Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158225 #8	ENSGT00940000161249 #9	ENSGT00940000155867 #10	ENSGT00440000033504.B #11	ENSGT00940000156857 #12	ENSGT00940000155180.b #13	ENSGT00390000013224 #14	ENSGT00940000160821 #15	ENSGT00940000157821 #16	ENSGT00390000010229 #17	ENSGT00940000153414.A #18	ENSGT00940000159401 #19	ENSGT00940000153313.C.b #20	ENSGT00390000006865 #21	ENSGT00940000160161	ENSGT00940000162469 #22	ENSGT00940000158576 #23	ENSGT00940000161860 #24	ENSGT00390000007725.A.a #25	ENSGT00940000155840.C #26	ENSGT00940000155810 #27	ENSGT00940000155083.b #28	ENSGT00940000161250 #29	ENSGT00940000159540 #30	ENSGT00940000160952 #31	ENSGT00940000162178 #32	ENSGT00510000049297 #33	ENSGT00940000160453 #34	ENSGT00940000161390 #35	ENSGT00390000018821 #36	ENSGT00940000153566.a #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182956.b.b.a.b	ENSGT00940000158225 #8	ENSGT00940000161249 #9	ENSGT00940000155867 #10	ENSGT00440000033504.B #11	ENSGT00940000156857 #12	ENSGT00940000155180.b #13	ENSGT00390000013224 #14	ENSGT00940000160821 #15	ENSGT00940000157821 #16	ENSGT00390000010229 #17	ENSGT00940000153414.A #18	ENSGT00940000159401 #19	ENSGT00940000153313.C.b #20	ENSGT00390000006865 #21	ENSGT00940000162469 #22	ENSGT00940000158576 #23	ENSGT00940000161860 #24	ENSGT00390000007725.A.a #25	ENSGT00940000155840.C #26	ENSGT00940000155810 #27	ENSGT00940000155083.b #28	ENSGT00940000161250 #29	ENSGT00940000159540 #30	ENSGT00940000160952 #31	ENSGT00940000162178 #32	ENSGT00510000049297 #33	ENSGT00940000160453 #34	ENSGT00940000161390 #35	ENSGT00390000018821 #36	ENSGT00940000153566.a #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	120	FCGR1A (ENSCLAG00000012978) #7	ENSCLAG00000013809 #8	ENSCLAG00000013150 #9	PRMT8 (ENSCLAG00000014521) #10	CRACR2A (ENSCLAG00000013246) #11	PARP11 (ENSCLAG00000012852) #12	CCND2 (ENSCLAG00000012527) #13	TIGAR (ENSCLAG00000013103) #14	FGF23 (ENSCLAG00000014451) #15	FGF6 (ENSCLAG00000013612) #16	C12orf4 (ENSCLAG00000012415) #17	RAD51AP1 (ENSCLAG00000013907) #18	DYRK4 (ENSCLAG00000016008) #19	AKAP3 (ENSCLAG00000015044) #20	NDUFA9 (ENSCLAG00000014849) #21	KCNA6 (ENSCLAG00000014216) #22	KCNA1 (ENSCLAG00000013088) #23	KCNA5 (ENSCLAG00000018083) #24	NTF3 (ENSCLAG00000016065) #25	ANO2 (ENSCLAG00000015450) #26	VWF (ENSCLAG00000014671) #27	CD9 (ENSCLAG00000013477) #28	PLEKHG6 (ENSCLAG00000015229) #29	TNFRSF1A (ENSCLAG00000016084) #30	SCNN1A (ENSCLAG00000015244) #31	LTBR (ENSCLAG00000013106) #32	CD27 (ENSCLAG00000016154) #33	TAPBPL (ENSCLAG00000016184) #34	VAMP1 (ENSCLAG00000012860) #35	MRPL51 (ENSCLAG00000011881) #36	NCAPD2 (ENSCLAG00000013118) #37
Degu	MODERN SPECIES	219		PRMT8 (ENSODEG00000002262) #10	CRACR2A (ENSODEG00000002836) #11	PARP11 (ENSODEG00000002808) #12	ENSODEG00000002739	CCND2 (ENSODEG00000002727) #13	TIGAR (ENSODEG00000002673) #14	ENSODEG00000018871	FGF23 (ENSODEG00000002640) #15	FGF6 (ENSODEG00000002627) #16	ENSODEG00000002588 #17	RAD51AP1 (ENSODEG00000002547) #18	DYRK4 (ENSODEG00000002344) #19	AKAP3 (ENSODEG00000003183) #20	NDUFA9 (ENSODEG00000003154) #21	KCNA6 (ENSODEG00000019303) #22	KCNA5 (ENSODEG00000019098) #24	NTF3 (ENSODEG00000003025) #25	ENSODEG00000018854	ANO2 (ENSODEG00000002927) #26	VWF (ENSODEG00000002617) #27	CD9 (ENSODEG00000005241) #28	PLEKHG6 (ENSODEG00000005186) #29	TNFRSF1A (ENSODEG00000004861) #30	SCNN1A (ENSODEG00000004767) #31	LTBR (ENSODEG00000004616) #32	CD27 (ENSODEG00000004529) #33	TAPBPL (ENSODEG00000004477) #34	VAMP1 (ENSODEG00000004453) #35	MRPL51 (ENSODEG00000004435) #36	NCAPD2 (ENSODEG00000004156) #37
Guinea pig	MODERN SPECIES	107	TSPAN9 (ENSCPOG00000038895) #8	TSPAN11 (ENSCPOG00000035749) #9	PRMT8 (ENSCPOG00000005780) #10	CRACR2A (ENSCPOG00000020119) #11	PARP11 (ENSCPOG00000009784) #12	CCND2 (ENSCPOG00000026573) #13	TIGAR (ENSCPOG00000009667) #14	FGF23 (ENSCPOG00000005702) #15	FGF6 (ENSCPOG00000037696) #16	C12orf4 (ENSCPOG00000008414) #17	RAD51AP1 (ENSCPOG00000035787) #18	DYRK4 (ENSCPOG00000010199) #19	AKAP3 (ENSCPOG00000039169) #20	NDUFA9 (ENSCPOG00000010206) #21	GALNT8 (ENSCPOG00000004774)	KCNA6 (ENSCPOG00000003874) #22	KCNA1 (ENSCPOG00000004477) #23	KCNA5 (ENSCPOG00000004475) #24	NTF3 (ENSCPOG00000000269) #25	ANO2 (ENSCPOG00000000909) #26	VWF (ENSCPOG00000000912) #27	CD9 (ENSCPOG00000034556) #28	ENSCPOG00000033321	ENSCPOG00000036574	ENSCPOG00000022824