Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT01030000234517.D #8 ENSGT00940000153916.B #9 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.v #18 ENSGT00390000016845 ENSGT00390000013305.a.a.u.a ##18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #24 ENSGT00940000155699 #25 ENSGT00390000003990 #26 ENSGT00940000155623 #27 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734.q #7 ENSGT01030000234517.D #8 ENSGT00940000153916.B #9 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.v #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #24 ENSGT00940000155699 #25 ENSGT00390000003990 #26 ENSGT00940000155623 #27 ENSGT00940000157666 #28 ENSGT00940000155671 #29 ENSGT00730000111137 #31 ENSGT00390000002448 #32 ENSGT00390000008195 #33 ENSGT00390000003466 #34 ENSGT00390000014122.i.b.a.b #35 ENSGT00940000159468 #36 ENSGT00390000001793 #37 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 91 ENSGT00940000155734.q #7 ENSGT01030000234517.D #8 ENSGT00940000153916.B #9 ENSGT00940000170593 #10 ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.u.a ##18 ENSGT00390000013305.a.a.v #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #24 ENSGT00940000155699 #25 ENSGT00390000003990 #26 ENSGT00940000155623 #27 ENSGT00940000157666 #28 ENSGT00940000155671 #29 ENSGT00730000111137 #31 ENSGT00390000002448 #32 ENSGT00390000008195 #33 ENSGT00390000003466 #34 ENSGT00390000014122.i.b.a.b #35 ENSGT00940000159468 #36 ENSGT00390000001793 #37 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 194 E2F6 (ENSCLAG00000004863) #7 ROCK2 (ENSCLAG00000009471) #8 SLC66A3 (ENSCLAG00000008584) #9 ENSCLAG00000007661 #10 KCNF1 (ENSCLAG00000017968) #11 PDIA6 (ENSCLAG00000006956) #12 ATP6V1C2 (ENSCLAG00000006612) #13 NOL10 (ENSCLAG00000002234) #14 ODC1 (ENSCLAG00000002140) #15 HPCAL1 (ENSCLAG00000002037) #16 ENSCLAG00000002025 #17 RRM2 (ENSCLAG00000001926) #18 ENSCLAG00000004146 #19 GRHL1 (ENSCLAG00000004000) #20 TAF1B (ENSCLAG00000003776) #21 YWHAQ (ENSCLAG00000003576) #22 ADAM17 (ENSCLAG00000003055) #23 IAH1 (ENSCLAG00000002879) #24 CPSF3 (ENSCLAG00000002727) #25 ITGB1BP1 (ENSCLAG00000002388) #26 ASAP2 (ENSCLAG00000001989) #27 PXDN (ENSCLAG00000001727) #28 MYT1L (ENSCLAG00000001644) #29 ENSCLAG00000001592 #30 EIPR1 (ENSCLAG00000002535) #31 TRAPPC12 (ENSCLAG00000002486) #32 ADI1 (ENSCLAG00000002464) #33 RNASEH1 (ENSCLAG00000002440) #34 RPS7 (ENSCLAG00000002424) #35 COLEC11 (ENSCLAG00000002289) #36 ALLC (ENSCLAG00000002247) #37 Degu MODERN SPECIES 380 ENSODEG00000000758 #22 ENSODEG00000000897 ENSODEG00000000951 ENSODEG00000001053 ENSODEG00000001144 ENSODEG00000001222 ENSODEG00000001261 ENSODEG00000000221 ENSODEG00000000299 ENSODEG00000000326 ODAM (ENSODEG00000000386) ENSODEG00000018554 AMTN (ENSODEG00000000478) Guinea pig MODERN SPECIES 22 NIP7 (ENSCPOG00000003712) COG8 (ENSCPOG00000003706) PDF (ENSCPOG00000003745) VPS4A (ENSCPOG00000003700) SNTB2 (ENSCPOG00000003697) UTP4 (ENSCPOG00000005982) DERPC (ENSCPOG00000022495) HAS3 (ENSCPOG00000005980) TANGO6 (ENSCPOG00000020066) CDH1 (ENSCPOG00000012100) ENSCPOG00000032847 CDH3 (ENSCPOG00000009166) ZFP90 (ENSCPOG00000032310) SMPD3 (ENSCPOG00000015388) PRMT7 (ENSCPOG00000015386) ENSCPOG00000009063 #22 SLC7A6OS (ENSCPOG00000038508) SLC7A6 (ENSCPOG00000011297) PLA2G15 (ENSCPOG00000019979) ESRP2 (ENSCPOG00000003360) NFATC3 (ENSCPOG00000031124) DUS2 (ENSCPOG00000013747) DDX28 (ENSCPOG00000013746) DPEP3 (ENSCPOG00000005908) SLC12A4 (ENSCPOG00000011721) LCAT (ENSCPOG00000024823) PSMB10 (ENSCPOG00000021270) PSKH1 (ENSCPOG00000013930) NRN1L (ENSCPOG00000005356) EDC4 (ENSCPOG00000019484) NUTF2 (ENSCPOG00000037906) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 MAP2K3 (ENSSVLG00005005697) NATD1 (ENSSVLG00005005732) TMEM11 (ENSSVLG00005005759) DHRS7B (ENSSVLG00005005782) USP22 (ENSSVLG00005005846) TNFRSF13B (ENSSVLG00005005879) ENSSVLG00005005949 PLD6 (ENSSVLG00005005993) ENSSVLG00005006020 COPS3 (ENSSVLG00005006098) ENSSVLG00005006151 NT5M (ENSSVLG00005006183) MED9 (ENSSVLG00005006210) RASD1 (ENSSVLG00005006224) PEMT (ENSSVLG00005006253) ENSSVLG00005006290 #22 RAI1 (ENSSVLG00005006326) SREBF1 (ENSSVLG00005006353) TOM1L2 (ENSSVLG00005006547) ENSSVLG00005006754 ENSSVLG00005006790 ENSSVLG00005006840 DRC3 (ENSSVLG00005006866) ATPAF2 (ENSSVLG00005007025) GID4 (ENSSVLG00005007090) DRG2 (ENSSVLG00005007141) ENSSVLG00005007191 ALKBH5 (ENSSVLG00005007411) LLGL1 (ENSSVLG00005007447) FLII (ENSSVLG00005007540) MIEF2 (ENSSVLG00005007902) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES E2F6 (ENSUPAG00010011151) #7 ENSUPAG00010011160 ROCK2 (ENSUPAG00010011170) #8 SLC66A3 (ENSUPAG00010011204) #9 C2orf50 (ENSUPAG00010011218) KCNF1 (ENSUPAG00010011227) #11 PDIA6 (ENSUPAG00010011237) #12 ATP6V1C2 (ENSUPAG00010011265) #13 NOL10 (ENSUPAG00010011386) #14 ODC1 (ENSUPAG00010011416) #15 HPCAL1 (ENSUPAG00010011428) #16 CYS1 (ENSUPAG00010011444) KLF11 (ENSUPAG00010011457) #19 GRHL1 (ENSUPAG00010011483) #20 TAF1B (ENSUPAG00010011508) #21 YWHAQ (ENSUPAG00010011534) #22 ADAM17 (ENSUPAG00010011539) #23 ENSUPAG00010011577 #24 CPSF3 (ENSUPAG00010011610) #25 ITGB1BP1 (ENSUPAG00010011629) #26 ASAP2 (ENSUPAG00010011650) #27 MBOAT2 (ENSUPAG00010011957) KIDINS220 (ENSUPAG00010012028) ID2 (ENSUPAG00010012253) RNF144A (ENSUPAG00010012263) RSAD2 (ENSUPAG00010012305) CMPK2 (ENSUPAG00010012310) SOX11 (ENSUPAG00010012315) Alpin marmot MODERN SPECIES 71 ENSMMMG00000024093 ENSMMMG00000024094 RAP1GAP2 (ENSMMMG00000024095) CLUH (ENSMMMG00000024096) PAFAH1B1 (ENSMMMG00000024097) METTL16 (ENSMMMG00000024098) MNT (ENSMMMG00000024100) SGSM2 (ENSMMMG00000024101) TSR1 (ENSMMMG00000024102) SRR (ENSMMMG00000024105) SMG6 (ENSMMMG00000024106) OVCA2 (ENSMMMG00000024111) DPH1 (ENSMMMG00000024112) RTN4RL1 (ENSMMMG00000024113) RPA1 (ENSMMMG00000024114) ENSMMMG00000024115 #22 SMYD4 (ENSMMMG00000024116) SERPINF1 (ENSMMMG00000024117) SERPINF2 (ENSMMMG00000024119) WDR81 (ENSMMMG00000024120) PRPF8 (ENSMMMG00000024122) ENSMMMG00000024123 RILP (ENSMMMG00000024124) SCARF1 (ENSMMMG00000024125) SLC43A2 (ENSMMMG00000024126) PITPNA (ENSMMMG00000024127) INPP5K (ENSMMMG00000024128) MYO1C (ENSMMMG00000024129) CRK (ENSMMMG00000024130) ENSMMMG00000024131 ENSMMMG00000024132 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1807 ENSNGAG00000000201 Cntn6 (ENSNGAG00000015729) ENSNGAG00000011995 #22 Chl1 (ENSNGAG00000006637) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 8 ENSPEMG00000025201 Tll1 (ENSPEMG00000012383) ENSPEMG00000024368 ENSPEMG00000031225 Spock3 (ENSPEMG00000014397) ENSPEMG00000030382 Anxa10 (ENSPEMG00000020433) Ddx60 (ENSPEMG00000023735) Palld (ENSPEMG00000023321) Cbr4 (ENSPEMG00000022822) Sh3rf1 (ENSPEMG00000015623) Nek1 (ENSPEMG00000012961) Clcn3 (ENSPEMG00000008384) Hpf1 (ENSPEMG00000016055) Mfap3l (ENSPEMG00000025834) ENSPEMG00000021022 #22 Aadat (ENSPEMG00000018250) ENSPEMG00000030181 ENSPEMG00000013604 Galntl6 (ENSPEMG00000011290) Galnt7 (ENSPEMG00000003586) Hmgb2 (ENSPEMG00000013378) Sap30 (ENSPEMG00000029866) Scrg1 (ENSPEMG00000010744) ENSPEMG00000014184 Hand2 (ENSPEMG00000010233) ENSPEMG00000029214 Fbxo8 (ENSPEMG00000009379) Cep44 (ENSPEMG00000002959) Hpgd (ENSPEMG00000000284) Glra3 (ENSPEMG00000028664) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 5 Tdp1 (ENSPEMG00000021415) ENSPEMG00000021294 Kcnk13 (ENSPEMG00000001940) Psmc1 (ENSPEMG00000009856) Nrde2 (ENSPEMG00000023707) Calm1 (ENSPEMG00000021298) Ttc7b (ENSPEMG00000021206) Rps6ka5 (ENSPEMG00000023079) Dglucy (ENSPEMG00000016463) Gpr68 (ENSPEMG00000030593) Ccdc88c (ENSPEMG00000030742) Ppp4r3a (ENSPEMG00000015313) ENSPEMG00000008098 ENSPEMG00000020943 ENSPEMG00000026162 ENSPEMG00000026478 #22 ENSPEMG00000029806 Tc2n (ENSPEMG00000011804) Fbln5 (ENSPEMG00000018015) Trip11 (ENSPEMG00000010830) Atxn3 (ENSPEMG00000017729) Ndufb1 (ENSPEMG00000024757) Cpsf2 (ENSPEMG00000007917) Slc24a4 (ENSPEMG00000004559) Rin3 (ENSPEMG00000024982) Lgmn (ENSPEMG00000017356) Golga5 (ENSPEMG00000012325) Chga (ENSPEMG00000018135) Itpk1 (ENSPEMG00000009205) Moap1 (ENSPEMG00000016991) Tmem251 (ENSPEMG00000026973) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b #22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 Tmem37 (ENSCGRG00001002385) Sctr (ENSCGRG00001005944) Cfap221 (ENSCGRG00001022638) Tmem177 (ENSCGRG00001004033) Ptpn4 (ENSCGRG00001004410) Epb41l5 (ENSCGRG00001018059) Tmem185b (ENSCGRG00001005950) Ralb (ENSCGRG00001018860) Inhbb (ENSCGRG00001021419) Gli2 (ENSCGRG00001023112) ENSCGRG00001003252 Tfcp2l1 (ENSCGRG00001009789) Clasp1 (ENSCGRG00001010650) Nifk (ENSCGRG00001016466) TSN (ENSCGRG00001018233) ENSCGRG00001007738 #22 ENSCGRG00001022226 ENSCGRG00001007230 ENSCGRG00001021112 Cdh20 (ENSCGRG00001022413) Rnf152 (ENSCGRG00001008692) Pign (ENSCGRG00001013700) Relch (ENSCGRG00001016605) Tnfrsf11a (ENSCGRG00001018680) Zcchc2 (ENSCGRG00001022059) Phlpp1 (ENSCGRG00001019420) BCL2 (ENSCGRG00001024362) Kdsr (ENSCGRG00001003536) ENSCGRG00001017700 Serpinb5 (ENSCGRG00001022199) Serpinb12 (ENSCGRG00001024353) Golden Hamster MODERN SPECIES 764 Polrmt (ENSMAUG00000019392) Hcn2 (ENSMAUG00000010521) Bsg (ENSMAUG00000010323) ENSMAUG00000020560 Tpgs1 (ENSMAUG00000001840) Madcam1 (ENSMAUG00000021497) Odf3l2 (ENSMAUG00000010358) Shc2 (ENSMAUG00000007720) C2cd4c (ENSMAUG00000015978) ENSMAUG00000013218 Theg (ENSMAUG00000005159) ENSMAUG00000008189 ENSMAUG00000005384 Plpp2 (ENSMAUG00000009359) 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(ENSMSIG00000022545) Sco2 (ENSMSIG00000022541) Ncaph2 (ENSMSIG00000022410) Lmf2 (ENSMSIG00000022386) Tree shrew MODERN SPECIES 9362 ENSTBEG00000004724 #22