Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614 #22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614 #22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614 #22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00730000110872.a #8 ENSGT00940000159526 #9 ENSGT00950000183171.A.b.a.a #10 ENSGT00940000158321 #11 ENSGT00390000015280 #12 ENSGT00940000161841.i.b #14 ENSGT00940000158562 #13 ENSGT00940000158733 #15 ENSGT00390000006243 #16 ENSGT00940000156571 #17 ENSGT00940000155967 #18 ENSGT00510000047710 ENSGT00940000161622 #19 ENSGT00940000153725.b #20 ENSGT00950000182909.a #21 ENSGT00940000163614 #22 ENSGT00940000163637 ENSGT00390000014071 #26 ENSGT00950000183142.a.a #27 ENSGT00940000155570 #28 ENSGT00940000155496.b #29 ENSGT00390000008903 #31 ENSGT00390000002743 ENSGT00390000009065 #32 ENSGT01050000244838.H.c #33 ENSGT00950000182976.b.b #34 ENSGT00510000051272 #36 ENSGT01030000234840 #37 ENSGT00940000155674 ENSGT00900000143365 ENSGT00940000157368 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614 #22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614 #22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614 #22 Beluga whale MODERN SPECIES 71 SREK1 (ENSDLEG00000012261) #7 ENSDLEG00000012284 #8 ERBIN (ENSDLEG00000012319) #9 NLN (ENSDLEG00000012509) #10 SGTB (ENSDLEG00000012523) #11 TRAPPC13 (ENSDLEG00000012547) #12 TRIM23 (ENSDLEG00000012593) #13 ENSDLEG00000012607 #14 PPWD1 (ENSDLEG00000012628) #15 CENPK (ENSDLEG00000012642) #16 ENSDLEG00000012652 #17 CWC27 (ENSDLEG00000012662) #18 SHISAL2B (ENSDLEG00000012690) #19 RGS7BP (ENSDLEG00000012704) #20 RNF180 (ENSDLEG00000012718) #21 HTR1A (ENSDLEG00000012729) #22 ENSDLEG00000012734 #23 ENSDLEG00000012746 #24 ENSDLEG00000012762 #25 IPO11 (ENSDLEG00000012777) #26 DIMT1 (ENSDLEG00000012837) #27 KIF2A (ENSDLEG00000012886) #28 ZSWIM6 (ENSDLEG00000012974) #29 ENSDLEG00000013047 #30 SMIM15 (ENSDLEG00000013054) #31 ERCC8 (ENSDLEG00000013060) #32 ELOVL7 (ENSDLEG00000007945) #33 DEPDC1B (ENSDLEG00000007983) #34 ENSDLEG00000008044 #35 ENSDLEG00000008055 #36 ENSDLEG00000008062 #37 Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.g.a #22 Yarkand deer MODERN SPECIES 31 ENSCHYG00000008776 CNR2 (ENSCHYG00000008760) FUCA1 (ENSCHYG00000008690) ENSCHYG00000008499 ENSCHYG00000008375 PITHD1 (ENSCHYG00000008305) ELOA (ENSCHYG00000008253) RPL11 (ENSCHYG00000008204) ID3 (ENSCHYG00000008187) E2F2 (ENSCHYG00000008150) ENSCHYG00000008133 ASAP3 (ENSCHYG00000007826) TCEA3 (ENSCHYG00000007755) ZNF436 (ENSCHYG00000007725) HNRNPR (ENSCHYG00000007645) ENSCHYG00000007625 #22 LUZP1 (ENSCHYG00000007580) KDM1A (ENSCHYG00000007485) TEX46 (ENSCHYG00000007471) LACTBL1 (ENSCHYG00000007423) EPHB2 (ENSCHYG00000007261) C1QB (ENSCHYG00000007220) ENSCHYG00000007207 C1QC (ENSCHYG00000007194) C1QA (ENSCHYG00000007174) EPHA8 (ENSCHYG00000007086) ZBTB40 (ENSCHYG00000006725) WNT4 (ENSCHYG00000006643) CDC42 (ENSCHYG00000006559) ENSCHYG00000006531 ENSCHYG00000006459 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.g.a #22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 354 ENSMMSG00000008145 CNR2 (ENSMMSG00000008162) FUCA1 (ENSMMSG00000008170) ENSMMSG00000008212 GALE (ENSMMSG00000008270) ENSMMSG00000008319 ENSMMSG00000008395 ELOA (ENSMMSG00000008447) RPL11 (ENSMMSG00000008484) ID3 (ENSMMSG00000008599) E2F2 (ENSMMSG00000008615) ASAP3 (ENSMMSG00000008686) TCEA3 (ENSMMSG00000008750) ZNF436 (ENSMMSG00000008791) HNRNPR (ENSMMSG00000008829) ENSMMSG00000008999 #22 ENSMMSG00000009011 ENSMMSG00000009047 TEX46 (ENSMMSG00000009098) LACTBL1 (ENSMMSG00000009130) EPHB2 (ENSMMSG00000009204) C1QB (ENSMMSG00000009419) C1QC (ENSMMSG00000009457) C1QA (ENSMMSG00000009478) EPHA8 (ENSMMSG00000009498) ZBTB40 (ENSMMSG00000009593) WNT4 (ENSMMSG00000009640) CDC42 (ENSMMSG00000009676) ENSMMSG00000009708 ENSMMSG00000009722 ENSMMSG00000009743 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.g.a #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000165247 ENSGT01060000248564.a.b ENSGT00440000035378.c ENSGT00940000158484 ENSGT00940000158000 ENSGT00940000156197.d ENSGT00490000043398.v ENSGT00390000002428.a.g.a ENSGT00910000144211.n.a ENSGT00940000160504 ENSGT00940000160992 ENSGT00940000161085 ENSGT00940000157034 ENSGT00940000153587.b ENSGT00940000153511.a ENSGT00940000163614.g.a #22 ENSGT00950000182852.A.b ENSGT00940000157193 ENSGT00390000007769 ENSGT00450000040404.a ENSGT00940000155503 ENSGT00940000161091 ENSGT00940000154431.e.a.a.b.a.d ENSGT00940000161227 ENSGT00940000162143 ENSGT00940000160469 ENSGT00930000151052 ENSGT00940000159654 ENSGT00940000153675.a.a.a.b ENSGT00940000164888.a ENSGT01030000234528.B.b.b Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 ENSOARG00020012913 CNR2 (ENSOARG00020012960) FUCA1 (ENSOARG00020012979) HMGCL (ENSOARG00020013128) GALE (ENSOARG00020013234) LYPLA2 (ENSOARG00020013314) PITHD1 (ENSOARG00020013515) ELOA (ENSOARG00020013593) RPL11 (ENSOARG00020013779) ID3 (ENSOARG00020013911) E2F2 (ENSOARG00020013979) ASAP3 (ENSOARG00020014082) TCEA3 (ENSOARG00020014896) ZNF436 (ENSOARG00020014925) HNRNPR (ENSOARG00020014959) ENSOARG00020015124 #22 ENSOARG00020015143 LUZP1 (ENSOARG00020015164) KDM1A (ENSOARG00020015208) TEX46 (ENSOARG00020016013) LACTBL1 (ENSOARG00020016054) EPHB2 (ENSOARG00020016163) C1QB (ENSOARG00020016982) ENSOARG00020017024 C1QC (ENSOARG00020017086) C1QA (ENSOARG00020017135) EPHA8 (ENSOARG00020017175) ZBTB40 (ENSOARG00020017357) WNT4 (ENSOARG00020017488) ENSOARG00020017583 ENSOARG00020017679 Goat MODERN SPECIES 11 SRSF10 (ENSCHIG00000018516) CNR2 (ENSCHIG00000001088) FUCA1 (ENSCHIG00000005760) HMGCL (ENSCHIG00000026977) GALE (ENSCHIG00000014259) ENSCHIG00000027165 ENSCHIG00000011374 ELOA (ENSCHIG00000020842) RPL11 (ENSCHIG00000020543) ID3 (ENSCHIG00000024360) E2F2 (ENSCHIG00000007326) ASAP3 (ENSCHIG00000014521) TCEA3 (ENSCHIG00000016911) ENSCHIG00000023575 HNRNPR (ENSCHIG00000024030) ENSCHIG00000011193 #22 ENSCHIG00000009762 LUZP1 (ENSCHIG00000026939) KDM1A (ENSCHIG00000009169) TEX46 (ENSCHIG00000008997) LACTBL1 (ENSCHIG00000024958) EPHB2 (ENSCHIG00000022795) C1QB (ENSCHIG00000017414) ENSCHIG00000015804 C1QC (ENSCHIG00000011222) C1QA (ENSCHIG00000024710) EPHA8 (ENSCHIG00000023334) ZBTB40 (ENSCHIG00000007943) WNT4 (ENSCHIG00000026576) ENSCHIG00000013977 ENSCHIG00000011827 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.g.b #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.g.b #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.g.b #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00940000154829 ENSGT00940000157962 ENSGT00390000007999 ENSGT00940000157806 ENSGT00890000139503 ENSGT00940000162802 ENSGT00870000136493.c ENSGT00940000161940 ENSGT00940000154477 ENSGT00940000156324 ENSGT00390000017040 ENSGT00940000155947 ENSGT00530000063353.a.b.b ENSGT00950000182832.B ENSGT00940000158913 ENSGT00940000163614.g.b #22 ENSGT01010000222287.B.b.a.a.a ENSGT00390000017898 ENSGT00950000183034.A ENSGT00390000000367 ENSGT00390000012239 ENSGT00940000157088 ENSGT00940000154035.b ENSGT00940000156365 ENSGT01050000244948.c.a ENSGT00940000153665.b.a.a ENSGT00940000154037.C.h Goat MODERN SPECIES LIPI (ENSCHIG00000023285) ENSCHIG00000013610 ENSCHIG00000025408 ROBO2 (ENSCHIG00000012230) ENSCHIG00000020246 ENSCHIG00000024065 #35 ENSCHIG00000017301 ENSCHIG00000001025 ENSCHIG00000005825 GBE1 (ENSCHIG00000025102) CADM2 (ENSCHIG00000024207) ENSCHIG00000003941 VGLL3 (ENSCHIG00000021391) CHMP2B (ENSCHIG00000014003) POU1F1 (ENSCHIG00000026743) ENSCHIG00000003029 #22 CGGBP1 (ENSCHIG00000013576) ZNF654 (ENSCHIG00000014626) C3orf38 (ENSCHIG00000011989) ENSCHIG00000025993 EPHA3 (ENSCHIG00000015544) PROS1 (ENSCHIG00000010494) ARL13B (ENSCHIG00000015560) STX19 (ENSCHIG00000002872) NSUN3 (ENSCHIG00000012629) ENSCHIG00000007885 ENSCHIG00000007969 EPHA6 (ENSCHIG00000022528) ENSCHIG00000017327 ARL6 (ENSCHIG00000017792) ENSCHIG00000004089 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.h #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.h #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.h #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000163614.h #22 Bos ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000159526 #9 ENSGT00950000183171.A.b.a.a #10 ENSGT00940000158321 #11 ENSGT00390000015280 #12 ENSGT00530000065159 ENSGT00940000158562 #13 ENSGT00940000158733 #15 ENSGT00390000006243 #16 ENSGT00940000156571 #17 ENSGT00940000155967 #18 ENSGT00390000018525.a.a.c.b.a ENSGT00510000047710 ENSGT00940000161622 #19 ENSGT00940000153725.b #20 ENSGT00950000182909.a #21 ENSGT00940000163614.h #22 ENSGT00940000173782 ENSGT00390000014071 #26 ENSGT00940000163637 ENSGT00950000183142.a.a #27 ENSGT00940000155570 #28 ENSGT00940000155496.b #29 ENSGT00390000008903.g.a.a.b #31 ENSGT00390000002743 ENSGT00390000009065 #32 ENSGT01050000244838.H.c #33 ENSGT00950000182976.b.b #34 ENSGT01030000234840 #37 ENSGT00940000155674 ENSGT00900000143365 ENSGT00940000157368 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000159526 #9 ENSGT00950000183171.A.b.a.a #10 ENSGT00940000158321 #11 ENSGT00390000015280 #12 ENSGT00530000065159 ENSGT00940000158562 #13 ENSGT00940000158733 #15 ENSGT00390000006243 #16 ENSGT00940000156571 #17 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