Fungi/Metazoa group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Bilateria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000162930 #22 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B ENSGT00940000165391 ENSGT00940000159000 ENSGT00390000013481.c.b ENSGT00950000183100.C ENSGT00390000016617 ENSGT00940000155970 ENSGT00940000155930 ENSGT00940000154711 ENSGT00510000047850 ENSGT00940000158292.a ENSGT00940000160346.B ENSGT00390000002168 ENSGT00940000178768 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Amniota ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000158937 ENSGT00390000003303 #7 ENSGT01100000263537.b.b.c.a.b #8 ENSGT00940000156147 #9 ENSGT00390000014113 #10 ENSGT00940000155613 #11 ENSGT00440000038430 #12 ENSGT00940000156613 #13 ENSGT00940000156816 #14 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Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 ENSOARG00020002793 OR13F1 (ENSOARG00020002785) ENSOARG00020002779 OR13C4 (ENSOARG00020002772) ENSOARG00020002766 OR13C3 (ENSOARG00020002757) ENSOARG00020002751 OR13C8 (ENSOARG00020002746) ENSOARG00020002744 NIPSNAP3A (ENSOARG00020002740) ABCA1 (ENSOARG00020002682) ENSOARG00020002669 SLC44A1 (ENSOARG00020002424) FSD1L (ENSOARG00020002376) FKTN (ENSOARG00020002326) ENSOARG00020002304 #22 TMEM38B (ENSOARG00020002286) ENSOARG00020002259 ZNF462 (ENSOARG00020002167) RAD23B (ENSOARG00020002134) ENSOARG00020002084 ACTL7B (ENSOARG00020002055) ACTL7A (ENSOARG00020002049) ELP1 (ENSOARG00020001982) ABITRAM (ENSOARG00020001944) CTNNAL1 (ENSOARG00020001849) TMEM245 (ENSOARG00020001785) FRRS1L 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ENSGT00390000006167 ENSGT00940000156544.a ENSGT00390000017136 ENSGT00940000163640 ENSGT00510000049019 ENSGT00940000162882 ENSGT00940000161435.b ENSGT00940000155761 ENSGT00390000003718.d ENSGT00950000183060.a.b.a ENSGT00940000161939 ENSGT00940000160989 ENSGT00950000182983.A.a.a Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000155575.b ENSGT00940000159093 ENSGT00940000156833 ENSGT00940000155148.b ENSGT00950000182951.A.b ENSGT00940000162012 ENSGT00940000162444 ENSGT00940000162244 ENSGT01100000266933 ENSGT00940000162673 ENSGT00910000147358 ENSGT00940000158172 ENSGT00940000157836 ENSGT01080000257365.a ENSGT01030000234586.B.a.a ENSGT00940000162930 #22 ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000158269 ENSGT00390000006167 ENSGT00940000156544.a ENSGT00390000017136 ENSGT00940000163640 ENSGT00510000049019 ENSGT00940000162882 ENSGT00940000161435.b ENSGT00940000155761 ENSGT00390000003718.d ENSGT00950000183060.a.b.a ENSGT00940000161939 ENSGT00940000160989 ENSGT00950000182983.A.a.a Gorilla MODERN SPECIES 18 SLC16A6 (ENSGGOG00000027382) ARSG (ENSGGOG00000001303) WIPI1 (ENSGGOG00000001306) PRKAR1A (ENSGGOG00000016507) FAM20A (ENSGGOG00000003101) ABCA8 (ENSGGOG00000013867) ABCA9 (ENSGGOG00000016101) ABCA6 (ENSGGOG00000015372) ENSGGOG00000027300 ABCA10 (ENSGGOG00000004154) ENSGGOG00000036820 ABCA5 (ENSGGOG00000014851) MAP2K6 (ENSGGOG00000006086) KCNJ16 (ENSGGOG00000038841) KCNJ2 (ENSGGOG00000038514) ENSGGOG00000039924 #22 ENSGGOG00000024982 SOX9 (ENSGGOG00000001756) ENSGGOG00000016888 SLC39A11 (ENSGGOG00000005444) COG1 (ENSGGOG00000014608) FAM104A (ENSGGOG00000014626) C17orf80 (ENSGGOG00000012758) CPSF4L (ENSGGOG00000026659) SDK2 (ENSGGOG00000011094) RPL38 (ENSGGOG00000000794) TTYH2 (ENSGGOG00000000795) DNAI2 (ENSGGOG00000000797) KIF19 (ENSGGOG00000017046) BTBD17 (ENSGGOG00000017055) GPR142 (ENSGGOG00000038242) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155575 ENSGT00940000159093 ENSGT00940000156833 ENSGT00940000155148.b ENSGT00950000182951.A.b 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Capuchin MODERN SPECIES 266 ENSCCAG00000033630 #22 PTGIR (ENSCCAG00000021110) GNG8 (ENSCCAG00000029845) DACT3 (ENSCCAG00000008006) PRKD2 (ENSCCAG00000032043) STRN4 (ENSCCAG00000034066) FKRP (ENSCCAG00000015087) SLC1A5 (ENSCCAG00000033717) AP2S1 (ENSCCAG00000028431) ARHGAP35 (ENSCCAG00000022601) ENSCCAG00000021097 NPAS1 (ENSCCAG00000032406) TMEM160 (ENSCCAG00000031011) ZC3H4 (ENSCCAG00000037597) SAE1 (ENSCCAG00000031780) ENSCCAG00000026596 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 401 Uqcrc2 (ENSCGRG00001014838) Pdzd9 (ENSCGRG00001010149) Mosmo (ENSCGRG00001012533) Vwa3a (ENSCGRG00001019115) Gm5737 (ENSCGRG00001012302) Eef2k (ENSCGRG00001014618) Polr3e (ENSCGRG00001003569) Cdr2 (ENSCGRG00001017854) Mfsd13b (ENSCGRG00001022977) Mettl9 (ENSCGRG00001005667) Igsf6 (ENSCGRG00001017281) Otoa (ENSCGRG00001021880) Hs3st2 (ENSCGRG00001007650) Usp31 (ENSCGRG00001015792) Scnn1g (ENSCGRG00001014519) ENSCGRG00001025070 #22 Scnn1b (ENSCGRG00001001013) Cog7 (ENSCGRG00001023021) Gga2 (ENSCGRG00001017807) Ears2 (ENSCGRG00001008031) Ubfd1 (ENSCGRG00001010229) Ndufab1 (ENSCGRG00001005503) Palb2 (ENSCGRG00001010961) Dctn5 (ENSCGRG00001019871) Plk1 (ENSCGRG00001021855) Ern2 (ENSCGRG00001019098) Chp2 (ENSCGRG00001017404) Prkcb (ENSCGRG00001010289) Cacng3 (ENSCGRG00001019756) Rbbp6 (ENSCGRG00001017193) Tnrc6a (ENSCGRG00001015021) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 274 ENSCGRG00001013331 Atp10a (ENSCGRG00001015628) ENSCGRG00001017022 ENSCGRG00001017313 ENSCGRG00001008003 Gabrb3 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ENSHGLG00000013336 ENSHGLG00000010404 ENSHGLG00000010621 ENSHGLG00000012291 INPP5K (ENSHGLG00000009859) PITPNA (ENSHGLG00000018107) ENSHGLG00000043589 SLC43A2 (ENSHGLG00000006362) SCARF1 (ENSHGLG00000007269) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 380 AMTN (ENSODEG00000000478) ENSODEG00000018554 ODAM (ENSODEG00000000386) ENSODEG00000000326 ENSODEG00000000299 ENSODEG00000000221 ENSODEG00000001261 ENSODEG00000001222 ENSODEG00000001144 ENSODEG00000001053 #22 ENSODEG00000000951 ENSODEG00000000897 ENSODEG00000000758 Degu MODERN SPECIES 106 B3GALT1 (ENSODEG00000019917) STK39 (ENSODEG00000011089) CERS6 (ENSODEG00000010790) NOSTRIN (ENSODEG00000011860) SPC25 (ENSODEG00000010679) G6PC2 (ENSODEG00000011391) ABCB11 (ENSODEG00000010803) DHRS9 (ENSODEG00000011178) ENSODEG00000010560 #22 LRP2 (ENSODEG00000011319) ENSODEG00000011681 KLHL41 (ENSODEG00000012365) FASTKD1 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ENSSVLG00005001134 ENSSVLG00005001399 ENSSVLG00005001691 SH3GLB1 (ENSSVLG00005001770) SELENOF (ENSSVLG00005001833) ENSSVLG00005001852 HS2ST1 (ENSSVLG00005001867) ENSSVLG00005001891 LMO4 (ENSSVLG00005001906) ENSSVLG00005001932 PKN2 (ENSSVLG00005001961) ENSSVLG00005002015 #22 GTF2B (ENSSVLG00005002028) ENSSVLG00005002043 GBP3 (ENSSVLG00005002057) GBP1 (ENSSVLG00005002081) ENSSVLG00005002126 ENSSVLG00005002172 ENSSVLG00005002213 ENSSVLG00005002262 ENSSVLG00005002359 ENSSVLG00005002378 ENSSVLG00005002479 ENSSVLG00005002652 ENSSVLG00005002699 ENSSVLG00005002842 ENSSVLG00005003180 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Tenrec MODERN SPECIES 8281 ENSETEG00000012741 #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Hyrax MODERN SPECIES 4531 ENSPCAG00000010204 #22 ENSPCAG00000010167 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Sloth MODERN SPECIES 7407 ENSCHOG00000000887 #22 Armadillo MODERN SPECIES 1521 ENSDNOG00000034582 ENSDNOG00000040996 ENSDNOG00000048708 #22 JMJD4 (ENSDNOG00000048659) SNAP47 (ENSDNOG00000043058) ENSDNOG00000031710 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Opossum MODERN SPECIES 1 VPS53 (ENSMODG00000010127) TLCD3A (ENSMODG00000010047) GEMIN4 (ENSMODG00000023170) ENSMODG00000023171 GLOD4 (ENSMODG00000010038) MRM3 (ENSMODG00000010029) ENSMODG00000048571 TIMM22 (ENSMODG00000010014) ABR (ENSMODG00000010001) ENSMODG00000010574 ENSMODG00000038383 TRARG1 (ENSMODG00000009959) ENSMODG00000049395 GOSR1 (ENSMODG00000041802) CPD (ENSMODG00000009938) ENSMODG00000038151 #22 ENSMODG00000048479 ENSMODG00000023173 TMIGD1 (ENSMODG00000009919) BLMH (ENSMODG00000009909) SLC6A4 (ENSMODG00000009884) NSRP1 (ENSMODG00000009868) ENSMODG00000009859 SSH2 (ENSMODG00000009679) CORO6 (ENSMODG00000009661) ANKRD13B (ENSMODG00000009623) GTF2I (ENSMODG00000007022) NCF1 (ENSMODG00000006952) RCC1L (ENSMODG00000006921) CASTOR2 (ENSMODG00000006907) ENSMODG00000006892 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000016836.b ENSGT00390000015165 ENSGT01010000222313.A.b.b.b ENSGT00390000012296 ENSGT00940000163490 ENSGT00390000012340 ENSGT00390000017317 ENSGT00940000161894 ENSGT00390000016067 ENSGT01100000264619 ENSGT00940000153491.b.b.a ENSGT00390000002453 ENSGT00940000160337 ENSGT00390000008688 ENSGT00940000156919 ENSGT00940000162930 #22 ENSGT00510000048311 ENSGT00390000001735 ENSGT00940000157855 ENSGT00940000154049.a ENSGT00940000154049.b ENSGT00940000157430 ENSGT00940000159328 ENSGT00950000182928.A.a.a ENSGT00940000159604 ENSGT00390000008202 ENSGT00950000182902.b.b.a ENSGT00940000155796 ENSGT00440000038328 ENSGT00940000159685 ENSGT01090000260005.a.a.b Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil MODERN SPECIES 3 ENSSHAG00000025394 VPS53 (ENSSHAG00000012188) TLCD3A (ENSSHAG00000025899) GEMIN4 (ENSSHAG00000011771) GLOD4 (ENSSHAG00000011687) MRM3 (ENSSHAG00000011624) ENSSHAG00000022734 TIMM22 (ENSSHAG00000024522) ENSSHAG00000024759 ABR (ENSSHAG00000009582) 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ENSGT00940000162930 #22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 Pink-footed goose MODERN SPECIES 666 ENSABRG00000011043 #22 ENSABRG00000011051 African ostrich MODERN SPECIES 658 ENSSCUG00000010612 ENSSCUG00000010616 RBKS (ENSSCUG00000010619) BABAM2 (ENSSCUG00000010625) FOSL2 (ENSSCUG00000010635) ENSSCUG00000010639 PPP1CB (ENSSCUG00000010642) ENSSCUG00000010644 #22 ENSSCUG00000010646 TTC7A (ENSSCUG00000010648) MCFD2 (ENSSCUG00000010651) SOCS5 (ENSSCUG00000010655) CRIPT (ENSSCUG00000010656) PIGF (ENSSCUG00000010659) ENSSCUG00000010662 EPAS1 (ENSSCUG00000010664) PRKCE (ENSSCUG00000010666) SRBD1 (ENSSCUG00000010671) SIX3 (ENSSCUG00000010682) CAMKMT (ENSSCUG00000010693) ENSSCUG00000010699 PREPL (ENSSCUG00000010703) SLC3A1 (ENSSCUG00000010706) Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162930 #22 tuatara MODERN SPECIES 1028 FBXO46 (ENSSPUG00000002528) ENSSPUG00000002531 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#22 Reedfish DUPLICATION Reedfish DUPLICATION Reedfish MODERN SPECIES 6 mrpl57 (ENSECRG00000016852) ENSECRG00000016222 TRAF5 (ENSECRG00000016179) rcor3 (ENSECRG00000016101) KCNH1 (ENSECRG00000015774) hhat (ENSECRG00000015287) ENSECRG00000015128 ENSECRG00000015057 ENSECRG00000014987 slc22a7a (ENSECRG00000014814) ENSECRG00000014683 ENSECRG00000014668 atl3 (ENSECRG00000014627) ENSECRG00000014585 ENSECRG00000017550 ENSECRG00000017534 #22 ENSECRG00000017522 ENSECRG00000017502 ENSECRG00000017487 ENSECRG00000017469 cript (ENSECRG00000017433) pigf (ENSECRG00000017397) rhoq (ENSECRG00000017378) epas1b (ENSECRG00000017335) PRKCE (ENSECRG00000017293) SRBD1 (ENSECRG00000017244) six2a (ENSECRG00000017213) six3a (ENSECRG00000017189) ENSECRG00000017176 prepl (ENSECRG00000017112) SLC3A1 (ENSECRG00000017022) Reedfish MODERN SPECIES 4 ndufs6 (ENSECRG00000012255) irx4a (ENSECRG00000012242) ENSECRG00000012221 irx2a (ENSECRG00000012213) irx1a (ENSECRG00000012192) tmed3 (ENSECRG00000012180) 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EXO84 (YBR102C) FES1 (YBR101C) YBR099C MMS4 (YBR098W) VPS15 (YBR097W) YBR096W RXT2 (YBR095C) PBY1 (YBR094W)