Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155867 #7	ENSGT00440000033504.B #8	ENSGT00940000156857 #9	ENSGT00940000155180.b #11	ENSGT00390000013224 #12	ENSGT00940000160821 #14	ENSGT00940000157821 #15	ENSGT00390000010229 #16	ENSGT00940000153414.A #17	ENSGT00940000159401 #18	ENSGT00940000153313.C.b #19	ENSGT00390000006865 #20	ENSGT00940000160161	ENSGT00940000162469 #21	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860 #22	ENSGT00390000007725.A.a #23	ENSGT00940000155840.C #25	ENSGT00940000155810 #26	ENSGT00940000155083.b #27	ENSGT00940000161250 #28	ENSGT00940000159540 #29	ENSGT00940000160952 #30	ENSGT00940000162178 #31	ENSGT00510000049297 #32	ENSGT00940000160453 #33	ENSGT00940000161390 #34	ENSGT00390000018821 #35	ENSGT00940000153566.a #36	ENSGT00940000153298.n #37	ENSGT00510000046803.b.b
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000161249	ENSGT00940000155867 #7	ENSGT00440000033504.B #8	ENSGT00940000156857 #9	ENSGT00940000155180.b #11	ENSGT00390000013224 #12	ENSGT00940000160821 #14	ENSGT00940000157821 #15	ENSGT00390000010229 #16	ENSGT00940000153414.A #17	ENSGT00940000159401 #18	ENSGT00940000153313.C.b #19	ENSGT00390000006865 #20	ENSGT00940000162469 #21	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860 #22	ENSGT00390000007725.A.a #23	ENSGT00940000155840.C #25	ENSGT00940000155810 #26	ENSGT00940000155083.b #27	ENSGT00940000161250 #28	ENSGT00940000159540 #29	ENSGT00940000160952 #30	ENSGT00940000162178 #31	ENSGT00510000049297 #32	ENSGT00940000160453 #33	ENSGT00940000161390 #34	ENSGT00390000018821 #35	ENSGT00940000153566.a #36	ENSGT00940000153298.n #37	ENSGT00510000046803.b.b
Degu	MODERN SPECIES	219	PRMT8 (ENSODEG00000002262) #7	CRACR2A (ENSODEG00000002836) #8	PARP11 (ENSODEG00000002808) #9	ENSODEG00000002739 #10	CCND2 (ENSODEG00000002727) #11	TIGAR (ENSODEG00000002673) #12	ENSODEG00000018871 #13	FGF23 (ENSODEG00000002640) #14	FGF6 (ENSODEG00000002627) #15	ENSODEG00000002588 #16	RAD51AP1 (ENSODEG00000002547) #17	DYRK4 (ENSODEG00000002344) #18	AKAP3 (ENSODEG00000003183) #19	NDUFA9 (ENSODEG00000003154) #20	KCNA6 (ENSODEG00000019303) #21	KCNA5 (ENSODEG00000019098) #22	NTF3 (ENSODEG00000003025) #23	ENSODEG00000018854 #24	ANO2 (ENSODEG00000002927) #25	VWF (ENSODEG00000002617) #26	CD9 (ENSODEG00000005241) #27	PLEKHG6 (ENSODEG00000005186) #28	TNFRSF1A (ENSODEG00000004861) #29	SCNN1A (ENSODEG00000004767) #30	LTBR (ENSODEG00000004616) #31	CD27 (ENSODEG00000004529) #32	TAPBPL (ENSODEG00000004477) #33	VAMP1 (ENSODEG00000004453) #34	MRPL51 (ENSODEG00000004435) #35	NCAPD2 (ENSODEG00000004156) #36	ENSODEG00000004114 #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	120	ENSCLAG00000013150	PRMT8 (ENSCLAG00000014521) #7	CRACR2A (ENSCLAG00000013246) #8	PARP11 (ENSCLAG00000012852) #9	CCND2 (ENSCLAG00000012527) #11	TIGAR (ENSCLAG00000013103) #12	FGF23 (ENSCLAG00000014451) #14	FGF6 (ENSCLAG00000013612) #15	C12orf4 (ENSCLAG00000012415) #16	RAD51AP1 (ENSCLAG00000013907) #17	DYRK4 (ENSCLAG00000016008) #18	AKAP3 (ENSCLAG00000015044) #19	NDUFA9 (ENSCLAG00000014849) #20	KCNA6 (ENSCLAG00000014216) #21	KCNA1 (ENSCLAG00000013088)	KCNA5 (ENSCLAG00000018083) #22	NTF3 (ENSCLAG00000016065) #23	ANO2 (ENSCLAG00000015450) #25	VWF (ENSCLAG00000014671) #26	CD9 (ENSCLAG00000013477) #27	PLEKHG6 (ENSCLAG00000015229) #28	TNFRSF1A (ENSCLAG00000016084) #29	SCNN1A (ENSCLAG00000015244) #30	LTBR (ENSCLAG00000013106) #31	CD27 (ENSCLAG00000016154) #32	TAPBPL (ENSCLAG00000016184) #33	VAMP1 (ENSCLAG00000012860) #34	MRPL51 (ENSCLAG00000011881) #35	NCAPD2 (ENSCLAG00000013118) #36	GAPDH (ENSCLAG00000013783) #37	IFFO1 (ENSCLAG00000014944)
Guinea pig	MODERN SPECIES	107	PRMT8 (ENSCPOG00000005780) #7	CRACR2A (ENSCPOG00000020119) #8	PARP11 (ENSCPOG00000009784) #9	CCND2 (ENSCPOG00000026573) #11	TIGAR (ENSCPOG00000009667) #12	FGF23 (ENSCPOG00000005702) #14	FGF6 (ENSCPOG00000037696) #15	C12orf4 (ENSCPOG00000008414) #16	RAD51AP1 (ENSCPOG00000035787) #17	DYRK4 (ENSCPOG00000010199) #18	AKAP3 (ENSCPOG00000039169) #19	NDUFA9 (ENSCPOG00000010206) #20	GALNT8 (ENSCPOG00000004774)	KCNA6 (ENSCPOG00000003874) #21	KCNA1 (ENSCPOG00000004477)	KCNA5 (ENSCPOG00000004475) #22	NTF3 (ENSCPOG00000000269) #23	ANO2 (ENSCPOG00000000909) #25	VWF (ENSCPOG00000000912) #26	CD9 (ENSCPOG00000034556) #27	ENSCPOG00000033321	ENSCPOG00000036574	ENSCPOG00000022824