Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #9	ENSGT00940000158112 #10	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #9	ENSGT00940000158112 #10	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	188	RTN4RL1 (ENSCLAG00000009730) #7	ENSCLAG00000005185 #8	SMYD4 (ENSCLAG00000007096) #9	SERPINF1 (ENSCLAG00000004364) #10	SERPINF2 (ENSCLAG00000005418) #11	WDR81 (ENSCLAG00000006184) #12	TLCD2 (ENSCLAG00000006248) #13	PRPF8 (ENSCLAG00000004388) #14	RILP (ENSCLAG00000005570) #15	SCARF1 (ENSCLAG00000007850) #16	SLC43A2 (ENSCLAG00000008904) #17	PITPNA (ENSCLAG00000005817) #18	INPP5K (ENSCLAG00000006255) #19	MYO1C (ENSCLAG00000006861) #20	CRK (ENSCLAG00000005975) #21	YWHAE (ENSCLAG00000006497) #22	DOC2B (ENSCLAG00000006834) #23	RPH3AL (ENSCLAG00000004707) #24	ENSCLAG00000005764 #25	RFLNB (ENSCLAG00000006406) #26	VPS53 (ENSCLAG00000010632) #27	TLCD3A (ENSCLAG00000007548) #28	GEMIN4 (ENSCLAG00000008139) #29	ENSCLAG00000007298 #30	MRM3 (ENSCLAG00000008589) #31	NXN (ENSCLAG00000009995) #32	TIMM22 (ENSCLAG00000012842) #33	ABR (ENSCLAG00000005717) #34	BHLHA9 (ENSCLAG00000009813) #35	TRARG1 (ENSCLAG00000011922) #36	GOSR1 (ENSCLAG00000010994) #37
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	161												ENSODEG00000002681	FBXO15 (ENSODEG00000002700)	TIMM21 (ENSODEG00000002726)	ENSODEG00000002747	ENSODEG00000018841 #22	ENSODEG00000002757	DIPK1C (ENSODEG00000002789)	CNDP2 (ENSODEG00000002825)	CNDP1 (ENSODEG00000002852)	ENSODEG00000002905	ENSODEG00000018901	ENSODEG00000002919	PTGR3 (ENSODEG00000002932)	ENSODEG00000002943	ENSODEG00000002953	ZNF516 (ENSODEG00000002971)	ZNF236 (ENSODEG00000003041)	MBP (ENSODEG00000002651)	GALR1 (ENSODEG00000002674)	SALL3 (ENSODEG00000002692)
Degu	MODERN SPECIES	49	DALRD3 (ENSODEG00000018251)	WDR6 (ENSODEG00000018229)	P4HTM (ENSODEG00000018157)	ARIH2 (ENSODEG00000018288)	SLC25A20 (ENSODEG00000018156)	ENSODEG00000018180	IP6K2 (ENSODEG00000018212)	NCKIPSD (ENSODEG00000018165)	CELSR3 (ENSODEG00000018319)	SLC26A6 (ENSODEG00000018141)	UQCRC1 (ENSODEG00000018299)	ENSODEG00000018336	PFKFB4 (ENSODEG00000018219)	CAV3 (ENSODEG00000018263)	OXTR (ENSODEG00000018131)	ENSODEG00000018124 #22	RAD18 (ENSODEG00000018158)	SRGAP3 (ENSODEG00000018235)	THUMPD3 (ENSODEG00000018242)	SETD5 (ENSODEG00000018265)	ENSODEG00000020522	LHFPL4 (ENSODEG00000018130)	ENSODEG00000018249	MTMR14 (ENSODEG00000018300)	CPNE9 (ENSODEG00000018383)	BRPF1 (ENSODEG00000018200)	OGG1 (ENSODEG00000018217)	CAMK1 (ENSODEG00000018146)	TADA3 (ENSODEG00000018173)	ARPC4 (ENSODEG00000018185)	ENSODEG00000018188
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	380						AMTN (ENSODEG00000000478)	ENSODEG00000018554	ODAM (ENSODEG00000000386)	ENSODEG00000000326	ENSODEG00000000299	ENSODEG00000000221	ENSODEG00000001261	ENSODEG00000001222	ENSODEG00000001144	ENSODEG00000001053	ENSODEG00000000951 #22	ENSODEG00000000897	ENSODEG00000000758
Degu	MODERN SPECIES	215											ENSODEG00000001439	ENSODEG00000001393	ENSODEG00000001376	ENSODEG00000001366	ENSODEG00000018662	ENSODEG00000001344 #22	ENSODEG00000001331	ASB3 (ENSODEG00000001318)	CHAC2 (ENSODEG00000001289)	ERLEC1 (ENSODEG00000001247)	ENSODEG00000001226	ENSODEG00000001210	ENSODEG00000001189	ENSODEG00000018665	ENSODEG00000000606	C2orf73 (ENSODEG00000000597)	SPTBN1 (ENSODEG00000000573)
Guinea pig	DUPLICATION
Guinea pig	MODERN SPECIES	12	SNAP91 (ENSCPOG00000001711)	CYB5R4 (ENSCPOG00000000052)	MRAP2 (ENSCPOG00000037713)	CEP162 (ENSCPOG00000014088)	TBX18 (ENSCPOG00000037273)	NT5E (ENSCPOG00000001094)	SNX14 (ENSCPOG00000000525)	SYNCRIP (ENSCPOG00000012415)	ENSCPOG00000021627	HTR1E (ENSCPOG00000003667)	GPA1 (ENSCPOG00000009628)	ENSCPOG00000039817	ZNF292 (ENSCPOG00000008644)	SMIM8 (ENSCPOG00000026404)	ENSCPOG00000010489	ENSCPOG00000008007 #22	DUSP26 (ENSCPOG00000030210)	RNF122 (ENSCPOG00000035273)	TTI2 (ENSCPOG00000015720)	ENSCPOG00000034692	FUT10 (ENSCPOG00000004941)	NRG1 (ENSCPOG00000007781)	WRN (ENSCPOG00000002943)	PURG (ENSCPOG00000039319)	PPP2CB (ENSCPOG00000005165)	UBXN8 (ENSCPOG00000034274)	GSR (ENSCPOG00000005290)	ENSCPOG00000031146	SLC9C1 (ENSCPOG00000009185)	SMIM18 (ENSCPOG00000032073)	ENSCPOG00000038789
Guinea pig	MODERN SPECIES	32	RTN4RL1 (ENSCPOG00000032205) #7	RPA1 (ENSCPOG00000000035) #8	SMYD4 (ENSCPOG00000006737) #9	SERPINF1 (ENSCPOG00000010415) #10	SERPINF2 (ENSCPOG00000033575) #11	WDR81 (ENSCPOG00000012041) #12	TLCD2 (ENSCPOG00000034754) #13	PRPF8 (ENSCPOG00000010379) #14	RILP (ENSCPOG00000010367) #15	SCARF1 (ENSCPOG00000010362) #16	SLC43A2 (ENSCPOG00000010361) #17	PITPNA (ENSCPOG00000036950) #18	INPP5K (ENSCPOG00000006879) #19	MYO1C (ENSCPOG00000019415) #20	CRK (ENSCPOG00000006877) #21	YWHAE (ENSCPOG00000034635) #22	DOC2B (ENSCPOG00000024219) #23	RPH3AL (ENSCPOG00000001101) #24	ENSCPOG00000036703 #25	RFLNB (ENSCPOG00000009354) #26	VPS53 (ENSCPOG00000009355) #27	TLCD3A (ENSCPOG00000004305) #28	GEMIN4 (ENSCPOG00000004307) #29	ENSCPOG00000019350 #30	MRM3 (ENSCPOG00000026540) #31	NXN (ENSCPOG00000003199) #32	TIMM22 (ENSCPOG00000033413) #33	ABR (ENSCPOG00000005227) #34	BHLHA9 (ENSCPOG00000001935) #35	TRARG1 (ENSCPOG00000025177) #36	GOSR1 (ENSCPOG00000003814) #37