Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000163477	ENSGT00940000156542	ENSGT00940000158860	ENSGT00940000158161 #7	ENSGT00940000158411 #8	ENSGT00390000006247.tc #9	ENSGT00940000161331 #10	ENSGT00940000162710 #12	ENSGT00940000159534 #13	ENSGT00940000158688 #14	ENSGT00940000160210 #15	ENSGT00940000163100.b #16	ENSGT00940000159669 #17	ENSGT00390000017353 #19	ENSGT01030000234578.B.b #21	ENSGT00950000183117.a.b #22	ENSGT00950000182931.A #23	ENSGT00940000154557.c.a	ENSGT00390000001017	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000010711	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000015005	ENSGT00930000151073	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000160251	ENSGT00530000063849.B	ENSGT00940000158400	ENSGT00940000155343	ENSGT00950000182852.B	ENSGT00940000159166
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000163477	ENSGT00940000156542	ENSGT00940000158860	ENSGT00940000158161 #7	ENSGT00940000158411 #8	ENSGT00390000006247.tc #9	ENSGT00940000161331 #10	ENSGT00940000162710 #12	ENSGT00940000159534 #13	ENSGT00940000158688 #14	ENSGT00940000160210 #15	ENSGT00940000163100.b #16	ENSGT00940000159669 #17	ENSGT00390000017353 #19	ENSGT01030000234578.B.b #21	ENSGT00950000183117.a.b #22	ENSGT00950000182931.A #23	ENSGT00940000154557.c.a	ENSGT00390000001017	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000010711	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000015005	ENSGT00930000151073	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000160251.n	ENSGT00530000063849.B	ENSGT00940000158400	ENSGT00940000155343	ENSGT00950000182852.B	ENSGT00940000159166
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	74	ENSGT00940000156542	ENSGT00940000158860	ENSGT00940000158161 #7	ENSGT00940000158411 #8	ENSGT00390000006247.tc #9	ENSGT00940000161331 #10	ENSGT01020000230624 #11	ENSGT00940000162710 #12	ENSGT00940000159534 #13	ENSGT00940000158688 #14	ENSGT00940000160210 #15	ENSGT00940000163100.b #16	ENSGT00940000159669 #17	ENSGT00390000017353 #19	ENSGT01030000234578.B.b #21	ENSGT00950000183117.a.b #22	ENSGT00950000182931.A #23
Alpin marmot	MODERN SPECIES	100	RBM15 (ENSMMMG00000020791) #7	SLC16A4 (ENSMMMG00000020793) #8	ENSMMMG00000020803 #9	PROK1 (ENSMMMG00000020809) #10	ENSMMMG00000020814 #11	ENSMMMG00000020821 #12	KCNA10 (ENSMMMG00000020825) #13	KCNA2 (ENSMMMG00000020828) #14	KCNA3 (ENSMMMG00000020829) #15	ENSMMMG00000020835 #16	CD53 (ENSMMMG00000020840) #17	ENSMMMG00000020850 #18	ENSMMMG00000020853 #19	ENSMMMG00000020858 #20	DRAM2 (ENSMMMG00000020861) #21	CEPT1 (ENSMMMG00000020876) #22	DENND2D (ENSMMMG00000020907) #23
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	107	ENSGT00940000156542	ENSGT00940000158860	ENSGT00940000158161 #7	ENSGT00940000158411 #8	ENSGT00390000006247.tc #9	ENSGT00940000161331 #10	ENSGT01020000230624 #11	ENSGT00940000162710 #12	ENSGT00940000159534 #13	ENSGT00940000158688 #14	ENSGT00940000160210 #15	ENSGT00940000163100.b #16	ENSGT00940000159669 #17	ENSGT00390000017353 #19	ENSGT01030000234578.B.b #21	ENSGT00950000183117.a.b #22	ENSGT00950000182931.A #23
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	277	KCNC4 (ENSUPAG00010016092)	RBM15 (ENSUPAG00010016124) #7	SLC16A4 (ENSUPAG00010016126) #8	LAMTOR5 (ENSUPAG00010016147) #9	PROK1 (ENSUPAG00010016152) #10	ENSUPAG00010016162 #11	ENSUPAG00010016166 #12	KCNA10 (ENSUPAG00010016174) #13	KCNA2 (ENSUPAG00010016180) #14	KCNA3 (ENSUPAG00010016187) #15	ENSUPAG00010016189 #16	CD53 (ENSUPAG00010016194) #17	LRIF1 (ENSUPAG00010016206) #19	ENSUPAG00010016216	DRAM2 (ENSUPAG00010016230) #21	CEPT1 (ENSUPAG00010016280) #22	DENND2D (ENSUPAG00010016317) #23
Squirrel	MODERN SPECIES	304	SLC6A17 (ENSSTOG00000009625)	KCNC4 (ENSSTOG00000009645)	RBM15 (ENSSTOG00000026597) #7	SLC16A4 (ENSSTOG00000025557) #8	LAMTOR5 (ENSSTOG00000003401) #9	PROK1 (ENSSTOG00000005552) #10	ENSSTOG00000020941 #12	KCNA10 (ENSSTOG00000019362) #13	KCNA2 (ENSSTOG00000023527) #14	KCNA3 (ENSSTOG00000026278) #15	ENSSTOG00000020374	ENSSTOG00000025563 #16	CD53 (ENSSTOG00000006865) #17	LRIF1 (ENSSTOG00000023287) #19	DRAM2 (ENSSTOG00000011062) #21	CEPT1 (ENSSTOG00000027447) #22	DENND2D (ENSSTOG00000011074) #23
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		RBM15 (ENSSVLG00005015755) #7	SLC16A4 (ENSSVLG00005015966) #8	LAMTOR5 (ENSSVLG00005016364) #9	PROK1 (ENSSVLG00005016403) #10	ENSSVLG00005016446	ENSSVLG00005016499 #12	KCNA10 (ENSSVLG00005016662) #13	KCNA2 (ENSSVLG00005016685) #14	KCNA3 (ENSSVLG00005016719) #15	ENSSVLG00005016736	ENSSVLG00005016749 #16	CD53 (ENSSVLG00005016771) #17	LRIF1 (ENSSVLG00005016841) #19	ENSSVLG00005016873	DRAM2 (ENSSVLG00005016915) #21	CEPT1 (ENSSVLG00005016962) #22	DENND2D (ENSSVLG00005017048) #23	ENSSVLG00005017351	PIFO (ENSSVLG00005017626)	OVGP1 (ENSSVLG00005017787)	WDR77 (ENSSVLG00005017918)	ENSSVLG00005017977	C1orf162 (ENSSVLG00005018121)	TMIGD3 (ENSSVLG00005018210)	ENSSVLG00005018277	INKA2 (ENSSVLG00005018314)	DDX20 (ENSSVLG00005018335)	KCND3 (ENSSVLG00005018411)	CTTNBP2NL (ENSSVLG00005018565)	WNT2B (ENSSVLG00005018609)	ST7L (ENSSVLG00005018716)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000160669	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000156542	ENSGT00940000158860	ENSGT00940000158161 #7	ENSGT00940000158411 #8	ENSGT00390000006247.tc #9	ENSGT00940000161331 #10	ENSGT00940000159534 #13	ENSGT00940000158688 #14	ENSGT00940000160210 #15	ENSGT00940000163100.b #16	ENSGT00940000159669 #17	ENSGT00390000017353 #19	ENSGT01030000234578.B.b #21	ENSGT00950000183117.a.b #22	ENSGT00950000182931.A #23	ENSGT00390000001017	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000010711	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000015005	ENSGT00930000151073	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000160251	ENSGT00530000063849.B	ENSGT00940000158400	ENSGT00940000155343	ENSGT00950000182852.B	ENSGT00940000159166	ENSGT00390000000873.a.a
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000160669	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000156542	ENSGT00940000158860	ENSGT00940000158161 #7	ENSGT00940000158411 #8	ENSGT00390000006247.tc #9	ENSGT00940000161331 #10	ENSGT00940000159534 #13	ENSGT00940000158688 #14	ENSGT00940000160210 #15	ENSGT00940000163100.b #16	ENSGT00940000159669 #17	ENSGT00390000017353 #19	ENSGT01030000234578.B.b #21	ENSGT00950000183117.a.b #22	ENSGT00950000182931.A #23	ENSGT00390000001017	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000010711	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000015005	ENSGT00930000151073	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000160251	ENSGT00530000063849.B	ENSGT00940000158400	ENSGT00940000155343	ENSGT00950000182852.B	ENSGT00940000159166	ENSGT00390000000873.a.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00400000022095.b	ENSGT00940000160669	ENSGT00940000163477	ENSGT00940000156542	ENSGT00940000158860	ENSGT00940000158161 #7	ENSGT00940000158411 #8	ENSGT00390000006247.tc #9	ENSGT00940000161331 #10	ENSGT00940000159534 #13	ENSGT00940000158688 #14	ENSGT00940000160210 #15	ENSGT00940000159669 #17	ENSGT00390000017353 #19	ENSGT01030000234578.B.b #21	ENSGT00950000183117.a.b #22	ENSGT00950000182931.A #23	ENSGT00390000001017	ENSGT00940000162223	ENSGT00390000010711	ENSGT00390000001958	ENSGT00390000015005	ENSGT00930000151073	ENSGT01030000234555.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000160251	ENSGT00530000063849.B	ENSGT00940000158400	ENSGT00940000155343	ENSGT00950000182852.B	ENSGT00940000159166	ENSGT00390000000873.a.a
Degu	DUPLICATION
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Degu	MODERN SPECIES	181	KCND3 (ENSODEG00000008613)	CTTNBP2NL (ENSODEG00000008068)	WNT2B (ENSODEG00000008783)	ST7L (ENSODEG00000007468)	ENSODEG00000007252	MOV10 (ENSODEG00000010401)	ENSODEG00000008244	PPM1J (ENSODEG00000007627)	TAFA3 (ENSODEG00000009074)	SLC16A1 (ENSODEG00000007835)	LRIG2 (ENSODEG00000012585)	ENSODEG00000009254	ENSODEG00000019722	MAGI3 (ENSODEG00000007160)	PHTF1 (ENSODEG00000007432)	ENSODEG00000008326 #22	RSBN1 (ENSODEG00000007878)	ENSODEG00000007130	BCL2L15 (ENSODEG00000008721)	AP4B1 (ENSODEG00000008168)	ENSODEG00000007048	HIPK1 (ENSODEG00000007245)	OLFML3 (ENSODEG00000006727)	SYT6 (ENSODEG00000007291)	ENSODEG00000006967	TRIM33 (ENSODEG00000006822)	ENSODEG00000008694	BCAS2 (ENSODEG00000006983)	DENND2C (ENSODEG00000006463) ##23	AMPD1 (ENSODEG00000009830)	NRAS (ENSODEG00000007937)
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	142	STRIP1 (ENSCLAG00000008340)	ALX3 (ENSCLAG00000009014)	UBL4B (ENSCLAG00000009392)	SLC6A17 (ENSCLAG00000011786)	KCNC4 (ENSCLAG00000008289)	RBM15 (ENSCLAG00000008406) #7	SLC16A4 (ENSCLAG00000004685) #8	LAMTOR5 (ENSCLAG00000005554) #9	PROK1 (ENSCLAG00000006175) #10	KCNA10 (ENSCLAG00000017689) #13	KCNA2 (ENSCLAG00000006952) #14	KCNA3 (ENSCLAG00000017746) #15	CD53 (ENSCLAG00000008592) #17	LRIF1 (ENSCLAG00000006529) #19	DRAM2 (ENSCLAG00000007313) #21	CEPT1 (ENSCLAG00000006226) #22	DENND2D (ENSCLAG00000005887) #23	PIFO (ENSCLAG00000007375)	OVGP1 (ENSCLAG00000005245)	WDR77 (ENSCLAG00000005791)	ATP5PB (ENSCLAG00000006182)	C1orf162 (ENSCLAG00000009693)	ENSCLAG00000009052	ADORA3 (ENSCLAG00000006054)	RAP1A (ENSCLAG00000006589)	INKA2 (ENSCLAG00000007395)	DDX20 (ENSCLAG00000008874)	KCND3 (ENSCLAG00000005748)	CTTNBP2NL (ENSCLAG00000006818)	WNT2B (ENSCLAG00000005379)	ST7L (ENSCLAG00000007732)
Guinea pig	MODERN SPECIES	2	ALX3 (ENSCPOG00000025705)	UBL4B (ENSCPOG00000036064)	SLC6A17 (ENSCPOG00000012775)	KCNC4 (ENSCPOG00000012779)	RBM15 (ENSCPOG00000007520) #7	SLC16A4 (ENSCPOG00000007529) #8	LAMTOR5 (ENSCPOG00000033012) #9	PROK1 (ENSCPOG00000039143) #10	KCNA10 (ENSCPOG00000001971) #13	KCNA2 (ENSCPOG00000039886) #14	KCNA3 (ENSCPOG00000012373) #15	ENSCPOG00000023753 #16	CD53 (ENSCPOG00000010280) #17	ENSCPOG00000039442 #19	DRAM2 (ENSCPOG00000003496) #21	CEPT1 (ENSCPOG00000011067) #22	DENND2D (ENSCPOG00000003677) #23	PIFO (ENSCPOG00000033762)	OVGP1 (ENSCPOG00000000902)	WDR77 (ENSCPOG00000025009)	ATP5PB (ENSCPOG00000014070)	C1orf162 (ENSCPOG00000025561)	ADORA3 (ENSCPOG00000032151)	RAP1A (ENSCPOG00000032437)	INKA2 (ENSCPOG00000001816)	DDX20 (ENSCPOG00000032340)	KCND3 (ENSCPOG00000001820)	CTTNBP2NL (ENSCPOG00000040118)	WNT2B (ENSCPOG00000000194)	ST7L (ENSCPOG00000014528)	CAPZA1 (ENSCPOG00000014532)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	10	ALX3 (ENSHGLG00000014566)	UBL4B (ENSHGLG00000041047)	SLC6A17 (ENSHGLG00000014129)	KCNC4 (ENSHGLG00000015572)	ENSHGLG00000040075	RBM15 (ENSHGLG00000038057) #7	Slc16a4 (ENSHGLG00000014623) #8	ENSHGLG00000045622 #9	PROK1 (ENSHGLG00000039661) #10	KCNA10 (ENSHGLG00000020688) #13	KCNA2 (ENSHGLG00000040655) #14	KCNA3 (ENSHGLG00000004518) #15	CD53 (ENSHGLG00000007172) #17	ENSHGLG00000036901 #19	DRAM2 (ENSHGLG00000007043) #21	CEPT1 (ENSHGLG00000004650) #22	DENND2D (ENSHGLG00000007550) #23	PIFO (ENSHGLG00000048487)	ENSHGLG00000036915	WDR77 (ENSHGLG00000008077)	ENSHGLG00000004364	ENSHGLG00000041308	ENSHGLG00000004637	ADORA3 (ENSHGLG00000006832)	RAP1A (ENSHGLG00000008139)	FAM212B (ENSHGLG00000032533)	DDX20 (ENSHGLG00000014848)	ENSHGLG00000017438	ENSHGLG00000038826	ENSHGLG00000017681	ENSHGLG00000042226