Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.j	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.f	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.b.c.a.h	ENSGT00940000156499	ENSGT00940000155573	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000159386 #20	ENSGT00950000183095.a.a #21	ENSGT00970000193421.B #22	ENSGT00940000156572 #23	ENSGT00390000006205.b #24	ENSGT00940000153431.a #25	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00910000147163	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00940000163541.g	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00950000183000.c.b	ENSGT00940000158135
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.j	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.f	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.b.c.a.h.b.a	ENSGT00940000156499	ENSGT00940000155573	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000159386 #20	ENSGT00950000183095.a.a #21	ENSGT00970000193421.B #22	ENSGT00940000156572 #23	ENSGT00390000006205.b #24	ENSGT00940000153431.a #25	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00910000147163	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00940000163541.g	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00950000183000.c.b	ENSGT00940000158135
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.j	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.f	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000156499	ENSGT00940000155573	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000154690.p.b	ENSGT00940000159386 #20	ENSGT00950000183095.a.a #21	ENSGT00970000193421.B #22	ENSGT00940000156572 #23	ENSGT00390000006205.b #24	ENSGT00940000153431.a.l.b #25	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00910000147163	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00940000154940	ENSGT00950000183000.c.b	ENSGT00940000158135
Bos	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.j	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000156499	ENSGT00940000155573	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000154690.p.b	ENSGT00940000159386 #20	ENSGT00950000183095.a.a #21	ENSGT00970000193421.B #22	ENSGT00940000156572 #23	ENSGT01100000263480.a.b.a.a.a.b.b.b.b.b.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006205.b #24	ENSGT00940000153431.a.l.b #25	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00910000147163	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00940000154940.gb	ENSGT00950000183000.c.b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.b	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.i	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.j	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.a	ENSGT00940000156499	ENSGT00940000155573	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000154690.p.b	ENSGT00940000159386 #20	ENSGT00950000183095.a.a #21	ENSGT00970000193421.B #22	ENSGT00940000156572 #23	ENSGT01100000263480.a.b.a.a.a.b.b.b.b.b.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006205.b #24	ENSGT00940000153431.a.l.b #25	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00910000147163	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00940000154940.fb.a	ENSGT00940000154940.gb	ENSGT00950000183000.c.b
Wild yak	MODERN SPECIES	298														COCH (ENSBMUG00000012618) #20	STRN3 (ENSBMUG00000012562) #21	AP4S1 (ENSBMUG00000012479) #22	HECTD1 (ENSBMUG00000012439) #23	HEATR5A (ENSBMUG00000012373) #24	DTD2 (ENSBMUG00000012325) #25	ENSBMUG00000012283 #26
Domestic yak	MODERN SPECIES	8	ENSBGRG00000005384	ENSBGRG00000005401	ENSBGRG00000005455	ENSBGRG00000005616	STXBP6 (ENSBGRG00000005667)	NOVA1 (ENSBGRG00000005746)	ENSBGRG00000005891	ENSBGRG00000005905	FOXG1 (ENSBGRG00000005921)	PRKD1 (ENSBGRG00000006007)	G2E3 (ENSBGRG00000006521)	SCFD1 (ENSBGRG00000006679)	ENSBGRG00000006918	COCH (ENSBGRG00000006941) #20	STRN3 (ENSBGRG00000007105) #21	AP4S1 (ENSBGRG00000007586) #22	HECTD1 (ENSBGRG00000007751) #23	ENSBGRG00000007953	HEATR5A (ENSBGRG00000007992) #24	DTD2 (ENSBGRG00000008143) #25	NUBPL (ENSBGRG00000008223)	ENSBGRG00000008307	ENSBGRG00000008358	ARHGAP5 (ENSBGRG00000008406)	AKAP6 (ENSBGRG00000008525)	NPAS3 (ENSBGRG00000008650)	ENSBGRG00000009008	EGLN3 (ENSBGRG00000009029)	SPTSSA (ENSBGRG00000009176)	EAPP (ENSBGRG00000009269)	CFL2 (ENSBGRG00000009349)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.i	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.j	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.b.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000156499	ENSGT00940000155573	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000159386 #20	ENSGT00950000183095.a.a #21	ENSGT00970000193421.B #22	ENSGT00940000156572 #23	ENSGT01100000263480.a.b.a.a.a.b.b.b.b.b.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006205.b #24	ENSGT00940000153431.a.l.b #25	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00910000147163	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00940000154940.gb	ENSGT00950000183000.c.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	13	ENSBIXG00005009049	ENSBIXG00005005146	ENSBIXG00005001958	ENSBIXG00005001991	GZMB (ENSBIXG00005002071)	STXBP6 (ENSBIXG00005002110)	NOVA1 (ENSBIXG00005005044)	ENSBIXG00005002282	FOXG1 (ENSBIXG00005002315)	PRKD1 (ENSBIXG00005028790)	G2E3 (ENSBIXG00005028509)	SCFD1 (ENSBIXG00005028488)	ENSBIXG00005028450	COCH (ENSBIXG00005028431) #20	STRN3 (ENSBIXG00005004875) #21	AP4S1 (ENSBIXG00005028268) #22	ENSBIXG00005028238	HECTD1 (ENSBIXG00005028215) #23	ENSBIXG00005028130	HEATR5A (ENSBIXG00005028101) #24	ENSBIXG00005027995 #25	GPR33 (ENSBIXG00005027980)	NUBPL (ENSBIXG00005027931)	ENSBIXG00005004787	ENSBIXG00005027817	ARHGAP5 (ENSBIXG00005027783)	AKAP6 (ENSBIXG00005004751)	ENSBIXG00005027635	NPAS3 (ENSBIXG00005004743)	EGLN3 (ENSBIXG00005004670)	SPTSSA (ENSBIXG00005027156)
Cow	MODERN SPECIES	13	ENSBTAG00000050353	ENSBTAG00000040134	ENSBTAG00000010828	ENSBTAG00000013055	ENSBTAG00000038080	GZMB (ENSBTAG00000010057)	STXBP6 (ENSBTAG00000021291)	NOVA1 (ENSBTAG00000002170)	ENSBTAG00000031558	FOXG1 (ENSBTAG00000011113)	PRKD1 (ENSBTAG00000012789)	G2E3 (ENSBTAG00000001617)	SCFD1 (ENSBTAG00000017565)	COCH (ENSBTAG00000021844) #20	STRN3 (ENSBTAG00000021845) #21	AP4S1 (ENSBTAG00000017201) #22	HECTD1 (ENSBTAG00000032477) #23	HEATR5A (ENSBTAG00000022847) #24	ENSBTAG00000038020 #25	GPR33 (ENSBTAG00000010536)	NUBPL (ENSBTAG00000044121)	ENSBTAG00000055201	ARHGAP5 (ENSBTAG00000027024)	AKAP6 (ENSBTAG00000017719)	NPAS3 (ENSBTAG00000004462)	EGLN3 (ENSBTAG00000008172)	SPTSSA (ENSBTAG00000013981)	EAPP (ENSBTAG00000003419)	SNX6 (ENSBTAG00000012873)	CFL2 (ENSBTAG00000015053)	BAZ1A (ENSBTAG00000020164)
American bison	MODERN SPECIES	3159										ENSBBBG00000005060	G2E3 (ENSBBBG00000009177)	ENSBBBG00000009180	SCFD1 (ENSBBBG00000019438)	COCH (ENSBBBG00000019503) #20	STRN3 (ENSBBBG00000007277) #21	AP4S1 (ENSBBBG00000019582) #22	HECTD1 (ENSBBBG00000019676) #23	HEATR5A (ENSBBBG00000019715) #24	ENSBBBG00000019724 #25	NUBPL (ENSBBBG00000019729)	ARHGAP5 (ENSBBBG00000019759)	AKAP6 (ENSBBBG00000019789)	NPAS3 (ENSBBBG00000007628)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.b.a.c	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.i	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.b.j	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.a.c	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.e.a	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.a.f	ENSGT01030000234551.k.d.b.a.a.a.b.b.b	ENSGT00940000156499.k	ENSGT00940000155573	ENSGT00940000160678.a	ENSGT00950000183024.a.b.a	ENSGT00950000182865.b.a.a	ENSGT00550000074845	ENSGT00940000159386 #20	ENSGT00950000183095.a.a #21	ENSGT00970000193421.B #22	ENSGT00940000156572 #23	ENSGT00390000006205.b #24	ENSGT00940000153431.a #25	ENSGT01020000230438.B.b.b.a	ENSGT00950000183193.B	ENSGT00910000147163	ENSGT00940000154553.a.b	ENSGT00810000125473.B	ENSGT00940000158051	ENSGT00940000158745	ENSGT00940000163541.g	ENSGT00390000002766.b.b	ENSGT00390000001332	ENSGT00940000154940	ENSGT00950000183000.c.b
Goat	MODERN SPECIES	13	ENSCHIG00000015005	ENSCHIG00000016245	ENSCHIG00000015715	ENSCHIG00000020332	ENSCHIG00000022005	STXBP6 (ENSCHIG00000018400)	ENSCHIG00000026291	NOVA1 (ENSCHIG00000018944)	FOXG1 (ENSCHIG00000022539)	PRKD1 (ENSCHIG00000017644)	ENSCHIG00000019781	G2E3 (ENSCHIG00000025802)	SCFD1 (ENSCHIG00000024335)	COCH (ENSCHIG00000007305) #20	STRN3 (ENSCHIG00000019005) #21	AP4S1 (ENSCHIG00000016142) #22	HECTD1 (ENSCHIG00000018114) #23	HEATR5A (ENSCHIG00000010796) #24	ENSCHIG00000011637 #25	GPR33 (ENSCHIG00000007857)	NUBPL (ENSCHIG00000006710)	ARHGAP5 (ENSCHIG00000010874)	AKAP6 (ENSCHIG00000024298)	NPAS3 (ENSCHIG00000019397)	EGLN3 (ENSCHIG00000016948)	ENSCHIG00000021678	ENSCHIG00000008804	ENSCHIG00000016213	EAPP (ENSCHIG00000022171)	ENSCHIG00000017907	CFL2 (ENSCHIG00000015758)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	9	ENSOARG00020024767	ENSOARG00020003344	ENSOARG00020003394	ENSOARG00020003470	ENSOARG00020003828	ENSOARG00020004153	ENSOARG00020004189	ENSOARG00020004201	NOVA1 (ENSOARG00020004244)	FOXG1 (ENSOARG00020004300)	PRKD1 (ENSOARG00020004370)	G2E3 (ENSOARG00020004595)	SCFD1 (ENSOARG00020004656)	COCH (ENSOARG00020004770) #20	STRN3 (ENSOARG00020004854) #21	AP4S1 (ENSOARG00020004957) #22	HECTD1 (ENSOARG00020005016) #23	HEATR5A (ENSOARG00020005213) #24	DTD2 (ENSOARG00020005329) #25	GPR33 (ENSOARG00020005349)	NUBPL (ENSOARG00020005362)	ENSOARG00020005406	ARHGAP5 (ENSOARG00020005438)	AKAP6 (ENSOARG00020005604)	NPAS3 (ENSOARG00020005668)	EGLN3 (ENSOARG00020005770)	ENSOARG00020005825	ENSOARG00020005839	SNX6 (ENSOARG00020005948)	CFL2 (ENSOARG00020006245)	BAZ1A (ENSOARG00020006340)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1275									NOVA1 (ENSMMSG00000023209)	FOXG1 (ENSMMSG00000023196)	PRKD1 (ENSMMSG00000023150)	G2E3 (ENSMMSG00000023121)	SCFD1 (ENSMMSG00000023110)	ENSMMSG00000023033 #20	STRN3 (ENSMMSG00000022995) #21	AP4S1 (ENSMMSG00000022976) #22	HECTD1 (ENSMMSG00000022929) #23	ENSMMSG00000022922	HEATR5A (ENSMMSG00000022882) #24	DTD2 (ENSMMSG00000022862) #25	GPR33 (ENSMMSG00000022855)