Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006679.b #9	ENSGT00940000160427 #10	ENSGT00390000005121 #12	ENSGT00390000007843 #13	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #14	ENSGT00940000154298.a.b #15	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434 #16	ENSGT00940000159029 #17	ENSGT00940000161386 #18	ENSGT00940000161529 #19	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #31	ENSGT00390000000713 #32	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01100000263525.b.a #8	ENSGT00390000006679.b #9	ENSGT00940000160427 #10	ENSGT00390000005121 #12	ENSGT00390000007843 #13	ENSGT00940000159091 #14	ENSGT00940000154298.a.b #15	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434 #16	ENSGT00940000159029 #17	ENSGT00940000161386 #18	ENSGT00940000161529 #19	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #31	ENSGT00390000000713 #32	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a #8	ENSGT00390000006679.b #9	ENSGT00940000160427 #10	ENSGT00390000005121 #12	ENSGT00390000007843 #13	ENSGT00940000159091 #14	ENSGT00940000154298.a.b #15	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434 #16	ENSGT00940000159029 #17	ENSGT00940000161386 #18	ENSGT00940000161529 #19	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #31	ENSGT00390000000713 #32	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263525.b.a #8	ENSGT00390000006679.b #9	ENSGT00940000160427 #10	ENSGT00390000005121 #12	ENSGT00390000007843 #13	ENSGT00940000159091 #14	ENSGT00940000154298.a.b #15	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434 #16	ENSGT00940000159029 #17	ENSGT00940000161386 #18	ENSGT00940000161529 #19	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #31	ENSGT00390000000713 #32	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Degu	MODERN SPECIES	97	ABI3 (ENSODEG00000017358) #7	GNGT2 (ENSODEG00000017526) #8	B4GALNT2 (ENSODEG00000018456) #9	ENSODEG00000016991 #10	ENSODEG00000017109 #11	GIP (ENSODEG00000017003) #12	ENSODEG00000017032 #13	UBE2Z (ENSODEG00000017306) #14	ATP5MC1 (ENSODEG00000017366) #15	TTLL6 (ENSODEG00000017145) #16	HOXB13 (ENSODEG00000017199) #17	HOXB9 (ENSODEG00000017293) #18	HOXB8 (ENSODEG00000017119) #19	HOXB6 (ENSODEG00000016988) #20	HOXB5 (ENSODEG00000017253) #21	HOXB4 (ENSODEG00000017038) #22	HOXB3 (ENSODEG00000017116) #23	HOXB2 (ENSODEG00000017153) #24	HOXB1 (ENSODEG00000017050) #25	SKAP1 (ENSODEG00000017533) #26	SNX11 (ENSODEG00000017458) #27	CBX1 (ENSODEG00000017272) #28	NFE2L1 (ENSODEG00000017348) #29	ENSODEG00000020421 #30	COPZ2 (ENSODEG00000017565) #31	ENSODEG00000017229 #32	PNPO (ENSODEG00000017424) #33	SP2 (ENSODEG00000017126) #34	SP6 (ENSODEG00000017625) #35	SCRN2 (ENSODEG00000017395) #36	LRRC46 (ENSODEG00000017367) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	158	ABI3 (ENSCLAG00000015475) #7	GNGT2 (ENSCLAG00000014970) #8	B4GALNT2 (ENSCLAG00000016224) #9	IGF2BP1 (ENSCLAG00000015853) #10	ENSCLAG00000014301 #12	SNF8 (ENSCLAG00000013387) #13	UBE2Z (ENSCLAG00000016068) #14	ATP5MC1 (ENSCLAG00000015723) #15	CALCOCO2 (ENSCLAG00000015881)	TTLL6 (ENSCLAG00000013529) #16	HOXB13 (ENSCLAG00000014855) #17	ENSCLAG00000015198 #18	HOXB7 (ENSCLAG00000014906)	HOXB6 (ENSCLAG00000015524) #20	HOXB5 (ENSCLAG00000014374) #21	HOXB4 (ENSCLAG00000014725) #22	HOXB3 (ENSCLAG00000015322) #23	HOXB2 (ENSCLAG00000015271) #24	HOXB1 (ENSCLAG00000013047) #25	SKAP1 (ENSCLAG00000015423) #26	SNX11 (ENSCLAG00000015837) #27	CBX1 (ENSCLAG00000013587) #28	NFE2L1 (ENSCLAG00000014836) #29	COPZ2 (ENSCLAG00000013544) #31	CDK5RAP3 (ENSCLAG00000012292) #32	PRR15L (ENSCLAG00000017903)	PNPO (ENSCLAG00000013871) #33	SP2 (ENSCLAG00000014115) #34	SP6 (ENSCLAG00000016276) #35	LRRC46 (ENSCLAG00000016713) #37	SCRN2 (ENSCLAG00000013965) #36
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	12	B4GALNT2 (ENSHGLG00000011792) #9	IGF2BP1 (ENSHGLG00000010492) #10	ENSHGLG00000010703 #12	SNF8 (ENSHGLG00000011519) #13	UBE2Z (ENSHGLG00000016280) #14	ATP5MC1 (ENSHGLG00000035460) #15	CALCOCO2 (ENSHGLG00000012114)	TTLL6 (ENSHGLG00000019187) #16	HOXB13 (ENSHGLG00000014634) #17	ENSHGLG00000048296	HOXB9 (ENSHGLG00000014731) #18	HOXB8 (ENSHGLG00000038380) #19	HOXB7 (ENSHGLG00000045318)	HOXB6 (ENSHGLG00000012400) #20	HOXB5 (ENSHGLG00000039265) #21	HOXB4 (ENSHGLG00000034075) #22	HOXB3 (ENSHGLG00000010686) #23	HOXB2 (ENSHGLG00000010090) #24	HOXB1 (ENSHGLG00000009781) #25	SKAP1 (ENSHGLG00000014563) #26	SNX11 (ENSHGLG00000016837) #27	CBX1 (ENSHGLG00000013574) #28	NFE2L1 (ENSHGLG00000012592) #29	COPZ2 (ENSHGLG00000018543) #31	CDK5RAP3 (ENSHGLG00000019464) #32	PRR15L (ENSHGLG00000014696)	PNPO (ENSHGLG00000013159) #33	SP2 (ENSHGLG00000009902) #34	SP6 (ENSHGLG00000021113) #35	SCRN2 (ENSHGLG00000041375) #36	LRRC46 (ENSHGLG00000035931) #37
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006679.b #9	ENSGT00940000160427 #10	ENSGT00390000005121 #12	ENSGT00390000007843 #13	ENSGT00990000209473	ENSGT00940000159091 #14	ENSGT00940000154298.a.b #15	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434 #16	ENSGT00940000159029 #17	ENSGT00940000161386 #18	ENSGT00940000161529 #19	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #31	ENSGT00390000000713 #32	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01100000263525.b.a #8	ENSGT00390000006679.b #9	ENSGT00940000160427 #10	ENSGT00390000005121 #12	ENSGT00390000007843 #13	ENSGT00940000159091 #14	ENSGT00940000154298.a.b #15	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434 #16	ENSGT00940000159029 #17	ENSGT00940000161386 #18	ENSGT00940000161529 #19	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #31	ENSGT00390000000713 #32	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Alpin marmot	MODERN SPECIES	42	PHOSPHO1 (ENSMMMG00000000434)	ABI3 (ENSMMMG00000000452) #7	GNGT2 (ENSMMMG00000000525) #8	B4GALNT2 (ENSMMMG00000000569) #9	IGF2BP1 (ENSMMMG00000000613) #10	GIP (ENSMMMG00000000652) #12	SNF8 (ENSMMMG00000000680) #13	UBE2Z (ENSMMMG00000000717) #14	ATP5MC1 (ENSMMMG00000000731) #15	ENSMMMG00000000759	TTLL6 (ENSMMMG00000001013) #16	HOXB13 (ENSMMMG00000001064) #17	HOXB7 (ENSMMMG00000001087)	HOXB6 (ENSMMMG00000001098) #20	HOXB5 (ENSMMMG00000001112) #21	HOXB4 (ENSMMMG00000001129) #22	HOXB3 (ENSMMMG00000001139) #23	HOXB1 (ENSMMMG00000001151) #25	SKAP1 (ENSMMMG00000001168) #26	SNX11 (ENSMMMG00000001243) #27	CBX1 (ENSMMMG00000001254) #28	NFE2L1 (ENSMMMG00000001284) #29	COPZ2 (ENSMMMG00000001352) #31	CDK5RAP3 (ENSMMMG00000001404) #32	GOSR2 (ENSMMMG00000001471)	RPRML (ENSMMMG00000001486)	LYZL6 (ENSMMMG00000001501)	ENSMMMG00000001520	ENSMMMG00000001551	ENSMMMG00000001756	ENSMMMG00000001792
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000006679.b #9	ENSGT00940000160427 #10	ENSGT00390000005121 #12	ENSGT00390000007843 #13	ENSGT00940000159091 #14	ENSGT00940000154298.a.b #15	ENSGT00940000159720	ENSGT00950000183025.a	ENSGT00940000161434 #16	ENSGT00940000159029 #17	ENSGT00940000161386 #18	ENSGT00940000161529 #19	ENSGT00940000161230	ENSGT00940000161108 #20	ENSGT00940000158354 #21	ENSGT00940000162072 #22	ENSGT00940000159774 #23	ENSGT00940000155029.c.b #24	ENSGT00940000159503 #25	ENSGT00390000017856.b #26	ENSGT00940000160113 #27	ENSGT00940000154152.d.b.dc.b #28	ENSGT00950000182892.a.b.a.a #29	ENSGT00390000004405.b #31	ENSGT00390000000713 #32	ENSGT00940000154534.a	ENSGT00390000011219 #33	ENSGT00940000159590 #34	ENSGT00940000161498 #35	ENSGT00390000013474.b.a #36	ENSGT00940000161315 #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	46	GNGT2 (ENSUPAG00010006078) #8	B4GALNT2 (ENSUPAG00010006086) #9	IGF2BP1 (ENSUPAG00010006100) #10	GIP (ENSUPAG00010006136) #12	SNF8 (ENSUPAG00010006148) #13	UBE2Z (ENSUPAG00010006178) #14	ENSUPAG00010006195	CALCOCO2 (ENSUPAG00010006243)	TTLL6 (ENSUPAG00010006267) #16	HOXB13 (ENSUPAG00010006301) #17	HOXB9 (ENSUPAG00010006305) #18	HOXB8 (ENSUPAG00010006310) #19	HOXB7 (ENSUPAG00010006312)	HOXB6 (ENSUPAG00010006317) #20	HOXB5 (ENSUPAG00010006320) #21	HOXB4 (ENSUPAG00010006325) #22	HOXB3 (ENSUPAG00010006328) #23	HOXB2 (ENSUPAG00010006336) #24	HOXB1 (ENSUPAG00010006340) #25	SKAP1 (ENSUPAG00010006345) #26	SNX11 (ENSUPAG00010006370) #27	CBX1 (ENSUPAG00010006381) #28	NFE2L1 (ENSUPAG00010006396) #29	COPZ2 (ENSUPAG00010006455) #31	CDK5RAP3 (ENSUPAG00010006466) #32	PRR15L (ENSUPAG00010006473)	PNPO (ENSUPAG00010006483) #33	SP2 (ENSUPAG00010006507) #34	SP6 (ENSUPAG00010006522) #35	SCRN2 (ENSUPAG00010006526) #36	LRRC46 (ENSUPAG00010006533) #37
Squirrel	MODERN SPECIES	90	B4GALNT2 (ENSSTOG00000007604) #9	IGF2BP1 (ENSSTOG00000010643) #10	GIP (ENSSTOG00000004043) #12	SNF8 (ENSSTOG00000004023) #13	UBE2Z (ENSSTOG00000000796) #14	ATP5MC1 (ENSSTOG00000013404) #15	ENSSTOG00000013395	TTLL6 (ENSSTOG00000006016) #16	ENSSTOG00000025444	HOXB13 (ENSSTOG00000014942) #17	HOXB9 (ENSSTOG00000009741) #18	HOXB8 (ENSSTOG00000028337) #19	HOXB7 (ENSSTOG00000025657)	HOXB6 (ENSSTOG00000020303) #20	HOXB5 (ENSSTOG00000009740) #21	HOXB4 (ENSSTOG00000009734) #22	HOXB3 (ENSSTOG00000025093) #23	HOXB2 (ENSSTOG00000023586) #24	HOXB1 (ENSSTOG00000028630) #25	SKAP1 (ENSSTOG00000013692) #26	SNX11 (ENSSTOG00000013684) #27	CBX1 (ENSSTOG00000023986) #28	NFE2L1 (ENSSTOG00000013664) #29	ENSSTOG00000027550 #31	CDK5RAP3 (ENSSTOG00000006244) #32	PRR15L (ENSSTOG00000006235)	PNPO (ENSSTOG00000006221) #33	SP2 (ENSSTOG00000015926) #34	SP6 (ENSSTOG00000001607) #35	SCRN2 (ENSSTOG00000027108) #36	LRRC46 (ENSSTOG00000002068) #37
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	B4GALNT2 (ENSSVLG00005020850) #9	IGF2BP1 (ENSSVLG00005020596) #10	GIP (ENSSVLG00005020522) #12	SNF8 (ENSSVLG00005020472) #13	ENSSVLG00005020450	UBE2Z (ENSSVLG00005020428) #14	ATP5MC1 (ENSSVLG00005020344) #15	CALCOCO2 (ENSSVLG00005020296)	TTLL6 (ENSSVLG00005020005) #16	HOXB13 (ENSSVLG00005019820) #17	HOXB9 (ENSSVLG00005019725) #18	HOXB8 (ENSSVLG00005019675) #19	HOXB7 (ENSSVLG00005019618)	HOXB6 (ENSSVLG00005019586) #20	HOXB5 (ENSSVLG00005019546) #21	HOXB4 (ENSSVLG00005019455) #22	HOXB3 (ENSSVLG00005019421) #23	HOXB2 (ENSSVLG00005019378) #24	HOXB1 (ENSSVLG00005019304) #25	SKAP1 (ENSSVLG00005019232) #26	SNX11 (ENSSVLG00005019122) #27	CBX1 (ENSSVLG00005019034) #28	NFE2L1 (ENSSVLG00005018798) #29	COPZ2 (ENSSVLG00005018641) #31	CDK5RAP3 (ENSSVLG00005018459) #32	PRR15L (ENSSVLG00005018399)	PNPO (ENSSVLG00005018295) #33	ENSSVLG00005018218 #34	SP6 (ENSSVLG00005018194) #35	SCRN2 (ENSSVLG00005018077) #36	LRRC46 (ENSSVLG00005018036) #37