Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00910000144296	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618
Bos	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #27	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00940000153299.c.a.b.u.a #14	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.a #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618
Domestic yak	MODERN SPECIES	11	GPR155 (ENSBGRG00000014360) #7	ENSBGRG00000014674 #8	ENSBGRG00000014699 #9	CHRNA1 (ENSBGRG00000014839) #10	CHN1 (ENSBGRG00000015101) #11	ATF2 (ENSBGRG00000015648) #12	ATP5MC3 (ENSBGRG00000016024) #13	ENSBGRG00000016132 #14	LNPK (ENSBGRG00000016182) #15	EVX2 (ENSBGRG00000016780) #16	HOXD13 (ENSBGRG00000016836) #17	HOXD12 (ENSBGRG00000016890) #18	HOXD11 (ENSBGRG00000016923) #19	HOXD10 (ENSBGRG00000016979) #20	HOXD9 (ENSBGRG00000017014) #21	HOXD8 (ENSBGRG00000017045) #22	ENSBGRG00000017167 #23	HOXD3 (ENSBGRG00000017255) #24	HOXD1 (ENSBGRG00000017303) #25	MTX2 (ENSBGRG00000017363) #26	ENSBGRG00000000202 #27	NFE2L2 (ENSBGRG00000000213) #28	AGPS (ENSBGRG00000000237) #29	ENSBGRG00000000256 #30	ENSBGRG00000000264 #31	ENSBGRG00000000270 #32	PDE11A (ENSBGRG00000000288) #33	ENSBGRG00000000317 #34	ENSBGRG00000000319 #35	ENSBGRG00000000328 #36	RBM45 (ENSBGRG00000000341) #37
Wild yak	MODERN SPECIES	2654										LNPK (ENSBMUG00000015713) #15	ENSBMUG00000015669	ENSBMUG00000015650	HOXD13 (ENSBMUG00000015639) #17	HOXD12 (ENSBMUG00000015618) #18	HOXD10 (ENSBMUG00000015601) #20	ENSBMUG00000015587 #22	HOXD3 (ENSBMUG00000015572) #24	ENSBMUG00000015556
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT01030000234916.g.b	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b.tb.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a #31	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT01100000263474.a.b.b.f.g.a.b	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791
Cow	MODERN SPECIES	11	WIPF1 (ENSBTAG00000001585) #9	CHRNA1 (ENSBTAG00000018253) #10	CHN1 (ENSBTAG00000008028) #11	ATF2 (ENSBTAG00000002295) #12	ATP5MC3 (ENSBTAG00000002944) #13	ENSBTAG00000031711 ##14	LNPK (ENSBTAG00000018061) #15	ENSBTAG00000050237	ENSBTAG00000002009	EVX2 (ENSBTAG00000049537) #16	HOXD13 (ENSBTAG00000004313) #17	HOXD12 (ENSBTAG00000004314) #18	HOXD11 (ENSBTAG00000033330) #19	HOXD10 (ENSBTAG00000016030) #20	HOXD9 (ENSBTAG00000016033) #21	HOXD8 (ENSBTAG00000049845) #22	HOXD4 (ENSBTAG00000039581) #23	HOXD3 (ENSBTAG00000004835) #24	HOXD1 (ENSBTAG00000015840) #25	MTX2 (ENSBTAG00000006693) #26	HNRNPA3 (ENSBTAG00000021580) ##27	NFE2L2 (ENSBTAG00000019255) #28	AGPS (ENSBTAG00000009897) #29	TTC30B (ENSBTAG00000027696) #30	TTC30A (ENSBTAG00000027694) #32	ENSBTAG00000049860	PDE11A (ENSBTAG00000016396) #33	CYCT (ENSBTAG00000039522) #36	RBM45 (ENSBTAG00000006168) #37	OSBPL6 (ENSBTAG00000014405)	PRKRA (ENSBTAG00000001096)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	11	ENSBIXG00005002196 #9	CHRNA1 (ENSBIXG00005028981) #10	CHN1 (ENSBIXG00005001962) #11	ATF2 (ENSBIXG00005001719) #12	ATP5MC3 (ENSBIXG00005029222) #13	ENSBIXG00005029239 ##14	LNPK (ENSBIXG00005005282) #15	ENSBIXG00005029245	ENSBIXG00005029246	EVX2 (ENSBIXG00005005288) #16	HOXD13 (ENSBIXG00005001519) #17	HOXD12 (ENSBIXG00005001517) #18	HOXD11 (ENSBIXG00005001515) #19	HOXD10 (ENSBIXG00005005289) #20	HOXD9 (ENSBIXG00005030437) #21	HOXD8 (ENSBIXG00005030431) #22	HOXD3 (ENSBIXG00005030419) #24	HOXD1 (ENSBIXG00005030413) #25	MTX2 (ENSBIXG00005030400) #26	ENSBIXG00005030356	ENSBIXG00005030352 ##34	HNRNPA3 (ENSBIXG00005030333) ##27	NFE2L2 (ENSBIXG00005030317) #28	AGPS (ENSBIXG00005030278) #29	ENSBIXG00005030257 #30	ENSBIXG00005030245 #31	ENSBIXG00005030242 #32	PDE11A (ENSBIXG00005030175) #33	ENSBIXG00005030117 #36	RBM45 (ENSBIXG00005030103) #37	OSBPL6 (ENSBIXG00005029906)
American bison	MODERN SPECIES	3320	SCRN3 (ENSBBBG00000017011)	GPR155 (ENSBBBG00000017134) #7	WIPF1 (ENSBBBG00000017196)	CHRNA1 (ENSBBBG00000017301) #10	CHN1 (ENSBBBG00000004302) #11	ATF2 (ENSBBBG00000017564) #12	ATP5MC3 (ENSBBBG00000017586) #13	ENSBBBG00000017593 #14	LNPK (ENSBBBG00000017627) #15	ENSBBBG00000017634	ENSBBBG00000017638	HOXD13 (ENSBBBG00000017641) #17	HOXD12 (ENSBBBG00000017645) #18	HOXD10 (ENSBBBG00000006962) #20	HOXD9 (ENSBBBG00000017650) #21	HOXD8 (ENSBBBG00000017657) #22	HOXD4 (ENSBBBG00000017669) #23	HOXD3 (ENSBBBG00000017682) #24	HOXD1 (ENSBBBG00000017690) #25	ENSBBBG00000004376	ENSBBBG00000017700	MTX2 (ENSBBBG00000017733) #26	ENSBBBG00000007269 #27	NFE2L2 (ENSBBBG00000017780) #28	AGPS (ENSBBBG00000017817) #29	ENSBBBG00000007701 #30	ENSBBBG00000017832 #32	ENSBBBG00000017839	PDE11A (ENSBBBG00000017894) #33	ENSBBBG00000017912 #36	RBM45 (ENSBBBG00000004406) #37
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00730000111135	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT01010000228762	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.b #27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	11	ENSOARG00020001367 #9	CHRNA1 (ENSOARG00020001273) #10	ENSOARG00020001229	ENSOARG00020001216	CHN1 (ENSOARG00020000831) #11	ATF2 (ENSOARG00020000583) #12	ATP5MC3 (ENSOARG00020000538) #13	LNPK (ENSOARG00020000416) #15	ENSOARG00020000394	EVX2 (ENSOARG00020000381) #16	HOXD13 (ENSOARG00020000373) #17	HOXD12 (ENSOARG00020000357) #18	hoxd11 (ENSOARG00020000346) #19	HOXD10 (ENSOARG00020000330) #20	HOXD9 (ENSOARG00020000321) #21	HOXD8 (ENSOARG00020000297) #22	HOXD4 (ENSOARG00020000275) #23	HOXD3 (ENSOARG00020000257) #24	HOXD1 (ENSOARG00020000237) #25	MTX2 (ENSOARG00020000188) #26	HNRNPA3 (ENSOARG00020000123) #27	NFE2L2 (ENSOARG00020022726) #28	AGPS (ENSOARG00020022410) #29	ENSOARG00020022373 #30	ENSOARG00020022364 #32	PDE11A (ENSOARG00020022115) #33	ENSOARG00020022078 #36	RBM45 (ENSOARG00020022028) #37	OSBPL6 (ENSOARG00020020986)	PRKRA (ENSOARG00020020855)	PJVK (ENSOARG00020020753)
Goat	MODERN SPECIES	11	ENSCHIG00000009043 #9	CHRNA1 (ENSCHIG00000018272) #10	CHN1 (ENSCHIG00000017514) #11	ENSCHIG00000012635	ATF2 (ENSCHIG00000011446) #12	ENSCHIG00000018041 #13	LNPK (ENSCHIG00000012313) #15	ENSCHIG00000025787	ENSCHIG00000004992	EVX2 (ENSCHIG00000026644) #16	HOXD13 (ENSCHIG00000009994) #17	HOXD12 (ENSCHIG00000014734) #18	HOXD11 (ENSCHIG00000026087) #19	HOXD10 (ENSCHIG00000011771) #20	HOXD9 (ENSCHIG00000023245) #21	HOXD8 (ENSCHIG00000013371) #22	HOXD4 (ENSCHIG00000019702) #23	HOXD3 (ENSCHIG00000011624) #24	HOXD1 (ENSCHIG00000017515) #25	MTX2 (ENSCHIG00000008892) #26	ENSCHIG00000015430 #27	NFE2L2 (ENSCHIG00000026055) #28	AGPS (ENSCHIG00000015256) #29	ENSCHIG00000011750 #30	ENSCHIG00000011716 #32	PDE11A (ENSCHIG00000016852) #33	ENSCHIG00000026156 #36	RBM45 (ENSCHIG00000010687) #37	ENSCHIG00000017164	OSBPL6 (ENSCHIG00000008898)	PRKRA (ENSCHIG00000015333)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	342					ENSMMSG00000008116	ENSMMSG00000008102 ##11	ATF2 (ENSMMSG00000007713) #12	ENSMMSG00000007642 #13	LNPK (ENSMMSG00000007582) #15	EVX2 (ENSMMSG00000007555) #16	HOXD13 (ENSMMSG00000007541) #17	HOXD12 (ENSMMSG00000007530) #18	HOXD11 (ENSMMSG00000007513) #19	HOXD10 (ENSMMSG00000007495) #20	HOXD9 (ENSMMSG00000007480) #21	HOXD8 (ENSMMSG00000007407) #22	HOXD4 (ENSMMSG00000007365) #23	HOXD3 (ENSMMSG00000007343) #24	HOXD1 (ENSMMSG00000007322) #25	MTX2 (ENSMMSG00000007226) #26	ENSMMSG00000007068 ##27	NFE2L2 (ENSMMSG00000006992) #28	ENSMMSG00000006963	AGPS (ENSMMSG00000006894) #29	ENSMMSG00000006854 #30	ENSMMSG00000006819 #32	PDE11A (ENSMMSG00000006654) #33	ENSMMSG00000006624 #36	RBM45 (ENSMMSG00000006596) #37	OSBPL6 (ENSMMSG00000006219)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	26	GPR155 (ENSCHYG00000018083) #7	ENSCHYG00000017877 #9	CHRNA1 (ENSCHYG00000017619) #10	ENSCHYG00000017575	CHN1 (ENSCHYG00000017015) #11	ATF2 (ENSCHYG00000016575) #12	ATP5MC3 (ENSCHYG00000016464) #13	ENSCHYG00000016417	ENSCHYG00000016391	LNPK (ENSCHYG00000016125) #15	HOXD13 (ENSCHYG00000015985) #17	HOXD12 (ENSCHYG00000015954) #18	ENSCHYG00000015846	HOXD10 (ENSCHYG00000015831) #20	HOXD9 (ENSCHYG00000015808) #21	HOXD8 (ENSCHYG00000015741) #22	HOXD4 (ENSCHYG00000015683) #23	HOXD3 (ENSCHYG00000015650) #24	HOXD1 (ENSCHYG00000015562) #25	MTX2 (ENSCHYG00000015392) #26	ENSCHYG00000015305	ENSCHYG00000015038 #27	NFE2L2 (ENSCHYG00000024719) #28	AGPS (ENSCHYG00000024578) #29	ENSCHYG00000024559 #30	ENSCHYG00000024550 #32	PDE11A (ENSCHYG00000024466) #33	ENSCHYG00000024445 #36	ENSCHYG00000024431 ##35	RBM45 (ENSCHYG00000024364) #37	OSBPL6 (ENSCHYG00000023926)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00730000111135.j	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##27	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000013474.a	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##27	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618
Dolphin	MODERN SPECIES	804											LNPK (ENSTTRG00000013765) #15	EVX2 (ENSTTRG00000013768) #16	HOXD13 (ENSTTRG00000013771) #17	HOXD12 (ENSTTRG00000013772) #18	HOXD9 (ENSTTRG00000013773) #21	HOXD8 (ENSTTRG00000013777) #22	HOXD4 (ENSTTRG00000013778) #23	HOXD3 (ENSTTRG00000013779) #24
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000004153 #7	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000008142.t	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.a ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Vaquita	MODERN SPECIES	18	ENSPSNG00000006580 #7	ENSPSNG00000006539	CHRNA1 (ENSPSNG00000006481) #10	CHN1 (ENSPSNG00000006315) #11	ATF2 (ENSPSNG00000006111) #12	ATP5MC3 (ENSPSNG00000006024) #13	ENSPSNG00000005869	ENSPSNG00000005846	LNPK (ENSPSNG00000005786) #15	EVX2 (ENSPSNG00000005734) #16	HOXD13 (ENSPSNG00000005715) #17	HOXD12 (ENSPSNG00000005695) #18	HOXD11 (ENSPSNG00000005666) #19	HOXD10 (ENSPSNG00000005654) #20	HOXD9 (ENSPSNG00000005639) #21	HOXD8 (ENSPSNG00000005602) #22	HOXD4 (ENSPSNG00000005556) #23	HOXD3 (ENSPSNG00000005539) #24	HOXD1 (ENSPSNG00000005524) #25	MTX2 (ENSPSNG00000005488) #26	ENSPSNG00000005439 ##27	NFE2L2 (ENSPSNG00000005384) #28	AGPS (ENSPSNG00000005315) #29	ENSPSNG00000005284 #30	ENSPSNG00000007902 #32	PDE11A (ENSPSNG00000007618) #33	ENSPSNG00000007564 #36	RBM45 (ENSPSNG00000007527) #37	OSBPL6 (ENSPSNG00000007225)	PRKRA (ENSPSNG00000007030)	PJVK (ENSPSNG00000006966)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000171387	ENSGT00390000004755.tb.a.a	ENSGT00940000156851 #10	ENSGT01030000234635.a.b.a.b.b.a.a #11	ENSGT00940000156582 #12	ENSGT00940000154298.a.a #13	ENSGT00390000008142.t	ENSGT00950000182834.A.a.a.t	ENSGT00390000001859 #15	ENSGT00940000161025 #16	ENSGT00940000161457 #17	ENSGT00940000159938 #18	ENSGT00940000161308 #19	ENSGT00940000158266 #20	ENSGT00940000161503 #21	ENSGT00940000161653 #22	ENSGT00940000157270 #23	ENSGT00940000160027 #24	ENSGT00940000161892 #25	ENSGT00950000182919.C #26	ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.a.a.hb.b ##27	ENSGT00950000182892.a.a.b #28	ENSGT00940000156112 #29	ENSGT00390000010116.fc.a #30	ENSGT00390000010116.fc.b #32	ENSGT00940000162151 #33	ENSGT00940000157883.a.b.e.a #36	ENSGT00680000100059 #37	ENSGT00940000156791	ENSGT00940000157618	ENSGT00950000183140.a.b
Beluga whale	MODERN SPECIES	84	WIPF1 (ENSDLEG00000008289) #9	ENSDLEG00000008360	CHRNA1 (ENSDLEG00000008433) #10	CHN1 (ENSDLEG00000008654) #11	ATF2 (ENSDLEG00000008726) #12	ATP5G3 (ENSDLEG00000008800) #13	ENSDLEG00000008837	ENSDLEG00000008854	LNPK (ENSDLEG00000008885) #15	EVX2 (ENSDLEG00000008943) #16	HOXD13 (ENSDLEG00000009014) #17	HOXD12 (ENSDLEG00000009038) #18	ENSDLEG00000009052 #19	HOXD10 (ENSDLEG00000009076) #20	HOXD9 (ENSDLEG00000009091) #21	HOXD8 (ENSDLEG00000009104) #22	HOXD4 (ENSDLEG00000009166) #23	HOXD3 (ENSDLEG00000009171) #24	HOXD1 (ENSDLEG00000009181) #25	MTX2 (ENSDLEG00000009199) #26	ENSDLEG00000009227 ##27	NFE2L2 (ENSDLEG00000009266) #28	AGPS (ENSDLEG00000009335) #29	ENSDLEG00000009463 #30	ENSDLEG00000009469 #32	ENSDLEG00000009481 #33	ENSDLEG00000009493 #36	RBM45 (ENSDLEG00000009507) #37	OSBPL6 (ENSDLEG00000009570)	PRKRA (ENSDLEG00000009768)	PJVK (ENSDLEG00000009801)
Narwhal	MODERN SPECIES	302	ENSMMNG00015008159	ENSMMNG00015008133	CHRNA1 (ENSMMNG00015008057) #10	CHN1 (ENSMMNG00015007913) #11	ATF2 (ENSMMNG00015007777) #12	ATP5MC3 (ENSMMNG00015007729) #13	ENSMMNG00015007699	ENSMMNG00015007684	LNPK (ENSMMNG00015007647) #15	EVX2 (ENSMMNG00015007622) #16	HOXD13 (ENSMMNG00015007609) #17	HOXD12 (ENSMMNG00015007598) #18	ENSMMNG00015007589 #19	HOXD10 (ENSMMNG00015007571) #20	HOXD9 (ENSMMNG00015007556) #21	HOXD8 (ENSMMNG00015007526) #22	HOXD4 (ENSMMNG00015007477) #23	HOXD3 (ENSMMNG00015007460) #24	HOXD1 (ENSMMNG00015007440) #25	MTX2 (ENSMMNG00015007394) #26	ENSMMNG00015007339 ##27	NFE2L2 (ENSMMNG00015007306) #28	AGPS (ENSMMNG00015007255) #29	ENSMMNG00015007232 #30	ENSMMNG00015007201 #32	ENSMMNG00015014296	PDE11A (ENSMMNG00015014260) #33	ENSMMNG00015014238 #36	RBM45 (ENSMMNG00015014220) #37	OSBPL6 (ENSMMNG00015014111)	PRKRA (ENSMMNG00015014019)
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	SCRN3 (ENSPCTG00005005779)	GPR155 (ENSPCTG00005005831) #7	WIPF1 (ENSPCTG00005005895) #9	ENSPCTG00005005929	CHRNA1 (ENSPCTG00005005965) #10	CHN1 (ENSPCTG00005006263) #11	ATF2 (ENSPCTG00005007004) #12	ATP5MC3 (ENSPCTG00005007202) #13	LNPK (ENSPCTG00005007293) #15	EVX2 (ENSPCTG00005007330) #16	HOXD13 (ENSPCTG00005007354) #17	HOXD12 (ENSPCTG00005007367) #18	ENSPCTG00005007381 #19	HOXD10 (ENSPCTG00005007393) #20	HOXD9 (ENSPCTG00005007399) #21	HOXD8 (ENSPCTG00005007418) #22	HOXD4 (ENSPCTG00005007493) #23	HOXD3 (ENSPCTG00005007508) #24	HOXD1 (ENSPCTG00005007516) #25	MTX2 (ENSPCTG00005007528) #26	ENSPCTG00005003466 ##27	NFE2L2 (ENSPCTG00005003486) #28	AGPS (ENSPCTG00005003530) #29	ENSPCTG00005003590 #32	ENSPCTG00005003599 #32	PDE11A (ENSPCTG00005003616) #33	ENSPCTG00005003686 #36	RBM45 (ENSPCTG00005003694) #37	OSBPL6 (ENSPCTG00005003757)	PJVK (ENSPCTG00005003934)	PRKRA (ENSPCTG00005003951)
Blue whale	MODERN SPECIES	18	SCRN3 (ENSBMSG00010005522)	GPR155 (ENSBMSG00010005540) #7	ENSBMSG00010005563 #9	ENSBMSG00010005581	CHRNA1 (ENSBMSG00010005615) #10	CHN1 (ENSBMSG00010005726) #11	ATF2 (ENSBMSG00010005883) #12	ATP5MC3 (ENSBMSG00010005937) #13	LNPK (ENSBMSG00010005955) #15	EVX2 (ENSBMSG00010005974) #16	HOXD13 (ENSBMSG00010005980) #17	HOXD12 (ENSBMSG00010005987) #18	HOXD11 (ENSBMSG00010005993) #19	HOXD10 (ENSBMSG00010006002) #20	HOXD9 (ENSBMSG00010006014) #21	HOXD8 (ENSBMSG00010006022) #22	HOXD4 (ENSBMSG00010006036) #23	HOXD3 (ENSBMSG00010006046) #24	HOXD1 (ENSBMSG00010006055) #25	MTX2 (ENSBMSG00010006100) #26	ENSBMSG00010006149 ##27	NFE2L2 (ENSBMSG00010006157) #28	AGPS (ENSBMSG00010006175) #29	ENSBMSG00010006193 #30	ENSBMSG00010006199 #32	PDE11A (ENSBMSG00010006216) #33	ENSBMSG00010006255	ENSBMSG00010006266 #36	RBM45 (ENSBMSG00010006279) #37	OSBPL6 (ENSBMSG00010006347)	PRKRA (ENSBMSG00010006442)