Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b #22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00600000084481	ENSGT00940000160082	ENSGT00950000182987.c.a.b.b	ENSGT00390000017203	ENSGT00390000014595.a.b	ENSGT00940000158029	ENSGT01030000234550.a.a.c.a.a	ENSGT00950000183096.a.a.c.a	ENSGT00390000004155	ENSGT00530000063751.b	ENSGT00940000161216	ENSGT00920000149180	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000165230	ENSGT00940000165285	ENSGT00390000015205	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00510000047059	ENSGT00390000008135	ENSGT01020000230354.B.b.a.a	ENSGT00530000064130
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Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00940000164941	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000165249	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00940000164941	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00980000202327
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32
Theria	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000179359	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000155101	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000179359	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33
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Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
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Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Vaquita	MODERN SPECIES	12	RTN4RL1 (ENSPSNG00000020882) #7	SMYD4 (ENSPSNG00000021186) #8	SERPINF1 (ENSPSNG00000021207) #9	SERPINF2 (ENSPSNG00000021243) #10	WDR81 (ENSPSNG00000021327) #11	TLCD2 (ENSPSNG00000021439) #12	PRPF8 (ENSPSNG00000021481) #13	ENSPSNG00000021531 #14	RILP (ENSPSNG00000021550) #15	SCARF1 (ENSPSNG00000021578) #16	SLC43A2 (ENSPSNG00000021613) #17	PITPNA (ENSPSNG00000021669) #18	INPP5K (ENSPSNG00000021714) #19	MYO1C (ENSPSNG00000021834) #20	CRK (ENSPSNG00000021972) #21	YWHAE (ENSPSNG00000022007) #22	DOC2B (ENSPSNG00000022037) #23	RPH3AL (ENSPSNG00000022061) #24	ENSPSNG00000022073 #25	RFLNB (ENSPSNG00000022085) #26	VPS53 (ENSPSNG00000022122) #27	TLCD3A (ENSPSNG00000022168) #28	GEMIN4 (ENSPSNG00000022192) #29	GLOD4 (ENSPSNG00000022203) #30	MRM3 (ENSPSNG00000022211) #31	NXN (ENSPSNG00000022221) #32	TIMM22 (ENSPSNG00000022237) #33	ABR (ENSPSNG00000022283) #34	ENSPSNG00000022324 #35	TRARG1 (ENSPSNG00000022327) #36	GOSR1 (ENSPSNG00000022335) #37
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37	ENSGT00940000156919
Beluga whale	MODERN SPECIES	43	RTN4RL1 (ENSDLEG00000012020) #7	RPA1 (ENSDLEG00000011648)	SMYD4 (ENSDLEG00000011576) #8	SERPINF1 (ENSDLEG00000011557) #9	SERPINF2 (ENSDLEG00000011529) #10	WDR81 (ENSDLEG00000011483) #11	TLCD2 (ENSDLEG00000011457) #12	PRPF8 (ENSDLEG00000011389) #13	RILP (ENSDLEG00000011358) #15	SCARF1 (ENSDLEG00000011288) #16	SLC43A2 (ENSDLEG00000011224) #17	ENSDLEG00000011185 ##18	INPP5K (ENSDLEG00000011071) #19	MYO1C (ENSDLEG00000011023) #20	CRK (ENSDLEG00000011015) #21	YWHAE (ENSDLEG00000007787) #22	DOC2B (ENSDLEG00000007782) #23	RPH3AL (ENSDLEG00000007777) #24	RFLNB (ENSDLEG00000007769) #26	VPS53 (ENSDLEG00000007623) #27	FAM57A (ENSDLEG00000007586) #28	GEMIN4 (ENSDLEG00000007580) #29	GLOD4 (ENSDLEG00000007561) #30	MRM3 (ENSDLEG00000007546) #31	NXN (ENSDLEG00000007537) #32	TIMM22 (ENSDLEG00000007524) #33	ABR (ENSDLEG00000007499) #34	ENSDLEG00000007490 #35	TRARG1 (ENSDLEG00000007482) #36	GOSR1 (ENSDLEG00000007474) #37	CPD (ENSDLEG00000007444)
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	299	ITPRIPL2 (ENSMMNG00015008273)	COQ7 (ENSMMNG00015008288)	TMC7 (ENSMMNG00015008309)	TMC5 (ENSMMNG00015008432)	GDE1 (ENSMMNG00015008634)	CCP110 (ENSMMNG00015008663)	VPS35L (ENSMMNG00015008745)	KNOP1 (ENSMMNG00015008825)	IQCK (ENSMMNG00015008846)	GPRC5B (ENSMMNG00015008866)	GPR139 (ENSMMNG00015009445)	ENSMMNG00015009465	PDILT (ENSMMNG00015009500)	ENSMMNG00015009518	ACSM1 (ENSMMNG00015009526)	ENSMMNG00015009541 #22	THUMPD1 (ENSMMNG00015009550)	ENSMMNG00015009556	ERI2 (ENSMMNG00015009564)	REXO5 (ENSMMNG00015009576)	DCUN1D3 (ENSMMNG00015009583)	LYRM1 (ENSMMNG00015009587)	DNAH3 (ENSMMNG00015009624)	LDAF1 (ENSMMNG00015009690)	ZP2 (ENSMMNG00015009714)	ANKS4B (ENSMMNG00015009726)	CRYM (ENSMMNG00015009733)	ENSMMNG00015009744	UQCRC2 (ENSMMNG00015009762)	PDZD9 (ENSMMNG00015009808)	MOSMO (ENSMMNG00015009825)
Narwhal	MODERN SPECIES	316	RTN4RL1 (ENSMMNG00015020341) #7	RPA1 (ENSMMNG00015020362)	SMYD4 (ENSMMNG00015020409) #8	SERPINF1 (ENSMMNG00015020440) #9	SERPINF2 (ENSMMNG00015020476) #10	WDR81 (ENSMMNG00015020528) #11	TLCD2 (ENSMMNG00015020582) #12	PRPF8 (ENSMMNG00015020606) #13	RILP (ENSMMNG00015020664) #15	SCARF1 (ENSMMNG00015020684) #16	SLC43A2 (ENSMMNG00015020725) #17	PITPNA (ENSMMNG00015020793) #18	INPP5K (ENSMMNG00015020843) #19	MYO1C (ENSMMNG00015020988) #20	CRK (ENSMMNG00015021205) #21	ENSMMNG00015021224 #22	DOC2B (ENSMMNG00015021250) #23	RPH3AL (ENSMMNG00015021273) #24	RFLNB (ENSMMNG00015021289) #26	VPS53 (ENSMMNG00015021310) #27	TLCD3A (ENSMMNG00015021359) #28	GEMIN4 (ENSMMNG00015021379) #29	GLOD4 (ENSMMNG00015021396) #30	MRM3 (ENSMMNG00015021415) #31	NXN (ENSMMNG00015021423) #32	TIMM22 (ENSMMNG00015021436) #33	ABR (ENSMMNG00015021507) #34	ENSMMNG00015021630 #35	TRARG1 (ENSMMNG00015021641) #36	GOSR1 (ENSMMNG00015021652) #37	CPD (ENSMMNG00015021681)
Narwhal	MODERN SPECIES	309	RTL9 (ENSMMNG00015018778)	ENSMMNG00015018800	CHRDL1 (ENSMMNG00015018821)	PAK3 (ENSMMNG00015018902)	CAPN6 (ENSMMNG00015019027)	DCX (ENSMMNG00015019064)	SERTM2 (ENSMMNG00015019086)	ENSMMNG00015019094	ENSMMNG00015019108	ENSMMNG00015019125	TRPC5 (ENSMMNG00015019150)	LHFPL1 (ENSMMNG00015019189)	AMOT (ENSMMNG00015019213)	ENSMMNG00015019248	ENSMMNG00015019277	ENSMMNG00015019301 #22	ENSMMNG00015019316	ENSMMNG00015019348	HTR2C (ENSMMNG00015019368)	IL13RA2 (ENSMMNG00015019397)	LRCH2 (ENSMMNG00015019515)	ENSMMNG00015019623	PLS3 (ENSMMNG00015019644)	AGTR2 (ENSMMNG00015015711)	ENSMMNG00015015723	SLC6A14 (ENSMMNG00015015741)	CT83 (ENSMMNG00015015782)	KLHL13 (ENSMMNG00015015898)	WDR44 (ENSMMNG00015016049)	DOCK11 (ENSMMNG00015016182)	IL13RA1 (ENSMMNG00015016551)
Dolphin	MODERN SPECIES	3366															CRK (ENSTTRG00000016581) #21	YWHAE (ENSTTRG00000016580) #22
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	ASPA (ENSPCTG00005005211)	SPATA22 (ENSPCTG00005005250)	CLUH (ENSPCTG00005005399)	PAFAH1B1 (ENSPCTG00005005894)	ENSPCTG00005005934	SMYD4 (ENSPCTG00005005983) #8	RPA1 (ENSPCTG00005006013)	MNT (ENSPCTG00005006067)	SGSM2 (ENSPCTG00005006156)	TSR1 (ENSPCTG00005006638)	SRR (ENSPCTG00005006758)	SMG6 (ENSPCTG00005006819)	ENSPCTG00005006905 #13	ENSPCTG00005006940 #20	CRK (ENSPCTG00005007046) #21	YWHAE (ENSPCTG00005007078) #22	DOC2B (ENSPCTG00005007116) #23	RPH3AL (ENSPCTG00005007176) #24	ENSPCTG00005007222 #25	ENSPCTG00005007239 #27	TIMM22 (ENSPCTG00005007258) #33	ABR (ENSPCTG00005007316) #34	BHLHA9 (ENSPCTG00005007536) #35	TRARG1 (ENSPCTG00005007551) #36	GOSR1 (ENSPCTG00005007581) #37	CPD (ENSPCTG00005007651)	TMIGD1 (ENSPCTG00005007791)	BLMH (ENSPCTG00005007833)	SLC6A4 (ENSPCTG00005007871)	NSRP1 (ENSPCTG00005007913)	SSH2 (ENSPCTG00005007991)
Sperm whale	MODERN SPECIES	13	AMMECR1 (ENSPCTG00005017026)	RTL9 (ENSPCTG00005017135)	CHRDL1 (ENSPCTG00005017208)	PAK3 (ENSPCTG00005017376)	CAPN6 (ENSPCTG00005018044)	DCX (ENSPCTG00005018154)	SERTM2 (ENSPCTG00005018296)	ENSPCTG00005018317	ENSPCTG00005018381	TRPC5 (ENSPCTG00005018418)	TRPC5OS (ENSPCTG00005018526)	LHFPL1 (ENSPCTG00005018541)	AMOT (ENSPCTG00005018591)	ENSPCTG00005018625	ENSPCTG00005018644	ENSPCTG00005018673 #22	HTR2C (ENSPCTG00005018732)	ENSPCTG00005018780	IL13RA2 (ENSPCTG00005018796)	LRCH2 (ENSPCTG00005018879)	ENSPCTG00005019247	PLS3 (ENSPCTG00005019297)	ENSPCTG00005019604	AGTR2 (ENSPCTG00005020161)	ENSPCTG00005020171	ENSPCTG00005020199	SLC6A14 (ENSPCTG00005020214)	CT83 (ENSPCTG00005020309)	KLHL13 (ENSPCTG00005020374)	WDR44 (ENSPCTG00005020538)	DOCK11 (ENSPCTG00005020617)
Blue whale	MODERN SPECIES	12	RPA1 (ENSBMSG00010019545)	SMYD4 (ENSBMSG00010019498) #8	SERPINF1 (ENSBMSG00010019477) #9	SERPINF2 (ENSBMSG00010019405) #10	WDR81 (ENSBMSG00010019233) #11	TLCD2 (ENSBMSG00010019174) #12	PRPF8 (ENSBMSG00010019132) #13	RILP (ENSBMSG00010019079) #15	SCARF1 (ENSBMSG00010019004) #16	SLC43A2 (ENSBMSG00010018713) #17	PITPNA (ENSBMSG00010018661) #18	INPP5K (ENSBMSG00010018621) #19	MYO1C (ENSBMSG00010018460) #20	CRK (ENSBMSG00010018408) #21	ENSBMSG00010018391	YWHAE (ENSBMSG00010018353) #22	DOC2B (ENSBMSG00010018303) #23	RPH3AL (ENSBMSG00010018268) #24	ENSBMSG00010018247 #25	RFLNB (ENSBMSG00010018232) #26	ENSBMSG00010018213	VPS53 (ENSBMSG00010018077) #27	TLCD3A (ENSBMSG00010018000) #28	GEMIN4 (ENSBMSG00010017959) #29	GLOD4 (ENSBMSG00010017934) #30	MRM3 (ENSBMSG00010017916) #31	NXN (ENSBMSG00010017866) #32	TIMM22 (ENSBMSG00010017831) #33	ABR (ENSBMSG00010017514) #34	BHLHA9 (ENSBMSG00010017399) #35	TRARG1 (ENSBMSG00010017380) #36
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT01030000235164	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	RTN4RL1 (ENSBGRG00000024867) #7	RPA1 (ENSBGRG00000024902)	SMYD4 (ENSBGRG00000025102) #8	SERPINF1 (ENSBGRG00000025121) #9	SERPINF2 (ENSBGRG00000010835) #10	WDR81 (ENSBGRG00000011155) #11	TLCD2 (ENSBGRG00000011712) #12	PRPF8 (ENSBGRG00000011763) #13	RILP (ENSBGRG00000011921) #15	SCARF1 (ENSBGRG00000012073) #16	SLC43A2 (ENSBGRG00000012301) #17	ENSBGRG00000012484 #18	INPP5K (ENSBGRG00000012831) #19	MYO1C (ENSBGRG00000012977) #20	ENSBGRG00000013863 #21	YWHAE (ENSBGRG00000013928) #22	DOC2B (ENSBGRG00000014102) #23	ENSBGRG00000014237	RPH3AL (ENSBGRG00000014299) #24	ENSBGRG00000014382 #25	RFLNB (ENSBGRG00000014402) #26	VPS53 (ENSBGRG00000014440) #27	TLCD3A (ENSBGRG00000014937) #28	ENSBGRG00000015145 #30	ENSBGRG00000015788	MRM3 (ENSBGRG00000015811) #31	ENSBGRG00000015885	TIMM22 (ENSBGRG00000015916) #33	ABR (ENSBGRG00000016018) #34	BHLHA9 (ENSBGRG00000017660) #35	TRARG1 (ENSBGRG00000017716) #36
Wild yak	DUPLICATION
Wild yak	MODERN SPECIES	431										FAM219B (ENSBMUG00000001363)	COX5A (ENSBMUG00000001407)	ENSBMUG00000001416	RPP25 (ENSBMUG00000001430)	SCAMP5 (ENSBMUG00000001486)	PPCDC (ENSBMUG00000001507)	ENSBMUG00000001520 #22	ENSBMUG00000001548	COMMD4 (ENSBMUG00000001628)	NEIL1 (ENSBMUG00000001650)	MAN2C1 (ENSBMUG00000001737)	SIN3A (ENSBMUG00000001813)	PTPN9 (ENSBMUG00000001840)	SNUPN (ENSBMUG00000001877)	IMP3 (ENSBMUG00000001896)	SNX33 (ENSBMUG00000001903)	CSPG4 (ENSBMUG00000001944)	ODF3L1 (ENSBMUG00000001960)
Wild yak	MODERN SPECIES	137	RTN4RL1 (ENSBMUG00000010412) #7	RPA1 (ENSBMUG00000010396)	SMYD4 (ENSBMUG00000010383) #8	SERPINF1 (ENSBMUG00000010374) #9	SERPINF2 (ENSBMUG00000010344) #10	WDR81 (ENSBMUG00000010298) #11	TLCD2 (ENSBMUG00000010266) #12	PRPF8 (ENSBMUG00000010239) #13	SCARF1 (ENSBMUG00000010143) #16	SLC43A2 (ENSBMUG00000010129) #17	ENSBMUG00000010101 #18	INPP5K (ENSBMUG00000010081) #19	MYO1C (ENSBMUG00000010010) #20	ENSBMUG00000009944	CRK (ENSBMUG00000009935) #21	YWHAE (ENSBMUG00000009922) #22	DOC2B (ENSBMUG00000009892) #23	RPH3AL (ENSBMUG00000009876) #24	ENSBMUG00000009849 #25	RFLNB (ENSBMUG00000009843) #26	ENSBMUG00000009837	VPS53 (ENSBMUG00000009808) #27	TLCD3A (ENSBMUG00000009758) #28	GEMIN4 (ENSBMUG00000009722) #29	ENSBMUG00000009708	GLOD4 (ENSBMUG00000009685) #30	ENSBMUG00000009641	NXN (ENSBMUG00000009627) #32	TIMM22 (ENSBMUG00000009616) #33	ABR (ENSBMUG00000009569) #34	TRARG1 (ENSBMUG00000009491) #36
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT01100000263480.a.b.a.a.a.b.b.b.b.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000179359	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	DPH1 (ENSBIXG00005012790)	RTN4RL1 (ENSBIXG00005012805) #7	RPA1 (ENSBIXG00005012827)	SMYD4 (ENSBIXG00005007109) #8	SERPINF1 (ENSBIXG00005012900) #9	SERPINF2 (ENSBIXG00005012951) #10	WDR81 (ENSBIXG00005013064) #11	TLCD2 (ENSBIXG00005013086) #12	PRPF8 (ENSBIXG00005013148) #13	RILP (ENSBIXG00005013165) #15	SCARF1 (ENSBIXG00005007482) #16	SLC43A2 (ENSBIXG00005013236) #17	PITPNA (ENSBIXG00005013252) #18	INPP5K (ENSBIXG00005013268) #19	MYO1C (ENSBIXG00005013667) #20	ENSBIXG00005013849 #22	DOC2B (ENSBIXG00005013913) #23	RPH3AL (ENSBIXG00005006216) #24	ENSBIXG00005013994 #25	RFLNB (ENSBIXG00005014016) #26	ENSBIXG00005014029	VPS53 (ENSBIXG00005001818) #27	TLCD3A (ENSBIXG00005014089) #28	ENSBIXG00005014099	ENSBIXG00005014110	GEMIN4 (ENSBIXG00005014144) #29	ENSBIXG00005014169	ENSBIXG00005014173	ENSBIXG00005014295 #30	TIMM22 (ENSBIXG00005001906) #33	ABR (ENSBIXG00005014752) #34
Cow	MODERN SPECIES	10	RPA1 (ENSBTAG00000009711)	SMYD4 (ENSBTAG00000009708) #8	SERPINF1 (ENSBTAG00000009705) #9	SERPINF2 (ENSBTAG00000020859) #10	WDR81 (ENSBTAG00000011491) #11	TLCD2 (ENSBTAG00000011490) #12	PRPF8 (ENSBTAG00000011488) #13	RILP (ENSBTAG00000038889) #15	SCARF1 (ENSBTAG00000011483) #16	SLC43A2 (ENSBTAG00000011482) #17	PITPNA (ENSBTAG00000011480) ##18	INPP5K (ENSBTAG00000011479) #19	MYO1C (ENSBTAG00000001332) #20	ENSBTAG00000049630	CRK (ENSBTAG00000005665) #21	YWHAE (ENSBTAG00000005664) #22	DOC2B (ENSBTAG00000025140) #23	RPH3AL (ENSBTAG00000039819) #24	C19H17orf97 (ENSBTAG00000046148) #25	RFLNB (ENSBTAG00000006606) #26	ENSBTAG00000054644	VPS53 (ENSBTAG00000018126) #27	TLCD3A (ENSBTAG00000046273) #28	DBIL5 (ENSBTAG00000013395)	GEMIN4 (ENSBTAG00000013393) #29	GLOD4 (ENSBTAG00000019160) #30	MRM3 (ENSBTAG00000019162)	NXN (ENSBTAG00000000855) #32	TIMM22 (ENSBTAG00000008423) #33	ABR (ENSBTAG00000008424) #34	BHLHA9 (ENSBTAG00000048216) #35
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3102	EDC3 (ENSBBBG00000010010)	CYP1A1 (ENSBBBG00000010021)	CYP1A2 (ENSBBBG00000010029)	CSK (ENSBBBG00000010042)	LMAN1L (ENSBBBG00000010050)	CPLX3 (ENSBBBG00000010052)	ENSBBBG00000010057	ENSBBBG00000010059	SCAMP2 (ENSBBBG00000010064)	MPI (ENSBBBG00000010066)	FAM219B (ENSBBBG00000010071)	COX5A (ENSBBBG00000010078)	RPP25 (ENSBBBG00000010081)	SCAMP5 (ENSBBBG00000010087)	PPCDC (ENSBBBG00000010107)	ENSBBBG00000001710 #22	C15orf39 (ENSBBBG00000010120)	COMMD4 (ENSBBBG00000010152)	NEIL1 (ENSBBBG00000010175)	MAN2C1 (ENSBBBG00000001732)	SIN3A (ENSBBBG00000010247)	PTPN9 (ENSBBBG00000000136)	SNUPN (ENSBBBG00000000119)	IMP3 (ENSBBBG00000000116)	SNX33 (ENSBBBG00000000114)	CSPG4 (ENSBBBG00000000101)	ODF3L1 (ENSBBBG00000000095)	LINGO1 (ENSBBBG00000000088)	HMG20A (ENSBBBG00000000075)	PEAK1 (ENSBBBG00000000064)	ENSBBBG00000000056
American bison	MODERN SPECIES	3331	RPA1 (ENSBBBG00000022503)	SMYD4 (ENSBBBG00000005934) #8	SERPINF1 (ENSBBBG00000022443) #9	SERPINF2 (ENSBBBG00000022415) #10	ENSBBBG00000022346 #11	TLCD2 (ENSBBBG00000022317) #12	PRPF8 (ENSBBBG00000005865) #13	RILP (ENSBBBG00000022144) #15	SCARF1 (ENSBBBG00000022124) #16	SLC43A2 (ENSBBBG00000022077) #17	ENSBBBG00000022013 #18	INPP5K (ENSBBBG00000021979) #19	MYO1C (ENSBBBG00000021875) #20	ENSBBBG00000005655	CRK (ENSBBBG00000021046) #21	YWHAE (ENSBBBG00000005648) #22	DOC2B (ENSBBBG00000020987) #23	RPH3AL (ENSBBBG00000020916) #24	ENSBBBG00000020880 #25	RFLNB (ENSBBBG00000005614) #26	VPS53 (ENSBBBG00000007152) #27	ENSBBBG00000020744	TLCD3A (ENSBBBG00000020737) #28	GEMIN4 (ENSBBBG00000020708) #29	ENSBBBG00000020680	GLOD4 (ENSBBBG00000020675) #30	MRM3 (ENSBBBG00000020650) #31	ENSBBBG00000020632	TIMM22 (ENSBBBG00000020610) #33	ABR (ENSBBBG00000020579) #34	BHLHA9 (ENSBBBG00000005522) #35
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119.c.a #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00390000016760.c.a.a.a	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Goat	DUPLICATION
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Goat	MODERN SPECIES	13	CLK3 (ENSCHIG00000014297)	EDC3 (ENSCHIG00000023658)	CYP1A1 (ENSCHIG00000025617)	CYP1A2 (ENSCHIG00000013153)	CSK (ENSCHIG00000022920)	LMAN1L (ENSCHIG00000021651)	CPLX3 (ENSCHIG00000000468)	ULK3 (ENSCHIG00000023546)	SCAMP2 (ENSCHIG00000021494)	MPI (ENSCHIG00000011993)	FAM219B (ENSCHIG00000022962)	ENSCHIG00000009874	RPP25 (ENSCHIG00000009989)	SCAMP5 (ENSCHIG00000018609)	PPCDC (ENSCHIG00000016435)	ENSCHIG00000016557 #22	C15orf39 (ENSCHIG00000012103)	ENSCHIG00000009280	COMMD4 (ENSCHIG00000009444)	NEIL1 (ENSCHIG00000022680)	MAN2C1 (ENSCHIG00000017230)	SIN3A (ENSCHIG00000020724)	PTPN9 (ENSCHIG00000018178)	SNUPN (ENSCHIG00000018047)	IMP3 (ENSCHIG00000006295)	SNX33 (ENSCHIG00000014188)	CSPG4 (ENSCHIG00000022435)	ODF3L1 (ENSCHIG00000014166)	LINGO1 (ENSCHIG00000024355)	ENSCHIG00000014182	PEAK1 (ENSCHIG00000021574)
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Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	9	UBL7 (ENSOARG00020023964)	CLK3 (ENSOARG00020023901)	EDC3 (ENSOARG00020023870)	CYP1A1 (ENSOARG00020023825)	CYP1A2 (ENSOARG00020023790)	CSK (ENSOARG00020023732)	CPLX3 (ENSOARG00020023713)	ULK3 (ENSOARG00020023625)	SCAMP2 (ENSOARG00020023598)	MPI (ENSOARG00020023529)	FAM219B (ENSOARG00020023496)	COX5A (ENSOARG00020023434)	RPP25 (ENSOARG00020023423)	SCAMP5 (ENSOARG00020023374)	PPCDC (ENSOARG00020023282)	ENSOARG00020023245 #22	COMMD4 (ENSOARG00020023125)	NEIL1 (ENSOARG00020023095)	MAN2C1 (ENSOARG00020022384)	SIN3A (ENSOARG00020022271)	PTPN9 (ENSOARG00020022111)	SNUPN (ENSOARG00020022070)	ENSOARG00020022046	SNX33 (ENSOARG00020022033)	CSPG4 (ENSOARG00020021999)	ODF3L1 (ENSOARG00020021971)	LINGO1 (ENSOARG00020021957)	HMG20A (ENSOARG00020021938)	PEAK1 (ENSOARG00020021910)	TSPAN3 (ENSOARG00020021637)	PSTPIP1 (ENSOARG00020021434)
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Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1276	CLK3 (ENSMMSG00000018666)	ENSMMSG00000018752	CYP1A1 (ENSMMSG00000018795)	CYP1A2 (ENSMMSG00000018828)	CSK (ENSMMSG00000018857)	LMAN1L (ENSMMSG00000018904)	CPLX3 (ENSMMSG00000019046)	ULK3 (ENSMMSG00000019080)	SCAMP2 (ENSMMSG00000019140)	MPI (ENSMMSG00000019188)	ENSMMSG00000019326	COX5A (ENSMMSG00000019398)	RPP25 (ENSMMSG00000019479)	SCAMP5 (ENSMMSG00000019488)	PPCDC (ENSMMSG00000019539)	ENSMMSG00000019590 #22	C15orf39 (ENSMMSG00000019609)	COMMD4 (ENSMMSG00000019640)	NEIL1 (ENSMMSG00000019717)	MAN2C1 (ENSMMSG00000019763)	SIN3A (ENSMMSG00000019854)	PTPN9 (ENSMMSG00000019907)	SNUPN (ENSMMSG00000019964)	ENSMMSG00000020015	IMP3 (ENSMMSG00000020044)	SNX33 (ENSMMSG00000020052)	CSPG4 (ENSMMSG00000020067)	ODF3L1 (ENSMMSG00000020090)	LINGO1 (ENSMMSG00000020112)	HMG20A (ENSMMSG00000020134)	PEAK1 (ENSMMSG00000020172)
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Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	4	CLK3 (ENSCHYG00000018866)	EDC3 (ENSCHYG00000018727)	CYP1A1 (ENSCHYG00000018567)	CYP1A2 (ENSCHYG00000018483)	CSK (ENSCHYG00000018271)	LMAN1L (ENSCHYG00000018144)	CPLX3 (ENSCHYG00000018081)	ULK3 (ENSCHYG00000017504)	SCAMP2 (ENSCHYG00000017364)	MPI (ENSCHYG00000017203)	FAM219B (ENSCHYG00000017093)	ENSCHYG00000016872	RPP25 (ENSCHYG00000016825)	SCAMP5 (ENSCHYG00000016733)	PPCDC (ENSCHYG00000016550)	ENSCHYG00000016492 #22	C15orf39 (ENSCHYG00000016449)	ENSCHYG00000016306	COMMD4 (ENSCHYG00000016055)	NEIL1 (ENSCHYG00000015574)	MAN2C1 (ENSCHYG00000014133)	SIN3A (ENSCHYG00000013852)	PTPN9 (ENSCHYG00000013707)	SNUPN (ENSCHYG00000013533)	IMP3 (ENSCHYG00000013506)	SNX33 (ENSCHYG00000013472)	CSPG4 (ENSCHYG00000013354)	ODF3L1 (ENSCHYG00000013287)	LINGO1 (ENSCHYG00000013245)	HMG20A (ENSCHYG00000013162)	ENSCHYG00000013119
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	RTN4RL1 (ENSCHYG00000012919) #7	RPA1 (ENSCHYG00000012864)	SMYD4 (ENSCHYG00000012733) #8	SERPINF1 (ENSCHYG00000012630) #9	SERPINF2 (ENSCHYG00000012451) #10	WDR81 (ENSCHYG00000012153) #11	TLCD2 (ENSCHYG00000012095) #12	PRPF8 (ENSCHYG00000011798) #13	RILP (ENSCHYG00000011703) #15	SCARF1 (ENSCHYG00000011550) #16	SLC43A2 (ENSCHYG00000011402) #17	PITPNA (ENSCHYG00000011308) #18	INPP5K (ENSCHYG00000011223) #19	MYO1C (ENSCHYG00000010415) #20	ENSCHYG00000010377	ENSCHYG00000010094 #22	DOC2B (ENSCHYG00000009930) #23	RPH3AL (ENSCHYG00000009725) #24	ENSCHYG00000009679 #25	VPS53 (ENSCHYG00000009171) #27	TLCD3A (ENSCHYG00000009025) #28	ENSCHYG00000008987	GEMIN4 (ENSCHYG00000008958) #29	GLOD4 (ENSCHYG00000008806) #30	MRM3 (ENSCHYG00000008755) #31	NXN (ENSCHYG00000008628) #32	TIMM22 (ENSCHYG00000008559) #33	ABR (ENSCHYG00000007909) #34	TRARG1 (ENSCHYG00000007763) #36	GOSR1 (ENSCHYG00000007664) #37	ENSCHYG00000007643
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Alpaca	MODERN SPECIES	3497													PITPNA (ENSVPAG00000010305) #18	ENSVPAG00000010301 #19	CRK (ENSVPAG00000010296) #21	YWHAE (ENSVPAG00000010288) #22
Arabian camel	DUPLICATION
Arabian camel	MODERN SPECIES	7	RTN4RL1 (ENSCDRG00005009811) #7	RPA1 (ENSCDRG00005009881)	SMYD4 (ENSCDRG00005010223) #8	SERPINF1 (ENSCDRG00005010430) #9	SERPINF2 (ENSCDRG00005010483) #10	WDR81 (ENSCDRG00005010633) #11	TLCD2 (ENSCDRG00005010806) #12	PRPF8 (ENSCDRG00005010863) #13	RILP (ENSCDRG00005011127) #15	SCARF1 (ENSCDRG00005011199) #16	SLC43A2 (ENSCDRG00005011286) #17	PITPNA (ENSCDRG00005011565) #18	INPP5K (ENSCDRG00005011674) #19	MYO1C (ENSCDRG00005011804) #20	CRK (ENSCDRG00005012661) #21	ENSCDRG00005012744 #22	DOC2B (ENSCDRG00005012860) #23	RPH3AL (ENSCDRG00005012935) #24	RFLNB (ENSCDRG00005012996) #26	VPS53 (ENSCDRG00005013059) #27	TLCD3A (ENSCDRG00005013622) #28	GEMIN4 (ENSCDRG00005013702) #29	ENSCDRG00005013745	GLOD4 (ENSCDRG00005013761) #30	ENSCDRG00005013826	NXN (ENSCDRG00005013864) #32	ENSCDRG00005013932	TIMM22 (ENSCDRG00005013953) #33	ABR (ENSCDRG00005014064) #34	BHLHA9 (ENSCDRG00005015178) #35	TRARG1 (ENSCDRG00005015193) #36
Arabian camel	MODERN SPECIES	28	ENSCDRG00005017587	ENSCDRG00005017606	ENSCDRG00005017628	PTF1A (ENSCDRG00005017662)	ENSCDRG00005017724	MSRB2 (ENSCDRG00005017746)	ARMC3 (ENSCDRG00005017783)	ENSCDRG00005017964	ENSCDRG00005017977	ENSCDRG00005017993	PIP4K2A (ENSCDRG00005018006)	SPAG6 (ENSCDRG00005018080)	BMI1 (ENSCDRG00005018183)	COMMD3 (ENSCDRG00005018220)	ENSCDRG00005018255	ENSCDRG00005018291 #22	DNAJC1 (ENSCDRG00005018321)	MLLT10 (ENSCDRG00005018405)	SKIDA1 (ENSCDRG00005018822)	ENSCDRG00005009020	ENSCDRG00005009050	ENSCDRG00005009074	ENSCDRG00005009125	NEBL (ENSCDRG00005009232)	ENSCDRG00005009603	ENSCDRG00005009644	ENSCDRG00005009665	ENSCDRG00005009713	ENSCDRG00005009736	PLXDC2 (ENSCDRG00005009758)	MALRD1 (ENSCDRG00005010062)
Suina	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000166642	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	2	RTN4RL1 (ENSCWAG00000001340) #7	RPA1 (ENSCWAG00000001357)	SMYD4 (ENSCWAG00000001390) #8	SERPINF1 (ENSCWAG00000001405) #9	SERPINF2 (ENSCWAG00000001432) #10	WDR81 (ENSCWAG00000001498) #11	TLCD2 (ENSCWAG00000001632) #12	PRPF8 (ENSCWAG00000001656) #13	RILP (ENSCWAG00000001675) #15	SCARF1 (ENSCWAG00000001688) #16	SLC43A2 (ENSCWAG00000001709) #17	PITPNA (ENSCWAG00000001782) #18	INPP5K (ENSCWAG00000001803) #19	MYO1C (ENSCWAG00000001868) #20	CRK (ENSCWAG00000002046) #21	YWHAE (ENSCWAG00000002054) #22	DOC2B (ENSCWAG00000002072) #23	RPH3AL (ENSCWAG00000002089) #24	RFLNB (ENSCWAG00000002106) #26	VPS53 (ENSCWAG00000002129) #27	TLCD3A (ENSCWAG00000002177) #28	GEMIN4 (ENSCWAG00000002194) #29	GLOD4 (ENSCWAG00000002208) #30	ENSCWAG00000002226	NXN (ENSCWAG00000002248) #32	TIMM22 (ENSCWAG00000002276) #33	ABR (ENSCWAG00000002358) #34	BHLHA9 (ENSCWAG00000002687) #35	TRARG1 (ENSCWAG00000002697) #36	GOSR1 (ENSCWAG00000002709) #37	CPD (ENSCWAG00000002748)
Pig	DUPLICATION
Pig	MODERN SPECIES	11	YIPF4 (ENSSSCG00000035747)	SLC30A6 (ENSSSCG00000008518)	SPAST (ENSSSCG00000008517)	DPY30 (ENSSSCG00000008516)	MEMO1 (ENSSSCG00000008515)	SRD5A2 (ENSSSCG00000008521)	XDH (ENSSSCG00000008522)	EHD3 (ENSSSCG00000035987)	CAPN14 (ENSSSCG00000024781)	GALNT14 (ENSSSCG00000008524)	CAPN13 (ENSSSCG00000020986)	LCLAT1 (ENSSSCG00000025901)	ENSSSCG00000059546	LBH (ENSSSCG00000058057)	YPEL5 (ENSSSCG00000008529)	ENSSSCG00000030917 #22	ENSSSCG00000059894	ENSSSCG00000052802	ENSSSCG00000044640	CLIP4 (ENSSSCG00000008535)	PCARE (ENSSSCG00000024725)	TOGARAM2 (ENSSSCG00000008536)	WDR43 (ENSSSCG00000008534)	TRMT61B (ENSSSCG00000030147)	SPDYA (ENSSSCG00000008538)	PPP1CB (ENSSSCG00000008540)	PLB1 (ENSSSCG00000034756)	ENSSSCG00000060347	FOSL2 (ENSSSCG00000032527)	BABAM2 (ENSSSCG00000026465)	RBKS (ENSSSCG00000038001)
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Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000165363	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	35	RNF2 (ENSVVUG00000009159)	TRMT1L (ENSVVUG00000009166)	SWT1 (ENSVVUG00000009182)	IVNS1ABP (ENSVVUG00000009199)	ENSVVUG00000009219	ENSVVUG00000009885	ENSVVUG00000009936	TPR (ENSVVUG00000010030)	ODR4 (ENSVVUG00000011760)	PDC (ENSVVUG00000011893)	ENSVVUG00000011894	PTGS2 (ENSVVUG00000011901)	ENSVVUG00000012308	PLA2G4A (ENSVVUG00000012327)	ENSVVUG00000012399	ENSVVUG00000012414 #22	ENSVVUG00000012420	FAM163A (ENSVVUG00000012435)	TDRD5 (ENSVVUG00000012444)	NPHS2 (ENSVVUG00000012492)	AXDND1 (ENSVVUG00000012512)	SOAT1 (ENSVVUG00000012548)	ABL2 (ENSVVUG00000012583)	TOR3A (ENSVVUG00000012639)	FAM20B (ENSVVUG00000012653)	RALGPS2 (ENSVVUG00000012679)	ANGPTL1 (ENSVVUG00000012713)	ENSVVUG00000012721	ENSVVUG00000012730	RASAL2 (ENSVVUG00000012744)	ENSVVUG00000012856
Red fox	MODERN SPECIES	121	ENSVVUG00000021718	RPA1 (ENSVVUG00000021715)	SMYD4 (ENSVVUG00000021711) #8	SERPINF1 (ENSVVUG00000021710) #9	SERPINF2 (ENSVVUG00000021708) #10	WDR81 (ENSVVUG00000021704) #11	PRPF8 (ENSVVUG00000021695) #13	RILP (ENSVVUG00000021692) #15	SCARF1 (ENSVVUG00000021680) #16	SLC43A2 (ENSVVUG00000021676) #17	ENSVVUG00000021675	PITPNA (ENSVVUG00000021669) #18	INPP5K (ENSVVUG00000021666) #19	MYO1C (ENSVVUG00000021660) #20	CRK (ENSVVUG00000021658) #21	YWHAE (ENSVVUG00000021655) #22	DOC2B (ENSVVUG00000021650) #23	RPH3AL (ENSVVUG00000021641) #24	CUNH17orf97 (ENSVVUG00000021637) #25	RFLNB (ENSVVUG00000021633) #26	VPS53 (ENSVVUG00000021618) #27	TLCD3A (ENSVVUG00000021613) #28	GEMIN4 (ENSVVUG00000021612) #29	ENSVVUG00000021610	GLOD4 (ENSVVUG00000021606) #30	MRM3 (ENSVVUG00000021603)	NXN (ENSVVUG00000021602) #32	ENSVVUG00000021600 ##14	TIMM22 (ENSVVUG00000021599) #33	ABR (ENSVVUG00000021589) #34	TRARG1 (ENSVVUG00000021586) #36
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000013811.b.c.a	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00940000165363	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34
Dog	DUPLICATION
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Dingo	DUPLICATION
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Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
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Ursus	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538.j #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT01030000235164	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Polar bear	MODERN SPECIES	192	RPA1 (ENSUMAG00000009328)	SMYD4 (ENSUMAG00000009336) #8	ENSUMAG00000009343	SERPINF1 (ENSUMAG00000009346) #9	SERPINF2 (ENSUMAG00000009348) #10	WDR81 (ENSUMAG00000009351) #11	TLCD2 (ENSUMAG00000009359) #12	PRPF8 (ENSUMAG00000009385) #13	ENSUMAG00000009554 #16	SLC43A2 (ENSUMAG00000009561) #17	ENSUMAG00000009633 #18	ENSUMAG00000009636	INPP5K (ENSUMAG00000009644) #19	MYO1C (ENSUMAG00000009705) #20	CRK (ENSUMAG00000009978) #21	YWHAE (ENSUMAG00000009987) #22	DOC2B (ENSUMAG00000010000) #23	RPH3AL (ENSUMAG00000010013) #24	RFLNB (ENSUMAG00000010022) #26	VPS53 (ENSUMAG00000010028) #27	TLCD3A (ENSUMAG00000010044) #28	GEMIN4 (ENSUMAG00000010047) #29	ENSUMAG00000010049	GLOD4 (ENSUMAG00000010051) #30	MRM3 (ENSUMAG00000010052) #31	ENSUMAG00000010058	TIMM22 (ENSUMAG00000010061) #33	ABR (ENSUMAG00000010065) #34	ENSUMAG00000010074	ENSUMAG00000010090 #36	GOSR1 (ENSUMAG00000010099) #37
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	2244																ENSAMEG00000025816 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	546																ENSAMEG00000031330 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	4	RPA1 (ENSAMEG00000007706)	SMYD4 (ENSAMEG00000007774) #8	SERPINF1 (ENSAMEG00000007809) #9	SERPINF2 (ENSAMEG00000007857) #10	WDR81 (ENSAMEG00000007888) #11	TLCD2 (ENSAMEG00000027166) #12	PRPF8 (ENSAMEG00000007940) #13	RILP (ENSAMEG00000008003) #15	SCARF1 (ENSAMEG00000029343) #16	SLC43A2 (ENSAMEG00000008028) #17	PITPNA (ENSAMEG00000030448) #18	INPP5K (ENSAMEG00000008066) #19	MYO1C (ENSAMEG00000008107) #20	CRK (ENSAMEG00000008194) #21	ENSAMEG00000028225	ENSAMEG00000008214 #22	ENSAMEG00000008224 #23	ENSAMEG00000008233 #24	ENSAMEG00000029297 #25	RFLNB (ENSAMEG00000008243) #26	VPS53 (ENSAMEG00000008244) #27	TLCD3A (ENSAMEG00000025727) #28	GEMIN4 (ENSAMEG00000018474) #29	ENSAMEG00000018475	GLOD4 (ENSAMEG00000008317) #30	MRM3 (ENSAMEG00000008346) #31	NXN (ENSAMEG00000003723) #32	TIMM22 (ENSAMEG00000003729) #33	ABR (ENSAMEG00000003747) #34	ENSAMEG00000029976 #36	ENSAMEG00000029250
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
American mink	MODERN SPECIES	323	RFA1 (ENSNVIG00000011043)	ENSNVIG00000011007 #9	SMYD4 (ENSNVIG00000010900) #8	ENSNVIG00000010867 #9	SERPINF2 (ENSNVIG00000010695) #10	WDR81 (ENSNVIG00000010570) #11	TLCD2 (ENSNVIG00000010552) #12	PRPF8 (ENSNVIG00000010137) #13	RILP (ENSNVIG00000010009) #15	SCARF1 (ENSNVIG00000009896) #16	SLC43A2 (ENSNVIG00000009766) #17	PITPNA (ENSNVIG00000009640) #18	INPP5K (ENSNVIG00000009486) #19	MYO1C (ENSNVIG00000008750) #20	CRK (ENSNVIG00000008613) #21	YWHAE (ENSNVIG00000008509) #22	DOC2B (ENSNVIG00000008266) #23	RPH3AL (ENSNVIG00000008008) #24	ENSNVIG00000007961 #25	RFLNB (ENSNVIG00000007867) #26	VPS53 (ENSNVIG00000007404) #27	TLCD3A (ENSNVIG00000007328) #28	GEMIN4 (ENSNVIG00000007293) #29	ACBP (ENSNVIG00000007277)	E7EMY5 (ENSNVIG00000007210) #30	MRM3 (ENSNVIG00000007166) #31	NXN (ENSNVIG00000007059) #32	TIMM22 (ENSNVIG00000006993) #33	ABR (ENSNVIG00000006259) #34	BHLHA9 (ENSNVIG00000006103) #35	TRARG1 (ENSNVIG00000006043) #36
Ferret	DUPLICATION
Ferret	MODERN SPECIES	411															ENSMPUG00000017447	ENSMPUG00000017448 #22	HTR2C (ENSMPUG00000017449)	IL13RA2 (ENSMPUG00000017450)	LRCH2 (ENSMPUG00000017451)	ENSMPUG00000017452	ENSMPUG00000017453	ENSMPUG00000019008	PLS3 (ENSMPUG00000017454)	ENSMPUG00000019011	ENSMPUG00000017455
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Equus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT01090000263324	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Donkey	MODERN SPECIES	4	RTN4RL1 (ENSEASG00005032983) #7	DPH1 (ENSEASG00005009331)	RPA1 (ENSEASG00005009372)	SMYD4 (ENSEASG00005009478) #8	SERPINF1 (ENSEASG00005009483) #9	ENSEASG00005024883	SERPINF2 (ENSEASG00005009486) #10	WDR81 (ENSEASG00005009490) #11	PRPF8 (ENSEASG00005009514) #13	SCARF1 (ENSEASG00005009559) #16	SLC43A2 (ENSEASG00005009568) #17	PITPNA (ENSEASG00005009594) #18	INPP5K (ENSEASG00005009597) #19	MYO1C (ENSEASG00005009604) #20	CRK (ENSEASG00005009612) #21	ENSEASG00005009615 #22	ENSEASG00005009623 #23	ENSEASG00005009628 #24	ENSEASG00005035835 #25	RFLNB (ENSEASG00005023998) #26	ENSEASG00005009636 #27	ENSEASG00005032440 #27	GEMIN4 (ENSEASG00005009640) #29	TLCD3A (ENSEASG00005009639) #28	ENSEASG00005009643	ENSEASG00005033869	MRM3 (ENSEASG00005009647) #31	NXN (ENSEASG00005009649) #32	TIMM22 (ENSEASG00005034936) #33	ABR (ENSEASG00005009655) #34	BHLHA9 (ENSEASG00005009665) #35
Horse	MODERN SPECIES	2	RPA1 (ENSECAG00000023886)	SERPINF1 (ENSECAG00000022279) #9	ENSECAG00000059429	SMYD4 (ENSECAG00000023756) #8	SERPINF2 (ENSECAG00000021794) #10	WDR81 (ENSECAG00000021606) #11	PRPF8 (ENSECAG00000021318) #13	RILP (ENSECAG00000040909) #15	SCARF1 (ENSECAG00000020764) #16	ENSECAG00000050162 #17	SLC43A2 (ENSECAG00000018324) #17	PITPNA (ENSECAG00000016884) #18	INPP5K (ENSECAG00000016734) #19	MYO1C (ENSECAG00000012020) #20	CRK (ENSECAG00000011550) #21	YWHAE (ENSECAG00000009536) #22	C11H17orf97 (ENSECAG00000008776) #25	RPH3AL (ENSECAG00000008782) #24	VPS53 (ENSECAG00000006437) #27	TLCD3A (ENSECAG00000040301) #28	GEMIN4 (ENSECAG00000006339) #29	ENSECAG00000043867	GLOD4 (ENSECAG00000024418) #30	MRM3 (ENSECAG00000024378) #31	NXN (ENSECAG00000052299) #32	TIMM22 (ENSECAG00000023897) #33	ABR (ENSECAG00000021889) #34	TRARG1 (ENSECAG00000036408) #36	GOSR1 (ENSECAG00000040193) #37	CPD (ENSECAG00000020432)	TMIGD1 (ENSECAG00000020217)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Megabat	MODERN SPECIES	3953											SLC43A2 (ENSPVAG00000003678) #17	PITPNA (ENSPVAG00000003675) #18	INPP5K (ENSPVAG00000003672) #19	MYO1C (ENSPVAG00000003667) #20	CRK (ENSPVAG00000003666) #21	YWHAE (ENSPVAG00000003665) #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	13	RPA1 (ENSRFEG00010007578)	SMYD4 (ENSRFEG00010007626) #8	SERPINF1 (ENSRFEG00010007660) #9	SERPINF2 (ENSRFEG00010007716) #10	WDR81 (ENSRFEG00010007803) #11	TLCD2 (ENSRFEG00010008006) #12	PRPF8 (ENSRFEG00010008080) #13	RILP (ENSRFEG00010008481) #15	SCARF1 (ENSRFEG00010008511) #16	SLC43A2 (ENSRFEG00010008593) #17	PITPNA (ENSRFEG00010008637) #18	INPP5K (ENSRFEG00010008692) #19	MYO1C (ENSRFEG00010008814) #20	CRK (ENSRFEG00010009199) #21	ENSRFEG00010009226	YWHAE (ENSRFEG00010009253) #22	DOC2B (ENSRFEG00010009312) #23	RPH3AL (ENSRFEG00010009350) #24	ENSRFEG00010009384 #25	RFLNB (ENSRFEG00010009391) #26	VPS53 (ENSRFEG00010009422) #27	TLCD3A (ENSRFEG00010010054) #28	GEMIN4 (ENSRFEG00010010123) #29	ENSRFEG00010010160	GLOD4 (ENSRFEG00010010179) #30	MRM3 (ENSRFEG00010010209) #31	NXN (ENSRFEG00010010243) #32	TIMM22 (ENSRFEG00010010355) #33	ABR (ENSRFEG00010010492) #34	ENSRFEG00010011351	BHLHA9 (ENSRFEG00010011421) #35
Microbat	MODERN SPECIES	1199	RTN4RL1 (ENSMLUG00000024862) #7	RPA1 (ENSMLUG00000006113)	SMYD4 (ENSMLUG00000006108) #8	SERPINF1 (ENSMLUG00000006100) #9	SERPINF2 (ENSMLUG00000006093) #10	ENSMLUG00000002695 #11	TLCD2 (ENSMLUG00000002684) #12	PRPF8 (ENSMLUG00000002666) #13	RILP (ENSMLUG00000002659) #15	SCARF1 (ENSMLUG00000002653) #16	SLC43A2 (ENSMLUG00000002639) #17	ENSMLUG00000001827	INPP5K (ENSMLUG00000001819) #19	MYO1C (ENSMLUG00000001803) #20	CRK (ENSMLUG00000002723) #21	YWHAE (ENSMLUG00000001682) #22	DOC2B (ENSMLUG00000025045) #23	ENSMLUG00000025961 #25	RFLNB (ENSMLUG00000012447) #26	VPS53 (ENSMLUG00000016566) #27	TLCD3A (ENSMLUG00000001491) #28	GEMIN4 (ENSMLUG00000001494) #29	ENSMLUG00000001497	GLOD4 (ENSMLUG00000001501) #30	MRM3 (ENSMLUG00000001504) #31	NXN (ENSMLUG00000001507) #32
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b #22
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	MODERN SPECIES	722																YWHAE (ENSSARG00000012991) #22
Common shrew	MODERN SPECIES	4737																ENSSARG00000003727 #22	AS3MT (ENSSARG00000003676)	WBP1L (ENSSARG00000003673)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Tree shrew	MODERN SPECIES	274																ENSTBEG00000016224 #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
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Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01060000250243	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b.c #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	71	RPA1 (ENSMMMG00000024114)	ENSMMMG00000024115	SMYD4 (ENSMMMG00000024116) #8	SERPINF1 (ENSMMMG00000024117) #9	SERPINF2 (ENSMMMG00000024119) #10	WDR81 (ENSMMMG00000024120) #11	PRPF8 (ENSMMMG00000024122) #13	ENSMMMG00000024123	RILP (ENSMMMG00000024124) #15	SCARF1 (ENSMMMG00000024125) #16	SLC43A2 (ENSMMMG00000024126) #17	PITPNA (ENSMMMG00000024127) #18	INPP5K (ENSMMMG00000024128) #19	MYO1C (ENSMMMG00000024129) #20	CRK (ENSMMMG00000024130) #21	ENSMMMG00000024131 #22	ENSMMMG00000024132 #23	ENSMMMG00000024133 #23	RPH3AL (ENSMMMG00000024134) #24	ENSMMMG00000024135 #25	ENSMMMG00000024136 #26	VPS53 (ENSMMMG00000024137) #27	TLCD3A (ENSMMMG00000024140) #28	GEMIN4 (ENSMMMG00000024141) #29	ENSMMMG00000024142	MRM3 (ENSMMMG00000024143) #31	NXN (ENSMMMG00000024144) #32	TIMM22 (ENSMMMG00000024146) #33	ABR (ENSMMMG00000024147) #34	TRARG1 (ENSMMMG00000002207) #36	GOSR1 (ENSMMMG00000002214) #37
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Squirrel	DUPLICATION
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Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
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Naked mole-rat female	DUPLICATION
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Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	188	RTN4RL1 (ENSCLAG00000009730) #7	ENSCLAG00000005185	SMYD4 (ENSCLAG00000007096) #8	SERPINF1 (ENSCLAG00000004364) #9	SERPINF2 (ENSCLAG00000005418) #10	WDR81 (ENSCLAG00000006184) #11	TLCD2 (ENSCLAG00000006248) #12	PRPF8 (ENSCLAG00000004388) #13	RILP (ENSCLAG00000005570) #15	SCARF1 (ENSCLAG00000007850) #16	SLC43A2 (ENSCLAG00000008904) #17	PITPNA (ENSCLAG00000005817) #18	INPP5K (ENSCLAG00000006255) #19	MYO1C (ENSCLAG00000006861) #20	CRK (ENSCLAG00000005975) #21	YWHAE (ENSCLAG00000006497) #22	DOC2B (ENSCLAG00000006834) #23	RPH3AL (ENSCLAG00000004707) #24	ENSCLAG00000005764 #25	RFLNB (ENSCLAG00000006406) #26	VPS53 (ENSCLAG00000010632) #27	TLCD3A (ENSCLAG00000007548) #28	GEMIN4 (ENSCLAG00000008139) #29	ENSCLAG00000007298	MRM3 (ENSCLAG00000008589) #31	NXN (ENSCLAG00000009995) #32	TIMM22 (ENSCLAG00000012842) #33	ABR (ENSCLAG00000005717) #34	BHLHA9 (ENSCLAG00000009813) #35	TRARG1 (ENSCLAG00000011922) #36	GOSR1 (ENSCLAG00000010994) #37
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	161												ENSODEG00000002681	FBXO15 (ENSODEG00000002700)	TIMM21 (ENSODEG00000002726)	ENSODEG00000002747	ENSODEG00000018841 #22	ENSODEG00000002757	DIPK1C (ENSODEG00000002789)	CNDP2 (ENSODEG00000002825)	CNDP1 (ENSODEG00000002852)	ENSODEG00000002905	ENSODEG00000018901	ENSODEG00000002919	PTGR3 (ENSODEG00000002932)	ENSODEG00000002943	ENSODEG00000002953	ZNF516 (ENSODEG00000002971)	ZNF236 (ENSODEG00000003041)	MBP (ENSODEG00000002651)	GALR1 (ENSODEG00000002674)	SALL3 (ENSODEG00000002692)
Degu	MODERN SPECIES	49	DALRD3 (ENSODEG00000018251)	WDR6 (ENSODEG00000018229)	P4HTM (ENSODEG00000018157)	ARIH2 (ENSODEG00000018288)	SLC25A20 (ENSODEG00000018156)	ENSODEG00000018180	IP6K2 (ENSODEG00000018212)	NCKIPSD (ENSODEG00000018165)	CELSR3 (ENSODEG00000018319)	SLC26A6 (ENSODEG00000018141)	UQCRC1 (ENSODEG00000018299)	ENSODEG00000018336	PFKFB4 (ENSODEG00000018219)	CAV3 (ENSODEG00000018263)	OXTR (ENSODEG00000018131)	ENSODEG00000018124 #22	RAD18 (ENSODEG00000018158)	SRGAP3 (ENSODEG00000018235)	THUMPD3 (ENSODEG00000018242)	SETD5 (ENSODEG00000018265)	ENSODEG00000020522	LHFPL4 (ENSODEG00000018130)	ENSODEG00000018249	MTMR14 (ENSODEG00000018300)	CPNE9 (ENSODEG00000018383)	BRPF1 (ENSODEG00000018200)	OGG1 (ENSODEG00000018217)	CAMK1 (ENSODEG00000018146)	TADA3 (ENSODEG00000018173)	ARPC4 (ENSODEG00000018185)	ENSODEG00000018188
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	380						AMTN (ENSODEG00000000478)	ENSODEG00000018554	ODAM (ENSODEG00000000386)	ENSODEG00000000326	ENSODEG00000000299	ENSODEG00000000221	ENSODEG00000001261	ENSODEG00000001222	ENSODEG00000001144	ENSODEG00000001053	ENSODEG00000000951 #22	ENSODEG00000000897	ENSODEG00000000758
Degu	MODERN SPECIES	215											ENSODEG00000001439	ENSODEG00000001393	ENSODEG00000001376	ENSODEG00000001366	ENSODEG00000018662	ENSODEG00000001344 #22	ENSODEG00000001331	ASB3 (ENSODEG00000001318)	CHAC2 (ENSODEG00000001289)	ERLEC1 (ENSODEG00000001247)	ENSODEG00000001226	ENSODEG00000001210	ENSODEG00000001189	ENSODEG00000018665	ENSODEG00000000606	C2orf73 (ENSODEG00000000597)	SPTBN1 (ENSODEG00000000573)
Guinea pig	DUPLICATION
Guinea pig	MODERN SPECIES	12	SNAP91 (ENSCPOG00000001711)	CYB5R4 (ENSCPOG00000000052)	MRAP2 (ENSCPOG00000037713)	CEP162 (ENSCPOG00000014088)	TBX18 (ENSCPOG00000037273)	NT5E (ENSCPOG00000001094)	SNX14 (ENSCPOG00000000525)	SYNCRIP (ENSCPOG00000012415)	ENSCPOG00000021627	HTR1E (ENSCPOG00000003667)	GPA1 (ENSCPOG00000009628)	ENSCPOG00000039817	ZNF292 (ENSCPOG00000008644)	SMIM8 (ENSCPOG00000026404)	ENSCPOG00000010489	ENSCPOG00000008007 #22	DUSP26 (ENSCPOG00000030210)	RNF122 (ENSCPOG00000035273)	TTI2 (ENSCPOG00000015720)	ENSCPOG00000034692	FUT10 (ENSCPOG00000004941)	NRG1 (ENSCPOG00000007781)	WRN (ENSCPOG00000002943)	PURG (ENSCPOG00000039319)	PPP2CB (ENSCPOG00000005165)	UBXN8 (ENSCPOG00000034274)	GSR (ENSCPOG00000005290)	ENSCPOG00000031146	SLC9C1 (ENSCPOG00000009185)	SMIM18 (ENSCPOG00000032073)	ENSCPOG00000038789
Guinea pig	MODERN SPECIES	32	RTN4RL1 (ENSCPOG00000032205) #7	RPA1 (ENSCPOG00000000035)	SMYD4 (ENSCPOG00000006737) #8	SERPINF1 (ENSCPOG00000010415) #9	SERPINF2 (ENSCPOG00000033575) #10	WDR81 (ENSCPOG00000012041) #11	TLCD2 (ENSCPOG00000034754) #12	PRPF8 (ENSCPOG00000010379) #13	RILP (ENSCPOG00000010367) #15	SCARF1 (ENSCPOG00000010362) #16	SLC43A2 (ENSCPOG00000010361) #17	PITPNA (ENSCPOG00000036950) #18	INPP5K (ENSCPOG00000006879) #19	MYO1C (ENSCPOG00000019415) #20	CRK (ENSCPOG00000006877) #21	YWHAE (ENSCPOG00000034635) #22	DOC2B (ENSCPOG00000024219) #23	RPH3AL (ENSCPOG00000001101) #24	ENSCPOG00000036703 #25	RFLNB (ENSCPOG00000009354) #26	VPS53 (ENSCPOG00000009355) #27	TLCD3A (ENSCPOG00000004305) #28	GEMIN4 (ENSCPOG00000004307) #29	ENSCPOG00000019350	MRM3 (ENSCPOG00000026540) #31	NXN (ENSCPOG00000003199) #32	TIMM22 (ENSCPOG00000033413) #33	ABR (ENSCPOG00000005227) #34	BHLHA9 (ENSCPOG00000001935) #35	TRARG1 (ENSCPOG00000025177) #36	GOSR1 (ENSCPOG00000003814) #37
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	350	Dph1 (ENSDORG00000006697)	Rtn4rl1 (ENSDORG00000011520) #7	Rpa1 (ENSDORG00000006199)	ENSDORG00000006198 #8	Serpinf1 (ENSDORG00000006197) #9	Serpinf2 (ENSDORG00000006196) #10	Wdr81 (ENSDORG00000006194) #11	Prpf8 (ENSDORG00000006185) #13	Rilp (ENSDORG00000006184) #15	Scarf1 (ENSDORG00000006183) #16	Slc43a2 (ENSDORG00000014793) #17	Pitpna (ENSDORG00000015751) #18	Inpp5k (ENSDORG00000015750) #19	Myo1c (ENSDORG00000015749) #20	Crk (ENSDORG00000004561) #21	Ywhae (ENSDORG00000026870) #22	Doc2b (ENSDORG00000024337) #23	Rph3al (ENSDORG00000002882) #24	1700016K19Rik (ENSDORG00000029781) #25	Rflnb (ENSDORG00000025643) #26	Vps53 (ENSDORG00000007544) #27	Tlcd3a (ENSDORG00000007546) #28	ENSDORG00000026359	Dbil5 (ENSDORG00000024622)	Gemin4 (ENSDORG00000007547) #29	Mrm3 (ENSDORG00000007555) #31	ENSDORG00000007556	Timm22 (ENSDORG00000023201) #33	Abr (ENSDORG00000013627) #34	Bhlha9 (ENSDORG00000026823) #35	Trarg1 (ENSDORG00000011333) #36
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	190															Pate10 (ENSJJAG00000008956)	ENSJJAG00000008228 #22	ENSJJAG00000007666	ENSJJAG00000000042	Acrv1 (ENSJJAG00000024162)	Chek1 (ENSJJAG00000018820)	Stt3a (ENSJJAG00000017318)	Ei24 (ENSJJAG00000015344)	ENSJJAG00000019574	Fez1 (ENSJJAG00000019444)	Pknox2 (ENSJJAG00000019019)	Tmem218 (ENSJJAG00000018579)	Slc37a2 (ENSJJAG00000015861)	Hepacam (ENSJJAG00000015662)	Robo4 (ENSJJAG00000019076)	Robo3 (ENSJJAG00000012565)	Msantd2 (ENSJJAG00000022389)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	146	Smg6 (ENSJJAG00000015367)	ENSJJAG00000014311	Hic1 (ENSJJAG00000017367)	Ovca2 (ENSJJAG00000017560)	Dph1 (ENSJJAG00000020755)	Rtn4rl1 (ENSJJAG00000021203) #7	Rpa1 (ENSJJAG00000000876)	Serpinf1 (ENSJJAG00000008138) #9	Wdr81 (ENSJJAG00000015048) #11	Prpf8 (ENSJJAG00000021159) #13	ENSJJAG00000001146 #17	ENSJJAG00000010413 #17	Pitpna (ENSJJAG00000011376) #18	Inpp5k (ENSJJAG00000013918) #19	Myo1c (ENSJJAG00000016472) #20	ENSJJAG00000014920 #22	Doc2b (ENSJJAG00000017054) #23	Rph3al (ENSJJAG00000018505) #24	Vps53 (ENSJJAG00000017718) #27	ENSJJAG00000014101	Gemin4 (ENSJJAG00000014157) #29	Dbil5 (ENSJJAG00000014114)	Glod4 (ENSJJAG00000023891) #30	Mrm3 (ENSJJAG00000024189) #31	ENSJJAG00000023790	Timm22 (ENSJJAG00000002487) #33	Abr (ENSJJAG00000011678) #34	ENSJJAG00000014451	Gosr1 (ENSJJAG00000019846) #37	Cpd (ENSJJAG00000003090)	ENSJJAG00000004461
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
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Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Rtn4rl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016733) #7	Rpa1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016734)	Smyd4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016735) #8	Serpinf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016736) #9	Serpinf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016737) #10	Wdr81 (MGP_CAROLIEiJ_G0016738) #11	Tlcd2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016739) #12	Prpf8 (MGP_CAROLIEiJ_G0016740) #13	Rilp (MGP_CAROLIEiJ_G0016741) #15	Scarf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016742) #16	Slc43a2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016743) #17	Pitpna (MGP_CAROLIEiJ_G0016744) #18	Inpp5k (MGP_CAROLIEiJ_G0016745) #19	Myo1c (MGP_CAROLIEiJ_G0016746) #20	Crk (MGP_CAROLIEiJ_G0016747) #21	Ywhae (MGP_CAROLIEiJ_G0016748) #22	Doc2b (MGP_CAROLIEiJ_G0016749) #23	Rph3al (MGP_CAROLIEiJ_G0016750) #24	1700016K19Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0016751) #25	Rflnb (MGP_CAROLIEiJ_G0016752) #26	Vps53 (MGP_CAROLIEiJ_G0016753) #27	Glod4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016754) #30	Tlcd3a (MGP_CAROLIEiJ_G0016755) #28	Gemin4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016756) #29	Dbil5 (MGP_CAROLIEiJ_G0016757)	Mrm3 (MGP_CAROLIEiJ_G0016758) #31	Nxn (MGP_CAROLIEiJ_G0016759) #32	Timm22 (MGP_CAROLIEiJ_G0016760) #33	MGP_CAROLIEiJ_G0016761 #34	Bhlha9 (MGP_CAROLIEiJ_G0016762) #35	Trarg1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016763) #36
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	Rtn4rl1 (MGP_PahariEiJ_G0017870) #7	Rpa1 (MGP_PahariEiJ_G0017871)	Smyd4 (MGP_PahariEiJ_G0017872) #8	MGP_PahariEiJ_G0017873 #9	Serpinf2 (MGP_PahariEiJ_G0017874) #10	Wdr81 (MGP_PahariEiJ_G0017875) #11	MGP_PahariEiJ_G0017876 #12	Prpf8 (MGP_PahariEiJ_G0017877) #13	Rilp (MGP_PahariEiJ_G0017878) #15	Scarf1 (MGP_PahariEiJ_G0017879) #16	Slc43a2 (MGP_PahariEiJ_G0017880) #17	Pitpna (MGP_PahariEiJ_G0017881) #18	Inpp5k (MGP_PahariEiJ_G0017882) #19	Myo1c (MGP_PahariEiJ_G0017883) #20	Crk (MGP_PahariEiJ_G0017884) #21	Ywhae (MGP_PahariEiJ_G0017885) #22	Doc2b (MGP_PahariEiJ_G0017886) #23	MGP_PahariEiJ_G0017887 #23	1700016K19Rik (MGP_PahariEiJ_G0017888) #25	Rflnb (MGP_PahariEiJ_G0017889) #26	Vps53 (MGP_PahariEiJ_G0017890) #27	Glod4 (MGP_PahariEiJ_G0017891) #30	Tlcd3a (MGP_PahariEiJ_G0017892) #28	Gemin4 (MGP_PahariEiJ_G0017893) #29	Dbil5 (MGP_PahariEiJ_G0017894)	Mrm3 (MGP_PahariEiJ_G0017895) #31	Nxn (MGP_PahariEiJ_G0017896) #32	Timm22 (MGP_PahariEiJ_G0017897) #33	MGP_PahariEiJ_G0017898 #34	Bhlha9 (MGP_PahariEiJ_G0017899) #35	Trarg1 (MGP_PahariEiJ_G0017900) #36
Rat	MODERN SPECIES	1	Rpa1 (ENSRNOG00000003123)	Smyd4 (ENSRNOG00000026783) #8	Rpl37-ps4 (ENSRNOG00000061979)	Serpinf1 (ENSRNOG00000003172) #9	Serpinf2 (ENSRNOG00000003233) #10	Wdr81 (ENSRNOG00000003243) #11	Tlcd2 (ENSRNOG00000037275) #12	Prpf8 (ENSRNOG00000003495) #13	Rilp (ENSRNOG00000003784) #15	Scarf1 (ENSRNOG00000059618) #16	Slc43a2 (ENSRNOG00000003835) #17	Pitpna (ENSRNOG00000003846) #18	Inpp5k (ENSRNOG00000056954) #19	Myo1c (ENSRNOG00000004072) #20	Crk (ENSRNOG00000025792) #21	Ywhae (ENSRNOG00000005290) #22	Doc2b (ENSRNOG00000060054) #23	Rph3al (ENSRNOG00000061429) #24	C10h17orf97 (ENSRNOG00000025287) #25	Rflnb (ENSRNOG00000006674) #26	Vps53 (ENSRNOG00000006895) #27	Rpl37l1 (ENSRNOG00000034180)	Tlcd3a (ENSRNOG00000007722) #28	Gemin4 (ENSRNOG00000007788) #29	Gemin4 (ENSRNOG00000055236)	Mrm3 (ENSRNOG00000037238) #31	Nxn (ENSRNOG00000008178) #32	Timm22 (ENSRNOG00000007988) #33	Abr (ENSRNOG00000056837) #34	Gosr1 (ENSRNOG00000003971) #37	Gosr1 (ENSRNOG00000070572) #37
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	DUPLICATION
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210.k #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.eg.a #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210.k #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.eg.a #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	Rpa1 (ENSMOCG00000013019)	Smyd4 (ENSMOCG00000014637) #8	ENSMOCG00000002102	Serpinf1 (ENSMOCG00000013659) #9	Serpinf2 (ENSMOCG00000015426) #10	Wdr81 (ENSMOCG00000014819) #11	ENSMOCG00000004200 #12	Prpf8 (ENSMOCG00000016838) #13	Rilp (ENSMOCG00000022637) #15	Scarf1 (ENSMOCG00000021999) #16	Slc43a2 (ENSMOCG00000006980) #17	Pitpna (ENSMOCG00000014886) #18	Inpp5k (ENSMOCG00000005686) #19	Myo1c (ENSMOCG00000005404) #20	Crk (ENSMOCG00000005876) #21	Ywhae (ENSMOCG00000014128) #22	Doc2b (ENSMOCG00000013519) #23	ENSMOCG00000001677	ENSMOCG00000008254 #23	1700016K19Rik (ENSMOCG00000012261) #25	Rflnb (ENSMOCG00000022116) #26	Vps53 (ENSMOCG00000022829) #27	Tlcd3a (ENSMOCG00000008958) #28	ENSMOCG00000006304	Dbil5 (ENSMOCG00000004108)	Gemin4 (ENSMOCG00000016454) #29	Mrm3 (ENSMOCG00000018749) #31	Nxn (ENSMOCG00000014329) #32	Timm22 (ENSMOCG00000021862) #33	Abr (ENSMOCG00000017665) #34	ENSMOCG00000004581
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Dph1 (ENSPEMG00000022159)	Rtn4rl1 (ENSPEMG00000022669) #7	Rpa1 (ENSPEMG00000021061)	Smyd4 (ENSPEMG00000021819) #8	Serpinf1 (ENSPEMG00000022453) #9	Serpinf2 (ENSPEMG00000021335) #10	Wdr81 (ENSPEMG00000022885) #11	Prpf8 (ENSPEMG00000021699) #13	Rilp (ENSPEMG00000011201) #15	Scarf1 (ENSPEMG00000021038) #16	Slc43a2 (ENSPEMG00000003908) #17	Pitpna (ENSPEMG00000020973) #18	Inpp5k (ENSPEMG00000015251) #19	Myo1c (ENSPEMG00000023045) #20	ENSPEMG00000030704 #21	Ywhae (ENSPEMG00000006827) #22	Doc2b (ENSPEMG00000023568) #23	ENSPEMG00000024309	Rph3al (ENSPEMG00000000878) #24	1700016K19Rik (ENSPEMG00000016291) #25	Rflnb (ENSPEMG00000031305) #26	Vps53 (ENSPEMG00000023081) #27	Tlcd3a (ENSPEMG00000022199) #28	Glod4 (ENSPEMG00000023233) #30	Dbil5 (ENSPEMG00000022249)	Mrm3 (ENSPEMG00000022505) #31	Nxn (ENSPEMG00000012023) #32	Timm22 (ENSPEMG00000015282) #33	Abr (ENSPEMG00000010388) #34	Bhlha9 (ENSPEMG00000003963) #35	Trarg1 (ENSPEMG00000028737) #36
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210.l #13	ENSGT00940000165249	ENSGT00390000015210.k #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.eg.a #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165.f #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00900000143173	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Golden Hamster	MODERN SPECIES	627	Dph1 (ENSMAUG00000018315)	Rtn4rl1 (ENSMAUG00000012849) #7	Rpa1 (ENSMAUG00000010474)	Smyd4 (ENSMAUG00000018960) #8	Serpinf1 (ENSMAUG00000013027) #9	Serpinf2 (ENSMAUG00000010228) #10	Wdr81 (ENSMAUG00000001591) #11	ENSMAUG00000020826	ENSMAUG00000014365 #13	Scarf1 (ENSMAUG00000012062) #16	Slc43a2 (ENSMAUG00000008412) #17	Pitpna (ENSMAUG00000018989) #18	ENSMAUG00000007460 #19	Myo1c (ENSMAUG00000009020) #20	Crk (ENSMAUG00000020949) #21	Ywhae (ENSMAUG00000010444) #22	Doc2b (ENSMAUG00000013384) #23	ENSMAUG00000009155 #23	1700016K19Rik (ENSMAUG00000007301) #25	Rflnb (ENSMAUG00000021462) #26	Vps53 (ENSMAUG00000014153) #27	Tlcd3a (ENSMAUG00000018028) #28	ENSMAUG00000007743	Dbil5 (ENSMAUG00000009815)	Gemin4 (ENSMAUG00000018640) #29	Mrm3 (ENSMAUG00000018823) #31	Nxn (ENSMAUG00000002800) #32	Abr (ENSMAUG00000021698) #34	Bhlha9 (ENSMAUG00000009821) #35	Trarg1 (ENSMAUG00000003421) #36	Gosr1 (ENSMAUG00000014407) #37
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	ENSCGRG00001007486	Rasa1 (ENSCGRG00001024641)	Ccnh (ENSCGRG00001024363)	Tmem161b (ENSCGRG00001023931)	Mef2c (ENSCGRG00001006934)	ENSCGRG00001007435	ENSCGRG00001003095	Cetn3 (ENSCGRG00001000920)	Mblac2 (ENSCGRG00001018393)	ENSCGRG00001004958	Lysmd3 (ENSCGRG00001004064)	ENSCGRG00001017247	ENSCGRG00001020880	ENSCGRG00001024885	Arrdc3 (ENSCGRG00001024801)	ENSCGRG00001024656 #22	Nr2f1 (ENSCGRG00001020383)	Pou5f2 (ENSCGRG00001019940)	Fam172a (ENSCGRG00001019984)	ENSCGRG00001010369	2210408I21Rik (ENSCGRG00001009297)	Slf1 (ENSCGRG00001007173)	Mctp1 (ENSCGRG00001011214)	ENSCGRG00001007825	Fam81b (ENSCGRG00001005643)	Skic3 (ENSCGRG00001016182)	Arsk (ENSCGRG00001019637)	ENSCGRG00001010656	Rfesd (ENSCGRG00001018403)	Spata9 (ENSCGRG00001018426)	Rhobtb3 (ENSCGRG00001016766)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.eg.b #22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.eg.b #22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	148																ENSCGRG00001009921 #22	Doc2b (ENSCGRG00001009647) #23
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.fg #22
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.fg #22
Prairie vole	MODERN SPECIES	98	ENSMOCG00000006972	Neto2 (ENSMOCG00000000575)	Itfg1 (ENSMOCG00000012550)	Phkb (ENSMOCG00000021928)	Abcc12 (ENSMOCG00000001840)	Lonp2 (ENSMOCG00000003841)	Siah1b (ENSMOCG00000004613)	N4bp1 (ENSMOCG00000016652)	ENSMOCG00000017947	Cbln1 (ENSMOCG00000003934)	4933402J07Rik (ENSMOCG00000020575)	Zfp423 (ENSMOCG00000002689)	ENSMOCG00000019184	Heatr3 (ENSMOCG00000019132)	Tent4b (ENSMOCG00000013042)	ENSMOCG00000016736 #22	Adcy7 (ENSMOCG00000000434)	Brd7 (ENSMOCG00000022495)	Nkd1 (ENSMOCG00000019054)	Snx20 (ENSMOCG00000015078)	Nod2 (ENSMOCG00000021721)	ENSMOCG00000009848	ENSMOCG00000002231	ENSMOCG00000004921	Tox3 (ENSMOCG00000019988)
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1798	ENSNGAG00000010457	ENSNGAG00000018157	Col1a2 (ENSNGAG00000016057)	ENSNGAG00000023372	ENSNGAG00000001391	Sgce (ENSNGAG00000021165)	Peg10 (ENSNGAG00000004018)	ENSNGAG00000004615	ENSNGAG00000014240	ENSNGAG00000023210	Pon1 (ENSNGAG00000023834)	Pon3 (ENSNGAG00000021276)	Pon2 (ENSNGAG00000012876)	Asb4 (ENSNGAG00000011649)	Pdk4 (ENSNGAG00000022928)	ENSNGAG00000012415 #22
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	618	ENSNGAG00000015246 #8	Serpinf1 (ENSNGAG00000016129) #9	Serpinf2 (ENSNGAG00000012925) #10	Wdr81 (ENSNGAG00000012149) #11	ENSNGAG00000011721 #12	ENSNGAG00000016869	Prpf8 (ENSNGAG00000005305) #13	Rilp (ENSNGAG00000020780) #15	Scarf1 (ENSNGAG00000016130) #16	ENSNGAG00000012754 #17	ENSNGAG00000002523 #17	Pitpna (ENSNGAG00000016428) #18	Inpp5k (ENSNGAG00000010867) #19	Myo1c (ENSNGAG00000003685) #20	Crk (ENSNGAG00000000285) #21	ENSNGAG00000021041 #22	Doc2b (ENSNGAG00000020897) #23	Rph3al (ENSNGAG00000015279) #24	1700016K19Rik (ENSNGAG00000013370) #25	Rflnb (ENSNGAG00000013007) #26	Vps53 (ENSNGAG00000012689) #27	Tlcd3a (ENSNGAG00000002868) #28	ENSNGAG00000001144	Gemin4 (ENSNGAG00000016650) #29	Dbil5 (ENSNGAG00000015983)	Glod4 (ENSNGAG00000014656) #30	Mrm3 (ENSNGAG00000011304) #31	ENSNGAG00000016301	Timm22 (ENSNGAG00000014617) #33	Abr (ENSNGAG00000012224) #34	ENSNGAG00000012129
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153694.A	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000164902	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000008688 #37
Pika	MODERN SPECIES	148															ENSOPRG00000018311 #23	ENSOPRG00000013222 #22
Rabbit	MODERN SPECIES	10	RTN4RL1 (ENSOCUG00000001519) #7	RPA1 (ENSOCUG00000001504)	ENSOCUG00000001514	SMYD4 (ENSOCUG00000000093) #8	SERPINF1 (ENSOCUG00000000092) #9	SERPINF2 (ENSOCUG00000000091) #10	WDR81 (ENSOCUG00000000090) #11	TLCD2 (ENSOCUG00000000087) #12	PRPF8 (ENSOCUG00000000081) #13	RILP (ENSOCUG00000000077) #15	SCARF1 (ENSOCUG00000039340) #16	SLC43A2 (ENSOCUG00000000076) #17	PITPNA (ENSOCUG00000000075) #18	INPP5K (ENSOCUG00000000073) #19	MYO1C (ENSOCUG00000000069) #20	YWHAE (ENSOCUG00000014607) #22	ENSOCUG00000007211 #23	ENSOCUG00000025842 #25	RFLNB (ENSOCUG00000023105) #26	VPS53 (ENSOCUG00000002194) #27	TLCD3A (ENSOCUG00000002202) #28	GEMIN4 (ENSOCUG00000002205) #29	ENSOCUG00000002208	ENSOCUG00000005189 #30	ENSOCUG00000033243	MRM3 (ENSOCUG00000002219) #31	TIMM22 (ENSOCUG00000008033) #33	ABR (ENSOCUG00000005197) #34	BHLHA9 (ENSOCUG00000001780) #35	TRARG1 (ENSOCUG00000022938) #36	GOSR1 (ENSOCUG00000001777) #37
Primates	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22
Tarsier	MODERN SPECIES	4913																YWHAE (ENSTSYG00000009089) #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165.c #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT01030000234586.A.a.b
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165.c #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT01030000234586.A.a.b	ENSGT00940000160875
Marmoset	MODERN SPECIES	17	RPA1 (ENSCJAG00000001848)	SMYD4 (ENSCJAG00000001865) #8	SERPINF1 (ENSCJAG00000001881) #9	SERPINF2 (ENSCJAG00000001889) #10	WDR81 (ENSCJAG00000001895) #11	PRPF8 (ENSCJAG00000001911) #13	RILP (ENSCJAG00000040878) #15	SCARF1 (ENSCJAG00000002011) #16	SLC43A2 (ENSCJAG00000002031) #17	PITPNA (ENSCJAG00000002044) #18	ENSCJAG00000002060 #19	MYO1C (ENSCJAG00000002077) #20	CRK (ENSCJAG00000002099) #21	ENSCJAG00000063239	ENSCJAG00000069767	YWHAE (ENSCJAG00000002109) #22	ENSCJAG00000081551	ENSCJAG00000079317	ENSCJAG00000070102	ENSCJAG00000086551	TRPV3 (ENSCJAG00000038771)	ENSCJAG00000083020	TRPV1 (ENSCJAG00000007063)	SHPK (ENSCJAG00000007109)	CTNS (ENSCJAG00000007114)	TAX1BP3 (ENSCJAG00000007138)	EMC6 (ENSCJAG00000007143)	P2RX5 (ENSCJAG00000007148)	HASPIN (ENSCJAG00000023439)	CAMKK1 (ENSCJAG00000011552)	P2RX1 (ENSCJAG00000011590)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165.c #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00910000146484	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT01030000234586.A.a.b	ENSGT00940000160875
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	74	RTN4RL1 (ENSSBOG00000033247) #7	RPA1 (ENSSBOG00000030233)	SMYD4 (ENSSBOG00000026869) #8	SERPINF1 (ENSSBOG00000022026) #9	SERPINF2 (ENSSBOG00000002359) #10	WDR81 (ENSSBOG00000021169) #11	TLCD2 (ENSSBOG00000022562) #12	PRPF8 (ENSSBOG00000029717) #13	RILP (ENSSBOG00000025512) #15	SCARF1 (ENSSBOG00000032475) #16	SLC43A2 (ENSSBOG00000020435) #17	PITPNA (ENSSBOG00000030753) #18	INPP5K (ENSSBOG00000033103) #19	MYO1C (ENSSBOG00000022478) #20	CRK (ENSSBOG00000033257) #21	YWHAE (ENSSBOG00000035601) #22	TRARG1 (ENSSBOG00000028075) #36	ENSSBOG00000011043	ENSSBOG00000027582	ENSSBOG00000034892	ENSSBOG00000031348	ABR (ENSSBOG00000026554) #34	TIMM22 (ENSSBOG00000020627) #33	ENSSBOG00000015215	MRM3 (ENSSBOG00000029574) #31	GLOD4 (ENSSBOG00000024772) #30	GEMIN4 (ENSSBOG00000033032) #29	TLCD3A (ENSSBOG00000035176) #28	ENSSBOG00000033539	VPS53 (ENSSBOG00000021982) #27	RFLNB (ENSSBOG00000025646) #26
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	136	RPA1 (ENSCCAG00000010981)	SMYD4 (ENSCCAG00000029544) #8	SERPINF1 (ENSCCAG00000030318) #9	SERPINF2 (ENSCCAG00000037096) #10	WDR81 (ENSCCAG00000021856) #11	TLCD2 (ENSCCAG00000026610) #12	ENSCCAG00000031983 #13	RILP (ENSCCAG00000037172) #15	SCARF1 (ENSCCAG00000019308) #16	SLC43A2 (ENSCCAG00000037132) #17	PITPNA (ENSCCAG00000028388) #18	INPP5K (ENSCCAG00000030656) #19	MYO1C (ENSCCAG00000034285) #20	CRK (ENSCCAG00000032085) #21	ENSCCAG00000027695	ENSCCAG00000034432 #22	TRARG1 (ENSCCAG00000033358) #36	KDM4A (ENSCCAG00000025432)	PTPRF (ENSCCAG00000029349)	ENSCCAG00000036988	HYI (ENSCCAG00000027585)	SZT2 (ENSCCAG00000029453)	MED8 (ENSCCAG00000031645)	ELOVL1 (ENSCCAG00000027180)	ENSCCAG00000033410	MPL (ENSCCAG00000032993)	TIE1 (ENSCCAG00000019700)	C1orf210 (ENSCCAG00000029915)	TMEM125 (ENSCCAG00000019712)	ENSCCAG00000024738	ENSCCAG00000033078
Capuchin	MODERN SPECIES	129	TSPAN1 (ENSCCAG00000034126)	P3R3URF (ENSCCAG00000022458)	PIK3R3 (ENSCCAG00000024208)	ENSCCAG00000035429	ENSCCAG00000006015	ENSCCAG00000004296	MAST2 (ENSCCAG00000027633)	IPP (ENSCCAG00000023129)	ENSCCAG00000024242	TMEM69 (ENSCCAG00000019582)	GPBP1L1 (ENSCCAG00000034468)	CCDC17 (ENSCCAG00000020473)	ENSCCAG00000030061	NASP (ENSCCAG00000013381)	ENSCCAG00000024285	ENSCCAG00000022327 #22	ENSCCAG00000036427	MMACHC (ENSCCAG00000037626)	TESK2 (ENSCCAG00000036555)	TOE1 (ENSCCAG00000030245)	MUTYH (ENSCCAG00000024620)	ZSWIM5 (ENSCCAG00000029723)	UROD (ENSCCAG00000027139)	HECTD3 (ENSCCAG00000029542)	EIF2B3 (ENSCCAG00000005205)	PTCH2 (ENSCCAG00000024932)	BTBD19 (ENSCCAG00000036570)	PLK3 (ENSCCAG00000020453)	BEST4 (ENSCCAG00000028612)	ENSCCAG00000020224	KIF2C (ENSCCAG00000031061)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1171										TNFRSF13B (ENSANAG00000025038)	ENSANAG00000024927	ENSANAG00000028872	ENSANAG00000020283	SPECC1 (ENSANAG00000030846)	ENSANAG00000022093	YWHAE (ENSANAG00000026325) #22	TRARG1 (ENSANAG00000033955) #36	BHLHA9 (ENSANAG00000036923) #35	ABR (ENSANAG00000029126) #34	TIMM22 (ENSANAG00000021647) #33	NXN (ENSANAG00000025947) #32	MRM3 (ENSANAG00000014643) #31	ENSANAG00000024069 #30	GEMIN4 (ENSANAG00000034256) #29	TLCD3A (ENSANAG00000033590) #28	ENSANAG00000025121 #27	RFLNB (ENSANAG00000021454) #26	RPH3AL (ENSANAG00000031440) #24	DOC2B (ENSANAG00000030721) #23	ENSANAG00000018233	MAP2K3 (ENSANAG00000028886)
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.kg #22
Rhesus	MODERN SPECIES	7	ENSMMUG00000063397	LHX1 (ENSMMUG00000021668)	AATF (ENSMMUG00000021669)	ACACA (ENSMMUG00000009349)	C16H17orf78 (ENSMMUG00000030090)	TADA2A (ENSMMUG00000021911)	DUSP14 (ENSMMUG00000002975)	SYNRG (ENSMMUG00000002976)	DDX52 (ENSMMUG00000002980)	HNF1B (ENSMMUG00000003431)	ENSMMUG00000061594	ENSMMUG00000058233	HEATR6 (ENSMMUG00000007671)	ENSMMUG00000030260	ENSMMUG00000062497	ENSMMUG00000050758 #22	ENSMMUG00000008111	CCL3 (ENSMMUG00000062832)	CCL18 (ENSMMUG00000047114)	CCL23 (ENSMMUG00000002467)	CCL15 (ENSMMUG00000039864)	CCL14 (ENSMMUG00000002466)	CCL16 (ENSMMUG00000045883)	LYZL6 (ENSMMUG00000006850)	ENSMMUG00000054146	RDM1 (ENSMMUG00000006847)	CCL5 (ENSMMUG00000054796)	HEATR9 (ENSMMUG00000022233)	TAF15 (ENSMMUG00000047780)	MMP28 (ENSMMUG00000022229)	C16H17orf50 (ENSMMUG00000022228)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	ENSMFAG00000054146	LYZL6 (ENSMFAG00000044524)	CCL16 (ENSMFAG00000002269)	CCL14 (ENSMFAG00000000804)	CCL15 (ENSMFAG00000033315)	ENSMFAG00000003696	CCL18 (ENSMFAG00000036319)	ENSMFAG00000000159	ENSMFAG00000028229	ENSMFAG00000029679	ENSMFAG00000060965	ENSMFAG00000057148	ENSMFAG00000047776	ENSMFAG00000053936	ENSMFAG00000052110	ENSMFAG00000060658 #22	ENSMFAG00000063676 #22	ENSMFAG00000051245	ENSMFAG00000058779	DDX52 (ENSMFAG00000000640)	ENSMFAG00000030603	SYNRG (ENSMFAG00000044562)	DUSP14 (ENSMFAG00000010455)	ENSMFAG00000061442	TADA2A (ENSMFAG00000046352)	ACACA (ENSMFAG00000045655)	AATF (ENSMFAG00000003108)	LHX1 (ENSMFAG00000001746)	ENSMFAG00000056392	ENSMFAG00000044208	ENSMFAG00000064927
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.a #22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.a #22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.a #22
Orangutan	MODERN SPECIES	25	PSPH (ENSPPYG00000017545)	NIPSNAP2 (ENSPPYG00000017546)	ENSPPYG00000035840	SEPTIN14 (ENSPPYG00000017548)	ENSPPYG00000029410	ENSPPYG00000034458	ENSPPYG00000039000	ENSPPYG00000039012	ENSPPYG00000036019	ZNF722 (ENSPPYG00000017541)	ZNF727 (ENSPPYG00000034750)	ENSPPYG00000040724	ZNF735 (ENSPPYG00000018271)	ZNF679 (ENSPPYG00000033769)	ZNF736 (ENSPPYG00000030569)	ENSPPYG00000038268 #22	ENSPPYG00000031730	ENSPPYG00000033867	ZNF107 (ENSPPYG00000039638)	ENSPPYG00000033047	ZNF138 (ENSPPYG00000041455)	ENSPPYG00000038616	ENSPPYG00000017531	ENSPPYG00000031909	ENSPPYG00000032228	ENSPPYG00000017530	ENSPPYG00000034940	ENSPPYG00000039689	ENSPPYG00000039398	ENSPPYG00000039599
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	160															ENSMFAG00000051075	ENSMFAG00000048867 #22	ENSMFAG00000008207
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	LYZL6 (ENSMFAG00000044524)	CCL16 (ENSMFAG00000002269)	CCL14 (ENSMFAG00000000804)	CCL15 (ENSMFAG00000033315)	ENSMFAG00000003696	CCL18 (ENSMFAG00000036319)	ENSMFAG00000000159	ENSMFAG00000028229	ENSMFAG00000029679	ENSMFAG00000060965	ENSMFAG00000057148	ENSMFAG00000047776	ENSMFAG00000053936	ENSMFAG00000052110	ENSMFAG00000060658 #22	ENSMFAG00000063676 #22	ENSMFAG00000051245	ENSMFAG00000058779	DDX52 (ENSMFAG00000000640)	ENSMFAG00000030603	SYNRG (ENSMFAG00000044562)	DUSP14 (ENSMFAG00000010455)	ENSMFAG00000061442	TADA2A (ENSMFAG00000046352)	ACACA (ENSMFAG00000045655)	AATF (ENSMFAG00000003108)	LHX1 (ENSMFAG00000001746)	ENSMFAG00000056392	ENSMFAG00000044208	ENSMFAG00000064927	PIGW (ENSMFAG00000036468)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.a.b #22
Orangutan	DUPLICATION
Orangutan	MODERN SPECIES	8	ENSPPYG00000008192	MMP28 (ENSPPYG00000008193)	TAF15 (ENSPPYG00000008194)	HEATR9 (ENSPPYG00000008195)	ENSPPYG00000031268	RDM1 (ENSPPYG00000008198)	LYZL6 (ENSPPYG00000008199)	CCL16 (ENSPPYG00000008200)	ENSPPYG00000040512	CCL15 (ENSPPYG00000041781)	CCL23 (ENSPPYG00000008202)	CCL18 (ENSPPYG00000008203)	CCL3 (ENSPPYG00000038679)	ENSPPYG00000008205	ENSPPYG00000033195	ENSPPYG00000034866 #22	HNF1B (ENSPPYG00000008222)	DDX52 (ENSPPYG00000008221)	SYNRG (ENSPPYG00000008220)	DUSP14 (ENSPPYG00000008219)	TADA2A (ENSPPYG00000008218)	ACACA (ENSPPYG00000008216)	ENSPPYG00000008217	AATF (ENSPPYG00000008215)	LHX1 (ENSPPYG00000008214)	MRM1 (ENSPPYG00000034525)	DHRS11 (ENSPPYG00000008213)	ENSPPYG00000030234	ZNHIT3 (ENSPPYG00000008210)	MYO19 (ENSPPYG00000008211)	ENSPPYG00000008513
Orangutan	MODERN SPECIES	155															ENSPPYG00000031149	ENSPPYG00000036364 #22	ENSPPYG00000036040	HEATR6 (ENSPPYG00000008511)
Catarrhini	DUPLICATION
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	37													ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT01100000263507.D.a.b.a.b	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752	ENSGT00940000157044.i.a
Cercopithecidae	DUPLICATION
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000154631.lb.a	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT01100000263507.D.a.b.a.b	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.ab.a.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT00390000001752.`b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l	ENSGT00940000159212.a
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	156															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	160															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000015821	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000154631.lb.a	ENSGT00390000003115	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153675.a.a.b.e.b.a	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00940000161752.d	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT00940000164280	ENSGT01030000234556.a.b.a.x	ENSGT00910000146915	ENSGT00910000147299	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.ab.a.a	ENSGT00390000001752.ab.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00440000038159.p.a.e.b.a	ENSGT00940000158139	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000154631.lb.a	ENSGT00390000003115.e	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00940000153104.e.a.a.a.a.b	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00940000161752.d	ENSGT00390000003115.f	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00910000146915	ENSGT01100000263507.E.b.b.d	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.ab.a.a	ENSGT00390000001752.ab.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00940000163505.a.a.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00960000191503.c.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135.ib
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	13	ENSMFAG00000044932	CCT6A (ENSMFAG00000033952)	ENSMFAG00000047517	NIPSNAP2 (ENSMFAG00000044760)	ZNF713 (ENSMFAG00000038594)	SEPTIN14 (ENSMFAG00000033685)	ENSMFAG00000046356	ENSMFAG00000001023	ENSMFAG00000051236	ENSMFAG00000053651	ENSMFAG00000035937	ENSMFAG00000064784	ZNF735 (ENSMFAG00000037962)	ZNF679 (ENSMFAG00000002994)	ZNF736 (ENSMFAG00000039859)	ENSMFAG00000049638 #22	ENSMFAG00000002261	ZNF107 (ENSMFAG00000031156)	ENSMFAG00000052580	ENSMFAG00000000747	ENSMFAG00000030765	ENSMFAG00000041082	ENSMFAG00000050454	ENSMFAG00000050748	ENSMFAG00000038812	ENSMFAG00000048686	ENSMFAG00000039768	ENSMFAG00000037750	ENSMFAG00000060357	ASL (ENSMFAG00000046143)	ENSMFAG00000047315
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	228													ZNF722 (ENSMNEG00000013468)	ZNF679 (ENSMNEG00000028394)	ZNF736 (ENSMNEG00000031004)	ENSMNEG00000032204 #22	ENSMNEG00000032159	ZNF107 (ENSMNEG00000040288)	ENSMNEG00000042553	ENSMNEG00000033960	ENSMNEG00000033983	ENSMNEG00000004826	ENSMNEG00000028377	ENSMNEG00000033664	ENSMNEG00000036733
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	181															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	227														ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a #22	ENSGT00390000011666.x.a.e.b	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT00910000148577	ENSGT00910000146915	ENSGT00910000147299
Drill	MODERN SPECIES	1710														ZNF736 (ENSMLEG00000037449)	ENSMLEG00000028358	ENSMLEG00000027338 #22	ENSMLEG00000031446	ENSMLEG00000035675
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	316														ZNF736 (ENSCATG00000031671)	ENSCATG00000031704	ENSCATG00000042882 #22	ENSCATG00000019370	ENSCATG00000024227	ZNF107 (ENSCATG00000031054)	ENSCATG00000034608	ENSCATG00000031642	ENSCATG00000032414	ENSCATG00000032738	ENSCATG00000014967	ENSCATG00000026231	ENSCATG00000034530	ENSCATG00000032766	ENSCATG00000037879
Rhinopithecus	DUPLICATION
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	865														ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a.a #22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	519																ENSRROG00000038123 #22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1154															ZNF736 (ENSRBIG00000039960)	ENSRBIG00000037145 #22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	1062															ENSGT00730000111340.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.a.b #22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1680															ENSRROG00000029721	ENSRROG00000029099 #22	ENSRROG00000003301	ENSRROG00000032863
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.b #22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	384															ENSGT00940000165246.a	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a.b #22	ENSGT00940000154397.b.c.a.b.b	ENSGT00940000154397.b.c.a.b.a.b	ENSGT00940000154397.b.c.b.a.b.d	ENSGT00940000165358	ENSGT00950000183183.b.a.y.a.a.a	ENSGT00940000164101.a	ENSGT00940000162609.a	ENSGT00940000164638	ENSGT00940000164205	ENSGT00940000162609.b	ENSGT00940000160770.B.b.a	ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.b
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1971	ZNF841 (ENSRROG00000036907)	ZNF616 (ENSRROG00000035628)	ENSRROG00000018385	ZNF836 (ENSRROG00000022527)	PPP2R1A (ENSRROG00000039119)	ZNF610 (ENSRROG00000045802)	ZNF528 (ENSRROG00000040325)	ENSRROG00000033206	ENSRROG00000044123	ENSRROG00000035465	ZNF808 (ENSRROG00000009467)	ZNF701 (ENSRROG00000045288)	ENSRROG00000039436	ENSRROG00000030824	ZNF600 (ENSRROG00000037435)	ENSRROG00000044423 #22	ZNF468 (ENSRROG00000031174)	ZNF28 (ENSRROG00000032344)	ZNF888 (ENSRROG00000036532)	ZNF816 (ENSRROG00000033377)	ENSRROG00000030062	ENSRROG00000003713	ENSRROG00000037022	ZNF160 (ENSRROG00000035317)	ZNF415 (ENSRROG00000035150)	ZNF347 (ENSRROG00000030294)	ZNF665 (ENSRROG00000039874)	ENSRROG00000045794	ZNF677 (ENSRROG00000037335)	VN1R2 (ENSRROG00000012907)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1981															ZNF28 (ENSRBIG00000037464)	ENSRBIG00000028532 #22	ZNF468 (ENSRBIG00000037148)	ENSRBIG00000032168	ZNF888 (ENSRBIG00000041848)	ZNF816 (ENSRBIG00000036703)	ENSRBIG00000028484	ENSRBIG00000036517	ENSRBIG00000031822	ENSRBIG00000035780	ENSRBIG00000026527	ZNF160 (ENSRBIG00000032121)	ZNF415 (ENSRBIG00000036406)	ZNF347 (ENSRBIG00000032942)	ZNF665 (ENSRBIG00000042059)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000165518.a	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT01100000263507.D.a.b.a.b	ENSGT00940000157044.j	ENSGT00390000001752.y.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l
Gibbon	MODERN SPECIES	7	ENSNLEG00000032862	ENSNLEG00000015609	ZNF713 (ENSNLEG00000015611)	MRPS17 (ENSNLEG00000032290)	NIPSNAP2 (ENSNLEG00000015621)	PSPH (ENSNLEG00000015653)	CCT6A (ENSNLEG00000015664)	ENSNLEG00000015760	PHKG1 (ENSNLEG00000015779)	CHCHD2 (ENSNLEG00000033570)	ZNF722 (ENSNLEG00000034806)	ZNF727 (ENSNLEG00000007675)	ZNF735 (ENSNLEG00000030272)	ZNF679 (ENSNLEG00000029931)	ZNF736 (ENSNLEG00000007678)	ENSNLEG00000027575 #22	ENSNLEG00000031685	ENSNLEG00000035897	ZNF107 (ENSNLEG00000029664)	ENSNLEG00000035055	ENSNLEG00000007693	ENSNLEG00000000131	ENSNLEG00000028583	ENSNLEG00000030156	ENSNLEG00000007702	ENSNLEG00000032925	ENSNLEG00000030599	ENSNLEG00000028808	ENSNLEG00000034882	ENSNLEG00000001386	ASL (ENSNLEG00000001394)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00530000064242.b	ENSGT00390000003710.c.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000175200	ENSGT00390000001752.y.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00390000008135	ENSGT00510000047059.l	ENSGT00940000159212.a	ENSGT00940000156014
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000161752	ENSGT00950000182890.A.a.b.b.b	ENSGT00530000064130.d	ENSGT00950000183018.a.d	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.b	ENSGT00390000003710.c.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000164280	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000001752.y.a.b	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000154540.a.n.b	ENSGT00940000161033.d	ENSGT00390000011698.c.a.d	ENSGT00940000154540.a.n.a	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a.o	ENSGT00940000153883.b
Gorilla	DUPLICATION
Gorilla	MODERN SPECIES	20	ENSGGOG00000040626	ENSGGOG00000008398	ENSGGOG00000039908 #22	ENSGGOG00000008940	ENSGGOG00000042380	ZNF716 (ENSGGOG00000016902)	ENSGGOG00000042038	ENSGGOG00000036174	ENSGGOG00000028590	ZNF722 (ENSGGOG00000043913)	ZNF727 (ENSGGOG00000016300)	ENSGGOG00000040672	ENSGGOG00000004165	ZNF679 (ENSGGOG00000013283)	ZNF736 (ENSGGOG00000009080)	ENSGGOG00000026174 #22	ENSGGOG00000003876	ENSGGOG00000026627	ZNF107 (ENSGGOG00000039417)	ZNF138 (ENSGGOG00000008932)	ENSGGOG00000037087	ENSGGOG00000015983	ENSGGOG00000001751	ENSGGOG00000040753	ENSGGOG00000014185	GUSB (ENSGGOG00000007902)	ASL (ENSGGOG00000007222)	CRCP (ENSGGOG00000039733)	TPST1 (ENSGGOG00000024216)	ENSGGOG00000026241	ENSGGOG00000025422
Gorilla	MODERN SPECIES	20	ENSGGOG00000026627	ENSGGOG00000003876	ENSGGOG00000026174 #22	ZNF736 (ENSGGOG00000009080)	ZNF679 (ENSGGOG00000013283)	ENSGGOG00000004165	ENSGGOG00000040672	ZNF727 (ENSGGOG00000016300)	ZNF722 (ENSGGOG00000043913)	ENSGGOG00000028590	ENSGGOG00000036174	ENSGGOG00000042038	ZNF716 (ENSGGOG00000016902)	ENSGGOG00000042380	ENSGGOG00000008940	ENSGGOG00000039908 #22	ENSGGOG00000008398	ENSGGOG00000040626	ENSGGOG00000023732	ENSGGOG00000027430	CHCHD2 (ENSGGOG00000014938)	PHKG1 (ENSGGOG00000007584)	ENSGGOG00000007573	CCT6A (ENSGGOG00000011439)	PSPH (ENSGGOG00000015343)	NIPSNAP2 (ENSGGOG00000039698)	MRPS17 (ENSGGOG00000039358)	ZNF713 (ENSGGOG00000013610)	ENSGGOG00000038545	SEPTIN14 (ENSGGOG00000009936)	ENSGGOG00000007468
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Pan	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000003115.a	ENSGT00940000154631	ENSGT00940000162897	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.p.a.a.b	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.b	ENSGT00390000007890.c.a	ENSGT00390000003710.c.a.a	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000162960.B	ENSGT00390000003682.ib.b.c.a.a.b	ENSGT00390000008072.e.b	ENSGT00940000153236.b.b.a.b.a.a	ENSGT00940000154251.A.a.a.b	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.a #22	ENSGT00940000163252.d	ENSGT00940000160467.l	ENSGT00940000164280	ENSGT01030000234556.a.b.a.z	ENSGT00910000146915	ENSGT01100000263507.E.b.b.c.a	ENSGT00940000154251.A.b.b.a.b.a.a	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b.g	ENSGT00940000154540.a.n.b.a	ENSGT00940000161033.d	ENSGT00390000011698.c.a.d	ENSGT00940000154540.a.n.a	ENSGT00940000161327
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Chimpanzee	DUPLICATION
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Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	20	ENSPTRG00000045316	ENSPTRG00000047613	ENSPTRG00000044106	ENSPTRG00000049132	ENSPTRG00000050749	ENSPTRG00000023458	ENSPTRG00000046767 #22	ENSPTRG00000048681	ZNF716 (ENSPTRG00000033863)	ENSPTRG00000039718	ENSPTRG00000045211	ENSPTRG00000045775	ENSPTRG00000052630	ENSPTRG00000043391	ENSPTRG00000048413	ENSPTRG00000043348 #22	ENSPTRG00000049234	ENSPTRG00000046749	ENSPTRG00000051239	CHCHD2 (ENSPTRG00000019209)	PHKG1 (ENSPTRG00000019208)	SUMF2 (ENSPTRG00000019207)	CCT6A (ENSPTRG00000019206)	PSPH (ENSPTRG00000019205)	NIPSNAP2 (ENSPTRG00000019204)	MRPS17 (ENSPTRG00000019203)	ENSPTRG00000042855	ENSPTRG00000052525	SEPTIN14 (ENSPTRG00000019200)	ENSPTRG00000045887	ENSPTRG00000050669
Chimpanzee	MODERN SPECIES	273																ENSPTRG00000047966 #22
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Hominoidea	DUPLICATION
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Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22
Pan	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158539	ENSGT00960000190927	ENSGT00940000158526	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00390000016542	ENSGT00940000157233	ENSGT00950000183208.A.c.a.e	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000008033	ENSGT00390000007384.c.b	ENSGT00940000157521.b	ENSGT00910000147617	ENSGT00950000182883.b.a.a	ENSGT00940000155953	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b.b #22	ENSGT00390000002862	ENSGT00940000159262	ENSGT00940000153434.a.b.a.b.l	ENSGT01050000244848.C.a	ENSGT01030000234618.F	ENSGT01050000244824.D.b	ENSGT00940000155324	ENSGT00940000160205	ENSGT00940000156095	ENSGT00940000158559	ENSGT00390000006705	ENSGT00940000160383	ENSGT00940000155759	ENSGT00490000043417	ENSGT00390000001170
Chimpanzee	MODERN SPECIES	15	ENSPTRG00000051205	EPC2 (ENSPTRG00000012518)	MBD5 (ENSPTRG00000029184)	ORC4 (ENSPTRG00000012515)	ACVR2A (ENSPTRG00000012514)	ZEB2 (ENSPTRG00000012513)	GTDC1 (ENSPTRG00000012511)	ARHGAP15 (ENSPTRG00000012510)	KYNU (ENSPTRG00000012509)	ENSPTRG00000048004	LRP1B (ENSPTRG00000012508)	ENSPTRG00000042896	ENSPTRG00000052120	NXPH2 (ENSPTRG00000012505)	SPOPL (ENSPTRG00000012504)	ENSPTRG00000042850 #22	HNMT (ENSPTRG00000012503)	THSD7B (ENSPTRG00000012502)	ENSPTRG00000042775	CXCR4 (ENSPTRG00000012501)	DARS1 (ENSPTRG00000012500)	MCM6 (ENSPTRG00000012498)	LCT (ENSPTRG00000012497)	UBXN4 (ENSPTRG00000012496)	R3HDM1 (ENSPTRG00000012494)	ENSPTRG00000046031	ZRANB3 (ENSPTRG00000012492)	RAB3GAP1 (ENSPTRG00000012491)	MAP3K19 (ENSPTRG00000012490)	CCNT2 (ENSPTRG00000024043)	ACMSD (ENSPTRG00000012488)
Bonobo	MODERN SPECIES	15	ENSPPAG00000001157	EPC2 (ENSPPAG00000040114)	MBD5 (ENSPPAG00000037170)	ORC4 (ENSPPAG00000043794)	ACVR2A (ENSPPAG00000043981)	ZEB2 (ENSPPAG00000025839)	GTDC1 (ENSPPAG00000033824)	ARHGAP15 (ENSPPAG00000031056)	KYNU (ENSPPAG00000008434)	ENSPPAG00000039032	LRP1B (ENSPPAG00000003706)	ENSPPAG00000041987	ENSPPAG00000040658	NXPH2 (ENSPPAG00000039555)	SPOPL (ENSPPAG00000001924)	ENSPPAG00000038546 #22	HNMT (ENSPPAG00000030141)	THSD7B (ENSPPAG00000036421)	ENSPPAG00000009775	ENSPPAG00000032080	CXCR4 (ENSPPAG00000041523)	DARS1 (ENSPPAG00000039644)	MCM6 (ENSPPAG00000014507)	LCT (ENSPPAG00000005000)	UBXN4 (ENSPPAG00000041972)	R3HDM1 (ENSPPAG00000027858)	ENSPPAG00000039991	ZRANB3 (ENSPPAG00000029480)	RAB3GAP1 (ENSPPAG00000028809)	MAP3K19 (ENSPPAG00000040650)	CCNT2 (ENSPPAG00000037070)
Gorilla	MODERN SPECIES	8	SMYD4 (ENSGGOG00000000244) #8	SERPINF1 (ENSGGOG00000000241) #9	SERPINF2 (ENSGGOG00000026220) #10	WDR81 (ENSGGOG00000016634) #11	TLCD2 (ENSGGOG00000010472) #12	PRPF8 (ENSGGOG00000005516) #13	RILP (ENSGGOG00000005513) #15	SCARF1 (ENSGGOG00000005507) #16	SLC43A2 (ENSGGOG00000007383) #17	PITPNA (ENSGGOG00000007379) #18	ENSGGOG00000039984	INPP5K (ENSGGOG00000007373) #19	MYO1C (ENSGGOG00000009040) #20	CRK (ENSGGOG00000006758) #21	YWHAE (ENSGGOG00000016840) #22	ENSGGOG00000042847 #22	ENSGGOG00000006670 #36	BHLHA9 (ENSGGOG00000016493) #35	ABR (ENSGGOG00000016898) #34	TIMM22 (ENSGGOG00000038448) #33	ENSGGOG00000015520 #32	MRM3 (ENSGGOG00000015518) #31	ENSGGOG00000015512 #30	GEMIN4 (ENSGGOG00000015510) #29	TLCD3A (ENSGGOG00000015506) #28	ENSGGOG00000023596	VPS53 (ENSGGOG00000010585) #27	RFLNB (ENSGGOG00000023018) #26	ENSGGOG00000009756	RPH3AL (ENSGGOG00000034877) #24	ENSGGOG00000025264 #23
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.a	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	7	RPA1 (ENSCSAG00000013833)	SMYD4 (ENSCSAG00000013840) #8	SERPINF1 (ENSCSAG00000013883) #9	SERPINF2 (ENSCSAG00000013894) #10	WDR81 (ENSCSAG00000013905) #11	ENSCSAG00000013908	TLCD2 (ENSCSAG00000013911) #12	PRPF8 (ENSCSAG00000013929) #13	RILP (ENSCSAG00000013947) #15	SCARF1 (ENSCSAG00000014005) #16	SLC43A2 (ENSCSAG00000014025) #17	ENSCSAG00000014032	INPP5K (ENSCSAG00000014042) #19	MYO1C (ENSCSAG00000014058) #20	CRK (ENSCSAG00000014068) #21	YWHAE (ENSCSAG00000014074) #22	TRARG1 (ENSCSAG00000014084) #36	BHLHA9 (ENSCSAG00000019114) #35	ABR (ENSCSAG00000014173) #34	TIMM22 (ENSCSAG00000014203) #33	NXN (ENSCSAG00000014227) #32	MRM3 (ENSCSAG00000014247) #31	GLOD4 (ENSCSAG00000014254) #30	GEMIN4 (ENSCSAG00000014260) #29	TLCD3A (ENSCSAG00000014265) #28	ENSCSAG00000014288	VPS53 (ENSCSAG00000014307) #27	RFLNB (ENSCSAG00000014319) #26	C17orf97 (ENSCSAG00000014323) #25	RPH3AL (ENSCSAG00000014339) #24	DOC2B (ENSCSAG00000014361) #23
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00910000146484
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	94	ENSMNEG00000031632	SMYD4 (ENSMNEG00000009717) #8	SERPINF1 (ENSMNEG00000032039) #9	SERPINF2 (ENSMNEG00000044103) #10	WDR81 (ENSMNEG00000036661) #11	TLCD2 (ENSMNEG00000030678) #12	PRPF8 (ENSMNEG00000035713) #13	RILP (ENSMNEG00000029980) #15	SCARF1 (ENSMNEG00000035270) #16	SLC43A2 (ENSMNEG00000040036) #17	PITPNA (ENSMNEG00000043212) #18	ENSMNEG00000005966	INPP5K (ENSMNEG00000035408) #19	MYO1C (ENSMNEG00000031081) #20	CRK (ENSMNEG00000039514) #21	YWHAE (ENSMNEG00000043038) #22	TRARG1 (ENSMNEG00000021061) #36	ABR (ENSMNEG00000037702) #34	TIMM22 (ENSMNEG00000029028) #33	NXN (ENSMNEG00000030279) #32	MRM3 (ENSMNEG00000032873) #31	GLOD4 (ENSMNEG00000043094) #30	ENSMNEG00000032391	GEMIN4 (ENSMNEG00000024138) #29	TLCD3A (ENSMNEG00000020338) #28	VPS53 (ENSMNEG00000042047) #27	ENSMNEG00000040497	RFLNB (ENSMNEG00000031223) #26	ENSMNEG00000037250	RPH3AL (ENSMNEG00000036329) #24	DOC2B (ENSMNEG00000039645) #23
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403.c.a	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26
Rhesus	MODERN SPECIES	7	ENSMMUG00000052847	SERPINF1 (ENSMMUG00000022194) #9	SERPINF2 (ENSMMUG00000002382) #10	WDR81 (ENSMMUG00000002380) #11	TLCD2 (ENSMMUG00000062386) #12	PRPF8 (ENSMMUG00000004820) #13	SCARF1 (ENSMMUG00000002376) #16	SLC43A2 (ENSMMUG00000017561) #17	PITPNA (ENSMMUG00000040268) #18	ENSMMUG00000055241	INPP5K (ENSMMUG00000002373) #19	ENSMMUG00000050720	MYO1C (ENSMMUG00000002371) #20	ENSMMUG00000056053	CRK (ENSMMUG00000040390) #21	YWHAE (ENSMMUG00000019378) #22	TRARG1 (ENSMMUG00000057873) #36	ENSMMUG00000063406	TIMM22 (ENSMMUG00000008129) #33	ABR (ENSMMUG00000008130) #34	NXN (ENSMMUG00000011425) #32	ENSMMUG00000050172	MRM3 (ENSMMUG00000060467) #31	GLOD4 (ENSMMUG00000011417) #30	ENSMMUG00000050361	GEMIN4 (ENSMMUG00000030401) #29	TLCD3A (ENSMMUG00000055344) #28	VPS53 (ENSMMUG00000003042) #27	ENSMMUG00000052611	RFLNB (ENSMMUG00000060823) #26	ENSMMUG00000058876
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	RTN4RL1 (ENSMFAG00000042091) #7	RPA1 (ENSMFAG00000036138)	SMYD4 (ENSMFAG00000032240) #8	SERPINF1 (ENSMFAG00000044409) #9	SERPINF2 (ENSMFAG00000038758) #10	ENSMFAG00000038622 #11	ENSMFAG00000062276	PRPF8 (ENSMFAG00000039995) #13	SCARF1 (ENSMFAG00000032062) #16	ENSMFAG00000030102	PITPNA (ENSMFAG00000045283) #18	INPP5K (ENSMFAG00000030338) #19	MYO1C (ENSMFAG00000044455) #20	CRK (ENSMFAG00000000502) #21	ENSMFAG00000056902	YWHAE (ENSMFAG00000039687) #22	TRARG1 (ENSMFAG00000065706) #36	BHLHA9 (ENSMFAG00000065543) #35	ENSMFAG00000063599	ABR (ENSMFAG00000044480) #34	TIMM22 (ENSMFAG00000031269) #33	NXN (ENSMFAG00000041118) #32	ENSMFAG00000006775	MRM3 (ENSMFAG00000045382) #31	GLOD4 (ENSMFAG00000032435) #30	ENSMFAG00000048104	GEMIN4 (ENSMFAG00000037363) #29	TLCD3A (ENSMFAG00000000080) #28	VPS53 (ENSMFAG00000002507) #27	ENSMFAG00000017819	RFLNB (ENSMFAG00000057680) #26
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000012403.c.a	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24
Olive baboon	MODERN SPECIES	8	OVCA2 (ENSPANG00000024597)	DPH1 (ENSPANG00000024596)	RTN4RL1 (ENSPANG00000001706) #7	ENSPANG00000024592	SERPINF1 (ENSPANG00000024590) #9	SERPINF2 (ENSPANG00000024589) #10	WDR81 (ENSPANG00000024598) #11	TLCD2 (ENSPANG00000048560) #12	PRPF8 (ENSPANG00000024607) #13	SCARF1 (ENSPANG00000024605) #16	SLC43A2 (ENSPANG00000024604) #17	PITPNA (ENSPANG00000024603) #18	INPP5K (ENSPANG00000024602) #19	MYO1C (ENSPANG00000024601) #20	CRK (ENSPANG00000024600) #21	YWHAE (ENSPANG00000024608) #22	TRARG1 (ENSPANG00000035252) #36	BHLHA9 (ENSPANG00000043287) #35	ABR (ENSPANG00000024616) #34	TIMM22 (ENSPANG00000024615) #33	NXN (ENSPANG00000024614) #32	MRM3 (ENSPANG00000024613) #31	GLOD4 (ENSPANG00000024612) #30	GEMIN4 (ENSPANG00000024610) #29	TLCD3A (ENSPANG00000024624) #28	VPS53 (ENSPANG00000024631) #27	RFLNB (ENSPANG00000024630) #26	C17orf97 (ENSPANG00000024629) #25	DOC2B (ENSPANG00000034831) #23
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000012403.c.a	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT00980000203260	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00910000147785	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Drill	MODERN SPECIES	1309												INPP5K (ENSMLEG00000038285) #19	MYO1C (ENSMLEG00000042556) #20	CRK (ENSMLEG00000021541) #21	ENSMLEG00000009287	YWHAE (ENSMLEG00000033328) #22	TRARG1 (ENSMLEG00000043357) #36	ABR (ENSMLEG00000004744) #34	TIMM22 (ENSMLEG00000038820) #33	ENSMLEG00000038143	ENSMLEG00000026999	MRM3 (ENSMLEG00000034316) #31	GLOD4 (ENSMLEG00000029202) #30	GEMIN4 (ENSMLEG00000039332) #29	TLCD3A (ENSMLEG00000032469) #28	VPS53 (ENSMLEG00000003051) #27	RFLNB (ENSMLEG00000038458) #26	C17orf97 (ENSMLEG00000043540) #25	RPH3AL (ENSMLEG00000033754) #24	DOC2B (ENSMLEG00000000713) #23	ERMARD (ENSMLEG00000024927)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	111	ENSCATG00000041007	SMYD4 (ENSCATG00000041884) #8	SERPINF1 (ENSCATG00000031147) #9	SERPINF2 (ENSCATG00000033904) #10	WDR81 (ENSCATG00000030216) #11	TLCD2 (ENSCATG00000033773) #12	PRPF8 (ENSCATG00000038595) #13	RILP (ENSCATG00000034884) #15	SCARF1 (ENSCATG00000041644) #16	SLC43A2 (ENSCATG00000033589) #17	PITPNA (ENSCATG00000021709) #18	INPP5K (ENSCATG00000042698) #19	MYO1C (ENSCATG00000042577) #20	ENSCATG00000041506	CRK (ENSCATG00000041862) #21	YWHAE (ENSCATG00000042667) #22	TRARG1 (ENSCATG00000039428) #36	ABR (ENSCATG00000044507) #34	TIMM22 (ENSCATG00000038076) #33	NXN (ENSCATG00000039476) #32	ENSCATG00000039544	MRM3 (ENSCATG00000032099) #31	GLOD4 (ENSCATG00000037534) #30	GEMIN4 (ENSCATG00000022135) #29	TLCD3A (ENSCATG00000031024) #28	VPS53 (ENSCATG00000043291) #27	ENSCATG00000034807	RFLNB (ENSCATG00000034756) #26	C17orf97 (ENSCATG00000039905) #25	RPH3AL (ENSCATG00000044491) #24	DOC2B (ENSCATG00000042528) #23
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	98	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00910000146989	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.lg.b.b #22	ENSGT00940000160337 #36	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT01100000263493.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00910000147455	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00940000156758 #23
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1750	RPA1 (ENSRROG00000043278)	SMYD4 (ENSRROG00000025089) #8	SERPINF1 (ENSRROG00000013097) #9	SERPINF2 (ENSRROG00000010314) #10	WDR81 (ENSRROG00000042028) #11	TLCD2 (ENSRROG00000028778) #12	PRPF8 (ENSRROG00000038014) #13	RILP (ENSRROG00000000050) #15	SCARF1 (ENSRROG00000043935) #16	SLC43A2 (ENSRROG00000045184) #17	PITPNA (ENSRROG00000045299) #18	ENSRROG00000040612	INPP5K (ENSRROG00000043460) #19	MYO1C (ENSRROG00000034181) #20	CRK (ENSRROG00000035466) #21	YWHAE (ENSRROG00000039739) #22	TRARG1 (ENSRROG00000026760) #36	ABR (ENSRROG00000033877) #34	TIMM22 (ENSRROG00000036599) #33	ENSRROG00000037432	NXN (ENSRROG00000031195) #32	MRM3 (ENSRROG00000041720) #31	GLOD4 (ENSRROG00000035753) #30	ENSRROG00000031360	GEMIN4 (ENSRROG00000043454) #29	TLCD3A (ENSRROG00000034352) #28	VPS53 (ENSRROG00000043484) #27	RFLNB (ENSRROG00000039003) #26	C17orf97 (ENSRROG00000045085) #25	RPH3AL (ENSRROG00000028680) #24	DOC2B (ENSRROG00000033961) #23
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	39	ENSRBIG00000023934	RPA1 (ENSRBIG00000036587)	SMYD4 (ENSRBIG00000016078) #8	SERPINF1 (ENSRBIG00000037075) #9	SERPINF2 (ENSRBIG00000030594) #10	WDR81 (ENSRBIG00000042885) #11	PRPF8 (ENSRBIG00000031219) #13	RILP (ENSRBIG00000042377) #15	SCARF1 (ENSRBIG00000042668) #16	SLC43A2 (ENSRBIG00000041402) #17	PITPNA (ENSRBIG00000014108) #18	ENSRBIG00000036155	INPP5K (ENSRBIG00000037118) #19	MYO1C (ENSRBIG00000040262) #20	CRK (ENSRBIG00000006454) #21	YWHAE (ENSRBIG00000039460) #22	TRARG1 (ENSRBIG00000030723) #36	ABR (ENSRBIG00000044627) #34	TIMM22 (ENSRBIG00000044331) #33	NXN (ENSRBIG00000044332) #32	ENSRBIG00000044241	MRM3 (ENSRBIG00000044238) #31	GLOD4 (ENSRBIG00000037041) #30	GEMIN4 (ENSRBIG00000042493) #29	TLCD3A (ENSRBIG00000035250) #28	VPS53 (ENSRBIG00000043490) #27	RFLNB (ENSRBIG00000035599) #26	C17orf97 (ENSRBIG00000028297) #25	RPH3AL (ENSRBIG00000039247) #24	DOC2B (ENSRBIG00000040215) #23
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000165249	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Bushbaby	MODERN SPECIES	260	OVCA2 (ENSOGAG00000028370)	DPH1 (ENSOGAG00000006385)	RTN4RL1 (ENSOGAG00000005584) #7	ENSOGAG00000005581	SMYD4 (ENSOGAG00000012800) #8	SERPINF1 (ENSOGAG00000012799) #9	SERPINF2 (ENSOGAG00000012794) #10	ENSOGAG00000031132 #11	ENSOGAG00000012785 #13	SCARF1 (ENSOGAG00000002236) #16	SLC43A2 (ENSOGAG00000006182) #17	PITPNA (ENSOGAG00000006178) #18	INPP5K (ENSOGAG00000006172) #19	MYO1C (ENSOGAG00000006161) #20	CRK (ENSOGAG00000006159) #21	YWHAE (ENSOGAG00000006155) #22	DOC2B (ENSOGAG00000031878) #23	RPH3AL (ENSOGAG00000016283) #24	ENSOGAG00000006725 #25	RFLNB (ENSOGAG00000004621) #26
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000165249	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	138	ENSGT00940000153694.A	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1362												PITPNA (ENSPSMG00000015131) #18	INPP5K (ENSPSMG00000015102) #19	MYO1C (ENSPSMG00000014750) #20	CRK (ENSPSMG00000014353) #21	YWHAE (ENSPSMG00000014310) #22	DOC2B (ENSPSMG00000014272) #23	RPH3AL (ENSPSMG00000014252) #24
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	557	DPH1 (ENSPCOG00000023620)	RTN4RL1 (ENSPCOG00000024211) #7	RPA1 (ENSPCOG00000001799)	SMYD4 (ENSPCOG00000013821) #8	SERPINF1 (ENSPCOG00000027109) #9	SERPINF2 (ENSPCOG00000002960) #10	WDR81 (ENSPCOG00000028729) #11	PRPF8 (ENSPCOG00000015182) #13	RILP (ENSPCOG00000028033) #15	SCARF1 (ENSPCOG00000005041) #16	SLC43A2 (ENSPCOG00000027974) #17	PITPNA (ENSPCOG00000018905) #18	INPP5K (ENSPCOG00000028791) #19	MYO1C (ENSPCOG00000019765) #20	CRK (ENSPCOG00000021068) #21	YWHAE (ENSPCOG00000023837) #22	DOC2B (ENSPCOG00000019713) #23	RPH3AL (ENSPCOG00000023072) #24	ENSPCOG00000021302 #25
Mouse lemur	MODERN SPECIES	7	RTN4RL1 (ENSMICG00000012885) #7	RPA1 (ENSMICG00000012867)	SMYD4 (ENSMICG00000000175) #8	SERPINF1 (ENSMICG00000000173) #9	SERPINF2 (ENSMICG00000000169) #10	WDR81 (ENSMICG00000000167) #11	ENSMICG00000000163	PRPF8 (ENSMICG00000010320) #13	RILP (ENSMICG00000034729) #15	SCARF1 (ENSMICG00000003881) #16	SLC43A2 (ENSMICG00000003877) #17	PITPNA (ENSMICG00000003870) #18	INPP5K (ENSMICG00000003861) #19	MYO1C (ENSMICG00000003839) #20	CRK (ENSMICG00000043200) #21	YWHAE (ENSMICG00000003595) #22	DOC2B (ENSMICG00000026925) #23	RPH3AL (ENSMICG00000044522) #24	RFLNB (ENSMICG00000038370) #26	ENSMICG00000031740	VPS53 (ENSMICG00000009328) #27	TLCD3A (ENSMICG00000009347) #28	GEMIN4 (ENSMICG00000033667) #29	ENSMICG00000027145	GLOD4 (ENSMICG00000009361) #30	MRM3 (ENSMICG00000031420) #31	NXN (ENSMICG00000009368) #32	TIMM22 (ENSMICG00000041939) #33	ABR (ENSMICG00000009381) #34	TRARG1 (ENSMICG00000028858) #36	GOSR1 (ENSMICG00000007911) #37
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000153694.A	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00910000146484	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Sloth	DUPLICATION
Sloth	MODERN SPECIES	924																ENSCHOG00000005876 #22
Sloth	MODERN SPECIES	12935																ENSCHOG00000010861 #22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	1449											ENSDNOG00000012581	ENSDNOG00000047738	KLF11 (ENSDNOG00000035689)	GRHL1 (ENSDNOG00000014493)	TAF1B (ENSDNOG00000018268)	ENSDNOG00000033666 #22	ADAM17 (ENSDNOG00000009284)	IAH1 (ENSDNOG00000009272)	CPSF3 (ENSDNOG00000008940)	ITGB1BP1 (ENSDNOG00000008930)	ASAP2 (ENSDNOG00000008886)	ENSDNOG00000041786	MBOAT2 (ENSDNOG00000041557)	KIDINS220 (ENSDNOG00000002905)	ID2 (ENSDNOG00000035918)	ENSDNOG00000042784
Armadillo	MODERN SPECIES	4634	DPH1 (ENSDNOG00000011203)	RTN4RL1 (ENSDNOG00000044606) #7	RPA1 (ENSDNOG00000017218)	SMYD4 (ENSDNOG00000004083) #8	SERPINF1 (ENSDNOG00000007000) #9	SERPINF2 (ENSDNOG00000008904) #10	WDR81 (ENSDNOG00000046392) #11	PRPF8 (ENSDNOG00000018471) #13	ENSDNOG00000038065 #15	SCARF1 (ENSDNOG00000033044) #16	SLC43A2 (ENSDNOG00000001390) #17	ENSDNOG00000045853	INPP5K (ENSDNOG00000049053) #19	MYO1C (ENSDNOG00000001375) #20	CRK (ENSDNOG00000042981) #21	YWHAE (ENSDNOG00000041350) #22	DOC2B (ENSDNOG00000049737) #23	RPH3AL (ENSDNOG00000035754) #24	ENSDNOG00000037107	RFLNB (ENSDNOG00000043125) #26	VPS53 (ENSDNOG00000001544) #27	TLCD3A (ENSDNOG00000044974) #28	GEMIN4 (ENSDNOG00000048322) #29	ENSDNOG00000004279	GLOD4 (ENSDNOG00000040540) #30	MRM3 (ENSDNOG00000004294) #31	NXN (ENSDNOG00000004297) #32	TIMM22 (ENSDNOG00000038033) #33	ABR (ENSDNOG00000002018) #34	BHLHA9 (ENSDNOG00000024451) #35	TRARG1 (ENSDNOG00000045520) #36
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165.b #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165.b #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Elephant	MODERN SPECIES	414	RTN4RL1 (ENSLAFG00000000917) #7	RPA1 (ENSLAFG00000015354)	SMYD4 (ENSLAFG00000015349) #8	SERPINF1 (ENSLAFG00000015345) #9	SERPINF2 (ENSLAFG00000009227) #10	WDR81 (ENSLAFG00000029493) #11	TLCD2 (ENSLAFG00000015458) #12	PRPF8 (ENSLAFG00000015445) #13	RILP (ENSLAFG00000031776) #15	SCARF1 (ENSLAFG00000015466) #16	SLC43A2 (ENSLAFG00000012908) #17	PITPNA (ENSLAFG00000010065) #18	INPP5K (ENSLAFG00000010060) #19	MYO1C (ENSLAFG00000030443) #20	CRK (ENSLAFG00000010559) #21	YWHAE (ENSLAFG00000005965) #22	DOC2B (ENSLAFG00000016819) #23	RPH3AL (ENSLAFG00000002838) #24	ENSLAFG00000030206 #25	RFLNB (ENSLAFG00000015948) #26	VPS53 (ENSLAFG00000015953) #27	TLCD3A (ENSLAFG00000017562) #28	GEMIN4 (ENSLAFG00000017567) #29	ENSLAFG00000017570	GLOD4 (ENSLAFG00000016643) #30	MRM3 (ENSLAFG00000016652) #31	NXN (ENSLAFG00000016660) #32	ENSLAFG00000009675	ABR (ENSLAFG00000002668) #34	BHLHA9 (ENSLAFG00000011249) #35	TRARG1 (ENSLAFG00000020853) #36
Hyrax	MODERN SPECIES	852																YWHAE (ENSPCAG00000015834) #22
Tenrec	DUPLICATION
Tenrec	MODERN SPECIES	1139																YWHAE (ENSETEG00000012056) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	11911																ENSETEG00000016608 #22
Tenrec	MODERN SPECIES	16158																ENSETEG00000006679 #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT01100000264619	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35
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Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
Wallaby	MODERN SPECIES	1810																YWHAE (ENSMEUG00000015460) #22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00390000012403	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000156538.c #19	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156758 #23	ENSGT00440000034248 #24	ENSGT00440000038370 #25	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT01010000222313.A.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000163490	ENSGT00390000012340 #30	ENSGT00390000017317 #31	ENSGT00940000161894 #32	ENSGT00390000016067 #33	ENSGT00940000153491.b.b.a #34	ENSGT00390000002453 #35	ENSGT00940000160337 #36
koala	DUPLICATION
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Tasmanian devil	DUPLICATION
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Platypus	MODERN SPECIES	8	DPH1 (ENSOANG00000046311)	ENSOANG00000040071 #7	RPA1 (ENSOANG00000010880)	SMYD4 (ENSOANG00000010879) #8	SERPINF1 (ENSOANG00000010878) #9	SERPINF2 (ENSOANG00000010877) #10	ENSOANG00000010875 #11	TLCD2 (ENSOANG00000037643) #12	PRPF8 (ENSOANG00000004250) #13	SCARF1 (ENSOANG00000001373) #16	SLC43A2 (ENSOANG00000002538) #17	PITPNA (ENSOANG00000002537) #18	ENSOANG00000002536 #19	MYO1C (ENSOANG00000043475) #20	CRK (ENSOANG00000007759) #21	YWHAE (ENSOANG00000036824) #22	DOC2B (ENSOANG00000036409) #23	ENSOANG00000048900 #24	ENSOANG00000002532 #26	VPS53 (ENSOANG00000002530) #27	ENSOANG00000001522 #28	ENSOANG00000009929 #29	ENSOANG00000045550	ENSOANG00000043591 #29	GLOD4 (ENSOANG00000049222) #30	ENSOANG00000009926	NXN (ENSOANG00000040222) #32	SLC47A1 (ENSOANG00000012714)	ENSOANG00000012713	ALDH3A2 (ENSOANG00000012712)	SLC47A2 (ENSOANG00000012711)
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Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	18														ENSGT00970000194055	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403
Aves	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k.a	ENSGT00950000183122.B.k.b	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
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Flycatcher	MODERN SPECIES	9	ENSFALG00000006781	ENSFALG00000006773	VKORC1L1 (ENSFALG00000028547)	ENSFALG00000006748	ENSFALG00000006743	ENSFALG00000006731	CRCP (ENSFALG00000006720)	TPST1 (ENSFALG00000006719)	KCTD7 (ENSFALG00000006717)	RABGEF1 (ENSFALG00000006714)	TMEM248 (ENSFALG00000006712)	ENSFALG00000015190	LRRC75A (ENSFALG00000024319)	ENSFALG00000006704	ENSFALG00000025189 #21	YWHAE (ENSFALG00000026378) #22	MYO1C (ENSFALG00000006676) #20	INPP5K (ENSFALG00000006671) #19	PITPNA (ENSFALG00000025969) #18	SLC43A2 (ENSFALG00000006646) #17	SCARF1 (ENSFALG00000006640) #16	RILP (ENSFALG00000006633) #15	PRPF8 (ENSFALG00000006628) #13	ENSFALG00000023130	ENSFALG00000006618	WDR81 (ENSFALG00000006614) #11	SERPINF2 (ENSFALG00000006609) #10	SERPINF1 (ENSFALG00000006604) #9	SMYD4 (ENSFALG00000006593) #8	RPA1 (ENSFALG00000006575)	RTN4RL1 (ENSFALG00000006561) #7
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Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000008983.b	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k.a	ENSGT00950000183122.B.k.b	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Common canary	MODERN SPECIES	28	PSPH (ENSSCAG00000006646)	CCT6B (ENSSCAG00000006650)	ENSSCAG00000006661	PHKG1 (ENSSCAG00000006669)	CHCHD2 (ENSSCAG00000006673)	VKORC1L1 (ENSSCAG00000006675)	GUSB (ENSSCAG00000006694)	CRCP (ENSSCAG00000006859)	TPST1 (ENSSCAG00000006865)	KCTD7 (ENSSCAG00000006872)	RABGEF1 (ENSSCAG00000006875)	TMEM248 (ENSSCAG00000006881)	LRRC75A (ENSSCAG00000006883)	NCBP3 (ENSSCAG00000006892)	CRK (ENSSCAG00000006934) #21	YWHAE (ENSSCAG00000006940) #22	MYO1C (ENSSCAG00000006945) #20	INPP5K (ENSSCAG00000006968) #19	PITPNA (ENSSCAG00000006978) #18	SLC43A2 (ENSSCAG00000006985) #17	SCARF1 (ENSSCAG00000006989) #16	PRPF8 (ENSSCAG00000007016) #13	TLCD2 (ENSSCAG00000007110) #12	ENSSCAG00000007115	WDR81 (ENSSCAG00000007123) #11	SERPINF2 (ENSSCAG00000007126) #10	SERPINF1 (ENSSCAG00000007130) #9	SMYD4 (ENSSCAG00000007137) #8	RPA1 (ENSSCAG00000007140)	RTN4RL1 (ENSSCAG00000007145) #7	DPH1 (ENSSCAG00000007149)
Zebra finch	MODERN SPECIES	10	ENSTGUG00000005131	PHKG1 (ENSTGUG00000005156)	CHCHD2 (ENSTGUG00000005194)	VKORC1L1 (ENSTGUG00000005263)	GUSB (ENSTGUG00000005273)	ENSTGUG00000018246	ENSTGUG00000005304	CRCP (ENSTGUG00000005354)	TPST1 (ENSTGUG00000005366)	KCTD7 (ENSTGUG00000020956)	RABGEF1 (ENSTGUG00000005373)	TMEM248 (ENSTGUG00000005387)	LRRC75A (ENSTGUG00000022437)	CRK (ENSTGUG00000027683) #21	NCBP3 (ENSTGUG00000005396)	YWHAE (ENSTGUG00000005435) #22	MYO1C (ENSTGUG00000005458) #20	INPP5K (ENSTGUG00000005518) #19	PITPNA (ENSTGUG00000005551) #18	SLC43A2 (ENSTGUG00000005580) #17	SCARF1 (ENSTGUG00000005622) #16	RILP (ENSTGUG00000005643) #15	PRPF8 (ENSTGUG00000005648) #13	TLCD2 (ENSTGUG00000005710) #12	ENSTGUG00000005712	WDR81 (ENSTGUG00000005724) #11	SERPINF2 (ENSTGUG00000005737) #10	SERPINF1 (ENSTGUG00000005744) #9	SMYD4 (ENSTGUG00000005762) #8	RPA1 (ENSTGUG00000005775)	RTN4RL1 (ENSTGUG00000025227) #7
Medium ground finch	MODERN SPECIES	90	CCT6B (ENSGFOG00000002959)	ENSGFOG00000003371	PHKG1 (ENSGFOG00000003393)	CHCHD2 (ENSGFOG00000003412)	VKORC1L1 (ENSGFOG00000003434)	GUSB (ENSGFOG00000003460)	ASL (ENSGFOG00000003487)	ENSGFOG00000003632	TPST1 (ENSGFOG00000003679)	KCTD7 (ENSGFOG00000003722)	RABGEF1 (ENSGFOG00000003742)	TMEM248 (ENSGFOG00000003770)	LRRC75A (ENSGFOG00000003788)	NCBP3 (ENSGFOG00000003825)	CRK (ENSGFOG00000003894) #21	YWHAE (ENSGFOG00000003909) #22	MYO1C (ENSGFOG00000003927) #20	INPP5K (ENSGFOG00000003971) #19	PITPNA (ENSGFOG00000004003) #18	SLC43A2 (ENSGFOG00000004027) #17	SCARF1 (ENSGFOG00000004079) #16	ENSGFOG00000004087 #15	PRPF8 (ENSGFOG00000004111) #13	TLCD2 (ENSGFOG00000004258) #12	ENSGFOG00000004267	WDR81 (ENSGFOG00000004317) #11	SERPINF2 (ENSGFOG00000004343) #10	SERPINF1 (ENSGFOG00000004349) #9	SMYD4 (ENSGFOG00000004358) #8	RPA1 (ENSGFOG00000004369)	RTN4RL1 (ENSGFOG00000004392) #7
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Kakapo	MODERN SPECIES	58	DDX52 (ENSSHBG00005017631)	SYNRG (ENSSHBG00005016859)	DUSP14 (ENSSHBG00005016807)	TADA2A (ENSSHBG00005016799)	ACACA (ENSSHBG00005016113)	AATF (ENSSHBG00005016069)	LHX1 (ENSSHBG00005016063)	MRM1 (ENSSHBG00005016059)	DHRS11 (ENSSHBG00005016056)	KCTD7 (ENSSHBG00005016052)	RABGEF1 (ENSSHBG00005016047)	TMEM248 (ENSSHBG00005016043)	LRRC75A (ENSSHBG00005016036)	NCBP3 (ENSSHBG00005016012)	CRK (ENSSHBG00005016007) #21	YWHAE (ENSSHBG00005016004) #22	MYO1C (ENSSHBG00005007594) #20	INPP5K (ENSSHBG00005007074) #19	PITPNA (ENSSHBG00005007032) #18	SLC43A2 (ENSSHBG00005006996) #17	SCARF1 (ENSSHBG00005006967) #16	RILP (ENSSHBG00005006950) #15	PRPF8 (ENSSHBG00005006912) #13	TLCD2 (ENSSHBG00005006869) #12	ENSSHBG00005006845	WDR81 (ENSSHBG00005006808) #11	SERPINF2 (ENSSHBG00005006516) #10	SERPINF1 (ENSSHBG00005006460) #9	SMYD4 (ENSSHBG00005006445) #8	RPA1 (ENSSHBG00005006416)	RTN4RL1 (ENSSHBG00005006390) #7
Golden eagle	MODERN SPECIES	1	PHKG1 (ENSACCG00020004757)	CHCHD2 (ENSACCG00020004763)	VKORC1L1 (ENSACCG00020004768)	GUSB (ENSACCG00020004777)	ENSACCG00020004820	ENSACCG00020004861	ENSACCG00020004871	CRCP (ENSACCG00020004888)	TPST1 (ENSACCG00020004906)	KCTD7 (ENSACCG00020004920)	RABGEF1 (ENSACCG00020004939)	TMEM248 (ENSACCG00020004959)	LRRC75A (ENSACCG00020004968)	NCBP3 (ENSACCG00020004987)	CRK (ENSACCG00020005002) #21	YWHAE (ENSACCG00020005013) #22	MYO1C (ENSACCG00020005056) #20	INPP5K (ENSACCG00020005105) #19	PITPNA (ENSACCG00020005125) #18	SLC43A2 (ENSACCG00020005144) #17	SCARF1 (ENSACCG00020005166) #16	RILP (ENSACCG00020005179) #15	ENSACCG00020005194 #13	ENSACCG00020005215 #13	TLCD2 (ENSACCG00020005227) #12	ENSACCG00020005246	WDR81 (ENSACCG00020005270) #11	SERPINF2 (ENSACCG00020005283) #10	SERPINF1 (ENSACCG00020005300) #9	SMYD4 (ENSACCG00020005319) #8	RPA1 (ENSACCG00020005332)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00950000183122.B.l	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic.a	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00950000183122.B.l	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Duck	MODERN SPECIES	11	CCT6B (ENSAPLG00000010870)	SUMF2 (ENSAPLG00000011312)	ENSAPLG00000019405	ENSAPLG00000012325	VKORC1L1 (ENSAPLG00000019287)	GUSB (ENSAPLG00000012409)	ENSAPLG00000026020	CRCP (ENSAPLG00000018879)	TPST1 (ENSAPLG00000006925)	KCTD7 (ENSAPLG00000016810)	RABGEF1 (ENSAPLG00000007107)	TMEM248 (ENSAPLG00000007316)	LRRC75A (ENSAPLG00000007361)	NCBP3 (ENSAPLG00000007373)	CRK (ENSAPLG00000007541) #21	YWHAE (ENSAPLG00000007551) #22	MYO1C (ENSAPLG00000007694) #20	INPP5K (ENSAPLG00000008625) #19	ENSAPLG00000025123	PITPNA (ENSAPLG00000008884) #18	ENSAPLG00000009653 #17	ENSAPLG00000020079 #15	PRPF8 (ENSAPLG00000010357) #13	TLCD2 (ENSAPLG00000029842) #12	ENSAPLG00000011065	SERPINF2 (ENSAPLG00000011351) #10	SERPINF1 (ENSAPLG00000011440) #9	RPA1 (ENSAPLG00000012442)	RTN4RL1 (ENSAPLG00000029865) #7	DPH1 (ENSAPLG00000017581)	HIC1 (ENSAPLG00000029890)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	38	ENSABRG00000007092	PHKG1 (ENSABRG00000007115)	CHCHD2 (ENSABRG00000007117)	VKORC1L1 (ENSABRG00000007122)	GUSB (ENSABRG00000007129)	ENSABRG00000007205	ENSABRG00000009935	CRCP (ENSABRG00000010081)	TPST1 (ENSABRG00000010110)	KCTD7 (ENSABRG00000010119)	RABGEF1 (ENSABRG00000010131)	TMEM248 (ENSABRG00000010149)	LRRC75A (ENSABRG00000010155)	NCBP3 (ENSABRG00000010179)	CRK (ENSABRG00000010250) #21	YWHAE (ENSABRG00000010257) #22	MYO1C (ENSABRG00000010284) #20	INPP5K (ENSABRG00000010640) #19	ENSABRG00000010696	SLC43A2 (ENSABRG00000010721) #17	SCARF1 (ENSABRG00000010994) #16	RILP (ENSABRG00000011031) #15	PRPF8 (ENSABRG00000011090) #13	ENSABRG00000011373	WDR81 (ENSABRG00000011378) #11	SERPINF2 (ENSABRG00000011382) #10	SERPINF1 (ENSABRG00000011388) #9	SMYD4 (ENSABRG00000011392) #8	RPA1 (ENSABRG00000011400)	RTN4RL1 (ENSABRG00000011407) #7	DPH1 (ENSABRG00000011413)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00950000183122.B.l	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b.t #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156339	ENSGT00940000162897	ENSGT00940000158139	ENSGT00440000038159.ic	ENSGT00940000157044	ENSGT00390000001752	ENSGT00950000183122.B.k	ENSGT00390000014189	ENSGT00390000006030.d.a.b	ENSGT00940000161327	ENSGT00940000154540.a	ENSGT00940000153883.b	ENSGT00940000161370	ENSGT00390000005712	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b.t #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039.a #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112.d #7
Chicken	MODERN SPECIES	10	PSPH (ENSGALG00010029649)	CCT6A (ENSGALG00010029653)	PHKG1 (ENSGALG00010029655)	CHCHD2 (ENSGALG00010029657)	VKORC1L1 (ENSGALG00010029659)	GUSB (ENSGALG00010029663)	ASL1 (ENSGALG00010029665)	CRCP (ENSGALG00010029668)	TPST1 (ENSGALG00010029670)	KCTD7 (ENSGALG00010029672)	RABGEF1 (ENSGALG00010029966)	TMEM248 (ENSGALG00010029673)	LRRC75A (ENSGALG00010029325)	NCBP3 (ENSGALG00010029326)	CRK (ENSGALG00010029327) #21	YWHAE (ENSGALG00010029332) #22	ENSGALG00010029333	MYO1C (ENSGALG00010029337) #20	INPP5K (ENSGALG00010029338) #19	PITPNA (ENSGALG00010029339) #18	SLC43A2 (ENSGALG00010029341) #17	SCARF1 (ENSGALG00010029343) #16	RILP (ENSGALG00010029345) #15	PRPF8 (ENSGALG00010029347) #13	TLCD2 (ENSGALG00010029354) #12	ENSGALG00010029356	WDR81 (ENSGALG00010029384) #11	SERPINF2 (ENSGALG00010029936) #10	SERPINF1 (ENSGALG00010029387) #9	SMYD4 (ENSGALG00010029389) #8	RPA1 (ENSGALG00010029390)
Turkey	MODERN SPECIES	13	RPA1 (ENSMGAG00000005315)	ENSMGAG00000005251 #10	ENSMGAG00000005264 #9	SMYD4 (ENSMGAG00000005301) #8	ENSMGAG00000005231 #11	ENSMGAG00000019785 #11	PRPF8 (ENSMGAG00000004769) #13	ENSMGAG00000020347	ENSMGAG00000005210	ENSMGAG00000018323 #17	ENSMGAG00000005116 #16	RILP (ENSMGAG00000005154) #15	ENSMGAG00000005172 #17	ENSMGAG00000005086 #18	ENSMGAG00000005047 #19	ENSMGAG00000004712 #22	ENSMGAG00000004918 #20	ENSMGAG00000004706 #21	ENSMGAG00000023022	ENSMGAG00000004685	ENSMGAG00000004660	ENSMGAG00000019348	ENSMGAG00000004630	ENSMGAG00000022183	ENSMGAG00000004610	ENSMGAG00000018811	ENSMGAG00000017915	ENSMGAG00000004593	ENSMGAG00000004335	ENSMGAG00000020459	ENSMGAG00000020148
Japanese quail	MODERN SPECIES	10	ENSCJPG00005010353	PHKG1 (ENSCJPG00005010354)	CHCHD2 (ENSCJPG00005010355)	VKORC1L1 (ENSCJPG00005010356)	GUSB (ENSCJPG00005010357)	ENSCJPG00005010444	ENSCJPG00005010457	ENSCJPG00005010563	TPST1 (ENSCJPG00005010564)	KCTD7 (ENSCJPG00005010565)	RABGEF1 (ENSCJPG00005010566)	TMEM248 (ENSCJPG00005010592)	LRRC75A (ENSCJPG00005010593)	NCBP3 (ENSCJPG00005010596)	CRK (ENSCJPG00005010597) #21	YWHAE (ENSCJPG00005010598) #22	MYO1C (ENSCJPG00005010600) #20	INPP5K (ENSCJPG00005011077) #19	PITPNA (ENSCJPG00005011078) #18	SLC43A2 (ENSCJPG00005011087) #17	PRPF8 (ENSCJPG00005011197) #13	TLCD2 (ENSCJPG00005011271) #12	ENSCJPG00005011272	WDR81 (ENSCJPG00005011274) #11	SERPINF2 (ENSCJPG00005011275) #10	SERPINF1 (ENSCJPG00005011276) #9	SMYD4 (ENSCJPG00005011277) #8	RPA1 (ENSCJPG00005011278)	RTN4RL1 (ENSCJPG00005011297) #7	DPH1 (ENSCJPG00005011299)	OVCA2 (ENSCJPG00005011300)
African ostrich	MODERN SPECIES	641	ENSSCUG00000009046	PHKG1 (ENSSCUG00000009052)	CHCHD2 (ENSSCUG00000009054)	VKORC1L1 (ENSSCUG00000009055)	GUSB (ENSSCUG00000009057)	ENSSCUG00000009060	ENSSCUG00000009063	CRCP (ENSSCUG00000009068)	TPST1 (ENSSCUG00000009073)	KCTD7 (ENSSCUG00000009075)	RABGEF1 (ENSSCUG00000009083)	TMEM248 (ENSSCUG00000009088)	LRRC75A (ENSSCUG00000009096)	NCBP3 (ENSSCUG00000009114)	CRK (ENSSCUG00000009129) #21	YWHAE (ENSSCUG00000009131) #22	MYO1C (ENSSCUG00000009139) #20	INPP5K (ENSSCUG00000009153) #19	PITPNA (ENSSCUG00000009157) #18	SLC43A2 (ENSSCUG00000009159) #17	ENSSCUG00000009162 #15	PRPF8 (ENSSCUG00000009171) #13	ENSSCUG00000009203	WDR81 (ENSSCUG00000009208) #11	SERPINF2 (ENSSCUG00000009209) #10	SERPINF1 (ENSSCUG00000009211) #9	SMYD4 (ENSSCUG00000009212) #8	RPA1 (ENSSCUG00000009213)	RTN4RL1 (ENSSCUG00000009218) #7
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	50															CRK (ENSCPRG00005016195) #21	YWHAE (ENSCPRG00005016192) #22	MYO1C (ENSCPRG00005016046) #20	INPP5K (ENSCPRG00005016011) #19	PITPNA (ENSCPRG00005016005) #18	SLC43A2 (ENSCPRG00005015982) #17	ENSCPRG00005015972 ##16	PRPF8 (ENSCPRG00005015922) #13	ENSCPRG00005015915	ENSCPRG00005015913	WDR81 (ENSCPRG00005015906) #11	SERPINF2 (ENSCPRG00005015901) #10	SERPINF1 (ENSCPRG00005015899) #9	SMYD4 (ENSCPRG00005015896) #8	RPA1 (ENSCPRG00005015893)	RTN4RL1 (ENSCPRG00005015891) #7	DPH1 (ENSCPRG00005015884)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	18														ENSGT00970000194055	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1341																YWHAE (ENSPSIG00000011614) #22	INPP5K (ENSPSIG00000011689) #19	PITPNA (ENSPSIG00000011835) #18	ENSPSIG00000012900	SLC43A2 (ENSPSIG00000012910) #17	SCARF1 (ENSPSIG00000013380) #16	ENSPSIG00000013386 #15	PRPF8 (ENSPSIG00000013393) #13	ENSPSIG00000015593	ENSPSIG00000000684 #12
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	15														ENSGT00970000194055	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	19																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112 #7
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1326															CRK (ENSCABG00000020723) #21	YWHAE (ENSCABG00000020724) #22	MYO1C (ENSCABG00000020727) #20	ENSCABG00000020729	INPP5K (ENSCABG00000020732) #19	PITPNA (ENSCABG00000020735) #18	ENSCABG00000020736 #17	ENSCABG00000020738 #17	ENSCABG00000020739	RILP (ENSCABG00000020742) #15	PRPF8 (ENSCABG00000020744) #13	ENSCABG00000020745	ENSCABG00000020746	WDR81 (ENSCABG00000020747) #11	SERPINF2 (ENSCABG00000020749) #10	SERPINF1 (ENSCABG00000020754) #9	SMYD4 (ENSCABG00000020758) #8
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	8															CRK (ENSGEVG00005007211) #21	YWHAE (ENSGEVG00005007234) #22	MYO1C (ENSGEVG00005007274) #20	INPP5K (ENSGEVG00005007410) #19	PITPNA (ENSGEVG00005007505) #18	SLC43A2 (ENSGEVG00005007579) #17	SCARF1 (ENSGEVG00005007678) #16	RILP (ENSGEVG00005007936) #15	PRPF8 (ENSGEVG00005007995) #13	ENSGEVG00005008372	ENSGEVG00005008445	WDR81 (ENSGEVG00005008470) #11	SERPINF2 (ENSGEVG00005008501) #10	SERPINF1 (ENSGEVG00005008590) #9	SMYD4 (ENSGEVG00005008610) #8	RPA1 (ENSGEVG00005008631)	RTN4RL1 (ENSGEVG00005008658) #7
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	16																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	106															CRK (ENSTMTG00000010782) #21	YWHAE (ENSTMTG00000010767) #22	MYO1C (ENSTMTG00000010619) #20	INPP5K (ENSTMTG00000010549) #19	PITPNA (ENSTMTG00000010485) #18	ENSTMTG00000010462 #17	ENSTMTG00000010455 #17	SCARF1 (ENSTMTG00000010412) #16	ENSTMTG00000010351 #15	PRPF8 (ENSTMTG00000010283) #13	ENSTMTG00000010265	ENSTMTG00000010239	ENSTMTG00000010213	WDR81 (ENSTMTG00000010194) #11	SERPINF2 (ENSTMTG00000010180) #10	SERPINF1 (ENSTMTG00000010163) #9	SMYD4 (ENSTMTG00000010031) #8
painted turtle	MODERN SPECIES	1265															CRK (ENSCPBG00000011040) #21	YWHAE (ENSCPBG00000011038) #22
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	16																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112 #7
tuatara	MODERN SPECIES	1079	ENSSPUG00000008850	SLC47A2 (ENSSPUG00000008589)	ALDH3A2 (ENSSPUG00000008545)	ULK2 (ENSSPUG00000008183)	NLE1 (ENSSPUG00000008129)	AKAP10 (ENSSPUG00000008098)	ENSSPUG00000008082	SPATA22 (ENSSPUG00000007974)	ASPA (ENSSPUG00000007939)	TRPV3 (ENSSPUG00000007777)	ENSSPUG00000007746	ENSSPUG00000007734	ENSSPUG00000007722	ENSSPUG00000007711	CRK (ENSSPUG00000007698) #21	YWHAE (ENSSPUG00000007685) #22	MYO1C (ENSSPUG00000007626) #20	INPP5K (ENSSPUG00000007597) #19	ENSSPUG00000007580	PITPNA (ENSSPUG00000007575) #18	ENSSPUG00000007561 #17	ENSSPUG00000007548 #17	ENSSPUG00000007541 #17	SCARF1 (ENSSPUG00000007503) #16	RILP (ENSSPUG00000007481) #15	PRPF8 (ENSSPUG00000007463) #13	TLCD2 (ENSSPUG00000007453) #12	ENSSPUG00000007441	ENSSPUG00000007430	WDR81 (ENSSPUG00000007414) #11	SERPINF2 (ENSSPUG00000007353) #10
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	13																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112 #7
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	18																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000155101	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112 #7
Common wall lizard	MODERN SPECIES	6	MYO18A (ENSPMRG00000022248)	PIPOX (ENSPMRG00000022208)	SEZ6 (ENSPMRG00000022059)	PHF12 (ENSPMRG00000022008)	ENSPMRG00000021995	ENSPMRG00000021987	FLOT2 (ENSPMRG00000021864)	ERAL1 (ENSPMRG00000021793)	ENSPMRG00000021775	FAM222B (ENSPMRG00000021770)	TRAF4 (ENSPMRG00000021751)	NEK8 (ENSPMRG00000021719)	TLCD1 (ENSPMRG00000021701) ##28	ENSPMRG00000021690	CRK (ENSPMRG00000021684) #21	YWHAE (ENSPMRG00000021673) #22	MYO1C (ENSPMRG00000021007) #20	INPP5K (ENSPMRG00000020880) #19	ENSPMRG00000020862	SLC43A2 (ENSPMRG00000020824) #17	SCARF1 (ENSPMRG00000020789) #16	PRPF8 (ENSPMRG00000020662) #13	TLCD2 (ENSPMRG00000020629) #12	ENSPMRG00000020611	WDR81 (ENSPMRG00000020584) #11	SERPINF2 (ENSPMRG00000018050) #10	SERPINF1 (ENSPMRG00000018032) #9	SMYD4 (ENSPMRG00000018012) #8	RPA1 (ENSPMRG00000017869)	RTN4RL1 (ENSPMRG00000017823) #7	DPH1 (ENSPMRG00000017805)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	215															CRK (ENSSMRG00000007637) #21	YWHAE (ENSSMRG00000007634) #22	MYO1C (ENSSMRG00000007627) #20	DPH1 (ENSSMRG00000007613)	RTN4RL1 (ENSSMRG00000007609) #7	RPA1 (ENSSMRG00000007606)	SERPINF1 (ENSSMRG00000007275) #9	SMYD4 (ENSSMRG00000007273) #8	SERPINF2 (ENSSMRG00000007269) #10	WDR81 (ENSSMRG00000007268) #11	ENSSMRG00000007266	TLCD2 (ENSSMRG00000007265) #12	ENSSMRG00000006997	SCARF1 (ENSSMRG00000006988) #16	SLC43A2 (ENSSMRG00000006980) #17	PITPNA (ENSSMRG00000006976) #18	ENSSMRG00000006970
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	43																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00940000165249	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	44																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00940000165249	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403
Indian cobra	MODERN SPECIES						ENSNNAG00000000295	ENSNNAG00000000317	ENSNNAG00000000331	NEK8 (ENSNNAG00000000352)	ENSNNAG00000000382	ENSNNAG00000000404	ENSNNAG00000000408	GLOD4 (ENSNNAG00000000418) #30	GEMIN4 (ENSNNAG00000000444) #29	TLCD3A (ENSNNAG00000000461) #28	CRK (ENSNNAG00000000479) #21	YWHAE (ENSNNAG00000000513) #22	MYO1C (ENSNNAG00000000564) #20	INPP5K (ENSNNAG00000000662) #19	PITPNA (ENSNNAG00000000688) #18	SLC43A2 (ENSNNAG00000000715) #17	ENSNNAG00000000728 #16	ENSNNAG00000000737	RILP (ENSNNAG00000000752) #15	PRPF8 (ENSNNAG00000000780) #13	ENSNNAG00000000822 #12	ENSNNAG00000000836	ENSNNAG00000000858	WDR81 (ENSNNAG00000000881) #11	SERPINF2 (ENSNNAG00000000900) #10	SERPINF1 (ENSNNAG00000000910) #9	SMYD4 (ENSNNAG00000000926) #8
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	104																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00940000153694.A
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	102																ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112 #7	ENSGT00940000153694.A
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	156															CRK (ENSPTXG00000011611) #21	YWHAE (ENSPTXG00000011610) #22	MYO1C (ENSPTXG00000011608) #20	INPP5K (ENSPTXG00000011607) #19	PITPNA (ENSPTXG00000011605) #18	SLC43A2 (ENSPTXG00000011604) #17	SCARF1 (ENSPTXG00000011587) #16	RILP (ENSPTXG00000011586) #15	PRPF8 (ENSPTXG00000011585) #13	ENSPTXG00000011584	ENSPTXG00000011579 #11	SERPINF2 (ENSPTXG00000011559) #10	SERPINF1 (ENSPTXG00000011549) #9	SMYD4 (ENSPTXG00000011529) #8	RPA1 (ENSPTXG00000011486)	RTN4RL1 (ENSPTXG00000011484) #7	DPH1 (ENSPTXG00000011482)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	484															CRK (ENSNSUG00000006309) #21	YWHAE (ENSNSUG00000006310) #22	MYO1C (ENSNSUG00000006316) #20	INPP5K (ENSNSUG00000006956) #19	PITPNA (ENSNSUG00000006957) #18	SLC43A2 (ENSNSUG00000006976) #17	SCARF1 (ENSNSUG00000007015) #16	RILP (ENSNSUG00000007016) #15	ENSNSUG00000007017 #13	ENSNSUG00000007018 #13	TLCD2 (ENSNSUG00000007019) #12	WDR81 (ENSNSUG00000007021) #11	ENSNSUG00000007022 #10
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	8591															CRK (ENSLLTG00000012488) #21	YWHAE (ENSLLTG00000012495) #22	MYO1C (ENSLLTG00000012510) #20
Anura	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000007149	ENSGT00940000158363	ENSGT00390000002625	ENSGT00940000159752	ENSGT00390000013187	ENSGT00940000161716	ENSGT00940000167381	ENSGT00390000015354.c.b.b	ENSGT00940000159751	ENSGT00950000183191.a.b	ENSGT00390000005003	ENSGT00390000006344	ENSGT00940000154248.b	ENSGT01030000234566.e.a	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00950000183101.a.a #16	ENSGT00940000161117 #15	ENSGT00390000015210 #13	ENSGT01010000222313.B.b #12	ENSGT00940000164941	ENSGT00930000151039 #11	ENSGT00940000158386 #10	ENSGT00940000158112 #9	ENSGT00730000111079 #8	ENSGT00390000012403	ENSGT00940000157112 #7
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	ENSLLEG00000005505	ORAI2 (ENSLLEG00000005541)	ENSLLEG00000005560	ENSLLEG00000005584	CUX1 (ENSLLEG00000005674)	ENSLLEG00000006303	SH2B2 (ENSLLEG00000006323)	PRKRIP1 (ENSLLEG00000006388)	ENSLLEG00000006472	ALKBH4 (ENSLLEG00000006478)	LRWD1 (ENSLLEG00000006510)	ENSLLEG00000006666	NAGPA (ENSLLEG00000006723)	CRK (ENSLLEG00000006856) #21	ENSLLEG00000006907	ENSLLEG00000006943 #22	MYO1C (ENSLLEG00000007167) #20	ENSLLEG00000007485	INPP5K (ENSLLEG00000007520) #19	PITPNA (ENSLLEG00000007726) #18	SLC43A2 (ENSLLEG00000007769) #17	SCARF1 (ENSLLEG00000007976) #16	PRPF8 (ENSLLEG00000008055) #13	TLCD2 (ENSLLEG00000009334) #12	ENSLLEG00000009403	ENSLLEG00000009772	ENSLLEG00000009941	ENSLLEG00000009965	WDR81 (ENSLLEG00000009982) #11	SERPINF2 (ENSLLEG00000010083) #10	SERPINF1 (ENSLLEG00000010328) #9
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	6	ENSLLEG00000013016	ENSLLEG00000012982	ERGIC2 (ENSLLEG00000012668)	ENSLLEG00000011644	TMTC1 (ENSLLEG00000011450)	IPO8 (ENSLLEG00000011042)	CAPRIN2 (ENSLLEG00000010905)	ENSLLEG00000010844	ENSLLEG00000010792	MED7 (ENSLLEG00000010780)	ITK (ENSLLEG00000010564)	CYFIP2 (ENSLLEG00000010284)	NIPAL4 (ENSLLEG00000010219)	THG1L (ENSLLEG00000010178)	ENSLLEG00000010157	ENSLLEG00000010134 #22	ENSLLEG00000009939	RMND1 (ENSLLEG00000009792)	ARMT1 (ENSLLEG00000009748)	ENSLLEG00000009727	NDUFA9 (ENSLLEG00000009538)	ENSLLEG00000009517	ENSLLEG00000009507	ENSLLEG00000009481	ENSLLEG00000009470	KCNA1 (ENSLLEG00000009448)	ENSLLEG00000009430	NTF3 (ENSLLEG00000009399)	ENSLLEG00000009336	ENSLLEG00000009245	ENSLLEG00000009234
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	8	KLF10 (ENSLLEG00000024337)	ENSLLEG00000024365	ENSLLEG00000024399	ATP6V1C1 (ENSLLEG00000024443)	ENSLLEG00000024893	FZD6 (ENSLLEG00000005839)	CTHRC1 (ENSLLEG00000005889)	SLC25A32 (ENSLLEG00000005933)	DCAF13 (ENSLLEG00000006016)	RIMS2 (ENSLLEG00000006297)	DCSTAMP (ENSLLEG00000008220)	DPYS (ENSLLEG00000008262)	LRP12 (ENSLLEG00000008379)	ENSLLEG00000008436	ZFPM2 (ENSLLEG00000008471)	ENSLLEG00000008536 #22	ENSLLEG00000008622	ABRA (ENSLLEG00000009001)	ANGPT1 (ENSLLEG00000009052)	ENSLLEG00000009146	ENSLLEG00000009184	ENSLLEG00000009583	ENSLLEG00000009611	RSPO2 (ENSLLEG00000009655)	ENSLLEG00000009865	ENSLLEG00000009842	EIF3E (ENSLLEG00000009926)	EMC2 (ENSLLEG00000010245)	NIPAL2 (ENSLLEG00000010579)	POP1 (ENSLLEG00000010973)	RIDA (ENSLLEG00000011164)
Frog	MODERN SPECIES	2	ift22 (ENSXETG00000012497)	col26a1 (ENSXETG00000035357)	XB986526 [provisional:hsd3b7] (ENSXETG00000004490)	ENSXETG00000046260	orai1 (ENSXETG00000004483)	ENSXETG00000043567	myl10 (ENSXETG00000004481)	cux1 (ENSXETG00000005476)	sh2b2 (ENSXETG00000005475)	alkbh4 (ENSXETG00000034559)	lrwd1 (ENSXETG00000005472)	ENSXETG00000043653	ENSXETG00000047961	nagpa (ENSXETG00000022907)	crk (ENSXETG00000022904) #21	ywhae (ENSXETG00000022893) #22	myo1c (ENSXETG00000022882) #20	inpp5k (ENSXETG00000022881) #19	ENSXETG00000045373	pitpna (ENSXETG00000031018) #18	slc43a2 (ENSXETG00000022279) #17	ENSXETG00000042167	ENSXETG00000047615	scarf1 (ENSXETG00000033180) #16	rilp (ENSXETG00000031653) #15	ENSXETG00000047487	prpf8 (ENSXETG00000022259) #13	tlcd2 (ENSXETG00000044649) #12	abhd15 (ENSXETG00000030092)	ENSXETG00000033610	atp5pb (ENSXETG00000022255)
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	289						ENSGT00390000014591	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT01100000263573.a.b	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000161370
Reedfish	MODERN SPECIES	16	SSH2 (ENSECRG00000008971)	nsrp1 (ENSECRG00000009004)	slc6a4a (ENSECRG00000009027)	blmh (ENSECRG00000009064)	ncbp3 (ENSECRG00000009103)	smtnl (ENSECRG00000009122)	slc25a1a (ENSECRG00000009129)	tekt1 (ENSECRG00000009141)	ENSECRG00000009150	rap1gap2b (ENSECRG00000009169)	ENSECRG00000009229	gemin4 (ENSECRG00000009247) #29	LRRC75A (ENSECRG00000009260)	ENSECRG00000009268	crk (ENSECRG00000007246) #21	ywhae1 (ENSECRG00000007266) #22	myo1cb (ENSECRG00000007307) #20	ENSECRG00000007346	ENSECRG00000007355	slc43a2b (ENSECRG00000007396) #17	ENSECRG00000007439	pitpnaa (ENSECRG00000007484) #18	inpp5ka (ENSECRG00000007657) #19	nle1 (ENSECRG00000007675)	ENSECRG00000007694	tmem199 (ENSECRG00000007704)	poldip2 (ENSECRG00000007722)	ENSECRG00000007752	tmem97 (ENSECRG00000007766)	ift20 (ENSECRG00000007787)	tnfaip1 (ENSECRG00000007809)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	268												ENSGT00940000161370	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00820000127055.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT01100000263573.a.b	ENSGT00940000153576.c.b #17	ENSGT00940000157119 #18	ENSGT00940000164396	ENSGT00940000156538 #19	ENSGT00940000157881	ENSGT00390000014591
Spotted gar	MODERN SPECIES	661														LRRC75A (ENSLOCG00000007159)	crk (ENSLOCG00000007144) #21	ywhae1 (ENSLOCG00000007116) #22	myo1cb (ENSLOCG00000007063) #20	ENSLOCG00000007052	slc43a2b (ENSLOCG00000007037) #17	pitpnaa (ENSLOCG00000007016) #18	mybbp1a (ENSLOCG00000006996)	ENSLOCG00000006975	ENSLOCG00000006949	ENSLOCG00000006930	ENSLOCG00000006921	tppp2 (ENSLOCG00000006905)	ENSLOCG00000006894	ENSLOCG00000006880	ENSLOCG00000006869	TLCD3A (ENSLOCG00000006852) #28	gemin4 (ENSLOCG00000006840) #29
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	255							ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT01100000263573.a.b	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00510000048837	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000165230.a
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	677																ENSGT01090000260061.c.b.a #22	ENSGT00940000157915.r #20
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	17	TSKU (ENSSFOG00015021288)	acer3 (ENSSFOG00015021265)	ENSSFOG00015021247	MMP1 (ENSSFOG00015021199)	mmp30 (ENSSFOG00015021184)	acat1 (ENSSFOG00015021173)	tmprss2 (ENSSFOG00015021130)	ENSSFOG00015021038	PCP4 (ENSSFOG00015021019)	ENSSFOG00015021014	ENSSFOG00015021000	rps25 (ENSSFOG00015030390)	SLC37A4 (ENSSFOG00015020976)	B3GAT1 (ENSSFOG00015031924)	ENSSFOG00015020953	ENSSFOG00015020934 #22	myo1cb (ENSSFOG00015020817) #20	ENSSFOG00015028095	aasdhppt (ENSSFOG00015028809)	gria4b (ENSSFOG00015020773)	mtnr1bb (ENSSFOG00015024650)	wls (ENSSFOG00015020722)	dr1 (ENSSFOG00015020716)	scinla (ENSSFOG00015020694)	ccdc18 (ENSSFOG00015029275)	mtf2 (ENSSFOG00015020651)	dipk1aa (ENSSFOG00015031285)	RPL5 (ENSSFOG00015020591)	EVI5 (ENSSFOG00015020368)	gfi1ab (ENSSFOG00015028337)	rpap2 (ENSSFOG00015020266)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	208	ENSPKIG00000000884	KIRREL3 (ENSPKIG00000000821)	ENSPKIG00000000777	smtlb (ENSPKIG00000000662)	ETS1 (ENSPKIG00000000540)	FLI1 (ENSPKIG00000000505)	kcnj1b (ENSPKIG00000024075)	KCNJ5 (ENSPKIG00000024064)	st3gal4 (ENSPKIG00000024051)	il13ra2 (ENSPKIG00000024035)	ENSPKIG00000024018	ENSPKIG00000024005	TBX4 (ENSPKIG00000023984)	TBX2 (ENSPKIG00000023971)	ppm1db (ENSPKIG00000023962)	ENSPKIG00000023940 #22	myo1cb (ENSPKIG00000023914) #20
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	186	ENSGT00990000204384	ENSGT00940000156097.a	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000159186.b	ENSGT00940000157083	ENSGT01090000263084	ENSGT00940000162996.c.a	ENSGT00940000162556.C	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a.b #21	ENSGT01090000260061.c.b.b #22	ENSGT00940000157915.q #20	ENSGT01100000263573.a.b	ENSGT01030000234981.j	ENSGT00940000153576.c.b.w.e #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	1	ENSSFOG00015001041	USF1 (ENSSFOG00015000994)	ENSSFOG00015029343	ENSSFOG00015015379	ENSSFOG00015028557	ENSSFOG00015000845	ENSSFOG00015025162	ENSSFOG00015032363	gemin4 (ENSSFOG00015015430) #29	dhrs13b.2 (ENSSFOG00015015436)	SMTNL2 (ENSSFOG00015015450)	tmem199 (ENSSFOG00015015483)	poldip2 (ENSSFOG00015015527)	LRRC75A (ENSSFOG00015027116)	crk (ENSSFOG00015015614) #21	ywhae1 (ENSSFOG00015015638) #22	myo1cb (ENSSFOG00015015705) #20	ENSSFOG00015030302	ENSSFOG00015024350	SLC43A2 (ENSSFOG00015015970) #17	pitpnaa (ENSSFOG00015016034) #18	inpp5ka (ENSSFOG00015016067) #19	tekt1 (ENSSFOG00015016146)	ENSSFOG00015016199	ENSSFOG00015000980	GALNT17 (ENSSFOG00015000988)	CALN1 (ENSSFOG00015024671)	tyw1 (ENSSFOG00015001054)	sbds (ENSSFOG00015028625)	ENSSFOG00015026389	ENSSFOG00015026282
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	46	ENSPKIG00000020119	ubash3bb (ENSPKIG00000020168)	gkup (ENSPKIG00000020199)	ENSPKIG00000020232	usf1 (ENSPKIG00000020259)	ENSPKIG00000020288	ENSPKIG00000020540	usp2a (ENSPKIG00000020984)	gemin4 (ENSPKIG00000021025) #29	dhrs13b.2 (ENSPKIG00000021049)	SMTNL2 (ENSPKIG00000021081)	tmem199 (ENSPKIG00000021095)	LRRC75A (ENSPKIG00000021120)	ENSPKIG00000021137	crk (ENSPKIG00000021142) #21	ywhae1 (ENSPKIG00000021165) #22	myo1cb (ENSPKIG00000021207) #20	ENSPKIG00000021252	ENSPKIG00000021264	SLC43A2 (ENSPKIG00000021292) #17	pitpnaa (ENSPKIG00000021478) #18	inpp5ka (ENSPKIG00000021858) #19	tekt1 (ENSPKIG00000021946)	ENSPKIG00000022039	SMCO4 (ENSPKIG00000022063)	ENSPKIG00000022082	med17 (ENSPKIG00000022155)	ENSPKIG00000022195	ENSPKIG00000022208	ENSPKIG00000022226	HEPH (ENSPKIG00000022257)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	154									ENSGT00530000063405.b.f	ENSGT00960000189385	ENSGT00950000183155.a.a.a.b	ENSGT00940000155545.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a #28	ENSGT00940000154495.a.b	ENSGT00820000127055.a.b #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT01100000263573.a.b	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00510000048837	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000165230.a	ENSGT00390000001735	ENSGT00940000157855	ENSGT00940000157430.a.b	ENSGT00950000182928.A.a.a	ENSGT00530000063841.a	ENSGT00950000182928.A.a.b
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00940000155231.a.a	ENSGT00390000017207.i.a	ENSGT00390000009083.n	ENSGT01000000214789	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT01100000263573.a.b	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00510000048837	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000165230.a	ENSGT00390000001735	ENSGT00940000157855	ENSGT00940000157430.a.b	ENSGT00950000182928.A.a.a	ENSGT00940000159604	ENSGT00390000008202
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	98										ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT01080000258083	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Cod	DUPLICATION
Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000032410	ENSGMOG00000024907	ENSGMOG00000029937	ENSGMOG00000029616	ENSGMOG00000026089	ENSGMOG00000024751	ENSGMOG00000036812	ENSGMOG00000023650	ENSGMOG00000033425	ENSGMOG00000008220	ENSGMOG00000023500	poldip2 (ENSGMOG00000017359)	ENSGMOG00000017374	crk (ENSGMOG00000030322) #21	ENSGMOG00000035549	ENSGMOG00000010542 #22	ENSGMOG00000035410	myo1cb (ENSGMOG00000005827) #20	SLC43A2 (ENSGMOG00000005894) #17	pitpnaa (ENSGMOG00000000751) #18	ENSGMOG00000033929	ENSGMOG00000023805	ENSGMOG00000028926	ENSGMOG00000026030	INPP5K (ENSGMOG00000009311) #19	ENSGMOG00000009323	ENSGMOG00000031650	ENSGMOG00000033626	ENSGMOG00000004626	ENSGMOG00000027457	ENSGMOG00000012918
Cod	MODERN SPECIES	20	zbtb16a (ENSGMOG00000012795)	HTR3A (ENSGMOG00000024159)	HTR3A (ENSGMOG00000012790)	ENSGMOG00000012786	USP28 (ENSGMOG00000012774)	ENSGMOG00000013151	ENSGMOG00000013164	ENSGMOG00000011048	ENSGMOG00000011057	ENSGMOG00000011115	ENSGMOG00000011123	ENSGMOG00000011147	ENSGMOG00000011162 #28	ENSGMOG00000022235	ENSGMOG00000032933 #21	ENSGMOG00000024669 #22	gria4b (ENSGMOG00000000875)	elmod1 (ENSGMOG00000023607)	slc35f2 (ENSGMOG00000011228)	ENSGMOG00000011242	CAPN5 (ENSGMOG00000011259)	MYO7A (ENSGMOG00000011272)	GDPD4 (ENSGMOG00000011309)	ENSGMOG00000029085	DLAT (ENSGMOG00000002727)	ENSGMOG00000022666	CRYAB (ENSGMOG00000036499)	mia (ENSGMOG00000031552)	bicdl2 (ENSGMOG00000002575)	ENSGMOG00000002547	fdxacb1 (ENSGMOG00000036790)
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	4	ENSMMDG00005013628	ENSMMDG00005013722	ENSMMDG00005016747	ENSMMDG00005016753	tbcela (ENSMMDG00005016755)	ENSMMDG00005016765	TLCD3A (ENSMMDG00005016856) #28	gemin4 (ENSMMDG00005016858) #29	dhrs13b.2 (ENSMMDG00005016860)	smtnl (ENSMMDG00005016864)	ENSMMDG00005016866	tmem199 (ENSMMDG00005016870)	poldip2 (ENSMMDG00005016877)	LRRC75A (ENSMMDG00005017093)	crk (ENSMMDG00005017139) #21	YWHAE (ENSMMDG00005017147) #22	myo1cb (ENSMMDG00005017179) #20	SLC43A2 (ENSMMDG00005017382) #17	pitpnaa (ENSMMDG00005017400) #18	inpp5ka (ENSMMDG00005018140) #19	tekt1 (ENSMMDG00005018681)	xaf1 (ENSMMDG00005018687)	ECEL1 (ENSMMDG00005018694)	zgc:153039 (ENSMMDG00005018697)	chrd (ENSMMDG00005018718)	clcn2b (ENSMMDG00005018755)	ENSMMDG00005018973	fam131ab (ENSMMDG00005018979)	alp3 (ENSMMDG00005018982)	ENSMMDG00005019006	psmd2 (ENSMMDG00005019038)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	5	cadm1a (ENSMMDG00005015899)	sc5d (ENSMMDG00005015902)	plekhb1 (ENSMMDG00005015912)	fam168a (ENSMMDG00005015913)	ENSMMDG00005015914	ENSMMDG00005015917	ENSMMDG00005015924	TBCEL (ENSMMDG00005015925)	ENSMMDG00005015928	TECTA (ENSMMDG00005015931)	ENSMMDG00005015939	ENSMMDG00005015943 #28	ENSMMDG00005015946	POLDIP2 (ENSMMDG00005015948)	CRK (ENSMMDG00005016019) #21	ywhae2 (ENSMMDG00005016020) #22	gria4b (ENSMMDG00005016022)	elmod1 (ENSMMDG00005016024)	slc35f2 (ENSMMDG00005016026)	CUL5 (ENSMMDG00005016029)	CAPN5 (ENSMMDG00005016036)	ompb (ENSMMDG00005016043)	MYO7A (ENSMMDG00005016059)	ENSMMDG00005016072	zw10 (ENSMMDG00005016076)	ENSMMDG00005016119	ENSMMDG00005016123	mybbp1a (ENSMMDG00005016132)	tbl2 (ENSMMDG00005016154)	ENSMMDG00005016158	HEPACAM (ENSMMDG00005016167)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Tiger tail seahorse	DUPLICATION
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	517	ENSHCOG00000014445	bco2b (ENSHCOG00000014811)	SORL1 (ENSHCOG00000014935)	sb:cb37 (ENSHCOG00000014963)	tbcela (ENSHCOG00000015004)	ENSHCOG00000015023	ENSHCOG00000015038 #28	ENSHCOG00000015047 #28	gemin4 (ENSHCOG00000015057) #29	dhrs13b.2 (ENSHCOG00000015063)	smtnl (ENSHCOG00000015074)	ENSHCOG00000015094	tmem199 (ENSHCOG00000015098)	poldip2 (ENSHCOG00000015114)	LRRC75A (ENSHCOG00000015130)	ENSHCOG00000015145 #22	myo1cb (ENSHCOG00000015195) #20	SLC43A2 (ENSHCOG00000015235) #17	pitpnaa (ENSHCOG00000015264) #18	inpp5ka (ENSHCOG00000015362) #19	tekt1 (ENSHCOG00000015456)	ECEL1 (ENSHCOG00000015501)	zgc:153039 (ENSHCOG00000015535)	chrd (ENSHCOG00000015576)	clcn2b (ENSHCOG00000015691)	ENSHCOG00000015716	fam131ab (ENSHCOG00000015761)	alp3 (ENSHCOG00000015806)	ENSHCOG00000016075	psmd2 (ENSHCOG00000016181)	prss16 (ENSHCOG00000016202)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	174		orai2 (ENSHCOG00000010251)	USP28 (ENSHCOG00000010203)	HTR3A (ENSHCOG00000010180)	zbtb16a (ENSHCOG00000010142)	ncam1a (ENSHCOG00000010107)	cadm1a (ENSHCOG00000010083)	sc5d (ENSHCOG00000010054)	plekhb1 (ENSHCOG00000010039)	TBCEL (ENSHCOG00000010031)	TECTA (ENSHCOG00000010017)	USP2 (ENSHCOG00000000312)	ENSHCOG00000009950 #28	ENSHCOG00000009939	CRK (ENSHCOG00000009925) #21	ywhae2 (ENSHCOG00000009904) #22	gria4b (ENSHCOG00000009872)	elmod1 (ENSHCOG00000009827)	slc35f2 (ENSHCOG00000009797)	cul5a (ENSHCOG00000009785)	CAPN5 (ENSHCOG00000009737)	ompb (ENSHCOG00000009715)	MYO7A (ENSHCOG00000009703)	ENSHCOG00000009612	AQP11 (ENSHCOG00000009586)	ENSHCOG00000009570	FCHSD2 (ENSHCOG00000009540)	ENSHCOG00000009502	ENSHCOG00000009469	alox5ap (ENSHCOG00000009254)	ENSHCOG00000009242
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156097.a	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	33			ENSGT00940000162996.`b.a.a	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.h	ENSGT00940000165285.g	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000177736
Midas cichlid	DUPLICATION
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Midas cichlid	MODERN SPECIES	344	ENSACIG00000012428	HTR3A (ENSACIG00000012447)	zbtb16a (ENSACIG00000012478)	ncam1a (ENSACIG00000012493)	ENSACIG00000012525	cadm1a (ENSACIG00000012546)	sc5d (ENSACIG00000012680)	plekhb1 (ENSACIG00000012697)	ENSACIG00000012713	TECTA (ENSACIG00000012735)	ENSACIG00000012788	ENSACIG00000012816 #28	ENSACIG00000012844	ENSACIG00000012851	CRK (ENSACIG00000012862) #21	ywhae2 (ENSACIG00000012875) #22	gria4b (ENSACIG00000012893)	elmod1 (ENSACIG00000012935)	slc35f2 (ENSACIG00000012974)	CUL5 (ENSACIG00000013036)	CAPN5 (ENSACIG00000013078)	ompb (ENSACIG00000013111)	MYO7A (ENSACIG00000013121)	ENSACIG00000013215	AQP11 (ENSACIG00000013247)	ENSACIG00000013262	FCHSD2 (ENSACIG00000013308)	ENSACIG00000013347	foxred1 (ENSACIG00000013363)	kcnj1b (ENSACIG00000013421)	ENSACIG00000013430
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Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	25		ENSGT00940000180778	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.h.b	ENSGT00940000165285.h.a	ENSGT00940000165285.g	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b.l	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	35			ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.h.b	ENSGT00940000165285.h.a	ENSGT00940000165285.g	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b.l	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	40			ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.h.b	ENSGT00940000165285.h.a	ENSGT00940000165285.g	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b.l	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	9			ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.h.b	ENSGT00940000165285.h.a	ENSGT00940000165285.g	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b.l	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Eastern happy	DUPLICATION
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	tbcela (ENSACLG00000016175)	ENSACLG00000016164	usp2a (ENSACLG00000016110)	TLCD3A (ENSACLG00000016090) #28	gemin4 (ENSACLG00000016073) #29	ENSACLG00000016049	ENSACLG00000016018	ENSACLG00000015935	ENSACLG00000015922	smtnl (ENSACLG00000015818)	ENSACLG00000015809	tmem199 (ENSACLG00000015770)	poldip2 (ENSACLG00000015709)	LRRC75A (ENSACLG00000015660)	crk (ENSACLG00000015634) #21	ENSACLG00000015593 #22	myo1cb (ENSACLG00000015483) #20	SLC43A2 (ENSACLG00000015356) #17	pitpnaa (ENSACLG00000015255) #18	inpp5ka (ENSACLG00000015203) #19	tekt1 (ENSACLG00000015160)	xaf1 (ENSACLG00000015144)	ECEL1 (ENSACLG00000015047)	zgc:153039 (ENSACLG00000014965)	chrd (ENSACLG00000014912)	CLCN2 (ENSACLG00000014811)	ENSACLG00000014758	fam131ab (ENSACLG00000014730)	alp3 (ENSACLG00000014691)	ENSACLG00000014482	psmd2 (ENSACLG00000014319)
Eastern happy	MODERN SPECIES	1	HTR3A (ENSACLG00000021894)	zbtb16a (ENSACLG00000021957)	ncam1a (ENSACLG00000022016)	ENSACLG00000022242	ENSACLG00000022259	cadm1a (ENSACLG00000022313)	ENSACLG00000022333	sc5d (ENSACLG00000022339)	plekhb1 (ENSACLG00000022359)	TBCEL (ENSACLG00000022396)	TECTA (ENSACLG00000022411)	ENSACLG00000022467	ENSACLG00000022557 #28	ENSACLG00000022564	CRK (ENSACLG00000022569) #21	ywhae2 (ENSACLG00000022608) #22	gria4b (ENSACLG00000022681)	ENSACLG00000022741	elmod1 (ENSACLG00000022760)	slc35f2 (ENSACLG00000022846)	CUL5 (ENSACLG00000022875)	CAPN5 (ENSACLG00000022960)	ompb (ENSACLG00000023024)	ENSACLG00000023038	MYO7A (ENSACLG00000023046)	ENSACLG00000023124	ENSACLG00000023144	ENSACLG00000023168	FCHSD2 (ENSACLG00000023201)	foxred1 (ENSACLG00000023282)	kcnj1b (ENSACLG00000023295)
Zebra mbuna	DUPLICATION
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P. nyererei	DUPLICATION
P. nyererei	MODERN SPECIES	378				tbcela (ENSPNYG00000009393)	usp2a (ENSPNYG00000009435)	TLCD3A (ENSPNYG00000009492) #28	gemin4 (ENSPNYG00000009482) #29	ENSPNYG00000009509	ENSPNYG00000009553	ENSPNYG00000009581	smtnl (ENSPNYG00000009603)	tmem199 (ENSPNYG00000009647)	poldip2 (ENSPNYG00000009696)	LRRC75A (ENSPNYG00000009736)	crk (ENSPNYG00000009753) #21	ENSPNYG00000009776 #22	myo1cb (ENSPNYG00000009814) #20	SLC43A2 (ENSPNYG00000009896) #17	pitpnaa (ENSPNYG00000009926) #18	inpp5ka (ENSPNYG00000009955) #19	tekt1 (ENSPNYG00000010048)	xaf1 (ENSPNYG00000010123)	ECEL1 (ENSPNYG00000010131)	zgc:153039 (ENSPNYG00000010184)	ENSPNYG00000010230	chrd (ENSPNYG00000010329)	CLCN2 (ENSPNYG00000010513)	ENSPNYG00000010658	fam131ab (ENSPNYG00000010700)	alp3 (ENSPNYG00000010734)	ENSPNYG00000010815
P. nyererei	MODERN SPECIES	310	orai2 (ENSPNYG00000010503)	USP28 (ENSPNYG00000010533)	HTR3B (ENSPNYG00000010565)	HTR3A (ENSPNYG00000010596)	zbtb16a (ENSPNYG00000010616)	ncam1a (ENSPNYG00000010651)	cadm1a (ENSPNYG00000010714)	sc5d (ENSPNYG00000010741)	plekhb1 (ENSPNYG00000010757)	TBCEL (ENSPNYG00000010775)	TECTA (ENSPNYG00000010819)	ENSPNYG00000010915	ENSPNYG00000010944 #28	ENSPNYG00000010953	CRK (ENSPNYG00000010973) #21	ywhae2 (ENSPNYG00000010998) #22	gria4b (ENSPNYG00000011041)	elmod1 (ENSPNYG00000011122)	slc35f2 (ENSPNYG00000011151)	CUL5 (ENSPNYG00000011193)	CAPN5 (ENSPNYG00000011323)	ompb (ENSPNYG00000011353)	MYO7A (ENSPNYG00000011380)	ENSPNYG00000011471	ENSPNYG00000011495	ENSPNYG00000011524	ENSPNYG00000011536	FCHSD2 (ENSPNYG00000011552)	ENSPNYG00000011581	foxred1 (ENSPNYG00000011608)	kcnj1b (ENSPNYG00000011686)
Burton s mouthbrooder	DUPLICATION
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	694			tbcela (ENSHBUG00000008055)	usp2a (ENSHBUG00000008087)	TLCD3A (ENSHBUG00000008100) #28	gemin4 (ENSHBUG00000008115) #29	ENSHBUG00000008130	ENSHBUG00000008148	ENSHBUG00000008164	smtnl (ENSHBUG00000008238)	ENSHBUG00000008276	tmem199 (ENSHBUG00000008310)	poldip2 (ENSHBUG00000008329)	LRRC75A (ENSHBUG00000008371)	crk (ENSHBUG00000008389) #21	ENSHBUG00000008441 #22	myo1cb (ENSHBUG00000008535) #20	SLC43A2 (ENSHBUG00000008643) #17	pitpnaa (ENSHBUG00000008675) #18	inpp5ka (ENSHBUG00000008702) #19
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	282	orai2 (ENSHBUG00000012054)	USP28 (ENSHBUG00000012068)	HTR3B (ENSHBUG00000012103)	HTR3A (ENSHBUG00000012136)	zbtb16a (ENSHBUG00000012173)	ncam1a (ENSHBUG00000012359)	cadm1a (ENSHBUG00000012460)	sc5d (ENSHBUG00000012491)	plekhb1 (ENSHBUG00000012501)	TBCEL (ENSHBUG00000012511)	TECTA (ENSHBUG00000012560)	ENSHBUG00000012616	ENSHBUG00000012627 #28	ENSHBUG00000012649	ENSHBUG00000012670 #21	ywhae2 (ENSHBUG00000012708) #22	gria4b (ENSHBUG00000012754)	elmod1 (ENSHBUG00000012814)	slc35f2 (ENSHBUG00000012868)	CUL5 (ENSHBUG00000012991)	ompb (ENSHBUG00000013019)	CAPN5 (ENSHBUG00000013069)	MYO7A (ENSHBUG00000013188)	GDPD4 (ENSHBUG00000013213)	ENSHBUG00000013243	ENSHBUG00000013341	FCHSD2 (ENSHBUG00000013486)	foxred1 (ENSHBUG00000013505)	kcnj1b (ENSHBUG00000013510)	ENSHBUG00000013532	rabep1 (ENSHBUG00000013663)
Lyretail cichlid	DUPLICATION
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	580										smtnl (ENSNBRG00000023316)	SEBOX (ENSNBRG00000023306)	tmem199 (ENSNBRG00000023287)	poldip2 (ENSNBRG00000023274)	LRRC75A (ENSNBRG00000023266)	crk (ENSNBRG00000023260) #21	ENSNBRG00000023246 #22	myo1cb (ENSNBRG00000023216) #20	SLC43A2 (ENSNBRG00000023170) #17	pitpnaa (ENSNBRG00000023144) #18	inpp5ka (ENSNBRG00000023132) #19
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	297	orai2 (ENSNBRG00000011047)	USP28 (ENSNBRG00000011079)	HTR3B (ENSNBRG00000011109)	HTR3A (ENSNBRG00000011137)	zbtb16a (ENSNBRG00000011170)	ncam1a (ENSNBRG00000011478)	cadm1a (ENSNBRG00000012694)	sc5d (ENSNBRG00000012834)	plekhb1 (ENSNBRG00000012849)	TBCEL (ENSNBRG00000012856)	TECTA (ENSNBRG00000012877)	ENSNBRG00000012931	ENSNBRG00000012965 #28	ENSNBRG00000012996	CRK (ENSNBRG00000013010) #21	ywhae2 (ENSNBRG00000013043) #22	gria4b (ENSNBRG00000013070)	elmod1 (ENSNBRG00000013140)	slc35f2 (ENSNBRG00000013171)	CUL5 (ENSNBRG00000013257)	CAPN5 (ENSNBRG00000013353)	ompb (ENSNBRG00000013376)	MYO7A (ENSNBRG00000013391)	ENSNBRG00000013486	ENSNBRG00000013531	ENSNBRG00000013541	FCHSD2 (ENSNBRG00000013569)	ENSNBRG00000013607	foxred1 (ENSNBRG00000013634)	kcnj1b (ENSNBRG00000013734)	rabep1 (ENSNBRG00000013749)
Nile tilapia	DUPLICATION
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	nlk2 (ENSONIG00000006428)	cuedc1b (ENSONIG00000014823)	akap1b (ENSONIG00000014829)	NF1 (ENSONIG00000014832)	ENSONIG00000034139	ENSONIG00000036061	OMG (ENSONIG00000038614)	ENSONIG00000010888	ENSONIG00000029637	smtnl (ENSONIG00000010883)	ENSONIG00000010879	tmem199 (ENSONIG00000038413)	poldip2 (ENSONIG00000010869)	LRRC75A (ENSONIG00000010868)	crk (ENSONIG00000010865) #21	ENSONIG00000010863 #22	myo1cb (ENSONIG00000010849) #20	SLC43A2 (ENSONIG00000010841) #17	pitpnaa (ENSONIG00000010838) #18	inpp5ka (ENSONIG00000010830) #19	ENSONIG00000029681	tekt1 (ENSONIG00000010828)	xaf1 (ENSONIG00000034171)	ECEL1 (ENSONIG00000010817)	zgc:153039 (ENSONIG00000010816)	chrd (ENSONIG00000010807)	CLCN2 (ENSONIG00000010801)	ENSONIG00000037050	ENSONIG00000030578	fam131ab (ENSONIG00000010797)	alp3 (ENSONIG00000010789)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	1	htr3b (ENSONIG00000009486)	HTR3A (ENSONIG00000009491)	zbtb16a (ENSONIG00000009495)	ENSONIG00000032583	ncam1a (ENSONIG00000009496)	cadm1a (ENSONIG00000009502)	ENSONIG00000040892	sc5d (ENSONIG00000034053)	plekhb1 (ENSONIG00000009505)	TBCEL (ENSONIG00000037823)	TECTA (ENSONIG00000009508)	ENSONIG00000009511	ENSONIG00000009512 #28	ENSONIG00000009514	CRK (ENSONIG00000009518) #21	ywhae2 (ENSONIG00000032945) #22	gria4b (ENSONIG00000009523)	elmod1 (ENSONIG00000009536)	slc35f2 (ENSONIG00000009539)	CUL5 (ENSONIG00000009545)	CAPN5 (ENSONIG00000009550)	ompb (ENSONIG00000021460)	ENSONIG00000027896	MYO7A (ENSONIG00000009556)	ENSONIG00000009570	AQP11 (ENSONIG00000009574)	ENSONIG00000009575	ENSONIG00000032351	ENSONIG00000038404	FCHSD2 (ENSONIG00000013349)	foxred1 (ENSONIG00000013346)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996.bb.b	ENSGT00940000162996.bb.a	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.j	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00940000165285.i	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996.bb.b	ENSGT00940000162996.bb.a	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.j.b	ENSGT00940000165285.j.a	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000167666	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162996.bb.a.b.a	ENSGT00940000162996.bb.a.a	ENSGT00940000162996.bb.a.b.b	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285.j.b	ENSGT00940000165285.j.a	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000167666	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b
Clown anemonefish	DUPLICATION
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3459					usp2a (ENSAOCG00000021952)	ENSAOCG00000021966 #28	gemin4 (ENSAOCG00000021978) #29	ENSAOCG00000021990	ENSAOCG00000021996	smtnl (ENSAOCG00000022054)	ENSAOCG00000022096	tmem199 (ENSAOCG00000022105)	poldip2 (ENSAOCG00000022162)	LRRC75A (ENSAOCG00000003141)	crk (ENSAOCG00000003147) #21	ENSAOCG00000001926 #22	myo1cb (ENSAOCG00000003172) #20	SLC43A2 (ENSAOCG00000003187) #17	pitpnaa (ENSAOCG00000003272) #18	inpp5ka (ENSAOCG00000003312) #19	tekt1 (ENSAOCG00000003316)	xaf1 (ENSAOCG00000003338)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1465							AMOT (ENSAOCG00000017007)	sc5d (ENSAOCG00000016996)	plekhb1 (ENSAOCG00000016971)	TBCEL (ENSAOCG00000002661)	TECTA (ENSAOCG00000016912)	ENSAOCG00000016835	ENSAOCG00000016815 #28	ENSAOCG00000016805	CRK (ENSAOCG00000016780) #21	ywhae2 (ENSAOCG00000016753) #22	gria4b (ENSAOCG00000016721)	elmod1 (ENSAOCG00000016670)
Orange clownfish	DUPLICATION
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	ENSAPEG00000003814	ENSAPEG00000003680	ENSAPEG00000003589	tbcela (ENSAPEG00000003536)	ENSAPEG00000003500	ENSAPEG00000003487 #28	gemin4 (ENSAPEG00000003477) #29	ENSAPEG00000003458	ENSAPEG00000003449	smtnl (ENSAPEG00000003419)	ENSAPEG00000003394	tmem199 (ENSAPEG00000003382)	poldip2 (ENSAPEG00000003344)	LRRC75A (ENSAPEG00000003307)	crk (ENSAPEG00000003246) #21	ENSAPEG00000003205 #22	myo1cb (ENSAPEG00000003123) #20	SLC43A2 (ENSAPEG00000003008) #17	pitpnaa (ENSAPEG00000002966) #18	inpp5ka (ENSAPEG00000002929) #19	tekt1 (ENSAPEG00000002908)	xaf1 (ENSAPEG00000002903)	ENSAPEG00000002876	ECEL1 (ENSAPEG00000002325)	zgc:153039 (ENSAPEG00000002185)	chrd (ENSAPEG00000001953)	ENSAPEG00000001927	clcn2b (ENSAPEG00000001840)	ENSAPEG00000001788	fam131ab (ENSAPEG00000001726)	alp3 (ENSAPEG00000001680)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	6	HLCS (ENSAPEG00000012399)	ENSAPEG00000012375	ENSAPEG00000012361	ENSAPEG00000012261	ENSAPEG00000012238	tiprl (ENSAPEG00000012195)	AMOT (ENSAPEG00000012171)	sc5d (ENSAPEG00000012101)	plekhb1 (ENSAPEG00000012090)	TBCEL (ENSAPEG00000012084)	TECTA (ENSAPEG00000011945)	ENSAPEG00000011897	ENSAPEG00000011869 #28	ENSAPEG00000011836	CRK (ENSAPEG00000011806) #21	ywhae2 (ENSAPEG00000011754) #22	gria4b (ENSAPEG00000011689)	elmod1 (ENSAPEG00000011637)	tlcd5b (ENSAPEG00000011625)	ENSAPEG00000011613	ENSAPEG00000011590	emsy (ENSAPEG00000011470)	ENSAPEG00000011454	mpzl1l (ENSAPEG00000011425)	rabep1 (ENSAPEG00000011338)	ENSAPEG00000011285	kcnj1b (ENSAPEG00000011228)	foxred1 (ENSAPEG00000011215)	FCHSD2 (ENSAPEG00000011205)	ENSAPEG00000011098	ENSAPEG00000011071
Spiny chromis	DUPLICATION
Spiny chromis	MODERN SPECIES	909														LRRC75A (ENSAPOG00000012560)	crk (ENSAPOG00000012550) #21	ENSAPOG00000012523 #22	myo1cb (ENSAPOG00000012478) #20	SLC43A2 (ENSAPOG00000012337) #17	pitpnaa (ENSAPOG00000012252) #18	inpp5ka (ENSAPOG00000012211) #19	tekt1 (ENSAPOG00000012173)	xaf1 (ENSAPOG00000012150)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	2449																ENSAPOG00000022285 #22
Bicolor damselfish	DUPLICATION
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1072										ENSSPAG00000022712	ENSSPAG00000000217	tmem199 (ENSSPAG00000000236)	poldip2 (ENSSPAG00000000239)	LRRC75A (ENSSPAG00000000252)	crk (ENSSPAG00000000275) #21	ENSSPAG00000000297 #22	myo1cb (ENSSPAG00000000333) #20	SLC43A2 (ENSSPAG00000000439) #17	pitpnaa (ENSSPAG00000000490) #18
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	357							cadm1a (ENSSPAG00000019589)	sc5d (ENSSPAG00000019553)	plekhb1 (ENSSPAG00000019539)	TBCEL (ENSSPAG00000019526)	TECTA (ENSSPAG00000019472)	ENSSPAG00000019437	ENSSPAG00000019407 #28	ENSSPAG00000019386	CRK (ENSSPAG00000019354) #21	ENSSPAG00000019319 #22	ENSSPAG00000019308	ENSSPAG00000019288	ENSSPAG00000019256	mtif3 (ENSSPAG00000019236)	heca (ENSSPAG00000019210)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	15			ENSGT00940000162996.y.a.b	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162996.y.b.a	ENSGT00940000162996.y.b.b	ENSGT00940000162996.y.a.b	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162996.y.b.a.b.a	ENSGT00940000162996.y.b.b	ENSGT00940000162996.y.a.b	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Japanese Medaka HdrR	DUPLICATION
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Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	5	USP28 (ENSORLG00000014609)	ENSORLG00000014619	HTR3A (ENSORLG00000014631)	zbtb16a (ENSORLG00000014640)	ncam1a (ENSORLG00000014681)	ENSORLG00000025108	cadm1a (ENSORLG00000014698)	sc5d (ENSORLG00000028563)	plekhb1 (ENSORLG00000021993)	ENSORLG00000014756	TECTA (ENSORLG00000014771)	ENSORLG00000014803	ENSORLG00000014818 #28	ENSORLG00000014825	ENSORLG00000023366 #21	ywhae2 (ENSORLG00000014845) #22	ENSORLG00000026199	gria4b (ENSORLG00000014865)	ENSORLG00000029515	elmod1 (ENSORLG00000014887)	slc35f2 (ENSORLG00000014902)	ENSORLG00000014938	ENSORLG00000014975	ompb (ENSORLG00000014978)	ENSORLG00000015036	ENSORLG00000021923	ENSORLG00000015053	ENSORLG00000028843	ENSORLG00000028737	foxred1 (ENSORLG00000015079)	kcnj1b (ENSORLG00000015086)
Chinese medaka	DUPLICATION
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1112				ENSOSIG00000009262	ENSOSIG00000009850	ENSOSIG00000009894	TBCEL (ENSOSIG00000009920)	usp2a (ENSOSIG00000009922)	ENSOSIG00000009970	TLCD3A (ENSOSIG00000009972) #28	gemin4 (ENSOSIG00000009974) #29	dhrs13b.2 (ENSOSIG00000009976)	poldip2 (ENSOSIG00000009978)	LRRC75A (ENSOSIG00000010368)	crk (ENSOSIG00000010371) #21	ENSOSIG00000010373 #22	myo1cb (ENSOSIG00000010384) #20	SLC43A2 (ENSOSIG00000010854) #17	pitpnaa (ENSOSIG00000010870) #18
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1004	bckdk (ENSOSIG00000021436)	USP28 (ENSOSIG00000021087)	ENSOSIG00000021056	HTR3A (ENSOSIG00000021015)	zbtb16a (ENSOSIG00000021001)	ncam1a (ENSOSIG00000017708)	cadm1a (ENSOSIG00000017497)	sc5d (ENSOSIG00000017492)	plekhb1 (ENSOSIG00000017484)	TBCEL (ENSOSIG00000017479)	TECTA (ENSOSIG00000017435)	ENSOSIG00000017423	ENSOSIG00000017416 #28	ENSOSIG00000017409	CRK (ENSOSIG00000017403) #21	ywhae2 (ENSOSIG00000017400) #22	gria4b (ENSOSIG00000012207)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162996.y.b.a	ENSGT00940000162996.y.b.b	ENSGT00940000162996.y.a.b	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Indian medaka	DUPLICATION
Indian medaka	MODERN SPECIES	12	ENSOMEG00000021325	ENSOMEG00000021243	ENSOMEG00000021067	tbcela (ENSOMEG00000020908)	usp2a (ENSOMEG00000020848)	ENSOMEG00000020790	ENSOMEG00000020755 #28	gemin4 (ENSOMEG00000020772) #29	dhrs13b.2 (ENSOMEG00000020741)	smtnl (ENSOMEG00000020723)	ENSOMEG00000020688	tmem199 (ENSOMEG00000020673)	poldip2 (ENSOMEG00000020642)	LRRC75A (ENSOMEG00000000545)	crk (ENSOMEG00000020592) #21	ENSOMEG00000020560 #22	myo1cb (ENSOMEG00000020514) #20	SLC43A2 (ENSOMEG00000020437) #17	pitpnaa (ENSOMEG00000020246) #18	inpp5ka (ENSOMEG00000020222) #19	tekt1 (ENSOMEG00000020194)	xaf1 (ENSOMEG00000020178)	ECEL1 (ENSOMEG00000020152)	zgc:153039 (ENSOMEG00000020083)	chrd (ENSOMEG00000020051)	clcn2b (ENSOMEG00000019964)	ENSOMEG00000019754	ENSOMEG00000000882	alp3 (ENSOMEG00000019723)	ENSOMEG00000019681	psmd2 (ENSOMEG00000019456)
Indian medaka	MODERN SPECIES	4	ENSOMEG00000000648	HTR3A (ENSOMEG00000002452)	zbtb16a (ENSOMEG00000002434)	ncam1a (ENSOMEG00000002424)	ENSOMEG00000002402	ENSOMEG00000002397	cadm1a (ENSOMEG00000002384)	sc5d (ENSOMEG00000002344)	plekhb1 (ENSOMEG00000002335)	TBCEL (ENSOMEG00000002324)	TECTA (ENSOMEG00000002309)	ENSOMEG00000002284	ENSOMEG00000002274 #28	ENSOMEG00000002261	CRK (ENSOMEG00000002246) #21	ywhae2 (ENSOMEG00000002238) #22	gria4b (ENSOMEG00000002214)	MYO7A (ENSOMEG00000002179)	CAPN5 (ENSOMEG00000002138)	ompb (ENSOMEG00000002119)	CUL5 (ENSOMEG00000002107)	slc35f2 (ENSOMEG00000000029)	elmod1 (ENSOMEG00000000025)	AQP11 (ENSOMEG00000002076)	ENSOMEG00000002068	FCHSD2 (ENSOMEG00000002057)	foxred1 (ENSOMEG00000002042)	kcnj1b (ENSOMEG00000002032)	ENSOMEG00000002025	rabep1 (ENSOMEG00000002008)	mpzl1l (ENSOMEG00000001988)
Javanese ricefish	DUPLICATION
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Sailfin molly	DUPLICATION
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Sailfin molly	DUPLICATION
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Amazon molly	DUPLICATION
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Amazon molly	DUPLICATION
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Platyfish	DUPLICATION
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Platyfish	MODERN SPECIES	2	orai2 (ENSXMAG00000008815)	USP28 (ENSXMAG00000008818)	HTR3B (ENSXMAG00000008834)	HTR3A (ENSXMAG00000008835)	zbtb16a (ENSXMAG00000008853)	ncam1a (ENSXMAG00000008861)	cadm1a (ENSXMAG00000012398)	sc5d (ENSXMAG00000029314)	plekhb1 (ENSXMAG00000012387)	TBCEL (ENSXMAG00000012372)	TECTA (ENSXMAG00000012336)	ENSXMAG00000012318	ENSXMAG00000003573 #28	ENSXMAG00000011551	ENSXMAG00000023400 #21	ywhae2 (ENSXMAG00000000541) #22	gria4b (ENSXMAG00000008529)	elmod1 (ENSXMAG00000012302)	slc35f2 (ENSXMAG00000015958)	CUL5 (ENSXMAG00000012228)	cbln10 (ENSXMAG00000012226)	ENSXMAG00000025188	tmem120aa (ENSXMAG00000011139)	styxl1 (ENSXMAG00000011154)	HEPACAM (ENSXMAG00000027038)	ompb (ENSXMAG00000019651)	CAPN5 (ENSXMAG00000011169)	MYO7A (ENSXMAG00000011193)	GDPD4 (ENSXMAG00000011255)	AQP11 (ENSXMAG00000000651)	ENSXMAG00000027612
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	102					ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Mummichog	DUPLICATION
Mummichog	MODERN SPECIES	2202														LRRC75A (ENSFHEG00000022268)	crk (ENSFHEG00000022242) #21	ENSFHEG00000022215 #22	myo1cb (ENSFHEG00000022128) #20	SLC43A2 (ENSFHEG00000021995) #17	pitpnaa (ENSFHEG00000021944) #18	inpp5ka (ENSFHEG00000021907) #19	tekt1 (ENSFHEG00000021874)	xaf1 (ENSFHEG00000021708)	ECEL1 (ENSFHEG00000021697)	zgc:153039 (ENSFHEG00000021643)	chrd (ENSFHEG00000021597)	clcn2b (ENSFHEG00000021576)	ENSFHEG00000021386	fam131ab (ENSFHEG00000021367)	alp3 (ENSFHEG00000021351)	ENSFHEG00000021218	psmd2 (ENSFHEG00000021200)
Mummichog	MODERN SPECIES	2233	orai2 (ENSFHEG00000021577)	USP28 (ENSFHEG00000021605)	HTR3B (ENSFHEG00000021702)	HTR3A (ENSFHEG00000021751)	zbtb16a (ENSFHEG00000021769)	ncam1a (ENSFHEG00000021827)	cadm1a (ENSFHEG00000022123)	sc5d (ENSFHEG00000022165)	plekhb1 (ENSFHEG00000022204)	ENSFHEG00000022219	TECTA (ENSFHEG00000022299)	ENSFHEG00000022347	ENSFHEG00000022353 #28	ENSFHEG00000022394	CRK (ENSFHEG00000022422) #21	ywhae2 (ENSFHEG00000022443) #22	gria4b (ENSFHEG00000022505)	elmod1 (ENSFHEG00000022618)	slc35f2 (ENSFHEG00000022630)	CUL5 (ENSFHEG00000022705)	cbln10 (ENSFHEG00000022738)	ADRA1B (ENSFHEG00000022768)	ENSFHEG00000000559	ENSFHEG00000022793
Sheepshead minnow	DUPLICATION
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	590					tbcela (ENSCVAG00000013501)	usp2a (ENSCVAG00000013530)	TLCD3A (ENSCVAG00000013545) #28	gemin4 (ENSCVAG00000013548) #29	dhrs13b.2 (ENSCVAG00000013554)	smtnl (ENSCVAG00000013637)	ENSCVAG00000013664	tmem199 (ENSCVAG00000013674)	poldip2 (ENSCVAG00000013728)	ENSCVAG00000013783	crk (ENSCVAG00000013792) #21	ENSCVAG00000013813 #22	myo1cb (ENSCVAG00000013906) #20	SLC43A2 (ENSCVAG00000013992) #17	pitpnaa (ENSCVAG00000014004) #18	pitpnaa (ENSCVAG00000014006) #18	ENSCVAG00000014009	inpp5ka (ENSCVAG00000014094) #19	ENSCVAG00000014185	ENSCVAG00000014227	ECEL1 (ENSCVAG00000014306)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	155	ENSCVAG00000007046	HTR3B (ENSCVAG00000007072)	HTR3A (ENSCVAG00000007099)	zbtb16a (ENSCVAG00000007140)	ncam1a (ENSCVAG00000000230)	ENSCVAG00000008194	cadm1a (ENSCVAG00000008229)	sc5d (ENSCVAG00000008255)	plekhb1 (ENSCVAG00000008263)	TBCEL (ENSCVAG00000008273)	TECTA (ENSCVAG00000008337)	ENSCVAG00000008352	ENSCVAG00000008360 #28	ENSCVAG00000008374	CRK (ENSCVAG00000008397) #21	ywhae2 (ENSCVAG00000008428) #22	gria4b (ENSCVAG00000008986)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	154				ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C
Turquoise killifish	DUPLICATION
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	327														LRRC75A (ENSNFUG00015013735)	CRK (ENSNFUG00015013729) #21	YWHAE2 (ENSNFUG00015013704) #22
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1620	ncam1a (ENSNFUG00015008043)	ENSNFUG00015007686	ENSNFUG00015007681	cadm1a (ENSNFUG00015007654)	ENSNFUG00015007648	SC5DL (ENSNFUG00015007629)	PLEKHB1 (ENSNFUG00015007619)	TBCELB (ENSNFUG00015007615)	TECTA (ENSNFUG00015007575)	ENSNFUG00015007542	ENSNFUG00015007534	ENSNFUG00015007530	FAM57A (ENSNFUG00015007509)	CRK (ENSNFUG00015007491) #21	ENSNFUG00015007489	YWHAE1 (ENSNFUG00015007462) #22	gria4b (ENSNFUG00015006891)	ELMOD1 (ENSNFUG00015006801)	slc35f2 (ENSNFUG00015006792)	CUL5B (ENSNFUG00015006751)	ompb (ENSNFUG00015006723)	CAPN5B (ENSNFUG00015006698)	ENSNFUG00015006690	ENSNFUG00015006614	ndufa2 (ENSNFUG00015006610)	ENSNFUG00015006577	RPS14 (ENSNFUG00015006565)	CAMK2A (ENSNFUG00015005854)	sra1 (ENSNFUG00015005753)	APBB3 (ENSNFUG00015005748)	ENSNFUG00015005743
Mangrove rivulus	DUPLICATION
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	221			tbcela (ENSKMAG00000014638)	usp2a (ENSKMAG00000014687)	ENSKMAG00000014764	ENSKMAG00000014773 #28	gemin4 (ENSKMAG00000014793) #29	dhrs13b.2 (ENSKMAG00000014805)	ENSKMAG00000014826	smtnl (ENSKMAG00000014871)	ENSKMAG00000014917	tmem199 (ENSKMAG00000014930)	poldip2 (ENSKMAG00000014947)	LRRC75A (ENSKMAG00000014977)	crk (ENSKMAG00000015010) #21	ENSKMAG00000015030 #22	myo1cb (ENSKMAG00000015092) #20	SLC43A2 (ENSKMAG00000015286) #17	pitpnaa (ENSKMAG00000015396) #18	inpp5ka (ENSKMAG00000015448) #19	tekt1 (ENSKMAG00000015497)	ENSKMAG00000015556	tekt1 (ENSKMAG00000015580)	ENSKMAG00000015650
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	318													ENSKMAG00000009112 #28	ENSKMAG00000009090	CRK (ENSKMAG00000009068) #21	ywhae2 (ENSKMAG00000009042) #22	gria4b (ENSKMAG00000008971)	elmod1 (ENSKMAG00000008891)	slc35f2 (ENSKMAG00000008856)	CUL5 (ENSKMAG00000008785)	ompb (ENSKMAG00000008765)	CAPN5 (ENSKMAG00000008716)	MYO7A (ENSKMAG00000008633)	ENSKMAG00000008541	GDPD4 (ENSKMAG00000008513)	ENSKMAG00000008498	ENSKMAG00000008467
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156097.a	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000165734	ENSGT00940000158967	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000165592.a	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682.j	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000165734	ENSGT00940000158967	ENSGT00510000048072	ENSGT00940000165592.a	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682.j	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Climbing perch	DUPLICATION
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Siamese fighting fish	DUPLICATION
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Zig-zag eel	DUPLICATION
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Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156097.a	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000156097.a	ENSGT00540000072704	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a
Tongue sole	MODERN SPECIES	14	AP1S3 (ENSCSEG00000005403)	dhrs12la (ENSCSEG00000005401)	wdfy1 (ENSCSEG00000005391)	serpine2 (ENSCSEG00000005386)	prss16 (ENSCSEG00000005385)	ENSCSEG00000005344	psmd2 (ENSCSEG00000005336)	alp3 (ENSCSEG00000005324)	fam131ab (ENSCSEG00000005320)	ENSCSEG00000005319	clcn2b (ENSCSEG00000005308)	chrd (ENSCSEG00000005297)	zgc:153039 (ENSCSEG00000005293)	ECEL1 (ENSCSEG00000005268)	crk (ENSCSEG00000005262) #21	ywhae1 (ENSCSEG00000005259) #22	myo1cb (ENSCSEG00000005253) #20	SLC43A2 (ENSCSEG00000005243) #17	pitpnaa (ENSCSEG00000005156) #18	inpp5ka (ENSCSEG00000005136) #19	tekt1 (ENSCSEG00000005126)	ENSCSEG00000005114	LRRC75A (ENSCSEG00000005107)	poldip2 (ENSCSEG00000005101)	tmem199 (ENSCSEG00000005098)	ENSCSEG00000005096	smtnl (ENSCSEG00000005085)	dhrs13b.2 (ENSCSEG00000005077)	gemin4 (ENSCSEG00000005072) #29	ENSCSEG00000005069 #28	usp2a (ENSCSEG00000005061)
Turbot	DUPLICATION
Turbot	MODERN SPECIES	15	ubash3bb (ENSSMAG00000016815)	gkup (ENSSMAG00000016878)	ENSSMAG00000016991	sb:cb37 (ENSSMAG00000017107)	tbcela (ENSSMAG00000017202)	usp2a (ENSSMAG00000017276)	ENSSMAG00000017314 #28	gemin4 (ENSSMAG00000017304) #29	dhrs13b.2 (ENSSMAG00000017332)	smtnl (ENSSMAG00000017360)	ENSSMAG00000017434	tmem199 (ENSSMAG00000017484)	poldip2 (ENSSMAG00000017505)	ENSSMAG00000017575	crk (ENSSMAG00000017607) #21	ENSSMAG00000017627 #22	myo1cb (ENSSMAG00000017658) #20	SLC43A2 (ENSSMAG00000017885) #17	pitpnaa (ENSSMAG00000017938) #18	INPP5K (ENSSMAG00000018090) #19	ENSSMAG00000018188	ENSSMAG00000018376	ENSSMAG00000018393	ENSSMAG00000018423	zgc:153039 (ENSSMAG00000018559)	chrd (ENSSMAG00000018594)	clcn2c (ENSSMAG00000018630)	ENSSMAG00000028372	ENSSMAG00000036782	ENSSMAG00000018846	ENSSMAG00000018850
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Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	37			ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000179754	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	124			ENSLCAG00010022607	ENSLCAG00010022623	tbcela (ENSLCAG00010000172)	usp2a (ENSLCAG00010000213)	TLCD3A (ENSLCAG00010000237) #28	gemin4 (ENSLCAG00010000256) #29	dhrs13b.2 (ENSLCAG00010000279)	smtnl (ENSLCAG00010000290)	ENSLCAG00010000297	tmem199 (ENSLCAG00010000303)	poldip2 (ENSLCAG00010000319)	LRRC75A (ENSLCAG00010000362)	crk (ENSLCAG00010000370) #21	ENSLCAG00010000400 #22	myo1cb (ENSLCAG00010000823) #20	SLC43A2 (ENSLCAG00010001499) #17	pitpnaa (ENSLCAG00010001513) #18	inpp5ka (ENSLCAG00010001535) #19	tekt1 (ENSLCAG00010001541)	xaf1 (ENSLCAG00010001543)	ECEL1 (ENSLCAG00010001547)	zgc:153039 (ENSLCAG00010001554)	chrd (ENSLCAG00010001573)	clcn2b (ENSLCAG00010001698)	ENSLCAG00010001989	FAM131A (ENSLCAG00010001997)	alp3 (ENSLCAG00010002026)	ENSLCAG00010002199	psmd2 (ENSLCAG00010002522)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	188	ENSLCAG00010014646	HTR3A (ENSLCAG00010014653)	zbtb16a (ENSLCAG00010014654)	ncam1a (ENSLCAG00010014737)	cadm1a (ENSLCAG00010015019)	ENSLCAG00010015027	sc5d (ENSLCAG00010015030)	plekhb1 (ENSLCAG00010015034)	TBCEL (ENSLCAG00010015040)	ENSLCAG00010015044	TECTA (ENSLCAG00010015048)	ENSLCAG00010015084	ENSLCAG00010015209 #28	ENSLCAG00010015212	CRK (ENSLCAG00010015215) #21	ENSLCAG00010015233 #22
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	51						ENSGT00940000179754	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00940000164152.a	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.a.b.b	ENSGT00940000167797	ENSGT00950000183106.a.a.b	ENSGT00950000183063.c.a	ENSGT00940000154648.a.b	ENSGT00940000153386.B
Greater amberjack	DUPLICATION
Greater amberjack	MODERN SPECIES	229						ENSSDUG00000000469	TLCD3A (ENSSDUG00000000444) #28	gemin4 (ENSSDUG00000000423) #29	dhrs13b.2 (ENSSDUG00000000354)	smtnl (ENSSDUG00000000257)	ENSSDUG00000000243	tmem199 (ENSSDUG00000000237)	poldip2 (ENSSDUG00000000187)	LRRC75A (ENSSDUG00000000150)	crk (ENSSDUG00000000088) #21	ENSSDUG00000022146 #22	myo1cb (ENSSDUG00000022133) #20	SLC43A2 (ENSSDUG00000022117) #17	pitpnaa (ENSSDUG00000022106) #18	inpp5ka (ENSSDUG00000022099) #19	tekt1 (ENSSDUG00000022096)	xaf1 (ENSSDUG00000022089)	zgc:153039 (ENSSDUG00000022084)	ECEL1 (ENSSDUG00000022075)	chrd (ENSSDUG00000021965)	clcn2b (ENSSDUG00000021906)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	119	ENSSDUG00000022108	ENSSDUG00000022063	USP28 (ENSSDUG00000022005)	HTR3A (ENSSDUG00000021988)	zbtb16a (ENSSDUG00000021980)	ncam1a (ENSSDUG00000021944)	cadm1a (ENSSDUG00000021931)	sc5d (ENSSDUG00000021927)	plekhb1 (ENSSDUG00000021924)	TBCEL (ENSSDUG00000021915)	TECTA (ENSSDUG00000021894)	ENSSDUG00000021878	ENSSDUG00000021868 #28	ENSSDUG00000021858	CRK (ENSSDUG00000021850) #21	ywhae2 (ENSSDUG00000021846) #22	gria4b (ENSSDUG00000021812)
Yellowtail amberjack	DUPLICATION
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3168							TLCD3A (ENSSLDG00000000357) #28	gemin4 (ENSSLDG00000000346) #29	dhrs13b.2 (ENSSLDG00000000245)	smtnl (ENSSLDG00000000161)	ENSSLDG00000000097	tmem199 (ENSSLDG00000025473)	poldip2 (ENSSLDG00000025461)	LRRC75A (ENSSLDG00000025457)	crk (ENSSLDG00000025455) #21	ENSSLDG00000025451 #22	myo1cb (ENSSLDG00000025439) #20	SLC43A2 (ENSSLDG00000025432) #17	pitpnaa (ENSSLDG00000025427) #18	inpp5ka (ENSSLDG00000025424) #19	tekt1 (ENSSLDG00000025422)	xaf1 (ENSSLDG00000025423)	zgc:153039 (ENSSLDG00000025419)	ECEL1 (ENSSLDG00000025411)	ENSSLDG00000025409	chrd (ENSSLDG00000025404)	clcn2b (ENSSLDG00000025389)	ENSSLDG00000025387	fam131ab (ENSSLDG00000025384)	alp3 (ENSSLDG00000025378)	ENSSLDG00000025340
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2770	USP28 (ENSSLDG00000002564)	HTR3B (ENSSLDG00000002836)	HTR3A (ENSSLDG00000002895)	zbtb16a (ENSSLDG00000002956)	ncam1a (ENSSLDG00000003022)	ENSSLDG00000003181	cadm1a (ENSSLDG00000003202)	sc5d (ENSSLDG00000003252)	plekhb1 (ENSSLDG00000003276)	TBCEL (ENSSLDG00000003290)	ENSSLDG00000003328	ENSSLDG00000003459	ENSSLDG00000003504 #28	ENSSLDG00000003520	CRK (ENSSLDG00000003550) #21	ywhae2 (ENSSLDG00000003588) #22
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157083	ENSGT00940000162996	ENSGT00530000063405.b.e	ENSGT00940000161289	ENSGT00940000162556.C	ENSGT00940000179754	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b #28	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00920000149180.b	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000157915 #20	ENSGT00940000153576.c.b.w #17	ENSGT00940000157119.a #18	ENSGT00940000156538.b #19	ENSGT00950000182894.C	ENSGT00530000063869.A	ENSGT00390000005285	ENSGT00940000157673	ENSGT00940000164152.a	ENSGT01020000230768	ENSGT00940000164682	ENSGT00940000155439.b	ENSGT00940000175304	ENSGT00940000163253.b.c.a	ENSGT00940000155439.a.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00550000075141	ENSGT00390000011674	ENSGT01030000234646.A	ENSGT00940000157670	ENSGT00940000158478	ENSGT00940000157705	ENSGT00940000154616.a.a	ENSGT00940000155743.b	ENSGT00940000156093.e.a	ENSGT00550000075101.q	ENSGT00530000063405.b.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b	ENSGT00940000155545.b	ENSGT00940000154495.a.b	ENSGT00820000127055.a.b #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000155677.b	ENSGT00940000159782.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000156648.d	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT00530000064411.b.j	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000006114	ENSGT00990000203615.b.b.a	ENSGT00950000183012.B.a	ENSGT00530000063743.b	ENSGT01030000234556.a.b.a
Fugu	DUPLICATION
Fugu	MODERN SPECIES	2	MAP4K1 (ENSTRUG00000008924)	eif3k (ENSTRUG00000009448)	zgc:85932 (ENSTRUG00000009564)	ACTN4 (ENSTRUG00000009876)	slc8a2b (ENSTRUG00000010175)	srsf7a (ENSTRUG00000010529)	hnrnpl2 (ENSTRUG00000010649)	TLCD3A (ENSTRUG00000010663) #28	gemin4 (ENSTRUG00000010725) #29	dhrs13b.2 (ENSTRUG00000019862)	smtnl (ENSTRUG00000010815)	ENSTRUG00000027141	tmem199 (ENSTRUG00000023666)	poldip2 (ENSTRUG00000011012)	LRRC75A (ENSTRUG00000011125)	ENSTRUG00000011248 #22	myo1cb (ENSTRUG00000029838) #20	SLC43A2 (ENSTRUG00000011859) #17	PITPNA (ENSTRUG00000012032) #18	pitpnaa (ENSTRUG00000030292) #18	si:ch211-132b12.2 (ENSTRUG00000012103)	inpp5ka (ENSTRUG00000012655) #19	tekt1 (ENSTRUG00000012704)	ENSTRUG00000012799	ECEL1 (ENSTRUG00000012804)	ENSTRUG00000026232	zgc:153039 (ENSTRUG00000013042)	chrd (ENSTRUG00000013169)	clcn2b (ENSTRUG00000012302)	ENSTRUG00000028472	fam131ab (ENSTRUG00000031831)
Fugu	MODERN SPECIES	6	smim8 (ENSTRUG00000026822)	bckdk (ENSTRUG00000012782)	USP28 (ENSTRUG00000012940)	ENSTRUG00000013084	HTR3A (ENSTRUG00000013117)	ENSTRUG00000025710	zbtb16a (ENSTRUG00000002959)	ncam1a (ENSTRUG00000002966)	cadm1a (ENSTRUG00000012483)	sc5d (ENSTRUG00000012442)	ENSTRUG00000012392	TECTA (ENSTRUG00000012236)	ENSTRUG00000012109	ENSTRUG00000027293	CRK (ENSTRUG00000011971) #21	ywhae2 (ENSTRUG00000030321) #22	gria4b (ENSTRUG00000011517)	elmod1 (ENSTRUG00000011350)	slc35f2 (ENSTRUG00000011198)	cul5a (ENSTRUG00000010860)	CAPN5 (ENSTRUG00000010580)	ompb (ENSTRUG00000024676)	ENSTRUG00000010002	ENSTRUG00000009902	FCHSD2 (ENSTRUG00000009588)	foxred1 (ENSTRUG00000009457)	kcnj1b (ENSTRUG00000009385)	ENSTRUG00000009343	rabep1 (ENSTRUG00000009248)	mpzl1l (ENSTRUG00000009115)	ndfip1l (ENSTRUG00000008999)
Tetraodon	DUPLICATION
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Ballan wrasse	DUPLICATION
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Gilthead seabream	DUPLICATION
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Lumpfish	DUPLICATION
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Northern pike	DUPLICATION
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Northern pike	MODERN SPECIES	6	ENSELUG00000018593	HEPACAM (ENSELUG00000018580)	nrgna (ENSELUG00000024670)	tiprl (ENSELUG00000018537)	riox2 (ENSELUG00000000794)	cry5 (ENSELUG00000018508)	foxred1 (ENSELUG00000000789)	TBCEL (ENSELUG00000018456)	ENSELUG00000000770	TECTA (ENSELUG00000018390)	ENSELUG00000018327	ENSELUG00000018288 #28	ENSELUG00000018240	POLDIP2 (ENSELUG00000018214)	CRK (ENSELUG00000018178) #21	ENSELUG00000018168 #22	gria4b (ENSELUG00000018146)	elmod1 (ENSELUG00000018104)	slc35f2 (ENSELUG00000018044)	CUL5 (ENSELUG00000018014)	ompb (ENSELUG00000017884)	CAPN5 (ENSELUG00000017917)	MYO7A (ENSELUG00000017865)	GDPD4 (ENSELUG00000017779)	ENSELUG00000017744	ENSELUG00000017721	ENSELUG00000033123	ENSELUG00000001307	ENSELUG00000017575	FCHSD2 (ENSELUG00000017539)	fam168a (ENSELUG00000000682)
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	379						ENSGT00940000161289.m.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b.c #28	ENSGT00390000012296.i #29	ENSGT00940000165285.e.a	ENSGT00940000154495.a.a.f	ENSGT00920000149180.b.d	ENSGT00390000014591.e	ENSGT00940000153571.a.g.a	ENSGT00940000161370.a.a	ENSGT00820000127055.a.a.e #21	ENSGT01090000260061.c.b.hd.a #22	ENSGT00940000157915.h #20	ENSGT00940000153576.c.b.w.d #17	ENSGT01100000263573.a.b.a	ENSGT00940000153576.c.b.w.c.a #17	ENSGT00940000157119.a.g #18	ENSGT00940000156538.b.b #19	ENSGT00950000182894.C.f	ENSGT00510000048837.c	ENSGT00530000063869.A.f	ENSGT00940000165230.a.d	ENSGT01000000215902.b	ENSGT00390000001735.p	ENSGT00940000157855.h.a	ENSGT00940000157430.a.b.c	ENSGT00950000182928.A.a.a.f
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000165970.c	ENSGT00940000160348.u	ENSGT00950000182985.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234613.b.b.g.c	ENSGT00530000063405.b.e.e	ENSGT00940000161289.m.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b.c #28	ENSGT00390000012296.i #29	ENSGT00940000165285.e.a	ENSGT00940000154495.a.a.f	ENSGT00920000149180.b.d	ENSGT00390000014591.e	ENSGT00940000153571.a.g.a	ENSGT00940000161370.a.a	ENSGT00820000127055.a.a.e #21	ENSGT01090000260061.c.b.hd.a #22	ENSGT00940000157915.h #20	ENSGT00940000153576.c.b.w.d #17	ENSGT01100000263573.a.b.a	ENSGT00940000153576.c.b.w.c.a #17	ENSGT00940000157119.a.g #18	ENSGT00940000156538.b.b #19	ENSGT00510000047961.d.a	ENSGT00950000182894.C.f	ENSGT00510000048837.c	ENSGT00530000063869.A.f	ENSGT00940000165230.a.d	ENSGT01000000215902.b	ENSGT00390000001735.p	ENSGT00940000157855.h.a	ENSGT00940000157430.a.b.c
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000165970.c	ENSGT00940000160348.u	ENSGT00950000182985.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234613.b.b.g.c	ENSGT00530000063405.b.e.e	ENSGT00940000161289.m.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b.c #28	ENSGT00390000012296.i #29	ENSGT00940000165285.e.a	ENSGT00940000154495.a.a.f	ENSGT00920000149180.b.d	ENSGT00390000014591.e	ENSGT00940000153571.a.g.a	ENSGT00940000161370.a.a	ENSGT00820000127055.a.a.e #21	ENSGT01090000260061.c.b.hd.a #22	ENSGT00940000157915.h #20	ENSGT01100000263573.a.b.a	ENSGT00940000153576.c.b.w.c.a #17	ENSGT00940000157119.a.g #18	ENSGT00940000156538.b.b #19	ENSGT00510000047961.d.a	ENSGT00950000182894.C.f	ENSGT00510000048837.c	ENSGT00530000063869.A.f	ENSGT00940000165230.a.d	ENSGT01000000215902.b	ENSGT00390000001735.p	ENSGT00940000157855.h.a	ENSGT00940000157430.a.b.c	ENSGT00950000182928.A.a.a.f
Rainbow trout	MODERN SPECIES	16	ENSOMYG00000030325	ENSOMYG00000070639	ENSOMYG00000030343	ENSOMYG00000030440	ENSOMYG00000030535 #28	gemin4 (ENSOMYG00000030544) #29	ENSOMYG00000030560	smtnl (ENSOMYG00000030574)	ENSOMYG00000061683	ENSOMYG00000030590	ENSOMYG00000030598	poldip2 (ENSOMYG00000030640)	ENSOMYG00000030675	ENSOMYG00000071523	crk (ENSOMYG00000030681) #21	ENSOMYG00000030712 #22	myo1cb (ENSOMYG00000065535) #20	ENSOMYG00000028329	SLC43A2 (ENSOMYG00000028378) #17	pitpnaa (ENSOMYG00000028525) #18	INPP5K (ENSOMYG00000028724) #19	ENSOMYG00000028794	ENSOMYG00000028817	ENSOMYG00000048105	ENSOMYG00000048405	blmh (ENSOMYG00000028897)	slc6a4a (ENSOMYG00000028988)	SSH2 (ENSOMYG00000029155)	ankrd13b (ENSOMYG00000029244)	GIT1 (ENSOMYG00000029284)	ENSOMYG00000029322
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000160348.u	ENSGT00950000182985.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234613.b.b.g.c	ENSGT00530000063405.b.e.e	ENSGT00940000161289.m.a.a.b	ENSGT00940000161289.m.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b.c #28	ENSGT00390000012296.i #29	ENSGT00940000165285.e.a	ENSGT00940000154495.a.a.f	ENSGT00920000149180.b.d	ENSGT00390000014591.e	ENSGT00940000153571.a.g.a	ENSGT00940000161370.a.a	ENSGT00820000127055.a.a.e #21	ENSGT01090000260061.c.b.hd.a #22	ENSGT00940000157915.h #20	ENSGT01100000263573.a.b.a	ENSGT00940000153576.c.b.w.c.a #17	ENSGT00940000157119.a.g #18	ENSGT00940000156538.b.b #19	ENSGT00510000047961.d.a	ENSGT00950000182894.C.f	ENSGT00510000048837.c	ENSGT00530000063869.A.f	ENSGT00940000165230.a.d	ENSGT01000000215902.b	ENSGT00390000001735.p	ENSGT00940000157855.h.a	ENSGT00940000157430.a.b.c	ENSGT00950000182928.A.a.a.f
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Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000165970.c	ENSGT00940000160348.u	ENSGT00950000182985.a.b.b.a.b	ENSGT01030000234613.b.b.g.c	ENSGT00530000063405.b.e.e	ENSGT00940000161289.m.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b.c #28	ENSGT00390000012296.i #29	ENSGT00940000165285.e.a	ENSGT00940000154495.a.a.f.a	ENSGT00920000149180.b.d	ENSGT00390000014591.e	ENSGT00940000153571.a.g.a	ENSGT00940000161370.a.a.a	ENSGT00820000127055.a.a.e #21	ENSGT01090000260061.c.b.hd.a #22	ENSGT00940000157915.h #20	ENSGT00940000153576.c.b.w.c.a #17	ENSGT00940000153576.c.b.w.d #17	ENSGT00940000157119.a.g #18	ENSGT00940000156538.b.b #19	ENSGT00510000047961.d.a	ENSGT00940000180530	ENSGT00510000048837.c	ENSGT00530000063869.A.f	ENSGT00940000165230.a.d	ENSGT01000000215902.b	ENSGT00390000001735.p	ENSGT00940000157855.h.a	ENSGT00940000157430.a.b.c	ENSGT00950000182928.A.a.a.f
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00950000182985.a.b.b.a.a	ENSGT01030000234613.b.b.g.d	ENSGT00530000063405.b.e.f	ENSGT00940000161289.m.a.a.a	ENSGT00940000162556.C	ENSGT00940000161289.m.a.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.b.d #28	ENSGT00390000012296.j #29	ENSGT00940000165285.e.b	ENSGT00940000154495.a.a.e	ENSGT00920000149180.b.c	ENSGT00390000014591.f	ENSGT00940000153571.a.g.b	ENSGT00940000161370.a.b	ENSGT00820000127055.a.a.f #21	ENSGT01090000260061.c.b.hd.b #22	ENSGT00940000157915.g #20	ENSGT01100000263573.a.b.b	ENSGT00940000153576.c.b.w.c.b #17	ENSGT00940000157119.a.h #18	ENSGT00940000156538.b.a #19	ENSGT00510000047961.d.b	ENSGT00950000182894.C.e	ENSGT00510000048837.d	ENSGT00530000063869.A.e	ENSGT00940000165230.a.c	ENSGT01000000215902.a	ENSGT00390000001735.o	ENSGT00940000157855.g	ENSGT00940000154049.b	ENSGT00940000157430.a.b.d
Chinook salmon	MODERN SPECIES	4	spint2 (ENSOTSG00005019309)	ENSOTSG00005019310	ENSOTSG00005019311	tbcela (ENSOTSG00005019312)	usp2a (ENSOTSG00005019313)	ENSOTSG00005019410	ENSOTSG00005019411 #28	gemin4 (ENSOTSG00005019412) #29	ENSOTSG00005019414	smtnl (ENSOTSG00005019417)	ENSOTSG00005019418	tmem199 (ENSOTSG00005019419)	poldip2 (ENSOTSG00005019420)	LRRC75A (ENSOTSG00005019422)	crk (ENSOTSG00005019423) #21	YWHAE (ENSOTSG00005019424) #22	myo1cb (ENSOTSG00005019428) #20	ENSOTSG00005020155	SLC43A2 (ENSOTSG00005014890) #17	pitpnaa (ENSOTSG00005015248) #18	inpp5ka (ENSOTSG00005015250) #19	ENSOTSG00005015251	tekt1 (ENSOTSG00005015252)	FBXO39 (ENSOTSG00005015253)	xaf1 (ENSOTSG00005015254)	rap1gap2a (ENSOTSG00005015258)	ENSOTSG00005015260	blmh (ENSOTSG00005015261)	slc6a4a (ENSOTSG00005015583)	SSH2 (ENSOTSG00005015584)	ankrd13b (ENSOTSG00005015585)
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	spint2 (ENSOKIG00005034979)	ppp1r14ab (ENSOKIG00005035025)	ENSOKIG00005035052	TBCEL (ENSOKIG00005035075)	USP2 (ENSOKIG00005035107)	ENSOKIG00005035332 #28	gemin4 (ENSOKIG00005035359) #29	ENSOKIG00005035374	smtnl (ENSOKIG00005035402)	ENSOKIG00005035469	tmem199 (ENSOKIG00005035489)	ENSOKIG00005035502	poldip2 (ENSOKIG00005035514)	LRRC75A (ENSOKIG00005035655)	crk (ENSOKIG00005035668) #21	ENSOKIG00005035698 #22	myo1cb (ENSOKIG00005035906) #20	ENSOKIG00005036246	SLC43A2 (ENSOKIG00005036274) #17	pitpnaa (ENSOKIG00005036898) #18	inpp5ka (ENSOKIG00005037094) #19	ENSOKIG00005037201	tekt1 (ENSOKIG00005037208)	FBXO39 (ENSOKIG00005037306)	ENSOKIG00005037222	ENSOKIG00005037351	ENSOKIG00005037520	blmh (ENSOKIG00005037549)	slc6a4a (ENSOKIG00005037732)	ENSOKIG00005038383	SSH2 (ENSOKIG00005038407)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	ppp1r14ab (ENSOMYG00000044925)	ENSOMYG00000044932	ENSOMYG00000044938	ENSOMYG00000044946	ENSOMYG00000044962	ENSOMYG00000052147	ENSOMYG00000044967 #28	gemin4 (ENSOMYG00000044972) #29	ENSOMYG00000044978	smtnl (ENSOMYG00000044992)	ENSOMYG00000067009	cq032 (ENSOMYG00000044999)	poldip2 (ENSOMYG00000045008)	ENSOMYG00000069003	crk (ENSOMYG00000045026) #21	ENSOMYG00000045030 #22	myo1cb (ENSOMYG00000045158) #20	ENSOMYG00000045478	SLC43A2 (ENSOMYG00000045499) #17	pitpnaa (ENSOMYG00000045581) #18	INPP5K (ENSOMYG00000045604) #19	ENSOMYG00000056396	TEKT1 (ENSOMYG00000045623)	ENSOMYG00000045627	ENSOMYG00000045040	ENSOMYG00000045638	ENSOMYG00000067266	ENSOMYG00000045648	blmh (ENSOMYG00000045658)	slc6a4a (ENSOMYG00000045678)	ENSOMYG00000053386
Huchen	MODERN SPECIES	482													poldip2 (ENSHHUG00000041828)	LRRC75A (ENSHHUG00000041794)	crk (ENSHHUG00000041789) #21	ENSHHUG00000041683 #22	myo1cb (ENSHHUG00000041666) #20	ENSHHUG00000041660	ENSHHUG00000041655 #17	SLC43A2 (ENSHHUG00000041640) #17	pitpnaa (ENSHHUG00000041525) #18	inpp5ka (ENSHHUG00000041491) #19	ENSHHUG00000041484	tekt1 (ENSHHUG00000041476)	FBXO39 (ENSHHUG00000041473)	xaf1 (ENSHHUG00000041467)	ENSHHUG00000041464	ENSHHUG00000041463	rap1gap2a (ENSHHUG00000041310)	ENSHHUG00000041299	blmh (ENSHHUG00000041292)
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	348										ENSGT00530000063405.b.f.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f #28	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT00820000127055.a.b.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.id.a #22	ENSGT00940000155677.b.j	ENSGT00940000155677.b.i.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000156648.c.a.b	ENSGT00390000009497.a.d	ENSGT00940000156536.e.a.h	ENSGT00940000155350.h.d	ENSGT00940000156251.b.a	ENSGT00530000064411.b.f	ENSGT00390000008610.a.b.b.b	ENSGT00940000155573.g.b.a	ENSGT00510000048626	ENSGT00940000155478.hb.b.a	ENSGT00940000164418.a.b.f
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157627.f	ENSGT00390000012008.a.d	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263551.a.a.d	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.b.j	ENSGT00940000161847.b.a.e.a.b.a.a	ENSGT00530000063405.b.f.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f #28	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT00820000127055.a.b.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.id.a #22	ENSGT00940000155677.b.i.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000156648.c.a.b	ENSGT00390000009497.a.d	ENSGT00940000156536.e.a.h	ENSGT00940000155350.h.d	ENSGT00940000156251.b.a	ENSGT00530000064411.b.f	ENSGT00390000008610.a.b.b.a.a.a	ENSGT00510000046732.A.c.r	ENSGT00390000005140.a.o.b	ENSGT00390000013989.b.e	ENSGT00940000155573.g.b.a	ENSGT00510000048626
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000157627.f	ENSGT00390000012008.a.d	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263551.a.a.d	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.b.j	ENSGT00940000161847.b.a.e.a.b.a.a	ENSGT00530000063405.b.f.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f #28	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT00820000127055.a.b.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.id.a #22	ENSGT00940000155677.b.i.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000156648.c.a.b	ENSGT00940000156536.e.a.h	ENSGT00390000009497.a.d	ENSGT00940000155350.h.d	ENSGT00940000156251.b.a	ENSGT00530000064411.b.f	ENSGT00390000008610.a.b.b.a.a.a	ENSGT00510000046732.A.c.r	ENSGT00390000005140.a.o.b	ENSGT00390000013989.b.e	ENSGT00940000164977.a.b	ENSGT00390000002548.i
River trout	MODERN SPECIES	6	pou2f3 (ENSSTUG00000008413)	OAF (ENSSTUG00000008445)	ENSSTUG00000008452	slc37a2 (ENSSTUG00000008490)	HEPACAM (ENSSTUG00000009770)	nrgna (ENSSTUG00000009773)	tiprl (ENSSTUG00000009775)	ENSSTUG00000009777	ENSSTUG00000009784	TBCEL (ENSSTUG00000009796)	TECTA (ENSSTUG00000009831)	ENSSTUG00000009880	ENSSTUG00000010056 #28	ENSSTUG00000010061	CRK (ENSSTUG00000010068) #21	ENSSTUG00000010083 #22	gria4b (ENSSTUG00000010114)	elmod1 (ENSSTUG00000010184)	slc35f2 (ENSSTUG00000010209)	CUL5 (ENSSTUG00000010323)	CAPN5 (ENSSTUG00000011086)	ompb (ENSSTUG00000011199)	ENSSTUG00000011237	ENSSTUG00000011254	ENSSTUG00000011270	FCHSD2 (ENSSTUG00000011322)	fam168a (ENSSTUG00000011347)	plekhb1 (ENSSTUG00000011405)	ENSSTUG00000011409	crx (ENSSTUG00000011422)	ENSSTUG00000011430
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	4	pou2f3 (ENSSSAG00000079857)	OAF (ENSSSAG00000120874)	ENSSSAG00000101698	slc37a2 (ENSSSAG00000079891)	ENSSSAG00000079987	nrgna (ENSSSAG00000079991)	tiprl (ENSSSAG00000079993)	ENSSSAG00000080001	ENSSSAG00000080003	ENSSSAG00000080005	ENSSSAG00000094258	ENSSSAG00000080069	ENSSSAG00000087040 #28	ENSSSAG00000080074	ENSSSAG00000080076 #21	ENSSSAG00000008422 #22	gria4b (ENSSSAG00000104016)	elmod1 (ENSSSAG00000080315)	slc35f2 (ENSSSAG00000080322)	ENSSSAG00000121221	ENSSSAG00000001142	ompb (ENSSSAG00000080367)	MYO7A (ENSSSAG00000080375)	ENSSSAG00000080446	ENSSSAG00000103892	ENSSSAG00000080449	ENSSSAG00000107926	ENSSSAG00000111902	ENSSSAG00000102749	ENSSSAG00000080466	ENSSSAG00000011048
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157627.f	ENSGT00390000012008.a.d	ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000158657.h	ENSGT01100000263551.a.a.d	ENSGT00440000039324.d	ENSGT00390000006659.eb	ENSGT00950000183127.c.b.d.a.a.b.j	ENSGT00940000161847.b.a.e.a.b.a.a	ENSGT00530000063405.b.f.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b.d	ENSGT00940000155545.b.e	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a.f #28	ENSGT00940000154495.a.b.b	ENSGT00820000127055.a.b.a #21	ENSGT01090000260061.c.b.id.a #22	ENSGT00940000155677.b.j	ENSGT00940000155677.b.i.b	ENSGT00940000159782.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000156648.c.a.b	ENSGT00390000009497.a.d	ENSGT00940000156536.e.a.h	ENSGT00940000155350.h.d	ENSGT00940000156251.b.a	ENSGT00530000064411.b.f	ENSGT00390000008610.a.b.b.a.a.a	ENSGT00510000046732.A.c.r	ENSGT00390000005140.a.o.b	ENSGT00390000013989.b.e	ENSGT01100000263504.a.b.a.a
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Chinook salmon	DUPLICATION
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Coho salmon	MODERN SPECIES	20	ENSOKIG00005026152	slc37a2 (ENSOKIG00005024266)	ENSOKIG00005024178	ENSOKIG00005024167	ENSOKIG00005024159	ENSOKIG00005024145	tiprl (ENSOKIG00005024121)	riox2 (ENSOKIG00005024114)	TBCEL (ENSOKIG00005024097)	TECTA (ENSOKIG00005023526)	ENSOKIG00005023383	ENSOKIG00005023343	POLDIP2 (ENSOKIG00005023285)	LRRC75A (ENSOKIG00005023242)	CRK (ENSOKIG00005023227) #21	ENSOKIG00005023163 #22	ENSOKIG00005023153	gria4b (ENSOKIG00005021164)	elmod1 (ENSOKIG00005020974)	CUL5 (ENSOKIG00005020220)	CAPN5 (ENSOKIG00005048805)	MYO7A (ENSOKIG00005047699)	GDPD4 (ENSOKIG00005047456)	ENSOKIG00005047437	ENSOKIG00005047419	ENSOKIG00005047410	ENSOKIG00005047358	FCHSD2 (ENSOKIG00005047308)	ENSOKIG00005047283	plekhb1 (ENSOKIG00005047266)	ENSOKIG00005047257
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River trout	MODERN SPECIES	10	ENSSTUG00000039098	slc37a2 (ENSSTUG00000039367)	ENSSTUG00000041508	HEPACAM (ENSSTUG00000041533)	ENSSTUG00000041548	ENSSTUG00000041571	tiprl (ENSSTUG00000041580)	riox2 (ENSSTUG00000041613)	TBCEL (ENSSTUG00000041639)	TECTA (ENSSTUG00000041688)	ENSSTUG00000042512	ENSSTUG00000042599 #28	ENSSTUG00000042615	POLDIP2 (ENSSTUG00000042758)	ENSSTUG00000042909	ywhae2 (ENSSTUG00000042940) #22	gria4b (ENSSTUG00000043268)	elmod1 (ENSSTUG00000044172)	CUL5 (ENSSTUG00000044214)	CAPN5 (ENSSTUG00000044359)	ompb (ENSSTUG00000044427)	MYO7A (ENSSTUG00000044508)	ENSSTUG00000046332	ENSSTUG00000046345	ENSSTUG00000046355	ENSSTUG00000046383	ENSSTUG00000046392	FCHSD2 (ENSSTUG00000046420)	fam168a (ENSSTUG00000046495)	plekhb1 (ENSSTUG00000046511)	ENSSTUG00000046520
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	23	ENSSSAG00000090678	ENSSSAG00000009095	NEUG (ENSSSAG00000009082)	ENSSSAG00000089371	ENSSSAG00000112858	ENSSSAG00000088812	mina (ENSSSAG00000008878)	ENSSSAG00000086558	ENSSSAG00000008532	ENSSSAG00000106256	ENSSSAG00000099779	ENSSSAG00000008509	ENSSSAG00000008487	ENSSSAG00000120351	ENSSSAG00000116408 #21	ENSSSAG00000080079 #22	ENSSSAG00000105016	ENSSSAG00000095358	gria4b (ENSSSAG00000104085)	ENSSSAG00000108261	ENSSSAG00000001489	ENSSSAG00000116155	ompb (ENSSSAG00000001217)	CAPN5 (ENSSSAG00000119704)	MYO7A (ENSSSAG00000000855)	ENSSSAG00000117321	GDPD4 (ENSSSAG00000000716)	ENSSSAG00000000693	ENSSSAG00000099308	ENSSSAG00000118846	ENSSSAG00000000673
Huchen	MODERN SPECIES	5193																ywhae2 (ENSHHUG00000023664) #22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000153306.A.b	ENSGT00940000155479	ENSGT00390000010003.g	ENSGT00950000182913.A.a.b.b	ENSGT00940000156097.b	ENSGT00940000159186	ENSGT00940000157083	ENSGT00970000194164	ENSGT00770000120972	ENSGT00530000063405.b.f	ENSGT00950000183155.a.a.a.b	ENSGT00940000155545.b	ENSGT01010000222313.A.b.b.b.a #28	ENSGT00940000154495.a.b	ENSGT00820000127055.a.b #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000160644	ENSGT00940000162552.b	ENSGT00940000163054	ENSGT00390000013444.a.b.b.a	ENSGT00940000154911	ENSGT00940000159375.c.a	ENSGT00940000161083	ENSGT00940000159921.c	ENSGT00940000167701.b	ENSGT00390000010028	ENSGT00390000009753	ENSGT00940000162660.b.b.b.a	ENSGT00940000159139.b.a	ENSGT00940000161002
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Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157554	ENSGT00940000155797	ENSGT00940000172043	ENSGT00390000010722	ENSGT00940000155768.B	ENSGT00390000011000	ENSGT00940000156995.a	ENSGT00940000155599.i.a.a.k	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT00940000156919	ENSGT00390000008688.k #37	ENSGT00940000160337.e #36	ENSGT00390000001289.b.b	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00950000184050	ENSGT00390000015205	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00510000048287.b	ENSGT00390000016694	ENSGT00940000155039.a.a	ENSGT00390000012485.a.b.a	ENSGT00430000031027.b.a
Electric eel	DUPLICATION
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Red-bellied piranha	DUPLICATION
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Mexicana tetra	DUPLICATION
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Channel catfish	DUPLICATION
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Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000007149	ENSGT00980000199806	ENSGT00390000010722	ENSGT00940000155768.B	ENSGT00390000011000	ENSGT00940000156995.a	ENSGT00940000155713	ENSGT00940000155599.i.a.a.k	ENSGT00390000012296 #29	ENSGT00940000165285	ENSGT00940000154495.a.a	ENSGT00390000014591	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00820000127055.a.a #21	ENSGT01090000260061.c.b #22	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000167003	ENSGT00940000156919	ENSGT00390000008688.k #37	ENSGT00940000160337.e #36	ENSGT00390000001289.b.b	ENSGT00950000182902.b.b.b	ENSGT00390000015205	ENSGT00390000016836.b #26	ENSGT00390000015165 #27	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00510000048287.b	ENSGT00390000016694	ENSGT00940000155039.a.a	ENSGT00390000012485.a.b.a
Zebrafish	DUPLICATION
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Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
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Cyprininae_a	DUPLICATION
Cyprininae_a	DUPLICATION
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	389														lrp4 (ENSSGRG00000032739)	psmd9 (ENSSGRG00000032738)	ywhae2 (ENSSGRG00000032713) #22	ENSSGRG00000032659	ENSSGRG00000032658	RASGRP2 (ENSSGRG00000032656)	slc35c1 (ENSSGRG00000032655)	ENSSGRG00000032654	TOLLIP (ENSSGRG00000032653)	tollip (ENSSGRG00000032618)	ENSSGRG00000032611	ENSSGRG00000032607	ENSSGRG00000032604	ENSSGRG00000032601	ENSSGRG00000032598	ENSSGRG00000032596	ENSSGRG00000032592	MAPK8IP1 (ENSSGRG00000032571)
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT01090000260061.c.b.ud.d #22
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Atlantic herring	DUPLICATION
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