Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155910	ENSGT00940000153912.A.e.a	ENSGT01090000260051.b.a.a.b.b	ENSGT00940000156033 #7	ENSGT00940000159143 #8	ENSGT00940000155509 #9	ENSGT00390000015172 #10	ENSGT01050000244940.a.b #11	ENSGT00940000156754.a.b #13	ENSGT00940000156754.a.a ##13	ENSGT00940000159732 #17	ENSGT00940000159235 #18	ENSGT00940000161199 #19	ENSGT00940000162091 #20	ENSGT00940000161631 #21	ENSGT00950000183185.c.a.b #22	ENSGT00940000156653 #23	ENSGT00940000154368.k #24	ENSGT00940000155748.b.g #26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b #30	ENSGT00390000016042 #32	ENSGT00390000017848 #33	ENSGT00940000156914 #34	ENSGT00390000008264 #35	ENSGT00940000156008 #36	ENSGT01030000234539.b.b.b #37	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b	ENSGT00930000151028	ENSGT00940000155303	ENSGT00940000154935	ENSGT00940000153289.a.a.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000153912.A.e.a	ENSGT01090000260051.b.a.a.b.b	ENSGT00940000156033 #7	ENSGT00940000159143 #8	ENSGT00940000155509 #9	ENSGT00390000015172 #10	ENSGT01050000244940.a.b #11	ENSGT00940000157251.kb.b	ENSGT00940000156754.a.b #13	ENSGT00940000156754.a.a ##13	ENSGT00940000159732 #17	ENSGT00940000159235 #18	ENSGT00940000161199 #19	ENSGT00940000162091 #20	ENSGT00940000161631 #21	ENSGT00950000183185.c.a.b #22	ENSGT00940000156653 #23	ENSGT00940000154368.k #24	ENSGT00940000155748.b.g #26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.c #30	ENSGT00940000155748.b.h.b #27	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.d #31	ENSGT00390000016042 #32	ENSGT00390000017848 #33	ENSGT00940000156914 #34	ENSGT00390000008264 #35	ENSGT00940000156008 #36	ENSGT01030000234539.b.b.b #37	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b	ENSGT00930000151028	ENSGT00940000155303
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	17	LRIT1 (ENSOARG00020026303) #7	LRIT2 (ENSOARG00020026301) #8	CDHR1 (ENSOARG00020026297) #9	GPR15LG (ENSOARG00020026294) #10	GHITM (ENSOARG00020026292) #11	ENSOARG00020026284 #12	NRG3 (ENSOARG00020026281) #13	ENSOARG00020026276 #14	ENSOARG00020026269 #15	ENSOARG00020026267 #16	SH2D4B (ENSOARG00020026263) #17	TSPAN14 (ENSOARG00020026261) #18	PRXL2A (ENSOARG00020026259) #19	DYDC2 (ENSOARG00020026258) #20	DYDC1 (ENSOARG00020026256) #21	MAT1A (ENSOARG00020026255) #22	SFTPA1 (ENSOARG00020026254) #23	MBLA (ENSOARG00020026253) #24	ENSOARG00020026250 #25	ENSOARG00020026246 #26	ENSOARG00020026243 #27	ENSOARG00020026241 #28	ENSOARG00020026239 #29	ENSOARG00020026235 #30	ENSOARG00020026232 #31	TMEM254 (ENSOARG00020026230) #32	PLAC9 (ENSOARG00020026228) #33	ANXA11 (ENSOARG00020026223) #34	ZCCHC24 (ENSOARG00020026221) #35	PPIF (ENSOARG00020026220) #36	ZMIZ1 (ENSOARG00020026214) #37
Goat	MODERN SPECIES	20	CCSER2 (ENSCHIG00000021791)	RGR (ENSCHIG00000024790)	LRIT1 (ENSCHIG00000009908) #7	LRIT2 (ENSCHIG00000000072) #8	CDHR1 (ENSCHIG00000000107) #9	GHITM (ENSCHIG00000000141) #11	ENSCHIG00000000175	ENSCHIG00000000249 #13	ENSCHIG00000000283 ##13	ENSCHIG00000000316	SH2D4B (ENSCHIG00000000351) #17	TSPAN14 (ENSCHIG00000000382) #18	PRXL2A (ENSCHIG00000000416) #19	DYDC2 (ENSCHIG00000000451) #20	DYDC1 (ENSCHIG00000009877) #21	MAT1A (ENSCHIG00000009411) #22	ENSCHIG00000013431 #23	ENSCHIG00000015787 #24	ENSCHIG00000018462 #26	CGN (ENSCHIG00000020824) #30	ENSCHIG00000024354 #27	ENSCHIG00000008740 #31	ENSCHIG00000000069 #32	PLAC9 (ENSCHIG00000000102) #33	ANXA11 (ENSCHIG00000000134) #34	ENSCHIG00000000166	ZCCHC24 (ENSCHIG00000000203) #35	PPIF (ENSCHIG00000000241) #36	ZMIZ1 (ENSCHIG00000000282) #37	ENSCHIG00000000315	POLR3A (ENSCHIG00000000352)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00530000064550.B	ENSGT00940000155910	ENSGT00940000153912.A.e.a	ENSGT01090000260051.b.a.a.b.b	ENSGT00940000156033 #7	ENSGT00940000159143 #8	ENSGT00940000155509 #9	ENSGT00390000015172 #10	ENSGT01050000244940.a.b #11	ENSGT00940000156754.a.b #13	ENSGT00940000159732 #17	ENSGT00940000159235 #18	ENSGT00940000161199 #19	ENSGT00940000162091 #20	ENSGT00940000161631 #21	ENSGT00950000183185.c.a.b #22	ENSGT00940000156653 #23	ENSGT00940000154368.k #24	ENSGT00940000155748.b.g #26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.b #30	ENSGT00940000155748.b.h.b #27	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.a #30	ENSGT00390000016042 #32	ENSGT00390000017848 #33	ENSGT00940000156914 #34	ENSGT00390000008264 #35	ENSGT00940000156008 #36	ENSGT01030000234539.b.b.b #37	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b	ENSGT00930000151028	ENSGT00940000155303
American bison	MODERN SPECIES	2968											SH2D4B (ENSBBBG00000016366) #17	TSPAN14 (ENSBBBG00000016354) #18	PRXL2A (ENSBBBG00000016221) #19	DYDC2 (ENSBBBG00000004021) #20	DYDC1 (ENSBBBG00000004016) #21	MAT1A (ENSBBBG00000016161) #22	ENSBBBG00000016144 #23	ENSBBBG00000016126 #24	ENSBBBG00000016117 #26	ENSBBBG00000016103 #30	ENSBBBG00000003996 #27	ENSBBBG00000016073 ##26	ENSBBBG00000016044 #30	ENSBBBG00000002568	TMEM254 (ENSBBBG00000016012) #32	PLAC9 (ENSBBBG00000015987) #33	ANXA11 (ENSBBBG00000003980) #34	ZCCHC24 (ENSBBBG00000015927) #35	PPIF (ENSBBBG00000015913) #36	ZMIZ1 (ENSBBBG00000015897) #37	RPS24 (ENSBBBG00000015864)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000064550.B	ENSGT00940000155910	ENSGT00940000153912.A.e.a	ENSGT01090000260051.b.a.a.b.b	ENSGT00940000156033 #7	ENSGT00940000159143 #8	ENSGT00940000155509 #9	ENSGT00390000015172 #10	ENSGT01050000244940.a.b #11	ENSGT00940000156754.a.b #13	ENSGT00940000159732 #17	ENSGT00940000159235 #18	ENSGT00940000161199 #19	ENSGT00940000162091 #20	ENSGT00940000161631 #21	ENSGT00950000183185.c.a.b #22	ENSGT00940000156653 #23	ENSGT00940000154368.k #24	ENSGT00940000155748.b.g #26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.b #30	ENSGT00940000155748.b.h.b #27	ENSGT00940000155748.b.h.a.a.b ##26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.a #30	ENSGT00390000016042 #32	ENSGT00390000017848 #33	ENSGT00940000156914 #34	ENSGT00390000008264 #35	ENSGT00940000156008 #36	ENSGT01030000234539.b.b.b #37	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b	ENSGT00930000151028
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00530000064550.B	ENSGT00940000155910	ENSGT00940000153912.A.e.a	ENSGT01090000260051.b.a.a.b.b	ENSGT00940000156033 #7	ENSGT00940000159143 #8	ENSGT00940000155509 #9	ENSGT00390000015172 #10	ENSGT01050000244940.a.b #11	ENSGT00940000156754.a.b #13	ENSGT00940000159732 #17	ENSGT00940000159235 #18	ENSGT00940000161199 #19	ENSGT00940000162091 #20	ENSGT00940000161631 #21	ENSGT00950000183185.c.a.b #22	ENSGT00940000156653 #23	ENSGT00940000154368.k #24	ENSGT00940000155748.b.g #26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.b #30	ENSGT00940000155748.b.h.b #27	ENSGT00940000155748.b.h.a.a.b ##26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.a #30	ENSGT00390000016042 #32	ENSGT00390000017848 #33	ENSGT00940000156914 #34	ENSGT00390000008264 #35	ENSGT00940000156008 #36	ENSGT01030000234539.b.b.b #37	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b	ENSGT00930000151028
Cow	MODERN SPECIES	20	CCSER2 (ENSBTAG00000017611)	RGR (ENSBTAG00000015681)	LRIT1 (ENSBTAG00000003442) #7	LRIT2 (ENSBTAG00000023987) #8	CDHR1 (ENSBTAG00000001231) #9	GPR15LG (ENSBTAG00000050197) #10	GHITM (ENSBTAG00000032829) #11	ENSBTAG00000052588	ENSBTAG00000051629 ##15	NRG3 (ENSBTAG00000009587) #13	SH2D4B (ENSBTAG00000003910) #17	TSPAN14 (ENSBTAG00000003907) #18	PRXL2A (ENSBTAG00000021416) #19	DYDC2 (ENSBTAG00000032862) #20	DYDC1 (ENSBTAG00000032858) #21	MAT1A (ENSBTAG00000005963) #22	SFTPA1 (ENSBTAG00000023032) #23	MBL1 (ENSBTAG00000054761) #24	SFTPD (ENSBTAG00000046421) #26	ENSBTAG00000048082 #30	CL43 (ENSBTAG00000054756) #27	ENSBTAG00000052810 ##26	CL46 (ENSBTAG00000006536) ##26	CGN1 (ENSBTAG00000047317) #30	TMEM254 (ENSBTAG00000001656) #32	PLAC9 (ENSBTAG00000020939) #33	ANXA11 (ENSBTAG00000020940) #34	ZCCHC24 (ENSBTAG00000003877) #35	PPIF (ENSBTAG00000016711) #36	ZMIZ1 (ENSBTAG00000019313) #37	RPS24 (ENSBTAG00000013264)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000015768	ENSGT00940000155910	ENSGT00940000153912.A.e.a	ENSGT01090000260051.b.a.a.b.b	ENSGT00940000156033 #7	ENSGT00940000159143 #8	ENSGT00940000155509 #9	ENSGT00390000015172 #10	ENSGT01050000244940.a.b #11	ENSGT00940000156754.a.b #13	ENSGT00940000159732 #17	ENSGT00940000159235 #18	ENSGT00940000161199 #19	ENSGT00940000162091 #20	ENSGT00940000161631 #21	ENSGT00950000183185.c.a.b #22	ENSGT00940000156653 #23	ENSGT00940000154368.k #24	ENSGT00940000155748.b.g #26	ENSGT00940000155748.b.h.a.b.a #30	ENSGT00390000016042 #32	ENSGT00390000017848 #33	ENSGT00940000156914 #34	ENSGT00390000008264 #35	ENSGT00940000156008 #36	ENSGT01030000234539.b.b.b #37	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.b	ENSGT00930000151028	ENSGT00940000155303	ENSGT00940000154935	ENSGT00940000153289.a.a.a
Wild yak	MODERN SPECIES	2369																MAT1A (ENSBMUG00000019068) #22	ENSBMUG00000019031 #23	ENSBMUG00000019009 #24	ENSBMUG00000018989 #26
Domestic yak	MODERN SPECIES	19	CCSER2 (ENSBGRG00000026406)	RGR (ENSBGRG00000026377)	LRIT1 (ENSBGRG00000026365) #7	LRIT2 (ENSBGRG00000026359) #8	CDHR1 (ENSBGRG00000026334) #9	ENSBGRG00000026318 #10	GHITM (ENSBGRG00000026306) #11	ENSBGRG00000026300	ENSBGRG00000026297	NRG3 (ENSBGRG00000026267) #13	SH2D4B (ENSBGRG00000026255) #17	TSPAN14 (ENSBGRG00000026210) #18	PRXL2A (ENSBGRG00000026197) #19	DYDC2 (ENSBGRG00000026194) #20	DYDC1 (ENSBGRG00000026188) #21	MAT1A (ENSBGRG00000026171) #22	ENSBGRG00000026156 #23	ENSBGRG00000026148 #24	ENSBGRG00000026101 #30	ENSBGRG00000026078 #32	ENSBGRG00000026065 #33	ANXA11 (ENSBGRG00000026044) #34	ZCCHC24 (ENSBGRG00000026029) #35	PPIF (ENSBGRG00000026020) #36	ZMIZ1 (ENSBGRG00000025955) #37	ENSBGRG00000025877	POLR3A (ENSBGRG00000025792)	DLG5 (ENSBGRG00000025765)	ENSBGRG00000025755	KCNMA1 (ENSBGRG00000021722)	ENSBGRG00000021338