Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Yarkand deer	MODERN SPECIES	26	GPR155 (ENSCHYG00000018083) #7	ENSCHYG00000017877 #8	CHRNA1 (ENSCHYG00000017619) #9	ENSCHYG00000017575 #10	CHN1 (ENSCHYG00000017015) #11	ATF2 (ENSCHYG00000016575) #12	ATP5MC3 (ENSCHYG00000016464) #13	ENSCHYG00000016417 #14	ENSCHYG00000016391 #15	LNPK (ENSCHYG00000016125) #16	HOXD13 (ENSCHYG00000015985) #17	HOXD12 (ENSCHYG00000015954) #18	ENSCHYG00000015846 #19	HOXD10 (ENSCHYG00000015831) #20	HOXD9 (ENSCHYG00000015808) #21	HOXD8 (ENSCHYG00000015741) #22	HOXD4 (ENSCHYG00000015683) #23	HOXD3 (ENSCHYG00000015650) #24	HOXD1 (ENSCHYG00000015562) #25	MTX2 (ENSCHYG00000015392) #26	ENSCHYG00000015305 #27	ENSCHYG00000015038 #28	NFE2L2 (ENSCHYG00000024719) #29	AGPS (ENSCHYG00000024578) #30	ENSCHYG00000024559 #31	ENSCHYG00000024550 #32	PDE11A (ENSCHYG00000024466) #33	ENSCHYG00000024445 #34	ENSCHYG00000024431 #35	RBM45 (ENSCHYG00000024364) #36	OSBPL6 (ENSCHYG00000023926) #37
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618
Bos	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #28	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618
Wild yak	MODERN SPECIES	2654										LNPK (ENSBMUG00000015713) #16	ENSBMUG00000015669	ENSBMUG00000015650	HOXD13 (ENSBMUG00000015639) #17	HOXD12 (ENSBMUG00000015618) #18	HOXD10 (ENSBMUG00000015601) #20	ENSBMUG00000015587 #22	HOXD3 (ENSBMUG00000015572) #24	ENSBMUG00000015556
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	GPR155 (ENSBGRG00000014360) #7	ENSBGRG00000014674 ##35	ENSBGRG00000014699 #8	CHRNA1 (ENSBGRG00000014839) #9	CHN1 (ENSBGRG00000015101) #11	ATF2 (ENSBGRG00000015648) #12	ATP5MC3 (ENSBGRG00000016024) #13	ENSBGRG00000016132	LNPK (ENSBGRG00000016182) #16	EVX2 (ENSBGRG00000016780)	HOXD13 (ENSBGRG00000016836) #17	HOXD12 (ENSBGRG00000016890) #18	HOXD11 (ENSBGRG00000016923)	HOXD10 (ENSBGRG00000016979) #20	HOXD9 (ENSBGRG00000017014) #21	HOXD8 (ENSBGRG00000017045) #22	ENSBGRG00000017167 #23	HOXD3 (ENSBGRG00000017255) #24	HOXD1 (ENSBGRG00000017303) #25	MTX2 (ENSBGRG00000017363) #26	ENSBGRG00000000202 #28	NFE2L2 (ENSBGRG00000000213) #29	AGPS (ENSBGRG00000000237) #30	ENSBGRG00000000256 #31	ENSBGRG00000000264	ENSBGRG00000000270 #32	PDE11A (ENSBGRG00000000288) #33	ENSBGRG00000000317	ENSBGRG00000000319 ##35	ENSBGRG00000000328 #34	RBM45 (ENSBGRG00000000341) #36
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT01030000234916.g.b	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37
Cow	MODERN SPECIES	11	WIPF1 (ENSBTAG00000001585) #8	CHRNA1 (ENSBTAG00000018253) #9	CHN1 (ENSBTAG00000008028) #11	ATF2 (ENSBTAG00000002295) #12	ATP5MC3 (ENSBTAG00000002944) #13	ENSBTAG00000031711	LNPK (ENSBTAG00000018061) #16	ENSBTAG00000050237	ENSBTAG00000002009	EVX2 (ENSBTAG00000049537)	HOXD13 (ENSBTAG00000004313) #17	HOXD12 (ENSBTAG00000004314) #18	HOXD11 (ENSBTAG00000033330)	HOXD10 (ENSBTAG00000016030) #20	HOXD9 (ENSBTAG00000016033) #21	HOXD8 (ENSBTAG00000049845) #22	HOXD4 (ENSBTAG00000039581) #23	HOXD3 (ENSBTAG00000004835) #24	HOXD1 (ENSBTAG00000015840) #25	MTX2 (ENSBTAG00000006693) #26	HNRNPA3 (ENSBTAG00000021580) #28	NFE2L2 (ENSBTAG00000019255) #29	AGPS (ENSBTAG00000009897) #30	TTC30B (ENSBTAG00000027696) #31	TTC30A (ENSBTAG00000027694) #32	ENSBTAG00000049860	PDE11A (ENSBTAG00000016396) #33	CYCT (ENSBTAG00000039522) #34	RBM45 (ENSBTAG00000006168) #36	OSBPL6 (ENSBTAG00000014405) #37	PRKRA (ENSBTAG00000001096)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11	ENSBIXG00005002196 #8	CHRNA1 (ENSBIXG00005028981) #9	CHN1 (ENSBIXG00005001962) #11	ATF2 (ENSBIXG00005001719) #12	ATP5MC3 (ENSBIXG00005029222) #13	ENSBIXG00005029239	LNPK (ENSBIXG00005005282) #16	ENSBIXG00005029245	ENSBIXG00005029246	EVX2 (ENSBIXG00005005288)	HOXD13 (ENSBIXG00005001519) #17	HOXD12 (ENSBIXG00005001517) #18	HOXD11 (ENSBIXG00005001515)	HOXD10 (ENSBIXG00005005289) #20	HOXD9 (ENSBIXG00005030437) #21	HOXD8 (ENSBIXG00005030431) #22	HOXD3 (ENSBIXG00005030419) #24	HOXD1 (ENSBIXG00005030413) #25	MTX2 (ENSBIXG00005030400) #26	ENSBIXG00005030356	ENSBIXG00005030352	HNRNPA3 (ENSBIXG00005030333) #28	NFE2L2 (ENSBIXG00005030317) #29	AGPS (ENSBIXG00005030278) #30	ENSBIXG00005030257 #31	ENSBIXG00005030245	ENSBIXG00005030242 #32	PDE11A (ENSBIXG00005030175) #33	ENSBIXG00005030117 #34	RBM45 (ENSBIXG00005030103) #36	OSBPL6 (ENSBIXG00005029906) #37
American bison	MODERN SPECIES	3320	SCRN3 (ENSBBBG00000017011)	GPR155 (ENSBBBG00000017134) #7	WIPF1 (ENSBBBG00000017196)	CHRNA1 (ENSBBBG00000017301) #9	CHN1 (ENSBBBG00000004302) #11	ATF2 (ENSBBBG00000017564) #12	ATP5MC3 (ENSBBBG00000017586) #13	ENSBBBG00000017593	LNPK (ENSBBBG00000017627) #16	ENSBBBG00000017634	ENSBBBG00000017638	HOXD13 (ENSBBBG00000017641) #17	HOXD12 (ENSBBBG00000017645) #18	HOXD10 (ENSBBBG00000006962) #20	HOXD9 (ENSBBBG00000017650) #21	HOXD8 (ENSBBBG00000017657) #22	HOXD4 (ENSBBBG00000017669) #23	HOXD3 (ENSBBBG00000017682) #24	HOXD1 (ENSBBBG00000017690) #25	ENSBBBG00000004376	ENSBBBG00000017700	MTX2 (ENSBBBG00000017733) #26	ENSBBBG00000007269 #28	NFE2L2 (ENSBBBG00000017780) #29	AGPS (ENSBBBG00000017817) #30	ENSBBBG00000007701 #31	ENSBBBG00000017832 #32	ENSBBBG00000017839	PDE11A (ENSBBBG00000017894) #33	ENSBBBG00000017912 #34	RBM45 (ENSBBBG00000004406) #36
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT01010000228762	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	ENSOARG00020001367 #8	CHRNA1 (ENSOARG00020001273) #9	ENSOARG00020001229	ENSOARG00020001216	CHN1 (ENSOARG00020000831) #11	ATF2 (ENSOARG00020000583) #12	ATP5MC3 (ENSOARG00020000538) #13	LNPK (ENSOARG00020000416) #16	ENSOARG00020000394	EVX2 (ENSOARG00020000381)	HOXD13 (ENSOARG00020000373) #17	HOXD12 (ENSOARG00020000357) #18	hoxd11 (ENSOARG00020000346)	HOXD10 (ENSOARG00020000330) #20	HOXD9 (ENSOARG00020000321) #21	HOXD8 (ENSOARG00020000297) #22	HOXD4 (ENSOARG00020000275) #23	HOXD3 (ENSOARG00020000257) #24	HOXD1 (ENSOARG00020000237) #25	MTX2 (ENSOARG00020000188) #26	HNRNPA3 (ENSOARG00020000123) #28	NFE2L2 (ENSOARG00020022726) #29	AGPS (ENSOARG00020022410) #30	ENSOARG00020022373 #31	ENSOARG00020022364 #32	PDE11A (ENSOARG00020022115) #33	ENSOARG00020022078 #34	RBM45 (ENSOARG00020022028) #36	OSBPL6 (ENSOARG00020020986) #37	PRKRA (ENSOARG00020020855)	PJVK (ENSOARG00020020753)
Goat	MODERN SPECIES	11	ENSCHIG00000009043 #8	CHRNA1 (ENSCHIG00000018272) #9	CHN1 (ENSCHIG00000017514) #11	ENSCHIG00000012635	ATF2 (ENSCHIG00000011446) #12	ENSCHIG00000018041 #13	LNPK (ENSCHIG00000012313) #16	ENSCHIG00000025787	ENSCHIG00000004992	EVX2 (ENSCHIG00000026644)	HOXD13 (ENSCHIG00000009994) #17	HOXD12 (ENSCHIG00000014734) #18	HOXD11 (ENSCHIG00000026087)	HOXD10 (ENSCHIG00000011771) #20	HOXD9 (ENSCHIG00000023245) #21	HOXD8 (ENSCHIG00000013371) #22	HOXD4 (ENSCHIG00000019702) #23	HOXD3 (ENSCHIG00000011624) #24	HOXD1 (ENSCHIG00000017515) #25	MTX2 (ENSCHIG00000008892) #26	ENSCHIG00000015430 #28	NFE2L2 (ENSCHIG00000026055) #29	AGPS (ENSCHIG00000015256) #30	ENSCHIG00000011750 #31	ENSCHIG00000011716 #32	PDE11A (ENSCHIG00000016852) #33	ENSCHIG00000026156 #34	RBM45 (ENSCHIG00000010687) #36	ENSCHIG00000017164	OSBPL6 (ENSCHIG00000008898) #37	PRKRA (ENSCHIG00000015333)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	342					ENSMMSG00000008116	ENSMMSG00000008102 ##11	ATF2 (ENSMMSG00000007713) #12	ENSMMSG00000007642 #13	LNPK (ENSMMSG00000007582) #16	EVX2 (ENSMMSG00000007555)	HOXD13 (ENSMMSG00000007541) #17	HOXD12 (ENSMMSG00000007530) #18	HOXD11 (ENSMMSG00000007513)	HOXD10 (ENSMMSG00000007495) #20	HOXD9 (ENSMMSG00000007480) #21	HOXD8 (ENSMMSG00000007407) #22	HOXD4 (ENSMMSG00000007365) #23	HOXD3 (ENSMMSG00000007343) #24	HOXD1 (ENSMMSG00000007322) #25	MTX2 (ENSMMSG00000007226) #26	ENSMMSG00000007068 ##28	NFE2L2 (ENSMMSG00000006992) #29	ENSMMSG00000006963	AGPS (ENSMMSG00000006894) #30	ENSMMSG00000006854 #31	ENSMMSG00000006819 #32	PDE11A (ENSMMSG00000006654) #33	ENSMMSG00000006624 #34	RBM45 (ENSMMSG00000006596) #36	OSBPL6 (ENSMMSG00000006219) #37
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00730000111135.j	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##28	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b ##28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##28	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b ##28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618
Dolphin	MODERN SPECIES	804											LNPK (ENSTTRG00000013765) #16	EVX2 (ENSTTRG00000013768)	HOXD13 (ENSTTRG00000013771) #17	HOXD12 (ENSTTRG00000013772) #18	HOXD9 (ENSTTRG00000013773) #21	HOXD8 (ENSTTRG00000013777) #22	HOXD4 (ENSTTRG00000013778) #23	HOXD3 (ENSTTRG00000013779) #24
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000008142.t	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Vaquita	MODERN SPECIES	18	ENSPSNG00000006580 #7	ENSPSNG00000006539	CHRNA1 (ENSPSNG00000006481) #9	CHN1 (ENSPSNG00000006315) #11	ATF2 (ENSPSNG00000006111) #12	ATP5MC3 (ENSPSNG00000006024) #13	ENSPSNG00000005869	ENSPSNG00000005846	LNPK (ENSPSNG00000005786) #16	EVX2 (ENSPSNG00000005734)	HOXD13 (ENSPSNG00000005715) #17	HOXD12 (ENSPSNG00000005695) #18	HOXD11 (ENSPSNG00000005666)	HOXD10 (ENSPSNG00000005654) #20	HOXD9 (ENSPSNG00000005639) #21	HOXD8 (ENSPSNG00000005602) #22	HOXD4 (ENSPSNG00000005556) #23	HOXD3 (ENSPSNG00000005539) #24	HOXD1 (ENSPSNG00000005524) #25	MTX2 (ENSPSNG00000005488) #26	ENSPSNG00000005439 ##28	NFE2L2 (ENSPSNG00000005384) #29	AGPS (ENSPSNG00000005315) #30	ENSPSNG00000005284 #31	ENSPSNG00000007902 #32	PDE11A (ENSPSNG00000007618) #33	ENSPSNG00000007564 #34	RBM45 (ENSPSNG00000007527) #36	OSBPL6 (ENSPSNG00000007225) #37	PRKRA (ENSPSNG00000007030)	PJVK (ENSPSNG00000006966)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000008142.t	ENSGT00950000182834.A.a.a.t	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b ##28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Beluga whale	MODERN SPECIES	84	WIPF1 (ENSDLEG00000008289) #8	ENSDLEG00000008360	CHRNA1 (ENSDLEG00000008433) #9	CHN1 (ENSDLEG00000008654) #11	ATF2 (ENSDLEG00000008726) #12	ATP5G3 (ENSDLEG00000008800) #13	ENSDLEG00000008837	ENSDLEG00000008854	LNPK (ENSDLEG00000008885) #16	EVX2 (ENSDLEG00000008943)	HOXD13 (ENSDLEG00000009014) #17	HOXD12 (ENSDLEG00000009038) #18	ENSDLEG00000009052	HOXD10 (ENSDLEG00000009076) #20	HOXD9 (ENSDLEG00000009091) #21	HOXD8 (ENSDLEG00000009104) #22	HOXD4 (ENSDLEG00000009166) #23	HOXD3 (ENSDLEG00000009171) #24	HOXD1 (ENSDLEG00000009181) #25	MTX2 (ENSDLEG00000009199) #26	ENSDLEG00000009227 ##28	NFE2L2 (ENSDLEG00000009266) #29	AGPS (ENSDLEG00000009335) #30	ENSDLEG00000009463 #31	ENSDLEG00000009469 #32	ENSDLEG00000009481 #33	ENSDLEG00000009493 #34	RBM45 (ENSDLEG00000009507) #36	OSBPL6 (ENSDLEG00000009570) #37	PRKRA (ENSDLEG00000009768)	PJVK (ENSDLEG00000009801)
Narwhal	MODERN SPECIES	302	ENSMMNG00015008159	ENSMMNG00015008133	CHRNA1 (ENSMMNG00015008057) #9	CHN1 (ENSMMNG00015007913) #11	ATF2 (ENSMMNG00015007777) #12	ATP5MC3 (ENSMMNG00015007729) #13	ENSMMNG00015007699	ENSMMNG00015007684	LNPK (ENSMMNG00015007647) #16	EVX2 (ENSMMNG00015007622)	HOXD13 (ENSMMNG00015007609) #17	HOXD12 (ENSMMNG00015007598) #18	ENSMMNG00015007589	HOXD10 (ENSMMNG00015007571) #20	HOXD9 (ENSMMNG00015007556) #21	HOXD8 (ENSMMNG00015007526) #22	HOXD4 (ENSMMNG00015007477) #23	HOXD3 (ENSMMNG00015007460) #24	HOXD1 (ENSMMNG00015007440) #25	MTX2 (ENSMMNG00015007394) #26	ENSMMNG00015007339 ##28	NFE2L2 (ENSMMNG00015007306) #29	AGPS (ENSMMNG00015007255) #30	ENSMMNG00015007232 #31	ENSMMNG00015007201 #32	ENSMMNG00015014296	PDE11A (ENSMMNG00015014260) #33	ENSMMNG00015014238 #34	RBM45 (ENSMMNG00015014220) #36	OSBPL6 (ENSMMNG00015014111) #37	PRKRA (ENSMMNG00015014019)
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	SCRN3 (ENSPCTG00005005779)	GPR155 (ENSPCTG00005005831) #7	WIPF1 (ENSPCTG00005005895) #8	ENSPCTG00005005929	CHRNA1 (ENSPCTG00005005965) #9	CHN1 (ENSPCTG00005006263) #11	ATF2 (ENSPCTG00005007004) #12	ATP5MC3 (ENSPCTG00005007202) #13	LNPK (ENSPCTG00005007293) #16	EVX2 (ENSPCTG00005007330)	HOXD13 (ENSPCTG00005007354) #17	HOXD12 (ENSPCTG00005007367) #18	ENSPCTG00005007381	HOXD10 (ENSPCTG00005007393) #20	HOXD9 (ENSPCTG00005007399) #21	HOXD8 (ENSPCTG00005007418) #22	HOXD4 (ENSPCTG00005007493) #23	HOXD3 (ENSPCTG00005007508) #24	HOXD1 (ENSPCTG00005007516) #25	MTX2 (ENSPCTG00005007528) #26	ENSPCTG00005003466 ##28	NFE2L2 (ENSPCTG00005003486) #29	AGPS (ENSPCTG00005003530) #30	ENSPCTG00005003590 #32	ENSPCTG00005003599 #32	PDE11A (ENSPCTG00005003616) #33	ENSPCTG00005003686 #34	RBM45 (ENSPCTG00005003694) #36	OSBPL6 (ENSPCTG00005003757) #37	PJVK (ENSPCTG00005003934)	PRKRA (ENSPCTG00005003951)
Blue whale	MODERN SPECIES	18	SCRN3 (ENSBMSG00010005522)	GPR155 (ENSBMSG00010005540) #7	ENSBMSG00010005563 #8	ENSBMSG00010005581	CHRNA1 (ENSBMSG00010005615) #9	CHN1 (ENSBMSG00010005726) #11	ATF2 (ENSBMSG00010005883) #12	ATP5MC3 (ENSBMSG00010005937) #13	LNPK (ENSBMSG00010005955) #16	EVX2 (ENSBMSG00010005974)	HOXD13 (ENSBMSG00010005980) #17	HOXD12 (ENSBMSG00010005987) #18	HOXD11 (ENSBMSG00010005993)	HOXD10 (ENSBMSG00010006002) #20	HOXD9 (ENSBMSG00010006014) #21	HOXD8 (ENSBMSG00010006022) #22	HOXD4 (ENSBMSG00010006036) #23	HOXD3 (ENSBMSG00010006046) #24	HOXD1 (ENSBMSG00010006055) #25	MTX2 (ENSBMSG00010006100) #26	ENSBMSG00010006149 ##28	NFE2L2 (ENSBMSG00010006157) #29	AGPS (ENSBMSG00010006175) #30	ENSBMSG00010006193 #31	ENSBMSG00010006199 #32	PDE11A (ENSBMSG00010006216) #33	ENSBMSG00010006255	ENSBMSG00010006266 #34	RBM45 (ENSBMSG00010006279) #36	OSBPL6 (ENSBMSG00010006347) #37	PRKRA (ENSBMSG00010006442)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964	ENSGT00940000155850	ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	31	CIR1 (ENSCDRG00005001834)	SCRN3 (ENSCDRG00005001860)	GPR155 (ENSCDRG00005001897) #7	ENSCDRG00005001936	CHRNA1 (ENSCDRG00005001973) #9	CHN1 (ENSCDRG00005002091) #11	ATF2 (ENSCDRG00005002159) #12	ATP5MC3 (ENSCDRG00005002307) #13	LNPK (ENSCDRG00005002325) #16	EVX2 (ENSCDRG00005002358)	HOXD13 (ENSCDRG00005002411) #17	HOXD12 (ENSCDRG00005002432) #18	HOXD11 (ENSCDRG00005002440)	HOXD10 (ENSCDRG00005002456) #20	HOXD9 (ENSCDRG00005002467) #21	HOXD8 (ENSCDRG00005002477) #22	HOXD4 (ENSCDRG00005002497) #23	HOXD3 (ENSCDRG00005002512) #24	MTX2 (ENSCDRG00005002532) #26	HNRNPA3 (ENSCDRG00005002567) #28	NFE2L2 (ENSCDRG00005002588) #29	AGPS (ENSCDRG00005002612) #30	ENSCDRG00005002654 #32	ENSCDRG00005002663 #32	PDE11A (ENSCDRG00005002676) #33	RBM45 (ENSCDRG00005002693) #36	OSBPL6 (ENSCDRG00005002764) #37	ENSCDRG00005002982	PRKRA (ENSCDRG00005002991)	PJVK (ENSCDRG00005003020)	FKBP7 (ENSCDRG00005003026)
Suina	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #9	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.e #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #16	ENSGT00390000010491.kb.a	ENSGT00940000161025	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.a.b #29	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #36	ENSGT00940000156791 #37	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964	ENSGT00940000155850
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	88	SCRN3 (ENSCWAG00000015324)	GPR155 (ENSCWAG00000015434) #7	WIPF1 (ENSCWAG00000000086)	CHRNA1 (ENSCWAG00000000173) #9	CHN1 (ENSCWAG00000000417) #11	ATF2 (ENSCWAG00000000507) #12	ENSCWAG00000000620 #13	LNPK (ENSCWAG00000000637) #16	ENSCWAG00000000677	EVX2 (ENSCWAG00000000686)	HOXD13 (ENSCWAG00000000704) #17	HOXD12 (ENSCWAG00000000716) #18	HOXD11 (ENSCWAG00000000728)	HOXD10 (ENSCWAG00000000737) #20	HOXD9 (ENSCWAG00000000750) #21	HOXD8 (ENSCWAG00000000766) #22	HOXD4 (ENSCWAG00000000799) #23	HOXD3 (ENSCWAG00000000815) #24	HOXD1 (ENSCWAG00000000831) #25	MTX2 (ENSCWAG00000000848) #26	HNRNPA3 (ENSCWAG00000000880) #28	NFE2L2 (ENSCWAG00000000916) #29	AGPS (ENSCWAG00000000957) #30	PDE11A (ENSCWAG00000001000) #33	ENSCWAG00000001084 #34	RBM45 (ENSCWAG00000001104) #36	OSBPL6 (ENSCWAG00000001227) #37	PRKRA (ENSCWAG00000001459)	PJVK (ENSCWAG00000001480)	FKBP7 (ENSCWAG00000001502)	PLEKHA3 (ENSCWAG00000001517)
Pig	MODERN SPECIES	6	GPR155 (ENSSSCG00000015965) #7	ENSSSCG00000027348 #8	CHRNA1 (ENSSSCG00000015969) #9	ENSSSCG00000022345 #11	ATF2 (ENSSSCG00000038076) #12	ATP5MC3 (ENSSSCG00000015973) #13	LNPK (ENSSSCG00000015976) #16	ENSSSCG00000039002	ENSSSCG00000053760	EVX2 (ENSSSCG00000023146)	HOXD13 (ENSSSCG00000057890) #17	HOXD12 (ENSSSCG00000015980) #18	HOXD11 (ENSSSCG00000034741)	HOXD10 (ENSSSCG00000015981) #20	HOXD9 (ENSSSCG00000015982) #21	HOXD8 (ENSSSCG00000040349) #22	HOXD4 (ENSSSCG00000015984) #23	HOXD3 (ENSSSCG00000015985) #24	HOXD1 (ENSSSCG00000015986) #25	MTX2 (ENSSSCG00000022222) #26	ENSSSCG00000015988 ##28	NFE2L2 (ENSSSCG00000015987) #29	AGPS (ENSSSCG00000023983) #30	PDE11A (ENSSSCG00000038903) #33	ENSSSCG00000047774	RBM45 (ENSSSCG00000015996) #36	OSBPL6 (ENSSSCG00000023133) #37	PRKRA (ENSSSCG00000038254)	PJVK (ENSSSCG00000015998)	FKBP7 (ENSSSCG00000015999)	PLEKHA3 (ENSSSCG00000049025)