Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	33				ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152 #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000172406
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	94				ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152 #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	21				ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152 #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000172404	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Theria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000172404	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159720	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Primates	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
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Human	MODERN SPECIES	8	IGF2BP1 (ENSG00000159217)	GIP (ENSG00000159224) #7	SNF8 (ENSG00000159210) #8	UBE2Z (ENSG00000159202) #9	ATP5MC1 (ENSG00000159199) #11	CALCOCO2 (ENSG00000136436) #12	TTLL6 (ENSG00000170703) #13	HOXB13 (ENSG00000159184) #14	PRAC2 (ENSG00000229637) #15	PRAC1 (ENSG00000159182) #16	HOXB9 (ENSG00000170689) #17	HOXB8 (ENSG00000120068) #18	HOXB7 (ENSG00000260027) #19	HOXB6 (ENSG00000108511) #20	HOXB5 (ENSG00000120075) #21	HOXB4 (ENSG00000182742) #22	HOXB3 (ENSG00000120093) #23	HOXB2 (ENSG00000173917) #24	HOXB1 (ENSG00000120094) #25	SKAP1 (ENSG00000141293) #26	SNX11 (ENSG00000002919) #27	CBX1 (ENSG00000108468) #28	NFE2L1 (ENSG00000082641) #29	COPZ2 (ENSG00000005243) #30	CDK5RAP3 (ENSG00000108465) ##31	PRR15L (ENSG00000167183) #32	PNPO (ENSG00000108439) #33	SP2 (ENSG00000167182) #34	SP6 (ENSG00000189120) #35	SCRN2 (ENSG00000141295) #36	LRRC46 (ENSG00000141294) #37
Orangutan	MODERN SPECIES	8	IGF2BP1 (ENSPPYG00000008913)	GIP (ENSPPYG00000008912) #7	ENSPPYG00000008911 #8	UBE2Z (ENSPPYG00000032681) #9	ATP5MC1 (ENSPPYG00000008909) #11	CALCOCO2 (ENSPPYG00000008907) #12	TTLL6 (ENSPPYG00000008906) #13	HOXB13 (ENSPPYG00000008904) #14	ENSPPYG00000036609 #15	PRAC1 (ENSPPYG00000008903) #16	HOXB9 (ENSPPYG00000008902) #17	HOXB8 (ENSPPYG00000038542) #18	HOXB7 (ENSPPYG00000008901) #19	HOXB6 (ENSPPYG00000008899) #20	HOXB5 (ENSPPYG00000008898) #21	HOXB4 (ENSPPYG00000008897) #22	HOXB3 (ENSPPYG00000008896) #23	HOXB2 (ENSPPYG00000008895) #24	HOXB1 (ENSPPYG00000008894) #25	SKAP1 (ENSPPYG00000008893) #26	SNX11 (ENSPPYG00000008892) #27	ENSPPYG00000008891 ##28	NFE2L1 (ENSPPYG00000036998) #29	ENSPPYG00000008889 #30	CDK5RAP3 (ENSPPYG00000008888) ##31	PRR15L (ENSPPYG00000008887) #32	PNPO (ENSPPYG00000040967) #33	SP2 (ENSPPYG00000008885) #34	SP6 (ENSPPYG00000008884) #35	SCRN2 (ENSPPYG00000008883) #36	LRRC46 (ENSPPYG00000032761) #37
Gibbon	MODERN SPECIES	105	ABI3 (ENSNLEG00000002938)	ENSNLEG00000002931	B4GALNT2 (ENSNLEG00000002844)	IGF2BP1 (ENSNLEG00000002786)	GIP (ENSNLEG00000002767) #7	SNF8 (ENSNLEG00000002743) #8	ENSNLEG00000002739 #9	ATP5MC1 (ENSNLEG00000002718) #11	CALCOCO2 (ENSNLEG00000002619) #12	TTLL6 (ENSNLEG00000002601) #13	HOXB13 (ENSNLEG00000002594) #14	ENSNLEG00000036120 #15	ENSNLEG00000029075	HOXB6 (ENSNLEG00000002585) #20	HOXB5 (ENSNLEG00000002574) #21	HOXB4 (ENSNLEG00000002570) #22	HOXB2 (ENSNLEG00000002566) #24	ENSNLEG00000018815 #25	SKAP1 (ENSNLEG00000002519) #26	SNX11 (ENSNLEG00000002479) #27	ENSNLEG00000002435 #28	NFE2L1 (ENSNLEG00000002415) #29	ENSNLEG00000002409 #30	ENSNLEG00000002109 ##31	PRR15L (ENSNLEG00000002102) #32	PNPO (ENSNLEG00000002062) #33	ENSNLEG00000002058 #34	SP6 (ENSNLEG00000002050) #35	SCRN2 (ENSNLEG00000001940) #36	LRRC46 (ENSNLEG00000001902) #37	MRPL10 (ENSNLEG00000001803)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00860000135909 #15	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00860000135909 #15	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	7	GNGT2 (ENSCSAG00000002475)	B4GALNT2 (ENSCSAG00000002479)	IGF2BP1 (ENSCSAG00000002487)	GIP (ENSCSAG00000002491) #7	SNF8 (ENSCSAG00000002494) #8	UBE2Z (ENSCSAG00000002496) #9	ATP5MC1 (ENSCSAG00000002502) #11	CALCOCO2 (ENSCSAG00000002506) #12	TTLL6 (ENSCSAG00000002511) #13	HOXB13 (ENSCSAG00000002517) #14	HOXB9 (ENSCSAG00000002521) #17	HOXB8 (ENSCSAG00000002523) #18	HOXB7 (ENSCSAG00000002524) #19	HOXB6 (ENSCSAG00000002526) #20	HOXB5 (ENSCSAG00000002529) #21	HOXB4 (ENSCSAG00000002530) #22	HOXB3 (ENSCSAG00000002533) #23	HOXB2 (ENSCSAG00000002536) #24	HOXB1 (ENSCSAG00000002538) #25	ENSCSAG00000019043	SKAP1 (ENSCSAG00000002542) #26	SNX11 (ENSCSAG00000002545) #27	CBX1 (ENSCSAG00000002547) #28	NFE2L1 (ENSCSAG00000002550) #29	COPZ2 (ENSCSAG00000002558) #30	CDK5RAP3 (ENSCSAG00000002562) #31	PRR15L (ENSCSAG00000019042) #32	PNPO (ENSCSAG00000002565) #33	SP2 (ENSCSAG00000002567) #34	SP6 (ENSCSAG00000019041) #35	SCRN2 (ENSCSAG00000002569) #36
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00860000135909 #15	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b.e #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00860000135909 #15	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b.e #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT01100000263493.a.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.d.a.b.b	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	7	UBE2Z (ENSMFAG00000045564) #9	ENSMFAG00000037178 #11	ENSMFAG00000055147	CALCOCO2 (ENSMFAG00000000840) #12	ENSMFAG00000030534	ENSMFAG00000059251	TTLL6 (ENSMFAG00000035518) #13	HOXB13 (ENSMFAG00000039799) #14	PRAC1 (ENSMFAG00000039547) #16	ENSMFAG00000047612	HOXB9 (ENSMFAG00000062545) #17	HOXB8 (ENSMFAG00000033418) #18	HOXB7 (ENSMFAG00000039298) #19	HOXB6 (ENSMFAG00000002294) #20	HOXB5 (ENSMFAG00000042418) #21	HOXB4 (ENSMFAG00000041000) #22	ENSMFAG00000062776	HOXB2 (ENSMFAG00000034146) #24	HOXB1 (ENSMFAG00000052359) #25	SKAP1 (ENSMFAG00000038763) #26	ENSMFAG00000048147	ENSMFAG00000047205	SNX11 (ENSMFAG00000001845) #27	CBX1 (ENSMFAG00000036790) #28	NFE2L1 (ENSMFAG00000035583) #29	COPZ2 (ENSMFAG00000045896) #30	CDK5RAP3 (ENSMFAG00000046364) #31	PRR15L (ENSMFAG00000030161) #32	PNPO (ENSMFAG00000039285) #33	SP2 (ENSMFAG00000038712) #34	ENSMFAG00000052999
Rhesus	MODERN SPECIES	7	IGF2BP1 (ENSMMUG00000011533)	GIP (ENSMMUG00000049405) #7	SNF8 (ENSMMUG00000021087) #8	UBE2Z (ENSMMUG00000057164) #9	ATP5MC1 (ENSMMUG00000013395) #11	ENSMMUG00000016305	TTLL6 (ENSMMUG00000003436) #13	HOXB13 (ENSMMUG00000060879) #14	PRAC1 (ENSMMUG00000053394) #16	HOXB9 (ENSMMUG00000052505) #17	HOXB8 (ENSMMUG00000020868) #18	HOXB7 (ENSMMUG00000055324) #19	HOXB6 (ENSMMUG00000062283) #20	HOXB5 (ENSMMUG00000051420) #21	ENSMMUG00000045203	HOXB4 (ENSMMUG00000052130) #22	HOXB2 (ENSMMUG00000057001) #24	HOXB1 (ENSMMUG00000022212) #25	SKAP1 (ENSMMUG00000050742) #26	SNX11 (ENSMMUG00000020658) #27	CBX1 (ENSMMUG00000019882) #28	NFE2L1 (ENSMMUG00000021935) #29	COPZ2 (ENSMMUG00000021934) #30	CDK5RAP3 (ENSMMUG00000004760) #31	PRR15L (ENSMMUG00000050551) #32	PNPO (ENSMMUG00000003325) #33	SP2 (ENSMMUG00000004765) #34	ENSMMUG00000053935	SP6 (ENSMMUG00000061952) #35	MRPL10 (ENSMMUG00000021486) #36	LRRC46 (ENSMMUG00000061605) #37
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	494	GIP (ENSMNEG00000042307) #7	SNF8 (ENSMNEG00000032473) #8	UBE2Z (ENSMNEG00000040572) #9	ENSMNEG00000011359 #11	ENSMNEG00000027016	CALCOCO2 (ENSMNEG00000041410) #12	TTLL6 (ENSMNEG00000035034) #13	HOXB13 (ENSMNEG00000036275) #14	PRAC2 (ENSMNEG00000038796) #15	PRAC1 (ENSMNEG00000045191) #16	HOXB9 (ENSMNEG00000045476) #17	HOXB8 (ENSMNEG00000034944) #18	HOXB7 (ENSMNEG00000040001) #19	HOXB6 (ENSMNEG00000042554) #20	HOXB5 (ENSMNEG00000039003) #21	HOXB4 (ENSMNEG00000032435) #22	HOXB3 (ENSMNEG00000032425) #23	HOXB2 (ENSMNEG00000043416) #24	HOXB1 (ENSMNEG00000036848) #25	ENSMNEG00000033446	SKAP1 (ENSMNEG00000015541) #26	SNX11 (ENSMNEG00000034920) #27	CBX1 (ENSMNEG00000039720) #28	NFE2L1 (ENSMNEG00000037921) #29	COPZ2 (ENSMNEG00000038720) #30	CDK5RAP3 (ENSMNEG00000029039) #31	PRR15L (ENSMNEG00000028174) #32	PNPO (ENSMNEG00000037010) #33	SP2 (ENSMNEG00000029577) #34	SP6 (ENSMNEG00000023861) #35	SCRN2 (ENSMNEG00000031786) #36
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Olive baboon	MODERN SPECIES	8	IGF2BP1 (ENSPANG00000022833)	GIP (ENSPANG00000022832) #7	SNF8 (ENSPANG00000022831) ##8	UBE2Z (ENSPANG00000022830) #9	ATP5MC1 (ENSPANG00000022880) #11	CALCOCO2 (ENSPANG00000022881) #12	ENSPANG00000049214	TTLL6 (ENSPANG00000022885) #13	HOXB13 (ENSPANG00000048407) #14	PRAC1 (ENSPANG00000034268) #16	HOXB9 (ENSPANG00000022896) #17	HOXB8 (ENSPANG00000022895) #18	HOXB7 (ENSPANG00000041701) #19	HOXB6 (ENSPANG00000022891) #20	HOXB5 (ENSPANG00000022889) #21	HOXB4 (ENSPANG00000022888) #22	ENSPANG00000045928	HOXB2 (ENSPANG00000034765) #24	HOXB1 (ENSPANG00000022886) #25	SKAP1 (ENSPANG00000022897) #26	ENSPANG00000026200	SNX11 (ENSPANG00000022898) #27	CBX1 (ENSPANG00000022906) #28	NFE2L1 (ENSPANG00000022904) #29	COPZ2 (ENSPANG00000022903) #30	CDK5RAP3 (ENSPANG00000022902) #31	PNPO (ENSPANG00000022924) #33	SP2 (ENSPANG00000022922) #34	SP6 (ENSPANG00000017158) #35	SCRN2 (ENSPANG00000022920) #36	LRRC46 (ENSPANG00000022918) #37
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000018696.n	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00950000183198.c.a.a.b	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	564	GIP (ENSCATG00000031593) #7	SNF8 (ENSCATG00000038375) #8	UBE2Z (ENSCATG00000038755) #9	ATP5MC1 (ENSCATG00000030174) #11	CALCOCO2 (ENSCATG00000007708) #12	ENSCATG00000016293	TTLL6 (ENSCATG00000029768) #13	HOXB13 (ENSCATG00000041758) #14	PRAC1 (ENSCATG00000038550) #16	HOXB9 (ENSCATG00000002169) #17	HOXB8 (ENSCATG00000025318) #18	HOXB7 (ENSCATG00000042829) #19	HOXB6 (ENSCATG00000043342) #20	HOXB5 (ENSCATG00000027616) #21	HOXB3 (ENSCATG00000031126) #23	HOXB4 (ENSCATG00000040704) #22	HOXB2 (ENSCATG00000035238) #24	HOXB1 (ENSCATG00000035575) #25	SKAP1 (ENSCATG00000044458) #26	ENSCATG00000019817	SNX11 (ENSCATG00000030351) #27	ENSCATG00000034735 ##28	NFE2L1 (ENSCATG00000040775) #29	COPZ2 (ENSCATG00000042708) #30	CDK5RAP3 (ENSCATG00000006699) #31	PRR15L (ENSCATG00000020186) #32	PNPO (ENSCATG00000039934) #33	ENSCATG00000003341 #34	SP6 (ENSCATG00000020123) #35	SCRN2 (ENSCATG00000038846) #36	LRRC46 (ENSCATG00000031406) #37
Drill	MODERN SPECIES	1297	ENSMLEG00000043660	GIP (ENSMLEG00000032963) #7	SNF8 (ENSMLEG00000037501) #8	UBE2Z (ENSMLEG00000043345) #9	ATP5MC1 (ENSMLEG00000026746) #11	CALCOCO2 (ENSMLEG00000034129) #12	TTLL6 (ENSMLEG00000023683) #13	HOXB13 (ENSMLEG00000043860) #14	PRAC1 (ENSMLEG00000033309) #16	HOXB9 (ENSMLEG00000030602) #17	HOXB8 (ENSMLEG00000007179) #18	HOXB7 (ENSMLEG00000042331) #19	HOXB6 (ENSMLEG00000029580) #20	HOXB5 (ENSMLEG00000009970) #21	HOXB3 (ENSMLEG00000026268) #23	HOXB4 (ENSMLEG00000029897) #22	HOXB2 (ENSMLEG00000031955) #24	HOXB1 (ENSMLEG00000037557) #25	SKAP1 (ENSMLEG00000029308) #26	SNX11 (ENSMLEG00000039008) #27	CBX1 (ENSMLEG00000038745) #28	NFE2L1 (ENSMLEG00000039330) #29	COPZ2 (ENSMLEG00000039090) #30	CDK5RAP3 (ENSMLEG00000033869) #31	PRR15L (ENSMLEG00000020212) #32	PNPO (ENSMLEG00000040872) #33	SP2 (ENSMLEG00000032228) #34	SP6 (ENSMLEG00000027177) #35	SCRN2 (ENSMLEG00000041491) #36	LRRC46 (ENSMLEG00000031583) #37	MRPL10 (ENSMLEG00000042780)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00860000135909 #15	ENSGT00940000165611 #16	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1661	IGF2BP1 (ENSRBIG00000035739)	GIP (ENSRBIG00000039886) #7	SNF8 (ENSRBIG00000038039) #8	UBE2Z (ENSRBIG00000038578) #9	ATP5MC1 (ENSRBIG00000026711) #11	CALCOCO2 (ENSRBIG00000035235) #12	TTLL6 (ENSRBIG00000035925) #13	HOXB13 (ENSRBIG00000035598) #14	PRAC2 (ENSRBIG00000032698) #15	PRAC1 (ENSRBIG00000041996) #16	HOXB9 (ENSRBIG00000035654) #17	HOXB8 (ENSRBIG00000043329) #18	HOXB7 (ENSRBIG00000039896) #19	HOXB6 (ENSRBIG00000029050) #20	HOXB5 (ENSRBIG00000015821) #21	HOXB4 (ENSRBIG00000036141) #22	HOXB3 (ENSRBIG00000036705) #23	HOXB2 (ENSRBIG00000029105) #24	HOXB1 (ENSRBIG00000041849) #25	SKAP1 (ENSRBIG00000042563) #26	SNX11 (ENSRBIG00000030129) #27	ENSRBIG00000027048 #28	NFE2L1 (ENSRBIG00000034817) #29	COPZ2 (ENSRBIG00000038810) #30	CDK5RAP3 (ENSRBIG00000039441) #31	PRR15L (ENSRBIG00000030176) #32	PNPO (ENSRBIG00000042160) #33	SP2 (ENSRBIG00000032526) #34	ENSRBIG00000039530	TXNDC2 (ENSRBIG00000040108)	ENSRBIG00000040735
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000154172.gb.b.b.b	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Marmoset	MODERN SPECIES	17	B4GALNT2 (ENSCJAG00000007247)	ENSCJAG00000079002	IGF2BP1 (ENSCJAG00000007258)	GIP (ENSCJAG00000007300) #7	SNF8 (ENSCJAG00000007322) #8	UBE2Z (ENSCJAG00000007326) #9	ATP5MC1 (ENSCJAG00000075375) #11	CALCOCO2 (ENSCJAG00000007375) #12	TTLL6 (ENSCJAG00000007395) #13	HOXB13 (ENSCJAG00000007437) #14	HOXB9 (ENSCJAG00000007442) #17	HOXB8 (ENSCJAG00000045730) #18	HOXB7 (ENSCJAG00000007457) #19	HOXB6 (ENSCJAG00000007467) #20	HOXB5 (ENSCJAG00000007472) #21	HOXB4 (ENSCJAG00000007480) #22	HOXB3 (ENSCJAG00000007487) #23	HOXB2 (ENSCJAG00000007494) #24	HOXB1 (ENSCJAG00000007496) #25	ENSCJAG00000038853	SKAP1 (ENSCJAG00000007504) #26	SNX11 (ENSCJAG00000039549) #27	CBX1 (ENSCJAG00000042052) #28	NFE2L1 (ENSCJAG00000007542) #29	ENSCJAG00000058197	COPZ2 (ENSCJAG00000007567) #30	CDK5RAP3 (ENSCJAG00000007669) #31	PRR15L (ENSCJAG00000044487) #32	PNPO (ENSCJAG00000007693) #33	SP2 (ENSCJAG00000007713) #34	SP6 (ENSCJAG00000043946) #35
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.u.a #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a.t.b #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00860000135909 #15	ENSGT01050000247531	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000154172.gb.b.b.b	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	86	GIP (ENSSBOG00000020793) #7	SNF8 (ENSSBOG00000026186) #8	ENSSBOG00000028176 #10	UBE2Z (ENSSBOG00000036224) #9	ENSSBOG00000028794	CALCOCO2 (ENSSBOG00000035276) #12	TTLL6 (ENSSBOG00000028908) #13	HOXB13 (ENSSBOG00000029964) #14	PRAC2 (ENSSBOG00000032603) #15	ENSSBOG00000030794	HOXB9 (ENSSBOG00000030218) #17	HOXB8 (ENSSBOG00000034884) #18	HOXB7 (ENSSBOG00000020028) #19	HOXB6 (ENSSBOG00000031900) #20	HOXB5 (ENSSBOG00000018198) #21	HOXB4 (ENSSBOG00000024432) #22	HOXB3 (ENSSBOG00000030844) #23	HOXB2 (ENSSBOG00000025070) #24	HOXB1 (ENSSBOG00000034875) #25	ENSSBOG00000019520	SKAP1 (ENSSBOG00000029434) #26	SNX11 (ENSSBOG00000026967) #27	ENSSBOG00000031880 ##28	NFE2L1 (ENSSBOG00000023867) #29	COPZ2 (ENSSBOG00000033633) #30	CDK5RAP3 (ENSSBOG00000033272) #31	PRR15L (ENSSBOG00000019240) #32	PNPO (ENSSBOG00000021213) #33	SP2 (ENSSBOG00000029098) #34	SP6 (ENSSBOG00000014210) #35	SCRN2 (ENSSBOG00000027391) #36
Capuchin	MODERN SPECIES	228								HOXB13 (ENSCCAG00000036871) #14	ENSCCAG00000036164 #15	ENSCCAG00000019672	HOXB7 (ENSCCAG00000023947) #19	HOXB9 (ENSCCAG00000035938) #17	HOXB8 (ENSCCAG00000026051) #18	HOXB6 (ENSCCAG00000022842) #20	HOXB5 (ENSCCAG00000036867) #21	HOXB4 (ENSCCAG00000020311) #22	HOXB3 (ENSCCAG00000013598) #23	HOXB2 (ENSCCAG00000024035) #24	HOXB1 (ENSCCAG00000027667) #25	ENSCCAG00000019181	SKAP1 (ENSCCAG00000035663) #26	SNX11 (ENSCCAG00000030167) #27	CBX1 (ENSCCAG00000025085) #28	NFE2L1 (ENSCCAG00000029090) #29	COPZ2 (ENSCCAG00000021292) #30	CDK5RAP3 (ENSCCAG00000038053) #31	PNPO (ENSCCAG00000029175) #33	SP2 (ENSCCAG00000038047) #34	SP6 (ENSCCAG00000020330) #35	SCRN2 (ENSCCAG00000031435) #36	LRRC46 (ENSCCAG00000030568) #37
Mas night monkey	MODERN SPECIES	481	IGF2BP1 (ENSANAG00000022606)	GIP (ENSANAG00000030188) #7	SNF8 (ENSANAG00000032764) #8	UBE2Z (ENSANAG00000029636) #9	ATP5MC1 (ENSANAG00000024881) #11	ENSANAG00000020581 #12	TTLL6 (ENSANAG00000031133) #13	PRAC2 (ENSANAG00000025557) #15	HOXB13 (ENSANAG00000023991) #14	ENSANAG00000030331	HOXB9 (ENSANAG00000035156) #17	HOXB8 (ENSANAG00000028346) #18	HOXB7 (ENSANAG00000025513) #19	HOXB6 (ENSANAG00000023964) #20	HOXB5 (ENSANAG00000024299) #21	HOXB4 (ENSANAG00000024005) #22	HOXB3 (ENSANAG00000032072) #23	HOXB2 (ENSANAG00000023626) #24	HOXB1 (ENSANAG00000032306) #25	ENSANAG00000023400	SKAP1 (ENSANAG00000026853) #26	SNX11 (ENSANAG00000022588) #27	ENSANAG00000036853 ##28	NFE2L1 (ENSANAG00000027606) #29	COPZ2 (ENSANAG00000023309) #30	CDK5RAP3 (ENSANAG00000021880) #31	PNPO (ENSANAG00000026080) #33	SP2 (ENSANAG00000032738) #34	SP6 (ENSANAG00000019338) #35	SCRN2 (ENSANAG00000021482) #36	LRRC46 (ENSANAG00000028496) #37
Tarsier	MODERN SPECIES	4193													HOXB7 (ENSTSYG00000028173) #19	HOXB6 (ENSTSYG00000031001) #20	HOXB5 (ENSTSYG00000032912) #21	HOXB4 (ENSTSYG00000026874) #22	ENSTSYG00000029322	HOXB3 (ENSTSYG00000035231) #23	HOXB2 (ENSTSYG00000004903) #24	HOXB1 (ENSTSYG00000004656) #25
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.h #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.h #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Mouse lemur	MODERN SPECIES	7	B4GALNT2 (ENSMICG00000008596)	ENSMICG00000037104	ENSMICG00000013324	GIP (ENSMICG00000013317) #7	SNF8 (ENSMICG00000013305) #8	UBE2Z (ENSMICG00000046102) #9	ENSMICG00000003414	CALCOCO2 (ENSMICG00000015330) #12	TTLL6 (ENSMICG00000007549) #13	HOXB13 (ENSMICG00000007546) #14	HOXB9 (ENSMICG00000038413) #17	HOXB8 (ENSMICG00000045961) #18	HOXB7 (ENSMICG00000007539) #19	HOXB6 (ENSMICG00000042216) #20	HOXB5 (ENSMICG00000047139) #21	HOXB4 (ENSMICG00000043173) #22	HOXB3 (ENSMICG00000007522) #23	HOXB2 (ENSMICG00000038222) #24	HOXB1 (ENSMICG00000048152) #25	SKAP1 (ENSMICG00000047158) #26	ENSMICG00000029923	SNX11 (ENSMICG00000014741) #27	NFE2L1 (ENSMICG00000014716) #29	ENSMICG00000009510 #28	COPZ2 (ENSMICG00000014097) #30	CDK5RAP3 (ENSMICG00000014077) #31	ENSMICG00000014065 #33	SP2 (ENSMICG00000036051) #34	SP6 (ENSMICG00000047695) #35	SCRN2 (ENSMICG00000004823) #36	LRRC46 (ENSMICG00000004816) #37
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.h #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	120	B4GALNT2 (ENSPCOG00000013984)	ENSPCOG00000018672	IGF2BP1 (ENSPCOG00000006475)	GIP (ENSPCOG00000024832) #7	SNF8 (ENSPCOG00000026895) #8	UBE2Z (ENSPCOG00000014816) #9	ENSPCOG00000008741	CALCOCO2 (ENSPCOG00000021998) #12	TTLL6 (ENSPCOG00000021391) #13	HOXB13 (ENSPCOG00000018182) #14	HOXB9 (ENSPCOG00000027130) #17	HOXB8 (ENSPCOG00000024853) #18	HOXB7 (ENSPCOG00000028248) #19	HOXB6 (ENSPCOG00000019931) #20	HOXB5 (ENSPCOG00000015692) #21	HOXB4 (ENSPCOG00000022963) #22	HOXB3 (ENSPCOG00000020113) #23	HOXB2 (ENSPCOG00000017380) #24	HOXB1 (ENSPCOG00000025930) #25	SKAP1 (ENSPCOG00000022221) #26	SNX11 (ENSPCOG00000011015) #27	ENSPCOG00000010902 #28	NFE2L1 (ENSPCOG00000021740) #29	COPZ2 (ENSPCOG00000018359) #30	CDK5RAP3 (ENSPCOG00000016598) #31	PNPO (ENSPCOG00000017906) #33	SP2 (ENSPCOG00000017198) #34	SP6 (ENSPCOG00000008529) #35	SCRN2 (ENSPCOG00000014438) #36	LRRC46 (ENSPCOG00000015829) #37	MRPL10 (ENSPCOG00000025492)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	168			IGF2BP1 (ENSPSMG00000020445)	GIP (ENSPSMG00000020432) #7	SNF8 (ENSPSMG00000020426) #8	UBE2Z (ENSPSMG00000020387) #9	ENSPSMG00000020369	CALCOCO2 (ENSPSMG00000020308) #12	ENSPSMG00000020243 #13	HOXB13 (ENSPSMG00000020237) #14	HOXB9 (ENSPSMG00000020232) #17	HOXB8 (ENSPSMG00000020227) #18	HOXB7 (ENSPSMG00000020218) #19	HOXB6 (ENSPSMG00000020209) #20	HOXB5 (ENSPSMG00000020200) #21	HOXB4 (ENSPSMG00000020187) #22	HOXB3 (ENSPSMG00000020182) #23	HOXB2 (ENSPSMG00000020176) #24	HOXB1 (ENSPSMG00000020167) #25	SKAP1 (ENSPSMG00000020161) #26	SNX11 (ENSPSMG00000020139) #27	CBX1 (ENSPSMG00000020119) #28
Bushbaby	MODERN SPECIES	133	B4GALNT2 (ENSOGAG00000003570)	IGF2BP1 (ENSOGAG00000001270)	GIP (ENSOGAG00000010130) #7	ENSOGAG00000001269 #8	UBE2Z (ENSOGAG00000001267) #9	ATP5MC1 (ENSOGAG00000011713) #11	CALCOCO2 (ENSOGAG00000011709) #12	TTLL6 (ENSOGAG00000011701) #13	HOXB13 (ENSOGAG00000032643) #14	ENSOGAG00000034464	HOXB9 (ENSOGAG00000008668) #17	HOXB8 (ENSOGAG00000029480) #18	HOXB7 (ENSOGAG00000008667) #19	HOXB6 (ENSOGAG00000008661) #20	HOXB5 (ENSOGAG00000032432) #21	HOXB4 (ENSOGAG00000033709) #22	HOXB3 (ENSOGAG00000032090) #23	HOXB2 (ENSOGAG00000029280) #24	HOXB1 (ENSOGAG00000031645) #25	SKAP1 (ENSOGAG00000015855) #26	SNX11 (ENSOGAG00000015854) #27	CBX1 (ENSOGAG00000005658) #28	NFE2L1 (ENSOGAG00000025191) #29	COPZ2 (ENSOGAG00000004954) #30	CDK5RAP3 (ENSOGAG00000004951) #31	PRR15L (ENSOGAG00000006187) #32	PNPO (ENSOGAG00000006186) #33	SP2 (ENSOGAG00000030380) #34	SP6 (ENSOGAG00000030282) #35	SCRN2 (ENSOGAG00000006181) #36	LRRC46 (ENSOGAG00000006177) #37
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Glires	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.a.a ##28	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.`b.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	33	B4galnt2 (ENSCGRG00001014272)	ENSCGRG00001000282	Gip (ENSCGRG00001021533) #7	Snf8 (ENSCGRG00001000737) #8	Ube2z (ENSCGRG00001019150) #9	ENSCGRG00001022606	ENSCGRG00001010560	ENSCGRG00001011435 #12	Ttll6 (ENSCGRG00001018398) #13	Hoxb13 (ENSCGRG00001015060) #14	Hoxb9 (ENSCGRG00001015314) #17	Hoxb8 (ENSCGRG00001020235) #18	Hoxb7 (ENSCGRG00001021590) #19	Hoxb6 (ENSCGRG00001015674) #20	Hoxb5 (ENSCGRG00001016167) #21	Hoxb4 (ENSCGRG00001022431) #22	Hoxb3 (ENSCGRG00001016667) #23	Hoxb2 (ENSCGRG00001017587) #24	Hoxb1 (ENSCGRG00001024619) #25	ENSCGRG00001023355 #26	ENSCGRG00001020759 #26	Snx11 (ENSCGRG00001022221) #27	Cbx1 (ENSCGRG00001014799) ##28	Nfe2l1 (ENSCGRG00001015287) #29	Copz2 (ENSCGRG00001014767) #30	Cdk5rap3 (ENSCGRG00001006966) #31	Prr15l (ENSCGRG00001008926) #32	Pnpo (ENSCGRG00001018189) #33	Sp2 (ENSCGRG00001010976) #34	Sp6 (ENSCGRG00001002797) #35	Scrn2 (ENSCGRG00001022143) #36
Golden Hamster	MODERN SPECIES	674	Phospho1 (ENSMAUG00000012074)	Abi3 (ENSMAUG00000021085)	Gngt2 (ENSMAUG00000019144)	B4galnt2 (ENSMAUG00000007916)	Gip (ENSMAUG00000009238) #7	Snf8 (ENSMAUG00000001857) #8	Ube2z (ENSMAUG00000007792) #9	ENSMAUG00000021751	Ttll6 (ENSMAUG00000020973) #13	Hoxb13 (ENSMAUG00000008407) #14	Hoxb9 (ENSMAUG00000017720) #17	Hoxb8 (ENSMAUG00000012636) #18	Hoxb7 (ENSMAUG00000021297) #19	Hoxb6 (ENSMAUG00000021423) #20	Hoxb5 (ENSMAUG00000021419) #21	Hoxb4 (ENSMAUG00000009367) #22	Hoxb3 (ENSMAUG00000011251) #23	Hoxb2 (ENSMAUG00000021979) #24	Hoxb1 (ENSMAUG00000013237) #25	Skap1 (ENSMAUG00000022191) #26	Snx11 (ENSMAUG00000021528) #27	ENSMAUG00000003463 #28	Nfe2l1 (ENSMAUG00000020456) #29	Copz2 (ENSMAUG00000010560) #30	Cdk5rap3 (ENSMAUG00000007991) #31	Pnpo (ENSMAUG00000021706) #33	Sp2 (ENSMAUG00000019269) #34	Sp6 (ENSMAUG00000009667) #35	Scrn2 (ENSMAUG00000010014) #36	Lrrc46 (ENSMAUG00000019416) #37	Mrpl10 (ENSMAUG00000000820)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.`b.a.a	ENSGT00940000159720.ab	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Prairie vole	MODERN SPECIES	114				ENSMOCG00000004266	ENSMOCG00000021226 #7	Snf8 (ENSMOCG00000016684) #8	Ube2z (ENSMOCG00000018241) #9	ENSMOCG00000013163	Ttll6 (ENSMOCG00000021089) #13	Hoxb13 (ENSMOCG00000021389) #14	Hoxb9 (ENSMOCG00000020312) #17	Hoxb8 (ENSMOCG00000018435) #18	Hoxb7 (ENSMOCG00000020820) #19	Hoxb6 (ENSMOCG00000020355) #20	Hoxb5 (ENSMOCG00000014523) #21	Hoxb4 (ENSMOCG00000022964) #22	Hoxb3 (ENSMOCG00000020739) #23	Hoxb2 (ENSMOCG00000014846) #24	Hoxb1 (ENSMOCG00000002452) #25	Skap1 (ENSMOCG00000018431) #26	Snx11 (ENSMOCG00000019303) #27	Cbx1 (ENSMOCG00000001520) #28	Nfe2l1 (ENSMOCG00000016002) #29	Copz2 (ENSMOCG00000022427) #30	Cdk5rap3 (ENSMOCG00000019534) #31	Prr15l (ENSMOCG00000006695) #32	Pnpo (ENSMOCG00000011655) #33	Sp2 (ENSMOCG00000020935) #34	Sp6 (ENSMOCG00000007065) #35	Scrn2 (ENSMOCG00000019511) #36	Lrrc46 (ENSMOCG00000016707) #37
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Phospho1 (ENSPEMG00000026539)	Abi3 (ENSPEMG00000014242)	Gngt2 (ENSPEMG00000027491)	B4galnt2 (ENSPEMG00000020717)	Igf2bp1 (ENSPEMG00000021974)	Gip (ENSPEMG00000021184) #7	Snf8 (ENSPEMG00000022229) #8	Ube2z (ENSPEMG00000020953) #9	Atp5g1 (ENSPEMG00000020590)	ENSPEMG00000028729 #12	ENSPEMG00000025676 #12	Ttll6 (ENSPEMG00000021918) #13	Hoxb13 (ENSPEMG00000021511) #14	Hoxb9 (ENSPEMG00000027158) #17	Hoxb5 (ENSPEMG00000030101) #21	Hoxb4 (ENSPEMG00000029805) #22	Hoxb3 (ENSPEMG00000028692) #23	Hoxb2 (ENSPEMG00000029510) #24	Hoxb1 (ENSPEMG00000023977) #25	Skap1 (ENSPEMG00000000585) #26	ENSPEMG00000020286	Snx11 (ENSPEMG00000000381) #27	Cbx1 (ENSPEMG00000020976) ##28	Nfe2l1 (ENSPEMG00000010512) #29	Copz2 (ENSPEMG00000011137) #30	Cdk5rap3 (ENSPEMG00000020712) #31	ENSPEMG00000030963	Prr15l (ENSPEMG00000024436) #32	Pnpo (ENSPEMG00000025094) #33	Sp2 (ENSPEMG00000017112) #34	Sp6 (ENSPEMG00000001231) #35
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
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Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00940000153593.c.b.k	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3291	Gngt2 (ENSMSIG00000019268)	B4galnt2 (ENSMSIG00000019230)	Igf2bp1 (ENSMSIG00000019193)	Gip (ENSMSIG00000019162) #7	Snf8 (ENSMSIG00000019072) #8	Ube2z (ENSMSIG00000019038) #9	Atp5g1 (ENSMSIG00000018986)	ENSMSIG00000018956 #12	Ttll6 (ENSMSIG00000018881) #13	Hoxb13 (ENSMSIG00000018865) #14	Hoxb9 (ENSMSIG00000018823) #17	Hoxb8 (ENSMSIG00000018807) #18	Hoxb7 (ENSMSIG00000018805) #19	Hoxb6 (ENSMSIG00000018795) #20	Hoxb5 (ENSMSIG00000018787) #21	Hoxb4 (ENSMSIG00000018777) #22	ENSMSIG00000018776	Hoxb3 (ENSMSIG00000018771) #23	Hoxb2 (ENSMSIG00000018769) #24	Hoxb1 (ENSMSIG00000018752) #25	Skap1 (ENSMSIG00000018601) #26	Snx11 (ENSMSIG00000018546) #27	ENSMSIG00000018520	Cbx1 (ENSMSIG00000018447) #28	Nfe2l1 (ENSMSIG00000018374) #29	Copz2 (ENSMSIG00000018337) #30	Cdk5rap3 (ENSMSIG00000018309) #31	ENSMSIG00000018270 #32	ENSMSIG00000018267 #33	Sp2 (ENSMSIG00000018237) #34	Sp6 (ENSMSIG00000018223) #35
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Mouse	MODERN SPECIES	2	Gngt2 (ENSMUSG00000038811)	B4galnt2 (ENSMUSG00000013418)	Igf2bp1 (ENSMUSG00000013415)	Gip (ENSMUSG00000014351) #7	Snf8 (ENSMUSG00000006058) #8	Ube2z (ENSMUSG00000014349) #9	Atp5g1 (ENSMUSG00000006057)	Calcoco2 (ENSMUSG00000006056) #12	Ttll6 (ENSMUSG00000038756) #13	Hoxb13 (ENSMUSG00000049604) #14	Hoxb9 (ENSMUSG00000020875) #17	Hoxb8 (ENSMUSG00000056648) #18	Hoxb7 (ENSMUSG00000038721) #19	Hoxb6 (ENSMUSG00000000690) #20	Hoxb5 (ENSMUSG00000038700) #21	Hoxb4 (ENSMUSG00000038692) #22	Hoxb3 (ENSMUSG00000048763) #23	Hoxb2 (ENSMUSG00000075588) #24	Hoxb1 (ENSMUSG00000018973) #25	Skap1 (ENSMUSG00000057058) #26	Snx11 (ENSMUSG00000020876) #27	Cbx1 (ENSMUSG00000018666) #28	Nfe2l1 (ENSMUSG00000038615) #29	Copz2 (ENSMUSG00000018672) #30	Cdk5rap3 (ENSMUSG00000018669) #31	Prr15l (ENSMUSG00000047040) #32	Pnpo (ENSMUSG00000018659) #33	Sp2 (ENSMUSG00000018678) #34	Sp6 (ENSMUSG00000038560) #35	Scrn2 (ENSMUSG00000020877) #36	Lrrc46 (ENSMUSG00000020878) #37
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Gngt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017014)	B4galnt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017015)	Igf2bp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017016)	Gip (MGP_CAROLIEiJ_G0017017) #7	Snf8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017018) #8	MGP_CAROLIEiJ_G0017019 #9	MGP_CAROLIEiJ_G0017020	MGP_CAROLIEiJ_G0017021 #12	Ttll6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017022) #13	Hoxb13 (MGP_CAROLIEiJ_G0017023) #14	Hoxb9 (MGP_CAROLIEiJ_G0017024) #17	Hoxb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0017025) #18	Hoxb7 (MGP_CAROLIEiJ_G0017026) #19	Hoxb6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017027) #20	Hoxb5 (MGP_CAROLIEiJ_G0017028) #21	Hoxb4 (MGP_CAROLIEiJ_G0017029) #22	Hoxb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017030) #23	Hoxb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017031) #24	Hoxb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017032) #25	Skap1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017033) #26	Snx11 (MGP_CAROLIEiJ_G0017034) #27	Cbx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017035) #28	MGP_CAROLIEiJ_G0017036	Nfe2l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0017037) #29	Copz2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017038) #30	Cdk5rap3 (MGP_CAROLIEiJ_G0017039) #31	Prr15l (MGP_CAROLIEiJ_G0017040) #32	Pnpo (MGP_CAROLIEiJ_G0017041) #33	Sp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0017042) #34	Sp6 (MGP_CAROLIEiJ_G0017043) #35	MGP_CAROLIEiJ_G0017044 #36
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	Gngt2 (MGP_PahariEiJ_G0018144)	B4galnt2 (MGP_PahariEiJ_G0018145)	MGP_PahariEiJ_G0018146	Gip (MGP_PahariEiJ_G0018147) #7	Snf8 (MGP_PahariEiJ_G0018148) #8	Ube2z (MGP_PahariEiJ_G0018149) #9	Atp5g1 (MGP_PahariEiJ_G0018150)	MGP_PahariEiJ_G0018151 #12	Ttll6 (MGP_PahariEiJ_G0018152) #13	Hoxb13 (MGP_PahariEiJ_G0018153) #14	Hoxb9 (MGP_PahariEiJ_G0018154) #17	Hoxb8 (MGP_PahariEiJ_G0018155) #18	Hoxb7 (MGP_PahariEiJ_G0018156) #19	Hoxb6 (MGP_PahariEiJ_G0018157) #20	Hoxb5 (MGP_PahariEiJ_G0018158) #21	Hoxb4 (MGP_PahariEiJ_G0018159) #22	Hoxb3 (MGP_PahariEiJ_G0018160) #23	Hoxb2 (MGP_PahariEiJ_G0018161) #24	Hoxb1 (MGP_PahariEiJ_G0018162) #25	Skap1 (MGP_PahariEiJ_G0018163) #26	Snx11 (MGP_PahariEiJ_G0018164) #27	Cbx1 (MGP_PahariEiJ_G0018165) #28	MGP_PahariEiJ_G0018166	Nfe2l1 (MGP_PahariEiJ_G0018167) #29	Copz2 (MGP_PahariEiJ_G0018168) #30	Cdk5rap3 (MGP_PahariEiJ_G0018169) #31	Prr15l (MGP_PahariEiJ_G0018170) #32	Pnpo (MGP_PahariEiJ_G0018171) #33	Sp2 (MGP_PahariEiJ_G0018172) #34	Sp6 (MGP_PahariEiJ_G0018173) #35	Scrn2 (MGP_PahariEiJ_G0018174) #36
Rat	MODERN SPECIES	1	Phospho1 (ENSRNOG00000005569)	Abi3 (ENSRNOG00000005575)	B4galnt2 (ENSRNOG00000067203)	Igf2bp1 (ENSRNOG00000006122)	Gip (ENSRNOG00000006306) #7	Snf8 (ENSRNOG00000006500) #8	Ube2z (ENSRNOG00000006868) #9	ENSRNOG00000066153 #12	Ttll6 (ENSRNOG00000004939) #13	Hoxb13 (ENSRNOG00000007491) #14	Hoxb9 (ENSRNOG00000007573) #17	Hoxb8 (ENSRNOG00000007585) #18	Hoxb7 (ENSRNOG00000007611) #19	Hoxb6 (ENSRNOG00000007823) #20	Hoxb5 (ENSRNOG00000008010) #21	Hoxb4 (ENSRNOG00000008191) #22	Hoxb3 (ENSRNOG00000008313) #23	Hoxb2 (ENSRNOG00000008365) #24	Hoxb1 (ENSRNOG00000008506) #25	Skap1 (ENSRNOG00000023881) #26	Snx11 (ENSRNOG00000008642) #27	Cbx1 (ENSRNOG00000008689) #28	Nfe2l1 (ENSRNOG00000008830) #29	Copz2 (ENSRNOG00000009225) #30	Cdk5rap3 (ENSRNOG00000048747) #31	Prr15l (ENSRNOG00000049162) #32	Pnpo (ENSRNOG00000046493) #33	Sp2 (ENSRNOG00000010492) #34	Sp6 (ENSRNOG00000023551) #35	Scrn2 (ENSRNOG00000010214) #36	Lrrc46 (ENSRNOG00000009902) #37
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1028	Gngt2 (ENSNGAG00000001081)	B4galnt2 (ENSNGAG00000016426)	Igf2bp1 (ENSNGAG00000015679)	Gip (ENSNGAG00000020354) #7	Snf8 (ENSNGAG00000001366) #8	Ube2z (ENSNGAG00000024296) #9	ENSNGAG00000024212	ENSNGAG00000023585 #12	Ttll6 (ENSNGAG00000011763) #13	Hoxb13 (ENSNGAG00000011053) #14	Hoxb9 (ENSNGAG00000010851) #17	Hoxb8 (ENSNGAG00000010647) #18	Hoxb7 (ENSNGAG00000010205) #19	Hoxb6 (ENSNGAG00000000973) #20	Hoxb5 (ENSNGAG00000023238) #21	Hoxb4 (ENSNGAG00000021768) #22	Hoxb3 (ENSNGAG00000020227) #23	Hoxb2 (ENSNGAG00000019089) #24	Hoxb1 (ENSNGAG00000018593) #25	Skap1 (ENSNGAG00000012571) #26	Snx11 (ENSNGAG00000010446) #27	Cbx1 (ENSNGAG00000006760) #28	Nfe2l1 (ENSNGAG00000000736) #29	Copz2 (ENSNGAG00000023713) #30	ENSNGAG00000000747 #31	ENSNGAG00000022529	Prr15l (ENSNGAG00000021432) #32	Pnpo (ENSNGAG00000020016) #33	Sp2 (ENSNGAG00000017612) #34	Sp6 (ENSNGAG00000015868) #35	Scrn2 (ENSNGAG00000023806) #36
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	56	Gngt2 (ENSJJAG00000002044)	ENSJJAG00000002566	B4galnt2 (ENSJJAG00000006322)	Igf2bp1 (ENSJJAG00000002687)	Gip (ENSJJAG00000010688) #7	Snf8 (ENSJJAG00000006012) #8	ENSJJAG00000003530 #9	ENSJJAG00000010301	Ttll6 (ENSJJAG00000010253) #13	Hoxb13 (ENSJJAG00000010401) #14	Hoxb9 (ENSJJAG00000009821) #17	Hoxb8 (ENSJJAG00000002398) #18	Hoxb7 (ENSJJAG00000001284) #19	Hoxb6 (ENSJJAG00000000997) #20	Hoxb5 (ENSJJAG00000000763) #21	Hoxb4 (ENSJJAG00000002642) #22	Hoxb3 (ENSJJAG00000007804) #23	Hoxb2 (ENSJJAG00000009465) #24	Hoxb1 (ENSJJAG00000001073) #25	Skap1 (ENSJJAG00000003458) #26	ENSJJAG00000005754 #27	ENSJJAG00000007753 #28	Nfe2l1 (ENSJJAG00000006432) #29	Copz2 (ENSJJAG00000001025) #30	ENSJJAG00000002511 #31	Prr15l (ENSJJAG00000006478) #32	Pnpo (ENSJJAG00000023608) #33	Sp2 (ENSJJAG00000003061) #34	Sp6 (ENSJJAG00000006452) #35	Scrn2 (ENSJJAG00000023635) #36	Lrrc46 (ENSJJAG00000010412) #37
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	326	Phospho1 (ENSDORG00000002249)	Abi3 (ENSDORG00000002245)	Gngt2 (ENSDORG00000023588)	Igf2bp1 (ENSDORG00000014371)	Snf8 (ENSDORG00000009262) #8	Ube2z (ENSDORG00000009258) #9	ENSDORG00000008511 #11	ENSDORG00000028385	ENSDORG00000024585 #12	Hoxb13 (ENSDORG00000008369) #14	Hoxb9 (ENSDORG00000027423) #17	Hoxb8 (ENSDORG00000007906) #18	Hoxb7 (ENSDORG00000007905) #19	Hoxb6 (ENSDORG00000023877) #20	Hoxb5 (ENSDORG00000007900) #21	Hoxb4 (ENSDORG00000007899) #22	Hoxb3 (ENSDORG00000007898) #23	Hoxb2 (ENSDORG00000007897) #24	Hoxb1 (ENSDORG00000007896) #25	Snx11 (ENSDORG00000029078) #27	Cbx1 (ENSDORG00000026399) #28	Nfe2l1 (ENSDORG00000000715) #29	Copz2 (ENSDORG00000013441) #30	Prr15l (ENSDORG00000027427) #32	Pnpo (ENSDORG00000014110) #33	Sp2 (ENSDORG00000014109) #34	Sp6 (ENSDORG00000026201) #35	Scrn2 (ENSDORG00000002361) #36	Osbpl7 (ENSDORG00000002354)	Tbx21 (ENSDORG00000013302)	Npepps (ENSDORG00000009627)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	42	PHOSPHO1 (ENSMMMG00000000434)	ABI3 (ENSMMMG00000000452)	GNGT2 (ENSMMMG00000000525)	B4GALNT2 (ENSMMMG00000000569)	IGF2BP1 (ENSMMMG00000000613)	GIP (ENSMMMG00000000652) #7	SNF8 (ENSMMMG00000000680) #8	UBE2Z (ENSMMMG00000000717) #9	ATP5MC1 (ENSMMMG00000000731) #11	ENSMMMG00000000759 #12	TTLL6 (ENSMMMG00000001013) #13	HOXB13 (ENSMMMG00000001064) #14	HOXB7 (ENSMMMG00000001087) #19	HOXB6 (ENSMMMG00000001098) #20	HOXB5 (ENSMMMG00000001112) #21	HOXB4 (ENSMMMG00000001129) #22	HOXB3 (ENSMMMG00000001139) #23	HOXB1 (ENSMMMG00000001151) #25	SKAP1 (ENSMMMG00000001168) #26	SNX11 (ENSMMMG00000001243) #27	CBX1 (ENSMMMG00000001254) #28	NFE2L1 (ENSMMMG00000001284) #29	COPZ2 (ENSMMMG00000001352) #30	CDK5RAP3 (ENSMMMG00000001404) #31	GOSR2 (ENSMMMG00000001471)	RPRML (ENSMMMG00000001486)	LYZL6 (ENSMMMG00000001501)	ENSMMMG00000001520	ENSMMMG00000001551	ENSMMMG00000001756	ENSMMMG00000001792
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	46	GNGT2 (ENSUPAG00010006078)	B4GALNT2 (ENSUPAG00010006086)	IGF2BP1 (ENSUPAG00010006100)	GIP (ENSUPAG00010006136) #7	SNF8 (ENSUPAG00010006148) #8	UBE2Z (ENSUPAG00010006178) #9	ENSUPAG00010006195	CALCOCO2 (ENSUPAG00010006243) #12	TTLL6 (ENSUPAG00010006267) #13	HOXB13 (ENSUPAG00010006301) #14	HOXB9 (ENSUPAG00010006305) #17	HOXB8 (ENSUPAG00010006310) #18	HOXB7 (ENSUPAG00010006312) #19	HOXB6 (ENSUPAG00010006317) #20	HOXB5 (ENSUPAG00010006320) #21	HOXB4 (ENSUPAG00010006325) #22	HOXB3 (ENSUPAG00010006328) #23	HOXB2 (ENSUPAG00010006336) #24	HOXB1 (ENSUPAG00010006340) #25	SKAP1 (ENSUPAG00010006345) #26	SNX11 (ENSUPAG00010006370) #27	CBX1 (ENSUPAG00010006381) #28	NFE2L1 (ENSUPAG00010006396) #29	COPZ2 (ENSUPAG00010006455) #30	CDK5RAP3 (ENSUPAG00010006466) #31	PRR15L (ENSUPAG00010006473) #32	PNPO (ENSUPAG00010006483) #33	SP2 (ENSUPAG00010006507) #34	SP6 (ENSUPAG00010006522) #35	SCRN2 (ENSUPAG00010006526) #36	LRRC46 (ENSUPAG00010006533) #37
Squirrel	MODERN SPECIES	90	B4GALNT2 (ENSSTOG00000007604)	IGF2BP1 (ENSSTOG00000010643)	GIP (ENSSTOG00000004043) #7	SNF8 (ENSSTOG00000004023) #8	UBE2Z (ENSSTOG00000000796) #9	ATP5MC1 (ENSSTOG00000013404) #11	ENSSTOG00000013395 #12	TTLL6 (ENSSTOG00000006016) #13	ENSSTOG00000025444	HOXB13 (ENSSTOG00000014942) #14	HOXB9 (ENSSTOG00000009741) #17	HOXB8 (ENSSTOG00000028337) #18	HOXB7 (ENSSTOG00000025657) #19	HOXB6 (ENSSTOG00000020303) #20	HOXB5 (ENSSTOG00000009740) #21	HOXB4 (ENSSTOG00000009734) #22	HOXB3 (ENSSTOG00000025093) #23	HOXB2 (ENSSTOG00000023586) #24	HOXB1 (ENSSTOG00000028630) #25	SKAP1 (ENSSTOG00000013692) #26	SNX11 (ENSSTOG00000013684) #27	CBX1 (ENSSTOG00000023986) #28	NFE2L1 (ENSSTOG00000013664) #29	ENSSTOG00000027550 #30	CDK5RAP3 (ENSSTOG00000006244) #31	PRR15L (ENSSTOG00000006235) #32	PNPO (ENSSTOG00000006221) #33	SP2 (ENSSTOG00000015926) #34	SP6 (ENSSTOG00000001607) #35	SCRN2 (ENSSTOG00000027108) #36	LRRC46 (ENSSTOG00000002068) #37
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	B4GALNT2 (ENSSVLG00005020850)	IGF2BP1 (ENSSVLG00005020596)	GIP (ENSSVLG00005020522) #7	SNF8 (ENSSVLG00005020472) #8	ENSSVLG00005020450	UBE2Z (ENSSVLG00005020428) #9	ATP5MC1 (ENSSVLG00005020344) #11	CALCOCO2 (ENSSVLG00005020296) #12	TTLL6 (ENSSVLG00005020005) #13	HOXB13 (ENSSVLG00005019820) #14	HOXB9 (ENSSVLG00005019725) #17	HOXB8 (ENSSVLG00005019675) #18	HOXB7 (ENSSVLG00005019618) #19	HOXB6 (ENSSVLG00005019586) #20	HOXB5 (ENSSVLG00005019546) #21	HOXB4 (ENSSVLG00005019455) #22	HOXB3 (ENSSVLG00005019421) #23	HOXB2 (ENSSVLG00005019378) #24	HOXB1 (ENSSVLG00005019304) #25	SKAP1 (ENSSVLG00005019232) #26	SNX11 (ENSSVLG00005019122) #27	CBX1 (ENSSVLG00005019034) #28	NFE2L1 (ENSSVLG00005018798) #29	COPZ2 (ENSSVLG00005018641) #30	CDK5RAP3 (ENSSVLG00005018459) #31	PRR15L (ENSSVLG00005018399) #32	PNPO (ENSSVLG00005018295) #33	ENSSVLG00005018218 #34	SP6 (ENSSVLG00005018194) #35	SCRN2 (ENSSVLG00005018077) #36	LRRC46 (ENSSVLG00005018036) #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	ABI3 (ENSCLAG00000015475)	GNGT2 (ENSCLAG00000014970)	B4GALNT2 (ENSCLAG00000016224)	IGF2BP1 (ENSCLAG00000015853)	ENSCLAG00000014301 #7	SNF8 (ENSCLAG00000013387) #8	UBE2Z (ENSCLAG00000016068) #9	ATP5MC1 (ENSCLAG00000015723) #11	CALCOCO2 (ENSCLAG00000015881) #12	TTLL6 (ENSCLAG00000013529) #13	HOXB13 (ENSCLAG00000014855) #14	ENSCLAG00000015198 #17	HOXB7 (ENSCLAG00000014906) #19	HOXB6 (ENSCLAG00000015524) #20	HOXB5 (ENSCLAG00000014374) #21	HOXB4 (ENSCLAG00000014725) #22	HOXB3 (ENSCLAG00000015322) #23	HOXB2 (ENSCLAG00000015271) #24	HOXB1 (ENSCLAG00000013047) #25	SKAP1 (ENSCLAG00000015423) #26	SNX11 (ENSCLAG00000015837) #27	CBX1 (ENSCLAG00000013587) #28	NFE2L1 (ENSCLAG00000014836) #29	COPZ2 (ENSCLAG00000013544) #30	CDK5RAP3 (ENSCLAG00000012292) #31	PRR15L (ENSCLAG00000017903) #32	PNPO (ENSCLAG00000013871) #33	SP2 (ENSCLAG00000014115) #34	SP6 (ENSCLAG00000016276) #35	LRRC46 (ENSCLAG00000016713) #37	SCRN2 (ENSCLAG00000013965) #36
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Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	B4GALNT2 (ENSHGLG00000011792)	IGF2BP1 (ENSHGLG00000010492)	ENSHGLG00000010703 #7	SNF8 (ENSHGLG00000011519) #8	UBE2Z (ENSHGLG00000016280) #9	ATP5MC1 (ENSHGLG00000035460) #11	CALCOCO2 (ENSHGLG00000012114) #12	TTLL6 (ENSHGLG00000019187) #13	HOXB13 (ENSHGLG00000014634) #14	ENSHGLG00000048296	HOXB9 (ENSHGLG00000014731) #17	HOXB8 (ENSHGLG00000038380) #18	HOXB7 (ENSHGLG00000045318) #19	HOXB6 (ENSHGLG00000012400) #20	HOXB5 (ENSHGLG00000039265) #21	HOXB4 (ENSHGLG00000034075) #22	HOXB3 (ENSHGLG00000010686) #23	HOXB2 (ENSHGLG00000010090) #24	HOXB1 (ENSHGLG00000009781) #25	SKAP1 (ENSHGLG00000014563) #26	SNX11 (ENSHGLG00000016837) #27	CBX1 (ENSHGLG00000013574) #28	NFE2L1 (ENSHGLG00000012592) #29	COPZ2 (ENSHGLG00000018543) #30	CDK5RAP3 (ENSHGLG00000019464) #31	PRR15L (ENSHGLG00000014696) #32	PNPO (ENSHGLG00000013159) #33	SP2 (ENSHGLG00000009902) #34	SP6 (ENSHGLG00000021113) #35	SCRN2 (ENSHGLG00000041375) #36	LRRC46 (ENSHGLG00000035931) #37
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000162072 #22
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Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
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Pig	MODERN SPECIES	3	ENSSSCG00000033286	ENSSSCG00000030269	IGF2BP1 (ENSSSCG00000023128)	GIP (ENSSSCG00000026330) #7	SNF8 (ENSSSCG00000021461) #8	UBE2Z (ENSSSCG00000025638) #9	ATP5MC1 (ENSSSCG00000017544) #11	CALCOCO2 (ENSSSCG00000017543) #12	TTLL6 (ENSSSCG00000017542) #13	HOXB13 (ENSSSCG00000017541) #14	HOXB9 (ENSSSCG00000061856) #17	HOXB8 (ENSSSCG00000017537) #18	HOXB7 (ENSSSCG00000017538) #19	HOXB6 (ENSSSCG00000017539) #20	HOXB5 (ENSSSCG00000017540) #21	HOXB4 (ENSSSCG00000017535) #22	HOXB3 (ENSSSCG00000017534) #23	HOXB2 (ENSSSCG00000017533) #24	HOXB1 (ENSSSCG00000017532) #25	SKAP1 (ENSSSCG00000017527) #26	SNX11 (ENSSSCG00000017528) #27	CBX1 (ENSSSCG00000017529) #28	NFE2L1 (ENSSSCG00000017525) #29	COPZ2 (ENSSSCG00000017526) #30	CDK5RAP3 (ENSSSCG00000017524) #31	PRR15L (ENSSSCG00000054179) #32	PNPO (ENSSSCG00000032782) #33	SP2 (ENSSSCG00000017516) #34	SP6 (ENSSSCG00000017522) #35	SCRN2 (ENSSSCG00000017521) #36	LRRC46 (ENSSSCG00000017520) #37
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	145	GNGT2 (ENSCWAG00000022039)	ENSCWAG00000022041	IGF2BP1 (ENSCWAG00000022044)	GIP (ENSCWAG00000022046) #7	SNF8 (ENSCWAG00000022048) #8	UBE2Z (ENSCWAG00000022050) #9	ATP5MC1 (ENSCWAG00000022052) #11	CALCOCO2 (ENSCWAG00000022056) #12	TTLL6 (ENSCWAG00000022059) #13	HOXB13 (ENSCWAG00000022063) #14	HOXB9 (ENSCWAG00000022065) #17	HOXB8 (ENSCWAG00000022066) #18	HOXB7 (ENSCWAG00000022067) #19	HOXB6 (ENSCWAG00000022069) #20	HOXB5 (ENSCWAG00000022071) #21	HOXB4 (ENSCWAG00000022074) #22	HOXB3 (ENSCWAG00000022077) #23	HOXB2 (ENSCWAG00000022078) #24	HOXB1 (ENSCWAG00000022080) #25	SKAP1 (ENSCWAG00000000046) #26	SNX11 (ENSCWAG00000000070) #27	CBX1 (ENSCWAG00000000121) #28	NFE2L1 (ENSCWAG00000000185) #29	COPZ2 (ENSCWAG00000000341) #30	CDK5RAP3 (ENSCWAG00000000377) #31	PRR15L (ENSCWAG00000000410) #32	PNPO (ENSCWAG00000000427) #33	SP2 (ENSCWAG00000000474) #34	SP6 (ENSCWAG00000000502) #35	SCRN2 (ENSCWAG00000000520) #36	LRRC46 (ENSCWAG00000000570) #37
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
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Arabian camel	MODERN SPECIES	7	ENSCDRG00005016619	B4GALNT2 (ENSCDRG00005016644)	IGF2BP1 (ENSCDRG00005016778)	GIP (ENSCDRG00005016991) #7	ENSCDRG00005017040 #8	ENSCDRG00005017061	UBE2Z (ENSCDRG00005017075) #9	ENSCDRG00005017142	CALCOCO2 (ENSCDRG00005017213) #12	TTLL6 (ENSCDRG00005017585) #13	HOXB13 (ENSCDRG00005017741) #14	HOXB9 (ENSCDRG00005017862) #17	HOXB7 (ENSCDRG00005018007) #19	HOXB6 (ENSCDRG00005018029) #20	HOXB5 (ENSCDRG00005018055) #21	HOXB4 (ENSCDRG00005018079) #22	HOXB3 (ENSCDRG00005018104) #23	HOXB2 (ENSCDRG00005018121) #24	HOXB1 (ENSCDRG00005018147) #25	SKAP1 (ENSCDRG00005018166) #26	SNX11 (ENSCDRG00005018232) #27	CBX1 (ENSCDRG00005018330) ##28	NFE2L1 (ENSCDRG00005018357) #29	ENSCDRG00005018515	COPZ2 (ENSCDRG00005018538) #30	CDK5RAP3 (ENSCDRG00005018564) #31	PRR15L (ENSCDRG00005018636) #32	SP2 (ENSCDRG00005018756) #34	SP6 (ENSCDRG00005018791) #35	SCRN2 (ENSCDRG00005018805) #36	LRRC46 (ENSCDRG00005018865) #37
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.g	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Beluga whale	MODERN SPECIES	26	GNGT2 (ENSDLEG00000004944)	B4GALNT2 (ENSDLEG00000004906)	IGF2BP1 (ENSDLEG00000004887)	GIP (ENSDLEG00000004882) #7	SNF8 (ENSDLEG00000004876) #8	UBE2Z (ENSDLEG00000004871) #9	ATP5G1 (ENSDLEG00000004867)	CALCOCO2 (ENSDLEG00000004861) #12	TTLL6 (ENSDLEG00000004850) #13	HOXB13 (ENSDLEG00000004844) #14	HOXB9 (ENSDLEG00000004838) #17	HOXB8 (ENSDLEG00000004837) #18	HOXB7 (ENSDLEG00000004834) #19	HOXB6 (ENSDLEG00000004829) #20	HOXB5 (ENSDLEG00000004826) #21	HOXB4 (ENSDLEG00000004820) #22	HOXB3 (ENSDLEG00000004817) #23	HOXB2 (ENSDLEG00000004813) #24	HOXB1 (ENSDLEG00000004807) #25	SKAP1 (ENSDLEG00000004779) #26	SNX11 (ENSDLEG00000004765) #27	CBX1 (ENSDLEG00000004754) ##28	NFE2L1 (ENSDLEG00000004744) #29	ENSDLEG00000004734	COPZ2 (ENSDLEG00000004721) #30	CDK5RAP3 (ENSDLEG00000004709) #31	PRR15L (ENSDLEG00000004704) #32	PNPO (ENSDLEG00000004701) #33	SP2 (ENSDLEG00000004697) #34	SP6 (ENSDLEG00000004694) #35	SCRN2 (ENSDLEG00000004688) #36
Narwhal	MODERN SPECIES	316	GNGT2 (ENSMMNG00015022051)	B4GALNT2 (ENSMMNG00015022052)	IGF2BP1 (ENSMMNG00015022053)	GIP (ENSMMNG00015022055) #7	ENSMMNG00015022056 #8	UBE2Z (ENSMMNG00015022057) #9	ENSMMNG00015022058	CALCOCO2 (ENSMMNG00015022060) #12	TTLL6 (ENSMMNG00015015987) #13	HOXB13 (ENSMMNG00015016080) #14	HOXB9 (ENSMMNG00015016160) #17	HOXB8 (ENSMMNG00015016175) #18	HOXB7 (ENSMMNG00015016197) #19	HOXB6 (ENSMMNG00015016215) #20	HOXB5 (ENSMMNG00015016235) #21	HOXB4 (ENSMMNG00015016252) #22	HOXB3 (ENSMMNG00015016287) #23	HOXB2 (ENSMMNG00015016324) #24	HOXB1 (ENSMMNG00015016356) #25	SKAP1 (ENSMMNG00015016386) #26	SNX11 (ENSMMNG00015016452) #27	CBX1 (ENSMMNG00015016582) #28	NFE2L1 (ENSMMNG00015016634) #29	COPZ2 (ENSMMNG00015016743) #30	CDK5RAP3 (ENSMMNG00015016820) #31	PRR15L (ENSMMNG00015016868) #32	PNPO (ENSMMNG00015016895) #33	SP2 (ENSMMNG00015016948) #34	SP6 (ENSMMNG00015016969) #35	SCRN2 (ENSMMNG00015016985) #36	LRRC46 (ENSMMNG00015017038) #37
Vaquita	MODERN SPECIES	12	B4GALNT2 (ENSPSNG00000015839)	ENSPSNG00000016103	IGF2BP1 (ENSPSNG00000016168)	GIP (ENSPSNG00000016483) #7	SNF8 (ENSPSNG00000016533) #8	UBE2Z (ENSPSNG00000016576) #9	ENSPSNG00000016635	CALCOCO2 (ENSPSNG00000016749) #12	TTLL6 (ENSPSNG00000017015) #13	HOXB13 (ENSPSNG00000017233) #14	HOXB9 (ENSPSNG00000017398) #17	HOXB8 (ENSPSNG00000017436) #18	HOXB7 (ENSPSNG00000017482) #19	HOXB6 (ENSPSNG00000017525) #20	HOXB5 (ENSPSNG00000017559) #21	HOXB4 (ENSPSNG00000017604) #22	HOXB3 (ENSPSNG00000017636) #23	HOXB2 (ENSPSNG00000017708) #24	HOXB1 (ENSPSNG00000017728) #25	SKAP1 (ENSPSNG00000017760) #26	SNX11 (ENSPSNG00000017889) #27	ENSPSNG00000017984 #28	NFE2L1 (ENSPSNG00000018052) #29	COPZ2 (ENSPSNG00000018262) #30	CDK5RAP3 (ENSPSNG00000018321) #31	PRR15L (ENSPSNG00000018399) #32	PNPO (ENSPSNG00000018423) #33	SP2 (ENSPSNG00000018528) #34	SP6 (ENSPSNG00000018568) #35	SCRN2 (ENSPSNG00000018588) #36	LRRC46 (ENSPSNG00000018676) #37
Dolphin	MODERN SPECIES	4465											HOXB9 (ENSTTRG00000012262) #17	HOXB8 (ENSTTRG00000012260) #18	ENSTTRG00000012257	HOXB6 (ENSTTRG00000012252) #20	HOXB5 (ENSTTRG00000012251) #21	HOXB4 (ENSTTRG00000012249) #22	HOXB3 (ENSTTRG00000012246) #23	HOXB2 (ENSTTRG00000012244) #24	HOXB1 (ENSTTRG00000012240) #25
Sperm whale	MODERN SPECIES	5	ZNF652 (ENSPCTG00005004307)	B4GALNT2 (ENSPCTG00005004337)	IGF2BP1 (ENSPCTG00005004404)	GIP (ENSPCTG00005004443) #7	ENSPCTG00005004464	SNF8 (ENSPCTG00005004481) #8	ATP5MC1 (ENSPCTG00005004516) #9	CALCOCO2 (ENSPCTG00005004611) #12	TTLL6 (ENSPCTG00005004739) #13	HOXB13 (ENSPCTG00005004788) #14	HOXB9 (ENSPCTG00005004847) #17	HOXB8 (ENSPCTG00005004864) #18	HOXB7 (ENSPCTG00005004882) #19	HOXB6 (ENSPCTG00005004887) #20	HOXB5 (ENSPCTG00005004905) #21	HOXB4 (ENSPCTG00005004920) #22	HOXB3 (ENSPCTG00005004930) #23	HOXB2 (ENSPCTG00005004951) #24	HOXB1 (ENSPCTG00005004966) #25	SKAP1 (ENSPCTG00005004985) #26	CBX1 (ENSPCTG00005005034) #28	ENSPCTG00005005083 #34	TBX21 (ENSPCTG00005005105)	TBKBP1 (ENSPCTG00005005144)	KPNB1 (ENSPCTG00005005195)	NPEPPS (ENSPCTG00005005245)	GPR179 (ENSPCTG00005005545)	SOCS7 (ENSPCTG00005005634)	ARHGAP23 (ENSPCTG00005005753)	SRCIN1 (ENSPCTG00005005823)	ENSPCTG00005006189
Blue whale	MODERN SPECIES	12	B4GALNT2 (ENSBMSG00010016748)	IGF2BP1 (ENSBMSG00010016894)	GIP (ENSBMSG00010017026) #7	SNF8 (ENSBMSG00010017067) #8	UBE2Z (ENSBMSG00010017102) #9	ATP5MC1 (ENSBMSG00010017142) #11	ENSBMSG00010017179	CALCOCO2 (ENSBMSG00010017255) #12	TTLL6 (ENSBMSG00010017444) #13	HOXB13 (ENSBMSG00010017547) #14	HOXB9 (ENSBMSG00010017655) #17	HOXB8 (ENSBMSG00010017685) #18	HOXB7 (ENSBMSG00010017724) #19	HOXB6 (ENSBMSG00010017746) #20	HOXB5 (ENSBMSG00010017772) #21	HOXB4 (ENSBMSG00010017814) #22	HOXB3 (ENSBMSG00010017838) #23	HOXB2 (ENSBMSG00010017860) #24	HOXB1 (ENSBMSG00010017892) #25	SKAP1 (ENSBMSG00010017921) #26	SNX11 (ENSBMSG00010018006) #27	CBX1 (ENSBMSG00010018099) #28	NFE2L1 (ENSBMSG00010018163) #29	COPZ2 (ENSBMSG00010018306) #30	CDK5RAP3 (ENSBMSG00010018481) #31	PRR15L (ENSBMSG00010018513) #32	PNPO (ENSBMSG00010018544) #33	SP2 (ENSBMSG00010018607) #34	SP6 (ENSBMSG00010018628) #35	ENSBMSG00010018650	ENSBMSG00010018673
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	B4GALNT2 (ENSCHYG00000004351)	IGF2BP1 (ENSCHYG00000004387)	GIP (ENSCHYG00000004425) #7	SNF8 (ENSCHYG00000004443) #8	UBE2Z (ENSCHYG00000004456) #9	ENSCHYG00000004476	ENSCHYG00000004493	ENSCHYG00000004521 #12	TTLL6 (ENSCHYG00000004571) #13	HOXB13 (ENSCHYG00000004599) #14	HOXB9 (ENSCHYG00000004623) #17	HOXB8 (ENSCHYG00000004637) #18	HOXB7 (ENSCHYG00000004645) #19	HOXB6 (ENSCHYG00000004651) #20	HOXB5 (ENSCHYG00000004658) #21	HOXB4 (ENSCHYG00000004668) #22	HOXB3 (ENSCHYG00000004670) #23	HOXB2 (ENSCHYG00000004674) #24	HOXB1 (ENSCHYG00000004684) #25	SKAP1 (ENSCHYG00000004692) #26	ENSCHYG00000004720	SNX11 (ENSCHYG00000004737) #27	CBX1 (ENSCHYG00000004750) #28	NFE2L1 (ENSCHYG00000004781) #29	COPZ2 (ENSCHYG00000004829) #30	ENSCHYG00000004851	CDK5RAP3 (ENSCHYG00000000101) #31	PRR15L (ENSCHYG00000000125) #32	PNPO (ENSCHYG00000000157) #33	SP2 (ENSCHYG00000000198) #34	SP6 (ENSCHYG00000000221) #35
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1210	B4GALNT2 (ENSMMSG00000024496)	ENSMMSG00000024500	IGF2BP1 (ENSMMSG00000024501)	GIP (ENSMMSG00000024503) #7	ENSMMSG00000024504 #8	UBE2Z (ENSMMSG00000024505) #9	ATP5MC1 (ENSMMSG00000024506) #11	CALCOCO2 (ENSMMSG00000024509) #12	TTLL6 (ENSMMSG00000024514) #13	HOXB13 (ENSMMSG00000024516) #14	HOXB9 (ENSMMSG00000024520) #17	HOXB8 (ENSMMSG00000024522) #18	HOXB7 (ENSMMSG00000024523) #19	HOXB6 (ENSMMSG00000024525) #20	HOXB5 (ENSMMSG00000024526) #21	HOXB4 (ENSMMSG00000024528) #22	ENSMMSG00000024530	HOXB3 (ENSMMSG00000024531) #23	HOXB2 (ENSMMSG00000024532) #24	HOXB1 (ENSMMSG00000024533) #25	ENSMMSG00000024535	SKAP1 (ENSMMSG00000024536) #26	SNX11 (ENSMMSG00000024538) #27	CBX1 (ENSMMSG00000024540) #28	NFE2L1 (ENSMMSG00000024541) #29	COPZ2 (ENSMMSG00000024546) #30	CDK5RAP3 (ENSMMSG00000024548) #31	PRR15L (ENSMMSG00000024549) #32	PNPO (ENSMMSG00000024550) #33	SP2 (ENSMMSG00000024551) #34	SP6 (ENSMMSG00000018224) #35
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.g.a #8	ENSGT01100000264599 #10	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000154688.b.j	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	B4GALNT2 (ENSOARG00020022870)	ENSOARG00020022839	IGF2BP1 (ENSOARG00020022766)	GIP (ENSOARG00020022695) #7	UBE2Z (ENSOARG00020022664) #9	ATP5MC1 (ENSOARG00020022590)	CALCOCO2 (ENSOARG00020022295) #12	ENSOARG00020022258 #13	SNF8 (ENSOARG00020022227) #8	HOXB13 (ENSOARG00020022195) #14	HOXB9 (ENSOARG00020022138) #17	HOXB8 (ENSOARG00020022064) #18	HOXB7 (ENSOARG00020022042) #19	HOXB6 (ENSOARG00020022021) #20	HOXB5 (ENSOARG00020022004) #21	HOXB4 (ENSOARG00020021954) #22	HOXB3 (ENSOARG00020021943) #23	HOXB2 (ENSOARG00020021907) #24	HOXB1 (ENSOARG00020021886) #25	SKAP1 (ENSOARG00020021817) #26	SNX11 (ENSOARG00020021783) #27	CBX1 (ENSOARG00020021741) #28	NFE2L1 (ENSOARG00020021460) #29	COPZ2 (ENSOARG00020021377) #30	CDK5RAP3 (ENSOARG00020021339) #31	PRR15L (ENSOARG00020021319) #32	PNPO (ENSOARG00020021017) #33	SP2 (ENSOARG00020020972) #34	SP6 (ENSOARG00020020944) #35	SCRN2 (ENSOARG00020020770) #36	LRRC46 (ENSOARG00020020663) #37
Goat	MODERN SPECIES	10	B4GALNT2 (ENSCHIG00000013924)	IGF2BP1 (ENSCHIG00000022316)	GIP (ENSCHIG00000010936) #7	SNF8 (ENSCHIG00000014794) #8	ENSCHIG00000020962 #10	UBE2Z (ENSCHIG00000003883) #9	ENSCHIG00000016881	CALCOCO2 (ENSCHIG00000025313) #12	TTLL6 (ENSCHIG00000022654) #13	HOXB13 (ENSCHIG00000026703) #14	HOXB9 (ENSCHIG00000022791) #17	HOXB8 (ENSCHIG00000015504) #18	HOXB7 (ENSCHIG00000017532) #19	HOXB6 (ENSCHIG00000008881) #20	HOXB5 (ENSCHIG00000023147) #21	HOXB4 (ENSCHIG00000025323) #22	HOXB3 (ENSCHIG00000013978) #23	HOXB2 (ENSCHIG00000025836) #24	HOXB1 (ENSCHIG00000017872) #25	ENSCHIG00000010180	ENSCHIG00000015920 #26	ENSCHIG00000026878 #26	SNX11 (ENSCHIG00000017547) #27	CBX1 (ENSCHIG00000010985) #28	NFE2L1 (ENSCHIG00000015427) #29	COPZ2 (ENSCHIG00000026544) #30	CDK5RAP3 (ENSCHIG00000025420) #31	PRR15L (ENSCHIG00000008261) #32	PNPO (ENSCHIG00000004606) #33	SP2 (ENSCHIG00000018648) #34	SP6 (ENSCHIG00000009897) #35
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
American bison	MODERN SPECIES	3101	ABI3 (ENSBBBG00000021279)	GNGT2 (ENSBBBG00000021294)	B4GALNT2 (ENSBBBG00000021305)	IGF2BP1 (ENSBBBG00000021334)	GIP (ENSBBBG00000021349) #7	SNF8 (ENSBBBG00000021356) #8	UBE2Z (ENSBBBG00000021371) #9	ATP5MC1 (ENSBBBG00000021377) #11	CALCOCO2 (ENSBBBG00000005726) #12	TTLL6 (ENSBBBG00000021540) #13	HOXB13 (ENSBBBG00000021546) #14	HOXB9 (ENSBBBG00000021558) #17	HOXB7 (ENSBBBG00000021565) #19	HOXB6 (ENSBBBG00000021567) #20	HOXB5 (ENSBBBG00000021577) #21	HOXB4 (ENSBBBG00000021585) #22	HOXB3 (ENSBBBG00000005740) #23	HOXB2 (ENSBBBG00000021598) #24	HOXB1 (ENSBBBG00000021601) #25	SKAP1 (ENSBBBG00000021634) #26	SNX11 (ENSBBBG00000021652) #27	ENSBBBG00000021675 ##28	NFE2L1 (ENSBBBG00000021740) #29	COPZ2 (ENSBBBG00000021782) #30	CDK5RAP3 (ENSBBBG00000021808) #31	PRR15L (ENSBBBG00000021809) #32	PNPO (ENSBBBG00000021862) #33	SP2 (ENSBBBG00000021914) #34	SP6 (ENSBBBG00000021924) #35	SCRN2 (ENSBBBG00000021958) #36	LRRC46 (ENSBBBG00000021972) #37
Bos	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.i #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.e.b #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.i #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.e.b #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	10	ABI3 (ENSBIXG00005007948)	B4GALNT2 (ENSBIXG00005007929)	IGF2BP1 (ENSBIXG00005007917)	GIP (ENSBIXG00005007892) #7	SNF8 (ENSBIXG00005007866) #8	UBE2Z (ENSBIXG00005029277) #9	ENSBIXG00005029305	CALCOCO2 (ENSBIXG00005029366) #12	ENSBIXG00005029447 #13	HOXB13 (ENSBIXG00005029474) #14	HOXB9 (ENSBIXG00005029519) #17	HOXB8 (ENSBIXG00005029530) #18	HOXB7 (ENSBIXG00005029546) #19	HOXB6 (ENSBIXG00005029554) #20	HOXB5 (ENSBIXG00005029559) #21	HOXB4 (ENSBIXG00005029577) #22	HOXB3 (ENSBIXG00005029591) #23	HOXB2 (ENSBIXG00005029607) #24	HOXB1 (ENSBIXG00005029618) #25	ENSBIXG00005029636	SKAP1 (ENSBIXG00005029657) #26	SNX11 (ENSBIXG00005029679) #27	CBX1 (ENSBIXG00005029691) #28	NFE2L1 (ENSBIXG00005029748) #29	COPZ2 (ENSBIXG00005029862) #30	CDK5RAP3 (ENSBIXG00005029886) #31	PRR15L (ENSBIXG00005029905) #32	PNPO (ENSBIXG00005029918) #33	ENSBIXG00005029934 #34	SP6 (ENSBIXG00005029948) #35	SCRN2 (ENSBIXG00005029976) #36
Cow	MODERN SPECIES	10	GNGT2 (ENSBTAG00000047325)	B4GALNT2 (ENSBTAG00000009864)	IGF2BP1 (ENSBTAG00000011736)	GIP (ENSBTAG00000005045) #7	SNF8 (ENSBTAG00000018803) #8	UBE2Z (ENSBTAG00000018802) #9	ATP5MC1 (ENSBTAG00000018339)	CALCOCO2 (ENSBTAG00000007935) #12	TTLL6 (ENSBTAG00000009332) #13	HOXB13 (ENSBTAG00000014663) #14	HOXB9 (ENSBTAG00000054623) #17	HOXB8 (ENSBTAG00000054162) #18	HOXB7 (ENSBTAG00000005546) #19	HOXB6 (ENSBTAG00000050006) #20	HOXB5 (ENSBTAG00000045835) #21	HOXB4 (ENSBTAG00000039599) #22	HOXB3 (ENSBTAG00000021427) #23	HOXB2 (ENSBTAG00000009979) #24	HOXB1 (ENSBTAG00000007603) #25	SKAP1 (ENSBTAG00000000641) #26	SNX11 (ENSBTAG00000020321) #27	CBX1 (ENSBTAG00000002949) #28	NFE2L1 (ENSBTAG00000013653) #29	COPZ2 (ENSBTAG00000039954) #30	CDK5RAP3 (ENSBTAG00000014202) #31	PRR15L (ENSBTAG00000012249) #32	PNPO (ENSBTAG00000012259) #33	SP2 (ENSBTAG00000013740) #34	SP6 (ENSBTAG00000001825) #35	SCRN2 (ENSBTAG00000001828) #36	LRRC46 (ENSBTAG00000001830) #37
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00940000154688.b.k.a	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.i #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.e.b #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Wild yak	MODERN SPECIES	319	GNGT2 (ENSBMUG00000000436)	B4GALNT2 (ENSBMUG00000000477)	IGF2BP1 (ENSBMUG00000000549)	GIP (ENSBMUG00000000594) #7	SNF8 (ENSBMUG00000000607) #8	UBE2Z (ENSBMUG00000000624) #9	ENSBMUG00000000644	CALCOCO2 (ENSBMUG00000000720) #12	ENSBMUG00000000753 #13	HOXB13 (ENSBMUG00000000770) #14	HOXB9 (ENSBMUG00000000804) #17	HOXB8 (ENSBMUG00000000824) #18	HOXB7 (ENSBMUG00000000832) #19	HOXB6 (ENSBMUG00000000839) #20	HOXB5 (ENSBMUG00000000849) #21	HOXB4 (ENSBMUG00000000867) #22	HOXB3 (ENSBMUG00000000876) #23	HOXB2 (ENSBMUG00000000885) #24	HOXB1 (ENSBMUG00000000891) #25	ENSBMUG00000000901	SKAP1 (ENSBMUG00000000925) #26	SNX11 (ENSBMUG00000000953) #27	CBX1 (ENSBMUG00000000974) #28	NFE2L1 (ENSBMUG00000001054) #29	COPZ2 (ENSBMUG00000001081) #30	CDK5RAP3 (ENSBMUG00000001110) #31	ENSBMUG00000001125 #32	PNPO (ENSBMUG00000001160) #33	SP2 (ENSBMUG00000001179) #34
Domestic yak	MODERN SPECIES	10	PHOSPHO1 (ENSBGRG00000023170)	ABI3 (ENSBGRG00000022961)	B4GALNT2 (ENSBGRG00000022672)	IGF2BP1 (ENSBGRG00000022442)	GIP (ENSBGRG00000022397) #7	SNF8 (ENSBGRG00000022296) #8	UBE2Z (ENSBGRG00000022223) #9	ENSBGRG00000022156	CALCOCO2 (ENSBGRG00000021810) #12	TTLL6 (ENSBGRG00000021744) #13	HOXB13 (ENSBGRG00000021718) #14	HOXB9 (ENSBGRG00000021683) #17	HOXB8 (ENSBGRG00000021618) #18	HOXB6 (ENSBGRG00000021579) #20	HOXB5 (ENSBGRG00000021555) #21	HOXB4 (ENSBGRG00000021501) #22	HOXB3 (ENSBGRG00000021464) #23	HOXB2 (ENSBGRG00000021425) #24	HOXB1 (ENSBGRG00000021404) #25	SKAP1 (ENSBGRG00000021202) #26	SNX11 (ENSBGRG00000021141) #27	CBX1 (ENSBGRG00000021062) #28	NFE2L1 (ENSBGRG00000020783) #29	COPZ2 (ENSBGRG00000020574) #30	CDK5RAP3 (ENSBGRG00000020283) #31	ENSBGRG00000020194 #32	PNPO (ENSBGRG00000019898) #33	ENSBGRG00000019774 #34	SP6 (ENSBGRG00000019744) #35	SCRN2 (ENSBGRG00000019672) #36	LRRC46 (ENSBGRG00000019490) #37
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00980000199681	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	13	ENSRFEG00010021705	IGF2BP1 (ENSRFEG00010021720)	GIP (ENSRFEG00010021740) #7	SNF8 (ENSRFEG00010021745) #8	UBE2Z (ENSRFEG00010021755) #9	ENSRFEG00010021766	CALCOCO2 (ENSRFEG00010021784) #12	ENSRFEG00010021798	TTLL6 (ENSRFEG00010021801) #13	HOXB13 (ENSRFEG00010021808) #14	HOXB9 (ENSRFEG00010021814) #17	HOXB8 (ENSRFEG00010021818) #18	HOXB7 (ENSRFEG00010021823) #19	HOXB6 (ENSRFEG00010021831) #20	HOXB5 (ENSRFEG00010021836) #21	HOXB4 (ENSRFEG00010021844) #22	ENSRFEG00010021849	HOXB3 (ENSRFEG00010021853) #23	HOXB2 (ENSRFEG00010021859) #24	HOXB1 (ENSRFEG00010021864) #25	SKAP1 (ENSRFEG00010021866) #26	SNX11 (ENSRFEG00010021879) #27	CBX1 (ENSRFEG00010021893) #28	NFE2L1 (ENSRFEG00010021900) #29	COPZ2 (ENSRFEG00010021918) #30	CDK5RAP3 (ENSRFEG00010021928) #31	PRR15L (ENSRFEG00010021936) #32	PNPO (ENSRFEG00010021942) #33	SP2 (ENSRFEG00010021950) #34	SP6 (ENSRFEG00010021957) #35	SCRN2 (ENSRFEG00010021961) #36
Megabat	MODERN SPECIES	334									HOXB13 (ENSPVAG00000015531) #14	ENSPVAG00000015530	HOXB8 (ENSPVAG00000015529) #18	HOXB7 (ENSPVAG00000015528) #19	ENSPVAG00000015526	HOXB6 (ENSPVAG00000015525) #20	HOXB5 (ENSPVAG00000015524) #21	HOXB4 (ENSPVAG00000015523) #22	HOXB3 (ENSPVAG00000015522) #23	ENSPVAG00000015521 #24	HOXB1 (ENSPVAG00000015520) #25	SKAP1 (ENSPVAG00000015519) #26	SNX11 (ENSPVAG00000015518) #27
Equus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Horse	MODERN SPECIES	2	GNGT2 (ENSECAG00000016054)	B4GALNT2 (ENSECAG00000013354)	IGF2BP1 (ENSECAG00000009723)	GIP (ENSECAG00000008172) #7	ENSECAG00000046431	SNF8 (ENSECAG00000022092) #8	UBE2Z (ENSECAG00000021160) #9	ATP5MC1 (ENSECAG00000019908)	CALCOCO2 (ENSECAG00000015498) #12	ENSECAG00000059603 #13	TTLL6 (ENSECAG00000014417) #13	HOXB13 (ENSECAG00000013619) #14	HOXB9 (ENSECAG00000036001) #17	HOXB8 (ENSECAG00000034473) #19	HOXB5 (ENSECAG00000012439) #21	HOXB4 (ENSECAG00000028576) #22	HOXB3 (ENSECAG00000002707) #23	HOXB2 (ENSECAG00000012423) #24	HOXB1 (ENSECAG00000011628) #25	SKAP1 (ENSECAG00000010544) #26	SNX11 (ENSECAG00000008117) #27	CBX1 (ENSECAG00000008048) #28	NFE2L1 (ENSECAG00000007777) #29	COPZ2 (ENSECAG00000024471) #30	CDK5RAP3 (ENSECAG00000018688) #31	PRR15L (ENSECAG00000002658) #32	PNPO (ENSECAG00000014995) #33	SP2 (ENSECAG00000012859) #34	SP6 (ENSECAG00000012853) #35	SCRN2 (ENSECAG00000009826) #36	LRRC46 (ENSECAG00000007543) #37
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
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Panthera	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.f.a	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000013771.p	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35
Tiger	MODERN SPECIES	230	PHB1 (ENSPTIG00000008349)	ZNF652 (ENSPTIG00000010615)	ABI3 (ENSPTIG00000011177)	GNGT2 (ENSPTIG00000011802)	B4GALNT2 (ENSPTIG00000012803)	IGF2BP1 (ENSPTIG00000013291)	GIP (ENSPTIG00000016604) #7	SNF8 (ENSPTIG00000017017) #8	UBE2Z (ENSPTIG00000017872) #9	ENSPTIG00000018508	CALCOCO2 (ENSPTIG00000020855) #12	TTLL6 (ENSPTIG00000010570) #13	ENSPTIG00000013326 #14	HOXB7 (ENSPTIG00000014471) #19	HOXB5 (ENSPTIG00000014877) #21	HOXB4 (ENSPTIG00000014995) #22	HOXB2 (ENSPTIG00000015306) #24	HOXB1 (ENSPTIG00000015694) #25	SKAP1 (ENSPTIG00000016493) #26	SNX11 (ENSPTIG00000018316) #27	CBX1 (ENSPTIG00000020896) ##28	NFE2L1 (ENSPTIG00000021715) #29	ENSPTIG00000007047	COPZ2 (ENSPTIG00000007508) #30	CDK5RAP3 (ENSPTIG00000009086) #31	PNPO (ENSPTIG00000012157) #33	SP2 (ENSPTIG00000014873) #34	SCRN2 (ENSPTIG00000016232) #36	LRRC46 (ENSPTIG00000018466) #37	MRPL10 (ENSPTIG00000018968)	ENSPTIG00000019388
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Cat	MODERN SPECIES	245	GNGT2 (ENSFCAG00000039268)	B4GALNT2 (ENSFCAG00000018523)	IGF2BP1 (ENSFCAG00000002454)	GIP (ENSFCAG00000008946) #7	SNF8 (ENSFCAG00000008944) #8	UBE2Z (ENSFCAG00000045462) #9	ENSFCAG00000002344	CALCOCO2 (ENSFCAG00000010622) #12	TTLL6 (ENSFCAG00000010617) #13	HOXB13 (ENSFCAG00000002120) #14	HOXB9 (ENSFCAG00000035234) #17	HOXB8 (ENSFCAG00000036979) #18	HOXB7 (ENSFCAG00000002118) #19	HOXB6 (ENSFCAG00000034768) #20	HOXB5 (ENSFCAG00000039068) #21	HOXB4 (ENSFCAG00000051422) #22	HOXB3 (ENSFCAG00000006408) #23	HOXB2 (ENSFCAG00000045039) #24	HOXB1 (ENSFCAG00000028151) #25	ENSFCAG00000034133	SKAP1 (ENSFCAG00000004784) #26	SNX11 (ENSFCAG00000009371) #27	CBX1 (ENSFCAG00000006056) ##28	NFE2L1 (ENSFCAG00000009369) #29	COPZ2 (ENSFCAG00000034233) #30	CDK5RAP3 (ENSFCAG00000009367) #31	PRR15L (ENSFCAG00000009366) #32	PNPO (ENSFCAG00000001300) #33	SP2 (ENSFCAG00000009365) #34	SP6 (ENSFCAG00000009363) #35	SCRN2 (ENSFCAG00000009362) #36
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Giant Panda	MODERN SPECIES	4	B4GALNT2 (ENSAMEG00000005108)	IGF2BP1 (ENSAMEG00000005087)	GIP (ENSAMEG00000005081) #7	SNF8 (ENSAMEG00000005062) #8	UBE2Z (ENSAMEG00000005049) #9	ATP5MC1 (ENSAMEG00000005038)	CALCOCO2 (ENSAMEG00000005015) #12	ENSAMEG00000005000 #13	HOXB13 (ENSAMEG00000026873) #14	ENSAMEG00000026258	HOXB9 (ENSAMEG00000024921) #17	ENSAMEG00000004982 #18	HOXB7 (ENSAMEG00000004977) #19	HOXB6 (ENSAMEG00000004971) #20	HOXB5 (ENSAMEG00000004967) #21	HOXB4 (ENSAMEG00000028329) #22	HOXB3 (ENSAMEG00000027375) #23	HOXB2 (ENSAMEG00000030987) #24	HOXB1 (ENSAMEG00000004935) #25	SKAP1 (ENSAMEG00000004919) #26	SNX11 (ENSAMEG00000004898) #27	CBX1 (ENSAMEG00000004890) #28	NFE2L1 (ENSAMEG00000004881) #29	COPZ2 (ENSAMEG00000004850) #30	ENSAMEG00000030152	CDK5RAP3 (ENSAMEG00000004818) #31	PRR15L (ENSAMEG00000025744) #32	PNPO (ENSAMEG00000004786) #33	SP2 (ENSAMEG00000004772) #34	SCRN2 (ENSAMEG00000004751) #36	LRRC46 (ENSAMEG00000004734) #37
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT01100000263525.b.a.b	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
American black bear	MODERN SPECIES	3149										HOXB13 (ENSUAMG00000021914) #14	HOXB9 (ENSUAMG00000021910) #17	HOXB8 (ENSUAMG00000021909) #18	HOXB7 (ENSUAMG00000021908) #19	HOXB6 (ENSUAMG00000021905) #20	HOXB5 (ENSUAMG00000021904) #21	HOXB4 (ENSUAMG00000021902) #22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00950000185410	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
American mink	MODERN SPECIES	92	B4GALNT2 (ENSNVIG00000006432)	IGF2BP1 (ENSNVIG00000006377)	GIP (ENSNVIG00000006361) #7	ENSNVIG00000006352 #8	ENSNVIG00000006339	UBE2Z (ENSNVIG00000006316) #9	ENSNVIG00000006295	CALCOCO2 (ENSNVIG00000006167) #12	TTLL6 (ENSNVIG00000006132) #13	HOXB13 (ENSNVIG00000006117) #14	HOXB9 (ENSNVIG00000006082) #17	HOXB8 (ENSNVIG00000006066) #18	HOXB7 (ENSNVIG00000006060) #19	HOXB6 (ENSNVIG00000006053) #20	HOXB5 (ENSNVIG00000006049) #21	HOXB4 (ENSNVIG00000006040) #22	HOXB3 (ENSNVIG00000006032) #23	HOXB2 (ENSNVIG00000006024) #24	HOXB1 (ENSNVIG00000006017) #25	ENSNVIG00000006009	SKAP1 (ENSNVIG00000005974) #26	SNX11 (ENSNVIG00000005959) #27	CBX1 (ENSNVIG00000005946) #28	NFE2L1 (ENSNVIG00000005857) #29	ENSNVIG00000005842	COPZ2 (ENSNVIG00000005837) #30	CDK5RAP3 (ENSNVIG00000005742) #31	PR15L (ENSNVIG00000005731) #32	PNPO (ENSNVIG00000005692) #33	SP2 (ENSNVIG00000005673) #34	SP6 (ENSNVIG00000005667) #35
Ferret	MODERN SPECIES	270	ABI3 (ENSMPUG00000015374)	B4GALNT2 (ENSMPUG00000015373)	IGF2BP1 (ENSMPUG00000015358)	GIP (ENSMPUG00000015357) #7	SNF8 (ENSMPUG00000015356) #8	UBE2Z (ENSMPUG00000015342) #9	ENSMPUG00000015341	CALCOCO2 (ENSMPUG00000015338) #12	TTLL6 (ENSMPUG00000015335) #13	HOXB13 (ENSMPUG00000015332) #14	HOXB9 (ENSMPUG00000015330) #17	HOXB8 (ENSMPUG00000015329) #18	HOXB7 (ENSMPUG00000015328) #19	HOXB6 (ENSMPUG00000015322) #20	HOXB5 (ENSMPUG00000015316) #21	HOXB4 (ENSMPUG00000015310) #22	HOXB2 (ENSMPUG00000015309) #24	HOXB1 (ENSMPUG00000015307) #25	SKAP1 (ENSMPUG00000015305) #26	SNX11 (ENSMPUG00000015303) #27	CBX1 (ENSMPUG00000015302) ##28	NFE2L1 (ENSMPUG00000015301) #29	COPZ2 (ENSMPUG00000015292) #30	CDK5RAP3 (ENSMPUG00000015291) #31	PRR15L (ENSMPUG00000020087) #32	PNPO (ENSMPUG00000015290) #33	SP2 (ENSMPUG00000015289) #34	SP6 (ENSMPUG00000020086) #35	SCRN2 (ENSMPUG00000015288) #36	LRRC46 (ENSMPUG00000015287) #37	MRPL10 (ENSMPUG00000015278)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.c	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Red fox	MODERN SPECIES	20	B4GALNT2 (ENSVVUG00000003458)	ENSVVUG00000003456	IGF2BP1 (ENSVVUG00000003451)	GIP (ENSVVUG00000003440) #7	SNF8 (ENSVVUG00000003434) #8	UBE2Z (ENSVVUG00000003424) #9	ATP5MC1 (ENSVVUG00000003411)	CALCOCO2 (ENSVVUG00000003399) #12	TTLL6 (ENSVVUG00000003393) #13	HOXB13 (ENSVVUG00000003382) #14	HOXB9 (ENSVVUG00000003367) #17	HOXB8 (ENSVVUG00000003366) #18	HOXB7 (ENSVVUG00000003360) #19	HOXB6 (ENSVVUG00000003359) #20	HOXB5 (ENSVVUG00000003354) #21	ENSVVUG00000003340 #22	HOXB3 (ENSVVUG00000003329) #23	HOXB2 (ENSVVUG00000003328) #24	HOXB1 (ENSVVUG00000003325) #25	SKAP1 (ENSVVUG00000003297) #26	SNX11 (ENSVVUG00000003276) #27	ENSVVUG00000003272 #28	NFE2L1 (ENSVVUG00000003262) #29	COPZ2 (ENSVVUG00000003249) #30	CDK5RAP3 (ENSVVUG00000003227) #31	PRR15L (ENSVVUG00000003218) #32	PNPO (ENSVVUG00000003178) #33	SP2 (ENSVVUG00000003171) #34	SP6 (ENSVVUG00000003167) #35	SCRN2 (ENSVVUG00000003154) #36	LRRC46 (ENSVVUG00000003146) #37
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720.c	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Dog	MODERN SPECIES	37	ENSCAFG00845010742	B4GALNT2 (ENSCAFG00845010693)	IGF2BP1 (ENSCAFG00845010596)	GIP (ENSCAFG00845010532) #7	SNF8 (ENSCAFG00845010455) #8	UBE2Z (ENSCAFG00845010395) #9	ATP5MC1 (ENSCAFG00845010336)	CALCOCO2 (ENSCAFG00845010119) #12	TTLL6 (ENSCAFG00845010017) #13	HOXB13 (ENSCAFG00845009992) #14	HOXB9 (ENSCAFG00845009956) #17	HOXB8 (ENSCAFG00845009931) #18	HOXB7 (ENSCAFG00845009899) #19	HOXB6 (ENSCAFG00845009871) #20	HOXB5 (ENSCAFG00845009832) #21	HOXB4 (ENSCAFG00845017264) #22	HOXB3 (ENSCAFG00845017188) #23	HOXB2 (ENSCAFG00845017142) #24	HOXB1 (ENSCAFG00845017096) #25	SKAP1 (ENSCAFG00845016959) #26	SNX11 (ENSCAFG00845016720) #27	CBX1 (ENSCAFG00845016596) #28	NFE2L1 (ENSCAFG00845016388) #29	COPZ2 (ENSCAFG00845016156) #30	CDK5RAP3 (ENSCAFG00845016051) #31	ENSCAFG00845016000	PRR15L (ENSCAFG00845015978) #32	PNPO (ENSCAFG00845015876) #33	SP2 (ENSCAFG00845015786) #34	SP6 (ENSCAFG00845015746) #35	SCRN2 (ENSCAFG00845015686) #36
Dingo	MODERN SPECIES	150	B4GALNT2 (ENSCAFG00020023386)	ENSCAFG00020023382	IGF2BP1 (ENSCAFG00020023369)	GIP (ENSCAFG00020023360) #7	SNF8 (ENSCAFG00020023354) #8	UBE2Z (ENSCAFG00020023351) #9	ENSCAFG00020023349	CALCOCO2 (ENSCAFG00020023334) #12	TTLL6 (ENSCAFG00020023324) #13	HOXB13 (ENSCAFG00020023319) #14	HOXB9 (ENSCAFG00020023312) #17	HOXB8 (ENSCAFG00020023306) #18	ENSCAFG00020023303 #19	HOXB6 (ENSCAFG00020023302) #20	HOXB5 (ENSCAFG00020023301) #21	HOXB4 (ENSCAFG00020023297) #22	HOXB3 (ENSCAFG00020023294) #23	HOXB2 (ENSCAFG00020023293) #24	HOXB1 (ENSCAFG00020023290) #25	SKAP1 (ENSCAFG00020023287) #26	SNX11 (ENSCAFG00020023282) #27	CBX1 (ENSCAFG00020023275) #28	NFE2L1 (ENSCAFG00020023270) #29	COPZ2 (ENSCAFG00020023263) #30	CDK5RAP3 (ENSCAFG00020023258) #31	PRR15L (ENSCAFG00020023256) #32	PNPO (ENSCAFG00020023249) #33	SP2 (ENSCAFG00020023246) #34	SP6 (ENSCAFG00020023243) #35	SCRN2 (ENSCAFG00020023238) #36	LRRC46 (ENSCAFG00020023236) #37
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Elephant	MODERN SPECIES	310	IGF2BP1 (ENSLAFG00000002048)	GIP (ENSLAFG00000004536) #7	SNF8 (ENSLAFG00000006599) #8	UBE2Z (ENSLAFG00000006606) #9	ATP5MC1 (ENSLAFG00000004537) #11	CALCOCO2 (ENSLAFG00000016693) #12	ENSLAFG00000027009	TTLL6 (ENSLAFG00000003368) #13	ENSLAFG00000026602	HOXB13 (ENSLAFG00000011262) #14	HOXB9 (ENSLAFG00000013600) #17	HOXB8 (ENSLAFG00000030682) #18	HOXB7 (ENSLAFG00000030637) #19	HOXB6 (ENSLAFG00000013593) #20	HOXB5 (ENSLAFG00000013590) #21	HOXB4 (ENSLAFG00000013588) #22	HOXB3 (ENSLAFG00000030335) #23	ENSLAFG00000030505	HOXB2 (ENSLAFG00000030161) #24	ENSLAFG00000031610 #25	SKAP1 (ENSLAFG00000018530) #26	SNX11 (ENSLAFG00000018529) #27	CBX1 (ENSLAFG00000018526) #28	NFE2L1 (ENSLAFG00000018523) #29	ENSLAFG00000015209 #30	ENSLAFG00000030284	CDK5RAP3 (ENSLAFG00000000339) #31	PRR15L (ENSLAFG00000015553) #32	PNPO (ENSLAFG00000015550) #33	SP2 (ENSLAFG00000021817) #34	SP6 (ENSLAFG00000010701) #35
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1399														ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22
Armadillo	MODERN SPECIES	511													ENSDNOG00000034736	HOXB6 (ENSDNOG00000006841) #20	HOXB5 (ENSDNOG00000042538) #21	HOXB4 (ENSDNOG00000039782) #22	HOXB1 (ENSDNOG00000006826) #25
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091.e #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Common wonbat	MODERN SPECIES	1037	ZNF652 (ENSVURG00010007816)	PHOSPHO1 (ENSVURG00010007795)	ABI3 (ENSVURG00010007788)	GNGT2 (ENSVURG00010007781)	B4GALNT2 (ENSVURG00010007761)	IGF2BP1 (ENSVURG00010007702)	SNF8 (ENSVURG00010007691) #8	ENSVURG00010007663 #9	CALCOCO2 (ENSVURG00010007642) #12	HOXB13 (ENSVURG00010007629) #14	HOXB9 (ENSVURG00010007619) #17	HOXB8 (ENSVURG00010007609) #18	HOXB7 (ENSVURG00010007606) #19	HOXB6 (ENSVURG00010007602) #20	HOXB5 (ENSVURG00010007599) #21	HOXB4 (ENSVURG00010007589) #22	HOXB3 (ENSVURG00010007587) #23	HOXB2 (ENSVURG00010007579) #24	HOXB1 (ENSVURG00010007572) #25	SKAP1 (ENSVURG00010007559) #26	SNX11 (ENSVURG00010007541) #27	CBX1 (ENSVURG00010007537) #28	NFE2L1 (ENSVURG00010007465) #29	COPZ2 (ENSVURG00010007430) #30	CDK5RAP3 (ENSVURG00010007403) #31	PRR15L (ENSVURG00010007394) #32	PNPO (ENSVURG00010007376) #33	ENSVURG00010007365	SP2 (ENSVURG00010007347) #34	SP6 (ENSVURG00010007336) #35	SCRN2 (ENSVURG00010007326) #36
koala	MODERN SPECIES	67	PHOSPHO1 (ENSPCIG00000013107)	ABI3 (ENSPCIG00000013108)	GNGT2 (ENSPCIG00000013109)	B4GALNT2 (ENSPCIG00000003606)	IGF2BP1 (ENSPCIG00000013111)	SNF8 (ENSPCIG00000013302) #8	ENSPCIG00000013305 #9	ATP5MC1 (ENSPCIG00000013306) #11	CALCOCO2 (ENSPCIG00000010432) #12	TTLL6 (ENSPCIG00000030247) #13	HOXB13 (ENSPCIG00000030249) #14	HOXB9 (ENSPCIG00000030251) #17	HOXB7 (ENSPCIG00000000064) #19	HOXB6 (ENSPCIG00000000076) #20	HOXB5 (ENSPCIG00000031080) #21	HOXB4 (ENSPCIG00000000195) #22	HOXB3 (ENSPCIG00000000217) #23	HOXB2 (ENSPCIG00000000295) #24	HOXB1 (ENSPCIG00000033449) #25	SKAP1 (ENSPCIG00000000339) #26	SNX11 (ENSPCIG00000000612) #27	CBX1 (ENSPCIG00000000630) #28	NFE2L1 (ENSPCIG00000000720) #29	COPZ2 (ENSPCIG00000000757) #30	CDK5RAP3 (ENSPCIG00000000798) #31	PRR15L (ENSPCIG00000000814) #32	PNPO (ENSPCIG00000000828) #33	ENSPCIG00000000834	SP2 (ENSPCIG00000000843) #34	SP6 (ENSPCIG00000000873) #35	SCRN2 (ENSPCIG00000000883) #36
Wallaby	MODERN SPECIES	10747																HOXB4 (ENSMEUG00000010931) #22
Opossum	MODERN SPECIES	1	B4GALNT2 (ENSMODG00000012242)	ENSMODG00000047325	IGF2BP1 (ENSMODG00000012268)	ENSMODG00000028269 #7	SNF8 (ENSMODG00000012276) #8	UBE2Z (ENSMODG00000046619) #9	ENSMODG00000012296	ENSMODG00000029509 #12	ENSMODG00000012306 #12	ENSMODG00000025670 #13	HOXB13 (ENSMODG00000012310) #14	HOXB9 (ENSMODG00000012329) #17	HOXB7 (ENSMODG00000044053) #19	HOXB6 (ENSMODG00000012334) #20	HOXB5 (ENSMODG00000012338) #21	HOXB4 (ENSMODG00000042083) #22	HOXB3 (ENSMODG00000012344) #23	HOXB2 (ENSMODG00000012347) #24	HOXB1 (ENSMODG00000046816) #25	SKAP1 (ENSMODG00000012360) #26	SNX11 (ENSMODG00000051179) #27	CBX1 (ENSMODG00000012368) #28	NFE2L1 (ENSMODG00000012375) #29	COPZ2 (ENSMODG00000012424) #30	CDK5RAP3 (ENSMODG00000012439) #31	PRR15L (ENSMODG00000024090) #32	PNPO (ENSMODG00000012446) #33	ENSMODG00000050066	SP2 (ENSMODG00000012452) #34	SP6 (ENSMODG00000012454) #35	SCRN2 (ENSMODG00000012467) #36
Platypus	MODERN SPECIES	2	ABI3 (ENSOANG00000050932)	GNGT2 (ENSOANG00000037597)	B4GALNT2 (ENSOANG00000042946)	IGF2BP1 (ENSOANG00000014859)	SNF8 (ENSOANG00000050758) #8	UBE2Z (ENSOANG00000042370) #9	ATP5MC1 (ENSOANG00000049234) #11	ENSOANG00000021387 #12	ENSOANG00000007312 #13	HOXB13 (ENSOANG00000007689) #14	HOXB9 (ENSOANG00000005338) #17	HOXB8 (ENSOANG00000047281) #18	HOXB7 (ENSOANG00000051269) #19	HOXB6 (ENSOANG00000050952) #20	HOXB5 (ENSOANG00000051056) #21	HOXB4 (ENSOANG00000042426) #22	HOXB3 (ENSOANG00000039840) #23	HOXB2 (ENSOANG00000041050) #24	HOXB1 (ENSOANG00000010307) #25	ENSOANG00000044458	SKAP1 (ENSOANG00000010840) #26	ENSOANG00000039817 #27	CBX1 (ENSOANG00000049057) #28	NFE2L1 (ENSOANG00000043783) #29	ENSOANG00000048116 #31	PRR15L (ENSOANG00000013452) #32	PNPO (ENSOANG00000013451) #33	ENSOANG00000049621	SP2 (ENSOANG00000050083) #34	SCRN2 (ENSOANG00000001540) #36	ENSOANG00000001541 #37
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000006679.b.i	ENSGT00390000006679.b.j	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1609	ENSCABG00000002867	ENSCABG00000002782	IGF2BP1 (ENSCABG00000002771)	GIP (ENSCABG00000002769) #7	SNF8 (ENSCABG00000002767) #8	UBE2Z (ENSCABG00000002765) #9	ATP5MC1 (ENSCABG00000002763) #11	CALCOCO2 (ENSCABG00000002761) #12	TTLL6 (ENSCABG00000002759) #13	HOXB13 (ENSCABG00000002758) #14	HOXB9 (ENSCABG00000002754) #17	HOXB8 (ENSCABG00000002750) #18	HOXB7 (ENSCABG00000002742) #19	HOXB6 (ENSCABG00000002738) #20	HOXB5 (ENSCABG00000002737) #21	HOXB4 (ENSCABG00000002736) #22	HOXB3 (ENSCABG00000002733) #23	HOXB2 (ENSCABG00000002731) #24	HOXB1 (ENSCABG00000002728) #25	SKAP1 (ENSCABG00000002721) #26	SNX11 (ENSCABG00000002717) #27	CBX1 (ENSCABG00000002713) #28	NFE2L1 (ENSCABG00000002708) #29	COPZ2 (ENSCABG00000002681) #30	CDK5RAP3 (ENSCABG00000002680) #31	PRR15L (ENSCABG00000002679) #32	PNPO (ENSCABG00000002678) #33	ENSCABG00000002677	SP2 (ENSCABG00000002675) #34	SP6 (ENSCABG00000002674) #35	SCRN2 (ENSCABG00000002671) #36
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	15	ENSGEVG00005018310	ENSGEVG00005018261	IGF2BP1 (ENSGEVG00005018150)	ENSGEVG00005018109 #7	SNF8 (ENSGEVG00005018088) #8	UBE2Z (ENSGEVG00005018038) #9	ATP5MC1 (ENSGEVG00005018012) #11	CALCOCO2 (ENSGEVG00005017985) #12	ENSGEVG00005017952 #13	HOXB13 (ENSGEVG00005017930) #14	HOXB9 (ENSGEVG00005017896) #17	HOXB8 (ENSGEVG00005017871) #18	HOXB7 (ENSGEVG00005017847) #19	HOXB6 (ENSGEVG00005017822) #20	HOXB5 (ENSGEVG00005017800) #21	HOXB4 (ENSGEVG00005017783) #22	HOXB3 (ENSGEVG00005017763) #23	HOXB2 (ENSGEVG00005017753) #24	HOXB1 (ENSGEVG00005017735) #25	SKAP1 (ENSGEVG00005017712) #26	SNX11 (ENSGEVG00005017693) #27	CBX1 (ENSGEVG00005017682) #28	NFE2L1 (ENSGEVG00005017658) #29	COPZ2 (ENSGEVG00005017626) #30	CDK5RAP3 (ENSGEVG00005017600) #31	PRR15L (ENSGEVG00005017586) #32	PNPO (ENSGEVG00005017569) #33	ENSGEVG00005017553	SP2 (ENSGEVG00005017526) #34	SCRN2 (ENSGEVG00005017480) #36	LRRC46 (ENSGEVG00005017463) #37
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	91	ABI3 (ENSTMTG00000007978)	GNGT2 (ENSTMTG00000007963)	IGF2BP1 (ENSTMTG00000007859)	GIP (ENSTMTG00000007840) #7	SNF8 (ENSTMTG00000007821) #8	UBE2Z (ENSTMTG00000007812) #9	ATP5MC1 (ENSTMTG00000007797) #11	CALCOCO2 (ENSTMTG00000007745) #12	ENSTMTG00000007723 #13	HOXB13 (ENSTMTG00000007711) #14	HOXB9 (ENSTMTG00000007702) #17	HOXB8 (ENSTMTG00000007693) #18	HOXB7 (ENSTMTG00000007684) #19	HOXB6 (ENSTMTG00000007672) #20	HOXB5 (ENSTMTG00000007666) #21	HOXB4 (ENSTMTG00000007660) #22	HOXB3 (ENSTMTG00000007653) #23	HOXB2 (ENSTMTG00000007640) #24	HOXB1 (ENSTMTG00000007622) #25	SKAP1 (ENSTMTG00000007393) #26	SNX11 (ENSTMTG00000007347) #27	CBX1 (ENSTMTG00000007333) #28	NFE2L1 (ENSTMTG00000007320) #29	COPZ2 (ENSTMTG00000007271) #30	CDK5RAP3 (ENSTMTG00000007229) #31	PRR15L (ENSTMTG00000007217) #32	PNPO (ENSTMTG00000007206) #33	ENSTMTG00000007188	SP2 (ENSTMTG00000007171) #34	ENSTMTG00000007161 #35	SCRN2 (ENSTMTG00000007144) #36
Chinese turtle	MODERN SPECIES	873	ABI3 (ENSPSIG00000004779)	GNGT2 (ENSPSIG00000004780)	B4GALNT2 (ENSPSIG00000004798)	IGF2BP1 (ENSPSIG00000005175)	ENSPSIG00000005451 #7	SNF8 (ENSPSIG00000005459) #8	ENSPSIG00000005879	CALCOCO2 (ENSPSIG00000006041) #12	ENSPSIG00000006373 #14	TTLL6 (ENSPSIG00000006379) #13	HOXB9 (ENSPSIG00000007113) #17	HOXB8 (ENSPSIG00000007118) #18	HOXB7 (ENSPSIG00000007133) #19	HOXB6 (ENSPSIG00000007278) #20	HOXB5 (ENSPSIG00000007287) #21	HOXB4 (ENSPSIG00000007302) #22	HOXB3 (ENSPSIG00000007309) #23	HOXB1 (ENSPSIG00000007311) #25	ENSPSIG00000001784	SKAP1 (ENSPSIG00000007314) #26	SNX11 (ENSPSIG00000007556) #27	CBX1 (ENSPSIG00000007751) #28	ENSPSIG00000007945 #29	COPZ2 (ENSPSIG00000008186) #30
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Aves	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	305	PHOSPHO1 (ENSABRG00000021486)	ABI3 (ENSABRG00000021488)	GNGT2 (ENSABRG00000021492)	IGF2BP1 (ENSABRG00000000212)	GIP (ENSABRG00000000246) #7	SNF8 (ENSABRG00000000286) #8	UBE2Z (ENSABRG00000000335) #9	ATP5MC1 (ENSABRG00000000359) #11	CALCOCO2 (ENSABRG00000000383) #12	HOXB13 (ENSABRG00000000421) #14	HOXB9 (ENSABRG00000000456) #17	HOXB8 (ENSABRG00000000461) #18	HOXB7 (ENSABRG00000000473) #19	HOXB6 (ENSABRG00000000480) #20	HOXB5 (ENSABRG00000000485) #21	HOXB4 (ENSABRG00000000495) #22	HOXB3 (ENSABRG00000000506) #23	HOXB2 (ENSABRG00000000517) #24	HOXB1 (ENSABRG00000000522) #25	SKAP1 (ENSABRG00000000558) #26	SNX11 (ENSABRG00000000576) #27	CBX1 (ENSABRG00000000584) #28	NFE2L1 (ENSABRG00000000594) #29	ENSABRG00000000606 #30	CDK5RAP3 (ENSABRG00000000636) #31	PNPO (ENSABRG00000000676) #33	SP2 (ENSABRG00000001034) #34	SP6 (ENSABRG00000001100) #35	SCRN2 (ENSABRG00000001107) #36	LRRC46 (ENSABRG00000001138) #37	MRPL10 (ENSABRG00000001154)
Duck	MODERN SPECIES	19	PHOSPHO1 (ENSAPLG00000012201)	ENSAPLG00000021605	ENSAPLG00000022532	GNGT2 (ENSAPLG00000012604)	IGF2BP1 (ENSAPLG00000012620)	GIP (ENSAPLG00000013204) #7	SNF8 (ENSAPLG00000031118) #8	ENSAPLG00000013301	ENSAPLG00000013396 #12	HOXB13 (ENSAPLG00000023394) #14	HOXB9 (ENSAPLG00000013604) #17	HOXB8 (ENSAPLG00000013614) #18	HOXB7 (ENSAPLG00000013643) #19	HOXB6 (ENSAPLG00000013649) #20	HOXB5 (ENSAPLG00000013657) #21	HOXB4 (ENSAPLG00000013669) #22	HOXB3 (ENSAPLG00000018688) #23	HOXB2 (ENSAPLG00000022580) #24	HOXB1 (ENSAPLG00000018179) #25	SKAP1 (ENSAPLG00000007983) #26
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Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37	ENSGT00390000000603
Chicken	MODERN SPECIES	19	ABI3 (ENSGALG00010024497)	GNGT2 (ENSGALG00010024500)	IGF2BP1 (ENSGALG00010024697)	GIP (ENSGALG00010026239) #7	SNF8 (ENSGALG00010026298) #8	UBE2Z (ENSGALG00010026856) #9	ATP5MC1 (ENSGALG00010026305) #11	ENSGALG00010026334 #12	HOXB13 (ENSGALG00010026052) #14	HOXB9 (ENSGALG00010026782) #17	ENSGALG00010023374 #18	HOXB8 (ENSGALG00010021446) #18	HOXB7 (ENSGALG00010023381) #19	HOXB6 (ENSGALG00010023383) #20	HOXB5 (ENSGALG00010023394) #21	HOXB4 (ENSGALG00010023415) #22	HOXB3 (ENSGALG00010023428) #23	HOXB2 (ENSGALG00010023438) #24	HOXB1 (ENSGALG00010023454) #25	SKAP1 (ENSGALG00010021479) #26	SNX11 (ENSGALG00010021554) #27	CBX1 (ENSGALG00010021565) #28	NFE2L1 (ENSGALG00010021583) #29	CDK5RAP3 (ENSGALG00010023706) #31	PRR15L (ENSGALG00010023722) #32	PNPO (ENSGALG00010023726) #33	SP2 (ENSGALG00010023730) #34	SP6 (ENSGALG00010023742) #35	SCRN2 (ENSGALG00010023770) #36	LRRC46 (ENSGALG00010023784) #37	MRPL10 (ENSGALG00010023807)
Turkey	MODERN SPECIES	1082																ENSMGAG00000019670 #22
Japanese quail	MODERN SPECIES	19	PHOSPHO1 (ENSCJPG00005019352)	ABI3 (ENSCJPG00005019354)	GNGT2 (ENSCJPG00005019355)	IGF2BP1 (ENSCJPG00005019356)	GIP (ENSCJPG00005019357) #7	SNF8 (ENSCJPG00005019359) #8	UBE2Z (ENSCJPG00005019360) #9	ENSCJPG00005019361	ENSCJPG00005019362 #12	HOXB13 (ENSCJPG00005019363) #14	HOXB9 (ENSCJPG00005019365) #17	HOXB8 (ENSCJPG00005019366) #18	HOXB7 (ENSCJPG00005019367) #19	HOXB6 (ENSCJPG00005019368) #20	HOXB5 (ENSCJPG00005019369) #21	HOXB4 (ENSCJPG00005019371) #22	HOXB3 (ENSCJPG00005019372) #23	HOXB2 (ENSCJPG00005019373) #24	HOXB1 (ENSCJPG00005019374) #25	SKAP1 (ENSCJPG00005019375) #26	SNX11 (ENSCJPG00005019376) #27	CBX1 (ENSCJPG00005019377) #28	NFE2L1 (ENSCJPG00005019378) #29	CDK5RAP3 (ENSCJPG00005019379) #31	PRR15L (ENSCJPG00005019386) #32	SP2 (ENSCJPG00005019387) #34	SP6 (ENSCJPG00005019388) #35	SCRN2 (ENSCJPG00005019389) #36	LRRC46 (ENSCJPG00005019390) #37	MRPL10 (ENSCJPG00005019391)	TBX21 (ENSCJPG00005019401)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000007741.a	ENSGT00940000161380	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Golden eagle	MODERN SPECIES	24	PHOSPHO1 (ENSACCG00020006039)	ABI3 (ENSACCG00020006027)	GNGT2 (ENSACCG00020006019)	IGF2BP1 (ENSACCG00020006001)	GIP (ENSACCG00020005975) #7	SNF8 (ENSACCG00020005957) #8	UBE2Z (ENSACCG00020005940) #9	ENSACCG00020005924	CALCOCO2 (ENSACCG00020005903) #12	HOXB13 (ENSACCG00020005876) #14	HOXB9 (ENSACCG00020005856) #17	HOXB8 (ENSACCG00020005840) #18	HOXB7 (ENSACCG00020005829) #19	HOXB6 (ENSACCG00020005822) #20	HOXB5 (ENSACCG00020005810) #21	HOXB4 (ENSACCG00020005789) #22	HOXB3 (ENSACCG00020005780) #23	HOXB2 (ENSACCG00020005767) #24	HOXB1 (ENSACCG00020005760) #25	ENSACCG00020005744	SKAP1 (ENSACCG00020005684) #26	SNX11 (ENSACCG00020005654) #27	CBX1 (ENSACCG00020005635) #28	NFE2L1 (ENSACCG00020005624) #29	ENSACCG00020005600	CDK5RAP3 (ENSACCG00020005558) #31	PRR15L (ENSACCG00020005531) #32	PNPO (ENSACCG00020005520) #33	ENSACCG00020005504	SP2 (ENSACCG00020005484) #34	SCRN2 (ENSACCG00020005452) #36
African ostrich	MODERN SPECIES	625				PHB1 (ENSSCUG00000008422)	ZNF652 (ENSSCUG00000008426)	GNGT2 (ENSSCUG00000008427)	IGF2BP1 (ENSSCUG00000008429)	GIP (ENSSCUG00000008435) #7	SNF8 (ENSSCUG00000008438) #8	UBE2Z (ENSSCUG00000008440) #9	CALCOCO2 (ENSSCUG00000008444) #12	HOXB9 (ENSSCUG00000008450) #17	HOXB8 (ENSSCUG00000008451) #18	HOXB7 (ENSSCUG00000008454) #19	HOXB5 (ENSSCUG00000008457) #21	HOXB4 (ENSSCUG00000008461) #22	HOXB3 (ENSSCUG00000008463) #23	HOXB2 (ENSSCUG00000008465) #24	HOXB1 (ENSSCUG00000008466) #25	SKAP1 (ENSSCUG00000008467) #26	SNX11 (ENSSCUG00000008468) #27	CBX1 (ENSSCUG00000008469) #28	NFE2L1 (ENSSCUG00000008470) #29	ENSSCUG00000008471 #31	ENSSCUG00000008472 #31	PRR15L (ENSSCUG00000008473) #32	PNPO (ENSSCUG00000008474) #33	SP2 (ENSSCUG00000008476) #34
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	60	ABI3 (ENSCPRG00005007322)	IGF2BP1 (ENSCPRG00005007311)	GIP (ENSCPRG00005007298) #7	SNF8 (ENSCPRG00005007296) #8	UBE2Z (ENSCPRG00005007294) #9	ATP5MC1 (ENSCPRG00005007292) #11	ENSCPRG00005007273 #12	TTLL6 (ENSCPRG00005007263) #13	ENSCPRG00005007261	HOXB13 (ENSCPRG00005007259) #14	HOXB9 (ENSCPRG00005007240) #17	HOXB8 (ENSCPRG00005007236) #18	HOXB7 (ENSCPRG00005007234) #19	HOXB6 (ENSCPRG00005007226) #20	HOXB5 (ENSCPRG00005007222) #21	HOXB4 (ENSCPRG00005007218) #22	HOXB3 (ENSCPRG00005007217) #23	HOXB2 (ENSCPRG00005007216) #24	HOXB1 (ENSCPRG00005007211) #25	SKAP1 (ENSCPRG00005007201) #26	SNX11 (ENSCPRG00005007185) #27	CBX1 (ENSCPRG00005007181) #28	NFE2L1 (ENSCPRG00005007178) #29	COPZ2 (ENSCPRG00005007172) #30	CDK5RAP3 (ENSCPRG00005007163) #31	PRR15L (ENSCPRG00005007160) #32	PNPO (ENSCPRG00005007155) #33	ENSCPRG00005007151	SP2 (ENSCPRG00005007150) #34	SP6 (ENSCPRG00005007147) #35	SCRN2 (ENSCPRG00005007138) #36
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.c.a ##28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.c.a ##28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.c.a ##28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230.g #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.c.a ##28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.b #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165938	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230.g #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.c.a ##28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.b #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01100000263525.b.a	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT01100000263641.a	ENSGT00960000191601	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529.g #18	ENSGT00940000161230.g #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.c.a ##28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590.b #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00960000192469
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	49	ABI3 (ENSPTXG00000013874)	ENSPTXG00000013875	IGF2BP1 (ENSPTXG00000013878)	SNF8 (ENSPTXG00000013881) #8	UBE2Z (ENSPTXG00000013882) #9	ATP5MC1 (ENSPTXG00000013884) #11	ENSPTXG00000013886 #12	ENSPTXG00000013887	ENSPTXG00000013890	HOXB13 (ENSPTXG00000013892) #14	HOXB9 (ENSPTXG00000013894) #17	ENSPTXG00000013896 #18	ENSPTXG00000013897 #19	HOXB6 (ENSPTXG00000013898) #20	HOXB5 (ENSPTXG00000013900) #21	HOXB4 (ENSPTXG00000013902) #22	HOXB3 (ENSPTXG00000013904) #23	HOXB2 (ENSPTXG00000013905) #24	HOXB1 (ENSPTXG00000013906) #25	ENSPTXG00000013907	SKAP1 (ENSPTXG00000013908) #26	SNX11 (ENSPTXG00000013909) #27	ENSPTXG00000013911 ##28	NFE2L1 (ENSPTXG00000013912) #29	COPZ2 (ENSPTXG00000013913) #30	CDK5RAP3 (ENSPTXG00000013914) #31	PRR15L (ENSPTXG00000013915) #32	PNPO (ENSPTXG00000013916) #33	ENSPTXG00000013917 #34	SP6 (ENSPTXG00000013918) #35	SCRN2 (ENSPTXG00000013919) #36
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	29	ENSNSUG00000007425 #7	SNF8 (ENSNSUG00000007427) #8	UBE2Z (ENSNSUG00000007428) #9	ATP5MC1 (ENSNSUG00000007429) #11	ENSNSUG00000007431 #12	ENSNSUG00000007433	ENSNSUG00000007436	ENSNSUG00000007438	ENSNSUG00000007439 #13	HOXB13 (ENSNSUG00000007440) #14	HOXB9 (ENSNSUG00000007441) #17	ENSNSUG00000007442 #18	ENSNSUG00000007443 #19	HOXB6 (ENSNSUG00000007444) #20	HOXB5 (ENSNSUG00000007445) #21	HOXB4 (ENSNSUG00000007447) #22	HOXB3 (ENSNSUG00000007448) #23	HOXB2 (ENSNSUG00000007449) #24	HOXB1 (ENSNSUG00000007450) #25	SKAP1 (ENSNSUG00000007452) #26	SNX11 (ENSNSUG00000007454) #27	ENSNSUG00000007455 ##28	NFE2L1 (ENSNSUG00000007456) #29	COPZ2 (ENSNSUG00000007459) #30	CDK5RAP3 (ENSNSUG00000007503) #31	PRR15L (ENSNSUG00000007504) #32	PNPO (ENSNSUG00000007506) #33	ENSNSUG00000007509 #34	SP6 (ENSNSUG00000007513) #35	SCRN2 (ENSNSUG00000007517) #36	ENSNSUG00000007519
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	9907											HOXB9 (ENSLLTG00000013388) #17	HOXB8 (ENSLLTG00000013376) #18	HOXB7 (ENSLLTG00000013372) #19	HOXB6 (ENSLLTG00000013367) #20	HOXB5 (ENSLLTG00000013362) #21	HOXB4 (ENSLLTG00000013356) #22	HOXB3 (ENSLLTG00000013351) #23	HOXB2 (ENSLLTG00000013346) #24	HOXB1 (ENSLLTG00000013341) #25
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	GNGT2 (ENSNNAG00000009770)	B4GALNT2 (ENSNNAG00000009682)	IGF2BP1 (ENSNNAG00000009591)	SNF8 (ENSNNAG00000009568) #8	UBE2Z (ENSNNAG00000009539) #9	ATP5MC1 (ENSNNAG00000009523) #11	ENSNNAG00000009498 #12	ENSNNAG00000009486	ENSNNAG00000009471	HOXB13 (ENSNNAG00000009423) #14	HOXB9 (ENSNNAG00000009384) #17	HOXB8 (ENSNNAG00000009361) #18	HOXB7 (ENSNNAG00000009344) #19	HOXB6 (ENSNNAG00000009328) #20	HOXB5 (ENSNNAG00000009308) #21	HOXB4 (ENSNNAG00000009277) #22	HOXB3 (ENSNNAG00000009256) #23	HOXB2 (ENSNNAG00000009232) #24	HOXB1 (ENSNNAG00000009145) #25	SNX11 (ENSNNAG00000009074) #27	ENSNNAG00000009045 ##28	NFE2L1 (ENSNNAG00000009022) #29	COPZ2 (ENSNNAG00000008924) #30	CDK5RAP3 (ENSNNAG00000008878) #31	PRR15L (ENSNNAG00000008859) #32	PNPO (ENSNNAG00000008837) #33	ENSNNAG00000008826 #34	SP6 (ENSNNAG00000008820) #35	SCRN2 (ENSNNAG00000008774) #36	ENSNNAG00000008753	MRPL10 (ENSNNAG00000008730)
Lizard	MODERN SPECIES	5	ENSACAG00000006165	IGF2BP1 (ENSACAG00000006199)	ENSACAG00000006291 #7	SNF8 (ENSACAG00000036858) #8	UBE2Z (ENSACAG00000006311) #9	ENSACAG00000042101	ATP5MC1 (ENSACAG00000035288) #11	ENSACAG00000006352 #12	ENSACAG00000035828	TTLL6 (ENSACAG00000006363) #13	HOXB9 (ENSACAG00000040887) #17	HOXB8 (ENSACAG00000036553) #18	HOXB7 (ENSACAG00000041279) #19	HOXB6 (ENSACAG00000034900) #20	HOXB5 (ENSACAG00000042998) #21	HOXB4 (ENSACAG00000006499) #22	HOXB3 (ENSACAG00000006508) #23	HOXB2 (ENSACAG00000006521) #24	HOXB1 (ENSACAG00000035547) #25	ENSACAG00000041448	ENSACAG00000034966	SKAP1 (ENSACAG00000006534) #26	SNX11 (ENSACAG00000006556) #27	ENSACAG00000006594 ##28	NFE2L1 (ENSACAG00000006615) #29	COPZ2 (ENSACAG00000006651) #30	CDK5RAP3 (ENSACAG00000006686) #31	PRR15L (ENSACAG00000006762) #32	PNPO (ENSACAG00000006764) #33	SP2 (ENSACAG00000006793) #34	SP6 (ENSACAG00000006831) #35
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000006679.b	ENSGT00940000160427	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843.cb #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000154298.a.b #11	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165938.a	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.c.a ##28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Common wall lizard	MODERN SPECIES	4	IGF2BP1 (ENSPMRG00000013095)	ENSPMRG00000013106 #7	SNF8 (ENSPMRG00000013111) #8	UBE2Z (ENSPMRG00000013116) #9	ENSPMRG00000013122 #11	ENSPMRG00000013127 #12	ENSPMRG00000013134	ENSPMRG00000013136	ENSPMRG00000013141	TTLL6 (ENSPMRG00000013146) #13	HOXB9 (ENSPMRG00000013158) #17	HOXB8 (ENSPMRG00000013160) #18	HOXB7 (ENSPMRG00000013164) #19	HOXB6 (ENSPMRG00000013165) #20	HOXB5 (ENSPMRG00000013170) #21	HOXB4 (ENSPMRG00000013173) #22	HOXB3 (ENSPMRG00000013178) #23	HOXB2 (ENSPMRG00000013183) #24	HOXB1 (ENSPMRG00000013189) #25	ENSPMRG00000013192	CBX1 (ENSPMRG00000013202) ##28	SNX11 (ENSPMRG00000013221) #27	NFE2L1 (ENSPMRG00000013246) #29	ENSPMRG00000013258	COPZ2 (ENSPMRG00000013275) #30	CDK5RAP3 (ENSPMRG00000013294) #31	PNPO (ENSPMRG00000013310) #33	ENSPMRG00000013316	SP2 (ENSPMRG00000013320) #34	SP6 (ENSPMRG00000013329) #35	SCRN2 (ENSPMRG00000013336) #36
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	32	B4GALNT2 (ENSSMRG00000021814)	IGF2BP1 (ENSSMRG00000021826)	SNF8 (ENSSMRG00000021827) #8	UBE2Z (ENSSMRG00000021828) #9	ENSSMRG00000021829	CALCOCO2 (ENSSMRG00000021830) #12	ENSSMRG00000021831	ENSSMRG00000021832	ENSSMRG00000021833 #13	HOXB13 (ENSSMRG00000021834) #14	HOXB9 (ENSSMRG00000021835) #17	HOXB8 (ENSSMRG00000021836) #18	HOXB7 (ENSSMRG00000021837) #19	HOXB6 (ENSSMRG00000021838) #20	HOXB5 (ENSSMRG00000021839) #21	HOXB4 (ENSSMRG00000021841) #22	HOXB3 (ENSSMRG00000021842) #23	HOXB2 (ENSSMRG00000021844) #24	HOXB1 (ENSSMRG00000021845) #25	SKAP1 (ENSSMRG00000021847) #26	SNX11 (ENSSMRG00000021848) #27	CBX1 (ENSSMRG00000021849) ##28	NFE2L1 (ENSSMRG00000021850) #29	COPZ2 (ENSSMRG00000021851) #30	CDK5RAP3 (ENSSMRG00000021852) #31	PRR15L (ENSSMRG00000021853) #32	PNPO (ENSSMRG00000021854) #33	ENSSMRG00000021855	SP2 (ENSSMRG00000021856) #34	SP6 (ENSSMRG00000021857) #35	SCRN2 (ENSSMRG00000021858) #36
tuatara	MODERN SPECIES	1118	ENSSPUG00000006866	GNGT2 (ENSSPUG00000006845)	ENSSPUG00000006744	ENSSPUG00000006590	IGF2BP1 (ENSSPUG00000006526)	ENSSPUG00000006512 #8	ENSSPUG00000006503	UBE2Z (ENSSPUG00000006500) #9	ENSSPUG00000006493	ENSSPUG00000006484 #12	TTLL6 (ENSSPUG00000006396) #13	HOXB9 (ENSSPUG00000006346) #17	HOXB8 (ENSSPUG00000006333) #18	HOXB7 (ENSSPUG00000006323) #19	HOXB6 (ENSSPUG00000006308) #20	HOXB4 (ENSSPUG00000006280) #22	HOXB3 (ENSSPUG00000006266) #23	FLRT1 (ENSSPUG00000006188)	MACROD1 (ENSSPUG00000006177)	STIP1 (ENSSPUG00000006129)	FERMT3 (ENSSPUG00000005869)	NUDT22 (ENSSPUG00000005809)	DNAJC4 (ENSSPUG00000005787)	FKBP2 (ENSSPUG00000005764)	PPP1R14B (ENSSPUG00000005736)	PLCB3 (ENSSPUG00000005615)	ENSSPUG00000005596	ENSSPUG00000005590	ENSSPUG00000005575	GPR137 (ENSSPUG00000005567)	KCNK4 (ENSSPUG00000005547)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160096	ENSGT00940000159787	ENSGT00940000157106	ENSGT01090000260040.b.a.b	ENSGT00940000158934	ENSGT00940000160902	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152 #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.a #32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00640000092844	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36
Frog	MODERN SPECIES	1	kcns1 (ENSXETG00000027345)	stk4 (ENSXETG00000022832)	pabpc1l (ENSXETG00000022831)	ywhab (ENSXETG00000022830)	rims4 (ENSXETG00000044345)	ENSXETG00000034484	kcnk15 (ENSXETG00000038181)	gip (ENSXETG00000031431) #7	snf8 (ENSXETG00000022819) #8	ube2z (ENSXETG00000043685) #9	calcoco2 (ENSXETG00000022806) #12	hoxb9 (ENSXETG00000043711) #17	hoxb8 (ENSXETG00000021993) #18	hoxb6 (ENSXETG00000021987) #20	hoxb5 (ENSXETG00000021978) #21	hoxb4 (ENSXETG00000021973) #22	hoxb3 (ENSXETG00000021967) #23	hoxb2 (ENSXETG00000027353) #24	hoxb1 (ENSXETG00000049208) #25	skap1 (ENSXETG00000027357) #26	snx11 (ENSXETG00000038807) #27	cbx1 (ENSXETG00000021962) #28	nfe2l1 (ENSXETG00000021958) #29	copz2 (ENSXETG00000021957) #30	prr15l (ENSXETG00000032726) #32	cdk5rap3 (ENSXETG00000027359) #31	XB5788060 [provisional] (ENSXETG00000027360)	sp2 (ENSXETG00000021952) #34	ENSXETG00000043506	sp6 (ENSXETG00000048156) #35	scrn2 (ENSXETG00000021947) #36
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000177404	ENSGT00390000005121 #7	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165637	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152 #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##29	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.b.b ##32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000156314	ENSGT00940000160776
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	128	ENSGT00940000155246	ENSGT00550000074898	ENSGT00940000157439	ENSGT00940000172406	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165637	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152 #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##29	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.b.b ##32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00390000000603
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000165637	ENSGT00940000161434 #13	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000158354.c #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000154152.a #28	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00750000118756.a	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.b.b ##32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439.b	ENSGT00940000166447	ENSGT00940000153704.B.c	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.a
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	116	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000175578	ENSGT00940000160279	ENSGT00940000156314.a	ENSGT00550000074898	ENSGT00940000165499.a
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	142	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	265													ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	250	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #9	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #17	ENSGT00940000161529.w.b #18	ENSGT00940000161230.c #19	ENSGT00940000161108.e.b #20	ENSGT00940000158354.d.f #21	ENSGT00940000162072.a #22	ENSGT00940000159774.c.b #23	ENSGT00940000155029.c.b.d #24	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29	ENSGT00390000004405.b.d.b.b #30	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30	ENSGT00940000154534.b.a.i ##32	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b
Huchen	MODERN SPECIES	297	msl1a (ENSHHUG00000012945)	nr1d1 (ENSHHUG00000012933)	ENSHHUG00000012921	igf2bp1 (ENSHHUG00000011829)	ube2z (ENSHHUG00000011784) #9	ENSHHUG00000011692 ##11	ENSHHUG00000011684 #13	eve1 (ENSHHUG00000011682)	hoxb13a (ENSHHUG00000011649) #14	hoxb10a (ENSHHUG00000011647)	hoxb9a (ENSHHUG00000011642) #17	hoxb8a (ENSHHUG00000011631) #18	hoxb7a (ENSHHUG00000011624) #19	hoxb6a (ENSHHUG00000011606) #20	hoxb5a (ENSHHUG00000011602) #21	hoxb4a (ENSHHUG00000011590) #22	hoxb3a (ENSHHUG00000011566) #23	hoxb2a (ENSHHUG00000011514) #24	hoxb1a (ENSHHUG00000011502)	cbx1a (ENSHHUG00000011492) #28	nfe2l1a (ENSHHUG00000011485) ##29	copz2 (ENSHHUG00000011449) #30	ENSHHUG00000011447	prr15la (ENSHHUG00000011422) ##32	ENSHHUG00000011279	TBKBP1 (ENSHHUG00000011258)	pdk2b (ENSHHUG00000011222)	nags (ENSHHUG00000011200)	ENSHHUG00000011194	col1a1a (ENSHHUG00000011137)	PPP1R9B (ENSHHUG00000011053)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #9	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #17	ENSGT00940000161529.w.b #18	ENSGT00940000161230.c #19	ENSGT00940000161108.e.b #20	ENSGT00940000158354.d.f #21	ENSGT00940000162072.a #22	ENSGT00940000159774.c.b #23	ENSGT00940000155029.c.b.d #24	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30	ENSGT00940000154534.b.a.i ##32	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000160144.f	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #9	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #14	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.d #17	ENSGT00940000161529.w.b #18	ENSGT00940000161230.c #19	ENSGT00940000161108.e.b #20	ENSGT00940000162072.a #22	ENSGT00940000159774.c.b #23	ENSGT00940000155029.c.b.d #24	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29	ENSGT00390000004405.b.d.a #30	ENSGT00940000154534.b.a.i ##32	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT00940000153704.B.d.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d
River trout	MODERN SPECIES		casc3 (ENSSTUG00000000847)	msl1a (ENSSTUG00000000839)	nr1d1 (ENSSTUG00000000832)	ENSSTUG00000000829	ENSSTUG00000000822	igf2bp1 (ENSSTUG00000000765)	ube2z (ENSSTUG00000000705) #9	atp5mc1 (ENSSTUG00000000702)	eve1 (ENSSTUG00000000697)	hoxb13a (ENSSTUG00000000696) #14	ENSSTUG00000000695	hoxb9a (ENSSTUG00000000690) #17	hoxb8a (ENSSTUG00000000686) #18	hoxb7a (ENSSTUG00000000685) #19	hoxb6a (ENSSTUG00000000682) #20	hoxb4a (ENSSTUG00000000676) #22	hoxb3a (ENSSTUG00000000672) #23	hoxb2a (ENSSTUG00000000670) #24	hoxb1a (ENSSTUG00000000668)	cbx1a (ENSSTUG00000000662) #28	nfe2l1a (ENSSTUG00000000656) ##29	copz2 (ENSSTUG00000000592) #30	ENSSTUG00000000582	prr15la (ENSSTUG00000000579) ##32	ENSSTUG00000000562	TBKBP1 (ENSSTUG00000000547)	pdk2b (ENSSTUG00000000275)	nags (ENSSTUG00000000237)	ENSSTUG00000013948	ENSSTUG00000013943	col1a1a (ENSSTUG00000013912)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	25	RAPGEFL1 (ENSSSAG00000007891)	casc3 (ENSSSAG00000003140)	msl1a (ENSSSAG00000003145)	nr1d1 (ENSSSAG00000003153)	ENSSSAG00000003161	igf2bp1 (ENSSSAG00000003448)	ube2z (ENSSSAG00000005933) #9	atp5mc1 (ENSSSAG00000005941)	eve1 (ENSSSAG00000005948)	hoxb13ab (ENSSSAG00000005954) #14	ENSSSAG00000005961	hoxb9ab (ENSSSAG00000004490) #17	hoxb8ab (ENSSSAG00000005971) #18	hoxb7ab (ENSSSAG00000005981) #19	hoxb6ab (ENSSSAG00000005990) #20	hoxb4ab (ENSSSAG00000005995) #22	hoxb3a (ENSSSAG00000090720) #23	hoxb1ab (ENSSSAG00000006062)	cbx1a (ENSSSAG00000004291) #28	nfe2l1a (ENSSSAG00000006129) ##29	copz2 (ENSSSAG00000004196) #30	prr15la (ENSSSAG00000109223) ##32	ENSSSAG00000006340	ENSSSAG00000006408	ENSSSAG00000006444	nags (ENSSSAG00000006619)	ENSSSAG00000003876	ENSSSAG00000006663	col1a1a (ENSSSAG00000006686)	ENSSSAG00000003643	ENSSSAG00000109332
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #9	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #17	ENSGT00940000161529.w.b #18	ENSGT00940000161230.c #19	ENSGT00940000161108.e.b #20	ENSGT00940000158354.d.f #21	ENSGT00940000162072.a #22	ENSGT00940000159774.c.b #23	ENSGT00940000155029.c.b.d #24	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30	ENSGT00940000154534.b.a.i ##32	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d	ENSGT00390000017328.a.a.k
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00390000006930.d	ENSGT00390000018292.d.d.b	ENSGT00940000160548.a	ENSGT00990000204190.a	ENSGT00940000154957.A.d	ENSGT00940000159091.b #9	ENSGT00940000157981.a.b.f	ENSGT00940000167564.b	ENSGT00940000159029.d #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386.d #17	ENSGT00940000161529.w.b #18	ENSGT00940000161230.c #19	ENSGT00940000161108.e.b #20	ENSGT00940000158354.d.f #21	ENSGT00940000162072.a #22	ENSGT00940000159774.c.b #23	ENSGT00940000155029.c.b.d #24	ENSGT00940000166856.k	ENSGT00940000154152.b.a.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.c ##29	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.a #30	ENSGT00940000154534.b.a.i ##32	ENSGT00940000157439.a.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.f	ENSGT00390000005602	ENSGT00390000006679.b.k	ENSGT01100000263525.b.a.k	ENSGT00940000156584.e.b.d.b	ENSGT00940000158833.a.a.d	ENSGT00390000017328.a.a.k
Chinook salmon	MODERN SPECIES	19	casc3 (ENSOTSG00005016332)	msl1a (ENSOTSG00005016331)	nr1d1 (ENSOTSG00005016330)	ENSOTSG00005016329	igf2bp1 (ENSOTSG00005015631)	ube2z (ENSOTSG00005015622) #9	atp5mc1 (ENSOTSG00005015620)	eve1 (ENSOTSG00005015618)	hoxb13a (ENSOTSG00005015615) #14	ENSOTSG00005015589	hoxb9a (ENSOTSG00005015587) #17	hoxb8a (ENSOTSG00005015581) #18	hoxb7a (ENSOTSG00005015578) #19	hoxb6a (ENSOTSG00005015571) #20	hoxb5a (ENSOTSG00005039828) #21	hoxb4a (ENSOTSG00005039826) #22	hoxb3a (ENSOTSG00005039825) #23	hoxb2a (ENSOTSG00005039823) #24	hoxb1a (ENSOTSG00005039822)	cbx1a (ENSOTSG00005039820) #28	nfe2l1a (ENSOTSG00005039819) ##29	copz2 (ENSOTSG00005039812) #30	prr15la (ENSOTSG00005039810) ##32	ENSOTSG00005039805	pdk2b (ENSOTSG00005038384)	nags (ENSOTSG00005038371)	ENSOTSG00005038368	ENSOTSG00005038366	col1a1a (ENSOTSG00005038360)	PPP1R9B (ENSOTSG00005038348)	ENSOTSG00005038347
Coho salmon	MODERN SPECIES	1	casc3 (ENSOKIG00005009626)	msl1a (ENSOKIG00005009623)	nr1d1 (ENSOKIG00005009612)	ENSOKIG00005009603	igf2bp1 (ENSOKIG00005009099)	ube2z (ENSOKIG00005009047) #9	atp5mc1 (ENSOKIG00005009030)	eve1 (ENSOKIG00005009021)	hoxb13a (ENSOKIG00005009014) #14	ENSOKIG00005009013	hoxb9a (ENSOKIG00005009004) #17	hoxb8a (ENSOKIG00005008994) #18	hoxb7a (ENSOKIG00005008982) #19	hoxb6a (ENSOKIG00005008972) #20	hoxb5a (ENSOKIG00005008959) #21	hoxb4a (ENSOKIG00005008942) #22	hoxb3a (ENSOKIG00005008933) #23	hoxb2a (ENSOKIG00005008923) #24	hoxb1a (ENSOKIG00005008918)	cbx1a (ENSOKIG00005008868) #28	nfe2l1a (ENSOKIG00005008857) ##29	copz2 (ENSOKIG00005008689) #30	prr15la (ENSOKIG00005008658) ##32	ENSOKIG00005008464	PDK2 (ENSOKIG00005008185)	nags (ENSOKIG00005008137)	ENSOKIG00005008125	ENSOKIG00005008117	col1a1a (ENSOKIG00005007949)	PPP1R9B (ENSOKIG00005007824)	ENSOKIG00005007804
Rainbow trout	MODERN SPECIES	4	msl1a (ENSOMYG00000005976)	nr1d1 (ENSOMYG00000005936)	ENSOMYG00000005889	igf2bp1 (ENSOMYG00000004905)	ube2z (ENSOMYG00000003985) #9	atp5mc1 (ENSOMYG00000003918)	ENSOMYG00000077801	eve1 (ENSOMYG00000003885)	hoxb13a (ENSOMYG00000003865) #14	hoxb10a (ENSOMYG00000003832)	hoxb9a (ENSOMYG00000003826) #17	hoxb8a (ENSOMYG00000003809) #18	hoxb7a (ENSOMYG00000003792) #19	hoxb6a (ENSOMYG00000003769) #20	hoxb5a (ENSOMYG00000003711) #21	hoxb4a (ENSOMYG00000003730) #22	HOXB3 (ENSOMYG00000003686) #23	hoxb2a (ENSOMYG00000003669) #24	hoxb1a (ENSOMYG00000003653)	cbx1a (ENSOMYG00000003629) #28	nfe2l1a (ENSOMYG00000003587) ##29	copz2 (ENSOMYG00000003419) #30	prr15la (ENSOMYG00000041419) ##32	ENSOMYG00000077846	ENSOMYG00000041335	ENSOMYG00000041374	nags (ENSOMYG00000041323)	ENSOMYG00000041320	ENSOMYG00000048632	col1a1a (ENSOMYG00000041314)	ENSOMYG00000041182
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	703								ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #14	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #17	ENSGT00940000161529.w.a #18	ENSGT00940000161230.d #19	ENSGT00940000161108.e.a #20	ENSGT00940000158354.d.e #21	ENSGT00940000162072.b #22	ENSGT00940000159774.c.a #23	ENSGT00940000155029.c.b.c #24	ENSGT00940000166856.l
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.c.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #9	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #14	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #17	ENSGT00940000161529.w.a #18	ENSGT00940000161230.d #19	ENSGT00940000161108.e.a #20	ENSGT00940000158354.d.e #21	ENSGT00940000162072.b #22	ENSGT00940000159774.c.a #23	ENSGT00940000155029.c.b.c #24	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29	ENSGT00390000004405.b.c #30	ENSGT00940000154534.b.a.j ##32	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.c.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #9	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #14	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #17	ENSGT00940000161529.w.a #18	ENSGT00940000161230.d #19	ENSGT00940000161108.e.a #20	ENSGT00940000158354.d.e #21	ENSGT00940000162072.b #22	ENSGT00940000159774.c.a #23	ENSGT00940000155029.c.b.c #24	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29	ENSGT00390000004405.b.c #30	ENSGT00940000154534.b.a.j ##32	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	3	casc3 (ENSOMYG00000024470)	msl1a (ENSOMYG00000024449)	nr1d1 (ENSOMYG00000024434)	ENSOMYG00000024411	igf2bp1 (ENSOMYG00000021828)	ube2z (ENSOMYG00000021520) #9	atp5mc1 (ENSOMYG00000021454)	eve1 (ENSOMYG00000073254)	hoxb13a (ENSOMYG00000021419) #14	ENSOMYG00000021407	hoxb9a (ENSOMYG00000021396) #17	hoxb8a (ENSOMYG00000055816) #18	hoxb7a (ENSOMYG00000021367) #19	hoxb6a (ENSOMYG00000021357) #20	hoxb5a (ENSOMYG00000021351) #21	hoxb4a (ENSOMYG00000021348) #22	HOXB3 (ENSOMYG00000021314) #23	hoxb2a (ENSOMYG00000021339) #24	hoxb1a (ENSOMYG00000021300)	cbx1a (ENSOMYG00000021278) #28	nfe2l1a (ENSOMYG00000021257) ##29	copz2 (ENSOMYG00000021226) #30	prr15la (ENSOMYG00000021184) ##32	ENSOMYG00000059908	ENSOMYG00000021165	ENSOMYG00000077184	ENSOMYG00000021069	ENSOMYG00000052424	ENSOMYG00000055738	ENSOMYG00000021024	ENSOMYG00000055072
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000160144.e	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.d.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #9	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #14	ENSGT00940000158266.g.b	ENSGT00940000161386.c #17	ENSGT00940000161529.w.a #18	ENSGT00940000161230.d #19	ENSGT00940000158354.d.e #21	ENSGT00940000162072.b #22	ENSGT00940000159774.c.a #23	ENSGT00940000155029.c.b.c #24	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29	ENSGT00390000004405.b.d.b.a.b #30	ENSGT00940000154534.b.a.j ##32	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.a.a	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	26	casc3 (ENSOKIG00005005416)	msl1a (ENSOKIG00005005399)	nr1d1 (ENSOKIG00005005390)	ENSOKIG00005005377	igf2bp1 (ENSOKIG00005003295)	ube2z (ENSOKIG00005003129) #9	atp5mc1 (ENSOKIG00005003106)	eve1 (ENSOKIG00005003093)	ENSOKIG00005003088	hoxb13a (ENSOKIG00005003079) #14	ENSOKIG00005003074	hoxb9a (ENSOKIG00005003066) #17	hoxb8a (ENSOKIG00005003059) #18	hoxb7a (ENSOKIG00005003049) #19	hoxb5a (ENSOKIG00005003039) #21	hoxb4a (ENSOKIG00005003033) #22	HOXB3 (ENSOKIG00005003027) #23	hoxb2a (ENSOKIG00005003020) #24	hoxb1a (ENSOKIG00005003017)	cbx1a (ENSOKIG00005002994) #28	ENSOKIG00005002979	nfe2l1a (ENSOKIG00005002972) ##29	copz2 (ENSOKIG00005002937) #30	prr15la (ENSOKIG00005002918) ##32	ENSOKIG00005002828	pdk2b (ENSOKIG00005002702)	ENSOKIG00005002598	ENSOKIG00005002573	col1a1a (ENSOKIG00005002517)	PPP1R9B (ENSOKIG00005002344)	ENSOKIG00005002309
Chinook salmon	MODERN SPECIES	33	RAPGEFL1 (ENSOTSG00005011836)	casc3 (ENSOTSG00005011832)	msl1a (ENSOTSG00005011828)	nr1d1 (ENSOTSG00005011824)	ENSOTSG00005011821	igf2bp1 (ENSOTSG00005011396)	ube2z (ENSOTSG00005011388) #9	atp5mc1 (ENSOTSG00005011385)	hoxb13a (ENSOTSG00005011383) #14	eve1 (ENSOTSG00005011380)	ENSOTSG00005011376	hoxb9a (ENSOTSG00005011373) #17	hoxb8a (ENSOTSG00005011370) #18	hoxb7a (ENSOTSG00005011367) #19	hoxb5a (ENSOTSG00005011366) #21	hoxb4a (ENSOTSG00005011363) #22	hoxb2a (ENSOTSG00005011362) #24	hoxb1a (ENSOTSG00005011361)	cbx1a (ENSOTSG00005011360) #28	nfe2l1a (ENSOTSG00005011359) ##29	copz2 (ENSOTSG00005011352) #30	prr15la (ENSOTSG00005011351) ##32	OSBPL7 (ENSOTSG00005011327)	ENSOTSG00005011317	pdk2b (ENSOTSG00005011186)	ENSOTSG00005011183	ENSOTSG00005011182	col1a1a (ENSOTSG00005010996)	PPP1R9B (ENSOTSG00005010989)	ENSOTSG00005010987	psmd3 (ENSOTSG00005010966)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00390000006930.c	ENSGT00390000018292.d.d.a	ENSGT00940000160548.b	ENSGT00990000204190.b	ENSGT00940000154957.A.c	ENSGT00940000159091.a #9	ENSGT00940000157981.a.b.e	ENSGT00940000167564.a	ENSGT00940000159029.c #14	ENSGT00940000158266.g.a	ENSGT00940000161386.c #17	ENSGT00940000161529.w.a #18	ENSGT00940000161230.d #19	ENSGT00940000161108.e.a #20	ENSGT00940000158354.d.e #21	ENSGT00940000162072.b #22	ENSGT00940000159774.c.a #23	ENSGT00940000155029.c.b.c #24	ENSGT00940000166856.l	ENSGT00940000154152.b.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.d ##29	ENSGT00390000004405.b.c #30	ENSGT00940000154534.b.a.j ##32	ENSGT00940000157439.a.c	ENSGT00940000153704.B.d.b.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b.e	ENSGT00390000006679.b.l	ENSGT01100000263525.b.a.l	ENSGT00940000156584.e.b.d.a	ENSGT00940000158833.a.a.c	ENSGT00940000175578.a.a
River trout	MODERN SPECIES	25	casc3 (ENSSTUG00000044361)	msl1a (ENSSTUG00000044348)	nr1d1 (ENSSTUG00000044343)	ENSSTUG00000044314	igf2bp1 (ENSSTUG00000044083)	ube2z (ENSSTUG00000044068) #9	atp5mc1 (ENSSTUG00000044047)	eve1 (ENSSTUG00000044042)	hoxb13a (ENSSTUG00000044039) #14	ENSSTUG00000044034	hoxb9a (ENSSTUG00000044028) #17	hoxb8a (ENSSTUG00000044019) #18	hoxb7a (ENSSTUG00000044016) #19	hoxb6a (ENSSTUG00000044003) #20	hoxb5a (ENSSTUG00000043999) #21	hoxb4a (ENSSTUG00000043991) #22	hoxb3a (ENSSTUG00000043976) #23	hoxb2a (ENSSTUG00000043971) #24	hoxb1a (ENSSTUG00000043969)	cbx1a (ENSSTUG00000043925) #28	nfe2l1a (ENSSTUG00000043916) ##29	copz2 (ENSSTUG00000043854) #30	ENSSTUG00000043849	prr15la (ENSSTUG00000043845) ##32	OSBPL7 (ENSSTUG00000043790)	pdk2b (ENSSTUG00000043683)	nags (ENSSTUG00000043665)	ENSSTUG00000043649	ENSSTUG00000043642	col1a1a (ENSSTUG00000043409)	PPP1R9B (ENSSTUG00000042964)
Huchen	MODERN SPECIES	894									eve1 (ENSHHUG00000029891)	hoxb13a (ENSHHUG00000029885) #14	ENSHHUG00000029882	hoxb9a (ENSHHUG00000029874) #17	hoxb8a (ENSHHUG00000029869) #18	hoxb7a (ENSHHUG00000029868) #19	hoxb6a (ENSHHUG00000029857) #20	hoxb4a (ENSHHUG00000029850) #22	hoxb3a (ENSHHUG00000029848) #23	hoxb2a (ENSHHUG00000029798) #24	hoxb1a (ENSHHUG00000029792)	cbx1a (ENSHHUG00000029724) #28	nfe2l1a (ENSHHUG00000029715) ##29	copz2 (ENSHHUG00000029680) #30
Northern pike	MODERN SPECIES	10	RAPGEFL1 (ENSELUG00000015161)	casc3 (ENSELUG00000015093)	msl1a (ENSELUG00000015070)	nr1d1 (ENSELUG00000015028)	igf2bp1 (ENSELUG00000014974)	ube2z (ENSELUG00000014930) #9	atp5mc1 (ENSELUG00000014903)	eve1 (ENSELUG00000014847)	hoxb13a (ENSELUG00000001314) #14	ENSELUG00000014819	hoxb9a (ENSELUG00000014813) #17	hoxb8a (ENSELUG00000014798) #18	hoxb7 (ENSELUG00000014783) #19	hoxb6a (ENSELUG00000034343) #20	hoxb5a (ENSELUG00000033971) #21	hoxb4a (ENSELUG00000034353) #22	hoxb3a (ENSELUG00000014755) #23	hoxb2a (ENSELUG00000014718) #24	hoxb1a (ENSELUG00000033826)	cbx1a (ENSELUG00000014706) #28	nfe2l1a (ENSELUG00000014683) ##29	copz2 (ENSELUG00000014620) #30	prr15la (ENSELUG00000014511) ##32	ENSELUG00000014464	TBKBP1 (ENSELUG00000014401)	pdk2b (ENSELUG00000014339)	nags (ENSELUG00000014289)	ENSELUG00000014268	ENSELUG00000014247	col1a1a (ENSELUG00000014218)	PPP1R9B (ENSELUG00000014166)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	180		ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	98		ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	507	ENSHCOG00000008523	aoc2 (ENSHCOG00000008509)	ENSHCOG00000008504	ENSHCOG00000008498	kcnc3a (ENSHCOG00000008490)	pdk2b (ENSHCOG00000008469)	ENSHCOG00000008443	ENSHCOG00000008433	ube2z (ENSHCOG00000008393) #9	atp5mc1 (ENSHCOG00000008380)	hoxb13a (ENSHCOG00000008373) #14	hoxb9a (ENSHCOG00000008300) #17	hoxb8a (ENSHCOG00000008293) #18	ENSHCOG00000008289	HOXB5 (ENSHCOG00000008284) #21	hoxb4a (ENSHCOG00000008282) #22	hoxb3a (ENSHCOG00000008278) #23	hoxb2a (ENSHCOG00000008273) #24	hoxb1a (ENSHCOG00000008252)	ENSHCOG00000008185 #28	copz2 (ENSHCOG00000008155) #30	ENSHCOG00000008135
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Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00940000160685	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00910000147748
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000155311.A.a	ENSGT00940000164625.o.a	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000177154	ENSGT00950000183207.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00910000147748	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
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Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000167194	ENSGT00940000160972	ENSGT00940000158268.b	ENSGT00440000037417.B.a	ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a	ENSGT00390000014595.a.b	ENSGT00950000183207.b.ab	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182838.A.a.a	ENSGT00940000167194	ENSGT00940000160972	ENSGT00940000158268.b	ENSGT00440000037417.B.a	ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a	ENSGT00950000183207.b.ab	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000182838.A.a.a	ENSGT00940000167194	ENSGT00940000160972	ENSGT00940000158268.b	ENSGT00440000037417.B.a	ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a	ENSGT00950000183207.b.ab	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	456														ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856
Sailfin molly	MODERN SPECIES	794														ENSPLAG00000016792	HOXB5 (ENSPLAG00000016784) #21	hoxb4a (ENSPLAG00000016769) #22	hoxb3a (ENSPLAG00000016765) #23	hoxb2a (ENSPLAG00000016752) #24	hoxb1a (ENSPLAG00000016712)
Amazon molly	MODERN SPECIES	702									ENSPFOG00000001315	ripor1 (ENSPFOG00000001483)	ctcf (ENSPFOG00000001733)	ENSPFOG00000024294	ENSPFOG00000023634	ENSPFOG00000001956	HOXB5 (ENSPFOG00000023493) #21	hoxb4a (ENSPFOG00000001992) #22	hoxb3a (ENSPFOG00000002004) #23	hoxb2a (ENSPFOG00000002017) #24	hoxb1a (ENSPFOG00000002038)	ENSPFOG00000002060
Guppy	MODERN SPECIES	460	prrg2 (ENSPREG00000006381)	ENSPREG00000006415	ENSPREG00000006456	ENSPREG00000006467	ENSPREG00000006487	aoc2 (ENSPREG00000006533)	kcnc3a (ENSPREG00000006583)	ube2z (ENSPREG00000006600) #9	eve1 (ENSPREG00000006631)	hoxb13a (ENSPREG00000006660) #14	hoxb9a (ENSPREG00000006716) #17	ENSPREG00000006728	hoxb8a (ENSPREG00000006767) #18	ENSPREG00000006777	HOXB5 (ENSPREG00000006787) #21	hoxb4a (ENSPREG00000006796) #22	hoxb3a (ENSPREG00000006806) #23	hoxb2a (ENSPREG00000006819) #24	hoxb1a (ENSPREG00000006830)	CBX1 (ENSPREG00000006880) #28	ENSPREG00000006898 ##29	praf2 (ENSPREG00000006928)	copz2 (ENSPREG00000006966) #30	igf2bp1 (ENSPREG00000007009)	rab11fip4a (ENSPREG00000007093)	scpep1 (ENSPREG00000007119)	ENSPREG00000007173	engase (ENSPREG00000007188)	csnk1db (ENSPREG00000007219)	slc16a3b (ENSPREG00000007241)	dus1l (ENSPREG00000007263)
Platyfish	MODERN SPECIES	7	prmt1 (ENSXMAG00000010853)	AP2A1 (ENSXMAG00000002745)	rras (ENSXMAG00000025428)	prrg2 (ENSXMAG00000002785)	PRR12 (ENSXMAG00000027073)	ENSXMAG00000021756	aoc2 (ENSXMAG00000002813)	kcnc3a (ENSXMAG00000002823)	ube2z (ENSXMAG00000002829) #9	eve1 (ENSXMAG00000002833)	hoxb13a (ENSXMAG00000002835) #14	hoxb9a (ENSXMAG00000002838) #17	hoxb8a (ENSXMAG00000027358) #18	ENSXMAG00000002841	HOXB5 (ENSXMAG00000023952) #21	hoxb4a (ENSXMAG00000023849) #22	hoxb3a (ENSXMAG00000022738) #23	hoxb2a (ENSXMAG00000030079) #24	hoxb1a (ENSXMAG00000013632)	CBX1 (ENSXMAG00000003552) #28	nfe2l1a (ENSXMAG00000003544) ##29	praf2 (ENSXMAG00000027862)	copz2 (ENSXMAG00000003541) #30	igf2bp1 (ENSXMAG00000003513)	rab11fip4a (ENSXMAG00000003503)	ENSXMAG00000026861	scpep1 (ENSXMAG00000003463)	engase (ENSXMAG00000003449)	csnk1db (ENSXMAG00000003430)	slc16a3b (ENSXMAG00000023181)	dus1l (ENSXMAG00000005147)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	298								ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386.e #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856
Mummichog	MODERN SPECIES	697												hoxb9a (ENSFHEG00000013492) #17	hoxb8a (ENSFHEG00000013496) #18	ENSFHEG00000013503	HOXB5 (ENSFHEG00000013506) #21	hoxb4a (ENSFHEG00000013512) #22	hoxb3a (ENSFHEG00000013540) #23	hoxb2a (ENSFHEG00000000790) #24	hoxb1a (ENSFHEG00000013582)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	526							glyr1 (ENSCVAG00000001116)	kcnc3a (ENSCVAG00000001115)	ube2z (ENSCVAG00000001114) #9	eve1 (ENSCVAG00000001113)	hoxb13a (ENSCVAG00000001112) #14	hoxb9a (ENSCVAG00000001111) #17	hoxb8a (ENSCVAG00000001110) #18	ENSCVAG00000001109	HOXB5 (ENSCVAG00000001108) #21	hoxb4a (ENSCVAG00000001107) #22	hoxb3a (ENSCVAG00000001106) #23	hoxb2a (ENSCVAG00000001105) #24	hoxb1a (ENSCVAG00000001104)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	180										ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	232										eve1 (ENSKMAG00000020125)	hoxb13a (ENSKMAG00000020130) #14	hoxb9a (ENSKMAG00000020136) #17	hoxb8a (ENSKMAG00000020145) #18	ENSKMAG00000020153	HOXB5 (ENSKMAG00000020163) #21	hoxb4a (ENSKMAG00000020174) #22	hoxb3a (ENSKMAG00000020193) #23	hoxb2a (ENSKMAG00000020219) #24	hoxb1a (ENSKMAG00000020236)	ENSKMAG00000020252	CBX1 (ENSKMAG00000020265) #28	nfe2l1a (ENSKMAG00000020289) ##29	praf2 (ENSKMAG00000000153)	copz2 (ENSKMAG00000000212) #30
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b.f #30	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00910000147748	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000174909	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b.c	ENSGT00390000004405.b.f #30	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00910000147748	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Indian medaka	MODERN SPECIES	9	prl (ENSOMEG00000011227)	dusp3b (ENSOMEG00000011244)	thraa (ENSOMEG00000011291)	ENSOMEG00000011319	TANC2 (ENSOMEG00000011411)	cyb561 (ENSOMEG00000011454)	HDAC5 (ENSOMEG00000011665)	pex12 (ENSOMEG00000011719)	ENSOMEG00000011759	eve1 (ENSOMEG00000011771)	hoxb13a (ENSOMEG00000011777) #14	hoxb9a (ENSOMEG00000011785) #17	hoxb8a (ENSOMEG00000011855) #18	ENSOMEG00000011874	HOXB5 (ENSOMEG00000011882) #21	hoxb4a (ENSOMEG00000011889) #22	hoxb3a (ENSOMEG00000012003) #23	hoxb2a (ENSOMEG00000011894) #24	hoxb1a (ENSOMEG00000012109)	CBX1 (ENSOMEG00000012142) #28	ENSOMEG00000012155 ##29	praf2 (ENSOMEG00000012171)	copz2 (ENSOMEG00000000304) #30	igf2bp1 (ENSOMEG00000012285)	ENSOMEG00000012319	rab11fip4a (ENSOMEG00000012355)	ENSOMEG00000012365	scpep1 (ENSOMEG00000012417)	engase (ENSOMEG00000000315)	ENSOMEG00000012463	csnk1db (ENSOMEG00000012505)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	22	ENSOJAG00000016614	TANC2 (ENSOJAG00000014610)	cyb561 (ENSOJAG00000014547)	ENSOJAG00000014535	HDAC5 (ENSOJAG00000014523)	pex12 (ENSOJAG00000014515)	ENSOJAG00000014499	kcnc3a (ENSOJAG00000007326)	ube2z (ENSOJAG00000007274) #9	atp5mc1 (ENSOJAG00000007185)	eve1 (ENSOJAG00000007159)	hoxb13a (ENSOJAG00000007146) #14	hoxb9a (ENSOJAG00000007135) #17	hoxb8a (ENSOJAG00000007082) #18	ENSOJAG00000007068	hoxb4a (ENSOJAG00000007045) #22	HOXB5 (ENSOJAG00000007030) #21	hoxb3a (ENSOJAG00000007007) #23	hoxb2a (ENSOJAG00000007019) #24	hoxb1a (ENSOJAG00000006853)	ENSOJAG00000006838 #28	praf2 (ENSOJAG00000006831)	copz2 (ENSOJAG00000006786) #30	igf2bp1 (ENSOJAG00000006407)	rab11fip4a (ENSOJAG00000006100)	coil (ENSOJAG00000006061)	scpep1 (ENSOJAG00000005692)	engase (ENSOJAG00000007636)	ENSOJAG00000007619	csnk1db (ENSOJAG00000007543)	slc16a3b (ENSOJAG00000007523)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162682.B.b	ENSGT00940000156447.a.b	ENSGT00950000183197.a	ENSGT00940000160534	ENSGT00390000016209	ENSGT00940000156584.e.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b.f #30	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d
Chinese medaka	MODERN SPECIES	387				cyb561 (ENSOSIG00000005247)	ENSOSIG00000005246	HDAC5 (ENSOSIG00000005244)	pex12 (ENSOSIG00000005241)	col1a1a (ENSOSIG00000005123)	kcnc3a (ENSOSIG00000005100)	ube2z (ENSOSIG00000005094) #9	atp5mc1 (ENSOSIG00000004884)	eve1 (ENSOSIG00000004873)	hoxb13a (ENSOSIG00000004871) #14	hoxb9a (ENSOSIG00000004864) #17	hoxb8a (ENSOSIG00000004862) #18	hoxb4a (ENSOSIG00000004858) #22	hoxb2a (ENSOSIG00000004856) #24	hoxb3a (ENSOSIG00000004853) #23	hoxb1a (ENSOSIG00000004850)	ENSOSIG00000004848
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	22	HDAC5 (ENSORLG00000016994)	pex12 (ENSORLG00000017001)	ENSORLG00000017003	col1a1a (ENSORLG00000017013)	ENSORLG00000022724	ENSORLG00000030144	ube2z (ENSORLG00000027387) #9	atp5mc1 (ENSORLG00000023333)	eve1 (ENSORLG00000017026)	hoxb13a (ENSORLG00000017031) #14	hoxb9a (ENSORLG00000017035) #17	hoxb8a (ENSORLG00000026759) #18	ENSORLG00000017036	hoxb3a (ENSORLG00000017048) #23	HOXB5 (ENSORLG00000017041) #21	hoxb4a (ENSORLG00000017046) #22	hoxb2a (ENSORLG00000017051) #24	hoxb1a (ENSORLG00000017053)	CBX1 (ENSORLG00000017056) #28	nfe2l1a (ENSORLG00000017060) ##29	praf2 (ENSORLG00000023469)	copz2 (ENSORLG00000021861) #30	igf2bp1 (ENSORLG00000025629)	ENSORLG00000027524	rab11fip4a (ENSORLG00000017070)	ENSORLG00000027484	AP2A1 (ENSORLG00000017087)	ABCC1 (ENSORLG00000017141)	ENSORLG00000023603	ENSORLG00000029325	ENSORLG00000023681
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00940000160685	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00950000183207.b	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00400000024810.f	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00950000183207.b.bb	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00400000024810.f	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
Amphiprion	DUPLICATION
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	105	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00950000183207.b.bb	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00400000024810.f	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072.c #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Orange clownfish	MODERN SPECIES	5	ENSAPEG00000000750	ENSAPEG00000000746	ENSAPEG00000000721	ENSAPEG00000000707	ENSAPEG00000000688	hoxb4a (ENSAPEG00000000616) #22	atp5mc1 (ENSAPEG00000000609)	eve1 (ENSAPEG00000000596)	ENSAPEG00000000591	hoxb13a (ENSAPEG00000000571) #14	hoxb9a (ENSAPEG00000000550) #17	hoxb8a (ENSAPEG00000000511) #18	hoxb7a (ENSAPEG00000000503) #19	ENSAPEG00000000480	HOXB5 (ENSAPEG00000000469) #21	hoxb4a (ENSAPEG00000000451) #22	hoxb3a (ENSAPEG00000000442) #23	hoxb2a (ENSAPEG00000000431) #24	hoxb1a (ENSAPEG00000000334)	ENSAPEG00000021799	CBX1 (ENSAPEG00000021788) #28	nfe2l1a (ENSAPEG00000021779) ##29	praf2 (ENSAPEG00000021769)	copz2 (ENSAPEG00000021752) #30	prr15la (ENSAPEG00000021707) ##32	ENSAPEG00000021645	igf2bp1 (ENSAPEG00000021612)	ENSAPEG00000021598	rab11fip4a (ENSAPEG00000021574)	ENSAPEG00000021555	scpep1 (ENSAPEG00000021527)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	820										hoxb13a (ENSAOCG00000013268) #14	hoxb9a (ENSAOCG00000013255) #17	hoxb8a (ENSAOCG00000013237) #18	hoxb7a (ENSAOCG00000013222) #19	ENSAOCG00000013216	HOXB5 (ENSAOCG00000013199) #21	hoxb4a (ENSAOCG00000013144) #22	hoxb3a (ENSAOCG00000013131) #23	hoxb2a (ENSAOCG00000013104) #24	hoxb1a (ENSAOCG00000013070)
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000162072.d #22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	5	ENSAPEG00000001147	ENSAPEG00000001129	ENSAPEG00000001110	pvalb6 (ENSAPEG00000001089)	ENSAPEG00000001081	ENSAPEG00000000859	ENSAPEG00000000806	ENSAPEG00000000799	ENSAPEG00000000777	ENSAPEG00000000770	ENSAPEG00000000750	ENSAPEG00000000746	ENSAPEG00000000721	ENSAPEG00000000707	ENSAPEG00000000688	hoxb4a (ENSAPEG00000000616) #22	atp5mc1 (ENSAPEG00000000609)	eve1 (ENSAPEG00000000596)	ENSAPEG00000000591	hoxb13a (ENSAPEG00000000571) #14	hoxb9a (ENSAPEG00000000550) #17	hoxb8a (ENSAPEG00000000511) #18	hoxb7a (ENSAPEG00000000503) #19	ENSAPEG00000000480	HOXB5 (ENSAPEG00000000469) #21	hoxb4a (ENSAPEG00000000451) #22	hoxb3a (ENSAPEG00000000442) #23	hoxb2a (ENSAPEG00000000431) #24	hoxb1a (ENSAPEG00000000334)	ENSAPEG00000021799	CBX1 (ENSAPEG00000021788) #28
Spiny chromis	MODERN SPECIES	241	ENSAPOG00000001374	ENSAPOG00000001381	ENSAPOG00000001384	ENSAPOG00000001387	kcnc3a (ENSAPOG00000001394)	ube2z (ENSAPOG00000001401) #9	atp5mc1 (ENSAPOG00000001410)	eve1 (ENSAPOG00000001415)	ENSAPOG00000001423	hoxb13a (ENSAPOG00000001427) #14	hoxb9a (ENSAPOG00000001429) #17	hoxb8a (ENSAPOG00000001432) #18	hoxb7a (ENSAPOG00000001435) #19	ENSAPOG00000001438	HOXB5 (ENSAPOG00000001445) #21	hoxb4a (ENSAPOG00000001450) #22	hoxb3a (ENSAPOG00000001467) #23	hoxb2a (ENSAPOG00000001456) #24	hoxb1a (ENSAPOG00000001478)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1081						ube2z (ENSSPAG00000003477) #9	atp5mc1 (ENSSPAG00000003510)	eve1 (ENSSPAG00000003522)	ENSSPAG00000003539	hoxb13a (ENSSPAG00000003608) #14	hoxb9a (ENSSPAG00000003677) #17	hoxb8a (ENSSPAG00000003685) #18	hoxb7a (ENSSPAG00000003765) #19	ENSSPAG00000003779	HOXB5 (ENSSPAG00000003799) #21	hoxb4a (ENSSPAG00000003843) #22	hoxb3a (ENSSPAG00000003859) #23	hoxb2a (ENSSPAG00000003890) #24	hoxb1a (ENSSPAG00000003907)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00550000074885	ENSGT00390000009628	ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000167671	ENSGT00940000154700	ENSGT00950000182838.A.a.a	ENSGT00940000167194	ENSGT00940000160972	ENSGT00940000158268.b	ENSGT00440000037417.B.a	ENSGT00390000014700.b.a.b.b.a	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	38									ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	56									ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	43									ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00550000074885	ENSGT00390000009628	ENSGT00940000159428.e.b	ENSGT00510000046608.A	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564.c	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a.b	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1107	tnnt1 (ENSMZEG00005023012)	pih1d1 (ENSMZEG00005023024)	ENSMZEG00005023029	ENSMZEG00005023030	ENSMZEG00005023032	ENSMZEG00005023033	ENSMZEG00005023034	ENSMZEG00005023035	eve1 (ENSMZEG00005023036)	hoxb13a (ENSMZEG00005023039) #14	hoxb9a (ENSMZEG00005023042) #17	hoxb8a (ENSMZEG00005023045) #18	hoxb7a (ENSMZEG00005023050) #19	ENSMZEG00005023053	HOXB5 (ENSMZEG00005023055) #21	hoxb4a (ENSMZEG00005023060) #22	hoxb3a (ENSMZEG00005023064) #23	hoxb2a (ENSMZEG00005023068) #24	hoxb1a (ENSMZEG00005023072)	ENSMZEG00005023088	CBX1 (ENSMZEG00005023093) #28	nfe2l1a (ENSMZEG00005023096) ##29	praf2 (ENSMZEG00005023100)	copz2 (ENSMZEG00005023106) #30	prr15la (ENSMZEG00005023123) ##32	igf2bp1 (ENSMZEG00005023128)	ENSMZEG00005023131	rab11fip4a (ENSMZEG00005023135)	coil (ENSMZEG00005023140)	scpep1 (ENSMZEG00005023142)	engase (ENSMZEG00005023147)
Eastern happy	MODERN SPECIES	16	gps1 (ENSACLG00000002752)	ENSACLG00000002801	ENSACLG00000002843	ENSACLG00000003070	ENSACLG00000003089	ENSACLG00000003164	ENSACLG00000003361	eve1 (ENSACLG00000003367)	ENSACLG00000003399	hoxb13a (ENSACLG00000003412) #14	hoxb9a (ENSACLG00000003422) #17	hoxb8a (ENSACLG00000003429) #18	hoxb7a (ENSACLG00000003441) #19	ENSACLG00000003444	HOXB5 (ENSACLG00000003462) #21	hoxb4a (ENSACLG00000003470) #22	hoxb3a (ENSACLG00000003477) #23	hoxb2a (ENSACLG00000003504) #24	hoxb1a (ENSACLG00000003508)	ENSACLG00000003517	CBX1 (ENSACLG00000003536) #28	nfe2l1a (ENSACLG00000003558) ##29	praf2 (ENSACLG00000003574)	copz2 (ENSACLG00000003587) #30	prr15la (ENSACLG00000003630) ##32	igf2bp1 (ENSACLG00000003652)	ENSACLG00000003715	ENSACLG00000003722	rab11fip4a (ENSACLG00000003730)	coil (ENSACLG00000003803)	scpep1 (ENSACLG00000003826)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	793								ENSHBUG00000013231	eve1 (ENSHBUG00000013255)	hoxb13a (ENSHBUG00000013265) #14	hoxb9a (ENSHBUG00000013267) #17	hoxb8a (ENSHBUG00000013281) #18	hoxb7a (ENSHBUG00000013288) #19	ENSHBUG00000013315	HOXB5 (ENSHBUG00000013321) #21	hoxb4a (ENSHBUG00000013332) #22	hoxb3a (ENSHBUG00000013355) #23	hoxb2a (ENSHBUG00000013364) #24	hoxb1a (ENSHBUG00000013373)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	445								ENSNBRG00000009977	eve1 (ENSNBRG00000009971)	hoxb13a (ENSNBRG00000009912) #14	hoxb9a (ENSNBRG00000009901) #17	hoxb8a (ENSNBRG00000009838) #18	hoxb7a (ENSNBRG00000009825) #19	ENSNBRG00000009809	HOXB5 (ENSNBRG00000009803) #21	hoxb4a (ENSNBRG00000009765) #22	hoxb3a (ENSNBRG00000009748) #23	hoxb2a (ENSNBRG00000009733) #24	hoxb1a (ENSNBRG00000009680)	CBX1 (ENSNBRG00000009504) #28	ENSNBRG00000009491 ##29	praf2 (ENSNBRG00000009480)	copz2 (ENSNBRG00000009425) #30	prr15la (ENSNBRG00000009381) ##32	igf2bp1 (ENSNBRG00000009346)	rab11fip4a (ENSNBRG00000009282)	ENSNBRG00000009265	scpep1 (ENSNBRG00000009244)	engase (ENSNBRG00000009192)	CSNK1D (ENSNBRG00000009152)	slc16a3b (ENSNBRG00000009126)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	16	ENSONIG00000031101	rras (ENSONIG00000007797)	prrg2 (ENSONIG00000042892)	ENSONIG00000007792	ENSONIG00000036089	ENSONIG00000007789	ENSONIG00000033598	ENSONIG00000007787	ENSONIG00000030377	eve1 (ENSONIG00000006175)	hoxb13a (ENSONIG00000006178) #14	hoxb9a (ENSONIG00000006179) #17	hoxb8 (ENSONIG00000042245) #18	ENSONIG00000028701	HOXB5 (ENSONIG00000034525) #21	hoxb4a (ENSONIG00000027136) #22	hoxb3a (ENSONIG00000006188) #23	hoxb2a (ENSONIG00000036634) #24	hoxb1a (ENSONIG00000042799)	CBX1 (ENSONIG00000037054) #28	nfe2l1a (ENSONIG00000041551) ##29	praf2 (ENSONIG00000028525)	copz2 (ENSONIG00000006198) #30	ENSONIG00000043223	ENSONIG00000040502	prr15la (ENSONIG00000020473) ##32	igf2bp1 (ENSONIG00000006205)	scpep1 (ENSONIG00000006223)	rab11fip4a (ENSONIG00000006210)	coil (ENSONIG00000006214)	engase (ENSONIG00000006224)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	955						ENSACIG00000012733	PDK2 (ENSACIG00000012780)	ube2z (ENSACIG00000012810) #9	eve1 (ENSACIG00000012824)	hoxb13a (ENSACIG00000012834) #14	hoxb9a (ENSACIG00000012882) #17	hoxb8a (ENSACIG00000012892) #18	ENSACIG00000012901	ENSACIG00000012907	HOXB5 (ENSACIG00000012950) #21	hoxb4a (ENSACIG00000012965) #22	hoxb3a (ENSACIG00000013009) #23	hoxb2a (ENSACIG00000013020) #24	hoxb1a (ENSACIG00000013039)	CBX1 (ENSACIG00000013092) #28	nfe2l1a (ENSACIG00000013108) ##29	praf2 (ENSACIG00000013143)	copz2 (ENSACIG00000013177) #30	prr15la (ENSACIG00000013193) ##32	igf2bp1 (ENSACIG00000013204)	rab11fip4a (ENSACIG00000013240)	ENSACIG00000013292	ENSACIG00000013311	scpep1 (ENSACIG00000013321)	engase (ENSACIG00000013352)	CSNK1D (ENSACIG00000013396)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
Climbing perch	MODERN SPECIES	21	ENSATEG00000009990	ENSATEG00000009941	ENSATEG00000009928	ENSATEG00000028175	ENSATEG00000009789	ENSATEG00000009778	ube2z (ENSATEG00000009723) #9	atp5mc1 (ENSATEG00000030107)	eve1 (ENSATEG00000009682)	hoxb13a (ENSATEG00000009662) #14	hoxb9a (ENSATEG00000009646) #17	hoxb8a (ENSATEG00000029376) #18	hoxb7a (ENSATEG00000025199) #19	ENSATEG00000009588	HOXB5 (ENSATEG00000009580) #21	hoxb4a (ENSATEG00000009570) #22	hoxb3a (ENSATEG00000009502) #23	hoxb2a (ENSATEG00000009523) #24	hoxb1a (ENSATEG00000009452)	CBX1 (ENSATEG00000009423) #28	nfe2l1a (ENSATEG00000009395) ##29	ENSATEG00000029521	copz2 (ENSATEG00000009370) #30	prr15la (ENSATEG00000009361) ##32	ENSATEG00000009316	rab11fip4a (ENSATEG00000009255)	ENSATEG00000009248	scpep1 (ENSATEG00000009222)	engase (ENSATEG00000009211)	ENSATEG00000009179	ENSATEG00000009161
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	19	timm29 (ENSBSLG00000012779)	ENSBSLG00000012784	ENSBSLG00000012785	rpl23 (ENSBSLG00000012789)	ENSBSLG00000012797	smarce1 (ENSBSLG00000012800)	ube2z (ENSBSLG00000012809) #9	atp5mc1 (ENSBSLG00000012820)	eve1 (ENSBSLG00000012826)	hoxb13a (ENSBSLG00000012830) #14	hoxb9a (ENSBSLG00000012831) #17	hoxb8a (ENSBSLG00000012838) #18	hoxb7a (ENSBSLG00000012850) #19	ENSBSLG00000012851	HOXB5 (ENSBSLG00000012852) #21	hoxb4a (ENSBSLG00000012854) #22	hoxb3a (ENSBSLG00000012855) #23	hoxb2a (ENSBSLG00000012861) #24	hoxb1a (ENSBSLG00000012863)	CBX1 (ENSBSLG00000012869) #28	nfe2l1a (ENSBSLG00000012874) ##29	praf2 (ENSBSLG00000012881)	copz2 (ENSBSLG00000012884) #30	prr15la (ENSBSLG00000012892) ##32	igf2bp1 (ENSBSLG00000001854)	rab11fip4a (ENSBSLG00000002056)	ENSBSLG00000002057	scpep1 (ENSBSLG00000002059)	engase (ENSBSLG00000002062)	ENSBSLG00000002063	ENSBSLG00000002065
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	22	ENSMAMG00000000444	ENSMAMG00000000466	ENSMAMG00000000486	ENSMAMG00000025418	ENSMAMG00000000938	ENSMAMG00000000963	ube2z (ENSMAMG00000026553) #9	ENSMAMG00000025952	atp5mc1 (ENSMAMG00000001045)	eve1 (ENSMAMG00000001056)	hoxb13a (ENSMAMG00000001067) #14	hoxb9a (ENSMAMG00000024808) #17	hoxb8a (ENSMAMG00000001168) #18	ENSMAMG00000001180	HOXB5 (ENSMAMG00000001208) #21	hoxb4a (ENSMAMG00000025071) #22	hoxb3a (ENSMAMG00000001254) #23	hoxb2a (ENSMAMG00000001273) #24	hoxb1a (ENSMAMG00000001283)	CBX1 (ENSMAMG00000024877) #28	nfe2l1a (ENSMAMG00000001353) ##29	ENSMAMG00000001365	copz2 (ENSMAMG00000001392) #30	prr15la (ENSMAMG00000001444) ##32	ENSMAMG00000001461	rab11fip4a (ENSMAMG00000001528)	ENSMAMG00000001567	coil (ENSMAMG00000001579)	scpep1 (ENSMAMG00000001609)	engase (ENSMAMG00000001590)	ENSMAMG00000001650
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000165190.B	ENSGT00950000183207.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Tongue sole	MODERN SPECIES	8	coa3b (ENSCSEG00000012849)	nags (ENSCSEG00000012835)	ENSCSEG00000012821	DLX3 (ENSCSEG00000012819)	PSMD11 (ENSCSEG00000012804)	rpain (ENSCSEG00000012792)	ZNF653 (ENSCSEG00000012787)	tspan35 (ENSCSEG00000012782)	zgc:158403 (ENSCSEG00000012776)	ENSCSEG00000012766	hoxb13a (ENSCSEG00000012749) #14	eve1 (ENSCSEG00000012743)	hoxb9a (ENSCSEG00000012735) #17	hoxb8a (ENSCSEG00000012733) #18	ENSCSEG00000012724	hoxb4a (ENSCSEG00000012720) #22	hoxb3a (ENSCSEG00000012710) #23	hoxb2a (ENSCSEG00000012699) #24	hoxb1a (ENSCSEG00000012675)	ENSCSEG00000012670	CBX1 (ENSCSEG00000012663) #28	nfe2l1a (ENSCSEG00000012657) ##29	praf2 (ENSCSEG00000012654)	copz2 (ENSCSEG00000012630) #30	atp5mc1 (ENSCSEG00000012587)	ube2z (ENSCSEG00000012583) #9	OSBPL7 (ENSCSEG00000012572)	ENSCSEG00000012560	PDK2 (ENSCSEG00000012542)	kcnc3a (ENSCSEG00000012442)	ENSCSEG00000012418
Turbot	MODERN SPECIES	10	rbfox1 (ENSSMAG00000015505)	ENSSMAG00000015596	ENSSMAG00000034009	ENSSMAG00000015638	ENSSMAG00000015690	ENSSMAG00000029714	ENSSMAG00000015802	ube2z (ENSSMAG00000015917) #9	eve1 (ENSSMAG00000016101)	hoxb13a (ENSSMAG00000016117) #14	hoxb9a (ENSSMAG00000033679) #17	hoxb8a (ENSSMAG00000016133) #18	ENSSMAG00000023799	HOXB5 (ENSSMAG00000028467) #21	hoxb3a (ENSSMAG00000016177) #23	hoxb4a (ENSSMAG00000016160) #22	hoxb2a (ENSSMAG00000016195) #24	hoxb1a (ENSSMAG00000025836)	CBX1 (ENSSMAG00000016205) #28	nfe2l1a (ENSSMAG00000016270) ##29	ENSSMAG00000016346	copz2 (ENSSMAG00000016368) #30	prr15la (ENSSMAG00000016414) ##32	ENSSMAG00000016421	rab11fip4a (ENSSMAG00000016438)	coil (ENSSMAG00000016462)	scpep1 (ENSSMAG00000016480)	engase (ENSSMAG00000016499)	ENSSMAG00000016518	ENSSMAG00000016526	dus1l (ENSSMAG00000016562)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	15							ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3120							ube2z (ENSSLDG00000012333) #9	atp5mc1 (ENSSLDG00000012315)	eve1 (ENSSLDG00000012289)	hoxb13a (ENSSLDG00000012270) #14	hoxb9a (ENSSLDG00000012259) #17	hoxb8a (ENSSLDG00000012246) #18	hoxb7a (ENSSLDG00000012232) #19	ENSSLDG00000012217	HOXB5 (ENSSLDG00000012209) #21	hoxb4a (ENSSLDG00000012189) #22	hoxb3a (ENSSLDG00000012163) #23	hoxb2a (ENSSLDG00000012140) #24	hoxb1a (ENSSLDG00000012098)	CBX1 (ENSSLDG00000012082) #28	nfe2l1a (ENSSLDG00000012067) ##29	praf2 (ENSSLDG00000012050)	copz2 (ENSSLDG00000011983) #30	prr15la (ENSSLDG00000011950) ##32	igf2bp1 (ENSSLDG00000011912)	ENSSLDG00000011885	rab11fip4a (ENSSLDG00000011859)	coil (ENSSLDG00000011775)	scpep1 (ENSSLDG00000011722)	engase (ENSSLDG00000011662)	CSNK1D (ENSSLDG00000011610)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	76	ENSSDUG00000017785	ABCC1 (ENSSDUG00000017679)	ENSSDUG00000017620	snrnp70 (ENSSDUG00000017591)	lin7b (ENSSDUG00000017570)	ENSSDUG00000017552	ube2z (ENSSDUG00000017511) #9	atp5mc1 (ENSSDUG00000017504)	eve1 (ENSSDUG00000017491)	hoxb13a (ENSSDUG00000017483) #14	hoxb9a (ENSSDUG00000017464) #17	hoxb8a (ENSSDUG00000017453) #18	hoxb7a (ENSSDUG00000017450) #19	ENSSDUG00000017386	HOXB5 (ENSSDUG00000017363) #21	hoxb4a (ENSSDUG00000017342) #22	hoxb3a (ENSSDUG00000017326) #23	hoxb2a (ENSSDUG00000017308) #24	hoxb1a (ENSSDUG00000017299)	CBX1 (ENSSDUG00000017288) #28	nfe2l1a (ENSSDUG00000017272) ##29	praf2 (ENSSDUG00000017261)	copz2 (ENSSDUG00000017241) #30
Barramundi perch	MODERN SPECIES	247	kcnc3a (ENSLCAG00010004844)	pdk2b (ENSLCAG00010004033)	ENSLCAG00010003853	ENSLCAG00010003819	ENSLCAG00010003802	ENSLCAG00010003797	ube2z (ENSLCAG00010003789) #9	atp5mc1 (ENSLCAG00010003778)	eve1 (ENSLCAG00010003771)	hoxb13a (ENSLCAG00010003768) #14	hoxb9a (ENSLCAG00010003766) #17	hoxb8a (ENSLCAG00010003765) #18	hoxb7a (ENSLCAG00010003762) #19	ENSLCAG00010003761	HOXB5 (ENSLCAG00010003760) #21	hoxb4a (ENSLCAG00010003757) #22	hoxb3a (ENSLCAG00010003753) #23	hoxb2a (ENSLCAG00010003756) #24	hoxb1a (ENSLCAG00010003751)	CBX1 (ENSLCAG00010003749) #28	nfe2l1a (ENSLCAG00010003748) ##29	praf2 (ENSLCAG00010003746)	copz2 (ENSLCAG00010003729) #30	prr15la (ENSLCAG00010003720) ##32	igf2bp1 (ENSLCAG00010003597)	rab11fip4a (ENSLCAG00010003575)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	55						ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a	ENSGT00550000075089
Fugu	MODERN SPECIES	17	ENSTRUG00000008188	sox10 (ENSTRUG00000008350)	polr2f (ENSTRUG00000021130)	ENSTRUG00000020745	ENSTRUG00000008690	ube2z (ENSTRUG00000032441) #9	atp5mc1 (ENSTRUG00000009147)	eve1 (ENSTRUG00000009382)	hoxb13a (ENSTRUG00000023485) #14	hoxb9a (ENSTRUG00000002255) #17	hoxb8a (ENSTRUG00000028207) #18	ENSTRUG00000033087	ENSTRUG00000001069	HOXB5 (ENSTRUG00000021471) #21	hoxb3a (ENSTRUG00000009707) #23	hoxb4a (ENSTRUG00000021234) #22	hoxb2a (ENSTRUG00000009966) #24	hoxb1a (ENSTRUG00000010036)	CBX1 (ENSTRUG00000020253) #28	nfe2l1a (ENSTRUG00000010088) ##29	praf2 (ENSTRUG00000022698)	copz2 (ENSTRUG00000023775) #30	prr15la (ENSTRUG00000001285) ##32	igf2bp1 (ENSTRUG00000033287)	ENSTRUG00000021403	rab11fip4a (ENSTRUG00000010508)	coil (ENSTRUG00000027855)	scpep1 (ENSTRUG00000010828)	engase (ENSTRUG00000010987)	csnk1db (ENSTRUG00000011074)	slc16a3b (ENSTRUG00000011141)
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	ENSTNIG00000010832	ENSTNIG00000010831	ENSTNIG00000001262	kdelr3 (ENSTNIG00000010830)	ENSTNIG00000010829	sox10 (ENSTNIG00000010828)	polr2f (ENSTNIG00000010827)	TBKBP1 (ENSTNIG00000010826)	ENSTNIG00000010825	ube2z (ENSTNIG00000010824) #9	atp5mc1 (ENSTNIG00000010823)	eve1 (ENSTNIG00000000716)	hoxb13a (ENSTNIG00000000761) #14	hoxb9a (ENSTNIG00000010822) #17	HOXB5 (ENSTNIG00000000158) #21	hoxb4a (ENSTNIG00000001757) #22	ENSTNIG00000001758	hoxb3a (ENSTNIG00000010821) #23	hoxb2a (ENSTNIG00000000338) #24	hoxb1a (ENSTNIG00000003341)	CBX1 (ENSTNIG00000003151) #28	nfe2l1a (ENSTNIG00000003150) ##29	praf2 (ENSTNIG00000003149)	copz2 (ENSTNIG00000019641) #30	igf2bp1 (ENSTNIG00000013986)	ENSTNIG00000013987	rab11fip4a (ENSTNIG00000013988)	coil (ENSTNIG00000013989)	scpep1 (ENSTNIG00000000412)	scpep1 (ENSTNIG00000013990)	engase (ENSTNIG00000013991)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	460	ENSLBEG00000010002	clpp (ENSLBEG00000010026)	si:ch211-286b5.5 (ENSLBEG00000010042)	carm1 (ENSLBEG00000010071)	yipf2 (ENSLBEG00000010144)	timm29 (ENSLBEG00000010178)	ENSLBEG00000010208	atp5mc1 (ENSLBEG00000010267)	eve1 (ENSLBEG00000010292)	hoxb13a (ENSLBEG00000010315) #14	hoxb9a (ENSLBEG00000010328) #17	hoxb8a (ENSLBEG00000010339) #18	hoxb7a (ENSLBEG00000010375) #19	ENSLBEG00000010396	HOXB5 (ENSLBEG00000010415) #21	hoxb4a (ENSLBEG00000010477) #22
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b.b.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000164729.a.a.d	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000005830	ENSGT01100000263525.a.b.a.b	ENSGT00940000160377	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT00950000183207.b
Stickleback	MODERN SPECIES	10	ENSGACG00000005444	cln3 (ENSGACG00000005447)	ppp4cb (ENSGACG00000005465)	aldh3b1 (ENSGACG00000005487)	clpp (ENSGACG00000005502)	si:ch211-286b5.5 (ENSGACG00000005522)	carm1 (ENSGACG00000005531)	ENSGACG00000005568	ENSGACG00000005576	ube2z (ENSGACG00000005589) #9	atp5mc1 (ENSGACG00000005605)	hoxb13a (ENSGACG00000005617) #14	ENSGACG00000005622	ENSGACG00000005623	HOXB5 (ENSGACG00000005626) #21	hoxb4a (ENSGACG00000005628) #22	hoxb3a (ENSGACG00000005631) #23	hoxb2a (ENSGACG00000005633) #24	hoxb1a (ENSGACG00000005635)	CBX1 (ENSGACG00000005637) #28	nfe2l1a (ENSGACG00000005644) ##29	praf2 (ENSGACG00000005654)	copz2 (ENSGACG00000005661) #30	prr15la (ENSGACG00000005720) ##32	PDK2 (ENSGACG00000005722)	kcnc3a (ENSGACG00000005755)	PSME3 (ENSGACG00000005761)	aoc2 (ENSGACG00000005784)	ENSGACG00000005803	rad23aa (ENSGACG00000005805)	traf7 (ENSGACG00000005811)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.a.b.b.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b	ENSGT00940000158181.a
Pike perch	MODERN SPECIES	107	PSME3 (ENSSLUG00000025729)	ENSSLUG00000025731	kcnc3a (ENSSLUG00000025735)	PDK2 (ENSSLUG00000025753)	ENSSLUG00000025772	ENSSLUG00000025782	ube2z (ENSSLUG00000025783) #9	atp5mc1 (ENSSLUG00000025787)	eve1 (ENSSLUG00000025790)	hoxb13a (ENSSLUG00000025791) #14	hoxb9a (ENSSLUG00000025792) #17	hoxb8a (ENSSLUG00000025797) #18	hoxb7a (ENSSLUG00000025801) #19	ENSSLUG00000025803	HOXB5 (ENSSLUG00000025807) #21	hoxb4a (ENSSLUG00000014165) #22	hoxb3a (ENSSLUG00000014170) #23	hoxb2a (ENSSLUG00000014173) #24	hoxb1a (ENSSLUG00000014182)	CBX1 (ENSSLUG00000014227) #28	nfe2l1a (ENSSLUG00000014230) ##29	praf2 (ENSSLUG00000014235)	copz2 (ENSSLUG00000014240) #30	prr15la (ENSSLUG00000014255) ##32	ENSSLUG00000014263	igf2bp1 (ENSSLUG00000014270)	ENSSLUG00000014292	rab11fip4a (ENSSLUG00000014326)	coil (ENSSLUG00000014372)	scpep1 (ENSSLUG00000014434)	engase (ENSSLUG00000014748)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	22	aoc2 (ENSCGOG00000000902)	ENSCGOG00000000901	kcnc3a (ENSCGOG00000000895)	pdk2b (ENSCGOG00000000867)	ENSCGOG00000000864	ENSCGOG00000000829	ube2z (ENSCGOG00000000775) #9	atp5mc1 (ENSCGOG00000000767)	eve1 (ENSCGOG00000000762)	hoxb13a (ENSCGOG00000000761) #14	hoxb9a (ENSCGOG00000000760) #17	hoxb8a (ENSCGOG00000000757) #18	hoxb7a (ENSCGOG00000000755) #19	ENSCGOG00000000754	HOXB5 (ENSCGOG00000000752) #21	hoxb4a (ENSCGOG00000000751) #22	hoxb3a (ENSCGOG00000000749) #23	hoxb2a (ENSCGOG00000000750) #24	hoxb1a (ENSCGOG00000000745)	nfe2l1a (ENSCGOG00000000742) ##29	praf2 (ENSCGOG00000000740)	copz2 (ENSCGOG00000000733) #30	prr15la (ENSCGOG00000000732) ##32	igf2bp1 (ENSCGOG00000000719)	rab11fip4a (ENSCGOG00000000701)	coil (ENSCGOG00000000688)	scpep1 (ENSCGOG00000000661)	engase (ENSCGOG00000000633)	ENSCGOG00000000521	slc16a3b (ENSCGOG00000000465)	dus1l (ENSCGOG00000021611)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183098.a.a	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00910000147748
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT01090000260003.a.b.b.a.b	ENSGT01100000263693	ENSGT00940000164903.b	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000165065.a	ENSGT00940000158354.c.b #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT01090000261037	ENSGT00940000154152.a.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000008631.b	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00440000033742.a.b.d	ENSGT00390000004832	ENSGT00940000156193	ENSGT00390000018512	ENSGT00940000153536.a.b.b.a.b
European seabass	MODERN SPECIES	21	ENSDLAG00005033637	ENSDLAG00005015851	ENSDLAG00005024545	ENSDLAG00005033674	ENSDLAG00005024552	ENSDLAG00005024569	ube2z (ENSDLAG00005024583) #9	atp5mc1 (ENSDLAG00005033252)	eve1 (ENSDLAG00005032886)	hoxb13a (ENSDLAG00005029232) #14	hoxb8a (ENSDLAG00005031830) #18	hoxb7a (ENSDLAG00005030569) #19	hoxb3a (ENSDLAG00005024643) #23	ENSDLAG00005029789	HOXB5 (ENSDLAG00005024633) #21	hoxb4a (ENSDLAG00005024639) #22	hoxb2a (ENSDLAG00005027794) #24	hoxb1a (ENSDLAG00005024658)	ENSDLAG00005024662	ENSDLAG00005033551	CBX1 (ENSDLAG00005030727) #28	nfe2l1a (ENSDLAG00005024673) ##29	copz2 (ENSDLAG00005024679) #30	ENSDLAG00005031095	ENSDLAG00005033002	ENSDLAG00005032726 ##32	ENSDLAG00005024705	ENSDLAG00005025081	ENSDLAG00005025089	scpep1 (ENSDLAG00005025129)	coil (ENSDLAG00005025126)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	483	ENSLCRG00005009550	kcnc3a (ENSLCRG00005009547)	pdk2b (ENSLCRG00005009537)	ENSLCRG00005009536	ENSLCRG00005009449	ENSLCRG00005009443	ube2z (ENSLCRG00005009442) #9	atp5mc1 (ENSLCRG00005009440)	eve1 (ENSLCRG00005009438)	hoxb13a (ENSLCRG00005009437) #14	hoxb9a (ENSLCRG00005009434) #17	hoxb8a (ENSLCRG00005009416) #18	hoxb7a (ENSLCRG00005009413) #19	ENSLCRG00005009412	HOXB5 (ENSLCRG00005009410) #21	hoxb4a (ENSLCRG00005009408) #22	hoxb3a (ENSLCRG00005009406) #23	hoxb2a (ENSLCRG00005009404) #24	hoxb1a (ENSLCRG00005009402)	ENSLCRG00005009400	CBX1 (ENSLCRG00005009397) #28	nfe2l1a (ENSLCRG00005009396) ##29	praf2 (ENSLCRG00005009395)	copz2 (ENSLCRG00005009391) #30	prr15la (ENSLCRG00005009387) ##32	ENSLCRG00005009385	igf2bp1 (ENSLCRG00005006089)	ENSLCRG00005006069	rab11fip4a (ENSLCRG00005006046)	coil (ENSLCRG00005006040)	ENSLCRG00005006039
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	15	ENSSAUG00010002879	PDK2 (ENSSAUG00010002937)	ENSSAUG00010003280	ENSSAUG00010003282	ENSSAUG00010003287	ENSSAUG00010003303	ube2z (ENSSAUG00010003377) #9	ATP5G3 (ENSSAUG00010003390)	eve1 (ENSSAUG00010003399)	hoxb13a (ENSSAUG00010003401) #14	hoxb9a (ENSSAUG00010003409) #17	ENSSAUG00010003410	hoxb8a (ENSSAUG00010003412) #18	ENSSAUG00010003413	HOXB5 (ENSSAUG00010003414) #21	hoxb4a (ENSSAUG00010003417) #22	hoxb3a (ENSSAUG00010003419) #23	hoxb2a (ENSSAUG00010003420) #24	hoxb1a (ENSSAUG00010003422)	ENSSAUG00010003433	ENSSAUG00010003436	ENSSAUG00010003437	ENSSAUG00010003441	ENSSAUG00010003443	CBX1 (ENSSAUG00010003449) #28	nfe2l1a (ENSSAUG00010003455) ##29	praf2 (ENSSAUG00010003458)	copz2 (ENSSAUG00010003464) #30	prr15la (ENSSAUG00010003469) ##32	igf2bp1 (ENSSAUG00010003494)	ENSSAUG00010003727
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	22	ENSMMDG00005000825	nags (ENSMMDG00005000823)	ENSMMDG00005000818	ube2z (ENSMMDG00005000811) #9	ENSMMDG00005000806	igf2bp1 (ENSMMDG00005000735)	atp5mc1 (ENSMMDG00005000711)	eve1 (ENSMMDG00005000701)	hoxb13a (ENSMMDG00005000698) #14	ENSMMDG00005000694	hoxb9a (ENSMMDG00005000689) #17	hoxb8a (ENSMMDG00005000684) #18	hoxb7a (ENSMMDG00005000680) #19	ENSMMDG00005000676	HOXB5 (ENSMMDG00005000664) #21	hoxb4a (ENSMMDG00005000657) #22	hoxb3a (ENSMMDG00005000643) #23	hoxb2a (ENSMMDG00005000634) #24	hoxb1a (ENSMMDG00005000621)	ENSMMDG00005000614	ENSMMDG00005000609	CBX1 (ENSMMDG00005000606) #28	nfe2l1a (ENSMMDG00005000602) ##29	praf2 (ENSMMDG00005000597)	copz2 (ENSMMDG00005000593) #30	prr15la (ENSMMDG00005000591) ##32	ENSMMDG00005000585	ENSMMDG00005000582	ENSMMDG00005000579	ENSMMDG00005000551	ENSMMDG00005000543
Cod	MODERN SPECIES	11	cacnb1 (ENSGMOG00000005267)	ENSGMOG00000023777	ENSGMOG00000001726	ENSGMOG00000033297	ube2z (ENSGMOG00000015368) #9	atp5mc1 (ENSGMOG00000015354)	ENSGMOG00000015328	eve1 (ENSGMOG00000034875)	ENSGMOG00000035317	hoxb13a (ENSGMOG00000015284) #14	hoxb9a (ENSGMOG00000033079) #17	hoxb8a (ENSGMOG00000035281) #18	hoxb7a (ENSGMOG00000024089) #19	ENSGMOG00000027090	HOXB5 (ENSGMOG00000031372) #21	hoxb4a (ENSGMOG00000009880) #22	hoxb3a (ENSGMOG00000024004) #23	hoxb2a (ENSGMOG00000024154) #24	hoxb1a (ENSGMOG00000030229)	ENSGMOG00000027442	ENSGMOG00000027289	ENSGMOG00000030519	ENSGMOG00000032198	ENSGMOG00000035523	CBX1 (ENSGMOG00000009322) #28	nfe2l1a (ENSGMOG00000027608) ##29	ENSGMOG00000035621	copz2 (ENSGMOG00000004484) #30	prr15la (ENSGMOG00000028853) ##32	ENSGMOG00000019381	ENSGMOG00000034869
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155557.jc.a	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00390000015789	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.x	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00940000153704.B.d	ENSGT01030000234646.B.a.a.a.a.b	ENSGT00940000155557.jc.a	ENSGT00940000156395.f	ENSGT00390000015789	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.x	ENSGT00950000182969.B.c.a.a.b.a.a.a.a.b.w
Atlantic herring	MODERN SPECIES		msl1a (ENSCHAG00000012702)	nr1d1 (ENSCHAG00000012664)	ENSCHAG00000012653	igf2bp1 (ENSCHAG00000012263)	ube2z (ENSCHAG00000012169) #9	atp5mc1 (ENSCHAG00000012097)	ttll6 (ENSCHAG00000012024)	eve1 (ENSCHAG00000012005)	hoxb13a (ENSCHAG00000011984) #14	ENSCHAG00000011977	hoxb9a (ENSCHAG00000011972) #17	hoxb8a (ENSCHAG00000011949) #18	hoxb7a (ENSCHAG00000011939) #19	hoxb6a (ENSCHAG00000011924) #20	hoxb5a (ENSCHAG00000011908) #21	hoxb4a (ENSCHAG00000011877) #22	hoxb3a (ENSCHAG00000011846) #23	hoxb2a (ENSCHAG00000011811) #24	hoxb1a (ENSCHAG00000011778)	cbx1a (ENSCHAG00000011737) #28	nfe2l1a (ENSCHAG00000011681) ##29	copz2 (ENSCHAG00000011583) #30	prr15la (ENSCHAG00000011558) ##32	OSBPL7 (ENSCHAG00000011405)	TBKBP1 (ENSCHAG00000011348)	pdk2b (ENSCHAG00000011260)	ENSCHAG00000011156	ENSCHAG00000010973	ENSCHAG00000010960	ENSCHAG00000010718	ENSCHAG00000010475
Denticle herring	MODERN SPECIES	17	msl1a (ENSDCDG00000023873)	nr1d1 (ENSDCDG00000023872)	igf2bp1 (ENSDCDG00000023869)	eve1 (ENSDCDG00000023867)	hoxb13a (ENSDCDG00000023866) #14	igf2bp1 (ENSDCDG00000023853)	ube2z (ENSDCDG00000023849) #9	atp5mc1 (ENSDCDG00000023750)	eve1 (ENSDCDG00000023747)	hoxb13a (ENSDCDG00000023744) #14	hoxb9a (ENSDCDG00000023741) #17	hoxb8a (ENSDCDG00000023738) #18	hoxb7a (ENSDCDG00000023736) #19	hoxb6a (ENSDCDG00000023730) #20	hoxb5a (ENSDCDG00000023726) #21	hoxb4a (ENSDCDG00000023723) #22	hoxb3a (ENSDCDG00000023705) #23	hoxb2a (ENSDCDG00000023696) #24	hoxb1a (ENSDCDG00000023691)	cbx1a (ENSDCDG00000023683) #28	nfe2l1a (ENSDCDG00000023673) ##29	copz2 (ENSDCDG00000023665) #30	prr15la (ENSDCDG00000023656) ##32	ENSDCDG00000023398	TBKBP1 (ENSDCDG00000023381)	pdk2b (ENSDCDG00000022777)	wipf2b (ENSDCDG00000022755)	JUP (ENSDCDG00000020697)	eif1 (ENSDCDG00000020640)	krt91 (ENSDCDG00000020639)	ENSDCDG00000020275
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00530000063801.a.b	ENSGT00940000166816	ENSGT00940000162556.D.a	ENSGT00950000183122.C	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00940000157367.a.a	ENSGT00940000178227.a
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Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000166816	ENSGT00940000162556.D.a	ENSGT00950000183122.C	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00940000157367.a.a	ENSGT00940000178227.a	ENSGT00940000159653.g.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000160144	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.d	ENSGT00940000160548.j	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00940000166816	ENSGT00950000183122.C	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00940000157367.a.a	ENSGT00940000178227.a	ENSGT00940000159653.g.a	ENSGT00940000153560.b.b.b.g
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	12	casc3 (ENSPNAG00000015928)	msl1a (ENSPNAG00000015916)	nr1d1 (ENSPNAG00000015887)	ENSPNAG00000015829	igf2bp1 (ENSPNAG00000015781)	ube2z (ENSPNAG00000015749) #9	ATP5MC1 (ENSPNAG00000015689) ##11	eve1 (ENSPNAG00000015546)	hoxb13a (ENSPNAG00000015539) #14	ENSPNAG00000015531	hoxb9a (ENSPNAG00000015522) #17	hoxb8a (ENSPNAG00000015517) #18	hoxb7a (ENSPNAG00000015508) #19	hoxb6a (ENSPNAG00000015499) #20	hoxb5a (ENSPNAG00000015488) #21	hoxb4a (ENSPNAG00000015473) #22	hoxb3a (ENSPNAG00000015463) #23	hoxb2a (ENSPNAG00000015444) #24	hoxb1a (ENSPNAG00000015431)	cbx1a (ENSPNAG00000015386) #28	nfe2l1a (ENSPNAG00000015355) ##29	copz2 (ENSPNAG00000015344) #30	ENSPNAG00000015260	prr15la (ENSPNAG00000015234) ##32	ENSPNAG00000007053	adsl (ENSPNAG00000015193)	tmem150b (ENSPNAG00000015100)	ENSPNAG00000015029	ENSPNAG00000015012	pvalb6 (ENSPNAG00000014970)	ENSPNAG00000014949
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	143	RAPGEFL1 (ENSAMXG00000038585)	ENSAMXG00000032751	casc3 (ENSAMXG00000032452)	msl1a (ENSAMXG00000015829)	nr1d1 (ENSAMXG00000015855)	ENSAMXG00000029417	igf2bp1 (ENSAMXG00000015877)	ube2z (ENSAMXG00000040778) #9	atp5mc1 (ENSAMXG00000015927)	hoxb13a (ENSAMXG00000015950) #14	hoxb9a (ENSAMXG00000029493) #17	hoxb8a (ENSAMXG00000037495) #18	hoxb7a (ENSAMXG00000043718) #19	hoxb6a (ENSAMXG00000029976) #20	hoxb5a (ENSAMXG00000030695) #21	hoxb4a (ENSAMXG00000015999) #22	hoxb3a (ENSAMXG00000041474) #23	hoxb2a (ENSAMXG00000016026) #24	hoxb1a (ENSAMXG00000042720)	eve1 (ENSAMXG00000033002)	cbx1a (ENSAMXG00000037761) #28	nfe2l1a (ENSAMXG00000030680) ##29	copz2 (ENSAMXG00000042171) #30	prr15la (ENSAMXG00000025774) ##32	ENSAMXG00000035669	ENSAMXG00000002620	adsl (ENSAMXG00000041444)	tmem150b (ENSAMXG00000040509)	ENSAMXG00000041936	ENSAMXG00000044079	pvalb6 (ENSAMXG00000040987)
Electric eel	MODERN SPECIES	26	msl1a (ENSEEEG00000004008)	nr1d1 (ENSEEEG00000004006)	ENSEEEG00000004005	igf2bp1 (ENSEEEG00000004002)	ube2z (ENSEEEG00000003995) #9	atp5mc1 (ENSEEEG00000003992)	ENSEEEG00000003989 #13	eve1 (ENSEEEG00000003988)	hoxb13a (ENSEEEG00000003985) #14	hoxb10a (ENSEEEG00000003982)	hoxb9a (ENSEEEG00000003980) #17	hoxb8a (ENSEEEG00000003979) #18	hoxb7a (ENSEEEG00000003976) #19	hoxb6a (ENSEEEG00000003973) #20	hoxb5a (ENSEEEG00000003969) #21	hoxb4a (ENSEEEG00000003963) #22	hoxb3a (ENSEEEG00000003961) #23	hoxb2a (ENSEEEG00000003959) #24	hoxb1a (ENSEEEG00000003958)	cbx1a (ENSEEEG00000003957) #28	nfe2l1a (ENSEEEG00000003956) ##29	copz2 (ENSEEEG00000003954) #30	prr15la (ENSEEEG00000003950) ##32	ENSEEEG00000003947	ENSEEEG00000003946	adsl (ENSEEEG00000003851)	tmem150b (ENSEEEG00000003830)	ENSEEEG00000003824	csf2rb (ENSEEEG00000003819)	pvalb6 (ENSEEEG00000003816)	CBX6 (ENSEEEG00000003814)
Channel catfish	MODERN SPECIES	11	rapgefl1 (ENSIPUG00000002700)	casc3 (ENSIPUG00000002679)	msl1l1 (ENSIPUG00000002657)	nr1d1 (ENSIPUG00000002625)	ENSIPUG00000002610	igf2bp1 (ENSIPUG00000002561)	ube2z (ENSIPUG00000002542) #9	ATP5G2 (ENSIPUG00000002509)	eve1 (ENSIPUG00000002492)	hoxb13a (ENSIPUG00000002487) #14	hoxb9 (ENSIPUG00000002484) #17	hoxb8a (ENSIPUG00000002469) #18	hoxb7-a (ENSIPUG00000002446) #19	hoxb6a (ENSIPUG00000002440) #20	hoxb5a (ENSIPUG00000002437) #21	hoxb4 (ENSIPUG00000002433) #22	hoxb3a (ENSIPUG00000002427) #23	hoxb2 (ENSIPUG00000002425) #24	hoxb1a (ENSIPUG00000002421)	cbx1a (ENSIPUG00000002405) #28	nfe2l1a (ENSIPUG00000002401) ##29	COPZ1 (ENSIPUG00000002355) #30	prr15la (ENSIPUG00000002338) ##32	ENSIPUG00000002327	ADSL (ENSIPUG00000002270)	tmem150b (ENSIPUG00000002228)	PDGFB (ENSIPUG00000002192)	ENSIPUG00000002159	pvalb7 (ENSIPUG00000002145)	ENSIPUG00000002119	ENSIPUG00000002113
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00390000018292.d	ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a	ENSGT00940000160548	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564	ENSGT00940000159029 #14	ENSGT00940000163268.e	ENSGT00940000161386 #17	ENSGT00940000161529.u.a #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00530000063801.a.b	ENSGT00940000166816	ENSGT00950000183122.C	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00940000157367.a.a	ENSGT00510000049239.b.a	ENSGT00940000159653.g.a
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00390000018292.d.a	ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a	ENSGT00940000160548.h	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A.h	ENSGT00940000159091.c #9	ENSGT00940000157981.a.b	ENSGT00940000167564.g	ENSGT00940000159029.i #14	ENSGT00940000163268.e.b.b	ENSGT00940000161386.h #17	ENSGT00940000161529.u.a.a.a #18	ENSGT00940000161230.b #19	ENSGT00940000161108.d #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774.mc #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856.b	ENSGT00940000154152.b.a #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##29	ENSGT00390000004405.b.a #30	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.b ##29	ENSGT00390000004405.b.b #30	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00530000063801.a.b.a	ENSGT00940000166816.e
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000018292.d.a	ENSGT01100000263475.f.a.f.b.a	ENSGT00940000160548.h	ENSGT00990000204190	ENSGT00940000154957.A.h	ENSGT00940000159091.c #9	ENSGT00940000157981.a.b.a	ENSGT00940000167564.g	ENSGT00940000159029.i #14	ENSGT00940000163268.e.b.b	ENSGT00940000161386.h #17	ENSGT00940000161529.u.a.a.a #18	ENSGT00940000161230.b #19	ENSGT00940000161108.d #20	ENSGT00940000158354.d #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774.mc #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000166856.b	ENSGT00940000154152.b.a.c #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.b.a ##29	ENSGT00390000004405.b.a #30	ENSGT00750000118756.b	ENSGT00940000154534.b.a.d ##32	ENSGT00530000063801.a.b.b	ENSGT00940000166816.f	ENSGT00950000183122.C.k.a	ENSGT01030000234578.A.b.b.i	ENSGT00940000157367.a.a.b	ENSGT00940000178227.a	ENSGT00940000159653.g.a.b
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	65	msl1a (ENSSGRG00000047411)	ENSSGRG00000047410	nr1d1 (ENSSGRG00000047409)	ENSSGRG00000047408	igf2bp1 (ENSSGRG00000047043)	ube2z (ENSSGRG00000047006) #9	atp5mc1 (ENSSGRG00000047005)	eve1 (ENSSGRG00000047004)	hoxb13a (ENSSGRG00000047003) #14	hoxb10a (ENSSGRG00000047002)	hoxb9a (ENSSGRG00000047001) #17	HOXB8 (ENSSGRG00000046999) #18	hoxb7a (ENSSGRG00000046998) #19	hoxb6a (ENSSGRG00000046997) #20	hoxb5a (ENSSGRG00000046996) #21	hoxb4a (ENSSGRG00000046993) #22	hoxb3a (ENSSGRG00000046991) #23	hoxb2a (ENSSGRG00000046989) #24	hoxb1a (ENSSGRG00000046988)	cbx1a (ENSSGRG00000046987) #28	copz2 (ENSSGRG00000046971) #30	prr15la (ENSSGRG00000046968) ##32	atf4b (ENSSGRG00000046967)	ENSSGRG00000046966	adsl (ENSSGRG00000046932)	tmem150b (ENSSGRG00000046929)	ENSSGRG00000046927	csf2rb (ENSSGRG00000046925)	pvalb6 (ENSSGRG00000046924)	ENSSGRG00000046922	CBX6 (ENSSGRG00000046921)
Goldfish	MODERN SPECIES	20	RAPGEFL1 (ENSCARG00000026419)	casc3 (ENSCARG00000026462)	msl1a (ENSCARG00000026514)	nr1d1 (ENSCARG00000026524)	igf2bp1 (ENSCARG00000026600)	ube2z (ENSCARG00000028039) #9	atp5mc1 (ENSCARG00000028091)	eve1 (ENSCARG00000028104)	hoxb13a (ENSCARG00000028109) #14	hoxb10a (ENSCARG00000028115)	hoxb9a (ENSCARG00000028120) #17	hoxb8a (ENSCARG00000028123) #18	hoxb7a (ENSCARG00000028132) #19	hoxb6a (ENSCARG00000028135) #20	hoxb5a (ENSCARG00000028144) #21	hoxb4a (ENSCARG00000028152) #22	hoxb3a (ENSCARG00000028156) #23	hoxb2a (ENSCARG00000028169) #24	hoxb1a (ENSCARG00000028172)	cbx1a (ENSCARG00000019197) #28	nfe2l1a (ENSCARG00000019208) ##29	copz2 (ENSCARG00000019212) #30	prr15la (ENSCARG00000019228) ##32	atf4b (ENSCARG00000019233)	ENSCARG00000019239	adsl (ENSCARG00000019303)	tmem150b (ENSCARG00000020774)	ENSCARG00000020800	csf2rb (ENSCARG00000020815)	pvalb6 (ENSCARG00000020823)	ENSCARG00000020833
Zebrafish	MODERN SPECIES	18	ENSDARG00000055813	nr1d1 (ENSDARG00000033160)	ENSDARG00000101975	igf2bp1 (ENSDARG00000061478)	ube2z (ENSDARG00000029215) #9	atp5mc1 (ENSDARG00000056008)	eve1 (ENSDARG00000056012)	hoxb13a (ENSDARG00000056015) #14	hoxb10a (ENSDARG00000011579)	hoxb9a (ENSDARG00000056023) #17	hoxb8a (ENSDARG00000056027) #18	hoxb7a (ENSDARG00000056030) #19	hoxb3a (ENSDARG00000029263) #23	hoxb6a (ENSDARG00000010630) #20	hoxb5a (ENSDARG00000013057) #21	hoxb4a (ENSDARG00000013533) #22	hoxb2a (ENSDARG00000000175) #24	hoxb1a (ENSDARG00000008174)	cbx1a (ENSDARG00000004189) #28	nfe2l1a (ENSDARG00000030616) ##29	copz2 (ENSDARG00000006786) #30	ENSDARG00000097637	prr15la (ENSDARG00000025615) ##32	atf4b (ENSDARG00000038141)	ENSDARG00000074773	adsl (ENSDARG00000017049)	tmem150b (ENSDARG00000056144)	ENSDARG00000038139	pvalb6 (ENSDARG00000009311)	csf2rb (ENSDARG00000076586)	ENSDARG00000016483
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000155557	ENSGT00940000160144.a	ENSGT00390000006930	ENSGT00390000018292.c	ENSGT00940000154957.A.a	ENSGT00940000177404	ENSGT00390000007843 #8	ENSGT00940000159091 #9	ENSGT00950000183025.a #12	ENSGT00940000159029.b #14	ENSGT00940000161386.a #17	ENSGT00940000161529 #18	ENSGT00940000161230 #19	ENSGT00940000161108.b #20	ENSGT00940000158354.c #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774.b.a #23	ENSGT00940000155029.c.b.b #24	ENSGT00940000166856	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ##29	ENSGT00390000004405.b #30	ENSGT00940000157439.a	ENSGT00750000118756.a	ENSGT00390000000713 #31	ENSGT00940000154534.b.a ##32	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00390000000603	ENSGT00940000157439.b	ENSGT00940000166447
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	13	cdc6 (ENSSFOG00015002758)	wipf2b (ENSSFOG00015002721)	RAPGEFL1 (ENSSFOG00015002667)	casc3 (ENSSFOG00015002645)	MSL1 (ENSSFOG00015002607)	igf2bp1 (ENSSFOG00015002540)	ENSSFOG00015002491	snf8 (ENSSFOG00015002437) #8	ube2z (ENSSFOG00015002387) #9	HOXB13 (ENSSFOG00015002353) #14	hoxb9a (ENSSFOG00015002339) #17	HOXB8 (ENSSFOG00015028715) #18	hoxb7a (ENSSFOG00015002134) #19	HOXB6 (ENSSFOG00015028231) #20	hoxb5b (ENSSFOG00015002080) #21	hoxb4a (ENSSFOG00015002053) #22	hoxb3a (ENSSFOG00015033106) #23	HOXB2 (ENSSFOG00015001984) #24	ENSSFOG00015001958	hoxb1a (ENSSFOG00015001903)	skap1 (ENSSFOG00015001828) #26	snx11 (ENSSFOG00015001657) #27	NFE2L1 (ENSSFOG00015001617) ##29	COPZ2 (ENSSFOG00015001561) #30	ENSSFOG00015001531	cdk5rap3 (ENSSFOG00015001461) #31	prr15la (ENSSFOG00015001431) ##32	pnpo (ENSSFOG00015029234) #33	mrpl10 (ENSSFOG00015001414)	osbpl7 (ENSSFOG00015001331)	tbx21 (ENSSFOG00015028517)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	140								ENSPKIG00000023082	ENSPKIG00000023104	hoxb13a (ENSPKIG00000023111) #14	hoxb9a (ENSPKIG00000023117) #17	hoxb8a (ENSPKIG00000000388) #18	hoxb7a (ENSPKIG00000000397) #19	hoxb6a (ENSPKIG00000000403) #20	hoxb5b (ENSPKIG00000000411) #21	hoxb4a (ENSPKIG00000000416) #22	hoxb3a (ENSPKIG00000000431) #23	hoxb2a (ENSPKIG00000000447) #24	hoxb1a (ENSPKIG00000000454)	skap1 (ENSPKIG00000000481) #26	NFE2L1 (ENSPKIG00000000547) ##29	copz2 (ENSPKIG00000000610) #30	ENSPKIG00000000651	cdk5rap3 (ENSPKIG00000000684) #31	prr15la (ENSPKIG00000000717) ##32	pnpo (ENSPKIG00000000733) #33	mrpl10 (ENSPKIG00000000749)	osbpl7 (ENSPKIG00000000792)	tbx21 (ENSPKIG00000000866)	ENSPKIG00000000901	PDK2 (ENSPKIG00000000931)
Reedfish	MODERN SPECIES	5	igf2bp1 (ENSECRG00000022470)	ENSECRG00000022445	snf8 (ENSECRG00000022423) #8	ube2z (ENSECRG00000022386) #9	atp5mc1 (ENSECRG00000022366)	ENSECRG00000022355 #12	ttll6 (ENSECRG00000022344)	ENSECRG00000022338	hoxb13a (ENSECRG00000022331) #14	hoxb10a (ENSECRG00000022327)	hoxb9a (ENSECRG00000022323) #17	hoxb8a (ENSECRG00000022316) #18	hoxb7a (ENSECRG00000022310) #19	hoxb6a (ENSECRG00000022304) #20	hoxb5b (ENSECRG00000022297) #21	hoxb4a (ENSECRG00000022286) #22	hoxb3a (ENSECRG00000022280) #23	hoxb2a (ENSECRG00000022274) #24	hoxb1b (ENSECRG00000022268) #25	skap1 (ENSECRG00000022254) #26	SNX11 (ENSECRG00000022243) #27	cbx1b (ENSECRG00000022234) #28	NFE2L1 (ENSECRG00000022225) ##29	copz2 (ENSECRG00000022208) #30	ENSECRG00000022194 #31	CDK5RAP3 (ENSECRG00000022184) #31	prr15la (ENSECRG00000022170) ##32	pnpo (ENSECRG00000022161) #33	sp2 (ENSECRG00000022144) #34	socs7 (ENSECRG00000022134)	ENSECRG00000022119