Chordata	DUPLICATION
Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b #22
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	260														ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.b.b ##32
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Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	132	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839 #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00390000001041	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.b.b ##32	ENSGT00390000010771 #33
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839 #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00980000203042	ENSGT00940000180342	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.b.b ##32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
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Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774
Theria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000163530	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00940000159434
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Simiiformes	DUPLICATION
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Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.h.d ##22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b #37
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00940000156839.cb ##20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36
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Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n.fb.a #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b #37
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n.fb.a #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b #37
Olive baboon	MODERN SPECIES	19	PRKAB1 (ENSPANG00000008968) #7	CIT (ENSPANG00000019740) #8	BICDL1 (ENSPANG00000004794) #9	RAB35 (ENSPANG00000008226) #10	GCN1 (ENSPANG00000008132) #11	RPLP0 (ENSPANG00000031704) #12	PXN (ENSPANG00000007047) #13	SIRT4 (ENSPANG00000010985) #14	PLA2G1B (ENSPANG00000016890) #15	MSI1 (ENSPANG00000006335) #16	COX6A1 (ENSPANG00000009882) #17	TRIAP1 (ENSPANG00000026352) #18	GATC (ENSPANG00000033975) #19	SRSF9 (ENSPANG00000016072) #20	ENSPANG00000032856 #21	DYNLL1 (ENSPANG00000051126) #22	COQ5 (ENSPANG00000005880) #23	RNF10 (ENSPANG00000004868) #24	POP5 (ENSPANG00000014166) #25	CABP1 (ENSPANG00000004046) #26	MLEC (ENSPANG00000024285) #27	UNC119B (ENSPANG00000008707) #28	ACADS (ENSPANG00000008967) #29	SPPL3 (ENSPANG00000015785) #30	ENSPANG00000008728 #31	ENSPANG00000040040 #32	C12orf43 (ENSPANG00000026351) #33	OASL (ENSPANG00000002378) #34	ENSPANG00000029865 #35	P2RX7 (ENSPANG00000011007) #36	P2RX4 (ENSPANG00000005121) #37
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n.fb.a #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b #37
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	165	GTF2A1 (ENSCATG00000044335)	STON2 (ENSCATG00000044663)	ENSCATG00000030904 #8	BICDL1 (ENSCATG00000032593) #9	RAB35 (ENSCATG00000037465) #10	GCN1 (ENSCATG00000037703) #11	RPLP0 (ENSCATG00000033083) #12	PXN (ENSCATG00000044844) #13	SIRT4 (ENSCATG00000034163) #14	PLA2G1B (ENSCATG00000040470) #15	MSI1 (ENSCATG00000030019) #16	ENSCATG00000031650 #17	TRIAP1 (ENSCATG00000033082) #18	GATC (ENSCATG00000038807) #19	SRSF9 (ENSCATG00000021315) #20	DYNLL1 (ENSCATG00000044829) #22	ENSCATG00000017106 #21	COQ5 (ENSCATG00000031184) #23	RNF10 (ENSCATG00000035849) #24	POP5 (ENSCATG00000036825) #25	CABP1 (ENSCATG00000008340) #26	MLEC (ENSCATG00000034833) #27	UNC119B (ENSCATG00000012538) #28	ACADS (ENSCATG00000037714) #29	SPPL3 (ENSCATG00000039540) #30	ENSCATG00000010514	HNF1A (ENSCATG00000043476) #32	C12orf43 (ENSCATG00000007707) #33	OASL (ENSCATG00000034860) #34	ENSCATG00000041992 #35	P2RX7 (ENSCATG00000010710) #36
Drill	MODERN SPECIES	1430	PRKAB1 (ENSMLEG00000023983) #7	ENSMLEG00000027428	CIT (ENSMLEG00000029175) #8	BICDL1 (ENSMLEG00000024680) #9	RAB35 (ENSMLEG00000040479) #10	GCN1 (ENSMLEG00000029584) #11	RPLP0 (ENSMLEG00000028407) #12	PXN (ENSMLEG00000006978) #13	SIRT4 (ENSMLEG00000043924) #14	PLA2G1B (ENSMLEG00000018392) #15	MSI1 (ENSMLEG00000003921) #16	ENSMLEG00000017260 #17	TRIAP1 (ENSMLEG00000041641) #18	GATC (ENSMLEG00000039862) #19	SRSF9 (ENSMLEG00000041155) #20	DYNLL1 (ENSMLEG00000040525) #22	ENSMLEG00000030680 #21	COQ5 (ENSMLEG00000021232) #23	RNF10 (ENSMLEG00000032832) #24	POP5 (ENSMLEG00000029377) #25	ENSMLEG00000024224 #26	MLEC (ENSMLEG00000044072) #27	UNC119B (ENSMLEG00000029901) #28	ACADS (ENSMLEG00000037690) #29	SPPL3 (ENSMLEG00000036856) #30	ENSMLEG00000036082	HNF1A (ENSMLEG00000039623) #32	C12orf43 (ENSMLEG00000030232) #33	OASL (ENSMLEG00000037980) #34	ENSMLEG00000032437 #35	P2RX7 (ENSMLEG00000043326) #36
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n.fb.a #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b #37
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	78	PRKAB1 (ENSMNEG00000036323) #7	CIT (ENSMNEG00000015804) #8	BICDL1 (ENSMNEG00000035439) #9	RAB35 (ENSMNEG00000043655) #10	GCN1 (ENSMNEG00000029336) #11	RPLP0 (ENSMNEG00000030904) #12	PXN (ENSMNEG00000038305) #13	SIRT4 (ENSMNEG00000044429) #14	PLA2G1B (ENSMNEG00000034807) #15	MSI1 (ENSMNEG00000040034) #16	COX6A1 (ENSMNEG00000036895) #17	TRIAP1 (ENSMNEG00000043041) #18	GATC (ENSMNEG00000034653) #19	SRSF9 (ENSMNEG00000044129) #20	ENSMNEG00000038707 #21	DYNLL1 (ENSMNEG00000020935) #22	COQ5 (ENSMNEG00000043101) #23	RNF10 (ENSMNEG00000034195) #24	POP5 (ENSMNEG00000041716) #25	ENSMNEG00000028755 #26	ENSMNEG00000021858	MLEC (ENSMNEG00000022632) #27	UNC119B (ENSMNEG00000043459) #28	ACADS (ENSMNEG00000029994) #29	SPPL3 (ENSMNEG00000030829) #30	ENSMNEG00000029617	HNF1A (ENSMNEG00000037308) #32	C12orf43 (ENSMNEG00000030094) #33	OASL (ENSMNEG00000029657) #34	ENSMNEG00000033274 ##35	P2RX7 (ENSMNEG00000036430) #36
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT01030000240309	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT01050000245554.A.b.a	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n.fb.a #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b #37	ENSGT00940000161828
Rhesus	MODERN SPECIES	2	CIT (ENSMMUG00000019861) #8	ENSMMUG00000057088	BICDL1 (ENSMMUG00000011209) #9	RAB35 (ENSMMUG00000051955) #10	ENSMMUG00000050807	GCN1 (ENSMMUG00000009152) #11	PXN (ENSMMUG00000009159) #13	ENSMMUG00000053308	SIRT4 (ENSMMUG00000046684) #14	PLA2G1B (ENSMMUG00000031528) #15	MSI1 (ENSMMUG00000031527) #16	ENSMMUG00000063609 #17	TRIAP1 (ENSMMUG00000050265) #18	GATC (ENSMMUG00000046665) #19	SRSF9 (ENSMMUG00000016494) #20	DYNLL1 (ENSMMUG00000001194) #22	ENSMMUG00000061718	COQ5 (ENSMMUG00000020601) #23	RNF10 (ENSMMUG00000004223) #24	POP5 (ENSMMUG00000049342) #25	ENSMMUG00000055513	CABP1 (ENSMMUG00000002536) #26	MLEC (ENSMMUG00000000183) #27	UNC119B (ENSMMUG00000065224) #28	ACADS (ENSMMUG00000020648) #29	ENSMMUG00000053578	SPPL3 (ENSMMUG00000020650) #30	HNF1A (ENSMMUG00000006435) #32	C11H12orf43 (ENSMMUG00000039520) #33	OASL (ENSMMUG00000006441) #34	ENSMMUG00000021276 ##35
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	2	BICDL1 (ENSMFAG00000003401) #9	ENSMFAG00000051433	RAB35 (ENSMFAG00000038261) #10	ENSMFAG00000065035	GCN1 (ENSMFAG00000003588) #11	RPLP0 (ENSMFAG00000044128) #12	PXN (ENSMFAG00000031289) #13	ENSMFAG00000055389	SIRT4 (ENSMFAG00000038370) #14	PLA2G1B (ENSMFAG00000052529) #15	MSI1 (ENSMFAG00000001798) #16	ENSMFAG00000064730 ##17	GATC (ENSMFAG00000034197) #19	SRSF9 (ENSMFAG00000039423) #20	ENSMFAG00000036100 #21	DYNLL1 (ENSMFAG00000030961) #22	COQ5 (ENSMFAG00000038162) #23	RNF10 (ENSMFAG00000041159) #24	POP5 (ENSMFAG00000045933) #25	ENSMFAG00000031052 #26	ENSMFAG00000039526 #28	ACADS (ENSMFAG00000001168) #29	SPPL3 (ENSMFAG00000037069) #30	ENSMFAG00000042276	HNF1A (ENSMFAG00000042762) #32	C12orf43 (ENSMFAG00000039888) #33	OASL (ENSMFAG00000043280) #34	ATXN3 (ENSMFAG00000033033) ##35	P2RX7 (ENSMFAG00000032645) #36	ENSMFAG00000061727	P2RX4 (ENSMFAG00000041150) #37
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	2	TMEM233 (ENSCSAG00000002292)	PRKAB1 (ENSCSAG00000002290) #7	CIT (ENSCSAG00000002284) #8	BICDL1 (ENSCSAG00000002278) #9	RAB35 (ENSCSAG00000002276) #10	GCN1 (ENSCSAG00000002273) #11	RPLP0 (ENSCSAG00000002270) #12	PXN (ENSCSAG00000002269) #13	SIRT4 (ENSCSAG00000002268) #14	PLA2G1B (ENSCSAG00000002266) #15	MSI1 (ENSCSAG00000002265) #16	ENSCSAG00000002263 #17	TRIAP1 (ENSCSAG00000002262) #18	GATC (ENSCSAG00000002259) #19	SRSF9 (ENSCSAG00000002257) #20	DYNLL1 (ENSCSAG00000018946) #22	COQ5 (ENSCSAG00000002254) #23	RNF10 (ENSCSAG00000002250) #24	POP5 (ENSCSAG00000002246) #25	ENSCSAG00000002242 #26	MLEC (ENSCSAG00000002239) #27	UNC119B (ENSCSAG00000002238) #28	ACADS (ENSCSAG00000002235) #29	SPPL3 (ENSCSAG00000002232) #30	HNF1A (ENSCSAG00000002227) #32	C12orf43 (ENSCSAG00000002222) #33	OASL (ENSCSAG00000002221) #34	P2RX7 (ENSCSAG00000002219) #36	P2RX4 (ENSCSAG00000002217) #37	CAMKK2 (ENSCSAG00000002211)	ANAPC5 (ENSCSAG00000002207)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.cb ##20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b #37
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	397									PLA2G1B (ENSRBIG00000027214) #15	MSI1 (ENSRBIG00000036889) #16	COX6A1 (ENSRBIG00000034953) #17	TRIAP1 (ENSRBIG00000035847) #18	GATC (ENSRBIG00000033363) #19	SRSF9 (ENSRBIG00000042683) ##20	ENSRBIG00000037861 #21	DYNLL1 (ENSRBIG00000041398) #22	COQ5 (ENSRBIG00000031157) #23	RNF10 (ENSRBIG00000028311) #24	POP5 (ENSRBIG00000043505) #25	ENSRBIG00000030154 #26	MLEC (ENSRBIG00000026937) #27	UNC119B (ENSRBIG00000035280) #28	ACADS (ENSRBIG00000042555) #29	SPPL3 (ENSRBIG00000035506) #30	ENSRBIG00000039919	HNF1A (ENSRBIG00000031269) #32	C12orf43 (ENSRBIG00000031760) #33	OASL (ENSRBIG00000008349) #34	P2RX7 (ENSRBIG00000029477) #36	P2RX4 (ENSRBIG00000042757) #37	CAMKK2 (ENSRBIG00000044477)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1385	ENSRROG00000044518	PRKAB1 (ENSRROG00000041677) #7	CIT (ENSRROG00000032144) #8	BICDL1 (ENSRROG00000041540) #9	RAB35 (ENSRROG00000033446) #10	GCN1 (ENSRROG00000039548) #11	RPLP0 (ENSRROG00000042588) #12	PXN (ENSRROG00000010876) #13	SIRT4 (ENSRROG00000029265) #14	PLA2G1B (ENSRROG00000045047) #15	MSI1 (ENSRROG00000041076) #16	COX6A1 (ENSRROG00000029847) #17	TRIAP1 (ENSRROG00000027066) #18	GATC (ENSRROG00000042802) #19	SRSF9 (ENSRROG00000041980) ##20	DYNLL1 (ENSRROG00000003458) #22	ENSRROG00000030723 #21	COQ5 (ENSRROG00000038268) #23	RNF10 (ENSRROG00000035200) #24	POP5 (ENSRROG00000045063) #25	ENSRROG00000043865 #26	MLEC (ENSRROG00000026109) #27	UNC119B (ENSRROG00000032127) #28	ACADS (ENSRROG00000028518) #29	SPPL3 (ENSRROG00000034903) #30	ENSRROG00000039070	HNF1A (ENSRROG00000020954) #32	C12orf43 (ENSRROG00000030517) #33	OASL (ENSRROG00000035890) #34	ENSRROG00000043416 ##35	P2RX7 (ENSRROG00000007262) #36
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.h.d ##22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000163657	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00910000148626
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000163657	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00910000148626	ENSGT00510000046406.f.a.b #34
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Pan	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000161569.o	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n.`b.a #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000163657	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36
Bonobo	DUPLICATION
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Gorilla	MODERN SPECIES	3	PRKAB1 (ENSGGOG00000013047) #7	CIT (ENSGGOG00000013056) #8	BICDL1 (ENSGGOG00000016702) #9	ENSGGOG00000040913 #10	GCN1 (ENSGGOG00000004391) #11	RPLP0 (ENSGGOG00000026582) #12	PXN (ENSGGOG00000004408) #13	ENSGGOG00000002330	SIRT4 (ENSGGOG00000024753) #14	PLA2G1B (ENSGGOG00000006680) #15	MSI1 (ENSGGOG00000010328) #16	COX6A1 (ENSGGOG00000014101) #17	TRIAP1 (ENSGGOG00000023657) #18	GATC (ENSGGOG00000026821) #19	ENSGGOG00000027142 ##20	DYNLL1 (ENSGGOG00000022114) #22	ENSGGOG00000008793 #21	COQ5 (ENSGGOG00000008795) #23	RNF10 (ENSGGOG00000013495) #24	POP5 (ENSGGOG00000013505) #25	CABP1 (ENSGGOG00000013164) #26	MLEC (ENSGGOG00000007223) #27	ACADS (ENSGGOG00000002081) #29	SPPL3 (ENSGGOG00000016245) #30	ENSGGOG00000015696	ENSGGOG00000043259	HNF1A (ENSGGOG00000004329) #32	C12orf43 (ENSGGOG00000012113) #33	ENSGGOG00000040230	OASL (ENSGGOG00000012123) #34	P2RX7 (ENSGGOG00000013822) #36
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.h ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.h ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771.i #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b.a #37	ENSGT00940000161828
Cebidae	DUPLICATION
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.h.a ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771.i.a #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b.a #37	ENSGT00940000161828
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	MODERN SPECIES	21	HSPB8 (ENSCJAG00000083788)	CCDC60 (ENSCJAG00000009133)	ENSCJAG00000065656	TMEM233 (ENSCJAG00000081547)	PRKAB1 (ENSCJAG00000009119) #7	CIT (ENSCJAG00000009005) #8	BICDL1 (ENSCJAG00000008974) #9	ENSCJAG00000008955 #10	GCN1 (ENSCJAG00000008897) #11	RPLP0 (ENSCJAG00000008677) #12	PXN (ENSCJAG00000008639) #13	SIRT4 (ENSCJAG00000039472) #14	PLA2G1B (ENSCJAG00000008624) #15	ENSCJAG00000008578 #16	SRSF9 (ENSCJAG00000001187) #20	ENSCJAG00000070660 ##22	ENSCJAG00000001205 #23	RNF10 (ENSCJAG00000001219) #24	POP5 (ENSCJAG00000001309) #25	CABP1 (ENSCJAG00000044645) #26	UNC119B (ENSCJAG00000047008) #28	ACADS (ENSCJAG00000001332) #29	ENSCJAG00000075902	SPPL3 (ENSCJAG00000001359) #30	HNF1A (ENSCJAG00000013594) #32	ENSCJAG00000038625 #33	OASL (ENSCJAG00000043836) #34	P2RX7 (ENSCJAG00000001404) #36	P2RX4 (ENSCJAG00000001436) #37	ANAPC5 (ENSCJAG00000001450)	RNF34 (ENSCJAG00000001536)
Marmoset	MODERN SPECIES	10	ESRRG (ENSCJAG00000015141)	USH2A (ENSCJAG00000015184)	ENSCJAG00000071156	ENSCJAG00000074427	KCTD3 (ENSCJAG00000046030)	KCNK2 (ENSCJAG00000015327)	ENSCJAG00000074620	PTPN14 (ENSCJAG00000015389)	SMYD2 (ENSCJAG00000015441)	ENSCJAG00000081067	ENSCJAG00000083995	ENSCJAG00000085826	PROX1 (ENSCJAG00000015514)	ENSCJAG00000075052	RPS6KC1 (ENSCJAG00000015526)	ENSCJAG00000080375 ##22	ANGEL2 (ENSCJAG00000015618)	VASH2 (ENSCJAG00000042796)	FLVCR1 (ENSCJAG00000015690)	SPATA45 (ENSCJAG00000015706)	TATDN3 (ENSCJAG00000015712)	NSL1 (ENSCJAG00000015718)	BATF3 (ENSCJAG00000077626)	ATF3 (ENSCJAG00000047183)	ENSCJAG00000087037	ENSCJAG00000015738	ENSCJAG00000082707	SLC30A1 (ENSCJAG00000015892)	NEK2 (ENSCJAG00000015883)	LPGAT1 (ENSCJAG00000015870)	ENSCJAG00000085462
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.h.a ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771.i.a #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36	ENSGT01020000230351.D.b.a #37	ENSGT00940000161828
Capuchin	MODERN SPECIES	434	ENSCCAG00000038064	BICDL1 (ENSCCAG00000023092) #9	RAB35 (ENSCCAG00000031720) #10	GCN1 (ENSCCAG00000020592) #11	RPLP0 (ENSCCAG00000020666) #12	PXN (ENSCCAG00000029631) #13	ENSCCAG00000030473	ENSCCAG00000028120	SIRT4 (ENSCCAG00000030374) #14	ENSCCAG00000030105 #15	MSI1 (ENSCCAG00000035567) #16	ENSCCAG00000002632 #17	TRIAP1 (ENSCCAG00000005732) #18	GATC (ENSCCAG00000022235) #19	SRSF9 (ENSCCAG00000036053) #20	ENSCCAG00000036052 ##22	ENSCCAG00000020736 ##21	COQ5 (ENSCCAG00000010621) #23	RNF10 (ENSCCAG00000025089) #24	POP5 (ENSCCAG00000023154) #25	CABP1 (ENSCCAG00000036173) #26	MLEC (ENSCCAG00000024437) #27	UNC119B (ENSCCAG00000027048) #28	ACADS (ENSCCAG00000024502) #29	SPPL3 (ENSCCAG00000023763) #30	ENSCCAG00000037331	HNF1A (ENSCCAG00000034473) #32	ENSCCAG00000038122 #33	OASL (ENSCCAG00000028044) #34	ENSCCAG00000033497	ENSCCAG00000037824
Cebidae	DUPLICATION
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.b.a ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	11	ENSCJAG00000078551	CPLANE1 (ENSCJAG00000018003)	NIPBL (ENSCJAG00000018052)	SLC1A3 (ENSCJAG00000018196)	ENSCJAG00000082486	ENSCJAG00000069947	RANBP3L (ENSCJAG00000018235)	NADK2 (ENSCJAG00000018248)	SKP2 (ENSCJAG00000018275)	LMBRD2 (ENSCJAG00000018328)	UGT3A1 (ENSCJAG00000018354)	ENSCJAG00000065949	CAPSL (ENSCJAG00000018371)	IL7R (ENSCJAG00000018379)	SPEF2 (ENSCJAG00000018398)	ENSCJAG00000075083 ##22	PRLR (ENSCJAG00000018457)	AGXT2 (ENSCJAG00000018485)	DNAJC21 (ENSCJAG00000018495)	RAD1 (ENSCJAG00000062614)	ENSCJAG00000018506	TTC23L (ENSCJAG00000018521)	RAI14 (ENSCJAG00000018539)	ENSCJAG00000082358	C1QTNF3 (ENSCJAG00000048210)	AMACR (ENSCJAG00000043981)	SLC45A2 (ENSCJAG00000018622)	RXFP3 (ENSCJAG00000021867)	ADAMTS12 (ENSCJAG00000018638)	ENSCJAG00000080537	TARS1 (ENSCJAG00000018663)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.b.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	287								ENSCCAG00000037319	ENSCCAG00000029502	ENSCCAG00000020304	ENSCCAG00000003005	ENSCCAG00000034537	SLC7A14 (ENSCCAG00000034318)	CLDN11 (ENSCCAG00000030066)	SKIL (ENSCCAG00000030392)	ENSCCAG00000034438 ##22	PRKCI (ENSCCAG00000023151)	ENSCCAG00000030494	PHC3 (ENSCCAG00000026681)	SEC62 (ENSCCAG00000031533)	SAMD7 (ENSCCAG00000029101)	LRRC31 (ENSCCAG00000022156)	LRRIQ4 (ENSCCAG00000028249)	LRRC34 (ENSCCAG00000030982)	ENSCCAG00000029597	ACTRT3 (ENSCCAG00000030087)	ENSCCAG00000027019	MECOM (ENSCCAG00000027164)	GOLIM4 (ENSCCAG00000037090)	ENSCCAG00000021765
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.b.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	19	ENSCJAG00000071613	NEGR1 (ENSCJAG00000006382)	ZRANB2 (ENSCJAG00000006356)	ENSCJAG00000087297	PTGER3 (ENSCJAG00000022946)	ENSCJAG00000078639	ENSCJAG00000071007	CTH (ENSCJAG00000017808)	ENSCJAG00000045097	ANKRD13C (ENSCJAG00000017783)	SRSF11 (ENSCJAG00000017704)	LRRC40 (ENSCJAG00000017669)	ENSCJAG00000071796	ENSCJAG00000043397	LRRC7 (ENSCJAG00000017648)	ENSCJAG00000083418 ##22	ENSCJAG00000084344	DEPDC1 (ENSCJAG00000017579)	RPE65 (ENSCJAG00000017542)	ENSCJAG00000041466	ENSCJAG00000079987	WLS (ENSCJAG00000017517)	GNG12 (ENSCJAG00000077874)	GADD45A (ENSCJAG00000083486)	IL12RB2 (ENSCJAG00000017427)	ENSCJAG00000017440	IL23R (ENSCJAG00000017407)	ENSCJAG00000031526	C1orf141 (ENSCJAG00000017398)	SLC35D1 (ENSCJAG00000017361)	MIER1 (ENSCJAG00000017276)
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22
Hominidae	DUPLICATION
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160479	ENSGT00390000005565	ENSGT00390000008042.B	ENSGT00940000153979.B	ENSGT00940000156889	ENSGT00530000063909.b.p	ENSGT00940000160249	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.a ##22	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00620000087961.b	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00910000147808	ENSGT00940000155057	ENSGT00390000011648.a	ENSGT00390000007283
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160479	ENSGT00390000005565	ENSGT00390000008042.B	ENSGT00940000153979.B	ENSGT00940000156889	ENSGT00530000063909.b.p	ENSGT00940000160249	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.a ##22	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00620000087961.b	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00910000147808	ENSGT00940000155057	ENSGT00390000011648.a	ENSGT00390000007283
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160479	ENSGT00390000005565	ENSGT00390000008042.B	ENSGT00940000153979.B	ENSGT00940000156889	ENSGT00530000063909.b.p	ENSGT00940000160249	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.a ##22	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00620000087961.b	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00910000147808	ENSGT00940000155057	ENSGT00390000011648.a	ENSGT00390000007283
Pan	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160479	ENSGT01050000244891.A.j.a.b	ENSGT00390000008042.B	ENSGT00940000153979.B	ENSGT00940000156889	ENSGT00530000063909.b.p.a	ENSGT00940000160249	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.a ##22	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00620000087961.b	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00910000147808	ENSGT00940000155057	ENSGT00390000011648.a	ENSGT00390000007283
Chimpanzee	MODERN SPECIES	20	ZNF804B (ENSPTRG00000019378)	ENSPTRG00000044971	STEAP4 (ENSPTRG00000019377)	SRI (ENSPTRG00000019376)	ADAM22 (ENSPTRG00000019374)	DBF4 (ENSPTRG00000019372)	SLC25A40 (ENSPTRG00000019371)	RUNDC3B (ENSPTRG00000019370)	ABCB1 (ENSPTRG00000019369)	ABCB4 (ENSPTRG00000024082)	CROT (ENSPTRG00000019367)	TMEM243 (ENSPTRG00000019365)	DMTF1 (ENSPTRG00000019364)	ELAPOR2 (ENSPTRG00000022827)	GRM3 (ENSPTRG00000019361)	ENSPTRG00000047654 ##22	SEMA3D (ENSPTRG00000019357)	SEMA3A (ENSPTRG00000019354)	SEMA3E (ENSPTRG00000019353)	PCLO (ENSPTRG00000019351)	CACNA2D1 (ENSPTRG00000019350)	HGF (ENSPTRG00000019349)	SEMA3C (ENSPTRG00000019348)	CD36 (ENSPTRG00000019346)	GNAT3 (ENSPTRG00000034563)	GNAI1 (ENSPTRG00000019343)	ENSPTRG00000046449	MAGI2 (ENSPTRG00000019341)	PHTF2 (ENSPTRG00000019340)	TMEM60 (ENSPTRG00000019339)	RSBN1L (ENSPTRG00000019338)
Gorilla	MODERN SPECIES	20	TEX47 (ENSGGOG00000027057)	ENSGGOG00000036974	STEAP4 (ENSGGOG00000013341)	SRI (ENSGGOG00000000796)	ADAM22 (ENSGGOG00000002042)	DBF4 (ENSGGOG00000015538)	SLC25A40 (ENSGGOG00000004674)	RUNDC3B (ENSGGOG00000034852)	ABCB1 (ENSGGOG00000001146)	ABCB4 (ENSGGOG00000039612)	CROT (ENSGGOG00000015962)	TMEM243 (ENSGGOG00000007610)	DMTF1 (ENSGGOG00000002781)	ELAPOR2 (ENSGGOG00000014770)	GRM3 (ENSGGOG00000015336)	ENSGGOG00000026806 ##22	SEMA3D (ENSGGOG00000012626)	SEMA3A (ENSGGOG00000015085)	SEMA3E (ENSGGOG00000025533)	PCLO (ENSGGOG00000004197)	ENSGGOG00000027450	ENSGGOG00000041538	CACNA2D1 (ENSGGOG00000027366)	HGF (ENSGGOG00000003432)	SEMA3C (ENSGGOG00000016324)	CD36 (ENSGGOG00000006115)	GNAT3 (ENSGGOG00000010095)	GNAI1 (ENSGGOG00000008064)	MAGI2 (ENSGGOG00000001298)	ENSGGOG00000040586	ENSGGOG00000025015
Orangutan	MODERN SPECIES	20	ZNF804B (ENSPPYG00000017835)	TEX47 (ENSPPYG00000017836)	STEAP4 (ENSPPYG00000017837)	SRI (ENSPPYG00000017838)	ADAM22 (ENSPPYG00000017839)	DBF4 (ENSPPYG00000017840)	SLC25A40 (ENSPPYG00000017841)	RUNDC3B (ENSPPYG00000017842)	ABCB1 (ENSPPYG00000017843)	ABCB4 (ENSPPYG00000017845)	CROT (ENSPPYG00000017846)	TMEM243 (ENSPPYG00000017848)	DMTF1 (ENSPPYG00000017849)	ELAPOR2 (ENSPPYG00000017850)	GRM3 (ENSPPYG00000017851)	ENSPPYG00000039702 ##22	SEMA3D (ENSPPYG00000017852)	SEMA3A (ENSPPYG00000017855)	SEMA3E (ENSPPYG00000017856)	PCLO (ENSPPYG00000032039)	CACNA2D1 (ENSPPYG00000017859)	HGF (ENSPPYG00000017860)	SEMA3C (ENSPPYG00000017861)	CD36 (ENSPPYG00000017862)	GNAT3 (ENSPPYG00000017863)	GNAI1 (ENSPPYG00000017864)	MAGI2 (ENSPPYG00000017865)	PHTF2 (ENSPPYG00000017867)	ENSPPYG00000017868	TMEM60 (ENSPPYG00000017869)	RSBN1L (ENSPPYG00000017870)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155937.i	ENSGT00910000146847.a	ENSGT00390000013236.d	ENSGT00940000156816	ENSGT00940000156613	ENSGT00440000038430	ENSGT00940000155613	ENSGT00390000014113	ENSGT00940000156147	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.b	ENSGT00390000003303	ENSGT00390000003133.i	ENSGT00940000158937	ENSGT00940000156671	ENSGT00940000159392	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.b ##22	ENSGT00940000156726	ENSGT00940000156510	ENSGT00950000183179.b.a.f.b	ENSGT00390000007020	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00910000147037	ENSGT00940000154618	ENSGT00940000158221	ENSGT00950000183140.a.a.m.a.a.a	ENSGT00390000010423	ENSGT00390000008624	ENSGT00390000004599	ENSGT00940000155786	ENSGT00940000162809	ENSGT00940000155144
Gorilla	MODERN SPECIES	5	TTC8 (ENSGGOG00000034849)	EML5 (ENSGGOG00000042260)	ZC3H14 (ENSGGOG00000010278)	ENSGGOG00000006477	ENSGGOG00000039672	SPATA7 (ENSGGOG00000001514)	KCNK10 (ENSGGOG00000040990)	GPR65 (ENSGGOG00000024995)	ENSGGOG00000039778	GALC (ENSGGOG00000016552)	FLRT2 (ENSGGOG00000037480)	SEL1L (ENSGGOG00000012102)	ENSGGOG00000036390	ENSGGOG00000041524	STON2 (ENSGGOG00000003768)	ENSGGOG00000005359 ##22	GTF2A1 (ENSGGOG00000003265)	ENSGGOG00000025974	TSHR (ENSGGOG00000008447)	CEP128 (ENSGGOG00000013293)	ENSGGOG00000036856	NRXN3 (ENSGGOG00000042275)	ADCK1 (ENSGGOG00000009934)	ENSGGOG00000028063	SNW1 (ENSGGOG00000026016)	ENSGGOG00000011059	ALKBH1 (ENSGGOG00000011055)	SPTLC2 (ENSGGOG00000011886)	ENSGGOG00000025400	AHSA1 (ENSGGOG00000007832)	VIPAS39 (ENSGGOG00000016527)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155937.i	ENSGT00910000146847.a	ENSGT00390000013236.d	ENSGT00940000156816	ENSGT00940000156613	ENSGT00440000038430	ENSGT00940000155613	ENSGT00390000014113	ENSGT00940000156147	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.b	ENSGT00390000003303	ENSGT00390000003133.i	ENSGT00940000158937	ENSGT00940000156671	ENSGT00940000159392	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.b ##22	ENSGT00940000156726	ENSGT00940000156510	ENSGT00950000183179.b.a.f.b	ENSGT00390000007020	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00910000147037	ENSGT00940000154618	ENSGT00940000158221	ENSGT00950000183140.a.a.m.a.a.a	ENSGT00390000010423	ENSGT00390000008624	ENSGT00390000004599	ENSGT00940000155786	ENSGT00940000162809	ENSGT00940000155144
Pan	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00910000146847.a	ENSGT00390000013236.d	ENSGT00940000156816	ENSGT00940000156613	ENSGT00440000038430	ENSGT00940000155613	ENSGT00390000014113	ENSGT00940000156147	ENSGT01100000263537.b.b.c.a.b	ENSGT00390000003303	ENSGT00390000003133.i	ENSGT00940000158937	ENSGT00940000155413.k.b	ENSGT00940000156671	ENSGT00940000159392	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a.b ##22	ENSGT00940000156726	ENSGT00940000156510	ENSGT00950000183179.b.a.f.b	ENSGT00390000007020	ENSGT00940000154482.b.b.b	ENSGT00910000147037	ENSGT00940000154618	ENSGT01050000246916	ENSGT00390000010800	ENSGT00940000158221	ENSGT00950000183140.a.a.m.a.a.a	ENSGT00390000010423	ENSGT00390000008624	ENSGT00390000004599	ENSGT00940000155786
Chimpanzee	MODERN SPECIES	5	ENSPTRG00000051196	ENSPTRG00000052735	TTC8 (ENSPTRG00000006610)	EML5 (ENSPTRG00000006609)	ZC3H14 (ENSPTRG00000006608)	PTPN21 (ENSPTRG00000006607)	SPATA7 (ENSPTRG00000006606)	KCNK10 (ENSPTRG00000006604)	GPR65 (ENSPTRG00000047008)	ENSPTRG00000044490	GALC (ENSPTRG00000006602)	FLRT2 (ENSPTRG00000045540)	ENSPTRG00000052802	SEL1L (ENSPTRG00000006599)	STON2 (ENSPTRG00000006598)	ENSPTRG00000030689 ##22	GTF2A1 (ENSPTRG00000006596)	ENSPTRG00000041202	TSHR (ENSPTRG00000006595)	CEP128 (ENSPTRG00000006594)	ENSPTRG00000049712	DIO2 (ENSPTRG00000050323)	ENSPTRG00000049541	ENSPTRG00000052206	NRXN3 (ENSPTRG00000006589)	ADCK1 (ENSPTRG00000006588)	C14H14orf178 (ENSPTRG00000024275)	SNW1 (ENSPTRG00000006587)	SLIRP (ENSPTRG00000030691)	ALKBH1 (ENSPTRG00000006586)	SPTLC2 (ENSPTRG00000006584)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.l	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000000703.g.a.d
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160479	ENSGT00390000005565	ENSGT00390000008042.B	ENSGT00940000153979.B	ENSGT00940000156889	ENSGT00530000063909.b	ENSGT00940000160249	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154863.eb	ENSGT00940000154908.h	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00390000008196.g.a	ENSGT00940000155057
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000008042.A.a.b	ENSGT00940000160479	ENSGT00390000008042.B	ENSGT00940000153979.B	ENSGT00940000156889	ENSGT00530000063909.b	ENSGT00940000160249	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154863.eb	ENSGT00940000154908.h	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00390000008196.g.a	ENSGT00940000155057
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000008042.A.a.b	ENSGT00940000160479	ENSGT00390000008042.B	ENSGT00940000153979.B	ENSGT00940000156889	ENSGT00530000063909.b	ENSGT00940000160249	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156681	ENSGT00390000014814.b.gb	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154863.eb	ENSGT00940000154908.h	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00390000008196.g.a
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	230			ZNF804B (ENSCATG00000021949)	STEAP4 (ENSCATG00000040292)	SRI (ENSCATG00000032580)	ADAM22 (ENSCATG00000042978)	DBF4 (ENSCATG00000028286)	SLC25A40 (ENSCATG00000030682)	RUNDC3B (ENSCATG00000032221)	ABCB4 (ENSCATG00000041292)	CROT (ENSCATG00000031503)	TMEM243 (ENSCATG00000041863)	DMTF1 (ENSCATG00000006528)	ELAPOR2 (ENSCATG00000030407)	GRM3 (ENSCATG00000035549)	ENSCATG00000043645 ##22	ENSCATG00000043345 ##21	SEMA3D (ENSCATG00000000036)	ENSCATG00000017512
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000005732.v
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000000703.g.a.d
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.a ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.l	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00910000147784	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.l	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000000703.g.a.d	ENSGT00390000005732.v.a.a
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00910000147784	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.l	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000000703.g.a.d	ENSGT00390000005732.v.b
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00910000147784	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.l	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000000703.g.a.d	ENSGT00390000005732.v.b
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	268	CROCC (ENSCATG00000040199)	MFAP2 (ENSCATG00000036608)	ATP13A2 (ENSCATG00000037300)	ENSCATG00000021540	PADI2 (ENSCATG00000013837)	PADI1 (ENSCATG00000041533)	PADI3 (ENSCATG00000035685)	PADI4 (ENSCATG00000026069)	PADI6 (ENSCATG00000040335)	RCC2 (ENSCATG00000034005)	ARHGEF10L (ENSCATG00000037671)	ACTL8 (ENSCATG00000035731)	ENSCATG00000014447	IGSF21 (ENSCATG00000031219)	KLHDC7A (ENSCATG00000011945)	ENSCATG00000033896 ##22	PAX7 (ENSCATG00000029569)	TAS1R2 (ENSCATG00000037987)	ALDH4A1 (ENSCATG00000039174)	IFFO2 (ENSCATG00000032689)	UBR4 (ENSCATG00000032066)	EMC1 (ENSCATG00000038016)	MRTO4 (ENSCATG00000030492)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00910000147784	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00940000158496.x.a	ENSGT00390000006238.l	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00940000158496.w	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000000703.g.a.d	ENSGT00390000005732.v.a.a
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	584	CROCC (ENSMNEG00000012132)	MFAP2 (ENSMNEG00000040566)	ATP13A2 (ENSMNEG00000028973)	ENSMNEG00000015134	SDHB (ENSMNEG00000035421)	PADI2 (ENSMNEG00000034472)	PADI1 (ENSMNEG00000042585)	PADI3 (ENSMNEG00000042577)	PADI4 (ENSMNEG00000030014)	PADI6 (ENSMNEG00000039952)	RCC2 (ENSMNEG00000040293)	ARHGEF10L (ENSMNEG00000043188)	ACTL8 (ENSMNEG00000045072)	ENSMNEG00000040160	IGSF21 (ENSMNEG00000035891)	ENSMNEG00000038185 ##22	KLHDC7A (ENSMNEG00000042552)	PAX7 (ENSMNEG00000035168)	TAS1R2 (ENSMNEG00000037099)	ALDH4A1 (ENSMNEG00000039474)	IFFO2 (ENSMNEG00000037052)	UBR4 (ENSMNEG00000028487)	EMC1 (ENSMNEG00000038523)	MRTO4 (ENSMNEG00000032783)	AKR7L (ENSMNEG00000033892)	AKR7A3 (ENSMNEG00000036420)	ENSMNEG00000045253	SLC66A1 (ENSMNEG00000031897)	ENSMNEG00000017360	CAPZB (ENSMNEG00000040419)	ENSMNEG00000021168
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	48		ENSGT00940000155758.e.b.a	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558.m	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151.m	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.m.a	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000005732.v	ENSGT00390000000703.g.a.d
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2526														ENSRROG00000038024	IGSF21 (ENSRROG00000031548)	ENSRROG00000038504 ##22	ENSRROG00000034470 ##21	PAX7 (ENSRROG00000028424)	TAS1R2 (ENSRROG00000013289)	ALDH4A1 (ENSRROG00000042279)	IFFO2 (ENSRROG00000035876)	UBR4 (ENSRROG00000031819)	EMC1 (ENSRROG00000035965)	ENSRROG00000042838	AKR7A2 (ENSRROG00000037777)	SLC66A1 (ENSRROG00000042186)	CAPZB (ENSRROG00000035187)	ENSRROG00000036878	MICOS10 (ENSRROG00000025733)	NBL1 (ENSRROG00000045168)	HTR6 (ENSRROG00000031118)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.j.b	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000005732.v	ENSGT00390000000703.g.a.d
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.j.b	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000005732.v	ENSGT00390000000703.g.a.d
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00390000001618.qb ##21	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.j.b	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000005732.v	ENSGT00390000000703.g.a.d
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.j.b	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704.g	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000005732.v	ENSGT00390000000703.g.a.d	ENSGT00940000154209.b
Pan	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000009359.b	ENSGT00940000155758	ENSGT00390000017736.b	ENSGT00940000159714	ENSGT00390000013558	ENSGT00940000153217.d	ENSGT00940000153217.c.b	ENSGT00940000153217.c.a.b	ENSGT00940000153217.c.a.a.a	ENSGT00940000153217.c.a.a.b	ENSGT00940000156151	ENSGT00940000153798.A.b	ENSGT00940000162905	ENSGT00390000002421	ENSGT00940000162724	ENSGT00390000000378.d.b.h.c.b ##22	ENSGT00940000156759	ENSGT00940000156136	ENSGT00560000077335	ENSGT00510000046803.a	ENSGT00600000084471	ENSGT00390000002461	ENSGT00390000006238.j.b	ENSGT00940000158496.x	ENSGT00940000163704.g	ENSGT00940000164191.a	ENSGT00390000003344	ENSGT00390000017957	ENSGT00390000005732.v	ENSGT00390000000703.g.a.d	ENSGT00940000154209.b
Chimpanzee	MODERN SPECIES		NECAP2 (ENSPTRG00000000228)	CROCC (ENSPTRG00000000238)	MFAP2 (ENSPTRG00000000239)	ATP13A2 (ENSPTRG00000000241)	SDHB (ENSPTRG00000000242)	PADI2 (ENSPTRG00000000243)	PADI1 (ENSPTRG00000000244)	PADI3 (ENSPTRG00000000245)	PADI4 (ENSPTRG00000000246)	PADI6 (ENSPTRG00000052623)	RCC2 (ENSPTRG00000000247)	ARHGEF10L (ENSPTRG00000000248)	ACTL8 (ENSPTRG00000000249)	IGSF21 (ENSPTRG00000000250)	KLHDC7A (ENSPTRG00000048769)	ENSPTRG00000042982 ##22	PAX7 (ENSPTRG00000000253)	TAS1R2 (ENSPTRG00000000254)	ALDH4A1 (ENSPTRG00000000255)	IFFO2 (ENSPTRG00000000256)	UBR4 (ENSPTRG00000000257)	EMC1 (ENSPTRG00000000261)	MRTO4 (ENSPTRG00000000262)	AKR7A3 (ENSPTRG00000000264)	AKR7A2 (ENSPTRG00000000265)	SLC66A1 (ENSPTRG00000000266)	CAPZB (ENSPTRG00000000268)	MICOS10 (ENSPTRG00000000269)	ENSPTRG00000051668	NBL1 (ENSPTRG00000043114)	HTR6 (ENSPTRG00000000271)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.h.d ##22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839.bb.a #20	ENSGT00390000000378.d.b.g #22	ENSGT00390000001618.rb #21	ENSGT00390000000378.d.b.h.d ##22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000163657	ENSGT00940000154708.eb.a.b	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00910000148626	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l #36
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.h.d ##22
Orangutan	MODERN SPECIES	3	PRKAB1 (ENSPPYG00000005018) #7	CIT (ENSPPYG00000005019) #8	BICDL1 (ENSPPYG00000005020) #9	RAB35 (ENSPPYG00000005021) #10	GCN1 (ENSPPYG00000030883) #11	RPLP0 (ENSPPYG00000005022) #12	PXN (ENSPPYG00000005023) #13	ENSPPYG00000005024	SIRT4 (ENSPPYG00000005025) #14	PLA2G1B (ENSPPYG00000005026) #15	MSI1 (ENSPPYG00000005027) #16	COX6A1 (ENSPPYG00000005028) #17	TRIAP1 (ENSPPYG00000005029) #18	GATC (ENSPPYG00000005030) #19	ENSPPYG00000005031 #20	ENSPPYG00000005033 ##22	ENSPPYG00000005032 #21	COQ5 (ENSPPYG00000005034) #23	RNF10 (ENSPPYG00000005035) #24	POP5 (ENSPPYG00000005036) #25	CABP1 (ENSPPYG00000005037) #26	ENSPPYG00000005038 #27	UNC119B (ENSPPYG00000039327) #28	ACADS (ENSPPYG00000005040) #29	SPPL3 (ENSPPYG00000005041) #30	ENSPPYG00000033397	HNF1A (ENSPPYG00000005042) #32	C12orf43 (ENSPPYG00000040549) #33	OASL (ENSPPYG00000005044) #34	P2RX7 (ENSPPYG00000005045) #36	P2RX4 (ENSPPYG00000005046) #37
Gibbon	MODERN SPECIES		PRKAB1 (ENSNLEG00000000231) #7	ENSNLEG00000034278	CIT (ENSNLEG00000000249) #8	BICDL1 (ENSNLEG00000029257) #9	ENSNLEG00000000263 #10	GCN1 (ENSNLEG00000000276) #11	RPLP0 (ENSNLEG00000000292) #12	SIRT4 (ENSNLEG00000015616) #14	PLA2G1B (ENSNLEG00000015628) #15	MSI1 (ENSNLEG00000015636) #16	ENSNLEG00000033213	COX6A1 (ENSNLEG00000028439) #17	TRIAP1 (ENSNLEG00000015649) #18	GATC (ENSNLEG00000015651) #19	SRSF9 (ENSNLEG00000015661) #20	ENSNLEG00000016859 ##22	COQ5 (ENSNLEG00000015685) #23	RNF10 (ENSNLEG00000015728) #24	POP5 (ENSNLEG00000015839) #25	ENSNLEG00000036198 #26	MLEC (ENSNLEG00000034759) #27	UNC119B (ENSNLEG00000015861) #28	ACADS (ENSNLEG00000015881) #29	SPPL3 (ENSNLEG00000015922) #30	ENSNLEG00000027895	ENSNLEG00000019083	ENSNLEG00000015946 #32	ENSNLEG00000032853 #33	ENSNLEG00000027166	OASL (ENSNLEG00000027642) #34	P2RX7 (ENSNLEG00000015976) #36
Tarsier	MODERN SPECIES	7153																DYNLL1 (ENSTSYG00000035598) #22	COQ5 (ENSTSYG00000007068) #23	RNF10 (ENSTSYG00000006137) #24	POP5 (ENSTSYG00000027616) #25	ENSTSYG00000034070 #26	MLEC (ENSTSYG00000000289) #27	UNC119B (ENSTSYG00000000290) #28	ACADS (ENSTSYG00000031704) #29	SPPL3 (ENSTSYG00000004715) #30
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383
Bushbaby	MODERN SPECIES	153	CCDC60 (ENSOGAG00000010820)	TMEM233 (ENSOGAG00000032408)	PRKAB1 (ENSOGAG00000005586) #7	ENSOGAG00000026800	CIT (ENSOGAG00000005590) #8	BICDL1 (ENSOGAG00000010782) #9	GCN1 (ENSOGAG00000001952) #11	RPLP0 (ENSOGAG00000003843) #12	PXN (ENSOGAG00000030557) #13	SIRT4 (ENSOGAG00000009492) #14	MSI1 (ENSOGAG00000003847) #16	ENSOGAG00000003561 #17	TRIAP1 (ENSOGAG00000003849) #18	GATC (ENSOGAG00000003850) #19	SRSF9 (ENSOGAG00000003852) #20	DYNLL1 (ENSOGAG00000030934) #22	COQ5 (ENSOGAG00000008517) #23	RNF10 (ENSOGAG00000008521) #24	POP5 (ENSOGAG00000008528) #25	ENSOGAG00000008530 #26	MLEC (ENSOGAG00000008533) #27	UNC119B (ENSOGAG00000008534) #28	ACADS (ENSOGAG00000008536) #29	SPPL3 (ENSOGAG00000008538) #30	HNF1A (ENSOGAG00000009071) #32	C12orf43 (ENSOGAG00000009074) #33	OASL (ENSOGAG00000009076) #34	ENSOGAG00000030882 ##34	C12orf76 (ENSOGAG00000008048)	ANKRD13A (ENSOGAG00000012287)	GIT2 (ENSOGAG00000012279)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771.g #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	29	TXNRD1 (ENSMICG00000011679)	CHST11 (ENSMICG00000046027)	SLC41A2 (ENSMICG00000011700)	NOPCHAP1 (ENSMICG00000011708)	ALDH1L2 (ENSMICG00000011711)	WASHC4 (ENSMICG00000014415)	APPL2 (ENSMICG00000014454)	C12orf75 (ENSMICG00000026810)	NUAK1 (ENSMICG00000043070)	CKAP4 (ENSMICG00000038763)	TCP11L2 (ENSMICG00000008898)	POLR3B (ENSMICG00000008910)	RFX4 (ENSMICG00000008937)	RIC8B (ENSMICG00000008959)	ENSMICG00000046670	ENSMICG00000030688 #22	ENSMICG00000046286 #21	CRY1 (ENSMICG00000006849)	ENSMICG00000015692	ABTB3 (ENSMICG00000007791)	PWP1 (ENSMICG00000007800)	PRDM4 (ENSMICG00000007807)	ENSMICG00000013303	BPIFC (ENSMICG00000013327)	FBXO7 (ENSMICG00000013344)	TIMP3 (ENSMICG00000045156)	SYN3 (ENSMICG00000013351)	ENSMICG00000031007	ENSMICG00000045713	ENSMICG00000031013	LARGE1 (ENSMICG00000011834)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	13	TMEM233 (ENSMICG00000037512)	PRKAB1 (ENSMICG00000012419) #7	CIT (ENSMICG00000012425) #8	BICDL1 (ENSMICG00000012455) #9	ENSMICG00000047356 #10	GCN1 (ENSMICG00000012479) #11	RPLP0 (ENSMICG00000012551) #12	PXN (ENSMICG00000033215) #13	SIRT4 (ENSMICG00000012576) #14	PLA2G1B (ENSMICG00000001390) #15	MSI1 (ENSMICG00000033181) #16	COX6A1 (ENSMICG00000046311) #17	TRIAP1 (ENSMICG00000038646) #18	GATC (ENSMICG00000008669) #19	SRSF9 (ENSMICG00000008674) #20	ENSMICG00000044748 #22	ENSMICG00000006371 #23	RNF10 (ENSMICG00000008682) #24	POP5 (ENSMICG00000008692) #25	CABP1 (ENSMICG00000029555) #26	MLEC (ENSMICG00000008695) #27	UNC119B (ENSMICG00000030815) #28	ACADS (ENSMICG00000008702) #29	ENSMICG00000047790	SPPL3 (ENSMICG00000008710) #30	ENSMICG00000031099 #32	C12orf43 (ENSMICG00000008728) #33	OASL (ENSMICG00000046728) #34	C12orf76 (ENSMICG00000047429)	ANKRD13A (ENSMICG00000017203)	GIT2 (ENSMICG00000017192)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	87	ENSGT00910000146992	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771.g #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00940000159434	ENSGT01020000230438.C	ENSGT00390000008873
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	53	ENSPSMG00000000191	CIT (ENSPSMG00000000438) #8	BICDL1 (ENSPSMG00000000515) #9	RAB35 (ENSPSMG00000000521) #10	GCN1 (ENSPSMG00000000901) #11	RPLP0 (ENSPSMG00000001368) #12	PXN (ENSPSMG00000001512) #13	SIRT4 (ENSPSMG00000001536) #14	PLA2G1B (ENSPSMG00000001542) #15	MSI1 (ENSPSMG00000001588) #16	COX6A1 (ENSPSMG00000001595) #17	TRIAP1 (ENSPSMG00000001605) #18	GATC (ENSPSMG00000001625) #19	SRSF9 (ENSPSMG00000001652) #20	ENSPSMG00000001657 #21	DYNLL1 (ENSPSMG00000001667) #22	COQ5 (ENSPSMG00000001704) #23	RNF10 (ENSPSMG00000001769) #24	POP5 (ENSPSMG00000001929) #25	CABP1 (ENSPSMG00000001977) #26	MLEC (ENSPSMG00000002027) #27	UNC119B (ENSPSMG00000002037) #28	ACADS (ENSPSMG00000002089) #29	SPPL3 (ENSPSMG00000002190) #30	HNF1A (ENSPSMG00000002283) #32	ENSPSMG00000002430 #33	OASL (ENSPSMG00000002452) #34	ENSPSMG00000002493 ##34	WSCD2 (ENSPSMG00000002551)	CMKLR1 (ENSPSMG00000002558)	FICD (ENSPSMG00000002565)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	446	TMEM233 (ENSPCOG00000015836)	PRKAB1 (ENSPCOG00000009346) #7	CIT (ENSPCOG00000018760) #8	BICDL1 (ENSPCOG00000015300) #9	RAB35 (ENSPCOG00000026153) #10	GCN1 (ENSPCOG00000025901) #11	RPLP0 (ENSPCOG00000015492) #12	PXN (ENSPCOG00000017926) #13	SIRT4 (ENSPCOG00000006207) #14	ENSPCOG00000014095 #15	MSI1 (ENSPCOG00000017341) #16	COX6A1 (ENSPCOG00000023708) #17	ENSPCOG00000018332	ENSPCOG00000009493 #19	SRSF9 (ENSPCOG00000015115) #20	DYNLL1 (ENSPCOG00000015031) #22	COQ5 (ENSPCOG00000023183) #23	RNF10 (ENSPCOG00000023255) #24	POP5 (ENSPCOG00000017618) #25	ENSPCOG00000004597	ENSPCOG00000013403 #26	MLEC (ENSPCOG00000024508) #27	UNC119B (ENSPCOG00000001641) #28	ACADS (ENSPCOG00000005381) #29	SPPL3 (ENSPCOG00000018081) #30	HNF1A (ENSPCOG00000023769) #32	C12orf43 (ENSPCOG00000025153) #33	OASL (ENSPCOG00000026188) #34	C12orf76 (ENSPCOG00000027357)	ANKRD13A (ENSPCOG00000010599)	GIT2 (ENSPCOG00000016849)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.d ##12	ENSGT00940000166687	ENSGT00390000017839.o.b.b.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303
Glires	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.d ##12	ENSGT00940000166687	ENSGT00390000017839.o.b.b.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.c.a ##12	ENSGT00940000170510	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.d ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Rodentia_A	DUPLICATION
Rodentia_A	DUPLICATION
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.a #22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.a #22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.a #22
Alpin marmot	MODERN SPECIES	63												ENSMMMG00000019200	SEPTIN10 (ENSMMMG00000019209)	EDAR (ENSMMMG00000019221)	CCDC138 (ENSMMMG00000019222)	ENSMMMG00000019239 #22	RANBP2 (ENSMMMG00000019266)	ENSMMMG00000019295	ENSMMMG00000019300	GCC2 (ENSMMMG00000019357)	UXS1 (ENSMMMG00000019393)	ST6GAL2 (ENSMMMG00000019407)	ENSMMMG00000019419	SLC5A7 (ENSMMMG00000019424)	SULT1C3 (ENSMMMG00000019435)	SULT1C2 (ENSMMMG00000019442)	TBC1D8 (ENSMMMG00000019456)	ENSMMMG00000019483	NPAS2 (ENSMMMG00000019487)	ENSMMMG00000019718	NMS (ENSMMMG00000019722)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.a #22
Squirrel	MODERN SPECIES	429													SEPTIN10 (ENSSTOG00000019829)	SH3RF3 (ENSSTOG00000003615)	EDAR (ENSSTOG00000023189)	ENSSTOG00000030045 #22	CCDC138 (ENSSTOG00000005244)	RANBP2 (ENSSTOG00000019518)	ENSSTOG00000015716	GCC2 (ENSSTOG00000028504)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.a #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	COPG2 (ENSHGLG00000007223)	TSGA13 (ENSHGLG00000006896)	KLF14 (ENSHGLG00000020618)	ENSHGLG00000033373	MKLN1 (ENSHGLG00000004137)	ENSHGLG00000003426	PLXNA4 (ENSHGLG00000015106)	ENSHGLG00000034427	ENSHGLG00000034429	ENSHGLG00000013082	ENSHGLG00000004322	LRGUK (ENSHGLG00000036972)	SLC35B4 (ENSHGLG00000045695)	ENSHGLG00000010140	ENSHGLG00000009099	ENSHGLG00000045523 #22	ENSHGLG00000048862	ENSHGLG00000041283	ENSHGLG00000015158	PPP1R17 (ENSHGLG00000046223)	ITPRID1 (ENSHGLG00000005782)	NEUROD6 (ENSHGLG00000049659)	ENSHGLG00000048770	ADCYAP1R1 (ENSHGLG00000005424)	ENSHGLG00000035477	AQP1 (ENSHGLG00000045736)	MINDY4 (ENSHGLG00000004247)	INMT (ENSHGLG00000035929)	ENSHGLG00000049417	CRHR2 (ENSHGLG00000018699)	GARS1 (ENSHGLG00000016342)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.b #22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.b #22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.b #22
Alpin marmot	MODERN SPECIES		NAA20 (ENSMMMG00000003240)	CRNKL1 (ENSMMMG00000003244)	ENSMMMG00000003290	ENSMMMG00000003408	ENSMMMG00000003417	RALGAPA2 (ENSMMMG00000003453)	ENSMMMG00000003871	KIZ (ENSMMMG00000003881)	XRN2 (ENSMMMG00000004161)	NKX2-2 (ENSMMMG00000004284)	PAX1 (ENSMMMG00000004326)	FOXA2 (ENSMMMG00000004350)	SSTR4 (ENSMMMG00000004385)	THBD (ENSMMMG00000004391)	CD93 (ENSMMMG00000004395)	ENSMMMG00000004398 #22	NXT1 (ENSMMMG00000004405)	GZF1 (ENSMMMG00000004407)	NAPB (ENSMMMG00000004419)	ENSMMMG00000004433	CSTL1 (ENSMMMG00000004456)	CST11 (ENSMMMG00000004467)	ENSMMMG00000004483	ENSMMMG00000004491	CST8 (ENSMMMG00000004504)	ENSMMMG00000004513	ENSMMMG00000004523	ENSMMMG00000004528	ENSMMMG00000004547	SYNDIG1 (ENSMMMG00000004598)	CETN3 (ENSMMMG00000004670)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.k.b #22
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	114					ENSUPAG00010009220	KIZ (ENSUPAG00010009237)	XRN2 (ENSUPAG00010009667)	NKX2-4 (ENSUPAG00010009706)	NKX2-2 (ENSUPAG00010009710)	PAX1 (ENSUPAG00010009718)	ENSUPAG00010009726	FOXA2 (ENSUPAG00010009738)	SSTR4 (ENSUPAG00010009751)	THBD (ENSUPAG00010009753)	CD93 (ENSUPAG00010009758)	ENSUPAG00010009759 #22	ENSUPAG00010009772	NXT1 (ENSUPAG00010009776)	GZF1 (ENSUPAG00010009780)	NAPB (ENSUPAG00010009788)	ENSUPAG00010009850	ENSUPAG00010009855	CSTL1 (ENSUPAG00010009856)	CST11 (ENSUPAG00010009858)	ENSUPAG00010009872	ENSUPAG00010009878	CST8 (ENSUPAG00010009884)	ENSUPAG00010009895	ENSUPAG00010009902	ENSUPAG00010009918	ENSUPAG00010009934
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.c.a ##12	ENSGT00940000170510	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.d ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.l #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.c.a ##12	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.l #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654.j #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303.a	ENSGT00950000182928.A.b
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.c.a.a ##12	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.l #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654.j #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34
Alpin marmot	MODERN SPECIES	101	PRKAB1 (ENSMMMG00000021359) #7	CIT (ENSMMMG00000021230) #8	BICDL1 (ENSMMMG00000021218) #9	RAB35 (ENSMMMG00000021212) #10	GCN1 (ENSMMMG00000021170) #11	ENSMMMG00000021163 ##12	ENSMMMG00000021161	ENSMMMG00000021140 #13	SIRT4 (ENSMMMG00000021122) #14	PLA2G1B (ENSMMMG00000021113) #15	MSI1 (ENSMMMG00000021106) #16	COX6A1 (ENSMMMG00000021098) #17	ENSMMMG00000021094 #18	GATC (ENSMMMG00000021090) #19	SRSF9 (ENSMMMG00000021084) #20	DYNLL1 (ENSMMMG00000021076) #22	COQ5 (ENSMMMG00000021065) #23	RNF10 (ENSMMMG00000021037) #24	POP5 (ENSMMMG00000021028) #25	ENSMMMG00000021011 #26	MLEC (ENSMMMG00000021005) #27	UNC119B (ENSMMMG00000020999) #28	ACADS (ENSMMMG00000020994) #29	SPPL3 (ENSMMMG00000020976) #30	HNF1A (ENSMMMG00000020965) #32	C12orf43 (ENSMMMG00000020954) #33	OASL (ENSMMMG00000020937) #34	ENSMMMG00000020930 ##34
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	101	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.c.a.a.a ##12	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.l #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654.j #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b.c #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	290	CIT (ENSUPAG00010017192) #8	BICDL1 (ENSUPAG00010017174) #9	RAB35 (ENSUPAG00010017163) #10	GCN1 (ENSUPAG00010017122) #11	ENSUPAG00010017116 ##12	ENSUPAG00010017112	PXN (ENSUPAG00010017089) #13	SIRT4 (ENSUPAG00010017061) #14	PLA2G1B (ENSUPAG00010017052) #15	ENSUPAG00010017050	MSI1 (ENSUPAG00010017036) #16	COX6A1 (ENSUPAG00010017023) #17	TRIAP1 (ENSUPAG00010017017) #18	GATC (ENSUPAG00010017011) #19	SRSF9 (ENSUPAG00010016997) #20	DYNLL1 (ENSUPAG00010016994) #22	ENSUPAG00010016987 #21	COQ5 (ENSUPAG00010016972) #23	RNF10 (ENSUPAG00010016864) #24	POP5 (ENSUPAG00010016859) #25	CABP1 (ENSUPAG00010016831) #26	MLEC (ENSUPAG00010016823) #27	ENSUPAG00010016786 #28	ACADS (ENSUPAG00010016764) #29	SPPL3 (ENSUPAG00010016723) #30	HNF1A (ENSUPAG00010016704) #32	C12orf43 (ENSUPAG00010016694) #33	OASL (ENSUPAG00010016669) #34	ENSUPAG00010016665 ##34
Squirrel	MODERN SPECIES	268	ENSSTOG00000025916	PRKAB1 (ENSSTOG00000008615) #7	CIT (ENSSTOG00000008634) #8	BICDL1 (ENSSTOG00000014021) #9	RAB35 (ENSSTOG00000014038) #10	GCN1 (ENSSTOG00000014045) #11	ENSSTOG00000011327 ##12	ENSSTOG00000014093 #13	SIRT4 (ENSSTOG00000009795) #14	PLA2G1B (ENSSTOG00000004258) #15	MSI1 (ENSSTOG00000009799) #16	COX6A1 (ENSSTOG00000023604) #17	TRIAP1 (ENSSTOG00000012553) #18	GATC (ENSSTOG00000025740) #19	SRSF9 (ENSSTOG00000007344) #20	DYNLL1 (ENSSTOG00000026447) #22	COQ5 (ENSSTOG00000012560) #23	RNF10 (ENSSTOG00000012565) #24	POP5 (ENSSTOG00000012577) #25	ENSSTOG00000027234 #26	MLEC (ENSSTOG00000003095) #27	ENSSTOG00000022751 #28	ACADS (ENSSTOG00000028932) #29	SPPL3 (ENSSTOG00000005019) #30	HNF1A (ENSSTOG00000004719) #32	C12orf43 (ENSSTOG00000004743) #33
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Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	120	PRKAB1 (ENSODEG00000006326) #7	CIT (ENSODEG00000006978) #8	ENSODEG00000019184	ENSODEG00000005856 #9	RAB35 (ENSODEG00000007219) #10	GCN1 (ENSODEG00000005719) #11	ENSODEG00000005457 ##12	ENSODEG00000005742 #13	SIRT4 (ENSODEG00000005972) #14	PLA2G1B (ENSODEG00000006112) #15	MSI1 (ENSODEG00000006328) #16	ENSODEG00000005584 #17	ENSODEG00000005787 #18	GATC (ENSODEG00000005919) #19	SRSF9 (ENSODEG00000006061) #20	ENSODEG00000006171 #22	COQ5 (ENSODEG00000006329) #23	RNF10 (ENSODEG00000007815) #24	ENSODEG00000006549 #25	ENSODEG00000006509 #26	MLEC (ENSODEG00000006857) #27	UNC119B (ENSODEG00000006951) #28	ACADS (ENSODEG00000008710) #29	SPPL3 (ENSODEG00000007014) #30	ENSODEG00000006851	HNF1A (ENSODEG00000007197) #32	C12orf43 (ENSODEG00000006506) #33	OASL (ENSODEG00000006970) #34	ENSODEG00000006462 ##34	ENSODEG00000006798	ENSODEG00000006773
Degu	MODERN SPECIES	70	MFAP3 (ENSODEG00000009031)	ENSODEG00000009084	GRIA1 (ENSODEG00000009490)	NMUR2 (ENSODEG00000009849)	GLRA1 (ENSODEG00000009543)	ENSODEG00000008869	ENSODEG00000019553	ENSODEG00000009104	SPARC (ENSODEG00000009746)	FAT2 (ENSODEG00000010366)	SLC36A1 (ENSODEG00000010341)	ENSODEG00000019626	SEC24A (ENSODEG00000008665)	SAR1B (ENSODEG00000009764)	JADE2 (ENSODEG00000009149)	ENSODEG00000019739 #22	ENSODEG00000008488	UBE2B (ENSODEG00000009143)	CDKL3 (ENSODEG00000009715)	ENSODEG00000019628	ENSODEG00000008982	ENSODEG00000008861	ENSODEG00000008274	TCF7 (ENSODEG00000013097)	ENSODEG00000008308	C5orf15 (ENSODEG00000010577)	FSTL4 (ENSODEG00000008162)	ENSODEG00000019458	HSPA4 (ENSODEG00000009493)	ZCCHC10 (ENSODEG00000008556)	AFF4 (ENSODEG00000008137)
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	45	NTN4 (ENSODEG00000009703)	SNRPF (ENSODEG00000010328)	CCDC38 (ENSODEG00000010228)	AMDHD1 (ENSODEG00000009067)	HAL (ENSODEG00000008759)	LTA4H (ENSODEG00000010622)	ENSODEG00000012546	CDK17 (ENSODEG00000012390)	ENSODEG00000013382	ENSODEG00000011350	ENSODEG00000014444	NEDD1 (ENSODEG00000009573)	ENSODEG00000011590	ENSODEG00000012494	ENSODEG00000010263	ENSODEG00000019742 #22	ENSODEG00000019648	ENSODEG00000013377	SLC25A3 (ENSODEG00000009995)	ENSODEG00000010948	APAF1 (ENSODEG00000010122)	ENSODEG00000019813	ENSODEG00000010313	ENSODEG00000010573	ENSODEG00000010991	ENSODEG00000010669	ENSODEG00000011572	BLTP3B (ENSODEG00000010196)	ENSODEG00000010649	ENSODEG00000011114	SLC17A8 (ENSODEG00000010869)
Degu	MODERN SPECIES	136	ENSODEG00000003169	ENSODEG00000003128	RFK (ENSODEG00000003081)	GCNT1 (ENSODEG00000018998)	ENSODEG00000003761	ENSODEG00000003738	ENSODEG00000018936	ENSODEG00000019009	FOXB2 (ENSODEG00000018997)	VPS13A (ENSODEG00000003608)	ENSODEG00000003546	GNA14 (ENSODEG00000003528)	ENSODEG00000003499	GNAQ (ENSODEG00000003488)	CEP78 (ENSODEG00000003443)	ENSODEG00000003423 #22	ENSODEG00000003369	ENSODEG00000018927	ENSODEG00000003341	ENSODEG00000018932	TLE4 (ENSODEG00000003247)	ENSODEG00000003198	ENSODEG00000003548	ENSODEG00000018925	ENSODEG00000018969	TLE1 (ENSODEG00000003417)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	162	TMEM233 (ENSCLAG00000013093)	PRKAB1 (ENSCLAG00000009053) #7	CIT (ENSCLAG00000014860) #8	BICDL1 (ENSCLAG00000012595) #9	RAB35 (ENSCLAG00000013339) #10	GCN1 (ENSCLAG00000010466) #11	ENSCLAG00000014722 ##12	PXN (ENSCLAG00000016279) #13	SIRT4 (ENSCLAG00000010770) #14	PLA2G1B (ENSCLAG00000014353) #15	MSI1 (ENSCLAG00000011329) #16	COX6A1 (ENSCLAG00000013008) #17	TRIAP1 (ENSCLAG00000011307) #18	GATC (ENSCLAG00000011015) #19	SRSF9 (ENSCLAG00000012289) #20	DYNLL1 (ENSCLAG00000015769) #22	ENSCLAG00000010874	COQ5 (ENSCLAG00000011645) #23	RNF10 (ENSCLAG00000017372) #24	POP5 (ENSCLAG00000007808) #25	ENSCLAG00000008163 #26	MLEC (ENSCLAG00000010269) #27	UNC119B (ENSCLAG00000010518) #28	ACADS (ENSCLAG00000008872) #29	SPPL3 (ENSCLAG00000013014) #30	HNF1A (ENSCLAG00000010469) #32	C12orf43 (ENSCLAG00000014369) #33	OASL (ENSCLAG00000013631) #34	ENSCLAG00000012712 ##34	ENSCLAG00000011290	ACACB (ENSCLAG00000009339)
Guinea pig	MODERN SPECIES	4	ENSCPOG00000015636 #7	CIT (ENSCPOG00000026104) #8	BICDL1 (ENSCPOG00000000402) #9	RAB35 (ENSCPOG00000000404) #10	GCN1 (ENSCPOG00000000406) #11	ENSCPOG00000021812 ##12	PXN (ENSCPOG00000000411) #13	ENSCPOG00000026308	SIRT4 (ENSCPOG00000012355) #14	PLA2G1B (ENSCPOG00000012358) #15	MSI1 (ENSCPOG00000012361) #16	COX6A1 (ENSCPOG00000036824) #17	TRIAP1 (ENSCPOG00000033275) #18	GATC (ENSCPOG00000026436) #19	SRSF9 (ENSCPOG00000033486) #20	DYNLL1 (ENSCPOG00000036786) #22	COQ5 (ENSCPOG00000031239) #23	RNF10 (ENSCPOG00000012331) #24	POP5 (ENSCPOG00000012337) #25	ENSCPOG00000025419 #26	MLEC (ENSCPOG00000014377) #27	UNC119B (ENSCPOG00000030623) #28	ACADS (ENSCPOG00000015423) #29	SPPL3 (ENSCPOG00000002418) #30	HNF1A (ENSCPOG00000007242) #32	C12orf43 (ENSCPOG00000037839) #33	OASL (ENSCPOG00000007251) #34	ENSCPOG00000038269 ##34	ENSCPOG00000031157	ACACB (ENSCPOG00000004635)	ENSCPOG00000004634
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	342	Srrm4 (ENSDORG00000015243)	Hspb8 (ENSDORG00000013686)	Prkab1 (ENSDORG00000028447) #7	Cit (ENSDORG00000014600) #8	Bicdl1 (ENSDORG00000000969) #9	Rab35 (ENSDORG00000000972) #10	Gcn1 (ENSDORG00000000975) #11	ENSDORG00000029016 ##12	ENSDORG00000023577 #13	Sirt4 (ENSDORG00000027939) #14	Pla2g1b (ENSDORG00000005190) #15	Msi1 (ENSDORG00000005610) #16	Cox6a1 (ENSDORG00000028878) #17	Triap1 (ENSDORG00000013157) #18	Srsf9 (ENSDORG00000013162) #20	ENSDORG00000030011 #22	Coq5 (ENSDORG00000006156) #23	ENSDORG00000029773	Rnf10 (ENSDORG00000006157) #24	Pop5 (ENSDORG00000029401) #25	ENSDORG00000028706	Mlec (ENSDORG00000026837) #27	Unc119b (ENSDORG00000023526) #28	Acads (ENSDORG00000004871) #29	Sppl3 (ENSDORG00000004872) #30	Hnf1a (ENSDORG00000007676) #32	Ankrd13a (ENSDORG00000008865)	Git2 (ENSDORG00000008863)	ENSDORG00000008861	Gltp (ENSDORG00000008704)	Trpv4 (ENSDORG00000006308)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	109	Tmem233 (ENSJJAG00000023958)	ENSJJAG00000003437 #7	Cit (ENSJJAG00000021797) #8	Bicdl1 (ENSJJAG00000014990) #9	Rab35 (ENSJJAG00000010646) #10	Gcn1 (ENSJJAG00000018574) #11	ENSJJAG00000013250 ##12	ENSJJAG00000024166 #13	Sirt4 (ENSJJAG00000018872) #14	ENSJJAG00000010463 #16	Cox6a1 (ENSJJAG00000022385) #17	ENSJJAG00000017654 #18	Gatc (ENSJJAG00000000369) #19	Srsf9 (ENSJJAG00000013374) #20	ENSJJAG00000009686	ENSJJAG00000020596 #22	Coq5 (ENSJJAG00000021649) #23	Rnf10 (ENSJJAG00000018379) #24	Pop5 (ENSJJAG00000001080) #25	ENSJJAG00000021885 #26	ENSJJAG00000018770 #27	Unc119b (ENSJJAG00000024182) #28	Acads (ENSJJAG00000020198) #29	Sppl3 (ENSJJAG00000022924) #30	Hnf1a (ENSJJAG00000000462) #32	2210016L21Rik (ENSJJAG00000018859) #33	Oasl1 (ENSJJAG00000022289) #34	ENSJJAG00000022337	Ankrd13a (ENSJJAG00000013276)	Git2 (ENSJJAG00000016009)	ENSJJAG00000023867
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	50	ENSJJAG00000012674	Ch25h (ENSJJAG00000013038)	Lipa (ENSJJAG00000014976)	ENSJJAG00000010974	Ifit2 (ENSJJAG00000019071)	ENSJJAG00000024328	Slc16a12 (ENSJJAG00000013860)	Pank1 (ENSJJAG00000023788)	ENSJJAG00000018494	Kif20b (ENSJJAG00000013969)	ENSJJAG00000022465	ENSJJAG00000013447 ##12	Htr7 (ENSJJAG00000017934)	Rpp30 (ENSJJAG00000020041)	Ankrd1 (ENSJJAG00000005637)	ENSJJAG00000012541 #22	Pcgf5 (ENSJJAG00000019027)	Hectd2 (ENSJJAG00000002659)	Ppp1r3c (ENSJJAG00000023747)	Tnks2 (ENSJJAG00000024121)	ENSJJAG00000010510	Btaf1 (ENSJJAG00000016636)	Cpeb3 (ENSJJAG00000009135)	ENSJJAG00000023593	Ide (ENSJJAG00000019815)	Kif11 (ENSJJAG00000016860)	ENSJJAG00000000311	ENSJJAG00000022605	ENSJJAG00000021438	Exoc6 (ENSJJAG00000015045)	Cyp26c1 (ENSJJAG00000019909)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	70	Emx2 (ENSJJAG00000016378)	Rab11fip2 (ENSJJAG00000013758)	ENSJJAG00000009898	Fam204a (ENSJJAG00000012691)	Prlhr (ENSJJAG00000010343)	Cacul1 (ENSJJAG00000017702)	Eif3a (ENSJJAG00000015031)	Dennd10 (ENSJJAG00000006686)	Sfxn4 (ENSJJAG00000009478)	Prdx3 (ENSJJAG00000023489)	Grk5 (ENSJJAG00000022251)	Rgs10 (ENSJJAG00000010554)	ENSJJAG00000015632	ENSJJAG00000005398	Bag3 (ENSJJAG00000013499)	ENSJJAG00000010122 #22	ENSJJAG00000016414	Inpp5f (ENSJJAG00000020126)	Mcmbp (ENSJJAG00000022939)	ENSJJAG00000021258	ENSJJAG00000014744	Plpp4 (ENSJJAG00000022845)	Wdr11 (ENSJJAG00000014160)	Fgfr2 (ENSJJAG00000012859)	Ate1 (ENSJJAG00000013127)	Nsmce4a (ENSJJAG00000020152)	ENSJJAG00000015501	Btbd16 (ENSJJAG00000012283)	Plekha1 (ENSJJAG00000019344)	Htra1 (ENSJJAG00000012131)	4933402N03Rik (ENSJJAG00000001575)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	445			ENSNGAG00000022874 #9	Rab35 (ENSNGAG00000007255) #10	Gcn1 (ENSNGAG00000019286) #11	ENSNGAG00000024037 ##12	Pxn (ENSNGAG00000001212) #13	Sirt4 (ENSNGAG00000019284) #14	Pla2g1b (ENSNGAG00000022899) #15	Msi1 (ENSNGAG00000014508) #16	Cox6a1 (ENSNGAG00000005868) #17	Triap1 (ENSNGAG00000023480) #18	Gatc (ENSNGAG00000004734) #19	Srsf9 (ENSNGAG00000012738) #20	ENSNGAG00000013457	ENSNGAG00000023733 #22	Coq5 (ENSNGAG00000020139) #23	Rnf10 (ENSNGAG00000023924) #24	Pop5 (ENSNGAG00000002594) #25	ENSNGAG00000022386 #26	Mlec (ENSNGAG00000005925) #27	Unc119b (ENSNGAG00000018814) #28	Acads (ENSNGAG00000023567) #29	Sppl3 (ENSNGAG00000016114) #30	Hnf1a (ENSNGAG00000018019) #32	2210016L21Rik (ENSNGAG00000023852) #33	Oasl1 (ENSNGAG00000016822) #34	Oasl2 (ENSNGAG00000019818) ##34
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00960000191875	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618.sb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00520000060299	ENSGT00530000065303
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00960000191875	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618.sb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00520000060299	ENSGT00530000065303
Mus	DUPLICATION
Mus	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00960000191875	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.o #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00860000136082	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00520000060299	ENSGT00530000065303
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.a.a.d ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00960000191875	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.o #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00860000136082	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00520000060299	ENSGT00860000135768
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	14	Ccdc60 (MGP_CAROLIEiJ_G0027636)	Tmem233 (MGP_CAROLIEiJ_G0027635)	Prkab1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027634) #7	Cit (MGP_CAROLIEiJ_G0027633) #8	Rab35 (MGP_CAROLIEiJ_G0027632) #10	Gcn1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027631) #11	MGP_CAROLIEiJ_G0027630 ##12	MGP_CAROLIEiJ_G0027629 #13	Sirt4 (MGP_CAROLIEiJ_G0027628) #14	Pla2g1b (MGP_CAROLIEiJ_G0027627) #15	Msi1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027626) #16	Cox6a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027625) #17	Triap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027624) #18	Gatc (MGP_CAROLIEiJ_G0027623) #19	Srsf9 (MGP_CAROLIEiJ_G0027622) #20	Dynll1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027621) #22	Coq5 (MGP_CAROLIEiJ_G0027620) #23	Rnf10 (MGP_CAROLIEiJ_G0027619) #24	Pop5 (MGP_CAROLIEiJ_G0027618) #25	Cabp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027617) #26	Mlec (MGP_CAROLIEiJ_G0027616) #27	Unc119b (MGP_CAROLIEiJ_G0027615) #28	Acads (MGP_CAROLIEiJ_G0027614) #29	MGP_CAROLIEiJ_G0027613	Sppl3 (MGP_CAROLIEiJ_G0027612) #30	Hnf1a (MGP_CAROLIEiJ_G0027611) #32	2210016L21Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0027610) #33	Oasl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027609) #34	Oasl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027608) ##34	MGP_CAROLIEiJ_G0027607	4930519G04Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0027606)
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.a.a.d ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00960000191875	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.o #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00860000136082	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00520000060299	ENSGT00860000135768
Mouse	MODERN SPECIES	14	Tmem233 (ENSMUSG00000079278)	Prkab1 (ENSMUSG00000029513) #7	Cit (ENSMUSG00000029516) #8	Bicdl1 (ENSMUSG00000041609) #9	Rab35 (ENSMUSG00000029518) #10	Gcn1 (ENSMUSG00000041638) #11	Rplp0 (ENSMUSG00000067274) ##12	Pxn (ENSMUSG00000029528) #13	Sirt4 (ENSMUSG00000029524) #14	Pla2g1b (ENSMUSG00000029522) #15	Msi1 (ENSMUSG00000054256) #16	Cox6a1 (ENSMUSG00000041697) #17	Triap1 (ENSMUSG00000029535) #18	Gatc (ENSMUSG00000029536) #19	Srsf9 (ENSMUSG00000029538) #20	Dynll1 (ENSMUSG00000009013) #22	Coq5 (ENSMUSG00000041733) #23	Rnf10 (ENSMUSG00000041740) #24	Pop5 (ENSMUSG00000060152) #25	Cabp1 (ENSMUSG00000029544) #26	Mlec (ENSMUSG00000048578) #27	Unc119b (ENSMUSG00000046562) #28	Acads (ENSMUSG00000029545) #29	Sppl3 (ENSMUSG00000029550) #30	Hnf1a (ENSMUSG00000029556) #32	2210016L21Rik (ENSMUSG00000029559) #33	Oasl1 (ENSMUSG00000041827) #34	Oasl2 (ENSMUSG00000029561) ##34	4930519G04Rik (ENSMUSG00000029564)	1500011B03Rik (ENSMUSG00000072694)	Ankrd13a (ENSMUSG00000041870)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.a.a.d ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00960000191875	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00960000193046	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.o #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00860000136082	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00520000060299	ENSGT00860000135768
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2439																ENSMSIG00000031419 #22	ENSMSIG00000031418 #21
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3341		Lipc (ENSMSIG00000024928)	Adam10 (ENSMSIG00000024905)	ENSMSIG00000024899	Mindy2 (ENSMSIG00000024872)	ENSMSIG00000024868	Sltm (ENSMSIG00000024797)	Rnf111 (ENSMSIG00000024613)	Ccnb2 (ENSMSIG00000024583)	Myo1e (ENSMSIG00000024480)	Fam81a (ENSMSIG00000024458)	Gcnt3 (ENSMSIG00000024447)	Gtf2a2 (ENSMSIG00000024440)	Bnip2 (ENSMSIG00000024382)	Foxb1 (ENSMSIG00000024373)	ENSMSIG00000024362 #22	ENSMSIG00000024328	Ice2 (ENSMSIG00000024296)	Rora (ENSMSIG00000024229)	Vps13c (ENSMSIG00000023921)	C2cd4a (ENSMSIG00000023906)	C2cd4b (ENSMSIG00000023890)	Tln2 (ENSMSIG00000023708)	ENSMSIG00000023676	Tpm1 (ENSMSIG00000022438)	Lactb (ENSMSIG00000022397)	ENSMSIG00000022374	Rab8b (ENSMSIG00000022369)	Aph1c (ENSMSIG00000022355)	ENSMSIG00000022353	ENSMSIG00000022339
spretus	MODERN SPECIES	14	Tmem233 (MGP_SPRETEiJ_G0028634)	Prkab1 (MGP_SPRETEiJ_G0028633) #7	Cit (MGP_SPRETEiJ_G0028632) #8	Bicdl1 (MGP_SPRETEiJ_G0028631) #9	Rab35 (MGP_SPRETEiJ_G0028630) #10	Gcn1 (MGP_SPRETEiJ_G0028629) #11	MGP_SPRETEiJ_G0028628 ##12	MGP_SPRETEiJ_G0028627 #13	Sirt4 (MGP_SPRETEiJ_G0028626) #14	Pla2g1b (MGP_SPRETEiJ_G0028625) #15	Msi1 (MGP_SPRETEiJ_G0028624) #16	Cox6a1 (MGP_SPRETEiJ_G0028623) #17	Triap1 (MGP_SPRETEiJ_G0028622) #18	Gatc (MGP_SPRETEiJ_G0028621) #19	Srsf9 (MGP_SPRETEiJ_G0028620) #20	Dynll1 (MGP_SPRETEiJ_G0028619) #22	Coq5 (MGP_SPRETEiJ_G0028618) #23	Rnf10 (MGP_SPRETEiJ_G0028617) #24	Pop5 (MGP_SPRETEiJ_G0028616) #25	Cabp1 (MGP_SPRETEiJ_G0028615) #26	Mlec (MGP_SPRETEiJ_G0028614) #27	Unc119b (MGP_SPRETEiJ_G0028613) #28	Acads (MGP_SPRETEiJ_G0028612) #29	MGP_SPRETEiJ_G0028611	Sppl3 (MGP_SPRETEiJ_G0028610) #30	Hnf1a (MGP_SPRETEiJ_G0028609) #32	2210016L21Rik (MGP_SPRETEiJ_G0028608) #33	Oasl1 (MGP_SPRETEiJ_G0028607) #34	Oasl2 (MGP_SPRETEiJ_G0028606) ##34	MGP_SPRETEiJ_G0028605	4930519G04Rik (MGP_SPRETEiJ_G0028604)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	15	Tmem233 (MGP_PahariEiJ_G0024216)	Prkab1 (MGP_PahariEiJ_G0024215) #7	Cit (MGP_PahariEiJ_G0024214) #8	Bicdl1 (MGP_PahariEiJ_G0024213) #9	Rab35 (MGP_PahariEiJ_G0024212) #10	Gcn1 (MGP_PahariEiJ_G0024211) #11	MGP_PahariEiJ_G0024210 ##12	MGP_PahariEiJ_G0024209 #13	Sirt4 (MGP_PahariEiJ_G0024208) #14	Pla2g1b (MGP_PahariEiJ_G0024207) #15	Msi1 (MGP_PahariEiJ_G0024206) #16	Cox6a1 (MGP_PahariEiJ_G0024205) #17	Triap1 (MGP_PahariEiJ_G0024204) #18	Gatc (MGP_PahariEiJ_G0024203) #19	MGP_PahariEiJ_G0024202 #20	Dynll1 (MGP_PahariEiJ_G0024201) #22	MGP_PahariEiJ_G0024200 #23	Rnf10 (MGP_PahariEiJ_G0024199) #24	Pop5 (MGP_PahariEiJ_G0024198) #25	Cabp1 (MGP_PahariEiJ_G0024197) #26	Mlec (MGP_PahariEiJ_G0024196) #27	Unc119b (MGP_PahariEiJ_G0024195) #28	Acads (MGP_PahariEiJ_G0024194) #29	MGP_PahariEiJ_G0024193	Sppl3 (MGP_PahariEiJ_G0024192) #30	Hnf1a (MGP_PahariEiJ_G0024191) #32	MGP_PahariEiJ_G0024190 #33	Oasl1 (MGP_PahariEiJ_G0024189) #34	MGP_PahariEiJ_G0024188	MGP_PahariEiJ_G0024187	MGP_PahariEiJ_G0024186
Mus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000154251.A.h.a.a.a	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.b	ENSGT00940000154251.A.h.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.a.a	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.a	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000000378.d.b.p #22	ENSGT00940000155822	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00390000015121	ENSGT00940000156424	ENSGT00940000157811	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00940000161612	ENSGT00390000014501	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00940000159433	ENSGT00860000135976	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000161198	ENSGT00940000158596
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154251.A.h.a.a.a.a	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.a.a	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.a	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.b	ENSGT00940000169481	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000000378.d.b.p #22	ENSGT00940000155822	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00390000015121	ENSGT00940000156424	ENSGT00940000157811	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00940000161612	ENSGT00390000014501	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00940000159433	ENSGT00860000135976	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000161198	ENSGT00940000158596
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154251.A.h.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.a.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.a.a.a	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a.d	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.a	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.b	ENSGT00940000169481	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000000378.d.b.p #22	ENSGT00940000155822	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00390000015121	ENSGT00940000156424	ENSGT00940000157811	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00940000161612	ENSGT00390000014501	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00940000159433	ENSGT00860000135976	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000161198	ENSGT00940000158596
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.b	ENSGT00940000154251.A.h.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.a.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.a.a.a	ENSGT01100000263507.D.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a.d	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.a.b	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.a	ENSGT00940000155274.a.b.c.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000154251.A.h.a.b	ENSGT00940000169481	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153165.a.b.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000000378.d.b.p #22	ENSGT00940000155822	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00390000015121	ENSGT00940000156424	ENSGT00940000157811	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00940000161612	ENSGT00390000014501	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00940000159433	ENSGT00860000135976	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000161198	ENSGT00940000158596
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1718															ENSMSIG00000023120	BC048507 (ENSMSIG00000023176) #22
spretus	MODERN SPECIES	4	MGP_SPRETEiJ_G0019552	Zfp953 (MGP_SPRETEiJ_G0019553)	MGP_SPRETEiJ_G0019554	MGP_SPRETEiJ_G0019555	MGP_SPRETEiJ_G0019556	Zfp58 (MGP_SPRETEiJ_G0019557)	MGP_SPRETEiJ_G0019558	Zfp87 (MGP_SPRETEiJ_G0019559)	Zfp748 (MGP_SPRETEiJ_G0019560)	MGP_SPRETEiJ_G0019562	MGP_SPRETEiJ_G0019563	Zfp65 (MGP_SPRETEiJ_G0019564)	MGP_SPRETEiJ_G0019565	Zfp493 (MGP_SPRETEiJ_G0019566)	MGP_SPRETEiJ_G0019567	BC048507 (MGP_SPRETEiJ_G0019568) #22	Mtrr (MGP_SPRETEiJ_G0019569)	Fastkd3 (MGP_SPRETEiJ_G0019570)	Cfap90 (MGP_SPRETEiJ_G0019571)	Adcy2 (MGP_SPRETEiJ_G0019572)	Tent4a (MGP_SPRETEiJ_G0019573)	Nsun2 (MGP_SPRETEiJ_G0019574)	Srd5a1 (MGP_SPRETEiJ_G0019575)	MGP_SPRETEiJ_G0019576	MGP_SPRETEiJ_G0019577	Ice1 (MGP_SPRETEiJ_G0019578)	Adamts16 (MGP_SPRETEiJ_G0019579)	MGP_SPRETEiJ_G0019580	Irx1 (MGP_SPRETEiJ_G0019581)	Irx2 (MGP_SPRETEiJ_G0019582)	Irx4 (MGP_SPRETEiJ_G0019583)
Mouse	MODERN SPECIES	4	Zfp429 (ENSMUSG00000078994)	Zfp459 (ENSMUSG00000055560)	Zfp874a (ENSMUSG00000069206)	Zfp874b (ENSMUSG00000059839)	Zfp58 (ENSMUSG00000071291)	Zfp87 (ENSMUSG00000097333)	Zfp748 (ENSMUSG00000095432)	Zfp729b (ENSMUSG00000058093)	Zfp729a (ENSMUSG00000021510)	Zfp738 (ENSMUSG00000048280)	Zfp65 (ENSMUSG00000071281)	Zfp85 (ENSMUSG00000058331)	Zfp493 (ENSMUSG00000090659)	Zfp273 (ENSMUSG00000030446)	Gm10037 (ENSMUSG00000058246)	BC048507 (ENSMUSG00000064063) #22	Mtrr (ENSMUSG00000034617)	Fastkd3 (ENSMUSG00000021532)	Cfap90 (ENSMUSG00000021534)	Adcy2 (ENSMUSG00000021536)	Tent4a (ENSMUSG00000034575)	Nsun2 (ENSMUSG00000021595)	Srd5a1 (ENSMUSG00000021594)	Ube2ql1 (ENSMUSG00000052981)	Med10 (ENSMUSG00000021598)	Ice1 (ENSMUSG00000034525)	Adamts16 (ENSMUSG00000049538)	Irx1 (ENSMUSG00000060969)	Irx2 (ENSMUSG00000001504)	Irx4 (ENSMUSG00000021604)	Ndufs6 (ENSMUSG00000021606)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	4	MGP_CAROLIEiJ_G0018669	MGP_CAROLIEiJ_G0018670	MGP_CAROLIEiJ_G0018671	MGP_CAROLIEiJ_G0018672	MGP_CAROLIEiJ_G0018673	Zfp58 (MGP_CAROLIEiJ_G0018674)	MGP_CAROLIEiJ_G0018675	Zfp87 (MGP_CAROLIEiJ_G0018676)	Zfp748 (MGP_CAROLIEiJ_G0018677)	Zfp729b (MGP_CAROLIEiJ_G0018678)	Zfp729a (MGP_CAROLIEiJ_G0018679)	MGP_CAROLIEiJ_G0018680	MGP_CAROLIEiJ_G0018681	Zfp85 (MGP_CAROLIEiJ_G0018682)	Zfp493 (MGP_CAROLIEiJ_G0018683)	BC048507 (MGP_CAROLIEiJ_G0018684) #22	Mtrr (MGP_CAROLIEiJ_G0018685)	Fastkd3 (MGP_CAROLIEiJ_G0018686)	Cfap90 (MGP_CAROLIEiJ_G0018687)	Adcy2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018688)	Tent4a (MGP_CAROLIEiJ_G0018689)	Nsun2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018690)	Srd5a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018691)	Ube2ql1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018692)	MGP_CAROLIEiJ_G0018693	Ice1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018694)	Adamts16 (MGP_CAROLIEiJ_G0018695)	MGP_CAROLIEiJ_G0018696	Irx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018697)	Irx2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018698)	Irx4 (MGP_CAROLIEiJ_G0018699)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	2	MGP_PahariEiJ_G0015750	MGP_PahariEiJ_G0015751	MGP_PahariEiJ_G0015752	Zfp58 (MGP_PahariEiJ_G0015753)	MGP_PahariEiJ_G0015754	Zfp87 (MGP_PahariEiJ_G0015755)	Zfp748 (MGP_PahariEiJ_G0015756)	Zfp729b (MGP_PahariEiJ_G0015757)	MGP_PahariEiJ_G0015758	MGP_PahariEiJ_G0015759	Zfp729a (MGP_PahariEiJ_G0015760)	MGP_PahariEiJ_G0015761	Zfp493 (MGP_PahariEiJ_G0015762)	MGP_PahariEiJ_G0015763	MGP_PahariEiJ_G0015764	BC048507 (MGP_PahariEiJ_G0015765) #22	Mtrr (MGP_PahariEiJ_G0015766)	Fastkd3 (MGP_PahariEiJ_G0015767)	Cfap90 (MGP_PahariEiJ_G0015768)	Adcy2 (MGP_PahariEiJ_G0015769)	Tent4a (MGP_PahariEiJ_G0015770)	Nsun2 (MGP_PahariEiJ_G0015771)	Srd5a1 (MGP_PahariEiJ_G0015772)	Ube2ql1 (MGP_PahariEiJ_G0015773)	MGP_PahariEiJ_G0015774	Ice1 (MGP_PahariEiJ_G0015775)	Adamts16 (MGP_PahariEiJ_G0015776)	MGP_PahariEiJ_G0015777	Irx1 (MGP_PahariEiJ_G0015778)	Irx2 (MGP_PahariEiJ_G0015779)	Irx4 (MGP_PahariEiJ_G0015780)
Rat	DUPLICATION
Rat	DUPLICATION
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Cricetinae	DUPLICATION
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Golden Hamster	DUPLICATION
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Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
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Golden Hamster	DUPLICATION
Golden Hamster	MODERN SPECIES	684	Nf1 (ENSMAUG00000021534)	Rab11fip4 (ENSMAUG00000012204)	Utp6 (ENSMAUG00000021895)	Suz12 (ENSMAUG00000001677)	Crlf3 (ENSMAUG00000001238)	Atad5 (ENSMAUG00000019548)	Tefm (ENSMAUG00000006565)	Adap2 (ENSMAUG00000001797)	ENSMAUG00000022173	Rhot1 (ENSMAUG00000021776)	Rhbdl3 (ENSMAUG00000020013)	5730455P16Rik (ENSMAUG00000007002)	Zfp207 (ENSMAUG00000008892)	Psmd11 (ENSMAUG00000019073)	Cdk5r1 (ENSMAUG00000021140)	ENSMAUG00000009545 #22	Myo1d (ENSMAUG00000013009)	Tmem98 (ENSMAUG00000012837)	Spaca3 (ENSMAUG00000018445)	Asic2 (ENSMAUG00000010967)	Ccl2 (ENSMAUG00000020623)	ENSMAUG00000012536	Ccl7 (ENSMAUG00000011314)	Ccl11 (ENSMAUG00000015725)	Ccl12 (ENSMAUG00000013327)	Ccl8 (ENSMAUG00000018176)	ENSMAUG00000013646	Tmem132e (ENSMAUG00000016009)	Cct6b (ENSMAUG00000001673)	Zfp830 (ENSMAUG00000012194)	Lig3 (ENSMAUG00000020082)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	621	Zbtb2 (ENSMAUG00000008627)	Rmnd1 (ENSMAUG00000011585)	Armt1 (ENSMAUG00000012945)	Ccdc170 (ENSMAUG00000008640)	Esr1 (ENSMAUG00000006785)	ENSMAUG00000014937	ENSMAUG00000012320	ENSMAUG00000019847	Myct1 (ENSMAUG00000014906)	Vip (ENSMAUG00000014470)	Fbxo5 (ENSMAUG00000000824)	Mtrf1l (ENSMAUG00000017702)	ENSMAUG00000021559	Oprm1 (ENSMAUG00000016741)	Ipcef1 (ENSMAUG00000020692)	ENSMAUG00000008972 #22	Cnksr3 (ENSMAUG00000017992)	Scaf8 (ENSMAUG00000009513)	Tiam2 (ENSMAUG00000016491)	Tfb1m (ENSMAUG00000006705)	ENSMAUG00000009291	Nox3 (ENSMAUG00000013920)	ENSMAUG00000015104	Arid1b (ENSMAUG00000017697)	Tmem242 (ENSMAUG00000006231)	Zdhhc14 (ENSMAUG00000018645)	Snx9 (ENSMAUG00000010656)	Synj2 (ENSMAUG00000022212)	Serac1 (ENSMAUG00000004954)	Gtf2h5 (ENSMAUG00000021477)	Tulp4 (ENSMAUG00000003623)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	317	Prss47 (ENSCGRG00001011133)	ENSCGRG00001000347	Spata31 (ENSCGRG00001024965)	Cntnap3 (ENSCGRG00001012388)	Fam240b (ENSCGRG00001020040)	Cdk20 (ENSCGRG00001001834)	Ctsl (ENSCGRG00001023416)	Prxl2c (ENSCGRG00001003859)	ENSCGRG00001002667	Cdc14b (ENSCGRG00001019066)	Habp4 (ENSCGRG00001025040)	Zfp367 (ENSCGRG00001022531)	Slc35d2 (ENSCGRG00001020192)	Hsd17b3 (ENSCGRG00001009870)	ENSCGRG00001022738	ENSCGRG00001008618 #22	Ptch1 (ENSCGRG00001010176)	Fancc (ENSCGRG00001013491)	Aopep (ENSCGRG00001012713)	Fbp1 (ENSCGRG00001009150)	Fbp2 (ENSCGRG00001022515)	Cts8 (ENSCGRG00001013704)	Cts6 (ENSCGRG00001022925)	Ctsq (ENSCGRG00001002399)	Ctsj (ENSCGRG00001024764)	ENSCGRG00001015895	ENSCGRG00001024602	4930486L24Rik (ENSCGRG00001023066)	ENSCGRG00001019274	ENSCGRG00001014152	BC051665 (ENSCGRG00001008665)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.a.a.a ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00960000191875	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A.u #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618.sb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00520000060299	ENSGT00530000065303
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	15	Pxn (ENSPEMG00000006601) #13	ENSPEMG00000025717	Sirt4 (ENSPEMG00000008498) #14	ENSPEMG00000025319	ENSPEMG00000030171 #15	ENSPEMG00000027736 #15	ENSPEMG00000024349 #15	ENSPEMG00000027796 #15	ENSPEMG00000031062	ENSPEMG00000031420 #15	Msi1 (ENSPEMG00000010491) #16	ENSPEMG00000017519 #17	Triap1 (ENSPEMG00000027703) #18	Gatc (ENSPEMG00000000665) #19	Srsf9 (ENSPEMG00000016311) #20	ENSPEMG00000026556 #22	ENSPEMG00000029581 #21	Coq5 (ENSPEMG00000011721) #23	Rnf10 (ENSPEMG00000009023) #24	Pop5 (ENSPEMG00000017493) #25	ENSPEMG00000018552 #26	Mlec (ENSPEMG00000001293) #27	Unc119b (ENSPEMG00000025219) #28	Acads (ENSPEMG00000009400) #29	Sppl3 (ENSPEMG00000010775) #30	Hnf1a (ENSPEMG00000015189) #32	2210016L21Rik (ENSPEMG00000010888) #33	Oasl1 (ENSPEMG00000016063) #34	Oasl2 (ENSPEMG00000002563) ##34	4930519G04Rik (ENSPEMG00000011144)	ENSPEMG00000013463
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	4	Zfp142 (ENSPEMG00000000784)	Plcd4 (ENSPEMG00000016923)	Cnot9 (ENSPEMG00000014045)	Usp37 (ENSPEMG00000002989)	Vil1 (ENSPEMG00000012484)	Ctdsp1 (ENSPEMG00000025369)	Slc11a1 (ENSPEMG00000000568)	ENSPEMG00000031268	Pnkd (ENSPEMG00000010689)	Tmbim1 (ENSPEMG00000009661)	Aamp (ENSPEMG00000013785)	Gpbar1 (ENSPEMG00000007092)	Arpc2 (ENSPEMG00000013064)	Cxcr1 (ENSPEMG00000014090)	ENSPEMG00000024826 #21	ENSPEMG00000014345 #22	Cxcr2 (ENSPEMG00000029924)	Rufy4 (ENSPEMG00000022881)	Tns1 (ENSPEMG00000017420)	Tnp1 (ENSPEMG00000013633)	Igfbp5 (ENSPEMG00000024920)	Igfbp2 (ENSPEMG00000018165)	Rpl37a (ENSPEMG00000008580)	Smarcal1 (ENSPEMG00000013063)	Marchf4 (ENSPEMG00000005987)	Xrcc5 (ENSPEMG00000012102)	Tmem169 (ENSPEMG00000026340)	Pecr (ENSPEMG00000007409)	Mreg (ENSPEMG00000007185)	Fn1 (ENSPEMG00000018184)	Atic (ENSPEMG00000014807)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	20	Ccr5 (ENSPEMG00000022837)	Ccr2 (ENSPEMG00000007551)	Ccr3 (ENSPEMG00000029302)	Ccr1l1 (ENSPEMG00000002387)	Ccr1 (ENSPEMG00000015252)	Xcr1 (ENSPEMG00000023362)	Fyco1 (ENSPEMG00000006762)	Cxcr6 (ENSPEMG00000017823)	Ccr9 (ENSPEMG00000022968)	Lztfl1 (ENSPEMG00000021362)	Slc6a20a (ENSPEMG00000021502)	ENSPEMG00000028081	Slc6a20b (ENSPEMG00000013603)	Sacm1l (ENSPEMG00000010697)	Limd1 (ENSPEMG00000023789)	ENSPEMG00000030597 #22	Lars2 (ENSPEMG00000021995)	Tmem158 (ENSPEMG00000023989)	Cdcp1 (ENSPEMG00000023158)	Clec3b (ENSPEMG00000021947)	Exosc7 (ENSPEMG00000022845)	Zdhhc3 (ENSPEMG00000021518)	Tgm4 (ENSPEMG00000024151)	Tmem42 (ENSPEMG00000015647)	Kif15 (ENSPEMG00000023477)	ENSPEMG00000023094	Zfp105 (ENSPEMG00000007469)	ENSPEMG00000000592	ENSPEMG00000007084	Tcaim (ENSPEMG00000020181)	Topaz1 (ENSPEMG00000010517)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Usp22 (ENSPEMG00000018989)	Aldh3a1 (ENSPEMG00000008575)	Aldh3a2 (ENSPEMG00000018706)	Slc47a2 (ENSPEMG00000001342)	Slc47a1 (ENSPEMG00000019128)	Rnf112 (ENSPEMG00000008855)	Mfap4 (ENSPEMG00000009280)	Mapk7 (ENSPEMG00000009482)	B9d1 (ENSPEMG00000018923)	Epn2 (ENSPEMG00000019148)	Grap (ENSPEMG00000024485)	Slc5a10 (ENSPEMG00000009615)	Fam83g (ENSPEMG00000009298)	Prpsap2 (ENSPEMG00000009417)	Ulk2 (ENSPEMG00000016139)	ENSPEMG00000026122 #22	ENSPEMG00000001049	ENSPEMG00000029226	Akap10 (ENSPEMG00000027733)	ENSPEMG00000008466	Adora2b (ENSPEMG00000030868)	Zswim7 (ENSPEMG00000008522)	Ttc19 (ENSPEMG00000007828)	ENSPEMG00000008258	ENSPEMG00000019132	Pigl (ENSPEMG00000025589)	Cenpv (ENSPEMG00000018813)	ENSPEMG00000018979	Trpv2 (ENSPEMG00000018973)	Lrrc75a (ENSPEMG00000019140)	Mmgt2 (ENSPEMG00000030147)
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	7	Tmem233 (ENSMOCG00000002502)	Prkab1 (ENSMOCG00000006183) #7	Cit (ENSMOCG00000012761) #8	Bicdl1 (ENSMOCG00000019402) #9	Rab35 (ENSMOCG00000019999) #10	Gcn1 (ENSMOCG00000000746) #11	ENSMOCG00000012309 ##12	Pxn (ENSMOCG00000014430) #13	Sirt4 (ENSMOCG00000016396) #14	Pla2g1b (ENSMOCG00000010330) #15	Msi1 (ENSMOCG00000002286) #16	ENSMOCG00000006758 #17	Triap1 (ENSMOCG00000005593) #18	Gatc (ENSMOCG00000005051) #19	Srsf9 (ENSMOCG00000021163) #20	ENSMOCG00000018482 #22	Coq5 (ENSMOCG00000022159) #23	Rnf10 (ENSMOCG00000018331) #24	Pop5 (ENSMOCG00000013322) #25	ENSMOCG00000004672 #26	Mlec (ENSMOCG00000001542) #27	Unc119b (ENSMOCG00000017585) #28	Acads (ENSMOCG00000012085) #29	Sppl3 (ENSMOCG00000005567) #30	Hnf1a (ENSMOCG00000003129) #32	2210016L21Rik (ENSMOCG00000020970) #33	Oasl1 (ENSMOCG00000013643) #34	Oasl2 (ENSMOCG00000019431) ##34	4930519G04Rik (ENSMOCG00000023019)	ENSMOCG00000002202	Ankrd13a (ENSMOCG00000021097)
Prairie vole	MODERN SPECIES	353	Cdc42ep3 (ENSMOCG00000021989)	Qpct (ENSMOCG00000001148)	Prkd3 (ENSMOCG00000017105)	Ndufaf7 (ENSMOCG00000009739)	Cebpz (ENSMOCG00000018640)	Cebpzos (ENSMOCG00000020860)	Sult6b1 (ENSMOCG00000005446)	ENSMOCG00000021613	Gpatch11 (ENSMOCG00000012750)	Heatr5b (ENSMOCG00000018243)	Strn (ENSMOCG00000009885)	Vit (ENSMOCG00000017868)	ENSMOCG00000012236	Crim1 (ENSMOCG00000019306)	ENSMOCG00000009452	ENSMOCG00000016027 #22	ENSMOCG00000002649	Lsm5 (ENSMOCG00000012018)	Pde1c (ENSMOCG00000005504)	Ppp1r17 (ENSMOCG00000007423)	Itprid1 (ENSMOCG00000019267)	Neurod6 (ENSMOCG00000012184)	Adcyap1r1 (ENSMOCG00000006639)	Ghrhr (ENSMOCG00000001328)	Aqp1 (ENSMOCG00000016051)	Mindy4 (ENSMOCG00000006426)	Inmt (ENSMOCG00000015765)	Crhr2 (ENSMOCG00000019712)	Gars (ENSMOCG00000017680)	Ggct (ENSMOCG00000001055)	Nod1 (ENSMOCG00000022664)
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	262													ENSMOCG00000004205	ENSMOCG00000007060	Or4c3 (ENSMOCG00000001763)	ENSMOCG00000002546 #22	ENSMOCG00000002835
Prairie vole	MODERN SPECIES	4							Armh4 (ENSMOCG00000015938)	Slc35f4 (ENSMOCG00000007286)	ccdc198 (ENSMOCG00000009305)	Naa30 (ENSMOCG00000013852)	ENSMOCG00000006129	Ap5m1 (ENSMOCG00000021173)	Exoc5 (ENSMOCG00000019782)	ENSMOCG00000007409	ENSMOCG00000011281	ENSMOCG00000006238 #22	Atg14 (ENSMOCG00000000144)	Fbxo34 (ENSMOCG00000006547)	Dlgap5 (ENSMOCG00000021523)	Lgals3 (ENSMOCG00000022866)	Mapk1ip1l (ENSMOCG00000000105)	Socs4 (ENSMOCG00000000093)	Wdhd1 (ENSMOCG00000013032)	Gch1 (ENSMOCG00000022270)	Samd4 (ENSMOCG00000014893)	Cgrrf1 (ENSMOCG00000015089)	Gmfb (ENSMOCG00000004831)	Cnih1 (ENSMOCG00000014115)	Cdkn3 (ENSMOCG00000014227)	ENSMOCG00000017303	Bmp4 (ENSMOCG00000021555)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.d ##12	ENSGT00940000166687	ENSGT00390000017839.o.b.a.b.c.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a.l #32
Pika	MODERN SPECIES	239												COX6A1 (ENSOPRG00000004213) #17	TRIAP1 (ENSOPRG00000004220) #18	GATC (ENSOPRG00000004226) #19	SRSF9 (ENSOPRG00000004234) #20	DYNLL1 (ENSOPRG00000004261) #22	COQ5 (ENSOPRG00000004269) #23	RNF10 (ENSOPRG00000004291) #24	POP5 (ENSOPRG00000004327) #25	CABP1 (ENSOPRG00000004337) #26	MLEC (ENSOPRG00000004378) #27	UNC119B (ENSOPRG00000004394) #28	ACADS (ENSOPRG00000004401) #29	SPPL3 (ENSOPRG00000004425) #30
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	DUPLICATION
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Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	DUPLICATION
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Tree shrew	MODERN SPECIES	9028																ENSTBEG00000006326 #22
Tree shrew	MODERN SPECIES	1594						ENSTBEG00000001052 #9	RAB35 (ENSTBEG00000002015) #10	ENSTBEG00000002947 #11	ENSTBEG00000005498 ##12	SIRT4 (ENSTBEG00000006165) #14	PLA2G1B (ENSTBEG00000006463) #15	MSI1 (ENSTBEG00000007182) #16	COX6A1 (ENSTBEG00000008018) #17	SRSF9 (ENSTBEG00000008499) #20	ENSTBEG00000008820 #21	ENSTBEG00000009154 #22	COQ5 (ENSTBEG00000009255) #23	RNF10 (ENSTBEG00000009469) #24	POP5 (ENSTBEG00000010131) #25
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Laurasiatheria_b	DUPLICATION
Laurasiatheria_b	DUPLICATION
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000166687	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000000378.d.b.eb #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.h ##17	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.g.a ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.g.a.a.a ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303.k
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.g.a.a.a ##17	ENSGT00940000163530.g	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.a.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00950000183642	ENSGT00950000183200.A.a.b.b.d
Dog	MODERN SPECIES	18	PRKAB1 (ENSCAFG00845028956) #7	CIT (ENSCAFG00845029114) #8	BICDL1 (ENSCAFG00845029314) #9	RAB35 (ENSCAFG00845029385) #10	GCN1 (ENSCAFG00845029461) #11	RPLP0 (ENSCAFG00845029523) ##12	PXN (ENSCAFG00845029597) #13	SIRT4 (ENSCAFG00845029659) #14	PLA2G1B (ENSCAFG00845029696) #15	MSI1 (ENSCAFG00845029732) #16	ENSCAFG00845029750 ##17	TRIAP1 (ENSCAFG00845029768)	GATC (ENSCAFG00845029782) #19	SRSF9 (ENSCAFG00845029795) #20	ENSCAFG00845029808 #21	DYNLL1 (ENSCAFG00845029827) #22	COQ5 (ENSCAFG00845029853) #23	ENSCAFG00845029886	RNF10 (ENSCAFG00845029907) #24	POP5 (ENSCAFG00845029940) #25	CABP1 (ENSCAFG00845029974) #26	MLEC (ENSCAFG00845030058) #27	UNC119B (ENSCAFG00845030070) #28	ACADS (ENSCAFG00845030081) #29	SPPL3 (ENSCAFG00845030094) #30	ENSCAFG00845030102 ##12	HNF1A (ENSCAFG00845030116) #32	C12orf43 (ENSCAFG00845030142) #33	OASL (ENSCAFG00845030170) #34	OASL (ENSCAFG00845030186) ##34	ENSCAFG00845030204
Dingo	MODERN SPECIES	108	PRKAB1 (ENSCAFG00020018695) #7	CIT (ENSCAFG00020018713) #8	BICDL1 (ENSCAFG00020018905) #9	RAB35 (ENSCAFG00020018913) #10	GCN1 (ENSCAFG00020019067) #11	ENSCAFG00020020549 ##12	PXN (ENSCAFG00020020553) #13	ENSCAFG00020020565	SIRT4 (ENSCAFG00020020573) #14	PLA2G1B (ENSCAFG00020020575) #15	MSI1 (ENSCAFG00020020585) #16	ENSCAFG00020020591 ##17	ENSCAFG00020020601	GATC (ENSCAFG00020020606) #19	SRSF9 (ENSCAFG00020020612) #20	DYNLL1 (ENSCAFG00020020616) #22	ENSCAFG00020020622 #21	COQ5 (ENSCAFG00020020629) #23	ENSCAFG00020020636	RNF10 (ENSCAFG00020020643) #24	POP5 (ENSCAFG00020020663) #25	ENSCAFG00020020668	ENSCAFG00020020674 #26	MLEC (ENSCAFG00020020680) #27	UNC119B (ENSCAFG00020020684) #28	ACADS (ENSCAFG00020020690) #29	SPPL3 (ENSCAFG00020020696) #30	ENSCAFG00020020700 ##12	HNF1A (ENSCAFG00020020711) #32	C12orf43 (ENSCAFG00020020834) #33	OASL (ENSCAFG00020020845) #34
Red fox	MODERN SPECIES	118	PRKAB1 (ENSVVUG00000013375) #7	CIT (ENSVVUG00000013447) #8	BICDL1 (ENSVVUG00000015098) #9	RAB35 (ENSVVUG00000015107) #10	GCN1 (ENSVVUG00000015267) #11	RPLP0 (ENSVVUG00000020750) ##12	PXN (ENSVVUG00000020832) #13	ENSVVUG00000020989	SIRT4 (ENSVVUG00000020991) #14	PLA2G1B (ENSVVUG00000020992) #15	MSI1 (ENSVVUG00000020993) #16	TRIAP1 (ENSVVUG00000021053)	GATC (ENSVVUG00000021055) #19	SRSF9 (ENSVVUG00000021065) #20	ENSVVUG00000021069 #21	DYNLL1 (ENSVVUG00000021070) #22	COQ5 (ENSVVUG00000021074) #23	ENSVVUG00000021075	RNF10 (ENSVVUG00000021077) #24	POP5 (ENSVVUG00000021154) #25	ENSVVUG00000021158 #26	MLEC (ENSVVUG00000021167) #27	UNC119B (ENSVVUG00000021173) #28	ACADS (ENSVVUG00000021178) #29	SPPL3 (ENSVVUG00000021208) #30	ENSVVUG00000021284 ##12	HNF1A (ENSVVUG00000021303) #32	C12orf43 (ENSVVUG00000021604) #33	OASL (ENSVVUG00000021628) #34	ENSVVUG00000021631 ##34	ENSVVUG00000021635
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00940000159434	ENSGT01020000230438.C	ENSGT00390000008873
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00940000154612.m.a.h ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.f #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00940000159434	ENSGT01020000230438.C	ENSGT00390000008873
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	100	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.h ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.f #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00940000159434	ENSGT01020000230438.C	ENSGT00390000008873
American black bear	MODERN SPECIES	1672											MSI1 (ENSUAMG00000015514) #16	ENSUAMG00000015518 ##17	ENSUAMG00000015521	GATC (ENSUAMG00000015523) #19	SRSF9 (ENSUAMG00000015527) #20	ENSUAMG00000015533 #22	ENSUAMG00000015535 #21	COQ5 (ENSUAMG00000015538) #23	RNF10 (ENSUAMG00000015540) #24	POP5 (ENSUAMG00000015541) #25
Polar bear	MODERN SPECIES	306	CCDC60 (ENSUMAG00000009473)	ENSUMAG00000009467	PRKAB1 (ENSUMAG00000009465) #7	CIT (ENSUMAG00000009329) #8	BICDL1 (ENSUMAG00000009286) #9	RAB35 (ENSUMAG00000009279) #10	GCN1 (ENSUMAG00000006755) #11	ENSUMAG00000006491 ##12	PXN (ENSUMAG00000006250) #13	SIRT4 (ENSUMAG00000006207) #14	PLA2G1B (ENSUMAG00000006199) #15	MSI1 (ENSUMAG00000006176) #16	ENSUMAG00000006170	ENSUMAG00000006163 #17	SRSF9 (ENSUMAG00000006151) #20	ENSUMAG00000006146 #22	COQ5 (ENSUMAG00000006144) #23	RNF10 (ENSUMAG00000006138) #24	POP5 (ENSUMAG00000006137) #25	ENSUMAG00000006132 #26	MLEC (ENSUMAG00000006120) #27	UNC119B (ENSUMAG00000006089) #28	ACADS (ENSUMAG00000006082) #29	SPPL3 (ENSUMAG00000006077) #30	HNF1A (ENSUMAG00000005905) #32	C12orf43 (ENSUMAG00000005887) #33	OASL (ENSUMAG00000005863) #34	ENSUMAG00000005858 ##34	WSCD2 (ENSUMAG00000005853)	CMKLR1 (ENSUMAG00000005852)	FICD (ENSUMAG00000005849)
Giant Panda	MODERN SPECIES	3	TMEM233 (ENSAMEG00000016054)	PRKAB1 (ENSAMEG00000016023) #7	CIT (ENSAMEG00000015972) #8	BICDL1 (ENSAMEG00000005057) #9	RAB35 (ENSAMEG00000005061) #10	GCN1 (ENSAMEG00000005077) #11	RPLP0 (ENSAMEG00000005144) ##12	PXN (ENSAMEG00000005166) #13	SIRT4 (ENSAMEG00000005190) #14	PLA2G1B (ENSAMEG00000005195) #15	MSI1 (ENSAMEG00000013302) #16	ENSAMEG00000030123 #17	TRIAP1 (ENSAMEG00000013300) #18	SRSF9 (ENSAMEG00000013294) #20	ENSAMEG00000028303 #21	ENSAMEG00000013289 #22	COQ5 (ENSAMEG00000013273) #23	RNF10 (ENSAMEG00000008514) #24	POP5 (ENSAMEG00000008503) #25	ENSAMEG00000008490 #26	MLEC (ENSAMEG00000008482) #27	UNC119B (ENSAMEG00000008473) #28	ACADS (ENSAMEG00000008437) #29	SPPL3 (ENSAMEG00000008412) #30	HNF1A (ENSAMEG00000008387) #32	C12orf43 (ENSAMEG00000008372) #33	ENSAMEG00000008347 #34	ENSAMEG00000027251 ##34	ENSAMEG00000016128	ENSAMEG00000018779	FICD (ENSAMEG00000026987)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B.h #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34
American mink	MODERN SPECIES	69	TMEM233 (ENSNVIG00000013572)	PRKAB1 (ENSNVIG00000013546) #7	CIT (ENSNVIG00000012752) #8	BICDL1 (ENSNVIG00000012716) #9	RAB35 (ENSNVIG00000012703) #10	ENSNVIG00000009703 #11	ENSNVIG00000009596 ##12	ENSNVIG00000009577 #13	SIRT4 (ENSNVIG00000009562) #14	PLA2G1B (ENSNVIG00000009520) #15	MSI1 (ENSNVIG00000009511) #16	TRIAP1 (ENSNVIG00000009500) #18	GATC (ENSNVIG00000009447) #19	SRSF9 (ENSNVIG00000009434) #20	ENSNVIG00000009423 #21	DYNLL1 (ENSNVIG00000009399) #22	COQ5 (ENSNVIG00000009357) #23	RNF10 (ENSNVIG00000009269) #24	POP5 (ENSNVIG00000009240) #25	ENSNVIG00000009215 #26	MLEC (ENSNVIG00000009196) #27	UNC119B (ENSNVIG00000009190) #28	ACADS (ENSNVIG00000009180) #29	SPPL3 (ENSNVIG00000009151) #30	HNF1A (ENSNVIG00000009100) #32	C12orf43 (ENSNVIG00000009061) #33	ENSNVIG00000009050 #34	ENSNVIG00000008987 ##34
Ferret	MODERN SPECIES	200	HSPB8 (ENSMPUG00000002938)	CCDC60 (ENSMPUG00000002946)	PRKAB1 (ENSMPUG00000002954) #7	CIT (ENSMPUG00000002961) #8	BICDL1 (ENSMPUG00000002991) #9	RAB35 (ENSMPUG00000002998) #10	GCN1 (ENSMPUG00000003028) #11	ENSMPUG00000003055 ##12	PXN (ENSMPUG00000003096) #13	SIRT4 (ENSMPUG00000003159) #14	PLA2G1B (ENSMPUG00000003162) #15	MSI1 (ENSMPUG00000003168) #16	TRIAP1 (ENSMPUG00000003179) #18	GATC (ENSMPUG00000003183) #19	SRSF9 (ENSMPUG00000003193) #20	ENSMPUG00000003209 #22	COQ5 (ENSMPUG00000003212) #23	RNF10 (ENSMPUG00000003216) #24	POP5 (ENSMPUG00000003221) #25	ENSMPUG00000003224 #26	MLEC (ENSMPUG00000003247) #27	UNC119B (ENSMPUG00000003263) #28	ACADS (ENSMPUG00000003270) #29	SPPL3 (ENSMPUG00000003280) #30	HNF1A (ENSMPUG00000003290) #32	C12orf43 (ENSMPUG00000003298) #33	OASL (ENSMPUG00000003306) #34	ENSMPUG00000003310 ##34
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Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.eb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00950000183200.A.a.b.b.d	ENSGT00940000159434
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Greater horseshoe bat	DUPLICATION
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	17	CCDC60 (ENSRFEG00010014357)	TMEM233 (ENSRFEG00010014621)	PRKAB1 (ENSRFEG00010014678) #7	CIT (ENSRFEG00010014846) #8	BICDL1 (ENSRFEG00010016328) #9	RAB35 (ENSRFEG00010013543) #10	ENSRFEG00010013638 #11	ENSRFEG00010014141 ##12	PXN (ENSRFEG00010014299) #13	SIRT4 (ENSRFEG00010014687) #14	PLA2G1B (ENSRFEG00010014744) #15	MSI1 (ENSRFEG00010014857) #16	ENSRFEG00010014936 #17	ENSRFEG00010015041	SRSF9 (ENSRFEG00010015094) #20	ENSRFEG00010015155 #22	ENSRFEG00010015213 #21	COQ5 (ENSRFEG00010015289) #23	RNF10 (ENSRFEG00010015360) #24	POP5 (ENSRFEG00010015446) #25	CABP1 (ENSRFEG00010015615) #26	MLEC (ENSRFEG00010015876) #27	UNC119B (ENSRFEG00010015944) #28	ACADS (ENSRFEG00010015991) #29	SPPL3 (ENSRFEG00010016055) #30	ENSRFEG00010016087	HNF1A (ENSRFEG00010016115) #32	C12orf43 (ENSRFEG00010016283) #33	OASL (ENSRFEG00010016367) #34	ENSRFEG00010016461 ##34	C12orf76 (ENSRFEG00010016482)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	22	GPAT4 (ENSRFEG00010016245)	MBD3L1 (ENSRFEG00010016322)	ENSRFEG00010000256	GOLGA7 (ENSRFEG00010000282)	SFRP1 (ENSRFEG00010000348)	ZMAT4 (ENSRFEG00010000395)	TCIM (ENSRFEG00010000429)	IDO2 (ENSRFEG00010000467)	IDO1 (ENSRFEG00010000511)	ADAM2 (ENSRFEG00010000610)	ADAM18 (ENSRFEG00010000853)	ENSRFEG00010001002	ENSRFEG00010001024	ENSRFEG00010001138	ENSRFEG00010001208	ENSRFEG00010001357 #22	ADAM9 (ENSRFEG00010001379)	TM2D2 (ENSRFEG00010001434)	HTRA4 (ENSRFEG00010001474)	PLEKHA2 (ENSRFEG00010001508)	TACC1 (ENSRFEG00010001569)	FGFR1 (ENSRFEG00010001714)	LETM2 (ENSRFEG00010001818)	NSD3 (ENSRFEG00010001897)	PLPP5 (ENSRFEG00010001960)	DDHD2 (ENSRFEG00010002002)	BAG4 (ENSRFEG00010002051)	LSM1 (ENSRFEG00010002086)	STAR (ENSRFEG00010002121)	ASH2L (ENSRFEG00010002223)	EIF4EBP1 (ENSRFEG00010002320)
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	1118	TMEM233 (ENSMLUG00000028162)	PRKAB1 (ENSMLUG00000015390) #7	ENSMLUG00000027709	CIT (ENSMLUG00000015398) #8	BICDL1 (ENSMLUG00000015429) #9	RAB35 (ENSMLUG00000015439) #10	GCN1 (ENSMLUG00000015444) #11	ENSMLUG00000001970 ##12	ENSMLUG00000015484 #13	PLA2G1B (ENSMLUG00000009487) #15	MSI1 (ENSMLUG00000010313) #16	COX6A1 (ENSMLUG00000010330) #17	ENSMLUG00000010334	GATC (ENSMLUG00000010341) #19	SRSF9 (ENSMLUG00000010346) #20	ENSMLUG00000010358 #22	COQ5 (ENSMLUG00000014636) #23	RNF10 (ENSMLUG00000014644) #24	POP5 (ENSMLUG00000014657) #25	ENSMLUG00000015996 #26	MLEC (ENSMLUG00000005515) #27	UNC119B (ENSMLUG00000005519) #28	ACADS (ENSMLUG00000010067) #29	SPPL3 (ENSMLUG00000012754) #30	HNF1A (ENSMLUG00000009109) #32	C12orf43 (ENSMLUG00000009122) #33	OASL (ENSMLUG00000009136) #34	C12orf76 (ENSMLUG00000026813)	ANKRD13A (ENSMLUG00000004128)	GIT2 (ENSMLUG00000004106)	TCHP (ENSMLUG00000007412)
Microbat	MODERN SPECIES	940	STAT1 (ENSMLUG00000010083)	ENSMLUG00000000057	MYO1B (ENSMLUG00000000058)	NABP1 (ENSMLUG00000012075)	CAVIN2 (ENSMLUG00000015774)	TMEFF2 (ENSMLUG00000007530)	ENSMLUG00000028828	SLC39A10 (ENSMLUG00000007527)	DNAH7 (ENSMLUG00000007538)	STK17B (ENSMLUG00000007648)	HECW2 (ENSMLUG00000007654)	CCDC150 (ENSMLUG00000001986)	GTF3C3 (ENSMLUG00000024692)	PGAP1 (ENSMLUG00000010784)	ANKRD44 (ENSMLUG00000010842)	ENSMLUG00000005254 #22	SF3B1 (ENSMLUG00000000840)	COQ10B (ENSMLUG00000000865)	ENSMLUG00000000871	HSPE1 (ENSMLUG00000000878)	ENSMLUG00000000883	MOB4 (ENSMLUG00000004971)	RFTN2 (ENSMLUG00000004991)	BOLL (ENSMLUG00000004999)	PLCL1 (ENSMLUG00000002677)	SATB2 (ENSMLUG00000001554)	ENSMLUG00000011411	C2orf69 (ENSMLUG00000026751)	TYW5 (ENSMLUG00000015955)	MAIP1 (ENSMLUG00000015960)	SPATS2L (ENSMLUG00000006594)
Megabat	MODERN SPECIES	3548								ENSPVAG00000002219	SIRT4 (ENSPVAG00000002222) #14	PLA2G1B (ENSPVAG00000002223) #15	MSI1 (ENSPVAG00000002225) #16	COX6A1 (ENSPVAG00000002226) #17	TRIAP1 (ENSPVAG00000002227) #18	GATC (ENSPVAG00000002228) #19	SRSF9 (ENSPVAG00000002229) #20	DYNLL1 (ENSPVAG00000002230) #22	COQ5 (ENSPVAG00000002231) #23	RNF10 (ENSPVAG00000002232) #24	POP5 (ENSPVAG00000002233) #25	CABP1 (ENSPVAG00000002235) #26	MLEC (ENSPVAG00000002238) #27	UNC119B (ENSPVAG00000002241) #28	ACADS (ENSPVAG00000002244) #29	SPPL3 (ENSPVAG00000002247) #30
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00900000141143	ENSGT00940000161406	ENSGT00940000161685.A.a	ENSGT00940000156208	ENSGT00940000157734	ENSGT00390000008225	ENSGT00940000154314	ENSGT00940000154352.A	ENSGT00950000182859.A.a.a.b	ENSGT00950000182864.a.b.a	ENSGT00390000013415.a.b.q.a.b	ENSGT01030000234522.C.b.e.a.a.b	ENSGT00390000013415.a.b.q.b	ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a	ENSGT00940000159105	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22	ENSGT01030000234597.a.b.a	ENSGT00940000160868	ENSGT00940000157269.a.a	ENSGT00940000158299	ENSGT00940000158614	ENSGT00510000049722	ENSGT00530000063668.B	ENSGT00940000158238	ENSGT00390000004380	ENSGT00940000158598	ENSGT00720000108839	ENSGT00950000183074.B.a.a	ENSGT00390000007091	ENSGT00390000013141	ENSGT00950000183149.C
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	17																ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22	ENSGT01030000234597.a.b.a	ENSGT00940000160868	ENSGT00940000157269.a.a	ENSGT00940000158299	ENSGT00940000158614	ENSGT00510000049722	ENSGT00530000063668.B.d	ENSGT00940000158238	ENSGT00390000004380	ENSGT00940000158598	ENSGT00720000108839	ENSGT00950000183074.B.a.a	ENSGT00390000007091	ENSGT00390000013141	ENSGT00950000183149.C
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	115																ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22	ENSGT01030000234597.a.b.a	ENSGT00940000160868	ENSGT00940000157269.a.a	ENSGT00940000158299	ENSGT00940000158614	ENSGT00510000049722	ENSGT00530000063668.B.d	ENSGT00940000158238	ENSGT00390000004380	ENSGT00940000158598	ENSGT00720000108839	ENSGT00950000183074.B.a.a	ENSGT00390000007091	ENSGT00390000013141	ENSGT00950000183149.C
Polar bear	MODERN SPECIES	269																ENSUMAG00000000826 #22	STMN4 (ENSUMAG00000000750)	TRIM35 (ENSUMAG00000000742)	PTK2B (ENSUMAG00000000711)	CHRNA2 (ENSUMAG00000000675)	EPHX2 (ENSUMAG00000000481)	ENSUMAG00000000345	CLU (ENSUMAG00000000329)	SCARA3 (ENSUMAG00000000172)	CCDC25 (ENSUMAG00000000103)	ESCO2 (ENSUMAG00000022519)	PBK (ENSUMAG00000022515)	SCARA5 (ENSUMAG00000022508)	NUGGC (ENSUMAG00000022498)	ELP3 (ENSUMAG00000022494)	ZNF395 (ENSUMAG00000022490)
American black bear	MODERN SPECIES	5981																ENSUAMG00000009931 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	15	REEP4 (ENSAMEG00000003360)	HR (ENSAMEG00000003382)	NUDT18 (ENSAMEG00000003416)	FHIP2B (ENSAMEG00000003424)	DMTN (ENSAMEG00000003459)	FGF17 (ENSAMEG00000003531)	NPM2 (ENSAMEG00000003542)	XPO7 (ENSAMEG00000003555)	DOK2 (ENSAMEG00000003671)	GFRA2 (ENSAMEG00000003691)	LZTS1 (ENSAMEG00000012664)	ATP6V1B2 (ENSAMEG00000012668)	SLC18A1 (ENSAMEG00000012721)	ENSAMEG00000000943	ENSAMEG00000005638	ENSAMEG00000031090 #22	ENSAMEG00000026433	ENSAMEG00000000209	ENSAMEG00000000207	PTK2B (ENSAMEG00000000174)	CHRNA2 (ENSAMEG00000000168)	EPHX2 (ENSAMEG00000000158)	ENSAMEG00000000147	CLU (ENSAMEG00000000141)	SCARA3 (ENSAMEG00000000140)	CCDC25 (ENSAMEG00000000139)	ESCO2 (ENSAMEG00000000137)	PBK (ENSAMEG00000000135)	SCARA5 (ENSAMEG00000000133)	NUGGC (ENSAMEG00000000131)	ELP3 (ENSAMEG00000000124)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	82	ENSGT00390000009908	ENSGT00940000154391.a.a	ENSGT00940000160512	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00960000188301	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00390000013415.a.b.q.b	ENSGT01030000234522.C.b.e.a.a.b	ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a	ENSGT00940000159105	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22	ENSGT01030000234597.a.b.a	ENSGT00940000160868	ENSGT00940000157269.a.a	ENSGT00940000158299	ENSGT00940000158614	ENSGT00510000049722	ENSGT00530000063668.B	ENSGT00940000158238	ENSGT00390000004380	ENSGT00940000158598	ENSGT00720000108839	ENSGT00950000183074.B.a.a	ENSGT00390000007091	ENSGT00390000013141	ENSGT00950000183149.C
Ferret	MODERN SPECIES	369									GAB1 (ENSMPUG00000000823)	USP38 (ENSMPUG00000000827)	ENSMPUG00000000829	PNMA2 (ENSMPUG00000018482)	ENSMPUG00000018484	DPYSL2 (ENSMPUG00000000862)	ADRA1A (ENSMPUG00000000865)	ENSMPUG00000000868 #22	STMN4 (ENSMPUG00000000871)	ENSMPUG00000000872	TRIM35 (ENSMPUG00000000873)	PTK2B (ENSMPUG00000000875)	CHRNA2 (ENSMPUG00000000876)	EPHX2 (ENSMPUG00000000882)	ENSMPUG00000000883	CLU (ENSMPUG00000000903)	SCARA3 (ENSMPUG00000000906)	CCDC25 (ENSMPUG00000000908)	ESCO2 (ENSMPUG00000000909)	PBK (ENSMPUG00000000915)	SCARA5 (ENSMPUG00000000953)	NUGGC (ENSMPUG00000000959)	ELP3 (ENSMPUG00000000966)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.db.b #22
Microbat	MODERN SPECIES	1077	FILIP1L (ENSMLUG00000001126)	COL8A1 (ENSMLUG00000001120)	ENSMLUG00000028203	DCBLD2 (ENSMLUG00000004889)	ST3GAL6 (ENSMLUG00000026201)	CPOX (ENSMLUG00000008326)	GPR15 (ENSMLUG00000009711)	CLDND1 (ENSMLUG00000013947)	OR5K4 (ENSMLUG00000024918)	ENSMLUG00000028481	ENSMLUG00000030742	CEP97 (ENSMLUG00000011957)	NXPE3 (ENSMLUG00000017459)	NFKBIZ (ENSMLUG00000017089)	ZPLD1 (ENSMLUG00000002286)	ENSMLUG00000010377 #22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000166687	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000000378.d.b.eb #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00950000186285	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.eb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00950000183200.A.a.b.b.d	ENSGT00940000159434	ENSGT01020000230438.C	ENSGT00390000008873
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Horse	DUPLICATION
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Donkey	DUPLICATION
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Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb #22
Caniformia	DUPLICATION
Caniformia	DUPLICATION
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.a #22
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.a.a #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.g.a.a.a ##17	ENSGT00940000163530.g	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.a.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34
Dingo	MODERN SPECIES	150	SCPEP1 (ENSCAFG00020025611)	COIL (ENSCAFG00020025609)	TRIM25 (ENSCAFG00020025605)	DGKE (ENSCAFG00020025602)	C17orf67 (ENSCAFG00020025599)	NOG (ENSCAFG00020025598)	ENSCAFG00020025596	ENSCAFG00020025594	PCTP (ENSCAFG00020025592)	TMEM100 (ENSCAFG00020025591)	MMD (ENSCAFG00020025586)	HLF (ENSCAFG00020025583)	STXBP4 (ENSCAFG00020025560)	COX11 (ENSCAFG00020025550)	TOM1L1 (ENSCAFG00020025548)	ENSCAFG00020025544 #22	KIF2B (ENSCAFG00020025537)	ENSCAFG00020025530	CA10 (ENSCAFG00020025515)	ENSCAFG00020025508	UTP18 (ENSCAFG00020025506)	MBTD1 (ENSCAFG00020025501)	ENSCAFG00020025499	ENSCAFG00020025497	ENSCAFG00020025495	SPAG9 (ENSCAFG00020024319)	ENSCAFG00020024228	TOB1 (ENSCAFG00020024227)	WFIKKN2 (ENSCAFG00020024226)	ANKRD40CL (ENSCAFG00020024224)	LUC7L3 (ENSCAFG00020024223)
Dog	MODERN SPECIES	37	COIL (ENSCAFG00845018263)	TRIM25 (ENSCAFG00845018182)	DGKE (ENSCAFG00845018012)	C17orf67 (ENSCAFG00845017934)	NOG (ENSCAFG00845017903)	ENSCAFG00845017853	ANKFN1 (ENSCAFG00845017522)	PCTP (ENSCAFG00845017094)	TMEM100 (ENSCAFG00845016727)	SMIM36 (ENSCAFG00845016687)	MMD (ENSCAFG00845016643)	HLF (ENSCAFG00845016598)	STXBP4 (ENSCAFG00845016430)	COX11 (ENSCAFG00845016207)	TOM1L1 (ENSCAFG00845016013)	ENSCAFG00845015952 #22	ENSCAFG00845015932 #21	ENSCAFG00845015890	KIF2B (ENSCAFG00845015752)	CA10 (ENSCAFG00845015639)	ENSCAFG00845015581	UTP18 (ENSCAFG00845015483)	MBTD1 (ENSCAFG00845015245)	NME2 (ENSCAFG00845015173)	NME1 (ENSCAFG00845015140)	SPAG9 (ENSCAFG00845014917)	TOB1 (ENSCAFG00845014836)	WFIKKN2 (ENSCAFG00845014826)	ENSCAFG00845014801	LUC7L3 (ENSCAFG00845014680)	ANKRD40 (ENSCAFG00845014612)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155820	ENSGT00940000156409	ENSGT00940000153629.a.a	ENSGT00510000046608.B	ENSGT00940000157279	ENSGT00390000002873	ENSGT00390000007318	ENSGT00390000003322	ENSGT01030000234637.b.d.b	ENSGT00590000083094.a.a	ENSGT00940000160100	ENSGT00390000005214.a	ENSGT00940000155048	ENSGT00910000148820	ENSGT00630000090979	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.a.b #22	ENSGT00940000163977	ENSGT00390000005497	ENSGT00950000183004.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011228.b.a	ENSGT00940000160985	ENSGT00940000157869	ENSGT00940000155146	ENSGT00390000017669	ENSGT00530000065109	ENSGT00510000048121	ENSGT00510000047225	ENSGT00950000182846.a.a.a.b	ENSGT00390000003224.A	ENSGT00940000156286.pb	ENSGT00940000157660
Red fox	MODERN SPECIES	5	ADAMTS9 (ENSVVUG00000014705)	PRICKLE2 (ENSVVUG00000014773)	PSMD6 (ENSVVUG00000014782)	ATXN7 (ENSVVUG00000014784)	THOC7 (ENSVVUG00000014787)	ENSVVUG00000014789	CUNH3orf49 (ENSVVUG00000014791)	SNTN (ENSVVUG00000014798)	SYNPR (ENSVVUG00000014802)	ENSVVUG00000014819	FEZF2 (ENSVVUG00000014834)	CUNH3orf14 (ENSVVUG00000014835)	PTPRG (ENSVVUG00000014881)	ENSVVUG00000015322	ENSVVUG00000015330	ENSVVUG00000015339 #22	ENSVVUG00000015358	CFAP20DC (ENSVVUG00000015388)	ENSVVUG00000015431	ENSVVUG00000015434	FAM107A (ENSVVUG00000015450)	ACOX2 (ENSVVUG00000015454)	KCTD6 (ENSVVUG00000015462)	PDHB (ENSVVUG00000015465)	PXK (ENSVVUG00000015499)	ENSVVUG00000016087	ABHD6 (ENSVVUG00000016097)	DNASE1L3 (ENSVVUG00000016103)	ENSVVUG00000016106	ENSVVUG00000016113	FLNB (ENSVVUG00000016468)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156409	ENSGT00940000153629.a.a	ENSGT00510000046608.B	ENSGT00940000157279	ENSGT00390000002873	ENSGT00390000007318	ENSGT00390000003322	ENSGT01030000234637.b.d.b	ENSGT00590000083094.a.a	ENSGT00940000160100	ENSGT00390000005214.a	ENSGT00940000155048	ENSGT00910000148820	ENSGT00390000018085.a.b.a.c.a	ENSGT00630000090979	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.a.b #22	ENSGT00940000163977	ENSGT00390000005497	ENSGT00950000183004.a.a.a.a.a	ENSGT00390000011228.b.a	ENSGT00940000160985	ENSGT00940000157869	ENSGT00940000155146	ENSGT00390000017669	ENSGT00530000065109	ENSGT00510000048121	ENSGT00510000047225	ENSGT00950000182846.a.a.a.b	ENSGT00940000156286.pb	ENSGT00940000157660	ENSGT00390000005529.a
Dingo	MODERN SPECIES	401	ADAMTS9 (ENSCAFG00020010936)	PRICKLE2 (ENSCAFG00020010850)	PSMD6 (ENSCAFG00020010838)	ATXN7 (ENSCAFG00020010789)	THOC7 (ENSCAFG00020010785)	C3orf49 (ENSCAFG00020010782)	SNTN (ENSCAFG00020010778)	SYNPR (ENSCAFG00020010764)	ENSCAFG00020010590	FEZF2 (ENSCAFG00020010552)	C3orf14 (ENSCAFG00020010549)	ENSCAFG00020010546	PTPRG (ENSCAFG00020010252)	ENSCAFG00020010227	ENSCAFG00020010226	ENSCAFG00020010221 #22	ENSCAFG00020010214	CFAP20DC (ENSCAFG00020010174)	FAM3D (ENSCAFG00020010163)	FAM107A (ENSCAFG00020010161)	ACOX2 (ENSCAFG00020010158)	KCTD6 (ENSCAFG00020010154)	PDHB (ENSCAFG00020010134)	PXK (ENSCAFG00020010131)	HTD2 (ENSCAFG00020010130)	RPP14 (ENSCAFG00020010128)	ABHD6 (ENSCAFG00020010122)	DNASE1L3 (ENSCAFG00020010119)	ENSCAFG00020010019	FLNB (ENSCAFG00020008260)	SLMAP (ENSCAFG00020007038)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.b #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.b #22
Red fox	MODERN SPECIES	32	PRICKLE1 (ENSVVUG00000016814)	ZCRB1 (ENSVVUG00000016801)	PPHLN1 (ENSVVUG00000016757)	YAF2 (ENSVVUG00000016743)	GXYLT1 (ENSVVUG00000016736)	PDZRN4 (ENSVVUG00000016724)	CNTN1 (ENSVVUG00000016676)	ENSVVUG00000016661	LRRK2 (ENSVVUG00000016479)	SLC2A13 (ENSVVUG00000016437)	C12orf40 (ENSVVUG00000016414)	ABCD2 (ENSVVUG00000016394)	KIF21A (ENSVVUG00000012982)	CPNE8 (ENSVVUG00000012781)	ENSVVUG00000012772	ENSVVUG00000012767 #22	ENSVVUG00000012762	SYT10 (ENSVVUG00000012752)	PKP2 (ENSVVUG00000012741)	YARS2 (ENSVVUG00000012736)	DNM1L (ENSVVUG00000012652)	FGD4 (ENSVVUG00000012593)	BICD1 (ENSVVUG00000012549)	KIAA1551 (ENSVVUG00000012517)	AMN1 (ENSVVUG00000012511)	ETFBKMT (ENSVVUG00000012506)	DENND5B (ENSVVUG00000007385)	SINHCAF (ENSVVUG00000007293)	CAPRIN2 (ENSVVUG00000007217)	IPO8 (ENSVVUG00000007129)	ENSVVUG00000007116
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.b #22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.n #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00940000154612.m.a.h ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.db.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.f #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00940000159434
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	347																ENSGT00390000000378.d.b.eb.g.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00940000165659
American black bear	MODERN SPECIES	125																ENSUAMG00000001755 #22	ENSUAMG00000001753 #21	ENSUAMG00000001750
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.h #22
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.h #22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.eb.h #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	1107																ENSAMEG00000028946 #22
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000166687	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383	ENSGT01090000260322
Pig	MODERN SPECIES	5	MAPKAPK5 (ENSSSCG00000009890)	ALDH2 (ENSSSCG00000009889)	BICDL1 (ENSSSCG00000009896) #9	RAB35 (ENSSSCG00000033876) #10	GCN1 (ENSSSCG00000009898) #11	RPLP0 (ENSSSCG00000036014) ##12	PXN (ENSSSCG00000040546) #13	SIRT4 (ENSSSCG00000009901) #14	PLA2G1B (ENSSSCG00000029501) #15	MSI1 (ENSSSCG00000029365) #16	ENSSSCG00000062912	COX6A1 (ENSSSCG00000039265) ##17	GATC (ENSSSCG00000032747) #19	SRSF9 (ENSSSCG00000009906) #20	ENSSSCG00000031756 #21	DYNLL1 (ENSSSCG00000009904) #22	COQ5 (ENSSSCG00000009903) #23	RNF10 (ENSSSCG00000009910) #24	ENSSSCG00000009911	POP5 (ENSSSCG00000009912) #25	CABP1 (ENSSSCG00000056057) #26	MLEC (ENSSSCG00000009914) #27	UNC119B (ENSSSCG00000059198) #28	ACADS (ENSSSCG00000009916) #29	SPPL3 (ENSSSCG00000009917) #30	HNF1A (ENSSSCG00000009919) #32	C12orf43 (ENSSSCG00000024329) #33	OASL (ENSSSCG00000009921) #34	C12orf76 (ENSSSCG00000040422)	ANKRD13A (ENSSSCG00000009924)	GIT2 (ENSSSCG00000009925)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	812	ALDH2 (ENSCWAG00000015605)	BICDL1 (ENSCWAG00000015495) #9	RAB35 (ENSCWAG00000015436) #10	GCN1 (ENSCWAG00000014778) #11	ENSCWAG00000014622 ##12	ENSCWAG00000014442 #13	SIRT4 (ENSCWAG00000014375) #14	PLA2G1B (ENSCWAG00000014263) #15	MSI1 (ENSCWAG00000014121) #16	ENSCWAG00000014090	COX6A1 (ENSCWAG00000014059) ##17	ENSCWAG00000014027	GATC (ENSCWAG00000013975) #19	SRSF9 (ENSCWAG00000013938) #20	ENSCWAG00000013914 #21	DYNLL1 (ENSCWAG00000013874) #22	COQ5 (ENSCWAG00000013808) #23	RNF10 (ENSCWAG00000013724) #24	POP5 (ENSCWAG00000013649) #25	CABP1 (ENSCWAG00000013481) #26	MLEC (ENSCWAG00000013410) #27	UNC119B (ENSCWAG00000013356) #28	ACADS (ENSCWAG00000013312) #29	SPPL3 (ENSCWAG00000013187) #30	HNF1A (ENSCWAG00000012950) #32	C12orf43 (ENSCWAG00000012899) #33	OASL (ENSCWAG00000012666) #34	ENSCWAG00000012600	C12orf76 (ENSCWAG00000012568)	ANKRD13A (ENSCWAG00000012507)	GIT2 (ENSCWAG00000011894)
Artiodactyla_a	DUPLICATION
Artiodactyla_a	DUPLICATION
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000166687	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a #22	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b
Artiodactyla_b	DUPLICATION
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	57														ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	7	NUCB2 (ENSPCTG00005004244)	ENSPCTG00005015020	PIK3C2A (ENSPCTG00005014624)	ENSPCTG00005014567	RPS13 (ENSPCTG00005014477)	PLEKHA7 (ENSPCTG00005014003)	ENSPCTG00005013965	C16H11orf58 (ENSPCTG00005013885)	SOX6 (ENSPCTG00005013480)	INSC (ENSPCTG00005013109)	ENSPCTG00005012995	ENSPCTG00005012923	ENSPCTG00005012901	ENSPCTG00005012814	CYP2R1 (ENSPCTG00005012742)	ENSPCTG00005012726 #22	ENSPCTG00005012691	PDE3B (ENSPCTG00005012346)	PSMA1 (ENSPCTG00005012167)	COPB1 (ENSPCTG00005012104)	RRAS2 (ENSPCTG00005012007)	SPON1 (ENSPCTG00005011836)	FAR1 (ENSPCTG00005011756)	PTH (ENSPCTG00005011723)	BTBD10 (ENSPCTG00005011536)	ARNTL (ENSPCTG00005011154)	RASSF10 (ENSPCTG00005011126)	ENSPCTG00005011111	PARVA (ENSPCTG00005010894)	MICAL2 (ENSPCTG00005010521)	ENSPCTG00005010379
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Beluga whale	MODERN SPECIES	32	PIK3C2A (ENSDLEG00000020912)	ENSDLEG00000020962	RPS13 (ENSDLEG00000005358)	PLEKHA7 (ENSDLEG00000005386)	CUNH11orf58 (ENSDLEG00000005498)	SOX6 (ENSDLEG00000005509)	ENSDLEG00000005557	INSC (ENSDLEG00000005606)	ENSDLEG00000005632	ENSDLEG00000005645	ENSDLEG00000005660	ENSDLEG00000005668	ENSDLEG00000005674	CYP2R1 (ENSDLEG00000005681)	PDE3B (ENSDLEG00000005717)	ENSDLEG00000005733 #22	ENSDLEG00000005736	PSMA1 (ENSDLEG00000005746)	COPB1 (ENSDLEG00000005761)	RRAS2 (ENSDLEG00000005779)	SPON1 (ENSDLEG00000005782)	FAR1 (ENSDLEG00000005790)	ENSDLEG00000005799	PTH (ENSDLEG00000005808)	BTBD10 (ENSDLEG00000005823)	ARNTL (ENSDLEG00000005839)	RASSF10 (ENSDLEG00000005856)	TEAD1 (ENSDLEG00000005889)	PARVA (ENSDLEG00000005943)	MICAL2 (ENSDLEG00000006015)	ENSDLEG00000006212
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	67														ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	68														ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	34														ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22	ENSGT00940000162668	ENSGT00940000163888	ENSGT00940000158335	ENSGT00530000065541	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000164266	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000159092.d	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000153412.A.a.d	ENSGT00390000007539.i.b.b.i	ENSGT00940000161990	ENSGT00940000162726	ENSGT00940000163396
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a #22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b	ENSGT01100000263555.a.a.a	ENSGT00940000156082.g	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b #22	ENSGT00390000008712	ENSGT00730000111116	ENSGT00940000156994	ENSGT00940000156972	ENSGT00940000161291	ENSGT00390000005372	ENSGT00940000160454	ENSGT00940000153173.b.a	ENSGT00940000153979.A	ENSGT00940000155518	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a #22	ENSGT00940000157526.a	ENSGT00940000158609	ENSGT00530000063608.B	ENSGT00940000157782	ENSGT00940000157130	ENSGT00960000186726	ENSGT00940000154224.a	ENSGT00950000183072.b.b	ENSGT00940000156609	ENSGT00390000005979.b	ENSGT00940000154224.b.g	ENSGT00940000154224.b.h	ENSGT00940000161368	ENSGT00940000162042	ENSGT00530000063779.A
Wild yak	MODERN SPECIES	891	ITGB6 (ENSBMUG00000017042)	RBMS1 (ENSBMUG00000017123)	ENSBMUG00000017136 #21	ENSBMUG00000017143 #22	TANK (ENSBMUG00000017182)	PSMD14 (ENSBMUG00000017217)	TBR1 (ENSBMUG00000017252)	ENSBMUG00000017270	SLC4A10 (ENSBMUG00000017462)	DPP4 (ENSBMUG00000017564)	GCG (ENSBMUG00000017603)	FAP (ENSBMUG00000017718)	IFIH1 (ENSBMUG00000017838)	GCA (ENSBMUG00000017889)	KCNH7 (ENSBMUG00000017964)	ENSBMUG00000018006 #22
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	ENSBGRG00000014823	RBMS1 (ENSBGRG00000014860)	ENSBGRG00000015433 #22	ENSBGRG00000015467	TANK (ENSBGRG00000015484)	ENSBGRG00000015601	PSMD14 (ENSBGRG00000015635)	TBR1 (ENSBGRG00000015789)	SLC4A10 (ENSBGRG00000015954)	DPP4 (ENSBGRG00000016318)	GCG (ENSBGRG00000016767)	FAP (ENSBGRG00000016859)	IFIH1 (ENSBGRG00000017350)	GCA (ENSBGRG00000017546)	KCNH7 (ENSBGRG00000017704)	ENSBGRG00000018305 #22	ENSBGRG00000018395	FIGN (ENSBGRG00000018428)	GRB14 (ENSBGRG00000018525)	COBLL1 (ENSBGRG00000018928)	SLC38A11 (ENSBGRG00000019278)	SCN3A (ENSBGRG00000019550)	ENSBGRG00000019945	SCN2A (ENSBGRG00000020107)	CSRNP3 (ENSBGRG00000021834)	GALNT3 (ENSBGRG00000021944)	TTC21B (ENSBGRG00000022141)	SCN1A (ENSBGRG00000022402)	SCN9A (ENSBGRG00000022714)	ENSBGRG00000022976	SCN7A (ENSBGRG00000023014)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11	ACVR1 (ENSBIXG00005020163)	UPP2 (ENSBIXG00005003353)	CCDC148 (ENSBIXG00005003408)	PKP4 (ENSBIXG00005020435)	DAPL1 (ENSBIXG00005007153)	TANC1 (ENSBIXG00005020592)	WDSUB1 (ENSBIXG00005020681)	ENSBIXG00005020720	BAZ2B (ENSBIXG00005020764)	MARCHF7 (ENSBIXG00005003543)	CD302 (ENSBIXG00005021114)	LY75 (ENSBIXG00005021164)	PLA2R1 (ENSBIXG00005021207)	ITGB6 (ENSBIXG00005021514)	ENSBIXG00005021553	ENSBIXG00005021563 #22	RBMS1 (ENSBIXG00005021721)	TANK (ENSBIXG00005021819)	ENSBIXG00005021853	PSMD14 (ENSBIXG00005021873)	TBR1 (ENSBIXG00005021900)	ENSBIXG00005003696	SLC4A10 (ENSBIXG00005022084)	DPP4 (ENSBIXG00005022213)	GCG (ENSBIXG00005022246)	FAP (ENSBIXG00005003838)	IFIH1 (ENSBIXG00005003872)	ENSBIXG00005006274	KCNH7 (ENSBIXG00005022781)	FIGN (ENSBIXG00005022877)	GRB14 (ENSBIXG00005022978)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158842	ENSGT00940000160160	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A	ENSGT00940000155773.b	ENSGT00940000154574.d	ENSGT00940000155655.B	ENSGT00940000157230	ENSGT00940000155359	ENSGT00950000182878.b.b.k.a.a	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b	ENSGT01100000263555.a.a.a	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b #22	ENSGT00940000156082.g	ENSGT00390000008712	ENSGT00730000111116	ENSGT00940000156994	ENSGT00510000046986.x.b.b.d	ENSGT00940000156972	ENSGT00940000161291	ENSGT00390000005372	ENSGT00940000160454	ENSGT00940000153173.b.a	ENSGT00940000153979.A	ENSGT00940000155518	ENSGT00940000157526.a	ENSGT00940000158609	ENSGT00530000063608.B
Bos	ANCESTRAL SPECIES	129															ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b #22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A	ENSGT00940000155773.b.f	ENSGT00940000154574.d	ENSGT00940000155655.B	ENSGT00940000157230	ENSGT00940000155359	ENSGT00950000182878.b.b.k.a.a	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b	ENSGT01100000263555.a.a.a	ENSGT00940000156082.g	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b #22	ENSGT00390000008712	ENSGT00730000111116	ENSGT00940000156994	ENSGT00940000156972	ENSGT00940000161291	ENSGT00390000005372	ENSGT00940000160454	ENSGT00940000153173.b.a	ENSGT00940000153979.A	ENSGT00940000155518	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.a #22	ENSGT00940000157526.a	ENSGT00940000158609	ENSGT00530000063608.B	ENSGT00940000157782
Wild yak	MODERN SPECIES	891							ENSBMUG00000016677	MARCHF7 (ENSBMUG00000016739)	CD302 (ENSBMUG00000016780)	LY75 (ENSBMUG00000016810)	PLA2R1 (ENSBMUG00000016876)	ENSBMUG00000016912	ITGB6 (ENSBMUG00000017042)	RBMS1 (ENSBMUG00000017123)	ENSBMUG00000017136 #21	ENSBMUG00000017143 #22	TANK (ENSBMUG00000017182)	PSMD14 (ENSBMUG00000017217)	TBR1 (ENSBMUG00000017252)	ENSBMUG00000017270	SLC4A10 (ENSBMUG00000017462)	DPP4 (ENSBMUG00000017564)	GCG (ENSBMUG00000017603)	FAP (ENSBMUG00000017718)	IFIH1 (ENSBMUG00000017838)	GCA (ENSBMUG00000017889)	KCNH7 (ENSBMUG00000017964)	ENSBMUG00000018006 #22
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	UPP2 (ENSBGRG00000009647)	CCDC148 (ENSBGRG00000009770)	PKP4 (ENSBGRG00000010064)	ENSBGRG00000010385	TANC1 (ENSBGRG00000010534)	WDSUB1 (ENSBGRG00000010639)	BAZ2B (ENSBGRG00000010962)	ENSBGRG00000011593	MARCHF7 (ENSBGRG00000011679)	CD302 (ENSBGRG00000012068)	LY75 (ENSBGRG00000012245)	PLA2R1 (ENSBGRG00000012680)	ITGB6 (ENSBGRG00000014060)	ENSBGRG00000014823	RBMS1 (ENSBGRG00000014860)	ENSBGRG00000015433 #22	ENSBGRG00000015467	TANK (ENSBGRG00000015484)	ENSBGRG00000015601	PSMD14 (ENSBGRG00000015635)	TBR1 (ENSBGRG00000015789)	SLC4A10 (ENSBGRG00000015954)	DPP4 (ENSBGRG00000016318)	GCG (ENSBGRG00000016767)	FAP (ENSBGRG00000016859)	IFIH1 (ENSBGRG00000017350)	GCA (ENSBGRG00000017546)	KCNH7 (ENSBGRG00000017704)	ENSBGRG00000018305 #22	ENSBGRG00000018395	FIGN (ENSBGRG00000018428)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158842	ENSGT00940000160160	ENSGT00940000161094	ENSGT00940000153988.A	ENSGT00940000155773.b.f	ENSGT00940000154574.d	ENSGT00940000155655.B	ENSGT00940000157230	ENSGT00940000155359	ENSGT00950000182878.b.b.k.a.a	ENSGT00530000063836.a	ENSGT01050000244842.a.b.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.a	ENSGT01050000244842.a.b.b.a.a.b	ENSGT01100000263555.a.a.a	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a.b #22	ENSGT00940000156082.g	ENSGT00390000008712	ENSGT00730000111116	ENSGT00940000156994	ENSGT00510000046986.x.b.b.d	ENSGT00940000156972	ENSGT00940000161291	ENSGT00390000005372	ENSGT00940000160454	ENSGT00940000153173.b.a	ENSGT00940000153979.A	ENSGT00940000155518	ENSGT00940000157526.a	ENSGT00940000158609	ENSGT00530000063608.B
Cow	MODERN SPECIES	11	UPP2 (ENSBTAG00000012801)	CCDC148 (ENSBTAG00000004267)	ENSBTAG00000049997	PKP4 (ENSBTAG00000013773)	DAPL1 (ENSBTAG00000032481)	TANC1 (ENSBTAG00000004177)	WDSUB1 (ENSBTAG00000004184)	BAZ2B (ENSBTAG00000020654)	ENSBTAG00000054190	MARCHF7 (ENSBTAG00000008755)	CD302 (ENSBTAG00000038195)	LY75 (ENSBTAG00000017797)	PLA2R1 (ENSBTAG00000032515)	ITGB6 (ENSBTAG00000009080)	ENSBTAG00000054546	ENSBTAG00000047240 #22	RBMS1 (ENSBTAG00000005180)	TANK (ENSBTAG00000006654)	PSMD14 (ENSBTAG00000021691)	TBR1 (ENSBTAG00000021692)	SLC4A10 (ENSBTAG00000015317)	DPP4 (ENSBTAG00000048246)	GCG (ENSBTAG00000000730)	FAP (ENSBTAG00000008140)	IFIH1 (ENSBTAG00000008142)	GCA (ENSBTAG00000018446)	KCNH7 (ENSBTAG00000001899)	FIGN (ENSBTAG00000008704)	GRB14 (ENSBTAG00000019291)	ENSBTAG00000053731	COBLL1 (ENSBTAG00000005501)
American bison	MODERN SPECIES	3312		ACVR1 (ENSBBBG00000013902)	UPP2 (ENSBBBG00000013916)	CCDC148 (ENSBBBG00000003047)	PKP4 (ENSBBBG00000013993)	DAPL1 (ENSBBBG00000003082)	TANC1 (ENSBBBG00000014012)	WDSUB1 (ENSBBBG00000014073)	BAZ2B (ENSBBBG00000003195)	ENSBBBG00000014151	MARCHF7 (ENSBBBG00000014186)	CD302 (ENSBBBG00000014200)	LY75 (ENSBBBG00000014226)	PLA2R1 (ENSBBBG00000014279)	ITGB6 (ENSBBBG00000014399)	ENSBBBG00000008288 #22	RBMS1 (ENSBBBG00000003334)	TANK (ENSBBBG00000003352)	PSMD14 (ENSBBBG00000003364)	TBR1 (ENSBBBG00000014500)	ENSBBBG00000014504	SLC4A10 (ENSBBBG00000014578)	DPP4 (ENSBBBG00000007218)	GCG (ENSBBBG00000003533)	FAP (ENSBBBG00000014785)	IFIH1 (ENSBBBG00000014857)	GCA (ENSBBBG00000014884)	ENSBBBG00000014889 #21	ENSBBBG00000002806 #22	KCNH7 (ENSBBBG00000001182)	FIGN (ENSBBBG00000001161)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	38									ENSGT00940000162668	ENSGT00940000158335	ENSGT00390000012807.cb.b	ENSGT00940000154837.f.b	ENSGT00940000157822	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000159092.d	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000153412.A.a.d.c	ENSGT00390000007539.i.b.b.i	ENSGT00940000161990	ENSGT00940000162726	ENSGT00940000163081	ENSGT00940000160792	ENSGT01030000234531.A.a	ENSGT00390000007539.i.b.a	ENSGT00940000153412.B	ENSGT00940000161244	ENSGT00940000163008
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	11	RBMS1 (ENSCHIG00000023380)	ENSCHIG00000010181 #22	ENSCHIG00000008553	ENSCHIG00000022618	ENSCHIG00000009480	ENSCHIG00000026247	TBR1 (ENSCHIG00000011769)	SLC4A10 (ENSCHIG00000027183)	DPP4 (ENSCHIG00000021048)	GCG (ENSCHIG00000021277)	FAP (ENSCHIG00000004276)	IFIH1 (ENSCHIG00000019848)	GCA (ENSCHIG00000025003)	KCNH7 (ENSCHIG00000026905)	ENSCHIG00000013786 #21	ENSCHIG00000024808 #22	FIGN (ENSCHIG00000018013)	GRB14 (ENSCHIG00000026062)	ENSCHIG00000010255	COBLL1 (ENSCHIG00000024975)	SLC38A11 (ENSCHIG00000014139)	SCN3A (ENSCHIG00000016974)	SCN2A (ENSCHIG00000023553)	CSRNP3 (ENSCHIG00000023391)	GALNT3 (ENSCHIG00000024307)	TTC21B (ENSCHIG00000027050)	SCN1A (ENSCHIG00000024980)	SCN9A (ENSCHIG00000020127)	SCN7A (ENSCHIG00000018164)	XIRP2 (ENSCHIG00000008742)	B3GALT1 (ENSCHIG00000015105)
Goat	MODERN SPECIES	11	CCDC148 (ENSCHIG00000022642)	PKP4 (ENSCHIG00000018303)	ENSCHIG00000002234	DAPL1 (ENSCHIG00000023463)	TANC1 (ENSCHIG00000026445)	WDSUB1 (ENSCHIG00000009513)	ENSCHIG00000017676	ENSCHIG00000022217	ENSCHIG00000021712	MARCHF7 (ENSCHIG00000018734)	CD302 (ENSCHIG00000027086)	LY75 (ENSCHIG00000013878)	PLA2R1 (ENSCHIG00000010637)	ITGB6 (ENSCHIG00000013972)	RBMS1 (ENSCHIG00000023380)	ENSCHIG00000010181 #22	ENSCHIG00000008553	ENSCHIG00000022618	ENSCHIG00000009480	ENSCHIG00000026247	TBR1 (ENSCHIG00000011769)	SLC4A10 (ENSCHIG00000027183)	DPP4 (ENSCHIG00000021048)	GCG (ENSCHIG00000021277)	FAP (ENSCHIG00000004276)	IFIH1 (ENSCHIG00000019848)	GCA (ENSCHIG00000025003)	KCNH7 (ENSCHIG00000026905)	ENSCHIG00000013786 #21	ENSCHIG00000024808 #22	FIGN (ENSCHIG00000018013)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	346	ACVR1 (ENSMMSG00000024225)	UPP2 (ENSMMSG00000024217)	CCDC148 (ENSMMSG00000024199)	PKP4 (ENSMMSG00000024173)	ENSMMSG00000024171	DAPL1 (ENSMMSG00000024170)	TANC1 (ENSMMSG00000024160)	WDSUB1 (ENSMMSG00000024154)	BAZ2B (ENSMMSG00000024126)	ENSMMSG00000024107	MARCHF7 (ENSMMSG00000024094)	CD302 (ENSMMSG00000024084)	LY75 (ENSMMSG00000024075)	PLA2R1 (ENSMMSG00000024062)	ITGB6 (ENSMMSG00000023980)	ENSMMSG00000023960 #22	ENSMMSG00000023953	ENSMMSG00000023951	TANK (ENSMMSG00000023948)	PSMD14 (ENSMMSG00000023944)	TBR1 (ENSMMSG00000023939)	ENSMMSG00000023934	SLC4A10 (ENSMMSG00000023858)	DPP4 (ENSMMSG00000023825)	GCG (ENSMMSG00000023816)	FAP (ENSMMSG00000023776)	IFIH1 (ENSMMSG00000023754)	GCA (ENSMMSG00000023742)	ENSMMSG00000023738 #22	KCNH7 (ENSMMSG00000023675)	ENSMMSG00000023658
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000014476	ENSGT00940000160428	ENSGT00550000075041	ENSGT00390000011873	ENSGT00940000161613	ENSGT00390000007746	ENSGT00390000014148	ENSGT00940000160010	ENSGT00390000004458	ENSGT00940000156231	ENSGT00940000153181.z	ENSGT00950000182858.A.b.b	ENSGT00390000017382	ENSGT00940000154745.a	ENSGT00390000014118	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22	ENSGT00940000156959.B	ENSGT00940000157531.gb.b	ENSGT00940000157531.gb.a	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00940000159789	ENSGT00940000154143.e	ENSGT00940000153385.b.a.a	ENSGT01060000249362	ENSGT00940000159718	ENSGT00940000157589	ENSGT00530000063085.B	ENSGT00940000159387	ENSGT00940000159447	ENSGT00940000160710	ENSGT00940000159976
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000014476	ENSGT00940000160428	ENSGT00550000075041	ENSGT00390000011873	ENSGT00940000161613	ENSGT00390000007746	ENSGT00390000014148	ENSGT00940000160010	ENSGT00390000004458	ENSGT00940000156231	ENSGT00940000153181.z	ENSGT00950000182858.A.b.b	ENSGT00390000017382	ENSGT00940000154745.a	ENSGT00390000014118	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22	ENSGT00940000156959.B	ENSGT00940000157531.gb.b	ENSGT00940000157531.gb.a	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00940000159789	ENSGT00940000154143.e	ENSGT00940000153385.b.a.a	ENSGT01060000249362	ENSGT00940000159718	ENSGT00940000157589	ENSGT00530000063085.B	ENSGT00940000159387	ENSGT00940000159447	ENSGT00940000160710	ENSGT00940000159976
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000014476	ENSGT00940000160428	ENSGT00550000075041	ENSGT00390000011873	ENSGT00940000161613	ENSGT00390000007746	ENSGT00390000014148	ENSGT00940000160010	ENSGT00390000004458	ENSGT00940000156231	ENSGT00940000153181.z	ENSGT00950000182858.A.b.b	ENSGT00390000017382	ENSGT00940000154745.a	ENSGT00390000014118	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22	ENSGT00940000156959.B	ENSGT00940000157531.gb.b	ENSGT00940000157531.gb.a	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00940000159789	ENSGT00940000154143.e	ENSGT00940000153385.b.a.a	ENSGT01060000249362	ENSGT00940000159718	ENSGT00940000157589	ENSGT00530000063085.B	ENSGT00940000159387	ENSGT00940000159447	ENSGT00940000160710	ENSGT00940000159976
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000014476	ENSGT00940000160428	ENSGT00550000075041	ENSGT00390000011873	ENSGT00940000161613	ENSGT00390000007746	ENSGT00390000014148	ENSGT00940000160010	ENSGT00390000004458	ENSGT00940000156231	ENSGT00940000153181.z	ENSGT00950000182858.A.b.b	ENSGT00390000017382	ENSGT00940000154745.a	ENSGT00390000014118	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22	ENSGT00940000156959.B	ENSGT00940000157531.gb.b	ENSGT00940000157531.gb.a	ENSGT00940000159211.C	ENSGT00940000159789	ENSGT00940000154143.e	ENSGT00940000153385.b.a.a	ENSGT01060000249362	ENSGT00940000159718	ENSGT00940000157589	ENSGT00530000063085.B	ENSGT00940000159387	ENSGT00940000159447	ENSGT00940000160710	ENSGT00940000159976
Narwhal	MODERN SPECIES	312	TTF1 (ENSMMNG00015014693)	CFAP77 (ENSMMNG00015014748)	BARHL1 (ENSMMNG00015014770)	DDX31 (ENSMMNG00015014795)	GTF3C4 (ENSMMNG00015014850)	AK8 (ENSMMNG00015014866)	TSC1 (ENSMMNG00015014899)	GFI1B (ENSMMNG00015014939)	GTF3C5 (ENSMMNG00015014986)	CEL (ENSMMNG00015015072)	RALGDS (ENSMMNG00015015227)	GBGT1 (ENSMMNG00015015453)	MRPS2 (ENSMMNG00015015534)	PIERCE1 (ENSMMNG00015015543)	PPP1R26 (ENSMMNG00015015550)	ENSMMNG00015015555 #22	OLFM1 (ENSMMNG00015015563)	FCN1 (ENSMMNG00015014173)	COL5A1 (ENSMMNG00015014221)	RXRA (ENSMMNG00015014359)	WDR5 (ENSMMNG00015014388)	BRD3 (ENSMMNG00015014410)	ENSMMNG00015014467	VAV2 (ENSMMNG00015014535)	SARDH (ENSMMNG00015014691)	DBH (ENSMMNG00015014752)	FAM163B (ENSMMNG00015014778)	ADAMTSL2 (ENSMMNG00015014791)	MYMK (ENSMMNG00015014813)	SLC2A6 (ENSMMNG00015014833)	ADAMTS13 (ENSMMNG00015014897)
Beluga whale	MODERN SPECIES	19	CFAP77 (ENSDLEG00000004940)	BARHL1 (ENSDLEG00000004938)	DDX31 (ENSDLEG00000004925)	GTF3C4 (ENSDLEG00000004892)	AK8 (ENSDLEG00000004877)	ENSDLEG00000004857	TSC1 (ENSDLEG00000004840)	GFI1B (ENSDLEG00000004827)	GTF3C5 (ENSDLEG00000004811)	CEL (ENSDLEG00000004676)	RALGDS (ENSDLEG00000004623)	ENSDLEG00000004604	MRPS2 (ENSDLEG00000004586)	CUNH9orf116 (ENSDLEG00000004579)	PPP1R26 (ENSDLEG00000004572)	ENSDLEG00000004532 #22	ENSDLEG00000004526	ENSDLEG00000004521	ENSDLEG00000004514	ENSDLEG00000004503	COL5A1 (ENSDLEG00000004399)	RXRA (ENSDLEG00000004352)	WDR5 (ENSDLEG00000004313)	BRD3 (ENSDLEG00000004296)	VAV2 (ENSDLEG00000004207)	SARDH (ENSDLEG00000003809)	DBH (ENSDLEG00000003721)	FAM163B (ENSDLEG00000003690)	ENSDLEG00000003687	MYMK (ENSDLEG00000003677)	SLC2A6 (ENSDLEG00000003650)
Vaquita	MODERN SPECIES	17	CFAP77 (ENSPSNG00000010381)	BARHL1 (ENSPSNG00000010335)	DDX31 (ENSPSNG00000010312)	GTF3C4 (ENSPSNG00000010263)	AK8 (ENSPSNG00000010223)	ENSPSNG00000010143	TSC1 (ENSPSNG00000009941)	GFI1B (ENSPSNG00000009574)	GTF3C5 (ENSPSNG00000009435)	CEL (ENSPSNG00000009284)	RALGDS (ENSPSNG00000009004)	GBGT1 (ENSPSNG00000008899)	MRPS2 (ENSPSNG00000008854)	PIERCE1 (ENSPSNG00000008821)	PPP1R26 (ENSPSNG00000008807)	ENSPSNG00000008765 #22	OLFM1 (ENSPSNG00000009427)	ENSPSNG00000009306	ENSPSNG00000009178	COL5A1 (ENSPSNG00000008774)	RXRA (ENSPSNG00000008516)	WDR5 (ENSPSNG00000008438)	BRD3 (ENSPSNG00000008397)	VAV2 (ENSPSNG00000008237)	SARDH (ENSPSNG00000007978)	DBH (ENSPSNG00000007879)	FAM163B (ENSPSNG00000007849)	ADAMTSL2 (ENSPSNG00000007726)	MYMK (ENSPSNG00000007679)	SLC2A6 (ENSPSNG00000007615)	CACFD1 (ENSPSNG00000007556)
Sperm whale	MODERN SPECIES	4	UCK1 (ENSPCTG00005008011)	RAPGEF1 (ENSPCTG00005005974)	SETX (ENSPCTG00005005641)	ENSPCTG00005005608	ENSPCTG00005005572	ENSPCTG00005005551	ENSPCTG00005005541	DDX31 (ENSPCTG00005005522)	GTF3C4 (ENSPCTG00005005484)	AK8 (ENSPCTG00005005459)	ENSPCTG00005005432	TSC1 (ENSPCTG00005005336)	GFI1B (ENSPCTG00005005104)	MRPS2 (ENSPCTG00005005046)	C13H9orf116 (ENSPCTG00005005022)	ENSPCTG00005004983 #22	OLFM1 (ENSPCTG00005004913)	FCN1 (ENSPCTG00005004867)	COL5A1 (ENSPCTG00005004630)	WDR5 (ENSPCTG00005004552)	RXRA (ENSPCTG00005004526)	BRD3 (ENSPCTG00005004497)	BRD3OS (ENSPCTG00005004490)	VAV2 (ENSPCTG00005004328)	DBH (ENSPCTG00005017629)	FAM163B (ENSPCTG00005017596)	ADAMTSL2 (ENSPCTG00005017407)	MYMK (ENSPCTG00005017370)	REXO4 (ENSPCTG00005017319)	ENSPCTG00005017190	ENSPCTG00005017121
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.b #22
Wild yak	MODERN SPECIES	2691															ENSBMUG00000023478	ENSBMUG00000023485 #22	ENSBMUG00000023495	ENSBMUG00000023507	ENSBMUG00000023514
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000166687	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a #22	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34
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Cetacea	DUPLICATION
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Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.a ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351.m #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303.i	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383	ENSGT01090000260322
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.a ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351.m #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.a #22	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303.i	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351.m #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303.i	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383	ENSGT01090000260322
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351.m #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303.i	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383	ENSGT01090000260322
Narwhal	MODERN SPECIES	295	MAPKAPK5 (ENSMMNG00015011720)	ALDH2 (ENSMMNG00015011653)	ENSMMNG00015011617	BICDL1 (ENSMMNG00015011592) #9	RAB35 (ENSMMNG00015011558) #10	GCN1 (ENSMMNG00015011468) #11	RPLP0 (ENSMMNG00015011415) #12	PXN (ENSMMNG00015011350) #13	SIRT4 (ENSMMNG00015011309) #14	PLA2G1B (ENSMMNG00015011284) #15	MSI1 (ENSMMNG00015011256) #16	ENSMMNG00015011243 ##17	TRIAP1 (ENSMMNG00015011229) #18	ENSMMNG00015011192 #19	SRSF9 (ENSMMNG00015011182) #20	ENSMMNG00015011168 #22	ENSMMNG00015011157 #21	COQ5 (ENSMMNG00015011128) #23	RNF10 (ENSMMNG00015011107) #24	POP5 (ENSMMNG00015011077) #25	CABP1 (ENSMMNG00015011027) #26	MLEC (ENSMMNG00015010991) #27	UNC119B (ENSMMNG00015010980) #28	ACADS (ENSMMNG00015010955) #29	SPPL3 (ENSMMNG00015010916) #30	HNF1A (ENSMMNG00015010876) #32	C12orf43 (ENSMMNG00015010845) #33	OASL (ENSMMNG00015010805) #34	ENSMMNG00015010767	ANKRD13A (ENSMMNG00015010737)	GIT2 (ENSMMNG00015010560)
Beluga whale	MODERN SPECIES	60	ENSDLEG00000019591	ENSDLEG00000018829	BICDL1 (ENSDLEG00000018772) #9	RAB35 (ENSDLEG00000018756) #10	GCN1 (ENSDLEG00000018026) #11	RPLP0 (ENSDLEG00000017943) #12	PXN (ENSDLEG00000017888)	SIRT4 (ENSDLEG00000017858) #14	PLA2G1B (ENSDLEG00000017837) #15	MSI1 (ENSDLEG00000017781) #16	ENSDLEG00000017764 ##17	ENSDLEG00000017750	GATC (ENSDLEG00000017690) #19	SRSF9 (ENSDLEG00000017680) #20	ENSDLEG00000017667 #21	ENSDLEG00000017658 #22	COQ5 (ENSDLEG00000017621) #23	RNF10 (ENSDLEG00000017556) #24	POP5 (ENSDLEG00000017538) #25	CABP1 (ENSDLEG00000017442) #26	UNC119B (ENSDLEG00000017424) #28	ACADS (ENSDLEG00000017398) #29	ENSDLEG00000017389	SPPL3 (ENSDLEG00000017362) #30	HNF1A (ENSDLEG00000017315) #32	CUNH12orf43 (ENSDLEG00000017295) #33	OASL (ENSDLEG00000017275) #34	ENSDLEG00000017263	ANKRD13A (ENSDLEG00000017213)	GIT2 (ENSDLEG00000017179)	TCHP (ENSDLEG00000017100)
Vaquita	MODERN SPECIES	5	ALDH2 (ENSPSNG00000007565)	ENSPSNG00000007525	BICDL1 (ENSPSNG00000007451) #9	RAB35 (ENSPSNG00000007407) #10	GCN1 (ENSPSNG00000007351) #11	RPLP0 (ENSPSNG00000007243) #12	PXN (ENSPSNG00000007071) #13	SIRT4 (ENSPSNG00000006915) #14	PLA2G1B (ENSPSNG00000006864) #15	MSI1 (ENSPSNG00000006799) #16	ENSPSNG00000006774 ##17	ENSPSNG00000006748	ENSPSNG00000006725 #19	SRSF9 (ENSPSNG00000006693) #20	ENSPSNG00000006669 #21	ENSPSNG00000006636 #22	COQ5 (ENSPSNG00000006587) #23	RNF10 (ENSPSNG00000006500) #24	POP5 (ENSPSNG00000006421) #25	CABP1 (ENSPSNG00000006266) #26	MLEC (ENSPSNG00000006186) #27	UNC119B (ENSPSNG00000006160) #28	ACADS (ENSPSNG00000006130) #29	SPPL3 (ENSPSNG00000006088) #30	HNF1A (ENSPSNG00000006004) #32	C12orf43 (ENSPSNG00000005939) #33	OASL (ENSPSNG00000005855) #34	ENSPSNG00000005814	ANKRD13A (ENSPSNG00000005777)	GIT2 (ENSPSNG00000005636)	ENSPSNG00000005516
Dolphin	MODERN SPECIES	3429												COX6A1 (ENSTTRG00000000142) ##17	ENSTTRG00000000143	GATC (ENSTTRG00000000144) #19	SRSF9 (ENSTTRG00000000145) #20	DYNLL1 (ENSTTRG00000000146) #22	COQ5 (ENSTTRG00000000147) #23	RNF10 (ENSTTRG00000000149) #24	POP5 (ENSTTRG00000000153) #25	MLEC (ENSTTRG00000000155) #27	UNC119B (ENSTTRG00000000157) #28	ACADS (ENSTTRG00000000159) #29	SPPL3 (ENSTTRG00000000160) #30
Blue whale	MODERN SPECIES	5	ENSBMSG00010008860	ENSBMSG00010008872	ENSBMSG00010008881	MAPKAPK5 (ENSBMSG00010008906)	ALDH2 (ENSBMSG00010008956)	BICDL1 (ENSBMSG00010008994) #9	RAB35 (ENSBMSG00010009059) #10	GCN1 (ENSBMSG00010009106) #11	ENSBMSG00010009142 #12	PXN (ENSBMSG00010009195) #13	SIRT4 (ENSBMSG00010009262) #14	PLA2G1B (ENSBMSG00010009278) #15	MSI1 (ENSBMSG00010009297) #16	ENSBMSG00010009318 ##17	ENSBMSG00010009328	ENSBMSG00010009345 #22	SRSF9 (ENSBMSG00010009360) #20	ENSBMSG00010009371 #21	COQ5 (ENSBMSG00010009382) #23	RNF10 (ENSBMSG00010009393) #24	POP5 (ENSBMSG00010009404) #25	CABP1 (ENSBMSG00010009425) #26	MLEC (ENSBMSG00010009459) #27	UNC119B (ENSBMSG00010009472) #28	ACADS (ENSBMSG00010009484) #29	SPPL3 (ENSBMSG00010009499) #30	HNF1A (ENSBMSG00010009512) #32	C12orf43 (ENSBMSG00010009532) #33	OASL (ENSBMSG00010009553) #34	ENSBMSG00010009586	CRYBB2 (ENSBMSG00010009613)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b #22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153137.a.b.b.a	ENSGT00390000015682	ENSGT00940000158961.e	ENSGT00940000154194.kb.a	ENSGT00390000006051.a.a.a.a	ENSGT00390000016051.j	ENSGT00940000159552	ENSGT00390000012569.b	ENSGT00390000003758	ENSGT00940000154185.g.a	ENSGT00940000159144.B	ENSGT00940000162467.b	ENSGT00390000000693	ENSGT00390000005130	ENSGT00390000006788.a.b	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.b #22	ENSGT00940000159907	ENSGT00390000013820	ENSGT00940000154512.a	ENSGT01070000253816.a.a.b	ENSGT00940000153313.B	ENSGT00940000158106	ENSGT00390000006601	ENSGT00390000011709	ENSGT00950000183174.B.b	ENSGT00940000156877	ENSGT00940000155175.A	ENSGT00940000155175.B	ENSGT00390000013956	ENSGT00940000157039.b	ENSGT00950000186331
Beluga whale	MODERN SPECIES	29	SIAH3 (ENSDLEG00000006761)	CBY2 (ENSDLEG00000006765)	SLC25A30 (ENSDLEG00000006823)	ENSDLEG00000007053	ENSDLEG00000007063	GTF2F2 (ENSDLEG00000007077)	KCTD4 (ENSDLEG00000007081)	GPALPP1 (ENSDLEG00000007086)	NUFIP1 (ENSDLEG00000007090)	ENSDLEG00000007097	TSC22D1 (ENSDLEG00000007106)	ENSDLEG00000007116	LACC1 (ENSDLEG00000007121)	CCDC122 (ENSDLEG00000007128)	ENOX1 (ENSDLEG00000007152)	ENSDLEG00000007189 #22	DNAJC15 (ENSDLEG00000007194)	EPSTI1 (ENSDLEG00000007205)	FAM216B (ENSDLEG00000007217)	TNFSF11 (ENSDLEG00000007228)	AKAP11 (ENSDLEG00000007242)	DGKH (ENSDLEG00000007260)	VWA8 (ENSDLEG00000007291)	RGCC (ENSDLEG00000007344)	NAA16 (ENSDLEG00000007348)	KBTBD7 (ENSDLEG00000007360)	KBTBD6 (ENSDLEG00000007365)	WBP4 (ENSDLEG00000007369)	ELF1 (ENSDLEG00000007377)	SUGT1 (ENSDLEG00000007385)	CNMD (ENSDLEG00000007399)
Narwhal	MODERN SPECIES	315	SIAH3 (ENSMMNG00015015004)	CBY2 (ENSMMNG00015014993)	COG3 (ENSMMNG00015014965)	ENSMMNG00015014952	ENSMMNG00015014942	ENSMMNG00015014913	KCTD4 (ENSMMNG00015014888)	GTF2F2 (ENSMMNG00015014875)	ENSMMNG00015014855	NUFIP1 (ENSMMNG00015014826)	TSC22D1 (ENSMMNG00015014797)	SERP2 (ENSMMNG00015014783)	LACC1 (ENSMMNG00015014682)	CCDC122 (ENSMMNG00015014672)	ENOX1 (ENSMMNG00015014653)	ENSMMNG00015014643 #22	ENSMMNG00015014636	EPSTI1 (ENSMMNG00015014629)	FAM216B (ENSMMNG00015014608)	TNFSF11 (ENSMMNG00015014578)	AKAP11 (ENSMMNG00015021253)	DGKH (ENSMMNG00015021180)	VWA8 (ENSMMNG00015021128)	RGCC (ENSMMNG00015021108)	NAA16 (ENSMMNG00015021061)	MTRF1 (ENSMMNG00015021028)	KBTBD7 (ENSMMNG00015021016)	ENSMMNG00015021006	WBP4 (ENSMMNG00015020981)	ELF1 (ENSMMNG00015020957)	ENSMMNG00015020940
Blue whale	MODERN SPECIES	11	AKAP6 (ENSBMSG00010013021)	ARHGAP5 (ENSBMSG00010012978)	NUBPL (ENSBMSG00010012964)	GPR33 (ENSBMSG00010012958)	DTD2 (ENSBMSG00010012949)	HEATR5A (ENSBMSG00010012932)	HECTD1 (ENSBMSG00010012906)	AP4S1 (ENSBMSG00010012875)	STRN3 (ENSBMSG00010012838)	COCH (ENSBMSG00010012783)	SCFD1 (ENSBMSG00010012723)	ENSBMSG00010012692	PRKD1 (ENSBMSG00010012633)	FOXG1 (ENSBMSG00010012602)	ENSBMSG00010012592	ENSBMSG00010012582 #22	ENSBMSG00010012567	NOVA1 (ENSBMSG00010012536)	STXBP6 (ENSBMSG00010012498)	GZMB (ENSBMSG00010012482)	ENSBMSG00010012468	GZMH (ENSBMSG00010012451)	ENSBMSG00010012441	ENSBMSG00010012434	ENSBMSG00010012407	ENSBMSG00010012369	ENSBMSG00010012361	SDR39U1 (ENSBMSG00010012347)	KHNYN (ENSBMSG00010012332)	CBLN3 (ENSBMSG00010012308)	NYNRIN (ENSBMSG00010012291)
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c #22	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.j #26	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555.i.a #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00940000163029
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c #22	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.j #26	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555.i.a #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00940000163029
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c #22	ENSGT00390000001618.cb.b #21	ENSGT00390000001618.cb.a #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.j #26	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555.i.a #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.d ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb.a #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555.i.a #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3135																ENSBBBG00000013044 #22	ENSBBBG00000007451 #21	ENSBBBG00000013048	CD180 (ENSBBBG00000002607)	MAST4 (ENSBBBG00000002690)	SREK1 (ENSBBBG00000013313)	ERBIN (ENSBBBG00000002910)	NLN (ENSBBBG00000013750)	SGTB (ENSBBBG00000013762)	TRAPPC13 (ENSBBBG00000013812)	TRIM23 (ENSBBBG00000013840)	PPWD1 (ENSBBBG00000002975)	CENPK (ENSBBBG00000013900)	ADAMTS6 (ENSBBBG00000003025)	ENSBBBG00000013931	CWC27 (ENSBBBG00000003037)
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Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES	8	ENSBTAG00000031693	MAPKAPK5 (ENSBTAG00000009346)	ALDH2 (ENSBTAG00000008743)	BICDL1 (ENSBTAG00000003696) #9	RAB35 (ENSBTAG00000022044) #10	GCN1 (ENSBTAG00000017379) #11	RPLP0 (ENSBTAG00000017389) #12	PXN (ENSBTAG00000018108) #13	SIRT4 (ENSBTAG00000021168) #14	PLA2G1B (ENSBTAG00000026732) #15	MSI1 (ENSBTAG00000009800) #16	COX6A1 (ENSBTAG00000012788) ##17	TRIAP1 (ENSBTAG00000012790)	GATC (ENSBTAG00000012791) #19	SRSF9 (ENSBTAG00000012792) #20	DYNLL1 (ENSBTAG00000024605) #22	COQ5 (ENSBTAG00000015761) #23	RNF10 (ENSBTAG00000015767) #24	POP5 (ENSBTAG00000005385) #25	ENSBTAG00000055032	CABP1 (ENSBTAG00000020049) #26	MLEC (ENSBTAG00000020050) #27	UNC119B (ENSBTAG00000007483) #28	ACADS (ENSBTAG00000007484) #29	SPPL3 (ENSBTAG00000016338) #30	HNF1A (ENSBTAG00000021795) #32	C17H12orf43 (ENSBTAG00000021796) #33	OASL (ENSBTAG00000003297) #34	ENSBTAG00000046887	ENSBTAG00000051177	C12orf76 (ENSBTAG00000032047)
Cow	MODERN SPECIES	25	SEC31A (ENSBTAG00000020525)	SCD5 (ENSBTAG00000022449)	TMEM150C (ENSBTAG00000032588)	ENOPH1 (ENSBTAG00000014805)	HNRNPDL (ENSBTAG00000014804)	HNRNPD (ENSBTAG00000013952)	ENSBTAG00000052070	RASGEF1B (ENSBTAG00000006561)	PRKG2 (ENSBTAG00000002978)	BMP3 (ENSBTAG00000017642)	ENSBTAG00000054713	CFAP299 (ENSBTAG00000035776)	FGF5 (ENSBTAG00000017348)	PRDM8 (ENSBTAG00000020570)	ANTXR2 (ENSBTAG00000014324)	ENSBTAG00000032034 #22	ENSBTAG00000032979 #21	GK2 (ENSBTAG00000039245)	NAA11 (ENSBTAG00000013149)	PAQR3 (ENSBTAG00000008887)	BMP2K (ENSBTAG00000001126)	ANXA3 (ENSBTAG00000010153)	FRAS1 (ENSBTAG00000010716)	MRPL1 (ENSBTAG00000018360)	CNOT6L (ENSBTAG00000049571)	CXCL13 (ENSBTAG00000008479)	ENSBTAG00000048934	CCNG2 (ENSBTAG00000021768)	CCNI (ENSBTAG00000000599)	SEPTIN11 (ENSBTAG00000021372)	SOWAHB (ENSBTAG00000038148)
Hybrid Bos Indicus	DUPLICATION
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	8	ENSBIXG00005027585	ENSBIXG00005027590	MAPKAPK5 (ENSBIXG00005027614)	ALDH2 (ENSBIXG00005027675)	BICDL1 (ENSBIXG00005027728) #9	RAB35 (ENSBIXG00005027772) #10	GCN1 (ENSBIXG00005027905) #11	RPLP0 (ENSBIXG00005028020) #12	PXN (ENSBIXG00005007786) #13	SIRT4 (ENSBIXG00005028207) #14	ENSBIXG00005028230 #15	MSI1 (ENSBIXG00005028333) #16	ENSBIXG00005028363	ENSBIXG00005028388 #17	ENSBIXG00005028429 #20	ENSBIXG00005028470 #22	COQ5 (ENSBIXG00005004904) #23	RNF10 (ENSBIXG00005028528) #24	POP5 (ENSBIXG00005028572) #25	CABP1 (ENSBIXG00005028677) #26	MLEC (ENSBIXG00005028736) #27	UNC119B (ENSBIXG00005028770) #28	ACADS (ENSBIXG00005004992) #29	SPPL3 (ENSBIXG00005005011) #30	HNF1A (ENSBIXG00005006549) #32	C12orf43 (ENSBIXG00005028906) #33	ENSBIXG00005028920	ENSBIXG00005005073 #34	C12orf76 (ENSBIXG00005002181)	ENSBIXG00005028945	ANKRD13A (ENSBIXG00005002115)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	26	ENSBIXG00005027356	MSH3 (ENSBIXG00005027416)	RASGRF2 (ENSBIXG00005027490)	CKMT2 (ENSBIXG00005027530)	ZCCHC9 (ENSBIXG00005027597)	ACOT12 (ENSBIXG00005027646)	SSBP2 (ENSBIXG00005027806)	ATG10 (ENSBIXG00005027902)	RPS23 (ENSBIXG00005027957)	ENSBIXG00005007595	ENSBIXG00005028035	XRCC4 (ENSBIXG00005006967)	VCAN (ENSBIXG00005028318)	HAPLN1 (ENSBIXG00005028378)	EDIL3 (ENSBIXG00005028476)	ENSBIXG00005004939 #22	ENSBIXG00005004944 #21	ENSBIXG00005002395	ENSBIXG00005002359	ENSBIXG00005006645	RASA1 (ENSBIXG00005028839)	CCNH (ENSBIXG00005028904)	ENSBIXG00005005066	TMEM161B (ENSBIXG00005028965)	MEF2C (ENSBIXG00005005207)	ENSBIXG00005001676	CETN3 (ENSBIXG00005001585)	MBLAC2 (ENSBIXG00005031285)	ENSBIXG00005031282	LYSMD3 (ENSBIXG00005031273)	ADGRV1 (ENSBIXG00005031266)
Bos_a	DUPLICATION
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a.d ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb.a #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c.g #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.i.a #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383	ENSGT01090000260322
Domestic yak	MODERN SPECIES	7	ENSBGRG00000026118	MAPKAPK5 (ENSBGRG00000026124)	ALDH2 (ENSBGRG00000026145)	BICDL1 (ENSBGRG00000026169) #9	RAB35 (ENSBGRG00000026176) #10	GCN1 (ENSBGRG00000026191) #11	RPLP0 (ENSBGRG00000026224) #12	PXN (ENSBGRG00000026252) #13	SIRT4 (ENSBGRG00000026294) #14	ENSBGRG00000026299 #15	MSI1 (ENSBGRG00000026314) #16	ENSBGRG00000026336 ##17	TRIAP1 (ENSBGRG00000026341) #18	GATC (ENSBGRG00000026344) #19	SRSF9 (ENSBGRG00000026347) #20	ENSBGRG00000026352 #22	COQ5 (ENSBGRG00000026354) #23	RNF10 (ENSBGRG00000026361) #24	POP5 (ENSBGRG00000026381) #25	ENSBGRG00000026390 #26	MLEC (ENSBGRG00000026401) #27	UNC119B (ENSBGRG00000026410) #28	ACADS (ENSBGRG00000026412) #29	SPPL3 (ENSBGRG00000026421) #30	HNF1A (ENSBGRG00000026430) #32	C12orf43 (ENSBGRG00000026435) #33	ENSBGRG00000026442 #34	C12orf76 (ENSBGRG00000026445)	ANKRD13A (ENSBGRG00000026448)	ENSBGRG00000026453	GIT2 (ENSBGRG00000026463)
Wild yak	MODERN SPECIES	410					GCN1 (ENSBMUG00000020963) #11	RPLP0 (ENSBMUG00000021009) #12	ENSBMUG00000021049 #13	SIRT4 (ENSBMUG00000021078) #14	PLA2G1B (ENSBMUG00000021087) #15	MSI1 (ENSBMUG00000021109) #16	ENSBMUG00000021128 ##17	TRIAP1 (ENSBMUG00000021136) #18	ENSBMUG00000021153 #19	ENSBMUG00000021163 #20	ENSBMUG00000021172 #21	ENSBMUG00000021217 #22	COQ5 (ENSBMUG00000021281) #23	RNF10 (ENSBMUG00000021341) #24	POP5 (ENSBMUG00000021396) #25	ENSBMUG00000021407 #26	ENSBMUG00000021423 #27	ENSBMUG00000021427 #28	ACADS (ENSBMUG00000021446) #29	SPPL3 (ENSBMUG00000021456) #30	HNF1A (ENSBMUG00000021502) #32	C12orf43 (ENSBMUG00000021527) #33	ENSBMUG00000021534 #34	C12orf76 (ENSBMUG00000021546)	ANKRD13A (ENSBMUG00000021557)	ENSBMUG00000021577	GIT2 (ENSBMUG00000021711)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155190	ENSGT00390000017491.t.t.a.b	ENSGT00940000156301	ENSGT00940000160185	ENSGT00940000154396.b.b	ENSGT00940000156209	ENSGT01030000234573.A.b.a	ENSGT00940000155665.j	ENSGT00990000205383	ENSGT00390000014549.g	ENSGT00530000064198.d	ENSGT00530000064198.c	ENSGT00940000159829	ENSGT00520000055591.a	ENSGT00950000182964.a.a	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c.h #22	ENSGT00390000001618.cb.b #21	ENSGT00940000164094	ENSGT01100000263497.E.b.e	ENSGT00390000005897	ENSGT00950000182913.B	ENSGT00940000165941	ENSGT00940000161805.p.a.b	ENSGT00950000182976.b.a	ENSGT00940000156262	ENSGT00940000156968	ENSGT00730000110872.b	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a.a.b	ENSGT00950000182928.B.d.b	ENSGT00390000000312.u	ENSGT01030000234559.b
Wild yak	DUPLICATION
Wild yak	MODERN SPECIES	1076											PWWP3B (ENSBMUG00000019975)	ENSBMUG00000019996	SERPINA7 (ENSBMUG00000020011)	NRK (ENSBMUG00000020046)	IL1RAPL2 (ENSBMUG00000020061)	ENSBMUG00000020070 #22	ENSBMUG00000020082	ENSBMUG00000020107	FAM199X (ENSBMUG00000020114)	ENSBMUG00000020117	SLC25A53 (ENSBMUG00000020127)
Wild yak	MODERN SPECIES	754	DYNLT5 (ENSBMUG00000010909)	INSL5 (ENSBMUG00000010885)	ENSBMUG00000010869	ENSBMUG00000010843	ENSBMUG00000010837	MIER1 (ENSBMUG00000010808)	SLC35D1 (ENSBMUG00000010661)	ENSBMUG00000010632	ENSBMUG00000010602	ENSBMUG00000010583	ENSBMUG00000010567	ENSBMUG00000010553	IL12RB2 (ENSBMUG00000010519)	SERBP1 (ENSBMUG00000010422)	GADD45A (ENSBMUG00000010401)	ENSBMUG00000010367 #22	ENSBMUG00000010359 #21	GNG12 (ENSBMUG00000010353)	WLS (ENSBMUG00000010330)
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	SGIP1 (ENSBGRG00000010617)	DYNLT5 (ENSBGRG00000010507)	INSL5 (ENSBGRG00000010455)	DNAI4 (ENSBGRG00000010128)	ENSBGRG00000010112	MIER1 (ENSBGRG00000009812)	SLC35D1 (ENSBGRG00000009631)	ENSBGRG00000009599	ENSBGRG00000009539	ENSBGRG00000009440	ENSBGRG00000009413	ENSBGRG00000009394	IL12RB2 (ENSBGRG00000009248)	SERBP1 (ENSBGRG00000009099)	GADD45A (ENSBGRG00000008972)	ENSBGRG00000008938 #22	ENSBGRG00000008913	ENSBGRG00000008894	DIRAS3 (ENSBGRG00000008874)	WLS (ENSBGRG00000008504)	RPE65 (ENSBGRG00000008339)	ENSBGRG00000008289	DEPDC1 (ENSBGRG00000008047)	ENSBGRG00000008029	LRRC7 (ENSBGRG00000007643)	LRRC40 (ENSBGRG00000007429)	SRSF11 (ENSBGRG00000007267)	ENSBGRG00000007232	ANKRD13C (ENSBGRG00000005513)	CTH (ENSBGRG00000005403)	ENSBGRG00000005391
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.c #22	ENSGT00390000001618.cb.a #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555.i.a #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.b.b.a
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	8	MAPKAPK5 (ENSOARG00020020384)	ALDH2 (ENSOARG00020020566)	BICDL1 (ENSOARG00020020670) #9	RAB35 (ENSOARG00020020773) #10	GCN1 (ENSOARG00020020866) #11	RPLP0 (ENSOARG00020021193) #12	PXN (ENSOARG00020021342) #13	ENSOARG00020021816	SIRT4 (ENSOARG00020021864) #14	PLA2G1B (ENSOARG00020021905) #15	MSI1 (ENSOARG00020021980) #16	ENSOARG00020022065 ##17	TRIAP1 (ENSOARG00020022095)	GATC (ENSOARG00020022134) #19	ENSOARG00020022161 #20	ENSOARG00020022194 #22	ENSOARG00020022240 #21	COQ5 (ENSOARG00020022260) #23	RNF10 (ENSOARG00020022324) #24	POP5 (ENSOARG00020022366) #25	CABP1 (ENSOARG00020022431) #26	MLEC (ENSOARG00020022614) #27	UNC119B (ENSOARG00020022639) #28	ACADS (ENSOARG00020022655) #29	SPPL3 (ENSOARG00020022683) #30	HNF1A (ENSOARG00020022728) #32	C12orf43 (ENSOARG00020022838) #33	ENSOARG00020022859 #34	ENSOARG00020022895	C12orf76 (ENSOARG00020022908)	ANKRD13A (ENSOARG00020022934)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		PRD-SPRRII (ENSOARG00020008444)	BRDT (ENSOARG00020008525)	EPHX4 (ENSOARG00020009087)	BTBD8 (ENSOARG00020009170)	C1orf146 (ENSOARG00020009293)	GLMN (ENSOARG00020009355)	RPAP2 (ENSOARG00020009451)	EVI5 (ENSOARG00020009564)	DIPK1A (ENSOARG00020010425)	MTF2 (ENSOARG00020010785)	ENSOARG00020011067	TMED5 (ENSOARG00020011102)	CCDC18 (ENSOARG00020011193)	DR1 (ENSOARG00020011400)	ENSOARG00020011450 #21	ENSOARG00020011468 #22	FNBP1L (ENSOARG00020011503)	BCAR3 (ENSOARG00020011724)	DNTTIP2 (ENSOARG00020011971)	GCLM (ENSOARG00020012157)	ABCA4 (ENSOARG00020000200)	ARHGAP29 (ENSOARG00020000343)	ABCD3 (ENSOARG00020000390)	F3 (ENSOARG00020000473)	SLC44A3 (ENSOARG00020000556)	CNN3 (ENSOARG00020001067)	ALG14 (ENSOARG00020001092)	TLCD4 (ENSOARG00020001102)	RWDD3 (ENSOARG00020001116)	PTBP2 (ENSOARG00020001140)	DPYD (ENSOARG00020001219)
Goat	MODERN SPECIES	8	ENSCHIG00000021746	ENSCHIG00000014031	ALDH2 (ENSCHIG00000023248)	BICDL1 (ENSCHIG00000014548) #9	RAB35 (ENSCHIG00000026986) #10	GCN1 (ENSCHIG00000024349) #11	RPLP0 (ENSCHIG00000015368) #12	PXN (ENSCHIG00000010749) #13	SIRT4 (ENSCHIG00000000860) #14	PLA2G1B (ENSCHIG00000010501) #15	MSI1 (ENSCHIG00000024304) #16	ENSCHIG00000026106 ##17	ENSCHIG00000010983	GATC (ENSCHIG00000019423) #19	SRSF9 (ENSCHIG00000025274) #20	ENSCHIG00000019147 #22	ENSCHIG00000018853 #21	COQ5 (ENSCHIG00000019366) #23	RNF10 (ENSCHIG00000026045) #24	POP5 (ENSCHIG00000016402) #25	CABP1 (ENSCHIG00000012286) #26	MLEC (ENSCHIG00000014459) #27	UNC119B (ENSCHIG00000026104) #28	ACADS (ENSCHIG00000012727) #29	SPPL3 (ENSCHIG00000024733) #30	HNF1A (ENSCHIG00000018046) #32	C12orf43 (ENSCHIG00000023049) #33	ENSCHIG00000017422 #34	C12orf76 (ENSCHIG00000025509)	ENSCHIG00000011449	ANKRD13A (ENSCHIG00000021906)
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1175	ENSMMSG00000016693	MAPKAPK5 (ENSMMSG00000016553)	ALDH2 (ENSMMSG00000014802)	BICDL1 (ENSMMSG00000014745) #9	RAB35 (ENSMMSG00000014719) #10	GCN1 (ENSMMSG00000014575) #11	ENSMMSG00000014387 #12	PXN (ENSMMSG00000014224) #13	SIRT4 (ENSMMSG00000014183) #14	PLA2G1B (ENSMMSG00000014109) #15	MSI1 (ENSMMSG00000014066) #16	COX6A1 (ENSMMSG00000014048) ##17	TRIAP1 (ENSMMSG00000014035) #18	ENSMMSG00000014016 #19	SRSF9 (ENSMMSG00000013991) #20	ENSMMSG00000013964 #22	COQ5 (ENSMMSG00000013926) #23	RNF10 (ENSMMSG00000013817) #24	POP5 (ENSMMSG00000013781) #25	CABP1 (ENSMMSG00000013673) #26	MLEC (ENSMMSG00000013635) #27	ENSMMSG00000013608 #28	ACADS (ENSMMSG00000013595) #29	ENSMMSG00000013578	ENSMMSG00000013561	SPPL3 (ENSMMSG00000013539) #30	HNF1A (ENSMMSG00000013459) #32	C12orf43 (ENSMMSG00000013415) #33	C12orf76 (ENSMMSG00000013399)	ENSMMSG00000013391	ANKRD13A (ENSMMSG00000013361)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1277	ALPK3 (ENSMMSG00000023207)	SLC28A1 (ENSMMSG00000023159)	PDE8A (ENSMMSG00000023116)	ENSMMSG00000023100	CPEB1 (ENSMMSG00000023031)	AP3B2 (ENSMMSG00000022759)	ENSMMSG00000022686	FSD2 (ENSMMSG00000022666)	WHAMM (ENSMMSG00000022641)	HOMER2 (ENSMMSG00000022623)	ENSMMSG00000022608	C15orf40 (ENSMMSG00000022590)	ENSMMSG00000022577	ENSMMSG00000022569	MEX3B (ENSMMSG00000022560)	ENSMMSG00000022552 #22	EFL1 (ENSMMSG00000022505)	ENSMMSG00000022493	SAXO2 (ENSMMSG00000022484)	ADAMTSL3 (ENSMMSG00000022467)	SH3GL3 (ENSMMSG00000022448)	ENSMMSG00000022431	HDGFL3 (ENSMMSG00000022420)	TM6SF1 (ENSMMSG00000022373)	ENSMMSG00000022350	BTBD1 (ENSMMSG00000022328)	ENSMMSG00000022320	ENSMMSG00000022142	CTSH (ENSMMSG00000022021)	RASGRF1 (ENSMMSG00000021865)	ANKRD34C (ENSMMSG00000021838)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	TMEM116 (ENSCHYG00000003710)	ENSCHYG00000003680	MAPKAPK5 (ENSCHYG00000003619)	ALDH2 (ENSCHYG00000003523)	BICDL1 (ENSCHYG00000003470) #9	RAB35 (ENSCHYG00000003441) #10	GCN1 (ENSCHYG00000003222) #11	ENSCHYG00000003150 ##12	PXN (ENSCHYG00000003049) #13	SIRT4 (ENSCHYG00000003002) #14	PLA2G1B (ENSCHYG00000002985) #15	MSI1 (ENSCHYG00000002954) #16	ENSCHYG00000002940	ENSCHYG00000002908 #17	SRSF9 (ENSCHYG00000002881) #20	ENSCHYG00000002861 #22	COQ5 (ENSCHYG00000002831) #23	RNF10 (ENSCHYG00000002709) #24	POP5 (ENSCHYG00000002661) #25	ENSCHYG00000002647	ENSCHYG00000002614 #26	MLEC (ENSCHYG00000002591) #27	UNC119B (ENSCHYG00000002573) #28	ACADS (ENSCHYG00000002549) #29	SPPL3 (ENSCHYG00000002518) #30	HNF1A (ENSCHYG00000002459) #32	C12orf43 (ENSCHYG00000002408) #33	OASL (ENSCHYG00000002386) #34	ENSCHYG00000002369	C12orf76 (ENSCHYG00000002355)	ENSCHYG00000002340
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	ENSCHYG00000012187	AR (ENSCHYG00000012242)	ENSCHYG00000012623	ENSCHYG00000012635	ENSCHYG00000012671	EDA2R (ENSCHYG00000012702)	CHST7 (ENSCHYG00000012799)	SLC9A7 (ENSCHYG00000012816)	ENSCHYG00000012899	RP2 (ENSCHYG00000012920)	JADE3 (ENSCHYG00000012941)	RGN (ENSCHYG00000012997)	ENSCHYG00000013120	NDUFB11 (ENSCHYG00000013137)	RBM10 (ENSCHYG00000013228)	ENSCHYG00000013676 #22	UBA1 (ENSCHYG00000013713)	ENSCHYG00000014283	ENSCHYG00000014787	ZNF157 (ENSCHYG00000015268)	ZNF41 (ENSCHYG00000015348)	ARAF (ENSCHYG00000015467)	SYN1 (ENSCHYG00000015682)	TIMP1 (ENSCHYG00000015815)	CFP (ENSCHYG00000015864)	ELK1 (ENSCHYG00000016063)	ENSCHYG00000016212	ENSCHYG00000016354	MAGED1 (ENSCHYG00000016520)	GSPT2 (ENSCHYG00000016695)	ENSCHYG00000016717
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22
American bison	MODERN SPECIES	2339																ENSBBBG00000023886 #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22
Cow	MODERN SPECIES	177	FRMPD3 (ENSBTAG00000003121)	DNAAF6 (ENSBTAG00000003321)	RBM41 (ENSBTAG00000000955)	ENSBTAG00000045876	CLDN2 (ENSBTAG00000055282)	ENSBTAG00000005294	RIPPLY1 (ENSBTAG00000044115)	TBC1D8B (ENSBTAG00000046314)	RNF128 (ENSBTAG00000022920)	RADX (ENSBTAG00000003668)	PWWP3B (ENSBTAG00000040132)	ENSBTAG00000053716	SERPINA7 (ENSBTAG00000047655)	NRK (ENSBTAG00000004836)	IL1RAPL2 (ENSBTAG00000044025)	ENSBTAG00000045756 #22	ENSBTAG00000009457	ENSBTAG00000053380	ESX1 (ENSBTAG00000005953)	FAM199X (ENSBTAG00000004008)	SLC25A53 (ENSBTAG00000054469)	ENSBTAG00000046436	ENSBTAG00000014287	ENSBTAG00000052155	ENSBTAG00000047211	RAB9B (ENSBTAG00000019820)	PLP1 (ENSBTAG00000006977)	GLRA4 (ENSBTAG00000003320)	MORF4L2 (ENSBTAG00000001311)	TCEAL1 (ENSBTAG00000049730)	ENSBTAG00000022204
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b.d #22
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	13	PICALM (ENSOARG00020013638)	ENSOARG00020014330	ENSOARG00020014438	SYTL2 (ENSOARG00020014519)	CCDC89 (ENSOARG00020015557)	CREBZF (ENSOARG00020015588)	TMEM126A (ENSOARG00020015625)	TMEM126B (ENSOARG00020015676)	DLG2 (ENSOARG00020016002)	ENSOARG00020024175	ENSOARG00020024191	ENSOARG00020024223	ENSOARG00020024238	CCDC90B (ENSOARG00020024361)	PCF11 (ENSOARG00020024415)	ENSOARG00020024522 #22	RAB30 (ENSOARG00020024533)	PRCP (ENSOARG00020024590)	ENSOARG00020024670	FAM181B (ENSOARG00020024679)	TENM4 (ENSOARG00020024798)	NARS2 (ENSOARG00020025086)	GAB2 (ENSOARG00020025127)	ENSOARG00020025150	USP35 (ENSOARG00020025158)	KCTD21 (ENSOARG00020025178)	ENSOARG00020025186	ENSOARG00020025198	ALG8 (ENSOARG00020025204)	NDUFC2 (ENSOARG00020025217)	THRSP (ENSOARG00020025234)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	258							DACT1 (ENSMMSG00000008105)	KIAA0586 (ENSMMSG00000007552)	TIMM9 (ENSMMSG00000007476)	TOMM20L (ENSMMSG00000007451)	ARID4A (ENSMMSG00000007258)	PSMA3 (ENSMMSG00000007088)	ACTR10 (ENSMMSG00000007044)	ARMH4 (ENSMMSG00000007016)	ENSMMSG00000007001	ENSMMSG00000006982 #22	SLC35F4 (ENSMMSG00000006922)	ENSMMSG00000006892	NAA30 (ENSMMSG00000006855)	AP5M1 (ENSMMSG00000006814)	ENSMMSG00000006789	ENSMMSG00000006587	ENSMMSG00000006537	ENSMMSG00000006506
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	161																ENSGT00390000000378.d.b.fb.b #22	ENSGT00390000001618.db #21
Arabian camel	MODERN SPECIES	11	ENSCDRG00005009873	GRID2 (ENSCDRG00005009950)	ENSCDRG00005010381	CCSER1 (ENSCDRG00005010415)	MMRN1 (ENSCDRG00005010505)	ENSCDRG00005010544	ENSCDRG00005010708	ENSCDRG00005010793	POLR2B (ENSCDRG00005010929)	IGFBP7 (ENSCDRG00005011222)	ENSCDRG00005011298	ADGRL3 (ENSCDRG00005011461)	ENSCDRG00005016248	TECRL (ENSCDRG00005016258)	EPHA5 (ENSCDRG00005016353)	ENSCDRG00005016777 #22	ENSCDRG00005016828 #21	CENPC (ENSCDRG00005016837)	STAP1 (ENSCDRG00005016912)	UBA6 (ENSCDRG00005016966)	GNRHR (ENSCDRG00005017041)	ENSCDRG00005017088	TMPRSS11D (ENSCDRG00005017168)	TMPRSS11A (ENSCDRG00005017245)	ENSCDRG00005017298	TMPRSS11F (ENSCDRG00005017352)	ENSCDRG00005017437	TMPRSS11B (ENSCDRG00005017546)	TMPRSS11E (ENSCDRG00005017583)	YTHDC1 (ENSCDRG00005017652)	ENSCDRG00005017897
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000017839.o.a #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000170510	ENSGT00940000166687	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.b #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a #22	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00950000185577	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00530000065303	ENSGT00950000182928.A.b	ENSGT00940000156383
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00940000160605	ENSGT00390000015428	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.m.a ##17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00940000163530	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618.cb #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34
Alpaca	MODERN SPECIES	1937											PLA2G1B (ENSVPAG00000010357) #15	ENSVPAG00000010358 #16	COX6A1 (ENSVPAG00000010359) ##17	ENSVPAG00000010360	SRSF9 (ENSVPAG00000010361) #20	DYNLL1 (ENSVPAG00000010362) #22	COQ5 (ENSVPAG00000010363) #23	RNF10 (ENSVPAG00000010364) #24	POP5 (ENSVPAG00000010365) #25
Arabian camel	MODERN SPECIES	25	HSPB8 (ENSCDRG00005017156)	CCDC60 (ENSCDRG00005017185)	TMEM233 (ENSCDRG00005017345)	PRKAB1 (ENSCDRG00005017280) #7	CIT (ENSCDRG00005017393) #8	BICDL1 (ENSCDRG00005017532) #9	RAB35 (ENSCDRG00005017672) #10	GCN1 (ENSCDRG00005017762) #11	ENSCDRG00005017865 ##12	PXN (ENSCDRG00005017984) #13	SIRT4 (ENSCDRG00005018239) #14	PLA2G1B (ENSCDRG00005018265) #15	MSI1 (ENSCDRG00005018349) #16	ENSCDRG00005018462 ##17	TRIAP1 (ENSCDRG00005018489) #18	GATC (ENSCDRG00005018512) #22	SRSF9 (ENSCDRG00005018565) #20	ENSCDRG00005018600 #21	COQ5 (ENSCDRG00005018628) #23	RNF10 (ENSCDRG00005018670) #24	POP5 (ENSCDRG00005018863) #25	ENSCDRG00005018935 #26	UNC119B (ENSCDRG00005019110) #28	ACADS (ENSCDRG00005019139) #29	SPPL3 (ENSCDRG00005019194) #30	HNF1A (ENSCDRG00005019223) #32	C12orf43 (ENSCDRG00005019275) #33	OASL (ENSCDRG00005019293) #34	OAS1 (ENSCDRG00005019323) ##34	RPH3A (ENSCDRG00005019408)	ENSCDRG00005019652
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	57																ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000001927.a	ENSGT00940000157251.hb	ENSGT00940000157813	ENSGT00390000017491.t.u.r	ENSGT00940000155817.a.a	ENSGT00390000000687	ENSGT00940000156433.B	ENSGT00390000001511	ENSGT00940000167380	ENSGT00940000167952	ENSGT00940000156267.eb	ENSGT00940000156267.db.a	ENSGT00940000166205.a.e	ENSGT00940000156267.db.b	ENSGT00940000158305	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.a.b.l	ENSGT00940000159336	ENSGT00550000074855	ENSGT00390000005270	ENSGT00940000155328.cb	ENSGT00940000154910.b.b	ENSGT00390000006367.d	ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.b.a.b.a	ENSGT00390000018603	ENSGT00390000007975.a	ENSGT00940000157523	ENSGT00950000182839.A.d	ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l.a	ENSGT00950000183194.a.b	ENSGT00940000158780
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000001927.a	ENSGT00940000157251.hb	ENSGT00940000157813	ENSGT00390000017491.t.u.r	ENSGT00940000155817.a.a	ENSGT00390000000687	ENSGT00940000156433.B	ENSGT00390000018086.y.b.b	ENSGT00390000001511	ENSGT00940000167380	ENSGT00940000166205.b	ENSGT00940000167952	ENSGT00940000166205.a.e	ENSGT00940000156267.db.b	ENSGT00940000158305	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.a.a.b.l	ENSGT00940000159336	ENSGT00550000074855	ENSGT00390000005270	ENSGT00940000155328.cb	ENSGT00940000154910.b.b	ENSGT00390000006367.d	ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.b.a.b.a	ENSGT00390000018603	ENSGT00390000007975.a	ENSGT00940000157523	ENSGT00950000182839.A.d	ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l.a	ENSGT00950000183194.a.b	ENSGT00940000158780
Narwhal	MODERN SPECIES	314	NUCB2 (ENSMMNG00015021400)	ENSMMNG00015021368	PIK3C2A (ENSMMNG00015021358)	RPS13 (ENSMMNG00015021335)	PLEKHA7 (ENSMMNG00015021305)	C11orf58 (ENSMMNG00015021280)	SOX6 (ENSMMNG00015021242)	ENSMMNG00015021215	INSC (ENSMMNG00015021164)	ENSMMNG00015021136	ENSMMNG00015021124	ENSMMNG00015021119	ENSMMNG00015021104	ENSMMNG00015021083	CYP2R1 (ENSMMNG00015021059)	ENSMMNG00015021043 #22	ENSMMNG00015021034	PDE3B (ENSMMNG00015020953)	PSMA1 (ENSMMNG00015020868)	COPB1 (ENSMMNG00015020824)	ENSMMNG00015020802	SPON1 (ENSMMNG00015020782)	FAR1 (ENSMMNG00015020761)	ENSMMNG00015020752	PTH (ENSMMNG00015020742)	BTBD10 (ENSMMNG00015020698)	BMAL1 (ENSMMNG00015020613)	RASSF10 (ENSMMNG00015020589)	TEAD1 (ENSMMNG00015020545)	PARVA (ENSMMNG00015020501)	MICAL2 (ENSMMNG00015020388)
Vaquita	MODERN SPECIES	19	ABCC8 (ENSPSNG00000007231)	KCNJ11 (ENSPSNG00000006886)	ENSPSNG00000006848	NUCB2 (ENSPSNG00000006795)	ENSPSNG00000006740	PIK3C2A (ENSPSNG00000006633)	PLEKHA7 (ENSPSNG00000006504)	C11orf58 (ENSPSNG00000006414)	SOX6 (ENSPSNG00000006212)	INSC (ENSPSNG00000005971)	ENSPSNG00000005882	ENSPSNG00000005847	ENSPSNG00000005826	ENSPSNG00000005789	CYP2R1 (ENSPSNG00000005748)	ENSPSNG00000005725 #22	ENSPSNG00000005706	PDE3B (ENSPSNG00000005620)	PSMA1 (ENSPSNG00000005548)	COPB1 (ENSPSNG00000005475)	ENSPSNG00000005427	SPON1 (ENSPSNG00000005398)	FAR1 (ENSPSNG00000005352)	ENSPSNG00000005319	PTH (ENSPSNG00000005298)	BTBD10 (ENSPSNG00000005248)	BMAL1 (ENSPSNG00000005165)	RASSF10 (ENSPSNG00000005115)	ENSPSNG00000005077	PARVA (ENSPSNG00000005015)	MICAL2 (ENSPSNG00000004843)
Sperm whale	MODERN SPECIES	19	ENSPCTG00005003348	RETREG1 (ENSPCTG00005003333)	ENSPCTG00005003316	ENSPCTG00005003299	ENSPCTG00005003297	MARCH11 (ENSPCTG00005003284)	FBXL7 (ENSPCTG00005003269)	ENSPCTG00005003250	ANKH (ENSPCTG00005003239)	ENSPCTG00005003233	OTULIN (ENSPCTG00005003221)	OTULINL (ENSPCTG00005003212)	TRIO (ENSPCTG00005003109)	DNAH5 (ENSPCTG00005003015)	ENSPCTG00005002988	ENSPCTG00005002979 #22	ENSPCTG00005002965	CTNND2 (ENSPCTG00005002822)	DAP (ENSPCTG00005002789)	ANKRD33B (ENSPCTG00005002770)	ROPN1L (ENSPCTG00005002753)	ENSPCTG00005002747	MARCH6 (ENSPCTG00005002477)	CMBL (ENSPCTG00005002401)	CCT5 (ENSPCTG00005002365)	ATPSCKMT (ENSPCTG00005002344)	SEMA5A (ENSPCTG00005002330)	MTRR (ENSPCTG00005002314)	FASTKD3 (ENSPCTG00005002301)	CFAP90 (ENSPCTG00005002289)	ADCY2 (ENSPCTG00005002147)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	67																ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	68																ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	8								FAM133A (ENSMMSG00000008570)	ENSMMSG00000008552	ENSMMSG00000008511	ENSMMSG00000008443	ENSMMSG00000008384	DIAPH2 (ENSMMSG00000008282)	ENSMMSG00000008253	ENSMMSG00000008230	ENSMMSG00000008218 #22	ENSMMSG00000008202 #21	PCDH19 (ENSMMSG00000008079)	ENSMMSG00000008060	TNMD (ENSMMSG00000008036)	TSPAN6 (ENSMMSG00000007947)	SRPX2 (ENSMMSG00000007899)	ENSMMSG00000007890
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	346	PLA2R1 (ENSMMSG00000024062)	ITGB6 (ENSMMSG00000023980)	ENSMMSG00000023960 #22	ENSMMSG00000023953	ENSMMSG00000023951	TANK (ENSMMSG00000023948)	PSMD14 (ENSMMSG00000023944)	TBR1 (ENSMMSG00000023939)	ENSMMSG00000023934	SLC4A10 (ENSMMSG00000023858)	DPP4 (ENSMMSG00000023825)	GCG (ENSMMSG00000023816)	FAP (ENSMMSG00000023776)	IFIH1 (ENSMMSG00000023754)	GCA (ENSMMSG00000023742)	ENSMMSG00000023738 #22	KCNH7 (ENSMMSG00000023675)	ENSMMSG00000023658	GRB14 (ENSMMSG00000023643)	COBLL1 (ENSMMSG00000023622)	SLC38A11 (ENSMMSG00000023593)	SCN3A (ENSMMSG00000023114)	SCN2A (ENSMMSG00000023010)	CSRNP3 (ENSMMSG00000022981)	GALNT3 (ENSMMSG00000022964)	TTC21B (ENSMMSG00000022918)	SCN1A (ENSMMSG00000021114)	SCN9A (ENSMMSG00000019213)	SCN7A (ENSMMSG00000018383)	ENSMMSG00000018334	XIRP2 (ENSMMSG00000018137)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	34																ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22	ENSGT00940000162668	ENSGT00940000163888	ENSGT00940000158335	ENSGT00530000065541	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000164266	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000159092.d	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000153412.A.a.d	ENSGT00390000007539.i.b.b.i	ENSGT00940000161990
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	38											ENSGT00940000162668	ENSGT00940000158335	ENSGT00390000012807.cb.b	ENSGT00940000154837.f.b	ENSGT00940000157822	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22	ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.fb.a.a #22	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000159092.d	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000153412.A.a.d.c	ENSGT00390000007539.i.b.b.i	ENSGT00940000161990	ENSGT00940000162726	ENSGT00940000163081	ENSGT00940000160792	ENSGT01030000234531.A.a	ENSGT00390000007539.i.b.a	ENSGT00940000153412.B
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	ENSOARG00020020016	ENSOARG00020019902	ENSOARG00020019580	FAM133A (ENSOARG00020019478)	ENSOARG00020019414	ENSOARG00020019388	ENSOARG00020019268	DIAPH2 (ENSOARG00020019118)	ENSOARG00020019085	ENSOARG00020019044	ENSOARG00020018987	ENSOARG00020018865	ENSOARG00020018799	ENSOARG00020018749	ENSOARG00020018729	ENSOARG00020018701 #22	ENSOARG00020018677 #21	PCDH19 (ENSOARG00020018564)	TNMD (ENSOARG00020018483)	TSPAN6 (ENSOARG00020018379)	SRPX2 (ENSOARG00020018342)	ENSOARG00020018301	ENSOARG00020018265	ENSOARG00020018170	GPRASP2 (ENSOARG00020018160)	ARMCX5 (ENSOARG00020018139)	ENSOARG00020018059	ENSOARG00020018010	BEX5 (ENSOARG00020017985)	ENSOARG00020017953	ARMCX2 (ENSOARG00020017486)
Goat	MODERN SPECIES	30		FAM133A (ENSCHIG00000020066)	NAP1L3 (ENSCHIG00000020503)	ENSCHIG00000018022	ENSCHIG00000015524	ENSCHIG00000012934	ENSCHIG00000008332	ENSCHIG00000009197	ENSCHIG00000000445	ENSCHIG00000000411	ENSCHIG00000000375	ENSCHIG00000000344	ENSCHIG00000000308	ENSCHIG00000000275	ENSCHIG00000000236	ENSCHIG00000018890 #22	TNMD (ENSCHIG00000000164)	SRPX2 (ENSCHIG00000000098)	ENSCHIG00000000063	ENSCHIG00000008561	ENSCHIG00000020751	ENSCHIG00000008681	GPRASP2 (ENSCHIG00000006797)	ARMCX5 (ENSCHIG00000016190)	ENSCHIG00000011905	ENSCHIG00000023015	ENSCHIG00000019200	BEX5 (ENSCHIG00000006080)	ZMAT1 (ENSCHIG00000010507)	ARMCX2 (ENSCHIG00000005763)	ARMCX3 (ENSCHIG00000003482)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	116															ENSGT00390000001618.db #21	ENSGT00390000000378.d.b.gb #22
Bos	DUPLICATION
Bos	DUPLICATION
Bos	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162699	ENSGT00940000153766.B	ENSGT00940000160101	ENSGT00940000161137	ENSGT00940000157938	ENSGT00940000157875	ENSGT00940000157542	ENSGT00940000160441	ENSGT00940000157091	ENSGT00940000157722	ENSGT00950000182838.C	ENSGT00390000003488.a.a	ENSGT00840000129915.j	ENSGT00940000158020	ENSGT00390000000096.b.a	ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a #22	ENSGT00390000005488	ENSGT00940000160054	ENSGT00940000160631	ENSGT00940000158280	ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a	ENSGT00550000074952	ENSGT00940000154351	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT01000000214413.a	ENSGT00940000157971.m.a	ENSGT00940000155347.a.b	ENSGT00940000154555.a.b.b.b	ENSGT00940000157573	ENSGT00950000183103.c	ENSGT00940000160298
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162699	ENSGT00940000153766.B	ENSGT00940000160101	ENSGT00940000161137	ENSGT00940000157938	ENSGT00940000157875	ENSGT00940000157542	ENSGT00940000160441	ENSGT00940000157091	ENSGT00940000157722	ENSGT00950000182838.C	ENSGT00390000003488.a.a	ENSGT00840000129915.j	ENSGT00940000158020	ENSGT00390000000096.b.a	ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a #22	ENSGT00390000005488	ENSGT00940000160054	ENSGT00940000160631	ENSGT00940000158280	ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a	ENSGT00550000074952	ENSGT00940000154351	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT01000000214413.a	ENSGT00940000157971.n	ENSGT00940000157971.m.a	ENSGT00940000155347.a.b	ENSGT00940000154555.a.b.b.b	ENSGT00940000157573	ENSGT00950000183103.c
Wild yak	MODERN SPECIES	1176							USP50 (ENSBMUG00000010870)	ENSBMUG00000010862	TRPM7 (ENSBMUG00000010823)	SPPL2A (ENSBMUG00000010751)	AP4E1 (ENSBMUG00000010697)	TNFAIP8L3 (ENSBMUG00000010626)	CYP19A1 (ENSBMUG00000010546)	GLDN (ENSBMUG00000010526)	DMXL2 (ENSBMUG00000010452)	ENSBMUG00000010348 #22	SCG3 (ENSBMUG00000010332)	LYSMD2 (ENSBMUG00000010294)	TMOD2 (ENSBMUG00000010278)	TMOD3 (ENSBMUG00000010230)	LEO1 (ENSBMUG00000010199)	MAPK6 (ENSBMUG00000010171)	BCL2L10 (ENSBMUG00000010134)	GNB5 (ENSBMUG00000010128)	ENSBMUG00000010111
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162699	ENSGT00940000153766.B	ENSGT00940000160101	ENSGT00940000161137	ENSGT00940000157938	ENSGT00940000157875	ENSGT00940000157542	ENSGT00940000160441	ENSGT00940000157091	ENSGT00940000157722	ENSGT00950000182838.C	ENSGT00390000003488.a.a	ENSGT00840000129915.j	ENSGT00940000158020	ENSGT00390000000096.b.a	ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a #22	ENSGT00390000005488	ENSGT00940000160054	ENSGT00940000160631	ENSGT00940000158280	ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a	ENSGT00550000074952	ENSGT00940000154351	ENSGT00940000164610	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT01000000214413.a	ENSGT00940000157971.m.a	ENSGT00940000155347.a.b	ENSGT00940000154555.a.b.b.b	ENSGT00940000157573	ENSGT00950000183103.c
Cow	MODERN SPECIES	1	ATP8B4 (ENSBTAG00000011936)	SLC27A2 (ENSBTAG00000004303)	HDC (ENSBTAG00000009911)	ENSBTAG00000054826	GABPB1 (ENSBTAG00000022801)	USP50 (ENSBTAG00000011929)	ENSBTAG00000052971	USP8 (ENSBTAG00000011916)	TRPM7 (ENSBTAG00000031165)	SPPL2A (ENSBTAG00000011831)	AP4E1 (ENSBTAG00000013616)	TNFAIP8L3 (ENSBTAG00000010472)	CYP19A1 (ENSBTAG00000014890)	GLDN (ENSBTAG00000002576)	DMXL2 (ENSBTAG00000000737)	ENSBTAG00000050593 #22	SCG3 (ENSBTAG00000017677)	LYSMD2 (ENSBTAG00000017683)	TMOD2 (ENSBTAG00000014011)	TMOD3 (ENSBTAG00000048622)	ENSBTAG00000051260	LEO1 (ENSBTAG00000013830)	MAPK6 (ENSBTAG00000005865)	ENSBTAG00000005429	GNB5 (ENSBTAG00000003762)	MYO5C (ENSBTAG00000003763)	MYO5A (ENSBTAG00000006489)	ARPP19 (ENSBTAG00000011022)	ATOSA (ENSBTAG00000024958)	ONECUT1 (ENSBTAG00000046470)	WDR72 (ENSBTAG00000021876)
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.b #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.b #22
Cow	MODERN SPECIES	12	NAIP (ENSBTAG00000003326)	ENSBTAG00000051768	GTF2H2 (ENSBTAG00000027983)	OCLN (ENSBTAG00000000561)	MARVELD2 (ENSBTAG00000040001)	RAD17 (ENSBTAG00000002073)	AK6 (ENSBTAG00000046192)	TAF9 (ENSBTAG00000027980)	CCDC125 (ENSBTAG00000017011)	CDK7 (ENSBTAG00000011046)	MRPS36 (ENSBTAG00000011045)	CENPH (ENSBTAG00000014246)	CCNB1 (ENSBTAG00000014239)	SLC30A5 (ENSBTAG00000001013)	PIK3R1 (ENSBTAG00000010989)	ENSBTAG00000034170 #22	ENSBTAG00000055154	CD180 (ENSBTAG00000006360)	MAST4 (ENSBTAG00000025964)	ENSBTAG00000049964	ENSBTAG00000053341	SREK1 (ENSBTAG00000007321)	ERBIN (ENSBTAG00000000415)	NLN (ENSBTAG00000016903)	SGTB (ENSBTAG00000016902)	TRAPPC13 (ENSBTAG00000016900)	SHLD3 (ENSBTAG00000047828)	TRIM23 (ENSBTAG00000009519)	PPWD1 (ENSBTAG00000009514)	CENPK (ENSBTAG00000044175)	ADAMTS6 (ENSBTAG00000016963)
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.gb.d #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.gb.d #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	25	ENSBIXG00005021130	ENSBIXG00005003572	SCD5 (ENSBIXG00005003574)	ENSBIXG00005021178	TMEM150C (ENSBIXG00005003590)	ENOPH1 (ENSBIXG00005021273)	HNRNPDL (ENSBIXG00005021441)	ENSBIXG00005003631	RASGEF1B (ENSBIXG00005021796)	PRKG2 (ENSBIXG00005021890)	BMP3 (ENSBIXG00005021925)	CFAP299 (ENSBIXG00005021935)	FGF5 (ENSBIXG00005003711)	PRDM8 (ENSBIXG00005022026)	ANTXR2 (ENSBIXG00005002605)	ENSBIXG00005003758 #22	GK2 (ENSBIXG00005022137)	NAA11 (ENSBIXG00005022145)	PAQR3 (ENSBIXG00005022171)	ENSBIXG00005022181	BMP2K (ENSBIXG00005022256)	ANXA3 (ENSBIXG00005022397)	FRAS1 (ENSBIXG00005022695)	ENSBIXG00005022747	ENSBIXG00005005754	CNOT6L (ENSBIXG00005022921)	ENSBIXG00005003924	ENSBIXG00005023018	ENSBIXG00005023046	CCNG2 (ENSBIXG00005007172)	CCNI (ENSBIXG00005023180)
American bison	MODERN SPECIES	3312	PLA2R1 (ENSBBBG00000014279)	ITGB6 (ENSBBBG00000014399)	ENSBBBG00000008288 #22	RBMS1 (ENSBBBG00000003334)	TANK (ENSBBBG00000003352)	PSMD14 (ENSBBBG00000003364)	TBR1 (ENSBBBG00000014500)	ENSBBBG00000014504	SLC4A10 (ENSBBBG00000014578)	DPP4 (ENSBBBG00000007218)	GCG (ENSBBBG00000003533)	FAP (ENSBBBG00000014785)	IFIH1 (ENSBBBG00000014857)	GCA (ENSBBBG00000014884)	ENSBBBG00000014889 #21	ENSBBBG00000002806 #22	KCNH7 (ENSBBBG00000001182)	FIGN (ENSBBBG00000001161)	ENSBBBG00000001155	GRB14 (ENSBBBG00000001125)	COBLL1 (ENSBBBG00000001053)	SLC38A11 (ENSBBBG00000000924)	ENSBBBG00000000911	SCN3A (ENSBBBG00000016080)	SCN2A (ENSBBBG00000016486)	CSRNP3 (ENSBBBG00000016537)	GALNT3 (ENSBBBG00000004083)	TTC21B (ENSBBBG00000004091)	SCN1A (ENSBBBG00000007263)	SCN9A (ENSBBBG00000017678)	ENSBBBG00000017710
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	2388															ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22
Hedgehog	DUPLICATION
Hedgehog	MODERN SPECIES	12538																ENSEEUG00000011927 #22
Hedgehog	DUPLICATION
Hedgehog	MODERN SPECIES	11463															ENSEEUG00000012588 #21	ENSEEUG00000012634 #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	13020																ENSEEUG00000011216 #22
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	MODERN SPECIES	7425																ENSSARG00000010937 #22
Common shrew	MODERN SPECIES	7426																ENSSARG00000002335 #22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34	ENSGT00940000159434	ENSGT01020000230438.C	ENSGT00390000008873
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000170510	ENSGT00390000017839.o.b.b.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a ##34
Armadillo	MODERN SPECIES	2156	ENSDNOG00000046924	ENSDNOG00000031711	BICDL1 (ENSDNOG00000044681) #9	RAB35 (ENSDNOG00000012013) #10	GCN1 (ENSDNOG00000011771) #11	ENSDNOG00000044347 ##12	PXN (ENSDNOG00000045456) #13	SIRT4 (ENSDNOG00000038654) #14	PLA2G1B (ENSDNOG00000046317) #15	MSI1 (ENSDNOG00000005713) #16	ENSDNOG00000040794	COX6A1 (ENSDNOG00000042128) #17	TRIAP1 (ENSDNOG00000012588) #18	GATC (ENSDNOG00000012593) #19	SRSF9 (ENSDNOG00000012598) #20	DYNLL1 (ENSDNOG00000031391) #22	COQ5 (ENSDNOG00000012631) #23	RNF10 (ENSDNOG00000012640) #24	ENSDNOG00000012668 #25	ENSDNOG00000042834 #26	MLEC (ENSDNOG00000011615) #27	UNC119B (ENSDNOG00000039143) #28	ACADS (ENSDNOG00000030594) #29	ENSDNOG00000038333	SPPL3 (ENSDNOG00000016589) #30	HNF1A (ENSDNOG00000000374) #32	ENSDNOG00000000382 #33	OASL (ENSDNOG00000035785) #34	ENSDNOG00000048828 ##34
Sloth	DUPLICATION
Sloth	MODERN SPECIES	45																ENSCHOG00000007175 #22	COQ5 (ENSCHOG00000007184) #23
Sloth	MODERN SPECIES	10526																ENSCHOG00000000460 #22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.o.b.a.b ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00940000159434	ENSGT01020000230438.C	ENSGT00390000008873	ENSGT00900000141107
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	6024															ENSETEG00000009268 #21	ENSETEG00000009270 #22	COQ5 (ENSETEG00000009271) #23	RNF10 (ENSETEG00000009277) #24	POP5 (ENSETEG00000009283) #25
Tenrec	MODERN SPECIES	14699																ENSETEG00000011676 #22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b #22
Elephant	MODERN SPECIES	278	TXNDC9 (ENSLAFG00000006204)	EIF5B (ENSLAFG00000006209)	REV1 (ENSLAFG00000006217)	AFF3 (ENSLAFG00000012884)	ENSLAFG00000026678	LONRF2 (ENSLAFG00000005456)	CHST10 (ENSLAFG00000005461)	NMS (ENSLAFG00000029888)	PDCL3 (ENSLAFG00000021615)	ENSLAFG00000026504	NPAS2 (ENSLAFG00000016336)	ENSLAFG00000027873	TBC1D8 (ENSLAFG00000016341)	CNOT11 (ENSLAFG00000006411)	RNF149 (ENSLAFG00000030178)	ENSLAFG00000006644 #22	CREG2 (ENSLAFG00000011751)	RFX8 (ENSLAFG00000011754)	MAP4K4 (ENSLAFG00000005765)	ENSLAFG00000013679	ENSLAFG00000021985	IL1R1 (ENSLAFG00000012677)	IL1RL2 (ENSLAFG00000012683)	IL1RL1 (ENSLAFG00000007804)	IL18R1 (ENSLAFG00000007809)	IL18RAP (ENSLAFG00000007815)	SLC9A4 (ENSLAFG00000011553)	SLC9A2 (ENSLAFG00000011557)	MFSD9 (ENSLAFG00000011208)	TMEM182 (ENSLAFG00000011215)	ENSLAFG00000027526
Marsupialia	DUPLICATION
Marsupialia	DUPLICATION
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.k #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.a.a #22	ENSGT00390000001618.ab #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a.a ##34	ENSGT00510000046406.f.a.a.b ##34	ENSGT00940000159434
Opossum	MODERN SPECIES	2	ENSMODG00000011981	ENSMODG00000012015	ENSMODG00000038680	ENSMODG00000012002	ENSMODG00000012024	TBX5 (ENSMODG00000012045)	TBX3 (ENSMODG00000012059)	ENSMODG00000041838	MED13L (ENSMODG00000012109)	PLA2G1B (ENSMODG00000003205) #15	MSI1 (ENSMODG00000003189) #16	COX6A1 (ENSMODG00000003168) #17	TRIAP1 (ENSMODG00000003157) #18	ENSMODG00000044919 #19	SRSF9 (ENSMODG00000003146) #20	ENSMODG00000003133 #22	ENSMODG00000045676 #21	COQ5 (ENSMODG00000003124) #23	RNF10 (ENSMODG00000003111) #24	POP5 (ENSMODG00000003066) #25	ENSMODG00000003051 #26	UNC119B (ENSMODG00000003021) #28	ACADS (ENSMODG00000003010) #29	SPPL3 (ENSMODG00000002983) #30	HNF1A (ENSMODG00000002966) #32	ENSMODG00000002937 #33	ENSMODG00000002922 #34	ENSMODG00000040188 ##34	ENSMODG00000051277	WSCD2 (ENSMODG00000002891)	CMKLR1 (ENSMODG00000023719)
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.k #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.a.a #22	ENSGT00390000001618.ab #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a.a ##34	ENSGT00510000046406.f.a.a.b ##34	ENSGT00940000159434
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.k #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.a.a #22	ENSGT00390000001618.ab #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a.a ##34	ENSGT00510000046406.f.a.a.b ##34	ENSGT00940000159434
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p.c.a ##12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612.k.a #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b.a.a #22	ENSGT00390000001618.ab #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00510000046406.f.a.b #34	ENSGT00510000046406.f.a.a.a ##34	ENSGT00510000046406.f.a.a.b ##34	ENSGT00940000159434
koala	DUPLICATION
koala	DUPLICATION
koala	MODERN SPECIES	126	TMEM233 (ENSPCIG00000003882)	PRKAB1 (ENSPCIG00000020171) #7	CIT (ENSPCIG00000019030) #8	BICDL1 (ENSPCIG00000018999) #9	RAB35 (ENSPCIG00000035039) #10	GCN1 (ENSPCIG00000012780) #11	ENSPCIG00000012696 ##12	ENSPCIG00000012695 #13	SIRT4 (ENSPCIG00000023827) #14	PLA2G1B (ENSPCIG00000023829) #15	MSI1 (ENSPCIG00000033744) #16	ENSPCIG00000032149 #17	TRIAP1 (ENSPCIG00000026000) #18	ENSPCIG00000025999 #19	SRSF9 (ENSPCIG00000025998) #20	ENSPCIG00000025996 #22	ENSPCIG00000025997 #21	COQ5 (ENSPCIG00000025993) #23	RNF10 (ENSPCIG00000025990) #24	ENSPCIG00000035358	ENSPCIG00000025978 #26	MLEC (ENSPCIG00000025974) #27	ACADS (ENSPCIG00000025972) #29	SPPL3 (ENSPCIG00000025969) #30	HNF1A (ENSPCIG00000025966) #32	C12orf43 (ENSPCIG00000025962) #33	ENSPCIG00000007830 #34	ENSPCIG00000007834	ENSPCIG00000007837 ##34	ENSPCIG00000007839 ##34	WSCD2 (ENSPCIG00000007843)
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koala	MODERN SPECIES	116	ENSPCIG00000024992	TRAF7 (ENSPCIG00000024997)	CASKIN1 (ENSPCIG00000024999)	ENSPCIG00000025000	MLST8 (ENSPCIG00000025001)	ENSPCIG00000025002	PGP (ENSPCIG00000025003)	E4F1 (ENSPCIG00000025006)	DNASE1L2 (ENSPCIG00000025008)	ECI1 (ENSPCIG00000025011)	ENSPCIG00000025012	ENSPCIG00000025014	ENSPCIG00000029225	ENSPCIG00000036753	ENSPCIG00000025023	ENSPCIG00000035113 #22	CCNF (ENSPCIG00000025031)	C16orf54 (ENSPCIG00000025120)	ZG16 (ENSPCIG00000025122)	KIF22 (ENSPCIG00000025123)	MAZ (ENSPCIG00000025125)	ENSPCIG00000032624	ENSPCIG00000033291	MVP (ENSPCIG00000025128)	ENSPCIG00000031008	CDIPT (ENSPCIG00000025130)	SEZ6L2 (ENSPCIG00000025132)	ASPHD1 (ENSPCIG00000025134)	KCTD13 (ENSPCIG00000025136)	TMEM219 (ENSPCIG00000036916)	TAOK2 (ENSPCIG00000025140)
Common wonbat	MODERN SPECIES	52	TMEM233 (ENSVURG00010006210)	PRKAB1 (ENSVURG00010006217) #7	CIT (ENSVURG00010006254) #8	BICDL1 (ENSVURG00010006480) #9	RAB35 (ENSVURG00010006495) #10	GCN1 (ENSVURG00010006522) #11	ENSVURG00010006573 ##12	ENSVURG00010006611 #13	SIRT4 (ENSVURG00010006627) #14	PLA2G1B (ENSVURG00010006637) #15	MSI1 (ENSVURG00010006643) #16	ENSVURG00010006654 #17	TRIAP1 (ENSVURG00010006658) #18	GATC (ENSVURG00010006663) #19	ENSVURG00010006672 #20	DYNLL1 (ENSVURG00010006677) #22	COQ5 (ENSVURG00010006692) #23	RNF10 (ENSVURG00010006703) #24	POP5 (ENSVURG00010006745) #25	ENSVURG00010006764 #26	MLEC (ENSVURG00010006774) #27	UNC119B (ENSVURG00010006778) #28	ACADS (ENSVURG00010006787) #29	SPPL3 (ENSVURG00010006795) #30	HNF1A (ENSVURG00010006801) #32	ENSVURG00010006811 #33	ENSVURG00010006817 #34	ENSVURG00010006825 ##34	ENSVURG00010006830 ##34	WSCD2 (ENSVURG00010006840)	CMKLR1 (ENSVURG00010006850)
Wallaby	MODERN SPECIES	2447																DYNLL1 (ENSMEUG00000002025) #22	COQ5 (ENSMEUG00000002026) #23
Tasmanian devil	MODERN SPECIES		TMEM233 (ENSSHAG00000029008)	PRKAB1 (ENSSHAG00000018118) #7	CIT (ENSSHAG00000018136) #8	BICDL1 (ENSSHAG00000027347) #9	RAB35 (ENSSHAG00000023050) #10	GCN1 (ENSSHAG00000018556) #11	ENSSHAG00000001623 ##12	ENSSHAG00000000074 #13	SIRT4 (ENSSHAG00000021964) #14	PLA2G1B (ENSSHAG00000007286) #15	ENSSHAG00000023097 #16	ENSSHAG00000024956 #17	TRIAP1 (ENSSHAG00000023872) #18	SRSF9 (ENSSHAG00000028565) #20	ENSSHAG00000021038 #19	ENSSHAG00000027049 #22	COQ5 (ENSSHAG00000031460) #23	RNF10 (ENSSHAG00000003217) #24	POP5 (ENSSHAG00000023744) #25	ENSSHAG00000025358 #26	MLEC (ENSSHAG00000020879) #27	UNC119B (ENSSHAG00000029449) #28	ACADS (ENSSHAG00000015491) #29	SPPL3 (ENSSHAG00000015326) #30	HNF1A (ENSSHAG00000014771) #32	ENSSHAG00000024327 #33	ENSSHAG00000014676 #34	ENSSHAG00000014420 ##34	ENSSHAG00000030021 ##34	ENSSHAG00000012611	ENSSHAG00000031957
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157940	ENSGT00390000016881	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00390000000378.d.b.a.b #22	ENSGT00390000001618.bb #21	ENSGT00940000161558	ENSGT00390000010017	ENSGT00730000110966	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00390000013335	ENSGT00390000017209	ENSGT00530000063691.b	ENSGT00940000159738	ENSGT00940000160136	ENSGT00550000075118	ENSGT00940000155749.d	ENSGT00940000153137.a.b.b.b	ENSGT01100000263626	ENSGT00940000158527
Opossum	MODERN SPECIES	3	ENSMODG00000009995	ENSMODG00000010017	ALG5 (ENSMODG00000010043)	EXOSC8 (ENSMODG00000040252)	SUPT20H (ENSMODG00000010085)	POSTN (ENSMODG00000010145)	TRPC4 (ENSMODG00000010167)	ENSMODG00000039139	ENSMODG00000048992	FREM2 (ENSMODG00000010202)	STOML3 (ENSMODG00000010211)	PROSER1 (ENSMODG00000010240)	NHLRC3 (ENSMODG00000010254)	ENSMODG00000047369	COG6 (ENSMODG00000010307)	ENSMODG00000024116 #22	FOXO1 (ENSMODG00000010342)	MRPS31 (ENSMODG00000010347)	SLC25A15 (ENSMODG00000044052)	ENSMODG00000010391	ENSMODG00000036949	THSD1 (ENSMODG00000010405)	VPS36 (ENSMODG00000010420)	NEK3 (ENSMODG00000038768)	NEK5 (ENSMODG00000028479)	ALG11 (ENSMODG00000010479)	ATP7B (ENSMODG00000010500)	CCDC70 (ENSMODG00000024110)	ENSMODG00000040020	WDFY2 (ENSMODG00000010528)	INTS6 (ENSMODG00000010648)
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157940	ENSGT00390000016881	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00390000000378.d.b.a.b #22	ENSGT00390000001618.bb #21	ENSGT00940000161558	ENSGT00390000010017	ENSGT00730000110966	ENSGT00940000154335.a	ENSGT00390000013335	ENSGT00390000017209	ENSGT00530000063691.b	ENSGT00940000159738	ENSGT00940000160136	ENSGT00550000075118	ENSGT00940000155749.d	ENSGT00940000153137.a.b.b.b	ENSGT01100000263626	ENSGT00940000158527
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	RFXAP (ENSSHAG00000023216)	ENSSHAG00000001186	ALG5 (ENSSHAG00000004230)	EXOSC8 (ENSSHAG00000005532)	SUPT20H (ENSSHAG00000005725)	POSTN (ENSSHAG00000011227)	TRPC4 (ENSSHAG00000011972)	ENSSHAG00000025671	ENSSHAG00000023606	FREM2 (ENSSHAG00000002649)	STOML3 (ENSSHAG00000006814)	PROSER1 (ENSSHAG00000007220)	NHLRC3 (ENSSHAG00000007495)	LHFPL6 (ENSSHAG00000028858)	COG6 (ENSSHAG00000012320)	ENSSHAG00000000300 #22	ENSSHAG00000023232	FOXO1 (ENSSHAG00000027369)	ENSSHAG00000007140	ENSSHAG00000007778	ENSSHAG00000008155	ENSSHAG00000009283	ENSSHAG00000026952	ENSSHAG00000009985	ENSSHAG00000010217	CCDC70 (ENSSHAG00000012251)	ENSSHAG00000022902	WDFY2 (ENSSHAG00000028867)	INTS6 (ENSSHAG00000023547)	SERPINE3 (ENSSHAG00000014618)	FAM124A (ENSSHAG00000030020)
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	160																ENSGT00390000000378.d.b.a.b #22	ENSGT00390000001618.bb #21
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	144																ENSGT00390000000378.d.b.a.b #22	ENSGT00390000001618.bb #21
koala	MODERN SPECIES	197						POSTN (ENSPCIG00000018838)	TRPC4 (ENSPCIG00000004362)	ENSPCIG00000004578	UFM1 (ENSPCIG00000030753)	FREM2 (ENSPCIG00000037129)	STOML3 (ENSPCIG00000021472)	PROSER1 (ENSPCIG00000021474)	NHLRC3 (ENSPCIG00000021476)	COG6 (ENSPCIG00000024515)	ENSPCIG00000023187	ENSPCIG00000035813 #22	ENSPCIG00000023178 #21	FOXO1 (ENSPCIG00000023175)	MRPS31 (ENSPCIG00000023173)	SLC25A15 (ENSPCIG00000037032)	ENSPCIG00000007124	THSD1 (ENSPCIG00000007135)	VPS36 (ENSPCIG00000007138)	ENSPCIG00000007145	NEK3 (ENSPCIG00000007151)	NEK5 (ENSPCIG00000007170)	ALG11 (ENSPCIG00000007175)	ATP7B (ENSPCIG00000007182)	CCDC70 (ENSPCIG00000007188)	ENSPCIG00000033940	WDFY2 (ENSPCIG00000028314)
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.b #22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.b #22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.b #22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.b #22
Common wonbat	DUPLICATION
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Common wonbat	MODERN SPECIES	740	ALG5 (ENSVURG00010016628)	ENSVURG00010016647	SUPT20H (ENSVURG00010016704)	ENSVURG00010016975	POSTN (ENSVURG00010016998)	TRPC4 (ENSVURG00010017160)	ENSVURG00010017206	UFM1 (ENSVURG00010017221)	FREM2 (ENSVURG00010017236)	STOML3 (ENSVURG00010017258)	PROSER1 (ENSVURG00010017274)	NHLRC3 (ENSVURG00010017303)	ENSVURG00010017311	ENSVURG00010017317	COG6 (ENSVURG00010017325)	ENSVURG00010017365 #22	FOXO1 (ENSVURG00010017374)	MRPS31 (ENSVURG00010017378)	SLC25A15 (ENSVURG00010017389)	THSD1 (ENSVURG00010017395)	VPS36 (ENSVURG00010017407)	ENSVURG00010017419	NEK3 (ENSVURG00010017431)	ENSVURG00010017553	ALG11 (ENSVURG00010017584)	ATP7B (ENSVURG00010017621)	CCDC70 (ENSVURG00010017787)	ENSVURG00010017791	WDFY2 (ENSVURG00010017803)	ENSVURG00010017810	INTS6 (ENSVURG00010017825)
Platypus	MODERN SPECIES	11	BICDL1 (ENSOANG00000039920) #9	ENSOANG00000037945 #9	RAB35 (ENSOANG00000041217) #10	GCN1 (ENSOANG00000015677) #11	RPLP0 (ENSOANG00000006524) ##12	ENSOANG00000006522 #13	SIRT4 (ENSOANG00000004138) #14	PLA2G1B (ENSOANG00000045112) #15	MSI1 (ENSOANG00000044030) #16	ENSOANG00000039273 #17	ENSOANG00000040418 #18	ENSOANG00000038145 #19	ENSOANG00000040045 #17	ENSOANG00000049704 #18	ENSOANG00000043494	DYNLL1 (ENSOANG00000015679) #22	COQ5 (ENSOANG00000045737) #23	RNF10 (ENSOANG00000001790) #24	POP5 (ENSOANG00000001792) #25	ENSOANG00000038214 #26	MLEC (ENSOANG00000046458) #27	UNC119B (ENSOANG00000042245) #28	ACADS (ENSOANG00000007272) #29	ENSOANG00000036592	P2RX2 (ENSOANG00000044593) ##37	POLE (ENSOANG00000010627)	PXMP2 (ENSOANG00000010625)	ENSOANG00000049259	PGAM5 (ENSOANG00000045157)	ENSOANG00000040597	PUS1 (ENSOANG00000036346)
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Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
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Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	4	BICDL1 (ENSGEVG00005018710) #9	RAB35 (ENSGEVG00005018691) #10	GCN1 (ENSGEVG00005018612) #11	RPLP0 (ENSGEVG00005018585) ##12	PXN (ENSGEVG00005018555) #13	SIRT4 (ENSGEVG00005018505) #14	ENSGEVG00005018486	ENSGEVG00005018471	PLA2G1B (ENSGEVG00005018450) #15	MSI1 (ENSGEVG00005018425) #16	ENSGEVG00005018401 #17	TRIAP1 (ENSGEVG00005018384) #18	GATC (ENSGEVG00005018366) #19	SRSF9 (ENSGEVG00005018349) #20	ENSGEVG00005018331	DYNLL1 (ENSGEVG00005018320) #22	COQ5 (ENSGEVG00005018257) #23	RNF10 (ENSGEVG00005018211) #24	POP5 (ENSGEVG00005018187) #25	CABP1 (ENSGEVG00005018113) #26	MLEC (ENSGEVG00005018074) #27	ACADS (ENSGEVG00005018019) #29	SPPL3 (ENSGEVG00005017954) #30	HNF1A (ENSGEVG00005017814) #32	C12orf43 (ENSGEVG00005017772) #33	LIMK2 (ENSGEVG00005017689)	PIK3IP1 (ENSGEVG00005017607)	PATZ1 (ENSGEVG00005017501)	DRG1 (ENSGEVG00005017468)	EIF4ENIF1 (ENSGEVG00005017367)	SFI1 (ENSGEVG00005017262)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	325													GATC (ENSCABG00000018924) #19	SRSF9 (ENSCABG00000018928) #20	ENSCABG00000018931	DYNLL1 (ENSCABG00000018933) #22	COQ5 (ENSCABG00000018936) #23	RNF10 (ENSCABG00000018946) #24	POP5 (ENSCABG00000018971) #25	CABP1 (ENSCABG00000018974) #26	MLEC (ENSCABG00000018976) #27	UNC119B (ENSCABG00000018979) #28	ACADS (ENSCABG00000018982) #29	SPPL3 (ENSCABG00000018986) #30	HNF1A (ENSCABG00000018989) #32	C12orf43 (ENSCABG00000018993) #33	RNF185 (ENSCABG00000018996)	LIMK2 (ENSCABG00000018998)	PIK3IP1 (ENSCABG00000019003)	PATZ1 (ENSCABG00000019007)	DRG1 (ENSCABG00000019009)
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Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	378							SIRT4 (ENSTMTG00000013980) #14	ENSTMTG00000013973	ENSTMTG00000013935	PLA2G1B (ENSTMTG00000013924) #15	MSI1 (ENSTMTG00000013885) #16	COX6A1 (ENSTMTG00000013876) #17	TRIAP1 (ENSTMTG00000013872) #18	GATC (ENSTMTG00000013864) #19	SRSF9 (ENSTMTG00000013857) #20	DYNLL1 (ENSTMTG00000013850) #22	ENSTMTG00000013843	COQ5 (ENSTMTG00000013831) #23	RNF10 (ENSTMTG00000013817) #24	CABP1 (ENSTMTG00000013779) #26	MLEC (ENSTMTG00000013772) #27	UNC119B (ENSTMTG00000013760) #28	ACADS (ENSTMTG00000013744) #29	SPPL3 (ENSTMTG00000013720) #30	HNF1A (ENSTMTG00000013688) #32	C12orf43 (ENSTMTG00000013672) #33	RNF185 (ENSTMTG00000013649)	LIMK2 (ENSTMTG00000013621)	PIK3IP1 (ENSTMTG00000013601)	PATZ1 (ENSTMTG00000013572)	DRG1 (ENSTMTG00000013554)
painted turtle	MODERN SPECIES	787	PRKAB1 (ENSCPBG00000012643) #7	CIT (ENSCPBG00000012634) #8	BICDL1 (ENSCPBG00000012633) #9	RAB35 (ENSCPBG00000012631) #10	GCN1 (ENSCPBG00000011692) #11	RPLP0 (ENSCPBG00000011382) ##12	SIRT4 (ENSCPBG00000011356) #14	ENSCPBG00000011354	ENSCPBG00000011352	PLA2G1B (ENSCPBG00000011351) #15	MSI1 (ENSCPBG00000011349) #16	ENSCPBG00000011345 #17	TRIAP1 (ENSCPBG00000011343) #18	GATC (ENSCPBG00000011342) #19	SRSF9 (ENSCPBG00000011340) #20	DYNLL1 (ENSCPBG00000011339) #22	ENSCPBG00000011336	COQ5 (ENSCPBG00000011334) #23	POP5 (ENSCPBG00000011331) #25	RNF10 (ENSCPBG00000011324) #24	CABP1 (ENSCPBG00000011320) #26	MLEC (ENSCPBG00000011318) #27	UNC119B (ENSCPBG00000011311) #28	ACADS (ENSCPBG00000011308) #29	SPPL3 (ENSCPBG00000011305) #30	HNF1A (ENSCPBG00000011294) #32	C12orf43 (ENSCPBG00000011291) #33	RNF185 (ENSCPBG00000011289)	LIMK2 (ENSCPBG00000011286)	PIK3IP1 (ENSCPBG00000011281)	PATZ1 (ENSCPBG00000011277)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	435																DYNLL1 (ENSPSIG00000013951) #22	COQ5 (ENSPSIG00000013600) #23	RNF10 (ENSPSIG00000013162) #24	POP5 (ENSPSIG00000013154) #25	CABP1 (ENSPSIG00000012699) #26	ENSPSIG00000012651 #27	UNC119B (ENSPSIG00000012635) #28	ACADS (ENSPSIG00000012613) #29	SPPL3 (ENSPSIG00000012511) #30	NWD2 (ENSPSIG00000012454)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	40	TMEM233 (ENSCPRG00005006368)	PRKAB1 (ENSCPRG00005006365) #7	CIT (ENSCPRG00005005717) #8	BICDL1 (ENSCPRG00005005640) #9	RAB35 (ENSCPRG00005005615) #10	GCN1 (ENSCPRG00005005340) #11	RPLP0 (ENSCPRG00005005164) ##12	PXN (ENSCPRG00005005122) #13	SIRT4 (ENSCPRG00005005108) #14	ENSCPRG00005005104	PLA2G1B (ENSCPRG00005005103) #15	MSI1 (ENSCPRG00005004931) #16	COX6A1 (ENSCPRG00005004922) #17	GATC (ENSCPRG00005004918) #19	SRSF9 (ENSCPRG00005004915) #20	DYNLL1 (ENSCPRG00005004914) #22	ENSCPRG00005004912 #21	COQ5 (ENSCPRG00005004884) #23	RNF10 (ENSCPRG00005004840) #24	POP5 (ENSCPRG00005004823) #25	CABP1 (ENSCPRG00005004801) #26	MLEC (ENSCPRG00005004787) #27	UNC119B (ENSCPRG00005004784) #28	ACADS (ENSCPRG00005004769) #29	SPPL3 (ENSCPRG00005004764) #30	HNF1A (ENSCPRG00005004748) #32	C12orf43 (ENSCPRG00005004742) #33	RNF185 (ENSCPRG00005004734)	LIMK2 (ENSCPRG00005004728)	PIK3IP1 (ENSCPRG00005004710)	PATZ1 (ENSCPRG00005004705)
Aves	DUPLICATION
Aves	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.lb #22
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.lb #22
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.lb #22
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.lb #22
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A.n #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.lb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774
Chicken	MODERN SPECIES	6	BICDL1 (ENSGALG00010020865) #9	RAB35 (ENSGALG00010020845) #10	GCN1 (ENSGALG00010021435) #11	RPLP0 (ENSGALG00010021427) ##12	PXN (ENSGALG00010021649) #13	SIRT4 (ENSGALG00010021415) #14	PLA2G1B (ENSGALG00010026939) #15	ENSGALG00010021397	MSI1 (ENSGALG00010021383) #16	COX6A1 (ENSGALG00010021315) #17	TRIAP1 (ENSGALG00010021311) #18	GATC (ENSGALG00010021296) #19	ENSGALG00010021278 #21	COQ5 (ENSGALG00010021266) #23	ENSGALG00010021249 #21	DYL1 (ENSGALG00010021243) #22	ENSGALG00010021189 #22	DYL2 (ENSGALG00010021185) #22	RNF10 (ENSGALG00010023102) #24	POP5 (ENSGALG00010023093) #25	CABP5 (ENSGALG00010023019) #26	MLEC (ENSGALG00010026999) #27	UNC119B (ENSGALG00010022933) #28	ACADS (ENSGALG00010022862) #29	SPPL3 (ENSGALG00010022806) #30	HNF1A (ENSGALG00010022741) #32	C12orf43 (ENSGALG00010022718) #33	RNF5 (ENSGALG00010022709)	LIMK2 (ENSGALG00010026980)	PIK3IP1 (ENSGALG00010022695)	PATZ1 (ENSGALG00010022649)
Aves	DUPLICATION
Aves	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774
African ostrich	MODERN SPECIES	1054	CIT (ENSSCUG00000019004) #8	ENSSCUG00000019003	RAB35 (ENSSCUG00000019002) #10	GCN1 (ENSSCUG00000018987) #11	RPLP0 (ENSSCUG00000018968) ##12	PXN (ENSSCUG00000018966) #13	SIRT4 (ENSSCUG00000018959) #14	ENSSCUG00000018957	ENSSCUG00000018955	PLA2G1B (ENSSCUG00000018954) #15	MSI1 (ENSSCUG00000018952) #16	COX6A1 (ENSSCUG00000018948) #17	GATC (ENSSCUG00000018944) #19	COQ5 (ENSSCUG00000018943) #23	ENSSCUG00000018942 #22	ENSSCUG00000018941 #22	ENSSCUG00000018940 #21	RNF10 (ENSSCUG00000018939) #24	CABP1 (ENSSCUG00000018938) #26	MLEC (ENSSCUG00000018937) #27	UNC119B (ENSSCUG00000018936) #28	ACADS (ENSSCUG00000018935) #29	SPPL3 (ENSSCUG00000018934) #30	HNF1A (ENSSCUG00000018933) #32	C12orf43 (ENSSCUG00000018932) #33	RNF185 (ENSSCUG00000018931)	LIMK2 (ENSSCUG00000018930)	PIK3IP1 (ENSSCUG00000018928)	PATZ1 (ENSSCUG00000018927)	DRG1 (ENSSCUG00000018926)	SFI1 (ENSSCUG00000018925)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133
Galloanserae	DUPLICATION
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Duck	MODERN SPECIES	7	PRKAB1 (ENSAPLG00000009490) #7	CIT (ENSAPLG00000009657) #8	BICDL1 (ENSAPLG00000010709) #9	RAB35 (ENSAPLG00000029700) #10	GCN1 (ENSAPLG00000010927) #11	RPLP0 (ENSAPLG00000012902) ##12	PXN (ENSAPLG00000012909) #13	ENSAPLG00000023537	SIRT4 (ENSAPLG00000013628) #14	PLA2G1B (ENSAPLG00000013778) #15	ENSAPLG00000030833 #16	ENSAPLG00000023986 #16	COX6A1 (ENSAPLG00000014977) #17	TRIAP1 (ENSAPLG00000027294) #18	GATC (ENSAPLG00000017939) #19	ENSAPLG00000016659 #22	COQ5 (ENSAPLG00000015103) #23	ENSAPLG00000020807 #22	ENSAPLG00000018997 #22	RNF10 (ENSAPLG00000015268) #24	POP5 (ENSAPLG00000015761) #25	ENSAPLG00000025920	CABP1 (ENSAPLG00000015765) #26	ACADS (ENSAPLG00000016040) #29	SPPL3 (ENSAPLG00000001664) #30	HNF1A (ENSAPLG00000002580) #32	C12orf43 (ENSAPLG00000018598) #33	RNF185 (ENSAPLG00000003040)	LIMK2 (ENSAPLG00000003115)	PIK3IP1 (ENSAPLG00000003911)	PATZ1 (ENSAPLG00000003934)
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Passeriformes	DUPLICATION
Passeriformes	DUPLICATION
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Zebra finch	DUPLICATION
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Golden eagle	MODERN SPECIES	25	PRKAB1 (ENSACCG00020008181) #7	CIT (ENSACCG00020008033) #8	BICDL1 (ENSACCG00020007860) #9	RAB35 (ENSACCG00020007842) #10	GCN1 (ENSACCG00020007815) #11	RPLP0 (ENSACCG00020007783) ##12	ENSACCG00020007770	SIRT4 (ENSACCG00020007745) #14	PLA2G1B (ENSACCG00020007737) #15	MSI1 (ENSACCG00020007708) #16	COX6A1 (ENSACCG00020007692) #17	TRIAP1 (ENSACCG00020007684) #18	GATC (ENSACCG00020007663) #19	ENSACCG00020007644	COQ5 (ENSACCG00020007634) #23	ENSACCG00020007625 #22	ENSACCG00020007614 #22	ENSACCG00020007607 #22	RNF10 (ENSACCG00020007598) #24	POP5 (ENSACCG00020007585) #25	CABP1 (ENSACCG00020007562) #26	MLEC (ENSACCG00020007546) #27	UNC119B (ENSACCG00020007538) #28	ACADS (ENSACCG00020007524) #29	SPPL3 (ENSACCG00020007484) #30	HNF1A (ENSACCG00020007465) #32	C12orf43 (ENSACCG00020007455) #33	RNF185 (ENSACCG00020007442)	LIMK2 (ENSACCG00020007422)	PIK3IP1 (ENSACCG00020007404)	PATZ1 (ENSACCG00020007374)
Kakapo	MODERN SPECIES	3	CIT (ENSSHBG00005012226) #8	BICDL1 (ENSSHBG00005011712) #9	RAB35 (ENSSHBG00005011673) #10	GCN1 (ENSSHBG00005011451) #11	RPLP0 (ENSSHBG00005011287) ##12	PXN (ENSSHBG00005011255) #13	SIRT4 (ENSSHBG00005011201) #14	PLA2G1B (ENSSHBG00005011181) #15	MSI1 (ENSSHBG00005011121) #16	ENSSHBG00005011091 #17	TRIAP1 (ENSSHBG00005011071) #18	GATC (ENSSHBG00005011044) #19	ENSSHBG00005011018	COQ5 (ENSSHBG00005010983) #23	ENSSHBG00005010938	DYNLL1 (ENSSHBG00005010894) #22	ENSSHBG00005010843	RNF10 (ENSSHBG00005010801) #24	POP5 (ENSSHBG00005010759) #25	CABP1 (ENSSHBG00005010695) #26	MLEC (ENSSHBG00005010669) #27	UNC119B (ENSSHBG00005010638) #28	ACADS (ENSSHBG00005010599) #29	SPPL3 (ENSSHBG00005010566) #30	HNF1A (ENSSHBG00005010507) #32	C12orf43 (ENSSHBG00005010470) #33	RNF185 (ENSSHBG00005010428)	LIMK2 (ENSSHBG00005019978)	PIK3IP1 (ENSSHBG00005019977)	PATZ1 (ENSSHBG00005019975)	DRG1 (ENSSHBG00005019974)
Aves	DUPLICATION
Aves	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A.n #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B	ENSGT00390000012071
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A.n #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.lb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296.q	ENSGT00940000153340.B	ENSGT00390000012071
Turkey	MODERN SPECIES	8	LARP4 (ENSMGAG00000010598)	DIP2B (ENSMGAG00000010609)	ATF1 (ENSMGAG00000010646)	ENSMGAG00000010659	ENSMGAG00000010667	ENSMGAG00000016054	ENSMGAG00000005282	ENSMGAG00000022175	ENSMGAG00000005352	ENSMGAG00000005402	ENSMGAG00000005560	ENSMGAG00000005511	ENSMGAG00000008666 #24	ENSMGAG00000019123	ENSMGAG00000022883 #22	ENSMGAG00000021181 #22	ENSMGAG00000017798 #22	ENSMGAG00000021900 #21	ENSMGAG00000019160 #22	ENSMGAG00000020783 #21	COX6A1 (ENSMGAG00000018548) #17	ENSMGAG00000008738 #18	GATC (ENSMGAG00000008733) #19	COQ5 (ENSMGAG00000008710) #23	ENSMGAG00000020960 #16	ENSMGAG00000016518 #16	ENSMGAG00000016526 #15	ENSMGAG00000008796 #15	ENSMGAG00000008852 #14	ENSMGAG00000008856 #13	ENSMGAG00000008894 ##12
Chicken	MODERN SPECIES	6	GCN1 (ENSGALG00010021435) #11	RPLP0 (ENSGALG00010021427) ##12	PXN (ENSGALG00010021649) #13	SIRT4 (ENSGALG00010021415) #14	PLA2G1B (ENSGALG00010026939) #15	ENSGALG00010021397	MSI1 (ENSGALG00010021383) #16	COX6A1 (ENSGALG00010021315) #17	TRIAP1 (ENSGALG00010021311) #18	GATC (ENSGALG00010021296) #19	ENSGALG00010021278 #21	COQ5 (ENSGALG00010021266) #23	ENSGALG00010021249 #21	DYL1 (ENSGALG00010021243) #22	ENSGALG00010021189 #22	DYL2 (ENSGALG00010021185) #22	RNF10 (ENSGALG00010023102) #24	POP5 (ENSGALG00010023093) #25	CABP5 (ENSGALG00010023019) #26	MLEC (ENSGALG00010026999) #27	UNC119B (ENSGALG00010022933) #28	ACADS (ENSGALG00010022862) #29	SPPL3 (ENSGALG00010022806) #30	HNF1A (ENSGALG00010022741) #32	C12orf43 (ENSGALG00010022718) #33	RNF5 (ENSGALG00010022709)	LIMK2 (ENSGALG00010026980)	PIK3IP1 (ENSGALG00010022695)	PATZ1 (ENSGALG00010022649)	DRG1 (ENSGALG00010022037)	EIF4ENIF1 (ENSGALG00010022027)
Japanese quail	MODERN SPECIES	6	GCN1 (ENSCJPG00005013460) #11	RPLP0 (ENSCJPG00005013458) ##12	PXN (ENSCJPG00005013456) #13	SIRT4 (ENSCJPG00005013453) #14	ENSCJPG00005013452 #15	ENSCJPG00005013451 #15	MSI1 (ENSCJPG00005013400) #16	ENSCJPG00005013399 #17	TRIAP1 (ENSCJPG00005013394) #18	GATC (ENSCJPG00005013378) #19	ENSCJPG00005013367 #22	COQ5 (ENSCJPG00005013365) #23	ENSCJPG00005013357 #22	ENSCJPG00005013356 #21	ENSCJPG00005013355 #22	ENSCJPG00005013354 #22	RNF10 (ENSCJPG00005013353) #24	POP5 (ENSCJPG00005013351) #25	CABP1 (ENSCJPG00005013349) #26	MLEC (ENSCJPG00005013348) #27	UNC119B (ENSCJPG00005013347) #28	ACADS (ENSCJPG00005013307) #29	SPPL3 (ENSCJPG00005013306) #30	HNF1A (ENSCJPG00005013300) #32	ENSCJPG00005013298	RNF185 (ENSCJPG00005013294)	LIMK2 (ENSCJPG00005013291)	PIK3IP1 (ENSCJPG00005013285)	PATZ1 (ENSCJPG00005013283)	DRG1 (ENSCJPG00005013279)	EIF4ENIF1 (ENSCJPG00005013151)
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00960000190102	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	83	RAB35 (ENSABRG00000017725) #10	GCN1 (ENSABRG00000016655) #11	RPLP0 (ENSABRG00000016497) ##12	PXN (ENSABRG00000016436) #13	SIRT4 (ENSABRG00000016419) #14	PLA2G1B (ENSABRG00000016412) #15	MSI1 (ENSABRG00000016398) #16	COX6A1 (ENSABRG00000016394) #17	TRIAP1 (ENSABRG00000016389) #18	GATC (ENSABRG00000016378) #19	ENSABRG00000016356 #22	COQ5 (ENSABRG00000016350) #23	ENSABRG00000016344 #22	ENSABRG00000016341 #21	ENSABRG00000016337 #22	ENSABRG00000016323 #22	ENSABRG00000016316	RNF10 (ENSABRG00000016061) #24	POP5 (ENSABRG00000016028) #25	CABP1 (ENSABRG00000016015) #26	MLEC (ENSABRG00000016002) #27	UNC119B (ENSABRG00000015994) #28	ACADS (ENSABRG00000015976) #29	SPPL3 (ENSABRG00000015919) #30	HNF1A (ENSABRG00000015909) #32	C12orf43 (ENSABRG00000015894) #33	RNF185 (ENSABRG00000015886)	LIMK2 (ENSABRG00000015262)	PIK3IP1 (ENSABRG00000015168)	PATZ1 (ENSABRG00000015149)	DRG1 (ENSABRG00000015086)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	159															ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B	ENSGT00390000012071
Golden eagle	MODERN SPECIES	25	BICDL1 (ENSACCG00020007860) #9	RAB35 (ENSACCG00020007842) #10	GCN1 (ENSACCG00020007815) #11	RPLP0 (ENSACCG00020007783) ##12	ENSACCG00020007770	SIRT4 (ENSACCG00020007745) #14	PLA2G1B (ENSACCG00020007737) #15	MSI1 (ENSACCG00020007708) #16	COX6A1 (ENSACCG00020007692) #17	TRIAP1 (ENSACCG00020007684) #18	GATC (ENSACCG00020007663) #19	ENSACCG00020007644	COQ5 (ENSACCG00020007634) #23	ENSACCG00020007625 #22	ENSACCG00020007614 #22	ENSACCG00020007607 #22	RNF10 (ENSACCG00020007598) #24	POP5 (ENSACCG00020007585) #25	CABP1 (ENSACCG00020007562) #26	MLEC (ENSACCG00020007546) #27	UNC119B (ENSACCG00020007538) #28	ACADS (ENSACCG00020007524) #29	SPPL3 (ENSACCG00020007484) #30	HNF1A (ENSACCG00020007465) #32	C12orf43 (ENSACCG00020007455) #33	RNF185 (ENSACCG00020007442)	LIMK2 (ENSACCG00020007422)	PIK3IP1 (ENSACCG00020007404)	PATZ1 (ENSACCG00020007374)	DRG1 (ENSACCG00020007351)	EIF4ENIF1 (ENSACCG00020007310)
Aves	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A.n #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
Japanese quail	MODERN SPECIES	6	RAB35 (ENSCJPG00005014309) #10	GCN1 (ENSCJPG00005013460) #11	RPLP0 (ENSCJPG00005013458) ##12	PXN (ENSCJPG00005013456) #13	SIRT4 (ENSCJPG00005013453) #14	ENSCJPG00005013452 #15	ENSCJPG00005013451 #15	MSI1 (ENSCJPG00005013400) #16	ENSCJPG00005013399 #17	TRIAP1 (ENSCJPG00005013394) #18	GATC (ENSCJPG00005013378) #19	ENSCJPG00005013367 #22	COQ5 (ENSCJPG00005013365) #23	ENSCJPG00005013357 #22	ENSCJPG00005013356 #21	ENSCJPG00005013355 #22	ENSCJPG00005013354 #22	RNF10 (ENSCJPG00005013353) #24	POP5 (ENSCJPG00005013351) #25	CABP1 (ENSCJPG00005013349) #26	MLEC (ENSCJPG00005013348) #27	UNC119B (ENSCJPG00005013347) #28	ACADS (ENSCJPG00005013307) #29	SPPL3 (ENSCJPG00005013306) #30	HNF1A (ENSCJPG00005013300) #32	ENSCJPG00005013298	RNF185 (ENSCJPG00005013294)	LIMK2 (ENSCJPG00005013291)	PIK3IP1 (ENSCJPG00005013285)	PATZ1 (ENSCJPG00005013283)	DRG1 (ENSCJPG00005013279)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A.n #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.lb #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296.q	ENSGT00940000153340.B
Chicken	MODERN SPECIES	6	RAB35 (ENSGALG00010020845) #10	GCN1 (ENSGALG00010021435) #11	RPLP0 (ENSGALG00010021427) ##12	PXN (ENSGALG00010021649) #13	SIRT4 (ENSGALG00010021415) #14	PLA2G1B (ENSGALG00010026939) #15	ENSGALG00010021397	MSI1 (ENSGALG00010021383) #16	COX6A1 (ENSGALG00010021315) #17	TRIAP1 (ENSGALG00010021311) #18	GATC (ENSGALG00010021296) #19	ENSGALG00010021278 #21	COQ5 (ENSGALG00010021266) #23	ENSGALG00010021249 #21	DYL1 (ENSGALG00010021243) #22	ENSGALG00010021189 #22	DYL2 (ENSGALG00010021185) #22	RNF10 (ENSGALG00010023102) #24	POP5 (ENSGALG00010023093) #25	CABP5 (ENSGALG00010023019) #26	MLEC (ENSGALG00010026999) #27	UNC119B (ENSGALG00010022933) #28	ACADS (ENSGALG00010022862) #29	SPPL3 (ENSGALG00010022806) #30	HNF1A (ENSGALG00010022741) #32	C12orf43 (ENSGALG00010022718) #33	RNF5 (ENSGALG00010022709)	LIMK2 (ENSGALG00010026980)	PIK3IP1 (ENSGALG00010022695)	PATZ1 (ENSGALG00010022649)	DRG1 (ENSGALG00010022037)
Turkey	MODERN SPECIES	8	LIMA1 (ENSMGAG00000010583)	LARP4 (ENSMGAG00000010598)	DIP2B (ENSMGAG00000010609)	ATF1 (ENSMGAG00000010646)	ENSMGAG00000010659	ENSMGAG00000010667	ENSMGAG00000016054	ENSMGAG00000005282	ENSMGAG00000022175	ENSMGAG00000005352	ENSMGAG00000005402	ENSMGAG00000005560	ENSMGAG00000005511	ENSMGAG00000008666 #24	ENSMGAG00000019123	ENSMGAG00000022883 #22	ENSMGAG00000021181 #22	ENSMGAG00000017798 #22	ENSMGAG00000021900 #21	ENSMGAG00000019160 #22	ENSMGAG00000020783 #21	COX6A1 (ENSMGAG00000018548) #17	ENSMGAG00000008738 #18	GATC (ENSMGAG00000008733) #19	COQ5 (ENSMGAG00000008710) #23	ENSMGAG00000020960 #16	ENSMGAG00000016518 #16	ENSMGAG00000016526 #15	ENSMGAG00000008796 #15	ENSMGAG00000008852 #14	ENSMGAG00000008856 #13
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a.a #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00960000190102	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00900000143589	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	83	BICDL1 (ENSABRG00000017730) #9	RAB35 (ENSABRG00000017725) #10	GCN1 (ENSABRG00000016655) #11	RPLP0 (ENSABRG00000016497) ##12	PXN (ENSABRG00000016436) #13	SIRT4 (ENSABRG00000016419) #14	PLA2G1B (ENSABRG00000016412) #15	MSI1 (ENSABRG00000016398) #16	COX6A1 (ENSABRG00000016394) #17	TRIAP1 (ENSABRG00000016389) #18	GATC (ENSABRG00000016378) #19	ENSABRG00000016356 #22	COQ5 (ENSABRG00000016350) #23	ENSABRG00000016344 #22	ENSABRG00000016341 #21	ENSABRG00000016337 #22	ENSABRG00000016323 #22	ENSABRG00000016316	RNF10 (ENSABRG00000016061) #24	POP5 (ENSABRG00000016028) #25	CABP1 (ENSABRG00000016015) #26	MLEC (ENSABRG00000016002) #27	UNC119B (ENSABRG00000015994) #28	ACADS (ENSABRG00000015976) #29	SPPL3 (ENSABRG00000015919) #30	HNF1A (ENSABRG00000015909) #32	C12orf43 (ENSABRG00000015894) #33	RNF185 (ENSABRG00000015886)	LIMK2 (ENSABRG00000015262)	PIK3IP1 (ENSABRG00000015168)	PATZ1 (ENSABRG00000015149)
Duck	MODERN SPECIES	7	RAB35 (ENSAPLG00000029700) #10	GCN1 (ENSAPLG00000010927) #11	RPLP0 (ENSAPLG00000012902) ##12	PXN (ENSAPLG00000012909) #13	ENSAPLG00000023537	SIRT4 (ENSAPLG00000013628) #14	PLA2G1B (ENSAPLG00000013778) #15	ENSAPLG00000030833 #16	ENSAPLG00000023986 #16	COX6A1 (ENSAPLG00000014977) #17	TRIAP1 (ENSAPLG00000027294) #18	GATC (ENSAPLG00000017939) #19	ENSAPLG00000016659 #22	COQ5 (ENSAPLG00000015103) #23	ENSAPLG00000020807 #22	ENSAPLG00000018997 #22	RNF10 (ENSAPLG00000015268) #24	POP5 (ENSAPLG00000015761) #25	ENSAPLG00000025920	CABP1 (ENSAPLG00000015765) #26	ACADS (ENSAPLG00000016040) #29	SPPL3 (ENSAPLG00000001664) #30	HNF1A (ENSAPLG00000002580) #32	C12orf43 (ENSAPLG00000018598) #33	RNF185 (ENSAPLG00000003040)	LIMK2 (ENSAPLG00000003115)	PIK3IP1 (ENSAPLG00000003911)	PATZ1 (ENSAPLG00000003934)	DRG1 (ENSAPLG00000004250)	EIF4ENIF1 (ENSAPLG00000004503)	PISD (ENSAPLG00000020568)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	159																ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839.p ##12	ENSGT00940000158897.l #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000000378.d.b.mb.a #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.b #22	ENSGT00390000000378.d.b.mb.b.a #22	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
Golden eagle	MODERN SPECIES	25	CIT (ENSACCG00020008033) #8	BICDL1 (ENSACCG00020007860) #9	RAB35 (ENSACCG00020007842) #10	GCN1 (ENSACCG00020007815) #11	RPLP0 (ENSACCG00020007783) ##12	ENSACCG00020007770	SIRT4 (ENSACCG00020007745) #14	PLA2G1B (ENSACCG00020007737) #15	MSI1 (ENSACCG00020007708) #16	COX6A1 (ENSACCG00020007692) #17	TRIAP1 (ENSACCG00020007684) #18	GATC (ENSACCG00020007663) #19	ENSACCG00020007644	COQ5 (ENSACCG00020007634) #23	ENSACCG00020007625 #22	ENSACCG00020007614 #22	ENSACCG00020007607 #22	RNF10 (ENSACCG00020007598) #24	POP5 (ENSACCG00020007585) #25	CABP1 (ENSACCG00020007562) #26	MLEC (ENSACCG00020007546) #27	UNC119B (ENSACCG00020007538) #28	ACADS (ENSACCG00020007524) #29	SPPL3 (ENSACCG00020007484) #30	HNF1A (ENSACCG00020007465) #32	C12orf43 (ENSACCG00020007455) #33	RNF185 (ENSACCG00020007442)	LIMK2 (ENSACCG00020007422)	PIK3IP1 (ENSACCG00020007404)	PATZ1 (ENSACCG00020007374)	DRG1 (ENSACCG00020007351)
African ostrich	MODERN SPECIES	1054	PRKAB1 (ENSSCUG00000019005) #7	CIT (ENSSCUG00000019004) #8	ENSSCUG00000019003	RAB35 (ENSSCUG00000019002) #10	GCN1 (ENSSCUG00000018987) #11	RPLP0 (ENSSCUG00000018968) ##12	PXN (ENSSCUG00000018966) #13	SIRT4 (ENSSCUG00000018959) #14	ENSSCUG00000018957	ENSSCUG00000018955	PLA2G1B (ENSSCUG00000018954) #15	MSI1 (ENSSCUG00000018952) #16	COX6A1 (ENSSCUG00000018948) #17	GATC (ENSSCUG00000018944) #19	COQ5 (ENSSCUG00000018943) #23	ENSSCUG00000018942 #22	ENSSCUG00000018941 #22	ENSSCUG00000018940 #21	RNF10 (ENSSCUG00000018939) #24	CABP1 (ENSSCUG00000018938) #26	MLEC (ENSSCUG00000018937) #27	UNC119B (ENSSCUG00000018936) #28	ACADS (ENSSCUG00000018935) #29	SPPL3 (ENSSCUG00000018934) #30	HNF1A (ENSSCUG00000018933) #32	C12orf43 (ENSSCUG00000018932) #33	RNF185 (ENSSCUG00000018931)	LIMK2 (ENSSCUG00000018930)	PIK3IP1 (ENSSCUG00000018928)	PATZ1 (ENSSCUG00000018927)	DRG1 (ENSSCUG00000018926)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000173122	ENSGT00940000154297.B	ENSGT01020000230351.F ##37	ENSGT00940000153899.b.a	ENSGT00940000160448	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296
tuatara	MODERN SPECIES	188	ENSSPUG00000015968	SCARF2 (ENSSPUG00000015910)	ENSSPUG00000015895	SLC7A4 (ENSSPUG00000015885)	ENSSPUG00000015879 ##37	ENSSPUG00000015871	ENSSPUG00000015819	SIRT4 (ENSSPUG00000015797) #14	ENSSPUG00000015783	PLA2G1B (ENSSPUG00000015775) #15	MSI1 (ENSSPUG00000015741) #16	COX6A1 (ENSSPUG00000015718) #17	TRIAP1 (ENSSPUG00000015707) #18	GATC (ENSSPUG00000015693) #19	SRSF9 (ENSSPUG00000015680) #20	DYNLL1 (ENSSPUG00000015673) #22	COQ5 (ENSSPUG00000015661) #23	RNF10 (ENSSPUG00000015562) #24	POP5 (ENSSPUG00000015531) #25	CABP1 (ENSSPUG00000015451) #26	MLEC (ENSSPUG00000015428) #27	UNC119B (ENSSPUG00000015419) #28	ACADS (ENSSPUG00000015406) #29	SPPL3 (ENSSPUG00000015380) #30	HNF1A (ENSSPUG00000015359) #32	C12orf43 (ENSSPUG00000015354) #33	RNF185 (ENSSPUG00000015343)	LIMK2 (ENSSPUG00000015329)	PIK3IP1 (ENSSPUG00000015323)	PATZ1 (ENSSPUG00000015298)	DRG1 (ENSSPUG00000015278)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000173122	ENSGT00940000154297.B	ENSGT01020000230351.F ##37	ENSGT00940000153899.b.a	ENSGT00940000160448	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183101.b	ENSGT00390000017663	ENSGT00940000154637	ENSGT00940000154297.B	ENSGT01020000230351.F ##37	ENSGT00940000153899.b.a	ENSGT00940000160448	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515.c #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
Common wall lizard	MODERN SPECIES	7	ENSPMRG00000016879	AIFM3 (ENSPMRG00000016885)	SIRT4 (ENSPMRG00000016899) #14	ENSPMRG00000016903	ENSPMRG00000016908	PLA2G1B (ENSPMRG00000016918) #15	ENSPMRG00000016920 #16	ENSPMRG00000016928 #16	ENSPMRG00000016934 #17	TRIAP1 (ENSPMRG00000016937) #18	ENSPMRG00000016939	ENSPMRG00000016945	ENSPMRG00000016948	SRSF9 (ENSPMRG00000016955) #20	ENSPMRG00000016959 #21	DYNLL1 (ENSPMRG00000016961) #22	COQ5 (ENSPMRG00000016967) #23	RNF10 (ENSPMRG00000016978) #24	POP5 (ENSPMRG00000016983) #25	CABP1 (ENSPMRG00000016988) #26	MLEC (ENSPMRG00000016994) #27	UNC119B (ENSPMRG00000016998) #28	ACADS (ENSPMRG00000017008) #29	SPPL3 (ENSPMRG00000017016) #30	HNF1A (ENSPMRG00000017023) #32	C12orf43 (ENSPMRG00000017038) #33	RNF185 (ENSPMRG00000017046)	LIMK2 (ENSPMRG00000017054)	PIK3IP1 (ENSPMRG00000017069)	ENSPMRG00000017075	PATZ1 (ENSPMRG00000017081)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	41	ENSSMRG00000005284	ENSSMRG00000005287	SLC7A4 (ENSSMRG00000005290)	LRRC74B (ENSSMRG00000005294)	P2RX6 (ENSSMRG00000005302) ##37	ENSSMRG00000005335	AIFM3 (ENSSMRG00000005338)	SIRT4 (ENSSMRG00000005351) #14	ENSSMRG00000005352	ENSSMRG00000005564	MSI1 (ENSSMRG00000005606) #16	ENSSMRG00000005618 #17	TRIAP1 (ENSSMRG00000005620) #18	GATC (ENSSMRG00000005624) #19	SRSF9 (ENSSMRG00000005625) #20	DYNLL1 (ENSSMRG00000005630) #22	COQ5 (ENSSMRG00000005633) #23	RNF10 (ENSSMRG00000005636) #24	POP5 (ENSSMRG00000005639) #25	CABP1 (ENSSMRG00000005642) #26	MLEC (ENSSMRG00000005644) #27	UNC119B (ENSSMRG00000005645) #28	ACADS (ENSSMRG00000005665) #29	SPPL3 (ENSSMRG00000005670) #30	ENSSMRG00000005671 ##32	RTN4R (ENSSMRG00000005672)	PXMP2 (ENSSMRG00000005684)	POLE (ENSSMRG00000005701)	P2RX2 (ENSSMRG00000006629) ##37	ISG15 (ENSSMRG00000006640)	PLA2G3 (ENSSMRG00000006644)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154637	ENSGT00940000173122	ENSGT00940000154297.B	ENSGT01020000230351.F ##37	ENSGT00940000153899.b.a	ENSGT00940000160448	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00390000004807	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000006265.b	ENSGT00950000183101.b	ENSGT00390000017663	ENSGT00940000154637	ENSGT00940000173122	ENSGT00940000154297.B	ENSGT00940000153899.b.a	ENSGT00940000160448.a	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00900000143589	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133.a	ENSGT00390000017774
Indian cobra	MODERN SPECIES	16	RTN4R (ENSNNAG00000017084)	ENSNNAG00000017087	ENSNNAG00000017101	SCARF2 (ENSNNAG00000017126)	ENSNNAG00000017133	SLC7A4 (ENSNNAG00000017136)	LRRC74B (ENSNNAG00000017139)	ENSNNAG00000017147	AIFM3 (ENSNNAG00000017155)	SIRT4 (ENSNNAG00000017182) #14	ENSNNAG00000017211	MSI1 (ENSNNAG00000017246) #16	ENSNNAG00000017255 #17	SRSF9 (ENSNNAG00000017260) #20	GATC (ENSNNAG00000017266) #19	DYNLL1 (ENSNNAG00000017273) #22	COQ5 (ENSNNAG00000017279) #23	RNF10 (ENSNNAG00000017290) #24	POP5 (ENSNNAG00000017302) #25	CABP1 (ENSNNAG00000017308) #26	ENSNNAG00000017314	MLEC (ENSNNAG00000017317) #27	UNC119B (ENSNNAG00000017321) #28	ACADS (ENSNNAG00000017329) #29	SPPL3 (ENSNNAG00000017336) #30	HNF1A (ENSNNAG00000017349) #32	ENSNNAG00000017380	RNF185 (ENSNNAG00000017392)	LIMK2 (ENSNNAG00000017431)	PIK3IP1 (ENSNNAG00000017569)	PATZ1 (ENSNNAG00000017576)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00390000006265.b	ENSGT00950000183101.b	ENSGT00390000017663	ENSGT00940000154637	ENSGT00940000173122	ENSGT00940000154297.B	ENSGT00940000153899.b.a	ENSGT00940000160448.a	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000154612 #17	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133.a	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000160711	ENSGT00390000006265.b	ENSGT00950000183101.b	ENSGT00390000017663	ENSGT00940000154637	ENSGT00940000173122	ENSGT00940000154297.B	ENSGT00940000153899.b.a	ENSGT00940000160448.a	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000160097.d	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000162087 #18	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00390000014595.b #28	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.a #32	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133.a	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	390												ENSNSUG00000000108 #17	TRIAP1 (ENSNSUG00000000089) #18	GATC (ENSNSUG00000019418) #19	SRSF9 (ENSNSUG00000019417) #20	DYNLL1 (ENSNSUG00000019416) #22	COQ5 (ENSNSUG00000019415) #23	RNF10 (ENSNSUG00000019414) #24	POP5 (ENSNSUG00000019413) #25	CABP1 (ENSNSUG00000019412) #26	MLEC (ENSNSUG00000019411) #27	UNC119B (ENSNSUG00000019410) #28	ACADS (ENSNSUG00000019409) #29	SPPL3 (ENSNSUG00000019407) #30
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	90	SCARF2 (ENSPTXG00000011210)	ENSPTXG00000011209	SLC7A4 (ENSPTXG00000011208)	ENSPTXG00000011207	ENSPTXG00000011206	ENSPTXG00000011205	ENSPTXG00000011203	SIRT4 (ENSPTXG00000011202) #14	ENSPTXG00000011201	ENSPTXG00000011199	MSI1 (ENSPTXG00000011148) #16	ENSPTXG00000011146 #17	TRIAP1 (ENSPTXG00000011144) #18	GATC (ENSPTXG00000011143) #19	SRSF9 (ENSPTXG00000011141) #20	DYNLL1 (ENSPTXG00000011140) #22	ENSPTXG00000011138 #21	COQ5 (ENSPTXG00000011137) #23	RNF10 (ENSPTXG00000011135) #24	ENSPTXG00000011134	ENSPTXG00000011133	CABP1 (ENSPTXG00000011132) #26	MLEC (ENSPTXG00000011131) #27	UNC119B (ENSPTXG00000011130) #28	ACADS (ENSPTXG00000011129) #29	SPPL3 (ENSPTXG00000011125) #30	HNF1A (ENSPTXG00000011123) #32	RNF185 (ENSPTXG00000019135)	LIMK2 (ENSPTXG00000019110)	PIK3IP1 (ENSPTXG00000019107)	PATZ1 (ENSPTXG00000019106)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	39												ENSLLTG00000004061 #17	TRIAP1 (ENSLLTG00000004085) #18	GATC (ENSLLTG00000004109) #19	SRSF9 (ENSLLTG00000004127) #20	DYNLL1 (ENSLLTG00000004141) #22	COQ5 (ENSLLTG00000004155) #23
Lizard	DUPLICATION
Lizard	MODERN SPECIES	952								SIRT4 (ENSACAG00000002657) #14	ENSACAG00000002678	ENSACAG00000040315	PLA2G1B (ENSACAG00000002718) #15	MSI1 (ENSACAG00000002762) #16	GATC (ENSACAG00000002868) #19	TRIAP1 (ENSACAG00000002865) #18	SRSF9 (ENSACAG00000002877) #20	ENSACAG00000035311 #22	ENSACAG00000002915 #21	COQ5 (ENSACAG00000002934) #23	RNF10 (ENSACAG00000002995) #24	POP5 (ENSACAG00000003091) #25	CABP1 (ENSACAG00000003096) #26	MLEC (ENSACAG00000003140) #27	UNC119B (ENSACAG00000003157) #28	ENSACAG00000039294	ACADS (ENSACAG00000003186) #29	SPPL3 (ENSACAG00000003264) #30	tbc1d10a (ENSACAG00000044495)	TMEM233 (ENSACAG00000029312)	PRKAB1 (ENSACAG00000003403) #7	CIT (ENSACAG00000003441) #8	BICDL1 (ENSACAG00000003619) #9
Lizard	MODERN SPECIES		BAG5 (ENSACAG00000010605)	ENSACAG00000043293	ENSACAG00000010630	XRCC3 (ENSACAG00000010735)	ZFYVE21 (ENSACAG00000010763)	PPP1R13B (ENSACAG00000010785)	ENSACAG00000043018	RD3L (ENSACAG00000041921)	TDRD9 (ENSACAG00000010862)	ENSACAG00000024024	ENSACAG00000041293	ENSACAG00000010962	ENSACAG00000042276	KIF26A (ENSACAG00000011013)	TMEM179 (ENSACAG00000041902)	ENSACAG00000035927 #22	INF2 (ENSACAG00000011137)	ENSACAG00000011202	PLD4 (ENSACAG00000011309)	CEP170B (ENSACAG00000011394)	ZBTB42 (ENSACAG00000011451)	ENSACAG00000037867	AKT1 (ENSACAG00000011455)	SIVA1 (ENSACAG00000040990)	ADSS1 (ENSACAG00000011672)	ENSACAG00000025647	ENSACAG00000035107	ENSACAG00000011840	ENSACAG00000011854	PRKCH (ENSACAG00000006398)	HIF1A (ENSACAG00000016205)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162372	ENSGT00940000155307.b #7	ENSGT01030000234517.E #8	ENSGT00940000157442 #9	ENSGT00940000158557 #10	ENSGT00940000153612.B #11	ENSGT00390000017839 #12	ENSGT00940000158897 #13	ENSGT00940000158891 #14	ENSGT00940000180342	ENSGT00940000154885.A #15	ENSGT00940000156515 #16	ENSGT00940000163530	ENSGT00390000018351 #19	ENSGT00940000156839 #20	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001654 #23	ENSGT00390000001731 #24	ENSGT00390000012331 #25	ENSGT00940000158555 #26	ENSGT00390000016504 #27	ENSGT00940000158866 #29	ENSGT00940000158101 #30	ENSGT00940000153818.a.b.b ##32	ENSGT00390000010771 #33	ENSGT00390000014107.a.a	ENSGT00940000159133	ENSGT00390000017774	ENSGT00940000159296	ENSGT00940000153340.B	ENSGT00390000012071
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES		PXN (ENSLLEG00000000028) #13	ENSLLEG00000000007	SIRT4 (ENSLLEG00000004417) #14	ENSLLEG00000004404	ENSLLEG00000004396	PLA2G1B (ENSLLEG00000004392) #15	ENSLLEG00000004386	MSI1 (ENSLLEG00000004340) #16	ENSLLEG00000004329	ENSLLEG00000004328	ENSLLEG00000004322	GATC (ENSLLEG00000004315) #19	SRSF9 (ENSLLEG00000004303) #20	ENSLLEG00000004288	ENSLLEG00000004283	DYNLL1 (ENSLLEG00000004279) #22	RNF10 (ENSLLEG00000004240) #24	COQ5 (ENSLLEG00000004192) #23	ENSLLEG00000004187	ENSLLEG00000004183	CABP1 (ENSLLEG00000004173) #26	ENSLLEG00000004167	ENSLLEG00000004163	MLEC (ENSLLEG00000004158) #27	ACADS (ENSLLEG00000004150) #29	ENSLLEG00000004142	SPPL3 (ENSLLEG00000004134) #30	ENSLLEG00000004115 ##32	C12orf43 (ENSLLEG00000004103) #33	RNF185 (ENSLLEG00000004096)	ENSLLEG00000004093
Frog	MODERN SPECIES		prkab1 (ENSXETG00000026945) #7	cit (ENSXETG00000012183) #8	bicdl1 (ENSXETG00000012189) #9	rab35 (ENSXETG00000026943) #10	gcn1 (ENSXETG00000012193) #11	rplp0 (ENSXETG00000026942) #12	pxn (ENSXETG00000012201) #13	hsd11b1l.2 (ENSXETG00000012212)	pla2g1b (ENSXETG00000012207) #15	msi1 (ENSXETG00000012216) #16	ENSXETG00000043315	cox6a1 (ENSXETG00000012222)	triap1 (ENSXETG00000012223)	gatc (ENSXETG00000035179) #19	srsf9 (ENSXETG00000026940) #20	dynll1 (ENSXETG00000007996) #22	coq5 (ENSXETG00000012228) #23	rnf10 (ENSXETG00000012226) #24	pop5 (ENSXETG00000031793) #25	cabp1 (ENSXETG00000034192) #26	mlec (ENSXETG00000048343) #27	acads (ENSXETG00000012275) #29	sppl3 (ENSXETG00000026938) #30	hnf1a (ENSXETG00000012278) ##32	C12orf43 (ENSXETG00000035727) #33	rnf185 (ENSXETG00000039292)	ENSXETG00000045707	limk2 (ENSXETG00000004179)	pik3ip1 (ENSXETG00000004189)	patz1 (ENSXETG00000004190)	fzd3 (ENSXETG00000004191)
Coelacanth	MODERN SPECIES	231	ENSLACG00000018421 #11	ENSLACG00000022575 #11	RPLP0 (ENSLACG00000018411) #12	rpl26 (ENSLACG00000018373)	PXN (ENSLACG00000018399) #13	CTU1 (ENSLACG00000018357)	SIRT4 (ENSLACG00000018352) #14	ENSLACG00000018345	ENSLACG00000018340 #15	PLA2G1B (ENSLACG00000018334) #15	MSI1 (ENSLACG00000018287) #16	ENSLACG00000018258 #17	triap1 (ENSLACG00000018247)	GATC (ENSLACG00000018239) #19	SRSF9 (ENSLACG00000018228) #20	DYNLL1 (ENSLACG00000018220) #22	COQ5 (ENSLACG00000018210) #23	RNF10 (ENSLACG00000018192) #24	POP5 (ENSLACG00000018188) #25	CABP1 (ENSLACG00000018116) #26	MLEC (ENSLACG00000018098) #27	UNC119B (ENSLACG00000018079) #28	ACADS (ENSLACG00000018055) #29	SPPL3 (ENSLACG00000017976) #30	hnf1ba (ENSLACG00000017915) ##32	C12orf43 (ENSLACG00000017895) #33	ENSLACG00000017887	ENSLACG00000017851	RAB36 (ENSLACG00000017799)	GNAZ (ENSLACG00000017616)	RSPH14 (ENSLACG00000017537)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	891																ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122
Spotted gar	MODERN SPECIES	659																ENSLOCG00000008706 #22	tfip11 (ENSLOCG00000008684)	srrd (ENSLOCG00000008675)	ENSLOCG00000008657	tpst2 (ENSLOCG00000008649)	crybb1 (ENSLOCG00000008637)	cryba4 (ENSLOCG00000008625)	msi1a (ENSLOCG00000008618) #16	cox6a2 (ENSLOCG00000008607) #17	SEZ6L (ENSLOCG00000008591)	MYO18B (ENSLOCG00000008574)	selenom (ENSLOCG00000008562)	ENSLOCG00000008548	trafd1 (ENSLOCG00000008523)	CFAP73 (ENSLOCG00000008499)	ddx54 (ENSLOCG00000008485)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a.p ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000166536
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	82						ENSGT01030000235069	ENSGT00550000074856.f	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159527	ENSGT00910000144273	ENSGT00940000166999.A	ENSGT00950000182888.b	ENSGT00940000169174	ENSGT00940000154842.a.a	ENSGT00940000166026	ENSGT00950000183191.b	ENSGT00940000156812	ENSGT00500000044909	ENSGT00940000154089.b	ENSGT00940000156240	ENSGT00940000161620	ENSGT00390000003209
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	13	TOP3B (ENSSFOG00015015188)	ENSSFOG00015015252	ydjc (ENSSFOG00015015281)	ENSSFOG00015015292	HIC2 (ENSSFOG00015015304)	PI4KA (ENSSFOG00015015366)	serpind1 (ENSSFOG00015015477)	snap29 (ENSSFOG00015015492)	polb (ENSSFOG00015015567)	enkd1 (ENSSFOG00015015654)	vdac3 (ENSSFOG00015015682)	ikbkb (ENSSFOG00015015783)	PLAT (ENSSFOG00015016201)	CLTCL1 (ENSSFOG00015016343)	SLC25A1 (ENSSFOG00015016457)	dynll1 (ENSSFOG00015025405) #22	ENSSFOG00015016474 #21	GAK (ENSSFOG00015016500)	acaa2 (ENSSFOG00015016555)	rpl6 (ENSSFOG00015016589)	wdr31 (ENSSFOG00015016618)	ENSSFOG00015016639	tor4ab (ENSSFOG00015029751)	ENSSFOG00015027175	ENSSFOG00015016701
P. kingsleyae	DUPLICATION
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	164	wdr81 (ENSPKIG00000007980)	ENSPKIG00000007905	med31 (ENSPKIG00000007857)	slc47a4 (ENSPKIG00000007807)	ENSPKIG00000007779	ENSPKIG00000007673	ENSPKIG00000007566	txndc17 (ENSPKIG00000007514)	NXN (ENSPKIG00000007485)	glod4 (ENSPKIG00000007451)	ENSPKIG00000007420	BLTP2 (ENSPKIG00000007303)	aldoca (ENSPKIG00000007245)	SRSF1 (ENSPKIG00000007204)	ENSPKIG00000007183	ENSPKIG00000007168 #22	hnf1ba (ENSPKIG00000007120) ##32	SYNRG (ENSPKIG00000007000)	dusp14 (ENSPKIG00000006925)	tada2a (ENSPKIG00000006873)	traf4a (ENSPKIG00000006822)	nek8 (ENSPKIG00000006771)	tlcd1 (ENSPKIG00000006744)	rab34a (ENSPKIG00000006695)	ENSPKIG00000006672	GALNT17 (ENSPKIG00000006634)	CALN1 (ENSPKIG00000006593)	tyw1 (ENSPKIG00000006545)	ENSPKIG00000006512	sbds (ENSPKIG00000006489)	ENSPKIG00000006376
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	271	HIC2 (ENSPKIG00000002187)	serpind1 (ENSPKIG00000002156)	PI4KA (ENSPKIG00000002055)	snap29 (ENSPKIG00000002004)	ENSPKIG00000001980	SLC25A1 (ENSPKIG00000001918)	ENSPKIG00000001730	ENSPKIG00000001659	PLAT (ENSPKIG00000001615)	ikbkb (ENSPKIG00000001536)	ENSPKIG00000001500	enkd1 (ENSPKIG00000001481)	polb (ENSPKIG00000001456)	ENSPKIG00000001435 #21	rpl6 (ENSPKIG00000001407)	dynll1 (ENSPKIG00000001421) #22	acaa2 (ENSPKIG00000001360)	GAK (ENSPKIG00000001261)	wdr31 (ENSPKIG00000001204)	ENSPKIG00000001180	tor4ab (ENSPKIG00000001168)	zgc:158343 (ENSPKIG00000001153)	ENSPKIG00000001081	ENSPKIG00000001042
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	214		ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00940000173670	ENSGT00390000003682	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00550000074985	ENSGT00390000012485.a.a	ENSGT00390000003948	ENSGT00390000012739	ENSGT00390000013777
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	189	ENSGT00940000154637	ENSGT00390000017663	ENSGT00940000158715	ENSGT00940000160943	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00550000074985	ENSGT00390000012485.a.a	ENSGT00390000003948
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	74		ENSGT00390000017663	ENSGT00940000158715.e	ENSGT00940000160943	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000012903	ENSGT00530000065225	ENSGT00940000153877.a.a.a	ENSGT00940000156902.a	ENSGT00940000157207.a.b	ENSGT00450000040324.b	ENSGT00940000156811.a	ENSGT00990000204366	ENSGT00940000155841.c.a	ENSGT00940000163383
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	316															ENSGT00940000173670	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	42															ENSGT00940000173670	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000012903	ENSGT00530000065225	ENSGT00940000153877.a.a.a	ENSGT00940000156902.a	ENSGT00940000157207.a.b	ENSGT00450000040324.b	ENSGT00940000156811.a	ENSGT00990000204366	ENSGT00940000155841.c.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	59						ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000012903	ENSGT00530000065225	ENSGT00940000153877.a.a.a	ENSGT00940000156902.a	ENSGT00940000157207.a.b	ENSGT00450000040324.b	ENSGT00940000156811.a	ENSGT00990000204366	ENSGT00940000155841.c.a	ENSGT00940000163383	ENSGT00950000183101.a.b.b.a.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	86							ENSPNAG00000000243	dgcr6 (ENSPNAG00000000247)	RASAL1 (ENSPNAG00000007511)	DTX1 (ENSPNAG00000000261)	PLAT (ENSPNAG00000007521)	ikbkb (ENSPNAG00000000274)	vdac3 (ENSPNAG00000000281)	enkd1 (ENSPNAG00000007545)	polb (ENSPNAG00000007551)	dynll1 (ENSPNAG00000007553) #22	rpl6 (ENSPNAG00000007557)	acaa2 (ENSPNAG00000000308)	mrpl40 (ENSPNAG00000000310)	si:ch211-51h9.6 (ENSPNAG00000007569)	gle1 (ENSPNAG00000007573)	si:ch211-51h9.7 (ENSPNAG00000000315)	seta (ENSPNAG00000007583)	slc25a25a (ENSPNAG00000000320)	naif1 (ENSPNAG00000000324)	EEIG1 (ENSPNAG00000007595)	ENSPNAG00000007598	sh3glb2a (ENSPNAG00000007607)	ENSPNAG00000000342	ENSPNAG00000007621	lhx2b (ENSPNAG00000000355)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	21	pi4kab (ENSAMXG00000015625)	serpind1 (ENSAMXG00000015691)	snap29 (ENSAMXG00000029405)	ENSAMXG00000039755	SLC25A1 (ENSAMXG00000015817)	ENSAMXG00000036289	ENSAMXG00000013138	ENSAMXG00000033070	ENSAMXG00000031840	PLAT (ENSAMXG00000013113)	ikbkb (ENSAMXG00000013072)	vdac3 (ENSAMXG00000013051)	enkd1 (ENSAMXG00000013036)	polb (ENSAMXG00000012972)	ENSAMXG00000024374 #21	dynll1 (ENSAMXG00000034358) #22	rpl6 (ENSAMXG00000012854)	acaa2 (ENSAMXG00000035892)	si:ch211-51h9.6 (ENSAMXG00000033396)	mrpl40 (ENSAMXG00000029691)	gle1 (ENSAMXG00000012542)	si:ch211-51h9.7 (ENSAMXG00000012480)	seta (ENSAMXG00000010484)	zdhhc12a (ENSAMXG00000012374)	slc25a25a (ENSAMXG00000042479)	naif1 (ENSAMXG00000039603)	EEIG1 (ENSAMXG00000012124)	ENSAMXG00000029716	sh3glb2a (ENSAMXG00000012086)	ENSAMXG00000036574	ENSAMXG00000038206
Electric eel	MODERN SPECIES	870															ENSEEEG00000015211	dynll1 (ENSEEEG00000015208) #22	ENSEEEG00000015204 #21	rpl6 (ENSEEEG00000015200)	acaa2 (ENSEEEG00000015176)	mrpl40 (ENSEEEG00000015175)	si:ch211-51h9.6 (ENSEEEG00000015174)	gle1 (ENSEEEG00000015094)	seta (ENSEEEG00000015089)	zdhhc12a (ENSEEEG00000015088)	ENSEEEG00000014829	naif1 (ENSEEEG00000014811)	EEIG1 (ENSEEEG00000014807)	ENSEEEG00000014806	sh3glb2a (ENSEEEG00000014803)	ENSEEEG00000014802	ENSEEEG00000014801
Channel catfish	MODERN SPECIES	24	GCN1 (ENSIPUG00000012886) #11	serpind1 (ENSIPUG00000013123)	naif1 (ENSIPUG00000013136)	seta (ENSIPUG00000013161)	gle1 (ENSIPUG00000013197)	ENSIPUG00000013286	ENSIPUG00000013305	ENSIPUG00000013360	lhx2b (ENSIPUG00000018065)	ENSIPUG00000018073	snap29 (ENSIPUG00000019884)	GAPVD1 (ENSIPUG00000019951)	Vgll4 (ENSIPUG00000020201)	DGCR6 (ENSIPUG00000020222)	rpl6 (ENSIPUG00000020213)	dynll1 (ENSIPUG00000020243) #22	ENSIPUG00000020259	acaa2 (ENSIPUG00000020272)	Mrpl40 (ENSIPUG00000020288)	vsig8b (ENSIPUG00000020301)	snrnp200 (ENSIPUG00000020309)	ENSIPUG00000020358	ENSIPUG00000020477	ENSIPUG00000020484	ENSIPUG00000020499	mfn2 (ENSIPUG00000020537)	prdm16 (ENSIPUG00000020607)	TPRG1L (ENSIPUG00000020672)	wrap73 (ENSIPUG00000020690)	tp73 (ENSIPUG00000020714)	rer1 (ENSIPUG00000020737)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000155715	ENSGT00940000158584	ENSGT00940000164759	ENSGT00940000165215.b	ENSGT00940000165215.a	ENSGT00390000011408	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01030000236969	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000012903	ENSGT00530000065225	ENSGT00940000153877.a.a.a	ENSGT00940000156902.a	ENSGT00940000157207.a.b	ENSGT00450000040324.b	ENSGT00940000156811.a	ENSGT00990000204366	ENSGT00940000155841.c.a	ENSGT00940000163383
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	246	ENSGT00940000158715.e.b	ENSGT00940000160943.c.b	ENSGT01030000235233.a.b.a	ENSGT00940000158664.h	ENSGT00950000182843.a.b.l.a	ENSGT00390000008325.a.a	ENSGT00550000074856.c.b.a	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000155715.tb.a	ENSGT00940000158930.n.b	ENSGT00950000182937.A.b.e	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000156918.c	ENSGT01030000236969.a	ENSGT00940000173670	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682.a.a	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000012903.d	ENSGT00530000065225	ENSGT00940000157207.a.b.b	ENSGT00450000040324.b.j.a	ENSGT00940000156811.a.a	ENSGT00940000155841.c.a.a.b	ENSGT00940000158540.q.b	ENSGT00940000164360.A.e
Goldfish	MODERN SPECIES	48	plekha2 (ENSCARG00000010052)	ENSCARG00000009988	unc45b (ENSCARG00000009965)	ENSCARG00000009958	pip5k1bb (ENSCARG00000009903)	fxn (ENSCARG00000009895)	ENSCARG00000009888	ENSCARG00000009883	ENSCARG00000009882	PLAT (ENSCARG00000009854)	ikbkb (ENSCARG00000009718)	vdac3 (ENSCARG00000009664)	polb (ENSCARG00000009643)	ENSCARG00000009635	ENSCARG00000009630	dynll1 (ENSCARG00000009626) #22	rpl6 (ENSCARG00000009621)	acaa2 (ENSCARG00000009205)	si:ch211-51h9.6 (ENSCARG00000009192)	gle1 (ENSCARG00000008498)	seta (ENSCARG00000008460)	slc25a25a (ENSCARG00000008110)	naif1 (ENSCARG00000008090)	EEIG1 (ENSCARG00000008042)	sh3glb2a (ENSCARG00000007776)	lhx2b (ENSCARG00000007753)	ENSCARG00000007736	ENSCARG00000007726	ctu1 (ENSCARG00000007715)	PXN (ENSCARG00000007618) #13	GCN1 (ENSCARG00000006341) #11
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	109	ENSGT00940000160943.c.b	ENSGT01030000235233.a.b.a	ENSGT00550000074798.a.b.i	ENSGT00940000158664.h	ENSGT00950000182843.a.b.l.a	ENSGT00390000008325.a.a	ENSGT00550000074856.c.b.a	ENSGT00950000183166.a.b.d	ENSGT00940000155715.tb.a	ENSGT00940000158930.n.b	ENSGT00950000182937.A.b.e	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.b	ENSGT00940000156918.c	ENSGT01030000236969.a	ENSGT00940000173670	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682.a.b	ENSGT00390000003682.a.a	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239.n	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000012903.d	ENSGT00530000065225	ENSGT00940000157207.a.b.b	ENSGT00450000040324.b.j.a	ENSGT00940000156811.a.a	ENSGT00940000155841.c.a.a.b	ENSGT00940000163383.b	ENSGT00940000158540.q.b	ENSGT00940000164360.A.e
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	690							ENSSGRG00000049823	serpind1 (ENSSGRG00000050263)	snap29 (ENSSGRG00000050265)	ENSSGRG00000050266	PLAT (ENSSGRG00000050375)	ikbkb (ENSSGRG00000050385)	vdac3 (ENSSGRG00000050462)	polb (ENSSGRG00000050478)	ENSSGRG00000050579	dynll1 (ENSSGRG00000050618) #22	rpl6 (ENSSGRG00000050628)	acaa2 (ENSSGRG00000050642)	mrpl40 (ENSSGRG00000050799)	si:ch211-51h9.6 (ENSSGRG00000050800)	gle1 (ENSSGRG00000050813)	seta (ENSSGRG00000050880)	slc25a25a (ENSSGRG00000050887)	naif1 (ENSSGRG00000050898)	SLC4A11 (ENSSGRG00000050900)	ENSSGRG00000050902	ENSSGRG00000050903	smyd5 (ENSSGRG00000050910)	nudt22 (ENSSGRG00000051048)	gdf9 (ENSSGRG00000051049)	ENSSGRG00000051051
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	706			ENSSGRG00000040259	ENSSGRG00000040264	ENSSGRG00000040280	serpind1 (ENSSGRG00000040311)	snap29 (ENSSGRG00000040313)	ENSSGRG00000040314	ENSSGRG00000040316	ENSSGRG00000040322	PLAT (ENSSGRG00000040328)	ENSSGRG00000040331	vdac3 (ENSSGRG00000040392)	enkd1 (ENSSGRG00000042552)	ENSSGRG00000042556	dynll1 (ENSSGRG00000042558) #22	rpl6 (ENSSGRG00000042577)	mrpl40 (ENSSGRG00000042578)	si:ch211-51h9.6 (ENSSGRG00000042579)	gle1 (ENSSGRG00000042580)	seta (ENSSGRG00000042589)	zdhhc12a (ENSSGRG00000042675)	slc25a25a (ENSSGRG00000042698)	naif1 (ENSSGRG00000043603)	EEIG1 (ENSSGRG00000043604)	ENSSGRG00000043605	sh3glb2a (ENSSGRG00000043606)	ENSSGRG00000043619	CRB2 (ENSSGRG00000043620)	lhx2b (ENSSGRG00000043621)	ENSSGRG00000043622
Common carp reference	DUPLICATION
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Zebrafish	MODERN SPECIES	23	pi4kab (ENSDARG00000062823)	serpind1 (ENSDARG00000021208)	snap29 (ENSDARG00000038518)	ENSDARG00000058658	SLC25A1 (ENSDARG00000080000)	ENSDARG00000091618	ENSDARG00000090607	ENSDARG00000076419	ENSDARG00000095437	PLAT (ENSDARG00000062707)	ikbkb (ENSDARG00000079123)	vdac3 (ENSDARG00000003695)	enkd1 (ENSDARG00000043550)	polb (ENSDARG00000003749)	ENSDARG00000092379	dynll1 (ENSDARG00000058454) #22	rpl6 (ENSDARG00000058451)	acaa2 (ENSDARG00000038881)	mrpl40 (ENSDARG00000043554)	si:ch211-51h9.6 (ENSDARG00000092360)	gle1 (ENSDARG00000043559)	si:ch211-51h9.7 (ENSDARG00000074720)	seta (ENSDARG00000031495)	zdhhc12a (ENSDARG00000076632)	slc25a25a (ENSDARG00000010572)	naif1 (ENSDARG00000062753)	EEIG1 (ENSDARG00000102566)	ENSDARG00000101753	sh3glb2a (ENSDARG00000008983)	ENSDARG00000060081	lhx2b (ENSDARG00000031222)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	174	ENSGT00940000154637	ENSGT00390000017663	ENSGT00940000158715	ENSGT00940000160943	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682.d	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00550000074985	ENSGT00390000012485.a.a
Atlantic herring	MODERN SPECIES	23	ENSCHAG00000006515	SLC25A1 (ENSCHAG00000006555)	ENSCHAG00000007084	ENSCHAG00000007597	ENSCHAG00000007778	ikbkb (ENSCHAG00000007905)	ENSCHAG00000008547	ENSCHAG00000008555	ENSCHAG00000008634	ENSCHAG00000008657	ENSCHAG00000008666	vdac3 (ENSCHAG00000008746)	enkd1 (ENSCHAG00000009318)	polb (ENSCHAG00000009325)	ENSCHAG00000009591 #21	dynll1 (ENSCHAG00000009605) #22	rpl6 (ENSCHAG00000009629)	acaa2 (ENSCHAG00000009673)	mrpl40 (ENSCHAG00000009884)	si:ch211-51h9.6 (ENSCHAG00000009892)	ufd1l (ENSCHAG00000009921)	cdc45 (ENSCHAG00000010087)	zgc:63587 (ENSCHAG00000011285)	septin5a (ENSCHAG00000011673)	ENSCHAG00000011804	ENSCHAG00000011824	ENSCHAG00000011839	ENSCHAG00000011844	ENSCHAG00000011856	gp1bb (ENSCHAG00000011864)	ENSCHAG00000011870
Denticle herring	MODERN SPECIES	2	snap29 (ENSDCDG00000005158)	serpind1 (ENSDCDG00000005156)	DTX1 (ENSDCDG00000005026)	ENSDCDG00000005013	RASAL1 (ENSDCDG00000005003)	SLC25A1 (ENSDCDG00000004998)	ENSDCDG00000004436	ENSDCDG00000004416	ENSDCDG00000004414	ENSDCDG00000004405	PLAT (ENSDCDG00000004238)	ikbkb (ENSDCDG00000004211)	vdac3 (ENSDCDG00000004187)	enkd1 (ENSDCDG00000004168)	polb (ENSDCDG00000004175)	dynll1 (ENSDCDG00000004165) #22	ENSDCDG00000004163 #21	rpl6 (ENSDCDG00000004161)	acaa2 (ENSDCDG00000003889)	mrpl40 (ENSDCDG00000003876)	si:ch211-51h9.6 (ENSDCDG00000003875)	hip1rb (ENSDCDG00000003747)	rasgef1ba (ENSDCDG00000003667)	prkg2 (ENSDCDG00000003650)	bmp3 (ENSDCDG00000003643)	cfap299 (ENSDCDG00000003642)	fgf5 (ENSDCDG00000003640)	prdm8b (ENSDCDG00000003639)	antxr2a (ENSDCDG00000003631)	paqr3a (ENSDCDG00000003625)	bmp2k (ENSDCDG00000003621)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	177	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00940000173670	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00550000074985
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT00950000182940.b.b.e	ENSGT00950000183076.a.b.a	ENSGT01050000244840.A.b.b.a	ENSGT01050000244840.A.a.b.e	ENSGT00510000050125.b.b	ENSGT00950000183049.E	ENSGT00940000164012.B	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618.s #21	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000159772.n	ENSGT00940000155355
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158782.d.a.e	ENSGT00950000182953.C.c.e	ENSGT00940000158546.k	ENSGT00730000113582	ENSGT00530000064873.b.j	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.a	ENSGT00950000183049.E.d	ENSGT00550000074856.c.b.f.b.a	ENSGT00550000074856.c.b.f.a	ENSGT00950000183166.a.b.e	ENSGT00940000155715.nb.b	ENSGT00940000158930.e	ENSGT00950000182937.A.b.h	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.e	ENSGT00940000156918.i	ENSGT00390000000378.d.b.vb #22	ENSGT00390000003682.e	ENSGT01030000234626.D.c	ENSGT00990000213100	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408.s	ENSGT00390000009662.h	ENSGT00940000161769.b.a.x.b	ENSGT00940000164668.i	ENSGT00940000159913.a.a.k.b.a.a	ENSGT00940000177458	ENSGT00940000159913.a.a.k.b.b	ENSGT00530000064244.b.f	ENSGT00940000159772.n	ENSGT00940000155355.`b	ENSGT00530000063113.A.r
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158782.d.a.e	ENSGT00950000182953.C.c.e	ENSGT00940000158546.k	ENSGT00730000113582.b	ENSGT00530000064873.b.j	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.a	ENSGT00940000181029	ENSGT00950000183049.E.d	ENSGT00550000074856.c.b.f.a	ENSGT00950000183166.a.b.e	ENSGT00940000155715.nb.b	ENSGT00940000158930.e	ENSGT00950000182937.A.b.h	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.e	ENSGT00940000156918.i	ENSGT00390000000378.d.b.vb #22	ENSGT00390000003682.e	ENSGT01030000234626.D.c	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408.s	ENSGT00390000009662.h	ENSGT00940000161769.b.a.x.b	ENSGT00940000164668.i	ENSGT00940000159913.a.a.k.b.a.a	ENSGT00530000064244.b.f	ENSGT00940000159772.n	ENSGT00940000155355.`b	ENSGT00530000063113.A.r	ENSGT00510000050125.b.b.a	ENSGT00950000183076.a.b.a.c	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.c
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004965.a.b	ENSGT00940000158782.d.a.e	ENSGT00950000182953.C.c.e	ENSGT00940000158546.k	ENSGT00730000113582.b	ENSGT00530000064873.b.j	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.a	ENSGT00940000181029	ENSGT00950000183049.E.d	ENSGT00550000074856.c.b.f.a	ENSGT00950000183166.a.b.e	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930.e	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.e	ENSGT00940000156918.i	ENSGT00390000000378.d.b.vb #22	ENSGT00390000003682.e	ENSGT01030000234626.D.c	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408.s	ENSGT00390000009662.h	ENSGT00940000161769.b.a.x.b	ENSGT00940000164668.i	ENSGT00940000159913.a.a.k.b.a.a	ENSGT00530000064244.b.f	ENSGT00940000159772.n	ENSGT00940000155355.`b	ENSGT00530000063113.A.r	ENSGT00510000050125.b.b.a	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.c	ENSGT00950000183076.a.b.a.c
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004965.a.b	ENSGT00940000158782.d.a.e	ENSGT00950000182953.C.c.e	ENSGT00940000158546.k	ENSGT00730000113582.b	ENSGT00530000064873.b.j	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.a	ENSGT00940000181029	ENSGT00950000183049.E.d	ENSGT00550000074856.c.b.f.a	ENSGT00950000183166.a.b.e	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930.e	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.e	ENSGT00940000156918.i	ENSGT00390000000378.d.b.vb #22	ENSGT00390000003682.e	ENSGT01030000234626.D.c	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408.s	ENSGT00390000009662.h	ENSGT00940000161769.b.a.x.b	ENSGT00940000164668.i	ENSGT00940000159913.a.a.k.b.a.a	ENSGT00530000064244.b.f	ENSGT00940000159772.n	ENSGT00940000155355.`b	ENSGT00530000063113.A.r	ENSGT00510000050125.b.b.a	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.c	ENSGT00950000183076.a.b.a.c
Chinook salmon	MODERN SPECIES	28	FAHD2B (ENSOTSG00005020387)	zgc:152830 (ENSOTSG00005020379)	PCNA (ENSOTSG00005020375)	KCNIP3 (ENSOTSG00005020372)	SLC23A2 (ENSOTSG00005020345)	rassf2a (ENSOTSG00005020342)	ENSOTSG00005020341	prnprs3 (ENSOTSG00005020340)	LETM2 (ENSOTSG00005020337)	ENSOTSG00005020334	ssbp2a (ENSOTSG00005020333)	ENSOTSG00005019722	PLAT (ENSOTSG00005019575)	vdac3 (ENSOTSG00005019564)	polb (ENSOTSG00005019415)	dynll1 (ENSOTSG00005019408) #22	rpl6 (ENSOTSG00005019406)	ENSOTSG00005019403	si:ch211-51h9.6 (ENSOTSG00005019401)	ufd1l (ENSOTSG00005019399)	cdc45 (ENSOTSG00005019387)	cldn5a (ENSOTSG00005019383)	zgc:63587 (ENSOTSG00005019277)	septin5a (ENSOTSG00005019269)	gp1bb (ENSOTSG00005019267)	ENSOTSG00005019266	PLPP5 (ENSOTSG00005019265)	NSD3 (ENSOTSG00005015431)	ergic2 (ENSOTSG00005015406)	ENSOTSG00005015404	F2RL2 (ENSOTSG00005015402)
Coho salmon	MODERN SPECIES	22	zgc:152830 (ENSOKIG00005029470)	PCNA (ENSOKIG00005029428)	ENSOKIG00005029364	SLC23A2 (ENSOKIG00005029129)	RASSF2 (ENSOKIG00005029088)	ENSOKIG00005029077	prnprs3 (ENSOKIG00005029061)	LETM2 (ENSOKIG00005029028)	ENSOKIG00005028998	ENSOKIG00005028365	SLC25A1 (ENSOKIG00005028008)	ENSOKIG00005024875	ENSOKIG00005024664	vdac3 (ENSOKIG00005024644)	polb (ENSOKIG00005024267)	dynll1 (ENSOKIG00005024226) #22	PLAT (ENSOKIG00005024020)	ENSOKIG00005023790	C22orf39 (ENSOKIG00005023705)	ufd1l (ENSOKIG00005023581)	cdc45 (ENSOKIG00005023527)	cldn5a (ENSOKIG00005023513)	zgc:63587 (ENSOKIG00005023019)	septin5a (ENSOKIG00005022836)	ENSOKIG00005022776	septin5a (ENSOKIG00005022688)	ENSOKIG00005022648	PLPP5 (ENSOKIG00005022620)	NSD3 (ENSOKIG00005020763)	ergic2 (ENSOKIG00005020630)	ENSOKIG00005020621
Salmo	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158782.d.a.e	ENSGT00950000182953.C.c.e	ENSGT00940000158546.k	ENSGT00730000113582.b	ENSGT00530000064873.b.j	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.a	ENSGT00940000181029	ENSGT00950000183049.E.d	ENSGT00550000074856.c.b.f.a	ENSGT00950000183166.a.b.e	ENSGT00940000155715.nb.b	ENSGT00940000158930.e	ENSGT00950000182937.A.b.h	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.e	ENSGT00940000156918.i	ENSGT00390000000378.d.b.vb #22	ENSGT00390000003682.e	ENSGT01030000234626.D.c	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408.s	ENSGT00390000009662.h	ENSGT00940000161769.b.a.x.b	ENSGT00940000164668.i	ENSGT00940000159913.a.a.k.b.b	ENSGT00530000064244.b.f	ENSGT00940000159772.n	ENSGT00940000155355.`b	ENSGT00530000063113.A.r	ENSGT00510000050125.b.b.a	ENSGT00950000183076.a.b.a.c	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.c
River trout	MODERN SPECIES	19	KCNIP3 (ENSSTUG00000034725)	SLC23A2 (ENSSTUG00000034813)	rassf2a (ENSSTUG00000034925)	ENSSTUG00000035689	prnprs3 (ENSSTUG00000035692)	LETM2 (ENSSTUG00000035700)	ENSSTUG00000035709	ssbp2a (ENSSTUG00000035787)	SLC25A1 (ENSSTUG00000037225)	ENSSTUG00000037716	ENSSTUG00000037957	PLAT (ENSSTUG00000037975)	ENSSTUG00000038156	vdac3 (ENSSTUG00000038180)	polb (ENSSTUG00000038450)	dynll1 (ENSSTUG00000038523) #22	rpl6 (ENSSTUG00000038540)	ENSSTUG00000038564	ENSSTUG00000038678	si:ch211-51h9.6 (ENSSTUG00000038700)	ufd1l (ENSSTUG00000038723)	cdc45 (ENSSTUG00000038872)	ENSSTUG00000038902	cldn5a (ENSSTUG00000038912)	zgc:63587 (ENSSTUG00000038940)	septin5a (ENSSTUG00000039468)	gp1bb (ENSSTUG00000040223)	PLPP5 (ENSSTUG00000040232)	NSD3 (ENSSTUG00000040279)	ergic2 (ENSSTUG00000042117)	ENSSTUG00000042424
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	16	ENSSSAG00000008784	ENSSSAG00000008808	SLC23A2 (ENSSSAG00000009135)	rasf2 (ENSSSAG00000060434)	ENSSSAG00000013522	ENSSSAG00000093826	ENSSSAG00000014312	ENSSSAG00000015367	slc25a1 (ENSSSAG00000041957)	ENSSSAG00000079627	ENSSSAG00000080259	PLAT (ENSSSAG00000042974)	ENSSSAG00000043744	vdac3 (ENSSSAG00000043863)	polb (ENSSSAG00000045460)	dyl1 (ENSSSAG00000046308) #22	rpl6 (ENSSSAG00000046371)	THIM (ENSSSAG00000046443)	si:ch211-51h9.6 (ENSSSAG00000090823)	ufd1l (ENSSSAG00000046858)	cdc45 (ENSSSAG00000047454)	cldn5a (ENSSSAG00000110113)	zgc:63587 (ENSSSAG00000047646)	septin5a (ENSSSAG00000108161)	gp1bb (ENSSSAG00000053815)	ENSSSAG00000118248	ppc1a (ENSSSAG00000053818)	ENSSSAG00000118354	ENSSSAG00000053931	ergi2 (ENSSSAG00000058116)	iqgap2 (ENSSSAG00000058470)
Huchen	MODERN SPECIES	324	zgc:152830 (ENSHHUG00000048492)	PCNA (ENSHHUG00000048383)	ENSHHUG00000048377	SLC23A2 (ENSHHUG00000048372)	rassf2a (ENSHHUG00000048364)	prnprs3 (ENSHHUG00000048361)	LETM2 (ENSHHUG00000048355)	ssbp2a (ENSHHUG00000048088)	SLC25A1 (ENSHHUG00000048072)	ENSHHUG00000047740	ENSHHUG00000047718	PLAT (ENSHHUG00000047705)	ENSHHUG00000047688	vdac3 (ENSHHUG00000047551)	polb (ENSHHUG00000047492)	dynll1 (ENSHHUG00000047468) #22	rpl6 (ENSHHUG00000047446)	ENSHHUG00000047338	ENSHHUG00000047321	ENSHHUG00000047320	ufd1l (ENSHHUG00000046980)	cdc45 (ENSHHUG00000046929)	cldn5a (ENSHHUG00000046926)	zgc:63587 (ENSHHUG00000046917)	ENSHHUG00000046912
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT01050000244840.A.a.b.e	ENSGT00510000050125.b.b.b	ENSGT00950000183049.E.c	ENSGT00940000164012.B	ENSGT00550000074856.c.b.f.b.b	ENSGT00950000183166.a.b.f	ENSGT00940000155715.nb.a	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000159038.a.a.d	ENSGT00940000158930.f	ENSGT00950000182937.A.b.g	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.f	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918.j	ENSGT00390000001618.s #21	ENSGT00390000000378.d.b.wb #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682.f	ENSGT01030000234626.D.d	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002408.t	ENSGT00390000009662.g	ENSGT00940000161769.b.a.x.a	ENSGT00940000164668.j	ENSGT00940000159913.a.a.k.a	ENSGT00530000064244.b.e	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000155355.ab	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.b	ENSGT00530000064873.b.i	ENSGT00940000158546.l
Huchen	MODERN SPECIES	304		iqgap2 (ENSHHUG00000022687)	f2r (ENSHHUG00000022667)	ENSHHUG00000022663	ssbp2a (ENSHHUG00000022534)	ENSHHUG00000022525	SLC25A1 (ENSHHUG00000022500)	ENSHHUG00000022440	ENSHHUG00000022416	mylpfb (ENSHHUG00000022413)	PLAT (ENSHHUG00000022402)	ikbkb (ENSHHUG00000022121)	vdac3 (ENSHHUG00000021989)	enkd1 (ENSHHUG00000021976)	ENSHHUG00000021972	dynll1 (ENSHHUG00000021966) #22	ENSHHUG00000021962	rpl6 (ENSHHUG00000021934)	ACAA2 (ENSHHUG00000021845)	mrpl40 (ENSHHUG00000021819)	ufd1l (ENSHHUG00000021408)	cdc45 (ENSHHUG00000021337)	cldn5a (ENSHHUG00000021323)	zgc:63587 (ENSHHUG00000021279)	septin5a (ENSHHUG00000021157)	gp1bb (ENSHHUG00000021149)	dhx37 (ENSHHUG00000021069)	ENSHHUG00000020797	ENSHHUG00000020784	ENSHHUG00000020774	ENSHHUG00000020772
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00950000183076.a.b.a.d	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.d	ENSGT01050000244840.A.a.b.e	ENSGT00510000050125.b.b.b	ENSGT00950000183049.E.c	ENSGT00940000164012.B	ENSGT00550000074856.c.b.f.b.b	ENSGT00950000183166.a.b.f	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000159038.a.a.d	ENSGT00940000158930.f	ENSGT00950000182937.A.b.g	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.f	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918.j	ENSGT00390000000378.d.b.wb #22	ENSGT00390000001618.s #21	ENSGT00390000003682.f	ENSGT01030000234626.D.d	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002408.t	ENSGT00390000009662.g	ENSGT00940000161769.b.a.x.a	ENSGT00940000164668.j	ENSGT00940000159913.a.a.k.a	ENSGT00530000064244.b.e	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000155355.ab	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.b	ENSGT00530000064873.b.i	ENSGT00730000113582.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.d	ENSGT00950000183076.a.b.a.d	ENSGT01050000244840.A.a.b.e	ENSGT00510000050125.b.b.b	ENSGT00950000183049.E.c	ENSGT00940000164012.B	ENSGT00550000074856.c.b.f.b.b	ENSGT00950000183166.a.b.f	ENSGT00940000159038.a.a.d	ENSGT00940000158930.f	ENSGT00950000182937.A.b.g	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.f	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918.j	ENSGT00390000001618.s #21	ENSGT00390000000378.d.b.wb #22	ENSGT00390000003682.f	ENSGT01030000234626.D.d	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002408.t	ENSGT00390000009662.g	ENSGT00940000161769.b.a.x.a	ENSGT00940000164668.j	ENSGT00940000159913.a.a.k.a	ENSGT00530000064244.b.e	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000155355.ab	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.b	ENSGT00730000113582.a	ENSGT00940000158546.l	ENSGT00950000182953.C.c.f
Rainbow trout	DUPLICATION
Rainbow trout	MODERN SPECIES	2	F2RL2 (ENSOMYG00000022061)	f2r (ENSOMYG00000022067)	ssbp2a (ENSOMYG00000022113)	ENSOMYG00000022133	ENSOMYG00000022163	ENSOMYG00000022635	ENSOMYG00000070104	ENSOMYG00000023571	ENSOMYG00000059437	ENSOMYG00000024299	vdac3 (ENSOMYG00000025689)	ENSOMYG00000053738	enkd1 (ENSOMYG00000025783)	polb (ENSOMYG00000025879)	ENSOMYG00000026022 #21	dynll1 (ENSOMYG00000026005) #22	rpl6 (ENSOMYG00000026034)	mrpl40 (ENSOMYG00000026452)	ufd1l (ENSOMYG00000026638)	cdc45 (ENSOMYG00000027207)	cldn5a (ENSOMYG00000012357)	zgc:63587 (ENSOMYG00000012380)	septin5a (ENSOMYG00000012755)	dhx37 (ENSOMYG00000012961)	ENSOMYG00000013620	ENSOMYG00000014468	ENSOMYG00000014476	ENSOMYG00000014534	ENSOMYG00000014787	ENSOMYG00000049246	ENSOMYG00000014984
Rainbow trout	MODERN SPECIES	27	ENSOMYG00000047154	ENSOMYG00000047120	ENSOMYG00000047116	ENSOMYG00000047114	ENSOMYG00000047109	ENSOMYG00000047107	ENSOMYG00000068542	ENSOMYG00000056128	ENSOMYG00000047069	ENSOMYG00000068257	ENSOMYG00000046879	ENSOMYG00000046656	ENSOMYG00000059017	vdac3 (ENSOMYG00000046610)	polb (ENSOMYG00000046563)	dynll1 (ENSOMYG00000046543) #22	rpl6 (ENSOMYG00000046537)	acaa2 (ENSOMYG00000046504)	si:ch211-51h9.6 (ENSOMYG00000026476)	ufd1l (ENSOMYG00000046428)	ENSOMYG00000049749	cldn5a (ENSOMYG00000046403)	zgc:63587 (ENSOMYG00000046400)	septin5a (ENSOMYG00000046286)	gp1bb (ENSOMYG00000046227)	ENSOMYG00000046219	ENSOMYG00000042332	ENSOMYG00000046207	ENSOMYG00000046199	F2RL2 (ENSOMYG00000046194)	iqgap2 (ENSOMYG00000042832)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.d	ENSGT00950000183076.a.b.a.d	ENSGT01050000244840.A.a.b.e	ENSGT00510000050125.b.b.b	ENSGT00950000183049.E.c	ENSGT00940000164012.B	ENSGT00550000074856.c.b.e	ENSGT00950000183166.a.b.f	ENSGT00940000159038.a.a.d	ENSGT00940000158930.f	ENSGT00950000182937.A.b.g	ENSGT00950000182937.A.b.h	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.f	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918.j	ENSGT00390000000378.d.b.wb #22	ENSGT00390000001618.s #21	ENSGT00390000003682.f	ENSGT01030000234626.D.d	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002408.t	ENSGT00390000009662.g	ENSGT00940000161769.b.a.x.a	ENSGT00940000164668.j	ENSGT00940000159913.a.a.k.a	ENSGT00530000064244.b.e	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000155355.ab	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.b	ENSGT00730000113582.a	ENSGT00940000158546.l
Chinook salmon	MODERN SPECIES	3	SLC25A1 (ENSOTSG00005011588)	ENSOTSG00005011587	MYL11 (ENSOTSG00005011585)	PLAT (ENSOTSG00005011584)	ikbkb (ENSOTSG00005011560)	ENSOTSG00005011554	fstl1b (ENSOTSG00005011162)	LRRC58 (ENSOTSG00005011160)	GPR156 (ENSOTSG00005011159)	ENSOTSG00005011158	ENSOTSG00005011157	vdac3 (ENSOTSG00005011150)	enkd1 (ENSOTSG00005011148)	ENSOTSG00005011147	ENSOTSG00005011144 #21	dynll1 (ENSOTSG00005011141) #22	rpl6 (ENSOTSG00005011140)	ACAA2 (ENSOTSG00005011131)	mrpl40 (ENSOTSG00005011128)	ufd1l (ENSOTSG00005010461)	cdc45 (ENSOTSG00005010438)	cldn5a (ENSOTSG00005010436)	ENSOTSG00005010435	septin5a (ENSOTSG00005009975)	gp1bb (ENSOTSG00005009971)	dhx37 (ENSOTSG00005009966)	ENSOTSG00005006590	ENSOTSG00005006580	ENSOTSG00005006579	rassf2a (ENSOTSG00005006573)	zgc:63587 (ENSOTSG00005006569)
Coho salmon	MODERN SPECIES	28	POLK (ENSOKIG00005043189)	ANKDD1B (ENSOKIG00005043163)	sv2ca (ENSOKIG00005043125)	F2RL2 (ENSOKIG00005043111)	iqgap2 (ENSOKIG00005033003)	f2r (ENSOKIG00005032517)	ssbp2a (ENSOKIG00005032358)	ENSOKIG00005032326	SLC25A1 (ENSOKIG00005032108)	ENSOKIG00005031734	MYL11 (ENSOKIG00005031681)	PLAT (ENSOKIG00005031157)	ikbkb (ENSOKIG00005031084)	enkd1 (ENSOKIG00005031069)	polb (ENSOKIG00005031009)	dynll1 (ENSOKIG00005030993) #22	ENSOKIG00005030971 #21	ENSOKIG00005021362	ACAA2 (ENSOKIG00005021234)	mrpl40 (ENSOKIG00005021192)	ufd1l (ENSOKIG00005020942)	cdc45 (ENSOKIG00005020780)	cldn5a (ENSOKIG00005020765)	septin5a (ENSOKIG00005020479)	ENSOKIG00005020434	gp1bb (ENSOKIG00005020429)	dhx37 (ENSOKIG00005020346)	ENSOKIG00005019127	ENSOKIG00005019018	ENSOKIG00005019013	rassf2a (ENSOKIG00005018913)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000183076.a.b.a.d	ENSGT01050000244840.A.b.b.a.d	ENSGT01050000244840.A.a.b.e	ENSGT00510000050125.b.b.b	ENSGT00950000183049.E.c	ENSGT00940000164012.B	ENSGT00550000074856.c.b.f.b.b	ENSGT00950000183166.a.b.f	ENSGT00940000162822.c	ENSGT00940000159038.a.a.d	ENSGT00940000158930.f	ENSGT00950000182937.A.b.g	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.f	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918.j	ENSGT00390000000378.d.b.wb #22	ENSGT00390000001618.s #21	ENSGT00390000003682.f	ENSGT01030000234626.D.d	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002408.t	ENSGT00390000009662.g	ENSGT00940000161769.b.a.x.a	ENSGT00940000164668.j	ENSGT00940000159913.a.a.k.a	ENSGT00530000064244.b.e	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000155355.ab	ENSGT00950000183167.a.b.b.a.g.b	ENSGT00530000064873.b.i	ENSGT00940000158546.l
River trout	MODERN SPECIES	39	f2r (ENSSTUG00000046110)	ENSSTUG00000046112	ssbp2a (ENSSTUG00000046136)	ENSSTUG00000046350	ENSSTUG00000046352	SLC25A1 (ENSSTUG00000046375)	ENSSTUG00000046488	ENSSTUG00000047645	PLAT (ENSSTUG00000047668)	ikbkb (ENSSTUG00000047760)	vdac3 (ENSSTUG00000047951)	ENSSTUG00000047958	ENSSTUG00000047963	enkd1 (ENSSTUG00000047975)	polb (ENSSTUG00000047986)	dynll1 (ENSSTUG00000048021) #22	ENSSTUG00000048026 #21	rpl6 (ENSSTUG00000048032)	ACAA2 (ENSSTUG00000048043)	mrpl40 (ENSSTUG00000048152)	ufd1l (ENSSTUG00000048168)	cdc45 (ENSSTUG00000048528)	cldn5a (ENSSTUG00000048571)	zgc:63587 (ENSSTUG00000048580)	septin5a (ENSSTUG00000048590)	dhx37 (ENSSTUG00000048625)	ENSSTUG00000048701	ENSSTUG00000048892	prnprs3 (ENSSTUG00000048896)	rassf2a (ENSSTUG00000048899)	ENSSTUG00000048922
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	ENSSSAG00000079344	f2r (ENSSSAG00000079339)	ssbp2a (ENSSSAG00000079361)	ENSSSAG00000079540	ENSSSAG00000091439	ENSSSAG00000118287	ENSSSAG00000042487	ENSSSAG00000116451	ENSSSAG00000080266	ENSSSAG00000080273	ikbkb (ENSSSAG00000045104)	vdac3 (ENSSSAG00000045635)	ENSSSAG00000045940	enkd1 (ENSSSAG00000045950)	polb (ENSSSAG00000045962)	dynll1 (ENSSSAG00000046028) #22	ENSSSAG00000046044 #21	rpl6 (ENSSSAG00000046058)	THIM (ENSSSAG00000046088)	mrpl40 (ENSSSAG00000089945)	ufd1l (ENSSSAG00000046704)	cdc45 (ENSSSAG00000047205)	cldn5a (ENSSSAG00000120089)	zgc:63587 (ENSSSAG00000047321)	septin5a (ENSSSAG00000052786)	gp1bb (ENSSSAG00000084006)	dhx37 (ENSSSAG00000053501)	ENSSSAG00000095888	ENSSSAG00000055534	ENSSSAG00000106188	ENSSSAG00000060254
Northern pike	MODERN SPECIES	12	F2RL2 (ENSELUG00000009878)	iqgap2 (ENSELUG00000009998)	f2r (ENSELUG00000009872)	ENSELUG00000033572	ENSELUG00000027802	ssbp2a (ENSELUG00000009831)	SLC25A1 (ENSELUG00000009778)	CLTCL1 (ENSELUG00000009702)	ENSELUG00000009557	PLAT (ENSELUG00000009537)	ikbkb (ENSELUG00000009472)	vdac3 (ENSELUG00000009417)	enkd1 (ENSELUG00000009383)	polb (ENSELUG00000009370)	ENSELUG00000009356 #21	dynll1 (ENSELUG00000009336) #22	rpl6 (ENSELUG00000009354)	acaa2 (ENSELUG00000009312)	mrpl40 (ENSELUG00000030802)	si:ch211-51h9.6 (ENSELUG00000009233)	ufd1 (ENSELUG00000009207)	cdc45 (ENSELUG00000009130)	cldn5a (ENSELUG00000009084)	zgc:63587 (ENSELUG00000009060)	septin5a (ENSELUG00000009028)	gp1bb (ENSELUG00000009007)	dhx37 (ENSELUG00000008988)	PLPP5 (ENSELUG00000008938)	NSD3 (ENSELUG00000008901)	LETM2 (ENSELUG00000008803)	prnprs3 (ENSELUG00000008789)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159978	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00650000094724
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Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	67	ENSHCOG00000007095	ENSHCOG00000007144	serpind1 (ENSHCOG00000007153)	ENSHCOG00000007194	snap29 (ENSHCOG00000007224)	ENSHCOG00000007243	ENSHCOG00000007253	SLC25A1 (ENSHCOG00000007258)	CLTCL1 (ENSHCOG00000007371)	PLAT (ENSHCOG00000007503)	ikbkb (ENSHCOG00000007550)	vdac3 (ENSHCOG00000007575)	enkd1 (ENSHCOG00000007583)	polb (ENSHCOG00000007626)	ENSHCOG00000007635 #21	dynll1 (ENSHCOG00000007644) #22	rpl6 (ENSHCOG00000007651)	acaa2 (ENSHCOG00000007671)	ENSHCOG00000007681	ENSHCOG00000007695	ENSHCOG00000007708	pdlim5a (ENSHCOG00000007720)	BMPR1B (ENSHCOG00000007740)	elac1 (ENSHCOG00000007752)	me2 (ENSHCOG00000007780)	mapk4 (ENSHCOG00000007796)	tspan36 (ENSHCOG00000007807)	ENSHCOG00000007815	ENSHCOG00000007823	mpeg1.2 (ENSHCOG00000007828)	prf1.5 (ENSHCOG00000007838)
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Tetraodon	DUPLICATION
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Tetraodon	MODERN SPECIES	3	ITGA2 (ENSTNIG00000015938)	paip1 (ENSTNIG00000015937)	fgf10b (ENSTNIG00000015936)	ENSTNIG00000015935	agpat9l (ENSTNIG00000015934)	myl7 (ENSTNIG00000015933)	gck (ENSTNIG00000015932)	LETM2 (ENSTNIG00000015931)	NSD3 (ENSTNIG00000015930)	plpp5 (ENSTNIG00000015929)	cdc45 (ENSTNIG00000015928)	cldn5a (ENSTNIG00000001355)	zgc:63587 (ENSTNIG00000015927)	septin5a (ENSTNIG00000015926)	dhx37 (ENSTNIG00000015925)	dynll1 (ENSTNIG00000015924) #22	ufd1l (ENSTNIG00000015923)	acaa2 (ENSTNIG00000015922)	rpl6 (ENSTNIG00000015921)	dynll1 (ENSTNIG00000015920) #22	polb (ENSTNIG00000015919)	vdac3 (ENSTNIG00000015918)	ikbkb (ENSTNIG00000015917)	PLAT (ENSTNIG00000015916)	thoc5 (ENSTNIG00000015915)	tfip11 (ENSTNIG00000015914)	srrd (ENSTNIG00000015913)	ENSTNIG00000015912	DDHD2 (ENSTNIG00000015911)	ENSTNIG00000015910	plekha2 (ENSTNIG00000015909)
Fugu	MODERN SPECIES	13	SLC8B1 (ENSTRUG00000020034)	TPCN1 (ENSTRUG00000016229)	ENSTRUG00000020883	plekha2 (ENSTRUG00000020848)	ENSTRUG00000023127	DDHD2 (ENSTRUG00000016304)	ENSTRUG00000016322	srrd (ENSTRUG00000016347)	tfip11 (ENSTRUG00000016348)	thoc5 (ENSTRUG00000016363)	PLAT (ENSTRUG00000016380)	ikbkb (ENSTRUG00000016393)	vdac3 (ENSTRUG00000016407)	enkd1 (ENSTRUG00000016411)	polb (ENSTRUG00000016417)	dynll1 (ENSTRUG00000016464) #22	rpl6 (ENSTRUG00000016438)	acaa2 (ENSTRUG00000016446)	mrpl40 (ENSTRUG00000025904)	si:ch211-51h9.6 (ENSTRUG00000031049)	ufd1l (ENSTRUG00000016457)	septin5a (ENSTRUG00000016478)	zgc:63587 (ENSTRUG00000016492)	cldn5a (ENSTRUG00000016497)	cdc45 (ENSTRUG00000016499)	plpp5 (ENSTRUG00000024109)	NSD3 (ENSTRUG00000016530)	LETM2 (ENSTRUG00000016542)	gck (ENSTRUG00000016548)	myl7 (ENSTRUG00000016554)	agpat9l (ENSTRUG00000024175)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	207	serpind1 (ENSLBEG00000024431)	ENSLBEG00000024452	snap29 (ENSLBEG00000024476)	ENSLBEG00000024511	SLC25A1 (ENSLBEG00000024542)	CLTCL1 (ENSLBEG00000024587)	ENSLBEG00000024657	ENSLBEG00000024675	PLAT (ENSLBEG00000024742)	ikbkb (ENSLBEG00000024869)	vdac3 (ENSLBEG00000024957)	enkd1 (ENSLBEG00000025001)	polb (ENSLBEG00000025040)	ENSLBEG00000025084 #21	rpl6 (ENSLBEG00000025101)	dynll1 (ENSLBEG00000025118) #22	acaa2 (ENSLBEG00000025150)	mrpl40 (ENSLBEG00000025203)	si:ch211-51h9.6 (ENSLBEG00000025233)	ufd1l (ENSLBEG00000025256)	dhx37 (ENSLBEG00000025303)	gp1bb (ENSLBEG00000025362)	septin5a (ENSLBEG00000025389)	zgc:63587 (ENSLBEG00000025452)	ENSLBEG00000025509	cdc45 (ENSLBEG00000025547)	plpp5 (ENSLBEG00000025641)	NSD3 (ENSLBEG00000025674)	ENSLBEG00000025719
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155831.bb	ENSGT00390000004228	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000010435.A	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000004228	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00530000064873.b.g.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	24	ENSCLMG00005008253	PRADC1 (ENSCLMG00005008267)	hic1l (ENSCLMG00005008268)	pi4kab (ENSCLMG00005008279)	serpind1 (ENSCLMG00005009398)	snap29 (ENSCLMG00005009399)	ENSCLMG00005009401	SLC25A1 (ENSCLMG00005009402)	CLTCL1 (ENSCLMG00005009416)	PLAT (ENSCLMG00005012039)	ikbkb (ENSCLMG00005012066)	vdac3 (ENSCLMG00005015089)	ENSCLMG00005015612	polb (ENSCLMG00005015613)	ENSCLMG00005015615 #21	dynll1 (ENSCLMG00005015617) #22	rpl6 (ENSCLMG00005015618)	acaa2 (ENSCLMG00005015620)	mrpl40 (ENSCLMG00005015851)	si:ch211-51h9.6 (ENSCLMG00005015854)	ufd1l (ENSCLMG00005015867)	dhx37 (ENSCLMG00005015998)	gp1bb (ENSCLMG00005016039)	septin5a (ENSCLMG00005016049)	zgc:63587 (ENSCLMG00005016516)	cldn5a (ENSCLMG00005016848)	cdc45 (ENSCLMG00005016855)	plpp5 (ENSCLMG00005016902)	NSD3 (ENSCLMG00005016923)	LETM2 (ENSCLMG00005017430)	ENSCLMG00005017432
Stickleback	MODERN SPECIES	12	PRADC1 (ENSGACG00000004269)	hic1l (ENSGACG00000004268)	serpind1 (ENSGACG00000004263)	pi4kab (ENSGACG00000004240)	snap29 (ENSGACG00000004226)	ENSGACG00000004218	SLC25A1 (ENSGACG00000004212)	CLTCL1 (ENSGACG00000004169)	ENSGACG00000004160	ENSGACG00000004156	PLAT (ENSGACG00000004146)	ikbkb (ENSGACG00000004136)	vdac3 (ENSGACG00000004119)	enkd1 (ENSGACG00000004114)	polb (ENSGACG00000004070)	dynll1 (ENSGACG00000004060) #22	rpl6 (ENSGACG00000004055)	acaa2 (ENSGACG00000003989)	ENSGACG00000003987	si:ch211-51h9.6 (ENSGACG00000003986)	ufd1l (ENSGACG00000003940)	dhx37 (ENSGACG00000003927)	sub1b (ENSGACG00000003912)	npr3 (ENSGACG00000003906)	ENSGACG00000003894	ENSGACG00000003892	golph3a (ENSGACG00000003881)	ENSGACG00000003878	ENSGACG00000003876	isl1a (ENSGACG00000003872)	ABCA2 (ENSGACG00000003853)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000004228	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Pike perch	MODERN SPECIES	2	ENSSLUG00000003265	ENSSLUG00000003313	PRADC1 (ENSSLUG00000003419)	hic1l (ENSSLUG00000003424)	pi4kab (ENSSLUG00000003593)	serpind1 (ENSSLUG00000003967)	snap29 (ENSSLUG00000003973)	ENSSLUG00000003975	SLC25A1 (ENSSLUG00000003990)	CLTCL1 (ENSSLUG00000004507)	PLAT (ENSSLUG00000010821)	ikbkb (ENSSLUG00000010875)	vdac3 (ENSSLUG00000011105)	enkd1 (ENSSLUG00000011125)	polb (ENSSLUG00000011132)	dynll1 (ENSSLUG00000011140) #22	ENSSLUG00000011141	rpl6 (ENSSLUG00000011142)	acaa2 (ENSSLUG00000011148)	mrpl40 (ENSSLUG00000011181)	si:ch211-51h9.6 (ENSSLUG00000011186)	ufd1l (ENSSLUG00000011212)	dhx37 (ENSSLUG00000011645)	gp1bb (ENSSLUG00000011709)	septin5a (ENSSLUG00000011717)	zgc:63587 (ENSSLUG00000011777)	cldn5a (ENSSLUG00000012140)	cdc45 (ENSSLUG00000012201)	plpp5 (ENSSLUG00000013664)	NSD3 (ENSSLUG00000013768)	LETM2 (ENSSLUG00000014988)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	23	btf3 (ENSCGOG00000018488)	ENSCGOG00000018486	PRADC1 (ENSCGOG00000018484)	hic1l (ENSCGOG00000018483)	serpind1 (ENSCGOG00000018481)	pi4kab (ENSCGOG00000018273)	snap29 (ENSCGOG00000018265)	ENSCGOG00000018264	SLC25A1 (ENSCGOG00000018092)	CLTCL1 (ENSCGOG00000016630)	PLAT (ENSCGOG00000016495)	ikbkb (ENSCGOG00000014950)	vdac3 (ENSCGOG00000013042)	enkd1 (ENSCGOG00000012937)	polb (ENSCGOG00000012590)	dynll1 (ENSCGOG00000012573) #22	ENSCGOG00000012572 #21	rpl6 (ENSCGOG00000012569)	acaa2 (ENSCGOG00000011980)	mrpl40 (ENSCGOG00000011962)	si:ch211-51h9.6 (ENSCGOG00000011961)	ufd1l (ENSCGOG00000011932)	dhx37 (ENSCGOG00000011636)	gp1bb (ENSCGOG00000011626)	septin5a (ENSCGOG00000009647)	zgc:63587 (ENSCGOG00000008119)	cldn5a (ENSCGOG00000008066)	cdc45 (ENSCGOG00000007662)	plpp5 (ENSCGOG00000007622)	NSD3 (ENSCGOG00000006841)	LETM2 (ENSCGOG00000006804)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000010435.A	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000010435.A	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000177458	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
European seabass	MODERN SPECIES	13	ENSDLAG00005028735	ENSDLAG00005032387	serpind1 (ENSDLAG00005012478)	pi4kab (ENSDLAG00005011163)	snap29 (ENSDLAG00005011114)	ENSDLAG00005011102	ENSDLAG00005011016	ENSDLAG00005009688	ENSDLAG00005027575	ENSDLAG00005009550	ikbkb (ENSDLAG00005007449)	vdac3 (ENSDLAG00005007063)	enkd1 (ENSDLAG00005007034)	polb (ENSDLAG00005006964)	ENSDLAG00005006941 #21	dynll1 (ENSDLAG00005031507) #22	rpl6 (ENSDLAG00005006917)	acaa2 (ENSDLAG00005006405)	mrpl40 (ENSDLAG00005033180)	ENSDLAG00005006145	dhx37 (ENSDLAG00005006009)	septin5a (ENSDLAG00005005774)	cldn5a (ENSDLAG00005004809)	zgc:63587 (ENSDLAG00005004837)	CDC45 (ENSDLAG00005024889)	plpp5 (ENSDLAG00005026492)	ENSDLAG00005024791	LETM2 (ENSDLAG00005024781)	ENSDLAG00005024779	ENSDLAG00005031241	ENSDLAG00005029815
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	2	pdxp (ENSLCRG00005003125)	mrps36 (ENSLCRG00005003119)	PRADC1 (ENSLCRG00005003116)	HIC2 (ENSLCRG00005003115)	serpind1 (ENSLCRG00005003113)	pi4kab (ENSLCRG00005002223)	snap29 (ENSLCRG00005002174)	ENSLCRG00005002170	SLC25A1 (ENSLCRG00005001220)	CLTCL1 (ENSLCRG00005000916)	PLAT (ENSLCRG00005000800)	ikbkb (ENSLCRG00005000532)	vdac3 (ENSLCRG00005000274)	enkd1 (ENSLCRG00005000199)	polb (ENSLCRG00005000177)	dynll1 (ENSLCRG00005000153) #22	ENSLCRG00005000148 #21	rpl6 (ENSLCRG00005000140)	acaa2 (ENSLCRG00005000116)	mrpl40 (ENSLCRG00005000093)	si:ch211-51h9.6 (ENSLCRG00005015563)	ufd1l (ENSLCRG00005015551)	dhx37 (ENSLCRG00005015338)	ENSLCRG00005015334	septin5a (ENSLCRG00005015282)	zgc:63587 (ENSLCRG00005015249)	cldn5a (ENSLCRG00005015240)	cdc45 (ENSLCRG00005015044)	plpp5 (ENSLCRG00005015033)	NSD3 (ENSLCRG00005013518)	LETM2 (ENSLCRG00005013508)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	19	ENSSAUG00010023870	PRADC1 (ENSSAUG00010023873)	hic1l (ENSSAUG00010023875)	pi4kab (ENSSAUG00010023897)	serpind1 (ENSSAUG00010024436)	snap29 (ENSSAUG00010024437)	ENSSAUG00010024438	SLC25A1 (ENSSAUG00010024444)	CLTCL1 (ENSSAUG00010024475)	ENSSAUG00010025184	PLAT (ENSSAUG00010025194)	ikbkb (ENSSAUG00010025211)	vdac3 (ENSSAUG00010025460)	enkd1 (ENSSAUG00010025592)	polb (ENSSAUG00010025593)	dynll1 (ENSSAUG00010025597) #22	ENSSAUG00010025598	rpl6 (ENSSAUG00010025599)	ACAA2 (ENSSAUG00010000353)	mrpl40 (ENSSAUG00010000557)	si:ch211-51h9.6 (ENSSAUG00010000560)	ufd1l (ENSSAUG00010000565)	dhx37 (ENSSAUG00010000600)	gp1bb (ENSSAUG00010000703)	septin5a (ENSSAUG00010000718)	zgc:63587 (ENSSAUG00010000828)	cldn5a (ENSSAUG00010001151)	cdc45 (ENSSAUG00010001163)	plpp5 (ENSSAUG00010001187)	NSD3 (ENSSAUG00010001218)	LETM2 (ENSSAUG00010001942)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00650000094724
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000156835.l.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000004228	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	20	ENSBSLG00000014400	ENSBSLG00000014375	hic1l (ENSBSLG00000014367)	serpind1 (ENSBSLG00000014355)	pi4kab (ENSBSLG00000013900)	snap29 (ENSBSLG00000013879)	ENSBSLG00000013875	SLC25A1 (ENSBSLG00000013686)	CLTCL1 (ENSBSLG00000012713)	ENSBSLG00000012705	PLAT (ENSBSLG00000012684)	ikbkb (ENSBSLG00000012342)	vdac3 (ENSBSLG00000012194)	enkd1 (ENSBSLG00000012120)	polb (ENSBSLG00000012161)	dynll1 (ENSBSLG00000012103) #22	rpl6 (ENSBSLG00000012069)	acaa2 (ENSBSLG00000011561)	mrpl40 (ENSBSLG00000011548)	si:ch211-51h9.6 (ENSBSLG00000011539)	ufd1l (ENSBSLG00000011489)	dhx37 (ENSBSLG00000011431)	gp1bb (ENSBSLG00000011427)	septin5a (ENSBSLG00000011215)	zgc:63587 (ENSBSLG00000010761)	cldn5a (ENSBSLG00000010582)	plpp5 (ENSBSLG00000010262)	NSD3 (ENSBSLG00000008531)	LETM2 (ENSBSLG00000008436)	ENSBSLG00000008404	ENSBSLG00000008394
Climbing perch	MODERN SPECIES	22	ENSATEG00000021246	ENSATEG00000021240	ENSATEG00000021233	serpind1 (ENSATEG00000021178)	pi4kab (ENSATEG00000021117)	snap29 (ENSATEG00000021079)	ENSATEG00000029495	ENSATEG00000021046	ENSATEG00000020957	ENSATEG00000020929	ENSATEG00000020915	ikbkb (ENSATEG00000020886)	vdac3 (ENSATEG00000025440)	enkd1 (ENSATEG00000020824)	polb (ENSATEG00000020803)	dynll1 (ENSATEG00000029579) #22	ENSATEG00000027310 #21	rpl6 (ENSATEG00000025793)	acaa2 (ENSATEG00000020766)	mrpl40 (ENSATEG00000020753)	si:ch211-51h9.6 (ENSATEG00000029168)	ENSATEG00000020712	dhx37 (ENSATEG00000020638)	gp1bb (ENSATEG00000028591)	septin5a (ENSATEG00000020583)	zgc:63587 (ENSATEG00000020519)	cldn5a (ENSATEG00000020491)	cdc45 (ENSATEG00000020433)	plpp5 (ENSATEG00000020352)	ENSATEG00000020222	LETM2 (ENSATEG00000020187)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	23	ENSMAMG00000013398	PRADC1 (ENSMAMG00000024659)	ENSMAMG00000013476	pi4kab (ENSMAMG00000013495)	serpind1 (ENSMAMG00000013633)	snap29 (ENSMAMG00000013707)	ENSMAMG00000013809	ENSMAMG00000013831	ENSMAMG00000013857	ENSMAMG00000014017	ikbkb (ENSMAMG00000014045)	vdac3 (ENSMAMG00000014082)	enkd1 (ENSMAMG00000014116)	polb (ENSMAMG00000014133)	ENSMAMG00000025919 #21	dynll1 (ENSMAMG00000026728) #22	rpl6 (ENSMAMG00000014219)	acaa2 (ENSMAMG00000014229)	mrpl40 (ENSMAMG00000014249)	si:ch211-51h9.6 (ENSMAMG00000014259)	ENSMAMG00000014272	dhx37 (ENSMAMG00000014318)	gp1bb (ENSMAMG00000014408)	septin5a (ENSMAMG00000014426)	zgc:63587 (ENSMAMG00000014467)	cldn5a (ENSMAMG00000026747)	cdc45 (ENSMAMG00000014559)	plpp5 (ENSMAMG00000014619)	ENSMAMG00000014657	LETM2 (ENSMAMG00000014800)	ENSMAMG00000014833
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00650000094724
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b.h	ENSGT00950000183166.a.b.g	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Tongue sole	DUPLICATION
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Tongue sole	MODERN SPECIES	397	marveld2b (ENSCSEG00000012007)	oclnb (ENSCSEG00000012015)	zgc:64051 (ENSCSEG00000012032)	araf (ENSCSEG00000012037)	ENSCSEG00000012058	ENSCSEG00000012067	ENSCSEG00000012084	ENSCSEG00000012125	ENSCSEG00000012130	ENSCSEG00000012137	ctsla (ENSCSEG00000012140)	serpind1 (ENSCSEG00000012172)	ENSCSEG00000012177	SLC25A1 (ENSCSEG00000012186)	ENSCSEG00000012227	dynll1 (ENSCSEG00000012258) #22	rpl6 (ENSCSEG00000012238)	ENSCSEG00000012266	ENSCSEG00000012274	mrpl40 (ENSCSEG00000012296)	ENSCSEG00000012299	ENSCSEG00000012303	SET (ENSCSEG00000012321)	ENSCSEG00000012344	TRAF2 (ENSCSEG00000012375)	RABL6 (ENSCSEG00000012430)	cldn26 (ENSCSEG00000012456)	lztr1 (ENSCSEG00000012466)	gal3st1a (ENSCSEG00000012531)	ENSCSEG00000012866	ENSCSEG00000012876
Turbot	DUPLICATION
Turbot	MODERN SPECIES	21	snap29 (ENSSMAG00000006905)	ENSSMAG00000006898	ENSSMAG00000006864	ENSSMAG00000006778	ENSSMAG00000006744	ENSSMAG00000006680	ikbkb (ENSSMAG00000006624)	vdac3 (ENSSMAG00000006594)	enkd1 (ENSSMAG00000006585)	polb (ENSSMAG00000006536)	dynll1 (ENSSMAG00000023229) #22	ENSSMAG00000006531	dynll1 (ENSSMAG00000023697) #22	ENSSMAG00000006417	ENSSMAG00000033617 #21	dynll1 (ENSSMAG00000021875) #22	rpl6 (ENSSMAG00000006381)	acaa2 (ENSSMAG00000006346)	mrpl40 (ENSSMAG00000006340)	si:ch211-51h9.6 (ENSSMAG00000006331)	ENSSMAG00000006297	dhx37 (ENSSMAG00000006189)	gp1bb (ENSSMAG00000006282)	septin5a (ENSSMAG00000006148)	zgc:63587 (ENSSMAG00000006113)	cldn5a (ENSSMAG00000006109)	cdc45 (ENSSMAG00000006027)	plpp5 (ENSSMAG00000006011)	ENSSMAG00000005965	LETM2 (ENSSMAG00000005953)	ENSSMAG00000005949
Turbot	DUPLICATION
Turbot	MODERN SPECIES	21	ENSSMAG00000007076	serpind1 (ENSSMAG00000007015)	pi4kab (ENSSMAG00000006945)	snap29 (ENSSMAG00000006905)	ENSSMAG00000006898	ENSSMAG00000006864	ENSSMAG00000006778	ENSSMAG00000006744	ENSSMAG00000006680	ikbkb (ENSSMAG00000006624)	vdac3 (ENSSMAG00000006594)	enkd1 (ENSSMAG00000006585)	polb (ENSSMAG00000006536)	dynll1 (ENSSMAG00000023229) #22	ENSSMAG00000006531	dynll1 (ENSSMAG00000023697) #22	ENSSMAG00000006417	ENSSMAG00000033617 #21	dynll1 (ENSSMAG00000021875) #22	rpl6 (ENSSMAG00000006381)	acaa2 (ENSSMAG00000006346)	mrpl40 (ENSSMAG00000006340)	si:ch211-51h9.6 (ENSSMAG00000006331)	ENSSMAG00000006297	dhx37 (ENSSMAG00000006189)	gp1bb (ENSSMAG00000006282)	septin5a (ENSSMAG00000006148)	zgc:63587 (ENSSMAG00000006113)	cldn5a (ENSSMAG00000006109)	cdc45 (ENSSMAG00000006027)	plpp5 (ENSSMAG00000006011)
Turbot	MODERN SPECIES	21	ENSSMAG00000007090	ENSSMAG00000023110	ENSSMAG00000007076	serpind1 (ENSSMAG00000007015)	pi4kab (ENSSMAG00000006945)	snap29 (ENSSMAG00000006905)	ENSSMAG00000006898	ENSSMAG00000006864	ENSSMAG00000006778	ENSSMAG00000006744	ENSSMAG00000006680	ikbkb (ENSSMAG00000006624)	vdac3 (ENSSMAG00000006594)	enkd1 (ENSSMAG00000006585)	polb (ENSSMAG00000006536)	dynll1 (ENSSMAG00000023229) #22	ENSSMAG00000006531	dynll1 (ENSSMAG00000023697) #22	ENSSMAG00000006417	ENSSMAG00000033617 #21	dynll1 (ENSSMAG00000021875) #22	rpl6 (ENSSMAG00000006381)	acaa2 (ENSSMAG00000006346)	mrpl40 (ENSSMAG00000006340)	si:ch211-51h9.6 (ENSSMAG00000006331)	ENSSMAG00000006297	dhx37 (ENSSMAG00000006189)	gp1bb (ENSSMAG00000006282)	septin5a (ENSSMAG00000006148)	zgc:63587 (ENSSMAG00000006113)	cldn5a (ENSSMAG00000006109)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000162822	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682.h	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355.cb	ENSGT00650000094724	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Barramundi perch	MODERN SPECIES	9	ENSLCAG00010001380	ENSLCAG00010001390	ENSLCAG00010001398	hic1l (ENSLCAG00010001402)	pi4kab (ENSLCAG00010001524)	serpind1 (ENSLCAG00010001884)	snap29 (ENSLCAG00010001891)	ENSLCAG00010001893	SLC25A1 (ENSLCAG00010001907)	CLTCL1 (ENSLCAG00010002180)	ENSLCAG00010002866	PLAT (ENSLCAG00010002870)	ikbkb (ENSLCAG00010002901)	vdac3 (ENSLCAG00010002979)	enkd1 (ENSLCAG00010002990)	dynll1 (ENSLCAG00010003001) #22	ENSLCAG00010003009 #21	rpl6 (ENSLCAG00010003013)	acaa2 (ENSLCAG00010003019)	mrpl40 (ENSLCAG00010003027)	si:ch211-51h9.6 (ENSLCAG00010003030)	ufd1l (ENSLCAG00010003037)	dhx37 (ENSLCAG00010003086)	gp1bb (ENSLCAG00010003139)	septin5a (ENSLCAG00010003150)	zgc:63587 (ENSLCAG00010003198)	cldn5a (ENSLCAG00010003207)	cdc45 (ENSLCAG00010003255)	plpp5 (ENSLCAG00010003491)	NSD3 (ENSLCAG00010003573)	LETM2 (ENSLCAG00010003769)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682.h	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000013287	ENSGT00390000018226	ENSGT00970000193421.C.a.jc	ENSGT00940000156044	ENSGT00940000154702.b	ENSGT00940000178067.a	ENSGT00940000178067.b	ENSGT00940000155640.a	ENSGT00940000164450.a	ENSGT00390000017970.f.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	175	hic1l (ENSSDUG00000022819)	pi4kab (ENSSDUG00000022824)	serpind1 (ENSSDUG00000022851)	snap29 (ENSSDUG00000022863)	ENSSDUG00000022876	SLC25A1 (ENSSDUG00000022882)	CLTCL1 (ENSSDUG00000022890)	ENSSDUG00000022925	PLAT (ENSSDUG00000022935)	ikbkb (ENSSDUG00000022942)	vdac3 (ENSSDUG00000022952)	enkd1 (ENSSDUG00000022958)	polb (ENSSDUG00000022962)	rpl6 (ENSSDUG00000022976)	ENSSDUG00000022980 #21	dynll1 (ENSSDUG00000022983) #22	acaa2 (ENSSDUG00000022985)	mrpl40 (ENSSDUG00000022994)	si:ch211-51h9.6 (ENSSDUG00000022999)	ENSSDUG00000023001	ENSSDUG00000023006	cdo1 (ENSSDUG00000023015)	AP3S1 (ENSSDUG00000023019)	aacs (ENSSDUG00000023028)	ENSSDUG00000023050	ENSSDUG00000023059	ENSSDUG00000023060	ENSSDUG00000023064	jak2b (ENSSDUG00000023068)	zgc:114041 (ENSSDUG00000023083)	ENSSDUG00000023088
Yellowtail amberjack	DUPLICATION
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3029			pi4kab (ENSSLDG00000008549)	serpind1 (ENSSLDG00000008993)	snap29 (ENSSLDG00000009025)	ENSSLDG00000009052	SLC25A1 (ENSSLDG00000009078)	CLTCL1 (ENSSLDG00000009130)	ENSSLDG00000009218	PLAT (ENSSLDG00000009240)	ikbkb (ENSSLDG00000009307)	vdac3 (ENSSLDG00000009373)	enkd1 (ENSSLDG00000009419)	polb (ENSSLDG00000009488)	ENSSLDG00000009544 #21	dynll1 (ENSSLDG00000009562) #22	rpl6 (ENSSLDG00000009577)	ENSSLDG00000009589	acaa2 (ENSSLDG00000009631)	mrpl40 (ENSSLDG00000009671)	si:ch211-51h9.6 (ENSSLDG00000009683)	ENSSLDG00000009708	cdo1 (ENSSLDG00000009729)	AP3S1 (ENSSLDG00000009752)	aacs (ENSSLDG00000009794)	ENSSLDG00000009888	ENSSLDG00000009917	ENSSLDG00000009933	jak2b (ENSSLDG00000009968)	zgc:114041 (ENSSLDG00000010046)	ENSSLDG00000010083
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	1560																ENSSLDG00000003030 #22	ENSSLDG00000003006
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000010435.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000156835.l.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00530000064873.b.g.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00530000064873.b.g.b
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	334	ENSHBUG00000012857	ENSHBUG00000012926	PRADC1 (ENSHBUG00000012952)	hic1l (ENSHBUG00000012959)	serpind1 (ENSHBUG00000013043)	pi4kab (ENSHBUG00000013182)	snap29 (ENSHBUG00000013276)	ENSHBUG00000013312	SLC25A1 (ENSHBUG00000013343)	CLTCL1 (ENSHBUG00000013415)	PLAT (ENSHBUG00000013432)	ikbkb (ENSHBUG00000013461)	vdac3 (ENSHBUG00000013494)	enkd1 (ENSHBUG00000013506)	polb (ENSHBUG00000013597)	dynll1 (ENSHBUG00000013614) #22	ENSHBUG00000013629 #21	rpl6 (ENSHBUG00000013655)	acaa2 (ENSHBUG00000013719)	mrpl40 (ENSHBUG00000000404)	si:ch211-51h9.6 (ENSHBUG00000013741)	ufd1l (ENSHBUG00000013791)	dhx37 (ENSHBUG00000013916)	gp1bb (ENSHBUG00000013929)	septin5a (ENSHBUG00000013963)	zgc:63587 (ENSHBUG00000013996)	cldn5a (ENSHBUG00000014015)	cdc45 (ENSHBUG00000014083)	plpp5 (ENSHBUG00000014112)	NSD3 (ENSHBUG00000001030)	LETM2 (ENSHBUG00000014319)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	377	hic1l (ENSPNYG00000007402)	pi4kab (ENSPNYG00000007420)	serpind1 (ENSPNYG00000007537)	ENSPNYG00000007596	snap29 (ENSPNYG00000007619)	ENSPNYG00000007632	SLC25A1 (ENSPNYG00000007651)	CLTCL1 (ENSPNYG00000007725)	PLAT (ENSPNYG00000007872)	ikbkb (ENSPNYG00000007909)	vdac3 (ENSPNYG00000007979)	enkd1 (ENSPNYG00000008002)	polb (ENSPNYG00000008041)	rpl6 (ENSPNYG00000008108)	ENSPNYG00000008148 #21	dynll1 (ENSPNYG00000008161) #22	acaa2 (ENSPNYG00000008182)	mrpl40 (ENSPNYG00000008216)	si:ch211-51h9.6 (ENSPNYG00000008233)	ufd1l (ENSPNYG00000008251)	dhx37 (ENSPNYG00000008298)	gp1bb (ENSPNYG00000008346)	septin5a (ENSPNYG00000008373)	zgc:63587 (ENSPNYG00000008409)	cldn5a (ENSPNYG00000008448)	cdc45 (ENSPNYG00000008475)	plpp5 (ENSPNYG00000008519)	NSD3 (ENSPNYG00000008559)	LETM2 (ENSPNYG00000008631)	prnprs3 (ENSPNYG00000008655)	ENSPNYG00000008676
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1094	ENSMZEG00005010527	ENSMZEG00005010488	PRADC1 (ENSMZEG00005010476)	hic1l (ENSMZEG00005010459)	serpind1 (ENSMZEG00005010423)	pi4kab (ENSMZEG00005010344)	snap29 (ENSMZEG00005010307)	ENSMZEG00005010284	SLC25A1 (ENSMZEG00005010261)	CLTCL1 (ENSMZEG00005010116)	PLAT (ENSMZEG00005010075)	ikbkb (ENSMZEG00005010051)	vdac3 (ENSMZEG00005010040)	enkd1 (ENSMZEG00005010024)	polb (ENSMZEG00005010001)	dynll1 (ENSMZEG00005009988) #22	ENSMZEG00005009980 #21	rpl6 (ENSMZEG00005009924)	acaa2 (ENSMZEG00005009873)	mrpl40 (ENSMZEG00005009853)	si:ch211-51h9.6 (ENSMZEG00005009849)	ufd1l (ENSMZEG00005009839)	dhx37 (ENSMZEG00005009802)	gp1bb (ENSMZEG00005009787)	septin5a (ENSMZEG00005009762)	zgc:63587 (ENSMZEG00005009713)	cldn5a (ENSMZEG00005009692)	cdc45 (ENSMZEG00005009621)	plpp5 (ENSMZEG00005009601)	NSD3 (ENSMZEG00005009554)	LETM2 (ENSMZEG00005009533)
Eastern happy	MODERN SPECIES	3	PRADC1 (ENSACLG00000010221)	ENSACLG00000010227	hic1l (ENSACLG00000010236)	pi4kab (ENSACLG00000010239)	serpind1 (ENSACLG00000010287)	ENSACLG00000010289	snap29 (ENSACLG00000010296)	ENSACLG00000010301	SLC25A1 (ENSACLG00000010310)	CLTCL1 (ENSACLG00000010321)	PLAT (ENSACLG00000010734)	ikbkb (ENSACLG00000010789)	vdac3 (ENSACLG00000010897)	enkd1 (ENSACLG00000010938)	polb (ENSACLG00000010973)	dynll1 (ENSACLG00000011047) #22	rpl6 (ENSACLG00000011054)	acaa2 (ENSACLG00000011075)	mrpl40 (ENSACLG00000011106)	si:ch211-51h9.6 (ENSACLG00000011121)	ufd1l (ENSACLG00000011132)	dhx37 (ENSACLG00000011192)	gp1bb (ENSACLG00000011269)	septin5a (ENSACLG00000011272)	zgc:63587 (ENSACLG00000011287)	cdc45 (ENSACLG00000011365)	plpp5 (ENSACLG00000011390)	NSD3 (ENSACLG00000011405)	LETM2 (ENSACLG00000011580)	ENSACLG00000011586	ENSACLG00000011590
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	306	ENSNBRG00000020628	PRADC1 (ENSNBRG00000020597)	hic1l (ENSNBRG00000020589)	serpind1 (ENSNBRG00000020574)	pi4kab (ENSNBRG00000020474)	snap29 (ENSNBRG00000020461)	ENSNBRG00000020444	SLC25A1 (ENSNBRG00000020414)	CLTCL1 (ENSNBRG00000020329)	PLAT (ENSNBRG00000020229)	ikbkb (ENSNBRG00000019905)	vdac3 (ENSNBRG00000019789)	enkd1 (ENSNBRG00000019766)	polb (ENSNBRG00000019395)	ENSNBRG00000019325	dynll1 (ENSNBRG00000019310) #22	rpl6 (ENSNBRG00000019281)	acaa2 (ENSNBRG00000019229)	ENSNBRG00000019204	dhx37 (ENSNBRG00000019133)	gp1bb (ENSNBRG00000019122)	septin5a (ENSNBRG00000018717)	zgc:63587 (ENSNBRG00000018582)	cdc45 (ENSNBRG00000018525)	plpp5 (ENSNBRG00000018503)	NSD3 (ENSNBRG00000018432)	ENSNBRG00000018413	ENSNBRG00000018398	ENSNBRG00000018388	ENSNBRG00000018376	rassf2a (ENSNBRG00000018359)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	3	PRADC1 (ENSONIG00000014334)	hic1l (ENSONIG00000039232)	serpind1 (ENSONIG00000014348)	pi4kab (ENSONIG00000014336)	snap29 (ENSONIG00000028811)	ENSONIG00000033773	SLC25A1 (ENSONIG00000014353)	CLTCL1 (ENSONIG00000014354)	ENSONIG00000037980	PLAT (ENSONIG00000014359)	ikbkb (ENSONIG00000014360)	vdac3 (ENSONIG00000014368)	enkd1 (ENSONIG00000014372)	polb (ENSONIG00000014374)	ENSONIG00000014382 #21	dynll1 (ENSONIG00000039978) #22	rpl6 (ENSONIG00000014384)	acaa2 (ENSONIG00000014388)	mrpl40 (ENSONIG00000014393)	si:ch211-51h9.6 (ENSONIG00000040817)	ufd1l (ENSONIG00000014395)	dhx37 (ENSONIG00000014404)	ENSONIG00000029096	septin5a (ENSONIG00000040547)	zgc:63587 (ENSONIG00000014408)	cldn5a (ENSONIG00000020432)	cdc45 (ENSONIG00000014412)	plpp5 (ENSONIG00000042110)	NSD3 (ENSONIG00000014418)	LETM2 (ENSONIG00000014421)	prnprs3 (ENSONIG00000014423)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	532	ENSACIG00000018856	ENSACIG00000018844	hic1l (ENSACIG00000018835)	serpind1 (ENSACIG00000018802)	pi4kab (ENSACIG00000018730)	snap29 (ENSACIG00000018710)	ENSACIG00000018700	SLC25A1 (ENSACIG00000018660)	CLTCL1 (ENSACIG00000018605)	PLAT (ENSACIG00000018518)	ikbkb (ENSACIG00000018468)	vdac3 (ENSACIG00000018446)	enkd1 (ENSACIG00000018422)	polb (ENSACIG00000018401)	ENSACIG00000018391	dynll1 (ENSACIG00000018385) #22	rpl6 (ENSACIG00000018214)	ENSACIG00000018182
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004228	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00940000158546
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000004228	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00940000158546
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000004228	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00390000009837	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000177458	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00940000158546
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1633					serpind1 (ENSAOCG00000000072)	pi4kab (ENSAOCG00000003085)	snap29 (ENSAOCG00000000074)	ENSAOCG00000003099	SLC25A1 (ENSAOCG00000003112)	CLTCL1 (ENSAOCG00000003149)	PLAT (ENSAOCG00000003161)	ikbkb (ENSAOCG00000003169)	vdac3 (ENSAOCG00000003177)	enkd1 (ENSAOCG00000003184)	polb (ENSAOCG00000003197)	dynll1 (ENSAOCG00000003208) #22	rpl6 (ENSAOCG00000003204)	acaa2 (ENSAOCG00000003214)	mrpl40 (ENSAOCG00000003216)	si:ch211-51h9.6 (ENSAOCG00000003219)	ufd1l (ENSAOCG00000003231)	ENSAOCG00000003258	ENSAOCG00000003265	ENSAOCG00000003271	RFX7 (ENSAOCG00000003279)	ENSAOCG00000000083	rsl24d1 (ENSAOCG00000003309)	ARPP19 (ENSAOCG00000003315)	ENSAOCG00000003321	ENSAOCG00000003335	MYO5C (ENSAOCG00000003351)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	19	PRADC1 (ENSAPEG00000016611)	hic1l (ENSAPEG00000016621)	pi4kab (ENSAPEG00000016643)	serpind1 (ENSAPEG00000016774)	ENSAPEG00000016807	snap29 (ENSAPEG00000016832)	ENSAPEG00000016859	SLC25A1 (ENSAPEG00000016890)	CLTCL1 (ENSAPEG00000016960)	ENSAPEG00000017061	PLAT (ENSAPEG00000017076)	ikbkb (ENSAPEG00000017117)	vdac3 (ENSAPEG00000017163)	enkd1 (ENSAPEG00000017204)	polb (ENSAPEG00000017246)	dynll1 (ENSAPEG00000017303) #22	rpl6 (ENSAPEG00000017318)	acaa2 (ENSAPEG00000017346)	mrpl40 (ENSAPEG00000017401)	si:ch211-51h9.6 (ENSAPEG00000017393)	ufd1l (ENSAPEG00000017418)	dhx37 (ENSAPEG00000017509)	ENSAPEG00000017598	septin5a (ENSAPEG00000017611)	zgc:63587 (ENSAPEG00000017625)	cldn5a (ENSAPEG00000017660)	cdc45 (ENSAPEG00000017699)	plpp5 (ENSAPEG00000017740)	NSD3 (ENSAPEG00000017752)	LETM2 (ENSAPEG00000017832)	rassf2a (ENSAPEG00000017854)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	802	hic1l (ENSAPOG00000005694)	pi4kab (ENSAPOG00000005676)	serpind1 (ENSAPOG00000005481)	ENSAPOG00000005451	snap29 (ENSAPOG00000005409)	ENSAPOG00000005393	SLC25A1 (ENSAPOG00000005359)	CLTCL1 (ENSAPOG00000005313)	ENSAPOG00000005135	PLAT (ENSAPOG00000005123)	ikbkb (ENSAPOG00000005113)	vdac3 (ENSAPOG00000005096)	enkd1 (ENSAPOG00000005040)	polb (ENSAPOG00000005004)	rpl6 (ENSAPOG00000004958)	dynll1 (ENSAPOG00000004940) #22
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	616	ENSSPAG00000008087	PRADC1 (ENSSPAG00000008080)	hic1l (ENSSPAG00000008074)	serpind1 (ENSSPAG00000008061)	pi4kab (ENSSPAG00000007946)	snap29 (ENSSPAG00000007913)	ENSSPAG00000007890	SLC25A1 (ENSSPAG00000007816)	CLTCL1 (ENSSPAG00000007607)	ENSSPAG00000007570	PLAT (ENSSPAG00000007540)	ikbkb (ENSSPAG00000007489)	vdac3 (ENSSPAG00000007450)	enkd1 (ENSSPAG00000007428)	polb (ENSSPAG00000007375)	dynll1 (ENSSPAG00000007361) #22	ENSSPAG00000007348
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000010435.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00950000183166.a.a.a.b.f	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a.g	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000004228	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00940000177458	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a.g	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355
Chinese medaka	MODERN SPECIES	37	ENSOSIG00000022955	ENSOSIG00000022949	hic1l (ENSOSIG00000022947)	serpind1 (ENSOSIG00000022942)	pi4kab (ENSOSIG00000018406)	snap29 (ENSOSIG00000017919)	ENSOSIG00000017916	SLC25A1 (ENSOSIG00000017188)	CLTCL1 (ENSOSIG00000016756)	ENSOSIG00000016705	PLAT (ENSOSIG00000016693)	ikbkb (ENSOSIG00000015909)	vdac3 (ENSOSIG00000015638)	enkd1 (ENSOSIG00000015633)	polb (ENSOSIG00000015635)	dynll1 (ENSOSIG00000015630) #22	ENSOSIG00000015629 #21	rpl6 (ENSOSIG00000015628)	acaa2 (ENSOSIG00000015627)	mrpl40 (ENSOSIG00000015626)	si:ch211-51h9.6 (ENSOSIG00000015624)	ufd1l (ENSOSIG00000015621)	dhx37 (ENSOSIG00000015376)	ENSOSIG00000015373	septin5a (ENSOSIG00000015366)	zgc:63587 (ENSOSIG00000013469)	cdc45 (ENSOSIG00000013447)	plpp5 (ENSOSIG00000013444)	NSD3 (ENSOSIG00000013030)	LETM2 (ENSOSIG00000013019)	ENSOSIG00000013017
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	23	hic1l (ENSORLG00000002131)	ENSORLG00000025725	ENSORLG00000002217	serpind1 (ENSORLG00000002247)	snap29 (ENSORLG00000002265)	ENSORLG00000002270	ENSORLG00000002292	CLTCL1 (ENSORLG00000002325)	ENSORLG00000024247	plat (ENSORLG00000002355)	ikbkb (ENSORLG00000002465)	vdac3 (ENSORLG00000002493)	enkd1 (ENSORLG00000002502)	polb (ENSORLG00000002509)	ENSORLG00000022487 #21	dynll1 (ENSORLG00000002511) #22	rpl6 (ENSORLG00000002519)	acaa2 (ENSORLG00000002564)	mrpl40 (ENSORLG00000002574)	si:ch211-51h9.6 (ENSORLG00000002580)	ufd1l (ENSORLG00000002611)	dhx37 (ENSORLG00000002635)	ENSORLG00000028422	ENSORLG00000023529	gp1bb (ENSORLG00000024381)	septin5a (ENSORLG00000024104)	zgc:63587 (ENSORLG00000002669)	cldn5a (ENSORLG00000027288)	cdc45 (ENSORLG00000002724)	plpp5 (ENSORLG00000002747)	NSD3 (ENSORLG00000002807)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00950000183166.a.a.a.b.f	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a.g	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00530000064873.b.g.b
Indian medaka	MODERN SPECIES	11	ENSOMEG00000016664	ENSOMEG00000016684	ENSOMEG00000016693	ENSOMEG00000016702	serpind1 (ENSOMEG00000016719)	ENSOMEG00000000422	snap29 (ENSOMEG00000016798)	ENSOMEG00000016836	SLC25A1 (ENSOMEG00000016887)	CLTCL1 (ENSOMEG00000017096)	ENSOMEG00000000698	PLAT (ENSOMEG00000017298)	ikbkb (ENSOMEG00000017438)	vdac3 (ENSOMEG00000017489)	enkd1 (ENSOMEG00000000438)	dynll1 (ENSOMEG00000017515) #22	polb (ENSOMEG00000017566)	rpl6 (ENSOMEG00000017595)	acaa2 (ENSOMEG00000017608)	mrpl40 (ENSOMEG00000017632)	si:ch211-51h9.6 (ENSOMEG00000017654)	ufd1l (ENSOMEG00000017707)	dhx37 (ENSOMEG00000000674)	gp1bb (ENSOMEG00000017791)	septin5a (ENSOMEG00000017874)	zgc:63587 (ENSOMEG00000017925)	cdc45 (ENSOMEG00000017970)	plpp5 (ENSOMEG00000018008)	NSD3 (ENSOMEG00000018046)	LETM2 (ENSOMEG00000018137)	ENSOMEG00000018169
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	23	utp15 (ENSOJAG00000002316)	ENSOJAG00000002288	ENSOJAG00000002266	hic1l (ENSOJAG00000002257)	serpind1 (ENSOJAG00000002015)	snap29 (ENSOJAG00000001837)	ENSOJAG00000001829	SLC25A1 (ENSOJAG00000001786)	ENSOJAG00000001714	PLAT (ENSOJAG00000001594)	ikbkb (ENSOJAG00000001342)	vdac3 (ENSOJAG00000001251)	polb (ENSOJAG00000001229)	enkd1 (ENSOJAG00000001218)	ENSOJAG00000001214	dynll1 (ENSOJAG00000001211) #22	rpl6 (ENSOJAG00000001198)	acaa2 (ENSOJAG00000001160)	mrpl40 (ENSOJAG00000001133)	si:ch211-51h9.6 (ENSOJAG00000001128)	ufd1l (ENSOJAG00000001117)	ENSOJAG00000000539	mccc2 (ENSOJAG00000000183)	TMEM8B (ENSOJAG00000017142)	tars1 (ENSOJAG00000014924)	gas1a (ENSOJAG00000014742)	ENSOJAG00000014720	ENSOJAG00000014697	cenatac (ENSOJAG00000014678)	mfsd10 (ENSOJAG00000014570)	ENSOJAG00000014516
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159978	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00940000158664	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000156835.l.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000235069	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00950000183166.a.a.a.b.f	ENSGT00940000157820.a.b	ENSGT00940000155571.A	ENSGT00940000156835.l.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00530000064873.b.g.b
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Mummichog	MODERN SPECIES	1328													enkd1 (ENSFHEG00000008895)	polb (ENSFHEG00000008945)	ENSFHEG00000008955	dynll1 (ENSFHEG00000008975) #22	rpl6 (ENSFHEG00000008998)	acaa2 (ENSFHEG00000009035)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	372	ENSCVAG00000019427	ENSCVAG00000019414	hic1l (ENSCVAG00000019191)	pi4kab (ENSCVAG00000019178)	serpind1 (ENSCVAG00000019071)	ENSCVAG00000000498	snap29 (ENSCVAG00000018974)	ENSCVAG00000018960	SLC25A1 (ENSCVAG00000018934)	CLTCL1 (ENSCVAG00000018908)	PLAT (ENSCVAG00000018691)	ikbkb (ENSCVAG00000018660)	vdac3 (ENSCVAG00000018428)	enkd1 (ENSCVAG00000018372)	polb (ENSCVAG00000018361)	dynll1 (ENSCVAG00000018284) #22	rpl6 (ENSCVAG00000018272)	acaa2 (ENSCVAG00000018266)	mrpl40 (ENSCVAG00000018229)	si:ch211-51h9.6 (ENSCVAG00000018222)	ufd1l (ENSCVAG00000018212)	dhx37 (ENSCVAG00000018153)	gp1bb (ENSCVAG00000018001)	septin5a (ENSCVAG00000017986)	zgc:63587 (ENSCVAG00000017959)	cldn5a (ENSCVAG00000017918)	cdc45 (ENSCVAG00000017889)	plpp5 (ENSCVAG00000017843)	NSD3 (ENSCVAG00000017829)	LETM2 (ENSCVAG00000017620)	prnprs3 (ENSCVAG00000017612)
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Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000010435.A	ENSGT00390000010435.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a	ENSGT00530000064873.b.g.b
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Guppy	MODERN SPECIES	461	btf3 (ENSPREG00000010425)	ENSPREG00000010433	hic1l (ENSPREG00000010443)	pi4kab (ENSPREG00000010519)	serpind1 (ENSPREG00000010743)	snap29 (ENSPREG00000010781)	ENSPREG00000010799	SLC25A1 (ENSPREG00000010834)	CLTCL1 (ENSPREG00000010914)	PLAT (ENSPREG00000011099)	ikbkb (ENSPREG00000011213)	vdac3 (ENSPREG00000011245)	enkd1 (ENSPREG00000011330)	polb (ENSPREG00000011349)	ENSPREG00000011377	dynll1 (ENSPREG00000011383) #22	rpl6 (ENSPREG00000011393)	ENSPREG00000011410	acaa2 (ENSPREG00000011420)	mrpl40 (ENSPREG00000011448)	si:ch211-51h9.6 (ENSPREG00000011460)	ufd1l (ENSPREG00000011473)	dhx37 (ENSPREG00000011504)	gp1bb (ENSPREG00000011573)	septin5a (ENSPREG00000011585)	zgc:63587 (ENSPREG00000011612)	cldn5a (ENSPREG00000011649)	cdc45 (ENSPREG00000011687)	plpp5 (ENSPREG00000011750)	NSD3 (ENSPREG00000011814)	ENSPREG00000011933
Platyfish	MODERN SPECIES	3	hic1l (ENSXMAG00000020311)	pi4kab (ENSXMAG00000014261)	serpind1 (ENSXMAG00000014376)	snap29 (ENSXMAG00000014386)	ENSXMAG00000026447	SLC25A1 (ENSXMAG00000023920)	ENSXMAG00000014407	ENSXMAG00000024435	PLAT (ENSXMAG00000014441)	ikbkb (ENSXMAG00000014460)	vdac3 (ENSXMAG00000029526)	enkd1 (ENSXMAG00000014531)	polb (ENSXMAG00000014540)	ENSXMAG00000024420 #21	rpl6 (ENSXMAG00000026838)	dynll1 (ENSXMAG00000024358) #22	acaa2 (ENSXMAG00000014579)	mrpl40 (ENSXMAG00000014595)	si:ch211-51h9.6 (ENSXMAG00000014600)	ufd1l (ENSXMAG00000014601)	dhx37 (ENSXMAG00000014623)	gp1bb (ENSXMAG00000020312)	septin5a (ENSXMAG00000014644)	zgc:63587 (ENSXMAG00000014718)	cldn5a (ENSXMAG00000023193)	cdc45 (ENSXMAG00000014750)	plpp5 (ENSXMAG00000014791)	NSD3 (ENSXMAG00000028356)	LETM2 (ENSXMAG00000023674)	prnprs3 (ENSXMAG00000025665)	ENSXMAG00000020314
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000153288.b	ENSGT00390000012630.B	ENSGT00940000159978	ENSGT00940000158664	ENSGT00550000074798.a.b	ENSGT00950000182843.a.b	ENSGT00390000008325.a	ENSGT00550000074856.c.b	ENSGT00950000183166.a.b	ENSGT00940000158930	ENSGT00950000182937.A.b	ENSGT00950000182869.e.b.g.a.h	ENSGT00940000153866.B	ENSGT00940000156918	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000002408	ENSGT00550000074985	ENSGT00530000064244.b	ENSGT00940000159913.a.a	ENSGT00940000164668	ENSGT00940000161769.b.a	ENSGT00390000009662	ENSGT00940000159772	ENSGT00940000155355	ENSGT00950000183167.a.b.b.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	21	utp15 (ENSKMAG00000004713)	ENSKMAG00000004693	ENSKMAG00000004661	hic1l (ENSKMAG00000004641)	serpind1 (ENSKMAG00000004579)	pi4kab (ENSKMAG00000004404)	snap29 (ENSKMAG00000004340)	ENSKMAG00000004312	SLC25A1 (ENSKMAG00000004257)	CLTCL1 (ENSKMAG00000004093)	PLAT (ENSKMAG00000004012)	ikbkb (ENSKMAG00000003977)	vdac3 (ENSKMAG00000003937)	enkd1 (ENSKMAG00000003893)	polb (ENSKMAG00000003834)	dynll1 (ENSKMAG00000003804) #22	ENSKMAG00000003790	rpl6 (ENSKMAG00000003779)	acaa2 (ENSKMAG00000003733)	si:ch211-51h9.6 (ENSKMAG00000003713)	mrpl40 (ENSKMAG00000003717)	ufd1l (ENSKMAG00000003658)	dhx37 (ENSKMAG00000003517)	gp1bb (ENSKMAG00000003485)	septin5a (ENSKMAG00000003408)	zgc:63587 (ENSKMAG00000003351)	cldn5a (ENSKMAG00000003322)	cdc45 (ENSKMAG00000003240)	plpp5 (ENSKMAG00000003214)	NSD3 (ENSKMAG00000003104)	LETM2 (ENSKMAG00000003081)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1627	UTP15 (ENSNFUG00015017071)	BTF3 (ENSNFUG00015017060)	ENSNFUG00015017007	serpind1 (ENSNFUG00015016997)	pi4kab (ENSNFUG00015016838)	snap29 (ENSNFUG00015016817)	ENSNFUG00015016808	SLC25A1 (ENSNFUG00015016764)	ENSNFUG00015016594	PLAT (ENSNFUG00015016559)	ikbkb (ENSNFUG00015015755)	VDAC3 (ENSNFUG00015015582)	ENSNFUG00015015559	POLB (ENSNFUG00015015473)	ENSNFUG00015015455 #21	DYNLL1 (ENSNFUG00015015440) #22	RPL6 (ENSNFUG00015015428)	ACAA2 (ENSNFUG00015015302)	MRPL40 (ENSNFUG00015015276)	si:ch211-51h9.6 (ENSNFUG00015015257)	UFD1L (ENSNFUG00015015193)	ENSNFUG00015014995	SEPT5A (ENSNFUG00015014443)	zgc:63587 (ENSNFUG00015014125)	cldn5a (ENSNFUG00015016893)	CDC45 (ENSNFUG00015016758)	PPAPDC1B (ENSNFUG00015016741)	WHSC1L1 (ENSNFUG00015015319)	LETM2 (ENSNFUG00015015175)	prnprs3 (ENSNFUG00015015166)	ENSNFUG00015015157
Reedfish	DUPLICATION
Reedfish	DUPLICATION
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Reedfish	DUPLICATION
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Reedfish	MODERN SPECIES	9	trpv4 (ENSECRG00000018296)	tchp (ENSECRG00000018338)	gltpa (ENSECRG00000018386)	git2a (ENSECRG00000018456)	ankrd13a (ENSECRG00000018611)	slc6a4b (ENSECRG00000018685)	SGSM1 (ENSECRG00000018860)	triap1 (ENSECRG00000018949)	gatc (ENSECRG00000018969) #19	srsf9 (ENSECRG00000018987) #20	ENSECRG00000019005	pxmp2 (ENSECRG00000019033)	pole (ENSECRG00000019096)	ENSECRG00000019332	p2rx2 (ENSECRG00000019366) ##37	ENSECRG00000019451 #22	ENSECRG00000019485 #22	ENSECRG00000019505	msi1b (ENSECRG00000019595) #16	ENSECRG00000019765 #15	pla2g1b (ENSECRG00000019783) #15	cryba4 (ENSECRG00000019812)	crybb1 (ENSECRG00000019846)	tpst2 (ENSECRG00000019873)	ENSECRG00000019908	SRRD (ENSECRG00000019991)	tfip11 (ENSECRG00000020021)	HPS4 (ENSECRG00000020059)	asphd2 (ENSECRG00000020091)	SEZ6L (ENSECRG00000020117)	MYO18B (ENSECRG00000020182)
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Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.a ##22
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.a ##22
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Elephant shark	MODERN SPECIES	1567	ENSCMIG00000011300	AKAP10 (ENSCMIG00000011317)	ENSCMIG00000011344	CCDC92B (ENSCMIG00000011349)	ENSCMIG00000011351	rap1gap2b (ENSCMIG00000011370)	ENSCMIG00000011430	exo5 (ENSCMIG00000011439)	rflnb (ENSCMIG00000011445)	vps53 (ENSCMIG00000011559)	TLCD3A (ENSCMIG00000011978)	gemin4 (ENSCMIG00000011987)	cuedc1b (ENSCMIG00000011991)	vezf1b (ENSCMIG00000011997)	srsf1a (ENSCMIG00000012001)	dynll2a (ENSCMIG00000012008) ##22	ENSCMIG00000012016	heatr6 (ENSCMIG00000012049)	hnf1ba (ENSCMIG00000012116) ##32	ddx52 (ENSCMIG00000012126)	SYNRG (ENSCMIG00000012154)	dusp14 (ENSCMIG00000012202)	tada2a (ENSCMIG00000012206)	NUP210L (ENSCMIG00000012285)	tlcd1 (ENSCMIG00000012517)	nek8 (ENSCMIG00000012531)	traf4a (ENSCMIG00000012551)	ENSCMIG00000012552	cpdb (ENSCMIG00000012559)	gosr1 (ENSCMIG00000012580)	ENSCMIG00000012602
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT00390000007149	ENSGT00940000158363	ENSGT00390000002625	ENSGT00940000159752	ENSGT00940000162258	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00940000160802	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00390000007149	ENSGT00940000158363	ENSGT00390000002625	ENSGT00940000159752	ENSGT00940000162258	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00940000160802	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675	ENSGT00940000156751
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159752	ENSGT00940000162258	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000003004	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00940000164330	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382
Anura	ANCESTRAL SPECIES	372															ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	ENSLLEG00000011193	VEZF1 (ENSLLEG00000010906)	GUCA1C (ENSLLEG00000010835)	ENSLLEG00000010813	BRPF3 (ENSLLEG00000010465)	ENSLLEG00000010426	TBC1D22B (ENSLLEG00000010267)	ENSLLEG00000010096	ENSLLEG00000010052	ENSLLEG00000010028	KDM5B (ENSLLEG00000009416)	ADIPOR1 (ENSLLEG00000009295)	SFT2D2 (ENSLLEG00000009219)	RABIF (ENSLLEG00000009189)	ENSLLEG00000009163	DYNLL2 (ENSLLEG00000009138) ##22	HEATR6 (ENSLLEG00000008960)	ENSLLEG00000008928	ENSLLEG00000008905	ENSLLEG00000008772	ENSLLEG00000008748	ENSLLEG00000008727	ENSLLEG00000008705	LHX1 (ENSLLEG00000008549)	ENSLLEG00000008518	AATF (ENSLLEG00000008387)	ENSLLEG00000008349	ACACA (ENSLLEG00000006637)	TADA2A (ENSLLEG00000005682)	ENSLLEG00000005567	SYNRG (ENSLLEG00000005219)
Frog	MODERN SPECIES	2	adipor1 (ENSXETG00000007972)	kdm5b (ENSXETG00000007973)	tuba5 (ENSXETG00000007975)	rabif (ENSXETG00000034800)	klhl12 (ENSXETG00000025907)	ipo9 (ENSXETG00000007974)	shisa4 (ENSXETG00000026919)	lmod1 (ENSXETG00000007976)	timm17a (ENSXETG00000007983)	sft2d2 (ENSXETG00000025905)	c3orf52 (ENSXETG00000035445)	ddx52 (ENSXETG00000025903)	arg2 (ENSXETG00000007987)	synrg (ENSXETG00000007990)	ENSXETG00000034717	vti1b (ENSXETG00000025900) ##22	heatr6 (ENSXETG00000007964)	hnf1b (ENSXETG00000008000) ##32	tmem167b (ENSXETG00000008004)	ENSXETG00000038311	parl (ENSXETG00000034042)	apobec2 (ENSXETG00000008007)	cfap276 (ENSXETG00000035162)	elapor1 (ENSXETG00000008008)	sars1 (ENSXETG00000008009)	ENSXETG00000042696	il10 (ENSXETG00000023670)	mapkapk2 (ENSXETG00000023673)	dyrk3 (ENSXETG00000023677)	rassf5 (ENSXETG00000037501)	ikbke (ENSXETG00000033682)
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Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000162258	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00940000165513	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b	ENSGT01030000235145	ENSGT00940000156805
Platypus	MODERN SPECIES	8	LYRM9 (ENSOANG00000039236)	NOS2 (ENSOANG00000005664)	ENSOANG00000009219	KSR1 (ENSOANG00000005665)	WSB1 (ENSOANG00000005668)	NF1 (ENSOANG00000021856)	OMG (ENSOANG00000005670)	ENSOANG00000038073	EVI2A (ENSOANG00000005672)	ENSOANG00000044652	MSI2 (ENSOANG00000005667)	MRPS23 (ENSOANG00000036511)	CUEDC1 (ENSOANG00000051337)	VEZF1 (ENSOANG00000007321)	SRSF1 (ENSOANG00000007320)	DYNLL2 (ENSOANG00000042822) ##22	ENSOANG00000045200 #21	ENSOANG00000050281	ENSOANG00000046203	ENSOANG00000036721	ENSOANG00000039205	ENSOANG00000037028	ENSOANG00000036967	EPX (ENSOANG00000040563)	MKS1 (ENSOANG00000007356)	LPO (ENSOANG00000008483)	MPO (ENSOANG00000013085)	ENSOANG00000047062	SUPT4H1 (ENSOANG00000045065)	RNF43 (ENSOANG00000004578)	HSF5 (ENSOANG00000008484)
Theria	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT01030000235145	ENSGT00940000156805
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.k	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
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Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.f	ENSGT00940000165513	ENSGT00940000154503.e.b	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.k	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015123.b
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741.b	ENSGT00940000160741.a	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00970000197800	ENSGT00940000165513	ENSGT00940000154503.e.b	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.k	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00390000015123.b
koala	MODERN SPECIES	42	NOG (ENSPCIG00000024810)	C17orf67 (ENSPCIG00000006022)	DGKE (ENSPCIG00000006024)	ENSPCIG00000033870	ENSPCIG00000036134	ENSPCIG00000006027	SCPEP1 (ENSPCIG00000006030)	AKAP1 (ENSPCIG00000006037)	MSI2 (ENSPCIG00000006063)	CCDC182 (ENSPCIG00000006067)	MRPS23 (ENSPCIG00000033362)	CUEDC1 (ENSPCIG00000006070)	ENSPCIG00000036762	VEZF1 (ENSPCIG00000006075)	SRSF1 (ENSPCIG00000006076)	DYNLL2 (ENSPCIG00000036524) ##22	ENSPCIG00000006088	ENSPCIG00000006090	ENSPCIG00000005663	ENSPCIG00000031371	EPX (ENSPCIG00000014800)	MKS1 (ENSPCIG00000014805)	LPO (ENSPCIG00000014816)	MPO (ENSPCIG00000004112)	ENSPCIG00000035280	ENSPCIG00000015613	ENSPCIG00000015610	RNF43 (ENSPCIG00000015607)	HSF5 (ENSPCIG00000015603)	MTMR4 (ENSPCIG00000015600)	ENSPCIG00000015596
Common wonbat	MODERN SPECIES	1034	ANKFN1 (ENSVURG00010013622)	NOG (ENSVURG00010013608)	C17orf67 (ENSVURG00010013606)	DGKE (ENSVURG00010013597)	ENSVURG00010013590	ENSVURG00010013582	COIL (ENSVURG00010013571)	SCPEP1 (ENSVURG00010013560)	AKAP1 (ENSVURG00010013548)	MSI2 (ENSVURG00010013519)	CCDC182 (ENSVURG00010013494)	MRPS23 (ENSVURG00010013488)	CUEDC1 (ENSVURG00010013479)	VEZF1 (ENSVURG00010013469)	SRSF1 (ENSVURG00010013440)	DYNLL2 (ENSVURG00010013431) ##22	ENSVURG00010013427	ENSVURG00010013414	ENSVURG00010013403	EPX (ENSVURG00010013390)	MKS1 (ENSVURG00010013356)	LPO (ENSVURG00010013323)	MPO (ENSVURG00010013307)	TSPOAP1 (ENSVURG00010012904)	SUPT4H1 (ENSVURG00010012849)	RNF43 (ENSVURG00010012842)	HSF5 (ENSVURG00010012838)	MTMR4 (ENSVURG00010012827)	ENSVURG00010012814	ENSVURG00010012774	ENSVURG00010012764
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	3	ENSSHAG00000021921	PCTP (ENSSHAG00000020681)	ANKFN1 (ENSSHAG00000008960)	NOG (ENSSHAG00000025585)	C17orf67 (ENSSHAG00000002983)	DGKE (ENSSHAG00000001405)	TRIM25 (ENSSHAG00000002177)	COIL (ENSSHAG00000003819)	SCPEP1 (ENSSHAG00000004566)	AKAP1 (ENSSHAG00000013278)	MSI2 (ENSSHAG00000008672)	CCDC182 (ENSSHAG00000007921)	MRPS23 (ENSSHAG00000006619)	CUEDC1 (ENSSHAG00000005826)	VEZF1 (ENSSHAG00000024513)	DYNLL2 (ENSSHAG00000030331) ##22	ENSSHAG00000026249	ENSSHAG00000002982	ENSSHAG00000012711	ENSSHAG00000001182	EPX (ENSSHAG00000012426)	MKS1 (ENSSHAG00000012327)	LPO (ENSSHAG00000011883)	MPO (ENSSHAG00000011694)	TSPOAP1 (ENSSHAG00000011482)	ENSSHAG00000023539	RNF43 (ENSSHAG00000010642)	HSF5 (ENSSHAG00000010385)	MTMR4 (ENSSHAG00000010209)	ENSSHAG00000010070	ENSSHAG00000023299
Opossum	MODERN SPECIES	1	ENSMODG00000041010	ANKFN1 (ENSMODG00000014826)	NOG (ENSMODG00000014819)	C17orf67 (ENSMODG00000047471)	DGKE (ENSMODG00000014818)	TRIM25 (ENSMODG00000014814)	ENSMODG00000014810	SCPEP1 (ENSMODG00000014808)	AKAP1 (ENSMODG00000014797)	MSI2 (ENSMODG00000014790)	ENSMODG00000024485	MRPS23 (ENSMODG00000047655)	CUEDC1 (ENSMODG00000014783)	VEZF1 (ENSMODG00000014778)	SRSF1 (ENSMODG00000014781)	DYNLL2 (ENSMODG00000045167) ##22	ENSMODG00000024487	ENSMODG00000014769	EPX (ENSMODG00000014755)	MKS1 (ENSMODG00000014749)	LPO (ENSMODG00000014744)	MPO (ENSMODG00000014737)	TSPOAP1 (ENSMODG00000014734)	ENSMODG00000048110	RNF43 (ENSMODG00000014712)	MTMR4 (ENSMODG00000014697)	ENSMODG00000014657	ENSMODG00000047188	ENSMODG00000014654	ENSMODG00000014649	RAD51C (ENSMODG00000014643)
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Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
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Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
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Cat	MODERN SPECIES	245	PCTP (ENSFCAG00000023287)	ANKFN1 (ENSFCAG00000045176)	NOG (ENSFCAG00000044468)	CE1H17orf67 (ENSFCAG00000019033)	DGKE (ENSFCAG00000025488)	TRIM25 (ENSFCAG00000008031)	COIL (ENSFCAG00000008033)	SCPEP1 (ENSFCAG00000031050)	AKAP1 (ENSFCAG00000006839)	ENSFCAG00000041686	CCDC182 (ENSFCAG00000001699)	MRPS23 (ENSFCAG00000005711)	CUEDC1 (ENSFCAG00000030615)	VEZF1 (ENSFCAG00000039803)	SRSF1 (ENSFCAG00000002250)	DYNLL2 (ENSFCAG00000039616) ##22	OR4D1 (ENSFCAG00000044467)	ENSFCAG00000042610	ENSFCAG00000040945	MKS1 (ENSFCAG00000012261)	LPO (ENSFCAG00000012262)	MPO (ENSFCAG00000012263)	TSPOAP1 (ENSFCAG00000012264)	SUPT4H1 (ENSFCAG00000018732)	RNF43 (ENSFCAG00000012267)	HSF5 (ENSFCAG00000030728)	MTMR4 (ENSFCAG00000004485)	ENSFCAG00000004488	ENSFCAG00000050159	TEX14 (ENSFCAG00000008913)	RAD51C (ENSFCAG00000024636)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.k	ENSGT00940000154503.a.l	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000016988.a.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.k	ENSGT00940000154503.a.l	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Dog	MODERN SPECIES	37	ANKFN1 (ENSCAFG00845017522)	ENSCAFG00845017853	NOG (ENSCAFG00845017903)	C17orf67 (ENSCAFG00845017934)	DGKE (ENSCAFG00845018012)	TRIM25 (ENSCAFG00845018182)	COIL (ENSCAFG00845018263)	SCPEP1 (ENSCAFG00845018419)	AKAP1 (ENSCAFG00845018531)	MSI2 (ENSCAFG00845016230)	CCDC182 (ENSCAFG00845016704)	MRPS23 (ENSCAFG00845016767)	CUEDC1 (ENSCAFG00845016934)	VEZF1 (ENSCAFG00845017061)	SRSF1 (ENSCAFG00845017208)	DYNLL2 (ENSCAFG00845017414) ##22	OR4D1 (ENSCAFG00845017502)	OR4D2 (ENSCAFG00845017524)	OR4D2C (ENSCAFG00845017681)	EPX (ENSCAFG00845017713)	MKS1 (ENSCAFG00845017862)	LPO (ENSCAFG00845018202)	MPO (ENSCAFG00845018435)	TSPOAP1 (ENSCAFG00845018976)	SUPT4H1 (ENSCAFG00845020393)	RNF43 (ENSCAFG00845020500)	HSF5 (ENSCAFG00845020620)	MTMR4 (ENSCAFG00845020734)	SEPTIN4 (ENSCAFG00845021290)	ENSCAFG00845021758	TEX14 (ENSCAFG00845021928)
Dingo	MODERN SPECIES	150	ENSCAFG00020025594	ENSCAFG00020025596	NOG (ENSCAFG00020025598)	C17orf67 (ENSCAFG00020025599)	DGKE (ENSCAFG00020025602)	TRIM25 (ENSCAFG00020025605)	COIL (ENSCAFG00020025609)	SCPEP1 (ENSCAFG00020025611)	AKAP1 (ENSCAFG00020025614)	MSI2 (ENSCAFG00020025620)	CCDC182 (ENSCAFG00020025624)	MRPS23 (ENSCAFG00020025625)	CUEDC1 (ENSCAFG00020025629)	VEZF1 (ENSCAFG00020025630)	SRSF1 (ENSCAFG00020025632)	DYNLL2 (ENSCAFG00020025637) ##22	OR4D1 (ENSCAFG00020025639)	ENSCAFG00020025640	ENSCAFG00020025643	EPX (ENSCAFG00020025645)	MKS1 (ENSCAFG00020025651)	LPO (ENSCAFG00020025659)	MPO (ENSCAFG00020025664)	TSPOAP1 (ENSCAFG00020025672)	SUPT4H1 (ENSCAFG00020025803)	RNF43 (ENSCAFG00020025807)	HSF5 (ENSCAFG00020025809)	MTMR4 (ENSCAFG00020025836)	ENSCAFG00020025931	ENSCAFG00020025938	TEX14 (ENSCAFG00020025940)
Red fox	MODERN SPECIES	20	ENSVVUG00000011597	ENSVVUG00000011647	NOG (ENSVVUG00000011661)	CUNH17orf67 (ENSVVUG00000011680)	DGKE (ENSVVUG00000011686)	TRIM25 (ENSVVUG00000011697)	COIL (ENSVVUG00000011706)	SCPEP1 (ENSVVUG00000011716)	AKAP1 (ENSVVUG00000011740)	MSI2 (ENSVVUG00000011783)	CCDC182 (ENSVVUG00000011824)	MRPS23 (ENSVVUG00000011827)	CUEDC1 (ENSVVUG00000011831)	VEZF1 (ENSVVUG00000011875)	SRSF1 (ENSVVUG00000011882)	DYNLL2 (ENSVVUG00000011889) ##22	OR4D1 (ENSVVUG00000011897)	ENSVVUG00000011900	ENSVVUG00000011902	EPX (ENSVVUG00000011909)	MKS1 (ENSVVUG00000011938)	LPO (ENSVVUG00000011952)	MPO (ENSVVUG00000011957)	TSPOAP1 (ENSVVUG00000011976)	SUPT4H1 (ENSVVUG00000012505)	RNF43 (ENSVVUG00000012529)	HSF5 (ENSVVUG00000012602)	MTMR4 (ENSVVUG00000012608)	ENSVVUG00000012618	ENSVVUG00000012693	TEX14 (ENSVVUG00000012705)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805	ENSGT00940000157884
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.i	ENSGT00940000154503.a.j	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b
Ferret	MODERN SPECIES	181	TMEM100 (ENSMPUG00000015395)	PCTP (ENSMPUG00000015394)	ANKFN1 (ENSMPUG00000015393)	NOG (ENSMPUG00000019636)	DGKE (ENSMPUG00000015391)	TRIM25 (ENSMPUG00000015388)	COIL (ENSMPUG00000015385)	SCPEP1 (ENSMPUG00000015382)	AKAP1 (ENSMPUG00000015380)	ENSMPUG00000015379	MSI2 (ENSMPUG00000015377)	MRPS23 (ENSMPUG00000015372)	CUEDC1 (ENSMPUG00000015371)	VEZF1 (ENSMPUG00000015370)	SRSF1 (ENSMPUG00000015369)	DYNLL2 (ENSMPUG00000015368) ##22	OR4D1 (ENSMPUG00000015367)	ENSMPUG00000019633	ENSMPUG00000019631	ENSMPUG00000019629	EPX (ENSMPUG00000015366)	MKS1 (ENSMPUG00000015346)	LPO (ENSMPUG00000015343)	MPO (ENSMPUG00000015340)	TSPOAP1 (ENSMPUG00000015334)	SUPT4H1 (ENSMPUG00000015326)	RNF43 (ENSMPUG00000015324)	ENSMPUG00000015321	MTMR4 (ENSMPUG00000015317)	SEPTIN4 (ENSMPUG00000015285)	ENSMPUG00000015284
American mink	MODERN SPECIES	92	ANKFN1 (ENSNVIG00000012196)	NOG (ENSNVIG00000012278)	C17orf67 (ENSNVIG00000012280)	DGKE (ENSNVIG00000012287)	TRIM25 (ENSNVIG00000012307)	COIL (ENSNVIG00000012326)	SCPEP1 (ENSNVIG00000012339)	AKAP1 (ENSNVIG00000012364)	MSI2 (ENSNVIG00000012413)	CCDC182 (ENSNVIG00000012466)	MRPS23 (ENSNVIG00000012474)	CUEDC1 (ENSNVIG00000012498)	VEZF1 (ENSNVIG00000012555)	SRSF1 (ENSNVIG00000012565)	ENSNVIG00000012569	DYL2 (ENSNVIG00000012575) ##22	OR4D1 (ENSNVIG00000012590)	ENSNVIG00000012595	ENSNVIG00000012607	ENSNVIG00000012611	EPX (ENSNVIG00000012617)	MKS1 (ENSNVIG00000012641)	LPO (ENSNVIG00000012710)	ENSNVIG00000012788	MPO (ENSNVIG00000012799)	TSPOAP1 (ENSNVIG00000012869)	ENSNVIG00000012977	ENSNVIG00000012982	RNF43 (ENSNVIG00000012990)	HSF5 (ENSNVIG00000013067)	MTMR4 (ENSNVIG00000013086)
Ursidae	DUPLICATION
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.a.a ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	1345																ENSAMEG00000026596 ##22	ENSAMEG00000024291 #21
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a.b ##22	ENSGT00940000154503.b.h	ENSGT00940000154503.b.g.a	ENSGT00940000154503.b.g.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	8			ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a.b ##22	ENSGT00940000154503.b.h	ENSGT00940000154503.b.g.a.a	ENSGT00940000154503.b.g.b	ENSGT00940000154503.a.g	ENSGT00940000154503.a.h	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C
Polar bear	MODERN SPECIES	192		ENSUMAG00000001083	C17orf67 (ENSUMAG00000001068)	DGKE (ENSUMAG00000000996)	TRIM25 (ENSUMAG00000000961)	ENSUMAG00000000934	SCPEP1 (ENSUMAG00000000550)	ENSUMAG00000000515	ENSUMAG00000000509	MSI2 (ENSUMAG00000000505)	CCDC182 (ENSUMAG00000000499)	MRPS23 (ENSUMAG00000000494)	CUEDC1 (ENSUMAG00000000465)	VEZF1 (ENSUMAG00000000459)	SRSF1 (ENSUMAG00000000455)	DYNLL2 (ENSUMAG00000000443) ##22	OR4D1 (ENSUMAG00000000427)	ENSUMAG00000000401	ENSUMAG00000000377	ENSUMAG00000000356	ENSUMAG00000000327	EPX (ENSUMAG00000000065)	MKS1 (ENSUMAG00000022931)	LPO (ENSUMAG00000022926)	MPO (ENSUMAG00000022917)	TSPOAP1 (ENSUMAG00000022815)	SUPT4H1 (ENSUMAG00000022805)	RNF43 (ENSUMAG00000022803)	HSF5 (ENSUMAG00000022799)	MTMR4 (ENSUMAG00000022796)	ENSUMAG00000022793
American black bear	MODERN SPECIES	2229														VEZF1 (ENSUAMG00000009859)	SRSF1 (ENSUAMG00000009858)	DYNLL2 (ENSUAMG00000009857) ##22
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	4	ANKFN1 (ENSAMEG00000002831)	NOG (ENSAMEG00000024785)	C17orf67 (ENSAMEG00000002816)	DGKE (ENSAMEG00000002793)	TRIM25 (ENSAMEG00000028411)	COIL (ENSAMEG00000002753)	SCPEP1 (ENSAMEG00000002718)	AKAP1 (ENSAMEG00000002704)	ENSAMEG00000024879	CCDC182 (ENSAMEG00000018971)	MRPS23 (ENSAMEG00000002679)	CUEDC1 (ENSAMEG00000002656)	VEZF1 (ENSAMEG00000002645)	SRSF1 (ENSAMEG00000002635)	ENSAMEG00000006245	DYNLL2 (ENSAMEG00000030970) ##22	OR4D1 (ENSAMEG00000029161)	ENSAMEG00000031091	EPX (ENSAMEG00000011904)	MKS1 (ENSAMEG00000011871)	LPO (ENSAMEG00000011825)	MPO (ENSAMEG00000011764)	TSPOAP1 (ENSAMEG00000011688)	SUPT4H1 (ENSAMEG00000011686)	RNF43 (ENSAMEG00000011678)	HSF5 (ENSAMEG00000026506)	MTMR4 (ENSAMEG00000011627)	ENSAMEG00000011592	ENSAMEG00000011659	TRIM37 (ENSAMEG00000011651)	PRR11 (ENSAMEG00000011622)
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	1775																ENSAMEG00000025704 ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	1336																ENSAMEG00000002634 ##22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Equus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741.c	ENSGT00940000160741.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00960000188608	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.q	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146
Horse	MODERN SPECIES	2	ANKFN1 (ENSECAG00000019701)	NOG (ENSECAG00000038839)	C11H17orf67 (ENSECAG00000021838)	DGKE (ENSECAG00000021851)	ENSECAG00000024430	ENSECAG00000054213	COIL (ENSECAG00000000711)	SCPEP1 (ENSECAG00000005781)	AKAP1 (ENSECAG00000009841)	MSI2 (ENSECAG00000011435)	CCDC182 (ENSECAG00000002945)	MRPS23 (ENSECAG00000012333)	CUEDC1 (ENSECAG00000012985)	VEZF1 (ENSECAG00000016083)	SRSF1 (ENSECAG00000016654)	ENSECAG00000030463 ##22	ENSECAG00000058394	OR4D1 (ENSECAG00000039853)	OR4D2H (ENSECAG00000028264)	EPX (ENSECAG00000017317)	MKS1 (ENSECAG00000021080)	LPO (ENSECAG00000023550)	MPO (ENSECAG00000006662)	TSPOAP1 (ENSECAG00000040540)	SUPT4H1 (ENSECAG00000016585)	RNF43 (ENSECAG00000017737)	HSF5 (ENSECAG00000017983)	ENSECAG00000059384	MTMR4 (ENSECAG00000018106)	ENSECAG00000020248	TEX14 (ENSECAG00000023617)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Megabat	MODERN SPECIES	5696																DYNLL2 (ENSPVAG00000012745) ##22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Microbat	MODERN SPECIES	1095	ENSMLUG00000025364	NOG (ENSMLUG00000009272)	C17orf67 (ENSMLUG00000025275)	ENSMLUG00000010713	TRIM25 (ENSMLUG00000010740)	COIL (ENSMLUG00000010759)	SCPEP1 (ENSMLUG00000010790)	ENSMLUG00000030501	AKAP1 (ENSMLUG00000010820)	MSI2 (ENSMLUG00000007865)	CCDC182 (ENSMLUG00000007882)	MRPS23 (ENSMLUG00000008105)	CUEDC1 (ENSMLUG00000008122)	VEZF1 (ENSMLUG00000011019)	ENSMLUG00000011040	DYNLL2 (ENSMLUG00000029522) ##22	OR4D1 (ENSMLUG00000015508)	OR4D2 (ENSMLUG00000015511)	EPX (ENSMLUG00000015514)	MKS1 (ENSMLUG00000015528)	LPO (ENSMLUG00000006079)	MPO (ENSMLUG00000006092)	TSPOAP1 (ENSMLUG00000006101)	ENSMLUG00000025583	RNF43 (ENSMLUG00000006124)	HSF5 (ENSMLUG00000006132)	MTMR4 (ENSMLUG00000006147)	ENSMLUG00000029785	TEX14 (ENSMLUG00000006171)	RAD51C (ENSMLUG00000006198)	PPM1E (ENSMLUG00000006209)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	13	ANKFN1 (ENSRFEG00010017007)	NOG (ENSRFEG00010016978)	C17orf67 (ENSRFEG00010016933)	DGKE (ENSRFEG00010016900)	TRIM25 (ENSRFEG00010016861)	COIL (ENSRFEG00010016814)	SCPEP1 (ENSRFEG00010016736)	AKAP1 (ENSRFEG00010016712)	MSI2 (ENSRFEG00010016362)	CCDC182 (ENSRFEG00010016332)	MRPS23 (ENSRFEG00010016264)	CUEDC1 (ENSRFEG00010016237)	VEZF1 (ENSRFEG00010016097)	SRSF1 (ENSRFEG00010015999)	ENSRFEG00010015935	DYNLL2 (ENSRFEG00010015897) ##22	OR4D1 (ENSRFEG00010015860)	EPX (ENSRFEG00010015676)	MKS1 (ENSRFEG00010015356)	LPO (ENSRFEG00010014859)	MPO (ENSRFEG00010014817)	SUPT4H1 (ENSRFEG00010014598)	RNF43 (ENSRFEG00010014491)	HSF5 (ENSRFEG00010014336)	MTMR4 (ENSRFEG00010014237)	ENSRFEG00010013494	ENSRFEG00010013387	TEX14 (ENSRFEG00010012065)	RAD51C (ENSRFEG00010012001)	PPM1E (ENSRFEG00010011969)	TRIM37 (ENSRFEG00010011554)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.c	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805	ENSGT00940000157884
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	145	ANKFN1 (ENSCWAG00000009015)	NOG (ENSCWAG00000008961)	C17orf67 (ENSCWAG00000008923)	DGKE (ENSCWAG00000008830)	TRIM25 (ENSCWAG00000008708)	COIL (ENSCWAG00000008671)	SCPEP1 (ENSCWAG00000008522)	AKAP1 (ENSCWAG00000008489)	MSI2 (ENSCWAG00000008379)	CCDC182 (ENSCWAG00000008357)	MRPS23 (ENSCWAG00000008302)	CUEDC1 (ENSCWAG00000008230)	VEZF1 (ENSCWAG00000008126)	SRSF1 (ENSCWAG00000007992)	ENSCWAG00000007927	DYNLL2 (ENSCWAG00000019326) ##22	OR4D1 (ENSCWAG00000019317)	OR4D2 (ENSCWAG00000019307)	EPX (ENSCWAG00000019249)	MKS1 (ENSCWAG00000019099)	LPO (ENSCWAG00000018940)	MPO (ENSCWAG00000018872)	TSPOAP1 (ENSCWAG00000018492)	SUPT4H1 (ENSCWAG00000018391)	RNF43 (ENSCWAG00000018253)	HSF5 (ENSCWAG00000018205)	MTMR4 (ENSCWAG00000017980)	ENSCWAG00000017578	TEX14 (ENSCWAG00000016870)	RAD51C (ENSCWAG00000016729)	PPM1E (ENSCWAG00000016651)
Pig	MODERN SPECIES	3	ENSSSCG00000025681	ANKFN1 (ENSSSCG00000017609)	NOG (ENSSSCG00000036437)	C17orf67 (ENSSSCG00000030781)	DGKE (ENSSSCG00000017615)	TRIM25 (ENSSSCG00000017614)	COIL (ENSSSCG00000017613)	SCPEP1 (ENSSSCG00000017617)	AKAP1 (ENSSSCG00000034994)	MSI2 (ENSSSCG00000038505)	CCDC182 (ENSSSCG00000052473)	MRPS23 (ENSSSCG00000035193)	CUEDC1 (ENSSSCG00000017624)	VEZF1 (ENSSSCG00000017623)	SRSF1 (ENSSSCG00000017626)	DYNLL2 (ENSSSCG00000020962) ##22	ENSSSCG00000054659	OR4D1 (ENSSSCG00000063040)	ENSSSCG00000033200	ENSSSCG00000047954	ENSSSCG00000059425	ENSSSCG00000054899	EPX (ENSSSCG00000017630)	MKS1 (ENSSSCG00000017635)	LPO (ENSSSCG00000017636)	MPO (ENSSSCG00000017637)	TSPOAP1 (ENSSSCG00000017638)	SUPT4H1 (ENSSSCG00000034752)	RNF43 (ENSSSCG00000017640)	HSF5 (ENSSSCG00000017641)	MTMR4 (ENSSSCG00000017642)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006555	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Alpaca	MODERN SPECIES	6287																DYNLL2 (ENSVPAG00000010578) ##22
Arabian camel	MODERN SPECIES	7	ENSCDRG00005022111	ANKFN1 (ENSCDRG00005022117)	C17orf67 (ENSCDRG00005022130)	NOG (ENSCDRG00005022134)	DGKE (ENSCDRG00005022136)	TRIM25 (ENSCDRG00005022138)	COIL (ENSCDRG00005022139)	SCPEP1 (ENSCDRG00005022141)	AKAP1 (ENSCDRG00005022142)	MSI2 (ENSCDRG00005022144)	CCDC182 (ENSCDRG00005022145)	MRPS23 (ENSCDRG00005022146)	CUEDC1 (ENSCDRG00005022147)	VEZF1 (ENSCDRG00005022148)	SRSF1 (ENSCDRG00005022149)	DYNLL2 (ENSCDRG00005022150) ##22	ENSCDRG00005022151	OR4D2 (ENSCDRG00005022152)	ENSCDRG00005022153	EPX (ENSCDRG00005022155)	MKS1 (ENSCDRG00005022156)	LPO (ENSCDRG00005022158)	MPO (ENSCDRG00005022159)	TSPOAP1 (ENSCDRG00005022161)	SUPT4H1 (ENSCDRG00005022167)	RNF43 (ENSCDRG00005022169)	HSF5 (ENSCDRG00005022170)	MTMR4 (ENSCDRG00005022172)	ENSCDRG00005022182	TEX14 (ENSCDRG00005022201)	RAD51C (ENSCDRG00005003518)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a.e	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	ENSCHYG00000012532	ANKFN1 (ENSCHYG00000012595)	NOG (ENSCHYG00000013131)	C17orf67 (ENSCHYG00000013153)	DGKE (ENSCHYG00000013223)	TRIM25 (ENSCHYG00000013431)	COIL (ENSCHYG00000013540)	SCPEP1 (ENSCHYG00000013667)	AKAP1 (ENSCHYG00000013837)	MSI2 (ENSCHYG00000013951)	CCDC182 (ENSCHYG00000014620)	MRPS23 (ENSCHYG00000014642)	CUEDC1 (ENSCHYG00000014793)	VEZF1 (ENSCHYG00000015138)	SRSF1 (ENSCHYG00000015369)	DYNLL2 (ENSCHYG00000015581) ##22	ENSCHYG00000015623	ENSCHYG00000015653	ENSCHYG00000015693	ENSCHYG00000015721	ENSCHYG00000015745	ENSCHYG00000015782	ENSCHYG00000015820	ENSCHYG00000015840	MKS1 (ENSCHYG00000016131)	TSPOAP1 (ENSCHYG00000016664)	ENSCHYG00000017144	RNF43 (ENSCHYG00000017240)	HSF5 (ENSCHYG00000017382)	MTMR4 (ENSCHYG00000017458)	ENSCHYG00000018090
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a.e	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000001376.gb.b.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a.e	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000001376.gb.b.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a.e.a	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851
Goat	MODERN SPECIES	10	NOG (ENSCHIG00000009389)	C17orf67 (ENSCHIG00000025417)	DGKE (ENSCHIG00000023992)	TRIM25 (ENSCHIG00000012511)	ENSCHIG00000015098	SCPEP1 (ENSCHIG00000023932)	AKAP1 (ENSCHIG00000024545)	MSI2 (ENSCHIG00000016580)	ENSCHIG00000020866	CCDC182 (ENSCHIG00000007679)	ENSCHIG00000017036	MRPS23 (ENSCHIG00000019692)	CUEDC1 (ENSCHIG00000008664)	VEZF1 (ENSCHIG00000020465)	SRSF1 (ENSCHIG00000010787)	DYNLL2 (ENSCHIG00000009923) ##22	ENSCHIG00000003445	ENSCHIG00000010219	ENSCHIG00000007821	ENSCHIG00000004891	ENSCHIG00000007250	ENSCHIG00000008931	ENSCHIG00000021258	MKS1 (ENSCHIG00000023648)	LPO (ENSCHIG00000011979)	MPO (ENSCHIG00000017436)	TSPOAP1 (ENSCHIG00000021798)	SUPT4H1 (ENSCHIG00000026783)	RNF43 (ENSCHIG00000011757)	HSF5 (ENSCHIG00000024622)	ENSCHIG00000013002
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	ENSOARG00020023306	ANKFN1 (ENSOARG00020022964)	NOG (ENSOARG00020022924)	DGKE (ENSOARG00020022880)	TRIM25 (ENSOARG00020022691)	COIL (ENSOARG00020022586)	SCPEP1 (ENSOARG00020022517)	AKAP1 (ENSOARG00020022429)	ENSOARG00020022409	MSI2 (ENSOARG00020022222)	CCDC182 (ENSOARG00020022181)	MRPS23 (ENSOARG00020022143)	ENSOARG00020022026	VEZF1 (ENSOARG00020021959)	SRSF1 (ENSOARG00020021866)	DYNLL2 (ENSOARG00020021813) ##22	ENSOARG00020021804	ENSOARG00020021786	SV2B (ENSOARG00020021725)	KLHL25 (ENSOARG00020021667)	ENSOARG00020021655	AGBL1 (ENSOARG00020021438)	ENSOARG00020021420	ENSOARG00020021409	ENSOARG00020021404	ENSOARG00020021390	ENSOARG00020021367	ENSOARG00020021352	MKS1 (ENSOARG00020020911)	ENSOARG00020020835	LPO (ENSOARG00020020481)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000001376.gb.b.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a.e	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000001376.gb.b.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a.e	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000001376.gb.b.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154503.b.f	ENSGT00940000154503.a.e	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	ANKFN1 (ENSBGRG00000017886)	NOG (ENSBGRG00000017789)	C17orf67 (ENSBGRG00000017749)	DGKE (ENSBGRG00000017443)	TRIM25 (ENSBGRG00000017269)	COIL (ENSBGRG00000017148)	SCPEP1 (ENSBGRG00000016895)	AKAP1 (ENSBGRG00000016742)	MSI2 (ENSBGRG00000016052)	CCDC182 (ENSBGRG00000015975)	ENSBGRG00000015925	MRPS23 (ENSBGRG00000015820)	CUEDC1 (ENSBGRG00000015459)	VEZF1 (ENSBGRG00000015332)	SRSF1 (ENSBGRG00000015169)	DYNLL2 (ENSBGRG00000015060) ##22	ENSBGRG00000015039	OR4D1 (ENSBGRG00000014942)	ENSBGRG00000014926	ENSBGRG00000014909	ENSBGRG00000014889	ENSBGRG00000014872	ENSBGRG00000014852	ENSBGRG00000014838	ENSBGRG00000014828	ENSBGRG00000014782	MKS1 (ENSBGRG00000014068)	LPO (ENSBGRG00000013631)	MPO (ENSBGRG00000013472)	TSPOAP1 (ENSBGRG00000012592)	ENSBGRG00000012444
Wild yak	MODERN SPECIES	3054											ENSBMUG00000002330	MRPS23 (ENSBMUG00000002315)	CUEDC1 (ENSBMUG00000002287)	VEZF1 (ENSBMUG00000002261)	SRSF1 (ENSBMUG00000002241)	DYNLL2 (ENSBMUG00000002221) ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.b	ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000001376.gb.b.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a.e	ENSGT00940000154503.b.e.b	ENSGT00940000154503.a.f.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.a	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.b	ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.a	ENSGT00940000154503.a.f.b.b	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674
Cow	MODERN SPECIES	10	NOG (ENSBTAG00000040282)	C19H17orf67 (ENSBTAG00000035147)	DGKE (ENSBTAG00000004449)	TRIM25 (ENSBTAG00000009948)	COIL (ENSBTAG00000017275)	ENSBTAG00000052235	SCPEP1 (ENSBTAG00000007893)	AKAP1 (ENSBTAG00000025320)	MSI2 (ENSBTAG00000004406)	CCDC182 (ENSBTAG00000047272)	ENSBTAG00000051336	MRPS23 (ENSBTAG00000012366)	CUEDC1 (ENSBTAG00000007147)	VEZF1 (ENSBTAG00000004193)	SRSF1 (ENSBTAG00000014766)	DYNLL2 (ENSBTAG00000025313) ##22	OR4D2B (ENSBTAG00000051687)	OR4D1B (ENSBTAG00000053408)	OR4D2 (ENSBTAG00000052644)	OR4D1 (ENSBTAG00000050939)	OR4D2G (ENSBTAG00000051648)	OR4D2E (ENSBTAG00000049319)	OR4D2D (ENSBTAG00000049775)	OR4D2F (ENSBTAG00000050293)	MKS1 (ENSBTAG00000034963)	LPO (ENSBTAG00000012780)	MPO (ENSBTAG00000011616)	ENSBTAG00000051269	TSPOAP1 (ENSBTAG00000046321)	SUPT4H1 (ENSBTAG00000049588)	RNF43 (ENSBTAG00000020119)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	ANKFN1 (ENSBIXG00005027714)	NOG (ENSBIXG00005027624)	C17orf67 (ENSBIXG00005004744)	DGKE (ENSBIXG00005027582)	TRIM25 (ENSBIXG00005027525)	COIL (ENSBIXG00005006947)	SCPEP1 (ENSBIXG00005004720)	AKAP1 (ENSBIXG00005027386)	MSI2 (ENSBIXG00005027324)	CCDC182 (ENSBIXG00005027212)	ENSBIXG00005027205	MRPS23 (ENSBIXG00005027199)	CUEDC1 (ENSBIXG00005027186)	VEZF1 (ENSBIXG00005027120)	SRSF1 (ENSBIXG00005004643)	DYNLL2 (ENSBIXG00005026989) ##22	ENSBIXG00005026973	ENSBIXG00005004609	ENSBIXG00005026929	ENSBIXG00005026923	ENSBIXG00005026918	ENSBIXG00005026902	ENSBIXG00005026892	MKS1 (ENSBIXG00005026841)	LPO (ENSBIXG00005026607)	MPO (ENSBIXG00005026491)	TSPOAP1 (ENSBIXG00005026473)	ENSBIXG00005004516	RNF43 (ENSBIXG00005004505)	HSF5 (ENSBIXG00005004485)	MTMR4 (ENSBIXG00005026294)
American bison	MODERN SPECIES	3331																DYNLL2 (ENSBBBG00000011419) ##22	ENSBBBG00000011432	ENSBBBG00000011437	ENSBBBG00000007248	ENSBBBG00000011446	ENSBBBG00000011454	ENSBBBG00000002106	ENSBBBG00000011476	ENSBBBG00000011482	MKS1 (ENSBBBG00000011551)	LPO (ENSBBBG00000011642)	MPO (ENSBBBG00000002163)	ENSBBBG00000002171	ENSBBBG00000002180	SUPT4H1 (ENSBBBG00000011780)	RNF43 (ENSBBBG00000011855)
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1135	ENSMMSG00000013587	NOG (ENSMMSG00000013602)	C17orf67 (ENSMMSG00000013610)	DGKE (ENSMMSG00000013630)	TRIM25 (ENSMMSG00000013646)	ENSMMSG00000013677	SCPEP1 (ENSMMSG00000013703)	AKAP1 (ENSMMSG00000013731)	MSI2 (ENSMMSG00000013768)	CCDC182 (ENSMMSG00000013850)	ENSMMSG00000013863	MRPS23 (ENSMMSG00000013872)	CUEDC1 (ENSMMSG00000013886)	VEZF1 (ENSMMSG00000013949)	SRSF1 (ENSMMSG00000014005)	ENSMMSG00000014050 ##22	ENSMMSG00000014068	ENSMMSG00000014074	ENSMMSG00000014093	ENSMMSG00000014106	ENSMMSG00000014110	ENSMMSG00000014121	ENSMMSG00000014139	ENSMMSG00000014146	ENSMMSG00000014154	ENSMMSG00000014161	MKS1 (ENSMMSG00000014190)	LPO (ENSMMSG00000014288)	MPO (ENSMMSG00000014439)	TSPOAP1 (ENSMMSG00000014512)	ENSMMSG00000014752
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1239						ENSMMSG00000021500	ENSMMSG00000021490	ENSMMSG00000021474	XKR5 (ENSMMSG00000021392)	AGPAT5 (ENSMMSG00000021356)	ANGPT2 (ENSMMSG00000021322)	MCPH1 (ENSMMSG00000021279)	ENSMMSG00000021239	ENSMMSG00000021190	CSMD1 (ENSMMSG00000020195)	ENSMMSG00000020097 ##22	MYOM2 (ENSMMSG00000020065)	KBTBD11 (ENSMMSG00000020033)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00960000193237	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Blue whale	MODERN SPECIES	12	ANKFN1 (ENSBMSG00010019747)	NOG (ENSBMSG00010019944)	C17orf67 (ENSBMSG00010019958)	DGKE (ENSBMSG00010019979)	TRIM25 (ENSBMSG00010020038)	ENSBMSG00010020053	COIL (ENSBMSG00010020086)	SCPEP1 (ENSBMSG00010020120)	AKAP1 (ENSBMSG00010020165)	MSI2 (ENSBMSG00010020264)	CCDC182 (ENSBMSG00010020355)	MRPS23 (ENSBMSG00010020375)	CUEDC1 (ENSBMSG00010013772)	VEZF1 (ENSBMSG00010013790)	SRSF1 (ENSBMSG00010013843)	DYNLL2 (ENSBMSG00010013912) ##22	OR4D1 (ENSBMSG00010013932)	EPX (ENSBMSG00010013984)	MKS1 (ENSBMSG00010014075)	LPO (ENSBMSG00010014235)	MPO (ENSBMSG00010014418)	TSPOAP1 (ENSBMSG00010014582)	SUPT4H1 (ENSBMSG00010014884)	RNF43 (ENSBMSG00010014943)	HSF5 (ENSBMSG00010015029)	MTMR4 (ENSBMSG00010015090)	SEPTIN4 (ENSBMSG00010015359)	TEX14 (ENSBMSG00010018335)	RAD51C (ENSBMSG00010018828)	PPM1E (ENSBMSG00010018904)	ENSBMSG00010018958
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00960000193237	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	PCTP (ENSPCTG00005013173)	ENSPCTG00005013064	ANKFN1 (ENSPCTG00005012445)	NOG (ENSPCTG00005012396)	NOG (ENSPCTG00005012380)	C14H17orf67 (ENSPCTG00005012356)	DGKE (ENSPCTG00005012238)	TRIM25 (ENSPCTG00005012109)	ENSPCTG00005012061	COIL (ENSPCTG00005012027)	SCPEP1 (ENSPCTG00005011940)	ENSPCTG00005011899	ENSPCTG00005011815	VEZF1 (ENSPCTG00005011730)	SRSF1 (ENSPCTG00005011568)	DYNLL2 (ENSPCTG00005011516) ##22	EPX (ENSPCTG00005011385)	MKS1 (ENSPCTG00005011090)	LPO (ENSPCTG00005010732)	MPO (ENSPCTG00005010486)	TSPOAP1 (ENSPCTG00005009842)	SUPT4H1 (ENSPCTG00005009689)	RNF43 (ENSPCTG00005009422)	HSF5 (ENSPCTG00005009324)	MTMR4 (ENSPCTG00005009261)	ENSPCTG00005009064	RAD51C (ENSPCTG00005008981)	ENSPCTG00005008925	ENSPCTG00005008891	PPM1E (ENSPCTG00005008846)	ENSPCTG00005008828
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00960000193237	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00940000154431.f.c.b	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488.a	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00960000193237	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00940000154431.f.c.b	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488.a	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805	ENSGT00940000157884
Narwhal	MODERN SPECIES	316	ENSMMNG00015015440	ANKFN1 (ENSMMNG00015015459)	NOG (ENSMMNG00015015489)	C17orf67 (ENSMMNG00015015494)	DGKE (ENSMMNG00015015505)	TRIM25 (ENSMMNG00015015518)	COIL (ENSMMNG00015015540)	SCPEP1 (ENSMMNG00015015557)	AKAP1 (ENSMMNG00015015586)	MSI2 (ENSMMNG00015015645)	MRPS23 (ENSMMNG00015015713)	CUEDC1 (ENSMMNG00015015732)	VEZF1 (ENSMMNG00015015780)	SRSF1 (ENSMMNG00015015822)	HNRNPA2B1 (ENSMMNG00015015857)	DYNLL2 (ENSMMNG00015015874) ##22	OR4D2 (ENSMMNG00015015903)	EPX (ENSMMNG00015015929)	MKS1 (ENSMMNG00015015988)	LPO (ENSMMNG00015016133)	MPO (ENSMMNG00015016254)	TSPOAP1 (ENSMMNG00015016415)	SUPT4H1 (ENSMMNG00015016756)	RNF43 (ENSMMNG00015016811)	HSF5 (ENSMMNG00015016882)	MTMR4 (ENSMMNG00015016932)	ENSMMNG00015017089	ENSMMNG00015017462	TEX14 (ENSMMNG00015017498)	RAD51C (ENSMMNG00015017634)	PPM1E (ENSMMNG00015017711)
Beluga whale	MODERN SPECIES	40	ENSDLEG00000006507	ENSDLEG00000006513	NOG (ENSDLEG00000006518)	C17orf67 (ENSDLEG00000006521)	DGKE (ENSDLEG00000006524)	TRIM25 (ENSDLEG00000006532)	COIL (ENSDLEG00000006551)	SCPEP1 (ENSDLEG00000006562)	AKAP1 (ENSDLEG00000006574)	MSI2 (ENSDLEG00000006585)	MRPS23 (ENSDLEG00000006600)	CUEDC1 (ENSDLEG00000006616)	VEZF1 (ENSDLEG00000006620)	SRSF1 (ENSDLEG00000006624)	HNRNPA2B1 (ENSDLEG00000006647)	DYNLL2 (ENSDLEG00000006648) ##22	OR4D2 (ENSDLEG00000006654)	EPX (ENSDLEG00000006660)	MKS1 (ENSDLEG00000006682)	ENSDLEG00000006692	ENSDLEG00000006698	MPO (ENSDLEG00000006704)	TSPOAP1 (ENSDLEG00000006737)	SUPT4H1 (ENSDLEG00000006789)	RNF43 (ENSDLEG00000006821)	HSF5 (ENSDLEG00000006830)	ENSDLEG00000006839	MTMR4 (ENSDLEG00000006847)	SEPT4 (ENSDLEG00000006877)	TEX14 (ENSDLEG00000006938)	RAD51C (ENSDLEG00000006988)
Vaquita	MODERN SPECIES	12	ANKFN1 (ENSPSNG00000012781)	NOG (ENSPSNG00000013424)	C17orf67 (ENSPSNG00000013457)	DGKE (ENSPSNG00000013515)	TRIM25 (ENSPSNG00000013582)	COIL (ENSPSNG00000013649)	SCPEP1 (ENSPSNG00000013724)	AKAP1 (ENSPSNG00000013873)	MSI2 (ENSPSNG00000013991)	CCDC182 (ENSPSNG00000014250)	MRPS23 (ENSPSNG00000014279)	CUEDC1 (ENSPSNG00000014362)	VEZF1 (ENSPSNG00000014426)	SRSF1 (ENSPSNG00000014561)	ENSPSNG00000014715	DYNLL2 (ENSPSNG00000014740) ##22	OR4D2 (ENSPSNG00000014791)	EPX (ENSPSNG00000014828)	MKS1 (ENSPSNG00000015027)	LPO (ENSPSNG00000015320)	MPO (ENSPSNG00000015693)	TSPOAP1 (ENSPSNG00000015927)	SUPT4H1 (ENSPSNG00000016618)	RNF43 (ENSPSNG00000016739)	HSF5 (ENSPSNG00000016971)	MTMR4 (ENSPSNG00000017089)	SEPTIN4 (ENSPSNG00000017836)	TEX14 (ENSPSNG00000018249)	RAD51C (ENSPSNG00000019147)	PPM1E (ENSPSNG00000019275)	ENSPSNG00000019408
Dolphin	MODERN SPECIES	74																DYNLL2 (ENSTTRG00000006809) ##22	EPX (ENSTTRG00000006827)	MKS1 (ENSTTRG00000006831)	LPO (ENSTTRG00000006837)	MPO (ENSTTRG00000006841)	TSPOAP1 (ENSTTRG00000006846)	ENSTTRG00000006849	RNF43 (ENSTTRG00000006850)	HSF5 (ENSTTRG00000006851)	MTMR4 (ENSTTRG00000006852)	ENSTTRG00000006853
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Primates	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Tarsier	MODERN SPECIES	4372											MSI2 (ENSTSYG00000011839)	MRPS23 (ENSTSYG00000009862)	CUEDC1 (ENSTSYG00000014622)	VEZF1 (ENSTSYG00000003867)	SRSF1 (ENSTSYG00000013899)	DYNLL2 (ENSTSYG00000033039) ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585.j.a	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000015531.h.b	ENSGT00390000012195	ENSGT00740000117028	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000008128.c.b	ENSGT00390000001289.b.b	ENSGT00940000158096	ENSGT00940000162176	ENSGT00520000059046	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.b	ENSGT00940000156747	ENSGT00390000018406.i	ENSGT00390000006416
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585.j.a	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000015531.h.b	ENSGT00390000012195	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000008128.c.b	ENSGT00390000001289.b.b	ENSGT00940000158096	ENSGT00940000162176	ENSGT00520000059046	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.b	ENSGT00940000156747	ENSGT00390000018406.i	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000015063
Marmoset	MODERN SPECIES	17	ANKFN1 (ENSCJAG00000011229)	NOG (ENSCJAG00000013903)	C17orf67 (ENSCJAG00000037887)	DGKE (ENSCJAG00000013909)	TRIM25 (ENSCJAG00000075265)	COIL (ENSCJAG00000013960)	SCPEP1 (ENSCJAG00000013972)	AKAP1 (ENSCJAG00000013990)	MSI2 (ENSCJAG00000013998)	CCDC182 (ENSCJAG00000022062)	ENSCJAG00000014008	CUEDC1 (ENSCJAG00000014010)	VEZF1 (ENSCJAG00000014022)	ENSCJAG00000041713	ENSCJAG00000070000	DYNLL2 (ENSCJAG00000086484) ##22	ENSCJAG00000079792	TXNDC17 (ENSCJAG00000011150)	ENSCJAG00000082659	PITPNM3 (ENSCJAG00000011178)	ENSCJAG00000011205	AIPL1 (ENSCJAG00000011209)	WSCD1 (ENSCJAG00000011240)	ENSCJAG00000077877	NLRP1 (ENSCJAG00000011265)	ENSCJAG00000073356	MIS12 (ENSCJAG00000022816)	DERL2 (ENSCJAG00000047067)	DHX33 (ENSCJAG00000011321)	C1QBP (ENSCJAG00000011352)	RPAIN (ENSCJAG00000011370)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000162984.c.b	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585.j.a	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000015531.h.b	ENSGT00390000012195	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000008128.c.b	ENSGT00390000001289.b.b	ENSGT00940000158096	ENSGT00940000162176	ENSGT00390000018665	ENSGT00530000063156.a.b.c	ENSGT00940000156747	ENSGT00390000018406.i	ENSGT00390000006416	ENSGT00390000015063	ENSGT00530000063743.b
Capuchin	MODERN SPECIES	115	ANKFN1 (ENSCCAG00000026510)	ENSCCAG00000022374	NOG (ENSCCAG00000020276)	C17orf67 (ENSCCAG00000029264)	DGKE (ENSCCAG00000021908)	TRIM25 (ENSCCAG00000028628)	COIL (ENSCCAG00000027052)	SCPEP1 (ENSCCAG00000025123)	AKAP1 (ENSCCAG00000023539)	MSI2 (ENSCCAG00000033927)	CCDC182 (ENSCCAG00000019846)	MRPS23 (ENSCCAG00000016027)	CUEDC1 (ENSCCAG00000037621)	ENSCCAG00000029406	SRSF1 (ENSCCAG00000029484)	DYNLL2 (ENSCCAG00000023791) ##22	ENSCCAG00000027546	ENSCCAG00000030109	KIAA0753 (ENSCCAG00000034697)	PITPNM3 (ENSCCAG00000029853)	ENSCCAG00000037095	PIMREG (ENSCCAG00000019479)	AIPL1 (ENSCCAG00000037457)	ENSCCAG00000016741	WSCD1 (ENSCCAG00000028357)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	86	ANKFN1 (ENSSBOG00000028809)	ENSSBOG00000023715	NOG (ENSSBOG00000006250)	C17orf67 (ENSSBOG00000032148)	DGKE (ENSSBOG00000034463)	TRIM25 (ENSSBOG00000008235)	COIL (ENSSBOG00000035968)	SCPEP1 (ENSSBOG00000028273)	AKAP1 (ENSSBOG00000019056)	MSI2 (ENSSBOG00000026425)	CCDC182 (ENSSBOG00000020265)	MRPS23 (ENSSBOG00000031201)	CUEDC1 (ENSSBOG00000019177)	VEZF1 (ENSSBOG00000026860)	SRSF1 (ENSSBOG00000025377)	DYNLL2 (ENSSBOG00000035553) ##22	ENSSBOG00000024596	ENSSBOG00000026545	KIAA0753 (ENSSBOG00000020862)	PITPNM3 (ENSSBOG00000021421)	PIMREG (ENSSBOG00000030261)	AIPL1 (ENSSBOG00000023311)	WSCD1 (ENSSBOG00000029527)	NLRP1 (ENSSBOG00000025041)	MIS12 (ENSSBOG00000019638)	DERL2 (ENSSBOG00000026472)	DHX33 (ENSSBOG00000020529)	ENSSBOG00000033195	RPAIN (ENSSBOG00000028497)	NUP88 (ENSSBOG00000032719)	RABEP1 (ENSSBOG00000023251)
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	649	ENSANAG00000001414	PCTP (ENSANAG00000028306)	ANKFN1 (ENSANAG00000017284)	NOG (ENSANAG00000005300)	C17orf67 (ENSANAG00000035991)	DGKE (ENSANAG00000025681)	TRIM25 (ENSANAG00000031157)	COIL (ENSANAG00000027595)	SCPEP1 (ENSANAG00000022085)	AKAP1 (ENSANAG00000032242)	MSI2 (ENSANAG00000037827)	MRPS23 (ENSANAG00000028153)	CUEDC1 (ENSANAG00000029934)	VEZF1 (ENSANAG00000035950)	ENSANAG00000020583	DYNLL2 (ENSANAG00000037487) ##22	MED31 (ENSANAG00000027576)	TXNDC17 (ENSANAG00000033710)	ENSANAG00000037706	KIAA0753 (ENSANAG00000025158)	PITPNM3 (ENSANAG00000029454)	PIMREG (ENSANAG00000009437)	AIPL1 (ENSANAG00000030357)	WSCD1 (ENSANAG00000037707)	ENSANAG00000035878	NLRP1 (ENSANAG00000000698)	ENSANAG00000009039	MIS12 (ENSANAG00000015438)	ENSANAG00000031099	DHX33 (ENSANAG00000037748)	ENSANAG00000032527
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1358	ABHD17B (ENSANAG00000024381)	ENSANAG00000024211	ENSANAG00000036692	ENSANAG00000027250	GDA (ENSANAG00000033533)	ENSANAG00000018162	ENSANAG00000038148	TMC1 (ENSANAG00000025752)	ENSANAG00000028799	ANXA1 (ENSANAG00000029774)	ENSANAG00000037991	RORB (ENSANAG00000028638)	TRPM6 (ENSANAG00000034261)	C9orf40 (ENSANAG00000037316)	ENSANAG00000032044	ENSANAG00000030740 ##22	CARNMT1 (ENSANAG00000032950)	NMRK1 (ENSANAG00000001264)	OSTF1 (ENSANAG00000035471)	ENSANAG00000019478	ENSANAG00000032989	ENSANAG00000032463
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00910000146925	ENSGT00390000018559.s	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932.c	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t.a	ENSGT00910000146925	ENSGT00390000018559.t.b	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932.c	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t.a	ENSGT00910000146925	ENSGT00390000018559.s	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932.c	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t.a	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00390000002414.ab
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932.c	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t.a	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00390000002414.ab
Pan	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932.c	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000159824.d	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t.a	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Chimpanzee	MODERN SPECIES	8	PCTP (ENSPTRG00000009427)	ANKFN1 (ENSPTRG00000009428)	NOG (ENSPTRG00000009430)	C17H17orf67 (ENSPTRG00000033857)	DGKE (ENSPTRG00000009431)	TRIM25 (ENSPTRG00000009432)	COIL (ENSPTRG00000009433)	SCPEP1 (ENSPTRG00000009434)	AKAP1 (ENSPTRG00000009436)	MSI2 (ENSPTRG00000009437)	CCDC182 (ENSPTRG00000009439)	MRPS23 (ENSPTRG00000009440)	CUEDC1 (ENSPTRG00000009441)	VEZF1 (ENSPTRG00000009442)	SRSF1 (ENSPTRG00000049077)	DYNLL2 (ENSPTRG00000009444) ##22	OR4D1 (ENSPTRG00000030829)	ENSPTRG00000047893	EPX (ENSPTRG00000009446)	MKS1 (ENSPTRG00000009447)	LPO (ENSPTRG00000009448)	MPO (ENSPTRG00000009449)	TSPOAP1 (ENSPTRG00000009450)	SUPT4H1 (ENSPTRG00000009451)	RNF43 (ENSPTRG00000034322)	ENSPTRG00000045421	HSF5 (ENSPTRG00000009453)	MTMR4 (ENSPTRG00000009454)	SEPTIN4 (ENSPTRG00000009455)	TEX14 (ENSPTRG00000009457)	RAD51C (ENSPTRG00000009458)
Bonobo	MODERN SPECIES	8	PCTP (ENSPPAG00000038977)	ANKFN1 (ENSPPAG00000031705)	NOG (ENSPPAG00000008530)	ENSPPAG00000043953	DGKE (ENSPPAG00000037805)	TRIM25 (ENSPPAG00000032434)	COIL (ENSPPAG00000041869)	SCPEP1 (ENSPPAG00000042779)	AKAP1 (ENSPPAG00000031095)	MSI2 (ENSPPAG00000037697)	CCDC182 (ENSPPAG00000008466)	MRPS23 (ENSPPAG00000005764)	CUEDC1 (ENSPPAG00000028896)	VEZF1 (ENSPPAG00000014502)	SRSF1 (ENSPPAG00000043403)	DYNLL2 (ENSPPAG00000033398) ##22	ENSPPAG00000020380	EPX (ENSPPAG00000027127)	MKS1 (ENSPPAG00000026249)	LPO (ENSPPAG00000035144)	MPO (ENSPPAG00000039416)	TSPOAP1 (ENSPPAG00000020649)	RNF43 (ENSPPAG00000034421)	ENSPPAG00000040423	HSF5 (ENSPPAG00000043253)	MTMR4 (ENSPPAG00000039667)	SEPTIN4 (ENSPPAG00000028255)	TEX14 (ENSPPAG00000032928)	RAD51C (ENSPPAG00000035555)	PPM1E (ENSPPAG00000033702)	TRIM37 (ENSPPAG00000038094)
Human	MODERN SPECIES	8	PCTP (ENSG00000141179)	ANKFN1 (ENSG00000153930)	NOG (ENSG00000183691)	C17orf67 (ENSG00000214226)	DGKE (ENSG00000153933)	TRIM25 (ENSG00000121060)	COIL (ENSG00000121058)	SCPEP1 (ENSG00000121064)	AKAP1 (ENSG00000121057)	MSI2 (ENSG00000153944)	CCDC182 (ENSG00000166329)	MRPS23 (ENSG00000181610)	CUEDC1 (ENSG00000180891)	VEZF1 (ENSG00000136451)	SRSF1 (ENSG00000136450)	DYNLL2 (ENSG00000264364) ##22	OR4D1 (ENSG00000141194)	OR4D2 (ENSG00000255713)	EPX (ENSG00000121053)	MKS1 (ENSG00000011143)	LPO (ENSG00000167419)	MPO (ENSG00000005381)	TSPOAP1 (ENSG00000005379)	SUPT4H1 (ENSG00000213246)	RNF43 (ENSG00000108375)	HSF5 (ENSG00000176160)	MTMR4 (ENSG00000108389)	SEPTIN4 (ENSG00000108387)	TEX14 (ENSG00000121101)	IGBP1C (ENSG00000266826)	RAD51C (ENSG00000108384)
Gorilla	MODERN SPECIES	18	ENSGGOG00000036422	PCTP (ENSGGOG00000022146)	ANKFN1 (ENSGGOG00000005100)	ENSGGOG00000001806	DGKE (ENSGGOG00000011783)	TRIM25 (ENSGGOG00000011793)	SCPEP1 (ENSGGOG00000002974)	ENSGGOG00000024306	AKAP1 (ENSGGOG00000011719)	MSI2 (ENSGGOG00000013182)	CCDC182 (ENSGGOG00000007454)	MRPS23 (ENSGGOG00000016181)	CUEDC1 (ENSGGOG00000014235)	VEZF1 (ENSGGOG00000004387)	SRSF1 (ENSGGOG00000004386)	ENSGGOG00000025043 ##22	OR4D1 (ENSGGOG00000008929)	ENSGGOG00000000313	EPX (ENSGGOG00000003135)	MKS1 (ENSGGOG00000003139)	MPO (ENSGGOG00000016705)	TSPOAP1 (ENSGGOG00000016714)	SUPT4H1 (ENSGGOG00000007232)	RNF43 (ENSGGOG00000007236)	HSF5 (ENSGGOG00000013788)	MTMR4 (ENSGGOG00000013799)	SEPTIN4 (ENSGGOG00000013814)	TEX14 (ENSGGOG00000011348)	ENSGGOG00000036600	ENSGGOG00000038800	ENSGGOG00000041438
Orangutan	MODERN SPECIES	8	PCTP (ENSPPYG00000008254)	ANKFN1 (ENSPPYG00000008253)	NOG (ENSPPYG00000008252)	C17orf67 (ENSPPYG00000008251)	DGKE (ENSPPYG00000008250)	TRIM25 (ENSPPYG00000008249)	COIL (ENSPPYG00000008248)	SCPEP1 (ENSPPYG00000008247)	AKAP1 (ENSPPYG00000008245)	MSI2 (ENSPPYG00000008244)	CCDC182 (ENSPPYG00000008243)	MRPS23 (ENSPPYG00000035899)	CUEDC1 (ENSPPYG00000008242)	VEZF1 (ENSPPYG00000031036)	SRSF1 (ENSPPYG00000008240)	ENSPPYG00000031424 ##22	OR4D1 (ENSPPYG00000008238)	EPX (ENSPPYG00000008237)	MKS1 (ENSPPYG00000008864)	LPO (ENSPPYG00000008236)	MPO (ENSPPYG00000008235)	TSPOAP1 (ENSPPYG00000008234)	SUPT4H1 (ENSPPYG00000008233)	RNF43 (ENSPPYG00000008232)	ENSPPYG00000008231	MTMR4 (ENSPPYG00000008230)	SEPTIN4 (ENSPPYG00000008229)	TEX14 (ENSPPYG00000008227)	IGBP1C (ENSPPYG00000034894)	RAD51C (ENSPPYG00000008226)	PPM1E (ENSPPYG00000008816)
Gibbon	MODERN SPECIES	4	ENSNLEG00000007999	ANKFN1 (ENSNLEG00000008001)	NOG (ENSNLEG00000028483)	ENSNLEG00000008008	ENSNLEG00000008013	TRIM25 (ENSNLEG00000035604)	COIL (ENSNLEG00000008026)	SCPEP1 (ENSNLEG00000008029)	AKAP1 (ENSNLEG00000031371)	MSI2 (ENSNLEG00000008059)	ENSNLEG00000008070	ENSNLEG00000008072	CUEDC1 (ENSNLEG00000008075)	VEZF1 (ENSNLEG00000008084)	SRSF1 (ENSNLEG00000008088)	DYNLL2 (ENSNLEG00000034967) ##22	OR4D1 (ENSNLEG00000018571)	ENSNLEG00000029783	EPX (ENSNLEG00000035172)	MKS1 (ENSNLEG00000008099)	LPO (ENSNLEG00000008129)	MPO (ENSNLEG00000008150)	ENSNLEG00000034464	ENSNLEG00000008159	RNF43 (ENSNLEG00000008171)	ENSNLEG00000036204	HSF5 (ENSNLEG00000008188)	MTMR4 (ENSNLEG00000008197)	SEPTIN4 (ENSNLEG00000008245)	TEX14 (ENSNLEG00000008317)	RAD51C (ENSNLEG00000008427)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00950000183198.c.a.b.a.a	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	122	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00940000154431.e.b	ENSGT00950000182892.a.b.b	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00950000183198.c.a.b.a.a.u.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1700										MSI2 (ENSRROG00000031774)	CCDC182 (ENSRROG00000001055)	MRPS23 (ENSRROG00000035057)	CUEDC1 (ENSRROG00000043170)	VEZF1 (ENSRROG00000040096)	SRSF1 (ENSRROG00000041506)	DYNLL2 (ENSRROG00000044033) ##22	EPX (ENSRROG00000039134)	MKS1 (ENSRROG00000042429)	LPO (ENSRROG00000039605)	MPO (ENSRROG00000001873)	TSPOAP1 (ENSRROG00000034523)	SUPT4H1 (ENSRROG00000045659)	RNF43 (ENSRROG00000008024)	ENSRROG00000032326	ENSRROG00000038010
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2208															SRSF1 (ENSRBIG00000034445)	DYNLL2 (ENSRBIG00000015286) ##22	EPX (ENSRBIG00000027531)	MKS1 (ENSRBIG00000032829)	LPO (ENSRBIG00000031480)	MPO (ENSRBIG00000039450)	TSPOAP1 (ENSRBIG00000030798)	SUPT4H1 (ENSRBIG00000043489)	RNF43 (ENSRBIG00000035536)	ENSRBIG00000033694	ENSRBIG00000004475	HSF5 (ENSRBIG00000044611)	MTMR4 (ENSRBIG00000039908)	ENSRBIG00000036408	ENSRBIG00000027007	ENSRBIG00000033966	TEX14 (ENSRBIG00000013831)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	7	PCTP (ENSCSAG00000005567)	ANKFN1 (ENSCSAG00000005580)	ENSCSAG00000005582	NOG (ENSCSAG00000000548)	C17orf67 (ENSCSAG00000005585)	DGKE (ENSCSAG00000005587)	TRIM25 (ENSCSAG00000005591)	COIL (ENSCSAG00000005604)	SCPEP1 (ENSCSAG00000005619)	AKAP1 (ENSCSAG00000005628)	MSI2 (ENSCSAG00000005633)	CCDC182 (ENSCSAG00000000549)	MRPS23 (ENSCSAG00000005635)	VEZF1 (ENSCSAG00000005638)	SRSF1 (ENSCSAG00000005642)	DYNLL2 (ENSCSAG00000005643) ##22	OR4D1 (ENSCSAG00000000550)	OR4D2 (ENSCSAG00000000551)	EPX (ENSCSAG00000005644)	MKS1 (ENSCSAG00000005647)	LPO (ENSCSAG00000005660)	MPO (ENSCSAG00000005701)	TSPOAP1 (ENSCSAG00000005747)	SUPT4H1 (ENSCSAG00000005761)	RNF43 (ENSCSAG00000005765)	MTMR4 (ENSCSAG00000005770)	ENSCSAG00000005775	SEPTIN4 (ENSCSAG00000005777)	TEX14 (ENSCSAG00000005788)	ENSCSAG00000005804	RAD51C (ENSCSAG00000005814)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000153877.g.b.a.b	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000153877.g.b.a.b	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Olive baboon	MODERN SPECIES	8	TMEM100 (ENSPANG00000022363)	PCTP (ENSPANG00000022356)	ANKFN1 (ENSPANG00000022322)	NOG (ENSPANG00000003449)	C17orf67 (ENSPANG00000022325)	DGKE (ENSPANG00000022328)	TRIM25 (ENSPANG00000022321)	SCPEP1 (ENSPANG00000022313)	AKAP1 (ENSPANG00000022318)	MSI2 (ENSPANG00000022319)	CCDC182 (ENSPANG00000025693)	MRPS23 (ENSPANG00000022309)	CUEDC1 (ENSPANG00000022308)	VEZF1 (ENSPANG00000022307)	ENSPANG00000022305	DYNLL2 (ENSPANG00000047732) ##22	OR4D1 (ENSPANG00000024851)	OR4D2 (ENSPANG00000047560)	MKS1 (ENSPANG00000022273)	EPX (ENSPANG00000022274)	MPO (ENSPANG00000022275)	TSPOAP1 (ENSPANG00000022278)	SUPT4H1 (ENSPANG00000022280)	RNF43 (ENSPANG00000022282)	HSF5 (ENSPANG00000022283)	MTMR4 (ENSPANG00000022285)	SEPTIN4 (ENSPANG00000022286)	TEX14 (ENSPANG00000022303)	IGBP1C (ENSPANG00000033492)	RAD51C (ENSPANG00000022251)	PPM1E (ENSPANG00000030384)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00910000147478	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00910000146925	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000153877.g.b.a.b	ENSGT00940000158976	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Drill	DUPLICATION
Drill	MODERN SPECIES	1569														RORB (ENSMLEG00000038864)	TRPM6 (ENSMLEG00000035917)	ENSMLEG00000030162 ##22	CARNMT1 (ENSMLEG00000029104)	NMRK1 (ENSMLEG00000043427)	OSTF1 (ENSMLEG00000040994)
Drill	MODERN SPECIES	752	ANKFN1 (ENSMLEG00000036939)	NOG (ENSMLEG00000027720)	C17orf67 (ENSMLEG00000029616)	DGKE (ENSMLEG00000036967)	ENSMLEG00000003468	TRIM25 (ENSMLEG00000033120)	COIL (ENSMLEG00000029225)	ENSMLEG00000014045	AKAP1 (ENSMLEG00000036269)	MSI2 (ENSMLEG00000033888)	CCDC182 (ENSMLEG00000015462)	MRPS23 (ENSMLEG00000030475)	CUEDC1 (ENSMLEG00000022048)	VEZF1 (ENSMLEG00000041055)	SRSF1 (ENSMLEG00000040509)	DYNLL2 (ENSMLEG00000037893) ##22	OR4D1 (ENSMLEG00000005329)	EPX (ENSMLEG00000008705)	MKS1 (ENSMLEG00000041103)	LPO (ENSMLEG00000020189)	MPO (ENSMLEG00000023783)	TSPOAP1 (ENSMLEG00000040379)	SUPT4H1 (ENSMLEG00000013750)	ENSMLEG00000041629	ENSMLEG00000037081	RNF43 (ENSMLEG00000042855)	HSF5 (ENSMLEG00000042573)	MTMR4 (ENSMLEG00000031081)	SEPTIN4 (ENSMLEG00000026740)	TEX14 (ENSMLEG00000027370)	RAD51C (ENSMLEG00000044263)
Sooty mangabey	DUPLICATION
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	629	TRPM3 (ENSCATG00000044830)	CEMIP2 (ENSCATG00000034104)	ABHD17B (ENSCATG00000030905)	C9orf85 (ENSCATG00000035476)	GDA (ENSCATG00000040360)	ENSCATG00000035291	ZFAND5 (ENSCATG00000034143)	ENSCATG00000030319	TMC1 (ENSCATG00000032802)	ALDH1A1 (ENSCATG00000018609)	CYP1D1 (ENSCATG00000017926)	ANXA1 (ENSCATG00000032811)	RORB (ENSCATG00000043441)	TRPM6 (ENSCATG00000040469)	C9orf40 (ENSCATG00000042316)	ENSCATG00000044017 ##22	CARNMT1 (ENSCATG00000029180)	NMRK1 (ENSCATG00000032637)	OSTF1 (ENSCATG00000043742)	PCSK5 (ENSCATG00000032835)	ENSCATG00000035860	PRUNE2 (ENSCATG00000041249)	FOXB2 (ENSCATG00000022251)	ENSCATG00000044702	VPS13A (ENSCATG00000036715)	GNA14 (ENSCATG00000003306)	ENSCATG00000043408	ENSCATG00000003045	ENSCATG00000044511	ENSCATG00000021563	CEP78 (ENSCATG00000036923)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	617	ANKFN1 (ENSCATG00000032190)	NOG (ENSCATG00000002205)	C17orf67 (ENSCATG00000042858)	DGKE (ENSCATG00000036382)	ENSCATG00000006208	TRIM25 (ENSCATG00000040912)	COIL (ENSCATG00000032480)	SCPEP1 (ENSCATG00000031948)	AKAP1 (ENSCATG00000043975)	MSI2 (ENSCATG00000040879)	CCDC182 (ENSCATG00000005693)	MRPS23 (ENSCATG00000017194)	CUEDC1 (ENSCATG00000034429)	VEZF1 (ENSCATG00000015395)	SRSF1 (ENSCATG00000042294)	DYNLL2 (ENSCATG00000031282) ##22	EPX (ENSCATG00000044178)	MKS1 (ENSCATG00000035913)	LPO (ENSCATG00000040776)	MPO (ENSCATG00000039696)	TSPOAP1 (ENSCATG00000045320)	SUPT4H1 (ENSCATG00000042435)	RNF43 (ENSCATG00000034394)	ENSCATG00000029845	ENSCATG00000043207	HSF5 (ENSCATG00000042314)	ENSCATG00000045234	MTMR4 (ENSCATG00000044492)	SEPTIN4 (ENSCATG00000032851)	TEX14 (ENSCATG00000034188)	RAD51C (ENSCATG00000040084)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00940000161852.p	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000153877.g.b.a.b	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00940000161852.p	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832.c.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559.t	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00390000002414.ab
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	ENSMFAG00000050300	ANKFN1 (ENSMFAG00000032096)	ENSMFAG00000062303	C17orf67 (ENSMFAG00000044148)	DGKE (ENSMFAG00000042785)	TRIM25 (ENSMFAG00000040872)	COIL (ENSMFAG00000032397)	SCPEP1 (ENSMFAG00000040982)	AKAP1 (ENSMFAG00000042936)	CCDC182 (ENSMFAG00000011417)	MRPS23 (ENSMFAG00000031639)	CUEDC1 (ENSMFAG00000034135)	VEZF1 (ENSMFAG00000002811)	ENSMFAG00000058892	SRSF1 (ENSMFAG00000040003)	DYNLL2 (ENSMFAG00000045478) ##22	OR4D1 (ENSMFAG00000027046)	OR4D2 (ENSMFAG00000052698)	EPX (ENSMFAG00000045806)	MKS1 (ENSMFAG00000002254)	LPO (ENSMFAG00000037685)	MPO (ENSMFAG00000030407)	TSPOAP1 (ENSMFAG00000032128)	SUPT4H1 (ENSMFAG00000003856)	RNF43 (ENSMFAG00000044879)	ENSMFAG00000062335	MTMR4 (ENSMFAG00000036523)	SEPTIN4 (ENSMFAG00000038431)	TEX14 (ENSMFAG00000032431)	IGBP1C (ENSMFAG00000052575)	RAD51C (ENSMFAG00000002129)
Rhesus	MODERN SPECIES	7	ENSMMUG00000064618	ANKFN1 (ENSMMUG00000005793)	NOG (ENSMMUG00000005798)	ENSMMUG00000015883	C16H17orf67 (ENSMMUG00000058359)	DGKE (ENSMMUG00000044447)	TRIM25 (ENSMMUG00000005790)	SCPEP1 (ENSMMUG00000002269)	AKAP1 (ENSMMUG00000012644)	MSI2 (ENSMMUG00000002069)	CCDC182 (ENSMMUG00000041728)	MRPS23 (ENSMMUG00000001913)	CUEDC1 (ENSMMUG00000009228)	VEZF1 (ENSMMUG00000004723)	SRSF1 (ENSMMUG00000056064)	DYNLL2 (ENSMMUG00000041799) ##22	OR4D1 (ENSMMUG00000011975)	OR4D2 (ENSMMUG00000053138)	EPX (ENSMMUG00000011973)	MKS1 (ENSMMUG00000011971)	LPO (ENSMMUG00000002264)	MPO (ENSMMUG00000002266)	TSPOAP1 (ENSMMUG00000018087)	SUPT4H1 (ENSMMUG00000040655)	RNF43 (ENSMMUG00000007004)	HSF5 (ENSMMUG00000004184)	MTMR4 (ENSMMUG00000046171)	ENSMMUG00000008423	SEPTIN4 (ENSMMUG00000065117)	TEX14 (ENSMMUG00000046572)	IGBP1C (ENSMMUG00000032376)
Pig-tailed macaque	DUPLICATION
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	272	ENSMNEG00000032128	CEMIP2 (ENSMNEG00000035557)	ABHD17B (ENSMNEG00000029753)	C9orf85 (ENSMNEG00000044599)	C9orf57 (ENSMNEG00000037969)	GDA (ENSMNEG00000033666)	ZFAND5 (ENSMNEG00000033981)	ENSMNEG00000012830	TMC1 (ENSMNEG00000027974)	ALDH1A1 (ENSMNEG00000043343)	CYP1D1 (ENSMNEG00000037174)	ANXA1 (ENSMNEG00000028666)	RORB (ENSMNEG00000042439)	TRPM6 (ENSMNEG00000042106)	C9orf40 (ENSMNEG00000042694)	ENSMNEG00000040689 ##22	CARNMT1 (ENSMNEG00000042764)	NMRK1 (ENSMNEG00000017921)	OSTF1 (ENSMNEG00000040401)	PCSK5 (ENSMNEG00000025347)	ENSMNEG00000036738	GCNT1 (ENSMNEG00000007369)	PRUNE2 (ENSMNEG00000036658)	FOXB2 (ENSMNEG00000023676)	VPS13A (ENSMNEG00000033084)	GNA14 (ENSMNEG00000040924)	ENSMNEG00000014845	ENSMNEG00000014454	GNAQ (ENSMNEG00000029362)	ENSMNEG00000044136	ENSMNEG00000030187
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	541	ANKFN1 (ENSMNEG00000033205)	NOG (ENSMNEG00000038170)	ENSMNEG00000031413	C17orf67 (ENSMNEG00000045041)	DGKE (ENSMNEG00000034349)	TRIM25 (ENSMNEG00000044229)	COIL (ENSMNEG00000039590)	SCPEP1 (ENSMNEG00000041550)	AKAP1 (ENSMNEG00000001016)	MSI2 (ENSMNEG00000045275)	CCDC182 (ENSMNEG00000014216)	MRPS23 (ENSMNEG00000031351)	CUEDC1 (ENSMNEG00000039265)	VEZF1 (ENSMNEG00000037645)	ENSMNEG00000027680	DYNLL2 (ENSMNEG00000014797) ##22	EPX (ENSMNEG00000038443)	MKS1 (ENSMNEG00000037948)	LPO (ENSMNEG00000028850)	MPO (ENSMNEG00000030387)	TSPOAP1 (ENSMNEG00000028963)	SUPT4H1 (ENSMNEG00000037471)	RNF43 (ENSMNEG00000034927)	HSF5 (ENSMNEG00000036939)	ENSMNEG00000035900	MTMR4 (ENSMNEG00000044268)	SEPTIN4 (ENSMNEG00000036497)	TEX14 (ENSMNEG00000037884)	RAD51C (ENSMNEG00000039904)	PPM1E (ENSMNEG00000000862)	TRIM37 (ENSMNEG00000033651)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.s.b	ENSGT00940000154503.a.s.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146
Bushbaby	MODERN SPECIES	209	ENSOGAG00000031062	NOG (ENSOGAG00000025251)	ENSOGAG00000033872	C17orf67 (ENSOGAG00000034880)	DGKE (ENSOGAG00000003866)	TRIM25 (ENSOGAG00000003870)	COIL (ENSOGAG00000024125)	SCPEP1 (ENSOGAG00000003873)	AKAP1 (ENSOGAG00000011014)	MSI2 (ENSOGAG00000005621)	CCDC182 (ENSOGAG00000032275)	MRPS23 (ENSOGAG00000014476)	CUEDC1 (ENSOGAG00000014478)	VEZF1 (ENSOGAG00000014483)	SRSF1 (ENSOGAG00000025950)	DYNLL2 (ENSOGAG00000026365) ##22	OR4D2 (ENSOGAG00000006772)	ENSOGAG00000013366	EPX (ENSOGAG00000006775)	MKS1 (ENSOGAG00000006781)	LPO (ENSOGAG00000002673)	MPO (ENSOGAG00000002676)	TSPOAP1 (ENSOGAG00000031258)	SUPT4H1 (ENSOGAG00000031972)	RNF43 (ENSOGAG00000004919)	HSF5 (ENSOGAG00000004924)	MTMR4 (ENSOGAG00000004925)	ENSOGAG00000004928	ENSOGAG00000032885	TEX14 (ENSOGAG00000004934)	RAD51C (ENSOGAG00000004940)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.s.b	ENSGT00940000154503.a.s.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00940000155420.a.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.s.b	ENSGT00940000154503.a.s.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00910000147851	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	131																DYNLL2 (ENSPSMG00000004671) ##22	OR4D1 (ENSPSMG00000004652)	ENSPSMG00000004647	ENSPSMG00000004642	EPX (ENSPSMG00000004637)	MKS1 (ENSPSMG00000004577)	LPO (ENSPSMG00000004443)	MPO (ENSPSMG00000004422)	TSPOAP1 (ENSPSMG00000004329)	SUPT4H1 (ENSPSMG00000004076)	RNF43 (ENSPSMG00000003985)	HSF5 (ENSPSMG00000003938)	ENSPSMG00000003935	MTMR4 (ENSPSMG00000003836)	SEPTIN4 (ENSPSMG00000002924)	TEX14 (ENSPSMG00000002528)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	407											ENSPCOG00000024589	MRPS23 (ENSPCOG00000024615)	CUEDC1 (ENSPCOG00000016196)	VEZF1 (ENSPCOG00000001174)	SRSF1 (ENSPCOG00000023654)	DYNLL2 (ENSPCOG00000019519) ##22	OR4D2 (ENSPCOG00000017983)	EPX (ENSPCOG00000022070)	MKS1 (ENSPCOG00000028032)	LPO (ENSPCOG00000021657)	MPO (ENSPCOG00000019700)	TSPOAP1 (ENSPCOG00000014795)	SUPT4H1 (ENSPCOG00000016589)	RNF43 (ENSPCOG00000000866)	HSF5 (ENSPCOG00000022078)	MTMR4 (ENSPCOG00000028234)	ENSPCOG00000024780	ENSPCOG00000018173	TEX14 (ENSPCOG00000028546)	RAD51C (ENSPCOG00000023848)	PPM1E (ENSPCOG00000019125)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	7	ANKFN1 (ENSMICG00000003923)	NOG (ENSMICG00000003932)	C17orf67 (ENSMICG00000047765)	DGKE (ENSMICG00000000649)	TRIM25 (ENSMICG00000000659)	COIL (ENSMICG00000000676)	SCPEP1 (ENSMICG00000000683)	ENSMICG00000047155	AKAP1 (ENSMICG00000013586)	ENSMICG00000029601	ENSMICG00000013598	MRPS23 (ENSMICG00000033206)	CUEDC1 (ENSMICG00000033084)	VEZF1 (ENSMICG00000016243)	SRSF1 (ENSMICG00000013639)	DYNLL2 (ENSMICG00000038725) ##22	OR4D2 (ENSMICG00000004822)	EPX (ENSMICG00000015941)	MKS1 (ENSMICG00000015953)	LPO (ENSMICG00000015965)	MPO (ENSMICG00000015974)	TSPOAP1 (ENSMICG00000015982)	SUPT4H1 (ENSMICG00000043219)	RNF43 (ENSMICG00000026858)	HSF5 (ENSMICG00000016020)	ENSMICG00000043244	MTMR4 (ENSMICG00000016029)	ENSMICG00000016083	ENSMICG00000016062	ENSMICG00000046631	TEX14 (ENSMICG00000016092)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Tree shrew	MODERN SPECIES	8682																DYNLL2 (ENSTBEG00000016953) ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00940000167896	ENSGT00390000015123.b
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00940000167896	ENSGT00390000015123.b
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	326	ENSDORG00000028536	Nog (ENSDORG00000029051)	Gm525 (ENSDORG00000000733)	Dgke (ENSDORG00000004135)	Trim25 (ENSDORG00000012159)	Coil (ENSDORG00000027289)	Scpep1 (ENSDORG00000003013)	Akap1 (ENSDORG00000030157)	ENSDORG00000028440	ENSDORG00000005394	Ccdc182 (ENSDORG00000005396)	Mrps23 (ENSDORG00000026921)	Cuedc1 (ENSDORG00000012960)	Vezf1 (ENSDORG00000023466)	Srsf1 (ENSDORG00000015082)	Dynll2 (ENSDORG00000025624) ##22	ENSDORG00000026736	Gprc5c (ENSDORG00000005420)	Gpr142 (ENSDORG00000003063)	Btbd17 (ENSDORG00000030071)	Kif19a (ENSDORG00000019849)	ENSDORG00000003288	Ttyh2 (ENSDORG00000016517)	ENSDORG00000013146	Rasd1 (ENSDORG00000024866)	Sdk2 (ENSDORG00000001248)	Cdc42ep4 (ENSDORG00000024341)	Fam104a (ENSDORG00000002501)	Cog1 (ENSDORG00000002500)	Sstr2 (ENSDORG00000003377)	ENSDORG00000023663
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	180	Nog (ENSJJAG00000013985)	Gm525 (ENSJJAG00000022695)	Dgke (ENSJJAG00000022410)	Trim25 (ENSJJAG00000021683)	Coil (ENSJJAG00000021225)	Scpep1 (ENSJJAG00000020526)	Akap1 (ENSJJAG00000010284)	ENSJJAG00000009789	ENSJJAG00000009467	ENSJJAG00000006292	Ccdc182 (ENSJJAG00000013314)	Mrps23 (ENSJJAG00000002424)	Cuedc1 (ENSJJAG00000000173)	Vezf1 (ENSJJAG00000000454)	Srsf1 (ENSJJAG00000000102)	Dynll2 (ENSJJAG00000023720) ##22	Epx (ENSJJAG00000023171)	Mks1 (ENSJJAG00000022635)	Lpo (ENSJJAG00000021413)	Mpo (ENSJJAG00000020363)	Tspoap1 (ENSJJAG00000014589)	Supt4a (ENSJJAG00000010938)	Rnf43 (ENSJJAG00000008248)	Hsf5 (ENSJJAG00000003557)	ENSJJAG00000001044	ENSJJAG00000022351	ENSJJAG00000021832	ENSJJAG00000021704
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1204									ENSNGAG00000014799	Msi2 (ENSNGAG00000017807)	Ccdc182 (ENSNGAG00000016284)	Mrps23 (ENSNGAG00000014608)	Cuedc1 (ENSNGAG00000012554)	Vezf1 (ENSNGAG00000006905)	Srsf1 (ENSNGAG00000011395)	Dynll2 (ENSNGAG00000003951) ##22	ENSNGAG00000000438	ENSNGAG00000015128	ENSNGAG00000015171	ENSNGAG00000017359	Epx (ENSNGAG00000001342)	Mks1 (ENSNGAG00000014826)	Lpo (ENSNGAG00000020233)	Mpo (ENSNGAG00000016937)	Tspoap1 (ENSNGAG00000001773)	ENSNGAG00000015537	Rnf43 (ENSNGAG00000005341)	Hsf5 (ENSNGAG00000014434)	ENSNGAG00000019510	ENSNGAG00000000527	ENSNGAG00000015801
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00390000018316.b.a.b.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00390000018316.b.a.b.b	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00390000018316.b.a.b.b.a.a.a	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00390000018316.b.a.b.b.a.a.a	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00390000018316.b.a.b.b.a.a.a	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2919								Scpep1 (ENSMSIG00000022666)	Akap1 (ENSMSIG00000022690)	Msi2 (ENSMSIG00000022787)	Ccdc182 (ENSMSIG00000022827)	Mrps23 (ENSMSIG00000022835)	Cuedc1 (ENSMSIG00000022862)	Vezf1 (ENSMSIG00000022871)	Srsf1 (ENSMSIG00000022893)	Dynll2 (ENSMSIG00000022934) ##22	ENSMSIG00000022956
spretus	MODERN SPECIES	2	MGP_SPRETEiJ_G0017804	MGP_SPRETEiJ_G0017803	Nog (MGP_SPRETEiJ_G0017802)	Gm525 (MGP_SPRETEiJ_G0017801)	Dgke (MGP_SPRETEiJ_G0017800)	Trim25 (MGP_SPRETEiJ_G0017799)	Elobl (MGP_SPRETEiJ_G0017798)	Scpep1 (MGP_SPRETEiJ_G0017797)	Akap1 (MGP_SPRETEiJ_G0017796)	Msi2 (MGP_SPRETEiJ_G0017795)	Ccdc182 (MGP_SPRETEiJ_G0017794)	Mrps23 (MGP_SPRETEiJ_G0017793)	Cuedc1 (MGP_SPRETEiJ_G0017792)	Vezf1 (MGP_SPRETEiJ_G0017791)	Srsf1 (MGP_SPRETEiJ_G0017790)	Dynll2 (MGP_SPRETEiJ_G0017789) ##22	MGP_SPRETEiJ_G0017788	Epx (MGP_SPRETEiJ_G0017787)	Mks1 (MGP_SPRETEiJ_G0017786)	Lpo (MGP_SPRETEiJ_G0017785)	Mpo (MGP_SPRETEiJ_G0017784)	Tspoap1 (MGP_SPRETEiJ_G0017783)	Supt4a (MGP_SPRETEiJ_G0017782)	Rnf43 (MGP_SPRETEiJ_G0017781)	Hsf5 (MGP_SPRETEiJ_G0017780)	Mtmr4 (MGP_SPRETEiJ_G0017779)	MGP_SPRETEiJ_G0017778	MGP_SPRETEiJ_G0017777	Coil (MGP_SPRETEiJ_G0017776)	Tex14 (MGP_SPRETEiJ_G0017775)	Rad51c (MGP_SPRETEiJ_G0017774)
Mouse	MODERN SPECIES	2	Ankfn1 (ENSMUSG00000047773)	Nog (ENSMUSG00000048616)	Gm525 (ENSMUSG00000072553)	Dgke (ENSMUSG00000000276)	Trim25 (ENSMUSG00000000275)	Coil (ENSMUSG00000033983)	Elobl (ENSMUSG00000057534)	Scpep1 (ENSMUSG00000000278)	Akap1 (ENSMUSG00000018428)	Msi2 (ENSMUSG00000069769)	Ccdc182 (ENSMUSG00000034031)	Mrps23 (ENSMUSG00000023723)	Cuedc1 (ENSMUSG00000018378)	Vezf1 (ENSMUSG00000018377)	Srsf1 (ENSMUSG00000018379)	Dynll2 (ENSMUSG00000020483) ##22	Or4d1 (ENSMUSG00000060787)	Or4d2 (ENSMUSG00000093920)	Or4d2b (ENSMUSG00000093839)	Epx (ENSMUSG00000052234)	Mks1 (ENSMUSG00000034121)	Lpo (ENSMUSG00000009356)	Mpo (ENSMUSG00000009350)	Tspoap1 (ENSMUSG00000034156)	Supt4a (ENSMUSG00000020485)	Rnf43 (ENSMUSG00000034177)	Hsf5 (ENSMUSG00000070345)	Mtmr4 (ENSMUSG00000018401)	Septin4 (ENSMUSG00000020486)	Tex14 (ENSMUSG00000010342)	Rad51c (ENSMUSG00000007646)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	MGP_CAROLIEiJ_G0016957	Nog (MGP_CAROLIEiJ_G0016956)	Gm525 (MGP_CAROLIEiJ_G0016955)	Dgke (MGP_CAROLIEiJ_G0016954)	Trim25 (MGP_CAROLIEiJ_G0016953)	Coil (MGP_CAROLIEiJ_G0016952)	MGP_CAROLIEiJ_G0016951	Scpep1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016950)	Akap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016949)	Msi2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016948)	Ccdc182 (MGP_CAROLIEiJ_G0016947)	Mrps23 (MGP_CAROLIEiJ_G0016946)	MGP_CAROLIEiJ_G0016945	Vezf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016944)	Srsf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016943)	Dynll2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016942) ##22	MGP_CAROLIEiJ_G0016941	Epx (MGP_CAROLIEiJ_G0016940)	Mks1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016939)	MGP_CAROLIEiJ_G0016938	Mpo (MGP_CAROLIEiJ_G0016937)	Tspoap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016936)	Supt4a (MGP_CAROLIEiJ_G0016935)	Rnf43 (MGP_CAROLIEiJ_G0016934)	Hsf5 (MGP_CAROLIEiJ_G0016933)	Mtmr4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016932)	MGP_CAROLIEiJ_G0016931	MGP_CAROLIEiJ_G0016930	Tex14 (MGP_CAROLIEiJ_G0016929)	Rad51c (MGP_CAROLIEiJ_G0016928)	Ppm1e (MGP_CAROLIEiJ_G0016927)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	MGP_PahariEiJ_G0018088	Nog (MGP_PahariEiJ_G0018087)	Gm525 (MGP_PahariEiJ_G0018086)	Dgke (MGP_PahariEiJ_G0018085)	Trim25 (MGP_PahariEiJ_G0018084)	MGP_PahariEiJ_G0018083	MGP_PahariEiJ_G0018082	MGP_PahariEiJ_G0018081	Akap1 (MGP_PahariEiJ_G0018080)	Msi2 (MGP_PahariEiJ_G0018079)	Ccdc182 (MGP_PahariEiJ_G0018078)	Mrps23 (MGP_PahariEiJ_G0018077)	Cuedc1 (MGP_PahariEiJ_G0018076)	Vezf1 (MGP_PahariEiJ_G0018075)	Srsf1 (MGP_PahariEiJ_G0018074)	Dynll2 (MGP_PahariEiJ_G0018073) ##22	Or4d1 (MGP_PahariEiJ_G0018072)	MGP_PahariEiJ_G0018071	MGP_PahariEiJ_G0018070	Epx (MGP_PahariEiJ_G0018069)	Mks1 (MGP_PahariEiJ_G0018068)	Lpo (MGP_PahariEiJ_G0018067)	Mpo (MGP_PahariEiJ_G0018066)	Tspoap1 (MGP_PahariEiJ_G0018065)	Supt4a (MGP_PahariEiJ_G0018064)	Rnf43 (MGP_PahariEiJ_G0018063)	Hsf5 (MGP_PahariEiJ_G0018062)	Mtmr4 (MGP_PahariEiJ_G0018061)	MGP_PahariEiJ_G0018060	MGP_PahariEiJ_G0018059	MGP_PahariEiJ_G0018058
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976.d	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976.d	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Golden Hamster	DUPLICATION
Golden Hamster	MODERN SPECIES	674	Pctp (ENSMAUG00000008171)	Ankfn1 (ENSMAUG00000019536)	ENSMAUG00000011292	Nog (ENSMAUG00000008457)	Gm525 (ENSMAUG00000022267)	Dgke (ENSMAUG00000020629)	Trim25 (ENSMAUG00000007609)	Coil (ENSMAUG00000019570)	Akap1 (ENSMAUG00000011059)	Msi2 (ENSMAUG00000003862)	Ccdc182 (ENSMAUG00000008308)	Mrps23 (ENSMAUG00000014423)	Cuedc1 (ENSMAUG00000012575)	Vezf1 (ENSMAUG00000019743)	Srsf1 (ENSMAUG00000021845)	ENSMAUG00000017983 ##22	Or4d1 (ENSMAUG00000008023)	Or4d2b (ENSMAUG00000007817)	Epx (ENSMAUG00000020303)	ENSMAUG00000008416	Lpo (ENSMAUG00000021948)	Mpo (ENSMAUG00000000644)	Tspoap1 (ENSMAUG00000022036)	Supt4a (ENSMAUG00000013090)	Rnf43 (ENSMAUG00000020129)	ENSMAUG00000006907	ENSMAUG00000018468	ENSMAUG00000015582	Tex14 (ENSMAUG00000021010)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	626	Yaf2 (ENSMAUG00000009658)	Zcrb1 (ENSMAUG00000009266)	Pphln1 (ENSMAUG00000011738)	Prickle1 (ENSMAUG00000020994)	Adamts20 (ENSMAUG00000012674)	Pus7l (ENSMAUG00000012622)	Irak4 (ENSMAUG00000015813)	Twf1 (ENSMAUG00000010896)	Tmem117 (ENSMAUG00000011415)	Nell2 (ENSMAUG00000011805)	ENSMAUG00000009068	Ano6 (ENSMAUG00000009991)	Arid2 (ENSMAUG00000010801)	Scaf11 (ENSMAUG00000016564)	ENSMAUG00000010427	ENSMAUG00000010698 ##22	Slc38a1 (ENSMAUG00000009292)	Slc38a2 (ENSMAUG00000009909)	Slc38a4 (ENSMAUG00000010661)	Amigo2 (ENSMAUG00000010784)	Rpap3 (ENSMAUG00000018381)	Endou (ENSMAUG00000013605)	Rapgef3 (ENSMAUG00000018637)	Slc48a1 (ENSMAUG00000019302)	Hdac7 (ENSMAUG00000020243)	Vdr (ENSMAUG00000015419)	Tmem106c (ENSMAUG00000017478)	Col2a1 (ENSMAUG00000019899)	ENSMAUG00000015983	ENSMAUG00000015838	Pfkm (ENSMAUG00000016492)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	33	ENSCGRG00001020352	Nog (ENSCGRG00001001979)	Gm525 (ENSCGRG00001017334)	Dgke (ENSCGRG00001000768)	Trim25 (ENSCGRG00001014623)	Coil (ENSCGRG00001012212)	Scpep1 (ENSCGRG00001000212)	Akap1 (ENSCGRG00001005318)	ENSCGRG00001010274	Msi2 (ENSCGRG00001013330)	Ccdc182 (ENSCGRG00001011932)	Mrps23 (ENSCGRG00001000359)	Cuedc1 (ENSCGRG00001006560)	Vezf1 (ENSCGRG00001015390)	Srsf1 (ENSCGRG00001000670)	Dynll2 (ENSCGRG00001021820) ##22	Or4d1 (ENSCGRG00001011576)	ENSCGRG00001000799	Or4d2 (ENSCGRG00001001106)	Or4d2b (ENSCGRG00001012178)	Epx (ENSCGRG00001000483)	Mks1 (ENSCGRG00001007658)	ENSCGRG00001018027	Lpo (ENSCGRG00001004767)	ENSCGRG00001019596	Tspoap1 (ENSCGRG00001016758)	Supt4a (ENSCGRG00001018056)	Rnf43 (ENSCGRG00001019885)	Hsf5 (ENSCGRG00001002570)	Mtmr4 (ENSCGRG00001002241)	ENSCGRG00001020635
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a.x	ENSGT00940000154503.a.w	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976.d	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	Ankfn1 (ENSMOCG00000002064)	ENSMOCG00000005282	Nog (ENSMOCG00000003140)	Gm525 (ENSMOCG00000016021)	Dgke (ENSMOCG00000010320)	Trim25 (ENSMOCG00000003617)	Coil (ENSMOCG00000007272)	Scpep1 (ENSMOCG00000004511)	Akap1 (ENSMOCG00000010636)	Msi2 (ENSMOCG00000005820)	Ccdc182 (ENSMOCG00000002863)	Mrps23 (ENSMOCG00000019113)	Cuedc1 (ENSMOCG00000004705)	Vezf1 (ENSMOCG00000004930)	Srsf1 (ENSMOCG00000001996)	Dynll2 (ENSMOCG00000003654) ##22	Or4d2 (ENSMOCG00000016085)	Or4d2b (ENSMOCG00000002393)	Epx (ENSMOCG00000022846)	Mks1 (ENSMOCG00000004156)	Lpo (ENSMOCG00000022975)	Mpo (ENSMOCG00000022201)	Tspoap1 (ENSMOCG00000019328)	Supt4a (ENSMOCG00000005545)	Rnf43 (ENSMOCG00000013820)	Hsf5 (ENSMOCG00000003770)	ENSMOCG00000001816	ENSMOCG00000022414	ENSMOCG00000020836	ENSMOCG00000018800	Ppm1e (ENSMOCG00000002093)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Ankfn1 (ENSPEMG00000022390)	ENSPEMG00000021517	Nog (ENSPEMG00000003492)	Gm525 (ENSPEMG00000008898)	Dgke (ENSPEMG00000023280)	Trim25 (ENSPEMG00000022682)	Coil (ENSPEMG00000021428)	Scpep1 (ENSPEMG00000012655)	Akap1 (ENSPEMG00000023415)	Msi2 (ENSPEMG00000021793)	Ccdc182 (ENSPEMG00000027163)	Mrps23 (ENSPEMG00000016423)	Cuedc1 (ENSPEMG00000023605)	Vezf1 (ENSPEMG00000015718)	Srsf1 (ENSPEMG00000021416)	Dynll2 (ENSPEMG00000025500) ##22	ENSPEMG00000009410	Or4d1 (ENSPEMG00000030737)	Or4d2 (ENSPEMG00000028653)	Or4d2b (ENSPEMG00000027910)	Epx (ENSPEMG00000018626)	Mks1 (ENSPEMG00000009465)	ENSPEMG00000015337	Lpo (ENSPEMG00000014477)	ENSPEMG00000014344	Tspoap1 (ENSPEMG00000010424)	Supt4a (ENSPEMG00000001651)	Rnf43 (ENSPEMG00000018917)	Hsf5 (ENSPEMG00000017013)	Mtmr4 (ENSPEMG00000024231)	ENSPEMG00000015994
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00940000167896	ENSGT00390000015123.b
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805	ENSGT00940000157884
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	PCTP (ENSCLAG00000012326)	ANKFN1 (ENSCLAG00000015690)	ENSCLAG00000013710	NOG (ENSCLAG00000017798)	C17orf67 (ENSCLAG00000015852)	DGKE (ENSCLAG00000012917)	TRIM25 (ENSCLAG00000017035)	ENSCLAG00000014496	SCPEP1 (ENSCLAG00000015159)	AKAP1 (ENSCLAG00000015261)	MSI2 (ENSCLAG00000014325)	MRPS23 (ENSCLAG00000013109)	CUEDC1 (ENSCLAG00000012560)	VEZF1 (ENSCLAG00000011306)	SRSF1 (ENSCLAG00000014707)	DYNLL2 (ENSCLAG00000014096) ##22	ENSCLAG00000017831	ENSCLAG00000015179	OR4D2 (ENSCLAG00000017866)	EPX (ENSCLAG00000015927)	MKS1 (ENSCLAG00000016366)	LPO (ENSCLAG00000012167)	MPO (ENSCLAG00000015465)	TSPOAP1 (ENSCLAG00000013352)	SUPT4H1 (ENSCLAG00000011223)	RNF43 (ENSCLAG00000014018)	HSF5 (ENSCLAG00000011761)	MTMR4 (ENSCLAG00000012407)	ENSCLAG00000012112	TEX14 (ENSCLAG00000013626)	RAD51C (ENSCLAG00000012670)
Degu	MODERN SPECIES	263	NOG (ENSODEG00000020232)	C17orf67 (ENSODEG00000013079)	DGKE (ENSODEG00000012600)	TRIM25 (ENSODEG00000011829)	ENSODEG00000012139	COIL (ENSODEG00000012389)	SCPEP1 (ENSODEG00000010769)	ENSODEG00000011240	TMEM238 (ENSODEG00000011450)	MSI2 (ENSODEG00000011974)	ENSODEG00000011449	MRPS23 (ENSODEG00000011027)	CUEDC1 (ENSODEG00000011861)	VEZF1 (ENSODEG00000011127)	SRSF1 (ENSODEG00000011481)	DYNLL2 (ENSODEG00000013208) ##22	ENSODEG00000019998	OR4D1 (ENSODEG00000019941)	OR4D2 (ENSODEG00000019834)	ENSODEG00000020120	EPX (ENSODEG00000011351)	MKS1 (ENSODEG00000012294)	LPO (ENSODEG00000011990)	MPO (ENSODEG00000011112)	TSPOAP1 (ENSODEG00000011140)	SUPT4H1 (ENSODEG00000011183)	RNF43 (ENSODEG00000012069)	ENSODEG00000011633	HSF5 (ENSODEG00000010859)	ENSODEG00000011731	ENSODEG00000011244
Guinea pig	MODERN SPECIES	53	ANKFN1 (ENSCPOG00000004925)	NOG (ENSCPOG00000004932)	C17orf67 (ENSCPOG00000022723)	DGKE (ENSCPOG00000011459)	ENSCPOG00000009078	TRIM25 (ENSCPOG00000013452)	COIL (ENSCPOG00000001284)	SCPEP1 (ENSCPOG00000002870)	AKAP1 (ENSCPOG00000013327)	MSI2 (ENSCPOG00000034042)	CCDC182 (ENSCPOG00000008757)	MRPS23 (ENSCPOG00000008761)	CUEDC1 (ENSCPOG00000022982)	VEZF1 (ENSCPOG00000002637)	SRSF1 (ENSCPOG00000032681)	DYNLL2 (ENSCPOG00000039544) ##22	OR4D1 (ENSCPOG00000030997)	ENSCPOG00000033512	ENSCPOG00000031204	EPX (ENSCPOG00000000506)	MKS1 (ENSCPOG00000000507)	LPO (ENSCPOG00000023620)	MPO (ENSCPOG00000027142)	TSPOAP1 (ENSCPOG00000009749)	SUPT4H1 (ENSCPOG00000031227)	RNF43 (ENSCPOG00000003428)	HSF5 (ENSCPOG00000003431)	MTMR4 (ENSCPOG00000003433)	ENSCPOG00000003438
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805	ENSGT00940000157884
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00940000167896	ENSGT00390000015123.b
Squirrel	MODERN SPECIES	90	PCTP (ENSSTOG00000008053)	ANKFN1 (ENSSTOG00000010280)	ENSSTOG00000019503	NOG (ENSSTOG00000024922)	C17orf67 (ENSSTOG00000025271)	TRIM25 (ENSSTOG00000009323)	COIL (ENSSTOG00000012512)	SCPEP1 (ENSSTOG00000009343)	AKAP1 (ENSSTOG00000022206)	MSI2 (ENSSTOG00000007884)	CCDC182 (ENSSTOG00000020529)	MRPS23 (ENSSTOG00000006711)	CUEDC1 (ENSSTOG00000002920)	VEZF1 (ENSSTOG00000000239)	SRSF1 (ENSSTOG00000000243)	DYNLL2 (ENSSTOG00000024818) ##22	OR4D2 (ENSSTOG00000024883)	EPX (ENSSTOG00000009987)	MKS1 (ENSSTOG00000009991)	LPO (ENSSTOG00000009999)	MPO (ENSSTOG00000010013)	TSPOAP1 (ENSSTOG00000023162)	SUPT4H1 (ENSSTOG00000032338)	RNF43 (ENSSTOG00000022084)	HSF5 (ENSSTOG00000020272)	MTMR4 (ENSSTOG00000012795)	ENSSTOG00000028582	ENSSTOG00000012811	ENSSTOG00000034487	RAD51C (ENSSTOG00000002901)	PPM1E (ENSSTOG00000012840)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	358						TRIM25 (ENSUPAG00010015054)	COIL (ENSUPAG00010015007)	SCPEP1 (ENSUPAG00010014431)	AKAP1 (ENSUPAG00010014398)	MSI2 (ENSUPAG00010014279)	CCDC182 (ENSUPAG00010014275)	MRPS23 (ENSUPAG00010014267)	CUEDC1 (ENSUPAG00010014241)	VEZF1 (ENSUPAG00010014233)	SRSF1 (ENSUPAG00010014203)	DYNLL2 (ENSUPAG00010014199) ##22	OR4D1 (ENSUPAG00010014195)	OR4D2 (ENSUPAG00010014191)	EPX (ENSUPAG00010014171)	MKS1 (ENSUPAG00010014159)	LPO (ENSUPAG00010014144)	MPO (ENSUPAG00010014120)	TSPOAP1 (ENSUPAG00010014026)	SUPT4H1 (ENSUPAG00010014012)	RNF43 (ENSUPAG00010013925)	HSF5 (ENSUPAG00010013921)	MTMR4 (ENSUPAG00010013904)	ENSUPAG00010013789	TEX14 (ENSUPAG00010013719)	RAD51C (ENSUPAG00010013664)	ENSUPAG00010013652
Alpin marmot	MODERN SPECIES	42	NOG (ENSMMMG00000020841)	C17orf67 (ENSMMMG00000020832)	DGKE (ENSMMMG00000020817)	TRIM25 (ENSMMMG00000020801)	COIL (ENSMMMG00000020795)	SCPEP1 (ENSMMMG00000020785)	ENSMMMG00000020780	ENSMMMG00000020772	ENSMMMG00000020763	MSI2 (ENSMMMG00000020747)	CCDC182 (ENSMMMG00000020744)	MRPS23 (ENSMMMG00000020740)	CUEDC1 (ENSMMMG00000020733)	VEZF1 (ENSMMMG00000020729)	SRSF1 (ENSMMMG00000020693)	DYNLL2 (ENSMMMG00000020685) ##22	OR4D1 (ENSMMMG00000020679)	EPX (ENSMMMG00000020642)	MKS1 (ENSMMMG00000020621)	LPO (ENSMMMG00000020607)	MPO (ENSMMMG00000020576)	TSPOAP1 (ENSMMMG00000020502)	ENSMMMG00000020490	RNF43 (ENSMMMG00000020444)	HSF5 (ENSMMMG00000020441)	MTMR4 (ENSMMMG00000020365)	ENSMMMG00000020321	TEX14 (ENSMMMG00000020276)	ENSMMMG00000020258	PPM1E (ENSMMMG00000020232)	TRIM37 (ENSMMMG00000020208)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	ANKFN1 (ENSSVLG00005008633)	NOG (ENSSVLG00005008960)	C17orf67 (ENSSVLG00005008977)	DGKE (ENSSVLG00005009005)	TRIM25 (ENSSVLG00005009042)	ENSSVLG00005009077	ENSSVLG00005009156	ENSSVLG00005009268	AKAP1 (ENSSVLG00005009345)	MSI2 (ENSSVLG00005009431)	CCDC182 (ENSSVLG00005009670)	MRPS23 (ENSSVLG00005009697)	CUEDC1 (ENSSVLG00005009757)	VEZF1 (ENSSVLG00005009804)	SRSF1 (ENSSVLG00005009909)	DYNLL2 (ENSSVLG00005009962) ##22	ENSSVLG00005009988	OR4D1 (ENSSVLG00005010018)	OR4D2 (ENSSVLG00005010031)	EPX (ENSSVLG00005010064)	MKS1 (ENSSVLG00005010163)	LPO (ENSSVLG00005010342)	MPO (ENSSVLG00005010554)	TSPOAP1 (ENSSVLG00005010724)	ENSSVLG00005011318	RNF43 (ENSSVLG00005011418)	HSF5 (ENSSVLG00005011732)	MTMR4 (ENSSVLG00005011824)	SEPTIN4 (ENSSVLG00005012070)	TEX14 (ENSSVLG00005013457)	RAD51C (ENSSVLG00005013902)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156843	ENSGT00940000159856	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Rabbit	MODERN SPECIES	10	ENSOCUG00000030404	ANKFN1 (ENSOCUG00000001342)	NOG (ENSOCUG00000010678)	C17orf67 (ENSOCUG00000026474)	DGKE (ENSOCUG00000012800)	ENSOCUG00000011338	COIL (ENSOCUG00000011345)	SCPEP1 (ENSOCUG00000011355)	AKAP1 (ENSOCUG00000017563)	MSI2 (ENSOCUG00000010440)	CCDC182 (ENSOCUG00000003346)	MRPS23 (ENSOCUG00000003350)	CUEDC1 (ENSOCUG00000003354)	VEZF1 (ENSOCUG00000017673)	ENSOCUG00000017678	DYNLL2 (ENSOCUG00000016563) ##22	OR4D1 (ENSOCUG00000011022)	OR4D2 (ENSOCUG00000010006)	EPX (ENSOCUG00000010009)	MKS1 (ENSOCUG00000010018)	LPO (ENSOCUG00000009698)	MPO (ENSOCUG00000006526)	TSPOAP1 (ENSOCUG00000009705)	SUPT4H1 (ENSOCUG00000025823)	RNF43 (ENSOCUG00000009729)	HSF5 (ENSOCUG00000009733)	MTMR4 (ENSOCUG00000009743)	ENSOCUG00000009757	TEX14 (ENSOCUG00000009775)	ENSOCUG00000025769	ENSOCUG00000002269
Pika	MODERN SPECIES	5965																DYNLL2 (ENSOPRG00000009884) ##22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	328												ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b
Sloth	MODERN SPECIES	13600																DYNLL2 (ENSCHOG00000007923) ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	1811												MRPS23 (ENSDNOG00000034792)	CUEDC1 (ENSDNOG00000044657)	VEZF1 (ENSDNOG00000034294)	SRSF1 (ENSDNOG00000011737)	DYNLL2 (ENSDNOG00000012625) ##22	OR4D2 (ENSDNOG00000018924)	EPX (ENSDNOG00000011755)	MKS1 (ENSDNOG00000031282)	LPO (ENSDNOG00000000091)	MPO (ENSDNOG00000000094)	TSPOAP1 (ENSDNOG00000014817)	SUPT4H1 (ENSDNOG00000032349)	RNF43 (ENSDNOG00000014854)
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Tenrec	MODERN SPECIES	16554																DYNLL2 (ENSETEG00000010905) ##22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159856	ENSGT00940000163071	ENSGT00390000006009.a.a.a	ENSGT00390000006555	ENSGT00940000158604	ENSGT00940000160741	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000154503.b	ENSGT00940000154503.a	ENSGT00940000156009.A	ENSGT00510000047471	ENSGT00940000160488	ENSGT00940000161343	ENSGT00950000183203.d.g	ENSGT00390000018559	ENSGT00940000154006.b	ENSGT00510000048674	ENSGT00940000158976	ENSGT00940000157152.C	ENSGT00390000018146	ENSGT00390000015123.b	ENSGT00940000156805
Elephant	MODERN SPECIES	310	ANKFN1 (ENSLAFG00000001242)	ENSLAFG00000031115	NOG (ENSLAFG00000009858)	C17orf67 (ENSLAFG00000020626)	DGKE (ENSLAFG00000006556)	ENSLAFG00000022198	COIL (ENSLAFG00000017444)	SCPEP1 (ENSLAFG00000010320)	AKAP1 (ENSLAFG00000015929)	MSI2 (ENSLAFG00000003765)	CCDC182 (ENSLAFG00000003002)	MRPS23 (ENSLAFG00000001624)	CUEDC1 (ENSLAFG00000001627)	VEZF1 (ENSLAFG00000029087)	SRSF1 (ENSLAFG00000025743)	DYNLL2 (ENSLAFG00000014007) ##22	OR4D1 (ENSLAFG00000032378)	ENSLAFG00000028179	OR4D2 (ENSLAFG00000029774)	EPX (ENSLAFG00000002586)	MKS1 (ENSLAFG00000002589)	LPO (ENSLAFG00000029918)	MPO (ENSLAFG00000002594)	TSPOAP1 (ENSLAFG00000003026)	SUPT4H1 (ENSLAFG00000020718)	RNF43 (ENSLAFG00000022044)	HSF5 (ENSLAFG00000029785)	MTMR4 (ENSLAFG00000003379)	ENSLAFG00000003381	ENSLAFG00000030254	TEX14 (ENSLAFG00000003387)
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Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156066	ENSGT00940000169488	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00910000148704	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00960000191579	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382	ENSGT00390000010822
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162258	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382	ENSGT00390000010822
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162258.u.b.a	ENSGT00940000162258.u.a	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000014787	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382	ENSGT00390000010822
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	106	ENSTMTG00000015128	KSR1 (ENSTMTG00000015141)	WSB1 (ENSTMTG00000015161)	NF1 (ENSTMTG00000015186)	OMG (ENSTMTG00000015301)	EVI2A (ENSTMTG00000015312)	AKAP1 (ENSTMTG00000015322)	MSI2 (ENSTMTG00000015346)	ENSTMTG00000015360	ENSTMTG00000015371	MRPS23 (ENSTMTG00000015381)	CUEDC1 (ENSTMTG00000015391)	VEZF1 (ENSTMTG00000015412)	SRSF1 (ENSTMTG00000015436)	ENSTMTG00000015454	DYNLL2 (ENSTMTG00000015462) ##22	HEATR6 (ENSTMTG00000015476)	HNF1B (ENSTMTG00000015511) ##32	DDX52 (ENSTMTG00000015531)	SYNRG (ENSTMTG00000015566)	ENSTMTG00000015644	TADA2A (ENSTMTG00000015654)	ACACA (ENSTMTG00000016499)	ENSTMTG00000022265	AATF (ENSTMTG00000022268)	LHX1 (ENSTMTG00000022272)	MRM1 (ENSTMTG00000022275)	DHRS11 (ENSTMTG00000022277)	GGNBP2 (ENSTMTG00000022280)	MYO19 (ENSTMTG00000022281)	PIGW (ENSTMTG00000022284)
painted turtle	MODERN SPECIES	2371	NOS2 (ENSCPBG00000014046)	ENSCPBG00000014044	ENSCPBG00000014042	KSR1 (ENSCPBG00000014026)	WSB1 (ENSCPBG00000014017)	OMG (ENSCPBG00000014015)	EVI2A (ENSCPBG00000014014)	NF1 (ENSCPBG00000010238)	AKAP1 (ENSCPBG00000010075)	MSI2 (ENSCPBG00000009942)	CCDC182 (ENSCPBG00000009929)	MRPS23 (ENSCPBG00000009923)	CUEDC1 (ENSCPBG00000009891)	VEZF1 (ENSCPBG00000009860)	SRSF1 (ENSCPBG00000009851)	DYNLL2 (ENSCPBG00000009838) ##22	ENSCPBG00000009833	HEATR6 (ENSCPBG00000009827)	HNF1B (ENSCPBG00000009815) ##32	DDX52 (ENSCPBG00000009806)	SYNRG (ENSCPBG00000009769)	ENSCPBG00000009757	TADA2A (ENSCPBG00000009751)	ACACA (ENSCPBG00000009636)	AATF (ENSCPBG00000009608)	LHX1 (ENSCPBG00000009599)	ENSCPBG00000009591	ENSCPBG00000009581	DHRS11 (ENSCPBG00000009569)	GGNBP2 (ENSCPBG00000009558)	PIGW (ENSCPBG00000009555)
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Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	8	KSR1 (ENSGEVG00005018701)	WSB1 (ENSGEVG00005018657)	OMG (ENSGEVG00005018638)	EVI2A (ENSGEVG00005018623)	NF1 (ENSGEVG00005018325)	AKAP1 (ENSGEVG00005018191)	ENSGEVG00005018135	ENSGEVG00005018115	MSI2 (ENSGEVG00005018023)	CCDC182 (ENSGEVG00005017988)	MRPS23 (ENSGEVG00005017970)	CUEDC1 (ENSGEVG00005017949)	VEZF1 (ENSGEVG00005017914)	SRSF1 (ENSGEVG00005017884)	ENSGEVG00005017859	DYNLL2 (ENSGEVG00005017841) ##22	HEATR6 (ENSGEVG00005015763)	HNF1B (ENSGEVG00005015200) ##32	DDX52 (ENSGEVG00005015150)	SYNRG (ENSGEVG00005014956)	ENSGEVG00005014884	TADA2A (ENSGEVG00005014352)	ACACA (ENSGEVG00005014026)	AATF (ENSGEVG00005013931)	LHX1 (ENSGEVG00005013865)	MRM1 (ENSGEVG00005013838)	DHRS11 (ENSGEVG00005013757)	GGNBP2 (ENSGEVG00005013707)	PIGW (ENSGEVG00005013682)	MYO19 (ENSGEVG00005012383)	ZNHIT3 (ENSGEVG00005012181)
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Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	50	ENSCPRG00005009126	ENSCPRG00005009129	KSR1 (ENSCPRG00005009137)	WSB1 (ENSCPRG00005009154)	NF1 (ENSCPRG00005009228)	OMG (ENSCPRG00005009995)	ENSCPRG00005010000	EVI2A (ENSCPRG00005010002)	AKAP1 (ENSCPRG00005010004)	MSI2 (ENSCPRG00005010047)	CCDC182 (ENSCPRG00005010221)	MRPS23 (ENSCPRG00005010225)	CUEDC1 (ENSCPRG00005010228)	VEZF1 (ENSCPRG00005010237)	SRSF1 (ENSCPRG00005010254)	DYNLL2 (ENSCPRG00005010257) ##22	ENSCPRG00005010263	HEATR6 (ENSCPRG00005010268)	HNF1B (ENSCPRG00005010275) ##32	DDX52 (ENSCPRG00005010311)	SYNRG (ENSCPRG00005010334)	DUSP14 (ENSCPRG00005010366)	TADA2A (ENSCPRG00005010368)	ACACA (ENSCPRG00005010384)	AATF (ENSCPRG00005010450)	LHX1 (ENSCPRG00005010460)	MRM1 (ENSCPRG00005010467)	DHRS11 (ENSCPRG00005010472)	GGNBP2 (ENSCPRG00005010476)	PIGW (ENSCPRG00005010492)	MYO19 (ENSCPRG00005010494)
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Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000007149	ENSGT00940000158363	ENSGT00390000002625	ENSGT00940000159752	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382
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Kakapo	MODERN SPECIES	58	NLK (ENSSHBG00005017974)	LYRM9 (ENSSHBG00005017969)	NOS2 (ENSSHBG00005017951)	KSR1 (ENSSHBG00005017916)	WSB1 (ENSSHBG00005017901)	OMG (ENSSHBG00005017897)	ENSSHBG00005017892	NF1 (ENSSHBG00005017773)	AKAP1 (ENSSHBG00005017734)	MSI2 (ENSSHBG00005017727)	MRPS23 (ENSSHBG00005017718)	CUEDC1 (ENSSHBG00005017714)	VEZF1 (ENSSHBG00005017705)	SRSF1 (ENSSHBG00005017701)	ENSSHBG00005017697	DYNLL2 (ENSSHBG00005017695) ##22	HEATR6 (ENSSHBG00005017679)	HNF1B (ENSSHBG00005017665) ##32	DDX52 (ENSSHBG00005017631)	SYNRG (ENSSHBG00005016859)	DUSP14 (ENSSHBG00005016807)	TADA2A (ENSSHBG00005016799)	ACACA (ENSSHBG00005016113)	AATF (ENSSHBG00005016069)	LHX1 (ENSSHBG00005016063)	MRM1 (ENSSHBG00005016059)	DHRS11 (ENSSHBG00005016056)	KCTD7 (ENSSHBG00005016052)	RABGEF1 (ENSSHBG00005016047)	TMEM248 (ENSSHBG00005016043)	LRRC75A (ENSSHBG00005016036)
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Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158363	ENSGT00390000002625	ENSGT00940000159752	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00910000148704	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000158363	ENSGT00390000002625	ENSGT00940000159752	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382	ENSGT00390000010822
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Duck	MODERN SPECIES	11	TMEM97 (ENSAPLG00000023160)	NLK (ENSAPLG00000002902)	LYRM9 (ENSAPLG00000002879)	NOS2 (ENSAPLG00000016213)	ENSAPLG00000016087	WSB1 (ENSAPLG00000015816)	OMG (ENSAPLG00000001398)	EVI2A (ENSAPLG00000029126)	NF1 (ENSAPLG00000014612)	AKAP1 (ENSAPLG00000014520)	ENSAPLG00000028746	MRPS23 (ENSAPLG00000017268)	CUEDC1 (ENSAPLG00000026352)	VEZF1 (ENSAPLG00000011422)	SRSF1 (ENSAPLG00000023990)	DYNLL2 (ENSAPLG00000019910) ##22	ENSAPLG00000024922	HEATR6 (ENSAPLG00000010712)	HNF1B (ENSAPLG00000027870) ##32	ENSAPLG00000030448	SYNRG (ENSAPLG00000009643)	DUSP14 (ENSAPLG00000011641)	ENSAPLG00000027707	TADA2A (ENSAPLG00000008896)	ACACA (ENSAPLG00000006678)	AATF (ENSAPLG00000006346)	LHX1 (ENSAPLG00000006228)	MRM1 (ENSAPLG00000006433)	DHRS11 (ENSAPLG00000006507)	GGNBP2 (ENSAPLG00000006578)	PIGW (ENSAPLG00000011468)
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Turkey	MODERN SPECIES	13	ENSMGAG00000007773	ENSMGAG00000007857	ENSMGAG00000021909	ENSMGAG00000007924	ENSMGAG00000007951	ENSMGAG00000020336	ENSMGAG00000020058	TADA2A (ENSMGAG00000008038)	ENSMGAG00000008060	ENSMGAG00000015503	DDX52 (ENSMGAG00000008091)	ENSMGAG00000008126 ##32	ENSMGAG00000019090	ENSMGAG00000021008 ##32	ENSMGAG00000008146	ENSMGAG00000020322 ##22	ENSMGAG00000008199	VEZF1 (ENSMGAG00000008207)	ENSMGAG00000008268	ENSMGAG00000008235	ENSMGAG00000008293	ENSMGAG00000008300	ENSMGAG00000015524	ENSMGAG00000015510	ENSMGAG00000008314	ENSMGAG00000008438	ENSMGAG00000022196	NOS2 (ENSMGAG00000008503)	ENSMGAG00000008476	NLK (ENSMGAG00000008526)	ENSMGAG00000008553
Chicken	MODERN SPECIES	10	NLK (ENSGALG00010029564)	LYRM9 (ENSGALG00010029555)	NOS2 (ENSGALG00010029552)	KSR1 (ENSGALG00010029549)	WSB1 (ENSGALG00010029546)	OMG (ENSGALG00010029545)	EVI2A (ENSGALG00010029532)	NF1 (ENSGALG00010029534)	AKAP1 (ENSGALG00010029522)	MSI2 (ENSGALG00010029517)	MRPS23 (ENSGALG00010029514)	CUEDC1 (ENSGALG00010029511)	VEZF1 (ENSGALG00010029505)	SRSF1 (ENSGALG00010029187)	ENSGALG00010029185	DYNLL2 (ENSGALG00010029184) ##22	HEATR6 (ENSGALG00010029182)	HNF1B (ENSGALG00010029161) ##32	DDX52 (ENSGALG00010029368)	SYNRG (ENSGALG00010029935)	DUSP14 (ENSGALG00010029367)	TADA2A (ENSGALG00010029362)	ACACA (ENSGALG00010029360)	AATF (ENSGALG00010029352)	LHX1 (ENSGALG00010029197)	MRM1 (ENSGALG00010029196)	DHRS11 (ENSGALG00010029194)	PIGW (ENSGALG00010029179)	GGNBP2 (ENSGALG00010029925)	MYO19 (ENSGALG00010029181)	ZNHIT3 (ENSGALG00010029173)
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tuatara	MODERN SPECIES	967	NLK (ENSSPUG00000001360)	LYRM9 (ENSSPUG00000001348)	NOS2 (ENSSPUG00000001183)	ENSSPUG00000001158	ENSSPUG00000001122	WSB1 (ENSSPUG00000001096)	OMG (ENSSPUG00000001070)	NF1 (ENSSPUG00000000955)	ENSSPUG00000000931	ENSSPUG00000000913	ENSSPUG00000000890	MRPS23 (ENSSPUG00000000886)	CUEDC1 (ENSSPUG00000000851)	VEZF1 (ENSSPUG00000000822)	SRSF1 (ENSSPUG00000000804)	DYNLL2 (ENSSPUG00000000794) ##22	ENSSPUG00000000789	HNF1B (ENSSPUG00000000726) ##32	DDX52 (ENSSPUG00000000720)	ENSSPUG00000000716	SYNRG (ENSSPUG00000000509)	ENSSPUG00000000487	TADA2A (ENSSPUG00000000459)	ACACA (ENSSPUG00000000325)	AATF (ENSSPUG00000000290)	LHX1 (ENSSPUG00000000273)	MRM1 (ENSSPUG00000000265)	DHRS11 (ENSSPUG00000000235)	GGNBP2 (ENSSPUG00000000220)	PIGW (ENSSPUG00000000211)	ENSSPUG00000000195
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162258.ab	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00960000191579	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382	ENSGT00390000010822
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162258.ab	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00960000191579	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00960000188608	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789.j	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382
Common wall lizard	MODERN SPECIES	6	NOS2 (ENSPMRG00000020283)	KSR1 (ENSPMRG00000019856)	WSB1 (ENSPMRG00000019843)	ENSPMRG00000019840	OMG (ENSPMRG00000019837)	ENSPMRG00000019835	ENSPMRG00000019829	AKAP1 (ENSPMRG00000019481)	MSI2 (ENSPMRG00000019465)	ENSPMRG00000019456	MRPS23 (ENSPMRG00000019448)	CUEDC1 (ENSPMRG00000019437)	VEZF1 (ENSPMRG00000019428)	SRSF1 (ENSPMRG00000019413)	ENSPMRG00000019406	DYNLL2 (ENSPMRG00000019399) ##22	HEATR6 (ENSPMRG00000019382)	HNF1B (ENSPMRG00000019334) ##32	DDX52 (ENSPMRG00000019311)	SYNRG (ENSPMRG00000018932)	ENSPMRG00000018824	ENSPMRG00000018816	ACACA (ENSPMRG00000017059)	AATF (ENSPMRG00000016751)	LHX1 (ENSPMRG00000016741)	ENSPMRG00000016735	ENSPMRG00000016733	MRM1 (ENSPMRG00000016723)	DHRS11 (ENSPMRG00000016712)	GGNBP2 (ENSPMRG00000016703)	PIGW (ENSPMRG00000016699)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	92	ENSSMRG00000013230	KSR1 (ENSSMRG00000013231)	WSB1 (ENSSMRG00000013233)	NF1 (ENSSMRG00000013234)	OMG (ENSSMRG00000013236)	ENSSMRG00000013237	ENSSMRG00000013238	AKAP1 (ENSSMRG00000013240)	MSI2 (ENSSMRG00000013241)	ENSSMRG00000013297	ENSSMRG00000013299	MRPS23 (ENSSMRG00000013301)	CUEDC1 (ENSSMRG00000013303)	VEZF1 (ENSSMRG00000013305)	SRSF1 (ENSSMRG00000013311)	DYNLL2 (ENSSMRG00000013312) ##22	ENSSMRG00000013313 #21	HEATR6 (ENSSMRG00000013324)	HNF1B (ENSSMRG00000014252) ##32	DDX52 (ENSSMRG00000014253)	SYNRG (ENSSMRG00000014254)	ENSSMRG00000014255	TADA2A (ENSSMRG00000014256)	ACACA (ENSSMRG00000014258)	AATF (ENSSMRG00000014261)	LHX1 (ENSSMRG00000014262)	MRM1 (ENSSMRG00000014269)	DHRS11 (ENSSMRG00000014270)	GGNBP2 (ENSSMRG00000014271)	PIGW (ENSSMRG00000014273)	MYO19 (ENSSMRG00000014275)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000159752	ENSGT00940000162258.ab	ENSGT00940000156066	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00960000191579	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520	ENSGT00940000157382	ENSGT00390000010822
Lizard	MODERN SPECIES	1722															ENSACAG00000045461	ENSACAG00000005974 ##22	ENSACAG00000005979
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162258.ab	ENSGT00940000156066	ENSGT00940000169488.a	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00390000009142	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00960000191579	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00390000001960	ENSGT00910000148704	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552	ENSGT00390000013520
Indian cobra	MODERN SPECIES		ENSNNAG00000017549	KSR1 (ENSNNAG00000017538)	ENSNNAG00000017531	WSB1 (ENSNNAG00000017523)	OMG (ENSNNAG00000017521)	ENSNNAG00000017513	ENSNNAG00000017504	AKAP1 (ENSNNAG00000017340)	MSI2 (ENSNNAG00000017324)	MRPS23 (ENSNNAG00000017311)	CUEDC1 (ENSNNAG00000017300)	VEZF1 (ENSNNAG00000017272)	ENSNNAG00000017258	ENSNNAG00000017240	ENSNNAG00000017232 #21	DYNLL2 (ENSNNAG00000017225) ##22	HEATR6 (ENSNNAG00000017006)	HNF1B (ENSNNAG00000016963) ##32	DDX52 (ENSNNAG00000016940)	SYNRG (ENSNNAG00000016892)	ENSNNAG00000016874	TADA2A (ENSNNAG00000016782)	RRP15 (ENSNNAG00000016765)	ENSNNAG00000016761	ACACA (ENSNNAG00000014014)	AATF (ENSNNAG00000013813)	LHX1 (ENSNNAG00000013795)	ENSNNAG00000013778	ENSNNAG00000013770	DHRS11 (ENSNNAG00000013748)	GGNBP2 (ENSNNAG00000013709)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162258.ab.b	ENSGT00940000156066	ENSGT00940000169488.a	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00960000190696	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00960000191579	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT01030000238029	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000000719.c	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00390000001960	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162258.ab.b	ENSGT00940000156066	ENSGT00940000169488.a	ENSGT00890000139406.a	ENSGT00550000074797.b	ENSGT00940000160802	ENSGT00960000190696	ENSGT00390000003004	ENSGT00390000001360	ENSGT00940000155420.b	ENSGT00960000191579	ENSGT00390000009030	ENSGT00390000006762	ENSGT00940000155932	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT01030000238029	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000000719.c.a	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000160675.e	ENSGT00940000156751	ENSGT00390000001960	ENSGT00940000156706	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000160834	ENSGT00390000018761	ENSGT00840000129887	ENSGT00390000009552
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	134	ENSNSUG00000012374	WSB1 (ENSNSUG00000012375)	NF1 (ENSNSUG00000012376)	OMG (ENSNSUG00000012379)	ENSNSUG00000012380	ENSNSUG00000012381	AKAP1 (ENSNSUG00000012382)	ENSNSUG00000012427	ENSNSUG00000012428	ENSNSUG00000012429	ENSNSUG00000012430	MRPS23 (ENSNSUG00000012431)	CUEDC1 (ENSNSUG00000012432)	VEZF1 (ENSNSUG00000012433)	SRSF1 (ENSNSUG00000012438)	DYNLL2 (ENSNSUG00000012439) ##22	ENSNSUG00000012440 #21	HEATR6 (ENSNSUG00000012441)	ENSNSUG00000012493 ##32	ENSNSUG00000012494	ENSNSUG00000012495	SYNRG (ENSNSUG00000012496)	ENSNSUG00000013485	ENSNSUG00000013486	TADA2A (ENSNSUG00000013487)	ENSNSUG00000013513	ACACA (ENSNSUG00000013544)	AATF (ENSNSUG00000018559)	LHX1 (ENSNSUG00000018561)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	46	ENSPTXG00000011381	ENSPTXG00000011296	KSR1 (ENSPTXG00000011290)	ENSPTXG00000011288	WSB1 (ENSPTXG00000011285)	OMG (ENSPTXG00000011284)	ENSPTXG00000011283	NF1 (ENSPTXG00000011280)	AKAP1 (ENSPTXG00000011279)	MSI2 (ENSPTXG00000011278)	ENSPTXG00000011276	MRPS23 (ENSPTXG00000011275)	CUEDC1 (ENSPTXG00000011273)	VEZF1 (ENSPTXG00000011270)	SRSF1 (ENSPTXG00000011268)	DYNLL2 (ENSPTXG00000011267) ##22	ENSPTXG00000011266 #21	ENSPTXG00000011265	HEATR6 (ENSPTXG00000011262)	HNF1B (ENSPTXG00000011259) ##32	DDX52 (ENSPTXG00000010976)	ENSPTXG00000010972	SYNRG (ENSPTXG00000010971)	ENSPTXG00000010970	TADA2A (ENSPTXG00000010875)	ENSPTXG00000010871	ACACA (ENSPTXG00000010856)	AATF (ENSPTXG00000010853)	LHX1 (ENSPTXG00000010850)	ENSPTXG00000010848	DHRS11 (ENSPTXG00000010847)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	8235															ENSLLTG00000011481 #21	DYNLL2 (ENSLLTG00000011492) ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203	ENSGT01100000264080	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00510000047446
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00530000064130	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00950000182901
Spotted gar	MODERN SPECIES	661	txndc17 (ENSLOCG00000006280)	ENSLOCG00000006260	PITPNM3 (ENSLOCG00000006245)	ENSLOCG00000006235	tmigd1 (ENSLOCG00000006218)	slc47a4 (ENSLOCG00000006187)	slc47a2.1 (ENSLOCG00000006160)	ENSLOCG00000006137	ENSLOCG00000006115	glod4 (ENSLOCG00000006096)	BLTP2 (ENSLOCG00000006063)	RSKR (ENSLOCG00000006050)	aldoca (ENSLOCG00000006034)	pigs (ENSLOCG00000006015)	srsf1a (ENSLOCG00000005994)	dynll2a (ENSLOCG00000005981) ##22	heatr6 (ENSLOCG00000005957)	HNF1B (ENSLOCG00000005942) ##32	ddx52 (ENSLOCG00000005928)	SYNRG (ENSLOCG00000005903)	dusp14 (ENSLOCG00000017439)	tada2a (ENSLOCG00000005887)	traf4a (ENSLOCG00000005871)	nek8 (ENSLOCG00000005850)	tlcd1 (ENSLOCG00000005834)	rpl23a (ENSLOCG00000005815)	rab34a (ENSLOCG00000005802)	zgc:174895 (ENSLOCG00000005790)	ENSLOCG00000005777	supt6h (ENSLOCG00000005760)	sdf2 (ENSLOCG00000005733)
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a.p ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000166536	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.p ##22	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	111	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00940000177516	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000163088
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000168885
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885	ENSGT00940000163088
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885	ENSGT00940000163088
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000174850	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885	ENSGT00940000163088
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000174850	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885.b.b	ENSGT00940000163088
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00940000177516	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885.b.b	ENSGT00940000168885.b.a
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1620	PITPNAB (ENSNFUG00015024320)	INPP5K (ENSNFUG00015024327)	NLE1 (ENSNFUG00015024352)	slc25a1a (ENSNFUG00015024486)	ENSNFUG00015024491	ENSNFUG00015024494	SLC47A1 (ENSNFUG00015024499)	ENSNFUG00015024506	ENSNFUG00015024509	cct8 (ENSNFUG00015024513)	ENSNFUG00015024516	ENSNFUG00015024521	ruvbl2 (ENSNFUG00015024527)	pigs (ENSNFUG00015024565)	ENSNFUG00015024593	dynll2b (ENSNFUG00015024597) ##22	ENSNFUG00015024599 #21	HEATR6 (ENSNFUG00015024611)	DDX52 (ENSNFUG00015024674)	rpl23a (ENSNFUG00015024703)	BIRC2 (ENSNFUG00015024714)	ATP5L (ENSNFUG00015024727)	FTR82 (ENSNFUG00015024731)	ftr83 (ENSNFUG00015024734)	ENSNFUG00015024738	SPNS2 (ENSNFUG00015024745)	spns3 (ENSNFUG00015024757)	UBE2G1A (ENSNFUG00015024764)	ANKFY1 (ENSNFUG00015024783)	ENSNFUG00015024793	CYB5D2 (ENSNFUG00015024796)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	42	ENSKMAG00000000801	slc43a2b (ENSKMAG00000000721)	PITPNA (ENSKMAG00000000687)	INPP5K (ENSKMAG00000000659)	nle1 (ENSKMAG00000000573)	slc25a1a (ENSKMAG00000000504)	ENSKMAG00000000471	ENSKMAG00000000465	slc47a1 (ENSKMAG00000000370)	tmigd1 (ENSKMAG00000000361)	ENSKMAG00000000330	cct8 (ENSKMAG00000000220)	RSKR (ENSKMAG00000000209)	aldocb (ENSKMAG00000000205)	pigs (ENSKMAG00000000194)	dynll2b (ENSKMAG00000000138) ##22	ENSKMAG00000022274	heatr6 (ENSKMAG00000022271)	ddx52 (ENSKMAG00000022270)	rpl23a (ENSKMAG00000022266)	birc2 (ENSKMAG00000022265)	ENSKMAG00000022264	ANGPTL5 (ENSKMAG00000022262)	ENSKMAG00000022261	arhgap42a (ENSKMAG00000022258)	bud13 (ENSKMAG00000022255)	ENSKMAG00000022253	nectin1a (ENSKMAG00000022250)	ENSKMAG00000022249	ENSKMAG00000022248	chek1 (ENSKMAG00000022245)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885.b.b	ENSGT00940000163088
Poeciliinae	DUPLICATION
Poeciliinae	DUPLICATION
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Chinese medaka	MODERN SPECIES	717	ZPLD1 (ENSOSIG00000003845)	AMOT (ENSOSIG00000003884)	ENSOSIG00000003915	ENSOSIG00000003930	HLCS (ENSOSIG00000003983)	ENSOSIG00000004009	ENSOSIG00000004014	slc47a1 (ENSOSIG00000004029)	tmigd1 (ENSOSIG00000004034)	ENSOSIG00000004043	cct8 (ENSOSIG00000004071)	ENSOSIG00000004173	aldocb (ENSOSIG00000004199)	pigs (ENSOSIG00000005424)	ENSOSIG00000005482	dynll2b (ENSOSIG00000005484) ##22	ENSOSIG00000005485
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156527.c	ENSGT00940000159055	ENSGT00940000159985	ENSGT00390000002960.d	ENSGT00940000159359	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00940000156881.h	ENSGT00940000156631.B	ENSGT00510000048522.i.b	ENSGT00940000157189.c	ENSGT00940000156765.a.b	ENSGT00390000009255	ENSGT00940000164937.a.b	ENSGT00950000183181.B.b.l.a	ENSGT01030000234517.F ##8	ENSGT00940000165695	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157119.b
Indian medaka	MODERN SPECIES	4	ZPLD1 (ENSOMEG00000018238)	AMOT (ENSOMEG00000018170)	ENSOMEG00000018130	HLCS (ENSOMEG00000018093)	ENSOMEG00000018069	ENSOMEG00000018050	slc47a1 (ENSOMEG00000018038)	tmigd1 (ENSOMEG00000000461)	ENSOMEG00000017929	cct8 (ENSOMEG00000017907)	ENSOMEG00000000441	aldocb (ENSOMEG00000017778)	pigs (ENSOMEG00000017750)	ENSOMEG00000017711	ENSOMEG00000017686	dynll2b (ENSOMEG00000017671) ##22	heatr6 (ENSOMEG00000017657)	ddx52 (ENSOMEG00000017602)	sox3 (ENSOMEG00000017541)	P2RY4 (ENSOMEG00000017491)	inppl1b (ENSOMEG00000017462)	arr3b (ENSOMEG00000017310)	RAB41 (ENSOMEG00000017258)	stard14 (ENSOMEG00000017176)	pdzd11 (ENSOMEG00000017148)	ENSOMEG00000017094	ENSOMEG00000017028	ENSOMEG00000017022	ENSOMEG00000016988	ENSOMEG00000016961	akt2l (ENSOMEG00000016938)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	5	ENSOJAG00000012582	ZPLD1 (ENSOJAG00000012628)	AMOT (ENSOJAG00000012665)	ENSOJAG00000012738	HLCS (ENSOJAG00000012777)	ENSOJAG00000012787	ENSOJAG00000012821	ENSOJAG00000012845	ENSOJAG00000012848	ENSOJAG00000012859	cct8 (ENSOJAG00000012880)	ENSOJAG00000013068	aldocb (ENSOJAG00000013186)	pigs (ENSOJAG00000013322)	ENSOJAG00000013332	dynll2b (ENSOJAG00000013356) ##22	ENSOJAG00000013363	ddx52 (ENSOJAG00000013479)	ENSOJAG00000013888	ENSOJAG00000013903	CBLB (ENSOJAG00000014021)	ENSOJAG00000014143	akt2l (ENSOJAG00000014170)	ENSOJAG00000014260	smfn (ENSOJAG00000014278)	ENSOJAG00000014288	ENSOJAG00000014297	ENSOJAG00000014355 ##8	slc25a1a (ENSOJAG00000014364)	INPP5K (ENSOJAG00000014468)	ENSOJAG00000014495
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885	ENSGT00940000159682
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500.f	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885	ENSGT00940000159682
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Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500.e	ENSGT00390000014500.f	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330.e.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500.e	ENSGT00390000014500.f	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	721	INPP5K (ENSHBUG00000014999)	nle1 (ENSHBUG00000015064)	slc25a1a (ENSHBUG00000015101)	ENSHBUG00000000934	ENSHBUG00000015153	ENSHBUG00000015235	slc47a1 (ENSHBUG00000015318)	tmigd1 (ENSHBUG00000015346)	ENSHBUG00000015361	cct8 (ENSHBUG00000015491)	ENSHBUG00000015519	aldocb (ENSHBUG00000015550)	pigs (ENSHBUG00000015564)	ENSHBUG00000015576	ENSHBUG00000015600	dynll2b (ENSHBUG00000015608) ##22	ENSHBUG00000015616	heatr6 (ENSHBUG00000015626)	ddx52 (ENSHBUG00000015638)	rpl23a (ENSHBUG00000015657)	birc2 (ENSHBUG00000015673)	ENSHBUG00000015686	ANGPTL5 (ENSHBUG00000015696)	ENSHBUG00000015814	arhgap42a (ENSHBUG00000000733)	snrnp35 (ENSHBUG00000015853)	ENSHBUG00000015871	nectin1a (ENSHBUG00000015884)	ENSHBUG00000015896	chek1 (ENSHBUG00000015979)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330.e.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500.e	ENSGT00390000014500.f	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000168885
P. nyererei	MODERN SPECIES	591	slc43a2b (ENSPNYG00000020053)	PITPNA (ENSPNYG00000020173)	INPP5K (ENSPNYG00000020217)	nle1 (ENSPNYG00000020318)	slc25a1a (ENSPNYG00000020348)	ENSPNYG00000020372	ENSPNYG00000020390	ENSPNYG00000020404	slc47a1 (ENSPNYG00000020471)	tmigd1 (ENSPNYG00000020520)	ENSPNYG00000020535	ENSPNYG00000020542	aldocb (ENSPNYG00000020560)	pigs (ENSPNYG00000020589)	ENSPNYG00000020651	dynll2b (ENSPNYG00000020670) ##22	ENSPNYG00000020682	heatr6 (ENSPNYG00000020698)	ddx52 (ENSPNYG00000020730)	rpl23a (ENSPNYG00000020899)	birc2 (ENSPNYG00000020925)	ENSPNYG00000020942	ANGPTL5 (ENSPNYG00000020957)	ENSPNYG00000020991	arhgap42a (ENSPNYG00000021041)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330.e.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648.r	ENSGT00390000014500.e.a.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1092	INPP5K (ENSMZEG00005019226)	nle1 (ENSMZEG00005019212)	slc25a1a (ENSMZEG00005019202)	ENSMZEG00005019197	ENSMZEG00005019196	ENSMZEG00005019187	ENSMZEG00005019177	slc47a1 (ENSMZEG00005019162)	tmigd1 (ENSMZEG00005019158)	ENSMZEG00005019143	cct8 (ENSMZEG00005019118)	ENSMZEG00005019107	aldocb (ENSMZEG00005019093)	pigs (ENSMZEG00005019080)	ENSMZEG00005019071	dynll2b (ENSMZEG00005019065) ##22	ENSMZEG00005019061	heatr6 (ENSMZEG00005019051)	ddx52 (ENSMZEG00005019044)	rpl23a (ENSMZEG00005019026)	birc2 (ENSMZEG00005019008)	ENSMZEG00005019000	ANGPTL5 (ENSMZEG00005018997)	ENSMZEG00005018992	arhgap42a (ENSMZEG00005018979)	ENSMZEG00005018965	ENSMZEG00005018960	ENSMZEG00005018954	ENSMZEG00005018950	ENSMZEG00005018949	snrnp35 (ENSMZEG00005018947)
Eastern happy	MODERN SPECIES	1	PITPNA (ENSACLG00000022485)	INPP5K (ENSACLG00000022330)	nle1 (ENSACLG00000022275)	slc25a1a (ENSACLG00000022245)	ENSACLG00000022226	ENSACLG00000022225	ENSACLG00000022163	slc47a1 (ENSACLG00000022068)	tmigd1 (ENSACLG00000022046)	ENSACLG00000021984	cct8 (ENSACLG00000021886)	ENSACLG00000021812	aldocb (ENSACLG00000021752)	pigs (ENSACLG00000021727)	ENSACLG00000021693	dynll2b (ENSACLG00000021684) ##22	ENSACLG00000021667	heatr6 (ENSACLG00000021637)	ddx52 (ENSACLG00000021447)	birc2 (ENSACLG00000021356)	ENSACLG00000021337	ANGPTL5 (ENSACLG00000021323)	ENSACLG00000021234	arhgap42a (ENSACLG00000021121)	ENSACLG00000021030	ENSACLG00000021017	ENSACLG00000021004	snrnp35 (ENSACLG00000020994)	ENSACLG00000020912	snrnp35 (ENSACLG00000020890)	ENSACLG00000020842
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	358	INPP5K (ENSNBRG00000008888)	nle1 (ENSNBRG00000008854)	slc25a1a (ENSNBRG00000008823)	ENSNBRG00000008802	ENSNBRG00000008787	ENSNBRG00000008720	slc47a1 (ENSNBRG00000008665)	tmigd1 (ENSNBRG00000008625)	ENSNBRG00000008608	cct8 (ENSNBRG00000008524)	ENSNBRG00000008478	aldocb (ENSNBRG00000008313)	pigs (ENSNBRG00000008178)	ENSNBRG00000008134	srsf1b (ENSNBRG00000008041)	dynll2b (ENSNBRG00000008028) ##22	ENSNBRG00000008007 #21	heatr6 (ENSNBRG00000007883)	ddx52 (ENSNBRG00000007750)	rpl23a (ENSNBRG00000007719)	birc2 (ENSNBRG00000007584)	ENSNBRG00000007536	ANGPTL5 (ENSNBRG00000007491)	ENSNBRG00000007445	arhgap42a (ENSNBRG00000007270)	bud13 (ENSNBRG00000007225)	ENSNBRG00000007213	nectin1a (ENSNBRG00000007185)	chek1 (ENSNBRG00000007143)	ENSNBRG00000007065	ENSNBRG00000007026
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	ENSONIG00000004826	ENSONIG00000042458	ENSONIG00000004828	ENSONIG00000031183	slc47a1 (ENSONIG00000004833)	tmigd1 (ENSONIG00000004834)	ENSONIG00000004835	ENSONIG00000027538	cct8 (ENSONIG00000004836)	ENSONIG00000027886	aldocb (ENSONIG00000004839)	pigs (ENSONIG00000004841)	ENSONIG00000004857	srsf1b (ENSONIG00000004860)	ENSONIG00000035653	dynll2b (ENSONIG00000037057) ##22	heatr6 (ENSONIG00000004863)	ddx52 (ENSONIG00000004869)	rpl23a (ENSONIG00000004876)	birc2 (ENSONIG00000004881)	ENSONIG00000004889	ANGPTL5 (ENSONIG00000004892)	ENSONIG00000004893	arhgap42a (ENSONIG00000004897)	snrnp35 (ENSONIG00000021361)	bud13 (ENSONIG00000004913)	ENSONIG00000004916	nectin1a (ENSONIG00000004917)	ENSONIG00000034663	ENSONIG00000004919	chek1 (ENSONIG00000004923)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1280								ENSACIG00000001472	ENSACIG00000001493	cct8 (ENSACIG00000001510)	ENSACIG00000001553	aldocb (ENSACIG00000001623)	pigs (ENSACIG00000002598)	ENSACIG00000002623	ENSACIG00000002638 #21	dynll2b (ENSACIG00000002647) ##22	heatr6 (ENSACIG00000002740)	ddx52 (ENSACIG00000002843)	rpl23a (ENSACIG00000002878)	birc2 (ENSACIG00000002986)	YAP1 (ENSACIG00000003073)	ANGPTL5 (ENSACIG00000003111)	ENSACIG00000003156	arhgap42a (ENSACIG00000003199)	snrnp35 (ENSACIG00000003238)	bud13 (ENSACIG00000003246)	ENSACIG00000003275	nectin1a (ENSACIG00000003291)	ENSACIG00000003307	ENSACIG00000003334	chek1 (ENSACIG00000003339)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b.a	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b.a	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b	ENSGT00390000001844.a.b.a.a
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1665	pth3r (ENSAOCG00000006126)	rundc3ab (ENSAOCG00000002346)	ENSAOCG00000002203	ndufa4b (ENSAOCG00000006205)	ENSAOCG00000006230	SPOP (ENSAOCG00000006266)	NXPH3 (ENSAOCG00000000297)	ENSAOCG00000006427	tmigd1 (ENSAOCG00000006460)	ENSAOCG00000006480	cct8 (ENSAOCG00000006551)	ENSAOCG00000006575	aldocb (ENSAOCG00000006588)	pigs (ENSAOCG00000000331)	srsf1b (ENSAOCG00000000337)	dynll2b (ENSAOCG00000000341) ##22	ENSAOCG00000006775	heatr6 (ENSAOCG00000006882)	ddx52 (ENSAOCG00000000356)	zgc:163073 (ENSAOCG00000006928)	ENSAOCG00000006945	rogdi (ENSAOCG00000000361)	glyr1 (ENSAOCG00000007032)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	6	ENSAPEG00000023061	INPP5K (ENSAPEG00000023074)	nle1 (ENSAPEG00000023109)	slc25a1a (ENSAPEG00000023147)	ENSAPEG00000023182	ENSAPEG00000023184	slc47a1 (ENSAPEG00000023219)	tmigd1 (ENSAPEG00000023233)	ENSAPEG00000023240	cct8 (ENSAPEG00000023261)	ENSAPEG00000023311	aldocb (ENSAPEG00000023322)	pigs (ENSAPEG00000023339)	srsf1b (ENSAPEG00000023352)	heatr6 (ENSAPEG00000023371)	dynll2b (ENSAPEG00000023443) ##22	ENSAPEG00000023449	ddx52 (ENSAPEG00000023456)	rpl23a (ENSAPEG00000023469)	birc2 (ENSAPEG00000023491)	ENSAPEG00000023500	ANGPTL5 (ENSAPEG00000023511)	ENSAPEG00000023532	ENSAPEG00000023569	snrnp35 (ENSAPEG00000023725)	bud13 (ENSAPEG00000023734)	ENSAPEG00000023743	nectin1a (ENSAPEG00000023774)	chek1 (ENSAPEG00000023791)	ENSAPEG00000023812	ENSAPEG00000023829
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1455						ENSAPOG00000008175	ENSAPOG00000001071	slc47a1 (ENSAPOG00000008381)	tmigd1 (ENSAPOG00000008385)	ENSAPOG00000008394	cct8 (ENSAPOG00000008466)	ENSAPOG00000008481	aldocb (ENSAPOG00000008488)	pigs (ENSAPOG00000008501)	srsf1b (ENSAPOG00000008542)	dynll2b (ENSAPOG00000008692) ##22	ENSAPOG00000008720	heatr6 (ENSAPOG00000008747)	ddx52 (ENSAPOG00000008759)	rpl23a (ENSAPOG00000008770)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1048	PITPNA (ENSSPAG00000013544)	INPP5K (ENSSPAG00000013573)	nle1 (ENSSPAG00000013653)	slc25a1a (ENSSPAG00000013686)	ENSSPAG00000013708	ENSSPAG00000013726	slc47a1 (ENSSPAG00000013888)	tmigd1 (ENSSPAG00000013975)	ENSSPAG00000014004	cct8 (ENSSPAG00000014041)	ENSSPAG00000014119	aldocb (ENSSPAG00000014133)	pigs (ENSSPAG00000014143)	srsf1b (ENSSPAG00000014152)	ENSSPAG00000014162	dynll2b (ENSSPAG00000014179) ##22	heatr6 (ENSSPAG00000014188)	ddx52 (ENSSPAG00000014211)	rpl23a (ENSSPAG00000014231)	ENSSPAG00000014283
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159682
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159682
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000158605
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000158605	ENSGT00390000001844.a.b.a.a
Climbing perch	MODERN SPECIES	5	ENSATEG00000021817	INPP5K (ENSATEG00000021792)	nle1 (ENSATEG00000021759)	ENSATEG00000025603	ENSATEG00000021747	ENSATEG00000021739	ENSATEG00000021727	slc47a1 (ENSATEG00000021707)	tmigd1 (ENSATEG00000021688)	ENSATEG00000021673	ENSATEG00000021641	ENSATEG00000021629	aldocb (ENSATEG00000021619)	pigs (ENSATEG00000021601)	srsf1b (ENSATEG00000021567)	dynll2b (ENSATEG00000028561) ##22	ENSATEG00000021537	ENSATEG00000021525	ENSATEG00000021517	ENSATEG00000021396	ENSATEG00000021365	ENSATEG00000021354	ENSATEG00000021327	ENSATEG00000021297	ENSATEG00000021269	bud13 (ENSATEG00000021254)	ENSATEG00000021241	ENSATEG00000021231	chek1 (ENSATEG00000021185)	ENSATEG00000028669	ENSATEG00000020814
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	5	slc43a2b (ENSBSLG00000005067)	PITPNA (ENSBSLG00000005928)	INPP5K (ENSBSLG00000005973)	nle1 (ENSBSLG00000005989)	slc25a1a (ENSBSLG00000006083)	ENSBSLG00000006086	ENSBSLG00000006088	slc47a1 (ENSBSLG00000006467)	tmigd1 (ENSBSLG00000006923)	ENSBSLG00000006946	cct8 (ENSBSLG00000006981)	RSKR (ENSBSLG00000007176)	aldocb (ENSBSLG00000007198)	pigs (ENSBSLG00000007315)	srsf1b (ENSBSLG00000007412)	dynll2b (ENSBSLG00000007421) ##22	heatr6 (ENSBSLG00000007460)	ddx52 (ENSBSLG00000007850)	rpl23a (ENSBSLG00000008180)	birc2 (ENSBSLG00000008197)	ENSBSLG00000008559	ENSBSLG00000008591	ENSBSLG00000008598	arhgap42a (ENSBSLG00000008633)	snrnp35 (ENSBSLG00000009257)	bud13 (ENSBSLG00000009263)	ENSBSLG00000009282	ENSBSLG00000009291	chek1 (ENSBSLG00000009336)	cfbl (ENSBSLG00000009456)	ENSBSLG00000009726
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	5	ENSMAMG00000019435	slc43a2b (ENSMAMG00000019444)	ENSMAMG00000019451	INPP5K (ENSMAMG00000019469)	nle1 (ENSMAMG00000019505)	ENSMAMG00000019554	ENSMAMG00000019566	ENSMAMG00000019581	slc47a1 (ENSMAMG00000019591)	tmigd1 (ENSMAMG00000019618)	ENSMAMG00000019625	ENSMAMG00000019644	aldocb (ENSMAMG00000019678)	pigs (ENSMAMG00000019682)	srsf1b (ENSMAMG00000019691)	dynll2b (ENSMAMG00000026482) ##22	ENSMAMG00000019696	ENSMAMG00000019713	ENSMAMG00000019719	ENSMAMG00000025567	ENSMAMG00000019739	ENSMAMG00000019778	ENSMAMG00000019785	ENSMAMG00000019786	ENSMAMG00000019819	ENSMAMG00000019827	ENSMAMG00000019832	ENSMAMG00000019842	ENSMAMG00000019847	ENSMAMG00000019861	ENSMAMG00000019866
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159682
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000153576.c.b.x	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000158605
Tongue sole	MODERN SPECIES	10	slc43a2b (ENSCSEG00000009597)	PITPNA (ENSCSEG00000009623)	INPP5K (ENSCSEG00000009648)	nle1 (ENSCSEG00000009709)	slc25a1a (ENSCSEG00000009720)	ENSCSEG00000009729	ENSCSEG00000009737	slc47a1 (ENSCSEG00000009778)	ENSCSEG00000009831	ENSCSEG00000009846	cct8 (ENSCSEG00000009863)	ENSCSEG00000009913	aldocb (ENSCSEG00000009926)	pigs (ENSCSEG00000009940)	srsf1b (ENSCSEG00000009973)	dynll2b (ENSCSEG00000009980) ##22	ENSCSEG00000009985	heatr6 (ENSCSEG00000009991)	ddx52 (ENSCSEG00000010008)	rpl23a (ENSCSEG00000010060)	birc2 (ENSCSEG00000010032)	ENSCSEG00000010080	ANGPTL5 (ENSCSEG00000010088)	ENSCSEG00000010106	arhgap42a (ENSCSEG00000010130)	bud13 (ENSCSEG00000010161)	ENSCSEG00000010187	nectin1a (ENSCSEG00000010199)	chek1 (ENSCSEG00000010222)	ENSCSEG00000010293	ENSCSEG00000010312
Turbot	DUPLICATION
Turbot	MODERN SPECIES	16	slc43a2b (ENSSMAG00000009186)	ENSSMAG00000009230	INPP5K (ENSSMAG00000009248)	nle1 (ENSSMAG00000009306)	ENSSMAG00000024800	ENSSMAG00000009461	ENSSMAG00000009468	slc47a1 (ENSSMAG00000009493)	tmigd1 (ENSSMAG00000009554)	ENSSMAG00000009565	ENSSMAG00000009581	ENSSMAG00000009648	aldocb (ENSSMAG00000009688)	pigs (ENSSMAG00000009707)	ENSSMAG00000009719	dynll2b (ENSSMAG00000009741) ##22	ENSSMAG00000009756	ENSSMAG00000009788	ENSSMAG00000009870	ENSSMAG00000009894	ENSSMAG00000009928	ENSSMAG00000009945	ENSSMAG00000010002	ENSSMAG00000010016	bud13 (ENSSMAG00000010031)	ENSSMAG00000010043	ENSSMAG00000010050	chek1 (ENSSMAG00000010065)	ENSSMAG00000010207	ENSSMAG00000010184	ENSSMAG00000010250
Turbot	MODERN SPECIES	1	ENSSMAG00000004747	ENSSMAG00000004794	ENSSMAG00000004814	ENSSMAG00000004852	ENSSMAG00000030933	ENSSMAG00000004881	ENSSMAG00000005090	ENSSMAG00000033066	ENSSMAG00000005130	ENSSMAG00000005148	ENSSMAG00000005169	ENSSMAG00000005199	cat (ENSSMAG00000005331)	syt12 (ENSSMAG00000005389)	ENSSMAG00000005416	ENSSMAG00000005439 ##22	hmg20a (ENSSMAG00000005454)	ENSSMAG00000005459	ENSSMAG00000002801	CSPG4 (ENSSMAG00000005466)	snx33 (ENSSMAG00000005503)	snupn (ENSSMAG00000005485)	PTPN9 (ENSSMAG00000005512)	sin3aa (ENSSMAG00000005565)	crabp1a (ENSSMAG00000005604)	skic8 (ENSSMAG00000005623)	slc25a44a (ENSSMAG00000005645)	ENSSMAG00000005657	ENSSMAG00000005731	ENSSMAG00000005762	ENSSMAG00000005777
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159682
Barramundi perch	MODERN SPECIES	94	INPP5K (ENSLCAG00010010393)	nle1 (ENSLCAG00010010353)	ENSLCAG00010010326	slc25a1a (ENSLCAG00010010302)	ENSLCAG00010010294	ENSLCAG00010010288	ENSLCAG00010010269	slc47a1 (ENSLCAG00010010262)	tmigd1 (ENSLCAG00010010255)	ENSLCAG00010010251	cct8 (ENSLCAG00010010230)	ENSLCAG00010010219	aldocb (ENSLCAG00010010202)	pigs (ENSLCAG00010010192)	srsf1b (ENSLCAG00010010163)	dynll2b (ENSLCAG00010010151) ##22	ENSLCAG00010010148	heatr6 (ENSLCAG00010010093)	ENSLCAG00010010053	ddx52 (ENSLCAG00010009975)	birc2 (ENSLCAG00010009918)	ENSLCAG00010009900	ANGPTL5 (ENSLCAG00010009896)	ENSLCAG00010009846	arhgap42a (ENSLCAG00010009682)	snrnp35 (ENSLCAG00010009578)	ENSLCAG00010009575	nectin1a (ENSLCAG00010009569)	ENSLCAG00010009565	chek1 (ENSLCAG00010009544)	ENSLCAG00010009529
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Greater amberjack	MODERN SPECIES	139	INPP5K (ENSSDUG00000003376)	nle1 (ENSSDUG00000003395)	slc25a1a (ENSSDUG00000003418)	ENSSDUG00000003448	ENSSDUG00000003485	ENSSDUG00000003520	slc47a1 (ENSSDUG00000003642)	tmigd1 (ENSSDUG00000003686)	ENSSDUG00000003708	cct8 (ENSSDUG00000003731)	RSKR (ENSSDUG00000003825)	aldocb (ENSSDUG00000003851)	pigs (ENSSDUG00000003869)	ENSSDUG00000003887	srsf1b (ENSSDUG00000003929)	dynll2b (ENSSDUG00000003978) ##22	ENSSDUG00000003983	heatr6 (ENSSDUG00000003994)	ddx52 (ENSSDUG00000004022)	rpl23a (ENSSDUG00000004047)	birc2 (ENSSDUG00000004072)	ENSSDUG00000004085	ANGPTL5 (ENSSDUG00000004097)	ENSSDUG00000004111	arhgap42a (ENSSDUG00000004158)	bud13 (ENSSDUG00000004190)	ENSSDUG00000004207	nectin1a (ENSSDUG00000004215)	ENSSDUG00000004233	chek1 (ENSSDUG00000004256)	ENSSDUG00000004343
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3035	INPP5K (ENSSLDG00000016366)	nle1 (ENSSLDG00000016394)	slc25a1a (ENSSLDG00000016418)	ENSSLDG00000016437	ENSSLDG00000016449	ENSSLDG00000016489	slc47a1 (ENSSLDG00000016608)	tmigd1 (ENSSLDG00000016686)	ENSSLDG00000016703	cct8 (ENSSLDG00000016742)	RSKR (ENSSLDG00000016802)	aldocb (ENSSLDG00000016834)	pigs (ENSSLDG00000016846)	srsf1b (ENSSLDG00000016868)	srsf1b (ENSSLDG00000016895)	dynll2b (ENSSLDG00000016955) ##22	heatr6 (ENSSLDG00000016969)	ddx52 (ENSSLDG00000016999)	rpl23a (ENSSLDG00000017047)	birc2 (ENSSLDG00000017094)	ENSSLDG00000017113	ANGPTL5 (ENSSLDG00000017129)	ENSSLDG00000017152	arhgap42a (ENSSLDG00000017180)	snrnp35 (ENSSLDG00000017209)	bud13 (ENSSLDG00000017222)	ENSSLDG00000017233	nectin1a (ENSSLDG00000017247)	ENSSLDG00000017265	chek1 (ENSSLDG00000017279)	ENSSLDG00000017305
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154108.a.d	ENSGT00940000157357.e.a	ENSGT00950000183162.a.a.c	ENSGT00940000158778.c	ENSGT00940000154901.C.b	ENSGT00950000183148.b.a.g.b	ENSGT00940000155978.a.b	ENSGT00940000177141	ENSGT00940000158735	ENSGT00940000156392.b	ENSGT00940000154943	ENSGT00950000182903.b.b.o.b	ENSGT00940000157434	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT01100000263475.g.b.i.b.b.a.a	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682
Fugu	MODERN SPECIES	6	zgc:100829 (ENSTRUG00000028340)	puraa (ENSTRUG00000017015)	nrg2a (ENSTRUG00000017016)	slc22a6l (ENSTRUG00000017018)	pygma (ENSTRUG00000017024)	NRXN2 (ENSTRUG00000017032)	ENSTRUG00000029346	PCNX3 (ENSTRUG00000017037)	zgc:165604 (ENSTRUG00000023665)	dlat (ENSTRUG00000017045)	DIXDC1 (ENSTRUG00000017048)	cryaba (ENSTRUG00000017054)	pigs (ENSTRUG00000017055)	ENSTRUG00000017058	ENSTRUG00000017062	DYNLL2 (ENSTRUG00000026915) ##22	ENSTRUG00000023105	ENSTRUG00000017063	heatr6 (ENSTRUG00000017066)	ddx52 (ENSTRUG00000017071)	rpl23a (ENSTRUG00000017075)	birc2 (ENSTRUG00000017077)	YAP1 (ENSTRUG00000025525)	ANGPTL5 (ENSTRUG00000017085)	ENSTRUG00000017086	arhgap42a (ENSTRUG00000017091)	snrnp35 (ENSTRUG00000023314)	bud13 (ENSTRUG00000017101)	ENSTRUG00000023911	nectin1a (ENSTRUG00000017102)	ENSTRUG00000029059
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	467							ENSLBEG00000014758	slc47a1 (ENSLBEG00000014959)	tmigd1 (ENSLBEG00000015110)	ENSLBEG00000015138	cct8 (ENSLBEG00000015176)	ENSLBEG00000015216	aldocb (ENSLBEG00000015249)	pigs (ENSLBEG00000015275)	srsf1b (ENSLBEG00000015294)	dynll2b (ENSLBEG00000015317) ##22	ENSLBEG00000015346	heatr6 (ENSLBEG00000015367)	ddx52 (ENSLBEG00000015403)	rpl23a (ENSLBEG00000015475)	birc2 (ENSLBEG00000015439)	ENSLBEG00000015564	ANGPTL5 (ENSLBEG00000015610)	ENSLBEG00000015637	arhgap42a (ENSLBEG00000015711)	bud13 (ENSLBEG00000015760)	ENSLBEG00000015778	nectin1a (ENSLBEG00000015801)	chek1 (ENSLBEG00000015841)	ENSLBEG00000015923	ENSLBEG00000015998
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059.b	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175.d	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00960000187059.b	ENSGT00940000165695	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00940000177516	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175.d	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	5	slc43a2b (ENSCLMG00005010059)	PITPNA (ENSCLMG00005010043)	INPP5K (ENSCLMG00005010040)	nle1 (ENSCLMG00005009934)	ENSCLMG00005009932	slc25a1a (ENSCLMG00005009930)	ENSCLMG00005009929	slc47a1 (ENSCLMG00005009927)	tmigd1 (ENSCLMG00005009921)	ENSCLMG00005009918	cct8 (ENSCLMG00005009910)	ENSCLMG00005009907	aldocb (ENSCLMG00005009862)	pigs (ENSCLMG00005009858)	srsf1b (ENSCLMG00005009854)	dynll2b (ENSCLMG00005009853) ##22	ENSCLMG00005009852	heatr6 (ENSCLMG00005008751)	ddx52 (ENSCLMG00005008215)	rpl23a (ENSCLMG00005008212)	birc2 (ENSCLMG00005008211)	ENSCLMG00005008210	ANGPTL5 (ENSCLMG00005008208)	ENSCLMG00005007033	arhgap42a (ENSCLMG00005005614)	snrnp35 (ENSCLMG00005005595)	bud13 (ENSCLMG00005005593)	ENSCLMG00005005591	ENSCLMG00005005580	chek1 (ENSCLMG00005005568)	ENSCLMG00005002522
Stickleback	MODERN SPECIES	7	PITPNA (ENSGACG00000020607)	INPP5K (ENSGACG00000020608)	nle1 (ENSGACG00000020609)	slc25a1a (ENSGACG00000020610)	ENSGACG00000020611	ENSGACG00000020612	slc47a1 (ENSGACG00000020613)	slc47a1 (ENSGACG00000020614)	slc47a1 (ENSGACG00000020615)	tmigd1 (ENSGACG00000020616)	cct8 (ENSGACG00000020617)	ENSGACG00000020618	aldocb (ENSGACG00000020619)	pigs (ENSGACG00000020620)	srsf1b (ENSGACG00000020621)	dynll2b (ENSGACG00000020622) ##22	heatr6 (ENSGACG00000020623)	ddx52 (ENSGACG00000020624)	rpl23a (ENSGACG00000020625)	birc2 (ENSGACG00000020626)	ENSGACG00000020627	ANGPTL5 (ENSGACG00000020628)	ENSGACG00000020629	arhgap42a (ENSGACG00000020630)	snrnp35 (ENSGACG00000020631)	bud13 (ENSGACG00000020632)	ENSGACG00000020633	nectin1a (ENSGACG00000020634)	chek1 (ENSGACG00000020635)	cfbl (ENSGACG00000020636)	ENSGACG00000020637
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175.d	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000165141.b
Pike perch	MODERN SPECIES	37	INPP5K (ENSSLUG00000013833)	nle1 (ENSSLUG00000013775)	slc25a1a (ENSSLUG00000013718)	ENSSLUG00000013702	ENSSLUG00000013694	ENSSLUG00000013655	slc47a1 (ENSSLUG00000013494)	tmigd1 (ENSSLUG00000013467)	ENSSLUG00000013453	cct8 (ENSSLUG00000013396)	ENSSLUG00000013370	aldocb (ENSSLUG00000013213)	pigs (ENSSLUG00000013094)	ENSSLUG00000013058	ENSSLUG00000013054	dynll2b (ENSSLUG00000013051) ##22	heatr6 (ENSSLUG00000012972)	ddx52 (ENSSLUG00000012744)	rpl23a (ENSSLUG00000012695)	birc2 (ENSSLUG00000012655)	ENSSLUG00000012616	ANGPTL5 (ENSSLUG00000012603)	ENSSLUG00000011301	arhgap42a (ENSSLUG00000011066)	snrnp35 (ENSSLUG00000011021)	bud13 (ENSSLUG00000011018)	ENSSLUG00000011012	nectin1a (ENSSLUG00000010993)	chek1 (ENSSLUG00000010954)	ENSSLUG00000010909	alg9 (ENSSLUG00000010777)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	5	INPP5K (ENSCGOG00000012848)	nle1 (ENSCGOG00000012858)	slc25a1a (ENSCGOG00000013041)	ENSCGOG00000013116	ENSCGOG00000013120	ENSCGOG00000013128	slc47a1 (ENSCGOG00000013154)	tmigd1 (ENSCGOG00000013173)	ENSCGOG00000013175	cct8 (ENSCGOG00000013210)	slc47a1 (ENSCGOG00000014338)	ENSCGOG00000014383	aldocb (ENSCGOG00000014494)	pigs (ENSCGOG00000016382)	ENSCGOG00000016394	dynll2b (ENSCGOG00000016398) ##22	ENSCGOG00000016417	heatr6 (ENSCGOG00000016427)	ddx52 (ENSCGOG00000016738)	rpl23a (ENSCGOG00000016902)	birc2 (ENSCGOG00000016906)	ENSCGOG00000016976	ANGPTL5 (ENSCGOG00000016984)	ENSCGOG00000016994	arhgap42a (ENSCGOG00000017335)	snrnp35 (ENSCGOG00000018812)	bud13 (ENSCGOG00000018813)	ENSCGOG00000018817	nectin1a (ENSCGOG00000018819)	ENSCGOG00000018822	ENSCGOG00000019057
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000158605
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Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00510000048837	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.h.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00390000008128	ENSGT00550000074783	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000174850	ENSGT00390000016675	ENSGT00550000074863	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.b	ENSGT00940000155492.a.a	ENSGT00940000157648	ENSGT00390000014500	ENSGT00390000012429	ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00940000159682	ENSGT00940000158605
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	493	macroh2a1 (ENSLCRG00005021953)	faxdc2 (ENSLCRG00005021954)	LARP1 (ENSLCRG00005021956)	zgc:56585 (ENSLCRG00005021961)	ENSLCRG00005021962	hnrnpaba (ENSLCRG00005021964)	ENSLCRG00005021965	slc47a1 (ENSLCRG00005021967)	tmigd1 (ENSLCRG00005021969)	ENSLCRG00005021970	cct8 (ENSLCRG00005021974)	ENSLCRG00005021979	aldocb (ENSLCRG00005021980)	pigs (ENSLCRG00005021985)	ENSLCRG00005021989	dynll2b (ENSLCRG00005021990) ##22	ENSLCRG00005021991	ENSLCRG00005021993	INPP5K (ENSLCRG00005021994)	PITPNA (ENSLCRG00005022061)	slc43a2b (ENSLCRG00005022069)	HEPH (ENSLCRG00005022130)	tmem135 (ENSLCRG00005022431)	ENSLCRG00005022460	LTN1 (ENSLCRG00005022487)	cadm2a (ENSLCRG00005022691)	paxbp1 (ENSLCRG00005022700)	SLC7A1 (ENSLCRG00005022704)	ENSLCRG00005022715	ENSLCRG00005022716	ENSLCRG00005022717
European seabass	MODERN SPECIES	4	ENSDLAG00005013912	INPP5K (ENSDLAG00005013785)	nle1 (ENSDLAG00005013576)	ENSDLAG00005034836	ENSDLAG00005013520	ENSDLAG00005013515	ENSDLAG00005013456	slc47a1 (ENSDLAG00005013297)	tmigd1 (ENSDLAG00005013284)	ENSDLAG00005013266	ENSDLAG00005013191	aldocb (ENSDLAG00005012774)	pigs (ENSDLAG00005012469)	ENSDLAG00005012450	srsf1b (ENSDLAG00005032335)	dynll2b (ENSDLAG00005012435) ##22	ENSDLAG00005012429	ENSDLAG00005011890	ENSDLAG00005011496	ENSDLAG00005011374	ENSDLAG00005011364	ENSDLAG00005027958	ENSDLAG00005034915	ENSDLAG00005009808	ENSDLAG00005009225	ENSDLAG00005009205	ENSDLAG00005009195	ENSDLAG00005031565	ENSDLAG00005030324	ENSDLAG00005008709	ENSDLAG00005009121
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	5	PITPNA (ENSMMDG00005007504)	INPP5K (ENSMMDG00005007522)	nle1 (ENSMMDG00005007553)	slc25a1a (ENSMMDG00005008288)	ENSMMDG00005008291	ENSMMDG00005008292	ENSMMDG00005008306	slc47a1 (ENSMMDG00005008330)	tmigd1 (ENSMMDG00005008630)	ENSMMDG00005008632	cct8 (ENSMMDG00005008638)	ENSMMDG00005008645	aldocb (ENSMMDG00005008673)	pigs (ENSMMDG00005008771)	srsf1b (ENSMMDG00005008814)	dynll2b (ENSMMDG00005008816) ##22	ENSMMDG00005008819	heatr6 (ENSMMDG00005008860)	ENSMMDG00005010222	ddx52 (ENSMMDG00005010240)	rpl23a (ENSMMDG00005011084)	birc2 (ENSMMDG00005011096)	ENSMMDG00005011108	ANGPTL5 (ENSMMDG00005011112)	ENSMMDG00005011119	arhgap42a (ENSMMDG00005011128)	snrnp35 (ENSMMDG00005011518)	bud13 (ENSMMDG00005011520)	ENSMMDG00005011521	nectin1a (ENSMMDG00005011523)	chek1 (ENSMMDG00005011535)
Cod	MODERN SPECIES	20	PLAC8L1 (ENSGMOG00000030987)	LARS1 (ENSGMOG00000013645)	RBM27 (ENSGMOG00000013610)	POU4F3 (ENSGMOG00000013602)	ENSGMOG00000013572	ENSGMOG00000028176	ENSGMOG00000013521	ENSGMOG00000031701	ENSGMOG00000009385	ENSGMOG00000036487	ENSGMOG00000009374	ENSGMOG00000009355	aldocb (ENSGMOG00000014744)	pigs (ENSGMOG00000014766)	srsf1b (ENSGMOG00000014787)	dynll2b (ENSGMOG00000022751) ##22	ENSGMOG00000010611	ENSGMOG00000014810	ENSGMOG00000014879	ENSGMOG00000014916	ENSGMOG00000014934	ENSGMOG00000033214	ENSGMOG00000018450	ENSGMOG00000018466	ENSGMOG00000035118	ENSGMOG00000020284	ENSGMOG00000018510	ENSGMOG00000018530	ENSGMOG00000018556	ENSGMOG00000031510	ENSGMOG00000018582
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	225	ENSGT00940000162761.b.b.a	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000158112	ENSGT00940000158386.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.b	ENSGT00390000015531	ENSGT00940000163234.a.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311.g	ENSGT00940000177516	ENSGT00940000166642.f	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT00390000016675	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000164860.d.b
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	106	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000158112	ENSGT00940000158386.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.b	ENSGT00390000015531	ENSGT00940000163234.a.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311.g	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000164860.d.b	ENSGT00940000166642.f	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863	ENSGT00940000165264.a	ENSGT00530000063751.b.i	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m	ENSGT00390000014595.a.a.b ##28
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000158112	ENSGT00940000158386.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.b	ENSGT00390000015531	ENSGT00940000163234.a.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311.g	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000164860.d.b	ENSGT00940000166642.f	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863	ENSGT00940000165264.a	ENSGT00530000063751.b.i	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m	ENSGT00390000014595.a.a.b ##28	ENSGT00940000167003	ENSGT00940000160337.f	ENSGT00940000180301	ENSGT00940000166421	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000158112	ENSGT00940000158386.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.b	ENSGT00390000015531	ENSGT00940000163234.a.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311.g	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000164860.d.b	ENSGT00940000166642.f	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863	ENSGT00940000165264.a	ENSGT00530000063751.b.i	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m	ENSGT00390000014595.a.a.b ##28	ENSGT00940000167003	ENSGT00940000160337.f	ENSGT00940000180301	ENSGT00940000166421	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01080000257336.a.c.a	ENSGT00940000158112	ENSGT00940000158386.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.b	ENSGT00390000015531	ENSGT00940000163234.a.b	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311.g	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000164860.d.b	ENSGT00940000166642.f	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263793	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863	ENSGT00940000165264.a	ENSGT00530000063751.b.i	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m	ENSGT00390000014595.a.a.b ##28	ENSGT00940000167003	ENSGT00940000160337.f	ENSGT00940000180301	ENSGT00940000166421	ENSGT00430000031027.b.b	ENSGT00390000012485.a.b.b
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	5	slco2b1 (ENSAMXG00000024342)	serpinf1 (ENSAMXG00000024348)	ENSAMXG00000036746	slc13a5a (ENSAMXG00000024351)	med31 (ENSAMXG00000032790)	slc47a2.2 (ENSAMXG00000024355)	slc47a1 (ENSAMXG00000024359)	tmigd1 (ENSAMXG00000024361)	ENSAMXG00000042668	plrdgb (ENSAMXG00000024365)	mrm3b (ENSAMXG00000044018)	ENSAMXG00000043416	aldocb (ENSAMXG00000030032)	pigs (ENSAMXG00000038411)	srsf1b (ENSAMXG00000024373)	dynll2b (ENSAMXG00000034651) ##22	ENSAMXG00000041052	heatr6 (ENSAMXG00000024375)	hnf1bb (ENSAMXG00000024376) ##32	tlr22 (ENSAMXG00000025057)	ddx52 (ENSAMXG00000024377)	traf4b (ENSAMXG00000037790)	aldh3a2b (ENSAMXG00000024380)	vtnb (ENSAMXG00000024384)	slc13a2 (ENSAMXG00000041734)	unc119b (ENSAMXG00000024390) ##28	cryba1b (ENSAMXG00000035067)	cpdb (ENSAMXG00000019847)	trarg1b (ENSAMXG00000036578)	ENSAMXG00000040028	ENSAMXG00000019914
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	100	slco2b1 (ENSPNAG00000014246)	serpinf1 (ENSPNAG00000014258)	ENSPNAG00000014274	slc13a5a (ENSPNAG00000014312)	med31 (ENSPNAG00000014326)	slc47a2.2 (ENSPNAG00000005739)	slc47a1 (ENSPNAG00000014416)	tmigd1 (ENSPNAG00000014440)	ENSPNAG00000014469	plrdgb (ENSPNAG00000003146)	mrm3b (ENSPNAG00000003152)	ENSPNAG00000014535	aldocb (ENSPNAG00000014545)	pigs (ENSPNAG00000014577)	srsf1b (ENSPNAG00000014601)	dynll2b (ENSPNAG00000014609) ##22	ENSPNAG00000014616 #21	heatr6 (ENSPNAG00000014626)	hnf1bb (ENSPNAG00000014667) ##32	tlr22 (ENSPNAG00000014673)	ddx52 (ENSPNAG00000014707)	traf4b (ENSPNAG00000006127)	aldh3a2b (ENSPNAG00000003234)	vtnb (ENSPNAG00000006680)	slc13a2 (ENSPNAG00000014757)	unc119b (ENSPNAG00000014760) ##28	cryba1b (ENSPNAG00000014777)	cpdb (ENSPNAG00000014823)	trarg1b (ENSPNAG00000014832)	ENSPNAG00000003304	ENSPNAG00000003311
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158112	ENSGT00940000158386.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.b	ENSGT00390000015531	ENSGT00940000163234.a.b.c.b	ENSGT00940000163234.a.b.c.a	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311.g	ENSGT00390000008128	ENSGT00940000164860.d.b	ENSGT00940000166642.f	ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a.e	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT00390000016675	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863	ENSGT00940000165264.a	ENSGT00530000063751.b.i	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m	ENSGT00390000014595.a.a.b ##28
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	196							ENSGT00390000001134.b.ab.a.a	ENSGT00950000182994.A.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a.e.a	ENSGT00390000017203.d	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.j ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682.a.b	ENSGT00940000164330.l	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT00390000016675.e	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.v.a ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863.g	ENSGT00940000158628.p.a	ENSGT00940000165264.a.c	ENSGT00530000063751.b.i.e	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m.c	ENSGT00390000014595.a.a.b.f.b ##28	ENSGT00940000167003.b	ENSGT00940000156919.l.a	ENSGT00940000160337.f.b	ENSGT00940000166421.a	ENSGT00940000155039.a.b.b
Cyprininae_a	DUPLICATION
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00940000155650.a.b.a	ENSGT00950000182859.A.a.b.b.d.a.a	ENSGT00940000157281.r.a.a	ENSGT00940000166658.a.c	ENSGT00390000012182.qb	ENSGT00390000012182.pb	ENSGT00940000153669.b.p.b	ENSGT00940000153299.a.b.a.a	ENSGT01060000248594.e.a.d.b	ENSGT00940000159922.a.a.i	ENSGT00390000001134.b.ab.a.a	ENSGT00950000182994.A.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a.e.a	ENSGT00390000017203.d	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a.f ##22	ENSGT00390000016675.e	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.v.a ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863.g	ENSGT00940000158628.p.a	ENSGT00940000165264.a.c	ENSGT00530000063751.b.i.e	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m.c	ENSGT00390000014595.a.a.b.f.b ##28	ENSGT00940000167003.b	ENSGT00940000156919.l.a	ENSGT00940000160337.f.b	ENSGT00940000166421.a	ENSGT00940000155039.a.b.b	ENSGT00510000048287.a.a
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Goldfish	DUPLICATION
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Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163922.b	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
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Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163922.b	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	517	kcnk6 (ENSHCOG00000019218)	ENSHCOG00000019213	ENSHCOG00000019201	PLD3 (ENSHCOG00000000506)	foxa3 (ENSHCOG00000019157)	irf2bp1 (ENSHCOG00000019150)	ENSHCOG00000019142	ENSHCOG00000019136	ENSHCOG00000019094	eml2 (ENSHCOG00000019047)	ENSHCOG00000019015	ENSHCOG00000018997	ccdc9 (ENSHCOG00000018956)	aldoca (ENSHCOG00000018942)	srsf1a (ENSHCOG00000018918)	dynll2a (ENSHCOG00000018908) ##22	ENSHCOG00000018898	hnf1ba (ENSHCOG00000018878) ##32	SYNRG (ENSHCOG00000018811)	dusp14 (ENSHCOG00000018781)	tada2a (ENSHCOG00000018758)	ENSHCOG00000018697	med17 (ENSHCOG00000018684)	ENSHCOG00000018633	ech1 (ENSHCOG00000018616)	sbds (ENSHCOG00000018606)	ENSHCOG00000018590	ENSHCOG00000018582	cldne (ENSHCOG00000018565)	CLDN4 (ENSHCOG00000018558)	ENSHCOG00000018451
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.b	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.a.a.a	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.a.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.c.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.a.a.b	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.b	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.a.a.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	ENSAPEG00000008921	slc47a4 (ENSAPEG00000008955)	slc47a4 (ENSAPEG00000009141)	PITPNM3 (ENSAPEG00000009221)	ENSAPEG00000009295	ENSAPEG00000009312	txndc17 (ENSAPEG00000009349)	ENSAPEG00000009380	mrm3a (ENSAPEG00000009402)	glod4 (ENSAPEG00000009430)	BLTP2 (ENSAPEG00000009665)	ENSAPEG00000009807	RSKR (ENSAPEG00000009824)	aldoca (ENSAPEG00000009877)	srsf1a (ENSAPEG00000009915)	dynll2a (ENSAPEG00000009951) ##22	ENSAPEG00000009976	hnf1ba (ENSAPEG00000010003) ##32	SYNRG (ENSAPEG00000010075)	dusp14 (ENSAPEG00000010169)	tada2a (ENSAPEG00000010194)	traf4a (ENSAPEG00000010262)	nek8 (ENSAPEG00000010295)	DHRS11 (ENSAPEG00000010354)	DHRS11 (ENSAPEG00000010377)	ENSAPEG00000010409	ENSAPEG00000010427	zgc:174895 (ENSAPEG00000010474)	rab34a (ENSAPEG00000010503)	tlcd1 (ENSAPEG00000010552)	DHRS11 (ENSAPEG00000010562)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1040										gripap1 (ENSAOCG00000010916)	ptpn18 (ENSAOCG00000010857)	ENSAOCG00000010851	plxna3 (ENSAOCG00000010830)	aldoca (ENSAOCG00000010711)	srsf1a (ENSAOCG00000010671)	dynll2a (ENSAOCG00000010653) ##22	ENSAOCG00000000667	hnf1ba (ENSAOCG00000010621) ##32	SYNRG (ENSAOCG00000010578)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	271				ENSAPOG00000002458	txndc17 (ENSAPOG00000002472)	ENSAPOG00000002488	mrm3a (ENSAPOG00000002497)	glod4 (ENSAPOG00000002543)	ENSAPOG00000002553	BLTP2 (ENSAPOG00000002626)	ENSAPOG00000002660	RSKR (ENSAPOG00000002708)	aldoca (ENSAPOG00000002742)	srsf1a (ENSAPOG00000002748)	ENSAPOG00000002767	dynll2a (ENSAPOG00000002778) ##22	hnf1ba (ENSAPOG00000002822) ##32	SYNRG (ENSAPOG00000002893)	dusp14 (ENSAPOG00000002916)	tada2a (ENSAPOG00000002997)	traf4a (ENSAPOG00000003034)	nek8 (ENSAPOG00000003101)	ENSAPOG00000003114	tlcd1 (ENSAPOG00000003122)	rab34a (ENSAPOG00000003165)	zgc:174895 (ENSAPOG00000003179)	ENSAPOG00000003195	DHRS11 (ENSAPOG00000003230)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	826				PITPNM3 (ENSSPAG00000022200)	ENSSPAG00000022223	txndc17 (ENSSPAG00000022251)	ENSSPAG00000022266	mrm3a (ENSSPAG00000022282)	glod4 (ENSSPAG00000022292)	BLTP2 (ENSSPAG00000022307)	ENSSPAG00000022336	RSKR (ENSSPAG00000022344)	aldoca (ENSSPAG00000022371)	srsf1a (ENSSPAG00000022562)	ENSSPAG00000022565 #21	dynll2a (ENSSPAG00000022570) ##22	hnf1ba (ENSSPAG00000022581) ##32	SYNRG (ENSSPAG00000022704)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.b	ENSGT00840000129887.g.a.d.a.a.a.a.b	ENSGT00840000129887.g.a.d.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155690.b.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.b.a.a	ENSGT00940000177105.d.b	ENSGT00940000155690.b.b.d	ENSGT00940000155690.b.b.c
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.b.a.a	ENSGT00940000177105.d.b	ENSGT00940000155690.b.b.d	ENSGT00940000155690.b.b.c
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.b.a.a	ENSGT00940000177105.d.b	ENSGT00940000155690.b.b.d	ENSGT00940000155690.b.b.c
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	408	wdr81 (ENSHBUG00000017667)	SLC13A5 (ENSHBUG00000017567)	slc47a4 (ENSHBUG00000017502)	slc47a4 (ENSHBUG00000000516)	PITPNM3 (ENSHBUG00000017229)	ENSHBUG00000017217	txndc17 (ENSHBUG00000017199)	ENSHBUG00000017172	mrm3a (ENSHBUG00000017040)	glod4 (ENSHBUG00000017024)	ENSHBUG00000016997	BLTP2 (ENSHBUG00000016977)	ENSHBUG00000016864	aldoca (ENSHBUG00000016830)	srsf1a (ENSHBUG00000016788)	dynll2a (ENSHBUG00000016748) ##22	ENSHBUG00000016730	hnf1ba (ENSHBUG00000016703) ##32	SYNRG (ENSHBUG00000016607)	dusp14 (ENSHBUG00000016361)	tada2a (ENSHBUG00000016319)	traf4a (ENSHBUG00000016210)	nek8 (ENSHBUG00000016176)	tlcd1 (ENSHBUG00000016083)	rab34a (ENSHBUG00000016064)	zgc:174895 (ENSHBUG00000016011)	ENSHBUG00000000474	ENSHBUG00000015969
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000164330.f	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.b.a.a	ENSGT00940000155351.j.b	ENSGT00840000129887.g.a.d.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00840000129887.g.a.d.a.a.a.a.a.b
P. nyererei	MODERN SPECIES	386	wdr81 (ENSPNYG00000016424)	SLC13A5 (ENSPNYG00000016446)	ENSPNYG00000016492	slc47a4 (ENSPNYG00000016534)	PITPNM3 (ENSPNYG00000016625)	ENSPNYG00000016684	ENSPNYG00000016694	txndc17 (ENSPNYG00000016718)	ENSPNYG00000016745	mrm3a (ENSPNYG00000016809)	glod4 (ENSPNYG00000016823)	BLTP2 (ENSPNYG00000016873)	ENSPNYG00000017039	aldoca (ENSPNYG00000017074)	ENSPNYG00000017115	dynll2a (ENSPNYG00000017151) ##22	ENSPNYG00000017168	hnf1ba (ENSPNYG00000017191) ##32	SYNRG (ENSPNYG00000017234)	dusp14 (ENSPNYG00000017279)	tada2a (ENSPNYG00000017355)	traf4a (ENSPNYG00000017433)	nek8 (ENSPNYG00000017466)	tlcd1 (ENSPNYG00000017502)	rab34a (ENSPNYG00000017514)	zgc:174895 (ENSPNYG00000017545)	ENSPNYG00000017568	DHRS11 (ENSPNYG00000017589)	ENSPNYG00000017625	DHRS11 (ENSPNYG00000017655)	ENSPNYG00000017674
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000164330.f	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.b.a.a	ENSGT00940000155351.j.b	ENSGT00840000129887.g.a.d.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT00840000129887.g.a.d.a.a.a.a.a.b	ENSGT00840000129887.g.a.d.b.a.b
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	ENSACLG00000006568	slc47a4 (ENSACLG00000006522)	slc47a4 (ENSACLG00000006487)	PITPNM3 (ENSACLG00000006467)	ENSACLG00000005884	txndc17 (ENSACLG00000005873)	ENSACLG00000005845	mrm3a (ENSACLG00000005833)	glod4 (ENSACLG00000005815)	ENSACLG00000005810	BLTP2 (ENSACLG00000005758)	RSKR (ENSACLG00000005734)	aldoca (ENSACLG00000005703)	ENSACLG00000005695	ENSACLG00000005676	dynll2a (ENSACLG00000005661) ##22	hnf1ba (ENSACLG00000005597) ##32	SYNRG (ENSACLG00000005301)	dusp14 (ENSACLG00000005286)	ENSACLG00000005285	tada2a (ENSACLG00000005226)	traf4a (ENSACLG00000005204)	nek8 (ENSACLG00000005137)	tlcd1 (ENSACLG00000005128)	rab34a (ENSACLG00000005093)	zgc:174895 (ENSACLG00000005077)	ENSACLG00000005054	DHRS11 (ENSACLG00000005029)	gsto2 (ENSACLG00000004114)	DHRS11 (ENSACLG00000004086)	DHRS11 (ENSACLG00000003919)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	wdr81 (ENSMZEG00005007637)	SLC13A5 (ENSMZEG00005007672)	ENSMZEG00005007710	slc47a4 (ENSMZEG00005007732)	PITPNM3 (ENSMZEG00005007778)	ENSMZEG00005007789	txndc17 (ENSMZEG00005007802)	ENSMZEG00005007819	mrm3a (ENSMZEG00005007844)	glod4 (ENSMZEG00005007855)	ENSMZEG00005007872	BLTP2 (ENSMZEG00005007881)	RSKR (ENSMZEG00005007923)	aldoca (ENSMZEG00005007932)	ENSMZEG00005007947	dynll2a (ENSMZEG00005007956) ##22	ENSMZEG00005007961	hnf1ba (ENSMZEG00005007968) ##32	SYNRG (ENSMZEG00005008013)	dusp14 (ENSMZEG00005008126)	tada2a (ENSMZEG00005008149)	traf4a (ENSMZEG00005008204)	nek8 (ENSMZEG00005008230)	tlcd1 (ENSMZEG00005008271)	rab34a (ENSMZEG00005008306)	zgc:174895 (ENSMZEG00005008324)	ENSMZEG00005008337	ENSMZEG00005008363	ENSMZEG00005008379	ENSMZEG00005008399	ENSMZEG00005008440
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	370	slc47a4 (ENSNBRG00000020313)	slc47a4 (ENSNBRG00000020273)	PITPNM3 (ENSNBRG00000020226)	ENSNBRG00000020210	txndc17 (ENSNBRG00000020192)	ENSNBRG00000020184	nxn (ENSNBRG00000020162)	mrm3a (ENSNBRG00000020148)	glod4 (ENSNBRG00000020137)	ENSNBRG00000020127	BLTP2 (ENSNBRG00000020079)	RSKR (ENSNBRG00000020033)	aldoca (ENSNBRG00000020013)	ENSNBRG00000020000	ENSNBRG00000019981	dynll2a (ENSNBRG00000019971) ##22	hnf1ba (ENSNBRG00000019949) ##32	SYNRG (ENSNBRG00000019914)	dusp14 (ENSNBRG00000019889)	tada2a (ENSNBRG00000019857)	traf4a (ENSNBRG00000019838)	nek8 (ENSNBRG00000019805)	tlcd1 (ENSNBRG00000019777)	rab34a (ENSNBRG00000019750)	zgc:174895 (ENSNBRG00000019733)	ENSNBRG00000019718	ENSNBRG00000019618	ENSNBRG00000019600	DHRS11 (ENSNBRG00000019592)	DHRS11 (ENSNBRG00000019570)	ENSNBRG00000019559
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	serpinf2b (ENSONIG00000013139)	wdr81 (ENSONIG00000035720)	ENSONIG00000042285	ENSONIG00000013142	slc47a4 (ENSONIG00000013144)	PITPNM3 (ENSONIG00000013148)	ENSONIG00000013149	txndc17 (ENSONIG00000027715)	ENSONIG00000013150	mrm3a (ENSONIG00000013152)	glod4 (ENSONIG00000013153)	BLTP2 (ENSONIG00000013154)	RSKR (ENSONIG00000027373)	aldoca (ENSONIG00000013159)	srsf1a (ENSONIG00000013160)	dynll2a (ENSONIG00000041613) ##22	ENSONIG00000035880	hnf1ba (ENSONIG00000013161) ##32	SYNRG (ENSONIG00000013163)	dusp14 (ENSONIG00000021061)	tada2a (ENSONIG00000013165)	traf4a (ENSONIG00000013167)	nek8 (ENSONIG00000013168)	tlcd1 (ENSONIG00000013172)	rab34a (ENSONIG00000031229)	zgc:174895 (ENSONIG00000013176)	ENSONIG00000013177	DHRS11 (ENSONIG00000013178)	DHRS11 (ENSONIG00000013180)	ENSONIG00000013181	DHRS11 (ENSONIG00000028471)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	437	ENSACIG00000007710	slc47a4 (ENSACIG00000007762)	PITPNM3 (ENSACIG00000007806)	ENSACIG00000007880	txndc17 (ENSACIG00000007887)	ENSACIG00000007896	nxn (ENSACIG00000007904)	mrm3a (ENSACIG00000007921)	glod4 (ENSACIG00000007936)	ENSACIG00000007964	BLTP2 (ENSACIG00000007983)	ENSACIG00000008058	aldoca (ENSACIG00000008074)	srsf1a (ENSACIG00000008091)	ENSACIG00000008108	dynll2a (ENSACIG00000008116) ##22	hnf1ba (ENSACIG00000008157) ##32	SYNRG (ENSACIG00000008352)	dusp14 (ENSACIG00000008469)	tada2a (ENSACIG00000008479)	traf4a (ENSACIG00000008513)	nek8 (ENSACIG00000008529)	tlcd1 (ENSACIG00000008564)	rab34a (ENSACIG00000008620)	zgc:174895 (ENSACIG00000008638)	ENSACIG00000008651	ENSACIG00000008667	DHRS11 (ENSACIG00000008677)	DHRS11 (ENSACIG00000008694)	ENSACIG00000008707	ENSACIG00000008717
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158386.d	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158386.d	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	4	serpinf2b (ENSOJAG00000020269)	wdr81 (ENSOJAG00000020280)	ENSOJAG00000020330	slc47a4 (ENSOJAG00000020458)	ENSOJAG00000020560	slc47a4 (ENSOJAG00000020579)	ENSOJAG00000020648	ENSOJAG00000020876	txndc17 (ENSOJAG00000020892)	nxn (ENSOJAG00000020905)	mrm3a (ENSOJAG00000020928)	glod4 (ENSOJAG00000020930)	ENSOJAG00000021088	aldoca (ENSOJAG00000021100)	srsf1a (ENSOJAG00000021130)	dynll2a (ENSOJAG00000021144) ##22	ENSOJAG00000021151	hnf1ba (ENSOJAG00000021164) ##32	SYNRG (ENSOJAG00000021237)	dusp14 (ENSOJAG00000021444)	tada2a (ENSOJAG00000021469)	traf4a (ENSOJAG00000021530)	nek8 (ENSOJAG00000021571)	tlcd1 (ENSOJAG00000021740)	rab34a (ENSOJAG00000021743)	zgc:174895 (ENSOJAG00000021752)	ENSOJAG00000021759	dhrs11b.1 (ENSOJAG00000021764)	YWHAG (ENSOJAG00000021772)	camkk1b (ENSOJAG00000021779)	ENSOJAG00000021822
Indian medaka	MODERN SPECIES	12	SLC13A5 (ENSOMEG00000004585)	ENSOMEG00000004520	ENSOMEG00000004381	slc47a4 (ENSOMEG00000004362)	slc47a4 (ENSOMEG00000004339)	PITPNM3 (ENSOMEG00000004309)	ENSOMEG00000004275	txndc17 (ENSOMEG00000004258)	nxn (ENSOMEG00000004242)	mrm3a (ENSOMEG00000000985)	glod4 (ENSOMEG00000004211)	BLTP2 (ENSOMEG00000004180)	ENSOMEG00000004135	aldoca (ENSOMEG00000004124)	srsf1a (ENSOMEG00000004106)	dynll2a (ENSOMEG00000004098) ##22	ENSOMEG00000004082	hnf1ba (ENSOMEG00000004063) ##32	SYNRG (ENSOMEG00000003978)	dusp14 (ENSOMEG00000003820)	tada2a (ENSOMEG00000000975)	traf4a (ENSOMEG00000003761)	nek8 (ENSOMEG00000003734)	tlcd1 (ENSOMEG00000003658)	rab34a (ENSOMEG00000003647)	zgc:174895 (ENSOMEG00000003619)	ENSOMEG00000003598	dhrs11b.1 (ENSOMEG00000003586)	ENSOMEG00000003574	YWHAG (ENSOMEG00000003558)	camkk1b (ENSOMEG00000000846)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	4	slc47a4 (ENSORLG00000004775)	slc47a4 (ENSORLG00000004765)	PITPNM3 (ENSORLG00000004743)	ENSORLG00000023786	ENSORLG00000004722	txndc17 (ENSORLG00000029099)	ENSORLG00000022211	ENSORLG00000004701	mrm3a (ENSORLG00000028441)	glod4 (ENSORLG00000004680)	ENSORLG00000029014	ENSORLG00000027649	BLTP2 (ENSORLG00000004656)	aldoca (ENSORLG00000004617)	srsf1a (ENSORLG00000004580)	dynll2a (ENSORLG00000004569) ##22	ENSORLG00000024686	hnf1ba (ENSORLG00000004564) ##32	SYNRG (ENSORLG00000004525)	dusp14 (ENSORLG00000004501)	tada2a (ENSORLG00000004489)	ENSORLG00000029403	traf4a (ENSORLG00000004449)	nek8 (ENSORLG00000004422)	tlcd1 (ENSORLG00000004408)	rab34a (ENSORLG00000004394)	zgc:174895 (ENSORLG00000004378)	ENSORLG00000026777	dhrs11b.1 (ENSORLG00000004364)	ENSORLG00000004343	YWHAG (ENSORLG00000029386)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.d	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.b	ENSGT00840000129887.g.a.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1615	MINDY4B (ENSNFUG00015003413)	CLRN1 (ENSNFUG00015003418)	MASP1 (ENSNFUG00015003420)	ENSNFUG00015003425	DGKD (ENSNFUG00015003439)	ENSNFUG00015003462	ATP1B3B (ENSNFUG00015003467)	CR854907.1 (ENSNFUG00015003474)	ENSNFUG00015003478	ENSNFUG00015003481	ENSNFUG00015003487	ENSNFUG00015003489	sagb (ENSNFUG00015003539)	FAM222B (ENSNFUG00015003546)	SRSF1 (ENSNFUG00015003553)	DYNLL2A (ENSNFUG00015003555) ##22	ENSNFUG00015003561	HNF1BA (ENSNFUG00015003573) ##32	SYNRG (ENSNFUG00015003634)	ENSNFUG00015000114	DUSP14 (ENSNFUG00015000117)	tada2a (ENSNFUG00015000160)	TRAF4A (ENSNFUG00015000222)	nek8 (ENSNFUG00015000315)	TLCD1 (ENSNFUG00015000416)	RAB34A (ENSNFUG00015000437)	zgc:174895 (ENSNFUG00015000462)	PROCA1 (ENSNFUG00015000465)	OLA.5237 (ENSNFUG00015000477)	ENSNFUG00015000496	YWHAG1 (ENSNFUG00015000500)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	262					PITPNM3 (ENSKMAG00000018890)	ENSKMAG00000018934	txndc17 (ENSKMAG00000019008)	ENSKMAG00000019030	nxn (ENSKMAG00000019040)	mrm3a (ENSKMAG00000019066)	glod4 (ENSKMAG00000019085)	BLTP2 (ENSKMAG00000019119)	aldoca (ENSKMAG00000019197)	srsf1a (ENSKMAG00000019232)	ENSKMAG00000019241 #21	dynll2a (ENSKMAG00000019253) ##22	hnf1ba (ENSKMAG00000019275) ##32	SYNRG (ENSKMAG00000019335)	dusp14 (ENSKMAG00000019508)	tada2a (ENSKMAG00000019519)	traf4a (ENSKMAG00000019563)	nek8 (ENSKMAG00000019592)	tlcd1 (ENSKMAG00000019635)	rab34a (ENSKMAG00000019647)	zgc:174895 (ENSKMAG00000019669)	ENSKMAG00000019676	ENSKMAG00000019686
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000177643	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.d.c	ENSGT00840000129887.g.a.d.d	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.a.c.b.n	ENSGT00840000129887.g.a.d.c	ENSGT00840000129887.g.a.d.d	ENSGT00940000155690.b.b
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.a.c.b.n	ENSGT00840000129887.g.a.d.c	ENSGT00840000129887.g.a.d.d	ENSGT00940000155690.b.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	135					ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000164330	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a.c.a.b.b	ENSGT00840000129887.g.a.d.d	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Sailfin molly	MODERN SPECIES	245				txndc17 (ENSPLAG00000018960)	ENSPLAG00000019003	ENSPLAG00000019053	mrm3a (ENSPLAG00000019061)	glod4 (ENSPLAG00000019170)	ENSPLAG00000019184	BLTP2 (ENSPLAG00000019231)	ENSPLAG00000019251	aldoca (ENSPLAG00000019264)	ENSPLAG00000019553	aldoca (ENSPLAG00000019603)	ENSPLAG00000019613	dynll2a (ENSPLAG00000019622) ##22	ENSPLAG00000019628	hnf1ba (ENSPLAG00000019874) ##32	SYNRG (ENSPLAG00000000441)	dusp14 (ENSPLAG00000019928)
Amazon molly	MODERN SPECIES	457							ENSPFOG00000010488	txndc17 (ENSPFOG00000010455)	ENSPFOG00000010359	mrm3a (ENSPFOG00000010323)	glod4 (ENSPFOG00000010260)	BLTP2 (ENSPFOG00000009779)	aldoca (ENSPFOG00000009653)	srsf1a (ENSPFOG00000009640)	ENSPFOG00000009643	dynll2a (ENSPFOG00000009626) ##22	hnf1ba (ENSPFOG00000009496) ##32	SYNRG (ENSPFOG00000009062)	tada2a (ENSPFOG00000008916)	traf4a (ENSPFOG00000008719)	nek8 (ENSPFOG00000024665)	tlcd1 (ENSPFOG00000008640)	rab34a (ENSPFOG00000008547)	zgc:174895 (ENSPFOG00000008545)	ENSPFOG00000008526	ENSPFOG00000008519	dhrs11b.1 (ENSPFOG00000008482)	ca4b (ENSPFOG00000008343)	ENSPFOG00000008332	YWHAG (ENSPFOG00000008312)	camkk1b (ENSPFOG00000008235)
Guppy	MODERN SPECIES	443	wdr81 (ENSPREG00000010105)	ENSPREG00000010090	ENSPREG00000010070	slc47a4 (ENSPREG00000010043)	slc47a4 (ENSPREG00000010007)	ENSPREG00000009998	ENSPREG00000009981	ENSPREG00000009963	txndc17 (ENSPREG00000009950)	ENSPREG00000009933	ENSPREG00000009918	ENSPREG00000009909	BLTP2 (ENSPREG00000009735)	ENSPREG00000009693	srsf1a (ENSPREG00000009667)	dynll2a (ENSPREG00000009534) ##22	ENSPREG00000009517 #21	hnf1ba (ENSPREG00000009474) ##32	SYNRG (ENSPREG00000009307)	dusp14 (ENSPREG00000009270)	tada2a (ENSPREG00000009214)	traf4a (ENSPREG00000009192)	ENSPREG00000009020	tlcd1 (ENSPREG00000008988)	rab34a (ENSPREG00000008951)	zgc:174895 (ENSPREG00000008936)	ENSPREG00000008919	ENSPREG00000008907	ENSPREG00000008890	ENSPREG00000008830	ca4b (ENSPREG00000008797)
Platyfish	MODERN SPECIES	9	slc47a4 (ENSXMAG00000004043)	slc47a4 (ENSXMAG00000004009)	PITPNM3 (ENSXMAG00000004002)	ENSXMAG00000003994	txndc17 (ENSXMAG00000025196)	ENSXMAG00000003982	mrm3a (ENSXMAG00000019121)	glod4 (ENSXMAG00000019111)	BLTP2 (ENSXMAG00000019085)	ENSXMAG00000022025	RSKR (ENSXMAG00000007337)	ENSXMAG00000025618	aldoca (ENSXMAG00000011729)	srsf1a (ENSXMAG00000011766)	ENSXMAG00000027370 #21	dynll2a (ENSXMAG00000022356) ##22	hnf1ba (ENSXMAG00000011775) ##32	SYNRG (ENSXMAG00000011807)	dusp14 (ENSXMAG00000019675)	tada2a (ENSXMAG00000011832)	traf4a (ENSXMAG00000011868)	ENSXMAG00000011882	tlcd1 (ENSXMAG00000027930)	rab34a (ENSXMAG00000026496)	zgc:174895 (ENSXMAG00000028046)	ENSXMAG00000024070	ENSXMAG00000022657	ENSXMAG00000011932	ENSXMAG00000025332	ENSXMAG00000023328	ENSXMAG00000024390
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Mummichog	DUPLICATION
Mummichog	MODERN SPECIES	2334	ENSFHEG00000003542	slc47a4 (ENSFHEG00000003528)	slc47a4 (ENSFHEG00000003442)	PITPNM3 (ENSFHEG00000003426)	ENSFHEG00000003354	txndc17 (ENSFHEG00000003331)	ENSFHEG00000003321	nxn (ENSFHEG00000000094)	mrm3a (ENSFHEG00000003298)	glod4 (ENSFHEG00000003288)	BLTP2 (ENSFHEG00000003254)	ENSFHEG00000003219	aldoca (ENSFHEG00000003202)	srsf1a (ENSFHEG00000003174)	ENSFHEG00000003154	dynll2a (ENSFHEG00000003148) ##22	hnf1ba (ENSFHEG00000003133) ##32	SYNRG (ENSFHEG00000003108)
Mummichog	MODERN SPECIES	693	PITPNA (ENSFHEG00000017975)	INPP5K (ENSFHEG00000017942)	nle1 (ENSFHEG00000017857)	slc25a1a (ENSFHEG00000017820)	ENSFHEG00000017789	ENSFHEG00000017781	slc47a1 (ENSFHEG00000017769)	tmigd1 (ENSFHEG00000017669)	ENSFHEG00000017662	cct8 (ENSFHEG00000017623)	ENSFHEG00000017557	aldocb (ENSFHEG00000017453)	pigs (ENSFHEG00000017435)	ENSFHEG00000017425	ENSFHEG00000017379 #21	dynll2a (ENSFHEG00000017370) ##22	heatr6 (ENSFHEG00000017349)	ddx52 (ENSFHEG00000017239)	rpl23a (ENSFHEG00000017230)	birc2 (ENSFHEG00000017219)	ENSFHEG00000017209	ANGPTL5 (ENSFHEG00000017197)	ENSFHEG00000017189	ENSFHEG00000017128	arhgap42a (ENSFHEG00000017118)	bud13 (ENSFHEG00000017085)	ENSFHEG00000017076	nectin1a (ENSFHEG00000017062)	ENSFHEG00000017055	ENSFHEG00000017039	ENSFHEG00000017022
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000164902	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Fugu	MODERN SPECIES	2	wdr81 (ENSTRUG00000002991)	SLC13A5 (ENSTRUG00000001862)	ENSTRUG00000000909	ENSTRUG00000003221	ENSTRUG00000018013	PITPNM3 (ENSTRUG00000001051)	ENSTRUG00000001161	txndc17 (ENSTRUG00000029139)	nxn (ENSTRUG00000001410)	ENSTRUG00000001557	glod4 (ENSTRUG00000027113)	BLTP2 (ENSTRUG00000001972)	RSKR (ENSTRUG00000021516)	aldoca (ENSTRUG00000002712)	srsf1a (ENSTRUG00000003691)	dynll2a (ENSTRUG00000025275) ##22	ENSTRUG00000025163 #21	hnf1ba (ENSTRUG00000003809) ##32	SYNRG (ENSTRUG00000004428)	tada2a (ENSTRUG00000004933)	traf4a (ENSTRUG00000020367)	nek8 (ENSTRUG00000005563)	tlcd1 (ENSTRUG00000025575)	rab34a (ENSTRUG00000005937)	zgc:174895 (ENSTRUG00000022736)	ENSTRUG00000024071	dhrs11b.1 (ENSTRUG00000006229)	ca4b (ENSTRUG00000006382)	YWHAG (ENSTRUG00000022867)	camkk1b (ENSTRUG00000006711)	ENSTRUG00000006965
Tetraodon	MODERN SPECIES	8	ENSTNIG00000000732	ENSTNIG00000016212	slc47a4 (ENSTNIG00000016213)	ENSTNIG00000016214	PITPNM3 (ENSTNIG00000016215)	ENSTNIG00000000198	txndc17 (ENSTNIG00000016216)	ENSTNIG00000016217	ENSTNIG00000016218	nxn (ENSTNIG00000016219)	ENSTNIG00000016220	glod4 (ENSTNIG00000016221)	BLTP2 (ENSTNIG00000016222)	aldoca (ENSTNIG00000001827)	srsf1a (ENSTNIG00000016223)	dynll2a (ENSTNIG00000016224) ##22	hnf1ba (ENSTNIG00000016225) ##32	SYNRG (ENSTNIG00000016226)	dusp14 (ENSTNIG00000001454)	tada2a (ENSTNIG00000016227)	traf4a (ENSTNIG00000016228)	nek8 (ENSTNIG00000016229)	tlcd1 (ENSTNIG00000016230)	rab34a (ENSTNIG00000016231)	zgc:174895 (ENSTNIG00000016232)	ENSTNIG00000016233	dhrs11b.1 (ENSTNIG00000016234)	ca4b (ENSTNIG00000016235)	ENSTNIG00000016236	YWHAG (ENSTNIG00000016237)	camkk1b (ENSTNIG00000016238)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	12	SLC13A5 (ENSLBEG00000021494)	ENSLBEG00000021475	slc47a4 (ENSLBEG00000021425)	PITPNM3 (ENSLBEG00000021384)	ENSLBEG00000021342	txndc17 (ENSLBEG00000021312)	ENSLBEG00000021281	mrm3a (ENSLBEG00000021262)	glod4 (ENSLBEG00000021217)	ENSLBEG00000021193	BLTP2 (ENSLBEG00000021004)	ENSLBEG00000020947	aldoca (ENSLBEG00000020909)	srsf1a (ENSLBEG00000020864)	ENSLBEG00000020834	dynll2a (ENSLBEG00000020813) ##22	hnf1ba (ENSLBEG00000020738) ##32	c1qtnf5 (ENSLBEG00000020695)	RNF26 (ENSLBEG00000020675)	mcamb (ENSLBEG00000020580)	cbl (ENSLBEG00000020523)	ccdc153 (ENSLBEG00000020485)	GRIK4 (ENSLBEG00000020313)	ARHGEF12 (ENSLBEG00000020074)	tlcd5a (ENSLBEG00000019994)	OAF (ENSLBEG00000019973)	ENSLBEG00000019786	hepacama (ENSLBEG00000019709)	nrgna (ENSLBEG00000019668)	ENSLBEG00000019654	scn3b (ENSLBEG00000019637)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158386.d	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	4	serpinf2b (ENSCGOG00000023384)	wdr81 (ENSCGOG00000023395)	SLC13A5 (ENSCGOG00000023399)	ENSCGOG00000023434	slc47a4 (ENSCGOG00000023453)	PITPNM3 (ENSCGOG00000023463)	ENSCGOG00000023487	txndc17 (ENSCGOG00000023489)	ENSCGOG00000023496	mrm3a (ENSCGOG00000023524)	glod4 (ENSCGOG00000023526)	ENSCGOG00000023571	RSKR (ENSCGOG00000023574)	aldoca (ENSCGOG00000023582)	srsf1a (ENSCGOG00000023585)	dynll2a (ENSCGOG00000023586) ##22	ENSCGOG00000023594	hnf1ba (ENSCGOG00000023597) ##32	SYNRG (ENSCGOG00000023621)	dusp14 (ENSCGOG00000023672)	tada2a (ENSCGOG00000023689)	traf4a (ENSCGOG00000023829)	nek8 (ENSCGOG00000023843)	tlcd1 (ENSCGOG00000023856)	rab34a (ENSCGOG00000023857)	zgc:174895 (ENSCGOG00000023863)	ENSCGOG00000023865	dhrs11b.1 (ENSCGOG00000001599)	ca4b (ENSCGOG00000001661)	YWHAG (ENSCGOG00000001677)	camkk1b (ENSCGOG00000001684)
Pike perch	MODERN SPECIES	14	slc47a4 (ENSSLUG00000013913)	ENSSLUG00000013928	ENSSLUG00000013932	ENSSLUG00000013939	ENSSLUG00000013946	ENSSLUG00000013954	ENSSLUG00000013979	txndc17 (ENSSLUG00000013997)	ENSSLUG00000014005	ENSSLUG00000014036	glod4 (ENSSLUG00000014057)	ENSSLUG00000005152	aldoca (ENSSLUG00000005211)	srsf1a (ENSSLUG00000005263)	ENSSLUG00000005281 #21	dynll2a (ENSSLUG00000005292) ##22	hnf1ba (ENSSLUG00000005321) ##32	SYNRG (ENSSLUG00000005426)	dusp14 (ENSSLUG00000006121)	tada2a (ENSSLUG00000006145)	traf4a (ENSSLUG00000006532)	nek8 (ENSSLUG00000006547)	tlcd1 (ENSSLUG00000006795)	rab34a (ENSSLUG00000006803)	ENSSLUG00000007188	ENSSLUG00000007190	dhrs11b.1 (ENSSLUG00000007197)	ca4b (ENSSLUG00000007204)	YWHAG (ENSSLUG00000007207)	camkk1b (ENSSLUG00000007217)	ENSSLUG00000007246
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a
Stickleback	MODERN SPECIES		rpa1 (ENSGACG00000010856)	serpinf2b (ENSGACG00000010870)	ENSGACG00000010871	SLC13A5 (ENSGACG00000010876)	ENSGACG00000010917	slc47a4 (ENSGACG00000010927)	PITPNM3 (ENSGACG00000010940)	ENSGACG00000010951	txndc17 (ENSGACG00000010961)	ENSGACG00000010966	ENSGACG00000010971	glod4 (ENSGACG00000010984)	BLTP2 (ENSGACG00000011002)	aldoca (ENSGACG00000011018)	ENSGACG00000011094	dynll2a (ENSGACG00000011096) ##22	hnf1ba (ENSGACG00000011101) ##32	SYNRG (ENSGACG00000011112)	tada2a (ENSGACG00000011119)	traf4a (ENSGACG00000011157)	nek8 (ENSGACG00000011167)	tlcd1 (ENSGACG00000011181)	rab34a (ENSGACG00000011190)	ENSGACG00000011223	ca4b (ENSGACG00000011230)	ENSGACG00000011249	YWHAG (ENSGACG00000011251)	camkk1b (ENSGACG00000011259)	ENSGACG00000011266	ENSGACG00000011279	C2CD3 (ENSGACG00000011281)
Lumpfish	MODERN SPECIES	4	serpinf2b (ENSCLMG00005008967)	wdr81 (ENSCLMG00005009097)	SLC13A5 (ENSCLMG00005009099)	ENSCLMG00005009118	slc47a4 (ENSCLMG00005009126)	PITPNM3 (ENSCLMG00005009142)	ENSCLMG00005009150	txndc17 (ENSCLMG00005009151)	ENSCLMG00005009152	mrm3a (ENSCLMG00005009158)	glod4 (ENSCLMG00005009167)	ENSCLMG00005009194	RSKR (ENSCLMG00005009195)	aldoca (ENSCLMG00005009197)	srsf1a (ENSCLMG00005009200)	dynll2a (ENSCLMG00005009201) ##22	ENSCLMG00005009203	hnf1ba (ENSCLMG00005009205) ##32	SYNRG (ENSCLMG00005009216)	dusp14 (ENSCLMG00005009222)	tada2a (ENSCLMG00005004386)	traf4a (ENSCLMG00005005361)	nek8 (ENSCLMG00005005365)	tlcd1 (ENSCLMG00005005425)	rab34a (ENSCLMG00005005430)	zgc:174895 (ENSCLMG00005005525)	ENSCLMG00005005527	dhrs11b.1 (ENSCLMG00005005529)	ca4b (ENSCLMG00005005531)	YWHAG (ENSCLMG00005005533)	camkk1b (ENSCLMG00005005534)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	ENSLCRG00005004996	slc47a4 (ENSLCRG00005004995)	slc47a4 (ENSLCRG00005004987)	PITPNM3 (ENSLCRG00005004660)	ENSLCRG00005004650	txndc17 (ENSLCRG00005004646)	nxn (ENSLCRG00005004601)	mrm3a (ENSLCRG00005004598)	glod4 (ENSLCRG00005004596)	ENSLCRG00005004595	BLTP2 (ENSLCRG00005004588)	RSKR (ENSLCRG00005004581)	aldoca (ENSLCRG00005004174)	srsf1a (ENSLCRG00005004172)	ENSLCRG00005004170	dynll2a (ENSLCRG00005004169) ##22	hnf1ba (ENSLCRG00005004164) ##32	SYNRG (ENSLCRG00005003479)	dusp14 (ENSLCRG00005003466)	tada2a (ENSLCRG00005002474)	nek8 (ENSLCRG00005002258)	tlcd1 (ENSLCRG00005002242)	zgc:112083 (ENSLCRG00005002238)	med13b (ENSLCRG00005002155)	c18h3orf33 (ENSLCRG00005002144)	PLCH1 (ENSLCRG00005000358)	ENSLCRG00005000175	ENSLCRG00005000163	ENSLCRG00005000147	ENSLCRG00005000127	ENSLCRG00005010867
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	ENSSAUG00010002025	ENSSAUG00010001067	slc47a4 (ENSSAUG00010001024)	PITPNM3 (ENSSAUG00010000886)	ENSSAUG00010000872	txndc17 (ENSSAUG00010000868)	ENSSAUG00010000856	mrm3a (ENSSAUG00010000849)	glod4 (ENSSAUG00010000843)	ENSSAUG00010000837	BLTP2 (ENSSAUG00010000788)	RSKR (ENSSAUG00010000776)	aldoca (ENSSAUG00010000765)	srsf1a (ENSSAUG00010000759)	ENSSAUG00010000756	dynll2a (ENSSAUG00010000753) ##22	hnf1ba (ENSSAUG00010000745) ##32	SYNRG (ENSSAUG00010000463)	dusp14 (ENSSAUG00010000348)	tada2a (ENSSAUG00010000317)	traf4a (ENSSAUG00010000284)	nek8 (ENSSAUG00010000213)	tlcd1 (ENSSAUG00010000155)	rab34a (ENSSAUG00010000135)	zgc:174895 (ENSSAUG00010000130)	ENSSAUG00010000127	dhrs11b.1 (ENSSAUG00010000119)	ca4b (ENSSAUG00010000117)	YWHAG (ENSSAUG00010000111)	camkk1b (ENSSAUG00010025681)	ENSSAUG00010025675
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	ENSMAMG00000018091	slc47a4 (ENSMAMG00000027683)	slc47a4 (ENSMAMG00000018123)	PITPNM3 (ENSMAMG00000018198)	ENSMAMG00000018249	txndc17 (ENSMAMG00000018271)	ENSMAMG00000018285	mrm3a (ENSMAMG00000018298)	glod4 (ENSMAMG00000026686)	ENSMAMG00000018331	ENSMAMG00000018400	ENSMAMG00000018411	aldoca (ENSMAMG00000018433)	srsf1a (ENSMAMG00000018454)	ENSMAMG00000018465	dynll2a (ENSMAMG00000028639) ##22	hnf1ba (ENSMAMG00000018488) ##32	ENSMAMG00000018521	dusp14 (ENSMAMG00000018571)	tada2a (ENSMAMG00000018578)	traf4a (ENSMAMG00000027630)	nek8 (ENSMAMG00000018641)	TLCD1 (ENSMAMG00000026852)	rab34a (ENSMAMG00000018672)	zgc:174895 (ENSMAMG00000026501)	ENSMAMG00000018722	ENSMAMG00000018731	ENSMAMG00000027921	ENSMAMG00000018775	ENSMAMG00000025463	ENSMAMG00000018851
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158386.d	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.d	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000177015	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Climbing perch	MODERN SPECIES	4	serpinf2b (ENSATEG00000022045)	wdr81 (ENSATEG00000022050)	ENSATEG00000022067	ENSATEG00000022087	slc47a4 (ENSATEG00000022121)	PITPNM3 (ENSATEG00000022195)	ENSATEG00000022239	txndc17 (ENSATEG00000022258)	ENSATEG00000027639	mrm3a (ENSATEG00000022280)	glod4 (ENSATEG00000022290)	ENSATEG00000022312	ENSATEG00000022378	aldoca (ENSATEG00000022384)	srsf1a (ENSATEG00000029959)	dynll2a (ENSATEG00000026114) ##22	ENSATEG00000022449	hnf1ba (ENSATEG00000022486) ##32	ENSATEG00000022634	dusp14 (ENSATEG00000022684)	tada2a (ENSATEG00000022715)	traf4a (ENSATEG00000028365)	nek8 (ENSATEG00000023024)	TLCD1 (ENSATEG00000027345)	rab34a (ENSATEG00000023047)	zgc:174895 (ENSATEG00000023061)	ENSATEG00000023068	ENSATEG00000023070	ENSATEG00000026976	ENSATEG00000023086	ENSATEG00000000019
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	4	rpa1 (ENSBSLG00000013029)	wdr81 (ENSBSLG00000013023)	SLC13A5 (ENSBSLG00000012964)	ENSBSLG00000012939	slc47a4 (ENSBSLG00000012915)	slc47a4 (ENSBSLG00000012903)	slc47a4 (ENSBSLG00000012896)	PITPNM3 (ENSBSLG00000012788)	ENSBSLG00000012770	ENSBSLG00000012760	nxn (ENSBSLG00000012745)	ENSBSLG00000012739	BLTP2 (ENSBSLG00000012699)	aldoca (ENSBSLG00000012523)	srsf1a (ENSBSLG00000012510)	dynll2a (ENSBSLG00000012504) ##22	ENSBSLG00000012494 #21	hnf1ba (ENSBSLG00000012444) ##32	SYNRG (ENSBSLG00000011255)	dusp14 (ENSBSLG00000011218)	tada2a (ENSBSLG00000010751)	traf4a (ENSBSLG00000010147)	nek8 (ENSBSLG00000009993)	ENSBSLG00000009928	tlcd1 (ENSBSLG00000009921)	rab34a (ENSBSLG00000009851)	zgc:174895 (ENSBSLG00000009831)	ENSBSLG00000009791	dhrs11b.1 (ENSBSLG00000009759)	ENSBSLG00000009722	ca4b (ENSBSLG00000009682)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000163922.b.c.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00960000191650	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00940000163234.a.a	ENSGT00940000163922.b.c.a.g	ENSGT00940000163922.b.c.a.h	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00940000177015	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b
Greater amberjack	MODERN SPECIES	112	slc47a4 (ENSSDUG00000011697)	slc47a4 (ENSSDUG00000011636)	PITPNM3 (ENSSDUG00000011601)	ENSSDUG00000011514	txndc17 (ENSSDUG00000011505)	ENSSDUG00000011489	ENSSDUG00000011474	glod4 (ENSSDUG00000011454)	ENSSDUG00000011445	ENSSDUG00000011427	BLTP2 (ENSSDUG00000011368)	RSKR (ENSSDUG00000011348)	aldoca (ENSSDUG00000011331)	srsf1a (ENSSDUG00000011303)	ENSSDUG00000011283	dynll2a (ENSSDUG00000011271) ##22	hnf1ba (ENSSDUG00000011246) ##32	SYNRG (ENSSDUG00000011163)	dusp14 (ENSSDUG00000011132)	tada2a (ENSSDUG00000011060)	traf4a (ENSSDUG00000011037)	nek8 (ENSSDUG00000010988)	tlcd1 (ENSSDUG00000010973)	rab34a (ENSSDUG00000010942)	zgc:174895 (ENSSDUG00000010914)	ENSSDUG00000010906	dhrs11b.1 (ENSSDUG00000010882)	ca4b (ENSSDUG00000010854)	ENSSDUG00000010840	YWHAG (ENSSDUG00000010835)	camkk1b (ENSSDUG00000010805)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2681	slc47a4 (ENSSLDG00000011198)	PITPNM3 (ENSSLDG00000011154)	ENSSLDG00000011114	txndc17 (ENSSLDG00000011088)	mrm3a (ENSSLDG00000011064)	glod4 (ENSSLDG00000011036)	ENSSLDG00000011004	mrm3a (ENSSLDG00000010991)	glod4 (ENSSLDG00000010958)	ENSSLDG00000010933	BLTP2 (ENSSLDG00000010709)	RSKR (ENSSLDG00000010630)	aldoca (ENSSLDG00000010582)	srsf1a (ENSSLDG00000010543)	ENSSLDG00000010523 #21	dynll2a (ENSSLDG00000010502) ##22	hnf1ba (ENSSLDG00000010445) ##32	SYNRG (ENSSLDG00000010265)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	119							txndc17 (ENSLCAG00010011997)	nxn (ENSLCAG00010012014)	ENSLCAG00010012028	glod4 (ENSLCAG00010012041)	BLTP2 (ENSLCAG00010012092)	RSKR (ENSLCAG00010012138)	aldoca (ENSLCAG00010012150)	srsf1a (ENSLCAG00010012160)	ENSLCAG00010012167	dynll2a (ENSLCAG00010012174) ##22	hnf1ba (ENSLCAG00010012202) ##32	SYNRG (ENSLCAG00010012208)	dusp14 (ENSLCAG00010012228)	tada2a (ENSLCAG00010012236)	traf4a (ENSLCAG00010012253)	nek8 (ENSLCAG00010012284)	tlcd1 (ENSLCAG00010012298)	rab34a (ENSLCAG00010012303)	zgc:174895 (ENSLCAG00010012318)	ENSLCAG00010012325	dhrs11b.1 (ENSLCAG00010012332)	ca4b (ENSLCAG00010012338)	YWHAG (ENSLCAG00010012344)	camkk1b (ENSLCAG00010012494)	ENSLCAG00010012906
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158386.d	ENSGT00930000151039	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00390000009714	ENSGT00940000178004	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32
Turbot	MODERN SPECIES	15	ENSSMAG00000007443	slc47a4 (ENSSMAG00000007418)	slc47a4 (ENSSMAG00000007349)	PITPNM3 (ENSSMAG00000007256)	ENSSMAG00000007223	ENSSMAG00000022745	txndc17 (ENSSMAG00000029111)	nxn (ENSSMAG00000007053)	mrm3a (ENSSMAG00000007212)	glod4 (ENSSMAG00000007186)	ENSSMAG00000007178	ENSSMAG00000007096	ENSSMAG00000024873	aldoca (ENSSMAG00000007026)	srsf1a (ENSSMAG00000007018)	dynll2a (ENSSMAG00000007008) ##22	hnf1ba (ENSSMAG00000006964) ##32	spartb (ENSSMAG00000006911)	dclk1b (ENSSMAG00000006855)	mab21l1 (ENSSMAG00000006847)	NBEA (ENSSMAG00000006653)	ENSSMAG00000006495	ENSSMAG00000006474	trmt9b (ENSSMAG00000006457)	ENSSMAG00000006437	ENSSMAG00000006383	ENSSMAG00000032808	FRY (ENSSMAG00000006208)	b3glcta (ENSSMAG00000006122)	ENSSMAG00000036967	ENSSMAG00000006057
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000163922.b	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.b	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00390000001618.r.b #21	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00940000159645.d	ENSGT00840000129887.g.a	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a	ENSGT00940000154890.a.b	ENSGT01000000215988.b	ENSGT00940000165592.a
Northern pike	DUPLICATION
Northern pike	MODERN SPECIES		rpa1 (ENSELUG00000021071)	wdr81 (ENSELUG00000021099)	serpinf2b (ENSELUG00000021114)	SLC13A5 (ENSELUG00000021125)	ENSELUG00000021222	slc47a4 (ENSELUG00000021281)	ENSELUG00000021294	ENSELUG00000021324	txndc17 (ENSELUG00000021364)	ENSELUG00000021395	ENSELUG00000021426	glod4 (ENSELUG00000021467)	BLTP2 (ENSELUG00000021599)	aldoca (ENSELUG00000021627)	srsf1a (ENSELUG00000021646)	dynll2a (ENSELUG00000021655) ##22	ENSELUG00000021664 #21	ENSELUG00000031919	hnf1ba (ENSELUG00000021708) ##32	SYNRG (ENSELUG00000021831)	dusp14 (ENSELUG00000021870)	tada2a (ENSELUG00000022045)	traf4a (ENSELUG00000022083)	nek8 (ENSELUG00000022112)	TLCD1 (ENSELUG00000022119)	rab34a (ENSELUG00000022157)	zgc:174895 (ENSELUG00000022182)	ENSELUG00000022194	SUPT6H (ENSELUG00000022246)	dhrs11b.2 (ENSELUG00000022275)	YWHAG (ENSELUG00000022319)
Northern pike	MODERN SPECIES	6	ENSELUG00000000416	ANGPTL5 (ENSELUG00000028073)	cfap300 (ENSELUG00000018706)	YAP1 (ENSELUG00000018680)	birc2 (ENSELUG00000018634)	POLQ (ENSELUG00000018460)	ENSELUG00000018380	rpl23a (ENSELUG00000000777)	tlcd1 (ENSELUG00000018334)	ENSELUG00000018326	ENSELUG00000028142	ENSELUG00000028225	pigs (ENSELUG00000018267)	ENSELUG00000025542	ENSELUG00000000767 #21	DYNLL2 (ENSELUG00000018207) ##22	ENSELUG00000018194	heatr6 (ENSELUG00000000752)	ddx52 (ENSELUG00000018002)	tmem135 (ENSELUG00000017974)	ENSELUG00000017872	slc43a2b (ENSELUG00000017760)	PITPNA (ENSELUG00000017724)	INPP5K (ENSELUG00000000699)	nle1 (ENSELUG00000017533)	slc25a1a (ENSELUG00000017456)	ENSELUG00000017440	ENSELUG00000031252	ENSELUG00000017433	ENSELUG00000017429	ENSELUG00000028746
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	96	ENSGT00940000164860.d.a.b	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195.f	ENSGT00940000161894.d	ENSGT00940000164902	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340.g.b	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.b	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.b	ENSGT00940000155585.a.d	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.a ##22	ENSGT00390000001618.r.b #21	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.i ##32	ENSGT00390000010789.c	ENSGT00940000156751.m
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000163234.a.a.f	ENSGT00940000163922.b.f	ENSGT00940000153849.b.c	ENSGT00390000009714.m.a	ENSGT00390000012195.f	ENSGT00940000161894.d	ENSGT00940000164902	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340.g.b	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.b	ENSGT00940000155585.a.d	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.a ##22	ENSGT01000000216432.b	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.i ##32	ENSGT00390000010789.c	ENSGT00940000164527.b.e	ENSGT00940000156751.m	ENSGT00940000158628.k	ENSGT00940000159297.b	ENSGT01010000222313.B.a.l	ENSGT00940000159645.c.a	ENSGT00940000165122.b	ENSGT00940000165122.a.a	ENSGT00940000165341.a	ENSGT00510000047446.n.a	ENSGT00840000129887.g.a.a.a	ENSGT00940000155690.b.b.f
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a.c	ENSGT00940000163234.a.a.f	ENSGT00940000163922.b.f	ENSGT00940000153849.b.c	ENSGT00390000009714.m.a	ENSGT00390000012195.f	ENSGT00940000161894.d	ENSGT00940000164902	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340.g.b	ENSGT00940000177552	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.b	ENSGT00940000155585.a.d	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.a ##22	ENSGT01000000216432.b	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.i ##32	ENSGT00390000010789.c	ENSGT00940000164527.b.e	ENSGT00940000156751.m	ENSGT00940000158628.k	ENSGT00940000159297.b	ENSGT01010000222313.B.a.l	ENSGT00940000159645.d	ENSGT00940000159645.c.a	ENSGT00940000165122.a.a	ENSGT00940000165341.a	ENSGT00510000047446.n.a	ENSGT00940000177105	ENSGT00940000155690.b.b.f
Atlantic salmon	DUPLICATION
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	ENSSSAG00000050374	ENSSSAG00000050217	slc47a4 (ENSSSAG00000101337)	ENSSSAG00000081754	PITPNM3 (ENSSSAG00000116953)	ENSSSAG00000097605	ENSSSAG00000050071	txndc17 (ENSSSAG00000083092)	nxn (ENSSSAG00000050026)	ENSSSAG00000050006	glod4 (ENSSSAG00000049925)	ENSSSAG00000046890	ENSSSAG00000046849	aldoca (ENSSSAG00000046798)	srsf1a (ENSSSAG00000046779)	dynll2a (ENSSSAG00000046760) ##22	ENSSSAG00000046749	hnf1ba (ENSSSAG00000046551) ##32	dusp14 (ENSSSAG00000085214)	ENSSSAG00000086703	tada2a (ENSSSAG00000045649)	traf4 (ENSSSAG00000045610)	nek8 (ENSSSAG00000045418)	ENSSSAG00000089256	ENSSSAG00000120435	rab34a (ENSSSAG00000110634)	zgc:174895 (ENSSSAG00000107605)	ENSSSAG00000085755	SUPT6H (ENSSSAG00000040017)	ENSSSAG00000039857	ENSSSAG00000039794
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	ENSSSAG00000050149	ENSSSAG00000119609	ENSSSAG00000049321	ENSSSAG00000049217	slc47a4 (ENSSSAG00000050134)	pitpnm3 (ENSSSAG00000046823)	ENSSSAG00000084377	TXD17 (ENSSSAG00000046767)	nxn (ENSSSAG00000046721)	ENSSSAG00000046710	GLOD4 (ENSSSAG00000046659)	ENSSSAG00000101932	ALDOC (ENSSSAG00000046596)	sfrs1 (ENSSSAG00000046577)	ENSSSAG00000046567	dynll2a (ENSSSAG00000046544) ##22	hnf1ba (ENSSSAG00000046470) ##32	ENSSSAG00000046269	dusp14 (ENSSSAG00000093884)	tada2a (ENSSSAG00000073189)	traf4a (ENSSSAG00000073173)	ENSSSAG00000086068	nek8 (ENSSSAG00000072815)	TLCD1 (ENSSSAG00000117273)	rab34a (ENSSSAG00000087295)	zgc:174895 (ENSSSAG00000072797)	ENSSSAG00000072795	SUPT6H (ENSSSAG00000072676)	ENSSSAG00000072662	143g2 (ENSSSAG00000072660)	ENSSSAG00000072659
River trout	MODERN SPECIES	4	serpinf2b (ENSSTUG00000037334)	ENSSTUG00000037259	ENSSTUG00000037082	slc47a4 (ENSSTUG00000037023)	PITPNM3 (ENSSTUG00000036977)	ENSSTUG00000036921	txndc17 (ENSSTUG00000036906)	nxn (ENSSTUG00000036870)	ENSSTUG00000036860	glod4 (ENSSTUG00000036728)	ENSSTUG00000036718	BLTP2 (ENSSTUG00000036117)	RSKR (ENSSTUG00000036077)	aldoca (ENSSTUG00000036003)	srsf1a (ENSSTUG00000035990)	dynll2a (ENSSTUG00000035979) ##22	ENSSTUG00000035973	hnf1ba (ENSSTUG00000035911) ##32	ENSSTUG00000035647	dusp14 (ENSSTUG00000035634)	tada2a (ENSSTUG00000035431)	traf4a (ENSSTUG00000035352)	nek8 (ENSSTUG00000035295)	tlcd1 (ENSSTUG00000035284)	rab34a (ENSSTUG00000035216)	zgc:174895 (ENSSTUG00000035196)	ENSSTUG00000035185	SUPT6H (ENSSTUG00000033839)	ENSSTUG00000033741	ca4b (ENSSTUG00000033688)	YWHAG (ENSSTUG00000033678)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158386.d.d	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a.c	ENSGT00940000163234.a.a.f	ENSGT00940000163922.b.f	ENSGT00940000164860.d.a.b	ENSGT00390000009714.m.a	ENSGT00390000012195.f	ENSGT00940000161894.d	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340.g.b	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.b	ENSGT00940000155585.a.d	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.a ##22	ENSGT01000000216432.b	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.i ##32	ENSGT00390000010789.c	ENSGT00940000164527.b.e	ENSGT00940000156751.m	ENSGT00940000158628.k	ENSGT00940000168454	ENSGT01010000222313.B.a.l	ENSGT00940000159645.c.a	ENSGT00940000165122.b	ENSGT00940000165341.a	ENSGT00510000047446.n.a	ENSGT00840000129887.g.a.a.a	ENSGT00940000155690.b.b.f	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.h
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000158386.d.d	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a.c	ENSGT00940000163234.a.a.f	ENSGT00940000163922.b.f	ENSGT00940000153849.b.c	ENSGT00390000009714.m.a	ENSGT00390000012195.f	ENSGT00940000161894.d	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340.g.b	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.a.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.b	ENSGT00940000155585.a.d	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.a ##22	ENSGT01000000216432.b	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.i ##32	ENSGT00390000010789.c	ENSGT00940000164527.b.e	ENSGT00940000156751.m	ENSGT00940000158628.k	ENSGT01010000222313.B.a.l	ENSGT00940000159645.c.a	ENSGT00940000165122.b	ENSGT00940000165341.a	ENSGT00510000047446.n.a	ENSGT00840000129887.g.a.a.a	ENSGT00940000155690.b.b.f	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.h	ENSGT00940000154890.a.b.c
Chinook salmon	MODERN SPECIES	5	ENSOTSG00005002870	ENSOTSG00005002865	SLC25A10 (ENSOTSG00005002812)	ENSOTSG00005002805	PITPNM3 (ENSOTSG00005002793)	ENSOTSG00005002787	ENSOTSG00005002782	txndc17 (ENSOTSG00005002780)	nxn (ENSOTSG00005002764)	ENSOTSG00005002757	glod4 (ENSOTSG00005002678)	BLTP2 (ENSOTSG00005002450)	RSKR (ENSOTSG00005002444)	aldoca (ENSOTSG00005002437)	srsf1a (ENSOTSG00005002433)	dynll2a (ENSOTSG00005002430) ##22	ENSOTSG00005002424	hnf1ba (ENSOTSG00005002391) ##32	SYNRG (ENSOTSG00005002314)	dusp14 (ENSOTSG00005002287)	tada2a (ENSOTSG00005002068)	traf4a (ENSOTSG00005009409)	tlcd1 (ENSOTSG00005009408)	rab34a (ENSOTSG00005009314)	zgc:174895 (ENSOTSG00005009313)	ENSOTSG00005009312	SUPT6H (ENSOTSG00005009309)	ENSOTSG00005009308	ca4b (ENSOTSG00005009307)	YWHAG (ENSOTSG00005009305)	camkk1b (ENSOTSG00005008367)
Coho salmon	MODERN SPECIES	9	ENSOKIG00005024120	slc47a4 (ENSOKIG00005024464)	PITPNM3 (ENSOKIG00005024497)	ENSOKIG00005024537	ENSOKIG00005024545	txndc17 (ENSOKIG00005024557)	nxn (ENSOKIG00005024574)	ENSOKIG00005024668	glod4 (ENSOKIG00005024699)	BLTP2 (ENSOKIG00005024862)	ENSOKIG00005025391	RSKR (ENSOKIG00005025421)	aldoca (ENSOKIG00005025431)	srsf1a (ENSOKIG00005025452)	ENSOKIG00005025470	dynll2a (ENSOKIG00005025486) ##22	hnf1ba (ENSOKIG00005025503) ##32	SYNRG (ENSOKIG00005025548)	dusp14 (ENSOKIG00005025654)	tada2a (ENSOKIG00005025705)	traf4a (ENSOKIG00005026197)	tlcd1 (ENSOKIG00005026210)	rab34a (ENSOKIG00005026222)	ENSOKIG00005026442	ENSOKIG00005026480	SUPT6H (ENSOKIG00005026519)	ENSOKIG00005027243	ENSOKIG00005027311	YWHAG (ENSOKIG00005027365)	CAMKK1 (ENSOKIG00005027392)	ENSOKIG00005027640
Rainbow trout	MODERN SPECIES	16	ENSOMYG00000017133	ENSOMYG00000017063	ENSOMYG00000016950	slc47a4 (ENSOMYG00000016908)	ENSOMYG00000016883	ENSOMYG00000016874	ENSOMYG00000066337	ENSOMYG00000016849	txndc17 (ENSOMYG00000016823)	nxn (ENSOMYG00000016722)	glod4 (ENSOMYG00000016655)	ENSOMYG00000016486	ENSOMYG00000016414	aldoca (ENSOMYG00000016308)	srsf1a (ENSOMYG00000016293)	dynll2a (ENSOMYG00000016273) ##22	ENSOMYG00000016257	hnf1ba (ENSOMYG00000016172) ##32	ENSOMYG00000016070	dusp14 (ENSOMYG00000016031)	tada2a (ENSOMYG00000015392)	traf4a (ENSOMYG00000015225)	ENSOMYG00000057123	ENSOMYG00000075267	TLCD1 (ENSOMYG00000015202)	RAB34 (ENSOMYG00000015063)	ENSOMYG00000015029	ENSOMYG00000015009	SUPT6H (ENSOMYG00000014654)	ca4 (ENSOMYG00000014583)	ENSOMYG00000014557
Huchen	MODERN SPECIES	515	SLC13A5 (ENSHHUG00000022751)	ENSHHUG00000022707	slc47a4 (ENSHHUG00000022691)	ENSHHUG00000022660	ENSHHUG00000022650	ENSHHUG00000022613	txndc17 (ENSHHUG00000022588)	nxn (ENSHHUG00000022568)	ENSHHUG00000022545	glod4 (ENSHHUG00000022512)	ENSHHUG00000022470	ENSHHUG00000022475	aldoca (ENSHHUG00000022442)	ENSHHUG00000022441	srsf1a (ENSHHUG00000022408)	dynll2a (ENSHHUG00000022384) ##22	ENSHHUG00000022383 #21	hnf1ba (ENSHHUG00000022330) ##32	SYNRG (ENSHHUG00000022245)	dusp14 (ENSHHUG00000022239)	tada2a (ENSHHUG00000022134)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	351									ENSGT00390000012195.e	ENSGT00940000161894.c	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340.g.a	ENSGT00940000160082.a.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.a	ENSGT00940000155585.a.c	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.j ##32	ENSGT00390000010789.d	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751.n	ENSGT00940000158628.l	ENSGT00940000159297.a	ENSGT01010000222313.B.a.k	ENSGT00940000159645.c.b	ENSGT00940000165122.a.b	ENSGT00940000165341.b	ENSGT00510000047446.n.b	ENSGT00840000129887.g.a.a.b	ENSGT00940000155690.b.b.e	ENSGT00950000183203.d.c	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.g
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158386.d.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a.d	ENSGT00940000163234.a.a.e	ENSGT00940000163922.b.e	ENSGT00940000153849.b.d	ENSGT00940000164860.d.a.a	ENSGT00390000009714.m.b	ENSGT00390000012195.e	ENSGT00940000161894.c	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340.g.a	ENSGT00940000160082.a.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.a	ENSGT00940000155585.a.c	ENSGT01000000216432.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.j ##32	ENSGT00390000010789.d	ENSGT00940000164527.b.f	ENSGT00940000156751.n	ENSGT00940000158628.l	ENSGT00940000159297.a	ENSGT01010000222313.B.a.k	ENSGT00940000159645.c.b	ENSGT00940000165122.a.b	ENSGT00940000165341.b	ENSGT00510000047446.n.b	ENSGT00840000129887.g.a.a.b	ENSGT00940000155690.b.b.e	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.g	ENSGT00940000154890.a.b.d
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000012403.o.b.b	ENSGT00930000151039.f	ENSGT00940000158386.d.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a.d	ENSGT00940000163234.a.a.e	ENSGT00940000163922.b.e	ENSGT00940000153849.b.d	ENSGT00390000012195.e	ENSGT00940000161894.c	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340.g.a	ENSGT00940000160082.a.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.a	ENSGT00940000155585.a.c	ENSGT01000000216432.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.j ##32	ENSGT00390000010789.d	ENSGT00940000164527.b.f	ENSGT00940000156751.n	ENSGT00940000158628.l	ENSGT00940000159297.a	ENSGT01010000222313.B.a.k	ENSGT00940000159645.c.b	ENSGT00990000210122.a	ENSGT00940000165341.b	ENSGT00510000047446.n.b	ENSGT00840000129887.g.a.a.b	ENSGT00940000155690.b.b.e	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.g	ENSGT00940000154890.a.b.d
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	ENSOMYG00000072112	ENSOMYG00000040571	ENSOMYG00000040650	ENSOMYG00000040617	ENSOMYG00000065189	slc47a4 (ENSOMYG00000040582)	ENSOMYG00000040479	txndc17 (ENSOMYG00000040448)	nxn (ENSOMYG00000040432)	ENSOMYG00000040411	glod4 (ENSOMYG00000040399)	ENSOMYG00000040381	aldoca (ENSOMYG00000040349)	srsf1a (ENSOMYG00000040327)	ENSOMYG00000040321	dynll2a (ENSOMYG00000040309) ##22	hnf1ba (ENSOMYG00000040263) ##32	ENSOMYG00000040207	dusp14 (ENSOMYG00000040098)	ENSOMYG00000040090	tada2a (ENSOMYG00000040056)	traf4a (ENSOMYG00000050291)	nek8 (ENSOMYG00000039894)	TLCD1 (ENSOMYG00000039827)	rab34a (ENSOMYG00000039806)	ENSOMYG00000039774	ENSOMYG00000039762	SUPT6H (ENSOMYG00000039596)	dhrs11b.1 (ENSOMYG00000039424)	ENSOMYG00000039410	ywhag2 (ENSOMYG00000039391)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000012403.o.b.b	ENSGT00930000151039.f	ENSGT00940000158386.d.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a.d	ENSGT00940000163234.a.a.e	ENSGT00940000163922.b.e	ENSGT00940000153849.b.d	ENSGT00390000012195.e	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000161894.c	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340.g.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.a	ENSGT00940000155585.a.c	ENSGT01000000216432.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.j ##32	ENSGT00390000010789.d	ENSGT00940000164527.b.f	ENSGT00940000156751.n	ENSGT00940000158628.l	ENSGT00940000159297.a	ENSGT01010000222313.B.a.k	ENSGT00940000159645.c.b	ENSGT00990000210122.a	ENSGT00940000165341.b	ENSGT00510000047446.n.b	ENSGT00840000129887.g.a.a.b	ENSGT00940000155690.b.b.e	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.g	ENSGT00940000154890.a.b.d
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	dph1 (ENSOTSG00005039121)	rtn4rl1b (ENSOTSG00005039119)	rpa1 (ENSOTSG00005033822)	serpinf2b (ENSOTSG00005033794)	SLC13A5 (ENSOTSG00005033773)	ENSOTSG00005033754	slc47a4 (ENSOTSG00005033716)	txndc17 (ENSOTSG00005033712)	ENSOTSG00005033660	MRM3 (ENSOTSG00005033655)	ENSOTSG00005033654	glod4 (ENSOTSG00005033652)	aldoca (ENSOTSG00005033650)	srsf1a (ENSOTSG00005033649)	ENSOTSG00005033648	dynll2a (ENSOTSG00005033647) ##22	hnf1ba (ENSOTSG00005033645) ##32	ENSOTSG00005033632	dusp14 (ENSOTSG00005033631)	tada2a (ENSOTSG00005033374)	ENSOTSG00005033373	traf4a (ENSOTSG00005033354)	nek8 (ENSOTSG00005033339)	tlcd1 (ENSOTSG00005033335)	rab34a (ENSOTSG00005033317)	ENSOTSG00005033316	ENSOTSG00005033314	SUPT6H (ENSOTSG00005033222)	ENSOTSG00005033188	ca4b (ENSOTSG00005033181)	YWHAG (ENSOTSG00005010542)
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	rtn4rl1b (ENSOKIG00005045911)	rpa1 (ENSOKIG00005044537)	ENSOKIG00005044360	ENSOKIG00005044335	SLC13A5 (ENSOKIG00005044279)	ENSOKIG00005044197	slc47a4 (ENSOKIG00005044146)	PITPNM3 (ENSOKIG00005043713)	txndc17 (ENSOKIG00005043580)	nxn (ENSOKIG00005043551)	MRM3 (ENSOKIG00005043538)	glod4 (ENSOKIG00005043473)	aldoca (ENSOKIG00005043440)	srsf1a (ENSOKIG00005043383)	ENSOKIG00005043364	dynll2a (ENSOKIG00005043335) ##22	hnf1ba (ENSOKIG00005043174) ##32	ENSOKIG00005043156	SYNRG (ENSOKIG00005043039)	dusp14 (ENSOKIG00005043006)	ENSOKIG00005042979	tada2a (ENSOKIG00005042558)	traf4a (ENSOKIG00005042391)	nek8 (ENSOKIG00005042310)	TLCD1 (ENSOKIG00005042266)	rab34a (ENSOKIG00005042111)	ENSOKIG00005042049	ENSOKIG00005042032	ENSOKIG00005042025	SUPT6H (ENSOKIG00005040793)	dhrs11b.1 (ENSOKIG00005040633)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00930000151039.f	ENSGT00940000158386.d.c	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.b.a.d	ENSGT00940000163234.a.a.e	ENSGT00940000163922.b.e	ENSGT00940000164860.d.a.a	ENSGT00390000009714.m.b	ENSGT00390000012195.e	ENSGT00940000161894.c	ENSGT00940000166642	ENSGT00390000012340.g.a	ENSGT00940000160082.a.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.o.a	ENSGT00940000155585.a.c	ENSGT01000000216432.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.e.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.j ##32	ENSGT00390000010789.d	ENSGT00940000164527.b.f	ENSGT00940000156751.n	ENSGT00940000158628.l	ENSGT00940000159297.a	ENSGT01010000222313.B.a.k	ENSGT00940000159645.c.b	ENSGT00940000165122.a.b	ENSGT00940000165341.b	ENSGT00510000047446.n.b	ENSGT00840000129887.g.a.b	ENSGT00940000155690.b.b.e	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.g	ENSGT00990000212790
River trout	MODERN SPECIES	18	ENSSTUG00000049175	serpinf2b (ENSSTUG00000049164)	SLC13A5 (ENSSTUG00000049122)	ENSSTUG00000049074	slc47a4 (ENSSTUG00000049057)	ENSSTUG00000048844	ENSSTUG00000048816	txndc17 (ENSSTUG00000048813)	nxn (ENSSTUG00000048800)	mrm3a (ENSSTUG00000048795)	glod4 (ENSSTUG00000048773)	RSKR (ENSSTUG00000048767)	aldoca (ENSSTUG00000048760)	srsf1a (ENSSTUG00000048758)	ENSSTUG00000048754	dynll2a (ENSSTUG00000048750) ##22	hnf1ba (ENSSTUG00000048716) ##32	ENSSTUG00000048675	dusp14 (ENSSTUG00000048667)	cox17 (ENSSTUG00000048666)	tada2a (ENSSTUG00000048440)	traf4a (ENSSTUG00000048413)	nek8 (ENSSTUG00000048375)	tlcd1 (ENSSTUG00000048346)	rab34a (ENSSTUG00000048307)	ENSSTUG00000048293	ENSSTUG00000048289	SUPT6H (ENSSTUG00000048181)	dhrs11b.2 (ENSSTUG00000048172)	ca4b (ENSSTUG00000048164)	YWHAG (ENSSTUG00000048160)
Huchen	MODERN SPECIES	763														aldoca (ENSHHUG00000019126)	srsf1a (ENSHHUG00000019089)	dynll2a (ENSHHUG00000018980) ##22	ENSHHUG00000018969	hnf1ba (ENSHHUG00000018938) ##32	ENSHHUG00000018774	dusp14 (ENSHHUG00000018769)	tada2a (ENSHHUG00000018733)	traf4a (ENSHHUG00000018707)	nek8 (ENSHHUG00000018628)	tlcd1 (ENSHHUG00000018625)	rab34a (ENSHHUG00000018587)	zgc:174895 (ENSHHUG00000018582)	ENSHHUG00000018578	SUPT6H (ENSHHUG00000018453)	ENSHHUG00000018421	ca4b (ENSHHUG00000018411)	ENSHHUG00000018401
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	1401															ENSGT00940000164330.j.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.f ##22	ENSGT00390000016675
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	138					ENSGT00940000156933.d.b	ENSGT00390000012429	ENSGT00950000182767.b.a.b.b.b	ENSGT00950000183090.D	ENSGT00990000210835	ENSGT00940000154943.eb.b	ENSGT00510000047559	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00940000154175.e.a	ENSGT00940000155585.b.h	ENSGT00940000164330.j.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.f ##22	ENSGT00390000016675	ENSGT00910000144784.b	ENSGT00940000163234.a.b.e	ENSGT00940000163922.a	ENSGT00510000048311	ENSGT00940000157301.b.e	ENSGT01050000244891.B	ENSGT00450000040326	ENSGT00940000164070.b	ENSGT00940000155349.d	ENSGT00940000155947.b.c	ENSGT00940000158923.e.d	ENSGT00940000155551.sb	ENSGT00940000165963.f	ENSGT00940000154267.B
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	624															ENSGT00940000164330.j.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.f ##22
Rainbow trout	MODERN SPECIES	1	ENSOMYG00000076454	ENSOMYG00000063948	ENSOMYG00000071192	ENSOMYG00000053902	ENSOMYG00000070579	ENSOMYG00000060799	ENSOMYG00000061754	sodc (ENSOMYG00000006482)	ENSOMYG00000057103	ENSOMYG00000059488	ENSOMYG00000056066	ENSOMYG00000067992	ENSOMYG00000001973	ENSOMYG00000001874	ENSOMYG00000001850	ENSOMYG00000001843 ##22	ENSOMYG00000001823
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	379															ENSGT00940000164330.j.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.f ##22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675
Chinook salmon	MODERN SPECIES	153							ENSOTSG00005040881	CCDC127 (ENSOTSG00005040882)	ENSOTSG00005040883	ENSOTSG00005040884	ENSOTSG00005040885	ENSOTSG00005040887	birc2 (ENSOTSG00005040888)	rpl23a (ENSOTSG00005040890)	ENSOTSG00005040892	ENSOTSG00005040898 ##22	ENSOTSG00005040899	ENSOTSG00005040900	ENSOTSG00005040901	mapre3b (ENSOTSG00005040902)
Coho salmon	MODERN SPECIES	20	ENSOKIG00005044544	SLC43A2 (ENSOKIG00005044615)	ENSOKIG00005045516	ENSOKIG00005045519	ENSOKIG00005045521	ENSOKIG00005045532	mia (ENSOKIG00005045541)	alg9 (ENSOKIG00005045587)	ENSOKIG00005046260	dlat (ENSOKIG00005046286)	ENSOKIG00005046476	CFAP300 (ENSOKIG00005046497)	ENSOKIG00005046505	ENSOKIG00005046542	SRSF1 (ENSOKIG00005046650)	ENSOKIG00005046656 ##22	ENSOKIG00005046663	heatr6 (ENSOKIG00005046679)
Huchen	MODERN SPECIES	10638																ENSHHUG00000015707 ##22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT01020000230351.E.c ##37	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00940000166642.e	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a	ENSGT00950000182901	ENSGT00940000159645	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341	ENSGT00840000129887.g.a
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	502												ENSGT00940000160082.a.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT01100000264080	ENSGT00390000016675
Atlantic herring	MODERN SPECIES	25	tmem97 (ENSCHAG00000026954)	ift20 (ENSCHAG00000026955)	tnfaip1 (ENSCHAG00000026956)	SGSM2 (ENSCHAG00000026983)	tpst1 (ENSCHAG00000027141)	ENSCHAG00000027156	aldh3a2a (ENSCHAG00000027187)	socs9 (ENSCHAG00000027207)	lrfn1 (ENSCHAG00000027211)	igsf11 (ENSCHAG00000027220)	ENSCHAG00000027224	LSAMP (ENSCHAG00000027228)	gap43 (ENSCHAG00000027231)	ENSCHAG00000027235	ENSCHAG00000027238	dynll2a (ENSCHAG00000027241) ##22	ENSCHAG00000027243	hnf1ba (ENSCHAG00000027245) ##32	SYNRG (ENSCHAG00000027269)	dusp14 (ENSCHAG00000027289)	tada2a (ENSCHAG00000027311)	siae (ENSCHAG00000027385)	tbrg1 (ENSCHAG00000027392)	cfap45 (ENSCHAG00000027404)	ENSCHAG00000027417	bckdha (ENSCHAG00000027422)	exosc5 (ENSCHAG00000027431)	TMEM91 (ENSCHAG00000027435)	ppp1r13l (ENSCHAG00000027438)	opa3 (ENSCHAG00000027439)	rasgrp4 (ENSCHAG00000027444)
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	ENSDCDG00000004695	psma6l (ENSDCDG00000004690)	ENSDCDG00000004686	SAMD4B (ENSDCDG00000004671)	GMFG (ENSDCDG00000004661)	paf1 (ENSDCDG00000004580)	socs9 (ENSDCDG00000004571)	lrfn1 (ENSDCDG00000004568)	igsf11 (ENSDCDG00000004566)	ENSDCDG00000004564	LSAMP (ENSDCDG00000004561)	gap43 (ENSDCDG00000004558)	ENSDCDG00000004554	MPZL2 (ENSDCDG00000004548)	ENSDCDG00000004546	dynll2a (ENSDCDG00000004542) ##22	hnf1ba (ENSDCDG00000004535) ##32	ENSDCDG00000004531	gap43 (ENSDCDG00000004526)	ENSDCDG00000004524	MPZL2 (ENSDCDG00000004519)	dynll2a (ENSDCDG00000004516) ##22	hnf1ba (ENSDCDG00000004512) ##32	SYNRG (ENSDCDG00000004442)	dusp14 (ENSDCDG00000004431)	tada2a (ENSDCDG00000004378)	traf4a (ENSDCDG00000004355)	nek8 (ENSDCDG00000004344)	tlcd1 (ENSDCDG00000004342)	rab34a (ENSDCDG00000004340)	zgc:174895 (ENSDCDG00000004337)
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	socs9 (ENSDCDG00000004571)	lrfn1 (ENSDCDG00000004568)	igsf11 (ENSDCDG00000004566)	ENSDCDG00000004564	LSAMP (ENSDCDG00000004561)	gap43 (ENSDCDG00000004558)	ENSDCDG00000004554	MPZL2 (ENSDCDG00000004548)	ENSDCDG00000004546	dynll2a (ENSDCDG00000004542) ##22	hnf1ba (ENSDCDG00000004535) ##32	ENSDCDG00000004531	gap43 (ENSDCDG00000004526)	ENSDCDG00000004524	MPZL2 (ENSDCDG00000004519)	dynll2a (ENSDCDG00000004516) ##22	hnf1ba (ENSDCDG00000004512) ##32	SYNRG (ENSDCDG00000004442)	dusp14 (ENSDCDG00000004431)	tada2a (ENSDCDG00000004378)	traf4a (ENSDCDG00000004355)	nek8 (ENSDCDG00000004344)	tlcd1 (ENSDCDG00000004342)	rab34a (ENSDCDG00000004340)	zgc:174895 (ENSDCDG00000004337)	ENSDCDG00000004330	dhrs11b.2 (ENSDCDG00000004318)	ENSDCDG00000004306	YWHAG (ENSDCDG00000004302)	camkk1b (ENSDCDG00000004181)	ENSDCDG00000004160
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	291			ENSDCDG00000011874	ENSDCDG00000013511	BRCC3 (ENSDCDG00000013522)	cmc4 (ENSDCDG00000013540)	fundc2 (ENSDCDG00000013568)	TMEM164 (ENSDCDG00000013719)	ammecr1 (ENSDCDG00000013721)	ENSDCDG00000012899	RSKR (ENSDCDG00000012900)	aldocb (ENSDCDG00000012902)	pigs (ENSDCDG00000012903)	srsf1b (ENSDCDG00000013105)	ENSDCDG00000013113	dynll2a (ENSDCDG00000013117) ##22	heatr6 (ENSDCDG00000013123)	ENSDCDG00000013138	ENSDCDG00000013143	GABRA3 (ENSDCDG00000013149)	ENSDCDG00000013185	ENSDCDG00000013363	ENSDCDG00000013369	ENSDCDG00000013372	heatr6 (ENSDCDG00000013618)	ENSDCDG00000013722	dynll2a (ENSDCDG00000013725) ##22	srsf1b (ENSDCDG00000013728)	pigs (ENSDCDG00000013744)	aldocb (ENSDCDG00000014230)	ENSDCDG00000014243
Denticle herring	MODERN SPECIES	291						ENSDCDG00000014686	cmc4 (ENSDCDG00000014666)	fundc2 (ENSDCDG00000014658)	TMEM164 (ENSDCDG00000014620)	ammecr1 (ENSDCDG00000014617)	ENSDCDG00000014612	ENSDCDG00000014243	aldocb (ENSDCDG00000014230)	pigs (ENSDCDG00000013744)	srsf1b (ENSDCDG00000013728)	dynll2a (ENSDCDG00000013725) ##22	ENSDCDG00000013722	heatr6 (ENSDCDG00000013618)	ENSDCDG00000013372	ENSDCDG00000013369	ENSDCDG00000013363	ENSDCDG00000013185	GABRA3 (ENSDCDG00000013149)	ENSDCDG00000013143	ENSDCDG00000013138	heatr6 (ENSDCDG00000013123)	dynll2a (ENSDCDG00000013117) ##22	ENSDCDG00000013113	srsf1b (ENSDCDG00000013105)	pigs (ENSDCDG00000012903)	aldocb (ENSDCDG00000012902)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	412												ENSGT01030000235164	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000263854.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	309															ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000263854.a
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	42													ENSGT00940000173670	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00390000003682	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00390000010239	ENSGT00390000002511	ENSGT00390000012903	ENSGT00530000065225	ENSGT00940000153877.a.a.a	ENSGT00940000156902.a	ENSGT00940000157207.a.b	ENSGT00450000040324.b	ENSGT00940000156811.a	ENSGT00990000204366	ENSGT00940000155841.c.a	ENSGT00940000163383	ENSGT00950000183101.a.b.b.a.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22
Mexicana tetra	MODERN SPECIES		CALN1 (ENSAMXG00000004126)	GALNT17 (ENSAMXG00000004115)	flot2b (ENSAMXG00000004104)	FAM222B (ENSAMXG00000029486)	p2rx8 (ENSAMXG00000004084) ##37	txndc17 (ENSAMXG00000041375)	nxn (ENSAMXG00000032024)	mrm3a (ENSAMXG00000030559)	glod4 (ENSAMXG00000004059)	ENSAMXG00000029951	BLTP2 (ENSAMXG00000004053)	ENSAMXG00000032315	aldoca (ENSAMXG00000004047)	srsf1a (ENSAMXG00000035996)	ENSAMXG00000012944 #21	dynll2a (ENSAMXG00000029047) ##22	hnf1ba (ENSAMXG00000004039) ##32	SYNRG (ENSAMXG00000004038)	dusp14 (ENSAMXG00000025808)	tada2a (ENSAMXG00000004036)	traf4a (ENSAMXG00000033861)	nek8 (ENSAMXG00000004017)	TLCD1 (ENSAMXG00000041564)	rab34a (ENSAMXG00000043003)	zgc:174895 (ENSAMXG00000004003)	ENSAMXG00000003998	DHRS11 (ENSAMXG00000041118)	DHRS11 (ENSAMXG00000003995)	DHRS11 (ENSAMXG00000037800)	ca4b (ENSAMXG00000003989)	YWHAG (ENSAMXG00000034020)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	1701													aldoca (ENSPNAG00000007045)	srsf1a (ENSPNAG00000022241)	ENSPNAG00000022215 #21	dynll2a (ENSPNAG00000022195) ##22
Channel catfish	MODERN SPECIES	8	ENSIPUG00000016398	CALN1 (ENSIPUG00000016416)	wbscr17 (ENSIPUG00000016429)	flot2b (ENSIPUG00000016493)	FAM222B (ENSIPUG00000016565)	p2rx8 (ENSIPUG00000016595) ##37	txndc17 (ENSIPUG00000016742)	nxn (ENSIPUG00000016761)	mrm3 (ENSIPUG00000016782)	glod4 (ENSIPUG00000016803)	ENSIPUG00000016855	BLTP2 (ENSIPUG00000016872)	ENSIPUG00000016935	aldoca (ENSIPUG00000016952)	srsf1a (ENSIPUG00000017039)	dynll2a (ENSIPUG00000017060) ##22	ENSIPUG00000017072	hnf1b (ENSIPUG00000017093) ##32	synrg (ENSIPUG00000017171)	dusp14 (ENSIPUG00000017313)	tada2a (ENSIPUG00000017328)	traf4 (ENSIPUG00000017360)	nek8 (ENSIPUG00000017396)	TLCD1 (ENSIPUG00000017440)	rab34a (ENSIPUG00000017447)	zgc:174895 (ENSIPUG00000017468)	ENSIPUG00000017498	ca4b (ENSIPUG00000017504)	YWHAG (ENSIPUG00000017530)	c2cd3 (ENSIPUG00000017538)	or95a1 (ENSIPUG00000017625)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	250												ENSGT01030000235164	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000263854.a
Zebrafish	MODERN SPECIES	6	tmem120ab (ENSDARG00000042379)	tyw1 (ENSDARG00000062987)	CALN1 (ENSDARG00000088898)	GALNT17 (ENSDARG00000042418)	flot2b (ENSDARG00000069774)	FAM222B (ENSDARG00000078578)	p2rx8 (ENSDARG00000024139) ##37	txndc17 (ENSDARG00000058079)	nxn (ENSDARG00000033978)	mrm3a (ENSDARG00000016543)	glod4 (ENSDARG00000042509)	BLTP2 (ENSDARG00000030945)	ENSDARG00000087176	aldoca (ENSDARG00000057661)	srsf1a (ENSDARG00000057691)	dynll2a (ENSDARG00000069790) ##22	hnf1ba (ENSDARG00000006615) ##32	SYNRG (ENSDARG00000073926)	dusp14 (ENSDARG00000057625)	tada2a (ENSDARG00000031562)	ENSDARG00000097340	ENSDARG00000097793	traf4a (ENSDARG00000003963)	nek8 (ENSDARG00000045626)	rab34a (ENSDARG00000045628)	zgc:174895 (ENSDARG00000079416)	ENSDARG00000069823	dhrs11b.2 (ENSDARG00000004141)	dhrs11b.1 (ENSDARG00000031299)	ca4b (ENSDARG00000042293)	ENSDARG00000090126
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.i.a ##22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	881															ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.i.a ##22	ENSGT01100000263854.a.b
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	495	CALN1 (ENSSGRG00000046540)	GALNT17 (ENSSGRG00000046541)	GALNT17 (ENSSGRG00000046542)	FLOT2 (ENSSGRG00000046544)	FAM222B (ENSSGRG00000046545)	txndc17 (ENSSGRG00000046546)	ENSSGRG00000046547	ENSSGRG00000046548	ENSSGRG00000046550	ENSSGRG00000046551	BLTP2 (ENSSGRG00000001313)	ENSSGRG00000001913	ENSSGRG00000001914	ENSSGRG00000001915	srsf1a (ENSSGRG00000001916)	dynll2a (ENSSGRG00000001927) ##22	ENSSGRG00000001966	ENSSGRG00000001967	hnf1ba (ENSSGRG00000001975) ##32	SYNRG (ENSSGRG00000002172)	dusp14 (ENSSGRG00000002863)	tada2a (ENSSGRG00000002891)
Goldfish	MODERN SPECIES	34	ENSCARG00000009939	ENSCARG00000009947	ENSCARG00000010035	ENSCARG00000012068	ENSCARG00000012076	flot2b (ENSCARG00000012188)	FAM222B (ENSCARG00000013422)	txndc17 (ENSCARG00000013423)	nxn (ENSCARG00000013432)	ENSCARG00000013440	glod4 (ENSCARG00000013447)	BLTP2 (ENSCARG00000013569)	aldoca (ENSCARG00000013687)	ENSCARG00000013830	ENSCARG00000013851 #21	dynll2a (ENSCARG00000013861) ##22	ENSCARG00000013867	hnf1ba (ENSCARG00000013869) ##32	SYNRG (ENSCARG00000013941)	dusp14 (ENSCARG00000015212)	tada2a (ENSCARG00000015245)	traf4a (ENSCARG00000015430)	rab34a (ENSCARG00000015446)	ENSCARG00000015463	ENSCARG00000015465	dhrs11b.2 (ENSCARG00000015471)	dhrs11b.1 (ENSCARG00000015474)	YWHAG (ENSCARG00000015490)	camkk1b (ENSCARG00000015494)	C2CD3 (ENSCARG00000015499)	med29 (ENSCARG00000015506)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00510000047059.c	ENSGT00940000159212.a.i	ENSGT00940000156014.b	ENSGT00560000077232.B.g.a.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.a	ENSGT01020000230351.E.c ##37	ENSGT00390000012195.c	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642.e	ENSGT00390000012340.i	ENSGT00600000084481.a	ENSGT00940000177065	ENSGT00940000160082.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.b.l	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.i.b ##22	ENSGT01100000263854.a	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.u.b ##32	ENSGT00390000010789.a	ENSGT00940000164527.b.d	ENSGT00940000156751.l.b	ENSGT00940000156751.l.a	ENSGT00940000158628.o.a	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT00940000159645.g.b	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341.c	ENSGT00840000129887.g.a.j.b	ENSGT00940000155690.b.b	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.i
Goldfish	MODERN SPECIES	6	CALN1 (ENSCARG00000052306)	GALNT17 (ENSCARG00000052334)	flot2b (ENSCARG00000052461)	FAM222B (ENSCARG00000052591)	p2rx8 (ENSCARG00000052607) ##37	txndc17 (ENSCARG00000052672)	nxn (ENSCARG00000052702)	ENSCARG00000052845	mrm3a (ENSCARG00000052853)	glod4 (ENSCARG00000052880)	BLTP2 (ENSCARG00000053098)	ENSCARG00000053845	ENSCARG00000053866	aldoca (ENSCARG00000053888)	srsf1a (ENSCARG00000054010)	dynll2a (ENSCARG00000050036) ##22	ENSCARG00000050047	hnf1ba (ENSCARG00000050074) ##32	SYNRG (ENSCARG00000050176)	dusp14 (ENSCARG00000050926)	ENSCARG00000050932	P4HA3 (ENSCARG00000050945)	ENSCARG00000051068	diabloa (ENSCARG00000051097)	ENSCARG00000051167	RRP8 (ENSCARG00000051199)	med29 (ENSCARG00000051217)	ENSCARG00000051593	camkk1b (ENSCARG00000051638)	YWHAG (ENSCARG00000052148)	ca4b (ENSCARG00000052157)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000156673.i	ENSGT00390000007848.a.c	ENSGT00510000047059.c	ENSGT00940000159212.a.i	ENSGT00940000156014.b	ENSGT00560000077232.B.g.a.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b.a	ENSGT01020000230351.E.c ##37	ENSGT00390000012195.c	ENSGT00940000165363	ENSGT00940000161894	ENSGT00940000166642.e	ENSGT00390000012340.i	ENSGT00600000084481.a	ENSGT00940000160082.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.i.b ##22	ENSGT01100000263854.a.a	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.u.b ##32	ENSGT00390000010789.a	ENSGT00940000164527.b.d	ENSGT00940000156751.l.b	ENSGT00940000156751.l.a	ENSGT00940000158628.o.a	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT00940000159645.g.b	ENSGT00940000165122	ENSGT00940000165341.c	ENSGT00840000129887.g.a.j.b	ENSGT01090000260061.c.a.c.a.a.a.i	ENSGT00940000154890.a.b.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	26	tmem120ab (ENSCCRG00000006863)	tyw1 (ENSCCRG00000006852)	ENSCCRG00000062402	GALNT17 (ENSCCRG00000006844)	flot2b (ENSCCRG00000054407)	ENSCCRG00000074697	p2rx8 (ENSCCRG00000006836) ##37	txndc17 (ENSCCRG00000058973)	nxn (ENSCCRG00000008207)	mrm3a (ENSCCRG00000061759)	glod4 (ENSCCRG00000021537)	ENSCCRG00000021523	ENSCCRG00000071659	srsf1a (ENSCCRG00000008218)	ENSCCRG00000078088	dynll2a (ENSCCRG00000075644) ##22	hnf1ba (ENSCCRG00000025630) ##32	ENSCCRG00000002208	dusp14 (ENSCCRG00000055314)	tada2a (ENSCCRG00000056430)	traf4a (ENSCCRG00000073394)	nek8 (ENSCCRG00000033641)	rab34a (ENSCCRG00000033632)	zgc:174895 (ENSCCRG00000066425)	ENSCCRG00000033574	dhrs11b.2 (ENSCCRG00000033626)	dhrs11b.2 (ENSCCRG00000056327)	ca4b (ENSCCRG00000033589)	ENSCCRG00000066458	camkk1b (ENSCCRG00000033584)	ENSCCRG00000064739
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	45	gdpd1 (ENSSGRG00000014995)	tmem120ab (ENSSGRG00000014996)	tyw1 (ENSSGRG00000014997)	CALN1 (ENSSGRG00000015009)	GALNT17 (ENSSGRG00000015010)	flot2b (ENSSGRG00000015025)	FAM222B (ENSSGRG00000015033)	p2rx8 (ENSSGRG00000015035) ##37	txndc17 (ENSSGRG00000015037)	ENSSGRG00000015043	mrm3a (ENSSGRG00000015044)	glod4 (ENSSGRG00000015045)	BLTP2 (ENSSGRG00000015097)	aldoca (ENSSGRG00000015119)	srsf1a (ENSSGRG00000015214)	dynll2a (ENSSGRG00000015217) ##22	ENSSGRG00000015238	hnf1ba (ENSSGRG00000015240) ##32	ENSSGRG00000015321	dusp14 (ENSSGRG00000016153)	tada2a (ENSSGRG00000016159)	traf4a (ENSSGRG00000016353)	ENSSGRG00000016355	nek8 (ENSSGRG00000016361)	RAB34 (ENSSGRG00000016363)	ENSSGRG00000016364	dhrs11b.2 (ENSSGRG00000016365)	ENSSGRG00000016377	YWHAG (ENSSGRG00000016384)	camkk1b (ENSSGRG00000016401)	med29 (ENSSGRG00000016487)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	196											ENSGT00390000001134.b.ab.a.a	ENSGT00950000182994.A.b	ENSGT00950000182987.c.a.b.a.e.a	ENSGT00390000017203.d	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.b.j ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000003682.a.b	ENSGT00940000164330.l	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT01100000263854.b.a	ENSGT00390000016675.e	ENSGT00940000153818.a.b.a.b.v.a ##32	ENSGT00940000163999.a.q.b	ENSGT00550000074863.g	ENSGT00940000158628.p.a	ENSGT00940000165264.a.c	ENSGT00530000063751.b.i.e	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a.m.c	ENSGT00390000014595.a.a.b.f.b ##28	ENSGT00940000167003.b
Goldfish	MODERN SPECIES	26	septin5a (ENSCARG00000013207)	zgc:63587 (ENSCARG00000012956)	cldn5a (ENSCARG00000012934)	cdc45 (ENSCARG00000012896)	ufd1l (ENSCARG00000012865)	ciao1 (ENSCARG00000012840)	tmem127 (ENSCARG00000012831)	ENSCARG00000012826	gatd3l (ENSCARG00000012817)	ENSCARG00000012785	tmem230b (ENSCARG00000012763)	ENSCARG00000012741 #21	rpl6 (ENSCARG00000012734)	mrpl40 (ENSCARG00000012726)	gle1 (ENSCARG00000012718)	ENSCARG00000012708 ##22	seta (ENSCARG00000012703)	zdhhc12a (ENSCARG00000012701)	slc25a25a (ENSCARG00000012512)	EEIG1 (ENSCARG00000012500)	ENSCARG00000012492	ENSCARG00000012487	CRB2 (ENSCARG00000012445)	lhx2b (ENSCARG00000012423)	ENSCARG00000012412	ENSCARG00000012406	ctu1 (ENSCARG00000012398)	PXN (ENSCARG00000012275) #13	GCN1 (ENSCARG00000011793) #11	rab35b (ENSCARG00000011753) #10	BICDL1 (ENSCARG00000011718) #9
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P. kingsleyae	MODERN SPECIES	431	serpinf1 (ENSPKIG00000012356)	SERPINF2 (ENSPKIG00000012411)	ENSPKIG00000012479	slc47a2.1 (ENSPKIG00000012502)	slc47a1 (ENSPKIG00000012537)	tmigd1 (ENSPKIG00000012576)	ENSPKIG00000012594	plrdgb (ENSPKIG00000012640)	nxn (ENSPKIG00000012685)	MRM3 (ENSPKIG00000012704)	RSKR (ENSPKIG00000012725)	ALDOC (ENSPKIG00000012748)	pigs (ENSPKIG00000012792)	SRSF1 (ENSPKIG00000012857)	ENSPKIG00000012932 #21	DYNLL2 (ENSPKIG00000012949) ##22	heatr6 (ENSPKIG00000012969)	hnf1bb (ENSPKIG00000013007) ##32	ddx52 (ENSPKIG00000013058)	traf4b (ENSPKIG00000013217)	rpl23a (ENSPKIG00000013271)	ENSPKIG00000013326	zgc:174895 (ENSPKIG00000013374)	supt6h (ENSPKIG00000013468)	sdf2 (ENSPKIG00000013612)	ENSPKIG00000013630	nf2b (ENSPKIG00000013748)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000164860.d.a	ENSGT00940000153849.b	ENSGT00390000009714	ENSGT00390000012195	ENSGT00940000161894	ENSGT00390000017317	ENSGT00390000012340	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203	ENSGT00940000155585	ENSGT00390000000378.d.a.p ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.b #22	ENSGT01100000263696	ENSGT00390000016675	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00550000074863	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163648.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000164025.b.a	ENSGT00390000007499	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00960000191650	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000177065	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082.a.a	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00940000155585.a	ENSGT00390000000378.d.a.p ##22	ENSGT00940000164330	ENSGT00940000155585.b	ENSGT00390000000378.d.a.o.a ##22	ENSGT00390000001618 #21	ENSGT00390000000378.d.a.o.b ##22	ENSGT01100000264080	ENSGT00940000153818.a.b.a.b ##32	ENSGT00390000010789	ENSGT00940000164527.b	ENSGT00940000156751	ENSGT00940000158628	ENSGT00940000168454	ENSGT00960000189469	ENSGT00940000159297	ENSGT01010000222313.B.a
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000000378.d.a.p ##22
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Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000010418	ENSGMOG00000010436	slc47a4 (ENSGMOG00000010453)	ENSGMOG00000035150	ENSGMOG00000010475	ENSGMOG00000010506	ENSGMOG00000036664	txndc17 (ENSGMOG00000010529)	ENSGMOG00000010534	mrm3a (ENSGMOG00000022522)	glod4 (ENSGMOG00000010551)	ENSGMOG00000026236	ENSGMOG00000010562	aldoca (ENSGMOG00000010596)	srsf1a (ENSGMOG00000030266)	ENSGMOG00000011565 ##22	ENSGMOG00000026970	ENSGMOG00000007266	AGFG1 (ENSGMOG00000007273)	slc19a3b (ENSGMOG00000007294)	daw1 (ENSGMOG00000007301)	ENSGMOG00000035663	pid1 (ENSGMOG00000034076)	dner (ENSGMOG00000007335)	trip12 (ENSGMOG00000007345)	ZBTB38 (ENSGMOG00000034041)	RASA2 (ENSGMOG00000007395)	ENSGMOG00000007410	rnf7 (ENSGMOG00000007419)	grk7b (ENSGMOG00000036051)	fzd9b (ENSGMOG00000020366)