Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	342					ENSMMSG00000008116 #11	ENSMMSG00000008102 #12	ATF2 (ENSMMSG00000007713) #13	ENSMMSG00000007642 #14	LNPK (ENSMMSG00000007582) #15	EVX2 (ENSMMSG00000007555) #16	HOXD13 (ENSMMSG00000007541) #17	HOXD12 (ENSMMSG00000007530) #18	HOXD11 (ENSMMSG00000007513) #19	HOXD10 (ENSMMSG00000007495) #20	HOXD9 (ENSMMSG00000007480) #21	HOXD8 (ENSMMSG00000007407) #22	HOXD4 (ENSMMSG00000007365) #23	HOXD3 (ENSMMSG00000007343) #24	HOXD1 (ENSMMSG00000007322) #25	MTX2 (ENSMMSG00000007226) #26	ENSMMSG00000007068 #27	NFE2L2 (ENSMMSG00000006992) #28	ENSMMSG00000006963 #29	AGPS (ENSMMSG00000006894) #30	ENSMMSG00000006854 #31	ENSMMSG00000006819 #32	PDE11A (ENSMMSG00000006654) #33	ENSMMSG00000006624 #34	RBM45 (ENSMMSG00000006596) #35	OSBPL6 (ENSMMSG00000006219) #36
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618
Bos	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a ##27	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618
Wild yak	MODERN SPECIES	2654										LNPK (ENSBMUG00000015713) #15	ENSBMUG00000015669	ENSBMUG00000015650	HOXD13 (ENSBMUG00000015639) #17	HOXD12 (ENSBMUG00000015618) #18	HOXD10 (ENSBMUG00000015601) #20	ENSBMUG00000015587 #22	HOXD3 (ENSBMUG00000015572) #24	ENSBMUG00000015556
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	GPR155 (ENSBGRG00000014360)	ENSBGRG00000014674	ENSBGRG00000014699	CHRNA1 (ENSBGRG00000014839)	CHN1 (ENSBGRG00000015101) ##12	ATF2 (ENSBGRG00000015648) #13	ATP5MC3 (ENSBGRG00000016024) #14	ENSBGRG00000016132	LNPK (ENSBGRG00000016182) #15	EVX2 (ENSBGRG00000016780) #16	HOXD13 (ENSBGRG00000016836) #17	HOXD12 (ENSBGRG00000016890) #18	HOXD11 (ENSBGRG00000016923) #19	HOXD10 (ENSBGRG00000016979) #20	HOXD9 (ENSBGRG00000017014) #21	HOXD8 (ENSBGRG00000017045) #22	ENSBGRG00000017167 #23	HOXD3 (ENSBGRG00000017255) #24	HOXD1 (ENSBGRG00000017303) #25	MTX2 (ENSBGRG00000017363) #26	ENSBGRG00000000202 ##27	NFE2L2 (ENSBGRG00000000213) #28	AGPS (ENSBGRG00000000237) #30	ENSBGRG00000000256 #31	ENSBGRG00000000264	ENSBGRG00000000270 #32	PDE11A (ENSBGRG00000000288) #33	ENSBGRG00000000317	ENSBGRG00000000319	ENSBGRG00000000328 #34	RBM45 (ENSBGRG00000000341) #35
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT01030000234916.g.b	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36
Cow	MODERN SPECIES	11	WIPF1 (ENSBTAG00000001585)	CHRNA1 (ENSBTAG00000018253)	CHN1 (ENSBTAG00000008028) ##12	ATF2 (ENSBTAG00000002295) #13	ATP5MC3 (ENSBTAG00000002944) #14	ENSBTAG00000031711	LNPK (ENSBTAG00000018061) #15	ENSBTAG00000050237	ENSBTAG00000002009	EVX2 (ENSBTAG00000049537) #16	HOXD13 (ENSBTAG00000004313) #17	HOXD12 (ENSBTAG00000004314) #18	HOXD11 (ENSBTAG00000033330) #19	HOXD10 (ENSBTAG00000016030) #20	HOXD9 (ENSBTAG00000016033) #21	HOXD8 (ENSBTAG00000049845) #22	HOXD4 (ENSBTAG00000039581) #23	HOXD3 (ENSBTAG00000004835) #24	HOXD1 (ENSBTAG00000015840) #25	MTX2 (ENSBTAG00000006693) #26	HNRNPA3 (ENSBTAG00000021580) ##27	NFE2L2 (ENSBTAG00000019255) #28	AGPS (ENSBTAG00000009897) #30	TTC30B (ENSBTAG00000027696) #31	TTC30A (ENSBTAG00000027694) #32	ENSBTAG00000049860	PDE11A (ENSBTAG00000016396) #33	CYCT (ENSBTAG00000039522) #34	RBM45 (ENSBTAG00000006168) #35	OSBPL6 (ENSBTAG00000014405) #36	PRKRA (ENSBTAG00000001096)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11	ENSBIXG00005002196	CHRNA1 (ENSBIXG00005028981)	CHN1 (ENSBIXG00005001962) ##12	ATF2 (ENSBIXG00005001719) #13	ATP5MC3 (ENSBIXG00005029222) #14	ENSBIXG00005029239	LNPK (ENSBIXG00005005282) #15	ENSBIXG00005029245	ENSBIXG00005029246	EVX2 (ENSBIXG00005005288) #16	HOXD13 (ENSBIXG00005001519) #17	HOXD12 (ENSBIXG00005001517) #18	HOXD11 (ENSBIXG00005001515) #19	HOXD10 (ENSBIXG00005005289) #20	HOXD9 (ENSBIXG00005030437) #21	HOXD8 (ENSBIXG00005030431) #22	HOXD3 (ENSBIXG00005030419) #24	HOXD1 (ENSBIXG00005030413) #25	MTX2 (ENSBIXG00005030400) #26	ENSBIXG00005030356	ENSBIXG00005030352	HNRNPA3 (ENSBIXG00005030333) ##27	NFE2L2 (ENSBIXG00005030317) #28	AGPS (ENSBIXG00005030278) #30	ENSBIXG00005030257 #31	ENSBIXG00005030245	ENSBIXG00005030242 #32	PDE11A (ENSBIXG00005030175) #33	ENSBIXG00005030117 #34	RBM45 (ENSBIXG00005030103) #35	OSBPL6 (ENSBIXG00005029906) #36
American bison	MODERN SPECIES	3320	SCRN3 (ENSBBBG00000017011)	GPR155 (ENSBBBG00000017134)	WIPF1 (ENSBBBG00000017196)	CHRNA1 (ENSBBBG00000017301)	CHN1 (ENSBBBG00000004302) ##12	ATF2 (ENSBBBG00000017564) #13	ATP5MC3 (ENSBBBG00000017586) #14	ENSBBBG00000017593	LNPK (ENSBBBG00000017627) #15	ENSBBBG00000017634	ENSBBBG00000017638	HOXD13 (ENSBBBG00000017641) #17	HOXD12 (ENSBBBG00000017645) #18	HOXD10 (ENSBBBG00000006962) #20	HOXD9 (ENSBBBG00000017650) #21	HOXD8 (ENSBBBG00000017657) #22	HOXD4 (ENSBBBG00000017669) #23	HOXD3 (ENSBBBG00000017682) #24	HOXD1 (ENSBBBG00000017690) #25	ENSBBBG00000004376	ENSBBBG00000017700	MTX2 (ENSBBBG00000017733) #26	ENSBBBG00000007269 ##27	NFE2L2 (ENSBBBG00000017780) #28	AGPS (ENSBBBG00000017817) #30	ENSBBBG00000007701 #31	ENSBBBG00000017832 #32	ENSBBBG00000017839	PDE11A (ENSBBBG00000017894) #33	ENSBBBG00000017912 #34	RBM45 (ENSBBBG00000004406) #35
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT01010000228762	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	ENSOARG00020001367	CHRNA1 (ENSOARG00020001273)	ENSOARG00020001229	ENSOARG00020001216	CHN1 (ENSOARG00020000831) ##12	ATF2 (ENSOARG00020000583) #13	ATP5MC3 (ENSOARG00020000538) #14	LNPK (ENSOARG00020000416) #15	ENSOARG00020000394	EVX2 (ENSOARG00020000381) #16	HOXD13 (ENSOARG00020000373) #17	HOXD12 (ENSOARG00020000357) #18	hoxd11 (ENSOARG00020000346) #19	HOXD10 (ENSOARG00020000330) #20	HOXD9 (ENSOARG00020000321) #21	HOXD8 (ENSOARG00020000297) #22	HOXD4 (ENSOARG00020000275) #23	HOXD3 (ENSOARG00020000257) #24	HOXD1 (ENSOARG00020000237) #25	MTX2 (ENSOARG00020000188) #26	HNRNPA3 (ENSOARG00020000123) ##27	NFE2L2 (ENSOARG00020022726) #28	AGPS (ENSOARG00020022410) #30	ENSOARG00020022373 #31	ENSOARG00020022364 #32	PDE11A (ENSOARG00020022115) #33	ENSOARG00020022078 #34	RBM45 (ENSOARG00020022028) #35	OSBPL6 (ENSOARG00020020986) #36	PRKRA (ENSOARG00020020855)	PJVK (ENSOARG00020020753)
Goat	MODERN SPECIES	11	ENSCHIG00000009043	CHRNA1 (ENSCHIG00000018272)	CHN1 (ENSCHIG00000017514) ##12	ENSCHIG00000012635	ATF2 (ENSCHIG00000011446) #13	ENSCHIG00000018041 #14	LNPK (ENSCHIG00000012313) #15	ENSCHIG00000025787	ENSCHIG00000004992	EVX2 (ENSCHIG00000026644) #16	HOXD13 (ENSCHIG00000009994) #17	HOXD12 (ENSCHIG00000014734) #18	HOXD11 (ENSCHIG00000026087) #19	HOXD10 (ENSCHIG00000011771) #20	HOXD9 (ENSCHIG00000023245) #21	HOXD8 (ENSCHIG00000013371) #22	HOXD4 (ENSCHIG00000019702) #23	HOXD3 (ENSCHIG00000011624) #24	HOXD1 (ENSCHIG00000017515) #25	MTX2 (ENSCHIG00000008892) #26	ENSCHIG00000015430 ##27	NFE2L2 (ENSCHIG00000026055) #28	AGPS (ENSCHIG00000015256) #30	ENSCHIG00000011750 #31	ENSCHIG00000011716 #32	PDE11A (ENSCHIG00000016852) #33	ENSCHIG00000026156 #34	RBM45 (ENSCHIG00000010687) #35	ENSCHIG00000017164	OSBPL6 (ENSCHIG00000008898) #36	PRKRA (ENSCHIG00000015333)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	26	GPR155 (ENSCHYG00000018083)	ENSCHYG00000017877	CHRNA1 (ENSCHYG00000017619)	ENSCHYG00000017575	CHN1 (ENSCHYG00000017015) ##12	ATF2 (ENSCHYG00000016575) #13	ATP5MC3 (ENSCHYG00000016464) #14	ENSCHYG00000016417	ENSCHYG00000016391	LNPK (ENSCHYG00000016125) #15	HOXD13 (ENSCHYG00000015985) #17	HOXD12 (ENSCHYG00000015954) #18	ENSCHYG00000015846	HOXD10 (ENSCHYG00000015831) #20	HOXD9 (ENSCHYG00000015808) #21	HOXD8 (ENSCHYG00000015741) #22	HOXD4 (ENSCHYG00000015683) #23	HOXD3 (ENSCHYG00000015650) #24	HOXD1 (ENSCHYG00000015562) #25	MTX2 (ENSCHYG00000015392) #26	ENSCHYG00000015305	ENSCHYG00000015038 ##27	NFE2L2 (ENSCHYG00000024719) #28	AGPS (ENSCHYG00000024578) #30	ENSCHYG00000024559 #31	ENSCHYG00000024550 #32	PDE11A (ENSCHYG00000024466) #33	ENSCHYG00000024445 #34	ENSCHYG00000024431	RBM45 (ENSCHYG00000024364) #35	OSBPL6 (ENSCHYG00000023926) #36
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00730000111135.j	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000171387	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a #27	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a #27	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618
Dolphin	MODERN SPECIES	804											LNPK (ENSTTRG00000013765) #15	EVX2 (ENSTTRG00000013768) #16	HOXD13 (ENSTTRG00000013771) #17	HOXD12 (ENSTTRG00000013772) #18	HOXD9 (ENSTTRG00000013773) #21	HOXD8 (ENSTTRG00000013777) #22	HOXD4 (ENSTTRG00000013778) #23	HOXD3 (ENSTTRG00000013779) #24
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000008142.t	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Vaquita	MODERN SPECIES	18	ENSPSNG00000006580	ENSPSNG00000006539	CHRNA1 (ENSPSNG00000006481)	CHN1 (ENSPSNG00000006315) ##12	ATF2 (ENSPSNG00000006111) #13	ATP5MC3 (ENSPSNG00000006024) #14	ENSPSNG00000005869	ENSPSNG00000005846	LNPK (ENSPSNG00000005786) #15	EVX2 (ENSPSNG00000005734) #16	HOXD13 (ENSPSNG00000005715) #17	HOXD12 (ENSPSNG00000005695) #18	HOXD11 (ENSPSNG00000005666) #19	HOXD10 (ENSPSNG00000005654) #20	HOXD9 (ENSPSNG00000005639) #21	HOXD8 (ENSPSNG00000005602) #22	HOXD4 (ENSPSNG00000005556) #23	HOXD3 (ENSPSNG00000005539) #24	HOXD1 (ENSPSNG00000005524) #25	MTX2 (ENSPSNG00000005488) #26	ENSPSNG00000005439 #27	NFE2L2 (ENSPSNG00000005384) #28	AGPS (ENSPSNG00000005315) #30	ENSPSNG00000005284 #31	ENSPSNG00000007902 #32	PDE11A (ENSPSNG00000007618) #33	ENSPSNG00000007564 #34	RBM45 (ENSPSNG00000007527) #35	OSBPL6 (ENSPSNG00000007225) #36	PRKRA (ENSPSNG00000007030)	PJVK (ENSPSNG00000006966)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000008142.t	ENSGT00950000182834.A.a.a.t	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Beluga whale	MODERN SPECIES	84	WIPF1 (ENSDLEG00000008289)	ENSDLEG00000008360	CHRNA1 (ENSDLEG00000008433)	CHN1 (ENSDLEG00000008654) ##12	ATF2 (ENSDLEG00000008726) #13	ATP5G3 (ENSDLEG00000008800) #14	ENSDLEG00000008837	ENSDLEG00000008854	LNPK (ENSDLEG00000008885) #15	EVX2 (ENSDLEG00000008943) #16	HOXD13 (ENSDLEG00000009014) #17	HOXD12 (ENSDLEG00000009038) #18	ENSDLEG00000009052 #19	HOXD10 (ENSDLEG00000009076) #20	HOXD9 (ENSDLEG00000009091) #21	HOXD8 (ENSDLEG00000009104) #22	HOXD4 (ENSDLEG00000009166) #23	HOXD3 (ENSDLEG00000009171) #24	HOXD1 (ENSDLEG00000009181) #25	MTX2 (ENSDLEG00000009199) #26	ENSDLEG00000009227 ##27	NFE2L2 (ENSDLEG00000009266) #28	AGPS (ENSDLEG00000009335) #30	ENSDLEG00000009463 #31	ENSDLEG00000009469 #32	ENSDLEG00000009481 #33	ENSDLEG00000009493 #34	RBM45 (ENSDLEG00000009507) #35	OSBPL6 (ENSDLEG00000009570) #36	PRKRA (ENSDLEG00000009768)	PJVK (ENSDLEG00000009801)
Narwhal	MODERN SPECIES	302	ENSMMNG00015008159	ENSMMNG00015008133	CHRNA1 (ENSMMNG00015008057)	CHN1 (ENSMMNG00015007913) ##12	ATF2 (ENSMMNG00015007777) #13	ATP5MC3 (ENSMMNG00015007729) #14	ENSMMNG00015007699	ENSMMNG00015007684	LNPK (ENSMMNG00015007647) #15	EVX2 (ENSMMNG00015007622) #16	HOXD13 (ENSMMNG00015007609) #17	HOXD12 (ENSMMNG00015007598) #18	ENSMMNG00015007589 #19	HOXD10 (ENSMMNG00015007571) #20	HOXD9 (ENSMMNG00015007556) #21	HOXD8 (ENSMMNG00015007526) #22	HOXD4 (ENSMMNG00015007477) #23	HOXD3 (ENSMMNG00015007460) #24	HOXD1 (ENSMMNG00015007440) #25	MTX2 (ENSMMNG00015007394) #26	ENSMMNG00015007339 #27	NFE2L2 (ENSMMNG00015007306) #28	AGPS (ENSMMNG00015007255) #30	ENSMMNG00015007232 #31	ENSMMNG00015007201 #32	ENSMMNG00015014296	PDE11A (ENSMMNG00015014260) #33	ENSMMNG00015014238 #34	RBM45 (ENSMMNG00015014220) #35	OSBPL6 (ENSMMNG00015014111) #36	PRKRA (ENSMMNG00015014019)
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Blue whale	MODERN SPECIES	18	SCRN3 (ENSBMSG00010005522)	GPR155 (ENSBMSG00010005540)	ENSBMSG00010005563	ENSBMSG00010005581	CHRNA1 (ENSBMSG00010005615)	CHN1 (ENSBMSG00010005726) ##12	ATF2 (ENSBMSG00010005883) #13	ATP5MC3 (ENSBMSG00010005937) #14	LNPK (ENSBMSG00010005955) #15	EVX2 (ENSBMSG00010005974) #16	HOXD13 (ENSBMSG00010005980) #17	HOXD12 (ENSBMSG00010005987) #18	HOXD11 (ENSBMSG00010005993) #19	HOXD10 (ENSBMSG00010006002) #20	HOXD9 (ENSBMSG00010006014) #21	HOXD8 (ENSBMSG00010006022) #22	HOXD4 (ENSBMSG00010006036) #23	HOXD3 (ENSBMSG00010006046) #24	HOXD1 (ENSBMSG00010006055) #25	MTX2 (ENSBMSG00010006100) #26	ENSBMSG00010006149 #27	NFE2L2 (ENSBMSG00010006157) #28	AGPS (ENSBMSG00010006175) #30	ENSBMSG00010006193 #31	ENSBMSG00010006199 #32	PDE11A (ENSBMSG00010006216) #33	ENSBMSG00010006255	ENSBMSG00010006266 #34	RBM45 (ENSBMSG00010006279) #35	OSBPL6 (ENSBMSG00010006347) #36	PRKRA (ENSBMSG00010006442)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964	ENSGT00940000155850	ENSGT01100000263532.A.a.a.a.b.c.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	31	CIR1 (ENSCDRG00005001834)	SCRN3 (ENSCDRG00005001860)	GPR155 (ENSCDRG00005001897)	ENSCDRG00005001936	CHRNA1 (ENSCDRG00005001973)	CHN1 (ENSCDRG00005002091) ##12	ATF2 (ENSCDRG00005002159) #13	ATP5MC3 (ENSCDRG00005002307) #14	LNPK (ENSCDRG00005002325) #15	EVX2 (ENSCDRG00005002358) #16	HOXD13 (ENSCDRG00005002411) #17	HOXD12 (ENSCDRG00005002432) #18	HOXD11 (ENSCDRG00005002440) #19	HOXD10 (ENSCDRG00005002456) #20	HOXD9 (ENSCDRG00005002467) #21	HOXD8 (ENSCDRG00005002477) #22	HOXD4 (ENSCDRG00005002497) #23	HOXD3 (ENSCDRG00005002512) #24	MTX2 (ENSCDRG00005002532) #26	HNRNPA3 (ENSCDRG00005002567) ##27	NFE2L2 (ENSCDRG00005002588) #28	AGPS (ENSCDRG00005002612) #30	ENSCDRG00005002654 #32	ENSCDRG00005002663 #32	PDE11A (ENSCDRG00005002676) #33	RBM45 (ENSCDRG00005002693) #35	OSBPL6 (ENSCDRG00005002764) #36	ENSCDRG00005002982	PRKRA (ENSCDRG00005002991)	PJVK (ENSCDRG00005003020)	FKBP7 (ENSCDRG00005003026)
Suina	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.e ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00390000010491.kb.a	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964	ENSGT00940000155850
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	88	SCRN3 (ENSCWAG00000015324)	GPR155 (ENSCWAG00000015434)	WIPF1 (ENSCWAG00000000086)	CHRNA1 (ENSCWAG00000000173)	CHN1 (ENSCWAG00000000417) ##12	ATF2 (ENSCWAG00000000507) #13	ENSCWAG00000000620 #14	LNPK (ENSCWAG00000000637) #15	ENSCWAG00000000677	EVX2 (ENSCWAG00000000686) #16	HOXD13 (ENSCWAG00000000704) #17	HOXD12 (ENSCWAG00000000716) #18	HOXD11 (ENSCWAG00000000728) #19	HOXD10 (ENSCWAG00000000737) #20	HOXD9 (ENSCWAG00000000750) #21	HOXD8 (ENSCWAG00000000766) #22	HOXD4 (ENSCWAG00000000799) #23	HOXD3 (ENSCWAG00000000815) #24	HOXD1 (ENSCWAG00000000831) #25	MTX2 (ENSCWAG00000000848) #26	HNRNPA3 (ENSCWAG00000000880) ##27	NFE2L2 (ENSCWAG00000000916) #28	AGPS (ENSCWAG00000000957) #30	PDE11A (ENSCWAG00000001000) #33	ENSCWAG00000001084 #34	RBM45 (ENSCWAG00000001104) #35	OSBPL6 (ENSCWAG00000001227) #36	PRKRA (ENSCWAG00000001459)	PJVK (ENSCWAG00000001480)	FKBP7 (ENSCWAG00000001502)	PLEKHA3 (ENSCWAG00000001517)
Pig	MODERN SPECIES	6	GPR155 (ENSSSCG00000015965)	ENSSSCG00000027348	CHRNA1 (ENSSSCG00000015969)	ENSSSCG00000022345 ##12	ATF2 (ENSSSCG00000038076) #13	ATP5MC3 (ENSSSCG00000015973) #14	LNPK (ENSSSCG00000015976) #15	ENSSSCG00000039002	ENSSSCG00000053760	EVX2 (ENSSSCG00000023146) #16	HOXD13 (ENSSSCG00000057890) #17	HOXD12 (ENSSSCG00000015980) #18	HOXD11 (ENSSSCG00000034741) #19	HOXD10 (ENSSSCG00000015981) #20	HOXD9 (ENSSSCG00000015982) #21	HOXD8 (ENSSSCG00000040349) #22	HOXD4 (ENSSSCG00000015984) #23	HOXD3 (ENSSSCG00000015985) #24	HOXD1 (ENSSSCG00000015986) #25	MTX2 (ENSSSCG00000022222) #26	ENSSSCG00000015988 ##27	NFE2L2 (ENSSSCG00000015987) #28	AGPS (ENSSSCG00000023983) #30	PDE11A (ENSSSCG00000038903) #33	ENSSSCG00000047774	RBM45 (ENSSSCG00000015996) #35	OSBPL6 (ENSSSCG00000023133) #36	PRKRA (ENSSSCG00000038254)	PJVK (ENSSSCG00000015998)	FKBP7 (ENSSSCG00000015999)	PLEKHA3 (ENSSSCG00000049025)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.vb #31	ENSGT00390000010116.wb #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.vb #31	ENSGT00390000010116.wb #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Tiger	MODERN SPECIES	43	SP3 (ENSPTIG00000014294)	ENSPTIG00000011872	ENSPTIG00000009967	CIR1 (ENSPTIG00000008708)	SCRN3 (ENSPTIG00000003437)	GPR155 (ENSPTIG00000018965)	WIPF1 (ENSPTIG00000016801)	CHRNA1 (ENSPTIG00000012090)	CHN1 (ENSPTIG00000006887) ##12	ATF2 (ENSPTIG00000017517) #13	ATP5MC3 (ENSPTIG00000016881) #14	LNPK (ENSPTIG00000016532) #15	HOXD13 (ENSPTIG00000016212) #17	HOXD10 (ENSPTIG00000015771) #20	ENSPTIG00000006835 #21	ENSPTIG00000015581 #22	HOXD4 (ENSPTIG00000015199) #23	ENSPTIG00000013485	MTX2 (ENSPTIG00000011503) #26	HNRNPA3 (ENSPTIG00000008598) ##27	NFE2L2 (ENSPTIG00000007874) #28
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.vb #31	ENSGT00390000010116.wb #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
lion	MODERN SPECIES	8	GPR155 (ENSPLOG00000022420)	ENSPLOG00000022404	ENSPLOG00000022399	WIPF1 (ENSPLOG00000022385)	CHRNA1 (ENSPLOG00000022353)	CHN1 (ENSPLOG00000022311) ##12	ATF2 (ENSPLOG00000022276) #13	ATP5MC3 (ENSPLOG00000022249) #14	LNPK (ENSPLOG00000022229) #15	EVX2 (ENSPLOG00000022219) #16	HOXD13 (ENSPLOG00000022213) #17	HOXD12 (ENSPLOG00000022207) #18	HOXD11 (ENSPLOG00000022202) #19	HOXD10 (ENSPLOG00000022198) #20	HOXD9 (ENSPLOG00000022195) #21	HOXD8 (ENSPLOG00000022192) #22	HOXD4 (ENSPLOG00000022180) #23	HOXD3 (ENSPLOG00000022176) #24	HOXD1 (ENSPLOG00000022171) #25	MTX2 (ENSPLOG00000022148) #26	ENSPLOG00000022134 ##27	NFE2L2 (ENSPLOG00000022123) #28	AGPS (ENSPLOG00000022055) #30	ENSPLOG00000022046 #31	ENSPLOG00000022045 #31	PDE11A (ENSPLOG00000022012) #33	RBM45 (ENSPLOG00000021986) #35	OSBPL6 (ENSPLOG00000021601) #36	PRKRA (ENSPLOG00000021458)	PJVK (ENSPLOG00000021374)	FKBP7 (ENSPLOG00000021347)
leopard	MODERN SPECIES	1	SCRN3 (ENSPPRG00000003477)	GPR155 (ENSPPRG00000003324)	ENSPPRG00000002818	WIPF1 (ENSPPRG00000002779)	CHRNA1 (ENSPPRG00000002357)	CHN1 (ENSPPRG00000001854) ##12	ATF2 (ENSPPRG00000001271) #13	ATP5MC3 (ENSPPRG00000000490) #14	LNPK (ENSPPRG00000000436) #15	EVX2 (ENSPPRG00000000389) #16	HOXD13 (ENSPPRG00000000349) #17	HOXD12 (ENSPPRG00000000300) #18	HOXD11 (ENSPPRG00000000168) #19	HOXD10 (ENSPPRG00000000139) #20	HOXD9 (ENSPPRG00000000084) #21	HOXD8 (ENSPPRG00000022672) #22	HOXD4 (ENSPPRG00000022845) #23	HOXD3 (ENSPPRG00000022847) #24	HOXD1 (ENSPPRG00000023009) #25	MTX2 (ENSPPRG00000022475) #26	ENSPPRG00000022322 ##27	NFE2L2 (ENSPPRG00000020872) #28	AGPS (ENSPPRG00000020328) #30	ENSPPRG00000021116 #31	ENSPPRG00000021101 #31	PDE11A (ENSPPRG00000019135) #33	ENSPPRG00000017216 #34	RBM45 (ENSPPRG00000017073) #35	OSBPL6 (ENSPPRG00000015447) #36	ENSPPRG00000011982	PJVK (ENSPPRG00000011834)
Cat	MODERN SPECIES	239	SCRN3 (ENSFCAG00000022042)	GPR155 (ENSFCAG00000000439)	ENSFCAG00000034843	WIPF1 (ENSFCAG00000014400)	CHRNA1 (ENSFCAG00000014103)	CHN1 (ENSFCAG00000039893) ##12	ATF2 (ENSFCAG00000027595) #13	ATP5MC3 (ENSFCAG00000012719) #14	LNPK (ENSFCAG00000033171) #15	EVX2 (ENSFCAG00000023892) #16	HOXD13 (ENSFCAG00000030694) #17	HOXD12 (ENSFCAG00000044671) #18	HOXD11 (ENSFCAG00000030594) #19	HOXD10 (ENSFCAG00000006264) #20	HOXD9 (ENSFCAG00000035038) #21	HOXD8 (ENSFCAG00000034788) #22	HOXD4 (ENSFCAG00000045772) #23	HOXD3 (ENSFCAG00000022371) #24	HOXD1 (ENSFCAG00000042171) #25	MTX2 (ENSFCAG00000030099) #26	HNRNPA3 (ENSFCAG00000012146) ##27	NFE2L2 (ENSFCAG00000012147) #28	AGPS (ENSFCAG00000022316) #30	ENSFCAG00000048732 #31	ENSFCAG00000049217 #31	PDE11A (ENSFCAG00000022207) #33	RBM45 (ENSFCAG00000018793) #35	OSBPL6 (ENSFCAG00000012535) #36	PRKRA (ENSFCAG00000031042)	PJVK (ENSFCAG00000018124)	FKBP7 (ENSFCAG00000012540)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a.m.b #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ##27	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a.m.b #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
American black bear	MODERN SPECIES	3042										EVX2 (ENSUAMG00000025680) #16	HOXD13 (ENSUAMG00000025683) #17	HOXD12 (ENSUAMG00000025684) #18	HOXD11 (ENSUAMG00000025686) #19	HOXD10 (ENSUAMG00000025688) #20	HOXD9 (ENSUAMG00000025690) #21	HOXD8 (ENSUAMG00000025693) #22	HOXD4 (ENSUAMG00000025697) #23	HOXD3 (ENSUAMG00000025698) #24	HOXD1 (ENSUAMG00000025700) #25
Polar bear	MODERN SPECIES	142	SP3 (ENSUMAG00000015395)	OLA1 (ENSUMAG00000015410)	ENSUMAG00000015413	CIR1 (ENSUMAG00000015415)	SCRN3 (ENSUMAG00000015422)	GPR155 (ENSUMAG00000015425)	ENSUMAG00000015461	ENSUMAG00000015473	CHRNA1 (ENSUMAG00000015480)	CHN1 (ENSUMAG00000015511) ##12	ATF2 (ENSUMAG00000015564) #13	ATP5MC3 (ENSUMAG00000015579) #14	LNPK (ENSUMAG00000015613) #15	ENSUMAG00000015649 #19	HOXD10 (ENSUMAG00000015650) #20	ENSUMAG00000015653 #22	HOXD4 (ENSUMAG00000015658) #23	MTX2 (ENSUMAG00000015662) #26	ENSUMAG00000015686 ##27	NFE2L2 (ENSUMAG00000015689) #28	AGPS (ENSUMAG00000015781) #30	ENSUMAG00000016390 #31	PDE11A (ENSUMAG00000016414) #33	RBM45 (ENSUMAG00000016503) #35	OSBPL6 (ENSUMAG00000016519) #36	PRKRA (ENSUMAG00000016566)	PJVK (ENSUMAG00000016572)	FKBP7 (ENSUMAG00000016577)	PLEKHA3 (ENSUMAG00000016580)	ENSUMAG00000016583	ENSUMAG00000016602
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	SCRN3 (ENSAMEG00000012230)	GPR155 (ENSAMEG00000012251)	ENSAMEG00000027164	WIPF1 (ENSAMEG00000012269)	CHRNA1 (ENSAMEG00000012277)	CHN1 (ENSAMEG00000012304) ##12	ATF2 (ENSAMEG00000012333) #13	ATP5MC3 (ENSAMEG00000012367) #14	LNPK (ENSAMEG00000001869) #15	EVX2 (ENSAMEG00000001868) #16	HOXD13 (ENSAMEG00000001865) #17	HOXD12 (ENSAMEG00000023609) #18	ENSAMEG00000025193 #19	HOXD10 (ENSAMEG00000001849) #20	HOXD9 (ENSAMEG00000029987) #21	HOXD8 (ENSAMEG00000023565) #22	HOXD4 (ENSAMEG00000025663) #23	HOXD3 (ENSAMEG00000026957) #24	HOXD1 (ENSAMEG00000028345) #25	MTX2 (ENSAMEG00000001799) #26	ENSAMEG00000019906	HNRNPA3 (ENSAMEG00000011920) ##27	NFE2L2 (ENSAMEG00000011937) #28	AGPS (ENSAMEG00000011950) #30	PDE11A (ENSAMEG00000000902) #33	ENSAMEG00000023664	RBM45 (ENSAMEG00000000896) #35	OSBPL6 (ENSAMEG00000000825) #36	PRKRA (ENSAMEG00000000803)	PJVK (ENSAMEG00000000801)	FKBP7 (ENSAMEG00000027885)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00570000080031	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
American mink	MODERN SPECIES	222									LNPK (ENSNVIG00000007208) #15	EVX2 (ENSNVIG00000007198) #16	HOXD13 (ENSNVIG00000007186) #17	HOXD12 (ENSNVIG00000007175) #18	ENSNVIG00000007170 #19	HOXD10 (ENSNVIG00000007162) #20	HOXD9 (ENSNVIG00000007158) #21	ENSNVIG00000007149 #22	HOXD4 (ENSNVIG00000007138) #23	HOXD3 (ENSNVIG00000007128) #24	HOXD1 (ENSNVIG00000007113) #25	MTX2 (ENSNVIG00000007075) #26	HNRNPA3 (ENSNVIG00000007022) ##27	NFE2L2 (ENSNVIG00000006995) #28	AGPS (ENSNVIG00000006950) #30	ENSNVIG00000006929	PDE11A (ENSNVIG00000006854) #33	ENSNVIG00000006839 #34	RBM45 (ENSNVIG00000006823) #35	OSBPL6 (ENSNVIG00000006388) #36	PRKRA (ENSNVIG00000006320)	PJVK (ENSNVIG00000006274)	FKBP7 (ENSNVIG00000006271)
Ferret	MODERN SPECIES	359	ENSMPUG00000013943	SCRN3 (ENSMPUG00000013961)	GPR155 (ENSMPUG00000013963)	ENSMPUG00000013967	CHRNA1 (ENSMPUG00000013974)	CHN1 (ENSMPUG00000013977) ##12	ATF2 (ENSMPUG00000013983) #13	ATP5MC3 (ENSMPUG00000013986) #14	LNPK (ENSMPUG00000014007) #15	EVX2 (ENSMPUG00000014012) #16	HOXD13 (ENSMPUG00000014022) #17	HOXD12 (ENSMPUG00000014025) #18	HOXD11 (ENSMPUG00000014029) #19	HOXD10 (ENSMPUG00000014049) #20	HOXD9 (ENSMPUG00000014053) #21	ENSMPUG00000014060 #22	ENSMPUG00000014067	HOXD4 (ENSMPUG00000014070) #23	HOXD3 (ENSMPUG00000014072) #24	ENSMPUG00000014080	HOXD1 (ENSMPUG00000014084) #25	ENSMPUG00000014088	MTX2 (ENSMPUG00000014094) #26	ENSMPUG00000014101	ENSMPUG00000014103 ##27	ENSMPUG00000014168 #28	ENSMPUG00000014172	AGPS (ENSMPUG00000014173) #30
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.g.b ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a.i #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.tb #31	ENSGT00390000010116.ub #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000147479.a.b.b	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a.g.b ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a.i #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116.tb #31	ENSGT00390000010116.ub #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Dingo	MODERN SPECIES	339	WIPF1 (ENSCAFG00020006074)	ENSCAFG00020006077	CHRNA1 (ENSCAFG00020006081)	ENSCAFG00020006110 ##12	ENSCAFG00020006118 ##12	ATF2 (ENSCAFG00020006131) #13	ENSCAFG00020006151 #14	ENSCAFG00020006176	LNPK (ENSCAFG00020006192) #15	EVX2 (ENSCAFG00020006206) #16	HOXD13 (ENSCAFG00020006212) #17	HOXD12 (ENSCAFG00020006216) #18	HOXD9 (ENSCAFG00020006227) #21	HOXD11 (ENSCAFG00020006229) #19	HOXD10 (ENSCAFG00020006239) #20	HOXD8 (ENSCAFG00020006244) #22	HOXD4 (ENSCAFG00020006256) #23	HOXD3 (ENSCAFG00020006263) #24	HOXD1 (ENSCAFG00020006270) #25	MTX2 (ENSCAFG00020006273) #26	ENSCAFG00020006299 ##27	NFE2L2 (ENSCAFG00020006313) #28	AGPS (ENSCAFG00020006351) #30	ENSCAFG00020006961 #31	ENSCAFG00020006963 #31	PDE11A (ENSCAFG00020006966) #33	RBM45 (ENSCAFG00020007013) #35	OSBPL6 (ENSCAFG00020007025) #36	ENSCAFG00020007071	PJVK (ENSCAFG00020007088)	FKBP7 (ENSCAFG00020007095)
Red fox	MODERN SPECIES	15	SCRN3 (ENSVVUG00000012946)	GPR155 (ENSVVUG00000012912)	ENSVVUG00000012900	WIPF1 (ENSVVUG00000012885)	CHRNA1 (ENSVVUG00000012830)	CHN1 (ENSVVUG00000012819) ##12	ATF2 (ENSVVUG00000012774) #13	ATP5MC3 (ENSVVUG00000012759) #14	LNPK (ENSVVUG00000012737) #15	EVX2 (ENSVVUG00000012735) #16	HOXD13 (ENSVVUG00000012734) #17	HOXD12 (ENSVVUG00000012731) #18	ENSVVUG00000012726 #19	HOXD10 (ENSVVUG00000012722) #20	ENSVVUG00000012717 #21	HOXD8 (ENSVVUG00000012714) #22	HOXD3 (ENSVVUG00000012700) #24	ENSVVUG00000012694	ENSVVUG00000012682 #26	ENSVVUG00000012651 ##27	NFE2L2 (ENSVVUG00000012641) #28	ENSVVUG00000012637	ENSVVUG00000012634 #31	AGPS (ENSVVUG00000010164) #30	ENSVVUG00000010109 #31	PDE11A (ENSVVUG00000010094) #33	RBM45 (ENSVVUG00000010078) #35	OSBPL6 (ENSVVUG00000010039) #36	PRKRA (ENSVVUG00000010032)	PJVK (ENSVVUG00000010029)	FKBP7 (ENSVVUG00000010027)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	26	CIR1 (ENSRFEG00010000863)	SCRN3 (ENSRFEG00010000835)	GPR155 (ENSRFEG00010000805)	WIPF1 (ENSRFEG00010000762)	CHRNA1 (ENSRFEG00010000686)	CHN1 (ENSRFEG00010000595) ##12	ATF2 (ENSRFEG00010000479) #13	ENSRFEG00010000353 #14	LNPK (ENSRFEG00010000270) #15	EVX2 (ENSRFEG00010000230) #16	HOXD13 (ENSRFEG00010022173) #17	HOXD12 (ENSRFEG00010022172) #18	HOXD11 (ENSRFEG00010022171) #19	HOXD10 (ENSRFEG00010022170) #20	HOXD9 (ENSRFEG00010022169) #21	HOXD8 (ENSRFEG00010022168) #22	HOXD4 (ENSRFEG00010022166) #23	HOXD3 (ENSRFEG00010022165) #24	HOXD1 (ENSRFEG00010022164) #25	MTX2 (ENSRFEG00010022163) #26	ENSRFEG00010022161 #27	NFE2L2 (ENSRFEG00010022160) #28	ENSRFEG00010022158 #30	ENSRFEG00010022157 #31	ENSRFEG00010022156 #31	PDE11A (ENSRFEG00010022154) #33	ENSRFEG00010022153 #34	RBM45 (ENSRFEG00010022152) #35	OSBPL6 (ENSRFEG00010022151) #36	PRKRA (ENSRFEG00010022150)	DFNB59 (ENSRFEG00010022149)
Microbat	MODERN SPECIES	942	CIR1 (ENSMLUG00000013807)	SCRN3 (ENSMLUG00000013823)	GPR155 (ENSMLUG00000013828)	WIPF1 (ENSMLUG00000022385)	CHRNA1 (ENSMLUG00000015698)	CHN1 (ENSMLUG00000015709) ##12	ATF2 (ENSMLUG00000015718) #13	ENSMLUG00000012822 #14	LNPK (ENSMLUG00000006972) #15	ENSMLUG00000022478	EVX2 (ENSMLUG00000006989) #16	HOXD13 (ENSMLUG00000006997) #17	HOXD12 (ENSMLUG00000007009) #18	HOXD11 (ENSMLUG00000007030) #19	HOXD10 (ENSMLUG00000007048) #20	HOXD8 (ENSMLUG00000028864) #22	HOXD4 (ENSMLUG00000012508) #23	HOXD3 (ENSMLUG00000012510) #24	ENSMLUG00000029447 #25	MTX2 (ENSMLUG00000015966) #26	ENSMLUG00000003906 #27	NFE2L2 (ENSMLUG00000003909) #28	ENSMLUG00000025480	AGPS (ENSMLUG00000005113) #30	ENSMLUG00000005126 #31	ENSMLUG00000005133 #31	ENSMLUG00000028755	PDE11A (ENSMLUG00000005135) #33	RBM45 (ENSMLUG00000005782) #35	OSBPL6 (ENSMLUG00000005787) #36	ENSMLUG00000022423
Megabat	MODERN SPECIES	1085										LNPK (ENSPVAG00000017411) #15	EVX2 (ENSPVAG00000017414) #16	HOXD13 (ENSPVAG00000017415) #17	HOXD12 (ENSPVAG00000017416) #18	HOXD11 (ENSPVAG00000017417) #19	HOXD10 (ENSPVAG00000017418) #20	HOXD8 (ENSPVAG00000017420) #22	HOXD3 (ENSPVAG00000017421) #24	HOXD1 (ENSPVAG00000017425) #25	MTX2 (ENSPVAG00000017426) #26
Equus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a ##12	ENSGT00940000156582 #13	ENSGT00940000154298.a.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00390000005569.x.a.a.b	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #30	ENSGT00390000010116 #31	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #34	ENSGT00680000100059 #35	ENSGT00940000156791 #36	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b	ENSGT00940000159964
Donkey	MODERN SPECIES	24	SCRN3 (ENSEASG00005022597)	GPR155 (ENSEASG00005022591)	WIPF1 (ENSEASG00005022583)	CHRNA1 (ENSEASG00005022581)	CHN1 (ENSEASG00005022579) ##12	ATF2 (ENSEASG00005022575) #13	ATP5MC3 (ENSEASG00005022573) #14	LNPK (ENSEASG00005022567) #15	ENSEASG00005022564	EVX2 (ENSEASG00005022562) #16	HOXD13 (ENSEASG00005029242) #17	HOXD12 (ENSEASG00005022555) #18	HOXD11 (ENSEASG00005030904) #19	HOXD10 (ENSEASG00005022552) #20	HOXD9 (ENSEASG00005023994) #21	HOXD8 (ENSEASG00005033905) #22	HOXD4 (ENSEASG00005024806) #23	HOXD3 (ENSEASG00005022544) #24	HOXD1 (ENSEASG00005030887) #25	MTX2 (ENSEASG00005022537) #26	HNRNPA3 (ENSEASG00005022530) ##27	NFE2L2 (ENSEASG00005028739) #28	ENSEASG00005026944 #31	AGPS (ENSEASG00005022514) #30	ENSEASG00005028303 #31	PDE11A (ENSEASG00005022489) #33	ENSEASG00005026887 #34	RBM45 (ENSEASG00005022475) #35	OSBPL6 (ENSEASG00005022455) #36	PRKRA (ENSEASG00005022436)	PJVK (ENSEASG00005022430)
Horse	MODERN SPECIES	9	CIR1 (ENSECAG00000006773)	SCRN3 (ENSECAG00000018530)	GPR155 (ENSECAG00000008471)	WIPF1 (ENSECAG00000015984)	CHRNA1 (ENSECAG00000019649)	CHN1 (ENSECAG00000008277) ##12	ATF2 (ENSECAG00000018723) #13	ATP5MC3 (ENSECAG00000008514) #14	LNPK (ENSECAG00000008534) #15	ENSECAG00000043913	EVX2 (ENSECAG00000019796) #16	HOXD13 (ENSECAG00000020388) #17	HOXD11 (ENSECAG00000003045) #19	HOXD10 (ENSECAG00000020599) #20	HOXD9 (ENSECAG00000021845) #21	HOXD8 (ENSECAG00000021980) #22	HOXD4 (ENSECAG00000038429) #23	HOXD3 (ENSECAG00000022129) #24	HOXD1 (ENSECAG00000035437) #25	MTX2 (ENSECAG00000022464) #26	HNRNPA3 (ENSECAG00000059976) ##27	NFE2L2 (ENSECAG00000005675) #28	AGPS (ENSECAG00000008695) #30	ENSECAG00000051775	ENSECAG00000000927 #31	PDE11A (ENSECAG00000004445) #33	ENSECAG00000057854	CYCT (ENSECAG00000016170) #34	RBM45 (ENSECAG00000017129) #35	OSBPL6 (ENSECAG00000020078) #36	PRKRA (ENSECAG00000024263)