Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158225 #7	ENSGT00940000161249 #8	ENSGT00940000155867 #9	ENSGT00440000033504.B #10	ENSGT00940000156857 #11	ENSGT00940000155180.b #12	ENSGT00390000013224 #13	ENSGT00940000160821 #14	ENSGT00940000157821 #15	ENSGT00390000010229 #16	ENSGT00940000153414.A #17	ENSGT00940000159401 #18	ENSGT00940000153313.C.b #19	ENSGT00390000006865 #20	ENSGT00940000160161 #21	ENSGT00940000162469 #22	ENSGT00940000158576 #23	ENSGT00940000161860 #24	ENSGT00390000007725.A.a #25	ENSGT00940000155840.C #26	ENSGT00940000155810 #27	ENSGT00940000155083.b #28	ENSGT00940000161250	ENSGT00940000159540	ENSGT00940000160952	ENSGT00940000162178	ENSGT00510000049297	ENSGT00940000160453	ENSGT00940000161390	ENSGT00390000018821	ENSGT00940000153566.a
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158225 #7	ENSGT00940000161249 #8	ENSGT00940000155867 #9	ENSGT00440000033504.B #10	ENSGT00940000156857 #11	ENSGT00940000155180.b #12	ENSGT00390000013224 #13	ENSGT00940000160821 #14	ENSGT00940000157821 #15	ENSGT00390000010229 #16	ENSGT00940000153414.A #17	ENSGT00940000159401 #18	ENSGT00940000153313.C.b #19	ENSGT00390000006865 #20	ENSGT00940000160161 #21	ENSGT00940000162469 #22	ENSGT00940000158576 #23	ENSGT00940000161860 #24	ENSGT00390000007725.A.a #25	ENSGT00940000155840.C #26	ENSGT00940000155810 #27	ENSGT00940000155083.b #28	ENSGT00940000161250	ENSGT00940000159540	ENSGT00940000160952	ENSGT00940000162178	ENSGT00510000049297	ENSGT00940000160453	ENSGT00940000161390	ENSGT00390000018821	ENSGT00940000153566.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	107	TSPAN9 (ENSCPOG00000038895) #7	TSPAN11 (ENSCPOG00000035749) #8	PRMT8 (ENSCPOG00000005780) #9	CRACR2A (ENSCPOG00000020119) #10	PARP11 (ENSCPOG00000009784) #11	CCND2 (ENSCPOG00000026573) #12	TIGAR (ENSCPOG00000009667) #13	FGF23 (ENSCPOG00000005702) #14	FGF6 (ENSCPOG00000037696) #15	C12orf4 (ENSCPOG00000008414) #16	RAD51AP1 (ENSCPOG00000035787) #17	DYRK4 (ENSCPOG00000010199) #18	AKAP3 (ENSCPOG00000039169) #19	NDUFA9 (ENSCPOG00000010206) #20	GALNT8 (ENSCPOG00000004774) #21	KCNA6 (ENSCPOG00000003874) #22	KCNA1 (ENSCPOG00000004477) #23	KCNA5 (ENSCPOG00000004475) #24	NTF3 (ENSCPOG00000000269) #25	ANO2 (ENSCPOG00000000909) #26	VWF (ENSCPOG00000000912) #27	CD9 (ENSCPOG00000034556) #28	ENSCPOG00000033321 #29	ENSCPOG00000036574 #30	ENSCPOG00000022824 #31
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182956.b.b.a.b	ENSGT00940000158225 #7	ENSGT00940000161249 #8	ENSGT00940000155867 #9	ENSGT00440000033504.B #10	ENSGT00940000156857 #11	ENSGT00940000155180.b #12	ENSGT00390000013224 #13	ENSGT00940000160821 #14	ENSGT00940000157821 #15	ENSGT00390000010229 #16	ENSGT00940000153414.A #17	ENSGT00940000159401 #18	ENSGT00940000153313.C.b #19	ENSGT00390000006865 #20	ENSGT00940000162469 #22	ENSGT00940000158576 #23	ENSGT00940000161860 #24	ENSGT00390000007725.A.a #25	ENSGT00940000155840.C #26	ENSGT00940000155810 #27	ENSGT00940000155083.b #28	ENSGT00940000161250	ENSGT00940000159540	ENSGT00940000160952	ENSGT00940000162178	ENSGT00510000049297	ENSGT00940000160453	ENSGT00940000161390	ENSGT00390000018821	ENSGT00940000153566.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	120	FCGR1A (ENSCLAG00000012978)	ENSCLAG00000013809 #7	ENSCLAG00000013150 #8	PRMT8 (ENSCLAG00000014521) #9	CRACR2A (ENSCLAG00000013246) #10	PARP11 (ENSCLAG00000012852) #11	CCND2 (ENSCLAG00000012527) #12	TIGAR (ENSCLAG00000013103) #13	FGF23 (ENSCLAG00000014451) #14	FGF6 (ENSCLAG00000013612) #15	C12orf4 (ENSCLAG00000012415) #16	RAD51AP1 (ENSCLAG00000013907) #17	DYRK4 (ENSCLAG00000016008) #18	AKAP3 (ENSCLAG00000015044) #19	NDUFA9 (ENSCLAG00000014849) #20	KCNA6 (ENSCLAG00000014216) #22	KCNA1 (ENSCLAG00000013088) #23	KCNA5 (ENSCLAG00000018083) #24	NTF3 (ENSCLAG00000016065) #25	ANO2 (ENSCLAG00000015450) #26	VWF (ENSCLAG00000014671) #27	CD9 (ENSCLAG00000013477) #28	PLEKHG6 (ENSCLAG00000015229)	TNFRSF1A (ENSCLAG00000016084)	SCNN1A (ENSCLAG00000015244)	LTBR (ENSCLAG00000013106)	CD27 (ENSCLAG00000016154)	TAPBPL (ENSCLAG00000016184)	VAMP1 (ENSCLAG00000012860)	MRPL51 (ENSCLAG00000011881)	NCAPD2 (ENSCLAG00000013118)
Degu	MODERN SPECIES	219		PRMT8 (ENSODEG00000002262) #9	CRACR2A (ENSODEG00000002836) #10	PARP11 (ENSODEG00000002808) #11	ENSODEG00000002739	CCND2 (ENSODEG00000002727) #12	TIGAR (ENSODEG00000002673) #13	ENSODEG00000018871	FGF23 (ENSODEG00000002640) #14	FGF6 (ENSODEG00000002627) #15	ENSODEG00000002588 #16	RAD51AP1 (ENSODEG00000002547) #17	DYRK4 (ENSODEG00000002344) #18	AKAP3 (ENSODEG00000003183) #19	NDUFA9 (ENSODEG00000003154) #20	KCNA6 (ENSODEG00000019303) #22	KCNA5 (ENSODEG00000019098) #24	NTF3 (ENSODEG00000003025) #25	ENSODEG00000018854	ANO2 (ENSODEG00000002927) #26	VWF (ENSODEG00000002617) #27	CD9 (ENSODEG00000005241) #28	PLEKHG6 (ENSODEG00000005186)	TNFRSF1A (ENSODEG00000004861)	SCNN1A (ENSODEG00000004767)	LTBR (ENSODEG00000004616)	CD27 (ENSODEG00000004529)	TAPBPL (ENSODEG00000004477)	VAMP1 (ENSODEG00000004453)	MRPL51 (ENSODEG00000004435)	NCAPD2 (ENSODEG00000004156)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	PRMT8 (ENSHGLG00000003665) #9	CRACR2A (ENSHGLG00000003776) #10	PARP11 (ENSHGLG00000048673) #11	ENSHGLG00000046994	ENSHGLG00000009299	CCND2 (ENSHGLG00000048836) #12	ENSHGLG00000044530 #13	FGF23 (ENSHGLG00000042157) #14	FGF6 (ENSHGLG00000005621) #15	C12orf4 (ENSHGLG00000000998) #16	RAD51AP1 (ENSHGLG00000001032) #17	ENSHGLG00000039729	AKAP3 (ENSHGLG00000001070) #19	NDUFA9 (ENSHGLG00000001093) #20	GALNT8 (ENSHGLG00000035987) #21	KCNA6 (ENSHGLG00000001123) #22	KCNA1 (ENSHGLG00000001140) #23	KCNA5 (ENSHGLG00000001161) #24	NTF3 (ENSHGLG00000001196) #25	ENSHGLG00000032394	VWF (ENSHGLG00000001451) #27	CD9 (ENSHGLG00000001625) #28	PLEKHG6 (ENSHGLG00000001657)	TNFRSF1A (ENSHGLG00000001689)	SCNN1A (ENSHGLG00000001735)	LTBR (ENSHGLG00000032405)	CD27 (ENSHGLG00000046681)	TAPBPL (ENSHGLG00000001831)	ENSHGLG00000001867	MRPL51 (ENSHGLG00000050005)	NCAPD2 (ENSHGLG00000001934)