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ENSPSNG00000005814 ANKRD13A (ENSPSNG00000005777) GIT2 (ENSPSNG00000005636) ENSPSNG00000005516 Blue whale MODERN SPECIES 5 ENSBMSG00010008860 ENSBMSG00010008872 ENSBMSG00010008881 MAPKAPK5 (ENSBMSG00010008906) ALDH2 (ENSBMSG00010008956) BICDL1 (ENSBMSG00010008994) RAB35 (ENSBMSG00010009059) GCN1 (ENSBMSG00010009106) ENSBMSG00010009142 PXN (ENSBMSG00010009195) SIRT4 (ENSBMSG00010009262) PLA2G1B (ENSBMSG00010009278) MSI1 (ENSBMSG00010009297) ENSBMSG00010009318 #18 ENSBMSG00010009328 #19 ENSBMSG00010009345 #22 SRSF9 (ENSBMSG00010009360) #21 ENSBMSG00010009371 COQ5 (ENSBMSG00010009382) #23 RNF10 (ENSBMSG00010009393) #24 POP5 (ENSBMSG00010009404) #25 CABP1 (ENSBMSG00010009425) MLEC (ENSBMSG00010009459) #26 UNC119B (ENSBMSG00010009472) #27 ACADS (ENSBMSG00010009484) #28 SPPL3 (ENSBMSG00010009499) #29 HNF1A (ENSBMSG00010009512) C12orf43 (ENSBMSG00010009532) OASL (ENSBMSG00010009553) ENSBMSG00010009586 CRYBB2 (ENSBMSG00010009613) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153137.a.b.b.a ENSGT00390000015682 ENSGT00940000158961.e ENSGT00940000154194.kb.a ENSGT00390000006051.a.a.a.a ENSGT00390000016051.j ENSGT00940000159552 ENSGT00390000012569.b ENSGT00390000003758 ENSGT00940000154185.g.a ENSGT00940000159144.B ENSGT00940000162467.b ENSGT00390000000693 ENSGT00390000005130 ENSGT00390000006788.a.b ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b ##22 ENSGT00940000159907 ENSGT00390000013820 ENSGT00940000154512.a ENSGT01070000253816.a.a.b ENSGT00940000153313.B ENSGT00940000158106 ENSGT00390000006601 ENSGT00390000011709 ENSGT00950000183174.B.b ENSGT00940000156877 ENSGT00940000155175.A ENSGT00940000155175.B ENSGT00390000013956 ENSGT00940000157039.b ENSGT00950000186331 Beluga whale MODERN SPECIES 29 SIAH3 (ENSDLEG00000006761) CBY2 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ENSGT00940000157442 ENSGT00940000158557 ENSGT00940000153612.B ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000158897 ENSGT00940000170510 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154612.m.a #18 ENSGT00940000162087 ENSGT00390000018351 #20 ENSGT00940000156839 #21 ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c #22 ENSGT00390000001618.cb.b ENSGT00390000001618.cb.a ENSGT00390000001654 #23 ENSGT00390000001731 #24 ENSGT00390000012331 #25 ENSGT00940000158555.j ENSGT00950000185577 ENSGT00940000158555.i.a ENSGT00390000016504 #26 ENSGT00390000014595.b #27 ENSGT00940000158866 #28 ENSGT00940000158101 #29 ENSGT00940000153818.a.a ENSGT00390000010771 ENSGT00510000046406.f.a.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154089.b ENSGT00940000156240 ENSGT00940000157442 ENSGT00940000158557 ENSGT00940000153612.B ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000158897 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154612.m.a.d #18 ENSGT00940000162087 ENSGT00390000018351 #20 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#29 HNF1A (ENSBTAG00000021795) C17H12orf43 (ENSBTAG00000021796) OASL (ENSBTAG00000003297) ENSBTAG00000046887 ENSBTAG00000051177 C12orf76 (ENSBTAG00000032047) Cow MODERN SPECIES 25 SEC31A (ENSBTAG00000020525) SCD5 (ENSBTAG00000022449) TMEM150C (ENSBTAG00000032588) ENOPH1 (ENSBTAG00000014805) HNRNPDL (ENSBTAG00000014804) HNRNPD (ENSBTAG00000013952) ENSBTAG00000052070 RASGEF1B (ENSBTAG00000006561) PRKG2 (ENSBTAG00000002978) BMP3 (ENSBTAG00000017642) ENSBTAG00000054713 CFAP299 (ENSBTAG00000035776) FGF5 (ENSBTAG00000017348) PRDM8 (ENSBTAG00000020570) ANTXR2 (ENSBTAG00000014324) ENSBTAG00000032034 #22 ENSBTAG00000032979 GK2 (ENSBTAG00000039245) NAA11 (ENSBTAG00000013149) PAQR3 (ENSBTAG00000008887) BMP2K (ENSBTAG00000001126) ANXA3 (ENSBTAG00000010153) FRAS1 (ENSBTAG00000010716) MRPL1 (ENSBTAG00000018360) CNOT6L (ENSBTAG00000049571) CXCL13 (ENSBTAG00000008479) ENSBTAG00000048934 CCNG2 (ENSBTAG00000021768) CCNI (ENSBTAG00000000599) SEPTIN11 (ENSBTAG00000021372) SOWAHB (ENSBTAG00000038148) Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 8 ENSBIXG00005027585 ENSBIXG00005027590 MAPKAPK5 (ENSBIXG00005027614) ALDH2 (ENSBIXG00005027675) BICDL1 (ENSBIXG00005027728) RAB35 (ENSBIXG00005027772) GCN1 (ENSBIXG00005027905) RPLP0 (ENSBIXG00005028020) PXN (ENSBIXG00005007786) SIRT4 (ENSBIXG00005028207) ENSBIXG00005028230 MSI1 (ENSBIXG00005028333) ENSBIXG00005028363 #19 ENSBIXG00005028388 ##18 ENSBIXG00005028429 #21 ENSBIXG00005028470 #22 COQ5 (ENSBIXG00005004904) #23 RNF10 (ENSBIXG00005028528) #24 POP5 (ENSBIXG00005028572) #25 CABP1 (ENSBIXG00005028677) MLEC (ENSBIXG00005028736) #26 UNC119B (ENSBIXG00005028770) #27 ACADS (ENSBIXG00005004992) #28 SPPL3 (ENSBIXG00005005011) #29 HNF1A (ENSBIXG00005006549) C12orf43 (ENSBIXG00005028906) ENSBIXG00005028920 ENSBIXG00005005073 C12orf76 (ENSBIXG00005002181) ENSBIXG00005028945 ANKRD13A (ENSBIXG00005002115) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 ENSBIXG00005027356 MSH3 (ENSBIXG00005027416) RASGRF2 (ENSBIXG00005027490) CKMT2 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ENSBGRG00000026390 MLEC (ENSBGRG00000026401) #26 UNC119B (ENSBGRG00000026410) #27 ACADS (ENSBGRG00000026412) #28 SPPL3 (ENSBGRG00000026421) #29 HNF1A (ENSBGRG00000026430) C12orf43 (ENSBGRG00000026435) ENSBGRG00000026442 C12orf76 (ENSBGRG00000026445) ANKRD13A (ENSBGRG00000026448) ENSBGRG00000026453 GIT2 (ENSBGRG00000026463) Wild yak MODERN SPECIES 410 GCN1 (ENSBMUG00000020963) RPLP0 (ENSBMUG00000021009) ENSBMUG00000021049 SIRT4 (ENSBMUG00000021078) PLA2G1B (ENSBMUG00000021087) MSI1 (ENSBMUG00000021109) ENSBMUG00000021128 #18 TRIAP1 (ENSBMUG00000021136) ENSBMUG00000021153 #20 ENSBMUG00000021163 #21 ENSBMUG00000021172 ENSBMUG00000021217 #22 COQ5 (ENSBMUG00000021281) #23 RNF10 (ENSBMUG00000021341) #24 POP5 (ENSBMUG00000021396) #25 ENSBMUG00000021407 ENSBMUG00000021423 #26 ENSBMUG00000021427 #27 ACADS (ENSBMUG00000021446) #28 SPPL3 (ENSBMUG00000021456) #29 HNF1A (ENSBMUG00000021502) C12orf43 (ENSBMUG00000021527) ENSBMUG00000021534 C12orf76 (ENSBMUG00000021546) ANKRD13A (ENSBMUG00000021557) ENSBMUG00000021577 GIT2 (ENSBMUG00000021711) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155190 ENSGT00390000017491.t.t.a.b ENSGT00940000156301 ENSGT00940000160185 ENSGT00940000154396.b.b ENSGT00940000156209 ENSGT01030000234573.A.b.a ENSGT00940000155665.j ENSGT00990000205383 ENSGT00390000014549.g ENSGT00530000064198.d ENSGT00530000064198.c ENSGT00940000159829 ENSGT00520000055591.a ENSGT00950000182964.a.a ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c.h #22 ENSGT00390000001618.cb.b ENSGT00940000164094 ENSGT01100000263497.E.b.e ENSGT00390000005897 ENSGT00950000182913.B ENSGT00940000165941 ENSGT00940000161805.p.a.b ENSGT00950000182976.b.a ENSGT00940000156262 ENSGT00940000156968 ENSGT00730000110872.b ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a.a.b ENSGT00950000182928.B.d.b ENSGT00390000000312.u ENSGT01030000234559.b Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1076 PWWP3B (ENSBMUG00000019975) ENSBMUG00000019996 SERPINA7 (ENSBMUG00000020011) NRK (ENSBMUG00000020046) IL1RAPL2 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GADD45A (ENSBGRG00000008972) ENSBGRG00000008938 #22 ENSBGRG00000008913 ENSBGRG00000008894 DIRAS3 (ENSBGRG00000008874) WLS (ENSBGRG00000008504) RPE65 (ENSBGRG00000008339) ENSBGRG00000008289 DEPDC1 (ENSBGRG00000008047) ENSBGRG00000008029 LRRC7 (ENSBGRG00000007643) LRRC40 (ENSBGRG00000007429) SRSF11 (ENSBGRG00000007267) ENSBGRG00000007232 ANKRD13C (ENSBGRG00000005513) CTH (ENSBGRG00000005403) ENSBGRG00000005391 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000154089.b ENSGT00940000156240 ENSGT00940000157442 ENSGT00940000158557 ENSGT00940000153612.B ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000158897 ENSGT00940000170510 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154612.m.a #18 ENSGT00940000163530 #19 ENSGT00390000018351 #20 ENSGT00940000156839 #21 ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c #22 ENSGT00390000001618.cb.a ENSGT00390000001654 #23 ENSGT00390000001731 #24 ENSGT00390000012331 #25 ENSGT00940000158555.i.a ENSGT00390000016504 #26 ENSGT00390000014595.b #27 ENSGT00940000158866 #28 ENSGT00940000158101 #29 ENSGT00940000153818.a.a ENSGT00390000010771 ENSGT00510000046406.f.a.b ENSGT00530000065303 ENSGT00950000182928.A.b ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.b.b.a Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 8 MAPKAPK5 (ENSOARG00020020384) ALDH2 (ENSOARG00020020566) BICDL1 (ENSOARG00020020670) RAB35 (ENSOARG00020020773) GCN1 (ENSOARG00020020866) RPLP0 (ENSOARG00020021193) PXN (ENSOARG00020021342) ENSOARG00020021816 SIRT4 (ENSOARG00020021864) PLA2G1B (ENSOARG00020021905) MSI1 (ENSOARG00020021980) ENSOARG00020022065 #18 TRIAP1 (ENSOARG00020022095) #19 GATC (ENSOARG00020022134) #20 ENSOARG00020022161 #21 ENSOARG00020022194 #22 ENSOARG00020022240 COQ5 (ENSOARG00020022260) #23 RNF10 (ENSOARG00020022324) #24 POP5 (ENSOARG00020022366) #25 CABP1 (ENSOARG00020022431) MLEC (ENSOARG00020022614) #26 UNC119B (ENSOARG00020022639) #27 ACADS (ENSOARG00020022655) #28 SPPL3 (ENSOARG00020022683) #29 HNF1A (ENSOARG00020022728) C12orf43 (ENSOARG00020022838) ENSOARG00020022859 ENSOARG00020022895 C12orf76 (ENSOARG00020022908) ANKRD13A (ENSOARG00020022934) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES PRD-SPRRII (ENSOARG00020008444) BRDT (ENSOARG00020008525) EPHX4 (ENSOARG00020009087) BTBD8 (ENSOARG00020009170) C1orf146 (ENSOARG00020009293) GLMN (ENSOARG00020009355) RPAP2 (ENSOARG00020009451) EVI5 (ENSOARG00020009564) DIPK1A (ENSOARG00020010425) MTF2 (ENSOARG00020010785) ENSOARG00020011067 TMED5 (ENSOARG00020011102) CCDC18 (ENSOARG00020011193) DR1 (ENSOARG00020011400) ENSOARG00020011450 ENSOARG00020011468 #22 FNBP1L (ENSOARG00020011503) BCAR3 (ENSOARG00020011724) DNTTIP2 (ENSOARG00020011971) GCLM (ENSOARG00020012157) ABCA4 (ENSOARG00020000200) ARHGAP29 (ENSOARG00020000343) ABCD3 (ENSOARG00020000390) F3 (ENSOARG00020000473) SLC44A3 (ENSOARG00020000556) CNN3 (ENSOARG00020001067) ALG14 (ENSOARG00020001092) TLCD4 (ENSOARG00020001102) RWDD3 (ENSOARG00020001116) PTBP2 (ENSOARG00020001140) DPYD (ENSOARG00020001219) Goat MODERN SPECIES 8 ENSCHIG00000021746 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(ENSCHYG00000002831) #23 RNF10 (ENSCHYG00000002709) #24 POP5 (ENSCHYG00000002661) #25 ENSCHYG00000002647 ENSCHYG00000002614 MLEC (ENSCHYG00000002591) #26 UNC119B (ENSCHYG00000002573) #27 ACADS (ENSCHYG00000002549) #28 SPPL3 (ENSCHYG00000002518) #29 HNF1A (ENSCHYG00000002459) C12orf43 (ENSCHYG00000002408) OASL (ENSCHYG00000002386) ENSCHYG00000002369 C12orf76 (ENSCHYG00000002355) ENSCHYG00000002340 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22 Yarkand deer MODERN SPECIES 1323 ENSCHYG00000012187 AR (ENSCHYG00000012242) ENSCHYG00000012623 ENSCHYG00000012635 ENSCHYG00000012671 EDA2R (ENSCHYG00000012702) CHST7 (ENSCHYG00000012799) SLC9A7 (ENSCHYG00000012816) ENSCHYG00000012899 RP2 (ENSCHYG00000012920) JADE3 (ENSCHYG00000012941) RGN (ENSCHYG00000012997) ENSCHYG00000013120 NDUFB11 (ENSCHYG00000013137) RBM10 (ENSCHYG00000013228) ENSCHYG00000013676 #22 UBA1 (ENSCHYG00000013713) ENSCHYG00000014283 ENSCHYG00000014787 ZNF157 (ENSCHYG00000015268) ZNF41 (ENSCHYG00000015348) ARAF (ENSCHYG00000015467) SYN1 (ENSCHYG00000015682) TIMP1 (ENSCHYG00000015815) CFP (ENSCHYG00000015864) ELK1 (ENSCHYG00000016063) ENSCHYG00000016212 ENSCHYG00000016354 MAGED1 (ENSCHYG00000016520) GSPT2 (ENSCHYG00000016695) ENSCHYG00000016717 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22 American bison MODERN SPECIES 2339 ENSBBBG00000023886 #22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22 Cow MODERN SPECIES 177 FRMPD3 (ENSBTAG00000003121) DNAAF6 (ENSBTAG00000003321) RBM41 (ENSBTAG00000000955) ENSBTAG00000045876 CLDN2 (ENSBTAG00000055282) ENSBTAG00000005294 RIPPLY1 (ENSBTAG00000044115) TBC1D8B (ENSBTAG00000046314) RNF128 (ENSBTAG00000022920) RADX (ENSBTAG00000003668) PWWP3B (ENSBTAG00000040132) ENSBTAG00000053716 SERPINA7 (ENSBTAG00000047655) NRK (ENSBTAG00000004836) IL1RAPL2 (ENSBTAG00000044025) ENSBTAG00000045756 #22 ENSBTAG00000009457 ENSBTAG00000053380 ESX1 (ENSBTAG00000005953) FAM199X (ENSBTAG00000004008) SLC25A53 (ENSBTAG00000054469) ENSBTAG00000046436 ENSBTAG00000014287 ENSBTAG00000052155 ENSBTAG00000047211 RAB9B (ENSBTAG00000019820) PLP1 (ENSBTAG00000006977) GLRA4 (ENSBTAG00000003320) MORF4L2 (ENSBTAG00000001311) TCEAL1 (ENSBTAG00000049730) ENSBTAG00000022204 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 13 PICALM (ENSOARG00020013638) ENSOARG00020014330 ENSOARG00020014438 SYTL2 (ENSOARG00020014519) CCDC89 (ENSOARG00020015557) CREBZF (ENSOARG00020015588) TMEM126A (ENSOARG00020015625) TMEM126B (ENSOARG00020015676) DLG2 (ENSOARG00020016002) ENSOARG00020024175 ENSOARG00020024191 ENSOARG00020024223 ENSOARG00020024238 CCDC90B (ENSOARG00020024361) PCF11 (ENSOARG00020024415) ENSOARG00020024522 #22 RAB30 (ENSOARG00020024533) PRCP (ENSOARG00020024590) ENSOARG00020024670 FAM181B (ENSOARG00020024679) TENM4 (ENSOARG00020024798) NARS2 (ENSOARG00020025086) GAB2 (ENSOARG00020025127) ENSOARG00020025150 USP35 (ENSOARG00020025158) KCTD21 (ENSOARG00020025178) ENSOARG00020025186 ENSOARG00020025198 ALG8 (ENSOARG00020025204) NDUFC2 (ENSOARG00020025217) THRSP (ENSOARG00020025234) Siberian musk deer MODERN SPECIES 258 DACT1 (ENSMMSG00000008105) KIAA0586 (ENSMMSG00000007552) TIMM9 (ENSMMSG00000007476) TOMM20L (ENSMMSG00000007451) ARID4A (ENSMMSG00000007258) PSMA3 (ENSMMSG00000007088) ACTR10 (ENSMMSG00000007044) ARMH4 (ENSMMSG00000007016) ENSMMSG00000007001 ENSMMSG00000006982 #22 SLC35F4 (ENSMMSG00000006922) ENSMMSG00000006892 NAA30 (ENSMMSG00000006855) AP5M1 (ENSMMSG00000006814) ENSMMSG00000006789 ENSMMSG00000006587 ENSMMSG00000006537 ENSMMSG00000006506 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 161 ENSGT00390000000378.d.b.fb.b #22 ENSGT00390000001618.db Arabian camel MODERN SPECIES 11 ENSCDRG00005009873 GRID2 (ENSCDRG00005009950) ENSCDRG00005010381 CCSER1 (ENSCDRG00005010415) MMRN1 (ENSCDRG00005010505) ENSCDRG00005010544 ENSCDRG00005010708 ENSCDRG00005010793 POLR2B (ENSCDRG00005010929) IGFBP7 (ENSCDRG00005011222) ENSCDRG00005011298 ADGRL3 (ENSCDRG00005011461) ENSCDRG00005016248 TECRL (ENSCDRG00005016258) EPHA5 (ENSCDRG00005016353) ENSCDRG00005016777 #22 ENSCDRG00005016828 CENPC (ENSCDRG00005016837) STAP1 (ENSCDRG00005016912) UBA6 (ENSCDRG00005016966) GNRHR (ENSCDRG00005017041) ENSCDRG00005017088 TMPRSS11D (ENSCDRG00005017168) TMPRSS11A (ENSCDRG00005017245) ENSCDRG00005017298 TMPRSS11F (ENSCDRG00005017352) ENSCDRG00005017437 TMPRSS11B (ENSCDRG00005017546) TMPRSS11E (ENSCDRG00005017583) YTHDC1 (ENSCDRG00005017652) ENSCDRG00005017897 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000153612.B ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000158897 ENSGT00940000170510 ENSGT00940000166687 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154612.m.a #18 ENSGT00940000162087 ENSGT00390000018351 #20 ENSGT00940000156839 #21 ENSGT00390000001618.cb ENSGT00390000000378.d.b.fb.b #22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a ##22 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001654 #23 ENSGT00390000001731 #24 ENSGT00390000012331 #25 ENSGT00950000185577 ENSGT00940000158555 ENSGT00390000016504 #26 ENSGT00390000014595.b #27 ENSGT00940000158866 #28 ENSGT00940000158101 #29 ENSGT00940000153818.a.a ENSGT00390000010771 ENSGT00510000046406.f.a.b ENSGT00530000065303 ENSGT00950000182928.A.b Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 7 NUCB2 (ENSPCTG00005004244) ENSPCTG00005015020 PIK3C2A (ENSPCTG00005014624) ENSPCTG00005014567 RPS13 (ENSPCTG00005014477) PLEKHA7 (ENSPCTG00005014003) ENSPCTG00005013965 C16H11orf58 (ENSPCTG00005013885) SOX6 (ENSPCTG00005013480) INSC (ENSPCTG00005013109) ENSPCTG00005012995 ENSPCTG00005012923 ENSPCTG00005012901 ENSPCTG00005012814 CYP2R1 (ENSPCTG00005012742) ENSPCTG00005012726 ##22 ENSPCTG00005012691 PDE3B (ENSPCTG00005012346) PSMA1 (ENSPCTG00005012167) COPB1 (ENSPCTG00005012104) RRAS2 (ENSPCTG00005012007) SPON1 (ENSPCTG00005011836) FAR1 (ENSPCTG00005011756) PTH (ENSPCTG00005011723) BTBD10 (ENSPCTG00005011536) ARNTL (ENSPCTG00005011154) RASSF10 (ENSPCTG00005011126) ENSPCTG00005011111 PARVA (ENSPCTG00005010894) MICAL2 (ENSPCTG00005010521) ENSPCTG00005010379 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 32 PIK3C2A (ENSDLEG00000020912) ENSDLEG00000020962 RPS13 (ENSDLEG00000005358) PLEKHA7 (ENSDLEG00000005386) CUNH11orf58 (ENSDLEG00000005498) SOX6 (ENSDLEG00000005509) ENSDLEG00000005557 INSC (ENSDLEG00000005606) ENSDLEG00000005632 ENSDLEG00000005645 ENSDLEG00000005660 ENSDLEG00000005668 ENSDLEG00000005674 CYP2R1 (ENSDLEG00000005681) PDE3B (ENSDLEG00000005717) ENSDLEG00000005733 ##22 ENSDLEG00000005736 PSMA1 (ENSDLEG00000005746) COPB1 (ENSDLEG00000005761) RRAS2 (ENSDLEG00000005779) SPON1 (ENSDLEG00000005782) FAR1 (ENSDLEG00000005790) ENSDLEG00000005799 PTH (ENSDLEG00000005808) BTBD10 (ENSDLEG00000005823) ARNTL (ENSDLEG00000005839) RASSF10 (ENSDLEG00000005856) TEAD1 (ENSDLEG00000005889) PARVA (ENSDLEG00000005943) MICAL2 (ENSDLEG00000006015) ENSDLEG00000006212 Pecora ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 68 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 ENSGT00940000162668 ENSGT00940000163888 ENSGT00940000158335 ENSGT00530000065541 ENSGT00940000157822 ENSGT00940000164266 ENSGT00940000159162 ENSGT00480000042679.a ENSGT00940000159092.d ENSGT00940000159149 ENSGT00940000153412.A.a.d ENSGT00390000007539.i.b.b.i ENSGT00940000161990 ENSGT00940000162726 ENSGT00940000163396 Bovinae DUPLICATION Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b ENSGT01100000263555.a.a.a ENSGT00940000156082.g ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b ##22 ENSGT00390000008712 ENSGT00730000111116 ENSGT00940000156994 ENSGT00940000156972 ENSGT00940000161291 ENSGT00390000005372 ENSGT00940000160454 ENSGT00940000153173.b.a ENSGT00940000153979.A ENSGT00940000155518 ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a ##22 ENSGT00940000157526.a ENSGT00940000158609 ENSGT00530000063608.B ENSGT00940000157782 ENSGT00940000157130 ENSGT00960000186726 ENSGT00940000154224.a ENSGT00950000183072.b.b ENSGT00940000156609 ENSGT00390000005979.b ENSGT00940000154224.b.g ENSGT00940000154224.b.h ENSGT00940000161368 ENSGT00940000162042 ENSGT00530000063779.A Wild yak MODERN SPECIES 891 ITGB6 (ENSBMUG00000017042) RBMS1 (ENSBMUG00000017123) ENSBMUG00000017136 ENSBMUG00000017143 ##22 TANK (ENSBMUG00000017182) PSMD14 (ENSBMUG00000017217) TBR1 (ENSBMUG00000017252) ENSBMUG00000017270 SLC4A10 (ENSBMUG00000017462) DPP4 (ENSBMUG00000017564) GCG (ENSBMUG00000017603) FAP (ENSBMUG00000017718) IFIH1 (ENSBMUG00000017838) GCA (ENSBMUG00000017889) KCNH7 (ENSBMUG00000017964) ENSBMUG00000018006 ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 11 ENSBGRG00000014823 RBMS1 (ENSBGRG00000014860) ENSBGRG00000015433 ##22 ENSBGRG00000015467 TANK (ENSBGRG00000015484) ENSBGRG00000015601 PSMD14 (ENSBGRG00000015635) TBR1 (ENSBGRG00000015789) SLC4A10 (ENSBGRG00000015954) DPP4 (ENSBGRG00000016318) GCG (ENSBGRG00000016767) FAP (ENSBGRG00000016859) IFIH1 (ENSBGRG00000017350) GCA (ENSBGRG00000017546) KCNH7 (ENSBGRG00000017704) ENSBGRG00000018305 ##22 ENSBGRG00000018395 FIGN (ENSBGRG00000018428) GRB14 (ENSBGRG00000018525) COBLL1 (ENSBGRG00000018928) SLC38A11 (ENSBGRG00000019278) SCN3A (ENSBGRG00000019550) ENSBGRG00000019945 SCN2A (ENSBGRG00000020107) CSRNP3 (ENSBGRG00000021834) GALNT3 (ENSBGRG00000021944) TTC21B (ENSBGRG00000022141) SCN1A (ENSBGRG00000022402) SCN9A (ENSBGRG00000022714) ENSBGRG00000022976 SCN7A (ENSBGRG00000023014) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 ACVR1 (ENSBIXG00005020163) UPP2 (ENSBIXG00005003353) CCDC148 (ENSBIXG00005003408) PKP4 (ENSBIXG00005020435) DAPL1 (ENSBIXG00005007153) TANC1 (ENSBIXG00005020592) WDSUB1 (ENSBIXG00005020681) ENSBIXG00005020720 BAZ2B (ENSBIXG00005020764) MARCHF7 (ENSBIXG00005003543) CD302 (ENSBIXG00005021114) LY75 (ENSBIXG00005021164) PLA2R1 (ENSBIXG00005021207) ITGB6 (ENSBIXG00005021514) ENSBIXG00005021553 ENSBIXG00005021563 ##22 RBMS1 (ENSBIXG00005021721) TANK (ENSBIXG00005021819) ENSBIXG00005021853 PSMD14 (ENSBIXG00005021873) TBR1 (ENSBIXG00005021900) ENSBIXG00005003696 SLC4A10 (ENSBIXG00005022084) DPP4 (ENSBIXG00005022213) GCG (ENSBIXG00005022246) FAP (ENSBIXG00005003838) IFIH1 (ENSBIXG00005003872) ENSBIXG00005006274 KCNH7 (ENSBIXG00005022781) FIGN (ENSBIXG00005022877) GRB14 (ENSBIXG00005022978) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158842 ENSGT00940000160160 ENSGT00940000161094 ENSGT00940000153988.A ENSGT00940000155773.b ENSGT00940000154574.d ENSGT00940000155655.B ENSGT00940000157230 ENSGT00940000155359 ENSGT00950000182878.b.b.k.a.a ENSGT00530000063836.a ENSGT01050000244842.a.b.a ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b ENSGT01100000263555.a.a.a ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b ##22 ENSGT00940000156082.g ENSGT00390000008712 ENSGT00730000111116 ENSGT00940000156994 ENSGT00510000046986.x.b.b.d ENSGT00940000156972 ENSGT00940000161291 ENSGT00390000005372 ENSGT00940000160454 ENSGT00940000153173.b.a ENSGT00940000153979.A ENSGT00940000155518 ENSGT00940000157526.a ENSGT00940000158609 ENSGT00530000063608.B Bos ANCESTRAL SPECIES 129 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161094 ENSGT00940000153988.A ENSGT00940000155773.b.f ENSGT00940000154574.d ENSGT00940000155655.B ENSGT00940000157230 ENSGT00940000155359 ENSGT00950000182878.b.b.k.a.a ENSGT00530000063836.a ENSGT01050000244842.a.b.a ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b ENSGT01100000263555.a.a.a ENSGT00940000156082.g ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b ##22 ENSGT00390000008712 ENSGT00730000111116 ENSGT00940000156994 ENSGT00940000156972 ENSGT00940000161291 ENSGT00390000005372 ENSGT00940000160454 ENSGT00940000153173.b.a ENSGT00940000153979.A ENSGT00940000155518 ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a ##22 ENSGT00940000157526.a ENSGT00940000158609 ENSGT00530000063608.B ENSGT00940000157782 Wild yak MODERN SPECIES 891 ENSBMUG00000016677 MARCHF7 (ENSBMUG00000016739) CD302 (ENSBMUG00000016780) LY75 (ENSBMUG00000016810) PLA2R1 (ENSBMUG00000016876) ENSBMUG00000016912 ITGB6 (ENSBMUG00000017042) RBMS1 (ENSBMUG00000017123) ENSBMUG00000017136 ENSBMUG00000017143 ##22 TANK (ENSBMUG00000017182) PSMD14 (ENSBMUG00000017217) TBR1 (ENSBMUG00000017252) ENSBMUG00000017270 SLC4A10 (ENSBMUG00000017462) DPP4 (ENSBMUG00000017564) GCG (ENSBMUG00000017603) FAP (ENSBMUG00000017718) IFIH1 (ENSBMUG00000017838) GCA (ENSBMUG00000017889) KCNH7 (ENSBMUG00000017964) ENSBMUG00000018006 ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 11 UPP2 (ENSBGRG00000009647) CCDC148 (ENSBGRG00000009770) PKP4 (ENSBGRG00000010064) ENSBGRG00000010385 TANC1 (ENSBGRG00000010534) WDSUB1 (ENSBGRG00000010639) BAZ2B (ENSBGRG00000010962) ENSBGRG00000011593 MARCHF7 (ENSBGRG00000011679) CD302 (ENSBGRG00000012068) LY75 (ENSBGRG00000012245) PLA2R1 (ENSBGRG00000012680) ITGB6 (ENSBGRG00000014060) ENSBGRG00000014823 RBMS1 (ENSBGRG00000014860) ENSBGRG00000015433 ##22 ENSBGRG00000015467 TANK (ENSBGRG00000015484) ENSBGRG00000015601 PSMD14 (ENSBGRG00000015635) TBR1 (ENSBGRG00000015789) SLC4A10 (ENSBGRG00000015954) DPP4 (ENSBGRG00000016318) GCG (ENSBGRG00000016767) FAP (ENSBGRG00000016859) IFIH1 (ENSBGRG00000017350) GCA (ENSBGRG00000017546) KCNH7 (ENSBGRG00000017704) ENSBGRG00000018305 ##22 ENSBGRG00000018395 FIGN (ENSBGRG00000018428) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000158842 ENSGT00940000160160 ENSGT00940000161094 ENSGT00940000153988.A ENSGT00940000155773.b.f ENSGT00940000154574.d ENSGT00940000155655.B ENSGT00940000157230 ENSGT00940000155359 ENSGT00950000182878.b.b.k.a.a ENSGT00530000063836.a ENSGT01050000244842.a.b.a ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b ENSGT01100000263555.a.a.a ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b ##22 ENSGT00940000156082.g ENSGT00390000008712 ENSGT00730000111116 ENSGT00940000156994 ENSGT00510000046986.x.b.b.d ENSGT00940000156972 ENSGT00940000161291 ENSGT00390000005372 ENSGT00940000160454 ENSGT00940000153173.b.a ENSGT00940000153979.A ENSGT00940000155518 ENSGT00940000157526.a ENSGT00940000158609 ENSGT00530000063608.B Cow MODERN SPECIES 11 UPP2 (ENSBTAG00000012801) CCDC148 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(ENSBBBG00000003195) ENSBBBG00000014151 MARCHF7 (ENSBBBG00000014186) CD302 (ENSBBBG00000014200) LY75 (ENSBBBG00000014226) PLA2R1 (ENSBBBG00000014279) ITGB6 (ENSBBBG00000014399) ENSBBBG00000008288 ##22 RBMS1 (ENSBBBG00000003334) TANK (ENSBBBG00000003352) PSMD14 (ENSBBBG00000003364) TBR1 (ENSBBBG00000014500) ENSBBBG00000014504 SLC4A10 (ENSBBBG00000014578) DPP4 (ENSBBBG00000007218) GCG (ENSBBBG00000003533) FAP (ENSBBBG00000014785) IFIH1 (ENSBBBG00000014857) GCA (ENSBBBG00000014884) ENSBBBG00000014889 ENSBBBG00000002806 ##22 KCNH7 (ENSBBBG00000001182) FIGN (ENSBBBG00000001161) Caprinae ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000162668 ENSGT00940000158335 ENSGT00390000012807.cb.b ENSGT00940000154837.f.b ENSGT00940000157822 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 ENSGT00940000159162 ENSGT00480000042679.a ENSGT00940000159092.d ENSGT00940000159149 ENSGT00940000153412.A.a.d.c ENSGT00390000007539.i.b.b.i ENSGT00940000161990 ENSGT00940000162726 ENSGT00940000163081 ENSGT00940000160792 ENSGT01030000234531.A.a ENSGT00390000007539.i.b.a ENSGT00940000153412.B ENSGT00940000161244 ENSGT00940000163008 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 11 RBMS1 (ENSCHIG00000023380) ENSCHIG00000010181 ##22 ENSCHIG00000008553 ENSCHIG00000022618 ENSCHIG00000009480 ENSCHIG00000026247 TBR1 (ENSCHIG00000011769) SLC4A10 (ENSCHIG00000027183) DPP4 (ENSCHIG00000021048) GCG (ENSCHIG00000021277) FAP (ENSCHIG00000004276) IFIH1 (ENSCHIG00000019848) GCA (ENSCHIG00000025003) KCNH7 (ENSCHIG00000026905) ENSCHIG00000013786 ENSCHIG00000024808 ##22 FIGN (ENSCHIG00000018013) GRB14 (ENSCHIG00000026062) ENSCHIG00000010255 COBLL1 (ENSCHIG00000024975) SLC38A11 (ENSCHIG00000014139) SCN3A (ENSCHIG00000016974) SCN2A (ENSCHIG00000023553) CSRNP3 (ENSCHIG00000023391) GALNT3 (ENSCHIG00000024307) TTC21B (ENSCHIG00000027050) SCN1A (ENSCHIG00000024980) SCN9A (ENSCHIG00000020127) SCN7A (ENSCHIG00000018164) XIRP2 (ENSCHIG00000008742) B3GALT1 (ENSCHIG00000015105) Goat MODERN SPECIES 11 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ENSGT00390000007746 ENSGT00390000014148 ENSGT00940000160010 ENSGT00390000004458 ENSGT00940000156231 ENSGT00940000153181.z ENSGT00950000182858.A.b.b ENSGT00390000017382 ENSGT00940000154745.a ENSGT00390000014118 ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b ##22 ENSGT00940000156959.B ENSGT00940000157531.gb.b ENSGT00940000157531.gb.a ENSGT00940000159211.C ENSGT00940000159789 ENSGT00940000154143.e ENSGT00940000153385.b.a.a ENSGT01060000249362 ENSGT00940000159718 ENSGT00940000157589 ENSGT00530000063085.B ENSGT00940000159387 ENSGT00940000159447 ENSGT00940000160710 ENSGT00940000159976 Narwhal MODERN SPECIES 312 TTF1 (ENSMMNG00015014693) CFAP77 (ENSMMNG00015014748) BARHL1 (ENSMMNG00015014770) DDX31 (ENSMMNG00015014795) GTF3C4 (ENSMMNG00015014850) AK8 (ENSMMNG00015014866) TSC1 (ENSMMNG00015014899) GFI1B (ENSMMNG00015014939) GTF3C5 (ENSMMNG00015014986) CEL (ENSMMNG00015015072) RALGDS (ENSMMNG00015015227) GBGT1 (ENSMMNG00015015453) MRPS2 (ENSMMNG00015015534) PIERCE1 (ENSMMNG00015015543) PPP1R26 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SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 2691 ENSBMUG00000023478 ENSBMUG00000023485 ##22 ENSBMUG00000023495 ENSBMUG00000023507 ENSBMUG00000023514 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000158897 ENSGT00940000170510 ENSGT00940000166687 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154612.m.a #18 ENSGT00940000162087 ENSGT00390000018351 #20 ENSGT00940000156839 #21 ENSGT00390000001618.cb ENSGT00390000000378.d.b.fb.b #22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a ##22 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001654 #23 ENSGT00390000001731 #24 ENSGT00390000012331 #25 ENSGT00950000185577 ENSGT00940000158555 ENSGT00390000016504 #26 ENSGT00390000014595.b #27 ENSGT00940000158866 #28 ENSGT00940000158101 #29 ENSGT00940000153818.a.a ENSGT00390000010771 ENSGT00510000046406.f.a.b ENSGT00530000065303 ENSGT00950000182928.A.b ENSGT00940000156383 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000160605 ENSGT00390000015428 ENSGT00940000162372 ENSGT00940000155307.b ENSGT01030000234517.E ENSGT00940000157442 ENSGT00940000158557 ENSGT00940000153612.B ENSGT00390000017839.o.b.a.b ENSGT00940000158897 ENSGT00940000158891 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154612.m.a #18 ENSGT00940000162087 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00940000163530 #19 ENSGT00940000156839 #21 ENSGT00390000001618.cb ENSGT00390000001654 #23 ENSGT00390000001731 #24 ENSGT00390000012331 #25 ENSGT00940000158555 ENSGT00390000014595.b #27 ENSGT00940000158866 #28 ENSGT00940000158101 #29 ENSGT00940000153818.a.a ENSGT00390000010771 ENSGT00510000046406.f.a.b Alpaca MODERN SPECIES 1937 PLA2G1B (ENSVPAG00000010357) ENSVPAG00000010358 COX6A1 (ENSVPAG00000010359) #18 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RPH3A (ENSCDRG00005019408) ENSCDRG00005019652 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 57 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000001927.a ENSGT00940000157251.hb ENSGT00940000157813 ENSGT00390000017491.t.u.r ENSGT00940000155817.a.a ENSGT00390000000687 ENSGT00940000156433.B ENSGT00390000001511 ENSGT00940000167380 ENSGT00940000167952 ENSGT00940000156267.eb ENSGT00940000156267.db.a ENSGT00940000166205.a.e ENSGT00940000156267.db.b ENSGT00940000158305 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.a.b.l ENSGT00940000159336 ENSGT00550000074855 ENSGT00390000005270 ENSGT00940000155328.cb ENSGT00940000154910.b.b ENSGT00390000006367.d ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.b.a.b.a ENSGT00390000018603 ENSGT00390000007975.a ENSGT00940000157523 ENSGT00950000182839.A.d ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l.a ENSGT00950000183194.a.b ENSGT00940000158780 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000001927.a ENSGT00940000157251.hb ENSGT00940000157813 ENSGT00390000017491.t.u.r ENSGT00940000155817.a.a ENSGT00390000000687 ENSGT00940000156433.B ENSGT00390000018086.y.b.b ENSGT00390000001511 ENSGT00940000167380 ENSGT00940000166205.b ENSGT00940000167952 ENSGT00940000166205.a.e ENSGT00940000156267.db.b ENSGT00940000158305 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.a.b.l ENSGT00940000159336 ENSGT00550000074855 ENSGT00390000005270 ENSGT00940000155328.cb ENSGT00940000154910.b.b ENSGT00390000006367.d ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.b.a.b.a ENSGT00390000018603 ENSGT00390000007975.a ENSGT00940000157523 ENSGT00950000182839.A.d ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l.a ENSGT00950000183194.a.b ENSGT00940000158780 Narwhal MODERN SPECIES 314 NUCB2 (ENSMMNG00015021400) ENSMMNG00015021368 PIK3C2A (ENSMMNG00015021358) RPS13 (ENSMMNG00015021335) PLEKHA7 (ENSMMNG00015021305) C11orf58 (ENSMMNG00015021280) SOX6 (ENSMMNG00015021242) ENSMMNG00015021215 INSC (ENSMMNG00015021164) ENSMMNG00015021136 ENSMMNG00015021124 ENSMMNG00015021119 ENSMMNG00015021104 ENSMMNG00015021083 CYP2R1 (ENSMMNG00015021059) ENSMMNG00015021043 ##22 ENSMMNG00015021034 PDE3B (ENSMMNG00015020953) PSMA1 (ENSMMNG00015020868) COPB1 (ENSMMNG00015020824) ENSMMNG00015020802 SPON1 (ENSMMNG00015020782) FAR1 (ENSMMNG00015020761) ENSMMNG00015020752 PTH (ENSMMNG00015020742) BTBD10 (ENSMMNG00015020698) BMAL1 (ENSMMNG00015020613) RASSF10 (ENSMMNG00015020589) TEAD1 (ENSMMNG00015020545) PARVA (ENSMMNG00015020501) MICAL2 (ENSMMNG00015020388) Vaquita MODERN SPECIES 19 ABCC8 (ENSPSNG00000007231) KCNJ11 (ENSPSNG00000006886) ENSPSNG00000006848 NUCB2 (ENSPSNG00000006795) ENSPSNG00000006740 PIK3C2A (ENSPSNG00000006633) PLEKHA7 (ENSPSNG00000006504) C11orf58 (ENSPSNG00000006414) SOX6 (ENSPSNG00000006212) INSC (ENSPSNG00000005971) ENSPSNG00000005882 ENSPSNG00000005847 ENSPSNG00000005826 ENSPSNG00000005789 CYP2R1 (ENSPSNG00000005748) ENSPSNG00000005725 ##22 ENSPSNG00000005706 PDE3B (ENSPSNG00000005620) PSMA1 (ENSPSNG00000005548) COPB1 (ENSPSNG00000005475) ENSPSNG00000005427 SPON1 (ENSPSNG00000005398) FAR1 (ENSPSNG00000005352) ENSPSNG00000005319 PTH (ENSPSNG00000005298) BTBD10 (ENSPSNG00000005248) BMAL1 (ENSPSNG00000005165) RASSF10 (ENSPSNG00000005115) ENSPSNG00000005077 PARVA (ENSPSNG00000005015) MICAL2 (ENSPSNG00000004843) Sperm whale MODERN SPECIES 19 ENSPCTG00005003348 RETREG1 (ENSPCTG00005003333) ENSPCTG00005003316 ENSPCTG00005003299 ENSPCTG00005003297 MARCH11 (ENSPCTG00005003284) FBXL7 (ENSPCTG00005003269) ENSPCTG00005003250 ANKH (ENSPCTG00005003239) ENSPCTG00005003233 OTULIN (ENSPCTG00005003221) OTULINL (ENSPCTG00005003212) TRIO (ENSPCTG00005003109) DNAH5 (ENSPCTG00005003015) ENSPCTG00005002988 ENSPCTG00005002979 ##22 ENSPCTG00005002965 CTNND2 (ENSPCTG00005002822) DAP (ENSPCTG00005002789) ANKRD33B (ENSPCTG00005002770) ROPN1L (ENSPCTG00005002753) ENSPCTG00005002747 MARCH6 (ENSPCTG00005002477) CMBL (ENSPCTG00005002401) CCT5 (ENSPCTG00005002365) ATPSCKMT (ENSPCTG00005002344) SEMA5A (ENSPCTG00005002330) MTRR (ENSPCTG00005002314) FASTKD3 (ENSPCTG00005002301) CFAP90 (ENSPCTG00005002289) ADCY2 (ENSPCTG00005002147) Pecora ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 68 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 8 FAM133A (ENSMMSG00000008570) ENSMMSG00000008552 ENSMMSG00000008511 ENSMMSG00000008443 ENSMMSG00000008384 DIAPH2 (ENSMMSG00000008282) ENSMMSG00000008253 ENSMMSG00000008230 ENSMMSG00000008218 ##22 ENSMMSG00000008202 PCDH19 (ENSMMSG00000008079) ENSMMSG00000008060 TNMD (ENSMMSG00000008036) TSPAN6 (ENSMMSG00000007947) SRPX2 (ENSMMSG00000007899) ENSMMSG00000007890 Siberian musk deer MODERN SPECIES 346 PLA2R1 (ENSMMSG00000024062) ITGB6 (ENSMMSG00000023980) ENSMMSG00000023960 ##22 ENSMMSG00000023953 ENSMMSG00000023951 TANK (ENSMMSG00000023948) PSMD14 (ENSMMSG00000023944) TBR1 (ENSMMSG00000023939) ENSMMSG00000023934 SLC4A10 (ENSMMSG00000023858) DPP4 (ENSMMSG00000023825) GCG (ENSMMSG00000023816) FAP (ENSMMSG00000023776) IFIH1 (ENSMMSG00000023754) GCA (ENSMMSG00000023742) ENSMMSG00000023738 ##22 KCNH7 (ENSMMSG00000023675) ENSMMSG00000023658 GRB14 (ENSMMSG00000023643) COBLL1 (ENSMMSG00000023622) SLC38A11 (ENSMMSG00000023593) SCN3A (ENSMMSG00000023114) SCN2A (ENSMMSG00000023010) CSRNP3 (ENSMMSG00000022981) GALNT3 (ENSMMSG00000022964) TTC21B (ENSMMSG00000022918) SCN1A (ENSMMSG00000021114) SCN9A (ENSMMSG00000019213) SCN7A (ENSMMSG00000018383) ENSMMSG00000018334 XIRP2 (ENSMMSG00000018137) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 ENSGT00940000162668 ENSGT00940000163888 ENSGT00940000158335 ENSGT00530000065541 ENSGT00940000157822 ENSGT00940000164266 ENSGT00940000159162 ENSGT00480000042679.a ENSGT00940000159092.d ENSGT00940000159149 ENSGT00940000153412.A.a.d ENSGT00390000007539.i.b.b.i ENSGT00940000161990 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000162668 ENSGT00940000158335 ENSGT00390000012807.cb.b ENSGT00940000154837.f.b ENSGT00940000157822 ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a ##22 ENSGT00940000159162 ENSGT00480000042679.a ENSGT00940000159092.d ENSGT00940000159149 ENSGT00940000153412.A.a.d.c ENSGT00390000007539.i.b.b.i ENSGT00940000161990 ENSGT00940000162726 ENSGT00940000163081 ENSGT00940000160792 ENSGT01030000234531.A.a ENSGT00390000007539.i.b.a ENSGT00940000153412.B Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 205 ENSOARG00020020016 ENSOARG00020019902 ENSOARG00020019580 FAM133A (ENSOARG00020019478) ENSOARG00020019414 ENSOARG00020019388 ENSOARG00020019268 DIAPH2 (ENSOARG00020019118) ENSOARG00020019085 ENSOARG00020019044 ENSOARG00020018987 ENSOARG00020018865 ENSOARG00020018799 ENSOARG00020018749 ENSOARG00020018729 ENSOARG00020018701 ##22 ENSOARG00020018677 PCDH19 (ENSOARG00020018564) TNMD (ENSOARG00020018483) TSPAN6 (ENSOARG00020018379) SRPX2 (ENSOARG00020018342) ENSOARG00020018301 ENSOARG00020018265 ENSOARG00020018170 GPRASP2 (ENSOARG00020018160) ARMCX5 (ENSOARG00020018139) ENSOARG00020018059 ENSOARG00020018010 BEX5 (ENSOARG00020017985) ENSOARG00020017953 ARMCX2 (ENSOARG00020017486) Goat MODERN SPECIES 30 FAM133A (ENSCHIG00000020066) NAP1L3 (ENSCHIG00000020503) ENSCHIG00000018022 ENSCHIG00000015524 ENSCHIG00000012934 ENSCHIG00000008332 ENSCHIG00000009197 ENSCHIG00000000445 ENSCHIG00000000411 ENSCHIG00000000375 ENSCHIG00000000344 ENSCHIG00000000308 ENSCHIG00000000275 ENSCHIG00000000236 ENSCHIG00000018890 ##22 TNMD (ENSCHIG00000000164) SRPX2 (ENSCHIG00000000098) ENSCHIG00000000063 ENSCHIG00000008561 ENSCHIG00000020751 ENSCHIG00000008681 GPRASP2 (ENSCHIG00000006797) ARMCX5 (ENSCHIG00000016190) ENSCHIG00000011905 ENSCHIG00000023015 ENSCHIG00000019200 BEX5 (ENSCHIG00000006080) ZMAT1 (ENSCHIG00000010507) ARMCX2 (ENSCHIG00000005763) ARMCX3 (ENSCHIG00000003482) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00390000001618.db ENSGT00390000000378.d.b.gb ##22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000162699 ENSGT00940000153766.B ENSGT00940000160101 ENSGT00940000161137 ENSGT00940000157938 ENSGT00940000157875 ENSGT00940000157542 ENSGT00940000160441 ENSGT00940000157091 ENSGT00940000157722 ENSGT00950000182838.C ENSGT00390000003488.a.a ENSGT00840000129915.j ENSGT00940000158020 ENSGT00390000000096.b.a ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a ##22 ENSGT00390000005488 ENSGT00940000160054 ENSGT00940000160631 ENSGT00940000158280 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a ENSGT00550000074952 ENSGT00940000154351 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT01000000214413.a ENSGT00940000157971.m.a ENSGT00940000155347.a.b ENSGT00940000154555.a.b.b.b ENSGT00940000157573 ENSGT00950000183103.c ENSGT00940000160298 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000162699 ENSGT00940000153766.B ENSGT00940000160101 ENSGT00940000161137 ENSGT00940000157938 ENSGT00940000157875 ENSGT00940000157542 ENSGT00940000160441 ENSGT00940000157091 ENSGT00940000157722 ENSGT00950000182838.C ENSGT00390000003488.a.a ENSGT00840000129915.j ENSGT00940000158020 ENSGT00390000000096.b.a ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a ##22 ENSGT00390000005488 ENSGT00940000160054 ENSGT00940000160631 ENSGT00940000158280 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a ENSGT00550000074952 ENSGT00940000154351 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT01000000214413.a ENSGT00940000157971.n ENSGT00940000157971.m.a ENSGT00940000155347.a.b ENSGT00940000154555.a.b.b.b ENSGT00940000157573 ENSGT00950000183103.c Wild yak MODERN SPECIES 1176 USP50 (ENSBMUG00000010870) ENSBMUG00000010862 TRPM7 (ENSBMUG00000010823) SPPL2A (ENSBMUG00000010751) AP4E1 (ENSBMUG00000010697) TNFAIP8L3 (ENSBMUG00000010626) CYP19A1 (ENSBMUG00000010546) GLDN (ENSBMUG00000010526) DMXL2 (ENSBMUG00000010452) ENSBMUG00000010348 ##22 SCG3 (ENSBMUG00000010332) LYSMD2 (ENSBMUG00000010294) TMOD2 (ENSBMUG00000010278) TMOD3 (ENSBMUG00000010230) LEO1 (ENSBMUG00000010199) MAPK6 (ENSBMUG00000010171) BCL2L10 (ENSBMUG00000010134) GNB5 (ENSBMUG00000010128) ENSBMUG00000010111 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000162699 ENSGT00940000153766.B ENSGT00940000160101 ENSGT00940000161137 ENSGT00940000157938 ENSGT00940000157875 ENSGT00940000157542 ENSGT00940000160441 ENSGT00940000157091 ENSGT00940000157722 ENSGT00950000182838.C ENSGT00390000003488.a.a ENSGT00840000129915.j ENSGT00940000158020 ENSGT00390000000096.b.a ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a ##22 ENSGT00390000005488 ENSGT00940000160054 ENSGT00940000160631 ENSGT00940000158280 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a ENSGT00550000074952 ENSGT00940000154351 ENSGT00940000164610 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT01000000214413.a ENSGT00940000157971.m.a ENSGT00940000155347.a.b ENSGT00940000154555.a.b.b.b ENSGT00940000157573 ENSGT00950000183103.c Cow MODERN SPECIES 1 ATP8B4 (ENSBTAG00000011936) SLC27A2 (ENSBTAG00000004303) HDC (ENSBTAG00000009911) ENSBTAG00000054826 GABPB1 (ENSBTAG00000022801) USP50 (ENSBTAG00000011929) ENSBTAG00000052971 USP8 (ENSBTAG00000011916) TRPM7 (ENSBTAG00000031165) SPPL2A (ENSBTAG00000011831) AP4E1 (ENSBTAG00000013616) TNFAIP8L3 (ENSBTAG00000010472) CYP19A1 (ENSBTAG00000014890) GLDN (ENSBTAG00000002576) DMXL2 (ENSBTAG00000000737) ENSBTAG00000050593 ##22 SCG3 (ENSBTAG00000017677) LYSMD2 (ENSBTAG00000017683) TMOD2 (ENSBTAG00000014011) TMOD3 (ENSBTAG00000048622) ENSBTAG00000051260 LEO1 (ENSBTAG00000013830) MAPK6 (ENSBTAG00000005865) ENSBTAG00000005429 GNB5 (ENSBTAG00000003762) MYO5C (ENSBTAG00000003763) MYO5A (ENSBTAG00000006489) ARPP19 (ENSBTAG00000011022) ATOSA (ENSBTAG00000024958) ONECUT1 (ENSBTAG00000046470) WDR72 (ENSBTAG00000021876) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.b ##22 Cow MODERN SPECIES 12 NAIP 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(ENSBIXG00005003574) ENSBIXG00005021178 TMEM150C (ENSBIXG00005003590) ENOPH1 (ENSBIXG00005021273) HNRNPDL (ENSBIXG00005021441) ENSBIXG00005003631 RASGEF1B (ENSBIXG00005021796) PRKG2 (ENSBIXG00005021890) BMP3 (ENSBIXG00005021925) CFAP299 (ENSBIXG00005021935) FGF5 (ENSBIXG00005003711) PRDM8 (ENSBIXG00005022026) ANTXR2 (ENSBIXG00005002605) ENSBIXG00005003758 ##22 GK2 (ENSBIXG00005022137) NAA11 (ENSBIXG00005022145) PAQR3 (ENSBIXG00005022171) ENSBIXG00005022181 BMP2K (ENSBIXG00005022256) ANXA3 (ENSBIXG00005022397) FRAS1 (ENSBIXG00005022695) ENSBIXG00005022747 ENSBIXG00005005754 CNOT6L (ENSBIXG00005022921) ENSBIXG00005003924 ENSBIXG00005023018 ENSBIXG00005023046 CCNG2 (ENSBIXG00005007172) CCNI (ENSBIXG00005023180) American bison MODERN SPECIES 3312 PLA2R1 (ENSBBBG00000014279) ITGB6 (ENSBBBG00000014399) ENSBBBG00000008288 ##22 RBMS1 (ENSBBBG00000003334) TANK (ENSBBBG00000003352) PSMD14 (ENSBBBG00000003364) TBR1 (ENSBBBG00000014500) ENSBBBG00000014504 SLC4A10 (ENSBBBG00000014578) DPP4 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ENSGT00390000012331 #25 ENSGT00940000158555 ENSGT00390000016504 #26 ENSGT00390000014595.b #27 ENSGT00940000158866 #28 ENSGT00940000158101 #29 ENSGT00940000153818.a.a ENSGT00390000010771 ENSGT00510000046406.f.a.b ENSGT00530000065303 ENSGT00950000182928.A.b ENSGT00940000156383 ENSGT01090000260322 Pig MODERN SPECIES 5 MAPKAPK5 (ENSSSCG00000009890) ALDH2 (ENSSSCG00000009889) BICDL1 (ENSSSCG00000009896) RAB35 (ENSSSCG00000033876) GCN1 (ENSSSCG00000009898) RPLP0 (ENSSSCG00000036014) PXN (ENSSSCG00000040546) SIRT4 (ENSSSCG00000009901) PLA2G1B (ENSSSCG00000029501) MSI1 (ENSSSCG00000029365) ENSSSCG00000062912 #19 COX6A1 (ENSSSCG00000039265) #18 GATC (ENSSSCG00000032747) #20 SRSF9 (ENSSSCG00000009906) #21 ENSSSCG00000031756 DYNLL1 (ENSSSCG00000009904) #22 COQ5 (ENSSSCG00000009903) #23 RNF10 (ENSSSCG00000009910) #24 ENSSSCG00000009911 POP5 (ENSSSCG00000009912) #25 CABP1 (ENSSSCG00000056057) MLEC (ENSSSCG00000009914) #26 UNC119B (ENSSSCG00000059198) #27 ACADS (ENSSSCG00000009916) #28 SPPL3 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(ENSCWAG00000012568) ANKRD13A (ENSCWAG00000012507) GIT2 (ENSCWAG00000011894)