Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	97	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00940000164941	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000170528	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00940000164941	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000165249	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00940000164941	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00980000202327
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33
Theria	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000179359	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000155101	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000179359	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000179359	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35
Suina	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Pig	DUPLICATION
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Pig	MODERN SPECIES	11	YIPF4 (ENSSSCG00000035747)	SLC30A6 (ENSSSCG00000008518)	SPAST (ENSSSCG00000008517)	DPY30 (ENSSSCG00000008516)	MEMO1 (ENSSSCG00000008515)	SRD5A2 (ENSSSCG00000008521)	XDH (ENSSSCG00000008522)	EHD3 (ENSSSCG00000035987)	CAPN14 (ENSSSCG00000024781)	GALNT14 (ENSSSCG00000008524)	CAPN13 (ENSSSCG00000020986)	LCLAT1 (ENSSSCG00000025901)	ENSSSCG00000059546	LBH (ENSSSCG00000058057)	YPEL5 (ENSSSCG00000008529)	ENSSSCG00000030917 ##22	ENSSSCG00000059894	ENSSSCG00000052802	ENSSSCG00000044640	CLIP4 (ENSSSCG00000008535)	PCARE (ENSSSCG00000024725)	TOGARAM2 (ENSSSCG00000008536)	WDR43 (ENSSSCG00000008534)	TRMT61B (ENSSSCG00000030147)	SPDYA (ENSSSCG00000008538)	PPP1CB (ENSSSCG00000008540)	PLB1 (ENSSSCG00000034756)	ENSSSCG00000060347	FOSL2 (ENSSSCG00000032527)	BABAM2 (ENSSSCG00000026465)	RBKS (ENSSSCG00000038001)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	2	RTN4RL1 (ENSCWAG00000001340) #7	RPA1 (ENSCWAG00000001357) #8	SMYD4 (ENSCWAG00000001390) #10	SERPINF1 (ENSCWAG00000001405) #9	SERPINF2 (ENSCWAG00000001432) #11	WDR81 (ENSCWAG00000001498) #12	TLCD2 (ENSCWAG00000001632) #13	PRPF8 (ENSCWAG00000001656) #14	RILP (ENSCWAG00000001675) #15	SCARF1 (ENSCWAG00000001688) #16	SLC43A2 (ENSCWAG00000001709) #17	PITPNA (ENSCWAG00000001782) #18	INPP5K (ENSCWAG00000001803) #19	MYO1C (ENSCWAG00000001868) #20	CRK (ENSCWAG00000002046) #21	YWHAE (ENSCWAG00000002054) #22	DOC2B (ENSCWAG00000002072) #23	RPH3AL (ENSCWAG00000002089) #24	RFLNB (ENSCWAG00000002106) #26	VPS53 (ENSCWAG00000002129) #27	TLCD3A (ENSCWAG00000002177) #29	GEMIN4 (ENSCWAG00000002194) #31	GLOD4 (ENSCWAG00000002208)	ENSCWAG00000002226	NXN (ENSCWAG00000002248) #33	TIMM22 (ENSCWAG00000002276) #34	ABR (ENSCWAG00000002358) #35	BHLHA9 (ENSCWAG00000002687) #36	TRARG1 (ENSCWAG00000002697) #37	GOSR1 (ENSCWAG00000002709)	CPD (ENSCWAG00000002748)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Blue whale	MODERN SPECIES	12	RPA1 (ENSBMSG00010019545) #8	SMYD4 (ENSBMSG00010019498) #10	SERPINF1 (ENSBMSG00010019477) #9	SERPINF2 (ENSBMSG00010019405) #11	WDR81 (ENSBMSG00010019233) #12	TLCD2 (ENSBMSG00010019174) #13	PRPF8 (ENSBMSG00010019132) #14	RILP (ENSBMSG00010019079) #15	SCARF1 (ENSBMSG00010019004) #16	SLC43A2 (ENSBMSG00010018713) #17	PITPNA (ENSBMSG00010018661) #18	INPP5K (ENSBMSG00010018621) #19	MYO1C (ENSBMSG00010018460) #20	CRK (ENSBMSG00010018408) #21	ENSBMSG00010018391	YWHAE (ENSBMSG00010018353) #22	DOC2B (ENSBMSG00010018303) #23	RPH3AL (ENSBMSG00010018268) #24	ENSBMSG00010018247 #25	RFLNB (ENSBMSG00010018232) #26	ENSBMSG00010018213	VPS53 (ENSBMSG00010018077) #27	TLCD3A (ENSBMSG00010018000) #29	GEMIN4 (ENSBMSG00010017959) #31	GLOD4 (ENSBMSG00010017934)	MRM3 (ENSBMSG00010017916) #32	NXN (ENSBMSG00010017866) #33	TIMM22 (ENSBMSG00010017831) #34	ABR (ENSBMSG00010017514) #35	BHLHA9 (ENSBMSG00010017399) #36	TRARG1 (ENSBMSG00010017380) #37
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Dolphin	MODERN SPECIES	3366															CRK (ENSTTRG00000016581) #21	YWHAE (ENSTTRG00000016580) #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Vaquita	MODERN SPECIES	12	RTN4RL1 (ENSPSNG00000020882) #7	SMYD4 (ENSPSNG00000021186) #10	SERPINF1 (ENSPSNG00000021207) #9	SERPINF2 (ENSPSNG00000021243) #11	WDR81 (ENSPSNG00000021327) #12	TLCD2 (ENSPSNG00000021439) #13	PRPF8 (ENSPSNG00000021481) #14	ENSPSNG00000021531	RILP (ENSPSNG00000021550) #15	SCARF1 (ENSPSNG00000021578) #16	SLC43A2 (ENSPSNG00000021613) #17	PITPNA (ENSPSNG00000021669) #18	INPP5K (ENSPSNG00000021714) #19	MYO1C (ENSPSNG00000021834) #20	CRK (ENSPSNG00000021972) #21	YWHAE (ENSPSNG00000022007) #22	DOC2B (ENSPSNG00000022037) #23	RPH3AL (ENSPSNG00000022061) #24	ENSPSNG00000022073 #25	RFLNB (ENSPSNG00000022085) #26	VPS53 (ENSPSNG00000022122) #27	TLCD3A (ENSPSNG00000022168) #29	GEMIN4 (ENSPSNG00000022192) #31	GLOD4 (ENSPSNG00000022203)	MRM3 (ENSPSNG00000022211) #32	NXN (ENSPSNG00000022221) #33	TIMM22 (ENSPSNG00000022237) #34	ABR (ENSPSNG00000022283) #35	ENSPSNG00000022324 #36	TRARG1 (ENSPSNG00000022327) #37	GOSR1 (ENSPSNG00000022335)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688	ENSGT00940000156919
Beluga whale	MODERN SPECIES	43	RTN4RL1 (ENSDLEG00000012020) #7	RPA1 (ENSDLEG00000011648) #8	SMYD4 (ENSDLEG00000011576) #10	SERPINF1 (ENSDLEG00000011557) #9	SERPINF2 (ENSDLEG00000011529) #11	WDR81 (ENSDLEG00000011483) #12	TLCD2 (ENSDLEG00000011457) #13	PRPF8 (ENSDLEG00000011389) #14	RILP (ENSDLEG00000011358) #15	SCARF1 (ENSDLEG00000011288) #16	SLC43A2 (ENSDLEG00000011224) #17	ENSDLEG00000011185 #18	INPP5K (ENSDLEG00000011071) #19	MYO1C (ENSDLEG00000011023) #20	CRK (ENSDLEG00000011015) #21	YWHAE (ENSDLEG00000007787) #22	DOC2B (ENSDLEG00000007782) #23	RPH3AL (ENSDLEG00000007777) #24	RFLNB (ENSDLEG00000007769) #26	VPS53 (ENSDLEG00000007623) #27	FAM57A (ENSDLEG00000007586) #29	GEMIN4 (ENSDLEG00000007580) #31	GLOD4 (ENSDLEG00000007561)	MRM3 (ENSDLEG00000007546) #32	NXN (ENSDLEG00000007537) #33	TIMM22 (ENSDLEG00000007524) #34	ABR (ENSDLEG00000007499) #35	ENSDLEG00000007490 #36	TRARG1 (ENSDLEG00000007482) #37	GOSR1 (ENSDLEG00000007474)	CPD (ENSDLEG00000007444)
Narwhal	DUPLICATION
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Narwhal	MODERN SPECIES	309	RTL9 (ENSMMNG00015018778)	ENSMMNG00015018800	CHRDL1 (ENSMMNG00015018821)	PAK3 (ENSMMNG00015018902)	CAPN6 (ENSMMNG00015019027)	DCX (ENSMMNG00015019064)	SERTM2 (ENSMMNG00015019086)	ENSMMNG00015019094	ENSMMNG00015019108	ENSMMNG00015019125	TRPC5 (ENSMMNG00015019150)	LHFPL1 (ENSMMNG00015019189)	AMOT (ENSMMNG00015019213)	ENSMMNG00015019248	ENSMMNG00015019277	ENSMMNG00015019301 #22	ENSMMNG00015019316	ENSMMNG00015019348	HTR2C (ENSMMNG00015019368)	IL13RA2 (ENSMMNG00015019397)	LRCH2 (ENSMMNG00015019515)	ENSMMNG00015019623	PLS3 (ENSMMNG00015019644)	AGTR2 (ENSMMNG00015015711)	ENSMMNG00015015723	SLC6A14 (ENSMMNG00015015741)	CT83 (ENSMMNG00015015782)	KLHL13 (ENSMMNG00015015898)	WDR44 (ENSMMNG00015016049)	DOCK11 (ENSMMNG00015016182)	IL13RA1 (ENSMMNG00015016551)
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	ASPA (ENSPCTG00005005211)	SPATA22 (ENSPCTG00005005250)	CLUH (ENSPCTG00005005399)	PAFAH1B1 (ENSPCTG00005005894)	ENSPCTG00005005934	SMYD4 (ENSPCTG00005005983) #10	RPA1 (ENSPCTG00005006013) #8	MNT (ENSPCTG00005006067)	SGSM2 (ENSPCTG00005006156)	TSR1 (ENSPCTG00005006638)	SRR (ENSPCTG00005006758)	SMG6 (ENSPCTG00005006819)	ENSPCTG00005006905 #14	ENSPCTG00005006940 #20	CRK (ENSPCTG00005007046) #21	YWHAE (ENSPCTG00005007078) #22	DOC2B (ENSPCTG00005007116) #23	RPH3AL (ENSPCTG00005007176) #24	ENSPCTG00005007222 #25	ENSPCTG00005007239 #27	TIMM22 (ENSPCTG00005007258) #34	ABR (ENSPCTG00005007316) #35	BHLHA9 (ENSPCTG00005007536) #36	TRARG1 (ENSPCTG00005007551) #37	GOSR1 (ENSPCTG00005007581)	CPD (ENSPCTG00005007651)	TMIGD1 (ENSPCTG00005007791)	BLMH (ENSPCTG00005007833)	SLC6A4 (ENSPCTG00005007871)	NSRP1 (ENSPCTG00005007913)	SSH2 (ENSPCTG00005007991)
Sperm whale	MODERN SPECIES	13	AMMECR1 (ENSPCTG00005017026)	RTL9 (ENSPCTG00005017135)	CHRDL1 (ENSPCTG00005017208)	PAK3 (ENSPCTG00005017376)	CAPN6 (ENSPCTG00005018044)	DCX (ENSPCTG00005018154)	SERTM2 (ENSPCTG00005018296)	ENSPCTG00005018317	ENSPCTG00005018381	TRPC5 (ENSPCTG00005018418)	TRPC5OS (ENSPCTG00005018526)	LHFPL1 (ENSPCTG00005018541)	AMOT (ENSPCTG00005018591)	ENSPCTG00005018625	ENSPCTG00005018644	ENSPCTG00005018673 #22	HTR2C (ENSPCTG00005018732)	ENSPCTG00005018780	IL13RA2 (ENSPCTG00005018796)	LRCH2 (ENSPCTG00005018879)	ENSPCTG00005019247	PLS3 (ENSPCTG00005019297)	ENSPCTG00005019604	AGTR2 (ENSPCTG00005020161)	ENSPCTG00005020171	ENSPCTG00005020199	SLC6A14 (ENSPCTG00005020214)	CT83 (ENSPCTG00005020309)	KLHL13 (ENSPCTG00005020374)	WDR44 (ENSPCTG00005020538)	DOCK11 (ENSPCTG00005020617)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT01030000235164	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	RTN4RL1 (ENSBGRG00000024867) #7	RPA1 (ENSBGRG00000024902) #8	SMYD4 (ENSBGRG00000025102) #10	SERPINF1 (ENSBGRG00000025121) #9	SERPINF2 (ENSBGRG00000010835) #11	WDR81 (ENSBGRG00000011155) #12	TLCD2 (ENSBGRG00000011712) #13	PRPF8 (ENSBGRG00000011763) #14	RILP (ENSBGRG00000011921) #15	SCARF1 (ENSBGRG00000012073) #16	SLC43A2 (ENSBGRG00000012301) #17	ENSBGRG00000012484 #18	INPP5K (ENSBGRG00000012831) #19	MYO1C (ENSBGRG00000012977) #20	ENSBGRG00000013863 #21	YWHAE (ENSBGRG00000013928) #22	DOC2B (ENSBGRG00000014102) #23	ENSBGRG00000014237	RPH3AL (ENSBGRG00000014299) #24	ENSBGRG00000014382 #25	RFLNB (ENSBGRG00000014402) #26	VPS53 (ENSBGRG00000014440) #27	TLCD3A (ENSBGRG00000014937) #29	ENSBGRG00000015145	ENSBGRG00000015788 #30	MRM3 (ENSBGRG00000015811) #32	ENSBGRG00000015885	TIMM22 (ENSBGRG00000015916) #34	ABR (ENSBGRG00000016018) #35	BHLHA9 (ENSBGRG00000017660) #36	TRARG1 (ENSBGRG00000017716) #37
Wild yak	DUPLICATION
Wild yak	MODERN SPECIES	431										FAM219B (ENSBMUG00000001363)	COX5A (ENSBMUG00000001407)	ENSBMUG00000001416	RPP25 (ENSBMUG00000001430)	SCAMP5 (ENSBMUG00000001486)	PPCDC (ENSBMUG00000001507)	ENSBMUG00000001520 #22	ENSBMUG00000001548	COMMD4 (ENSBMUG00000001628)	NEIL1 (ENSBMUG00000001650)	MAN2C1 (ENSBMUG00000001737)	SIN3A (ENSBMUG00000001813)	PTPN9 (ENSBMUG00000001840)	SNUPN (ENSBMUG00000001877)	IMP3 (ENSBMUG00000001896)	SNX33 (ENSBMUG00000001903)	CSPG4 (ENSBMUG00000001944)	ODF3L1 (ENSBMUG00000001960)
Wild yak	MODERN SPECIES	137	RTN4RL1 (ENSBMUG00000010412) #7	RPA1 (ENSBMUG00000010396) #8	SMYD4 (ENSBMUG00000010383) #10	SERPINF1 (ENSBMUG00000010374) #9	SERPINF2 (ENSBMUG00000010344) #11	WDR81 (ENSBMUG00000010298) #12	TLCD2 (ENSBMUG00000010266) #13	PRPF8 (ENSBMUG00000010239) #14	SCARF1 (ENSBMUG00000010143) #16	SLC43A2 (ENSBMUG00000010129) #17	ENSBMUG00000010101 #18	INPP5K (ENSBMUG00000010081) #19	MYO1C (ENSBMUG00000010010) #20	ENSBMUG00000009944	CRK (ENSBMUG00000009935) #21	YWHAE (ENSBMUG00000009922) #22	DOC2B (ENSBMUG00000009892) #23	RPH3AL (ENSBMUG00000009876) #24	ENSBMUG00000009849 #25	RFLNB (ENSBMUG00000009843) #26	ENSBMUG00000009837	VPS53 (ENSBMUG00000009808) #27	TLCD3A (ENSBMUG00000009758) #29	GEMIN4 (ENSBMUG00000009722) #31	ENSBMUG00000009708 #30	GLOD4 (ENSBMUG00000009685)	ENSBMUG00000009641	NXN (ENSBMUG00000009627) #33	TIMM22 (ENSBMUG00000009616) #34	ABR (ENSBMUG00000009569) #35	TRARG1 (ENSBMUG00000009491) #37
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT01100000263480.a.b.a.a.a.b.b.b.b.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	DPH1 (ENSBIXG00005012790)	RTN4RL1 (ENSBIXG00005012805) #7	RPA1 (ENSBIXG00005012827) #8	SMYD4 (ENSBIXG00005007109) #10	SERPINF1 (ENSBIXG00005012900) #9	SERPINF2 (ENSBIXG00005012951) #11	WDR81 (ENSBIXG00005013064) #12	TLCD2 (ENSBIXG00005013086) #13	PRPF8 (ENSBIXG00005013148) #14	RILP (ENSBIXG00005013165) #15	SCARF1 (ENSBIXG00005007482) #16	SLC43A2 (ENSBIXG00005013236) #17	PITPNA (ENSBIXG00005013252) #18	INPP5K (ENSBIXG00005013268) #19	MYO1C (ENSBIXG00005013667) #20	ENSBIXG00005013849 #22	DOC2B (ENSBIXG00005013913) #23	RPH3AL (ENSBIXG00005006216) #24	ENSBIXG00005013994 #25	RFLNB (ENSBIXG00005014016) #26	ENSBIXG00005014029	VPS53 (ENSBIXG00005001818) #27	TLCD3A (ENSBIXG00005014089) #29	ENSBIXG00005014099 #30	ENSBIXG00005014110	GEMIN4 (ENSBIXG00005014144) #31	ENSBIXG00005014169	ENSBIXG00005014173	ENSBIXG00005014295	TIMM22 (ENSBIXG00005001906) #34	ABR (ENSBIXG00005014752) #35
Cow	MODERN SPECIES	10	RPA1 (ENSBTAG00000009711) #8	SMYD4 (ENSBTAG00000009708) #10	SERPINF1 (ENSBTAG00000009705) #9	SERPINF2 (ENSBTAG00000020859) #11	WDR81 (ENSBTAG00000011491) #12	TLCD2 (ENSBTAG00000011490) #13	PRPF8 (ENSBTAG00000011488) #14	RILP (ENSBTAG00000038889) #15	SCARF1 (ENSBTAG00000011483) #16	SLC43A2 (ENSBTAG00000011482) #17	PITPNA (ENSBTAG00000011480) #18	INPP5K (ENSBTAG00000011479) #19	MYO1C (ENSBTAG00000001332) #20	ENSBTAG00000049630	CRK (ENSBTAG00000005665) #21	YWHAE (ENSBTAG00000005664) #22	DOC2B (ENSBTAG00000025140) #23	RPH3AL (ENSBTAG00000039819) #24	C19H17orf97 (ENSBTAG00000046148) #25	RFLNB (ENSBTAG00000006606) #26	ENSBTAG00000054644	VPS53 (ENSBTAG00000018126) #27	TLCD3A (ENSBTAG00000046273) #29	DBIL5 (ENSBTAG00000013395) #30	GEMIN4 (ENSBTAG00000013393) #31	GLOD4 (ENSBTAG00000019160)	MRM3 (ENSBTAG00000019162)	NXN (ENSBTAG00000000855) #33	TIMM22 (ENSBTAG00000008423) #34	ABR (ENSBTAG00000008424) #35	BHLHA9 (ENSBTAG00000048216) #36
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3102	EDC3 (ENSBBBG00000010010)	CYP1A1 (ENSBBBG00000010021)	CYP1A2 (ENSBBBG00000010029)	CSK (ENSBBBG00000010042)	LMAN1L (ENSBBBG00000010050)	CPLX3 (ENSBBBG00000010052)	ENSBBBG00000010057	ENSBBBG00000010059	SCAMP2 (ENSBBBG00000010064)	MPI (ENSBBBG00000010066)	FAM219B (ENSBBBG00000010071)	COX5A (ENSBBBG00000010078)	RPP25 (ENSBBBG00000010081)	SCAMP5 (ENSBBBG00000010087)	PPCDC (ENSBBBG00000010107)	ENSBBBG00000001710 #22	C15orf39 (ENSBBBG00000010120)	COMMD4 (ENSBBBG00000010152)	NEIL1 (ENSBBBG00000010175)	MAN2C1 (ENSBBBG00000001732)	SIN3A (ENSBBBG00000010247)	PTPN9 (ENSBBBG00000000136)	SNUPN (ENSBBBG00000000119)	IMP3 (ENSBBBG00000000116)	SNX33 (ENSBBBG00000000114)	CSPG4 (ENSBBBG00000000101)	ODF3L1 (ENSBBBG00000000095)	LINGO1 (ENSBBBG00000000088)	HMG20A (ENSBBBG00000000075)	PEAK1 (ENSBBBG00000000064)	ENSBBBG00000000056
American bison	MODERN SPECIES	3331	RPA1 (ENSBBBG00000022503) #8	SMYD4 (ENSBBBG00000005934) #10	SERPINF1 (ENSBBBG00000022443) #9	SERPINF2 (ENSBBBG00000022415) #11	ENSBBBG00000022346 #12	TLCD2 (ENSBBBG00000022317) #13	PRPF8 (ENSBBBG00000005865) #14	RILP (ENSBBBG00000022144) #15	SCARF1 (ENSBBBG00000022124) #16	SLC43A2 (ENSBBBG00000022077) #17	ENSBBBG00000022013 #18	INPP5K (ENSBBBG00000021979) #19	MYO1C (ENSBBBG00000021875) #20	ENSBBBG00000005655	CRK (ENSBBBG00000021046) #21	YWHAE (ENSBBBG00000005648) #22	DOC2B (ENSBBBG00000020987) #23	RPH3AL (ENSBBBG00000020916) #24	ENSBBBG00000020880 #25	RFLNB (ENSBBBG00000005614) #26	VPS53 (ENSBBBG00000007152) #27	ENSBBBG00000020744	TLCD3A (ENSBBBG00000020737) #29	GEMIN4 (ENSBBBG00000020708) #31	ENSBBBG00000020680 #30	GLOD4 (ENSBBBG00000020675)	MRM3 (ENSBBBG00000020650) #32	ENSBBBG00000020632	TIMM22 (ENSBBBG00000020610) #34	ABR (ENSBBBG00000020579) #35	BHLHA9 (ENSBBBG00000005522) #36
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	25	MAD2L1 (ENSCHIG00000025057)	ENSCHIG00000013097	PDE5A (ENSCHIG00000023222)	FABP2 (ENSCHIG00000022035)	ENSCHIG00000001816	USP53 (ENSCHIG00000013642)	MYOZ2 (ENSCHIG00000012778)	SYNPO2 (ENSCHIG00000022266)	SEC24D (ENSCHIG00000025536)	METTL14 (ENSCHIG00000024680)	ENSCHIG00000019854	PRSS12 (ENSCHIG00000010763)	ENSCHIG00000024794	NDST3 (ENSCHIG00000015901)	TRAM1L1 (ENSCHIG00000016696)	ENSCHIG00000025361 #22	ENSCHIG00000007981	ENSCHIG00000024102	ENSCHIG00000020267	ENSCHIG00000020941	NDST4 (ENSCHIG00000024955)	UGT8 (ENSCHIG00000017623)	ENSCHIG00000021703	ARSJ (ENSCHIG00000010979)	ENSCHIG00000009880	ANK2 (ENSCHIG00000018205)	ENSCHIG00000014163	ENSCHIG00000009660	NEUROG2 (ENSCHIG00000006855)	ALPK1 (ENSCHIG00000020323)	ENSCHIG00000024093
Goat	MODERN SPECIES	13	CLK3 (ENSCHIG00000014297)	EDC3 (ENSCHIG00000023658)	CYP1A1 (ENSCHIG00000025617)	CYP1A2 (ENSCHIG00000013153)	CSK (ENSCHIG00000022920)	LMAN1L (ENSCHIG00000021651)	CPLX3 (ENSCHIG00000000468)	ULK3 (ENSCHIG00000023546)	SCAMP2 (ENSCHIG00000021494)	MPI (ENSCHIG00000011993)	FAM219B (ENSCHIG00000022962)	ENSCHIG00000009874	RPP25 (ENSCHIG00000009989)	SCAMP5 (ENSCHIG00000018609)	PPCDC (ENSCHIG00000016435)	ENSCHIG00000016557 #22	C15orf39 (ENSCHIG00000012103)	ENSCHIG00000009280	COMMD4 (ENSCHIG00000009444)	NEIL1 (ENSCHIG00000022680)	MAN2C1 (ENSCHIG00000017230)	SIN3A (ENSCHIG00000020724)	PTPN9 (ENSCHIG00000018178)	SNUPN (ENSCHIG00000018047)	IMP3 (ENSCHIG00000006295)	SNX33 (ENSCHIG00000014188)	CSPG4 (ENSCHIG00000022435)	ODF3L1 (ENSCHIG00000014166)	LINGO1 (ENSCHIG00000024355)	ENSCHIG00000014182	PEAK1 (ENSCHIG00000021574)
Goat	MODERN SPECIES	10	SMYD4 (ENSCHIG00000022107) #10	SERPINF1 (ENSCHIG00000026391) #9	SERPINF2 (ENSCHIG00000022372) #11	WDR81 (ENSCHIG00000026775) #12	TLCD2 (ENSCHIG00000022441) #13	PRPF8 (ENSCHIG00000017499) #14	RILP (ENSCHIG00000022404) #15	SCARF1 (ENSCHIG00000008354) #16	SLC43A2 (ENSCHIG00000023042) #17	PITPNA (ENSCHIG00000019972) #18	INPP5K (ENSCHIG00000013342) #19	MYO1C (ENSCHIG00000023103) #20	ENSCHIG00000020930	CRK (ENSCHIG00000009252) #21	ENSCHIG00000008038	ENSCHIG00000023201 #22	DOC2B (ENSCHIG00000009205) #23	RPH3AL (ENSCHIG00000009527) #24	RFLNB (ENSCHIG00000026623) #26	VPS53 (ENSCHIG00000012420) #27	TLCD3A (ENSCHIG00000016315) #29	ENSCHIG00000010602	GEMIN4 (ENSCHIG00000026226) #31	ENSCHIG00000009182 #30	GLOD4 (ENSCHIG00000009177)	MRM3 (ENSCHIG00000025241) #32	NXN (ENSCHIG00000018214) #33	TIMM22 (ENSCHIG00000015821) #34	ABR (ENSCHIG00000023804) #35	TRARG1 (ENSCHIG00000010508) #37	GOSR1 (ENSCHIG00000019607)
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	9	UBL7 (ENSOARG00020023964)	CLK3 (ENSOARG00020023901)	EDC3 (ENSOARG00020023870)	CYP1A1 (ENSOARG00020023825)	CYP1A2 (ENSOARG00020023790)	CSK (ENSOARG00020023732)	CPLX3 (ENSOARG00020023713)	ULK3 (ENSOARG00020023625)	SCAMP2 (ENSOARG00020023598)	MPI (ENSOARG00020023529)	FAM219B (ENSOARG00020023496)	COX5A (ENSOARG00020023434)	RPP25 (ENSOARG00020023423)	SCAMP5 (ENSOARG00020023374)	PPCDC (ENSOARG00020023282)	ENSOARG00020023245 #22	COMMD4 (ENSOARG00020023125)	NEIL1 (ENSOARG00020023095)	MAN2C1 (ENSOARG00020022384)	SIN3A (ENSOARG00020022271)	PTPN9 (ENSOARG00020022111)	SNUPN (ENSOARG00020022070)	ENSOARG00020022046	SNX33 (ENSOARG00020022033)	CSPG4 (ENSOARG00020021999)	ODF3L1 (ENSOARG00020021971)	LINGO1 (ENSOARG00020021957)	HMG20A (ENSOARG00020021938)	PEAK1 (ENSOARG00020021910)	TSPAN3 (ENSOARG00020021637)	PSTPIP1 (ENSOARG00020021434)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	22	ENSOARG00020010290	ENSOARG00020010353	MAD2L1 (ENSOARG00020010433)	ENSOARG00020010607	ENSOARG00020010653	ENSOARG00020010708	PDE5A (ENSOARG00020010829)	FABP2 (ENSOARG00020011627)	C6H4orf3 (ENSOARG00020011681)	MYOZ2 (ENSOARG00020011801)	SYNPO2 (ENSOARG00020011882)	SEC24D (ENSOARG00020012239)	METTL14 (ENSOARG00020012676)	ENSOARG00020012744	NDST3 (ENSOARG00020013044)	ENSOARG00020013687 #22	NDST4 (ENSOARG00020013751)	ENSOARG00020013962	UGT8 (ENSOARG00020013985)	ARSJ (ENSOARG00020014089)	CAMK2D (ENSOARG00020014242)	ANK2 (ENSOARG00020019914)	ENSOARG00020022694	ZGRF1 (ENSOARG00020022741)	NEUROG2 (ENSOARG00020022898)	ENSOARG00020022943	TIFA (ENSOARG00020022965)	ENSOARG00020022983	FAM241A (ENSOARG00020023104)	PITX2 (ENSOARG00020023123)	ENPEP (ENSOARG00020023177)
Siberian musk deer	DUPLICATION
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Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	4	CLK3 (ENSCHYG00000018866)	EDC3 (ENSCHYG00000018727)	CYP1A1 (ENSCHYG00000018567)	CYP1A2 (ENSCHYG00000018483)	CSK (ENSCHYG00000018271)	LMAN1L (ENSCHYG00000018144)	CPLX3 (ENSCHYG00000018081)	ULK3 (ENSCHYG00000017504)	SCAMP2 (ENSCHYG00000017364)	MPI (ENSCHYG00000017203)	FAM219B (ENSCHYG00000017093)	ENSCHYG00000016872	RPP25 (ENSCHYG00000016825)	SCAMP5 (ENSCHYG00000016733)	PPCDC (ENSCHYG00000016550)	ENSCHYG00000016492 #22	C15orf39 (ENSCHYG00000016449)	ENSCHYG00000016306	COMMD4 (ENSCHYG00000016055)	NEIL1 (ENSCHYG00000015574)	MAN2C1 (ENSCHYG00000014133)	SIN3A (ENSCHYG00000013852)	PTPN9 (ENSCHYG00000013707)	SNUPN (ENSCHYG00000013533)	IMP3 (ENSCHYG00000013506)	SNX33 (ENSCHYG00000013472)	CSPG4 (ENSCHYG00000013354)	ODF3L1 (ENSCHYG00000013287)	LINGO1 (ENSCHYG00000013245)	HMG20A (ENSCHYG00000013162)	ENSCHYG00000013119
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	RTN4RL1 (ENSCHYG00000012919) #7	RPA1 (ENSCHYG00000012864) #8	SMYD4 (ENSCHYG00000012733) #10	SERPINF1 (ENSCHYG00000012630) #9	SERPINF2 (ENSCHYG00000012451) #11	WDR81 (ENSCHYG00000012153) #12	TLCD2 (ENSCHYG00000012095) #13	PRPF8 (ENSCHYG00000011798) #14	RILP (ENSCHYG00000011703) #15	SCARF1 (ENSCHYG00000011550) #16	SLC43A2 (ENSCHYG00000011402) #17	PITPNA (ENSCHYG00000011308) #18	INPP5K (ENSCHYG00000011223) #19	MYO1C (ENSCHYG00000010415) #20	ENSCHYG00000010377	ENSCHYG00000010094 #22	DOC2B (ENSCHYG00000009930) #23	RPH3AL (ENSCHYG00000009725) #24	ENSCHYG00000009679 #25	VPS53 (ENSCHYG00000009171) #27	TLCD3A (ENSCHYG00000009025) #29	ENSCHYG00000008987 #30	GEMIN4 (ENSCHYG00000008958) #31	GLOD4 (ENSCHYG00000008806)	MRM3 (ENSCHYG00000008755) #32	NXN (ENSCHYG00000008628) #33	TIMM22 (ENSCHYG00000008559) #34	ABR (ENSCHYG00000007909) #35	TRARG1 (ENSCHYG00000007763) #37	GOSR1 (ENSCHYG00000007664)	ENSCHYG00000007643
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Alpaca	MODERN SPECIES	3497													PITPNA (ENSVPAG00000010305) #18	ENSVPAG00000010301 #19	CRK (ENSVPAG00000010296) #21	YWHAE (ENSVPAG00000010288) #22
Arabian camel	DUPLICATION
Arabian camel	MODERN SPECIES	7	RTN4RL1 (ENSCDRG00005009811) #7	RPA1 (ENSCDRG00005009881) #8	SMYD4 (ENSCDRG00005010223) #10	SERPINF1 (ENSCDRG00005010430) #9	SERPINF2 (ENSCDRG00005010483) #11	WDR81 (ENSCDRG00005010633) #12	TLCD2 (ENSCDRG00005010806) #13	PRPF8 (ENSCDRG00005010863) #14	RILP (ENSCDRG00005011127) #15	SCARF1 (ENSCDRG00005011199) #16	SLC43A2 (ENSCDRG00005011286) #17	PITPNA (ENSCDRG00005011565) #18	INPP5K (ENSCDRG00005011674) #19	MYO1C (ENSCDRG00005011804) #20	CRK (ENSCDRG00005012661) #21	ENSCDRG00005012744 #22	DOC2B (ENSCDRG00005012860) #23	RPH3AL (ENSCDRG00005012935) #24	RFLNB (ENSCDRG00005012996) #26	VPS53 (ENSCDRG00005013059) #27	TLCD3A (ENSCDRG00005013622) #29	GEMIN4 (ENSCDRG00005013702) #31	ENSCDRG00005013745 #30	GLOD4 (ENSCDRG00005013761)	ENSCDRG00005013826	NXN (ENSCDRG00005013864) #33	ENSCDRG00005013932	TIMM22 (ENSCDRG00005013953) #34	ABR (ENSCDRG00005014064) #35	BHLHA9 (ENSCDRG00005015178) #36	TRARG1 (ENSCDRG00005015193) #37
Arabian camel	MODERN SPECIES	28	ENSCDRG00005017587	ENSCDRG00005017606	ENSCDRG00005017628	PTF1A (ENSCDRG00005017662)	ENSCDRG00005017724	MSRB2 (ENSCDRG00005017746)	ARMC3 (ENSCDRG00005017783)	ENSCDRG00005017964	ENSCDRG00005017977	ENSCDRG00005017993	PIP4K2A (ENSCDRG00005018006)	SPAG6 (ENSCDRG00005018080)	BMI1 (ENSCDRG00005018183)	COMMD3 (ENSCDRG00005018220)	ENSCDRG00005018255	ENSCDRG00005018291 #22	DNAJC1 (ENSCDRG00005018321)	MLLT10 (ENSCDRG00005018405)	SKIDA1 (ENSCDRG00005018822)	ENSCDRG00005009020	ENSCDRG00005009050	ENSCDRG00005009074	ENSCDRG00005009125	NEBL (ENSCDRG00005009232)	ENSCDRG00005009603	ENSCDRG00005009644	ENSCDRG00005009665	ENSCDRG00005009713	ENSCDRG00005009736	PLXDC2 (ENSCDRG00005009758)	MALRD1 (ENSCDRG00005010062)
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Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000165363	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	35	RNF2 (ENSVVUG00000009159)	TRMT1L (ENSVVUG00000009166)	SWT1 (ENSVVUG00000009182)	IVNS1ABP (ENSVVUG00000009199)	ENSVVUG00000009219	ENSVVUG00000009885	ENSVVUG00000009936	TPR (ENSVVUG00000010030)	ODR4 (ENSVVUG00000011760)	PDC (ENSVVUG00000011893)	ENSVVUG00000011894	PTGS2 (ENSVVUG00000011901)	ENSVVUG00000012308	PLA2G4A (ENSVVUG00000012327)	ENSVVUG00000012399	ENSVVUG00000012414 #22	ENSVVUG00000012420	FAM163A (ENSVVUG00000012435)	TDRD5 (ENSVVUG00000012444)	NPHS2 (ENSVVUG00000012492)	AXDND1 (ENSVVUG00000012512)	SOAT1 (ENSVVUG00000012548)	ABL2 (ENSVVUG00000012583)	TOR3A (ENSVVUG00000012639)	FAM20B (ENSVVUG00000012653)	RALGPS2 (ENSVVUG00000012679)	ANGPTL1 (ENSVVUG00000012713)	ENSVVUG00000012721	ENSVVUG00000012730	RASAL2 (ENSVVUG00000012744)	ENSVVUG00000012856
Red fox	MODERN SPECIES	121	ENSVVUG00000021718	RPA1 (ENSVVUG00000021715) #8	SMYD4 (ENSVVUG00000021711) #10	SERPINF1 (ENSVVUG00000021710) #9	SERPINF2 (ENSVVUG00000021708) #11	WDR81 (ENSVVUG00000021704) #12	PRPF8 (ENSVVUG00000021695) #14	RILP (ENSVVUG00000021692) #15	SCARF1 (ENSVVUG00000021680) #16	SLC43A2 (ENSVVUG00000021676) #17	ENSVVUG00000021675	PITPNA (ENSVVUG00000021669) #18	INPP5K (ENSVVUG00000021666) #19	MYO1C (ENSVVUG00000021660) #20	CRK (ENSVVUG00000021658) #21	YWHAE (ENSVVUG00000021655) #22	DOC2B (ENSVVUG00000021650) #23	RPH3AL (ENSVVUG00000021641) #24	CUNH17orf97 (ENSVVUG00000021637) #25	RFLNB (ENSVVUG00000021633) #26	VPS53 (ENSVVUG00000021618) #27	TLCD3A (ENSVVUG00000021613) #29	GEMIN4 (ENSVVUG00000021612) #31	ENSVVUG00000021610 #30	GLOD4 (ENSVVUG00000021606)	MRM3 (ENSVVUG00000021603)	NXN (ENSVVUG00000021602) #33	ENSVVUG00000021600	TIMM22 (ENSVVUG00000021599) #34	ABR (ENSVVUG00000021589) #35	TRARG1 (ENSVVUG00000021586) #37
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000013811.b.c.a	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00940000165363	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35
Dog	DUPLICATION
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Dingo	DUPLICATION
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Dingo	MODERN SPECIES	327	SERPINF1 (ENSCAFG00020009862) #9	SERPINF2 (ENSCAFG00020009870) #11	WDR81 (ENSCAFG00020009878) #12	TLCD2 (ENSCAFG00020009924) #13	PRPF8 (ENSCAFG00020009943) #14	RILP (ENSCAFG00020009971) #15	ENSCAFG00020009977 #16	ENSCAFG00020009991 #16	ENSCAFG00020009993 #17	ENSCAFG00020009996 #17	ENSCAFG00020010034 #18	ENSCAFG00020010039	INPP5K (ENSCAFG00020010042) #19	MYO1C (ENSCAFG00020010049) #20	CRK (ENSCAFG00020010060) #21	YWHAE (ENSCAFG00020010063) #22	DOC2B (ENSCAFG00020010077) #23	RPH3AL (ENSCAFG00020010093) #24	ENSCAFG00020010100	ENSCAFG00020010104 #25	RFLNB (ENSCAFG00020010107) #26	VPS53 (ENSCAFG00020010135) #27	ENSCAFG00020010950	GEMIN4 (ENSCAFG00020010957) #31	ENSCAFG00020010963 #30	GLOD4 (ENSCAFG00020010966)	MRM3 (ENSCAFG00020010972) #32	NXN (ENSCAFG00020010982) #33	ENSCAFG00020010994	TIMM22 (ENSCAFG00020011001) #34	ABR (ENSCAFG00020011015) #35
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538.j #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538.j #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT01030000235164	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Polar bear	MODERN SPECIES	192	RPA1 (ENSUMAG00000009328) #8	SMYD4 (ENSUMAG00000009336) #10	ENSUMAG00000009343	SERPINF1 (ENSUMAG00000009346) #9	SERPINF2 (ENSUMAG00000009348) #11	WDR81 (ENSUMAG00000009351) #12	TLCD2 (ENSUMAG00000009359) #13	PRPF8 (ENSUMAG00000009385) #14	ENSUMAG00000009554 #16	SLC43A2 (ENSUMAG00000009561) #17	ENSUMAG00000009633 #18	ENSUMAG00000009636	INPP5K (ENSUMAG00000009644) #19	MYO1C (ENSUMAG00000009705) #20	CRK (ENSUMAG00000009978) #21	YWHAE (ENSUMAG00000009987) #22	DOC2B (ENSUMAG00000010000) #23	RPH3AL (ENSUMAG00000010013) #24	RFLNB (ENSUMAG00000010022) #26	VPS53 (ENSUMAG00000010028) #27	TLCD3A (ENSUMAG00000010044) #29	GEMIN4 (ENSUMAG00000010047) #31	ENSUMAG00000010049 #30	GLOD4 (ENSUMAG00000010051)	MRM3 (ENSUMAG00000010052) #32	ENSUMAG00000010058	TIMM22 (ENSUMAG00000010061) #34	ABR (ENSUMAG00000010065) #35	ENSUMAG00000010074	ENSUMAG00000010090 #37	GOSR1 (ENSUMAG00000010099)
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	2244																ENSAMEG00000025816 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	546																ENSAMEG00000031330 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	4	RPA1 (ENSAMEG00000007706) #8	SMYD4 (ENSAMEG00000007774) #10	SERPINF1 (ENSAMEG00000007809) #9	SERPINF2 (ENSAMEG00000007857) #11	WDR81 (ENSAMEG00000007888) #12	TLCD2 (ENSAMEG00000027166) #13	PRPF8 (ENSAMEG00000007940) #14	RILP (ENSAMEG00000008003) #15	SCARF1 (ENSAMEG00000029343) #16	SLC43A2 (ENSAMEG00000008028) #17	PITPNA (ENSAMEG00000030448) #18	INPP5K (ENSAMEG00000008066) #19	MYO1C (ENSAMEG00000008107) #20	CRK (ENSAMEG00000008194) #21	ENSAMEG00000028225	ENSAMEG00000008214 #22	ENSAMEG00000008224 #23	ENSAMEG00000008233 #24	ENSAMEG00000029297 #25	RFLNB (ENSAMEG00000008243) #26	VPS53 (ENSAMEG00000008244) #27	TLCD3A (ENSAMEG00000025727) #29	GEMIN4 (ENSAMEG00000018474) #31	ENSAMEG00000018475 #30	GLOD4 (ENSAMEG00000008317)	MRM3 (ENSAMEG00000008346) #32	NXN (ENSAMEG00000003723) #33	TIMM22 (ENSAMEG00000003729) #34	ABR (ENSAMEG00000003747) #35	ENSAMEG00000029976 #37	ENSAMEG00000029250
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
American mink	MODERN SPECIES	323	RFA1 (ENSNVIG00000011043) #8	ENSNVIG00000011007 #9	SMYD4 (ENSNVIG00000010900) #10	ENSNVIG00000010867 #9	SERPINF2 (ENSNVIG00000010695) #11	WDR81 (ENSNVIG00000010570) #12	TLCD2 (ENSNVIG00000010552) #13	PRPF8 (ENSNVIG00000010137) #14	RILP (ENSNVIG00000010009) #15	SCARF1 (ENSNVIG00000009896) #16	SLC43A2 (ENSNVIG00000009766) #17	PITPNA (ENSNVIG00000009640) #18	INPP5K (ENSNVIG00000009486) #19	MYO1C (ENSNVIG00000008750) #20	CRK (ENSNVIG00000008613) #21	YWHAE (ENSNVIG00000008509) #22	DOC2B (ENSNVIG00000008266) #23	RPH3AL (ENSNVIG00000008008) #24	ENSNVIG00000007961 #25	RFLNB (ENSNVIG00000007867) #26	VPS53 (ENSNVIG00000007404) #27	TLCD3A (ENSNVIG00000007328) #29	GEMIN4 (ENSNVIG00000007293) #31	ACBP (ENSNVIG00000007277) #30	E7EMY5 (ENSNVIG00000007210)	MRM3 (ENSNVIG00000007166) #32	NXN (ENSNVIG00000007059) #33	TIMM22 (ENSNVIG00000006993) #34	ABR (ENSNVIG00000006259) #35	BHLHA9 (ENSNVIG00000006103) #36	TRARG1 (ENSNVIG00000006043) #37
Ferret	DUPLICATION
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Tiger	DUPLICATION
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Cat	DUPLICATION
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Cat	MODERN SPECIES	244	ALDH1B1 (ENSFCAG00000002741)	SHB (ENSFCAG00000046591)	ENSFCAG00000036372	ENSFCAG00000011924	DCAF10 (ENSFCAG00000019005)	EXOSC3 (ENSFCAG00000011923)	TRMT10B (ENSFCAG00000035239)	FRMPD1 (ENSFCAG00000011920)	TOMM5 (ENSFCAG00000038791)	FBXO10 (ENSFCAG00000013082)	POLR1E (ENSFCAG00000013081)	ZBTB5 (ENSFCAG00000013080)	GRHPR (ENSFCAG00000013079)	ZCCHC7 (ENSFCAG00000029100)	PAX5 (ENSFCAG00000001628)	ENSFCAG00000031723 #22	ENSFCAG00000048364	MELK (ENSFCAG00000033469)	RNF38 (ENSFCAG00000023701)	GNE (ENSFCAG00000012765)	CLTA (ENSFCAG00000012764)	CCIN (ENSFCAG00000012763)	GLIPR2 (ENSFCAG00000012762)	RECK (ENSFCAG00000012761)	ENSFCAG00000031644	ENSFCAG00000022850	ENSFCAG00000046648	ENSFCAG00000044567	ENSFCAG00000042129	OR2S2 (ENSFCAG00000042942)	OR13J1 (ENSFCAG00000012759)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Equus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT01090000263324	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Donkey	MODERN SPECIES	4	RTN4RL1 (ENSEASG00005032983) #7	DPH1 (ENSEASG00005009331)	RPA1 (ENSEASG00005009372) #8	SMYD4 (ENSEASG00005009478) #10	SERPINF1 (ENSEASG00005009483) #9	ENSEASG00005024883	SERPINF2 (ENSEASG00005009486) #11	WDR81 (ENSEASG00005009490) #12	PRPF8 (ENSEASG00005009514) #14	SCARF1 (ENSEASG00005009559) #16	SLC43A2 (ENSEASG00005009568) #17	PITPNA (ENSEASG00005009594) #18	INPP5K (ENSEASG00005009597) #19	MYO1C (ENSEASG00005009604) #20	CRK (ENSEASG00005009612) #21	ENSEASG00005009615 #22	ENSEASG00005009623 #23	ENSEASG00005009628 #24	ENSEASG00005035835 #25	RFLNB (ENSEASG00005023998) #26	ENSEASG00005009636 #27	ENSEASG00005032440 #27	GEMIN4 (ENSEASG00005009640) #31	TLCD3A (ENSEASG00005009639) #29	ENSEASG00005009643 #30	ENSEASG00005033869	MRM3 (ENSEASG00005009647) #32	NXN (ENSEASG00005009649) #33	TIMM22 (ENSEASG00005034936) #34	ABR (ENSEASG00005009655) #35	BHLHA9 (ENSEASG00005009665) #36
Horse	MODERN SPECIES	2	RPA1 (ENSECAG00000023886) #8	SERPINF1 (ENSECAG00000022279) #9	ENSECAG00000059429	SMYD4 (ENSECAG00000023756) #10	SERPINF2 (ENSECAG00000021794) #11	WDR81 (ENSECAG00000021606) #12	PRPF8 (ENSECAG00000021318) #14	RILP (ENSECAG00000040909) #15	SCARF1 (ENSECAG00000020764) #16	ENSECAG00000050162 #17	SLC43A2 (ENSECAG00000018324) #17	PITPNA (ENSECAG00000016884) #18	INPP5K (ENSECAG00000016734) #19	MYO1C (ENSECAG00000012020) #20	CRK (ENSECAG00000011550) #21	YWHAE (ENSECAG00000009536) #22	C11H17orf97 (ENSECAG00000008776) #25	RPH3AL (ENSECAG00000008782) #24	VPS53 (ENSECAG00000006437) #27	TLCD3A (ENSECAG00000040301) #29	GEMIN4 (ENSECAG00000006339) #31	ENSECAG00000043867 #30	GLOD4 (ENSECAG00000024418)	MRM3 (ENSECAG00000024378) #32	NXN (ENSECAG00000052299) #33	TIMM22 (ENSECAG00000023897) #34	ABR (ENSECAG00000021889) #35	TRARG1 (ENSECAG00000036408) #37	GOSR1 (ENSECAG00000040193)	CPD (ENSECAG00000020432)	TMIGD1 (ENSECAG00000020217)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Megabat	MODERN SPECIES	3953											SLC43A2 (ENSPVAG00000003678) #17	PITPNA (ENSPVAG00000003675) #18	INPP5K (ENSPVAG00000003672) #19	MYO1C (ENSPVAG00000003667) #20	CRK (ENSPVAG00000003666) #21	YWHAE (ENSPVAG00000003665) #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	13	RPA1 (ENSRFEG00010007578) #8	SMYD4 (ENSRFEG00010007626) #10	SERPINF1 (ENSRFEG00010007660) #9	SERPINF2 (ENSRFEG00010007716) #11	WDR81 (ENSRFEG00010007803) #12	TLCD2 (ENSRFEG00010008006) #13	PRPF8 (ENSRFEG00010008080) #14	RILP (ENSRFEG00010008481) #15	SCARF1 (ENSRFEG00010008511) #16	SLC43A2 (ENSRFEG00010008593) #17	PITPNA (ENSRFEG00010008637) #18	INPP5K (ENSRFEG00010008692) #19	MYO1C (ENSRFEG00010008814) #20	CRK (ENSRFEG00010009199) #21	ENSRFEG00010009226	YWHAE (ENSRFEG00010009253) #22	DOC2B (ENSRFEG00010009312) #23	RPH3AL (ENSRFEG00010009350) #24	ENSRFEG00010009384 #25	RFLNB (ENSRFEG00010009391) #26	VPS53 (ENSRFEG00010009422) #27	TLCD3A (ENSRFEG00010010054) #29	GEMIN4 (ENSRFEG00010010123) #31	ENSRFEG00010010160 #30	GLOD4 (ENSRFEG00010010179)	MRM3 (ENSRFEG00010010209) #32	NXN (ENSRFEG00010010243) #33	TIMM22 (ENSRFEG00010010355) #34	ABR (ENSRFEG00010010492) #35	ENSRFEG00010011351	BHLHA9 (ENSRFEG00010011421) #36
Microbat	MODERN SPECIES	1199	RTN4RL1 (ENSMLUG00000024862) #7	RPA1 (ENSMLUG00000006113) #8	SMYD4 (ENSMLUG00000006108) #10	SERPINF1 (ENSMLUG00000006100) #9	SERPINF2 (ENSMLUG00000006093) #11	ENSMLUG00000002695 #12	TLCD2 (ENSMLUG00000002684) #13	PRPF8 (ENSMLUG00000002666) #14	RILP (ENSMLUG00000002659) #15	SCARF1 (ENSMLUG00000002653) #16	SLC43A2 (ENSMLUG00000002639) #17	ENSMLUG00000001827	INPP5K (ENSMLUG00000001819) #19	MYO1C (ENSMLUG00000001803) #20	CRK (ENSMLUG00000002723) #21	YWHAE (ENSMLUG00000001682) #22	DOC2B (ENSMLUG00000025045) #23	ENSMLUG00000025961 #25	RFLNB (ENSMLUG00000012447) #26	VPS53 (ENSMLUG00000016566) #27	TLCD3A (ENSMLUG00000001491) #29	GEMIN4 (ENSMLUG00000001494) #31	ENSMLUG00000001497 #30	GLOD4 (ENSMLUG00000001501)	MRM3 (ENSMLUG00000001504) #32	NXN (ENSMLUG00000001507) #33
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b #22
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	MODERN SPECIES	722																YWHAE (ENSSARG00000012991) #22
Common shrew	MODERN SPECIES	4737																ENSSARG00000003727 #22	AS3MT (ENSSARG00000003676)	WBP1L (ENSSARG00000003673)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Tree shrew	MODERN SPECIES	274																ENSTBEG00000016224 #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153694.A	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b.c #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01060000250243	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b.c #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	71	RPA1 (ENSMMMG00000024114) #8	ENSMMMG00000024115	SMYD4 (ENSMMMG00000024116) #10	SERPINF1 (ENSMMMG00000024117) #9	SERPINF2 (ENSMMMG00000024119) #11	WDR81 (ENSMMMG00000024120) #12	PRPF8 (ENSMMMG00000024122) #14	ENSMMMG00000024123	RILP (ENSMMMG00000024124) #15	SCARF1 (ENSMMMG00000024125) #16	SLC43A2 (ENSMMMG00000024126) #17	PITPNA (ENSMMMG00000024127) #18	INPP5K (ENSMMMG00000024128) #19	MYO1C (ENSMMMG00000024129) #20	CRK (ENSMMMG00000024130) #21	ENSMMMG00000024131 #22	ENSMMMG00000024132 #23	ENSMMMG00000024133 #23	RPH3AL (ENSMMMG00000024134) #24	ENSMMMG00000024135 #25	ENSMMMG00000024136 #26	VPS53 (ENSMMMG00000024137) #27	TLCD3A (ENSMMMG00000024140) #29	GEMIN4 (ENSMMMG00000024141) #31	ENSMMMG00000024142 #30	MRM3 (ENSMMMG00000024143) #32	NXN (ENSMMMG00000024144) #33	TIMM22 (ENSMMMG00000024146) #34	ABR (ENSMMMG00000024147) #35	TRARG1 (ENSMMMG00000002207) #37	GOSR1 (ENSMMMG00000002214)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01060000250243	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b.c #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	63	RTN4RL1 (ENSUPAG00010017921) #7	RPA1 (ENSUPAG00010017924) #8	ENSUPAG00010017972	SMYD4 (ENSUPAG00010017974) #10	SERPINF1 (ENSUPAG00010017988) #9	WDR81 (ENSUPAG00010018006) #12	PRPF8 (ENSUPAG00010018046) #14	ENSUPAG00010018103	RILP (ENSUPAG00010018108) #15	SCARF1 (ENSUPAG00010018115) #16	SLC43A2 (ENSUPAG00010018128) #17	PITPNA (ENSUPAG00010018150) #18	INPP5K (ENSUPAG00010018169) #19	MYO1C (ENSUPAG00010018200) #20	CRK (ENSUPAG00010018266) #21	YWHAE (ENSUPAG00010018271) #22	DOC2B (ENSUPAG00010018288) #23	RPH3AL (ENSUPAG00010018306) #24	ENSUPAG00010018332 #25	ENSUPAG00010018334 #26	VPS53 (ENSUPAG00010018341) #27	ENSUPAG00010018498	TLCD3A (ENSUPAG00010018510) #29	GEMIN4 (ENSUPAG00010018533) #31	ENSUPAG00010018538 #30	GLOD4 (ENSUPAG00010018542)	MRM3 (ENSUPAG00010018599) #32	NXN (ENSUPAG00010018610) #33	TIMM22 (ENSUPAG00010018629) #34	ABR (ENSUPAG00010018633) #35	BHLHA9 (ENSUPAG00010018747) #36
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	184																ENSSTOG00000033517 #22	DIAPH2 (ENSSTOG00000014769)	ENSSTOG00000020511	PCDH19 (ENSSTOG00000013677)	TNMD (ENSSTOG00000027166)	TSPAN6 (ENSSTOG00000026878)	SRPX2 (ENSSTOG00000005429)	SYTL4 (ENSSTOG00000005440)	NOX1 (ENSSTOG00000005122)	CSTF2 (ENSSTOG00000023445)
Squirrel	MODERN SPECIES	138	DPH1 (ENSSTOG00000027477)	RTN4RL1 (ENSSTOG00000003608) #7	RPA1 (ENSSTOG00000022475) #8	SMYD4 (ENSSTOG00000003588) #10	SERPINF1 (ENSSTOG00000022726) #9	SERPINF2 (ENSSTOG00000005240) #11	WDR81 (ENSSTOG00000027982) #12	PRPF8 (ENSSTOG00000005128) #14	RILP (ENSSTOG00000033473) #15	SCARF1 (ENSSTOG00000005074) #16	SLC43A2 (ENSSTOG00000005056) #17	PITPNA (ENSSTOG00000005039) #18	INPP5K (ENSSTOG00000005020) #19	MYO1C (ENSSTOG00000005117) #20	CRK (ENSSTOG00000005107) #21	YWHAE (ENSSTOG00000005084) #22	DOC2B (ENSSTOG00000022315) #23	RPH3AL (ENSSTOG00000009699) #24	ENSSTOG00000016417 #25	ENSSTOG00000028488 #26	VPS53 (ENSSTOG00000016418) #27	TLCD3A (ENSSTOG00000016422) #29	ENSSTOG00000022725 #30	GEMIN4 (ENSSTOG00000027263) #31	MRM3 (ENSSTOG00000016426) #32	ENSSTOG00000016427	TIMM22 (ENSSTOG00000025948) #34	ABR (ENSSTOG00000016430) #35	TRARG1 (ENSSTOG00000029150) #37	GOSR1 (ENSSTOG00000024599)	ENSSTOG00000034897
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
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Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	188	RTN4RL1 (ENSCLAG00000009730) #7	ENSCLAG00000005185 #8	SMYD4 (ENSCLAG00000007096) #10	SERPINF1 (ENSCLAG00000004364) #9	SERPINF2 (ENSCLAG00000005418) #11	WDR81 (ENSCLAG00000006184) #12	TLCD2 (ENSCLAG00000006248) #13	PRPF8 (ENSCLAG00000004388) #14	RILP (ENSCLAG00000005570) #15	SCARF1 (ENSCLAG00000007850) #16	SLC43A2 (ENSCLAG00000008904) #17	PITPNA (ENSCLAG00000005817) #18	INPP5K (ENSCLAG00000006255) #19	MYO1C (ENSCLAG00000006861) #20	CRK (ENSCLAG00000005975) #21	YWHAE (ENSCLAG00000006497) #22	DOC2B (ENSCLAG00000006834) #23	RPH3AL (ENSCLAG00000004707) #24	ENSCLAG00000005764 #25	RFLNB (ENSCLAG00000006406) #26	VPS53 (ENSCLAG00000010632) #27	TLCD3A (ENSCLAG00000007548) #29	GEMIN4 (ENSCLAG00000008139) #31	ENSCLAG00000007298 #30	MRM3 (ENSCLAG00000008589) #32	NXN (ENSCLAG00000009995) #33	TIMM22 (ENSCLAG00000012842) #34	ABR (ENSCLAG00000005717) #35	BHLHA9 (ENSCLAG00000009813) #36	TRARG1 (ENSCLAG00000011922) #37	GOSR1 (ENSCLAG00000010994)
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	161												ENSODEG00000002681	FBXO15 (ENSODEG00000002700)	TIMM21 (ENSODEG00000002726)	ENSODEG00000002747	ENSODEG00000018841 #22	ENSODEG00000002757	DIPK1C (ENSODEG00000002789)	CNDP2 (ENSODEG00000002825)	CNDP1 (ENSODEG00000002852)	ENSODEG00000002905	ENSODEG00000018901	ENSODEG00000002919	PTGR3 (ENSODEG00000002932)	ENSODEG00000002943	ENSODEG00000002953	ZNF516 (ENSODEG00000002971)	ZNF236 (ENSODEG00000003041)	MBP (ENSODEG00000002651)	GALR1 (ENSODEG00000002674)	SALL3 (ENSODEG00000002692)
Degu	MODERN SPECIES	49	DALRD3 (ENSODEG00000018251)	WDR6 (ENSODEG00000018229)	P4HTM (ENSODEG00000018157)	ARIH2 (ENSODEG00000018288)	SLC25A20 (ENSODEG00000018156)	ENSODEG00000018180	IP6K2 (ENSODEG00000018212)	NCKIPSD (ENSODEG00000018165)	CELSR3 (ENSODEG00000018319)	SLC26A6 (ENSODEG00000018141)	UQCRC1 (ENSODEG00000018299)	ENSODEG00000018336	PFKFB4 (ENSODEG00000018219)	CAV3 (ENSODEG00000018263)	OXTR (ENSODEG00000018131)	ENSODEG00000018124 #22	RAD18 (ENSODEG00000018158)	SRGAP3 (ENSODEG00000018235)	THUMPD3 (ENSODEG00000018242)	SETD5 (ENSODEG00000018265)	ENSODEG00000020522	LHFPL4 (ENSODEG00000018130)	ENSODEG00000018249	MTMR14 (ENSODEG00000018300)	CPNE9 (ENSODEG00000018383)	BRPF1 (ENSODEG00000018200)	OGG1 (ENSODEG00000018217)	CAMK1 (ENSODEG00000018146)	TADA3 (ENSODEG00000018173)	ARPC4 (ENSODEG00000018185)	ENSODEG00000018188
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	380						AMTN (ENSODEG00000000478)	ENSODEG00000018554	ODAM (ENSODEG00000000386)	ENSODEG00000000326	ENSODEG00000000299	ENSODEG00000000221	ENSODEG00000001261	ENSODEG00000001222	ENSODEG00000001144	ENSODEG00000001053	ENSODEG00000000951 #22	ENSODEG00000000897	ENSODEG00000000758
Degu	MODERN SPECIES	215											ENSODEG00000001439	ENSODEG00000001393	ENSODEG00000001376	ENSODEG00000001366	ENSODEG00000018662	ENSODEG00000001344 #22	ENSODEG00000001331	ASB3 (ENSODEG00000001318)	CHAC2 (ENSODEG00000001289)	ERLEC1 (ENSODEG00000001247)	ENSODEG00000001226	ENSODEG00000001210	ENSODEG00000001189	ENSODEG00000018665	ENSODEG00000000606	C2orf73 (ENSODEG00000000597)	SPTBN1 (ENSODEG00000000573)
Guinea pig	DUPLICATION
Guinea pig	MODERN SPECIES	12	SNAP91 (ENSCPOG00000001711)	CYB5R4 (ENSCPOG00000000052)	MRAP2 (ENSCPOG00000037713)	CEP162 (ENSCPOG00000014088)	TBX18 (ENSCPOG00000037273)	NT5E (ENSCPOG00000001094)	SNX14 (ENSCPOG00000000525)	SYNCRIP (ENSCPOG00000012415)	ENSCPOG00000021627	HTR1E (ENSCPOG00000003667)	GPA1 (ENSCPOG00000009628)	ENSCPOG00000039817	ZNF292 (ENSCPOG00000008644)	SMIM8 (ENSCPOG00000026404)	ENSCPOG00000010489	ENSCPOG00000008007 #22	DUSP26 (ENSCPOG00000030210)	RNF122 (ENSCPOG00000035273)	TTI2 (ENSCPOG00000015720)	ENSCPOG00000034692	FUT10 (ENSCPOG00000004941)	NRG1 (ENSCPOG00000007781)	WRN (ENSCPOG00000002943)	PURG (ENSCPOG00000039319)	PPP2CB (ENSCPOG00000005165)	UBXN8 (ENSCPOG00000034274)	GSR (ENSCPOG00000005290)	ENSCPOG00000031146	SLC9C1 (ENSCPOG00000009185)	SMIM18 (ENSCPOG00000032073)	ENSCPOG00000038789
Guinea pig	MODERN SPECIES	32	RTN4RL1 (ENSCPOG00000032205) #7	RPA1 (ENSCPOG00000000035) #8	SMYD4 (ENSCPOG00000006737) #10	SERPINF1 (ENSCPOG00000010415) #9	SERPINF2 (ENSCPOG00000033575) #11	WDR81 (ENSCPOG00000012041) #12	TLCD2 (ENSCPOG00000034754) #13	PRPF8 (ENSCPOG00000010379) #14	RILP (ENSCPOG00000010367) #15	SCARF1 (ENSCPOG00000010362) #16	SLC43A2 (ENSCPOG00000010361) #17	PITPNA (ENSCPOG00000036950) #18	INPP5K (ENSCPOG00000006879) #19	MYO1C (ENSCPOG00000019415) #20	CRK (ENSCPOG00000006877) #21	YWHAE (ENSCPOG00000034635) #22	DOC2B (ENSCPOG00000024219) #23	RPH3AL (ENSCPOG00000001101) #24	ENSCPOG00000036703 #25	RFLNB (ENSCPOG00000009354) #26	VPS53 (ENSCPOG00000009355) #27	TLCD3A (ENSCPOG00000004305) #29	GEMIN4 (ENSCPOG00000004307) #31	ENSCPOG00000019350 #30	MRM3 (ENSCPOG00000026540) #32	NXN (ENSCPOG00000003199) #33	TIMM22 (ENSCPOG00000033413) #34	ABR (ENSCPOG00000005227) #35	BHLHA9 (ENSCPOG00000001935) #36	TRARG1 (ENSCPOG00000025177) #37	GOSR1 (ENSCPOG00000003814)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	350	Dph1 (ENSDORG00000006697)	Rtn4rl1 (ENSDORG00000011520) #7	Rpa1 (ENSDORG00000006199) #8	ENSDORG00000006198 #10	Serpinf1 (ENSDORG00000006197) #9	Serpinf2 (ENSDORG00000006196) #11	Wdr81 (ENSDORG00000006194) #12	Prpf8 (ENSDORG00000006185) #14	Rilp (ENSDORG00000006184) #15	Scarf1 (ENSDORG00000006183) #16	Slc43a2 (ENSDORG00000014793) #17	Pitpna (ENSDORG00000015751) #18	Inpp5k (ENSDORG00000015750) #19	Myo1c (ENSDORG00000015749) #20	Crk (ENSDORG00000004561) #21	Ywhae (ENSDORG00000026870) #22	Doc2b (ENSDORG00000024337) #23	Rph3al (ENSDORG00000002882) #24	1700016K19Rik (ENSDORG00000029781) #25	Rflnb (ENSDORG00000025643) #26	Vps53 (ENSDORG00000007544) #27	Tlcd3a (ENSDORG00000007546) #29	ENSDORG00000026359	Dbil5 (ENSDORG00000024622) #30	Gemin4 (ENSDORG00000007547) #31	Mrm3 (ENSDORG00000007555) #32	ENSDORG00000007556	Timm22 (ENSDORG00000023201) #34	Abr (ENSDORG00000013627) #35	Bhlha9 (ENSDORG00000026823) #36	Trarg1 (ENSDORG00000011333) #37
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	190															Pate10 (ENSJJAG00000008956)	ENSJJAG00000008228 #22	ENSJJAG00000007666	ENSJJAG00000000042	Acrv1 (ENSJJAG00000024162)	Chek1 (ENSJJAG00000018820)	Stt3a (ENSJJAG00000017318)	Ei24 (ENSJJAG00000015344)	ENSJJAG00000019574	Fez1 (ENSJJAG00000019444)	Pknox2 (ENSJJAG00000019019)	Tmem218 (ENSJJAG00000018579)	Slc37a2 (ENSJJAG00000015861)	Hepacam (ENSJJAG00000015662)	Robo4 (ENSJJAG00000019076)	Robo3 (ENSJJAG00000012565)	Msantd2 (ENSJJAG00000022389)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	146	Smg6 (ENSJJAG00000015367)	ENSJJAG00000014311	Hic1 (ENSJJAG00000017367)	Ovca2 (ENSJJAG00000017560)	Dph1 (ENSJJAG00000020755)	Rtn4rl1 (ENSJJAG00000021203) #7	Rpa1 (ENSJJAG00000000876) #8	Serpinf1 (ENSJJAG00000008138) #9	Wdr81 (ENSJJAG00000015048) #12	Prpf8 (ENSJJAG00000021159) #14	ENSJJAG00000001146 #17	ENSJJAG00000010413 #17	Pitpna (ENSJJAG00000011376) #18	Inpp5k (ENSJJAG00000013918) #19	Myo1c (ENSJJAG00000016472) #20	ENSJJAG00000014920 #22	Doc2b (ENSJJAG00000017054) #23	Rph3al (ENSJJAG00000018505) #24	Vps53 (ENSJJAG00000017718) #27	ENSJJAG00000014101	Gemin4 (ENSJJAG00000014157) #31	Dbil5 (ENSJJAG00000014114) #30	Glod4 (ENSJJAG00000023891)	Mrm3 (ENSJJAG00000024189) #32	ENSJJAG00000023790	Timm22 (ENSJJAG00000002487) #34	Abr (ENSJJAG00000011678) #35	ENSJJAG00000014451	Gosr1 (ENSJJAG00000019846)	Cpd (ENSJJAG00000003090)	ENSJJAG00000004461
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Mouse	MODERN SPECIES	2	Rtn4rl1 (ENSMUSG00000045287) #7	Rpa1 (ENSMUSG00000000751) #8	Smyd4 (ENSMUSG00000018809) #10	Serpinf1 (ENSMUSG00000000753) #9	Serpinf2 (ENSMUSG00000038224) #11	Wdr81 (ENSMUSG00000045374) #12	Tlcd2 (ENSMUSG00000038217) #13	Prpf8 (ENSMUSG00000020850) #14	Rilp (ENSMUSG00000038195) #15	Scarf1 (ENSMUSG00000038188) #16	Slc43a2 (ENSMUSG00000038178) #17	Pitpna (ENSMUSG00000017781) #18	Inpp5k (ENSMUSG00000006127) #19	Myo1c (ENSMUSG00000017774) #20	Crk (ENSMUSG00000017776) #21	Ywhae (ENSMUSG00000020849) #22	Doc2b (ENSMUSG00000020848) #23	Rph3al (ENSMUSG00000020847) #24	1700016K19Rik (ENSMUSG00000053783) #25	Rflnb (ENSMUSG00000020846) #26	Vps53 (ENSMUSG00000017288) #27	Glod4 (ENSMUSG00000017286)	Tlcd3a (ENSMUSG00000069808) #29	Gemin4 (ENSMUSG00000049396) #31	Dbil5 (ENSMUSG00000038057) #30	Mrm3 (ENSMUSG00000038046) #32	Nxn (ENSMUSG00000020844) #33	Timm22 (ENSMUSG00000020843) #34	Abr (ENSMUSG00000017631) #35	Bhlha9 (ENSMUSG00000044243) #36	Trarg1 (ENSMUSG00000046275) #37
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spretus	MODERN SPECIES	2	Rtn4rl1 (MGP_SPRETEiJ_G0017576) #7	Rpa1 (MGP_SPRETEiJ_G0017577) #8	Smyd4 (MGP_SPRETEiJ_G0017578) #10	Serpinf1 (MGP_SPRETEiJ_G0017579) #9	Serpinf2 (MGP_SPRETEiJ_G0017580) #11	Wdr81 (MGP_SPRETEiJ_G0017581) #12	Tlcd2 (MGP_SPRETEiJ_G0017582) #13	Prpf8 (MGP_SPRETEiJ_G0017583) #14	Rilp (MGP_SPRETEiJ_G0017584) #15	Scarf1 (MGP_SPRETEiJ_G0017585) #16	Slc43a2 (MGP_SPRETEiJ_G0017586) #17	Pitpna (MGP_SPRETEiJ_G0017587) #18	Inpp5k (MGP_SPRETEiJ_G0017588) #19	Myo1c (MGP_SPRETEiJ_G0017589) #20	Crk (MGP_SPRETEiJ_G0017590) #21	Ywhae (MGP_SPRETEiJ_G0017591) #22	Doc2b (MGP_SPRETEiJ_G0017592) #23	Rph3al (MGP_SPRETEiJ_G0017593) #24	1700016K19Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017594) #25	Rflnb (MGP_SPRETEiJ_G0017595) #26	Vps53 (MGP_SPRETEiJ_G0017596) #27	Glod4 (MGP_SPRETEiJ_G0017597)	Tlcd3a (MGP_SPRETEiJ_G0017598) #29	Dbil5 (MGP_SPRETEiJ_G0017600) #30	Mrm3 (MGP_SPRETEiJ_G0017601) #32	Nxn (MGP_SPRETEiJ_G0017602) #33	Timm22 (MGP_SPRETEiJ_G0017603) #34	MGP_SPRETEiJ_G0017604 #35	Bhlha9 (MGP_SPRETEiJ_G0017605) #36	Trarg1 (MGP_SPRETEiJ_G0017606) #37	Gosr1 (MGP_SPRETEiJ_G0017607)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Rtn4rl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016733) #7	Rpa1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016734) #8	Smyd4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016735) #10	Serpinf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016736) #9	Serpinf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016737) #11	Wdr81 (MGP_CAROLIEiJ_G0016738) #12	Tlcd2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016739) #13	Prpf8 (MGP_CAROLIEiJ_G0016740) #14	Rilp (MGP_CAROLIEiJ_G0016741) #15	Scarf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016742) #16	Slc43a2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016743) #17	Pitpna (MGP_CAROLIEiJ_G0016744) #18	Inpp5k (MGP_CAROLIEiJ_G0016745) #19	Myo1c (MGP_CAROLIEiJ_G0016746) #20	Crk (MGP_CAROLIEiJ_G0016747) #21	Ywhae (MGP_CAROLIEiJ_G0016748) #22	Doc2b (MGP_CAROLIEiJ_G0016749) #23	Rph3al (MGP_CAROLIEiJ_G0016750) #24	1700016K19Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0016751) #25	Rflnb (MGP_CAROLIEiJ_G0016752) #26	Vps53 (MGP_CAROLIEiJ_G0016753) #27	Glod4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016754)	Tlcd3a (MGP_CAROLIEiJ_G0016755) #29	Gemin4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016756) #31	Dbil5 (MGP_CAROLIEiJ_G0016757) #30	Mrm3 (MGP_CAROLIEiJ_G0016758) #32	Nxn (MGP_CAROLIEiJ_G0016759) #33	Timm22 (MGP_CAROLIEiJ_G0016760) #34	MGP_CAROLIEiJ_G0016761 #35	Bhlha9 (MGP_CAROLIEiJ_G0016762) #36	Trarg1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016763) #37
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	Rtn4rl1 (MGP_PahariEiJ_G0017870) #7	Rpa1 (MGP_PahariEiJ_G0017871) #8	Smyd4 (MGP_PahariEiJ_G0017872) #10	MGP_PahariEiJ_G0017873 #9	Serpinf2 (MGP_PahariEiJ_G0017874) #11	Wdr81 (MGP_PahariEiJ_G0017875) #12	MGP_PahariEiJ_G0017876 #13	Prpf8 (MGP_PahariEiJ_G0017877) #14	Rilp (MGP_PahariEiJ_G0017878) #15	Scarf1 (MGP_PahariEiJ_G0017879) #16	Slc43a2 (MGP_PahariEiJ_G0017880) #17	Pitpna (MGP_PahariEiJ_G0017881) #18	Inpp5k (MGP_PahariEiJ_G0017882) #19	Myo1c (MGP_PahariEiJ_G0017883) #20	Crk (MGP_PahariEiJ_G0017884) #21	Ywhae (MGP_PahariEiJ_G0017885) #22	Doc2b (MGP_PahariEiJ_G0017886) #23	MGP_PahariEiJ_G0017887 #23	1700016K19Rik (MGP_PahariEiJ_G0017888) #25	Rflnb (MGP_PahariEiJ_G0017889) #26	Vps53 (MGP_PahariEiJ_G0017890) #27	Glod4 (MGP_PahariEiJ_G0017891)	Tlcd3a (MGP_PahariEiJ_G0017892) #29	Gemin4 (MGP_PahariEiJ_G0017893) #31	Dbil5 (MGP_PahariEiJ_G0017894) #30	Mrm3 (MGP_PahariEiJ_G0017895) #32	Nxn (MGP_PahariEiJ_G0017896) #33	Timm22 (MGP_PahariEiJ_G0017897) #34	MGP_PahariEiJ_G0017898 #35	Bhlha9 (MGP_PahariEiJ_G0017899) #36	Trarg1 (MGP_PahariEiJ_G0017900) #37
Rat	MODERN SPECIES	1	Rpa1 (ENSRNOG00000003123) #8	Smyd4 (ENSRNOG00000026783) #10	Rpl37-ps4 (ENSRNOG00000061979)	Serpinf1 (ENSRNOG00000003172) #9	Serpinf2 (ENSRNOG00000003233) #11	Wdr81 (ENSRNOG00000003243) #12	Tlcd2 (ENSRNOG00000037275) #13	Prpf8 (ENSRNOG00000003495) #14	Rilp (ENSRNOG00000003784) #15	Scarf1 (ENSRNOG00000059618) #16	Slc43a2 (ENSRNOG00000003835) #17	Pitpna (ENSRNOG00000003846) #18	Inpp5k (ENSRNOG00000056954) #19	Myo1c (ENSRNOG00000004072) #20	Crk (ENSRNOG00000025792) #21	Ywhae (ENSRNOG00000005290) #22	Doc2b (ENSRNOG00000060054) #23	Rph3al (ENSRNOG00000061429) #24	C10h17orf97 (ENSRNOG00000025287) #25	Rflnb (ENSRNOG00000006674) #26	Vps53 (ENSRNOG00000006895) #27	Rpl37l1 (ENSRNOG00000034180)	Tlcd3a (ENSRNOG00000007722) #29	Gemin4 (ENSRNOG00000007788) #31	Gemin4 (ENSRNOG00000055236)	Mrm3 (ENSRNOG00000037238) #32	Nxn (ENSRNOG00000008178) #33	Timm22 (ENSRNOG00000007988) #34	Abr (ENSRNOG00000056837) #35	Gosr1 (ENSRNOG00000003971)	Gosr1 (ENSRNOG00000070572)
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210.k #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.eg.a #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210.k #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.eg.a #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	Rpa1 (ENSMOCG00000013019) #8	Smyd4 (ENSMOCG00000014637) #10	ENSMOCG00000002102	Serpinf1 (ENSMOCG00000013659) #9	Serpinf2 (ENSMOCG00000015426) #11	Wdr81 (ENSMOCG00000014819) #12	ENSMOCG00000004200 #13	Prpf8 (ENSMOCG00000016838) #14	Rilp (ENSMOCG00000022637) #15	Scarf1 (ENSMOCG00000021999) #16	Slc43a2 (ENSMOCG00000006980) #17	Pitpna (ENSMOCG00000014886) #18	Inpp5k (ENSMOCG00000005686) #19	Myo1c (ENSMOCG00000005404) #20	Crk (ENSMOCG00000005876) #21	Ywhae (ENSMOCG00000014128) #22	Doc2b (ENSMOCG00000013519) #23	ENSMOCG00000001677	ENSMOCG00000008254 #23	1700016K19Rik (ENSMOCG00000012261) #25	Rflnb (ENSMOCG00000022116) #26	Vps53 (ENSMOCG00000022829) #27	Tlcd3a (ENSMOCG00000008958) #29	ENSMOCG00000006304	Dbil5 (ENSMOCG00000004108) #30	Gemin4 (ENSMOCG00000016454) #31	Mrm3 (ENSMOCG00000018749) #32	Nxn (ENSMOCG00000014329) #33	Timm22 (ENSMOCG00000021862) #34	Abr (ENSMOCG00000017665) #35	ENSMOCG00000004581
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Dph1 (ENSPEMG00000022159)	Rtn4rl1 (ENSPEMG00000022669) #7	Rpa1 (ENSPEMG00000021061) #8	Smyd4 (ENSPEMG00000021819) #10	Serpinf1 (ENSPEMG00000022453) #9	Serpinf2 (ENSPEMG00000021335) #11	Wdr81 (ENSPEMG00000022885) #12	Prpf8 (ENSPEMG00000021699) #14	Rilp (ENSPEMG00000011201) #15	Scarf1 (ENSPEMG00000021038) #16	Slc43a2 (ENSPEMG00000003908) #17	Pitpna (ENSPEMG00000020973) #18	Inpp5k (ENSPEMG00000015251) #19	Myo1c (ENSPEMG00000023045) #20	ENSPEMG00000030704 #21	Ywhae (ENSPEMG00000006827) #22	Doc2b (ENSPEMG00000023568) #23	ENSPEMG00000024309	Rph3al (ENSPEMG00000000878) #24	1700016K19Rik (ENSPEMG00000016291) #25	Rflnb (ENSPEMG00000031305) #26	Vps53 (ENSPEMG00000023081) #27	Tlcd3a (ENSPEMG00000022199) #29	Glod4 (ENSPEMG00000023233)	Dbil5 (ENSPEMG00000022249) #30	Mrm3 (ENSPEMG00000022505) #32	Nxn (ENSPEMG00000012023) #33	Timm22 (ENSPEMG00000015282) #34	Abr (ENSPEMG00000010388) #35	Bhlha9 (ENSPEMG00000003963) #36	Trarg1 (ENSPEMG00000028737) #37
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210.l #14	ENSGT00940000165249	ENSGT00390000015210.k #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.eg.a #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165.f #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Golden Hamster	MODERN SPECIES	627	Dph1 (ENSMAUG00000018315)	Rtn4rl1 (ENSMAUG00000012849) #7	Rpa1 (ENSMAUG00000010474) #8	Smyd4 (ENSMAUG00000018960) #10	Serpinf1 (ENSMAUG00000013027) #9	Serpinf2 (ENSMAUG00000010228) #11	Wdr81 (ENSMAUG00000001591) #12	ENSMAUG00000020826	ENSMAUG00000014365 #14	Scarf1 (ENSMAUG00000012062) #16	Slc43a2 (ENSMAUG00000008412) #17	Pitpna (ENSMAUG00000018989) #18	ENSMAUG00000007460 #19	Myo1c (ENSMAUG00000009020) #20	Crk (ENSMAUG00000020949) #21	Ywhae (ENSMAUG00000010444) #22	Doc2b (ENSMAUG00000013384) #23	ENSMAUG00000009155 #23	1700016K19Rik (ENSMAUG00000007301) #25	Rflnb (ENSMAUG00000021462) #26	Vps53 (ENSMAUG00000014153) #27	Tlcd3a (ENSMAUG00000018028) #29	ENSMAUG00000007743	Dbil5 (ENSMAUG00000009815) #30	Gemin4 (ENSMAUG00000018640) #31	Mrm3 (ENSMAUG00000018823) #32	Nxn (ENSMAUG00000002800) #33	Abr (ENSMAUG00000021698) #35	Bhlha9 (ENSMAUG00000009821) #36	Trarg1 (ENSMAUG00000003421) #37	Gosr1 (ENSMAUG00000014407)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	ENSCGRG00001007486	Rasa1 (ENSCGRG00001024641)	Ccnh (ENSCGRG00001024363)	Tmem161b (ENSCGRG00001023931)	Mef2c (ENSCGRG00001006934)	ENSCGRG00001007435	ENSCGRG00001003095	Cetn3 (ENSCGRG00001000920)	Mblac2 (ENSCGRG00001018393)	ENSCGRG00001004958	Lysmd3 (ENSCGRG00001004064)	ENSCGRG00001017247	ENSCGRG00001020880	ENSCGRG00001024885	Arrdc3 (ENSCGRG00001024801)	ENSCGRG00001024656 #22	Nr2f1 (ENSCGRG00001020383)	Pou5f2 (ENSCGRG00001019940)	Fam172a (ENSCGRG00001019984)	ENSCGRG00001010369	2210408I21Rik (ENSCGRG00001009297)	Slf1 (ENSCGRG00001007173)	Mctp1 (ENSCGRG00001011214)	ENSCGRG00001007825	Fam81b (ENSCGRG00001005643)	Skic3 (ENSCGRG00001016182)	Arsk (ENSCGRG00001019637)	ENSCGRG00001010656	Rfesd (ENSCGRG00001018403)	Spata9 (ENSCGRG00001018426)	Rhobtb3 (ENSCGRG00001016766)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.eg.b #22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.eg.b #22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	148																ENSCGRG00001009921 #22	Doc2b (ENSCGRG00001009647) #23
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.fg #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.fg #22
Prairie vole	MODERN SPECIES	98	ENSMOCG00000006972	Neto2 (ENSMOCG00000000575)	Itfg1 (ENSMOCG00000012550)	Phkb (ENSMOCG00000021928)	Abcc12 (ENSMOCG00000001840)	Lonp2 (ENSMOCG00000003841)	Siah1b (ENSMOCG00000004613)	N4bp1 (ENSMOCG00000016652)	ENSMOCG00000017947	Cbln1 (ENSMOCG00000003934)	4933402J07Rik (ENSMOCG00000020575)	Zfp423 (ENSMOCG00000002689)	ENSMOCG00000019184	Heatr3 (ENSMOCG00000019132)	Tent4b (ENSMOCG00000013042)	ENSMOCG00000016736 #22	Adcy7 (ENSMOCG00000000434)	Brd7 (ENSMOCG00000022495)	Nkd1 (ENSMOCG00000019054)	Snx20 (ENSMOCG00000015078)	Nod2 (ENSMOCG00000021721)	ENSMOCG00000009848	ENSMOCG00000002231	ENSMOCG00000004921	Tox3 (ENSMOCG00000019988)
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1798	ENSNGAG00000010457	ENSNGAG00000018157	Col1a2 (ENSNGAG00000016057)	ENSNGAG00000023372	ENSNGAG00000001391	Sgce (ENSNGAG00000021165)	Peg10 (ENSNGAG00000004018)	ENSNGAG00000004615	ENSNGAG00000014240	ENSNGAG00000023210	Pon1 (ENSNGAG00000023834)	Pon3 (ENSNGAG00000021276)	Pon2 (ENSNGAG00000012876)	Asb4 (ENSNGAG00000011649)	Pdk4 (ENSNGAG00000022928)	ENSNGAG00000012415 #22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	618	ENSNGAG00000015246 #10	Serpinf1 (ENSNGAG00000016129) #9	Serpinf2 (ENSNGAG00000012925) #11	Wdr81 (ENSNGAG00000012149) #12	ENSNGAG00000011721 #13	ENSNGAG00000016869	Prpf8 (ENSNGAG00000005305) #14	Rilp (ENSNGAG00000020780) #15	Scarf1 (ENSNGAG00000016130) #16	ENSNGAG00000012754 #17	ENSNGAG00000002523 #17	Pitpna (ENSNGAG00000016428) #18	Inpp5k (ENSNGAG00000010867) #19	Myo1c (ENSNGAG00000003685) #20	Crk (ENSNGAG00000000285) #21	ENSNGAG00000021041 #22	Doc2b (ENSNGAG00000020897) #23	Rph3al (ENSNGAG00000015279) #24	1700016K19Rik (ENSNGAG00000013370) #25	Rflnb (ENSNGAG00000013007) #26	Vps53 (ENSNGAG00000012689) #27	Tlcd3a (ENSNGAG00000002868) #29	ENSNGAG00000001144	Gemin4 (ENSNGAG00000016650) #31	Dbil5 (ENSNGAG00000015983) #30	Glod4 (ENSNGAG00000014656)	Mrm3 (ENSNGAG00000011304) #32	ENSNGAG00000016301	Timm22 (ENSNGAG00000014617) #34	Abr (ENSNGAG00000012224) #35	ENSNGAG00000012129
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153694.A	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000008688
Pika	MODERN SPECIES	148															ENSOPRG00000018311 #23	ENSOPRG00000013222 #22
Rabbit	MODERN SPECIES	10	RTN4RL1 (ENSOCUG00000001519) #7	RPA1 (ENSOCUG00000001504) #8	ENSOCUG00000001514	SMYD4 (ENSOCUG00000000093) #10	SERPINF1 (ENSOCUG00000000092) #9	SERPINF2 (ENSOCUG00000000091) #11	WDR81 (ENSOCUG00000000090) #12	TLCD2 (ENSOCUG00000000087) #13	PRPF8 (ENSOCUG00000000081) #14	RILP (ENSOCUG00000000077) #15	SCARF1 (ENSOCUG00000039340) #16	SLC43A2 (ENSOCUG00000000076) #17	PITPNA (ENSOCUG00000000075) #18	INPP5K (ENSOCUG00000000073) #19	MYO1C (ENSOCUG00000000069) #20	YWHAE (ENSOCUG00000014607) #22	ENSOCUG00000007211 #23	ENSOCUG00000025842 #25	RFLNB (ENSOCUG00000023105) #26	VPS53 (ENSOCUG00000002194) #27	TLCD3A (ENSOCUG00000002202) #29	GEMIN4 (ENSOCUG00000002205) #31	ENSOCUG00000002208 #30	ENSOCUG00000005189	ENSOCUG00000033243	MRM3 (ENSOCUG00000002219) #32	TIMM22 (ENSOCUG00000008033) #34	ABR (ENSOCUG00000005197) #35	BHLHA9 (ENSOCUG00000001780) #36	TRARG1 (ENSOCUG00000022938) #37	GOSR1 (ENSOCUG00000001777)
Primates	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22
Tarsier	MODERN SPECIES	4913																YWHAE (ENSTSYG00000009089) #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165.c #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT01030000234586.A.a.b
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165.c #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT01030000234586.A.a.b	ENSGT00940000160875
Marmoset	MODERN SPECIES	17	RPA1 (ENSCJAG00000001848) #8	SMYD4 (ENSCJAG00000001865) #10	SERPINF1 (ENSCJAG00000001881) #9	SERPINF2 (ENSCJAG00000001889) #11	WDR81 (ENSCJAG00000001895) #12	PRPF8 (ENSCJAG00000001911) #14	RILP (ENSCJAG00000040878) #15	SCARF1 (ENSCJAG00000002011) #16	SLC43A2 (ENSCJAG00000002031) #17	PITPNA (ENSCJAG00000002044) #18	ENSCJAG00000002060 #19	MYO1C (ENSCJAG00000002077) #20	CRK (ENSCJAG00000002099) #21	ENSCJAG00000063239	ENSCJAG00000069767	YWHAE (ENSCJAG00000002109) #22	ENSCJAG00000081551	ENSCJAG00000079317	ENSCJAG00000070102	ENSCJAG00000086551	TRPV3 (ENSCJAG00000038771)	ENSCJAG00000083020	TRPV1 (ENSCJAG00000007063)	SHPK (ENSCJAG00000007109)	CTNS (ENSCJAG00000007114)	TAX1BP3 (ENSCJAG00000007138)	EMC6 (ENSCJAG00000007143)	P2RX5 (ENSCJAG00000007148)	HASPIN (ENSCJAG00000023439)	CAMKK1 (ENSCJAG00000011552)	P2RX1 (ENSCJAG00000011590)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165.c #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00910000146484	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT01030000234586.A.a.b	ENSGT00940000160875
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	74	RTN4RL1 (ENSSBOG00000033247) #7	RPA1 (ENSSBOG00000030233) #8	SMYD4 (ENSSBOG00000026869) #10	SERPINF1 (ENSSBOG00000022026) #9	SERPINF2 (ENSSBOG00000002359) #11	WDR81 (ENSSBOG00000021169) #12	TLCD2 (ENSSBOG00000022562) #13	PRPF8 (ENSSBOG00000029717) #14	RILP (ENSSBOG00000025512) #15	SCARF1 (ENSSBOG00000032475) #16	SLC43A2 (ENSSBOG00000020435) #17	PITPNA (ENSSBOG00000030753) #18	INPP5K (ENSSBOG00000033103) #19	MYO1C (ENSSBOG00000022478) #20	CRK (ENSSBOG00000033257) #21	YWHAE (ENSSBOG00000035601) #22	TRARG1 (ENSSBOG00000028075) #37	ENSSBOG00000011043	ENSSBOG00000027582	ENSSBOG00000034892	ENSSBOG00000031348	ABR (ENSSBOG00000026554) #35	TIMM22 (ENSSBOG00000020627) #34	ENSSBOG00000015215	MRM3 (ENSSBOG00000029574) #32	GLOD4 (ENSSBOG00000024772)	GEMIN4 (ENSSBOG00000033032) #31	TLCD3A (ENSSBOG00000035176) #29	ENSSBOG00000033539	VPS53 (ENSSBOG00000021982) #27	RFLNB (ENSSBOG00000025646) #26
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	136	RPA1 (ENSCCAG00000010981) #8	SMYD4 (ENSCCAG00000029544) #10	SERPINF1 (ENSCCAG00000030318) #9	SERPINF2 (ENSCCAG00000037096) #11	WDR81 (ENSCCAG00000021856) #12	TLCD2 (ENSCCAG00000026610) #13	ENSCCAG00000031983 #14	RILP (ENSCCAG00000037172) #15	SCARF1 (ENSCCAG00000019308) #16	SLC43A2 (ENSCCAG00000037132) #17	PITPNA (ENSCCAG00000028388) #18	INPP5K (ENSCCAG00000030656) #19	MYO1C (ENSCCAG00000034285) #20	CRK (ENSCCAG00000032085) #21	ENSCCAG00000027695	ENSCCAG00000034432 #22	TRARG1 (ENSCCAG00000033358) #37	KDM4A (ENSCCAG00000025432)	PTPRF (ENSCCAG00000029349)	ENSCCAG00000036988	HYI (ENSCCAG00000027585)	SZT2 (ENSCCAG00000029453)	MED8 (ENSCCAG00000031645)	ELOVL1 (ENSCCAG00000027180)	ENSCCAG00000033410	MPL (ENSCCAG00000032993)	TIE1 (ENSCCAG00000019700)	C1orf210 (ENSCCAG00000029915)	TMEM125 (ENSCCAG00000019712)	ENSCCAG00000024738	ENSCCAG00000033078
Capuchin	MODERN SPECIES	129	TSPAN1 (ENSCCAG00000034126)	P3R3URF (ENSCCAG00000022458)	PIK3R3 (ENSCCAG00000024208)	ENSCCAG00000035429	ENSCCAG00000006015	ENSCCAG00000004296	MAST2 (ENSCCAG00000027633)	IPP (ENSCCAG00000023129)	ENSCCAG00000024242	TMEM69 (ENSCCAG00000019582)	GPBP1L1 (ENSCCAG00000034468)	CCDC17 (ENSCCAG00000020473)	ENSCCAG00000030061	NASP (ENSCCAG00000013381)	ENSCCAG00000024285	ENSCCAG00000022327 #22	ENSCCAG00000036427	MMACHC (ENSCCAG00000037626)	TESK2 (ENSCCAG00000036555)	TOE1 (ENSCCAG00000030245)	MUTYH (ENSCCAG00000024620)	ZSWIM5 (ENSCCAG00000029723)	UROD (ENSCCAG00000027139)	HECTD3 (ENSCCAG00000029542)	EIF2B3 (ENSCCAG00000005205)	PTCH2 (ENSCCAG00000024932)	BTBD19 (ENSCCAG00000036570)	PLK3 (ENSCCAG00000020453)	BEST4 (ENSCCAG00000028612)	ENSCCAG00000020224	KIF2C (ENSCCAG00000031061)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1171										TNFRSF13B (ENSANAG00000025038)	ENSANAG00000024927	ENSANAG00000028872	ENSANAG00000020283	SPECC1 (ENSANAG00000030846)	ENSANAG00000022093	YWHAE (ENSANAG00000026325) #22	TRARG1 (ENSANAG00000033955) #37	BHLHA9 (ENSANAG00000036923) #36	ABR (ENSANAG00000029126) #35	TIMM22 (ENSANAG00000021647) #34	NXN (ENSANAG00000025947) #33	MRM3 (ENSANAG00000014643) #32	ENSANAG00000024069	GEMIN4 (ENSANAG00000034256) #31	TLCD3A (ENSANAG00000033590) #29	ENSANAG00000025121 #27	RFLNB (ENSANAG00000021454) #26	RPH3AL (ENSANAG00000031440) #24	DOC2B (ENSANAG00000030721) #23	ENSANAG00000018233	MAP2K3 (ENSANAG00000028886)
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Rhesus	MODERN SPECIES	7	ENSMMUG00000063397	LHX1 (ENSMMUG00000021668)	AATF (ENSMMUG00000021669)	ACACA (ENSMMUG00000009349)	C16H17orf78 (ENSMMUG00000030090)	TADA2A (ENSMMUG00000021911)	DUSP14 (ENSMMUG00000002975)	SYNRG (ENSMMUG00000002976)	DDX52 (ENSMMUG00000002980)	HNF1B (ENSMMUG00000003431)	ENSMMUG00000061594	ENSMMUG00000058233	HEATR6 (ENSMMUG00000007671)	ENSMMUG00000030260	ENSMMUG00000062497	ENSMMUG00000050758 #22	ENSMMUG00000008111	CCL3 (ENSMMUG00000062832)	CCL18 (ENSMMUG00000047114)	CCL23 (ENSMMUG00000002467)	CCL15 (ENSMMUG00000039864)	CCL14 (ENSMMUG00000002466)	CCL16 (ENSMMUG00000045883)	LYZL6 (ENSMMUG00000006850)	ENSMMUG00000054146	RDM1 (ENSMMUG00000006847)	CCL5 (ENSMMUG00000054796)	HEATR9 (ENSMMUG00000022233)	TAF15 (ENSMMUG00000047780)	MMP28 (ENSMMUG00000022229)	C16H17orf50 (ENSMMUG00000022228)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	ENSMFAG00000054146	LYZL6 (ENSMFAG00000044524)	CCL16 (ENSMFAG00000002269)	CCL14 (ENSMFAG00000000804)	CCL15 (ENSMFAG00000033315)	ENSMFAG00000003696	CCL18 (ENSMFAG00000036319)	ENSMFAG00000000159	ENSMFAG00000028229	ENSMFAG00000029679	ENSMFAG00000060965	ENSMFAG00000057148	ENSMFAG00000047776	ENSMFAG00000053936	ENSMFAG00000052110	ENSMFAG00000060658 #22	ENSMFAG00000063676 #22	ENSMFAG00000051245	ENSMFAG00000058779	DDX52 (ENSMFAG00000000640)	ENSMFAG00000030603	SYNRG (ENSMFAG00000044562)	DUSP14 (ENSMFAG00000010455)	ENSMFAG00000061442	TADA2A (ENSMFAG00000046352)	ACACA (ENSMFAG00000045655)	AATF (ENSMFAG00000003108)	LHX1 (ENSMFAG00000001746)	ENSMFAG00000056392	ENSMFAG00000044208	ENSMFAG00000064927
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.a #22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.a #22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.a #22
Orangutan	MODERN SPECIES	25	PSPH (ENSPPYG00000017545)	NIPSNAP2 (ENSPPYG00000017546)	ENSPPYG00000035840	SEPTIN14 (ENSPPYG00000017548)	ENSPPYG00000029410	ENSPPYG00000034458	ENSPPYG00000039000	ENSPPYG00000039012	ENSPPYG00000036019	ZNF722 (ENSPPYG00000017541)	ZNF727 (ENSPPYG00000034750)	ENSPPYG00000040724	ZNF735 (ENSPPYG00000018271)	ZNF679 (ENSPPYG00000033769)	ZNF736 (ENSPPYG00000030569)	ENSPPYG00000038268 #22	ENSPPYG00000031730	ENSPPYG00000033867	ZNF107 (ENSPPYG00000039638)	ENSPPYG00000033047	ZNF138 (ENSPPYG00000041455)	ENSPPYG00000038616	ENSPPYG00000017531	ENSPPYG00000031909	ENSPPYG00000032228	ENSPPYG00000017530	ENSPPYG00000034940	ENSPPYG00000039689	ENSPPYG00000039398	ENSPPYG00000039599
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	160															ENSMFAG00000051075	ENSMFAG00000048867 #22	ENSMFAG00000008207
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	LYZL6 (ENSMFAG00000044524)	CCL16 (ENSMFAG00000002269)	CCL14 (ENSMFAG00000000804)	CCL15 (ENSMFAG00000033315)	ENSMFAG00000003696	CCL18 (ENSMFAG00000036319)	ENSMFAG00000000159	ENSMFAG00000028229	ENSMFAG00000029679	ENSMFAG00000060965	ENSMFAG00000057148	ENSMFAG00000047776	ENSMFAG00000053936	ENSMFAG00000052110	ENSMFAG00000060658 #22	ENSMFAG00000063676 #22	ENSMFAG00000051245	ENSMFAG00000058779	DDX52 (ENSMFAG00000000640)	ENSMFAG00000030603	SYNRG (ENSMFAG00000044562)	DUSP14 (ENSMFAG00000010455)	ENSMFAG00000061442	TADA2A (ENSMFAG00000046352)	ACACA (ENSMFAG00000045655)	AATF (ENSMFAG00000003108)	LHX1 (ENSMFAG00000001746)	ENSMFAG00000056392	ENSMFAG00000044208	ENSMFAG00000064927	PIGW (ENSMFAG00000036468)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Orangutan	DUPLICATION
Orangutan	MODERN SPECIES	8	ENSPPYG00000008192	MMP28 (ENSPPYG00000008193)	TAF15 (ENSPPYG00000008194)	HEATR9 (ENSPPYG00000008195)	ENSPPYG00000031268	RDM1 (ENSPPYG00000008198)	LYZL6 (ENSPPYG00000008199)	CCL16 (ENSPPYG00000008200)	ENSPPYG00000040512	CCL15 (ENSPPYG00000041781)	CCL23 (ENSPPYG00000008202)	CCL18 (ENSPPYG00000008203)	CCL3 (ENSPPYG00000038679)	ENSPPYG00000008205	ENSPPYG00000033195	ENSPPYG00000034866 #22	HNF1B (ENSPPYG00000008222)	DDX52 (ENSPPYG00000008221)	SYNRG (ENSPPYG00000008220)	DUSP14 (ENSPPYG00000008219)	TADA2A (ENSPPYG00000008218)	ACACA (ENSPPYG00000008216)	ENSPPYG00000008217	AATF (ENSPPYG00000008215)	LHX1 (ENSPPYG00000008214)	MRM1 (ENSPPYG00000034525)	DHRS11 (ENSPPYG00000008213)	ENSPPYG00000030234	ZNHIT3 (ENSPPYG00000008210)	MYO19 (ENSPPYG00000008211)	ENSPPYG00000008513
Orangutan	MODERN SPECIES	155															ENSPPYG00000031149	ENSPPYG00000036364 #22	ENSPPYG00000036040	HEATR6 (ENSPPYG00000008511)
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	37													ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT01100000263507.D.a.b.a.b	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752	ENSGT00940000157044.i.a
Cercopithecidae	DUPLICATION
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000154631.lb.a	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT01100000263507.D.a.b.a.b	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.ab.a.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT00390000001752.`b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l	ENSGT00940000159212.a
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	156															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	160															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000015821	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000154631.lb.a	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b.a	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00940000161752.d	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT00940000164280	ENSGT01030000234556.a.b.a.x	ENSGT00910000146915	ENSGT00910000147299	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.ab.a.a	ENSGT00390000001752.ab.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00440000038159.p.a.e.b.a	ENSGT00940000158139	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000154631.lb.a	ENSGT00390000003115.e	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00940000161752.d	ENSGT00390000003115.f	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00910000146915	ENSGT01100000263507.E.b.b.d	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.ab.a.a	ENSGT00390000001752.ab.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00940000163505.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00960000191503.c.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135.ib
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	13	ENSMFAG00000044932	CCT6A (ENSMFAG00000033952)	ENSMFAG00000047517	NIPSNAP2 (ENSMFAG00000044760)	ZNF713 (ENSMFAG00000038594)	SEPTIN14 (ENSMFAG00000033685)	ENSMFAG00000046356	ENSMFAG00000001023	ENSMFAG00000051236	ENSMFAG00000053651	ENSMFAG00000035937	ENSMFAG00000064784	ZNF735 (ENSMFAG00000037962)	ZNF679 (ENSMFAG00000002994)	ZNF736 (ENSMFAG00000039859)	ENSMFAG00000049638 #22	ENSMFAG00000002261	ZNF107 (ENSMFAG00000031156)	ENSMFAG00000052580	ENSMFAG00000000747	ENSMFAG00000030765	ENSMFAG00000041082	ENSMFAG00000050454	ENSMFAG00000050748	ENSMFAG00000038812	ENSMFAG00000048686	ENSMFAG00000039768	ENSMFAG00000037750	ENSMFAG00000060357	ASL (ENSMFAG00000046143)	ENSMFAG00000047315
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	228													ZNF722 (ENSMNEG00000013468)	ZNF679 (ENSMNEG00000028394)	ZNF736 (ENSMNEG00000031004)	ENSMNEG00000032204 #22	ENSMNEG00000032159	ZNF107 (ENSMNEG00000040288)	ENSMNEG00000042553	ENSMNEG00000033960	ENSMNEG00000033983	ENSMNEG00000004826	ENSMNEG00000028377	ENSMNEG00000033664	ENSMNEG00000036733
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	181															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	227														ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT00390000011666.x.a.e.b	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT00910000148577	ENSGT00910000146915	ENSGT00910000147299
Drill	MODERN SPECIES	1710														ZNF736 (ENSMLEG00000037449)	ENSMLEG00000028358	ENSMLEG00000027338 #22	ENSMLEG00000031446	ENSMLEG00000035675
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	316														ZNF736 (ENSCATG00000031671)	ENSCATG00000031704	ENSCATG00000042882 #22	ENSCATG00000019370	ENSCATG00000024227	ZNF107 (ENSCATG00000031054)	ENSCATG00000034608	ENSCATG00000031642	ENSCATG00000032414	ENSCATG00000032738	ENSCATG00000014967	ENSCATG00000026231	ENSCATG00000034530	ENSCATG00000032766	ENSCATG00000037879
Rhinopithecus	DUPLICATION
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	865														ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a.a #22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	519																ENSRROG00000038123 #22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1154															ZNF736 (ENSRBIG00000039960)	ENSRBIG00000037145 #22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	1062															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a.b #22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1680															ENSRROG00000029721	ENSRROG00000029099 #22	ENSRROG00000003301	ENSRROG00000032863
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.b #22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	384															ENSGT00940000165246.a	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.b #22	ENSGT00940000154397.b.c.a.b.b	ENSGT00940000154397.b.c.a.b.a.b	ENSGT00940000154397.b.c.b.a.b.d	ENSGT00940000165358	ENSGT00950000183183.b.a.y.a.a.a	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000162609.a	ENSGT00940000164638	ENSGT00940000164205	ENSGT00940000162609.b	ENSGT00940000160770.B.b.a	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.b
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1971	ZNF841 (ENSRROG00000036907)	ZNF616 (ENSRROG00000035628)	ENSRROG00000018385	ZNF836 (ENSRROG00000022527)	PPP2R1A (ENSRROG00000039119)	ZNF610 (ENSRROG00000045802)	ZNF528 (ENSRROG00000040325)	ENSRROG00000033206	ENSRROG00000044123	ENSRROG00000035465	ZNF808 (ENSRROG00000009467)	ZNF701 (ENSRROG00000045288)	ENSRROG00000039436	ENSRROG00000030824	ZNF600 (ENSRROG00000037435)	ENSRROG00000044423 #22	ZNF468 (ENSRROG00000031174)	ZNF28 (ENSRROG00000032344)	ZNF888 (ENSRROG00000036532)	ZNF816 (ENSRROG00000033377)	ENSRROG00000030062	ENSRROG00000003713	ENSRROG00000037022	ZNF160 (ENSRROG00000035317)	ZNF415 (ENSRROG00000035150)	ZNF347 (ENSRROG00000030294)	ZNF665 (ENSRROG00000039874)	ENSRROG00000045794	ZNF677 (ENSRROG00000037335)	VN1R2 (ENSRROG00000012907)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1981															ZNF28 (ENSRBIG00000037464)	ENSRBIG00000028532 #22	ZNF468 (ENSRBIG00000037148)	ENSRBIG00000032168	ZNF888 (ENSRBIG00000041848)	ZNF816 (ENSRBIG00000036703)	ENSRBIG00000028484	ENSRBIG00000036517	ENSRBIG00000031822	ENSRBIG00000035780	ENSRBIG00000026527	ZNF160 (ENSRBIG00000032121)	ZNF415 (ENSRBIG00000036406)	ZNF347 (ENSRBIG00000032942)	ZNF665 (ENSRBIG00000042059)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000165518.a	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT01100000263507.D.a.b.a.b	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.y.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l
Gibbon	MODERN SPECIES	7	ENSNLEG00000032862	ENSNLEG00000015609	ZNF713 (ENSNLEG00000015611)	MRPS17 (ENSNLEG00000032290)	NIPSNAP2 (ENSNLEG00000015621)	PSPH (ENSNLEG00000015653)	CCT6A (ENSNLEG00000015664)	ENSNLEG00000015760	PHKG1 (ENSNLEG00000015779)	CHCHD2 (ENSNLEG00000033570)	ZNF722 (ENSNLEG00000034806)	ZNF727 (ENSNLEG00000007675)	ZNF735 (ENSNLEG00000030272)	ZNF679 (ENSNLEG00000029931)	ZNF736 (ENSNLEG00000007678)	ENSNLEG00000027575 #22	ENSNLEG00000031685	ENSNLEG00000035897	ZNF107 (ENSNLEG00000029664)	ENSNLEG00000035055	ENSNLEG00000007693	ENSNLEG00000000131	ENSNLEG00000028583	ENSNLEG00000030156	ENSNLEG00000007702	ENSNLEG00000032925	ENSNLEG00000030599	ENSNLEG00000028808	ENSNLEG00000034882	ENSNLEG00000001386	ASL (ENSNLEG00000001394)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00390000003710.c.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT00390000001752.y.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.b	ENSGT00390000003710.c.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000001752.y.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000154540.a.n.b	ENSGT00940000161033.d	ENSGT00390000011698.c.a.d	ENSGT00940000154540.a.n.a	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a.o	ENSGT00940000153883.b
Gorilla	DUPLICATION
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Gorilla	MODERN SPECIES	20	ENSGGOG00000026627	ENSGGOG00000003876	ENSGGOG00000026174 #22	ZNF736 (ENSGGOG00000009080)	ZNF679 (ENSGGOG00000013283)	ENSGGOG00000004165	ENSGGOG00000040672	ZNF727 (ENSGGOG00000016300)	ZNF722 (ENSGGOG00000043913)	ENSGGOG00000028590	ENSGGOG00000036174	ENSGGOG00000042038	ZNF716 (ENSGGOG00000016902)	ENSGGOG00000042380	ENSGGOG00000008940	ENSGGOG00000039908 #22	ENSGGOG00000008398	ENSGGOG00000040626	ENSGGOG00000023732	ENSGGOG00000027430	CHCHD2 (ENSGGOG00000014938)	PHKG1 (ENSGGOG00000007584)	ENSGGOG00000007573	CCT6A (ENSGGOG00000011439)	PSPH (ENSGGOG00000015343)	NIPSNAP2 (ENSGGOG00000039698)	MRPS17 (ENSGGOG00000039358)	ZNF713 (ENSGGOG00000013610)	ENSGGOG00000038545	SEPTIN14 (ENSGGOG00000009936)	ENSGGOG00000007468
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00390000008072.e.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.b	ENSGT00390000003710.c.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a.b	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000001752.y.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000154540.a.n.b	ENSGT00940000161033.d	ENSGT00390000011698.c.a.d	ENSGT00940000154540.a.n.a	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a.o	ENSGT00940000153883.b
Pan	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.b	ENSGT00390000007890.c.a	ENSGT00390000003710.c.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a.b	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT00940000160467.l	ENSGT00940000164280	ENSGT01030000234556.a.b.a.z	ENSGT00910000146915	ENSGT01100000263507.E.b.b.c.a	ENSGT00940000154251.A.b.b.a.b.a.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b.g	ENSGT00940000154540.a.n.b.a	ENSGT00940000161033.d	ENSGT00390000011698.c.a.d	ENSGT00940000154540.a.n.a	ENSGT00940000161327
Bonobo	MODERN SPECIES	20	CCT6A (ENSPPAG00000021264)	ENSPPAG00000035909	PHKG1 (ENSPPAG00000033348)	CHCHD2 (ENSPPAG00000042688)	ENSPPAG00000029557	ENSPPAG00000040981	ENSPPAG00000011741	ZNF716 (ENSPPAG00000035679)	ENSPPAG00000039289	ENSPPAG00000028519	ENSPPAG00000042875	ZNF722 (ENSPPAG00000035647)	ZNF735 (ENSPPAG00000031901)	ZNF679 (ENSPPAG00000041343)	ZNF736 (ENSPPAG00000034115)	ENSPPAG00000039249 #22	ENSPPAG00000027859	ENSPPAG00000035687	ENSPPAG00000036473	ENSPPAG00000039306	ENSPPAG00000033998	ENSPPAG00000036990	ENSPPAG00000034318	ENSPPAG00000039958	ENSPPAG00000042346	GUSB (ENSPPAG00000023698)	ENSPPAG00000028598	ASL (ENSPPAG00000039879)	CRCP (ENSPPAG00000030427)	TPST1 (ENSPPAG00000003699)	ENSPPAG00000033663
Chimpanzee	DUPLICATION
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Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	20	ENSPTRG00000045316	ENSPTRG00000047613	ENSPTRG00000044106	ENSPTRG00000049132	ENSPTRG00000050749	ENSPTRG00000023458	ENSPTRG00000046767 #22	ENSPTRG00000048681	ZNF716 (ENSPTRG00000033863)	ENSPTRG00000039718	ENSPTRG00000045211	ENSPTRG00000045775	ENSPTRG00000052630	ENSPTRG00000043391	ENSPTRG00000048413	ENSPTRG00000043348 #22	ENSPTRG00000049234	ENSPTRG00000046749	ENSPTRG00000051239	CHCHD2 (ENSPTRG00000019209)	PHKG1 (ENSPTRG00000019208)	SUMF2 (ENSPTRG00000019207)	CCT6A (ENSPTRG00000019206)	PSPH (ENSPTRG00000019205)	NIPSNAP2 (ENSPTRG00000019204)	MRPS17 (ENSPTRG00000019203)	ENSPTRG00000042855	ENSPTRG00000052525	SEPTIN14 (ENSPTRG00000019200)	ENSPTRG00000045887	ENSPTRG00000050669
Chimpanzee	MODERN SPECIES	273																ENSPTRG00000047966 #22
Chimpanzee	MODERN SPECIES	20	ZNF679 (ENSPTRG00000023362)	ENSPTRG00000050909	ENSPTRG00000049353	ENSPTRG00000052155	ENSPTRG00000049997	ZNF722 (ENSPTRG00000019214)	ENSPTRG00000047120	ENSPTRG00000042900	ENSPTRG00000010757	ENSPTRG00000045316	ENSPTRG00000047613	ENSPTRG00000044106	ENSPTRG00000049132	ENSPTRG00000050749	ENSPTRG00000023458	ENSPTRG00000046767 #22	ENSPTRG00000048681	ZNF716 (ENSPTRG00000033863)	ENSPTRG00000039718	ENSPTRG00000045211	ENSPTRG00000045775	ENSPTRG00000052630	ENSPTRG00000043391	ENSPTRG00000048413	ENSPTRG00000043348 #22	ENSPTRG00000049234	ENSPTRG00000046749	ENSPTRG00000051239	CHCHD2 (ENSPTRG00000019209)	PHKG1 (ENSPTRG00000019208)	SUMF2 (ENSPTRG00000019207)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24
Hominoidea	DUPLICATION
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Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.a #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.a #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Gorilla	MODERN SPECIES	8	RPA1 (ENSGGOG00000014186) #8	SMYD4 (ENSGGOG00000000244) #10	SERPINF1 (ENSGGOG00000000241) #9	SERPINF2 (ENSGGOG00000026220) #11	WDR81 (ENSGGOG00000016634) #12	TLCD2 (ENSGGOG00000010472) #13	PRPF8 (ENSGGOG00000005516) #14	RILP (ENSGGOG00000005513) #15	SCARF1 (ENSGGOG00000005507) #16	SLC43A2 (ENSGGOG00000007383) #17	PITPNA (ENSGGOG00000007379) #18	ENSGGOG00000039984	INPP5K (ENSGGOG00000007373) #19	MYO1C (ENSGGOG00000009040) #20	CRK (ENSGGOG00000006758) #21	YWHAE (ENSGGOG00000016840) #22	ENSGGOG00000042847 #22	ENSGGOG00000006670 #37	BHLHA9 (ENSGGOG00000016493) #36	ABR (ENSGGOG00000016898) #35	TIMM22 (ENSGGOG00000038448) #34	ENSGGOG00000015520 #33	MRM3 (ENSGGOG00000015518) #32	ENSGGOG00000015512	GEMIN4 (ENSGGOG00000015510) #31	TLCD3A (ENSGGOG00000015506) #29	ENSGGOG00000023596	VPS53 (ENSGGOG00000010585) #27	RFLNB (ENSGGOG00000023018) #26	ENSGGOG00000009756	RPH3AL (ENSGGOG00000034877) #24
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.a #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Human	MODERN SPECIES	8	RTN4RL1 (ENSG00000185924) #7	RPA1 (ENSG00000132383) #8	SMYD4 (ENSG00000186532) #10	SERPINF1 (ENSG00000132386) #9	SERPINF2 (ENSG00000167711) #11	WDR81 (ENSG00000167716) #12	TLCD2 (ENSG00000185561) #13	PRPF8 (ENSG00000174231) #14	RILP (ENSG00000167705) #15	SCARF1 (ENSG00000074660) #16	SLC43A2 (ENSG00000167703) #17	PITPNA (ENSG00000174238) #18	INPP5K (ENSG00000132376) #19	MYO1C (ENSG00000197879) #20	CRK (ENSG00000167193) #21	YWHAE (ENSG00000108953) #22	TRARG1 (ENSG00000184811) #37	BHLHA9 (ENSG00000205899) #36	ABR (ENSG00000159842) #35	TIMM22 (ENSG00000177370) #34	NXN (ENSG00000167693) #33	MRM3 (ENSG00000171861) #32	GLOD4 (ENSG00000167699)	GEMIN4 (ENSG00000179409) #31	TLCD3A (ENSG00000167695) #29	VPS53 (ENSG00000141252) #27	RFLNB (ENSG00000183688) #26	C17orf97 (ENSG00000187624) #25	RPH3AL (ENSG00000181031) #24	DOC2B (ENSG00000272636) #23	SCGB1C2 (ENSG00000268320)
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Bonobo	MODERN SPECIES	8	RPA1 (ENSPPAG00000039680) #8	SMYD4 (ENSPPAG00000037741) #10	SERPINF1 (ENSPPAG00000031887) #9	SERPINF2 (ENSPPAG00000040012) #11	WDR81 (ENSPPAG00000029411) #12	TLCD2 (ENSPPAG00000031792) #13	PRPF8 (ENSPPAG00000042753) #14	RILP (ENSPPAG00000027773) #15	SCARF1 (ENSPPAG00000033719) #16	SLC43A2 (ENSPPAG00000027856) #17	PITPNA (ENSPPAG00000027318) #18	ENSPPAG00000015058	INPP5K (ENSPPAG00000042486) #19	MYO1C (ENSPPAG00000025962) #20	CRK (ENSPPAG00000029995) #21	YWHAE (ENSPPAG00000030251) #22	ENSPPAG00000038267	TRARG1 (ENSPPAG00000030478) #37	ABR (ENSPPAG00000029873) #35	TIMM22 (ENSPPAG00000035115) #34	ENSPPAG00000040300 #33	MRM3 (ENSPPAG00000038493) #32	ENSPPAG00000040952	GEMIN4 (ENSPPAG00000030072) #31	TLCD3A (ENSPPAG00000039485) #29	VPS53 (ENSPPAG00000021761) #27	RFLNB (ENSPPAG00000041290) #26	ENSPPAG00000028132 #25	RPH3AL (ENSPPAG00000032054) #24	ENSPPAG00000033837 #23
Orangutan	MODERN SPECIES	8	RPA1 (ENSPPYG00000036571) #8	SMYD4 (ENSPPYG00000007784) #10	SERPINF1 (ENSPPYG00000007783) #9	SERPINF2 (ENSPPYG00000007781) #11	WDR81 (ENSPPYG00000007780) #12	TLCD2 (ENSPPYG00000035806) #13	PRPF8 (ENSPPYG00000007777) #14	RILP (ENSPPYG00000007776) #15	SCARF1 (ENSPPYG00000007775) #16	ENSPPYG00000032436	SLC43A2 (ENSPPYG00000007774) #17	PITPNA (ENSPPYG00000007773) #18	INPP5K (ENSPPYG00000007772) #19	MYO1C (ENSPPYG00000007771) #20	CRK (ENSPPYG00000007770) #21	YWHAE (ENSPPYG00000007769) #22	TRARG1 (ENSPPYG00000007768) #37	BHLHA9 (ENSPPYG00000007767) #36	ENSPPYG00000041294	ABR (ENSPPYG00000007766) #35	TIMM22 (ENSPPYG00000007765) #34	NXN (ENSPPYG00000007763) #33	MRM3 (ENSPPYG00000007762) #32	GLOD4 (ENSPPYG00000041102)	ENSPPYG00000007760 #30	GEMIN4 (ENSPPYG00000007759) #31	ENSPPYG00000007758 #29	VPS53 (ENSPPYG00000007757) #27	ENSPPYG00000039778 #26	ENSPPYG00000036624 #25	RPH3AL (ENSPPYG00000007753) #24
Gibbon	MODERN SPECIES	9	RPA1 (ENSNLEG00000017149) #8	SMYD4 (ENSNLEG00000017148) #10	SERPINF1 (ENSNLEG00000033264) #9	SERPINF2 (ENSNLEG00000017144) #11	WDR81 (ENSNLEG00000017139) #12	ENSNLEG00000017138 #13	PRPF8 (ENSNLEG00000000897) #14	RILP (ENSNLEG00000000872) #15	SCARF1 (ENSNLEG00000000852) #16	SLC43A2 (ENSNLEG00000000842) #17	PITPNA (ENSNLEG00000000804) #18	ENSNLEG00000034731	INPP5K (ENSNLEG00000000765) #19	MYO1C (ENSNLEG00000000738) #20	ENSNLEG00000000737 #21	YWHAE (ENSNLEG00000031849) #22	TRARG1 (ENSNLEG00000000654) #37	ABR (ENSNLEG00000000612) #35	ENSNLEG00000000609 #34	ENSNLEG00000000596 #33	MRM3 (ENSNLEG00000033176) #32	ENSNLEG00000000533	ENSNLEG00000000532 #30	GEMIN4 (ENSNLEG00000000531) #31	TLCD3A (ENSNLEG00000032533) #29	VPS53 (ENSNLEG00000000475) #27	ENSNLEG00000034819	RFLNB (ENSNLEG00000000471) #26	ENSNLEG00000000467	RPH3AL (ENSNLEG00000000443) #24
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Pan	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158539	ENSGT00960000190927	ENSGT00940000158526	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00390000016542	ENSGT00940000157233	ENSGT00950000183208.A.c.a.e	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000008033	ENSGT00390000007384.c.b	ENSGT00940000157521.b	ENSGT00910000147617	ENSGT00950000182883.b.a.a	ENSGT00940000155953	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22	ENSGT00390000002862	ENSGT00940000159262	ENSGT00940000153434.a.b.a.b.l	ENSGT01050000244848.C.a	ENSGT01030000234618.F	ENSGT01050000244824.D.b	ENSGT00940000155324	ENSGT00940000160205	ENSGT00940000156095	ENSGT00940000158559	ENSGT00390000006705	ENSGT00940000160383	ENSGT00940000155759	ENSGT00490000043417	ENSGT00390000001170
Chimpanzee	MODERN SPECIES	15	ENSPTRG00000051205	EPC2 (ENSPTRG00000012518)	MBD5 (ENSPTRG00000029184)	ORC4 (ENSPTRG00000012515)	ACVR2A (ENSPTRG00000012514)	ZEB2 (ENSPTRG00000012513)	GTDC1 (ENSPTRG00000012511)	ARHGAP15 (ENSPTRG00000012510)	KYNU (ENSPTRG00000012509)	ENSPTRG00000048004	LRP1B (ENSPTRG00000012508)	ENSPTRG00000042896	ENSPTRG00000052120	NXPH2 (ENSPTRG00000012505)	SPOPL (ENSPTRG00000012504)	ENSPTRG00000042850 #22	HNMT (ENSPTRG00000012503)	THSD7B (ENSPTRG00000012502)	ENSPTRG00000042775	CXCR4 (ENSPTRG00000012501)	DARS1 (ENSPTRG00000012500)	MCM6 (ENSPTRG00000012498)	LCT (ENSPTRG00000012497)	UBXN4 (ENSPTRG00000012496)	R3HDM1 (ENSPTRG00000012494)	ENSPTRG00000046031	ZRANB3 (ENSPTRG00000012492)	RAB3GAP1 (ENSPTRG00000012491)	MAP3K19 (ENSPTRG00000012490)	CCNT2 (ENSPTRG00000024043)	ACMSD (ENSPTRG00000012488)
Bonobo	MODERN SPECIES	15	ENSPPAG00000001157	EPC2 (ENSPPAG00000040114)	MBD5 (ENSPPAG00000037170)	ORC4 (ENSPPAG00000043794)	ACVR2A (ENSPPAG00000043981)	ZEB2 (ENSPPAG00000025839)	GTDC1 (ENSPPAG00000033824)	ARHGAP15 (ENSPPAG00000031056)	KYNU (ENSPPAG00000008434)	ENSPPAG00000039032	LRP1B (ENSPPAG00000003706)	ENSPPAG00000041987	ENSPPAG00000040658	NXPH2 (ENSPPAG00000039555)	SPOPL (ENSPPAG00000001924)	ENSPPAG00000038546 #22	HNMT (ENSPPAG00000030141)	THSD7B (ENSPPAG00000036421)	ENSPPAG00000009775	ENSPPAG00000032080	CXCR4 (ENSPPAG00000041523)	DARS1 (ENSPPAG00000039644)	MCM6 (ENSPPAG00000014507)	LCT (ENSPPAG00000005000)	UBXN4 (ENSPPAG00000041972)	R3HDM1 (ENSPPAG00000027858)	ENSPPAG00000039991	ZRANB3 (ENSPPAG00000029480)	RAB3GAP1 (ENSPPAG00000028809)	MAP3K19 (ENSPPAG00000040650)	CCNT2 (ENSPPAG00000037070)
Gorilla	MODERN SPECIES	8	SMYD4 (ENSGGOG00000000244) #10	SERPINF1 (ENSGGOG00000000241) #9	SERPINF2 (ENSGGOG00000026220) #11	WDR81 (ENSGGOG00000016634) #12	TLCD2 (ENSGGOG00000010472) #13	PRPF8 (ENSGGOG00000005516) #14	RILP (ENSGGOG00000005513) #15	SCARF1 (ENSGGOG00000005507) #16	SLC43A2 (ENSGGOG00000007383) #17	PITPNA (ENSGGOG00000007379) #18	ENSGGOG00000039984	INPP5K (ENSGGOG00000007373) #19	MYO1C (ENSGGOG00000009040) #20	CRK (ENSGGOG00000006758) #21	YWHAE (ENSGGOG00000016840) #22	ENSGGOG00000042847 #22	ENSGGOG00000006670 #37	BHLHA9 (ENSGGOG00000016493) #36	ABR (ENSGGOG00000016898) #35	TIMM22 (ENSGGOG00000038448) #34	ENSGGOG00000015520 #33	MRM3 (ENSGGOG00000015518) #32	ENSGGOG00000015512	GEMIN4 (ENSGGOG00000015510) #31	TLCD3A (ENSGGOG00000015506) #29	ENSGGOG00000023596	VPS53 (ENSGGOG00000010585) #27	RFLNB (ENSGGOG00000023018) #26	ENSGGOG00000009756	RPH3AL (ENSGGOG00000034877) #24	ENSGGOG00000025264 #23
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	7	RPA1 (ENSCSAG00000013833) #8	SMYD4 (ENSCSAG00000013840) #10	SERPINF1 (ENSCSAG00000013883) #9	SERPINF2 (ENSCSAG00000013894) #11	WDR81 (ENSCSAG00000013905) #12	ENSCSAG00000013908	TLCD2 (ENSCSAG00000013911) #13	PRPF8 (ENSCSAG00000013929) #14	RILP (ENSCSAG00000013947) #15	SCARF1 (ENSCSAG00000014005) #16	SLC43A2 (ENSCSAG00000014025) #17	ENSCSAG00000014032	INPP5K (ENSCSAG00000014042) #19	MYO1C (ENSCSAG00000014058) #20	CRK (ENSCSAG00000014068) #21	YWHAE (ENSCSAG00000014074) #22	TRARG1 (ENSCSAG00000014084) #37	BHLHA9 (ENSCSAG00000019114) #36	ABR (ENSCSAG00000014173) #35	TIMM22 (ENSCSAG00000014203) #34	NXN (ENSCSAG00000014227) #33	MRM3 (ENSCSAG00000014247) #32	GLOD4 (ENSCSAG00000014254)	GEMIN4 (ENSCSAG00000014260) #31	TLCD3A (ENSCSAG00000014265) #29	ENSCSAG00000014288	VPS53 (ENSCSAG00000014307) #27	RFLNB (ENSCSAG00000014319) #26	C17orf97 (ENSCSAG00000014323) #25	RPH3AL (ENSCSAG00000014339) #24	DOC2B (ENSCSAG00000014361) #23
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00910000146484
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	94	ENSMNEG00000031632 #8	SMYD4 (ENSMNEG00000009717) #10	SERPINF1 (ENSMNEG00000032039) #9	SERPINF2 (ENSMNEG00000044103) #11	WDR81 (ENSMNEG00000036661) #12	TLCD2 (ENSMNEG00000030678) #13	PRPF8 (ENSMNEG00000035713) #14	RILP (ENSMNEG00000029980) #15	SCARF1 (ENSMNEG00000035270) #16	SLC43A2 (ENSMNEG00000040036) #17	PITPNA (ENSMNEG00000043212) #18	ENSMNEG00000005966	INPP5K (ENSMNEG00000035408) #19	MYO1C (ENSMNEG00000031081) #20	CRK (ENSMNEG00000039514) #21	YWHAE (ENSMNEG00000043038) #22	TRARG1 (ENSMNEG00000021061) #37	ABR (ENSMNEG00000037702) #35	TIMM22 (ENSMNEG00000029028) #34	NXN (ENSMNEG00000030279) #33	MRM3 (ENSMNEG00000032873) #32	GLOD4 (ENSMNEG00000043094)	ENSMNEG00000032391	GEMIN4 (ENSMNEG00000024138) #31	TLCD3A (ENSMNEG00000020338) #29	VPS53 (ENSMNEG00000042047) #27	ENSMNEG00000040497	RFLNB (ENSMNEG00000031223) #26	ENSMNEG00000037250	RPH3AL (ENSMNEG00000036329) #24	DOC2B (ENSMNEG00000039645) #23
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403.c.a #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26
Rhesus	MODERN SPECIES	7	ENSMMUG00000052847	SERPINF1 (ENSMMUG00000022194) #9	SERPINF2 (ENSMMUG00000002382) #11	WDR81 (ENSMMUG00000002380) #12	TLCD2 (ENSMMUG00000062386) #13	PRPF8 (ENSMMUG00000004820) #14	SCARF1 (ENSMMUG00000002376) #16	SLC43A2 (ENSMMUG00000017561) #17	PITPNA (ENSMMUG00000040268) #18	ENSMMUG00000055241	INPP5K (ENSMMUG00000002373) #19	ENSMMUG00000050720	MYO1C (ENSMMUG00000002371) #20	ENSMMUG00000056053	CRK (ENSMMUG00000040390) #21	YWHAE (ENSMMUG00000019378) #22	TRARG1 (ENSMMUG00000057873) #37	ENSMMUG00000063406	TIMM22 (ENSMMUG00000008129) #34	ABR (ENSMMUG00000008130) #35	NXN (ENSMMUG00000011425) #33	ENSMMUG00000050172	MRM3 (ENSMMUG00000060467) #32	GLOD4 (ENSMMUG00000011417)	ENSMMUG00000050361 #30	GEMIN4 (ENSMMUG00000030401) #31	TLCD3A (ENSMMUG00000055344) #29	VPS53 (ENSMMUG00000003042) #27	ENSMMUG00000052611	RFLNB (ENSMMUG00000060823) #26	ENSMMUG00000058876
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	RTN4RL1 (ENSMFAG00000042091) #7	RPA1 (ENSMFAG00000036138) #8	SMYD4 (ENSMFAG00000032240) #10	SERPINF1 (ENSMFAG00000044409) #9	SERPINF2 (ENSMFAG00000038758) #11	ENSMFAG00000038622 #12	ENSMFAG00000062276	PRPF8 (ENSMFAG00000039995) #14	SCARF1 (ENSMFAG00000032062) #16	ENSMFAG00000030102	PITPNA (ENSMFAG00000045283) #18	INPP5K (ENSMFAG00000030338) #19	MYO1C (ENSMFAG00000044455) #20	CRK (ENSMFAG00000000502) #21	ENSMFAG00000056902	YWHAE (ENSMFAG00000039687) #22	TRARG1 (ENSMFAG00000065706) #37	BHLHA9 (ENSMFAG00000065543) #36	ENSMFAG00000063599	ABR (ENSMFAG00000044480) #35	TIMM22 (ENSMFAG00000031269) #34	NXN (ENSMFAG00000041118) #33	ENSMFAG00000006775	MRM3 (ENSMFAG00000045382) #32	GLOD4 (ENSMFAG00000032435)	ENSMFAG00000048104 #30	GEMIN4 (ENSMFAG00000037363) #31	TLCD3A (ENSMFAG00000000080) #29	VPS53 (ENSMFAG00000002507) #27	ENSMFAG00000017819	RFLNB (ENSMFAG00000057680) #26
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000012403.c.a #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24
Olive baboon	MODERN SPECIES	8	OVCA2 (ENSPANG00000024597)	DPH1 (ENSPANG00000024596)	RTN4RL1 (ENSPANG00000001706) #7	ENSPANG00000024592 #8	SERPINF1 (ENSPANG00000024590) #9	SERPINF2 (ENSPANG00000024589) #11	WDR81 (ENSPANG00000024598) #12	TLCD2 (ENSPANG00000048560) #13	PRPF8 (ENSPANG00000024607) #14	SCARF1 (ENSPANG00000024605) #16	SLC43A2 (ENSPANG00000024604) #17	PITPNA (ENSPANG00000024603) #18	INPP5K (ENSPANG00000024602) #19	MYO1C (ENSPANG00000024601) #20	CRK (ENSPANG00000024600) #21	YWHAE (ENSPANG00000024608) #22	TRARG1 (ENSPANG00000035252) #37	BHLHA9 (ENSPANG00000043287) #36	ABR (ENSPANG00000024616) #35	TIMM22 (ENSPANG00000024615) #34	NXN (ENSPANG00000024614) #33	MRM3 (ENSPANG00000024613) #32	GLOD4 (ENSPANG00000024612)	GEMIN4 (ENSPANG00000024610) #31	TLCD3A (ENSPANG00000024624) #29	VPS53 (ENSPANG00000024631) #27	RFLNB (ENSPANG00000024630) #26	C17orf97 (ENSPANG00000024629) #25	DOC2B (ENSPANG00000034831) #23
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000012403.c.a #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Drill	MODERN SPECIES	1309												INPP5K (ENSMLEG00000038285) #19	MYO1C (ENSMLEG00000042556) #20	CRK (ENSMLEG00000021541) #21	ENSMLEG00000009287	YWHAE (ENSMLEG00000033328) #22	TRARG1 (ENSMLEG00000043357) #37	ABR (ENSMLEG00000004744) #35	TIMM22 (ENSMLEG00000038820) #34	ENSMLEG00000038143	ENSMLEG00000026999	MRM3 (ENSMLEG00000034316) #32	GLOD4 (ENSMLEG00000029202)	GEMIN4 (ENSMLEG00000039332) #31	TLCD3A (ENSMLEG00000032469) #29	VPS53 (ENSMLEG00000003051) #27	RFLNB (ENSMLEG00000038458) #26	C17orf97 (ENSMLEG00000043540) #25	RPH3AL (ENSMLEG00000033754) #24	DOC2B (ENSMLEG00000000713) #23	ERMARD (ENSMLEG00000024927)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	111	ENSCATG00000041007 #8	SMYD4 (ENSCATG00000041884) #10	SERPINF1 (ENSCATG00000031147) #9	SERPINF2 (ENSCATG00000033904) #11	WDR81 (ENSCATG00000030216) #12	TLCD2 (ENSCATG00000033773) #13	PRPF8 (ENSCATG00000038595) #14	RILP (ENSCATG00000034884) #15	SCARF1 (ENSCATG00000041644) #16	SLC43A2 (ENSCATG00000033589) #17	PITPNA (ENSCATG00000021709) #18	INPP5K (ENSCATG00000042698) #19	MYO1C (ENSCATG00000042577) #20	ENSCATG00000041506	CRK (ENSCATG00000041862) #21	YWHAE (ENSCATG00000042667) #22	TRARG1 (ENSCATG00000039428) #37	ABR (ENSCATG00000044507) #35	TIMM22 (ENSCATG00000038076) #34	NXN (ENSCATG00000039476) #33	ENSCATG00000039544	MRM3 (ENSCATG00000032099) #32	GLOD4 (ENSCATG00000037534)	GEMIN4 (ENSCATG00000022135) #31	TLCD3A (ENSCATG00000031024) #29	VPS53 (ENSCATG00000043291) #27	ENSCATG00000034807	RFLNB (ENSCATG00000034756) #26	C17orf97 (ENSCATG00000039905) #25	RPH3AL (ENSCATG00000044491) #24	DOC2B (ENSCATG00000042528) #23
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	98	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #37	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00390000012340	ENSGT00910000147455	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1750	RPA1 (ENSRROG00000043278) #8	SMYD4 (ENSRROG00000025089) #10	SERPINF1 (ENSRROG00000013097) #9	SERPINF2 (ENSRROG00000010314) #11	WDR81 (ENSRROG00000042028) #12	TLCD2 (ENSRROG00000028778) #13	PRPF8 (ENSRROG00000038014) #14	RILP (ENSRROG00000000050) #15	SCARF1 (ENSRROG00000043935) #16	SLC43A2 (ENSRROG00000045184) #17	PITPNA (ENSRROG00000045299) #18	ENSRROG00000040612	INPP5K (ENSRROG00000043460) #19	MYO1C (ENSRROG00000034181) #20	CRK (ENSRROG00000035466) #21	YWHAE (ENSRROG00000039739) #22	TRARG1 (ENSRROG00000026760) #37	ABR (ENSRROG00000033877) #35	TIMM22 (ENSRROG00000036599) #34	ENSRROG00000037432	NXN (ENSRROG00000031195) #33	MRM3 (ENSRROG00000041720) #32	GLOD4 (ENSRROG00000035753)	ENSRROG00000031360	GEMIN4 (ENSRROG00000043454) #31	TLCD3A (ENSRROG00000034352) #29	VPS53 (ENSRROG00000043484) #27	RFLNB (ENSRROG00000039003) #26	C17orf97 (ENSRROG00000045085) #25	RPH3AL (ENSRROG00000028680) #24	DOC2B (ENSRROG00000033961) #23
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	39	ENSRBIG00000023934	RPA1 (ENSRBIG00000036587) #8	SMYD4 (ENSRBIG00000016078) #10	SERPINF1 (ENSRBIG00000037075) #9	SERPINF2 (ENSRBIG00000030594) #11	WDR81 (ENSRBIG00000042885) #12	PRPF8 (ENSRBIG00000031219) #14	RILP (ENSRBIG00000042377) #15	SCARF1 (ENSRBIG00000042668) #16	SLC43A2 (ENSRBIG00000041402) #17	PITPNA (ENSRBIG00000014108) #18	ENSRBIG00000036155	INPP5K (ENSRBIG00000037118) #19	MYO1C (ENSRBIG00000040262) #20	CRK (ENSRBIG00000006454) #21	YWHAE (ENSRBIG00000039460) #22	TRARG1 (ENSRBIG00000030723) #37	ABR (ENSRBIG00000044627) #35	TIMM22 (ENSRBIG00000044331) #34	NXN (ENSRBIG00000044332) #33	ENSRBIG00000044241	MRM3 (ENSRBIG00000044238) #32	GLOD4 (ENSRBIG00000037041)	GEMIN4 (ENSRBIG00000042493) #31	TLCD3A (ENSRBIG00000035250) #29	VPS53 (ENSRBIG00000043490) #27	RFLNB (ENSRBIG00000035599) #26	C17orf97 (ENSRBIG00000028297) #25	RPH3AL (ENSRBIG00000039247) #24	DOC2B (ENSRBIG00000040215) #23
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000165249	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Bushbaby	MODERN SPECIES	260	OVCA2 (ENSOGAG00000028370)	DPH1 (ENSOGAG00000006385)	RTN4RL1 (ENSOGAG00000005584) #7	ENSOGAG00000005581 #8	SMYD4 (ENSOGAG00000012800) #10	SERPINF1 (ENSOGAG00000012799) #9	SERPINF2 (ENSOGAG00000012794) #11	ENSOGAG00000031132 #12	ENSOGAG00000012785 #14	SCARF1 (ENSOGAG00000002236) #16	SLC43A2 (ENSOGAG00000006182) #17	PITPNA (ENSOGAG00000006178) #18	INPP5K (ENSOGAG00000006172) #19	MYO1C (ENSOGAG00000006161) #20	CRK (ENSOGAG00000006159) #21	YWHAE (ENSOGAG00000006155) #22	DOC2B (ENSOGAG00000031878) #23	RPH3AL (ENSOGAG00000016283) #24	ENSOGAG00000006725 #25	RFLNB (ENSOGAG00000004621) #26
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000165249	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	138	ENSGT00940000153694.A	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1362												PITPNA (ENSPSMG00000015131) #18	INPP5K (ENSPSMG00000015102) #19	MYO1C (ENSPSMG00000014750) #20	CRK (ENSPSMG00000014353) #21	YWHAE (ENSPSMG00000014310) #22	DOC2B (ENSPSMG00000014272) #23	RPH3AL (ENSPSMG00000014252) #24
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	557	DPH1 (ENSPCOG00000023620)	RTN4RL1 (ENSPCOG00000024211) #7	RPA1 (ENSPCOG00000001799) #8	SMYD4 (ENSPCOG00000013821) #10	SERPINF1 (ENSPCOG00000027109) #9	SERPINF2 (ENSPCOG00000002960) #11	WDR81 (ENSPCOG00000028729) #12	PRPF8 (ENSPCOG00000015182) #14	RILP (ENSPCOG00000028033) #15	SCARF1 (ENSPCOG00000005041) #16	SLC43A2 (ENSPCOG00000027974) #17	PITPNA (ENSPCOG00000018905) #18	INPP5K (ENSPCOG00000028791) #19	MYO1C (ENSPCOG00000019765) #20	CRK (ENSPCOG00000021068) #21	YWHAE (ENSPCOG00000023837) #22	DOC2B (ENSPCOG00000019713) #23	RPH3AL (ENSPCOG00000023072) #24	ENSPCOG00000021302 #25
Mouse lemur	MODERN SPECIES	7	RTN4RL1 (ENSMICG00000012885) #7	RPA1 (ENSMICG00000012867) #8	SMYD4 (ENSMICG00000000175) #10	SERPINF1 (ENSMICG00000000173) #9	SERPINF2 (ENSMICG00000000169) #11	WDR81 (ENSMICG00000000167) #12	ENSMICG00000000163	PRPF8 (ENSMICG00000010320) #14	RILP (ENSMICG00000034729) #15	SCARF1 (ENSMICG00000003881) #16	SLC43A2 (ENSMICG00000003877) #17	PITPNA (ENSMICG00000003870) #18	INPP5K (ENSMICG00000003861) #19	MYO1C (ENSMICG00000003839) #20	CRK (ENSMICG00000043200) #21	YWHAE (ENSMICG00000003595) #22	DOC2B (ENSMICG00000026925) #23	RPH3AL (ENSMICG00000044522) #24	RFLNB (ENSMICG00000038370) #26	ENSMICG00000031740	VPS53 (ENSMICG00000009328) #27	TLCD3A (ENSMICG00000009347) #29	GEMIN4 (ENSMICG00000033667) #31	ENSMICG00000027145 #30	GLOD4 (ENSMICG00000009361)	MRM3 (ENSMICG00000031420) #32	NXN (ENSMICG00000009368) #33	TIMM22 (ENSMICG00000041939) #34	ABR (ENSMICG00000009381) #35	TRARG1 (ENSMICG00000028858) #37	GOSR1 (ENSMICG00000007911)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000153694.A	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00910000146484	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Sloth	DUPLICATION
Sloth	MODERN SPECIES	924																ENSCHOG00000005876 #22
Sloth	MODERN SPECIES	12935																ENSCHOG00000010861 #22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	1449											ENSDNOG00000012581	ENSDNOG00000047738	KLF11 (ENSDNOG00000035689)	GRHL1 (ENSDNOG00000014493)	TAF1B (ENSDNOG00000018268)	ENSDNOG00000033666 #22	ADAM17 (ENSDNOG00000009284)	IAH1 (ENSDNOG00000009272)	CPSF3 (ENSDNOG00000008940)	ITGB1BP1 (ENSDNOG00000008930)	ASAP2 (ENSDNOG00000008886)	ENSDNOG00000041786	MBOAT2 (ENSDNOG00000041557)	KIDINS220 (ENSDNOG00000002905)	ID2 (ENSDNOG00000035918)	ENSDNOG00000042784
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Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165.b #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165.b #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Elephant	MODERN SPECIES	414	RTN4RL1 (ENSLAFG00000000917) #7	RPA1 (ENSLAFG00000015354) #8	SMYD4 (ENSLAFG00000015349) #10	SERPINF1 (ENSLAFG00000015345) #9	SERPINF2 (ENSLAFG00000009227) #11	WDR81 (ENSLAFG00000029493) #12	TLCD2 (ENSLAFG00000015458) #13	PRPF8 (ENSLAFG00000015445) #14	RILP (ENSLAFG00000031776) #15	SCARF1 (ENSLAFG00000015466) #16	SLC43A2 (ENSLAFG00000012908) #17	PITPNA (ENSLAFG00000010065) #18	INPP5K (ENSLAFG00000010060) #19	MYO1C (ENSLAFG00000030443) #20	CRK (ENSLAFG00000010559) #21	YWHAE (ENSLAFG00000005965) #22	DOC2B (ENSLAFG00000016819) #23	RPH3AL (ENSLAFG00000002838) #24	ENSLAFG00000030206 #25	RFLNB (ENSLAFG00000015948) #26	VPS53 (ENSLAFG00000015953) #27	TLCD3A (ENSLAFG00000017562) #29	GEMIN4 (ENSLAFG00000017567) #31	ENSLAFG00000017570 #30	GLOD4 (ENSLAFG00000016643)	MRM3 (ENSLAFG00000016652) #32	NXN (ENSLAFG00000016660) #33	ENSLAFG00000009675	ABR (ENSLAFG00000002668) #35	BHLHA9 (ENSLAFG00000011249) #36	TRARG1 (ENSLAFG00000020853) #37
Hyrax	MODERN SPECIES	852																YWHAE (ENSPCAG00000015834) #22
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	1139																YWHAE (ENSETEG00000012056) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	11911																ENSETEG00000016608 #22
Tenrec	MODERN SPECIES	16158																ENSETEG00000006679 #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
Wallaby	MODERN SPECIES	1810																YWHAE (ENSMEUG00000015460) #22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538.c #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #29	ENSGT00390000012296 #31	ENSGT00940000163490 #30	ENSGT00390000012340	ENSGT00390000017317 #32	ENSGT00940000161894 #33	ENSGT00390000016067 #34	ENSGT00940000153491.b.b.a #35	ENSGT00390000002453 #36	ENSGT00940000160337 #37
koala	DUPLICATION
koala	MODERN SPECIES	117	RTN4RL1 (ENSPCIG00000019050) #7	RPA1 (ENSPCIG00000019049) #8	SMYD4 (ENSPCIG00000019048) #10	SERPINF1 (ENSPCIG00000019046) #9	SERPINF2 (ENSPCIG00000019044) #11	WDR81 (ENSPCIG00000022590) #12	TLCD2 (ENSPCIG00000022599) #13	PRPF8 (ENSPCIG00000022603) #14	ENSPCIG00000031153 #15	ENSPCIG00000019043 #16	SLC43A2 (ENSPCIG00000019041) #17	PITPNA (ENSPCIG00000017184) #18	INPP5K (ENSPCIG00000017183) #19	MYO1C (ENSPCIG00000017179) #20	CRK (ENSPCIG00000017174) #21	ENSPCIG00000017171 #22	DOC2B (ENSPCIG00000017169) #23	RPH3AL (ENSPCIG00000017167) #24	ENSPCIG00000017166 #25	ENSPCIG00000017164 #26	VPS53 (ENSPCIG00000017163) #27	TLCD3A (ENSPCIG00000025720) #29	GEMIN4 (ENSPCIG00000025718) #31	ENSPCIG00000025710 #30	GLOD4 (ENSPCIG00000025704)	MRM3 (ENSPCIG00000025698) #32	NXN (ENSPCIG00000025696) #33	TIMM22 (ENSPCIG00000025690) #34	ABR (ENSPCIG00000015397) #35	ENSPCIG00000035802 #36
koala	MODERN SPECIES	64	PI4KA (ENSPCIG00000018352)	SNAP29 (ENSPCIG00000024293)	CRKL (ENSPCIG00000036624) ##21	AIFM3 (ENSPCIG00000024302)	LZTR1 (ENSPCIG00000024304)	THAP7 (ENSPCIG00000024305)	TUBA3C (ENSPCIG00000035610)	ENSPCIG00000009927	P2RX6 (ENSPCIG00000009926)	ENSPCIG00000033249	RTN4R (ENSPCIG00000034636)	ENSPCIG00000027704	ENSPCIG00000027705	ENSPCIG00000027708	ENSPCIG00000031834	ENSPCIG00000014304 #22	ENSPCIG00000031895	ENSPCIG00000005425	ENSPCIG00000033718	ENSPCIG00000036969	ENSPCIG00000027710	ZDHHC8 (ENSPCIG00000027712)	RANBP1 (ENSPCIG00000027715)	ENSPCIG00000027726	TRMT2A (ENSPCIG00000027719)	DGCR8 (ENSPCIG00000027728)	ENSPCIG00000013727	TANGO2 (ENSPCIG00000013730)	ARVCF (ENSPCIG00000002119)	ENSPCIG00000002881	TXNRD2 (ENSPCIG00000025501)
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Tasmanian devil	DUPLICATION
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Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8
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Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k.a	ENSGT00950000183122.B.k.b	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Flycatcher	MODERN SPECIES	9	ENSFALG00000006781	ENSFALG00000006773	VKORC1L1 (ENSFALG00000028547)	ENSFALG00000006748	ENSFALG00000006743	ENSFALG00000006731	CRCP (ENSFALG00000006720)	TPST1 (ENSFALG00000006719)	KCTD7 (ENSFALG00000006717)	RABGEF1 (ENSFALG00000006714)	TMEM248 (ENSFALG00000006712)	ENSFALG00000015190	LRRC75A (ENSFALG00000024319)	ENSFALG00000006704	ENSFALG00000025189 #21	YWHAE (ENSFALG00000026378) #22	MYO1C (ENSFALG00000006676) #20	INPP5K (ENSFALG00000006671) #19	PITPNA (ENSFALG00000025969) #18	SLC43A2 (ENSFALG00000006646) #17	SCARF1 (ENSFALG00000006640) #16	RILP (ENSFALG00000006633) #15	PRPF8 (ENSFALG00000006628) #14	ENSFALG00000023130	ENSFALG00000006618	WDR81 (ENSFALG00000006614) #12	SERPINF2 (ENSFALG00000006609) #11	SERPINF1 (ENSFALG00000006604) #9	SMYD4 (ENSFALG00000006593) #10	RPA1 (ENSFALG00000006575) #8	RTN4RL1 (ENSFALG00000006561) #7
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k.a	ENSGT00950000183122.B.k.b	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k.a	ENSGT00950000183122.B.k.b	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Common canary	MODERN SPECIES	28	PSPH (ENSSCAG00000006646)	CCT6B (ENSSCAG00000006650)	ENSSCAG00000006661	PHKG1 (ENSSCAG00000006669)	CHCHD2 (ENSSCAG00000006673)	VKORC1L1 (ENSSCAG00000006675)	GUSB (ENSSCAG00000006694)	CRCP (ENSSCAG00000006859)	TPST1 (ENSSCAG00000006865)	KCTD7 (ENSSCAG00000006872)	RABGEF1 (ENSSCAG00000006875)	TMEM248 (ENSSCAG00000006881)	LRRC75A (ENSSCAG00000006883)	NCBP3 (ENSSCAG00000006892)	CRK (ENSSCAG00000006934) #21	YWHAE (ENSSCAG00000006940) #22	MYO1C (ENSSCAG00000006945) #20	INPP5K (ENSSCAG00000006968) #19	PITPNA (ENSSCAG00000006978) #18	SLC43A2 (ENSSCAG00000006985) #17	SCARF1 (ENSSCAG00000006989) #16	PRPF8 (ENSSCAG00000007016) #14	TLCD2 (ENSSCAG00000007110) #13	ENSSCAG00000007115	WDR81 (ENSSCAG00000007123) #12	SERPINF2 (ENSSCAG00000007126) #11	SERPINF1 (ENSSCAG00000007130) #9	SMYD4 (ENSSCAG00000007137) #10	RPA1 (ENSSCAG00000007140) #8	RTN4RL1 (ENSSCAG00000007145) #7	DPH1 (ENSSCAG00000007149)
Zebra finch	MODERN SPECIES	10	ENSTGUG00000005131	PHKG1 (ENSTGUG00000005156)	CHCHD2 (ENSTGUG00000005194)	VKORC1L1 (ENSTGUG00000005263)	GUSB (ENSTGUG00000005273)	ENSTGUG00000018246	ENSTGUG00000005304	CRCP (ENSTGUG00000005354)	TPST1 (ENSTGUG00000005366)	KCTD7 (ENSTGUG00000020956)	RABGEF1 (ENSTGUG00000005373)	TMEM248 (ENSTGUG00000005387)	LRRC75A (ENSTGUG00000022437)	CRK (ENSTGUG00000027683) #21	NCBP3 (ENSTGUG00000005396)	YWHAE (ENSTGUG00000005435) #22	MYO1C (ENSTGUG00000005458) #20	INPP5K (ENSTGUG00000005518) #19	PITPNA (ENSTGUG00000005551) #18	SLC43A2 (ENSTGUG00000005580) #17	SCARF1 (ENSTGUG00000005622) #16	RILP (ENSTGUG00000005643) #15	PRPF8 (ENSTGUG00000005648) #14	TLCD2 (ENSTGUG00000005710) #13	ENSTGUG00000005712	WDR81 (ENSTGUG00000005724) #12	SERPINF2 (ENSTGUG00000005737) #11	SERPINF1 (ENSTGUG00000005744) #9	SMYD4 (ENSTGUG00000005762) #10	RPA1 (ENSTGUG00000005775) #8	RTN4RL1 (ENSTGUG00000025227) #7
Medium ground finch	MODERN SPECIES	90	CCT6B (ENSGFOG00000002959)	ENSGFOG00000003371	PHKG1 (ENSGFOG00000003393)	CHCHD2 (ENSGFOG00000003412)	VKORC1L1 (ENSGFOG00000003434)	GUSB (ENSGFOG00000003460)	ASL (ENSGFOG00000003487)	ENSGFOG00000003632	TPST1 (ENSGFOG00000003679)	KCTD7 (ENSGFOG00000003722)	RABGEF1 (ENSGFOG00000003742)	TMEM248 (ENSGFOG00000003770)	LRRC75A (ENSGFOG00000003788)	NCBP3 (ENSGFOG00000003825)	CRK (ENSGFOG00000003894) #21	YWHAE (ENSGFOG00000003909) #22	MYO1C (ENSGFOG00000003927) #20	INPP5K (ENSGFOG00000003971) #19	PITPNA (ENSGFOG00000004003) #18	SLC43A2 (ENSGFOG00000004027) #17	SCARF1 (ENSGFOG00000004079) #16	ENSGFOG00000004087 #15	PRPF8 (ENSGFOG00000004111) #14	TLCD2 (ENSGFOG00000004258) #13	ENSGFOG00000004267	WDR81 (ENSGFOG00000004317) #12	SERPINF2 (ENSGFOG00000004343) #11	SERPINF1 (ENSGFOG00000004349) #9	SMYD4 (ENSGFOG00000004358) #10	RPA1 (ENSGFOG00000004369) #8	RTN4RL1 (ENSGFOG00000004392) #7
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Kakapo	MODERN SPECIES	58	DDX52 (ENSSHBG00005017631)	SYNRG (ENSSHBG00005016859)	DUSP14 (ENSSHBG00005016807)	TADA2A (ENSSHBG00005016799)	ACACA (ENSSHBG00005016113)	AATF (ENSSHBG00005016069)	LHX1 (ENSSHBG00005016063)	MRM1 (ENSSHBG00005016059)	DHRS11 (ENSSHBG00005016056)	KCTD7 (ENSSHBG00005016052)	RABGEF1 (ENSSHBG00005016047)	TMEM248 (ENSSHBG00005016043)	LRRC75A (ENSSHBG00005016036)	NCBP3 (ENSSHBG00005016012)	CRK (ENSSHBG00005016007) #21	YWHAE (ENSSHBG00005016004) #22	MYO1C (ENSSHBG00005007594) #20	INPP5K (ENSSHBG00005007074) #19	PITPNA (ENSSHBG00005007032) #18	SLC43A2 (ENSSHBG00005006996) #17	SCARF1 (ENSSHBG00005006967) #16	RILP (ENSSHBG00005006950) #15	PRPF8 (ENSSHBG00005006912) #14	TLCD2 (ENSSHBG00005006869) #13	ENSSHBG00005006845	WDR81 (ENSSHBG00005006808) #12	SERPINF2 (ENSSHBG00005006516) #11	SERPINF1 (ENSSHBG00005006460) #9	SMYD4 (ENSSHBG00005006445) #10	RPA1 (ENSSHBG00005006416) #8	RTN4RL1 (ENSSHBG00005006390) #7
Golden eagle	MODERN SPECIES	1	PHKG1 (ENSACCG00020004757)	CHCHD2 (ENSACCG00020004763)	VKORC1L1 (ENSACCG00020004768)	GUSB (ENSACCG00020004777)	ENSACCG00020004820	ENSACCG00020004861	ENSACCG00020004871	CRCP (ENSACCG00020004888)	TPST1 (ENSACCG00020004906)	KCTD7 (ENSACCG00020004920)	RABGEF1 (ENSACCG00020004939)	TMEM248 (ENSACCG00020004959)	LRRC75A (ENSACCG00020004968)	NCBP3 (ENSACCG00020004987)	CRK (ENSACCG00020005002) #21	YWHAE (ENSACCG00020005013) #22	MYO1C (ENSACCG00020005056) #20	INPP5K (ENSACCG00020005105) #19	PITPNA (ENSACCG00020005125) #18	SLC43A2 (ENSACCG00020005144) #17	SCARF1 (ENSACCG00020005166) #16	RILP (ENSACCG00020005179) #15	ENSACCG00020005194 #14	ENSACCG00020005215 #14	TLCD2 (ENSACCG00020005227) #13	ENSACCG00020005246	WDR81 (ENSACCG00020005270) #12	SERPINF2 (ENSACCG00020005283) #11	SERPINF1 (ENSACCG00020005300) #9	SMYD4 (ENSACCG00020005319) #10	RPA1 (ENSACCG00020005332) #8
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00950000183122.B.l	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic.a	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00950000183122.B.l	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Duck	MODERN SPECIES	11	CCT6B (ENSAPLG00000010870)	SUMF2 (ENSAPLG00000011312)	ENSAPLG00000019405	ENSAPLG00000012325	VKORC1L1 (ENSAPLG00000019287)	GUSB (ENSAPLG00000012409)	ENSAPLG00000026020	CRCP (ENSAPLG00000018879)	TPST1 (ENSAPLG00000006925)	KCTD7 (ENSAPLG00000016810)	RABGEF1 (ENSAPLG00000007107)	TMEM248 (ENSAPLG00000007316)	LRRC75A (ENSAPLG00000007361)	NCBP3 (ENSAPLG00000007373)	CRK (ENSAPLG00000007541) #21	YWHAE (ENSAPLG00000007551) #22	MYO1C (ENSAPLG00000007694) #20	INPP5K (ENSAPLG00000008625) #19	ENSAPLG00000025123	PITPNA (ENSAPLG00000008884) #18	ENSAPLG00000009653 #17	ENSAPLG00000020079 #15	PRPF8 (ENSAPLG00000010357) #14	TLCD2 (ENSAPLG00000029842) #13	ENSAPLG00000011065	SERPINF2 (ENSAPLG00000011351) #11	SERPINF1 (ENSAPLG00000011440) #9	RPA1 (ENSAPLG00000012442) #8	RTN4RL1 (ENSAPLG00000029865) #7	DPH1 (ENSAPLG00000017581)	HIC1 (ENSAPLG00000029890)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	38	ENSABRG00000007092	PHKG1 (ENSABRG00000007115)	CHCHD2 (ENSABRG00000007117)	VKORC1L1 (ENSABRG00000007122)	GUSB (ENSABRG00000007129)	ENSABRG00000007205	ENSABRG00000009935	CRCP (ENSABRG00000010081)	TPST1 (ENSABRG00000010110)	KCTD7 (ENSABRG00000010119)	RABGEF1 (ENSABRG00000010131)	TMEM248 (ENSABRG00000010149)	LRRC75A (ENSABRG00000010155)	NCBP3 (ENSABRG00000010179)	CRK (ENSABRG00000010250) #21	YWHAE (ENSABRG00000010257) #22	MYO1C (ENSABRG00000010284) #20	INPP5K (ENSABRG00000010640) #19	ENSABRG00000010696	SLC43A2 (ENSABRG00000010721) #17	SCARF1 (ENSABRG00000010994) #16	RILP (ENSABRG00000011031) #15	PRPF8 (ENSABRG00000011090) #14	ENSABRG00000011373	WDR81 (ENSABRG00000011378) #12	SERPINF2 (ENSABRG00000011382) #11	SERPINF1 (ENSABRG00000011388) #9	SMYD4 (ENSABRG00000011392) #10	RPA1 (ENSABRG00000011400) #8	RTN4RL1 (ENSABRG00000011407) #7	DPH1 (ENSABRG00000011413)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00950000183122.B.l	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b.t #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b.t #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039.a #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112.d #7
Chicken	MODERN SPECIES	10	PSPH (ENSGALG00010029649)	CCT6A (ENSGALG00010029653)	PHKG1 (ENSGALG00010029655)	CHCHD2 (ENSGALG00010029657)	VKORC1L1 (ENSGALG00010029659)	GUSB (ENSGALG00010029663)	ASL1 (ENSGALG00010029665)	CRCP (ENSGALG00010029668)	TPST1 (ENSGALG00010029670)	KCTD7 (ENSGALG00010029672)	RABGEF1 (ENSGALG00010029966)	TMEM248 (ENSGALG00010029673)	LRRC75A (ENSGALG00010029325)	NCBP3 (ENSGALG00010029326)	CRK (ENSGALG00010029327) #21	YWHAE (ENSGALG00010029332) #22	ENSGALG00010029333	MYO1C (ENSGALG00010029337) #20	INPP5K (ENSGALG00010029338) #19	PITPNA (ENSGALG00010029339) #18	SLC43A2 (ENSGALG00010029341) #17	SCARF1 (ENSGALG00010029343) #16	RILP (ENSGALG00010029345) #15	PRPF8 (ENSGALG00010029347) #14	TLCD2 (ENSGALG00010029354) #13	ENSGALG00010029356	WDR81 (ENSGALG00010029384) #12	SERPINF2 (ENSGALG00010029936) #11	SERPINF1 (ENSGALG00010029387) #9	SMYD4 (ENSGALG00010029389) #10	RPA1 (ENSGALG00010029390) #8
Turkey	MODERN SPECIES	13	RPA1 (ENSMGAG00000005315) #8	ENSMGAG00000005251 #11	ENSMGAG00000005264 #9	SMYD4 (ENSMGAG00000005301) #10	ENSMGAG00000005231 #12	ENSMGAG00000019785 #12	PRPF8 (ENSMGAG00000004769) #14	ENSMGAG00000020347	ENSMGAG00000005210	ENSMGAG00000018323 #17	ENSMGAG00000005116 #16	RILP (ENSMGAG00000005154) #15	ENSMGAG00000005172 #17	ENSMGAG00000005086 #18	ENSMGAG00000005047 #19	ENSMGAG00000004712 #22	ENSMGAG00000004918 #20	ENSMGAG00000004706 #21	ENSMGAG00000023022	ENSMGAG00000004685	ENSMGAG00000004660	ENSMGAG00000019348	ENSMGAG00000004630	ENSMGAG00000022183	ENSMGAG00000004610	ENSMGAG00000018811	ENSMGAG00000017915	ENSMGAG00000004593	ENSMGAG00000004335	ENSMGAG00000020459	ENSMGAG00000020148
Japanese quail	MODERN SPECIES	10	ENSCJPG00005010353	PHKG1 (ENSCJPG00005010354)	CHCHD2 (ENSCJPG00005010355)	VKORC1L1 (ENSCJPG00005010356)	GUSB (ENSCJPG00005010357)	ENSCJPG00005010444	ENSCJPG00005010457	ENSCJPG00005010563	TPST1 (ENSCJPG00005010564)	KCTD7 (ENSCJPG00005010565)	RABGEF1 (ENSCJPG00005010566)	TMEM248 (ENSCJPG00005010592)	LRRC75A (ENSCJPG00005010593)	NCBP3 (ENSCJPG00005010596)	CRK (ENSCJPG00005010597) #21	YWHAE (ENSCJPG00005010598) #22	MYO1C (ENSCJPG00005010600) #20	INPP5K (ENSCJPG00005011077) #19	PITPNA (ENSCJPG00005011078) #18	SLC43A2 (ENSCJPG00005011087) #17	PRPF8 (ENSCJPG00005011197) #14	TLCD2 (ENSCJPG00005011271) #13	ENSCJPG00005011272	WDR81 (ENSCJPG00005011274) #12	SERPINF2 (ENSCJPG00005011275) #11	SERPINF1 (ENSCJPG00005011276) #9	SMYD4 (ENSCJPG00005011277) #10	RPA1 (ENSCJPG00005011278) #8	RTN4RL1 (ENSCJPG00005011297) #7	DPH1 (ENSCJPG00005011299)	OVCA2 (ENSCJPG00005011300)
African ostrich	MODERN SPECIES	641	ENSSCUG00000009046	PHKG1 (ENSSCUG00000009052)	CHCHD2 (ENSSCUG00000009054)	VKORC1L1 (ENSSCUG00000009055)	GUSB (ENSSCUG00000009057)	ENSSCUG00000009060	ENSSCUG00000009063	CRCP (ENSSCUG00000009068)	TPST1 (ENSSCUG00000009073)	KCTD7 (ENSSCUG00000009075)	RABGEF1 (ENSSCUG00000009083)	TMEM248 (ENSSCUG00000009088)	LRRC75A (ENSSCUG00000009096)	NCBP3 (ENSSCUG00000009114)	CRK (ENSSCUG00000009129) #21	YWHAE (ENSSCUG00000009131) #22	MYO1C (ENSSCUG00000009139) #20	INPP5K (ENSSCUG00000009153) #19	PITPNA (ENSSCUG00000009157) #18	SLC43A2 (ENSSCUG00000009159) #17	ENSSCUG00000009162 #15	PRPF8 (ENSSCUG00000009171) #14	ENSSCUG00000009203	WDR81 (ENSSCUG00000009208) #12	SERPINF2 (ENSSCUG00000009209) #11	SERPINF1 (ENSSCUG00000009211) #9	SMYD4 (ENSSCUG00000009212) #10	RPA1 (ENSSCUG00000009213) #8	RTN4RL1 (ENSSCUG00000009218) #7
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	50															CRK (ENSCPRG00005016195) #21	YWHAE (ENSCPRG00005016192) #22	MYO1C (ENSCPRG00005016046) #20	INPP5K (ENSCPRG00005016011) #19	PITPNA (ENSCPRG00005016005) #18	SLC43A2 (ENSCPRG00005015982) #17	ENSCPRG00005015972 ##16	PRPF8 (ENSCPRG00005015922) #14	ENSCPRG00005015915	ENSCPRG00005015913	WDR81 (ENSCPRG00005015906) #12	SERPINF2 (ENSCPRG00005015901) #11	SERPINF1 (ENSCPRG00005015899) #9	SMYD4 (ENSCPRG00005015896) #10	RPA1 (ENSCPRG00005015893) #8	RTN4RL1 (ENSCPRG00005015891) #7	DPH1 (ENSCPRG00005015884)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	18														ENSGT00970000194055	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1341																YWHAE (ENSPSIG00000011614) #22	INPP5K (ENSPSIG00000011689) #19	PITPNA (ENSPSIG00000011835) #18	ENSPSIG00000012900	SLC43A2 (ENSPSIG00000012910) #17	SCARF1 (ENSPSIG00000013380) #16	ENSPSIG00000013386 #15	PRPF8 (ENSPSIG00000013393) #14	ENSPSIG00000015593	ENSPSIG00000000684 #13
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	15														ENSGT00970000194055	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	19																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112 #7
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1326															CRK (ENSCABG00000020723) #21	YWHAE (ENSCABG00000020724) #22	MYO1C (ENSCABG00000020727) #20	ENSCABG00000020729	INPP5K (ENSCABG00000020732) #19	PITPNA (ENSCABG00000020735) #18	ENSCABG00000020736 #17	ENSCABG00000020738 #17	ENSCABG00000020739	RILP (ENSCABG00000020742) #15	PRPF8 (ENSCABG00000020744) #14	ENSCABG00000020745	ENSCABG00000020746	WDR81 (ENSCABG00000020747) #12	SERPINF2 (ENSCABG00000020749) #11	SERPINF1 (ENSCABG00000020754) #9	SMYD4 (ENSCABG00000020758) #10
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	8															CRK (ENSGEVG00005007211) #21	YWHAE (ENSGEVG00005007234) #22	MYO1C (ENSGEVG00005007274) #20	INPP5K (ENSGEVG00005007410) #19	PITPNA (ENSGEVG00005007505) #18	SLC43A2 (ENSGEVG00005007579) #17	SCARF1 (ENSGEVG00005007678) #16	RILP (ENSGEVG00005007936) #15	PRPF8 (ENSGEVG00005007995) #14	ENSGEVG00005008372	ENSGEVG00005008445	WDR81 (ENSGEVG00005008470) #12	SERPINF2 (ENSGEVG00005008501) #11	SERPINF1 (ENSGEVG00005008590) #9	SMYD4 (ENSGEVG00005008610) #10	RPA1 (ENSGEVG00005008631) #8	RTN4RL1 (ENSGEVG00005008658) #7
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	16																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	106															CRK (ENSTMTG00000010782) #21	YWHAE (ENSTMTG00000010767) #22	MYO1C (ENSTMTG00000010619) #20	INPP5K (ENSTMTG00000010549) #19	PITPNA (ENSTMTG00000010485) #18	ENSTMTG00000010462 #17	ENSTMTG00000010455 #17	SCARF1 (ENSTMTG00000010412) #16	ENSTMTG00000010351 #15	PRPF8 (ENSTMTG00000010283) #14	ENSTMTG00000010265	ENSTMTG00000010239	ENSTMTG00000010213	WDR81 (ENSTMTG00000010194) #12	SERPINF2 (ENSTMTG00000010180) #11	SERPINF1 (ENSTMTG00000010163) #9	SMYD4 (ENSTMTG00000010031) #10
painted turtle	MODERN SPECIES	1265															CRK (ENSCPBG00000011040) #21	YWHAE (ENSCPBG00000011038) #22
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	16																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112 #7
tuatara	MODERN SPECIES	1079	ENSSPUG00000008850	SLC47A2 (ENSSPUG00000008589)	ALDH3A2 (ENSSPUG00000008545)	ULK2 (ENSSPUG00000008183)	NLE1 (ENSSPUG00000008129)	AKAP10 (ENSSPUG00000008098)	ENSSPUG00000008082	SPATA22 (ENSSPUG00000007974)	ASPA (ENSSPUG00000007939)	TRPV3 (ENSSPUG00000007777)	ENSSPUG00000007746	ENSSPUG00000007734	ENSSPUG00000007722	ENSSPUG00000007711	CRK (ENSSPUG00000007698) #21	YWHAE (ENSSPUG00000007685) #22	MYO1C (ENSSPUG00000007626) #20	INPP5K (ENSSPUG00000007597) #19	ENSSPUG00000007580	PITPNA (ENSSPUG00000007575) #18	ENSSPUG00000007561 #17	ENSSPUG00000007548 #17	ENSSPUG00000007541 #17	SCARF1 (ENSSPUG00000007503) #16	RILP (ENSSPUG00000007481) #15	PRPF8 (ENSSPUG00000007463) #14	TLCD2 (ENSSPUG00000007453) #13	ENSSPUG00000007441	ENSSPUG00000007430	WDR81 (ENSSPUG00000007414) #12	SERPINF2 (ENSSPUG00000007353) #11
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	13																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112 #7
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	18																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000155101	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112 #7
Common wall lizard	MODERN SPECIES	6	MYO18A (ENSPMRG00000022248)	PIPOX (ENSPMRG00000022208)	SEZ6 (ENSPMRG00000022059)	PHF12 (ENSPMRG00000022008)	ENSPMRG00000021995	ENSPMRG00000021987	FLOT2 (ENSPMRG00000021864)	ERAL1 (ENSPMRG00000021793)	ENSPMRG00000021775	FAM222B (ENSPMRG00000021770)	TRAF4 (ENSPMRG00000021751)	NEK8 (ENSPMRG00000021719)	TLCD1 (ENSPMRG00000021701) ##13	ENSPMRG00000021690	CRK (ENSPMRG00000021684) #21	YWHAE (ENSPMRG00000021673) #22	MYO1C (ENSPMRG00000021007) #20	INPP5K (ENSPMRG00000020880) #19	ENSPMRG00000020862	SLC43A2 (ENSPMRG00000020824) #17	SCARF1 (ENSPMRG00000020789) #16	PRPF8 (ENSPMRG00000020662) #14	TLCD2 (ENSPMRG00000020629) #13	ENSPMRG00000020611	WDR81 (ENSPMRG00000020584) #12	SERPINF2 (ENSPMRG00000018050) #11	SERPINF1 (ENSPMRG00000018032) #9	SMYD4 (ENSPMRG00000018012) #10	RPA1 (ENSPMRG00000017869) #8	RTN4RL1 (ENSPMRG00000017823) #7	DPH1 (ENSPMRG00000017805)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	215															CRK (ENSSMRG00000007637) #21	YWHAE (ENSSMRG00000007634) #22	MYO1C (ENSSMRG00000007627) #20	DPH1 (ENSSMRG00000007613)	RTN4RL1 (ENSSMRG00000007609) #7	RPA1 (ENSSMRG00000007606) #8	SERPINF1 (ENSSMRG00000007275) #9	SMYD4 (ENSSMRG00000007273) #10	SERPINF2 (ENSSMRG00000007269) #11	WDR81 (ENSSMRG00000007268) #12	ENSSMRG00000007266	TLCD2 (ENSSMRG00000007265) #13	ENSSMRG00000006997	SCARF1 (ENSSMRG00000006988) #16	SLC43A2 (ENSSMRG00000006980) #17	PITPNA (ENSSMRG00000006976) #18	ENSSMRG00000006970
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	43																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00940000165249	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	44																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00940000165249	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8
Indian cobra	MODERN SPECIES						ENSNNAG00000000295	ENSNNAG00000000317	ENSNNAG00000000331	NEK8 (ENSNNAG00000000352)	ENSNNAG00000000382	ENSNNAG00000000404	ENSNNAG00000000408	GLOD4 (ENSNNAG00000000418)	GEMIN4 (ENSNNAG00000000444) #31	TLCD3A (ENSNNAG00000000461) #29	CRK (ENSNNAG00000000479) #21	YWHAE (ENSNNAG00000000513) #22	MYO1C (ENSNNAG00000000564) #20	INPP5K (ENSNNAG00000000662) #19	PITPNA (ENSNNAG00000000688) #18	SLC43A2 (ENSNNAG00000000715) #17	ENSNNAG00000000728 #16	ENSNNAG00000000737	RILP (ENSNNAG00000000752) #15	PRPF8 (ENSNNAG00000000780) #14	ENSNNAG00000000822 #13	ENSNNAG00000000836	ENSNNAG00000000858	WDR81 (ENSNNAG00000000881) #12	SERPINF2 (ENSNNAG00000000900) #11	SERPINF1 (ENSNNAG00000000910) #9	SMYD4 (ENSNNAG00000000926) #10
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	104																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00940000153694.A
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	102																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00940000153694.A
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	156															CRK (ENSPTXG00000011611) #21	YWHAE (ENSPTXG00000011610) #22	MYO1C (ENSPTXG00000011608) #20	INPP5K (ENSPTXG00000011607) #19	PITPNA (ENSPTXG00000011605) #18	SLC43A2 (ENSPTXG00000011604) #17	SCARF1 (ENSPTXG00000011587) #16	RILP (ENSPTXG00000011586) #15	PRPF8 (ENSPTXG00000011585) #14	ENSPTXG00000011584	ENSPTXG00000011579 #12	SERPINF2 (ENSPTXG00000011559) #11	SERPINF1 (ENSPTXG00000011549) #9	SMYD4 (ENSPTXG00000011529) #10	RPA1 (ENSPTXG00000011486) #8	RTN4RL1 (ENSPTXG00000011484) #7	DPH1 (ENSPTXG00000011482)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	484															CRK (ENSNSUG00000006309) #21	YWHAE (ENSNSUG00000006310) #22	MYO1C (ENSNSUG00000006316) #20	INPP5K (ENSNSUG00000006956) #19	PITPNA (ENSNSUG00000006957) #18	SLC43A2 (ENSNSUG00000006976) #17	SCARF1 (ENSNSUG00000007015) #16	RILP (ENSNSUG00000007016) #15	ENSNSUG00000007017 #14	ENSNSUG00000007018 #14	TLCD2 (ENSNSUG00000007019) #13	WDR81 (ENSNSUG00000007021) #12	ENSNSUG00000007022 #11
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	8591															CRK (ENSLLTG00000012488) #21	YWHAE (ENSLLTG00000012495) #22	MYO1C (ENSLLTG00000012510) #20
Anura	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000007149	ENSGT00940000158363	ENSGT00390000002625	ENSGT00940000159752	ENSGT00390000013187	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000167381	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00390000005003	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000154248.b	ENSGT01030000234566.e.a	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #14	ENSGT01010000222313.B.b #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #12	ENSGT00940000158386 #11	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #10	ENSGT00390000012403 #8	ENSGT00940000157112 #7
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	ENSLLEG00000005505	ORAI2 (ENSLLEG00000005541)	ENSLLEG00000005560	ENSLLEG00000005584	CUX1 (ENSLLEG00000005674)	ENSLLEG00000006303	SH2B2 (ENSLLEG00000006323)	PRKRIP1 (ENSLLEG00000006388)	ENSLLEG00000006472	ALKBH4 (ENSLLEG00000006478)	LRWD1 (ENSLLEG00000006510)	ENSLLEG00000006666	NAGPA (ENSLLEG00000006723)	CRK (ENSLLEG00000006856) #21	ENSLLEG00000006907	ENSLLEG00000006943 #22	MYO1C (ENSLLEG00000007167) #20	ENSLLEG00000007485	INPP5K (ENSLLEG00000007520) #19	PITPNA (ENSLLEG00000007726) #18	SLC43A2 (ENSLLEG00000007769) #17	SCARF1 (ENSLLEG00000007976) #16	PRPF8 (ENSLLEG00000008055) #14	TLCD2 (ENSLLEG00000009334) #13	ENSLLEG00000009403	ENSLLEG00000009772	ENSLLEG00000009941	ENSLLEG00000009965	WDR81 (ENSLLEG00000009982) #12	SERPINF2 (ENSLLEG00000010083) #11	SERPINF1 (ENSLLEG00000010328) #9
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	6	ENSLLEG00000013016	ENSLLEG00000012982	ERGIC2 (ENSLLEG00000012668)	ENSLLEG00000011644	TMTC1 (ENSLLEG00000011450)	IPO8 (ENSLLEG00000011042)	CAPRIN2 (ENSLLEG00000010905)	ENSLLEG00000010844	ENSLLEG00000010792	MED7 (ENSLLEG00000010780)	ITK (ENSLLEG00000010564)	CYFIP2 (ENSLLEG00000010284)	NIPAL4 (ENSLLEG00000010219)	THG1L (ENSLLEG00000010178)	ENSLLEG00000010157	ENSLLEG00000010134 #22	ENSLLEG00000009939	RMND1 (ENSLLEG00000009792)	ARMT1 (ENSLLEG00000009748)	ENSLLEG00000009727	NDUFA9 (ENSLLEG00000009538)	ENSLLEG00000009517	ENSLLEG00000009507	ENSLLEG00000009481	ENSLLEG00000009470	KCNA1 (ENSLLEG00000009448)	ENSLLEG00000009430	NTF3 (ENSLLEG00000009399)	ENSLLEG00000009336	ENSLLEG00000009245	ENSLLEG00000009234
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	8	KLF10 (ENSLLEG00000024337)	ENSLLEG00000024365	ENSLLEG00000024399	ATP6V1C1 (ENSLLEG00000024443)	ENSLLEG00000024893	FZD6 (ENSLLEG00000005839)	CTHRC1 (ENSLLEG00000005889)	SLC25A32 (ENSLLEG00000005933)	DCAF13 (ENSLLEG00000006016)	RIMS2 (ENSLLEG00000006297)	DCSTAMP (ENSLLEG00000008220)	DPYS (ENSLLEG00000008262)	LRP12 (ENSLLEG00000008379)	ENSLLEG00000008436	ZFPM2 (ENSLLEG00000008471)	ENSLLEG00000008536 #22	ENSLLEG00000008622	ABRA (ENSLLEG00000009001)	ANGPT1 (ENSLLEG00000009052)	ENSLLEG00000009146	ENSLLEG00000009184	ENSLLEG00000009583	ENSLLEG00000009611	RSPO2 (ENSLLEG00000009655)	ENSLLEG00000009865	ENSLLEG00000009842	EIF3E (ENSLLEG00000009926)	EMC2 (ENSLLEG00000010245)	NIPAL2 (ENSLLEG00000010579)	POP1 (ENSLLEG00000010973)	RIDA (ENSLLEG00000011164)
Frog	MODERN SPECIES	2	ift22 (ENSXETG00000012497)	col26a1 (ENSXETG00000035357)	XB986526 [provisional:hsd3b7] (ENSXETG00000004490)	ENSXETG00000046260	orai1 (ENSXETG00000004483)	ENSXETG00000043567	myl10 (ENSXETG00000004481)	cux1 (ENSXETG00000005476)	sh2b2 (ENSXETG00000005475)	alkbh4 (ENSXETG00000034559)	lrwd1 (ENSXETG00000005472)	ENSXETG00000043653	ENSXETG00000047961	nagpa (ENSXETG00000022907)	crk (ENSXETG00000022904) #21	ywhae (ENSXETG00000022893) #22	myo1c (ENSXETG00000022882) #20	inpp5k (ENSXETG00000022881) #19	ENSXETG00000045373	pitpna (ENSXETG00000031018) #18	slc43a2 (ENSXETG00000022279) #17	ENSXETG00000042167	ENSXETG00000047615	scarf1 (ENSXETG00000033180) #16	rilp (ENSXETG00000031653) #15	ENSXETG00000047487	prpf8 (ENSXETG00000022259) #14	tlcd2 (ENSXETG00000044649) #13	abhd15 (ENSXETG00000030092)	ENSXETG00000033610	atp5pb (ENSXETG00000022255)