Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	337								ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT00940000155124	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000159041	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT00940000155124	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00390000015709	ENSGT01090000259987.a.a.a	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00390000018807	ENSGT00940000159292	ENSGT00940000161104	ENSGT00940000155124	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015709	ENSGT01090000259987.a.a.a	ENSGT00390000004977	ENSGT00950000182895.a.b	ENSGT00940000158193	ENSGT00510000047718	ENSGT00940000154360.A.b	ENSGT00940000156404	ENSGT00390000018807	ENSGT00940000159292	ENSGT00940000161104	ENSGT00940000155124	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Theria	ANCESTRAL SPECIES	5													ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Primates	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.b.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Mas night monkey	MODERN SPECIES	973											ENSANAG00000023472 #17	ENSANAG00000037307 #18	SCLY (ENSANAG00000034089) #19	ESPNL (ENSANAG00000022298) #20	KLHL30 (ENSANAG00000029425) #21	ERFE (ENSANAG00000022439) #22	ILKAP (ENSANAG00000035398) #23	ENSANAG00000019365 #24	HES6 (ENSANAG00000022444) #25	PER2 (ENSANAG00000032506) #26	TRAF3IP1 (ENSANAG00000018287) #27	ASB1 (ENSANAG00000021776) #28	TWIST2 (ENSANAG00000031247) #29
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.b.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Marmoset	MODERN SPECIES	18	ASB18 (ENSCJAG00000004432)	IQCA1 (ENSCJAG00000004446)	ACKR3 (ENSCJAG00000022033)	COPS8 (ENSCJAG00000040503)	COL6A3 (ENSCJAG00000002226)	MLPH (ENSCJAG00000076633)	PRLH (ENSCJAG00000002208)	ENSCJAG00000076425	ENSCJAG00000000491	RBM44 (ENSCJAG00000000484)	RAMP1 (ENSCJAG00000086220)	ENSCJAG00000000476 #18	SCLY (ENSCJAG00000000471) #19	ESPNL (ENSCJAG00000077549) #20	KLHL30 (ENSCJAG00000000459) #21	ERFE (ENSCJAG00000000456) #22	ILKAP (ENSCJAG00000000443) #23	HES6 (ENSCJAG00000000434) #25	PER2 (ENSCJAG00000000428) #26	TRAF3IP1 (ENSCJAG00000000419) #27	ENSCJAG00000072137	ASB1 (ENSCJAG00000000414) #28	TWIST2 (ENSCJAG00000023006) #29	HDAC4 (ENSCJAG00000009423)	NDUFA10 (ENSCJAG00000019091)	ENSCJAG00000022267	COPS9 (ENSCJAG00000061577)	OTOS (ENSCJAG00000019076)	GPC1 (ENSCJAG00000019058)	ANKMY1 (ENSCJAG00000054585)	DUSP28 (ENSCJAG00000006583)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.b.a.b #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	128	IQCA1 (ENSSBOG00000029838)	ACKR3 (ENSSBOG00000024133)	COPS8 (ENSSBOG00000031570)	COL6A3 (ENSSBOG00000029543)	MLPH (ENSSBOG00000031086)	PRLH (ENSSBOG00000032702)	RAB17 (ENSSBOG00000002460)	ENSSBOG00000021844	RBM44 (ENSSBOG00000020250)	RAMP1 (ENSSBOG00000034673)	ENSSBOG00000020844 #18	SCLY (ENSSBOG00000033368) #19	ESPNL (ENSSBOG00000028721) #20	ENSSBOG00000028703	KLHL30 (ENSSBOG00000035803) #21	ERFE (ENSSBOG00000031906) #22	ILKAP (ENSSBOG00000035801) #23	PER2 (ENSSBOG00000033356) #26	TRAF3IP1 (ENSSBOG00000029375) #27	ASB1 (ENSSBOG00000023503) #28	TWIST2 (ENSSBOG00000004261) #29	HDAC4 (ENSSBOG00000027074)	NDUFA10 (ENSSBOG00000034900)	ENSSBOG00000032512	ENSSBOG00000032572	OTOS (ENSSBOG00000015724)	GPC1 (ENSSBOG00000025749)	ANKMY1 (ENSSBOG00000025649)	DUSP28 (ENSSBOG00000035216)	RNPEPL1 (ENSSBOG00000034450)	CAPN10 (ENSSBOG00000027896)
Capuchin	MODERN SPECIES	106	ASB18 (ENSCCAG00000024264)	IQCA1 (ENSCCAG00000034378)	ACKR3 (ENSCCAG00000013268)	COPS8 (ENSCCAG00000036165)	COL6A3 (ENSCCAG00000037000)	MLPH (ENSCCAG00000024406)	PRLH (ENSCCAG00000022877)	RAB17 (ENSCCAG00000024584)	ENSCCAG00000003358	RBM44 (ENSCCAG00000032705)	RAMP1 (ENSCCAG00000032734)	ENSCCAG00000004088 #18	SCLY (ENSCCAG00000024192) #19	ESPNL (ENSCCAG00000030132) #20	KLHL30 (ENSCCAG00000036894) #21	ERFE (ENSCCAG00000035461) #22	ILKAP (ENSCCAG00000025102) #23	ENSCCAG00000031027	HES6 (ENSCCAG00000031236) #25	PER2 (ENSCCAG00000016700) #26	TRAF3IP1 (ENSCCAG00000029412) #27	ASB1 (ENSCCAG00000034608) #28	TWIST2 (ENSCCAG00000019686) #29	HDAC4 (ENSCCAG00000029867)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00940000165618.c.a	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT00910000148902
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT00910000148902
Pan	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000157440	ENSGT01100000266980	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT00910000148902
Chimpanzee	MODERN SPECIES	15	ASB18 (ENSPTRG00000013069)	IQCA1 (ENSPTRG00000013070)	ACKR3 (ENSPTRG00000013071)	COPS8 (ENSPTRG00000049076)	COL6A3 (ENSPTRG00000013074)	MLPH (ENSPTRG00000013075)	PRLH (ENSPTRG00000045686)	RAB17 (ENSPTRG00000013076)	LRRFIP1 (ENSPTRG00000013077)	RBM44 (ENSPTRG00000013078)	RAMP1 (ENSPTRG00000013080)	UBE2F (ENSPTRG00000013081) ##18	SCLY (ENSPTRG00000013082) #19	ESPNL (ENSPTRG00000048030) #20	KLHL30 (ENSPTRG00000013084) #21	ERFE (ENSPTRG00000042567) #22	ILKAP (ENSPTRG00000013088) #23	ENSPTRG00000013089	ENSPTRG00000052781	HES6 (ENSPTRG00000043334) #25	PER2 (ENSPTRG00000013092) #26	TRAF3IP1 (ENSPTRG00000028947) #27	ASB1 (ENSPTRG00000049853) #28	HDAC4 (ENSPTRG00000013097)	ENSPTRG00000040855	NDUFA10 (ENSPTRG00000013099)	COPS9 (ENSPTRG00000013102)	OTOS (ENSPTRG00000013103)	GPC1 (ENSPTRG00000045317)	ANKMY1 (ENSPTRG00000013105)	DUSP28 (ENSPTRG00000051613)
Human	MODERN SPECIES	11	ASB18 (ENSG00000182177)	IQCA1 (ENSG00000132321)	ACKR3 (ENSG00000144476)	COPS8 (ENSG00000198612)	COL6A3 (ENSG00000163359)	MLPH (ENSG00000115648)	PRLH (ENSG00000071677)	RAB17 (ENSG00000124839)	LRRFIP1 (ENSG00000124831)	RBM44 (ENSG00000177483)	RAMP1 (ENSG00000132329)	UBE2F (ENSG00000184182) ##18	SCLY (ENSG00000132330) #19	ESPNL (ENSG00000144488) #20	KLHL30 (ENSG00000168427) #21	ERFE (ENSG00000178752) #22	ILKAP (ENSG00000132323) #23	HES6 (ENSG00000144485) #25	PER2 (ENSG00000132326) #26	TRAF3IP1 (ENSG00000204104) #27	ASB1 (ENSG00000065802) #28	TWIST2 (ENSG00000233608) #29	HDAC4 (ENSG00000068024)	NDUFA10 (ENSG00000130414)	OR6B2 (ENSG00000182083)	OR6B3 (ENSG00000178586)	COPS9 (ENSG00000172428)	OTOS (ENSG00000178602)	GPC1 (ENSG00000063660)	ANKMY1 (ENSG00000144504)	DUSP28 (ENSG00000188542)
Gorilla	MODERN SPECIES	15	ASB18 (ENSGGOG00000005521)	IQCA1 (ENSGGOG00000013083)	ACKR3 (ENSGGOG00000004275)	COPS8 (ENSGGOG00000036194)	COL6A3 (ENSGGOG00000002468)	MLPH (ENSGGOG00000015075)	PRLH (ENSGGOG00000015080)	RAB17 (ENSGGOG00000015083)	LRRFIP1 (ENSGGOG00000008411)	RBM44 (ENSGGOG00000012246)	RAMP1 (ENSGGOG00000003956)	UBE2F (ENSGGOG00000010709) ##18	SCLY (ENSGGOG00000000090) #19	ESPNL (ENSGGOG00000000092) #20	KLHL30 (ENSGGOG00000000094) #21	ERFE (ENSGGOG00000000095) #22	ILKAP (ENSGGOG00000000098) #23	ENSGGOG00000024949	ENSGGOG00000042446	ENSGGOG00000037768 #25	PER2 (ENSGGOG00000004542) #26	TRAF3IP1 (ENSGGOG00000010361) #27	ENSGGOG00000012588 #28	HDAC4 (ENSGGOG00000014323)	NDUFA10 (ENSGGOG00000001432)	OR6B2 (ENSGGOG00000015878)	COPS9 (ENSGGOG00000005387)	OTOS (ENSGGOG00000005393)	ENSGGOG00000041362	GPC1 (ENSGGOG00000001475)	ANKMY1 (ENSGGOG00000001478)
Orangutan	MODERN SPECIES	15	IQCA1 (ENSPPYG00000013305)	ACKR3 (ENSPPYG00000013307)	COPS8 (ENSPPYG00000013308)	COL6A3 (ENSPPYG00000013309)	MLPH (ENSPPYG00000013310)	PRLH (ENSPPYG00000013311)	RAB17 (ENSPPYG00000013312)	ENSPPYG00000013313	RBM44 (ENSPPYG00000031452)	RAMP1 (ENSPPYG00000030772)	UBE2F (ENSPPYG00000013315) ##18	SCLY (ENSPPYG00000013316) #19	ESPNL (ENSPPYG00000013317) #20	ENSPPYG00000035808	KLHL30 (ENSPPYG00000013318) #21	ERFE (ENSPPYG00000036868) #22	ILKAP (ENSPPYG00000013320) #23	ENSPPYG00000036920	ENSPPYG00000030751 #25	PER2 (ENSPPYG00000013324) #26	TRAF3IP1 (ENSPPYG00000013325) #27	ASB1 (ENSPPYG00000013326) #28	TWIST2 (ENSPPYG00000039133) #29	HDAC4 (ENSPPYG00000013328)	NDUFA10 (ENSPPYG00000013332)	OR6B2 (ENSPPYG00000013333)	ENSPPYG00000039891	OTOS (ENSPPYG00000013335)	GPC1 (ENSPPYG00000013336)	ANKMY1 (ENSPPYG00000013337)	DUSP28 (ENSPPYG00000030765)
Gibbon	MODERN SPECIES	14	ACKR3 (ENSNLEG00000010701)	ENSNLEG00000010706	COL6A3 (ENSNLEG00000010790)	MLPH (ENSNLEG00000011006)	PRLH (ENSNLEG00000011050)	RAB17 (ENSNLEG00000011056)	ENSNLEG00000004742	ENSNLEG00000011097	RBM44 (ENSNLEG00000011111)	RAMP1 (ENSNLEG00000011146)	UBE2F (ENSNLEG00000011152) ##18	SCLY (ENSNLEG00000011190) #19	ESPNL (ENSNLEG00000011209) #20	ENSNLEG00000011212	ENSNLEG00000011214 #21	ERFE (ENSNLEG00000011218) #22	ILKAP (ENSNLEG00000011223) #23	ENSNLEG00000011247	ENSNLEG00000032222	ENSNLEG00000027732	PER2 (ENSNLEG00000011250) #26	TRAF3IP1 (ENSNLEG00000011298) #27	ASB1 (ENSNLEG00000011336) #28	TWIST2 (ENSNLEG00000011342) #29	HDAC4 (ENSNLEG00000013474)	ENSNLEG00000013509	COPS9 (ENSNLEG00000030619)	OTOS (ENSNLEG00000013565)	ENSNLEG00000013571	ANKMY1 (ENSNLEG00000013573)	DUSP28 (ENSNLEG00000013588)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000165618	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	1	ASB18 (ENSCSAG00000006216)	IQCA1 (ENSCSAG00000006204)	ACKR3 (ENSCSAG00000018797)	ENSCSAG00000006174	COL6A3 (ENSCSAG00000006162)	ENSCSAG00000018799	MLPH (ENSCSAG00000006137)	PRLH (ENSCSAG00000006132)	RAB17 (ENSCSAG00000006115)	LRRFIP1 (ENSCSAG00000006108)	RBM44 (ENSCSAG00000006098)	RAMP1 (ENSCSAG00000006090)	SCLY (ENSCSAG00000006088) #19	ESPNL (ENSCSAG00000006080) #20	KLHL30 (ENSCSAG00000006072) #21	ERFE (ENSCSAG00000006064) #22	ILKAP (ENSCSAG00000006045) #23	ENSCSAG00000006041	HES6 (ENSCSAG00000006035) #25	PER2 (ENSCSAG00000006029) #26	TRAF3IP1 (ENSCSAG00000006023) #27	ASB1 (ENSCSAG00000006016) #28	TWIST2 (ENSCSAG00000018801) #29	HDAC4 (ENSCSAG00000006011)	ENSCSAG00000005986	NDUFA10 (ENSCSAG00000005983)	OR6B2 (ENSCSAG00000018803)	OR6B3 (ENSCSAG00000018806)	OTOS (ENSCSAG00000005977)	GPC1 (ENSCSAG00000005972)	ANKMY1 (ENSCSAG00000005962)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000155618.cb.a.b	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000155618.cb.a.b	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	525	ACKR3 (ENSMNEG00000008100)	COPS8 (ENSMNEG00000044205)	ENSMNEG00000019117	COL6A3 (ENSMNEG00000036597)	MLPH (ENSMNEG00000032948)	PRLH (ENSMNEG00000028766)	RAB17 (ENSMNEG00000030785)	ENSMNEG00000034659	RBM44 (ENSMNEG00000042905)	RAMP1 (ENSMNEG00000045433)	UBE2F (ENSMNEG00000034534) ##18	SCLY (ENSMNEG00000042602) #19	ESPNL (ENSMNEG00000029176) #20	ENSMNEG00000040054	KLHL30 (ENSMNEG00000029545) #21	ERFE (ENSMNEG00000032974) #22	ILKAP (ENSMNEG00000028395) #23	HES6 (ENSMNEG00000041893) #25	PER2 (ENSMNEG00000031637) #26	TRAF3IP1 (ENSMNEG00000030348) #27	ASB1 (ENSMNEG00000029171) #28	ENSMNEG00000034335	TWIST2 (ENSMNEG00000028131) #29	HDAC4 (ENSMNEG00000033168)	NDUFA10 (ENSMNEG00000021553)	ENSMNEG00000044929	ENSMNEG00000040555	OTOS (ENSMNEG00000039552)	GPC1 (ENSMNEG00000002512)	ENSMNEG00000004238	ANKMY1 (ENSMNEG00000031190)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00910000147677	ENSGT00460000041630
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	3	IQCA1 (ENSMFAG00000046217)	ACKR3 (ENSMFAG00000029542)	COPS8 (ENSMFAG00000043944)	ENSMFAG00000030220	COL6A3 (ENSMFAG00000043048)	MLPH (ENSMFAG00000040090)	PRLH (ENSMFAG00000043339)	RAB17 (ENSMFAG00000036950)	ENSMFAG00000035972	RBM44 (ENSMFAG00000002416)	RAMP1 (ENSMFAG00000032812)	ENSMFAG00000035899 ##18	SCLY (ENSMFAG00000040528) #19	ENSMFAG00000064655	KLHL30 (ENSMFAG00000041151) #21	ERFE (ENSMFAG00000003420) #22	ENSMFAG00000032483	ILKAP (ENSMFAG00000042266) #23	ENSMFAG00000063839	HES6 (ENSMFAG00000031261) #25	PER2 (ENSMFAG00000042522) #26	TRAF3IP1 (ENSMFAG00000002763) #27	ASB1 (ENSMFAG00000038837) #28	HDAC4 (ENSMFAG00000033242)	NDUFA10 (ENSMFAG00000001486)	COPS9 (ENSMFAG00000000784)	OR6B3 (ENSMFAG00000054218)	OTOS (ENSMFAG00000038320)	GPC1 (ENSMFAG00000032000)	ANKMY1 (ENSMFAG00000014439)	ENSMFAG00000030856
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000155618.cb.a.b	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.d	ENSGT00390000000076
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000154343.e.b.a.b	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000155618.cb.a.b	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	107	COPS8 (ENSCATG00000033600)	ENSCATG00000020622	COL6A3 (ENSCATG00000036982)	MLPH (ENSCATG00000044238)	PRLH (ENSCATG00000034916)	RAB17 (ENSCATG00000030578)	ENSCATG00000040003	RBM44 (ENSCATG00000020323)	RAMP1 (ENSCATG00000038364)	ENSCATG00000028463 ##18	SCLY (ENSCATG00000030988) #19	ESPNL (ENSCATG00000036953) #20	ENSCATG00000018176	KLHL30 (ENSCATG00000037685) #21	ENSCATG00000016286	ERFE (ENSCATG00000044801) #22	ILKAP (ENSCATG00000042465) #23	ENSCATG00000041221	ENSCATG00000044970	HES6 (ENSCATG00000014965) #25	PER2 (ENSCATG00000029774) #26	TRAF3IP1 (ENSCATG00000031689) #27	ASB1 (ENSCATG00000039506) #28	TWIST2 (ENSCATG00000021169) #29	HDAC4 (ENSCATG00000035774)	ENSCATG00000001546	NDUFA10 (ENSCATG00000030083)	COPS9 (ENSCATG00000040196)	OTOS (ENSCATG00000040686)	GPC1 (ENSCATG00000031393)	ANKMY1 (ENSCATG00000016475)
Olive baboon	MODERN SPECIES	1	ACKR3 (ENSPANG00000007800)	COPS8 (ENSPANG00000011780)	COL6A3 (ENSPANG00000006369)	MLPH (ENSPANG00000018132)	PRLH (ENSPANG00000005973)	ENSPANG00000041795	RAB17 (ENSPANG00000037034)	ENSPANG00000017841	RBM44 (ENSPANG00000010319)	RAMP1 (ENSPANG00000051374)	UBE2F (ENSPANG00000005411) ##18	SCLY (ENSPANG00000000673) #19	ENSPANG00000009632	ESPNL (ENSPANG00000043372) #20	KLHL30 (ENSPANG00000008194) #21	ERFE (ENSPANG00000007918) #22	ILKAP (ENSPANG00000019808) #23	ENSPANG00000046469	HES6 (ENSPANG00000038610) #25	PER2 (ENSPANG00000008425) #26	TRAF3IP1 (ENSPANG00000007987) #27	ASB1 (ENSPANG00000009493) #28	TWIST2 (ENSPANG00000001578) #29	HDAC4 (ENSPANG00000001165)	ENSPANG00000047989	NDUFA10 (ENSPANG00000017314)	OR6B2 (ENSPANG00000037043)	OR6B3 (ENSPANG00000009568)	ENSPANG00000039926	COPS9 (ENSPANG00000032848)	OTOS (ENSPANG00000013766)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.d ##18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00910000146933	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00910000145408	ENSGT00910000146416	ENSGT00940000165618	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000154185.l.a.b.d	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151.m	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.c	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	526											UBE2F (ENSRBIG00000026622) ##18	SCLY (ENSRBIG00000010668) #19	ESPNL (ENSRBIG00000037315) #20	ENSRBIG00000041861	KLHL30 (ENSRBIG00000029604) #21	ERFE (ENSRBIG00000036290) #22	ILKAP (ENSRBIG00000033267) #23	ENSRBIG00000027911	ENSRBIG00000042272	ENSRBIG00000043655	HES6 (ENSRBIG00000042207) #25	PER2 (ENSRBIG00000028705) #26	TRAF3IP1 (ENSRBIG00000044577) #27	ASB1 (ENSRBIG00000041769) #28	ENSRBIG00000043169	TWIST2 (ENSRBIG00000030437) #29	HDAC4 (ENSRBIG00000034612)	NDUFA10 (ENSRBIG00000044245)	OR6B2 (ENSRBIG00000035567)	COPS9 (ENSRBIG00000032484)	OTOS (ENSRBIG00000029646)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3229		ACKR3 (ENSRROG00000037482)	COPS8 (ENSRROG00000034226)	COL6A3 (ENSRROG00000033989)	MLPH (ENSRROG00000036063)	PRLH (ENSRROG00000038521)	RAB17 (ENSRROG00000032941)	ENSRROG00000004323	RBM44 (ENSRROG00000042165)	RAMP1 (ENSRROG00000039349)	UBE2F (ENSRROG00000043164) ##18	SCLY (ENSRROG00000041556) #19	ESPNL (ENSRROG00000039164) #20	ENSRROG00000004447	KLHL30 (ENSRROG00000028550) #21	ERFE (ENSRROG00000029127) #22	ILKAP (ENSRROG00000028943) #23	ENSRROG00000045229	ENSRROG00000030392	ENSRROG00000033512	HES6 (ENSRROG00000014674) #25	PER2 (ENSRROG00000030477) #26	TRAF3IP1 (ENSRROG00000033429) #27	ASB1 (ENSRROG00000042716) #28
Tarsier	MODERN SPECIES	4324										ENSTSYG00000031202	RAMP1 (ENSTSYG00000028889)	UBE2F (ENSTSYG00000011510) #18	SCLY (ENSTSYG00000002756) #19	ESPNL (ENSTSYG00000035445) #20	KLHL30 (ENSTSYG00000001365) #21	ENSTSYG00000028729 #22	ILKAP (ENSTSYG00000002789) #23	HES6 (ENSTSYG00000030898) #25	PER2 (ENSTSYG00000013592) #26	TRAF3IP1 (ENSTSYG00000014080) #27	ASB1 (ENSTSYG00000013619) #28	ENSTSYG00000031597
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	419	ASB18 (ENSPCOG00000021286)	IQCA1 (ENSPCOG00000014907)	ACKR3 (ENSPCOG00000003989)	COPS8 (ENSPCOG00000027995)	COL6A3 (ENSPCOG00000028385)	MLPH (ENSPCOG00000028337)	PRLH (ENSPCOG00000022175)	RAB17 (ENSPCOG00000016444)	LRRFIP1 (ENSPCOG00000024174)	RBM44 (ENSPCOG00000020553)	RAMP1 (ENSPCOG00000004479)	ENSPCOG00000004278 #18	SCLY (ENSPCOG00000028757) #19	ESPNL (ENSPCOG00000026475) #20	ENSPCOG00000020412 #21	ERFE (ENSPCOG00000016085) #22	ILKAP (ENSPCOG00000023348) #23	HES6 (ENSPCOG00000014802) #25	PER2 (ENSPCOG00000028172) #26	TRAF3IP1 (ENSPCOG00000026120) #27	ASB1 (ENSPCOG00000026167) #28	TWIST2 (ENSPCOG00000003663) #29	HDAC4 (ENSPCOG00000023643)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	828								ENSPSMG00000004709	LRRFIP1 (ENSPSMG00000004702)	RBM44 (ENSPSMG00000004666)	RAMP1 (ENSPSMG00000004624)	UBE2F (ENSPSMG00000004540) #18	SCLY (ENSPSMG00000004320) #19	ESPNL (ENSPSMG00000004271) #20	KLHL30 (ENSPSMG00000004249) #21	ERFE (ENSPSMG00000004231) #22	ILKAP (ENSPSMG00000004199) #23	ENSPSMG00000004130	HES6 (ENSPSMG00000004112) #25	PER2 (ENSPSMG00000004042) #26	TRAF3IP1 (ENSPSMG00000003951) #27	ASB1 (ENSPSMG00000003881) #28
Mouse lemur	MODERN SPECIES	30					ENSMICG00000003426	MLPH (ENSMICG00000006943)	PRLH (ENSMICG00000044217)	RAB17 (ENSMICG00000038213)	LRRFIP1 (ENSMICG00000031882)	ENSMICG00000030933	RAMP1 (ENSMICG00000047662)	ENSMICG00000012075 #18	SCLY (ENSMICG00000012094) #19	ESPNL (ENSMICG00000038610) #20	KLHL30 (ENSMICG00000002092) #21	ERFE (ENSMICG00000026783) #22	ILKAP (ENSMICG00000007351) #23	HES6 (ENSMICG00000033553) #25	PER2 (ENSMICG00000004716) #26	TRAF3IP1 (ENSMICG00000004727) #27	ASB1 (ENSMICG00000004736) #28	ENSMICG00000043732	TWIST2 (ENSMICG00000034572) #29	HDAC4 (ENSMICG00000000164)	NDUFA10 (ENSMICG00000028653)	ENSMICG00000045168	ENSMICG00000033890	COPS9 (ENSMICG00000043528)	OTOS (ENSMICG00000035278)	GPC1 (ENSMICG00000037890)	ANKMY1 (ENSMICG00000047966)
Bushbaby	MODERN SPECIES	248	IQCA1 (ENSOGAG00000005917)	ACKR3 (ENSOGAG00000027445)	COPS8 (ENSOGAG00000007872)	COL6A3 (ENSOGAG00000016050)	ENSOGAG00000032294	MLPH (ENSOGAG00000015356)	PRLH (ENSOGAG00000034435)	RAB17 (ENSOGAG00000012997)	LRRFIP1 (ENSOGAG00000013001)	RBM44 (ENSOGAG00000004247)	ENSOGAG00000004248	UBE2F (ENSOGAG00000005308) #18	SCLY (ENSOGAG00000009623) #19	ESPNL (ENSOGAG00000027499) #20	KLHL30 (ENSOGAG00000013509) #21	ERFE (ENSOGAG00000013526) #22	ILKAP (ENSOGAG00000006241) #23	HES6 (ENSOGAG00000027480) #25	PER2 (ENSOGAG00000006245) #26	TRAF3IP1 (ENSOGAG00000011953) #27	ASB1 (ENSOGAG00000008075) #28	TWIST2 (ENSOGAG00000029007) #29	HDAC4 (ENSOGAG00000004929)	NDUFA10 (ENSOGAG00000005023)	ENSOGAG00000034791	COPS9 (ENSOGAG00000025113)	OTOS (ENSOGAG00000027090)	ENSOGAG00000032614	GPC1 (ENSOGAG00000001678)	ANKMY1 (ENSOGAG00000016152)	ENSOGAG00000027421
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Glires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154393.h.b	ENSGT01090000259995.a.b.u	ENSGT01090000260024.A.a.a.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260024.A.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b	ENSGT00390000000076
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b	ENSGT00390000000076
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.b	ENSGT00390000000076
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	4	Asb18 (ENSPEMG00000021968)	Iqca (ENSPEMG00000023730)	Ackr3 (ENSPEMG00000022737)	Cops8 (ENSPEMG00000022562)	Col6a3 (ENSPEMG00000023168)	Mlph (ENSPEMG00000010755)	Prlh (ENSPEMG00000022011)	Rab17 (ENSPEMG00000022598)	ENSPEMG00000022605	Rbm44 (ENSPEMG00000022866)	Ramp1 (ENSPEMG00000030486)	Ube2f (ENSPEMG00000023549) #18	Scly (ENSPEMG00000021410) #19	Espnl (ENSPEMG00000022478) #20	Klhl30 (ENSPEMG00000023619) #21	Erfe (ENSPEMG00000010331) #22	Ilkap (ENSPEMG00000022315) #23	Hes6 (ENSPEMG00000022908) #25	Per2 (ENSPEMG00000024062) #26	Traf3ip1 (ENSPEMG00000023468) #27	Asb1 (ENSPEMG00000016938) #28	Twist2 (ENSPEMG00000022923) #29	Hdac4 (ENSPEMG00000023957)	ENSPEMG00000000810	Or9s23 (ENSPEMG00000024929)	Or9s27 (ENSPEMG00000025002)	ENSPEMG00000029408	ENSPEMG00000030762	Or9s14 (ENSPEMG00000028583)	ENSPEMG00000024906	ENSPEMG00000031336
Prairie vole	MODERN SPECIES	354	Asb18 (ENSMOCG00000021264)	Iqca (ENSMOCG00000001121)	Ackr3 (ENSMOCG00000011622)	ENSMOCG00000010460	Col6a3 (ENSMOCG00000012323)	Mlph (ENSMOCG00000002134)	Prlh (ENSMOCG00000018025)	Rab17 (ENSMOCG00000006448)	ENSMOCG00000017590	Rbm44 (ENSMOCG00000001523)	Ramp1 (ENSMOCG00000020434)	Ube2f (ENSMOCG00000015739) #18	Scly (ENSMOCG00000000935) #19	Espnl (ENSMOCG00000004560) #20	Klhl30 (ENSMOCG00000014281) #21	Erfe (ENSMOCG00000001741) #22	Ilkap (ENSMOCG00000021283) #23	Hes6 (ENSMOCG00000020278) #25	Per2 (ENSMOCG00000004188) #26	ENSMOCG00000021836	Traf3ip1 (ENSMOCG00000019123) #27	Asb1 (ENSMOCG00000017919) #28	Twist2 (ENSMOCG00000015210) #29	Hdac4 (ENSMOCG00000005287)	Ndufa10 (ENSMOCG00000006296)	Or6b2 (ENSMOCG00000006336)	ENSMOCG00000006503	ENSMOCG00000006611	ENSMOCG00000002737	ENSMOCG00000015039	Mreg (ENSMOCG00000014450)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b	ENSGT00390000000076
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	ENSCGRG00001009648	Agap1 (ENSCGRG00001001480)	Gbx2 (ENSCGRG00001024158)	Asb18 (ENSCGRG00001024506)	Iqca (ENSCGRG00001024459)	Ackr3 (ENSCGRG00001010122)	Cops8 (ENSCGRG00001024515)	Col6a3 (ENSCGRG00001024539)	ENSCGRG00001024654	Rbm44 (ENSCGRG00001001293)	Ramp1 (ENSCGRG00001024580)	ENSCGRG00001010672 #18	Scly (ENSCGRG00001024710) #19	Espnl (ENSCGRG00001024719) #20	Klhl30 (ENSCGRG00001024698) #21	Erfe (ENSCGRG00001003481) #22	Ilkap (ENSCGRG00001007174) #23	Hes6 (ENSCGRG00001024376) #25	Per2 (ENSCGRG00001006630) #26	ENSCGRG00001000697	Traf3ip1 (ENSCGRG00001006330) #27	Asb1 (ENSCGRG00001024723) #28	ENSCGRG00001024677	Twist2 (ENSCGRG00001010705) #29	Hdac4 (ENSCGRG00001003116)	Ndufa10 (ENSCGRG00001000771)	Or6b2 (ENSCGRG00001010619)	Or6b2b (ENSCGRG00001010498)	Or6b3 (ENSCGRG00001009820)	Or9s23 (ENSCGRG00001010591)	ENSCGRG00001024695
Golden Hamster	MODERN SPECIES	741	Iqca (ENSMAUG00000012478)	Ackr3 (ENSMAUG00000001290)	Cops8 (ENSMAUG00000016566)	Col6a3 (ENSMAUG00000018474)	Mlph (ENSMAUG00000012730)	Prlh (ENSMAUG00000007380)	Rab17 (ENSMAUG00000000642)	ENSMAUG00000008054	Rbm44 (ENSMAUG00000022041)	Ramp1 (ENSMAUG00000013655)	ENSMAUG00000011807	Ube2f (ENSMAUG00000016797) #18	Scly (ENSMAUG00000015726) #19	Espnl (ENSMAUG00000004027) #20	Klhl30 (ENSMAUG00000020235) #21	Erfe (ENSMAUG00000013436) #22	ENSMAUG00000006511 #23	Hes6 (ENSMAUG00000020931) #25	Per2 (ENSMAUG00000012363) #26	Traf3ip1 (ENSMAUG00000017577) #27	Asb1 (ENSMAUG00000016956) #28	ENSMAUG00000002516	Twist2 (ENSMAUG00000003118) #29	Hdac4 (ENSMAUG00000021483)	ENSMAUG00000015249	Or6b2b (ENSMAUG00000002845)	Or6b3 (ENSMAUG00000012008)	Or9s23 (ENSMAUG00000007665)	ENSMAUG00000019137	ENSMAUG00000017951	Otos (ENSMAUG00000021015)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.b
Mus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.b
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.q #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.b
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.q #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.b
Mouse	MODERN SPECIES		Asb18 (ENSMUSG00000067081)	Iqca (ENSMUSG00000026301)	Ackr3 (ENSMUSG00000044337)	Cops8 (ENSMUSG00000034432)	Col6a3 (ENSMUSG00000048126)	Mlph (ENSMUSG00000026303)	Prlh (ENSMUSG00000090550)	Rab17 (ENSMUSG00000026304)	Lrrfip1 (ENSMUSG00000026305)	Rbm44 (ENSMUSG00000070732)	Ramp1 (ENSMUSG00000034353)	Ube2f (ENSMUSG00000034343) #18	Scly (ENSMUSG00000026307) #19	Espnl (ENSMUSG00000049515) #20	Klhl30 (ENSMUSG00000026308) #21	Erfe (ENSMUSG00000047443) #22	Ilkap (ENSMUSG00000026309) #23	Hes6 (ENSMUSG00000067071) #25	Per2 (ENSMUSG00000055866) #26	Traf3ip1 (ENSMUSG00000034292) #27	Asb1 (ENSMUSG00000026311) #28	Twist2 (ENSMUSG00000007805) #29	Hdac4 (ENSMUSG00000026313)	Ndufa10 (ENSMUSG00000026260)	Or6b2 (ENSMUSG00000067064)	Or6b2b (ENSMUSG00000057464)	Or6b3 (ENSMUSG00000042849)	Or9s23 (ENSMUSG00000058904)	Or9s27 (ENSMUSG00000046300)	Or9s15 (ENSMUSG00000062497)	Or9s14 (ENSMUSG00000063583)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.q #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.a.b
spretus	MODERN SPECIES		Asb18 (MGP_SPRETEiJ_G0015210)	Iqca (MGP_SPRETEiJ_G0015211)	MGP_SPRETEiJ_G0015212	Cops8 (MGP_SPRETEiJ_G0015213)	Col6a3 (MGP_SPRETEiJ_G0015214)	Mlph (MGP_SPRETEiJ_G0015215)	Prlh (MGP_SPRETEiJ_G0015216)	Rab17 (MGP_SPRETEiJ_G0015217)	Lrrfip1 (MGP_SPRETEiJ_G0015218)	Rbm44 (MGP_SPRETEiJ_G0015219)	Ramp1 (MGP_SPRETEiJ_G0015220)	Ube2f (MGP_SPRETEiJ_G0015221) #18	Scly (MGP_SPRETEiJ_G0015222) #19	Espnl (MGP_SPRETEiJ_G0015223) #20	Klhl30 (MGP_SPRETEiJ_G0015224) #21	Erfe (MGP_SPRETEiJ_G0015225) #22	Ilkap (MGP_SPRETEiJ_G0015226) #23	Hes6 (MGP_SPRETEiJ_G0015227) #25	Per2 (MGP_SPRETEiJ_G0015228) #26	Traf3ip1 (MGP_SPRETEiJ_G0015229) #27	Asb1 (MGP_SPRETEiJ_G0015230) #28	Twist2 (MGP_SPRETEiJ_G0015231) #29	Hdac4 (MGP_SPRETEiJ_G0015232)	Ndufa10 (MGP_SPRETEiJ_G0015233)	MGP_SPRETEiJ_G0015234	MGP_SPRETEiJ_G0015235	Or6b3 (MGP_SPRETEiJ_G0015236)	Or9s23 (MGP_SPRETEiJ_G0015237)	Or9s27 (MGP_SPRETEiJ_G0015238)	Or9s15 (MGP_SPRETEiJ_G0015239)	Or9s14 (MGP_SPRETEiJ_G0015240)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3264	Ackr3 (ENSMSIG00000025992)	Cops8 (ENSMSIG00000025975)	ENSMSIG00000025965	Col6a3 (ENSMSIG00000025643)	Mlph (ENSMSIG00000025599)	Prlh (ENSMSIG00000025590)	ENSMSIG00000025514	Lrrfip1 (ENSMSIG00000025383)	Rbm44 (ENSMSIG00000025367)	ENSMSIG00000025346	Ube2f (ENSMSIG00000025282) #18	ENSMSIG00000025274	Scly (ENSMSIG00000025237) #19	Espnl (ENSMSIG00000025178) #20	Klhl30 (ENSMSIG00000025160) #21	Erfe (ENSMSIG00000025152) #22	Ilkap (ENSMSIG00000025128) #23	Hes6 (ENSMSIG00000025112) #25	Per2 (ENSMSIG00000025064) #26	Traf3ip1 (ENSMSIG00000024924) #27	Asb1 (ENSMSIG00000024829) #28
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES		Asb18 (MGP_CAROLIEiJ_G0014406)	Iqca (MGP_CAROLIEiJ_G0014407)	Ackr3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014408)	Cops8 (MGP_CAROLIEiJ_G0014409)	Col6a3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014410)	Mlph (MGP_CAROLIEiJ_G0014411)	Prlh (MGP_CAROLIEiJ_G0014412)	Rab17 (MGP_CAROLIEiJ_G0014413)	Lrrfip1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014414)	MGP_CAROLIEiJ_G0014415	Ramp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014416)	Ube2f (MGP_CAROLIEiJ_G0014417) #18	Scly (MGP_CAROLIEiJ_G0014418) #19	Espnl (MGP_CAROLIEiJ_G0014419) #20	Klhl30 (MGP_CAROLIEiJ_G0014420) #21	Erfe (MGP_CAROLIEiJ_G0014421) #22	Ilkap (MGP_CAROLIEiJ_G0014422) #23	Hes6 (MGP_CAROLIEiJ_G0014423) #25	Per2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014424) #26	Traf3ip1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014425) #27	Asb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014426) #28	Twist2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014427) #29	Hdac4 (MGP_CAROLIEiJ_G0014428)	Ndufa10 (MGP_CAROLIEiJ_G0014429)	MGP_CAROLIEiJ_G0014430	MGP_CAROLIEiJ_G0014431	Or6b3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014432)	Or9s23 (MGP_CAROLIEiJ_G0014433)	Or9s27 (MGP_CAROLIEiJ_G0014434)	Or9s15 (MGP_CAROLIEiJ_G0014435)	Or9s14 (MGP_CAROLIEiJ_G0014436)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	18	Asb18 (MGP_PahariEiJ_G0027642)	Iqca (MGP_PahariEiJ_G0027643)	Ackr3 (MGP_PahariEiJ_G0027644)	Cops8 (MGP_PahariEiJ_G0027645)	Col6a3 (MGP_PahariEiJ_G0027646)	Mlph (MGP_PahariEiJ_G0027647)	MGP_PahariEiJ_G0027648	MGP_PahariEiJ_G0027649	Lrrfip1 (MGP_PahariEiJ_G0027650)	Rbm44 (MGP_PahariEiJ_G0027651)	Ramp1 (MGP_PahariEiJ_G0027652)	MGP_PahariEiJ_G0027653 #18	Scly (MGP_PahariEiJ_G0027654) #19	Espnl (MGP_PahariEiJ_G0027655) #20	Klhl30 (MGP_PahariEiJ_G0027656) #21	Erfe (MGP_PahariEiJ_G0027657) #22	Ilkap (MGP_PahariEiJ_G0027658) #23	Hes6 (MGP_PahariEiJ_G0027659) #25	Per2 (MGP_PahariEiJ_G0027660) #26	Traf3ip1 (MGP_PahariEiJ_G0027661) #27	Asb1 (MGP_PahariEiJ_G0027662) #28	Twist2 (MGP_PahariEiJ_G0027663) #29	Hdac4 (MGP_PahariEiJ_G0027664)	Ndufa10 (MGP_PahariEiJ_G0027665)	MGP_PahariEiJ_G0027666	MGP_PahariEiJ_G0027667	Or6b3 (MGP_PahariEiJ_G0027668)	Or9s23 (MGP_PahariEiJ_G0027669)	Or9s27 (MGP_PahariEiJ_G0027670)	Or9s15 (MGP_PahariEiJ_G0027671)	Or9s14 (MGP_PahariEiJ_G0027672)
Rat	MODERN SPECIES	19	Iqca1 (ENSRNOG00000019592)	Ackr3 (ENSRNOG00000019622)	Cops8 (ENSRNOG00000019635)	Col6a3 (ENSRNOG00000019648)	Mlph (ENSRNOG00000019763)	Prlh (ENSRNOG00000019871)	Rab17 (ENSRNOG00000052979)	Lrrfip1 (ENSRNOG00000019892)	Rbm44 (ENSRNOG00000024878)	ENSRNOG00000066608	Ramp1 (ENSRNOG00000019926)	Ube2f (ENSRNOG00000019953) #18	Scly (ENSRNOG00000020083) #19	Espnl (ENSRNOG00000024717) #20	Klhl30 (ENSRNOG00000020105) #21	Erfe (ENSRNOG00000024688) #22	Ilkap (ENSRNOG00000020115) #23	Hes6 (ENSRNOG00000020194) #25	Per2 (ENSRNOG00000020254) #26	AC141966.1 (ENSRNOG00000021435)	Traf3ip1 (ENSRNOG00000024468) #27	Asb1 (ENSRNOG00000020322) #28	Twist2 (ENSRNOG00000020355) #29	Hdac4 (ENSRNOG00000020372)	ENSRNOG00000068729	AABR07068327.1 (ENSRNOG00000030045)	Ndufa10 (ENSRNOG00000016470)	Or6b2 (ENSRNOG00000063133)	Or6b2b (ENSRNOG00000070837)	Or6b3 (ENSRNOG00000064010)	Or9s23b (ENSRNOG00000070407)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	785												Ube2f (ENSNGAG00000005448) #18	Scly (ENSNGAG00000023495) #19	Espnl (ENSNGAG00000010017) #20	Klhl30 (ENSNGAG00000022571) #21	Erfe (ENSNGAG00000020999) #22	Ilkap (ENSNGAG00000022078) #23	Hes6 (ENSNGAG00000023207) #25	Per2 (ENSNGAG00000010926) #26
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b.x.a	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b.x.a	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Alpin marmot	MODERN SPECIES	8	IQCA1 (ENSMMMG00000003823)	ENSMMMG00000003861	ENSMMMG00000003879	COPS8 (ENSMMMG00000003891)	COL6A3 (ENSMMMG00000003940)	ENSMMMG00000004550	PRLH (ENSMMMG00000004553)	RAB17 (ENSMMMG00000004563)	ENSMMMG00000004610	RBM44 (ENSMMMG00000004797)	RAMP1 (ENSMMMG00000004869)	UBE2F (ENSMMMG00000004879) #18	SCLY (ENSMMMG00000004889) #19	ESPNL (ENSMMMG00000004913) #20	KLHL30 (ENSMMMG00000004934) #21	ERFE (ENSMMMG00000004940) #22	ILKAP (ENSMMMG00000004976) #23	ENSMMMG00000004999 #25	PER2 (ENSMMMG00000005017) #26	TRAF3IP1 (ENSMMMG00000005092) #27	ASB1 (ENSMMMG00000005123) #28	TWIST2 (ENSMMMG00000005158) #29	HDAC4 (ENSMMMG00000005171)	NDUFA10 (ENSMMMG00000005276)	ENSMMMG00000005288	ENSMMMG00000005299	ENSMMMG00000005309	COPS9 (ENSMMMG00000005314)	OTOS (ENSMMMG00000005322)	GPC1 (ENSMMMG00000005333)	ANKMY1 (ENSMMMG00000005391)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b.x.a	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.bb #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260024.A.a.b.a.b.a.a.a.b.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.a.l	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	164	ASB18 (ENSUPAG00010020926)	IQCA1 (ENSUPAG00010020947)	ACKR3 (ENSUPAG00010020966)	COPS8 (ENSUPAG00010020976)	COL6A3 (ENSUPAG00010020987)	MLPH (ENSUPAG00010021088)	PRLH (ENSUPAG00010021113)	RAB17 (ENSUPAG00010021120)	LRRFIP1 (ENSUPAG00010021139)	RBM44 (ENSUPAG00010021290)	RAMP1 (ENSUPAG00010021322)	UBE2F (ENSUPAG00010021329) #18	SCLY (ENSUPAG00010021351) #19	ESPNL (ENSUPAG00010021353) #20	KLHL30 (ENSUPAG00010021370) #21	ERFE (ENSUPAG00010021375) #22	ILKAP (ENSUPAG00010021381) #23	HES6 (ENSUPAG00010021408) #25	PER2 (ENSUPAG00010021414) #26	TRAF3IP1 (ENSUPAG00010000012) #27	ASB1 (ENSUPAG00010000160) #28	TWIST2 (ENSUPAG00010000199) #29
Squirrel	MODERN SPECIES	125	ASB18 (ENSSTOG00000022409)	IQCA1 (ENSSTOG00000010661)	ENSSTOG00000023053	COPS8 (ENSSTOG00000022662)	COL6A3 (ENSSTOG00000002685)	MLPH (ENSSTOG00000019648)	PRLH (ENSSTOG00000024225)	RAB17 (ENSSTOG00000019957)	LRRFIP1 (ENSSTOG00000028433)	RBM44 (ENSSTOG00000008768)	RAMP1 (ENSSTOG00000029736)	ENSSTOG00000014039 #18	SCLY (ENSSTOG00000014054) #19	ESPNL (ENSSTOG00000022149) #20	KLHL30 (ENSSTOG00000027807) #21	ERFE (ENSSTOG00000015943) #22	ILKAP (ENSSTOG00000025986) #23	HES6 (ENSSTOG00000025930) #25	PER2 (ENSSTOG00000008549) #26	TRAF3IP1 (ENSSTOG00000022669) #27	ASB1 (ENSSTOG00000005975) #28
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.y #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.i.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.i.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.j	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00900000143236	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.y #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.i.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.i.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.j	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00900000143236	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.y #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.m.j	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	249					COPS8 (ENSCLAG00000003438)	COL6A3 (ENSCLAG00000002931)	MLPH (ENSCLAG00000002750)	PRLH (ENSCLAG00000002598)	LRRFIP1 (ENSCLAG00000002231)	RBM44 (ENSCLAG00000002043)	RAMP1 (ENSCLAG00000002912)	UBE2F (ENSCLAG00000002860) #18	SCLY (ENSCLAG00000002778) #19	ESPNL (ENSCLAG00000002571) #20	KLHL30 (ENSCLAG00000002383) #21	ERFE (ENSCLAG00000002287) #22	ILKAP (ENSCLAG00000002226) #23	HES6 (ENSCLAG00000002090) #25	PER2 (ENSCLAG00000004749) #26	TRAF3IP1 (ENSCLAG00000004277) #27	ASB1 (ENSCLAG00000003996) #28	TWIST2 (ENSCLAG00000003476) #29	HDAC4 (ENSCLAG00000003187)	NDUFA10 (ENSCLAG00000002249)	ENSCLAG00000002137	ENSCLAG00000001983	ENSCLAG00000017490	ENSCLAG00000001936	ENSCLAG00000001920	COPS9 (ENSCLAG00000001813)	OTOS (ENSCLAG00000001765)
Degu	MODERN SPECIES	130	IQCA1 (ENSODEG00000009201)	ACKR3 (ENSODEG00000019748)	COPS8 (ENSODEG00000008319)	COL6A3 (ENSODEG00000008236)	ENSODEG00000009039	MLPH (ENSODEG00000009468)	PRLH (ENSODEG00000010289)	ENSODEG00000010103	ENSODEG00000011179	RBM44 (ENSODEG00000011354)	ENSODEG00000009348	ENSODEG00000008602 #18	SCLY (ENSODEG00000009146) #19	ESPNL (ENSODEG00000008795) #20	KLHL30 (ENSODEG00000010555) #21	ERFE (ENSODEG00000009273) #22	ILKAP (ENSODEG00000009636) #23	HES6 (ENSODEG00000009169) #25	PER2 (ENSODEG00000008617) #26	ENSODEG00000019644	TRAF3IP1 (ENSODEG00000009879) #27	ASB1 (ENSODEG00000009233) #28	TWIST2 (ENSODEG00000019629) #29	ENSODEG00000009580	ENSODEG00000009986	ENSODEG00000019773	ENSODEG00000008649	OTOS (ENSODEG00000009723)	ENSODEG00000019717	ENSODEG00000019706	GPC1 (ENSODEG00000010463)
Guinea pig	MODERN SPECIES	13	ACKR3 (ENSCPOG00000014142)	COPS8 (ENSCPOG00000031921)	COL6A3 (ENSCPOG00000011331)	ENSCPOG00000031355	MLPH (ENSCPOG00000026459)	PRLH (ENSCPOG00000020075)	ENSCPOG00000032081	RAB17 (ENSCPOG00000015131)	LRRFIP1 (ENSCPOG00000006777)	RBM44 (ENSCPOG00000023598)	RAMP1 (ENSCPOG00000026974)	UBE2F (ENSCPOG00000006368) #18	SCLY (ENSCPOG00000020158) #19	ESPNL (ENSCPOG00000006867) #20	KLHL30 (ENSCPOG00000036137) #21	ERFE (ENSCPOG00000025627) #22	ILKAP (ENSCPOG00000015395) #23	HES6 (ENSCPOG00000036297) #25	PER2 (ENSCPOG00000011333) #26	TRAF3IP1 (ENSCPOG00000005207) #27	ASB1 (ENSCPOG00000021680) #28	TWIST2 (ENSCPOG00000025980) #29	HDAC4 (ENSCPOG00000013072)	NDUFA10 (ENSCPOG00000010123)	ENSCPOG00000032551	ENSCPOG00000038331	ENSCPOG00000033521	ENSCPOG00000032686	ENSCPOG00000033828	COPS9 (ENSCPOG00000038915)	OTOS (ENSCPOG00000038739)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	276											ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156342 #26
Rabbit	MODERN SPECIES	701											ENSOCUG00000016751	ENSOCUG00000039384 #18	ENSOCUG00000002777 #19	ESPNL (ENSOCUG00000027267) #20	KLHL30 (ENSOCUG00000009858) #21	ERFE (ENSOCUG00000017440) #22	ILKAP (ENSOCUG00000017442) #23	PER2 (ENSOCUG00000000215) #26
Pika	MODERN SPECIES	6074																ENSOPRG00000002721 #22	ILKAP (ENSOPRG00000002734) #23
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00950000185133	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000165690	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b.m #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.m	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.n	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Horse	MODERN SPECIES	27	ASB18 (ENSECAG00000009378)	IQCA1 (ENSECAG00000009419)	ACKR3 (ENSECAG00000000942)	COPS8 (ENSECAG00000013601)	COL6A3 (ENSECAG00000020887)	MLPH (ENSECAG00000024624)	RAB17 (ENSECAG00000010528)	PRLH (ENSECAG00000016201)	LRRFIP1 (ENSECAG00000016447)	RBM44 (ENSECAG00000004979)	RAMP1 (ENSECAG00000009250)	UBE2F (ENSECAG00000011687) #18	SCLY (ENSECAG00000012094) #19	ESPNL (ENSECAG00000022908) #20	KLHL30 (ENSECAG00000023960) #21	ERFE (ENSECAG00000024433) #22	ILKAP (ENSECAG00000024661) #23	HES6 (ENSECAG00000028351) #25	PER2 (ENSECAG00000013247) #26	TRAF3IP1 (ENSECAG00000009886) #27	ASB1 (ENSECAG00000014057) #28	TWIST2 (ENSECAG00000038446) #29	HDAC4 (ENSECAG00000017406)	NDUFA10 (ENSECAG00000021275)	OR6B2C (ENSECAG00000054325)	OR6B2C (ENSECAG00000001007)	OR9S3 (ENSECAG00000038437)	OR9S21 (ENSECAG00000037760)	ENSECAG00000057614	OTOS (ENSECAG00000034742)	GPC1 (ENSECAG00000014427)
Donkey	MODERN SPECIES	10	ASB18 (ENSEASG00005020036)	IQCA1 (ENSEASG00005027257)	ACKR3 (ENSEASG00005029174)	COPS8 (ENSEASG00005007121)	COL6A3 (ENSEASG00005007197)	MLPH (ENSEASG00005007335)	PRLH (ENSEASG00005007336)	RAB17 (ENSEASG00005007339)	LRRFIP1 (ENSEASG00005007354)	RBM44 (ENSEASG00005007379)	ENSEASG00005026664	UBE2F (ENSEASG00005007386) #18	SCLY (ENSEASG00005007391) #19	ESPNL (ENSEASG00005007394) #20	KLHL30 (ENSEASG00005007396) #21	ERFE (ENSEASG00005029241) #22	ILKAP (ENSEASG00005007403) #23	HES6 (ENSEASG00005007413) #25	PER2 (ENSEASG00005007415) #26	TRAF3IP1 (ENSEASG00005007418) #27	ENSEASG00005007423 #28	TWIST2 (ENSEASG00005037030) #29	HDAC4 (ENSEASG00005007428)	NDUFA10 (ENSEASG00005007435)	ENSEASG00005023733	ENSEASG00005035741	ENSEASG00005032886	ENSEASG00005030337	COPS9 (ENSEASG00005029581)	OTOS (ENSEASG00005007467)	GPC1 (ENSEASG00005007474)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000159706
Megabat	MODERN SPECIES	4647																ENSPVAG00000003996 #22	ILKAP (ENSPVAG00000003998) #23
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000159706
Microbat	MODERN SPECIES	1775														ENSMLUG00000001302 #20	KLHL30 (ENSMLUG00000001311) #21	ERFE (ENSMLUG00000001317) #22	ILKAP (ENSMLUG00000001324) #23	PER2 (ENSMLUG00000017783) #26
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	26	ASB18 (ENSRFEG00010003863)	IQCA1 (ENSRFEG00010003824)	ACKR3 (ENSRFEG00010003797)	ENSRFEG00010003776	COL6A3 (ENSRFEG00010003671)	MLPH (ENSRFEG00010003515)	PRLH (ENSRFEG00010003477)	RAB17 (ENSRFEG00010003447)	ENSRFEG00010003288	RBM44 (ENSRFEG00010003149)	RAMP1 (ENSRFEG00010003124)	ENSRFEG00010003061 #18	SCLY (ENSRFEG00010002956) #19	ESPNL (ENSRFEG00010002895) #20	KLHL30 (ENSRFEG00010002851) #21	ERFE (ENSRFEG00010002831) #22	ILKAP (ENSRFEG00010002795) #23	HES6 (ENSRFEG00010002745) #25	PER2 (ENSRFEG00010002711) #26	TRAF3IP1 (ENSRFEG00010002606) #27	ASB1 (ENSRFEG00010002567) #28	TWIST2 (ENSRFEG00010002558) #29	HDAC4 (ENSRFEG00010002464)	NDUFA10 (ENSRFEG00010002397)	COPS9 (ENSRFEG00010002380)	OTOS (ENSRFEG00010002365)	GPC1 (ENSRFEG00010002298)	ENSRFEG00010002268	DUSP28 (ENSRFEG00010002261)	RNPEPL1 (ENSRFEG00010002246)	CAPN10 (ENSRFEG00010002208)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
lion	MODERN SPECIES	8	ASB18 (ENSPLOG00000011083)	IQCA1 (ENSPLOG00000010813)	ACKR3 (ENSPLOG00000021956)	COPS8 (ENSPLOG00000021940)	COL6A3 (ENSPLOG00000021420)	MLPH (ENSPLOG00000021064)	PRLH (ENSPLOG00000020976)	RAB17 (ENSPLOG00000020937)	ENSPLOG00000020777	RBM44 (ENSPLOG00000020554)	RAMP1 (ENSPLOG00000020505)	ENSPLOG00000020308	SCLY (ENSPLOG00000020183) #19	ESPNL (ENSPLOG00000020073) #20	KLHL30 (ENSPLOG00000020015) #21	ERFE (ENSPLOG00000019941) #22	ILKAP (ENSPLOG00000019776) #23	HES6 (ENSPLOG00000019654) #25	PER2 (ENSPLOG00000019234) #26	TRAF3IP1 (ENSPLOG00000019150) #27	ASB1 (ENSPLOG00000019075) #28	TWIST2 (ENSPLOG00000019027) #29	HDAC4 (ENSPLOG00000018983)	NDUFA10 (ENSPLOG00000018943)	ENSPLOG00000018918	COPS9 (ENSPLOG00000018891)	OTOS (ENSPLOG00000018817)	GPC1 (ENSPLOG00000018679)	ENSPLOG00000018623	DUSP28 (ENSPLOG00000018592)	RNPEPL1 (ENSPLOG00000018556)
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Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.p	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.o	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.l.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.l.b.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.l.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.k.b.a.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.k.a.b.a
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000165878	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.p.a.b	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.p.a.a	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.o	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.l.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.l.b.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.l.a.a
Dingo	MODERN SPECIES	304	ASB18 (ENSCAFG00020024438)	IQCA1 (ENSCAFG00020024445)	ACKR3 (ENSCAFG00020024456)	COPS8 (ENSCAFG00020024461)	COL6A3 (ENSCAFG00020024474)	MLPH (ENSCAFG00020024615)	PRLH (ENSCAFG00020024617)	RAB17 (ENSCAFG00020024618)	ENSCAFG00020024621	RBM44 (ENSCAFG00020024622)	RAMP1 (ENSCAFG00020024626)	UBE2F (ENSCAFG00020024628) #18	SCLY (ENSCAFG00020024632) #19	ESPNL (ENSCAFG00020024636) #20	KLHL30 (ENSCAFG00020024638) #21	ERFE (ENSCAFG00020024642) #22	ILKAP (ENSCAFG00020024648) #23	HES6 (ENSCAFG00020024650) #25	PER2 (ENSCAFG00020024652) #26	TRAF3IP1 (ENSCAFG00020024655) #27	ASB1 (ENSCAFG00020024657) #28	TWIST2 (ENSCAFG00020024665) #29	HDAC4 (ENSCAFG00020024669)	ENSCAFG00020024679	ENSCAFG00020024680	NDUFA10 (ENSCAFG00020024683)	ENSCAFG00020024685	ENSCAFG00020024686	ENSCAFG00020024687	ENSCAFG00020024689	ENSCAFG00020024690
Dog	MODERN SPECIES	17	ASB18 (ENSCAFG00845027512)	IQCA1 (ENSCAFG00845027594)	ACKR3 (ENSCAFG00845027671)	COPS8 (ENSCAFG00845027880)	COL6A3 (ENSCAFG00845028105)	MLPH (ENSCAFG00845028517)	PRLH (ENSCAFG00845028761)	RAB17 (ENSCAFG00845028808)	ENSCAFG00845029031	RBM44 (ENSCAFG00845029315)	RAMP1 (ENSCAFG00845029374)	UBE2F (ENSCAFG00845029467) #18	SCLY (ENSCAFG00845029580) #19	ESPNL (ENSCAFG00845029664) #20	KLHL30 (ENSCAFG00845029704) #21	ERFE (ENSCAFG00845029759) #22	ILKAP (ENSCAFG00845029834) #23	HES6 (ENSCAFG00845029909) #25	PER2 (ENSCAFG00845029967) #26	TRAF3IP1 (ENSCAFG00845030064) #27	ASB1 (ENSCAFG00845030187) #28	TWIST2 (ENSCAFG00845030266) #29	HDAC4 (ENSCAFG00845030282)	ENSCAFG00845030323	NDUFA10 (ENSCAFG00845030335)	OR6B2C (ENSCAFG00845030345)	OR6B2D (ENSCAFG00845030356)	ENSCAFG00845030362	OR6B2 (ENSCAFG00845030443)	OR9S22 (ENSCAFG00845030454)	OR9S6 (ENSCAFG00845030469)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970.n #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	21				ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970.n #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Ferret	MODERN SPECIES	173		ENSMPUG00000000068	COL6A3 (ENSMPUG00000000072)	ENSMPUG00000000073	MLPH (ENSMPUG00000000075)	PRLH (ENSMPUG00000000077)	RAB17 (ENSMPUG00000000079)	LRRFIP1 (ENSMPUG00000000081)	RBM44 (ENSMPUG00000000098)	RAMP1 (ENSMPUG00000000099)	UBE2F (ENSMPUG00000000101) #18	SCLY (ENSMPUG00000000111) #19	ENSMPUG00000000114 #20	ENSMPUG00000000115 #20	KLHL30 (ENSMPUG00000000117) #21	ERFE (ENSMPUG00000000118) #22	ILKAP (ENSMPUG00000000119) #23	PER2 (ENSMPUG00000000124) #26	TRAF3IP1 (ENSMPUG00000000125) #27	ASB1 (ENSMPUG00000000126) #28	TWIST2 (ENSMPUG00000019429) #29	HDAC4 (ENSMPUG00000000127)	NDUFA10 (ENSMPUG00000000128)	ENSMPUG00000019430	ENSMPUG00000019431	OTOS (ENSMPUG00000000129)	ENSMPUG00000000130	GPC1 (ENSMPUG00000000131)	ANKMY1 (ENSMPUG00000000132)	ENSMPUG00000000135	DUSP28 (ENSMPUG00000000137)
American mink	MODERN SPECIES	279					COL6A3 (ENSNVIG00000021268)	MLPH (ENSNVIG00000021627)	PRLH (ENSNVIG00000021718)	RAB17 (ENSNVIG00000021725)	ENSNVIG00000021747	RBM44 (ENSNVIG00000021848)	RAMP1 (ENSNVIG00000021877)	UBE2F (ENSNVIG00000021894) #18	SCLY (ENSNVIG00000021952) #19	ESPNL (ENSNVIG00000021978) #20	KLHL30 (ENSNVIG00000022025) #21	ERFE (ENSNVIG00000022034) #22	ILKAP (ENSNVIG00000022046) #23	HES6 (ENSNVIG00000022080) #25	PER2 (ENSNVIG00000022095) #26	TRAF3IP1 (ENSNVIG00000022118) #27	ASB1 (ENSNVIG00000022165) #28	TWIST2 (ENSNVIG00000022176) #29	HDAC4 (ENSNVIG00000022183)	NDUFA10 (ENSNVIG00000022230)	ENSNVIG00000022270	ENSNVIG00000022277
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970.n #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	GBX2 (ENSAMEG00000031021)	IQCA1 (ENSAMEG00000001738)	ACKR3 (ENSAMEG00000019789)	ENSAMEG00000012089	COL6A3 (ENSAMEG00000008251)	MLPH (ENSAMEG00000008402)	PRLH (ENSAMEG00000008444)	RAB17 (ENSAMEG00000025339)	ENSAMEG00000008474	RBM44 (ENSAMEG00000008500)	RAMP1 (ENSAMEG00000030941)	UBE2F (ENSAMEG00000008551) #18	SCLY (ENSAMEG00000008515) #19	ESPNL (ENSAMEG00000014973) #20	KLHL30 (ENSAMEG00000014960) #21	ENSAMEG00000027354 #22	ILKAP (ENSAMEG00000014929) #23	HES6 (ENSAMEG00000019573) #25	PER2 (ENSAMEG00000014831) #26	TRAF3IP1 (ENSAMEG00000014818) #27	ASB1 (ENSAMEG00000024283) #28	TWIST2 (ENSAMEG00000020165) #29	HDAC4 (ENSAMEG00000011278)	NDUFA10 (ENSAMEG00000011222)	ENSAMEG00000030179	ENSAMEG00000020162	ENSAMEG00000030947	OTOS (ENSAMEG00000011215)	GPC1 (ENSAMEG00000011201)	ANKMY1 (ENSAMEG00000016873)	DUSP28 (ENSAMEG00000029651)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Suina	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.db #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Pig	MODERN SPECIES	6	ASB18 (ENSSSCG00000016318)	IQCA1 (ENSSSCG00000016321)	ACKR3 (ENSSSCG00000016322)	COPS8 (ENSSSCG00000016323)	COL6A3 (ENSSSCG00000027331)	MLPH (ENSSSCG00000032849)	ENSSSCG00000036981	RAB17 (ENSSSCG00000016328)	ENSSSCG00000016330	RBM44 (ENSSSCG00000016332)	RAMP1 (ENSSSCG00000016331)	ENSSSCG00000027723 #18	SCLY (ENSSSCG00000016334) #19	ESPNL (ENSSSCG00000016335) #20	KLHL30 (ENSSSCG00000026600) #21	ERFE (ENSSSCG00000016337) #22	ILKAP (ENSSSCG00000016339) #23	HES6 (ENSSSCG00000016342) #25	PER2 (ENSSSCG00000016338) #26	TRAF3IP1 (ENSSSCG00000025228) #27	ASB1 (ENSSSCG00000016340) #28	TWIST2 (ENSSSCG00000016343) #29	HDAC4 (ENSSSCG00000024777)	NDUFA10 (ENSSSCG00000016349)	ENSSSCG00000047509	ENSSSCG00000042539	ENSSSCG00000058667	ENSSSCG00000051581	ENSSSCG00000032540	ENSSSCG00000060545	ENSSSCG00000020714
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	810	IQCA1 (ENSCWAG00000020641)	ACKR3 (ENSCWAG00000020621)	COPS8 (ENSCWAG00000020602)	ENSCWAG00000020585	ENSCWAG00000020458	ENSCWAG00000020424	PRLH (ENSCWAG00000020415)	RAB17 (ENSCWAG00000020392)	ENSCWAG00000020311	RBM44 (ENSCWAG00000020263)	RAMP1 (ENSCWAG00000020241)	UBE2F (ENSCWAG00000020129) #18	SCLY (ENSCWAG00000020097) #19	ESPNL (ENSCWAG00000020087) #20	KLHL30 (ENSCWAG00000020069) #21	ERFE (ENSCWAG00000020053) #22	ILKAP (ENSCWAG00000019955) #23	HES6 (ENSCWAG00000019864) #25	PER2 (ENSCWAG00000019566) #26	TRAF3IP1 (ENSCWAG00000019504) #27	ASB1 (ENSCWAG00000019453) #28	TWIST2 (ENSCWAG00000019439) #29	ENSCWAG00000019388
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00460000041630	ENSGT00940000161528
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000004965.v.b	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076.q.a	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000004965.v.b	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00390000000076.q.a	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000004965.v.b	ENSGT00390000016151	ENSGT00390000000076.q.a	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000159706
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000004965.v.b	ENSGT00390000016151	ENSGT00390000000076.q.a	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000159706
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000004965.v.b	ENSGT00390000016151	ENSGT00390000000076.q.a	ENSGT00390000011600	ENSGT01050000244897.a.a.b	ENSGT00940000161528	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000159706
Narwhal	MODERN SPECIES	302	ACKR3 (ENSMMNG00015008569)	COPS8 (ENSMMNG00015008526)	ENSMMNG00015008502	ENSMMNG00015008476	MLPH (ENSMMNG00015008434)	PRLH (ENSMMNG00015008407)	RAB17 (ENSMMNG00015008387)	ENSMMNG00015008352	RBM44 (ENSMMNG00015008291)	RAMP1 (ENSMMNG00015008271)	ENSMMNG00015008264	UBE2F (ENSMMNG00015008200) #18	SCLY (ENSMMNG00015008111) #19	ESPNL (ENSMMNG00015008073) #20	KLHL30 (ENSMMNG00015008047) #21	ERFE (ENSMMNG00015008020) #22	ILKAP (ENSMMNG00015007959) #23	HES6 (ENSMMNG00015007900) #25	PER2 (ENSMMNG00015007785) #26	TRAF3IP1 (ENSMMNG00015007712) #27	ASB1 (ENSMMNG00015007673) #28	TWIST2 (ENSMMNG00015007655) #29	HDAC4 (ENSMMNG00015007630)	ENSMMNG00015007611	NDUFA10 (ENSMMNG00015007576)	ENSMMNG00015007525	OTOS (ENSMMNG00015007505)	GPC1 (ENSMMNG00015007470)	DUSP28 (ENSMMNG00015007437)	CAPN10 (ENSMMNG00015007389)	GPR35 (ENSMMNG00015007343)
Vaquita	MODERN SPECIES	18	IQCA1 (ENSPSNG00000003287)	ACKR3 (ENSPSNG00000003273)	ENSPSNG00000003245	ENSPSNG00000003210	COL6A3 (ENSPSNG00000002947)	MLPH (ENSPSNG00000002756)	PRLH (ENSPSNG00000002713)	RAB17 (ENSPSNG00000002680)	ENSPSNG00000002631	RBM44 (ENSPSNG00000002552)	RAMP1 (ENSPSNG00000002530)	UBE2F (ENSPSNG00000002452) #18	SCLY (ENSPSNG00000002340) #19	ESPNL (ENSPSNG00000002261) #20	KLHL30 (ENSPSNG00000002209) #21	ERFE (ENSPSNG00000002180) #22	ENSPSNG00000002165	ILKAP (ENSPSNG00000002093) #23	HES6 (ENSPSNG00000002031) #25	PER2 (ENSPSNG00000001979) #26	TRAF3IP1 (ENSPSNG00000001912) #27	ASB1 (ENSPSNG00000001861) #28	TWIST2 (ENSPSNG00000001833) #29	HDAC4 (ENSPSNG00000001781)	ENSPSNG00000001756	NDUFA10 (ENSPSNG00000001683)	ENSPSNG00000001644	OTOS (ENSPSNG00000001625)	GPC1 (ENSPSNG00000001591)	DUSP28 (ENSPSNG00000001557)	RNPEPL1 (ENSPSNG00000001525)
Dolphin	MODERN SPECIES	6397													SCLY (ENSTTRG00000010084) #19	ESPNL (ENSTTRG00000010086) #20	KLHL30 (ENSTTRG00000010087) #21	ENSTTRG00000010088 #22	ILKAP (ENSTTRG00000010089) #23
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	ACKR3 (ENSPCTG00005022020)	ENSPCTG00005022024	COPS8 (ENSPCTG00005022033)	ENSPCTG00005022048	ENSPCTG00005022060	ENSPCTG00005022077	PRLH (ENSPCTG00005008504)	RAB17 (ENSPCTG00005008547)	LRRFIP1 (ENSPCTG00005008610)	RBM44 (ENSPCTG00005008672)	RAMP1 (ENSPCTG00005008839)	UBE2F (ENSPCTG00005008897) #18	SCLY (ENSPCTG00005009247) #19	ESPNL (ENSPCTG00005009550) #20	KLHL30 (ENSPCTG00005009750) #21	ERFE (ENSPCTG00005009857) #22	ILKAP (ENSPCTG00005009953) #23	HES6 (ENSPCTG00005010074) #25	PER2 (ENSPCTG00005010248) #26	TRAF3IP1 (ENSPCTG00005010957) #27	ASB1 (ENSPCTG00005011108) #28	TWIST2 (ENSPCTG00005011216) #29	HDAC4 (ENSPCTG00005011238)	ENSPCTG00005011293	ENSPCTG00005011310	NDUFA10 (ENSPCTG00005011322)	ENSPCTG00005011361	COPS9 (ENSPCTG00005011407)	OTOS (ENSPCTG00005011437)	GPC1 (ENSPCTG00005011503)	CAPN10 (ENSPCTG00005011556)
Blue whale	MODERN SPECIES	18	IQCA1 (ENSBMSG00010002286)	ACKR3 (ENSBMSG00010002301)	ENSBMSG00010002318	COL6A3 (ENSBMSG00010002357)	MLPH (ENSBMSG00010002426)	PRLH (ENSBMSG00010002502)	RAB17 (ENSBMSG00010002510)	ENSBMSG00010002545	RBM44 (ENSBMSG00010002605)	RAMP1 (ENSBMSG00010002628)	ENSBMSG00010002640	UBE2F (ENSBMSG00010002678) #18	SCLY (ENSBMSG00010002795) #19	ESPNL (ENSBMSG00010002806) #20	KLHL30 (ENSBMSG00010002814) #21	ERFE (ENSBMSG00010002824) #22	ILKAP (ENSBMSG00010002845) #23	HES6 (ENSBMSG00010002884) #25	PER2 (ENSBMSG00010002946) #26	TRAF3IP1 (ENSBMSG00010002993) #27	ASB1 (ENSBMSG00010003016) #28	TWIST2 (ENSBMSG00010003037) #29	HDAC4 (ENSBMSG00010003049)	ENSBMSG00010003060	ENSBMSG00010003068	NDUFA10 (ENSBMSG00010003080)	ENSBMSG00010003093	OTOS (ENSBMSG00010003101)	GPC1 (ENSBMSG00010003110)	DUSP28 (ENSBMSG00010003124)	RNPEPL1 (ENSBMSG00010003134)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00960000190821	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.b	ENSGT00390000000076	ENSGT00390000011600
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00960000190821	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.i	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.j	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.b.a.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.a.f.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.a.f.a
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		GBX2 (ENSOARG00020004399)	ASB18 (ENSOARG00020004373)	IQCA1 (ENSOARG00020004312)	ACKR3 (ENSOARG00020004297)	COPS8 (ENSOARG00020004238)	COL6A3 (ENSOARG00020002421)	MLPH (ENSOARG00020002225)	PRLH (ENSOARG00020002190)	RAB17 (ENSOARG00020002174)	ENSOARG00020002080	RBM44 (ENSOARG00020001964)	RAMP1 (ENSOARG00020001939)	UBE2F (ENSOARG00020001897) #18	SCLY (ENSOARG00020001794) #19	KLHL30 (ENSOARG00020001740) #21	ERFE (ENSOARG00020001730) #22	ILKAP (ENSOARG00020001689) #23	ENSOARG00020001664	HES6 (ENSOARG00020001631) #25	PER2 (ENSOARG00020001611) #26	ENSOARG00020001597 #26	TRAF3IP1 (ENSOARG00020001517) #27	ASB1 (ENSOARG00020001480) #28	TWIST2 (ENSOARG00020001470) #29	HDAC4 (ENSOARG00020001352)	ENSOARG00020001326	NDUFA10 (ENSOARG00020001299)	ENSOARG00020001283	ENSOARG00020001276	ENSOARG00020001271	ENSOARG00020001260
Goat	MODERN SPECIES	22	IQCA1 (ENSCHIG00000005472)	ACKR3 (ENSCHIG00000002856)	ENSCHIG00000004774	COPS8 (ENSCHIG00000026994)	COL6A3 (ENSCHIG00000018312)	MLPH (ENSCHIG00000013604)	PRLH (ENSCHIG00000003316)	RAB17 (ENSCHIG00000016171)	LRRFIP1 (ENSCHIG00000006587)	RBM44 (ENSCHIG00000004353)	RAMP1 (ENSCHIG00000016318)	ENSCHIG00000024862 #18	SCLY (ENSCHIG00000014872) #19	ESPNL (ENSCHIG00000020105) #20	KLHL30 (ENSCHIG00000023109) #21	ERFE (ENSCHIG00000017699) #22	ILKAP (ENSCHIG00000025045) #23	HES6 (ENSCHIG00000016095) #25	PER2 (ENSCHIG00000023568) #26	TRAF3IP1 (ENSCHIG00000013317) #27	ASB1 (ENSCHIG00000010488) #28	TWIST2 (ENSCHIG00000007920) #29	HDAC4 (ENSCHIG00000018437)	NDUFA10 (ENSCHIG00000014541)	ENSCHIG00000000790	ENSCHIG00000010269	ENSCHIG00000010598	ENSCHIG00000014668	ENSCHIG00000021888	ENSCHIG00000006733	ENSCHIG00000016935
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00960000190821	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.h	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.g	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.b	ENSGT00390000000076
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.y.a	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00960000190821	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.h	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.g	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.b.a.a.d
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	65						ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00960000190821	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.h	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.a
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	ACKR3 (ENSBGRG00000017157)	ENSBGRG00000017207	ENSBGRG00000017439	ENSBGRG00000019627	MLPH (ENSBGRG00000019683)	PRLH (ENSBGRG00000020092)	ENSBGRG00000020161	ENSBGRG00000020176	ENSBGRG00000020281	RBM44 (ENSBGRG00000020637)	RAMP1 (ENSBGRG00000020808)	UBE2F (ENSBGRG00000020871) #18	SCLY (ENSBGRG00000021145) #19	ESPNL (ENSBGRG00000021383) #20	KLHL30 (ENSBGRG00000021415) #21	ERFE (ENSBGRG00000021447) #22	ILKAP (ENSBGRG00000021524) #23	ENSBGRG00000021819 #25	ENSBGRG00000021974 #25	PER2 (ENSBGRG00000022027) #26	TRAF3IP1 (ENSBGRG00000022082) #27	ASB1 (ENSBGRG00000022378) #28	TWIST2 (ENSBGRG00000022426) #29	HDAC4 (ENSBGRG00000022459)	ENSBGRG00000022785	ENSBGRG00000022798	NDUFA10 (ENSBGRG00000022816)	ENSBGRG00000022903	ENSBGRG00000022979	ENSBGRG00000022991	ENSBGRG00000023078
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.y.a	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000013067.a.b	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440	ENSGT00960000190821	ENSGT00390000016151	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.h	ENSGT01090000260045.C.e.a.a.a.b.b.b.b.b.g	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.b	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.a.c	ENSGT01100000263494.a.a.a.a.b.a.e.b.a.a.b.a.b.a.a.c
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	ACKR3 (ENSBIXG00005003805)	ENSBIXG00005022302	ENSBIXG00005022233	ENSBIXG00005022201	ENSBIXG00005006159	MLPH (ENSBIXG00005022128)	PRLH (ENSBIXG00005022051)	RAB17 (ENSBIXG00005022036)	ENSBIXG00005021969	RBM44 (ENSBIXG00005021762)	RAMP1 (ENSBIXG00005007162)	UBE2F (ENSBIXG00005021630) #18	SCLY (ENSBIXG00005021404) #19	ESPNL (ENSBIXG00005021293) #20	KLHL30 (ENSBIXG00005003593) #21	ERFE (ENSBIXG00005006043) #22	ILKAP (ENSBIXG00005003585) #23	HES6 (ENSBIXG00005003568) #25	PER2 (ENSBIXG00005007066) #26	ENSBIXG00005020975	TRAF3IP1 (ENSBIXG00005020940) #27	ASB1 (ENSBIXG00005020845) #28	TWIST2 (ENSBIXG00005003514) #29	HDAC4 (ENSBIXG00005003500)	ENSBIXG00005020631	ENSBIXG00005020590	ENSBIXG00005020492	ENSBIXG00005020484	ENSBIXG00005020472	ENSBIXG00005020454	ENSBIXG00005020444
Cow	MODERN SPECIES	22	IQCA1 (ENSBTAG00000013505)	ACKR3 (ENSBTAG00000018424)	COPS8 (ENSBTAG00000005854)	COL6A3 (ENSBTAG00000030190)	ENSBTAG00000001538	MLPH (ENSBTAG00000000634)	PRLH (ENSBTAG00000017615)	RAB17 (ENSBTAG00000017624)	LRRFIP1 (ENSBTAG00000005354)	RBM44 (ENSBTAG00000010676)	RAMP1 (ENSBTAG00000011534)	UBE2F (ENSBTAG00000026114) #18	SCLY (ENSBTAG00000017826) #19	ESPNL (ENSBTAG00000010164) #20	KLHL30 (ENSBTAG00000053361) #21	ERFE (ENSBTAG00000030208) #22	ILKAP (ENSBTAG00000010176) #23	HES6 (ENSBTAG00000054800) #25	PER2 (ENSBTAG00000001879) #26	TRAF3IP1 (ENSBTAG00000015973) #27	ASB1 (ENSBTAG00000003376) #28	TWIST2 (ENSBTAG00000021444) #29	HDAC4 (ENSBTAG00000017764)	ENSBTAG00000052181	NDUFA10 (ENSBTAG00000003279)	OR6B2 (ENSBTAG00000040084)	OR6B3 (ENSBTAG00000003281)	OR9S41 (ENSBTAG00000050702)	OR9S3 (ENSBTAG00000051922)	OR9S29 (ENSBTAG00000048978)	OR9S33 (ENSBTAG00000055173)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	5	IQCA1 (ENSMMSG00000000227)	ACKR3 (ENSMMSG00000000451)	COPS8 (ENSMMSG00000000478)	COL6A3 (ENSMMSG00000001012)	MLPH (ENSMMSG00000006245)	PRLH (ENSMMSG00000006295)	RAB17 (ENSMMSG00000006318)	LRRFIP1 (ENSMMSG00000006361)	ENSMMSG00000006395	RBM44 (ENSMMSG00000006434)	RAMP1 (ENSMMSG00000006556)	UBE2F (ENSMMSG00000006608) #18	SCLY (ENSMMSG00000006806) #19	ESPNL (ENSMMSG00000006961) #20	KLHL30 (ENSMMSG00000007018) #21	ERFE (ENSMMSG00000007061) #22	ILKAP (ENSMMSG00000007129) #23	ENSMMSG00000007269	HES6 (ENSMMSG00000007292) #25	PER2 (ENSMMSG00000007392) #26	TRAF3IP1 (ENSMMSG00000007444) #27	ASB1 (ENSMMSG00000007615) #28
Yarkand deer	MODERN SPECIES	871																ENSCHYG00000019461 #22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	74	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	979																ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28
Armadillo	MODERN SPECIES	2230																ENSDNOG00000038708 #22	ILKAP (ENSDNOG00000015155) #23	PER2 (ENSDNOG00000044759) #26	TRAF3IP1 (ENSDNOG00000046413) #27	ASB1 (ENSDNOG00000004569) #28	ENSDNOG00000048476
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349 #18	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000161398 #25	ENSGT00940000156342 #26	ENSGT00720000108822 #27	ENSGT00940000153969.b #28	ENSGT00940000161996 #29	ENSGT00940000157440
Elephant	MODERN SPECIES	450	IQCA1 (ENSLAFG00000017002)	ACKR3 (ENSLAFG00000003100)	COPS8 (ENSLAFG00000008617)	COL6A3 (ENSLAFG00000013476)	MLPH (ENSLAFG00000016172)	PRLH (ENSLAFG00000021604)	RAB17 (ENSLAFG00000017466)	LRRFIP1 (ENSLAFG00000015782)	RBM44 (ENSLAFG00000004044)	ENSLAFG00000006470	UBE2F (ENSLAFG00000014184) #18	SCLY (ENSLAFG00000012853) #19	ENSLAFG00000027257	ESPNL (ENSLAFG00000018304) #20	KLHL30 (ENSLAFG00000028794) #21	ERFE (ENSLAFG00000010988) #22	ILKAP (ENSLAFG00000010990) #23	PER2 (ENSLAFG00000010995) #26	TRAF3IP1 (ENSLAFG00000003375) #27	ASB1 (ENSLAFG00000000413) #28	TWIST2 (ENSLAFG00000032174) #29	HDAC4 (ENSLAFG00000010952)
Hyrax	MODERN SPECIES	8119																ENSPCAG00000011781 #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160283	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00950000182897.B.a.a	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00950000182930.B	ENSGT00950000182930.A.a	ENSGT00950000182930.A.b	ENSGT00950000182930.C	ENSGT00940000159865	ENSGT00390000003197.g	ENSGT00390000001143	ENSGT00950000183090.C	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Opossum	MODERN SPECIES	6	MBNL1 (ENSMODG00000015838)	ENSMODG00000015864	ENSMODG00000015841	ENSMODG00000015868	ENSMODG00000029682	ENSMODG00000015877	ENSMODG00000051369	ENSMODG00000015886	SENP5 (ENSMODG00000015905)	ENSMODG00000015908	NCBP2AS2 (ENSMODG00000038453)	ENSMODG00000015909	SCLY (ENSMODG00000015913) #19	ESPNL (ENSMODG00000015925) #20	KLHL30 (ENSMODG00000015931) #21	ENSMODG00000015921 #22	ILKAP (ENSMODG00000046111) #23	KIF1A (ENSMODG00000015963)	ENSMODG00000015969	AGXT (ENSMODG00000015973)	MAB21L4 (ENSMODG00000015975)	ENSMODG00000015983	SNED1 (ENSMODG00000015995)	ENSMODG00000016002	PPP1R7 (ENSMODG00000045245)	ENSMODG00000016020	HDLBP (ENSMODG00000016033)	SEPTIN2 (ENSMODG00000016041)	FARP2 (ENSMODG00000016044)	BOK (ENSMODG00000016075)	ENSMODG00000016079
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00950000182897.B.a.a	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00940000155975	ENSGT00950000182930.B	ENSGT00950000182930.A.a	ENSGT00950000182930.A.b	ENSGT00950000182930.C	ENSGT00940000159865	ENSGT00390000003197.g	ENSGT00390000001143	ENSGT00950000183090.C	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	ENSSHAG00000001815	ENSSHAG00000003664	ENSSHAG00000004328	ENSSHAG00000026129	ENSSHAG00000027914	ENSSHAG00000029302	ENSSHAG00000004940	ENSSHAG00000001455	ENSSHAG00000028390	ENSSHAG00000021006	ENSSHAG00000030111	ENSSHAG00000023251	ENSSHAG00000005094 #19	ESPNL (ENSSHAG00000005471) #20	KLHL30 (ENSSHAG00000006164) #21	ENSSHAG00000006521 #22	ENSSHAG00000006641 #23	ENSSHAG00000007108	ENSSHAG00000009084	AGXT (ENSSHAG00000022859)	MAB21L4 (ENSSHAG00000009675)	ENSSHAG00000010228	SNED1 (ENSSHAG00000011201)	ENSSHAG00000011570	PPP1R7 (ENSSHAG00000011977)	ANO7 (ENSSHAG00000012152)	HDLBP (ENSSHAG00000012422)	SEPTIN2 (ENSSHAG00000012877)	FARP2 (ENSSHAG00000013204)	STK25 (ENSSHAG00000013625)	BOK (ENSSHAG00000021893)
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00950000182897.B.a.a	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00940000155975	ENSGT00950000182930.B	ENSGT00950000182930.A.a	ENSGT00950000182930.A.b	ENSGT00950000182930.C	ENSGT00940000159865	ENSGT00390000003197.g	ENSGT00390000001143	ENSGT00950000183090.C	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234621.B	ENSGT00950000182897.B.a.a	ENSGT01030000234621.A	ENSGT00940000155975	ENSGT00950000182930.B	ENSGT00950000182930.A.a	ENSGT00950000182930.A.b	ENSGT00950000182930.C	ENSGT00940000159865	ENSGT00390000003197.g	ENSGT00390000001143	ENSGT00950000183090.C	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000158551.k.b	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B
koala	MODERN SPECIES	33	MBNL1 (ENSPCIG00000019478)	SUCNR1 (ENSPCIG00000005188)	ENSPCIG00000005183	ENSPCIG00000033990	ENSPCIG00000010050	AHSG (ENSPCIG00000010049)	ENSPCIG00000005171	ENSPCIG00000005139	ENSPCIG00000032398	ENSPCIG00000005127	NCBP2AS2 (ENSPCIG00000005123)	ENSPCIG00000035592	SCLY (ENSPCIG00000005104) #19	ESPNL (ENSPCIG00000005096) #20	KLHL30 (ENSPCIG00000005086) #21	ENSPCIG00000005081 #22	ILKAP (ENSPCIG00000005072) #23	KIF1A (ENSPCIG00000027418)	ENSPCIG00000027358	AGXT (ENSPCIG00000027356)	MAB21L4 (ENSPCIG00000027355)	ENSPCIG00000027354	SNED1 (ENSPCIG00000015443)	ENSPCIG00000015434	ENSPCIG00000015415	PPP1R7 (ENSPCIG00000015402)	HDLBP (ENSPCIG00000015375)	SEPTIN2 (ENSPCIG00000005866)	FARP2 (ENSPCIG00000005873)	STK25 (ENSPCIG00000005881)	BOK (ENSPCIG00000016583)
Common wonbat	MODERN SPECIES	1046	P2RY1 (ENSVURG00010017360)	MBNL1 (ENSVURG00010017405)	SUCNR1 (ENSVURG00010017482)	AADAC (ENSVURG00010017488)	ENSVURG00010017495	ENSVURG00010017506	ENSVURG00010017518	AHSG (ENSVURG00010017527)	SENP5 (ENSVURG00010017534)	ENSVURG00010017540	NCBP2AS2 (ENSVURG00010017550)	PIGZ (ENSVURG00010017558)	SCLY (ENSVURG00010017568) #19	ESPNL (ENSVURG00010017580) #20	KLHL30 (ENSVURG00010017590) #21	ENSVURG00010017603 #22	ILKAP (ENSVURG00010017625) #23	KIF1A (ENSVURG00010017840)	ENSVURG00010020914	AGXT (ENSVURG00010020921)	MAB21L4 (ENSVURG00010020924)	SNED1 (ENSVURG00010020936)	ENSVURG00010021080	ENSVURG00010021082	PPP1R7 (ENSVURG00010021089)	HDLBP (ENSVURG00010021098)	SEPTIN2 (ENSVURG00010021113)	FARP2 (ENSVURG00010021133)	ENSVURG00010021155	ENSVURG00010021157	STK25 (ENSVURG00010021165)
Wallaby	MODERN SPECIES	8618																ENSMEUG00000013180 #22	ILKAP (ENSMEUG00000013184) #23
Platypus	MODERN SPECIES	18	ENSOANG00000039296	ENSOANG00000044087	TSPEAR (ENSOANG00000015571)	LRRC3 (ENSOANG00000015573)	TRPM2 (ENSOANG00000015574)	CFAP410 (ENSOANG00000015576)	ENSOANG00000045904	ENSOANG00000015577	ENSOANG00000036914	ENSOANG00000051084	ENSOANG00000015583	ENSOANG00000029061	SCLY (ENSOANG00000015586) #19	ESPNL (ENSOANG00000015589) #20	KLHL30 (ENSOANG00000015592) #21	ENSOANG00000015594 #22	ILKAP (ENSOANG00000015598) #23	KIF1A (ENSOANG00000015601)	ENSOANG00000015605	AGXT (ENSOANG00000015606)	MAB21L4 (ENSOANG00000015607)	ENSOANG00000015608	SNED1 (ENSOANG00000015610)	ENSOANG00000037263	ENSOANG00000015612	PPP1R7 (ENSOANG00000011761)	ANO7 (ENSOANG00000011760)	HDLBP (ENSOANG00000011759)	SEPTIN2 (ENSOANG00000011758)	FARP2 (ENSOANG00000011757)	STK25 (ENSOANG00000011756)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159041	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	37											ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000016992	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a	ENSGT00550000075160	ENSGT00510000047733	ENSGT00390000017860.a.a	ENSGT00940000158229	ENSGT00940000157209.ib.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730.g	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00510000047092	ENSGT00390000016992	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a	ENSGT00550000075160	ENSGT00510000047733	ENSGT00390000017860.a.a	ENSGT00940000158229	ENSGT00940000157209.ib.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730.g	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	23	ENSGEVG00005008721	ENSGEVG00005008709	TMLHE (ENSGEVG00005008683)	SPRY3 (ENSGEVG00005008669)	ENSGEVG00005008655	ENSGEVG00005008627	POLR1D (ENSGEVG00005008613)	VAMP7 (ENSGEVG00005008594)	ENSGEVG00005008577	NSDHL (ENSGEVG00005008557)	ENSGEVG00005008542	AIRE (ENSGEVG00005008497)	ENSGEVG00005008480	SCLY (ENSGEVG00005008457) #19	KLHL30 (ENSGEVG00005008418) #21	ERFE (ENSGEVG00005008392) #22	ILKAP (ENSGEVG00005008357) #23	KIF1A (ENSGEVG00005005726)	AGXT (ENSGEVG00005005094)	MAB21L4 (ENSGEVG00005005052)	ENSGEVG00005004992	ENSGEVG00005004974	SNED1 (ENSGEVG00005004926)	MTERF4 (ENSGEVG00005004909)	PASK (ENSGEVG00005004788)	ENSGEVG00005004738	ENSGEVG00005004686	ANO7 (ENSGEVG00005004568)	HDLBP (ENSGEVG00005004373)	SEPTIN2 (ENSGEVG00005004304)	FARP2 (ENSGEVG00005004190)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2580									NSDHL (ENSCABG00000015325)	ENSCABG00000015329	AIRE (ENSCABG00000015332)	ENSCABG00000015336	SCLY (ENSCABG00000015340) #19	ENSCABG00000015348 #21	ENSCABG00000015353 #21	ERFE (ENSCABG00000015357) #22	ILKAP (ENSCABG00000015367) #23	ENSCABG00000015373	KIF1A (ENSCABG00000015374)	AGXT (ENSCABG00000015384)	CROCC2 (ENSCABG00000015391)	ENSCABG00000015396	SNED1 (ENSCABG00000015398)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	3						ENSGT01100000263512.a.a.a.a	ENSGT00550000075160	ENSGT00510000047733	ENSGT00390000017860.a.a	ENSGT00940000158229	ENSGT00940000157209.ib.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730.g	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B
painted turtle	MODERN SPECIES	975														ESPNL (ENSCPBG00000000352) #20	KLHL30 (ENSCPBG00000014472) #21	ERFE (ENSCPBG00000014471) #22	ILKAP (ENSCPBG00000014470) #23	ENSCPBG00000014468	ENSCPBG00000014465	ENSCPBG00000014456	AGXT (ENSCPBG00000014445)	MAB21L4 (ENSCPBG00000014443)	SNED1 (ENSCPBG00000014402)	MTERF4 (ENSCPBG00000014396)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	281						ENSTMTG00000010585	POLR1D (ENSTMTG00000010557)	VAMP7 (ENSTMTG00000010533)	ENSTMTG00000010497	NSDHL (ENSTMTG00000010471)	ENSTMTG00000010457	AIRE (ENSTMTG00000010418)	ENSTMTG00000010402	SCLY (ENSTMTG00000010329) #19	KLHL30 (ENSTMTG00000010249) #21	ERFE (ENSTMTG00000010209) #22	ILKAP (ENSTMTG00000010168) #23	KIF1A (ENSTMTG00000009870)	ENSTMTG00000009720	AGXT (ENSTMTG00000009668)	ENSTMTG00000009604
Chinese turtle	MODERN SPECIES	619																ERFE (ENSPSIG00000012368) #22	ILKAP (ENSPSIG00000011889) #23	KIF1A (ENSPSIG00000014197)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	48														ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162689	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B
Aves	ANCESTRAL SPECIES	49														ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	9														ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	11														ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154345.b	ENSGT01030000235073	ENSGT00530000063529.C	ENSGT00940000160622	ENSGT00390000005140.b.b	ENSGT00390000013989.a	ENSGT00950000183071.a.a.b	ENSGT00390000004600.b.a	ENSGT00440000037733	ENSGT00390000010397.b	ENSGT00390000004912	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00390000003354	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768
Great tit	MODERN SPECIES	29	KLHL6 (ENSPMJG00000016474)	ENSPMJG00000016473	AMER3 (ENSPMJG00000016472)	ENSPMJG00000016471	FAM168B (ENSPMJG00000016470)	PLEKHB2 (ENSPMJG00000016469)	HS6ST1 (ENSPMJG00000016462)	UGGT1 (ENSPMJG00000016461)	SAP130 (ENSPMJG00000016460)	AMMECR1L (ENSPMJG00000016459)	POLR2D (ENSPMJG00000016458)	WDR33 (ENSPMJG00000016457)	SFT2D3 (ENSPMJG00000016456)	FBXL12 (ENSPMJG00000016455)	KLHL30 (ENSPMJG00000016454) #21	ERFE (ENSPMJG00000016453) #22	ILKAP (ENSPMJG00000016452) #23	KIF1A (ENSPMJG00000013500)	AGXT (ENSPMJG00000013498)	MAB21L4 (ENSPMJG00000013497)	SNED1 (ENSPMJG00000013496)	MTERF4 (ENSPMJG00000013495)	PASK (ENSPMJG00000013404)	ENSPMJG00000013402	HDLBP (ENSPMJG00000013399)	SEPTIN2 (ENSPMJG00000013398)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154345.b	ENSGT01030000235073	ENSGT00530000063529.C	ENSGT00940000160622	ENSGT00390000005140.b.b	ENSGT00390000013989.a	ENSGT00950000183071.a.a.b	ENSGT00390000004600.b.a	ENSGT00440000037733	ENSGT00390000010397.b	ENSGT00390000004912	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00390000003354	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768
Flycatcher	MODERN SPECIES	28	AMER3 (ENSFALG00000014529)	ENSFALG00000003578	ENSFALG00000029034	ENSFALG00000003567	PLEKHB2 (ENSFALG00000003553)	ENSFALG00000025300	HS6ST1 (ENSFALG00000003549)	UGGT1 (ENSFALG00000003547)	SAP130 (ENSFALG00000003540)	AMMECR1L (ENSFALG00000023311)	POLR2D (ENSFALG00000025436)	ENSFALG00000003521	WDR33 (ENSFALG00000003514)	ENSFALG00000027382	KLHL30 (ENSFALG00000003506) #21	ENSFALG00000003502 #22	ILKAP (ENSFALG00000003498) #23	KIF1A (ENSFALG00000003491)	ENSFALG00000003487	MAB21L4 (ENSFALG00000003484)	SNED1 (ENSFALG00000003468)	ENSFALG00000003450	ENSFALG00000003439	HDLBP (ENSFALG00000003437)	SEPTIN2 (ENSFALG00000003429)	FARP2 (ENSFALG00000003423)	STK25 (ENSFALG00000003418)	BOK (ENSFALG00000003408)	ENSFALG00000029014	ENSFALG00000003383	ENSFALG00000003364
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154345.b	ENSGT01030000235073	ENSGT00530000063529.C	ENSGT00940000160622	ENSGT00390000005140.b.b	ENSGT00390000013989.a	ENSGT00950000183071.a.a.b	ENSGT00390000004600.b.a	ENSGT00440000037733	ENSGT00390000010397.b	ENSGT00390000004912	ENSGT00730000111130	ENSGT00390000018525.b	ENSGT00390000003354	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768
Medium ground finch	MODERN SPECIES	83			RBP2 (ENSGFOG00000014312)	RBP1 (ENSGFOG00000014310)	NMNAT3 (ENSGFOG00000014307)	ENSGFOG00000014305	CLSTN2 (ENSGFOG00000014303)	UGGT1 (ENSGFOG00000014196)	SAP130 (ENSGFOG00000014183)	AMMECR1L (ENSGFOG00000014182)	POLR2D (ENSGFOG00000014181)	ENSGFOG00000014178	ENSGFOG00000014176	FBXL12 (ENSGFOG00000014174)	KLHL30 (ENSGFOG00000014171) #21	ERFE (ENSGFOG00000014168) #22	ILKAP (ENSGFOG00000014165) #23	KIF1A (ENSGFOG00000001286)	AGXT (ENSGFOG00000000240)	MAB21L4 (ENSGFOG00000000231)	SNED1 (ENSGFOG00000000128)	PASK (ENSGFOG00000000087)	ENSGFOG00000000076	HDLBP (ENSGFOG00000000071)	SEPTIN2 (ENSGFOG00000000062)	FARP2 (ENSGFOG00000000057)	STK25 (ENSGFOG00000000044)	BOK (ENSGFOG00000014160)	ETV5 (ENSGFOG00000014156)	DGKG (ENSGFOG00000014148)	ENSGFOG00000014145
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160749.b	ENSGT00940000160342	ENSGT00470000042284	ENSGT00940000155792	ENSGT00390000001159	ENSGT00940000159292	ENSGT00390000018807	ENSGT00950000183009	ENSGT00940000154913	ENSGT00940000154951	ENSGT00940000156577	ENSGT00940000155119	ENSGT01080000257336.a.c.b	ENSGT00940000156055	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768
Zebra finch	MODERN SPECIES	31	TBCCD1 (ENSTGUG00000006809)	DNAJB11 (ENSTGUG00000006786)	ENSTGUG00000020024	PFKL (ENSTGUG00000006775)	CFAP410 (ENSTGUG00000006764)	TRA2B (ENSTGUG00000021771)	IGF2BP2 (ENSTGUG00000006719)	ENSTGUG00000006704	AMOTL2 (ENSTGUG00000006684)	RYK (ENSTGUG00000022381)	SLCO2A1 (ENSTGUG00000006636)	ENSTGUG00000006615	LTF (ENSTGUG00000006576)	ENSTGUG00000022189	KLHL30 (ENSTGUG00000006568) #21	ENSTGUG00000018380 #22	ILKAP (ENSTGUG00000006550) #23	KIF1A (ENSTGUG00000006326)	AGXT (ENSTGUG00000006313)	MAB21L4 (ENSTGUG00000006305)	SNED1 (ENSTGUG00000006290)	MTERF4 (ENSTGUG00000029144)	PASK (ENSTGUG00000006279)	PPP1R7 (ENSTGUG00000006266)	HDLBP (ENSTGUG00000006189)	SEPTIN2 (ENSTGUG00000006160)	FARP2 (ENSTGUG00000006134)	STK25 (ENSTGUG00000006107)	BOK (ENSTGUG00000006098)	ETV5 (ENSTGUG00000006059)	DGKG (ENSTGUG00000006053)
Common canary	MODERN SPECIES	10	CRYGS (ENSSCAG00000005583)	TBCCD1 (ENSSCAG00000005589)	DNAJB11 (ENSSCAG00000005593)	ENSSCAG00000005598	PFKL (ENSSCAG00000005608)	CFAP410 (ENSSCAG00000005627)	TRA2B (ENSSCAG00000005631)	IGF2BP2 (ENSSCAG00000005656)	SENP2 (ENSSCAG00000005795)	AMOTL2 (ENSSCAG00000005798)	RYK (ENSSCAG00000005812)	SLCO2A1 (ENSSCAG00000005856)	ENSSCAG00000005863	LTF (ENSSCAG00000005869)	KLHL30 (ENSSCAG00000005884) #21	ENSSCAG00000005892 #22	ILKAP (ENSSCAG00000005899) #23	KIF1A (ENSSCAG00000006156)	AGXT (ENSSCAG00000007674)	MAB21L4 (ENSSCAG00000007684)	SNED1 (ENSSCAG00000007705)	PASK (ENSSCAG00000007795)	ENSSCAG00000007856	HDLBP (ENSSCAG00000007865)	SEPTIN2 (ENSSCAG00000007874)	FARP2 (ENSSCAG00000007894)	STK25 (ENSSCAG00000007924)	BOK (ENSSCAG00000007927)	ETV5 (ENSSCAG00000007931)	DGKG (ENSSCAG00000007938)	ENSSCAG00000007943
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	13														ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT00940000153241.B	ENSGT01050000244976.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B	ENSGT00940000160680	ENSGT00940000156768
Golden eagle	MODERN SPECIES	1	STX1A (ENSACCG00020008385)	BUD23 (ENSACCG00020008370)	DNAJC30 (ENSACCG00020008353)	VPS37D (ENSACCG00020008341)	ENSACCG00020008331	ENSACCG00020008320	SART1 (ENSACCG00020008298)	TRMT112 (ENSACCG00020008254)	BANF1 (ENSACCG00020008237)	ENSACCG00020008208	ENSACCG00020008183	ENSACCG00020008173	ENSACCG00020008167	ENSACCG00020008155	KLHL30 (ENSACCG00020008142) #21	ERFE (ENSACCG00020008132) #22	ILKAP (ENSACCG00020008125) #23	KIF1A (ENSACCG00020006922)	AGXT (ENSACCG00020006731)	MAB21L4 (ENSACCG00020006709)	SNED1 (ENSACCG00020006638)	MTERF4 (ENSACCG00020006578)	PASK (ENSACCG00020006533)	ENSACCG00020006487	HDLBP (ENSACCG00020006434)	SEPTIN2 (ENSACCG00020006400)	FARP2 (ENSACCG00020006362)	STK25 (ENSACCG00020006340)	BOK (ENSACCG00020006323)	ETV5 (ENSACCG00020006267)	DGKG (ENSACCG00020006205)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159041	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00390000003033
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159041	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00990000211696	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00390000003033	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000010672	ENSGT00390000006618	ENSGT00940000157516
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159041	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00990000211696	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00390000003033	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000010672	ENSGT00390000006618	ENSGT00940000157516
Lizard	MODERN SPECIES	2	INPP5D (ENSACAG00000006121)	ENSACAG00000040068	ENSACAG00000040434	ENSACAG00000006218	SNORC (ENSACAG00000006295)	ENSACAG00000006300	ENSACAG00000040148	KCNJ13 (ENSACAG00000006439)	ENSACAG00000034770	EFHD1 (ENSACAG00000006450)	ENSACAG00000024982	ENSACAG00000006480	SCLY (ENSACAG00000006483) #19	ESPNL (ENSACAG00000006519) #20	KLHL30 (ENSACAG00000006547) #21	ERFE (ENSACAG00000006562) #22	ILKAP (ENSACAG00000006573) #23	ENSACAG00000006614	ENSACAG00000029459	ENSACAG00000007119	ENSACAG00000038377	ENSACAG00000036852	ENSACAG00000007173	ENSACAG00000007261	ENSACAG00000044860	ENSACAG00000007355	ENSACAG00000007593	ENSACAG00000007713	VPS8 (ENSACAG00000007715)	C3orf70 (ENSACAG00000034562)	ENSACAG00000043530
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000159041	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00990000211696	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000235249	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00390000003033	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000010672	ENSGT00390000006618	ENSGT00940000157516
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000165072	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000159041.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00990000211696	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000235249	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00390000003033	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000010672	ENSGT00390000006618	ENSGT00940000157516
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000165072	ENSGT00940000154505.B	ENSGT00940000159041.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00990000211696	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000235249	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00390000003033	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000010672	ENSGT00390000006618	ENSGT00940000157516
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES		PROC (ENSNSUG00000012015)	DGKD (ENSNSUG00000012016)	SAG (ENSNSUG00000012017)	ENSNSUG00000012018	ATG16L1 (ENSNSUG00000012019)	INPP5D (ENSNSUG00000012499)	NGEF (ENSNSUG00000012548)	SNORC (ENSNSUG00000012662)	GIGYF2 (ENSNSUG00000012663)	KCNJ13 (ENSNSUG00000012964)	EFHD1 (ENSNSUG00000012965)	ENSNSUG00000012966	SCLY (ENSNSUG00000012967) #19	ENSNSUG00000012968 #21	ENSNSUG00000012969 #21	ERFE (ENSNSUG00000012970) #22	ILKAP (ENSNSUG00000012971) #23	ENSNSUG00000013005	KIF1A (ENSNSUG00000013006)	AGXT (ENSNSUG00000013007)	ENSNSUG00000013008	ENSNSUG00000013009	PPP2R3A (ENSNSUG00000013010)	MSL2 (ENSNSUG00000013037)	STAG1 (ENSNSUG00000013039)	PCCB (ENSNSUG00000013110)	SLC35G2 (ENSNSUG00000013156)	VPS8 (ENSNSUG00000013157)	C3orf70 (ENSNSUG00000013159)	EHHADH (ENSNSUG00000013160)	MAP3K13 (ENSNSUG00000013161)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000175729	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00390000008993	ENSGT00940000156108	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00990000210524.a	ENSGT00940000161104	ENSGT01030000235137	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00990000211696	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00390000003033	ENSGT00940000154659.b	ENSGT00390000016814	ENSGT00950000182972.a.a.a.b	ENSGT00940000157741	ENSGT00940000153249.b.d	ENSGT00940000162486	ENSGT00390000010672	ENSGT00390000006618	ENSGT00940000157516
Common wall lizard	MODERN SPECIES	13	ATG16L1 (ENSPMRG00000008749)	ENSPMRG00000008770	INPP5D (ENSPMRG00000008779)	NGEF (ENSPMRG00000007639)	SNORC (ENSPMRG00000007644)	GIGYF2 (ENSPMRG00000007656)	KCNJ13 (ENSPMRG00000007674)	EFHD1 (ENSPMRG00000007678)	ENSPMRG00000007682	ENSPMRG00000007692	ENSPMRG00000007697	ENSPMRG00000007700	SCLY (ENSPMRG00000007710) #19	ESPNL (ENSPMRG00000007732) #20	KLHL30 (ENSPMRG00000007739) #21	ERFE (ENSPMRG00000007749) #22	ILKAP (ENSPMRG00000007755) #23	ENSPMRG00000007764	KIF1A (ENSPMRG00000008256)	ENSPMRG00000011333	AGXT (ENSPMRG00000011346)	ARMC8 (ENSPMRG00000011353)	PPP2R3A (ENSPMRG00000011381)	MSL2 (ENSPMRG00000011529)	STAG1 (ENSPMRG00000011765)	PCCB (ENSPMRG00000013315)	SLC35G2 (ENSPMRG00000014309)	ENSPMRG00000014314	ENSPMRG00000014318	VPS8 (ENSPMRG00000014329)	C3orf70 (ENSPMRG00000014356)
tuatara	MODERN SPECIES	1374									ENSSPUG00000018312	ENSSPUG00000018325	AIRE (ENSSPUG00000018333)	ENSSPUG00000018348	SCLY (ENSSPUG00000018372) #19	ESPNL (ENSSPUG00000018403) #20	KLHL30 (ENSSPUG00000018409) #21	ERFE (ENSSPUG00000018417) #22	ILKAP (ENSSPUG00000018424) #23	ENSSPUG00000018433	ENSSPUG00000018439	ENSSPUG00000018446	AGXT (ENSSPUG00000018476)	ARMC8 (ENSSPUG00000018545)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	13				ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00940000156202.a	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00940000156108	ENSGT00390000012058.c.a	ENSGT00940000161104.c	ENSGT00940000157773 #19	ENSGT00940000156970 #20	ENSGT00940000161888	ENSGT00940000158597 #21	ENSGT00940000162100 #22	ENSGT00940000157403 #23	ENSGT00940000156474	ENSGT01030000234527.B	ENSGT00940000153241.B	ENSGT00940000162689.b	ENSGT00940000160730	ENSGT00460000041648	ENSGT00940000159035	ENSGT00940000162473	ENSGT00940000158551.k.a	ENSGT00900000141059	ENSGT00940000155098	ENSGT00940000158642	ENSGT00940000153476.a	ENSGT01090000260100.B
Frog	MODERN SPECIES	5	sag (ENSXETG00000026787)	ENSXETG00000044599	atg16l1 (ENSXETG00000013872)	inpp5d (ENSXETG00000044277)	ngef (ENSXETG00000013886)	kcnj13 (ENSXETG00000013891)	gigyf2 (ENSXETG00000013890)	efhd1 (ENSXETG00000012127)	aire (ENSXETG00000030448)	sp110 (ENSXETG00000032669)	scly (ENSXETG00000026777) #19	ENSXETG00000045522 #20	ENSXETG00000047691	ENSXETG00000048428	klhl30 (ENSXETG00000012118) #21	erfe (ENSXETG00000031556) #22	ilkap (ENSXETG00000012129) #23	trmt10a (ENSXETG00000012132)	kif1a (ENSXETG00000012138)	XB5950266 [provisional] (ENSXETG00000012148)	agxt (ENSXETG00000012149)	ENSXETG00000012154	sned1 (ENSXETG00000033664)	mterf4 (ENSXETG00000032078)	lamtor3-like (ENSXETG00000026765)	pask (ENSXETG00000032412)	ppp1r7 (ENSXETG00000012163)	hdlbp (ENSXETG00000012164)	septin2 (ENSXETG00000012166)	FARP2 (ENSXETG00000034178)	bok (ENSXETG00000031956)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	7	ENSLLEG00000005993	ENSLLEG00000005981	ENSLLEG00000005917	FAM168B (ENSLLEG00000005829)	PLEKHB2 (ENSLLEG00000005756)	INPP5D (ENSLLEG00000005515)	ENSLLEG00000005477	NGEF (ENSLLEG00000005400)	KCNJ13 (ENSLLEG00000005359)	ENSLLEG00000005338	EFHD1 (ENSLLEG00000005318)	ENSLLEG00000005296	ENSLLEG00000005267	SCLY (ENSLLEG00000005230) #19	KLHL30 (ENSLLEG00000005165) #21	ENSLLEG00000005135 #22	ILKAP (ENSLLEG00000022606) #23	ENSLLEG00000022431	ENSLLEG00000022298	ENSLLEG00000022265	AGXT (ENSLLEG00000021959)	ENSLLEG00000020243	ENSLLEG00000020130	SNED1 (ENSLLEG00000018191)	ENSLLEG00000018071	ENSLLEG00000017974	ENSLLEG00000017893	ENSLLEG00000016797	ENSLLEG00000016440	SGPP2 (ENSLLEG00000016323)	FARSB (ENSLLEG00000015374)
Coelacanth	MODERN SPECIES	1097									EFHD1 (ENSLACG00000003255)	ENSLACG00000004847	ENSLACG00000005824	ENSLACG00000007926	SCLY (ENSLACG00000010055) #19	ESPNL (ENSLACG00000010368) #20	KLHL30 (ENSLACG00000011421) #21	ERFE (ENSLACG00000011937) #22	ILKAP (ENSLACG00000012380) #23	NEU2 (ENSLACG00000012725)	INPP5D (ENSLACG00000013057)