Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	30																ENSGT00390000008232 #22	ENSGT00500000044869.a.a #23	ENSGT01050000244950.a.a.b #24	ENSGT00640000091497.b	ENSGT00940000158416 #25	ENSGT01050000244879.b.a.b.b #26	ENSGT00530000063353.a.b.a	ENSGT00940000160831 #27	ENSGT00940000157334 #28	ENSGT00940000156535 #29	ENSGT00940000162914	ENSGT00390000003223 #30	ENSGT00390000015655.b #31	ENSGT00620000087993.a.a #32	ENSGT00390000002403 #33	ENSGT01090000260080.b.a #34
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	29																ENSGT00390000008232 #22	ENSGT00500000044869.a.a #23	ENSGT01050000244950.a.a.b #24	ENSGT00940000158416 #25	ENSGT01050000244879.b.a.b.b #26	ENSGT00530000063353.a.b.a	ENSGT00940000160831 #27	ENSGT00940000157334 #28	ENSGT00940000156535 #29	ENSGT00390000003223 #30	ENSGT00390000015655.b #31	ENSGT00620000087993.a.a #32	ENSGT00390000002403 #33	ENSGT01090000260080.b.a #34	ENSGT00390000004692.d.b #35	ENSGT00530000063669.b #36
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	143																ZUP1 (ENSCLAG00000007886) #22	RSPH4A (ENSCLAG00000009580) #23	KPNA5 (ENSCLAG00000010089) #24	GPRC6A (ENSCLAG00000007059) #25	RFX6 (ENSCLAG00000008090) #26	ROS1 (ENSCLAG00000007326) #27	ENSCLAG00000007845 #28	GOPC (ENSCLAG00000008237) #29	NUS1 (ENSCLAG00000010652) #30	SLC35F1 (ENSCLAG00000008410) #31	CEP85L (ENSCLAG00000010088) #32	PLN (ENSCLAG00000007403) #33	MCM9 (ENSCLAG00000009689) #34	ASF1A (ENSCLAG00000013483) #35	FAM184A (ENSCLAG00000006832) #36	MAN1A1 (ENSCLAG00000007613) #37
Degu	MODERN SPECIES	75																ZUP1 (ENSODEG00000004926) #22	RSPH4A (ENSODEG00000005270) #23	ENSODEG00000019159	RFX6 (ENSODEG00000006706) #26	VGLL2 (ENSODEG00000005506)	ROS1 (ENSODEG00000006047) #27	ENSODEG00000004793	GOPC (ENSODEG00000005332) #29	NUS1 (ENSODEG00000005194) #30	ENSODEG00000019196	SLC35F1 (ENSODEG00000005040) #31	CEP85L (ENSODEG00000005733) #32	PLN (ENSODEG00000019260) #33	MCM9 (ENSODEG00000005446) #34	ENSODEG00000005478 #35	FAM184A (ENSODEG00000004943) #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	1	FZD3 (ENSCPOG00000009989)	FBXO16 (ENSCPOG00000019834)	ENSCPOG00000034090	AGPAT5 (ENSCPOG00000006565)	MCPH1 (ENSCPOG00000015508)	ANGPT2 (ENSCPOG00000030082)	CSMD1 (ENSCPOG00000015501)	MYOM2 (ENSCPOG00000002402)	KBTBD11 (ENSCPOG00000026453)	ARHGEF10 (ENSCPOG00000022520)	CLN8 (ENSCPOG00000035105)	DLGAP2 (ENSCPOG00000011579)	ENSCPOG00000013031	TDRP (ENSCPOG00000035181)	FBXO25 (ENSCPOG00000008110)	ZUP1 (ENSCPOG00000000534) #22	RSPH4A (ENSCPOG00000000533) #23	KPNA5 (ENSCPOG00000035973) #24	FAM162B (ENSCPOG00000006389)	RFX6 (ENSCPOG00000015023) #26	VGLL2 (ENSCPOG00000021559)	ENSCPOG00000012998 #27	DCBLD1 (ENSCPOG00000002737) #28	GOPC (ENSCPOG00000010125) #29	ENSCPOG00000027426	ENSCPOG00000031032	NUS1 (ENSCPOG00000039822) #30	SLC35F1 (ENSCPOG00000029995) #31	ENSCPOG00000024368	TPD52L1 (ENSCPOG00000013150)	HDDC2 (ENSCPOG00000013151)