Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	262									ENSGT00510000049120	ENSGT00940000157626	ENSGT00940000158157	ENSGT00940000155108	ENSGT00390000016110	ENSGT00390000008453	ENSGT00940000165724	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000161036.A	ENSGT00940000170259	ENSGT00940000165044	ENSGT01030000234518.A.a.a
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	192								ENSGT01030000234772	ENSGT00940000157626	ENSGT00940000158157	ENSGT00940000155108	ENSGT00390000016110	ENSGT00390000008453	ENSGT00940000165724	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000161036.A	ENSGT00940000170259	ENSGT00940000165044	ENSGT00940000179269	ENSGT00940000153123.B	ENSGT00940000158971	ENSGT00390000002231	ENSGT00940000155378.d
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	323											ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b	ENSGT00390000016110	ENSGT00390000008453	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000161036.A.f	ENSGT00940000170259
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	264											ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000016110	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a	ENSGT00940000160193	ENSGT00940000157266.a	ENSGT00940000154713.B	ENSGT00940000154245.B	ENSGT00390000018121	ENSGT00940000156728
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	125	ENSGT00390000017143 #7	ENSGT00940000159397 #8	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000159397 #8	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00390000016264	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000018691.d #9	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00390000016264	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00390000016264	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00390000016264	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00390000016264.a.b	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159397 #8	ENSGT00390000018691.d #9	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00990000209328	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Stickleback	MODERN SPECIES	3	hopx (ENSGACG00000016755) #7	arl9 (ENSGACG00000016751) #8	ENSGACG00000016750 #9	SRP72 (ENSGACG00000016749) #10	zgc:92045 (ENSGACG00000016745) #11	ENSGACG00000016744 #12	FAT4 (ENSGACG00000016736) #13	ANKRD50 (ENSGACG00000016734) #14	SPATA5 (ENSGACG00000016731) #15	nudt6 (ENSGACG00000016725) #16	fgf2 (ENSGACG00000016721) #17	BBS12 (ENSGACG00000016720) #18	ENSGACG00000016715 #19	adad1 (ENSGACG00000016712) #20	ENSGACG00000016709 #21	npm1b (ENSGACG00000016706) #22	fgf24 (ENSGACG00000016697) #23	pcgf1 (ENSGACG00000016695) #24	lbx2 (ENSGACG00000016693) #25	nanos1 (ENSGACG00000016692) #26	ENSGACG00000016691 #27	ENSGACG00000016689 #28	LIMCH1 (ENSGACG00000016686) #29	phox2bb (ENSGACG00000016683) #30	tmem33 (ENSGACG00000016676) #31	bbs7 (ENSGACG00000016673) #32	ccna2 (ENSGACG00000016665) #33	ENSGACG00000016664 #34	anxa5a (ENSGACG00000016658) #35	ENSGACG00000016656 #36	ENSGACG00000016652 #37
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Pike perch	MODERN SPECIES	32	zgc:92045 (ENSSLUG00000007947) #11	FAT4 (ENSSLUG00000007792) #13	ENSSLUG00000007743	ANKRD50 (ENSSLUG00000007730) #14	spry1 (ENSSLUG00000007722)	SPATA5 (ENSSLUG00000007385) #15	nudt6 (ENSSLUG00000007345) #16	fgf2 (ENSSLUG00000007342) #17	BBS12 (ENSSLUG00000007336) #18	ENSSLUG00000007323 #19	ENSSLUG00000007301	ENSSLUG00000007294	ENSSLUG00000007278	adad1 (ENSSLUG00000007116) #20	tlx2 (ENSSLUG00000007085)	npm1b (ENSSLUG00000007071) #22	fgf24 (ENSSLUG00000007054) #23	pcgf1 (ENSSLUG00000007015) #24	lbx2 (ENSSLUG00000006997) #25	ENSSLUG00000006991	nanos1 (ENSSLUG00000006984) #26	CTSZ (ENSSLUG00000006890)	ENSSLUG00000006880	ENSSLUG00000006873 #29	ENSSLUG00000006866	ENSSLUG00000006860 #29	phox2bb (ENSSLUG00000006850) #30	tmem33 (ENSSLUG00000006805) #31	bbs7 (ENSSLUG00000006751) #32	ccna2 (ENSSLUG00000006726) #33	anxa5a (ENSSLUG00000006554) #35
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	1	ENSCGOG00000010854	ENSCGOG00000010857	ENSCGOG00000010859	ANKRD50 (ENSCGOG00000010864) #14	spry1 (ENSCGOG00000010870)	SPATA5 (ENSCGOG00000010883) #15	ENSCGOG00000011207	nudt6 (ENSCGOG00000011211) #16	fgf2 (ENSCGOG00000011213) #17	BBS12 (ENSCGOG00000011218) #18	ENSCGOG00000011221 #19	ENSCGOG00000011235	ENSCGOG00000011236	adad1 (ENSCGOG00000011237) #20	tlx2 (ENSCGOG00000011239)	npm1b (ENSCGOG00000011243) #22	fgf24 (ENSCGOG00000011246) #23	pcgf1 (ENSCGOG00000011259) #24	lbx2 (ENSCGOG00000011264) #25	nanos1 (ENSCGOG00000011266) #26	ENSCGOG00000011270	LIMCH1 (ENSCGOG00000011277) #29	phox2bb (ENSCGOG00000011304) #30	tmem33 (ENSCGOG00000011306) #31	bbs7 (ENSCGOG00000011337) #32	ccna2 (ENSCGOG00000011664) #33	anxa5a (ENSCGOG00000011681) #35	FGFBP1 (ENSCGOG00000011689) #36	fgfbp2a (ENSCGOG00000011692) ##36	prom1a (ENSCGOG00000011701)	TAPT1 (ENSCGOG00000011790)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
European seabass	MODERN SPECIES	12	ENSDLAG00005009788 #10	ENSDLAG00005031480 #11	ENSDLAG00005009973	FAT4 (ENSDLAG00005009989) #13	ENSDLAG00005010099	ANKRD50 (ENSDLAG00005010130) #14	spry1 (ENSDLAG00005030052)	SPATA5 (ENSDLAG00005010165) #15	NUDT6 (ENSDLAG00005031083) #16	ENSDLAG00005031973 #18	ENSDLAG00005028307 #19	adad1 (ENSDLAG00005028046) #20	ENSDLAG00005010875	ENSDLAG00005010881	tlx2 (ENSDLAG00005010893)	npm1b (ENSDLAG00005010908) #22	fgf24 (ENSDLAG00005010916) #23	pcgf1 (ENSDLAG00005010940) #24	lbx2 (ENSDLAG00005032899) #25	nanos1 (ENSDLAG00005010999) #26	ENSDLAG00005011006	ENSDLAG00005011029 #29	ENSDLAG00005011011	ENSDLAG00005011311 #30	BBS7 (ENSDLAG00005011350) #32	CCNA2 (ENSDLAG00005011439) #33	anxa5a (ENSDLAG00005011468) #35	FGFBP1 (ENSDLAG00005027041) #36	fgfbp2a (ENSDLAG00005011747) ##36	prom1a (ENSDLAG00005011795)	TAPT1 (ENSDLAG00005013767)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES		FAT4 (ENSLCRG00005016302) #13	ENSLCRG00005016303	ENSLCRG00005016305	ANKRD50 (ENSLCRG00005016307) #14	ENSLCRG00005016309	spry1 (ENSLCRG00005016311)	SPATA5 (ENSLCRG00005016313) #15	nudt6 (ENSLCRG00005016349) #16	fgf2 (ENSLCRG00005016350) #17	BBS12 (ENSLCRG00005016351) #18	ENSLCRG00005016355 #19	ENSLCRG00005016356	ENSLCRG00005016358	adad1 (ENSLCRG00005016359) #20	tlx2 (ENSLCRG00005016361)	npm1b (ENSLCRG00005016362) #22	fgf24 (ENSLCRG00005016366) #23	pcgf1 (ENSLCRG00005016372) #24	lbx2 (ENSLCRG00005016380) #25	nanos1 (ENSLCRG00005016382) #26	ctsz (ENSLCRG00005016384)	dcaf7 (ENSLCRG00005016386)	KCNH2 (ENSLCRG00005016392)	TACO1 (ENSLCRG00005016394)	pth3r (ENSLCRG00005016399)	rundc3ab (ENSLCRG00005016409)	ENSLCRG00005016416	ndufa4b (ENSLCRG00005016421)	ENSLCRG00005016422	SPOP (ENSLCRG00005016426)	ENSLCRG00005016460
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	589							ENSLBEG00000001585	nudt6 (ENSLBEG00000001570) #16	fgf2 (ENSLBEG00000001525) #17	BBS12 (ENSLBEG00000001495) #18	ENSLBEG00000001464 #19	ENSLBEG00000001448	ENSLBEG00000001414	adad1 (ENSLBEG00000001334) #20	tlx2 (ENSLBEG00000001311)	ENSLBEG00000001304 #22
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000164508	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323.h #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00390000016264.a.b	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b	ENSGT00390000005639.a.a
Fugu	MODERN SPECIES	5	ANKRD50 (ENSTRUG00000009315) #14	spry1 (ENSTRUG00000024500)	ENSTRUG00000025845	il-2 (ENSTRUG00000008720)	adad1 (ENSTRUG00000030359) #20	SPATA5 (ENSTRUG00000008995) #15	ENSTRUG00000030632	gfg (ENSTRUG00000024678) #16	fgf2 (ENSTRUG00000029971) #17	cetn (ENSTRUG00000008744) #19	il-21 (ENSTRUG00000008731)	ENSTRUG00000031475	ENSTRUG00000029258	adad1 (ENSTRUG00000008514) #20	tlx2 (ENSTRUG00000008354)	npm1b (ENSTRUG00000008105) #22	fgf24 (ENSTRUG00000008042) #23	pcgf1 (ENSTRUG00000007881) #24	lbx2 (ENSTRUG00000025486) #25	nanos1 (ENSTRUG00000021804) #26	ENSTRUG00000030013	ENSTRUG00000007731	LIMCH1 (ENSTRUG00000007537) #29	phox2bb (ENSTRUG00000007442) #30	tmem33 (ENSTRUG00000007428) #31	bbs7 (ENSTRUG00000007380) #32	ccna2 (ENSTRUG00000007066) #33	anxa5a (ENSTRUG00000006853) #35	ENSTRUG00000006847 #36	prom1a (ENSTRUG00000006388)	TAPT1 (ENSTRUG00000006181)
Tetraodon	MODERN SPECIES	14	ANKRD50 (ENSTNIG00000000883) #14	sh3bgrl3 (ENSTNIG00000013069)	TRAPPC9 (ENSTNIG00000013068)	ENSTNIG00000013067 #14	ENSTNIG00000013066	ENSTNIG00000013065	ENSTNIG00000001589	spry1 (ENSTNIG00000013064)	nudt6 (ENSTNIG00000013063) #16	fgf2 (ENSTNIG00000013062) #17	BBS12 (ENSTNIG00000013061) #18	ENSTNIG00000013060 #19	ENSTNIG00000000682	adad1 (ENSTNIG00000013059) #20	tlx2 (ENSTNIG00000013058)	npm1b (ENSTNIG00000013057) #22	fgf24 (ENSTNIG00000013056) #23	pcgf1 (ENSTNIG00000013055) #24	lbx2 (ENSTNIG00000013054) #25	ctsz (ENSTNIG00000013053)	LIMCH1 (ENSTNIG00000013052) #29	phox2bb (ENSTNIG00000013051) #30	tmem33 (ENSTNIG00000013050) #31	bbs7 (ENSTNIG00000013049) #32	ccna2 (ENSTNIG00000013048) #33	anxa5a (ENSTNIG00000013047) #35	prom1a (ENSTNIG00000013046)	TAPT1 (ENSTNIG00000013045)	ldb2a (ENSTNIG00000013044)	qdpra (ENSTNIG00000013043)	fstl5 (ENSTNIG00000013042)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00990000209328	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Climbing perch	MODERN SPECIES	1	SRP72 (ENSATEG00000006781) #10	ENSATEG00000006740 #11	FAT4 (ENSATEG00000006670) #13	ENSATEG00000006625	ANKRD50 (ENSATEG00000006612) #14	spry1 (ENSATEG00000006604)	SPATA5 (ENSATEG00000006526) #15	NUDT6 (ENSATEG00000026250) #16	fgf2 (ENSATEG00000006480) #17	BBS12 (ENSATEG00000006456) #18	ENSATEG00000006431 #19	ENSATEG00000006425	ENSATEG00000006418	adad1 (ENSATEG00000006279) #20	tlx2 (ENSATEG00000025367)	npm1b (ENSATEG00000028440) #22	fgf24 (ENSATEG00000006224) #23	pcgf1 (ENSATEG00000006177) #24	lbx2 (ENSATEG00000006173) #25	nanos1 (ENSATEG00000006118) #26	ENSATEG00000006070	ENSATEG00000006043	LIMCH1 (ENSATEG00000005984) #29	ENSATEG00000005964 #30	TMEM33 (ENSATEG00000005934) #31	BBS7 (ENSATEG00000005807) #32	CCNA2 (ENSATEG00000005793) #33	anxa5a (ENSATEG00000005587) #35	FGFBP1 (ENSATEG00000005567) #36	fgfbp2a (ENSATEG00000026124) ##36	prom1a (ENSATEG00000005258)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	1	zgc:92045 (ENSBSLG00000010852) #11	FAT4 (ENSBSLG00000010638) #13	ENSBSLG00000010234	ANKRD50 (ENSBSLG00000010223) #14	spry1 (ENSBSLG00000010214)	SPATA5 (ENSBSLG00000010000) #15	nudt6 (ENSBSLG00000009965) #16	fgf2 (ENSBSLG00000009955) #17	BBS12 (ENSBSLG00000009948) #18	ENSBSLG00000009892 #19	ENSBSLG00000009868	ENSBSLG00000009849	ENSBSLG00000009824	adad1 (ENSBSLG00000009715) #20	tlx2 (ENSBSLG00000009406)	npm1b (ENSBSLG00000009397) #22	fgf24 (ENSBSLG00000009366) #23	pcgf1 (ENSBSLG00000009347) #24	lbx2 (ENSBSLG00000009334) #25	ctsz (ENSBSLG00000009300)	nanos1 (ENSBSLG00000009293) #26	LIMCH1 (ENSBSLG00000009007) #29	phox2bb (ENSBSLG00000008910) #30	tmem33 (ENSBSLG00000008839) #31	bbs7 (ENSBSLG00000008815) #32	ccna2 (ENSBSLG00000008806) #33	anxa5a (ENSBSLG00000008797) #35	FGFBP1 (ENSBSLG00000008796) #36	fgfbp2a (ENSBSLG00000008790) ##36	prom1a (ENSBSLG00000007945)	TAPT1 (ENSBSLG00000007016)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	1	FAT4 (ENSMAMG00000015057) #13	ENSMAMG00000024341	ANKRD50 (ENSMAMG00000015142) #14	spry1 (ENSMAMG00000025836)	SPATA5 (ENSMAMG00000015163) #15	NUDT6 (ENSMAMG00000015185) #16	fgf2 (ENSMAMG00000027910) #17	BBS12 (ENSMAMG00000015225) #18	ENSMAMG00000015230 #19	ENSMAMG00000026314	ENSMAMG00000015239	ENSMAMG00000027504	ENSMAMG00000015275	adad1 (ENSMAMG00000015290) #20	tlx2 (ENSMAMG00000027290)	npm1b (ENSMAMG00000028041) #22	fgf24 (ENSMAMG00000028535) #23	pcgf1 (ENSMAMG00000015424) #24	lbx2 (ENSMAMG00000015453) #25	nanos1 (ENSMAMG00000028036) #26	ENSMAMG00000015692	ENSMAMG00000015711	LIMCH1 (ENSMAMG00000015744) #29	ENSMAMG00000015788 #30	TMEM33 (ENSMAMG00000015795) #31	BBS7 (ENSMAMG00000015828) #32	CCNA2 (ENSMAMG00000015888) #33	anxa5a (ENSMAMG00000015911) #35	FGFBP1 (ENSMAMG00000016060) #36	prom1a (ENSMAMG00000016090)	TAPT1 (ENSMAMG00000016214)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000018691.d #9	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Turbot	MODERN SPECIES	4	ENSSMAG00000031137 #14	ENSSMAG00000026634 #14	SPATA5 (ENSSMAG00000007845) #15	ENSSMAG00000025948	nudt6 (ENSSMAG00000007874) #16	ENSSMAG00000007893 #17	ENSSMAG00000033472	BBS12 (ENSSMAG00000007962) #18	ENSSMAG00000007964 #19	ENSSMAG00000031831	ENSSMAG00000007970	ENSSMAG00000007983	ENSSMAG00000007988	adad1 (ENSSMAG00000008001) #20	tlx2 (ENSSMAG00000008078)	npm1b (ENSSMAG00000034406) #22	fgf24 (ENSSMAG00000030102) #23	pcgf1 (ENSSMAG00000008128) #24	lbx2 (ENSSMAG00000008154) #25	nanos1 (ENSSMAG00000028442) #26	ENSSMAG00000008160	ENSSMAG00000008166	ENSSMAG00000008200 #29	ENSSMAG00000022063 #30	TMEM33 (ENSSMAG00000008440) #31	BBS7 (ENSSMAG00000008476) #32	CCNA2 (ENSSMAG00000008532) #33	anxa5a (ENSSMAG00000008545) #35	ENSSMAG00000008603 #36	fgfbp2a (ENSSMAG00000008609) ##36	prom1a (ENSSMAG00000008631)
Tongue sole	MODERN SPECIES	6	qdpra (ENSCSEG00000004448)	ldb2a (ENSCSEG00000004456)	TAPT1 (ENSCSEG00000004468)	prom1a (ENSCSEG00000004478)	ENSCSEG00000004494 #36	spry1 (ENSCSEG00000004498)	SPATA5 (ENSCSEG00000004499) #15	nudt6 (ENSCSEG00000004505) #16	fgf2 (ENSCSEG00000004508) #17	BBS12 (ENSCSEG00000004509) #18	ENSCSEG00000004511 #19	ENSCSEG00000004512	adad1 (ENSCSEG00000004516) #20	ENSCSEG00000004521	ENSCSEG00000004526 #21	npm1b (ENSCSEG00000004530) #22	fgf24 (ENSCSEG00000004534) #23	pcgf1 (ENSCSEG00000004544) #24	lbx2 (ENSCSEG00000004546) #25	nanos1 (ENSCSEG00000004547) #26	ctsz (ENSCSEG00000004552)	ENSCSEG00000004563	ENSCSEG00000004565 #29	ENSCSEG00000004569 #29	phox2bb (ENSCSEG00000004572) #30	tmem33 (ENSCSEG00000004578) #31	bbs7 (ENSCSEG00000004585) #32	ccna2 (ENSCSEG00000004599) #33	anxa5a (ENSCSEG00000004605) #35	ENSCSEG00000004611	PCDH11Y (ENSCSEG00000004620)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000179668	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3227	ENSSLDG00000021714 #13	ENSSLDG00000021677 #13	ENSSLDG00000021613	ANKRD50 (ENSSLDG00000021589) #14	spry1 (ENSSLDG00000021577)	SPATA5 (ENSSLDG00000021560) #15	nudt6 (ENSSLDG00000021544) #16	fgf2 (ENSSLDG00000021538) #17	BBS12 (ENSSLDG00000021525) #18	ENSSLDG00000021513 #19	ENSSLDG00000021485	ENSSLDG00000021473	ENSSLDG00000021457	adad1 (ENSSLDG00000021425) #20	tlx2 (ENSSLDG00000021412)	npm1b (ENSSLDG00000021396) #22	fgf24 (ENSSLDG00000021371) #23	pcgf1 (ENSSLDG00000021330) #24	lbx2 (ENSSLDG00000021319) #25	nanos1 (ENSSLDG00000021260) #26	ctsz (ENSSLDG00000020890)	ENSSLDG00000020846	ENSSLDG00000020834 #29	ENSSLDG00000020821 #29	ENSSLDG00000020803 #29	phox2bb (ENSSLDG00000020789) #30	tmem33 (ENSSLDG00000020781) #31	bbs7 (ENSSLDG00000020761) #32	ccna2 (ENSSLDG00000020748) #33	anxa5a (ENSSLDG00000020728) #35
Greater amberjack	MODERN SPECIES	113	SRP72 (ENSSDUG00000007345) #10	zgc:92045 (ENSSDUG00000007411) #11	FAT4 (ENSSDUG00000007427) #13	ENSSDUG00000007468	ANKRD50 (ENSSDUG00000007497) #14	spry1 (ENSSDUG00000007505)	SPATA5 (ENSSDUG00000007514) #15	nudt6 (ENSSDUG00000007536) #16	fgf2 (ENSSDUG00000007551) #17	adad1 (ENSSDUG00000007569) #20	ENSSDUG00000007624 #19	ENSSDUG00000007637	ENSSDUG00000007672	ENSSDUG00000007693	tlx2 (ENSSDUG00000007708)	npm1b (ENSSDUG00000007726) #22	fgf24 (ENSSDUG00000007744) #23	pcgf1 (ENSSDUG00000007795) #24	lbx2 (ENSSDUG00000007835) #25	ENSSDUG00000007863	nanos1 (ENSSDUG00000007879) #26	ctsz (ENSSDUG00000007940)	ENSSDUG00000007959	ENSSDUG00000007963 #29	ENSSDUG00000007997 #29	phox2bb (ENSSDUG00000008009) #30	tmem33 (ENSSDUG00000008030) #31	bbs7 (ENSSDUG00000008052) #32	ccna2 (ENSSDUG00000008091) #33	anxa5a (ENSSDUG00000008109) #35	fgfbp2a (ENSSDUG00000008124) ##36
Barramundi perch	MODERN SPECIES	178	SRP72 (ENSLCAG00010001640) #10	zgc:92045 (ENSLCAG00010001598) #11	ENSLCAG00010001578 #13	ENSLCAG00010001571 #13	ENSLCAG00010001562	ANKRD50 (ENSLCAG00010001561) #14	spry1 (ENSLCAG00010001560)	SPATA5 (ENSLCAG00010001487) #15	nudt6 (ENSLCAG00010001463) #16	fgf2 (ENSLCAG00010001459) #17	ENSLCAG00010001446 #19	ENSLCAG00010001442	ENSLCAG00010001437	adad1 (ENSLCAG00010001420) #20	tlx2 (ENSLCAG00010001411)	npm1b (ENSLCAG00010001406) #22	fgf24 (ENSLCAG00010001396) #23	pcgf1 (ENSLCAG00010001389) #24	lbx2 (ENSLCAG00010001383) #25	nanos1 (ENSLCAG00010001382) #26	ctsz (ENSLCAG00010001378)	ENSLCAG00010001373
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00390000010494	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000170606.f	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323.j #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00990000208107	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000170606.f	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323.j #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00990000208107	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	86	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000170606.f	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323.j #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1037				ANKRD50 (ENSAOCG00000012211) #14	spry1 (ENSAOCG00000012217)	SPATA5 (ENSAOCG00000012283) #15	nudt6 (ENSAOCG00000012319) #16	fgf2 (ENSAOCG00000000760) #17	ENSAOCG00000012355 #19	ENSAOCG00000012443	ENSAOCG00000012479	fgf2 (ENSAOCG00000012484) #17	adad1 (ENSAOCG00000012507) #20	ENSAOCG00000012517	tlx2 (ENSAOCG00000012527)	npm1b (ENSAOCG00000012549) #22	fgf24 (ENSAOCG00000012572) #23	pcgf1 (ENSAOCG00000012619) #24	lbx2 (ENSAOCG00000012633) #25
Orange clownfish	MODERN SPECIES	4	FAT4 (ENSAPEG00000001413) #13	ENSAPEG00000001355	ENSAPEG00000001303	ANKRD50 (ENSAPEG00000001294) #14	ENSAPEG00000001263	spry1 (ENSAPEG00000001257)	SPATA5 (ENSAPEG00000001194) #15	nudt6 (ENSAPEG00000001150) #16	fgf2 (ENSAPEG00000001138) #17	ENSAPEG00000001114 #19	ENSAPEG00000001030	ENSAPEG00000001005	BBS12 (ENSAPEG00000000998) #18	adad1 (ENSAPEG00000000903) #20	tlx2 (ENSAPEG00000000879)	npm1b (ENSAPEG00000000868) #22	fgf24 (ENSAPEG00000000818) #23	pcgf1 (ENSAPEG00000000782) #24	lbx2 (ENSAPEG00000000769) #25	prom1a (ENSAPEG00000000672)	ENSAPEG00000000648 #36	anxa5a (ENSAPEG00000000308) #35	ccna2 (ENSAPEG00000019431) #33	bbs7 (ENSAPEG00000019379) #32	tmem33 (ENSAPEG00000019346) #31	phox2bb (ENSAPEG00000019328) #30	LIMCH1 (ENSAPEG00000019181) #29	ENSAPEG00000019147	ENSAPEG00000019062	nanos1 (ENSAPEG00000019024) #26	ENSAPEG00000019013
Spiny chromis	MODERN SPECIES	68					ANKRD50 (ENSAPOG00000003935) #14	spry1 (ENSAPOG00000003947)	SPATA5 (ENSAPOG00000004022) #15	nudt6 (ENSAPOG00000004041) #16	fgf2 (ENSAPOG00000004050) #17	BBS12 (ENSAPOG00000004057) #18	ENSAPOG00000004075 #19	ENSAPOG00000004111	ENSAPOG00000004139	adad1 (ENSAPOG00000004214) #20	tlx2 (ENSAPOG00000004247)	npm1b (ENSAPOG00000004268) #22	fgf24 (ENSAPOG00000004293) #23	pcgf1 (ENSAPOG00000004335) #24	lbx2 (ENSAPOG00000004365) #25	ENSAPOG00000004385	nanos1 (ENSAPOG00000004421) #26	ENSAPOG00000004431
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	252	SRP72 (ENSSPAG00000011565) #10	zgc:92045 (ENSSPAG00000011536) #11	FAT4 (ENSSPAG00000011470) #13	ENSSPAG00000011448	ANKRD50 (ENSSPAG00000011437) #14	spry1 (ENSSPAG00000011430)	SPATA5 (ENSSPAG00000011393) #15	nudt6 (ENSSPAG00000011374) #16	fgf2 (ENSSPAG00000011370) #17	BBS12 (ENSSPAG00000011361) #18	ENSSPAG00000011347 #19	ENSSPAG00000011340	ENSSPAG00000011301	adad1 (ENSSPAG00000011210) #20	tlx2 (ENSSPAG00000011182)	npm1b (ENSSPAG00000011152) #22	fgf24 (ENSSPAG00000011117) #23	pcgf1 (ENSSPAG00000011090) #24	lbx2 (ENSSPAG00000011078) #25	nanos1 (ENSSPAG00000011053) #26	ENSSPAG00000010883	ENSSPAG00000010850	ENSSPAG00000010579 #29	phox2bb (ENSSPAG00000010513) #30
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00390000010494	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1085				ENSACIG00000019384 #14	ENSACIG00000019374 #14	spry1 (ENSACIG00000019367)	SPATA5 (ENSACIG00000019337) #15	nudt6 (ENSACIG00000019330) #16	fgf2 (ENSACIG00000019324) #17	BBS12 (ENSACIG00000019319) #18	ENSACIG00000019216 #19	ENSACIG00000019197	ENSACIG00000019188	adad1 (ENSACIG00000019144) #20	tlx2 (ENSACIG00000019132)	npm1b (ENSACIG00000019100) #22	fgf24 (ENSACIG00000019068) #23	pcgf1 (ENSACIG00000019051) #24	lbx2 (ENSACIG00000019040) #25	nanos1 (ENSACIG00000019022) #26	ENSACIG00000019005	ENSACIG00000018949 #29	phox2bb (ENSACIG00000018923) #30	tmem33 (ENSACIG00000018904) #31	bbs7 (ENSACIG00000018877) #32	ccna2 (ENSACIG00000018789) #33	anxa5a (ENSACIG00000018207) #35	FGFBP1 (ENSACIG00000018138) #36	fgfbp2a (ENSACIG00000018129) ##36	prom1a (ENSACIG00000017637)	TAPT1 (ENSACIG00000017571)
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00390000010494	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Nile tilapia	MODERN SPECIES	11	SRP72 (ENSONIG00000001446) #10	zgc:92045 (ENSONIG00000001442) #11	FAT4 (ENSONIG00000001431) #13	ENSONIG00000001429	ANKRD50 (ENSONIG00000001427) #14	spry1 (ENSONIG00000039505)	SPATA5 (ENSONIG00000001421) #15	nudt6 (ENSONIG00000041339) #16	fgf2 (ENSONIG00000001414) #17	BBS12 (ENSONIG00000020952) #18	ENSONIG00000001409 #19	ENSONIG00000001406	adad1 (ENSONIG00000001405) #20	ENSONIG00000022412	tlx2 (ENSONIG00000005019)	npm1b (ENSONIG00000001397) #22	fgf24 (ENSONIG00000001385) #23	pcgf1 (ENSONIG00000001378) #24	lbx2 (ENSONIG00000040386) #25	ENSONIG00000032026	LIMCH1 (ENSONIG00000001371) #29	phox2bb (ENSONIG00000001369) #30	tmem33 (ENSONIG00000001363) #31	bbs7 (ENSONIG00000001354) #32	ccna2 (ENSONIG00000001338) #33	anxa5a (ENSONIG00000001327) #35	FGFBP1 (ENSONIG00000020950) #36	fgfbp2a (ENSONIG00000001325) ##36	prom1a (ENSONIG00000001308)	TAPT1 (ENSONIG00000001302)	ldb2a (ENSONIG00000001301)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00390000010494	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	348	ENSNBRG00000014541 #9	SRP72 (ENSNBRG00000014492) #10	zgc:92045 (ENSNBRG00000014474) #11	FAT4 (ENSNBRG00000014407) #13	ENSNBRG00000014373	ANKRD50 (ENSNBRG00000014364) #14	spry1 (ENSNBRG00000014350)	SPATA5 (ENSNBRG00000014268) #15	nudt6 (ENSNBRG00000014249) #16	fgf2 (ENSNBRG00000014241) #17	BBS12 (ENSNBRG00000014222) #18	ENSNBRG00000014213 #19	ENSNBRG00000014187	adad1 (ENSNBRG00000014156) #20	tlx2 (ENSNBRG00000014142)	npm1b (ENSNBRG00000014133) #22	fgf24 (ENSNBRG00000014124) #23	pcgf1 (ENSNBRG00000014093) #24	lbx2 (ENSNBRG00000014077) #25	nanos1 (ENSNBRG00000014018) #26	ENSNBRG00000013997	ENSNBRG00000013986 #29	ENSNBRG00000013975 #29	phox2bb (ENSNBRG00000013959) #30	tmem33 (ENSNBRG00000013931) #31	bbs7 (ENSNBRG00000013875) #32	ccna2 (ENSNBRG00000013847) #33	anxa5a (ENSNBRG00000013787) #35	FGFBP1 (ENSNBRG00000013772) #36	fgfbp2a (ENSNBRG00000013763) ##36	prom1a (ENSNBRG00000013716)
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000178854	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	331	zgc:92045 (ENSHBUG00000020651) #11	FAT4 (ENSHBUG00000000629) #13	ENSHBUG00000020589	ANKRD50 (ENSHBUG00000020579) #14	spry1 (ENSHBUG00000020564)	SPATA5 (ENSHBUG00000020554) #15	nudt6 (ENSHBUG00000020546) #16	fgf2 (ENSHBUG00000020530) #17	BBS12 (ENSHBUG00000020522) #18	ENSHBUG00000020519 #19	ENSHBUG00000020509	ENSHBUG00000020467	adad1 (ENSHBUG00000020450) #20	ENSHBUG00000020412	tlx2 (ENSHBUG00000019937)	npm1b (ENSHBUG00000019903) #22	fgf24 (ENSHBUG00000019893) #23	pcgf1 (ENSHBUG00000019867) #24	lbx2 (ENSHBUG00000019810) #25	nanos1 (ENSHBUG00000019798) #26	ENSHBUG00000019684	ENSHBUG00000019640 #29	phox2bb (ENSHBUG00000019627) #30	tmem33 (ENSHBUG00000019618) #31	bbs7 (ENSHBUG00000019575) #32	ccna2 (ENSHBUG00000019528) #33	anxa5a (ENSHBUG00000019466) #35	FGFBP1 (ENSHBUG00000019455) #36	fgfbp2a (ENSHBUG00000019438) ##36	prom1a (ENSHBUG00000019421)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00390000010494	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000178854	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
P. nyererei	MODERN SPECIES	315	SRP72 (ENSPNYG00000001916) #10	zgc:92045 (ENSPNYG00000001871) #11	FAT4 (ENSPNYG00000001819) #13	ENSPNYG00000001786	ANKRD50 (ENSPNYG00000001776) #14	spry1 (ENSPNYG00000001768)	SPATA5 (ENSPNYG00000001697) #15	nudt6 (ENSPNYG00000001657) #16	fgf2 (ENSPNYG00000001640) #17	BBS12 (ENSPNYG00000001613) #18	ENSPNYG00000001585 #19	ENSPNYG00000001525	ENSPNYG00000001502	adad1 (ENSPNYG00000001453) #20	tlx2 (ENSPNYG00000001436)	npm1b (ENSPNYG00000001427) #22	fgf24 (ENSPNYG00000001402) #23	pcgf1 (ENSPNYG00000001378) #24	lbx2 (ENSPNYG00000001372) #25	nanos1 (ENSPNYG00000001325) #26	ENSPNYG00000001281	ENSPNYG00000001240 #29	ENSPNYG00000001215 #29	phox2bb (ENSPNYG00000001177) #30	tmem33 (ENSPNYG00000001141) #31	bbs7 (ENSPNYG00000001093) #32	ccna2 (ENSPNYG00000001054) #33	anxa5a (ENSPNYG00000000939) #35	FGFBP1 (ENSPNYG00000000927) #36	fgfbp2a (ENSPNYG00000000907) ##36	prom1a (ENSPNYG00000000823)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000178854	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.r #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Eastern happy	MODERN SPECIES	11	FAT4 (ENSACLG00000014424) #13	ENSACLG00000014374	ANKRD50 (ENSACLG00000014338) #14	ENSACLG00000014287	spry1 (ENSACLG00000014279)	SPATA5 (ENSACLG00000014212) #15	nudt6 (ENSACLG00000014111) #16	fgf2 (ENSACLG00000014102) #17	BBS12 (ENSACLG00000014069) #18	ENSACLG00000014019 #19	ENSACLG00000014008	ENSACLG00000013999	adad1 (ENSACLG00000013974) #20	adad1 (ENSACLG00000013906) #20	tlx2 (ENSACLG00000013823)	npm1b (ENSACLG00000013812) #22	fgf24 (ENSACLG00000013791) #23	pcgf1 (ENSACLG00000013756) #24	lbx2 (ENSACLG00000013753) #25	nanos1 (ENSACLG00000013474) #26	ENSACLG00000013472	LIMCH1 (ENSACLG00000013368) #29	phox2bb (ENSACLG00000013362) #30	tmem33 (ENSACLG00000013064) #31	bbs7 (ENSACLG00000013055) #32	ccna2 (ENSACLG00000013032) #33	anxa5a (ENSACLG00000013020) #35	FGFBP1 (ENSACLG00000013018) #36	fgfbp2a (ENSACLG00000013013) ##36	prom1a (ENSACLG00000012734)	TAPT1 (ENSACLG00000012655)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1102	SRP72 (ENSMZEG00005003325) #10	zgc:92045 (ENSMZEG00005003296) #11	FAT4 (ENSMZEG00005003219) #13	ENSMZEG00005003167	ANKRD50 (ENSMZEG00005003150) #14	spry1 (ENSMZEG00005003130)	SPATA5 (ENSMZEG00005003059) #15	nudt6 (ENSMZEG00005003029) #16	fgf2 (ENSMZEG00005003019) #17	BBS12 (ENSMZEG00005003011) #18	ENSMZEG00005002992 #19	ENSMZEG00005002951	ENSMZEG00005002934	adad1 (ENSMZEG00005002920) #20	tlx2 (ENSMZEG00005002903)	ENSMZEG00005002840 #22	fgf24 (ENSMZEG00005002819) #23	pcgf1 (ENSMZEG00005002774) #24	lbx2 (ENSMZEG00005002756) #25	nanos1 (ENSMZEG00005002722) #26	ENSMZEG00005002711	LIMCH1 (ENSMZEG00005002675) #29	phox2bb (ENSMZEG00005002657) #30	tmem33 (ENSMZEG00005002633) #31	bbs7 (ENSMZEG00005002574) #32	ccna2 (ENSMZEG00005002532) #33	anxa5a (ENSMZEG00005002493) #35	FGFBP1 (ENSMZEG00005002471) #36	fgfbp2a (ENSMZEG00005002458) ##36	prom1a (ENSMZEG00005002355)	TAPT1 (ENSMZEG00005002312)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
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Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000159397 #8	ENSGT00390000018691.d #9	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b	ENSGT00390000005639.a.a
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Turquoise killifish	MODERN SPECIES	9													ENSNFUG00015015790	adad1 (ENSNFUG00015015764) #20	tlx2 (ENSNFUG00015015749)	NPM1B (ENSNFUG00015015741) #22	fgf24 (ENSNFUG00015015717) #23
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
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Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000170606.f	ENSGT00940000155116.b.`b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000178335	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00950000183159.a.v.b.u #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
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Platyfish	MODERN SPECIES	15	SRP72 (ENSXMAG00000018000) #10	FAT4 (ENSXMAG00000018348) #13	ANKRD50 (ENSXMAG00000018353) #14	spry1 (ENSXMAG00000019977)	ENSXMAG00000023826	SPATA5 (ENSXMAG00000018356) #15	nudt6 (ENSXMAG00000029886) #16	fgf2 (ENSXMAG00000024887) #17	BBS12 (ENSXMAG00000019978) #18	ENSXMAG00000024440 #19	ENSXMAG00000025999	ENSXMAG00000021606	ENSXMAG00000021547	adad1 (ENSXMAG00000001973) #20	tlx2 (ENSXMAG00000001982)	npm1b (ENSXMAG00000001986) #22	fgf24 (ENSXMAG00000001991) #23	pcgf1 (ENSXMAG00000001994) #24	lbx2 (ENSXMAG00000023338) #25	nanos1 (ENSXMAG00000024788) #26	ctsz (ENSXMAG00000002006)	LIMCH1 (ENSXMAG00000002013) #29	phox2bb (ENSXMAG00000022004) #30	tmem33 (ENSXMAG00000002033) #31	bbs7 (ENSXMAG00000002045) #32	ccna2 (ENSXMAG00000002057) #33	anxa5a (ENSXMAG00000002063) #35	ENSXMAG00000020068 #36	fgfbp2a (ENSXMAG00000020069) ##36	prom1a (ENSXMAG00000002075)	TAPT1 (ENSXMAG00000002104)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000018691.d #9	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT01020000230338.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000155569.a.a.f	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	354															tlx2 (ENSCVAG00000013004)	npm1b (ENSCVAG00000013016) #22	fgf24 (ENSCVAG00000013040) #23	pcgf1 (ENSCVAG00000013076) #24	lbx2 (ENSCVAG00000013082) #25	nanos1 (ENSCVAG00000013105) #26	ctsz (ENSCVAG00000013372)	LIMCH1 (ENSCVAG00000013432) #29	phox2bb (ENSCVAG00000013444) #30	tmem33 (ENSCVAG00000013465) #31	bbs7 (ENSCVAG00000013522) #32	ccna2 (ENSCVAG00000013540) #33	anxa5a (ENSCVAG00000013616) #35	ENSCVAG00000013630 #36	fgfbp2a (ENSCVAG00000013640) ##36	prom1a (ENSCVAG00000013849)	TAPT1 (ENSCVAG00000013872)
Mummichog	MODERN SPECIES	2280												ENSFHEG00000020869	ENSFHEG00000020860	adad1 (ENSFHEG00000020841) #20	tlx2 (ENSFHEG00000020819)	npm1b (ENSFHEG00000020794) #22	fgf24 (ENSFHEG00000020790) #23	pcgf1 (ENSFHEG00000020761) #24	lbx2 (ENSFHEG00000020722) #25	nanos1 (ENSFHEG00000020713) #26	ctsz (ENSFHEG00000020684)	LIMCH1 (ENSFHEG00000020645) #29	phox2bb (ENSFHEG00000020583) #30	tmem33 (ENSFHEG00000020568) #31	bbs7 (ENSFHEG00000020539) #32	ccna2 (ENSFHEG00000020527) #33	anxa5a (ENSFHEG00000020501) #35	ENSFHEG00000019892 #36	fgfbp2a (ENSFHEG00000019879) ##36	prom1a (ENSFHEG00000019858)	TAPT1 (ENSFHEG00000019387)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	37						ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b	ENSGT00390000005639.a.a
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	23						ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT00940000175879	ENSGT00940000177064	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00950000183159.a.v.b #29	ENSGT00940000159958 #30	ENSGT00390000011368 #31	ENSGT00390000012346 #32	ENSGT00940000155372 #33	ENSGT00940000155988.d #35	ENSGT00940000154372.a.b.b #36	ENSGT00940000154372.a.a.a ##36	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b	ENSGT00390000005639.a.a
Indian medaka	MODERN SPECIES	1	ENSOMEG00000002929	pard3ab (ENSOMEG00000003071)	ENSOMEG00000003150	CCNY (ENSOMEG00000003191)	FZD8 (ENSOMEG00000003212)	ENSOMEG00000003221	SPATA5 (ENSOMEG00000003235) #15	nudt6 (ENSOMEG00000003261) #16	fgf2 (ENSOMEG00000003279) #17	BBS12 (ENSOMEG00000003286) #18	ENSOMEG00000003304 #19	ENSOMEG00000003325	ENSOMEG00000003343	adad1 (ENSOMEG00000003366) #20	tlx2 (ENSOMEG00000003383)	npm1b (ENSOMEG00000003414) #22	fgf24 (ENSOMEG00000003428) #23
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	1	ENSOJAG00000005230	septin6 (ENSOJAG00000005240)	ENSOJAG00000005255	septin15 (ENSOJAG00000005278)	ENSOJAG00000005305	ANKRD50 (ENSOJAG00000005310) #14	SPATA5 (ENSOJAG00000005358) #15	nudt6 (ENSOJAG00000005819) #16	fgf2 (ENSOJAG00000005830) #17	BBS12 (ENSOJAG00000005841) #18	ENSOJAG00000005853 #19	ENSOJAG00000005869	ENSOJAG00000005925	adad1 (ENSOJAG00000005960) #20	tlx2 (ENSOJAG00000005979)	npm1b (ENSOJAG00000006012) #22	fgf24 (ENSOJAG00000006025) #23	ENSOJAG00000006072	pcgf1 (ENSOJAG00000006122) #24	lbx2 (ENSOJAG00000006164) #25	nanos1 (ENSOJAG00000006186) #26	ENSOJAG00000006197 #29	phox2bb (ENSOJAG00000006262) #30	tmem33 (ENSOJAG00000006285) #31	bbs7 (ENSOJAG00000006324) #32	anxa5a (ENSOJAG00000006663) #35	ENSOJAG00000006761 #36	fgfbp2a (ENSOJAG00000006768) ##36	prom1a (ENSOJAG00000007018)	TAPT1 (ENSOJAG00000009153)	ldb2a (ENSOJAG00000009447)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	412	ENSHCOG00000004157	ENSHCOG00000004143	ANKRD50 (ENSHCOG00000004123) #14	ENSHCOG00000004119	spry1 (ENSHCOG00000004108)	SPATA5 (ENSHCOG00000004096) #15	ENSHCOG00000004091	nudt6 (ENSHCOG00000004075) #16	fgf2 (ENSHCOG00000004057) #17	BBS12 (ENSHCOG00000004034) #18	ENSHCOG00000004016 #19	ENSHCOG00000003992	ENSHCOG00000003960	adad1 (ENSHCOG00000003944) #20	ENSHCOG00000003913 #21	npm1b (ENSHCOG00000003895) #22	fgf24 (ENSHCOG00000003883) #23	pcgf1 (ENSHCOG00000003873) #24	lbx2 (ENSHCOG00000003866) #25
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	1	SRP72 (ENSMMDG00005006221) #10	zgc:92045 (ENSMMDG00005006199) #11	FAT4 (ENSMMDG00005006140) #13	ENSMMDG00005006126	ENSMMDG00005006125	ANKRD50 (ENSMMDG00005006123) #14	spry1 (ENSMMDG00005006122)	SPATA5 (ENSMMDG00005004447) #15	nudt6 (ENSMMDG00005004349) #16	fgf2 (ENSMMDG00005004338) #17	BBS12 (ENSMMDG00005004333) #18	ENSMMDG00005004325 #19	ENSMMDG00005004317	adad1 (ENSMMDG00005004299) #20	tlx2 (ENSMMDG00005004287)	npm1b (ENSMMDG00005004265) #22	pcgf1 (ENSMMDG00005004243) #24	lbx2 (ENSMMDG00005004230) #25	ENSMMDG00005004225	nanos1 (ENSMMDG00005024128) #26	ctsz (ENSMMDG00005024127)	ENSMMDG00005024125	ENSMMDG00005024124 #29	ENSMMDG00005024123 #29	phox2bb (ENSMMDG00005024119) #30	tmem33 (ENSMMDG00005024118) #31	bbs7 (ENSMMDG00005024098) #32	gm2a (ENSMMDG00005024089)	CCDC69 (ENSMMDG00005024088)	emx3 (ENSMMDG00005024085)	b4galt7 (ENSMMDG00005024082)
Cod	MODERN SPECIES	1	ENSGMOG00000023630	ENSGMOG00000035563	ENSGMOG00000032906	ENSGMOG00000034040	ENSGMOG00000035025	ENSGMOG00000029812	ANKRD50 (ENSGMOG00000023665) #14	spry1 (ENSGMOG00000030540)	SPATA5 (ENSGMOG00000011036) #15	NUDT6 (ENSGMOG00000011027) #16	fgf2 (ENSGMOG00000011016) #17	BBS12 (ENSGMOG00000031617) #18	ENSGMOG00000016979 #19	adad1 (ENSGMOG00000002821) #20	tlx2 (ENSGMOG00000002723)	npm1b (ENSGMOG00000002689) #22	fgf24 (ENSGMOG00000028793) #23	pcgf1 (ENSGMOG00000016075) #24	lbx2 (ENSGMOG00000022499) #25	ENSGMOG00000012732	LIMCH1 (ENSGMOG00000023784) #29	ENSGMOG00000034262 #30	TMEM33 (ENSGMOG00000012721) #31	BBS7 (ENSGMOG00000012717) #32	CCNA2 (ENSGMOG00000012712) #33	ENSGMOG00000030162	ANXA5 (ENSGMOG00000019400) #35	ENSGMOG00000032959	ENSGMOG00000008840	ENSGMOG00000012412	ENSGMOG00000012416
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00390000017143 #7	ENSGT00940000159397 #8	ENSGT00390000013264 #10	ENSGT00390000006503.b #11	ENSGT00940000155719.b #13	ENSGT00940000155116.b #14	ENSGT00950000183055.b.a	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458 #16	ENSGT00940000167088 #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309 #19	ENSGT01030000235110	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002.h #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000160738.m	ENSGT00940000153137.a.b	ENSGT00940000160738.n	ENSGT00950000183201.b.b.b.a	ENSGT00950000182915.a.a.a	ENSGT00940000156526.a
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	367							ENSGT00950000183055.b.a.g	ENSGT00390000008458.l #16	ENSGT00940000167088.h #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309.d #19	ENSGT01030000235110.b	ENSGT00990000207836.A	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000164405.i #22	ENSGT00940000167002.g #23	ENSGT00940000159651.e #24	ENSGT00940000166497.b #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a #26	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00940000160738.m	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e	ENSGT00950000182915.a.a.a.i	ENSGT00940000156526.a.n	ENSGT00390000002781.l	ENSGT00940000158554.b
Huchen	MODERN SPECIES	513															tlx2 (ENSHHUG00000020525)	npm1b (ENSHHUG00000020511) #22	fgf24 (ENSHHUG00000020497) #23	pcgf1 (ENSHHUG00000020490) #24	lbx2 (ENSHHUG00000020487) #25	nanos1 (ENSHHUG00000020477) #26	ENSHHUG00000020472	ap1ar (ENSHHUG00000020462)	gabra4 (ENSHHUG00000020456)	GABRA2 (ENSHHUG00000020283)	GUF1 (ENSHHUG00000020273)	PCDH12 (ENSHHUG00000020269)	ENSHHUG00000020265	MAML1 (ENSHHUG00000020263)	canx (ENSHHUG00000020209)	mgat4b (ENSHHUG00000020073)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000017143.f #7	ENSGT00940000159397.i #8	ENSGT00390000013264.r #10	ENSGT00390000006503.b.i.b #11	ENSGT00940000155719.b.l #13	ENSGT00940000155116.b.z #14	ENSGT00950000183055.b.a.g	ENSGT00390000008458.l #16	ENSGT00940000167088.h #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309.d #19	ENSGT01030000235110.b	ENSGT00990000207836.A	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000164405.i #22	ENSGT00940000167002.g #23	ENSGT00940000159651.e #24	ENSGT00940000166497.b #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a #26	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00940000160738.m	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e	ENSGT00950000182915.a.a.a.i	ENSGT00940000156526.a.n	ENSGT00390000002781.l	ENSGT00940000158554.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00950000182924.B.a.a.f	ENSGT00940000159397.i #8	ENSGT00390000013264.r #10	ENSGT00390000006503.b.i.b #11	ENSGT00940000155719.b.l #13	ENSGT00940000155116.b.z #14	ENSGT00950000183055.b.a.g	ENSGT00390000008458.l #16	ENSGT00940000167088.h #17	ENSGT00390000008984.m #18	ENSGT00940000162309.d #19	ENSGT01030000235110.b	ENSGT00990000207836.A	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000164405.i #22	ENSGT00940000167002.g #23	ENSGT00940000159651.e #24	ENSGT00940000166497.b #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a #26	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00940000160738.m	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e	ENSGT00950000182915.a.a.a.i	ENSGT00940000156526.a.n	ENSGT00390000002781.l	ENSGT00940000158554.b
River trout	MODERN SPECIES	22	arl9 (ENSSTUG00000000641) #8	SRP72 (ENSSTUG00000000536) #10	zgc:92045 (ENSSTUG00000000501) #11	ENSSTUG00000000488	FAT4 (ENSSTUG00000000459) #13	ANKRD50 (ENSSTUG00000000453) #14	spry1 (ENSSTUG00000000449)	ENSSTUG00000000435	fgf2 (ENSSTUG00000000433) #17	BBS12 (ENSSTUG00000000067) #18	ENSSTUG00000000064 #19	ENSSTUG00000042553	ENSSTUG00000042528	adad1 (ENSSTUG00000042504) #20	tlx2 (ENSSTUG00000042480)	npm1b (ENSSTUG00000042438) #22	fgf24 (ENSSTUG00000042397) #23	pcgf1 (ENSSTUG00000042341) #24	lbx2 (ENSSTUG00000042316) #25	nanos1 (ENSSTUG00000042291) #26	ap1ar (ENSSTUG00000042269)	gabra4 (ENSSTUG00000042200)	GABRA2 (ENSSTUG00000042105)	GUF1 (ENSSTUG00000040706)	PCDH12 (ENSSTUG00000040613)	LTC4S (ENSSTUG00000040592)	ENSSTUG00000040574	canx (ENSSTUG00000040523)	mgat4b (ENSSTUG00000039183)	sqstm1 (ENSSTUG00000039128)	ENSSTUG00000039125
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	24	ENSSSAG00000003709	ARL9 (ENSSSAG00000003499) #8	ENSSSAG00000003149 #10	leprotl1 (ENSSSAG00000003112) #11	FAT4 (ENSSSAG00000003093) #13	ANKRD50 (ENSSSAG00000003084) #14	spy1 (ENSSSAG00000003078)	NUDT6 (ENSSSAG00000109873) #16	fgf2 (ENSSSAG00000119911) #17	BBS12 (ENSSSAG00000003060) #18	ENSSSAG00000003047 #19	ENSSSAG00000003037	ENSSSAG00000003029	adad1 (ENSSSAG00000003012) #20	tlx2 (ENSSSAG00000118712)	npm1b (ENSSSAG00000002978) #22	fgf24 (ENSSSAG00000101433) #23	pcgf1 (ENSSSAG00000076508) #24	lbx2 (ENSSSAG00000116761) #25	nanos1 (ENSSSAG00000108324) #26	ap1ar (ENSSSAG00000076488)	gabra4 (ENSSSAG00000076474)	ENSSSAG00000087846	ENSSSAG00000076466	guf1 (ENSSSAG00000076202)	ENSSSAG00000076189	LTC4S (ENSSSAG00000089536)	ENSSSAG00000076182	canx (ENSSSAG00000076158)	mgat4b (ENSSSAG00000076123)	sqstm1 (ENSSSAG00000076115)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000017143.f #7	ENSGT00940000159397.i #8	ENSGT00390000013264.r #10	ENSGT00390000006503.b.i.b #11	ENSGT00940000155719.b.l #13	ENSGT00940000155116.b.z #14	ENSGT00950000183055.b.a.g	ENSGT00390000008458.l #16	ENSGT00940000167088.h #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309.d #19	ENSGT01030000235110.b	ENSGT00990000207836.A	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000164405.i #22	ENSGT00940000167002.g #23	ENSGT00940000159651.e #24	ENSGT00940000166497.b #25	ENSGT01100000265271	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a #26	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00940000176194	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e	ENSGT00950000182915.a.a.a.i	ENSGT00940000156526.a.n	ENSGT00390000002781.l
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000017143.f #7	ENSGT00940000159397.i #8	ENSGT00390000013264.r #10	ENSGT00390000006503.b.i.b #11	ENSGT00940000155719.b.l #13	ENSGT00940000155116.b.z #14	ENSGT00950000183055.b.a.g	ENSGT00390000008458.l #16	ENSGT00940000167088.h #17	ENSGT00390000008984 #18	ENSGT00940000162309.d #19	ENSGT01030000235110.b	ENSGT00990000207836.A	ENSGT00940000156842 #20	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000164405.i #22	ENSGT00940000167002.g #23	ENSGT00940000159651.e #24	ENSGT00940000166497.b #25	ENSGT01100000265271	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a #26	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00940000176194	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e	ENSGT00950000182915.a.a.a.i	ENSGT00940000156526.a.n	ENSGT00390000002781.l
Coho salmon	MODERN SPECIES	10	arl9 (ENSOKIG00005033999) #8	SRP72 (ENSOKIG00005034020) #10	zgc:92045 (ENSOKIG00005034084) #11	FAT4 (ENSOKIG00005034112) #13	ANKRD50 (ENSOKIG00005034174) #14	ENSOKIG00005034188	spry1 (ENSOKIG00005034195)	ENSOKIG00005034201 #17	ENSOKIG00005034216	BBS12 (ENSOKIG00005034230) #18	ENSOKIG00005034240 #19	ENSOKIG00005034283	ENSOKIG00005034329	adad1 (ENSOKIG00005034341) #20	tlx2 (ENSOKIG00005034385)	npm1b (ENSOKIG00005034412) #22	pcgf1 (ENSOKIG00005034462) #24	lbx2 (ENSOKIG00005034476) #25	ENSOKIG00005034487	nanos1 (ENSOKIG00005034503) #26	ap1ar (ENSOKIG00005034520)	gabra4 (ENSOKIG00005034531)	GABRA2 (ENSOKIG00005034571)	GUF1 (ENSOKIG00005035293)	PCDH12 (ENSOKIG00005036097)	ENSOKIG00005036115	MAML1 (ENSOKIG00005036142)	canx (ENSOKIG00005036172)	mgat4b (ENSOKIG00005036327)	sqstm1 (ENSOKIG00005038304)	TBC1D9B (ENSOKIG00005038477)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	13	ENSOTSG00005042873	SLC49A3 (ENSOTSG00005042874)	NCBP1 (ENSOTSG00005042875)	TSTD2 (ENSOTSG00005042876)	ENSOTSG00005042898	hopx (ENSOTSG00005044744) #7	arl9 (ENSOTSG00005044745) #8	SRP72 (ENSOTSG00005044746) #10	zgc:92045 (ENSOTSG00005044752) #11	FAT4 (ENSOTSG00005044753) #13	ANKRD50 (ENSOTSG00005044754) #14	spry1 (ENSOTSG00005044755)	ENSOTSG00005044756	adad1 (ENSOTSG00005044757) #20	tlx2 (ENSOTSG00005044759)	npm1b (ENSOTSG00005044760) #22	fgf24 (ENSOTSG00005044761) #23	pcgf1 (ENSOTSG00005044762) #24	lbx2 (ENSOTSG00005044763) #25	nanos1 (ENSOTSG00005044764) #26	ENSOTSG00005044765	ap1ar (ENSOTSG00005044767)	gabra4 (ENSOTSG00005044768)	GABRA2 (ENSOTSG00005044770)	GUF1 (ENSOTSG00005045033)	PCDH12 (ENSOTSG00005045270)	ENSOTSG00005045271	MAML1 (ENSOTSG00005045272)	canx (ENSOTSG00005045278)	mgat4b (ENSOTSG00005045367)	sqstm1 (ENSOTSG00005045547)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	5	SRP72 (ENSOMYG00000003507) #10	ENSOMYG00000003626 #11	ENSOMYG00000063082	FAT4 (ENSOMYG00000003799) #13	ANKRD50 (ENSOMYG00000003861) #14	spry1 (ENSOMYG00000003882)	NUDT6 (ENSOMYG00000064835) #16	fgf2 (ENSOMYG00000003904) #17	BBS12 (ENSOMYG00000003981) #18	cetn4 (ENSOMYG00000004004) #19	ENSOMYG00000004084	ENSOMYG00000076994	ENSOMYG00000004124	adad1 (ENSOMYG00000004151) #20	tlx2 (ENSOMYG00000004195)	npm1b (ENSOMYG00000044750) #22	fgf24 (ENSOMYG00000004413) #23	pcgf1 (ENSOMYG00000004531) #24	lbx2 (ENSOMYG00000004564) #25	ENSOMYG00000052017	nanos1 (ENSOMYG00000004577) #26	ap1ar (ENSOMYG00000004627)	gabra4 (ENSOMYG00000004656)	ENSOMYG00000049825	ENSOMYG00000004777	ENSOMYG00000005528	ENSOMYG00000006023	ENSOMYG00000006037	ENSOMYG00000006057	canx (ENSOMYG00000006488)	mgat4b (ENSOMYG00000006797)
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00950000182924.B.a.a.e	ENSGT00390000017143.e #7	ENSGT00940000159397.j #8	ENSGT00390000013264.q #10	ENSGT00390000006503.b.i.a #11	ENSGT00940000155719.b.k #13	ENSGT00940000155116.b.y #14	ENSGT00950000183055.b.a.h	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458.k #16	ENSGT00940000167088.g #17	ENSGT00940000162309.c #19	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00990000207836.B	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00940000164405.j #22	ENSGT00940000167002.h #23	ENSGT00940000159651.f #24	ENSGT00940000166497.a #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.b #26	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000153137.a.b	ENSGT00940000160738.n	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f	ENSGT00950000182915.a.a.a.j	ENSGT00940000156526.a.m	ENSGT00390000002781.k	ENSGT00390000006124
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00390000017143.e #7	ENSGT00940000159397.j #8	ENSGT00390000013264.q #10	ENSGT00390000006503.b.i.a #11	ENSGT00940000155719.b.k #13	ENSGT00940000155116.b.y #14	ENSGT00950000183055.b.a.h	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458.k #16	ENSGT00940000167088.g #17	ENSGT00390000008984.n #18	ENSGT00940000162309.c #19	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00990000207836.B	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00940000164405.j #22	ENSGT00940000167002.h #23	ENSGT00940000159651.f #24	ENSGT00940000166497.a #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.b #26	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000153137.a.b	ENSGT00940000160738.n	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f	ENSGT00950000182915.a.a.a.j	ENSGT00940000156526.a.m	ENSGT00390000002781.k	ENSGT00390000006124
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	arl9 (ENSSSAG00000037784) #8	ENSSSAG00000086415 #11	SRP72 (ENSSSAG00000073689) #10	FAT4 (ENSSSAG00000073671) #13	ankrd50 (ENSSSAG00000073664) #14	SPY1 (ENSSSAG00000073660)	SPATA5 (ENSSSAG00000073614) #15	nudt6 (ENSSSAG00000073609) #16	fgf2 (ENSSSAG00000114007) #17	ENSSSAG00000073602 #19	ENSSSAG00000073600	ENSSSAG00000073599	ENSSSAG00000073598	ENSSSAG00000118910	tlx2 (ENSSSAG00000073594)	npm1b (ENSSSAG00000087613) #22	fgf24 (ENSSSAG00000073589) #23	pcgf1 (ENSSSAG00000073584) #24	lbx2 (ENSSSAG00000117592) #25	nanos1 (ENSSSAG00000073581) #26	ap1ar (ENSSSAG00000073576)	gabra4 (ENSSSAG00000107159)	ENSSSAG00000073523	ENSSSAG00000073511	ENSSSAG00000106678	LTC4S (ENSSSAG00000100228)	ENSSSAG00000107190	canx (ENSSSAG00000073461)	mgat4b (ENSSSAG00000118203)	TBC1D9B (ENSSSAG00000073271)	sqstm1 (ENSSSAG00000073443)
River trout	MODERN SPECIES	4	hopx (ENSSTUG00000011141) #7	arl9 (ENSSTUG00000011131) #8	SRP72 (ENSSTUG00000011021) #10	zgc:92045 (ENSSTUG00000011005) #11	FAT4 (ENSSTUG00000010989) #13	ANKRD50 (ENSSTUG00000030218) #14	spry1 (ENSSTUG00000030212)	SPATA5 (ENSSTUG00000029398) #15	nudt6 (ENSSTUG00000029372) #16	fgf2 (ENSSTUG00000029353) #17	ENSSTUG00000029337 #18	ENSSTUG00000029298 #19	il21 (ENSSTUG00000029260)	ENSSTUG00000029240	tlx2 (ENSSTUG00000029226)	npm1b (ENSSTUG00000029216) #22	fgf24 (ENSSTUG00000029181) #23	pcgf1 (ENSSTUG00000029166) #24	lbx2 (ENSSTUG00000029158) #25	nanos1 (ENSSTUG00000029148) #26	ap1ar (ENSSTUG00000029120)	gabra4 (ENSSTUG00000029107)	GABRA2 (ENSSTUG00000027559)	PCDH12 (ENSSTUG00000027533)	ENSSTUG00000027528	LTC4S (ENSSTUG00000027520)	MAML1 (ENSSTUG00000027510)	canx (ENSSTUG00000027494)	mgat4b (ENSSTUG00000027122)	sqstm1 (ENSSTUG00000027093)	ENSSTUG00000027088
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00950000182924.B.a.a.e	ENSGT00390000017143.e #7	ENSGT00940000159397.j #8	ENSGT00390000013264.q #10	ENSGT00390000006503.b.j #11	ENSGT00940000155719.b.k #13	ENSGT00940000155116.b.y #14	ENSGT00950000183055.b.a.h	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458.k #16	ENSGT00940000167088.g #17	ENSGT00940000162309.c #19	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00990000207836.B	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00940000164405.j #22	ENSGT00940000167002.h #23	ENSGT00940000159651.f #24	ENSGT00940000166497.a #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.j #26	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000153137.a.b	ENSGT00940000160738.n	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f	ENSGT00950000182915.a.a.a.j	ENSGT00940000156526.a.m	ENSGT00390000002781.k	ENSGT00390000006124
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00950000182924.B.a.a.e	ENSGT00390000017143.e #7	ENSGT00940000159397.j #8	ENSGT00390000013264.q #10	ENSGT00390000006503.b.j #11	ENSGT00940000155719.b.k #13	ENSGT00940000155116.b.y #14	ENSGT00950000183055.b.a.h	ENSGT00940000157323 #15	ENSGT00390000008458.k #16	ENSGT00940000167088.g #17	ENSGT00940000162309.c #19	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00990000207836.B	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00940000164405.j #22	ENSGT00940000167002.h #23	ENSGT00940000159651.f #24	ENSGT00940000166497.a #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.j #26	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000153137.a.b	ENSGT00940000160738.n	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f	ENSGT00950000182915.a.a.a.j	ENSGT00940000156526.a.m	ENSGT00390000002781.k	ENSGT00390000006124
Chinook salmon	MODERN SPECIES	32	SEC24B (ENSOTSG00005040895)	hopx (ENSOTSG00005043530) #7	arl9 (ENSOTSG00005043531) #8	SRP72 (ENSOTSG00005043533) #10	LEPROTL1 (ENSOTSG00005043548) #11	FAT4 (ENSOTSG00005043553) #13	ANKRD50 (ENSOTSG00005043554) #14	spry1 (ENSOTSG00005043555)	SPATA5 (ENSOTSG00005043556) #15	nudt6 (ENSOTSG00005043563) #16	fgf2 (ENSOTSG00005043565) #17	ENSOTSG00005043567 #19	ENSOTSG00005043598	ENSOTSG00005043599	tlx2 (ENSOTSG00005043600)	npm1b (ENSOTSG00005043601) #22	fgf24 (ENSOTSG00005043602) #23	pcgf1 (ENSOTSG00005043607) #24	lbx2 (ENSOTSG00005043610) #25	nanos1 (ENSOTSG00005043611) #26	ap1ar (ENSOTSG00005043613)	gabra4 (ENSOTSG00005043614)	GABRA2 (ENSOTSG00005043617)	PCDH12 (ENSOTSG00005044101)	ENSOTSG00005044103	LTC4S (ENSOTSG00005044104)	MAML1 (ENSOTSG00005044106)	canx (ENSOTSG00005044108)	mgat4b (ENSOTSG00005044114)	sqstm1 (ENSOTSG00005044199)	mrnip (ENSOTSG00005044200)
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	SEC24B (ENSOKIG00005026581)	hopx (ENSOKIG00005028540) #7	arl9 (ENSOKIG00005028560) #8	SRP72 (ENSOKIG00005028642) #10	LEPROTL1 (ENSOKIG00005029105) #11	FAT4 (ENSOKIG00005029146) #13	ANKRD50 (ENSOKIG00005029153) #14	spry1 (ENSOKIG00005029164)	SPATA5 (ENSOKIG00005029232) #15	nudt6 (ENSOKIG00005029992) #16	fgf2 (ENSOKIG00005030000) #17	ENSOKIG00005030029 #19	ENSOKIG00005030174	ENSOKIG00005030216	tlx2 (ENSOKIG00005030237)	npm1b (ENSOKIG00005030275) #22	fgf24 (ENSOKIG00005030326) #23	pcgf1 (ENSOKIG00005030402) #24	lbx2 (ENSOKIG00005030531) #25	nanos1 (ENSOKIG00005030552) #26	ap1ar (ENSOKIG00005030570)	ENSOKIG00005030585	gabra4 (ENSOKIG00005004238)	GABRA2 (ENSOKIG00005004415)	PCDH12 (ENSOKIG00005004873)	ENSOKIG00005004877	ENSOKIG00005004900	MAML1 (ENSOKIG00005004965)	mgat4b (ENSOKIG00005005139)	sqstm1 (ENSOKIG00005005419)	mrnip (ENSOKIG00005005431)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	23	SRP72 (ENSOMYG00000044461) #10	ENSOMYG00000044650 #11	FAT4 (ENSOMYG00000044656) #13	ANKRD50 (ENSOMYG00000044664) #14	spry1 (ENSOMYG00000044667)	SPATA5 (ENSOMYG00000044685) #15	ENSOMYG00000066034	NUDT6 (ENSOMYG00000044716) #16	fgf2 (ENSOMYG00000044720) #17	ENSOMYG00000044725 #19	ENSOMYG00000056818	IL21B (ENSOMYG00000044729)	il2 (ENSOMYG00000044734)	ENSOMYG00000044739	tlx2 (ENSOMYG00000044744)	npm1b (ENSOMYG00000072502) #22	pcgf1 (ENSOMYG00000044759) #24	lbx2 (ENSOMYG00000044763) #25	nanos1 (ENSOMYG00000044766) #26	ap1ar (ENSOMYG00000044772)	gabra4 (ENSOMYG00000044782)	ENSOMYG00000044811	ENSOMYG00000070618	ENSOMYG00000044858	ENSOMYG00000044862	LTC4S (ENSOMYG00000051938)	ENSOMYG00000071499	canx (ENSOMYG00000044873)	mgat4b (ENSOMYG00000044895)	sqstm1 (ENSOMYG00000044911)	ENSOMYG00000048178
Huchen	MODERN SPECIES						FAT4 (ENSHHUG00000000002) #13	ENSHHUG00000000003 ##13	ANKRD50 (ENSHHUG00000000004) #14	spry1 (ENSHHUG00000000005)	SPATA5 (ENSHHUG00000000006) #15	nudt6 (ENSHHUG00000000053) #16	fgf2 (ENSHHUG00000000080) #17	ENSHHUG00000000095 #19	ENSHHUG00000000301	ENSHHUG00000000318	tlx2 (ENSHHUG00000000354)	npm1b (ENSHHUG00000000404) #22	fgf24 (ENSHHUG00000000417) #23	pcgf1 (ENSHHUG00000000471) #24	lbx2 (ENSHHUG00000000497) #25	nanos1 (ENSHHUG00000000503) #26	ap1ar (ENSHHUG00000000527)	gabra4 (ENSHHUG00000000544)	GABRA2 (ENSHHUG00000000583)	ENSHHUG00000000640	PCDH12 (ENSHHUG00000000644)	ENSHHUG00000000648	LTC4S (ENSHHUG00000000654)	MAML1 (ENSHHUG00000000656)	canx (ENSHHUG00000000657)	mgat4b (ENSHHUG00000000790)	sqstm1 (ENSHHUG00000000816)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	66									ENSGT00940000161041	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b	ENSGT00940000165492.a.a	ENSGT00390000016110	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a	ENSGT00950000183035.b.e	ENSGT00940000164838.f	ENSGT00390000010950	ENSGT00940000162201.p	ENSGT00940000157489	ENSGT00670000098059.c.a
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000183177.a.a.a.a.g	ENSGT00940000178677	ENSGT00940000166254.a	ENSGT00940000164577.b	ENSGT00940000153664.A.b.b	ENSGT00940000165461	ENSGT00950000183027.a.a.b	ENSGT00940000161041	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b	ENSGT00940000154394.b.a.b	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000016110	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651.d #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a	ENSGT00950000183035.b.e	ENSGT00940000164838.f	ENSGT00390000010950	ENSGT00940000162201.p	ENSGT00940000161843	ENSGT00940000164241
Atlantic herring	MODERN SPECIES	22	ENSCHAG00000000925	rgs14a (ENSCHAG00000000870)	arl3l2 (ENSCHAG00000000737)	PFN3 (ENSCHAG00000000625)	ENSCHAG00000000581	ENSCHAG00000000557	RBM22 (ENSCHAG00000000539)	kctd8 (ENSCHAG00000000488)	loxl3a (ENSCHAG00000000272)	TUBB4B (ENSCHAG00000000203)	ENSCHAG00000000195	ENSCHAG00000011334	aup1 (ENSCHAG00000011304)	kazald2 (ENSCHAG00000011294)	tlx2 (ENSCHAG00000011269)	npm1b (ENSCHAG00000011252) #22	fgf24 (ENSCHAG00000011215) #23	pcgf1 (ENSCHAG00000011180) #24	lbx2 (ENSCHAG00000011150) #25	nanos1 (ENSCHAG00000011138) #26	ap1ar (ENSCHAG00000011122)	gabra4 (ENSCHAG00000010967)	ENSCHAG00000010381	GUF1 (ENSCHAG00000010012)	GNPDA2 (ENSCHAG00000009965)	ENSCHAG00000009935	ENSCHAG00000009922	ints10 (ENSCHAG00000009676)	tlr1 (ENSCHAG00000009665)	nkx3-2 (ENSCHAG00000009654)	ENSCHAG00000009618
Denticle herring	MODERN SPECIES	9	ENSDCDG00000021395	ENSDCDG00000021340	adra2da (ENSDCDG00000021291)	ENSDCDG00000021290	ENSDCDG00000021288	arl3l2 (ENSDCDG00000021286)	rgs14a (ENSDCDG00000026855)	arl3l2 (ENSDCDG00000026853)	ENSDCDG00000026849	kctd8 (ENSDCDG00000026847)	loxl3a (ENSDCDG00000026780)	tubb4b (ENSDCDG00000026759)	aup1 (ENSDCDG00000026744)	kazald2 (ENSDCDG00000026736)	tlx2 (ENSDCDG00000026731)	npm1b (ENSDCDG00000026725) #22	fgf24 (ENSDCDG00000026719) #23	lbx2 (ENSDCDG00000026714) #25	nanos1 (ENSDCDG00000026712) #26	ap1ar (ENSDCDG00000026709)	gabra4 (ENSDCDG00000026706)	ENSDCDG00000025555	GUF1 (ENSDCDG00000025116)	ENSDCDG00000025104	ENSDCDG00000025102	ENSDCDG00000025101	ints10 (ENSDCDG00000025095)	tlr1 (ENSDCDG00000025094)	ENSDCDG00000025075	ENSDCDG00000025068	nkx3-2 (ENSDCDG00000025066)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000161041	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00390000004692.d.a.n	ENSGT00980000199397	ENSGT00940000154394.b.a.b	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b	ENSGT00390000016110	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000159868.b	ENSGT00940000156168.B	ENSGT00940000155068.b	ENSGT00940000165076.b	ENSGT00940000166792	ENSGT00940000154909.b.a	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a	ENSGT00950000183035.b.e.a	ENSGT00940000164838.f	ENSGT00390000015511	ENSGT00940000155599.i.a.a.l	ENSGT00940000153232.a.b.b	ENSGT00940000159063.e
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000002089.a.a.b	ENSGT00730000111187.a.a	ENSGT00940000160310.a	ENSGT00940000166208	ENSGT00940000164608	ENSGT00620000087966.b	ENSGT00390000007539.a	ENSGT00940000156764.b	ENSGT00390000011639.o	ENSGT00940000161041	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b	ENSGT00390000016110	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a	ENSGT00950000183035.b.e.a	ENSGT00940000164838.f	ENSGT00390000015511	ENSGT00940000155599.i.a.a.l	ENSGT00940000153232.a.b.b	ENSGT00940000159063.e
Channel catfish	MODERN SPECIES	27	chic1 (ENSIPUG00000019757)	LNX2 (ENSIPUG00000019764)	slc25a43 (ENSIPUG00000019796)	slc25a5 (ENSIPUG00000019820)	trmt112 (ENSIPUG00000019865)	atg2a (ENSIPUG00000019878)	nxf1a (ENSIPUG00000019958)	ENSIPUG00000020018	BSCL2 (ENSIPUG00000020027)	KCTD8 (ENSIPUG00000020041)	Loxl3 (ENSIPUG00000020049)	tubb4b (ENSIPUG00000020091)	aup1 (ENSIPUG00000020112)	kazald2 (ENSIPUG00000020140)	tlx2 (ENSIPUG00000020150)	npm1b (ENSIPUG00000020165) #22	fgf24 (ENSIPUG00000020197) #23	ENSIPUG00000020212	pcgf1 (ENSIPUG00000020218) #24	lbx1 (ENSIPUG00000020237) #25	nanos1 (ENSIPUG00000020252) #26	AP1AR (ENSIPUG00000020283)	GABRA4 (ENSIPUG00000020334)	ENSIPUG00000020363	GUF1 (ENSIPUG00000020387)	GNPDA1 (ENSIPUG00000020441)	ENSIPUG00000020461	ENSIPUG00000020480	ENSIPUG00000020485	ENSIPUG00000020496	cenpu (ENSIPUG00000020497)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000002089.a.a.b	ENSGT00730000111187.a.a	ENSGT00940000160310.a	ENSGT00940000166208	ENSGT00940000164608	ENSGT00620000087966.b	ENSGT00390000007539.a	ENSGT00940000156764.b	ENSGT00390000011639.o	ENSGT00940000161041	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b	ENSGT00390000016110	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a	ENSGT00950000183035.b.e.a	ENSGT00940000164838.f	ENSGT00390000015511	ENSGT00940000155599.i.a.a.l	ENSGT00940000153232.a.b.b	ENSGT00940000159063.e
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160310.a	ENSGT00940000166208	ENSGT00940000164608	ENSGT00620000087966.b	ENSGT00390000007539.a	ENSGT00940000156764.b	ENSGT00390000011639.o	ENSGT00940000161041	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b	ENSGT00390000016110	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000159868.b	ENSGT00940000156168.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002 #23	ENSGT00940000159651 #24	ENSGT00940000166497 #25	ENSGT00950000183135.B.a.b #26	ENSGT00940000167144	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a	ENSGT00950000183035.b.e.a	ENSGT00940000164838.f	ENSGT00390000015511	ENSGT00940000155599.i.a.a.l	ENSGT00940000153232.a.b.b	ENSGT00940000159063.e
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	16	zgc:162144 (ENSAMXG00000005717)	ENSAMXG00000005723	KCNK4 (ENSAMXG00000005733)	ENSAMXG00000038027	trmt112 (ENSAMXG00000036371)	ATG2A (ENSAMXG00000019134)	nxf1a (ENSAMXG00000005752)	ENSAMXG00000005760	bscl2l (ENSAMXG00000037290)	kctd8 (ENSAMXG00000035562)	loxl3a (ENSAMXG00000005786)	ENSAMXG00000030398	aup1 (ENSAMXG00000029407)	kazald2 (ENSAMXG00000005809)	tlx2 (ENSAMXG00000005815)	npm1b (ENSAMXG00000042148) #22	fgf24 (ENSAMXG00000005825) #23	pcgf1 (ENSAMXG00000005832) #24	lbx2 (ENSAMXG00000031000) #25	nanos1 (ENSAMXG00000043091) #26	ap1ar (ENSAMXG00000005849)	gabra4 (ENSAMXG00000005855)	GABRA2 (ENSAMXG00000039580)	ENSAMXG00000029805	GUF1 (ENSAMXG00000005871)	ENSAMXG00000040089	ENSAMXG00000005879	ENSAMXG00000043856	ENSAMXG00000025950	dhrs13l1 (ENSAMXG00000013473)	ENSAMXG00000034083
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	97															tlx2 (ENSPNAG00000025586)	npm1b (ENSPNAG00000005498) #22	fgf24 (ENSPNAG00000025510) #23	pcgf1 (ENSPNAG00000006700) #24	lbx2 (ENSPNAG00000025424) #25	nanos1 (ENSPNAG00000004874) #26	ap1ar (ENSPNAG00000025344)	gabra4 (ENSPNAG00000025276)	GABRA2 (ENSPNAG00000005023)	GUF1 (ENSPNAG00000025157)	ENSPNAG00000025038	ENSPNAG00000025008	ENSPNAG00000024932	ENSPNAG00000024913	dhrs13l1 (ENSPNAG00000003850)	CASP3 (ENSPNAG00000024845)	CASP3 (ENSPNAG00000004722)
Electric eel	MODERN SPECIES	12	ENSEEEG00000016507	stx5a (ENSEEEG00000016492)	KCNK4 (ENSEEEG00000016489)	ENSEEEG00000016449	trmt112 (ENSEEEG00000016445)	ATG2A (ENSEEEG00000016436)	nxf1a (ENSEEEG00000016126)	ENSEEEG00000016108	bscl2l (ENSEEEG00000016104)	kctd8 (ENSEEEG00000016100)	loxl3a (ENSEEEG00000016098)	tubb4b (ENSEEEG00000016096)	aup1 (ENSEEEG00000016094)	kazald2 (ENSEEEG00000016091)	tlx2 (ENSEEEG00000016089)	npm1b (ENSEEEG00000016088) #22	fgf24 (ENSEEEG00000016056) #23	ENSEEEG00000016048	pcgf1 (ENSEEEG00000016039) #24	lbx2 (ENSEEEG00000016036) #25	nanos1 (ENSEEEG00000016035) #26	ap1ar (ENSEEEG00000016033)	gabra4 (ENSEEEG00000016030)	ENSEEEG00000016025	GUF1 (ENSEEEG00000015858)	GNPDA2 (ENSEEEG00000015852)	ENSEEEG00000015851	ENSEEEG00000015849	CASP3 (ENSEEEG00000015846)	irf2 (ENSEEEG00000015844)	enpp6 (ENSEEEG00000015839)
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Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	171	ENSGT00940000166208.h	ENSGT00940000164608	ENSGT00620000087966.b.e	ENSGT00390000007539.a.e	ENSGT00940000156764.b.a	ENSGT00390000011639.o.b	ENSGT00940000161041.e	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b.d	ENSGT00390000020276.mb.b	ENSGT00980000199397	ENSGT00940000154394.b.a.b	ENSGT00390000016110.m	ENSGT00530000063555.B.cd.a	ENSGT00940000165256.h	ENSGT00940000164405.k.a #22	ENSGT00940000167002.f.a #23	ENSGT00940000159651.b #24	ENSGT00940000166497.c #25	ENSGT00950000183135.B.a.b.g #26	ENSGT00940000167144.f	ENSGT00940000159024.f	ENSGT00940000157266.b.g	ENSGT00550000074940	ENSGT00390000014316.c.a.c	ENSGT00950000183035.b.e.a.b	ENSGT00940000164838.f.a	ENSGT00390000015511.k	ENSGT00940000153232.a.b.b.o.a	ENSGT00940000159063.e.b	ENSGT00940000158457.f
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	111	ENSSGRG00000036016	zgc:162144 (ENSSGRG00000036018)	ENSSGRG00000036020	KCNK4 (ENSSGRG00000036022)	ENSSGRG00000036024	trmt112 (ENSSGRG00000036025)	ATG2A (ENSSGRG00000036058)	nxf1a (ENSSGRG00000036915)	ENSSGRG00000036916	bscl2l (ENSSGRG00000036918)	kctd8 (ENSSGRG00000036919)	loxl3a (ENSSGRG00000036924)	tubb4b (ENSSGRG00000036966)	kazald2 (ENSSGRG00000036970)	tlx2 (ENSSGRG00000036971)	npm1b (ENSSGRG00000036973) #22	fgf24 (ENSSGRG00000036974) #23	pcgf1 (ENSSGRG00000036976) #24	lbx2 (ENSSGRG00000036977) #25	nanos1 (ENSSGRG00000036979) #26	ap1ar (ENSSGRG00000036980)	gabra4 (ENSSGRG00000036983)	ENSSGRG00000036985	GUF1 (ENSSGRG00000036986)	ENSSGRG00000036987	ENSSGRG00000036996	dhrs13l1 (ENSSGRG00000036998)	CASP3 (ENSSGRG00000036999)	CASP3 (ENSSGRG00000037004)	irf2 (ENSSGRG00000037126)	enpp6 (ENSSGRG00000037175)
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Goldfish	MODERN SPECIES	5	stx5a (ENSCARG00000026800)	zgc:162144 (ENSCARG00000026830)	ENSCARG00000026838	KCNK4 (ENSCARG00000026861)	ENSCARG00000026896	trmt112 (ENSCARG00000026908)	ATG2A (ENSCARG00000026943)	nxf1a (ENSCARG00000027106)	bscl2l (ENSCARG00000027226)	kctd8 (ENSCARG00000027256)	loxl3a (ENSCARG00000027267)	ENSCARG00000001944	aup1 (ENSCARG00000001966)	kazald2 (ENSCARG00000002004)	tlx2 (ENSCARG00000002023)	npm1b (ENSCARG00000002049) #22	fgf24 (ENSCARG00000002073) #23	pcgf1 (ENSCARG00000002101) #24	lbx2 (ENSCARG00000002147) #25	nanos1 (ENSCARG00000002159) #26	ap1ar (ENSCARG00000002182)	gabra4 (ENSCARG00000002223)	ENSCARG00000002434	GUF1 (ENSCARG00000003366)	GNPDA2 (ENSCARG00000003450)	ENSCARG00000003460	ENSCARG00000003467	CASP3 (ENSCARG00000003470)	irf2 (ENSCARG00000003477)	enpp6 (ENSCARG00000003487)	acsl1b (ENSCARG00000003591)
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT01000000214440.C.ab.b.b	ENSGT00390000002089.a.a.b.h.a	ENSGT00730000111187.a.a.c.b	ENSGT00940000160310.a.b	ENSGT00940000166208.g	ENSGT00620000087966.b.f	ENSGT00390000007539.a.f	ENSGT00940000156764.b.b	ENSGT00390000011639.o.a	ENSGT00940000161041.f	ENSGT00940000158157.d	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b.d	ENSGT00390000016110.n	ENSGT00530000063555.B.cd.b	ENSGT00940000165256.g	ENSGT00940000164405.k.b #22	ENSGT00940000167002.e #23
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	678	ENSSGRG00000022143	stx5a (ENSSGRG00000021949)	zgc:162144 (ENSSGRG00000021939)	ENSSGRG00000021935	ENSSGRG00000021912	ENSSGRG00000021908	ATG2A (ENSSGRG00000021685)	nxf1a (ENSSGRG00000021679)	ENSSGRG00000021678	bscl2l (ENSSGRG00000021676)	kctd8 (ENSSGRG00000021674)	loxl3a (ENSSGRG00000021673)	ENSSGRG00000021671	aup1 (ENSSGRG00000021663)	tlx2 (ENSSGRG00000021656)	npm1b (ENSSGRG00000021654) #22	fgf24 (ENSSGRG00000021653) #23
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000164405.l #22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000164405.l #22
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Zebrafish	MODERN SPECIES	5	nipsnap3a (ENSDARG00000020387)	abca1b (ENSDARG00000079009)	SLC44A1 (ENSDARG00000090982)	TBC1D2 (ENSDARG00000071304)	ELP1 (ENSDARG00000094204)	smu1a (ENSDARG00000002538)	hdx (ENSDARG00000079382)	ENSDARG00000053488	bscl2l (ENSDARG00000025912)	kctd8 (ENSDARG00000067507)	loxl3a (ENSDARG00000076306)	tubb4b (ENSDARG00000002344)	aup1 (ENSDARG00000092609)	kazald2 (ENSDARG00000078518)	tlx2 (ENSDARG00000011273)	npm1b (ENSDARG00000037675) #22	fgf24 (ENSDARG00000037677) #23	pcgf1 (ENSDARG00000001249) #24	lbx2 (ENSDARG00000025131) #25	nanos1 (ENSDARG00000109337) #26	ap1ar (ENSDARG00000031496)	gabra4 (ENSDARG00000013389)	ENSDARG00000113737	GUF1 (ENSDARG00000029088)	ENSDARG00000024443	ENSDARG00000089009	ENSDARG00000040463	ENSDARG00000088924	dhrs13l1 (ENSDARG00000098746)	CASP3 (ENSDARG00000055045)	ENSDARG00000110894
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	368					ENSGT00940000164374.B.c.b	ENSGT01030000234592.A.b.b.b.b	ENSGT00940000155608	ENSGT01090000260030.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263533.b.a.a.a	ENSGT00940000158157.a	ENSGT00940000154394.b.a.a.b.b	ENSGT00390000016110.g	ENSGT00390000008453	ENSGT00530000063555.B	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000164405 #22	ENSGT00940000167002.c #23
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	378	ENSPKIG00000020392	ENSPKIG00000020380	ENSPKIG00000020359	ENSPKIG00000020324	mif (ENSPKIG00000020304)	ENSPKIG00000020292	ENSPKIG00000020275	ENSPKIG00000020243	ENSPKIG00000020222	loxl3a (ENSPKIG00000020201)	tubb4b (ENSPKIG00000020176)	aup1 (ENSPKIG00000020155)	mrps26 (ENSPKIG00000020131)	kazald2 (ENSPKIG00000020104)	tlx2 (ENSPKIG00000020072)	npm1b (ENSPKIG00000020050) #22	fgf24 (ENSPKIG00000020032) #23	pcgf1 (ENSPKIG00000019995) #24	ENSPKIG00000019970 #25	nanos1 (ENSPKIG00000019945) #26
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	20	ENSSFOG00015004520	ENSSFOG00015032502	ENSSFOG00015004759	ENSSFOG00015004775	ENSSFOG00015031080	ENSSFOG00015024450	mif (ENSSFOG00015004863)	ENSSFOG00015004880	ENSSFOG00015026418	loxl3a (ENSSFOG00015004903)	ENSSFOG00015028723	aup1 (ENSSFOG00015004967)	mrps26 (ENSSFOG00015025476)	kazald2 (ENSSFOG00015024509)	tlx2 (ENSSFOG00015005040)	npm1b (ENSSFOG00015005064) #22	fgf24 (ENSSFOG00015005073) #23	pcgf1 (ENSSFOG00015005089) #24	ENSSFOG00015005135 #25	nanos1 (ENSSFOG00015031529) #26	ENSSFOG00015005186	ADAM33 (ENSSFOG00015005203)	dctn1a (ENSSFOG00015005234)	ENSSFOG00015028984	CPXM1 (ENSSFOG00015005306)	ENSSFOG00015005383	ENSSFOG00015005427	si:ch211-165i18.2 (ENSSFOG00015005448)	ENSSFOG00015008358	ENSSFOG00015030210	SLC39A8 (ENSSFOG00015005498)
Spotted gar	MODERN SPECIES	670	nelfa (ENSLOCG00000002190)	ENSLOCG00000002175	ENSLOCG00000002166	PANK2 (ENSLOCG00000002151)	loxl3a (ENSLOCG00000002120)	si:dkey-112g5.13 (ENSLOCG00000002104)	cox17 (ENSLOCG00000002098)	popdc2 (ENSLOCG00000002084)	aup1 (ENSLOCG00000002068)	mrps26 (ENSLOCG00000002051)	ENSLOCG00000002036	ENSLOCG00000002014	si:dkey-33c12.3 (ENSLOCG00000002004)	kazald2 (ENSLOCG00000001985)	tlx2 (ENSLOCG00000001968)	npm1b (ENSLOCG00000001942) #22	fgf24 (ENSLOCG00000001921) #23	pcgf1 (ENSLOCG00000001907) #24	lbx2 (ENSLOCG00000001890) #25	nanos1 (ENSLOCG00000018172) #26	ENSLOCG00000001861	ENSLOCG00000001848	ENSLOCG00000001832	ADAM33 (ENSLOCG00000001814)	fam113 (ENSLOCG00000001799)	dctn1a (ENSLOCG00000001745)	ENSLOCG00000017470	CPXM1 (ENSLOCG00000001718)	ENSLOCG00000001693	ENSLOCG00000001669	ENSLOCG00000001657
Reedfish	MODERN SPECIES	2	gpx3 (ENSECRG00000018380)	tnip1 (ENSECRG00000018289)	anxa6 (ENSECRG00000018165)	zgc:175280 (ENSECRG00000017961)	CCDC69 (ENSECRG00000017901)	ENSECRG00000017880	gm2a (ENSECRG00000017856)	FAT2 (ENSECRG00000017802)	mtnr1al (ENSECRG00000017691)	ENSECRG00000017316	DOCK2 (ENSECRG00000017148)	hrh2a (ENSECRG00000017096)	etf1b (ENSECRG00000017027)	fbxw11a (ENSECRG00000016867)	fgf18b (ENSECRG00000016797)	ENSECRG00000016768 #22	tlx3b (ENSECRG00000016743)	ENSECRG00000016687	kcnip1b (ENSECRG00000016608)	lcp2a (ENSECRG00000016520)	ENSECRG00000016496	foxi3a (ENSECRG00000016480)	nhp2 (ENSECRG00000016455)	ENSECRG00000016374	kif20a (ENSECRG00000016322)	cdc23 (ENSECRG00000016082)	gfra3 (ENSECRG00000016000)	CDC25C (ENSECRG00000015956)	ENSECRG00000015927	fam53c (ENSECRG00000015910)	ENSECRG00000015688