL (ENSSSCG00000026705) CNIH4 (ENSSSCG00000035034) WDR26 (ENSSSCG00000010849) CNIH3 (ENSSSCG00000034972) DNAH14 (ENSSSCG00000031483) LBR (ENSSSCG00000032397) ENAH (ENSSSCG00000038646) ENSSSCG00000017768 SRP9 (ENSSSCG00000031664) EPHX1 (ENSSSCG00000010853) TMEM63A (ENSSSCG00000010854) ENSSSCG00000038188 PYCR2 (ENSSSCG00000010855) LEFTY2 (ENSSSCG00000032299) SDE2 (ENSSSCG00000010858) H3-3A (ENSSSCG00000023971) ##21 ACBD3 (ENSSSCG00000024180) MIXL1 (ENSSSCG00000030675) LIN9 (ENSSSCG00000021310) PARP1 (ENSSSCG00000023660) STUM (ENSSSCG00000024288) ENSSSCG00000046588 ENSSSCG00000040100 PSEN2 (ENSSSCG00000010860) COQ8A (ENSSSCG00000010861) CDC42BPA (ENSSSCG00000010862) AHCTF1 (ENSSSCG00000010863) ENSSSCG00000060854 SCCPDH (ENSSSCG00000010866) ENSSSCG00000051937 EXO1 (ENSSSCG00000010865) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Cat MODERN SPECIES 209 ENSFCAG00000042167 ENSFCAG00000044294 ##21 ENSFCAG00000041451 ENSFCAG00000036125 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Dingo MODERN SPECIES 308 ENSCAFG00020017515 USP53 (ENSCAFG00020017496) ENSCAFG00020017490 MYOZ2 (ENSCAFG00020017484) SYNPO2 (ENSCAFG00020017481) ENSCAFG00020017478 SEC24D (ENSCAFG00020017464) METTL14 (ENSCAFG00020017450) ENSCAFG00020017446 PRSS12 (ENSCAFG00020017432) NDST3 (ENSCAFG00020017398) TRAM1L1 (ENSCAFG00020017395) ENSCAFG00020017392 ENSCAFG00020017382 ENSCAFG00020017378 ENSCAFG00020017373 ##21 ENSCAFG00020017368 NDST4 (ENSCAFG00020017358) ENSCAFG00020017353 UGT8 (ENSCAFG00020017350) ENSCAFG00020017349 ENSCAFG00020017345 ARSJ (ENSCAFG00020017341) ENSCAFG00020017332 ENSCAFG00020017278 ENSCAFG00020017243 LARP7 (ENSCAFG00020017225) ENSCAFG00020017220 ENSCAFG00020017208 NEUROG2 (ENSCAFG00020017205) ALPK1 (ENSCAFG00020017196) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Ferret MODERN SPECIES 247 NKRF (ENSMPUG00000001548) SEPTIN6 (ENSMPUG00000001540) SOWAHD (ENSMPUG00000001537) UPF3B (ENSMPUG00000001531) ENSMPUG00000019358 ENSMPUG00000001530 ENSMPUG00000001526 ENSMPUG00000001502 ENSMPUG00000001482 ENSMPUG00000001479 ENSMPUG00000001475 ZBTB33 (ENSMPUG00000019357) TMEM255A (ENSMPUG00000001469) ATP1B4 (ENSMPUG00000001429) ENSMPUG00000019356 ENSMPUG00000019355 ##21 LAMP2 (ENSMPUG00000001425) CUL4B (ENSMPUG00000001419) MCTS1 (ENSMPUG00000001407) C1GALT1C1 (ENSMPUG00000019354) ENSMPUG00000001405 ENSMPUG00000001387 ENSMPUG00000001370 GRIA3 (ENSMPUG00000001367) THOC2 (ENSMPUG00000001357) ENSMPUG00000001356 XIAP (ENSMPUG00000001354) STAG2 (ENSMPUG00000001349) SH2D1A (ENSMPUG00000001348) ENSMPUG00000001346 ENSMPUG00000001344 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Equus ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.lc ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.mc ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT00940000171704 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Donkey DUPLICATION Donkey MODERN SPECIES 4 EXOC7 (ENSEASG00005004046) ZACN (ENSEASG00005027154) GALR2 (ENSEASG00005004037) SRP68 (ENSEASG00005004030) ENSEASG00005004003 CDK3 (ENSEASG00005003994) TEN1 (ENSEASG00005003992) ACOX1 (ENSEASG00005002691) FBF1 (ENSEASG00005002629) MRPL38 (ENSEASG00005002624) TRIM65 (ENSEASG00005002620) TRIM47 (ENSEASG00005002612) WBP2 (ENSEASG00005002597) UNC13D (ENSEASG00005002478) UNK (ENSEASG00005002430) ENSEASG00005028410 ##21 GALK1 (ENSEASG00005002417) ITGB4 (ENSEASG00005000862) SAP30BP (ENSEASG00005000720) ENSEASG00005028558 RECQL5 (ENSEASG00005000704) ENSEASG00005034246 ENSEASG00005000595 LLGL2 (ENSEASG00005000586) TSEN54 (ENSEASG00005000579) CASKIN2 (ENSEASG00005000573) TMEM94 (ENSEASG00005000559) GRB2 (ENSEASG00005000553) SLC25A19 (ENSEASG00005000534) MIF4GD (ENSEASG00005000487) MRPS7 (ENSEASG00005000432) Donkey MODERN SPECIES 23 DEGS1 (ENSEASG00005013608) NVL (ENSEASG00005013599) CNIH4 (ENSEASG00005013594) WDR26 (ENSEASG00005013590) CNIH3 (ENSEASG00005038744) DNAH14 (ENSEASG00005033325) LBR (ENSEASG00005013556) ENAH (ENSEASG00005013528) ENSEASG00005013509 EPHX1 (ENSEASG00005013496) TMEM63A (ENSEASG00005013377) ENSEASG00005025761 PYCR2 (ENSEASG00005013358) ENSEASG00005030091 SDE2 (ENSEASG00005013356) ENSEASG00005013355 ##21 ACBD3 (ENSEASG00005013353) MIXL1 (ENSEASG00005013350) LIN9 (ENSEASG00005013290) PARP1 (ENSEASG00005013275) STUM (ENSEASG00005033549) ITPKB (ENSEASG00005013263) PSEN2 (ENSEASG00005013260) COQ8A (ENSEASG00005013257) ENSEASG00005006206 ENSEASG00005005859 ENSEASG00005036075 SCCPDH (ENSEASG00005005739) ENSEASG00005031616 CNST (ENSEASG00005005731) TFB2M (ENSEASG00005005729) Horse MODERN SPECIES 27 TMEM19 (ENSECAG00000011279) THAP2 (ENSECAG00000011295) ZFC3H1 (ENSECAG00000026833) LGR5 (ENSECAG00000011949) ENSECAG00000044717 TSPAN8 (ENSECAG00000026887) PTPRR (ENSECAG00000026963) ENSECAG00000039602 PTPRB (ENSECAG00000037450) KCNMB4 (ENSECAG00000013805) CNOT2 (ENSECAG00000013864) RAB3IP (ENSECAG00000021652) BEST3 (ENSECAG00000021025) ENSECAG00000020800 CCT2 (ENSECAG00000020755) H3-3B (ENSECAG00000033238) ##21 FRS2 (ENSECAG00000020194) YEATS4 (ENSECAG00000020166) LYZ (ENSECAG00000018113) CPSF6 (ENSECAG00000015988) CPM (ENSECAG00000015198) MDM2 (ENSECAG00000013604) SLC35E3 (ENSECAG00000041781) NUP107 (ENSECAG00000007483) RAP1B (ENSECAG00000004651) MDM1 (ENSECAG00000000713) IL22 (ENSECAG00000019526) IL26 (ENSECAG00000035920) IFNG (ENSECAG00000028288) DYRK2 (ENSECAG00000015977) CAND1 (ENSECAG00000013404) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 27 NQO2 (ENSRFEG00010001518) ENSRFEG00010001556 ENSRFEG00010001648 ENSRFEG00010001710 SERPINB1 (ENSRFEG00010001747) ENSRFEG00010001768 WRNIP1 (ENSRFEG00010001786) MYLK4 (ENSRFEG00010001828) GMDS (ENSRFEG00010001869) NACA2 (ENSRFEG00010001919) ENSRFEG00010001928 ENSRFEG00010001950 FOXF2 (ENSRFEG00010001962) FOXQ1 (ENSRFEG00010001977) ENSRFEG00010001986 ENSRFEG00010001997 ##21 ENSRFEG00010002006 EXOC2 (ENSRFEG00010002038) IRF4 (ENSRFEG00010002076) DUSP22 (ENSRFEG00010002106) ENSRFEG00010002141 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 23 NRP1 (ENSRFEG00010004569) ENSRFEG00010004600 PARD3 (ENSRFEG00010004675) CUL2 (ENSRFEG00010004807) CREM (ENSRFEG00010004926) CCNY (ENSRFEG00010005023) GJD4 (ENSRFEG00010005039) FZD8 (ENSRFEG00010005044) ENSRFEG00010005049 ENSRFEG00010005054 ENSRFEG00010005064 SGCB (ENSRFEG00010005069) LRRC66 (ENSRFEG00010005085) DCUN1D4 (ENSRFEG00010005107) CWH43 (ENSRFEG00010005162) ENSRFEG00010000225 ##21 OCIAD2 (ENSRFEG00010000268) OCIAD1 (ENSRFEG00010000361) FRYL (ENSRFEG00010000583) ZAR1 (ENSRFEG00010000867) SLC10A4 (ENSRFEG00010000879) SLAIN2 (ENSRFEG00010000907) TEC (ENSRFEG00010000982) TXK (ENSRFEG00010001040) NIPAL1 (ENSRFEG00010001063) CNGA1 (ENSRFEG00010001086) NFXL1 (ENSRFEG00010001130) CORIN (ENSRFEG00010001293) ATP10D (ENSRFEG00010001499) COMMD8 (ENSRFEG00010001543) GABRB1 (ENSRFEG00010001568) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 270 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00390000002548 ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b #19 ENSGT00940000161595 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT01030000235120 ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00550000075103 Reedfish MODERN SPECIES agk (ENSECRG00000003233) dennd11 (ENSECRG00000003205) wee2 (ENSECRG00000003186) bcl2l13 (ENSECRG00000003176) atp6v1e1a (ENSECRG00000003161) ninj2 (ENSECRG00000003141) ENSECRG00000003130 WNK1 (ENSECRG00000003091) ENSECRG00000003073 rad52 (ENSECRG00000003052) meis3 (ENSECRG00000003031) #16 ENSECRG00000003002 #17 sirt2 (ENSECRG00000002580) kptn (ENSECRG00000002518) dmac2 (ENSECRG00000002492) #18 ENSECRG00000002465 ##21 otx5 (ENSECRG00000002456) ENSECRG00000002445 #20 gjd1a (ENSECRG00000002436) #19 NFKBIB (ENSECRG00000002410) psma6l (ENSECRG00000002375) #25 ENSECRG00000002364 ENSECRG00000002355 sars2 (ENSECRG00000002319) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSECRG00000002299) #26 mrps12 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ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000171912 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01030000235280 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000166841 ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT01010000228854 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 ENSGT00940000157231.a.a ENSGT00390000017627.b ENSGT00530000063534.b ENSGT00940000155900.i ENSGT00940000156937.a.a ENSGT00950000183064.a.b.a.b ENSGT00940000154313.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT01100000264924 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000006095 ENSGT00940000157522 ENSGT00940000156342.d ENSGT00940000161398.e ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00950000183136.b.b.d ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00940000159302 ENSGT00940000165141.a Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01030000235280 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b ENSGT00940000164900 ENSGT00940000169412 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000159664 ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT01030000235280 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b ENSGT00940000158269.f.a ENSGT00940000167859 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 9 rasd1 (ENSBSLG00000022104) PEMT 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ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000160624 ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b ENSGT00940000164900 Tongue sole DUPLICATION Tongue sole MODERN SPECIES 18 SSTR2 (ENSCSEG00000020271) ENSCSEG00000020268 usp22 (ENSCSEG00000020257) COPS3 (ENSCSEG00000020254) NT5M (ENSCSEG00000020251) rasd1 (ENSCSEG00000020250) PEMT (ENSCSEG00000020249) RAB26 (ENSCSEG00000020242) LMF1 (ENSCSEG00000020227) sox8a (ENSCSEG00000020224) ENSCSEG00000020219 ENSCSEG00000020216 cox19 (ENSCSEG00000020215) UNC13D (ENSCSEG00000020213) unk (ENSCSEG00000020209) h3f3a (ENSCSEG00000020207) ##21 ENSCSEG00000020204 zgc:194990 (ENSCSEG00000020197) itgb4 (ENSCSEG00000020114) sap30bp (ENSCSEG00000020102) ENSCSEG00000020100 CDR2L (ENSCSEG00000020098) ENSCSEG00000020096 ENSCSEG00000020070 foxj1b (ENSCSEG00000019836) ubald1b (ENSCSEG00000019833) csdc2a 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#15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c.i.b #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b.qb ##33 ENSGT00390000017365.b.pb ##33 ENSGT00940000159302 Greater amberjack MODERN SPECIES 114 PIK3CB (ENSSDUG00000010182) PER2 (ENSSDUG00000010286) HES6 (ENSSDUG00000010317) her8.2 (ENSSDUG00000010328) ENSSDUG00000010338 ITM2C (ENSSDUG00000010370) lpar5b (ENSSDUG00000010411) ENSSDUG00000010420 #15 meis3 (ENSSDUG00000010461) #16 ENSSDUG00000010510 #17 sirt2 (ENSSDUG00000010530) dmac2 (ENSSDUG00000010554) #18 GJD2 (ENSSDUG00000010563) #19 nop53 (ENSSDUG00000010575) #20 ENSSDUG00000010591 #22 ENSSDUG00000010597 ##21 ENSSDUG00000010603 #24 psma6l (ENSSDUG00000010613) #25 ENSSDUG00000010641 sars2 (ENSSDUG00000010702) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSSDUG00000010732) #26 slc5a2 (ENSSDUG00000010836) fbxo46 (ENSSDUG00000011934) #28 coq8b (ENSSDUG00000011948) #29 numbl (ENSSDUG00000011975) #30 ENSSDUG00000012002 #31 dpf1 (ENSSDUG00000012060) #32 ENSSDUG00000012090 #34 ENSSDUG00000012118 ##33 ENSSDUG00000012102 ##33 pnkp (ENSSDUG00000012144) Yellowtail amberjack DUPLICATION Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2693 ENSSLDG00000025059 #15 meis3 (ENSSLDG00000025073) #16 ENSSLDG00000025083 #17 sirt2 (ENSSLDG00000025086) dmac2 (ENSSLDG00000000071) #18 GJD2 (ENSSLDG00000000076) #19 nop53 (ENSSLDG00000000140) #20 ENSSLDG00000000279 ##21 ENSSLDG00000000296 ##21 ENSSLDG00000000314 #24 psma6l (ENSSLDG00000000342) #25 ENSSLDG00000000383 sars2 (ENSSLDG00000000426) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSSLDG00000000602) #26 slc5a2 (ENSSLDG00000000683) fbxo46 (ENSSLDG00000000745) #28 coq8b 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slc8a2a (ENSLBEG00000028508) ##11 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000161398.e ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00950000183136.b.b.d ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.a.db.b #22 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT01100000263514.A.f.x.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000161634 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b ##33 ENSGT00940000159302 ENSGT00940000165141.a Perciformes ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159641 ENSGT00940000154852.a ENSGT00530000066748 ENSGT00940000159861 ENSGT00940000157969 ENSGT00940000163335 ENSGT00940000171912 ENSGT00940000160173 ENSGT00940000158109 ENSGT00810000125570 ENSGT00940000160651 ENSGT00530000064671 ENSGT00940000159396 ENSGT00940000156610 ENSGT00390000000306 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT00940000154307.A ENSGT00390000006068 ENSGT00390000017838 ENSGT00510000048359 ENSGT00390000014665 ENSGT00940000155267 ENSGT00940000160374 ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000167095.A ENSGT00940000166841 ENSGT00940000154323.a ENSGT00940000160435 ENSGT00390000002866.a ENSGT00650000094874 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00390000004836 ENSGT00940000159664 ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00940000178199 ENSGT00390000013574 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00900000141125 ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT01000000216149 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000160624 ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b ENSGT00940000164900 Stickleback MODERN SPECIES 5 ENSGACG00000009145 lcmt1 (ENSGACG00000009130) ENSGACG00000009127 ENSGACG00000009123 ENSGACG00000009121 NLRC3 (ENSGACG00000009105) GCGR (ENSGACG00000009099) WDR90 (ENSGACG00000009083) rhot2 (ENSGACG00000009036) h1-0 (ENSGACG00000009033) rhbdl1 (ENSGACG00000009028) zgc:112496 (ENSGACG00000009025) wdr24 (ENSGACG00000009003) anks3 (ENSGACG00000008992) zgc:112185 (ENSGACG00000008987) ENSGACG00000008983 ##21 ENSGACG00000008980 C7orf50 (ENSGACG00000008975) gnptg (ENSGACG00000008965) tsr3 (ENSGACG00000008959) pdpk1b (ENSGACG00000008933) kctd5a (ENSGACG00000008924) ube2ia (ENSGACG00000008893) ENSGACG00000008886 ENSGACG00000008873 ENSGACG00000008870 phkg2 (ENSGACG00000008802) RNF40 (ENSGACG00000008782) ENSGACG00000008777 ENSGACG00000008733 znf668 (ENSGACG00000008728) Lumpfish DUPLICATION Lumpfish MODERN SPECIES 10 UTS2R (ENSCLMG00005021828) ENSCLMG00005021827 ogfod3 (ENSCLMG00005021826) hexdc (ENSCLMG00005021825) cybc1 (ENSCLMG00005021823) narf (ENSCLMG00005021821) FDXR (ENSCLMG00005021445) mrpl38 (ENSCLMG00005021436) wbp2 (ENSCLMG00005021435) mrpl38 (ENSCLMG00005021434) ENSCLMG00005021432 ENSCLMG00005021431 wbp2 (ENSCLMG00005021430) UNC13D (ENSCLMG00005021428) unk (ENSCLMG00005021425) ENSCLMG00005021423 ##21 ENSCLMG00005021419 zgc:194990 (ENSCLMG00005021417) itgb4 (ENSCLMG00005019684) sap30bp (ENSCLMG00005019648) ENSCLMG00005019647 CDR2L (ENSCLMG00005019645) mrpl58 (ENSCLMG00005019644) DAGLB (ENSCLMG00005019632) SPAG9 (ENSCLMG00005019277) tob1b (ENSCLMG00005019274) WFIKKN2 (ENSCLMG00005019272) ENSCLMG00005001991 ENSCLMG00005001817 sult2st2 (ENSCLMG00005001643) foxk2a (ENSCLMG00005001601) Lumpfish MODERN SPECIES 4 CLSTN2 (ENSCLMG00005010091) rbp2a 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ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Large yellow croaker DUPLICATION Large yellow croaker MODERN SPECIES 493 opcml (ENSLCRG00005022600) PANX3 (ENSLCRG00005022601) pknox2 (ENSLCRG00005022603) tmem218 (ENSLCRG00005022604) ENSLCRG00005022606 ENSLCRG00005022609 robo3 (ENSLCRG00005022616) MSANTD2 (ENSLCRG00005022617) esama (ENSLCRG00005022618) fez1 (ENSLCRG00005022619) cfap58 (ENSLCRG00005022621) IGSF9B (ENSLCRG00005022622) jam3b (ENSLCRG00005022629) vps26bl (ENSLCRG00005022631) ARHGAP32 (ENSLCRG00005022640) ENSLCRG00005022676 ##21 crx (ENSLCRG00005022677) ##24 kptn (ENSLCRG00005022678) nova1 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Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00940000157017.a.b.a ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000162951 ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.b.a.a.hb.b #21 ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00510000049652 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000167259 ENSGT00940000163587.a.b.a.c.b ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000176223 ENSGT00390000018570.b.a ENSGT00940000167542 ENSGT00940000156486 ENSGT00940000153496.a.b.a ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000158031.c ENSGT00940000163867 ENSGT00940000164726.b Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000159664 ENSGT01090000260051.b.a.b ENSGT00940000156819.a.b ENSGT00390000005895 ENSGT00390000014852.a ENSGT00390000004691 ENSGT00940000153514.a.b ENSGT00390000013574 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#25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT00940000176916.a.b ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b.bc.a.a.c ##33 ENSGT00390000017365.b.bc.a.b ##33 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000164578.a.a ENSGT00390000004360.a.a ENSGT00950000183115.a.a.a ENSGT00950000183136.b.b.d.a.a.a.a.a ENSGT00950000183136.b.b.d.a.a.b.a ENSGT00950000183136.b.b.d.b.a.a ENSGT00950000183136.b.b.d.b.b ENSGT00950000183136.b.b.d.a.b ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000161057 #16 ENSGT00940000154866.A #17 ENSGT00940000157514.a ENSGT00940000160500 #18 ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.i #19 ENSGT00390000017267 #20 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000153792.A #27 ENSGT00940000156265 #26 ENSGT00940000160533 ENSGT00530000064222.a #28 ENSGT00940000158965 #29 ENSGT00940000160957 #30 ENSGT00940000165302 #31 ENSGT00940000160692 #32 ENSGT00940000176916.a.b ENSGT00950000183136.a.a ENSGT01030000234592.A.b.a #34 ENSGT00390000017365.b.bc.a.a.c ##33 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1096 SGPP2 (ENSMZEG00005004600) ENSMZEG00005004622 pax3b (ENSMZEG00005004628) epha4a (ENSMZEG00005004684) pxylp1 (ENSMZEG00005004789) SLC25A36 (ENSMZEG00005004803) spsb4a (ENSMZEG00005004837) ENSMZEG00005004855 CLSTN2 (ENSMZEG00005004867) ENSMZEG00005004907 rbp2a (ENSMZEG00005004916) COPB2 (ENSMZEG00005004942) mrps22 (ENSMZEG00005005002) foxl2a (ENSMZEG00005005026) nop53 (ENSMZEG00005005033) #20 ENSMZEG00005005051 ##21 ENSMZEG00005005059 #24 psma6l (ENSMZEG00005005071) #25 ENSMZEG00005005107 sars2 (ENSMZEG00005005189) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSMZEG00005005293) #26 slc5a2 (ENSMZEG00005005309) fbxo46 (ENSMZEG00005005344) #28 coq8b (ENSMZEG00005005354) #29 numbl (ENSMZEG00005005394) #30 ENSMZEG00005005422 #31 dpf1 (ENSMZEG00005005447) #32 ENSMZEG00005005470 ENSMZEG00005005484 #34 ENSMZEG00005005519 ##33 ENSMZEG00005005579 ##33 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 328 ENSHBUG00000004997 sox9a (ENSHBUG00000005025) ENSHBUG00000005040 ENSHBUG00000005046 ENSHBUG00000005050 ENSHBUG00000005083 FDXR (ENSHBUG00000005163) mrpl38 (ENSHBUG00000005176) ENSHBUG00000005201 wbp2 (ENSHBUG00000005238) ENSHBUG00000005295 unk (ENSHBUG00000005306) h3f3a (ENSHBUG00000005326) ##21 ENSHBUG00000005350 zgc:194990 (ENSHBUG00000005373) itgb4 (ENSHBUG00000005820) sap30bp (ENSHBUG00000005855) ENSHBUG00000005877 CDR2L (ENSHBUG00000005905) mrpl58 (ENSHBUG00000005924) DAGLB (ENSHBUG00000001098) SPAG9 (ENSHBUG00000006048) tob1b (ENSHBUG00000006073) ENSHBUG00000006079 ENSHBUG00000006240 ENSHBUG00000006277 sult2st2 (ENSHBUG00000006292) ENSHBUG00000006385 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 ENSGT00940000155457.a.a.d ENSGT00390000013593 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ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00940000159555.v.b ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.a ENSGT00940000161313 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00940000162120.f.a ENSGT00950000183079.A.b.c.b Spiny chromis MODERN SPECIES 587 ARHGAP32 (ENSAPOG00000002093) ENSAPOG00000002114 ##21 crx (ENSAPOG00000002128) ##24 kptn (ENSAPOG00000000044) nova1 (ENSAPOG00000002171) capns1b (ENSAPOG00000002188) zgc:153990 (ENSAPOG00000002204) dlb (ENSAPOG00000002230) ppp1r14aa (ENSAPOG00000002244) ENSAPOG00000002258 MARK4 (ENSAPOG00000002316) ckma (ENSAPOG00000002355) nccrp1 (ENSAPOG00000002373) slc8a2a (ENSAPOG00000002401) ##11 hnrnpl (ENSAPOG00000002415) ##13 irf2bp1 (ENSAPOG00000002422) Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 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megf6 (ENSELUG00000019285) mffa (ENSELUG00000019217) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000163288.a.b.b.b.b ENSGT00940000157809.i ENSGT00390000015916 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015579.a.a.b ENSGT00390000009925.a.k.a ENSGT00390000008825.a.a ENSGT00940000157696 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT01100000263632 ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b.i.a ENSGT00940000163663.B.a ENSGT00940000160824 ENSGT00940000158822 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.b #24 ENSGT00550000074807.c #25 ENSGT00390000001278.a ENSGT00940000154307.B ENSGT01060000248742 ENSGT00730000110939.a ENSGT00550000075088.a.a ENSGT00940000156355.n.a ENSGT00940000160498.c ENSGT00940000161466 ENSGT00940000158074 ENSGT00390000009084 ENSGT00530000069547 ENSGT00390000012918.d ENSGT00390000012857 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 93 ENSGT01030000234872 ENSGT00940000159197 ENSGT00940000158589.a ENSGT00940000155418.a.a.b ENSGT01030000234556.b.b.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a.b ENSGT00950000183199.a.a.w 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ENSIPUG00000018969 ENSIPUG00000018961 ENSIPUG00000018950 ckma (ENSIPUG00000018864) MARK4 (ENSIPUG00000018786) ENSIPUG00000018764 CPI17 (ENSIPUG00000018746) dlb (ENSIPUG00000018702) Naif1 (ENSIPUG00000018692) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00940000153972.A.b ENSGT00940000154553.a.a.d ENSGT01000000215748 ENSGT00940000159197 ENSGT00940000158589.a ENSGT01030000234556.b.b.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a.b ENSGT00950000183199.a.a.w ENSGT00950000182929.A ENSGT00940000159470 ENSGT00940000155162.o.a ENSGT00940000153875.d.a ENSGT01100000263516.a.a.b ENSGT00940000159120.e ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.j ##19 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00910000144115.b.bc.b #12 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000159555.v.b ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00510000048626 ENSGT00940000155573.g.b ENSGT00950000183079.A.b.c.b Electric eel MODERN SPECIES 702 ENSEEEG00000017772 tmprss13b (ENSEEEG00000017771) tmprss4b (ENSEEEG00000017767) scn4bb (ENSEEEG00000017759) mpzl2b (ENSEEEG00000017753) pafah1b2 (ENSEEEG00000017752) ENSEEEG00000017751 ENSEEEG00000017749 tagln2 (ENSEEEG00000017748) tppp2 (ENSEEEG00000017746) ENSEEEG00000017745 nfkbib (ENSEEEG00000017744) gjd1a (ENSEEEG00000017743) ##19 ENSEEEG00000017736 ##21 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 92 ENSGT00940000153972.A.b ENSGT00940000154553.a.a.d ENSGT01000000215748 ENSGT00940000159197 ENSGT00940000158589.a ENSGT01030000234556.b.b.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a.b ENSGT00950000183199.a.a.w ENSGT00950000182929.A ENSGT00940000159470 ENSGT00940000155162.o.a ENSGT00940000153875.d.a ENSGT01100000263516.a.a.b ENSGT00940000159120.e ENSGT01090000260005.a.b.a.b.b.j ##19 ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT00940000164977.a ##24 ENSGT00390000002548 ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.b ##13 ENSGT00910000144115.b.bc.b #12 ENSGT00940000158344.a.b ##11 ENSGT00940000161313 ENSGT00940000159555.v.b ENSGT01030000234613.b.b.h ENSGT00950000182985.a.b.a ENSGT00940000164418.a.b ENSGT00450000040324.a.a.a ENSGT00940000155478.hb.b ENSGT00510000048626 ENSGT00940000155573.g.b Mexicana tetra DUPLICATION Mexicana tetra MODERN SPECIES 18 fxyd2 (ENSAMXG00000034606) tmprss13b (ENSAMXG00000043292) ENSAMXG00000001840 scn4bb (ENSAMXG00000001828) mpzl2b (ENSAMXG00000040971) pafah1b2 (ENSAMXG00000030539) apoa1a (ENSAMXG00000001789) ENSAMXG00000001769 TAGLN (ENSAMXG00000030135) tppp2 (ENSAMXG00000033198) ENSAMXG00000029859 ENSAMXG00000001701 ENSAMXG00000001671 nfkbib (ENSAMXG00000001646) gjd1a (ENSAMXG00000037293) ##19 ENSAMXG00000038983 ##21 crx (ENSAMXG00000001577) ##24 ENSAMXG00000044060 ENSAMXG00000001557 kptn (ENSAMXG00000001548) hnrnpl (ENSAMXG00000001542) ##13 srsf7a (ENSAMXG00000001532) #12 slc8a2a (ENSAMXG00000001525) ##11 nccrp1 (ENSAMXG00000037998) ENSAMXG00000001486 ckma 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UQCC4 (ENSLOCG00000003623) gper1 (ENSLOCG00000018100) ENSLOCG00000003612 gpr146 (ENSLOCG00000018099) ENSLOCG00000003601 zgc:112185 (ENSLOCG00000003583) ENSLOCG00000003569 anks3 (ENSLOCG00000003543) IGFALS (ENSLOCG00000003531) wdr24 (ENSLOCG00000003515) zgc:112496 (ENSLOCG00000003501) rhbdl1 (ENSLOCG00000003471) h1-0 (ENSLOCG00000018098) rhot2 (ENSLOCG00000003444) WDR90 (ENSLOCG00000003416) Spotted gar MODERN SPECIES 658 B3GNT8 (ENSLOCG00000017562) napab (ENSLOCG00000014212) ENSLOCG00000014210 ENSLOCG00000014209 ENSLOCG00000014207 BICRA (ENSLOCG00000014205) ehd2b (ENSLOCG00000014200) psmd8 (ENSLOCG00000014197) ENSLOCG00000014195 sars2 (ENSLOCG00000014192) #27 ENSLOCG00000014188 psma6l (ENSLOCG00000014186) #25 nfkbib (ENSLOCG00000014185) gjd1a (ENSLOCG00000014182) #19 nop53 (ENSLOCG00000014178) #20 ENSLOCG00000014176 ##21 otx5 (ENSLOCG00000014175) AXL (ENSLOCG00000014171) ENSLOCG00000014168 b9d2 (ENSLOCG00000014163) tgfb1a (ENSLOCG00000014160) ENSLOCG00000014154 ENSLOCG00000014148 ENSLOCG00000017561 ENSLOCG00000014144 tm4sf5 (ENSLOCG00000014141) zgc:162193 (ENSLOCG00000014139) ##33 ENSLOCG00000017560 ENSLOCG00000014137 ENSLOCG00000017559 ENSLOCG00000014134 Elephant shark MODERN SPECIES 373 si:ch1073-429i10.3 (ENSCMIG00000002506) ##21 UQCC4 (ENSCMIG00000002500) Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.a ##21 Hagfish MODERN SPECIES 282 ENSEBUG00000006140 ppm1aa (ENSEBUG00000008680) dhrs7 (ENSEBUG00000010682) ENSEBUG00000009300 nfyba (ENSEBUG00000006990) ENSEBUG00000001177 ppp1r14d (ENSEBUG00000001713) ENSEBUG00000013775 ENSEBUG00000006989 ENSEBUG00000015148 jmjd7 (ENSEBUG00000015685) ENSEBUG00000012233 BMP2 (ENSEBUG00000010871) nudt5 (ENSEBUG00000016134) ENSEBUG00000012393 ENSEBUG00000009724 ##21 ENSEBUG00000005550 ENSEBUG00000000575 coq8b (ENSEBUG00000008326) #29 ENSEBUG00000008458 acp7 (ENSEBUG00000006400) ENSEBUG00000004053 ENSEBUG00000010428 ENSEBUG00000001541 ENSEBUG00000007771 ENSEBUG00000001951 ENSEBUG00000002590 ENSEBUG00000001528 ENSEBUG00000013936 ENSEBUG00000003938 ENSEBUG00000010684 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b ##21 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 533 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263567.a.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b ##21 Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 284 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263514.A.f ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263569.a.b.b ENSGT00940000164494 ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263559.A ENSGT00940000153118 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Amniota ANCESTRAL SPECIES 357 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 95 ENSGT01100000263474.a.b.a.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.k ENSGT00940000153092.a.a Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.k ENSGT00940000153092.a.a Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000006233.c.a.b ENSGT00930000151058 ENSGT00390000003753.b ENSGT00530000066362 ENSGT01030000234601.c.a.b ENSGT00940000171081 ENSGT00390000013440.e ENSGT01100000263840 ENSGT01070000253822.D.a.n.a ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.a.a ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263506.a ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.a.b.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.k ENSGT00940000153092.a.a ENSGT01100000263559.A.f ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263474.a.b.a.d ENSGT00940000156302.fc ENSGT00940000155501.b.i.a.a ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.c ENSGT01030000234599.a.b ENSGT00940000155774.b ENSGT00950000182961.a.b.b ENSGT00940000160320 ENSGT00410000026495.B Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161093 ENSGT00530000063947.C ENSGT01030000234582.e.b ENSGT01030000234582.f.a.b ENSGT00390000012877 ENSGT00940000158413 ENSGT00530000063516.a.a ENSGT00390000009554 ENSGT00940000160984 ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.a.b.a.b.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.a.a ENSGT01100000263559.B ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.k ENSGT00940000153092.a.a ENSGT01100000263559.A.f ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT00730000110920.a ENSGT00940000156536 ENSGT00390000009497 ENSGT00940000155350 ENSGT00940000156251 ENSGT00950000182988.a.b.a.u ENSGT00530000063816.c ENSGT00390000010063 ENSGT00530000064411 ENSGT00390000011958 ENSGT00390000010128 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1998 ENSCABG00000015222 ENSCABG00000015217 ENSCABG00000015213 ENSCABG00000015208 ENSCABG00000015207 H2AC1 (ENSCABG00000015189) ENSCABG00000015176 ENSCABG00000015164 ENSCABG00000015162 ENSCABG00000015152 ##21 ENSCABG00000015148 ENSCABG00000015143 ##21 ENSCABG00000015137 ENSCABG00000015133 ENSCABG00000015128 ENSCABG00000015127 ENSCABG00000015126 ENSCABG00000015125 APOLD1 (ENSCABG00000015123) DDX47 (ENSCABG00000015120) ENSCABG00000015118 HEBP1 (ENSCABG00000015116) FAM234B (ENSCABG00000015110) GSG1 (ENSCABG00000015107) EMP1 (ENSCABG00000015105) ENSCABG00000015103 GRIN2B (ENSCABG00000015099) Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Three-toed box turtle DUPLICATION Three-toed box turtle MODERN SPECIES 2252 ENSTMTG00000010010 ENSTMTG00000009994 ##21 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 28 ENSTMTG00000000484 ENSTMTG00000000472 ENSTMTG00000000461 ENSTMTG00000000446 ENSTMTG00000000438 ENSTMTG00000000420 ##21 ENSTMTG00000000387 ENSTMTG00000000374 H2AC7 (ENSTMTG00000000360) ENSTMTG00000000347 ENSTMTG00000000337 ENSTMTG00000000321 ENSTMTG00000000311 ENSTMTG00000000303 ENSTMTG00000000293 ENSTMTG00000000281 ##21 ENSTMTG00000000270 ENSTMTG00000000247 ENSTMTG00000000236 ENSTMTG00000000228 ENSTMTG00000000222 ENSTMTG00000000214 ENSTMTG00000000207 ENSTMTG00000000178 ENSTMTG00000000169 ENSTMTG00000000153 ENSTMTG00000000146 ENSTMTG00000000091 ENSTMTG00000000081 ENSTMTG00000000055 ENSTMTG00000007937 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 172 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Common wall lizard MODERN SPECIES 4 GMPR2 (ENSPMRG00000021169) ENSPMRG00000021177 TGM1 (ENSPMRG00000021199) RABGGTA (ENSPMRG00000021217) ENSPMRG00000021252 CIDEB (ENSPMRG00000021263) ENSPMRG00000021304 ENSPMRG00000021308 ENSPMRG00000021314 ENSPMRG00000021322 ##21 ENSPMRG00000021329 PDZD11 (ENSPMRG00000021332) KIF4A (ENSPMRG00000021341) ENSPMRG00000021355 TAF9 (ENSPMRG00000021358) ENSPMRG00000021362 ##21 PER1 (ENSPMRG00000021379) VAMP2 (ENSPMRG00000021400) AURKB (ENSPMRG00000021404) TMEM107 (ENSPMRG00000021421) ENSPMRG00000021451 ENSPMRG00000021461 ENSPMRG00000021507 ENSPMRG00000021603 ALOXE3 (ENSPMRG00000021620) ENSPMRG00000021653 ENSPMRG00000021663 CNTROB (ENSPMRG00000021674) ENSPMRG00000021695 TRAPPC1 (ENSPMRG00000021699) ENSPMRG00000021705 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000160712 ENSGT00940000161232 ENSGT00940000160763 ENSGT00940000160217 ENSGT00530000063825.B ENSGT00940000154126.h.a ENSGT00940000159931 ENSGT00390000002307 ENSGT00940000159065 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b.a ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263559.A.f ENSGT00940000153118.eb.o.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.a.a.a.b.b.b ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263567.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.a.a.a.b.b.a.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT00940000153092.a.b ENSGT00940000167399.a ENSGT01000000214708 ENSGT00940000154535.C ENSGT00940000162394 ENSGT00940000159148 ENSGT00940000161852.y.b ENSGT00640000091578 ENSGT00390000001945 ENSGT00390000003354 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 165 ENSGT00950000183089.p ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182953.B.a ENSGT00390000017181 ENSGT00390000001566 ENSGT00960000189329 ENSGT00390000014089 ENSGT00940000160916 ENSGT00390000013260.C ENSGT00390000006233.c.a.b ENSGT00930000151058 ENSGT00390000003753.a.b ENSGT00530000066362 ENSGT00940000171081 ENSGT01100000263954 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00950000183089.p ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01030000234599.a.b 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ENSGT00390000012258 ENSGT00950000183213.a.a.a Mainland tiger snake DUPLICATION Mainland tiger snake MODERN SPECIES 6 ENSNSUG00000003335 STRA8 (ENSNSUG00000003336) WDR91 (ENSNSUG00000003337) ENSNSUG00000003338 TMEM140 (ENSNSUG00000003339) AGBL3 (ENSNSUG00000003340) PDE6H (ENSNSUG00000003342) ARHGDIB (ENSNSUG00000003343) ERP27 (ENSNSUG00000003344) ENSNSUG00000003345 ENSNSUG00000003346 ENSNSUG00000003347 ENSNSUG00000003349 ENSNSUG00000003351 ##21 ENSNSUG00000003369 ENSNSUG00000003370 ##21 APOLD1 (ENSNSUG00000003374) ENSNSUG00000003375 ENSNSUG00000003376 ENSNSUG00000003377 HEBP1 (ENSNSUG00000003378) ENSNSUG00000003379 FAM234B (ENSNSUG00000003380) EMP1 (ENSNSUG00000003381) GRIN2B (ENSNSUG00000003382) ATF7IP (ENSNSUG00000003383) ENSNSUG00000003459 PLBD1 (ENSNSUG00000003462) ENSNSUG00000003507 TTC26 (ENSNSUG00000003511) UBN2 (ENSNSUG00000003516) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 1450 ENSNSUG00000000860 ENSNSUG00000000862 ENSNSUG00000000865 ##21 Eastern brown snake DUPLICATION Eastern brown snake MODERN SPECIES 53 MYH14 (ENSPTXG00000011820) ENSPTXG00000014659 EPN1 (ENSPTXG00000014661) ENSPTXG00000014663 CCDC106 (ENSPTXG00000014665) ZNF581 (ENSPTXG00000014666) ENSPTXG00000014667 ENSPTXG00000014668 ENSPTXG00000014669 ENSPTXG00000014671 ENSPTXG00000014672 ENSPTXG00000014673 ENSPTXG00000014674 ENSPTXG00000014675 ENSPTXG00000014676 ENSPTXG00000014677 ##21 ENSPTXG00000014679 ENSPTXG00000014680 ENSPTXG00000014681 TACO1 (ENSPTXG00000014682) ENSPTXG00000014684 ENSPTXG00000014685 ENSPTXG00000014686 ENSPTXG00000014687 ENSPTXG00000014688 CORO1A (ENSPTXG00000014689) MAPK3 (ENSPTXG00000014690) GDPD3 (ENSPTXG00000014691) YPEL3 (ENSPTXG00000008766) TBX6 (ENSPTXG00000008767) ALDOA (ENSPTXG00000008768) Eastern brown snake MODERN SPECIES 140 ENSPTXG00000011711 ENSPTXG00000011712 ADAT3 (ENSPTXG00000011713) ENSPTXG00000011714 CLDN15 (ENSPTXG00000011715) FIS1 (ENSPTXG00000011716) ZNHIT1 (ENSPTXG00000011717) PLOD3 (ENSPTXG00000011719) ENSPTXG00000012029 ENSPTXG00000013980 ENSPTXG00000013981 PFAS (ENSPTXG00000013985) ENSPTXG00000014093 ENSPTXG00000014094 ENSPTXG00000014095 ENSPTXG00000014096 ##21 ENSPTXG00000014097 ##21 ENSPTXG00000014098 ENSPTXG00000014099 ENSPTXG00000014100 ENSPTXG00000014101 ENSPTXG00000014102 ENSPTXG00000014103 ENSPTXG00000014104 ENSPTXG00000014105 ENSPTXG00000014106 ENSPTXG00000014107 ENSPTXG00000014109 ENSPTXG00000014116 ENSPTXG00000014554 RAB2B (ENSPTXG00000015457) Eastern brown snake MODERN SPECIES POLR3H (ENSPTXG00000000926) CNOT4 (ENSPTXG00000000917) ENSPTXG00000000729 STRA8 (ENSPTXG00000000710) WDR91 (ENSPTXG00000000706) TMEM140 (ENSPTXG00000000700) AGBL3 (ENSPTXG00000000695) PDE6H (ENSPTXG00000000691) ARHGDIB (ENSPTXG00000000684) ERP27 (ENSPTXG00000000680) MGP (ENSPTXG00000000676) ENSPTXG00000000673 ENSPTXG00000000670 ENSPTXG00000000664 ENSPTXG00000000660 ##21 ENSPTXG00000000652 ##21 APOLD1 (ENSPTXG00000000648) DDX47 (ENSPTXG00000000646) ENSPTXG00000000644 HEBP1 (ENSPTXG00000000639) ENSPTXG00000000638 FAM234B (ENSPTXG00000000627) ENSPTXG00000000621 ENSPTXG00000000619 GRIN2B (ENSPTXG00000000616) ATF7IP (ENSPTXG00000000606) PLBD1 (ENSPTXG00000000588) ENSPTXG00000000560 ENSPTXG00000000549 TTC26 (ENSPTXG00000000543) UBN2 (ENSPTXG00000000520) Mammalia ANCESTRAL SPECIES 170 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a ENSGT01100000263506.a.f ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Platypus DUPLICATION Platypus MODERN SPECIES 88 ENSOANG00000000208 ENSOANG00000000207 ENSOANG00000000206 ENSOANG00000049078 ENSOANG00000000203 ENSOANG00000049510 ENSOANG00000006821 ENSOANG00000050874 ENSOANG00000038173 ENSOANG00000037044 ENSOANG00000037583 ENSOANG00000046504 ENSOANG00000043122 ENSOANG00000041825 ENSOANG00000036615 ENSOANG00000042346 ##21 H1-1 (ENSOANG00000050321) ENSOANG00000039485 ENSOANG00000045994 ENSOANG00000040130 ENSOANG00000045306 ENSOANG00000038051 ##21 ENSOANG00000038321 ENSOANG00000048075 ENSOANG00000047142 ENSOANG00000037816 ENSOANG00000045607 ENSOANG00000037825 ENSOANG00000051301 ENSOANG00000045094 ##21 ENSOANG00000038387 Platypus MODERN SPECIES 88 ENSOANG00000043122 ENSOANG00000046504 ENSOANG00000037583 ENSOANG00000037044 ENSOANG00000038173 ENSOANG00000050874 ENSOANG00000006821 ENSOANG00000049510 ENSOANG00000000203 ENSOANG00000049078 ENSOANG00000000206 ENSOANG00000000207 ENSOANG00000000208 ENSOANG00000000209 ENSOANG00000000214 ENSOANG00000040795 ##21 ENSOANG00000041663 ENSOANG00000045836 ENSOANG00000038023 ENSOANG00000050854 ENSOANG00000050360 ENSOANG00000045256 ENSOANG00000040147 ENSOANG00000045877 ENSOANG00000000219 ENSOANG00000047522 ENSOANG00000038285 ENSOANG00000047856 ENSOANG00000050887 ENSOANG00000040521 ENSOANG00000039179 Theria ANCESTRAL SPECIES 93 ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a ENSGT01100000263506.a.f ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 96 ENSGT01100000263506.a.f ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000153110.C ENSGT00530000063599.A ENSGT00940000162162.b.a.b ENSGT00940000163105 ENSGT00940000158772 ENSGT00940000157016 ENSGT00390000007779 ENSGT00940000153882.a.b.b.b ENSGT00530000063753.B ENSGT00940000161686 ENSGT00940000153104.e.b.a.a.a.a ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT01100000263506.a.f ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000155501.b.f.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT00940000161385 ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000160426.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000153110.C ENSGT00530000063599.A ENSGT00940000162162.b.a.b ENSGT00940000163105 ENSGT00940000158772 ENSGT00940000157016 ENSGT00390000007779 ENSGT00940000153882.a.b.b.b ENSGT00530000063753.B ENSGT00940000161686 ENSGT00940000153104.e.b.a.a.a.a ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT01100000263506.a.f ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000155501.b.f.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT00940000161385 ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000160426.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000155159.C ENSGT00940000153110.C ENSGT00530000063599.A ENSGT00940000162162.b.a.b ENSGT00940000163105 ENSGT00940000158772 ENSGT00940000157016 ENSGT00390000007779 ENSGT00940000153882.a.b.b.b ENSGT00530000063753.B ENSGT00940000161686 ENSGT00940000153104.e.b.a.a.a.a ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000155501.b.f.a ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263559.B ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT00940000161385 ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000155501.b.e.b ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000160426.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155501.b.f.b ENSGT00940000160426.a.a.b ENSGT01100000263575.B.e.a koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 167 ENSPCIG00000016200 OR2B11 (ENSPCIG00000016199) ZNF496 (ENSPCIG00000015280) ENSPCIG00000015334 TRIM11 (ENSPCIG00000015276) ENSPCIG00000037166 ENSPCIG00000015238 ENSPCIG00000031167 ENSPCIG00000033149 ##21 ENSPCIG00000031273 ENSPCIG00000032592 ENSPCIG00000031487 ENSPCIG00000031433 ENSPCIG00000036717 ENSPCIG00000034762 ENSPCIG00000014676 ##21 ENSPCIG00000031126 ENSPCIG00000031257 ENSPCIG00000034498 HFE (ENSPCIG00000008663) ENSPCIG00000008666 ENSPCIG00000032287 ENSPCIG00000031525 ENSPCIG00000035745 ENSPCIG00000024809 ENSPCIG00000033159 ##21 ENSPCIG00000024792 ENSPCIG00000035138 ENSPCIG00000030835 BTN1A1 (ENSPCIG00000024787) ENSPCIG00000036834 koala MODERN SPECIES 167 ENSPCIG00000016591 ENSPCIG00000016594 ENSPCIG00000016596 ENSPCIG00000016598 USP43 (ENSPCIG00000035434) CFAP52 (ENSPCIG00000000163) STX8 (ENSPCIG00000000227) ENSPCIG00000000324 PIK3R5 (ENSPCIG00000000380) ENSPCIG00000027495 ENSPCIG00000036834 BTN1A1 (ENSPCIG00000024787) ENSPCIG00000030835 ENSPCIG00000035138 ENSPCIG00000024792 ENSPCIG00000033159 ##21 ENSPCIG00000024809 ENSPCIG00000035745 ENSPCIG00000031525 ENSPCIG00000032287 ENSPCIG00000008666 HFE (ENSPCIG00000008663) ENSPCIG00000034498 ENSPCIG00000031257 ENSPCIG00000031126 ENSPCIG00000014676 ##21 ENSPCIG00000034762 ENSPCIG00000036717 ENSPCIG00000031433 ENSPCIG00000031487 ENSPCIG00000032592 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.a ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a ENSGT01100000263506.a.f.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b ENSGT01060000248528.b.kh.xb.a.a Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263567.a.a Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263569.a.b.b Carnivora ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00390000002062 ENSGT00940000162956 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000153253.b.a.h ENSGT00960000186612.A ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b ENSGT00940000153104.e.b.a.b ENSGT00940000162941 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a ENSGT00940000153125.E.c.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000153125.C ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT00940000153092.a.b.e.a.a ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT00990000203553.c.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.d ENSGT01100000263548.a.b.b ENSGT01100000263486.a.a ENSGT01100000263486.a.b.b ENSGT01100000263486.a.b.a.b.a ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.a ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000163486 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163521 ENSGT00950000182890.D.c.a.b ENSGT00940000161576 ENSGT00940000163165 ENSGT00940000165662 ENSGT00940000163388 ENSGT00940000163486 ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.b.a ENSGT01100000263486.a.b.a.b.a ENSGT01100000263486.a.b.b ENSGT01100000263486.a.a ENSGT01100000263548.a.b.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000153125.E.c.a.b.b ENSGT00940000162950 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT00940000153092.a.b.e.a.a ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT00990000203553.c.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000153125.C ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000153125.E.c.b Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.b Ursidae ANCESTRAL SPECIES 99 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.b Ursus ANCESTRAL SPECIES 308 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a Polar bear MODERN SPECIES 181 ENSUMAG00000000662 H2BC11 (ENSUMAG00000000586) ENSUMAG00000000571 ENSUMAG00000000457 ENSUMAG00000000414 ENSUMAG00000000367 ZNF322 (ENSUMAG00000000353) ABT1 (ENSUMAG00000000260) HMGN4 (ENSUMAG00000000061) ENSUMAG00000021069 BTN1A1 (ENSUMAG00000021063) BTN2A2 (ENSUMAG00000021036) ENSUMAG00000021028 ENSUMAG00000021017 ENSUMAG00000021005 ENSUMAG00000020999 ##21 ENSUMAG00000020993 ENSUMAG00000020991 ENSUMAG00000020988 ENSUMAG00000020985 H1-3 (ENSUMAG00000020980) ENSUMAG00000020973 ENSUMAG00000020968 ##21 ENSUMAG00000020963 ENSUMAG00000020960 ENSUMAG00000020956 ##21 ENSUMAG00000020953 ENSUMAG00000020950 ENSUMAG00000020948 ENSUMAG00000020943 ENSUMAG00000020941 Canidae ANCESTRAL SPECIES 154 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 123 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a Dingo MODERN SPECIES 411 GMNN (ENSCAFG00020009976) ARMH2 (ENSCAFG00020009968) RIPOR2 (ENSCAFG00020009577) ENSCAFG00020009503 CARMIL1 (ENSCAFG00020009452) ENSCAFG00020009441 ENSCAFG00020009439 ENSCAFG00020009436 SLC17A4 (ENSCAFG00020009429) SLC17A1 (ENSCAFG00020009386) SLC17A3 (ENSCAFG00020009245) SLC17A2 (ENSCAFG00020009215) ENSCAFG00020009201 ENSCAFG00020009199 TRIM38 (ENSCAFG00020009193) ENSCAFG00020009188 ##21 ENSCAFG00020009187 ENSCAFG00020009164 ENSCAFG00020009155 HFE (ENSCAFG00020009149) ENSCAFG00020009144 H1-1 (ENSCAFG00020009139) ENSCAFG00020009116 ENSCAFG00020009088 H1-4 (ENSCAFG00020009079) ENSCAFG00020009066 ENSCAFG00020009049 ENSCAFG00020009046 ENSCAFG00020009042 ENSCAFG00020009019 Dog MODERN SPECIES 144 MID1IP1 (ENSCAFG00845025983) TSPAN7 (ENSCAFG00845025872) ENSCAFG00845025837 OTC (ENSCAFG00845025700) RPGR (ENSCAFG00845024867) ENSCAFG00845024670 SYTL5 (ENSCAFG00845024105) DYNLT3 (ENSCAFG00845023973) CYBB (ENSCAFG00845023727) XK (ENSCAFG00845023672) LANCL3 (ENSCAFG00845023634) ENSCAFG00845023501 PRRG1 (ENSCAFG00845023418) ENSCAFG00845023392 ENSCAFG00845023375 ENSCAFG00845023351 ##21 ENSCAFG00845023324 ENSCAFG00845023302 ENSCAFG00845023269 ENSCAFG00845023215 ENSCAFG00845022160 ENSCAFG00845021989 ENSCAFG00845021959 ENSCAFG00845021898 TMEM47 (ENSCAFG00845021814) ENSCAFG00845021774 ENSCAFG00845021748 ENSCAFG00845021702 ENSCAFG00845021667 DMD (ENSCAFG00845017750) ENSCAFG00845015838 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Panthera ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000161530 ENSGT00940000164101.a ENSGT00940000163835 ENSGT00990000203553.c.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000163525 ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.a ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263559.B ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT00940000155501.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d ENSGT00940000155501.a.b.e.b ENSGT01100000263567.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000163269 ENSGT00940000160468 ENSGT00940000161926 ENSGT00940000162523 ENSGT00940000162346 ENSGT00940000160894 ENSGT01100000263474.a.a.c.a Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00420000029746.f ENSGT00950000183190.a.b.a.b ENSGT00390000016972.a.b.b ENSGT01050000244808.A.b.b.a ENSGT01100000263506.a.e.b ENSGT01100000263559.A.f ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01100000263559.B ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 lion MODERN SPECIES 28 ENSPLOG00000013689 ENSPLOG00000013673 H1-4 (ENSPLOG00000013661) H2AC6 (ENSPLOG00000013648) ENSPLOG00000013631 H1-6 (ENSPLOG00000013610) ENSPLOG00000013593 HFE (ENSPLOG00000013149) H1-2 (ENSPLOG00000013032) ENSPLOG00000013006 H2AC7 (ENSPLOG00000012983) H2BC3 (ENSPLOG00000012954) H2AC4 (ENSPLOG00000012931) ENSPLOG00000012898 ##21 ENSPLOG00000012884 ENSPLOG00000012867 TRIM38 (ENSPLOG00000012799) SLC17A2 (ENSPLOG00000022703) SLC17A3 (ENSPLOG00000022700) SLC17A1 (ENSPLOG00000022695) ENSPLOG00000022692 H2BC1 (ENSPLOG00000022691) ENSPLOG00000022689 H2AC1 (ENSPLOG00000022687) SCGN (ENSPLOG00000022683) CARMIL1 (ENSPLOG00000022681) ENSPLOG00000022676 RIPOR2 (ENSPLOG00000022660) ARMH2 (ENSPLOG00000022629) Cat DUPLICATION Cat MODERN SPECIES 236 H3C3 (ENSFCAG00000041652) H1-2 (ENSFCAG00000003805) HFE (ENSFCAG00000005968) H4C3 (ENSFCAG00000053116) H1-6 (ENSFCAG00000005970) H2BC4 (ENSFCAG00000045523) H2AC6 (ENSFCAG00000053015) H1-4 (ENSFCAG00000051764) H2BC5 (ENSFCAG00000052405) H2BC6 (ENSFCAG00000042117) H4C4 (ENSFCAG00000046199) H3C4 (ENSFCAG00000044044) H2AC7 (ENSFCAG00000041358) H2BC8 (ENSFCAG00000043943) H2AC8 (ENSFCAG00000048216) H3C5 (ENSFCAG00000039447) ##21 H4C19 (ENSFCAG00000052591) H2BC25 (ENSFCAG00000042671) H3C6 (ENSFCAG00000043388) H2AC9 (ENSFCAG00000052149) H1-3 (ENSFCAG00000006768) H4C6 (ENSFCAG00000052647) H3C7 (ENSFCAG00000041936) H2BC9 (ENSFCAG00000053061) H3C8 (ENSFCAG00000041602) H2AC10 (ENSFCAG00000044530) H2BC10 (ENSFCAG00000046684) H4C8 (ENSFCAG00000042515) BTN2A2 (ENSFCAG00000001305) ENSFCAG00000031372 BTN1A1 (ENSFCAG00000029717) Cat MODERN SPECIES 236 H2AC7 (ENSFCAG00000041358) H3C4 (ENSFCAG00000044044) H4C4 (ENSFCAG00000046199) H2BC6 (ENSFCAG00000042117) H2BC5 (ENSFCAG00000052405) H1-4 (ENSFCAG00000051764) H2AC6 (ENSFCAG00000053015) H2BC4 (ENSFCAG00000045523) H1-6 (ENSFCAG00000005970) H4C3 (ENSFCAG00000053116) HFE (ENSFCAG00000005968) H1-2 (ENSFCAG00000003805) H3C3 (ENSFCAG00000041652) H2AC5 (ENSFCAG00000043084) H2BC3 (ENSFCAG00000043798) H3C2 (ENSFCAG00000052993) ##21 H4C2 (ENSFCAG00000042793) H4C1 (ENSFCAG00000042402) H3C1 (ENSFCAG00000040640) H1-1 (ENSFCAG00000005962) TRIM38 (ENSFCAG00000025345) SLC17A2 (ENSFCAG00000008253) SLC17A3 (ENSFCAG00000014671) SLC17A1 (ENSFCAG00000014670) SLC17A4 (ENSFCAG00000014669) H2AC2 (ENSFCAG00000030442) H2BC2 (ENSFCAG00000026515) H2BC1 (ENSFCAG00000014668) H2AC1 (ENSFCAG00000027552) SCGN (ENSFCAG00000014667) CARMIL1 (ENSFCAG00000014666) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Chacoan peccary MODERN SPECIES 782 ENSCWAG00000008709 H2BC3 (ENSCWAG00000008683) H1-2 (ENSCWAG00000008666) HFE (ENSCWAG00000008062) ENSCWAG00000008007 H1-6 (ENSCWAG00000009687) ENSCWAG00000009663 H2AC6 (ENSCWAG00000009641) H1-4 (ENSCWAG00000009622) ENSCWAG00000009606 ENSCWAG00000009586 ENSCWAG00000009572 ENSCWAG00000009554 H2AC7 (ENSCWAG00000009532) ENSCWAG00000009511 ENSCWAG00000009462 ##21 ENSCWAG00000009426 ENSCWAG00000009386 ENSCWAG00000009353 ##21 ENSCWAG00000009315 ENSCWAG00000009284 ENSCWAG00000009256 BTN2A1 (ENSCWAG00000009117) BTN1A1 (ENSCWAG00000009048) HMGN4 (ENSCWAG00000009032) ABT1 (ENSCWAG00000008984) ENSCWAG00000008933 ZNF322 (ENSCWAG00000008921) H2BC11 (ENSCWAG00000008855) ENSCWAG00000008847 ENSCWAG00000008832 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Yarkand deer MODERN SPECIES 523 ENSCHYG00000019681 ENSCHYG00000019639 ##21 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Sperm whale MODERN SPECIES 9 ENSPCTG00005017547 ENSPCTG00005017561 ENSPCTG00005017575 H2BC11 (ENSPCTG00005017584) ENSPCTG00005017602 ZNF322 (ENSPCTG00005017648) ENSPCTG00005004444 ABT1 (ENSPCTG00005004494) HMGN4 (ENSPCTG00005004513) BTN1A1 (ENSPCTG00005004603) BTN2A2 (ENSPCTG00005004688) BTN3A1 (ENSPCTG00005004912) ENSPCTG00005004961 ENSPCTG00005004969 ENSPCTG00005004979 ENSPCTG00005005003 ##21 ENSPCTG00005005024 ENSPCTG00005005035 H1-3 (ENSPCTG00005005048) ENSPCTG00005005061 ENSPCTG00005005078 ENSPCTG00005005099 ENSPCTG00005005107 ENSPCTG00005005118 ##21 ENSPCTG00005005147 ENSPCTG00005005165 ENSPCTG00005005176 H2AC7 (ENSPCTG00005005183) ENSPCTG00005005197 ENSPCTG00005005209 ENSPCTG00005005230 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 815 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 541 ENSGT01020000230360.d ENSGT00990000203553.c.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 1069 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 571 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.q.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Asian bonytongue DUPLICATION Asian bonytongue MODERN SPECIES ifngr2 (ENSSFOG00015022925) cavin2b (ENSSFOG00015031140) ENSSFOG00015022981 ENSSFOG00015022993 gtf3c3 (ENSSFOG00015023009) ENSSFOG00015023037 IKZF2 (ENSSFOG00015023049) ERBB4 (ENSSFOG00015023068) CPS1 (ENSSFOG00015023095) lancl1 (ENSSFOG00015023109) mylz3 (ENSSFOG00015023116) ENSSFOG00015023166 ENSSFOG00015023286 ENSSFOG00015032278 ENSSFOG00015032252 ENSSFOG00015001076 ##21 ENSSFOG00015024578 kifc1 (ENSSFOG00015027196) ENSSFOG00015025361 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(ENSSFOG00015016157) gpd2 (ENSSFOG00015016057) ENSSFOG00015016032 ACVR1C (ENSSFOG00015016015) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 535 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 643 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 760 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Atlantic herring DUPLICATION Atlantic herring DUPLICATION Atlantic herring DUPLICATION Atlantic herring MODERN SPECIES 16 PET117 (ENSCHAG00000002155) kat14 (ENSCHAG00000002129) dzank1 (ENSCHAG00000002041) ENSCHAG00000002020 ENSCHAG00000002006 ENSCHAG00000001988 ENSCHAG00000001979 ##21 ENSCHAG00000001974 ENSCHAG00000001945 ENSCHAG00000001931 ENSCHAG00000001912 ENSCHAG00000001906 ENSCHAG00000001879 ENSCHAG00000001838 ENSCHAG00000001825 ENSCHAG00000001809 ##21 ENSCHAG00000001800 ENSCHAG00000001789 ENSCHAG00000001731 ENSCHAG00000001718 ENSCHAG00000001701 ENSCHAG00000001681 ##21 ENSCHAG00000001650 ##21 ENSCHAG00000001644 ENSCHAG00000001633 ENSCHAG00000001625 ENSCHAG00000001613 polr3f (ENSCHAG00000001546) ENSCHAG00000001511 ENSCHAG00000001400 ENSCHAG00000001380 Atlantic herring MODERN SPECIES 16 ENSCHAG00000001013 ENSCHAG00000001037 ENSCHAG00000001062 ENSCHAG00000001086 EPHX1 (ENSCHAG00000001234) ENSCHAG00000001356 ENSCHAG00000001380 ENSCHAG00000001400 ENSCHAG00000001511 polr3f (ENSCHAG00000001546) ENSCHAG00000001613 ENSCHAG00000001625 ENSCHAG00000001633 ENSCHAG00000001644 ENSCHAG00000001650 ##21 ENSCHAG00000001681 ##21 ENSCHAG00000001701 ENSCHAG00000001718 ENSCHAG00000001731 ENSCHAG00000001789 ENSCHAG00000001800 ENSCHAG00000001809 ##21 ENSCHAG00000001825 ENSCHAG00000001838 ENSCHAG00000001879 ENSCHAG00000001906 ENSCHAG00000001912 ENSCHAG00000001931 ENSCHAG00000001945 ENSCHAG00000001974 ENSCHAG00000001979 ##21 Atlantic herring MODERN SPECIES 16 tspan34 (ENSCHAG00000009226) ENSCHAG00000009236 ENSCHAG00000009320 ENSCHAG00000009399 ENSCHAG00000009424 dand5 (ENSCHAG00000009432) rad23aa (ENSCHAG00000009450) ENSCHAG00000009468 ENSCHAG00000009476 get3 (ENSCHAG00000009490) ENSCHAG00000009579 ENSCHAG00000009610 ENSCHAG00000009622 ENSCHAG00000009632 ENSCHAG00000009635 ENSCHAG00000009639 ##21 ENSCHAG00000009652 ENSCHAG00000009657 ENSCHAG00000009666 ENSCHAG00000009678 ENSCHAG00000009681 PARP11 (ENSCHAG00000009689) METRNL (ENSCHAG00000009699) ENSCHAG00000009702 ENSCHAG00000009711 ENSCHAG00000009717 ENSCHAG00000009731 ENSCHAG00000009778 ENSCHAG00000009792 ENSCHAG00000009820 ENSCHAG00000009832 Atlantic herring MODERN SPECIES 16 EPHX1 (ENSCHAG00000001234) ENSCHAG00000001086 ENSCHAG00000001062 ENSCHAG00000001037 ENSCHAG00000001013 ENSCHAG00000000997 ENSCHAG00000000973 ENSCHAG00000000943 ENSCHAG00000000901 ENSCHAG00000000869 ENSCHAG00000000824 ##21 ENSCHAG00000000791 ENSCHAG00000000742 ENSCHAG00000000729 ENSCHAG00000000682 ENSCHAG00000000651 ##21 ENSCHAG00000000620 ENSCHAG00000000614 ENSCHAG00000000547 ENSCHAG00000016325 ENSCHAG00000016203 ENSCHAG00000016196 ENSCHAG00000016122 ENSCHAG00000016053 ENSCHAG00000015926 ENSCHAG00000015269 ENSCHAG00000015151 ENSCHAG00000014923 ENSCHAG00000014897 ENSCHAG00000014864 ENSCHAG00000014858 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 488 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.a.d.h.a.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.a.a.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 334 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.a.d.h.a.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.a.a.b Channel catfish DUPLICATION Channel catfish MODERN SPECIES 410 ENSIPUG00000013005 ##21 Channel catfish MODERN SPECIES 305 ENSIPUG00000011854 ENSIPUG00000011843 ##21 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 362 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.a.a.b Characoidei ANCESTRAL SPECIES 509 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.a.a.b Mexicana tetra MODERN SPECIES 13 ugt8 (ENSAMXG00000039733) ENSAMXG00000040656 ENSAMXG00000043675 ENSAMXG00000029228 NDST4 (ENSAMXG00000037801) PRSS12 (ENSAMXG00000029742) mettl14 (ENSAMXG00000039626) ENSAMXG00000034141 lad1 (ENSAMXG00000000233) ENSAMXG00000038878 ENSAMXG00000032330 ENSAMXG00000037149 ENSAMXG00000029932 ENSAMXG00000042821 ENSAMXG00000043772 ENSAMXG00000035261 ##21 ENSAMXG00000039503 ENSAMXG00000025549 ENSAMXG00000038836 smox (ENSAMXG00000004855) ENSAMXG00000035254 rnf24 (ENSAMXG00000004867) FBXO41 (ENSAMXG00000037362) mogs (ENSAMXG00000029487) nrxn1b (ENSAMXG00000000283) ENSAMXG00000043081 ENSAMXG00000042595 ENSAMXG00000032474 ENSAMXG00000020132 ENSAMXG00000020139 STON1 (ENSAMXG00000031020) Red-bellied piranha DUPLICATION Red-bellied piranha MODERN SPECIES 393 ENSPNAG00000018229 ENSPNAG00000018243 ENSPNAG00000018261 ENSPNAG00000004702 ENSPNAG00000018291 ENSPNAG00000018383 ##21 ENSPNAG00000018470 ENSPNAG00000018482 ENSPNAG00000018494 ENSPNAG00000018506 ENSPNAG00000018522 ENSPNAG00000018535 ENSPNAG00000018542 pnrc2 (ENSPNAG00000018562) ENSPNAG00000018578 cnr2 (ENSPNAG00000018587) akirin1 (ENSPNAG00000018603) ENSPNAG00000018609 rhbdl2 (ENSPNAG00000003542) GJA9 (ENSPNAG00000018646) NAGA (ENSPNAG00000018691) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 12 akr1a1a (ENSPNAG00000010740) dnajb5 (ENSPNAG00000010770) epg5 (ENSPNAG00000004805) riok2 (ENSPNAG00000010841) atxn2 (ENSPNAG00000010889) mapkapk5 (ENSPNAG00000010971) aldh2.2 (ENSPNAG00000001483) ENSPNAG00000011031 ENSPNAG00000011090 ##21 ENSPNAG00000011108 ENSPNAG00000011118 ENSPNAG00000001554 ENSPNAG00000001578 ENSPNAG00000011181 ENSPNAG00000011189 ENSPNAG00000001617 ##21 ENSPNAG00000011278 ENSPNAG00000011359 ENSPNAG00000011402 ENSPNAG00000011488 ENSPNAG00000011610 ENSPNAG00000011625 ficd (ENSPNAG00000011632) sart3 (ENSPNAG00000001851) si:ch211-191d15.2 (ENSPNAG00000001866) ENSPNAG00000001869 ENSPNAG00000011694 selplg (ENSPNAG00000011700) coro1ca (ENSPNAG00000011728) SSH1 (ENSPNAG00000011753) dao.3 (ENSPNAG00000001906) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 839 ENSPNAG00000015152 ENSPNAG00000015131 ENSPNAG00000015116 ENSPNAG00000003368 ##21 ENSPNAG00000015053 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Golden-line barbel MODERN SPECIES 1909 ENSSGRG00000005283 ENSSGRG00000005285 ##21 zgc:162611 (ENSSGRG00000005342) gas6 (ENSSGRG00000005345) grk1a (ENSSGRG00000005356) tfdp1b (ENSSGRG00000005362) Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES ENSCCRG00000059347 ENSCCRG00000053465 ENSCCRG00000062287 ENSCCRG00000004814 ENSCCRG00000062149 ENSCCRG00000064868 ENSCCRG00000052968 LURAP1L (ENSCCRG00000082720) TYRP1 (ENSCCRG00000047321) ENSCCRG00000065752 PTPRD (ENSCCRG00000049254) ENSCCRG00000058818 ENSCCRG00000032940 ENSCCRG00000054678 ENSCCRG00000058256 ENSCCRG00000066456 ##21 ENSCCRG00000079563 ENSCCRG00000076365 ENSCCRG00000047220 ENSCCRG00000080018 ENSCCRG00000059343 ENSCCRG00000067123 ENSCCRG00000076038 ENSCCRG00000047154 Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 6 ENSCCRG00000055618 ENSCCRG00000073536 ENSCCRG00000068579 ENSCCRG00000076831 ENSCCRG00000072744 ENSCCRG00000069761 ENSCCRG00000080624 zgc:92594 (ENSCCRG00000061796) ENSCCRG00000072925 ENSCCRG00000051417 ENSCCRG00000076808 ##21 ENSCCRG00000071019 ENSCCRG00000074501 ENSCCRG00000059978 ENSCCRG00000082013 ENSCCRG00000071433 ##21 ENSCCRG00000080890 ENSCCRG00000064299 ENSCCRG00000058882 ENSCCRG00000066174 ENSCCRG00000034136 ENSCCRG00000076715 ENSCCRG00000072529 ENSCCRG00000062885 ENSCCRG00000025562 ENSCCRG00000054829 Common carp reference MODERN SPECIES 6 ENSCCRG00000082502 ENSCCRG00000066750 ENSCCRG00000070378 ENSCCRG00000061278 ENSCCRG00000033521 ENSCCRG00000050327 ENSCCRG00000052835 ENSCCRG00000072664 ENSCCRG00000007832 ENSCCRG00000062264 ENSCCRG00000081386 ENSCCRG00000051405 ENSCCRG00000081655 ENSCCRG00000019601 ENSCCRG00000064581 ENSCCRG00000051420 ##21 ENSCCRG00000067567 ENSCCRG00000053328 ENSCCRG00000070566 ENSCCRG00000067578 ENSCCRG00000079566 ENSCCRG00000066827 ENSCCRG00000079915 ENSCCRG00000007897 ENSCCRG00000058296 ENSCCRG00000068541 ##21 ENSCCRG00000065907 ENSCCRG00000077879 ENSCCRG00000002049 ENSCCRG00000053841 ENSCCRG00000079574 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 371 ENSGT01100000263569.a.b.b.e.b ENSGT01100000263567.a.a.d.b ENSGT01100000263506.a.d ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 231 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.b.a.b.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b Cod DUPLICATION Cod MODERN SPECIES 11 ENSGMOG00000023011 ENSGMOG00000030075 ENSGMOG00000005234 ENSGMOG00000027002 ENSGMOG00000033855 ENSGMOG00000032547 ENSGMOG00000035875 ENSGMOG00000019745 ENSGMOG00000020436 ENSGMOG00000023256 ENSGMOG00000027975 ENSGMOG00000033026 ENSGMOG00000033602 ENSGMOG00000028859 ENSGMOG00000004374 ENSGMOG00000024245 ##21 ENSGMOG00000034281 ENSGMOG00000023888 ENSGMOG00000026933 ENSGMOG00000033994 ENSGMOG00000028548 ENSGMOG00000031830 ENSGMOG00000028284 ENSGMOG00000026544 ENSGMOG00000024825 ENSGMOG00000028839 ENSGMOG00000027415 ENSGMOG00000022350 ENSGMOG00000037077 nfil3-6 (ENSGMOG00000035109) plppr2a (ENSGMOG00000011986) Cod DUPLICATION Cod MODERN SPECIES 10 ENSGMOG00000017160 ENSGMOG00000005449 ETNK1 (ENSGMOG00000005482) ENSGMOG00000027118 ENSGMOG00000036265 DNAI7 (ENSGMOG00000006708) lyrm5a (ENSGMOG00000034553) SLC5A8 (ENSGMOG00000006734) ENSGMOG00000006762 arl1 (ENSGMOG00000006859) ENSGMOG00000006869 ENSGMOG00000006882 ENSGMOG00000032594 ENSGMOG00000001086 ENSGMOG00000002599 ENSGMOG00000033360 ##21 ENSGMOG00000033938 ENSGMOG00000020409 ENSGMOG00000023019 ENSGMOG00000026907 ##21 ENSGMOG00000030091 ENSGMOG00000023445 ENSGMOG00000034952 ENSGMOG00000002845 ENSGMOG00000036347 ENSGMOG00000003186 ENSGMOG00000003210 ENSGMOG00000003233 ndufb2 (ENSGMOG00000003273) ENSGMOG00000003289 lhfpl3 (ENSGMOG00000011324) Cod MODERN SPECIES 10 hcls1 (ENSGMOG00000003402) ENSGMOG00000032187 guca1a (ENSGMOG00000018859) orc5 (ENSGMOG00000003309) lhfpl3 (ENSGMOG00000011324) ENSGMOG00000003289 ndufb2 (ENSGMOG00000003273) ENSGMOG00000003233 ENSGMOG00000003210 ENSGMOG00000003186 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ENSGMOG00000030269 ENSGMOG00000036401 ENSGMOG00000015072 ENSGMOG00000015051 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.a.a Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT00940000170476 ENSGT00940000156944.a.a ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263506.a.d ENSGT01100000263567.a.a.d.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a ENSGT01100000263567.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT00950000183089.c.b ENSGT01100000263514.A.f.w.b ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.b.b Percomorphaceae_B DUPLICATION Percomorphaceae_B DUPLICATION Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Orange clownfish DUPLICATION Orange clownfish MODERN SPECIES 17 afmid (ENSAPEG00000014484) cant1b (ENSAPEG00000014521) ENSAPEG00000014551 si:dkey-93h22.8 (ENSAPEG00000014568) ldb1b (ENSAPEG00000014581) armh3 (ENSAPEG00000014610) ENSAPEG00000014715 ENSAPEG00000014736 ENSAPEG00000014752 ENSAPEG00000014774 ENSAPEG00000014796 ENSAPEG00000014813 ENSAPEG00000014924 ENSAPEG00000014936 ENSAPEG00000014943 ENSAPEG00000014962 ##21 dpy30 (ENSAPEG00000014984) srd5a2a (ENSAPEG00000015026) TMEM63B (ENSAPEG00000015116) kat14 (ENSAPEG00000015176) PET117 (ENSAPEG00000015208) DZANK1 (ENSAPEG00000015216) ENSAPEG00000015254 polr3f (ENSAPEG00000015263) SPTBN1 (ENSAPEG00000015306) ENSAPEG00000015767 EML6 (ENSAPEG00000015846) mtif2 (ENSAPEG00000015985) sde2 (ENSAPEG00000016040) mrps28 (ENSAPEG00000016051) capn1b (ENSAPEG00000016062) Orange clownfish MODERN SPECIES 13 nots (ENSAPEG00000023856) cct2 (ENSAPEG00000023941) ENSAPEG00000023962 LGR5 (ENSAPEG00000023978) rab21 (ENSAPEG00000024002) ENSAPEG00000024020 PTPRR (ENSAPEG00000024058) PTPRB (ENSAPEG00000024112) KCNMB4 (ENSAPEG00000024141) CNOT2 (ENSAPEG00000024152) ENSAPEG00000024171 ##21 ENSAPEG00000024176 ENSAPEG00000024187 ENSAPEG00000024214 ##21 ENSAPEG00000024223 ENSAPEG00000024229 ##21 calua (ENSAPEG00000024235) opn1sw1 (ENSAPEG00000024257) opn1sw1 (ENSAPEG00000024262) tnpo3 (ENSAPEG00000024300) irf5 (ENSAPEG00000024328) ENSAPEG00000024335 dennd6b (ENSAPEG00000024340) PTPRO (ENSAPEG00000024366) ENSAPEG00000024406 socs2 (ENSAPEG00000024410) FLNC (ENSAPEG00000024425) ENSAPEG00000024451 sco2 (ENSAPEG00000024462) ncaph2 (ENSAPEG00000024465) kcnd2 (ENSAPEG00000024473) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.a ##21 Gilthead seabream MODERN SPECIES 6 slc17a5 (ENSSAUG00010018543) ENSSAUG00010018537 MAP4K3 (ENSSAUG00010018108) ENSSAUG00010018070 slc8a1b (ENSSAUG00010017113) mrps5 (ENSSAUG00010017084) ENSSAUG00010017082 ENSSAUG00010017079 ##21 ENSSAUG00010017075 ENSSAUG00010017073 ENSSAUG00010017063 ENSSAUG00010017061 ##21 ENSSAUG00010017059 ENSSAUG00010017056 ENSSAUG00010017055 ENSSAUG00010017053 ##21 ENSSAUG00010017051 ENSSAUG00010017048 ENSSAUG00010017045 ENSSAUG00010017042 ENSSAUG00010017039 ENSSAUG00010017038 ENSSAUG00010017036 ENSSAUG00010017033 ENSSAUG00010017031 minpp1a (ENSSAUG00010017024) papss2a (ENSSAUG00010015563) ENSSAUG00010015539 ENSSAUG00010015531 CH25H (ENSSAUG00010015528) itprip (ENSSAUG00010015526) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b ENSGT01100000263567.a.a.d.b.l ENSGT01100000263506.a.d ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157213 ENSGT00940000164655 ENSGT00940000155506.f ENSGT00940000157138.b ENSGT00940000178567 ENSGT00390000006178 ENSGT00940000165879 ENSGT00390000001134.b.`b.a ENSGT01100000263483.E.a.c.a.a.b.b ENSGT00390000001134.b.ab 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ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m ENSGT01100000263567.a.a.d.b.l ENSGT01020000230360.d ENSGT00940000156944.a.a ENSGT00940000170476 ENSGT00940000163509.a.b ENSGT00940000163701.b.a.b.b.b ENSGT00550000074939 ENSGT00940000161176 ENSGT00940000156835.k ENSGT00390000010712 ENSGT00940000164705 ENSGT00530000063371.C.a Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 220 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a ENSGT01060000248528.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.n ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.b Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 243 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a ENSGT01060000248528.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.n ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.b Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 291 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a.a.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a.f ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.ab.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a.e ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.o.b.a Orange clownfish DUPLICATION Orange clownfish MODERN SPECIES 2 mei4 (ENSAPEG00000021444) NT5E (ENSAPEG00000021409) snx14 (ENSAPEG00000021243) syncrip (ENSAPEG00000021185) ENSAPEG00000021166 ENSAPEG00000021146 glo1 (ENSAPEG00000021119) hey2 (ENSAPEG00000021089) ENSAPEG00000021074 si:dkey-261m9.17 (ENSAPEG00000021066) ENSAPEG00000021022 ENSAPEG00000020840 ENSAPEG00000020757 ENSAPEG00000020732 ENSAPEG00000020670 ENSAPEG00000020588 ##21 ENSAPEG00000020476 ENSAPEG00000020465 pex7 (ENSAPEG00000020438) SLC35D3 (ENSAPEG00000020411) ENSAPEG00000020383 NMBR (ENSAPEG00000020347) gje1a (ENSAPEG00000020329) vta1 (ENSAPEG00000020283) adgrg6 (ENSAPEG00000020208) ENSAPEG00000020175 ENSAPEG00000020071 ENSAPEG00000020031 ENSAPEG00000019975 ENSAPEG00000019944 CLDN20 (ENSAPEG00000019931) Orange clownfish MODERN SPECIES 17 TENM3 (ENSAPEG00000004567) ENSAPEG00000004485 ENSAPEG00000004475 vegfc (ENSAPEG00000004465) ENSAPEG00000004453 ENSAPEG00000004442 ENSAPEG00000004427 zgc:153146 (ENSAPEG00000004404) ENSAPEG00000004391 galnt7 (ENSAPEG00000004270) ENSAPEG00000004204 spcs3 (ENSAPEG00000004172) ENSAPEG00000004150 ENSAPEG00000004139 ENSAPEG00000004117 ENSAPEG00000003999 ##21 ENSAPEG00000003786 ENSAPEG00000003765 ENSAPEG00000003660 ENSAPEG00000003498 ENSAPEG00000003412 ENSAPEG00000003322 ENSAPEG00000003300 ENSAPEG00000003281 ENSAPEG00000003232 lap3 (ENSAPEG00000003186) med28 (ENSAPEG00000003158) KLHL2 (ENSAPEG00000003104) msmo1 (ENSAPEG00000003085) cpe (ENSAPEG00000003027) tll1 (ENSAPEG00000002950) Clown anemonefish MODERN SPECIES 1281 ENSAOCG00000024503 pex7 (ENSAOCG00000024496) ENSAOCG00000024486 ENSAOCG00000024481 ENSAOCG00000024462 ENSAOCG00000024454 ##21 ENSAOCG00000024442 ENSAOCG00000024437 ENSAOCG00000001779 ENSAOCG00000024406 ENSAOCG00000024403 ENSAOCG00000024394 ENSAOCG00000001774 ENSAOCG00000002091 SLC35D3 (ENSAOCG00000002808) ENSAOCG00000024346 tgfb3 (ENSAOCG00000024329) ENSAOCG00000024318 ENSAOCG00000024307 HEY1 (ENSAOCG00000024291) stmn2b (ENSAOCG00000024287) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.b.b ENSGT01100000263514.A.f.w.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b Percomorphaceae_C DUPLICATION Percomorphaceae_C DUPLICATION Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Fugu MODERN SPECIES 1 prmt6 (ENSTRUG00000028450) rnpc3 (ENSTRUG00000022341) col11a1a (ENSTRUG00000001411) olfm3a (ENSTRUG00000008827) ENSTRUG00000027818 ENSTRUG00000027709 ENSTRUG00000032105 ENSTRUG00000029910 ENSTRUG00000021242 ENSTRUG00000029120 ENSTRUG00000019847 ENSTRUG00000000370 ENSTRUG00000028070 ENSTRUG00000033465 ENSTRUG00000032334 ENSTRUG00000023024 ##21 ENSTRUG00000009200 rmdn1 (ENSTRUG00000009607) cpne3 (ENSTRUG00000021775) cpne3 (ENSTRUG00000009713) idi1 (ENSTRUG00000010615) wdr37 (ENSTRUG00000010707) ADARB2 (ENSTRUG00000010848) PFKP (ENSTRUG00000011032) klf6a (ENSTRUG00000021570) fzd8a (ENSTRUG00000011564) GJD4 (ENSTRUG00000020169) CCNY (ENSTRUG00000027825) CUL2 (ENSTRUG00000011837) ENSTRUG00000027530 ENSTRUG00000031069 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Gilthead seabream MODERN SPECIES ENSSAUG00010000231 SPHK1 (ENSSAUG00010000223) UBE2O (ENSSAUG00010000140) AANAT1 (ENSSAUG00010000106) RHBDF2 (ENSSAUG00010025437) acox1 (ENSSAUG00010025374) ten1 (ENSSAUG00010025369) evpla (ENSSAUG00010025365) srp68 (ENSSAUG00010025350) POLG2 (ENSSAUG00010025348) DDX5 (ENSSAUG00010025034) ENSSAUG00010025015 ENSSAUG00010025012 ENSSAUG00010025010 ENSSAUG00010025008 ENSSAUG00010025006 ##21 ENSSAUG00010025003 ENSSAUG00010025001 ENSSAUG00010025000 ##21 ENSSAUG00010024997 ENSSAUG00010024995 myh9a (ENSSAUG00010021322) map2k7 (ENSSAUG00010021200) PKN1 (ENSSAUG00010013567) si:ch211-214c7.5 (ENSSAUG00010013495) ENSSAUG00010013494 mcoln1a (ENSSAUG00010012221) trappc5 (ENSSAUG00010012187) pglyrp2 (ENSSAUG00010012173) ENSSAUG00010012168 ENSSAUG00010012146 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.a ##21 Barramundi perch MODERN SPECIES 202 ENSLCAG00010008647 nots (ENSLCAG00010008649) cct2 (ENSLCAG00010008661) MYRFL (ENSLCAG00010008693) LGR5 (ENSLCAG00010008700) rab21 (ENSLCAG00010008703) ENSLCAG00010008705 PTPRR (ENSLCAG00010008715) PTPRB (ENSLCAG00010008739) KCNMB4 (ENSLCAG00010008779) CNOT2 (ENSLCAG00010008796) ENSLCAG00010008842 ENSLCAG00010008847 ENSLCAG00010008855 ENSLCAG00010008858 ENSLCAG00010008875 ##21 ENSLCAG00010008885 ENSLCAG00010008902 ENSLCAG00010008907 mapk11 (ENSLCAG00010008943) mapk12b (ENSLCAG00010009063) rpap3 (ENSLCAG00010009099) atp23 (ENSLCAG00010009106) lrig3 (ENSLCAG00010009114) zgc:165507 (ENSLCAG00010009137) ENSLCAG00010009140 ETV6 (ENSLCAG00010009144) si:ch73-252i11.1 (ENSLCAG00010009153) SYN3 (ENSLCAG00010009162) TIMP3 (ENSLCAG00010009174) si:cabz01085950.1 (ENSLCAG00010009180) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.b ##21 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.b ##21 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.b ##21 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.b ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 193 GABRR2 (ENSLCAG00010011864) ube2j1 (ENSLCAG00010011875) GABRR1 (ENSLCAG00010011894) rad51b (ENSLCAG00010011939) zfp36l1b (ENSLCAG00010011950) ptger2b (ENSLCAG00010011967) psmc6 (ENSLCAG00010011985) cgrrf1 (ENSLCAG00010012073) ddhd1b (ENSLCAG00010012087) stxbp6l (ENSLCAG00010012130) gjd2b (ENSLCAG00010012135) ##19 meis2b (ENSLCAG00010012161) kcnk10a (ENSLCAG00010012267) ENSLCAG00010012274 ENSLCAG00010012280 ENSLCAG00010012291 ##21 ENSLCAG00010012301 ENSLCAG00010012307 ENSLCAG00010012323 ENSLCAG00010012326 ENSLCAG00010012331 ENSLCAG00010012342 ENSLCAG00010012347 ENSLCAG00010012349 ENSLCAG00010012351 ENSLCAG00010012370 ENSLCAG00010012430 ##21 ENSLCAG00010012439 ENSLCAG00010012452 ENSLCAG00010012457 lbr (ENSLCAG00010012475) Barramundi perch MODERN SPECIES 193 cd2ap (ENSLCAG00010012559) opn5 (ENSLCAG00010012551) ptchd4 (ENSLCAG00010012547) CNIH3 (ENSLCAG00010012543) rpl7l1 (ENSLCAG00010012529) slc5a6a (ENSLCAG00010012516) ENSLCAG00010012506 ephx1 (ENSLCAG00010012504) srp9 (ENSLCAG00010012498) ENSLCAG00010012496 enah (ENSLCAG00010012486) lbr (ENSLCAG00010012475) ENSLCAG00010012457 ENSLCAG00010012452 ENSLCAG00010012439 ENSLCAG00010012430 ##21 ENSLCAG00010012370 ENSLCAG00010012351 ENSLCAG00010012349 ENSLCAG00010012347 ENSLCAG00010012342 ENSLCAG00010012331 ENSLCAG00010012326 ENSLCAG00010012323 ENSLCAG00010012307 ENSLCAG00010012301 ENSLCAG00010012291 ##21 ENSLCAG00010012280 ENSLCAG00010012274 kcnk10a (ENSLCAG00010012267) meis2b (ENSLCAG00010012161) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.b ##21 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.b ##21 Ballan wrasse MODERN SPECIES 712 tgfbr2b (ENSLBEG00000024181) stt3b (ENSLBEG00000024265) ENSLBEG00000024320 ENSLBEG00000024369 ##21 ENSLBEG00000024422 ENSLBEG00000024437 ##21 ENSLBEG00000024488 ENSLBEG00000024504 ##21 ENSLBEG00000024553 ENSLBEG00000024582 ENSLBEG00000024643 ENSLBEG00000024658 ENSLBEG00000024680 ENSLBEG00000024703 ENSLBEG00000024775 ENSLBEG00000024788 ENSLBEG00000024801 ENSLBEG00000024820 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.b.b.b ENSGT01100000263514.A.f.w.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.a ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263569.a.b.a.b.a.a Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00940000179738 ENSGT00950000183089.c.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.b ENSGT01100000263506.a.d ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.c.a Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000179738 ENSGT00950000183089.c.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000179738 ENSGT00950000183089.c.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 115 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.b.b Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 149 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d European seabass DUPLICATION European seabass MODERN SPECIES ENSDLAG00005032482 ENSDLAG00005024561 ENSDLAG00005024302 ENSDLAG00005024250 ENSDLAG00005026675 ENSDLAG00005030636 ENSDLAG00005032378 ENSDLAG00005024228 ZMYND11 (ENSDLAG00005026671) DIP2C (ENSDLAG00005023732) ENSDLAG00005031320 ENSDLAG00005031701 ENSDLAG00005033433 ENSDLAG00005030195 ENSDLAG00005030502 ENSDLAG00005029090 ##21 ENSDLAG00005031430 ENSDLAG00005030845 LARP4B (ENSDLAG00005023702) GTPBP4 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ENSSAUG00010017036 ENSSAUG00010017038 ENSSAUG00010017039 ENSSAUG00010017042 ENSSAUG00010017045 ENSSAUG00010017048 ENSSAUG00010017051 ENSSAUG00010017053 ##21 ENSSAUG00010017055 ENSSAUG00010017056 ENSSAUG00010017059 ENSSAUG00010017061 ##21 ENSSAUG00010017063 ENSSAUG00010017073 ENSSAUG00010017075 ENSSAUG00010017079 ##21 ENSSAUG00010017082 mrps5 (ENSSAUG00010017084) slc8a1b (ENSSAUG00010017113) ENSSAUG00010018070 MAP4K3 (ENSSAUG00010018108) ENSSAUG00010018537 slc17a5 (ENSSAUG00010018543) EEF1A1 (ENSSAUG00010018560) CGAS (ENSSAUG00010018571) ddx43 (ENSSAUG00010018572) KCNQ5 (ENSSAUG00010018578) cnrip1b (ENSSAUG00010019175) dnaaf10 (ENSSAUG00010019181) pno1 (ENSSAUG00010019182) c1d (ENSSAUG00010019188) Gilthead seabream MODERN SPECIES 4 sgcd (ENSSAUG00010004017) mrpl22 (ENSSAUG00010004009) GEMIN5 (ENSSAUG00010002380) cnot8 (ENSSAUG00010002346) FAM114A2 (ENSSAUG00010002333) ENSSAUG00010002325 GALNT10 (ENSSAUG00010001964) ENSSAUG00010001949 ENSSAUG00010001948 GALNT10 (ENSSAUG00010001935) sap30l (ENSSAUG00010001927) HAND1 (ENSSAUG00010001925) ponzr2 (ENSSAUG00010001923) ENSSAUG00010001922 ENSSAUG00010001920 ENSSAUG00010001917 ##21 ENSSAUG00010001916 ENSSAUG00010001914 ENSSAUG00010001912 RNF26 (ENSSAUG00010001910) ins (ENSSAUG00010001899) nipal4 (ENSSAUG00010001728) ENSSAUG00010001706 gria1b (ENSSAUG00010001582) ENSSAUG00010024113 ENSSAUG00010024112 ENSSAUG00010024111 ##21 ENSSAUG00010024110 zgc:56585 (ENSSAUG00010024108) LARP1 (ENSSAUG00010023707) faxdc2 (ENSSAUG00010023697) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 95 ENSGT00940000179738 ENSGT00950000183089.c.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 181 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 Stickleback MODERN SPECIES 146 ENSGACG00000001130 ENSGACG00000001129 ##21 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 194 ENSGT00940000179738 ENSGT00950000183089.c.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 Pike perch DUPLICATION Pike perch MODERN SPECIES 11 acot8 (ENSSLUG00000016788) phactr3b (ENSSLUG00000016793) ENSSLUG00000016797 SLC41A3 (ENSSLUG00000016850) CHST13 (ENSSLUG00000018036) txnrd3 (ENSSLUG00000018141) bin2b (ENSSLUG00000020205) ITGA5 (ENSSLUG00000020250) fbxo2 (ENSSLUG00000020312) ENSSLUG00000020317 ENSSLUG00000020320 ENSSLUG00000020325 ENSSLUG00000020330 ENSSLUG00000020334 ENSSLUG00000020337 ENSSLUG00000020341 ##21 ENSSLUG00000020348 ENSSLUG00000020352 ENSSLUG00000020358 optc (ENSSLUG00000020377) cacna1sa (ENSSLUG00000020390) apobec2a (ENSSLUG00000020414) ENSSLUG00000020418 FBLN2 (ENSSLUG00000020453) hdac11 (ENSSLUG00000020749) IQSEC1 (ENSSLUG00000020822) acad9 (ENSSLUG00000021567) ENSSLUG00000022288 EFCC1 (ENSSLUG00000022309) CFAP57 (ENSSLUG00000022323) nuf2 (ENSSLUG00000022336) Pike perch MODERN SPECIES 264 ENSSLUG00000003001 ENSSLUG00000003016 ENSSLUG00000003035 ENSSLUG00000003073 NRDC (ENSSLUG00000003366) ENSSLUG00000004461 ENSSLUG00000004469 ENSSLUG00000004478 ENSSLUG00000004484 ENSSLUG00000004494 ENSSLUG00000004499 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ENSLBEG00000013903 ##21 ENSLBEG00000013965 ENSLBEG00000013982 ##21 ENSLBEG00000013998 ENSLBEG00000014041 ##21 ENSLBEG00000014074 ENSLBEG00000014086 ska1 (ENSLBEG00000014101) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT01100000263514.A.f.w.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.a ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263474.a.a Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 93 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n Climbing perch DUPLICATION Climbing perch DUPLICATION Climbing perch MODERN SPECIES ENSATEG00000019441 ENSATEG00000019473 VPS54 (ENSATEG00000019507) ugp2a (ENSATEG00000019600) MDH1 (ENSATEG00000019629) otx2a (ENSATEG00000019664) ENSATEG00000019677 ENSATEG00000026705 ENSATEG00000030116 ENSATEG00000008847 ENSATEG00000019721 ENSATEG00000026371 ENSATEG00000025940 ENSATEG00000028134 ENSATEG00000026690 ENSATEG00000028887 ##21 ENSATEG00000029425 ENSATEG00000029692 ##21 ENSATEG00000028029 ENSATEG00000025744 ENSATEG00000027244 ENSATEG00000029099 ENSATEG00000020587 USP34 (ENSATEG00000020612) XPO1 (ENSATEG00000020750) ENSATEG00000020812 ENSATEG00000027273 cct4 (ENSATEG00000020835) pus10 (ENSATEG00000020874) ENSATEG00000020899 ENSATEG00000020948 Climbing perch MODERN SPECIES ENSATEG00000020976 ENSATEG00000020958 ENSATEG00000020948 ENSATEG00000020899 pus10 (ENSATEG00000020874) cct4 (ENSATEG00000020835) ENSATEG00000027273 ENSATEG00000020812 XPO1 (ENSATEG00000020750) USP34 (ENSATEG00000020612) ENSATEG00000020587 ENSATEG00000029099 ENSATEG00000027244 ENSATEG00000025744 ENSATEG00000028029 ENSATEG00000029692 ##21 ENSATEG00000029425 ENSATEG00000028887 ##21 ENSATEG00000026690 ENSATEG00000028134 ENSATEG00000025940 ENSATEG00000026371 ENSATEG00000019721 ENSATEG00000008847 ENSATEG00000030116 ENSATEG00000026705 ENSATEG00000019677 otx2a (ENSATEG00000019664) MDH1 (ENSATEG00000019629) ugp2a (ENSATEG00000019600) VPS54 (ENSATEG00000019507) Climbing perch DUPLICATION Climbing perch MODERN SPECIES 1 ENSATEG00000009625 ENSATEG00000009602 ENSATEG00000027557 ENSATEG00000009567 ENSATEG00000009544 ENSATEG00000027689 ENSATEG00000028217 ENSATEG00000029007 ENSATEG00000030028 ENSATEG00000026553 ENSATEG00000027951 ENSATEG00000025363 ##21 ENSATEG00000025794 ENSATEG00000029617 ENSATEG00000028463 ENSATEG00000026365 ##21 ENSATEG00000029862 ENSATEG00000026559 ENSATEG00000025880 ENSATEG00000029730 ENSATEG00000027419 ENSATEG00000025307 ENSATEG00000007867 ENSATEG00000026984 ENSATEG00000027884 ENSATEG00000007718 ENSATEG00000007679 ENSATEG00000007639 SLC26A2 (ENSATEG00000028621) pde6a (ENSATEG00000007552) ENSATEG00000007544 Climbing perch MODERN SPECIES 1 ENSATEG00000007679 ENSATEG00000007718 ENSATEG00000027884 ENSATEG00000026984 ENSATEG00000007867 ENSATEG00000025307 ENSATEG00000027419 ENSATEG00000029730 ENSATEG00000025880 ENSATEG00000026559 ENSATEG00000029862 ENSATEG00000026365 ##21 ENSATEG00000028463 ENSATEG00000029617 ENSATEG00000025794 ENSATEG00000025363 ##21 ENSATEG00000027951 ENSATEG00000026553 ENSATEG00000030028 ENSATEG00000029007 ENSATEG00000028217 ENSATEG00000027689 ENSATEG00000009544 ENSATEG00000009567 ENSATEG00000027557 ENSATEG00000009602 ENSATEG00000009625 nhp2 (ENSATEG00000027250) ENSATEG00000009668 lcp2a (ENSATEG00000009707) zmat2 (ENSATEG00000009724) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 127 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 214 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 Seriola ANCESTRAL SPECIES 223 ENSGT01100000263569.a.b.b.e.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a.k.b.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 Greater amberjack MODERN SPECIES 33 USF3 (ENSSDUG00000015215) naa50 (ENSSDUG00000015223) ATP6V1A (ENSSDUG00000015244) GRAMD1C (ENSSDUG00000015290) zdhhc23b (ENSSDUG00000015323) ccdc191 (ENSSDUG00000015334) qtrt2 (ENSSDUG00000015365) drd3 (ENSSDUG00000015458) ENSSDUG00000015479 cst14a.1 (ENSSDUG00000015492) ENSSDUG00000015517 ENSSDUG00000015533 ENSSDUG00000015569 ENSSDUG00000015643 ENSSDUG00000015654 ENSSDUG00000015717 ##21 ENSSDUG00000015785 ENSSDUG00000015816 ENSSDUG00000015833 ENSSDUG00000015938 ##21 ENSSDUG00000015995 ENSSDUG00000016027 ENSSDUG00000016041 ENSSDUG00000016172 ENSSDUG00000016198 ENSSDUG00000016209 ENSSDUG00000016278 H4C7 (ENSSDUG00000016352) H2BC11 (ENSSDUG00000016389) ENSSDUG00000016402 ENSSDUG00000016419 ##21 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2962 ENSSLDG00000002111 ENSSLDG00000002265 ENSSLDG00000002286 ENSSLDG00000002350 ENSSLDG00000002431 ENSSLDG00000002536 ##21 ENSSLDG00000002715 ENSSLDG00000002782 ENSSLDG00000002857 ENSSLDG00000002878 ##21 ENSSLDG00000002909 ENSSLDG00000002986 ENSSLDG00000003017 ENSSLDG00000003226 ENSSLDG00000003496 drd3 (ENSSLDG00000003527) qtrt2 (ENSSLDG00000003543) ccdc191 (ENSSLDG00000003578) zdhhc23b (ENSSLDG00000003636) GRAMD1C (ENSSLDG00000003657) ATP6V1A (ENSSLDG00000003688) naa50 (ENSSLDG00000003753) USF3 (ENSSLDG00000003795) boc (ENSSLDG00000003818) spice1 (ENSSLDG00000003858) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 115 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 143 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 301 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 324 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 446 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.b.d.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Orange clownfish MODERN SPECIES 17 ENSAPEG00000007888 ENSAPEG00000007975 ##21 ENSAPEG00000008169 ENSAPEG00000008179 ENSAPEG00000008192 ENSAPEG00000008336 ENSAPEG00000008354 ENSAPEG00000008413 ENSAPEG00000008432 ENSAPEG00000008611 ENSAPEG00000008787 ENSAPEG00000008854 ENSAPEG00000008978 ENSAPEG00000009117 ENSAPEG00000009288 ENSAPEG00000009324 ##21 ENSAPEG00000009448 ENSAPEG00000009594 ENSAPEG00000009706 ENSAPEG00000009727 ENSAPEG00000009860 ENSAPEG00000009897 atpv0e2 (ENSAPEG00000009922) ENSAPEG00000009939 ENTPD7 (ENSAPEG00000009967) slc25a28 (ENSAPEG00000010021) NKX2-3 (ENSAPEG00000010041) GOT1 (ENSAPEG00000010068) CNNM1 (ENSAPEG00000010118) hoga1 (ENSAPEG00000010201) MORN4 (ENSAPEG00000010232) Spiny chromis MODERN SPECIES 1174 ENSAPOG00000018473 ENSAPOG00000018454 ENSAPOG00000018443 irf5 (ENSAPOG00000018390) tnpo3 (ENSAPOG00000018347) opn1sw1 (ENSAPOG00000018235) calua (ENSAPOG00000018215) ENSAPOG00000018184 ENSAPOG00000018165 ENSAPOG00000018150 ENSAPOG00000018021 ENSAPOG00000017962 ##21 CNOT2 (ENSAPOG00000017950) KCNMB4 (ENSAPOG00000017903) PTPRB (ENSAPOG00000017874) ENSAPOG00000017859 ENSAPOG00000017832 tmco6 (ENSAPOG00000017819) aldob (ENSAPOG00000017748) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1092 or70b1 (ENSMZEG00005024814) ENSMZEG00005024813 ENSMZEG00005024811 ENSMZEG00005024800 ENSMZEG00005024799 ENSMZEG00005024798 ENSMZEG00005024797 siah2l (ENSMZEG00005024795) ENSMZEG00005024794 ap4m1 (ENSMZEG00005024793) arrb2a (ENSMZEG00005024792) taf9 (ENSMZEG00005024791) ENSMZEG00005024790 ENSMZEG00005024789 ENSMZEG00005024788 ENSMZEG00005024767 ##21 ENSMZEG00005024766 ENSMZEG00005024764 H1-4 (ENSMZEG00005024763) ENSMZEG00005024679 ENSMZEG00005024677 ENSMZEG00005024676 ENSMZEG00005024674 ENSMZEG00005024672 ins (ENSMZEG00005024670) nipal4 (ENSMZEG00005024668) gria1b (ENSMZEG00005024663) ENSMZEG00005024661 ENSMZEG00005024656 ENSMZEG00005024657 ncf1 (ENSMZEG00005024654) Midas cichlid MODERN SPECIES 1389 ENSACIG00000011761 ##21 ENSACIG00000011752 ENSACIG00000011710 ENSACIG00000011595 ENSACIG00000011577 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Javanese ricefish MODERN SPECIES tbce (ENSOJAG00000014100) rbm34 (ENSOJAG00000014677) tomm20b (ENSOJAG00000014723) IRF2BP2 (ENSOJAG00000014745) ENSOJAG00000014768 ENSOJAG00000014797 ##21 ENSOJAG00000014813 ENSOJAG00000014835 ENSOJAG00000014850 ENSOJAG00000014861 ENSOJAG00000014893 kcnh1b (ENSOJAG00000014926) ENSOJAG00000015018 ENSOJAG00000015045 ENSOJAG00000015060 ENSOJAG00000015082 ##21 rcor3 (ENSOJAG00000015116) ENSOJAG00000015267 ENSOJAG00000015364 ENSOJAG00000016656 ENSOJAG00000016669 HNRNPLL (ENSOJAG00000016717) ##13 slc22a7a (ENSOJAG00000017051) ENSOJAG00000017062 ENSOJAG00000017069 JAG1 (ENSOJAG00000017134) RRP36 (ENSOJAG00000017700) ENSOJAG00000017712 tp53bp2b (ENSOJAG00000017756) gtpbp2b (ENSOJAG00000003655) ENSOJAG00000003702 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES rrp36 (ENSORLG00000029500) ENSORLG00000000972 ENSORLG00000030418 ENSORLG00000025624 slc22a7a (ENSORLG00000000981) HNRNPLL (ENSORLG00000001005) ##13 ENSORLG00000001049 ENSORLG00000001076 ENSORLG00000001087 ENSORLG00000001109 rcor3 (ENSORLG00000001117) ENSORLG00000001160 ENSORLG00000022684 ENSORLG00000024338 hist1h2a11 (ENSORLG00000024975) ENSORLG00000030596 ##21 ENSORLG00000029583 ENSORLG00000001201 tomm20b (ENSORLG00000029910) rbm34 (ENSORLG00000001221) tbce (ENSORLG00000001253) NID1 (ENSORLG00000001273) ENSORLG00000001277 ENSORLG00000026620 ENSORLG00000001294 ero1b (ENSORLG00000001316) ENSORLG00000024877 H4C7 (ENSORLG00000026225) ENSORLG00000023073 ENSORLG00000027975 ENSORLG00000028520 Chinese medaka MODERN SPECIES 744 POLG2 (ENSOSIG00000021584) DDX5 (ENSOSIG00000020611) ENSOSIG00000020553 ENSOSIG00000020552 ENSOSIG00000020550 ENSOSIG00000020549 ##21 gtpbp2b (ENSOSIG00000020543) tp53bp2b (ENSOSIG00000020538) RRP36 (ENSOSIG00000020536) JAG1 (ENSOSIG00000020506) ENSOSIG00000020481 ENSOSIG00000020480 slc22a7a (ENSOSIG00000020477) ATL2 (ENSOSIG00000020415) HNRNPLL (ENSOSIG00000020394) ##13 ENSOSIG00000020386 ENSOSIG00000017859 ENSOSIG00000017656 ENSOSIG00000017650 rcor3 (ENSOSIG00000017647) kcnh1b (ENSOSIG00000017571) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb ##21 Platyfish DUPLICATION Platyfish MODERN SPECIES 8 srgap1b (ENSXMAG00000017155) kics2 (ENSXMAG00000017190) TMEM19 (ENSXMAG00000017191) rab3ip (ENSXMAG00000017202) ENSXMAG00000027500 UPF2 (ENSXMAG00000017209) ENSXMAG00000028163 slc35e3 (ENSXMAG00000017243) ENSXMAG00000024187 mdm2 (ENSXMAG00000017276) ENSXMAG00000017300 ENSXMAG00000026142 ENSXMAG00000025482 ENSXMAG00000021142 ENSXMAG00000028754 ENSXMAG00000022479 ##21 ENSXMAG00000028843 ENSXMAG00000027977 ENSXMAG00000029272 ENSXMAG00000026562 ENSXMAG00000021409 ENSXMAG00000010363 ENSXMAG00000023094 abcc9 (ENSXMAG00000017404) kcnj8 (ENSXMAG00000017494) ECHDC3 (ENSXMAG00000017527) usp6nl (ENSXMAG00000017536) ENSXMAG00000006462 lsm8 (ENSXMAG00000025919) grip1 (ENSXMAG00000006468) cand1 (ENSXMAG00000006499) Platyfish DUPLICATION Platyfish MODERN SPECIES 19 APOH (ENSXMAG00000006630) nol11 (ENSXMAG00000006645) ENSXMAG00000025400 ENSXMAG00000022098 ENSXMAG00000001597 SMURF2 (ENSXMAG00000013616) ENSXMAG00000013625 ENSXMAG00000026308 BPTF (ENSXMAG00000013629) ENSXMAG00000028896 ENSXMAG00000013656 ENSXMAG00000023599 ENSXMAG00000021511 ENSXMAG00000029345 ENSXMAG00000024153 ENSXMAG00000025646 ##21 ENSXMAG00000025784 ENSXMAG00000022126 ENSXMAG00000019640 ENSXMAG00000011104 ENSXMAG00000021492 ENSXMAG00000021179 ENSXMAG00000025377 ##21 ENSXMAG00000019649 ENSXMAG00000021666 ENSXMAG00000021285 ENSXMAG00000025247 ENSXMAG00000011109 ENSXMAG00000029058 ENSXMAG00000025206 c3b.2 (ENSXMAG00000013660) Platyfish MODERN SPECIES 19 ier2b (ENSXMAG00000019747) cacna1ab (ENSXMAG00000013771) wdr83os (ENSXMAG00000013770) wdr83 (ENSXMAG00000013765) PSPN (ENSXMAG00000027335) gtf3aa (ENSXMAG00000013763) yju2b (ENSXMAG00000024353) c3b.2 (ENSXMAG00000013660) ENSXMAG00000025206 ENSXMAG00000029058 ENSXMAG00000011109 ENSXMAG00000025247 ENSXMAG00000021285 ENSXMAG00000021666 ENSXMAG00000019649 ENSXMAG00000025377 ##21 ENSXMAG00000021179 ENSXMAG00000021492 ENSXMAG00000011104 ENSXMAG00000019640 ENSXMAG00000022126 ENSXMAG00000025784 ENSXMAG00000025646 ##21 ENSXMAG00000024153 ENSXMAG00000029345 ENSXMAG00000021511 ENSXMAG00000023599 ENSXMAG00000013656 ENSXMAG00000028896 BPTF (ENSXMAG00000013629) ENSXMAG00000026308 Pinecone sodierfish DUPLICATION Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 22 ENSMMDG00005001650 ENSMMDG00005001655 med15 (ENSMMDG00005001664) nr1d1 (ENSMMDG00005001723) ENSMMDG00005001749 ENSMMDG00005001755 wipf2b (ENSMMDG00005001764) ENSMMDG00005001795 btr30 (ENSMMDG00005001861) ENSMMDG00005001880 zgc:158376 (ENSMMDG00005001925) kpnb1 (ENSMMDG00005002002) ENSMMDG00005002298 ENSMMDG00005002301 ENSMMDG00005002304 ENSMMDG00005002306 ##21 ENSMMDG00005002309 ENSMMDG00005002312 ENSMMDG00005002314 ENSMMDG00005002325 ENSMMDG00005002428 ENSMMDG00005002431 ENSMMDG00005002435 ENSMMDG00005002438 ENSMMDG00005002442 ENSMMDG00005002448 ENSMMDG00005002450 ENSMMDG00005002454 ENSMMDG00005002461 ENSMMDG00005002465 ENSMMDG00005002468 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 5 faxdc2 (ENSMMDG00005019941) LARP1 (ENSMMDG00005017394) zgc:56585 (ENSMMDG00005016730) ENSMMDG00005016685 ENSMMDG00005016669 ENSMMDG00005016654 ENSMMDG00005016628 ENSMMDG00005016598 ENSMMDG00005016564 ENSMMDG00005016549 ENSMMDG00005016531 ENSMMDG00005016496 ENSMMDG00005016469 ENSMMDG00005016438 ENSMMDG00005016414 ENSMMDG00005016401 ##21 ENSMMDG00005016383 ENSMMDG00005016370 ENSMMDG00005016330 ENSMMDG00005016317 ENSMMDG00005016308 GPR119 (ENSMMDG00005016295) ENSMMDG00005016279 slc25a14 (ENSMMDG00005016234) SPRY3 (ENSMMDG00005016191) pou4f4 (ENSMMDG00005016163) klf5l (ENSMMDG00005016139) klf8 (ENSMMDG00005016089) ENSMMDG00005016075 rbm41 (ENSMMDG00005016045) cldn2 (ENSMMDG00005016027) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 369 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.a.b Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1464 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.a.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 471 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.a.b Salmo ANCESTRAL SPECIES 357 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.b.b.b ENSGT00950000183089.c.a.h.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.a.a.a.b River trout DUPLICATION River trout DUPLICATION River trout MODERN SPECIES 595 ENSSTUG00000043218 ENSSTUG00000043226 ENSSTUG00000043230 ##21 ENSSTUG00000043249 ENSSTUG00000043252 ##21 ENSSTUG00000043263 ENSSTUG00000043279 ##21 River trout MODERN SPECIES 595 ENSSTUG00000043218 ENSSTUG00000043226 ENSSTUG00000043230 ##21 ENSSTUG00000043249 ENSSTUG00000043252 ##21 ENSSTUG00000043263 ENSSTUG00000043279 ##21 River trout MODERN SPECIES 595 ENSSTUG00000043218 ENSSTUG00000043226 ENSSTUG00000043230 ##21 ENSSTUG00000043249 ENSSTUG00000043252 ##21 ENSSTUG00000043263 ENSSTUG00000043279 ##21 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 170 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.f ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Platypus MODERN SPECIES 88 ENSOANG00000045836 ENSOANG00000038023 ENSOANG00000050854 ENSOANG00000050360 ENSOANG00000045256 ENSOANG00000040147 ENSOANG00000045877 ENSOANG00000000219 ENSOANG00000047522 ENSOANG00000038285 ENSOANG00000047856 ENSOANG00000050887 ENSOANG00000040521 ENSOANG00000039179 ENSOANG00000044108 ENSOANG00000050614 ##21 ENSOANG00000036855 ENSOANG00000051035 ENSOANG00000049861 ENSOANG00000046437 ENSOANG00000037672 ENSOANG00000038211 ENSOANG00000048323 ENSOANG00000048678 ENSOANG00000036523 SDHC (ENSOANG00000048957) MPZ (ENSOANG00000041826) PCP4L1 (ENSOANG00000037665) NR1I3 (ENSOANG00000041107) TOMM40L (ENSOANG00000047077) ENSOANG00000039172 Theria ANCESTRAL SPECIES 93 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.f ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Tasmanian devil MODERN SPECIES NARS1 (ENSSHAG00000017850) ATP8B1 (ENSSHAG00000017716) NEDD4L (ENSSHAG00000016231) ENSSHAG00000015598 MALT1 (ENSSHAG00000015083) ZNF532 (ENSSHAG00000014125) SEC11C (ENSSHAG00000021865) ENSSHAG00000012832 RAX (ENSSHAG00000012595) CPLX4 (ENSSHAG00000025319) LMAN1 (ENSSHAG00000012039) ENSSHAG00000026541 ENSSHAG00000026957 ENSSHAG00000024343 ENSSHAG00000027899 ENSSHAG00000003579 ##21 ENSSHAG00000026351 ENSSHAG00000021240 ENSSHAG00000000836 ENSSHAG00000021947 ENSSHAG00000001376 ENSSHAG00000026806 ENSSHAG00000003990 ENSSHAG00000003146 ENSSHAG00000002269 ENSSHAG00000029084 ENSSHAG00000016752 ENSSHAG00000022539 MTMR12 (ENSSHAG00000015891) ZFR (ENSSHAG00000015478) SUB1 (ENSSHAG00000014986) Eutheria ANCESTRAL SPECIES 207 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.f.b Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.f.b ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01060000248528.b.kh.xb.b.a Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.f.b ENSGT01060000248528.b.kh.yb.a.b Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.f.b ENSGT01060000248528.b.kh.yb.a.b Tarsier MODERN SPECIES 4302 BTN2A1 (ENSTSYG00000005294) ENSTSYG00000004090 BTN2A2 (ENSTSYG00000013122) ENSTSYG00000002444 ENSTSYG00000035352 ENSTSYG00000029456 ENSTSYG00000025593 ##21 ENSTSYG00000025626 ENSTSYG00000033225 ENSTSYG00000026201 ENSTSYG00000029202 ENSTSYG00000033543 ENSTSYG00000031514 ENSTSYG00000031577 ENSTSYG00000030856 ENSTSYG00000027301 H2AC7 (ENSTSYG00000029007) ENSTSYG00000031569 ENSTSYG00000028495 H2BC5 (ENSTSYG00000036271) H1-4 (ENSTSYG00000012986) H2AC6 (ENSTSYG00000029084) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1365 ZSCAN9 (ENSPSMG00000015681) ENSPSMG00000015667 ZKSCAN8 (ENSPSMG00000015661) ZSCAN16 (ENSPSMG00000015642) ENSPSMG00000015624 ENSPSMG00000015618 ENSPSMG00000015609 ENSPSMG00000015592 ENSPSMG00000015583 ENSPSMG00000015579 ENSPSMG00000015574 ENSPSMG00000015572 ENSPSMG00000015562 ENSPSMG00000015553 ENSPSMG00000015544 ENSPSMG00000015540 ##21 H1-5 (ENSPSMG00000015534) ENSPSMG00000015526 ENSPSMG00000015517 ENSPSMG00000015498 ENSPSMG00000015479 ENSPSMG00000015466 ENSPSMG00000015459 ENSPSMG00000015457 ENSPSMG00000015431 ENSPSMG00000015415 ENSPSMG00000015403 ENSPSMG00000015382 ENSPSMG00000015371 ZNF184 (ENSPSMG00000015352) ZNF391 (ENSPSMG00000015328) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 769 ENSPSMG00000013365 H2BC26 (ENSPSMG00000013352) ENSPSMG00000013337 ENSPSMG00000013327 ##21 TRIM17 (ENSPSMG00000013322) TRIM11 (ENSPSMG00000013308) ENSPSMG00000013289 ENSPSMG00000013283 IBA57 (ENSPSMG00000013279) GJC2 (ENSPSMG00000013273) ##19 GUK1 (ENSPSMG00000013269) MRPL55 (ENSPSMG00000013256) C1orf35 (ENSPSMG00000013245) ARF1 (ENSPSMG00000013226) ENSPSMG00000013201 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Rabbit MODERN SPECIES 4 ANKRD34A (ENSOCUG00000029638) POLR3GL (ENSOCUG00000006212) TXNIP (ENSOCUG00000003010) ENSOCUG00000007257 HJV (ENSOCUG00000006209) ENSOCUG00000023196 ENSOCUG00000021718 ENSOCUG00000022427 ENSOCUG00000038567 ENSOCUG00000003403 H2BC18 (ENSOCUG00000024543) ENSOCUG00000023811 ENSOCUG00000031190 ENSOCUG00000027315 ENSOCUG00000025918 ENSOCUG00000023564 ##21 H2BC21 (ENSOCUG00000023535) ENSOCUG00000037254 BOLA1 (ENSOCUG00000004609) SV2A (ENSOCUG00000003894) SF3B4 (ENSOCUG00000004614) MTMR11 (ENSOCUG00000004616) OTUD7B (ENSOCUG00000013924) ENSOCUG00000014360 PLEKHO1 (ENSOCUG00000006316) ENSOCUG00000022805 CA14 (ENSOCUG00000009032) APH1A (ENSOCUG00000009037) C1orf54 (ENSOCUG00000027251) CIART (ENSOCUG00000009044) ENSOCUG00000027120 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT00940000162723 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 ENSGT00390000002062 ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a.c.a.b.b ENSGT00940000162956 ENSGT00940000153125.F.g ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000153253.b.a.h ENSGT00940000162941 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.b Marmotini ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00940000161530 ENSGT00390000002062 ENSGT00940000162956 ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a.c.a.b.b.a.b ENSGT00940000153125.C ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000153253.b.a.h ENSGT00940000162941 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263559.A.f.e ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.k.b ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a.l ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000162950 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.a.d ENSGT00940000153092.a.a.d.b ENSGT01100000263548.a.b.b ENSGT01100000263486.a.a ENSGT01100000263486.a.b.b Alpin marmot MODERN SPECIES 36 ENSMMMG00000002427 ENSMMMG00000002421 ENSMMMG00000002413 ENSMMMG00000002407 ENSMMMG00000002403 ZNF322 (ENSMMMG00000002401) ABT1 (ENSMMMG00000002382) BTN1A1 (ENSMMMG00000002339) BTN2A2 (ENSMMMG00000002247) ENSMMMG00000002131 ENSMMMG00000002108 ENSMMMG00000002069 ENSMMMG00000002062 ENSMMMG00000002058 ENSMMMG00000002055 ENSMMMG00000002041 ##21 ENSMMMG00000002037 H1-3 (ENSMMMG00000002023) ENSMMMG00000001989 ENSMMMG00000001983 ENSMMMG00000001975 ENSMMMG00000001937 ENSMMMG00000001926 ENSMMMG00000001920 ENSMMMG00000001916 ENSMMMG00000001889 H1-4 (ENSMMMG00000001870) H2AC6 (ENSMMMG00000001865) ENSMMMG00000001860 H1-6 (ENSMMMG00000001853) ENSMMMG00000001847 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Rat MODERN SPECIES 4 RGD1560186 (ENSRNOG00000031098) Ints7 (ENSRNOG00000004263) Dtl (ENSRNOG00000004195) Ppp2r5a (ENSRNOG00000000068) Pacc1 (ENSRNOG00000003915) Nenf (ENSRNOG00000003833) Atf3 (ENSRNOG00000003745) Garin4 (ENSRNOG00000029371) Batf3 (ENSRNOG00000003716) Nsl1 (ENSRNOG00000042286) Tatdn3 (ENSRNOG00000046460) SPATA45 (ENSRNOG00000048659) Flvcr1 (ENSRNOG00000049633) Vash2 (ENSRNOG00000003832) Angel2 (ENSRNOG00000003795) LOC678708 (ENSRNOG00000071166) ##21 Rps6kc1 (ENSRNOG00000003767) Prox1 (ENSRNOG00000003694) LOC498308 (ENSRNOG00000032812) Smyd2 (ENSRNOG00000003583) Ptpn14 (ENSRNOG00000003407) Cenpf (ENSRNOG00000003388) Kcnk2 (ENSRNOG00000002653) LOC100361993 (ENSRNOG00000022144) Kctd3 (ENSRNOG00000002627) Ush2a (ENSRNOG00000003738) Esrrg (ENSRNOG00000002593) Gpatch2 (ENSRNOG00000002512) Spata17 (ENSRNOG00000002504) Ddx3y (ENSRNOG00000002501) Rrp15 (ENSRNOG00000002450) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018360 ENSGT00390000003103 ENSGT00390000002049.c.a ENSGT00940000156893 ENSGT00950000182907.a.a ENSGT00530000063760.b ENSGT00550000075028 ENSGT00940000159172 ENSGT00940000160276 ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b ENSGT00510000048165 ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.b ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a ENSGT01100000263575.B.u ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000153125.C ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b ENSGT01100000263575.A ENSGT01100000263575.B.t.a.a.a ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263569.a.b.b ENSGT00940000164494 ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a ENSGT01100000263514.A.f Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Chacoan peccary MODERN SPECIES 782 HFE (ENSCWAG00000008062) ENSCWAG00000008007 H1-6 (ENSCWAG00000009687) ENSCWAG00000009663 H2AC6 (ENSCWAG00000009641) H1-4 (ENSCWAG00000009622) ENSCWAG00000009606 ENSCWAG00000009586 ENSCWAG00000009572 ENSCWAG00000009554 H2AC7 (ENSCWAG00000009532) ENSCWAG00000009511 ENSCWAG00000009462 ##21 ENSCWAG00000009426 ENSCWAG00000009386 ENSCWAG00000009353 ##21 ENSCWAG00000009315 ENSCWAG00000009284 ENSCWAG00000009256 BTN2A1 (ENSCWAG00000009117) BTN1A1 (ENSCWAG00000009048) HMGN4 (ENSCWAG00000009032) ABT1 (ENSCWAG00000008984) ENSCWAG00000008933 ZNF322 (ENSCWAG00000008921) H2BC11 (ENSCWAG00000008855) ENSCWAG00000008847 ENSCWAG00000008832 ENSCWAG00000008821 H2AC12 (ENSCWAG00000008803) PRSS16 (ENSCWAG00000008627) #15 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT01100000263514.A.f Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 72 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT01100000263514.A.f Cetacea ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT01100000263514.A.f Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b.h ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.a ENSGT00940000153125.E.d.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000153125.E.c.a.b.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000162956 ENSGT00390000002062 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000163036 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT01100000263514.A.f ENSGT00990000203553.c.b ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000155501.a.a ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000163525 ENSGT01060000248528.b.kh.yb ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b.b.b Sperm whale MODERN SPECIES 981 ENSPCTG00005019217 ENSPCTG00005019195 ENSPCTG00005019164 ENSPCTG00005019135 ##21 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.b ENSGT00940000153125.C ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000153125.E.c.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000162956 ENSGT00390000002062 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000163036 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT01100000263514.A.f ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.b ENSGT00940000153125.B ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000155501.a.a ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000163525 ENSGT01060000248528.b.kh.yb ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263575.A Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153125.E.c.b ENSGT00940000162941 ENSGT00940000153104.e.b.a.b ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000153125.A ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.b ENSGT00940000153125.D.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000162956 ENSGT00390000002062 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000163036 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000153125.B ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b.h ENSGT00940000155501.a.a ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000163525 ENSGT01060000248528.b.kh.yb ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263506.a.f.b ENSGT00940000162941 ENSGT00940000153104.e.b.a.b ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000153125.A ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b.a.b ENSGT00940000153125.D.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000162956 ENSGT00390000002062 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00940000161530 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000163036 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.b ENSGT00940000153125.B ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000155501.a.a ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a Beluga whale MODERN SPECIES 79 PRSS16 (ENSDLEG00000019410) #15 ENSDLEG00000019405 ENSDLEG00000019401 ENSDLEG00000019399 ENSDLEG00000019397 H2BC11 (ENSDLEG00000019395) ZNF322 (ENSDLEG00000019391) ABT1 (ENSDLEG00000019388) HMGN4 (ENSDLEG00000019387) BTN1A1 (ENSDLEG00000019381) BTN2A2 (ENSDLEG00000019375) BTN3A1 (ENSDLEG00000019373) ENSDLEG00000019372 ENSDLEG00000019369 ENSDLEG00000019366 ENSDLEG00000019360 ##21 ENSDLEG00000019355 ENSDLEG00000019351 H1-3 (ENSDLEG00000019348) ENSDLEG00000019345 ENSDLEG00000019337 ENSDLEG00000019333 ENSDLEG00000019331 ENSDLEG00000019325 ##21 ENSDLEG00000019320 ENSDLEG00000019319 ENSDLEG00000019316 ENSDLEG00000019314 ENSDLEG00000019310 ENSDLEG00000019308 ENSDLEG00000019305 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 111 ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Dingo MODERN SPECIES 105 ZSCAN31 (ENSCAFG00020002994) ENSCAFG00020002984 ENSCAFG00020002972 ZSCAN26 (ENSCAFG00020002978) NKAPL (ENSCAFG00020002968) ENSCAFG00020002955 ZKSCAN8 (ENSCAFG00020002941) ZSCAN16 (ENSCAFG00020002939) ENSCAFG00020002931 ENSCAFG00020002926 ENSCAFG00020002901 ENSCAFG00020002894 ENSCAFG00020002882 ENSCAFG00020002880 ENSCAFG00020002866 ENSCAFG00020002864 ##21 ENSCAFG00020002852 ENSCAFG00020002847 ##21 H1-5 (ENSCAFG00020002839) ENSCAFG00020002832 ENSCAFG00020002816 ENSCAFG00020002789 ENSCAFG00020002787 ENSCAFG00020002785 ENSCAFG00020002759 ENSCAFG00020002746 ENSCAFG00020002733 ENSCAFG00020002695 ENSCAFG00020002675 ENSCAFG00020002668 ZNF184 (ENSCAFG00020002662) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000153118.db.a.a.a.a Ursidae ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000153118.db.a.a.a.a Ursus ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000002049.c.a ENSGT00940000156893 ENSGT00950000182907.a.a.a.b ENSGT00530000063760.b ENSGT00550000075028 ENSGT00940000159172 ENSGT00940000160276 ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b ENSGT00510000048165 ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.b ENSGT01100000263575.B.u ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000153118.db.a.a.a.a ENSGT00940000153125.B ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a ENSGT00940000153125.E.c.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT00940000155501.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT00990000203553.c.a.b Polar bear DUPLICATION Polar bear MODERN SPECIES 193 ENSUMAG00000003753 ANP32E (ENSUMAG00000003756) PLEKHO1 (ENSUMAG00000003760) VPS45 (ENSUMAG00000003781) OTUD7B (ENSUMAG00000003786) MTMR11 (ENSUMAG00000003794) SF3B4 (ENSUMAG00000003802) SV2A (ENSUMAG00000003804) H2AC21 (ENSUMAG00000003816) ENSUMAG00000003822 ENSUMAG00000003825 ENSUMAG00000003829 ##21 ENSUMAG00000003836 ENSUMAG00000003882 ENSUMAG00000003899 ENSUMAG00000003922 ##21 ENSUMAG00000003931 ENSUMAG00000003935 ##21 H2BC18 (ENSUMAG00000003946) FCGR1A (ENSUMAG00000003967) ENSUMAG00000003983 ENSUMAG00000003995 Polar bear MODERN SPECIES 193 ENSUMAG00000003995 ENSUMAG00000003983 FCGR1A (ENSUMAG00000003967) H2BC18 (ENSUMAG00000003946) ENSUMAG00000003935 ##21 ENSUMAG00000003931 ENSUMAG00000003922 ##21 ENSUMAG00000003899 ENSUMAG00000003882 ENSUMAG00000003836 ENSUMAG00000003829 ##21 ENSUMAG00000003825 ENSUMAG00000003822 H2AC21 (ENSUMAG00000003816) SV2A (ENSUMAG00000003804) SF3B4 (ENSUMAG00000003802) MTMR11 (ENSUMAG00000003794) OTUD7B (ENSUMAG00000003786) VPS45 (ENSUMAG00000003781) PLEKHO1 (ENSUMAG00000003760) ANP32E (ENSUMAG00000003756) ENSUMAG00000003753 CA14 (ENSUMAG00000003751) APH1A (ENSUMAG00000003746) C1orf54 (ENSUMAG00000003742) CIART (ENSUMAG00000003740) Sauria ANCESTRAL SPECIES 180 ENSGT01100000263567.a.a ENSGT00940000155501.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 187 ENSGT00940000163082 ENSGT00940000153125.E ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b.b.a ENSGT01100000263567.a.a ENSGT00940000155501.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 tuatara MODERN SPECIES 115 ENSSPUG00000005270 ENSSPUG00000005250 GUCY2C (ENSSPUG00000005165) PLBD1 (ENSSPUG00000005130) ATF7IP (ENSSPUG00000005102) GRIN2B (ENSSPUG00000005051) EMP1 (ENSSPUG00000005043) GSG1 (ENSSPUG00000005034) FAM234B (ENSSPUG00000005027) HEBP1 (ENSSPUG00000005018) ENSSPUG00000005007 ENSSPUG00000004983 DDX47 (ENSSPUG00000004958) APOLD1 (ENSSPUG00000004949) ENSSPUG00000004939 ENSSPUG00000004927 ##21 WBP11 (ENSSPUG00000004904) SMCO3 (ENSSPUG00000004896) ERP27 (ENSSPUG00000004877) ARHGDIB (ENSSPUG00000004855) PDE6H (ENSSPUG00000004840) AGBL3 (ENSSPUG00000004795) WDR91 (ENSSPUG00000004752) STRA8 (ENSSPUG00000004718) ENSSPUG00000004694 ENSSPUG00000004691 CNOT4 (ENSSPUG00000004677) ENSSPUG00000004628 ENSSPUG00000004616 ENSSPUG00000004607 ENSSPUG00000004595 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 106 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b ENSGT00940000156302.ic ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Laterata ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000156796.k.b ENSGT00940000156796.l ENSGT00940000156796.k.a.a.b ENSGT00940000156796.k.a.a.a ENSGT00940000156796.k.a.b ENSGT00730000111282 ENSGT00940000165786 ENSGT00390000014827 ENSGT00940000158980 ENSGT00940000158370 ENSGT00940000159217 ENSGT00940000155097 ENSGT00940000158195 ENSGT00940000153222.a.b.b.b.b ENSGT00940000155501.b.k ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00390000018596.A.a.b ENSGT00390000004964 ENSGT00550000075121 ENSGT01050000244939.a.a.b.b ENSGT00400000022326 ENSGT00940000159574 ENSGT00940000155856 ENSGT00940000165797 ENSGT00940000165806 ENSGT00940000163323 ENSGT00940000164769 ENSGT00950000185517 ENSGT00940000158667 ENSGT00550000075074 ENSGT00940000162115 Common wall lizard MODERN SPECIES 4 ALOXE3 (ENSPMRG00000021620) ENSPMRG00000021603 ENSPMRG00000021507 ENSPMRG00000021461 ENSPMRG00000021451 TMEM107 (ENSPMRG00000021421) AURKB (ENSPMRG00000021404) VAMP2 (ENSPMRG00000021400) PER1 (ENSPMRG00000021379) ENSPMRG00000021362 ##21 TAF9 (ENSPMRG00000021358) ENSPMRG00000021355 KIF4A (ENSPMRG00000021341) PDZD11 (ENSPMRG00000021332) ENSPMRG00000021329 ENSPMRG00000021322 ##21 ENSPMRG00000021314 ENSPMRG00000021308 ENSPMRG00000021304 CIDEB (ENSPMRG00000021263) ENSPMRG00000021252 RABGGTA (ENSPMRG00000021217) TGM1 (ENSPMRG00000021199) ENSPMRG00000021177 GMPR2 (ENSPMRG00000021169) ENSPMRG00000021162 CHMP4A (ENSPMRG00000021153) ENSPMRG00000021147 TM9SF1 (ENSPMRG00000021130) IPO4 (ENSPMRG00000021099) IRF9 (ENSPMRG00000021089) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 148 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b ENSGT00940000156302.ic ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 124 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b ENSGT00940000156302.ic ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Indian cobra MODERN SPECIES 337 ENSNNAG00000008515 GUCY2D (ENSNNAG00000008330) ENSNNAG00000008177 ALOXE3 (ENSNNAG00000007800) ENSNNAG00000007752 AURKB (ENSNNAG00000007690) ENSNNAG00000007670 ENSNNAG00000007647 ENSNNAG00000007640 ENSNNAG00000007621 ENSNNAG00000007605 TAF9 (ENSNNAG00000007565) ENSNNAG00000007513 PDZD11 (ENSNNAG00000007476) ENSNNAG00000007467 ENSNNAG00000007450 ##21 ENSNNAG00000007442 ENSNNAG00000007434 RABGGTA (ENSNNAG00000007419) TGM1 (ENSNNAG00000007239) GMPR2 (ENSNNAG00000007054) NEDD8 (ENSNNAG00000007020) ENSNNAG00000007007 CHMP4A (ENSNNAG00000006999) PSME2 (ENSNNAG00000006979) EMC9 (ENSNNAG00000006963) PSME1 (ENSNNAG00000006938) FITM1 (ENSNNAG00000006927) DCAF11 (ENSNNAG00000006739) PCK2 (ENSNNAG00000006681) ENSNNAG00000006665 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 259 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b ENSGT00940000156302.ic ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 243 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b ENSGT00940000156302.ic ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Eastern brown snake DUPLICATION Eastern brown snake MODERN SPECIES TTC26 (ENSPTXG00000000543) ENSPTXG00000000549 ENSPTXG00000000560 PLBD1 (ENSPTXG00000000588) ATF7IP (ENSPTXG00000000606) GRIN2B (ENSPTXG00000000616) ENSPTXG00000000619 ENSPTXG00000000621 FAM234B (ENSPTXG00000000627) ENSPTXG00000000638 HEBP1 (ENSPTXG00000000639) ENSPTXG00000000644 DDX47 (ENSPTXG00000000646) APOLD1 (ENSPTXG00000000648) ENSPTXG00000000652 ##21 ENSPTXG00000000660 ##21 ENSPTXG00000000664 ENSPTXG00000000670 ENSPTXG00000000673 MGP (ENSPTXG00000000676) ERP27 (ENSPTXG00000000680) ARHGDIB (ENSPTXG00000000684) PDE6H (ENSPTXG00000000691) AGBL3 (ENSPTXG00000000695) TMEM140 (ENSPTXG00000000700) WDR91 (ENSPTXG00000000706) STRA8 (ENSPTXG00000000710) ENSPTXG00000000729 CNOT4 (ENSPTXG00000000917) POLR3H (ENSPTXG00000000926) NUP205 (ENSPTXG00000000931) Eastern brown snake MODERN SPECIES 140 ENSPTXG00000015460 RAB2B (ENSPTXG00000015457) ENSPTXG00000014554 ENSPTXG00000014116 ENSPTXG00000014109 ENSPTXG00000014107 ENSPTXG00000014106 ENSPTXG00000014105 ENSPTXG00000014104 ENSPTXG00000014103 ENSPTXG00000014102 ENSPTXG00000014101 ENSPTXG00000014100 ENSPTXG00000014099 ENSPTXG00000014098 ENSPTXG00000014097 ##21 ENSPTXG00000014096 ##21 ENSPTXG00000014095 ENSPTXG00000014094 ENSPTXG00000014093 PFAS (ENSPTXG00000013985) ENSPTXG00000013981 ENSPTXG00000013980 ENSPTXG00000012029 PLOD3 (ENSPTXG00000011719) ZNHIT1 (ENSPTXG00000011717) FIS1 (ENSPTXG00000011716) CLDN15 (ENSPTXG00000011715) ENSPTXG00000011714 ADAT3 (ENSPTXG00000011713) ENSPTXG00000011712 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 57 ENSNSUG00000000869 ENSNSUG00000000873 ENSNSUG00000000876 ENSNSUG00000000889 ENSNSUG00000000892 FBXL12 (ENSNSUG00000000897) UBL5 (ENSNSUG00000000908) PIN1 (ENSNSUG00000000910) ENSNSUG00000000911 OLFM2 (ENSNSUG00000000914) ENSNSUG00000000918 ENSNSUG00000000923 ENSNSUG00000000927 ENSNSUG00000000930 ENSNSUG00000000935 ENSNSUG00000000940 ##21 ENSNSUG00000000943 ENSNSUG00000000944 ENSNSUG00000000950 ENSNSUG00000000960 HDAC7 (ENSNSUG00000000963) ENSNSUG00000000978 SLC48A1 (ENSNSUG00000000981) RAPGEF3 (ENSNSUG00000000982) ENSNSUG00000000999 NEUROD4 (ENSNSUG00000001004) ENSNSUG00000001011 PPP1R1A (ENSNSUG00000001012) PDE1B (ENSNSUG00000001015) NCKAP1L (ENSNSUG00000001019) GTSF1 (ENSNSUG00000001032) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 169 ENSGT00940000160426 ENSGT00940000155501.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 131 ENSGT01100000263506.a ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.a.a.b ENSGT00940000160426 ENSGT00940000155501.b.i ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT01100000263474.a.b.a.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.a ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.a.a.b ENSGT00940000160426 ENSGT00940000155501.b.i.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 163 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.a.a ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.a.a.b ENSGT00940000160426 ENSGT00940000155501.b.i.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 485 ENSTMTG00000004326 ##21 painted turtle MODERN SPECIES 888 HEBP1 (ENSCPBG00000020964) ENSCPBG00000020965 ENSCPBG00000020967 APOLD1 (ENSCPBG00000020970) ENSCPBG00000020972 ENSCPBG00000020974 ENSCPBG00000020976 ENSCPBG00000020988 ENSCPBG00000020993 ENSCPBG00000020997 ENSCPBG00000021000 ##21 ENSCPBG00000021002 ENSCPBG00000021004 ENSCPBG00000021009 ENSCPBG00000021010 ENSCPBG00000021011 ##21 ENSCPBG00000021013 ENSCPBG00000021015 ENSCPBG00000021017 ENSCPBG00000021023 ENSCPBG00000021025 ENSCPBG00000021027 ENSCPBG00000021028 ENSCPBG00000021033 ENSCPBG00000021037 ENSCPBG00000021039 ENSCPBG00000021042 ENSCPBG00000021044 ENSCPBG00000021046 ##21 ENSCPBG00000021048 ENSCPBG00000021058 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT01100000263567.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.a ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.b ENSGT00950000183089.t ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 49 ANO4 (ENSCPRG00005000575) ENSCPRG00005000712 SLC5A8 (ENSCPRG00005000720) UTP20 (ENSCPRG00005000733) ARL1 (ENSCPRG00005000824) NUP205 (ENSCPRG00005000915) CNOT4 (ENSCPRG00005001035) ENSCPRG00005001089 STRA8 (ENSCPRG00005001114) ENSCPRG00005001121 HTATIP2 (ENSCPRG00005001159) ENSCPRG00005001163 ENSCPRG00005001170 ENSCPRG00005001179 ENSCPRG00005001184 ENSCPRG00005001187 ##21 ENSCPRG00005001190 CYREN (ENSCPRG00005001194) TMEM140 (ENSCPRG00005001200) PDE6H (ENSCPRG00005001242) ARHGDIB (ENSCPRG00005001246) ERP27 (ENSCPRG00005001254) MGP (ENSCPRG00005001264) ENSCPRG00005001269 ART4 (ENSCPRG00005001272) SMCO3 (ENSCPRG00005001273) ENSCPRG00005001276 ENSCPRG00005001281 ENSCPRG00005001286 H3-7 (ENSCPRG00005001288) ENSCPRG00005001292 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 1198 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 375 ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263506.a ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 566 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a ENSGT00950000183089.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b Asian bonytongue DUPLICATION Asian bonytongue MODERN SPECIES armc8 (ENSSFOG00015023426) rab5b (ENSSFOG00015032251) lcmt2 (ENSSFOG00015023406) crygs1 (ENSSFOG00015023395) tbccd1 (ENSSFOG00015023390) dnajb11 (ENSSFOG00015023379) satb2 (ENSSFOG00015023364) PLCL1 (ENSSFOG00015025704) BOLL (ENSSFOG00015023350) rftn2 (ENSSFOG00015023346) mob4 (ENSSFOG00015023335) ENSSFOG00015024264 ENSSFOG00015029157 ENSSFOG00015025383 ENSSFOG00015029936 ENSSFOG00015027356 ##21 ENSSFOG00015028320 ENSSFOG00015025361 kifc1 (ENSSFOG00015027196) ENSSFOG00015024578 ENSSFOG00015001076 ##21 ENSSFOG00015032252 ENSSFOG00015032278 ENSSFOG00015023286 ENSSFOG00015023166 mylz3 (ENSSFOG00015023116) lancl1 (ENSSFOG00015023109) CPS1 (ENSSFOG00015023095) ERBB4 (ENSSFOG00015023068) IKZF2 (ENSSFOG00015023049) ENSSFOG00015023037 Asian bonytongue DUPLICATION Asian bonytongue MODERN SPECIES ENSSFOG00015024673 ENSSFOG00015025847 ENSSFOG00015025481 pikfyve (ENSSFOG00015021644) ANKRD44 (ENSSFOG00015021602) SF3B1 (ENSSFOG00015021535) coq10b (ENSSFOG00015021502) hspd1 (ENSSFOG00015021470) hspe1 (ENSSFOG00015011130) ENSSFOG00015025564 ENSSFOG00015032518 H3C2 (ENSSFOG00015024832) ENSSFOG00015028252 ENSSFOG00015021366 ENSSFOG00015025036 ENSSFOG00015029575 ##21 ENSSFOG00015028875 ENSSFOG00015025007 si:dkey-261m9.17 (ENSSFOG00015026224) H2BC7 (ENSSFOG00015031099) ENSSFOG00015027479 ENSSFOG00015031304 ##21 ENSSFOG00015031043 ENSSFOG00015027079 zgc:162396 (ENSSFOG00015023503) zgc:162396 (ENSSFOG00015023495) ENSSFOG00015030572 KLF7 (ENSSFOG00015023491) CREB1 (ENSSFOG00015011346) mettl21a (ENSSFOG00015023473) ccnyl1 (ENSSFOG00015023466) Asian bonytongue MODERN SPECIES rab5b (ENSSFOG00015032251) armc8 (ENSSFOG00015023426) ENSSFOG00015023440 idh1 (ENSSFOG00015023448) PLEKHM3 (ENSSFOG00015023455) ENSSFOG00015023459 ccnyl1 (ENSSFOG00015023466) mettl21a (ENSSFOG00015023473) CREB1 (ENSSFOG00015011346) KLF7 (ENSSFOG00015023491) ENSSFOG00015030572 zgc:162396 (ENSSFOG00015023495) zgc:162396 (ENSSFOG00015023503) ENSSFOG00015027079 ENSSFOG00015031043 ENSSFOG00015031304 ##21 ENSSFOG00015027479 H2BC7 (ENSSFOG00015031099) si:dkey-261m9.17 (ENSSFOG00015026224) ENSSFOG00015025007 ENSSFOG00015028875 ENSSFOG00015029575 ##21 ENSSFOG00015025036 ENSSFOG00015021366 ENSSFOG00015028252 H3C2 (ENSSFOG00015024832) ENSSFOG00015032518 ENSSFOG00015025564 hspe1 (ENSSFOG00015011130) hspd1 (ENSSFOG00015021470) coq10b (ENSSFOG00015021502) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 1011 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.b.a.b.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Atlantic herring MODERN SPECIES 16 ENSCHAG00000004955 ENSCHAG00000004929 ENSCHAG00000004899 ENSCHAG00000004875 ENSCHAG00000004814 ENSCHAG00000004764 ENSCHAG00000004720 ENSCHAG00000004643 ENSCHAG00000004619 ENSCHAG00000004373 ENSCHAG00000004289 ENSCHAG00000004262 ENSCHAG00000004252 ENSCHAG00000003821 ENSCHAG00000003795 ENSCHAG00000003737 ##21 ENSCHAG00000003722 ENSCHAG00000003703 ENSCHAG00000003557 ENSCHAG00000003145 capn2l (ENSCHAG00000002744) ENSCHAG00000002699 ENSCHAG00000002626 ENSCHAG00000002569 ENSCHAG00000002555 ENSCHAG00000002397 ENSCHAG00000002316 rrbp1b (ENSCHAG00000002179) PET117 (ENSCHAG00000002155) kat14 (ENSCHAG00000002129) dzank1 (ENSCHAG00000002041) Denticle herring DUPLICATION Denticle herring MODERN SPECIES 19 st6gal2a (ENSDCDG00000018484) GPR89B (ENSDCDG00000018496) pdzk1 (ENSDCDG00000018536) ENSDCDG00000018539 itgb5 (ENSDCDG00000018672) ENSDCDG00000022658 ENSDCDG00000022661 ENSDCDG00000022662 ##21 ENSDCDG00000022664 ENSDCDG00000022665 ENSDCDG00000022666 ##21 ENSDCDG00000022667 cdc20 (ENSDCDG00000022671) elovl1a (ENSDCDG00000022697) ENSDCDG00000022998 ENSDCDG00000022999 ##21 ENSDCDG00000023000 ccnb3 (ENSDCDG00000023001) ENSDCDG00000023002 ENSDCDG00000023005 ENSDCDG00000023008 rif1 (ENSDCDG00000014194) PTGFRN (ENSDCDG00000014740) igsf3l (ENSDCDG00000014764) ENSDCDG00000014774 igsf3 (ENSDCDG00000014788) ENSDCDG00000014814 tnfaip6 (ENSDCDG00000014855) acvr2aa (ENSDCDG00000014876) zeb2a (ENSDCDG00000015413) gtdc1 (ENSDCDG00000015415) Denticle herring MODERN SPECIES 19 itgb5 (ENSDCDG00000018672) ENSDCDG00000018539 pdzk1 (ENSDCDG00000018536) GPR89B (ENSDCDG00000018496) st6gal2a (ENSDCDG00000018484) tmtops2b (ENSDCDG00000018481) uxs1 (ENSDCDG00000018472) ecrg4a (ENSDCDG00000018456) nck2a (ENSDCDG00000018452) ENSDCDG00000018450 ENSDCDG00000018443 si:dkey-57a22.15 (ENSDCDG00000018381) ENSDCDG00000018376 ENSDCDG00000018373 ENSDCDG00000017835 ENSDCDG00000017831 ##21 ENSDCDG00000017829 ENSDCDG00000017826 ENSDCDG00000017823 ENSDCDG00000017822 ENSDCDG00000017820 ENSDCDG00000017815 ENSDCDG00000017813 ENSDCDG00000017811 ENSDCDG00000017809 LACC1 (ENSDCDG00000017807) ENOX1 (ENSDCDG00000017401) dnajc15 (ENSDCDG00000017382) EPSTI1 (ENSDCDG00000017376) ENSDCDG00000017374 AKAP11 (ENSDCDG00000017369) Denticle herring MODERN SPECIES 19 igsf3 (ENSDCDG00000014788) ENSDCDG00000014774 igsf3l (ENSDCDG00000014764) PTGFRN (ENSDCDG00000014740) rif1 (ENSDCDG00000014194) ENSDCDG00000023008 ENSDCDG00000023005 ENSDCDG00000023002 ccnb3 (ENSDCDG00000023001) ENSDCDG00000023000 ENSDCDG00000022999 ##21 ENSDCDG00000022998 elovl1a (ENSDCDG00000022697) cdc20 (ENSDCDG00000022671) ENSDCDG00000022667 ENSDCDG00000022666 ##21 ENSDCDG00000022665 ENSDCDG00000022664 ENSDCDG00000022662 ##21 ENSDCDG00000022661 ENSDCDG00000022658 itgb5 (ENSDCDG00000018672) ENSDCDG00000018539 pdzk1 (ENSDCDG00000018536) GPR89B (ENSDCDG00000018496) st6gal2a (ENSDCDG00000018484) tmtops2b (ENSDCDG00000018481) uxs1 (ENSDCDG00000018472) ecrg4a (ENSDCDG00000018456) nck2a (ENSDCDG00000018452) ENSDCDG00000018450 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 688 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Red-bellied piranha DUPLICATION Red-bellied piranha MODERN SPECIES 1347 ENSPNAG00000007342 ENSPNAG00000000129 ENSPNAG00000000130 ##21 ENSPNAG00000007343 ENSPNAG00000007344 ENSPNAG00000000131 ##21 nqo1 (ENSPNAG00000007345) ENSPNAG00000007346 ENSPNAG00000000132 DRP2 (ENSPNAG00000000133) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 443 ENSPNAG00000000936 ENSPNAG00000000930 ENSPNAG00000008354 ##21 ENSPNAG00000008337 ENSPNAG00000008331 rpl36a (ENSPNAG00000008320) glra4b (ENSPNAG00000000879) aifm1 (ENSPNAG00000008292) tnfsf10l4 (ENSPNAG00000000804) nono (ENSPNAG00000008232) zgc:113208 (ENSPNAG00000008219) mtnr1c (ENSPNAG00000008208) vma21 (ENSPNAG00000000774) npas2 (ENSPNAG00000000764) ENSPNAG00000000744 apool (ENSPNAG00000008161) ENSPNAG00000008148 ENSPNAG00000008124 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 526 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.b.a.b.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 231 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.b.a.b.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b Cod MODERN SPECIES 11 ENSGMOG00000009607 ENSGMOG00000027951 ENSGMOG00000027525 ENSGMOG00000009657 ENSGMOG00000005360 ENSGMOG00000005347 ENSGMOG00000029501 ENSGMOG00000031370 cdipt (ENSGMOG00000001781) ENSGMOG00000001761 nlk1 (ENSGMOG00000001747) ENSGMOG00000007302 ENSGMOG00000018225 ENSGMOG00000037006 ENSGMOG00000030436 ENSGMOG00000033765 ##21 ENSGMOG00000028801 ENSGMOG00000002829 ENSGMOG00000032942 ENSGMOG00000032444 ENSGMOG00000023058 ENSGMOG00000022179 ENSGMOG00000023244 ENSGMOG00000033887 ENSGMOG00000037144 ENSGMOG00000027126 ENSGMOG00000003296 ENSGMOG00000003322 tmem11 (ENSGMOG00000003334) ENSGMOG00000003340 ENSGMOG00000030019 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 280 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 15 cdc123 (ENSMMDG00005003607) nudt5 (ENSMMDG00005003618) fbxo18 (ENSMMDG00005003649) ENSMMDG00005003837 ENSMMDG00005003848 rbm17 (ENSMMDG00005003865) pfkfb3 (ENSMMDG00005003897) ano2b (ENSMMDG00005004165) pik3cg (ENSMMDG00005004456) ENSMMDG00005006686 ENSMMDG00005006733 coa6 (ENSMMDG00005006740) ENSMMDG00005006743 ENSMMDG00005006744 ENSMMDG00005006746 ENSMMDG00005006747 ##21 ENSMMDG00005006751 ENSMMDG00005006755 ENSMMDG00005006757 ENSMMDG00005006758 ENSMMDG00005006760 ENSMMDG00005006761 ENSMMDG00005006762 ENSMMDG00005006765 ENSMMDG00005006769 ENSMMDG00005006770 ENSMMDG00005006776 ENSMMDG00005006984 ENSMMDG00005006986 ENSMMDG00005006987 ENSMMDG00005006988 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.b.b ENSGT01100000263514.A.f.w.b ENSGT00950000183089.c.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263559.B ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b ENSGT01100000263567.a.a.d.b ENSGT01100000263506.a.d ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT00940000156944.a.a ENSGT00940000170476 ENSGT00940000163509.a.b Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 114 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 171 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 191 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Javanese ricefish MODERN SPECIES ENSOJAG00000016669 ENSOJAG00000016656 ENSOJAG00000015364 ENSOJAG00000015267 rcor3 (ENSOJAG00000015116) ENSOJAG00000015082 ##21 ENSOJAG00000015060 ENSOJAG00000015045 ENSOJAG00000015018 kcnh1b (ENSOJAG00000014926) ENSOJAG00000014893 ENSOJAG00000014861 ENSOJAG00000014850 ENSOJAG00000014835 ENSOJAG00000014813 ENSOJAG00000014797 ##21 ENSOJAG00000014768 IRF2BP2 (ENSOJAG00000014745) tomm20b (ENSOJAG00000014723) rbm34 (ENSOJAG00000014677) tbce (ENSOJAG00000014100) GPR137B (ENSOJAG00000013781) ero1b (ENSOJAG00000013693) ENSOJAG00000013661 ENSOJAG00000013643 ENSOJAG00000013622 ENSOJAG00000013606 ENSOJAG00000013584 ENSOJAG00000013560 ltv1 (ENSOJAG00000013552) ENSOJAG00000013544 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Chinese medaka MODERN SPECIES 1590 ENSOSIG00000005551 ##21 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES ugp2a (ENSORLG00000002940) vps54 (ENSORLG00000002974) ENSORLG00000002992 ENSORLG00000003028 lgalsla (ENSORLG00000003039) ENSORLG00000003048 pgap4 (ENSORLG00000003053) tpcn3 (ENSORLG00000024684) ENSORLG00000003068 ENSORLG00000003080 ENSORLG00000000884 ENSORLG00000027232 ENSORLG00000022610 ENSORLG00000023014 ENSORLG00000030081 ENSORLG00000029586 ##21 ENSORLG00000027891 pik3r6a (ENSORLG00000022143) PIK3R6 (ENSORLG00000003102) PIK3R5 (ENSORLG00000003122) ENSORLG00000027758 stx8 (ENSORLG00000023755) ENSORLG00000003161 cfap52 (ENSORLG00000003197) usp43a (ENSORLG00000003222) MCHR1 (ENSORLG00000003236) gga3a (ENSORLG00000003265) sumo2a (ENSORLG00000003279) jpt1a (ENSORLG00000023411) ENSORLG00000003285 ENSORLG00000027391 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 205 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 124 ENSGT00990000203553.c.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b.i ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Poecilia ANCESTRAL SPECIES 226 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b.i ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 195 ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.b.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a.a.a.a.b ENSGT01100000263559.B ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263567.a.b.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b.i.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01030000234540.C.k ENSGT01030000234540.C.l ENSGT00940000172777 ENSGT00390000012496.b.h ENSGT00940000158350 ENSGT00950000182933.C.j ENSGT01100000263538.A.a.a.a.j.a.a.a.b.a.a.v ENSGT00950000183127.c.b.d.a.b.a.a.a.a.a.d.a ENSGT00940000161847.b.a.e.b.pb.a.f.a ENSGT01100000263538.A.a.a.a.j.a.a.a.b.a.a.u.a.a ENSGT01100000263538.A.a.a.a.j.a.b.b ENSGT01100000263538.A.a.a.a.j.a.a.a.b.b ENSGT01100000263538.A.a.a.a.j.a.a.a.b.a.b.m ENSGT01090000260029.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT01100000263538.A.a.a.a.j.a.a.a.b.a.b.n Sailfin molly MODERN SPECIES 875 ENSPLAG00000002237 pomca (ENSPLAG00000002242) ENSPLAG00000002248 ENSPLAG00000002257 ENSPLAG00000002265 ENSPLAG00000002272 ENSPLAG00000002278 ENSPLAG00000002284 ENSPLAG00000002302 ENSPLAG00000002312 ENSPLAG00000002319 ENSPLAG00000002342 ENSPLAG00000002350 H4C15 (ENSPLAG00000002358) ENSPLAG00000002368 ENSPLAG00000002395 ##21 ENSPLAG00000002444 ENSPLAG00000002451 ENSPLAG00000002458 ENSPLAG00000002460 ENSPLAG00000002468 vangl2 (ENSPLAG00000002477) ENSPLAG00000002560 MYADM (ENSPLAG00000002584) ENSPLAG00000002595 Platyfish DUPLICATION Platyfish MODERN SPECIES 8 ITIH5 (ENSXMAG00000002985) itih2 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ENSNFUG00015003115 ENSNFUG00015003118 ##21 ENSNFUG00015003123 ENSNFUG00015003127 ENSNFUG00015003136 ENSNFUG00015003141 ENSNFUG00015003146 ENSNFUG00015003153 ENSNFUG00015003155 ENSNFUG00015003167 ENSNFUG00015003181 SMURF2 (ENSNFUG00015003316) ENSNFUG00015003707 ENSNFUG00015003723 BPTF (ENSNFUG00015003824) nol11 (ENSNFUG00015004387) APOH (ENSNFUG00015004413) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 199 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 215 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a.a.a ENSGT01060000248528.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m.a.b.a.b.a ENSGT01100000263567.a.a.d.b.l ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01070000253760.b.a.a.a.a.b.b.j ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a.b.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.b.c ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a.b.a.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a.b.b.a.b.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m.a.b.a.b.b ENSGT01100000263514.A.f.x.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.o.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b.o ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m.a.b.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.o.b.b Orange clownfish MODERN SPECIES 17 mdh1aa (ENSAPEG00000007003) ugp2a (ENSAPEG00000007049) ENSAPEG00000007092 vps54 (ENSAPEG00000007179) ENSAPEG00000007272 slc29a2 (ENSAPEG00000007321) lgalsla (ENSAPEG00000007442) MAL (ENSAPEG00000007475) pgap4 (ENSAPEG00000007548) ENSAPEG00000007562 ENSAPEG00000007578 ENSAPEG00000007618 ENSAPEG00000007638 ENSAPEG00000007872 ENSAPEG00000007888 ENSAPEG00000007975 ##21 ENSAPEG00000008169 ENSAPEG00000008179 ENSAPEG00000008192 ENSAPEG00000008336 ENSAPEG00000008354 ENSAPEG00000008413 ENSAPEG00000008432 ENSAPEG00000008611 ENSAPEG00000008787 ENSAPEG00000008854 ENSAPEG00000008978 ENSAPEG00000009117 ENSAPEG00000009288 ENSAPEG00000009324 ##21 ENSAPEG00000009448 Clown anemonefish MODERN SPECIES 725 ENSAOCG00000000116 ENSAOCG00000003971 ENSAOCG00000003968 ENSAOCG00000003960 ENSAOCG00000003940 ENSAOCG00000003918 ENSAOCG00000003915 ENSAOCG00000003891 ##21 ENSAOCG00000003858 ENSAOCG00000003855 ENSAOCG00000003837 ENSAOCG00000003834 ENSAOCG00000000102 ENSAOCG00000003824 ENSAOCG00000003806 ENSAOCG00000003801 ENSAOCG00000003765 ENSAOCG00000003759 ENSAOCG00000003736 atpv0e2 (ENSAOCG00000003732) ENSAOCG00000003726 ENTPD7 (ENSAOCG00000003719) slc25a28 (ENSAOCG00000003701) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1308 ENSSPAG00000004576 ##21 zgc:153405 (ENSSPAG00000004549) ENSSPAG00000004540 ENSSPAG00000004455 ENSSPAG00000004426 taf9 (ENSSPAG00000004394) ARRB2 (ENSSPAG00000004327) ap4m1 (ENSSPAG00000004288) ENSSPAG00000004279 siah2l (ENSSPAG00000004265) ENSSPAG00000004220 ENSSPAG00000004177 or70b1 (ENSSPAG00000004130) ENSSPAG00000004094 ENSSPAG00000003863 ENSSPAG00000003801 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 274 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 308 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Nile tilapia MODERN SPECIES 8 gpr19 (ENSONIG00000020773) crebl2 (ENSONIG00000007545) dusp16 (ENSONIG00000007543) ENSONIG00000037215 eps8a (ENSONIG00000007534) PTPRO (ENSONIG00000007528) cradd (ENSONIG00000007525) socs2 (ENSONIG00000007523) FLNC (ENSONIG00000007519) ENSONIG00000007517 sco2 (ENSONIG00000007516) ncaph2 (ENSONIG00000007505) ENSONIG00000039312 kcnd2 (ENSONIG00000040524) ENSONIG00000007504 ENSONIG00000040068 ##21 ENSONIG00000020768 ENSONIG00000031263 KCNA5 (ENSONIG00000020772) KCNA1 (ENSONIG00000020771) ENSONIG00000020770 ARHGAP8 (ENSONIG00000007499) PHF21B (ENSONIG00000041576) nup50 (ENSONIG00000007489) kiaa0930 (ENSONIG00000007482) fbxo7 (ENSONIG00000007479) rtcb (ENSONIG00000007474) xpot (ENSONIG00000007471) rpl18a (ENSONIG00000037928) pthlha (ENSONIG00000007469) ENSONIG00000007467 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 302 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 301 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 292 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 P. nyererei MODERN SPECIES 414 ENSPNYG00000009575 ENSPNYG00000009618 tbk1 (ENSPNYG00000009766) ENSPNYG00000009819 ENSPNYG00000009843 ##21 ENSPNYG00000009866 CNOT2 (ENSPNYG00000009888) KCNMB4 (ENSPNYG00000009922) PTPRB (ENSPNYG00000009936) PTPRR (ENSPNYG00000010022) ENSPNYG00000010139 ENSPNYG00000010153 ENSPNYG00000010189 ENSPNYG00000010387 CD9 (ENSPNYG00000010411) cwf19l1 (ENSPNYG00000010443) dmtf1 (ENSPNYG00000010486) tmem243b (ENSPNYG00000010550) dclre1c (ENSPNYG00000010577) cpm (ENSPNYG00000010609) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 286 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Zebra mbuna DUPLICATION Zebra mbuna MODERN SPECIES 1106 ENSMZEG00005001236 ENSMZEG00005001263 zmat2 (ENSMZEG00005001274) ENSMZEG00005001286 ENSMZEG00005001462 ENSMZEG00005001474 ENSMZEG00005001495 ENSMZEG00005001515 ENSMZEG00005001528 ENSMZEG00005001537 ENSMZEG00005001768 ENSMZEG00005001771 ENSMZEG00005001782 ENSMZEG00005001800 ENSMZEG00005001811 ENSMZEG00005001826 ##21 ENSMZEG00005002148 ENSMZEG00005002161 ENSMZEG00005002176 ENSMZEG00005002214 ENSMZEG00005002274 ENSMZEG00005006641 ENSMZEG00005006652 ENSMZEG00005006660 ENSMZEG00005006672 ENSMZEG00005006712 ENSMZEG00005006742 ENSMZEG00005006754 SLC44A1 (ENSMZEG00005006790) ABCA1 (ENSMZEG00005006833) nipsnap3a (ENSMZEG00005006938) Zebra mbuna MODERN SPECIES 63 ENSMZEG00005017159 ENSMZEG00005017148 tbk1 (ENSMZEG00005017107) ENSMZEG00005017101 ##21 ENSMZEG00005016884 ENSMZEG00005016180 ##21 ENSMZEG00005016172 CNOT2 (ENSMZEG00005016159) KCNMB4 (ENSMZEG00005016149) PTPRB (ENSMZEG00005016131) PTPRR (ENSMZEG00005016114) ENSMZEG00005016108 ENSMZEG00005016098 ENSMZEG00005016095 ENSMZEG00005016075 ENSMZEG00005016055 CD9 (ENSMZEG00005016046) cwf19l1 (ENSMZEG00005016021) dmtf1 (ENSMZEG00005016005) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.d ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000156765.a.b ENSGT00940000157189.c ENSGT00510000048522.i.b ENSGT00940000156631.B ENSGT00940000156881.h ENSGT00940000156527.c ENSGT00950000183068.a.b.c ENSGT00940000155843 ENSGT01030000234954 ENSGT00960000186804 ENSGT00940000155156.b ENSGT00940000158592 ENSGT00940000153635.A ENSGT00940000157686 ENSGT00940000164443.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.d ENSGT01100000263474.a.b.b.p ENSGT01020000230360.c.b.b ENSGT00950000183206.a.a ENSGT00940000159804 ENSGT00950000183206.a.b.a.a.b.d ENSGT00390000002823 ENSGT00940000165707 ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.b.b ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.d ENSGT01100000263474.a.b.b.p Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.m.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Turbot DUPLICATION Turbot MODERN SPECIES 16 ENSSMAG00000016034 ENSSMAG00000016061 ENSSMAG00000016089 ENSSMAG00000016147 ENSSMAG00000015593 ENSSMAG00000016175 ENSSMAG00000016237 ENSSMAG00000016252 ENSSMAG00000010748 ENSSMAG00000037071 ENSSMAG00000027676 ENSSMAG00000038016 ENSSMAG00000030033 ##21 ENSSMAG00000025625 ENSSMAG00000032819 ENSSMAG00000027795 ##21 ENSSMAG00000022470 ENSSMAG00000027362 ENSSMAG00000032189 ENSSMAG00000011364 ENSSMAG00000029072 ENSSMAG00000033935 ENSSMAG00000033882 ENSSMAG00000010723 ENSSMAG00000010703 ENSSMAG00000010632 ENSSMAG00000010615 ENSSMAG00000010600 ENSSMAG00000010561 ENSSMAG00000010429 ENSSMAG00000010423 Turbot MODERN SPECIES 16 ENSSMAG00000010600 ENSSMAG00000010615 ENSSMAG00000010632 ENSSMAG00000010703 ENSSMAG00000010723 ENSSMAG00000033882 ENSSMAG00000033935 ENSSMAG00000029072 ENSSMAG00000011364 ENSSMAG00000032189 ENSSMAG00000027362 ENSSMAG00000022470 ENSSMAG00000027795 ##21 ENSSMAG00000032819 ENSSMAG00000025625 ENSSMAG00000030033 ##21 ENSSMAG00000038016 ENSSMAG00000027676 ENSSMAG00000037071 ENSSMAG00000010748 ENSSMAG00000016252 ENSSMAG00000016237 ENSSMAG00000016175 ENSSMAG00000015593 ENSSMAG00000016147 ENSSMAG00000016089 ENSSMAG00000016061 ENSSMAG00000016034 ENSSMAG00000025840 ENSSMAG00000015964 ENSSMAG00000033903 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 139 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.d ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.n ENSGT00990000203553.c.a.b Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 176 ARHGAP8 (ENSLCAG00010013810) ENSLCAG00010013814 KCNA1 (ENSLCAG00010013818) KCNA5 (ENSLCAG00010013820) ENSLCAG00010013822 ENSLCAG00010013827 ENSLCAG00010013837 ENSLCAG00010013841 ENSLCAG00010013854 ##21 ENSLCAG00010013868 ENSLCAG00010013873 ##21 ENSLCAG00010013878 ENSLCAG00010013880 ENSLCAG00010013882 ENSLCAG00010013883 ENSLCAG00010013886 ENSLCAG00010013888 ENSLCAG00010013919 DENND11 (ENSLCAG00010014043) arl1 (ENSLCAG00010014054) UTP20 (ENSLCAG00010014154) SLC5A8 (ENSLCAG00010014378) SLC5A8 (ENSLCAG00010014461) lyrm5a (ENSLCAG00010014469) dnai7 (ENSLCAG00010014477) IRAG2 (ENSLCAG00010014484) Barramundi perch MODERN SPECIES 176 ARHGAP8 (ENSLCAG00010013810) ENSLCAG00010013814 KCNA1 (ENSLCAG00010013818) KCNA5 (ENSLCAG00010013820) ENSLCAG00010013822 ENSLCAG00010013827 ENSLCAG00010013837 ENSLCAG00010013841 ENSLCAG00010013854 ##21 ENSLCAG00010013868 ENSLCAG00010013873 ##21 ENSLCAG00010013878 ENSLCAG00010013880 ENSLCAG00010013882 ENSLCAG00010013883 ENSLCAG00010013886 ENSLCAG00010013888 ENSLCAG00010013919 DENND11 (ENSLCAG00010014043) arl1 (ENSLCAG00010014054) UTP20 (ENSLCAG00010014154) SLC5A8 (ENSLCAG00010014378) SLC5A8 (ENSLCAG00010014461) lyrm5a (ENSLCAG00010014469) Seriola ANCESTRAL SPECIES 273 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.d.eb Yellowtail amberjack DUPLICATION Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2897 ENSSLDG00000022120 NARS1 (ENSSLDG00000022141) fech (ENSSLDG00000022176) ONECUT2 (ENSSLDG00000022196) st8sia3 (ENSSLDG00000022203) WDR7 (ENSSLDG00000022223) ENSSLDG00000022276 ENSSLDG00000022281 ccng2 (ENSSLDG00000022295) ccni (ENSSLDG00000022348) ENSSLDG00000022598 ENSSLDG00000022604 ENSSLDG00000022609 ENSSLDG00000022611 ENSSLDG00000022629 ENSSLDG00000022670 ##21 ENSSLDG00000022723 ENSSLDG00000022752 ENSSLDG00000022761 ENSSLDG00000022768 psmb10 (ENSSLDG00000022777) selenoh (ENSSLDG00000022786) dcp2 (ENSSLDG00000022797) YTHDC2 (ENSSLDG00000022840) hmgcs1 (ENSSLDG00000022932) tln1 (ENSSLDG00000022951) ENSSLDG00000023023 ENSSLDG00000023044 PURG (ENSSLDG00000023064) slc38a9 (ENSSLDG00000023081) nrg1 (ENSSLDG00000023113) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2962 ENSSLDG00000002111 ENSSLDG00000002265 ENSSLDG00000002286 ENSSLDG00000002350 ENSSLDG00000002431 ENSSLDG00000002536 ##21 ENSSLDG00000002715 ENSSLDG00000002782 ENSSLDG00000002857 ENSSLDG00000002878 ##21 ENSSLDG00000002909 ENSSLDG00000002986 ENSSLDG00000003017 ENSSLDG00000003226 ENSSLDG00000003496 drd3 (ENSSLDG00000003527) qtrt2 (ENSSLDG00000003543) ccdc191 (ENSSLDG00000003578) zdhhc23b (ENSSLDG00000003636) GRAMD1C (ENSSLDG00000003657) ATP6V1A (ENSSLDG00000003688) Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Channel bull blenny MODERN SPECIES 20 ENSCGOG00000009465 ENSCGOG00000009450 hsf4 (ENSCGOG00000009438) gnao1a (ENSCGOG00000008580) ENSCGOG00000008540 ENSCGOG00000008539 cbfb (ENSCGOG00000008536) ENSCGOG00000008513 ENSCGOG00000008484 bbs2 (ENSCGOG00000007707) B3GNT9 (ENSCGOG00000007679) ENSCGOG00000007667 ENSCGOG00000007665 ENSCGOG00000007651 ENSCGOG00000007642 ENSCGOG00000007626 ##21 psme3ip1 (ENSCGOG00000007620) cpne2 (ENSCGOG00000006025) NLRC5 (ENSCGOG00000005976) ENSCGOG00000004184 ENSCGOG00000004052 si:dkey-12e7.4 (ENSCGOG00000004050) calb2a (ENSCGOG00000003719) pnp6 (ENSCGOG00000003704) ENSCGOG00000003698 ENSCGOG00000003690 necab2 (ENSCGOG00000003679) SLC38A8 (ENSCGOG00000003673) mbtps1 (ENSCGOG00000002441) pskh1 (ENSCGOG00000002364) NRN1L (ENSCGOG00000002362) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Gilthead seabream MODERN SPECIES EVI5L (ENSSAUG00010010633) ENSSAUG00010012107 ENSSAUG00010012118 ENSSAUG00010012146 ENSSAUG00010012168 pglyrp2 (ENSSAUG00010012173) trappc5 (ENSSAUG00010012187) mcoln1a (ENSSAUG00010012221) ENSSAUG00010013494 si:ch211-214c7.5 (ENSSAUG00010013495) PKN1 (ENSSAUG00010013567) map2k7 (ENSSAUG00010021200) myh9a (ENSSAUG00010021322) ENSSAUG00010024995 ENSSAUG00010024997 ENSSAUG00010025000 ##21 ENSSAUG00010025001 ENSSAUG00010025003 ENSSAUG00010025006 ##21 ENSSAUG00010025008 ENSSAUG00010025010 ENSSAUG00010025012 ENSSAUG00010025015 DDX5 (ENSSAUG00010025034) POLG2 (ENSSAUG00010025348) srp68 (ENSSAUG00010025350) evpla (ENSSAUG00010025365) ten1 (ENSSAUG00010025369) acox1 (ENSSAUG00010025374) RHBDF2 (ENSSAUG00010025437) AANAT1 (ENSSAUG00010000106) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Large yellow croaker DUPLICATION Large yellow croaker MODERN SPECIES 481 ENSLCRG00005002429 ENSLCRG00005002444 ENSLCRG00005002454 ENSLCRG00005002463 ##21 ENSLCRG00005002467 ENSLCRG00005002473 ENSLCRG00005002478 ENSLCRG00005002482 ENSLCRG00005002488 ENSLCRG00005002510 ENSLCRG00005002515 ENSLCRG00005002519 ENSLCRG00005002527 ENSLCRG00005002546 ENSLCRG00005002549 ENSLCRG00005002550 ##21 ENSLCRG00005002554 ENSLCRG00005002561 ENSLCRG00005002569 ENSLCRG00005002574 SMURF2 (ENSLCRG00005002841) ENSLCRG00005005423 C17orf58 (ENSLCRG00005005474) BPTF (ENSLCRG00005005553) nol11 (ENSLCRG00005006601) APOH (ENSLCRG00005006629) APOH (ENSLCRG00005006632) prkcaa (ENSLCRG00005006645) ENSLCRG00005006807 CACNG5 (ENSLCRG00005006809) CACNG4 (ENSLCRG00005006810) Large yellow croaker MODERN SPECIES 481 ENSLCRG00005012974 pglyrp2 (ENSLCRG00005012973) trappc5 (ENSLCRG00005012967) mcoln1a (ENSLCRG00005011086) ENSLCRG00005011065 si:ch211-214c7.5 (ENSLCRG00005011064) PKN1 (ENSLCRG00005010875) map2k7 (ENSLCRG00005010593) myh9a (ENSLCRG00005009088) ENSLCRG00005009062 ENSLCRG00005009059 ENSLCRG00005009057 ENSLCRG00005009044 ENSLCRG00005009042 ENSLCRG00005009041 ENSLCRG00005009040 ##21 ENSLCRG00005009039 ENSLCRG00005009038 ENSLCRG00005009034 ENSLCRG00005009033 ENSLCRG00005009032 ENSLCRG00005009031 ENSLCRG00005009029 ENSLCRG00005009028 ENSLCRG00005009023 ENSLCRG00005009020 ENSLCRG00005009018 ENSLCRG00005009016 DDX5 (ENSLCRG00005008160) POLG2 (ENSLCRG00005008140) srp68 (ENSLCRG00005007813) Large yellow croaker MODERN SPECIES 1 ENSLCRG00005008314 ENSLCRG00005008313 rnf182 (ENSLCRG00005008312) ranbp9 (ENSLCRG00005008272) ENSLCRG00005008267 epdr1 (ENSLCRG00005008266) ENSLCRG00005008263 ENSLCRG00005008262 stard3nl (ENSLCRG00005008259) SLCO5A1 (ENSLCRG00005008257) ENSLCRG00005008251 ENSLCRG00005008249 wdr37 (ENSLCRG00005008229) gtpbp4 (ENSLCRG00005007893) LARP4B (ENSLCRG00005007888) ENSLCRG00005007882 ##21 ENSLCRG00005007881 hnrnpc (ENSLCRG00005007871) ENSLCRG00005007869 ENSLCRG00005007868 BEST4 (ENSLCRG00005007865) hectd3 (ENSLCRG00005007841) ENSLCRG00005007825 parp2 (ENSLCRG00005007591) ENSLCRG00005007584 sdr39u1 (ENSLCRG00005007581) ltb4r2b (ENSLCRG00005007580) ENSLCRG00005007576 MYADM (ENSLCRG00005007573) pex19 (ENSLCRG00005007570) copa (ENSLCRG00005003808) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 1217 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 1012 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Reedfish MODERN SPECIES 595 ENSECRG00000016626 ##21 ENSECRG00000016617 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 624 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.a.a.b Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 704 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.a.a.b Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 772 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 P. kingsleyae MODERN SPECIES 134 pigh (ENSPKIG00000021400) wdr21 (ENSPKIG00000021382) ENSPKIG00000021371 ENSPKIG00000021326 ENSPKIG00000021314 ENSPKIG00000021304 H3C11 (ENSPKIG00000021291) ENSPKIG00000021283 ENSPKIG00000021272 naa30 (ENSPKIG00000021260) ENSPKIG00000021248 PRPF39 (ENSPKIG00000021225) faua (ENSPKIG00000021210) FKBP3 (ENSPKIG00000021184) ENSPKIG00000021160 ENSPKIG00000021148 ##21 si:dkey-174m14.3 (ENSPKIG00000021131) ENSPKIG00000021091 ENSPKIG00000021055 hist1h2a4 (ENSPKIG00000020999) ENSPKIG00000020923 ENSPKIG00000020899 ENSPKIG00000020859 ENSPKIG00000020844 ENSPKIG00000020791 ENSPKIG00000020771 ENSPKIG00000020751 ENSPKIG00000020701 ENSPKIG00000020610 ENSPKIG00000020519 ENSPKIG00000020484 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 240 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01020000230360.d ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.a.a ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.a.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT01100000263567.a.b.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263567.a.a.d ENSGT01100000263506.a.d Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 717 ENSGT01100000263474.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b.n Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 580 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ENSCHAG00000016325 ENSCHAG00000016203 ENSCHAG00000016196 ENSCHAG00000016122 ENSCHAG00000016053 ENSCHAG00000015926 ENSCHAG00000015269 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 487 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b.n Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 370 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.a.d.h.a.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b.n Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 1007 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.a.a.a ENSGT00950000183089.c.a.m.b.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.f.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b.n Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 718 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.a.a.a.b.f ENSGT01100000263559.A.db ENSGT00950000183089.c.a.m.b.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.f.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b.n Golden-line barbel MODERN SPECIES 2106 ENSSGRG00000015855 ANO9 (ENSSGRG00000015933) ENSSGRG00000015934 ##21 Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 37 ENSCCRG00000060302 nup160 (ENSCCRG00000071875) frs2b (ENSCCRG00000073699) wwp2 (ENSCCRG00000024986) ENSCCRG00000062867 gabarapl2 (ENSCCRG00000072381) chst6 (ENSCCRG00000057636) spire2 (ENSCCRG00000076460) vps4a (ENSCCRG00000081285) cdk10 (ENSCCRG00000003550) ENSCCRG00000052426 ENSCCRG00000073505 ENSCCRG00000038494 ENSCCRG00000065041 ENSCCRG00000054560 ENSCCRG00000064639 ##21 ENSCCRG00000071224 ENSCCRG00000067648 ENSCCRG00000005674 ENSCCRG00000060923 ENSCCRG00000082822 ENSCCRG00000037918 ENSCCRG00000054770 ENSCCRG00000073823 ENSCCRG00000001949 ENSCCRG00000005460 ENSCCRG00000056073 amfra (ENSCCRG00000004770) irx5b (ENSCCRG00000079305) ENSCCRG00000076778 ENSCCRG00000078261 Common carp reference MODERN SPECIES 6 ENSCCRG00000054829 ENSCCRG00000025562 ENSCCRG00000062885 ENSCCRG00000072529 ENSCCRG00000076715 ENSCCRG00000034136 ENSCCRG00000066174 ENSCCRG00000058882 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ENSCCRG00000002557 ENSCCRG00000001119 ENSCCRG00000058134 amfra (ENSCCRG00000008162) irx5b (ENSCCRG00000059883) ENSCCRG00000057053 ENSCCRG00000046068 rpgrip1l (ENSCCRG00000039247) ENSCCRG00000043922 ENSCCRG00000038771 ENSCCRG00000006874 hsd17b2 (ENSCCRG00000006879) Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 323 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.a.a Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 352 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.a.a Electric eel MODERN SPECIES 1725 ENSEEEG00000002786 ENSEEEG00000002785 ##21 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000014721.c.b ENSGT00390000009664.b ENSGT00390000010184 ENSGT00730000113701 ENSGT00950000182887.C.a.a.a.a.b ENSGT00940000155843 ENSGT00520000055616.a ENSGT00390000016589 ENSGT00940000155156.b ENSGT00390000005544 ENSGT00940000153635.A ENSGT00940000157686 ENSGT00940000164443.b.a ENSGT01100000263474.a.b.b.p ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.a.a ENSGT00390000005306 ENSGT00950000183206.a.a ENSGT00940000159804 ENSGT00950000183206.a.b.a.a.b.d ENSGT00390000002823 ENSGT00940000165707 ENSGT01050000244814.a.a.b.b.b.b.b ENSGT00940000166369 ENSGT00940000158679 ENSGT00940000153972.B ENSGT00940000158793 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000159193.h ENSGT00940000155457.a.a Red-bellied piranha DUPLICATION Red-bellied piranha DUPLICATION Red-bellied piranha DUPLICATION Red-bellied piranha MODERN SPECIES 2628 ENSPNAG00000013022 ENSPNAG00000002521 ##21 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 3364 ENSPNAG00000026311 ##21 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 5466 ENSPNAG00000028396 ##21 Red-bellied piranha DUPLICATION Red-bellied piranha MODERN SPECIES 1347 DRP2 (ENSPNAG00000000133) ENSPNAG00000000132 ENSPNAG00000007346 nqo1 (ENSPNAG00000007345) ENSPNAG00000000131 ##21 ENSPNAG00000007344 ENSPNAG00000007343 ENSPNAG00000000130 ##21 ENSPNAG00000000129 ENSPNAG00000007342 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 5480 ENSPNAG00000028304 ##21 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 3708 ENSPNAG00000029537 ##21 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 12 EEF2 (ENSPNAG00000010655) fancg (ENSPNAG00000010666) vcp (ENSPNAG00000010701) akr1a1a (ENSPNAG00000010740) dnajb5 (ENSPNAG00000010770) epg5 (ENSPNAG00000004805) riok2 (ENSPNAG00000010841) atxn2 (ENSPNAG00000010889) mapkapk5 (ENSPNAG00000010971) aldh2.2 (ENSPNAG00000001483) ENSPNAG00000011031 ENSPNAG00000011090 ##21 ENSPNAG00000011108 ENSPNAG00000011118 ENSPNAG00000001554 ENSPNAG00000001578 ENSPNAG00000011181 ENSPNAG00000011189 ENSPNAG00000001617 ##21 ENSPNAG00000011278 ENSPNAG00000011359 ENSPNAG00000011402 ENSPNAG00000011488 ENSPNAG00000011610 ENSPNAG00000011625 ficd (ENSPNAG00000011632) sart3 (ENSPNAG00000001851) Channel catfish DUPLICATION Channel catfish DUPLICATION Channel catfish MODERN SPECIES 477 ENSIPUG00000001264 ##21 Channel catfish MODERN SPECIES 211 ENSIPUG00000010394 ##21 Channel catfish MODERN SPECIES 402 ENSIPUG00000012927 ##21 Channel catfish MODERN SPECIES 308 ENSIPUG00000011886 ENSIPUG00000011876 ##21 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 276 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01020000230360.d ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.a ENSGT01100000263567.a.a.d.a.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b ENSGT00950000183089.c.a ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.b ENSGT00990000203553.c.b.a.b Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 231 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.b.b.b.a.b.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.a.a Pinecone sodierfish DUPLICATION Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 22 atxn2l (ENSMMDG00005004163) spns1 (ENSMMDG00005004309) ENSMMDG00005005611 sgf29 (ENSMMDG00005005616) nupr1b (ENSMMDG00005005710) ENSMMDG00005005715 ENSMMDG00005005722 ENSMMDG00005005725 ENSMMDG00005005728 ENSMMDG00005005730 ENSMMDG00005005734 ENSMMDG00005005738 ENSMMDG00005005741 ENSMMDG00005005756 ENSMMDG00005005761 ENSMMDG00005005765 ##21 ENSMMDG00005005770 ENSMMDG00005005776 si:dkey-261m9.17 (ENSMMDG00005005779) ENSMMDG00005005783 ENSMMDG00005005797 ENSMMDG00005005806 ENSMMDG00005005811 ENSMMDG00005005816 ENSMMDG00005005819 ENSMMDG00005005823 ENSMMDG00005005827 ENSMMDG00005005832 ENSMMDG00005005837 H2BC13 (ENSMMDG00005005839) ENSMMDG00005005842 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 17 ENSMMDG00005019359 ENSMMDG00005019361 ENSMMDG00005019362 ENSMMDG00005019365 ENSMMDG00005019367 cebpg (ENSMMDG00005019368) cebpa (ENSMMDG00005019371) gpatch1 (ENSMMDG00005019378) ENSMMDG00005019416 trpm1a (ENSMMDG00005019434) ENSMMDG00005019445 rab11a (ENSMMDG00005019446) ENSMMDG00005019448 dis3l (ENSMMDG00005019463) tipin (ENSMMDG00005019539) ENSMMDG00005019542 ##21 ENSMMDG00005019543 sh3gl3a (ENSMMDG00005019544) gjd6 (ENSMMDG00005019546) ##19 ENSMMDG00005019549 lmnl3 (ENSMMDG00005002673) ENSMMDG00005002705 saxo2 (ENSMMDG00005002734) EFL1 (ENSMMDG00005002848) ENSMMDG00005003845 mex3b (ENSMMDG00005003852) TMC3 (ENSMMDG00005003861) STARD5 (ENSMMDG00005003874) IL16 (ENSMMDG00005003883) TLNRD1 (ENSMMDG00005003900) mesd (ENSMMDG00005003905) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 22 ENSMMDG00005015678 ENSMMDG00005015685 ENSMMDG00005015688 ENSMMDG00005015692 ENSMMDG00005015697 ENSMMDG00005015703 ENSMMDG00005015733 ENSMMDG00005015754 ENSMMDG00005015758 ENSMMDG00005015760 ENSMMDG00005015761 ENSMMDG00005015820 ENSMMDG00005015825 ENSMMDG00005015829 ENSMMDG00005015831 ENSMMDG00005015834 ##21 ENSMMDG00005015838 ENSMMDG00005015840 ENSMMDG00005015842 ENSMMDG00005015844 ENSMMDG00005015846 ENSMMDG00005015848 ENSMMDG00005015851 ENSMMDG00005015853 eif3d (ENSMMDG00005015858) SSTR5 (ENSMMDG00005015864) ENSMMDG00005015869 ENSMMDG00005015908 ENSMMDG00005015910 grap2a (ENSMMDG00005015911) radil2a (ENSMMDG00005015932) Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 146 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.b.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.a ENSGT00950000183089.c.a.k.b.a.a ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 349 ENSHCOG00000017348 srsf9 (ENSHCOG00000017326) srsf9 (ENSHCOG00000017311) ENSHCOG00000017294 GAL3ST1 (ENSHCOG00000017257) SREK1 (ENSHCOG00000017240) ENSHCOG00000017228 erbin (ENSHCOG00000017216) nln (ENSHCOG00000017124) sgtb (ENSHCOG00000016862) trappc13 (ENSHCOG00000016816) CYB561A3 (ENSHCOG00000016744) tnfrsfa (ENSHCOG00000016707) unc5da (ENSHCOG00000016653) aqp3b (ENSHCOG00000016422) ENSHCOG00000016413 ##21 ENSHCOG00000016347 ENSHCOG00000016285 ENSHCOG00000016275 Percomorphaceae_B DUPLICATION Percomorphaceae_B DUPLICATION Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Mummichog MODERN SPECIES 294 CNOT2 (ENSFHEG00000012921) ENSFHEG00000012998 ##21 KCNMB4 (ENSFHEG00000013012) ENSFHEG00000013313 PTPRR (ENSFHEG00000013329) ENSFHEG00000013339 rab21 (ENSFHEG00000013351) ENSFHEG00000013364 ENSFHEG00000013404 cct2 (ENSFHEG00000013453) nots (ENSFHEG00000000317) ENSFHEG00000000595 ENSFHEG00000013597 ENSFHEG00000013609 ENSFHEG00000000326 TYMP (ENSFHEG00000000680) lsm8 (ENSFHEG00000013729) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Ballan wrasse MODERN SPECIES 105 ENSLBEG00000019992 ENSLBEG00000019918 ENSLBEG00000019834 ENSLBEG00000019815 ENSLBEG00000019800 TESK1 (ENSLBEG00000019763) tmx2b (ENSLBEG00000019721) zdhhc5a (ENSLBEG00000019701) slc43a1b (ENSLBEG00000019643) ENSLBEG00000019570 pold4 (ENSLBEG00000019540) p2rx3b (ENSLBEG00000019497) ENSLBEG00000019482 ENSLBEG00000019464 ENSLBEG00000019454 ENSLBEG00000019378 ##21 ENSLBEG00000019344 ENSLBEG00000019265 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 136 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.a.b ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 Seriola ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000183089.c.a.k.a.l ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.a ##21 ENSGT00940000155717.gb ENSGT00390000011053 ENSGT00640000091497.a ENSGT01050000244950.a.a.a ENSGT00950000183135.A.a ENSGT00940000168651 ENSGT00940000156402.B ENSGT00940000159338 ENSGT00940000158548 ENSGT00940000160089 ENSGT00940000156360.c ENSGT00530000063629.b.c ENSGT00940000153759.a.a.h ENSGT00940000153759.a.a.g ENSGT01040000240451.a.b.b.a.b Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2777 cst14a.1 (ENSSLDG00000013507) ENSSLDG00000013551 ENSSLDG00000013580 ENSSLDG00000013640 ENSSLDG00000013651 ENSSLDG00000013661 ENSSLDG00000013671 ##21 CSTA (ENSSLDG00000013715) mix23 (ENSSLDG00000013727) fam162a (ENSSLDG00000013742) KPNA1 (ENSSLDG00000013759) NANOS2 (ENSSLDG00000013795) ENSSLDG00000013805 ENSSLDG00000013821 ENSSLDG00000013842 vipr1b (ENSSLDG00000013889) SEC22C (ENSSLDG00000013929) NKTR (ENSSLDG00000013986) ZBTB47 (ENSSLDG00000014177) klhl40b (ENSSLDG00000014189) hhatlb (ENSSLDG00000014204) gars1 (ENSSLDG00000014238) Greater amberjack MODERN SPECIES 33 ENSSDUG00000015717 ##21 ENSSDUG00000015785 ENSSDUG00000015816 ENSSDUG00000015833 ENSSDUG00000015938 ##21 ENSSDUG00000015995 ENSSDUG00000016027 ENSSDUG00000016041 ENSSDUG00000016172 ENSSDUG00000016198 ENSSDUG00000016209 ENSSDUG00000016278 H4C7 (ENSSDUG00000016352) H2BC11 (ENSSDUG00000016389) ENSSDUG00000016402 ENSSDUG00000016419 ##21 CSTA (ENSSDUG00000016479) mix23 (ENSSDUG00000016509) fam162a (ENSSDUG00000016523) KPNA1 (ENSSDUG00000016540) NANOS2 (ENSSDUG00000016576) ENSSDUG00000016585 vipr1b (ENSSDUG00000016631) SEC22C (ENSSDUG00000016667) NKTR (ENSSDUG00000016685) ZBTB47 (ENSSDUG00000016704) klhl40b (ENSSDUG00000016716) hhatlb (ENSSDUG00000016725) gars1 (ENSSDUG00000016758) gars1 (ENSSDUG00000016795) ctdspla (ENSSDUG00000016863) Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.b ##21 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.b ##21 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.b ##21 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.x.b ##21 Ballan wrasse MODERN SPECIES 2859 ENSLBEG00000019304 ENSLBEG00000019330 ##21 ENSLBEG00000019414 ENSLBEG00000019513 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.b.a.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.a ENSGT00950000183089.c.a.k.b.a.a ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.a.a.a.b Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00940000155580.b.a.b.f ENSGT00940000158632 ENSGT00390000013208 ENSGT00390000016053 ENSGT00940000156878.i.b.a.a ENSGT00940000153772.A ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00950000183089.c.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b.p.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00390000001285.i ENSGT00950000183039.A ENSGT00940000156088.c.a ENSGT00940000157212.B ENSGT00940000166983.c.b ENSGT00940000156786 ENSGT00940000160214 ENSGT00530000063626.b ENSGT00550000074930 ENSGT00940000164590 ENSGT00940000157777 ENSGT00390000003014 ENSGT00940000153561.b.b.g.b ENSGT00390000009250 ENSGT00730000111212 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 2685 ENSSPAG00000014772 ENSSPAG00000014758 ENSSPAG00000014695 ##21 ENSSPAG00000014688 ENSSPAG00000014682 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00390000005529.b ENSGT00940000160974.a ENSGT00940000165748.a ENSGT00940000159926 ENSGT00530000063347.B ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b ENSGT01010000222360.E.d ENSGT00950000183089.c.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b.p.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00390000001285.i ENSGT00950000183039.A ENSGT00940000156088.c.a ENSGT00940000157212.B ENSGT00940000166983.c.b ENSGT00940000156786 ENSGT00940000160214 ENSGT00530000063626.b ENSGT00550000074930 ENSGT00940000164590 ENSGT00940000168658 ENSGT00390000011055 ENSGT00940000158153.a ENSGT00390000017498.f ENSGT00940000158113 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.b.d.a.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.m.a.b.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.a.b.b.a.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00390000001285.i ENSGT00950000183039.A ENSGT00940000156088.c.a ENSGT00940000157212.B ENSGT00940000156786 ENSGT00940000160214 ENSGT00530000063626.b ENSGT00550000074930 ENSGT00940000164590 ENSGT00940000168658 ENSGT00390000011055 ENSGT00940000158153.a ENSGT00390000017498.f ENSGT00940000158113 ENSGT00390000007831 Orange clownfish MODERN SPECIES 13 socs2 (ENSAPEG00000024410) ENSAPEG00000024406 PTPRO (ENSAPEG00000024366) dennd6b (ENSAPEG00000024340) ENSAPEG00000024335 irf5 (ENSAPEG00000024328) tnpo3 (ENSAPEG00000024300) opn1sw1 (ENSAPEG00000024262) opn1sw1 (ENSAPEG00000024257) calua (ENSAPEG00000024235) ENSAPEG00000024229 ##21 ENSAPEG00000024223 ENSAPEG00000024214 ##21 ENSAPEG00000024187 ENSAPEG00000024176 ENSAPEG00000024171 ##21 CNOT2 (ENSAPEG00000024152) KCNMB4 (ENSAPEG00000024141) PTPRB (ENSAPEG00000024112) PTPRR (ENSAPEG00000024058) ENSAPEG00000024020 rab21 (ENSAPEG00000024002) LGR5 (ENSAPEG00000023978) ENSAPEG00000023962 cct2 (ENSAPEG00000023941) nots (ENSAPEG00000023856) ENSAPEG00000023821 ENSAPEG00000023805 ENSAPEG00000023761 dyrk2 (ENSAPEG00000023744) ENSAPEG00000023701 Clown anemonefish MODERN SPECIES 1291 vps54 (ENSAOCG00000017438) ENSAOCG00000017485 slc29a2 (ENSAOCG00000017530) lgalsla (ENSAOCG00000017580) MAL (ENSAOCG00000002272) pgap4 (ENSAOCG00000002061) ENSAOCG00000017621 ENSAOCG00000017643 ENSAOCG00000017754 ENSAOCG00000001244 ##21 CHST8 (ENSAOCG00000017778) KCTD15 (ENSAOCG00000017787) ENSAOCG00000017833 lsm14ab (ENSAOCG00000001256) ss18l2 (ENSAOCG00000017890) GARRE1 (ENSAOCG00000017946) gpib (ENSAOCG00000001273) ENSAOCG00000018020 sdr42e1 (ENSAOCG00000018041) zgc:101040 (ENSAOCG00000018073) cnep1r1 (ENSAOCG00000018091) heatr3 (ENSAOCG00000001286) tent4b (ENSAOCG00000018117) adcy7 (ENSAOCG00000018155) brd7 (ENSAOCG00000018201) Spiny chromis DUPLICATION Spiny chromis MODERN SPECIES 1205 ENSAPOG00000009644 trim2a (ENSAPOG00000009629) mnd1 (ENSAPOG00000009589) TMEM131L (ENSAPOG00000009548) TLR2 (ENSAPOG00000009494) ENSAPOG00000009489 ENSAPOG00000009463 ##21 ENSAPOG00000009457 ##21 Spiny chromis MODERN SPECIES 1205 ENSAPOG00000009644 trim2a (ENSAPOG00000009629) mnd1 (ENSAPOG00000009589) TMEM131L (ENSAPOG00000009548) TLR2 (ENSAPOG00000009494) ENSAPOG00000009489 ENSAPOG00000009463 ##21 ENSAPOG00000009457 ##21 Spiny chromis MODERN SPECIES 4566 ENSAPOG00000019975 ##21 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 137 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a Midas cichlid MODERN SPECIES 228 ENSACIG00000020202 ENSACIG00000020214 ENSACIG00000020241 ##21 gnrhr2 (ENSACIG00000020280) ENSACIG00000020825 serf2b (ENSACIG00000020838) SEMA4B (ENSACIG00000020908) ZNF710 (ENSACIG00000020982) idh2 (ENSACIG00000021021) tmed3 (ENSACIG00000021034) si:ch211-107o10.3 (ENSACIG00000021058) RASGRF1 (ENSACIG00000021079) ENSACIG00000021125 wdr76 (ENSACIG00000021288) ENSACIG00000021302 ENSACIG00000021316 cry5 (ENSACIG00000021350) ENSACIG00000021362 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 109 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a Lyretail cichlid MODERN SPECIES 291 nup50 (ENSNBRG00000017297) kiaa0930 (ENSNBRG00000017274) fbxo7 (ENSNBRG00000017228) rtcb (ENSNBRG00000017202) xpot (ENSNBRG00000017136) rpl18a (ENSNBRG00000017030) pthlha (ENSNBRG00000017000) ENSNBRG00000016982 ENSNBRG00000016959 lrp6 (ENSNBRG00000016750) ENSNBRG00000016672 ENSNBRG00000016224 ENSNBRG00000015913 ENSNBRG00000015491 tbk1 (ENSNBRG00000015376) ENSNBRG00000015315 ##21 ENSNBRG00000015306 ENSNBRG00000015294 ENSNBRG00000015289 CNOT2 (ENSNBRG00000015257) KCNMB4 (ENSNBRG00000015203) PTPRB (ENSNBRG00000015120) ENSNBRG00000015107 ENSNBRG00000015097 ENSNBRG00000015088 ENSNBRG00000015070 ENSNBRG00000015030 ENSNBRG00000015015 cwf19l1 (ENSNBRG00000014972) dmtf1 (ENSNBRG00000014931) tmem243b (ENSNBRG00000014922) Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 138 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263514.A.e.a Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 487 ing3 (ENSHBUG00000003451) tspan12 (ENSHBUG00000003477) gpr19 (ENSHBUG00000003485) crebl2 (ENSHBUG00000003492) dusp16 (ENSHBUG00000003506) eps8a (ENSHBUG00000000077) ENSHBUG00000003575 ENSHBUG00000000082 socs2 (ENSHBUG00000003594) FLNC (ENSHBUG00000003663) ENSHBUG00000003680 sco2 (ENSHBUG00000003685) ncaph2 (ENSHBUG00000003702) kcnd2 (ENSHBUG00000003729) histh1l1 (ENSHBUG00000003743) ENSHBUG00000003783 ##21 H4C15 (ENSHBUG00000003790) ENSHBUG00000003796 KCNA5 (ENSHBUG00000003804) KCNA1 (ENSHBUG00000003814) ADISSP (ENSHBUG00000003829) vax2 (ENSHBUG00000003841) ENSHBUG00000003856 tex261 (ENSHBUG00000003871) ENSHBUG00000003892 ENSHBUG00000003905 f13a1b (ENSHBUG00000003951) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 197 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.b.b P. nyererei MODERN SPECIES 1390 ENSPNYG00000000608 ##21 ENSPNYG00000000613 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 165 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b.xe ENSGT01100000263559.B Eastern happy DUPLICATION Eastern happy MODERN SPECIES 1 ENSACLG00000026631 or70b1 (ENSACLG00000026623) ENSACLG00000026607 ENSACLG00000026584 ENSACLG00000026576 ENSACLG00000026564 ENSACLG00000026549 siah2l (ENSACLG00000026530) ENSACLG00000026527 ap4m1 (ENSACLG00000026509) arrb2a (ENSACLG00000026480) taf9 (ENSACLG00000026465) ENSACLG00000026454 ENSACLG00000026420 ENSACLG00000026415 ENSACLG00000026348 ##21 ENSACLG00000026235 ENSACLG00000026224 ENSACLG00000026211 ENSACLG00000026202 ENSACLG00000026197 ENSACLG00000026189 ins (ENSACLG00000026180) nipal4 (ENSACLG00000026162) gria1b 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ENSMZEG00005018337 ##21 cdin1 (ENSMZEG00005018339) pgap2 (ENSMZEG00005018341) gdf3 (ENSMZEG00005018343) ENSMZEG00005018347 ENSMZEG00005018351 ENSMZEG00005018354 ENSMZEG00005019010 ##21 ENSMZEG00005019013 ENSMZEG00005019019 kin (ENSMZEG00005019022) ENSMZEG00005019023 ##21 cdin1 (ENSMZEG00005019029) Zebra mbuna DUPLICATION Zebra mbuna MODERN SPECIES 469 kin (ENSMZEG00005022433) ENSMZEG00005022432 ENSMZEG00005022431 ##21 gmppb (ENSMZEG00005022419) ENSMZEG00005022418 ENSMZEG00005022416 Zebra mbuna MODERN SPECIES 256 cdin1 (ENSMZEG00005019029) ENSMZEG00005019023 ##21 kin (ENSMZEG00005019022) ENSMZEG00005019019 ENSMZEG00005019013 ENSMZEG00005019010 ##21 ENSMZEG00005018354 ENSMZEG00005018351 ENSMZEG00005018347 gdf3 (ENSMZEG00005018343) pgap2 (ENSMZEG00005018341) cdin1 (ENSMZEG00005018339) ENSMZEG00005018337 ##21 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000155858.f ENSGT00940000155159.C.nb ENSGT00940000155004.s ENSGT00940000157864.a.a ENSGT00940000160755 ENSGT00390000015579.a.a.a ENSGT00940000159027 ENSGT00940000157287 ENSGT00390000017589 ENSGT00940000153578.A.f ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153759.a.b ENSGT00940000154705.A.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.a ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263569.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b Oryzias ANCESTRAL SPECIES 218 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263569.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 241 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263569.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b Indian medaka MODERN SPECIES 12 zgc:172282 (ENSOMEG00000017727) zgc:162730 (ENSOMEG00000017752) ENSOMEG00000017764 SGSM2 (ENSOMEG00000000457) ift20 (ENSOMEG00000017976) lyrm9 (ENSOMEG00000017962) ITM2C (ENSOMEG00000018006) ENSOMEG00000018030 #15 meis3 (ENSOMEG00000018062) #16 ENSOMEG00000018120 #17 sirt2 (ENSOMEG00000018164) dmac2 (ENSOMEG00000018198) #18 GJD2 (ENSOMEG00000018221) #19 nop53 (ENSOMEG00000018244) #20 ENSOMEG00000018259 #21 ENSOMEG00000018292 ##21 ENSOMEG00000018323 #24 psma6l (ENSOMEG00000018353) #25 sars2 (ENSOMEG00000018375) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSOMEG00000018383) #26 slc5a2 (ENSOMEG00000018418) fbxo46 (ENSOMEG00000018443) #28 coq8b (ENSOMEG00000018475) #29 numbl (ENSOMEG00000018554) #30 ENSOMEG00000018659 #31 dpf1 (ENSOMEG00000000482) #32 ENSOMEG00000018767 #34 ENSOMEG00000018788 pxylp1 (ENSOMEG00000018825) epha4a (ENSOMEG00000018872) pax3b (ENSOMEG00000000845) Javanese ricefish DUPLICATION Javanese ricefish MODERN SPECIES 4 vps53 (ENSOJAG00000003265) zgc:172282 (ENSOJAG00000003214) zgc:162730 (ENSOJAG00000003205) ENSOJAG00000003196 SGSM2 (ENSOJAG00000002240) ift20 (ENSOJAG00000001951) lyrm9 (ENSOJAG00000001946) ITM2C (ENSOJAG00000001932) ENSOJAG00000001897 #15 meis3 (ENSOJAG00000001762) #16 ENSOJAG00000001694 #17 sirt2 (ENSOJAG00000001657) dmac2 (ENSOJAG00000001629) #18 GJD2 (ENSOJAG00000023966) #19 nop53 (ENSOJAG00000023961) #20 ENSOJAG00000023958 ##21 ENSOJAG00000023954 #24 psma6l (ENSOJAG00000023950) #25 sars2 (ENSOJAG00000023924) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSOJAG00000023908) #26 slc5a2 (ENSOJAG00000023827) fbxo46 (ENSOJAG00000023769) #28 coq8b (ENSOJAG00000023751) #29 numbl (ENSOJAG00000023746) #30 ENSOJAG00000023739 #31 dpf1 (ENSOJAG00000023734) #32 ENSOJAG00000023731 #34 ENSOJAG00000023727 pxylp1 (ENSOJAG00000023725) epha4a (ENSOJAG00000023683) pax3b (ENSOJAG00000023632) Javanese ricefish MODERN SPECIES nup133 (ENSOJAG00000017093) taf5l (ENSOJAG00000017027) capn9 (ENSOJAG00000016557) ENSOJAG00000016496 ENSOJAG00000016480 ENSOJAG00000016476 ENSOJAG00000016444 ENSOJAG00000016431 ENSOJAG00000016397 ENSOJAG00000016363 ENSOJAG00000016350 ENSOJAG00000016343 ENSOJAG00000016332 ENSOJAG00000016305 ENSOJAG00000016296 ENSOJAG00000016278 ##21 ENSOJAG00000016257 ENSOJAG00000016236 ENSOJAG00000016208 ENSOJAG00000016095 PRPSAP1 (ENSOJAG00000015912) ENSOJAG00000015900 MGAT5B (ENSOJAG00000015808) ENSOJAG00000015801 DDX39A (ENSOJAG00000015567) EVI5L (ENSOJAG00000014750) ENSOJAG00000014706 ENSOJAG00000014685 ENSOJAG00000014674 ENSOJAG00000014643 ENSOJAG00000014626 Javanese ricefish MODERN SPECIES acox1 (ENSOJAG00000007282) ten1 (ENSOJAG00000007194) evpla (ENSOJAG00000007176) ENSOJAG00000007145 POLG2 (ENSOJAG00000006845) DDX5 (ENSOJAG00000004468) ENSOJAG00000004060 zgc:163040 (ENSOJAG00000004049) ENSOJAG00000004022 ENSOJAG00000004003 ENSOJAG00000003995 ENSOJAG00000003989 ENSOJAG00000003966 ENSOJAG00000003845 si:dkey-23a13.20 (ENSOJAG00000003800) ENSOJAG00000003778 ##21 ENSOJAG00000003721 ENSOJAG00000003702 gtpbp2b (ENSOJAG00000003655) tp53bp2b (ENSOJAG00000017756) ENSOJAG00000017712 RRP36 (ENSOJAG00000017700) JAG1 (ENSOJAG00000017134) ENSOJAG00000017069 ENSOJAG00000017062 slc22a7a (ENSOJAG00000017051) HNRNPLL (ENSOJAG00000016717) ##13 ENSOJAG00000016669 ENSOJAG00000016656 ENSOJAG00000015364 ENSOJAG00000015267 Javanese ricefish MODERN SPECIES ENSOJAG00000011113 otx2a (ENSOJAG00000011100) mdh1aa (ENSOJAG00000010826) ugp2a (ENSOJAG00000010120) vps54 (ENSOJAG00000009180) ENSOJAG00000009060 slc29a2 (ENSOJAG00000009047) ENSOJAG00000009034 lgalsla (ENSOJAG00000009011) pgap4 (ENSOJAG00000008998) tpcn3 (ENSOJAG00000008877) ENSOJAG00000008822 ENSOJAG00000008536 ENSOJAG00000008526 ENSOJAG00000008505 ENSOJAG00000008466 ##21 ENSOJAG00000008458 ENSOJAG00000008440 ENSOJAG00000008421 pik3r6a (ENSOJAG00000008381) PIK3R6 (ENSOJAG00000008366) PIK3R5 (ENSOJAG00000007977) ENSOJAG00000007897 stx8 (ENSOJAG00000007877) ENSOJAG00000007861 cfap52 (ENSOJAG00000007481) usp43a (ENSOJAG00000007309) MCHR1 (ENSOJAG00000007256) gga3a (ENSOJAG00000007034) ENSOJAG00000006946 jpt1a (ENSOJAG00000006923) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 5 CENPV (ENSORLG00000012007) pigl (ENSORLG00000029758) ncor1 (ENSORLG00000011992) zswim7 (ENSORLG00000011920) adora2b (ENSORLG00000011912) SPECC1 (ENSORLG00000011906) ENSORLG00000011875 ENSORLG00000025922 ENSORLG00000026558 ENSORLG00000026242 ENSORLG00000011864 c1qbp (ENSORLG00000011846) dhx33 (ENSORLG00000011817) ENSORLG00000029258 ENSORLG00000027210 ENSORLG00000000697 ##21 ENSORLG00000011785 p2rx1 (ENSORLG00000011773) camkk1a (ENSORLG00000011726) ATP2A3 (ENSORLG00000011700) ENSORLG00000022979 ZZEF1 (ENSORLG00000011663) cyb5d2 (ENSORLG00000011611) ankfy1 (ENSORLG00000011597) ube2g1a (ENSORLG00000011568) spns3 (ENSORLG00000011554) SPNS2 (ENSORLG00000011500) emc6 (ENSORLG00000011488) SHPK (ENSORLG00000011485) trpv1 (ENSORLG00000011473) fam222ba (ENSORLG00000011447) Chinese medaka DUPLICATION Chinese medaka MODERN SPECIES 1888 ENSOSIG00000012431 ##21 Chinese medaka MODERN SPECIES 1099 tmem204 (ENSOSIG00000008065) telo2 (ENSOSIG00000008068) RAB11FIP3 (ENSOSIG00000008072) decr2 (ENSOSIG00000008081) ENSOSIG00000008086 NLRC3 (ENSOSIG00000008089) ENSOSIG00000008094 WDR90 (ENSOSIG00000008099) rhot2 (ENSOSIG00000008489) h1-0 (ENSOSIG00000009291) rhbdl1 (ENSOSIG00000009292) zgc:112496 (ENSOSIG00000009294) wdr24 (ENSOSIG00000009296) anks3 (ENSOSIG00000009298) zgc:112185 (ENSOSIG00000009300) ENSOSIG00000009301 ##21 UQCC4 (ENSOSIG00000009312) ENSOSIG00000009315 ENSOSIG00000009317 gnptg (ENSOSIG00000009328) tsr3 (ENSOSIG00000009395) pdpk1b (ENSOSIG00000009420) kctd5a (ENSOSIG00000011241) ENSOSIG00000011246 ENSOSIG00000011252 ENSOSIG00000011255 phkg2 (ENSOSIG00000011257) RNF40 (ENSOSIG00000011268) ENSOSIG00000011670 znf668 (ENSOSIG00000011671) ENSOSIG00000011672 Chinese medaka MODERN SPECIES 3181 ENSOSIG00000002124 ##21 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 105 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.m.a ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.b.b Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 124 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.b.b NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 488 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 Mummichog MODERN SPECIES 401 dennd6b (ENSFHEG00000023051) gcc1 (ENSFHEG00000023078) arf5 (ENSFHEG00000023119) lamtor4 (ENSFHEG00000023159) atp6v1f (ENSFHEG00000023170) KCNA5 (ENSFHEG00000023195) ENSFHEG00000023214 ENSFHEG00000023237 ARHGAP8 (ENSFHEG00000023240) PHF21B (ENSFHEG00000023243) nup50 (ENSFHEG00000006780) ENSFHEG00000000182 kiaa0930 (ENSFHEG00000006834) fbxo7 (ENSFHEG00000006853) ENSFHEG00000006861 ENSFHEG00000006913 ##21 ENSFHEG00000006992 ENSFHEG00000007002 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 84 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b.p.a.b ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a.a.a.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.b.b Poecilia ANCESTRAL SPECIES 165 ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a.a.a.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.b.b Guppy DUPLICATION Guppy MODERN SPECIES 454 gcc1 (ENSPREG00000006764) arf5 (ENSPREG00000006744) lamtor4 (ENSPREG00000006730) atp6v1f (ENSPREG00000006723) ENSPREG00000006710 KCNA5 (ENSPREG00000006696) KCNA1 (ENSPREG00000006687) ENSPREG00000006682 ARHGAP8 (ENSPREG00000006657) PHF21B (ENSPREG00000006644) nup50 (ENSPREG00000006626) kiaa0930 (ENSPREG00000006592) ENSPREG00000006565 fbxo7 (ENSPREG00000006546) ENSPREG00000006539 ENSPREG00000006457 ##21 ENSPREG00000006432 ENSPREG00000006366 ENSPREG00000006327 H2BC18 (ENSPREG00000006198) ENSPREG00000006187 ENSPREG00000006097 ENSPREG00000006093 CNOT2 (ENSPREG00000006034) KCNMB4 (ENSPREG00000006017) PTPRB (ENSPREG00000005900) PTPRR (ENSPREG00000005843) ENSPREG00000005831 rab21 (ENSPREG00000005797) LGR5 (ENSPREG00000005750) cct2 (ENSPREG00000005706) Guppy MODERN SPECIES 441 ENSPREG00000001010 ENSPREG00000001059 ENSPREG00000001089 FKBP14 (ENSPREG00000001161) ENSPREG00000001172 oxnad1 (ENSPREG00000001189) ENSPREG00000001215 dazl (ENSPREG00000001227) ENSPREG00000001240 ENSPREG00000001338 ENSPREG00000001361 ENSPREG00000001385 ENSPREG00000001409 ENSPREG00000001422 tbc1d5 (ENSPREG00000001475) ENSPREG00000001606 ##21 ENSPREG00000001706 KCNH8 (ENSPREG00000001739) ENSPREG00000001773 igf2bp3 (ENSPREG00000001808) ccdc126 (ENSPREG00000001841) fam221a (ENSPREG00000001870) npy (ENSPREG00000001965) ENSPREG00000001998 ago2 (ENSPREG00000002072) dlx5a (ENSPREG00000002123) dlx6a (ENSPREG00000002135) ENSPREG00000002148 sem1 (ENSPREG00000002160) DYNC1I1 (ENSPREG00000002205) asb4 (ENSPREG00000002290) NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 614 ENSGT00950000183089.c.a.k.b.b.k.a.a.a.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT00990000203553.c.b.b Sailfin molly DUPLICATION Sailfin molly MODERN SPECIES 25 ENSPLAG00000012270 ENSPLAG00000012348 SPHK1 (ENSPLAG00000012360) UBE2O (ENSPLAG00000012438) aanat1 (ENSPLAG00000012462) RHBDF2 (ENSPLAG00000012509) acox1 (ENSPLAG00000012560) ten1 (ENSPLAG00000012598) evpla (ENSPLAG00000012622) evpla (ENSPLAG00000012927) srp68 (ENSPLAG00000013008) POLG2 (ENSPLAG00000013015) DDX5 (ENSPLAG00000013054) ENSPLAG00000013131 ENSPLAG00000013146 ENSPLAG00000013200 ##21 ALOXE3 (ENSPLAG00000013330) cygb2 (ENSPLAG00000013354) ENSPLAG00000013619 ubn2a (ENSPLAG00000013733) ttc26 (ENSPLAG00000013790) ENSPLAG00000013807 slc25a38b (ENSPLAG00000013811) myh9a (ENSPLAG00000013889) map2k7 (ENSPLAG00000013949) PKN1 (ENSPLAG00000014020) si:ch211-214c7.5 (ENSPLAG00000014032) ENSPLAG00000014039 Sailfin molly MODERN SPECIES 188 atp6v1f (ENSPLAG00000006776) ENSPLAG00000006791 KCNA5 (ENSPLAG00000006796) ENSPLAG00000006861 ARHGAP8 (ENSPLAG00000006896) ENSPLAG00000006907 PHF21B (ENSPLAG00000006920) nup50 (ENSPLAG00000006935) kiaa0930 (ENSPLAG00000006962) fbxo7 (ENSPLAG00000006967) ENSPLAG00000006977 ENSPLAG00000007001 ENSPLAG00000007049 ENSPLAG00000007101 ENSPLAG00000007131 ENSPLAG00000007247 ##21 ENSPLAG00000007286 ENSPLAG00000007308 ENSPLAG00000007407 hist1h2a6 (ENSPLAG00000007462) ENSPLAG00000007520 ##21 ENSPLAG00000007537 ENSPLAG00000007591 CNOT2 (ENSPLAG00000007644) KCNMB4 (ENSPLAG00000007669) Sailfin molly MODERN SPECIES 188 KCNMB4 (ENSPLAG00000007669) CNOT2 (ENSPLAG00000007644) ENSPLAG00000007591 ENSPLAG00000007537 ENSPLAG00000007520 ##21 hist1h2a6 (ENSPLAG00000007462) ENSPLAG00000007407 ENSPLAG00000007308 ENSPLAG00000007286 ENSPLAG00000007247 ##21 ENSPLAG00000007131 ENSPLAG00000007101 ENSPLAG00000007049 ENSPLAG00000007001 ENSPLAG00000006977 fbxo7 (ENSPLAG00000006967) kiaa0930 (ENSPLAG00000006962) nup50 (ENSPLAG00000006935) PHF21B (ENSPLAG00000006920) ENSPLAG00000006907 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 573 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d.a.a Mangrove rivulus DUPLICATION Mangrove rivulus DUPLICATION Mangrove rivulus MODERN SPECIES 521 ENSKMAG00000012935 ##21 HTR2A (ENSKMAG00000012925) Mangrove rivulus MODERN SPECIES 17 kirrel1b (ENSKMAG00000017335) cadm3 (ENSKMAG00000017272) sdhc (ENSKMAG00000017170) atp1a2a (ENSKMAG00000017108) mpz (ENSKMAG00000017080) lig1 (ENSKMAG00000017040) PIP4P1 (ENSKMAG00000017014) dnaaf6 (ENSKMAG00000016996) eif3f (ENSKMAG00000016965) ENSKMAG00000016952 KCNJ9 (ENSKMAG00000016933) ENSKMAG00000016907 ENSKMAG00000016877 ENSKMAG00000016849 ZEB1 (ENSKMAG00000016821) ENSKMAG00000016806 ##21 ENSKMAG00000016774 pold3 (ENSKMAG00000016719) ENSKMAG00000016632 ENSKMAG00000016597 KIF5B (ENSKMAG00000016510) arhgap12a (ENSKMAG00000016385) ENSKMAG00000016296 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 492 ENSKMAG00000007558 ENSKMAG00000007586 aimp1b (ENSKMAG00000007606) sgms2b (ENSKMAG00000007626) ENSKMAG00000007651 ENSKMAG00000007675 ENSKMAG00000007699 ENSKMAG00000007727 ENSKMAG00000007762 kiaa0930 (ENSKMAG00000007777) fbxo7 (ENSKMAG00000007826) ENSKMAG00000007873 ENSKMAG00000007881 ##21 ENSKMAG00000007900 ENSKMAG00000008015 ENSKMAG00000008106 ##21 CNOT2 (ENSKMAG00000008167) ENSKMAG00000008229 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 492 ENSKMAG00000007558 ENSKMAG00000007586 aimp1b (ENSKMAG00000007606) sgms2b (ENSKMAG00000007626) ENSKMAG00000007651 ENSKMAG00000007675 ENSKMAG00000007699 ENSKMAG00000007727 ENSKMAG00000007762 kiaa0930 (ENSKMAG00000007777) fbxo7 (ENSKMAG00000007826) ENSKMAG00000007873 ENSKMAG00000007881 ##21 ENSKMAG00000007900 ENSKMAG00000008015 ENSKMAG00000008106 ##21 CNOT2 (ENSKMAG00000008167) ENSKMAG00000008229 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.b.b.b ENSGT01100000263514.A.f.w.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.a ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263569.a.b.a.b.a.a Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT01100000263474.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.a ENSGT00990000203553.c.a.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.a.b.n ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a.bb.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.b.b ENSGT01100000263514.A.f.w.b Anabantaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 5 pou2f3 (ENSBSLG00000017521) slc37a2 (ENSBSLG00000016816) ENSBSLG00000016645 psmg1 (ENSBSLG00000016609) ENSBSLG00000015822 mybbp1a (ENSBSLG00000015640) tbl2 (ENSBSLG00000015601) ENSBSLG00000015589 zw10 (ENSBSLG00000014993) mks1 (ENSBSLG00000013914) ap2b1 (ENSBSLG00000013356) ENSBSLG00000012670 ENSBSLG00000012669 ENSBSLG00000012666 ENSBSLG00000012663 ENSBSLG00000012658 ##21 HEPACAM (ENSBSLG00000012643) timm10b (ENSBSLG00000012642) ILK (ENSBSLG00000012632) smpd1 (ENSBSLG00000012623) tpte (ENSBSLG00000012498) fgl1b (ENSBSLG00000012484) ENSBSLG00000012477 vps36 (ENSBSLG00000012414) ENSBSLG00000012215 stoml3b (ENSBSLG00000011945) ENSBSLG00000011893 ENSBSLG00000011915 SLC7A1 (ENSBSLG00000011669) paxbp1 (ENSBSLG00000011129) cadm2a (ENSBSLG00000010744) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.m.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263567.a.a.d.b.l ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b.o ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.m.a ENSGT00940000161860 ENSGT00940000158576.a.a ENSGT00940000164299.b.a ENSGT00940000160758 ENSGT00940000161105 ENSGT00440000035348 ENSGT00390000004190 ENSGT00390000006670 ENSGT00940000155911 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d.m.b ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 Turbot DUPLICATION Turbot DUPLICATION Turbot MODERN SPECIES 8 CCNK (ENSSMAG00000015407) CCDC85C (ENSSMAG00000029697) HHIPL1 (ENSSMAG00000015436) ENSSMAG00000035742 ENSSMAG00000028304 ENSSMAG00000015495 ENSSMAG00000015511 ENSSMAG00000015520 ENSSMAG00000015604 ENSSMAG00000015632 ENSSMAG00000015654 ENSSMAG00000015711 ENSSMAG00000032499 ENSSMAG00000027746 ENSSMAG00000035942 ENSSMAG00000029581 ##21 ENSSMAG00000034446 ENSSMAG00000013608 ENSSMAG00000013631 DGLUCY (ENSSMAG00000013768) ENSSMAG00000013785 ENSSMAG00000022189 ccdc88c (ENSSMAG00000013791) ENSSMAG00000028893 ENSSMAG00000030582 ENSSMAG00000037258 ENSSMAG00000030988 ##21 ENSSMAG00000028426 ENSSMAG00000029912 ENSSMAG00000024399 ENSSMAG00000033140 Turbot MODERN SPECIES 8 ENSSMAG00000015711 ENSSMAG00000032499 ENSSMAG00000027746 ENSSMAG00000035942 ENSSMAG00000029581 ##21 ENSSMAG00000034446 ENSSMAG00000013608 ENSSMAG00000013631 DGLUCY (ENSSMAG00000013768) ENSSMAG00000013785 ENSSMAG00000022189 ccdc88c (ENSSMAG00000013791) ENSSMAG00000028893 ENSSMAG00000030582 ENSSMAG00000037258 ENSSMAG00000030988 ##21 ENSSMAG00000028426 ENSSMAG00000029912 ENSSMAG00000024399 ENSSMAG00000033140 ENSSMAG00000038109 alkbh1 (ENSSMAG00000012912) slirp (ENSSMAG00000012930) adck1 (ENSSMAG00000012939) nrxn3a (ENSSMAG00000012983) dio2 (ENSSMAG00000013067) ENSSMAG00000013085 ENSSMAG00000013096 ENSSMAG00000033937 ENSSMAG00000013110 lamtor3 (ENSSMAG00000035839) Turbot MODERN SPECIES 7 ENSSMAG00000010742 ENSSMAG00000010761 ENSSMAG00000030574 ENSSMAG00000010809 ENSSMAG00000022896 ENSSMAG00000010855 ENSSMAG00000028607 ENSSMAG00000010880 ENSSMAG00000010964 ENSSMAG00000011205 ENSSMAG00000011225 ENSSMAG00000011284 ENSSMAG00000019232 ENSSMAG00000011304 ENSSMAG00000034821 ENSSMAG00000036103 ##21 ENSSMAG00000011407 ENSSMAG00000011363 ENSSMAG00000031133 ENSSMAG00000011330 ndor1 (ENSSMAG00000011418) ntmt1 (ENSSMAG00000011481) ier5l (ENSSMAG00000011494) ptpa (ENSSMAG00000011508) crata (ENSSMAG00000011545) ENSSMAG00000011576 ENSSMAG00000011650 ENSSMAG00000026696 ENSSMAG00000011666 ENSSMAG00000011734 ENSSMAG00000011744 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 149 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 Seriola ANCESTRAL SPECIES 233 ENSGT00950000183089.c.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01060000248528.b Greater amberjack DUPLICATION Greater amberjack MODERN SPECIES 34 ENSSDUG00000001301 NARS1 (ENSSDUG00000001252) fech (ENSSDUG00000001240) ONECUT2 (ENSSDUG00000001221) st8sia3 (ENSSDUG00000001195) WDR7 (ENSSDUG00000001053) ENSSDUG00000001023 ccng2 (ENSSDUG00000000989) ccni (ENSSDUG00000000975) ENSSDUG00000000958 ENSSDUG00000000860 ENSSDUG00000000849 ENSSDUG00000000689 ENSSDUG00000000667 ENSSDUG00000000502 ENSSDUG00000000404 ##21 ENSSDUG00000000313 ENSSDUG00000000172 ##21 ENSSDUG00000000143 ENSSDUG00000000123 ENSSDUG00000000066 ENSSDUG00000021546 psmb10 (ENSSDUG00000021536) selenoh (ENSSDUG00000021527) dcp2 (ENSSDUG00000021505) YTHDC2 (ENSSDUG00000021389) hmgcs1 (ENSSDUG00000021303) ENSSDUG00000021287 tln1 (ENSSDUG00000021210) tpm2 (ENSSDUG00000021112) ENSSDUG00000021062 Greater amberjack MODERN SPECIES 33 zdhhc23b (ENSSDUG00000015323) ccdc191 (ENSSDUG00000015334) qtrt2 (ENSSDUG00000015365) drd3 (ENSSDUG00000015458) ENSSDUG00000015479 cst14a.1 (ENSSDUG00000015492) ENSSDUG00000015517 ENSSDUG00000015533 ENSSDUG00000015569 ENSSDUG00000015643 ENSSDUG00000015654 ENSSDUG00000015717 ##21 ENSSDUG00000015785 ENSSDUG00000015816 ENSSDUG00000015833 ENSSDUG00000015938 ##21 ENSSDUG00000015995 ENSSDUG00000016027 ENSSDUG00000016041 ENSSDUG00000016172 ENSSDUG00000016198 ENSSDUG00000016209 ENSSDUG00000016278 H4C7 (ENSSDUG00000016352) H2BC11 (ENSSDUG00000016389) ENSSDUG00000016402 ENSSDUG00000016419 ##21 CSTA (ENSSDUG00000016479) mix23 (ENSSDUG00000016509) fam162a (ENSSDUG00000016523) KPNA1 (ENSSDUG00000016540) Greater amberjack MODERN SPECIES 85 pthlha (ENSSDUG00000012461) rpl18a (ENSSDUG00000012476) xpot (ENSSDUG00000012514) rtcb (ENSSDUG00000012605) fbxo7 (ENSSDUG00000012643) kiaa0930 (ENSSDUG00000012657) nup50 (ENSSDUG00000012674) ENSSDUG00000012712 ARHGAP8 (ENSSDUG00000012800) KCNA5 (ENSSDUG00000012819) KCNA1 (ENSSDUG00000012828) ENSSDUG00000012863 ENSSDUG00000012913 ENSSDUG00000013079 ENSSDUG00000013086 ENSSDUG00000013101 ##21 H4C15 (ENSSDUG00000013110) Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 438 ADRA1B (ENSLCAG00010019502) ENSLCAG00010019498 ENSLCAG00010019488 ENSLCAG00010019481 ##21 ENSLCAG00010019473 ENSLCAG00010019472 ENSLCAG00010019471 APBB3 (ENSLCAG00010019467) ENSLCAG00010019464 camk2a (ENSLCAG00010016300) rps14 (ENSLCAG00010015696) ENSLCAG00010015680 ENSLCAG00010015677 ik (ENSLCAG00010015619) ENSLCAG00010015568 ENSLCAG00010015562 ENSLCAG00010015558 ENSLCAG00010015557 ENSLCAG00010015546 Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 1064 ENSLCAG00010023565 ENSLCAG00010023562 ENSLCAG00010023553 ##21 ENSLCAG00010023549 ENSLCAG00010023547 ENSLCAG00010023545 RNF26 (ENSLCAG00010023543) Barramundi perch MODERN SPECIES 420 ENSLCAG00010004476 ENSLCAG00010004475 slco2b1 (ENSLCAG00010004456) serpinf1 (ENSLCAG00010004449) ENSLCAG00010004443 slc13a5a (ENSLCAG00010004437) med31 (ENSLCAG00010004429) ENSLCAG00010004417 ENSLCAG00010004410 zgc:92664 (ENSLCAG00010004397) rnasekb (ENSLCAG00010004390) taf9 (ENSLCAG00010004374) ENSLCAG00010004366 ENSLCAG00010004364 ENSLCAG00010004358 ENSLCAG00010004356 ##21 ENSLCAG00010004352 ENSLCAG00010004348 Barramundi perch MODERN SPECIES 1496 ENSLCAG00010020061 ENSLCAG00010020059 ENSLCAG00010020052 ENSLCAG00010020042 ENSLCAG00010020030 ENSLCAG00010019996 ##21 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.b ENSGT01100000263567.a.b.b ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.d ENSGT00950000183089.c.a.k.a ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.a ENSGT01100000263559.A ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263569.a.b.a.b.a.a Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.b.a.b.c.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.y ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b.o.a.a.c.b ENSGT01100000263506.a.d ENSGT00990000203553.c.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.c.a Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 712 tgfbr2b (ENSLBEG00000024181) stt3b (ENSLBEG00000024265) ENSLBEG00000024320 ENSLBEG00000024369 ##21 ENSLBEG00000024422 ENSLBEG00000024437 ##21 ENSLBEG00000024488 ENSLBEG00000024504 ##21 ENSLBEG00000024553 ENSLBEG00000024582 ENSLBEG00000024643 ENSLBEG00000024658 ENSLBEG00000024680 ENSLBEG00000024703 ENSLBEG00000024775 ENSLBEG00000024788 ENSLBEG00000024801 ENSLBEG00000024820 Ballan wrasse MODERN SPECIES 712 ENSLBEG00000024820 ENSLBEG00000024801 ENSLBEG00000024788 ENSLBEG00000024775 ENSLBEG00000024703 ENSLBEG00000024680 ENSLBEG00000024658 ENSLBEG00000024643 ENSLBEG00000024582 ENSLBEG00000024553 ENSLBEG00000024504 ##21 ENSLBEG00000024488 ENSLBEG00000024437 ##21 ENSLBEG00000024422 ENSLBEG00000024369 ##21 ENSLBEG00000024320 stt3b (ENSLBEG00000024265) tgfbr2b (ENSLBEG00000024181) Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 1048 ska1 (ENSLBEG00000014101) ENSLBEG00000014086 ENSLBEG00000014074 ENSLBEG00000014041 ##21 ENSLBEG00000013998 ENSLBEG00000013982 ##21 ENSLBEG00000013965 ENSLBEG00000013903 ##21 ENSLBEG00000013882 ENSLBEG00000013869 Ballan wrasse MODERN SPECIES 1841 ENSLBEG00000025954 ENSLBEG00000025971 ENSLBEG00000026014 ENSLBEG00000026027 ENSLBEG00000026032 ENSLBEG00000026049 ##21 ENSLBEG00000000171 ENSLBEG00000000183 Ballan wrasse DUPLICATION Ballan wrasse MODERN SPECIES 116 ENSLBEG00000023856 cep76 (ENSLBEG00000023818) ptpn2a (ENSLBEG00000023795) seh1l (ENSLBEG00000023762) ENSLBEG00000023718 ENSLBEG00000023693 ldlrad4b (ENSLBEG00000023662) fam210ab (ENSLBEG00000023631) mc5rb (ENSLBEG00000023599) mc2r (ENSLBEG00000023567) zdhhc3a (ENSLBEG00000023515) tmem42a (ENSLBEG00000023555) zgc:77056 (ENSLBEG00000023488) ENSLBEG00000023444 ENSLBEG00000023425 ENSLBEG00000023380 ##21 ENSLBEG00000023318 ENSLBEG00000023292 ENSLBEG00000023189 ENSLBEG00000023142 ENSLBEG00000023130 ENSLBEG00000023060 ##21 ENSLBEG00000022999 ENSLBEG00000022971 ENSLBEG00000022899 ENSLBEG00000022869 ENSLBEG00000022816 ENSLBEG00000022799 ENSLBEG00000022708 ENSLBEG00000022685 ENSLBEG00000022612 ##21 Ballan wrasse MODERN SPECIES 1423 tmem42a (ENSLBEG00000006534) zgc:77056 (ENSLBEG00000006522) ENSLBEG00000006514 ##21 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ENSGMOG00000032795 ENSGMOG00000028553 ENSGMOG00000027528 ENSGMOG00000029994 ENSGMOG00000036102 ENSGMOG00000022545 ENSGMOG00000032699 ENSGMOG00000022434 ##21 ENSGMOG00000032985 ENSGMOG00000023112 ENSGMOG00000026801 ENSGMOG00000030269 ENSGMOG00000036401 ENSGMOG00000015072 ENSGMOG00000015051 tlcd4b (ENSGMOG00000015021) plppr2a (ENSGMOG00000011986) nfil3-6 (ENSGMOG00000035109) ENSGMOG00000037077 ENSGMOG00000022350 ENSGMOG00000027415 ENSGMOG00000028839 ENSGMOG00000024825 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 229 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT01100000263567.a.a.d.a.a ENSGT01060000248528.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.d ENSGT00950000183089.c.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1231 ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.b.b.m ENSGT01100000263506.a.c.a.a Huchen MODERN SPECIES 22 eif4a3 (ENSHHUG00000019378) srfa (ENSHHUG00000019357) ENSHHUG00000019347 ENSHHUG00000019332 tp53bp2b (ENSHHUG00000019288) gtpbp2b (ENSHHUG00000019266) ENSHHUG00000019262 polr3f (ENSHHUG00000019237) dzank1 (ENSHHUG00000019223) kat14 (ENSHHUG00000019200) rrbp1b (ENSHHUG00000019118) ENSHHUG00000019115 ENSHHUG00000019110 H1-4 (ENSHHUG00000019109) hist1h2a7 (ENSHHUG00000019102) ENSHHUG00000019076 ##21 ENSHHUG00000019075 ENSHHUG00000019074 ENSHHUG00000019065 TMEM63B (ENSHHUG00000018973) ENSHHUG00000016418 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 275 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.b.a.c.a.b.b.a.a.b.a.b ENSGT00950000183089.c.a.h.a.b ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 202 ENSGT01100000263567.a.a.d.a.a.a.b.b ENSGT00950000183089.c.a.g.a.a.b.b.a.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT01100000263567.a.a.d.a.b.a.b.a ENSGT00950000183089.c.a.h.b.b.a.a.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 506 ENSGT00950000183089.c.a.h.b.b.a.a.a ENSGT01020000230360.c.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a.b.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Coho salmon DUPLICATION Coho salmon MODERN SPECIES 1384 ENSOKIG00005032860 ENSOKIG00005032882 ENSOKIG00005032885 ENSOKIG00005032905 ##21 ENSOKIG00005032924 ENSOKIG00005032928 ENSOKIG00005032955 ENSOKIG00005032973 ENSOKIG00005032990 ENSOKIG00005032995 ENSOKIG00005033010 ENSOKIG00005033025 ENSOKIG00005033036 ENSOKIG00005033040 ENSOKIG00005033049 ##21 ENSOKIG00005033062 ENSOKIG00005033069 ENSOKIG00005033073 ENSOKIG00005033097 ENSOKIG00005033115 ENSOKIG00005033120 ENSOKIG00005033144 ENSOKIG00005033163 ENSOKIG00005033178 ENSOKIG00005033196 ENSOKIG00005033199 ENSOKIG00005033204 ENSOKIG00005033222 ENSOKIG00005033238 ENSOKIG00005033260 Coho salmon DUPLICATION Coho salmon DUPLICATION Coho salmon DUPLICATION Coho salmon DUPLICATION Coho salmon DUPLICATION Coho salmon MODERN SPECIES 279 ENSOKIG00005021746 ENSOKIG00005021740 ENSOKIG00005021733 ENSOKIG00005021727 ENSOKIG00005021714 ENSOKIG00005021697 ##21 ENSOKIG00005021689 ENSOKIG00005021666 ENSOKIG00005021638 ##21 ENSOKIG00005021630 ENSOKIG00005021619 ENSOKIG00005021589 ENSOKIG00005021578 ENSOKIG00005021566 ENSOKIG00005021549 ENSOKIG00005021539 ENSOKIG00005045293 ENSOKIG00005045285 Coho salmon MODERN SPECIES 665 ENSOKIG00005039090 ENSOKIG00005039110 ENSOKIG00005039143 ENSOKIG00005039173 ENSOKIG00005039196 ENSOKIG00005039221 ENSOKIG00005039230 ENSOKIG00005039236 ENSOKIG00005039264 ENSOKIG00005039273 ENSOKIG00005039309 ##21 ENSOKIG00005039319 ##21 Coho salmon MODERN SPECIES 785 ENSOKIG00005023075 ENSOKIG00005023081 ENSOKIG00005023092 ENSOKIG00005023096 ENSOKIG00005023111 ENSOKIG00005023115 ENSOKIG00005023127 ##21 ENSOKIG00005023139 ENSOKIG00005023146 ENSOKIG00005023160 Coho salmon MODERN SPECIES 619 ENSOKIG00005023015 ENSOKIG00005023023 ENSOKIG00005023035 ENSOKIG00005023053 ENSOKIG00005023058 ENSOKIG00005023077 ENSOKIG00005023082 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Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 284 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263514.A.f ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263569.a.b.b ENSGT00940000164494 ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263559.A ENSGT00940000153118 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 133 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.c.a ENSGT00940000155501.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263506.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT00940000153118 ENSGT01100000263559.A ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000164494 ENSGT01100000263569.a.b.b ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263559.B Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 12 MECP2 (ENSLLEG00000029597) ENSLLEG00000029506 ENSLLEG00000029429 ENSLLEG00000029412 ENSLLEG00000029395 NAA10 (ENSLLEG00000029337) RENBP (ENSLLEG00000029302) ENSLLEG00000029294 ENSLLEG00000029266 ENSLLEG00000029243 ENSLLEG00000029229 ENSLLEG00000029077 ENSLLEG00000028301 ENSLLEG00000028221 ENSLLEG00000028216 ENSLLEG00000028188 ##21 ENSLLEG00000028135 ITIH6 (ENSLLEG00000027893) ENSLLEG00000027757 GNL3L (ENSLLEG00000027626) FGD1 (ENSLLEG00000027565) ENSLLEG00000027514 OGT (ENSLLEG00000026875) ENSLLEG00000026812 ENSLLEG00000024056 ENSLLEG00000023949 ENSLLEG00000023925 ENSLLEG00000023849 ENSLLEG00000023764 ITGB1BP2 (ENSLLEG00000023671) ENSLLEG00000023617 Amniota ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00940000153118.db.a.a.a ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263514.A.f ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01100000263474.a.b.a.d ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263559.A.e.a ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263506.a ENSGT00940000153125.D Sauria ANCESTRAL SPECIES 160 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.c.a Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 333 ENSGT01100000263514.A.f.p ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 38 ENSSMRG00000002529 EPN1 (ENSSMRG00000002510) U2AF2 (ENSSMRG00000002506) CCDC106 (ENSSMRG00000002505) ZNF581 (ENSSMRG00000002503) ENSSMRG00000002502 ZNF865 (ENSSMRG00000002501) ZNF524 (ENSSMRG00000002498) ENSSMRG00000002483 ENSSMRG00000002482 ENSSMRG00000002481 ENSSMRG00000002476 ENSSMRG00000002474 ENSSMRG00000002462 ENSSMRG00000002458 ENSSMRG00000002455 ##21 ENSSMRG00000002454 ENSSMRG00000002453 ENSSMRG00000002452 TBRG1 (ENSSMRG00000002448) TACO1 (ENSSMRG00000002442) ENSSMRG00000002438 ENSSMRG00000002436 ENSSMRG00000002431 ENSSMRG00000002427 CORO1A (ENSSMRG00000002415) MAPK3 (ENSSMRG00000002411) GDPD3 (ENSSMRG00000002408) YPEL3 (ENSSMRG00000002405) TBX6 (ENSSMRG00000002403) PPP4C (ENSSMRG00000002397) Common wall lizard DUPLICATION Common wall lizard MODERN SPECIES ENSPMRG00000006970 HNMT (ENSPMRG00000006961) ENSPMRG00000006948 THSD7B (ENSPMRG00000006906) CXCR4 (ENSPMRG00000006895) DARS1 (ENSPMRG00000006884) MCM6 (ENSPMRG00000006870) LCT (ENSPMRG00000006858) UBXN4 (ENSPMRG00000006851) R3HDM1 (ENSPMRG00000006817) ZRANB3 (ENSPMRG00000006784) RAB3GAP1 (ENSPMRG00000006767) MAP3K19 (ENSPMRG00000006759) CCNT2 (ENSPMRG00000006745) ACMSD (ENSPMRG00000006733) ENSPMRG00000006728 ##21 ENSPMRG00000006724 TMEM163 (ENSPMRG00000006721) MGAT5 (ENSPMRG00000006713) NCKAP5 (ENSPMRG00000006694) LYPD1 (ENSPMRG00000006685) GPR39 (ENSPMRG00000006679) SLC35F5 (ENSPMRG00000006661) ENSPMRG00000006655 ACTR3 (ENSPMRG00000006645) ENSPMRG00000006640 ENSPMRG00000006638 DPP10 (ENSPMRG00000006619) DDX18 (ENSPMRG00000006565) ENSPMRG00000006546 ENSPMRG00000006543 Common wall lizard MODERN SPECIES 4 EPN1 (ENSPMRG00000013394) ENSPMRG00000013399 U2AF2 (ENSPMRG00000013401) CCDC106 (ENSPMRG00000013406) ENSPMRG00000013408 ZNF581 (ENSPMRG00000013411) ENSPMRG00000013415 ZNF865 (ENSPMRG00000013422) ENSPMRG00000013425 ENSPMRG00000013429 ENSPMRG00000013431 ENSPMRG00000013434 ENSPMRG00000013436 ENSPMRG00000013441 ENSPMRG00000013444 ENSPMRG00000013447 ##21 ENSPMRG00000013449 ENSPMRG00000013452 ENSPMRG00000013455 TACO1 (ENSPMRG00000013457) ENSPMRG00000013461 ENSPMRG00000013467 ENSPMRG00000013470 CORO1A (ENSPMRG00000013478) MAPK3 (ENSPMRG00000013485) GDPD3 (ENSPMRG00000013521) ENSPMRG00000013526 YPEL3 (ENSPMRG00000013534) TBX6 (ENSPMRG00000013541) PPP4C (ENSPMRG00000013545) ALDOA (ENSPMRG00000013553) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 242 ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155858 ENSGT00390000000159 ENSGT00940000155955.C ENSGT00530000063509.A ENSGT00530000063707.a ENSGT00940000155964 ENSGT00950000182696.A.a ENSGT00530000063694.b ENSGT00410000026495.B ENSGT00940000160320 ENSGT00950000182961.a.b.b.g ENSGT00940000155774.b ENSGT01030000234599.a.b ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a ENSGT01100000263514.A.f.p.e.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263954 ENSGT00940000171081 ENSGT00530000066362 ENSGT00390000003753.a.b ENSGT00930000151058 ENSGT00390000006233.c.a.b ENSGT00390000013260.C ENSGT00940000160916 ENSGT00390000014089 ENSGT00960000189329 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00950000182953.B.a ENSGT00390000000068.k ENSGT00390000004383 Indian cobra DUPLICATION Indian cobra MODERN SPECIES 6 TTC26 (ENSNNAG00000015801) ENSNNAG00000015789 PLBD1 (ENSNNAG00000015696) ATF7IP (ENSNNAG00000015468) GRIN2B (ENSNNAG00000015426) EMP1 (ENSNNAG00000015409) FAM234B (ENSNNAG00000015364) ENSNNAG00000015356 HEBP1 (ENSNNAG00000015344) ENSNNAG00000015335 ENSNNAG00000015331 DDX47 (ENSNNAG00000015274) APOLD1 (ENSNNAG00000015258) ENSNNAG00000015250 ENSNNAG00000015240 ENSNNAG00000015197 ##21 ENSNNAG00000015166 ENSNNAG00000015157 MGP (ENSNNAG00000015146) ERP27 (ENSNNAG00000015128) ARHGDIB (ENSNNAG00000015117) PDE6H (ENSNNAG00000015105) AGBL3 (ENSNNAG00000015082) TMEM140 (ENSNNAG00000015058) WDR91 (ENSNNAG00000015012) STRA8 (ENSNNAG00000014961) ENSNNAG00000014867 CNOT4 (ENSNNAG00000014785) ENSNNAG00000014769 NUP205 (ENSNNAG00000009561) ARL1 (ENSNNAG00000009157) Indian cobra MODERN SPECIES 337 ENSNNAG00000007917 TBX6 (ENSNNAG00000007891) YPEL3 (ENSNNAG00000007855) GDPD3 (ENSNNAG00000007804) ENSNNAG00000007716 CORO1A (ENSNNAG00000007815) ENSNNAG00000007801 ENSNNAG00000007766 ENSNNAG00000007733 TACO1 (ENSNNAG00000007708) ENSNNAG00000007677 ENSNNAG00000007633 ENSNNAG00000007598 ENSNNAG00000007533 ENSNNAG00000007518 ENSNNAG00000007501 ##21 ENSNNAG00000007485 FIZ1 (ENSNNAG00000007469) ENSNNAG00000007449 ENSNNAG00000007440 ENSNNAG00000007420 ENSNNAG00000007394 ENSNNAG00000007346 ENSNNAG00000007334 ENSNNAG00000007321 ZNF581 (ENSNNAG00000007305) CCDC106 (ENSNNAG00000007286) U2AF2 (ENSNNAG00000007270) EPN1 (ENSNNAG00000007225) ENSNNAG00000007190 ENSNNAG00000007121 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155858 ENSGT00390000000159 ENSGT00940000155955.C ENSGT00530000063509.A ENSGT00530000063707.a ENSGT00940000155964 ENSGT00950000182696.A.a ENSGT00530000063694.b ENSGT00410000026495.B ENSGT00940000160320 ENSGT00950000182961.a.b.b.g ENSGT00940000155774.b ENSGT01030000234599.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00950000183089.p ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263954 ENSGT00940000171081 ENSGT00530000066362 ENSGT00390000003753.a.b ENSGT00930000151058 ENSGT00390000006233.c.a.b ENSGT00390000013260.C ENSGT00940000160916 ENSGT00390000014089 ENSGT00960000189329 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00950000182953.B.a ENSGT00390000000068.k ENSGT00390000004383 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155858 ENSGT00390000000159 ENSGT00940000155955.C ENSGT00530000063509.A ENSGT00530000063707.a ENSGT00940000155964 ENSGT00950000182696.A.a ENSGT00530000063694.b ENSGT00410000026495.B ENSGT00940000160320 ENSGT00950000182961.a.b.b.g ENSGT00940000155774.b ENSGT01030000234599.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00950000183089.p ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263954 ENSGT00940000171081 ENSGT00530000066362 ENSGT00390000003753.a.b ENSGT00930000151058 ENSGT00390000006233.c.a.b ENSGT00390000013260.C ENSGT00940000160916 ENSGT00390000014089 ENSGT00960000189329 ENSGT00390000001566 ENSGT00390000017181 ENSGT00950000182953.B.a ENSGT00390000000068.k ENSGT00390000004383 Eastern brown snake MODERN SPECIES 189 ENSPTXG00000011010 GMPR2 (ENSPTXG00000011008) ENSPTXG00000011005 TGM1 (ENSPTXG00000011000) ENSPTXG00000010994 ENSPTXG00000010987 NOP9 (ENSPTXG00000018657) CIDEB (ENSPTXG00000018656) ENSPTXG00000018655 PDZD11 (ENSPTXG00000018654) TAF9 (ENSPTXG00000018653) ENSPTXG00000018652 ENSPTXG00000018651 ENSPTXG00000018650 ENSPTXG00000018649 ##21 ENSPTXG00000018648 ENSPTXG00000018647 ENSPTXG00000018646 AURKB (ENSPTXG00000018645) TMEM107 (ENSPTXG00000018644) Mainland tiger snake DUPLICATION Mainland tiger snake MODERN SPECIES 6 ENSNSUG00000003507 PLBD1 (ENSNSUG00000003462) ENSNSUG00000003459 ATF7IP (ENSNSUG00000003383) GRIN2B (ENSNSUG00000003382) EMP1 (ENSNSUG00000003381) FAM234B (ENSNSUG00000003380) ENSNSUG00000003379 HEBP1 (ENSNSUG00000003378) ENSNSUG00000003377 ENSNSUG00000003376 ENSNSUG00000003375 APOLD1 (ENSNSUG00000003374) ENSNSUG00000003370 ##21 ENSNSUG00000003369 ENSNSUG00000003351 ##21 ENSNSUG00000003349 ENSNSUG00000003347 ENSNSUG00000003346 ENSNSUG00000003345 ERP27 (ENSNSUG00000003344) ARHGDIB (ENSNSUG00000003343) PDE6H (ENSNSUG00000003342) AGBL3 (ENSNSUG00000003340) TMEM140 (ENSNSUG00000003339) ENSNSUG00000003338 WDR91 (ENSNSUG00000003337) STRA8 (ENSNSUG00000003336) ENSNSUG00000003335 CNOT4 (ENSNSUG00000003330) POLR3H (ENSNSUG00000003329) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 210 METTL3 (ENSNSUG00000018966) ENSNSUG00000018965 RAB2B 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ENSGT01100000263474.a.b.a.c.a ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a ENSGT01030000234599.a.b ENSGT00940000155774.b ENSGT00950000182961.a.b.b ENSGT00940000160320 ENSGT00410000026495.B ENSGT00530000063694.b ENSGT01050000244814.a.a.a.b ENSGT00950000182696.A.a ENSGT00940000155964 ENSGT00530000063707.a ENSGT00530000063509.A ENSGT00940000155955.C ENSGT00390000000159 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT00940000155501.b.i.a.b ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.a.a.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.a ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.c.a Emydidae ANCESTRAL SPECIES 162 ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.a ENSGT01100000263559.A.f ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Three-toed box turtle DUPLICATION Three-toed box turtle MODERN SPECIES 289 ENSTMTG00000011497 RBM3 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ENSSCUG00000015307 ENSSCUG00000015302 ENSSCUG00000015299 ENSSCUG00000015296 ##21 ENSSCUG00000015293 ENSSCUG00000015291 ENSSCUG00000015288 ENSSCUG00000015285 H2AJ (ENSSCUG00000015281) ENSSCUG00000015279 ENSSCUG00000015276 Neognathae DUPLICATION Neognathae DUPLICATION Neognathae ANCESTRAL SPECIES 170 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 114 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.a ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b Japanese quail MODERN SPECIES ENSCJPG00005008491 ENSCJPG00005008490 ENSCJPG00005008489 ENSCJPG00005008488 ENSCJPG00005008487 ENSCJPG00005008486 ENSCJPG00005008485 ENSCJPG00005008484 ENSCJPG00005008483 ENSCJPG00005008482 ENSCJPG00005008481 ENSCJPG00005008480 ENSCJPG00005008412 ENSCJPG00005008411 ENSCJPG00005008410 ENSCJPG00005008409 ##21 ENSCJPG00005008408 ENSCJPG00005008407 ENSCJPG00005008406 ENSCJPG00005008405 ENSCJPG00005008400 SMCO3 (ENSCJPG00005008397) ART4 (ENSCJPG00005008395) ENSCJPG00005008392 MGP (ENSCJPG00005008390) ERP27 (ENSCJPG00005008388) ARHGDIB (ENSCJPG00005008387) PDE6H (ENSCJPG00005008386) AGBL3 (ENSCJPG00005008385) ENSCJPG00005008384 TMEM140 (ENSCJPG00005008383) Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Japanese quail MODERN SPECIES 21 CAPN2 (ENSCJPG00005007127) TP53BP2 (ENSCJPG00005007112) FBXO28 (ENSCJPG00005007111) DEGS1 (ENSCJPG00005007110) NVL (ENSCJPG00005006952) CNIH4 (ENSCJPG00005006951) WDR26 (ENSCJPG00005006800) CNIH3 (ENSCJPG00005006786) LBR (ENSCJPG00005006681) ENAH (ENSCJPG00005006656) SRP9 (ENSCJPG00005006653) EPHX1 (ENSCJPG00005006652) TMEM63A (ENSCJPG00005006368) ENSCJPG00005006343 SDE2 (ENSCJPG00005006290) ENSCJPG00005006285 ##21 ACBD3 (ENSCJPG00005006282) ENSCJPG00005006281 LIN9 (ENSCJPG00005006227) PARP1 (ENSCJPG00005006094) STUM (ENSCJPG00005006093) CRLS1 (ENSCJPG00005006070) MCM8 (ENSCJPG00005006040) TRMT6 (ENSCJPG00005005974) CHGB (ENSCJPG00005005973) SHLD1 (ENSCJPG00005005971) GPCPD1 (ENSCJPG00005005678) THUMPD2 (ENSCJPG00005005677) ENSCJPG00005005676 MAP4K3 (ENSCJPG00005005027) SOS1 (ENSCJPG00005004452) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.tb.b ##21 Common canary MODERN SPECIES 729 ENSSCAG00000002098 ##21 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063694.b ENSGT00410000026495.B ENSGT00940000160320 ENSGT00950000182961.a.b.b ENSGT00940000155774.b ENSGT01030000234599.a.b ENSGT00950000183089.s.a.a.b.a.b ENSGT00990000203553.c.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.b.a ENSGT00990000203553.c.a.b ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.b ENSGT00950000183089.s.a.a.b.b.a.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 ENSGT00940000153118.db.a.b.d ENSGT01100000263474.a.b.b.k ENSGT01100000263840 ENSGT00390000013440.e ENSGT00940000171081 ENSGT01030000234601.c.a.b ENSGT00530000066362 ENSGT00390000003753.b ENSGT00930000151058 ENSGT00390000006233.c.a.b ENSGT00390000013260.C ENSGT00940000160916 ENSGT00390000014089 ENSGT00960000189329 ENSGT00390000001566 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 Turkey MODERN SPECIES 262 ENSMGAG00000019041 ENSMGAG00000023013 ENSMGAG00000011853 ##21 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 ENSGT01100000263514.A.f.v ENSGT00950000183089.s.a.a.b.b.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.k ENSGT00940000153118.db.a.b.d ENSGT01100000263567.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.a ENSGT01060000248528.b.jh.b Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 ENSGT01100000263514.A.f.v ENSGT00950000183089.s.a.a.b.b.a.a Flycatcher MODERN SPECIES 127 ENSFALG00000027257 ##21 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT01100000263514.A.f.u.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.a.b ENSGT01100000263514.A.f.u.a.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263559.B ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.a.b.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 ENSGT01100000263514.A.f.v ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000153118.db.a.a.a.f ENSGT00950000183089.s.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.a.b.a.b Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT01100000263514.A.f.u.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.a.b ENSGT01100000263514.A.f.u.a.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263559.B ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.a.b.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b.ub ##21 ENSGT01100000263514.A.f.v ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000153118.db.a.b.d Common canary MODERN SPECIES 6 ENSSCAG00000006495 ENSSCAG00000006490 ENSSCAG00000006488 ENSSCAG00000006487 ENSSCAG00000006483 ENSSCAG00000006480 ENSSCAG00000006478 ENSSCAG00000006475 ENSSCAG00000006472 ENSSCAG00000006467 ENSSCAG00000006463 ENSSCAG00000006460 ENSSCAG00000006459 ENSSCAG00000006454 ENSSCAG00000006453 ENSSCAG00000006451 ##21 ENSSCAG00000006448 ENSSCAG00000006445 ENSSCAG00000006442 ENSSCAG00000006440 ENSSCAG00000006427 ENSSCAG00000006423 ENSSCAG00000006421 ENSSCAG00000006418 ENSSCAG00000006411 ENSSCAG00000006409 ENSSCAG00000006408 APOLD1 (ENSSCAG00000006406) DDX47 (ENSSCAG00000006399) ENSSCAG00000006396 HEBP1 (ENSSCAG00000006392) Mammalia ANCESTRAL SPECIES 123 ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263559.A.f ENSGT00940000153092.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263506.a.e.a ENSGT00940000153125.D ENSGT00940000153092.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01100000263474.a.b.a.d ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263559.A.e.a Platypus DUPLICATION Platypus MODERN SPECIES 88 ENSOANG00000006821 ENSOANG00000050874 ENSOANG00000038173 ENSOANG00000037044 ENSOANG00000037583 ENSOANG00000046504 ENSOANG00000043122 ENSOANG00000041825 ENSOANG00000036615 ENSOANG00000042346 ##21 H1-1 (ENSOANG00000050321) ENSOANG00000039485 ENSOANG00000045994 ENSOANG00000040130 ENSOANG00000045306 ENSOANG00000038051 ##21 ENSOANG00000038321 ENSOANG00000048075 ENSOANG00000047142 ENSOANG00000037816 ENSOANG00000045607 ENSOANG00000037825 ENSOANG00000051301 ENSOANG00000045094 ##21 ENSOANG00000038387 ENSOANG00000045700 ENSOANG00000039935 ENSOANG00000000173 ENSOANG00000046785 ENSOANG00000042644 ENSOANG00000040672 Platypus MODERN SPECIES 88 ENSOANG00000036615 ENSOANG00000042346 ##21 H1-1 (ENSOANG00000050321) ENSOANG00000039485 ENSOANG00000045994 ENSOANG00000040130 ENSOANG00000045306 ENSOANG00000038051 ##21 ENSOANG00000038321 ENSOANG00000048075 ENSOANG00000047142 ENSOANG00000037816 ENSOANG00000045607 ENSOANG00000037825 ENSOANG00000051301 ENSOANG00000045094 ##21 ENSOANG00000038387 ENSOANG00000045700 ENSOANG00000039935 ENSOANG00000000173 ENSOANG00000046785 ENSOANG00000042644 ENSOANG00000040672 ENSOANG00000041683 H1-2 (ENSOANG00000047788) ENSOANG00000042244 H2AC7 (ENSOANG00000049037) ENSOANG00000040002 ENSOANG00000038871 ENSOANG00000049432 ENSOANG00000038547 Theria ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000164494 ENSGT01100000263569.a.b.b ENSGT01100000263559.B ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263575.B ENSGT01100000263559.A.f ENSGT00940000153092.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263506.a.e.a ENSGT00940000153125.D ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01100000263474.a.b.a.d ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263559.A.e.a Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000160426.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01100000263567.a.a Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT00940000160426.b ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000161385 ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT00940000155501.b.f.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263506.a.f ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 ENSGT00940000153104.e.b.a.a.a.a ENSGT00940000161686 ENSGT00530000063753.B Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT00940000160426.b ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000161385 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT00940000155501.b.f.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000153118.db.b ENSGT01100000263506.a.f ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 ENSGT00940000153104.e.b.a.a.a.a ENSGT00940000161686 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00940000155501.b.e.a ENSGT01100000263575.B.e.a ENSGT00940000160426.a.a.b ENSGT00940000155501.b.f.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT00940000160426.b ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000155501.b.e.b ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000161385 ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263559.B ENSGT00940000156302 ENSGT00940000155501.b.f.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a ##21 ENSGT00940000153118.db.b ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 koala MODERN SPECIES 167 ENSPCIG00000035745 ENSPCIG00000031525 ENSPCIG00000032287 ENSPCIG00000008666 HFE (ENSPCIG00000008663) ENSPCIG00000034498 ENSPCIG00000031257 ENSPCIG00000031126 ENSPCIG00000014676 ##21 ENSPCIG00000034762 ENSPCIG00000036717 ENSPCIG00000031433 ENSPCIG00000031487 ENSPCIG00000032592 ENSPCIG00000031273 ENSPCIG00000033149 ##21 ENSPCIG00000031167 ENSPCIG00000015238 ENSPCIG00000037166 TRIM11 (ENSPCIG00000015276) ENSPCIG00000015334 ZNF496 (ENSPCIG00000015280) OR2B11 (ENSPCIG00000016199) ENSPCIG00000016200 ENSPCIG00000016203 TRIM58 (ENSPCIG00000016205) ENSPCIG00000001351 ENSPCIG00000016207 ENSPCIG00000032335 ENSPCIG00000016208 ENSPCIG00000016216 Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 1 MYH10 (ENSMODG00000008180) CCDC42 (ENSMODG00000008205) MFSD6L (ENSMODG00000008213) ENSMODG00000008247 ENSMODG00000027963 ZSCAN23 (ENSMODG00000008321) ENSMODG00000048002 USP43 (ENSMODG00000008348) CFAP52 (ENSMODG00000008363) STX8 (ENSMODG00000008471) ENSMODG00000041093 PIK3R5 (ENSMODG00000008530) ENSMODG00000005045 BTN1A1 (ENSMODG00000047634) BTN2A2 (ENSMODG00000008595) ENSMODG00000047806 ##21 ENSMODG00000046495 ENSMODG00000028015 HIST1H4I (ENSMODG00000039780) ENSMODG00000039920 ENSMODG00000038299 ENSMODG00000038832 ENSMODG00000040021 ENSMODG00000044872 ##21 ENSMODG00000045603 ENSMODG00000041872 HIST1H4I (ENSMODG00000050634) ENSMODG00000023582 ENSMODG00000039289 ENSMODG00000040158 ENSMODG00000037177 Opossum MODERN SPECIES 1 ENSMODG00000008756 ENSMODG00000008744 ENSMODG00000041060 ENSMODG00000039692 ENSMODG00000038443 ENSMODG00000049273 ENSMODG00000039862 ENSMODG00000040044 ENSMODG00000037177 ENSMODG00000040158 ENSMODG00000039289 ENSMODG00000023582 HIST1H4I (ENSMODG00000050634) ENSMODG00000041872 ENSMODG00000045603 ENSMODG00000044872 ##21 ENSMODG00000040021 ENSMODG00000038832 ENSMODG00000038299 ENSMODG00000039920 HIST1H4I (ENSMODG00000039780) ENSMODG00000028015 ENSMODG00000046495 ENSMODG00000047806 ##21 BTN2A2 (ENSMODG00000008595) BTN1A1 (ENSMODG00000047634) ENSMODG00000005045 PIK3R5 (ENSMODG00000008530) ENSMODG00000041093 STX8 (ENSMODG00000008471) CFAP52 (ENSMODG00000008363) Eutheria ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000153118.db.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.b ENSGT01100000263575.B ENSGT00940000156302 ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263569.a.b.b ENSGT00940000164494 ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00390000002062 ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000153125.A ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263474.a.b.b.f ENSGT00990000203553.c.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000153125.B Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000153125.A Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Tarsier MODERN SPECIES 7146 SLC17A1 (ENSTSYG00000000884) SLC17A3 (ENSTSYG00000033399) SLC17A2 (ENSTSYG00000006553) TRIM38 (ENSTSYG00000014418) ENSTSYG00000029093 ENSTSYG00000034151 ENSTSYG00000029053 ENSTSYG00000027907 ENSTSYG00000035153 ENSTSYG00000034478 ENSTSYG00000036988 ENSTSYG00000027689 ##21 HFE (ENSTSYG00000014203) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00910000147125 ENSGT00390000016158.w.a ENSGT00940000156546.l.a ENSGT00940000160590 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000156766 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00390000005861 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163997 ENSGT00390000009510 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ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a ##19 ENSGT00940000155815 ENSGT00390000010309 ENSGT00390000005590 ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.bb.a ENSGT00940000160510 ENSGT00940000159618 ENSGT00940000154494.a ENSGT00950000182843.b ENSGT00940000159380 Capuchin MODERN SPECIES 75 ENSCCAG00000032757 KIF26B (ENSCCAG00000031008) ENSCCAG00000021180 SMYD3 (ENSCCAG00000021189) TFB2M (ENSCCAG00000028811) CNST (ENSCCAG00000038009) ENSCCAG00000020404 SCCPDH (ENSCCAG00000022176) AHCTF1 (ENSCCAG00000023436) ENSCCAG00000018435 ENSCCAG00000025344 RNF187 (ENSCCAG00000028705) ENSCCAG00000012567 H2BU1 (ENSCCAG00000015023) H2AW (ENSCCAG00000012315) ENSCCAG00000036407 ##21 TRIM17 (ENSCCAG00000025121) TRIM11 (ENSCCAG00000036943) ENSCCAG00000016195 ##21 OBSCN (ENSCCAG00000032571) ENSCCAG00000023630 IBA57 (ENSCCAG00000019844) GJC2 (ENSCCAG00000020287) ##19 GUK1 (ENSCCAG00000035707) MRPL55 (ENSCCAG00000031724) C1orf35 (ENSCCAG00000020266) ENSCCAG00000023374 WNT3A (ENSCCAG00000009359) WNT9A (ENSCCAG00000030978) PRSS38 (ENSCCAG00000020907) SNAP47 (ENSCCAG00000027134) Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 1005 ENSANAG00000027146 ENSANAG00000015286 ##21 SYNCRIP (ENSANAG00000020675) SNX14 (ENSANAG00000035311) NT5E (ENSANAG00000034632) ENSANAG00000037669 TBX18 (ENSANAG00000022771) CEP162 (ENSANAG00000027290) ENSANAG00000031531 MRAP2 (ENSANAG00000021545) ENSANAG00000014756 CYB5R4 (ENSANAG00000020813) RIPPLY2 (ENSANAG00000022625) SNAP91 (ENSANAG00000027662) PRSS35 (ENSANAG00000013171) ME1 (ENSANAG00000023260) RWDD2A (ENSANAG00000019396) Mas night monkey MODERN SPECIES 1116 ENSANAG00000026087 ENSANAG00000031738 H2BC26 (ENSANAG00000010772) H2AC25 (ENSANAG00000031714) ENSANAG00000022375 ##21 ENSANAG00000028749 TRIM11 (ENSANAG00000034240) OBSCN (ENSANAG00000024031) ENSANAG00000029250 IBA57 (ENSANAG00000022164) GUK1 (ENSANAG00000027172) MRPL55 (ENSANAG00000036592) C1orf35 (ENSANAG00000020714) ENSANAG00000036021 WNT3A (ENSANAG00000021377) WNT9A (ENSANAG00000032624) SNAP47 (ENSANAG00000035151) JMJD4 (ENSANAG00000028105) ENSANAG00000022916 ZNF669 (ENSANAG00000013317) Mas night monkey MODERN SPECIES 1314 ENSANAG00000020266 ##21 ENSANAG00000027566 Mas night monkey MODERN SPECIES 1101 ZKSCAN3 (ENSANAG00000026638) ZSCAN31 (ENSANAG00000023350) PGBD1 (ENSANAG00000028184) ZSCAN26 (ENSANAG00000027460) ZKSCAN4 (ENSANAG00000036132) ZSCAN9 (ENSANAG00000029003) ZKSCAN8 (ENSANAG00000028113) ZSCAN16 (ENSANAG00000028119) ZNF165 (ENSANAG00000026017) ENSANAG00000026866 OR2B2 (ENSANAG00000025089) ENSANAG00000031559 ENSANAG00000021530 ENSANAG00000031494 ENSANAG00000031277 ENSANAG00000035074 ##21 H1-5 (ENSANAG00000031670) ENSANAG00000000511 ENSANAG00000017481 ENSANAG00000031665 ENSANAG00000031422 ENSANAG00000001754 ENSANAG00000031591 ENSANAG00000028440 ENSANAG00000031637 ZNF184 (ENSANAG00000034182) ZNF391 (ENSANAG00000028403) PRSS16 (ENSANAG00000029007) #15 H2AC12 (ENSANAG00000031725) ENSANAG00000031369 ENSANAG00000004124 Mas night monkey MODERN SPECIES 1218 ENSANAG00000023723 C6orf62 (ENSANAG00000030730) GMNN (ENSANAG00000035234) ARMH2 (ENSANAG00000028418) RIPOR2 (ENSANAG00000036398) SCGN (ENSANAG00000023884) CARMIL1 (ENSANAG00000025739) ENSANAG00000022102 ENSANAG00000020196 SLC17A4 (ENSANAG00000038061) SLC17A1 (ENSANAG00000032577) SLC17A3 (ENSANAG00000035567) SLC17A2 (ENSANAG00000021715) ENSANAG00000023204 TRIM38 (ENSANAG00000027597) ENSANAG00000037114 ##21 ENSANAG00000018587 ENSANAG00000018448 ENSANAG00000015986 H2AC4 (ENSANAG00000004259) H2BC3 (ENSANAG00000009737) ENSANAG00000020219 ENSANAG00000020171 HFE (ENSANAG00000027106) ENSANAG00000008469 ENSANAG00000033258 H2AC6 (ENSANAG00000007213) H1-4 (ENSANAG00000005172) H2BC5 (ENSANAG00000020293) ENSANAG00000020248 ENSANAG00000017766 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Gibbon MODERN SPECIES 9 EFTUD2 (ENSNLEG00000005210) CCDC103 (ENSNLEG00000005200) GFAP (ENSNLEG00000005151) ENSNLEG00000005145 ENSNLEG00000028460 DCAKD (ENSNLEG00000005133) NMT1 (ENSNLEG00000005088) PLCD3 (ENSNLEG00000005078) ENSNLEG00000005043 HEXIM1 (ENSNLEG00000029192) HEXIM2 (ENSNLEG00000031095) ENSNLEG00000005025 SPATA32 (ENSNLEG00000005016) MAP3K14 (ENSNLEG00000004986) PLEKHM1 (ENSNLEG00000004936) ENSNLEG00000036274 ##21 ENSNLEG00000004922 WNT9B (ENSNLEG00000004916) WNT3 (ENSNLEG00000004909) NSF (ENSNLEG00000004836) ENSNLEG00000031038 ENSNLEG00000004810 MAPT (ENSNLEG00000004803) ENSNLEG00000030604 KANSL1 (ENSNLEG00000004760) ENSNLEG00000004757 ENSNLEG00000031127 ENSNLEG00000004744 ENSNLEG00000004725 MYL4 (ENSNLEG00000006209) ITGB3 (ENSNLEG00000004670) Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Orangutan MODERN SPECIES 18 GOLPH3 (ENSPPYG00000015373) ENSPPYG00000030643 ENSPPYG00000039271 C5H5orf22 (ENSPPYG00000015371) DROSHA (ENSPPYG00000015370) CDH6 (ENSPPYG00000015369) CDH9 (ENSPPYG00000015368) CDH10 (ENSPPYG00000015367) ENSPPYG00000015366 CDH12 (ENSPPYG00000015364) ENSPPYG00000041008 CDH18 (ENSPPYG00000015363) H3Y1 (ENSPPYG00000032677) ##21 ENSPPYG00000033880 ENSPPYG00000040099 ENSPPYG00000031629 ##21 ENSPPYG00000037527 ENSPPYG00000038058 H3Y2 (ENSPPYG00000039218) ##21 BASP1 (ENSPPYG00000015357) MYO10 (ENSPPYG00000015356) RETREG1 (ENSPPYG00000041318) ZNF622 (ENSPPYG00000029803) MARCHF11 (ENSPPYG00000015355) ENSPPYG00000041039 FBXL7 (ENSPPYG00000015354) ANKH (ENSPPYG00000015353) OTULIN (ENSPPYG00000031564) OTULINL (ENSPPYG00000015351) TRIO (ENSPPYG00000015350) DNAH5 (ENSPPYG00000015349) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Gorilla MODERN SPECIES OTUD7B (ENSGGOG00000024965) MTMR11 (ENSGGOG00000004764) SF3B4 (ENSGGOG00000004761) SV2A (ENSGGOG00000002959) BOLA1 (ENSGGOG00000002957) H2AC21 (ENSGGOG00000040311) HIST2H2AC (ENSGGOG00000040152) H2BC21 (ENSGGOG00000036989) ENSGGOG00000036863 HIST2H3A (ENSGGOG00000037264) HIST2H2AA3 (ENSGGOG00000040128) ENSGGOG00000040718 HIST2H2AA3 (ENSGGOG00000043514) HIST2H3A (ENSGGOG00000041476) ENSGGOG00000039364 ENSGGOG00000036188 ##21 ENSGGOG00000041808 ENSGGOG00000039911 ENSGGOG00000037739 ENSGGOG00000037973 ENSGGOG00000041997 ENSGGOG00000039869 ENSGGOG00000043630 ENSGGOG00000040707 ENSGGOG00000015122 ENSGGOG00000023207 ENSGGOG00000041180 ENSGGOG00000016010 ENSGGOG00000005749 ENSGGOG00000044034 ENSGGOG00000037221 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 245 ENSGT00940000160505.a ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056.o ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056.p ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a ##21 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00950000183105.B.a.a.b.b ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058.o ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00910000148176 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 851 ENSRBIG00000032234 LBR (ENSRBIG00000043754) ENAH (ENSRBIG00000027849) SRP9 (ENSRBIG00000040480) EPHX1 (ENSRBIG00000033391) TMEM63A (ENSRBIG00000042914) ENSRBIG00000043715 PYCR2 (ENSRBIG00000030213) ENSRBIG00000036291 SDE2 (ENSRBIG00000042788) ENSRBIG00000012976 ##21 ACBD3 (ENSRBIG00000037536) ENSRBIG00000038112 MIXL1 (ENSRBIG00000034282) LIN9 (ENSRBIG00000043619) NYAP2 (ENSRBIG00000031238) IRS1 (ENSRBIG00000030645) RHBDD1 (ENSRBIG00000042928) COL4A4 (ENSRBIG00000030621) COL4A3 (ENSRBIG00000038891) MFF (ENSRBIG00000042107) TM4SF20 (ENSRBIG00000041706) AGFG1 (ENSRBIG00000033462) ENSRBIG00000035997 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 556 ENSMNEG00000015126 H2AC19 (ENSMNEG00000011270) ENSMNEG00000034002 ##21 ENSMNEG00000007282 H3C13 (ENSMNEG00000026749) H2BC18 (ENSMNEG00000038342) FCGR1A (ENSMNEG00000033591) ENSMNEG00000042893 ENSMNEG00000042265 ENSMNEG00000034285 ENSMNEG00000039666 ENSMNEG00000043241 ENSMNEG00000040861 ENSMNEG00000040511 ENSMNEG00000038867 ENSMNEG00000039748 ENSMNEG00000029417 ENSMNEG00000044380 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Drill MODERN SPECIES 917 ARHGAP25 (ENSMLEG00000038657) BMP10 (ENSMLEG00000030154) GKN2 (ENSMLEG00000043292) GKN1 (ENSMLEG00000036299) ANTXR1 (ENSMLEG00000038172) ENSMLEG00000006440 GFPT1 (ENSMLEG00000028520) NFU1 (ENSMLEG00000035773) AAK1 (ENSMLEG00000042585) ANXA4 (ENSMLEG00000032176) GMCL1 (ENSMLEG00000033430) ENSMLEG00000040023 MXD1 (ENSMLEG00000032019) ASPRV1 (ENSMLEG00000022189) ENSMLEG00000000082 ENSMLEG00000038102 ##21 PCBP1 (ENSMLEG00000027389) ENSMLEG00000031888 C2orf42 (ENSMLEG00000030339) TIA1 (ENSMLEG00000044455) PCYOX1 (ENSMLEG00000038999) ENSMLEG00000031343 FAM136A (ENSMLEG00000037064) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Mouse lemur MODERN SPECIES 29 CBX5 (ENSMICG00000041561) HNRNPA1 (ENSMICG00000032477) NFE2 (ENSMICG00000031522) COPZ1 (ENSMICG00000008401) ZNF385A (ENSMICG00000037401) ITGA5 (ENSMICG00000008420) GTSF1 (ENSMICG00000008444) NCKAP1L (ENSMICG00000008453) PDE1B (ENSMICG00000043971) PPP1R1A (ENSMICG00000008492) TESPA1 (ENSMICG00000038700) ENSMICG00000008320 ENSMICG00000017826 ENSMICG00000026575 ENSMICG00000042889 ENSMICG00000010469 ##21 ENSMICG00000031233 OR6C75 (ENSMICG00000047731) TUBA8 (ENSMICG00000017239) ENSMICG00000046336 PEX26 (ENSMICG00000037834) ENSMICG00000046256 ENSMICG00000027162 MICAL3 (ENSMICG00000017231) BID (ENSMICG00000008670) BCL2L13 (ENSMICG00000038457) ENSMICG00000033584 ATP6V1E1 (ENSMICG00000010643) SLC25A18 (ENSMICG00000045514) ENSMICG00000034920 CECR2 (ENSMICG00000010617) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000163269 ENSGT01100000263474.a.b.b.f ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT00940000155501.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.a ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 173 ENSPSMG00000004721 ENSPSMG00000004730 ENSPSMG00000004747 ENSPSMG00000004756 ##21 ENSPSMG00000004762 ENSPSMG00000004772 ENSPSMG00000004786 H1-3 (ENSPSMG00000004794) ENSPSMG00000004811 ##21 ENSPSMG00000004827 ENSPSMG00000004849 ENSPSMG00000004862 ENSPSMG00000004870 H2AC7 (ENSPSMG00000004881) ENSPSMG00000004897 ##21 ENSPSMG00000004910 ENSPSMG00000004916 ENSPSMG00000004926 H1-4 (ENSPSMG00000004938) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 173 HFE (ENSPSMG00000005074) ENSPSMG00000004981 H1-6 (ENSPSMG00000004979) H2BC4 (ENSPSMG00000004959) H2AC6 (ENSPSMG00000004945) H1-4 (ENSPSMG00000004938) ENSPSMG00000004926 ENSPSMG00000004916 ENSPSMG00000004910 ENSPSMG00000004897 ##21 H2AC7 (ENSPSMG00000004881) ENSPSMG00000004870 ENSPSMG00000004862 ENSPSMG00000004849 ENSPSMG00000004827 ENSPSMG00000004811 ##21 H1-3 (ENSPSMG00000004794) ENSPSMG00000004786 ENSPSMG00000004772 ENSPSMG00000004762 ENSPSMG00000004756 ##21 ENSPSMG00000004747 ENSPSMG00000004730 ENSPSMG00000004721 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 173 SLC17A4 (ENSPSMG00000005227) SLC17A1 (ENSPSMG00000005210) SLC17A3 (ENSPSMG00000005195) SLC17A2 (ENSPSMG00000005177) H1-1 (ENSPSMG00000005152) ENSPSMG00000005148 ##21 ENSPSMG00000005139 ENSPSMG00000005136 ENSPSMG00000005130 ENSPSMG00000005115 ENSPSMG00000005108 ENSPSMG00000005103 H1-2 (ENSPSMG00000005100) HFE (ENSPSMG00000005074) ENSPSMG00000004981 H1-6 (ENSPSMG00000004979) H2BC4 (ENSPSMG00000004959) H2AC6 (ENSPSMG00000004945) H1-4 (ENSPSMG00000004938) ENSPSMG00000004926 ENSPSMG00000004916 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 173 ENSPSMG00000004721 ENSPSMG00000004730 ENSPSMG00000004747 ENSPSMG00000004756 ##21 ENSPSMG00000004762 ENSPSMG00000004772 ENSPSMG00000004786 H1-3 (ENSPSMG00000004794) ENSPSMG00000004811 ##21 ENSPSMG00000004827 ENSPSMG00000004849 ENSPSMG00000004862 ENSPSMG00000004870 H2AC7 (ENSPSMG00000004881) ENSPSMG00000004897 ##21 ENSPSMG00000004910 ENSPSMG00000004916 ENSPSMG00000004926 H1-4 (ENSPSMG00000004938) H2AC6 (ENSPSMG00000004945) H2BC4 (ENSPSMG00000004959) H1-6 (ENSPSMG00000004979) ENSPSMG00000004981 HFE (ENSPSMG00000005074) H1-2 (ENSPSMG00000005100) ENSPSMG00000005103 ENSPSMG00000005108 ENSPSMG00000005115 ENSPSMG00000005130 ENSPSMG00000005136 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Rabbit MODERN SPECIES 1401 ENSOCUG00000031808 APOOL (ENSOCUG00000003369) ENSOCUG00000034512 ENSOCUG00000010085 ZNF711 (ENSOCUG00000023926) POF1B (ENSOCUG00000008812) ENSOCUG00000025426 ENSOCUG00000036844 CHM (ENSOCUG00000012819) DACH2 (ENSOCUG00000004513) ENSOCUG00000023763 ENSOCUG00000001826 ENSOCUG00000029146 ENSOCUG00000032789 ENSOCUG00000035409 ENSOCUG00000005772 ##21 ENSOCUG00000014565 ENSOCUG00000032103 ENSOCUG00000001978 ENSOCUG00000009298 ENSOCUG00000010616 ENSOCUG00000014194 ENSOCUG00000027741 ENSOCUG00000023356 ENSOCUG00000035263 ENSOCUG00000010894 ENSOCUG00000031835 PABPC5 (ENSOCUG00000010919) ENSOCUG00000003437 ENSOCUG00000039408 NAP1L3 (ENSOCUG00000025516) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Degu MODERN SPECIES 116 HRH4 (ENSODEG00000004953) IMPACT (ENSODEG00000005043) ENSODEG00000005322 ENSODEG00000004872 ENSODEG00000005557 TTC39C (ENSODEG00000005358) ENSODEG00000019156 ENSODEG00000004432 ENSODEG00000004783 ##21 ENSODEG00000004896 NPC1 (ENSODEG00000005163) RMC1 (ENSODEG00000006450) RIOK3 (ENSODEG00000006444) TMEM241 (ENSODEG00000005697) CABLES1 (ENSODEG00000004628) ENSODEG00000005244 GATA6 (ENSODEG00000004956) MIB1 (ENSODEG00000005087) ABHD3 (ENSODEG00000005394) SNRPD1 (ENSODEG00000005764) ENSODEG00000019279 ENSODEG00000004902 GREB1L (ENSODEG00000006122) ROCK1 (ENSODEG00000006532) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 14 Msh6 (ENSPEMG00000013591) Fbxo11 (ENSPEMG00000020489) Foxn2 (ENSPEMG00000021326) ENSPEMG00000028108 ENSPEMG00000030792 Ston1 (ENSPEMG00000022164) Gtf2a1l (ENSPEMG00000020907) Lhcgr (ENSPEMG00000020668) ENSPEMG00000031007 Fshr (ENSPEMG00000023546) ENSPEMG00000030210 Nrxn1 (ENSPEMG00000023385) ENSPEMG00000027751 ENSPEMG00000020979 ENSPEMG00000002220 ENSPEMG00000031405 ##21 ENSPEMG00000027394 Cyp4f39 (ENSPEMG00000009938) Cyp4f17 (ENSPEMG00000016853) ENSPEMG00000013083 ENSPEMG00000016364 ENSPEMG00000026298 Cyp4f40 (ENSPEMG00000001335) Cyp4f15 (ENSPEMG00000017659) ENSPEMG00000002401 Zfp871 (ENSPEMG00000012037) Zfp811 (ENSPEMG00000009779) Zfp799 (ENSPEMG00000017220) ENSPEMG00000010281 ENSPEMG00000025352 Cyp4f14 (ENSPEMG00000018758) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 21 Rasd1 (ENSPEMG00000028470) Med9 (ENSPEMG00000031158) Nt5m (ENSPEMG00000018986) Cops3 (ENSPEMG00000019212) Flcn (ENSPEMG00000001290) Pld6 (ENSPEMG00000002262) Mprip (ENSPEMG00000005808) ENSPEMG00000027834 Or2b11 (ENSPEMG00000027692) Nlrp3 (ENSPEMG00000018349) Zkscan17 (ENSPEMG00000028678) Zfp867 (ENSPEMG00000015201) Jmjd4 (ENSPEMG00000025158) Snap47 (ENSPEMG00000003186) Prss38 (ENSPEMG00000000315) ENSPEMG00000026476 ##21 Wnt9a (ENSPEMG00000008917) Wnt3a (ENSPEMG00000014970) Arf1 (ENSPEMG00000024884) 2310033P09Rik (ENSPEMG00000016726) Mrpl55 (ENSPEMG00000010381) Guk1 (ENSPEMG00000007733) Gjc2 (ENSPEMG00000015748) ##19 Iba57 (ENSPEMG00000029448) Obscn (ENSPEMG00000017360) Trim11 (ENSPEMG00000013300) Trim17 (ENSPEMG00000012957) H3f4 (ENSPEMG00000028465) H2ac25 (ENSPEMG00000025825) H2bc26-ps (ENSPEMG00000029564) H2bc27 (ENSPEMG00000029370) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Rat MODERN SPECIES 10 Trappc2l (ENSRNOG00000014581) Galns (ENSRNOG00000014461) Aprt (ENSRNOG00000014405) Cdt1 (ENSRNOG00000013970) Piezo1 (ENSRNOG00000056786) Ctu2 (ENSRNOG00000051531) Rnf166 (ENSRNOG00000013777) Snai3 (ENSRNOG00000013586) Mvd (ENSRNOG00000013376) Cyba (ENSRNOG00000013014) Il17c (ENSRNOG00000013007) Zc3h18 (ENSRNOG00000028501) Mlnr (ENSRNOG00000012789) Zfpm1 (ENSRNOG00000043077) ENSRNOG00000070694 AABR07044065.1 (ENSRNOG00000028578) ##21 Banp (ENSRNOG00000019140) Car5a (ENSRNOG00000019098) Slc7a5 (ENSRNOG00000018824) Klhdc4 (ENSRNOG00000018801) Jph3 (ENSRNOG00000018784) Zcchc14 (ENSRNOG00000018226) Map1lc3b (ENSRNOG00000017905) Fbxo31 (ENSRNOG00000042274) LOC687560 (ENSRNOG00000050028) Nhp2-ps6 (ENSRNOG00000067354) Foxl1 (ENSRNOG00000047125) Foxc2 (ENSRNOG00000047446) Mthfsd (ENSRNOG00000046443) Foxf1 (ENSRNOG00000049906) Irf8 (ENSRNOG00000017869) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Steppe mouse MODERN SPECIES 2410 Plvap (ENSMSIG00000030638) Ccdc194 (ENSMSIG00000030641) ENSMSIG00000030645 Mvb12a (ENSMSIG00000030646) Nxnl1 (ENSMSIG00000030649) Slc27a1 (ENSMSIG00000030650) ENSMSIG00000030660 Niban3 (ENSMSIG00000030664) Colgalt1 (ENSMSIG00000030671) ENSMSIG00000030676 Unc13a (ENSMSIG00000030679) ENSMSIG00000030713 Jak3 (ENSMSIG00000030715) Insl3 (ENSMSIG00000030725) B3gnt3 (ENSMSIG00000030729) ENSMSIG00000030733 ##21 Fcho1 (ENSMSIG00000030739) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000162523 ENSGT00940000161926 ENSGT00940000160468 ENSGT00940000163269 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000163525 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT00940000155501.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT00940000153125.D.a.a ENSGT01100000263506.a.f.b ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263474.a.b.a.d ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263559.A.e.a ENSGT00940000162723 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00390000002062 ENSGT00940000162956 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT00940000153125.E.c.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000162950 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003103 ENSGT00390000002049.c.a ENSGT00940000156893 ENSGT00950000182907.a.a ENSGT00530000063760.b ENSGT00550000075028 ENSGT00940000159172 ENSGT00940000160276 ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b ENSGT00510000048165 ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.b ENSGT00940000153118.db.a.a.b.a.a ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.b ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT01100000263559.A.e.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000153125.C ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000153125.E.c.b Carnivora ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.b ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b Felidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01030000234553.b.b.c.b.a ENSGT01030000234553.b.b.c.b.b.a ENSGT00940000162956 ENSGT00390000002062 ENSGT00950000182802.B.a.a.b.d ENSGT00940000161530 ENSGT00940000164101.a ENSGT00940000158017.c.b ENSGT00940000163525 ENSGT01060000248528.b.kh.yb.c.a ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f ENSGT00940000160468 ENSGT00940000161926 ENSGT00940000162523 ENSGT00940000162346 ENSGT00940000160894 ENSGT00940000153092.a.b.e.b ENSGT01100000263474.a.a.c.a ENSGT01100000263474.a.a.c.b ENSGT00940000161385 ENSGT00950000183108.a ENSGT00940000155112.B ENSGT00390000010830 ENSGT00940000153717.a.a ENSGT00530000068834 Panthera ANCESTRAL SPECIES 87 ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f Tiger DUPLICATION Tiger MODERN SPECIES 40 ENSPTIG00000003008 BTN2A1 (ENSPTIG00000012788) ENSPTIG00000010817 ENSPTIG00000002620 ENSPTIG00000002551 ENSPTIG00000002532 ENSPTIG00000002508 H2BC5 (ENSPTIG00000002483) ENSPTIG00000002467 H2AC6 (ENSPTIG00000019768) ENSPTIG00000019313 H1-6 (ENSPTIG00000001945) HFE (ENSPTIG00000017746) H2BC3 (ENSPTIG00000001924) ENSPTIG00000016971 ENSPTIG00000001832 ##21 ENSPTIG00000015864 TRIM38 (ENSPTIG00000009542) SLC17A2 (ENSPTIG00000004934) SLC17A3 (ENSPTIG00000019355) SLC17A1 (ENSPTIG00000016777) SLC17A4 (ENSPTIG00000015574) ENSPTIG00000001211 H2BC1 (ENSPTIG00000001190) SCGN (ENSPTIG00000014179) CARMIL1 (ENSPTIG00000011469) ENSPTIG00000009810 ENSPTIG00000006264 RIPOR2 (ENSPTIG00000008890) ARMH2 (ENSPTIG00000006913) GMNN (ENSPTIG00000002444) Tiger MODERN SPECIES 40 ENSPTIG00000003719 ENSPTIG00000003711 ENSPTIG00000003701 OR2B6 (ENSPTIG00000011102) ENSPTIG00000003690 ENSPTIG00000003660 ##21 ENSPTIG00000003624 ENSPTIG00000003604 H1-5 (ENSPTIG00000003571) ENSPTIG00000008981 ENSPTIG00000003562 ENSPTIG00000003545 ENSPTIG00000003448 ENSPTIG00000003436 ENSPTIG00000003428 ENSPTIG00000003417 ZNF184 (ENSPTIG00000006168) ZNF391 (ENSPTIG00000003360) ENSPTIG00000004760 #15 ENSPTIG00000003271 ENSPTIG00000003251 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Canidae ANCESTRAL SPECIES 168 ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 137 ENSGT00940000153092.a.a.c.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Dingo DUPLICATION Dingo MODERN SPECIES 223 CA14 (ENSCAFG00020019676) ENSCAFG00020019677 PLEKHO1 (ENSCAFG00020019684) VPS45 (ENSCAFG00020019689) OTUD7B (ENSCAFG00020019694) MTMR11 (ENSCAFG00020019770) SF3B4 (ENSCAFG00020019775) SV2A (ENSCAFG00020019781) BOLA1 (ENSCAFG00020019784) ENSCAFG00020019789 H2AC21 (ENSCAFG00020019793) ENSCAFG00020019797 ENSCAFG00020019814 ENSCAFG00020019823 ENSCAFG00020019846 ENSCAFG00020019848 ##21 ENSCAFG00020019854 ENSCAFG00020019867 ENSCAFG00020019897 H2BC18 (ENSCAFG00020019901) FCGR1A (ENSCAFG00020019916) ENSCAFG00020019917 ENSCAFG00020019918 HJV (ENSCAFG00020019923) TXNIP (ENSCAFG00020019925) ENSCAFG00020019930 ANKRD34A (ENSCAFG00020019941) LIX1L (ENSCAFG00020019943) RBM8A (ENSCAFG00020019945) ENSCAFG00020019946 PEX11B (ENSCAFG00020019947) Dingo MODERN SPECIES 105 ENSCAFG00020002972 ZSCAN26 (ENSCAFG00020002978) NKAPL (ENSCAFG00020002968) ENSCAFG00020002955 ZKSCAN8 (ENSCAFG00020002941) ZSCAN16 (ENSCAFG00020002939) ENSCAFG00020002931 ENSCAFG00020002926 ENSCAFG00020002901 ENSCAFG00020002894 ENSCAFG00020002882 ENSCAFG00020002880 ENSCAFG00020002866 ENSCAFG00020002864 ##21 ENSCAFG00020002852 ENSCAFG00020002847 ##21 H1-5 (ENSCAFG00020002839) ENSCAFG00020002832 ENSCAFG00020002816 ENSCAFG00020002789 ENSCAFG00020002787 ENSCAFG00020002785 ENSCAFG00020002759 ENSCAFG00020002746 ENSCAFG00020002733 ENSCAFG00020002695 ENSCAFG00020002675 ENSCAFG00020002668 ZNF184 (ENSCAFG00020002662) ZNF391 (ENSCAFG00020002657) ENSCAFG00020002656 Dingo MODERN SPECIES 105 ENSCAFG00020002529 ENSCAFG00020002525 ENSCAFG00020002514 ##25 ENSCAFG00020002509 ZNF322 (ENSCAFG00020002504) ABT1 (ENSCAFG00020002500) HMGN4 (ENSCAFG00020002494) ENSCAFG00020002485 BTN1A1 (ENSCAFG00020002480) ENSCAFG00020002474 BTN2A2 (ENSCAFG00020002471) ENSCAFG00020002466 ENSCAFG00020002455 ENSCAFG00020002442 ENSCAFG00020002427 ENSCAFG00020002414 ##21 ENSCAFG00020002410 ENSCAFG00020002406 ENSCAFG00020002391 ENSCAFG00020002389 ENSCAFG00020002379 ENSCAFG00020002376 ENSCAFG00020002372 ENSCAFG00020002370 ENSCAFG00020002346 ENSCAFG00020002320 ENSCAFG00020002317 ENSCAFG00020002300 ENSCAFG00020002297 ENSCAFG00020002288 ENSCAFG00020002275 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000153717.a.a ENSGT00390000010830 ENSGT00940000155112.B ENSGT00950000183108.a ENSGT00940000161385 ENSGT01100000263474.a.a.c.b ENSGT01100000263474.a.a.c.a ENSGT00940000153092.a.b.e.b ENSGT01100000263474.a.a.d ENSGT00940000160894 ENSGT00940000162346 ENSGT00940000162523 ENSGT00940000161926 ENSGT00940000160468 ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000163082.d ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d ENSGT00940000163525 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000158017 ENSGT00940000164101.a ENSGT00940000161530 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00390000002062 ENSGT00940000162956 ENSGT00940000160281 #15 ENSGT00940000153253.b.a.h ENSGT00960000186612.A ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 American mink MODERN SPECIES 46 ENSNVIG00000018254 PPIB (ENSNVIG00000018257) SNX22 (ENSNVIG00000018265) SNX1 (ENSNVIG00000018288) CIAO2A (ENSNVIG00000018334) DAPK2 (ENSNVIG00000018354) HERC1 (ENSNVIG00000018418) ENSNVIG00000018479 UBP3 (ENSNVIG00000018489) CA12 (ENSNVIG00000018640) APH1B (ENSNVIG00000018717) RAB8B (ENSNVIG00000018748) ENSNVIG00000018758 LACTB (ENSNVIG00000018777) TPM1 (ENSNVIG00000018804) ENSNVIG00000018989 ##21 TLN2 (ENSNVIG00000019004) ENSNVIG00000019176 ENSNVIG00000019183 ENSNVIG00000019200 VPS13C (ENSNVIG00000019284) ENSNVIG00000020366 RORA (ENSNVIG00000020389) NARG2 (ENSNVIG00000020437) ANXA2 (ENSNVIG00000020496) CHRM3 (ENSNVIG00000020523) Ursidae ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000155112.B ENSGT00950000183108.a ENSGT01100000263474.a.a.c.b ENSGT01100000263474.a.a.c.a ENSGT00940000153092.a.b.e.b ENSGT00940000160894 ENSGT00940000162346 ENSGT00940000162523 ENSGT00940000161926 ENSGT00940000160468 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000162950 ENSGT00940000153125.E.c.a.b.b ENSGT00940000163269 ENSGT00940000153092.a.a.d ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000163082.d ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d ENSGT00940000163525 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT00940000155501.a.a ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.b Ursus ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00530000068834 ENSGT00940000153717.a.a ENSGT00390000010830 ENSGT00940000155112.B ENSGT00950000183108.a ENSGT01100000263474.a.a.c.b ENSGT01100000263474.a.a.c.a ENSGT00940000153092.a.b.e.a.b.b ENSGT00940000160894 ENSGT00940000162346 ENSGT00940000162523 ENSGT00940000161926 ENSGT00940000160468 ENSGT00940000163269 ENSGT00940000153092.a.a.c.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000163082.d ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT01060000248528.b.kh.yb.d ENSGT00940000163525 American black bear MODERN SPECIES 2400 ENSUAMG00000013539 ENSUAMG00000013542 H2BC26 (ENSUAMG00000013549) H2AC25 (ENSUAMG00000013568) ENSUAMG00000013599 ##21 TRIM17 (ENSUAMG00000013611) TRIM11 (ENSUAMG00000013614) ENSUAMG00000013620 Polar bear DUPLICATION Polar bear DUPLICATION Polar bear MODERN SPECIES 181 H2BC4 (ENSUMAG00000020917) H2AC6 (ENSUMAG00000020921) H1-4 (ENSUMAG00000020932) H2BC5 (ENSUMAG00000020933) ENSUMAG00000020935 ENSUMAG00000020936 ENSUMAG00000020938 ENSUMAG00000020941 ENSUMAG00000020943 ENSUMAG00000020948 ENSUMAG00000020950 ENSUMAG00000020953 ENSUMAG00000020956 ##21 ENSUMAG00000020960 ENSUMAG00000020963 ENSUMAG00000020968 ##21 ENSUMAG00000020973 H1-3 (ENSUMAG00000020980) ENSUMAG00000020985 ENSUMAG00000020988 ENSUMAG00000020991 ENSUMAG00000020993 ENSUMAG00000020999 ##21 ENSUMAG00000021005 ENSUMAG00000021017 ENSUMAG00000021028 BTN2A2 (ENSUMAG00000021036) BTN1A1 (ENSUMAG00000021063) ENSUMAG00000021069 HMGN4 (ENSUMAG00000000061) ABT1 (ENSUMAG00000000260) Polar bear MODERN SPECIES 181 ENSUMAG00000001455 ENSUMAG00000001448 ENSUMAG00000001431 ENSUMAG00000001417 ENSUMAG00000001397 ENSUMAG00000001338 ENSUMAG00000001267 ENSUMAG00000001257 ENSUMAG00000001244 ##21 ENSUMAG00000001209 ENSUMAG00000001178 ENSUMAG00000001140 ENSUMAG00000001131 ENSUMAG00000001124 ENSUMAG00000001117 ENSUMAG00000001055 ENSUMAG00000001004 ZNF184 (ENSUMAG00000000975) ENSUMAG00000000964 ENSUMAG00000000956 POM121L2 (ENSUMAG00000000900) ENSUMAG00000000886 #15 ENSUMAG00000000836 ENSUMAG00000000787 Polar bear DUPLICATION Polar bear MODERN SPECIES 193 PLEKHO1 (ENSUMAG00000003760) VPS45 (ENSUMAG00000003781) OTUD7B (ENSUMAG00000003786) MTMR11 (ENSUMAG00000003794) SF3B4 (ENSUMAG00000003802) SV2A (ENSUMAG00000003804) H2AC21 (ENSUMAG00000003816) ENSUMAG00000003822 ENSUMAG00000003825 ENSUMAG00000003829 ##21 ENSUMAG00000003836 ENSUMAG00000003882 ENSUMAG00000003899 ENSUMAG00000003922 ##21 ENSUMAG00000003931 ENSUMAG00000003935 ##21 H2BC18 (ENSUMAG00000003946) FCGR1A (ENSUMAG00000003967) ENSUMAG00000003983 ENSUMAG00000003995 Polar bear MODERN SPECIES 181 HFE (ENSUMAG00000020895) ENSUMAG00000020908 H1-6 (ENSUMAG00000020910) H2BC4 (ENSUMAG00000020917) H2AC6 (ENSUMAG00000020921) H1-4 (ENSUMAG00000020932) H2BC5 (ENSUMAG00000020933) ENSUMAG00000020935 ENSUMAG00000020936 ENSUMAG00000020938 ENSUMAG00000020941 ENSUMAG00000020943 ENSUMAG00000020948 ENSUMAG00000020950 ENSUMAG00000020953 ENSUMAG00000020956 ##21 ENSUMAG00000020960 ENSUMAG00000020963 ENSUMAG00000020968 ##21 ENSUMAG00000020973 H1-3 (ENSUMAG00000020980) ENSUMAG00000020985 ENSUMAG00000020988 ENSUMAG00000020991 ENSUMAG00000020993 ENSUMAG00000020999 ##21 ENSUMAG00000021005 ENSUMAG00000021017 ENSUMAG00000021028 BTN2A2 (ENSUMAG00000021036) BTN1A1 (ENSUMAG00000021063) Polar bear MODERN SPECIES 181 ENSUMAG00000020562 ENSUMAG00000020568 SLC17A4 (ENSUMAG00000020584) SLC17A1 (ENSUMAG00000020654) SLC17A3 (ENSUMAG00000020725) SLC17A2 (ENSUMAG00000020816) TRIM38 (ENSUMAG00000020830) H1-1 (ENSUMAG00000020836) ENSUMAG00000020841 ENSUMAG00000020843 ENSUMAG00000020845 H2AC4 (ENSUMAG00000020851) ENSUMAG00000020861 H2BC3 (ENSUMAG00000020865) ENSUMAG00000020875 ENSUMAG00000020882 ##21 H1-2 (ENSUMAG00000020889) HFE (ENSUMAG00000020895) ENSUMAG00000020908 H1-6 (ENSUMAG00000020910) H2BC4 (ENSUMAG00000020917) H2AC6 (ENSUMAG00000020921) H1-4 (ENSUMAG00000020932) H2BC5 (ENSUMAG00000020933) ENSUMAG00000020935 ENSUMAG00000020936 ENSUMAG00000020938 ENSUMAG00000020941 ENSUMAG00000020943 ENSUMAG00000020948 ENSUMAG00000020950 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000178689 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263504.a.a.yb #22 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000178689 ENSGT00390000004799 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 7 IFIT3 (ENSRFEG00010018935) IFIT2 (ENSRFEG00010018968) LIPA (ENSRFEG00010018997) ENSRFEG00010019037 STAMBPL1 (ENSRFEG00010019067) ACTA2 (ENSRFEG00010019133) ANKRD22 (ENSRFEG00010019181) LIPM (ENSRFEG00010019214) LIPK (ENSRFEG00010019342) RNLS (ENSRFEG00010019358) PTEN (ENSRFEG00010019405) ATAD1 (ENSRFEG00010019472) PAPSS2 (ENSRFEG00010019528) ENSRFEG00010019643 MINPP1 (ENSRFEG00010019675) ENSRFEG00010019748 ##21 SGMS1 (ENSRFEG00010019788) ENSRFEG00010019865 A1CF (ENSRFEG00010020111) PRKG1 (ENSRFEG00010020166) ENSRFEG00010020300 CSTF2T (ENSRFEG00010020325) DKK1 (ENSRFEG00010020338) MBL2 (ENSRFEG00010020367) ENSRFEG00010020396 ENSRFEG00010020418 PCDH15 (ENSRFEG00010021032) ENSRFEG00010021865 ENSRFEG00010021868 ENSRFEG00010021878 ENSRFEG00010021886 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 19 DEGS1 (ENSRFEG00010021497) NVL (ENSRFEG00010021511) CNIH4 (ENSRFEG00010021549) WDR26 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(ENSCWAG00000008855) ENSCWAG00000008847 ENSCWAG00000008832 ENSCWAG00000008821 H2AC12 (ENSCWAG00000008803) PRSS16 (ENSCWAG00000008627) #15 ENSCWAG00000008569 ZNF184 (ENSCWAG00000008509) ENSCWAG00000008488 ENSCWAG00000008464 ENSCWAG00000008451 H2AC14 (ENSCWAG00000008431) ENSCWAG00000008404 ENSCWAG00000008393 ENSCWAG00000008372 ENSCWAG00000008361 ##21 ENSCWAG00000008343 ENSCWAG00000008324 H1-5 (ENSCWAG00000008304) ENSCWAG00000008290 ENSCWAG00000008272 ENSCWAG00000008206 OR2B6 (ENSCWAG00000008190) ENSCWAG00000008173 ENSCWAG00000008161 ENSCWAG00000008139 ENSCWAG00000008115 ENSCWAG00000008059 ENSCWAG00000008038 ZNF165 (ENSCWAG00000007984) ZSCAN16 (ENSCWAG00000007941) Chacoan peccary MODERN SPECIES 782 ENSCWAG00000009511 H2AC7 (ENSCWAG00000009532) ENSCWAG00000009554 ENSCWAG00000009572 ENSCWAG00000009586 ENSCWAG00000009606 H1-4 (ENSCWAG00000009622) H2AC6 (ENSCWAG00000009641) ENSCWAG00000009663 H1-6 (ENSCWAG00000009687) ENSCWAG00000008007 HFE (ENSCWAG00000008062) H1-2 (ENSCWAG00000008666) H2BC3 (ENSCWAG00000008683) ENSCWAG00000008709 ENSCWAG00000008736 ##21 ENSCWAG00000008750 ENSCWAG00000008772 ENSCWAG00000008792 H1-1 (ENSCWAG00000008804) TRIM38 (ENSCWAG00000008822) SLC17A2 (ENSCWAG00000008853) SLC17A3 (ENSCWAG00000009116) SLC17A1 (ENSCWAG00000009387) SLC17A4 (ENSCWAG00000009649) ENSCWAG00000009846 ENSCWAG00000009875 H2BC1 (ENSCWAG00000009893) H2AC1 (ENSCWAG00000009917) SCGN (ENSCWAG00000009940) CARMIL1 (ENSCWAG00000010042) Chacoan peccary MODERN SPECIES 387 ENSCWAG00000009984 ##21 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000163525 ENSGT01060000248528.b.kh.yb ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT00940000163082 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000153125.E.c.a.a ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263575.A ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.a.a.a ENSGT00940000153125.E.c.b 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(ENSPCTG00005005183) ENSPCTG00005005176 ENSPCTG00005005165 ENSPCTG00005005147 ENSPCTG00005005118 ##21 ENSPCTG00005005107 ENSPCTG00005005099 ENSPCTG00005005078 ENSPCTG00005005061 H1-3 (ENSPCTG00005005048) ENSPCTG00005005035 ENSPCTG00005005024 ENSPCTG00005005003 ##21 ENSPCTG00005004979 ENSPCTG00005004969 ENSPCTG00005004961 BTN3A1 (ENSPCTG00005004912) BTN2A2 (ENSPCTG00005004688) BTN1A1 (ENSPCTG00005004603) HMGN4 (ENSPCTG00005004513) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00530000068834 ENSGT00940000153717.a.a ENSGT00390000010830 ENSGT00940000155112.B ENSGT00950000183108.a ENSGT01100000263474.a.a.d.c ENSGT01100000263474.a.a.d.d ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d ENSGT00940000162346 ENSGT00940000162523 ENSGT00940000161926 ENSGT00940000160468 ENSGT00940000163269 ENSGT01100000263514.A.e.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000156302.m.a.a.a 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ENSPSNG00000005258 ENSPSNG00000005184 ENSPSNG00000005170 ENSPSNG00000005148 ENSPSNG00000005132 ENSPSNG00000005103 BTN2A2 (ENSPSNG00000004788) BTN1A1 (ENSPSNG00000004683) ENSPSNG00000004661 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01100000263517.b.d.m.a.a.b ENSGT01060000248528.b.kh.yb ENSGT00940000163525 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000153092.a.b.f ENSGT00940000155501.a.a ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.a.b.a ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.a.a.a ENSGT01060000248528.b.jh.a.a.b ENSGT00940000155501.a.b ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.a ENSGT00940000153125.B ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.a.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000153092.a.a.c.a.a ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01060000248528.b.jh.a.b ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.b ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.b ##21 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000163036 ENSGT00940000158017 ENSGT00940000161530 ENSGT00950000182802.B.a.a.b ENSGT00390000002062 ENSGT00940000162956 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whale MODERN SPECIES 79 HFE (ENSDLEG00000019258) ENSDLEG00000019264 H1-6 (ENSDLEG00000019266) ENSDLEG00000019270 H2AC6 (ENSDLEG00000019275) H1-4 (ENSDLEG00000019283) ENSDLEG00000019288 ENSDLEG00000019301 ENSDLEG00000019305 ENSDLEG00000019308 ENSDLEG00000019310 ENSDLEG00000019314 ENSDLEG00000019316 ENSDLEG00000019319 ENSDLEG00000019320 ENSDLEG00000019325 ##21 ENSDLEG00000019331 ENSDLEG00000019333 ENSDLEG00000019337 ENSDLEG00000019345 H1-3 (ENSDLEG00000019348) ENSDLEG00000019351 ENSDLEG00000019355 ENSDLEG00000019360 ##21 ENSDLEG00000019366 ENSDLEG00000019369 ENSDLEG00000019372 BTN3A1 (ENSDLEG00000019373) BTN2A2 (ENSDLEG00000019375) BTN1A1 (ENSDLEG00000019381) HMGN4 (ENSDLEG00000019387) Beluga whale MODERN SPECIES 79 ZSCAN12 (ENSDLEG00000016520) ZSCAN31 (ENSDLEG00000016513) PGBD1 (ENSDLEG00000016507) ZSCAN26 (ENSDLEG00000016493) ENSDLEG00000016485 ZKSCAN4 (ENSDLEG00000016460) ENSDLEG00000016450 ENSDLEG00000016441 ENSDLEG00000016435 ZKSCAN8P1 (ENSDLEG00000016430) ZSCAN16 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SPECIES 22 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000165019.a ENSGT00940000160590 ENSGT00940000156546 ENSGT00390000016158 ENSGT00730000111005 ENSGT00940000162691 ENSGT00390000015553.a.a.b ENSGT00390000017364 ENSGT00940000155092.b Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 5 SDE2 (ENSCHYG00000008711) ENSCHYG00000008774 #22 ACBD3 (ENSCHYG00000008896) MIXL1 (ENSCHYG00000008961) LIN9 (ENSCHYG00000009023) PARP1 (ENSCHYG00000009348) ENSCHYG00000009567 ITPKB (ENSCHYG00000009603) PSEN2 (ENSCHYG00000009644) COQ8A (ENSCHYG00000009793) CDC42BPA (ENSCHYG00000010016) ENSCHYG00000011242 AHCTF1 (ENSCHYG00000011282) ENSCHYG00000011764 ENSCHYG00000011947 ENSCHYG00000011989 ##21 ENSCHYG00000012025 CNST (ENSCHYG00000012068) ENSCHYG00000012247 SMYD3 (ENSCHYG00000012418) KIF26B (ENSCHYG00000012555) ENSCHYG00000012805 ENSCHYG00000012934 ENSCHYG00000013023 ENSCHYG00000013042 HNRNPU (ENSCHYG00000013134) COX20 (ENSCHYG00000014922) ENSCHYG00000015006 DESI2 (ENSCHYG00000015061) CATSPERE (ENSCHYG00000015191) ADSS2 (ENSCHYG00000015582) Yarkand deer MODERN SPECIES 1323 ASB9 (ENSCHYG00000022451) MOSPD2 (ENSCHYG00000022624) FANCB (ENSCHYG00000022845) GLRA2 (ENSCHYG00000022919) ENSCHYG00000023075 ENSCHYG00000023086 GEMIN8 (ENSCHYG00000023096) GPM6B (ENSCHYG00000023125) OFD1 (ENSCHYG00000023561) ENSCHYG00000023673 RAB9A (ENSCHYG00000023718) TCEANC (ENSCHYG00000023727) EGFL6 (ENSCHYG00000023766) ENSCHYG00000023929 ENSCHYG00000023949 ENSCHYG00000023966 ##21 ENSCHYG00000023976 TLR8 (ENSCHYG00000023987) TLR7 (ENSCHYG00000024000) PRPS2 (ENSCHYG00000024019) FRMPD4 (ENSCHYG00000024154) ENSCHYG00000024964 ENSCHYG00000025334 AMELY (ENSCHYG00000025353) ARHGAP6 (ENSCHYG00000025448) ENSCHYG00000025477 MID1 (ENSCHYG00000025497) CLCN4 (ENSCHYG00000025569) WWC3 (ENSCHYG00000025613) ENSCHYG00000025723 ENSCHYG00000025751 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000165019.a ENSGT00940000160590 ENSGT00390000001157.C.kc ENSGT00940000156546 ENSGT00390000016158 ENSGT00730000111005 ENSGT00940000162691 ENSGT00390000015553.a.a.b ENSGT00390000017364 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 191 STUM (ENSMMSG00000001320) ITPKB (ENSMMSG00000001345) PSEN2 (ENSMMSG00000001360) COQ8A (ENSMMSG00000001398) CDC42BPA (ENSMMSG00000001554) AHCTF1 (ENSMMSG00000002048) ENSMMSG00000002197 SCCPDH (ENSMMSG00000002234) ENSMMSG00000002245 ##21 CNST (ENSMMSG00000002263) TFB2M (ENSMMSG00000002316) SMYD3 (ENSMMSG00000002362) KIF26B (ENSMMSG00000002389) ENSMMSG00000002406 EFCAB2 (ENSMMSG00000002421) ENSMMSG00000002446 HNRNPU (ENSMMSG00000002510) ENSMMSG00000003138 ENSMMSG00000003153 CATSPERE (ENSMMSG00000003191) ENSMMSG00000003290 C1orf100 (ENSMMSG00000003308) ENSMMSG00000003313 ENSMMSG00000003326 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1207 ENSMMSG00000010681 ENSMMSG00000010715 ENSMMSG00000010735 ##21 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000165019.a ENSGT00940000160590 ENSGT00390000001157.C.kc ENSGT00940000156546 ENSGT00390000016158 ENSGT00730000111005 ENSGT00940000162691 ENSGT00390000015553.a.a.b ENSGT00390000017364 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00910000148060 ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000160590 ENSGT00390000001157.C.kc ENSGT00940000156546 ENSGT00390000016158 ENSGT00730000111005 ENSGT00940000162691 ENSGT00390000015553.a.a.b ENSGT00390000017364 ENSGT00940000155092.b ENSGT00940000157060 Goat MODERN SPECIES 7 ENSCHIG00000013022 ENSCHIG00000021907 ##21 ACBD3 (ENSCHIG00000010539) MIXL1 (ENSCHIG00000017640) LIN9 (ENSCHIG00000003005) PARP1 (ENSCHIG00000018072) STUM (ENSCHIG00000026813) ITPKB (ENSCHIG00000016348) PSEN2 (ENSCHIG00000025180) COQ8A (ENSCHIG00000012633) CDC42BPA (ENSCHIG00000021878) ENSCHIG00000010278 AHCTF1 (ENSCHIG00000023392) ENSCHIG00000011366 SCCPDH (ENSCHIG00000022401) ENSCHIG00000011881 ##21 ENSCHIG00000022887 CNST (ENSCHIG00000011991) TFB2M (ENSCHIG00000017458) ENSCHIG00000024072 ENSCHIG00000013167 SMYD3 (ENSCHIG00000019856) KIF26B (ENSCHIG00000026425) EFCAB2 (ENSCHIG00000013755) ENSCHIG00000011421 HNRNPU (ENSCHIG00000004900) ENSCHIG00000014790 DESI2 (ENSCHIG00000020086) ENSCHIG00000010596 ADSS2 (ENSCHIG00000019431) C1orf100 (ENSCHIG00000003781) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 3 ENSOARG00020018575 SDE2 (ENSOARG00020018625) H3F3A (ENSOARG00020018672) #21 ACBD3 (ENSOARG00020018756) MIXL1 (ENSOARG00020018842) LIN9 (ENSOARG00020018902) PARP1 (ENSOARG00020019277) STUM (ENSOARG00020019418) ITPKB (ENSOARG00020019465) PSEN2 (ENSOARG00020019535) COQ8A (ENSOARG00020019681) CDC42BPA (ENSOARG00020019926) AHCTF1 (ENSOARG00020003268) ENSOARG00020003724 SCCPDH (ENSOARG00020003810) ENSOARG00020003854 ##21 TFB2M (ENSOARG00020003896) SMYD3 (ENSOARG00020003928) ENSOARG00020004035 KIF26B (ENSOARG00020004096) EFCAB2 (ENSOARG00020004432) ENSOARG00020004467 HNRNPU (ENSOARG00020004518) COX20 (ENSOARG00020004998) DESI2 (ENSOARG00020005026) ENSOARG00020005072 ENSOARG00020005105 C1orf100 (ENSOARG00020005127) ZBTB18 (ENSOARG00020005168) AKT3 (ENSOARG00020005210) CEP170 (ENSOARG00020005464) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 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ENSBBBG00000011707 ##21 ENSBBBG00000002158 CNST (ENSBBBG00000011683) TFB2M (ENSBBBG00000011663) SMYD3 (ENSBBBG00000011655) KIF26B (ENSBBBG00000011611) EFCAB2 (ENSBBBG00000007121) ENSBBBG00000011558 HNRNPU (ENSBBBG00000011529) COX20 (ENSBBBG00000011393) DESI2 (ENSBBBG00000011390) CATSPERE (ENSBBBG00000002070) ENSBBBG00000011316 ADSS2 (ENSBBBG00000011309) C1orf100 (ENSBBBG00000011297) ZBTB18 (ENSBBBG00000002053) Bos ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058.l ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.b.a ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000165019.a ENSGT00940000160590 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000156546 ENSGT00390000016158 ENSGT00730000111005 ENSGT00940000162691 ENSGT00960000190292 ENSGT00390000015553.a.a.b ENSGT00390000017364 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058.l ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000160590 ENSGT00510000048856.A ENSGT00390000002172.A.b ENSGT00940000161909 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000156546 ENSGT00390000016158 ENSGT00730000111005 ENSGT00940000162691 ENSGT00960000190292 Wild yak MODERN SPECIES 558 ENSBMUG00000009023 ENSBMUG00000009031 ENSBMUG00000009041 STUM (ENSBMUG00000009216) ITPKB (ENSBMUG00000009271) PSEN2 (ENSBMUG00000009285) COQ8A (ENSBMUG00000009311) CDC42BPA (ENSBMUG00000009791) AHCTF1 (ENSBMUG00000010205) ENSBMUG00000010228 SCCPDH (ENSBMUG00000010247) ENSBMUG00000010258 ##21 ENSBMUG00000010281 CNST (ENSBMUG00000010296) TFB2M (ENSBMUG00000010320) SMYD3 (ENSBMUG00000010340) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000010056.ub ENSGT00530000063402.b ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058.l ENSGT01100000263474.a.b.b.e.a.b.a ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00390000018900 ENSGT00940000163104 ENSGT00390000004799 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT00940000155028.q.a.c ENSGT00390000005861 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00940000156766 ENSGT00940000156992 ENSGT00940000165019.a ENSGT00940000160590 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000156546 ENSGT00390000016158 ENSGT00730000111005 ENSGT00940000162691 ENSGT00390000015553.a.a.b ENSGT00390000017364 ENSGT00940000155092.b Cow MODERN SPECIES 7 H3-3A (ENSBTAG00000024561) ##21 ACBD3 (ENSBTAG00000013128) MIXL1 (ENSBTAG00000002139) LIN9 (ENSBTAG00000033267) PARP1 (ENSBTAG00000000837) ENSBTAG00000047233 STUM (ENSBTAG00000024560) ENSBTAG00000033252 ITPKB (ENSBTAG00000053007) PSEN2 (ENSBTAG00000013197) COQ8A (ENSBTAG00000021880) CDC42BPA (ENSBTAG00000022777) AHCTF1 (ENSBTAG00000013949) ENSBTAG00000049714 SCCPDH (ENSBTAG00000003804) H3-3D (ENSBTAG00000011508) ##21 ENSBTAG00000021109 CNST (ENSBTAG00000000511) TFB2M (ENSBTAG00000000072) SMYD3 (ENSBTAG00000033180) KIF26B (ENSBTAG00000012715) EFCAB2 (ENSBTAG00000024555) ENSBTAG00000047437 HNRNPU (ENSBTAG00000007606) COX20 (ENSBTAG00000033136) DESI2 (ENSBTAG00000001478) ENSBTAG00000044066 ADSS2 (ENSBTAG00000013885) C16H1orf100 (ENSBTAG00000033127) ZBTB18 (ENSBTAG00000000385) AKT3 (ENSBTAG00000017788) Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 7 ENSBIXG00005027464 MIXL1 (ENSBIXG00005027457) LIN9 (ENSBIXG00005027424) PARP1 (ENSBIXG00005027371) ENSBIXG00005007774 ENSBIXG00005027292 ENSBIXG00005027257 ITPKB (ENSBIXG00005027239) PSEN2 (ENSBIXG00005004681) COQ8A (ENSBIXG00005027082) CDC42BPA (ENSBIXG00005026924) AHCTF1 (ENSBIXG00005026527) ENSBIXG00005026353 ENSBIXG00005004497 SCCPDH (ENSBIXG00005026257) ENSBIXG00005026229 ##21 CNST (ENSBIXG00005026207) TFB2M (ENSBIXG00005026150) SMYD3 (ENSBIXG00005026141) ENSBIXG00005026111 KIF26B (ENSBIXG00005026077) ENSBIXG00005026044 EFCAB2 (ENSBIXG00005026031) ENSBIXG00005004429 ENSBIXG00005025963 HNRNPU (ENSBIXG00005025914) COX20 (ENSBIXG00005025757) DESI2 (ENSBIXG00005004387) CATSPERE (ENSBIXG00005025657) ENSBIXG00005025613 ENSBIXG00005025604 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 HFE (ENSBIXG00005011787) ENSBIXG00005011819 H1-6 (ENSBIXG00005011834) ENSBIXG00005011843 H2AC6 (ENSBIXG00005011858) H1-4 (ENSBIXG00005011883) ENSBIXG00005011891 ENSBIXG00005011900 H2AC7 (ENSBIXG00005011908) ENSBIXG00005001204 ENSBIXG00005011929 H1-3 (ENSBIXG00005011942) ENSBIXG00005011951 ENSBIXG00005011962 ENSBIXG00005011971 ENSBIXG00005001222 ##21 ENSBIXG00005011991 ENSBIXG00005001246 ENSBIXG00005006720 ENSBIXG00005012094 BTN1A1 (ENSBIXG00005012143) BTN2A2 (ENSBIXG00005012204) HMGN4 (ENSBIXG00005012219) ENSBIXG00005001271 ABT1 (ENSBIXG00005012255) ENSBIXG00005001281 ENSBIXG00005012275 ENSBIXG00005012309 H2BC11 (ENSBIXG00005012324) ENSBIXG00005012338 ENSBIXG00005001306 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 Common shrew DUPLICATION Common shrew MODERN SPECIES 12895 ENSSARG00000000053 ##21 Common shrew MODERN SPECIES 8020 ENSSARG00000006621 ##21 Elephant shark DUPLICATION Elephant shark MODERN SPECIES 1501 vcp (ENSCMIG00000009375) ENSCMIG00000009368 dnajb5 (ENSCMIG00000009366) epg5 (ENSCMIG00000009347) slc14a2 (ENSCMIG00000009325) SETBP1 (ENSCMIG00000009310) PARP12 (ENSCMIG00000009307) NBEAL1 (ENSCMIG00000009204) stradb (ENSCMIG00000009122) TRAK2 (ENSCMIG00000009046) ENSCMIG00000009014 USP40 (ENSCMIG00000009011) lrrc3 (ENSCMIG00000009007) ENSCMIG00000008998 pcbp3 (ENSCMIG00000008968) ENSCMIG00000008958 ##21 ENSCMIG00000008957 SLC19A1 (ENSCMIG00000008956) prl (ENSCMIG00000008952) ENSCMIG00000008949 ENSCMIG00000008947 ENSCMIG00000008945 ENSCMIG00000008940 ugt1b5 (ENSCMIG00000008939) DIP2A (ENSCMIG00000007758) ITGB2 (ENSCMIG00000006532) ENSCMIG00000006243 TSPEAR (ENSCMIG00000006236) ube2g2 (ENSCMIG00000006228) pofut2 (ENSCMIG00000006150) adarb1a (ENSCMIG00000006012) Elephant shark MODERN SPECIES 2362 ENSCMIG00000006048 ENSCMIG00000006042 si:dkey-23a13.20 (ENSCMIG00000006037) ENSCMIG00000006029 ##21 ENSCMIG00000006026 ENSCMIG00000006023 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT01100000263504.a.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474 ENSGT01100000263514.A ENSGT00990000203553.c.a.a.a ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263567.a.b Lamprey MODERN SPECIES 542 ENSPMAG00000002161 ENSPMAG00000002162 ENSPMAG00000002166 ENSPMAG00000010001 ENSPMAG00000010003 ENSPMAG00000010009 ENSPMAG00000010012 ENSPMAG00000002167 ##21 ENSPMAG00000010018 ENSPMAG00000002169 ENSPMAG00000002176 ENSPMAG00000002177 ENSPMAG00000002178 ENSPMAG00000010022 ENSPMAG00000010029 ENSPMAG00000002179 ENSPMAG00000010030 ENSPMAG00000010032 H4C7 (ENSPMAG00000002180) ENSPMAG00000010034 ENSPMAG00000010039 ENSPMAG00000002183 ENSPMAG00000002185 Hagfish MODERN SPECIES 567 ENSEBUG00000013664 ENSEBUG00000009824 ENSEBUG00000009848 ENSEBUG00000001434 ENSEBUG00000014787 ##21 ENSEBUG00000010176 anapc10 (ENSEBUG00000006179) ENSEBUG00000005684 ENSEBUG00000002936 ENSEBUG00000009058 ##21 ENSEBUG00000008052 ENSEBUG00000006951 ENSEBUG00000008092 ENSEBUG00000006696 ENSEBUG00000015325 ENSEBUG00000007702 ENSEBUG00000013049 ENSEBUG00000007630 ENSEBUG00000014816 ENSEBUG00000012152 Ecdysozoa ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.a.b.b ##21 Caenorhabditis elegans MODERN SPECIES 6 K07E3.4 (WBGene00019492) C46F2.1 (WBGene00016714) C18A11.1 (WBGene00015947) C18A11.2 (WBGene00015948) C18A11.3 (WBGene00015949) dim-1 (WBGene00001000) C18A11.4 (WBGene00015950) xol-1 (WBGene00006962) C34D10.1 (WBGene00016406) C34D10.5 (WBGene00303044) unk-1 (WBGene00016407) F45E1.2 (WBGene00018463) F45E1.1 (WBGene00018462) sdpn-1 (WBGene00018467) F45E1.4 (WBGene00018465) his-71 (WBGene00001945) ##21 F45E1.5 (WBGene00018466) sem-5 (WBGene00004774) sfxn-2 (WBGene00015777) dct-1 (WBGene00015776) tnt-3 (WBGene00006588) zig-3 (WBGene00006980) zig-4 (WBGene00006981) C39D10.7 (WBGene00016534) C39D10.1 (WBGene00016529) C39D10.11 (WBGene00043983) C39D10.6 (WBGene00016533) C39D10.5 (WBGene00016532) C39D10.2 (WBGene00016530) pcyt-2.2 (WBGene00016531) C39D10.8 (WBGene00016535) Bilateria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Lamprey MODERN SPECIES 4390 ENSPMAG00000003759 ##21 ENSPMAG00000003762 Hagfish DUPLICATION Hagfish MODERN SPECIES 1211 itpa (ENSEBUG00000005050) ENSEBUG00000009719 ENSEBUG00000002864 ENSEBUG00000014921 ENSEBUG00000000484 ##21 psmb7 (ENSEBUG00000012866) ENSEBUG00000003931 ENSEBUG00000001828 ENSEBUG00000011836 Hagfish MODERN SPECIES 567 ENSEBUG00000013664 ENSEBUG00000009824 ENSEBUG00000009848 ENSEBUG00000001434 ENSEBUG00000014787 ##21 ENSEBUG00000010176 anapc10 (ENSEBUG00000006179) ENSEBUG00000005684 ENSEBUG00000002936 ENSEBUG00000009058 ##21 ENSEBUG00000008052 ENSEBUG00000006951 ENSEBUG00000008092 ENSEBUG00000006696 ENSEBUG00000015325 ENSEBUG00000007702 ENSEBUG00000013049 ENSEBUG00000007630 ENSEBUG00000014816 ENSEBUG00000012152 ENSEBUG00000010550 ENSEBUG00000009737 ENSEBUG00000008724 ACACB (ENSEBUG00000005803) ENSEBUG00000014491 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 133 ENSGT00940000153092 ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b ##21 ENSGT01100000263474.a.b.a.c.a ENSGT00940000155501.b ENSGT01100000263567.a.a ENSGT01100000263506.a ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263474.a.b.b ENSGT00940000153118 ENSGT01100000263559.A ENSGT01060000248528.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000164494 ENSGT01100000263569.a.b.b ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f ENSGT00950000183089 ENSGT01100000263559.B ENSGT01060000248528.b.jh.a ENSGT01100000263474.a.b.a.d ENSGT01060000248528.b.jh.b ENSGT01100000263514.A.e.a ENSGT01100000263474.a.a ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d Anura ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Frog MODERN SPECIES 8 rin3 (ENSXETG00000010292) lgmn (ENSXETG00000010300) golga5 (ENSXETG00000010301) ENSXETG00000042197 chga (ENSXETG00000010302) itpk1 (ENSXETG00000010303) tmem251 (ENSXETG00000027035) taf6l (ENSXETG00000010304) tmem223 (ENSXETG00000034303) ubr7 (ENSXETG00000010305) spc25 (ENSXETG00000010306) btbd7 (ENSXETG00000010307) unc79 (ENSXETG00000010308) ENSXETG00000040411 PRIMA1 (ENSXETG00000041246) ENSXETG00000041863 ##21 FAM181A (ENSXETG00000044039) asb2 (ENSXETG00000010311) otub2 (ENSXETG00000010313) ddx24 (ENSXETG00000010314) ppp4r4 (ENSXETG00000010315) serpina10 (ENSXETG00000010316) serpina1 (ENSXETG00000023329) serpina3m (ENSXETG00000025892) serpina3 (ENSXETG00000025891) gsc (ENSXETG00000023328) dicer1 (ENSXETG00000023315) clmn (ENSXETG00000038040) syne3 (ENSXETG00000023311) thul16 (ENSXETG00000023308) glrx5 (ENSXETG00000025901) Leishan spiny toad DUPLICATION Leishan spiny toad MODERN SPECIES 5 CASQ2 (ENSLLEG00000001285) ENSLLEG00000001270 ENSLLEG00000001254 ENSLLEG00000001237 ENSLLEG00000001230 ENSLLEG00000001205 ENSLLEG00000001188 ENSLLEG00000001176 ENSLLEG00000001165 IGSF3 (ENSLLEG00000001124) ENSLLEG00000001112 ENSLLEG00000001092 ENSLLEG00000001076 ENSLLEG00000001060 ENSLLEG00000001052 ENSLLEG00000001043 ##21 ENSLLEG00000001023 ENSLLEG00000000991 ENSLLEG00000000972 Leishan spiny toad MODERN SPECIES 977 ENSLLEG00000011336 ##21 Amniota ANCESTRAL SPECIES 359 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 199 ENSGT00390000000412 ENSGT00940000160505 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505.b ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00950000183044.a.a.a.c ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 7 ENSOCUG00000032837 ENSOCUG00000029073 ITPKB (ENSOCUG00000004970) ENSOCUG00000030155 ENSOCUG00000038705 ENSOCUG00000032314 LBR (ENSOCUG00000000285) ENAH (ENSOCUG00000002299) SRP9 (ENSOCUG00000010791) EPHX1 (ENSOCUG00000011934) TMEM63A (ENSOCUG00000001907) ENSOCUG00000021555 PYCR2 (ENSOCUG00000001915) ENSOCUG00000023218 SDE2 (ENSOCUG00000001919) ENSOCUG00000024644 ##21 ACBD3 (ENSOCUG00000014391) MIXL1 (ENSOCUG00000000103) ENSOCUG00000022544 LIN9 (ENSOCUG00000010028) PARP1 (ENSOCUG00000017820) CNIH3 (ENSOCUG00000007694) WDR26 (ENSOCUG00000003294) CNIH4 (ENSOCUG00000000520) NVL (ENSOCUG00000005530) ENSOCUG00000023942 FBXO28 (ENSOCUG00000004012) TP53BP2 (ENSOCUG00000004626) CAPN2 (ENSOCUG00000004612) ENSOCUG00000033605 CAPN8 (ENSOCUG00000008207) Rabbit MODERN SPECIES 3 FBXO5 (ENSOCUG00000000061) ENSOCUG00000000063 RGS17 (ENSOCUG00000021054) OPRM1 (ENSOCUG00000016025) IPCEF1 (ENSOCUG00000016038) ENSOCUG00000037750 CNKSR3 (ENSOCUG00000009042) SCAF8 (ENSOCUG00000026063) ENSOCUG00000012137 TFB1M (ENSOCUG00000012154) ENSOCUG00000036620 CLDN20 (ENSOCUG00000012158) NOX3 (ENSOCUG00000001440) ARID1B (ENSOCUG00000008879) TMEM242 (ENSOCUG00000024736) ENSOCUG00000031993 ##21 ENSOCUG00000022925 ZDHHC14 (ENSOCUG00000015247) SNX9 (ENSOCUG00000013765) SYNJ2 (ENSOCUG00000004762) SERAC1 (ENSOCUG00000004776) GTF2H5 (ENSOCUG00000025009) ENSOCUG00000032034 TULP4 (ENSOCUG00000001444) ENSOCUG00000026411 TMEM181 (ENSOCUG00000012985) DYNLT1 (ENSOCUG00000013012) SYTL3 (ENSOCUG00000003823) EZR (ENSOCUG00000003829) RSPH3 (ENSOCUG00000007210) TAGAP (ENSOCUG00000000631) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 20 SYNE4 (ENSHGLG00000005695) ALKBH6 (ENSHGLG00000008091) CLIP3 (ENSHGLG00000009452) THAP8 (ENSHGLG00000038007) WDR62 (ENSHGLG00000011478) OVOL3 (ENSHGLG00000006677) POLR2I (ENSHGLG00000007388) TBCB (ENSHGLG00000008350) ENSHGLG00000009026 ENSHGLG00000047828 ENSHGLG00000038233 ZNF565 (ENSHGLG00000011257) ENSHGLG00000011608 ENSHGLG00000017642 ENSHGLG00000014291 ENSHGLG00000048732 ##21 ENSHGLG00000044190 ZNF260 (ENSHGLG00000018250) ZNF566 (ENSHGLG00000043971) ENSHGLG00000017623 ENSHGLG00000015653 ENSHGLG00000014373 ENSHGLG00000050918 ENSHGLG00000048522 ZNF570 (ENSHGLG00000035445) ZNF569 (ENSHGLG00000015479) ENSHGLG00000021151 ENSHGLG00000036251 ZNF527 (ENSHGLG00000014344) ZNF383 (ENSHGLG00000035360) ENSHGLG00000014546 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Arctic ground squirrel DUPLICATION Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 325 ENSUPAG00010002969 ENSUPAG00010002965 LBR (ENSUPAG00010002925) ENAH (ENSUPAG00010002499) SRP9 (ENSUPAG00010002484) EPHX1 (ENSUPAG00010002463) TMEM63A (ENSUPAG00010002441) ENSUPAG00010002430 PYCR2 (ENSUPAG00010002405) ENSUPAG00010002390 SDE2 (ENSUPAG00010002379) ENSUPAG00010002363 ##21 ACBD3 (ENSUPAG00010002347) MIXL1 (ENSUPAG00010002339) LIN9 (ENSUPAG00010002320) PARP1 (ENSUPAG00010002304) STUM (ENSUPAG00010002286) ITPKB (ENSUPAG00010002261) PSEN2 (ENSUPAG00010002205) COQ8A (ENSUPAG00010002144) CDC42BPA (ENSUPAG00010000636) AHCTF1 (ENSUPAG00010000506) ENSUPAG00010000500 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 154 LRPAP1 (ENSUPAG00010005144) ADRA2C (ENSUPAG00010005139) HMX1 (ENSUPAG00010005133) CPZ (ENSUPAG00010005113) TRMT44 (ENSUPAG00010005096) ACOX3 (ENSUPAG00010005046) HTRA3 (ENSUPAG00010005039) SH3TC1 (ENSUPAG00010005003) ABLIM2 (ENSUPAG00010004675) AFAP1 (ENSUPAG00010004645) PSAPL1 (ENSUPAG00010004619) SORCS2 (ENSUPAG00010004579) GRPEL1 (ENSUPAG00010004575) TADA2B (ENSUPAG00010004566) ENSUPAG00010004564 ENSUPAG00010004558 ##21 TBC1D14 (ENSUPAG00010004452) KIAA0232 (ENSUPAG00010004399) BLOC1S4 (ENSUPAG00010004395) S100P (ENSUPAG00010004392) MAN2B2 (ENSUPAG00010004375) PPP2R2C (ENSUPAG00010004357) WFS1 (ENSUPAG00010004345) ENSUPAG00010004337 JAKMIP1 (ENSUPAG00010004172) CRMP1 (ENSUPAG00010004062) EVC (ENSUPAG00010003589) EVC2 (ENSUPAG00010003571) STK32B (ENSUPAG00010003559) CYTL1 (ENSUPAG00010003553) MSX1 (ENSUPAG00010003547) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Steppe mouse MODERN SPECIES 3244 ENSMSIG00000009885 Cttnbp2nl (ENSMSIG00000009897) Wnt2b (ENSMSIG00000009937) St7l (ENSMSIG00000009967) ENSMSIG00000010040 Capza1 (ENSMSIG00000010067) Mov10 (ENSMSIG00000010092) Rhoc (ENSMSIG00000010271) Ppm1j (ENSMSIG00000010303) Tafa3 (ENSMSIG00000010329) ENSMSIG00000010355 ##21 Slc16a1 (ENSMSIG00000010368) Lrig2 (ENSMSIG00000010388) ENSMSIG00000010520 Magi3 (ENSMSIG00000010539) Phtf1 (ENSMSIG00000010806) Rsbn1 (ENSMSIG00000011020) Ptpn22 (ENSMSIG00000011040) Bcl2l15 (ENSMSIG00000011102) Ap4b1 (ENSMSIG00000011131) Dclre1b (ENSMSIG00000011393) Hipk1 (ENSMSIG00000011445) Olfml3 (ENSMSIG00000011637) ENSMSIG00000011650 Syt6 (ENSMSIG00000011663) Trim33 (ENSMSIG00000011742) Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 2 Atg3 (ENSRNOG00000002094) Btla (ENSRNOG00000030246) Cd200 (ENSRNOG00000002141) LOC685767 (ENSRNOG00000053301) LOC685716 (ENSRNOG00000054404) Slc9c1 (ENSRNOG00000022007) Gcsam (ENSRNOG00000022110) LOC685680 (ENSRNOG00000022136) Tmprss7 (ENSRNOG00000002145) Tagln3 (ENSRNOG00000064186) Abhd10 (ENSRNOG00000054334) Phldb2 (ENSRNOG00000002171) Plcxd2 (ENSRNOG00000042289) Cd96 (ENSRNOG00000023030) Nectin3 (ENSRNOG00000002176) H3f3a-ps9 (ENSRNOG00000065853) ##21 Dppa4 (ENSRNOG00000025404) ENSRNOG00000064614 Gm5485 (ENSRNOG00000066784) Morc1 (ENSRNOG00000032101) Trat1 (ENSRNOG00000029564) Retnlb (ENSRNOG00000032187) Retnla (ENSRNOG00000001955) Retnlg (ENSRNOG00000001943) Dzip3 (ENSRNOG00000001956) Cip2a (ENSRNOG00000039183) Myh15 (ENSRNOG00000061038) LOC100909977 (ENSRNOG00000042598) Ift57 (ENSRNOG00000001958) Cd47 (ENSRNOG00000001964) Rpl26-ps9 (ENSRNOG00000065215) Rat MODERN SPECIES 16 Prepl (ENSRNOG00000007326) Slc3a1 (ENSRNOG00000007006) Ppm1b (ENSRNOG00000030667) Lrpprc (ENSRNOG00000005877) Abcg8 (ENSRNOG00000005420) Abcg5 (ENSRNOG00000005250) Dync2li1 (ENSRNOG00000005151) Plekhh2 (ENSRNOG00000005124) Thada (ENSRNOG00000025899) Zfp36l2 (ENSRNOG00000005067) Haao (ENSRNOG00000031263) Mta3 (ENSRNOG00000004685) Kcng3 (ENSRNOG00000004535) Cox7a2l (ENSRNOG00000004526) Eml4 (ENSRNOG00000030294) H3f3a-ps3 (ENSRNOG00000063108) ##21 Pkdcc (ENSRNOG00000004205) AABR07062753.1 (ENSRNOG00000004199) Slc8a1 (ENSRNOG00000008479) ENSRNOG00000066667 Thumpd2 (ENSRNOG00000008291) Tmem178a (ENSRNOG00000007907) ENSRNOG00000066260 Map4k3 (ENSRNOG00000007172) Cdkl4 (ENSRNOG00000040266) Sos1 (ENSRNOG00000007106) Arhgef33 (ENSRNOG00000007061) Dhx57 (ENSRNOG00000054272) Gemin6 (ENSRNOG00000027332) Ttc39d (ENSRNOG00000027343) Srsf7 (ENSRNOG00000027360) #12 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 16 ENSPEMG00000008007 ENSPEMG00000024820 Gimap9 (ENSPEMG00000014736) ENSPEMG00000025787 Gimap8 (ENSPEMG00000016086) AI854703 (ENSPEMG00000028449) Zfp775 (ENSPEMG00000012601) Repin1 (ENSPEMG00000000870) Rarres2 (ENSPEMG00000002461) Lrrc61 (ENSPEMG00000019273) ENSPEMG00000027502 ENSPEMG00000025392 Sspo (ENSPEMG00000011168) Zfp467 (ENSPEMG00000018389) Krba1 (ENSPEMG00000014012) ENSPEMG00000026644 ##21 Zfp746 (ENSPEMG00000015037) Zfp777 (ENSPEMG00000017296) Zfp956 (ENSPEMG00000028517) ENSPEMG00000027663 Zfp212 (ENSPEMG00000030229) Zfp282 (ENSPEMG00000018683) Zfp398 (ENSPEMG00000026268) Zfp786 (ENSPEMG00000009822) Pdia4 (ENSPEMG00000014275) Ezh2 (ENSPEMG00000017676) ENSPEMG00000030487 Cul1 (ENSPEMG00000010105) Cntnap2 (ENSPEMG00000025213) ENSPEMG00000025241 Tpk1 (ENSPEMG00000000639) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 19 ENSPEMG00000000390 ENSPEMG00000006545 Lrrc7 (ENSPEMG00000012631) Lrrc40 (ENSPEMG00000012486) Srsf11 (ENSPEMG00000014288) Ankrd13c (ENSPEMG00000016958) Cth (ENSPEMG00000000127) Ptger3 (ENSPEMG00000009210) Zranb2 (ENSPEMG00000010764) Negr1 (ENSPEMG00000017597) ENSPEMG00000029921 ##21 Lrriq3 (ENSPEMG00000000036) Fpgt (ENSPEMG00000002295) ENSPEMG00000026430 Tnni3k (ENSPEMG00000012106) ENSPEMG00000000155 Cryz (ENSPEMG00000010626) Tyw3 (ENSPEMG00000013100) Lhx8 (ENSPEMG00000015170) Slc44a5 (ENSPEMG00000018249) Acadm (ENSPEMG00000009616) Rabggtb (ENSPEMG00000014644) Msh4 (ENSPEMG00000000153) Asb17 (ENSPEMG00000024794) St6galnac3 (ENSPEMG00000022590) St6galnac5 (ENSPEMG00000021050) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Slc9a6 (ENSPEMG00000023480) Mmgt1 (ENSPEMG00000029255) ENSPEMG00000025376 ENSPEMG00000007135 Ints6l (ENSPEMG00000000804) ENSPEMG00000027836 ENSPEMG00000029658 ENSPEMG00000031407 Zfp449 (ENSPEMG00000027225) Etd (ENSPEMG00000028089) Mospd1 (ENSPEMG00000020761) Fam122c (ENSPEMG00000021850) Fam122b (ENSPEMG00000021284) Plac1 (ENSPEMG00000022795) Hprt (ENSPEMG00000022240) ENSPEMG00000024482 ##21 Phf6 (ENSPEMG00000021035) ENSPEMG00000026683 Ccdc160 (ENSPEMG00000021334) Gpc3 (ENSPEMG00000010163) Gpc4 (ENSPEMG00000009476) Usp26 (ENSPEMG00000021477) ENSPEMG00000025087 Hs6st2 (ENSPEMG00000022104) ENSPEMG00000024792 Mbnl3 (ENSPEMG00000024156) Rap2c (ENSPEMG00000025879) Frmd7 (ENSPEMG00000023351) Stk26 (ENSPEMG00000022509) ENSPEMG00000030427 Or1aa2 (ENSPEMG00000024500) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 317 Dusp22 (ENSCGRG00001010384) Irf4 (ENSCGRG00001016836) Exoc2 (ENSCGRG00001019674) ENSCGRG00001013162 Foxq1 (ENSCGRG00001006043) Foxf2 (ENSCGRG00001022972) Foxc1 (ENSCGRG00001005886) Gmds (ENSCGRG00001014163) ENSCGRG00001020761 Mylk4 (ENSCGRG00001012998) Wrnip1 (ENSCGRG00001020075) ENSCGRG00001007544 ENSCGRG00001000139 ENSCGRG00001009851 ENSCGRG00001014514 ENSCGRG00001021359 ##21 ENSCGRG00001022043 ENSCGRG00001020665 ENSCGRG00001015437 Nqo2 (ENSCGRG00001004425) Ripk1 (ENSCGRG00001014419) Bphl (ENSCGRG00001014124) Tubb2a (ENSCGRG00001020515) Tubb2b (ENSCGRG00001008382) Psmg4 (ENSCGRG00001017753) Slc22a23 (ENSCGRG00001010789) Pxdc1 (ENSCGRG00001021838) Fam50b (ENSCGRG00001009274) Prpf4b (ENSCGRG00001019388) Fam217a (ENSCGRG00001020164) ENSCGRG00001021795 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 284 ENSCGRG00001022386 Tpbg (ENSCGRG00001001413) Ibtk (ENSCGRG00001007460) Tent5a (ENSCGRG00001015453) Bckdhb (ENSCGRG00001017976) Ttk (ENSCGRG00001015565) ELOVL4 (ENSCGRG00001020278) Sh3bgrl2 (ENSCGRG00001021661) ENSCGRG00001010964 Lca5 (ENSCGRG00001023378) Hmgn3 (ENSCGRG00001019763) Phip (ENSCGRG00001003114) Irak1bp1 (ENSCGRG00001021968) Mei4 (ENSCGRG00001016059) Htr1b (ENSCGRG00001012010) ENSCGRG00001011114 ##21 ENSCGRG00001004664 Impg1 (ENSCGRG00001012701) Myo6 (ENSCGRG00001024878) Senp6 (ENSCGRG00001014659) ENSCGRG00001001212 Filip1 (ENSCGRG00001013402) Tmem30a (ENSCGRG00001015376) ENSCGRG00001017831 Col12a1 (ENSCGRG00001000858) Cd109 (ENSCGRG00001017958) Slc17a5 (ENSCGRG00001023838) EEF1A1 (ENSCGRG00001000419) Mto1 (ENSCGRG00001022063) ENSCGRG00001011641 Cgas (ENSCGRG00001023109) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Marmoset MODERN SPECIES 11 CDH9 (ENSCJAG00000007662) ENSCJAG00000083112 ENSCJAG00000083886 ENSCJAG00000073758 CDH10 (ENSCJAG00000011702) ENSCJAG00000081189 ENSCJAG00000011760 ENSCJAG00000072646 ENSCJAG00000083660 ENSCJAG00000047554 ENSCJAG00000076231 ENSCJAG00000080182 CDH18 (ENSCJAG00000011808) ENSCJAG00000031497 ENSCJAG00000081133 ENSCJAG00000085722 ##21 ENSCJAG00000082447 BASP1 (ENSCJAG00000046235) ENSCJAG00000053651 MYO10 (ENSCJAG00000011831) RETREG1 (ENSCJAG00000042515) MARCHF11 (ENSCJAG00000047285) FBXL7 (ENSCJAG00000010823) ANKH (ENSCJAG00000010839) OTULIN (ENSCJAG00000010884) OTULINL (ENSCJAG00000010893) TRIO (ENSCJAG00000010904) ENSCJAG00000072293 DNAH5 (ENSCJAG00000009326) ENSCJAG00000076372 ENSCJAG00000071150 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000008802.n ENSGT00940000155290.C ENSGT00940000160263 ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000144505 ENSGT00390000001801 ENSGT00910000147292 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00390000013228.e.b ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148358 ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154952.a.b Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000008802.n ENSGT00940000155290.C ENSGT00940000160263 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.d ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000144505 ENSGT00390000001801 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00390000013228.e.b.i.a ENSGT00390000013228.e.b.j ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148085 ENSGT00940000155533.d Hominidae DUPLICATION Hominidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000008802.n ENSGT00940000155290.C ENSGT00940000160263 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.d ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000144505 ENSGT00390000001801 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.o ##21 ENSGT00390000013228.e.b.i.a ENSGT00390000013228.e.b.i.b ENSGT01100000263504.b.p ##21 ENSGT00390000013228.e.b.j ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000009310.j.b ENSGT00940000155290.C ENSGT00940000160263 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.d ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000146963 ENSGT00390000001801 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000163405 ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.o ##21 ENSGT00390000013228.e.b.i.a.a.a ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.b.a.b.d.a.b.b ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148085 ENSGT00940000155533.d Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000008802.m.a ENSGT00390000009310.j.b ENSGT00940000155290.C ENSGT00940000160263 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.d ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00390000001801 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000163405 ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.o ##21 ENSGT00390000013228.e.b.i.a.a.a ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.b.a.b.d.a.b.b ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148085 ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154952.a.b.o Human MODERN SPECIES 17 TARS1 (ENSG00000113407) NPR3 (ENSG00000113389) SUB1 (ENSG00000113387) ZFR (ENSG00000056097) MTMR12 (ENSG00000150712) GOLPH3 (ENSG00000113384) PDZD2 (ENSG00000133401) C5orf22 (ENSG00000082213) DROSHA (ENSG00000113360) CDH6 (ENSG00000113361) CDH9 (ENSG00000113100) CDH10 (ENSG00000040731) PRDM9 (ENSG00000164256) CDH12 (ENSG00000154162) CDH18 (ENSG00000145526) H3Y1 (ENSG00000269466) ##21 TAF11L14 (ENSG00000250782) TAF11L13 (ENSG00000283776) TAF11L12 (ENSG00000249156) TAF11L11 (ENSG00000283740) TAF11L10 (ENSG00000284356) TAF11L9 (ENSG00000283988) TAF11L8 (ENSG00000283967) TAF11L7 (ENSG00000284465) TAF11L6 (ENSG00000284042) TAF11L5 (ENSG00000284234) TAF11L4 (ENSG00000284283) TAF11L3 (ENSG00000284439) TAF11L2 (ENSG00000284373) H3Y2 (ENSG00000268799) ##21 LINC02218 (ENSG00000249662) Orangutan MODERN SPECIES 18 SUB1 (ENSPPYG00000015379) ZFR (ENSPPYG00000015378) MTMR12 (ENSPPYG00000015377) GOLPH3 (ENSPPYG00000015373) ENSPPYG00000030643 ENSPPYG00000039271 C5H5orf22 (ENSPPYG00000015371) DROSHA (ENSPPYG00000015370) CDH6 (ENSPPYG00000015369) CDH9 (ENSPPYG00000015368) CDH10 (ENSPPYG00000015367) ENSPPYG00000015366 CDH12 (ENSPPYG00000015364) ENSPPYG00000041008 CDH18 (ENSPPYG00000015363) H3Y1 (ENSPPYG00000032677) ##21 ENSPPYG00000033880 ENSPPYG00000040099 ENSPPYG00000031629 ##21 ENSPPYG00000037527 ENSPPYG00000038058 H3Y2 (ENSPPYG00000039218) ##21 BASP1 (ENSPPYG00000015357) MYO10 (ENSPPYG00000015356) RETREG1 (ENSPPYG00000041318) ZNF622 (ENSPPYG00000029803) MARCHF11 (ENSPPYG00000015355) ENSPPYG00000041039 FBXL7 (ENSPPYG00000015354) ANKH (ENSPPYG00000015353) OTULIN (ENSPPYG00000031564) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.d ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000144505 ENSGT00390000001801 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.o ##21 ENSGT00390000013228.e.b.i.a ENSGT00390000013228.e.b.i.b ENSGT01100000263504.b.p ##21 ENSGT00390000013228.e.b.j ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148085 ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154952.a.b Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 110 ENSGT01100000263504.b.p ##21 ENSGT00390000013228.e.b.j Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 111 ENSGT01100000263504.b.p ##21 ENSGT00390000013228.e.b.j Human MODERN SPECIES 17 CDH18 (ENSG00000145526) H3Y1 (ENSG00000269466) ##21 TAF11L14 (ENSG00000250782) TAF11L13 (ENSG00000283776) TAF11L12 (ENSG00000249156) TAF11L11 (ENSG00000283740) TAF11L10 (ENSG00000284356) TAF11L9 (ENSG00000283988) TAF11L8 (ENSG00000283967) TAF11L7 (ENSG00000284465) TAF11L6 (ENSG00000284042) TAF11L5 (ENSG00000284234) TAF11L4 (ENSG00000284283) TAF11L3 (ENSG00000284439) TAF11L2 (ENSG00000284373) H3Y2 (ENSG00000268799) ##21 LINC02218 (ENSG00000249662) BASP1 (ENSG00000176788) MYO10 (ENSG00000145555) RETREG1 (ENSG00000154153) ZNF622 (ENSG00000173545) MARCHF11 (ENSG00000183654) FBXL7 (ENSG00000183580) ANKH (ENSG00000154122) OTULIN (ENSG00000154124) OTULINL (ENSG00000145569) TRIO (ENSG00000038382) DNAH5 (ENSG00000039139) CTNND2 (ENSG00000169862) DAP (ENSG00000112977) ANKRD33B (ENSG00000164236) Orangutan MODERN SPECIES 18 C5H5orf22 (ENSPPYG00000015371) DROSHA (ENSPPYG00000015370) CDH6 (ENSPPYG00000015369) CDH9 (ENSPPYG00000015368) CDH10 (ENSPPYG00000015367) ENSPPYG00000015366 CDH12 (ENSPPYG00000015364) ENSPPYG00000041008 CDH18 (ENSPPYG00000015363) H3Y1 (ENSPPYG00000032677) ##21 ENSPPYG00000033880 ENSPPYG00000040099 ENSPPYG00000031629 ##21 ENSPPYG00000037527 ENSPPYG00000038058 H3Y2 (ENSPPYG00000039218) ##21 BASP1 (ENSPPYG00000015357) MYO10 (ENSPPYG00000015356) RETREG1 (ENSPPYG00000041318) ZNF622 (ENSPPYG00000029803) MARCHF11 (ENSPPYG00000015355) ENSPPYG00000041039 FBXL7 (ENSPPYG00000015354) ANKH (ENSPPYG00000015353) OTULIN (ENSPPYG00000031564) OTULINL (ENSPPYG00000015351) TRIO (ENSPPYG00000015350) DNAH5 (ENSPPYG00000015349) ENSPPYG00000039629 ENSPPYG00000041438 CTNND2 (ENSPPYG00000015348) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.c ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000146963 ENSGT00390000001801 ENSGT00910000147292 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000153876.B.j.a.b.b ENSGT00940000167895 ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00390000013228.e.b ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00940000154631.mb ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148358 ENSGT00940000155533.d Cercopithecinae DUPLICATION Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.q ##21 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.q ##21 Macaca ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.b.q ##21 ENSGT01100000263504.a.a.yb.n #22 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00940000157800 ENSGT00520000062027 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 4 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(ENSMMUG00000009377) WBP2 (ENSMMUG00000009381) UNC13D (ENSMMUG00000002822) UNK (ENSMMUG00000013646) H3-3B (ENSMMUG00000061824) ##21 GALK1 (ENSMMUG00000021765) ITGB4 (ENSMMUG00000021763) SAP30BP (ENSMMUG00000021636) SMIM5 (ENSMMUG00000063604) RECQL5 (ENSMMUG00000021635) ENSMMUG00000064684 ENSMMUG00000013436 LLGL2 (ENSMMUG00000001228) TSEN54 (ENSMMUG00000022123) CASKIN2 (ENSMMUG00000022121) TMEM94 (ENSMMUG00000022120) ENSMMUG00000058142 GRB2 (ENSMMUG00000004756) SLC25A19 (ENSMMUG00000018031) MRPS7 (ENSMMUG00000063156) Cercopithecinae DUPLICATION Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000146963 ENSGT00390000001801 ENSGT00910000147292 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000153876.B.j.a.b.b ENSGT00940000167895 ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.r.b ##21 ENSGT01100000263504.b.r.a ##21 ENSGT00390000013228.e.b 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ENSGT01100000263504.b.r.a ##21 Olive baboon MODERN SPECIES 15 OTULIN (ENSPANG00000016505) ANKH (ENSPANG00000014384) FBXL7 (ENSPANG00000012119) ENSPANG00000046248 MARCHF11 (ENSPANG00000017253) ENSPANG00000046759 ZNF622 (ENSPANG00000009355) RETREG1 (ENSPANG00000019521) MYO10 (ENSPANG00000002428) ENSPANG00000039610 ENSPANG00000039022 ENSPANG00000032323 ENSPANG00000044439 ENSPANG00000041697 BASP1 (ENSPANG00000050916) ENSPANG00000050716 ##21 LINC02218 (ENSPANG00000007263) ENSPANG00000041896 ##21 ENSPANG00000051007 ENSPANG00000043844 CDH18 (ENSPANG00000010599) KHDC3L (ENSPANG00000045743) ENSPANG00000042219 CDH12 (ENSPANG00000013388) ENSPANG00000041464 ENSPANG00000038128 ENSPANG00000047777 ENSPANG00000049457 ENSPANG00000045814 ENSPANG00000047173 ENSPANG00000039891 Vervet Monkey MODERN SPECIES 23 GOLPH3 (ENSCSAG00000017189) PDZD2 (ENSCSAG00000017191) C5orf22 (ENSCSAG00000017195) DROSHA (ENSCSAG00000017202) CDH6 (ENSCSAG00000017206) ENSCSAG00000018992 CDH9 (ENSCSAG00000017215) ENSCSAG00000017221 CDH10 (ENSCSAG00000017224) ENSCSAG00000017229 ENSCSAG00000017233 CDH12 (ENSCSAG00000017239) CDH18 (ENSCSAG00000017245) ENSCSAG00000017248 ENSCSAG00000018991 ENSCSAG00000018990 ##21 ENSCSAG00000018989 BASP1 (ENSCSAG00000018988) MYO10 (ENSCSAG00000017255) RETREG1 (ENSCSAG00000017260) ZNF622 (ENSCSAG00000017262) MARCHF11 (ENSCSAG00000017263) FBXL7 (ENSCSAG00000017265) ANKH (ENSCSAG00000017267) OTULIN (ENSCSAG00000017269) OTULINL (ENSCSAG00000017275) TRIO (ENSCSAG00000017284) DNAH5 (ENSCSAG00000017291) CTNND2 (ENSCSAG00000017304) ENSCSAG00000017308 ANKRD33B (ENSCSAG00000017312) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.c ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000146963 ENSGT00390000001801 ENSGT00910000147292 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000153876.B.j.a.b.b ENSGT00940000167895 ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.r.b ##21 ENSGT01100000263504.b.r.a ##21 ENSGT00390000013228.e.b ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00940000154631.mb ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148358 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.c ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000146963 ENSGT00390000001801 ENSGT00910000147292 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000153876.B.j.a.b.b ENSGT00940000167895 ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.r.b ##21 ENSGT00910000147515 ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00940000154631.mb ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00910000148358 ENSGT00940000155533.d Macaca ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.a.c ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT00910000146963 ENSGT00390000001801 ENSGT00910000147292 ENSGT00730000111052 ENSGT00940000154673.a ENSGT00940000160496.b ENSGT00940000154187.a.a ENSGT00940000158211.u.a ENSGT00940000153876.B.j.a.b.b ENSGT00940000167895 ENSGT00940000154187.a.b ENSGT00940000157512 ENSGT01100000263504.b.r.b ##21 ENSGT00390000013228.e.b ENSGT00910000147515 ENSGT00730000111450 ENSGT00940000155469 ENSGT00940000160746 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160025 ENSGT00940000158009 ENSGT00390000000950.c.a ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00390000009802.b ENSGT00940000154631.mb ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154766.a.a Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01040000240667.b.b.a ENSGT00940000155290.C ENSGT00940000160263 ENSGT00390000007153.a.a ENSGT00940000157749 ENSGT01100000263493.a.b.b.b.b.a.a.a.b.b.b 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ENSMFAG00000020824 ENSMFAG00000048587 ENSMFAG00000064842 ENSMFAG00000061865 ##21 ENSMFAG00000048030 ENSMFAG00000048201 ENSMFAG00000062744 ENSMFAG00000051169 ENSMFAG00000051530 ENSMFAG00000058675 ENSMFAG00000044958 RETREG1 (ENSMFAG00000015961) ZNF622 (ENSMFAG00000058196) FBXL7 (ENSMFAG00000000432) Rhesus MODERN SPECIES 16 CDH6 (ENSMMUG00000000712) ENSMMUG00000058891 CDH9 (ENSMMUG00000019846) ENSMMUG00000016086 CDH10 (ENSMMUG00000012293) ENSMMUG00000003772 ENSMMUG00000062040 ENSMMUG00000061192 CDH12 (ENSMMUG00000015092) ENSMMUG00000056709 ENSMMUG00000061125 ENSMMUG00000050051 ENSMMUG00000029743 ENSMMUG00000063679 CDH18 (ENSMMUG00000004389) H3Y1 (ENSMMUG00000060891) ##21 ENSMMUG00000049919 ENSMMUG00000059710 ENSMMUG00000064602 BASP1 (ENSMMUG00000061751) ENSMMUG00000062111 MYO10 (ENSMMUG00000012672) RETREG1 (ENSMMUG00000001375) ZNF622 (ENSMMUG00000055492) MARCHF11 (ENSMMUG00000007069) FBXL7 (ENSMMUG00000013364) ENSMMUG00000059412 ANKH (ENSMMUG00000021942) ENSMMUG00000060654 OTULIN (ENSMMUG00000059554) OTULINL (ENSMMUG00000005665) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.r.b ##21 Olive baboon MODERN SPECIES 15 PRDM7 (ENSPANG00000013143) ENSPANG00000039487 ENSPANG00000039891 ENSPANG00000047173 ENSPANG00000045814 ENSPANG00000049457 ENSPANG00000047777 ENSPANG00000038128 ENSPANG00000041464 CDH12 (ENSPANG00000013388) ENSPANG00000042219 KHDC3L (ENSPANG00000045743) CDH18 (ENSPANG00000010599) ENSPANG00000043844 ENSPANG00000051007 ENSPANG00000041896 ##21 LINC02218 (ENSPANG00000007263) ENSPANG00000050716 ##21 BASP1 (ENSPANG00000050916) ENSPANG00000041697 ENSPANG00000044439 ENSPANG00000032323 ENSPANG00000039022 ENSPANG00000039610 MYO10 (ENSPANG00000002428) RETREG1 (ENSPANG00000019521) ZNF622 (ENSPANG00000009355) ENSPANG00000046759 MARCHF11 (ENSPANG00000017253) ENSPANG00000046248 FBXL7 (ENSPANG00000012119) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Common shrew MODERN SPECIES 13283 ENSSARG00000006232 ##21 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Pig MODERN SPECIES 11 TTC27 (ENSSSCG00000008512) BIRC6 (ENSSSCG00000008513) ENSSSCG00000036197 YIPF4 (ENSSSCG00000035747) SLC30A6 (ENSSSCG00000008518) SPAST (ENSSSCG00000008517) DPY30 (ENSSSCG00000008516) MEMO1 (ENSSSCG00000008515) SRD5A2 (ENSSSCG00000008521) XDH (ENSSSCG00000008522) EHD3 (ENSSSCG00000035987) CAPN14 (ENSSSCG00000024781) GALNT14 (ENSSSCG00000008524) CAPN13 (ENSSSCG00000020986) LCLAT1 (ENSSSCG00000025901) ENSSSCG00000059546 ##21 LBH (ENSSSCG00000058057) YPEL5 (ENSSSCG00000008529) ENSSSCG00000030917 ENSSSCG00000059894 ENSSSCG00000052802 ENSSSCG00000044640 CLIP4 (ENSSSCG00000008535) PCARE (ENSSSCG00000024725) TOGARAM2 (ENSSSCG00000008536) WDR43 (ENSSSCG00000008534) TRMT61B (ENSSSCG00000030147) SPDYA (ENSSSCG00000008538) PPP1CB (ENSSSCG00000008540) PLB1 (ENSSSCG00000034756) ENSSSCG00000060347 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Arabian camel MODERN SPECIES 13 ENSCDRG00005004281 NIBAN1 (ENSCDRG00005004163) EDEM3 (ENSCDRG00005004058) C1orf21 (ENSCDRG00005004017) ENSCDRG00005003963 COLGALT2 (ENSCDRG00005003766) ENSCDRG00005003653 ##21 APOBEC4 (ENSCDRG00005003611) RGL1 (ENSCDRG00005016244) ENSCDRG00005016185 NCF2 (ENSCDRG00005015531) SMG7 (ENSCDRG00005015055) NMNAT2 (ENSCDRG00005014820) ENSCDRG00005014789 LAMC2 (ENSCDRG00005014721) LAMC1 (ENSCDRG00005014440) SHCBP1L (ENSCDRG00005014363) DHX9 (ENSCDRG00005014261) NPL (ENSCDRG00005014005) RGS8 (ENSCDRG00005013903) RGS16 (ENSCDRG00005013860) RNASEL (ENSCDRG00005013815) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.a ##21 Red fox MODERN SPECIES 25 LMAN1 (ENSVVUG00000015966) CPLX4 (ENSVVUG00000015964) ENSVVUG00000015959 SEC11C (ENSVVUG00000015956) ENSVVUG00000015926 ZNF532 (ENSVVUG00000015898) MALT1 (ENSVVUG00000015734) ALPK2 (ENSVVUG00000015696) NEDD4L (ENSVVUG00000015651) ENSVVUG00000015631 ATP8B1 (ENSVVUG00000015617) NARS (ENSVVUG00000014959) FECH (ENSVVUG00000014934) ONECUT2 (ENSVVUG00000014932) ST8SIA3 (ENSVVUG00000014931) ENSVVUG00000014923 ##21 WDR7 (ENSVVUG00000014912) TXNL1 (ENSVVUG00000014906) TCF4 (ENSVVUG00000014890) CCDC68 (ENSVVUG00000014885) RAB27B (ENSVVUG00000014878) ENSVVUG00000014874 ENSVVUG00000014866 CUNH18orf54 (ENSVVUG00000014859) CUNH18orf54 (ENSVVUG00000014854) STARD6 (ENSVVUG00000014848) POLI (ENSVVUG00000014845) MBD2 (ENSVVUG00000014700) ENSVVUG00000014674 DCC (ENSVVUG00000014667) ENSVVUG00000014654 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.b ##21 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.b ##21 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.s.b ##21 Pig MODERN SPECIES 11 ATL2 (ENSSSCG00000008487) HNRNPLL (ENSSSCG00000020878) ##13 ENSSSCG00000008485 GALM (ENSSSCG00000008486) SRSF7 (ENSSSCG00000008484) #12 ENSSSCG00000008483 GEMIN6 (ENSSSCG00000008482) ENSSSCG00000040588 DHX57 (ENSSSCG00000008479) MORN2 (ENSSSCG00000008480) ARHGEF33 (ENSSSCG00000040621) SOS1 (ENSSSCG00000008478) CDKL4 (ENSSSCG00000061556) ENSSSCG00000043403 MAP4K3 (ENSSSCG00000008475) ENSSSCG00000008474 ##21 TMEM178A (ENSSSCG00000024293) THUMPD2 (ENSSSCG00000008470) SLC8A1 (ENSSSCG00000036418) ENSSSCG00000048793 ENSSSCG00000046007 ENSSSCG00000055182 PKDCC (ENSSSCG00000008468) ENSSSCG00000042474 ENSSSCG00000049471 EML4 (ENSSSCG00000008467) COX7A2L (ENSSSCG00000008466) KCNG3 (ENSSSCG00000008465) MTA3 (ENSSSCG00000008464) HAAO (ENSSSCG00000038660) ZFP36L2 (ENSSSCG00000038549) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003595 ENSGT00920000149199 ENSGT01090000260051.a ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.b.t ##21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 ENSGT00550000074902 ENSGT00940000153432.A.a ENSGT00390000014620 ENSGT00940000157333 Horse MODERN SPECIES 2 RNF157 (ENSECAG00000024173) EXOC7 (ENSECAG00000014848) ZACN (ENSECAG00000009319) GALR2 (ENSECAG00000011227) SRP68 (ENSECAG00000012257) CDK3 (ENSECAG00000021093) EVPL (ENSECAG00000010028) TEN1 (ENSECAG00000026880) ACOX1 (ENSECAG00000022905) FBF1 (ENSECAG00000024863) TRIM65 (ENSECAG00000020931) TRIM47 (ENSECAG00000022018) WBP2 (ENSECAG00000022369) UNC13D (ENSECAG00000016919) UNK (ENSECAG00000024672) H3-3B (ENSECAG00000016948) ##21 GALK1 (ENSECAG00000019803) ITGB4 (ENSECAG00000010178) SAP30BP (ENSECAG00000025125) RECQL5 (ENSECAG00000007563) ENSECAG00000045093 MYO15B (ENSECAG00000021920) LLGL2 (ENSECAG00000008614) TSEN54 (ENSECAG00000004924) CASKIN2 (ENSECAG00000011921) TMEM94 (ENSECAG00000016214) GRB2 (ENSECAG00000010007) SLC25A19 (ENSECAG00000010421) MRPS7 (ENSECAG00000021867) MIF4GD (ENSECAG00000018586) GGA3 (ENSECAG00000004024) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Giant Panda MODERN SPECIES 18 C1orf115 (ENSAMEG00000027678) MTARC2 (ENSAMEG00000010246) MTARC1 (ENSAMEG00000029752) HLX (ENSAMEG00000028397) DUSP10 (ENSAMEG00000006928) HHIPL2 (ENSAMEG00000006909) TAF1A (ENSAMEG00000006886) MIA3 (ENSAMEG00000006877) AIDA (ENSAMEG00000006848) BROX (ENSAMEG00000006808) ENSAMEG00000006807 ENSAMEG00000006755 ENSAMEG00000006753 UCK2 (ENSAMEG00000006737) ENSAMEG00000028227 ENSAMEG00000030407 ##21 TMCO1 (ENSAMEG00000006712) ALDH9A1 (ENSAMEG00000006688) MGST3 (ENSAMEG00000006658) LRRC52 (ENSAMEG00000006655) RXRG (ENSAMEG00000006616) LMX1A (ENSAMEG00000006574) PBX1 (ENSAMEG00000006543) NUF2 (ENSAMEG00000006525) RGS5 (ENSAMEG00000024725) RGS4 (ENSAMEG00000026331) ENSAMEG00000001441 HSD17B7 (ENSAMEG00000001450) DDR2 (ENSAMEG00000001491) UAP1 (ENSAMEG00000001534) UHMK1 (ENSAMEG00000001572) Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 American black bear MODERN SPECIES 1689 ENSUAMG00000019747 ##21 ACBD3 (ENSUAMG00000019739) LIN9 (ENSUAMG00000019737) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Yarkand deer MODERN SPECIES 5 MR1 (ENSCHYG00000013091) ENSCHYG00000013208 IER5 (ENSCHYG00000013220) ENSCHYG00000013249 CACNA1E (ENSCHYG00000013402) ENSCHYG00000015906 ZNF648 (ENSCHYG00000015939) ENSCHYG00000016073 TEDDM1 (ENSCHYG00000016223) ENSCHYG00000016249 ENSCHYG00000016265 RGSL1 (ENSCHYG00000016308) RNASEL (ENSCHYG00000016523) RGS16 (ENSCHYG00000016591) RGS8 (ENSCHYG00000016656) ENSCHYG00000016746 ##21 NPL (ENSCHYG00000016787) DHX9 (ENSCHYG00000017048) SHCBP1L (ENSCHYG00000017219) LAMC1 (ENSCHYG00000017385) LAMC2 (ENSCHYG00000017745) ENSCHYG00000018007 NMNAT2 (ENSCHYG00000018066) SMG7 (ENSCHYG00000018849) NCF2 (ENSCHYG00000021208) ARPC5 (ENSCHYG00000021375) APOBEC4 (ENSCHYG00000021517) RGL1 (ENSCHYG00000021561) COLGALT2 (ENSCHYG00000022016) TSEN15 (ENSCHYG00000022238) ENSCHYG00000022623 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b.t ##21 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000015797.c.b ENSGT00940000159489 ENSGT00390000012482 ENSGT00950000182904.a.b.b ENSGT00940000159994.a.a ENSGT00390000012431 ENSGT00940000157166 ENSGT00940000157050 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000160620 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000162285 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000162806 ENSGT00610000086173 ENSGT01100000263504.b.t ##21 ENSGT00390000012138.b ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00940000161872 ENSGT00390000004001 ENSGT00950000183049.C ENSGT00390000018395 ENSGT00940000155914 ENSGT00940000156705.q.b ENSGT00530000064192.s ENSGT00940000153593.c.a ENSGT00390000011631 ENSGT00940000156569.a.b ENSGT00390000008279.b ENSGT00940000159238 ENSGT00390000010652.D.b Domestic yak MODERN SPECIES 27 RPL18A (ENSBGRG00000026043) SLC5A5 (ENSBGRG00000026060) CCDC124 (ENSBGRG00000026081) KCNN1 (ENSBGRG00000026088) ARRDC2 (ENSBGRG00000026092) IL12RB1 (ENSBGRG00000026103) MAST3 (ENSBGRG00000026128) PIK3R2 (ENSBGRG00000026150) ENSBGRG00000026165 MPV17L2 (ENSBGRG00000026182) RAB3A (ENSBGRG00000026189) PDE4C (ENSBGRG00000026196) ENSBGRG00000026213 JUND (ENSBGRG00000026238) LSM4 (ENSBGRG00000026242) ENSBGRG00000026247 ##21 PGPEP1 (ENSBGRG00000026256) GDF15 (ENSBGRG00000026276) LRRC25 (ENSBGRG00000026281) SSBP4 (ENSBGRG00000026307) ISYNA1 (ENSBGRG00000026356) ELL (ENSBGRG00000026367) ENSBGRG00000026374 ENSBGRG00000026382 ENSBGRG00000026397 ENSBGRG00000026400 ENSBGRG00000026408 CRLF1 (ENSBGRG00000000399) TMEM59L (ENSBGRG00000000427) KLHL26 (ENSBGRG00000000466) CRTC1 (ENSBGRG00000000542) Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 474 H2BC1 (ENSBMUG00000001134) ENSBMUG00000001123 SLC17A4 (ENSBMUG00000001107) SLC17A1 (ENSBMUG00000001080) SLC17A3 (ENSBMUG00000001043) SLC17A2 (ENSBMUG00000000998) TRIM38 (ENSBMUG00000000946) H1-1 (ENSBMUG00000000911) ENSBMUG00000000905 ENSBMUG00000000884 ENSBMUG00000000877 ENSBMUG00000000865 ENSBMUG00000000860 H2BC3 (ENSBMUG00000000851) ENSBMUG00000000845 ENSBMUG00000000840 ##21 H1-2 (ENSBMUG00000000834) HFE (ENSBMUG00000000802) ENSBMUG00000000639 H1-6 (ENSBMUG00000000627) ENSBMUG00000000598 ENSBMUG00000000566 H1-4 (ENSBMUG00000000550) H2BC5 (ENSBMUG00000000532) ENSBMUG00000000516 ENSBMUG00000000497 ENSBMUG00000000493 H2AC7 (ENSBMUG00000000474) ENSBMUG00000000457 ENSBMUG00000000439 ENSBMUG00000000426 Wild yak MODERN SPECIES 986 ENSBMUG00000015787 LSM4 (ENSBMUG00000015777) ENSBMUG00000015760 ##21 ENSBMUG00000015743 PGPEP1 (ENSBMUG00000015728) GDF15 (ENSBMUG00000015708) LRRC25 (ENSBMUG00000015697) Wild yak MODERN SPECIES 969 C21orf91 (ENSBMUG00000010064) ENSBMUG00000010044 BTG3 (ENSBMUG00000010033) CXADR (ENSBMUG00000010017) ENSBMUG00000009931 ##21 ENSBMUG00000009923 USP25 (ENSBMUG00000009773) Sauria ANCESTRAL SPECIES 312 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 361 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f.o.a tuatara MODERN SPECIES 1429 EXOC7 (ENSSPUG00000008116) GALR2 (ENSSPUG00000008148) SRP68 (ENSSPUG00000008156) CDK3 (ENSSPUG00000008278) TEN1 (ENSSPUG00000008301) ACOX1 (ENSSPUG00000008310) ENSSPUG00000008319 FBF1 (ENSSPUG00000008331) MRPL38 (ENSSPUG00000008353) ENSSPUG00000008360 ENSSPUG00000008380 WBP2 (ENSSPUG00000008488) ENSSPUG00000008495 ENSSPUG00000008503 UNK (ENSSPUG00000008526) ENSSPUG00000008558 ##21 ENSSPUG00000008575 ENSSPUG00000008579 ENSSPUG00000008586 GALK1 (ENSSPUG00000008595) ITGB4 (ENSSPUG00000008625) SAP30BP (ENSSPUG00000008849) RECQL5 (ENSSPUG00000008872) ENSSPUG00000008902 ENSSPUG00000008907 ENSSPUG00000008914 ENSSPUG00000008936 LLGL2 (ENSSPUG00000008946) TSEN54 (ENSSPUG00000008988) ENSSPUG00000009000 ENSSPUG00000009007 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000018426 ENSGT01030000234558.A.a.a.a ENSGT01030000234571.b.b.a.a.b ENSGT00940000165211 ENSGT00940000160771 ENSGT00390000013834 ENSGT00940000161324 ENSGT00390000007600 ENSGT01100000263559.A.f ENSGT00940000160426 ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b.a ENSGT00990000203553.c.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b.b.a ENSGT00940000156302.jc ENSGT01100000263559.B ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f.o.a ENSGT00950000183089 ENSGT01060000248528.b.kh ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.a.a.a.b.b.a.b ENSGT00940000153118.db.b ENSGT00940000153402 ENSGT01100000263537.a ENSGT00520000055620.A.c ENSGT00390000014495 ENSGT00940000153649.B ENSGT00940000153886.a.a ENSGT00940000154888.`b.a ENSGT00550000075058 ENSGT00940000162245 ENSGT00940000163275 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 240 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f.o.a Lizard MODERN SPECIES 893 CCDC106 (ENSACAG00000015482) ENSACAG00000015243 ENSACAG00000044060 ENSACAG00000044338 ENSACAG00000029472 ENSACAG00000036629 ENSACAG00000035522 ENSACAG00000038286 ENSACAG00000036904 ENSACAG00000039143 ENSACAG00000038012 ENSACAG00000041220 ENSACAG00000024894 ENSACAG00000038872 ENSACAG00000035018 ENSACAG00000021043 ##21 ENSACAG00000042125 ENSACAG00000015475 ENSACAG00000034548 ENSACAG00000015471 ENSACAG00000015467 ENSACAG00000044868 ENSACAG00000015463 ENSACAG00000028962 ENSACAG00000029565 ENSACAG00000015221 ENSACAG00000044160 CORO1A (ENSACAG00000015112) MAPK3 (ENSACAG00000015056) GDPD3 (ENSACAG00000039055) YPEL3 (ENSACAG00000037470) Laterata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000002970 ENSGT00390000013448.a.a ENSGT00570000079239 ENSGT00950000182834.B ENSGT00940000153634.b ENSGT00950000182834.A.a.b.c ENSGT00390000000412 ENSGT00940000165101 ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000162640 ENSGT00940000159274.c.a ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a Common wall lizard DUPLICATION Common wall lizard MODERN SPECIES 11 ENSPMRG00000002976 NVL (ENSPMRG00000002952) CNIH4 (ENSPMRG00000002935) WDR26 (ENSPMRG00000002904) CNIH3 (ENSPMRG00000002879) ENSPMRG00000002859 ENSPMRG00000002834 ENSPMRG00000002825 LBR (ENSPMRG00000002811) SRP9 (ENSPMRG00000002803) ENAH (ENSPMRG00000002767) EPHX1 (ENSPMRG00000002742) TMEM63A (ENSPMRG00000002722) ENSPMRG00000002710 SDE2 (ENSPMRG00000002691) ENSPMRG00000002676 ##21 ACBD3 (ENSPMRG00000002653) ENSPMRG00000002641 LIN9 (ENSPMRG00000002605) PARP1 (ENSPMRG00000002352) STUM (ENSPMRG00000002290) ENSPMRG00000002286 ITPKB (ENSPMRG00000002280) PSEN2 (ENSPMRG00000002276) COQ8A (ENSPMRG00000002258) CDC42BPA (ENSPMRG00000002174) XDH (ENSPMRG00000002140) ENSPMRG00000002135 ENSPMRG00000002129 CAPN14 (ENSPMRG00000002110) GALNT14 (ENSPMRG00000002067) Common wall lizard MODERN SPECIES 15 ENSPMRG00000020596 TENT4A (ENSPMRG00000020583) ENSPMRG00000020576 ENSPMRG00000020571 ENSPMRG00000020569 ENSPMRG00000020564 ENSPMRG00000020558 ENSPMRG00000020555 ADCY2 (ENSPMRG00000020260) ENSPMRG00000020190 CFAP90 (ENSPMRG00000020186) FASTKD3 (ENSPMRG00000020182) MTRR (ENSPMRG00000020175) ENSPMRG00000020156 SEMA5A (ENSPMRG00000020146) ENSPMRG00000020140 ##21 ENSPMRG00000020136 ENSPMRG00000020132 ATPSCKMT (ENSPMRG00000020115) CCT5 (ENSPMRG00000020104) CST3 (ENSPMRG00000020097) ENSPMRG00000020082 ENSPMRG00000020069 FOXA2 (ENSPMRG00000020065) PAX1 (ENSPMRG00000020057) NKX2-2 (ENSPMRG00000020050) ENSPMRG00000020042 ENSPMRG00000020038 XRN2 (ENSPMRG00000020016) KIZ (ENSPMRG00000020002) RALGAPA2 (ENSPMRG00000019950) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 278 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Archosauria ANCESTRAL SPECIES 258 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 49 CYREN (ENSCPRG00005001194) TMEM140 (ENSCPRG00005001200) PDE6H (ENSCPRG00005001242) ARHGDIB (ENSCPRG00005001246) ERP27 (ENSCPRG00005001254) MGP (ENSCPRG00005001264) ENSCPRG00005001269 ART4 (ENSCPRG00005001272) SMCO3 (ENSCPRG00005001273) ENSCPRG00005001276 ENSCPRG00005001281 ENSCPRG00005001286 H3-7 (ENSCPRG00005001288) ENSCPRG00005001292 H2AC1 (ENSCPRG00005001293) ENSCPRG00005001296 ##21 APOLD1 (ENSCPRG00005001334) DDX47 (ENSCPRG00005001338) ENSCPRG00005001344 HEBP1 (ENSCPRG00005001346) FAM234B (ENSCPRG00005001352) GSG1 (ENSCPRG00005001410) EMP1 (ENSCPRG00005001411) GRIN2B (ENSCPRG00005001484) ENSCPRG00005001524 PLBD1 (ENSCPRG00005001525) ENSCPRG00005001527 GUCY2C (ENSCPRG00005001550) TTC26 (ENSCPRG00005001701) UBN2 (ENSCPRG00005001713) LUC7L2 (ENSCPRG00005001744) Aves ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000011856 ENSGT00940000153578.A ENSGT00940000153335.a.a ENSGT00390000017589 ENSGT00940000157287 ENSGT00720000108861 ENSGT00900000141125 ENSGT00940000161851 ENSGT00940000154334.l ENSGT00940000165001.a.b ENSGT00940000162951.b ENSGT00530000063718.a.a ENSGT00730000110939.b ENSGT00940000159360 ENSGT01100000263504.a.a #22 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00940000171204 ENSGT01100000263504.a.b.a.a #21 ENSGT00950000183187.B ENSGT01100000263555.b ENSGT00390000007870 ENSGT00520000062027 ENSGT00940000157800 ENSGT00940000170136 ENSGT00930000151032.B ENSGT00950000182906.a.a.b ENSGT00390000004214 ENSGT00940000154272.B ENSGT00940000158256 ENSGT00390000016550 ENSGT00940000155738 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 212 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00730000111187.a.b ENSGT00940000156874 ENSGT00940000157082 ENSGT00940000154790.a.a.b ENSGT00940000155656 ENSGT00940000157391 ENSGT00390000012703.a ENSGT01030000234625.B.c ENSGT00720000108846.a ENSGT00390000001374 ENSGT00940000161120 ENSGT00940000156376 ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00940000156764.a ENSGT00940000157923 ENSGT00940000156810 ENSGT01030000234517.H.b ENSGT00950000183114.a.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189 Pink-footed goose MODERN SPECIES 3 CENPF (ENSABRG00000015855) PTPN14 (ENSABRG00000015879) SMYD2 (ENSABRG00000015892) PROX1 (ENSABRG00000015908) RPS6KC1 (ENSABRG00000015926) ANGEL2 (ENSABRG00000015955) VASH2 (ENSABRG00000015959) FLVCR1 (ENSABRG00000015963) TATDN3 (ENSABRG00000015988) NSL1 (ENSABRG00000015997) BATF3 (ENSABRG00000016001) ATF3 (ENSABRG00000016011) ENSABRG00000016021 ENSABRG00000016026 SDE2 (ENSABRG00000016032) ENSABRG00000016045 ##21 ACBD3 (ENSABRG00000016051) LIN9 (ENSABRG00000016056) PARP1 (ENSABRG00000016116) STUM (ENSABRG00000016739) ITPKB (ENSABRG00000016742) PSEN2 (ENSABRG00000016747) COQ8A (ENSABRG00000016752) CDC42BPA (ENSABRG00000016763) XDH (ENSABRG00000016799) EHD3 (ENSABRG00000016823) GALNT14 (ENSABRG00000016844) ENSABRG00000016916 ENSABRG00000016923 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ENSGT00390000000417.a.a.b.a.b ENSGT00940000165801 ENSGT00940000157376 ENSGT00390000018505 ENSGT00390000002210.d ENSGT00940000159576 ENSGT00390000010056 ENSGT00530000063402.b ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00530000063651.a ENSGT00940000162190 ENSGT00390000003188 ENSGT00940000156058 ENSGT00390000008003 ENSGT00390000001607 ENSGT01090000260080.a ENSGT00390000008327 ENSGT00940000154206.b ENSGT00390000014969 ENSGT00440000033970 ENSGT00530000063557.b ENSGT00940000155483 ENSGT00940000155423 ENSGT00940000162759 Turkey MODERN SPECIES 11 TP53BP2 (ENSMGAG00000008584) FBXO28 (ENSMGAG00000008318) DEGS1 (ENSMGAG00000008298) NVL (ENSMGAG00000008258) CNIH4 (ENSMGAG00000008252) WDR26 (ENSMGAG00000008239) CNIH3 (ENSMGAG00000008216) LBR (ENSMGAG00000022445) ENSMGAG00000008149 ENAH (ENSMGAG00000008071) SRP9 (ENSMGAG00000008061) EPHX1 (ENSMGAG00000008044) TMEM63A (ENSMGAG00000007986) ENSMGAG00000007976 SDE2 (ENSMGAG00000007959) ENSMGAG00000020931 ##21 ACBD3 (ENSMGAG00000007919) LIN9 (ENSMGAG00000007858) 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ENSGALG00010029879 FASN (ENSGALG00010029895) DUS1L (ENSGALG00010029160) GPS1 (ENSGALG00010030102) RFNG (ENSGALG00010029168) DCXR (ENSGALG00010029170) Chicken MODERN SPECIES 22 TP53BP2 (ENSGALG00010016604) FBXO28 (ENSGALG00010016589) DEGS1 (ENSGALG00010016573) NVL (ENSGALG00010016565) CNIH4 (ENSGALG00010016533) WDR26 (ENSGALG00010016483) CNIH3 (ENSGALG00010016477) ENSGALG00010016467 LBR (ENSGALG00010016460) SRP9 (ENSGALG00010016047) ENAH (ENSGALG00010015989) EPHX1 (ENSGALG00010015935) TMEM63A (ENSGALG00010015917) LEFTY1 (ENSGALG00010017549) SDE2 (ENSGALG00010017544) H3F3C (ENSGALG00010017538) ##21 MIXL1 (ENSGALG00010017532) ACBD3 (ENSGALG00010017524) LIN9 (ENSGALG00010017517) PARP1 (ENSGALG00010017496) STUM (ENSGALG00010017475) CRLS1 (ENSGALG00010017471) MCM8 (ENSGALG00010017462) TRMT6 (ENSGALG00010017449) CHGB (ENSGALG00010017418) GPCPD1 (ENSGALG00010017352) THUMPD2 (ENSGALG00010017335) MAP4K3 (ENSGALG00010017313) SOS1 (ENSGALG00010017280) ARHGEF33 (ENSGALG00010017218) MORN2 (ENSGALG00010017193) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Kakapo MODERN SPECIES 8 FBF1 (ENSSHBG00005016536) MRPL38 (ENSSHBG00005016548) TRIM65 (ENSSHBG00005016561) ENSSHBG00005016574 WBP2 (ENSSHBG00005016597) UNC13D (ENSSHBG00005016617) UNK (ENSSHBG00005016642) ENSSHBG00005016649 ##21 GALK1 (ENSSHBG00005016654) ITGB4 (ENSSHBG00005016800) SAP30BP (ENSSHBG00005018241) RECQL5 (ENSSHBG00005018244) ENSSHBG00005018251 LLGL2 (ENSSHBG00005018253) TSEN54 (ENSSHBG00005018268) ENSSHBG00005018290 USP43 (ENSSHBG00005018299) CFAP52 (ENSSHBG00005018305) ENSSHBG00005018312 STX8 (ENSSHBG00005018321) NTN1 (ENSSHBG00005018326) PIK3R5 (ENSSHBG00005018330) PIK3R6 (ENSSHBG00005018336) Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 211 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 216 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 209 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT00990000203553.c.a.a.a.b Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Zebra finch MODERN SPECIES 90 ENSTGUG00000022191 ENSTGUG00000019740 ENSTGUG00000023141 ENSTGUG00000022044 ENSTGUG00000022571 ##13 ENSTGUG00000020962 ##13 ENSTGUG00000018913 ENSTGUG00000028171 ##11 ENSTGUG00000028954 ENSTGUG00000019023 ENSTGUG00000022424 ENSTGUG00000019027 ENSTGUG00000021829 #19 ENSTGUG00000021988 ENSTGUG00000027973 #14 ENSTGUG00000021795 ##21 ENSTGUG00000020906 ENSTGUG00000026538 ENSTGUG00000029474 EIF3K (ENSTGUG00000021289) #8 ENSTGUG00000024158 ENSTGUG00000029363 ENSTGUG00000022039 ENSTGUG00000023522 #24 ENSTGUG00000026183 #21 ENSTGUG00000029304 #19 NOP53 (ENSTGUG00000018833) #20 EHD2 (ENSTGUG00000024660) ENSTGUG00000026509 ENSTGUG00000025277 ENSTGUG00000028463 Medium ground finch MODERN SPECIES 34 ENSGFOG00000004425 ENSGFOG00000004420 ENSGFOG00000004404 ENSGFOG00000004291 ##21 ENSGFOG00000004246 ENSGFOG00000004854 ENSGFOG00000004849 ENSGFOG00000004845 ENSGFOG00000004841 ENSGFOG00000004835 ENSGFOG00000004832 ENSGFOG00000004825 H4C5 (ENSGFOG00000004819) ENSGFOG00000004811 ENSGFOG00000004800 ENSGFOG00000004790 ENSGFOG00000004773 SMCO3 (ENSGFOG00000004766) ART4 (ENSGFOG00000004759) African ostrich DUPLICATION African ostrich MODERN SPECIES 211 FBXO28 (ENSSCUG00000003199) DEGS1 (ENSSCUG00000003198) NVL (ENSSCUG00000003175) CNIH4 (ENSSCUG00000003156) WDR26 (ENSSCUG00000003155) CNIH3 (ENSSCUG00000003149) ENSSCUG00000003148 LBR (ENSSCUG00000003144) ENAH (ENSSCUG00000003136) ENSSCUG00000003131 ENSSCUG00000003130 EPHX1 (ENSSCUG00000003127) TMEM63A (ENSSCUG00000003125) ENSSCUG00000003119 SDE2 (ENSSCUG00000003112) ENSSCUG00000003110 ##21 ACBD3 (ENSSCUG00000003107) LIN9 (ENSSCUG00000003104) PARP1 (ENSSCUG00000003097) STUM (ENSSCUG00000003096) PSEN2 (ENSSCUG00000003093) COQ8A (ENSSCUG00000003091) CDC42BPA (ENSSCUG00000003085) ENSSCUG00000003078 XDH (ENSSCUG00000003075) ENSSCUG00000003071 EHD3 (ENSSCUG00000003068) CAPN14 (ENSSCUG00000003062) GALNT14 (ENSSCUG00000003057) CAPN13 (ENSSCUG00000003047) African ostrich MODERN SPECIES 313 FOXJ1 (ENSSCUG00000002304) EXOC7 (ENSSCUG00000002293) GALR2 (ENSSCUG00000002281) ENSSCUG00000002279 SRP68 (ENSSCUG00000002269) ENSSCUG00000002260 CDK3 (ENSSCUG00000002252) TEN1 (ENSSCUG00000002251) ACOX1 (ENSSCUG00000002249) FBF1 (ENSSCUG00000002245) MRPL38 (ENSSCUG00000002241) ENSSCUG00000002239 ENSSCUG00000002230 UNC13D (ENSSCUG00000002158) UNK (ENSSCUG00000002118) ENSSCUG00000002112 ##21 ENSSCUG00000002107 GALK1 (ENSSCUG00000002103) ITGB4 (ENSSCUG00000002085) SAP30BP (ENSSCUG00000002075) ENSSCUG00000002071 RECQL5 (ENSSCUG00000002065) ENSSCUG00000002055 ENSSCUG00000002042 LLGL2 (ENSSCUG00000002031) ENSSCUG00000002025 ENSSCUG00000002022 ENSSCUG00000002020 ENSSCUG00000002019 TMEM94 (ENSSCUG00000002007) GRB2 (ENSSCUG00000002002) African ostrich MODERN SPECIES 69 ENSSCUG00000000118 ##21 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Asian bonytongue MODERN SPECIES ENSSFOG00015031684 ENSSFOG00015000984 cdc42bpab (ENSSFOG00015000828) fzd3a (ENSSFOG00015000788) fbxo16 (ENSSFOG00015000776) nrbp1 (ENSSFOG00015000718) esrrga (ENSSFOG00015000691) si:ch73-21k16.4 (ENSSFOG00015000674) ENSSFOG00015000663 LPIN1 (ENSSFOG00015000617) GNPAT (ENSSFOG00015000601) ENSSFOG00015000597 ITSN2 (ENSSFOG00015000415) mrpl19 (ENSSFOG00015000393) ENSSFOG00015029839 ENSSFOG00015000355 ##21 efhc1 (ENSSFOG00015000342) tram2 (ENSSFOG00015000283) xkr5a (ENSSFOG00015000277) gata4 (ENSSFOG00015000242) fdft1 (ENSSFOG00015000186) ctsba (ENSSFOG00015000111) ENSSFOG00015000074 ENSSFOG00015030051 ABHD1 (ENSSFOG00015000067) ENSSFOG00015020648 kcnk2b (ENSSFOG00015020640) PTPN14 (ENSSFOG00015030086) SMYD2 (ENSSFOG00015020598) prox1a (ENSSFOG00015020586) rps6kc1 (ENSSFOG00015020535) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Cod MODERN SPECIES 20 lim2.1 (ENSGMOG00000016237) ntm (ENSGMOG00000005460) opcml (ENSGMOG00000018131) ENSGMOG00000001424 pknox2 (ENSGMOG00000001437) tmem218 (ENSGMOG00000035411) ENSGMOG00000001468 robo3 (ENSGMOG00000001518) ENSGMOG00000030551 esama (ENSGMOG00000024427) fez1 (ENSGMOG00000017749) IGSF9B (ENSGMOG00000011998) ENSGMOG00000003711 VPS26B (ENSGMOG00000024935) ENSGMOG00000011282 ENSGMOG00000032800 ##21 ENSGMOG00000011273 ##24 ENSGMOG00000011261 nova1 (ENSGMOG00000011253) capns1a (ENSGMOG00000011247) zgc:153990 (ENSGMOG00000011238) dlb (ENSGMOG00000011226) ppp1r14aa (ENSGMOG00000011234) ENSGMOG00000008814 ENSGMOG00000008788 ckma (ENSGMOG00000008778) nccrp1 (ENSGMOG00000008715) slc8a2a (ENSGMOG00000008693) ##11 hnrnpl (ENSGMOG00000008678) ##13 ENSGMOG00000019843 ENSGMOG00000008664 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 161 ENSKMAG00000005433 ccdc80 (ENSKMAG00000005417) slc35a5 (ENSKMAG00000005385) f5 (ENSKMAG00000005353) rgcc (ENSKMAG00000005314) vwa8 (ENSKMAG00000005204) ENSKMAG00000005165 DGKH (ENSKMAG00000004995) AKAP11 (ENSKMAG00000004949) ENSKMAG00000004931 idh1 (ENSKMAG00000004893) dbr1 (ENSKMAG00000004869) ENSKMAG00000004850 ##21 armc8 (ENSKMAG00000004743) ENSKMAG00000004675 ENSKMAG00000004626 ENSKMAG00000004583 ENSKMAG00000004562 ENSKMAG00000004511 ENSKMAG00000004459 ENSKMAG00000004414 ENSKMAG00000004391 ENSKMAG00000004370 ENSKMAG00000004359 ENSKMAG00000004320 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Midas cichlid MODERN SPECIES 131 rpl18a (ENSACIG00000008969) pthlha (ENSACIG00000008938) ENSACIG00000008924 ENSACIG00000008890 ENSACIG00000008872 C11orf98 (ENSACIG00000008852) ENSACIG00000008833 lrp6 (ENSACIG00000008781) ENSACIG00000007748 ENSACIG00000007681 ENSACIG00000007622 ENSACIG00000007606 ENSACIG00000007596 ENSACIG00000007573 tbk1 (ENSACIG00000007533) ENSACIG00000007523 ##21 ENSACIG00000007512 CNOT2 (ENSACIG00000007480) KCNMB4 (ENSACIG00000007462) PTPRB (ENSACIG00000007367) PTPRR (ENSACIG00000007334) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 298 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f.x.b ENSGT00990000203553.c.a.b Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 322 ENSGT01100000263504.b ##21 ENSGT01100000263514.A.f.x.b ENSGT00990000203553.c.a.b Spiny chromis MODERN SPECIES 266 lpar5b (ENSAPOG00000006207) ENSAPOG00000006229 #15 ENSAPOG00000006247 #15 meis3 (ENSAPOG00000006268) #16 ENSAPOG00000006278 #17 sirt2 (ENSAPOG00000006381) dmac2 (ENSAPOG00000006401) #18 GJD2 (ENSAPOG00000000702) #19 nop53 (ENSAPOG00000006446) #20 ENSAPOG00000006469 ##21 ENSAPOG00000006479 #24 psma6l (ENSAPOG00000006505) #25 ENSAPOG00000006543 sars2 (ENSAPOG00000006562) #27 si:dkey-260j18.2 (ENSAPOG00000006600) #26 slc5a2 (ENSAPOG00000000180) fbxo46 (ENSAPOG00000006679) #28 coq8b (ENSAPOG00000006701) #29 numbl (ENSAPOG00000006783) #30 ENSAPOG00000006845 #31 dpf1 (ENSAPOG00000006898) #32 ENSAPOG00000006928 #34 zgc:162193 (ENSAPOG00000007015) ##33 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Orange clownfish DUPLICATION Orange clownfish MODERN SPECIES 13 ENSAPEG00000023805 ENSAPEG00000023821 nots (ENSAPEG00000023856) cct2 (ENSAPEG00000023941) ENSAPEG00000023962 LGR5 (ENSAPEG00000023978) rab21 (ENSAPEG00000024002) ENSAPEG00000024020 PTPRR (ENSAPEG00000024058) PTPRB (ENSAPEG00000024112) KCNMB4 (ENSAPEG00000024141) CNOT2 (ENSAPEG00000024152) ENSAPEG00000024171 ##21 ENSAPEG00000024176 ENSAPEG00000024187 ENSAPEG00000024214 ##21 ENSAPEG00000024223 ENSAPEG00000024229 ##21 calua (ENSAPEG00000024235) opn1sw1 (ENSAPEG00000024257) opn1sw1 (ENSAPEG00000024262) tnpo3 (ENSAPEG00000024300) irf5 (ENSAPEG00000024328) ENSAPEG00000024335 dennd6b (ENSAPEG00000024340) PTPRO (ENSAPEG00000024366) ENSAPEG00000024406 socs2 (ENSAPEG00000024410) FLNC (ENSAPEG00000024425) ENSAPEG00000024451 sco2 (ENSAPEG00000024462) Orange clownfish MODERN SPECIES 17 ENSAPEG00000018793 srsf7b (ENSAPEG00000018802) #12 ENSAPEG00000018817 ENSAPEG00000018825 ENSAPEG00000018837 SLC29A1 (ENSAPEG00000018854) ENSAPEG00000018909 ENSAPEG00000018940 kcnh1b (ENSAPEG00000018970) ENSAPEG00000019017 ENSAPEG00000019037 tpcn3 (ENSAPEG00000019088) ENSAPEG00000019144 ENSAPEG00000019162 ENSAPEG00000019264 ENSAPEG00000019283 ##21 ENSAPEG00000019298 ENSAPEG00000019308 ENSAPEG00000019321 ENSAPEG00000019330 ENSAPEG00000019340 ENSAPEG00000019367 ENSAPEG00000019386 ENSAPEG00000019396 ENSAPEG00000019488 ENSAPEG00000019505 ENSAPEG00000019513 ENSAPEG00000019523 ENSAPEG00000019553 ENSAPEG00000019611 ENSAPEG00000019641 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Northern pike MODERN SPECIES 151 ENSELUG00000009997 ##21 ENSELUG00000025600 ENSELUG00000028554 ENSELUG00000031571 ENSELUG00000026613 ENSELUG00000028737 ENSELUG00000025211 ENSELUG00000026018 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Coho salmon MODERN SPECIES 665 ENSOKIG00005039090 ENSOKIG00005039110 ENSOKIG00005039143 ENSOKIG00005039173 ENSOKIG00005039196 ENSOKIG00005039221 ENSOKIG00005039230 ENSOKIG00005039236 ENSOKIG00005039264 ENSOKIG00005039273 ENSOKIG00005039309 ##21 ENSOKIG00005039319 ##21 Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 River trout MODERN SPECIES 31 ENSSTUG00000018539 ENSSTUG00000018594 ENSSTUG00000018602 ENSSTUG00000018612 ENSSTUG00000018618 ENSSTUG00000018636 ENSSTUG00000018648 ENSSTUG00000018662 ENSSTUG00000018670 ENSSTUG00000018682 ENSSTUG00000018701 ENSSTUG00000018704 ENSSTUG00000018715 ENSSTUG00000018729 ENSSTUG00000018759 ENSSTUG00000018773 ##21 ENSSTUG00000018781 ENSSTUG00000018791 ENSSTUG00000018798 ENSSTUG00000018800 ENSSTUG00000018805 ENSSTUG00000018808 ENSSTUG00000018811 ENSSTUG00000018817 ENSSTUG00000018820 ENSSTUG00000018831 ENSSTUG00000018839 ENSSTUG00000018842 ENSSTUG00000018845 ENSSTUG00000018851 ENSSTUG00000018859 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Atlantic herring MODERN SPECIES 23 ENSCHAG00000027601 sema4c (ENSCHAG00000027593) tbx1 (ENSCHAG00000027586) gnb1l (ENSCHAG00000027582) TXNRD2 (ENSCHAG00000027573) arvcfb (ENSCHAG00000027519) tango2 (ENSCHAG00000027490) dgcr8 (ENSCHAG00000027475) trmt2a (ENSCHAG00000027453) ranbp1 (ENSCHAG00000027429) golga3 (ENSCHAG00000027310) ankle2 (ENSCHAG00000027242) pgam5 (ENSCHAG00000027229) zdhhc8b (ENSCHAG00000027188) chfr (ENSCHAG00000027104) ENSCHAG00000027085 ##21 FBRSL1 (ENSCHAG00000027020) GALNT9 (ENSCHAG00000027007) atad1a (ENSCHAG00000027003) ENSCHAG00000026986 piwil2 (ENSCHAG00000026744) slc39a14 (ENSCHAG00000026673) dpp7 (ENSCHAG00000026643) man1b1b (ENSCHAG00000026632) cacna1ba (ENSCHAG00000018432) ehmt1a (ENSCHAG00000015331) ARRDC1 (ENSCHAG00000015136) ENSCHAG00000015131 nelfb (ENSCHAG00000014916) entpd2a.1 (ENSCHAG00000014903) pold2 (ENSCHAG00000014807) Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Electric eel MODERN SPECIES 21 efr3a (ENSEEEG00000018282) KCNQ3 (ENSEEEG00000018280) dnaaf11 (ENSEEEG00000018276) PFKP (ENSEEEG00000018274) pitrm1 (ENSEEEG00000017590) angptl4 (ENSEEEG00000017528) ENSEEEG00000017525 ENSEEEG00000017523 nr2f6a (ENSEEEG00000017521) ENSEEEG00000017520 cab39 (ENSEEEG00000017516) itm2ca (ENSEEEG00000017514) gpr55a (ENSEEEG00000017512) NGEF (ENSEEEG00000017507) ENSEEEG00000017503 ENSEEEG00000017496 ##21 eif3k (ENSEEEG00000017493) #8 zgc:85932 (ENSEEEG00000017482) #9 actn4 (ENSEEEG00000017013) #10 F3 (ENSEEEG00000017002) abcd3b (ENSEEEG00000016317) arhgap29b (ENSEEEG00000016291) ABCA4 (ENSEEEG00000016111) tecrl2b (ENSEEEG00000016080) OLFM3 (ENSEEEG00000016078) col11a1b (ENSEEEG00000016063) amy2a (ENSEEEG00000016037) NTNG1 (ENSEEEG00000016031) ENSEEEG00000016027 ENSEEEG00000016024 selenoj (ENSEEEG00000016021) Channel catfish MODERN SPECIES 135 ENSIPUG00000008444 ENSIPUG00000008438 ##21 ENSIPUG00000008431 Ecdysozoa ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263504.b ##21 Caenorhabditis elegans DUPLICATION Caenorhabditis elegans MODERN SPECIES 2 rnf-5 (WBGene00004381) C16C10.8 (WBGene00007628) C01G12.16 (WBGene00219299) C16C10.9 (WBGene00007629) glod-4 (WBGene00006448) har-1 (WBGene00007630) wht-3 (WBGene00007631) unc-103 (WBGene00006830) rei-1 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(WBGene00006537) C36E8.4 (WBGene00007983) pxd-1 (WBGene00007982) C36E8.1 (WBGene00007980) glb-11 (WBGene00007981) C36E8.6 (WBGene00044230) Y1A5A.1 (WBGene00012379) R10E9.4 (WBGene00303072) msi-1 (WBGene00003423) R10E9.2 (WBGene00011214) Caenorhabditis elegans MODERN SPECIES 1 gcn-2 (WBGene00013591) Y81G3A.4 (WBGene00013592) col-86 (WBGene00000661) rict-1 (WBGene00009245) pqn-32 (WBGene00004120) gfm-1 (WBGene00009246) bath-45 (WBGene00009247) F29C12.6 (WBGene00009248) mltn-1 (WBGene00009311) F32A11.3 (WBGene00009308) hpr-17 (WBGene00001998) F32A11.1 (WBGene00009307) moe-3 (WBGene00003388) W09H1.1 (WBGene00012372) W09H1.4 (WBGene00012374) his-73 (WBGene00001947) ##21 W09H1.3 (WBGene00012373) mecr-1 (WBGene00012375) lec-1 (WBGene00002264) btf-1 (WBGene00000274) F15D4.2 (WBGene00008859) flp-16 (WBGene00001459) romo-1 (WBGene00008860) F15D4.4 (WBGene00008861) F15D4.5 (WBGene00008862) F15D4.6 (WBGene00008863) Y48C3A.5 (WBGene00012989) ztf-22 (WBGene00012988) Y48C3A.3 (WBGene00012987) mac-1 (WBGene00003119) sam-10 (WBGene00012990) Yeast MODERN SPECIES 11 TUL1 (YKL034W) UGP1 (YKL035W) YKL036C AIM26 (YKL037W) RGT1 (YKL038W) PTM1 (YKL039W) NFU1 (YKL040C) VPS24 (YKL041W) SPC42 (YKL042W) PHD1 (YKL043W) MMO1 (YKL044W) PRI2 (YKL045W) DCW1 (YKL046C) ANR2 (YKL047W) ELM1 (YKL048C) CSE4 (YKL049C) #21 YKL050C SFK1 (YKL051W) ASK1 (YKL052C) YKL053W MDM35 (YKL053C-A) DEF1 (YKL054C) OAR1 (YKL055C) TMA19 (YKL056C) NUP120 (YKL057C) TOA2 (YKL058W) MPE1 (YKL059C) FBA1 (YKL060C) BLI1 (YKL061W) MSN4 (YKL062W) YKL063C