Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b #22 Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Amniota ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT01050000247847 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 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ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122.i.b.a.b ENSGT00390000003466 ENSGT00390000008195.d.b Beluga whale MODERN SPECIES 37 ENSDLEG00000004536 #7 ENSDLEG00000004551 #8 ENSDLEG00000004566 #9 PQLC3 (ENSDLEG00000004589) #10 KCNF1 (ENSDLEG00000004602) #11 PDIA6 (ENSDLEG00000004606) #12 ATP6V1C2 (ENSDLEG00000004632) #13 NOL10 (ENSDLEG00000004668) #14 ODC1 (ENSDLEG00000004685) #15 HPCAL1 (ENSDLEG00000004713) #16 ENSDLEG00000004724 #17 CYS1 (ENSDLEG00000004756) #18 KLF11 (ENSDLEG00000004778) #19 GRHL1 (ENSDLEG00000004790) #20 TAF1B (ENSDLEG00000004806) #21 YWHAQ (ENSDLEG00000004846) #22 ADAM17 (ENSDLEG00000004858) #23 ENSDLEG00000004471 #24 IAH1 (ENSDLEG00000004484) #25 CPSF3 (ENSDLEG00000004493) #26 ITGB1BP1 (ENSDLEG00000004511) #27 ASAP2 (ENSDLEG00000004523) #28 MBOAT2 (ENSDLEG00000004585) #29 KIDINS220 (ENSDLEG00000004637) #30 ID2 (ENSDLEG00000004751) #31 RNF144A (ENSDLEG00000004760) #32 ENSDLEG00000004773 #33 Narwhal MODERN 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ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990.k #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00990000204082 #33 ENSGT00950000182858.B.a.d ENSGT00950000182858.B.b.b ENSGT00950000182858.B.b.a ENSGT00940000155853 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 64 GLRA1 (ENSMMSG00000003073) NMUR2 (ENSMMSG00000003100) GRIA1 (ENSMMSG00000003129) FAM114A2 (ENSMMSG00000003214) ENSMMSG00000003251 GALNT10 (ENSMMSG00000003282) SAP30L (ENSMMSG00000003388) HAND1 (ENSMMSG00000003405) LARP1 (ENSMMSG00000003430) FAXDC2 (ENSMMSG00000003482) CNOT8 (ENSMMSG00000003528) ENSMMSG00000003559 GEMIN5 (ENSMMSG00000003579) MRPL22 (ENSMMSG00000003627) ENSMMSG00000003656 ENSMMSG00000003676 #22 ENSMMSG00000003690 ENSMMSG00000003707 SGCD (ENSMMSG00000003727) TIMD4 (ENSMMSG00000003764) ENSMMSG00000003791 ENSMMSG00000003800 ENSMMSG00000003817 HAVCR2 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ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 Wild yak MODERN SPECIES 1783 YWHAQ (ENSBMUG00000003324) #22 ADAM17 (ENSBMUG00000003344) #23 IAH1 (ENSBMUG00000003367) #25 CPSF3 (ENSBMUG00000003413) #26 ITGB1BP1 (ENSBMUG00000003480) #27 ASAP2 (ENSBMUG00000003572) #28 ENSBMUG00000003596 MBOAT2 (ENSBMUG00000003625) #29 KIDINS220 (ENSBMUG00000003783) #30 ID2 (ENSBMUG00000003840) #31 Domestic yak MODERN SPECIES 28 ENSBGRG00000024734 #12 ENSBGRG00000024848 #13 ENSBGRG00000024916 NOL10 (ENSBGRG00000024949) #14 ENSBGRG00000010565 ENSBGRG00000010591 #15 HPCAL1 (ENSBGRG00000010770) #16 RRM2 (ENSBGRG00000010858) #17 CYS1 (ENSBGRG00000011167) #18 KLF11 (ENSBGRG00000011215) #19 ENSBGRG00000011303 GRHL1 (ENSBGRG00000011381) #20 TAF1B (ENSBGRG00000012581) #21 ENSBGRG00000012787 ENSBGRG00000012819 ##22 YWHAQ (ENSBGRG00000012872) #22 ADAM17 (ENSBGRG00000012923) #23 IAH1 (ENSBGRG00000013251) #25 CPSF3 (ENSBGRG00000013338) #26 ITGB1BP1 (ENSBGRG00000013746) #27 ASAP2 (ENSBGRG00000013865) #28 MBOAT2 (ENSBGRG00000014129) #29 KIDINS220 (ENSBGRG00000014341) #30 ENSBGRG00000015325 ID2 (ENSBGRG00000015396) #31 RNF144A (ENSBGRG00000015479) #32 RSAD2 (ENSBGRG00000015611) CMPK2 (ENSBGRG00000015652) SOX11 (ENSBGRG00000015914) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 19 NETO1 (ENSCHYG00000024335) FBXO15 (ENSCHYG00000024414) TIMM21 (ENSCHYG00000024465) ENSCHYG00000024552 C18orf63 (ENSCHYG00000024641) ENSCHYG00000024713 CNDP2 (ENSCHYG00000024751) ZNF407 (ENSCHYG00000024817) PTGR3 (ENSCHYG00000024859) TSHZ1 (ENSCHYG00000024880) ZNF516 (ENSCHYG00000024900) ZNF236 (ENSCHYG00000024966) ENSCHYG00000025218 MBP (ENSCHYG00000025251) GALR1 (ENSCHYG00000025374) ENSCHYG00000025397 #22 SALL3 (ENSCHYG00000025411) ATP9B (ENSCHYG00000025490) NFATC1 (ENSCHYG00000025717) ENSCHYG00000025845 CTDP1 (ENSCHYG00000025858) KCNG2 (ENSCHYG00000025901) SLC66A2 (ENSCHYG00000025926) HSBP1L1 (ENSCHYG00000025985) TXNL4A (ENSCHYG00000026004) ENSCHYG00000026029 RBFA (ENSCHYG00000026035) ADNP2 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10 ENSCHYG00000024429 ENSCHYG00000024409 TFDP2 (ENSCHYG00000024201) GK5 (ENSCHYG00000024077) XRN1 (ENSCHYG00000023362) ATR (ENSCHYG00000022692) PLS1 (ENSCHYG00000022526) TRPC1 (ENSCHYG00000022264) PCOLCE2 (ENSCHYG00000022135) PAQR9 (ENSCHYG00000022114) U2SURP (ENSCHYG00000021811) CHST2 (ENSCHYG00000021770) SLC9A9 (ENSCHYG00000021601) DIPK2A (ENSCHYG00000021529) ENSCHYG00000021484 ENSCHYG00000021457 #22 PLOD2 (ENSCHYG00000020638) ENSCHYG00000020380 ENSCHYG00000020311 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01100000263518.A.a.a.b ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 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ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Felidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 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ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122.i.b.a.b Tiger MODERN SPECIES 581 ODC1 (ENSPTIG00000007491) #15 RRM2 (ENSPTIG00000007390) #17 KLF11 (ENSPTIG00000007061) #19 GRHL1 (ENSPTIG00000007003) #20 TAF1B (ENSPTIG00000006228) #21 YWHAQ (ENSPTIG00000006178) #22 ADAM17 (ENSPTIG00000005404) #23 IAH1 (ENSPTIG00000005299) #25 CPSF3 (ENSPTIG00000003920) #26 ITGB1BP1 (ENSPTIG00000002156) #27 ASAP2 (ENSPTIG00000000985) #28 MBOAT2 (ENSPTIG00000020033) #29 KIDINS220 (ENSPTIG00000019843) #30 ID2 (ENSPTIG00000019724) #31 RNF144A (ENSPTIG00000019714) #32 RSAD2 (ENSPTIG00000019625) ENSPTIG00000019591 #33 DCDC2C (ENSPTIG00000019551) ALLC (ENSPTIG00000019525) RPS7 (ENSPTIG00000019474) RNASEH1 (ENSPTIG00000019034) Panthera_a 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ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Red fox MODERN SPECIES 76 E2F6 (ENSVVUG00000001169) ROCK2 (ENSVVUG00000001206) #9 PQLC3 (ENSVVUG00000001281) #10 CUNH2orf50 (ENSVVUG00000001296) KCNF1 (ENSVVUG00000001317) #11 PDIA6 (ENSVVUG00000001332) #12 ATP6V1C2 (ENSVVUG00000001351) #13 NOL10 (ENSVVUG00000001394) #14 ENSVVUG00000001420 ODC1 (ENSVVUG00000001437) #15 HPCAL1 (ENSVVUG00000001457) #16 RRM2 (ENSVVUG00000001484) #17 KLF11 (ENSVVUG00000001585) #19 GRHL1 (ENSVVUG00000001610) #20 TAF1B (ENSVVUG00000001641) #21 YWHAQ (ENSVVUG00000002125) #22 ADAM17 (ENSVVUG00000002136) #23 IAH1 (ENSVVUG00000002169) #25 CPSF3 (ENSVVUG00000002194) #26 ITGB1BP1 (ENSVVUG00000002216) #27 ASAP2 (ENSVVUG00000002403) #28 MBOAT2 (ENSVVUG00000002534) #29 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ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122.i.b.a.b Polar bear MODERN SPECIES 89 GREB1 (ENSUMAG00000002360) E2F6 (ENSUMAG00000002414) ROCK2 (ENSUMAG00000002537) #9 SLC66A3 (ENSUMAG00000003286) #10 C2orf50 (ENSUMAG00000003297) KCNF1 (ENSUMAG00000003301) #11 PDIA6 (ENSUMAG00000003308) #12 ATP6V1C2 (ENSUMAG00000003318) #13 NOL10 (ENSUMAG00000003385) #14 ODC1 (ENSUMAG00000003406) #15 HPCAL1 (ENSUMAG00000003415) #16 RRM2 (ENSUMAG00000003431) #17 KLF11 (ENSUMAG00000003481) #19 GRHL1 (ENSUMAG00000003494) #20 TAF1B (ENSUMAG00000003559) #21 YWHAQ (ENSUMAG00000003646) #22 ADAM17 (ENSUMAG00000003653) #23 ENSUMAG00000003662 #25 ENSUMAG00000003666 #25 CPSF3 (ENSUMAG00000003676) #26 ITGB1BP1 (ENSUMAG00000003689) #27 ASAP2 (ENSUMAG00000003695) #28 ENSUMAG00000003713 MBOAT2 (ENSUMAG00000003744) #29 KIDINS220 (ENSUMAG00000003833) #30 ID2 (ENSUMAG00000003840) #31 RNF144A (ENSUMAG00000003876) #32 RSAD2 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ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Equus ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 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ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 4 ROCK2 (ENSRFEG00010007837) #9 SLC66A3 (ENSRFEG00010008070) #10 C2orf50 (ENSRFEG00010008148) KCNF1 (ENSRFEG00010008182) #11 PDIA6 (ENSRFEG00010008218) #12 ATP6V1C2 (ENSRFEG00010008402) #13 NOL10 (ENSRFEG00010008527) #14 ODC1 (ENSRFEG00010008653) #15 HPCAL1 (ENSRFEG00010008686) #16 ENSRFEG00010008723 #17 CYS1 (ENSRFEG00010008838) #18 KLF11 (ENSRFEG00010008867) #19 GRHL1 (ENSRFEG00010008922) #20 ENSRFEG00010009191 TAF1B (ENSRFEG00010009242) #21 YWHAQ (ENSRFEG00010009419) #22 ADAM17 (ENSRFEG00010009462) #23 IAH1 (ENSRFEG00010009506) #25 CPSF3 (ENSRFEG00010009573) #26 ITGB1BP1 (ENSRFEG00010009640) #27 ASAP2 (ENSRFEG00010009716) #28 ENSRFEG00010009824 ENSRFEG00010009833 MBOAT2 (ENSRFEG00010009854) #29 KIDINS220 (ENSRFEG00010009917) #30 ENSRFEG00010010062 #31 RNF144A (ENSRFEG00010010097) #32 RSAD2 (ENSRFEG00010010140) CMPK2 (ENSRFEG00010010183) ENSRFEG00010010195 SOX11 (ENSRFEG00010010241) Microbat MODERN SPECIES 1345 GREB1 (ENSMLUG00000000221) ENSMLUG00000003384 ROCK2 (ENSMLUG00000015664) #9 SLC66A3 (ENSMLUG00000015653) #10 PDIA6 (ENSMLUG00000012215) #12 ATP6V1C2 (ENSMLUG00000012207) #13 NOL10 (ENSMLUG00000012309) #14 ENSMLUG00000010423 #15 RRM2 (ENSMLUG00000010596) #17 KLF11 (ENSMLUG00000002295) #19 GRHL1 (ENSMLUG00000002290) #20 TAF1B (ENSMLUG00000002273) #21 YWHAQ (ENSMLUG00000005383) #22 ADAM17 (ENSMLUG00000010676) #23 IAH1 (ENSMLUG00000010667) #25 CPSF3 (ENSMLUG00000010636) #26 ITGB1BP1 (ENSMLUG00000010629) #27 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 Common shrew MODERN SPECIES 10985 YWHAQ (ENSSARG00000012476) #22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 Primates ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Tarsier MODERN SPECIES 6758 YWHAQ (ENSTSYG00000031132) #22 ADAM17 (ENSTSYG00000008904) #23 IAH1 (ENSTSYG00000026191) #25 CPSF3 (ENSTSYG00000002967) #26 ITGB1BP1 (ENSTSYG00000014537) #27 ASAP2 (ENSTSYG00000014529) #28 ENSTSYG00000028357 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 Catarrhini DUPLICATION Catarrhini DUPLICATION Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 ENSGT00940000155481.v ENSGT00940000158201 ENSGT00940000161449 ENSGT00390000016324 ENSGT01030000234629.C ENSGT00940000154369.d ENSGT00530000064220 ENSGT00950000183086.a.a.b ENSGT00950000183179.b.b ENSGT00940000159675 ENSGT00940000160165 ENSGT00900000141083.d ENSGT00390000006095 ENSGT00910000147082 ENSGT00910000147180 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 ENSGT00940000155481.v ENSGT00940000158201 ENSGT00940000161449 ENSGT00390000016324 ENSGT01030000234629.C ENSGT00940000154369.d ENSGT00530000064220 ENSGT00950000183086.a.a.b ENSGT00950000183179.b.b ENSGT00940000159675 ENSGT00940000160165 ENSGT00900000141083.d ENSGT00390000006095 ENSGT00910000147082 ENSGT00910000147180 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x.a ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 ENSGT00940000155481.v ENSGT00940000158201 ENSGT00940000161449 ENSGT00390000016324 ENSGT01030000234629.C ENSGT00940000154369.d ENSGT00530000064220 ENSGT00950000183086.a.a.b ENSGT00950000183179.b.b ENSGT00940000159675 ENSGT00940000160165 ENSGT00900000141083.d ENSGT00390000006095 ENSGT00910000147082 ENSGT00910000147180 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x.a.a ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 ENSGT00940000158201 ENSGT00940000161449 ENSGT00390000016324 ENSGT01030000234629.C ENSGT00940000154369.d ENSGT00530000064220 ENSGT00950000183086.a.a.b ENSGT00950000183179.b.b ENSGT00940000159675 ENSGT00940000160165 ENSGT00900000141083.d ENSGT00390000006095 ENSGT00910000147082 ENSGT00910000147180 ENSGT00390000007772.a.d Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x.a.a ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 ENSGT00940000158201 ENSGT00940000161449 ENSGT00390000016324 ENSGT01030000234629.C ENSGT00940000154369.d ENSGT00530000064220 ENSGT00950000183086.a.a.b ENSGT00950000183179.b.b ENSGT00940000159675 ENSGT00940000160165 ENSGT00900000141083.d ENSGT00390000006095 ENSGT00910000147082 ENSGT00910000147180 ENSGT00390000007772.a.d Pan ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000001347.vb.a.b.a.c.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x.a.a ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 ENSGT00940000158201 ENSGT00940000161449 ENSGT00390000016324 ENSGT01030000234629.C ENSGT00940000154369.d ENSGT00530000064220 ENSGT00910000147512 ENSGT00950000183086.a.a.b ENSGT00950000183179.b.b ENSGT00940000159675 ENSGT00940000160165 ENSGT00900000141083.d ENSGT00390000006095 ENSGT00910000147082 ENSGT00910000147180 Bonobo MODERN SPECIES 16 DIPK2A (ENSPPAG00000032010) ENSPPAG00000029017 SLC9A9 (ENSPPAG00000040325) ENSPPAG00000027945 PAQR9 (ENSPPAG00000009521) PCOLCE2 (ENSPPAG00000029354) TRPC1 (ENSPPAG00000004252) PLS1 (ENSPPAG00000042289) ATR (ENSPPAG00000042807) XRN1 (ENSPPAG00000010180) GK5 (ENSPPAG00000041760) TFDP2 (ENSPPAG00000031311) ENSPPAG00000038971 GRK7 (ENSPPAG00000037494) RNF7 (ENSPPAG00000036147) ENSPPAG00000042586 #22 RASA2 (ENSPPAG00000036725) PXYLP1 (ENSPPAG00000030848) SPSB4 (ENSPPAG00000029910) SLC25A36 (ENSPPAG00000030739) TRIM42 (ENSPPAG00000028240) ENSPPAG00000041953 CLSTN2 (ENSPPAG00000036614) ENSPPAG00000044006 ENSPPAG00000038038 RBP1 (ENSPPAG00000027809) RBP2 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ENSGT00670000098080 ENSGT00940000156225.d ENSGT01000000214434.A ENSGT00510000046985.i ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 ENSGT00940000158201 ENSGT00940000161449 ENSGT00390000016324 ENSGT01030000234629.C ENSGT00940000154369.d ENSGT00530000064220 ENSGT00950000183086.a.a.b ENSGT00950000183179.b.b ENSGT00940000159675 ENSGT00940000160165 ENSGT00900000141083.d ENSGT00390000006095.s ENSGT00910000147082 ENSGT00910000147180 ENSGT00390000007772.a.d Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 1046 ENSGT00940000155481.u.b.a.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.a #22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2072 ENSRROG00000044183 ENSRROG00000043111 GK5 (ENSRROG00000029129) ENSRROG00000034265 TFDP2 (ENSRROG00000033835) ATP1B3 (ENSRROG00000030567) GRK7 (ENSRROG00000038885) ENSRROG00000030523 ENSRROG00000038402 #22 RASA2 (ENSRROG00000039486) ZBTB38 (ENSRROG00000009960) PXYLP1 (ENSRROG00000022663) SPSB4 (ENSRROG00000043824) ENSRROG00000028830 SLC25A36 (ENSRROG00000037476) TRIM42 (ENSRROG00000033793) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125.i.a ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb ENSGT00770000121728 ENSGT00950000183347 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT01000000214434.B.b.e.a.o.b ENSGT00940000158012 ENSGT00940000157158.d ENSGT00940000154677.h ENSGT00390000004860.ab ENSGT00940000157225 ENSGT00940000157828 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125.i.a ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb ENSGT00770000121728 ENSGT00950000183347 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT01000000214434.B.b.e.a.o.b ENSGT00940000158012 ENSGT00940000157158.d ENSGT00940000154677.h ENSGT00390000004860.ab ENSGT00940000157225 ENSGT00940000157828 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125.i.a ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb.a ENSGT00770000121728 ENSGT00950000183347 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT01000000214434.B.b.e.a.o.b.a ENSGT00940000158012 ENSGT00940000157158.d ENSGT00940000154677.h ENSGT00390000004860.ab ENSGT00940000157225 ENSGT00940000157828 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125.i.a ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb.a ENSGT00770000121728 ENSGT00950000183347 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT01000000214434.B.b.e.a.o.b.a ENSGT00940000158012 ENSGT00940000157158.d ENSGT00940000154677.h ENSGT00390000004860.ab ENSGT00940000157225 ENSGT00940000157828 Pan ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000012574 ENSGT00940000158241 ENSGT00390000003125.i.a ENSGT00390000010773 ENSGT00940000154672 ENSGT00390000009391.a ENSGT00390000012736 ENSGT00940000156418 ENSGT00940000156495 ENSGT00390000004697 ENSGT00940000160268 ENSGT00940000161766 ENSGT00940000161969 ENSGT00390000004179 ENSGT00940000159346 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb.a ENSGT00770000121728 ENSGT00950000183347 ENSGT00940000155329.b.a.a ENSGT00940000155329.b.a.b ENSGT00940000162839.b ENSGT00390000013749 ENSGT00940000156434 ENSGT01000000214434.B.b.e.a.o.b.a ENSGT00940000158012 ENSGT00940000157158.d ENSGT00940000154677.h ENSGT00390000004860.ab ENSGT00940000157225 ENSGT00940000157828 Bonobo MODERN SPECIES 17 GASK1B (ENSPPAG00000034391) TMEM144 (ENSPPAG00000030600) RXFP1 (ENSPPAG00000042348) C4orf46 (ENSPPAG00000026897) ETFDH (ENSPPAG00000033940) PPID (ENSPPAG00000029875) FNIP2 (ENSPPAG00000029816) C4orf45 (ENSPPAG00000029906) RAPGEF2 (ENSPPAG00000030225) FSTL5 (ENSPPAG00000033491) NAF1 (ENSPPAG00000034674) NPY1R (ENSPPAG00000044130) TKTL2 (ENSPPAG00000024062) TMA16 (ENSPPAG00000000177) MARCHF1 (ENSPPAG00000044145) ENSPPAG00000044141 #22 ENSPPAG00000028110 SMIM31 (ENSPPAG00000028428) APELA (ENSPPAG00000040006) ENSPPAG00000026877 TRIM60 (ENSPPAG00000009774) TRIM75 (ENSPPAG00000000495) TMEM192 (ENSPPAG00000030031) ENSPPAG00000020375 GK3 (ENSPPAG00000038634) MSMO1 (ENSPPAG00000037413) CPE (ENSPPAG00000030038) ENSPPAG00000005749 ENSPPAG00000038330 ENSPPAG00000032897 TLL1 (ENSPPAG00000038906) Chimpanzee MODERN SPECIES 17 ANXA10 (ENSPTRG00000016580) SPOCK3 (ENSPTRG00000016579) TLL1 (ENSPTRG00000016577) ENSPTRG00000044749 ENSPTRG00000048332 CPE (ENSPTRG00000016575) MSMO1 (ENSPTRG00000016574) GK3 (ENSPTRG00000042842) KLHL2 (ENSPTRG00000016572) TMEM192 (ENSPTRG00000047471) TRIM75 (ENSPTRG00000044938) TRIM60 (ENSPTRG00000016568) APELA (ENSPTRG00000044082) SMIM31 (ENSPTRG00000046070) ENSPTRG00000047384 ENSPTRG00000044373 #22 MARCHF1 (ENSPTRG00000016564) TMA16 (ENSPTRG00000023618) TKTL2 (ENSPTRG00000016563) NPY5R (ENSPTRG00000016562) NPY1R (ENSPTRG00000016561) NAF1 (ENSPTRG00000016560) FSTL5 (ENSPTRG00000016559) RAPGEF2 (ENSPTRG00000016558) C4H4orf45 (ENSPTRG00000016556) FNIP2 (ENSPTRG00000016555) PPID (ENSPTRG00000016554) ETFDH (ENSPTRG00000016553) C4H4orf46 (ENSPTRG00000031072) RXFP1 (ENSPTRG00000016551) TMEM144 (ENSPTRG00000016550) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 186 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 176 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb Macaca ANCESTRAL SPECIES 144 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 148 RXFP1 (ENSMNEG00000036056) ENSMNEG00000036942 ETFDH (ENSMNEG00000034153) ENSMNEG00000042456 FNIP2 (ENSMNEG00000040295) C4orf45 (ENSMNEG00000038719) RAPGEF2 (ENSMNEG00000004868) ENSMNEG00000035292 ENSMNEG00000016165 FSTL5 (ENSMNEG00000001053) NAF1 (ENSMNEG00000032677) NPY1R (ENSMNEG00000034371) TKTL2 (ENSMNEG00000020720) ENSMNEG00000044436 MARCHF1 (ENSMNEG00000041210) ENSMNEG00000035932 #22 ENSMNEG00000045385 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 194 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 323 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.a.b #22 ENSGT00950000182907.a.b.b.b.tb Drill MODERN SPECIES 882 FSTL5 (ENSMLEG00000033477) NAF1 (ENSMLEG00000035330) NPY1R (ENSMLEG00000028204) NPY5R (ENSMLEG00000020301) TKTL2 (ENSMLEG00000022478) TMA16 (ENSMLEG00000041414) MARCHF1 (ENSMLEG00000030720) ENSMLEG00000033048 #22 ENSMLEG00000038007 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.w.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00860000136202 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00910000147368 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154459.B ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00910000147526 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.bb.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.w.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00860000136202 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00910000147368 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00910000146975 ENSGT00940000161652 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 174 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00910000147526 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.bb.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.w.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00910000147368 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990.a #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1640 RAP2B (ENSRROG00000037732) P2RY1 (ENSRROG00000038082) ENSRROG00000036768 #22 MBNL1 (ENSRROG00000000867) SUCNR1 (ENSRROG00000032573) AADAC (ENSRROG00000041640) AADACL2 (ENSRROG00000033064) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2175 ROCK2 (ENSRROG00000034982) #9 SLC66A3 (ENSRROG00000037932) #10 C2orf50 (ENSRROG00000036464) ENSRROG00000039195 KCNF1 (ENSRROG00000034842) #11 PDIA6 (ENSRROG00000040359) #12 ATP6V1C2 (ENSRROG00000039206) #13 ENSRROG00000029320 NOL10 (ENSRROG00000043208) #14 ENSRROG00000045795 #15 HPCAL1 (ENSRROG00000033182) #16 RRM2 (ENSRROG00000041328) #17 KLF11 (ENSRROG00000041608) #19 GRHL1 (ENSRROG00000028348) #20 TAF1B (ENSRROG00000024712) #21 YWHAQ (ENSRROG00000044691) #22 ENSRROG00000025134 ADAM17 (ENSRROG00000038460) #23 ENSRROG00000036140 IAH1 (ENSRROG00000034099) #25 CPSF3 (ENSRROG00000033792) #26 ENSRROG00000044107 #27 ASAP2 (ENSRROG00000042260) #28 ENSRROG00000035274 ENSRROG00000033889 MBOAT2 (ENSRROG00000045314) #29 KIDINS220 (ENSRROG00000036660) #30 ID2 (ENSRROG00000004887) #31 Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1416 P2RY1 (ENSRBIG00000025972) ENSRBIG00000027605 ENSRBIG00000038423 #22 ENSRBIG00000011887 MBNL1 (ENSRBIG00000030443) SUCNR1 (ENSRBIG00000034337) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 147 E2F6 (ENSRBIG00000039075) ROCK2 (ENSRBIG00000044675) #9 SLC66A3 (ENSRBIG00000030849) #10 C2orf50 (ENSRBIG00000034453) KCNF1 (ENSRBIG00000044334) #11 PDIA6 (ENSRBIG00000031454) #12 ENSRBIG00000035043 ATP6V1C2 (ENSRBIG00000031961) #13 NOL10 (ENSRBIG00000043507) #14 ENSRBIG00000000544 #15 HPCAL1 (ENSRBIG00000034017) #16 RRM2 (ENSRBIG00000033258) #17 KLF11 (ENSRBIG00000037952) #19 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Sooty mangabey DUPLICATION Sooty mangabey MODERN SPECIES 181 ENSCATG00000029903 ENSCATG00000021788 ZMAT1 (ENSCATG00000000551) ARMCX3 (ENSCATG00000036750) ARMCX6 (ENSCATG00000015784) ARMCX1 (ENSCATG00000022441) ARMCX4 (ENSCATG00000043156) GLA (ENSCATG00000037297) ENSCATG00000010793 BTK (ENSCATG00000033966) TIMM8A (ENSCATG00000020206) TAF7L (ENSCATG00000037171) DRP2 (ENSCATG00000022212) ENSCATG00000035715 ENSCATG00000030561 #22 CENPI (ENSCATG00000017865) TMEM35A (ENSCATG00000039413) TRMT2B (ENSCATG00000001665) ARL13A (ENSCATG00000002456) XKRX (ENSCATG00000035962) ENSCATG00000038584 NOX1 (ENSCATG00000031320) CSTF2 (ENSCATG00000022835) ENSCATG00000033662 ENSCATG00000042265 ENSCATG00000022377 SYTL4 (ENSCATG00000037801) SRPX2 (ENSCATG00000000283) TSPAN6 (ENSCATG00000035573) TNMD (ENSCATG00000030175) Sooty mangabey MODERN SPECIES 121 ENSCATG00000031151 #17 CYS1 (ENSCATG00000014723) #18 ENSCATG00000033874 KLF11 (ENSCATG00000037396) #19 GRHL1 (ENSCATG00000027324) #20 TAF1B (ENSCATG00000039789) #21 ENSCATG00000023335 #22 ADAM17 (ENSCATG00000037482) #23 IAH1 (ENSCATG00000029613) #25 CPSF3 (ENSCATG00000014770) #26 ITGB1BP1 (ENSCATG00000036040) #27 ASAP2 (ENSCATG00000035990) #28 ENSCATG00000011380 MBOAT2 (ENSCATG00000040596) #29 KIDINS220 (ENSCATG00000041275) #30 ID2 (ENSCATG00000030248) #31 RNF144A (ENSCATG00000033975) #32 RSAD2 (ENSCATG00000030147) CMPK2 (ENSCATG00000040689) ENSCATG00000018474 SOX11 (ENSCATG00000020144) DCDC2C (ENSCATG00000025057) Macaca ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00910000147526 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.bb.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00940000163505.b.b.b.b.b ENSGT00390000013305.a.a.w.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00860000136202 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00910000147368 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 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ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000155734.q ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.v.b #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982.b #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 5 SLC66A3 (ENSSVLG00005018165) #10 C2orf50 (ENSSVLG00005018240) KCNF1 (ENSSVLG00005018274) #11 PDIA6 (ENSSVLG00005018305) #12 ATP6V1C2 (ENSSVLG00005018543) #13 ENSSVLG00005018931 NOL10 (ENSSVLG00005018977) #14 ENSSVLG00005019056 #15 HPCAL1 (ENSSVLG00005019176) #16 ENSSVLG00005019233 #17 CYS1 (ENSSVLG00005019295) #18 KLF11 (ENSSVLG00005019337) #19 ENSSVLG00005019438 #20 ENSSVLG00005019695 #21 ENSSVLG00005019881 YWHAQ (ENSSVLG00005019899) #22 ADAM17 (ENSSVLG00005019936) #23 IAH1 (ENSSVLG00005019997) #25 CPSF3 (ENSSVLG00005020098) #26 ITGB1BP1 (ENSSVLG00005020179) #27 ASAP2 (ENSSVLG00005020310) #28 MBOAT2 (ENSSVLG00005020748) #29 KIDINS220 (ENSSVLG00005020790) #30 ID2 (ENSSVLG00005020830) #31 RNF144A (ENSSVLG00005020868) #32 RSAD2 (ENSSVLG00005020911) CMPK2 (ENSSVLG00005020981) SOX11 (ENSSVLG00005021089) DCDC2C (ENSSVLG00005021143) ALLC (ENSSVLG00005021266) COLEC11 (ENSSVLG00005021395) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155734.q ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.v.b #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982.b #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069.k.a #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 Squirrel MODERN SPECIES 71 OIP5 (ENSSTOG00000008306) NUSAP1 (ENSSTOG00000008314) ENSSTOG00000022272 NDUFAF1 (ENSSTOG00000008333) RTF1 (ENSSTOG00000008346) ITPKA (ENSSTOG00000008378) LTK (ENSSTOG00000008387) RPAP1 (ENSSTOG00000015342) TYRO3 (ENSSTOG00000015360) MGA (ENSSTOG00000000653) MAPKBP1 (ENSSTOG00000000672) JMJD7 (ENSSTOG00000027236) PLA2G4B (ENSSTOG00000000680) ENSSTOG00000000686 EHD4 (ENSSTOG00000000719) ENSSTOG00000031314 #22 PLA2G4E (ENSSTOG00000014164) PLA2G4D (ENSSTOG00000014347) PLA2G4F (ENSSTOG00000014358) VPS39 (ENSSTOG00000014367) TMEM87A (ENSSTOG00000000767) GANC (ENSSTOG00000000774) CAPN3 (ENSSTOG00000021092) ENSSTOG00000029337 SNAP23 (ENSSTOG00000006183) LRRC57 (ENSSTOG00000006192) HAUS2 (ENSSTOG00000006207) ENSSTOG00000024994 ENSSTOG00000034368 CDAN1 (ENSSTOG00000006305) TTBK2 (ENSSTOG00000027361) Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 7 EXD1 (ENSMMMG00000020624) CHP1 (ENSMMMG00000020600) OIP5 (ENSMMMG00000020593) NUSAP1 (ENSMMMG00000020560) NDUFAF1 (ENSMMMG00000020553) ENSMMMG00000020547 RTF1 (ENSMMMG00000020534) ITPKA (ENSMMMG00000020517) ENSMMMG00000020501 RPAP1 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(MGP_CAROLIEiJ_G0017657) MGP_CAROLIEiJ_G0017656 Sox11 (MGP_CAROLIEiJ_G0017655) Cmpk2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017654) Rsad2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017653) Rnf144a (MGP_CAROLIEiJ_G0017652) #32 MGP_CAROLIEiJ_G0017651 #31 Kidins220 (MGP_CAROLIEiJ_G0017650) #30 Mboat2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017649) #29 Rrm2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017648) #17 Cys1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017647) #18 Klf11 (MGP_CAROLIEiJ_G0017646) #19 Grhl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017645) #20 Taf1b (MGP_CAROLIEiJ_G0017644) #21 Ywhaq (MGP_CAROLIEiJ_G0017643) #22 Adam17 (MGP_CAROLIEiJ_G0017642) #23 Iah1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017641) #25 Cpsf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017640) #26 Itgb1bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017639) #27 Asap2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017638) #28 Odc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017637) #15 Nol10 (MGP_CAROLIEiJ_G0017636) #14 Atp6v1c2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017635) #13 Pdia6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017634) #12 Kcnf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017633) #11 MGP_CAROLIEiJ_G0017632 MGP_CAROLIEiJ_G0017631 #10 Rock2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017630) #9 MGP_CAROLIEiJ_G0017629 Greb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017628) Mus_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000162396 ENSGT00940000161652 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00390000013670 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00390000013305.a.a.v #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01060000248676 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.e #15 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000153916.B.c #10 ENSGT01030000234517.D #9 Mouse MODERN SPECIES 3 Allc (ENSMUSG00000020636) Dcdc2c (ENSMUSG00000020633) Sox11 (ENSMUSG00000063632) Cmpk2 (ENSMUSG00000020638) Rsad2 (ENSMUSG00000020641) Rnf144a (ENSMUSG00000020642) #32 Id2 (ENSMUSG00000020644) #31 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ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00390000013305.a.a.v #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.e #15 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000153916.B.c #10 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000155734 spretus MODERN SPECIES 3 Allc (MGP_SPRETEiJ_G0018499) MGP_SPRETEiJ_G0018498 Sox11 (MGP_SPRETEiJ_G0018497) Cmpk2 (MGP_SPRETEiJ_G0018496) Rsad2 (MGP_SPRETEiJ_G0018495) Rnf144a (MGP_SPRETEiJ_G0018494) #32 MGP_SPRETEiJ_G0018493 #31 Kidins220 (MGP_SPRETEiJ_G0018492) #30 Mboat2 (MGP_SPRETEiJ_G0018491) #29 Rrm2 (MGP_SPRETEiJ_G0018490) #17 Cys1 (MGP_SPRETEiJ_G0018489) #18 Klf11 (MGP_SPRETEiJ_G0018488) #19 Grhl1 (MGP_SPRETEiJ_G0018487) 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ENSGT01050000247847 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT01050000247847 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122.i.b.a.b Elephant MODERN SPECIES 197 ROCK2 (ENSLAFG00000007153) #9 SLC66A3 (ENSLAFG00000025769) #10 C2orf50 (ENSLAFG00000026090) ENSLAFG00000026811 KCNF1 (ENSLAFG00000008774) #11 PDIA6 (ENSLAFG00000012281) #12 ATP6V1C2 (ENSLAFG00000022630) #13 NOL10 (ENSLAFG00000010489) #14 ODC1 (ENSLAFG00000005330) #15 HPCAL1 (ENSLAFG00000004069) #16 RRM2 (ENSLAFG00000003627) #17 ENSLAFG00000026037 KLF11 (ENSLAFG00000032182) #19 GRHL1 (ENSLAFG00000009330) #20 TAF1B (ENSLAFG00000000782) #21 YWHAQ (ENSLAFG00000009482) #22 ADAM17 (ENSLAFG00000009473) #23 IAH1 (ENSLAFG00000009469) #25 CPSF3 (ENSLAFG00000009467) #26 ITGB1BP1 (ENSLAFG00000009036) #27 ASAP2 (ENSLAFG00000009029) #28 MBOAT2 (ENSLAFG00000008586) #29 KIDINS220 (ENSLAFG00000014141) #30 ID2 (ENSLAFG00000006910) #31 RNF144A (ENSLAFG00000001936) #32 RSAD2 (ENSLAFG00000017097) CMPK2 (ENSLAFG00000031856) SOX11 (ENSLAFG00000006327) ENSLAFG00000026156 ENSLAFG00000027245 ALLC (ENSLAFG00000013751) Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 1154 CCNL1 (ENSDNOG00000009325) ENSDNOG00000039650 ENSDNOG00000031446 ENSDNOG00000046381 TIPARP (ENSDNOG00000006676) ENSDNOG00000048811 ENSDNOG00000000752 KCNAB1 (ENSDNOG00000000745) ENSDNOG00000038913 ENSDNOG00000019348 GMPS (ENSDNOG00000017772) ENSDNOG00000040652 SLC33A1 (ENSDNOG00000045008) C3orf33 (ENSDNOG00000031969) PLCH1 (ENSDNOG00000008919) ENSDNOG00000041013 #22 Armadillo MODERN SPECIES 4115 ENSDNOG00000049371 CDKL4 (ENSDNOG00000017497) ENSDNOG00000032679 #22 ENSDNOG00000037246 MAP4K3 (ENSDNOG00000007464) ENSDNOG00000036443 TMEM178A (ENSDNOG00000039682) THUMPD2 (ENSDNOG00000019834) ENSDNOG00000010490 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Hyrax MODERN SPECIES 2436 ENSPCAG00000003037 ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 1501 TBKBP1 (ENSDNOG00000040744) KPNB1 (ENSDNOG00000014546) NPEPPS (ENSDNOG00000031577) ENSDNOG00000036102 ##22 MRPL45 (ENSDNOG00000010131) GPR179 (ENSDNOG00000049094) SOCS7 (ENSDNOG00000006042) ARHGAP23 (ENSDNOG00000031001) SRCIN1 (ENSDNOG00000032047) Sloth MODERN SPECIES 2683 ENSCHOG00000004661 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Primates DUPLICATION Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 112 ENSSBOG00000010479 ABCB5 (ENSSBOG00000033428) ENSSBOG00000031119 ENSSBOG00000022288 SP4 (ENSSBOG00000026933) ENSSBOG00000028226 ENSSBOG00000017440 DNAH11 (ENSSBOG00000025701) CDCA7L (ENSSBOG00000019253) RAPGEF5 (ENSSBOG00000031232) IL6 (ENSSBOG00000023961) ENSSBOG00000003308 HYCC1 (ENSSBOG00000033769) ENSSBOG00000028644 ##22 KLHL7 (ENSSBOG00000030300) NUP42 (ENSSBOG00000030576) GPNMB (ENSSBOG00000021795) MALSU1 (ENSSBOG00000018985) IGF2BP3 (ENSSBOG00000019579) ENSSBOG00000036184 TRA2A (ENSSBOG00000031562) CCDC126 (ENSSBOG00000018628) ENSSBOG00000032133 FAM221A (ENSSBOG00000021284) STK31 (ENSSBOG00000033536) ENSSBOG00000006781 NPY (ENSSBOG00000023880) PALS2 (ENSSBOG00000020815) GSDME (ENSSBOG00000023554) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 5 ROCK2 (ENSCSAG00000007439) #9 SLC66A3 (ENSCSAG00000007311) #10 C2orf50 (ENSCSAG00000007293) KCNF1 (ENSCSAG00000000374) #11 PDIA6 (ENSCSAG00000007282) #12 ATP6V1C2 (ENSCSAG00000007259) #13 NOL10 (ENSCSAG00000007229) #14 ENSCSAG00000007220 #15 HPCAL1 (ENSCSAG00000007213) #16 RRM2 (ENSCSAG00000007201) #17 ENSCSAG00000007172 CYS1 (ENSCSAG00000007167) #18 KLF11 (ENSCSAG00000007163) #19 GRHL1 (ENSCSAG00000007158) #20 TAF1B (ENSCSAG00000007150) #21 ENSCSAG00000007145 ##22 ADAM17 (ENSCSAG00000007138) #23 IAH1 (ENSCSAG00000007130) #25 CPSF3 (ENSCSAG00000007125) #26 ITGB1BP1 (ENSCSAG00000007115) #27 ASAP2 (ENSCSAG00000007108) #28 MBOAT2 (ENSCSAG00000007093) #29 KIDINS220 (ENSCSAG00000007084) #30 ID2 (ENSCSAG00000007060) #31 RNF144A (ENSCSAG00000007058) #32 RSAD2 (ENSCSAG00000007051) CMPK2 (ENSCSAG00000007040) ENSCSAG00000007025 SOX11 (ENSCSAG00000000373) DCDC2C (ENSCSAG00000007016) ALLC (ENSCSAG00000006987) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Gibbon MODERN SPECIES 2 FMO4 (ENSNLEG00000015167) PRRC2C (ENSNLEG00000015178) ENSNLEG00000032220 MYOC (ENSNLEG00000015190) ENSNLEG00000031746 VAMP4 (ENSNLEG00000015204) ENSNLEG00000031601 METTL13 (ENSNLEG00000015209) DNM3 (ENSNLEG00000015220) PIGC (ENSNLEG00000015248) C1orf105 (ENSNLEG00000015241) SUCO (ENSNLEG00000015249) FASLG (ENSNLEG00000015271) ENSNLEG00000035559 TNFSF18 (ENSNLEG00000015274) ENSNLEG00000005189 ##22 ENSNLEG00000028459 ENSNLEG00000030473 TNFSF4 (ENSNLEG00000015276) PRDX6 (ENSNLEG00000034494) ENSNLEG00000033412 SLC9C2 (ENSNLEG00000015286) TEX50 (ENSNLEG00000015295) ANKRD45 (ENSNLEG00000015292) KLHL20 (ENSNLEG00000015296) CENPL (ENSNLEG00000015305) DARS2 (ENSNLEG00000015309) ZBTB37 (ENSNLEG00000015319) SERPINC1 (ENSNLEG00000015323) RC3H1 (ENSNLEG00000015327) ENSNLEG00000015342 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 6833 ENSTSYG00000030569 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 546 ENSTSYG00000032139 ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 11 ENSMICG00000046505 PRPF3 (ENSMICG00000015386) RPRD2 (ENSMICG00000007991) TARS2 (ENSMICG00000008016) ECM1 (ENSMICG00000044220) ADAMTSL4 (ENSMICG00000008061) MCL1 (ENSMICG00000034250) ENSMICG00000029534 ENSA (ENSMICG00000004996) GOLPH3L (ENSMICG00000027785) HORMAD1 (ENSMICG00000036889) ENSMICG00000027297 CTSS (ENSMICG00000032451) CTSK (ENSMICG00000005853) ARNT (ENSMICG00000005872) ENSMICG00000034737 ##22 CTXND2 (ENSMICG00000044474) SETDB1 (ENSMICG00000000425) CERS2 (ENSMICG00000000441) ANXA9 (ENSMICG00000000445) MINDY1 (ENSMICG00000000449) PRUNE1 (ENSMICG00000000451) BNIPL (ENSMICG00000000460) C1orf56 (ENSMICG00000000470) CDC42SE1 (ENSMICG00000045944) GABPB2 (ENSMICG00000006802) SEMA6C (ENSMICG00000006866) LYSMD1 (ENSMICG00000026636) SCNM1 (ENSMICG00000047233) TMOD4 (ENSMICG00000006822) VPS72 (ENSMICG00000006827) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Macaca DUPLICATION Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b.a ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 274 MME (ENSMNEG00000044087) GPR149 (ENSMNEG00000036775) ENSMNEG00000034754 DHX36 (ENSMNEG00000039762) ARHGEF26 (ENSMNEG00000021008) RAP2B (ENSMNEG00000027958) P2RY1 (ENSMNEG00000021059) ENSMNEG00000041435 ##22 MBNL1 (ENSMNEG00000031295) SUCNR1 (ENSMNEG00000029118) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b.a ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 11 SSR3 (ENSMFAG00000065033) KCNAB1 (ENSMFAG00000032077) ENSMFAG00000035446 GMPS (ENSMFAG00000039350) SLC33A1 (ENSMFAG00000057969) C3orf33 (ENSMFAG00000004239) ENSMFAG00000039668 PLCH1 (ENSMFAG00000042166) STRIT1 (ENSMFAG00000039645) MME (ENSMFAG00000039633) GPR149 (ENSMFAG00000030860) DHX36 (ENSMFAG00000032288) ARHGEF26 (ENSMFAG00000031011) RAP2B (ENSMFAG00000006078) P2RY1 (ENSMFAG00000005982) ENSMFAG00000039510 ##22 ENSMFAG00000064185 MBNL1 (ENSMFAG00000001066) SUCNR1 (ENSMFAG00000064553) AADACL2 (ENSMFAG00000042922) ENSMFAG00000058559 ENSMFAG00000040086 AADAC (ENSMFAG00000031479) IGSF10 (ENSMFAG00000002055) ENSMFAG00000053187 P2RY12 (ENSMFAG00000036474) P2RY13 (ENSMFAG00000043480) GPR87 (ENSMFAG00000003685) P2RY14 (ENSMFAG00000030384) GPR171 (ENSMFAG00000030882) MED12L (ENSMFAG00000044786) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b.b ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 126 TIFA (ENSMNEG00000018769) ENSMNEG00000037689 ALPK1 (ENSMNEG00000035578) ENSMNEG00000036856 NEUROG2 (ENSMNEG00000006870) ZGRF1 (ENSMNEG00000031300) LARP7 (ENSMNEG00000034758) ENSMNEG00000032481 ANK2 (ENSMNEG00000039312) CAMK2D (ENSMNEG00000045488) ARSJ (ENSMNEG00000032901) ENSMNEG00000022132 UGT8 (ENSMNEG00000036824) NDST4 (ENSMNEG00000035599) ENSMNEG00000042964 ENSMNEG00000033966 ##22 TRAM1L1 (ENSMNEG00000025342) NDST3 (ENSMNEG00000033435) PRSS12 (ENSMNEG00000043650) ENSMNEG00000043767 METTL14 (ENSMNEG00000032737) SEC24D (ENSMNEG00000035401) SYNPO2 (ENSMNEG00000030337) MYOZ2 (ENSMNEG00000021579) USP53 (ENSMNEG00000035179) ENSMNEG00000030057 FABP2 (ENSMNEG00000036803) PDE5A (ENSMNEG00000016569) MAD2L1 (ENSMNEG00000040691) ENSMNEG00000025951 PRDM5 (ENSMNEG00000019018) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Bonobo MODERN SPECIES 14 ENSPPAG00000036122 ROCK2 (ENSPPAG00000038618) #9 SLC66A3 (ENSPPAG00000026752) #10 C2orf50 (ENSPPAG00000042216) KCNF1 (ENSPPAG00000042656) #11 PDIA6 (ENSPPAG00000028754) #12 ATP6V1C2 (ENSPPAG00000028894) #13 NOL10 (ENSPPAG00000010631) #14 ODC1 (ENSPPAG00000004476) #15 HPCAL1 (ENSPPAG00000032513) #16 RRM2 (ENSPPAG00000040070) #17 ENSPPAG00000010181 KLF11 (ENSPPAG00000030099) #19 GRHL1 (ENSPPAG00000030977) #20 TAF1B (ENSPPAG00000031684) #21 ENSPPAG00000043019 ##22 ADAM17 (ENSPPAG00000038185) #23 IAH1 (ENSPPAG00000033783) #25 CPSF3 (ENSPPAG00000042457) #26 ITGB1BP1 (ENSPPAG00000039328) #27 ASAP2 (ENSPPAG00000008883) #28 ENSPPAG00000043888 MBOAT2 (ENSPPAG00000043445) #29 KIDINS220 (ENSPPAG00000041858) #30 ID2 (ENSPPAG00000034410) #31 RNF144A (ENSPPAG00000037389) #32 RSAD2 (ENSPPAG00000039493) ENSPPAG00000037362 ENSPPAG00000036968 #33 ENSPPAG00000031455 DCDC2C (ENSPPAG00000035755) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B.e #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.y.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990.c #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B.f #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.y.a.b #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990.c #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B.f #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.y.a.b #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990.c #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 63 GREB1 (ENSSBOG00000026787) E2F6 (ENSSBOG00000032095) ROCK2 (ENSSBOG00000026163) #9 SLC66A3 (ENSSBOG00000021893) #10 C2orf50 (ENSSBOG00000027050) KCNF1 (ENSSBOG00000032364) #11 PDIA6 (ENSSBOG00000016573) #12 ATP6V1C2 (ENSSBOG00000020727) #13 NOL10 (ENSSBOG00000025651) #14 ODC1 (ENSSBOG00000034688) #15 HPCAL1 (ENSSBOG00000026513) #16 ENSSBOG00000022360 #17 KLF11 (ENSSBOG00000018899) #19 GRHL1 (ENSSBOG00000011486) #20 TAF1B (ENSSBOG00000028943) #21 ENSSBOG00000033831 ##22 ADAM17 (ENSSBOG00000035331) #23 IAH1 (ENSSBOG00000019617) #25 CPSF3 (ENSSBOG00000027263) #26 ENSSBOG00000031545 #27 ASAP2 (ENSSBOG00000021237) #28 ENSSBOG00000029937 MBOAT2 (ENSSBOG00000034820) #29 KIDINS220 (ENSSBOG00000026153) #30 ID2 (ENSSBOG00000033610) #31 RNF144A (ENSSBOG00000019246) #32 RSAD2 (ENSSBOG00000024280) ENSSBOG00000028588 ENSSBOG00000029283 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 26 CYP26B1 (ENSMICG00000016464) DYSF (ENSMICG00000010232) ZNF638 (ENSMICG00000005419) PAIP2B (ENSMICG00000030507) NAGK (ENSMICG00000007070) TEX261 (ENSMICG00000031861) ANKRD53 (ENSMICG00000007049) ATP6V1B1 (ENSMICG00000005270) VAX2 (ENSMICG00000046942) CD207 (ENSMICG00000000713) FIGLA (ENSMICG00000011826) ADD2 (ENSMICG00000014589) TGFA (ENSMICG00000030189) ENSMICG00000034467 ENSMICG00000045047 ENSMICG00000030362 ##22 FAM136A (ENSMICG00000042469) ENSMICG00000015369 ENSMICG00000000328 ENSMICG00000027526 TIA1 (ENSMICG00000002434) C2orf42 (ENSMICG00000030784) PCBP1 (ENSMICG00000038221) ASPRV1 (ENSMICG00000004975) MXD1 (ENSMICG00000004973) ENSMICG00000038189 ENSMICG00000012008 ANXA4 (ENSMICG00000012000) AAK1 (ENSMICG00000003788) ENSMICG00000044702 GFPT1 (ENSMICG00000035387) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Tree shrew MODERN SPECIES 2529 KLF11 (ENSTBEG00000008268) #19 GRHL1 (ENSTBEG00000007777) #20 TAF1B (ENSTBEG00000006430) #21 ENSTBEG00000006122 ##22 ADAM17 (ENSTBEG00000004343) #23 CPSF3 (ENSTBEG00000002707) #26 ITGB1BP1 (ENSTBEG00000001622) #27 ENSTBEG00000008035 #28 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 233 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 Pika MODERN SPECIES 2207 ENSOPRG00000009027 #20 TAF1B (ENSOPRG00000008998) #21 ENSOPRG00000008991 ##22 ADAM17 (ENSOPRG00000008960) #23 IAH1 (ENSOPRG00000008947) #25 CPSF3 (ENSOPRG00000008902) #26 ITGB1BP1 (ENSOPRG00000008887) #27 ENSOPRG00000008852 #28 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734.q ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.v.b #17 ENSGT00940000155982.b #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069.k.a #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Squirrel MODERN SPECIES 132 NTSR2 (ENSSTOG00000010000) GREB1 (ENSSTOG00000026032) E2F6 (ENSSTOG00000003316) ROCK2 (ENSSTOG00000002624) #9 SLC66A3 (ENSSTOG00000027023) #10 C2orf50 (ENSSTOG00000002600) PDIA6 (ENSSTOG00000005550) #12 ATP6V1C2 (ENSSTOG00000005527) #13 NOL10 (ENSSTOG00000005485) #14 ENSSTOG00000000386 #15 HPCAL1 (ENSSTOG00000001514) #16 ENSSTOG00000033669 #17 ENSSTOG00000030936 #19 GRHL1 (ENSSTOG00000019842) #20 TAF1B (ENSSTOG00000002419) #21 ENSSTOG00000024378 ##22 ADAM17 (ENSSTOG00000004510) #23 ENSSTOG00000004500 #25 CPSF3 (ENSSTOG00000004476) #26 ITGB1BP1 (ENSSTOG00000004464) #27 ASAP2 (ENSSTOG00000004398) #28 MBOAT2 (ENSSTOG00000020147) #29 KIDINS220 (ENSSTOG00000013232) #30 ID2 (ENSSTOG00000019401) #31 RNF144A (ENSSTOG00000027570) #32 RSAD2 (ENSSTOG00000006147) CMPK2 (ENSSTOG00000019402) DCDC2C (ENSSTOG00000020234) ALLC (ENSSTOG00000002136) COLEC11 (ENSSTOG00000020387) RPS7 (ENSSTOG00000024830) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 339 E2f6 (ENSDORG00000013213) Rock2 (ENSDORG00000008054) #9 Pqlc3 (ENSDORG00000025612) #10 ENSDORG00000027660 Kcnf1 (ENSDORG00000026132) #11 Pdia6 (ENSDORG00000003594) #12 Atp6v1c2 (ENSDORG00000003593) #13 Nol10 (ENSDORG00000001331) #14 Odc1 (ENSDORG00000002669) #15 Hpcal1 (ENSDORG00000007055) #16 Rrm2 (ENSDORG00000002514) #17 ENSDORG00000024620 #19 ENSDORG00000024766 #20 ENSDORG00000028599 #20 Taf1b (ENSDORG00000010154) #21 ENSDORG00000028741 ##22 Adam17 (ENSDORG00000014267) #23 Cpsf3 (ENSDORG00000014263) #26 Itgb1bp1 (ENSDORG00000014262) #27 Asap2 (ENSDORG00000014261) #28 Mboat2 (ENSDORG00000007348) #29 Kidins220 (ENSDORG00000014817) #30 Id2 (ENSDORG00000014815) #31 Rnf144a (ENSDORG00000010145) #32 Rsad2 (ENSDORG00000008537) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES Dnaaf2 (ENSMOCG00000005708) Mgat2 (ENSMOCG00000007181) ENSMOCG00000021414 Lrr1 (ENSMOCG00000018456) Rps29 (ENSMOCG00000017681) Mdga2 (ENSMOCG00000022499) ENSMOCG00000005109 Rpl10l (ENSMOCG00000009910) Mis18bp1 (ENSMOCG00000017171) Fancm (ENSMOCG00000008775) Fkbp3 (ENSMOCG00000011130) Prpf39 (ENSMOCG00000009148) Togaram1 (ENSMOCG00000021755) Klhl28 (ENSMOCG00000006562) Gm527 (ENSMOCG00000005543) ENSMOCG00000015843 ##22 Lrfn5 (ENSMOCG00000021045) ENSMOCG00000014206 ENSMOCG00000013030 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 14 Greb1 (ENSPEMG00000020144) E2f6 (ENSPEMG00000020192) Rock2 (ENSPEMG00000020257) #9 Pqlc3 (ENSPEMG00000020282) #10 ENSPEMG00000025861 Kcnf1 (ENSPEMG00000013250) #11 Pdia6 (ENSPEMG00000002821) #12 Atp6v1c2 (ENSPEMG00000007660) #13 Nol10 (ENSPEMG00000008676) #14 Hpcal1 (ENSPEMG00000025119) #16 Rrm2 (ENSPEMG00000010359) #17 Cys1 (ENSPEMG00000025881) #18 Klf11 (ENSPEMG00000011311) #19 Grhl1 (ENSPEMG00000012157) #20 Taf1b (ENSPEMG00000013642) #21 ENSPEMG00000027877 ##22 Adam17 (ENSPEMG00000015840) #23 Iah1 (ENSPEMG00000016641) #25 Cpsf3 (ENSPEMG00000017668) #26 Itgb1bp1 (ENSPEMG00000012447) #27 Asap2 (ENSPEMG00000016930) #28 Mboat2 (ENSPEMG00000000110) #29 Kidins220 (ENSPEMG00000002148) #30 Id2 (ENSPEMG00000006926) #31 Rnf144a (ENSPEMG00000008311) #32 Rsad2 (ENSPEMG00000008928) Cmpk2 (ENSPEMG00000009342) Sox11 (ENSPEMG00000014211) ENSPEMG00000022353 Allc (ENSPEMG00000022050) Colec11 (ENSPEMG00000021365) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 737 ENSMAUG00000016595 #17 Grhl1 (ENSMAUG00000013649) #20 Taf1b (ENSMAUG00000013477) #21 ENSMAUG00000017035 ##22 Adam17 (ENSMAUG00000015291) #23 Iah1 (ENSMAUG00000018865) #25 Cpsf3 (ENSMAUG00000000166) #26 Itgb1bp1 (ENSMAUG00000017998) #27 Asap2 (ENSMAUG00000001240) #28 Mboat2 (ENSMAUG00000005505) #29 Kidins220 (ENSMAUG00000011599) #30 Id2 (ENSMAUG00000012468) #31 Rnf144a (ENSMAUG00000014880) #32 Rsad2 (ENSMAUG00000008669) Cmpk2 (ENSMAUG00000017501) Sox11 (ENSMAUG00000016656) ENSMAUG00000010849 Allc (ENSMAUG00000015102) Colec11 (ENSMAUG00000012547) Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 399 ENSCGRG00001010458 ENSCGRG00001010016 ENSCGRG00001013001 ENSCGRG00001009339 ENSCGRG00001008310 ENSCGRG00001007877 ##22 ENSCGRG00001012735 ENSCGRG00001007163 ENSCGRG00001006166 ENSCGRG00001005467 ENSCGRG00001001720 ENSCGRG00001001601 ENSCGRG00001001436 Zfp229 (ENSCGRG00001001278) ENSCGRG00001001163 ENSCGRG00001000947 ENSCGRG00001000854 ENSCGRG00001012523 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 33 Hexim2 (ENSCGRG00001014831) Hexim1 (ENSCGRG00001002270) Acbd4 (ENSCGRG00001021379) Plcd3 (ENSCGRG00001017565) Nmt1 (ENSCGRG00001020185) Dcakd (ENSCGRG00001022814) C1ql1 (ENSCGRG00001005042) Kif18b (ENSCGRG00001009629) Gfap (ENSCGRG00001017134) Fam187a (ENSCGRG00001010685) Ccdc103 (ENSCGRG00001000145) Eftud2 (ENSCGRG00001009904) Higd1b (ENSCGRG00001000778) Gjc1 (ENSCGRG00001008773) Adam11 (ENSCGRG00001013003) ENSCGRG00001017817 ##22 Ccdc43 (ENSCGRG00001019235) Meioc (ENSCGRG00001021925) Fzd2 (ENSCGRG00001000140) Gpatch8 (ENSCGRG00001020210) Itga2b (ENSCGRG00001022417) Fam171a2 (ENSCGRG00001000671) Grn (ENSCGRG00001009446) Slc25a39 (ENSCGRG00001012093) Rundc3a (ENSCGRG00001005014) Slc4a1 (ENSCGRG00001024402) ENSCGRG00001012586 Ubtf (ENSCGRG00001014549) Atxn7l3 (ENSCGRG00001003041) ENSCGRG00001011323 Tmub2 (ENSCGRG00001019475) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 15 ENSRNOG00000071172 Cct6a-ps3 (ENSRNOG00000065568) ENSRNOG00000065369 ##22 Crispld1 (ENSRNOG00000017773) Pi15 (ENSRNOG00000017686) AABR07046657.1 (ENSRNOG00000022709) Gdap1 (ENSRNOG00000005850) Jph1 (ENSRNOG00000006110) Ly96 (ENSRNOG00000067966) Tmem70 (ENSRNOG00000006608) Eloc (ENSRNOG00000031730) Ube2w (ENSRNOG00000062415) AABR07046707.1 (ENSRNOG00000042458) ENSRNOG00000069669 Rdh10 (ENSRNOG00000006681) LOC100912291 (ENSRNOG00000047310) LOC297756 (ENSRNOG00000007238) Sbspon (ENSRNOG00000007258) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3380 Tgfbr2 (ENSMSIG00000006266) Rbms3 (ENSMSIG00000005814) Zcwpw2 (ENSMSIG00000005768) Azi2 (ENSMSIG00000005716) ENSMSIG00000005700 Cmc1 (ENSMSIG00000005679) Eomes (ENSMSIG00000005631) Golga4 (ENSMSIG00000005243) ENSMSIG00000005208 Itga9 (ENSMSIG00000005091) Ctdspl (ENSMSIG00000005025) Vill (ENSMSIG00000004803) Plcd1 (ENSMSIG00000004701) Dlec1 (ENSMSIG00000004438) ENSMSIG00000004415 ENSMSIG00000004409 ##22 Slc22a14 (ENSMSIG00000004351) Slc22a13 (ENSMSIG00000004275) Oxsr1 (ENSMSIG00000004125) Myd88 (ENSMSIG00000004085) ENSMSIG00000004022 Xylb (ENSMSIG00000003927) Acvr2b (ENSMSIG00000003871) Exog (ENSMSIG00000003811) ENSMSIG00000003784 Scn5a (ENSMSIG00000003219) Scn10a (ENSMSIG00000002952) ENSMSIG00000002920 Scn11a (ENSMSIG00000002716) Wdr48 (ENSMSIG00000002592) Gorasp1 (ENSMSIG00000002538) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 3094 ENSEEUG00000011222 ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Megabat MODERN SPECIES 1372 ENSPVAG00000005334 ##22 ADAM17 (ENSPVAG00000005332) #23 IAH1 (ENSPVAG00000005329) #25 CPSF3 (ENSPVAG00000005324) #26 ITGB1BP1 (ENSPVAG00000005320) #27 ASAP2 (ENSPVAG00000005303) #28 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 American black bear MODERN SPECIES 1136 ENSUAMG00000007526 ##22 ADAM17 (ENSUAMG00000007528) #23 IAH1 (ENSUAMG00000007531) #25 CPSF3 (ENSUAMG00000007535) #26 ITGB1BP1 (ENSUAMG00000007538) #27 ASAP2 (ENSUAMG00000007571) #28 ENSUAMG00000007716 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Red fox MODERN SPECIES 61 ELMOD1 (ENSVVUG00000014009) ALKBH8 (ENSVVUG00000013994) ENSVVUG00000013987 ENSVVUG00000013985 GUCY1A2 (ENSVVUG00000013971) ENSVVUG00000013969 ENSVVUG00000013968 AASDHPPT (ENSVVUG00000013961) KBTBD3 (ENSVVUG00000013959) MSANTD4 (ENSVVUG00000013957) ENSVVUG00000013955 GRIA4 (ENSVVUG00000013946) ENSVVUG00000013932 ENSVVUG00000013918 CASP12 (ENSVVUG00000013915) ENSVVUG00000013912 ##22 ENSVVUG00000013893 DDI1 (ENSVVUG00000013892) PDGFD (ENSVVUG00000013885) DYNC2H1 (ENSVVUG00000012126) ENSVVUG00000012007 MMP13 (ENSVVUG00000011996) MMP12 (ENSVVUG00000011970) MMP3 (ENSVVUG00000011962) MMP1 (ENSVVUG00000011949) MMP8 (ENSVVUG00000010844) MMP27 (ENSVVUG00000010759) MMP20 (ENSVVUG00000010743) MMP7 (ENSVVUG00000010731) ENSVVUG00000010725 ENSVVUG00000010721 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 98 PAIP1 (ENSCWAG00000001763) NNT (ENSCWAG00000001681) FGF10 (ENSCWAG00000001661) MRPS30 (ENSCWAG00000001645) HCN1 (ENSCWAG00000001630) EMB (ENSCWAG00000001588) PARP8 (ENSCWAG00000001454) ISL1 (ENSCWAG00000001402) PELO (ENSCWAG00000001384) ITGA1 (ENSCWAG00000001336) ITGA2 (ENSCWAG00000001260) MOCS2 (ENSCWAG00000001218) FST (ENSCWAG00000001191) ENSCWAG00000001173 ENSCWAG00000001155 ENSCWAG00000001138 ##22 ARL15 (ENSCWAG00000001125) HSPB3 (ENSCWAG00000001117) SNX18 (ENSCWAG00000001101) ENSCWAG00000001089 ESM1 (ENSCWAG00000001069) GZMK (ENSCWAG00000001047) ENSCWAG00000001020 GZMA (ENSCWAG00000001001) ENSCWAG00000000992 GPX8 (ENSCWAG00000000975) CDC20B (ENSCWAG00000000806) MCIDAS (ENSCWAG00000000761) CCNO (ENSCWAG00000000746) DHX29 (ENSCWAG00000000659) MTREX (ENSCWAG00000000555) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Blue whale MODERN SPECIES 15 ENSBMSG00010014149 CADM2 (ENSBMSG00010013918) VGLL3 (ENSBMSG00010013835) CHMP2B (ENSBMSG00010013802) POU1F1 (ENSBMSG00010013769) HTR1F (ENSBMSG00010013753) CGGBP1 (ENSBMSG00010013748) ZNF654 (ENSBMSG00010013729) C3orf38 (ENSBMSG00010013712) ENSBMSG00010013699 EPHA3 (ENSBMSG00010013640) PROS1 (ENSBMSG00010013545) STX19 (ENSBMSG00010013516) ARL13B (ENSBMSG00010013489) NSUN3 (ENSBMSG00010013473) ENSBMSG00010013454 ##22 EPHA6 (ENSBMSG00010013383) ARL6 (ENSBMSG00010013360) CRYBG3 (ENSBMSG00010013311) RIOX2 (ENSBMSG00010013267) GABRR3 (ENSBMSG00010013229) OR5AC2 (ENSBMSG00010013206) ENSBMSG00010013178 ENSBMSG00010013162 ENSBMSG00010013151 ENSBMSG00010013142 ENSBMSG00010013130 ENSBMSG00010013098 GPR15 (ENSBMSG00010013083) CPOX (ENSBMSG00010013060) ST3GAL6 (ENSBMSG00010013016) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 1305 ENSCHYG00000020913 ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 498 ENSMMSG00000005218 ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES GPBP1L1 (ENSOARG00020000433) CCDC17 (ENSOARG00020000364) ENSOARG00020000265 AKR1A1 (ENSOARG00020000189) PRDX1 (ENSOARG00020000156) MMACHC (ENSOARG00020000138) ENSOARG00020000128 TESK2 (ENSOARG00020000085) TOE1 (ENSOARG00020000052) MUTYH (ENSOARG00020000051) HPDL (ENSOARG00020000043) ENSOARG00020000037 ZSWIM5 (ENSOARG00020003848) HECTD3 (ENSOARG00020003787) UROD (ENSOARG00020003627) ENSOARG00020003567 ##22 EIF2B3 (ENSOARG00020003516) PTCH2 (ENSOARG00020003214) BTBD19 (ENSOARG00020003142) DYNLT4 (ENSOARG00020003125) PLK3 (ENSOARG00020003053) BEST4 (ENSOARG00020003023) KIF2C (ENSOARG00020002926) RPS8 (ENSOARG00020002902) ARMH1 (ENSOARG00020002881) TMEM53 (ENSOARG00020002864) RNF220 (ENSOARG00020002839) ERI3 (ENSOARG00020002820) DMAP1 (ENSOARG00020002805) ENSOARG00020002795 KLF17 (ENSOARG00020002787) Bovinae DUPLICATION Bovinae DUPLICATION Bovinae ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000163088 ENSGT00940000157114 ENSGT00940000158436 ENSGT00390000010215.B ENSGT00550000074936 ENSGT00390000006114 ENSGT00510000048428 ENSGT00390000003924 ENSGT00940000158893 ENSGT00940000157126 ENSGT00960000189795 ENSGT00940000159519 ENSGT00940000158261 ENSGT00990000203615.b.b ENSGT01080000257365.b.a.b.a.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000154313.d ENSGT00940000159663 ENSGT00940000156937 ENSGT00390000003710.d.c.b.a ENSGT00940000155900 ENSGT00390000002749 ENSGT00940000160304.e.b ENSGT00940000158679 ENSGT01010000222806 ENSGT00940000157181 ENSGT00390000016213 ENSGT00940000158740 ENSGT00530000063252.a.a ENSGT00940000155418.b ENSGT00940000153306.A.b Bos ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000163088 ENSGT00940000157114 ENSGT00940000158436 ENSGT00390000010215.B ENSGT00550000074936 ENSGT00390000006114 ENSGT00510000048428 ENSGT00390000003924 ENSGT00940000158893 ENSGT00940000157126 ENSGT00960000189795 ENSGT00940000159519 ENSGT00940000158261 ENSGT00990000203615.b.b ENSGT01080000257365.b.a.b.a.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000154313.d ENSGT00940000159663 ENSGT00940000156937 ENSGT00390000003710.d.c.b.a ENSGT00940000155900 ENSGT00390000002749 ENSGT00940000160304.e.b ENSGT00940000158679 ENSGT01010000222806 ENSGT00940000157181 ENSGT00390000016213 ENSGT00940000158740 ENSGT00940000159609.h.a ENSGT00530000063252.a.a ENSGT00940000155418.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000163088 ENSGT00940000157114 ENSGT00940000158436 ENSGT00390000010215.B ENSGT00550000074936 ENSGT00390000006114 ENSGT00510000048428 ENSGT00390000003924 ENSGT00940000158893 ENSGT00940000157126 ENSGT00960000189795 ENSGT00940000159519 ENSGT00940000158261 ENSGT00990000203615.b.b ENSGT01080000257365.b.a.b.a.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000154313.d ENSGT00940000159663 ENSGT00940000156937 ENSGT00940000155900 ENSGT00390000002749 ENSGT00940000160304.e.b ENSGT00940000158679 ENSGT01010000222806 ENSGT00940000157181 ENSGT00390000016213 ENSGT00940000158740 ENSGT00940000159609.h.a ENSGT00530000063252.a.a ENSGT00940000155418.b ENSGT00940000153306.A.b Cow MODERN SPECIES 21 CDON (ENSBTAG00000009315) RPUSD4 (ENSBTAG00000020900) FAM118B (ENSBTAG00000012169) SRPRA (ENSBTAG00000014105) FOXRED1 (ENSBTAG00000014122) TIRAP (ENSBTAG00000021504) DCPS (ENSBTAG00000002879) ST3GAL4 (ENSBTAG00000016506) KIRREL3 (ENSBTAG00000006804) ENSBTAG00000050013 ENSBTAG00000052770 ETS1 (ENSBTAG00000002341) FLI1 (ENSBTAG00000008283) KCNJ1 (ENSBTAG00000000008) KCNJ5 (ENSBTAG00000006902) ENSBTAG00000024731 ##22 ARHGAP32 (ENSBTAG00000015905) BARX2 (ENSBTAG00000020643) ENSBTAG00000055310 JAM3 (ENSBTAG00000003176) IGSF9B (ENSBTAG00000014224) SPATA19 (ENSBTAG00000014651) OPCML (ENSBTAG00000020769) ENSBTAG00000033030 NTM (ENSBTAG00000010032) TMEM45B (ENSBTAG00000017602) NFRKB (ENSBTAG00000017610) PRDM10 (ENSBTAG00000019001) ENSBTAG00000016502 APLP2 (ENSBTAG00000016168) ENSBTAG00000050127 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 21 VSIG10L2 (ENSBIXG00005027178) CDON (ENSBIXG00005027248) RPUSD4 (ENSBIXG00005005612) FAM118B (ENSBIXG00005027365) SRPRA (ENSBIXG00005007778) FOXRED1 (ENSBIXG00005027555) TIRAP (ENSBIXG00005027602) ENSBIXG00005004780 KIRREL3 (ENSBIXG00005028061) ENSBIXG00005028111 ETS1 (ENSBIXG00005028250) ENSBIXG00005028285 FLI1 (ENSBIXG00005007790) KCNJ1 (ENSBIXG00005028469) KCNJ5 (ENSBIXG00005028495) ENSBIXG00005028504 ##22 ARHGAP32 (ENSBIXG00005002401) BARX2 (ENSBIXG00005002360) ENSBIXG00005028725 JAM3 (ENSBIXG00005028793) IGSF9B (ENSBIXG00005005050) SPATA19 (ENSBIXG00005028954) ENSBIXG00005005093 OPCML (ENSBIXG00005002077) NTM (ENSBIXG00005001973) ENSBIXG00005029103 TMEM45B (ENSBIXG00005008143) NFRKB (ENSBIXG00005008188) PRDM10 (ENSBIXG00005008246) ENSBIXG00005008278 ENSBIXG00005008284 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 45 ENSGT00940000163088 ENSGT00940000157114 ENSGT00940000158436 ENSGT00390000010215.B ENSGT00550000074936 ENSGT00390000006114 ENSGT00510000048428 ENSGT00390000003924 ENSGT00940000158893 ENSGT00940000157126 ENSGT00390000012351 ENSGT00940000159519 ENSGT00940000158261 ENSGT00990000203615.b.b ENSGT01080000257365.b.a.b.a.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.e.a ##22 ENSGT00940000154313.d ENSGT00940000159663 ENSGT00940000156937 ENSGT00390000003710.d.c.b.a ENSGT00940000155900 ENSGT00390000002749 ENSGT00940000160304.e.b ENSGT00940000158679 ENSGT00940000157181 ENSGT00390000016213 ENSGT00940000158740 ENSGT00940000159609.h.a ENSGT00530000063252.a.a ENSGT00940000155418.b ENSGT00940000153306.A.b Domestic yak MODERN SPECIES 21 VSIG10L2 (ENSBGRG00000019463) CDON (ENSBGRG00000019029) RPUSD4 (ENSBGRG00000018879) FAM118B (ENSBGRG00000018799) SRPRA (ENSBGRG00000018404) FOXRED1 (ENSBGRG00000018192) TIRAP (ENSBGRG00000018128) DCPS (ENSBGRG00000018077) ST3GAL4 (ENSBGRG00000017901) KIRREL3 (ENSBGRG00000017244) KATNBL1 (ENSBGRG00000024952) ETS1 (ENSBGRG00000024615) FLI1 (ENSBGRG00000024331) KCNJ1 (ENSBGRG00000024284) KCNJ5 (ENSBGRG00000024265) ENSBGRG00000024252 ##22 ENSBGRG00000024192 BARX2 (ENSBGRG00000024159) JAM3 (ENSBGRG00000024118) ENSBGRG00000024104 IGSF9B (ENSBGRG00000023743) SPATA19 (ENSBGRG00000023692) OPCML (ENSBGRG00000023514) NTM (ENSBGRG00000023281) TMEM45B (ENSBGRG00000023184) NFRKB (ENSBGRG00000022970) PRDM10 (ENSBGRG00000022866) ENSBGRG00000022843 ENSBGRG00000022831 APLP2 (ENSBGRG00000022006) ENSBGRG00000021958 American bison MODERN SPECIES 3123 ENSBBBG00000016342 ETS1 (ENSBBBG00000016330) FLI1 (ENSBBBG00000016217) KCNJ1 (ENSBBBG00000016162) KCNJ5 (ENSBBBG00000016151) ENSBBBG00000016139 ##22 ENSBBBG00000016128 BARX2 (ENSBBBG00000016109) JAM3 (ENSBBBG00000003999) ENSBBBG00000003995 IGSF9B (ENSBBBG00000016065) SPATA19 (ENSBBBG00000015962) ENSBBBG00000015940 ENSBBBG00000015905 NTM (ENSBBBG00000000776) ENSBBBG00000015871 TMEM45B (ENSBBBG00000015851) NFRKB (ENSBBBG00000002611) PRDM10 (ENSBBBG00000015742) APLP2 (ENSBBBG00000015615) ENSBBBG00000003848 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.e.b ##22 American bison MODERN SPECIES 627 ENSBBBG00000008700 ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.f ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.f ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.b.f ##22 Wild yak MODERN SPECIES 872 ENSBMUG00000005395 ENSBMUG00000005393 ETS1 (ENSBMUG00000005346) FLI1 (ENSBMUG00000005250) KCNJ1 (ENSBMUG00000005157) KCNJ5 (ENSBMUG00000005143) ENSBMUG00000005128 ##22 ENSBMUG00000005108 BARX2 (ENSBMUG00000005092) Domestic yak MODERN SPECIES 69 ENSBGRG00000023421 ENSBGRG00000023464 CNGA2 (ENSBGRG00000023476) ENSBGRG00000023506 PRRG3 (ENSBGRG00000023519) ENSBGRG00000023537 ENSBGRG00000023594 GPR50 (ENSBGRG00000023639) ENSBGRG00000023671 CD99L2 (ENSBGRG00000023715) MTMR1 (ENSBGRG00000023860) MTM1 (ENSBGRG00000024246) ENSBGRG00000024396 ENSBGRG00000024428 ENSBGRG00000024444 ENSBGRG00000024460 ##22 ENSBGRG00000024481 ENSBGRG00000024491 VAMP7 (ENSBGRG00000024507) SPRY3 (ENSBGRG00000024611) TMLHE (ENSBGRG00000024645) CLIC2 (ENSBGRG00000024695) ENSBGRG00000024735 RAB39B (ENSBGRG00000024738) ENSBGRG00000024744 VBP1 (ENSBGRG00000024762) ENSBGRG00000024794 ENSBGRG00000024824 BRCC3 (ENSBGRG00000024843) MTCP1 (ENSBGRG00000024911) ENSBGRG00000024933 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Pig MODERN SPECIES 11 GREB1 (ENSSSCG00000025483) E2F6 (ENSSSCG00000026161) ROCK2 (ENSSSCG00000008629) #9 SLC66A3 (ENSSSCG00000008631) #10 KCNF1 (ENSSSCG00000033463) #11 PDIA6 (ENSSSCG00000008633) #12 ATP6V1C2 (ENSSSCG00000008634) #13 NOL10 (ENSSSCG00000008635) #14 ODC1 (ENSSSCG00000027121) #15 HPCAL1 (ENSSSCG00000003663) #16 ENSSSCG00000031741 #17 CYS1 (ENSSSCG00000040267) #18 KLF11 (ENSSSCG00000038643) #19 GRHL1 (ENSSSCG00000026068) #20 TAF1B (ENSSSCG00000008637) #21 YWHAQ (ENSSSCG00000008638) ##22 ADAM17 (ENSSSCG00000008641) #23 IAH1 (ENSSSCG00000008640) #25 CPSF3 (ENSSSCG00000020799) #26 ITGB1BP1 (ENSSSCG00000029313) #27 ASAP2 (ENSSSCG00000008642) #28 MBOAT2 (ENSSSCG00000023539) #29 KIDINS220 (ENSSSCG00000008644) #30 ID2 (ENSSSCG00000008645) #31 RNF144A (ENSSSCG00000008646) #32 RSAD2 (ENSSSCG00000008648) CMPK2 (ENSSSCG00000008647) ENSSSCG00000047407 SOX11 (ENSSSCG00000008649) DCDC2C (ENSSSCG00000008651) COLEC11 (ENSSSCG00000025629) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000158604 ENSGT00390000006555 ENSGT00390000006009.a.a.a ENSGT00940000159856 ENSGT00960000193237 ENSGT00940000154322.A ENSGT00940000156843 ENSGT00980000198588 ENSGT00940000157428 ENSGT00940000156555.d ENSGT00390000002226 ENSGT00390000007512 ENSGT00940000160240.e.a ENSGT00390000004049.q.a ENSGT00940000163180 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 40 TRIM25 (ENSDLEG00000006532) DGKE (ENSDLEG00000006524) C17orf67 (ENSDLEG00000006521) NOG (ENSDLEG00000006518) ENSDLEG00000006513 ENSDLEG00000006507 TMEM100 (ENSDLEG00000006500) PCTP (ENSDLEG00000006492) MMD (ENSDLEG00000006480) HLF (ENSDLEG00000006466) STXBP4 (ENSDLEG00000006450) COX11 (ENSDLEG00000006431) TOM1L1 (ENSDLEG00000006392) ENSDLEG00000006953 ENSDLEG00000006951 ENSDLEG00000006944 ##22 Narwhal MODERN SPECIES 316 C17orf67 (ENSMMNG00015015494) NOG (ENSMMNG00015015489) ANKFN1 (ENSMMNG00015015459) ENSMMNG00015015440 TMEM100 (ENSMMNG00015015428) PCTP (ENSMMNG00015015420) SMIM36 (ENSMMNG00015015407) MMD (ENSMMNG00015015397) HLF (ENSMMNG00015015384) STXBP4 (ENSMMNG00015015340) COX11 (ENSMMNG00015015313) TOM1L1 (ENSMMNG00015015274) ENSMMNG00015015250 ENSMMNG00015015242 ENSMMNG00015015231 ENSMMNG00015015222 ##22 ENSMMNG00015015214 ENSMMNG00015015202 CA10 (ENSMMNG00015015181) ENSMMNG00015015136 ENSMMNG00015015094 Vaquita MODERN SPECIES 12 TRIM25 (ENSPSNG00000013582) DGKE (ENSPSNG00000013515) C17orf67 (ENSPSNG00000013457) NOG (ENSPSNG00000013424) ANKFN1 (ENSPSNG00000012781) ENSPSNG00000012632 PCTP (ENSPSNG00000012604) TMEM100 (ENSPSNG00000012566) SMIM36 (ENSPSNG00000012521) MMD (ENSPSNG00000012484) HLF (ENSPSNG00000012389) STXBP4 (ENSPSNG00000012300) ENSPSNG00000012227 ENSPSNG00000012124 GPS2 (ENSPSNG00000012090) ENSPSNG00000012037 ##22 ENSPSNG00000011980 CA10 (ENSPSNG00000011791) ENSPSNG00000011630 TMEM132E (ENSPSNG00000011353) ENSPSNG00000011280 ENSPSNG00000011250 ENSPSNG00000011220 ZNF830 (ENSPSNG00000011195) LIG3 (ENSPSNG00000011102) RFFL (ENSPSNG00000010922) RAD51D (ENSPSNG00000010752) FNDC8 (ENSPSNG00000010677) NLE1 (ENSPSNG00000010570) UNC45B (ENSPSNG00000010204) ENSPSNG00000010100 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646.c #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.fb.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990.k #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00990000204082 #33 ENSGT00950000182858.B.a.d ENSGT00950000182858.B.b.b ENSGT00950000182858.B.b.a.e ENSGT00940000155853 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646.c #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.fb.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990.k #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00950000182858.B.a.d ENSGT00950000182858.B.b.b ENSGT00950000182858.B.b.a.e Cow MODERN SPECIES 2 ENSBTAG00000048065 SLC66A3 (ENSBTAG00000020297) #10 C11H2orf50 (ENSBTAG00000001903) KCNF1 (ENSBTAG00000021283) #11 PDIA6 (ENSBTAG00000001928) #12 ATP6V1C2 (ENSBTAG00000001927) #13 NOL10 (ENSBTAG00000002716) #14 ODC1 (ENSBTAG00000004256) #15 HPCAL1 (ENSBTAG00000004259) #16 RRM2 (ENSBTAG00000008216) #17 CYS1 (ENSBTAG00000052669) #18 KLF11 (ENSBTAG00000046218) #19 GRHL1 (ENSBTAG00000007485) #20 TAF1B (ENSBTAG00000007543) #21 ENSBTAG00000048394 YWHAQ (ENSBTAG00000002108) ##22 ADAM17 (ENSBTAG00000001141) #23 IAH1 (ENSBTAG00000001140) #25 CPSF3 (ENSBTAG00000019735) #26 ITGB1BP1 (ENSBTAG00000013063) #27 ASAP2 (ENSBTAG00000002329) #28 MBOAT2 (ENSBTAG00000008160) #29 KIDINS220 (ENSBTAG00000007963) #30 ID2 (ENSBTAG00000021187) #31 ENSBTAG00000037793 RNF144A (ENSBTAG00000044064) #32 RSAD2 (ENSBTAG00000016061) CMPK2 (ENSBTAG00000019979) ENSBTAG00000051441 SOX11 (ENSBTAG00000050114) ENSBTAG00000039201 Caprinae DUPLICATION Caprinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000160226 ENSGT00940000159837 ENSGT00390000017249 ENSGT00940000157667 ENSGT00940000158481 ENSGT00940000159662 ENSGT00940000156620 ENSGT00940000161101 ENSGT00940000162841 ENSGT00910000148817 ENSGT00390000016821 ENSGT00940000157226 ENSGT00940000154860 ENSGT00390000006196 ENSGT00390000010991 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b.a ##22 ENSGT00940000157405 ENSGT00390000013149 ENSGT00390000012559 ENSGT00390000008679 ENSGT00940000155426 ENSGT00530000063981.b ENSGT00390000006218 ENSGT00940000160574 ENSGT00440000034605 ENSGT00390000016768 ENSGT00940000154234.a ENSGT00940000155379 ENSGT00530000063822.a.a ENSGT00940000156046 ENSGT00390000001680 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 6 CHST1 (ENSCHIG00000008696) SYT13 (ENSCHIG00000027048) PRDM11 (ENSCHIG00000003161) TP53I11 (ENSCHIG00000017884) TSPAN18 (ENSCHIG00000024681) CD82 (ENSCHIG00000015537) ALX4 (ENSCHIG00000010305) EXT2 (ENSCHIG00000026007) ACCS (ENSCHIG00000026253) ACCSL (ENSCHIG00000010057) ENSCHIG00000016194 ALKBH3 (ENSCHIG00000017579) HSD17B12 (ENSCHIG00000011795) TTC17 (ENSCHIG00000011579) API5 (ENSCHIG00000015343) ENSCHIG00000008612 ##22 LRRC4C (ENSCHIG00000005885) ENSCHIG00000010847 RAG2 (ENSCHIG00000009200) RAG1 (ENSCHIG00000013265) TRAF6 (ENSCHIG00000015888) PRR5L (ENSCHIG00000001684) COMMD9 (ENSCHIG00000020550) LDLRAD3 (ENSCHIG00000023229) TRIM44 (ENSCHIG00000013533) FJX1 (ENSCHIG00000001972) PAMR1 (ENSCHIG00000018319) SLC1A2 (ENSCHIG00000026938) CD44 (ENSCHIG00000021491) PDHX (ENSCHIG00000013247) APIP (ENSCHIG00000025799) Goat MODERN SPECIES 21 HYLS1 (ENSCHIG00000024898) ENSCHIG00000014324 CDON (ENSCHIG00000006678) RPUSD4 (ENSCHIG00000009975) FAM118B (ENSCHIG00000016177) SRPRA (ENSCHIG00000012423) FOXRED1 (ENSCHIG00000017154) TIRAP (ENSCHIG00000025937) DCPS (ENSCHIG00000023271) ST3GAL4 (ENSCHIG00000012632) KIRREL3 (ENSCHIG00000003900) ETS1 (ENSCHIG00000015805) FLI1 (ENSCHIG00000015640) KCNJ1 (ENSCHIG00000016247) KCNJ5 (ENSCHIG00000012884) ENSCHIG00000021366 ##22 ARHGAP32 (ENSCHIG00000018341) BARX2 (ENSCHIG00000021956) JAM3 (ENSCHIG00000010160) IGSF9B (ENSCHIG00000020701) SPATA19 (ENSCHIG00000022538) ENSCHIG00000010903 OPCML (ENSCHIG00000014525) NTM (ENSCHIG00000012273) TMEM45B (ENSCHIG00000020404) NFRKB (ENSCHIG00000020816) PRDM10 (ENSCHIG00000026530) APLP2 (ENSCHIG00000011105) ST14 (ENSCHIG00000026619) ZBTB44 (ENSCHIG00000026404) ENSCHIG00000010113 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 6 SLC35C1 (ENSOARG00020020655) SYT13 (ENSOARG00020020545) PRDM11 (ENSOARG00020020437) TP53I11 (ENSOARG00020020367) TSPAN18 (ENSOARG00020020280) CD82 (ENSOARG00020020176) ALX4 (ENSOARG00020020142) EXT2 (ENSOARG00020019927) ACCS (ENSOARG00020019774) ENSOARG00020019654 ENSOARG00020019621 C11orf96 (ENSOARG00020019596) ALKBH3 (ENSOARG00020019554) ENSOARG00020019476 TTC17 (ENSOARG00020017912) ENSOARG00020017753 ##22 LRRC4C (ENSOARG00020017737) ENSOARG00020017700 ENSOARG00020017646 ENSOARG00020017606 RAG2 (ENSOARG00020017591) RAG1 (ENSOARG00020017552) TRAF6 (ENSOARG00020017492) PRR5L (ENSOARG00020017314) ENSOARG00020017291 COMMD9 (ENSOARG00020017119) LDLRAD3 (ENSOARG00020016954) TRIM44 (ENSOARG00020016896) FJX1 (ENSOARG00020016861) PAMR1 (ENSOARG00020016385) SLC1A2 (ENSOARG00020014083) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b.b ##22 Goat MODERN SPECIES 22 OLFML2B (ENSCHIG00000027176) ENSCHIG00000014253 SPATA46 (ENSCHIG00000022724) SH2D1B (ENSCHIG00000012228) ENSCHIG00000018779 UHMK1 (ENSCHIG00000019078) UAP1 (ENSCHIG00000015675) DDR2 (ENSCHIG00000022077) HSD17B7 (ENSCHIG00000006708) CCDC190 (ENSCHIG00000016871) RGS4 (ENSCHIG00000025217) RGS5 (ENSCHIG00000022623) NUF2 (ENSCHIG00000021734) ENSCHIG00000010502 ENSCHIG00000027006 ENSCHIG00000000654 ##22 ENSCHIG00000024885 ENSCHIG00000019761 LMX1A (ENSCHIG00000022333) RXRG (ENSCHIG00000026695) LRRC52 (ENSCHIG00000022157) ENSCHIG00000010668 MGST3 (ENSCHIG00000011626) ENSCHIG00000021660 TMCO1 (ENSCHIG00000026421) UCK2 (ENSCHIG00000023693) FAM78B (ENSCHIG00000015653) ENSCHIG00000006658 POGK (ENSCHIG00000022352) TADA1 (ENSCHIG00000014712) ILDR2 (ENSCHIG00000014960) Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 182 NSG2 (ENSMMSG00000016007) ENSMMSG00000015984 FAM169A (ENSMMSG00000015906) ENSMMSG00000015871 GFM2 (ENSMMSG00000015843) ENSMMSG00000015830 ENC1 (ENSMMSG00000015823) ENSMMSG00000015814 ARHGEF28 (ENSMMSG00000015336) ENSMMSG00000015240 UTP15 (ENSMMSG00000015177) ENSMMSG00000015103 ENSMMSG00000015081 TMEM174 (ENSMMSG00000015062) TMEM171 (ENSMMSG00000015047) ENSMMSG00000015028 ##22 FCHO2 (ENSMMSG00000014984) TNPO1 (ENSMMSG00000014901) ENSMMSG00000014876 ZNF366 (ENSMMSG00000014861) PTCD2 (ENSMMSG00000014786) MRPS27 (ENSMMSG00000014750) MAP1B (ENSMMSG00000014729) ENSMMSG00000014717 CARTPT (ENSMMSG00000014699) MCCC2 (ENSMMSG00000014670) ENSMMSG00000014652 ENSMMSG00000014640 ENSMMSG00000023211 ENSMMSG00000023205 ENSMMSG00000023130 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1197 SFMBT2 (ENSMMSG00000016534) ENSMMSG00000016502 ##22 ITIH5 (ENSMMSG00000016468) ITIH2 (ENSMMSG00000016253) KIN (ENSMMSG00000016115) ENSMMSG00000016056 TAF3 (ENSMMSG00000016016) GATA3 (ENSMMSG00000015981) ENSMMSG00000015955 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Horse MODERN SPECIES 6 ROCK2 (ENSECAG00000009872) #9 ENSECAG00000053488 SLC66A3 (ENSECAG00000020784) #10 C15H2orf50 (ENSECAG00000022456) KCNF1 (ENSECAG00000002935) #11 PDIA6 (ENSECAG00000022717) #12 ATP6V1C2 (ENSECAG00000010555) #13 NOL10 (ENSECAG00000015177) #14 ODC1 (ENSECAG00000022690) #15 HPCAL1 (ENSECAG00000040270) #16 RRM2 (ENSECAG00000007464) #17 CYS1 (ENSECAG00000039359) #18 KLF11 (ENSECAG00000015820) #19 GRHL1 (ENSECAG00000015969) #20 TAF1B (ENSECAG00000023244) #21 YWHAQ (ENSECAG00000004925) ##22 ENSECAG00000050309 ADAM17 (ENSECAG00000005760) #23 IAH1 (ENSECAG00000018250) #25 CPSF3 (ENSECAG00000019911) #26 ITGB1BP1 (ENSECAG00000024193) #27 ASAP2 (ENSECAG00000024278) #28 ENSECAG00000054846 MBOAT2 (ENSECAG00000015922) #29 KIDINS220 (ENSECAG00000019263) #30 ID2 (ENSECAG00000008738) #31 RNF144A (ENSECAG00000009610) #32 RSAD2 (ENSECAG00000010055) CMPK2 (ENSECAG00000012773) SOX11 (ENSECAG00000037831) ENSECAG00000053393 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Cat MODERN SPECIES 2 E2F6 (ENSFCAG00000011952) ROCK2 (ENSFCAG00000024216) #9 SLC66A3 (ENSFCAG00000014335) #10 CA3H2orf50 (ENSFCAG00000044685) KCNF1 (ENSFCAG00000031035) #11 PDIA6 (ENSFCAG00000009258) #12 ATP6V1C2 (ENSFCAG00000009257) #13 NOL10 (ENSFCAG00000009255) #14 ODC1 (ENSFCAG00000027500) #15 HPCAL1 (ENSFCAG00000009252) #16 RRM2 (ENSFCAG00000003942) #17 CYS1 (ENSFCAG00000045113) #18 KLF11 (ENSFCAG00000030965) #19 GRHL1 (ENSFCAG00000007856) #20 TAF1B (ENSFCAG00000007855) #21 YWHAQ (ENSFCAG00000007854) ##22 ADAM17 (ENSFCAG00000007853) #23 IAH1 (ENSFCAG00000023291) #25 CPSF3 (ENSFCAG00000007852) #26 ITGB1BP1 (ENSFCAG00000034320) #27 ASAP2 (ENSFCAG00000007850) #28 MBOAT2 (ENSFCAG00000027684) #29 KIDINS220 (ENSFCAG00000029422) #30 ID2 (ENSFCAG00000026937) #31 RNF144A (ENSFCAG00000000709) #32 RSAD2 (ENSFCAG00000035139) CMPK2 (ENSFCAG00000022513) SOX11 (ENSFCAG00000039092) DCDC2C (ENSFCAG00000044946) ALLC (ENSFCAG00000007504) COLEC11 (ENSFCAG00000031800) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Canis_lupus DUPLICATION Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154589.b ENSGT00940000159753 ENSGT00940000162895 ENSGT00940000162335 ENSGT00940000162642 ENSGT00940000154949.b ENSGT00940000155279.C ENSGT00940000155150.a ENSGT00940000159954 ENSGT00940000156545 ENSGT00950000183178.a.q.b.a.b.a.a ENSGT00940000157168 ENSGT00390000018086.z.j.b.a.b.b ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b.e ##22 ENSGT01070000254361 ENSGT00940000172584.c.b.a.a ENSGT00510000046470.a.a.a.d.b ENSGT00940000160665 ENSGT00940000158131 ENSGT00940000154451.k.b.b ENSGT00550000075003 ENSGT00950000182924.A.b.a.b ENSGT00950000183054.a.a.a ENSGT00950000183027.b ENSGT00940000169764 ENSGT00940000156337 ENSGT00530000064570.q ENSGT00800000124172 ENSGT00940000155475 Dog MODERN SPECIES 25 AP1AR (ENSCAFG00845016400) TIFA (ENSCAFG00845016552) ALPK1 (ENSCAFG00845016654) ENSCAFG00845016756 NEUROG2 (ENSCAFG00845016784) ZGRF1 (ENSCAFG00845017018) LARP7 (ENSCAFG00845017248) ANK2 (ENSCAFG00845020611) CAMK2D (ENSCAFG00845028435) ARSJ (ENSCAFG00845028819) ENSCAFG00845028859 UGT8 (ENSCAFG00845028928) ENSCAFG00845029073 NDST4 (ENSCAFG00845029101) ENSCAFG00845029150 ENSCAFG00845029165 ##22 ENSCAFG00845029266 ENSCAFG00845029324 ENSCAFG00845029353 TRAM1L1 (ENSCAFG00845029459) NDST3 (ENSCAFG00845029512) PRSS12 (ENSCAFG00845029625) ENSCAFG00845029655 METTL14 (ENSCAFG00845029674) SEC24D (ENSCAFG00845029774) SYNPO2 (ENSCAFG00845029946) MYOZ2 (ENSCAFG00845030005) USP53 (ENSCAFG00845030047) ENSCAFG00845030125 FABP2 (ENSCAFG00845030144) PDE5A (ENSCAFG00845030199) Dingo MODERN SPECIES 308 NEUROG2 (ENSCAFG00020017205) ENSCAFG00020017208 ENSCAFG00020017220 LARP7 (ENSCAFG00020017225) ENSCAFG00020017243 ENSCAFG00020017278 ENSCAFG00020017332 ARSJ (ENSCAFG00020017341) ENSCAFG00020017345 ENSCAFG00020017349 UGT8 (ENSCAFG00020017350) ENSCAFG00020017353 NDST4 (ENSCAFG00020017358) ENSCAFG00020017368 ENSCAFG00020017373 ENSCAFG00020017378 ##22 ENSCAFG00020017382 ENSCAFG00020017392 TRAM1L1 (ENSCAFG00020017395) NDST3 (ENSCAFG00020017398) PRSS12 (ENSCAFG00020017432) ENSCAFG00020017446 METTL14 (ENSCAFG00020017450) SEC24D (ENSCAFG00020017464) ENSCAFG00020017478 SYNPO2 (ENSCAFG00020017481) MYOZ2 (ENSCAFG00020017484) ENSCAFG00020017490 USP53 (ENSCAFG00020017496) ENSCAFG00020017515 FABP2 (ENSCAFG00020017519) Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b.f ##22 Dingo MODERN SPECIES 214 RAB39A (ENSCAFG00020008828) SLC35F2 (ENSCAFG00020008833) ELMOD1 (ENSCAFG00020008836) ENSCAFG00020008866 ALKBH8 (ENSCAFG00020008876) CWF19L2 (ENSCAFG00020008885) GUCY1A2 (ENSCAFG00020008933) ENSCAFG00020008979 AASDHPPT (ENSCAFG00020008990) KBTBD3 (ENSCAFG00020008995) MSANTD4 (ENSCAFG00020009005) GRIA4 (ENSCAFG00020009023) ENSCAFG00020009148 ENSCAFG00020009158 CASP12 (ENSCAFG00020009167) ENSCAFG00020009172 ##22 ENSCAFG00020009183 PDGFD (ENSCAFG00020009202) DDI1 (ENSCAFG00020009203) ENSCAFG00020009224 ENSCAFG00020009235 ENSCAFG00020009260 VDAC1 (ENSCAFG00020009285) ENSCAFG00020009289 MMP13 (ENSCAFG00020009304) MMP12 (ENSCAFG00020009354) MMP3 (ENSCAFG00020009376) MMP1 (ENSCAFG00020009380) MMP8 (ENSCAFG00020009478) MMP27 (ENSCAFG00020009747) MMP20 (ENSCAFG00020009756) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 1090 ENSAMEG00000027577 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 15 HR (ENSAMEG00000003382) NUDT18 (ENSAMEG00000003416) FHIP2B (ENSAMEG00000003424) DMTN (ENSAMEG00000003459) FGF17 (ENSAMEG00000003531) NPM2 (ENSAMEG00000003542) XPO7 (ENSAMEG00000003555) DOK2 (ENSAMEG00000003671) GFRA2 (ENSAMEG00000003691) LZTS1 (ENSAMEG00000012664) ATP6V1B2 (ENSAMEG00000012668) SLC18A1 (ENSAMEG00000012721) ENSAMEG00000000943 ENSAMEG00000005638 ENSAMEG00000031090 ENSAMEG00000026433 ##22 ENSAMEG00000000209 ENSAMEG00000000207 PTK2B (ENSAMEG00000000174) CHRNA2 (ENSAMEG00000000168) EPHX2 (ENSAMEG00000000158) ENSAMEG00000000147 CLU (ENSAMEG00000000141) SCARA3 (ENSAMEG00000000140) CCDC25 (ENSAMEG00000000139) ESCO2 (ENSAMEG00000000137) PBK (ENSAMEG00000000135) SCARA5 (ENSAMEG00000000133) NUGGC (ENSAMEG00000000131) ELP3 (ENSAMEG00000000124) PNOC (ENSAMEG00000003325) Giant Panda MODERN SPECIES 837 ENSAMEG00000025793 ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Tree shrew MODERN SPECIES 9362 ENSTBEG00000004724 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1807 ENSNGAG00000000201 Cntn6 (ENSNGAG00000015729) ENSNGAG00000011995 ##22 Chl1 (ENSNGAG00000006637) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 8 ENSPEMG00000025201 Tll1 (ENSPEMG00000012383) ENSPEMG00000024368 ENSPEMG00000031225 Spock3 (ENSPEMG00000014397) ENSPEMG00000030382 Anxa10 (ENSPEMG00000020433) Ddx60 (ENSPEMG00000023735) Palld (ENSPEMG00000023321) Cbr4 (ENSPEMG00000022822) Sh3rf1 (ENSPEMG00000015623) Nek1 (ENSPEMG00000012961) Clcn3 (ENSPEMG00000008384) Hpf1 (ENSPEMG00000016055) Mfap3l (ENSPEMG00000025834) ENSPEMG00000021022 ##22 Aadat (ENSPEMG00000018250) ENSPEMG00000030181 ENSPEMG00000013604 Galntl6 (ENSPEMG00000011290) Galnt7 (ENSPEMG00000003586) Hmgb2 (ENSPEMG00000013378) Sap30 (ENSPEMG00000029866) Scrg1 (ENSPEMG00000010744) ENSPEMG00000014184 Hand2 (ENSPEMG00000010233) ENSPEMG00000029214 Fbxo8 (ENSPEMG00000009379) Cep44 (ENSPEMG00000002959) Hpgd (ENSPEMG00000000284) Glra3 (ENSPEMG00000028664) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 5 Tdp1 (ENSPEMG00000021415) ENSPEMG00000021294 Kcnk13 (ENSPEMG00000001940) Psmc1 (ENSPEMG00000009856) Nrde2 (ENSPEMG00000023707) Calm1 (ENSPEMG00000021298) Ttc7b (ENSPEMG00000021206) Rps6ka5 (ENSPEMG00000023079) Dglucy (ENSPEMG00000016463) Gpr68 (ENSPEMG00000030593) Ccdc88c (ENSPEMG00000030742) Ppp4r3a (ENSPEMG00000015313) ENSPEMG00000008098 ENSPEMG00000020943 ENSPEMG00000026162 ENSPEMG00000026478 ##22 ENSPEMG00000029806 Tc2n (ENSPEMG00000011804) Fbln5 (ENSPEMG00000018015) Trip11 (ENSPEMG00000010830) Atxn3 (ENSPEMG00000017729) Ndufb1 (ENSPEMG00000024757) Cpsf2 (ENSPEMG00000007917) Slc24a4 (ENSPEMG00000004559) Rin3 (ENSPEMG00000024982) Lgmn (ENSPEMG00000017356) Golga5 (ENSPEMG00000012325) Chga (ENSPEMG00000018135) Itpk1 (ENSPEMG00000009205) Moap1 (ENSPEMG00000016991) Tmem251 (ENSPEMG00000026973) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 Tmem37 (ENSCGRG00001002385) Sctr (ENSCGRG00001005944) Cfap221 (ENSCGRG00001022638) Tmem177 (ENSCGRG00001004033) Ptpn4 (ENSCGRG00001004410) Epb41l5 (ENSCGRG00001018059) Tmem185b (ENSCGRG00001005950) Ralb (ENSCGRG00001018860) Inhbb (ENSCGRG00001021419) Gli2 (ENSCGRG00001023112) ENSCGRG00001003252 Tfcp2l1 (ENSCGRG00001009789) Clasp1 (ENSCGRG00001010650) Nifk (ENSCGRG00001016466) TSN (ENSCGRG00001018233) ENSCGRG00001007738 ##22 ENSCGRG00001022226 ENSCGRG00001007230 ENSCGRG00001021112 Cdh20 (ENSCGRG00001022413) Rnf152 (ENSCGRG00001008692) Pign (ENSCGRG00001013700) Relch (ENSCGRG00001016605) Tnfrsf11a (ENSCGRG00001018680) Zcchc2 (ENSCGRG00001022059) Phlpp1 (ENSCGRG00001019420) BCL2 (ENSCGRG00001024362) Kdsr (ENSCGRG00001003536) ENSCGRG00001017700 Serpinb5 (ENSCGRG00001022199) Serpinb12 (ENSCGRG00001024353) Golden Hamster MODERN SPECIES 764 Polrmt (ENSMAUG00000019392) Hcn2 (ENSMAUG00000010521) Bsg (ENSMAUG00000010323) ENSMAUG00000020560 Tpgs1 (ENSMAUG00000001840) Madcam1 (ENSMAUG00000021497) Odf3l2 (ENSMAUG00000010358) Shc2 (ENSMAUG00000007720) C2cd4c (ENSMAUG00000015978) ENSMAUG00000013218 Theg (ENSMAUG00000005159) ENSMAUG00000008189 ENSMAUG00000005384 Plpp2 (ENSMAUG00000009359) ENSMAUG00000013541 ENSMAUG00000009575 ##22 ENSMAUG00000020592 ENSMAUG00000008319 2610008E11Rik (ENSMAUG00000007597) ENSMAUG00000011922 Or7a37 (ENSMAUG00000018329) Slc1a6 (ENSMAUG00000010823) Ccdc105 (ENSMAUG00000015800) Casp14 (ENSMAUG00000015211) Syde1 (ENSMAUG00000010021) Ilvbl (ENSMAUG00000015514) Notch3 (ENSMAUG00000021946) Ephx3 (ENSMAUG00000010068) Brd4 (ENSMAUG00000019036) Akap8 (ENSMAUG00000021975) Akap8l (ENSMAUG00000021519) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Rat MODERN SPECIES 19 Or9s27 (ENSRNOG00000066727) Or9s15 (ENSRNOG00000066764) Or9s27 (ENSRNOG00000062550) Or9s23 (ENSRNOG00000068571) Or9s23b (ENSRNOG00000070407) Or6b3 (ENSRNOG00000064010) Or6b2b (ENSRNOG00000070837) Or6b2 (ENSRNOG00000063133) Ndufa10 (ENSRNOG00000016470) AABR07068327.1 (ENSRNOG00000030045) ENSRNOG00000068729 Hdac4 (ENSRNOG00000020372) Twist2 (ENSRNOG00000020355) Asb1 (ENSRNOG00000020322) Traf3ip1 (ENSRNOG00000024468) AC141966.1 (ENSRNOG00000021435) ##22 Per2 (ENSRNOG00000020254) Hes6 (ENSRNOG00000020194) Ilkap (ENSRNOG00000020115) Erfe (ENSRNOG00000024688) Klhl30 (ENSRNOG00000020105) Espnl (ENSRNOG00000024717) Scly (ENSRNOG00000020083) Ube2f (ENSRNOG00000019953) Ramp1 (ENSRNOG00000019926) ENSRNOG00000066608 Rbm44 (ENSRNOG00000024878) Lrrfip1 (ENSRNOG00000019892) Rab17 (ENSRNOG00000052979) Prlh (ENSRNOG00000019871) Mlph (ENSRNOG00000019763) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3375 Alg10b (ENSMSIG00000022962) Syt10 (ENSMSIG00000022932) ENSMSIG00000022915 ##22 Rabl2 (ENSMSIG00000022891) Acr (ENSMSIG00000022877) Shank3 (ENSMSIG00000022725) Arsa (ENSMSIG00000022691) Mapk8ip2 (ENSMSIG00000022642) ENSMSIG00000022637 Chkb (ENSMSIG00000022596) Cpt1b (ENSMSIG00000022570) Syce3 (ENSMSIG00000022563) ENSMSIG00000022560 Odf3b (ENSMSIG00000022554) Tymp (ENSMSIG00000022545) Sco2 (ENSMSIG00000022541) Ncaph2 (ENSMSIG00000022410) Lmf2 (ENSMSIG00000022386) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 MAP2K3 (ENSSVLG00005005697) NATD1 (ENSSVLG00005005732) TMEM11 (ENSSVLG00005005759) DHRS7B (ENSSVLG00005005782) USP22 (ENSSVLG00005005846) TNFRSF13B (ENSSVLG00005005879) ENSSVLG00005005949 PLD6 (ENSSVLG00005005993) ENSSVLG00005006020 COPS3 (ENSSVLG00005006098) ENSSVLG00005006151 NT5M (ENSSVLG00005006183) MED9 (ENSSVLG00005006210) RASD1 (ENSSVLG00005006224) PEMT (ENSSVLG00005006253) ENSSVLG00005006290 ##22 RAI1 (ENSSVLG00005006326) SREBF1 (ENSSVLG00005006353) TOM1L2 (ENSSVLG00005006547) ENSSVLG00005006754 ENSSVLG00005006790 ENSSVLG00005006840 DRC3 (ENSSVLG00005006866) ATPAF2 (ENSSVLG00005007025) GID4 (ENSSVLG00005007090) DRG2 (ENSSVLG00005007141) ENSSVLG00005007191 ALKBH5 (ENSSVLG00005007411) LLGL1 (ENSSVLG00005007447) FLII (ENSSVLG00005007540) MIEF2 (ENSSVLG00005007902) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES E2F6 (ENSUPAG00010011151) ENSUPAG00010011160 ROCK2 (ENSUPAG00010011170) #9 SLC66A3 (ENSUPAG00010011204) #10 C2orf50 (ENSUPAG00010011218) KCNF1 (ENSUPAG00010011227) #11 PDIA6 (ENSUPAG00010011237) #12 ATP6V1C2 (ENSUPAG00010011265) #13 NOL10 (ENSUPAG00010011386) #14 ODC1 (ENSUPAG00010011416) #15 HPCAL1 (ENSUPAG00010011428) #16 CYS1 (ENSUPAG00010011444) #18 KLF11 (ENSUPAG00010011457) #19 GRHL1 (ENSUPAG00010011483) #20 TAF1B (ENSUPAG00010011508) #21 YWHAQ (ENSUPAG00010011534) ##22 ADAM17 (ENSUPAG00010011539) #23 ENSUPAG00010011577 #25 CPSF3 (ENSUPAG00010011610) #26 ITGB1BP1 (ENSUPAG00010011629) #27 ASAP2 (ENSUPAG00010011650) #28 MBOAT2 (ENSUPAG00010011957) #29 KIDINS220 (ENSUPAG00010012028) #30 ID2 (ENSUPAG00010012253) #31 RNF144A (ENSUPAG00010012263) #32 RSAD2 (ENSUPAG00010012305) CMPK2 (ENSUPAG00010012310) SOX11 (ENSUPAG00010012315) Alpin marmot MODERN SPECIES 71 ENSMMMG00000024093 ENSMMMG00000024094 RAP1GAP2 (ENSMMMG00000024095) CLUH (ENSMMMG00000024096) PAFAH1B1 (ENSMMMG00000024097) METTL16 (ENSMMMG00000024098) MNT (ENSMMMG00000024100) SGSM2 (ENSMMMG00000024101) TSR1 (ENSMMMG00000024102) SRR (ENSMMMG00000024105) SMG6 (ENSMMMG00000024106) OVCA2 (ENSMMMG00000024111) DPH1 (ENSMMMG00000024112) RTN4RL1 (ENSMMMG00000024113) RPA1 (ENSMMMG00000024114) ENSMMMG00000024115 ##22 SMYD4 (ENSMMMG00000024116) SERPINF1 (ENSMMMG00000024117) SERPINF2 (ENSMMMG00000024119) WDR81 (ENSMMMG00000024120) PRPF8 (ENSMMMG00000024122) ENSMMMG00000024123 RILP (ENSMMMG00000024124) SCARF1 (ENSMMMG00000024125) SLC43A2 (ENSMMMG00000024126) PITPNA (ENSMMMG00000024127) INPP5K (ENSMMMG00000024128) MYO1C (ENSMMMG00000024129) CRK (ENSMMMG00000024130) ENSMMMG00000024131 ENSMMMG00000024132 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.v #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00390000013305.a.a.u.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734.q ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.v #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00940000157666 ENSGT00940000155671 ENSGT00730000111137 ENSGT00390000002448 ENSGT00390000008195 ENSGT00390000003466 ENSGT00390000014122.i.b.a.b ENSGT00940000159468 ENSGT00390000001793 Guinea pig MODERN SPECIES 22 NIP7 (ENSCPOG00000003712) COG8 (ENSCPOG00000003706) PDF (ENSCPOG00000003745) VPS4A (ENSCPOG00000003700) SNTB2 (ENSCPOG00000003697) UTP4 (ENSCPOG00000005982) DERPC (ENSCPOG00000022495) HAS3 (ENSCPOG00000005980) TANGO6 (ENSCPOG00000020066) CDH1 (ENSCPOG00000012100) ENSCPOG00000032847 CDH3 (ENSCPOG00000009166) ZFP90 (ENSCPOG00000032310) SMPD3 (ENSCPOG00000015388) PRMT7 (ENSCPOG00000015386) ENSCPOG00000009063 ##22 SLC7A6OS (ENSCPOG00000038508) SLC7A6 (ENSCPOG00000011297) PLA2G15 (ENSCPOG00000019979) ESRP2 (ENSCPOG00000003360) NFATC3 (ENSCPOG00000031124) DUS2 (ENSCPOG00000013747) DDX28 (ENSCPOG00000013746) DPEP3 (ENSCPOG00000005908) SLC12A4 (ENSCPOG00000011721) LCAT (ENSCPOG00000024823) PSMB10 (ENSCPOG00000021270) PSKH1 (ENSCPOG00000013930) NRN1L (ENSCPOG00000005356) EDC4 (ENSCPOG00000019484) NUTF2 (ENSCPOG00000037906) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 91 ENSGT00940000155734.q ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000170593 ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a.u.a #17 ENSGT00390000013305.a.a.v #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00940000157666 ENSGT00940000155671 ENSGT00730000111137 ENSGT00390000002448 ENSGT00390000008195 ENSGT00390000003466 ENSGT00390000014122.i.b.a.b ENSGT00940000159468 ENSGT00390000001793 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 194 E2F6 (ENSCLAG00000004863) ROCK2 (ENSCLAG00000009471) #9 SLC66A3 (ENSCLAG00000008584) #10 ENSCLAG00000007661 KCNF1 (ENSCLAG00000017968) #11 PDIA6 (ENSCLAG00000006956) #12 ATP6V1C2 (ENSCLAG00000006612) #13 NOL10 (ENSCLAG00000002234) #14 ODC1 (ENSCLAG00000002140) #15 HPCAL1 (ENSCLAG00000002037) #16 ENSCLAG00000002025 RRM2 (ENSCLAG00000001926) #17 ENSCLAG00000004146 #19 GRHL1 (ENSCLAG00000004000) #20 TAF1B (ENSCLAG00000003776) #21 YWHAQ (ENSCLAG00000003576) ##22 ADAM17 (ENSCLAG00000003055) #23 IAH1 (ENSCLAG00000002879) #25 CPSF3 (ENSCLAG00000002727) #26 ITGB1BP1 (ENSCLAG00000002388) #27 ASAP2 (ENSCLAG00000001989) #28 PXDN (ENSCLAG00000001727) MYT1L (ENSCLAG00000001644) ENSCLAG00000001592 EIPR1 (ENSCLAG00000002535) TRAPPC12 (ENSCLAG00000002486) ADI1 (ENSCLAG00000002464) RNASEH1 (ENSCLAG00000002440) RPS7 (ENSCLAG00000002424) COLEC11 (ENSCLAG00000002289) ALLC (ENSCLAG00000002247) Degu MODERN SPECIES 380 ENSODEG00000000758 ##22 ENSODEG00000000897 ENSODEG00000000951 ENSODEG00000001053 ENSODEG00000001144 ENSODEG00000001222 ENSODEG00000001261 ENSODEG00000000221 ENSODEG00000000299 ENSODEG00000000326 ODAM (ENSODEG00000000386) ENSODEG00000018554 AMTN (ENSODEG00000000478) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 442 HOXA7 (ENSANAG00000033107) HOXA6 (ENSANAG00000021101) HOXA5 (ENSANAG00000034612) HOXA4 (ENSANAG00000036216) HOXA3 (ENSANAG00000021432) HOXA2 (ENSANAG00000025238) HOXA1 (ENSANAG00000037615) ENSANAG00000025984 SKAP2 (ENSANAG00000029886) SNX10 (ENSANAG00000021914) CBX3 (ENSANAG00000022611) ENSANAG00000033016 NFE2L3 (ENSANAG00000027774) NPVF (ENSANAG00000035252) C7orf31 (ENSANAG00000027077) ENSANAG00000033583 ##22 ENSANAG00000028593 ENSANAG00000033111 OSBPL3 (ENSANAG00000028296) ENSANAG00000021188 ENSANAG00000026482 GSDME (ENSANAG00000035451) PALS2 (ENSANAG00000022814) NPY (ENSANAG00000024297) STK31 (ENSANAG00000029927) FAM221A (ENSANAG00000025669) ENSANAG00000030837 CCDC126 (ENSANAG00000021445) ENSANAG00000029761 TRA2A (ENSANAG00000035184) ENSANAG00000022407 Mas night monkey MODERN SPECIES 1339 GREB1 (ENSANAG00000024688) E2F6 (ENSANAG00000036636) ROCK2 (ENSANAG00000028355) #9 ENSANAG00000021692 #10 C2orf50 (ENSANAG00000036655) KCNF1 (ENSANAG00000036777) #11 PDIA6 (ENSANAG00000012637) #12 ENSANAG00000027269 #13 NOL10 (ENSANAG00000024937) #14 ODC1 (ENSANAG00000036668) #15 HPCAL1 (ENSANAG00000033383) #16 ENSANAG00000025761 #17 KLF11 (ENSANAG00000028728) #19 GRHL1 (ENSANAG00000025191) #20 TAF1B (ENSANAG00000031526) #21 YWHAQ (ENSANAG00000026145) ##22 ADAM17 (ENSANAG00000037496) #23 ENSANAG00000022015 IAH1 (ENSANAG00000033141) #25 CPSF3 (ENSANAG00000031254) #26 ENSANAG00000034926 #27 ASAP2 (ENSANAG00000023907) #28 ENSANAG00000030828 MBOAT2 (ENSANAG00000037506) #29 KIDINS220 (ENSANAG00000038069) #30 ID2 (ENSANAG00000035588) #31 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Marmoset MODERN SPECIES 5 GREB1 (ENSCJAG00000006946) E2F6 (ENSCJAG00000006910) ROCK2 (ENSCJAG00000006805) #9 SLC66A3 (ENSCJAG00000044173) #10 C2orf50 (ENSCJAG00000079383) KCNF1 (ENSCJAG00000022930) #11 PDIA6 (ENSCJAG00000006694) #12 ATP6V1C2 (ENSCJAG00000006660) #13 NOL10 (ENSCJAG00000006602) #14 ODC1 (ENSCJAG00000006576) #15 HPCAL1 (ENSCJAG00000041528) #16 ENSCJAG00000006533 #17 KLF11 (ENSCJAG00000046813) #19 GRHL1 (ENSCJAG00000006431) #20 TAF1B (ENSCJAG00000006420) #21 YWHAQ (ENSCJAG00000040849) ##22 ENSCJAG00000062528 ADAM17 (ENSCJAG00000006369) #23 IAH1 (ENSCJAG00000006360) #25 CPSF3 (ENSCJAG00000006276) #26 ENSCJAG00000006250 #27 ASAP2 (ENSCJAG00000006233) #28 MBOAT2 (ENSCJAG00000006207) #29 ENSCJAG00000053616 KIDINS220 (ENSCJAG00000006054) #30 ENSCJAG00000006037 #31 RNF144A (ENSCJAG00000010225) #32 RSAD2 (ENSCJAG00000010219) CMPK2 (ENSCJAG00000085281) SOX11 (ENSCJAG00000038240) DCDC2C (ENSCJAG00000083758) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000162440 ENSGT00940000161864 ENSGT00940000161013 ENSGT00940000161585 ENSGT00940000159894 ENSGT00940000158988.a.a ENSGT00940000159522 ENSGT00940000162533 ENSGT00940000157315 ENSGT00390000017856.a ENSGT00940000156007 ENSGT00940000153305.c.e.b ENSGT00940000154431.e.b ENSGT00950000182892.a.b.b ENSGT00390000003271 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 ENSGT00390000015236 ENSGT00390000009405.b.a ENSGT00940000155957 ENSGT00940000155880 ENSGT00940000158500 ENSGT00940000156475 ENSGT00390000007287 ENSGT00770000120611.B ENSGT00910000146860.b ENSGT00940000153470.a.a.a.b ENSGT00940000157167 ENSGT00940000153566.a.h ENSGT00940000154957.B ENSGT00390000015035 ENSGT00950000183188.B Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 112 HOXA6 (ENSSBOG00000026859) HOXA5 (ENSSBOG00000027127) ENSSBOG00000026625 HOXA3 (ENSSBOG00000031444) HOXA2 (ENSSBOG00000024057) HOXA1 (ENSSBOG00000022017) ENSSBOG00000035175 SKAP2 (ENSSBOG00000022367) SNX10 (ENSSBOG00000026009) ENSSBOG00000029159 HNRNPA2B1 (ENSSBOG00000005245) NFE2L3 (ENSSBOG00000028975) ENSSBOG00000028454 ENSSBOG00000027366 NPVF (ENSSBOG00000020608) ENSSBOG00000027136 ##22 C7orf31 (ENSSBOG00000030318) OSBPL3 (ENSSBOG00000031298) GSDME (ENSSBOG00000023554) PALS2 (ENSSBOG00000020815) NPY (ENSSBOG00000023880) ENSSBOG00000006781 STK31 (ENSSBOG00000033536) FAM221A (ENSSBOG00000021284) ENSSBOG00000032133 CCDC126 (ENSSBOG00000018628) TRA2A (ENSSBOG00000031562) ENSSBOG00000036184 IGF2BP3 (ENSSBOG00000019579) MALSU1 (ENSSBOG00000018985) GPNMB (ENSSBOG00000021795) Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 45 HOXA9 (ENSCCAG00000029541) HOXA7 (ENSCCAG00000024332) HOXA6 (ENSCCAG00000010092) HOXA5 (ENSCCAG00000029402) HOXA4 (ENSCCAG00000027072) HOXA3 (ENSCCAG00000023332) HOXA2 (ENSCCAG00000027236) HOXA1 (ENSCCAG00000023769) SKAP2 (ENSCCAG00000034754) SNX10 (ENSCCAG00000029733) CBX3 (ENSCCAG00000027804) HNRNPA2B1 (ENSCCAG00000029074) NFE2L3 (ENSCCAG00000031243) ENSCCAG00000022491 NPVF (ENSCCAG00000030493) ENSCCAG00000020933 ##22 C7orf31 (ENSCCAG00000003818) ENSCCAG00000026670 OSBPL3 (ENSCCAG00000037568) GSDME (ENSCCAG00000026650) PALS2 (ENSCCAG00000037294) NPY (ENSCCAG00000031249) STK31 (ENSCCAG00000027635) FAM221A (ENSCCAG00000037127) ENSCCAG00000026868 CCDC126 (ENSCCAG00000034455) ENSCCAG00000023919 TRA2A (ENSCCAG00000019576) ENSCCAG00000035874 IGF2BP3 (ENSCCAG00000027687) MALSU1 (ENSCCAG00000036592) Capuchin MODERN SPECIES 343 ENSCCAG00000019727 ARMCX1 (ENSCCAG00000031971) ARMCX4 (ENSCCAG00000008121) ENSCCAG00000023552 GLA (ENSCCAG00000034547) RPL36A (ENSCCAG00000018021) BTK (ENSCCAG00000011872) TIMM8A (ENSCCAG00000037399) TAF7L (ENSCCAG00000036511) DRP2 (ENSCCAG00000029586) ENSCCAG00000022060 ##22 CENPI (ENSCCAG00000025620) TMEM35A (ENSCCAG00000033390) ENSCCAG00000027748 TRMT2B (ENSCCAG00000024003) ARL13A (ENSCCAG00000028464) XKRX (ENSCCAG00000029081) NOX1 (ENSCCAG00000032816) CSTF2 (ENSCCAG00000032975) ENSCCAG00000022516 SYTL4 (ENSCCAG00000023571) SRPX2 (ENSCCAG00000036716) TSPAN6 (ENSCCAG00000017293) TNMD (ENSCCAG00000028821) PCDH19 (ENSCCAG00000021332) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a.bb.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00940000163505.b.b.b.b.b ENSGT00390000013305.a.a.w.a #17 ENSGT00390000016845 #18 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a.b #22 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00910000148182 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT01100000263493.a.b.b.a.b.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000170471.A.b.b.a.b.b ENSGT00940000162396 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 4 E2F6 (ENSMFAG00000044687) ROCK2 (ENSMFAG00000043366) #9 SLC66A3 (ENSMFAG00000034193) #10 C2orf50 (ENSMFAG00000032471) KCNF1 (ENSMFAG00000041973) #11 PDIA6 (ENSMFAG00000037618) #12 ATP6V1C2 (ENSMFAG00000032936) #13 NOL10 (ENSMFAG00000041289) #14 ENSMFAG00000038147 #15 HPCAL1 (ENSMFAG00000044146) #16 RRM2 (ENSMFAG00000040783) #17 ENSMFAG00000052007 KLF11 (ENSMFAG00000039490) #19 GRHL1 (ENSMFAG00000032356) #20 TAF1B (ENSMFAG00000041401) #21 ENSMFAG00000004741 ##22 ADAM17 (ENSMFAG00000039177) #23 IAH1 (ENSMFAG00000039055) #25 CPSF3 (ENSMFAG00000001339) #26 ITGB1BP1 (ENSMFAG00000045554) #27 ASAP2 (ENSMFAG00000037845) #28 MBOAT2 (ENSMFAG00000003741) #29 KIDINS220 (ENSMFAG00000031830) #30 ID2 (ENSMFAG00000000039) #31 ENSMFAG00000057704 RNF144A (ENSMFAG00000040034) #32 RSAD2 (ENSMFAG00000055130) ENSMFAG00000049943 ENSMFAG00000048573 ENSMFAG00000060203 ENSMFAG00000049271 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 443 SLC9A9 (ENSMNEG00000039490) CHST2 (ENSMNEG00000027882) U2SURP (ENSMNEG00000034553) PAQR9 (ENSMNEG00000001542) PCOLCE2 (ENSMNEG00000039023) TRPC1 (ENSMNEG00000030705) PLS1 (ENSMNEG00000015383) ATR (ENSMNEG00000006874) XRN1 (ENSMNEG00000034217) GK5 (ENSMNEG00000038743) ENSMNEG00000045190 TFDP2 (ENSMNEG00000039976) ATP1B3 (ENSMNEG00000035434) GRK7 (ENSMNEG00000032651) RNF7 (ENSMNEG00000027808) ENSMNEG00000039256 ##22 RASA2 (ENSMNEG00000034452) PXYLP1 (ENSMNEG00000041720) SPSB4 (ENSMNEG00000028739) ENSMNEG00000042747 SLC25A36 (ENSMNEG00000040083) TRIM42 (ENSMNEG00000045001) ENSMNEG00000022589 ENSMNEG00000010088 CLSTN2 (ENSMNEG00000038192) NMNAT3 (ENSMNEG00000034277) RBP1 (ENSMNEG00000042493) ENSMNEG00000039456 RBP2 (ENSMNEG00000040865) COPB2 (ENSMNEG00000039119) MRPS22 (ENSMNEG00000034447) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 1960 ENSDNOG00000036942 FAM135B (ENSDNOG00000009538) ENSDNOG00000047842 ENSDNOG00000047946 ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b.b ##22 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 4532 ENSETEG00000015362 YWHAQ (ENSETEG00000015359) ##22 Tenrec MODERN SPECIES 11624 ENSETEG00000000647 ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000005410 ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b.n #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.a ENSGT01090000259995.a.b.c.b ENSGT01090000259995.a.b.c.a ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b.n #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122.i.b.a.b Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000005410 ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.b ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a.b ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a.a.a ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.a ENSGT01090000259995.a.b.c.b ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b.n #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 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SPECIES 47 ENSPCIG00000022636 ENSPCIG00000022638 ENSPCIG00000022654 ENSPCIG00000031028 ENSPCIG00000037026 KCNF1 (ENSPCIG00000022717) #11 PDIA6 (ENSPCIG00000022719) #12 ENSPCIG00000022723 #13 NOL10 (ENSPCIG00000022730) #14 ODC1 (ENSPCIG00000028406) #15 HPCAL1 (ENSPCIG00000028410) #16 RRM2 (ENSPCIG00000009801) #17 KLF11 (ENSPCIG00000009805) #19 ENSPCIG00000009814 GRHL1 (ENSPCIG00000009811) #20 YWHAQ (ENSPCIG00000022985) #22 ADAM17 (ENSPCIG00000009820) #23 IAH1 (ENSPCIG00000009821) #25 CPSF3 (ENSPCIG00000009823) #26 ITGB1BP1 (ENSPCIG00000031637) #27 ASAP2 (ENSPCIG00000014642) #28 MBOAT2 (ENSPCIG00000014636) #29 KIDINS220 (ENSPCIG00000014624) #30 ID2 (ENSPCIG00000014613) #31 ENSPCIG00000014608 ENSPCIG00000014602 RNF144A (ENSPCIG00000009611) #32 RSAD2 (ENSPCIG00000014960) CMPK2 (ENSPCIG00000014961) ENSPCIG00000001705 SOX11 (ENSPCIG00000033221) Common wonbat MODERN SPECIES 574 ENSVURG00010016181 ENSVURG00010016175 ENSVURG00010016174 ENSVURG00010016160 ENSVURG00010016148 ENSVURG00010016144 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ENSMGAG00000014013 #13 ENSMGAG00000015960 #11 ENSMGAG00000018364 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00990000204270 ENSGT00940000161652 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B 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(ENSPMJG00000010666) #29 KIDINS220 (ENSPMJG00000010635) #30 ID2 (ENSPMJG00000010632) #31 RNF144A (ENSPMJG00000010564) #32 RSAD2 (ENSPMJG00000010563) CMPK2 (ENSPMJG00000010562) SOX11 (ENSPMJG00000010517) COLEC11 (ENSPMJG00000010415) RPS7 (ENSPMJG00000010413) RNASEH1 (ENSPMJG00000010412) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157219 ENSGT00390000008041.C ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612.p #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b 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(ENSFALG00000002076) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00990000205825 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612.o #20 ENSGT00940000157612.p #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00990000204270 ENSGT00940000161652 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122 ENSGT00390000003466 Medium ground finch MODERN SPECIES 21 ENSGFOG00000007490 ROCK2 (ENSGFOG00000007498) #9 ENSGFOG00000007525 SLC66A3 (ENSGFOG00000007534) #10 KCNF1 (ENSGFOG00000007549) #11 PDIA6 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IAH1 (ENSSCAG00000012295) #25 CPSF3 (ENSSCAG00000012290) #26 ITGB1BP1 (ENSSCAG00000012285) #27 ASAP2 (ENSSCAG00000012272) #28 MBOAT2 (ENSSCAG00000012256) #29 KIDINS220 (ENSSCAG00000012242) #30 ID2 (ENSSCAG00000012234) #31 RNF144A (ENSSCAG00000012205) #32 RSAD2 (ENSSCAG00000012190) ENSSCAG00000012187 COLEC11 (ENSSCAG00000012167) RPS7 (ENSSCAG00000012160) RNASEH1 (ENSSCAG00000012122) ADI1 (ENSSCAG00000012116) Zebra finch MODERN SPECIES 23 LPIN1 (ENSTGUG00000013085) GREB1 (ENSTGUG00000013081) ENSTGUG00000013076 ROCK2 (ENSTGUG00000013067) #9 ENSTGUG00000023758 SLC66A3 (ENSTGUG00000026462) #10 PDIA6 (ENSTGUG00000013056) #12 ATP6V1C2 (ENSTGUG00000013053) #13 NOL10 (ENSTGUG00000013047) #14 ODC1 (ENSTGUG00000013045) #15 HPCAL1 (ENSTGUG00000013044) #16 RRM2 (ENSTGUG00000013042) #17 KLF11 (ENSTGUG00000013041) #19 GRHL1 (ENSTGUG00000013038) #20 TAF1B (ENSTGUG00000013037) #21 YWHAQ (ENSTGUG00000013035) #22 ADAM17 (ENSTGUG00000013028) #23 IAH1 (ENSTGUG00000013025) #25 CPSF3 (ENSTGUG00000013016) #26 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ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234517.D #9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00390000011297 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827.c #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 61 ENSNSUG00000020374 ROCK2 (ENSNSUG00000020375) #9 ENSNSUG00000020405 C2orf50 (ENSNSUG00000020406) KCNF1 (ENSNSUG00000020407) #11 PDIA6 (ENSNSUG00000020408) #12 ATP6V1C2 (ENSNSUG00000020409) 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MODERN SPECIES 2657 CRK (ENSAPOG00000023086) ENSAPOG00000023057 #22 ENSAPOG00000023037 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.b #22 Huchen MODERN SPECIES 3575 ENSHHUG00000040784 syt5a (ENSHHUG00000040773) tnnt1 (ENSHHUG00000040745) pih1d1 (ENSHHUG00000040735) ENSHHUG00000040731 ENSHHUG00000040728 ENSHHUG00000040723 ENSHHUG00000040722 #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 162 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b Elephant shark MODERN SPECIES 1649 klf11 (ENSCMIG00000009585) #19 ENSCMIG00000009575 #20 ENSCMIG00000009569 #21 ywhaqa (ENSCMIG00000009566) ##22 adam17a (ENSCMIG00000009330) #23 iah1 (ENSCMIG00000009265) #25 cpsf3 (ENSCMIG00000009078) #26 itgb1bp1 (ENSCMIG00000009018) #27 asap2a (ENSCMIG00000008687) #28 ENSCMIG00000008632 ENSCMIG00000008631 mboat2b (ENSCMIG00000008612) #29 kidins220b (ENSCMIG00000008555) #30 id2a (ENSCMIG00000008530) #31 rnf144aa (ENSCMIG00000008529) #32 rsad2 (ENSCMIG00000008527) CMPK2 (ENSCMIG00000008524) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000182986.a.b.a ENSGT00940000157219 ENSGT01030000234517.B.b ##9 ENSGT00940000153916.B #10 ENSGT00940000154459.B ENSGT00940000160213 #11 ENSGT00940000155646 #12 ENSGT00390000004263.b #13 ENSGT00390000007900 #14 ENSGT00950000182995.e.a.a.a #15 ENSGT00940000154645.A #16 ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982 #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01060000248676 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Sauria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000154798.b ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000157531 ENSGT00530000063929.a.b Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000154798.b ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000157531 ENSGT00530000063929.a.b Archosauria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Aves ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Neognathae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000004173 ENSGT00990000210621 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00960000189661 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000004173 ENSGT00990000210621 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00960000189661 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a ENSGT00390000018883 Great tit MODERN SPECIES 15 TRIM63 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(ENSSHBG00005016775) EYA3 (ENSSHBG00005016764) PTAFR (ENSSHBG00005016755) Golden eagle MODERN SPECIES 7 ZNF593 (ENSACCG00020009347) CNKSR1 (ENSACCG00020009382) CEP85 (ENSACCG00020009410) SH3BGRL3 (ENSACCG00020009422) UBXN11 (ENSACCG00020009440) ENSACCG00020009465 ENSACCG00020009482 LIN28A (ENSACCG00020009496) ENSACCG00020009506 DHDDS (ENSACCG00020009550) ENSACCG00020009567 RPS6KA1 (ENSACCG00020009614) ARID1A (ENSACCG00020009663) PIGV (ENSACCG00020009693) ZDHHC18 (ENSACCG00020009703) SFN (ENSACCG00020009727) ##22 GPN2 (ENSACCG00020009746) GPATCH3 (ENSACCG00020009759) NR0B2 (ENSACCG00020009770) NUDC (ENSACCG00020009786) KDF1 (ENSACCG00020009796) TRNP1 (ENSACCG00020009812) TENT5B (ENSACCG00020009834) SLC9A1 (ENSACCG00020009844) WDTC1 (ENSACCG00020009856) TMEM222 (ENSACCG00020009875) SYTL1 (ENSACCG00020009888) MAP3K6 (ENSACCG00020010161) ENSACCG00020010410 GPR3 (ENSACCG00020010424) WASF2 (ENSACCG00020010443) Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00530000067301 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WDTC1 (ENSCJPG00005016030) TMEM222 (ENSCJPG00005016031) ENSCJPG00005016032 ENSCJPG00005016033 WASF2 (ENSCJPG00005016036) AHDC1 (ENSCJPG00005016038) FGR (ENSCJPG00005016042) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000010045 ENSGT00950000183182.a.a ENSGT01090000260093.b ENSGT00950000182978.B ENSGT01060000248589.D ENSGT00390000012569.a ENSGT00940000165091 ENSGT00940000153511.a ENSGT01010000222287.B.b.a.b.a ENSGT00950000182852.A.b ENSGT00940000157193 ENSGT00390000002053 ENSGT00950000183034.B ENSGT00940000162934 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00960000189365 ENSGT00950000182962.b.a ENSGT00390000018883 Turkey MODERN SPECIES 17 CNKSR1 (ENSMGAG00000000695) ZNF593 (ENSMGAG00000016623) ENSMGAG00000000702 ENSMGAG00000000710 ENSMGAG00000021765 ENSMGAG00000001349 ENSMGAG00000022066 ENSMGAG00000018576 ENSMGAG00000001406 ENSMGAG00000001425 ENSMGAG00000000836 KDF1 (ENSMGAG00000000825) NR0B2 (ENSMGAG00000000867) GPATCH3 (ENSMGAG00000000813) ZDHHC18 (ENSMGAG00000020751) ENSMGAG00000015704 ##22 GPN2 (ENSMGAG00000000868) ENSMGAG00000001272 ENSMGAG00000001236 ENSMGAG00000001228 ENSMGAG00000015701 ENSMGAG00000001000 ENSMGAG00000020265 PTAFR (ENSMGAG00000015699) ENSMGAG00000000993 XKR8 (ENSMGAG00000001158) ENSMGAG00000001174 SMPDL3B (ENSMGAG00000001143) ENSMGAG00000001122 ENSMGAG00000001131 PPP1R8 (ENSMGAG00000001116) Chicken MODERN SPECIES 15 RPA2 (ENSGALG00010012756) SMPDL3B (ENSGALG00010012763) XKR8 (ENSGALG00010012773) EYA3 (ENSGALG00010012808) PTAFR (ENSGALG00010012873) DNAJC8 (ENSGALG00010016491) ENSGALG00010016500 HNRNPR (ENSGALG00010014082) HTR1D (ENSGALG00010014147) LUZP1 (ENSGALG00010014165) KDM1A (ENSGALG00010014192) ZMPSTE24 (ENSGALG00010014225) RLF (ENSGALG00010013981) ENSGALG00010013989 ZDHHC18 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ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a ENSGT00390000018883 Pink-footed goose MODERN SPECIES 73 PDIK1L (ENSABRG00000021284) FAM110D (ENSABRG00000021287) ENSABRG00000021288 CNKSR1 (ENSABRG00000021291) CEP85 (ENSABRG00000021293) SH3BGRL3 (ENSABRG00000000788) ENSABRG00000000833 CRYBG2 (ENSABRG00000001003) LIN28A (ENSABRG00000001217) DHDDS (ENSABRG00000001443) ENSABRG00000001460 RPS6KA1 (ENSABRG00000001482) ARID1A (ENSABRG00000001565) PIGV (ENSABRG00000001605) ZDHHC18 (ENSABRG00000001770) SFN (ENSABRG00000001785) ##22 GPN2 (ENSABRG00000001830) GPATCH3 (ENSABRG00000001851) NR0B2 (ENSABRG00000001870) NUDC (ENSABRG00000001885) KDF1 (ENSABRG00000001922) TENT5B (ENSABRG00000001947) SLC9A1 (ENSABRG00000001962) WDTC1 (ENSABRG00000002008) TMEM222 (ENSABRG00000002037) MAP3K6 (ENSABRG00000002099) CD164L2 (ENSABRG00000002608) GPR3 (ENSABRG00000002622) WASF2 (ENSABRG00000002634) ENSABRG00000002652 AHDC1 (ENSABRG00000002665) Duck MODERN SPECIES 15 TRIM63 (ENSAPLG00000010297) PDIK1L (ENSAPLG00000010422) FAM110D (ENSAPLG00000026437) ENSAPLG00000008023 ENSAPLG00000028695 CEP85 (ENSAPLG00000008105) SH3BGRL3 (ENSAPLG00000024458) UBXN11 (ENSAPLG00000008598) CRYBG2 (ENSAPLG00000008864) LIN28A (ENSAPLG00000016571) DHDDS (ENSAPLG00000008871) ENSAPLG00000020546 RPS6KA1 (ENSAPLG00000010872) ARID1A (ENSAPLG00000010807) PIGV (ENSAPLG00000010797) SFN (ENSAPLG00000010782) ##22 ZDHHC18 (ENSAPLG00000010792) GPN2 (ENSAPLG00000010758) GPATCH3 (ENSAPLG00000010745) NR0B2 (ENSAPLG00000010744) NUDC (ENSAPLG00000010698) KDF1 (ENSAPLG00000010691) ENSAPLG00000019975 ENSAPLG00000025590 TENT5B (ENSAPLG00000001361) SLC9A1 (ENSAPLG00000016147) WDTC1 (ENSAPLG00000015930) TMEM222 (ENSAPLG00000021290) ENSAPLG00000016993 ENSAPLG00000015805 WASF2 (ENSAPLG00000010236) African ostrich MODERN SPECIES 868 DHDDS (ENSSCUG00000014706) ENSSCUG00000014708 RPS6KA1 (ENSSCUG00000014713) ARID1A (ENSSCUG00000014721) PIGV (ENSSCUG00000014731) SFN (ENSSCUG00000014738) ##22 GPN2 (ENSSCUG00000014741) GPATCH3 (ENSSCUG00000014745) NR0B2 (ENSSCUG00000014749) NUDC (ENSSCUG00000014750) KDF1 (ENSSCUG00000014753) TENT5B (ENSSCUG00000014755) SLC9A1 (ENSSCUG00000014762) WDTC1 (ENSSCUG00000014773) ENSSCUG00000014775 ENSSCUG00000014777 ENSSCUG00000014781 GPR3 (ENSSCUG00000014783) WASF2 (ENSSCUG00000014790) Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 58 FAM110D (ENSCPRG00005004270) ENSCPRG00005004265 ZNF593 (ENSCPRG00005004261) CNKSR1 (ENSCPRG00005004249) CEP85 (ENSCPRG00005004237) SH3BGRL3 (ENSCPRG00005004225) UBXN11 (ENSCPRG00005004218) CRYBG2 (ENSCPRG00005004199) LIN28A (ENSCPRG00005004195) DHDDS (ENSCPRG00005004188) ENSCPRG00005004185 RPS6KA1 (ENSCPRG00005004179) ENSCPRG00005003630 PIGV (ENSCPRG00005003573) ZDHHC18 (ENSCPRG00005003565) SFN (ENSCPRG00005003552) ##22 ENSCPRG00005003521 GPN2 (ENSCPRG00005003511) GPATCH3 (ENSCPRG00005003479) NR0B2 (ENSCPRG00005003471) NUDC (ENSCPRG00005003451) KDF1 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ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00940000154798.b ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000156317.l ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000157531 Laterata ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00940000154798.b ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000156317.l ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000157531 Common wall lizard MODERN SPECIES 16 C1orf232 (ENSPMRG00000009786) ZNF593 (ENSPMRG00000009781) CNKSR1 (ENSPMRG00000009769) CEP85 (ENSPMRG00000009750) SH3BGRL3 (ENSPMRG00000009739) ENSPMRG00000009727 ENSPMRG00000009692 LIN28A (ENSPMRG00000009676) ENSPMRG00000009630 DHDDS (ENSPMRG00000009612) ENSPMRG00000009602 RPS6KA1 (ENSPMRG00000009543) ARID1A (ENSPMRG00000009408) PIGV (ENSPMRG00000009388) ZDHHC18 (ENSPMRG00000009385) SFN (ENSPMRG00000009382) ##22 GPN2 (ENSPMRG00000009374) GPATCH3 (ENSPMRG00000009368) NR0B2 (ENSPMRG00000009366) NUDC (ENSPMRG00000009361) KDF1 (ENSPMRG00000009359) TRNP1 (ENSPMRG00000009354) ENSPMRG00000009308 ENSPMRG00000009292 ENSPMRG00000009288 TENT5B 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Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B.j ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000156317.l ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b Elapidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000158412 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 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ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398.g ENSGT00960000189365 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158412 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B ENSGT00940000159314.c ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B.j ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000156317.l ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000154868.a.b ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398.g ENSGT00960000189365 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 80 PDIK1L (ENSNSUG00000013826) FAM110D (ENSNSUG00000013827) ZNF593 (ENSNSUG00000013828) CNKSR1 (ENSNSUG00000013829) ENSNSUG00000013830 SH3BGRL3 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ENSVURG00010006862 RPS6KA1 (ENSVURG00010006878) ARID1A (ENSVURG00010006923) PIGV (ENSVURG00010006946) ZDHHC18 (ENSVURG00010006957) SFN (ENSVURG00010006971) ##22 GPN2 (ENSVURG00010006977) GPATCH3 (ENSVURG00010006982) NR0B2 (ENSVURG00010006991) ENSVURG00010006997 ENSVURG00010007001 TENT5B (ENSVURG00010007003) SLC9A1 (ENSVURG00010007010) WDTC1 (ENSVURG00010007025) TMEM222 (ENSVURG00010007064) SYTL1 (ENSVURG00010007100) MAP3K6 (ENSVURG00010007128) FCN3 (ENSVURG00010007261) CD164L2 (ENSVURG00010007273) WASF2 (ENSVURG00010007302) ENSVURG00010007319 Wallaby MODERN SPECIES 8415 SFN (ENSMEUG00000003223) ##22 GPN2 (ENSMEUG00000003225) GPATCH3 (ENSMEUG00000003236) Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 ENSSHAG00000022271 ENSSHAG00000026727 CATSPER4 (ENSSHAG00000009566) ENSSHAG00000009858 CEP85 (ENSSHAG00000010115) ENSSHAG00000027823 ENSSHAG00000010350 CRYBG2 (ENSSHAG00000010656) ENSSHAG00000010994 LIN28A (ENSSHAG00000022238) DHDDS (ENSSHAG00000026135) ENSSHAG00000012391 ARID1A (ENSSHAG00000013363) PIGV (ENSSHAG00000013863) ZDHHC18 (ENSSHAG00000031107) SFN (ENSSHAG00000024644) ##22 GPN2 (ENSSHAG00000027495) GPATCH3 (ENSSHAG00000026633) NR0B2 (ENSSHAG00000014359) NUDC (ENSSHAG00000003633) ENSSHAG00000029984 KDF1 (ENSSHAG00000032177) TRNP1 (ENSSHAG00000029647) TENT5B (ENSSHAG00000026408) SLC9A1 (ENSSHAG00000021244) WDTC1 (ENSSHAG00000001544) TMEM222 (ENSSHAG00000025224) SYTL1 (ENSSHAG00000021748) CD164L2 (ENSSHAG00000003127) GPR3 (ENSSHAG00000032210) WASF2 (ENSSHAG00000004886) Opossum MODERN SPECIES 3 CATSPER4 (ENSMODG00000014151) ENSMODG00000048616 CEP85 (ENSMODG00000014186) ENSMODG00000014200 SH3BGRL3 (ENSMODG00000014189) ENSMODG00000014231 ENSMODG00000028134 LIN28A (ENSMODG00000014236) DHDDS (ENSMODG00000014246) ENSMODG00000041565 ENSMODG00000050678 RPS6KA1 (ENSMODG00000014283) ARID1A (ENSMODG00000014380) PIGV (ENSMODG00000014399) ZDHHC18 (ENSMODG00000014406) SFN (ENSMODG00000023920) ##22 GPN2 (ENSMODG00000042945) GPATCH3 (ENSMODG00000014417) NR0B2 (ENSMODG00000014420) ENSMODG00000014391 KDF1 (ENSMODG00000014422) TENT5B (ENSMODG00000014427) ENSMODG00000014436 WDTC1 (ENSMODG00000014445) TMEM222 (ENSMODG00000044127) ENSMODG00000014461 MAP3K6 (ENSMODG00000014479) ENSMODG00000043200 ENSMODG00000014488 GPR3 (ENSMODG00000014490) WASF2 (ENSMODG00000014503) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 Common shrew MODERN SPECIES 1367 ARID1A (ENSSARG00000013452) PIGV (ENSSARG00000013464) ENSSARG00000013466 SFN (ENSSARG00000013471) ##22 ENSSARG00000013474 NR0B2 (ENSSARG00000013489) NUDC (ENSSARG00000013490) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Suina ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Chacoan peccary MODERN SPECIES 808 CATSPER4 (ENSCWAG00000006950) ENSCWAG00000007017 CEP85 (ENSCWAG00000007057) SH3BGRL3 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Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.d.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.d.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 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ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Dolphin MODERN SPECIES 2732 ZDHHC18 (ENSTTRG00000016673) SFN (ENSTTRG00000016674) ##22 GPN2 (ENSTTRG00000016675) GPATCH3 (ENSTTRG00000016677) NR0B2 (ENSTTRG00000016680) NUDC (ENSTTRG00000016683) KDF1 (ENSTTRG00000016687) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.d.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.d.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Narwhal MODERN SPECIES 304 CNKSR1 (ENSMMNG00015006346) CATSPER4 (ENSMMNG00015006313) CEP85 (ENSMMNG00015006269) SH3BGRL3 (ENSMMNG00015006237) UBXN11 (ENSMMNG00015006180) ENSMMNG00015006143 CRYBG2 (ENSMMNG00015006102) ENSMMNG00015006067 ENSMMNG00015006050 DHDDS (ENSMMNG00015005998) ENSMMNG00015005962 RPS6KA1 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SPECIES 6 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.e.b ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.e.b ENSGT00390000007879 ENSGT00950000184988.a.a ENSGT00950000182802.B.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 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(ENSBGRG00000011448) AHDC1 (ENSBGRG00000011636) FGR (ENSBGRG00000011695) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.e.b ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Cow MODERN SPECIES 11 CNKSR1 (ENSBTAG00000019399) CATSPER4 (ENSBTAG00000026638) CEP85 (ENSBTAG00000009579) SH3BGRL3 (ENSBTAG00000009580) UBXN11 (ENSBTAG00000009581) CD52 (ENSBTAG00000005628) CRYBG2 (ENSBTAG00000005629) ZNF683 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ENSGT00940000163188 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 CEP85 (ENSOARG00020007375) SH3BGRL3 (ENSOARG00020007295) UBXN11 (ENSOARG00020006963) CD52 (ENSOARG00020006936) CRYBG2 (ENSOARG00020006560) ENSOARG00020023413 ENSOARG00020023402 LIN28A (ENSOARG00020023379) DHDDS (ENSOARG00020023294) ENSOARG00020023265 ENSOARG00020023241 RPS6KA1 (ENSOARG00020022904) ARID1A (ENSOARG00020022625) PIGV (ENSOARG00020022591) ZDHHC18 (ENSOARG00020022509) SFN (ENSOARG00020022494) ##22 GPN2 (ENSOARG00020022460) GPATCH3 (ENSOARG00020022411) NR0B2 (ENSOARG00020022389) NUDC (ENSOARG00020022358) KDF1 (ENSOARG00020022342) TRNP1 (ENSOARG00020022331) TENT5B (ENSOARG00020022308) SLC9A1 (ENSOARG00020022275) WDTC1 (ENSOARG00020022036) ENSOARG00020022006 TMEM222 (ENSOARG00020021961) SYTL1 (ENSOARG00020021924) MAP3K6 (ENSOARG00020021395) CD164L2 (ENSOARG00020021247) GPR3 (ENSOARG00020021228) Goat MODERN SPECIES 11 CNKSR1 (ENSCHIG00000019843) CATSPER4 (ENSCHIG00000013699) CEP85 (ENSCHIG00000008590) SH3BGRL3 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18 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Panthera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 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ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b leopard MODERN SPECIES 145 CNKSR1 (ENSPPRG00000002834) CATSPER4 (ENSPPRG00000003554) CEP85 (ENSPPRG00000005528) SH3BGRL3 (ENSPPRG00000005625) UBXN11 (ENSPPRG00000007351) CD52 (ENSPPRG00000007514) ENSPPRG00000007787 ZNF683 (ENSPPRG00000008941) LIN28A (ENSPPRG00000009198) DHDDS (ENSPPRG00000010189) ENSPPRG00000010343 RPS6KA1 (ENSPPRG00000011532) ARID1A (ENSPPRG00000017329) PIGV (ENSPPRG00000024724) ZDHHC18 (ENSPPRG00000024493) SFN (ENSPPRG00000021621) ##22 ENSPPRG00000024389 ENSPPRG00000024289 GPATCH3 (ENSPPRG00000024244) NR0B2 (ENSPPRG00000024101) NUDC (ENSPPRG00000024046) KDF1 (ENSPPRG00000023953) ENSPPRG00000023811 TRNP1 (ENSPPRG00000021647) TENT5B (ENSPPRG00000023756) SLC9A1 (ENSPPRG00000023440) ENSPPRG00000023306 WDTC1 (ENSPPRG00000022741) TMEM222 (ENSPPRG00000000473) SYTL1 (ENSPPRG00000001681) MAP3K6 (ENSPPRG00000004619) lion MODERN SPECIES 8 CNKSR1 (ENSPLOG00000011375) CATSPER4 (ENSPLOG00000011265) CEP85 (ENSPLOG00000011133) SH3BGRL3 (ENSPLOG00000011054) UBXN11 (ENSPLOG00000010922) CD52 (ENSPLOG00000010883) CRYBG2 (ENSPLOG00000010761) ZNF683 (ENSPLOG00000010705) LIN28A (ENSPLOG00000010671) DHDDS (ENSPLOG00000010590) ENSPLOG00000010525 RPS6KA1 (ENSPLOG00000010269) ARID1A (ENSPLOG00000009971) PIGV (ENSPLOG00000009881) ZDHHC18 (ENSPLOG00000009853) SFN (ENSPLOG00000009834) ##22 GPN2 (ENSPLOG00000009798) GPATCH3 (ENSPLOG00000009784) NR0B2 (ENSPLOG00000009763) NUDC (ENSPLOG00000009710) KDF1 (ENSPLOG00000009687) TRNP1 (ENSPLOG00000009668) TENT5B (ENSPLOG00000009648) SLC9A1 (ENSPLOG00000009616) WDTC1 (ENSPLOG00000009580) TMEM222 (ENSPLOG00000009496) SYTL1 (ENSPLOG00000009458) MAP3K6 (ENSPLOG00000009129) FCN3 (ENSPLOG00000008994) CD164L2 (ENSPLOG00000008921) GPR3 (ENSPLOG00000008898) Tiger MODERN SPECIES 111 ENSPTIG00000015149 CATSPER4 (ENSPTIG00000015133) CEP85 (ENSPTIG00000015092) SH3BGRL3 (ENSPTIG00000015073) UBXN11 (ENSPTIG00000015065) CD52 (ENSPTIG00000015054) ENSPTIG00000015043 ZNF683 (ENSPTIG00000015019) LIN28A (ENSPTIG00000015007) DHDDS (ENSPTIG00000014974) HMGN2 (ENSPTIG00000014958) RPS6KA1 (ENSPTIG00000014844) ARID1A (ENSPTIG00000014743) PIGV (ENSPTIG00000014722) ZDHHC18 (ENSPTIG00000014713) SFN (ENSPTIG00000009275) ##22 ENSPTIG00000014705 GPATCH3 (ENSPTIG00000014693) NR0B2 (ENSPTIG00000014689) NUDC (ENSPTIG00000014669) KDF1 (ENSPTIG00000014656) ENSPTIG00000014652 TENT5B (ENSPTIG00000014641) SLC9A1 (ENSPTIG00000014613) WDTC1 (ENSPTIG00000014587) TMEM222 (ENSPTIG00000014570) SYTL1 (ENSPTIG00000014534) MAP3K6 (ENSPTIG00000014433) FCN3 (ENSPTIG00000014389) CD164L2 (ENSPTIG00000014373) GPR3 (ENSPTIG00000009268) Cat MODERN SPECIES 239 CATSPER4 (ENSFCAG00000012804) CEP85 (ENSFCAG00000012805) SH3BGRL3 (ENSFCAG00000012806) UBXN11 (ENSFCAG00000012807) ENSFCAG00000049194 CD52 (ENSFCAG00000023721) CRYBG2 (ENSFCAG00000012808) ZNF683 (ENSFCAG00000012809) LIN28A (ENSFCAG00000012810) DHDDS (ENSFCAG00000012811) ENSFCAG00000041326 RPS6KA1 (ENSFCAG00000012813) ARID1A (ENSFCAG00000012814) PIGV (ENSFCAG00000012815) ZDHHC18 (ENSFCAG00000012816) SFN (ENSFCAG00000052603) ##22 GPN2 (ENSFCAG00000012818) GPATCH3 (ENSFCAG00000012819) NR0B2 (ENSFCAG00000012821) NUDC (ENSFCAG00000012822) KDF1 (ENSFCAG00000023735) TRNP1 (ENSFCAG00000045565) TENT5B (ENSFCAG00000010300) SLC9A1 (ENSFCAG00000010301) WDTC1 (ENSFCAG00000010303) TMEM222 (ENSFCAG00000027299) SYTL1 (ENSFCAG00000030775) MAP3K6 (ENSFCAG00000007864) CD164L2 (ENSFCAG00000010305) GPR3 (ENSFCAG00000010306) WASF2 (ENSFCAG00000007866) Caniformia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260.f ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Canidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01070000253847 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260.e.a ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01070000253847 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260.e.a ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Dingo MODERN SPECIES 41 ZNF593OS (ENSCAFG00020021229) CNKSR1 (ENSCAFG00020021246) CATSPER4 (ENSCAFG00020021333) CEP85 (ENSCAFG00020021347) UBXN11 (ENSCAFG00020021369) ENSCAFG00020021391 CD52 (ENSCAFG00020021394) ENSCAFG00020021397 ENSCAFG00020021402 LIN28A (ENSCAFG00020021405) DHDDS (ENSCAFG00020021413) RPS6KA1 (ENSCAFG00020021436) ARID1A (ENSCAFG00020021464) PIGV (ENSCAFG00020021632) ZDHHC18 (ENSCAFG00020021635) SFN (ENSCAFG00020021636) ##22 ENSCAFG00020021637 ENSCAFG00020021638 GPATCH3 (ENSCAFG00020021640) NR0B2 (ENSCAFG00020021643) NUDC (ENSCAFG00020021647) KDF1 (ENSCAFG00020021675) ENSCAFG00020021677 TRNP1 (ENSCAFG00020021680) TENT5B (ENSCAFG00020021681) SLC9A1 (ENSCAFG00020021719) WDTC1 (ENSCAFG00020022295) TMEM222 (ENSCAFG00020022297) MAP3K6 (ENSCAFG00020022327) CD164L2 (ENSCAFG00020022358) GPR3 (ENSCAFG00020022364) Red fox MODERN SPECIES 103 ZNF593OS (ENSVVUG00000011703) CNKSR1 (ENSVVUG00000011710) UBXN11 (ENSVVUG00000011721) CATSPER4 (ENSVVUG00000011736) CEP85 (ENSVVUG00000011746) SH3BGRL3 (ENSVVUG00000011756) CD52 (ENSVVUG00000011764) CRYBG2 (ENSVVUG00000011779) ENSVVUG00000011915 LIN28A (ENSVVUG00000011926) DHDDS (ENSVVUG00000011934) RPS6KA1 (ENSVVUG00000011954) ARID1A (ENSVVUG00000011964) PIGV (ENSVVUG00000011980) ZDHHC18 (ENSVVUG00000012001) SFN (ENSVVUG00000012027) ##22 GPN2 (ENSVVUG00000012034) GPATCH3 (ENSVVUG00000012041) NR0B2 (ENSVVUG00000012044) NUDC (ENSVVUG00000012049) KDF1 (ENSVVUG00000012057) ENSVVUG00000012063 TENT5B (ENSVVUG00000012066) SLC9A1 (ENSVVUG00000012068) WDTC1 (ENSVVUG00000012082) TMEM222 (ENSVVUG00000012088) SYTL1 (ENSVVUG00000012094) CD164L2 (ENSVVUG00000012153) GPR3 (ENSVVUG00000012155) WASF2 (ENSVVUG00000012157) AHDC1 (ENSVVUG00000012164) Caniformia_b DUPLICATION Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.a ##22 Ferret MODERN SPECIES 221 SARAF (ENSMPUG00000011372) DUSP4 (ENSMPUG00000011376) TNKS (ENSMPUG00000011383) ENSMPUG00000011400 ENSMPUG00000011405 ENSMPUG00000011408 ENSMPUG00000011410 PPP1R3B (ENSMPUG00000019944) ERI1 (ENSMPUG00000011413) MFHAS1 (ENSMPUG00000011417) ENSMPUG00000011422 ENSMPUG00000011431 ENSMPUG00000019945 CLDN23 (ENSMPUG00000019946) ENSMPUG00000011500 ENSMPUG00000011504 ##22 PRAG1 (ENSMPUG00000011523) LONRF1 (ENSMPUG00000011526) TRMT9B (ENSMPUG00000011528) DLC1 (ENSMPUG00000011531) C8orf48 (ENSMPUG00000019947) SGCZ (ENSMPUG00000011536) TUSC3 (ENSMPUG00000011537) MSR1 (ENSMPUG00000011542) ENSMPUG00000019948 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260.f ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.b ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260.f ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.b ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260.f ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00940000169163 ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.b ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a American black bear MODERN SPECIES 3191 ARID1A (ENSUAMG00000026064) PIGV (ENSUAMG00000026229) ENSUAMG00000026230 SFN (ENSUAMG00000026231) ##22 GPN2 (ENSUAMG00000026233) GPATCH3 (ENSUAMG00000026235) NR0B2 (ENSUAMG00000026238) NUDC (ENSUAMG00000026240) KDF1 (ENSUAMG00000026242) ENSUAMG00000026244 Polar bear MODERN SPECIES 189 CNKSR1 (ENSUMAG00000012697) CATSPER4 (ENSUMAG00000012684) CEP85 (ENSUMAG00000012677) ENSUMAG00000012675 UBXN11 (ENSUMAG00000012668) CD52 (ENSUMAG00000012665) CRYBG2 (ENSUMAG00000012603) ZNF683 (ENSUMAG00000012585) LIN28A (ENSUMAG00000012579) DHDDS (ENSUMAG00000012572) ENSUMAG00000012565 RPS6KA1 (ENSUMAG00000012550) ARID1A (ENSUMAG00000011976) PIGV (ENSUMAG00000011910) ZDHHC18 (ENSUMAG00000011906) SFN (ENSUMAG00000011901) ##22 GPN2 (ENSUMAG00000011897) GPATCH3 (ENSUMAG00000011894) NR0B2 (ENSUMAG00000011892) NUDC (ENSUMAG00000011889) KDF1 (ENSUMAG00000011883) ENSUMAG00000011881 TENT5B (ENSUMAG00000011875) SLC9A1 (ENSUMAG00000011532) WDTC1 (ENSUMAG00000011493) TMEM222 (ENSUMAG00000011485) CD164L2 (ENSUMAG00000011432) GPR3 (ENSUMAG00000011428) WASF2 (ENSUMAG00000011424) FGR (ENSUMAG00000011271) ENSUMAG00000011264 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260.f ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.d.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.b ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a American mink MODERN SPECIES 9 ZNF593OS (ENSNVIG00000023604) CNKSR1 (ENSNVIG00000023607) CATSPER4 (ENSNVIG00000023629) CEP85 (ENSNVIG00000023633) SH3BGRL3 (ENSNVIG00000023641) UBXN11 (ENSNVIG00000023643) CD52 (ENSNVIG00000023648) E9PIR9 (ENSNVIG00000023650) ENSNVIG00000023659 LIN28A (ENSNVIG00000023660) DHDDS (ENSNVIG00000023662) ENSNVIG00000023682 RPS6KA1 (ENSNVIG00000023687) ARID1A (ENSNVIG00000023700) PIGV (ENSNVIG00000023704) SFN (ENSNVIG00000023710) ##22 GPN2 (ENSNVIG00000023711) GPATCH3 (ENSNVIG00000023714) NR0B2 (ENSNVIG00000023716) NUDC (ENSNVIG00000023719) CA172 (ENSNVIG00000023720) ENSNVIG00000023721 TRNP1 (ENSNVIG00000023723) TENT5B (ENSNVIG00000023724) SLC9A1 (ENSNVIG00000023725) WDTC1 (ENSNVIG00000023727) TMEM222 (ENSNVIG00000023737) SYTL1 (ENSNVIG00000023745) MAP3K6 (ENSNVIG00000023767) CD164L2 (ENSNVIG00000023792) GPR3 (ENSNVIG00000023793) Ferret MODERN SPECIES 167 FAM110D (ENSMPUG00000015764) CNKSR1 (ENSMPUG00000015762) CATSPER4 (ENSMPUG00000015760) CEP85 (ENSMPUG00000015744) SH3BGRL3 (ENSMPUG00000015740) UBXN11 (ENSMPUG00000015736) CRYBG2 (ENSMPUG00000015728) ENSMPUG00000015726 LIN28A (ENSMPUG00000015724) DHDDS (ENSMPUG00000015707) ENSMPUG00000015706 RPS6KA1 (ENSMPUG00000015702) ARID1A (ENSMPUG00000015675) PIGV (ENSMPUG00000015674) ZDHHC18 (ENSMPUG00000015672) ENSMPUG00000018816 ##22 GPN2 (ENSMPUG00000015666) GPATCH3 (ENSMPUG00000015665) NR0B2 (ENSMPUG00000015664) NUDC (ENSMPUG00000015663) KDF1 (ENSMPUG00000015660) TRNP1 (ENSMPUG00000015658) TENT5B (ENSMPUG00000015656) SLC9A1 (ENSMPUG00000015654) WDTC1 (ENSMPUG00000015651) TMEM222 (ENSMPUG00000015642) SYTL1 (ENSMPUG00000015617) MAP3K6 (ENSMPUG00000015615) CD164L2 (ENSMPUG00000015613) GPR3 (ENSMPUG00000018813) WASF2 (ENSMPUG00000015601) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Equus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Donkey MODERN SPECIES 25 ZNF593OS (ENSEASG00005004026) CATSPER4 (ENSEASG00005003966) CEP85 (ENSEASG00005003964) ENSEASG00005038458 UBXN11 (ENSEASG00005003961) ENSEASG00005003958 CRYBG2 (ENSEASG00005003956) ZNF683 (ENSEASG00005003952) LIN28A (ENSEASG00005026912) DHDDS (ENSEASG00005003944) ENSEASG00005037497 RPS6KA1 (ENSEASG00005003928) ARID1A (ENSEASG00005008616) PIGV (ENSEASG00005008625) ZDHHC18 (ENSEASG00005038436) SFN (ENSEASG00005008630) ##22 GPN2 (ENSEASG00005033906) GPATCH3 (ENSEASG00005008636) NR0B2 (ENSEASG00005008640) NUDC (ENSEASG00005008644) KDF1 (ENSEASG00005008678) TRNP1 (ENSEASG00005008681) TENT5B (ENSEASG00005030650) SLC9A1 (ENSEASG00005008683) WDTC1 (ENSEASG00005008688) TMEM222 (ENSEASG00005027327) SYTL1 (ENSEASG00005008710) MAP3K6 (ENSEASG00005008765) FCN3 (ENSEASG00005032502) CD164L2 (ENSEASG00005009485) GPR3 (ENSEASG00005031706) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1134 RPS6KA1 (ENSMLUG00000002474) ENSMLUG00000026071 ARID1A (ENSMLUG00000002492) PIGV (ENSMLUG00000002508) ZDHHC18 (ENSMLUG00000010194) ENSMLUG00000010207 ##22 GPN2 (ENSMLUG00000004651) GPATCH3 (ENSMLUG00000023528) NR0B2 (ENSMLUG00000004658) NUDC (ENSMLUG00000004662) KDF1 (ENSMLUG00000004669) TRNP1 (ENSMLUG00000004673) TENT5B (ENSMLUG00000004676) SLC9A1 (ENSMLUG00000004681) WDTC1 (ENSMLUG00000004136) TMEM222 (ENSMLUG00000004145) SYTL1 (ENSMLUG00000001802) MAP3K6 (ENSMLUG00000001811) FCN3 (ENSMLUG00000001825) CD164L2 (ENSMLUG00000024507) WASF2 (ENSMLUG00000001835) Microbat MODERN SPECIES 959 ENSMLUG00000013043 ENSMLUG00000000083 ENSMLUG00000029038 ENSMLUG00000005297 CLEC14A (ENSMLUG00000003049) SSTR1 (ENSMLUG00000003045) ENSMLUG00000002757 FOXA1 (ENSMLUG00000029779) ENSMLUG00000013345 SLC25A21 (ENSMLUG00000011418) PAX9 (ENSMLUG00000011407) NKX2-8 (ENSMLUG00000011403) NKX2-1 (ENSMLUG00000011377) MBIP (ENSMLUG00000011617) ENSMLUG00000025502 ENSMLUG00000004184 ##22 BRMS1L (ENSMLUG00000008089) RALGAPA1 (ENSMLUG00000007979) ENSMLUG00000023852 INSM2 (ENSMLUG00000026985) ENSMLUG00000004519 PSMA6 (ENSMLUG00000010228) PRORP (ENSMLUG00000010205) PPP2R3C (ENSMLUG00000024559) FAM177A1 (ENSMLUG00000010187) SRP54 (ENSMLUG00000008958) ENSMLUG00000023750 BAZ1A (ENSMLUG00000006672) SNX6 (ENSMLUG00000007049) ENSMLUG00000030716 EAPP (ENSMLUG00000013814) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 27 CNKSR1 (ENSRFEG00010003505) CATSPER4 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(ENSOGAG00000029083) ZDHHC18 (ENSOGAG00000007934) SFN (ENSOGAG00000004791) ##22 GPN2 (ENSOGAG00000033911) GPATCH3 (ENSOGAG00000011647) NR0B2 (ENSOGAG00000002078) NUDC (ENSOGAG00000002080) KDF1 (ENSOGAG00000002084) TRNP1 (ENSOGAG00000029493) TENT5B (ENSOGAG00000002086) SLC9A1 (ENSOGAG00000002087) WDTC1 (ENSOGAG00000015076) TMEM222 (ENSOGAG00000015081) SYTL1 (ENSOGAG00000015086) MAP3K6 (ENSOGAG00000015094) FCN3 (ENSOGAG00000015106) CD164L2 (ENSOGAG00000015109) GPR3 (ENSOGAG00000029314) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 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ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000001376.bb.a.a ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00990000203720.a.b.a.a.b ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 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ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000001376.bb.a.a ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Gorilla MODERN SPECIES CATSPER4 (ENSGGOG00000006584) CEP85 (ENSGGOG00000000605) ENSGGOG00000000607 UBXN11 (ENSGGOG00000000609) CD52 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ENSGT00390000000903.a.f.a ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.c ENSGT00390000012818.o.a.b ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 Chimpanzee MODERN SPECIES CEP85 (ENSPTRG00000000378) SH3BGRL3 (ENSPTRG00000047319) UBXN11 (ENSPTRG00000000380) CD52 (ENSPTRG00000000381) CRYBG2 (ENSPTRG00000000382) ZNF683 (ENSPTRG00000000383) LIN28A (ENSPTRG00000000384) DHDDS (ENSPTRG00000000385) ENSPTRG00000045505 ##8 HMGN2 (ENSPTRG00000000386) ENSPTRG00000048717 RPS6KA1 (ENSPTRG00000000387) ARID1A (ENSPTRG00000000388) PIGV (ENSPTRG00000047988) ZDHHC18 (ENSPTRG00000051743) SFN (ENSPTRG00000030723) ##22 GPN2 (ENSPTRG00000000392) GPATCH3 (ENSPTRG00000023419) NR0B2 (ENSPTRG00000000394) NUDC (ENSPTRG00000000395) KDF1 (ENSPTRG00000000396) ENSPTRG00000044717 TRNP1 (ENSPTRG00000046384) TENT5B (ENSPTRG00000000397) SLC9A1 (ENSPTRG00000051037) ENSPTRG00000042092 ENSPTRG00000052422 ENSPTRG00000044112 WDTC1 (ENSPTRG00000000401) TMEM222 (ENSPTRG00000000402) SYTL1 (ENSPTRG00000000403) Bonobo MODERN SPECIES CEP85 (ENSPPAG00000035844) UBXN11 (ENSPPAG00000031858) ENSPPAG00000011359 CD52 (ENSPPAG00000037302) CRYBG2 (ENSPPAG00000021426) ZNF683 (ENSPPAG00000038727) LIN28A (ENSPPAG00000037906) DHDDS (ENSPPAG00000031128) ENSPPAG00000042179 ##8 ENSPPAG00000032129 ENSPPAG00000028434 RPS6KA1 (ENSPPAG00000041102) ARID1A (ENSPPAG00000035294) PIGV (ENSPPAG00000033338) ZDHHC18 (ENSPPAG00000031507) SFN (ENSPPAG00000013397) ##22 GPN2 (ENSPPAG00000039790) GPATCH3 (ENSPPAG00000032902) NR0B2 (ENSPPAG00000039413) NUDC (ENSPPAG00000000217) KDF1 (ENSPPAG00000030084) ENSPPAG00000041792 TENT5B (ENSPPAG00000035934) SLC9A1 (ENSPPAG00000043811) ENSPPAG00000031182 ENSPPAG00000027951 ENSPPAG00000040781 WDTC1 (ENSPPAG00000030849) TMEM222 (ENSPPAG00000027696) SYTL1 (ENSPPAG00000011464) MAP3K6 (ENSPPAG00000040813) Human MODERN SPECIES CNKSR1 (ENSG00000142675) CATSPER4 (ENSG00000188782) CEP85 (ENSG00000130695) SH3BGRL3 (ENSG00000142669) UBXN11 (ENSG00000158062) CD52 (ENSG00000169442) CRYBG2 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ENSGT00530000063929.a.b Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000001376.bb.a.a ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000001376.bb.a.a ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 217 CEP85 (ENSMNEG00000029299) SH3BGRL3 (ENSMNEG00000006682) UBXN11 (ENSMNEG00000039628) CD52 (ENSMNEG00000029211) ENSMNEG00000033777 ZNF683 (ENSMNEG00000028397) LIN28A (ENSMNEG00000035868) DHDDS (ENSMNEG00000021513) HMGN2 (ENSMNEG00000042182) ENSMNEG00000033223 ENSMNEG00000032926 RPS6KA1 (ENSMNEG00000043267) ARID1A (ENSMNEG00000039389) PIGV (ENSMNEG00000042165) ZDHHC18 (ENSMNEG00000042738) SFN (ENSMNEG00000027432) ##22 GPN2 (ENSMNEG00000041201) GPATCH3 (ENSMNEG00000033889) NR0B2 (ENSMNEG00000040399) NUDC (ENSMNEG00000030640) KDF1 (ENSMNEG00000042498) TRNP1 (ENSMNEG00000003839) TENT5B (ENSMNEG00000042604) SLC9A1 (ENSMNEG00000010902) WDTC1 (ENSMNEG00000041566) TMEM222 (ENSMNEG00000038995) SYTL1 (ENSMNEG00000038366) MAP3K6 (ENSMNEG00000028644) FCN3 (ENSMNEG00000038862) CD164L2 (ENSMNEG00000040766) GPR3 (ENSMNEG00000019217) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00940000169163 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Rhesus MODERN SPECIES C1H1orf232 (ENSMMUG00000039194) ZNF593 (ENSMMUG00000004682) ZNF593OS (ENSMMUG00000040742) CNKSR1 (ENSMMUG00000032214) CATSPER4 (ENSMMUG00000032213) CEP85 (ENSMMUG00000000644) UBXN11 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ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000001376.bb.a.a ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Olive baboon MODERN SPECIES 465 ENSPANG00000023588 ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.b.a.a.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Sooty mangabey MODERN SPECIES 227 CNKSR1 (ENSCATG00000044641) CATSPER4 (ENSCATG00000026594) CEP85 (ENSCATG00000033728) SH3BGRL3 (ENSCATG00000033639) UBXN11 (ENSCATG00000017195) CD52 (ENSCATG00000044637) CRYBG2 (ENSCATG00000033963) ZNF683 (ENSCATG00000044773) LIN28A (ENSCATG00000020825) DHDDS (ENSCATG00000021205) HMGN2 (ENSCATG00000044642) RPS6KA1 (ENSCATG00000032529) ARID1A (ENSCATG00000035561) PIGV (ENSCATG00000016281) ZDHHC18 (ENSCATG00000044376) SFN (ENSCATG00000006825) ##22 GPN2 (ENSCATG00000033688) GPATCH3 (ENSCATG00000033598) NR0B2 (ENSCATG00000044469) KDF1 (ENSCATG00000015571) TRNP1 (ENSCATG00000004345) TENT5B (ENSCATG00000017109) SLC9A1 (ENSCATG00000033651) ENSCATG00000033551 WDTC1 (ENSCATG00000044454) TMEM222 (ENSCATG00000044475) SYTL1 (ENSCATG00000044339) MAP3K6 (ENSCATG00000025890) FCN3 (ENSCATG00000020495) CD164L2 (ENSCATG00000044159) GPR3 (ENSCATG00000006977) Drill DUPLICATION Drill MODERN SPECIES 832 CATSPER4 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RPS6KA1 (ENSCSAG00000000978) ARID1A (ENSCSAG00000000979) PIGV (ENSCSAG00000000980) ZDHHC18 (ENSCSAG00000000981) SFN (ENSCSAG00000000649) ##22 GPN2 (ENSCSAG00000000982) GPATCH3 (ENSCSAG00000000983) NR0B2 (ENSCSAG00000000984) NUDC (ENSCSAG00000000985) KDF1 (ENSCSAG00000000986) TRNP1 (ENSCSAG00000000650) TENT5B (ENSCSAG00000000987) SLC9A1 (ENSCSAG00000000988) WDTC1 (ENSCSAG00000000989) TMEM222 (ENSCSAG00000000990) SYTL1 (ENSCSAG00000000991) MAP3K6 (ENSCSAG00000000992) FCN3 (ENSCSAG00000000993) CD164L2 (ENSCSAG00000000994) GPR3 (ENSCSAG00000000651) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 82 ENSGT00390000005727.a.b.a.a.d ENSGT00390000013722 ENSGT00390000015089.c ENSGT00940000160512 ENSGT00390000002615.o.b ENSGT00390000005254.i.b ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361.d ENSGT00390000016565 ENSGT00390000001376.bb.a.a ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000155479 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2213 ZNF683 (ENSRROG00000002892) LIN28A (ENSRROG00000013874) DHDDS (ENSRROG00000042135) ENSRROG00000037867 ENSRROG00000044797 RPS6KA1 (ENSRROG00000039476) ENSRROG00000043752 ARID1A (ENSRROG00000036508) PIGV (ENSRROG00000045107) ENSRROG00000032291 ZDHHC18 (ENSRROG00000041022) SFN (ENSRROG00000003412) ##22 GPN2 (ENSRROG00000021722) GPATCH3 (ENSRROG00000038382) NR0B2 (ENSRROG00000042749) NUDC (ENSRROG00000037321) KDF1 (ENSRROG00000042590) ENSRROG00000045205 TENT5B (ENSRROG00000045423) ENSRROG00000030078 SLC9A1 (ENSRROG00000035382) WDTC1 (ENSRROG00000039571) TMEM222 (ENSRROG00000032428) SYTL1 (ENSRROG00000037744) MAP3K6 (ENSRROG00000031761) FCN3 (ENSRROG00000033384) CD164L2 (ENSRROG00000033312) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1846 ZNF683 (ENSRBIG00000034984) LIN28A (ENSRBIG00000032004) DHDDS (ENSRBIG00000035249) ENSRBIG00000031876 RPS6KA1 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ENSGT01060000248564.b.a.a.a Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740.g ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00390000007879.a ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.h.a.a.a.a ENSGT00390000016475.e.a ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Capuchin MODERN SPECIES 87 CEP85 (ENSCCAG00000017685) SH3BGRL3 (ENSCCAG00000033774) UBXN11 (ENSCCAG00000027516) CD52 (ENSCCAG00000036481) CRYBG2 (ENSCCAG00000036704) ZNF683 (ENSCCAG00000016907) LIN28A (ENSCCAG00000012963) DHDDS (ENSCCAG00000018751) 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TRNP1 (ENSCJAG00000046636) TENT5B (ENSCJAG00000060780) ENSCJAG00000083746 ENSCJAG00000072688 SLC9A1 (ENSCJAG00000009011) WDTC1 (ENSCJAG00000009088) TMEM222 (ENSCJAG00000009112) SYTL1 (ENSCJAG00000009140) MAP3K6 (ENSCJAG00000009171) FCN3 (ENSCJAG00000009233) Mas night monkey MODERN SPECIES 1281 CEP85 (ENSANAG00000028221) ENSANAG00000015816 ENSANAG00000025758 ENSANAG00000032271 UBXN11 (ENSANAG00000006312) CD52 (ENSANAG00000037821) ENSANAG00000037256 ZNF683 (ENSANAG00000023008) LIN28A (ENSANAG00000021009) DHDDS (ENSANAG00000023750) ENSANAG00000015360 RPS6KA1 (ENSANAG00000003022) ARID1A (ENSANAG00000025639) PIGV (ENSANAG00000023038) ZDHHC18 (ENSANAG00000034211) SFN (ENSANAG00000016141) ##22 ENSANAG00000020454 ENSANAG00000019689 ENSANAG00000026846 GPN2 (ENSANAG00000035449) GPATCH3 (ENSANAG00000035944) NR0B2 (ENSANAG00000021024) NUDC (ENSANAG00000028557) KDF1 (ENSANAG00000027498) ENSANAG00000021922 TRNP1 (ENSANAG00000032266) TENT5B (ENSANAG00000028081) ENSANAG00000016046 SLC9A1 (ENSANAG00000028650) WDTC1 (ENSANAG00000025177) ENSANAG00000023312 Tarsier MODERN SPECIES 4840 ZDHHC18 (ENSTSYG00000009773) SFN (ENSTSYG00000013087) ##22 GPN2 (ENSTSYG00000011752) GPATCH3 (ENSTSYG00000011753) NR0B2 (ENSTSYG00000033702) NUDC (ENSTSYG00000003312) KDF1 (ENSTSYG00000027104) FAM46B (ENSTSYG00000035698) SLC9A1 (ENSTSYG00000035533) WDTC1 (ENSTSYG00000028104) TMEM222 (ENSTSYG00000033362) SYTL1 (ENSTSYG00000029347) MAP3K6 (ENSTSYG00000012237) FCN3 (ENSTSYG00000012269) CD164L2 (ENSTSYG00000033975) GPR3 (ENSTSYG00000034225) WASF2 (ENSTSYG00000014297) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Tree shrew MODERN SPECIES 7688 SFN (ENSTBEG00000016768) ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Kangaroo rat MODERN SPECIES 325 Cnksr1 (ENSDORG00000003511) Catsper4 (ENSDORG00000003510) Cep85 (ENSDORG00000011337) Sh3bgrl3 (ENSDORG00000028188) Ubxn11 (ENSDORG00000011339) ENSDORG00000008372 ENSDORG00000008373 ENSDORG00000027789 Lin28a (ENSDORG00000027432) Dhdds (ENSDORG00000001776) Hmgn2 (ENSDORG00000001787) Rps6ka1 (ENSDORG00000007099) Arid1a (ENSDORG00000002442) Pigv (ENSDORG00000008243) Zdhhc18 (ENSDORG00000012486) Sfn (ENSDORG00000012487) ##22 Gpn2 (ENSDORG00000005203) ENSDORG00000005205 Nr0b2 (ENSDORG00000023804) Nudc 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ENSGT00530000063929.a.b Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 201 Lin28a (ENSJJAG00000018806) Dhdds (ENSJJAG00000020279) ENSJJAG00000020754 Rps6ka1 (ENSJJAG00000000276) Arid1a (ENSJJAG00000018018) Pigv (ENSJJAG00000019530) Zdhhc18 (ENSJJAG00000021450) Sfn (ENSJJAG00000012903) ##22 Gpn2 (ENSJJAG00000022134) Gpatch3 (ENSJJAG00000003292) Nr0b2 (ENSJJAG00000012389) Nudc (ENSJJAG00000017209) Kdf1 (ENSJJAG00000017615) ENSJJAG00000017789 Slc9a1 (ENSJJAG00000019281) Wdtc1 (ENSJJAG00000021957) Tmem222 (ENSJJAG00000002275) Sytl1 (ENSJJAG00000011352) Map3k6 (ENSJJAG00000020163) ENSJJAG00000014104 Cd164l2 (ENSJJAG00000014470) Gpr3 (ENSJJAG00000018961) Wasf2 (ENSJJAG00000019149) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 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(ENSNGAG00000012082) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b.c ENSGT00620000087993.a.b.d ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000168930 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Golden Hamster MODERN SPECIES 709 ENSMAUG00000004093 ENSMAUG00000009089 Sh3bgrl3 (ENSMAUG00000015108) Ubxn11 (ENSMAUG00000001021) ENSMAUG00000020396 Crybg2 (ENSMAUG00000000813) Zfp683 (ENSMAUG00000020451) Lin28a (ENSMAUG00000018852) Dhdds (ENSMAUG00000004047) Hmgn2-ps (ENSMAUG00000017301) Rps6ka1 (ENSMAUG00000017784) ENSMAUG00000004576 ENSMAUG00000020343 Pigv (ENSMAUG00000020277) Zdhhc18 (ENSMAUG00000011253) Sfn (ENSMAUG00000008489) ##22 Gpn2 (ENSMAUG00000013057) Gpatch3 (ENSMAUG00000002005) Nr0b2 (ENSMAUG00000020860) Nudc (ENSMAUG00000008166) Kdf1 (ENSMAUG00000021929) Trnp1 (ENSMAUG00000019939) Tent5b (ENSMAUG00000014675) ENSMAUG00000001078 Wdtc1 (ENSMAUG00000004693) Tmem222 (ENSMAUG00000007829) Sytl1 (ENSMAUG00000018014) Map3k6 (ENSMAUG00000017302) ENSMAUG00000011191 Gpr3 (ENSMAUG00000014246) Wasf2 (ENSMAUG00000012124) Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 352 Kif5a (ENSCGRG00001017636) Dctn2 (ENSCGRG00001015007) Mbd6 (ENSCGRG00001017943) Ddit3 (ENSCGRG00001015590) Mars1 (ENSCGRG00001019238) Arhgap9 (ENSCGRG00001021134) Gli1 (ENSCGRG00001019686) Inhbe (ENSCGRG00001023439) Inhbc (ENSCGRG00001017014) R3hdm2 (ENSCGRG00001017324) Stac3 (ENSCGRG00001021668) Ndufa4l2 (ENSCGRG00001021531) Shmt2 (ENSCGRG00001018472) Nxph4 (ENSCGRG00001014648) Lrp1 (ENSCGRG00001011627) ENSCGRG00001002945 ##22 Stat6 (ENSCGRG00001020526) Nab2 (ENSCGRG00001018114) Nemp1 (ENSCGRG00001014268) Myo1a (ENSCGRG00001005373) Tac2 (ENSCGRG00001014061) Zbtb39 (ENSCGRG00001001407) Gpr182 (ENSCGRG00001011877) ENSCGRG00001016912 ENSCGRG00001003209 ENSCGRG00001023626 Sdr9c7 (ENSCGRG00001014788) Hsd17b6 (ENSCGRG00001003931) Prim1 (ENSCGRG00001022266) ENSCGRG00001019512 Ptges3 (ENSCGRG00001015638) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 111 Catsper4 (ENSCGRG00001006536) Zpld2 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ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Mus_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 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ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Mouse MODERN SPECIES 13 Catsper4 (ENSMUSG00000048003) Zpld2 (ENSMUSG00000073747) Cep85 (ENSMUSG00000037443) Sh3bgrl3 (ENSMUSG00000028843) Ubxn11 (ENSMUSG00000012126) Cd52 (ENSMUSG00000000682) Crybg2 (ENSMUSG00000012123) Zfp683 (ENSMUSG00000049410) Lin28a (ENSMUSG00000050966) Dhdds (ENSMUSG00000012117) Hmgn2 (ENSMUSG00000003038) Rps6ka1 (ENSMUSG00000003644) Arid1a (ENSMUSG00000007880) Pigv (ENSMUSG00000043257) Zdhhc18 (ENSMUSG00000037553) Sfn (ENSMUSG00000047281) ##22 Gpn2 (ENSMUSG00000028848) Gpatch3 (ENSMUSG00000028850) Nr0b2 (ENSMUSG00000037583) Nudc (ENSMUSG00000028851) Kdf1 (ENSMUSG00000037600) Trnp1 (ENSMUSG00000056596) Tent5b (ENSMUSG00000046694) Slc9a1 (ENSMUSG00000028854) Wdtc1 (ENSMUSG00000037622) Tmem222 (ENSMUSG00000028857) Sytl1 (ENSMUSG00000028860) Map3k6 (ENSMUSG00000028862) Cd164l2 (ENSMUSG00000028865) Gpr3 (ENSMUSG00000049649) Wasf2 (ENSMUSG00000028868) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Steppe mouse MODERN SPECIES 3343 Zpld2 (ENSMSIG00000001888) Cep85 (ENSMSIG00000001754) ENSMSIG00000001735 Ubxn11 (ENSMSIG00000001668) Cd52 (ENSMSIG00000001646) Crybg2 (ENSMSIG00000001508) Zfp683 (ENSMSIG00000001479) Lin28a (ENSMSIG00000001471) ENSMSIG00000001371 ENSMSIG00000001253 Rps6ka1 (ENSMSIG00000000629) Arid1a (ENSMSIG00000000334) Pigv (ENSMSIG00000000284) ENSMSIG00000000251 Zdhhc18 (ENSMSIG00000000232) Sfn (ENSMSIG00000000216) ##22 Gpn2 (ENSMSIG00000000141) Gpatch3 (ENSMSIG00000026503) Nr0b2 (ENSMSIG00000026492) Nudc (ENSMSIG00000026485) ENSMSIG00000026482 Kdf1 (ENSMSIG00000026473) Trnp1 (ENSMSIG00000026468) ENSMSIG00000026463 Tent5b (ENSMSIG00000026455) Slc9a1 (ENSMSIG00000026439) Wdtc1 (ENSMSIG00000026410) Tmem222 (ENSMSIG00000026400) ENSMSIG00000026328 Map3k6 (ENSMSIG00000026242) Cd164l2 (ENSMSIG00000026225) Ryukyu mouse MODERN SPECIES 13 Catsper4 (MGP_CAROLIEiJ_G0026611) MGP_CAROLIEiJ_G0026610 Cep85 (MGP_CAROLIEiJ_G0026609) Sh3bgrl3 (MGP_CAROLIEiJ_G0026608) Ubxn11 (MGP_CAROLIEiJ_G0026607) Cd52 (MGP_CAROLIEiJ_G0026606) MGP_CAROLIEiJ_G0026605 Zfp683 (MGP_CAROLIEiJ_G0026604) Lin28a (MGP_CAROLIEiJ_G0026603) Dhdds (MGP_CAROLIEiJ_G0026602) MGP_CAROLIEiJ_G0026601 Rps6ka1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026600) Arid1a (MGP_CAROLIEiJ_G0026599) Pigv (MGP_CAROLIEiJ_G0026598) Zdhhc18 (MGP_CAROLIEiJ_G0026597) Sfn (MGP_CAROLIEiJ_G0026596) ##22 Gpn2 (MGP_CAROLIEiJ_G0026595) Gpatch3 (MGP_CAROLIEiJ_G0026594) Nr0b2 (MGP_CAROLIEiJ_G0026593) Nudc (MGP_CAROLIEiJ_G0026592) Kdf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026591) Trnp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026590) Tent5b (MGP_CAROLIEiJ_G0026589) Slc9a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026588) Wdtc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026587) Tmem222 (MGP_CAROLIEiJ_G0026586) Sytl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0026585) Map3k6 (MGP_CAROLIEiJ_G0026584) Cd164l2 (MGP_CAROLIEiJ_G0026583) Gpr3 (MGP_CAROLIEiJ_G0026582) Wasf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0026581) Shrew mouse MODERN SPECIES 19 Catsper4 (MGP_PahariEiJ_G0028944) MGP_PahariEiJ_G0028943 Cep85 (MGP_PahariEiJ_G0028942) Sh3bgrl3 (MGP_PahariEiJ_G0028941) Ubxn11 (MGP_PahariEiJ_G0028940) MGP_PahariEiJ_G0028939 MGP_PahariEiJ_G0028938 Zfp683 (MGP_PahariEiJ_G0028937) Lin28a (MGP_PahariEiJ_G0028936) Dhdds (MGP_PahariEiJ_G0028935) MGP_PahariEiJ_G0028934 Rps6ka1 (MGP_PahariEiJ_G0028933) Arid1a (MGP_PahariEiJ_G0028932) Pigv (MGP_PahariEiJ_G0028931) MGP_PahariEiJ_G0028930 Sfn (MGP_PahariEiJ_G0028929) ##22 Gpn2 (MGP_PahariEiJ_G0028928) Gpatch3 (MGP_PahariEiJ_G0028927) Nr0b2 (MGP_PahariEiJ_G0028926) Nudc (MGP_PahariEiJ_G0028925) Kdf1 (MGP_PahariEiJ_G0028924) Trnp1 (MGP_PahariEiJ_G0028923) Tent5b (MGP_PahariEiJ_G0028922) Slc9a1 (MGP_PahariEiJ_G0028921) Wdtc1 (MGP_PahariEiJ_G0028920) Tmem222 (MGP_PahariEiJ_G0028919) Sytl1 (MGP_PahariEiJ_G0028918) Map3k6 (MGP_PahariEiJ_G0028917) Cd164l2 (MGP_PahariEiJ_G0028916) Gpr3 (MGP_PahariEiJ_G0028915) Wasf2 (MGP_PahariEiJ_G0028914) Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 16 Ccdc121 (ENSRNOG00000055899) Gpn1 (ENSRNOG00000004941) Supt7l (ENSRNOG00000004927) Slc4a1ap (ENSRNOG00000004901) Mrpl33 (ENSRNOG00000025388) Rbks (ENSRNOG00000004710) Babam2 (ENSRNOG00000004364) Fosl2 (ENSRNOG00000068412) Plb1 (ENSRNOG00000026037) Ppp1cb (ENSRNOG00000004612) Spdya (ENSRNOG00000004534) Wdr43 (ENSRNOG00000026316) Togaram2 (ENSRNOG00000026344) Pcare (ENSRNOG00000008942) Clip4 (ENSRNOG00000008806) Sfnl1 (ENSRNOG00000004188) ##22 Alk (ENSRNOG00000008683) Ypel5 (ENSRNOG00000026742) Lbh (ENSRNOG00000039902) ENSRNOG00000070426 Lclat1 (ENSRNOG00000034026) Fam241b-ps1 (ENSRNOG00000051000) Capn13 (ENSRNOG00000032375) Galnt14 (ENSRNOG00000007951) Ehd3 (ENSRNOG00000007744) Xdh (ENSRNOG00000007081) Srd5a2 (ENSRNOG00000027042) Memo1 (ENSRNOG00000006340) Dpy30 (ENSRNOG00000027126) ENSRNOG00000066517 Spast (ENSRNOG00000027136) Rat MODERN SPECIES 15 Sh3bgrl3 (ENSRNOG00000015967) Ubxn11 (ENSRNOG00000015476) LOC100360087 (ENSRNOG00000064482) Cd52 (ENSRNOG00000015403) Crybg2 (ENSRNOG00000057957) Zfp683 (ENSRNOG00000065788) Lin28a (ENSRNOG00000069459) Dhdds (ENSRNOG00000014665) Hmgn2 (ENSRNOG00000051615) LOC683456 (ENSRNOG00000070457) Rps6ka1 (ENSRNOG00000042411) LOC120103001 (ENSRNOG00000068341) Arid1a (ENSRNOG00000006137) Pigv (ENSRNOG00000000121) Zdhhc18 (ENSRNOG00000058156) Sfn (ENSRNOG00000033153) ##22 Gpn2 (ENSRNOG00000007083) Gpatch3 (ENSRNOG00000007097) ENSRNOG00000066253 Nr0b2 (ENSRNOG00000007229) Nudc (ENSRNOG00000051720) AC118963.1 (ENSRNOG00000049922) Kdf1 (ENSRNOG00000055933) ENSRNOG00000068236 Trnp1 (ENSRNOG00000055936) Tent5b (ENSRNOG00000056153) Slc9a1 (ENSRNOG00000007982) Wdtc1 (ENSRNOG00000008377) Tmem222 (ENSRNOG00000008564) Map3k6 (ENSRNOG00000008936) Cd164l2 (ENSRNOG00000009505) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00860000134004 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000004173 ENSGT01070000253847 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000004173 ENSGT01070000253847 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Guinea pig MODERN SPECIES 25 ZNF593 (ENSCPOG00000035949) CNKSR1 (ENSCPOG00000007056) CEP85 (ENSCPOG00000007069) SH3BGRL3 (ENSCPOG00000007077) UBXN11 (ENSCPOG00000024029) CRYBG2 (ENSCPOG00000007086) ZNF683 (ENSCPOG00000030245) ENSCPOG00000019646 DHDDS (ENSCPOG00000008087) HMGN2 (ENSCPOG00000039945) RPS6KA1 (ENSCPOG00000003945) ENSCPOG00000021806 ARID1A (ENSCPOG00000010387) ENSCPOG00000033509 ZDHHC18 (ENSCPOG00000010395) SFN (ENSCPOG00000035257) ##22 GPN2 (ENSCPOG00000002848) GPATCH3 (ENSCPOG00000010404) NR0B2 (ENSCPOG00000010409) NUDC (ENSCPOG00000010413) KDF1 (ENSCPOG00000022999) TENT5B (ENSCPOG00000032542) SLC9A1 (ENSCPOG00000035897) WDTC1 (ENSCPOG00000012347) TMEM222 (ENSCPOG00000020198) SYTL1 (ENSCPOG00000012354) MAP3K6 (ENSCPOG00000012359) CD164L2 (ENSCPOG00000022092) GPR3 (ENSCPOG00000027123) WASF2 (ENSCPOG00000012376) AHDC1 (ENSCPOG00000022607) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000004173 ENSGT01070000253847 ENSGT00940000159599 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 159 ZNF593 (ENSCLAG00000011066) ZNF593OS (ENSCLAG00000010913) CNKSR1 (ENSCLAG00000006569) CEP85 (ENSCLAG00000008438) UBXN11 (ENSCLAG00000009843) SH3BGRL3 (ENSCLAG00000007979) CRYBG2 (ENSCLAG00000009319) ZNF683 (ENSCLAG00000014629) LIN28A (ENSCLAG00000013508) DHDDS (ENSCLAG00000009304) HMGN2 (ENSCLAG00000008674) RPS6KA1 (ENSCLAG00000012043) ARID1A (ENSCLAG00000008499) PIGV (ENSCLAG00000011353) ZDHHC18 (ENSCLAG00000015099) SFN (ENSCLAG00000018088) ##22 GPN2 (ENSCLAG00000015368) GPATCH3 (ENSCLAG00000012064) NR0B2 (ENSCLAG00000012438) NUDC (ENSCLAG00000008191) KDF1 (ENSCLAG00000009636) TENT5B (ENSCLAG00000010180) SLC9A1 (ENSCLAG00000011250) WDTC1 (ENSCLAG00000012710) TMEM222 (ENSCLAG00000014379) SYTL1 (ENSCLAG00000011750) MAP3K6 (ENSCLAG00000015178) FCN3 (ENSCLAG00000010084) GPR3 (ENSCLAG00000012893) WASF2 (ENSCLAG00000013958) AHDC1 (ENSCLAG00000013754) Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 87 MINPP1 (ENSODEG00000006300) ENSODEG00000019187 PAPSS2 (ENSODEG00000005976) ATAD1 (ENSODEG00000005551) ENSODEG00000005308 ##22 PTEN (ENSODEG00000006042) RNLS (ENSODEG00000005292) LIPJ (ENSODEG00000004545) ENSODEG00000005297 LIPF (ENSODEG00000005106) LIPK (ENSODEG00000004941) LIPN (ENSODEG00000005009) LIPM (ENSODEG00000004722) ANKRD22 (ENSODEG00000006197) ENSODEG00000005966 ACTA2 (ENSODEG00000005541) ENSODEG00000005184 LIPA (ENSODEG00000005659) ENSODEG00000006311 SLC16A12 (ENSODEG00000006954) Degu MODERN SPECIES 43 STARD5 (ENSODEG00000015843) ENSODEG00000016326 ENSODEG00000016584 CFAP161 (ENSODEG00000015893) TLNRD1 (ENSODEG00000020545) ENSODEG00000016748 CEMIP (ENSODEG00000016192) ENSODEG00000015913 ENSODEG00000016509 SPG11 (ENSODEG00000016165) ENSODEG00000016386 CTDSPL2 (ENSODEG00000016569) ENSODEG00000016525 GOLM2 (ENSODEG00000016663) ENSODEG00000016724 ENSODEG00000020502 ##22 FRMD5 (ENSODEG00000016269) ENSODEG00000016060 MFAP1 (ENSODEG00000016397) HYPK (ENSODEG00000016700) ENSODEG00000016295 PDIA3 (ENSODEG00000016212) ENSODEG00000016390 PPIP5K1 (ENSODEG00000016403) MAP1A (ENSODEG00000016751) TP53BP1 (ENSODEG00000016364) TUBGCP4 (ENSODEG00000016217) ZSCAN29 (ENSODEG00000016691) ADAL (ENSODEG00000016433) TGM7 (ENSODEG00000016365) TGM5 (ENSODEG00000016333) Degu MODERN SPECIES 76 EPHB4 (ENSODEG00000016238) EPO (ENSODEG00000016349) POP7 (ENSODEG00000020363) GIGYF1 (ENSODEG00000016368) GNB2 (ENSODEG00000016384) ACTL6B (ENSODEG00000016158) TFR2 (ENSODEG00000016854) PCOLCE (ENSODEG00000016650) FBXO24 (ENSODEG00000016232) LRCH4 (ENSODEG00000017054) AGFG2 (ENSODEG00000016582) NYAP1 (ENSODEG00000016669) TSC22D4 (ENSODEG00000016398) PPP1R35 (ENSODEG00000017251) MEPCE (ENSODEG00000016662) ENSODEG00000016818 ##22 STAG3 (ENSODEG00000017407) GPC2 (ENSODEG00000016920) GAL3ST4 (ENSODEG00000017731) TRAPPC14 (ENSODEG00000016953) ENSODEG00000016725 ENSODEG00000016889 ENSODEG00000016612 MBLAC1 (ENSODEG00000020533) CNPY4 (ENSODEG00000016875) TAF6 (ENSODEG00000016755) AP4M1 (ENSODEG00000016717) ENSODEG00000016551 ENSODEG00000017079 COPS6 (ENSODEG00000016873) ZNF3 (ENSODEG00000016822) Degu MODERN SPECIES 204 ENSODEG00000019012 CEP85 (ENSODEG00000004089) ENSODEG00000004141 UBXN11 (ENSODEG00000004163) ENSODEG00000004203 ENSODEG00000004272 ENSODEG00000004283 DHDDS (ENSODEG00000004324) ENSODEG00000004366 ENSODEG00000019074 RPS6KA1 (ENSODEG00000005545) ENSODEG00000005573 ARID1A (ENSODEG00000005639) PIGV (ENSODEG00000005864) ZDHHC18 (ENSODEG00000003193) ENSODEG00000018988 ##22 GPN2 (ENSODEG00000003267) GPATCH3 (ENSODEG00000003292) NR0B2 (ENSODEG00000003311) ENSODEG00000003339 ENSODEG00000003581 TRNP1 (ENSODEG00000003604) TENT5B (ENSODEG00000003616) SLC9A1 (ENSODEG00000003659) ENSODEG00000003743 WDTC1 (ENSODEG00000003804) TMEM222 (ENSODEG00000003675) SYTL1 (ENSODEG00000003707) MAP3K6 (ENSODEG00000004172) CD164L2 (ENSODEG00000004416) GPR3 (ENSODEG00000004543) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 26 CNKSR1 (ENSHGLG00000012930) CEP85 (ENSHGLG00000012227) SH3BGRL3 (ENSHGLG00000014565) 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ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Eurasian red squirrel MODERN SPECIES CATSPER4 (ENSSVLG00005002009) ENSSVLG00005002078 CEP85 (ENSSVLG00005002119) SH3BGRL3 (ENSSVLG00005002218) UBXN11 (ENSSVLG00005002269) CD52 (ENSSVLG00005002300) ENSSVLG00005002324 ZNF683 (ENSSVLG00005002372) LIN28A (ENSSVLG00005002407) DHDDS (ENSSVLG00005002447) ENSSVLG00005002494 RPS6KA1 (ENSSVLG00005002546) ARID1A (ENSSVLG00005002696) PIGV (ENSSVLG00005002744) ZDHHC18 (ENSSVLG00005002759) SFN (ENSSVLG00005002779) ##22 GPN2 (ENSSVLG00005002789) ENSSVLG00005002815 ENSSVLG00005002838 ENSSVLG00005002863 NR0B2 (ENSSVLG00005002872) NUDC (ENSSVLG00005002888) KDF1 (ENSSVLG00005002908) ENSSVLG00005002925 TRNP1 (ENSSVLG00005002944) TENT5B (ENSSVLG00005002952) ENSSVLG00005002968 SLC9A1 (ENSSVLG00005002990) WDTC1 (ENSSVLG00005003051) TMEM222 (ENSSVLG00005003203) SYTL1 (ENSSVLG00005003264) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT01090000260447 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00900000143263 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Alpin marmot MODERN SPECIES 15 ZNF593OS (ENSMMMG00000014217) ENSMMMG00000014210 ENSMMMG00000014199 CATSPER4 (ENSMMMG00000014170) CEP85 (ENSMMMG00000014143) SH3BGRL3 (ENSMMMG00000014137) UBXN11 (ENSMMMG00000014092) ENSMMMG00000014058 ZNF683 (ENSMMMG00000014053) LIN28A (ENSMMMG00000014050) DHDDS (ENSMMMG00000013914) RPS6KA1 (ENSMMMG00000013808) ARID1A (ENSMMMG00000013767) PIGV (ENSMMMG00000013753) ZDHHC18 (ENSMMMG00000013731) SFN (ENSMMMG00000013728) ##22 ENSMMMG00000013725 ENSMMMG00000013717 GPATCH3 (ENSMMMG00000013707) NR0B2 (ENSMMMG00000013702) NUDC (ENSMMMG00000013689) KDF1 (ENSMMMG00000013677) ENSMMMG00000013673 TRNP1 (ENSMMMG00000013667) TENT5B (ENSMMMG00000013661) SLC9A1 (ENSMMMG00000013639) WDTC1 (ENSMMMG00000013616) TMEM222 (ENSMMMG00000013607) SYTL1 (ENSMMMG00000013574) MAP3K6 (ENSMMMG00000013538) CD164L2 (ENSMMMG00000013519) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT01090000260447 ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a.n ENSGT00390000007879 ENSGT00950000182802.B.a.a.a.a.i.b ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a ENSGT00950000182962.b.a Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 92 CATSPER4 (ENSUPAG00010021560) ENSUPAG00010021555 ENSUPAG00010021552 CEP85 (ENSUPAG00010021539) SH3BGRL3 (ENSUPAG00010021534) UBXN11 (ENSUPAG00010021521) ENSUPAG00010021517 ENSUPAG00010021495 ZNF683 (ENSUPAG00010021486) DHDDS (ENSUPAG00010021412) ENSUPAG00010021391 RPS6KA1 (ENSUPAG00010021318) ARID1A (ENSUPAG00010021300) PIGV (ENSUPAG00010021291) ZDHHC18 (ENSUPAG00010021282) SFN (ENSUPAG00010021279) ##22 GPN2 (ENSUPAG00010021274) GPATCH3 (ENSUPAG00010021268) NR0B2 (ENSUPAG00010021267) NUDC (ENSUPAG00010021264) KDF1 (ENSUPAG00010021258) ENSUPAG00010021256 TRNP1 (ENSUPAG00010021254) TENT5B (ENSUPAG00010021251) ENSUPAG00010021249 SLC9A1 (ENSUPAG00010021229) WDTC1 (ENSUPAG00010021189) TMEM222 (ENSUPAG00010021173) SYTL1 (ENSUPAG00010021146) MAP3K6 (ENSUPAG00010021121) CD164L2 (ENSUPAG00010021117) Squirrel MODERN SPECIES 74 CNKSR1 (ENSSTOG00000020206) CATSPER4 (ENSSTOG00000028150) ENSSTOG00000033310 CEP85 (ENSSTOG00000005057) SH3BGRL3 (ENSSTOG00000005087) UBXN11 (ENSSTOG00000005110) CRYBG2 (ENSSTOG00000025229) ENSSTOG00000004329 DHDDS (ENSSTOG00000004335) HMGN2 (ENSSTOG00000030691) RPS6KA1 (ENSSTOG00000004355) ENSSTOG00000022501 ENSSTOG00000031355 PIGV (ENSSTOG00000021148) ZDHHC18 (ENSSTOG00000015208) SFN (ENSSTOG00000015213) ##22 GPN2 (ENSSTOG00000015216) GPATCH3 (ENSSTOG00000015220) NR0B2 (ENSSTOG00000024249) NUDC (ENSSTOG00000021201) KDF1 (ENSSTOG00000015233) TENT5B (ENSSTOG00000022787) ENSSTOG00000021677 ENSSTOG00000025429 SLC9A1 (ENSSTOG00000009815) WDTC1 (ENSSTOG00000014225) TMEM222 (ENSSTOG00000014234) SYTL1 (ENSSTOG00000014242) MAP3K6 (ENSSTOG00000014251) CD164L2 (ENSSTOG00000024078) GPR3 (ENSSTOG00000024790) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161879 ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000164781 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00530000067301 ENSGT00390000004173 ENSGT00940000159599 ENSGT00940000161879 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 Armadillo MODERN SPECIES 3906 C1orf232 (ENSDNOG00000048646) ZNF593 (ENSDNOG00000034363) CNKSR1 (ENSDNOG00000002141) CATSPER4 (ENSDNOG00000025189) CEP85 (ENSDNOG00000019405) UBXN11 (ENSDNOG00000016838) ENSDNOG00000024045 ZNF683 (ENSDNOG00000043822) ENSDNOG00000041135 ENSDNOG00000010710 DHDDS (ENSDNOG00000019213) RPS6KA1 (ENSDNOG00000018560) ARID1A (ENSDNOG00000008064) ENSDNOG00000032019 ZDHHC18 (ENSDNOG00000000524) SFN (ENSDNOG00000000526) ##22 GPN2 (ENSDNOG00000044515) GPATCH3 (ENSDNOG00000016999) NR0B2 (ENSDNOG00000045920) 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ENSGT00720000109135 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000157260 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157740 ENSGT00500000045882 ENSGT00940000163172 ENSGT00940000153295.a ENSGT00390000007879 ENSGT00940000159314 ENSGT00940000155194 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000156585 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00950000183172.B ENSGT00390000004191 ENSGT00390000015719.c ENSGT00940000155361 ENSGT00390000016565 ENSGT00390000017418 ENSGT00940000160747 ENSGT00940000156338 ENSGT00950000182900.B ENSGT00390000007371 ENSGT00940000160932 ENSGT00940000159398 ENSGT00940000163188 ENSGT00530000063929.a.b ENSGT01060000248564.b.a.a.a Elephant MODERN SPECIES 332 CNKSR1 (ENSLAFG00000002445) CATSPER4 (ENSLAFG00000008447) ENSLAFG00000027598 CEP85 (ENSLAFG00000010456) SH3BGRL3 (ENSLAFG00000012283) UBXN11 (ENSLAFG00000032458) ENSLAFG00000001778 ENSLAFG00000020951 ZNF683 (ENSLAFG00000001781) LIN28A (ENSLAFG00000017525) DHDDS (ENSLAFG00000017527) RPS6KA1 (ENSLAFG00000004940) ARID1A (ENSLAFG00000017591) PIGV 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(ENSOANG00000037443) KDF1 (ENSOANG00000043515) SLC9A1 (ENSOANG00000002338) TENT5B (ENSOANG00000036422) WDTC1 (ENSOANG00000046790) ENSOANG00000048882 SYTL1 (ENSOANG00000046382) MAP3K6 (ENSOANG00000040771) ENSOANG00000035989 GPR3 (ENSOANG00000002859) WASF2 (ENSOANG00000042525) AHDC1 (ENSOANG00000048348) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 161 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b Reedfish MODERN SPECIES 11 colec11 (ENSECRG00000010258) allc (ENSECRG00000010240) ENSECRG00000010212 sox11a (ENSECRG00000010200) CMPK2 (ENSECRG00000010193) rsad2 (ENSECRG00000010187) rnf144aa (ENSECRG00000010177) #32 id2a (ENSECRG00000010167) #31 kidins220b (ENSECRG00000010109) #30 mboat2b (ENSECRG00000010060) #29 e2f6 (ENSECRG00000010036) asap2a (ENSECRG00000009968) #28 itgb1bp1 (ENSECRG00000009944) #27 cpsf3 (ENSECRG00000009905) #26 iah1 (ENSECRG00000009882) #25 ywhaqb (ENSECRG00000009863) ##22 adam17a (ENSECRG00000009845) #23 taf1b (ENSECRG00000009821) #21 grhl1 (ENSECRG00000009767) #20 klf11a (ENSECRG00000009752) #19 rrm2 (ENSECRG00000009736) #17 ENSECRG00000009725 ENSECRG00000009717 hpcal1 (ENSECRG00000009705) #16 odc1 (ENSECRG00000009691) #15 nol10 (ENSECRG00000009627) #14 ATP6V1C2 (ENSECRG00000009572) #13 pdia6 (ENSECRG00000009551) #12 kcnf1a (ENSECRG00000009544) #11 ENSECRG00000009540 si:dkey-18j18.3 (ENSECRG00000009529) Neopterygii DUPLICATION Neopterygii DUPLICATION Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a ##22 Osteoglossocephalai DUPLICATION Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 425 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000003990 #27 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 500 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 540 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000003990 #27 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 148 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b ENSGT00530000063503.a.b.g.b Atlantic herring MODERN SPECIES 5 ENSCHAG00000017664 zmpste24 (ENSCHAG00000017558) ENSCHAG00000017512 RLF (ENSCHAG00000017504) znf593 (ENSCHAG00000017473) selenon (ENSCHAG00000017419) ENSCHAG00000017400 mtfr1l (ENSCHAG00000017382) STAC (ENSCHAG00000017302) ENSCHAG00000017279 ENSCHAG00000017246 nkl.4 (ENSCHAG00000017239) tonsl (ENSCHAG00000016424) klf11b (ENSCHAG00000016390) #19 grhl1 (ENSCHAG00000015880) #20 ywhaqb (ENSCHAG00000015822) ##22 adam17a (ENSCHAG00000013963) #23 iah1 (ENSCHAG00000013918) #25 itgb1bp1 (ENSCHAG00000013894) #27 asap2a (ENSCHAG00000011321) #28 MBOAT2 (ENSCHAG00000011085) #29 KIDINS220 (ENSCHAG00000010596) #30 id2a (ENSCHAG00000010550) #31 rnf144aa (ENSCHAG00000010536) #32 rsad2 (ENSCHAG00000010530) CMPK2 (ENSCHAG00000010493) sox11a (ENSCHAG00000010481) ENSCHAG00000010436 colec11 (ENSCHAG00000010426) HTR1B (ENSCHAG00000010400) ENSCHAG00000010324 Denticle herring MODERN SPECIES lgals3a (ENSDCDG00000002750) gmfb (ENSDCDG00000002752) cnih1 (ENSDCDG00000002756) cdkn3 (ENSDCDG00000002761) sos2 (ENSDCDG00000002788) l2hgdh (ENSDCDG00000002827) dmac2l (ENSDCDG00000002841) cdkl1 (ENSDCDG00000002842) map4k5 (ENSDCDG00000002874) atl1 (ENSDCDG00000003877) sav1 (ENSDCDG00000005035) tonsl (ENSDCDG00000005045) ENSDCDG00000005055 klf11b (ENSDCDG00000005057) #19 grhl1 (ENSDCDG00000005109) #20 ywhaqb (ENSDCDG00000005379) ##22 adam17a (ENSDCDG00000005437) #23 iah1 (ENSDCDG00000013594) #25 itgb1bp1 (ENSDCDG00000013600) #27 asap2a (ENSDCDG00000013621) #28 MBOAT2 (ENSDCDG00000015048) #29 KIDINS220 (ENSDCDG00000015612) #30 id2a (ENSDCDG00000015640) #31 rnf144aa (ENSDCDG00000015646) #32 rsad2 (ENSDCDG00000015651) CMPK2 (ENSDCDG00000015655) sox11a (ENSDCDG00000015657) ENSDCDG00000013219 colec11 (ENSDCDG00000013226) bdkrb1 (ENSDCDG00000013229) ENSDCDG00000013230 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00390000008402 ENSGT00940000156829 ENSGT01060000249969 ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00530000063424.a ENSGT00390000013399 ENSGT00530000063787.B.d.b ENSGT00940000153123.C ENSGT00940000155495.C.a.b ENSGT00940000160878.e ENSGT00940000157227.h ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00390000000455.b ENSGT00940000154096.b.b.a ENSGT01070000253766.A.a.a.b.a.a ENSGT00940000158680 ENSGT00940000166224 ENSGT00940000156560.g ENSGT00730000111187.a.b ENSGT00940000157082 ENSGT00940000154790.a.a.b.h ENSGT00940000156557.g ENSGT00940000164041.a ENSGT00390000016811.g ENSGT00390000002143.b.a ENSGT00940000157133 ENSGT00940000166718 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008402 ENSGT00940000156829 ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00530000063424.a ENSGT00390000013399 ENSGT00530000063787.B.d.b ENSGT00940000153123.C ENSGT00940000155495.C.a.b ENSGT00940000160878.e ENSGT00940000157227.h ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00390000000455.b ENSGT00940000155944.f.a ENSGT00940000160477 ENSGT00940000157848.a.a 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ENSGT00940000158912.j.b Characoidei ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00390000008402 ENSGT00940000156829 ENSGT00940000153431.a.v.b ENSGT00940000153431.a.v.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00530000063424.a ENSGT00390000013399 ENSGT00530000063787.B.d.b ENSGT00940000153123.C ENSGT00940000155495.C.a.b ENSGT00940000160878.e ENSGT00940000157227.h ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00390000000455.b ENSGT00940000158910 ENSGT00940000155944.f.a ENSGT00940000160477 ENSGT00940000157848.a.a ENSGT00530000064011.d ENSGT00950000182808.a.a.b.a.d ENSGT00940000157120.d ENSGT00940000154746.a.a ENSGT00530000063950.a.a ENSGT00390000005766.b ENSGT00940000159326 ENSGT00940000163025.a ENSGT00940000156528.c ENSGT00940000158912.j.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 215 lin52 (ENSPNAG00000021940) pomt2 (ENSPNAG00000022035) ENSPNAG00000022057 dtd2 (ENSPNAG00000022065) nubpl (ENSPNAG00000022134) ARHGAP5 (ENSPNAG00000022165) abraxas2 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ENSCARG00000022624 ENSCARG00000022630 vsx2 (ENSCARG00000022645) lin52 (ENSCARG00000022670) dtd2 (ENSCARG00000022704) nubpl (ENSCARG00000022718) ARHGAP5 (ENSCARG00000022795) abraxas2 (ENSCARG00000022807) INSYN2A (ENSCARG00000022815) ENSCARG00000022818 ADAM12 (ENSCARG00000022871) ENSCARG00000024363 klf11b (ENSCARG00000024374) #19 grhl1 (ENSCARG00000024405) #20 ywhaqb (ENSCARG00000024494) ##22 eva1a (ENSCARG00000024515) ctsba (ENSCARG00000024534) ENSCARG00000024579 KCNK2 (ENSCARG00000024588) smyd2a (ENSCARG00000024597) prox1a (ENSCARG00000024670) snx9a (ENSCARG00000024699) ENSCARG00000024866 pomca (ENSCARG00000024875) EFR3B (ENSCARG00000024897) eif2s1a (ENSCARG00000025029) ENSCARG00000025049 XDH (ENSCARG00000026293) zgc:162964 (ENSCARG00000067770) ccdc28a (ENSCARG00000067784) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 186 ENSGT00940000153123.C.d ENSGT00940000155495.C.a.b.i ENSGT00940000160878.e.a ENSGT00940000157227.h ENSGT00940000155982.e.a.a #19 ENSGT01060000253490 ENSGT00940000155982.e.a.b #19 ENSGT00940000157612.h #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.a ##22 ENSGT00390000000455.b.g ENSGT00940000154096.b.b.a.h.a.b ENSGT01070000253766.A.a.a.b.a.a ENSGT00940000158680.b ENSGT00940000166224.b ENSGT00940000156560.g.c ENSGT00730000111187.a.b.b.a ENSGT00940000157082.o ENSGT00940000154790.a.a.b.h.a ENSGT00940000156557.g.b ENSGT00390000016811.g.c ENSGT00390000002143.b.a.g.a ENSGT00940000157133.a ENSGT00940000166718.b ENSGT00950000183114.a.a.h Common carp reference MODERN SPECIES 30 pomt2 (ENSCCRG00000061489) nubpl (ENSCCRG00000033591) ENSCCRG00000042738 ENSCCRG00000081455 abraxas2 (ENSCCRG00000070577) eef1akmt2 (ENSCCRG00000063590) ENSCCRG00000069418 INSYN2A (ENSCCRG00000082175) ENSCCRG00000025702 ENSCCRG00000051911 ADAM12 (ENSCCRG00000028317) FANK1 (ENSCCRG00000029066) DHX32 (ENSCCRG00000029108) ENSCCRG00000065724 klf11b (ENSCCRG00000006609) #19 ywhaqb (ENSCCRG00000027933) ##22 gcfc2 (ENSCCRG00000037792) grhl1 (ENSCCRG00000004918) #20 eva1a (ENSCCRG00000024363) ENSCCRG00000024360 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MYO6 (ENSOKIG00005029234) Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon MODERN SPECIES 2 ENSOTSG00005013803 SCCPDH (ENSOTSG00005013807) tfb2m (ENSOTSG00005013810) ENSOTSG00005013823 ENSOTSG00005013825 ENSOTSG00005013826 slc35e3 (ENSOTSG00005013829) ENSOTSG00005013830 ENSOTSG00005013831 ENSOTSG00005013832 znf395a (ENSOTSG00005013834) klf11b (ENSOTSG00005013836) #19 grhl1 (ENSOTSG00005013839) #20 ENSOTSG00005013846 ENSOTSG00005013848 ywhaqb (ENSOTSG00005013852) ##22 ADAM17 (ENSOTSG00005013854) #23 asap2a (ENSOTSG00005017234) #28 MBOAT2 (ENSOTSG00005017577) #29 ENSOTSG00005020010 KIDINS220 (ENSOTSG00005020089) #30 id2a (ENSOTSG00005025516) #31 rnf144aa (ENSOTSG00005025518) #32 rsad2 (ENSOTSG00005025521) sox11a (ENSOTSG00005025523) ENSOTSG00005025525 colec11 (ENSOTSG00005025527) MYO6 (ENSOTSG00005025552) ENSOTSG00005034674 HTR1B (ENSOTSG00005034675) nt5e (ENSOTSG00005034677) Chinook salmon MODERN SPECIES 2966 ENSOTSG00005036381 HNRNPU (ENSOTSG00005036382) EFCAB2 (ENSOTSG00005036384) ENSOTSG00005036385 EFCAB2 (ENSOTSG00005036387) HNRNPU (ENSOTSG00005036388) ENSOTSG00005036389 hmbox1a (ENSOTSG00005036391) KIF13B (ENSOTSG00005036402) ENSOTSG00005043260 znf395a (ENSOTSG00005043261) klf11b (ENSOTSG00005043262) #19 grhl1 (ENSOTSG00005043263) #20 ENSOTSG00005043264 ENSOTSG00005043269 ywhaqb (ENSOTSG00005043272) ##22 ADAM17 (ENSOTSG00005043283) #23 Salmo ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000183142.a.b.a.b ENSGT00390000005861.b.d ENSGT00940000165019.f ENSGT00940000175771 ENSGT00940000156546.`b.b ENSGT00390000017953.B.c ENSGT00940000154928.c.a.a.d ENSGT00940000155500.e.c ENSGT00950000183149.C.a.d ENSGT00940000157136.a.d ENSGT00940000155982.e.a.c #19 ENSGT00940000157612.a.b #20 ENSGT00940000162556.G.d.g.a.b.a ENSGT01090000260226.d.b ENSGT00940000162556.G.d.g.a.a ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a.d ##22 ENSGT00940000155443.c.d #23 ENSGT00940000155623.ib.a.b #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a.a #29 ENSGT00940000156714.a.d #30 ENSGT00940000156464.mb.b.b #31 ENSGT00940000157701.l.b.b #32 ENSGT00390000013670.g ENSGT00940000161652.b.b.p.a.a ENSGT00940000161652.b.b.o.a ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468.g ENSGT00940000156078.c.e ENSGT00530000063503.a.b.g.b.c ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b.a ENSGT00530000063775.a.a.a Atlantic salmon MODERN SPECIES ENSSSAG00000054485 ENSSSAG00000088170 KIF26B (ENSSSAG00000113358) efcab2 (ENSSSAG00000103211) HNRNPU (ENSSSAG00000054124) ENSSSAG00000090710 hmbox1a (ENSSSAG00000054074) ENSSSAG00000040186 ENSSSAG00000039798 znf395a (ENSSSAG00000039783) KLF11 (ENSSSAG00000039768) #19 grhl1 (ENSSSAG00000034849) #20 ENSSSAG00000034349 ENSSSAG00000034115 ENSSSAG00000063122 ENSSSAG00000063098 ##22 ADAM17 (ENSSSAG00000057740) #23 asap2a (ENSSSAG00000056052) #28 ENSSSAG00000095688 ENSSSAG00000090250 MBOAT2 (ENSSSAG00000055885) #29 KIDINS220 (ENSSSAG00000048356) #30 rnf144aa (ENSSSAG00000048071) #32 rsad2 (ENSSSAG00000048046) sox11a (ENSSSAG00000088730) ENSSSAG00000108184 ENSSSAG00000115192 ENSSSAG00000048018 colec11 (ENSSSAG00000047979) MYO6 (ENSSSAG00000019460) ENSSSAG00000016007 River trout MODERN SPECIES 26 ENSSTUG00000048818 ENSSTUG00000048824 ENSSTUG00000048831 HNRNPU (ENSSTUG00000048840) ENSSTUG00000048859 hmbox1a (ENSSTUG00000048864) KIF13B (ENSSTUG00000048950) ENSSTUG00000049816 ENSSTUG00000049817 znf395a (ENSSTUG00000049819) klf11b (ENSSTUG00000049822) #19 grhl1 (ENSSTUG00000049825) #20 ENSSTUG00000049834 ENSSTUG00000049839 ENSSTUG00000049843 ywhaqb (ENSSTUG00000049851) ##22 ADAM17 (ENSSTUG00000049899) #23 asap2a (ENSSTUG00000050299) #28 MBOAT2 (ENSSTUG00000050617) #29 KIDINS220 (ENSSTUG00000050628) #30 id2a (ENSSTUG00000050831) #31 ENSSTUG00000050833 rnf144aa (ENSSTUG00000050835) #32 rsad2 (ENSSTUG00000050838) sox11a (ENSSTUG00000050842) ENSSTUG00000050843 colec11 (ENSSTUG00000050845) MYO6 (ENSSTUG00000050868) HTR1B (ENSSTUG00000051026) nt5e (ENSSTUG00000051027) syncripl (ENSSTUG00000051028) Northern pike MODERN SPECIES 14 ENSELUG00000031203 smyd3 (ENSELUG00000019343) ENSELUG00000032455 KIF26B (ENSELUG00000019398) EFCAB2 (ENSELUG00000001169) HNRNPU (ENSELUG00000011966) ENSELUG00000012002 ENSELUG00000012028 hmbox1a (ENSELUG00000012058) KIF13B (ENSELUG00000012362) ENSELUG00000012441 znf395a (ENSELUG00000012502) klf11b (ENSELUG00000012527) #19 grhl1 (ENSELUG00000012598) #20 ywhaqb (ENSELUG00000012647) ##22 adam17a (ENSELUG00000012677) #23 iah1 (ENSELUG00000012701) #25 itgb1bp1 (ENSELUG00000024673) #27 asap2a (ENSELUG00000012839) #28 ENSELUG00000032565 ENSELUG00000032775 MBOAT2 (ENSELUG00000012971) #29 KIDINS220 (ENSELUG00000013043) #30 id2 (ENSELUG00000013072) #31 ENSELUG00000024674 rnf144aa (ENSELUG00000013127) #32 rsad2 (ENSELUG00000013184) CMPK2 (ENSELUG00000013201) sox11a (ENSELUG00000013220) ENSELUG00000013259 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 Cod MODERN SPECIES 18 ENSGMOG00000010987 disp2 (ENSGMOG00000010993) rpusd2 (ENSGMOG00000023402) pcmtl (ENSGMOG00000011039) ccdc32 (ENSGMOG00000011049) BAHD1 (ENSGMOG00000023832) ivd (ENSGMOG00000011064) itpka (ENSGMOG00000011073) ltk (ENSGMOG00000011080) ENSGMOG00000011108 ENSGMOG00000023746 ENSGMOG00000011132 ENSGMOG00000029783 KLF11 (ENSGMOG00000022974) #19 grhl1 (ENSGMOG00000011159) #20 ywhaqb (ENSGMOG00000011175) ##22 adam17a (ENSGMOG00000011183) #23 iah1 (ENSGMOG00000011208) #25 ENSGMOG00000035887 CPSF3 (ENSGMOG00000011222) #26 itgb1bp1 (ENSGMOG00000011241) #27 asap2a (ENSGMOG00000011249) #28 MBOAT2 (ENSGMOG00000010222) #29 KIDINS220 (ENSGMOG00000010191) #30 id2a (ENSGMOG00000010271) #31 ENSGMOG00000024861 rnf144aa (ENSGMOG00000010275) #32 rsad2 (ENSGMOG00000010291) CMPK2 (ENSGMOG00000010299) sox11a (ENSGMOG00000025561) ENSGMOG00000023197 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 161 ENSGT00940000159137.b.a ENSGT00940000155999.e.a ENSGT00950000183024.a.a.b.q ENSGT00940000160847 ENSGT00390000003107.a ENSGT00940000163429.D.gc ENSGT00530000063946.b.e ENSGT00940000157012.k ENSGT00940000161252.g ENSGT00950000183142.a.b.a.a ENSGT00940000160501 ENSGT00940000155634.q.a ENSGT00940000156483.h.a ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.a ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464.q #31 P. kingsleyae MODERN SPECIES 120 nkx2.2a (ENSPKIG00000021491) pax1a (ENSPKIG00000021462) foxa2 (ENSPKIG00000021452) PRKD3 (ENSPKIG00000021379) mocs3 (ENSPKIG00000021324) QPCT (ENSPKIG00000021290) ENSPKIG00000021250 SCAF8 (ENSPKIG00000021212) TIAM2 (ENSPKIG00000021169) CLDN20 (ENSPKIG00000021154) tfb1m (ENSPKIG00000021117) NOX3 (ENSPKIG00000020313) ARID1B (ENSPKIG00000019932) ZDHHC14 (ENSPKIG00000019881) grhl1 (ENSPKIG00000019803) #20 ywhaqb (ENSPKIG00000019763) ##22 ENSPKIG00000019746 ENSPKIG00000019712 #23 Asian bonytongue MODERN SPECIES 6 pax1a (ENSSFOG00015009264) ENSSFOG00015024589 foxa2 (ENSSFOG00015025782) PRKD3 (ENSSFOG00015009297) mocs3 (ENSSFOG00015009346) QPCT (ENSSFOG00015009365) ENSSFOG00015009395 SCAF8 (ENSSFOG00015009481) TIAM2 (ENSSFOG00015009593) tfb1m (ENSSFOG00015009739) CLDN20 (ENSSFOG00015024629) ARID1B (ENSSFOG00015009783) ZDHHC14 (ENSSFOG00015009868) klf11b (ENSSFOG00015009926) #19 grhl1 (ENSSFOG00015009961) #20 ywhaqb (ENSSFOG00015010045) ##22 adam17a (ENSSFOG00015010069) #23 iah1 (ENSSFOG00015010115) #25 itgb1bp1 (ENSSFOG00015010133) #27 asap2a (ENSSFOG00015010154) #28 MBOAT2 (ENSSFOG00015010179) #29 KIDINS220 (ENSSFOG00015010248) #30 id2a (ENSSFOG00015010444) #31 rnf144aa (ENSSFOG00015024957) #32 rsad2 (ENSSFOG00015010483) CMPK2 (ENSSFOG00015010604) sox11a (ENSSFOG00015010614) ENSSFOG00015010662 colec11 (ENSSFOG00015010703) ENSSFOG00015010726 HTR1D (ENSSFOG00015010780) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000183024.a.a.b.r ENSGT00800000125320 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ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982.e.b #19 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b ##22 ENSGT00940000155443.d #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 152 ENSGT00390000006395.j.b ENSGT00390000001588.p ENSGT00950000183024.a.a.b.r.b ENSGT00940000163429.C.b ENSGT00940000157012.l.c ENSGT00940000161252.h.l ENSGT00940000155634.q.b.c ENSGT00390000008642.x ENSGT00390000008642.w.a ENSGT00940000156483.h.b.f ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a.d #17 ENSGT00940000155982.e.b.g #19 ENSGT00940000157612.b.a #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b.a ##22 ENSGT00940000155443.d.i #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 ENSGT00940000155623.ib.b.a #28 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b.a.a #29 ENSGT00940000156714.b.f #30 ENSGT00940000156464.mb.a.b #31 ENSGT00990000204094.c.a.a ENSGT00940000157701.k.b #32 ENSGT00940000161652.b.b.p.b.b Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 23 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ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a.d #17 ENSGT00940000155982.e.b.g #19 ENSGT00940000157612.b.a #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b.a ##22 ENSGT00940000155443.d.i #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 ENSGT00940000155623.ib.b.a #28 ENSGT00940000155734.kb ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b.a.a #29 ENSGT00940000156714.b.f #30 ENSGT00940000156464.mb.a.b #31 ENSGT00940000157701.k.b #32 ENSGT00940000161652.b.b.p.b.b ENSGT00940000154045.b.d.a ENSGT00940000155490.a.c.a.c.b ENSGT00940000156671.l.b.a ENSGT00940000155144.n.t ENSGT00950000183136.a.b.f ENSGT00530000063867.a.b.m.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 25 nkx2.2b (ENSSSAG00000116039) PAX1 (ENSSSAG00000109984) FOXA2 (ENSSSAG00000076197) CEBPZ (ENSSSAG00000076185) ENSSSAG00000076174 PRKD3 (ENSSSAG00000075988) ENSSSAG00000075966 TIAM2 (ENSSSAG00000075929) CLDN20 (ENSSSAG00000102040) arid1b (ENSSSAG00000075859) zdhhc14 (ENSSSAG00000075847) lgals8a (ENSSSAG00000112692) rrm2 (ENSSSAG00000083858) #17 klf11a (ENSSSAG00000075644) #19 GRHL1 (ENSSSAG00000075614) #20 ywhaqa (ENSSSAG00000075607) ##22 ADAM17 (ENSSSAG00000073233) #23 cpsf3 (ENSSSAG00000073096) #26 ASAP2 (ENSSSAG00000072347) #28 e2f6 (ENSSSAG00000072278) mboat2b (ENSSSAG00000072254) #29 kidins220b (ENSSSAG00000072151) #30 ENSSSAG00000072144 #32 sox11b (ENSSSAG00000072143) ENSSSAG00000088329 ENSSSAG00000121038 ENSSSAG00000072139 ENSSSAG00000072133 ENSSSAG00000067588 ENSSSAG00000120792 ENSSSAG00000087136 River trout MODERN SPECIES PAX1 (ENSSTUG00000026174) FOXA2 (ENSSTUG00000026182) CEBPZ (ENSSTUG00000026199) ndufaf7 (ENSSTUG00000026236) PRKD3 (ENSSTUG00000026310) cnksr3 (ENSSTUG00000026824) ENSSTUG00000026876 CLDN20 (ENSSTUG00000026989) arid1b (ENSSTUG00000027017) tmem242 (ENSSTUG00000027359) zdhhc14 (ENSSTUG00000027365) LGALS8 (ENSSTUG00000027376) RRM2 (ENSSTUG00000027410) #17 klf11a (ENSSTUG00000028441) #19 taf1b (ENSSTUG00000028460) #21 ENSSTUG00000028499 ##22 ADAM17 (ENSSTUG00000028571) #23 cpsf3 (ENSSTUG00000031295) #26 ASAP2 (ENSSTUG00000031636) #28 e2f6 (ENSSTUG00000034020) mboat2b (ENSSTUG00000034052) #29 kidins220b (ENSSTUG00000034149) #30 id2b (ENSSTUG00000034522) #31 ENSSTUG00000034533 ENSSTUG00000034552 #32 sox11b (ENSSTUG00000034561) nudt14 (ENSSTUG00000034575) ENSSTUG00000034582 sel1l (ENSSTUG00000034678) ahsa1a (ENSSTUG00000037323) ENSSTUG00000037355 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000155999.e.b.b ENSGT00390000006395.j.b ENSGT00390000001588.p ENSGT00950000183024.a.a.b.r.b ENSGT00940000163429.C.b ENSGT00940000157012.l.c ENSGT00940000161252.h.l ENSGT00940000155634.q.b.c ENSGT00390000008642.x ENSGT00940000156483.h.b.f ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a.d #17 ENSGT00940000155982.e.b.g #19 ENSGT00940000157612.b.a #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b.a ##22 ENSGT00940000155443.d.i #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 ENSGT00940000155623.ib.b.a #28 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b.a.a #29 ENSGT00940000156714.b.f #30 ENSGT00940000156464.mb.a.b #31 ENSGT00990000204094.c.a.a ENSGT00940000157701.k.b #32 ENSGT00940000161652.b.b.p.b.b ENSGT00550000074807.d.a.a.a.a ENSGT00940000163080.a.f ENSGT01020000230401.a.a.a.d ENSGT00940000157927.i ENSGT00940000159120.f.d Rainbow trout MODERN SPECIES 25 ENSOMYG00000011010 ENSOMYG00000063404 TIAM2 (ENSOMYG00000010992) CLDN20 (ENSOMYG00000010979) arid1b (ENSOMYG00000010596) tmem242 (ENSOMYG00000010405) ENSOMYG00000070397 zdhhc14 (ENSOMYG00000010383) ENSOMYG00000010358 RRM2 (ENSOMYG00000009693) #17 klf11a (ENSOMYG00000009549) #19 GRHL1 (ENSOMYG00000009524) #20 taf1b (ENSOMYG00000077298) #21 ENSOMYG00000046721 ENSOMYG00000072499 ywhaqa (ENSOMYG00000009438) ##22 ADAM17 (ENSOMYG00000007729) #23 cpsf3 (ENSOMYG00000005764) #26 ENSOMYG00000053980 ASAP2 (ENSOMYG00000004895) #28 e2f6 (ENSOMYG00000003946) mboat2b (ENSOMYG00000003933) #29 kidins220b (ENSOMYG00000003863) #30 id2b (ENSOMYG00000003555) #31 ENSOMYG00000003530 ENSOMYG00000064901 #32 ENSOMYG00000067987 ENSOMYG00000057208 sox11b (ENSOMYG00000003505) ENSOMYG00000003459 ENSOMYG00000003396 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000155999.e.b.b ENSGT00390000006395.j.b ENSGT00390000001588.p ENSGT00950000183024.a.a.b.r.b ENSGT00940000163429.C.b ENSGT00940000157012.l.c ENSGT00940000161252.h.l ENSGT00940000155634.q.b.c ENSGT00390000008642.x ENSGT00940000156483.h.b.f ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a.d #17 ENSGT00940000155982.e.b.g #19 ENSGT00940000157612.b.a #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b.a ##22 ENSGT00940000155443.d.i #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 ENSGT00940000155623.ib.b.a #28 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b.a.a #29 ENSGT00940000156714.b.f #30 ENSGT00940000156464.mb.a.b #31 ENSGT00990000204094.c.a.a ENSGT00940000161652.b.b.p.b.b ENSGT00550000074807.d.a.a.a.a ENSGT00940000163080.a.f ENSGT01020000230401.a.a.a.d ENSGT00940000157927.i ENSGT00940000159120.f.d ENSGT00390000013762.b.a.a.a.b Chinook salmon MODERN SPECIES 9 ndufaf7 (ENSOTSG00005016902) PRKD3 (ENSOTSG00005016531) cnksr3 (ENSOTSG00005016520) ENSOTSG00005016486 CLDN20 (ENSOTSG00005016482) ENSOTSG00005016480 arid1b (ENSOTSG00005016477) tmem242 (ENSOTSG00005016471) zdhhc14 (ENSOTSG00005016470) LGALS8 (ENSOTSG00005016467) RRM2 (ENSOTSG00005015421) #17 klf11a (ENSOTSG00005015420) #19 ENSOTSG00005015419 GRHL1 (ENSOTSG00005015418) #20 taf1b (ENSOTSG00005015417) #21 ENSOTSG00005015416 ##22 ADAM17 (ENSOTSG00005012037) #23 cpsf3 (ENSOTSG00005011109) #26 ASAP2 (ENSOTSG00005003996) #28 e2f6 (ENSOTSG00005003935) mboat2b (ENSOTSG00005003933) #29 kidins220b (ENSOTSG00005003919) #30 id2b (ENSOTSG00005003909) #31 ENSOTSG00005003908 ENSOTSG00005003907 sox11b (ENSOTSG00005003905) psma6b (ENSOTSG00005003898) nfkbiaa (ENSOTSG00005003896) hsp90ab1 (ENSOTSG00005002318) slc35b2 (ENSOTSG00005002289) nfkbie (ENSOTSG00005002283) Coho salmon MODERN SPECIES 13 nkx2.2b (ENSOKIG00005042283) PAX1 (ENSOKIG00005042225) FOXA2 (ENSOKIG00005042182) CEBPZ (ENSOKIG00005041953) ENSOKIG00005038496 ENSOKIG00005038262 TIAM2 (ENSOKIG00005037962) CLDN20 (ENSOKIG00005037936) arid1b (ENSOKIG00005037606) tmem242 (ENSOKIG00005037575) zdhhc14 (ENSOKIG00005037548) LGALS8 (ENSOKIG00005037486) RRM2 (ENSOKIG00005036867) #17 klf11a (ENSOKIG00005036821) #19 taf1b (ENSOKIG00005036800) #21 ENSOKIG00005036784 ##22 ADAM17 (ENSOKIG00005034365) #23 cpsf3 (ENSOKIG00005034078) #26 ASAP2 (ENSOKIG00005032844) #28 e2f6 (ENSOKIG00005032718) mboat2b (ENSOKIG00005032655) #29 kidins220b (ENSOKIG00005032461) #30 id2b (ENSOKIG00005032439) #31 sox11b (ENSOKIG00005032433) PSMA6 (ENSOKIG00005032399) ENSOKIG00005032343 hsp90ab1 (ENSOKIG00005031181) slc35b2 (ENSOKIG00005031109) nfkbie (ENSOKIG00005031083) tmem151ba (ENSOKIG00005031075) rnf8 (ENSOKIG00005031006) Huchen MODERN SPECIES 50 FOXA2 (ENSHHUG00000024806) CEBPZ (ENSHHUG00000024789) ndufaf7 (ENSHHUG00000024766) PRKD3 (ENSHHUG00000024371) cnksr3 (ENSHHUG00000024360) TIAM2 (ENSHHUG00000024329) CLDN20 (ENSHHUG00000024324) arid1b (ENSHHUG00000024315) tmem242 (ENSHHUG00000024309) zdhhc14 (ENSHHUG00000024302) LGALS8 (ENSHHUG00000024294) RRM2 (ENSHHUG00000024152) #17 klf11a (ENSHHUG00000024133) #19 GRHL1 (ENSHHUG00000024127) #20 taf1b (ENSHHUG00000024093) #21 ENSHHUG00000024054 ##22 ADAM17 (ENSHHUG00000023751) #23 cpsf3 (ENSHHUG00000023661) #26 ASAP2 (ENSHHUG00000023420) #28 e2f6 (ENSHHUG00000023398) MBOAT2 (ENSHHUG00000023374) #29 kidins220b (ENSHHUG00000023174) #30 id2b (ENSHHUG00000023162) #31 ENSHHUG00000023161 ENSHHUG00000023149 #32 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 402 ENSGT00390000006395.j.a ENSGT00390000001588.o ENSGT00950000183024.a.a.b.r.a ENSGT00800000125320 ENSGT00940000163429.C.a.b ENSGT00940000163429.A ENSGT00940000163429.B ENSGT00940000157012.l.d ENSGT00940000161252.h.k ENSGT00940000155634.q.b.d ENSGT00390000008642.w.b ENSGT00940000156483.h.b.e ENSGT00390000013305.a.a.c #17 ENSGT00940000155982.e.b.h #19 ENSGT00940000157612.b.b #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b.b ##22 ENSGT00940000155443.d.j #23 Huchen MODERN SPECIES 1884 ENSHHUG00000022310 ENSHHUG00000022307 ENSHHUG00000022293 TIAM2 (ENSHHUG00000022257) CLDN20 (ENSHHUG00000022251) arid1b (ENSHHUG00000022192) tmem242 (ENSHHUG00000022185) zdhhc14 (ENSHHUG00000022173) ENSHHUG00000022169 RRM2 (ENSHHUG00000021822) #17 klf11a (ENSHHUG00000021803) #19 GRHL1 (ENSHHUG00000021773) #20 ENSHHUG00000021678 ##22 ENSHHUG00000021632 #23 asap2b (ENSHHUG00000021049) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00500000045333 ENSGT00390000006395.j.a ENSGT00390000001588.o ENSGT00950000183024.a.a.b.r.a ENSGT00800000125320 ENSGT00940000163429.C.a.b ENSGT00940000163429.A ENSGT00940000157012.l.d ENSGT00940000161252.h.k ENSGT00940000155634.q.b.d ENSGT00390000008642.w.b ENSGT00940000156483.h.b.e ENSGT00390000013305.a.a.c #17 ENSGT00940000155982.e.b.h #19 ENSGT00940000157612.b.b #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b.b ##22 ENSGT00940000155443.d.j #23 ENSGT00940000155623.ib.b.b #28 ENSGT01000000220856 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b.a.b #29 ENSGT00940000156714.b.e #30 ENSGT00940000156464.mb.a.a #31 ENSGT00940000157701.k.a #32 ENSGT00940000161652.b.b.p.b.a ENSGT00390000016736.a.j ENSGT00550000074807.d.a.a.a.b ENSGT00940000163080.a.e ENSGT01020000230401.a.a.a.c ENSGT00940000157927.j ENSGT00940000159120.f.c ENSGT00390000013762.b.a.a.a.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000177839 ENSGT00390000006395.j.a ENSGT00390000001588.o ENSGT00950000183024.a.a.b.r.a ENSGT00800000125320 ENSGT00940000163429.C.a.b ENSGT00940000163429.A ENSGT00940000157012.l.d ENSGT00940000161252.h.k ENSGT00940000155634.q.b.d ENSGT00390000008642.w.b ENSGT00940000156483.h.b.e ENSGT00390000013305.a.a.c #17 ENSGT00940000155982.e.b.h #19 ENSGT00940000157612.b.b #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.a.b.b ##22 ENSGT00940000155443.d.j #23 ENSGT00940000155623.ib.b.b #28 ENSGT00940000155734.lb ENSGT01000000220856 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b.a.b #29 ENSGT00940000156714.b.e #30 ENSGT00940000156464.mb.a.a #31 ENSGT00940000157701.k.a #32 ENSGT00940000161652.b.b.p.b.a Atlantic salmon MODERN SPECIES 6 ENSSSAG00000070053 PRKD3 (ENSSSAG00000068132) ENSSSAG00000068086 ENSSSAG00000068079 ENSSSAG00000068072 TIAM2 (ENSSSAG00000068052) CLDN20 (ENSSSAG00000112623) ENSSSAG00000110650 arid1b (ENSSSAG00000067980) TMEM242 (ENSSSAG00000110220) zdhhc14 (ENSSSAG00000116994) rir2 (ENSSSAG00000067205) #17 tieg3 (ENSSSAG00000067196) #19 GRHL1 (ENSSSAG00000067187) #20 ENSSSAG00000084678 ENSSSAG00000067168 ##22 ENSSSAG00000067159 #23 ASAP2 (ENSSSAG00000055876) #28 ENSSSAG00000055701 mboat2b (ENSSSAG00000054471) #29 KIDINS220 (ENSSSAG00000041322) #30 ENSSSAG00000041128 #32 sox11b (ENSSSAG00000041119) ENSSSAG00000041056 ENSSSAG00000040999 ENSSSAG00000040909 IKBA (ENSSSAG00000040872) hsp90ab1 (ENSSSAG00000040057) slc35b2 (ENSSSAG00000101841) nfkbie (ENSSSAG00000117574) tmem151b (ENSSSAG00000039880) River trout MODERN SPECIES 28 ENSSTUG00000034094 ndufaf7 (ENSSTUG00000034102) ENSSTUG00000034189 PRKD3 (ENSSTUG00000034207) ENSSTUG00000034355 cnksr3 (ENSSTUG00000034360) ipcef1 (ENSSTUG00000034404) ENSSTUG00000034457 CLDN20 (ENSSTUG00000034819) arid1b (ENSSTUG00000034853) tmem242 (ENSSTUG00000035167) zdhhc14 (ENSSTUG00000035173) RRM2 (ENSSTUG00000035221) #17 klf11a (ENSSTUG00000035776) #19 GRHL1 (ENSSTUG00000035797) #20 ENSSTUG00000035820 ##22 ENSSTUG00000035845 #23 ASAP2 (ENSSTUG00000035969) #28 e2f6 (ENSSTUG00000039582) ENSSTUG00000039622 mboat2b (ENSSTUG00000039639) #29 kidins220b (ENSSTUG00000040160) #30 id2b (ENSSTUG00000040584) #31 ENSSTUG00000040606 #32 sox11b (ENSSTUG00000040648) ENSSTUG00000040666 zgc:153383 (ENSSTUG00000040709) psma6b (ENSSTUG00000040766) nfkbiaa (ENSSTUG00000040946) hsp90ab1 (ENSSTUG00000040989) TCTE1 (ENSSTUG00000042564) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000155999.e.b.a ENSGT00500000045333 ENSGT00390000006395.j.a ENSGT00390000001588.o ENSGT00950000183024.a.a.b.r.a ENSGT00800000125320 ENSGT00940000163429.C.a.b ENSGT00940000163429.B ENSGT00940000157012.l.d ENSGT00940000161252.h.k 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#31 ENSGT00940000157701.k.a #32 ENSGT00940000161652.b.b.p.b.a Coho salmon MODERN SPECIES 3 ENSOKIG00005003425 NDUFAF7 (ENSOKIG00005003407) PRKD3 (ENSOKIG00005003135) ENSOKIG00005003030 ENSOKIG00005002996 ENSOKIG00005002958 TIAM2 (ENSOKIG00005002825) CLDN20 (ENSOKIG00005002784) ARID1B (ENSOKIG00005002502) ENSOKIG00005002369 ZDHHC14 (ENSOKIG00005002341) RRM2 (ENSOKIG00005002061) #17 klf11a (ENSOKIG00005001936) #19 ENSOKIG00005018261 GRHL1 (ENSOKIG00005018249) #20 ENSOKIG00005018230 ##22 ENSOKIG00005018207 #23 ASAP2 (ENSOKIG00005017506) #28 mboat2b (ENSOKIG00005017289) #29 kidins220b (ENSOKIG00005017151) #30 id2b (ENSOKIG00005017119) #31 ENSOKIG00005017085 #32 ENSOKIG00005017070 sox11b (ENSOKIG00005017067) ENSOKIG00005017054 zgc:153383 (ENSOKIG00005017044) psma6b (ENSOKIG00005017010) nfkbiaa (ENSOKIG00005016989) hsp90ab1 (ENSOKIG00005016242) slc35b2 (ENSOKIG00005016187) nfkbie (ENSOKIG00005016172) Chinook salmon MODERN SPECIES 29 PAX1 (ENSOTSG00005040309) FOXA2 (ENSOTSG00005040307) CEBPZOS (ENSOTSG00005040304) ndufaf7 (ENSOTSG00005040302) PRKD3 (ENSOTSG00005040270) ENSOTSG00005040269 cnksr3 (ENSOTSG00005039971) ENSOTSG00005039958 CLDN20 (ENSOTSG00005039956) arid1b (ENSOTSG00005039746) ENSOTSG00005039742 zdhhc14 (ENSOTSG00005039741) RRM2 (ENSOTSG00005037946) #17 klf11a (ENSOTSG00005037944) #19 GRHL1 (ENSOTSG00005037941) #20 ENSOTSG00005037935 ##22 ENSOTSG00005037931 #23 ASAP2 (ENSOTSG00005032397) #28 mboat2b (ENSOTSG00005032377) #29 kidins220b (ENSOTSG00005032347) #30 id2b (ENSOTSG00005032336) #31 ENSOTSG00005032335 #32 sox11b (ENSOTSG00005032334) ENSOTSG00005032332 ENSOTSG00005032331 zgc:153383 (ENSOTSG00005032327) psma6b (ENSOTSG00005032296) nfkbiaa (ENSOTSG00005032290) hsp90ab1 (ENSOTSG00005029732) slc35b2 (ENSOTSG00005029725) nfkbie (ENSOTSG00005029724) Northern pike MODERN SPECIES 17 ENSELUG00000014946 cnksr3 (ENSELUG00000014923) ENSELUG00000014809 TIAM2 (ENSELUG00000014740) CLDN20 (ENSELUG00000014633) arid1b (ENSELUG00000014567) tmem242 (ENSELUG00000034510) zdhhc14 (ENSELUG00000014314) LGALS8 (ENSELUG00000001398) rrm2 (ENSELUG00000014215) #17 klf11a (ENSELUG00000014101) #19 GRHL1 (ENSELUG00000014062) #20 taf1b (ENSELUG00000000511) #21 ENSELUG00000001295 #23 ADAM17 (ENSELUG00000026373) #23 ENSELUG00000013909 ##22 ADAM17 (ENSELUG00000013882) #23 cpsf3 (ENSELUG00000013775) #26 b2ml (ENSELUG00000013704) cpm (ENSELUG00000013662) mdm2 (ENSELUG00000013606) slc35e3 (ENSELUG00000013570) nup107 (ENSELUG00000013560) rap1b (ENSELUG00000013516) ENSELUG00000025357 MDM1 (ENSELUG00000013414) ENSELUG00000013370 ENSELUG00000013337 ifng1 (ENSELUG00000013327) ENSELUG00000031636 dyrk2 (ENSELUG00000000482) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b ##22 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443 #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714 #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b Spotted gar MODERN SPECIES 647 mocs3 (ENSLOCG00000016860) ENSLOCG00000016857 SCAF8 (ENSLOCG00000016856) TIAM2 (ENSLOCG00000016852) tfb1m (ENSLOCG00000016850) NOX3 (ENSLOCG00000016849) ENSLOCG00000016847 arid1b (ENSLOCG00000016845) tmem242 (ENSLOCG00000016844) zdhhc14 (ENSLOCG00000016842) LGALS8 (ENSLOCG00000016840) rrm2 (ENSLOCG00000016838) #17 klf11a (ENSLOCG00000016837) #19 grhl1 (ENSLOCG00000016835) #20 taf1b (ENSLOCG00000016834) #21 ywhaqa (ENSLOCG00000016833) ##22 adam17a (ENSLOCG00000016828) #23 iah1 (ENSLOCG00000016826) #25 cpsf3 (ENSLOCG00000016823) #26 itgb1bp1 (ENSLOCG00000016822) #27 asap2a (ENSLOCG00000016818) #28 e2f6 (ENSLOCG00000016817) mboat2b (ENSLOCG00000016816) #29 kidins220b (ENSLOCG00000016815) #30 id2a (ENSLOCG00000016814) #31 rnf144aa (ENSLOCG00000016812) #32 rsad2 (ENSLOCG00000016810) CMPK2 (ENSLOCG00000016807) sox11a (ENSLOCG00000018008) ENSLOCG00000016805 LRFN2 (ENSLOCG00000016804) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00940000166323 ENSGT00390000006395 ENSGT00940000159137.b.b ENSGT00940000155999.e.b ENSGT00500000045333 ENSGT00390000001588 ENSGT00950000183024.a.a.b.r ENSGT00800000125320 ENSGT00940000155634.r ENSGT00390000008642 ENSGT00940000156483.h.b ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982.e.b #19 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b ##22 ENSGT00940000155443.d #23 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000173435 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 ENSGT00940000155724.q ENSGT00940000156078.c Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b ##22 P. kingsleyae MODERN SPECIES 218 PRKD3 (ENSPKIG00000023242) ENSPKIG00000023264 ipcef1 (ENSPKIG00000023280) ENSPKIG00000023316 ENSPKIG00000023387 CLDN20 (ENSPKIG00000023415) ENSPKIG00000023425 arid1b (ENSPKIG00000023438) tmem242 (ENSPKIG00000023456) zdhhc14 (ENSPKIG00000023469) ENSPKIG00000023483 LGALS8 (ENSPKIG00000023498) rrm2 (ENSPKIG00000023532) #17 klf11a (ENSPKIG00000023557) #19 taf1b (ENSPKIG00000023574) #21 ywhaqa (ENSPKIG00000023611) ##22 cpsf3 (ENSPKIG00000023646) #26 ENSPKIG00000023680 dicp3.3 (ENSPKIG00000023690) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000183024.a.a.b.r ENSGT00800000125320 ENSGT00940000163429.C ENSGT00940000163429.A ENSGT00940000157012.l ENSGT00940000161252.h ENSGT00940000155634.q.b ENSGT00390000008642 ENSGT00940000156483.h.b ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982.e.b #19 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b ##22 ENSGT00940000155443.d #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b #29 ENSGT00940000156714.b #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00390000006395 ENSGT00390000001588 ENSGT00950000183024.a.a.b.r ENSGT00800000125320 ENSGT00940000163429.C ENSGT00940000163429.A ENSGT00940000157012.l ENSGT00940000161252.h ENSGT00940000155634.q.b ENSGT00390000008642 ENSGT00940000156483.h.b ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982.e.b #19 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b ##22 ENSGT00940000155443.d #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 ENSGT00940000156714.b #30 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b #29 ENSGT00940000155734 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00950000182998.B ENSGT00940000155832.c ENSGT00390000012351.bb ENSGT00390000017490.f ENSGT00940000158450.d.b ENSGT00390000003299 ENSGT00940000155507.a.b ENSGT00940000154289.A.a.b ENSGT00940000154209.a.a.h.d ENSGT00390000009816 ENSGT00940000155312.a.b ENSGT00940000156048.e.a.b.b.a ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982.e.b #19 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b ##22 ENSGT00940000155443.d #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 ENSGT00940000155734 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b ENSGT00530000063503.a.b.g.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 113 ENSGT01050000244948.c.b.a.a.a.e ENSGT00940000155832.c ENSGT00390000012351.bb 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catfish MODERN SPECIES 17 ENSIPUG00000023718 ENSIPUG00000023716 thbs1 (ENSIPUG00000023678) katnbl1 (ENSIPUG00000023672) emc7 (ENSIPUG00000023669) chrm5b (ENSIPUG00000023668) aven (ENSIPUG00000023666) ryr3 (ENSIPUG00000023575) fmn1 (ENSIPUG00000023553) grem1 (ENSIPUG00000023550) SCG5 (ENSIPUG00000023546) actc1a (ENSIPUG00000023541) rrm2 (ENSIPUG00000023535) #17 klf11 (ENSIPUG00000023533) #19 taf1b (ENSIPUG00000023529) #21 ywhaq (ENSIPUG00000023526) ##22 ADAM17 (ENSIPUG00000023507) #23 cpsf3 (ENSIPUG00000023488) #26 ASAP2 (ENSIPUG00000023474) #28 e2f6 (ENSIPUG00000023463) mboat2b (ENSIPUG00000023454) #29 kidins220b (ENSIPUG00000023417) #30 id2b (ENSIPUG00000023411) #31 ENSIPUG00000023404 #32 sox11b (ENSIPUG00000023096) allc (ENSIPUG00000023088) rps7 (ENSIPUG00000023071) rnaseh1 (ENSIPUG00000023060) myt1la (ENSIPUG00000023048) fgfr1op (ENSIPUG00000023022) ccr6a (ENSIPUG00000023019) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT01010000222336.a.a.a.a.b ENSGT00950000182998.B ENSGT00940000155832.c 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ywhaqa (ENSDARG00000042539) ##22 ADAM17 (ENSDARG00000093093) #23 cpsf3 (ENSDARG00000027649) #26 asap2b (ENSDARG00000019564) e2f6 (ENSDARG00000008119) mboat2b (ENSDARG00000042551) #29 kidins220b (ENSDARG00000017338) #30 id2b (ENSDARG00000029544) #31 rnf144ab (ENSDARG00000042557) #32 sox11b (ENSDARG00000095743) allc (ENSDARG00000042562) rps7 (ENSDARG00000042566) rnaseh1 (ENSDARG00000042571) myt1la (ENSDARG00000008209) cep43 (ENSDARG00000003058) ccr6a (ENSDARG00000087474) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 125 ENSGT00390000006395 ENSGT00390000001588 ENSGT00950000183024.a.a.b.r ENSGT00800000125320 ENSGT00940000163429.B ENSGT00940000157012.l ENSGT00940000161252.h ENSGT00940000155634.q.b ENSGT00390000008642 ENSGT00940000156483.h.b.c ENSGT00940000155727.o.b ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982.e.b #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.m.b ##22 ENSGT00940000155443.d #23 ENSGT00940000155699.a.a #26 Atlantic herring MODERN SPECIES 6 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#20 taf1b (ENSDCDG00000029527) #21 ywhaqa (ENSDCDG00000029509) ##22 ADAM17 (ENSDCDG00000029492) #23 ENSDCDG00000029485 ENSDCDG00000029483 LGALS8 (ENSDCDG00000029461) LGALS8 (ENSDCDG00000029455) RRM2 (ENSDCDG00000029446) #17 klf11a (ENSDCDG00000029438) #19 GRHL1 (ENSDCDG00000029427) #20 taf1b (ENSDCDG00000029424) #21 ywhaqa (ENSDCDG00000029415) ##22 ADAM17 (ENSDCDG00000029412) #23 cpsf3 (ENSDCDG00000029337) #26 hlx1 (ENSDCDG00000029301) ENSDCDG00000029299 agbl5 (ENSDCDG00000029289) GPR31 (ENSDCDG00000029280) ENSDCDG00000029277 ENSDCDG00000029252 plg (ENSDCDG00000029147) plg (ENSDCDG00000029112) slc22a2 (ENSDCDG00000028938) igf2r (ENSDCDG00000028197) ENSDCDG00000028164 brox (ENSDCDG00000028124) ENSDCDG00000028111 Denticle herring MODERN SPECIES 5 ENSDCDG00000003178 ENSDCDG00000029948 ENSDCDG00000029946 ENSDCDG00000029944 ENSDCDG00000029829 ENSDCDG00000029817 TIAM2 (ENSDCDG00000029760) CLDN20 (ENSDCDG00000029751) arid1b (ENSDCDG00000029643) tmem242 (ENSDCDG00000029638) zdhhc14 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ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00500000045333 ENSGT00390000001588 ENSGT00950000183024.a.a.b.r ENSGT00940000163429.D.fc ENSGT00940000163429.A ENSGT00530000063946.b.f ENSGT00940000157012.l ENSGT00940000161252.h ENSGT00940000155634.q.b ENSGT00390000008642 ENSGT00940000156483.h.b ENSGT00940000155727.o.a ENSGT00390000013305.a.a #17 ENSGT00940000155982.e.b #19 ENSGT00440000033827 #21 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155699 #26 ENSGT00940000155734 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.b #29 ENSGT00940000156714.b #30 ENSGT00940000156464.r #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 ENSGT00940000156078.c ENSGT00530000063503.a.b.g.b ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b.b ENSGT00950000182856.a.b.a Asian bonytongue MODERN SPECIES CEBPZOS (ENSSFOG00015024785) cebpz (ENSSFOG00015001353) ndufaf7 (ENSSFOG00015001363) PRKD3 (ENSSFOG00015001426) ENSSFOG00015001543 ENSSFOG00015001607 TIAM2 (ENSSFOG00015001613) CLDN20 (ENSSFOG00015001626) arid1b (ENSSFOG00015001640) TMEM242 (ENSSFOG00015033036) zdhhc14 (ENSSFOG00015001736) LGALS8 (ENSSFOG00015001836) rrm2 (ENSSFOG00015001895) #17 ENSSFOG00015001947 taf1b (ENSSFOG00015002036) #21 ENSSFOG00015027678 ##22 cpsf3 (ENSSFOG00015002108) #26 ASAP2 (ENSSFOG00015002216) #28 e2f6 (ENSSFOG00015002345) mboat2b (ENSSFOG00015002370) #29 kidins220b (ENSSFOG00015024902) #30 kidins220b (ENSSFOG00015002438) #30 ID2 (ENSSFOG00015002554) #31 ENSSFOG00015002564 #32 sox11b (ENSSFOG00015002596) allc (ENSSFOG00015002644) rps7 (ENSSFOG00015032644) rnaseh1 (ENSSFOG00015002709) myt1la (ENSSFOG00015002763) zgc:113142 (ENSSFOG00015002820) cep43 (ENSSFOG00015002963) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 Channel catfish MODERN SPECIES 28 vsx2 (ENSIPUG00000020696) lin52 (ENSIPUG00000020685) pomt2 (ENSIPUG00000020640) ENSIPUG00000020623 dtd2 (ENSIPUG00000020617) nubpl (ENSIPUG00000020609) arhgap5 (ENSIPUG00000020589) FAM175B (ENSIPUG00000020574) mettl10 (ENSIPUG00000020556) INSYN2A (ENSIPUG00000020543) ADAM12 (ENSIPUG00000020504) fank1 (ENSIPUG00000020488) DHX32 (ENSIPUG00000020469) klf11b (ENSIPUG00000020462) #19 grhl1 (ENSIPUG00000020433) #20 YWHAB (ENSIPUG00000020416) ##22 ENSIPUG00000020391 ENSIPUG00000020379 RASGRP1 (ENSIPUG00000020364) ENSIPUG00000020314 SIPA1L1 (ENSIPUG00000020271) GPX2 (ENSIPUG00000020245) RAB15 (ENSIPUG00000020226) MAX (ENSIPUG00000020216) SLC10A1 (ENSIPUG00000020200) ENSIPUG00000020169 Mthfd1 (ENSIPUG00000020058) c9h15orf52 (ENSIPUG00000020025) INAFM2 (ENSIPUG00000020017) plcb2 (ENSIPUG00000019991) ANKRD63 (ENSIPUG00000019987) Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000164128.b ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Cod MODERN SPECIES 13 ENSGMOG00000008158 ENSGMOG00000022813 ENSGMOG00000018605 ENSGMOG00000018590 ENSGMOG00000029176 CLDN20 (ENSGMOG00000026243) arid1b (ENSGMOG00000023203) tmem242 (ENSGMOG00000022212) zdhhc14 (ENSGMOG00000001121) ENSGMOG00000003532 RRM2 (ENSGMOG00000003512) #17 RRM2 (ENSGMOG00000025006) #17 klf11a (ENSGMOG00000034525) #19 taf1b (ENSGMOG00000035265) #21 ENSGMOG00000024314 ENSGMOG00000014302 ##22 ADAM17 (ENSGMOG00000003189) #23 cpsf3 (ENSGMOG00000003157) #26 ENSGMOG00000024240 e2f6 (ENSGMOG00000027601) ENSGMOG00000004734 #29 sccpdhb (ENSGMOG00000036474) cnstb (ENSGMOG00000024227) ENSGMOG00000036691 ENSGMOG00000025770 hnrnpub (ENSGMOG00000001755) lft1 (ENSGMOG00000026818) cdc42bpab (ENSGMOG00000004971) ##9 fzd3a (ENSGMOG00000036153) fbxo16 (ENSGMOG00000006779) ENSGMOG00000034228 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000164128.b ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000164128.b ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000162008 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000162008 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000162008 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000001205.b ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 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#31 rnf144aa (ENSTRUG00000022426) #32 rsad2 (ENSTRUG00000002731) CMPK2 (ENSTRUG00000021495) Sox11 (ENSTRUG00000003243) ENSTRUG00000026501 ENSTRUG00000026998 colec11 (ENSTRUG00000003309) Tetraodon MODERN SPECIES 1 disp2 (ENSTNIG00000017330) rpusd2 (ENSTNIG00000017329) pcmtl (ENSTNIG00000017328) ccdc32 (ENSTNIG00000017327) BAHD1 (ENSTNIG00000017326) ivd (ENSTNIG00000017325) itpka (ENSTNIG00000017324) ENSTNIG00000017323 RPAP1 (ENSTNIG00000017322) ENSTNIG00000017321 lrr1 (ENSTNIG00000017320) ENSTNIG00000017319 ENSTNIG00000000030 klf11b (ENSTNIG00000017318) #19 grhl1 (ENSTNIG00000017317) #20 ywhaqb (ENSTNIG00000004120) ##22 adam17a (ENSTNIG00000017316) #23 iah1 (ENSTNIG00000017315) #25 DNAJC30 (ENSTNIG00000017314) CPSF3 (ENSTNIG00000017313) #26 itgb1bp1 (ENSTNIG00000017312) #27 asap2a (ENSTNIG00000017311) #28 MBOAT2 (ENSTNIG00000017310) #29 KIDINS220 (ENSTNIG00000017309) #30 id2a (ENSTNIG00000017308) #31 rnf144aa (ENSTNIG00000017307) #32 rsad2 (ENSTNIG00000017306) CMPK2 (ENSTNIG00000017305) sox11a (ENSTNIG00000017304) colec11 (ENSTNIG00000017303) myo6b (ENSTNIG00000017302) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000162008 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Ballan wrasse MODERN SPECIES 151 ENSLBEG00000013085 ENSLBEG00000013138 lrr1 (ENSLBEG00000013147) dnaaf2 (ENSLBEG00000013161) klf11b (ENSLBEG00000013189) 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ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159551 ENSGT00420000029802 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00390000014780 ENSGT00940000162008 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000158100 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000164602 ENSGT00390000007594 ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000164359.b ENSGT00940000159468 Lumpfish MODERN SPECIES 14 disp2 (ENSCLMG00005018132) rpusd2 (ENSCLMG00005018136) ENSCLMG00005018140 ccdc32 (ENSCLMG00005018142) PRLHR (ENSCLMG00005018143) BAHD1 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ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000158100 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000162008 ENSGT00390000014780 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00420000029802 ENSGT00940000159551 Nile tilapia MODERN SPECIES 10 rsad2 (ENSONIG00000003658) rnf144aa (ENSONIG00000003661) #32 id2a (ENSONIG00000003666) #31 KIDINS220 (ENSONIG00000003667) #30 MBOAT2 (ENSONIG00000003677) #29 asap2a (ENSONIG00000003679) #28 itgb1bp1 (ENSONIG00000003692) #27 CPSF3 (ENSONIG00000003694) #26 DNAJC30 (ENSONIG00000003697) ENSONIG00000037802 ENSONIG00000003699 lrr1 (ENSONIG00000041270) ENSONIG00000003703 klf11 (ENSONIG00000003704) #19 grhl1 (ENSONIG00000003707) #20 ywhaqb (ENSONIG00000003712) ##22 adam17a (ENSONIG00000003714) #23 ENSONIG00000036047 nudt22 (ENSONIG00000036618) iah1 (ENSONIG00000020093) #25 ENSONIG00000020094 iah1 (ENSONIG00000032222) #25 ENSONIG00000020095 ltk (ENSONIG00000020096) itpka (ENSONIG00000035779) ivd (ENSONIG00000020098) BAHD1 (ENSONIG00000037833) PRLHR 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(ENSNBRG00000010844) #31 KIDINS220 (ENSNBRG00000010767) #30 MBOAT2 (ENSNBRG00000010697) #29 ENSNBRG00000010674 ENSNBRG00000010603 #28 itgb1bp1 (ENSNBRG00000010578) #27 CPSF3 (ENSNBRG00000010525) #26 DNAJC30 (ENSNBRG00000010503) ENSNBRG00000010486 lrr1 (ENSNBRG00000010478) ENSNBRG00000010465 klf11b (ENSNBRG00000010457) #19 grhl1 (ENSNBRG00000010427) #20 ywhaqb (ENSNBRG00000010401) ##22 adam17a (ENSNBRG00000010379) #23 ENSNBRG00000010350 iah1 (ENSNBRG00000010337) #25 ENSNBRG00000010269 ltk (ENSNBRG00000010198) itpka (ENSNBRG00000010168) ivd (ENSNBRG00000010158) BAHD1 (ENSNBRG00000010126) PRLHR (ENSNBRG00000010110) ccdc32 (ENSNBRG00000010101) pcmtl (ENSNBRG00000010083) rpusd2 (ENSNBRG00000010070) disp2 (ENSNBRG00000010045) ENSNBRG00000010006 eml1 (ENSNBRG00000009925) Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00390000013670 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00940000153676.a ENSGT01030000234566.e.b.a.a.a.a ENSGT00490000044642.a.a.a.a.a.b.b.d ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000158100 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000162008 ENSGT00390000014780 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00420000029802 ENSGT00940000159551 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 1095 ENSHBUG00000014419 #28 itgb1bp1 (ENSHBUG00000014392) #27 CPSF3 (ENSHBUG00000014332) #26 ENSHBUG00000014306 ENSHBUG00000014293 lrr1 (ENSHBUG00000014286) ENSHBUG00000014265 ENSHBUG00000014258 grhl1 (ENSHBUG00000014242) #20 ywhaqb (ENSHBUG00000014201) ##22 adam17a (ENSHBUG00000014164) #23 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00390000013670 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00940000155699.a.b #26 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00940000153676.a ENSGT01030000234566.e.b.a.a.a.a ENSGT00490000044642.a.a.a.a.a.b.b.d ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000158100 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000162008 ENSGT00390000014780 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00420000029802 ENSGT00940000159551 P. nyererei MODERN SPECIES 305 sox11a (ENSPNYG00000020727) CMPK2 (ENSPNYG00000020756) rsad2 (ENSPNYG00000020767) rnf144aa (ENSPNYG00000020780) #32 id2a (ENSPNYG00000020798) #31 KIDINS220 (ENSPNYG00000020827) #30 MBOAT2 (ENSPNYG00000020920) #29 asap2a (ENSPNYG00000020960) #28 itgb1bp1 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ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000007594.e ENSGT00940000164602 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000155825.r.b ENSGT00940000154596.b.m.b.b ENSGT00940000158100 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000162008 ENSGT00390000014780 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00420000029802 ENSGT00940000159551 ENSGT00390000001205.b Eastern happy MODERN SPECIES 10 rsad2 (ENSACLG00000018305) rnf144aa (ENSACLG00000018318) #32 ENSACLG00000018346 id2a (ENSACLG00000018370) #31 KIDINS220 (ENSACLG00000018395) #30 MBOAT2 (ENSACLG00000018621) #29 asap2a (ENSACLG00000018689) #28 itgb1bp1 (ENSACLG00000018819) #27 CPSF3 (ENSACLG00000018846) #26 DNAJC30 (ENSACLG00000018883) ENSACLG00000018896 lrr1 (ENSACLG00000018902) ENSACLG00000018923 ENSACLG00000018930 grhl1 (ENSACLG00000018976) #20 ywhaqb (ENSACLG00000019060) ##22 ENSACLG00000019091 #25 ENSACLG00000019107 ltk (ENSACLG00000019181) itpka (ENSACLG00000019261) CYTH3 (ENSACLG00000019302) ENSACLG00000019328 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Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161652.b.b ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00390000013670 ENSGT00940000157701 #32 ENSGT00940000156464 #31 ENSGT00940000156714.a #30 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b.a #29 ENSGT00940000155623 #28 ENSGT00390000003990 #27 ENSGT00510000048685.g.b ENSGT00390000013762.b.b ENSGT00940000158830 ENSGT00510000048466 ENSGT00940000155982.e.a #19 ENSGT00940000157612 #20 ENSGT01090000260040.b.b.b.a.n ##22 ENSGT00940000155443.c #23 ENSGT00390000008069 #25 ENSGT00390000007594 ENSGT00940000164602 ENSGT00940000166410 ENSGT00940000158100 ENSGT00390000003967.a ENSGT00940000162008 ENSGT00390000014780 ENSGT00950000183032.B.b.a ENSGT00940000163452.l ENSGT00420000029802 ENSGT00940000159551 ENSGT00390000001205.b ENSGT00940000153887.A.o Chinese medaka MODERN SPECIES 1096 id2a (ENSOSIG00000020928) #31 KIDINS220 (ENSOSIG00000019798) #30 MBOAT2 (ENSOSIG00000019709) #29 asap2a (ENSOSIG00000019707) #28 lrr1 (ENSOSIG00000019706) ENSOSIG00000019705 klf11b (ENSOSIG00000019704) #19 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(ENSMMDG00005008304) #32 rsad2 (ENSMMDG00005008298) CMPK2 (ENSMMDG00005008293) sox11a (ENSMMDG00005008290) ENSMMDG00005008280 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.a ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b.a ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 367 ENSGT00940000155788 ENSGT00390000003465.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a ##22 ENSGT00940000153773.b ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a ENSGT00940000164643 Spotted gar MODERN SPECIES 649 fzd6 (ENSLOCG00000009524) mc2r (ENSLOCG00000009532) mc5ra (ENSLOCG00000018340) rnmt (ENSLOCG00000009540) fam210aa (ENSLOCG00000009549) ldlrad4b (ENSLOCG00000009567) CEP192 (ENSLOCG00000009581) seh1l (ENSLOCG00000009595) ptpn2a (ENSLOCG00000009609) psmg2 (ENSLOCG00000009625) cep76 (ENSLOCG00000009631) id4 (ENSLOCG00000009639) ncalda (ENSLOCG00000009644) grhl2b (ENSLOCG00000009655) znf706 (ENSLOCG00000009661) ywhaz (ENSLOCG00000009671) ##22 PABPC3 (ENSLOCG00000009681) SNX31 (ENSLOCG00000009692) rnf19a (ENSLOCG00000009704) spag1a (ENSLOCG00000009713) polr2k (ENSLOCG00000009730) FBXO43 (ENSLOCG00000009732) RGS22 (ENSLOCG00000009743) VPS13B (ENSLOCG00000009760) osr2 (ENSLOCG00000009790) stk3 (ENSLOCG00000009795) KCNS2 (ENSLOCG00000018341) NIPAL2 (ENSLOCG00000009809) POP1 (ENSLOCG00000009817) rida (ENSLOCG00000009827) rpl30 (ENSLOCG00000009836) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 353 ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000153773.b ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00390000008918 Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 125 ENSGT00530000063823.b.b.b ENSGT00940000158307 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00940000153393.A.n ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162435.a.a ENSGT00940000162435.b ENSGT00940000158862.f ENSGT00940000155788.l ENSGT01090000260040.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000153773.b ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000158703.k.a ENSGT00940000164643 ENSGT00390000012138.a.b.a.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000156357.i ENSGT00950000182995.e.b.`b.b ##15 ENSGT00390000004263.a.c ##13 ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.h ENSGT00390000009543 ENSGT00940000159198.g P. kingsleyae MODERN SPECIES 179 ENSPKIG00000005474 id4 (ENSPKIG00000005504) ncaldb (ENSPKIG00000005526) grhl2b (ENSPKIG00000005564) ENSPKIG00000005650 ##22 pabpc1b (ENSPKIG00000005676) rnf19a (ENSPKIG00000005740) ENSPKIG00000005853 rida (ENSPKIG00000005859) RPL30 (ENSPKIG00000005873) rrm2b (ENSPKIG00000005888) ##17 ubr5 (ENSPKIG00000005940) spire1a (ENSPKIG00000006040) fam91a1 (ENSPKIG00000006126) lratd2a (ENSPKIG00000006223) ENSPKIG00000006246 cibar1 (ENSPKIG00000006256) triqk (ENSPKIG00000006290) runx1t1 (ENSPKIG00000006328) otud6b (ENSPKIG00000006367) Asian bonytongue MODERN SPECIES 15 GRB10 (ENSSFOG00015002187) cnot10 (ENSSFOG00015002291) trim71 (ENSSFOG00015002366) ABHD5 (ENSSFOG00015002392) ano10a (ENSSFOG00015002435) snrka (ENSSFOG00015002496) rpl14 (ENSSFOG00015002521) seh1l (ENSSFOG00015002531) ptpn2b (ENSSFOG00015002581) psmg2 (ENSSFOG00015002591) ENSSFOG00015002597 id4 (ENSSFOG00015028101) ncalda (ENSSFOG00015002618) grhl2b (ENSSFOG00015002643) ENSSFOG00015008945 ENSSFOG00015027539 ##22 ENSSFOG00015002752 SNX31 (ENSSFOG00015002809) rnf19a (ENSSFOG00015002817) polr2k (ENSSFOG00015002881) ENSSFOG00015002915 laptm4b (ENSSFOG00015002941) rrm2b (ENSSFOG00015003011) ##17 ubr5 (ENSSFOG00015003412) azin1b (ENSSFOG00015024619) ##15 ATP6V1C1 (ENSSFOG00015003611) ##13 ENSSFOG00015025967 spire1a (ENSSFOG00015003705) fam91a1 (ENSSFOG00015003774) lratd2a (ENSSFOG00015003839) TRIB1 (ENSSFOG00015031328) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00920000149145 ENSGT00390000018094 ENSGT00940000158485 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A.o ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435.a.b ENSGT00940000158862.e ENSGT00940000155788.k ENSGT00940000169819 ENSGT01090000260040.b.b.a.a.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703.k.b ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000158703.l ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00940000172596 ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 Asian bonytongue MODERN SPECIES 9 slc25a32a (ENSSFOG00015006183) cthrc1a (ENSSFOG00015006217) fzd6 (ENSSFOG00015006237) mc2r (ENSSFOG00015006283) mc5ra (ENSSFOG00015006317) fam210ab (ENSSFOG00015026874) ldlrad4b (ENSSFOG00015027111) SEH1L (ENSSFOG00015025567) ptpn2a (ENSSFOG00015006429) ENSSFOG00015029655 cep76 (ENSSFOG00015006465) id4 (ENSSFOG00015029880) ncalda (ENSSFOG00015006538) grhl2a (ENSSFOG00015006560) ENSSFOG00015006571 ENSSFOG00015006587 ##22 ENSSFOG00015006617 pabpc1a (ENSSFOG00015006662) rnf19a (ENSSFOG00015006845) spag1a (ENSSFOG00015026571) fbxo43 (ENSSFOG00015007114) RGS22 (ENSSFOG00015007128) ENSSFOG00015007305 VPS13B (ENSSFOG00015007142) osr2 (ENSSFOG00015007324) stk3 (ENSSFOG00015007339) KCNS2 (ENSSFOG00015007382) NIPAL2 (ENSSFOG00015007400) POP1 (ENSSFOG00015007429) RIDA (ENSSFOG00015025214) rpl30 (ENSSFOG00015007474) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A.o ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435.a.b ENSGT00940000158862.e ENSGT00940000155788.k ENSGT00940000169819 ENSGT01090000260040.b.b.a.a.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703.k.b ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000158703.l ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00940000172596 ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00390000012138.a.b.a.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a P. kingsleyae MODERN SPECIES 1 dcaf13 (ENSPKIG00000017471) slc25a32a (ENSPKIG00000017451) cthrc1a (ENSPKIG00000017436) fzd6 (ENSPKIG00000017413) mc2r (ENSPKIG00000017402) mc5ra (ENSPKIG00000017392) fam210ab (ENSPKIG00000017355) ldlrad4b (ENSPKIG00000017292) ENSPKIG00000017245 ptpn2a (ENSPKIG00000017135) cep76 (ENSPKIG00000017067) ID4 (ENSPKIG00000017036) ncalda (ENSPKIG00000017001) grhl2a (ENSPKIG00000016954) znf706 (ENSPKIG00000016927) ENSPKIG00000016882 ##22 ENSPKIG00000016868 ENSPKIG00000016850 ENSPKIG00000016835 ENSPKIG00000016810 ENSPKIG00000016801 rnf19a (ENSPKIG00000016770) spag1a (ENSPKIG00000016729) FBXO43 (ENSPKIG00000016709) ENSPKIG00000016686 ENSPKIG00000016656 VPS13B (ENSPKIG00000016567) osr2 (ENSPKIG00000016499) KCNS2 (ENSPKIG00000016468) stk3 (ENSPKIG00000016383) POP1 (ENSPKIG00000016325) Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00390000014398 ENSGT00530000063823.b.b.b ENSGT00940000158307 ENSGT00940000167426 ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.b ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A ENSGT00970000196427 ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00950000182995.e.b.`b ##15 ENSGT00390000004263.a.d.b ##13 Euteleosteomorpha DUPLICATION Euteleosteomorpha DUPLICATION Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00510000047030.c ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 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ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 141 ENSHCOG00000003566 HDGF (ENSHCOG00000003545) mrpl24 (ENSHCOG00000003539) BCAN (ENSHCOG00000003531) ENSHCOG00000003465 mef2d (ENSHCOG00000003436) tmem79a (ENSHCOG00000003359) hdac1 (ENSHCOG00000003352) eif3i 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ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000174923 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000174923 ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00970000196427 ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000158438.m ENSGT00390000017503 ENSGT01040000240444.B.a ENSGT00950000182914.a.a.a.c.b ENSGT00940000155784.C.u.b ENSGT00940000155113.a.a Tetraodon MODERN SPECIES 15 pard6gb (ENSTNIG00000000717) bloc1s4 (ENSTNIG00000006747) rrm2b (ENSTNIG00000006748) ##17 ENSTNIG00000001419 laptm4b (ENSTNIG00000006749) rpl30 (ENSTNIG00000000339) ENSTNIG00000009143 stk3 (ENSTNIG00000009144) spag1a (ENSTNIG00000009145) ENSTNIG00000009146 ptpn2b 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ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Ballan wrasse MODERN SPECIES 71 rrm2b (ENSLBEG00000027173) ##17 mtdha (ENSLBEG00000027157) laptm4b (ENSLBEG00000027139) rpl30 (ENSLBEG00000027130) RIDA (ENSLBEG00000027122) polr2k (ENSLBEG00000027114) stk3 (ENSLBEG00000027094) spag1a (ENSLBEG00000027066) ENSLBEG00000027044 ptpn2b (ENSLBEG00000027014) psmg2 (ENSLBEG00000026991) zgc:136493 (ENSLBEG00000026980) ncaldb (ENSLBEG00000026972) grhl2b (ENSLBEG00000026951) znf706 (ENSLBEG00000026905) ENSLBEG00000026899 ##22 ENSLBEG00000026866 pabpc1b (ENSLBEG00000026845) LIX1L (ENSLBEG00000026830) sf3b4 (ENSLBEG00000026818) SV2A (ENSLBEG00000026804) ENSLBEG00000026788 ctss1 (ENSLBEG00000026758) lingo4a (ENSLBEG00000026746) vps72a (ENSLBEG00000026731) SYNGAP1 (ENSLBEG00000026710) ENSLBEG00000026694 ENSLBEG00000026684 znf516 (ENSLBEG00000026679) tshz1 (ENSLBEG00000026670) CSMD3 (ENSLBEG00000026598) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408.f ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408.f ENSGT00940000171019 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b Lumpfish MODERN SPECIES 2 rrm2b (ENSCLMG00005002403) ##17 mtdha (ENSCLMG00005002387) laptm4b (ENSCLMG00005002386) rpl30 (ENSCLMG00005002385) RIDA (ENSCLMG00005002383) stk3 (ENSCLMG00005002368) polr2k (ENSCLMG00005002367) spag1a (ENSCLMG00005002365) ENSCLMG00005002360 ptpn2b (ENSCLMG00005002359) psmg2 (ENSCLMG00005002356) zgc:136493 (ENSCLMG00005002355) ncaldb (ENSCLMG00005002351) grhl2b (ENSCLMG00005002343) znf706 (ENSCLMG00005002338) ENSCLMG00005002337 ##22 pabpc1b (ENSCLMG00005002299) ENSCLMG00005002284 LIX1L (ENSCLMG00005002280) sf3b4 (ENSCLMG00005002278) SV2A (ENSCLMG00005002276) tshz1 (ENSCLMG00005002275) CSMD3 (ENSCLMG00005002265) ENSCLMG00005002260 clptm1l (ENSCLMG00005002245) rplp1 (ENSCLMG00005002236) drc1 (ENSCLMG00005002232) PTK2 (ENSCLMG00005002160) SLC45A4 (ENSCLMG00005002146) GPR20 (ENSCLMG00005002145) cfap20 (ENSCLMG00005002144) Stickleback MODERN SPECIES 9 pard6gb (ENSGACG00000003552) bloc1s4 (ENSGACG00000003558) rrm2b (ENSGACG00000003566) ##17 mtdha (ENSGACG00000003591) laptm4b (ENSGACG00000003599) rpl30 (ENSGACG00000003628) RIDA (ENSGACG00000003632) stk3 (ENSGACG00000003645) spag1a (ENSGACG00000003656) ENSGACG00000003662 ptpn2b (ENSGACG00000003666) psmg2 (ENSGACG00000003674) zgc:136493 (ENSGACG00000003682) ncaldb (ENSGACG00000003684) grhl2b (ENSGACG00000003695) ENSGACG00000003700 ##22 pabpc1b (ENSGACG00000003771) ENSGACG00000003808 LIX1L (ENSGACG00000003809) sf3b4 (ENSGACG00000003819) SV2A (ENSGACG00000003844) ENSGACG00000003870 ctss1 (ENSGACG00000003898) lingo4a (ENSGACG00000003902) vps72a (ENSGACG00000003903) SYNGAP1 (ENSGACG00000003919) ENSGACG00000003931 ENSGACG00000003932 ENSGACG00000003934 tshz1 (ENSGACG00000003937) CSMD3 (ENSGACG00000003938) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408.f ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Pike perch MODERN SPECIES 13 rrm2b (ENSSLUG00000001991) ##17 mtdha (ENSSLUG00000001961) laptm4b (ENSSLUG00000001949) rpl30 (ENSSLUG00000001938) RIDA (ENSSLUG00000001931) 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ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 ENSLCRG00005008585 rpl14 (ENSLCRG00005008584) ENSLCRG00005008568 ENSLCRG00005008566 ENSLCRG00005008559 trim71 (ENSLCRG00005008552) cckb (ENSLCRG00005008542) ENSLCRG00005008105 ENSLCRG00005008071 zgc:110239 (ENSLCRG00005008050) zgc:136493 (ENSLCRG00005008044) zgc:136493 (ENSLCRG00005008031) ncaldb (ENSLCRG00005008013) grhl2b (ENSLCRG00005007944) ENSLCRG00005007915 ENSLCRG00005007909 ##22 pabpc1b (ENSLCRG00005007670) ENSLCRG00005007596 LIX1L (ENSLCRG00005007594) sf3b4 (ENSLCRG00005007593) SV2A (ENSLCRG00005006957) CTSS (ENSLCRG00005006917) ctss1 (ENSLCRG00005006898) lingo4a (ENSLCRG00005006894) vps72a (ENSLCRG00005006882) SYNGAP1 (ENSLCRG00005006430) ENSLCRG00005006389 znf516 (ENSLCRG00005006383) tshz1 (ENSLCRG00005006381) ENSLCRG00005006378 CSMD3 (ENSLCRG00005005650) European seabass MODERN SPECIES 22 pard6gb (ENSDLAG00005020296) rrm2b (ENSDLAG00005020334) 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ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 ENSGT00530000063461.A.b Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 ENSGT00530000063461.A.b Climbing perch MODERN SPECIES 2 mtdha 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ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000174923 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Turbot MODERN SPECIES 14 ENSSMAG00000029586 mtdha (ENSSMAG00000036733) laptm4b (ENSSMAG00000007316) rpl30 (ENSSMAG00000007279) RIDA (ENSSMAG00000007263) stk3 (ENSSMAG00000007202) ENSSMAG00000007196 ENSSMAG00000007184 ENSSMAG00000007104 ptpn2b (ENSSMAG00000007068) psmg2 (ENSSMAG00000007039) ENSSMAG00000007000 ncaldb (ENSSMAG00000006981) grhl2b (ENSSMAG00000006955) znf706 (ENSSMAG00000022468) ywhaz (ENSSMAG00000006925) ##22 pabpc1b (ENSSMAG00000006869) ENSSMAG00000037593 ENSSMAG00000006846 ENSSMAG00000006837 ENSSMAG00000006796 ENSSMAG00000006780 ENSSMAG00000006733 ENSSMAG00000006726 ENSSMAG00000006697 ENSSMAG00000006587 ENSSMAG00000006570 ENSSMAG00000006560 ENSSMAG00000024835 ENSSMAG00000006107 ENSSMAG00000006061 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000153773.b ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b Barramundi perch MODERN SPECIES 160 ENSLCAG00010014157 rrm2b (ENSLCAG00010014160) ##17 laptm4b (ENSLCAG00010014185) rpl30 (ENSLCAG00010014192) RIDA (ENSLCAG00010014208) stk3 (ENSLCAG00010014219) ENSLCAG00010014226 spag1a (ENSLCAG00010014238) ENSLCAG00010014245 ptpn2b (ENSLCAG00010014269) psmg2 (ENSLCAG00010014272) zgc:136493 (ENSLCAG00010014274) ncaldb (ENSLCAG00010014279) grhl2b (ENSLCAG00010014291) znf706 (ENSLCAG00010014299) ENSLCAG00010014301 ##22 PABPC3 (ENSLCAG00010014308) ENSLCAG00010014325 LIX1L (ENSLCAG00010014327) sf3b4 (ENSLCAG00010014331) SV2A (ENSLCAG00010014334) ENSLCAG00010014380 ENSLCAG00010014872 lingo4a (ENSLCAG00010014874) vps72a (ENSLCAG00010014878) SYNGAP1 (ENSLCAG00010014895) Seriola ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Greater amberjack MODERN SPECIES 48 rrm2b (ENSSDUG00000011585) ##17 mtdha (ENSSDUG00000011610) laptm4b (ENSSDUG00000011627) rpl30 (ENSSDUG00000011641) RIDA (ENSSDUG00000011665) stk3 (ENSSDUG00000011713) ENSSDUG00000011754 spag1a (ENSSDUG00000011767) ENSSDUG00000011788 ptpn2b (ENSSDUG00000011804) psmg2 (ENSSDUG00000011815) zgc:136493 (ENSSDUG00000011827) ncaldb (ENSSDUG00000011836) grhl2b (ENSSDUG00000011854) znf706 (ENSSDUG00000011931) ENSSDUG00000011944 ##22 pabpc1b (ENSSDUG00000011965) ENSSDUG00000012027 LIX1L (ENSSDUG00000012053) sf3b4 (ENSSDUG00000012064) SV2A (ENSSDUG00000012082) ENSSDUG00000012123 ctss1 (ENSSDUG00000012145) lingo4a (ENSSDUG00000012181) vps72a (ENSSDUG00000012188) SYNGAP1 (ENSSDUG00000012218) ENSSDUG00000012328 znf516 (ENSSDUG00000012341) tshz1 (ENSSDUG00000012354) CSMD3 (ENSSDUG00000012391) ENSSDUG00000012561 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2890 mtdha (ENSSLDG00000013849) laptm4b (ENSSLDG00000013877) rpl30 (ENSSLDG00000013895) RIDA (ENSSLDG00000013916) stk3 (ENSSLDG00000013942) polr2k (ENSSLDG00000013975) spag1a (ENSSLDG00000013991) ENSSLDG00000014017 ptpn2b (ENSSLDG00000014037) psmg2 (ENSSLDG00000014051) zgc:136493 (ENSSLDG00000014066) ncaldb (ENSSLDG00000014082) ENSSLDG00000014094 ENSSLDG00000014105 znf706 (ENSSLDG00000014121) ENSSLDG00000014136 ##22 pabpc1b (ENSSLDG00000014156) ENSSLDG00000014190 LIX1L (ENSSLDG00000014214) sf3b4 (ENSSLDG00000014226) SV2A (ENSSLDG00000014244) ENSSLDG00000014274 ctss1 (ENSSLDG00000014290) lingo4a (ENSSLDG00000014304) vps72a (ENSSLDG00000014311) ENSSLDG00000014334 ENSSLDG00000014354 znf516 (ENSSLDG00000014366) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000174923 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 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ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000174923 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000174923 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A 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(ENSHBUG00000023601) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000174923 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 P. nyererei MODERN SPECIES 323 ENSPNYG00000012101 mtdha (ENSPNYG00000012116) laptm4b (ENSPNYG00000012135) rpl30 (ENSPNYG00000012153) RIDA (ENSPNYG00000012172) stk3 (ENSPNYG00000012195) polr2k (ENSPNYG00000012241) 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(ENSORLG00000002796) ENSORLG00000002803 ptpn2b (ENSORLG00000002826) psmg2 (ENSORLG00000002843) zgc:136493 (ENSORLG00000002851) ncaldb (ENSORLG00000002859) grhl2b (ENSORLG00000002909) ENSORLG00000023676 znf706 (ENSORLG00000002918) ENSORLG00000027312 ##22 pabpc1b (ENSORLG00000003008) ENSORLG00000022703 LIX1L (ENSORLG00000003036) sf3b4 (ENSORLG00000003062) ENSORLG00000003092 ctss (ENSORLG00000003145) ctss1 (ENSORLG00000029787) ENSORLG00000003156 ENSORLG00000026314 vps72a (ENSORLG00000003174) ENSORLG00000003202 ENSORLG00000003213 znf516 (ENSORLG00000023821) ENSORLG00000003228 CSMD3 (ENSORLG00000003251) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a 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ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 ENSGT00530000063461.A.b ENSGT00550000074698 ENSGT00940000155113.a.a Mangrove rivulus MODERN SPECIES 2 ENSKMAG00000007530 mtdha (ENSKMAG00000007548) laptm4b (ENSKMAG00000007578) rpl30 (ENSKMAG00000007612) RIDA (ENSKMAG00000007630) stk3 (ENSKMAG00000007666) polr2k (ENSKMAG00000007731) spag1a (ENSKMAG00000007766) ENSKMAG00000007806 ptpn2b (ENSKMAG00000007835) psmg2 (ENSKMAG00000007877) zgc:136493 (ENSKMAG00000007903) ncaldb (ENSKMAG00000007945) grhl2b (ENSKMAG00000007969) znf706 (ENSKMAG00000007997) ENSKMAG00000008021 ##22 pabpc1b (ENSKMAG00000008049) LIX1L (ENSKMAG00000008131) sf3b4 (ENSKMAG00000008154) SV2A (ENSKMAG00000008186) ctss1 (ENSKMAG00000008257) ENSKMAG00000008316 lingo4a (ENSKMAG00000008371) vps72a (ENSKMAG00000008394) SYNGAP1 (ENSKMAG00000008440) ENSKMAG00000008571 tshz1 (ENSKMAG00000008580) CSMD3 (ENSKMAG00000008620) trps1 (ENSKMAG00000008869) clptm1l (ENSKMAG00000008913) rplp1 (ENSKMAG00000008998) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1628 rpl30 (ENSNFUG00015012732) VPS72 (ENSNFUG00015012747) ENSNFUG00015012760 stk3 (ENSNFUG00015012779) ENSNFUG00015013007 SPAG1A (ENSNFUG00015013020) ENSNFUG00015013026 PTPN2B (ENSNFUG00015013034) ENSNFUG00015013044 ENSNFUG00015013053 ENSNFUG00015013058 Nfu_g_1_004162 (ENSNFUG00015013065) ncaldb (ENSNFUG00015013071) grhl2b (ENSNFUG00015013084) ZNF706 (ENSNFUG00015013116) Nfu_g_1_004152 (ENSNFUG00015013123) ##22 pabpc1b (ENSNFUG00015013150) LIX1L (ENSNFUG00015013407) SF3B4 (ENSNFUG00015013419) SV2A (ENSNFUG00015013426) SYNGAP1 (ENSNFUG00015013549) ENSNFUG00015013682 ZNF516 (ENSNFUG00015013698) ENSNFUG00015013713 tshz1 (ENSNFUG00015013716) LAPTM4B (ENSNFUG00015013727) MTDHA (ENSNFUG00015013757) rrm2b (ENSNFUG00015013825) ##17 BX927253.1 (ENSNFUG00015014780) BLOC1S4 (ENSNFUG00015014786) pard6gb (ENSNFUG00015014835) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000164643 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b ENSGT00940000155176.o.b ENSGT00940000166429 ENSGT00940000154996.a.a.b ENSGT00390000017503 ENSGT00940000158438.m ENSGT01030000234534.B.a.a.b ENSGT00940000161408 ENSGT00950000183051.a.a.a ENSGT00940000155549.a.a.b ENSGT00940000157893 Poecilia ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000154181.b.b ENSGT00940000153446.a.a.w.b ENSGT00390000012138.a.b.d ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00940000154984.A ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00760000119766 ENSGT00390000005869.a ENSGT00870000136537 ENSGT00950000182940.b.a.b.a.b 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ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a ENSGT00940000156357.u Indian medaka MODERN SPECIES 15 ENSOMEG00000019359 ddb2 (ENSOMEG00000019402) kif23 (ENSOMEG00000019673) TLE3 (ENSOMEG00000019731) morf4l1 (ENSOMEG00000019799) PIAS1 (ENSOMEG00000019860) skor1b (ENSOMEG00000019886) zgc:162898 (ENSOMEG00000019899) iqch (ENSOMEG00000019948) aagab (ENSOMEG00000019971) smad3b (ENSOMEG00000020016) smad6b (ENSOMEG00000020048) ncalda (ENSOMEG00000020074) ENSOMEG00000000761 ZNF706 (ENSOMEG00000020130) ENSOMEG00000020153 ##22 pabpc1a (ENSOMEG00000020219) rnf19a (ENSOMEG00000020280) ENSOMEG00000020303 ENSOMEG00000020330 ENSOMEG00000020379 WDR26 (ENSOMEG00000020409) zufsp (ENSOMEG00000020495) ADCY3 (ENSOMEG00000020521) cnot10 (ENSOMEG00000020550) ano10a (ENSOMEG00000020591) snrka (ENSOMEG00000000657) si:ch211-198c19.1 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ENSGT00940000154181.b.a ENSGT00940000156357 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00390000001296 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a ENSGT00940000156357 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 384 tmem42a (ENSHBUG00000019842) zdhhc3a (ENSHBUG00000019854) mc2r (ENSHBUG00000019862) mc5rb (ENSHBUG00000019892) fam210ab (ENSHBUG00000019900) ldlrad4b (ENSHBUG00000000592) ENSHBUG00000019948 ENSHBUG00000019958 seh1l (ENSHBUG00000020222) ptpn2a (ENSHBUG00000020237) cep76 (ENSHBUG00000020279) id4 (ENSHBUG00000020288) ncalda (ENSHBUG00000020311) GRHL2 (ENSHBUG00000020365) ZNF706 (ENSHBUG00000020382) ENSHBUG00000020420 ##22 pabpc1a (ENSHBUG00000020487) rnf19a (ENSHBUG00000020532) ENSHBUG00000020541 FBXO43 (ENSHBUG00000020549) RGS22 (ENSHBUG00000020569) VPS13B (ENSHBUG00000021487) osr2 (ENSHBUG00000000903) KCNS2 (ENSHBUG00000021560) NIPAL2 (ENSHBUG00000021570) POP1 (ENSHBUG00000021583) rida (ENSHBUG00000021604) MATN2 (ENSHBUG00000021616) LAPTM4B (ENSHBUG00000021666) ENSHBUG00000021690 ubr5 (ENSHBUG00000021803) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00390000001296 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008.g.a ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a ENSGT00940000156357 P. nyererei MODERN SPECIES 420 tmem42a (ENSPNYG00000005644) zdhhc3a (ENSPNYG00000005605) mc2r (ENSPNYG00000005576) mc5rb (ENSPNYG00000005557) ENSPNYG00000005544 fam210ab (ENSPNYG00000005534) ldlrad4b (ENSPNYG00000005514) CEP192 (ENSPNYG00000005466) seh1l (ENSPNYG00000005432) ptpn2a (ENSPNYG00000005413) cep76 (ENSPNYG00000005376) id4 (ENSPNYG00000005362) ncalda (ENSPNYG00000005340) grhl2a (ENSPNYG00000005293) ZNF706 (ENSPNYG00000005282) ENSPNYG00000005256 ##22 pabpc1a (ENSPNYG00000005192) rnf19a (ENSPNYG00000005150) ENSPNYG00000005119 ENSPNYG00000005080 FBXO43 (ENSPNYG00000005054) RGS22 (ENSPNYG00000004942) VPS13B (ENSPNYG00000004591) osr2 (ENSPNYG00000004536) KCNS2 (ENSPNYG00000004524) NIPAL2 (ENSPNYG00000004507) POP1 (ENSPNYG00000004476) rida (ENSPNYG00000004442) MATN2 (ENSPNYG00000004311) LAPTM4B (ENSPNYG00000004282) ENSPNYG00000004272 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT00940000164472.a.a.b.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008.g.a ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a ENSGT00940000156357 Eastern happy MODERN SPECIES 2 zdhhc3a (ENSACLG00000008699) ENSACLG00000008704 mc2r (ENSACLG00000008708) mc5rb (ENSACLG00000008710) fam210ab (ENSACLG00000008719) ldlrad4b (ENSACLG00000008722) ENSACLG00000009081 seh1l (ENSACLG00000009131) ptpn2a (ENSACLG00000009154) cep76 (ENSACLG00000009210) ENSACLG00000009243 id4 (ENSACLG00000009338) ncalda (ENSACLG00000009345) ENSACLG00000009350 ZNF706 (ENSACLG00000009359) ENSACLG00000009366 ##22 pabpc1a (ENSACLG00000009399) rnf19a (ENSACLG00000009452) ENSACLG00000010098 FBXO43 (ENSACLG00000010112) RGS22 (ENSACLG00000010123) VPS13B (ENSACLG00000010710) ENSACLG00000010887 osr2 (ENSACLG00000010895) KCNS2 (ENSACLG00000010926) NIPAL2 (ENSACLG00000010936) POP1 (ENSACLG00000010951) rida (ENSACLG00000010985) MATN2 (ENSACLG00000011012) LAPTM4B (ENSACLG00000011029) ENSACLG00000011043 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1093 ENSMZEG00005025391 ENSMZEG00005025392 ENSMZEG00005025394 mc2r (ENSMZEG00005025395) mc5rb (ENSMZEG00005025396) fam210ab 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ENSACIG00000004523 FBXO43 (ENSACIG00000004494) ENSACIG00000004438 VPS13B (ENSACIG00000004317) osr2 (ENSACIG00000004285) KCNS2 (ENSACIG00000004273) NIPAL2 (ENSACIG00000004220) POP1 (ENSACIG00000004169) rida (ENSACIG00000004145) MATN2 (ENSACIG00000004026) LAPTM4B (ENSACIG00000003966) ENSACIG00000003943 ubr5 (ENSACIG00000003786) Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000001296 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 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ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000001296 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 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ENSGT00390000001296 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000001296 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.b ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a ENSGT00940000156357 Climbing perch MODERN SPECIES 7 zgc:77056 (ENSATEG00000025548) ENSATEG00000027015 zdhhc3a (ENSATEG00000024889) mc2r (ENSATEG00000024887) mc5rb (ENSATEG00000024886) fam210ab (ENSATEG00000024885) ldlrad4b (ENSATEG00000024880) CEP192 (ENSATEG00000024873) SEH1L (ENSATEG00000024870) ptpn2a (ENSATEG00000024866) cep76 (ENSATEG00000024863) id4 (ENSATEG00000024861) ncalda (ENSATEG00000024860) ENSATEG00000024857 ZNF706 (ENSATEG00000024855) ENSATEG00000026792 ##22 ENSATEG00000024852 ENSATEG00000024849 ENSATEG00000024848 FBXO43 (ENSATEG00000028162) 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(ENSBSLG00000024837) ENSBSLG00000024827 Zig-zag eel MODERN SPECIES 7 zgc:77056 (ENSMAMG00000025960) tmem42a (ENSMAMG00000004949) zdhhc3a (ENSMAMG00000004913) mc2r (ENSMAMG00000004880) mc5rb (ENSMAMG00000028487) fam210ab (ENSMAMG00000028202) ldlrad4b (ENSMAMG00000004835) CEP192 (ENSMAMG00000026160) SEH1L (ENSMAMG00000004727) ptpn2a (ENSMAMG00000004707) cep76 (ENSMAMG00000004649) id4 (ENSMAMG00000025429) ncalda (ENSMAMG00000004627) ENSMAMG00000004611 ZNF706 (ENSMAMG00000004595) ENSMAMG00000004573 ##22 ENSMAMG00000004502 ENSMAMG00000004450 ENSMAMG00000004428 ENSMAMG00000028132 FBXO43 (ENSMAMG00000004388) RGS22 (ENSMAMG00000004365) VPS13B (ENSMAMG00000004113) OSR2 (ENSMAMG00000004078) KCNS2 (ENSMAMG00000004066) NIPAL2 (ENSMAMG00000028191) POP1 (ENSMAMG00000004040) RIDA (ENSMAMG00000025913) MATN2 (ENSMAMG00000003989) LAPTM4B (ENSMAMG00000003959) ENSMAMG00000003934 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 127 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.a.a.a ##22 ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT01090000260061.c.a.d ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.x Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.a.a.a ##22 ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a ENSGT00940000154181.b.a Cod MODERN SPECIES 2 zdhhc3a (ENSGMOG00000000100) mc2r (ENSGMOG00000027626) mc5rb (ENSGMOG00000024612) fam210ab (ENSGMOG00000025945) ldlrad4b (ENSGMOG00000027185) ENSGMOG00000023843 ENSGMOG00000013565 ENSGMOG00000034566 ENSGMOG00000032926 SEH1L (ENSGMOG00000013550) ptpn2a (ENSGMOG00000013532) cep76 (ENSGMOG00000013513) id4 (ENSGMOG00000022166) ncalda (ENSGMOG00000027021) ENSGMOG00000013469 ENSGMOG00000013462 ##22 ENSGMOG00000013448 ENSGMOG00000013437 ENSGMOG00000013417 FBXO43 (ENSGMOG00000026792) RGS22 (ENSGMOG00000013353) VPS13B (ENSGMOG00000031884) OSR2 (ENSGMOG00000016368) KCNS2 (ENSGMOG00000019787) NIPAL2 (ENSGMOG00000000696) POP1 (ENSGMOG00000000659) RIDA (ENSGMOG00000000589) ENSGMOG00000028137 MATN2 (ENSGMOG00000010960) LAPTM4B (ENSGMOG00000010950) ENSGMOG00000018533 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000012690.a ENSGT00940000155721.b.b ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.a.a.a ##22 ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT01090000260061.c.a.d.b.a ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00940000154697.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00940000158008 ENSGT00940000153446.a.a.w.a Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 7 zgc:77056 (ENSMMDG00005019590) tmem42a (ENSMMDG00005019592) zdhhc3a (ENSMMDG00005019595) mc2r (ENSMMDG00005019604) mc5rb (ENSMMDG00005019607) fam210ab (ENSMMDG00005019620) ldlrad4b (ENSMMDG00005019622) CEP192 (ENSMMDG00005019625) seh1l (ENSMMDG00005019627) ptpn2a (ENSMMDG00005019628) cep76 (ENSMMDG00005019632) id4 (ENSMMDG00005019647) ncalda (ENSMMDG00005019649) ENSMMDG00005019656 ZNF706 (ENSMMDG00005019659) ywhabl (ENSMMDG00005019660) ##22 pabpc1a (ENSMMDG00005019665) RNF19A (ENSMMDG00005019727) ENSMMDG00005019729 FBXO43 (ENSMMDG00005019742) ENSMMDG00005019744 VPS13B (ENSMMDG00005019751) osr2 (ENSMMDG00005019759) KCNS2 (ENSMMDG00005019762) NIPAL2 (ENSMMDG00005019765) POP1 (ENSMMDG00005019767) rida (ENSMMDG00005019771) MATN2 (ENSMMDG00005019776) LAPTM4B (ENSMMDG00005019780) ENSMMDG00005019783 ubr5 (ENSMMDG00005019800) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00390000017478 ENSGT00940000159321 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000154684 ENSGT00500000044936 ENSGT00530000063692.a ENSGT00880000138038 ENSGT00950000182982.A.a ENSGT00950000182982.C.c.a ENSGT01050000244838.D.a.a Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 620 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k.a ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 ENSGT00940000164643.a.a ENSGT00940000154984.A.h.b.b.a ENSGT00420000029792.qb.b ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00950000182995.e.b.`b ##15 ENSGT00990000204549.a ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.f ENSGT00940000157647.c ENSGT00940000170942 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000154686.b.f ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862.n ENSGT00940000155788.k.a ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000160311.a.a.a.a ENSGT00940000160311.a.a.a.b ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00390000017478 ENSGT00940000159321 ENSGT00940000160344 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000154684.cb.a.a.a ENSGT00500000044936.c.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00390000012138.a.b.c.b.a ENSGT00880000138038 ENSGT00950000182982.A.a Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 645 ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000160311.a.a.a.a Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 780 ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000160311.a.a.a.a Coho salmon DUPLICATION Coho salmon MODERN SPECIES 31 ENSOKIG00005027127 ENSOKIG00005027103 ENSOKIG00005027068 FAM210A (ENSOKIG00005027051) ldlrad4b (ENSOKIG00005027022) ENSOKIG00005027001 ENSOKIG00005026958 ENSOKIG00005026936 SEH1L (ENSOKIG00005026610) ptpn2a (ENSOKIG00005026578) cep76 (ENSOKIG00005026474) id4 (ENSOKIG00005026460) ENSOKIG00005026446 NXPE3 (ENSOKIG00005018374) ncalda (ENSOKIG00005018360) ENSOKIG00005018355 ##22 ENSOKIG00005018205 ENSOKIG00005017998 ENSOKIG00005017976 RNF19A (ENSOKIG00005017957) ENSOKIG00005017899 POP1 (ENSOKIG00005017872) RIDA (ENSOKIG00005017858) NIPAL2 (ENSOKIG00005017847) KCNS2 (ENSOKIG00005017842) OSR2 (ENSOKIG00005017820) ENSOKIG00005017774 ENSOKIG00005017765 ENSOKIG00005017737 fbxo43 (ENSOKIG00005017727) ENSOKIG00005017700 Coho salmon MODERN SPECIES 1382 NCALD (ENSOKIG00005049830) ENSOKIG00005049835 ##22 Salmo ANCESTRAL SPECIES 212 ENSGT00390000000781.e ENSGT00940000162435.h ENSGT00940000158862.n ENSGT00940000155788.k.a ENSGT01090000260040.b.b.a.d ##22 ENSGT00940000160311.a.a.a.a ENSGT00940000160311.a.a.a.b ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ENSGT00420000029792.qb.a ENSGT00390000017478 ENSGT00940000159321 ENSGT00940000160344 Atlantic salmon DUPLICATION Atlantic salmon MODERN SPECIES 404 ENSSSAG00000114383 ENSSSAG00000095444 ENSSSAG00000093218 ##22 ENSSSAG00000058615 ENSSSAG00000111518 ENSSSAG00000112288 ENSSSAG00000091426 Atlantic salmon MODERN SPECIES 1089 ENSSSAG00000053540 ENSSSAG00000103455 ENSSSAG00000115783 ENSSSAG00000114442 ENSSSAG00000112440 ##22 ENSSSAG00000058637 ENSSSAG00000091636 ENSSSAG00000065989 Northern pike MODERN SPECIES 15 irx2a (ENSELUG00000003905) ENSELUG00000003885 IRGC (ENSELUG00000031960) irgf1 (ENSELUG00000003864) mc2r (ENSELUG00000003832) mc5rb (ENSELUG00000003825) fam210ab (ENSELUG00000003811) ldlrad4b (ENSELUG00000003793) CEP192 (ENSELUG00000003767) SEH1L (ENSELUG00000003728) ptpn2a (ENSELUG00000003708) cep76 (ENSELUG00000003693) id4 (ENSELUG00000032505) ncalda (ENSELUG00000003663) grhl2a (ENSELUG00000003646) ENSELUG00000003632 ##22 pabpc1a (ENSELUG00000003614) ENSELUG00000003588 ENSELUG00000003573 rida (ENSELUG00000003537) POP1 (ENSELUG00000003526) NIPAL2 (ENSELUG00000003504) KCNS2 (ENSELUG00000003500) ENSELUG00000033955 osr2 (ENSELUG00000003493) ENSELUG00000027765 ENSELUG00000030603 VPS13B (ENSELUG00000003468) ENSELUG00000003417 fbxo43 (ENSELUG00000003389) ECHDC1 (ENSELUG00000003366) Otomorpha DUPLICATION Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 812 ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.e ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00390000012014.A ENSGT00940000158819 ENSGT00390000011759.e ENSGT00390000008074 ENSGT00530000063823.b.b.a ENSGT01030000234527.A.a.a.a ENSGT00940000153269.b.b ENSGT00940000155236 ENSGT00390000005711 ENSGT00390000011137 ENSGT00940000164859 ENSGT00940000157647.d ENSGT00390000004915.a ENSGT00950000182810.A.a.b ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.b.b.a.e ##22 ENSGT00940000163304.j.a ENSGT00390000003568 ENSGT01030000235814 ENSGT00950000182904.a.a.b ENSGT00950000182952.E ENSGT00390000010337.A ENSGT01050000244883.A.a.b ENSGT01020000230438.A ENSGT00940000166443.d.b ENSGT00940000159370.d.a.a ENSGT00940000162287.A.j ENSGT00990000203729 ENSGT01030000234576.D.a.a.b.a.a.a.b ENSGT01100000263533.b.a.b ENSGT01050000244883.C.h Atlantic herring MODERN SPECIES 2 OXR1 (ENSCHAG00000008138) ENSCHAG00000010453 zfpm2a (ENSCHAG00000010539) dpys (ENSCHAG00000010552) DCSTAMP (ENSCHAG00000010704) RIMS2 (ENSCHAG00000010811) ENSCHAG00000014526 dcaf13 (ENSCHAG00000014543) washc5 (ENSCHAG00000014583) nsmce2 (ENSCHAG00000014630) LRATD2 (ENSCHAG00000014642) KLHL38 (ENSCHAG00000014674) fbxo32 (ENSCHAG00000014680) PRELID3A (ENSCHAG00000014787) ENSCHAG00000014790 ywhabl (ENSCHAG00000014810) ##22 ENSCHAG00000014824 ENSCHAG00000014857 ENSCHAG00000014883 SMG9 (ENSCHAG00000014910) ENSCHAG00000014977 ENSCHAG00000015011 ENSCHAG00000015152 ENSCHAG00000015191 ENSCHAG00000015235 ENSCHAG00000015255 ENSCHAG00000015294 ENSCHAG00000015442 ENSCHAG00000015451 ENSCHAG00000015467 ENSCHAG00000015475 Denticle herring MODERN SPECIES 15 ENSDCDG00000021206 rnf144b (ENSDCDG00000021203) sqlea (ENSDCDG00000021141) OXR1 (ENSDCDG00000020942) ENSDCDG00000020931 zfpm2a (ENSDCDG00000020929) dpys (ENSDCDG00000020870) DCSTAMP (ENSDCDG00000020860) RIMS2 (ENSDCDG00000017230) dcaf13 (ENSDCDG00000017147) washc5 (ENSDCDG00000017127) nsmce2 (ENSDCDG00000017125) lratd2b (ENSDCDG00000017124) fbxo32 (ENSDCDG00000017116) PRELID3A (ENSDCDG00000017114) ywhabl (ENSDCDG00000017112) ##22 ENSDCDG00000017111 ENSDCDG00000017110 ENSDCDG00000017108 SMG9 (ENSDCDG00000017100) ENSDCDG00000017079 ENSDCDG00000017067 ENSDCDG00000017065 ENSDCDG00000017060 cd79a (ENSDCDG00000017045) ENSDCDG00000016913 TMEM145 (ENSDCDG00000016898) mrpl17 (ENSDCDG00000016893) ENSDCDG00000016889 ENSDCDG00000016884 ENSDCDG00000016879 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182929.B.a.a ENSGT00950000182929.B.b.b ENSGT00390000011584 ENSGT00990000204583 ENSGT00970000194350 ENSGT00390000015918 ENSGT00390000007913 ENSGT00940000161038 ENSGT00390000013102.a.a ENSGT00940000161223.b ENSGT00390000009726 ENSGT00940000154446.b.b.b ENSGT00940000153695.C ENSGT01030000235686 ENSGT00390000008932.n ENSGT01090000260040.b.b.a.e ##22 ENSGT00940000163304.j.b ENSGT01100000263586 ENSGT00940000163304.j.a.a ENSGT00390000003568 ENSGT00950000182904.a.a.b ENSGT00940000180961 ENSGT00950000182952.E ENSGT00980000203461 ENSGT00940000170150 ENSGT00390000010337.A ENSGT01020000230438.A ENSGT00940000166443.d.b ENSGT00940000162287.C ENSGT00940000164700.A ENSGT01100000263505.b.b.a.a.a.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182929.B.a.a ENSGT00950000182929.B.b.b ENSGT00390000011584 ENSGT00990000204583 ENSGT00970000194350 ENSGT00390000015918 ENSGT00390000007913 ENSGT00940000161038 ENSGT00390000013102.a.a ENSGT00940000161223.b ENSGT00390000009726 ENSGT00940000154446.b.b.b ENSGT00940000153695.C ENSGT01030000235686 ENSGT00390000008932.n ENSGT01090000260040.b.b.a.e ##22 ENSGT00940000163304.j.b ENSGT00390000003568 ENSGT00950000182904.a.a.b ENSGT00950000182952.E ENSGT00980000203461 ENSGT00940000170150 ENSGT00390000010337.A ENSGT01020000230438.A ENSGT00940000166443.d.b ENSGT00940000162287.C ENSGT00940000164700.A ENSGT01100000263505.b.b.a.a.a.b ENSGT01050000244883.A.a.a.b.c ENSGT00990000203729 ENSGT01030000234576.D.a.a.b.a.a.a.b Channel catfish MODERN SPECIES apoc4 (ENSIPUG00000002962) apoa2 (ENSIPUG00000002946) ENSIPUG00000002924 ENSIPUG00000002913 si:ch211-79k12.2 (ENSIPUG00000002905) bcam (ENSIPUG00000002859) rps19 (ENSIPUG00000002838) cadm4 (ENSIPUG00000002788) si:ch211-79k12.1 (ENSIPUG00000002768) fabp7b (ENSIPUG00000002763) nfkbid (ENSIPUG00000002746) ENSIPUG00000002738 ENSIPUG00000002718 ENSIPUG00000002691 pon1 (ENSIPUG00000002682) ywhaba (ENSIPUG00000002670) ##22 smg9 (ENSIPUG00000002648) kcnn4 (ENSIPUG00000002629) ENSIPUG00000002623 spaca6 (ENSIPUG00000002611) has1 (ENSIPUG00000002602) ENSIPUG00000002598 ENSIPUG00000002591 ENSIPUG00000002585 znf1035 (ENSIPUG00000002581) ENSIPUG00000002570 ENSIPUG00000002566 prss1 (ENSIPUG00000002558) ENSIPUG00000002553 zgc:66448 (ENSIPUG00000002548) ENSIPUG00000002541 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183111.b.b ENSGT00950000182929.B.a.a ENSGT00950000182929.B.b.b 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ENSEEEG00000017607 ENSEEEG00000017596 ENSEEEG00000017592 ENSEEEG00000017591 ENSEEEG00000017037 ENSEEEG00000017020 ENSEEEG00000017019 zgc:171509 (ENSEEEG00000016330) ENSEEEG00000016319 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00950000182929.B.b.b ENSGT00390000011584 ENSGT00990000204583 ENSGT00970000194350 ENSGT00390000015918 ENSGT00390000007913 ENSGT00940000161038 ENSGT00390000013102.a.a ENSGT00940000161223.b ENSGT00390000009726 ENSGT00940000154446.b.b.b ENSGT00940000153695.C ENSGT00980000198681 ENSGT01060000248765 ENSGT00390000008932.n ENSGT01090000260040.b.b.a.e ##22 ENSGT00940000163304.j.b ENSGT00390000003568 ENSGT00950000182904.a.a.b ENSGT00950000182952.E ENSGT00980000203461 ENSGT00940000170150 ENSGT00390000010337.A ENSGT01020000230438.A ENSGT00940000166443.d.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 80 ENSPNAG00000025197 znf1035 (ENSPNAG00000025211) ENSPNAG00000025216 ENSPNAG00000025228 has1 (ENSPNAG00000025380) ENSPNAG00000003916 ENSPNAG00000025413 ENSPNAG00000006099 SMG9 (ENSPNAG00000025511) ENSPNAG00000025521 ENSPNAG00000025531 ENSPNAG00000025542 ENSPNAG00000025591 ENSPNAG00000003944 pon1 (ENSPNAG00000025838) ywhabl (ENSPNAG00000025884) ##22 si:ch211-79k12.2 (ENSPNAG00000025904) si:ch211-79k12.1 (ENSPNAG00000025940) cadm4 (ENSPNAG00000026014) rps19 (ENSPNAG00000026050) bcam (ENSPNAG00000026084) apoc2 (ENSPNAG00000004921) apoa2 (ENSPNAG00000006365) apoc4 (ENSPNAG00000026110) ENSPNAG00000026148 apoeb (ENSPNAG00000026154) ENSPNAG00000007076 ENSPNAG00000026173 ENSPNAG00000026373 ENSPNAG00000004142 ENSPNAG00000026937 Mexicana tetra MODERN SPECIES 2 apoeb (ENSAMXG00000038593) apoc1 (ENSAMXG00000030803) apoc4 (ENSAMXG00000041637) apoa2 (ENSAMXG00000039201) apoc2 (ENSAMXG00000034641) bcam (ENSAMXG00000001733) rps19 (ENSAMXG00000001717) cadm4 (ENSAMXG00000043817) si:ch211-79k12.1 (ENSAMXG00000035054) si:ch211-79k12.2 (ENSAMXG00000033620) ENSAMXG00000040966 ENSAMXG00000040152 ENSAMXG00000042225 ENSAMXG00000029331 pon1 (ENSAMXG00000038629) ywhabl (ENSAMXG00000042444) ##22 ENSAMXG00000031492 ENSAMXG00000034581 SMG9 (ENSAMXG00000016249) KCNN4 (ENSAMXG00000042742) ENSAMXG00000037459 ENSAMXG00000040061 ENSAMXG00000036581 has1 (ENSAMXG00000016438) ENSAMXG00000025133 ENSAMXG00000033254 ENSAMXG00000035281 ENSAMXG00000039673 ENSAMXG00000037382 ENSAMXG00000037644 ENSAMXG00000037848 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000182929.B.a.a.s.a ENSGT00950000182929.B.b.b ENSGT00390000011584 ENSGT00970000194350 ENSGT00390000015918 ENSGT00390000007913 ENSGT00940000161038 ENSGT00390000013102.a.a ENSGT00940000161223.b ENSGT00390000009726 ENSGT00940000154446.b.b.b ENSGT00940000153695.C ENSGT01030000235686 ENSGT01100000264259 ENSGT00390000008932.n ENSGT01090000260040.b.b.a.e ##22 ENSGT00940000163304.j.b ENSGT01100000263586 ENSGT00940000163304.j.a.b ENSGT00390000003568 ENSGT00950000182904.a.a.b ENSGT00940000180961 ENSGT00950000182952.E ENSGT00980000203461 ENSGT00940000170150 ENSGT00390000010337.A ENSGT01020000230438.A ENSGT00940000166443.d.b ENSGT00940000160859.c ENSGT00940000162287.C ENSGT01100000263505.b.b.a.a.a.b Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 598 ENSGT00950000182929.B.a.a.t.b ENSGT00950000182929.B.b.b.b ENSGT00990000204583 ENSGT00970000194350.a ENSGT00390000015918.d ENSGT00390000007913.a ENSGT00940000161038.g ENSGT00390000013102.a.a.a ENSGT00940000161223.b.a ENSGT00390000009726.f ENSGT00940000154446.b.b.b.c ENSGT00940000153695.C.b ENSGT01100000264259.b ENSGT00940000155994.p.b ENSGT00390000008932.n.a.a ENSGT01090000260040.b.b.a.e.a ##22 ENSGT00390000003568.i Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 2913 ENSCARG00000062376 fxyd7 (ENSCARG00000062388) fxyd6l (ENSCARG00000062408) ENSCARG00000062421 ENSCARG00000062491 ENSCARG00000062558 ywhabl (ENSCARG00000062578) ##22 Goldfish MODERN SPECIES 35 ENSCARG00000055708 apoa2 (ENSCARG00000055713) apoc2 (ENSCARG00000055720) ENSCARG00000055734 rps19 (ENSCARG00000055796) cadm4 (ENSCARG00000055843) si:ch211-79k12.1 (ENSCARG00000055887) si:ch211-79k12.2 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ENSGT00950000182929.B.b.b.a ENSGT00390000011584 ENSGT00970000194350.b ENSGT00390000015918.c ENSGT00390000007913.b ENSGT00940000161038.h ENSGT00390000013102.a.a.b ENSGT00940000161223.b.b ENSGT00390000009726.e ENSGT00940000154446.b.b.b.d ENSGT00940000153695.C.a ENSGT01030000235686 ENSGT01100000264259.a ENSGT00940000155994.p.a ENSGT00390000008932.n.b ENSGT01090000260040.b.b.a.e.b ##22 ENSGT00940000163304.j.b ENSGT01100000263586 ENSGT00940000163304.j.a.b.a ENSGT00390000003568.j ENSGT00950000182904.a.a.b.b ENSGT00940000180961 ENSGT00950000182904.a.a.b.a.b ENSGT00950000182952.E.d ENSGT00980000203461 ENSGT00940000170150 ENSGT00390000010337.A.h ENSGT01020000230438.A.k ENSGT00940000160859.c.b ENSGT00940000162287.C ENSGT00940000156393.a.a.c Goldfish MODERN SPECIES 7 apoeb (ENSCARG00000057587) apoc1 (ENSCARG00000057573) apoc4 (ENSCARG00000057561) apoa2 (ENSCARG00000057540) apoc2 (ENSCARG00000057531) ENSCARG00000057469 rps19 (ENSCARG00000057410) cadm4 (ENSCARG00000057369) si:ch211-79k12.1 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ENSGT00940000163304.j.a.b.a.a ENSGT00390000003568.j ENSGT00950000182904.a.a.b.b ENSGT00940000180961 ENSGT00950000182904.a.a.b.a.b ENSGT00950000182952.E.d ENSGT00980000203461 ENSGT00940000170150 ENSGT00390000010337.A.h ENSGT01020000230438.A.k ENSGT00940000160859.c.b ENSGT00940000156393.a.a.c ENSGT00940000155274 Golden-line barbel MODERN SPECIES 10 apoeb (ENSSGRG00000040099) apoc1 (ENSSGRG00000040101) apoc4 (ENSSGRG00000040102) apoa2 (ENSSGRG00000040103) apoc2 (ENSSGRG00000040104) ENSSGRG00000040106 rps19 (ENSSGRG00000040112) cadm4 (ENSSGRG00000040194) si:ch211-79k12.1 (ENSSGRG00000040204) si:ch211-79k12.2 (ENSSGRG00000040205) ENSSGRG00000040207 ENSSGRG00000040208 ENSSGRG00000040222 ENSSGRG00000040240 ENSSGRG00000040245 ywhabl (ENSSGRG00000040249) ##22 ENSSGRG00000040251 SMG9 (ENSSGRG00000040253) ENSSGRG00000040258 KCNN4 (ENSSGRG00000040262) ENSSGRG00000040266 ENSSGRG00000040267 has1 (ENSSGRG00000040275) ENSSGRG00000040339 ENSSGRG00000040340 ENSSGRG00000040341 prss1 (ENSSGRG00000040342) zgc:66448 (ENSSGRG00000040343) ENSSGRG00000040344 ENSSGRG00000040345 ENSSGRG00000040346 Common carp reference MODERN SPECIES 47 ENSCCRG00000062861 apoc4 (ENSCCRG00000079049) apoa2 (ENSCCRG00000026782) apoc2 (ENSCCRG00000026882) ENSCCRG00000026697 rps19 (ENSCCRG00000003705) ENSCCRG00000061727 ENSCCRG00000073665 cadm4 (ENSCCRG00000003581) si:ch211-79k12.1 (ENSCCRG00000079075) ENSCCRG00000046206 fxyd6l (ENSCCRG00000063676) ENSCCRG00000046220 ENSCCRG00000046213 ENSCCRG00000046248 ywhabl (ENSCCRG00000079144) ##22 ENSCCRG00000046277 ENSCCRG00000046280 ENSCCRG00000046288 ENSCCRG00000046299 ENSCCRG00000046301 ENSCCRG00000069020 ENSCCRG00000076593 has1 (ENSCCRG00000061071) ENSCCRG00000067166 ENSCCRG00000073984 znf1035 (ENSCCRG00000073275) ENSCCRG00000008273 ENSCCRG00000006736 ENSCCRG00000075669 ENSCCRG00000006742 Zebrafish MODERN SPECIES 7 apoc4 (ENSDARG00000075614) apoa2 (ENSDARG00000015866) apoc2 (ENSDARG00000092155) bcam (ENSDARG00000090190) rps19 (ENSDARG00000030602) cadm4 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(ENSCHAG00000012839) ENSCHAG00000012795 ENSCHAG00000012768 ptpn2b (ENSCHAG00000012740) psmg2 (ENSCHAG00000012720) ncaldb (ENSCHAG00000012705) grhl2b (ENSCHAG00000012625) znf706 (ENSCHAG00000012599) ywhaz (ENSCHAG00000012562) ##22 PABPC3 (ENSCHAG00000010795) rnf19a (ENSCHAG00000010727) spag1a (ENSCHAG00000010710) polr2k (ENSCHAG00000010679) stk3 (ENSCHAG00000009925) rida (ENSCHAG00000009857) rpl30 (ENSCHAG00000009819) laptm4b (ENSCHAG00000009800) mtdha (ENSCHAG00000009785) rrm2b (ENSCHAG00000008513) ##17 azin1b (ENSCHAG00000008432) ##15 atp6v1c1b (ENSCHAG00000008212) ##13 spire1a (ENSCHAG00000008106) klhl38a (ENSCHAG00000008084) fam91a1 (ENSCHAG00000007774) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 234 ENSGT00550000074694.a.l ENSGT00530000063823.b.b.b ENSGT00940000158307 ENSGT00940000167426 ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00980000199189 ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010.v 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ENSGT00390000018094.k ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010.v ENSGT00940000158862.i.b ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.f ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00940000164643 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000162035.d ENSGT00950000183151.b ENSGT00940000159821 ENSGT00390000005869.a ENSGT00390000008281 ENSGT00390000009042 ENSGT00390000014542 ENSGT01050000244970.a ENSGT00390000016607.b ENSGT00390000009895 Mexicana tetra MODERN SPECIES 15 polr3gla (ENSAMXG00000031351) txnipa (ENSAMXG00000036748) mtx1b (ENSAMXG00000040596) thbs3b (ENSAMXG00000017055) zfpm2b (ENSAMXG00000017011) rnmt (ENSAMXG00000040785) fam210aa (ENSAMXG00000016849) LDLRAD4 (ENSAMXG00000016814) seh1l (ENSAMXG00000016797) ptpn2b (ENSAMXG00000016775) psmg2 (ENSAMXG00000030096) NCALD (ENSAMXG00000016729) grhl2b (ENSAMXG00000040889) znf706 (ENSAMXG00000029061) ENSAMXG00000033825 ywhaz (ENSAMXG00000035237) ##22 pabpc1b (ENSAMXG00000008599) rnf19a (ENSAMXG00000008586) spag1a (ENSAMXG00000008577) ENSAMXG00000031810 ENSAMXG00000034275 ENSAMXG00000039891 cpsf1 (ENSAMXG00000008485) ENSAMXG00000033600 adck5 (ENSAMXG00000008444) LIX1L (ENSAMXG00000032298) mrpl9 (ENSAMXG00000041268) prcc (ENSAMXG00000043281) ENSAMXG00000033020 mrpl24 (ENSAMXG00000008374) ENSAMXG00000008359 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 285 slc25a32a (ENSPNAG00000025807) cthrc1a (ENSPNAG00000025780) mc5ra (ENSPNAG00000006258) rnmt (ENSPNAG00000025746) LDLRAD4 (ENSPNAG00000025724) seh1l (ENSPNAG00000003951) ptpn2b (ENSPNAG00000025695) psmg2 (ENSPNAG00000025672) ncaldb (ENSPNAG00000025580) grhl2b (ENSPNAG00000005593) znf706 (ENSPNAG00000025294) ywhaz (ENSPNAG00000025250) ##22 pabpc1b (ENSPNAG00000024626) rnf19a (ENSPNAG00000024590) spag1a (ENSPNAG00000004823) ENSPNAG00000024504 ENSPNAG00000024484 cpsf1 (ENSPNAG00000024395) adck5 (ENSPNAG00000024279) LIX1L (ENSPNAG00000024228) btr30 (ENSPNAG00000005415) zgc:158376 (ENSPNAG00000024163) UBE2M (ENSPNAG00000024068) kpnb1 (ENSPNAG00000024047) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 107 ENSGT00530000063823.b.b.b ENSGT00940000158307 ENSGT00940000167426 ENSGT00390000002368 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00980000199189 ENSGT00510000048187 ENSGT00940000153393.A ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.a ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010.v ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.f ##22 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ENSGT00390000008918 ENSGT00940000162035 ENSGT00950000183151.b ENSGT00940000159821 ENSGT00390000015641 ENSGT00940000160858 ENSGT00390000002381.a ENSGT01090000261128 ENSGT00550000076117 ENSGT00940000154222.d.b ENSGT00390000009677 ENSGT00390000004417.a Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 563 ENSGT00990000210500 ENSGT00940000163010.v.b ENSGT00940000155788.l.b ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.f ##22 ENSGT00940000160311.a.b.b.b ENSGT00940000158703 ENSGT01090000260061.c.a.d ENSGT00940000160311.a.b.a ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154697.a.a.a.b.b ENSGT00390000008918.k.b ENSGT00940000162035.f ENSGT00950000183151.b.y.a ENSGT00940000159821 ENSGT00390000015641.q ENSGT00940000160858.d ENSGT00390000002381.a.d ENSGT01090000261128 Goldfish DUPLICATION Goldfish MODERN SPECIES 55 ENSCARG00000038569 slc25a32a (ENSCARG00000038482) ENSCARG00000038474 cthrc1a (ENSCARG00000038453) mc5ra (ENSCARG00000038435) rnmt (ENSCARG00000038209) fam210aa (ENSCARG00000038176) LDLRAD4 (ENSCARG00000038153) ENSCARG00000038114 ptpn2b (ENSCARG00000038058) psmg2 (ENSCARG00000038038) ENSCARG00000038034 ncaldb (ENSCARG00000038022) grhl2b (ENSCARG00000037957) ENSCARG00000037921 ywhaz (ENSCARG00000037845) ##22 pabpc1b (ENSCARG00000036750) rnf19a (ENSCARG00000036646) spag1a (ENSCARG00000036576) polr2k (ENSCARG00000036549) ENSCARG00000036536 ENSCARG00000036531 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(ENSCARG00000008393) eepd1 (ENSCARG00000008518) chtopa (ENSCARG00000008531) snapin (ENSCARG00000008536) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 122 ENSGT00920000149145.n.a ENSGT00390000018094.k.b ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a.h.b.a ENSGT00390000002368.g ENSGT00940000156554.b.b ENSGT00390000000724.c.b.d.c ENSGT00940000153393.A.s ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000154686.a.a ENSGT00940000154686.a.b ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010.v.a ENSGT00940000155788.l.a ENSGT00390000003465.b.b.a.a ENSGT01090000260040.b.b.a.f ##22 ENSGT00940000160311.a.b.b.b ENSGT00940000158703 ENSGT00940000154697.a.a.a.b.a ENSGT00390000008918.k.a ENSGT00940000162035.e ENSGT00950000183151.b.z ENSGT00390000015641.r ENSGT00940000160858.c ENSGT00390000002381.a.c ENSGT00550000076117 ENSGT00940000154222.d.b.l ENSGT00390000009677.g ENSGT00390000004417.a.m ENSGT00390000002869.fc.b ENSGT00390000008274.c Common carp reference DUPLICATION Common carp reference MODERN SPECIES 31 ENSCCRG00000066770 ENSCCRG00000003152 slc25a32a (ENSCCRG00000046830) cthrc1a (ENSCCRG00000009904) mc5ra (ENSCCRG00000000776) ENSCCRG00000071567 rnmt (ENSCCRG00000029572) fam210aa (ENSCCRG00000053565) LDLRAD4 (ENSCCRG00000079365) ENSCCRG00000051410 ptpn2b (ENSCCRG00000032944) psmg2 (ENSCCRG00000032949) ncaldb (ENSCCRG00000064623) grhl2b (ENSCCRG00000027353) znf706 (ENSCCRG00000067074) ywhaz (ENSCCRG00000040635) ##22 pabpc1b (ENSCCRG00000038637) rnf19a (ENSCCRG00000060840) spag1a (ENSCCRG00000058172) ENSCCRG00000069353 polr2k (ENSCCRG00000004893) cpsf1 (ENSCCRG00000006842) ctdp1 (ENSCCRG00000079408) KCNG2 (ENSCCRG00000077455) SLC66A2 (ENSCCRG00000061651) HSBP1L1 (ENSCCRG00000060925) septin7a (ENSCCRG00000012584) eepd1 (ENSCCRG00000047217) MATCAP2 (ENSCCRG00000047215) chtopa (ENSCCRG00000066556) smad10a (ENSCCRG00000082347) Common carp reference MODERN SPECIES 12 slc25a32a (ENSCCRG00000071499) cthrc1a (ENSCCRG00000065195) mc5ra (ENSCCRG00000075946) rnmt 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spag1a (ENSSGRG00000025781) polr2k (ENSSGRG00000025774) ENSSGRG00000025772 cpsf1 (ENSSGRG00000024699) ctdp1 (ENSSGRG00000024675) ENSSGRG00000024662 SLC66A2 (ENSSGRG00000024660) septin7a (ENSSGRG00000024543) eepd1 (ENSSGRG00000024532) MATCAP2 (ENSSGRG00000024500) ENSSGRG00000024498 chtopa (ENSSGRG00000024497) snapin (ENSSGRG00000024496) Zebrafish MODERN SPECIES 10 zfpm2b (ENSDARG00000100560) ENSDARG00000102690 slc25a32a (ENSDARG00000089791) cthrc1a (ENSDARG00000087198) mc5ra (ENSDARG00000031348) rnmt (ENSDARG00000070553) fam210aa (ENSDARG00000035985) LDLRAD4 (ENSDARG00000070555) seh1l (ENSDARG00000004280) ENSDARG00000030954 ptpn2b (ENSDARG00000035986) psmg2 (ENSDARG00000035987) ncaldb (ENSDARG00000011334) grhl2b (ENSDARG00000061974) znf706 (ENSDARG00000056307) ywhaz (ENSDARG00000032575) ##22 pabpc1b (ENSDARG00000021140) rnf19a (ENSDARG00000012040) spag1a (ENSDARG00000004017) polr2k (ENSDARG00000075616) ENSDARG00000087145 cpsf1 (ENSDARG00000034178) adck5 (ENSDARG00000075405) ctdp1 (ENSDARG00000017522) KCNG2 (ENSDARG00000035961) SLC66A2 (ENSDARG00000112922) hsbp1l1 (ENSDARG00000075984) septin7a (ENSDARG00000087647) eepd1 (ENSDARG00000071116) ENSDARG00000101686 ENSDARG00000062828 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.b #22 Lamprey MODERN SPECIES 2119 ENSPMAG00000005869 ncalda (ENSPMAG00000005871) ENSPMAG00000005876 ywhaz (ENSPMAG00000005892) #22 ENSPMAG00000005943 #21 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a ##22 Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata DUPLICATION Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.a.a ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.a.a ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.a.a ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 2926 ENSLACG00000001369 ##22 ENSLACG00000004395 Elephant shark MODERN SPECIES 2819 ENSCMIG00000005142 ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.a.b ##22 Elephant shark MODERN SPECIES 1921 ENSCMIG00000014141 ##22 ENSCMIG00000014158 ENSCMIG00000014204 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 Elephant shark MODERN SPECIES 1606 ENSCMIG00000014556 ENSCMIG00000014550 ENSCMIG00000014548 rbbp4 (ENSCMIG00000014507) ccdc28b (ENSCMIG00000014489) txlna (ENSCMIG00000014423) KPNA6 (ENSCMIG00000014390) tmem39b (ENSCMIG00000014380) rnf19b (ENSCMIG00000014362) ak2 (ENSCMIG00000014356) ENSCMIG00000014285 #12 pabpc4 (ENSCMIG00000014163) ppie (ENSCMIG00000014125) zgc:91944 (ENSCMIG00000014114) zgc:91910 (ENSCMIG00000014109) ywhaba (ENSCMIG00000014101) ##22 ENSCMIG00000014094 ENSCMIG00000014090 FBXO39 (ENSCMIG00000014087) mfsd2aa (ENSCMIG00000014045) ENSCMIG00000014028 rhag (ENSCMIG00000014021) tmem50a (ENSCMIG00000014019) snrpc (ENSCMIG00000014018) mgst3b (ENSCMIG00000014016) trappc3 (ENSCMIG00000014006) col8a2 (ENSCMIG00000014001) yars1 (ENSCMIG00000013997) fndc5b (ENSCMIG00000013995) LDLRAP1 (ENSCMIG00000013994) maco1b (ENSCMIG00000013967) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000155536 ENSGT00650000093438 ENSGT00390000009631 ENSGT00390000013853 ENSGT00390000004263.a ##13 ENSGT00950000182995.e.b ##15 ENSGT00940000159405 ENSGT00940000156357 ENSGT00390000013305.a.b ##17 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788 ENSGT00390000003465.a ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00940000172596 ENSGT00500000044936 ENSGT00940000154684 ENSGT00940000160530 ENSGT00940000154984.C ENSGT00940000160344 ENSGT00940000159321 ENSGT00390000017478 ENSGT00420000029792 ENSGT00390000012138.a.b ENSGT00940000158008 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 264 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663 ENSGT00940000160455 ENSGT00400000024545 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000160254 ENSGT00390000015972 Coelacanth MODERN SPECIES 1611 KCNK15 (ENSLACG00000010792) RIMS4 (ENSLACG00000010482) YWHAB (ENSLACG00000006486) ##22 PABPC1L (ENSLACG00000005762) tomm34 (ENSLACG00000005351) ENSLACG00000022436 STK4 (ENSLACG00000002595) KCNS1 (ENSLACG00000001705) Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 126 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000176933 ENSGT00940000160455 ENSGT00400000024545 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000160254 ENSGT00390000015972 ENSGT00940000165482 ENSGT00940000160586 ENSGT00940000162210 Anura ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000159503 ENSGT00940000155029.c.b ENSGT00940000159774 ENSGT00940000162072 ENSGT00940000158354 ENSGT00940000161108 ENSGT00940000161230 ENSGT00940000161529 ENSGT00940000161386 ENSGT00950000183025.a ENSGT00940000159091 ENSGT00390000007843 ENSGT00390000005121 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000159787 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toad MODERN SPECIES 3 HOXB1 (ENSLLEG00000023048) HOXB2 (ENSLLEG00000023108) HOXB3 (ENSLLEG00000023143) ENSLLEG00000023190 HOXB5 (ENSLLEG00000023222) HOXB6 (ENSLLEG00000023245) HOXB7 (ENSLLEG00000023272) HOXB8 (ENSLLEG00000023318) HOXB9 (ENSLLEG00000023395) ENSLLEG00000023455 UBE2Z (ENSLLEG00000023729) SNF8 (ENSLLEG00000023829) ENSLLEG00000024142 KCNK15 (ENSLLEG00000024208) RIMS4 (ENSLLEG00000024242) YWHAB (ENSLLEG00000024333) ##22 PABPC1L (ENSLLEG00000024384) ENSLLEG00000024616 KCNS1 (ENSLLEG00000024857) MATN4 (ENSLLEG00000025093) SDC4 (ENSLLEG00000025232) ENSLLEG00000025298 GDF5 (ENSLLEG00000025320) ENSLLEG00000025346 UQCC1 (ENSLLEG00000025413) ENSLLEG00000025536 FAM83C (ENSLLEG00000025582) ENSLLEG00000025738 KLHL11 (ENSLLEG00000025819) ACLY (ENSLLEG00000025915) ODAD4 (ENSLLEG00000026698) Amniota ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000153269.b.a ENSGT01100000263484.B.b.a ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00940000162037 ENSGT00510000047836 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153269.b.a ENSGT01100000263484.B.b.a ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00940000162037 Platypus MODERN SPECIES 19 ENSOANG00000043650 ENSOANG00000049599 ENSOANG00000044052 ENSOANG00000042834 OSER1 (ENSOANG00000004271) GDAP1L1 (ENSOANG00000044800) FITM2 (ENSOANG00000040852) R3HDML (ENSOANG00000002714) HNF4A (ENSOANG00000006363) TTPAL (ENSOANG00000006739) SERINC3 (ENSOANG00000045523) ENSOANG00000044044 ADA (ENSOANG00000009775) CCN5 (ENSOANG00000048718) RIMS4 (ENSOANG00000008896) YWHAB (ENSOANG00000015795) ##22 PABPC1L (ENSOANG00000015793) STK4 (ENSOANG00000038733) KCNS1 (ENSOANG00000048955) ENSOANG00000007842 ENSOANG00000020962 RBPJL (ENSOANG00000037392) SDC4 (ENSOANG00000010559) SYS1 (ENSOANG00000008862) ENSOANG00000045884 ENSOANG00000050196 PIGT (ENSOANG00000036047) ENSOANG00000040664 UNC13C (ENSOANG00000049555) RSL24D1 (ENSOANG00000038127) RAB27A (ENSOANG00000001183) Theria ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000153269.b.a ENSGT01100000263484.B.b.a ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00940000164331 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00950000184089 ENSGT00530000064218 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 1027 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 Sloth MODERN SPECIES 8403 YWHAB (ENSCHOG00000005782) ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 3631 ERH (ENSDNOG00000034098) GALNT16 (ENSDNOG00000042275) EXD2 (ENSDNOG00000046970) DCAF5 (ENSDNOG00000018872) ENSDNOG00000042062 ACTN1 (ENSDNOG00000045722) ENSDNOG00000048622 ZFP36L1 (ENSDNOG00000005159) RAD51B (ENSDNOG00000049492) ENSDNOG00000044979 ENSDNOG00000034723 RDH12 (ENSDNOG00000003650) RDH11 (ENSDNOG00000042867) VTI1B (ENSDNOG00000003643) ARG2 (ENSDNOG00000004808) ENSDNOG00000043235 ##22 PIGH (ENSDNOG00000004804) PLEKHH1 (ENSDNOG00000004784) ENSDNOG00000004245 TMEM229B (ENSDNOG00000032813) PLEK2 (ENSDNOG00000013946) EIF2S1 (ENSDNOG00000024635) ENSDNOG00000013927 PALS1 (ENSDNOG00000000613) GARIN2 (ENSDNOG00000010991) ENSDNOG00000017177 ENSDNOG00000043304 CCDC196 (ENSDNOG00000003275) FUT8 (ENSDNOG00000001298) ENSDNOG00000011133 FNTB (ENSDNOG00000024256) Armadillo MODERN SPECIES 2038 ENSDNOG00000040980 ENSDNOG00000033647 ENSDNOG00000037908 ENSDNOG00000049277 ENSDNOG00000047807 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2073 CCN5 (ENSDNOG00000043883) RIMS4 (ENSDNOG00000031340) ENSDNOG00000048216 ##22 PABPC1L (ENSDNOG00000048450) TOMM34 (ENSDNOG00000039897) ENSDNOG00000043377 Armadillo MODERN SPECIES 1838 ENSDNOG00000041370 ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00950000184089 ENSGT00530000064218 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00950000184089 ENSGT00530000064218 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Elephant MODERN SPECIES 180 GTSF1L (ENSLAFG00000008405) TOX2 (ENSLAFG00000003055) JPH2 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ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 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ENSGT00390000017387 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 1 TOX2 (ENSMFAG00000036799) JPH2 (ENSMFAG00000002372) OSER1 (ENSMFAG00000000578) GDAP1L1 (ENSMFAG00000031122) ENSMFAG00000057869 FITM2 (ENSMFAG00000044491) R3HDML (ENSMFAG00000038530) HNF4A (ENSMFAG00000035660) ENSMFAG00000053985 TTPAL (ENSMFAG00000036596) SERINC3 (ENSMFAG00000045198) PKIG (ENSMFAG00000003009) ENSMFAG00000042071 CCN5 (ENSMFAG00000036685) RIMS4 (ENSMFAG00000052597) YWHAB (ENSMFAG00000043236) ##22 ENSMFAG00000051790 PABPC1L (ENSMFAG00000040365) TOMM34 (ENSMFAG00000042107) STK4 (ENSMFAG00000030410) KCNS1 (ENSMFAG00000053982) WFDC5 (ENSMFAG00000043142) WFDC12 (ENSMFAG00000002898) PI3 (ENSMFAG00000045404) ENSMFAG00000042736 SEMG2 (ENSMFAG00000003613) SLPI (ENSMFAG00000040605) MATN4 (ENSMFAG00000042342) RBPJL (ENSMFAG00000041142) SDC4 (ENSMFAG00000051697) PIGT (ENSMFAG00000043460) Rhesus MODERN SPECIES 1 JPH2 (ENSMMUG00000022865) OSER1 (ENSMMUG00000002838) GDAP1L1 (ENSMMUG00000002839) FITM2 (ENSMMUG00000029871) ENSMMUG00000052567 R3HDML (ENSMMUG00000022215) ENSMMUG00000061760 HNF4A (ENSMMUG00000006464) TTPAL (ENSMMUG00000013968) SERINC3 (ENSMMUG00000013969) PKIG (ENSMMUG00000048521) ENSMMUG00000063590 ADA (ENSMMUG00000010603) CCN5 (ENSMMUG00000045256) RIMS4 (ENSMMUG00000050253) YWHAB (ENSMMUG00000013206) ##22 PABPC1L (ENSMMUG00000013209) TOMM34 (ENSMMUG00000013211) STK4 (ENSMMUG00000013212) KCNS1 (ENSMMUG00000013214) WFDC5 (ENSMMUG00000013216) WFDC12 (ENSMMUG00000013217) PI3 (ENSMMUG00000063099) ENSMMUG00000062738 SEMG2 (ENSMMUG00000017560) SLPI (ENSMMUG00000050091) MATN4 (ENSMMUG00000003402) RBPJL (ENSMMUG00000003404) SDC4 (ENSMMUG00000048424) ENSMMUG00000056860 SYS1 (ENSMMUG00000063632) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 51 ENSGT00390000018547 ENSGT00980000199031 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00860000134401 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b.o ENSGT00940000160207 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(ENSRBIG00000031254) RBPJL (ENSRBIG00000042360) SDC4 (ENSRBIG00000043866) SYS1 (ENSRBIG00000022011) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00980000199031 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00940000162560.c.b ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 Gibbon MODERN SPECIES 3 JPH2 (ENSNLEG00000006585) OSER1 (ENSNLEG00000006587) ENSNLEG00000029758 GDAP1L1 (ENSNLEG00000006589) FITM2 (ENSNLEG00000031441) R3HDML (ENSNLEG00000006593) HNF4A (ENSNLEG00000006596) ENSNLEG00000019223 ENSNLEG00000033988 TTPAL (ENSNLEG00000006612) SERINC3 (ENSNLEG00000027258) ADA (ENSNLEG00000006622) CCN5 (ENSNLEG00000006637) KCNK15 (ENSNLEG00000031103) RIMS4 (ENSNLEG00000006640) YWHAB (ENSNLEG00000006643) ##22 ENSNLEG00000006653 TOMM34 (ENSNLEG00000006657) STK4 (ENSNLEG00000006664) KCNS1 (ENSNLEG00000006677) WFDC5 (ENSNLEG00000006681) WFDC12 (ENSNLEG00000006683) PI3 (ENSNLEG00000006687) SLPI (ENSNLEG00000006690) ENSNLEG00000006692 ENSNLEG00000006697 SDC4 (ENSNLEG00000006698) SYS1 (ENSNLEG00000028851) TP53TG5 (ENSNLEG00000006708) ENSNLEG00000006712 PIGT (ENSNLEG00000006720) Hominidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00940000162560.d ENSGT00940000162560.c.b ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a Orangutan MODERN SPECIES 11 ENSPPYG00000034056 TOX2 (ENSPPYG00000011025) JPH2 (ENSPPYG00000011026) OSER1 (ENSPPYG00000011027) GDAP1L1 (ENSPPYG00000011028) FITM2 (ENSPPYG00000011029) R3HDML (ENSPPYG00000011030) HNF4A (ENSPPYG00000011031) TTPAL (ENSPPYG00000011034) SERINC3 (ENSPPYG00000011035) PKIG (ENSPPYG00000011036) ADA (ENSPPYG00000011038) CCN5 (ENSPPYG00000011039) ENSPPYG00000011040 RIMS4 (ENSPPYG00000033050) YWHAB (ENSPPYG00000011041) ##22 PABPC1L (ENSPPYG00000011042) TOMM34 (ENSPPYG00000011044) STK4 (ENSPPYG00000011045) KCNS1 (ENSPPYG00000011046) WFDC5 (ENSPPYG00000011047) WFDC12 (ENSPPYG00000011048) PI3 (ENSPPYG00000011049) ENSPPYG00000011050 SEMG2 (ENSPPYG00000032101) ENSPPYG00000041042 SLPI (ENSPPYG00000011051) MATN4 (ENSPPYG00000011052) RBPJL (ENSPPYG00000011053) SDC4 (ENSPPYG00000038657) SYS1 (ENSPPYG00000036501) Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00940000162560.d ENSGT00940000162560.c.b ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 Gorilla MODERN SPECIES 11 JPH2 (ENSGGOG00000006697) OSER1 (ENSGGOG00000022998) GDAP1L1 (ENSGGOG00000003331) FITM2 (ENSGGOG00000040129) R3HDML (ENSGGOG00000005395) HNF4A (ENSGGOG00000006988) TTPAL (ENSGGOG00000004790) ENSGGOG00000014200 ENSGGOG00000025831 SERINC3 (ENSGGOG00000015400) PKIG (ENSGGOG00000024612) ADA (ENSGGOG00000006856) CCN5 (ENSGGOG00000024218) KCNK15 (ENSGGOG00000013704) RIMS4 (ENSGGOG00000013710) YWHAB (ENSGGOG00000004580) ##22 PABPC1L (ENSGGOG00000004584) TOMM34 (ENSGGOG00000003560) STK4 (ENSGGOG00000003234) KCNS1 (ENSGGOG00000042845) ENSGGOG00000003007 WFDC12 (ENSGGOG00000023468) PI3 (ENSGGOG00000027291) ENSGGOG00000041390 SEMG2 (ENSGGOG00000002554) SLPI (ENSGGOG00000016177) MATN4 (ENSGGOG00000004140) RBPJL (ENSGGOG00000004147) SDC4 (ENSGGOG00000004153) SYS1 (ENSGGOG00000004155) TP53TG5 (ENSGGOG00000004159) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00940000162560.d ENSGT00940000162560.c.b ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 Human MODERN SPECIES 12 GTSF1L (ENSG00000124196) TOX2 (ENSG00000124191) JPH2 (ENSG00000149596) OSER1 (ENSG00000132823) GDAP1L1 (ENSG00000124194) FITM2 (ENSG00000197296) R3HDML (ENSG00000101074) HNF4A (ENSG00000101076) TTPAL (ENSG00000124120) SERINC3 (ENSG00000132824) PKIG (ENSG00000168734) ADA (ENSG00000196839) CCN5 (ENSG00000064205) KCNK15 (ENSG00000124249) RIMS4 (ENSG00000101098) YWHAB (ENSG00000166913) ##22 PABPC1L (ENSG00000101104) TOMM34 (ENSG00000025772) STK4 (ENSG00000101109) KCNS1 (ENSG00000124134) WFDC5 (ENSG00000175121) WFDC12 (ENSG00000168703) PI3 (ENSG00000124102) SEMG1 (ENSG00000124233) SEMG2 (ENSG00000124157) SLPI (ENSG00000124107) MATN4 (ENSG00000124159) RBPJL (ENSG00000124232) SDC4 (ENSG00000124145) SYS1 (ENSG00000204070) TP53TG5 (ENSG00000124251) Pan ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00860000134401 ENSGT00390000016988.a.a.a.a.b ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00940000162560.d ENSGT00940000162560.c.b ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 Chimpanzee MODERN SPECIES 11 JPH2 (ENSPTRG00000047332) OSER1 (ENSPTRG00000013514) GDAP1L1 (ENSPTRG00000013515) FITM2 (ENSPTRG00000013516) R3HDML (ENSPTRG00000013517) HNF4A (ENSPTRG00000013519) ENSPTRG00000030548 ENSPTRG00000043551 TTPAL (ENSPTRG00000050927) SERINC3 (ENSPTRG00000013522) PKIG (ENSPTRG00000048203) ADA (ENSPTRG00000013524) CCN5 (ENSPTRG00000013526) KCNK15 (ENSPTRG00000013527) RIMS4 (ENSPTRG00000013528) YWHAB (ENSPTRG00000013529) ##22 PABPC1L (ENSPTRG00000013531) ENSPTRG00000044192 TOMM34 (ENSPTRG00000013532) STK4 (ENSPTRG00000013533) KCNS1 (ENSPTRG00000013534) WFDC5 (ENSPTRG00000013535) WFDC12 (ENSPTRG00000013536) PI3 (ENSPTRG00000013537) SEMG1 (ENSPTRG00000044347) SEMG2 (ENSPTRG00000013538) SLPI (ENSPTRG00000013540) MATN4 (ENSPTRG00000013541) RBPJL (ENSPTRG00000013542) SDC4 (ENSPTRG00000049711) SYS1 (ENSPTRG00000032508) Bonobo MODERN SPECIES 11 ENSPPAG00000030067 OSER1 (ENSPPAG00000030420) GDAP1L1 (ENSPPAG00000032416) FITM2 (ENSPPAG00000035906) R3HDML (ENSPPAG00000036842) HNF4A (ENSPPAG00000037962) ENSPPAG00000027142 ENSPPAG00000027725 TTPAL (ENSPPAG00000031237) SERINC3 (ENSPPAG00000033610) PKIG (ENSPPAG00000041404) ADA (ENSPPAG00000024854) CCN5 (ENSPPAG00000036307) KCNK15 (ENSPPAG00000033660) RIMS4 (ENSPPAG00000033892) YWHAB (ENSPPAG00000036479) ##22 PABPC1L (ENSPPAG00000039677) TOMM34 (ENSPPAG00000043523) STK4 (ENSPPAG00000027517) KCNS1 (ENSPPAG00000037133) ENSPPAG00000038621 WFDC12 (ENSPPAG00000000101) PI3 (ENSPPAG00000027163) SEMG1 (ENSPPAG00000028529) SEMG2 (ENSPPAG00000029249) SLPI (ENSPPAG00000031762) MATN4 (ENSPPAG00000035708) RBPJL (ENSPPAG00000037289) SDC4 (ENSPPAG00000026773) SYS1 (ENSPPAG00000039458) TP53TG5 (ENSPPAG00000034658) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 153 NIPSNAP1 (ENSOGAG00000012167) THOC5 (ENSOGAG00000012160) NEFH (ENSOGAG00000012157) AP1B1 (ENSOGAG00000012490) RASL10A (ENSOGAG00000030224) GAS2L1 (ENSOGAG00000032789) EWSR1 (ENSOGAG00000012489) RHBDD3 (ENSOGAG00000012486) EMID1 (ENSOGAG00000012482) KREMEN1 (ENSOGAG00000008979) C22orf31 (ENSOGAG00000008977) ZNRF3 (ENSOGAG00000031763) XBP1 (ENSOGAG00000003972) CCDC117 (ENSOGAG00000003970) HSCB (ENSOGAG00000003969) ENSOGAG00000032803 ##22 CHEK2 (ENSOGAG00000003966) ENSOGAG00000034103 TTC28 (ENSOGAG00000012896) SEC14L4 (ENSOGAG00000012859) PITPNB (ENSOGAG00000000391) MN1 (ENSOGAG00000032098) CRYBA4 (ENSOGAG00000001506) CRYBB1 (ENSOGAG00000001504) TPST2 (ENSOGAG00000001503) ENSOGAG00000010584 ENSOGAG00000010579 ENSOGAG00000010576 ASPHD2 (ENSOGAG00000029368) SEZ6L (ENSOGAG00000010569) MYO18B (ENSOGAG00000003452) Bushbaby MODERN SPECIES 138 GTSF1L (ENSOGAG00000007706) TOX2 (ENSOGAG00000007709) JPH2 (ENSOGAG00000034656) OSER1 (ENSOGAG00000007711) GDAP1L1 (ENSOGAG00000007713) FITM2 (ENSOGAG00000013417) R3HDML (ENSOGAG00000031807) HNF4A (ENSOGAG00000029426) TTPAL (ENSOGAG00000016084) SERINC3 (ENSOGAG00000028171) PKIG (ENSOGAG00000030592) ADA (ENSOGAG00000016280) CCN5 (ENSOGAG00000012555) KCNK15 (ENSOGAG00000012557) RIMS4 (ENSOGAG00000011045) ENSOGAG00000008909 ##22 PABPC1L (ENSOGAG00000032999) TOMM34 (ENSOGAG00000008911) STK4 (ENSOGAG00000006656) KCNS1 (ENSOGAG00000025880) WFDC5 (ENSOGAG00000006665) PI3 (ENSOGAG00000006670) ENSOGAG00000034580 ENSOGAG00000024067 SLPI (ENSOGAG00000005681) ENSOGAG00000024142 MATN4 (ENSOGAG00000007290) RBPJL (ENSOGAG00000024900) SDC4 (ENSOGAG00000007291) SYS1 (ENSOGAG00000025081) TP53TG5 (ENSOGAG00000010381) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Mouse lemur MODERN SPECIES 9 TOX2 (ENSMICG00000008209) JPH2 (ENSMICG00000008215) OSER1 (ENSMICG00000036505) GDAP1L1 (ENSMICG00000008227) FITM2 (ENSMICG00000044829) R3HDML (ENSMICG00000008238) HNF4A (ENSMICG00000008240) TTPAL (ENSMICG00000008264) ENSMICG00000008272 ENSMICG00000003716 PKIG (ENSMICG00000044432) ADA (ENSMICG00000008277) CCN5 (ENSMICG00000028370) KCNK15 (ENSMICG00000008293) RIMS4 (ENSMICG00000042022) YWHAB (ENSMICG00000037501) ##22 ENSMICG00000027004 ENSMICG00000000974 TOMM34 (ENSMICG00000032653) ENSMICG00000047226 STK4 (ENSMICG00000000982) KCNS1 (ENSMICG00000000984) WFDC5 (ENSMICG00000046725) WFDC12 (ENSMICG00000000986) PI3 (ENSMICG00000000987) MATN4 (ENSMICG00000014207) RBPJL (ENSMICG00000014225) SDC4 (ENSMICG00000032459) SYS1 (ENSMICG00000028195) TP53TG5 (ENSMICG00000014268) DBNDD2 (ENSMICG00000031138) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 121 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a.s ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00530000064218 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 404 ENSPSMG00000011299 OSER1 (ENSPSMG00000011307) GDAP1L1 (ENSPSMG00000011338) FITM2 (ENSPSMG00000011355) R3HDML (ENSPSMG00000011359) HNF4A (ENSPSMG00000011439) TTPAL (ENSPSMG00000011527) ENSPSMG00000011567 PKIG (ENSPSMG00000011590) ADA (ENSPSMG00000011633) CCN5 (ENSPSMG00000011644) RIMS4 (ENSPSMG00000011654) YWHAB (ENSPSMG00000011706) ##22 PABPC1L (ENSPSMG00000011816) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 726 GDAP1L1 (ENSPCOG00000027697) FITM2 (ENSPCOG00000014507) R3HDML (ENSPCOG00000012237) HNF4A (ENSPCOG00000026858) TTPAL (ENSPCOG00000013980) SERINC3 (ENSPCOG00000026377) PKIG (ENSPCOG00000019994) ADA (ENSPCOG00000021160) CCN5 (ENSPCOG00000000043) KCNK15 (ENSPCOG00000017144) RIMS4 (ENSPCOG00000018866) YWHAB (ENSPCOG00000027996) ##22 PABPC1L (ENSPCOG00000020630) TOMM34 (ENSPCOG00000026632) STK4 (ENSPCOG00000018747) KCNS1 (ENSPCOG00000022498) WFDC5 (ENSPCOG00000017628) WFDC12 (ENSPCOG00000018285) PI3 (ENSPCOG00000019903) SLPI (ENSPCOG00000020689) MATN4 (ENSPCOG00000014393) RBPJL (ENSPCOG00000027026) SDC4 (ENSPCOG00000023225) SYS1 (ENSPCOG00000023666) TP53TG5 (ENSPCOG00000023205) DBNDD2 (ENSPCOG00000025131) PIGT (ENSPCOG00000026612) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000162560 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Tree shrew MODERN SPECIES 3460 YWHAB (ENSTBEG00000002806) ##22 PABPC1L (ENSTBEG00000002851) TOMM34 (ENSTBEG00000003503) ENSTBEG00000003604 Glires ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000162560 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000156091.b ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787.a ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00730000111410 Pika MODERN SPECIES 3185 PKIG (ENSOPRG00000011784) ADA (ENSOPRG00000011789) CCN5 (ENSOPRG00000011802) ENSOPRG00000011810 RIMS4 (ENSOPRG00000011827) YWHAB (ENSOPRG00000011836) ##22 PABPC1L (ENSOPRG00000011846) TOMM34 (ENSOPRG00000011862) STK4 (ENSOPRG00000011874) KCNS1 (ENSOPRG00000011900) ENSOPRG00000011913 SLPI (ENSOPRG00000011937) MATN4 (ENSOPRG00000011944) RBPJL (ENSOPRG00000011978) SDC4 (ENSOPRG00000012004) SYS1 (ENSOPRG00000012016) TP53TG5 (ENSOPRG00000012021) DBNDD2 (ENSOPRG00000012034) Rabbit MODERN SPECIES 458 KCNK15 (ENSOCUG00000015707) RIMS4 (ENSOCUG00000015710) YWHAB (ENSOCUG00000003002) ##22 ENSOCUG00000003005 ENSOCUG00000034534 TOMM34 (ENSOCUG00000003012) STK4 (ENSOCUG00000003016) KCNS1 (ENSOCUG00000022113) WFDC5 (ENSOCUG00000020941) ENSOCUG00000021444 ENSOCUG00000029148 ENSOCUG00000029033 MATN4 (ENSOCUG00000009079) ENSOCUG00000009087 SDC4 (ENSOCUG00000009097) SYS1 (ENSOCUG00000009102) ENSOCUG00000009104 DBNDD2 (ENSOCUG00000022929) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000162560 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000162560 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Kangaroo rat MODERN SPECIES 332 Ift52 (ENSDORG00000011592) Mybl2 (ENSDORG00000006855) Tox2 (ENSDORG00000013714) Oser1 (ENSDORG00000027077) Gdap1l1 (ENSDORG00000008323) Fitm2 (ENSDORG00000025483) R3hdml (ENSDORG00000026101) Hnf4a (ENSDORG00000005971) Ttpal (ENSDORG00000004956) Serinc3 (ENSDORG00000004957) Pkig (ENSDORG00000026731) Ada (ENSDORG00000004804) Ccn5 (ENSDORG00000005480) Kcnk15 (ENSDORG00000012778) Rims4 (ENSDORG00000010852) Ywhab (ENSDORG00000030212) ##22 Pabpc1l (ENSDORG00000001067) Tomm34 (ENSDORG00000001070) ENSDORG00000027779 Kcns1 (ENSDORG00000027611) Wfdc5 (ENSDORG00000012524) ENSDORG00000027603 Slpi (ENSDORG00000006613) Matn4 (ENSDORG00000001014) Rbpjl (ENSDORG00000001015) Sdc4 (ENSDORG00000001016) Sys1 (ENSDORG00000015786) Trp53tg5 (ENSDORG00000015787) Dbndd2 (ENSDORG00000028396) Pigt (ENSDORG00000015789) ENSDORG00000015474 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000162560 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 169 Mybl2 (ENSJJAG00000012069) Tox2 (ENSJJAG00000016389) Jph2 (ENSJJAG00000005442) Oser1 (ENSJJAG00000011317) Gdap1l1 (ENSJJAG00000013580) Fitm2 (ENSJJAG00000014512) R3hdml (ENSJJAG00000016733) Hnf4a (ENSJJAG00000020210) Ttpal (ENSJJAG00000020474) ENSJJAG00000022211 ENSJJAG00000022491 Ada (ENSJJAG00000005078) Ccn5 (ENSJJAG00000011297) Kcnk15 (ENSJJAG00000011762) Rims4 (ENSJJAG00000021339) Ywhab (ENSJJAG00000021783) ##22 Pabpc1l (ENSJJAG00000022406) Tomm34 (ENSJJAG00000011266) Stk4 (ENSJJAG00000014529) Kcns1 (ENSJJAG00000016697) Wfdc5 (ENSJJAG00000021332) ENSJJAG00000021478 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00950000184089 ENSGT00390000002529.d ENSGT00390000002529.c ENSGT00940000162560 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1562 Mybl2 (ENSNGAG00000018616) Tox2 (ENSNGAG00000006494) Jph2 (ENSNGAG00000010483) Oser1 (ENSNGAG00000023794) 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ENSGT00390000002707.j ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529.d ENSGT00390000002529.c ENSGT00940000162560.b ENSGT00520000057703 ENSGT00940000162560.a ENSGT00730000114163 ENSGT00730000113952 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b Steppe mouse MODERN SPECIES 3221 Jph2 (ENSMSIG00000028560) Oser1 (ENSMSIG00000028563) Gdap1l1 (ENSMSIG00000028567) Fitm2 (ENSMSIG00000028577) R3hdml (ENSMSIG00000028582) ENSMSIG00000028588 Hnf4a (ENSMSIG00000028595) Ttpal (ENSMSIG00000028603) Serinc3 (ENSMSIG00000028608) ENSMSIG00000028612 Pkig (ENSMSIG00000028615) Ada (ENSMSIG00000028618) Ccn5 (ENSMSIG00000028629) Kcnk15 (ENSMSIG00000028635) Rims4 (ENSMSIG00000028639) Ywhab (ENSMSIG00000028646) ##22 Pabpc1l (ENSMSIG00000028649) ENSMSIG00000028651 Stk4 (ENSMSIG00000028671) Kcns1 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MGP_CAROLIEiJ_G0024637 MGP_CAROLIEiJ_G0024638 MGP_CAROLIEiJ_G0024639 MGP_CAROLIEiJ_G0024640 Slpi (MGP_CAROLIEiJ_G0024641) Shrew mouse MODERN SPECIES 16 Gtsf1l (MGP_PahariEiJ_G0026055) Tox2 (MGP_PahariEiJ_G0026056) Jph2 (MGP_PahariEiJ_G0026057) Oser1 (MGP_PahariEiJ_G0026058) Gdap1l1 (MGP_PahariEiJ_G0026059) Fitm2 (MGP_PahariEiJ_G0026060) R3hdml (MGP_PahariEiJ_G0026061) Hnf4a (MGP_PahariEiJ_G0026062) Ttpal (MGP_PahariEiJ_G0026063) Serinc3 (MGP_PahariEiJ_G0026064) Pkig (MGP_PahariEiJ_G0026065) Ada (MGP_PahariEiJ_G0026066) Ccn5 (MGP_PahariEiJ_G0026067) Kcnk15 (MGP_PahariEiJ_G0026068) Rims4 (MGP_PahariEiJ_G0026069) Ywhab (MGP_PahariEiJ_G0026070) ##22 Pabpc1l (MGP_PahariEiJ_G0026071) Tomm34 (MGP_PahariEiJ_G0026072) Stk4 (MGP_PahariEiJ_G0026073) Kcns1 (MGP_PahariEiJ_G0026074) Wfdc5 (MGP_PahariEiJ_G0026075) MGP_PahariEiJ_G0026076 Wfdc15a (MGP_PahariEiJ_G0026077) Wfdc15b (MGP_PahariEiJ_G0026078) Semg1 (MGP_PahariEiJ_G0026079) MGP_PahariEiJ_G0026080 MGP_PahariEiJ_G0026081 Svs4 (MGP_PahariEiJ_G0026082) Svs6 (MGP_PahariEiJ_G0026083) Svs5 (MGP_PahariEiJ_G0026084) Slpi (MGP_PahariEiJ_G0026085) Rat MODERN SPECIES 13 Gtsf1l (ENSRNOG00000069924) Tox2 (ENSRNOG00000008146) Jph2 (ENSRNOG00000008170) Oser1 (ENSRNOG00000008297) Gdap1l1 (ENSRNOG00000008790) Fitm2 (ENSRNOG00000027434) R3hdml (ENSRNOG00000027432) Hnf4a (ENSRNOG00000008895) Ttpal (ENSRNOG00000009076) Serinc3 (ENSRNOG00000009552) Pkig (ENSRNOG00000010235) Ada (ENSRNOG00000010265) Ccn5 (ENSRNOG00000010666) Kcnk15 (ENSRNOG00000010816) Rims4 (ENSRNOG00000010868) Ywhab (ENSRNOG00000010945) ##22 Pabpc1l (ENSRNOG00000012750) Tomm34 (ENSRNOG00000029799) Stk4 (ENSRNOG00000013529) Kcns1 (ENSRNOG00000013681) Wfdc5 (ENSRNOG00000013760) Wfdc12 (ENSRNOG00000032412) Wfdc15a (ENSRNOG00000053099) Wfdc15b (ENSRNOG00000028779) Semg1 (ENSRNOG00000013776) Svs3b (ENSRNOG00000036782) Svs4 (ENSRNOG00000068526) Svs3a (ENSRNOG00000062737) Svs6 (ENSRNOG00000026346) Svs5 (ENSRNOG00000013834) LOC103690289 (ENSRNOG00000049280) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529.d ENSGT00390000002529.c ENSGT00940000162560.b ENSGT00940000162560.a ENSGT00730000114163 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00390000002529.d ENSGT00390000002529.c ENSGT00940000162560.b ENSGT00940000162560.a ENSGT00730000114163 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 195 Gtsf1l (ENSCGRG00001016445) Tox2 (ENSCGRG00001012970) Jph2 (ENSCGRG00001011605) Oser1 (ENSCGRG00001012353) Gdap1l1 (ENSCGRG00001013351) Fitm2 (ENSCGRG00001014275) R3hdml (ENSCGRG00001014738) Hnf4a (ENSCGRG00001015386) Ttpal (ENSCGRG00001016765) Serinc3 (ENSCGRG00001017646) Pkig (ENSCGRG00001018681) Ada (ENSCGRG00001019279) Ccn5 (ENSCGRG00001019644) Kcnk15 (ENSCGRG00001019780) Rims4 (ENSCGRG00001020393) Ywhab (ENSCGRG00001021323) ##22 Pabpc1l (ENSCGRG00001021938) Tomm34 (ENSCGRG00001023104) Stk4 (ENSCGRG00001003628) Kcns1 (ENSCGRG00001006841) Wfdc5 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Ccn5 (ENSPEMG00000020760) Kcnk15 (ENSPEMG00000022314) Rims4 (ENSPEMG00000021338) Ywhab (ENSPEMG00000020653) ##22 Pabpc1l (ENSPEMG00000020671) Tomm34 (ENSPEMG00000021489) Stk4 (ENSPEMG00000017992) Kcns1 (ENSPEMG00000023781) Wfdc5 (ENSPEMG00000022197) ENSPEMG00000027524 Wfdc15a (ENSPEMG00000022089) Wfdc15b (ENSPEMG00000020446) ENSPEMG00000030891 ENSPEMG00000000222 Slpi (ENSPEMG00000020335) Matn4 (ENSPEMG00000020904) Rbpjl (ENSPEMG00000023591) Sdc4 (ENSPEMG00000011528) Sys1 (ENSPEMG00000028165) Prairie vole MODERN SPECIES 357 Gtsf1l (ENSMOCG00000008147) Tox2 (ENSMOCG00000014606) Jph2 (ENSMOCG00000020556) Oser1 (ENSMOCG00000019309) Gdap1l1 (ENSMOCG00000020945) Fitm2 (ENSMOCG00000019850) R3hdml (ENSMOCG00000017250) Hnf4a (ENSMOCG00000012352) Ttpal (ENSMOCG00000019949) Serinc3 (ENSMOCG00000017294) Pkig (ENSMOCG00000016494) Ada (ENSMOCG00000018474) Ccn5 (ENSMOCG00000021136) Kcnk15 (ENSMOCG00000016643) Rims4 (ENSMOCG00000012226) Ywhab (ENSMOCG00000016663) ##22 Pabpc1l (ENSMOCG00000013186) Tomm34 (ENSMOCG00000011729) Stk4 (ENSMOCG00000001102) Kcns1 (ENSMOCG00000002049) Wfdc5 (ENSMOCG00000015790) Wfdc12 (ENSMOCG00000014911) Wfdc15a (ENSMOCG00000012402) Wfdc15b (ENSMOCG00000008284) ENSMOCG00000006384 ENSMOCG00000000930 ENSMOCG00000022818 Slpi (ENSMOCG00000001280) Matn4 (ENSMOCG00000017368) Rbpjl (ENSMOCG00000005171) Sdc4 (ENSMOCG00000021996) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT01100000263611 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558.l ENSGT01010000222890 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 ENSSVLG00005023783 TOX2 (ENSSVLG00005023803) JPH2 (ENSSVLG00005023915) ENSSVLG00005023943 GDAP1L1 (ENSSVLG00005000177) ENSSVLG00005000194 R3HDML (ENSSVLG00005000214) HNF4A (ENSSVLG00005000321) TTPAL (ENSSVLG00005000418) SERINC3 (ENSSVLG00005000443) PKIG (ENSSVLG00005000482) ADA (ENSSVLG00005000518) CCN5 (ENSSVLG00005000537) KCNK15 (ENSSVLG00005000558) RIMS4 (ENSSVLG00005000677) YWHAB (ENSSVLG00005000717) ##22 PABPC1L (ENSSVLG00005000760) TOMM34 (ENSSVLG00005000832) STK4 (ENSSVLG00005000873) KCNS1 (ENSSVLG00005000907) WFDC5 (ENSSVLG00005000929) ENSSVLG00005000948 SLPI (ENSSVLG00005000965) MATN4 (ENSSVLG00005001050) RBPJL (ENSSVLG00005001140) SDC4 (ENSSVLG00005001186) SYS1 (ENSSVLG00005001200) TP53TG5 (ENSSVLG00005001221) ENSSVLG00005001244 PIGT (ENSSVLG00005001374) ENSSVLG00005001444 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158762 ENSGT00940000161502 ENSGT00940000157379.a ENSGT00940000159853 ENSGT00940000159695 ENSGT00940000156010 ENSGT00390000011620.a.a.b ENSGT00940000158073 ENSGT00940000154543.a ENSGT00940000161921 ENSGT00530000063859.b ENSGT00940000157562 ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058.a.a ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558.l ENSGT01010000222890 Alpin marmot MODERN SPECIES OSBPL2 (ENSMMMG00000004561) HRH3 (ENSMMMG00000004618) ENSMMMG00000004646 SS18L1 (ENSMMMG00000004657) ENSMMMG00000004668 LSM14B (ENSMMMG00000004672) ENSMMMG00000004719 CDH4 (ENSMMMG00000004760) FAM217B (ENSMMMG00000004800) PPP1R3D (ENSMMMG00000004802) ENSMMMG00000004806 PHACTR3 (ENSMMMG00000004853) CCN5 (ENSMMMG00000004881) KCNK15 (ENSMMMG00000004903) RIMS4 (ENSMMMG00000004946) YWHAB (ENSMMMG00000004966) ##22 PABPC1L (ENSMMMG00000004982) ENSMMMG00000005008 STK4 (ENSMMMG00000005028) WFDC5 (ENSMMMG00000005050) ENSMMMG00000005063 SLPI (ENSMMMG00000005081) ENSMMMG00000005088 RBPJL (ENSMMMG00000005104) SDC4 (ENSMMMG00000005139) ENSMMMG00000005147 TP53TG5 (ENSMMMG00000005172) 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female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 6 GDAP1L1 (ENSHGLG00000004611) FITM2 (ENSHGLG00000004512) R3HDML (ENSHGLG00000049711) ENSHGLG00000038239 HNF4A (ENSHGLG00000032220) ENSHGLG00000009149 TTPAL (ENSHGLG00000008136) ENSHGLG00000007807 ENSHGLG00000039199 ENSHGLG00000009147 ENSHGLG00000006825 ADA (ENSHGLG00000006097) CCN5 (ENSHGLG00000005754) KCNK15 (ENSHGLG00000035921) RIMS4 (ENSHGLG00000046254) YWHAB (ENSHGLG00000009468) ##22 PABPC1L (ENSHGLG00000008434) ENSHGLG00000007105 ENSHGLG00000039220 ENSHGLG00000006762 STK4 (ENSHGLG00000046460) KCNS1 (ENSHGLG00000040822) WFDC5 (ENSHGLG00000048437) ENSHGLG00000004794 ENSHGLG00000050599 ENSHGLG00000045524 ENSHGLG00000037773 ENSHGLG00000048197 ENSHGLG00000009195 MATN4 (ENSHGLG00000008405) RBPJL (ENSHGLG00000018495) Naked mole-rat female MODERN SPECIES ENSHGLG00000000252 ENSHGLG00000032132 ENSHGLG00000001192 ENSHGLG00000000821 ENSHGLG00000020064 ENSHGLG00000019902 RSPH3 (ENSHGLG00000000722) ENSHGLG00000041784 TAGAP (ENSHGLG00000038355) ENSHGLG00000000564 ENSHGLG00000037382 ENSHGLG00000019756 ENSHGLG00000020123 ENSHGLG00000047323 ENSHGLG00000000421 ENSHGLG00000000841 ##22 ENSHGLG00000039967 ASCC3 (ENSHGLG00000002093) SIM1 (ENSHGLG00000001168) ENSHGLG00000048584 ENSHGLG00000034940 ENSHGLG00000019927 PRDM13 (ENSHGLG00000000835) ENSHGLG00000001056 ENSHGLG00000000932 ENSHGLG00000001555 ENSHGLG00000046726 USP45 (ENSHGLG00000000362) PNISR (ENSHGLG00000000441) COQ3 (ENSHGLG00000045065) ENSHGLG00000000521 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000002529 ENSGT01060000253657 ENSGT01040000242752 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Guinea pig MODERN SPECIES 45 GTSF1L (ENSCPOG00000008201) TOX2 (ENSCPOG00000009234) JPH2 (ENSCPOG00000022868) OSER1 (ENSCPOG00000037909) GDAP1L1 (ENSCPOG00000023160) FITM2 (ENSCPOG00000035193) R3HDML (ENSCPOG00000015258) HNF4A (ENSCPOG00000006812) TTPAL (ENSCPOG00000030925) SERINC3 (ENSCPOG00000002012) PKIG (ENSCPOG00000035868) ADA (ENSCPOG00000006159) CCN5 (ENSCPOG00000034698) KCNK15 (ENSCPOG00000020535) RIMS4 (ENSCPOG00000010692) YWHAB (ENSCPOG00000040129) ##22 PABPC1L (ENSCPOG00000013633) TOMM34 (ENSCPOG00000030209) STK4 (ENSCPOG00000013641) KCNS1 (ENSCPOG00000033558) WFDC5 (ENSCPOG00000013648) ENSCPOG00000006664 ENSCPOG00000001819 ENSCPOG00000025237 SLPI (ENSCPOG00000040357) MATN4 (ENSCPOG00000015472) RBPJL (ENSCPOG00000020407) SDC4 (ENSCPOG00000034683) DBNDD2 (ENSCPOG00000034820) SYS1 (ENSCPOG00000040477) ENSCPOG00000008537 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000156091.b ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000002529 ENSGT01060000253657 ENSGT01040000242752 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 136 ENSCLAG00000009034 PRPF18 (ENSCLAG00000011770) ENSCLAG00000011064 SEPHS1 (ENSCLAG00000016058) ENSCLAG00000014394 BAMBI (ENSCLAG00000013583) ENSCLAG00000015726 MAP3K8 (ENSCLAG00000015841) 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SPECIES 17 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 2127 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 Hedgehog DUPLICATION Hedgehog MODERN SPECIES 6157 YWHAB (ENSEEUG00000005908) ##22 PABPC1L (ENSEEUG00000005978) Hedgehog MODERN SPECIES 8870 ENSEEUG00000008239 ##22 Common shrew DUPLICATION Common shrew MODERN SPECIES 1346 YWHAB (ENSSARG00000013280) ##22 Common shrew MODERN SPECIES 12084 ENSSARG00000009261 ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Equus ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Horse MODERN SPECIES 14 GTSF1L (ENSECAG00000011252) TOX2 (ENSECAG00000011396) JPH2 (ENSECAG00000016786) OSER1 (ENSECAG00000018849) GDAP1L1 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ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 15 GTSF1L (ENSRFEG00010006542) TOX2 (ENSRFEG00010006461) JPH2 (ENSRFEG00010006408) OSER1 (ENSRFEG00010006376) GDAP1L1 (ENSRFEG00010006319) FITM2 (ENSRFEG00010006290) R3HDML (ENSRFEG00010006263) HNF4A (ENSRFEG00010006125) TTPAL (ENSRFEG00010005970) SERINC3 (ENSRFEG00010005916) PKIG (ENSRFEG00010005891) ADA (ENSRFEG00010005851) CCN5 (ENSRFEG00010005790) KCNK15 (ENSRFEG00010005767) RIMS4 (ENSRFEG00010005743) YWHAB (ENSRFEG00010020781) ##22 PABPC1L (ENSRFEG00010020745) ENSRFEG00010020711 STK4 (ENSRFEG00010020658) KCNS1 (ENSRFEG00010020617) WFDC5 (ENSRFEG00010020596) PI3 (ENSRFEG00010020583) ENSRFEG00010020563 ENSRFEG00010020517 MATN4 (ENSRFEG00010020347) RBPJL (ENSRFEG00010020135) SDC4 (ENSRFEG00010020108) SYS1 (ENSRFEG00010020080) DBNDD2 (ENSRFEG00010019983) ENSRFEG00010019975 PIGT (ENSRFEG00010019456) Microbat MODERN SPECIES 1027 TOX2 (ENSMLUG00000016165) ENSMLUG00000022270 OSER1 (ENSMLUG00000007237) GDAP1L1 (ENSMLUG00000007260) FITM2 (ENSMLUG00000007274) R3HDML (ENSMLUG00000000042) ENSMLUG00000023283 HNF4A (ENSMLUG00000000954) TTPAL (ENSMLUG00000002260) SERINC3 (ENSMLUG00000002266) PKIG (ENSMLUG00000025903) ADA (ENSMLUG00000016178) CCN5 (ENSMLUG00000016186) KCNK15 (ENSMLUG00000016190) RIMS4 (ENSMLUG00000016193) YWHAB (ENSMLUG00000006319) ##22 PABPC1L (ENSMLUG00000006324) TOMM34 (ENSMLUG00000006338) STK4 (ENSMLUG00000011799) KCNS1 (ENSMLUG00000011814) WFDC5 (ENSMLUG00000011821) ENSMLUG00000029757 ENSMLUG00000027708 MATN4 (ENSMLUG00000005886) RBPJL (ENSMLUG00000005893) SDC4 (ENSMLUG00000027652) SYS1 (ENSMLUG00000005907) TP53TG5 (ENSMLUG00000005911) DBNDD2 (ENSMLUG00000005919) PIGT (ENSMLUG00000005929) ENSMLUG00000005941 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Felidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Cat MODERN SPECIES 2 GTSF1L (ENSFCAG00000011143) TOX2 (ENSFCAG00000025798) JPH2 (ENSFCAG00000042905) OSER1 (ENSFCAG00000030078) GDAP1L1 (ENSFCAG00000008175) FITM2 (ENSFCAG00000035207) R3HDML (ENSFCAG00000008177) HNF4A (ENSFCAG00000008178) TTPAL (ENSFCAG00000008179) SERINC3 (ENSFCAG00000000341) PKIG (ENSFCAG00000041654) ADA (ENSFCAG00000002474) CCN5 (ENSFCAG00000002476) KCNK15 (ENSFCAG00000043965) RIMS4 (ENSFCAG00000041558) YWHAB (ENSFCAG00000011690) ##22 PABPC1L (ENSFCAG00000011692) TOMM34 (ENSFCAG00000010096) STK4 (ENSFCAG00000027735) KCNS1 (ENSFCAG00000011694) WFDC5 (ENSFCAG00000036344) PI3 (ENSFCAG00000032979) ENSFCAG00000047805 ENSFCAG00000051145 SLPI (ENSFCAG00000009810) MATN4 (ENSFCAG00000009811) RBPJL (ENSFCAG00000009812) SDC4 (ENSFCAG00000022046) SYS1 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HNF4A (ENSPTIG00000012260) TTPAL (ENSPTIG00000017912) SERINC3 (ENSPTIG00000019064) PKIG (ENSPTIG00000019303) ADA (ENSPTIG00000020943) CCN5 (ENSPTIG00000021850) RIMS4 (ENSPTIG00000001213) YWHAB (ENSPTIG00000005867) ##22 PABPC1L (ENSPTIG00000006524) TOMM34 (ENSPTIG00000013642) STK4 (ENSPTIG00000014356) WFDC5 (ENSPTIG00000017183) PI3 (ENSPTIG00000017774) SLPI (ENSPTIG00000018088) MATN4 (ENSPTIG00000018650) RBPJL (ENSPTIG00000009327) SDC4 (ENSPTIG00000010033) SYS1 (ENSPTIG00000010356) TP53TG5 (ENSPTIG00000011043) DBNDD2 (ENSPTIG00000011399) PIGT (ENSPTIG00000015122) ENSPTIG00000002090 WFDC2 (ENSPTIG00000004268) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 leopard MODERN SPECIES 32 GTSF1L (ENSPPRG00000023086) TOX2 (ENSPPRG00000002249) JPH2 (ENSPPRG00000003859) OSER1 (ENSPPRG00000004963) GDAP1L1 (ENSPPRG00000006359) FITM2 (ENSPPRG00000006983) R3HDML (ENSPPRG00000007328) HNF4A (ENSPPRG00000010106) TTPAL (ENSPPRG00000010653) SERINC3 (ENSPPRG00000011195) PKIG (ENSPPRG00000012484) ADA (ENSPPRG00000013211) CCN5 (ENSPPRG00000013477) KCNK15 (ENSPPRG00000013716) RIMS4 (ENSPPRG00000014748) YWHAB (ENSPPRG00000015113) ##22 ENSPPRG00000019327 ENSPPRG00000020242 TOMM34 (ENSPPRG00000021071) STK4 (ENSPPRG00000023623) KCNS1 (ENSPPRG00000023008) WFDC5 (ENSPPRG00000022678) PI3 (ENSPPRG00000000238) SLPI (ENSPPRG00000000698) MATN4 (ENSPPRG00000002358) RBPJL 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(ENSPLOG00000000157) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Canidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Red fox MODERN SPECIES 28 MYBL2 (ENSVVUG00000019208) GTSF1L (ENSVVUG00000019198) TOX2 (ENSVVUG00000019189) ENSVVUG00000019181 OSER1 (ENSVVUG00000019175) GDAP1L1 (ENSVVUG00000019168) FITM2 (ENSVVUG00000019164) R3HDML (ENSVVUG00000019159) HNF4A (ENSVVUG00000019151) TTPAL (ENSVVUG00000019146) SERINC3 (ENSVVUG00000019138) PKIG (ENSVVUG00000019128) ADA (ENSVVUG00000019108) ENSVVUG00000019097 RIMS4 (ENSVVUG00000019092) YWHAB (ENSVVUG00000019085) ##22 PABPC1L (ENSVVUG00000018939) TOMM34 (ENSVVUG00000018918) STK4 (ENSVVUG00000018909) KCNS1 (ENSVVUG00000018906) PI3 (ENSVVUG00000018905) ENSVVUG00000018900 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ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a.x ENSGT00390000002707.a ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Giant Panda MODERN SPECIES 4 ENSAMEG00000027231 ENSAMEG00000029804 OSER1 (ENSAMEG00000003918) GDAP1L1 (ENSAMEG00000003931) FITM2 (ENSAMEG00000003949) R3HDML (ENSAMEG00000003953) HNF4A (ENSAMEG00000003960) TTPAL (ENSAMEG00000003985) SERINC3 (ENSAMEG00000003993) PKIG (ENSAMEG00000004030) ADA (ENSAMEG00000004033) CCN5 (ENSAMEG00000004064) KCNK15 (ENSAMEG00000004071) ENSAMEG00000029879 RIMS4 (ENSAMEG00000004075) YWHAB (ENSAMEG00000004088) ##22 PABPC1L (ENSAMEG00000004099) TOMM34 (ENSAMEG00000004125) STK4 (ENSAMEG00000004150) ENSAMEG00000004183 WFDC5 (ENSAMEG00000004189) PI3 (ENSAMEG00000027638) ENSAMEG00000025370 ENSAMEG00000004193 SLPI (ENSAMEG00000004196) MATN4 (ENSAMEG00000004203) RBPJL (ENSAMEG00000004221) SDC4 (ENSAMEG00000004244) SYS1 (ENSAMEG00000024134) TP53TG5 (ENSAMEG00000004260) DBNDD2 (ENSAMEG00000004265) Ursus ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a.x ENSGT00390000002707.a ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 American black bear MODERN SPECIES 337 ENSUAMG00000017676 ADA (ENSUAMG00000017677) CCN5 (ENSUAMG00000017678) KCNK15 (ENSUAMG00000017679) RIMS4 (ENSUAMG00000017680) YWHAB (ENSUAMG00000017681) ##22 PABPC1L (ENSUAMG00000017682) TOMM34 (ENSUAMG00000017683) STK4 (ENSUAMG00000017684) KCNS1 (ENSUAMG00000017686) WFDC5 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DBNDD2 (ENSUMAG00000025296) PIGT (ENSUMAG00000025184) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 American mink MODERN SPECIES 7 ASXL2 (ENSNVIG00000011638) KIF3C (ENSNVIG00000011611) ENSNVIG00000011606 RAB10 (ENSNVIG00000011586) GAREM2 (ENSNVIG00000011575) HADHA (ENSNVIG00000011530) HADHB (ENSNVIG00000011410) ADGRF3 (ENSNVIG00000011368) SELENOI 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ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Pecora ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 Yarkand deer MODERN SPECIES 15 TOX2 (ENSCHYG00000025247) ENSCHYG00000025342 ENSCHYG00000025358 OSER1 (ENSCHYG00000025379) GDAP1L1 (ENSCHYG00000025426) R3HDML (ENSCHYG00000025480) HNF4A (ENSCHYG00000025511) TTPAL (ENSCHYG00000025633) SERINC3 (ENSCHYG00000025651) ENSCHYG00000025699 ENSCHYG00000025720 ADA (ENSCHYG00000013810) CCN5 (ENSCHYG00000014072) KCNK15 (ENSCHYG00000014152) RIMS4 (ENSCHYG00000014187) 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ENSGT00530000064218 ENSGT00390000002529 ENSGT00940000165647 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES 14 RAPGEF6 (ENSPSNG00000001988) FNIP1 (ENSPSNG00000001869) MEIKIN (ENSPSNG00000001746) ACSL6 (ENSPSNG00000001595) CSF2 (ENSPSNG00000001500) P4HA2 (ENSPSNG00000001404) PDLIM4 (ENSPSNG00000001255) SLC22A4 (ENSPSNG00000001211) SLC22A5 (ENSPSNG00000001173) IRF1 (ENSPSNG00000001129) IL5 (ENSPSNG00000001105) ENSPSNG00000001084 RAD50 (ENSPSNG00000001010) IL13 (ENSPSNG00000000949) IL4 (ENSPSNG00000000916) ENSPSNG00000000891 ##22 KIF3A (ENSPSNG00000000863) SEPTIN8 (ENSPSNG00000000738) SHROOM1 (ENSPSNG00000000661) GDF9 (ENSPSNG00000000623) ENSPSNG00000000601 LEAP2 (ENSPSNG00000000583) AFF4 (ENSPSNG00000000549) ZCCHC10 (ENSPSNG00000000491) HSPA4 (ENSPSNG00000000446) FSTL4 (ENSPSNG00000000371) C5orf15 (ENSPSNG00000000328) 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ENSGT00940000153269.b.a ENSGT01100000263484.B.b.a ENSGT00940000159411.b.lb.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b.k ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00730000111369 ENSGT00390000012286 ENSGT00970000197098 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00950000185366 ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Common wonbat MODERN SPECIES 35 ENSVURG00010001375 ENSVURG00010001390 ENSVURG00010001398 OSER1 (ENSVURG00010001409) GDAP1L1 (ENSVURG00010001433) FITM2 (ENSVURG00010001520) R3HDML (ENSVURG00010001525) HNF4A (ENSVURG00010001562) TTPAL (ENSVURG00010001591) SERINC3 (ENSVURG00010001614) PKIG (ENSVURG00010001641) ENSVURG00010001659 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ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT01010000222962 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000155094 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT01090000260372 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00960000189856 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000158250 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT01010000223418 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000155094 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00990000210349 ENSGT01010000224213 ENSGT01090000260372 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00960000189856 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT01010000223418 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000155094 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00990000210349 ENSGT01010000224213 ENSGT01090000260372 ENSGT00730000111217 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00960000189856 ENSGT00940000161212 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159411.b.d ENSGT00390000018547.i 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ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00960000189856 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 10 OSER1 (ENSNSUG00000014712) ENSNSUG00000014713 GDAP1L1 (ENSNSUG00000014714) FITM2 (ENSNSUG00000014717) R3HDML (ENSNSUG00000014719) HNF4A (ENSNSUG00000014724) TTPAL (ENSNSUG00000014726) SERINC3 (ENSNSUG00000014727) ENSNSUG00000014729 ENSNSUG00000014730 ADA (ENSNSUG00000014732) CCN5 (ENSNSUG00000014735) ENSNSUG00000014736 KCNK15 (ENSNSUG00000014737) RIMS4 (ENSNSUG00000014738) YWHAB (ENSNSUG00000014739) ##22 ENSNSUG00000014758 ENSNSUG00000014759 ENSNSUG00000014760 STK4 (ENSNSUG00000014761) KCNS1 (ENSNSUG00000014798) ENSNSUG00000014799 ENSNSUG00000014800 ENSNSUG00000014801 ENSNSUG00000014802 ENSNSUG00000014803 SLPI (ENSNSUG00000014804) MATN4 (ENSNSUG00000014805) RBPJL (ENSNSUG00000014806) SDC4 (ENSNSUG00000014807) SYS1 (ENSNSUG00000014808) Eastern brown snake MODERN SPECIES 8 JPH2 (ENSPTXG00000007445) OSER1 (ENSPTXG00000007447) ENSPTXG00000007450 GDAP1L1 (ENSPTXG00000007452) FITM2 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SPECIES 22 ENSSMRG00000005850 OSER1 (ENSSMRG00000005851) ENSSMRG00000005852 GDAP1L1 (ENSSMRG00000005855) FITM2 (ENSSMRG00000005858) R3HDML (ENSSMRG00000005864) HNF4A (ENSSMRG00000005888) TTPAL (ENSSMRG00000005891) SERINC3 (ENSSMRG00000005895) ENSSMRG00000005901 ADA (ENSSMRG00000005905) CCN5 (ENSSMRG00000005924) ENSSMRG00000005930 KCNK15 (ENSSMRG00000005933) RIMS4 (ENSSMRG00000005981) YWHAB (ENSSMRG00000005982) ##22 PABPC1L (ENSSMRG00000006023) ENSSMRG00000006029 STK4 (ENSSMRG00000006040) KCNS1 (ENSSMRG00000006055) ENSSMRG00000006065 ENSSMRG00000006069 ENSSMRG00000006072 MATN4 (ENSSMRG00000006076) RBPJL (ENSSMRG00000006117) ENSSMRG00000006118 ENSSMRG00000006119 SYS1 (ENSSMRG00000006121) ENSSMRG00000006122 DBNDD2 (ENSSMRG00000006132) PIGT (ENSSMRG00000006137) tuatara MODERN SPECIES 1460 YWHAB (ENSSPUG00000004201) ##22 PABPC1L (ENSSPUG00000004233) ENSSPUG00000004280 STK4 (ENSSPUG00000004292) KCNS1 (ENSSPUG00000004319) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01100000263484.B.b.a 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ENSSCUG00000005749 GDAP1L1 (ENSSCUG00000005752) FITM2 (ENSSCUG00000005754) R3HDML (ENSSCUG00000005755) HNF4A (ENSSCUG00000005758) TTPAL (ENSSCUG00000005762) SERINC3 (ENSSCUG00000005764) PKIG (ENSSCUG00000005766) ADA (ENSSCUG00000005768) CCN5 (ENSSCUG00000005770) ENSSCUG00000005771 RIMS4 (ENSSCUG00000005775) KCNK15 (ENSSCUG00000005777) YWHAB (ENSSCUG00000005778) ##22 PABPC1L (ENSSCUG00000005780) TOMM34 (ENSSCUG00000005781) STK4 (ENSSCUG00000005784) KCNS1 (ENSSCUG00000005786) ENSSCUG00000005787 MATN4 (ENSSCUG00000005789) RBPJL (ENSSCUG00000005790) SDC4 (ENSSCUG00000005791) SYS1 (ENSSCUG00000005792) ENSSCUG00000005793 ENSSCUG00000005794 PIGT (ENSSCUG00000005797) BLCAP (ENSSCUG00000005798) SRC (ENSSCUG00000005799) MANBAL (ENSSCUG00000005800) Neognathae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 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ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00390000017387 ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000158250 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT01100000263484.B.b.a ENSGT00940000159411.b ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT01010000222962 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106.y ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT01020000230603 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000154258.a ENSGT00390000001804 ENSGT00940000157601 ENSGT00950000182920.b.a.a.c.a.a.a.d ENSGT00940000154663.cb ENSGT00390000000546 ENSGT00390000001562 ENSGT00940000159472 Pink-footed goose MODERN SPECIES 10 JPH2 (ENSABRG00000019006) OSER1 (ENSABRG00000018986) ENSABRG00000018977 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(ENSMGAG00000003835) ENSMGAG00000021763 KCNS1 (ENSMGAG00000003530) ENSMGAG00000018686 ENSMGAG00000003574 ENSMGAG00000003674 ENSMGAG00000003654 ENSMGAG00000003999 ##22 ENSMGAG00000004020 ENSMGAG00000003852 ENSMGAG00000016956 ENSMGAG00000015531 ADA (ENSMGAG00000003859) ENSMGAG00000003949 ENSMGAG00000003874 ENSMGAG00000003970 R3HDML (ENSMGAG00000004016) ENSMGAG00000004044 ENSMGAG00000004039 ENSMGAG00000017841 ENSMGAG00000002459 ENSMGAG00000002444 ENSMGAG00000002423 Japanese quail MODERN SPECIES 12 ENSCJPG00005001054 JPH2 (ENSCJPG00005001047) OSER1 (ENSCJPG00005001039) GDAP1L1 (ENSCJPG00005001032) FITM2 (ENSCJPG00005001028) R3HDML (ENSCJPG00005001021) HNF4A (ENSCJPG00005001004) TTPAL (ENSCJPG00005000991) SERINC3 (ENSCJPG00005000934) ENSCJPG00005000923 ADA (ENSCJPG00005000898) CCN5 (ENSCJPG00005020940) ENSCJPG00005020939 KCNK15 (ENSCJPG00005020938) RIMS4 (ENSCJPG00005020937) YWHAB (ENSCJPG00005020936) ##22 PABPC1L (ENSCJPG00005020935) ENSCJPG00005020934 STK4 (ENSCJPG00005020933) KCNS1 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ENSGT00940000158250 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT01100000263484.B.b.a ENSGT00940000159411.b.q.a ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106.y ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT01020000230603 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000158250 ENSGT00390000003422.z ENSGT00950000183154.b.b Golden eagle MODERN SPECIES 19 JPH2 (ENSACCG00020010083) OSER1 (ENSACCG00020010090) ENSACCG00020010105 GDAP1L1 (ENSACCG00020010119) FITM2 (ENSACCG00020010127) R3HDML (ENSACCG00020010135) HNF4A (ENSACCG00020010150) TTPAL (ENSACCG00020010169) SERINC3 (ENSACCG00020010177) PKIG (ENSACCG00020010183) ADA (ENSACCG00020010193) CCN5 (ENSACCG00020010235) ENSACCG00020010257 KCNK15 (ENSACCG00020010264) RIMS4 (ENSACCG00020010274) YWHAB (ENSACCG00020010283) ##22 ENSACCG00020010303 ENSACCG00020010317 ENSACCG00020010331 STK4 (ENSACCG00020010352) KCNS1 (ENSACCG00020010367) ENSACCG00020010376 MATN4 (ENSACCG00020010396) RBPJL (ENSACCG00020010407) SDC4 (ENSACCG00020010417) SYS1 (ENSACCG00020010428) ENSACCG00020010437 DBNDD2 (ENSACCG00020010444) PIGT (ENSACCG00020010457) BLCAP (ENSACCG00020010476) SRC (ENSACCG00020010492) Kakapo MODERN SPECIES 5 ENSSHBG00005000890 OSER1 (ENSSHBG00005000902) ENSSHBG00005005400 GDAP1L1 (ENSSHBG00005005432) FITM2 (ENSSHBG00005005443) R3HDML (ENSSHBG00005005459) HNF4A (ENSSHBG00005005474) TTPAL (ENSSHBG00005005490) SERINC3 (ENSSHBG00005005503) PKIG (ENSSHBG00005005541) ADA (ENSSHBG00005005562) CCN5 (ENSSHBG00005005630) ENSSHBG00005005789 KCNK15 (ENSSHBG00005005799) RIMS4 (ENSSHBG00005005810) YWHAB (ENSSHBG00005005826) ##22 ENSSHBG00005005838 ENSSHBG00005005872 ENSSHBG00005005891 STK4 (ENSSHBG00005005904) KCNS1 (ENSSHBG00005005915) ENSSHBG00005005928 MATN4 (ENSSHBG00005005948) RBPJL (ENSSHBG00005005989) SDC4 (ENSSHBG00005006138) SYS1 (ENSSHBG00005006153) ENSSHBG00005006165 DBNDD2 (ENSSHBG00005006192) PIGT (ENSSHBG00005006214) BLCAP (ENSSHBG00005006230) SRC (ENSSHBG00005006259) Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159411.b.r ENSGT00940000159411.b.q.a ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106.y ENSGT00940000157106.x.b ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT01020000230603 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000158250 Great tit MODERN SPECIES 12 JPH2 (ENSPMJG00000004291) OSER1 (ENSPMJG00000004288) ENSPMJG00000004286 GDAP1L1 (ENSPMJG00000004283) FITM2 (ENSPMJG00000004280) R3HDML (ENSPMJG00000004274) HNF4A (ENSPMJG00000004270) TTPAL (ENSPMJG00000004268) SERINC3 (ENSPMJG00000004258) PKIG (ENSPMJG00000004255) ADA (ENSPMJG00000004251) CCN5 (ENSPMJG00000004151) ENSPMJG00000004149 KCNK15 (ENSPMJG00000004146) RIMS4 (ENSPMJG00000004141) YWHAB (ENSPMJG00000004119) ##22 PABPC1L (ENSPMJG00000004104) ENSPMJG00000004095 STK4 (ENSPMJG00000004079) KCNS1 (ENSPMJG00000004077) ENSPMJG00000004073 MATN4 (ENSPMJG00000004064) RBPJL (ENSPMJG00000004060) SDC4 (ENSPMJG00000004058) SYS1 (ENSPMJG00000004056) ENSPMJG00000004055 DBNDD2 (ENSPMJG00000004051) PIGT (ENSPMJG00000004046) BLCAP (ENSPMJG00000004042) SRC (ENSPMJG00000004037) MANBAL (ENSPMJG00000004018) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01100000263484.B.b.a ENSGT00940000159411.b.q.a ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106.y ENSGT00940000157106.x.b ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT01020000230603 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000158250 Flycatcher MODERN SPECIES 12 OSER1 (ENSFALG00000026607) ENSFALG00000027445 GDAP1L1 (ENSFALG00000005219) FITM2 (ENSFALG00000023862) R3HDML (ENSFALG00000005242) HNF4A (ENSFALG00000005250) ENSFALG00000026211 TTPAL (ENSFALG00000005261) SERINC3 (ENSFALG00000005276) ENSFALG00000028674 ADA (ENSFALG00000005317) CCN5 (ENSFALG00000027916) ENSFALG00000023272 KCNK15 (ENSFALG00000005351) RIMS4 (ENSFALG00000005359) YWHAB (ENSFALG00000005366) ##22 PABPC1L (ENSFALG00000005372) ENSFALG00000005382 STK4 (ENSFALG00000005398) KCNS1 (ENSFALG00000005414) ENSFALG00000025222 MATN4 (ENSFALG00000005417) RBPJL (ENSFALG00000005428) SDC4 (ENSFALG00000005448) ENSFALG00000026151 ENSFALG00000023366 DBNDD2 (ENSFALG00000023432) PIGT (ENSFALG00000005470) BLCAP (ENSFALG00000015339) SRC (ENSFALG00000005512) MANBAL (ENSFALG00000005549) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159411.b.r ENSGT00940000159411.b.q.a ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT00390000002707 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106.y ENSGT00940000157106.x.b ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT01020000230603 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00940000154347.a ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000158250 Medium ground finch MODERN SPECIES 40 ENSGFOG00000001898 ENSGFOG00000001900 OSER1 (ENSGFOG00000001903) ENSGFOG00000001907 GDAP1L1 (ENSGFOG00000001914) FITM2 (ENSGFOG00000001918) R3HDML (ENSGFOG00000001927) HNF4A (ENSGFOG00000001936) TTPAL (ENSGFOG00000001946) SERINC3 (ENSGFOG00000001959) PKIG (ENSGFOG00000001978) ADA (ENSGFOG00000001994) CCN5 (ENSGFOG00000002042) KCNK15 (ENSGFOG00000002055) RIMS4 (ENSGFOG00000002059) YWHAB (ENSGFOG00000002069) ##22 PABPC1L (ENSGFOG00000002077) ENSGFOG00000002097 TOMM34 (ENSGFOG00000002109) STK4 (ENSGFOG00000002131) KCNS1 (ENSGFOG00000002294) ENSGFOG00000002303 MATN4 (ENSGFOG00000002328) RBPJL (ENSGFOG00000002374) SDC4 (ENSGFOG00000002392) SYS1 (ENSGFOG00000002433) ENSGFOG00000002453 DBNDD2 (ENSGFOG00000002476) PIGT (ENSGFOG00000002496) BLCAP (ENSGFOG00000002663) SRC (ENSGFOG00000002672) Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000159411.b.r ENSGT00940000159411.b.q.a ENSGT00390000018547.i ENSGT00390000018547.j ENSGT00940000160178 ENSGT00530000063693.b ENSGT00940000161086 ENSGT00940000157965 ENSGT00940000155407 ENSGT01030000234623.a.a.a.a.a ENSGT01010000222962 ENSGT00950000183113.a.b ENSGT00940000160207 ENSGT00940000160902 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106.y ENSGT00940000161058 ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT01020000230603 ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000160663 ENSGT00960000193217 ENSGT00530000063853.a.a.a ENSGT00940000161212 ENSGT00390000018558 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000158250 ENSGT00390000003422.z Common canary MODERN SPECIES 21 ENSSCAG00000012946 OSER1 (ENSSCAG00000012943) ENSSCAG00000012941 GDAP1L1 (ENSSCAG00000012938) FITM2 (ENSSCAG00000012936) R3HDML (ENSSCAG00000012931) HNF4A (ENSSCAG00000012927) TTPAL (ENSSCAG00000012924) SERINC3 (ENSSCAG00000012922) ENSSCAG00000012919 ADA (ENSSCAG00000012914) CCN5 (ENSSCAG00000012876) ENSSCAG00000012863 KCNK15 (ENSSCAG00000012855) RIMS4 (ENSSCAG00000012849) YWHAB (ENSSCAG00000012845) ##22 PABPC1L (ENSSCAG00000012677) TOMM34 (ENSSCAG00000012640) STK4 (ENSSCAG00000012626) KCNS1 (ENSSCAG00000012617) ENSSCAG00000012614 MATN4 (ENSSCAG00000012607) RBPJL (ENSSCAG00000012601) SDC4 (ENSSCAG00000012584) ENSSCAG00000012578 ENSSCAG00000012575 DBNDD2 (ENSSCAG00000012571) PIGT (ENSSCAG00000012560) BLCAP (ENSSCAG00000012551) SRC (ENSSCAG00000012544) MANBAL (ENSSCAG00000012540) Zebra finch MODERN SPECIES 13 ENSTGUG00000005358 JPH2 (ENSTGUG00000005343) OSER1 (ENSTGUG00000005342) ENSTGUG00000026883 GDAP1L1 (ENSTGUG00000005325) FITM2 (ENSTGUG00000022983) R3HDML (ENSTGUG00000005308) HNF4A (ENSTGUG00000005271) TTPAL (ENSTGUG00000005257) SERINC3 (ENSTGUG00000005242) ADA (ENSTGUG00000005206) CCN5 (ENSTGUG00000005202) ENSTGUG00000005199 KCNK15 (ENSTGUG00000005191) RIMS4 (ENSTGUG00000028883) YWHAB (ENSTGUG00000024139) ##22 PABPC1L (ENSTGUG00000005114) TOMM34 (ENSTGUG00000005104) STK4 (ENSTGUG00000005057) KCNS1 (ENSTGUG00000005049) ENSTGUG00000022434 MATN4 (ENSTGUG00000005029) RBPJL (ENSTGUG00000005009) SDC4 (ENSTGUG00000025016) ENSTGUG00000023602 DBNDD2 (ENSTGUG00000005004) PIGT (ENSTGUG00000004963) BLCAP (ENSTGUG00000024673) SRC (ENSTGUG00000004937) ENSTGUG00000028661 GHRH (ENSTGUG00000004928) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00390000011067.A ENSGT00940000158853 ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326 ENSGT00950000183202.a.a ENSGT01040000241001 ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.b ENSGT00940000161337.a.a.a ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663 ENSGT00940000160455 ENSGT00400000024545 ENSGT00390000018118 Reedfish MODERN SPECIES 1 ENSECRG00000009731 rbl1 (ENSECRG00000009744) ENSECRG00000009774 ripor3 (ENSECRG00000009811) blcap (ENSECRG00000009826) TMEM74B (ENSECRG00000009831) psmf1 (ENSECRG00000009837) ENSECRG00000009848 rspo4 (ENSECRG00000009865) ANGPT4 (ENSECRG00000009922) ENSECRG00000009938 ENSECRG00000009945 ENSECRG00000009955 ENSECRG00000009966 ENSECRG00000009970 ywhaba (ENSECRG00000009980) ##22 pabpc1l (ENSECRG00000009990) tomm34 (ENSECRG00000010005) cox6c (ENSECRG00000010016) ENSECRG00000010031 KCNS1 (ENSECRG00000010047) ENSECRG00000010054 ENSECRG00000010063 ENSECRG00000010072 ENSECRG00000010074 ENSECRG00000010082 ENSECRG00000010087 ENSECRG00000010091 ENSECRG00000010097 ENSECRG00000010105 ENSECRG00000010108 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326 ENSGT00950000183202.a.a ENSGT01040000241001 ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.b ENSGT00940000161337.a.a.a.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663 Spotted gar MODERN SPECIES 656 romo1 (ENSLOCG00000007270) mtss1 (ENSLOCG00000007280) osgn1 (ENSLOCG00000007297) pigu (ENSLOCG00000007311) PTPRT (ENSLOCG00000007327) rbl1 (ENSLOCG00000007368) CHD6 (ENSLOCG00000007386) ripor3 (ENSLOCG00000007402) blcap (ENSLOCG00000018367) TMEM74B (ENSLOCG00000007423) psmf1 (ENSLOCG00000007435) rspo4 (ENSLOCG00000007448) ANGPT4 (ENSLOCG00000007459) ENSLOCG00000007472 RIMS4 (ENSLOCG00000007486) ywhaba (ENSLOCG00000007504) ##22 pabpc1l (ENSLOCG00000007519) tomm34 (ENSLOCG00000007539) cox6c (ENSLOCG00000007557) STK4 (ENSLOCG00000007569) KCNS1 (ENSLOCG00000007582) or90h4 (ENSLOCG00000018368) ENSLOCG00000018369 ENSLOCG00000007596 ENSLOCG00000017821 or90a1 (ENSLOCG00000017822) ENSLOCG00000017823 matn4 (ENSLOCG00000007617) RBPJL (ENSLOCG00000007645) oser1 (ENSLOCG00000007656) sdc4 (ENSLOCG00000007671) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01040000241001 ENSGT00490000043388.b.b ENSGT00940000161484 ENSGT00940000156304.d ENSGT00940000159947 ENSGT00940000153649.A ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000153773.a.b ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000159787 ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.b 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qars1 (ENSOKIG00005023491) ogg1 (ENSOKIG00005023434) ENSOKIG00005023411 Chinook salmon MODERN SPECIES 14 ssuh2rs1 (ENSOTSG00005044573) rpl32 (ENSOTSG00005044572) grip2a (ENSOTSG00005044449) ENSOTSG00005044420 ABTB1 (ENSOTSG00005044418) ENSOTSG00005044417 ENSOTSG00005044415 cers5 (ENSOTSG00005044389) slmapb (ENSOTSG00005044387) abhd6b (ENSOTSG00005044386) kctd6b (ENSOTSG00005044385) ENSOTSG00005044384 UQCC5 (ENSOTSG00005044383) ognb (ENSOTSG00005044382) ENSOTSG00005044381 YWHAB (ENSOTSG00005044379) ##22 pabpc1l (ENSOTSG00005044378) rbm39b (ENSOTSG00005044319) ENSOTSG00005037142 ENSOTSG00005037110 mapkapk2b (ENSOTSG00005037107) ENSOTSG00005037103 ren (ENSOTSG00005036679) MAGI1 (ENSOTSG00005036397) rho (ENSOTSG00005036395) prickle2a (ENSOTSG00005036394) ENSOTSG00005036393 QRICH1 (ENSOTSG00005036390) qars1 (ENSOTSG00005033175) ogg1 (ENSOTSG00005033170) ENSOTSG00005033168 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1723 ENSGT00940000157238.b.f ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a.d ##22 Huchen MODERN SPECIES 368 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ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a.d ##22 ENSGT00940000154468.tb.b.b.b ENSGT00950000182844.a.a.b ENSGT00940000165387.a.c ENSGT00550000074865.i ENSGT00940000157261.k.b.d ENSGT00390000015805.b.c ENSGT00940000157898.i ENSGT00940000155820.b.d ENSGT00940000153629.a.a.a.c ENSGT00390000016228.b.b ENSGT01010000229500 ENSGT00730000111360.a.d ENSGT00390000007159.c ENSGT00940000161798.ab ENSGT00390000016951.f Rainbow trout MODERN SPECIES 30 ENSOMYG00000022636 ENSOMYG00000022819 ENSOMYG00000023051 ENSOMYG00000047991 ENSOMYG00000023063 ENSOMYG00000023073 ENSOMYG00000065944 ENSOMYG00000024030 rl32 (ENSOMYG00000056816) ENSOMYG00000074423 ENSOMYG00000028407 ENSOMYG00000029980 ENSOMYG00000058292 ENSOMYG00000031367 ENSOMYG00000031380 ENSOMYG00000031424 ##22 ENSOMYG00000031450 rbm39b (ENSOMYG00000031583) ENSOMYG00000032098 ENSOMYG00000032137 ENSOMYG00000071105 ENSOMYG00000065901 eif2d (ENSOMYG00000032593) mapkapk2b (ENSOMYG00000032252) ENSOMYG00000063716 ENSOMYG00000032798 ENSOMYG00000048233 ENSOMYG00000032832 ENSOMYG00000033000 ENSOMYG00000072577 ENSOMYG00000054285 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000160485.l ENSGT00530000063735.a.a.a ENSGT00950000183146.b.a.d ENSGT01030000234648.a.a.c.b.b.a ENSGT00390000008429.e.b.b ENSGT00940000159711.h.a ENSGT00940000155514.d.c ENSGT00390000005874.i.g ENSGT00940000158890.g.a ENSGT00940000155615.i.b.d ENSGT00940000154583.e.b.a.a ENSGT00940000155306.a.o.b ENSGT00940000157238.b.f ENSGT00390000012445.a.b ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a.d ##22 ENSGT00940000154468.tb.b.b.b ENSGT00950000182844.a.a.b ENSGT00940000165387.a.c ENSGT00550000074865.i ENSGT00940000157261.k.b.d ENSGT00390000015805.b.c ENSGT00940000157898.i ENSGT00940000155820.b.d ENSGT00940000153629.a.a.a.c ENSGT00390000016228.b.b ENSGT01010000229500 ENSGT00730000111360.a.d ENSGT00390000007159.c ENSGT00940000161798.ab ENSGT00390000016951.f Coho salmon MODERN SPECIES 8 USP11 (ENSOKIG00005023371) ENSOKIG00005030111 AMIGO3 (ENSOKIG00005030126) ENSOKIG00005030191 DAG1 (ENSOKIG00005030503) ENSOKIG00005030522 ENSOKIG00005030603 DOCK3 (ENSOKIG00005030656) DCAF1 (ENSOKIG00005031675) ENSOKIG00005031795 GRIP2 (ENSOKIG00005031817) SLC6A6 (ENSOKIG00005031975) ENSOKIG00005032450 OGN (ENSOKIG00005032466) ENSOKIG00005032504 YWHAB (ENSOKIG00005032541) ##22 or90j1 (ENSOKIG00005032555) rbm39b (ENSOKIG00005032574) rh50 (ENSOKIG00005032704) ENSOKIG00005032869 ENSOKIG00005032926 eif2d (ENSOKIG00005033500) mapkapk2b (ENSOKIG00005034502) ENSOKIG00005034759 REN (ENSOKIG00005034802) MAGI1 (ENSOKIG00005034935) PRICKLE2 (ENSOKIG00005035312) ENSOKIG00005035353 ENSOKIG00005035406 ENSOKIG00005035457 ENSOKIG00005035464 Chinook salmon MODERN SPECIES 7 IMPA1 (ENSOTSG00005036553) ENSOTSG00005036554 ENSOTSG00005036556 ENSOTSG00005036557 ENSOTSG00005036562 DAG1 (ENSOTSG00005037133) pcbp4 (ENSOTSG00005037135) DOCK3 (ENSOTSG00005037141) DCAF1 (ENSOTSG00005037206) rpl32 (ENSOTSG00005037213) grip2a (ENSOTSG00005037215) SLC6A6 (ENSOTSG00005041012) ENSOTSG00005041394 ognb (ENSOTSG00005041397) cyc1 (ENSOTSG00005041465) YWHAB (ENSOTSG00005041470) ##22 or90j1 (ENSOTSG00005041472) rbm39b (ENSOTSG00005004633) rh50 (ENSOTSG00005004642) ENSOTSG00005004654 eif2d (ENSOTSG00005005726) mapkapk2b (ENSOTSG00005006808) ENSOTSG00005006823 ENSOTSG00005006824 ren (ENSOTSG00005006825) MAGI1 (ENSOTSG00005006837) prickle2a (ENSOTSG00005006860) ENSOTSG00005006862 ENSOTSG00005006865 RBSN (ENSOTSG00005006868) ENSOTSG00005006962 Salmo ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000168452.a ENSGT00940000164282.a.b ENSGT00940000158963.b.b.c ENSGT00940000160485.l ENSGT00530000063735.a.a.a ENSGT00950000183146.b.a.d ENSGT01030000234648.a.a.c.b.b.a ENSGT00390000008429.e.b.b ENSGT00940000159711.h.a ENSGT00940000155514.d.c ENSGT00940000158890.g.a ENSGT00940000155615.i.b.d ENSGT00940000154583.e.b.a.a ENSGT00940000157869.f ENSGT00940000155306.a.o.b ENSGT01090000260040.b.a.b.y.a.d ##22 ENSGT00940000154468.tb.b.b.b ENSGT00950000182844.a.a.b ENSGT00940000165387.a.c ENSGT00550000074865.i ENSGT00940000157261.k.b.d ENSGT00390000015805.b.c ENSGT00940000157898.i ENSGT00940000155820.b.d ENSGT00940000153629.a.a.a.c ENSGT00390000016228.b.b ENSGT00730000111360.a.d ENSGT00390000007159.c ENSGT00940000161798.ab ENSGT00390000016951.f ENSGT00940000155189.pb.b.a River trout MODERN SPECIES 20 ccdc22 (ENSSTUG00000023073) nt5dc2 (ENSSTUG00000023248) tbc1d25 (ENSSTUG00000023438) otud5a (ENSSTUG00000023479) USP11 (ENSSTUG00000023543) ENSSTUG00000025917 ENSSTUG00000025953 ENSSTUG00000025974 DAG1 (ENSSTUG00000026113) pcbp4 (ENSSTUG00000026150) DOCK3 (ENSSTUG00000026492) rpl32 (ENSSTUG00000027756) grip2a (ENSSTUG00000027807) SLC6A6 (ENSSTUG00000028331) ENSSTUG00000029455 YWHAB (ENSSTUG00000029462) ##22 or90j1 (ENSSTUG00000029476) rbm39b (ENSSTUG00000029482) ENSSTUG00000029665 ENSSTUG00000029681 eif2d (ENSSTUG00000030030) mapkapk2b (ENSSTUG00000032003) ENSSTUG00000032365 ren (ENSSTUG00000032390) MAGI1 (ENSSTUG00000032508) ENSSTUG00000032611 prickle2a (ENSSTUG00000032625) ENSSTUG00000032629 ENSSTUG00000032638 RBSN (ENSSTUG00000032654) ENSSTUG00000033134 Northern pike MODERN SPECIES 11 ssuh2rs1 (ENSELUG00000001855) rpl32 (ENSELUG00000001851) grip2a (ENSELUG00000001845) ENSELUG00000001837 ABTB1 (ENSELUG00000001833) ENSELUG00000001831 ENSELUG00000001829 cers5 (ENSELUG00000001826) slmapb (ENSELUG00000001822) abhd6b (ENSELUG00000001820) kctd6b (ENSELUG00000001817) ENSELUG00000001816 UQCC5 (ENSELUG00000001815) ognb (ENSELUG00000001814) ENSELUG00000001813 ywhabb (ENSELUG00000001812) ##22 pabpc1l (ENSELUG00000001811) or90j1 (ENSELUG00000026567) ENSELUG00000001800 ENSELUG00000001801 or90j1 (ENSELUG00000032119) ENSELUG00000025560 ENSELUG00000027816 rbm39b (ENSELUG00000001796) ENSELUG00000001793 ENSELUG00000001791 eif2d (ENSELUG00000001790) ENSELUG00000001789 FMOD (ENSELUG00000001788) ENSELUG00000024616 ENSELUG00000001787 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326.a.b ENSGT00940000155326.a.a 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ENSGT00940000154459.A ENSGT00940000154663.a.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000154258.a Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 72 ENSGT00390000012257 ENSGT00390000014941 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c ENSGT00390000018016 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153393.B ENSGT00940000160129 ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000161337.a.a.b.a.b ENSGT00940000161337.a.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000161337.a.a.b.a.a.a.a.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000153649.A ENSGT01040000241001 ENSGT00940000158986 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c ENSGT00390000018016 ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000001912.f ENSGT00940000177309 ENSGT00940000154459.A ENSGT00940000154663.a.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000154258.a ENSGT00940000157601 ENSGT00390000012445.b ENSGT00390000005315 ENSGT00530000063113.B ENSGT00940000155285.a Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000014941 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT01040000241001 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c ENSGT00390000018016 ENSGT00940000161847.b.a.e.a.a ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000001912.f ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.a.b ENSGT00940000177309 ENSGT00940000154663.a.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000154258.a ENSGT00940000157601 ENSGT00390000012445.b ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.a.b.b ENSGT00940000156780 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00510000047225.a ENSGT00940000158813 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c ENSGT00390000018016 ENSGT00940000161847.b.a.e.a.a ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000001912.f ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.a.b ENSGT00940000177309 ENSGT00940000154663.a.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000176173 ENSGT00390000012445.b ENSGT00970000193381.a.b.a.b.b ENSGT00940000154258.a ENSGT00940000157601 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00510000047225.a ENSGT00940000158813 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c ENSGT00390000018016 ENSGT00940000161847.b.a.e.a.a ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000001912.f ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.a.b ENSGT00940000177309 ENSGT00940000154663.a.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000176173 ENSGT00390000012445.b ENSGT00970000193381.a.a.a.b ENSGT00940000156780 ENSGT00530000063113.B Oryzias ANCESTRAL SPECIES 104 ENSGT00390000017669 ENSGT00940000155146 ENSGT00510000047225.a ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00390000018775 Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 65 ENSGT00940000157238.a ENSGT00940000157444 ENSGT00940000159941 ENSGT00390000011897 ENSGT00390000010053 ENSGT00530000064100 ENSGT00390000013899.a.b ENSGT00390000016546.b ENSGT00620000089227 ENSGT00940000156494 ENSGT00940000157928 ENSGT00940000177993 ENSGT00390000017669 ENSGT00940000155146 ENSGT00510000047225.a ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00390000018775 Indian medaka MODERN SPECIES 8 ECM2 (ENSOMEG00000003954) ENSOMEG00000003976 ippk (ENSOMEG00000003993) ENSOMEG00000004001 rbbp5 (ENSOMEG00000004058) zgc:153675 (ENSOMEG00000004080) hgh1 (ENSOMEG00000004111) ENSOMEG00000004118 NISCH (ENSOMEG00000004174) stab1 (ENSOMEG00000000873) ENSOMEG00000004272 ENSOMEG00000004279 pxk (ENSOMEG00000004310) pdhb (ENSOMEG00000004340) ABHD6 (ENSOMEG00000004358) ENSOMEG00000004378 ##22 krr1 (ENSOMEG00000004397) SLC4A8 (ENSOMEG00000004419) ENSOMEG00000004429 slc25a34 (ENSOMEG00000004439) TMEM82 (ENSOMEG00000004450) fblim1 (ENSOMEG00000004465) ENSOMEG00000004509 prkar2ab (ENSOMEG00000004543) slc25a20 (ENSOMEG00000004583) ENSOMEG00000004599 ndufaf3 (ENSOMEG00000004618) zgc:112334 (ENSOMEG00000004668) TMEM43 (ENSOMEG00000004703) rhoab (ENSOMEG00000004723) CISH (ENSOMEG00000004735) Javanese ricefish MODERN SPECIES 19 ogna (ENSOJAG00000015906) aspn (ENSOJAG00000015913) ECM2 (ENSOJAG00000015926) ippk (ENSOJAG00000015964) rbbp5 (ENSOJAG00000016005) zgc:153675 (ENSOJAG00000016251) hgh1 (ENSOJAG00000016269) ENSOJAG00000016302 NISCH (ENSOJAG00000016319) ENSOJAG00000016896 ENSOJAG00000016908 ENSOJAG00000016918 pxk (ENSOJAG00000016928) pdhb (ENSOJAG00000016985) ABHD6 (ENSOJAG00000017377) YWHAB (ENSOJAG00000017435) ##22 krr1 (ENSOJAG00000017476) ENSOJAG00000017507 METTL7A (ENSOJAG00000017510) SCN8A (ENSOJAG00000017595) ENSOJAG00000018676 SLC4A8 (ENSOJAG00000018828) ENSOJAG00000021108 ENSOJAG00000021125 NBL1 (ENSOJAG00000021131) MICOS10 (ENSOJAG00000021138) capzb (ENSOJAG00000021147) celsr2 (ENSOJAG00000021241) ENSOJAG00000021320 ENSOJAG00000021338 ENSOJAG00000021348 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 147 ENSGT00390000017669 ENSGT00940000155146 ENSGT00510000047225.a ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00390000018775 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 19 ENSORLG00000018835 atf7b (ENSORLG00000018868) ENSORLG00000019036 ENSORLG00000026766 atf1 (ENSORLG00000019069) ENSORLG00000019076 ENSORLG00000027255 ENSORLG00000026645 ENSORLG00000019094 ENSORLG00000029200 ENSORLG00000019133 ENSORLG00000019397 pxk (ENSORLG00000019489) pdhb (ENSORLG00000019525) ENSORLG00000019551 ENSORLG00000019559 ##22 krr1 (ENSORLG00000019616) stab1 (ENSORLG00000019688) ENSORLG00000024152 NISCH (ENSORLG00000019759) ENSORLG00000024018 hgh1 (ENSORLG00000019785) zgc:153675 (ENSORLG00000027644) rbbp5 (ENSORLG00000019813) ippk (ENSORLG00000026125) ECM2 (ENSORLG00000027442) aspn (ENSORLG00000019874) ogna (ENSORLG00000019880) cenpp (ENSORLG00000019849) nol8 (ENSORLG00000019906) tspo (ENSORLG00000019914) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00510000047225.a ENSGT00940000158813 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c.n ENSGT01050000244866.D.a.c.m.b ENSGT00390000018016 ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000001912.f ENSGT00940000154459.A ENSGT00940000177309 ENSGT00940000154663.a.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000154258.a ENSGT00940000157601 ENSGT00970000193381.a.a.a.a.b.a ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.b.s ENSGT00390000012445.b Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000158813 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT01040000241001 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c.n ENSGT01050000244866.D.a.c.m.a ENSGT01050000244866.D.a.c.m.b Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b.j.b ENSGT00940000158813 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c.n ENSGT01050000244866.D.a.c.m.a ENSGT01050000244866.D.a.c.m.b.b ENSGT01100000263518.B.b.a.b ENSGT00940000154527.a.a.a ENSGT00530000065109 ENSGT00510000048121 ENSGT00510000047225.a ENSGT00390000010053 ENSGT00390000011067.C.g ENSGT00390000011067.C.h ENSGT00940000158853 ENSGT01090000262945 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ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.y.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT01050000244866.D.a.c.n Amazon molly MODERN SPECIES 357 lmcd1 (ENSPFOG00000011850) mcm2 (ENSPFOG00000011685) ENSPFOG00000011671 blcap (ENSPFOG00000020644) ripor3 (ENSPFOG00000011492) ENSPFOG00000010939 rspo4 (ENSPFOG00000010891) ENSPFOG00000010869 PTPRT (ENSPFOG00000009123) zgc:171566 (ENSPFOG00000009003) GRIP2 (ENSPFOG00000008525) slc6a6b (ENSPFOG00000008415) LSM3 (ENSPFOG00000008372) ENSPFOG00000008363 RIMS4 (ENSPFOG00000008320) YWHAB (ENSPFOG00000008238) ##22 tomm34 (ENSPFOG00000008162) ENSPFOG00000007809 ENSPFOG00000007875 ENSPFOG00000005391 ENSPFOG00000005107 ip6k2b (ENSPFOG00000004974) SEC61A1 (ENSPFOG00000004861) CHCHD4 (ENSPFOG00000004849) uroc1 (ENSPFOG00000004662) MAPKAPK3 (ENSPFOG00000004461) ENSPFOG00000023383 pfkfb4b (ENSPFOG00000004001) arpc4 (ENSPFOG00000004431) ENSPFOG00000003934 ENSPFOG00000003907 Sailfin molly MODERN SPECIES 234 GRIP2 (ENSPLAG00000002452) slc6a6b (ENSPLAG00000002481) ENSPLAG00000002493 LSM3 (ENSPLAG00000000563) ENSPLAG00000002512 RIMS4 (ENSPLAG00000002528) YWHAB (ENSPLAG00000002545) ##22 tomm34 (ENSPLAG00000002554) ENSPLAG00000002631 Guppy MODERN SPECIES 457 ENSPREG00000022737 blcap (ENSPREG00000022730) ripor3 (ENSPREG00000022691) CHD6 (ENSPREG00000022653) rspo4 (ENSPREG00000022639) ENSPREG00000022625 ENSPREG00000022619 PTPRT (ENSPREG00000022602) zgc:171566 (ENSPREG00000022580) GRIP2 (ENSPREG00000022527) slc6a6b (ENSPREG00000022491) LSM3 (ENSPREG00000022485) ENSPREG00000022474 RIMS4 (ENSPREG00000022461) ENSPREG00000022423 YWHAB (ENSPREG00000022400) ##22 tomm34 (ENSPREG00000022393) ENSPREG00000022106 ENSPREG00000021945 ENSPREG00000021929 GPR37L1 (ENSPREG00000021922) atp2b4 (ENSPREG00000021888) HTD2 (ENSPREG00000021876) rpp14 (ENSPREG00000021863) ABHD6 (ENSPREG00000021848) ippk (ENSPREG00000021831) ENSPREG00000021812 ENSPREG00000021752 map1lc3a (ENSPREG00000021729) ENSPREG00000021722 eif6 (ENSPREG00000021707) Platyfish MODERN SPECIES 12 ENSXMAG00000021779 blcap (ENSXMAG00000019463) ripor3 (ENSXMAG00000012157) IP6K1 (ENSXMAG00000012185) osgepl1 (ENSXMAG00000022739) ENSXMAG00000026386 ENSXMAG00000020957 rspo4 (ENSXMAG00000000286) PTPRT (ENSXMAG00000000264) zgc:171566 (ENSXMAG00000021526) GRIP2 (ENSXMAG00000009165) slc6a6b (ENSXMAG00000009153) LSM3 (ENSXMAG00000009151) ENSXMAG00000009150 RIMS4 (ENSXMAG00000009148) YWHAB (ENSXMAG00000009141) ##22 tomm34 (ENSXMAG00000009136) ENSXMAG00000009135 ENSXMAG00000009124 ENSXMAG00000027196 ENSXMAG00000023564 GPR37L1 (ENSXMAG00000028837) atp2b4 (ENSXMAG00000009063) HTD2 (ENSXMAG00000020150) ENSXMAG00000009056 ABHD6 (ENSXMAG00000009037) ENSXMAG00000021972 ippk (ENSXMAG00000004787) ENSXMAG00000029106 ENSXMAG00000004779 map1lc3a (ENSXMAG00000027769) NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 325 ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 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ahcy (ENSKMAG00000015561) ENSKMAG00000015640 raly (ENSKMAG00000015656) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1619 ip6k2a (ENSNFUG00015005142) ENSNFUG00015005134 MOV10A (ENSNFUG00015005077) ENSNFUG00015005055 ENSNFUG00015005049 CYC1 (ENSNFUG00015005001) ENSNFUG00015004975 RALY (ENSNFUG00015004969) ENSNFUG00015004964 AHCY (ENSNFUG00015004795) OLA.7650 (ENSNFUG00015004752) ENSNFUG00015004749 ENSNFUG00015004739 ENSNFUG00015004731 BX465851.1 (ENSNFUG00015004718) YWHAB (ENSNFUG00015004709) ##22 TOMM34 (ENSNFUG00015004698) ENSNFUG00015023642 ENSNFUG00015023640 ENSNFUG00015023634 ENSNFUG00015023626 PANK4 (ENSNFUG00015023598) DRAXIN (ENSNFUG00015023585) agtrap (ENSNFUG00015023580) ENSNFUG00015023577 RNF207 (ENSNFUG00015023565) ENSNFUG00015023540 ENSNFUG00015023476 ARHGEF10L (ENSNFUG00015022931) ENSNFUG00015022842 ENSNFUG00015022840 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00510000047225.a ENSGT00940000158813 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b 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(ENSMZEG00005016542) ENSMZEG00005016533 Eastern happy MODERN SPECIES 17 ENSACLG00000006311 ENSACLG00000006337 PTPRT (ENSACLG00000006357) ENSACLG00000006511 ENSACLG00000006515 zgc:171566 (ENSACLG00000006527) ENSACLG00000007039 GRIP2 (ENSACLG00000007045) ENSACLG00000007073 slc6a6b (ENSACLG00000007075) ENSACLG00000007108 ENSACLG00000007131 ENSACLG00000007135 RIMS4 (ENSACLG00000007142) ENSACLG00000007166 YWHAB (ENSACLG00000007175) ##22 tomm34 (ENSACLG00000007196) ENSACLG00000007201 ENSACLG00000007219 ENSACLG00000007256 pmepa1 (ENSACLG00000007265) pck1 (ENSACLG00000007303) ENSACLG00000007328 ENSACLG00000007366 CHMP4B (ENSACLG00000007406) ahcy (ENSACLG00000007418) ENSACLG00000007556 raly (ENSACLG00000007561) ENSACLG00000008161 cyc1 (ENSACLG00000008167) ENSACLG00000008173 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 294 rpp14 (ENSNBRG00000013614) ABHD6 (ENSNBRG00000013641) lmcd1 (ENSNBRG00000013672) mcm2 (ENSNBRG00000013686) blcap (ENSNBRG00000013740) ripor3 (ENSNBRG00000013748) CHD6 (ENSNBRG00000013839) 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ENSAPEG00000018814 ccndbp1 (ENSAPEG00000018768) ENSAPEG00000018756 prkar2ab (ENSAPEG00000018724) ENSAPEG00000018706 PRKAR2A (ENSAPEG00000018678) ENSAPEG00000018664 zgc:113307 (ENSAPEG00000018646) fmoda (ENSAPEG00000018632) Spiny chromis MODERN SPECIES 845 ENSAPOG00000012221 RIMS4 (ENSAPOG00000012204) ENSAPOG00000012179 YWHAB (ENSAPOG00000012162) ##22 TOMM34 (ENSAPOG00000012119) ENSAPOG00000012002 ENSAPOG00000011995 ENSAPOG00000011985 ENSAPOG00000011967 ENSAPOG00000011913 ITPR1 (ENSAPOG00000011888) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1023 slc6a6b (ENSSPAG00000000880) LSM3 (ENSSPAG00000000934) ENSSPAG00000000991 RIMS4 (ENSSPAG00000000998) ENSSPAG00000001032 ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000014941 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000014105 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00940000158986 ENSGT01040000241001 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000155326.b ENSGT00490000043388.b.a ENSGT00940000155615.i.a ENSGT00940000154583.e.a ENSGT00390000013951 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ENSDLAG00005010497 ENSDLAG00005010480 ENSDLAG00005034149 ENSDLAG00005010440 ENSDLAG00005010433 ENSDLAG00005010423 ENSDLAG00005031953 ENSDLAG00005010136 ENSDLAG00005010106 raly (ENSDLAG00005010100) ENSDLAG00005028076 cyc1 (ENSDLAG00005010064) ENSDLAG00005010060 ENSDLAG00005010052 Large yellow croaker MODERN SPECIES 478 psmf1 (ENSLCRG00005021567) pigu (ENSLCRG00005021665) mcm2 (ENSLCRG00005021884) blcap (ENSLCRG00005021930) CHD6 (ENSLCRG00005022498) rspo4 (ENSLCRG00005023660) PTPRT (ENSLCRG00005023843) ENSLCRG00005023893 ENSLCRG00005023894 zgc:171566 (ENSLCRG00005023895) GRIP2 (ENSLCRG00005023898) slc6a6b (ENSLCRG00005023902) LSM3 (ENSLCRG00005023912) ENSLCRG00005023915 RIMS4 (ENSLCRG00005023916) YWHAB (ENSLCRG00005023917) ##22 tomm34 (ENSLCRG00005023918) ENSLCRG00005023920 ccndbp1 (ENSLCRG00005023921) ENSLCRG00005023931 pmepa1 (ENSLCRG00005023938) pck1 (ENSLCRG00005023939) ENSLCRG00005023940 ENSLCRG00005023941 CHMP4B (ENSLCRG00005023942) ahcy (ENSLCRG00005023943) CD109 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atp2b4 (ENSHCOG00000012751) ENSHCOG00000012697 cept1b (ENSHCOG00000012689) REM1 (ENSHCOG00000012669) ENSHCOG00000012638 st3gal8 (ENSHCOG00000012632) ENSHCOG00000012613 ENSHCOG00000012601 ENSHCOG00000012589 YWHAB (ENSHCOG00000012503) ##22 tomm34 (ENSHCOG00000012482) ENSHCOG00000012454 ccndbp1 (ENSHCOG00000012388) pmepa1 (ENSHCOG00000012381) pck1 (ENSHCOG00000012371) ENSHCOG00000012352 ENSHCOG00000012340 ahcy (ENSHCOG00000012330) ENSHCOG00000012290 raly (ENSHCOG00000012268) cyc1 (ENSHCOG00000012243) pigu (ENSHCOG00000012234) psmf1 (ENSHCOG00000012194) rbl1 (ENSHCOG00000012180) blcap (ENSHCOG00000012133) Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 19 FLNB (ENSMMDG00005004439) slmapa (ENSMMDG00005009106) dennd6aa (ENSMMDG00005009128) ENSMMDG00005009137 ENSMMDG00005009138 dennd6aa (ENSMMDG00005009141) ENSMMDG00005009144 ENSMMDG00005009148 ENSMMDG00005009153 dennd6aa (ENSMMDG00005009165) ENSMMDG00005009246 ENSMMDG00005009250 ENSMMDG00005009251 ENSMMDG00005009252 FAM107A (ENSMMDG00005009255) YWHAB (ENSMMDG00005009258) ##22 tomm34 (ENSMMDG00005009262) ENSMMDG00005009265 pde12 (ENSMMDG00005009268) ENSMMDG00005009271 rps23 (ENSMMDG00005009274) ENSMMDG00005009286 ENSMMDG00005009290 stk35l (ENSMMDG00005009298) ENSMMDG00005009306 STMN3 (ENSMMDG00005009336) ALOX15B (ENSMMDG00005009407) cntn2 (ENSMMDG00005009424) chia.1 (ENSMMDG00005009506) ENSMMDG00005009511 ENSMMDG00005009514 Cod MODERN SPECIES 4 ENSGMOG00000011628 ENSGMOG00000011636 ENSGMOG00000011681 ENSGMOG00000025916 blcap (ENSGMOG00000020157) ENSGMOG00000011700 ENSGMOG00000011715 ENSGMOG00000034789 ENSGMOG00000001119 ENSGMOG00000005084 GRIP2 (ENSGMOG00000029861) ENSGMOG00000001938 LSM3 (ENSGMOG00000011024) ENSGMOG00000033940 ENSGMOG00000011031 ENSGMOG00000012246 ##22 tomm34 (ENSGMOG00000011260) ENSGMOG00000011248 ccndbp1 (ENSGMOG00000011233) ENSGMOG00000018677 pmepa1 (ENSGMOG00000018691) ENSGMOG00000018700 ENSGMOG00000018712 ENSGMOG00000034122 ENSGMOG00000010159 ENSGMOG00000026537 ENSGMOG00000017046 ENSGMOG00000017056 ENSGMOG00000017066 ENSGMOG00000017117 tpra1 (ENSGMOG00000017122) Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000155285.a ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326.a.b ENSGT00940000155326.a.a ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000005315 ENSGT00530000063113.B.e ENSGT00940000155285.a.d ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b.a ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941.j ENSGT00940000155326.a.a.a ENSGT00950000183202.a.a ENSGT01040000241001 ENSGT00940000153649.A.z ENSGT00940000158986.a ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105.d ENSGT00530000063880.a.g ENSGT00940000160129 ENSGT01090000260040.b.a.b.z.a ##22 ENSGT00940000154697.a.b.yb ENSGT00940000165514.h ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b.i ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT00940000160611.l ENSGT00940000162210.c.a ENSGT00940000166842.c Huchen MODERN SPECIES 23 PTPRT (ENSHHUG00000023089) rbl1 (ENSHHUG00000023039) ENSHHUG00000023034 ENSHHUG00000023017 ENSHHUG00000023009 ENSHHUG00000023004 ENSHHUG00000022998 ENSHHUG00000022983 ripor3 (ENSHHUG00000022917) blcap (ENSHHUG00000022893) TMEM74B (ENSHHUG00000022889) ENSHHUG00000022880 ENSHHUG00000022851 YWHAB (ENSHHUG00000022789) ##22 tomm34 (ENSHHUG00000022783) cox6c (ENSHHUG00000022765) RBPJL (ENSHHUG00000022747) matn4 (ENSHHUG00000022740) ENSHHUG00000022738 ENSHHUG00000022730 rbm12 (ENSHHUG00000022724) cpne1 (ENSHHUG00000022191) st3gal8 (ENSHHUG00000022170) ENSHHUG00000022125 ENSHHUG00000022118 ENSHHUG00000022115 EIF6 (ENSHHUG00000022111) MMP24 (ENSHHUG00000022083) uqcc1 (ENSHHUG00000022077) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000157601.jb ENSGT00390000012445.b.b ENSGT00390000005315 ENSGT00530000063113.B.e ENSGT00940000155285.a.d ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b.a ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941.j ENSGT00940000155326.a.a.a ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986.a ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105.d ENSGT00530000063880.a.g ENSGT00940000160129 ENSGT01090000260040.b.a.b.z.a ##22 ENSGT00940000154697.a.b.yb ENSGT00940000165514.h ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b.i ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT00940000160611.l ENSGT00940000162210.c.a ENSGT00940000166842.c ENSGT00390000011067.C ENSGT00390000015972.o.b ENSGT00940000158315 ENSGT00390000018118.f ENSGT00400000024545 ENSGT00940000160455.a ENSGT00940000160663.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000157601.jb ENSGT00390000012445.b.b ENSGT00390000005315.nb ENSGT00530000063113.B.e ENSGT00940000155285.a.d ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b.a ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941.j ENSGT00940000155326.a.a.a ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986.a ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105.d ENSGT00530000063880.a.g ENSGT00940000160129 ENSGT01090000260040.b.a.b.z.a ##22 ENSGT00940000154697.a.b.yb ENSGT00940000165514.h ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b.i ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT00940000160611.l.a ENSGT00940000162210.c.a ENSGT00940000166842.c ENSGT00390000011067.C ENSGT00390000015972.o.b ENSGT00940000158315 ENSGT00990000210957 ENSGT00940000160455.a ENSGT00940000160663.a ENSGT00940000154468.tb.a.c Atlantic salmon MODERN SPECIES 3 romo1 (ENSSSAG00000076148) ergic3 (ENSSSAG00000075769) mych (ENSSSAG00000113418) mtss1 (ENSSSAG00000075740) osgn1 (ENSSSAG00000088836) pigu (ENSSSAG00000096653) ENSSSAG00000010098 ENSSSAG00000067053 rbl1 (ENSSSAG00000064675) ENSSSAG00000064285 fam65c (ENSSSAG00000064240) blcap (ENSSSAG00000085147) ENSSSAG00000101054 ENSSSAG00000085419 ENSSSAG00000064206 ENSSSAG00000064193 ##22 OM34 (ENSSSAG00000064189) cox6c (ENSSSAG00000064179) ENSSSAG00000064166 ENSSSAG00000064143 ENSSSAG00000088675 ENSSSAG00000096333 ENSSSAG00000097892 ENSSSAG00000052815 ENSSSAG00000052810 ENSSSAG00000097779 if6 (ENSSSAG00000052795) ENSSSAG00000107335 ENSSSAG00000049883 ENSSSAG00000049874 ENSSSAG00000092342 River trout MODERN SPECIES 5 cyc1 (ENSSTUG00000015473) ergic3 (ENSSTUG00000015570) romo1 (ENSSTUG00000015717) mych (ENSSTUG00000015740) mtss1 (ENSSTUG00000015755) osgn1 (ENSSTUG00000015785) pigu (ENSSTUG00000015794) PTPRT (ENSSTUG00000016288) rbl1 (ENSSTUG00000025860) ENSSTUG00000026904 ripor3 (ENSSTUG00000027974) blcap (ENSSTUG00000028133) TMEM74B (ENSSTUG00000028149) ENSSTUG00000028161 ENSSTUG00000028182 YWHAB (ENSSTUG00000028213) ##22 tomm34 (ENSSTUG00000028244) cox6c (ENSSTUG00000028253) RBPJL (ENSSTUG00000028267) matn4 (ENSSTUG00000028287) ENSSTUG00000028303 ENSSTUG00000028315 rbm12 (ENSSTUG00000028316) rbm12 (ENSSTUG00000028328) cpne1 (ENSSTUG00000028473) st3gal8 (ENSSTUG00000033542) ENSSTUG00000033549 eif6 (ENSSTUG00000033562) MMP24 (ENSSTUG00000033593) ENSSTUG00000034060 GDF5 (ENSSTUG00000034075) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157601.jb ENSGT00390000012445.b.b ENSGT00390000005315 ENSGT00530000063113.B.e ENSGT00940000155285.a.d ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b.a ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941.j ENSGT00940000155326.a.a.b ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986.a ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105.d ENSGT00530000063880.a.g ENSGT00940000160129 ENSGT01090000260040.b.a.b.z.a ##22 ENSGT00940000154697.a.b.yb ENSGT00940000165514.h ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b.i ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT01000000219474 ENSGT00940000160611.l ENSGT00940000162210.c.a ENSGT00940000166842.c ENSGT00390000011067.C ENSGT00390000015972.p ENSGT00940000158315 ENSGT00390000018118.f ENSGT00400000024545 ENSGT00940000160455.a Rainbow trout MODERN SPECIES 8 pigu (ENSOMYG00000041333) ENSOMYG00000073883 ENSOMYG00000024478 ENSOMYG00000074895 ENSOMYG00000021751 rbl1 (ENSOMYG00000068667) ENSOMYG00000021012 ENSOMYG00000072181 ENSOMYG00000052627 ENSOMYG00000048068 ripor3 (ENSOMYG00000020701) blcap (ENSOMYG00000020671) ENSOMYG00000020662 ENSOMYG00000053969 ENSOMYG00000020655 ENSOMYG00000020626 ##22 ENSOMYG00000020616 ENSOMYG00000020610 ENSOMYG00000020598 ENSOMYG00000020586 ENSOMYG00000020567 ENSOMYG00000020557 ENSOMYG00000020554 ENSOMYG00000073537 ENSOMYG00000020315 ENSOMYG00000042868 ENSOMYG00000020218 ENSOMYG00000020208 if6 (ENSOMYG00000020201) ENSOMYG00000019432 ENSOMYG00000055483 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000001804.ib.a ENSGT00940000157601.jb ENSGT00390000012445.b.b ENSGT00390000005315 ENSGT00530000063113.B.e ENSGT00940000155285.a.d ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b.a ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00940000155326.a.a.b ENSGT00950000183202.a.a 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ENSOKIG00005016414 eif6 (ENSOKIG00005016420) MMP24 (ENSOKIG00005005726) ENSOKIG00005006451 GDF5 (ENSOKIG00005006455) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 341 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.z.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b.xb ENSGT00940000165514.g ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000157086.b.j ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663.b ENSGT00940000176933 ENSGT00940000160455.b ENSGT00390000018118.e ENSGT00940000160254 ENSGT00390000015972 Huchen MODERN SPECIES 2306 YWHAB (ENSHHUG00000037520) ##22 tomm34 (ENSHHUG00000037575) ENSHHUG00000037577 cox6c (ENSHHUG00000037580) ENSHHUG00000037595 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000182883.b.a.b.a.g ENSGT00940000155609.k.a.a ENSGT00940000160065.g ENSGT00940000160235.g.a ENSGT00950000183208.A.d.a ENSGT00950000182860.a.b.a.e ENSGT00390000006305.m ENSGT00390000003427.a.a ENSGT00940000159439.b.a 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YWHAB (ENSOTSG00005028342) ##22 tomm34 (ENSOTSG00005028341) cox6c (ENSOTSG00005028340) ENSOTSG00005026299 KCNS1 (ENSOTSG00005026293) ENSOTSG00005026289 or90a1 (ENSOTSG00005026286) matn4 (ENSOTSG00005026279) oser1 (ENSOTSG00005026277) ENSOTSG00005026275 ENSOTSG00005026272 GDF5 (ENSOTSG00005026271) uqcc1 (ENSOTSG00005026213) fam83c (ENSOTSG00005026212) eif6 (ENSOTSG00005026211) map1lc3a (ENSOTSG00005026207) Salmo ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182883.b.a.b.a.g ENSGT00940000155609.k.a.a ENSGT00940000160065.g ENSGT00940000160235.g.a ENSGT00950000183208.A.d.a ENSGT00950000182860.a.b.a.e ENSGT00390000006305.m ENSGT00390000003427.a.a ENSGT00940000159439.b.a ENSGT00940000161293.c ENSGT00940000160763.g ENSGT00940000154129.gd.a.a ENSGT00940000159006.c.a.a ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.z.b ##22 ENSGT00940000154697.a.b.xb ENSGT00940000165514.g ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000157086.b.j ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663.b ENSGT00940000160455.b ENSGT00390000018118.e ENSGT00940000160254 ENSGT00390000015972.o.a ENSGT00940000158853 ENSGT00940000166842.d Atlantic salmon MODERN SPECIES 14 gli1 (ENSSSAG00000064356) ENSSSAG00000064348 RHG15 (ENSSSAG00000064319) ENSSSAG00000109066 ENSSSAG00000122184 ENSSSAG00000093872 ddit3 (ENSSSAG00000103408) DCTN2 (ENSSSAG00000063429) KIF5A (ENSSSAG00000053327) ENSSSAG00000053099 ENSSSAG00000053096 ENSSSAG00000053031 ENSSSAG00000050832 ENSSSAG00000050804 ENSSSAG00000089084 ENSSSAG00000050790 ##22 tomm34 (ENSSSAG00000050785) cox6c (ENSSSAG00000050777) stk4 (ENSSSAG00000050672) KCNS1 (ENSSSAG00000050596) or90a1 (ENSSSAG00000050578) ENSSSAG00000088918 matn4 (ENSSSAG00000050553) oser1 (ENSSSAG00000050524) ENSSSAG00000084959 GDF5 (ENSSSAG00000082296) uqcc1 (ENSSSAG00000075372) fam83c (ENSSSAG00000075369) ENSSSAG00000085869 eif6 (ENSSSAG00000075361) map1lc3a (ENSSSAG00000075357) River trout MODERN SPECIES 7 R3HDM2 (ENSSTUG00000029974) INHBC (ENSSTUG00000030462) gli1 (ENSSTUG00000030470) ENSSTUG00000030511 ARHGAP9 (ENSSTUG00000030522) ddit3 (ENSSTUG00000030619) dctn2 (ENSSTUG00000030644) KIF5A (ENSSTUG00000030857) ENSSTUG00000032354 sp7 (ENSSTUG00000032370) ENSSTUG00000032374 PCBP2 (ENSSTUG00000032405) MAP3K12 (ENSSTUG00000032545) ENSSTUG00000033463 RIMS4 (ENSSTUG00000033491) YWHAB (ENSSTUG00000033516) ##22 tomm34 (ENSSTUG00000033567) cox6c (ENSSTUG00000033586) ENSSTUG00000033646 KCNS1 (ENSSTUG00000034455) ENSSTUG00000034498 or90a1 (ENSSTUG00000034529) matn4 (ENSSTUG00000034549) ENSSTUG00000034576 oser1 (ENSSTUG00000034591) sdc4 (ENSSTUG00000034600) GDF5 (ENSSTUG00000034615) uqcc1 (ENSSTUG00000034638) fam83c (ENSSTUG00000034681) eif6 (ENSSTUG00000034685) map1lc3a (ENSSTUG00000034699) Northern pike MODERN SPECIES 16 pigu (ENSELUG00000018876) PTPRT (ENSELUG00000019165) ENSELUG00000032882 ENSELUG00000029285 ENSELUG00000032675 rbl1 (ENSELUG00000012215) ENSELUG00000012309 ripor3 (ENSELUG00000004550) blcap (ENSELUG00000004454) TMEM74B (ENSELUG00000004447) psmf1 (ENSELUG00000021015) ENSELUG00000033721 ENSELUG00000020959 ENSELUG00000015111 RIMS4 (ENSELUG00000015103) YWHAB (ENSELUG00000026166) ##22 ENSELUG00000015055 tomm34 (ENSELUG00000015048) cox6c (ENSELUG00000031848) ENSELUG00000015008 ENSELUG00000026475 ENSELUG00000025602 KCNS1 (ENSELUG00000014788) ENSELUG00000014775 RBPJL (ENSELUG00000014753) matn4 (ENSELUG00000014678) ENSELUG00000027052 oser1 (ENSELUG00000031563) sdc4 (ENSELUG00000024761) GDF5 (ENSELUG00000030444) uqcc1 (ENSELUG00000014439) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.z ##22 Chinese medaka MODERN SPECIES 5037 ENSOSIG00000004672 ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00940000155285.a ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326.b ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000157007.i.a ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663 ENSGT00940000160455 Otophysi DUPLICATION Otophysi ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000155285.a ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326.b ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.`b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00950000182897.A ENSGT00940000156561.a.b.b ENSGT00390000015972 ENSGT00940000180339 ENSGT00940000158315 ENSGT00940000160254 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000176933 ENSGT00940000160455 ENSGT00940000160663 ENSGT00390000018547 ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 124 ENSGT00940000155285.a ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326.b ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.`b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00950000182897.A ENSGT00940000156561.a.b.b ENSGT00390000015972 ENSGT00940000180339 ENSGT00940000158315 ENSGT00940000160254 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000176933 ENSGT00940000160455 ENSGT00940000160663 ENSGT00390000018547 ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b Channel catfish MODERN SPECIES 2 pdzrn3 (ENSIPUG00000001304) ENSIPUG00000001347 or90h4 (ENSIPUG00000001395) ENSIPUG00000001400 or90a1 (ENSIPUG00000001407) or90a1 (ENSIPUG00000001430) matn4 (ENSIPUG00000001441) RBPJL (ENSIPUG00000001498) ENSIPUG00000001509 ENSIPUG00000001523 ripor3 (ENSIPUG00000001543) blcap (ENSIPUG00000001560) TMEM74B (ENSIPUG00000001562) psmf1 (ENSIPUG00000001567) Rims4 (ENSIPUG00000001607) ywhaba (ENSIPUG00000001620) ##22 tomm34 (ENSIPUG00000001635) CX6C1 (ENSIPUG00000001681) zc3h10 (ENSIPUG00000001697) ENSIPUG00000001734 eif6 (ENSIPUG00000001948) MMP24 (ENSIPUG00000001993) FAM83C (ENSIPUG00000002046) uqcc1 (ENSIPUG00000002054) GDF5 (ENSIPUG00000002074) sdc4 (ENSIPUG00000002082) ENSIPUG00000002101 ENSIPUG00000002110 ENSIPUG00000002120 ENSIPUG00000002148 ENSIPUG00000002161 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 139 ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.`b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00950000182897.A ENSGT00940000156561.a.b.b ENSGT00390000015972 ENSGT00940000180339 ENSGT00940000158315 ENSGT00940000160254 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000176933 ENSGT00940000160455 ENSGT00940000160663 ENSGT00390000018547 ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b Electric eel MODERN SPECIES 85 ENSEEEG00000002618 rbl1 (ENSEEEG00000002549) ENSEEEG00000002539 ENSEEEG00000002530 ENSEEEG00000002525 ENSEEEG00000002524 ripor3 (ENSEEEG00000002518) blcap (ENSEEEG00000002514) TMEM74B (ENSEEEG00000002512) psmf1 (ENSEEEG00000002511) rspo4 (ENSEEEG00000002507) ANGPT4 (ENSEEEG00000002504) ENSEEEG00000002502 RIMS4 (ENSEEEG00000002501) ywhaba (ENSEEEG00000002495) ##22 tomm34 (ENSEEEG00000002493) cox6c (ENSEEEG00000002492) zc3h10 (ENSEEEG00000002490) ENSEEEG00000002489 eif6 (ENSEEEG00000002482) MMP24 (ENSEEEG00000002476) fam83c (ENSEEEG00000002474) uqcc1 (ENSEEEG00000002468) GDF5 (ENSEEEG00000002459) sdc4 (ENSEEEG00000002457) oser1 (ENSEEEG00000002455) RBPJL (ENSEEEG00000002410) matn4 (ENSEEEG00000002403) ENSEEEG00000002396 or90a1 (ENSEEEG00000002392) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 268 ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.`b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00950000182897.A ENSGT00940000156561.a.b.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 921 ywhaba (ENSPNAG00000013837) ##22 tomm34 (ENSPNAG00000002958) cox6c (ENSPNAG00000013803) zc3h10 (ENSPNAG00000013796) ENSPNAG00000013778 Mexicana tetra MODERN SPECIES 4 ecrg4b (ENSAMXG00000043164) ENSAMXG00000043885 ENSAMXG00000031307 ENSAMXG00000036241 ENSAMXG00000009563 rbl1 (ENSAMXG00000009565) CHD6 (ENSAMXG00000009576) ripor3 (ENSAMXG00000009604) blcap (ENSAMXG00000025523) TMEM74B (ENSAMXG00000025524) psmf1 (ENSAMXG00000009630) rspo4 (ENSAMXG00000009643) ANGPT4 (ENSAMXG00000009654) ENSAMXG00000009662 RIMS4 (ENSAMXG00000036926) ywhaba (ENSAMXG00000016150) ##22 tomm34 (ENSAMXG00000041798) ENSAMXG00000037717 PTPRT (ENSAMXG00000009696) pigu (ENSAMXG00000009757) osgn1 (ENSAMXG00000037872) mtss1 (ENSAMXG00000039365) mych (ENSAMXG00000034846) romo1 (ENSAMXG00000009812) ergic3 (ENSAMXG00000009793) ENSAMXG00000030041 EIF2S2 (ENSAMXG00000040852) asip1 (ENSAMXG00000032161) ENSAMXG00000033300 ENSAMXG00000015213 arl6ip6 (ENSAMXG00000035122) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326.b ENSGT00750000118737.c ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.`b ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00950000182897.A ENSGT00940000156561.a.b.b ENSGT00390000015972 ENSGT00940000180339 ENSGT00940000158315 ENSGT00940000160254 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000160455 ENSGT00940000160663 ENSGT00390000018547 ENSGT00390000005197.b ENSGT00940000157086.b ENSGT00940000161337.a.a.b.a Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00940000155285.a.b ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b.i ENSGT00390000006658.a.a.a ENSGT00390000014941.k ENSGT00940000155326.b.b ENSGT00950000183202.a.a.i.b ENSGT00940000158986.c ENSGT00940000153717.a.b.h ENSGT00390000014105.f ENSGT00530000063880.a.a ENSGT00390000012257.i 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ENSGT00390000018547.b ENSGT00390000005197.b.c ENSGT00940000157086.b.g Common carp reference MODERN SPECIES 16 mych (ENSCCRG00000067703) mtss1 (ENSCCRG00000028103) osgn1 (ENSCCRG00000028122) pigu (ENSCCRG00000028135) ENSCCRG00000069739 rbl1 (ENSCCRG00000011543) ENSCCRG00000011605 ripor3 (ENSCCRG00000029024) blcap (ENSCCRG00000056975) TMEM74B (ENSCCRG00000054999) psmf1 (ENSCCRG00000043452) rspo4 (ENSCCRG00000034445) ANGPT4 (ENSCCRG00000021432) ENSCCRG00000021422 ENSCCRG00000021420 ywhaba (ENSCCRG00000033122) ##22 tomm34 (ENSCCRG00000033113) cox6c (ENSCCRG00000033105) ENSCCRG00000029570 eif6 (ENSCCRG00000029003) ENSCCRG00000077722 fam83c (ENSCCRG00000063114) uqcc1 (ENSCCRG00000004003) GDF5 (ENSCCRG00000077836) sdc4 (ENSCCRG00000059213) oser1 (ENSCCRG00000077821) ENSCCRG00000026258 matn4 (ENSCCRG00000008192) ENSCCRG00000077265 ENSCCRG00000009791 ENSCCRG00000069111 Golden-line barbel MODERN SPECIES 56 ENSSGRG00000051825 stx4 (ENSSGRG00000051824) calcoco2 (ENSSGRG00000051823) snf8 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ENSGT00940000161337.a.a.b.b.g.a.a.b.a ENSGT00940000161337.a.a.b.b.g.b.c Common carp reference MODERN SPECIES 10 mtss1 (ENSCCRG00000059251) osgn1 (ENSCCRG00000078345) pigu (ENSCCRG00000040007) ENSCCRG00000028148 ENSCCRG00000054159 rbl1 (ENSCCRG00000011653) ENSCCRG00000069087 ripor3 (ENSCCRG00000005992) blcap (ENSCCRG00000082053) TMEM74B (ENSCCRG00000061692) psmf1 (ENSCCRG00000029029) rspo4 (ENSCCRG00000043457) ANGPT4 (ENSCCRG00000041490) ENSCCRG00000041472 ENSCCRG00000041458 ywhaba (ENSCCRG00000073960) ##22 tomm34 (ENSCCRG00000041406) ENSCCRG00000041400 zc3h10 (ENSCCRG00000076929) ENSCCRG00000041367 eif6 (ENSCCRG00000069389) ENSCCRG00000062337 fam83c (ENSCCRG00000004706) uqcc1 (ENSCCRG00000053764) GDF5 (ENSCCRG00000026137) sdc4 (ENSCCRG00000053752) oser1 (ENSCCRG00000026129) ENSCCRG00000070585 matn4 (ENSCCRG00000026148) ENSCCRG00000080841 ENSCCRG00000019346 Golden-line barbel MODERN SPECIES 201 ENSSGRG00000050541 ENSSGRG00000050540 RIMS4 (ENSSGRG00000050539) ywhaba (ENSSGRG00000050489) ##22 tomm34 (ENSSGRG00000050487) zc3h10 (ENSSGRG00000050485) ENSSGRG00000050484 eif6 (ENSSGRG00000050471) MMP24 (ENSSGRG00000050468) fam83c (ENSSGRG00000050465) uqcc1 (ENSSGRG00000050461) GDF5 (ENSSGRG00000050458) sdc4 (ENSSGRG00000050457) oser1 (ENSSGRG00000050455) ENSSGRG00000050453 RBPJL (ENSSGRG00000050449) matn4 (ENSSGRG00000050443) or90a1 (ENSSGRG00000050442) or90b1 (ENSSGRG00000050441) Goldfish MODERN SPECIES 46 ENSCARG00000027599 dctn2 (ENSCARG00000027638) PTPRT (ENSCARG00000028242) ENSCARG00000033858 rbl1 (ENSCARG00000033926) ENSCARG00000035261 ripor3 (ENSCARG00000035478) blcap (ENSCARG00000035501) psmf1 (ENSCARG00000035507) TMEM74B (ENSCARG00000035539) rspo4 (ENSCARG00000035544) ANGPT4 (ENSCARG00000035562) ENSCARG00000035779 RIMS4 (ENSCARG00000035795) ENSCARG00000035851 ywhaba (ENSCARG00000035862) ##22 tomm34 (ENSCARG00000035916) cox6c (ENSCARG00000035925) zc3h10 (ENSCARG00000022483) ENSCARG00000022527 eif6 (ENSCARG00000023228) MMP24 (ENSCARG00000023264) fam83c 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ENSCCRG00000077469 ENSCCRG00000000226 ENSCCRG00000000281 ywhabb (ENSCCRG00000068705) ##22 ENSCCRG00000022767 ENSCCRG00000082170 ENSCCRG00000017564 ENSCCRG00000040925 ENSCCRG00000038399 ppiaa (ENSCCRG00000007958) ENSCCRG00000029321 adam9 (ENSCCRG00000012766) nudt18 (ENSCCRG00000012826) fhip2b (ENSCCRG00000053957) ENSCCRG00000077854 DMTN (ENSCCRG00000046695) ENSCCRG00000046688 bag4 (ENSCCRG00000053756) lsm1 (ENSCCRG00000046684) Zebrafish MODERN SPECIES 23 ogg1 (ENSDARG00000060002) qars1 (ENSDARG00000010316) si:dkey-75a21.2 (ENSDARG00000093188) angptl7 (ENSDARG00000027582) mtor (ENSDARG00000053196) ENSDARG00000068190 ENSDARG00000075332 ENSDARG00000094251 fhip2b (ENSDARG00000060029) nudt18 (ENSDARG00000041576) adam9 (ENSDARG00000010070) ogdha (ENSDARG00000034270) ppiaa (ENSDARG00000009212) ENSDARG00000110770 SLC18A1 (ENSDARG00000078157) ywhabb (ENSDARG00000075758) ##22 mak16 (ENSDARG00000003527) ENSDARG00000073773 chmp4bb (ENSDARG00000007323) pabpc1l (ENSDARG00000002597) ubap2b (ENSDARG00000060065) ENSDARG00000076270 ENSDARG00000092262 si:ch211-163b2.4 (ENSDARG00000094890) CRAT (ENSDARG00000016545) timm17b (ENSDARG00000060124) praf2 (ENSDARG00000032535) ENSDARG00000010933 ENSDARG00000115528 ENSDARG00000006901 ELMOD3 (ENSDARG00000074742) Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.ab.b ##22 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.ab.b ##22 Electric eel MODERN SPECIES 181 naa35 (ENSEEEG00000001786) agtpbp1 (ENSEEEG00000001795) NTRK2 (ENSEEEG00000001980) rmi1 (ENSEEEG00000001981) hnrnpk (ENSEEEG00000001982) zgc:136564 (ENSEEEG00000001984) gkap1 (ENSEEEG00000001987) FRMD3 (ENSEEEG00000001989) ENSEEEG00000001990 ENSEEEG00000001991 ENSEEEG00000001994 ENSEEEG00000001995 chmp4bb (ENSEEEG00000001996) EIF2S2 (ENSEEEG00000001997) CYC1 (ENSEEEG00000001998) ywhabb (ENSEEEG00000001999) ##22 ENSEEEG00000002001 pabpc1l (ENSEEEG00000002003) ENSEEEG00000002004 FMOD (ENSEEEG00000002005) mapkapk2b (ENSEEEG00000002006) eif2d (ENSEEEG00000002008) ENSEEEG00000002011 ENSEEEG00000002012 rh50 (ENSEEEG00000002025) rbm39b (ENSEEEG00000002050) csf1b (ENSEEEG00000002153) ren (ENSEEEG00000002172) zgc:162200 (ENSEEEG00000002282) renbp (ENSEEEG00000002287) kdm5c (ENSEEEG00000002319) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000155285.a ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.b ENSGT00390000006658.a.a ENSGT00390000014941 ENSGT00940000155326.b ENSGT00950000183202.a.a ENSGT00940000158986 ENSGT00940000153717.a.b ENSGT00390000014105 ENSGT00530000063880.a ENSGT00390000012257 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663 ENSGT00940000160455 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000160254 ENSGT00940000158315 Atlantic herring MODERN SPECIES 21 osgn1 (ENSCHAG00000026388) pigu (ENSCHAG00000026383) PTPRT (ENSCHAG00000024252) rbl1 (ENSCHAG00000024062) CHD6 (ENSCHAG00000020596) ripor3 (ENSCHAG00000020493) blcap (ENSCHAG00000020484) TMEM74B (ENSCHAG00000020470) psmf1 (ENSCHAG00000020456) ENSCHAG00000020438 he1.1 (ENSCHAG00000020344) rspo4 (ENSCHAG00000020242) ANGPT4 (ENSCHAG00000020188) ENSCHAG00000020181 RIMS4 (ENSCHAG00000020142) ywhaba (ENSCHAG00000020012) ##22 tomm34 (ENSCHAG00000019996) cox6c (ENSCHAG00000019980) ENSCHAG00000019189 KCNS1 (ENSCHAG00000019140) rap1ab (ENSCHAG00000018986) timm17a (ENSCHAG00000018962) taf6 (ENSCHAG00000018957) LMOD1 (ENSCHAG00000018881) ENSCHAG00000018848 ipo9 (ENSCHAG00000017407) kdm5ba (ENSCHAG00000016007) rabif (ENSCHAG00000015959) adipor1a (ENSCHAG00000015850) cyb5r1 (ENSCHAG00000015670) rnpep (ENSCHAG00000014495) Denticle herring DUPLICATION Denticle herring MODERN SPECIES 1 SLC26A9 (ENSDCDG00000021145) slc48a1a (ENSDCDG00000021146) RAPGEF3 (ENSDCDG00000021172) itga5 (ENSDCDG00000021261) CSRNP2 (ENSDCDG00000021500) TFCP2 (ENSDCDG00000021532) pou6f1 (ENSDCDG00000022264) dazap2 (ENSDCDG00000022266) ENSDCDG00000022270 bin2a (ENSDCDG00000022272) ENSDCDG00000022274 racgap1 (ENSDCDG00000022276) ENSDCDG00000022289 eif2s2 (ENSDCDG00000022422) cyc1 (ENSDCDG00000022424) ywhabb (ENSDCDG00000022427) ##22 pabpc1l (ENSDCDG00000022431) FMOD (ENSDCDG00000022475) mapkapk2b (ENSDCDG00000022612) eif2d (ENSDCDG00000022643) ENSDCDG00000022663 ENSDCDG00000023107 rh50 (ENSDCDG00000023117) rbm39b (ENSDCDG00000023139) neu4 (ENSDCDG00000023253) ENSDCDG00000023344 csf1b (ENSDCDG00000023348) ren (ENSDCDG00000023354) MAGI1 (ENSDCDG00000023403) ENSDCDG00000024815 ENSDCDG00000024817 Denticle herring MODERN SPECIES 3 mtss1 (ENSDCDG00000029835) osgn1 (ENSDCDG00000029815) pigu (ENSDCDG00000029812) PTPRT (ENSDCDG00000027280) rbl1 (ENSDCDG00000027171) ENSDCDG00000027152 CHD6 (ENSDCDG00000026345) ripor3 (ENSDCDG00000026314) blcap (ENSDCDG00000026312) TMEM74B (ENSDCDG00000026309) psmf1 (ENSDCDG00000026308) rspo4 (ENSDCDG00000026307) ANGPT4 (ENSDCDG00000026264) ENSDCDG00000026263 RIMS4 (ENSDCDG00000026262) YWHAB (ENSDCDG00000026259) ##22 tomm34 (ENSDCDG00000026257) cox6c (ENSDCDG00000026255) ENSDCDG00000025794 KCNS1 (ENSDCDG00000025770) or90h4 (ENSDCDG00000025767) ENSDCDG00000025766 or90a1 (ENSDCDG00000025765) matn4 (ENSDCDG00000025762) RBPJL (ENSDCDG00000025737) oser1 (ENSDCDG00000025729) sdc4 (ENSDCDG00000025712) GDF5 (ENSDCDG00000025709) uqcc1 (ENSDCDG00000025703) fam83c (ENSDCDG00000025700) MMP24 (ENSDCDG00000025557) Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT01090000260040.b.a.b.db ##22 Asian bonytongue MODERN SPECIES col2a1a (ENSSFOG00015017970) aaas (ENSSFOG00015033042) map3k12 (ENSSFOG00015017844) pcbp2 (ENSSFOG00015017796) kif5aa (ENSSFOG00015017759) ENSSFOG00015017752 ENSSFOG00015017721 actr5 (ENSSFOG00015017683) ENSSFOG00015017669 AURKA (ENSSFOG00015017657) ENSSFOG00015032545 ENSSFOG00015017564 VAPB (ENSSFOG00015017501) chmp4bb (ENSSFOG00015017482) eif2s2 (ENSSFOG00015017437) ywhaba (ENSSFOG00015017410) ##22 pabpc1l (ENSSFOG00015017304) ENSSFOG00015017280 ENSSFOG00015017228 ENSSFOG00015017195 TBC1D22B (ENSSFOG00015017113) pim1 (ENSSFOG00015017076) ENSSFOG00015017062 kcnd1 (ENSSFOG00015017051) gripap1 (ENSSFOG00015003095) MON1B (ENSSFOG00015003085) ptpn18 (ENSSFOG00015003042) plxna3 (ENSSFOG00015002896) PNCK (ENSSFOG00015002842) slc6a8 (ENSSFOG00015002806) slc6a8 (ENSSFOG00015033035) Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000160937 ENSGT00940000160129 ENSGT00940000166055 ENSGT00940000158934 ENSGT01090000260040.b.a.b.eb.a ##22 ENSGT00940000154697.a.b ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154984.B ENSGT00940000160096 ENSGT00940000161337.a.a.b.b ENSGT00940000161337.a.a.a.a ENSGT00940000161337.a.a.b.a ENSGT00940000157086.b ENSGT00390000005197.b ENSGT00390000018547 ENSGT00940000160663 ENSGT00940000160455 ENSGT00940000176933 ENSGT00390000018118 ENSGT00940000160254 P. kingsleyae MODERN SPECIES 126 RNF123 (ENSPKIG00000010414) AMIGO3 (ENSPKIG00000010551) ENSPKIG00000010564 lmcd1 (ENSPKIG00000010590) gmppb (ENSPKIG00000010618) IP6K1 (ENSPKIG00000010674) CCDC66 (ENSPKIG00000010727) TASOR (ENSPKIG00000010794) arhgef3 (ENSPKIG00000010859) il17rd (ENSPKIG00000010943) HESX1 (ENSPKIG00000010964) ENSPKIG00000010981 ANGPT4 (ENSPKIG00000011009) ENSPKIG00000011038 RIMS4 (ENSPKIG00000011049) YWHAB (ENSPKIG00000011074) ##22 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 609 ENSGT01090000260040.b.a.b.eb.b ##22 ENSGT00940000157106 ENSGT00940000153773.a.b Asian bonytongue MODERN SPECIES 14 ddit3 (ENSSFOG00015033058) ENSSFOG00015010989 dctn2 (ENSSFOG00015010939) KIF5A (ENSSFOG00015010864) ENSSFOG00015010903 soat2 (ENSSFOG00015010835) igsf8 (ENSSFOG00015010807) sp7 (ENSSFOG00015010799) tarbp2 (ENSSFOG00015010784) ENSSFOG00015010761 sp1 (ENSSFOG00015010741) rspo4 (ENSSFOG00015010666) ANGPT4 (ENSSFOG00015010626) ENSSFOG00015010618 RIMS4 (ENSSFOG00015031165) YWHAB (ENSSFOG00015010577) ##22 tomm34 (ENSSFOG00015010538) cox6c (ENSSFOG00015032358) ENSSFOG00015010491 KCNS1 (ENSSFOG00015010480) ENSSFOG00015010457 ENSSFOG00015031163 ENSSFOG00015027411 ENSSFOG00015010416 or90a1 (ENSSFOG00015004468) ENSSFOG00015004409 matn4 (ENSSFOG00015004356) RBPJL (ENSSFOG00015004306) oser1 (ENSSFOG00015004285) sdc4 (ENSSFOG00015032117) GDF5 (ENSSFOG00015004232) P. kingsleyae MODERN SPECIES 137 kif5aa (ENSPKIG00000006660) ENSPKIG00000006773 NXPH4 (ENSPKIG00000006789) ENSPKIG00000006805 actr5 (ENSPKIG00000006836) ENSPKIG00000006904 ENSPKIG00000006991 ENSPKIG00000007016 ENSPKIG00000007045 ENSPKIG00000007057 GNAS (ENSPKIG00000007077) ENSPKIG00000007119 VAPB (ENSPKIG00000007144) chmp4bb (ENSPKIG00000007162) eif2s2 (ENSPKIG00000007195) YWHAB (ENSPKIG00000007244) ##22 pabpc1l (ENSPKIG00000007322) ENSPKIG00000007461 ENSPKIG00000007564