Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000163447 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 Glires ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000163447 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 292 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000162598 Pika MODERN SPECIES 7803 HBZ (ENSOPRG00000010063) #22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 867 IL9R (ENSOCUG00000009546) ENSOCUG00000013608 SNRNP25 (ENSOCUG00000013614) RHBDF1 (ENSOCUG00000023683) MPG (ENSOCUG00000017828) NPRL3 (ENSOCUG00000017830) HBZ (ENSOCUG00000014162) #22 ENSOCUG00000032278 #22 ENSOCUG00000002435 Rabbit MODERN SPECIES 867 IL9R (ENSOCUG00000009546) ENSOCUG00000013608 SNRNP25 (ENSOCUG00000013614) RHBDF1 (ENSOCUG00000023683) MPG (ENSOCUG00000017828) NPRL3 (ENSOCUG00000017830) HBZ (ENSOCUG00000014162) #22 ENSOCUG00000032278 #22 ENSOCUG00000002435 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000163447 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000163447 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000163447 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156866 ENSGT00390000007125.b ENSGT00390000014412 ENSGT00940000158996 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00530000063870.b Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063113.C ENSGT00940000156866 ENSGT00390000007125.b ENSGT00390000014412 ENSGT00940000158996 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00700000106173 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063113.C ENSGT00940000156866 ENSGT00390000007125.b ENSGT00390000014412 ENSGT00940000158996 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00700000106173 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156866 ENSGT00390000007125.b ENSGT00390000014412 ENSGT00940000158996 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00940000167072 ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000162598 ENSGT00940000154590 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00530000063870.b Golden Hamster MODERN SPECIES 733 Bod1 (ENSMAUG00000016947) Cpeb4 (ENSMAUG00000011128) 4930524B15Rik (ENSMAUG00000011483) ENSMAUG00000019781 Il9r (ENSMAUG00000014125) Snrnp25 (ENSMAUG00000000494) Rhbdf1 (ENSMAUG00000017080) Nprl3 (ENSMAUG00000000769) Hba-x (ENSMAUG00000011140) #22 ENSMAUG00000009521 ENSMAUG00000018150 Fam234a (ENSMAUG00000014935) Arhgdig (ENSMAUG00000008800) Pdia2 (ENSMAUG00000019698) Axin1 (ENSMAUG00000008044) Mrpl28 (ENSMAUG00000003487) Pgap6 (ENSMAUG00000020441) Decr2 (ENSMAUG00000015925) Capn15 (ENSMAUG00000011871) Pigq (ENSMAUG00000017539) Wfikkn1 (ENSMAUG00000001620) Mettl26 (ENSMAUG00000012843) Mcrip2 (ENSMAUG00000017047) Wdr90 (ENSMAUG00000018636) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 229 Crebrf (ENSCGRG00001007231) Bnip1 (ENSCGRG00001000805) Nkx2-5 (ENSCGRG00001024735) Stc2 (ENSCGRG00001023337) Bod1 (ENSCGRG00001023221) Cpeb4 (ENSCGRG00001021805) ENSCGRG00001019946 4930524B15Rik (ENSCGRG00001017897) ENSCGRG00001013841 Nsg2 (ENSCGRG00001010888) Il9r (ENSCGRG00001023103) Snrnp25 (ENSCGRG00001020306) Rhbdf1 (ENSCGRG00001001539) Mpg (ENSCGRG00001016501) Nprl3 (ENSCGRG00001009894) Hba-x (ENSCGRG00001024784) #22 ENSCGRG00001024697 ENSCGRG00001022538 Luc7l (ENSCGRG00001021887) Fam234a (ENSCGRG00001020396) Rgs11 (ENSCGRG00001019127) Arhgdig (ENSCGRG00001014795) Pdia2 (ENSCGRG00001014079) Axin1 (ENSCGRG00001020049) Mrpl28 (ENSCGRG00001012825) Pgap6 (ENSCGRG00001007303) Nme4 (ENSCGRG00001003962) Decr2 (ENSCGRG00001018778) Rab11fip3 (ENSCGRG00001002847) Capn15 (ENSCGRG00001019635) A930017K11Rik (ENSCGRG00001023327) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063113.C ENSGT00940000156866 ENSGT00390000007125.b ENSGT00390000014412 ENSGT00940000158996 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00700000106173 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 21 Ergic1 (ENSPEMG00000011371) Atp6v0e (ENSPEMG00000016171) Crebrf (ENSPEMG00000019136) Bnip1 (ENSPEMG00000014579) Nkx2-5 (ENSPEMG00000012263) Stc2 (ENSPEMG00000031170) ENSPEMG00000030821 Cpeb4 (ENSPEMG00000025728) 4930524B15Rik (ENSPEMG00000016302) Nsg2 (ENSPEMG00000029190) Il9r (ENSPEMG00000015108) Snrnp25 (ENSPEMG00000000454) ENSPEMG00000025652 Mpg (ENSPEMG00000013129) Nprl3 (ENSPEMG00000018260) Hba-x (ENSPEMG00000011750) #22 ENSPEMG00000030709 ENSPEMG00000029677 ENSPEMG00000027669 Luc7l (ENSPEMG00000011291) Fam234a (ENSPEMG00000013057) ENSPEMG00000014395 ENSPEMG00000025548 Arhgdig (ENSPEMG00000016144) Pdia2 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Murinae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063113.C ENSGT00940000156866 ENSGT00390000007125.b ENSGT00390000014412 ENSGT00940000158996 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00700000106173 Mus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00940000158396 ENSGT00940000156641 ENSGT00390000007501 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000155898 ENSGT00390000017300 ENSGT00940000159553 ENSGT00940000153052.c.b.b.b.d.b.b ENSGT00940000160629 ENSGT00940000153139.B.b ENSGT00940000160813 ENSGT00970000195169 ENSGT00940000158048 Shrew mouse MODERN SPECIES 5 Stc2 (MGP_PahariEiJ_G0017305) Bod1 (MGP_PahariEiJ_G0017306) Cpeb4 (MGP_PahariEiJ_G0017307) 4930524B15Rik (MGP_PahariEiJ_G0017308) Nsg2 (MGP_PahariEiJ_G0017309) MGP_PahariEiJ_G0017310 Il9r (MGP_PahariEiJ_G0017311) MGP_PahariEiJ_G0017312 Rhbdf1 (MGP_PahariEiJ_G0017313) Nprl3 (MGP_PahariEiJ_G0017314) MGP_PahariEiJ_G0017315 MGP_PahariEiJ_G0017316 #22 MGP_PahariEiJ_G0017317 MGP_PahariEiJ_G0017318 MGP_PahariEiJ_G0017319 MGP_PahariEiJ_G0017320 Sh3pxd2b (MGP_PahariEiJ_G0017321) Ubtd2 (MGP_PahariEiJ_G0017322) Efcab9 (MGP_PahariEiJ_G0017323) Stk10 (MGP_PahariEiJ_G0017324) Fbxw11 (MGP_PahariEiJ_G0017325) Smim23 (MGP_PahariEiJ_G0017326) Fgf18 (MGP_PahariEiJ_G0017327) MGP_PahariEiJ_G0017328 Tlx3 (MGP_PahariEiJ_G0017329) Ranbp17 (MGP_PahariEiJ_G0017330) MGP_PahariEiJ_G0017331 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000011433 ENSGT00390000007723 ENSGT00530000063603.B ENSGT00390000003855.a ENSGT00940000159080 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00940000158396 ENSGT00940000156641 ENSGT00390000007501 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000155898 ENSGT00390000017300 ENSGT00940000159553 ENSGT00940000153052.c.b.b.b.d.b.b ENSGT00940000160629 ENSGT00940000153139.B.b ENSGT00940000160813 ENSGT00970000195169 ENSGT00940000158048 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 2 Acyp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016165) Psme4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016166) Gpr75 (MGP_CAROLIEiJ_G0016167) Erlec1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016168) Chac2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016169) Stc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016170) Bod1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016171) Cpeb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016172) 4930524B15Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0016173) Nsg2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016174) Il9r (MGP_CAROLIEiJ_G0016175) MGP_CAROLIEiJ_G0016176 Rhbdf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016177) Nprl3 (MGP_CAROLIEiJ_G0016178) Mpg (MGP_CAROLIEiJ_G0016179) MGP_CAROLIEiJ_G0016180 #22 MGP_CAROLIEiJ_G0016181 MGP_CAROLIEiJ_G0016182 MGP_CAROLIEiJ_G0016183 MGP_CAROLIEiJ_G0016184 Sh3pxd2b (MGP_CAROLIEiJ_G0016185) Ubtd2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016186) Efcab9 (MGP_CAROLIEiJ_G0016187) Stk10 (MGP_CAROLIEiJ_G0016188) Fbxw11 (MGP_CAROLIEiJ_G0016189) Smim23 (MGP_CAROLIEiJ_G0016190) Fgf18 (MGP_CAROLIEiJ_G0016191) Npm1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016192) Tlx3 (MGP_CAROLIEiJ_G0016193) Ranbp17 (MGP_CAROLIEiJ_G0016194) MGP_CAROLIEiJ_G0016195 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000011433 ENSGT00390000007723 ENSGT00530000063603.B ENSGT00390000003855.a ENSGT00940000159080 ENSGT00390000005989.a ENSGT00940000154979 ENSGT00940000154998.a.a ENSGT00640000091672 ENSGT00390000000483.a.a ENSGT00510000049125 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000162598.c ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598.d ENSGT00940000158396 ENSGT00940000156641 ENSGT00390000007501 ENSGT00940000156818 ENSGT00940000155898 ENSGT00390000017300 ENSGT00940000159553 ENSGT00940000153052.c.b.b.b.d.b.b ENSGT00940000160629 ENSGT00940000153139.B.b ENSGT00940000160813 ENSGT00940000158048 Mouse MODERN SPECIES 2 Psme4 (ENSMUSG00000040850) Gpr75 (ENSMUSG00000043999) Asb3 (ENSMUSG00000020305) Erlec1 (ENSMUSG00000020311) Chac2 (ENSMUSG00000020309) Stc2 (ENSMUSG00000020303) Bod1 (ENSMUSG00000044502) Cpeb4 (ENSMUSG00000020300) 4930524B15Rik (ENSMUSG00000020299) Nsg2 (ENSMUSG00000020297) Il9r (ENSMUSG00000020279) Snrnp25 (ENSMUSG00000040767) Rhbdf1 (ENSMUSG00000020282) Nprl3 (ENSMUSG00000020289) Mpg (ENSMUSG00000020287) Hba-x (ENSMUSG00000055609) #22 Hba-a1 (ENSMUSG00000069919) Hbq1b (ENSMUSG00000073063) Hba-a2 (ENSMUSG00000069917) Hbq1a (ENSMUSG00000020295) 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mouse MODERN SPECIES 3235 Stc2 (ENSMSIG00000024579) ENSMSIG00000024561 Cpeb4 (ENSMSIG00000024456) ENSMSIG00000024450 4930524B15Rik (ENSMSIG00000024432) ENSMSIG00000024413 Il9r (ENSMSIG00000024354) ENSMSIG00000024344 Rhbdf1 (ENSMSIG00000024323) Mpg (ENSMSIG00000024316) Nprl3 (ENSMSIG00000024256) Hba-x (ENSMSIG00000024240) #22 ENSMSIG00000024228 ENSMSIG00000024204 Hbq1a (ENSMSIG00000023834) Sh3pxd2b (ENSMSIG00000023801) Ubtd2 (ENSMSIG00000023792) Efcab9 (ENSMSIG00000023781) Stk10 (ENSMSIG00000023716) Fbxw11 (ENSMSIG00000023614) Smim23 (ENSMSIG00000023592) Fgf18 (ENSMSIG00000023572) Npm1 (ENSMSIG00000023445) Tlx3 (ENSMSIG00000023425) ENSMSIG00000023419 Ranbp17 (ENSMSIG00000023281) Gabrp (ENSMSIG00000023250) spretus MODERN SPECIES 2 Gpr75 (MGP_SPRETEiJ_G0017010) Asb3 (MGP_SPRETEiJ_G0017011) Erlec1 (MGP_SPRETEiJ_G0017012) Chac2 (MGP_SPRETEiJ_G0017013) Stc2 (MGP_SPRETEiJ_G0017014) Bod1 (MGP_SPRETEiJ_G0017015) Cpeb4 (MGP_SPRETEiJ_G0017016) 4930524B15Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017017) Nsg2 (MGP_SPRETEiJ_G0017018) MGP_SPRETEiJ_G0017019 Il9r (MGP_SPRETEiJ_G0017020) MGP_SPRETEiJ_G0017021 Rhbdf1 (MGP_SPRETEiJ_G0017022) Nprl3 (MGP_SPRETEiJ_G0017023) Mpg (MGP_SPRETEiJ_G0017024) MGP_SPRETEiJ_G0017025 #22 Sh3pxd2b (MGP_SPRETEiJ_G0017026) Ubtd2 (MGP_SPRETEiJ_G0017027) Efcab9 (MGP_SPRETEiJ_G0017028) Stk10 (MGP_SPRETEiJ_G0017029) Fbxw11 (MGP_SPRETEiJ_G0017030) Smim23 (MGP_SPRETEiJ_G0017031) Fgf18 (MGP_SPRETEiJ_G0017032) Npm1 (MGP_SPRETEiJ_G0017033) Tlx3 (MGP_SPRETEiJ_G0017034) MGP_SPRETEiJ_G0017035 MGP_SPRETEiJ_G0017036 Gabrp (MGP_SPRETEiJ_G0017037) MGP_SPRETEiJ_G0017038 Kcnip1 (MGP_SPRETEiJ_G0017039) Kcnmb1 (MGP_SPRETEiJ_G0017040) Rat MODERN SPECIES 1 Ergic1 (ENSRNOG00000003508) Atp6v0e1 (ENSRNOG00000003269) Crebrf (ENSRNOG00000020769) Bnip1 (ENSRNOG00000020753) Nkx2-5 (ENSRNOG00000020747) Stc2 (ENSRNOG00000020729) Bod1 (ENSRNOG00000020717) Cpeb4 (ENSRNOG00000033169) RGD1311343 (ENSRNOG00000027852) Nsg2 (ENSRNOG00000020644) Il9r (ENSRNOG00000020630) Snrnp25 (ENSRNOG00000020626) Rhbdf1 (ENSRNOG00000020594) Mpg (ENSRNOG00000020571) Nprl3 (ENSRNOG00000020541) Hbz (ENSRNOG00000020536) #22 Hba-a3 (ENSRNOG00000047321) ENSRNOG00000070249 Hba-a1 (ENSRNOG00000029886) Luc7l (ENSRNOG00000020488) Fam234a (ENSRNOG00000067554) Arhgdig (ENSRNOG00000068707) Pdia2 (ENSRNOG00000063310) Axin1 (ENSRNOG00000062714) Mrpl28 (ENSRNOG00000042720) Pgap6 (ENSRNOG00000020374) Rab11fip3 (ENSRNOG00000032152) Capn15 (ENSRNOG00000020239) Rpl36a-ps7 (ENSRNOG00000064619) Prr35 (ENSRNOG00000020212) ENSRNOG00000067173 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1546 ENSNGAG00000009349 Bnip1 (ENSNGAG00000019475) Nkx2-5 (ENSNGAG00000016164) Stc2 (ENSNGAG00000016574) ENSNGAG00000003484 Bod1 (ENSNGAG00000006127) Cpeb4 (ENSNGAG00000010735) 4930524B15Rik (ENSNGAG00000012324) Nsg2 (ENSNGAG00000013688) Il9r (ENSNGAG00000020208) Polr3k (ENSNGAG00000016438) Snrnp25 (ENSNGAG00000016910) Rhbdf1 (ENSNGAG00000017730) Mpg (ENSNGAG00000020949) Nprl3 (ENSNGAG00000003135) Hba-x (ENSNGAG00000013746) #22 ENSNGAG00000014020 ENSNGAG00000015715 Luc7l (ENSNGAG00000000074) Fam234a (ENSNGAG00000005036) Arhgdig (ENSNGAG00000014746) Pdia2 (ENSNGAG00000001389) Axin1 (ENSNGAG00000012121) Mrpl28 (ENSNGAG00000016312) Pgap6 (ENSNGAG00000017403) Nme4 (ENSNGAG00000003746) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 47 ENSJJAG00000022420 ENSJJAG00000019470 Gmps (ENSJJAG00000023127) Slc33a1 (ENSJJAG00000003795) E130311K13Rik (ENSJJAG00000013831) Il9r (ENSJJAG00000010972) Polr3k (ENSJJAG00000022791) ENSJJAG00000021564 Rhbdf1 (ENSJJAG00000007873) Mpg (ENSJJAG00000020414) Nprl3 (ENSJJAG00000010629) Hba-x (ENSJJAG00000010184) #22 ENSJJAG00000023100 ENSJJAG00000011884 ENSJJAG00000015959 Luc7l (ENSJJAG00000002974) Fam234a (ENSJJAG00000021311) Rgs11 (ENSJJAG00000012965) Arhgdig (ENSJJAG00000023913) Pdia2 (ENSJJAG00000021893) ENSJJAG00000016356 Mrpl28 (ENSJJAG00000008947) Pgap6 (ENSJJAG00000018628) Nme4 (ENSJJAG00000022100) Decr2 (ENSJJAG00000012652) ENSJJAG00000020769 Capn15 (ENSJJAG00000021439) Kangaroo rat MODERN SPECIES 333 Il9r (ENSDORG00000027992) ENSDORG00000011515 Snrnp25 (ENSDORG00000011509) ENSDORG00000011501 ENSDORG00000025364 Mpg (ENSDORG00000001728) Nprl3 (ENSDORG00000001734) Hba-x (ENSDORG00000024070) #22 ENSDORG00000013363 Luc7l (ENSDORG00000010650) Fam234a (ENSDORG00000006047) Rgs11 (ENSDORG00000013873) Pdia2 (ENSDORG00000008167) Axin1 (ENSDORG00000008168) Mrpl28 (ENSDORG00000024147) ENSDORG00000002378 Decr2 (ENSDORG00000029353) ENSDORG00000015897 Capn15 (ENSDORG00000004238) A930017K11Rik (ENSDORG00000000897) Nhlrc4 (ENSDORG00000023654) Pigq (ENSDORG00000000900) Rab40c (ENSDORG00000002024) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000163447 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000163447 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000005386 ENSGT00940000153167.A.b ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b ENSGT00390000004394 ENSGT00940000161478 ENSGT00390000008676 ENSGT00730000110975 ENSGT00390000002627 ENSGT00940000154485.B ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286.g ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00530000063870.b Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000005386 ENSGT00940000153167.A.b ENSGT00950000182979.a.b.b.b.b ENSGT00390000004394 ENSGT00940000161478 ENSGT00390000008676 ENSGT00730000110975 ENSGT00940000154485.B ENSGT00390000002627 ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590 ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286.g ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00530000063870.b Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 37 SHISA9 (ENSUPAG00010012619) CPPED1 (ENSUPAG00010012640) SNX29 (ENSUPAG00010012649) TNFRSF17 (ENSUPAG00010012729) ENSUPAG00010012733 IL9R (ENSUPAG00010012738) POLR3K (ENSUPAG00010012759) SNRNP25 (ENSUPAG00010012763) RHBDF1 (ENSUPAG00010012770) MPG (ENSUPAG00010012819) NPRL3 (ENSUPAG00010012825) HBZ (ENSUPAG00010012897) #22 ENSUPAG00010012915 ENSUPAG00010012924 HBQ1 (ENSUPAG00010012935) LUC7L (ENSUPAG00010012944) FAM234A (ENSUPAG00010012969) RGS11 (ENSUPAG00010013145) ARHGDIG (ENSUPAG00010013164) PDIA2 (ENSUPAG00010013181) AXIN1 (ENSUPAG00010013191) MRPL28 (ENSUPAG00010013215) PGAP6 (ENSUPAG00010013225) NME4 (ENSUPAG00010013244) DECR2 (ENSUPAG00010013249) RAB11FIP3 (ENSUPAG00010013258) CAPN15 (ENSUPAG00010013265) Squirrel MODERN SPECIES 101 BFAR (ENSSTOG00000007564) PARN (ENSSTOG00000007519) MRTFB (ENSSTOG00000013006) ERCC4 (ENSSTOG00000013342) SHISA9 (ENSSTOG00000001743) CPPED1 (ENSSTOG00000021213) SNX29 (ENSSTOG00000027341) TNFRSF17 (ENSSTOG00000010738) ENSSTOG00000031247 IL9R (ENSSTOG00000002226) POLR3K (ENSSTOG00000022940) SNRNP25 (ENSSTOG00000010952) RHBDF1 (ENSSTOG00000010968) MPG (ENSSTOG00000000990) NPRL3 (ENSSTOG00000000982) HBZ (ENSSTOG00000010645) #22 ENSSTOG00000010650 HBQ1 (ENSSTOG00000020012) LUC7L (ENSSTOG00000010653) FAM234A (ENSSTOG00000009463) RGS11 (ENSSTOG00000009479) ARHGDIG (ENSSTOG00000026684) PDIA2 (ENSSTOG00000022319) AXIN1 (ENSSTOG00000012303) MRPL28 (ENSSTOG00000012316) ENSSTOG00000012325 ENSSTOG00000004798 DECR2 (ENSSTOG00000004807) RAB11FIP3 (ENSSTOG00000003320) CAPN15 (ENSSTOG00000019730) PRR35 (ENSSTOG00000003663) Alpin marmot MODERN SPECIES 28 ENSMMMG00000019787 PLA2G10 (ENSMMMG00000019782) BFAR (ENSMMMG00000019773) PARN (ENSMMMG00000018986) MRTFB (ENSMMMG00000018889) ERCC4 (ENSMMMG00000018875) CPPED1 (ENSMMMG00000018858) SNX29 (ENSMMMG00000018829) ENSMMMG00000018776 TNFRSF17 (ENSMMMG00000018770) IL9R (ENSMMMG00000018763) ENSMMMG00000018762 SNRNP25 (ENSMMMG00000018760) MPG (ENSMMMG00000018662) NPRL3 (ENSMMMG00000018640) HBZ (ENSMMMG00000018631) #22 ENSMMMG00000018621 ENSMMMG00000018615 HBQ1 (ENSMMMG00000018612) LUC7L (ENSMMMG00000018597) FAM234A (ENSMMMG00000018580) RGS11 (ENSMMMG00000018565) ARHGDIG (ENSMMMG00000018553) ENSMMMG00000018542 AXIN1 (ENSMMMG00000018518) MRPL28 (ENSMMMG00000018504) PGAP6 (ENSMMMG00000018500) ENSMMMG00000018497 DECR2 (ENSMMMG00000018481) RAB11FIP3 (ENSMMMG00000018468) CAPN15 (ENSMMMG00000018451) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 9 IL9R (ENSSVLG00005019509) POLR3K (ENSSVLG00005019574) SNRNP25 (ENSSVLG00005019614) MPG (ENSSVLG00005019937) NPRL3 (ENSSVLG00005020023) HBZ (ENSSVLG00005020129) #22 HBM (ENSSVLG00005020175) ENSSVLG00005020223 HBQ1 (ENSSVLG00005020281) LUC7L (ENSSVLG00005020333) ENSSVLG00005020427 FAM234A (ENSSVLG00005020479) RGS11 (ENSSVLG00005020545) ARHGDIG (ENSSVLG00005020711) PDIA2 (ENSSVLG00005020768) AXIN1 (ENSSVLG00005021018) MRPL28 (ENSSVLG00005021065) PGAP6 (ENSSVLG00005021136) NME4 (ENSSVLG00005021218) DECR2 (ENSSVLG00005021314) RAB11FIP3 (ENSSVLG00005021440) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000160018 ENSGT00390000004807 ENSGT00940000153189.A ENSGT00940000161453 ENSGT00940000156771 ENSGT00940000158884 ENSGT00940000156516 ENSGT00940000161017 ENSGT00940000153307.d.a ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590.xc ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b ENSGT00530000063694.a ENSGT00940000160198 ENSGT00390000006233.c.a.a ENSGT00940000161859 ENSGT00940000156947 ENSGT00390000017359 ENSGT00940000160060 ENSGT00940000160286 ENSGT00940000153801.a ENSGT00440000033742.a.a ENSGT00940000158312 ENSGT00530000063870.b Naked mole-rat female MODERN SPECIES 15 ENSHGLG00000044205 MAPK1 (ENSHGLG00000043010) PPM1F (ENSHGLG00000016327) ENSHGLG00000018551 ENSHGLG00000017108 ENSHGLG00000050388 ENSHGLG00000048977 ENSHGLG00000002252 ENSHGLG00000002282 POLR3K (ENSHGLG00000039484) SNRNP25 (ENSHGLG00000002464) RHBDF1 (ENSHGLG00000002219) MPG (ENSHGLG00000002674) NPRL3 (ENSHGLG00000002715) ENSHGLG00000041676 HBZ (ENSHGLG00000002780) #22 ENSHGLG00000002825 HBQ1 (ENSHGLG00000003101) LUC7L (ENSHGLG00000040126) FAM234A (ENSHGLG00000003179) RGS11 (ENSHGLG00000003436) ARHGDIG (ENSHGLG00000003507) PDIA2 (ENSHGLG00000003605) ENSHGLG00000043940 AXIN1 (ENSHGLG00000003717) MRPL28 (ENSHGLG00000003807) PGAP6 (ENSHGLG00000036229) NME4 (ENSHGLG00000004000) DECR2 (ENSHGLG00000004601) RAB11FIP3 (ENSHGLG00000004708) CAPN15 (ENSHGLG00000004746) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160018 ENSGT00390000004807 ENSGT00940000153189.A ENSGT00940000161453 ENSGT00940000156771 ENSGT00940000158884 ENSGT00940000156516 ENSGT00940000161017 ENSGT00940000153307.d.a ENSGT00510000049125 ENSGT00550000075071 ENSGT00390000002628 ENSGT00940000156278 ENSGT00390000009825 ENSGT00390000015916 ENSGT00940000158623 #22 ENSGT00940000154590.xc ENSGT00940000162598 ENSGT00950000183213.a.a.b 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