Pecora	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00950000183005.a.b	ENSGT00940000158867	ENSGT00940000160973	ENSGT00940000157435	ENSGT00730000111224	ENSGT00950000183134.c.b	ENSGT00940000161642	ENSGT00940000159850	ENSGT00390000011654	ENSGT00730000111044	ENSGT00950000183005.a.a	ENSGT01050000244995	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159394	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22	ENSGT00390000018741	ENSGT00390000008772	ENSGT00940000159872	ENSGT00940000153432.A.b	ENSGT00940000159814	ENSGT00940000153499.a	ENSGT00940000160474	ENSGT00510000047648	ENSGT00940000155805	ENSGT00390000002428.a.g.b	ENSGT00940000157302	ENSGT01030000234539.a.a.b.b	ENSGT01030000234535.C	ENSGT00390000018830	ENSGT00940000156997
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00950000183005.a.b	ENSGT00940000158867	ENSGT00940000160973	ENSGT00940000157435	ENSGT00730000111224	ENSGT00950000183134.c.b	ENSGT00940000161642	ENSGT00940000159850	ENSGT00390000011654	ENSGT00730000111044	ENSGT00950000183005.a.a	ENSGT01050000244995	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159394	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22	ENSGT00390000018741	ENSGT00390000008772	ENSGT00940000159872	ENSGT00940000153432.A.b	ENSGT00940000159814	ENSGT00940000153499.a	ENSGT00940000160474	ENSGT00510000047648	ENSGT00940000155805	ENSGT00390000002428.a.g.b	ENSGT00940000157302	ENSGT01030000234539.a.a.b.b	ENSGT01030000234535.C	ENSGT00390000018830	ENSGT00940000156997
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00950000183005.a.b	ENSGT00940000158867	ENSGT00940000160973	ENSGT00940000157435	ENSGT00730000111224	ENSGT00950000183134.c.b	ENSGT00940000161642	ENSGT00940000159850	ENSGT00390000011654	ENSGT00730000111044	ENSGT00950000183005.a.a	ENSGT01050000244995	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159394	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22	ENSGT00390000018741	ENSGT00390000008772	ENSGT00940000159872	ENSGT00940000153432.A.b	ENSGT00940000159814	ENSGT00940000153499.a	ENSGT00940000160474	ENSGT00510000047648	ENSGT00940000155805	ENSGT00390000002428.a.g.b	ENSGT00940000157302	ENSGT01030000234539.a.a.b.b	ENSGT01030000234535.C	ENSGT00390000018830	ENSGT00940000156997
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00950000183005.a.b	ENSGT00940000158867	ENSGT00940000160973	ENSGT00940000157435	ENSGT00730000111224	ENSGT00950000183134.c.b	ENSGT00940000161642.b	ENSGT00940000159850	ENSGT00390000011654	ENSGT00730000111044	ENSGT00950000183005.a.a	ENSGT01050000244995	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159394	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22	ENSGT00390000018741	ENSGT00390000008772	ENSGT00940000159872	ENSGT00940000153432.A.b	ENSGT00940000159814	ENSGT00940000153499.a	ENSGT00940000160474	ENSGT00510000047648	ENSGT00940000155805	ENSGT00390000002428.a.g.b	ENSGT00940000157302	ENSGT01030000234539.a.a.b.b.m	ENSGT01030000234535.C	ENSGT00390000018830	ENSGT00940000156997
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		ECT2 (ENSOARG00020000567) #7	NCEH1 (ENSOARG00020000787) #8	FNDC3B (ENSOARG00020000887) #9	TNFSF10 (ENSOARG00020001008) #10	GHSR (ENSOARG00020001032) #11	TMEM212 (ENSOARG00020001050) #12	PLD1 (ENSOARG00020001072) #13	TNIK (ENSOARG00020001197) #14	SLC2A2 (ENSOARG00020001524) #15	EIF5A2 (ENSOARG00020001566) #16	ENSOARG00020001599 #17	SLC7A14 (ENSOARG00020001626) #18	CLDN11 (ENSOARG00020001642) #19	SKIL (ENSOARG00020001654) #20	PRKCI (ENSOARG00020001681) #21	RPL17 (ENSOARG00020001698) #22	PHC3 (ENSOARG00020001727) #23	GPR160 (ENSOARG00020001824) #24	SEC62 (ENSOARG00020001839) #25	SAMD7 (ENSOARG00020001890) #26	LRRC31 (ENSOARG00020001911) #27	LRRIQ4 (ENSOARG00020001929) #28	LRRC34 (ENSOARG00020001962) #29	MYNN (ENSOARG00020002108) #30	ACTRT3 (ENSOARG00020002123) #31	MECOM (ENSOARG00020002184) #32	ENSOARG00020002458 #33	ENSOARG00020002481 #34	GOLIM4 (ENSOARG00020002523) #35	SERPINI1 (ENSOARG00020002561) #36	PDCD10 (ENSOARG00020002590) #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	15	MBD2 (ENSOARG00020016893)	ENSOARG00020016832	DCC (ENSOARG00020016246)	ENSOARG00020016162	MEX3C (ENSOARG00020016147)	SMAD4 (ENSOARG00020016034)	ELAC1 (ENSOARG00020015975)	ME2 (ENSOARG00020015563)	MRO (ENSOARG00020015446)	MAPK4 (ENSOARG00020015369)	SKA1 (ENSOARG00020015277)	ENSOARG00020013652	MYO5B (ENSOARG00020012171)	ACAA2 (ENSOARG00020011796)	LIPG (ENSOARG00020011622)	RPL17 (ENSOARG00020011339) ##22	C18orf32 (ENSOARG00020011289)	ENSOARG00020011257	DYM (ENSOARG00020011069)	SMAD7 (ENSOARG00020010974)	CTIF (ENSOARG00020010822)	ZBTB7C (ENSOARG00020010706)	SMAD2 (ENSOARG00020010458)	SKOR2 (ENSOARG00020010308)	IER3IP1 (ENSOARG00020010237)	HDHD2 (ENSOARG00020010165)	ENSOARG00020010055	KATNAL2 (ENSOARG00020009912)	PIAS2 (ENSOARG00020009642)	ST8SIA5 (ENSOARG00020009312)	LOXHD1 (ENSOARG00020006581)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	USP43 (ENSOARG00020020269)	DHRS7C (ENSOARG00020020227)	GSG1L2 (ENSOARG00020020187)	GLP2R (ENSOARG00020020056)	RCVRN (ENSOARG00020020017)	GAS7 (ENSOARG00020019487)	ENSOARG00020019172	MYH8 (ENSOARG00020019059)	ENSOARG00020018777	MYH4 (ENSOARG00020018635)	MYH2 (ENSOARG00020018538)	MYH3 (ENSOARG00020018424)	ENSOARG00020018333	ADPRM (ENSOARG00020018295)	TMEM220 (ENSOARG00020018002)	RPL17 (ENSOARG00020017979) ##22	TMEM238L (ENSOARG00020017955)	PIRT (ENSOARG00020017925)	SHISA6 (ENSOARG00020017631)	ENSOARG00020017588	ENSOARG00020017530	ENSOARG00020017515	ENSOARG00020017390	ENSOARG00020017295	MAP2K4 (ENSOARG00020017018)	MYOCD (ENSOARG00020016541)	ENSOARG00020016503	ENSOARG00020016494	ENSOARG00020016484	ENSOARG00020016469	ARHGAP44 (ENSOARG00020014732)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	SYAP1 (ENSOARG00020009929)	TXLNG (ENSOARG00020010154)	RBBP7 (ENSOARG00020010350)	REPS2 (ENSOARG00020010562)	NHS (ENSOARG00020011266)	RAI2 (ENSOARG00020011877)	CDKL5 (ENSOARG00020012130)	RS1 (ENSOARG00020012237)	ENSOARG00020012454	PHKA2 (ENSOARG00020012486)	ADGRG2 (ENSOARG00020013283)	ENSOARG00020014052	PDHA1 (ENSOARG00020014126)	MAP3K15 (ENSOARG00020014315)	SH3KBP1 (ENSOARG00020014389)	ENSOARG00020014649 ##22	MAP7D2 (ENSOARG00020014919)	EIF1AX (ENSOARG00020015967)	RPS6KA3 (ENSOARG00020016195)	ENSOARG00020016638	ENSOARG00020016661	ENSOARG00020016684	ENSOARG00020016703	ENSOARG00020016721	ENSOARG00020016730	CNKSR2 (ENSOARG00020016850)	KLHL34 (ENSOARG00020022568)	SMPX (ENSOARG00020022580)	MBTPS2 (ENSOARG00020022610)	ENSOARG00020022678	PHEX (ENSOARG00020022712)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	20	THAP5 (ENSOARG00020003037)	GPR141 (ENSOARG00020003064)	ELMO1 (ENSOARG00020003116)	ENSOARG00020003484	AOAH (ENSOARG00020003525)	ANLN (ENSOARG00020003871)	KIAA0895 (ENSOARG00020004088)	EEPD1 (ENSOARG00020004192)	SEPTIN7 (ENSOARG00020004276)	HERPUD2 (ENSOARG00020004630)	TBX20 (ENSOARG00020004800)	DPY19L1 (ENSOARG00020005193)	NPSR1 (ENSOARG00020005429)	BMPER (ENSOARG00020005622)	BBS9 (ENSOARG00020005792)	RPL17 (ENSOARG00020006262) ##22	ENSOARG00020006294	RP9 (ENSOARG00020006302)	NT5C3A (ENSOARG00020006364)	FKBP9 (ENSOARG00020006583)	KBTBD2 (ENSOARG00020006763)	AVL9 (ENSOARG00020006815)	LSM5 (ENSOARG00020006950)	PDE1C (ENSOARG00020007058)	PPP1R17 (ENSOARG00020007777)	NEUROD6 (ENSOARG00020008099)	ADCYAP1R1 (ENSOARG00020008168)	GHRHR (ENSOARG00020009688)	AQP1 (ENSOARG00020009743)	MINDY4 (ENSOARG00020009802)	ENSOARG00020010282
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000158867	ENSGT00960000190719	ENSGT00940000160973	ENSGT00940000157435	ENSGT00730000111224	ENSGT00950000183134.c.b	ENSGT00940000161642	ENSGT00940000159850	ENSGT00390000011654	ENSGT00730000111044	ENSGT00950000183005.a.a	ENSGT01050000244995	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159394	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22	ENSGT00390000018741.i.b	ENSGT00390000008772	ENSGT00940000159872	ENSGT00940000153432.A.b	ENSGT00940000159814	ENSGT00940000153499.a	ENSGT00940000160474	ENSGT00510000047648	ENSGT00940000155805	ENSGT00940000157302	ENSGT01030000234539.a.a.b.b	ENSGT01030000234535.C	ENSGT00390000018830	ENSGT00940000156997	ENSGT00390000016167
American bison	MODERN SPECIES	3203	MEX3C (ENSBBBG00000024341)	ENSBBBG00000008185	SMAD4 (ENSBBBG00000006334)	ELAC1 (ENSBBBG00000006313)	ME2 (ENSBBBG00000008872)	MRO (ENSBBBG00000006228)	ENSBBBG00000023864	SKA1 (ENSBBBG00000023845)	CXXC1 (ENSBBBG00000023808)	MBD1 (ENSBBBG00000023724)	CFAP53 (ENSBBBG00000006869)	ENSBBBG00000023085	ENSBBBG00000006043	ACAA2 (ENSBBBG00000006039)	LIPG (ENSBBBG00000022975)	ENSBBBG00000022916 #22	ENSBBBG00000022853
Bos	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00950000183005.a.b	ENSGT00940000158867	ENSGT00960000190719	ENSGT00940000160973	ENSGT00940000157435	ENSGT00730000111224	ENSGT00950000183134.c.b	ENSGT00940000161642	ENSGT00940000159850	ENSGT00390000011654	ENSGT00730000111044	ENSGT00950000183005.a.a	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159394	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22	ENSGT00390000018741.j	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22	ENSGT00390000018741.i.b	ENSGT00390000008772	ENSGT00940000159872	ENSGT00940000153432.A.b	ENSGT00940000159814	ENSGT00940000153499.a	ENSGT00940000160474	ENSGT00510000047648	ENSGT00940000155805	ENSGT00940000157302	ENSGT01030000234539.a.a.b.b	ENSGT01030000234535.C	ENSGT00390000018830
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00950000183005.a.b	ENSGT00940000158867	ENSGT00970000193421.C.a	ENSGT00940000160973	ENSGT00940000157435	ENSGT00730000111224	ENSGT00950000183134.c.b	ENSGT00940000161642	ENSGT00940000159850	ENSGT00390000011654	ENSGT00730000111044	ENSGT00950000183005.a.a	ENSGT00940000155402.a.b	ENSGT01030000234626.D	ENSGT00940000159394	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22	ENSGT00390000018741.j	ENSGT00390000008772	ENSGT00940000159872	ENSGT00940000153432.A.b	ENSGT00940000159814	ENSGT00940000153499.a	ENSGT00940000160474	ENSGT00510000047648	ENSGT00940000155805	ENSGT00940000157302	ENSGT01030000234539.a.a.b.b	ENSGT01030000234535.C	ENSGT00390000018830	ENSGT00940000156997	ENSGT00390000016167
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Siberian musk deer	DUPLICATION
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Yarkand deer	DUPLICATION
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