Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000164047.c.b Mammalia ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 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ENSGT00940000156997 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a 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ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Sperm whale MODERN SPECIES 10 ENSPCTG00005013881 MEX3C (ENSPCTG00005013828) SMAD4 (ENSPCTG00005013716) ELAC1 (ENSPCTG00005013645) ME2 (ENSPCTG00005013372) MRO (ENSPCTG00005013153) ENSPCTG00005013095 SKA1 (ENSPCTG00005012981) CXXC1 (ENSPCTG00005012649) MBD1 (ENSPCTG00005012098) CFAP53 (ENSPCTG00005012030) ENSPCTG00005010783 ENSPCTG00005010644 ACAA2 (ENSPCTG00005010500) LIPG (ENSPCTG00005010413) ENSPCTG00005010250 #22 ENSPCTG00005010201 DYM (ENSPCTG00005009929) CTIF (ENSPCTG00005009802) ZBTB7C (ENSPCTG00005009728) SMAD2 (ENSPCTG00005009494) SKOR2 (ENSPCTG00005009374) IER3IP1 (ENSPCTG00005009339) HDHD2 (ENSPCTG00005009305) KATNAL2 (ENSPCTG00005009038) ENSPCTG00005008984 PIAS2 (ENSPCTG00005008808) ENSPCTG00005008636 ST8SIA5 (ENSPCTG00005008579) ENSPCTG00005008447 RNF165 (ENSPCTG00005008364) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000166688.b ENSGT00960000190376.b ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654.i ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.k ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000166688.b ENSGT00960000190376.b ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654.i ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.k ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Vaquita MODERN SPECIES 5 ENSPSNG00000007972 MEX3C (ENSPSNG00000007985) SMAD4 (ENSPSNG00000008007) ELAC1 (ENSPSNG00000008066) ME2 (ENSPSNG00000008129) MRO (ENSPSNG00000008257) ENSPSNG00000008320 SKA1 (ENSPSNG00000008361) CXXC1 (ENSPSNG00000008435) MBD1 (ENSPSNG00000008606) CFAP53 (ENSPSNG00000008868) MYO5B (ENSPSNG00000008965) ENSPSNG00000009066 ACAA2 (ENSPSNG00000009112) LIPG (ENSPSNG00000009216) ENSPSNG00000009327 #22 ENSPSNG00000009445 DYM (ENSPSNG00000009515) ENSPSNG00000009632 ENSPSNG00000009707 CTIF (ENSPSNG00000009732) ZBTB7C (ENSPSNG00000009825) SMAD2 (ENSPSNG00000009901) SKOR2 (ENSPSNG00000010229) IER3IP1 (ENSPSNG00000010315) HDHD2 (ENSPSNG00000010382) KATNAL2 (ENSPSNG00000010440) ENSPSNG00000010683 PIAS2 (ENSPSNG00000010743) ST8SIA5 (ENSPSNG00000010902) LOXHD1 (ENSPSNG00000011419) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Equus ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Donkey MODERN SPECIES 27 POLI (ENSEASG00005003488) ENSEASG00005003504 DCC (ENSEASG00005003571) MEX3C (ENSEASG00005032865) SMAD4 (ENSEASG00005003805) ELAC1 (ENSEASG00005003810) ME2 (ENSEASG00005003813) MRO (ENSEASG00005003818) MAPK4 (ENSEASG00005003821) SKA1 (ENSEASG00005033486) CXXC1 (ENSEASG00005003826) ENSEASG00005003857 MYO5B (ENSEASG00005004025) ACAA2 (ENSEASG00005005395) LIPG (ENSEASG00005005399) ENSEASG00005025626 #22 ENSEASG00005031152 DYM (ENSEASG00005015845) SMAD7 (ENSEASG00005016092) CTIF (ENSEASG00005016094) ZBTB7C (ENSEASG00005016097) SMAD2 (ENSEASG00005016099) SKOR2 (ENSEASG00005016101) IER3IP1 (ENSEASG00005037358) HDHD2 (ENSEASG00005016104) ENSEASG00005028481 KATNAL2 (ENSEASG00005016106) ENSEASG00005016132 PIAS2 (ENSEASG00005016126) ST8SIA5 (ENSEASG00005016136) LOXHD1 (ENSEASG00005016151) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00950000183010.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 953 MEX3C (ENSMLUG00000012585) SMAD4 (ENSMLUG00000013944) ENSMLUG00000022522 ELAC1 (ENSMLUG00000013941) ME2 (ENSMLUG00000013932) MRO (ENSMLUG00000014572) MAPK4 (ENSMLUG00000014569) SKA1 (ENSMLUG00000013388) CXXC1 (ENSMLUG00000025328) MBD1 (ENSMLUG00000008286) ENSMLUG00000016723 MYO5B (ENSMLUG00000016701) ACAA2 (ENSMLUG00000022960) LIPG (ENSMLUG00000004113) ENSMLUG00000029264 #22 DYM (ENSMLUG00000003419) SMAD7 (ENSMLUG00000016080) CTIF (ENSMLUG00000003025) ZBTB7C (ENSMLUG00000030000) SMAD2 (ENSMLUG00000008857) ENSMLUG00000028440 ENSMLUG00000028696 HDHD2 (ENSMLUG00000004087) KATNAL2 (ENSMLUG00000004078) ENSMLUG00000008902 ST8SIA5 (ENSMLUG00000008890) LOXHD1 (ENSMLUG00000008832) RNF165 (ENSMLUG00000008813) C18orf25 (ENSMLUG00000008806) HAUS1 (ENSMLUG00000009879) Microbat MODERN SPECIES 1438 ERCC4 (ENSMLUG00000009396) MRTFB (ENSMLUG00000000799) ##32 ENSMLUG00000022610 #22 Microbat MODERN SPECIES 738 ENSMLUG00000025554 #22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Primates ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.s ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 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ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 606 DCC (ENSPSMG00000020751) MEX3C (ENSPSMG00000020603) SMAD4 (ENSPSMG00000020569) ENSPSMG00000020513 ME2 (ENSPSMG00000020268) MRO (ENSPSMG00000019937) MAPK4 (ENSPSMG00000019888) SKA1 (ENSPSMG00000019864) CXXC1 (ENSPSMG00000019839) MBD1 (ENSPSMG00000019377) CFAP53 (ENSPSMG00000019120) MYO5B (ENSPSMG00000019098) ACAA2 (ENSPSMG00000018945) LIPG (ENSPSMG00000018901) ENSPSMG00000018857 #22 ENSPSMG00000018846 DYM (ENSPSMG00000018799) SMAD7 (ENSPSMG00000018729) CTIF (ENSPSMG00000018691) ZBTB7C (ENSPSMG00000018657) SMAD2 (ENSPSMG00000018402) SKOR2 (ENSPSMG00000018268) ENSPSMG00000018261 HDHD2 (ENSPSMG00000018254) ENSPSMG00000018244 KATNAL2 (ENSPSMG00000018239) PIAS2 (ENSPSMG00000018197) ST8SIA5 (ENSPSMG00000018127) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 262 ACAA2 (ENSPCOG00000021233) LIPG (ENSPCOG00000017489) ENSPCOG00000024759 #22 C18orf32 (ENSPCOG00000028796) DYM (ENSPCOG00000010198) SMAD7 (ENSPCOG00000003237) CTIF (ENSPCOG00000013391) ZBTB7C (ENSPCOG00000019918) SMAD2 (ENSPCOG00000000934) SKOR2 (ENSPCOG00000016973) IER3IP1 (ENSPCOG00000000443) HDHD2 (ENSPCOG00000024401) KATNAL2 (ENSPCOG00000013440) PIAS2 (ENSPCOG00000028397) ST8SIA5 (ENSPCOG00000021186) LOXHD1 (ENSPCOG00000027350) RNF165 (ENSPCOG00000017842) C18orf25 (ENSPCOG00000026561) Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 10 DCC (ENSMICG00000003408) MEX3C (ENSMICG00000005815) SMAD4 (ENSMICG00000017525) ELAC1 (ENSMICG00000017524) ENSMICG00000017523 ENSMICG00000045071 MRO (ENSMICG00000008008) MAPK4 (ENSMICG00000015044) SKA1 (ENSMICG00000006429) CXXC1 (ENSMICG00000006424) MBD1 (ENSMICG00000006414) CFAP53 (ENSMICG00000006410) MYO5B (ENSMICG00000005287) ACAA2 (ENSMICG00000005278) LIPG (ENSMICG00000017104) ENSMICG00000017102 #22 C18orf32 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(ENSMICG00000049505) POGLUT1 (ENSMICG00000048901) TIMMDC1 (ENSMICG00000049136) CD80 (ENSMICG00000049031) ADPRH (ENSMICG00000048870) PLA1A (ENSMICG00000049474) POPDC2 (ENSMICG00000048913) COX17 (ENSMICG00000049148) CFAP91 (ENSMICG00000049028) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Glires ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b 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ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Kangaroo rat MODERN SPECIES 428 Il7 (ENSDORG00000028304) Zc2hc1a (ENSDORG00000001862) Pkia (ENSDORG00000025538) ENSDORG00000023488 ENSDORG00000025479 #22 Pex2 (ENSDORG00000016372) Zfhx4 (ENSDORG00000016167) ENSDORG00000024577 Hnf4g (ENSDORG00000014548) Crispld1 (ENSDORG00000007128) Pi15 (ENSDORG00000003978) Gdap1 (ENSDORG00000006224) Jph1 (ENSDORG00000028458) Ly96 (ENSDORG00000014550) ENSDORG00000027111 ENSDORG00000023483 Stau2 (ENSDORG00000014308) Rdh10 (ENSDORG00000024154) ENSDORG00000027501 4930444P10Rik (ENSDORG00000030113) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Lesser Egyptian jerboa DUPLICATION Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 78 Bend3 (ENSJJAG00000015264) Mtres1 (ENSJJAG00000023519) Qrsl1 (ENSJJAG00000012030) Rtn4ip1 (ENSJJAG00000016075) ENSJJAG00000017114 Atg5 (ENSJJAG00000015537) Prdm1 (ENSJJAG00000023075) Prep (ENSJJAG00000020209) Popdc3 (ENSJJAG00000014670) Bves (ENSJJAG00000012371) Lin28b (ENSJJAG00000011024) Hace1 (ENSJJAG00000013574) ENSJJAG00000000658 ENSJJAG00000023039 Grik2 (ENSJJAG00000019973) ENSJJAG00000009659 #22 Ascc3 (ENSJJAG00000022570) ENSJJAG00000018345 Prdm13 (ENSJJAG00000017076) ENSJJAG00000014057 ENSJJAG00000011362 ENSJJAG00000012978 ENSJJAG00000006075 Usp45 (ENSJJAG00000014836) ENSJJAG00000010604 ENSJJAG00000022314 ENSJJAG00000021880 ENSJJAG00000014861 ENSJJAG00000013919 ENSJJAG00000022306 ENSJJAG00000013294 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 52 Casp8 (ENSJJAG00000014714) Cflar (ENSJJAG00000024196) Hycc2 (ENSJJAG00000022468) ENSJJAG00000010907 Orc2 (ENSJJAG00000011615) Nif3l1 (ENSJJAG00000012006) ENSJJAG00000013473 Clk1 (ENSJJAG00000024354) Bzw1 (ENSJJAG00000022065) Aox2 (ENSJJAG00000011668) Aox4 (ENSJJAG00000017799) Aox1 (ENSJJAG00000019598) ENSJJAG00000015058 Kctd18 (ENSJJAG00000016069) Spats2l (ENSJJAG00000019268) ENSJJAG00000010933 #22 ENSJJAG00000012063 Maip1 (ENSJJAG00000023816) Tyw5 (ENSJJAG00000019361) 1700066M21Rik (ENSJJAG00000019976) ENSJJAG00000023987 Satb2 (ENSJJAG00000019883) ENSJJAG00000012932 Plcl1 (ENSJJAG00000024297) Boll (ENSJJAG00000015508) Mars2 (ENSJJAG00000023940) Rftn2 (ENSJJAG00000002223) ENSJJAG00000009865 ENSJJAG00000012025 ENSJJAG00000016713 Coq10b (ENSJJAG00000020646) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 615 Rpl17 (ENSNGAG00000013518) #22 BC031181 (ENSNGAG00000013970) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 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ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Mus ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00860000135602 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000168426 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648.c ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Shrew mouse MODERN SPECIES 6 Dcc (MGP_PahariEiJ_G0019118) Mex3c (MGP_PahariEiJ_G0019119) Smad4 (MGP_PahariEiJ_G0019120) Elac1 (MGP_PahariEiJ_G0019121) Me2 (MGP_PahariEiJ_G0019122) MGP_PahariEiJ_G0019123 Mapk4 (MGP_PahariEiJ_G0019124) MGP_PahariEiJ_G0019125 Ska1 (MGP_PahariEiJ_G0019126) Cxxc1 (MGP_PahariEiJ_G0019127) MGP_PahariEiJ_G0019128 Cfap53 (MGP_PahariEiJ_G0019129) Myo5b (MGP_PahariEiJ_G0019130) Acaa2 (MGP_PahariEiJ_G0019131) Lipg (MGP_PahariEiJ_G0019132) Rpl17 (MGP_PahariEiJ_G0019133) #22 BC031181 (MGP_PahariEiJ_G0019134) Dym (MGP_PahariEiJ_G0019135) Smad7 (MGP_PahariEiJ_G0019136) Ctif (MGP_PahariEiJ_G0019137) Zbtb7c (MGP_PahariEiJ_G0019138) Smad2 (MGP_PahariEiJ_G0019139) Skor2 (MGP_PahariEiJ_G0019140) MGP_PahariEiJ_G0019141 Hdhd2 (MGP_PahariEiJ_G0019142) Katnal2 (MGP_PahariEiJ_G0019143) Pias2 (MGP_PahariEiJ_G0019144) MGP_PahariEiJ_G0019145 St8sia5 (MGP_PahariEiJ_G0019146) MGP_PahariEiJ_G0019147 Rnf165 (MGP_PahariEiJ_G0019148) Mus_A ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 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ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 153 ENSCGRG00001004249 Dcc (ENSCGRG00001019199) Mex3c (ENSCGRG00001014162) Smad4 (ENSCGRG00001022246) Elac1 (ENSCGRG00001008766) Me2 (ENSCGRG00001023816) Mro (ENSCGRG00001020055) Mapk4 (ENSCGRG00001013070) Ska1 (ENSCGRG00001004278) Cxxc1 (ENSCGRG00001024166) Mbd1 (ENSCGRG00001014843) ENSCGRG00001020552 Myo5b (ENSCGRG00001023182) Acaa2 (ENSCGRG00001003556) Lipg (ENSCGRG00001017705) Rpl17 (ENSCGRG00001020137) #22 BC031181 (ENSCGRG00001018350) ENSCGRG00001015256 Dym (ENSCGRG00001007723) Smad7 (ENSCGRG00001017713) Ctif (ENSCGRG00001020158) Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 680 Mapk4 (ENSMAUG00000017116) Ska1 (ENSMAUG00000003566) Cxxc1 (ENSMAUG00000015537) ENSMAUG00000021798 ENSMAUG00000010397 Myo5b (ENSMAUG00000000930) Acaa2 (ENSMAUG00000018671) Lipg (ENSMAUG00000000351) Rpl17 (ENSMAUG00000015927) #22 BC031181 (ENSMAUG00000019483) Dym (ENSMAUG00000017721) ENSMAUG00000020878 Smad7 (ENSMAUG00000020326) Ctif (ENSMAUG00000000656) Zbtb7c (ENSMAUG00000000374) Smad2 (ENSMAUG00000006737) Skor2 (ENSMAUG00000016006) ENSMAUG00000012040 Hdhd2 (ENSMAUG00000019526) Katnal2 (ENSMAUG00000019836) Pias2 (ENSMAUG00000014565) St8sia5 (ENSMAUG00000011966) Loxhd1 (ENSMAUG00000010353) Rnf165 (ENSMAUG00000017550) Golden Hamster MODERN SPECIES 821 Pknox2 (ENSMAUG00000004650) Fez1 (ENSMAUG00000015643) Ei24 (ENSMAUG00000009668) Stt3a (ENSMAUG00000015794) Chek1 (ENSMAUG00000012717) Acrv1 (ENSMAUG00000008554) ENSMAUG00000000339 Pate13 (ENSMAUG00000014338) ENSMAUG00000003428 Pate6 (ENSMAUG00000014230) Pate7 (ENSMAUG00000011718) Pate10 (ENSMAUG00000013473) ENSMAUG00000002112 #22 Pate1 (ENSMAUG00000016736) ENSMAUG00000012947 Pate3 (ENSMAUG00000010689) Pate4 (ENSMAUG00000000630) Pus3 (ENSMAUG00000015873) Ddx25 (ENSMAUG00000012406) Gm1113 (ENSMAUG00000012427) Cdon (ENSMAUG00000019406) Rpusd4 (ENSMAUG00000010280) Fam118b (ENSMAUG00000015994) Srpr (ENSMAUG00000015648) Foxred1 (ENSMAUG00000008341) Tirap (ENSMAUG00000016076) Dcps (ENSMAUG00000011332) St3gal4 (ENSMAUG00000008836) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 10 ENSPEMG00000022227 Smad4 (ENSPEMG00000013699) Elac1 (ENSPEMG00000002394) Me2 (ENSPEMG00000031101) Mro (ENSPEMG00000022802) Mapk4 (ENSPEMG00000023783) Ska1 (ENSPEMG00000021084) Cxxc1 (ENSPEMG00000022532) Mbd1 (ENSPEMG00000022630) Cfap53 (ENSPEMG00000024092) Myo5b (ENSPEMG00000020539) Acaa2 (ENSPEMG00000022034) ENSPEMG00000025726 ENSPEMG00000028900 Lipg (ENSPEMG00000021868) Rpl17 (ENSPEMG00000001520) #22 Dym (ENSPEMG00000020826) Smad7 (ENSPEMG00000021331) Ctif (ENSPEMG00000022746) Zbtb7c (ENSPEMG00000020629) Smad2 (ENSPEMG00000020383) Skor2 (ENSPEMG00000022190) ENSPEMG00000026193 Hdhd2 (ENSPEMG00000020912) Katnal2 (ENSPEMG00000021096) Pias2 (ENSPEMG00000022220) St8sia5 (ENSPEMG00000022119) Loxhd1 (ENSPEMG00000022919) ENSPEMG00000029031 8030462N17Rik (ENSPEMG00000010341) Haus1 (ENSPEMG00000021388) Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 5 ENSMOCG00000002868 Dcc (ENSMOCG00000002873) Mex3c (ENSMOCG00000012424) Smad4 (ENSMOCG00000014880) Elac1 (ENSMOCG00000013625) ENSMOCG00000019370 Mro (ENSMOCG00000001134) Mapk4 (ENSMOCG00000017622) Ska1 (ENSMOCG00000000860) Cxxc1 (ENSMOCG00000018819) ENSMOCG00000011976 ENSMOCG00000008152 Myo5b (ENSMOCG00000022368) Acaa2 (ENSMOCG00000004236) Lipg (ENSMOCG00000020738) Rpl17 (ENSMOCG00000012741) #22 BC031181 (ENSMOCG00000012446) Dym (ENSMOCG00000022593) Smad7 (ENSMOCG00000001269) Ctif (ENSMOCG00000020507) Zbtb7c (ENSMOCG00000017640) Smad2 (ENSMOCG00000017648) Skor2 (ENSMOCG00000018264) ENSMOCG00000009073 Hdhd2 (ENSMOCG00000008063) Katnal2 (ENSMOCG00000011716) Pias2 (ENSMOCG00000015605) St8sia5 (ENSMOCG00000011361) Loxhd1 (ENSMOCG00000016732) ENSMOCG00000019837 8030462N17Rik (ENSMOCG00000000844) Prairie vole MODERN SPECIES 12 ENSMOCG00000011833 Hp (ENSMOCG00000022096) Txnl4b (ENSMOCG00000013902) Dhx38 (ENSMOCG00000016798) Pmfbp1 (ENSMOCG00000008708) Zfhx3 (ENSMOCG00000017998) Psmd7 (ENSMOCG00000018363) Wwp2 (ENSMOCG00000019211) Nob1 (ENSMOCG00000010370) ENSMOCG00000009352 Cntnap4 (ENSMOCG00000005286) ENSMOCG00000010395 Mon1b (ENSMOCG00000003753) Syce1l (ENSMOCG00000022883) Adamts18 (ENSMOCG00000015505) ENSMOCG00000010114 #22 Nudt7 (ENSMOCG00000015530) Vat1l (ENSMOCG00000018479) Clec3a (ENSMOCG00000016149) Wwox (ENSMOCG00000013122) Maf (ENSMOCG00000017607) Dynlrb2 (ENSMOCG00000016123) Cdyl2 (ENSMOCG00000021578) ENSMOCG00000007353 Cenpn (ENSMOCG00000011952) Atmin (ENSMOCG00000020741) 1700030J22Rik (ENSMOCG00000021044) Gcsh (ENSMOCG00000000583) Pkd1l2 (ENSMOCG00000017193) Bco1 (ENSMOCG00000015152) Gan (ENSMOCG00000022503) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 ENSSVLG00005024226 DCC (ENSSVLG00005023748) ENSSVLG00005023623 SMAD4 (ENSSVLG00005023577) ELAC1 (ENSSVLG00005023532) ENSSVLG00005022892 MRO (ENSSVLG00005022669) MAPK4 (ENSSVLG00005022625) SKA1 (ENSSVLG00005022508) CXXC1 (ENSSVLG00005021998) ENSSVLG00005021347 CFAP53 (ENSSVLG00005021141) MYO5B (ENSSVLG00005020740) ACAA2 (ENSSVLG00005020577) LIPG (ENSSVLG00005020493) ENSSVLG00005020364 #22 ENSSVLG00005020326 DYM (ENSSVLG00005019977) SMAD7 (ENSSVLG00005019787) CTIF (ENSSVLG00005019619) ZBTB7C (ENSSVLG00005019433) ENSSVLG00005019379 SKOR2 (ENSSVLG00005019180) ENSSVLG00005019150 HDHD2 (ENSSVLG00005019073) ENSSVLG00005019019 KATNAL2 (ENSSVLG00005018737) ENSSVLG00005018588 ST8SIA5 (ENSSVLG00005018346) LOXHD1 (ENSSVLG00005016724) RNF165 (ENSSVLG00005016476) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT01030000236530 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Alpin marmot MODERN SPECIES 10 ENSMMMG00000005475 DCC (ENSMMMG00000005526) MEX3C (ENSMMMG00000005613) SMAD4 (ENSMMMG00000005628) ELAC1 (ENSMMMG00000005660) ME2 (ENSMMMG00000005680) MRO (ENSMMMG00000005705) MAPK4 (ENSMMMG00000005718) SKA1 (ENSMMMG00000005747) CXXC1 (ENSMMMG00000005766) MBD1 (ENSMMMG00000005802) CFAP53 (ENSMMMG00000005890) MYO5B (ENSMMMG00000005915) ACAA2 (ENSMMMG00000006091) LIPG (ENSMMMG00000006111) ENSMMMG00000006135 #22 C18orf32 (ENSMMMG00000006157) DYM (ENSMMMG00000006170) SMAD7 (ENSMMMG00000006202) CTIF (ENSMMMG00000006232) ZBTB7C (ENSMMMG00000006278) SMAD2 (ENSMMMG00000006290) ENSMMMG00000006338 HDHD2 (ENSMMMG00000006342) KATNAL2 (ENSMMMG00000006351) PIAS2 (ENSMMMG00000006515) ST8SIA5 (ENSMMMG00000006633) LOXHD1 (ENSMMMG00000006669) RNF165 (ENSMMMG00000006757) C18orf25 (ENSMMMG00000006777) HAUS1 (ENSMMMG00000006810) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a Squirrel MODERN SPECIES 97 MBD2 (ENSSTOG00000011253) DCC (ENSSTOG00000003557) MEX3C (ENSSTOG00000022325) SMAD4 (ENSSTOG00000028580) ELAC1 (ENSSTOG00000010591) ME2 (ENSSTOG00000027218) MRO (ENSSTOG00000009940) MAPK4 (ENSSTOG00000022822) SKA1 (ENSSTOG00000003367) CXXC1 (ENSSTOG00000029092) MBD1 (ENSSTOG00000007780) CFAP53 (ENSSTOG00000007769) MYO5B (ENSSTOG00000019663) ACAA2 (ENSSTOG00000020792) LIPG (ENSSTOG00000016012) ENSSTOG00000005193 #22 C18orf32 (ENSSTOG00000024071) DYM (ENSSTOG00000021838) SMAD7 (ENSSTOG00000020985) CTIF (ENSSTOG00000001967) ZBTB7C (ENSSTOG00000011681) ENSSTOG00000030530 SMAD2 (ENSSTOG00000003788) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 126 MEX3C (ENSUPAG00010015295) SMAD4 (ENSUPAG00010015300) ELAC1 (ENSUPAG00010015318) ME2 (ENSUPAG00010015322) MRO (ENSUPAG00010015355) ENSUPAG00010015363 MAPK4 (ENSUPAG00010015372) SKA1 (ENSUPAG00010015379) CXXC1 (ENSUPAG00010015403) MBD1 (ENSUPAG00010015449) CFAP53 (ENSUPAG00010015532) MYO5B (ENSUPAG00010015539) ACAA2 (ENSUPAG00010015705) LIPG (ENSUPAG00010015731) ENSUPAG00010015756 #22 C18orf32 (ENSUPAG00010015774) DYM (ENSUPAG00010015792) ENSUPAG00010015826 SMAD7 (ENSUPAG00010015842) CTIF (ENSUPAG00010015848) ZBTB7C (ENSUPAG00010015885) SMAD2 (ENSUPAG00010015902) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Guinea pig MODERN SPECIES 14 MBD2 (ENSCPOG00000006832) DCC (ENSCPOG00000002018) MEX3C (ENSCPOG00000009646) SMAD4 (ENSCPOG00000006470) ELAC1 (ENSCPOG00000012588) ME2 (ENSCPOG00000012583) MRO (ENSCPOG00000005618) MAPK4 (ENSCPOG00000010565) SKA1 (ENSCPOG00000013281) CXXC1 (ENSCPOG00000020250) MBD1 (ENSCPOG00000001671) CFAP53 (ENSCPOG00000001668) MYO5B (ENSCPOG00000014213) ACAA2 (ENSCPOG00000004734) LIPG (ENSCPOG00000008890) ENSCPOG00000019337 #22 C18orf32 (ENSCPOG00000034745) DYM (ENSCPOG00000013484) SMAD7 (ENSCPOG00000030295) CTIF (ENSCPOG00000001049) ZBTB7C (ENSCPOG00000040464) SMAD2 (ENSCPOG00000013398) SKOR2 (ENSCPOG00000021920) IER3IP1 (ENSCPOG00000040200) HDHD2 (ENSCPOG00000030325) KATNAL2 (ENSCPOG00000008150) ENSCPOG00000003067 ST8SIA5 (ENSCPOG00000030161) LOXHD1 (ENSCPOG00000009824) RNF165 (ENSCPOG00000009298) HAUS1 (ENSCPOG00000012723) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 109 ELAC1 (ENSCLAG00000008334) ENSCLAG00000007635 MRO (ENSCLAG00000007658) ENSCLAG00000007082 MAPK4 (ENSCLAG00000007282) SKA1 (ENSCLAG00000009485) CXXC1 (ENSCLAG00000010473) MBD1 (ENSCLAG00000007457) ENSCLAG00000008426 MYO5B (ENSCLAG00000013994) ACAA2 (ENSCLAG00000008998) ENSCLAG00000008597 ENSCLAG00000007196 LIPG (ENSCLAG00000011863) ENSCLAG00000010369 ENSCLAG00000008914 #22 C18orf32 (ENSCLAG00000008711) DYM (ENSCLAG00000008080) SMAD7 (ENSCLAG00000007063) CTIF (ENSCLAG00000008174) ZBTB7C (ENSCLAG00000012082) SMAD2 (ENSCLAG00000011258) SKOR2 (ENSCLAG00000012544) IER3IP1 (ENSCLAG00000007652) HDHD2 (ENSCLAG00000006391) KATNAL2 (ENSCLAG00000013657) ENSCLAG00000011621 ST8SIA5 (ENSCLAG00000012639) LOXHD1 (ENSCLAG00000011718) RNF165 (ENSCLAG00000009534) C18orf25 (ENSCLAG00000008611) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 52 NRN1L (ENSODEG00000015052) PSKH1 (ENSODEG00000014963) CTRL (ENSODEG00000015418) PSMB10 (ENSODEG00000015334) LCAT (ENSODEG00000015459) SLC12A4 (ENSODEG00000014903) DPEP3 (ENSODEG00000015502) DPEP2 (ENSODEG00000015603) ENSODEG00000014981 NFATC3 (ENSODEG00000016236) ESRP2 (ENSODEG00000015321) PLA2G15 (ENSODEG00000014846) SLC7A6 (ENSODEG00000015017) SLC7A6OS (ENSODEG00000014723) PRMT7 (ENSODEG00000015936) ENSODEG00000020430 #22 SMPD3 (ENSODEG00000015727) ZFP90 (ENSODEG00000015237) CDH3 (ENSODEG00000014774) CDH1 (ENSODEG00000014980) TANGO6 (ENSODEG00000015059) HAS3 (ENSODEG00000015380) DERPC (ENSODEG00000014715) UTP4 (ENSODEG00000014461) SNTB2 (ENSODEG00000015053) VPS4A (ENSODEG00000015260) PDF (ENSODEG00000014877) COG8 (ENSODEG00000015833) ENSODEG00000014849 TMED6 (ENSODEG00000014967) ENSODEG00000016696 Degu MODERN SPECIES 136 ENSODEG00000003619 ALDH1A1 (ENSODEG00000003505) ENSODEG00000003433 RORB (ENSODEG00000003372) TRPM6 (ENSODEG00000003284) CARNMT1 (ENSODEG00000003242) NMRK1 (ENSODEG00000003218) OSTF1 (ENSODEG00000003195) ENSODEG00000003169 ENSODEG00000003128 RFK (ENSODEG00000003081) GCNT1 (ENSODEG00000018998) ENSODEG00000003761 ENSODEG00000003738 ENSODEG00000018936 #22 ENSODEG00000019009 FOXB2 (ENSODEG00000018997) VPS13A (ENSODEG00000003608) ENSODEG00000003546 GNA14 (ENSODEG00000003528) ENSODEG00000003499 GNAQ (ENSODEG00000003488) CEP78 (ENSODEG00000003443) ENSODEG00000003423 ENSODEG00000003369 ENSODEG00000018927 ENSODEG00000003341 ENSODEG00000018932 TLE4 (ENSODEG00000003247) ENSODEG00000003198 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 197 CYB5RL (ENSODEG00000013330) MRPL37 (ENSODEG00000013096) SSBP3 (ENSODEG00000011890) ENSODEG00000020148 ACOT11 (ENSODEG00000011967) FAM151A (ENSODEG00000011460) MROH7 (ENSODEG00000011770) TTC4 (ENSODEG00000012043) PARS2 (ENSODEG00000020020) TTC22 (ENSODEG00000012665) LEXM (ENSODEG00000011742) DHCR24 (ENSODEG00000011738) BSND (ENSODEG00000011192) PCSK9 (ENSODEG00000012063) USP24 (ENSODEG00000011440) ENSODEG00000020038 #22 ENSODEG00000011734 ENSODEG00000020054 PLPP3 (ENSODEG00000012261) ENSODEG00000011431 PRKAA2 (ENSODEG00000011215) DAB1 (ENSODEG00000012928) ENSODEG00000011438 OMA1 (ENSODEG00000012135) MYSM1 (ENSODEG00000011625) JUN (ENSODEG00000020142) ENSODEG00000012032 ENSODEG00000011484 ENSODEG00000019940 ENSODEG00000011638 Degu MODERN SPECIES 171 DNALI1 (ENSODEG00000006719) ENSODEG00000005679 RSPO1 (ENSODEG00000005377) CDCA8 (ENSODEG00000005939) EPHA10 (ENSODEG00000005704) ENSODEG00000008311 MANEAL (ENSODEG00000007218) YRDC (ENSODEG00000007401) C1orf122 (ENSODEG00000006893) ENSODEG00000007031 INPP5B (ENSODEG00000007989) ENSODEG00000007470 FHL3 (ENSODEG00000006118) ENSODEG00000006050 POU3F1 (ENSODEG00000006688) ENSODEG00000019423 #22 RRAGC (ENSODEG00000006831) ENSODEG00000007175 ENSODEG00000006834 ENSODEG00000019387 RHBDL2 (ENSODEG00000007151) ENSODEG00000006600 NDUFS5 (ENSODEG00000006145) ENSODEG00000006381 ENSODEG00000006963 ENSODEG00000006675 ENSODEG00000006592 ENSODEG00000019223 HEYL (ENSODEG00000006313) NT5C1A (ENSODEG00000008226) HPCAL4 (ENSODEG00000007714) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 130 ESPNL (ENSODEG00000008795) KLHL30 (ENSODEG00000010555) ERFE (ENSODEG00000009273) ILKAP (ENSODEG00000009636) HES6 (ENSODEG00000009169) PER2 (ENSODEG00000008617) ENSODEG00000019644 TRAF3IP1 (ENSODEG00000009879) ASB1 (ENSODEG00000009233) TWIST2 (ENSODEG00000019629) ENSODEG00000009580 ENSODEG00000009986 ENSODEG00000019773 ENSODEG00000008649 OTOS (ENSODEG00000009723) ENSODEG00000019717 #22 ENSODEG00000019706 GPC1 (ENSODEG00000010463) ANKMY1 (ENSODEG00000012472) DUSP28 (ENSODEG00000008939) RNPEPL1 (ENSODEG00000009147) CAPN10 (ENSODEG00000008893) ENSODEG00000013071 KIF1A (ENSODEG00000009831) ENSODEG00000010118 AGXT (ENSODEG00000010326) MAB21L4 (ENSODEG00000009520) CROCC2 (ENSODEG00000013957) SNED1 (ENSODEG00000009052) MTERF4 (ENSODEG00000010009) PASK (ENSODEG00000011073) Degu MODERN SPECIES 44 ELAC1 (ENSODEG00000018368) ME2 (ENSODEG00000018322) MRO (ENSODEG00000018415) ENSODEG00000018450 ENSODEG00000018396 ENSODEG00000018389 CXXC1 (ENSODEG00000018469) MBD1 (ENSODEG00000018451) ENSODEG00000018463 MYO5B (ENSODEG00000018483) ENSODEG00000018376 LIPG (ENSODEG00000018437) ENSODEG00000018445 ENSODEG00000018444 ENSODEG00000018441 ENSODEG00000018384 #22 C18orf32 (ENSODEG00000018385) ENSODEG00000020491 ENSODEG00000018460 ENSODEG00000018365 ENSODEG00000018393 DYM (ENSODEG00000018486) SMAD7 (ENSODEG00000018424) CTIF (ENSODEG00000018390) ZBTB7C (ENSODEG00000018417) SMAD2 (ENSODEG00000018373) ENSODEG00000018377 ENSODEG00000018340 ENSODEG00000018367 SKOR2 (ENSODEG00000018363) IER3IP1 (ENSODEG00000018375) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 Rabbit DUPLICATION Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 8 SRP14 (ENSOCUG00000024384) EIF2AK4 (ENSOCUG00000006506) GPR176 (ENSOCUG00000002118) ENSOCUG00000031351 ENSOCUG00000023269 FSIP1 (ENSOCUG00000003804) THBS1 (ENSOCUG00000003792) ENSOCUG00000038486 ENSOCUG00000025034 RASGRP1 (ENSOCUG00000001788) FAM98B (ENSOCUG00000001786) SPRED1 (ENSOCUG00000009498) TMCO5A (ENSOCUG00000006820) MEIS2 (ENSOCUG00000009906) CDIN1 (ENSOCUG00000016099) ENSOCUG00000027082 #22 DPH6 (ENSOCUG00000003945) ENSOCUG00000035424 ZNF770 (ENSOCUG00000024670) AQR (ENSOCUG00000003488) ENSOCUG00000031213 ACTC1 (ENSOCUG00000004074) GJD2 (ENSOCUG00000024560) ENSOCUG00000021585 ENSOCUG00000009489 GREM1 (ENSOCUG00000005596) FMN1 (ENSOCUG00000005597) ENSOCUG00000023099 RYR3 (ENSOCUG00000011459) ENSOCUG00000037182 ENSOCUG00000021852 Rabbit MODERN SPECIES 11 ENSOCUG00000022085 ENSOCUG00000033560 UGDH (ENSOCUG00000005531) LIAS (ENSOCUG00000009096) ENSOCUG00000009091 KLB (ENSOCUG00000009086) RFC1 (ENSOCUG00000004739) WDR19 (ENSOCUG00000004716) KLHL5 (ENSOCUG00000010438) TMEM156 (ENSOCUG00000000579) FAM114A1 (ENSOCUG00000009603) TLR6 (ENSOCUG00000006031) TLR1 (ENSOCUG00000001824) TLR10 (ENSOCUG00000003701) KLF3 (ENSOCUG00000003698) ENSOCUG00000022888 #22 TBC1D1 (ENSOCUG00000012442) PGM2 (ENSOCUG00000013740) ENSOCUG00000036928 RELL1 (ENSOCUG00000003419) C4orf19 (ENSOCUG00000003831) NWD2 (ENSOCUG00000012238) DTHD1 (ENSOCUG00000001098) ARAP2 (ENSOCUG00000015669) ENSOCUG00000036228 ENSOCUG00000010124 ENSOCUG00000023563 PCDH7 (ENSOCUG00000000290) ENSOCUG00000035672 ENSOCUG00000030289 ENSOCUG00000039608 Rabbit MODERN SPECIES 15 ISM1 (ENSOCUG00000001309) SPTLC3 (ENSOCUG00000001306) BTBD3 (ENSOCUG00000016434) ENSOCUG00000017324 JAG1 (ENSOCUG00000002884) SLX4IP (ENSOCUG00000002878) MKKS (ENSOCUG00000002872) SNAP25 (ENSOCUG00000016119) ANKEF1 (ENSOCUG00000016111) ENSOCUG00000027526 PAK5 (ENSOCUG00000010770) LAMP5 (ENSOCUG00000010766) PLCB4 (ENSOCUG00000010755) ENSOCUG00000030542 PLCB1 (ENSOCUG00000007339) ENSOCUG00000038367 #22 TMX4 (ENSOCUG00000007336) HAO1 (ENSOCUG00000011539) BMP2 (ENSOCUG00000011674) ENSOCUG00000021510 ENSOCUG00000030065 ENSOCUG00000038424 ENSOCUG00000008989 LYZG (ENSOCUG00000015834) KANSL2 (ENSOCUG00000007379) CCNT1 (ENSOCUG00000007383) ADCY6 (ENSOCUG00000007394) TEX49 (ENSOCUG00000007390) CACNB3 (ENSOCUG00000007401) DDX23 (ENSOCUG00000001414) RND1 (ENSOCUG00000025362) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Opossum MODERN SPECIES 2 MBD2 (ENSMODG00000011041) POLI (ENSMODG00000011046) STARD6 (ENSMODG00000011055) ENSMODG00000025604 ENSMODG00000037484 ENSMODG00000003833 MAPK4 (ENSMODG00000003819) ENSMODG00000003805 ENSMODG00000003795 ENSMODG00000003773 ENSMODG00000043831 MYO5B (ENSMODG00000003753) ACAA2 (ENSMODG00000003595) ENSMODG00000039010 LIPG (ENSMODG00000003564) ENSMODG00000003534 #22 C18orf32 (ENSMODG00000003518) ENSMODG00000050373 DYM (ENSMODG00000003506) SMAD7 (ENSMODG00000039523) CTIF (ENSMODG00000003464) ENSMODG00000046916 ZBTB7C (ENSMODG00000003412) ENSMODG00000042470 SMAD2 (ENSMODG00000003393) SKOR2 (ENSMODG00000003381) IER3IP1 (ENSMODG00000037588) HDHD2 (ENSMODG00000044379) KATNAL2 (ENSMODG00000003358) ENSMODG00000003324 ENSMODG00000048012 Sauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b 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ENSABRG00000018405 #22 C18orf32 (ENSABRG00000018400) DYM (ENSABRG00000018382) Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 Chicken MODERN SPECIES 130 ENSGALG00010011974 ENSGALG00010011978 HINTW (ENSGALG00010011988) ENSGALG00010013554 ENSGALG00010013565 ENSGALG00010012168 ENSGALG00010012187 ENSGALG00010012199 ENSGALG00010012211 ENSGALG00010012220 ENSGALG00010012243 ENSGALG00010012268 ENSGALG00010012272 ENSGALG00010013588 ENSGALG00010012282 ##22 ENSGALG00010012286 #22 ENSGALG00010012294 ENSGALG00010012306 ENSGALG00010012316 SMAD7B (ENSGALG00010012323) ENSGALG00010012332 ENSGALG00010012336 ENSGALG00010012342 ENSGALG00010012348 ENSGALG00010012357 ENSGALG00010012370 ENSGALG00010012380 ENSGALG00010012393 ENSGALG00010012437 ENSGALG00010012459 ENSGALG00010012463 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 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Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a.d ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b.hb.a ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167.c.a Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437 ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000159146 ENSGT00940000157435 ENSGT00950000183134.c.b.v ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 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ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b.hb.a ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167.c.a Common canary MODERN SPECIES 32 ENSSCAG00000014403 ENSSCAG00000014408 ENSSCAG00000014412 MYO5B (ENSSCAG00000015157) ACAA2 (ENSSCAG00000016211) LIPG (ENSSCAG00000016215) ENSSCAG00000016220 #22 ENSSCAG00000016226 DYM (ENSSCAG00000016230) SMAD7 (ENSSCAG00000016234) ENSSCAG00000016237 ZBTB7C (ENSSCAG00000016243) ENSSCAG00000016249 IER3IP1 (ENSSCAG00000016254) HDHD2 (ENSSCAG00000016258) KATNAL2 (ENSSCAG00000016261) ENSSCAG00000016263 ST8SIA5 (ENSSCAG00000016270) LOXHD1 (ENSSCAG00000016279) RNF165 (ENSSCAG00000016296) ENSSCAG00000016301 HAUS1 (ENSSCAG00000016303) Flycatcher MODERN SPECIES 561 ENSFALG00000024246 ENSFALG00000002576 ENSFALG00000009012 MYO5B (ENSFALG00000008996) ACAA2 (ENSFALG00000008979) LIPG (ENSFALG00000008973) ENSFALG00000008965 #22 C18orf32 (ENSFALG00000008961) DYM (ENSFALG00000008953) SMAD7 (ENSFALG00000008945) CTIF (ENSFALG00000024197) ENSFALG00000028976 ZBTB7C (ENSFALG00000008940) SMAD2 (ENSFALG00000008934) IER3IP1 (ENSFALG00000026006) HDHD2 (ENSFALG00000008930) KATNAL2 (ENSFALG00000008928) PIAS2 (ENSFALG00000008918) ST8SIA5 (ENSFALG00000008899) LOXHD1 (ENSFALG00000008897) RNF165 (ENSFALG00000023345) C18orf25 (ENSFALG00000008886) Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 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(ENSPSIG00000007901) ENSPSIG00000008936 RNF165 (ENSPSIG00000008948) Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01030000234535.C Laterata ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Common wall lizard MODERN SPECIES 2 MBD2 (ENSPMRG00000010558) ENSPMRG00000010553 DCC (ENSPMRG00000010220) MEX3C (ENSPMRG00000010170) SMAD4 (ENSPMRG00000010161) ELAC1 (ENSPMRG00000010152) ME2 (ENSPMRG00000010147) MAPK4 (ENSPMRG00000010141) ENSPMRG00000010136 ENSPMRG00000010134 ENSPMRG00000010128 ENSPMRG00000010121 MYO5B (ENSPMRG00000009756) ACAA2 (ENSPMRG00000009605) LIPG (ENSPMRG00000009592) ENSPMRG00000009575 #22 C18orf32 (ENSPMRG00000009571) DYM (ENSPMRG00000009531) SMAD7 (ENSPMRG00000009512) CTIF (ENSPMRG00000009496) ZBTB7C (ENSPMRG00000009478) ENSPMRG00000009469 SMAD2 (ENSPMRG00000009455) SKOR2 (ENSPMRG00000009448) HDHD2 (ENSPMRG00000009442) KATNAL2 (ENSPMRG00000015210) PIAS2 (ENSPMRG00000015190) ENSPMRG00000015174 ST8SIA5 (ENSPMRG00000015167) LOXHD1 (ENSPMRG00000015049) RNF165 (ENSPMRG00000015013) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01030000234535.C Elapidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850.i ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01030000234535.C Indian cobra MODERN SPECIES 1 POLI (ENSNNAG00000012495) MBD2 (ENSNNAG00000012567) DCC (ENSNNAG00000012608) ENSNNAG00000013210 MEX3C (ENSNNAG00000013225) SMAD4 (ENSNNAG00000013239) ELAC1 (ENSNNAG00000013355) ME2 (ENSNNAG00000013386) MAPK4 (ENSNNAG00000013604) ENSNNAG00000013618 ENSNNAG00000013628 ENSNNAG00000013638 MYO5B (ENSNNAG00000013682) ACAA2 (ENSNNAG00000013909) LIPG (ENSNNAG00000013974) ENSNNAG00000014239 #22 C18orf32 (ENSNNAG00000014266) DYM (ENSNNAG00000014278) SMAD7 (ENSNNAG00000014299) CTIF (ENSNNAG00000014324) ZBTB7C (ENSNNAG00000014457) SMAD2 (ENSNNAG00000014472) ENSNNAG00000014533 IER3IP1 (ENSNNAG00000014563) ENSNNAG00000014575 KATNAL2 (ENSNNAG00000014598) PIAS2 (ENSNNAG00000014631) ENSNNAG00000014747 ST8SIA5 (ENSNNAG00000014880) LOXHD1 (ENSNNAG00000014987) RNF165 (ENSNNAG00000015582) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850.i ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 8915 ENSLLTG00000004163 #22 ENSLLTG00000004191 ENSLLTG00000004203 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850.i ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b Eastern brown snake MODERN SPECIES 2 ENSPTXG00000017829 POLI (ENSPTXG00000017828) MBD2 (ENSPTXG00000017827) DCC (ENSPTXG00000017825) MEX3C (ENSPTXG00000017824) SMAD4 (ENSPTXG00000017823) ELAC1 (ENSPTXG00000017822) ME2 (ENSPTXG00000017821) MAPK4 (ENSPTXG00000017820) ENSPTXG00000017819 ENSPTXG00000017818 ENSPTXG00000017817 MYO5B (ENSPTXG00000006873) ACAA2 (ENSPTXG00000006871) LIPG (ENSPTXG00000006699) ENSPTXG00000006694 #22 C18orf32 (ENSPTXG00000006692) DYM (ENSPTXG00000006583) SMAD7 (ENSPTXG00000006582) CTIF (ENSPTXG00000006581) ZBTB7C (ENSPTXG00000006580) SMAD2 (ENSPTXG00000006579) SKOR2 (ENSPTXG00000006578) IER3IP1 (ENSPTXG00000006577) HDHD2 (ENSPTXG00000006576) KATNAL2 (ENSPTXG00000006575) PIAS2 (ENSPTXG00000006574) ENSPTXG00000006543 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1106 RTN1 (ENSVURG00010018044) JKAMP (ENSVURG00010018038) ENSVURG00010018035 DAAM1 (ENSVURG00010018028) ENSVURG00010018023 ENSVURG00010018020 DACT1 (ENSVURG00010018006) KIAA0586 (ENSVURG00010017992) TIMM9 (ENSVURG00010017986) TOMM20L (ENSVURG00010017980) ARID4A (ENSVURG00010017963) PSMA3 (ENSVURG00010017951) ACTR10 (ENSVURG00010017945) ENSVURG00010017929 ENSVURG00010017925 ENSVURG00010017920 ##22 SLC35F4 (ENSVURG00010017916) CCDC198 (ENSVURG00010017910) NAA30 (ENSVURG00010017904) AP5M1 (ENSVURG00010017891) EXOC5 (ENSVURG00010017877) ENSVURG00010017871 TMEM260 (ENSVURG00010017838) PELI2 (ENSVURG00010017822) ENSVURG00010017651 ENSVURG00010017627 TBPL2 (ENSVURG00010017614) ATG14 (ENSVURG00010017599) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Tenrec MODERN SPECIES 18418 ENSETEG00000009753 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.a ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 19 LAMA1 (ENSCHYG00000024245) LRRC30 (ENSCHYG00000024222) PTPRM (ENSCHYG00000023397) RAB12 (ENSCHYG00000023329) MTCL1 (ENSCHYG00000023220) ENSCHYG00000023192 ANKRD12 (ENSCHYG00000023012) TWSG1 (ENSCHYG00000022972) RALBP1 (ENSCHYG00000022911) PPP4R1 (ENSCHYG00000022849) VAPA (ENSCHYG00000022578) ENSCHYG00000022539 APCDD1 (ENSCHYG00000022475) NAPG (ENSCHYG00000022395) PIEZO2 (ENSCHYG00000019969) ENSCHYG00000019818 ##22 GNAL (ENSCHYG00000019591) MPPE1 (ENSCHYG00000019317) IMPA2 (ENSCHYG00000019194) CIDEA (ENSCHYG00000019095) TUBB6 (ENSCHYG00000019004) AFG3L2 (ENSCHYG00000018603) PRELID3A (ENSCHYG00000018436) SPIRE1 (ENSCHYG00000017091) CEP76 (ENSCHYG00000016908) ENSCHYG00000016788 PTPN2 (ENSCHYG00000016527) ENSCHYG00000016387 CEP192 (ENSCHYG00000016202) ENSCHYG00000016072 LDLRAD4 (ENSCHYG00000015972) Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000005833 VSTM2A (ENSCHYG00000005870) ENSCHYG00000005934 ENSCHYG00000005983 ENSCHYG00000006019 ##22 COBL (ENSCHYG00000006121) GRB10 (ENSCHYG00000006428) DDC (ENSCHYG00000006678) FIGNL1 (ENSCHYG00000006868) IKZF1 (ENSCHYG00000006910) SPATA48 (ENSCHYG00000007188) ZPBP (ENSCHYG00000007248) VWC2 (ENSCHYG00000007286) ABCA13 (ENSCHYG00000007359) ENSCHYG00000008070 ENSCHYG00000008088 C7orf57 (ENSCHYG00000008147) SUN3 (ENSCHYG00000008183) CDK14 (ENSCHYG00000008319) ENSCHYG00000008788 Yarkand deer MODERN SPECIES 3 SLC22A17 (ENSCHYG00000013916) EFS (ENSCHYG00000013648) IL25 (ENSCHYG00000013553) ENSCHYG00000013291 ENSCHYG00000013203 MYH7 (ENSCHYG00000012682) NGDN (ENSCHYG00000012516) ZFHX2 (ENSCHYG00000012435) THTPA (ENSCHYG00000012365) AP1G2 (ENSCHYG00000012260) JPH4 (ENSCHYG00000012168) ENSCHYG00000012150 ENSCHYG00000012105 ENSCHYG00000012084 ENSCHYG00000012053 ENSCHYG00000012023 ##22 ENSCHYG00000011583 CARMIL3 (ENSCHYG00000011429) CPNE6 (ENSCHYG00000011191) NRL (ENSCHYG00000011152) PCK2 (ENSCHYG00000010885) DCAF11 (ENSCHYG00000010574) FITM1 (ENSCHYG00000010518) PSME1 (ENSCHYG00000010154) EMC9 (ENSCHYG00000010055) ENSCHYG00000009594 RNF31 (ENSCHYG00000009118) REC8 (ENSCHYG00000008911) IPO4 (ENSCHYG00000008496) TM9SF1 (ENSCHYG00000008403) TSSK4 (ENSCHYG00000008344) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 20 MTRES1 (ENSCHYG00000021800) ENSCHYG00000021838 QRSL1 (ENSCHYG00000021880) RTN4IP1 (ENSCHYG00000021960) CRYBG1 (ENSCHYG00000022057) ATG5 (ENSCHYG00000022719) PRDM1 (ENSCHYG00000022882) PREP (ENSCHYG00000023040) ENSCHYG00000023289 POPDC3 (ENSCHYG00000023314) BVES (ENSCHYG00000023334) LIN28B (ENSCHYG00000023383) HACE1 (ENSCHYG00000023545) ENSCHYG00000024260 ENSCHYG00000024278 ENSCHYG00000024291 ##22 GRIK2 (ENSCHYG00000024358) ASCC3 (ENSCHYG00000024791) SIM1 (ENSCHYG00000024834) ENSCHYG00000024861 PRDM13 (ENSCHYG00000024927) ENSCHYG00000024960 CCNC (ENSCHYG00000025007) TSTD3 (ENSCHYG00000025097) USP45 (ENSCHYG00000025122) PNISR (ENSCHYG00000025150) COQ3 (ENSCHYG00000025175) FAXC (ENSCHYG00000025221) FBXL4 (ENSCHYG00000025242) POU3F2 (ENSCHYG00000025261) MMS22L (ENSCHYG00000025279) Yarkand deer MODERN SPECIES MMP1 (ENSCHYG00000000723) ENSCHYG00000000747 MMP8 (ENSCHYG00000000770) MMP27 (ENSCHYG00000000792) MMP20 (ENSCHYG00000000837) MMP7 (ENSCHYG00000000857) TMEM123 (ENSCHYG00000000870) ENSCHYG00000000892 BIRC2 (ENSCHYG00000000902) BIRC3 (ENSCHYG00000000926) YAP1 (ENSCHYG00000000950) CFAP300 (ENSCHYG00000000983) CEP126 (ENSCHYG00000001029) ANGPTL5 (ENSCHYG00000001077) TRPC6 (ENSCHYG00000001196) ENSCHYG00000001237 ##22 ENSCHYG00000001249 PGR (ENSCHYG00000001265) ARHGAP42 (ENSCHYG00000001400) CNTN5 (ENSCHYG00000001656) ENSCHYG00000001741 JRKL (ENSCHYG00000001755) CCDC82 (ENSCHYG00000001774) MAML2 (ENSCHYG00000001814) ENSCHYG00000001826 MTMR2 (ENSCHYG00000001840) CEP57 (ENSCHYG00000001878) FAM76B (ENSCHYG00000001944) SESN3 (ENSCHYG00000002070) ENSCHYG00000002108 ENDOD1 (ENSCHYG00000002117) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 ENSBGRG00000006498 GBX1 (ENSBGRG00000006543) ASB10 (ENSBGRG00000006572) IQCA1L (ENSBGRG00000006649) ABCF2 (ENSBGRG00000006782) CHPF2 (ENSBGRG00000006836) SMARCD3 (ENSBGRG00000006961) NUB1 (ENSBGRG00000007414) WDR86 (ENSBGRG00000007613) CRYGN (ENSBGRG00000007698) RHEB (ENSBGRG00000007747) PRKAG2 (ENSBGRG00000007895) GALNTL5 (ENSBGRG00000008195) GALNT11 (ENSBGRG00000008338) KMT2C (ENSBGRG00000008413) ENSBGRG00000008491 ##22 CCT8L2 (ENSBGRG00000008514) XRCC2 (ENSBGRG00000008528) ENSBGRG00000008613 ENSBGRG00000008866 DPP6 (ENSBGRG00000008941) ENSBGRG00000010048 PAXIP1 (ENSBGRG00000010084) ENSBGRG00000010638 INSIG1 (ENSBGRG00000010766) EN2 (ENSBGRG00000010916) ENSBGRG00000010955 ENSBGRG00000011077 RBM33 (ENSBGRG00000011152) SHH (ENSBGRG00000011761) RNF32 (ENSBGRG00000011799) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 ARL10 (ENSOARG00020009449) ENSOARG00020010871 COMMD10 (ENSOARG00020010792) SEMA6A (ENSOARG00020010541) ENSOARG00020010472 ENSOARG00020010454 ENSOARG00020010434 ENSOARG00020010300 ##22 ENSOARG00020010243 ENSOARG00020010205 DTWD2 (ENSOARG00020009992) DMXL1 (ENSOARG00020008495) TNFAIP8 (ENSOARG00020008351) HSD17B4 (ENSOARG00020006956) FAM170A (ENSOARG00020006839) ENSOARG00020006760 ##22 PRR16 (ENSOARG00020006682) FTMT (ENSOARG00020006630) SRFBP1 (ENSOARG00020006515) LOX (ENSOARG00020006459) ENSOARG00020006374 ENSOARG00020006334 SNCAIP (ENSOARG00020006162) ENSOARG00020006104 SNX2 (ENSOARG00020006003) ENSOARG00020005946 PPIC (ENSOARG00020005926) PRDM6 (ENSOARG00020005846) ENSOARG00020005831 CEP120 (ENSOARG00020005625) CSNK1G3 (ENSOARG00020005431) Siberian musk deer MODERN SPECIES 278 ENSMMSG00000004465 EPHA6 (ENSMMSG00000004420) ARL6 (ENSMMSG00000004389) ENSMMSG00000004348 ##22 CRYBG3 (ENSMMSG00000012660) RIOX2 (ENSMMSG00000012631) GABRR3 (ENSMMSG00000012595) ENSMMSG00000012587 ENSMMSG00000012578 ENSMMSG00000012569 ENSMMSG00000012552 ENSMMSG00000012536 ENSMMSG00000012514 ENSMMSG00000012505 ENSMMSG00000012489 ENSMMSG00000012479 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Blue whale MODERN SPECIES 2 DLEC1 (ENSBMSG00010022536) PLCD1 (ENSBMSG00010022535) VILL (ENSBMSG00010022533) ITGA9 (ENSBMSG00010022532) ENSBMSG00010022531 ENSBMSG00010022530 ENSBMSG00010022529 DCLK3 (ENSBMSG00010022528) ENSBMSG00010022527 TRANK1 (ENSBMSG00010022526) EPM2AIP1 (ENSBMSG00010022525) MLH1 (ENSBMSG00010022524) LRRFIP2 (ENSBMSG00010022523) STAC (ENSBMSG00010022522) ARPP21 (ENSBMSG00010022519) ENSBMSG00010022517 ##22 ENSBMSG00010022515 ENSBMSG00010022514 CLASP2 (ENSBMSG00010013160) UBP1 (ENSBMSG00010011409) FBXL2 (ENSBMSG00010011377) SUSD5 (ENSBMSG00010011358) CRTAP (ENSBMSG00010011339) GLB1 (ENSBMSG00010011320) CCR4 (ENSBMSG00010011298) TRIM71 (ENSBMSG00010011287) CNOT10 (ENSBMSG00010011215) DYNC1LI1 (ENSBMSG00010011149) CMTM6 (ENSBMSG00010011130) CMTM7 (ENSBMSG00010011112) CMTM8 (ENSBMSG00010011090) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00900000142007 ENSGT00940000158658 ENSGT00500000044903 ENSGT00570000079101.a.a.d ENSGT01100000263542.C ENSGT00940000164312 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000158584 ENSGT00390000009395 ENSGT00940000160572 ENSGT00940000155493 ENSGT00390000008787.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000154965.A ENSGT00940000157322.a ENSGT00940000157331 ENSGT00390000007081.b ENSGT00390000007081.a ENSGT00390000013106 ENSGT00950000182926.b.d.c.a ENSGT00390000015287 ENSGT00940000155032 ENSGT00390000015583 ENSGT00940000158630 ENSGT00940000153956.b ENSGT00530000063604.A ENSGT00730000111173 ENSGT00390000010434.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00900000142007 ENSGT00940000158658 ENSGT00500000044903 ENSGT00570000079101.a.a.d ENSGT01100000263542.C ENSGT00940000164312 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000158584 ENSGT00390000009395 ENSGT00940000160572 ENSGT00940000155493 ENSGT00390000008787.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000154965.A ENSGT00940000157322.a ENSGT00940000157331 ENSGT00390000007081.b ENSGT00390000007081.a ENSGT00390000013106 ENSGT00950000182926.b.d.c.a ENSGT00390000015287 ENSGT00940000155032 ENSGT00390000015583 ENSGT00940000158630 ENSGT00940000153956.b ENSGT00530000063604.A ENSGT00730000111173 ENSGT00390000010434.b Beluga whale MODERN SPECIES 65 PDLIM1 (ENSDLEG00000017506) ENSDLEG00000017489 SORBS1 (ENSDLEG00000017253) ALDH18A1 (ENSDLEG00000016818) ENSDLEG00000016741 ENSDLEG00000016734 ENTPD1 (ENSDLEG00000016707) CCNJ (ENSDLEG00000016612) ZNF518A (ENSDLEG00000016610) BLNK (ENSDLEG00000016546) DNTT (ENSDLEG00000016501) OPALIN (ENSDLEG00000016472) TLL2 (ENSDLEG00000016094) TM9SF3 (ENSDLEG00000016045) PIK3AP1 (ENSDLEG00000015971) ENSDLEG00000015948 ##22 LCOR (ENSDLEG00000015892) SLIT1 (ENSDLEG00000015826) ENSDLEG00000015800 ARHGAP19 (ENSDLEG00000015778) FRAT1 (ENSDLEG00000015774) FRAT2 (ENSDLEG00000015766) RRP12 (ENSDLEG00000015698) PGAM1 (ENSDLEG00000015682) EXOSC1 (ENSDLEG00000015668) ZDHHC16 (ENSDLEG00000015638) MMS19 (ENSDLEG00000015591) UBTD1 (ENSDLEG00000015580) ANKRD2 (ENSDLEG00000015568) HOGA1 (ENSDLEG00000015555) MORN4 (ENSDLEG00000015545) Narwhal MODERN SPECIES 311 PDLIM1 (ENSMMNG00015017891) SORBS1 (ENSMMNG00015018111) ALDH18A1 (ENSMMNG00015018455) TCTN3 (ENSMMNG00015018494) ENTPD1 (ENSMMNG00015018548) ENSMMNG00015018619 ENSMMNG00015018647 CCNJ (ENSMMNG00015018729) ZNF518A (ENSMMNG00015018779) BLNK (ENSMMNG00015018860) DNTT (ENSMMNG00015018994) OPALIN (ENSMMNG00015019113) TLL2 (ENSMMNG00015019257) TM9SF3 (ENSMMNG00015019365) PIK3AP1 (ENSMMNG00015019455) ENSMMNG00015019535 ##22 LCOR (ENSMMNG00015019580) SLIT1 (ENSMMNG00015019679) ARHGAP19 (ENSMMNG00015019978) ENSMMNG00015020109 FRAT1 (ENSMMNG00015020130) FRAT2 (ENSMMNG00015020149) RRP12 (ENSMMNG00015020232) PGAM1 (ENSMMNG00015020334) EXOSC1 (ENSMMNG00015020372) ZDHHC16 (ENSMMNG00015020473) MMS19 (ENSMMNG00015020600) UBTD1 (ENSMMNG00015020639) ANKRD2 (ENSMMNG00015020671) HOGA1 (ENSMMNG00015020756) MORN4 (ENSMMNG00015020795) Vaquita MODERN SPECIES 7 ENSPSNG00000015056 PDLIM1 (ENSPSNG00000015140) SORBS1 (ENSPSNG00000015316) ALDH18A1 (ENSPSNG00000015808) TCTN3 (ENSPSNG00000015984) ENTPD1 (ENSPSNG00000016134) CC2D2B (ENSPSNG00000016378) CCNJ (ENSPSNG00000017172) ZNF518A (ENSPSNG00000017259) BLNK (ENSPSNG00000017379) DNTT (ENSPSNG00000018075) OPALIN (ENSPSNG00000018299) TLL2 (ENSPSNG00000018604) TM9SF3 (ENSPSNG00000018641) PIK3AP1 (ENSPSNG00000018719) ENSPSNG00000018934 ##22 LCOR (ENSPSNG00000019009) SLIT1 (ENSPSNG00000019181) ARHGAP19 (ENSPSNG00000019746) ENSPSNG00000019843 FRAT1 (ENSPSNG00000019873) FRAT2 (ENSPSNG00000019882) RRP12 (ENSPSNG00000020020) PGAM1 (ENSPSNG00000020181) EXOSC1 (ENSPSNG00000020223) ZDHHC16 (ENSPSNG00000020329) MMS19 (ENSPSNG00000020454) UBTD1 (ENSPSNG00000020532) ANKRD2 (ENSPSNG00000020585) HOGA1 (ENSPSNG00000020786) MORN4 (ENSPSNG00000020862) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 13 FHL1 (ENSPCTG00005020370) MAP7D3 (ENSPCTG00005020479) BRS3 (ENSPCTG00005020510) ENSPCTG00005020535 VGLL1 (ENSPCTG00005020593) CD40LG (ENSPCTG00005020626) ARHGEF6 (ENSPCTG00005020697) RBMX (ENSPCTG00005020781) ENSPCTG00005020826 ENSPCTG00005020876 GPR101 (ENSPCTG00005020924) ENSPCTG00005020935 ZIC3 (ENSPCTG00005020946) ENSPCTG00005020982 FGF13 (ENSPCTG00005021010) ENSPCTG00005021091 ##22 ENSPCTG00005021096 ENSPCTG00005021103 ENSPCTG00005012405 F9 (ENSPCTG00005012484) MCF2 (ENSPCTG00005012755) ATP11C (ENSPCTG00005015323) ENSPCTG00005015600 ENSPCTG00005015642 ENSPCTG00005015719 SOX3 (ENSPCTG00005015742) ENSPCTG00005015765 ENSPCTG00005015851 ENSPCTG00005015868 ENSPCTG00005015949 LDOC1 (ENSPCTG00005016029) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 3 IAH1 (ENSPCTG00005012450) ADAM17 (ENSPCTG00005012570) ENSPCTG00005012664 YWHAQ (ENSPCTG00005012710) TAF1B (ENSPCTG00005012791) ENSPCTG00005012849 RRM2 (ENSPCTG00005012888) HPCAL1 (ENSPCTG00005012942) ODC1 (ENSPCTG00005012986) NOL10 (ENSPCTG00005013060) ATP6V1C2 (ENSPCTG00005013317) PDIA6 (ENSPCTG00005013450) KCNF1 (ENSPCTG00005013707) PQLC3 (ENSPCTG00005013870) ROCK2 (ENSPCTG00005014000) ENSPCTG00005014060 ##22 ENSPCTG00005014135 ENSPCTG00005014216 LRATD1 (ENSPCTG00005014256) NBAS (ENSPCTG00005014284) DDX1 (ENSPCTG00005014405) ENSPCTG00005015309 ENSPCTG00005015328 ENSPCTG00005015376 ENSPCTG00005015400 FAM49A (ENSPCTG00005015455) RAD51AP2 (ENSPCTG00005015523) VSNL1 (ENSPCTG00005015591) SMC6 (ENSPCTG00005015640) GEN1 (ENSPCTG00005015707) MSGN1 (ENSPCTG00005015740) Sperm whale MODERN SPECIES 19 CLINT1 (ENSPCTG00005002580) LSM11 (ENSPCTG00005002548) THG1L (ENSPCTG00005002538) SOX30 (ENSPCTG00005002511) ADAM19 (ENSPCTG00005002484) NIPAL4 (ENSPCTG00005002440) FNDC9 (ENSPCTG00005002414) CYFIP2 (ENSPCTG00005002337) ITK (ENSPCTG00005002239) FAM71B (ENSPCTG00005002221) MED7 (ENSPCTG00005002212) HAVCR2 (ENSPCTG00005002189) ENSPCTG00005002169 TIMD4 (ENSPCTG00005002146) SGCD (ENSPCTG00005002114) ENSPCTG00005002098 ##22 ENSPCTG00005002091 MRPL22 (ENSPCTG00005002075) GEMIN5 (ENSPCTG00005001900) LARP1 (ENSPCTG00005001835) FAXDC2 (ENSPCTG00005001788) HAND1 (ENSPCTG00005001758) SAP30L (ENSPCTG00005001734) GALNT10 (ENSPCTG00005001705) MFAP3 (ENSPCTG00005001678) FAM114A2 (ENSPCTG00005001605) GRIA1 (ENSPCTG00005001422) NMUR2 (ENSPCTG00005001341) ENSPCTG00005001320 GLRA1 (ENSPCTG00005001273) G3BP1 (ENSPCTG00005001253) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 ENSOCUG00000035896 ENSOCUG00000036085 ENSOCUG00000037233 ENSOCUG00000013576 NSUN3 (ENSOCUG00000011677) ARL13B (ENSOCUG00000025555) STX19 (ENSOCUG00000001785) PROS1 (ENSOCUG00000025358) EPHA3 (ENSOCUG00000010465) ENSOCUG00000024255 ENSOCUG00000026380 ENSOCUG00000031707 C3orf38 (ENSOCUG00000014034) ZNF654 (ENSOCUG00000004967) ENSOCUG00000007037 ENSOCUG00000025046 ##22 HTR1F (ENSOCUG00000027917) POU1F1 (ENSOCUG00000017779) CHMP2B (ENSOCUG00000003985) VGLL3 (ENSOCUG00000020895) ENSOCUG00000038220 CADM2 (ENSOCUG00000001739) ENSOCUG00000037817 ENSOCUG00000022949 ENSOCUG00000024114 ENSOCUG00000026853 GBE1 (ENSOCUG00000005912) ENSOCUG00000037368 ROBO1 (ENSOCUG00000002537) ENSOCUG00000021998 ROBO2 (ENSOCUG00000004278) Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ENSSVLG00005019214 PTPN18 (ENSSVLG00005018932) ENSSVLG00005018739 ENSSVLG00005018675 ENSSVLG00005018536 ENSSVLG00005018440 ENSSVLG00005018284 ENSSVLG00005018242 ENSSVLG00005018180 ENSSVLG00005018128 ENSSVLG00005018082 ENSSVLG00005018047 ASIC2 (ENSSVLG00005017834) ENSSVLG00005017765 TMEM98 (ENSSVLG00005017715) ENSSVLG00005017677 ##22 MYO1D (ENSSVLG00005017566) CDK5R1 (ENSSVLG00005017534) ENSSVLG00005017498 ZNF207 (ENSSVLG00005017171) C17orf75 (ENSSVLG00005017088) RHBDL3 (ENSSVLG00005016946) RHOT1 (ENSSVLG00005016781) RNF135 (ENSSVLG00005016571) ADAP2 (ENSSVLG00005016368) TEFM (ENSSVLG00005016323) ATAD5 (ENSSVLG00005016127) CRLF3 (ENSSVLG00005016089) SUZ12 (ENSSVLG00005015781) UTP6 (ENSSVLG00005015715) COPRS (ENSSVLG00005015650) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Nap1l3 (ENSPEMG00000021317) ENSPEMG00000020890 ENSPEMG00000031172 ENSPEMG00000015049 ENSPEMG00000030595 ENSPEMG00000030248 ENSPEMG00000024728 ENSPEMG00000029285 ENSPEMG00000022434 Rbm31y (ENSPEMG00000027407) ENSPEMG00000021363 ENSPEMG00000005666 ENSPEMG00000025494 Diaph2 (ENSPEMG00000019093) ENSPEMG00000019587 ENSPEMG00000004315 ##22 Pcdh19 (ENSPEMG00000020124) Tnmd (ENSPEMG00000011351) Tspan6 (ENSPEMG00000014695) Srpx2 (ENSPEMG00000019359) Sytl4 (ENSPEMG00000019947) Cstf2 (ENSPEMG00000019415) Nox1 (ENSPEMG00000020082) Xkrx (ENSPEMG00000029902) Arl13a (ENSPEMG00000019980) Trmt2b (ENSPEMG00000020113) Tmem35a (ENSPEMG00000031153) Cenpi (ENSPEMG00000019773) Drp2 (ENSPEMG00000019538) Taf7l (ENSPEMG00000020046) ENSPEMG00000027239 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 32 CDC37L1 (ENSMMMG00000002322) PLPP6 (ENSMMMG00000002356) SPATA6L (ENSMMMG00000002361) SLC1A1 (ENSMMMG00000002380) ENSMMMG00000002405 ENSMMMG00000002416 GLIS3 (ENSMMMG00000002430) ENSMMMG00000002504 PUM3 (ENSMMMG00000002513) KCNV2 (ENSMMMG00000002550) ENSMMMG00000002572 VLDLR (ENSMMMG00000002594) ENSMMMG00000002765 ENSMMMG00000002785 SMARCA2 (ENSMMMG00000002811) ENSMMMG00000003212 ##22 DMRT2 (ENSMMMG00000003238) DMRT3 (ENSMMMG00000003239) DMRT1 (ENSMMMG00000003270) KANK1 (ENSMMMG00000003281) ENSMMMG00000003301 ENSMMMG00000003304 DOCK8 (ENSMMMG00000003328) ENSMMMG00000003411 ENSMMMG00000003446 PGM5 (ENSMMMG00000003460) TMEM252 (ENSMMMG00000003476) PABIR1 (ENSMMMG00000003490) PIP5K1B (ENSMMMG00000003495) FXN (ENSMMMG00000003605) ENSMMMG00000003616 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 PSD3 (ENSSVLG00005006930) ENSSVLG00005007216 ENSSVLG00005000128 ENSSVLG00005000142 NAF1 (ENSSVLG00005000303) NPY1R (ENSSVLG00005000326) NPY5R (ENSSVLG00005000351) TKTL2 (ENSSVLG00005000366) ENSSVLG00005000429 MARCHF1 (ENSSVLG00005000488) ENSSVLG00005000541 ENSSVLG00005000557 SMIM31 (ENSSVLG00005000575) ENSSVLG00005000594 ENSSVLG00005000615 ENSSVLG00005000633 ##22 ENSSVLG00005000652 ENSSVLG00005000666 ENSSVLG00005000680 TRIM75 (ENSSVLG00005000696) ENSSVLG00005000719 KLHL2 (ENSSVLG00005000822) MSMO1 (ENSSVLG00005000949) CPE (ENSSVLG00005000975) ENSSVLG00005000996 TLL1 (ENSSVLG00005001039) ENSSVLG00005001107 SPOCK3 (ENSSVLG00005001298) ANXA10 (ENSSVLG00005001520) ENSSVLG00005001553 PALLD (ENSSVLG00005001640) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 31 BMX (ENSHGLG00000001385) PIR (ENSHGLG00000037625) VEGFD (ENSHGLG00000000833) PIGA (ENSHGLG00000001235) ASB11 (ENSHGLG00000000624) ASB9 (ENSHGLG00000001821) ENSHGLG00000000051 ENSHGLG00000019696 MOSPD2 (ENSHGLG00000000132) FANCB (ENSHGLG00000000155) ENSHGLG00000000430 GLRA2 (ENSHGLG00000000192) ENSHGLG00000036833 GEMIN8 (ENSHGLG00000001816) GPM6B (ENSHGLG00000000184) ENSHGLG00000002123 ##22 ENSHGLG00000045806 OFD1 (ENSHGLG00000002158) ENSHGLG00000042680 ENSHGLG00000001231 ENSHGLG00000050459 ENSHGLG00000032247 ENSHGLG00000044535 ENSHGLG00000000319 ENSHGLG00000050801 ENSHGLG00000041397 ENSHGLG00000000650 ENSHGLG00000000815 ENSHGLG00000001296 ENSHGLG00000032069 ENSHGLG00000001807 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 695 ENSUPAG00010005633 ENSUPAG00010005636 ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 18 QPCT (ENSCPOG00000012212) CDC42EP3 (ENSCPOG00000033770) RMDN2 (ENSCPOG00000021133) CYP1B1 (ENSCPOG00000030721) ENSCPOG00000013597 HNRNPLL (ENSCPOG00000007588) GALM (ENSCPOG00000006536) SRSF7 (ENSCPOG00000033318) GEMIN6 (ENSCPOG00000034454) DHX57 (ENSCPOG00000009155) ENSCPOG00000034074 ARHGEF33 (ENSCPOG00000026296) SOS1 (ENSCPOG00000002487) CDKL4 (ENSCPOG00000007561) MAP4K3 (ENSCPOG00000012852) ENSCPOG00000034555 ##22 TMEM178A (ENSCPOG00000031174) THUMPD2 (ENSCPOG00000003368) SLC8A1 (ENSCPOG00000002233) ENSCPOG00000008206 PKDCC (ENSCPOG00000014946) EML4 (ENSCPOG00000014948) COX7A2L (ENSCPOG00000038148) KCNG3 (ENSCPOG00000012440) MTA3 (ENSCPOG00000005357) HAAO (ENSCPOG00000024944) ZFP36L2 (ENSCPOG00000022038) THADA (ENSCPOG00000000838) PLEKHH2 (ENSCPOG00000013966) DYNC2LI1 (ENSCPOG00000000202) ABCG5 (ENSCPOG00000025027) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000153998.a ENSGT00940000162847 ENSGT00960000189441 ENSGT00390000005575 ENSGT00390000004910 ENSGT00940000171984 ENSGT00940000153251.a ENSGT00940000162944 ENSGT00390000006307 ENSGT00390000007697 ENSGT00970000194160 ENSGT00940000158592 ENSGT00940000156631.B ENSGT00940000156881 ENSGT00940000156527 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000153695.B ENSGT00950000182866.D.d.a.d ENSGT00910000144283 ENSGT00950000183105.A ENSGT00900000141090 ENSGT00390000010218 ENSGT00530000063169.b.b ENSGT00390000010779.a.b.b ENSGT00530000063907.d ENSGT00940000157308 ENSGT00530000063503.a.a ENSGT00530000063558.A ENSGT00510000047809 ENSGT00940000159169 ENSGT00940000155530 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 272 ENSTMTG00000019765 TRAT1 (ENSTMTG00000019755) ENSTMTG00000019745 ENSTMTG00000019733 CIP2A (ENSTMTG00000019686) ENSTMTG00000019465 HHLA2 (ENSTMTG00000019397) IFT57 (ENSTMTG00000019378) CD47 (ENSTMTG00000019348) ENSTMTG00000019336 ENSTMTG00000019325 BBX (ENSTMTG00000019277) CBLB (ENSTMTG00000018863) ALCAM (ENSTMTG00000018764) ZPLD1 (ENSTMTG00000018724) ENSTMTG00000018709 ##22 NFKBIZ (ENSTMTG00000018686) NXPE3 (ENSTMTG00000018581) CEP97 (ENSTMTG00000018479) RPL24 (ENSTMTG00000018458) ZBTB11 (ENSTMTG00000018433) PCNP (ENSTMTG00000018404) TRMT10C (ENSTMTG00000018396) TXNL4B (ENSTMTG00000018389) ENSTMTG00000018385 SENP7 (ENSTMTG00000018310) IMPG2 (ENSTMTG00000018267) TFG (ENSTMTG00000018199) TMEM45A (ENSTMTG00000018184) ENSTMTG00000018173 TOMM70 (ENSTMTG00000017918) painted turtle MODERN SPECIES ENSCPBG00000005311 ENSCPBG00000005307 TRAT1 (ENSCPBG00000005299) ENSCPBG00000005293 ENSCPBG00000005288 CIP2A (ENSCPBG00000005195) ENSCPBG00000004865 HHLA2 (ENSCPBG00000004703) IFT57 (ENSCPBG00000004696) CD47 (ENSCPBG00000004681) ENSCPBG00000004657 BBX (ENSCPBG00000004643) CBLB (ENSCPBG00000004619) ALCAM (ENSCPBG00000004575) ZPLD1 (ENSCPBG00000004529) ENSCPBG00000004515 ##22 NFKBIZ (ENSCPBG00000004507) NXPE3 (ENSCPBG00000004491) CEP97 (ENSCPBG00000004478) RPL24 (ENSCPBG00000004458) ZBTB11 (ENSCPBG00000004441) PCNP (ENSCPBG00000004421) TXNL4B (ENSCPBG00000004410) ENSCPBG00000004402 SENP7 (ENSCPBG00000004364) IMPG2 (ENSCPBG00000004294) ABI3BP (ENSCPBG00000004109) TFG (ENSCPBG00000004037) ADGRG7 (ENSCPBG00000004017) TMEM45A (ENSCPBG00000004005) ENSCPBG00000003998 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Chicken MODERN SPECIES 130 ENSGALG00010012459 ENSGALG00010012437 ENSGALG00010012393 ENSGALG00010012380 ENSGALG00010012370 ENSGALG00010012357 ENSGALG00010012348 ENSGALG00010012342 ENSGALG00010012336 ENSGALG00010012332 SMAD7B (ENSGALG00010012323) ENSGALG00010012316 ENSGALG00010012306 ENSGALG00010012294 ENSGALG00010012286 #22 ENSGALG00010012282 ##22 ENSGALG00010013588 ENSGALG00010012272 ENSGALG00010012268 ENSGALG00010012243 ENSGALG00010012220 ENSGALG00010012211 ENSGALG00010012199 ENSGALG00010012187 ENSGALG00010012168 ENSGALG00010013565 ENSGALG00010013554 HINTW (ENSGALG00010011988) ENSGALG00010011978 ENSGALG00010011974 ENSGALG00010011964 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Duck MODERN SPECIES 4281 STARD6 (ENSAPLG00000021618) POLI (ENSAPLG00000010510) MBD2 (ENSAPLG00000010058) DCC (ENSAPLG00000009368) MEX3C (ENSAPLG00000003916) SMAD4 (ENSAPLG00000003924) ELAC1 (ENSAPLG00000007218) ME2 (ENSAPLG00000004164) MAPK4 (ENSAPLG00000004651) ENSAPLG00000004736 ENSAPLG00000004971 ENSAPLG00000005297 MYO5B (ENSAPLG00000005427) ACAA2 (ENSAPLG00000006058) LIPG (ENSAPLG00000008809) ENSAPLG00000008451 ##22 C18orf32 (ENSAPLG00000017090) DYM (ENSAPLG00000007759) ENSAPLG00000022343 SMAD7 (ENSAPLG00000001268) CTIF (ENSAPLG00000014486) ZBTB7C (ENSAPLG00000016660) SMAD2 (ENSAPLG00000004964) SKOR2 (ENSAPLG00000022487) IER3IP1 (ENSAPLG00000018295) HDHD2 (ENSAPLG00000004974) KATNAL2 (ENSAPLG00000005005) PIAS2 (ENSAPLG00000005190) ENSAPLG00000022068 ST8SIA5 (ENSAPLG00000011069) LOXHD1 (ENSAPLG00000010718) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Platypus MODERN SPECIES 14 POLI (ENSOANG00000001796) MBD2 (ENSOANG00000001797) DCC (ENSOANG00000008115) ENSOANG00000008116 SMAD4 (ENSOANG00000008117) ELAC1 (ENSOANG00000008118) ME2 (ENSOANG00000008119) ENSOANG00000008122 ENSOANG00000045887 ENSOANG00000008124 ENSOANG00000008125 ENSOANG00000008126 MYO5B (ENSOANG00000008127) ACAA2 (ENSOANG00000002559) LIPG (ENSOANG00000001131) ENSOANG00000002910 ##22 DYM (ENSOANG00000007612) ENSOANG00000007611 CTIF (ENSOANG00000001337) ZBTB7C (ENSOANG00000005929) SMAD2 (ENSOANG00000001971) SKOR2 (ENSOANG00000038832) IER3IP1 (ENSOANG00000045983) ENSOANG00000042577 HDHD2 (ENSOANG00000012019) KATNAL2 (ENSOANG00000012018) PIAS2 (ENSOANG00000012017) ST8SIA5 (ENSOANG00000014835) LOXHD1 (ENSOANG00000014833) RNF165 (ENSOANG00000014831) C18orf25 (ENSOANG00000004994) Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 418 ENSMODG00000028106 ENSMODG00000045743 ##22 ENSMODG00000022736 ENSMODG00000022737 Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000005872 ENSMODG00000046698 TOP1MT (ENSMODG00000029734) RHPN1 (ENSMODG00000011421) MAFA (ENSMODG00000011396) ENSMODG00000011385 ENSMODG00000011300 ENSMODG00000011297 MROH6 (ENSMODG00000011279) NAPRT (ENSMODG00000011244) EEF1D (ENSMODG00000011225) TIGD5 (ENSMODG00000011207) GFUS (ENSMODG00000011191) ENSMODG00000025630 ENSMODG00000011178 ENSMODG00000011184 ##22 ENSMODG00000011150 ENSMODG00000042574 ENSMODG00000024086 ENSMODG00000011130 ENSMODG00000040096 ARHGAP39 (ENSMODG00000011119) C8orf82 (ENSMODG00000044591) LRRC24 (ENSMODG00000011100) ENSMODG00000027311 ENSMODG00000011094 ENSMODG00000050338 ENSMODG00000011022 ENSMODG00000011014 MFSD3 (ENSMODG00000010983) GPT (ENSMODG00000010974) Opossum MODERN SPECIES POLR3A (ENSMODG00000001036) RPS24 (ENSMODG00000025091) ZMIZ1 (ENSMODG00000001116) PPIF (ENSMODG00000001128) ZCCHC24 (ENSMODG00000001134) ENSMODG00000001145 ENSMODG00000025082 TMEM254 (ENSMODG00000001146) ENSMODG00000038110 ENSMODG00000029013 BMS1 (ENSMODG00000001177) ENSMODG00000029654 RET (ENSMODG00000001212) CSGALNACT2 (ENSMODG00000001232) RASGEF1A (ENSMODG00000001262) ENSMODG00000025077 ##22 ENSMODG00000050542 ENSMODG00000001269 ENSMODG00000001304 ENSMODG00000025723 MBL2 (ENSMODG00000001491) ENSMODG00000037815 ENSMODG00000048633 ENSMODG00000001508 ENSMODG00000001524 DYDC1 (ENSMODG00000001532) ENSMODG00000028030 ENSMODG00000001545 TSPAN14 (ENSMODG00000001556) ENSMODG00000001571 SH2D4B (ENSMODG00000001611) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 240 RAB1A (ENSMMSG00000006809) CEP68 (ENSMMSG00000006928) SLC1A4 (ENSMMSG00000007010) ENSMMSG00000007124 SERTAD2 (ENSMMSG00000007146) AFTPH (ENSMMSG00000007162) LGALSL (ENSMMSG00000007219) PELI1 (ENSMMSG00000007255) VPS54 (ENSMMSG00000007345) UGP2 (ENSMMSG00000007620) MDH1 (ENSMMSG00000007784) WDPCP (ENSMMSG00000008007) OTX1 (ENSMMSG00000008093) EHBP1 (ENSMMSG00000008127) TMEM17 (ENSMMSG00000008258) ENSMMSG00000008292 ##22 B3GNT2 (ENSMMSG00000008312) COMMD1 (ENSMMSG00000008325) ENSMMSG00000008359 FAM161A (ENSMMSG00000008531) ENSMMSG00000008623 ENSMMSG00000008648 XPO1 (ENSMMSG00000008749) USP34 (ENSMMSG00000008868) ENSMMSG00000009275 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 24 MED21 (ENSCHIG00000017040) TM7SF3 (ENSCHIG00000010359) ENSCHIG00000001969 FGFR1OP2 (ENSCHIG00000020593) INTS13 (ENSCHIG00000002599) ITPR2 (ENSCHIG00000016600) SSPN (ENSCHIG00000024484) BHLHE41 (ENSCHIG00000024108) RASSF8 (ENSCHIG00000024588) LMNTD1 (ENSCHIG00000017319) ENSCHIG00000011443 KRAS (ENSCHIG00000026575) ETFRF1 (ENSCHIG00000023135) DNAI7 (ENSCHIG00000016268) IRAG2 (ENSCHIG00000006732) ENSCHIG00000000786 ##22 BCAT1 (ENSCHIG00000025125) SOX5 (ENSCHIG00000026249) ENSCHIG00000003098 ETNK1 (ENSCHIG00000010576) C2CD5 (ENSCHIG00000011005) ENSCHIG00000010485 ST8SIA1 (ENSCHIG00000022129) ENSCHIG00000015874 CMAS (ENSCHIG00000003246) ABCC9 (ENSCHIG00000026713) KCNJ8 (ENSCHIG00000023544) ENSCHIG00000010543 GYS2 (ENSCHIG00000020166) SPX (ENSCHIG00000014173) ENSCHIG00000026904 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 BMPR2 (ENSOARG00020006563) FAM117B (ENSOARG00020006688) ICA1L (ENSOARG00020006778) WDR12 (ENSOARG00020006896) CARF (ENSOARG00020006968) NBEAL1 (ENSOARG00020007440) CYP20A1 (ENSOARG00020007538) ABI2 (ENSOARG00020007596) RAPH1 (ENSOARG00020007863) ENSOARG00020008167 CD28 (ENSOARG00020008197) CTLA4 (ENSOARG00020008302) ICOS (ENSOARG00020008420) PARD3B (ENSOARG00020008587) NRP2 (ENSOARG00020013172) ENSOARG00020013371 ##22 INO80D (ENSOARG00020013391) NDUFS1 (ENSOARG00020013502) ENSOARG00020014163 GPR1 (ENSOARG00020014248) ZDBF2 (ENSOARG00020014286) ADAM23 (ENSOARG00020014405) FAM237A (ENSOARG00020014982) DYTN (ENSOARG00020015031) MDH1B (ENSOARG00020015160) FASTKD2 (ENSOARG00020015403) CPO (ENSOARG00020015466) KLF7 (ENSOARG00020015555) CREB1 (ENSOARG00020015664) METTL21A (ENSOARG00020015859) ENSOARG00020016023 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 18 SNX25 (ENSOARG00020014331) LRP2BP (ENSOARG00020014866) ANKRD37 (ENSOARG00020014995) UFSP2 (ENSOARG00020015057) C4orf47 (ENSOARG00020015119) ENSOARG00020015181 PDLIM3 (ENSOARG00020015386) SORBS2 (ENSOARG00020015782) CYP4V2 (ENSOARG00020018832) KLKB1 (ENSOARG00020018965) F11 (ENSOARG00020019114) MTNR1A (ENSOARG00020019337) FAT1 (ENSOARG00020019399) ENSOARG00020019457 ENSOARG00020019472 ENSOARG00020019504 ##22 ZFP42 (ENSOARG00020019525) TRIML1 (ENSOARG00020019575) FRG1 (ENSOARG00020019669) ASAH1 (ENSOARG00020019754) PCM1 (ENSOARG00020020248) ENSOARG00020021745 FGL1 (ENSOARG00020021774) PDGFRL (ENSOARG00020022593) SLC7A2 (ENSOARG00020022649) MTMR7 (ENSOARG00020022703) VPS37A (ENSOARG00020022844) ENSOARG00020023007 ENSOARG00020023022 CNOT7 (ENSOARG00020023034) ZDHHC2 (ENSOARG00020023072) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3093 EGFR (ENSBBBG00000019718) ENSBBBG00000005174 ##22 SEC61G (ENSBBBG00000005179) NEK10 (ENSBBBG00000019654) ENSBBBG00000007956 SLC4A7 (ENSBBBG00000005307) EOMES (ENSBBBG00000019404) CMC1 (ENSBBBG00000019389) AZI2 (ENSBBBG00000019377) ENSBBBG00000009179 ZCWPW2 (ENSBBBG00000019368) RBMS3 (ENSBBBG00000019356) ENSBBBG00000019347 THUMPD3 (ENSBBBG00000019338) SETD5 (ENSBBBG00000005015) LHFPL4 (ENSBBBG00000004962) MTMR14 (ENSBBBG00000004959) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000008828.h ENSGT00940000154517.gb.a.a.a ENSGT00940000155616.c.b ENSGT00530000063528.B ENSGT00390000004304 ENSGT00940000161545 ENSGT00940000160514 ENSGT00940000164483 ENSGT00990000203619.A.a ENSGT01060000248589.C ENSGT00940000155600.b ENSGT00940000160782 ENSGT00940000154443.b.a.jb ENSGT00940000165666 ENSGT00940000155375.c ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 ENSGT00390000001021 ENSGT00390000006290 ENSGT00940000163590 ENSGT00390000008856.k ENSGT00940000153737.b ENSGT00500000044890.a.a ENSGT00940000156153 ENSGT00510000047417.j ENSGT00940000159616 ENSGT00940000160302 ENSGT00940000158618 ENSGT00940000162492.w ENSGT00940000155009.i ENSGT00940000160244 ENSGT00530000063186.a Cow MODERN SPECIES 177 FUNDC1 (ENSBTAG00000001637) EFHC2 (ENSBTAG00000053072) NDP (ENSBTAG00000012623) ENSBTAG00000055248 MAOB (ENSBTAG00000001288) MAOA (ENSBTAG00000016206) PPP1R2C (ENSBTAG00000037883) CASK (ENSBTAG00000020136) GPR82 (ENSBTAG00000045934) GPR34 (ENSBTAG00000020144) NYX (ENSBTAG00000046407) DDX3X (ENSBTAG00000035907) ENSBTAG00000053853 USP9X (ENSBTAG00000006242) ENSBTAG00000049862 ENSBTAG00000030490 ##22 MED14 (ENSBTAG00000011790) CXHXorf38 (ENSBTAG00000011788) MPC1L (ENSBTAG00000011783) ATP6AP2 (ENSBTAG00000017801) BCOR (ENSBTAG00000047339) MID1IP1 (ENSBTAG00000011463) TSPAN7 (ENSBTAG00000008966) ENSBTAG00000053054 ENSBTAG00000046998 OTC (ENSBTAG00000001488) ENSBTAG00000045867 SRPX (ENSBTAG00000004280) ENSBTAG00000055069 SYTL5 (ENSBTAG00000004955) H2AL3 (ENSBTAG00000052113) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 ENSBIXG00005016036 EFHC2 (ENSBIXG00005016054) NDP (ENSBIXG00005016079) ENSBIXG00005016094 MAOB (ENSBIXG00005016178) ENSBIXG00005016263 ENSBIXG00005002595 GPR82 (ENSBIXG00005000078) GPR34 (ENSBIXG00005016346) CASK (ENSBIXG00005016500) NYX (ENSBIXG00005016606) ENSBIXG00005016992 ENSBIXG00005017050 ENSBIXG00005017068 USP9X (ENSBIXG00005017112) ENSBIXG00005017168 ##22 MED14 (ENSBIXG00005017250) CXorf38 (ENSBIXG00005017280) ENSBIXG00005017292 ENSBIXG00005017517 ENSBIXG00005017652 BCOR (ENSBIXG00005017741) MID1IP1 (ENSBIXG00005017816) ENSBIXG00005002892 TSPAN7 (ENSBIXG00005017860) OTC (ENSBIXG00005017899) ENSBIXG00005018003 ENSBIXG00005018049 SRPX (ENSBIXG00005002934) SYTL5 (ENSBIXG00005018140) DYNLT3 (ENSBIXG00005018193) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 206 ENSGT00940000155450 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1251 ENSBMUG00000018413 ENSBMUG00000018374 ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ADGRL2 (ENSBGRG00000001750) ENSBGRG00000001675 ENSBGRG00000001672 TTLL7 (ENSBGRG00000001582) ENSBGRG00000001547 PRKACB (ENSBGRG00000001167) ENSBGRG00000001096 DNASE2B (ENSBGRG00000001063) ENSBGRG00000001021 RPF1 (ENSBGRG00000000983) ENSBGRG00000000963 SPATA1 (ENSBGRG00000000917) CTBS (ENSBGRG00000000887) SSX2IP (ENSBGRG00000000833) LPAR3 (ENSBGRG00000000803) ENSBGRG00000000797 ##22 MCOLN2 (ENSBGRG00000000755) MCOLN3 (ENSBGRG00000000709) DNAI3 (ENSBGRG00000000494) SYDE2 (ENSBGRG00000000456) C1orf52 (ENSBGRG00000000411) BCL10 (ENSBGRG00000000384) DDAH1 (ENSBGRG00000000347) ENSBGRG00000000337 CCN1 (ENSBGRG00000000313) ZNHIT6 (ENSBGRG00000000263) ENSBGRG00000000235 COL24A1 (ENSBGRG00000006871) ODF2L (ENSBGRG00000006729) ENSBGRG00000006706 CLCA2 (ENSBGRG00000006661) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 32 ENSCHYG00000000522 ENSCHYG00000000513 ENSCHYG00000000505 ZNF317 (ENSCHYG00000000466) ENSCHYG00000000428 ENSCHYG00000000424 ENSCHYG00000000412 ENSCHYG00000000405 ENSCHYG00000000395 ENSCHYG00000000391 ENSCHYG00000000386 ENSCHYG00000000369 ENSCHYG00000000361 ENSCHYG00000021700 ENSCHYG00000021676 ENSCHYG00000021653 ##22 ENSCHYG00000021615 ENSCHYG00000021579 ENSCHYG00000021555 ENSCHYG00000021460 ENSCHYG00000021432 ENSCHYG00000021396 ENSCHYG00000021342 MAN2B1 (ENSCHYG00000021233) ENSCHYG00000021159 WDR83 (ENSCHYG00000021020) DHPS (ENSCHYG00000020871) ENSCHYG00000020822 FBXW9 (ENSCHYG00000020520) TNPO2 (ENSCHYG00000020399) TRIR (ENSCHYG00000020314) Yarkand deer MODERN SPECIES 10 KCNH8 (ENSCHYG00000017889) ENSCHYG00000017861 SATB1 (ENSCHYG00000017752) TBC1D5 (ENSCHYG00000017550) PLCL2 (ENSCHYG00000017252) ENSCHYG00000017075 RFTN1 (ENSCHYG00000016683) OXNAD1 (ENSCHYG00000016543) DPH3 (ENSCHYG00000016462) GALNT15 (ENSCHYG00000016130) ANKRD28 (ENSCHYG00000014677) BTD (ENSCHYG00000014404) ENSCHYG00000014376 HACL1 (ENSCHYG00000011632) COLQ (ENSCHYG00000011149) ENSCHYG00000011089 ##22 EAF1 (ENSCHYG00000011048) METTL6 (ENSCHYG00000010912) SH3BP5 (ENSCHYG00000010811) CAPN7 (ENSCHYG00000010535) ENSCHYG00000010481 COL6A5 (ENSCHYG00000009969) COL6A6 (ENSCHYG00000009757) PIK3R4 (ENSCHYG00000009005) ENSCHYG00000008930 ETS2 (ENSCHYG00000008759) ERG (ENSCHYG00000008261) KCNJ15 (ENSCHYG00000008186) ENSCHYG00000008174 KCNJ6 (ENSCHYG00000008127) DYRK1A (ENSCHYG00000008074) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 1 HELLS (ENSPTRG00000002778) TBC1D12 (ENSPTRG00000002777) NOC3L (ENSPTRG00000002776) PLCE1 (ENSPTRG00000002775) ENSPTRG00000045483 PIPSL (ENSPTRG00000046503) SLC35G1 (ENSPTRG00000002772) ENSPTRG00000047673 LGI1 (ENSPTRG00000002771) FRA10AC1 (ENSPTRG00000002770) PDE6C (ENSPTRG00000002769) RBP4 (ENSPTRG00000002768) FFAR4 (ENSPTRG00000002767) CEP55 (ENSPTRG00000002766) MYOF (ENSPTRG00000002765) ENSPTRG00000052387 ##22 ENSPTRG00000047997 CYP26A1 (ENSPTRG00000002763) CYP26C1 (ENSPTRG00000002762) EXOC6 (ENSPTRG00000002761) HHEX (ENSPTRG00000002760) ENSPTRG00000042999 KIF11 (ENSPTRG00000002758) IDE (ENSPTRG00000002757) ENSPTRG00000049256 MARCHF5 (ENSPTRG00000024274) ENSPTRG00000042284 CPEB3 (ENSPTRG00000002753) BTAF1 (ENSPTRG00000002751) FGFBP3 (ENSPTRG00000002750) TNKS2 (ENSPTRG00000002749) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Drill MODERN SPECIES 832 SLC9A1 (ENSMLEG00000014293) TENT5B (ENSMLEG00000042465) ENSMLEG00000026434 KDF1 (ENSMLEG00000041584) NUDC (ENSMLEG00000036923) NR0B2 (ENSMLEG00000030851) GPATCH3 (ENSMLEG00000033364) GPN2 (ENSMLEG00000025975) ENSMLEG00000006437 ENSMLEG00000003136 ZDHHC18 (ENSMLEG00000042906) PIGV (ENSMLEG00000034758) ARID1A (ENSMLEG00000022830) RPS6KA1 (ENSMLEG00000043206) ENSMLEG00000038780 ENSMLEG00000035869 ##22 DHDDS (ENSMLEG00000034617) LIN28A (ENSMLEG00000011746) ZNF683 (ENSMLEG00000037471) CRYBG2 (ENSMLEG00000014773) CD52 (ENSMLEG00000014796) UBXN11 (ENSMLEG00000038323) SH3BGRL3 (ENSMLEG00000029299) CEP85 (ENSMLEG00000040503) CATSPER4 (ENSMLEG00000041274) CNKSR1 (ENSMLEG00000044411) ZNF593OS (ENSMLEG00000031396) ZNF593 (ENSMLEG00000035715) C1orf232 (ENSMLEG00000000238) FAM110D (ENSMLEG00000001627) PDIK1L (ENSMLEG00000026898) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 332 ENSCPOG00000023476 ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 2 IL17D (ENSHGLG00000009735) IFT88 (ENSHGLG00000010561) CRYL1 (ENSHGLG00000013543) ENSHGLG00000032773 GJB6 (ENSHGLG00000014019) GJB2 (ENSHGLG00000017361) ENSHGLG00000017378 ENSHGLG00000044516 GJA3 (ENSHGLG00000038335) ZMYM2 (ENSHGLG00000014453) ZMYM5 (ENSHGLG00000017994) ENSHGLG00000043089 ENSHGLG00000018099 PSPC1 (ENSHGLG00000018811) ENSHGLG00000006845 ENSHGLG00000049700 ##22 ENSHGLG00000008309 ENSHGLG00000016438 ENSHGLG00000007270 ENSHGLG00000006734 ENSHGLG00000008585 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 1 ENSSVLG00005008160 TBL1XR1 (ENSSVLG00005008184) NAALADL2 (ENSSVLG00005008257) ENSSVLG00005008340 NLGN1 (ENSSVLG00005008366) SPATA16 (ENSSVLG00005008419) ECT2 (ENSSVLG00005008532) NCEH1 (ENSSVLG00005008940) ENSSVLG00005009000 TNFSF10 (ENSSVLG00005009030) ENSSVLG00005009074 GHSR (ENSSVLG00005009108) FNDC3B (ENSSVLG00005009155) TMEM212 (ENSSVLG00005009205) PLD1 (ENSSVLG00005009258) ENSSVLG00005009308 ##22 ENSSVLG00005009676 SLC2A2 (ENSSVLG00005012009) EIF5A2 (ENSSVLG00005012156) ENSSVLG00005012248 SLC7A14 (ENSSVLG00005012335) CLDN11 (ENSSVLG00005012422) SKIL (ENSSVLG00005012473) ENSSVLG00005012666 ENSSVLG00005012724 PHC3 (ENSSVLG00005012992) GPR160 (ENSSVLG00005013127) ENSSVLG00005013185 SEC62 (ENSSVLG00005013253) SAMD7 (ENSSVLG00005013435) LRRC31 (ENSSVLG00005013710) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 209 ZFHX3 (ENSUPAG00010014216) ENSUPAG00010014227 ENSUPAG00010014232 ENSUPAG00010014238 ##22 PMFBP1 (ENSUPAG00010014246) DHX38 (ENSUPAG00010014280) TXNL4B (ENSUPAG00010014339) ENSUPAG00010014354 DHODH (ENSUPAG00010014366) IST1 (ENSUPAG00010014404) ENSUPAG00010014442 ZNF821 (ENSUPAG00010014449) ATXN1L (ENSUPAG00010014478) ENSUPAG00010014485 AP1G1 (ENSUPAG00010014505) PHLPP2 (ENSUPAG00010014596) ENSUPAG00010014635 TAT (ENSUPAG00010014676) ENSUPAG00010014699 Alpin marmot MODERN SPECIES 47 OR1Q1 (ENSMMMG00000018554) ENSMMMG00000018552 ENSMMMG00000018548 OR1B1 (ENSMMMG00000018546) ENSMMMG00000018540 ENSMMMG00000018538 OR5C1 (ENSMMMG00000018535) OR1K1 (ENSMMMG00000018530) PDCL (ENSMMMG00000018517) RC3H2 (ENSMMMG00000018470) ZBTB6 (ENSMMMG00000018466) ZBTB26 (ENSMMMG00000018454) RABGAP1 (ENSMMMG00000018398) STRBP (ENSMMMG00000018353) CRB2 (ENSMMMG00000018308) ENSMMMG00000018296 ##22 DENND1A (ENSMMMG00000018266) ENSMMMG00000018209 NEK6 (ENSMMMG00000018189) PSMB7 (ENSMMMG00000018175) NR5A1 (ENSMMMG00000018155) NR6A1 (ENSMMMG00000018148) OLFML2A (ENSMMMG00000018107) WDR38 (ENSMMMG00000018077) RPL35 (ENSMMMG00000018074) ARPC5L (ENSMMMG00000018071) GOLGA1 (ENSMMMG00000018029) ENSMMMG00000018021 SCAI (ENSMMMG00000017999) PPP6C (ENSMMMG00000017971) ENSMMMG00000017965 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3142 Grid2 (ENSMSIG00000004685) Atoh1 (ENSMSIG00000004761) ENSMSIG00000004770 ##22 ENSMSIG00000004781 Smarcad1 (ENSMSIG00000004793) Hpgds (ENSMSIG00000004887) ENSMSIG00000004897 Steppe mouse MODERN SPECIES 2382 ENSMSIG00000018068 ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 1 ENSPEMG00000017153 ENSPEMG00000012423 ENSPEMG00000016903 Ythdc1 (ENSPEMG00000013850) Tmprss11e (ENSPEMG00000010598) Tmprss11b (ENSPEMG00000010122) Tmprss11f (ENSPEMG00000009823) Tmprss11g (ENSPEMG00000014250) Tmprss11a (ENSPEMG00000016148) Tmprss11d (ENSPEMG00000015013) Tmprss11c (ENSPEMG00000007704) ENSPEMG00000014013 Uba6 (ENSPEMG00000014913) Stap1 (ENSPEMG00000002135) Cenpc1 (ENSPEMG00000014768) ENSPEMG00000012537 ##22 ENSPEMG00000028061 Csn1s1 (ENSPEMG00000007203) Csn2 (ENSPEMG00000010030) Csn1s2a (ENSPEMG00000010301) Prr27 (ENSPEMG00000017370) ENSPEMG00000029905 Odam (ENSPEMG00000018624) Csn3 (ENSPEMG00000018161) 2310003L06Rik (ENSPEMG00000006070) Cabs1 (ENSPEMG00000024925) ENSPEMG00000028962 Amtn (ENSPEMG00000015495) Ambn (ENSPEMG00000018926) Enam (ENSPEMG00000016272) Jchain (ENSPEMG00000028523) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 60 Cpt1a (ENSJJAG00000019639) Mrpl21 (ENSJJAG00000018455) Ighmbp2 (ENSJJAG00000022964) Mrgprf (ENSJJAG00000017168) Tpcn2 (ENSJJAG00000019473) ENSJJAG00000000500 Mro (ENSJJAG00000018866) ENSJJAG00000007096 Ska1 (ENSJJAG00000008382) Cxxc1 (ENSJJAG00000022206) Mbd1 (ENSJJAG00000022859) ENSJJAG00000023145 ENSJJAG00000012661 Acaa2 (ENSJJAG00000023029) Lipg (ENSJJAG00000021249) ENSJJAG00000017312 ##22 BC031181 (ENSJJAG00000013965) Dym (ENSJJAG00000000543) ENSJJAG00000011899 ENSJJAG00000014372 ENSJJAG00000011224 Smad7 (ENSJJAG00000017342) Ctif (ENSJJAG00000013706) ENSJJAG00000000639 Zbtb7c (ENSJJAG00000005484) ENSJJAG00000000783 Smad2 (ENSJJAG00000021902) Skor2 (ENSJJAG00000013235) ENSJJAG00000009768 Hdhd2 (ENSJJAG00000020515) Katnal2 (ENSJJAG00000013360) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 9 Mex3c (ENSRNOG00000015777) Smad4 (ENSRNOG00000051965) Elac1 (ENSRNOG00000000113) Me2 (ENSRNOG00000015582) LOC680512 (ENSRNOG00000033808) Mro (ENSRNOG00000024426) Mapk4 (ENSRNOG00000015401) Ska1 (ENSRNOG00000015275) Cxxc1 (ENSRNOG00000014614) Cfap53 (ENSRNOG00000014585) Mbd1 (ENSRNOG00000024104) Myo5b (ENSRNOG00000014104) Acaa2 (ENSRNOG00000013766) Lipg (ENSRNOG00000018694) Slc25a6 (ENSRNOG00000042387) Rpl17 (ENSRNOG00000018680) ##22 Dym (ENSRNOG00000018425) Smad7 (ENSRNOG00000018359) Ctif (ENSRNOG00000018342) ENSRNOG00000067472 Zbtb7c (ENSRNOG00000047924) Smad2 (ENSRNOG00000018140) Skor2 (ENSRNOG00000018006) Ier3ip1 (ENSRNOG00000043171) Katnal2 (ENSRNOG00000017788) Pias2 (ENSRNOG00000017493) St8sia5 (ENSRNOG00000022691) Loxhd1 (ENSRNOG00000017410) Rnf165 (ENSRNOG00000048824) RGD1308601 (ENSRNOG00000017215) ENSRNOG00000063575 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 170 ENSODEG00000004349 ACOT12 (ENSODEG00000004907) SSBP2 (ENSODEG00000004975) ATG10 (ENSODEG00000005078) RPS23 (ENSODEG00000005092) ENSODEG00000005103 ENSODEG00000005125 XRCC4 (ENSODEG00000005147) ENSODEG00000005159 ENSODEG00000005176 HAPLN1 (ENSODEG00000005201) EDIL3 (ENSODEG00000005260) ENSODEG00000005359 ENSODEG00000005376 ENSODEG00000005383 ENSODEG00000019183 ##22 RASA1 (ENSODEG00000005418) CCNH (ENSODEG00000005505) TMEM161B (ENSODEG00000005530) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 146 ENSOGAG00000008755 BLTP3A (ENSOGAG00000016353) TAF11 (ENSOGAG00000008522) ANKS1A (ENSOGAG00000008526) ENSOGAG00000028462 TCP11 (ENSOGAG00000031615) SCUBE3 (ENSOGAG00000002933) ZNF76 (ENSOGAG00000002935) DEF6 (ENSOGAG00000002936) PPARD (ENSOGAG00000000630) ENSOGAG00000024631 FANCE (ENSOGAG00000002939) TEAD3 (ENSOGAG00000002943) TULP1 (ENSOGAG00000029633) FKBP5 (ENSOGAG00000016164) ENSOGAG00000032836 ##22 ARMC12 (ENSOGAG00000025864) CLPSL2 (ENSOGAG00000006388) ENSOGAG00000009050 ENSOGAG00000024915 CLPS (ENSOGAG00000009742) LHFPL5 (ENSOGAG00000009744) SRPK1 (ENSOGAG00000009745) SLC26A8 (ENSOGAG00000002813) MAPK14 (ENSOGAG00000002814) MAPK13 (ENSOGAG00000002816) BRPF3 (ENSOGAG00000002560) PNPLA1 (ENSOGAG00000017067) BNIP5 (ENSOGAG00000031171) ENSOGAG00000017069 KCTD20 (ENSOGAG00000000496) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 15 MBD2 (ENSNSUG00000013112) ENSNSUG00000013111 DCC (ENSNSUG00000013107) MEX3C (ENSNSUG00000013103) SMAD4 (ENSNSUG00000013101) ELAC1 (ENSNSUG00000013099) ME2 (ENSNSUG00000013096) MAPK4 (ENSNSUG00000013095) ENSNSUG00000013094 ENSNSUG00000013093 ENSNSUG00000013092 ENSNSUG00000013091 ENSNSUG00000013090 ACAA2 (ENSNSUG00000013087) LIPG (ENSNSUG00000012949) ENSNSUG00000012945 ##22 C18orf32 (ENSNSUG00000012944) DYM (ENSNSUG00000012943) SMAD7 (ENSNSUG00000012942) CTIF (ENSNSUG00000012893) ENSNSUG00000012891 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E.a ENSGT00940000155301 ENSGT00940000156170.b ENSGT00940000156873.f ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.ad.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000159146 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872.k ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a.d.a.b ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167.a Japanese quail MODERN SPECIES 699 ENSCJPG00005004843 ST8SIA3 (ENSCJPG00005004844) WDR7 (ENSCJPG00005004845) TXNL1 (ENSCJPG00005004863) NEDD4L (ENSCJPG00005004869) ALPK2 (ENSCJPG00005004887) MALT1 (ENSCJPG00005004888) ZNF532 (ENSCJPG00005004899) SEC11C (ENSCJPG00005004904) GRP (ENSCJPG00005004907) RAX (ENSCJPG00005004909) CPLX4 (ENSCJPG00005004910) LMAN1 (ENSCJPG00005004911) ACAA2 (ENSCJPG00005004912) LIPG (ENSCJPG00005004913) ENSCJPG00005004917 ##22 C18orf32 (ENSCJPG00005004922) DYM (ENSCJPG00005004924) SMAD7 (ENSCJPG00005004928) CTIF (ENSCJPG00005004929) ZBTB7C (ENSCJPG00005004933) SMAD2 (ENSCJPG00005004935) SKOR2 (ENSCJPG00005004937) IER3IP1 (ENSCJPG00005004943) HDHD2 (ENSCJPG00005004947) KATNAL2 (ENSCJPG00005004948) PIAS2 (ENSCJPG00005004954) ST8SIA5 (ENSCJPG00005005152) LOXHD1 (ENSCJPG00005005160) RNF165 (ENSCJPG00005005197) C18orf25 (ENSCJPG00005005205) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00960000190719 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.j ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000018741.i.b ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00960000190719 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000018741.i.b ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 DCC (ENSBIXG00005004333) ENSBIXG00005025532 ENSBIXG00005025566 MEX3C (ENSBIXG00005025578) SMAD4 (ENSBIXG00005025648) ELAC1 (ENSBIXG00005025678) ME2 (ENSBIXG00005025823) MRO (ENSBIXG00005025968) MAPK4 (ENSBIXG00005025994) SKA1 (ENSBIXG00005004443) CXXC1 (ENSBIXG00005026115) ENSBIXG00005026615 MYO5B (ENSBIXG00005026770) ACAA2 (ENSBIXG00005026872) LIPG (ENSBIXG00005004622) ENSBIXG00005007771 ##22 ENSBIXG00005027155 DYM (ENSBIXG00005027220) SMAD7 (ENSBIXG00005004711) CTIF (ENSBIXG00005007777) ZBTB7C (ENSBIXG00005027504) SMAD2 (ENSBIXG00005027591) SKOR2 (ENSBIXG00005004756) IER3IP1 (ENSBIXG00005027693) ENSBIXG00005027700 HDHD2 (ENSBIXG00005027742) KATNAL2 (ENSBIXG00005004778) ENSBIXG00005006537 PIAS2 (ENSBIXG00005027955) ST8SIA5 (ENSBIXG00005028065) LOXHD1 (ENSBIXG00005028849) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Horse MODERN SPECIES 29 ENSECAG00000055237 MEX3C (ENSECAG00000021727) SMAD4 (ENSECAG00000017857) ELAC1 (ENSECAG00000016230) ME2 (ENSECAG00000005517) MRO (ENSECAG00000002610) MAPK4 (ENSECAG00000023749) SKA1 (ENSECAG00000023484) CXXC1 (ENSECAG00000017698) MBD1 (ENSECAG00000011497) CFAP53 (ENSECAG00000053670) MYO5B (ENSECAG00000022515) ACAA2 (ENSECAG00000019394) ENSECAG00000059774 LIPG (ENSECAG00000015140) ENSECAG00000011547 ##22 C18orf32 (ENSECAG00000046374) DYM (ENSECAG00000001651) SMAD7 (ENSECAG00000020583) CTIF (ENSECAG00000020473) ZBTB7C (ENSECAG00000020456) SMAD2 (ENSECAG00000015132) SKOR2 (ENSECAG00000040113) IER3IP1 (ENSECAG00000026829) HDHD2 (ENSECAG00000012664) ENSECAG00000010000 KATNAL2 (ENSECAG00000010207) PIAS2 (ENSECAG00000002816) ST8SIA5 (ENSECAG00000023864) LOXHD1 (ENSECAG00000022216) RNF165 (ENSECAG00000021547) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES ENSMICG00000049443 CCDC14 (ENSMICG00000048984) ENSMICG00000048499 ENSMICG00000049575 ENSMICG00000049482 UMPS (ENSMICG00000049168) ENSMICG00000049354 ITGB5 (ENSMICG00000049531) ENSMICG00000049118 HEG1 (ENSMICG00000049378) SLC12A8 (ENSMICG00000049518) ZNF148 (ENSMICG00000048869) SNX4 (ENSMICG00000049026) OSBPL11 (ENSMICG00000049504) ENSMICG00000049464 ENSMICG00000049573 ##22 LMLN (ENSMICG00000049402) RPL35A (ENSMICG00000048983) IQCG (ENSMICG00000049263) LRCH3 (ENSMICG00000049503) FYTTD1 (ENSMICG00000049152) ENSMICG00000049510 ENSMICG00000048627 ENSMICG00000049552 TNK2 (ENSMICG00000049104) TFRC (ENSMICG00000048390) ENSMICG00000049408 ZDHHC19 (ENSMICG00000049177) SLC51A (ENSMICG00000049569) ENSMICG00000049044 DYNLT2B (ENSMICG00000049156) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Degu MODERN SPECIES 61 ENSODEG00000019894 PREPL (ENSODEG00000012834) SLC3A1 (ENSODEG00000011768) PPM1B (ENSODEG00000012106) ENSODEG00000011737 ENSODEG00000020039 ENSODEG00000019947 LRPPRC (ENSODEG00000011211) ABCG8 (ENSODEG00000012555) ABCG5 (ENSODEG00000010535) DYNC2LI1 (ENSODEG00000011054) PLEKHH2 (ENSODEG00000012982) ENSODEG00000010547 ENSODEG00000012111 HAAO (ENSODEG00000010886) ENSODEG00000019803 ##22 ENSODEG00000011091 ENSODEG00000012097 KCNG3 (ENSODEG00000014536) ENSODEG00000011166 COX7A2L (ENSODEG00000011433) EML4 (ENSODEG00000011507) PKDCC (ENSODEG00000014354) ENSODEG00000010490 ENSODEG00000019723 ENSODEG00000010136 ENSODEG00000019775 ENSODEG00000009978 SLC8A1 (ENSODEG00000010025) ENSODEG00000019855 ENSODEG00000010561 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Tenrec MODERN SPECIES 9165 ENSETEG00000004152 ##22 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 659 ENSPCOG00000025038 PCK1 (ENSPCOG00000028208) ZBP1 (ENSPCOG00000027415) PMEPA1 (ENSPCOG00000001406) C20orf85 (ENSPCOG00000016410) ANKRD60 (ENSPCOG00000017018) ENSPCOG00000025348 RAB22A (ENSPCOG00000019205) VAPB (ENSPCOG00000016680) APCDD1L (ENSPCOG00000026436) STX16 (ENSPCOG00000024711) NPEPL1 (ENSPCOG00000027083) ENSPCOG00000015620 GNAS (ENSPCOG00000028515) ENSPCOG00000005755 ##22 NELFCD (ENSPCOG00000017651) CTSZ (ENSPCOG00000024597) TUBB1 (ENSPCOG00000027478) ATP5F1E (ENSPCOG00000012175) ENSPCOG00000019614 ZNF831 (ENSPCOG00000021955) EDN3 (ENSPCOG00000025385) PHACTR3 (ENSPCOG00000014153) ENSPCOG00000021778 FAM217B (ENSPCOG00000016211) CDH26 (ENSPCOG00000022452) Bushbaby MODERN SPECIES 203 MICOS13 (ENSOGAG00000026645) HSD11B1L (ENSOGAG00000024555) ENSOGAG00000027049 LONP1 (ENSOGAG00000003930) CATSPERD (ENSOGAG00000011003) ENSOGAG00000029819 SPTLC1 (ENSOGAG00000014493) ROR2 (ENSOGAG00000026382) NFIL3 (ENSOGAG00000011750) ENSOGAG00000032987 AUH (ENSOGAG00000011749) SYK (ENSOGAG00000011743) DIRAS2 (ENSOGAG00000001184) ENSOGAG00000032500 GADD45G (ENSOGAG00000002142) ENSOGAG00000032473 ##22 SEMA4D (ENSOGAG00000000321) SECISBP2 (ENSOGAG00000000317) CKS2 (ENSOGAG00000028843) SHC3 (ENSOGAG00000011519) S1PR3 (ENSOGAG00000011514) NXNL2 (ENSOGAG00000002167) SPIN1 (ENSOGAG00000002166) CDK20 (ENSOGAG00000008726) ENSOGAG00000012304 ENSOGAG00000027205 ZNF169 (ENSOGAG00000001828) PTPDC1 (ENSOGAG00000006733) BARX1 (ENSOGAG00000003345) ENSOGAG00000028712 PHF2 (ENSOGAG00000025710) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 204 ZBTB8B (ENSODEG00000003151) ENSODEG00000018868 ENSODEG00000003899 ENSODEG00000003891 TSSK3 (ENSODEG00000003879) FAM229A (ENSODEG00000003872) MARCKSL1 (ENSODEG00000003851) ENSODEG00000003837 ##22 ENSODEG00000003773 LCK (ENSODEG00000003693) FAM167B (ENSODEG00000003663) EIF3I (ENSODEG00000003652) TMEM234 (ENSODEG00000003631) DCDC2B (ENSODEG00000003594) IQCC (ENSODEG00000003568) ENSODEG00000003557 TXLNA (ENSODEG00000003515) KPNA6 (ENSODEG00000003468) TMEM39B (ENSODEG00000003418) KHDRBS1 (ENSODEG00000003368) ENSODEG00000003337 ENSODEG00000018961 ENSODEG00000004690 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 ENSHGLG00000006998 SMIM45 (ENSHGLG00000020741) CENPM (ENSHGLG00000005039) TNFRSF13C (ENSHGLG00000005221) SHISA8 (ENSHGLG00000006306) SREBF2 (ENSHGLG00000010258) CCDC134 (ENSHGLG00000015870) MEI1 (ENSHGLG00000017177) SNU13 (ENSHGLG00000018808) ENSHGLG00000018078 DESI1 (ENSHGLG00000039030) PMM1 (ENSHGLG00000016980) CSDC2 (ENSHGLG00000016778) POLR3H (ENSHGLG00000014795) Aco2 (ENSHGLG00000015463) ENSHGLG00000041589 ##22 PHF5A (ENSHGLG00000042397) TOB2 (ENSHGLG00000009302) TEF (ENSHGLG00000050605) ZC3H7B (ENSHGLG00000012263) RANGAP1 (ENSHGLG00000015526) CHADL (ENSHGLG00000018119) L3MBTL2 (ENSHGLG00000018290) EP300 (ENSHGLG00000015586) RBX1 (ENSHGLG00000014822) XPNPEP3 (ENSHGLG00000013429) ENSHGLG00000013411 SLC25A17 (ENSHGLG00000013720) MCHR1 (ENSHGLG00000005319) MRTFA (ENSHGLG00000009723) ##32 SGSM3 (ENSHGLG00000018585) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES Actr10 (ENSMOCG00000001339) Frmd6 (ENSMOCG00000002317) Tmx1 (ENSMOCG00000010006) Trim9 (ENSMOCG00000017949) Pygl (ENSMOCG00000019214) Abhd12b (ENSMOCG00000004427) Mnat1 (ENSMOCG00000021804) Trmt5 (ENSMOCG00000020904) Slc38a6 (ENSMOCG00000012994) Tmem30b (ENSMOCG00000002996) Prkch (ENSMOCG00000001011) ENSMOCG00000006375 Snapc1 (ENSMOCG00000014225) Syt16 (ENSMOCG00000016610) Kcnh5 (ENSMOCG00000000656) ENSMOCG00000005268 ##22 ENSMOCG00000017494 Rhoj (ENSMOCG00000002647) Gphb5 (ENSMOCG00000020798) Ppp2r5e (ENSMOCG00000000642) Wdr89 (ENSMOCG00000018382) Sgpp1 (ENSMOCG00000003383) Syne2 (ENSMOCG00000018063) Esr2 (ENSMOCG00000020872) Tex21 (ENSMOCG00000012656) Mthfd1 (ENSMOCG00000019387) Akap5 (ENSMOCG00000021957) ENSMOCG00000005905 Zbtb1 (ENSMOCG00000006992) Ppp1r36 (ENSMOCG00000018162) Plekhg3 (ENSMOCG00000011351) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 46 Rnf112 (ENSMSIG00000020976) Mfap4 (ENSMSIG00000020948) Mapk7 (ENSMSIG00000020837) B9d1 (ENSMSIG00000020800) Epn2 (ENSMSIG00000020653) Grap (ENSMSIG00000020626) Fam83g (ENSMSIG00000020601) Slc5a10 (ENSMSIG00000020538) Prpsap2 (ENSMSIG00000020503) Ulk2 (ENSMSIG00000020256) Akap10 (ENSMSIG00000020118) Specc1 (ENSMSIG00000018651) Adora2b (ENSMSIG00000018628) ENSMSIG00000018616 Ttc19 (ENSMSIG00000018495) ENSMSIG00000018478 ##22 Ncor1 (ENSMSIG00000017542) Pigl (ENSMSIG00000017496) ENSMSIG00000017486 ENSMSIG00000017479 Trpv2 (ENSMSIG00000017440) Lrrc75a (ENSMSIG00000017410) Mmgt2 (ENSMSIG00000017400) Zfp287 (ENSMSIG00000017280) ENSMSIG00000017266 Zfp286 (ENSMSIG00000017187) Fbxw10 (ENSMSIG00000016995) Tvp23b (ENSMSIG00000016977) Cdrt4 (ENSMSIG00000016960) ENSMSIG00000016949 Tekt3 (ENSMSIG00000016911) Steppe mouse MODERN SPECIES 3030 Nuf2 (ENSMSIG00000012309) ENSMSIG00000012391 Rgs5 (ENSMSIG00000012409) Rgs4 (ENSMSIG00000012434) Ccdc190 (ENSMSIG00000012470) Hsd17b7 (ENSMSIG00000012507) Ddr2 (ENSMSIG00000012540) Uap1 (ENSMSIG00000012696) Uhmk1 (ENSMSIG00000012729) ENSMSIG00000012838 Sh2d1b2 (ENSMSIG00000012848) Sh2d1b1 (ENSMSIG00000012861) ENSMSIG00000012883 Spata46 (ENSMSIG00000012994) ENSMSIG00000013007 ##22 Olfml2b (ENSMSIG00000013009) Atf6 (ENSMSIG00000013034) Dusp12 (ENSMSIG00000013104) Gm26620 (ENSMSIG00000013120) Fcrlb (ENSMSIG00000013130) Fcrla (ENSMSIG00000013140) Fcgr2b (ENSMSIG00000013209) ENSMSIG00000013493 Fcgr4 (ENSMSIG00000013498) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 28 LIMD2 (ENSCHYG00000010730) MAP3K3 (ENSCHYG00000010469) TACO1 (ENSCHYG00000010392) DCAF7 (ENSCHYG00000010313) KCNH6 (ENSCHYG00000009877) ENSCHYG00000009719 ACE (ENSCHYG00000009236) CYB561 (ENSCHYG00000009003) TANC2 (ENSCHYG00000004610) MARCHF10 (ENSCHYG00000004558) MRC2 (ENSCHYG00000004402) TLK2 (ENSCHYG00000004227) ENSCHYG00000004151 ENSCHYG00000004126 EFCAB3 (ENSCHYG00000004116) ENSCHYG00000004110 ##22 ITGB3 (ENSCHYG00000004096) MYL4 (ENSCHYG00000004072) ENSCHYG00000004058 CDC27 (ENSCHYG00000004036) KANSL1 (ENSCHYG00000003972) MAPT (ENSCHYG00000003843) SPPL2C (ENSCHYG00000003777) CRHR1 (ENSCHYG00000003519) ENSCHYG00000003422 NSF (ENSCHYG00000003331) WNT3 (ENSCHYG00000003271) WNT9B (ENSCHYG00000003246) GOSR2 (ENSCHYG00000003205) RPRML (ENSCHYG00000003181) ENSCHYG00000003167 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Goat MODERN SPECIES 26 STARD4 (ENSCHIG00000026428) CAMK4 (ENSCHIG00000011930) WDR36 (ENSCHIG00000026685) ENSCHIG00000010264 ENSCHIG00000021399 SLC25A46 (ENSCHIG00000008235) TMEM232 (ENSCHIG00000026976) MAN2A1 (ENSCHIG00000011270) ENSCHIG00000007093 PJA2 (ENSCHIG00000009544) FER (ENSCHIG00000016417) FBXL17 (ENSCHIG00000022659) EFNA5 (ENSCHIG00000012820) ENSCHIG00000024166 NUDT12 (ENSCHIG00000023629) ENSCHIG00000010732 ##22 ENSCHIG00000018058 MACIR (ENSCHIG00000006328) PPIP5K2 (ENSCHIG00000025932) GIN1 (ENSCHIG00000014216) PAM (ENSCHIG00000022277) ENSCHIG00000007820 SLCO6A1 (ENSCHIG00000010171) SLCO4C1 (ENSCHIG00000022821) ENSCHIG00000025134 ST8SIA4 (ENSCHIG00000001988) FAM174A (ENSCHIG00000019281) CHD1 (ENSCHIG00000025395) RGMB (ENSCHIG00000022421) RIOK2 (ENSCHIG00000016709) LIX1 (ENSCHIG00000026823) Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 22 COPS4 (ENSOARG00020013112) PLAC8 (ENSOARG00020013230) ENSOARG00020013289 COQ2 (ENSOARG00020013352) HPSE (ENSOARG00020013610) HELQ (ENSOARG00020014284) MRPS18C (ENSOARG00020014621) ABRAXAS1 (ENSOARG00020014754) GPAT3 (ENSOARG00020014882) NKX6-1 (ENSOARG00020015056) CDS1 (ENSOARG00020015132) WDFY3 (ENSOARG00020015498) ENSOARG00020017855 ARHGAP24 (ENSOARG00020017927) MAPK10 (ENSOARG00020018223) ENSOARG00020019244 ##22 PTPN13 (ENSOARG00020019325) SLC10A6 (ENSOARG00020021292) C4orf36 (ENSOARG00020021226) AFF1 (ENSOARG00020021386) ENSOARG00020021968 ENSOARG00020022244 NUDT9 (ENSOARG00020022482) SPARCL1 (ENSOARG00020022579) DSPP (ENSOARG00020022784) DMP1 (ENSOARG00020022854) ENSOARG00020022892 ENSOARG00020022932 PPP2R2C (ENSOARG00020023090) WFS1 (ENSOARG00020023129) JAKMIP1 (ENSOARG00020023163) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 GRB14 (ENSOARG00020009236) FIGN (ENSOARG00020009364) KCNH7 (ENSOARG00020009443) GCA (ENSOARG00020010579) IFIH1 (ENSOARG00020010727) FAP (ENSOARG00020011213) GCG (ENSOARG00020012026) DPP4 (ENSOARG00020012079) SLC4A10 (ENSOARG00020012593) ENSOARG00020015326 ENSOARG00020015350 TBR1 (ENSOARG00020015404) ENSOARG00020015507 ENSOARG00020015571 RBMS1 (ENSOARG00020015696) ENSOARG00020016177 ##22 ITGB6 (ENSOARG00020016225) PLA2R1 (ENSOARG00020016908) LY75 (ENSOARG00020017401) CD302 (ENSOARG00020017815) MARCH7 (ENSOARG00020018026) BAZ2B (ENSOARG00020018501) WDSUB1 (ENSOARG00020019026) TANC1 (ENSOARG00020019416) DAPL1 (ENSOARG00020020413) PKP4 (ENSOARG00020020474) CCDC148 (ENSOARG00020020890) UPP2 (ENSOARG00020021088) ACVR1 (ENSOARG00020021241) ACVR1C (ENSOARG00020021468) CYTIP (ENSOARG00020021649) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 American bison MODERN SPECIES 3172 PTCH2 (ENSBBBG00000006999) EIF2B3 (ENSBBBG00000016683) HECTD3 (ENSBBBG00000016625) UROD (ENSBBBG00000016610) ZSWIM5 (ENSBBBG00000004081) ENSBBBG00000016539 HPDL (ENSBBBG00000004078) MUTYH (ENSBBBG00000016504) TOE1 (ENSBBBG00000016322) TESK2 (ENSBBBG00000016294) ENSBBBG00000016258 ENSBBBG00000016254 CCDC163 (ENSBBBG00000008918) MMACHC (ENSBBBG00000016244) PRDX1 (ENSBBBG00000016232) ENSBBBG00000016198 ##22 AKR1A1 (ENSBBBG00000016192) NASP (ENSBBBG00000016147) CCDC17 (ENSBBBG00000015992) GPBP1L1 (ENSBBBG00000015933) TMEM69 (ENSBBBG00000015914) IPP (ENSBBBG00000015907) MAST2 (ENSBBBG00000015890) PIK3R3 (ENSBBBG00000015789) P3R3URF (ENSBBBG00000015715) TSPAN1 (ENSBBBG00000015713) POMGNT1 (ENSBBBG00000003921) LURAP1 (ENSBBBG00000003915) RAD54L (ENSBBBG00000015678) LRRC41 (ENSBBBG00000015647) ENSBBBG00000003452 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 DYNLT4 (ENSBIXG00005010304) BTBD19 (ENSBIXG00005010326) PTCH2 (ENSBIXG00005000795) EIF2B3 (ENSBIXG00005010430) HECTD3 (ENSBIXG00005010469) UROD (ENSBIXG00005005475) ZSWIM5 (ENSBIXG00005010611) ENSBIXG00005010633 HPDL (ENSBIXG00005000651) MUTYH (ENSBIXG00005010713) TOE1 (ENSBIXG00005010766) TESK2 (ENSBIXG00005000947) ENSBIXG00005000952 MMACHC (ENSBIXG00005000959) ENSBIXG00005010891 ENSBIXG00005010914 ##22 NASP (ENSBIXG00005001013) ENSBIXG00005011146 GPBP1L1 (ENSBIXG00005011221) TMEM69 (ENSBIXG00005001050) IPP (ENSBIXG00005011243) MAST2 (ENSBIXG00005001084) PIK3R3 (ENSBIXG00005011410) P3R3URF (ENSBIXG00005011452) TSPAN1 (ENSBIXG00005011467) POMGNT1 (ENSBIXG00005011564) LURAP1 (ENSBIXG00005011609) RAD54L (ENSBIXG00005011638) LRRC41 (ENSBIXG00005001150) ENSBIXG00005011690 NSUN4 (ENSBIXG00005011707) Cow MODERN SPECIES 10 KRT20 (ENSBTAG00000007794) KRT23 (ENSBTAG00000040460) KRT39 (ENSBTAG00000020078) KRT40 (ENSBTAG00000017408) KRTAP3-3 (ENSBTAG00000054927) ENSBTAG00000054092 ENSBTAG00000054542 KRTAP3-1 (ENSBTAG00000052919) ENSBTAG00000050460 ENSBTAG00000024995 KRTAP1-1 (ENSBTAG00000030559) ENSBTAG00000049202 ENSBTAG00000038759 ENSBTAG00000037665 ENSBTAG00000039644 ENSBTAG00000024839 ##22 ENSBTAG00000046075 ENSBTAG00000051280 ENSBTAG00000050687 ENSBTAG00000049960 KRTAP4-7 (ENSBTAG00000038386) ENSBTAG00000054462 ENSBTAG00000052676 ENSBTAG00000049262 ENSBTAG00000048472 ENSBTAG00000053670 ENSBTAG00000054513 ENSBTAG00000054189 ENSBTAG00000054957 ENSBTAG00000040229 ENSBTAG00000050842 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 14 ENSDLEG00000005751 ZNF331 (ENSDLEG00000005743) ENSDLEG00000005625 ENSDLEG00000005600 ENSDLEG00000005594 MYADM (ENSDLEG00000005588) PRKCG (ENSDLEG00000005571) CACNG7 (ENSDLEG00000005559) CACNG8 (ENSDLEG00000005551) CACNG6 (ENSDLEG00000005545) ENSDLEG00000005528 NDUFA3 (ENSDLEG00000005523) TFPT (ENSDLEG00000005514) PRPF31 (ENSDLEG00000005495) CNOT3 (ENSDLEG00000005484) ENSDLEG00000005473 ##22 TMC4 (ENSDLEG00000005439) MBOAT7 (ENSDLEG00000005432) TSEN34 (ENSDLEG00000005427) RPS9 (ENSDLEG00000005422) ENSDLEG00000005414 CDC42EP5 (ENSDLEG00000005410) LENG9 (ENSDLEG00000005409) LENG8 (ENSDLEG00000005366) ENSDLEG00000005354 TTYH1 (ENSDLEG00000005344) ENSDLEG00000005305 NCR1 (ENSDLEG00000005229) ENSDLEG00000005171 ENSDLEG00000005149 RDH13 (ENSDLEG00000005143) Narwhal MODERN SPECIES 296 ZNF331 (ENSMMNG00015000400) ENSMMNG00015000497 ENSMMNG00015000696 ENSMMNG00015000713 PRKCG (ENSMMNG00015000735) CACNG7 (ENSMMNG00015000789) CACNG8 (ENSMMNG00015000817) CACNG6 (ENSMMNG00015000853) ENSMMNG00015000892 ENSMMNG00015000957 TFPT (ENSMMNG00015001008) PRPF31 (ENSMMNG00015001045) CNOT3 (ENSMMNG00015001071) LENG1 (ENSMMNG00015001166) TMC4 (ENSMMNG00015001123) ENSMMNG00015001181 ##22 MBOAT7 (ENSMMNG00015001200) TSEN34 (ENSMMNG00015001234) RPS9 (ENSMMNG00015001298) ENSMMNG00015001394 ENSMMNG00015001435 CDC42EP5 (ENSMMNG00015001450) LENG9 (ENSMMNG00015001465) LENG8 (ENSMMNG00015001488) TTYH1 (ENSMMNG00015001530) ENSMMNG00015001584 LAIR1 (ENSMMNG00015001606) ENSMMNG00015001655 ENSMMNG00015001753 FCAR (ENSMMNG00015001921) NCR1 (ENSMMNG00015002060) Vaquita MODERN SPECIES 10 ENSPSNG00000016416 ZNF331 (ENSPSNG00000016360) ENSPSNG00000015791 ENSPSNG00000015657 ENSPSNG00000015616 PRKCG (ENSPSNG00000015378) CACNG7 (ENSPSNG00000015236) CACNG8 (ENSPSNG00000015148) CACNG6 (ENSPSNG00000014960) ENSPSNG00000014824 ENSPSNG00000014691 TFPT (ENSPSNG00000014577) PRPF31 (ENSPSNG00000014461) CNOT3 (ENSPSNG00000014367) LENG1 (ENSPSNG00000014313) ENSPSNG00000014267 ##22 TMC4 (ENSPSNG00000014063) MBOAT7 (ENSPSNG00000014001) TSEN34 (ENSPSNG00000013898) RPS9 (ENSPSNG00000013697) ENSPSNG00000013555 ENSPSNG00000013203 ENSPSNG00000010155 CDC42EP5 (ENSPSNG00000009689) ENSPSNG00000009667 LENG8 (ENSPSNG00000009590) TTYH1 (ENSPSNG00000009367) ENSPSNG00000007993 FCAR (ENSPSNG00000007547) NCR1 (ENSPSNG00000007339) ENSPSNG00000007266 Blue whale MODERN SPECIES 12 KRT20 (ENSBMSG00010015759) KRT12 (ENSBMSG00010015720) KRT24 (ENSBMSG00010015682) KRT222 (ENSBMSG00010015655) ENSBMSG00010015441 CCR7 (ENSBMSG00010015376) TNS4 (ENSBMSG00010015347) IGFBP4 (ENSBMSG00010015319) TOP2A (ENSBMSG00010015282) RARA (ENSBMSG00010015127) CDC6 (ENSBMSG00010015096) WIPF2 (ENSBMSG00010015049) RAPGEFL1 (ENSBMSG00010015020) CASC3 (ENSBMSG00010014953) MSL1 (ENSBMSG00010014889) ENSBMSG00010014868 ##22 NR1D1 (ENSBMSG00010014854) THRA (ENSBMSG00010014824) MED24 (ENSBMSG00010022358) CSF3 (ENSBMSG00010022338) PSMD3 (ENSBMSG00010022333) ENSBMSG00010022328 ORMDL3 (ENSBMSG00010022323) ENSBMSG00010022317 ZPBP2 (ENSBMSG00010022295) IKZF3 (ENSBMSG00010022191) GRB7 (ENSBMSG00010022156) MIEN1 (ENSBMSG00010022149) ERBB2 (ENSBMSG00010022134) PGAP3 (ENSBMSG00010022119) PNMT (ENSBMSG00010022114) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bovinae DUPLICATION Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000000903.b ENSGT01050000244850.A.b ENSGT00390000016807 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000017131 ENSGT00390000011364 ENSGT00940000156836 ENSGT00390000003721.d.a ENSGT00940000153556.A ENSGT00940000158170 ENSGT00900000143259 ENSGT00940000162567 ENSGT00940000156315 ENSGT00390000009630.i.a ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00730000111536 ENSGT00390000018439 ENSGT00390000016313.a.b ENSGT00950000183041.A.e ENSGT00390000014109 ENSGT00940000161980 ENSGT00530000064244.a ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00390000007219 ENSGT00390000008330 ENSGT00940000157312 ENSGT00940000156915 ENSGT00390000009491.d ENSGT00940000156308 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000000903.b ENSGT01050000244850.A.b ENSGT00390000016807 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000017131 ENSGT00390000011364 ENSGT00940000156836 ENSGT00390000003721.d.a ENSGT00940000153556.A ENSGT00940000158170 ENSGT00900000143259 ENSGT00940000162567 ENSGT00940000156315 ENSGT00390000009630.i.a ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00730000111536 ENSGT00390000018439 ENSGT00390000016313.a.b ENSGT00950000183041.A.e ENSGT00390000014109 ENSGT00940000161980 ENSGT00530000064244.a ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00390000007219 ENSGT00390000008330 ENSGT00940000157312 ENSGT00940000156915 ENSGT00390000009491.d ENSGT00940000156308 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 14 ENSBIXG00005011053 PLXNA1 (ENSBIXG00005001001) ENSBIXG00005000580 MCM2 (ENSBIXG00005010892) PODXL2 (ENSBIXG00005010863) ENSBIXG00005010805 MGLL (ENSBIXG00005010790) KBTBD12 (ENSBIXG00005010709) SEC61A1 (ENSBIXG00005000921) RUVBL1 (ENSBIXG00005010629) EEFSEC (ENSBIXG00005010586) ENSBIXG00005000713 DNAJB8 (ENSBIXG00005010579) GATA2 (ENSBIXG00005010558) RPN1 (ENSBIXG00005001966) ENSBIXG00005005134 ##22 RAB7A (ENSBIXG00005029044) H1-10 (ENSBIXG00005005106) HMCES (ENSBIXG00005028993) COPG1 (ENSBIXG00005028959) CNBP (ENSBIXG00005028946) ISY1 (ENSBIXG00005028914) RAB43 (ENSBIXG00005005001) ENSBIXG00005028788 EFCC1 (ENSBIXG00005028776) ENSBIXG00005028742 ENSBIXG00005028728 ACAD9 (ENSBIXG00005028706) ENSBIXG00005028683 IQSEC1 (ENSBIXG00005004938) NUP210 (ENSBIXG00005028460) Cow MODERN SPECIES 14 CHCHD6 (ENSBTAG00000030855) PLXNA1 (ENSBTAG00000009159) TPRA1 (ENSBTAG00000022575) MCM2 (ENSBTAG00000014380) PODXL2 (ENSBTAG00000018031) ABTB1 (ENSBTAG00000018238) MGLL (ENSBTAG00000018248) KBTBD12 (ENSBTAG00000011547) SEC61A1 (ENSBTAG00000004937) RUVBL1 (ENSBTAG00000020998) EEFSEC (ENSBTAG00000030962) ENSBTAG00000051049 DNAJB8 (ENSBTAG00000006179) GATA2 (ENSBTAG00000019707) RPN1 (ENSBTAG00000005191) ENSBTAG00000030941 ##22 RAB7A (ENSBTAG00000010193) H1-10 (ENSBTAG00000040116) HMCES (ENSBTAG00000030930) COPG1 (ENSBTAG00000013212) CNBP (ENSBTAG00000012159) ISY1 (ENSBTAG00000030915) RAB43 (ENSBTAG00000053386) GP9 (ENSBTAG00000014666) EFCC1 (ENSBTAG00000005922) CFAP92 (ENSBTAG00000003244) ACAD9 (ENSBTAG00000003242) IQSEC1 (ENSBTAG00000003237) NUP210 (ENSBTAG00000003665) HDAC11 (ENSBTAG00000007208) FBLN2 (ENSBTAG00000004014) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159178 ENSGT00390000000903.b ENSGT01050000244850.A.b ENSGT00390000016807 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000017131 ENSGT00390000011364 ENSGT00940000156836 ENSGT00390000003721.d.a ENSGT00940000153556.A ENSGT00940000158170 ENSGT00940000162567 ENSGT00940000156315 ENSGT00390000009630.i.a ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00730000111536 ENSGT00390000018439 ENSGT00390000016313.a.b ENSGT00950000183041.A.e ENSGT00390000014109 ENSGT00940000161980 ENSGT00390000008330 ENSGT00940000157312 ENSGT00940000156915 ENSGT00390000009491.d ENSGT00940000156308 ENSGT00940000156047 ENSGT00940000158523 ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.f Domestic yak MODERN SPECIES 14 TXNRD3 (ENSBGRG00000023918) CHCHD6 (ENSBGRG00000024662) PLXNA1 (ENSBGRG00000025111) ENSBGRG00000026549 MCM2 (ENSBGRG00000010580) PODXL2 (ENSBGRG00000010818) ENSBGRG00000011063 ENSBGRG00000011409 KBTBD12 (ENSBGRG00000011463) SEC61A1 (ENSBGRG00000011620) RUVBL1 (ENSBGRG00000012210) EEFSEC (ENSBGRG00000012475) ENSBGRG00000012674 ENSBGRG00000012704 RPN1 (ENSBGRG00000012844) ENSBGRG00000012940 ##22 RAB7A (ENSBGRG00000013027) ENSBGRG00000013189 HMCES (ENSBGRG00000013212) COPG1 (ENSBGRG00000013407) CNBP (ENSBGRG00000013907) ISY1 (ENSBGRG00000014042) ENSBGRG00000014265 ENSBGRG00000014318 ACAD9 (ENSBGRG00000014463) IQSEC1 (ENSBGRG00000015000) NUP210 (ENSBGRG00000016433) ENSBGRG00000016882 FBLN2 (ENSBGRG00000017885) WNT7A (ENSBGRG00000018308) ENSBGRG00000018348 American bison MODERN SPECIES 1631 ENSBBBG00000003763 ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000162368 ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000163184 ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.b.a ENSGT00730000111237.j ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.b.a Bos ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000162368 ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.a.b.c Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000004965 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000162368 ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.a.b.d ENSGT00940000153677.s.a.b.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 PCNA (ENSBIXG00005013593) ENSBIXG00005013556 SLC23A2 (ENSBIXG00005013512) RASSF2 (ENSBIXG00005013429) PRND (ENSBIXG00005001601) PRNP (ENSBIXG00005013353) ENSBIXG00005005486 ZMYND11 (ENSBIXG00005013294) DIP2C (ENSBIXG00005013044) ENSBIXG00005012919 GTPBP4 (ENSBIXG00005012740) IDI1 (ENSBIXG00005012691) WDR37 (ENSBIXG00005012625) ENSBIXG00005012492 ENSBIXG00005012469 ENSBIXG00005012450 ##22 PFKP (ENSBIXG00005012415) PITRM1 (ENSBIXG00005000352) KLF6 (ENSBIXG00005000389) ENSBIXG00005012253 AKR1E2 (ENSBIXG00005012240) ENSBIXG00005012216 ENSBIXG00005000402 ENSBIXG00005012023 ENSBIXG00005012012 ENSBIXG00005001226 ENSBIXG00005001216 ENSBIXG00005001199 ENSBIXG00005011851 ENSBIXG00005011836 ENSBIXG00005001174 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000004965 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000153677.s.a.b.b ENSGT00940000160568.m ENSGT00940000162594 ENSGT00940000155849 Wild yak MODERN SPECIES 1328 ZMYND11 (ENSBMUG00000003153) DIP2C (ENSBMUG00000003481) ENSBMUG00000003590 GTPBP4 (ENSBMUG00000003633) IDI1 (ENSBMUG00000003665) WDR37 (ENSBMUG00000003763) ENSBMUG00000003784 ENSBMUG00000003805 ENSBMUG00000003815 ENSBMUG00000003828 ##22 PFKP (ENSBMUG00000003866) PITRM1 (ENSBMUG00000003917) KLF6 (ENSBMUG00000003942) ENSBMUG00000003996 AKR1E2 (ENSBMUG00000004014) ENSBMUG00000004117 ENSBMUG00000004139 ENSBMUG00000004154 ENSBMUG00000004293 ENSBMUG00000004322 Domestic yak MODERN SPECIES 3 ENSBGRG00000006155 SLC23A2 (ENSBGRG00000006116) ENSBGRG00000006100 RASSF2 (ENSBGRG00000006081) PRND (ENSBGRG00000006063) ENSBGRG00000006049 PRNP (ENSBGRG00000006027) ZMYND11 (ENSBGRG00000005847) DIP2C (ENSBGRG00000005407) ENSBGRG00000005365 LARP4B (ENSBGRG00000005135) GTPBP4 (ENSBGRG00000005018) IDI1 (ENSBGRG00000004993) WDR37 (ENSBGRG00000004924) ADARB2 (ENSBGRG00000004784) ENSBGRG00000004758 ##22 PFKP (ENSBGRG00000004498) PITRM1 (ENSBGRG00000003730) KLF6 (ENSBGRG00000012023) ENSBGRG00000011965 AKR1E2 (ENSBGRG00000011892) ENSBGRG00000011600 ENSBGRG00000011503 ENSBGRG00000011358 ENSBGRG00000010844 UCN3 (ENSBGRG00000010758) TUBAL3 (ENSBGRG00000010624) NET1 (ENSBGRG00000010362) ASB13 (ENSBGRG00000010215) TASOR2 (ENSBGRG00000009524) ENSBGRG00000009364 American bison MODERN SPECIES 2997 SLC23A2 (ENSBBBG00000020326) RASSF2 (ENSBBBG00000005504) PRND (ENSBBBG00000006861) ENSBBBG00000020353 PRNP (ENSBBBG00000020389) ZMYND11 (ENSBBBG00000020595) DIP2C (ENSBBBG00000020715) ENSBBBG00000005586 LARP4B (ENSBBBG00000007385) GTPBP4 (ENSBBBG00000005599) IDI1 (ENSBBBG00000020773) WDR37 (ENSBBBG00000020851) ENSBBBG00000020859 ENSBBBG00000020867 ENSBBBG00000020878 ENSBBBG00000005617 ##22 PFKP (ENSBBBG00000020925) PITRM1 (ENSBBBG00000021062) KLF6 (ENSBBBG00000021095) ENSBBBG00000021105 AKR1E2 (ENSBBBG00000005660) AKR1C2 (ENSBBBG00000021145) ENSBBBG00000021183 ENSBBBG00000021202 ENSBBBG00000021322 AKR1C8 (ENSBBBG00000005699) ENSBBBG00000008786 ENSBBBG00000005724 ENSBBBG00000021569 ENSBBBG00000021582 ENSBBBG00000021755 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 22 MAP7D1 (ENSCHIG00000003118) TRAPPC3 (ENSCHIG00000015948) COL8A2 (ENSCHIG00000023849) ADPRS (ENSCHIG00000011636) TEKT2 (ENSCHIG00000026732) AGO3 (ENSCHIG00000011536) ENSCHIG00000011848 AGO4 (ENSCHIG00000026564) CLSPN (ENSCHIG00000023309) C1orf216 (ENSCHIG00000008904) PSMB2 (ENSCHIG00000016929) TFAP2E (ENSCHIG00000021809) NCDN (ENSCHIG00000026559) ENSCHIG00000016571 KIAA0319L (ENSCHIG00000020470) ENSCHIG00000026273 ##22 ZMYM4 (ENSCHIG00000027080) ENSCHIG00000012323 SFPQ (ENSCHIG00000023097) ZMYM1 (ENSCHIG00000025229) ZMYM6 (ENSCHIG00000027001) TMEM35B (ENSCHIG00000016269) DLGAP3 (ENSCHIG00000023308) SMIM12 (ENSCHIG00000010474) GJA4 (ENSCHIG00000005703) GJB3 (ENSCHIG00000001248) GJB4 (ENSCHIG00000009788) GJB5 (ENSCHIG00000010355) C1orf94 (ENSCHIG00000011528) HMGB4 (ENSCHIG00000009718) CSMD2 (ENSCHIG00000017752) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 MGST1 (ENSHGLG00000047521) LMO3 (ENSHGLG00000042625) RERGL (ENSHGLG00000010746) PIK3C2G (ENSHGLG00000006770) CAPZA3 (ENSHGLG00000020130) PLCZ1 (ENSHGLG00000007346) ENSHGLG00000038994 ENSHGLG00000021020 PLEKHA5 (ENSHGLG00000015699) AEBP2 (ENSHGLG00000017995) PDE3A (ENSHGLG00000009119) SLCO1C1 (ENSHGLG00000005494) ENSHGLG00000005542 ENSHGLG00000013677 ENSHGLG00000011711 ENSHGLG00000017581 ##22 ENSHGLG00000048919 ENSHGLG00000010013 RECQL (ENSHGLG00000009712) GOLT1B (ENSHGLG00000048680) ENSHGLG00000034379 GYS2 (ENSHGLG00000016654) ENSHGLG00000034958 Ldhb (ENSHGLG00000044218) KCNJ8 (ENSHGLG00000015650) ABCC9 (ENSHGLG00000014958) CMAS (ENSHGLG00000006107) ENSHGLG00000010665 ST8SIA1 (ENSHGLG00000009621) C2CD5 (ENSHGLG00000016366) ENSHGLG00000034168 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 26 ENSHGLG00000044534 ENSHGLG00000015484 ENSHGLG00000041318 ENSHGLG00000007617 ENSHGLG00000007578 ENSHGLG00000037237 ENSHGLG00000046958 PYURF (ENSHGLG00000040751) ENSHGLG00000008337 ENSHGLG00000049646 ENSHGLG00000044432 ENSHGLG00000008024 FAM13A (ENSHGLG00000008677) ENSHGLG00000036340 TIGD2 (ENSHGLG00000009014) ENSHGLG00000033154 ##22 ENSHGLG00000009359 ##22 GPRIN3 (ENSHGLG00000046655) Snca (ENSHGLG00000010096) MMRN1 (ENSHGLG00000003604) ENSHGLG00000003688 CCSER1 (ENSHGLG00000003812) ENSHGLG00000037139 ENSHGLG00000048185 ENSHGLG00000037793 GRID2 (ENSHGLG00000004059) ENSHGLG00000020623 ENSHGLG00000033791 ENSHGLG00000037196 ENSHGLG00000005070 HPGDS (ENSHGLG00000039097) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 153 PACRG (ENSODEG00000009517) PRKN (ENSODEG00000006701) AGPAT4 (ENSODEG00000007571) ENSODEG00000006672 ENSODEG00000006392 ENSODEG00000019262 ENSODEG00000006455 ENSODEG00000009894 SLC22A3 (ENSODEG00000006460) ENSODEG00000006583 ENSODEG00000007010 SLC22A2 (ENSODEG00000007315) SLC22A1 (ENSODEG00000007862) ENSODEG00000019312 IGF2R (ENSODEG00000007106) ENSODEG00000019599 ##22 MAS1 (ENSODEG00000019418) ENSODEG00000019381 PNLDC1 (ENSODEG00000008047) ENSODEG00000019385 ENSODEG00000007318 ENSODEG00000007990 ENSODEG00000008372 ACAT2 (ENSODEG00000008431) ENSODEG00000008023 ENSODEG00000019351 SOD2 (ENSODEG00000007052) ENSODEG00000019438 METRNL (ENSODEG00000008002) B3GNTL1 (ENSODEG00000011917) TBCD (ENSODEG00000009094) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 159 Pcsk2 (ENSJJAG00000014747) Bfsp1 (ENSJJAG00000009919) ENSJJAG00000012050 ##22 Dstn (ENSJJAG00000010476) Rrbp1 (ENSJJAG00000011577) Banf2 (ENSJJAG00000014091) ENSJJAG00000014376 ENSJJAG00000014561 Mgme1 (ENSJJAG00000014663) Ovol2 (ENSJJAG00000014942) Kat14 (ENSJJAG00000015569) ENSJJAG00000015853 Dzank1 (ENSJJAG00000016670) Polr3f (ENSJJAG00000017513) Rbbp9 (ENSJJAG00000017816) Sec23b (ENSJJAG00000018722) Dtd1 (ENSJJAG00000014379) Slc24a3 (ENSJJAG00000015385) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 11 ENSRNOG00000063700 Fam81b (ENSRNOG00000026845) Skic3 (ENSRNOG00000040297) Arsk (ENSRNOG00000026937) Gpr150 (ENSRNOG00000026944) Rfesd (ENSRNOG00000012810) Spata9 (ENSRNOG00000012770) Rhobtb3 (ENSRNOG00000012414) Glrx (ENSRNOG00000012183) ENSRNOG00000064002 ENSRNOG00000066816 Ell2 (ENSRNOG00000027089) Pcsk1 (ENSRNOG00000011107) Cast (ENSRNOG00000010286) Erap1 (ENSRNOG00000009997) LOC120100542 (ENSRNOG00000067789) ##22 LOC100911848 (ENSRNOG00000064672) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Gibbon MODERN SPECIES 10 ZSCAN9 (ENSNLEG00000004504) ZKSCAN4 (ENSNLEG00000029616) ZSCAN26 (ENSNLEG00000028973) PGBD1 (ENSNLEG00000036262) ZSCAN31 (ENSNLEG00000004512) ZKSCAN3 (ENSNLEG00000004558) ZSCAN12 (ENSNLEG00000004573) ZSCAN23 (ENSNLEG00000028711) ENSNLEG00000031271 GPX5 (ENSNLEG00000004583) SCAND3 (ENSNLEG00000004588) TRIM27 (ENSNLEG00000004590) ZNF311 (ENSNLEG00000004619) OR2W1 (ENSNLEG00000019206) ENSNLEG00000034562 ENSNLEG00000028051 ##22 ENSNLEG00000030680 UBD (ENSNLEG00000031787) ENSNLEG00000028679 ENSNLEG00000034442 MOG (ENSNLEG00000004664) ZFP57 (ENSNLEG00000004723) ENSNLEG00000029996 ENSNLEG00000028885 ENSNLEG00000004728 POLR1H (ENSNLEG00000004924) PPP1R11 (ENSNLEG00000004933) RNF39 (ENSNLEG00000004940) TRIM31 (ENSNLEG00000004946) ENSNLEG00000004972 TRIM10 (ENSNLEG00000004975) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 239 ENSOGAG00000029238 ##22 ETV6 (ENSOGAG00000011110) BCL2L14 (ENSOGAG00000007727) LRP6 (ENSOGAG00000007729) MANSC1 (ENSOGAG00000005125) BORCS5 (ENSOGAG00000028886) DUSP16 (ENSOGAG00000031532) CREBL2 (ENSOGAG00000030941) ENSOGAG00000026668 CDKN1B (ENSOGAG00000003749) APOLD1 (ENSOGAG00000033665) DDX47 (ENSOGAG00000003748) GPRC5A (ENSOGAG00000024272) GPRC5D (ENSOGAG00000010158) HEBP1 (ENSOGAG00000033976) FAM234B (ENSOGAG00000013046) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 131 CENPM (ENSPCOG00000014847) SMIM45 (ENSPCOG00000003245) ENSPCOG00000024794 ENSPCOG00000012300 NAGA (ENSPCOG00000028087) SMDT1 (ENSPCOG00000028742) ENSPCOG00000028700 ENSPCOG00000028795 TCF20 (ENSPCOG00000022152) NFAM1 (ENSPCOG00000018178) SERHL2 (ENSPCOG00000020237) RRP7A (ENSPCOG00000014018) POLDIP3 (ENSPCOG00000020271) CYB5R3 (ENSPCOG00000020961) ARFGAP3 (ENSPCOG00000028873) ENSPCOG00000013651 ##22 PACSIN2 (ENSPCOG00000024814) TTLL1 (ENSPCOG00000019799) BIK (ENSPCOG00000019271) ENSPCOG00000001221 TSPO (ENSPCOG00000018946) TTLL12 (ENSPCOG00000017269) SCUBE1 (ENSPCOG00000015764) MPPED1 (ENSPCOG00000028764) ENSPCOG00000017470 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 316 ENSMMNG00015020836 KRT24 (ENSMMNG00015020814) KRT222 (ENSMMNG00015020791) ENSMMNG00015020648 CCR7 (ENSMMNG00015020594) TNS4 (ENSMMNG00015020571) IGFBP4 (ENSMMNG00015020546) TOP2A (ENSMMNG00015020530) GJD3 (ENSMMNG00015020507) RARA (ENSMMNG00015020465) CDC6 (ENSMMNG00015020434) WIPF2 (ENSMMNG00015020404) RAPGEFL1 (ENSMMNG00015020323) CASC3 (ENSMMNG00015020273) MSL1 (ENSMMNG00015020237) ENSMMNG00015020224 ##22 NR1D1 (ENSMMNG00015020207) THRA (ENSMMNG00015020173) MED24 (ENSMMNG00015020035) CSF3 (ENSMMNG00015019963) PSMD3 (ENSMMNG00015019923) LRRC3C (ENSMMNG00015019900) ORMDL3 (ENSMMNG00015019876) ZPBP2 (ENSMMNG00015019656) IKZF3 (ENSMMNG00015019532) GRB7 (ENSMMNG00015019374) MIEN1 (ENSMMNG00015019331) ERBB2 (ENSMMNG00015019157) PGAP3 (ENSMMNG00015019051) PNMT (ENSMMNG00015019006) TCAP (ENSMMNG00015018985) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 24 TBC1D32 (ENSOARG00020021648) GJA1 (ENSOARG00020021600) HSF2 (ENSOARG00020021361) SERINC1 (ENSOARG00020021264) PKIB (ENSOARG00020021232) FABP7 (ENSOARG00020021196) SMPDL3A (ENSOARG00020021068) CLVS2 (ENSOARG00020021014) TRDN (ENSOARG00020020875) ENSOARG00020020804 NKAIN2 (ENSOARG00020020659) RNF217 (ENSOARG00020020542) TPD52L1 (ENSOARG00020019652) HDDC2 (ENSOARG00020019569) ENSOARG00020019540 ENSOARG00020019518 ##22 HEY2 (ENSOARG00020019458) NCOA7 (ENSOARG00020019081) HINT3 (ENSOARG00020018989) TRMT11 (ENSOARG00020018771) CENPW (ENSOARG00020018676) ENSOARG00020018629 RSPO3 (ENSOARG00020018570) ENSOARG00020018520 ECHDC1 (ENSOARG00020018346) ENSOARG00020018313 SOGA3 (ENSOARG00020018248) SNAP91 (ENSOARG00020017775) PRSS35 (ENSOARG00020017736) ME1 (ENSOARG00020017565) RWDD2A (ENSOARG00020017526) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 169 ENSMICG00000037905 SPIN4 (ENSMICG00000033616) BRS3 (ENSMICG00000047770) HTATSF1 (ENSMICG00000009348) CD40LG (ENSMICG00000017847) ARHGEF6 (ENSMICG00000017848) RBMX (ENSMICG00000006856) ENSMICG00000028289 ENSMICG00000029803 ZIC3 (ENSMICG00000042529) ENSMICG00000047186 ENSMICG00000042750 ENSMICG00000006392 ENSMICG00000005523 ENSMICG00000028954 ENSMICG00000027784 ##22 ENSMICG00000033041 F9 (ENSMICG00000016427) MCF2 (ENSMICG00000016443) ENSMICG00000037295 ATP11C (ENSMICG00000017620) CXorf66 (ENSMICG00000042583) ENSMICG00000043090 ENSMICG00000044078 ENSMICG00000043299 ENSMICG00000045052 ENSMICG00000028378 ENSMICG00000041505 ENSMICG00000031449 IKBKG (ENSMICG00000035937) G6PD (ENSMICG00000016481) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 335 Fbxo33 (ENSDORG00000007596) ENSDORG00000007595 ENSDORG00000006281 ENSDORG00000025772 Trappc6b (ENSDORG00000000828) Gemin2 (ENSDORG00000003814) Sec23a (ENSDORG00000012664) Sstr1 (ENSDORG00000015028) ENSDORG00000024437 Foxa1 (ENSDORG00000026795) Mipol1 (ENSDORG00000006394) ENSDORG00000028679 Pax9 (ENSDORG00000028039) Nkx2-1 (ENSDORG00000023229) Mbip (ENSDORG00000000347) ENSDORG00000024326 ##22 ENSDORG00000027989 Brms1l (ENSDORG00000005811) Ralgapa1 (ENSDORG00000001812) ENSDORG00000012862 Psma6 (ENSDORG00000010060) ENSDORG00000010059 ENSDORG00000026400 ENSDORG00000005159 Baz1a (ENSDORG00000008833) Cfl2 (ENSDORG00000006039) Snx6 (ENSDORG00000007000) Eapp (ENSDORG00000010166) Sptssa (ENSDORG00000030126) Egln3 (ENSDORG00000014235) Kangaroo rat MODERN SPECIES 338 Pirt (ENSDORG00000029225) #24 Shisa6 (ENSDORG00000016678) #25 Dnah9 (ENSDORG00000012356) #26 Zkscan6 (ENSDORG00000012359) ENSDORG00000026283 #31 Myocd (ENSDORG00000028541) #32 Arhgap44 (ENSDORG00000005589) #37 Elac2 (ENSDORG00000005592) Hs3st3a1 (ENSDORG00000029570) Cox10 (ENSDORG00000000616) Hs3st3b1 (ENSDORG00000028834) Pmp22 (ENSDORG00000023290) Tekt3 (ENSDORG00000023463) ENSDORG00000027368 Pik3r5 (ENSDORG00000005013) ENSDORG00000026762 ##22 Pik3r6 (ENSDORG00000004824) Ccdc42 (ENSDORG00000002745) Myh10 (ENSDORG00000004846) Ndel1 (ENSDORG00000004845) Rnf222 (ENSDORG00000001189) Rpl26 (ENSDORG00000001188) ENSDORG00000007135 Arhgef15 (ENSDORG00000010338) Slc25a35 (ENSDORG00000024443) Rangrf (ENSDORG00000007147) Pfas (ENSDORG00000007145) Ctc1 (ENSDORG00000011178) Aurkb (ENSDORG00000009467) ENSDORG00000009465 Tmem107 (ENSDORG00000015910) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 20 Cwc15 (ENSPEMG00000021432) Kdm4d (ENSPEMG00000001845) Alkbh8 (ENSPEMG00000022020) Cwf19l2 (ENSPEMG00000022399) Gucy1a2 (ENSPEMG00000021986) ENSPEMG00000025699 Aasdhppt (ENSPEMG00000016551) Kbtbd3 (ENSPEMG00000029070) Msantd4 (ENSPEMG00000029468) Gria4 (ENSPEMG00000005300) ENSPEMG00000025774 ENSPEMG00000025268 ENSPEMG00000026130 ENSPEMG00000008389 Casp12 (ENSPEMG00000022171) ENSPEMG00000021102 ##22 ENSPEMG00000028818 Pdgfd (ENSPEMG00000013246) Dync2h1 (ENSPEMG00000016383) Dcun1d5 (ENSPEMG00000020877) Mmp13 (ENSPEMG00000011633) Mmp12 (ENSPEMG00000020371) Mmp3 (ENSPEMG00000020327) ENSPEMG00000020690 Mmp10 (ENSPEMG00000021262) Mmp8 (ENSPEMG00000022864) Mmp27 (ENSPEMG00000024216) Mmp20 (ENSPEMG00000011175) Mmp7 (ENSPEMG00000021337) Tmem123 (ENSPEMG00000023085) Birc2 (ENSPEMG00000018476) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 13 Fshb (ENSRNOG00000004898) Arl14ep (ENSRNOG00000004891) Mpped2 (ENSRNOG00000004863) Dcdc1-ps1 (ENSRNOG00000022178) Dnajc24 (ENSRNOG00000004842) Immp1l (ENSRNOG00000004829) LOC108350427 (ENSRNOG00000031694) AABR07053185.1 (ENSRNOG00000004787) Pax6 (ENSRNOG00000004410) Rcn1 (ENSRNOG00000013452) LOC691083 (ENSRNOG00000013437) Wt1 (ENSRNOG00000013074) ENSRNOG00000067112 Eif3m (ENSRNOG00000012738) Ccdc73 (ENSRNOG00000022660) RGD1560017 (ENSRNOG00000029262) ##22 Prrg4 (ENSRNOG00000022710) Qser1 (ENSRNOG00000037514) Depdc7 (ENSRNOG00000012262) Tcp11l1 (ENSRNOG00000042576) Cstf3 (ENSRNOG00000012089) Hipk3 (ENSRNOG00000011358) LOC100362814 (ENSRNOG00000011132) RGD1563222 (ENSRNOG00000010963) Cd59 (ENSRNOG00000042821) Fbxo3 (ENSRNOG00000009549) Lmo2 (ENSRNOG00000009401) ENSRNOG00000063191 Caprin1 (ENSRNOG00000009152) Nat10 (ENSRNOG00000008663) Abtb2 (ENSRNOG00000008510) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 2994 Lama4 (ENSMSIG00000001276) Fam229b (ENSMSIG00000001215) Tube1 (ENSMSIG00000001171) Ccn6 (ENSMSIG00000001159) ENSMSIG00000001142 ENSMSIG00000001131 ##22 Fyn (ENSMSIG00000001064) Traf3ip2 (ENSMSIG00000001008) ENSMSIG00000000979 Rev3l (ENSMSIG00000000767) ENSMSIG00000000716 ENSMSIG00000000705 ENSMSIG00000000678 ENSMSIG00000000663 Mfsd4b5 (ENSMSIG00000000610) Mfsd4b1 (ENSMSIG00000000578) Slc16a10 (ENSMSIG00000000537) ENSMSIG00000000467 ENSMSIG00000000433 ENSMSIG00000000270 ENSMSIG00000000163 Steppe mouse MODERN SPECIES 3173 Vip (ENSMSIG00000029272) Myct1 (ENSMSIG00000029269) Syne1 (ENSMSIG00000029148) Esr1 (ENSMSIG00000029132) Ccdc170 (ENSMSIG00000029125) Armt1 (ENSMSIG00000029112) Rmnd1 (ENSMSIG00000029100) Zbtb2 (ENSMSIG00000029096) ENSMSIG00000029085 ##22 Akap12 (ENSMSIG00000029068) ENSMSIG00000029049 Mthfd1l (ENSMSIG00000029009) Plekhg1 (ENSMSIG00000028989) ENSMSIG00000028971 ENSMSIG00000028966 H60c (ENSMSIG00000028958) ENSMSIG00000028953 ENSMSIG00000028950 spretus MODERN SPECIES 9 Dcc (MGP_SPRETEiJ_G0023302) Mex3c (MGP_SPRETEiJ_G0023303) Mbd1 (MGP_SPRETEiJ_G0023304) Smad4 (MGP_SPRETEiJ_G0023305) Elac1 (MGP_SPRETEiJ_G0023306) Me2 (MGP_SPRETEiJ_G0023307) Mro (MGP_SPRETEiJ_G0023308) Mapk4 (MGP_SPRETEiJ_G0023309) MGP_SPRETEiJ_G0023310 Ska1 (MGP_SPRETEiJ_G0023311) Cxxc1 (MGP_SPRETEiJ_G0023312) Cfap53 (MGP_SPRETEiJ_G0023313) Myo5b (MGP_SPRETEiJ_G0023314) Acaa2 (MGP_SPRETEiJ_G0023315) Lipg (MGP_SPRETEiJ_G0023316) MGP_SPRETEiJ_G0023317 ##22 BC031181 (MGP_SPRETEiJ_G0023318) Dym (MGP_SPRETEiJ_G0023319) Smad7 (MGP_SPRETEiJ_G0023320) Ctif (MGP_SPRETEiJ_G0023321) Zbtb7c (MGP_SPRETEiJ_G0023322) Smad2 (MGP_SPRETEiJ_G0023323) Skor2 (MGP_SPRETEiJ_G0023324) MGP_SPRETEiJ_G0023325 Hdhd2 (MGP_SPRETEiJ_G0023326) Katnal2 (MGP_SPRETEiJ_G0023327) Pias2 (MGP_SPRETEiJ_G0023328) MGP_SPRETEiJ_G0023329 St8sia5 (MGP_SPRETEiJ_G0023330) Loxhd1 (MGP_SPRETEiJ_G0023331) 8030462N17Rik (MGP_SPRETEiJ_G0023333) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Medium ground finch MODERN SPECIES 536 ENSGFOG00000009729 ##22 ENSGFOG00000009745 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Common canary MODERN SPECIES 11 ENSSCAG00000011500 RPL8 (ENSSCAG00000011507) ENSSCAG00000011516 BCOR (ENSSCAG00000011536) MID1IP1 (ENSSCAG00000011544) TSPAN7 (ENSSCAG00000011549) ENSSCAG00000011558 RPGR (ENSSCAG00000011562) SRPX (ENSSCAG00000011573) SYTL5 (ENSSCAG00000011582) DYNLT3 (ENSSCAG00000011589) CYBB (ENSSCAG00000011590) XK (ENSSCAG00000011594) LANCL3 (ENSSCAG00000011596) PRRG1 (ENSSCAG00000011600) ENSSCAG00000011616 ##22 ENSSCAG00000011627 ENSSCAG00000011633 TMEM47 (ENSSCAG00000011647) DMD (ENSSCAG00000011693) TAB3 (ENSSCAG00000011775) ENSSCAG00000011983 TASL (ENSSCAG00000013056) ENSSCAG00000013061 NR0B1 (ENSSCAG00000013062) IL1RAPL1 (ENSSCAG00000013073) PNPLA4 (ENSSCAG00000013086) ANOS1 (ENSSCAG00000013103) ENSSCAG00000013156 GPR143 (ENSSCAG00000013171) SHROOM2 (ENSSCAG00000013185) Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 2 PRPF40A (ENSGEVG00005019971) ARL6IP6 (ENSGEVG00005019950) RPRM (ENSGEVG00005019943) GALNT13 (ENSGEVG00005019923) KCNJ3 (ENSGEVG00005019903) ENSGEVG00005019893 ENSGEVG00005019886 GPD2 (ENSGEVG00005019873) ENSGEVG00005019865 ENSGEVG00005019858 CYTIP (ENSGEVG00005019851) ACVR1C (ENSGEVG00005019840) ACVR1 (ENSGEVG00005019831) UPP2 (ENSGEVG00005019811) CCDC148 (ENSGEVG00005019792) ENSGEVG00005019785 ##22 PKP4 (ENSGEVG00005019763) DAPL1 (ENSGEVG00005019749) TANC1 (ENSGEVG00005018129) WDSUB1 (ENSGEVG00005017578) BAZ2B (ENSGEVG00005006977) MARCHF7 (ENSGEVG00005004908) ENSGEVG00005004868 CD302 (ENSGEVG00005004822) LY75 (ENSGEVG00005004714) PLA2R1 (ENSGEVG00005004339) ITGB6 (ENSGEVG00005004156) RBMS1 (ENSGEVG00005004086) TANK (ENSGEVG00005020325) PSMD14 (ENSGEVG00005020319) TBR1 (ENSGEVG00005020317) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 74 ENSGT00940000159660.e ENSGT00390000008294.e.b.a.a ENSGT00390000008294.f ENSGT00390000001376.db.g ENSGT00940000157910 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00940000158059 ENSGT00940000155140 ENSGT00390000008798.c ENSGT00930000151042.b ENSGT00730000111223 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156627 ENSGT00940000158366 ENSGT01050000244965.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000156946 ENSGT00940000162789 ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154589.b ENSGT00940000159753 ENSGT00940000162335.d ENSGT00940000162642 ENSGT00940000154949.b ENSGT00940000155279.C ENSGT00940000159769.b ENSGT00940000159954 ENSGT01100000264156.b ENSGT00940000156545 ENSGT00940000157168 Polar bear MODERN SPECIES 159 HADH (ENSUMAG00000000448) LEF1 (ENSUMAG00000000609) ENSUMAG00000000631 OSTC (ENSUMAG00000000640) ETNPPL (ENSUMAG00000000654) SEC24B (ENSUMAG00000000694) MCUB (ENSUMAG00000000708) ENSUMAG00000000755 PLA2G12A (ENSUMAG00000000760) CFI (ENSUMAG00000000770) GAR1 (ENSUMAG00000000776) RRH (ENSUMAG00000000781) LRIT3 (ENSUMAG00000000802) EGF (ENSUMAG00000000821) ELOVL6 (ENSUMAG00000000832) ENSUMAG00000000844 ##22 ENPEP (ENSUMAG00000000955) PITX2 (ENSUMAG00000002143) ENSUMAG00000002171 AP1AR (ENSUMAG00000002175) TIFA (ENSUMAG00000002179) ENSUMAG00000002186 ENSUMAG00000002189 ENSUMAG00000002195 ENSUMAG00000002229 LARP7 (ENSUMAG00000002263) ENSUMAG00000002323 ENSUMAG00000002854 ENSUMAG00000003390 ARSJ (ENSUMAG00000003417) ENSUMAG00000003424 American black bear MODERN SPECIES 2063 EGF (ENSUAMG00000001125) ELOVL6 (ENSUAMG00000001055) ENSUAMG00000001046 ##22 ENSUAMG00000001041 Giant Panda MODERN SPECIES 2 LEF1 (ENSAMEG00000001768) RPL34 (ENSAMEG00000001758) OSTC (ENSAMEG00000001753) ETNPPL (ENSAMEG00000001726) COL25A1 (ENSAMEG00000001701) SEC24B (ENSAMEG00000001636) MCUB (ENSAMEG00000004507) CASP6 (ENSAMEG00000004526) PLA2G12A (ENSAMEG00000004540) CFI (ENSAMEG00000004559) ENSAMEG00000025418 ENSAMEG00000004608 LRIT3 (ENSAMEG00000004620) ENSAMEG00000004605 EGF (ENSAMEG00000014957) ENSAMEG00000030246 ##22 ELOVL6 (ENSAMEG00000014947) ENPEP (ENSAMEG00000014850) PITX2 (ENSAMEG00000014836) FAM241A (ENSAMEG00000014823) AP1AR (ENSAMEG00000014805) TIFA (ENSAMEG00000018870) ALPK1 (ENSAMEG00000014797) NEUROG2 (ENSAMEG00000015618) ENSAMEG00000025601 ZGRF1 (ENSAMEG00000015635) LARP7 (ENSAMEG00000015642) ANK2 (ENSAMEG00000009259) CAMK2D (ENSAMEG00000009200) ARSJ (ENSAMEG00000025956) ENSAMEG00000030424 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1255 ENSMMSG00000022370 ##22 STAB2 (ENSMMSG00000022247) NT5DC3 (ENSMMSG00000022199) ENSMMSG00000022158 HSP90B1 (ENSMMSG00000022123) UQCC6 (ENSMMSG00000022106) TDG (ENSMMSG00000021918) GLT8D2 (ENSMMSG00000021881) HCFC2 (ENSMMSG00000021847) NFYB (ENSMMSG00000021813) TXNRD1 (ENSMMSG00000021728) CHST11 (ENSMMSG00000021705) SLC41A2 (ENSMMSG00000021685) ENSMMSG00000021630 ALDH1L2 (ENSMMSG00000021599) WASHC4 (ENSMMSG00000021556) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1169 ENSMMSG00000010985 DKK3 (ENSMMSG00000010926) USP47 (ENSMMSG00000010640) GALNT18 (ENSMMSG00000010551) ZBED5 (ENSMMSG00000010540) EIF4G2 (ENSMMSG00000010289) CTR9 (ENSMMSG00000010186) IRAG1 (ENSMMSG00000009706) LYVE1 (ENSMMSG00000009629) RNF141 (ENSMMSG00000009603) AMPD3 (ENSMMSG00000009315) ADM (ENSMMSG00000009242) SBF2 (ENSMMSG00000008931) ENSMMSG00000008880 SWAP70 (ENSMMSG00000008825) ENSMMSG00000008793 ##22 ENSMMSG00000008766 WEE1 (ENSMMSG00000008696) ZNF143 (ENSMMSG00000008483) IPO7 (ENSMMSG00000008437) TMEM41B (ENSMMSG00000008362) ENSMMSG00000008340 DENND5A (ENSMMSG00000008275) SCUBE2 (ENSMMSG00000021089) NRIP3 (ENSMMSG00000020974) TMEM9B (ENSMMSG00000020939) ASCL3 (ENSMMSG00000020928) ENSMMSG00000020890 ENSMMSG00000020690 DENND2B (ENSMMSG00000020173) ENSMMSG00000020109 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Red fox MODERN SPECIES 21 RTCA (ENSVVUG00000022041) DBT (ENSVVUG00000022021) LRRC39 (ENSVVUG00000022016) TRMT13 (ENSVVUG00000021996) SASS6 (ENSVVUG00000021921) MFSD14A (ENSVVUG00000021919) AGL (ENSVVUG00000021913) FRRS1 (ENSVVUG00000021910) PALMD (ENSVVUG00000021908) ENSVVUG00000021907 PLPPR4 (ENSVVUG00000021899) ENSVVUG00000021897 PLPPR5 (ENSVVUG00000021896) SNX7 (ENSVVUG00000021892) ENSVVUG00000021884 ENSVVUG00000021883 ##22 DPYD (ENSVVUG00000021876) PTBP2 (ENSVVUG00000021875) RWDD3 (ENSVVUG00000021868) TLCD4 (ENSVVUG00000021866) ALG14 (ENSVVUG00000021865) ENSVVUG00000021862 CNN3 (ENSVVUG00000021861) SLC44A3 (ENSVVUG00000021857) F3 (ENSVVUG00000021851) ABCD3 (ENSVVUG00000021847) ARHGAP29 (ENSVVUG00000021844) ABCA4 (ENSVVUG00000021843) GCLM (ENSVVUG00000021841) DNTTIP2 (ENSVVUG00000021840) BCAR3 (ENSVVUG00000021837) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Donkey MODERN SPECIES 10 ZFAND2B (ENSEASG00005011813) RETREG2 (ENSEASG00005011827) CNPPD1 (ENSEASG00005011830) ENSEASG00005011833 NHEJ1 (ENSEASG00005011836) IHH (ENSEASG00005024990) CFAP65 (ENSEASG00005011849) CRYBA2 (ENSEASG00005011870) FEV (ENSEASG00005013506) CDK5R2 (ENSEASG00005033666) WNT10A (ENSEASG00005011873) WNT6 (ENSEASG00005011874) PRKAG3 (ENSEASG00005011895) CYP27A1 (ENSEASG00005011961) TTLL4 (ENSEASG00005012028) ENSEASG00005029569 ##22 STK36 (ENSEASG00005012230) RNF25 (ENSEASG00005012269) BCS1L (ENSEASG00005012277) ENSEASG00005012281 CNOT9 (ENSEASG00005012317) USP37 (ENSEASG00005012329) VIL1 (ENSEASG00005012350) CTDSP1 (ENSEASG00005012367) SLC11A1 (ENSEASG00005012373) CATIP (ENSEASG00005012386) PNKD (ENSEASG00005012391) TMBIM1 (ENSEASG00005033706) ENSEASG00005031536 AAMP (ENSEASG00005012433) GPBAR1 (ENSEASG00005012478) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1066 CELF2 (ENSMLUG00000005791) ENSMLUG00000028813 ##22 USP6NL (ENSMLUG00000009149) ENSMLUG00000003884 BDH2 (ENSMLUG00000007737) SLC9B2 (ENSMLUG00000007706) CISD2 (ENSMLUG00000006014) MANBA (ENSMLUG00000005998) NFKB1 (ENSMLUG00000005986) SLC39A8 (ENSMLUG00000011736) ENSMLUG00000028973 PPP3CA (ENSMLUG00000015446) ENSMLUG00000013368 DDIT4L (ENSMLUG00000009915) ENSMLUG00000029524 Microbat MODERN SPECIES 963 ASH2L (ENSMLUG00000003723) EIF4EBP1 (ENSMLUG00000007526) ADRB3 (ENSMLUG00000007514) GOT1L1 (ENSMLUG00000007485) RAB11FIP1 (ENSMLUG00000007472) BRF2 (ENSMLUG00000030280) ADGRA2 (ENSMLUG00000022283) PLPBP (ENSMLUG00000007448) ERLIN2 (ENSMLUG00000011778) ZNF703 (ENSMLUG00000011770) ENSMLUG00000025710 ENSMLUG00000026031 ENSMLUG00000028845 UNC5D (ENSMLUG00000005073) ENSMLUG00000024514 ENSMLUG00000027529 ##22 DUSP26 (ENSMLUG00000002772) RNF122 (ENSMLUG00000012520) TTI2 (ENSMLUG00000002764) MAK16 (ENSMLUG00000002758) FUT10 (ENSMLUG00000002754) ENSMLUG00000025759 ENSMLUG00000010211 ENSMLUG00000013804 WRN (ENSMLUG00000005863) PURG (ENSMLUG00000024424) ENSMLUG00000024122 ENSMLUG00000016793 ENSMLUG00000008035 TEX15 (ENSMLUG00000014276) PPP2CB (ENSMLUG00000012897) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 31 ENSCDRG00005003028 PLEKHB2 (ENSCDRG00005002996) FAM168B (ENSCDRG00005002966) ENSCDRG00005002932 AMER3 (ENSCDRG00005002904) ENSCDRG00005002851 ENSCDRG00005002822 PTPN18 (ENSCDRG00005002747) IMP4 (ENSCDRG00005002674) CCDC115 (ENSCDRG00005002649) TUBGCP5 (ENSCDRG00005002621) CYFIP1 (ENSCDRG00005002577) NIPA2 (ENSCDRG00005002554) NIPA1 (ENSCDRG00005002537) HERC2 (ENSCDRG00005002330) ENSCDRG00005002281 ##22 OCA2 (ENSCDRG00005002261) ENSCDRG00005002233 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.c ##22 Vaquita MODERN SPECIES 17 ENSPSNG00000017078 PDCL (ENSPSNG00000017032) RC3H2 (ENSPSNG00000016932) ZBTB6 (ENSPSNG00000016879) ZBTB26 (ENSPSNG00000016851) RABGAP1 (ENSPSNG00000016790) STRBP (ENSPSNG00000016661) ENSPSNG00000016590 CRB2 (ENSPSNG00000016494) ENSPSNG00000016443 DENND1A (ENSPSNG00000016381) LHX2 (ENSPSNG00000016296) NEK6 (ENSPSNG00000015982) PSMB7 (ENSPSNG00000015876) NR5A1 (ENSPSNG00000015697) ENSPSNG00000015665 ##22 NR6A1 (ENSPSNG00000015414) OLFML2A (ENSPSNG00000015295) RPL35 (ENSPSNG00000015051) ARPC5L (ENSPSNG00000014993) GOLGA1 (ENSPSNG00000014918) SCAI (ENSPSNG00000014857) PPP6C (ENSPSNG00000014742) RABEPK (ENSPSNG00000014628) HSPA5 (ENSPSNG00000014547) GAPVD1 (ENSPSNG00000014354) MAPKAP1 (ENSPSNG00000014088) PBX3 (ENSPSNG00000013926) MVB12B (ENSPSNG00000013790) LMX1B (ENSPSNG00000013539) ZBTB43 (ENSPSNG00000013499) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.c ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 19 OR5C1 (ENSDLEG00000000653) ENSDLEG00000000638 PDCL (ENSDLEG00000000624) RC3H2 (ENSDLEG00000000584) ZBTB26 (ENSDLEG00000000549) RABGAP1 (ENSDLEG00000000486) STRBP (ENSDLEG00000000427) CRB2 (ENSDLEG00000000376) ENSDLEG00000000352 ENSDLEG00000000331 DENND1A (ENSDLEG00000000198) LHX2 (ENSDLEG00000000097) NEK6 (ENSDLEG00000000066) PSMB7 (ENSDLEG00000000050) NR5A1 (ENSDLEG00000015804) ENSDLEG00000015771 ##22 NR6A1 (ENSDLEG00000015711) OLFML2A (ENSDLEG00000015685) RPL35 (ENSDLEG00000015667) ARPC5L (ENSDLEG00000015658) GOLGA1 (ENSDLEG00000015625) SCAI (ENSDLEG00000015503) PPP6C (ENSDLEG00000015466) RABEPK (ENSDLEG00000015453) HSPA5 (ENSDLEG00000015433) GAPVD1 (ENSDLEG00000015347) MAPKAP1 (ENSDLEG00000015293) ENSDLEG00000015268 MVB12B (ENSDLEG00000015237) LMX1B (ENSDLEG00000015166) ZBTB43 (ENSDLEG00000015157) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263540.B.d ENSGT00940000158607 ENSGT00940000160930 ENSGT00940000162737 ENSGT00390000005989.b ENSGT00940000156716 ENSGT00900000141143 ENSGT00940000161406 ENSGT00940000161685.A.a ENSGT00940000156208 ENSGT00940000157734 ENSGT00390000008225 ENSGT00940000154314 ENSGT00940000154352.A ENSGT00950000182859.A.a.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.d ##22 ENSGT00950000182864.a.b.a ENSGT00390000013415.a.b ENSGT01030000234522.C.b.e.a.a.b ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00390000006350.m.a.c.b.a.b ENSGT00940000158614 ENSGT00510000049722 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01010000228881 ENSGT00940000158607 ENSGT00940000160930 ENSGT00940000162737 ENSGT00390000005989.b ENSGT00940000156716 ENSGT00900000141143 ENSGT00940000161406 ENSGT00940000161685.A.a ENSGT00940000156208 ENSGT00940000157734 ENSGT00390000008225 ENSGT00940000154314 ENSGT00940000154352.A ENSGT00950000182859.A.a.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.d ##22 ENSGT00950000182864.a.b.a ENSGT00390000013415.a.b ENSGT01030000234522.C.b.e.a.a.b ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00390000006350.m.a.c.b.a.b ENSGT00940000158614 ENSGT00510000049722 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380 Narwhal MODERN SPECIES 312 ENSMMNG00015019603 SLC25A37 (ENSMMNG00015019590) ENSMMNG00015019551 NKX2-6 (ENSMMNG00015019533) STC1 (ENSMMNG00015019502) ADAM28 (ENSMMNG00015019400) ADAMDEC1 (ENSMMNG00015019319) ENSMMNG00015019249 ENSMMNG00015019196 NEFL (ENSMMNG00015019153) DOCK5 (ENSMMNG00015019103) GNRH1 (ENSMMNG00015019060) KCTD9 (ENSMMNG00015019003) CDCA2 (ENSMMNG00015018900) EBF2 (ENSMMNG00015018863) ENSMMNG00015018827 ##22 PPP2R2A (ENSMMNG00015018714) BNIP3L (ENSMMNG00015018649) PNMA2 (ENSMMNG00015018639) DPYSL2 (ENSMMNG00015018544) ADRA1A (ENSMMNG00015018492) STMN4 (ENSMMNG00015018331) TRIM35 (ENSMMNG00015018089) PTK2B (ENSMMNG00015017976) CHRNA2 (ENSMMNG00015017861) ENSMMNG00015017835 EPHX2 (ENSMMNG00015017668) ENSMMNG00015017581 CLU (ENSMMNG00015017554) SCARA3 (ENSMMNG00015017508) CCDC25 (ENSMMNG00015017427) Beluga whale MODERN SPECIES 4 ENSDLEG00000006543 SLC25A37 (ENSDLEG00000006540) NKX3-1 (ENSDLEG00000006531) ENSDLEG00000006522 STC1 (ENSDLEG00000006517) ADAM28 (ENSDLEG00000006489) NEFM (ENSDLEG00000006476) NEFL (ENSDLEG00000006467) ENSDLEG00000006462 DOCK5 (ENSDLEG00000002343) GNRH1 (ENSDLEG00000001435) KCTD9 (ENSDLEG00000001415) CDCA2 (ENSDLEG00000001385) ENSDLEG00000001380 EBF2 (ENSDLEG00000001316) ENSDLEG00000001289 ##22 PPP2R2A (ENSDLEG00000001272) BNIP3L (ENSDLEG00000001250) PNMA2 (ENSDLEG00000001239) DPYSL2 (ENSDLEG00000001186) ADRA1A (ENSDLEG00000001167) STMN4 (ENSDLEG00000001142) TRIM35 (ENSDLEG00000001119) PTK2B (ENSDLEG00000001086) CHRNA2 (ENSDLEG00000001068) ENSDLEG00000001060 EPHX2 (ENSDLEG00000001005) ENSDLEG00000000969 CLU (ENSDLEG00000000957) SCARA3 (ENSDLEG00000000924) CCDC25 (ENSDLEG00000000874) Vaquita MODERN SPECIES 17 NKX3-1 (ENSPSNG00000003693) NKX2-6 (ENSPSNG00000003713) STC1 (ENSPSNG00000003726) ADAM28 (ENSPSNG00000003790) ADAMDEC1 (ENSPSNG00000003873) ENSPSNG00000003914 NEFL (ENSPSNG00000003946) ENSPSNG00000003965 ENSPSNG00000003996 GNRH1 (ENSPSNG00000004028) KCTD9 (ENSPSNG00000009803) CDCA2 (ENSPSNG00000009875) ENSPSNG00000010183 ENSPSNG00000010228 EBF2 (ENSPSNG00000010256) ENSPSNG00000010536 ##22 PPP2R2A (ENSPSNG00000010594) BNIP3L (ENSPSNG00000010778) PNMA2 (ENSPSNG00000010857) DPYSL2 (ENSPSNG00000010930) ADRA1A (ENSPSNG00000011198) STMN4 (ENSPSNG00000011305) TRIM35 (ENSPSNG00000011632) PTK2B (ENSPSNG00000011703) CHRNA2 (ENSPSNG00000011813) ENSPSNG00000011878 CLU (ENSPSNG00000011914) SCARA3 (ENSPSNG00000011999) CCDC25 (ENSPSNG00000012132) ESCO2 (ENSPSNG00000012224) PBK (ENSPSNG00000012263) Sperm whale MODERN SPECIES 14 TMEM39B (ENSPCTG00005000669) KPNA6 (ENSPCTG00005000641) ENSPCTG00005000623 ZBTB8B (ENSPCTG00005000609) ZBTB8A (ENSPCTG00005000595) ZBTB8OS (ENSPCTG00005000576) RBBP4 (ENSPCTG00005000559) SYNC (ENSPCTG00005000540) KIAA1522 (ENSPCTG00005000410) YARS (ENSPCTG00005000311) S100PBP (ENSPCTG00005000291) FNDC5 (ENSPCTG00005000274) AK2 (ENSPCTG00005000255) RNF19B (ENSPCTG00005000234) AZIN2 (ENSPCTG00005005944) ENSPCTG00005005935 ##22 ZNF362 (ENSPCTG00005005866) ENSPCTG00005005804 PHC2 (ENSPCTG00005005701) ZSCAN20 (ENSPCTG00005005639) HMGB4 (ENSPCTG00005005627) CSMD2 (ENSPCTG00005004537) C1orf94 (ENSPCTG00005004350) GJB5 (ENSPCTG00005004331) GJB4 (ENSPCTG00005004313) GJB3 (ENSPCTG00005004304) GJA4 (ENSPCTG00005004297) SMIM12 (ENSPCTG00005004287) DLGAP3 (ENSPCTG00005004257) ENSPCTG00005004241 TMEM35B (ENSPCTG00005004232) Blue whale MODERN SPECIES 2 ENSBMSG00010008821 CLPS (ENSBMSG00010008813) LHFPL5 (ENSBMSG00010011861) SRPK1 (ENSBMSG00010011826) SLC26A8 (ENSBMSG00010011786) MAPK14 (ENSBMSG00010011729) MAPK13 (ENSBMSG00010011678) BRPF3 (ENSBMSG00010011629) PNPLA1 (ENSBMSG00010011594) BNIP5 (ENSBMSG00010011563) ENSBMSG00010011544 PXT1 (ENSBMSG00010011530) KCTD20 (ENSBMSG00010011513) STK38 (ENSBMSG00010011501) ENSBMSG00010011488 ENSBMSG00010011478 ##22 CDKN1A (ENSBMSG00010011467) RAB44 (ENSBMSG00010011436) CPNE5 (ENSBMSG00010011395) PPIL1 (ENSBMSG00010011368) C6orf89 (ENSBMSG00010011343) PI16 (ENSBMSG00010011301) MTCH1 (ENSBMSG00010011276) FGD2 (ENSBMSG00010011246) ENSBMSG00010011226 TMEM217B (ENSBMSG00010011217) TMEM217 (ENSBMSG00010011206) TBC1D22B (ENSBMSG00010011188) RNF8 (ENSBMSG00010011155) CMTR1 (ENSBMSG00010011113) ENSBMSG00010011084 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 CACNA2D1 (ENSCHYG00000018295) HGF (ENSCHYG00000019398) SEMA3C (ENSCHYG00000019620) CD36 (ENSCHYG00000019791) GNAT3 (ENSCHYG00000020496) ENSCHYG00000020590 ENSCHYG00000020617 GNAI1 (ENSCHYG00000020676) ENSCHYG00000020911 MAGI2 (ENSCHYG00000021178) PHTF2 (ENSCHYG00000023683) ENSCHYG00000024021 ENSCHYG00000024038 ENSCHYG00000024090 PTPN12 (ENSCHYG00000024111) ENSCHYG00000024152 ##22 ENSCHYG00000024161 GSAP (ENSCHYG00000024234) CCDC146 (ENSCHYG00000024657) FGL2 (ENSCHYG00000024744) FAM185A (ENSCHYG00000024761) ENSCHYG00000024825 FBXL13 (ENSCHYG00000024841) ENSCHYG00000024862 ENSCHYG00000024895 NAPEPLD (ENSCHYG00000025014) ENSCHYG00000025058 DNAJC2 (ENSCHYG00000025102) PSMC2 (ENSCHYG00000025139) SLC26A5 (ENSCHYG00000025193) RELN (ENSCHYG00000025795) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 12 Ovar-DRA (ENSOARG00020022159) ENSOARG00020022099 ENSOARG00020022019 ENSOARG00020021487 ELOVL5 (ENSOARG00020021349) GCM1 (ENSOARG00020021293) FBXO9 (ENSOARG00020021181) CILK1 (ENSOARG00020021095) GSTA4 (ENSOARG00020021007) ENSOARG00020020938 ENSOARG00020020898 ENSOARG00020020785 ENSOARG00020020565 TMEM14A (ENSOARG00020020512) TRAM2 (ENSOARG00020020430) ENSOARG00020020412 ##22 EFHC1 (ENSOARG00020020221) PAQR8 (ENSOARG00020020203) MCM3 (ENSOARG00020019991) ENSOARG00020019944 IL17A (ENSOARG00020019903) PKHD1 (ENSOARG00020016458) TFAP2B (ENSOARG00020016055) TFAP2D (ENSOARG00020015981) ENSOARG00020015930 ENSOARG00020015886 ENSOARG00020015856 DEFB114 (ENSOARG00020015818) ENSOARG00020015759 CRISP1 (ENSOARG00020015573) PGK2 (ENSOARG00020015502) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 SNCAIP (ENSOARG00020006162) ENSOARG00020006334 ENSOARG00020006374 LOX (ENSOARG00020006459) SRFBP1 (ENSOARG00020006515) FTMT (ENSOARG00020006630) PRR16 (ENSOARG00020006682) ENSOARG00020006760 ##22 FAM170A (ENSOARG00020006839) HSD17B4 (ENSOARG00020006956) TNFAIP8 (ENSOARG00020008351) DMXL1 (ENSOARG00020008495) DTWD2 (ENSOARG00020009992) ENSOARG00020010205 ENSOARG00020010243 ENSOARG00020010300 ##22 ENSOARG00020010434 ENSOARG00020010454 ENSOARG00020010472 SEMA6A (ENSOARG00020010541) COMMD10 (ENSOARG00020010792) ENSOARG00020010871 ARL10 (ENSOARG00020009449) NOP16 (ENSOARG00020009469) HIGD2A (ENSOARG00020009523) CLTB (ENSOARG00020009553) FAF2 (ENSOARG00020009668) RNF44 (ENSOARG00020009698) CDHR2 (ENSOARG00020009765) GPRIN1 (ENSOARG00020010249) SNCB (ENSOARG00020010292) Goat DUPLICATION Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 9 ENSCHIG00000013672 ENSCHIG00000014994 ZNF772 (ENSCHIG00000020967) ZNF773 (ENSCHIG00000023261) ENSCHIG00000017808 ENSCHIG00000020149 ENSCHIG00000009766 ENSCHIG00000019927 ENSCHIG00000026681 ENSCHIG00000018821 ENSCHIG00000000492 ENSCHIG00000017999 ENSCHIG00000002778 ENSCHIG00000006509 ENSCHIG00000018469 ENSCHIG00000007367 ##22 ENSCHIG00000012177 ENSCHIG00000016427 ENSCHIG00000019265 ENSCHIG00000026812 ZNF606 (ENSCHIG00000021043) ENSCHIG00000023529 ZNF329 (ENSCHIG00000005735) ZNF274 (ENSCHIG00000016772) ZNF8 (ENSCHIG00000002909) A1BG (ENSCHIG00000026865) RPS5 (ENSCHIG00000019536) RNF225 (ENSCHIG00000022638) ZNF132 (ENSCHIG00000014115) ENSCHIG00000025732 ZNF446 (ENSCHIG00000026648) Goat MODERN SPECIES 17 ZDHHC4 (ENSCHIG00000011078) INTS15 (ENSCHIG00000023779) ZNF853 (ENSCHIG00000026318) ZNF316 (ENSCHIG00000024346) ZNF12 (ENSCHIG00000011026) ENSCHIG00000019239 RBAK (ENSCHIG00000026024) ENSCHIG00000009168 RNF216 (ENSCHIG00000020520) FSCN1 (ENSCHIG00000013676) ACTB (ENSCHIG00000013316) FBXL18 (ENSCHIG00000001815) TNRC18 (ENSCHIG00000015061) SLC29A4 (ENSCHIG00000013461) WIPI2 (ENSCHIG00000025379) ENSCHIG00000000713 ##22 MMD2 (ENSCHIG00000024011) RADIL (ENSCHIG00000024632) AP5Z1 (ENSCHIG00000016014) FOXK1 (ENSCHIG00000020886) SDK1 (ENSCHIG00000019963) CARD11 (ENSCHIG00000020978) GNA12 (ENSCHIG00000024235) AMZ1 (ENSCHIG00000015074) BRAT1 (ENSCHIG00000024721) IQCE (ENSCHIG00000017381) TTYH3 (ENSCHIG00000009899) LFNG (ENSCHIG00000023115) GRIFIN (ENSCHIG00000015408) CHST12 (ENSCHIG00000005612) ENSCHIG00000019418 Goat MODERN SPECIES 25 ENSCHIG00000012259 ENSCHIG00000013585 AASDH (ENSCHIG00000022349) CRACD (ENSCHIG00000010537) CEP135 (ENSCHIG00000020429) ENSCHIG00000009115 EXOC1 (ENSCHIG00000022016) EXOC1L (ENSCHIG00000009195) ENSCHIG00000021229 NMU (ENSCHIG00000012702) PDCL2 (ENSCHIG00000025455) CLOCK (ENSCHIG00000017027) TMEM165 (ENSCHIG00000026960) SRD5A3 (ENSCHIG00000019579) KDR (ENSCHIG00000006477) ENSCHIG00000007998 ##22 KIT (ENSCHIG00000022287) PDGFRA (ENSCHIG00000005194) GSX2 (ENSCHIG00000017735) CHIC2 (ENSCHIG00000002107) LNX1 (ENSCHIG00000017890) ENSCHIG00000025903 SCFD2 (ENSCHIG00000015721) RASL11B (ENSCHIG00000024365) USP46 (ENSCHIG00000019211) ENSCHIG00000025743 ENSCHIG00000015328 ENSCHIG00000008028 SPATA18 (ENSCHIG00000019427) SGCB (ENSCHIG00000025818) DCUN1D4 (ENSCHIG00000024006) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 American bison MODERN SPECIES 2973 SIM1 (ENSBBBG00000019562) ENSBBBG00000005306 ENSBBBG00000005309 MCHR2 (ENSBBBG00000005313) ENSBBBG00000019599 PRDM13 (ENSBBBG00000019612) ENSBBBG00000007045 ENSBBBG00000019737 TSTD3 (ENSBBBG00000008950) USP45 (ENSBBBG00000007013) PNISR (ENSBBBG00000019913) COQ3 (ENSBBBG00000005393) FAXC (ENSBBBG00000019944) FBXL4 (ENSBBBG00000019956) ENSBBBG00000005119 ENSBBBG00000019962 ##22 MMS22L (ENSBBBG00000020025) KLHL32 (ENSBBBG00000005436) NDUFAF4 (ENSBBBG00000020115) GPR63 (ENSBBBG00000020122) FHL5 (ENSBBBG00000020131) UFL1 (ENSBBBG00000005072) FUT9 (ENSBBBG00000020143) MANEA (ENSBBBG00000020146) ENSBBBG00000020157 ENSBBBG00000008391 ENSBBBG00000020181 ENSBBBG00000020189 ENSBBBG00000020198 MAP3K7 (ENSBBBG00000000569) BACH2 (ENSBBBG00000000547) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.a ##22 Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155564 ENSGT00940000154864.b ENSGT00390000005045 ENSGT00940000162821.h ENSGT00390000011103.A ENSGT00390000011433 ENSGT00390000007723 ENSGT00530000063603.B ENSGT00390000003855.a ENSGT00940000156532.l ENSGT00940000159080 ENSGT00940000153431.a.l.a ENSGT00940000163627 ENSGT00940000154292.a.b ENSGT00940000158952 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.a.a ##22 ENSGT00940000157364.C ENSGT00940000163055 ENSGT00940000158817 ENSGT00390000006820 ENSGT00940000159118 ENSGT00530000063425.a.b ENSGT00550000075024 ENSGT00940000161424 ENSGT00550000074867 ENSGT00390000018245.c ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00390000008095 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B.t.a ENSGT00940000154141.B.s.a.a Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 ENSBIXG00005018704 PSME4 (ENSBIXG00005018741) GPR75 (ENSBIXG00005018758) ERLEC1 (ENSBIXG00005018839) CHAC2 (ENSBIXG00005018860) ENSBIXG00005018883 ASB3 (ENSBIXG00005018919) ENSBIXG00005018960 ENSBIXG00005018968 ENSBIXG00005018993 ENSBIXG00005019024 ENSBIXG00005019035 ENSBIXG00005019055 NRXN1 (ENSBIXG00005020353) FSHR (ENSBIXG00005020542) ENSBIXG00005007156 ##22 ENSBIXG00005020568 LHCGR (ENSBIXG00005020676) GTF2A1L (ENSBIXG00005020773) STON1 (ENSBIXG00005020833) PPP1R21 (ENSBIXG00005020937) FOXN2 (ENSBIXG00005003545) FBXO11 (ENSBIXG00005021079) MSH6 (ENSBIXG00005021217) KCNK12 (ENSBIXG00005021241) MSH2 (ENSBIXG00005021319) EPCAM (ENSBIXG00005003602) CALM2 (ENSBIXG00005021412) STPG4 (ENSBIXG00005021460) TTC7A (ENSBIXG00005021493) ENSBIXG00005021629 Cow MODERN SPECIES 2 ENSBTAG00000046563 ACYP2 (ENSBTAG00000006852) ENSBTAG00000024019 PSME4 (ENSBTAG00000020262) GPR75 (ENSBTAG00000000102) ERLEC1 (ENSBTAG00000008068) CHAC2 (ENSBTAG00000019459) ENSBTAG00000051601 ASB3 (ENSBTAG00000019458) ENSBTAG00000002943 ENSBTAG00000027786 ENSBTAG00000052116 NRXN1 (ENSBTAG00000024021) NRXN1 (ENSBTAG00000046199) FSHR (ENSBTAG00000032424) ENSBTAG00000027015 ##22 LHCGR (ENSBTAG00000016573) GTF2A1L (ENSBTAG00000023999) STON1 (ENSBTAG00000004168) PPP1R21 (ENSBTAG00000002570) FOXN2 (ENSBTAG00000015151) FBXO11 (ENSBTAG00000001425) MSH6 (ENSBTAG00000001424) KCNK12 (ENSBTAG00000017500) MSH2 (ENSBTAG00000002742) EPCAM (ENSBTAG00000006474) CALM2 (ENSBTAG00000001575) STPG4 (ENSBTAG00000049698) TTC7A (ENSBTAG00000032558) MCFD2 (ENSBTAG00000003358) SOCS5 (ENSBTAG00000008987) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 24 NAGA (ENSBTAG00000009506) PHETA2 (ENSBTAG00000009507) SMDT1 (ENSBTAG00000009508) NDUFA6 (ENSBTAG00000009509) ENSBTAG00000038146 CYP2D43 (ENSBTAG00000026501) ENSBTAG00000037632 CYP2D14 (ENSBTAG00000026502) TCF20 (ENSBTAG00000000662) NFAM1 (ENSBTAG00000005018) SERHL2 (ENSBTAG00000016507) RRP7 (ENSBTAG00000016510) POLDIP3 (ENSBTAG00000016511) CYB5R3 (ENSBTAG00000016516) A4GALT (ENSBTAG00000026497) ENSBTAG00000030199 ##22 ARFGAP3 (ENSBTAG00000001057) ENSBTAG00000045575 PACSIN2 (ENSBTAG00000019290) TTLL1 (ENSBTAG00000012030) MCAT (ENSBTAG00000002413) TSPO (ENSBTAG00000018073) TTLL12 (ENSBTAG00000001708) SCUBE1 (ENSBTAG00000011275) MPPED1 (ENSBTAG00000053619) ENSBTAG00000053264 EFCAB6 (ENSBTAG00000030189) SULT4A1 (ENSBTAG00000006273) ENSBTAG00000045746 ENSBTAG00000003367 SAMM50 (ENSBTAG00000045957) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153431.a.l.b ENSGT01020000230438.B.b.b.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00910000147163 ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000158051 ENSGT00940000158745 ENSGT00390000002766.b.b ENSGT00390000001332 ENSGT00940000154940.gb ENSGT00950000183000.c.b ENSGT00940000158135 ENSGT00390000012799 ENSGT00550000074824 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.a ##22 ENSGT00390000016736.a.h ENSGT00940000155583 ENSGT00390000002201 ENSGT00550000074807.d ENSGT00940000162733 ENSGT00940000162391 ENSGT00950000183139.B ENSGT00940000158921.f.b ENSGT00510000047831 ENSGT00940000161107 ENSGT00940000161610.b ENSGT00940000159896 ENSGT00730000111119 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a.b.b.b ENSGT00390000017800 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 13 ENSBIXG00005004787 ENSBIXG00005027817 ARHGAP5 (ENSBIXG00005027783) AKAP6 (ENSBIXG00005004751) ENSBIXG00005027635 NPAS3 (ENSBIXG00005004743) EGLN3 (ENSBIXG00005004670) SPTSSA (ENSBIXG00005027156) ENSBIXG00005027146 EAPP (ENSBIXG00005027140) SNX6 (ENSBIXG00005027072) CFL2 (ENSBIXG00005004635) BAZ1A (ENSBIXG00005026976) ENSBIXG00005004603 SRP54 (ENSBIXG00005004590) ENSBIXG00005004583 ##22 ENSBIXG00005026804 PPP2R3C (ENSBIXG00005026776) PRORP (ENSBIXG00005026751) PSMA6 (ENSBIXG00005004554) NFKBIA (ENSBIXG00005026599) INSM2 (ENSBIXG00005026558) RALGAPA1 (ENSBIXG00005026523) ENSBIXG00005026403 MBIP (ENSBIXG00005026348) NKX2-1 (ENSBIXG00005026186) NKX2-8 (ENSBIXG00005007637) PAX9 (ENSBIXG00005006187) SLC25A21 (ENSBIXG00005026075) MIPOL1 (ENSBIXG00005025965) ENSBIXG00005005896 Cow MODERN SPECIES 13 ENSBTAG00000038020 GPR33 (ENSBTAG00000010536) NUBPL (ENSBTAG00000044121) ENSBTAG00000055201 ARHGAP5 (ENSBTAG00000027024) AKAP6 (ENSBTAG00000017719) NPAS3 (ENSBTAG00000004462) EGLN3 (ENSBTAG00000008172) SPTSSA (ENSBTAG00000013981) EAPP (ENSBTAG00000003419) SNX6 (ENSBTAG00000012873) CFL2 (ENSBTAG00000015053) BAZ1A (ENSBTAG00000020164) ENSBTAG00000037938 SRP54 (ENSBTAG00000019085) ENSBTAG00000000425 ##22 FAM177A1 (ENSBTAG00000009680) PPP2R3C (ENSBTAG00000009681) PRORP (ENSBTAG00000009682) ENSBTAG00000049349 PSMA6 (ENSBTAG00000009683) NFKBIA (ENSBTAG00000016683) INSM2 (ENSBTAG00000027013) RALGAPA1 (ENSBTAG00000001282) BRMS1L (ENSBTAG00000018400) MBIP (ENSBTAG00000009941) NKX2-1 (ENSBTAG00000000541) NKX2-8 (ENSBTAG00000013352) PAX9 (ENSBTAG00000009186) SLC25A21 (ENSBTAG00000019350) ENSBTAG00000054035 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 KRT20 (ENSBIXG00005031321) KRT23 (ENSBIXG00005031323) KRT39 (ENSBIXG00005031324) KRT40 (ENSBIXG00005031328) ENSBIXG00005031329 ENSBIXG00005031330 ENSBIXG00005031331 ENSBIXG00005031332 ENSBIXG00005031333 ENSBIXG00005031334 ENSBIXG00005031336 ENSBIXG00005031339 ENSBIXG00005031341 ENSBIXG00005031342 ENSBIXG00005031344 ENSBIXG00005031345 ##22 ENSBIXG00005031347 ENSBIXG00005031351 ENSBIXG00005031354 ENSBIXG00005031356 ENSBIXG00005031357 ENSBIXG00005031361 ENSBIXG00005031370 ENSBIXG00005031371 ENSBIXG00005031373 ENSBIXG00005031375 ENSBIXG00005031378 ENSBIXG00005031382 ENSBIXG00005031386 ENSBIXG00005031390 KRTAP17-1 (ENSBIXG00005031391) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 570 ENSBMUG00000016192 MAP2K3 (ENSBMUG00000016241) TMEM11 (ENSBMUG00000016267) DHRS7B (ENSBMUG00000016324) ENSBMUG00000016337 ##22 USP22 (ENSBMUG00000016349) TNFRSF13B (ENSBMUG00000016403) ENSBMUG00000016438 PLD6 (ENSBMUG00000016452) FLCN (ENSBMUG00000016466) COPS3 (ENSBMUG00000016502) NT5M (ENSBMUG00000016519) MED9 (ENSBMUG00000016538) RASD1 (ENSBMUG00000016571) PEMT (ENSBMUG00000016583) RAI1 (ENSBMUG00000016624) SREBF1 (ENSBMUG00000017035) TOM1L2 (ENSBMUG00000017325) DRC3 (ENSBMUG00000017348) ATPAF2 (ENSBMUG00000017377) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000010827 ENSGT00390000009366 ENSGT00390000018829.g.b ENSGT00550000074866 ENSGT00880000138028.b.b ENSGT00940000155695 ENSGT00390000004766 ENSGT00940000154798.a.d.a ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.b.a ENSGT00530000063426.b.b ENSGT00390000002563.b.a.a ENSGT00390000002563.a ENSGT00940000153295.b ENSGT00940000155839 ENSGT00940000155610 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.b ##22 ENSGT00940000155377 ENSGT00940000156143 ENSGT00510000046985.h.b.a.a.b ENSGT00940000155206.c.b.b ENSGT00940000154272.A ENSGT00940000160200 ENSGT00940000154550.a.e.b.b ENSGT00940000155625 ENSGT00940000164932 ENSGT00940000157719 ENSGT00730000111138 ENSGT00390000007284 ENSGT00950000182919.A ENSGT00940000155184 ENSGT00940000162208 Domestic yak MODERN SPECIES 1 ENSBGRG00000006262 RTN4IP1 (ENSBGRG00000006146) CRYBG1 (ENSBGRG00000005685) ATG5 (ENSBGRG00000005379) PRDM1 (ENSBGRG00000005178) ENSBGRG00000005152 ENSBGRG00000005146 ENSBGRG00000005140 PREP (ENSBGRG00000005031) POPDC3 (ENSBGRG00000005006) BVES (ENSBGRG00000004850) LIN28B (ENSBGRG00000004803) ENSBGRG00000004777 HACE1 (ENSBGRG00000004127) ENSBGRG00000004076 ENSBGRG00000004053 ##22 GRIK2 (ENSBGRG00000003805) ASCC3 (ENSBGRG00000003723) SIM1 (ENSBGRG00000003658) ENSBGRG00000003627 ENSBGRG00000003604 ENSBGRG00000003594 ENSBGRG00000003580 PRDM13 (ENSBGRG00000026581) ENSBGRG00000026578 ENSBGRG00000026554 TSTD3 (ENSBGRG00000026535) USP45 (ENSBGRG00000026528) PNISR (ENSBGRG00000026524) COQ3 (ENSBGRG00000026518) FAXC (ENSBGRG00000026514) Wild yak MODERN SPECIES 1170 ENSBMUG00000004761 GRIK2 (ENSBMUG00000004173) ENSBMUG00000003380 ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.j ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.j ##22 Cow MODERN SPECIES 26 TBC1D9B (ENSBTAG00000015611) MRNIP (ENSBTAG00000015602) SQSTM1 (ENSBTAG00000015591) ENSBTAG00000052483 MGAT4B (ENSBTAG00000009738) LTC4S (ENSBTAG00000009737) MAML1 (ENSBTAG00000050347) CANX (ENSBTAG00000048107) CBY3 (ENSBTAG00000046663) HNRNPH1 (ENSBTAG00000009389) RUFY1 (ENSBTAG00000019868) ADAMTS2 (ENSBTAG00000014665) ZNF354C (ENSBTAG00000002281) ENSBTAG00000055301 ZNF879 (ENSBTAG00000038541) ENSBTAG00000034973 ##22 GRM6 (ENSBTAG00000016187) ZNF454 (ENSBTAG00000004262) ZFP2 (ENSBTAG00000007122) ENSBTAG00000052690 RNF187 (ENSBTAG00000019667) H2BC26 (ENSBTAG00000053467) H2AC25 (ENSBTAG00000037964) H3-4 (ENSBTAG00000055153) TRIM17 (ENSBTAG00000018673) TRIM11 (ENSBTAG00000039246) ENSBTAG00000007820 ENSBTAG00000040028 ENSBTAG00000051744 ENSBTAG00000049190 IBA57 (ENSBTAG00000014918) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 4 ENSMICG00000043717 ENSMICG00000044636 ABCC4 (ENSMICG00000003364) SOX21 (ENSMICG00000030929) GPR180 (ENSMICG00000007628) TGDS (ENSMICG00000007621) ENSMICG00000027259 DCT (ENSMICG00000007611) GPC6 (ENSMICG00000007601) GPC5 (ENSMICG00000030886) ENSMICG00000047849 ENSMICG00000003836 SLITRK5 (ENSMICG00000035892) SLITRK1 (ENSMICG00000005389) SPRY2 (ENSMICG00000008542) ENSMICG00000038396 ##22 NDFIP2 (ENSMICG00000026359) RBM26 (ENSMICG00000010350) OBI1 (ENSMICG00000031669) POU4F1 (ENSMICG00000011538) EDNRB (ENSMICG00000016941) SLAIN1 (ENSMICG00000002711) SCEL (ENSMICG00000002703) MYCBP2 (ENSMICG00000002673) FBXL3 (ENSMICG00000002671) CLN5 (ENSMICG00000036480) ACOD1 (ENSMICG00000027082) KCTD12 (ENSMICG00000002666) LMO7 (ENSMICG00000014340) UCHL3 (ENSMICG00000014333) COMMD6 (ENSMICG00000014323) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 787 HECTD2 (ENSPCOG00000020697) PCGF5 (ENSPCOG00000025053) ANKRD1 (ENSPCOG00000024392) RPP30 (ENSPCOG00000017865) HTR7 (ENSPCOG00000022548) KIF20B (ENSPCOG00000011378) PANK1 (ENSPCOG00000025267) SLC16A12 (ENSPCOG00000014212) IFIT5 (ENSPCOG00000016774) IFIT1 (ENSPCOG00000000411) IFIT3 (ENSPCOG00000000039) IFIT2 (ENSPCOG00000025792) ENSPCOG00000007526 ENSPCOG00000015339 LIPA (ENSPCOG00000015519) ENSPCOG00000013528 ##22 FAS (ENSPCOG00000004108) ACTA2 (ENSPCOG00000004723) ENSPCOG00000015760 STAMBPL1 (ENSPCOG00000015340) ANKRD22 (ENSPCOG00000019553) LIPM (ENSPCOG00000007567) LIPN (ENSPCOG00000021772) LIPK (ENSPCOG00000014470) LIPF (ENSPCOG00000027465) LIPJ (ENSPCOG00000021051) ENSPCOG00000027413 RNLS (ENSPCOG00000014278) ENSPCOG00000023071 PTEN (ENSPCOG00000004892) KLLN (ENSPCOG00000019117) Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 998 C1orf56 (ENSPSMG00000022123) BNIPL (ENSPSMG00000022120) PRUNE1 (ENSPSMG00000022096) MINDY1 (ENSPSMG00000022064) ANXA9 (ENSPSMG00000022049) CERS2 (ENSPSMG00000022037) SETDB1 (ENSPSMG00000022003) CTXND2 (ENSPSMG00000021975) ARNT (ENSPSMG00000021753) CTSK (ENSPSMG00000021532) CTSS (ENSPSMG00000021523) HORMAD1 (ENSPSMG00000021500) ENSPSMG00000021475 GOLPH3L (ENSPSMG00000021465) ENSA (ENSPSMG00000021455) ENSPSMG00000021426 ##22 ENSPSMG00000021413 ADAMTSL4 (ENSPSMG00000021345) ECM1 (ENSPSMG00000021284) TARS2 (ENSPSMG00000021195) RPRD2 (ENSPSMG00000021029) Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 472 MEI4 (ENSPSMG00000007505) HTR1B (ENSPSMG00000007498) IMPG1 (ENSPSMG00000007481) MYO6 (ENSPSMG00000007266) SENP6 (ENSPSMG00000006651) FILIP1 (ENSPSMG00000006471) TMEM30A (ENSPSMG00000006436) COX7A2 (ENSPSMG00000006397) COL12A1 (ENSPSMG00000005434) ENSPSMG00000004858 ENSPSMG00000004853 ENSPSMG00000004841 ENSPSMG00000004837 ##22 CD109 (ENSPSMG00000004758) SLC17A5 (ENSPSMG00000004561) ENSPSMG00000004539 MTO1 (ENSPSMG00000004516) CGAS (ENSPSMG00000004458) DDX43 (ENSPSMG00000004341) ENSPSMG00000004323 OOEP (ENSPSMG00000004311) KHDC3L (ENSPSMG00000004291) DPPA5 (ENSPSMG00000004280) ENSPSMG00000004267 ENSPSMG00000004262 ENSPSMG00000004251 ENSPSMG00000004217 ENSPSMG00000004214 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 765 LRRC3B (ENSPSMG00000012739) NEK10 (ENSPSMG00000012674) SLC4A7 (ENSPSMG00000012322) ENSPSMG00000012053 ##22 EOMES (ENSPSMG00000012049) Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 121 DMRT3 (ENSOGAG00000026565) DMRT1 (ENSOGAG00000001989) KANK1 (ENSOGAG00000001985) ENSOGAG00000031226 DOCK8 (ENSOGAG00000004639) ENSOGAG00000002011 ENSOGAG00000029277 PGM5 (ENSOGAG00000015121) TMEM252 (ENSOGAG00000015132) PABIR1 (ENSOGAG00000024522) PIP5K1B (ENSOGAG00000009431) ENSOGAG00000031105 TJP2 (ENSOGAG00000014757) ENTREP1 (ENSOGAG00000006806) APBA1 (ENSOGAG00000006812) ENSOGAG00000029654 ##22 PTAR1 (ENSOGAG00000009760) CFAP95 (ENSOGAG00000009764) MAMDC2 (ENSOGAG00000016899) SMC5 (ENSOGAG00000016900) KLF9 (ENSOGAG00000030356) TRPM3 (ENSOGAG00000006507) CEMIP2 (ENSOGAG00000012911) ENSOGAG00000028678 ABHD17B (ENSOGAG00000012920) C9orf85 (ENSOGAG00000011302) GDA (ENSOGAG00000011303) ZFAND5 (ENSOGAG00000025012) TMC1 (ENSOGAG00000014213) ALDH1A1 (ENSOGAG00000014218) CYP1D1 (ENSOGAG00000030842) Bushbaby MODERN SPECIES 124 C21orf91 (ENSOGAG00000013306) ENSOGAG00000013303 CXADR (ENSOGAG00000013301) ENSOGAG00000032134 USP25 (ENSOGAG00000013720) NRIP1 (ENSOGAG00000007232) SAMSN1 (ENSOGAG00000007033) HSPA13 (ENSOGAG00000024884) ENSOGAG00000029294 RBM11 (ENSOGAG00000005760) LIPI (ENSOGAG00000005758) ENSOGAG00000027120 ENSOGAG00000032694 ROBO2 (ENSOGAG00000011404) ENSOGAG00000009747 ENSOGAG00000029904 ##22 GBE1 (ENSOGAG00000000770) CADM2 (ENSOGAG00000010480) VGLL3 (ENSOGAG00000010364) POU1F1 (ENSOGAG00000004578) CHMP2B (ENSOGAG00000004577) HTR1F (ENSOGAG00000027352) CGGBP1 (ENSOGAG00000034139) ENSOGAG00000034600 ENSOGAG00000029395 C3orf38 (ENSOGAG00000028975) ENSOGAG00000029652 ENSOGAG00000028160 EPHA3 (ENSOGAG00000013293) ENSOGAG00000010941 ENSOGAG00000033367 Bushbaby MODERN SPECIES 332 ZNF488 (ENSOGAG00000001742) ENSOGAG00000030669 GDF2 (ENSOGAG00000030904) GDF10 (ENSOGAG00000001749) PTPN20 (ENSOGAG00000001986) FRMPD2 (ENSOGAG00000016849) MAPK8 (ENSOGAG00000008164) ARHGAP22 (ENSOGAG00000008170) ENSOGAG00000027732 ##22 WDFY4 (ENSOGAG00000006884) LRRC18 (ENSOGAG00000006889) VSTM4 (ENSOGAG00000006891) FAM170B (ENSOGAG00000001564) ENSOGAG00000024764 ENSOGAG00000027647 DRGX (ENSOGAG00000001567) ERCC6 (ENSOGAG00000001570) SLC18A3 (ENSOGAG00000001572) CHAT (ENSOGAG00000001575) OGDHL (ENSOGAG00000001581) PARG (ENSOGAG00000028075) ENSOGAG00000015393 ENSOGAG00000015386 Bushbaby MODERN SPECIES 132 NR2F1 (ENSOGAG00000007017) ENSOGAG00000026077 ARRDC3 (ENSOGAG00000003067) ADGRV1 (ENSOGAG00000012173) LYSMD3 (ENSOGAG00000005564) ENSOGAG00000005560 MBLAC2 (ENSOGAG00000005559) CETN3 (ENSOGAG00000002383) MEF2C (ENSOGAG00000028682) ENSOGAG00000034873 TMEM161B (ENSOGAG00000009547) ENSOGAG00000031737 ENSOGAG00000027160 CCNH (ENSOGAG00000010421) RASA1 (ENSOGAG00000000055) ENSOGAG00000029577 ##22 ENSOGAG00000032711 EDIL3 (ENSOGAG00000015620) HAPLN1 (ENSOGAG00000009053) VCAN (ENSOGAG00000034403) XRCC4 (ENSOGAG00000009045) TMEM167A (ENSOGAG00000009040) ENSOGAG00000008165 ENSOGAG00000008163 ATG10 (ENSOGAG00000008161) SSBP2 (ENSOGAG00000002548) ACOT12 (ENSOGAG00000002545) ENSOGAG00000002543 CKMT2 (ENSOGAG00000002541) RASGRF2 (ENSOGAG00000002537) MSH3 (ENSOGAG00000011410) Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 126 UBAP1L (ENSOGAG00000026705) PDCD7 (ENSOGAG00000028484) CLPX (ENSOGAG00000013626) CILP (ENSOGAG00000033324) PARP16 (ENSOGAG00000013641) ENSOGAG00000027481 IGDCC3 (ENSOGAG00000013646) IGDCC4 (ENSOGAG00000034827) DPP8 (ENSOGAG00000013651) HACD3 (ENSOGAG00000013661) INTS14 (ENSOGAG00000013667) SLC24A1 (ENSOGAG00000013674) DENND4A (ENSOGAG00000013678) RAB11A (ENSOGAG00000007642) MEGF11 (ENSOGAG00000007644) ENSOGAG00000034665 ##22 DIS3L (ENSOGAG00000024086) ENSOGAG00000028488 MAP2K1 (ENSOGAG00000015876) SNAPC5 (ENSOGAG00000015881) ENSOGAG00000015884 ZWILCH (ENSOGAG00000015886) LCTL (ENSOGAG00000015893) SMAD6 (ENSOGAG00000015387) ENSOGAG00000034467 ENSOGAG00000029245 SMAD3 (ENSOGAG00000014217) AAGAB (ENSOGAG00000014219) IQCH (ENSOGAG00000014224) ENSOGAG00000028206 C15orf61 (ENSOGAG00000027440) Bushbaby MODERN SPECIES 126 REC114 (ENSOGAG00000001896) HCN4 (ENSOGAG00000027137) NEO1 (ENSOGAG00000001958) ADPGK (ENSOGAG00000001956) BBS4 (ENSOGAG00000001950) ARIH1 (ENSOGAG00000012095) HEXA (ENSOGAG00000007361) CELF6 (ENSOGAG00000031801) PARP6 (ENSOGAG00000008939) PKM (ENSOGAG00000008934) GRAMD2A (ENSOGAG00000008931) SENP8 (ENSOGAG00000024793) MYO9A (ENSOGAG00000006133) NR2E3 (ENSOGAG00000006128) THSD4 (ENSOGAG00000033910) ENSOGAG00000031017 ##22 LRRC49 (ENSOGAG00000000523) LARP6 (ENSOGAG00000000522) UACA (ENSOGAG00000006940) TLE3 (ENSOGAG00000004789) RPLP1 (ENSOGAG00000029641) KIF23 (ENSOGAG00000034448) PAQR5 (ENSOGAG00000012036) GLCE (ENSOGAG00000029673) ENSOGAG00000003058 CORO2B (ENSOGAG00000026008) ITGA11 (ENSOGAG00000014144) FEM1B (ENSOGAG00000014143) CLN6 (ENSOGAG00000014142) CALML4 (ENSOGAG00000014140) PIAS1 (ENSOGAG00000014134) Bushbaby MODERN SPECIES 272 ENSOGAG00000025161 NAP1L3 (ENSOGAG00000025630) ENSOGAG00000000324 ENSOGAG00000031690 ENSOGAG00000024995 ENSOGAG00000031095 ENSOGAG00000026741 ##22 DIAPH2 (ENSOGAG00000013639) ENSOGAG00000032949 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Glires DUPLICATION Glires DUPLICATION Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 14 Duxbl1 (ENSMOCG00000009549) Tmem254 (ENSMOCG00000008162) Plac9 (ENSMOCG00000022874) Anxa11 (ENSMOCG00000022761) Zcchc24 (ENSMOCG00000022142) Ppif (ENSMOCG00000018006) Zmiz1 (ENSMOCG00000020382) Rps24 (ENSMOCG00000018968) Polr3a (ENSMOCG00000012185) Slmap (ENSMOCG00000022562) Dennd6a (ENSMOCG00000007569) ENSMOCG00000001505 Pde12 (ENSMOCG00000020734) ENSMOCG00000013173 ENSMOCG00000010627 ENSMOCG00000005104 ##22 ENSMOCG00000021714 Asb14 (ENSMOCG00000005229) Appl1 (ENSMOCG00000020080) ENSMOCG00000013571 Il17rd (ENSMOCG00000012945) ENSMOCG00000021783 Arhgef3 (ENSMOCG00000012890) Tasor (ENSMOCG00000008303) Ccdc66 (ENSMOCG00000021352) Erc2 (ENSMOCG00000022991) Wnt5a (ENSMOCG00000021601) Galnt15 (ENSMOCG00000006311) ENSMOCG00000020826 Ankrd28 (ENSMOCG00000019440) Btd (ENSMOCG00000007806) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 4 ENSHGLG00000049626 KAT6B (ENSHGLG00000016932) ADK (ENSHGLG00000016921) AP3M1 (ENSHGLG00000016902) VCL (ENSHGLG00000016883) PLAU (ENSHGLG00000018090) CAMK2G (ENSHGLG00000018079) NDST2 (ENSHGLG00000018051) ZSWIM8 (ENSHGLG00000014670) CHCHD1 (ENSHGLG00000037728) FUT11 (ENSHGLG00000014614) ENSHGLG00000014584 ENSHGLG00000042155 SYNPO2L (ENSHGLG00000036525) MYOZ1 (ENSHGLG00000014747) ENSHGLG00000041485 ##22 ENSHGLG00000049336 USP54 (ENSHGLG00000017101) PPP3CB (ENSHGLG00000017090) MSS51 (ENSHGLG00000035480) ENSHGLG00000018045 CFAP70 (ENSHGLG00000013200) MRPS16 (ENSHGLG00000049739) DNAJC9 (ENSHGLG00000012672) FAM149B1 (ENSHGLG00000012456) ECD (ENSHGLG00000012289) NUDT13 (ENSHGLG00000049514) P4HA1 (ENSHGLG00000011764) PLA2G12B (ENSHGLG00000048139) OIT3 (ENSHGLG00000011087) ENSHGLG00000048846 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 PDCD10 (ENSOCUG00000015413) WDR49 (ENSOCUG00000009788) SERPINI2 (ENSOCUG00000009783) ZBBX (ENSOCUG00000016778) ENSOCUG00000028097 BCHE (ENSOCUG00000008068) SLITRK3 (ENSOCUG00000003087) SI (ENSOCUG00000003878) ENSOCUG00000027574 #13 ENSOCUG00000032782 ENSOCUG00000037303 OTOL1 (ENSOCUG00000027063) ENSOCUG00000021142 SPTSSB (ENSOCUG00000024536) NMD3 (ENSOCUG00000017454) ENSOCUG00000022150 ##22 ENSOCUG00000031531 ENSOCUG00000031137 PPM1L (ENSOCUG00000001173) ENSOCUG00000011861 ARL14 (ENSOCUG00000021985) KPNA4 (ENSOCUG00000001818) TRIM59 (ENSOCUG00000031294) SMC4 (ENSOCUG00000014835) IFT80 (ENSOCUG00000014825) ENSOCUG00000033720 ENSOCUG00000031459 IL12A (ENSOCUG00000010149) ENSOCUG00000011278 IQCJ (ENSOCUG00000022809) ENSOCUG00000023648 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 354 ENSMOCG00000022782 A630001G21Rik (ENSMOCG00000017114) ENSMOCG00000011941 Itm2c (ENSMOCG00000017316) Gpr55 (ENSMOCG00000007252) ENSMOCG00000011715 2810459M11Rik (ENSMOCG00000001808) Htr2b (ENSMOCG00000013792) Psmd1 (ENSMOCG00000005390) Armc9 (ENSMOCG00000002866) B3gnt7 (ENSMOCG00000020115) ENSMOCG00000016972 Nmur1 (ENSMOCG00000004878) Tex44 (ENSMOCG00000011907) ENSMOCG00000008697 ENSMOCG00000009470 ##22 Pde6d (ENSMOCG00000003337) Cops7b (ENSMOCG00000022426) Nppc (ENSMOCG00000012312) Dis3l2 (ENSMOCG00000017509) ENSMOCG00000018510 ENSMOCG00000004592 Alppl2 (ENSMOCG00000022976) Alpi (ENSMOCG00000011249) Akp3 (ENSMOCG00000012632) Ecel1 (ENSMOCG00000008186) Prss56 (ENSMOCG00000011758) Chrnd (ENSMOCG00000000799) Chrng (ENSMOCG00000018754) Eif4e2 (ENSMOCG00000008758) Efhd1 (ENSMOCG00000022970) Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 18 ENSOCUG00000031308 ENSOCUG00000037486 ENSOCUG00000031511 FN1 (ENSOCUG00000010104) ATIC (ENSOCUG00000001121) ABCA12 (ENSOCUG00000017926) BARD1 (ENSOCUG00000001552) VWC2L (ENSOCUG00000014302) ENSOCUG00000032906 SPAG16 (ENSOCUG00000014285) ENSOCUG00000037270 IKZF2 (ENSOCUG00000007309) ENSOCUG00000034291 ENSOCUG00000036328 ERBB4 (ENSOCUG00000009790) ENSOCUG00000021317 ##22 ENSOCUG00000034876 CPS1 (ENSOCUG00000017716) LANCL1 (ENSOCUG00000017711) MYL1 (ENSOCUG00000014182) KANSL1L (ENSOCUG00000017001) ENSOCUG00000016995 UNC80 (ENSOCUG00000016966) MAP2 (ENSOCUG00000005163) ENSOCUG00000010967 ENSOCUG00000037560 PIKFYVE (ENSOCUG00000002676) IDH1 (ENSOCUG00000002671) ENSOCUG00000034990 C2orf80 (ENSOCUG00000010976) CRYGA (ENSOCUG00000010973) Rabbit MODERN SPECIES 3 MRPL2 (ENSOCUG00000001586) CUL7 (ENSOCUG00000001578) RRP36 (ENSOCUG00000001568) KLHDC3 (ENSOCUG00000038167) MEA1 (ENSOCUG00000001565) PPP2R5D (ENSOCUG00000001560) PEX6 (ENSOCUG00000003860) GNMT (ENSOCUG00000003858) ENSOCUG00000003850 CNPY3 (ENSOCUG00000027862) ENSOCUG00000003844 BICRAL (ENSOCUG00000013438) ENSOCUG00000017964 ENSOCUG00000022401 PRPH2 (ENSOCUG00000017963) ENSOCUG00000027455 ##22 UBR2 (ENSOCUG00000017960) TRERF1 (ENSOCUG00000016703) MRPS10 (ENSOCUG00000016697) ENSOCUG00000038254 GUCA1B (ENSOCUG00000024944) GUCA1A (ENSOCUG00000016325) ENSOCUG00000025813 C6orf132 (ENSOCUG00000023491) TAF8 (ENSOCUG00000009876) CCND3 (ENSOCUG00000017573) ENSOCUG00000017567 MED20 (ENSOCUG00000017562) USP49 (ENSOCUG00000021251) TOMM6 (ENSOCUG00000022642) PRICKLE4 (ENSOCUG00000000509) Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat DUPLICATION Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1365 Tcerg1l (ENSNGAG00000013263) ENSNGAG00000000688 ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 565 Dmac1 (ENSNGAG00000021994) ENSNGAG00000013160 ENSNGAG00000011663 Cga (ENSNGAG00000022306) ENSNGAG00000009799 Lancl2 (ENSNGAG00000023153) Vopp1 (ENSNGAG00000007682) Nt5c3 (ENSNGAG00000003148) Fkbp9 (ENSNGAG00000018799) Kbtbd2 (ENSNGAG00000005350) ENSNGAG00000018445 ##22 Avl9 (ENSNGAG00000001626) ENSNGAG00000024142 ENSNGAG00000010136 Pde1c (ENSNGAG00000012440) Ppp1r17 (ENSNGAG00000024049) Itprid1 (ENSNGAG00000015927) Neurod6 (ENSNGAG00000002285) Adcyap1r1 (ENSNGAG00000019071) Ghrhr (ENSNGAG00000018741) Aqp1 (ENSNGAG00000003825) Mindy4 (ENSNGAG00000014680) Inmt (ENSNGAG00000023808) Crhr2 (ENSNGAG00000019386) Gars (ENSNGAG00000021844) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Squirrel MODERN SPECIES 120 PTER (ENSSTOG00000021437) C1QL3 (ENSSTOG00000027778) RSU1 (ENSSTOG00000022646) CUBN (ENSSTOG00000029820) VIM (ENSSTOG00000022289) ST8SIA6 (ENSSTOG00000013711) ENSSTOG00000034590 ##22 HACD1 (ENSSTOG00000020424) ENSSTOG00000020280 STAM (ENSSTOG00000021902) TMEM236 (ENSSTOG00000000192) MRC1 (ENSSTOG00000005205) SLC39A12 (ENSSTOG00000014809) CACNB2 (ENSSTOG00000004300) NSUN6 (ENSSTOG00000004317) ARL5B (ENSSTOG00000027859) MALRD1 (ENSSTOG00000034625) PLXDC2 (ENSSTOG00000005048) NEBL (ENSSTOG00000020521) SKIDA1 (ENSSTOG00000005865) MLLT10 (ENSSTOG00000016486) DNAJC1 (ENSSTOG00000002303) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1030 ENSNGAG00000009737 ##22 Atrn (ENSNGAG00000007431) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 625 Tox (ENSMAUG00000013035) ENSMAUG00000004276 Car8 (ENSMAUG00000016169) Rab2a (ENSMAUG00000017792) Chd7 (ENSMAUG00000001000) ENSMAUG00000016971 ENSMAUG00000018452 ENSMAUG00000021459 Dnajc5b (ENSMAUG00000014916) Trim55 (ENSMAUG00000012080) Crh (ENSMAUG00000016669) Rrs1 (ENSMAUG00000005392) Adhfe1 (ENSMAUG00000003980) Vxn (ENSMAUG00000012319) Mybl1 (ENSMAUG00000021844) ENSMAUG00000004121 ##22 Vcpip1 (ENSMAUG00000014309) Sgk3 (ENSMAUG00000017645) Mcmdc2 (ENSMAUG00000003912) Tcf24 (ENSMAUG00000011340) Ppp1r42 (ENSMAUG00000003029) Cops5 (ENSMAUG00000013804) Cspp1 (ENSMAUG00000019563) Arfgef1 (ENSMAUG00000013831) Cpa6 (ENSMAUG00000016804) ENSMAUG00000000680 ENSMAUG00000014752 A830018L16Rik (ENSMAUG00000000941) Sulf1 (ENSMAUG00000010916) Slco5a1 (ENSMAUG00000000380) Prdm14 (ENSMAUG00000003944) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 10 ZBTB7B (ENSCPOG00000019491) LENEP (ENSCPOG00000005114) FLAD1 (ENSCPOG00000036462) CKS1B (ENSCPOG00000038831) SHC1 (ENSCPOG00000024934) PYGO2 (ENSCPOG00000038298) PBXIP1 (ENSCPOG00000005112) PMVK (ENSCPOG00000006036) KCNN3 (ENSCPOG00000015718) ENSCPOG00000020156 ADAR (ENSCPOG00000005463) ENSCPOG00000013155 UBE2Q1 (ENSCPOG00000001472) SHE (ENSCPOG00000001163) IL6R (ENSCPOG00000033327) ENSCPOG00000037176 ##22 ATP8B2 (ENSCPOG00000014022) AQP10 (ENSCPOG00000039313) HAX1 (ENSCPOG00000007307) ENSCPOG00000021439 C1orf43 (ENSCPOG00000006131) CFAP141 (ENSCPOG00000039253) TPM3 (ENSCPOG00000032186) ENSCPOG00000007264 ENSCPOG00000024660 RAB13 (ENSCPOG00000011491) JTB (ENSCPOG00000012906) CREB3L4 (ENSCPOG00000034503) SLC39A1 (ENSCPOG00000039162) CRTC2 (ENSCPOG00000012884) DENND4B (ENSCPOG00000012910) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 186 ENSCLAG00000005074 GARIN1A (ENSCLAG00000005230) GARIN1B (ENSCLAG00000005300) CALU (ENSCLAG00000005800) OPN1SW (ENSCLAG00000006304) ENSCLAG00000006490 FLNC (ENSCLAG00000004512) ATP6V1F (ENSCLAG00000007944) ATP6V1FNB (ENSCLAG00000008131) KCP (ENSCLAG00000008238) IRF5 (ENSCLAG00000010292) TNPO3 (ENSCLAG00000016298) TSPAN33 (ENSCLAG00000015056) SMO (ENSCLAG00000012672) AHCYL2 (ENSCLAG00000010097) ENSCLAG00000005979 ##22 STRIP2 (ENSCLAG00000006452) NRF1 (ENSCLAG00000011653) UBE2H (ENSCLAG00000014785) ENSCLAG00000014939 ZC3HC1 (ENSCLAG00000008260) KLHDC10 (ENSCLAG00000008109) TMEM209 (ENSCLAG00000009413) SSMEM1 (ENSCLAG00000008476) CPA2 (ENSCLAG00000008527) CPA4 (ENSCLAG00000008944) CPA5 (ENSCLAG00000006107) CPA1 (ENSCLAG00000006324) CEP41 (ENSCLAG00000006602) MEST (ENSCLAG00000007263) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 121 ENSCLAG00000013392 GPR83 (ENSCLAG00000013629) ENSCLAG00000013252 IZUMO1R (ENSCLAG00000015110) PANX1 (ENSCLAG00000014612) HEPHL1 (ENSCLAG00000015721) VSTM5 (ENSCLAG00000016423) MED17 (ENSCLAG00000017202) C11orf54 (ENSCLAG00000017272) TAF1D (ENSCLAG00000014698) CEP295 (ENSCLAG00000014683) SMCO4 (ENSCLAG00000011932) DEUP1 (ENSCLAG00000013832) SLC36A4 (ENSCLAG00000015872) MTNR1B (ENSCLAG00000012055) ENSCLAG00000012677 ##22 FAT3 (ENSCLAG00000013669) ENSCLAG00000014963 NAALAD2 (ENSCLAG00000012474) FOLH1 (ENSCLAG00000014594) NOX4 (ENSCLAG00000014011) ENSCLAG00000013267 TYR (ENSCLAG00000016284) ENSCLAG00000014570 CTSC (ENSCLAG00000015662) RAB38 (ENSCLAG00000013006) TMEM135 (ENSCLAG00000012648) FZD4 (ENSCLAG00000013230) PRSS23 (ENSCLAG00000014382) ME3 (ENSCLAG00000014004) CCDC81 (ENSCLAG00000015703) Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 15 SLC8B1 (ENSHGLG00000013801) TPCN1 (ENSHGLG00000012159) IQCD (ENSHGLG00000015686) RITA1 (ENSHGLG00000011650) DDX54 (ENSHGLG00000014411) CFAP73 (ENSHGLG00000010195) RASAL1 (ENSHGLG00000013250) DTX1 (ENSHGLG00000035722) OAS2 (ENSHGLG00000016098) OAS1 (ENSHGLG00000016286) RPH3A (ENSHGLG00000015781) PTPN11 (ENSHGLG00000015906) ENSHGLG00000006501 HECTD4 (ENSHGLG00000010436) TRAFD1 (ENSHGLG00000016262) ENSHGLG00000016323 ##22 NAA25 (ENSHGLG00000017392) ERP29 (ENSHGLG00000014371) ENSHGLG00000048719 TMEM116 (ENSHGLG00000049039) MAPKAPK5 (ENSHGLG00000010883) ENSHGLG00000038988 ALDH2 (ENSHGLG00000010830) ACAD10 (ENSHGLG00000012632) BRAP (ENSHGLG00000011992) ATXN2 (ENSHGLG00000009812) SH2B3 (ENSHGLG00000036930) ENSHGLG00000035967 CUX2 (ENSHGLG00000010529) MYL2 (ENSHGLG00000033685) CCDC63 (ENSHGLG00000007761) Naked mole-rat female MODERN SPECIES HEBP2 (ENSHGLG00000015440) ENSHGLG00000017917 ARFGEF3 (ENSHGLG00000015503) ENSHGLG00000034232 PERP (ENSHGLG00000017932) ENSHGLG00000037648 ENSHGLG00000005679 OLIG3 (ENSHGLG00000020086) ENSHGLG00000047576 IL22RA2 (ENSHGLG00000001748) ENSHGLG00000036039 IL20RA (ENSHGLG00000002408) ENSHGLG00000038313 SLC35D3 (ENSHGLG00000000195) PEX7 (ENSHGLG00000000229) ENSHGLG00000035518 ##22 MAP3K5 (ENSHGLG00000000842) MAP7 (ENSHGLG00000000995) BCLAF1 (ENSHGLG00000001879) ENSHGLG00000000549 PDE7B (ENSHGLG00000048791) ENSHGLG00000002954 AHI1 (ENSHGLG00000003261) MYB (ENSHGLG00000000878) HBS1L (ENSHGLG00000000516) ALDH8A1 (ENSHGLG00000000876) SGK1 (ENSHGLG00000000909) ENSHGLG00000019010 SLC2A12 (ENSHGLG00000000953) ENSHGLG00000046831 TCF21 (ENSHGLG00000035092) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 321 Actr10 (ENSDORG00000008332) ENSDORG00000002167 Arid4a (ENSDORG00000002170) Timm9 (ENSDORG00000028490) ENSDORG00000024020 ##22 Daam1 (ENSDORG00000009794) Gpr135 (ENSDORG00000023535) L3hypdh (ENSDORG00000004259) ENSDORG00000004260 ENSDORG00000024605 Rtn1 (ENSDORG00000008249) Lrrc9 (ENSDORG00000005872) Pcnx4 (ENSDORG00000004066) Ppm1a (ENSDORG00000007776) ENSDORG00000026413 Six6 (ENSDORG00000007182) Six1 (ENSDORG00000013889) Six4 (ENSDORG00000023692) Mnat1 (ENSDORG00000015553) Trmt5 (ENSDORG00000015555) Kangaroo rat MODERN SPECIES 374 ENSDORG00000025076 ##22 Gbgt1 (ENSDORG00000011384) Ralgds (ENSDORG00000011383) Cel (ENSDORG00000011382) Gtf3c5 (ENSDORG00000011381) Gfi1b (ENSDORG00000000342) Tsc1 (ENSDORG00000012262) Spaca9 (ENSDORG00000012261) Ak8 (ENSDORG00000014202) Gtf3c4 (ENSDORG00000005077) Ddx31 (ENSDORG00000005071) ENSDORG00000025192 Cfap77 (ENSDORG00000008723) ENSDORG00000030223 Ntng2 (ENSDORG00000015371) Med27 (ENSDORG00000014279) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 71 Atp6v1g3 (ENSJJAG00000023533) ENSJJAG00000013420 Lhx9 (ENSJJAG00000000956) Dennd1b (ENSJJAG00000016854) Crb1 (ENSJJAG00000017453) Zbtb41 (ENSJJAG00000004740) ENSJJAG00000013326 F13b (ENSJJAG00000023721) ENSJJAG00000016992 Kcnt2 (ENSJJAG00000010822) ENSJJAG00000012019 B3galt2 (ENSJJAG00000010288) Cdc73 (ENSJJAG00000018799) Ro60 (ENSJJAG00000019489) Uchl5 (ENSJJAG00000018557) ENSJJAG00000003146 ##22 Rgs2 (ENSJJAG00000018402) Rgs1 (ENSJJAG00000022429) Rgs21 (ENSJJAG00000010689) ENSJJAG00000011654 Brinp3 (ENSJJAG00000014785) ENSJJAG00000014532 ENSJJAG00000016686 ENSJJAG00000003042 ENSJJAG00000013538 Pla2g4a (ENSJJAG00000023490) Ptgs2 (ENSJJAG00000009663) Pdc (ENSJJAG00000017261) Odr4 (ENSJJAG00000006358) ENSJJAG00000018435 ENSJJAG00000018090 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1409 Trpc4ap (ENSNGAG00000019616) Myh7b (ENSNGAG00000022693) Gss (ENSNGAG00000003898) Acss2 (ENSNGAG00000019593) Ggt7 (ENSNGAG00000020960) ENSNGAG00000001854 ENSNGAG00000022992 ##22 ENSNGAG00000007923 Trp53inp2 (ENSNGAG00000018941) Pigu (ENSNGAG00000002924) Map1lc3a (ENSNGAG00000019254) Dynlrb1 (ENSNGAG00000014248) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Rat MODERN SPECIES 11 Nln (ENSRNOG00000011561) Sgtb (ENSRNOG00000011937) Trappc13 (ENSRNOG00000012124) Shld3 (ENSRNOG00000066555) Trim23 (ENSRNOG00000012354) Ppwd1 (ENSRNOG00000012505) Cenpk (ENSRNOG00000039740) Adamts6 (ENSRNOG00000012655) ENSRNOG00000069632 Cwc27 (ENSRNOG00000013252) Srek1ip1-ps1 (ENSRNOG00000047506) Shisal2b (ENSRNOG00000013372) Rgs7bp (ENSRNOG00000013389) Rnf180 (ENSRNOG00000043329) Htr1a (ENSRNOG00000010254) LOC499522 (ENSRNOG00000064230) ##22 ENSRNOG00000062438 Lrrc70 (ENSRNOG00000064627) ENSRNOG00000062326 Dimt1 (ENSRNOG00000013596) Kif2a (ENSRNOG00000014000) RGD1564606 (ENSRNOG00000029670) Zswim6 (ENSRNOG00000014528) Smim15 (ENSRNOG00000031995) Ndufaf2 (ENSRNOG00000055079) Ercc8 (ENSRNOG00000009968) Elovl7 (ENSRNOG00000010450) Depdc1b (ENSRNOG00000010701) Pde4d (ENSRNOG00000042536) AABR07008066.2 (ENSRNOG00000047236) Rab3c (ENSRNOG00000011623) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00510000047648.c ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 ENSGT00390000006029 ENSGT00550000074846 ENSGT00940000158788 ENSGT00390000007354 ENSGT01080000257333.E.o.a ENSGT00390000018729.a.a ENSGT00390000018729.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 ENSGT00940000158784 ENSGT00950000183211.a.b ENSGT01100000265037 ENSGT00530000063631.a ENSGT00390000011362 ENSGT00390000010779.a.a ENSGT00940000164242.b ENSGT00550000076117 ENSGT00390000002381.a ENSGT00940000160858 ENSGT00390000015641 ENSGT00940000157616 ENSGT00940000157071 ENSGT00940000159356.a.a ENSGT01050000244841.A.b.a.b.a.a Mouse MODERN SPECIES 9 Ier3ip1 (ENSMUSG00000090000) Hdhd2 (ENSMUSG00000025421) Katnal2 (ENSMUSG00000025420) Pias2 (ENSMUSG00000025423) St8sia5 (ENSMUSG00000025425) Loxhd1 (ENSMUSG00000032818) Rnf165 (ENSMUSG00000025427) 8030462N17Rik (ENSMUSG00000047466) Haus1 (ENSMUSG00000041840) Atp5a1 (ENSMUSG00000025428) Pstpip2 (ENSMUSG00000025429) Epg5 (ENSMUSG00000039840) Siglec15 (ENSMUSG00000091055) Slc14a1 (ENSMUSG00000059336) Slc14a2 (ENSMUSG00000024552) Gm6133 (ENSMUSG00000090451) ##22 Setbp1 (ENSMUSG00000024548) Pard6g (ENSMUSG00000056214) Adnp2 (ENSMUSG00000053950) Rbfa (ENSMUSG00000024570) Naa12 (ENSMUSG00000024571) Txnl4a (ENSMUSG00000057130) Hsbp1l1 (ENSMUSG00000078963) Slc66a2 (ENSMUSG00000034006) Kcng2 (ENSMUSG00000059852) Ctdp1 (ENSMUSG00000033323) Nfatc1 (ENSMUSG00000033016) Atp9b (ENSMUSG00000024566) Sall3 (ENSMUSG00000024565) Galr1 (ENSMUSG00000024553) Mbp (ENSMUSG00000041607) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00510000047648.c ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 ENSGT00390000006029 ENSGT00550000074846 ENSGT00940000158788 ENSGT00390000007354 ENSGT01080000257333.E.o.a ENSGT00390000018729.a.a ENSGT00390000018729.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 ENSGT00940000158784 ENSGT00950000183211.a.b ENSGT01100000265037 ENSGT00530000063631.a ENSGT00390000011362 ENSGT00390000010779.a.a ENSGT00940000164242.b ENSGT00550000076117 ENSGT00390000002381.a ENSGT00940000160858 ENSGT00390000015641 ENSGT00940000157616 ENSGT00940000157071 ENSGT00940000159356.a.a ENSGT01050000244841.A.b.a.b.a.a spretus MODERN SPECIES 9 MGP_SPRETEiJ_G0023325 Hdhd2 (MGP_SPRETEiJ_G0023326) Katnal2 (MGP_SPRETEiJ_G0023327) Pias2 (MGP_SPRETEiJ_G0023328) MGP_SPRETEiJ_G0023329 St8sia5 (MGP_SPRETEiJ_G0023330) Loxhd1 (MGP_SPRETEiJ_G0023331) 8030462N17Rik (MGP_SPRETEiJ_G0023333) Haus1 (MGP_SPRETEiJ_G0023334) Atp5a1 (MGP_SPRETEiJ_G0023335) Pstpip2 (MGP_SPRETEiJ_G0023336) Epg5 (MGP_SPRETEiJ_G0023337) Siglec15 (MGP_SPRETEiJ_G0023338) Slc14a1 (MGP_SPRETEiJ_G0023339) Slc14a2 (MGP_SPRETEiJ_G0023340) MGP_SPRETEiJ_G0023341 ##22 Setbp1 (MGP_SPRETEiJ_G0023342) Eola1 (MGP_SPRETEiJ_G0023343) MGP_SPRETEiJ_G0023344 Pard6g (MGP_SPRETEiJ_G0023345) MGP_SPRETEiJ_G0023346 Adnp2 (MGP_SPRETEiJ_G0023347) Rbfa (MGP_SPRETEiJ_G0023348) Naa12 (MGP_SPRETEiJ_G0023349) Txnl4a (MGP_SPRETEiJ_G0023350) Hsbp1l1 (MGP_SPRETEiJ_G0023351) Slc66a2 (MGP_SPRETEiJ_G0023352) Kcng2 (MGP_SPRETEiJ_G0023353) Ctdp1 (MGP_SPRETEiJ_G0023354) Nfatc1 (MGP_SPRETEiJ_G0023355) Atp9b (MGP_SPRETEiJ_G0023356) Steppe mouse MODERN SPECIES 2968 Pard6b (ENSMSIG00000031403) Ripor3 (ENSMSIG00000031399) Ptpn1 (ENSMSIG00000031396) ENSMSIG00000031393 ENSMSIG00000031391 Ube2v1 (ENSMSIG00000031383) Snai1 (ENSMSIG00000031381) ENSMSIG00000031380 ENSMSIG00000031378 Rnf114 (ENSMSIG00000031377) ENSMSIG00000031374 Slc9a8 (ENSMSIG00000031352) B4galt5 (ENSMSIG00000031348) Ptgis (ENSMSIG00000031341) Kcnb1 (ENSMSIG00000031340) ENSMSIG00000031338 ##22 ENSMSIG00000031334 Znfx1 (ENSMSIG00000031330) Ddx27 (ENSMSIG00000031324) Stau1 (ENSMSIG00000031320) Cse1l (ENSMSIG00000031308) Arfgef2 (ENSMSIG00000031303) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 188 Slc39a13 (ENSCGRG00001003447) Spi1 (ENSCGRG00001009684) Mybpc3 (ENSCGRG00001006702) Madd (ENSCGRG00001024681) Nr1h3 (ENSCGRG00001022656) Acp2 (ENSCGRG00001022138) Ddb2 (ENSCGRG00001012939) Pacsin3 (ENSCGRG00001011840) Arfgap2 (ENSCGRG00001010700) Cstpp1 (ENSCGRG00001020042) Lrp4 (ENSCGRG00001018783) Ckap5 (ENSCGRG00001013368) F2 (ENSCGRG00001023426) Zfp408 (ENSCGRG00001023588) Arhgap1 (ENSCGRG00001023260) ENSCGRG00001022859 ##22 Atg13 (ENSCGRG00001022112) Harbi1 (ENSCGRG00001021313) Ambra1 (ENSCGRG00001020313) Chrm4 (ENSCGRG00001012019) Mdk (ENSCGRG00001022566) ENSCGRG00001011874 Dgkz (ENSCGRG00001021082) Creb3l1 (ENSCGRG00001011598) Phf21a (ENSCGRG00001007974) Large2 (ENSCGRG00001001247) Pex16 (ENSCGRG00001024899) Frey1 (ENSCGRG00001017596) Mapk8ip1 (ENSCGRG00001016399) Cry2 (ENSCGRG00001020400) Slc35c1 (ENSCGRG00001019726) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 285 Itgb1 (ENSCGRG00001011947) Nrp1 (ENSCGRG00001011493) Pard3 (ENSCGRG00001012331) Rbm34 (ENSCGRG00001018721) ENSCGRG00001004758 Irf2bp2 (ENSCGRG00001002471) Coa6 (ENSCGRG00001000203) Tarbp1 (ENSCGRG00001016690) Slc35f3 (ENSCGRG00001010139) Kcnk1 (ENSCGRG00001008192) Map3k21 (ENSCGRG00001000308) Pcnx2 (ENSCGRG00001021346) Ntpcr (ENSCGRG00001004980) Map10 (ENSCGRG00001014469) Sipa1l2 (ENSCGRG00001023394) ENSCGRG00001020535 ##22 ENSCGRG00001020276 Disc1 (ENSCGRG00001022006) Tsnax (ENSCGRG00001011132) Egln1 (ENSCGRG00001009766) Sprtn (ENSCGRG00001007490) Exoc8 (ENSCGRG00001015839) Gnpat (ENSCGRG00001023551) 2810004N23Rik (ENSCGRG00001023052) Trim67 (ENSCGRG00001019880) Fam89a (ENSCGRG00001018050) Arv1 (ENSCGRG00001017960) Ttc13 (ENSCGRG00001008501) 2310022B05Rik (ENSCGRG00001017375) ENSCGRG00001013431 Capn9 (ENSCGRG00001019055) Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 627 ENSMAUG00000010232 #34 ENSMAUG00000008989 #34 ENSMAUG00000010453 #34 ENSMAUG00000010119 #34 Or3a10 (ENSMAUG00000010222) ENSMAUG00000021086 Or3a1d (ENSMAUG00000008261) Rap1gap2 (ENSMAUG00000018368) Ccdc92b (ENSMAUG00000016987) Cluh (ENSMAUG00000021358) Pafah1b1 (ENSMAUG00000000928) Mettl16 (ENSMAUG00000014992) Mnt (ENSMAUG00000014644) Sgsm2 (ENSMAUG00000017273) ENSMAUG00000010706 ENSMAUG00000014862 ##22 Srr (ENSMAUG00000017135) ENSMAUG00000017203 Hic1 (ENSMAUG00000019881) Dph1 (ENSMAUG00000018315) Rtn4rl1 (ENSMAUG00000012849) Rpa1 (ENSMAUG00000010474) Smyd4 (ENSMAUG00000018960) Serpinf1 (ENSMAUG00000013027) Serpinf2 (ENSMAUG00000010228) Wdr81 (ENSMAUG00000001591) ENSMAUG00000020826 ENSMAUG00000014365 Scarf1 (ENSMAUG00000012062) Slc43a2 (ENSMAUG00000008412) Pitpna (ENSMAUG00000018989) Golden Hamster MODERN SPECIES 655 Vgll2 (ENSMAUG00000019922) Ros1 (ENSMAUG00000016942) Dcbld1 (ENSMAUG00000010738) Gopc (ENSMAUG00000007546) Nepn (ENSMAUG00000018286) Nus1 (ENSMAUG00000019803) Slc35f1 (ENSMAUG00000011113) Cep85l (ENSMAUG00000015193) Pln (ENSMAUG00000007750) ENSMAUG00000012325 Mcm9 (ENSMAUG00000015317) Asf1a (ENSMAUG00000014310) ENSMAUG00000016420 ENSMAUG00000021290 Man1a (ENSMAUG00000005709) ENSMAUG00000008410 ##22 Tbc1d32 (ENSMAUG00000010218) ENSMAUG00000008105 Gja1 (ENSMAUG00000006558) Hsf2 (ENSMAUG00000011405) Serinc1 (ENSMAUG00000013116) Fabp7 (ENSMAUG00000020171) Smpdl3a (ENSMAUG00000013580) ENSMAUG00000020333 Ing1 (ENSMAUG00000021473) Ankrd10 (ENSMAUG00000008891) Arhgef7 (ENSMAUG00000017686) Sox1 (ENSMAUG00000007129) ENSMAUG00000003554 Tubgcp3 (ENSMAUG00000020305) Atp11a (ENSMAUG00000008557) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 8896 SPARC (ENSETEG00000002555) ENSETEG00000002553 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 11022 ENSETEG00000015248 ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 3010 TACR3 (ENSDNOG00000009236) ENSDNOG00000042737 ENSDNOG00000042780 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 841 METTL15 (ENSDNOG00000000133) ENSDNOG00000049533 KCNA4 (ENSDNOG00000034177) ENSDNOG00000040977 ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 486 GUCY1A2 (ENSVURG00010013911) AASDHPPT (ENSVURG00010013905) KBTBD3 (ENSVURG00010013900) MSANTD4 (ENSVURG00010013897) GRIA4 (ENSVURG00010013871) ENSVURG00010013863 ENSVURG00010013860 ENSVURG00010013859 ENSVURG00010013851 ENSVURG00010013843 ENSVURG00010013838 ENSVURG00010013832 ENSVURG00010013829 ENSVURG00010013823 ENSVURG00010013820 ENSVURG00010013816 ##22 PDGFD (ENSVURG00010013466) DYNC2H1 (ENSVURG00010013327) DCUN1D5 (ENSVURG00010013299) MMP13 (ENSVURG00010013285) ENSVURG00010013278 MMP3 (ENSVURG00010013258) MMP1 (ENSVURG00010013247) MMP8 (ENSVURG00010013224) MMP27 (ENSVURG00010013217) ENSVURG00010013210 MMP20 (ENSVURG00010013183) ENSVURG00010013167 ENSVURG00010013157 ENSVURG00010013150 ENSVURG00010013133 koala MODERN SPECIES 17 DNAJC2 (ENSPCIG00000016503) PMPCB (ENSPCIG00000016502) NAPEPLD (ENSPCIG00000016501) ENSPCIG00000016500 LRRC17 (ENSPCIG00000016498) FAM185A (ENSPCIG00000016490) FGL2 (ENSPCIG00000016484) CCDC146 (ENSPCIG00000016458) GSAP (ENSPCIG00000016432) PTPN12 (ENSPCIG00000002493) RSBN1L (ENSPCIG00000006252) TMEM60 (ENSPCIG00000031442) PHTF2 (ENSPCIG00000006255) MAGI2 (ENSPCIG00000006256) ENSPCIG00000023380 ENSPCIG00000003700 ##22 GNAI1 (ENSPCIG00000003709) GNAT3 (ENSPCIG00000003719) CD36 (ENSPCIG00000003728) SEMA3C (ENSPCIG00000003756) HGF (ENSPCIG00000016316) CACNA2D1 (ENSPCIG00000024569) ENSPCIG00000036455 ENSPCIG00000032720 Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 FUNDC1 (ENSSHAG00000021844) EFHC2 (ENSSHAG00000008161) NDP (ENSSHAG00000031625) MAOB (ENSSHAG00000004738) MAOA (ENSSHAG00000005829) ENSSHAG00000025933 ENSSHAG00000002228 GPR82 (ENSSHAG00000006459) GPR34 (ENSSHAG00000025728) NYX (ENSSHAG00000024777) ENSSHAG00000007623 ENSSHAG00000008762 MED14 (ENSSHAG00000003470) ENSSHAG00000031563 ATP6AP2 (ENSSHAG00000005689) ENSSHAG00000028827 ##22 BCOR (ENSSHAG00000010865) ENSSHAG00000022083 MID1IP1 (ENSSHAG00000031170) TSPAN7 (ENSSHAG00000012655) OTC (ENSSHAG00000013760) ENSSHAG00000026580 ENSSHAG00000000010 SRPX (ENSSHAG00000001996) SYTL5 (ENSSHAG00000005032) DYNLT3 (ENSSHAG00000024546) CYBB (ENSSHAG00000008469) XK (ENSSHAG00000028050) LANCL3 (ENSSHAG00000024649) PRRG1 (ENSSHAG00000021020) ENSSHAG00000012460 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 2285 ZPLD1 (ENSCABG00000004077) ENSCABG00000004075 ##22 NFKBIZ (ENSCABG00000004067) NXPE3 (ENSCABG00000003978) CEP97 (ENSCABG00000003963) RPL24 (ENSCABG00000003959) ZBTB11 (ENSCABG00000003955) PCNP (ENSCABG00000003951) TRMT10C (ENSCABG00000003948) TXNL4B (ENSCABG00000003946) ENSCABG00000003944 SENP7 (ENSCABG00000003925) IMPG2 (ENSCABG00000003899) Amniota ANCESTRAL SPECIES 406 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Tasmanian devil MODERN SPECIES ENSSHAG00000029668 DCC (ENSSHAG00000012360) ENSSHAG00000024378 MEX3C (ENSSHAG00000009408) SMAD4 (ENSSHAG00000010344) ELAC1 (ENSSHAG00000028282) ME2 (ENSSHAG00000014027) ENSSHAG00000008004 ENSSHAG00000013029 ENSSHAG00000010788 ENSSHAG00000026350 ENSSHAG00000010062 ENSSHAG00000003364 ACAA2 (ENSSHAG00000001241) LIPG (ENSSHAG00000004911) ENSSHAG00000003060 ##22 ENSSHAG00000030929 DYM (ENSSHAG00000001181) SMAD7 (ENSSHAG00000017444) CTIF (ENSSHAG00000027815) ZBTB7C (ENSSHAG00000024277) SMAD2 (ENSSHAG00000012837) ENSSHAG00000012107 SKOR2 (ENSSHAG00000025447) HDHD2 (ENSSHAG00000024217) KATNAL2 (ENSSHAG00000003042) PIAS2 (ENSSHAG00000005954) ST8SIA5 (ENSSHAG00000021657) ENSSHAG00000017868 RNF165 (ENSSHAG00000017805) C18orf25 (ENSSHAG00000017414) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Tenrec MODERN SPECIES 19074 ENSETEG00000006741 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Canidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182810.A.a.b.c.a ENSGT00950000182810.A.a.b.d ENSGT00390000003058.a ENSGT00390000000781 ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686 ENSGT00940000153393.A ENSGT00390000007046.b.a.b.db.a ENSGT00510000048187 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000159814 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182810.A.a.b.c.b ENSGT00950000182810.A.a.b.c.a ENSGT00390000003058.a ENSGT00390000000781 ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686 ENSGT00940000153393.A ENSGT00390000007046.b.a.b.db.a ENSGT00510000048187 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000159814 ENSGT00390000011654 ENSGT00940000159850 Dingo MODERN SPECIES 271 SPIRE1 (ENSCAFG00020023989) CEP76 (ENSCAFG00020024079) PSMG2 (ENSCAFG00020024127) PTPN2 (ENSCAFG00020024132) ENSCAFG00020024140 SEH1L (ENSCAFG00020024143) CEP192 (ENSCAFG00020024154) ENSCAFG00020024265 CXXC1 (ENSCAFG00020024267) MBD1 (ENSCAFG00020024272) CFAP53 (ENSCAFG00020024273) MYO5B (ENSCAFG00020024529) ACAA2 (ENSCAFG00020026465) ENSCAFG00020026466 LIPG (ENSCAFG00020026468) ENSCAFG00020026471 ##22 C18orf32 (ENSCAFG00020026474) DYM (ENSCAFG00020026475) SMAD7 (ENSCAFG00020026477) CTIF (ENSCAFG00020026482) ENSCAFG00020026484 ZBTB7C (ENSCAFG00020026486) SKA1 (ENSCAFG00020026487) MAPK4 (ENSCAFG00020026489) ENSCAFG00020026493 Dog MODERN SPECIES 35 ENSCAFG00845005053 PRELID3A (ENSCAFG00845005066) SPIRE1 (ENSCAFG00845005132) CEP76 (ENSCAFG00845005269) PSMG2 (ENSCAFG00845005310) PTPN2 (ENSCAFG00845005353) SEH1L (ENSCAFG00845005406) ENSCAFG00845005456 ENSCAFG00845005472 MBD1 (ENSCAFG00845005631) CFAP53 (ENSCAFG00845015787) MYO5B (ENSCAFG00845015859) ACAA2 (ENSCAFG00845016064) ENSCAFG00845016172 LIPG (ENSCAFG00845016243) RPL17 (ENSCAFG00845016396) ##22 C7H18orf32 (ENSCAFG00845016548) DYM (ENSCAFG00845016757) SMAD7 (ENSCAFG00845017036) CTIF (ENSCAFG00845017217) ENSCAFG00845017540 ZBTB7C (ENSCAFG00845017703) SKA1 (ENSCAFG00845017807) MAPK4 (ENSCAFG00845017990) ENSCAFG00845018103 ENSCAFG00845018122 Red fox MODERN SPECIES 55 PRELID3A (ENSVVUG00000013561) SPIRE1 (ENSVVUG00000013570) CEP76 (ENSVVUG00000013591) PSMG2 (ENSVVUG00000013601) PTPN2 (ENSVVUG00000013607) SEH1L (ENSVVUG00000013613) CEP192 (ENSVVUG00000013660) ENSVVUG00000014183 CXXC1 (ENSVVUG00000014195) ENSVVUG00000014264 MYO5B (ENSVVUG00000014286) ACAA2 (ENSVVUG00000014309) ENSVVUG00000014311 ENSVVUG00000014316 LIPG (ENSVVUG00000014320) ENSVVUG00000014327 ##22 CUNH18orf32 (ENSVVUG00000014335) DYM (ENSVVUG00000014342) SMAD7 (ENSVVUG00000014344) CTIF (ENSVVUG00000014347) ENSVVUG00000014363 ZBTB7C (ENSVVUG00000014375) ENSVVUG00000014382 MAPK4 (ENSVVUG00000014385) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 6 PRPF40A (ENSSSCG00000015867) ARL6IP6 (ENSSSCG00000015868) RPRM (ENSSSCG00000052231) ENSSSCG00000052332 GALNT13 (ENSSSCG00000022671) ENSSSCG00000054934 KCNJ3 (ENSSSCG00000036078) ENSSSCG00000061865 NR4A2 (ENSSSCG00000015871) GPD2 (ENSSSCG00000015872) GALNT5 (ENSSSCG00000026146) ERMN (ENSSSCG00000034503) CYTIP (ENSSSCG00000029753) ACVR1C (ENSSSCG00000015873) ACVR1 (ENSSSCG00000015874) ENSSSCG00000032755 ##22 UPP2 (ENSSSCG00000021938) ENSSSCG00000015876 PKP4 (ENSSSCG00000015878) DAPL1 (ENSSSCG00000015879) TANC1 (ENSSSCG00000015880) WDSUB1 (ENSSSCG00000035702) BAZ2B (ENSSSCG00000015882) MARCHF7 (ENSSSCG00000015883) CD302 (ENSSSCG00000036050) LY75 (ENSSSCG00000021956) PLA2R1 (ENSSSCG00000015885) ITGB6 (ENSSSCG00000015886) RBMS1 (ENSSSCG00000015888) TANK (ENSSSCG00000015889) ENSSSCG00000061076 Pig MODERN SPECIES ELAC1 (ENSSSCG00000024479) ME2 (ENSSSCG00000004522) MRO (ENSSSCG00000004521) ENSSSCG00000004520 SKA1 (ENSSSCG00000004518) CXXC1 (ENSSSCG00000004517) MBD1 (ENSSSCG00000004516) CFAP53 (ENSSSCG00000055973) ENSSSCG00000041158 ENSSSCG00000061513 ENSSSCG00000045942 ENSSSCG00000049462 MYO5B (ENSSSCG00000004511) ACAA2 (ENSSSCG00000004510) LIPG (ENSSSCG00000004509) ENSSSCG00000035007 ##22 C18orf32 (ENSSSCG00000034415) DYM (ENSSSCG00000004508) SMAD7 (ENSSSCG00000004507) CTIF (ENSSSCG00000004506) ZBTB7C (ENSSSCG00000028076) SMAD2 (ENSSSCG00000004505) SKOR2 (ENSSSCG00000005767) ENSSSCG00000039669 IER3IP1 (ENSSSCG00000060420) HDHD2 (ENSSSCG00000005771) KATNAL2 (ENSSSCG00000022643) PIAS2 (ENSSSCG00000034730) ST8SIA5 (ENSSSCG00000032053) LOXHD1 (ENSSSCG00000004503) RNF165 (ENSSSCG00000004502) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 19 ENSCHYG00000025969 ENSCHYG00000025984 #22 ENSCHYG00000025987 MEX3C (ENSCHYG00000025999) SMAD4 (ENSCHYG00000026027) ELAC1 (ENSCHYG00000026085) ME2 (ENSCHYG00000026116) MRO (ENSCHYG00000026169) MAPK4 (ENSCHYG00000026191) SKA1 (ENSCHYG00000026215) CXXC1 (ENSCHYG00000026245) ENSCHYG00000026350 MYO5B (ENSCHYG00000026574) ACAA2 (ENSCHYG00000026661) LIPG (ENSCHYG00000026718) ENSCHYG00000026734 ##22 C18orf32 (ENSCHYG00000026758) DYM (ENSCHYG00000026793) SMAD7 (ENSCHYG00000026860) CTIF (ENSCHYG00000026870) ENSCHYG00000026884 ZBTB7C (ENSCHYG00000009960) ENSCHYG00000010021 SMAD2 (ENSCHYG00000010054) ENSCHYG00000010193 ENSCHYG00000010350 HDHD2 (ENSCHYG00000010250) KATNAL2 (ENSCHYG00000010401) PIAS2 (ENSCHYG00000010761) ENSCHYG00000010966 ST8SIA5 (ENSCHYG00000011028) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1221 ENSMMSG00000018917 FEZF2 (ENSMMSG00000018876) C3orf14 (ENSMMSG00000018848) ENSMMSG00000018833 ##22 PTPRG (ENSMMSG00000018405) FHIT (ENSMMSG00000018323) CFAP20DC (ENSMMSG00000018150) FAM3D (ENSMMSG00000018088) FAM107A (ENSMMSG00000017997) ACOX2 (ENSMMSG00000017804) KCTD6 (ENSMMSG00000017765) PDHB (ENSMMSG00000017687) PXK (ENSMMSG00000017258) HTD2 (ENSMMSG00000017200) ENSMMSG00000017169 ABHD6 (ENSMMSG00000017116) DNASE1L3 (ENSMMSG00000017047) FLNB (ENSMMSG00000016309) SLMAP (ENSMMSG00000015387) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 16 DCC (ENSCHIG00000025162) MEX3C (ENSCHIG00000017962) SMAD4 (ENSCHIG00000019181) ELAC1 (ENSCHIG00000014278) ME2 (ENSCHIG00000001144) ENSCHIG00000016460 MAPK4 (ENSCHIG00000013396) SKA1 (ENSCHIG00000014694) CXXC1 (ENSCHIG00000014305) MBD1 (ENSCHIG00000021134) CFAP53 (ENSCHIG00000001175) MYO5B (ENSCHIG00000016585) ACAA2 (ENSCHIG00000024466) ENSCHIG00000003894 LIPG (ENSCHIG00000015994) ENSCHIG00000011677 ##22 C18orf32 (ENSCHIG00000021354) ENSCHIG00000004940 DYM (ENSCHIG00000001838) SMAD7 (ENSCHIG00000019461) CTIF (ENSCHIG00000014455) ZBTB7C (ENSCHIG00000001635) SMAD2 (ENSCHIG00000020206) SKOR2 (ENSCHIG00000011642) IER3IP1 (ENSCHIG00000020552) HDHD2 (ENSCHIG00000015973) KATNAL2 (ENSCHIG00000021217) ENSCHIG00000014561 ST8SIA5 (ENSCHIG00000021775) LOXHD1 (ENSCHIG00000019780) RNF165 (ENSCHIG00000009622) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 ANO4 (ENSOARG00020005350) SLC5A8 (ENSOARG00020005486) UTP20 (ENSOARG00020005594) ARL1 (ENSOARG00020006041) SPIC (ENSOARG00020006153) MYBPC1 (ENSOARG00020006228) SYCP3 (ENSOARG00020008561) GNPTAB (ENSOARG00020008629) DRAM1 (ENSOARG00020009316) WASHC3 (ENSOARG00020009382) NUP37 (ENSOARG00020009419) PARPBP (ENSOARG00020009495) PMCH (ENSOARG00020009581) IGF1 (ENSOARG00020009650) PAH (ENSOARG00020010456) ENSOARG00020010707 ##22 ASCL1 (ENSOARG00020010725) STAB2 (ENSOARG00020010949) NT5DC3 (ENSOARG00020012234) ENSOARG00020012446 HSP90B1 (ENSOARG00020012684) C12orf73 (ENSOARG00020012868) TDG (ENSOARG00020012922) GLT8D2 (ENSOARG00020013012) HCFC2 (ENSOARG00020013130) ENSOARG00020013531 NFYB (ENSOARG00020013573) TXNRD1 (ENSOARG00020013624) CHST11 (ENSOARG00020013819) SLC41A2 (ENSOARG00020013952) ENSOARG00020014027 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000018351 ENSGT00940000162087 ENSGT00940000154612.m.a.d ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000158891 ENSGT00940000158897 ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000153612.B ENSGT00940000158557 ENSGT00940000157442 ENSGT00940000156240 ENSGT00940000154089.b ENSGT00940000161891.l ENSGT00940000161891.k ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000003209 ENSGT00390000018566 ENSGT00950000183174.A ENSGT00530000063869.B ENSGT00910000144226 ENSGT00390000003682.gb.a.d.a.a ENSGT00940000153876.B ENSGT00940000157468.a.b ENSGT00510000046406.f.b.a.b.f.b ENSGT00510000046406.f.b.a.b.e ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d ENSGT00940000157433 ENSGT00940000158958 ENSGT00730000111354 ENSGT00390000013005 American bison MODERN SPECIES 3351 ENSBBBG00000012754 GATC (ENSBBBG00000012755) TRIAP1 (ENSBBBG00000012759) ENSBBBG00000007125 MSI1 (ENSBBBG00000002472) PLA2G1B (ENSBBBG00000007649) SIRT4 (ENSBBBG00000012800) PXN (ENSBBBG00000002491) RPLP0 (ENSBBBG00000002518) GCN1 (ENSBBBG00000009091) ENSBBBG00000002647 BICDL1 (ENSBBBG00000013161) ALDH2 (ENSBBBG00000013184) MAPKAPK5 (ENSBBBG00000013207) ENSBBBG00000013224 ENSBBBG00000013230 ##22 TMEM116 (ENSBBBG00000008113) ENSBBBG00000013278 ERP29 (ENSBBBG00000002691) NAA25 (ENSBBBG00000013295) TRAFD1 (ENSBBBG00000002711) HECTD4 (ENSBBBG00000013529) ENSBBBG00000013558 PTPN11 (ENSBBBG00000002820) ENSBBBG00000007453 RPH3A (ENSBBBG00000013732) ENSBBBG00000013754 ENSBBBG00000013769 OAS2 (ENSBBBG00000002953) SLC8B1 (ENSBBBG00000002979) TPCN1 (ENSBBBG00000013906) Bos ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000018351 ENSGT00940000162087 ENSGT00940000154612.m.a.d ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000158891 ENSGT00940000158897 ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000153612.B ENSGT00940000158557 ENSGT00940000157442 ENSGT00940000156240 ENSGT00940000154089.b ENSGT00940000161891.l.d ENSGT00940000161891.k ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161891.l.c.a.a ENSGT00390000003209 ENSGT00390000018566.n ENSGT01100000263480.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT00950000183174.A ENSGT00530000063869.B ENSGT00910000144226 ENSGT00390000003682.gb.a.d.a.a ENSGT00940000153876.B ENSGT00940000157468.a.b ENSGT00510000046406.f.b.a.b.e ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d ENSGT00940000157433 ENSGT00940000158958 ENSGT00730000111354 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158853 ENSGT00390000011067.A ENSGT00940000157014.a ENSGT00390000014165.c.a.b.b.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000154258.a ENSGT00390000001804 ENSGT00940000157601 ENSGT00940000154663.r.a ENSGT00390000000546 ENSGT00390000001562.a.a ENSGT00940000159472 ENSGT00950000183131.a ENSGT00940000162922 ENSGT00390000013020 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00950000183176.a.s.a ENSGT00950000182863.A.a.b ENSGT00940000160361 ENSGT00940000164301 ENSGT01100000263546.e.a.a.a.a ENSGT01100000263546.d.b.b ENSGT01100000263546.d.b.a.a.a.a ENSGT01100000263546.d.b.a.a.a.b ENSGT00510000049750 ENSGT01100000263546.d.b.a.b.a.b ENSGT00390000016972.a.b.a.b.b.b ENSGT01100000263546.d.b.a.b.b ENSGT01100000263546.d.b.a.b.a.a.b ENSGT01100000263546.d.b.a.b.a.a.a ENSGT01100000263546.e.a.a.a.b Cow MODERN SPECIES 4 MAP1LC3A (ENSBTAG00000006135) DYNLRB1 (ENSBTAG00000006134) ITCH (ENSBTAG00000000308) ENSBTAG00000046623 AHCY (ENSBTAG00000018101) ASIP (ENSBTAG00000034077) EIF2S2 (ENSBTAG00000005969) RALY (ENSBTAG00000016524) CHMP4B (ENSBTAG00000013387) ZNF341 (ENSBTAG00000039313) PXMP4 (ENSBTAG00000038738) E2F1 (ENSBTAG00000003971) C13H20orf144 (ENSBTAG00000003962) NECAB3 (ENSBTAG00000003946) ENSBTAG00000053797 ENSBTAG00000053051 ##22 ENSBTAG00000010131 SNTA1 (ENSBTAG00000000512) ENSBTAG00000031354 CDK5RAP1 (ENSBTAG00000018535) BPIFB5 (ENSBTAG00000031361) BPIFB1 (ENSBTAG00000015724) BPIFA1 (ENSBTAG00000017098) BPIFA3 (ENSBTAG00000006802) ENSBTAG00000031373 BPIFA2B (ENSBTAG00000019752) ENSBTAG00000011704 BPIFA2C (ENSBTAG00000031376) ENSBTAG00000031375 BPIFA2A (ENSBTAG00000009144) BPIFB4 (ENSBTAG00000038412) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 MAP1LC3A (ENSBIXG00005002367) DYNLRB1 (ENSBIXG00005028646) ENSBIXG00005028645 ENSBIXG00005028582 AHCY (ENSBIXG00005028542) ASIP (ENSBIXG00005004914) EIF2S2 (ENSBIXG00005006636) RALY (ENSBIXG00005028479) ENSBIXG00005004879 ZNF341 (ENSBIXG00005028356) ENSBIXG00005028326 E2F1 (ENSBIXG00005028294) NECAB3 (ENSBIXG00005028280) ACTL10 (ENSBIXG00005028235) ENSBIXG00005028229 ENSBIXG00005004852 ##22 ENSBIXG00005028172 ENSBIXG00005004838 SNTA1 (ENSBIXG00005028108) CDK5RAP1 (ENSBIXG00005028076) ENSBIXG00005027971 ENSBIXG00005027937 BPIFB1 (ENSBIXG00005027890) ENSBIXG00005027873 BPIFA1 (ENSBIXG00005027857) BPIFA3 (ENSBIXG00005027808) ENSBIXG00005005327 ENSBIXG00005027704 ENSBIXG00005027683 ENSBIXG00005027671 BPIFB4 (ENSBIXG00005027645) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000018351 ENSGT00940000162087 ENSGT00940000154612.m.a.d ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000158891 ENSGT00940000158897 ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000153612.B ENSGT00940000158557 ENSGT00940000157442 ENSGT00940000156240 ENSGT00940000154089.b ENSGT00940000161891.l.d ENSGT00940000161891.k ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000003209 ENSGT00390000018566.n ENSGT01100000263480.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT00950000183174.A ENSGT00530000063869.B ENSGT00910000144226 ENSGT00390000003682.gb.a.d.a.a ENSGT00940000153876.B ENSGT00940000157468.a.b ENSGT00510000046406.f.b.a.b.e ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d ENSGT00940000157433 ENSGT00940000158958 ENSGT00730000111354 ENSGT00390000013005 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 12 TBCB (ENSBGRG00000019178) CAPNS1 (ENSBGRG00000019028) COX7A1 (ENSBGRG00000018940) ZNF565 (ENSBGRG00000018906) ZNF146 (ENSBGRG00000018899) ENSBGRG00000018868 ZNF567 (ENSBGRG00000018772) ZNF461 (ENSBGRG00000018755) ZNF382 (ENSBGRG00000018690) ZNF529 (ENSBGRG00000018660) ZNF260 (ENSBGRG00000018599) ZNF566 (ENSBGRG00000018489) ZFP82 (ENSBGRG00000018432) ZFP14 (ENSBGRG00000018350) ENSBGRG00000018337 ENSBGRG00000018194 ##22 ZNF829 (ENSBGRG00000018166) ZNF793 (ENSBGRG00000018005) ENSBGRG00000017927 ZNF383 (ENSBGRG00000017866) ENSBGRG00000017842 ENSBGRG00000017817 ENSBGRG00000017793 ENSBGRG00000017750 ZNF527 (ENSBGRG00000017666) ENSBGRG00000017518 ZNF570 (ENSBGRG00000017431) ENSBGRG00000017410 ZNF345 (ENSBGRG00000017132) ENSBGRG00000017112 ZFP30 (ENSBGRG00000017080) Domestic yak MODERN SPECIES 24 CELA1 (ENSBGRG00000005091) BIN2 (ENSBGRG00000004814) SMAGP (ENSBGRG00000004731) DAZAP2 (ENSBGRG00000004487) POU6F1 (ENSBGRG00000004365) TFCP2 (ENSBGRG00000004241) CSRNP2 (ENSBGRG00000004209) LETMD1 (ENSBGRG00000004075) SLC11A2 (ENSBGRG00000004038) HIGD1C (ENSBGRG00000004019) ENSBGRG00000004006 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ENSBGRG00000026083 NAA25 (ENSBGRG00000026066) TRAFD1 (ENSBGRG00000026052) HECTD4 (ENSBGRG00000020611) ENSBGRG00000020003 PTPN11 (ENSBGRG00000019798) RPH3A (ENSBGRG00000019161) OAS1 (ENSBGRG00000018939) OAS2 (ENSBGRG00000018710) SLC8B1 (ENSBGRG00000018280) TPCN1 (ENSBGRG00000017228) IQCD (ENSBGRG00000017100) RITA1 (ENSBGRG00000017024) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000015458 ENSGT00910000144305 ENSGT00940000154674 ENSGT00940000161551 ENSGT00940000157819 ENSGT01050000244888.b.a.c.b ENSGT00940000160269 ENSGT00940000154200.B ENSGT00940000161728 ENSGT00940000154435.i ENSGT00940000161947 ENSGT01030000234558.A.a.b ENSGT00930000151314.f ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714.f ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT00510000049510.j ENSGT01030000234579.A.b ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481 ENSGT00940000158201 Vaquita MODERN SPECIES 15 HLTF (ENSPSNG00000012734) GYG1 (ENSPSNG00000012650) CPA3 (ENSPSNG00000012509) CPB1 (ENSPSNG00000012386) AGTR1 (ENSPSNG00000012278) ZIC1 (ENSPSNG00000012231) ZIC4 (ENSPSNG00000012068) ENSPSNG00000012040 PLSCR5 (ENSPSNG00000011945) PLSCR1 (ENSPSNG00000011787) PLSCR4 (ENSPSNG00000011690) PLOD2 (ENSPSNG00000011568) ENSPSNG00000011500 DIPK2A (ENSPSNG00000011433) SLC9A9 (ENSPSNG00000011399) ENSPSNG00000011340 ##22 CHST2 (ENSPSNG00000011325) ENSPSNG00000009448 PAQR9 (ENSPSNG00000009187) PCOLCE2 (ENSPSNG00000009157) TRPC1 (ENSPSNG00000009055) PLS1 (ENSPSNG00000008996) ATR (ENSPSNG00000008915) XRN1 (ENSPSNG00000008771) GK5 (ENSPSNG00000008649) ENSPSNG00000008620 ENSPSNG00000008603 TFDP2 (ENSPSNG00000008314) ENSPSNG00000008244 ATP1B3 (ENSPSNG00000008203) GRK7 (ENSPSNG00000008164) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654.j ENSGT00990000210587 ENSGT00390000011654.i ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000169764 ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741.k ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00390000008808.k.a.a ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 25 MEX3C (ENSDLEG00000004392) SMAD4 (ENSDLEG00000004395) ELAC1 (ENSDLEG00000004401) ME2 (ENSDLEG00000004409) MRO (ENSDLEG00000004425) MAPK4 (ENSDLEG00000004428) ENSDLEG00000004434 ENSDLEG00000004437 CXXC1 (ENSDLEG00000004445) MBD1 (ENSDLEG00000004462) CFAP53 (ENSDLEG00000004488) MYO5B (ENSDLEG00000004517) ACAA2 (ENSDLEG00000004552) ENSDLEG00000004561 LIPG (ENSDLEG00000004571) ENSDLEG00000004581 ##22 CUNH18orf32 (ENSDLEG00000004598) DYM (ENSDLEG00000004613) SMAD7 (ENSDLEG00000004642) ENSDLEG00000004646 CTIF (ENSDLEG00000004651) ZBTB7C (ENSDLEG00000006486) SMAD2 (ENSDLEG00000006490) Beluga whale MODERN SPECIES 18 HPS3 (ENSDLEG00000003349) HLTF (ENSDLEG00000003285) GYG1 (ENSDLEG00000003273) CPA3 (ENSDLEG00000003258) CPB1 (ENSDLEG00000003229) AGTR1 (ENSDLEG00000003225) ZIC1 (ENSDLEG00000003218) ZIC4 (ENSDLEG00000003202) PLSCR5 (ENSDLEG00000003194) PLSCR1 (ENSDLEG00000003167) PLSCR4 (ENSDLEG00000003147) PLOD2 (ENSDLEG00000003108) ENSDLEG00000003088 CUNH3orf58 (ENSDLEG00000003079) SLC9A9 (ENSDLEG00000003069) ENSDLEG00000003055 ##22 CHST2 (ENSDLEG00000003050) U2SURP (ENSDLEG00000003020) PAQR9 (ENSDLEG00000003008) PCOLCE2 (ENSDLEG00000002981) TRPC1 (ENSDLEG00000002901) PLS1 (ENSDLEG00000002877) ENSDLEG00000002868 ATR (ENSDLEG00000002842) XRN1 (ENSDLEG00000002314) GK5 (ENSDLEG00000002054) ENSDLEG00000002016 TFDP2 (ENSDLEG00000001700) ENSDLEG00000001620 ATP1B3 (ENSDLEG00000001587) GRK7 (ENSDLEG00000001565) Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 295 MBD2 (ENSMMNG00015007380) ENSMMNG00015000016 DCC (ENSMMNG00015000224) ENSMMNG00015000421 ENSMMNG00015000436 MEX3C (ENSMMNG00015000471) SMAD4 (ENSMMNG00015000527) ELAC1 (ENSMMNG00015000560) ME2 (ENSMMNG00015000602) MRO (ENSMMNG00015000680) ENSMMNG00015000706 ENSMMNG00015000736 ACAA2 (ENSMMNG00015000776) ENSMMNG00015000802 LIPG (ENSMMNG00015000826) ENSMMNG00015000862 ##22 ENSMMNG00015000947 DYM (ENSMMNG00015001014) ENSMMNG00015001110 SMAD7 (ENSMMNG00015001136) ENSMMNG00015001156 CTIF (ENSMMNG00015001193) ZBTB7C (ENSMMNG00015001274) SMAD2 (ENSMMNG00015001331) SKOR2 (ENSMMNG00015001428) ENSMMNG00015001451 HDHD2 (ENSMMNG00015001468) KATNAL2 (ENSMMNG00015001513) ENSMMNG00015001565 PIAS2 (ENSMMNG00015001607) ST8SIA5 (ENSMMNG00015001685) Narwhal MODERN SPECIES 297 HPS3 (ENSMMNG00015004246) HLTF (ENSMMNG00015004292) GYG1 (ENSMMNG00015004320) CPA3 (ENSMMNG00015004348) CPB1 (ENSMMNG00015004361) AGTR1 (ENSMMNG00015004396) ZIC1 (ENSMMNG00015004415) ZIC4 (ENSMMNG00015004437) PLSCR5 (ENSMMNG00015000062) PLSCR1 (ENSMMNG00015000121) PLSCR4 (ENSMMNG00015000172) PLOD2 (ENSMMNG00015000282) ENSMMNG00015000418 DIPK2A (ENSMMNG00015000433) SLC9A9 (ENSMMNG00015000475) ENSMMNG00015000492 ##22 CHST2 (ENSMMNG00015000510) U2SURP (ENSMMNG00015000545) PAQR9 (ENSMMNG00015000630) PCOLCE2 (ENSMMNG00015000650) TRPC1 (ENSMMNG00015000693) PLS1 (ENSMMNG00015000766) ATR (ENSMMNG00015000820) XRN1 (ENSMMNG00015001039) GK5 (ENSMMNG00015001246) TFDP2 (ENSMMNG00015001329) ENSMMNG00015001532 ATP1B3 (ENSMMNG00015001546) ENSMMNG00015001573 GRK7 (ENSMMNG00015001595) RNF7 (ENSMMNG00015001619) Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 123 TET1 (ENSOGAG00000034454) SLC25A16 (ENSOGAG00000011191) DNA2 (ENSOGAG00000011182) RUFY2 (ENSOGAG00000012496) HNRNPH3 (ENSOGAG00000012493) PBLD (ENSOGAG00000000982) ATOH7 (ENSOGAG00000000980) MYPN (ENSOGAG00000012002) HERC4 (ENSOGAG00000012610) SIRT1 (ENSOGAG00000012609) DNAJC12 (ENSOGAG00000015733) CTNNA3 (ENSOGAG00000003115) LRRTM3 (ENSOGAG00000011031) ENSOGAG00000032925 REEP3 (ENSOGAG00000014187) ENSOGAG00000034707 ##22 JMJD1C (ENSOGAG00000014358) ENSOGAG00000030740 NRBF2 (ENSOGAG00000005856) EGR2 (ENSOGAG00000012939) ADO (ENSOGAG00000012935) ZNF365 (ENSOGAG00000010758) ENSOGAG00000030088 RTKN2 (ENSOGAG00000015941) ARID5B (ENSOGAG00000015939) CABCOCO1 (ENSOGAG00000007348) ENSOGAG00000026600 TMEM26 (ENSOGAG00000007346) RHOBTB1 (ENSOGAG00000000636) ENSOGAG00000009963 ENSOGAG00000031968 Bushbaby MODERN SPECIES 226 GRIK1 (ENSOGAG00000009665) CLDN17 (ENSOGAG00000003639) CLDN8 (ENSOGAG00000003643) KRTAP27-1 (ENSOGAG00000003652) ENSOGAG00000003655 ENSOGAG00000026011 ENSOGAG00000003669 ENSOGAG00000007031 ENSOGAG00000003429 ENSOGAG00000003432 ENSOGAG00000016316 KRTAP8-1 (ENSOGAG00000030140) KRTAP7-1 (ENSOGAG00000026158) KRTAP11-1 (ENSOGAG00000016317) TIAM1 (ENSOGAG00000004005) ENSOGAG00000029301 ##22 ENSOGAG00000014646 SCAF4 (ENSOGAG00000014653) ENSOGAG00000033329 HUNK (ENSOGAG00000010230) MIS18A (ENSOGAG00000017137) MRAP (ENSOGAG00000017139) URB1 (ENSOGAG00000017140) EVA1C (ENSOGAG00000009260) CFAP298 (ENSOGAG00000006008) SYNJ1 (ENSOGAG00000006010) PAXBP1 (ENSOGAG00000003344) C21orf62 (ENSOGAG00000027318) ENSOGAG00000032768 OLIG2 (ENSOGAG00000026818) OLIG1 (ENSOGAG00000033584) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1762 ZNF559 (ENSRROG00000028174) ZNF177 (ENSRROG00000044294) ENSRROG00000031827 ##22 ZNF266 (ENSRROG00000031956) ZNF560 (ENSRROG00000035182) ENSRROG00000042117 ZNF426 (ENSRROG00000003263) ZNF121 (ENSRROG00000043813) ZNF562 (ENSRROG00000033225) ENSRROG00000032336 ZNF846 (ENSRROG00000029751) FBXL12 (ENSRROG00000030208) ENSRROG00000038908 ENSRROG00000040022 OLFM2 (ENSRROG00000030712) COL5A3 (ENSRROG00000042842) RDH8 (ENSRROG00000035886) SHFL (ENSRROG00000036318) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rat MODERN SPECIES Tmc4 (ENSRNOG00000059741) Leng1 (ENSRNOG00000061893) Cnot3 (ENSRNOG00000053234) Prpf31 (ENSRNOG00000061039) Tfpt (ENSRNOG00000056098) Ndufa3 (ENSRNOG00000060293) Oscar (ENSRNOG00000055716) LOC100359972 (ENSRNOG00000055796) Tarm1 (ENSRNOG00000055581) Vstm1 (ENSRNOG00000070245) Cacng6 (ENSRNOG00000063051) Cacng8 (ENSRNOG00000057848) Cacng7 (ENSRNOG00000056257) Prkcg (ENSRNOG00000054371) Myadm (ENSRNOG00000053450) ENSRNOG00000063395 ##22 Or6al1 (ENSRNOG00000066178) LOC103689958 (ENSRNOG00000066405) Or6al2 (ENSRNOG00000063370) Nlrp12 (ENSRNOG00000060745) LOC292543 (ENSRNOG00000054438) ENSRNOG00000067618 Vom2r27 (ENSRNOG00000048635) Nlrp4a (ENSRNOG00000042030) Nlrp4f (ENSRNOG00000027705) Vom1r31 (ENSRNOG00000068723) Vom2r-ps45 (ENSRNOG00000009146) Dcun1d3 (ENSRNOG00000014037) Vom2r28 (ENSRNOG00000002641) Zfp418 (ENSRNOG00000015271) LOC691135 (ENSRNOG00000066094) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 317 Map3k8 (ENSCGRG00001019251) Lyzl1 (ENSCGRG00001024217) Bambi (ENSCGRG00001004379) Cul2 (ENSCGRG00001010730) Crem (ENSCGRG00001013907) Potegl (ENSCGRG00001019810) Yme1l1 (ENSCGRG00001024397) Mastl (ENSCGRG00001012625) Acbd5 (ENSCGRG00001015527) Abi1 (ENSCGRG00001015687) Pdss1 (ENSCGRG00001001187) ENSCGRG00001021110 Apbb1ip (ENSCGRG00001024669) Gad2 (ENSCGRG00001016806) Myo3a (ENSCGRG00001010156) ENSCGRG00001008346 ##22 Gpr158 (ENSCGRG00001020901) ENSCGRG00001000506 Thnsl1 (ENSCGRG00001002158) Enkur (ENSCGRG00001019789) ENSCGRG00001021203 Arhgap21 (ENSCGRG00001016768) Etl4 (ENSCGRG00001017877) Otud1 (ENSCGRG00001005968) ENSCGRG00001010382 4921504E06Rik (ENSCGRG00001011440) Ptf1a (ENSCGRG00001018977) Msrb2 (ENSCGRG00001021607) Armc3 (ENSCGRG00001020234) Pip4k2a (ENSCGRG00001007191) Spag6 (ENSCGRG00001015624) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Rat MODERN SPECIES 1 Prr29 (ENSRNOG00000060193) Icam2 (ENSRNOG00000025143) Ern1 (ENSRNOG00000012864) Tex2 (ENSRNOG00000013659) Pecam1 (ENSRNOG00000066008) Milr1 (ENSRNOG00000042524) Polg2 (ENSRNOG00000013728) Ddx5 (ENSRNOG00000030680) Cep95 (ENSRNOG00000014354) Smurf2 (ENSRNOG00000014623) Kpna2 (ENSRNOG00000015329) C10h17orf58 (ENSRNOG00000043295) Bptf (ENSRNOG00000047296) Nol11 (ENSRNOG00000052934) Pitpnc1 (ENSRNOG00000069160) RGD1359290 (ENSRNOG00000027271) ##22 ENSRNOG00000065925 Psmd12 (ENSRNOG00000003117) Helz (ENSRNOG00000003213) Cacng1 (ENSRNOG00000003245) Cacng4 (ENSRNOG00000003262) Cacng5 (ENSRNOG00000003288) Prkca (ENSRNOG00000003491) Apoh (ENSRNOG00000003566) AABR07030630.1 (ENSRNOG00000052124) Cep112 (ENSRNOG00000024557) Axin2 (ENSRNOG00000055010) RGD1565459 (ENSRNOG00000033613) Rgs9 (ENSRNOG00000003800) AC106648.1 (ENSRNOG00000042252) Gna13 (ENSRNOG00000063135) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000265446 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Rabbit MODERN SPECIES 20 ENSOCUG00000038228 MEX3C (ENSOCUG00000012549) SMAD4 (ENSOCUG00000003929) ELAC1 (ENSOCUG00000009509) ME2 (ENSOCUG00000012433) MRO (ENSOCUG00000007663) MAPK4 (ENSOCUG00000013016) SKA1 (ENSOCUG00000007927) CXXC1 (ENSOCUG00000025756) MBD1 (ENSOCUG00000006554) ENSOCUG00000017123 ENSOCUG00000037569 MYO5B (ENSOCUG00000009547) ACAA2 (ENSOCUG00000016540) LIPG (ENSOCUG00000013471) ENSOCUG00000012485 ##22 ENSOCUG00000027094 ENSOCUG00000038051 DYM (ENSOCUG00000015851) SMAD7 (ENSOCUG00000024309) CTIF (ENSOCUG00000024842) ENSOCUG00000026631 ZBTB7C (ENSOCUG00000022348) SMAD2 (ENSOCUG00000011290) ENSOCUG00000027573 IER3IP1 (ENSOCUG00000012555) HDHD2 (ENSOCUG00000006979) ENSOCUG00000035984 ENSOCUG00000006940 KATNAL2 (ENSOCUG00000006971) PIAS2 (ENSOCUG00000006900) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 Psma6 (ENSCGRG00001001597) ENSCGRG00001003022 ENSCGRG00001006281 ENSCGRG00001007854 ENSCGRG00001009525 2700097O09Rik (ENSCGRG00001023053) ENSCGRG00001023351 Baz1a (ENSCGRG00001013418) Cfl2 (ENSCGRG00001014849) Snx6 (ENSCGRG00001015718) Eapp (ENSCGRG00001019760) Sptssa (ENSCGRG00001009767) Egln3 (ENSCGRG00001011120) Npas3 (ENSCGRG00001014006) Akap6 (ENSCGRG00001015059) ENSCGRG00001009818 ##22 Arhgap5 (ENSCGRG00001002196) Nubpl (ENSCGRG00001004006) ENSCGRG00001006641 Gpr33 (ENSCGRG00001011244) Dtd2 (ENSCGRG00001015902) Heatr5a (ENSCGRG00001017067) ENSCGRG00001024436 Hectd1 (ENSCGRG00001024884) Ap4s1 (ENSCGRG00001023362) Strn3 (ENSCGRG00001000550) Coch (ENSCGRG00001010363) Scfd1 (ENSCGRG00001013495) G2e3 (ENSCGRG00001015112) Prkd1 (ENSCGRG00001019739) Foxg1 (ENSCGRG00001009864) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Degu MODERN SPECIES 157 PPOX (ENSODEG00000007017) USP21 (ENSODEG00000010632) UFC1 (ENSODEG00000008078) DEDD (ENSODEG00000008446) NIT1 (ENSODEG00000008755) PFDN2 (ENSODEG00000007888) ENSODEG00000007376 KLHDC9 (ENSODEG00000008140) NECTIN4 (ENSODEG00000009227) ENSODEG00000012487 ENSODEG00000012848 TSTD1 (ENSODEG00000010923) ENSODEG00000008881 F11R (ENSODEG00000007564) ENSODEG00000008250 ENSODEG00000007329 ##22 ENSODEG00000007561 ENSODEG00000007745 ENSODEG00000008083 ENSODEG00000009437 ENSODEG00000008141 ENSODEG00000009874 ENSODEG00000008491 SLAMF1 (ENSODEG00000009203) CD84 (ENSODEG00000007652) ENSODEG00000019654 ENSODEG00000019372 VANGL2 (ENSODEG00000007301) NHLH1 (ENSODEG00000007624) NCSTN (ENSODEG00000007729) COPA (ENSODEG00000007358) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Rhesus MODERN SPECIES 9 MRO (ENSMMUG00000022472) MAPK4 (ENSMMUG00000017290) ENSMMUG00000063161 SKA1 (ENSMMUG00000000719) ENSMMUG00000049659 CXXC1 (ENSMMUG00000009051) MBD1 (ENSMMUG00000009050) ENSMMUG00000064957 ENSMMUG00000052620 MYO5B (ENSMMUG00000003041) ENSMMUG00000064909 ACAA2 (ENSMMUG00000003040) LIPG (ENSMMUG00000019054) ENSMMUG00000038584 ENSMMUG00000064858 RPL17 (ENSMMUG00000018837) ##22 DYM (ENSMMUG00000001760) SMAD7 (ENSMMUG00000056276) CTIF (ENSMMUG00000020898) ZBTB7C (ENSMMUG00000015704) SMAD2 (ENSMMUG00000007816) ENSMMUG00000050569 SKOR2 (ENSMMUG00000048459) IER3IP1 (ENSMMUG00000059289) HDHD2 (ENSMMUG00000010999) KATNAL2 (ENSMMUG00000015952) ELOA2 (ENSMMUG00000044172) PIAS2 (ENSMMUG00000004498) ENSMMUG00000050406 ST8SIA5 (ENSMMUG00000002742) LOXHD1 (ENSMMUG00000017246) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 296 TLR1 (ENSOGAG00000003279) TLR6 (ENSOGAG00000016497) FAM114A1 (ENSOGAG00000012783) TMEM156 (ENSOGAG00000012262) KLHL5 (ENSOGAG00000012266) WDR19 (ENSOGAG00000012276) RFC1 (ENSOGAG00000012292) ENSOGAG00000030038 KLB (ENSOGAG00000034905) ENSOGAG00000004935 ENSOGAG00000027482 UGDH (ENSOGAG00000004941) SMIM14 (ENSOGAG00000007152) ENSOGAG00000030558 ##22 UBE2K (ENSOGAG00000008264) ENSOGAG00000032799 N4BP2 (ENSOGAG00000012333) RHOH (ENSOGAG00000005568) CHRNA9 (ENSOGAG00000005569) ENSOGAG00000029367 NSUN7 (ENSOGAG00000004278) APBB2 (ENSOGAG00000034915) UCHL1 (ENSOGAG00000010213) ENSOGAG00000028965 LIMCH1 (ENSOGAG00000003731) PHOX2B (ENSOGAG00000003736) TMEM33 (ENSOGAG00000000497) SLC30A9 (ENSOGAG00000000501) BEND4 (ENSOGAG00000000503) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 17 DIP2C (ENSMICG00000005674) LARP4B (ENSMICG00000001301) GTPBP4 (ENSMICG00000013332) ENSMICG00000045735 WDR37 (ENSMICG00000032267) ADARB2 (ENSMICG00000047603) ENSMICG00000030269 ENSMICG00000042330 ITGB1 (ENSMICG00000008479) DHTKD1 (ENSMICG00000001727) UPF2 (ENSMICG00000001716) PROSER2 (ENSMICG00000032687) ECHDC3 (ENSMICG00000046064) USP6NL (ENSMICG00000014584) CELF2 (ENSMICG00000007867) ENSMICG00000026414 ##22 GATA3 (ENSMICG00000008284) TAF3 (ENSMICG00000008273) ENSMICG00000008263 KIN (ENSMICG00000008248) ITIH2 (ENSMICG00000008230) ITIH5 (ENSMICG00000008213) ENSMICG00000032631 SFMBT2 (ENSMICG00000029463) PFKP (ENSMICG00000006278) PITRM1 (ENSMICG00000006296) KLF6 (ENSMICG00000001283) AKR1E2 (ENSMICG00000014810) ENSMICG00000005746 AKR1C8 (ENSMICG00000016217) ENSMICG00000038357 Sauria ANCESTRAL SPECIES 353 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000004915.a ENSGT00940000157647 ENSGT00390000009543 ENSGT00940000159069 ENSGT00940000158932 ENSGT00940000156272 ENSGT00390000005809 ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.a ENSGT00390000002417 ENSGT00390000011759 ENSGT00390000011137 ENSGT00940000164859 ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00940000159198 ENSGT00940000155285.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015159.b ENSGT00940000158547 ENSGT00940000158742 ENSGT00940000159042 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159760 ENSGT00940000158506 ENSGT00940000154435.y.a.b.d ENSGT00940000154435.y.a.b.c ENSGT00940000156215 ENSGT00940000177637 ENSGT00940000159300 ENSGT00940000159104 ENSGT00940000158587 ENSGT00950000182872.f.a.b Eastern brown snake MODERN SPECIES 22 FBXO32 (ENSPTXG00000004169) KLHL38 (ENSPTXG00000004171) FAM91A1 (ENSPTXG00000004172) FER1L6 (ENSPTXG00000004720) RNF139 (ENSPTXG00000004721) TATDN1 (ENSPTXG00000004722) NDUFB9 (ENSPTXG00000004723) MTSS1 (ENSPTXG00000004724) BBS10 (ENSPTXG00000004725) SQLE (ENSPTXG00000004729) WASHC5 (ENSPTXG00000004731) ENSPTXG00000004733 TRIB1 (ENSPTXG00000004735) LRATD2 (ENSPTXG00000004737) MYC (ENSPTXG00000004738) ENSPTXG00000004739 ##22 CYRIB (ENSPTXG00000004740) ASAP1 (ENSPTXG00000004742) ADCY8 (ENSPTXG00000005944) HHLA1 (ENSPTXG00000005945) KCNQ3 (ENSPTXG00000005946) DNAAF11 (ENSPTXG00000005948) ENSPTXG00000005951 PHF20L1 (ENSPTXG00000005953) ENSPTXG00000005955 ENSPTXG00000005957 SLA (ENSPTXG00000005960) CCN4 (ENSPTXG00000005961) NDRG1 (ENSPTXG00000005962) ST3GAL1 (ENSPTXG00000005963) ZFAT (ENSPTXG00000005965) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 111 FAM91A1 (ENSNSUG00000001952) FER1L6 (ENSNSUG00000003164) ENSNSUG00000003168 RNF139 (ENSNSUG00000003171) TATDN1 (ENSNSUG00000003174) NDUFB9 (ENSNSUG00000003184) MTSS1 (ENSNSUG00000003187) BBS10 (ENSNSUG00000003708) SQLE (ENSNSUG00000003716) WASHC5 (ENSNSUG00000003752) ENSNSUG00000005487 TRIB1 (ENSNSUG00000005488) ENSNSUG00000005489 ENSNSUG00000005491 MYC (ENSNSUG00000005493) ENSNSUG00000005494 ##22 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 5803 ENSLLTG00000016592 ##22 Lizard MODERN SPECIES 1 ACAA2 (ENSACAG00000017990) LIPG (ENSACAG00000017995) ENSACAG00000017998 ##22 C18orf32 (ENSACAG00000028947) DYM (ENSACAG00000018002) ENSACAG00000045249 SMAD7 (ENSACAG00000040103) CTIF (ENSACAG00000018006) ZBTB7C (ENSACAG00000018007) SMAD2 (ENSACAG00000018008) GPBP1 (ENSACAG00000014605) MIER3 (ENSACAG00000028478) SETD9 (ENSACAG00000014688) MAP3K1 (ENSACAG00000014703) ANKRD55 (ENSACAG00000014766) IL6ST (ENSACAG00000014810) IL31RA (ENSACAG00000014938) DDX4 (ENSACAG00000014951) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 314 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 292 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Aves ANCESTRAL SPECIES 276 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 247 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Turkey MODERN SPECIES 1299 ENSMGAG00000019594 ENSMGAG00000017737 NARS1 (ENSMGAG00000019288) ENSMGAG00000010041 ENSMGAG00000018982 ENSMGAG00000019892 ENSMGAG00000003266 ENSMGAG00000001102 ENSMGAG00000001140 NEDD4L (ENSMGAG00000000935) ENSMGAG00000021263 ALPK2 (ENSMGAG00000018725) ENSMGAG00000001342 ##22 MALT1 (ENSMGAG00000001082) ENSMGAG00000001162 SEC11C (ENSMGAG00000001165) ENSMGAG00000022342 CTIF (ENSMGAG00000021290) ZBTB7C (ENSMGAG00000001366) SMAD2 (ENSMGAG00000001351) IER3IP1 (ENSMGAG00000020998) HDHD2 (ENSMGAG00000004803) KATNAL2 (ENSMGAG00000004476) ENSMGAG00000001384 ST8SIA5 (ENSMGAG00000016483) LOXHD1 (ENSMGAG00000016776) RNF165 (ENSMGAG00000001405) C18orf25 (ENSMGAG00000021854) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 201 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 239 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 245 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 234 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 238 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Zebra finch DUPLICATION Zebra finch MODERN SPECIES 104 ENSTGUG00000014263 SMAD2 (ENSTGUG00000000016) ZBTB7C (ENSTGUG00000000028) CTIF (ENSTGUG00000000030) SMAD7 (ENSTGUG00000000034) DYM (ENSTGUG00000000035) ENSTGUG00000000043 RPL17 (ENSTGUG00000028072) ##22 ENSTGUG00000028962 ENSTGUG00000000071 ENSTGUG00000000072 ENSTGUG00000018125 MYO5B (ENSTGUG00000000053) ACAA2 (ENSTGUG00000000058) LIPG (ENSTGUG00000000061) RPL17 (ENSTGUG00000000044) ##22 ENSTGUG00000015982 MAPK4 (ENSTGUG00000020659) ENSTGUG00000020631 ENSTGUG00000024253 ENSTGUG00000022385 ENSTGUG00000028847 ME2 (ENSTGUG00000015853) SMAD4 (ENSTGUG00000021139) LMAN1 (ENSTGUG00000014591) CPLX4 (ENSTGUG00000017479) RAX (ENSTGUG00000017482) GRP (ENSTGUG00000023555) SEC11C (ENSTGUG00000019770) ZNF532 (ENSTGUG00000017487) MALT1 (ENSTGUG00000017488) Zebra finch MODERN SPECIES 104 ME2 (ENSTGUG00000015853) ENSTGUG00000028847 ENSTGUG00000022385 ENSTGUG00000024253 ENSTGUG00000020631 MAPK4 (ENSTGUG00000020659) ENSTGUG00000015982 RPL17 (ENSTGUG00000000044) ##22 LIPG (ENSTGUG00000000061) ACAA2 (ENSTGUG00000000058) MYO5B (ENSTGUG00000000053) ENSTGUG00000018125 ENSTGUG00000000072 ENSTGUG00000000071 ENSTGUG00000028962 RPL17 (ENSTGUG00000028072) ##22 ENSTGUG00000000043 DYM (ENSTGUG00000000035) SMAD7 (ENSTGUG00000000034) CTIF (ENSTGUG00000000030) ZBTB7C (ENSTGUG00000000028) SMAD2 (ENSTGUG00000000016) ENSTGUG00000014263 IER3IP1 (ENSTGUG00000028694) HDHD2 (ENSTGUG00000028684) KATNAL2 (ENSTGUG00000000013) PIAS2 (ENSTGUG00000000006) Great tit MODERN SPECIES 642 SMAD4 (ENSPMJG00000002065) ELAC1 (ENSPMJG00000002077) ME2 (ENSPMJG00000002100) MAPK4 (ENSPMJG00000002569) ENSPMJG00000002575 ENSPMJG00000002577 ENSPMJG00000002582 MYO5B (ENSPMJG00000002662) ACAA2 (ENSPMJG00000002693) LIPG (ENSPMJG00000002703) ENSPMJG00000002708 ##22 C18orf32 (ENSPMJG00000002712) DYM (ENSPMJG00000002819) SMAD7 (ENSPMJG00000002909) CTIF (ENSPMJG00000002914) ZBTB7C (ENSPMJG00000002973) SMAD2 (ENSPMJG00000002989) SKOR2 (ENSPMJG00000003106) IER3IP1 (ENSPMJG00000003108) HDHD2 (ENSPMJG00000003109) KATNAL2 (ENSPMJG00000003284) PIAS2 (ENSPMJG00000003313) ST8SIA5 (ENSPMJG00000003351) ENSPMJG00000003355 LOXHD1 (ENSPMJG00000003381) RNF165 (ENSPMJG00000003419) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Rabbit MODERN SPECIES 15 PPP1R12A (ENSOCUG00000016701) ENSOCUG00000037584 OTOGL (ENSOCUG00000014963) PTPRQ (ENSOCUG00000011455) MYF6 (ENSOCUG00000001457) MYF5 (ENSOCUG00000025477) LIN7A (ENSOCUG00000004203) ACSS3 (ENSOCUG00000015752) PPFIA2 (ENSOCUG00000015770) ENSOCUG00000036764 CCDC59 (ENSOCUG00000017824) METTL25 (ENSOCUG00000017825) TMTC2 (ENSOCUG00000017847) SLC6A15 (ENSOCUG00000014066) TSPAN19 (ENSOCUG00000037319) ENSOCUG00000034706 ##22 LRRIQ1 (ENSOCUG00000017527) ALX1 (ENSOCUG00000009125) ENSOCUG00000036577 RASSF9 (ENSOCUG00000017872) NTS (ENSOCUG00000010336) MGAT4C (ENSOCUG00000017314) ENSOCUG00000034843 ENSOCUG00000034779 ENSOCUG00000023687 ENSOCUG00000038571 ENSOCUG00000027442 ENSOCUG00000027647 ENSOCUG00000037685 ENSOCUG00000037227 C12orf50 (ENSOCUG00000004280) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Hystricomorpha DUPLICATION Hystricomorpha DUPLICATION Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 131 EML6 (ENSCLAG00000012421) ENSCLAG00000011684 ENSCLAG00000011209 ##22 CLHC1 (ENSCLAG00000012126) ENSCLAG00000008521 MTIF2 (ENSCLAG00000007900) ENSCLAG00000007625 CCDC88A (ENSCLAG00000010133) CFAP36 (ENSCLAG00000016701) ENSCLAG00000007551 PNPT1 (ENSCLAG00000006240) EFEMP1 (ENSCLAG00000015816) CCDC85A (ENSCLAG00000015417) VRK2 (ENSCLAG00000016561) FANCL (ENSCLAG00000011359) BCL11A (ENSCLAG00000009184) PAPOLG (ENSCLAG00000008603) REL (ENSCLAG00000007490) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 124 EMC2 (ENSCLAG00000004492) EIF3E (ENSCLAG00000014021) RSPO2 (ENSCLAG00000013840) ANGPT1 (ENSCLAG00000014625) ENSCLAG00000007287 ##22 ABRA (ENSCLAG00000006852) OXR1 (ENSCLAG00000006103) ZFPM2 (ENSCLAG00000005797) LRP12 (ENSCLAG00000005081) DPYS (ENSCLAG00000010295) DCSTAMP (ENSCLAG00000010026) RIMS2 (ENSCLAG00000011574) DCAF13 (ENSCLAG00000006565) SLC25A32 (ENSCLAG00000005938) ENSCLAG00000004942 FZD6 (ENSCLAG00000004386) ATP6V1C1 (ENSCLAG00000007454) Azin1 (ENSCLAG00000006685) KLF10 (ENSCLAG00000006194) ODF1 (ENSCLAG00000009658) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 27 ENSHGLG00000019151 NRROS (ENSHGLG00000019215) CEP19 (ENSHGLG00000044715) PIGX (ENSHGLG00000049080) ENSHGLG00000017173 SENP5 (ENSHGLG00000017185) ENSHGLG00000019489 NCBP2AS2 (ENSHGLG00000045447) PIGZ (ENSHGLG00000017273) MELTF (ENSHGLG00000017290) DLG1 (ENSHGLG00000017301) ENSHGLG00000047974 ENSHGLG00000047472 BDH1 (ENSHGLG00000010935) ENSHGLG00000035548 ENSHGLG00000019980 ##22 PPP1R2 (ENSHGLG00000011888) ACAP2 (ENSHGLG00000012258) XXYLT1 (ENSHGLG00000012615) ENSHGLG00000032092 ENSHGLG00000033234 FAM43A (ENSHGLG00000049644) LSG1 (ENSHGLG00000017390) ATP13A3 (ENSHGLG00000017411) GP5 (ENSHGLG00000038390) LRRC15 (ENSHGLG00000017428) CPN2 (ENSHGLG00000045241) ENSHGLG00000040383 HES1 (ENSHGLG00000032453) OPA1 (ENSHGLG00000017084) ATP13A4 (ENSHGLG00000017044) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 17 ENSHGLG00000003916 ENSHGLG00000003008 ENSHGLG00000007875 ENSHGLG00000009221 PTPDC1 (ENSHGLG00000002865) ENSHGLG00000003466 ENSHGLG00000048848 ENSHGLG00000048279 ENSHGLG00000042300 ENSHGLG00000032949 FAM120A (ENSHGLG00000006314) ENSHGLG00000042241 ENSHGLG00000041637 ENSHGLG00000041105 WNK2 (ENSHGLG00000006602) ENSHGLG00000011629 ##22 NINJ1 (ENSHGLG00000046840) CARD19 (ENSHGLG00000036319) SUSD3 (ENSHGLG00000017913) FGD3 (ENSHGLG00000017946) ENSHGLG00000033729 ENSHGLG00000036816 ENSHGLG00000040445 ENSHGLG00000046071 ECM2 (ENSHGLG00000008935) ASPN (ENSHGLG00000010675) ENSHGLG00000011071 ENSHGLG00000006659 ENSHGLG00000047003 ENSHGLG00000046096 ENSHGLG00000038940 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 118 IL17F (ENSCLAG00000011803) MCM3 (ENSCLAG00000015905) PAQR8 (ENSCLAG00000017940) EFHC1 (ENSCLAG00000017038) TRAM2 (ENSCLAG00000012768) TMEM14A (ENSCLAG00000012364) ENSCLAG00000011460 ENSCLAG00000011232 ENSCLAG00000015569 ENSCLAG00000015281 SMOC2 (ENSCLAG00000014318) THBS2 (ENSCLAG00000015165) WDR27 (ENSCLAG00000008515) C6orf120 (ENSCLAG00000013630) PHF10 (ENSCLAG00000012283) ENSCLAG00000011269 ##22 ERMARD (ENSCLAG00000010666) DLL1 (ENSCLAG00000012564) FAM120B (ENSCLAG00000014467) PSMB1 (ENSCLAG00000010944) TBP (ENSCLAG00000010054) PDCD2 (ENSCLAG00000009531) ENSCLAG00000009706 ENSCLAG00000012277 CILK1 (ENSCLAG00000011418) FBXO9 (ENSCLAG00000008452) GCM1 (ENSCLAG00000010389) ELOVL5 (ENSCLAG00000010843) GCLC (ENSCLAG00000008717) KLHL31 (ENSCLAG00000009090) LRRC1 (ENSCLAG00000012395) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.b ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 129 SYT13 (ENSCLAG00000014302) PRDM11 (ENSCLAG00000015369) TP53I11 (ENSCLAG00000013412) TSPAN18 (ENSCLAG00000013370) CD82 (ENSCLAG00000013557) ALX4 (ENSCLAG00000013928) EXT2 (ENSCLAG00000014428) C11orf96 (ENSCLAG00000018096) ALKBH3 (ENSCLAG00000016579) HSD17B12 (ENSCLAG00000016216) TTC17 (ENSCLAG00000012857) API5 (ENSCLAG00000013707) ENSCLAG00000015133 LRRC4C (ENSCLAG00000015479) ENSCLAG00000013706 ENSCLAG00000017889 ##22 IFTAP (ENSCLAG00000016504) RAG2 (ENSCLAG00000016493) RAG1 (ENSCLAG00000015510) TRAF6 (ENSCLAG00000015588) PRR5L (ENSCLAG00000015373) COMMD9 (ENSCLAG00000014761) LDLRAD3 (ENSCLAG00000013692) TRIM44 (ENSCLAG00000014212) FJX1 (ENSCLAG00000014978) PAMR1 (ENSCLAG00000014744) SLC1A2 (ENSCLAG00000014237) ENSCLAG00000015376 PDHX (ENSCLAG00000014466) APIP (ENSCLAG00000014703) EHF (ENSCLAG00000017235) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 56 PALS2 (ENSODEG00000007676) ENSODEG00000007712 OSBPL3 (ENSODEG00000008161) ENSODEG00000007611 C7orf31 (ENSODEG00000008263) ENSODEG00000011380 NPVF (ENSODEG00000009144) ENSODEG00000007198 ENSODEG00000007532 NFE2L3 (ENSODEG00000007181) ENSODEG00000008757 ENSODEG00000008405 SNX10 (ENSODEG00000007480) ENSODEG00000019395 SKAP2 (ENSODEG00000008150) ENSODEG00000009507 ##22 HOXA1 (ENSODEG00000008589) HOXA2 (ENSODEG00000009002) HOXA3 (ENSODEG00000009161) ENSODEG00000007568 HOXA5 (ENSODEG00000007850) HOXA6 (ENSODEG00000007928) HOXA7 (ENSODEG00000008762) HOXA9 (ENSODEG00000009347) ENSODEG00000009545 ENSODEG00000009794 HOXA11 (ENSODEG00000010282) HOXA13 (ENSODEG00000007693) EVX1 (ENSODEG00000007853) HIBADH (ENSODEG00000010442) ENSODEG00000007935 Degu MODERN SPECIES 120 WSCD2 (ENSODEG00000007251) FICD (ENSODEG00000006909) SART3 (ENSODEG00000008547) ENSODEG00000007790 ENSODEG00000007506 CORO1C (ENSODEG00000007444) ENSODEG00000019365 SSH1 (ENSODEG00000008770) DAO (ENSODEG00000006451) SVOP (ENSODEG00000008018) USP30 (ENSODEG00000007609) ALKBH2 (ENSODEG00000007069) UNG (ENSODEG00000006529) ENSODEG00000006277 ENSODEG00000006437 ENSODEG00000009630 ##22 ENSODEG00000006773 ENSODEG00000006798 ENSODEG00000006462 OASL (ENSODEG00000006970) C12orf43 (ENSODEG00000006506) HNF1A (ENSODEG00000007197) ENSODEG00000006851 SPPL3 (ENSODEG00000007014) ACADS (ENSODEG00000008710) UNC119B (ENSODEG00000006951) MLEC (ENSODEG00000006857) ENSODEG00000006509 ENSODEG00000006549 RNF10 (ENSODEG00000007815) COQ5 (ENSODEG00000006329) Degu MODERN SPECIES 44 DSC2 (ENSODEG00000018413) DSC1 (ENSODEG00000018325) DSG1 (ENSODEG00000018310) DSG4 (ENSODEG00000018468) DSG3 (ENSODEG00000018316) ENSODEG00000018312 TTR (ENSODEG00000018347) B4GALT6 (ENSODEG00000018324) ENSODEG00000018411 ENSODEG00000018406 ENSODEG00000018452 MEP1B (ENSODEG00000018454) GAREM1 (ENSODEG00000018355) ENSODEG00000018292 KLHL14 (ENSODEG00000018307) ENSODEG00000020529 ##22 ASXL3 (ENSODEG00000018431) NOL4 (ENSODEG00000018414) ENSODEG00000018326 DTNA (ENSODEG00000018476) MAPRE2 (ENSODEG00000018430) ZNF397 (ENSODEG00000018455) ENSODEG00000018301 ENSODEG00000018345 ZNF24 (ENSODEG00000018328) ENSODEG00000020539 ENSODEG00000018420 ENSODEG00000018453 ENSODEG00000018436 ENSODEG00000020532 GALNT1 (ENSODEG00000018395) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 371 ENSJJAG00000000230 ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 360 Ribc1 (ENSMOCG00000014134) Smc1a (ENSMOCG00000016110) Iqsec2 (ENSMOCG00000014030) Kdm5c (ENSMOCG00000012222) Tspyl2 (ENSMOCG00000017617) Gpr173 (ENSMOCG00000000318) Cldn34a (ENSMOCG00000006440) Gpr143 (ENSMOCG00000012839) ENSMOCG00000005167 Uba1 (ENSMOCG00000016465) Rbm10 (ENSMOCG00000022485) Ndufb11 (ENSMOCG00000013805) ENSMOCG00000010653 Rgn (ENSMOCG00000015014) Jade3 (ENSMOCG00000019995) ENSMOCG00000008729 ##22 ENSMOCG00000013860 Rp2 (ENSMOCG00000016566) ENSMOCG00000018475 Slc9a7 (ENSMOCG00000023006) Chst7 (ENSMOCG00000008581) ENSMOCG00000010437 ENSMOCG00000020253 ENSMOCG00000010334 ENSMOCG00000001151 Dipk2b (ENSMOCG00000000808) Kdm6a (ENSMOCG00000017535) ENSMOCG00000023016 Dusp21 (ENSMOCG00000003078) Fundc1 (ENSMOCG00000022023) Efhc2 (ENSMOCG00000021878) Prairie vole MODERN SPECIES 94 Srek1ip1 (ENSMOCG00000018975) Cwc27 (ENSMOCG00000001833) Adamts6 (ENSMOCG00000013917) Cenpk (ENSMOCG00000019943) Ppwd1 (ENSMOCG00000000551) Trim23 (ENSMOCG00000018771) Trappc13 (ENSMOCG00000016517) Sgtb (ENSMOCG00000019258) Nln (ENSMOCG00000002226) Erbin (ENSMOCG00000000147) ENSMOCG00000001536 ENSMOCG00000001818 ENSMOCG00000019711 Cd180 (ENSMOCG00000002057) Pik3r1 (ENSMOCG00000002843) ENSMOCG00000017918 ##22 Slc30a5 (ENSMOCG00000017446) ENSMOCG00000005601 Cenph (ENSMOCG00000013473) ENSMOCG00000004070 Cdk7 (ENSMOCG00000001992) ENSMOCG00000016763 ENSMOCG00000016275 ENSMOCG00000011786 Rad17 (ENSMOCG00000015264) Marveld2 (ENSMOCG00000014896) ENSMOCG00000003438 ENSMOCG00000000565 ENSMOCG00000016525 ENSMOCG00000012698 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 788 Fgf13 (ENSMAUG00000008666) Magea13 (ENSMAUG00000019340) Zic3 (ENSMAUG00000009402) Gpr101 (ENSMAUG00000000743) Tm9sf5 (ENSMAUG00000018307) Rbmx (ENSMAUG00000019654) ENSMAUG00000008083 Cd40lg (ENSMAUG00000019910) Vgll1 (ENSMAUG00000019769) Htatsf1 (ENSMAUG00000007235) Brs3 (ENSMAUG00000019309) ENSMAUG00000011586 ENSMAUG00000000915 Map7d3 (ENSMAUG00000000471) Fhl1 (ENSMAUG00000014161) ENSMAUG00000019556 ##22 ENSMAUG00000017424 ENSMAUG00000016024 ENSMAUG00000012472 Ints6l (ENSMAUG00000011393) ENSMAUG00000009462 Zfp449 (ENSMAUG00000018623) Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 160 Fam229b (ENSCGRG00001012149) Tube1 (ENSCGRG00001012631) Ccn6 (ENSCGRG00001011722) ENSCGRG00001014335 ENSCGRG00001012299 Fyn (ENSCGRG00001013292) Traf3ip2 (ENSCGRG00001022894) Rev3l (ENSCGRG00001006588) Mfsd4b4 (ENSCGRG00001018700) ENSCGRG00001019786 ENSCGRG00001021041 Mfsd4b5 (ENSCGRG00001023659) ENSCGRG00001000675 ENSCGRG00001001576 Slc16a10 (ENSCGRG00001004043) ENSCGRG00001014458 ##22 ENSCGRG00001007331 Gtf3c6 (ENSCGRG00001010188) ENSCGRG00001010501 Cdk19 (ENSCGRG00001013081) ENSCGRG00001006339 ENSCGRG00001008723 Slc22a16 (ENSCGRG00001010111) Ddo (ENSCGRG00001010313) Mettl24 (ENSCGRG00001012045) Cdc40 (ENSCGRG00001012490) Wasf1 (ENSCGRG00001013706) Gpr6 (ENSCGRG00001015004) Fig4 (ENSCGRG00001015893) ENSCGRG00001017899 Zbtb24 (ENSCGRG00001019499) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 184 Klhl2 (ENSCGRG00001024220) Tmem192 (ENSCGRG00001004418) ENSCGRG00001002342 Trim61 (ENSCGRG00001008597) Apela (ENSCGRG00001009208) Smim31 (ENSCGRG00001010073) Marchf1 (ENSCGRG00001015013) Tma16 (ENSCGRG00001017111) Tktl2 (ENSCGRG00001003220) Npy5r (ENSCGRG00001001699) Npy1r (ENSCGRG00001017400) Naf1 (ENSCGRG00001018484) Nat1 (ENSCGRG00001019576) Nat2 (ENSCGRG00001001166) Psd3 (ENSCGRG00001003130) ENSCGRG00001000640 ##22 Sh2d4a (ENSCGRG00001003728) Csgalnact1 (ENSCGRG00001009227) Ints10 (ENSCGRG00001014805) Lpl (ENSCGRG00001017386) Slc18a1 (ENSCGRG00001019831) Atp6v1b2 (ENSCGRG00001020889) Lzts1 (ENSCGRG00001000408) ENSCGRG00001001789 ENSCGRG00001004829 ENSCGRG00001012076 ENSCGRG00001012409 ENSCGRG00001000605 ENSCGRG00001002386 Zfp709 (ENSCGRG00001006005) ENSCGRG00001008064 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 44 MKLN1 (ENSSBOG00000033694) PODXL (ENSSBOG00000036080) PLXNA4 (ENSSBOG00000021720) CHCHD3 (ENSSBOG00000023082) EXOC4 (ENSSBOG00000029338) LRGUK (ENSSBOG00000026439) SLC35B4 (ENSSBOG00000021634) ENSSBOG00000032642 AKR1B10 (ENSSBOG00000029013) BPGM (ENSSBOG00000012638) CALD1 (ENSSBOG00000019974) AGBL3 (ENSSBOG00000003499) CYREN (ENSSBOG00000028875) WDR91 (ENSSBOG00000035597) STRA8 (ENSSBOG00000033188) ENSSBOG00000025530 ##22 CNOT4 (ENSSBOG00000020808) NUP205 (ENSSBOG00000034990) STMP1 (ENSSBOG00000022931) SLC13A4 (ENSSBOG00000023042) FAM180A (ENSSBOG00000020108) ENSSBOG00000020941 MTPN (ENSSBOG00000020347) Mas night monkey MODERN SPECIES 805 LIG3 (ENSANAG00000027289) RFFL (ENSANAG00000024559) RAD51D (ENSANAG00000026327) FNDC8 (ENSANAG00000038020) NLE1 (ENSANAG00000029916) UNC45B (ENSANAG00000029104) ENSANAG00000018728 ENSANAG00000020029 ##22 ENSANAG00000019510 SLFN5 (ENSANAG00000020516) SLFN11 (ENSANAG00000018777) ENSANAG00000038116 SLFN14 (ENSANAG00000038117) PEX12 (ENSANAG00000007379) ENSANAG00000019452 RASL10B (ENSANAG00000022158) GAS2L2 (ENSANAG00000029020) C17orf50 (ENSANAG00000033358) MMP28 (ENSANAG00000037562) TAF15 (ENSANAG00000020904) HEATR9 (ENSANAG00000034198) ENSANAG00000038037 RDM1 (ENSANAG00000032752) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2235 ENSRBIG00000028042 ENSRBIG00000033527 ##22 CNIH3 (ENSRBIG00000003860) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Gibbon MODERN SPECIES 4 RAB1A (ENSNLEG00000009944) ENSNLEG00000009939 SLC1A4 (ENSNLEG00000009927) SERTAD2 (ENSNLEG00000029151) ENSNLEG00000009923 AFTPH (ENSNLEG00000009902) LGALSL (ENSNLEG00000031680) ENSNLEG00000028443 PELI1 (ENSNLEG00000009891) VPS54 (ENSNLEG00000009859) UGP2 (ENSNLEG00000031494) ENSNLEG00000035245 MDH1 (ENSNLEG00000009823) WDPCP (ENSNLEG00000009810) OTX1 (ENSNLEG00000009808) ENSNLEG00000027460 ##22 EHBP1 (ENSNLEG00000009764) TMEM17 (ENSNLEG00000009759) B3GNT2 (ENSNLEG00000035442) COMMD1 (ENSNLEG00000033234) CCT4 (ENSNLEG00000009723) FAM161A (ENSNLEG00000009719) XPO1 (ENSNLEG00000009680) USP34 (ENSNLEG00000009598) ENSNLEG00000027829 ENSNLEG00000034163 C2orf74 (ENSNLEG00000009582) SANBR (ENSNLEG00000009560) PEX13 (ENSNLEG00000009552) PUS10 (ENSNLEG00000009527) ENSNLEG00000035207 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bonobo MODERN SPECIES ERICH3 (ENSPPAG00000032285) CRYZ (ENSPPAG00000042710) TYW3 (ENSPPAG00000043438) LHX8 (ENSPPAG00000036431) SLC44A5 (ENSPPAG00000029429) ENSPPAG00000027778 ACADM (ENSPPAG00000036005) ENSPPAG00000002504 RABGGTB (ENSPPAG00000033708) MSH4 (ENSPPAG00000036948) ASB17 (ENSPPAG00000039777) ST6GALNAC3 (ENSPPAG00000029808) ENSPPAG00000033182 ST6GALNAC5 (ENSPPAG00000025247) PIGK (ENSPPAG00000039870) ENSPPAG00000038452 ##22 AK5 (ENSPPAG00000033952) ZZZ3 (ENSPPAG00000039210) USP33 (ENSPPAG00000043017) MIGA1 (ENSPPAG00000034093) NEXN (ENSPPAG00000031451) ENSPPAG00000038243 DNAJB4 (ENSPPAG00000035241) GIPC2 (ENSPPAG00000038573) PTGFR (ENSPPAG00000034207) IFI44L (ENSPPAG00000032207) ENSPPAG00000008179 IFI44 (ENSPPAG00000043212) ENSPPAG00000043937 ADGRL4 (ENSPPAG00000044128) ENSPPAG00000036091 Chimpanzee MODERN SPECIES 6 BBS4 (ENSPTRG00000007255) HIGD2B (ENSPTRG00000007254) ARIH1 (ENSPTRG00000007253) TMEM202 (ENSPTRG00000007252) ##9 ENSPTRG00000047854 HEXA (ENSPTRG00000007249) CELF6 (ENSPTRG00000034360) PARP6 (ENSPTRG00000007247) PKM (ENSPTRG00000007246) GRAMD2A (ENSPTRG00000007245) SENP8 (ENSPTRG00000043107) ENSPTRG00000045341 MYO9A (ENSPTRG00000007243) ENSPTRG00000042780 NR2E3 (ENSPTRG00000007242) ENSPTRG00000046782 ##22 ENSPTRG00000047359 THSD4 (ENSPTRG00000007240) CT62 (ENSPTRG00000039639) ENSPTRG00000046296 THAP10 (ENSPTRG00000007235) LRRC49 (ENSPTRG00000007236) LARP6 (ENSPTRG00000007234) UACA (ENSPTRG00000007232) TLE3 (ENSPTRG00000007231) RPLP1 (ENSPTRG00000007228) ENSPTRG00000043652 KIF23 (ENSPTRG00000007227) PAQR5 (ENSPTRG00000040959) GLCE (ENSPTRG00000007224) NOX5 (ENSPTRG00000007222) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 12 ENSRFEG00010010950 PTPN12 (ENSRFEG00010010747) RSBN1L (ENSRFEG00010010498) TMEM60 (ENSRFEG00010021369) PHTF2 (ENSRFEG00010021314) MAGI2 (ENSRFEG00010020887) GNAI1 (ENSRFEG00010020744) GNAT3 (ENSRFEG00010020704) CD36 (ENSRFEG00010020627) SEMA3C (ENSRFEG00010020579) HGF (ENSRFEG00010020505) CACNA2D1 (ENSRFEG00010020354) PCLO (ENSRFEG00010020254) SEMA3E (ENSRFEG00010020186) SEMA3A (ENSRFEG00010020164) ENSRFEG00010020136 ##22 SEMA3D (ENSRFEG00010020106) GRM3 (ENSRFEG00010020073) ELAPOR2 (ENSRFEG00010019853) ENSRFEG00010019808 DMTF1 (ENSRFEG00010019725) TMEM243 (ENSRFEG00010019699) CROT (ENSRFEG00010019641) ABCB1 (ENSRFEG00010019441) RUNDC3B (ENSRFEG00010019270) SLC25A40 (ENSRFEG00010019219) ENSRFEG00010019125 ADAM22 (ENSRFEG00010018979) SRI (ENSRFEG00010018884) STEAP4 (ENSRFEG00010018812) TEX47 (ENSRFEG00010018787) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES ENSAMEG00000027782 BCHE (ENSAMEG00000007861) ENSAMEG00000025426 ZBBX (ENSAMEG00000006885) SERPINI2 (ENSAMEG00000002206) WDR49 (ENSAMEG00000002198) PDCD10 (ENSAMEG00000002181) SERPINI1 (ENSAMEG00000002160) GOLIM4 (ENSAMEG00000002129) MECOM (ENSAMEG00000002052) ACTRT3 (ENSAMEG00000002050) MYNN (ENSAMEG00000002034) LRRC34 (ENSAMEG00000002009) LRRIQ4 (ENSAMEG00000002005) LRRC31 (ENSAMEG00000004595) ENSAMEG00000024138 ##22 SAMD7 (ENSAMEG00000004606) SEC62 (ENSAMEG00000004609) ENSAMEG00000026594 GPR160 (ENSAMEG00000019438) PHC3 (ENSAMEG00000004625) PRKCI (ENSAMEG00000004662) SKIL (ENSAMEG00000004676) CLDN11 (ENSAMEG00000029228) SLC7A14 (ENSAMEG00000004703) ENSAMEG00000004730 EIF5A2 (ENSAMEG00000025642) SLC2A2 (ENSAMEG00000004758) TNIK (ENSAMEG00000004798) PLD1 (ENSAMEG00000000864) TMEM212 (ENSAMEG00000000944) Giant Panda MODERN SPECIES 1202 ENSAMEG00000027996 ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 195 ENSMPUG00000000923 HAUS1 (ENSMPUG00000000919) C18orf25 (ENSMPUG00000000916) RNF165 (ENSMPUG00000000899) LOXHD1 (ENSMPUG00000000881) ST8SIA5 (ENSMPUG00000000867) PIAS2 (ENSMPUG00000000861) KATNAL2 (ENSMPUG00000000857) HDHD2 (ENSMPUG00000000855) ENSMPUG00000000851 SMAD2 (ENSMPUG00000000850) ZBTB7C (ENSMPUG00000000848) CTIF (ENSMPUG00000000844) SMAD7 (ENSMPUG00000000842) DYM (ENSMPUG00000000838) ENSMPUG00000000819 ##22 ENSMPUG00000000801 ##22 LIPG (ENSMPUG00000000750) ACAA2 (ENSMPUG00000000749) MYO5B (ENSMPUG00000000748) Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Dog MODERN SPECIES 1 KCNMB4 (ENSCAFG00845019977) CNOT2 (ENSCAFG00845019498) MYRFL (ENSCAFG00845018692) RAB3IP (ENSCAFG00845018149) BEST3 (ENSCAFG00845017873) ENSCAFG00845017815 LRRC10 (ENSCAFG00845017783) CCT2 (ENSCAFG00845017606) FRS2 (ENSCAFG00845017484) YEATS4 (ENSCAFG00845017320) LYZ (ENSCAFG00845017223) ENSCAFG00845017170 ENSCAFG00845017068 ENSCAFG00845017015 CPM (ENSCAFG00845016944) ENSCAFG00845016874 ##22 MDM2 (ENSCAFG00845016387) NUP107 (ENSCAFG00845014063) RAP1B (ENSCAFG00845013952) ENSCAFG00845013885 MDM1 (ENSCAFG00845013780) IL22 (ENSCAFG00845013728) IL26 (ENSCAFG00845013704) IFNG (ENSCAFG00845013680) DYRK2 (ENSCAFG00845013634) CAND1 (ENSCAFG00845013572) ENSCAFG00845013550 GRIP1 (ENSCAFG00845013018) HELB (ENSCAFG00845012872) ENSCAFG00845012852 IRAK3 (ENSCAFG00845012698) Red fox MODERN SPECIES 158 SDSL (ENSVVUG00000007925) SDS (ENSVVUG00000007943) PLBD2 (ENSVVUG00000008008) SLC8B1 (ENSVVUG00000009938) TPCN1 (ENSVVUG00000010172) IQCD (ENSVVUG00000010207) RITA1 (ENSVVUG00000010210) DDX54 (ENSVVUG00000010212) CFAP73 (ENSVVUG00000010231) RASAL1 (ENSVVUG00000010257) DTX1 (ENSVVUG00000010313) OAS2 (ENSVVUG00000010321) OAS3 (ENSVVUG00000010348) OAS1 (ENSVVUG00000010357) RPH3A (ENSVVUG00000010363) ENSVVUG00000010391 ##22 ENSVVUG00000010399 HECTD4 (ENSVVUG00000010459) ENSVVUG00000012458 TRAFD1 (ENSVVUG00000012462) NAA25 (ENSVVUG00000012553) ERP29 (ENSVVUG00000013075) TMEM116 (ENSVVUG00000013081) ENSVVUG00000013109 ENSVVUG00000013120 MAPKAPK5 (ENSVVUG00000013166) ALDH2 (ENSVVUG00000014130) ACAD10 (ENSVVUG00000015271) BRAP (ENSVVUG00000015293) ATXN2 (ENSVVUG00000016107) SH2B3 (ENSVVUG00000016126) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 lion MODERN SPECIES 11 PPIF (ENSPLOG00000009388) ZCCHC24 (ENSPLOG00000009359) ANXA11 (ENSPLOG00000009306) ENSPLOG00000009261 TMEM254 (ENSPLOG00000009112) SFTPD (ENSPLOG00000008966) ENSPLOG00000008931 ENSPLOG00000008891 MAT1A (ENSPLOG00000008835) DYDC1 (ENSPLOG00000008784) DYDC2 (ENSPLOG00000008760) PRXL2A (ENSPLOG00000008707) TSPAN14 (ENSPLOG00000008575) SH2D4B (ENSPLOG00000008503) ENSPLOG00000008484 ENSPLOG00000008457 ##22 NRG3 (ENSPLOG00000008323) ENSPLOG00000008300 ENSPLOG00000008255 ENSPLOG00000008234 GHITM (ENSPLOG00000008205) GPR15LG (ENSPLOG00000008181) CDHR1 (ENSPLOG00000008089) LRIT2 (ENSPLOG00000008047) LRIT1 (ENSPLOG00000008018) RGR (ENSPLOG00000007861) CCSER2 (ENSPLOG00000007805) GRID1 (ENSPLOG00000007714) WAPL (ENSPLOG00000022015) OPN4 (ENSPLOG00000021883) LDB3 (ENSPLOG00000021595) leopard MODERN SPECIES 23 OR2A2 (ENSPPRG00000019138) ENSPPRG00000019126 ENSPPRG00000019111 ENSPPRG00000022167 ENSPPRG00000019094 ENSPPRG00000022140 NOBOX (ENSPPRG00000022086) TPK1 (ENSPPRG00000022033) ENSPPRG00000022002 ENSPPRG00000021978 CNTNAP2 (ENSPPRG00000021920) CUL1 (ENSPPRG00000021789) EZH2 (ENSPPRG00000021506) PDIA4 (ENSPPRG00000021383) ENSPPRG00000021368 ENSPPRG00000019071 ##22 ZNF425 (ENSPPRG00000021296) ENSPPRG00000021266 ENSPPRG00000021240 ZNF282 (ENSPPRG00000021214) ZNF212 (ENSPPRG00000021175) ZNF783 (ENSPPRG00000021148) ZNF777 (ENSPPRG00000021114) ZNF746 (ENSPPRG00000021087) ZNF467 (ENSPPRG00000020845) ZNF862 (ENSPPRG00000020422) ATP6V0E2 (ENSPPRG00000020377) LRRC61 (ENSPPRG00000019060) RARRES2 (ENSPPRG00000020325) REPIN1 (ENSPPRG00000020288) ZNF775 (ENSPPRG00000020256) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Alpaca MODERN SPECIES 4978 ENSVPAG00000003481 ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 305 IAH1 (ENSMMNG00015007332) ADAM17 (ENSMMNG00015007247) YWHAQ (ENSMMNG00015007193) TAF1B (ENSMMNG00015007142) GRHL1 (ENSMMNG00015007097) KLF11 (ENSMMNG00015007075) CYS1 (ENSMMNG00015007058) ENSMMNG00015007031 HPCAL1 (ENSMMNG00015007009) ENSMMNG00015006983 NOL10 (ENSMMNG00015006937) ATP6V1C2 (ENSMMNG00015006876) PDIA6 (ENSMMNG00015006773) KCNF1 (ENSMMNG00015006742) SLC66A3 (ENSMMNG00015006697) ENSMMNG00015006662 ##22 ROCK2 (ENSMMNG00015006633) E2F6 (ENSMMNG00015006595) ENSMMNG00015006580 GREB1 (ENSMMNG00015006496) NTSR2 (ENSMMNG00015006444) LPIN1 (ENSMMNG00015006305) ENSMMNG00015006235 TRIB2 (ENSMMNG00015006221) ENSMMNG00015006201 LRATD1 (ENSMMNG00015006182) NBAS (ENSMMNG00015005986) DDX1 (ENSMMNG00015005859) ENSMMNG00015005828 ENSMMNG00015005811 ENSMMNG00015005798 Beluga whale MODERN SPECIES 37 ADAM17 (ENSDLEG00000004858) YWHAQ (ENSDLEG00000004846) TAF1B (ENSDLEG00000004806) GRHL1 (ENSDLEG00000004790) KLF11 (ENSDLEG00000004778) CYS1 (ENSDLEG00000004756) ENSDLEG00000004724 HPCAL1 (ENSDLEG00000004713) ODC1 (ENSDLEG00000004685) NOL10 (ENSDLEG00000004668) ATP6V1C2 (ENSDLEG00000004632) PDIA6 (ENSDLEG00000004606) KCNF1 (ENSDLEG00000004602) PQLC3 (ENSDLEG00000004589) ENSDLEG00000004566 ENSDLEG00000004551 ##22 ENSDLEG00000004536 E2F6 (ENSDLEG00000004522) GREB1 (ENSDLEG00000004506) NTSR2 (ENSDLEG00000004495) LPIN1 (ENSDLEG00000004420) ENSDLEG00000004406 TRIB2 (ENSDLEG00000004400) ENSDLEG00000004393 ENSDLEG00000004388 FAM84A (ENSDLEG00000004385) NBAS (ENSDLEG00000004320) DDX1 (ENSDLEG00000004022) ENSDLEG00000003947 ENSDLEG00000003941 MYCN (ENSDLEG00000003931) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 17 CYTH4 (ENSPCTG00005006948) ELFN2 (ENSPCTG00005007175) MFNG (ENSPCTG00005007210) ENSPCTG00005007291 ENSPCTG00005007305 LGALS1 (ENSPCTG00005007326) NOL12 (ENSPCTG00005007352) ENSPCTG00005007373 ENSPCTG00005007394 ENSPCTG00005007427 ENSPCTG00005007579 KCNJ4 (ENSPCTG00005007882) KDELR3 (ENSPCTG00005007902) DDX17 (ENSPCTG00005007944) DMC1 (ENSPCTG00005007974) ENSPCTG00005008062 ##22 FAM227A (ENSPCTG00005008086) CBY1 (ENSPCTG00005008189) SUN2 (ENSPCTG00005008220) DNAL4 (ENSPCTG00005008327) ENSPCTG00005008353 ENSPCTG00005008379 ENSPCTG00005008449 SYNGR1 (ENSPCTG00005009002) TAB1 (ENSPCTG00005009063) MGAT3 (ENSPCTG00005009122) ENTHD1 (ENSPCTG00005009147) CACNA1I (ENSPCTG00005009256) TNRC6B (ENSPCTG00005009548) ADSL (ENSPCTG00005010119) SGSM3 (ENSPCTG00005010825) Sperm whale MODERN SPECIES 520 ENSPCTG00005018410 ##22 NR1D1 (ENSPCTG00005018363) THRA (ENSPCTG00005018305) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 31 ACSL3 (ENSCHYG00000022341) KCNE4 (ENSCHYG00000022309) SCG2 (ENSCHYG00000022276) AP1S3 (ENSCHYG00000022169) WDFY1 (ENSCHYG00000022020) MRPL44 (ENSCHYG00000021987) SERPINE2 (ENSCHYG00000021898) FAM124B (ENSCHYG00000021856) CUL3 (ENSCHYG00000021376) CCDC195 (ENSCHYG00000021314) DOCK10 (ENSCHYG00000020928) NYAP2 (ENSCHYG00000020801) ENSCHYG00000020734 ENSCHYG00000020698 IRS1 (ENSCHYG00000020656) ENSCHYG00000020613 ##22 RHBDD1 (ENSCHYG00000020452) COL4A4 (ENSCHYG00000018791) ENSCHYG00000018528 ENSCHYG00000017266 TM4SF20 (ENSCHYG00000017177) AGFG1 (ENSCHYG00000016822) ENSCHYG00000016720 ENSCHYG00000016686 ENSCHYG00000016605 ENSCHYG00000016581 SCYGR8 (ENSCHYG00000016560) CCL20 (ENSCHYG00000016439) ENSCHYG00000016318 SPHKAP (ENSCHYG00000016080) PID1 (ENSCHYG00000015891) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 11 MISFA (ENSCHYG00000017128) SPTY2D1 (ENSCHYG00000017059) TMEM86A (ENSCHYG00000017014) PTPN5 (ENSCHYG00000016835) ENSCHYG00000016803 ZDHHC13 (ENSCHYG00000016429) CSRP3 (ENSCHYG00000016300) E2F8 (ENSCHYG00000016190) NAV2 (ENSCHYG00000011779) DBX1 (ENSCHYG00000011489) ENSCHYG00000011455 ENSCHYG00000011190 PRMT3 (ENSCHYG00000010820) SLC6A5 (ENSCHYG00000010711) NELL1 (ENSCHYG00000010475) ENSCHYG00000010427 ##22 ANO5 (ENSCHYG00000009862) SLC17A6 (ENSCHYG00000009689) FANCF (ENSCHYG00000009636) GAS2 (ENSCHYG00000009479) ENSCHYG00000009425 CCDC179 (ENSCHYG00000009380) ENSCHYG00000009355 ENSCHYG00000009321 ENSCHYG00000009185 ENSCHYG00000009058 ENSCHYG00000008843 ENSCHYG00000004057 PAK1 (ENSCHYG00000004009) AQP11 (ENSCHYG00000003991) CLNS1A (ENSCHYG00000003949) Yarkand deer MODERN SPECIES 3 ENSCHYG00000006497 RPS6KL1 (ENSCHYG00000006336) DLST (ENSCHYG00000006173) PROX2 (ENSCHYG00000006125) YLPM1 (ENSCHYG00000005805) FCF1 (ENSCHYG00000005712) AREL1 (ENSCHYG00000005628) ENSCHYG00000005614 LTBP2 (ENSCHYG00000005208) ISCA2 (ENSCHYG00000004587) ENSCHYG00000004570 SYNDIG1L (ENSCHYG00000023714) VRTN (ENSCHYG00000023697) ABCD4 (ENSCHYG00000023537) VSX2 (ENSCHYG00000023493) ENSCHYG00000023471 ##22 LIN52 (ENSCHYG00000023413) ALDH6A1 (ENSCHYG00000023203) BBOF1 (ENSCHYG00000023091) ENTPD5 (ENSCHYG00000022954) COQ6 (ENSCHYG00000022859) FAM161B (ENSCHYG00000022799) ZNF410 (ENSCHYG00000022523) PTGR2 (ENSCHYG00000022406) MIDEAS (ENSCHYG00000022251) PNMA1 (ENSCHYG00000022219) DNAL1 (ENSCHYG00000022094) ACOT6 (ENSCHYG00000021951) RIOX1 (ENSCHYG00000021826) HEATR4 (ENSCHYG00000021581) NUMB (ENSCHYG00000021106) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 252 ENSMMSG00000014144 ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 26 UNC13A (ENSCHIG00000010742) MAP1S (ENSCHIG00000019831) FCHO1 (ENSCHIG00000018069) B3GNT3 (ENSCHIG00000025864) INSL3 (ENSCHIG00000020939) JAK3 (ENSCHIG00000009142) ENSCHIG00000025646 SLC5A5 (ENSCHIG00000020647) CCDC124 (ENSCHIG00000018622) KCNN1 (ENSCHIG00000014377) ARRDC2 (ENSCHIG00000007606) IL12RB1 (ENSCHIG00000027177) MAST3 (ENSCHIG00000026065) PIK3R2 (ENSCHIG00000005705) IFI30 (ENSCHIG00000005544) ENSCHIG00000010984 ##22 RAB3A (ENSCHIG00000007327) MPV17L2 (ENSCHIG00000025758) PDE4C (ENSCHIG00000020852) ENSCHIG00000008980 LSM4 (ENSCHIG00000010928) PGPEP1 (ENSCHIG00000026514) GDF15 (ENSCHIG00000027142) LRRC25 (ENSCHIG00000023973) SSBP4 (ENSCHIG00000021686) ISYNA1 (ENSCHIG00000023057) ELL (ENSCHIG00000018044) FKBP8 (ENSCHIG00000013446) KXD1 (ENSCHIG00000027154) ENSCHIG00000024401 REX1BD (ENSCHIG00000025942) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 16 MBD2 (ENSBTAG00000037457) DCC (ENSBTAG00000048378) ENSBTAG00000049503 MEX3C (ENSBTAG00000014886) SMAD4 (ENSBTAG00000006919) ELAC1 (ENSBTAG00000005683) ME2 (ENSBTAG00000016269) MRO (ENSBTAG00000047635) MAPK4 (ENSBTAG00000009907) SKA1 (ENSBTAG00000018216) CXXC1 (ENSBTAG00000021884) MBD1 (ENSBTAG00000003801) MYO5B (ENSBTAG00000019455) ACAA2 (ENSBTAG00000002863) LIPG (ENSBTAG00000048916) RPL17 (ENSBTAG00000022902) ##22 C24H18orf32 (ENSBTAG00000021334) DYM (ENSBTAG00000000024) SMAD7 (ENSBTAG00000012441) CTIF (ENSBTAG00000018901) ZBTB7C (ENSBTAG00000013306) SMAD2 (ENSBTAG00000039916) SKOR2 (ENSBTAG00000032962) IER3IP1 (ENSBTAG00000032961) HDHD2 (ENSBTAG00000011893) KATNAL2 (ENSBTAG00000019331) ENSBTAG00000047547 PIAS2 (ENSBTAG00000007833) ST8SIA5 (ENSBTAG00000001770) LOXHD1 (ENSBTAG00000015210) ENSBTAG00000048422 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2650 ATAD2 (ENSDNOG00000044383) ENSDNOG00000039877 NTAQ1 (ENSDNOG00000041867) FBXO32 (ENSDNOG00000012410) KLHL38 (ENSDNOG00000042298) ANXA13 (ENSDNOG00000012437) ENSDNOG00000040404 FAM91A1 (ENSDNOG00000031614) FER1L6 (ENSDNOG00000024981) ENSDNOG00000049776 ENSDNOG00000015725 ##22 ENSDNOG00000048580 ENSDNOG00000049373 ENSDNOG00000048521 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00950000183010.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 koala MODERN SPECIES 22 LIPG (ENSPCIG00000028229) ENSPCIG00000028230 ##22 C18orf32 (ENSPCIG00000032291) DYM (ENSPCIG00000031532) SMAD7 (ENSPCIG00000019168) CTIF (ENSPCIG00000026247) ZBTB7C (ENSPCIG00000015685) SMAD2 (ENSPCIG00000015690) SKOR2 (ENSPCIG00000006700) IER3IP1 (ENSPCIG00000033187) HDHD2 (ENSPCIG00000006706) KATNAL2 (ENSPCIG00000006712) PIAS2 (ENSPCIG00000006717) ENSPCIG00000006722 ENSPCIG00000006735 RNF165 (ENSPCIG00000006802) C18orf25 (ENSPCIG00000006809) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Microbat MODERN SPECIES 950 ENSMLUG00000024130 TNMD (ENSMLUG00000015840) TSPAN6 (ENSMLUG00000008238) SRPX2 (ENSMLUG00000002315) ENSMLUG00000028335 SYTL4 (ENSMLUG00000002322) CSTF2 (ENSMLUG00000004598) NOX1 (ENSMLUG00000004839) XKRX (ENSMLUG00000001968) ENSMLUG00000017665 ENSMLUG00000027055 TRMT2B (ENSMLUG00000016928) TMEM35A (ENSMLUG00000016932) CENPI (ENSMLUG00000016934) DRP2 (ENSMLUG00000017463) ENSMLUG00000025821 ##22 TAF7L (ENSMLUG00000017465) ENSMLUG00000004335 BTK (ENSMLUG00000004336) GLA (ENSMLUG00000004352) HNRNPH2 (ENSMLUG00000022366) ENSMLUG00000011759 ARMCX6 (ENSMLUG00000011931) ARMCX3 (ENSMLUG00000022956) ARMCX2 (ENSMLUG00000008986) ENSMLUG00000001104 ZMAT1 (ENSMLUG00000004417) ENSMLUG00000022272 BEX5 (ENSMLUG00000010729) ENSMLUG00000011810 GPRASP2 (ENSMLUG00000008246) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Dingo MODERN SPECIES 277 RBM46 (ENSCAFG00020002468) LRAT (ENSCAFG00020002463) ENSCAFG00020002457 FGG (ENSCAFG00020002432) ENSCAFG00020002422 ENSCAFG00020002417 FGB (ENSCAFG00020002385) PLRG1 (ENSCAFG00020002361) DCHS2 (ENSCAFG00020002344) SFRP2 (ENSCAFG00020002334) ENSCAFG00020002333 RNF175 (ENSCAFG00020002322) TLR2 (ENSCAFG00020002318) TMEM131L (ENSCAFG00020001730) ENSCAFG00020001589 ENSCAFG00020001580 ##22 MND1 (ENSCAFG00020001543) TRIM2 (ENSCAFG00020001512) ENSCAFG00020001503 FHDC1 (ENSCAFG00020001445) ARFIP1 (ENSCAFG00020001430) TIGD4 (ENSCAFG00020001422) ENSCAFG00020026770 ENSCAFG00020026769 FBXW7 (ENSCAFG00020026731) ENSCAFG00020026719 GATB (ENSCAFG00020026686) FHIP1A (ENSCAFG00020026678) ENSCAFG00020026675 PRSS48 (ENSCAFG00020026672) SH3D19 (ENSCAFG00020026668) Red fox MODERN SPECIES 15 STK39 (ENSVVUG00000016764) B3GALT1 (ENSVVUG00000016791) ENSVVUG00000016812 ENSVVUG00000016892 SCN7A (ENSVVUG00000016900) SCN9A (ENSVVUG00000016916) SCN1A (ENSVVUG00000016933) ENSVVUG00000016952 TTC21B (ENSVVUG00000016961) GALNT3 (ENSVVUG00000016983) CSRNP3 (ENSVVUG00000017006) SCN2A (ENSVVUG00000017010) ENSVVUG00000017045 ENSVVUG00000017988 SLC38A11 (ENSVVUG00000018504) ENSVVUG00000018507 ##22 ENSVVUG00000018510 COBLL1 (ENSVVUG00000018514) GRB14 (ENSVVUG00000018522) ENSVVUG00000018527 ENSVVUG00000018533 KCNH7 (ENSVVUG00000018551) GCA (ENSVVUG00000018566) IFIH1 (ENSVVUG00000018569) FAP (ENSVVUG00000018581) GCG (ENSVVUG00000018587) DPP4 (ENSVVUG00000018592) SLC4A10 (ENSVVUG00000018604) TBR1 (ENSVVUG00000018643) PSMD14 (ENSVVUG00000018654) ENSVVUG00000018659 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cat MODERN SPECIES 239 HOOK1 (ENSFCAG00000018198) CYP2J2 (ENSFCAG00000011145) C1orf87 (ENSFCAG00000011149) NFIA (ENSFCAG00000005997) TM2D1 (ENSFCAG00000000772) PATJ (ENSFCAG00000005299) L1TD1 (ENSFCAG00000042658) KANK4 (ENSFCAG00000000371) USP1 (ENSFCAG00000023269) DOCK7 (ENSFCAG00000022720) ANGPTL3 (ENSFCAG00000011284) ATG4C (ENSFCAG00000027083) ENSFCAG00000052912 ENSFCAG00000043193 FOXD3 (ENSFCAG00000045701) ENSFCAG00000025108 ##22 ALG6 (ENSFCAG00000027407) ITGB3BP (ENSFCAG00000025609) EFCAB7 (ENSFCAG00000024580) ROR1 (ENSFCAG00000013779) UBE2U (ENSFCAG00000024149) CACHD1 (ENSFCAG00000010902) RAVER2 (ENSFCAG00000022781) JAK1 (ENSFCAG00000001953) AK4 (ENSFCAG00000033540) DNAJC6 (ENSFCAG00000008367) LEPR (ENSFCAG00000011703) PDE4B (ENSFCAG00000030002) SGIP1 (ENSFCAG00000011575) DYNLT5 (ENSFCAG00000038222) DNAI4 (ENSFCAG00000023522) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 13 WNT5B (ENSSSCG00000000759) ERC1 (ENSSSCG00000000755) RAD52 (ENSSSCG00000000754) WNK1 (ENSSSCG00000000753) B4GALNT3 (ENSSSCG00000033412) CCDC77 (ENSSSCG00000000751) KDM5A (ENSSSCG00000029464) SLC6A13 (ENSSSCG00000030076) SLC6A12 (ENSSSCG00000000749) ENSSSCG00000026545 IQSEC3 (ENSSSCG00000000748) ENSSSCG00000044015 WASHC1 (ENSSSCG00000000746) DDX11 (ENSSSCG00000000745) ENSSSCG00000045517 ENSSSCG00000000744 ##22 FKBP4 (ENSSSCG00000000743) ITFG2 (ENSSSCG00000000742) NRIP2 (ENSSSCG00000000741) TEX52 (ENSSSCG00000000740) FOXM1 (ENSSSCG00000000739) RHNO1 (ENSSSCG00000000738) TULP3 (ENSSSCG00000000737) TEAD4 (ENSSSCG00000000736) TSPAN9 (ENSSSCG00000000735) TSPAN11 (ENSSSCG00000000734) PRMT8 (ENSSSCG00000000730) CRACR2A (ENSSSCG00000000732) PARP11 (ENSSSCG00000000728) CCND2 (ENSSSCG00000038694) TIGAR (ENSSSCG00000024219) Pig MODERN SPECIES PCNX4 (ENSSSCG00000005082) DHRS7 (ENSSSCG00000005083) PPM1A (ENSSSCG00000005084) C14orf39 (ENSSSCG00000005085) SIX6 (ENSSSCG00000005086) SIX1 (ENSSSCG00000005087) SIX4 (ENSSSCG00000005089) MNAT1 (ENSSSCG00000005090) TRMT5 (ENSSSCG00000024529) SLC38A6 (ENSSSCG00000005092) TMEM30B (ENSSSCG00000061900) PRKCH (ENSSSCG00000005095) HIF1A (ENSSSCG00000005096) SNAPC1 (ENSSSCG00000005097) SYT16 (ENSSSCG00000005098) ENSSSCG00000041512 ##22 ENSSSCG00000037043 ENSSSCG00000005101 ENSSSCG00000049674 ISG20 (ENSSSCG00000024867) AEN (ENSSSCG00000005102) DET1 (ENSSSCG00000005103) MRPS11 (ENSSSCG00000037343) MRPL46 (ENSSSCG00000005105) ENSSSCG00000048650 NTRK3 (ENSSSCG00000005106) ENSSSCG00000063327 AGBL1 (ENSSSCG00000036551) ENSSSCG00000051349 ESR2 (ENSSSCG00000005109) SYNE2 (ENSSSCG00000005110) Pig MODERN SPECIES 14 ENSSSCG00000051968 ENSSSCG00000059404 ENSSSCG00000053819 ENSSSCG00000024911 ENSSSCG00000030300 MT3 (ENSSSCG00000024305) MT4 (ENSSSCG00000055674) BBS2 (ENSSSCG00000025417) ZFP90 (ENSSSCG00000032372) CDH3 (ENSSSCG00000023162) CDH1 (ENSSSCG00000025652) TANGO6 (ENSSSCG00000051585) HAS3 (ENSSSCG00000049263) DERPC (ENSSSCG00000034165) ENSSSCG00000048110 ENSSSCG00000018018 ##22 UTP4 (ENSSSCG00000028638) ENSSSCG00000042299 SNTB2 (ENSSSCG00000028109) VPS4A (ENSSSCG00000025151) PDF (ENSSSCG00000062424) COG8 (ENSSSCG00000002759) NIP7 (ENSSSCG00000033741) TMED6 (ENSSSCG00000002761) TERF2 (ENSSSCG00000002762) CYB5B (ENSSSCG00000033944) NFAT5 (ENSSSCG00000002755) NQO1 (ENSSSCG00000002754) NOB1 (ENSSSCG00000002753) WWP2 (ENSSSCG00000022609) PSMD7 (ENSSSCG00000032908) Pig MODERN SPECIES 5 GLUD1 (ENSSSCG00000010368) ENSSSCG00000026339 ENSSSCG00000051357 ADIRF (ENSSSCG00000037918) SNCG (ENSSSCG00000026850) MMRN2 (ENSSSCG00000024048) ENSSSCG00000059512 BMPR1A (ENSSSCG00000010360) ENSSSCG00000060206 ENSSSCG00000010359 OPN4 (ENSSSCG00000010358) WAPL (ENSSSCG00000010357) ENSSSCG00000044759 GRID1 (ENSSSCG00000010352) ENSSSCG00000059672 ENSSSCG00000027329 ##22 CCSER2 (ENSSSCG00000010351) RGR (ENSSSCG00000010350) LRIT1 (ENSSSCG00000034402) LRIT2 (ENSSSCG00000010347) CDHR1 (ENSSSCG00000010348) GPR15LG (ENSSSCG00000024634) GHITM (ENSSSCG00000010345) ENSSSCG00000049810 NRG3 (ENSSSCG00000010344) ENSSSCG00000051331 ENSSSCG00000010343 SH2D4B (ENSSSCG00000010342) TSPAN14 (ENSSSCG00000010341) PRXL2A (ENSSSCG00000010340) DYDC2 (ENSSSCG00000010339) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 11 MYOZ2 (ENSCDRG00005004113) SYNPO2 (ENSCDRG00005004165) SEC24D (ENSCDRG00005004247) METTL14 (ENSCDRG00005004354) PRSS12 (ENSCDRG00005004405) NDST3 (ENSCDRG00005004436) TRAM1L1 (ENSCDRG00005004454) NDST4 (ENSCDRG00005004464) UGT8 (ENSCDRG00005004475) ARSJ (ENSCDRG00005004557) ENSCDRG00005004623 ANK2 (ENSCDRG00005005796) ENSCDRG00005007533 ENSCDRG00005007568 ENSCDRG00005007588 ENSCDRG00005007603 ##22 LARP7 (ENSCDRG00005007625) ENSCDRG00005007686 ENSCDRG00005007817 NEUROG2 (ENSCDRG00005007881) ALPK1 (ENSCDRG00005007933) TIFA (ENSCDRG00005008057) AP1AR (ENSCDRG00005008074) FAM241A (ENSCDRG00005008182) PITX2 (ENSCDRG00005008309) ENPEP (ENSCDRG00005008426) ELOVL6 (ENSCDRG00005008682) EGF (ENSCDRG00005008742) LRIT3 (ENSCDRG00005009270) RRH (ENSCDRG00005009398) CFI (ENSCDRG00005009663) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 6 KCNJ11 (ENSOARG00020005759) ENSOARG00020005772 NUCB2 (ENSOARG00020005797) ENSOARG00020005854 PIK3C2A (ENSOARG00020005921) ENSOARG00020006224 PLEKHA7 (ENSOARG00020006298) C11orf58 (ENSOARG00020007043) HSP10 (ENSOARG00020007118) SOX6 (ENSOARG00020007177) INSC (ENSOARG00020007458) CALCA (ENSOARG00020007665) ENSOARG00020007716 ENSOARG00020007733 ENSOARG00020007755 ENSOARG00020007780 ##22 ENSOARG00020007797 CALCB (ENSOARG00020007826) ENSOARG00020007898 CYP2R1 (ENSOARG00020008229) PDE3B (ENSOARG00020008382) PSMA1 (ENSOARG00020009114) COPB1 (ENSOARG00020009319) RRAS2 (ENSOARG00020009434) SPON1 (ENSOARG00020009467) FAR1 (ENSOARG00020009547) PTH (ENSOARG00020009626) ENSOARG00020009652 ##22 BTBD10 (ENSOARG00020009686) arntl (ENSOARG00020009923) RASSF10 (ENSOARG00020010999) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 12 ZNF329 (ENSBGRG00000017063) ENSBGRG00000017010 ZNF606 (ENSBGRG00000016899) C19orf18 (ENSBGRG00000016823) ENSBGRG00000016789 ENSBGRG00000016690 ENSBGRG00000016613 ENSBGRG00000016551 ENSBGRG00000016523 ENSBGRG00000016438 ENSBGRG00000016379 ENSBGRG00000016364 ENSBGRG00000016345 ENSBGRG00000016326 ENSBGRG00000016303 ENSBGRG00000016160 ##22 ENSBGRG00000016139 ENSBGRG00000016035 ENSBGRG00000015967 ENSBGRG00000015921 ENSBGRG00000015870 ENSBGRG00000015851 ENSBGRG00000015710 ENSBGRG00000015559 ENSBGRG00000015507 ENSBGRG00000015478 ENSBGRG00000015377 ENSBGRG00000015335 ENSBGRG00000015310 ENSBGRG00000015264 ENSBGRG00000015242 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000158781 ENSGT00910000144184.r.a.a.a.a ENSGT00440000037606.b ENSGT00960000190610 ENSGT00940000160642 ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000153514.b ENSGT00940000157974 ENSGT00940000155270 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ENSGT00960000187394 ENSGT00390000000801 ENSGT00530000063873.B ENSGT00530000063873.A ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 ENSGT00940000156552 ENSGT00940000156089 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000013916 ENSGT00930000150950.b ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000154319.v ENSGT00860000133854 ENSGT00940000158239.b ENSGT00940000159606 ENSGT00940000155861.C Beluga whale MODERN SPECIES 84 ADAM23 (ENSDLEG00000009497) ZDBF2 (ENSDLEG00000009453) ENSDLEG00000009440 GPR1 (ENSDLEG00000009434) EEF1B2 (ENSDLEG00000009390) NDUFS1 (ENSDLEG00000009340) INO80D (ENSDLEG00000009298) NRP2 (ENSDLEG00000009192) PARD3B (ENSDLEG00000009127) ENSDLEG00000009108 ENSDLEG00000009090 ENSDLEG00000009073 ICOS (ENSDLEG00000009050) CTLA4 (ENSDLEG00000009020) ENSDLEG00000009004 ENSDLEG00000008980 ##22 RAPH1 (ENSDLEG00000008223) ENSDLEG00000008100 ENSDLEG00000020428 NBEAL1 (ENSDLEG00000018755) CARF (ENSDLEG00000018361) WDR12 (ENSDLEG00000018347) ICA1L (ENSDLEG00000018321) FAM117B (ENSDLEG00000018310) BMPR2 (ENSDLEG00000018287) ENSDLEG00000018249 ENSDLEG00000018236 KIAA2012 (ENSDLEG00000018200) FZD7 (ENSDLEG00000018188) CDK15 (ENSDLEG00000018138) ALS2 (ENSDLEG00000018091) Narwhal MODERN SPECIES 302 ADAM23 (ENSMMNG00015005478) ENSMMNG00015005570 ZDBF2 (ENSMMNG00015005582) ENSMMNG00015005593 CMKLR2 (ENSMMNG00015005602) EEF1B2 (ENSMMNG00015005617) NDUFS1 (ENSMMNG00015005695) INO80D (ENSMMNG00015005802) NRP2 (ENSMMNG00015005855) PARD3B (ENSMMNG00015005987) ENSMMNG00015006192 ENSMMNG00015006206 ICOS (ENSMMNG00015006232) CTLA4 (ENSMMNG00015006260) CD28 (ENSMMNG00015006278) ENSMMNG00015006290 ##22 RAPH1 (ENSMMNG00015006494) ABI2 (ENSMMNG00015006963) CYP20A1 (ENSMMNG00015007001) NBEAL1 (ENSMMNG00015007045) CARF (ENSMMNG00015007132) WDR12 (ENSMMNG00015007273) ICA1L (ENSMMNG00015007312) FAM117B (ENSMMNG00015007345) BMPR2 (ENSMMNG00015007390) NOP58 (ENSMMNG00015007487) SUMO1 (ENSMMNG00015007566) KIAA2012 (ENSMMNG00015007625) FZD7 (ENSMMNG00015007670) CDK15 (ENSMMNG00015007704) ALS2 (ENSMMNG00015007780) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Shrew mouse MODERN SPECIES 6 Hdhd2 (MGP_PahariEiJ_G0019142) Katnal2 (MGP_PahariEiJ_G0019143) Pias2 (MGP_PahariEiJ_G0019144) MGP_PahariEiJ_G0019145 St8sia5 (MGP_PahariEiJ_G0019146) MGP_PahariEiJ_G0019147 Rnf165 (MGP_PahariEiJ_G0019148) 8030462N17Rik (MGP_PahariEiJ_G0019149) Haus1 (MGP_PahariEiJ_G0019150) Atp5a1 (MGP_PahariEiJ_G0019151) Pstpip2 (MGP_PahariEiJ_G0019152) Epg5 (MGP_PahariEiJ_G0019153) Siglec15 (MGP_PahariEiJ_G0019154) Slc14a1 (MGP_PahariEiJ_G0019155) Slc14a2 (MGP_PahariEiJ_G0019156) MGP_PahariEiJ_G0019157 ##22 Setbp1 (MGP_PahariEiJ_G0019158) Pard6g (MGP_PahariEiJ_G0019159) Adnp2 (MGP_PahariEiJ_G0019160) Rbfa (MGP_PahariEiJ_G0019161) Naa12 (MGP_PahariEiJ_G0019162) Txnl4a (MGP_PahariEiJ_G0019163) Hsbp1l1 (MGP_PahariEiJ_G0019164) Slc66a2 (MGP_PahariEiJ_G0019165) Kcng2 (MGP_PahariEiJ_G0019166) Ctdp1 (MGP_PahariEiJ_G0019167) Nfatc1 (MGP_PahariEiJ_G0019168) Atp9b (MGP_PahariEiJ_G0019169) Sall3 (MGP_PahariEiJ_G0019170) Galr1 (MGP_PahariEiJ_G0019171) Mbp (MGP_PahariEiJ_G0019172) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 9 ENSHGLG00000045506 MEX3C (ENSHGLG00000004567) DCC (ENSHGLG00000005265) ENSHGLG00000033712 MBD2 (ENSHGLG00000039782) ENSHGLG00000008868 ENSHGLG00000004780 ENSHGLG00000045151 ENSHGLG00000048044 ENSHGLG00000037393 ENSHGLG00000008021 ENSHGLG00000038847 ENSHGLG00000006292 LIPG (ENSHGLG00000010224) ENSHGLG00000047452 ##22 ENSHGLG00000036153 ##22 ENSHGLG00000009081 ENSHGLG00000015030 ENSHGLG00000040505 ENSHGLG00000048272 ENSHGLG00000042101 ENSHGLG00000031912 SMAD2 (ENSHGLG00000008711) SKOR2 (ENSHGLG00000035792) ENSHGLG00000048898 HDHD2 (ENSHGLG00000010130) ENSHGLG00000034217 ENSHGLG00000040167 PIAS2 (ENSHGLG00000015588) ST8SIA5 (ENSHGLG00000040367) ENSHGLG00000006211 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 30 TFPI (ENSMICG00000031560) GULP1 (ENSMICG00000016453) COL3A1 (ENSMICG00000014169) COL5A2 (ENSMICG00000014230) WDR75 (ENSMICG00000000797) SLC40A1 (ENSMICG00000000807) ASNSD1 (ENSMICG00000000812) ANKAR (ENSMICG00000000818) ENSMICG00000028485 ORMDL1 (ENSMICG00000031731) PMS1 (ENSMICG00000000830) MSTN (ENSMICG00000043371) HIBCH (ENSMICG00000010490) INPP1 (ENSMICG00000010497) MFSD6 (ENSMICG00000007291) ENSMICG00000034753 ##22 NEMP2 (ENSMICG00000007297) ENSMICG00000007306 GLS (ENSMICG00000033959) STAT1 (ENSMICG00000002941) ENSMICG00000026486 STAT4 (ENSMICG00000002951) MYO1B (ENSMICG00000003014) NABP1 (ENSMICG00000045078) CAVIN2 (ENSMICG00000034296) TMEFF2 (ENSMICG00000017769) ENSMICG00000043264 ENSMICG00000013462 ENSMICG00000044029 SLC39A10 (ENSMICG00000012402) DNAH7 (ENSMICG00000012420) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 1907 ENSTSYG00000026297 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Drill MODERN SPECIES 1067 ENSMLEG00000028620 ENSMLEG00000041327 GCLM (ENSMLEG00000035725) ENSMLEG00000033458 ABCA4 (ENSMLEG00000029658) ARHGAP29 (ENSMLEG00000033139) ABCD3 (ENSMLEG00000021786) F3 (ENSMLEG00000029893) ENSMLEG00000041660 SLC44A3 (ENSMLEG00000036163) CNN3 (ENSMLEG00000038151) ENSMLEG00000016533 ALG14 (ENSMLEG00000039772) TLCD4 (ENSMLEG00000038475) RWDD3 (ENSMLEG00000000097) ENSMLEG00000037902 ##22 PTBP2 (ENSMLEG00000031749) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 82 ENSSBOG00000011698 ANLN (ENSSBOG00000026014) MATCAP2 (ENSSBOG00000027873) EEPD1 (ENSSBOG00000004032) ENSSBOG00000024125 HERPUD2 (ENSSBOG00000020073) ENSSBOG00000034312 TBX20 (ENSSBOG00000024271) DPY19L2 (ENSSBOG00000020918) DPY19L1 (ENSSBOG00000024443) NPSR1 (ENSSBOG00000024695) BMPER (ENSSBOG00000025567) BBS9 (ENSSBOG00000019693) ENSSBOG00000034496 NT5C3A (ENSSBOG00000033883) ENSSBOG00000022257 ##22 FKBP9 (ENSSBOG00000020203) ENSSBOG00000025725 KBTBD2 (ENSSBOG00000023096) ENSSBOG00000032944 AVL9 (ENSSBOG00000030462) ENSSBOG00000012312 Marmoset MODERN SPECIES 2 LRP4 (ENSCJAG00000019944) CKAP5 (ENSCJAG00000019878) F2 (ENSCJAG00000019864) ZNF408 (ENSCJAG00000019859) ARHGAP1 (ENSCJAG00000019849) ATG13 (ENSCJAG00000019823) HARBI1 (ENSCJAG00000046232) AMBRA1 (ENSCJAG00000002155) CHRM4 (ENSCJAG00000011861) ENSCJAG00000011852 DGKZ (ENSCJAG00000011773) CREB3L1 (ENSCJAG00000011726) ENSCJAG00000051468 PHF21A (ENSCJAG00000011670) LARGE2 (ENSCJAG00000011627) ENSCJAG00000078830 ##22 PEX16 (ENSCJAG00000011594) FREY1 (ENSCJAG00000011591) MAPK8IP1 (ENSCJAG00000011571) CRY2 (ENSCJAG00000011551) SLC35C1 (ENSCJAG00000011547) CHST1 (ENSCJAG00000011537) SYT13 (ENSCJAG00000038216) PRDM11 (ENSCJAG00000011508) TP53I11 (ENSCJAG00000011462) TSPAN18 (ENSCJAG00000011479) CD82 (ENSCJAG00000011453) ALX4 (ENSCJAG00000011438) EXT2 (ENSCJAG00000011414) ACCS (ENSCJAG00000011398) ENSCJAG00000011384 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E.a ENSGT00940000155301 ENSGT00940000156170.b ENSGT00940000156873.f ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.ad.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000159146 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872.k ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a.d.a.b ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167.a Chicken MODERN SPECIES 131 ONECUT2 (ENSGALG00010011008) ST8SIA3 (ENSGALG00010010548) WDR7 (ENSGALG00010010252) TXNL1 (ENSGALG00010010288) NEDD4L (ENSGALG00010010322) ALPK2 (ENSGALG00010010330) PCASP1 (ENSGALG00010010352) ENSGALG00010010368 SEC11C (ENSGALG00010010382) GRP (ENSGALG00010010395) RAX (ENSGALG00010010409) CPLX4 (ENSGALG00010010415) LMAN1L (ENSGALG00010010445) ACAA2 (ENSGALG00010010463) LIPG (ENSGALG00010009013) RPL17 (ENSGALG00010011192) ##22 ENSGALG00010011203 DYM (ENSGALG00010010922) SMAD7 (ENSGALG00010009910) CTIF (ENSGALG00010010007) ZBTB7C (ENSGALG00010010049) SMAD2 (ENSGALG00010010623) SKOR2 (ENSGALG00010011268) IER3IP1 (ENSGALG00010011367) HDHD2 (ENSGALG00010012845) KATNAL2 (ENSGALG00010011422) PIAS2 (ENSGALG00010009774) ST8SIA5 (ENSGALG00010009858) LOXHD1 (ENSGALG00010012046) RNF165 (ENSGALG00010012051) CZH18ORF25 (ENSGALG00010012067) Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 40 FBXO33 (ENSTMTG00000011241) ENSTMTG00000011248 ENSTMTG00000011257 FAM161B (ENSTMTG00000011292) COQ6 (ENSTMTG00000011354) ENTPD5 (ENSTMTG00000011385) BBOF1 (ENSTMTG00000011492) ALDH6A1 (ENSTMTG00000011517) LIN52 (ENSTMTG00000011525) VSX2 (ENSTMTG00000011538) ENSTMTG00000011595 ABCD4 (ENSTMTG00000011713) VRTN (ENSTMTG00000011752) SYNDIG1L (ENSTMTG00000011761) ENSTMTG00000011800 ##22 ENSTMTG00000011818 ##22 ISCA2 (ENSTMTG00000011837) NPC2 (ENSTMTG00000011846) LTBP2 (ENSTMTG00000011882) AREL1 (ENSTMTG00000012332) FCF1 (ENSTMTG00000014262) YLPM1 (ENSTMTG00000014275) PROX2 (ENSTMTG00000014292) DLST (ENSTMTG00000014310) RPS6KL1 (ENSTMTG00000014348) PGF (ENSTMTG00000014442) EIF2B2 (ENSTMTG00000014462) MLH3 (ENSTMTG00000014498) ENSTMTG00000014544 ZC2HC1C (ENSTMTG00000014553) NEK9 (ENSTMTG00000014568) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 29 POLI (ENSTMTG00000000593) MBD2 (ENSTMTG00000000580) DCC (ENSTMTG00000000292) MEX3C (ENSTMTG00000000104) SMAD4 (ENSTMTG00000000068) ELAC1 (ENSTMTG00000000045) ME2 (ENSTMTG00000001747) MAPK4 (ENSTMTG00000001722) ENSTMTG00000001717 ENSTMTG00000001712 ENSTMTG00000001700 ENSTMTG00000001691 MYO5B (ENSTMTG00000001656) ACAA2 (ENSTMTG00000001632) LIPG (ENSTMTG00000001568) ENSTMTG00000001521 ##22 C18orf32 (ENSTMTG00000001516) DYM (ENSTMTG00000001505) ENSTMTG00000001494 SMAD7 (ENSTMTG00000001490) CTIF (ENSTMTG00000001480) ZBTB7C (ENSTMTG00000001470) SMAD2 (ENSTMTG00000001451) SKOR2 (ENSTMTG00000001437) IER3IP1 (ENSTMTG00000001428) HDHD2 (ENSTMTG00000001421) KATNAL2 (ENSTMTG00000001412) PIAS2 (ENSTMTG00000001368) ENSTMTG00000001347 ST8SIA5 (ENSTMTG00000001323) LOXHD1 (ENSTMTG00000001168) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 20 POLI (ENSGEVG00005019445) MBD2 (ENSGEVG00005019458) ENSGEVG00005019471 DCC (ENSGEVG00005019491) MEX3C (ENSGEVG00005019557) SMAD4 (ENSGEVG00005019562) ELAC1 (ENSGEVG00005019575) ME2 (ENSGEVG00005019582) MAPK4 (ENSGEVG00005019610) ENSGEVG00005019617 ENSGEVG00005019631 ENSGEVG00005019638 MYO5B (ENSGEVG00005019665) ACAA2 (ENSGEVG00005019715) LIPG (ENSGEVG00005019740) ENSGEVG00005019793 ##22 C18orf32 (ENSGEVG00005019829) DYM (ENSGEVG00005019836) SMAD7 (ENSGEVG00005019841) CTIF (ENSGEVG00005019849) ENSGEVG00005019871 ZBTB7C (ENSGEVG00005019877) ENSGEVG00005019880 SMAD2 (ENSGEVG00005019888) SKOR2 (ENSGEVG00005019904) IER3IP1 (ENSGEVG00005019910) HDHD2 (ENSGEVG00005019914) KATNAL2 (ENSGEVG00005019929) PIAS2 (ENSGEVG00005019940) ENSGEVG00005019963 ST8SIA5 (ENSGEVG00005020035) Anura ANCESTRAL SPECIES 158 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Leishan spiny toad MODERN SPECIES ENSLLEG00000000828 ENSLLEG00000000804 EPG5 (ENSLLEG00000000678) ENSLLEG00000000648 PSTPIP2 (ENSLLEG00000000590) ENSLLEG00000000566 ENSLLEG00000000550 ENSLLEG00000000531 ENSLLEG00000000516 ENSLLEG00000000505 MYO5B (ENSLLEG00000000110) ENSLLEG00000000021 ACAA2 (ENSLLEG00000000011) LIPG (ENSLLEG00000004433) ENSLLEG00000004416 ENSLLEG00000004390 #22 C18orf32 (ENSLLEG00000004379) ENSLLEG00000004377 ENSLLEG00000004373 ENSLLEG00000004369 DYM (ENSLLEG00000004334) ENSLLEG00000004313 ENSLLEG00000004310 ENSLLEG00000004306 ENSLLEG00000004298 CTIF (ENSLLEG00000004281) ZBTB7C (ENSLLEG00000004273) SMAD2 (ENSLLEG00000004265) SKOR2 (ENSLLEG00000004251) IER3IP1 (ENSLLEG00000004247) HDHD2 (ENSLLEG00000004239)