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Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Vaquita	MODERN SPECIES	12	RTN4RL1 (ENSPSNG00000020882) #7	SMYD4 (ENSPSNG00000021186) #8	SERPINF1 (ENSPSNG00000021207) #9	SERPINF2 (ENSPSNG00000021243) #10	WDR81 (ENSPSNG00000021327) #11	TLCD2 (ENSPSNG00000021439) #12	PRPF8 (ENSPSNG00000021481) #13	ENSPSNG00000021531 #14	RILP (ENSPSNG00000021550) #15	SCARF1 (ENSPSNG00000021578) #16	SLC43A2 (ENSPSNG00000021613) #17	PITPNA (ENSPSNG00000021669) #18	INPP5K (ENSPSNG00000021714) #19	MYO1C (ENSPSNG00000021834) #20	CRK (ENSPSNG00000021972) #21	YWHAE (ENSPSNG00000022007) #22	DOC2B (ENSPSNG00000022037) #23	RPH3AL (ENSPSNG00000022061) #24	ENSPSNG00000022073 #25	RFLNB (ENSPSNG00000022085) #26	VPS53 (ENSPSNG00000022122) #27	TLCD3A (ENSPSNG00000022168) #28	GEMIN4 (ENSPSNG00000022192) #29	GLOD4 (ENSPSNG00000022203) #30	MRM3 (ENSPSNG00000022211) #31	NXN (ENSPSNG00000022221) #32	TIMM22 (ENSPSNG00000022237) #33	ABR (ENSPSNG00000022283) #34	ENSPSNG00000022324 #35	TRARG1 (ENSPSNG00000022327) #36	GOSR1 (ENSPSNG00000022335) #37
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37	ENSGT00940000156919
Beluga whale	MODERN SPECIES	43	RTN4RL1 (ENSDLEG00000012020) #7	RPA1 (ENSDLEG00000011648)	SMYD4 (ENSDLEG00000011576) #8	SERPINF1 (ENSDLEG00000011557) #9	SERPINF2 (ENSDLEG00000011529) #10	WDR81 (ENSDLEG00000011483) #11	TLCD2 (ENSDLEG00000011457) #12	PRPF8 (ENSDLEG00000011389) #13	RILP (ENSDLEG00000011358) #15	SCARF1 (ENSDLEG00000011288) #16	SLC43A2 (ENSDLEG00000011224) #17	ENSDLEG00000011185 ##18	INPP5K (ENSDLEG00000011071) #19	MYO1C (ENSDLEG00000011023) #20	CRK (ENSDLEG00000011015) #21	YWHAE (ENSDLEG00000007787) #22	DOC2B (ENSDLEG00000007782) #23	RPH3AL (ENSDLEG00000007777) #24	RFLNB (ENSDLEG00000007769) #26	VPS53 (ENSDLEG00000007623) #27	FAM57A (ENSDLEG00000007586) #28	GEMIN4 (ENSDLEG00000007580) #29	GLOD4 (ENSDLEG00000007561) #30	MRM3 (ENSDLEG00000007546) #31	NXN (ENSDLEG00000007537) #32	TIMM22 (ENSDLEG00000007524) #33	ABR (ENSDLEG00000007499) #34	ENSDLEG00000007490 #35	TRARG1 (ENSDLEG00000007482) #36	GOSR1 (ENSDLEG00000007474) #37	CPD (ENSDLEG00000007444)
Narwhal	DUPLICATION
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Narwhal	MODERN SPECIES	316	RTN4RL1 (ENSMMNG00015020341) #7	RPA1 (ENSMMNG00015020362)	SMYD4 (ENSMMNG00015020409) #8	SERPINF1 (ENSMMNG00015020440) #9	SERPINF2 (ENSMMNG00015020476) #10	WDR81 (ENSMMNG00015020528) #11	TLCD2 (ENSMMNG00015020582) #12	PRPF8 (ENSMMNG00015020606) #13	RILP (ENSMMNG00015020664) #15	SCARF1 (ENSMMNG00015020684) #16	SLC43A2 (ENSMMNG00015020725) #17	PITPNA (ENSMMNG00015020793) #18	INPP5K (ENSMMNG00015020843) #19	MYO1C (ENSMMNG00015020988) #20	CRK (ENSMMNG00015021205) #21	ENSMMNG00015021224 #22	DOC2B (ENSMMNG00015021250) #23	RPH3AL (ENSMMNG00015021273) #24	RFLNB (ENSMMNG00015021289) #26	VPS53 (ENSMMNG00015021310) #27	TLCD3A (ENSMMNG00015021359) #28	GEMIN4 (ENSMMNG00015021379) #29	GLOD4 (ENSMMNG00015021396) #30	MRM3 (ENSMMNG00015021415) #31	NXN (ENSMMNG00015021423) #32	TIMM22 (ENSMMNG00015021436) #33	ABR (ENSMMNG00015021507) #34	ENSMMNG00015021630 #35	TRARG1 (ENSMMNG00015021641) #36	GOSR1 (ENSMMNG00015021652) #37	CPD (ENSMMNG00015021681)
Narwhal	MODERN SPECIES	309	RTL9 (ENSMMNG00015018778)	ENSMMNG00015018800	CHRDL1 (ENSMMNG00015018821)	PAK3 (ENSMMNG00015018902)	CAPN6 (ENSMMNG00015019027)	DCX (ENSMMNG00015019064)	SERTM2 (ENSMMNG00015019086)	ENSMMNG00015019094	ENSMMNG00015019108	ENSMMNG00015019125	TRPC5 (ENSMMNG00015019150)	LHFPL1 (ENSMMNG00015019189)	AMOT (ENSMMNG00015019213)	ENSMMNG00015019248	ENSMMNG00015019277	ENSMMNG00015019301 #22	ENSMMNG00015019316	ENSMMNG00015019348	HTR2C (ENSMMNG00015019368)	IL13RA2 (ENSMMNG00015019397)	LRCH2 (ENSMMNG00015019515)	ENSMMNG00015019623	PLS3 (ENSMMNG00015019644)	AGTR2 (ENSMMNG00015015711)	ENSMMNG00015015723	SLC6A14 (ENSMMNG00015015741)	CT83 (ENSMMNG00015015782)	KLHL13 (ENSMMNG00015015898)	WDR44 (ENSMMNG00015016049)	DOCK11 (ENSMMNG00015016182)	IL13RA1 (ENSMMNG00015016551)
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Sperm whale	DUPLICATION
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Blue whale	MODERN SPECIES	12	RPA1 (ENSBMSG00010019545)	SMYD4 (ENSBMSG00010019498) #8	SERPINF1 (ENSBMSG00010019477) #9	SERPINF2 (ENSBMSG00010019405) #10	WDR81 (ENSBMSG00010019233) #11	TLCD2 (ENSBMSG00010019174) #12	PRPF8 (ENSBMSG00010019132) #13	RILP (ENSBMSG00010019079) #15	SCARF1 (ENSBMSG00010019004) #16	SLC43A2 (ENSBMSG00010018713) #17	PITPNA (ENSBMSG00010018661) #18	INPP5K (ENSBMSG00010018621) #19	MYO1C (ENSBMSG00010018460) #20	CRK (ENSBMSG00010018408) #21	ENSBMSG00010018391	YWHAE (ENSBMSG00010018353) #22	DOC2B (ENSBMSG00010018303) #23	RPH3AL (ENSBMSG00010018268) #24	ENSBMSG00010018247 #25	RFLNB (ENSBMSG00010018232) #26	ENSBMSG00010018213	VPS53 (ENSBMSG00010018077) #27	TLCD3A (ENSBMSG00010018000) #28	GEMIN4 (ENSBMSG00010017959) #29	GLOD4 (ENSBMSG00010017934) #30	MRM3 (ENSBMSG00010017916) #31	NXN (ENSBMSG00010017866) #32	TIMM22 (ENSBMSG00010017831) #33	ABR (ENSBMSG00010017514) #34	BHLHA9 (ENSBMSG00010017399) #35	TRARG1 (ENSBMSG00010017380) #36
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT01030000235164	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	RTN4RL1 (ENSBGRG00000024867) #7	RPA1 (ENSBGRG00000024902)	SMYD4 (ENSBGRG00000025102) #8	SERPINF1 (ENSBGRG00000025121) #9	SERPINF2 (ENSBGRG00000010835) #10	WDR81 (ENSBGRG00000011155) #11	TLCD2 (ENSBGRG00000011712) #12	PRPF8 (ENSBGRG00000011763) #13	RILP (ENSBGRG00000011921) #15	SCARF1 (ENSBGRG00000012073) #16	SLC43A2 (ENSBGRG00000012301) #17	ENSBGRG00000012484 #18	INPP5K (ENSBGRG00000012831) #19	MYO1C (ENSBGRG00000012977) #20	ENSBGRG00000013863 #21	YWHAE (ENSBGRG00000013928) #22	DOC2B (ENSBGRG00000014102) #23	ENSBGRG00000014237	RPH3AL (ENSBGRG00000014299) #24	ENSBGRG00000014382 #25	RFLNB (ENSBGRG00000014402) #26	VPS53 (ENSBGRG00000014440) #27	TLCD3A (ENSBGRG00000014937) #28	ENSBGRG00000015145 #30	ENSBGRG00000015788	MRM3 (ENSBGRG00000015811) #31	ENSBGRG00000015885	TIMM22 (ENSBGRG00000015916) #33	ABR (ENSBGRG00000016018) #34	BHLHA9 (ENSBGRG00000017660) #35	TRARG1 (ENSBGRG00000017716) #36
Wild yak	DUPLICATION
Wild yak	MODERN SPECIES	431										FAM219B (ENSBMUG00000001363)	COX5A (ENSBMUG00000001407)	ENSBMUG00000001416	RPP25 (ENSBMUG00000001430)	SCAMP5 (ENSBMUG00000001486)	PPCDC (ENSBMUG00000001507)	ENSBMUG00000001520 #22	ENSBMUG00000001548	COMMD4 (ENSBMUG00000001628)	NEIL1 (ENSBMUG00000001650)	MAN2C1 (ENSBMUG00000001737)	SIN3A (ENSBMUG00000001813)	PTPN9 (ENSBMUG00000001840)	SNUPN (ENSBMUG00000001877)	IMP3 (ENSBMUG00000001896)	SNX33 (ENSBMUG00000001903)	CSPG4 (ENSBMUG00000001944)	ODF3L1 (ENSBMUG00000001960)
Wild yak	MODERN SPECIES	137	RTN4RL1 (ENSBMUG00000010412) #7	RPA1 (ENSBMUG00000010396)	SMYD4 (ENSBMUG00000010383) #8	SERPINF1 (ENSBMUG00000010374) #9	SERPINF2 (ENSBMUG00000010344) #10	WDR81 (ENSBMUG00000010298) #11	TLCD2 (ENSBMUG00000010266) #12	PRPF8 (ENSBMUG00000010239) #13	SCARF1 (ENSBMUG00000010143) #16	SLC43A2 (ENSBMUG00000010129) #17	ENSBMUG00000010101 #18	INPP5K (ENSBMUG00000010081) #19	MYO1C (ENSBMUG00000010010) #20	ENSBMUG00000009944	CRK (ENSBMUG00000009935) #21	YWHAE (ENSBMUG00000009922) #22	DOC2B (ENSBMUG00000009892) #23	RPH3AL (ENSBMUG00000009876) #24	ENSBMUG00000009849 #25	RFLNB (ENSBMUG00000009843) #26	ENSBMUG00000009837	VPS53 (ENSBMUG00000009808) #27	TLCD3A (ENSBMUG00000009758) #28	GEMIN4 (ENSBMUG00000009722) #29	ENSBMUG00000009708	GLOD4 (ENSBMUG00000009685) #30	ENSBMUG00000009641	NXN (ENSBMUG00000009627) #32	TIMM22 (ENSBMUG00000009616) #33	ABR (ENSBMUG00000009569) #34	TRARG1 (ENSBMUG00000009491) #36
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT01100000263480.a.b.a.a.a.b.b.b.b.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	DPH1 (ENSBIXG00005012790)	RTN4RL1 (ENSBIXG00005012805) #7	RPA1 (ENSBIXG00005012827)	SMYD4 (ENSBIXG00005007109) #8	SERPINF1 (ENSBIXG00005012900) #9	SERPINF2 (ENSBIXG00005012951) #10	WDR81 (ENSBIXG00005013064) #11	TLCD2 (ENSBIXG00005013086) #12	PRPF8 (ENSBIXG00005013148) #13	RILP (ENSBIXG00005013165) #15	SCARF1 (ENSBIXG00005007482) #16	SLC43A2 (ENSBIXG00005013236) #17	PITPNA (ENSBIXG00005013252) #18	INPP5K (ENSBIXG00005013268) #19	MYO1C (ENSBIXG00005013667) #20	ENSBIXG00005013849 #22	DOC2B (ENSBIXG00005013913) #23	RPH3AL (ENSBIXG00005006216) #24	ENSBIXG00005013994 #25	RFLNB (ENSBIXG00005014016) #26	ENSBIXG00005014029	VPS53 (ENSBIXG00005001818) #27	TLCD3A (ENSBIXG00005014089) #28	ENSBIXG00005014099	ENSBIXG00005014110	GEMIN4 (ENSBIXG00005014144) #29	ENSBIXG00005014169	ENSBIXG00005014173	ENSBIXG00005014295 #30	TIMM22 (ENSBIXG00005001906) #33	ABR (ENSBIXG00005014752) #34
Cow	MODERN SPECIES	10	RPA1 (ENSBTAG00000009711)	SMYD4 (ENSBTAG00000009708) #8	SERPINF1 (ENSBTAG00000009705) #9	SERPINF2 (ENSBTAG00000020859) #10	WDR81 (ENSBTAG00000011491) #11	TLCD2 (ENSBTAG00000011490) #12	PRPF8 (ENSBTAG00000011488) #13	RILP (ENSBTAG00000038889) #15	SCARF1 (ENSBTAG00000011483) #16	SLC43A2 (ENSBTAG00000011482) #17	PITPNA (ENSBTAG00000011480) ##18	INPP5K (ENSBTAG00000011479) #19	MYO1C (ENSBTAG00000001332) #20	ENSBTAG00000049630	CRK (ENSBTAG00000005665) #21	YWHAE (ENSBTAG00000005664) #22	DOC2B (ENSBTAG00000025140) #23	RPH3AL (ENSBTAG00000039819) #24	C19H17orf97 (ENSBTAG00000046148) #25	RFLNB (ENSBTAG00000006606) #26	ENSBTAG00000054644	VPS53 (ENSBTAG00000018126) #27	TLCD3A (ENSBTAG00000046273) #28	DBIL5 (ENSBTAG00000013395)	GEMIN4 (ENSBTAG00000013393) #29	GLOD4 (ENSBTAG00000019160) #30	MRM3 (ENSBTAG00000019162)	NXN (ENSBTAG00000000855) #32	TIMM22 (ENSBTAG00000008423) #33	ABR (ENSBTAG00000008424) #34	BHLHA9 (ENSBTAG00000048216) #35
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3102	EDC3 (ENSBBBG00000010010)	CYP1A1 (ENSBBBG00000010021)	CYP1A2 (ENSBBBG00000010029)	CSK (ENSBBBG00000010042)	LMAN1L (ENSBBBG00000010050)	CPLX3 (ENSBBBG00000010052)	ENSBBBG00000010057	ENSBBBG00000010059	SCAMP2 (ENSBBBG00000010064)	MPI (ENSBBBG00000010066)	FAM219B (ENSBBBG00000010071)	COX5A (ENSBBBG00000010078)	RPP25 (ENSBBBG00000010081)	SCAMP5 (ENSBBBG00000010087)	PPCDC (ENSBBBG00000010107)	ENSBBBG00000001710 #22	C15orf39 (ENSBBBG00000010120)	COMMD4 (ENSBBBG00000010152)	NEIL1 (ENSBBBG00000010175)	MAN2C1 (ENSBBBG00000001732)	SIN3A (ENSBBBG00000010247)	PTPN9 (ENSBBBG00000000136)	SNUPN (ENSBBBG00000000119)	IMP3 (ENSBBBG00000000116)	SNX33 (ENSBBBG00000000114)	CSPG4 (ENSBBBG00000000101)	ODF3L1 (ENSBBBG00000000095)	LINGO1 (ENSBBBG00000000088)	HMG20A (ENSBBBG00000000075)	PEAK1 (ENSBBBG00000000064)	ENSBBBG00000000056
American bison	MODERN SPECIES	3331	RPA1 (ENSBBBG00000022503)	SMYD4 (ENSBBBG00000005934) #8	SERPINF1 (ENSBBBG00000022443) #9	SERPINF2 (ENSBBBG00000022415) #10	ENSBBBG00000022346 #11	TLCD2 (ENSBBBG00000022317) #12	PRPF8 (ENSBBBG00000005865) #13	RILP (ENSBBBG00000022144) #15	SCARF1 (ENSBBBG00000022124) #16	SLC43A2 (ENSBBBG00000022077) #17	ENSBBBG00000022013 #18	INPP5K (ENSBBBG00000021979) #19	MYO1C (ENSBBBG00000021875) #20	ENSBBBG00000005655	CRK (ENSBBBG00000021046) #21	YWHAE (ENSBBBG00000005648) #22	DOC2B (ENSBBBG00000020987) #23	RPH3AL (ENSBBBG00000020916) #24	ENSBBBG00000020880 #25	RFLNB (ENSBBBG00000005614) #26	VPS53 (ENSBBBG00000007152) #27	ENSBBBG00000020744	TLCD3A (ENSBBBG00000020737) #28	GEMIN4 (ENSBBBG00000020708) #29	ENSBBBG00000020680	GLOD4 (ENSBBBG00000020675) #30	MRM3 (ENSBBBG00000020650) #31	ENSBBBG00000020632	TIMM22 (ENSBBBG00000020610) #33	ABR (ENSBBBG00000020579) #34	BHLHA9 (ENSBBBG00000005522) #35
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	25	MAD2L1 (ENSCHIG00000025057)	ENSCHIG00000013097	PDE5A (ENSCHIG00000023222)	FABP2 (ENSCHIG00000022035)	ENSCHIG00000001816	USP53 (ENSCHIG00000013642)	MYOZ2 (ENSCHIG00000012778)	SYNPO2 (ENSCHIG00000022266)	SEC24D (ENSCHIG00000025536)	METTL14 (ENSCHIG00000024680)	ENSCHIG00000019854	PRSS12 (ENSCHIG00000010763)	ENSCHIG00000024794	NDST3 (ENSCHIG00000015901)	TRAM1L1 (ENSCHIG00000016696)	ENSCHIG00000025361 #22	ENSCHIG00000007981	ENSCHIG00000024102	ENSCHIG00000020267	ENSCHIG00000020941	NDST4 (ENSCHIG00000024955)	UGT8 (ENSCHIG00000017623)	ENSCHIG00000021703	ARSJ (ENSCHIG00000010979)	ENSCHIG00000009880	ANK2 (ENSCHIG00000018205)	ENSCHIG00000014163	ENSCHIG00000009660	NEUROG2 (ENSCHIG00000006855)	ALPK1 (ENSCHIG00000020323)	ENSCHIG00000024093
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Rambouillet Sheep	DUPLICATION
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Siberian musk deer	DUPLICATION
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Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	4	CLK3 (ENSCHYG00000018866)	EDC3 (ENSCHYG00000018727)	CYP1A1 (ENSCHYG00000018567)	CYP1A2 (ENSCHYG00000018483)	CSK (ENSCHYG00000018271)	LMAN1L (ENSCHYG00000018144)	CPLX3 (ENSCHYG00000018081)	ULK3 (ENSCHYG00000017504)	SCAMP2 (ENSCHYG00000017364)	MPI (ENSCHYG00000017203)	FAM219B (ENSCHYG00000017093)	ENSCHYG00000016872	RPP25 (ENSCHYG00000016825)	SCAMP5 (ENSCHYG00000016733)	PPCDC (ENSCHYG00000016550)	ENSCHYG00000016492 #22	C15orf39 (ENSCHYG00000016449)	ENSCHYG00000016306	COMMD4 (ENSCHYG00000016055)	NEIL1 (ENSCHYG00000015574)	MAN2C1 (ENSCHYG00000014133)	SIN3A (ENSCHYG00000013852)	PTPN9 (ENSCHYG00000013707)	SNUPN (ENSCHYG00000013533)	IMP3 (ENSCHYG00000013506)	SNX33 (ENSCHYG00000013472)	CSPG4 (ENSCHYG00000013354)	ODF3L1 (ENSCHYG00000013287)	LINGO1 (ENSCHYG00000013245)	HMG20A (ENSCHYG00000013162)	ENSCHYG00000013119
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	RTN4RL1 (ENSCHYG00000012919) #7	RPA1 (ENSCHYG00000012864)	SMYD4 (ENSCHYG00000012733) #8	SERPINF1 (ENSCHYG00000012630) #9	SERPINF2 (ENSCHYG00000012451) #10	WDR81 (ENSCHYG00000012153) #11	TLCD2 (ENSCHYG00000012095) #12	PRPF8 (ENSCHYG00000011798) #13	RILP (ENSCHYG00000011703) #15	SCARF1 (ENSCHYG00000011550) #16	SLC43A2 (ENSCHYG00000011402) #17	PITPNA (ENSCHYG00000011308) #18	INPP5K (ENSCHYG00000011223) #19	MYO1C (ENSCHYG00000010415) #20	ENSCHYG00000010377	ENSCHYG00000010094 #22	DOC2B (ENSCHYG00000009930) #23	RPH3AL (ENSCHYG00000009725) #24	ENSCHYG00000009679 #25	VPS53 (ENSCHYG00000009171) #27	TLCD3A (ENSCHYG00000009025) #28	ENSCHYG00000008987	GEMIN4 (ENSCHYG00000008958) #29	GLOD4 (ENSCHYG00000008806) #30	MRM3 (ENSCHYG00000008755) #31	NXN (ENSCHYG00000008628) #32	TIMM22 (ENSCHYG00000008559) #33	ABR (ENSCHYG00000007909) #34	TRARG1 (ENSCHYG00000007763) #36	GOSR1 (ENSCHYG00000007664) #37	ENSCHYG00000007643
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Arabian camel	DUPLICATION
Arabian camel	MODERN SPECIES	7	RTN4RL1 (ENSCDRG00005009811) #7	RPA1 (ENSCDRG00005009881)	SMYD4 (ENSCDRG00005010223) #8	SERPINF1 (ENSCDRG00005010430) #9	SERPINF2 (ENSCDRG00005010483) #10	WDR81 (ENSCDRG00005010633) #11	TLCD2 (ENSCDRG00005010806) #12	PRPF8 (ENSCDRG00005010863) #13	RILP (ENSCDRG00005011127) #15	SCARF1 (ENSCDRG00005011199) #16	SLC43A2 (ENSCDRG00005011286) #17	PITPNA (ENSCDRG00005011565) #18	INPP5K (ENSCDRG00005011674) #19	MYO1C (ENSCDRG00005011804) #20	CRK (ENSCDRG00005012661) #21	ENSCDRG00005012744 #22	DOC2B (ENSCDRG00005012860) #23	RPH3AL (ENSCDRG00005012935) #24	RFLNB (ENSCDRG00005012996) #26	VPS53 (ENSCDRG00005013059) #27	TLCD3A (ENSCDRG00005013622) #28	GEMIN4 (ENSCDRG00005013702) #29	ENSCDRG00005013745	GLOD4 (ENSCDRG00005013761) #30	ENSCDRG00005013826	NXN (ENSCDRG00005013864) #32	ENSCDRG00005013932	TIMM22 (ENSCDRG00005013953) #33	ABR (ENSCDRG00005014064) #34	BHLHA9 (ENSCDRG00005015178) #35	TRARG1 (ENSCDRG00005015193) #36
Arabian camel	MODERN SPECIES	28	ENSCDRG00005017587	ENSCDRG00005017606	ENSCDRG00005017628	PTF1A (ENSCDRG00005017662)	ENSCDRG00005017724	MSRB2 (ENSCDRG00005017746)	ARMC3 (ENSCDRG00005017783)	ENSCDRG00005017964	ENSCDRG00005017977	ENSCDRG00005017993	PIP4K2A (ENSCDRG00005018006)	SPAG6 (ENSCDRG00005018080)	BMI1 (ENSCDRG00005018183)	COMMD3 (ENSCDRG00005018220)	ENSCDRG00005018255	ENSCDRG00005018291 #22	DNAJC1 (ENSCDRG00005018321)	MLLT10 (ENSCDRG00005018405)	SKIDA1 (ENSCDRG00005018822)	ENSCDRG00005009020	ENSCDRG00005009050	ENSCDRG00005009074	ENSCDRG00005009125	NEBL (ENSCDRG00005009232)	ENSCDRG00005009603	ENSCDRG00005009644	ENSCDRG00005009665	ENSCDRG00005009713	ENSCDRG00005009736	PLXDC2 (ENSCDRG00005009758)	MALRD1 (ENSCDRG00005010062)
Suina	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	2	RTN4RL1 (ENSCWAG00000001340) #7	RPA1 (ENSCWAG00000001357)	SMYD4 (ENSCWAG00000001390) #8	SERPINF1 (ENSCWAG00000001405) #9	SERPINF2 (ENSCWAG00000001432) #10	WDR81 (ENSCWAG00000001498) #11	TLCD2 (ENSCWAG00000001632) #12	PRPF8 (ENSCWAG00000001656) #13	RILP (ENSCWAG00000001675) #15	SCARF1 (ENSCWAG00000001688) #16	SLC43A2 (ENSCWAG00000001709) #17	PITPNA (ENSCWAG00000001782) #18	INPP5K (ENSCWAG00000001803) #19	MYO1C (ENSCWAG00000001868) #20	CRK (ENSCWAG00000002046) #21	YWHAE (ENSCWAG00000002054) #22	DOC2B (ENSCWAG00000002072) #23	RPH3AL (ENSCWAG00000002089) #24	RFLNB (ENSCWAG00000002106) #26	VPS53 (ENSCWAG00000002129) #27	TLCD3A (ENSCWAG00000002177) #28	GEMIN4 (ENSCWAG00000002194) #29	GLOD4 (ENSCWAG00000002208) #30	ENSCWAG00000002226	NXN (ENSCWAG00000002248) #32	TIMM22 (ENSCWAG00000002276) #33	ABR (ENSCWAG00000002358) #34	BHLHA9 (ENSCWAG00000002687) #35	TRARG1 (ENSCWAG00000002697) #36	GOSR1 (ENSCWAG00000002709) #37	CPD (ENSCWAG00000002748)
Pig	DUPLICATION
Pig	MODERN SPECIES	11	YIPF4 (ENSSSCG00000035747)	SLC30A6 (ENSSSCG00000008518)	SPAST (ENSSSCG00000008517)	DPY30 (ENSSSCG00000008516)	MEMO1 (ENSSSCG00000008515)	SRD5A2 (ENSSSCG00000008521)	XDH (ENSSSCG00000008522)	EHD3 (ENSSSCG00000035987)	CAPN14 (ENSSSCG00000024781)	GALNT14 (ENSSSCG00000008524)	CAPN13 (ENSSSCG00000020986)	LCLAT1 (ENSSSCG00000025901)	ENSSSCG00000059546	LBH (ENSSSCG00000058057)	YPEL5 (ENSSSCG00000008529)	ENSSSCG00000030917 #22	ENSSSCG00000059894	ENSSSCG00000052802	ENSSSCG00000044640	CLIP4 (ENSSSCG00000008535)	PCARE (ENSSSCG00000024725)	TOGARAM2 (ENSSSCG00000008536)	WDR43 (ENSSSCG00000008534)	TRMT61B (ENSSSCG00000030147)	SPDYA (ENSSSCG00000008538)	PPP1CB (ENSSSCG00000008540)	PLB1 (ENSSSCG00000034756)	ENSSSCG00000060347	FOSL2 (ENSSSCG00000032527)	BABAM2 (ENSSSCG00000026465)	RBKS (ENSSSCG00000038001)
Pig	MODERN SPECIES	3	RTN4RL1 (ENSSSCG00000039780) #7	RPA1 (ENSSSCG00000017822)	SERPINF1 (ENSSSCG00000017818) #9	SMYD4 (ENSSSCG00000017819) #8	SERPINF2 (ENSSSCG00000038745) #10	WDR81 (ENSSSCG00000040732) #11	TLCD2 (ENSSSCG00000040205) #12	PRPF8 (ENSSSCG00000017817) #13	RILP (ENSSSCG00000050487) #15	SCARF1 (ENSSSCG00000024071) #16	SLC43A2 (ENSSSCG00000024108) #17	PITPNA (ENSSSCG00000025248) #18	INPP5K (ENSSSCG00000030707) #19	MYO1C (ENSSSCG00000021821) #20	CRK (ENSSSCG00000038989) #21	YWHAE (ENSSSCG00000062888) #22	DOC2B (ENSSSCG00000039412) #23	RPH3AL (ENSSSCG00000036705) #24	ENSSSCG00000017814 #25	RFLNB (ENSSSCG00000038618) #26	VPS53 (ENSSSCG00000017812) #27	ENSSSCG00000057748	TLCD3A (ENSSSCG00000017810) #28	ENSSSCG00000063547	GEMIN4 (ENSSSCG00000017809) #29	MRM3 (ENSSSCG00000017806) #31	NXN (ENSSSCG00000028720) #32	TIMM22 (ENSSSCG00000017803) #33	ABR (ENSSSCG00000017804) #34	BHLHA9 (ENSSSCG00000017802) #35	TRARG1 (ENSSSCG00000017801) #36