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Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000001231 #7	ENSGT00940000156759.a.b.b #8	ENSGT00390000014309 #9	ENSGT01090000260431 #10	ENSGT00440000033870.a.b #11	ENSGT00940000160679.e.b #12	ENSGT00940000160679.e.a #13	ENSGT00940000160679.f.a.a #14	ENSGT00940000160679.f.b #16	ENSGT00940000153116.A #17	ENSGT00730000112042	ENSGT00950000182914.a.a.b #18	ENSGT00940000165161 #19	ENSGT00940000157799 #20	ENSGT00390000003768 #21	ENSGT00940000166932 #22	ENSGT00940000158433 #23	ENSGT00940000156275.f #24	ENSGT00950000182858.C.e #25	ENSGT00940000165031.a	ENSGT00950000182696.B.b.a #27	ENSGT00940000164021.A #28	ENSGT00500000044947 #29	ENSGT00950000182834.C #30	ENSGT00940000160362 #31	ENSGT00940000159410 #32	ENSGT00940000154570.a.a.f #33	ENSGT00390000009278.a #35	ENSGT00940000166894 #36	ENSGT00940000158374.d #37	ENSGT00940000163942.a
Nile tilapia	MODERN SPECIES	17	park7 (ENSONIG00000014297) #7	pax7a (ENSONIG00000014283) #8	mrps16 (ENSONIG00000014282) #9	ENSONIG00000037675 #10	errfi1a (ENSONIG00000034028) #11	tas1r3 (ENSONIG00000004033) #12	tas1r3 (ENSONIG00000004041) #13	tas1r3 (ENSONIG00000032160) #14	tas1r3 (ENSONIG00000040144) #15	tas1r3 (ENSONIG00000038988) #16	odad1 (ENSONIG00000004044) #17	slc45a1 (ENSONIG00000004049) #18	prxl2b (ENSONIG00000004055) #19	MMEL1 (ENSONIG00000004060) #20	ENSONIG00000025261 #21	tnfrsf14 (ENSONIG00000004070) #22	trim62.1 (ENSONIG00000004073) #23	znf362a (ENSONIG00000004076) #24	A3GALT2 (ENSONIG00000003914) #25	ENSONIG00000042142 #26	EMP3 (ENSONIG00000003916) #27	ENSONIG00000003917 #28	utp3 (ENSONIG00000040514) #29	ppcs (ENSONIG00000003922) #30	FOXJ3 (ENSONIG00000003923) #31	PRDM2 (ENSONIG00000003925) #32	kaznb (ENSONIG00000003926) #33	ENSONIG00000035805 #34	tmem51b (ENSONIG00000039401) #35	skib (ENSONIG00000003933) #36	PLCH2 (ENSONIG00000003935) #37
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000001231 #7	ENSGT00940000156759.a.b.b #8	ENSGT00390000014309 #9	ENSGT00440000033870.a.b #11	ENSGT00940000160679.e.b #12	ENSGT00940000160679.e.a #13	ENSGT00940000160679.f.a.a #14	ENSGT00940000160679.f.b #16	ENSGT00940000160679.f.a.b ##12	ENSGT00940000153116.A #17	ENSGT00730000112042	ENSGT00950000182914.a.a.b #18	ENSGT00940000165161 #19	ENSGT00940000157799 #20	ENSGT00390000003768 #21	ENSGT00940000166932 #22	ENSGT00940000158433 #23	ENSGT00940000156275.f #24	ENSGT00950000182858.C.e #25	ENSGT00940000165031.a	ENSGT00950000182696.B.b.a #27	ENSGT00940000164021.A #28	ENSGT00500000044947 #29	ENSGT00950000182834.C #30	ENSGT00940000160362 #31	ENSGT00940000159410 #32	ENSGT00940000154570.a.a.f #33	ENSGT00390000009278.a #35	ENSGT00940000166894 #36	ENSGT00940000158374.d #37	ENSGT00940000163942.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000001231 #7	ENSGT00940000156759.a.b.b #8	ENSGT00390000014309 #9	ENSGT00440000033870.a.b #11	ENSGT00940000160679.e.b #12	ENSGT00940000160679.e.a #13	ENSGT00940000160679.f.a.a #14	ENSGT00940000160679.f.b #16	ENSGT00940000160679.f.a.b ##12	ENSGT00940000153116.A #17	ENSGT00730000112042	ENSGT00950000182914.a.a.b #18	ENSGT00940000165161 #19	ENSGT00940000157799 #20	ENSGT00390000003768 #21	ENSGT00940000166932 #22	ENSGT00940000158433.q #23	ENSGT00940000156275.f #24	ENSGT00950000182858.C.e #25	ENSGT00940000165031.a	ENSGT00950000182696.B.b.a #27	ENSGT00940000164021.A #28	ENSGT00500000044947 #29	ENSGT00950000182834.C #30	ENSGT00940000160362 #31	ENSGT00940000159410 #32	ENSGT00940000154570.a.a.f #33	ENSGT00390000009278.a #35	ENSGT00940000166894 #36	ENSGT00940000158374.d #37	ENSGT00940000163942.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	654	park7 (ENSHBUG00000015599) #7	pax7a (ENSHBUG00000015569) #8	mrps16 (ENSHBUG00000015492) #9	errfi1a (ENSHBUG00000015471) #11	tas1r3 (ENSHBUG00000015439) #12	tas1r3 (ENSHBUG00000015390) #13	tas1r3 (ENSHBUG00000015344) #14	tas1r3 (ENSHBUG00000015299) #16	tas1r3 (ENSHBUG00000015257) ##12	odad1 (ENSHBUG00000015222) #17	slc45a1 (ENSHBUG00000015204) #18	ENSHBUG00000015161	prxl2b (ENSHBUG00000015141) #19	MMEL1 (ENSHBUG00000015116) #20	ENSHBUG00000015089 #21	tnfrsf1b (ENSHBUG00000015074) #22	trim62.1 (ENSHBUG00000014997) #23	znf362a (ENSHBUG00000014956) #24
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000001231 #7	ENSGT00940000156759.a.b.b #8	ENSGT00390000014309 #9	ENSGT00440000033870.a.b #11	ENSGT00940000160679.e.b #12	ENSGT00940000160679.e.a #13	ENSGT00940000160679.f.a.a #14	ENSGT00940000160679.f.b #16	ENSGT00940000160679.f.a.b ##12	ENSGT00940000153116.A #17	ENSGT00730000112042	ENSGT00950000182914.a.a.b #18	ENSGT00940000165161 #19	ENSGT00940000157799 #20	ENSGT00390000003768 #21	ENSGT00940000166932 #22	ENSGT00940000158433.q #23	ENSGT00940000156275.f #24	ENSGT00950000182858.C.e #25	ENSGT00940000165031.a	ENSGT00950000182696.B.b.a #27	ENSGT00940000164021.A #28	ENSGT00500000044947 #29	ENSGT00950000182834.C #30	ENSGT00940000160362 #31	ENSGT00940000159410 #32	ENSGT00940000154570.a.a.f #33	ENSGT00390000009278.a #35	ENSGT00940000166894 #36	ENSGT00940000158374.d #37	ENSGT00940000163942.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	307	MEGF6 (ENSPNYG00000018562)	KCNAB2 (ENSPNYG00000018518)	park7 (ENSPNYG00000018494) #7	pax7a (ENSPNYG00000018456) #8	mrps16 (ENSPNYG00000018439) #9	errfi1a (ENSPNYG00000018433) #11	tas1r3 (ENSPNYG00000018411) #12	tas1r3 (ENSPNYG00000018340) #13	tas1r3 (ENSPNYG00000018294) #14	tas1r3 (ENSPNYG00000018252) #16	odad1 (ENSPNYG00000018133) #17	ENSPNYG00000018099	slc45a1 (ENSPNYG00000018065) #18	prxl2b (ENSPNYG00000018028) #19	MMEL1 (ENSPNYG00000017920) #20	tnfrsf1b (ENSPNYG00000017900) #22	trim62.1 (ENSPNYG00000017886) #23	trim62.1 (ENSPNYG00000017877) #23	znf362a (ENSPNYG00000017857) #24	A3GALT2 (ENSPNYG00000017848) #25	EMP3 (ENSPNYG00000017831) #27	ENSPNYG00000017820 #28	utp3 (ENSPNYG00000017771) #29	ppcs (ENSPNYG00000017751) #30	FOXJ3 (ENSPNYG00000017698) #31	PRDM2 (ENSPNYG00000017664) #32	kaznb (ENSPNYG00000017619) #33	tmem51b (ENSPNYG00000017600) #35	skib (ENSPNYG00000017561) #36	PLCH2 (ENSPNYG00000017509) #37	ENSPNYG00000017353
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000001231 #7	ENSGT00940000156759.a.b.b #8	ENSGT00390000014309 #9	ENSGT00440000033870.a.b #11	ENSGT00940000160679.e.b #12	ENSGT00940000160679.e.a #13	ENSGT00940000160679.f.a.a #14	ENSGT00940000160679.f.b #16	ENSGT00940000160679.f.a.b ##12	ENSGT00940000153116.A #17	ENSGT00730000112042	ENSGT00950000182914.a.a.b #18	ENSGT00940000165161 #19	ENSGT00940000157799 #20	ENSGT00390000003768 #21	ENSGT00940000166932 #22	ENSGT00940000158433.q #23	ENSGT00940000156275.f #24	ENSGT00950000182858.C.e #25	ENSGT00940000165031.a	ENSGT00950000182696.B.b.a #27	ENSGT00940000164021.A #28	ENSGT00500000044947 #29	ENSGT00950000182834.C #30	ENSGT00940000160362 #31	ENSGT00940000159410 #32	ENSGT00940000154570.a.a.f #33	ENSGT00390000009278.a #35	ENSGT00940000166894 #36	ENSGT00940000158374.d #37	ENSGT00940000163942.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1108	KCNAB2 (ENSMZEG00005014009)	park7 (ENSMZEG00005014032) #7	pax7a (ENSMZEG00005014047) #8	errfi1a (ENSMZEG00005014065) #11	tas1r3 (ENSMZEG00005014075) #12	tas1r3 (ENSMZEG00005014091) #13	tas1r3 (ENSMZEG00005014098) #14	tas1r3 (ENSMZEG00005014108) #16	tas1r3 (ENSMZEG00005014125) ##12	odad1 (ENSMZEG00005014208) #17	ENSMZEG00005014256	slc45a1 (ENSMZEG00005014268) #18	prxl2b (ENSMZEG00005014282) #19	MMEL1 (ENSMZEG00005014299) #20	ENSMZEG00005014328 #21	tnfrsf1b (ENSMZEG00005014338) #22	trim62.1 (ENSMZEG00005014350) #23	znf362a (ENSMZEG00005014372) #24	A3GALT2 (ENSMZEG00005014413) #25	ENSMZEG00005014426	EMP3 (ENSMZEG00005014436) #27	ENSMZEG00005014446 #28	utp3 (ENSMZEG00005014455) #29	ppcs (ENSMZEG00005014470) #30	FOXJ3 (ENSMZEG00005014487) #31	PRDM2 (ENSMZEG00005014528) #32	kaznb (ENSMZEG00005014539) #33	tmem51b (ENSMZEG00005014548) #35	skib (ENSMZEG00005014556) #36	PLCH2 (ENSMZEG00005014573) #37	ENSMZEG00005014608
Eastern happy	MODERN SPECIES	17	park7 (ENSACLG00000016270) #7	pax7a (ENSACLG00000016183) #8	mrps16 (ENSACLG00000016154) #9	errfi1a (ENSACLG00000016142) #11	tas1r3 (ENSACLG00000016094) #12	tas1r3 (ENSACLG00000016029) #13	tas1r3 (ENSACLG00000015997) #14	tas1r3 (ENSACLG00000015934) #16	tas1r3 (ENSACLG00000015886) ##12	odad1 (ENSACLG00000015847) #17	ENSACLG00000015824	slc45a1 (ENSACLG00000015761) #18	prxl2b (ENSACLG00000015689) #19	MMEL1 (ENSACLG00000015562) #20	ENSACLG00000015537 #21	tnfrsf1b (ENSACLG00000015515) #22	trim62.1 (ENSACLG00000015480) #23	znf362a (ENSACLG00000015403) #24	A3GALT2 (ENSACLG00000015387) #25	ENSACLG00000015315	EMP3 (ENSACLG00000015290) #27	ENSACLG00000015221 #28	utp3 (ENSACLG00000015170) #29	ppcs (ENSACLG00000015186) #30	ENSACLG00000015163	FOXJ3 (ENSACLG00000015068) #31	PRDM2 (ENSACLG00000014999) #32	kaznb (ENSACLG00000014898) #33	tmem51b (ENSACLG00000014874) #35	skib (ENSACLG00000014828) #36	PLCH2 (ENSACLG00000014783) #37
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Midas cichlid	MODERN SPECIES	770						errfi1a (ENSACIG00000011540) #11	tas1r3 (ENSACIG00000011408) #12	tas1r3 (ENSACIG00000011365) #12	tas1r3 (ENSACIG00000011328) #12	tas1r3 (ENSACIG00000011299) #12	odad1 (ENSACIG00000011208) #17	ENSACIG00000011188	slc45a1 (ENSACIG00000011172) #18	prxl2b (ENSACIG00000011163) #19	MMEL1 (ENSACIG00000011113) #20	tnfrsf1b (ENSACIG00000011100) #22	trim62.1 (ENSACIG00000011086) #23	trim62.1 (ENSACIG00000011083) #23	znf362a (ENSACIG00000011056) #24	A3GALT2 (ENSACIG00000011032) #25	EMP3 (ENSACIG00000011018) #27	ENSACIG00000010999 #28	utp3 (ENSACIG00000010913) #29	ppcs (ENSACIG00000010895) #30	FOXJ3 (ENSACIG00000010869) #31	PRDM2 (ENSACIG00000010847) #32	kaznb (ENSACIG00000010824) #33	ENSACIG00000010809 #33	tmem51b (ENSACIG00000010798) #35	skib (ENSACIG00000010759) #36	PLCH2 (ENSACIG00000010679) #37