Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000164047.c.b Mammalia ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 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SPECIES 17 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b 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DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES ECT2 (ENSOARG00020000567) #7 NCEH1 (ENSOARG00020000787) #8 FNDC3B (ENSOARG00020000887) #9 TNFSF10 (ENSOARG00020001008) #10 GHSR (ENSOARG00020001032) #11 TMEM212 (ENSOARG00020001050) #12 PLD1 (ENSOARG00020001072) #13 TNIK (ENSOARG00020001197) #14 SLC2A2 (ENSOARG00020001524) #15 EIF5A2 (ENSOARG00020001566) #16 ENSOARG00020001599 #17 SLC7A14 (ENSOARG00020001626) #18 CLDN11 (ENSOARG00020001642) #19 SKIL (ENSOARG00020001654) #20 PRKCI (ENSOARG00020001681) #21 RPL17 (ENSOARG00020001698) #22 PHC3 (ENSOARG00020001727) #23 GPR160 (ENSOARG00020001824) #24 SEC62 (ENSOARG00020001839) #25 SAMD7 (ENSOARG00020001890) #26 LRRC31 (ENSOARG00020001911) #27 LRRIQ4 (ENSOARG00020001929) #28 LRRC34 (ENSOARG00020001962) #29 MYNN (ENSOARG00020002108) #30 ACTRT3 (ENSOARG00020002123) #31 MECOM (ENSOARG00020002184) #32 ENSOARG00020002458 #33 ENSOARG00020002481 #34 GOLIM4 (ENSOARG00020002523) #35 SERPINI1 (ENSOARG00020002561) #36 PDCD10 (ENSOARG00020002590) #37 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C18orf54 (ENSCHYG00000025339) STARD6 (ENSCHYG00000025439) POLI (ENSCHYG00000025478) MBD2 (ENSCHYG00000025532) DCC (ENSCHYG00000025701) ENSCHYG00000025951 ENSCHYG00000025960 ENSCHYG00000025969 ENSCHYG00000025984 #22 ENSCHYG00000025987 MEX3C (ENSCHYG00000025999) SMAD4 (ENSCHYG00000026027) ELAC1 (ENSCHYG00000026085) ME2 (ENSCHYG00000026116) MRO (ENSCHYG00000026169) MAPK4 (ENSCHYG00000026191) SKA1 (ENSCHYG00000026215) CXXC1 (ENSCHYG00000026245) ENSCHYG00000026350 MYO5B (ENSCHYG00000026574) ACAA2 (ENSCHYG00000026661) LIPG (ENSCHYG00000026718) ENSCHYG00000026734 ##22 C18orf32 (ENSCHYG00000026758) Yarkand deer MODERN SPECIES 20 PHF3 (ENSCHYG00000014550) ENSCHYG00000015040 ENSCHYG00000015089 ENSCHYG00000015197 ENSCHYG00000015235 ENSCHYG00000015264 ENSCHYG00000015309 ENSCHYG00000015342 ENSCHYG00000015367 ADGRB3 (ENSCHYG00000015451) ENSCHYG00000015821 #22 LMBRD1 (ENSCHYG00000015877) COL19A1 (ENSCHYG00000016043) COL9A1 (ENSCHYG00000016409) FAM135A (ENSCHYG00000017966) ENSCHYG00000018786 ENSCHYG00000018878 B3GAT2 (ENSCHYG00000019057) ENSCHYG00000019157 ENSCHYG00000019200 RIMS1 (ENSCHYG00000019435) ENSCHYG00000020960 OOEP (ENSCHYG00000021050) KHDC3L (ENSCHYG00000021116) ENSCHYG00000021170 KCNQ5 (ENSCHYG00000021333) Cetacea ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000166688.b ENSGT00960000190376.b ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Blue whale MODERN SPECIES 5 ENSBMSG00010009902 MEX3C (ENSBMSG00010009893) SMAD4 (ENSBMSG00010009874) ELAC1 (ENSBMSG00010009858) ME2 (ENSBMSG00010009846) MRO (ENSBMSG00010009824) ENSBMSG00010009805 ENSBMSG00010009796 SKA1 (ENSBMSG00010009775) CXXC1 (ENSBMSG00010009732) MBD1 (ENSBMSG00010009608) CFAP53 (ENSBMSG00010009568) MYO5B (ENSBMSG00010009537) ACAA2 (ENSBMSG00010021576) LIPG (ENSBMSG00010021562) ENSBMSG00010021535 #22 C18orf32 (ENSBMSG00010021530) DYM (ENSBMSG00010021517) SMAD7 (ENSBMSG00010021494) CTIF (ENSBMSG00010021461) ZBTB7C (ENSBMSG00010021442) SMAD2 (ENSBMSG00010021413) SKOR2 (ENSBMSG00010021387) ENSBMSG00010021377 IER3IP1 (ENSBMSG00010021374) HDHD2 (ENSBMSG00010021363) ENSBMSG00010021354 KATNAL2 (ENSBMSG00010021337) ENSBMSG00010021325 PIAS2 (ENSBMSG00010021288) ST8SIA5 (ENSBMSG00010021215) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000166688.b ENSGT00960000190376.b ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.k ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Sperm whale MODERN SPECIES 10 ENSPCTG00005013881 MEX3C (ENSPCTG00005013828) SMAD4 (ENSPCTG00005013716) ELAC1 (ENSPCTG00005013645) ME2 (ENSPCTG00005013372) MRO (ENSPCTG00005013153) ENSPCTG00005013095 SKA1 (ENSPCTG00005012981) CXXC1 (ENSPCTG00005012649) MBD1 (ENSPCTG00005012098) CFAP53 (ENSPCTG00005012030) ENSPCTG00005010783 ENSPCTG00005010644 ACAA2 (ENSPCTG00005010500) LIPG (ENSPCTG00005010413) ENSPCTG00005010250 #22 ENSPCTG00005010201 DYM (ENSPCTG00005009929) CTIF (ENSPCTG00005009802) ZBTB7C (ENSPCTG00005009728) SMAD2 (ENSPCTG00005009494) SKOR2 (ENSPCTG00005009374) IER3IP1 (ENSPCTG00005009339) HDHD2 (ENSPCTG00005009305) KATNAL2 (ENSPCTG00005009038) ENSPCTG00005008984 PIAS2 (ENSPCTG00005008808) ENSPCTG00005008636 ST8SIA5 (ENSPCTG00005008579) ENSPCTG00005008447 RNF165 (ENSPCTG00005008364) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000166688.b ENSGT00960000190376.b ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654.i ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.k ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000166688.b ENSGT00960000190376.b ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654.i ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.k ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Vaquita MODERN SPECIES 5 ENSPSNG00000007972 MEX3C (ENSPSNG00000007985) SMAD4 (ENSPSNG00000008007) ELAC1 (ENSPSNG00000008066) ME2 (ENSPSNG00000008129) MRO (ENSPSNG00000008257) ENSPSNG00000008320 SKA1 (ENSPSNG00000008361) CXXC1 (ENSPSNG00000008435) MBD1 (ENSPSNG00000008606) CFAP53 (ENSPSNG00000008868) MYO5B (ENSPSNG00000008965) ENSPSNG00000009066 ACAA2 (ENSPSNG00000009112) LIPG (ENSPSNG00000009216) ENSPSNG00000009327 #22 ENSPSNG00000009445 DYM (ENSPSNG00000009515) ENSPSNG00000009632 ENSPSNG00000009707 CTIF (ENSPSNG00000009732) ZBTB7C (ENSPSNG00000009825) SMAD2 (ENSPSNG00000009901) SKOR2 (ENSPSNG00000010229) IER3IP1 (ENSPSNG00000010315) HDHD2 (ENSPSNG00000010382) KATNAL2 (ENSPSNG00000010440) ENSPSNG00000010683 PIAS2 (ENSPSNG00000010743) ST8SIA5 (ENSPSNG00000010902) LOXHD1 (ENSPSNG00000011419) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Equus ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Donkey MODERN SPECIES 27 POLI (ENSEASG00005003488) ENSEASG00005003504 DCC (ENSEASG00005003571) MEX3C (ENSEASG00005032865) SMAD4 (ENSEASG00005003805) ELAC1 (ENSEASG00005003810) ME2 (ENSEASG00005003813) MRO (ENSEASG00005003818) MAPK4 (ENSEASG00005003821) SKA1 (ENSEASG00005033486) CXXC1 (ENSEASG00005003826) ENSEASG00005003857 MYO5B 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ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 953 MEX3C (ENSMLUG00000012585) SMAD4 (ENSMLUG00000013944) ENSMLUG00000022522 ELAC1 (ENSMLUG00000013941) ME2 (ENSMLUG00000013932) MRO (ENSMLUG00000014572) MAPK4 (ENSMLUG00000014569) SKA1 (ENSMLUG00000013388) CXXC1 (ENSMLUG00000025328) MBD1 (ENSMLUG00000008286) ENSMLUG00000016723 MYO5B (ENSMLUG00000016701) ACAA2 (ENSMLUG00000022960) LIPG (ENSMLUG00000004113) ENSMLUG00000029264 #22 DYM (ENSMLUG00000003419) SMAD7 (ENSMLUG00000016080) CTIF (ENSMLUG00000003025) ZBTB7C (ENSMLUG00000030000) SMAD2 (ENSMLUG00000008857) ENSMLUG00000028440 ENSMLUG00000028696 HDHD2 (ENSMLUG00000004087) KATNAL2 (ENSMLUG00000004078) ENSMLUG00000008902 ST8SIA5 (ENSMLUG00000008890) LOXHD1 (ENSMLUG00000008832) RNF165 (ENSMLUG00000008813) C18orf25 (ENSMLUG00000008806) HAUS1 (ENSMLUG00000009879) Microbat MODERN SPECIES 1438 ERCC4 (ENSMLUG00000009396) MRTFB (ENSMLUG00000000799) ENSMLUG00000022610 #22 Microbat MODERN SPECIES 738 ENSMLUG00000025554 #22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Primates ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.s ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654.e ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741.s ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654.e ENSGT00730000111044 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ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Glires ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Kangaroo rat MODERN SPECIES 428 Il7 (ENSDORG00000028304) Zc2hc1a (ENSDORG00000001862) Pkia (ENSDORG00000025538) ENSDORG00000023488 ENSDORG00000025479 #22 Pex2 (ENSDORG00000016372) Zfhx4 (ENSDORG00000016167) ENSDORG00000024577 Hnf4g (ENSDORG00000014548) Crispld1 (ENSDORG00000007128) Pi15 (ENSDORG00000003978) Gdap1 (ENSDORG00000006224) Jph1 (ENSDORG00000028458) Ly96 (ENSDORG00000014550) ENSDORG00000027111 ENSDORG00000023483 Stau2 (ENSDORG00000014308) Rdh10 (ENSDORG00000024154) ENSDORG00000027501 4930444P10Rik (ENSDORG00000030113) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Lesser Egyptian jerboa DUPLICATION Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 78 Bend3 (ENSJJAG00000015264) Mtres1 (ENSJJAG00000023519) Qrsl1 (ENSJJAG00000012030) Rtn4ip1 (ENSJJAG00000016075) ENSJJAG00000017114 Atg5 (ENSJJAG00000015537) Prdm1 (ENSJJAG00000023075) Prep (ENSJJAG00000020209) Popdc3 (ENSJJAG00000014670) Bves (ENSJJAG00000012371) Lin28b (ENSJJAG00000011024) Hace1 (ENSJJAG00000013574) ENSJJAG00000000658 ENSJJAG00000023039 Grik2 (ENSJJAG00000019973) ENSJJAG00000009659 #22 Ascc3 (ENSJJAG00000022570) ENSJJAG00000018345 Prdm13 (ENSJJAG00000017076) ENSJJAG00000014057 ENSJJAG00000011362 ENSJJAG00000012978 ENSJJAG00000006075 Usp45 (ENSJJAG00000014836) ENSJJAG00000010604 ENSJJAG00000022314 ENSJJAG00000021880 ENSJJAG00000014861 ENSJJAG00000013919 ENSJJAG00000022306 ENSJJAG00000013294 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 52 Casp8 (ENSJJAG00000014714) Cflar (ENSJJAG00000024196) Hycc2 (ENSJJAG00000022468) ENSJJAG00000010907 Orc2 (ENSJJAG00000011615) Nif3l1 (ENSJJAG00000012006) ENSJJAG00000013473 Clk1 (ENSJJAG00000024354) Bzw1 (ENSJJAG00000022065) Aox2 (ENSJJAG00000011668) Aox4 (ENSJJAG00000017799) Aox1 (ENSJJAG00000019598) ENSJJAG00000015058 Kctd18 (ENSJJAG00000016069) Spats2l (ENSJJAG00000019268) ENSJJAG00000010933 #22 ENSJJAG00000012063 Maip1 (ENSJJAG00000023816) Tyw5 (ENSJJAG00000019361) 1700066M21Rik (ENSJJAG00000019976) ENSJJAG00000023987 Satb2 (ENSJJAG00000019883) ENSJJAG00000012932 Plcl1 (ENSJJAG00000024297) Boll (ENSJJAG00000015508) Mars2 (ENSJJAG00000023940) Rftn2 (ENSJJAG00000002223) ENSJJAG00000009865 ENSJJAG00000012025 ENSJJAG00000016713 Coq10b (ENSJJAG00000020646) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 615 Rpl17 (ENSNGAG00000013518) #22 BC031181 (ENSNGAG00000013970) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Murinae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT00940000168426 ENSGT01100000263809 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(ENSMAUG00000016006) ENSMAUG00000012040 Hdhd2 (ENSMAUG00000019526) Katnal2 (ENSMAUG00000019836) Pias2 (ENSMAUG00000014565) St8sia5 (ENSMAUG00000011966) Loxhd1 (ENSMAUG00000010353) Rnf165 (ENSMAUG00000017550) Golden Hamster MODERN SPECIES 821 Pknox2 (ENSMAUG00000004650) Fez1 (ENSMAUG00000015643) Ei24 (ENSMAUG00000009668) Stt3a (ENSMAUG00000015794) Chek1 (ENSMAUG00000012717) Acrv1 (ENSMAUG00000008554) ENSMAUG00000000339 Pate13 (ENSMAUG00000014338) ENSMAUG00000003428 Pate6 (ENSMAUG00000014230) Pate7 (ENSMAUG00000011718) Pate10 (ENSMAUG00000013473) ENSMAUG00000002112 #22 Pate1 (ENSMAUG00000016736) ENSMAUG00000012947 Pate3 (ENSMAUG00000010689) Pate4 (ENSMAUG00000000630) Pus3 (ENSMAUG00000015873) Ddx25 (ENSMAUG00000012406) Gm1113 (ENSMAUG00000012427) Cdon (ENSMAUG00000019406) Rpusd4 (ENSMAUG00000010280) Fam118b (ENSMAUG00000015994) Srpr (ENSMAUG00000015648) Foxred1 (ENSMAUG00000008341) Tirap (ENSMAUG00000016076) Dcps (ENSMAUG00000011332) St3gal4 (ENSMAUG00000008836) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 10 ENSPEMG00000022227 Smad4 (ENSPEMG00000013699) Elac1 (ENSPEMG00000002394) Me2 (ENSPEMG00000031101) Mro (ENSPEMG00000022802) Mapk4 (ENSPEMG00000023783) Ska1 (ENSPEMG00000021084) Cxxc1 (ENSPEMG00000022532) Mbd1 (ENSPEMG00000022630) Cfap53 (ENSPEMG00000024092) Myo5b (ENSPEMG00000020539) Acaa2 (ENSPEMG00000022034) ENSPEMG00000025726 ENSPEMG00000028900 Lipg (ENSPEMG00000021868) Rpl17 (ENSPEMG00000001520) #22 Dym (ENSPEMG00000020826) Smad7 (ENSPEMG00000021331) Ctif (ENSPEMG00000022746) Zbtb7c (ENSPEMG00000020629) Smad2 (ENSPEMG00000020383) Skor2 (ENSPEMG00000022190) ENSPEMG00000026193 Hdhd2 (ENSPEMG00000020912) Katnal2 (ENSPEMG00000021096) Pias2 (ENSPEMG00000022220) St8sia5 (ENSPEMG00000022119) Loxhd1 (ENSPEMG00000022919) ENSPEMG00000029031 8030462N17Rik (ENSPEMG00000010341) Haus1 (ENSPEMG00000021388) Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 5 ENSMOCG00000002868 Dcc (ENSMOCG00000002873) Mex3c (ENSMOCG00000012424) Smad4 (ENSMOCG00000014880) Elac1 (ENSMOCG00000013625) ENSMOCG00000019370 Mro (ENSMOCG00000001134) Mapk4 (ENSMOCG00000017622) Ska1 (ENSMOCG00000000860) Cxxc1 (ENSMOCG00000018819) ENSMOCG00000011976 ENSMOCG00000008152 Myo5b (ENSMOCG00000022368) Acaa2 (ENSMOCG00000004236) Lipg (ENSMOCG00000020738) Rpl17 (ENSMOCG00000012741) #22 BC031181 (ENSMOCG00000012446) Dym (ENSMOCG00000022593) Smad7 (ENSMOCG00000001269) Ctif (ENSMOCG00000020507) Zbtb7c (ENSMOCG00000017640) Smad2 (ENSMOCG00000017648) Skor2 (ENSMOCG00000018264) ENSMOCG00000009073 Hdhd2 (ENSMOCG00000008063) Katnal2 (ENSMOCG00000011716) Pias2 (ENSMOCG00000015605) St8sia5 (ENSMOCG00000011361) Loxhd1 (ENSMOCG00000016732) ENSMOCG00000019837 8030462N17Rik (ENSMOCG00000000844) Prairie vole MODERN SPECIES 12 ENSMOCG00000011833 Hp (ENSMOCG00000022096) Txnl4b (ENSMOCG00000013902) Dhx38 (ENSMOCG00000016798) Pmfbp1 (ENSMOCG00000008708) Zfhx3 (ENSMOCG00000017998) Psmd7 (ENSMOCG00000018363) Wwp2 (ENSMOCG00000019211) Nob1 (ENSMOCG00000010370) ENSMOCG00000009352 Cntnap4 (ENSMOCG00000005286) ENSMOCG00000010395 Mon1b (ENSMOCG00000003753) Syce1l (ENSMOCG00000022883) Adamts18 (ENSMOCG00000015505) ENSMOCG00000010114 #22 Nudt7 (ENSMOCG00000015530) Vat1l (ENSMOCG00000018479) Clec3a (ENSMOCG00000016149) Wwox (ENSMOCG00000013122) Maf (ENSMOCG00000017607) Dynlrb2 (ENSMOCG00000016123) Cdyl2 (ENSMOCG00000021578) ENSMOCG00000007353 Cenpn (ENSMOCG00000011952) Atmin (ENSMOCG00000020741) 1700030J22Rik (ENSMOCG00000021044) Gcsh (ENSMOCG00000000583) Pkd1l2 (ENSMOCG00000017193) Bco1 (ENSMOCG00000015152) Gan (ENSMOCG00000022503) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00390000002428.a.g.b ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 ENSSVLG00005024226 DCC (ENSSVLG00005023748) ENSSVLG00005023623 SMAD4 (ENSSVLG00005023577) ELAC1 (ENSSVLG00005023532) ENSSVLG00005022892 MRO (ENSSVLG00005022669) MAPK4 (ENSSVLG00005022625) SKA1 (ENSSVLG00005022508) CXXC1 (ENSSVLG00005021998) ENSSVLG00005021347 CFAP53 (ENSSVLG00005021141) MYO5B (ENSSVLG00005020740) ACAA2 (ENSSVLG00005020577) LIPG (ENSSVLG00005020493) ENSSVLG00005020364 #22 ENSSVLG00005020326 DYM (ENSSVLG00005019977) SMAD7 (ENSSVLG00005019787) CTIF (ENSSVLG00005019619) ZBTB7C (ENSSVLG00005019433) ENSSVLG00005019379 SKOR2 (ENSSVLG00005019180) ENSSVLG00005019150 HDHD2 (ENSSVLG00005019073) ENSSVLG00005019019 KATNAL2 (ENSSVLG00005018737) ENSSVLG00005018588 ST8SIA5 (ENSSVLG00005018346) LOXHD1 (ENSSVLG00005016724) RNF165 (ENSSVLG00005016476) Marmotini ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT01030000236530 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Alpin marmot MODERN SPECIES 10 ENSMMMG00000005475 DCC (ENSMMMG00000005526) MEX3C (ENSMMMG00000005613) SMAD4 (ENSMMMG00000005628) ELAC1 (ENSMMMG00000005660) ME2 (ENSMMMG00000005680) MRO (ENSMMMG00000005705) MAPK4 (ENSMMMG00000005718) SKA1 (ENSMMMG00000005747) CXXC1 (ENSMMMG00000005766) MBD1 (ENSMMMG00000005802) CFAP53 (ENSMMMG00000005890) MYO5B (ENSMMMG00000005915) ACAA2 (ENSMMMG00000006091) LIPG (ENSMMMG00000006111) ENSMMMG00000006135 #22 C18orf32 (ENSMMMG00000006157) DYM (ENSMMMG00000006170) SMAD7 (ENSMMMG00000006202) CTIF (ENSMMMG00000006232) ZBTB7C (ENSMMMG00000006278) SMAD2 (ENSMMMG00000006290) ENSMMMG00000006338 HDHD2 (ENSMMMG00000006342) KATNAL2 (ENSMMMG00000006351) PIAS2 (ENSMMMG00000006515) ST8SIA5 (ENSMMMG00000006633) LOXHD1 (ENSMMMG00000006669) RNF165 (ENSMMMG00000006757) C18orf25 (ENSMMMG00000006777) HAUS1 (ENSMMMG00000006810) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a Squirrel MODERN SPECIES 97 MBD2 (ENSSTOG00000011253) DCC (ENSSTOG00000003557) MEX3C (ENSSTOG00000022325) SMAD4 (ENSSTOG00000028580) ELAC1 (ENSSTOG00000010591) ME2 (ENSSTOG00000027218) MRO (ENSSTOG00000009940) MAPK4 (ENSSTOG00000022822) SKA1 (ENSSTOG00000003367) CXXC1 (ENSSTOG00000029092) MBD1 (ENSSTOG00000007780) CFAP53 (ENSSTOG00000007769) MYO5B (ENSSTOG00000019663) ACAA2 (ENSSTOG00000020792) LIPG (ENSSTOG00000016012) ENSSTOG00000005193 #22 C18orf32 (ENSSTOG00000024071) DYM (ENSSTOG00000021838) SMAD7 (ENSSTOG00000020985) CTIF (ENSSTOG00000001967) ZBTB7C (ENSSTOG00000011681) ENSSTOG00000030530 SMAD2 (ENSSTOG00000003788) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 126 MEX3C (ENSUPAG00010015295) SMAD4 (ENSUPAG00010015300) ELAC1 (ENSUPAG00010015318) ME2 (ENSUPAG00010015322) MRO (ENSUPAG00010015355) ENSUPAG00010015363 MAPK4 (ENSUPAG00010015372) SKA1 (ENSUPAG00010015379) CXXC1 (ENSUPAG00010015403) MBD1 (ENSUPAG00010015449) CFAP53 (ENSUPAG00010015532) MYO5B (ENSUPAG00010015539) ACAA2 (ENSUPAG00010015705) LIPG (ENSUPAG00010015731) ENSUPAG00010015756 #22 C18orf32 (ENSUPAG00010015774) DYM (ENSUPAG00010015792) ENSUPAG00010015826 SMAD7 (ENSUPAG00010015842) CTIF (ENSUPAG00010015848) ZBTB7C (ENSUPAG00010015885) SMAD2 (ENSUPAG00010015902) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01050000244995 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Guinea pig MODERN SPECIES 14 MBD2 (ENSCPOG00000006832) DCC (ENSCPOG00000002018) MEX3C (ENSCPOG00000009646) SMAD4 (ENSCPOG00000006470) ELAC1 (ENSCPOG00000012588) ME2 (ENSCPOG00000012583) MRO (ENSCPOG00000005618) MAPK4 (ENSCPOG00000010565) SKA1 (ENSCPOG00000013281) CXXC1 (ENSCPOG00000020250) MBD1 (ENSCPOG00000001671) CFAP53 (ENSCPOG00000001668) MYO5B (ENSCPOG00000014213) ACAA2 (ENSCPOG00000004734) LIPG (ENSCPOG00000008890) ENSCPOG00000019337 #22 C18orf32 (ENSCPOG00000034745) DYM (ENSCPOG00000013484) SMAD7 (ENSCPOG00000030295) CTIF (ENSCPOG00000001049) ZBTB7C (ENSCPOG00000040464) SMAD2 (ENSCPOG00000013398) SKOR2 (ENSCPOG00000021920) IER3IP1 (ENSCPOG00000040200) HDHD2 (ENSCPOG00000030325) KATNAL2 (ENSCPOG00000008150) ENSCPOG00000003067 ST8SIA5 (ENSCPOG00000030161) LOXHD1 (ENSCPOG00000009824) RNF165 (ENSCPOG00000009298) HAUS1 (ENSCPOG00000012723) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00390000011654 ENSGT00730000111044 ENSGT00950000183005.a.a ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 109 ELAC1 (ENSCLAG00000008334) ENSCLAG00000007635 MRO (ENSCLAG00000007658) ENSCLAG00000007082 MAPK4 (ENSCLAG00000007282) SKA1 (ENSCLAG00000009485) CXXC1 (ENSCLAG00000010473) MBD1 (ENSCLAG00000007457) ENSCLAG00000008426 MYO5B (ENSCLAG00000013994) ACAA2 (ENSCLAG00000008998) ENSCLAG00000008597 ENSCLAG00000007196 LIPG (ENSCLAG00000011863) ENSCLAG00000010369 ENSCLAG00000008914 #22 C18orf32 (ENSCLAG00000008711) DYM (ENSCLAG00000008080) SMAD7 (ENSCLAG00000007063) CTIF (ENSCLAG00000008174) ZBTB7C (ENSCLAG00000012082) SMAD2 (ENSCLAG00000011258) SKOR2 (ENSCLAG00000012544) IER3IP1 (ENSCLAG00000007652) HDHD2 (ENSCLAG00000006391) KATNAL2 (ENSCLAG00000013657) ENSCLAG00000011621 ST8SIA5 (ENSCLAG00000012639) LOXHD1 (ENSCLAG00000011718) RNF165 (ENSCLAG00000009534) C18orf25 (ENSCLAG00000008611) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 52 NRN1L (ENSODEG00000015052) PSKH1 (ENSODEG00000014963) CTRL (ENSODEG00000015418) PSMB10 (ENSODEG00000015334) LCAT (ENSODEG00000015459) SLC12A4 (ENSODEG00000014903) DPEP3 (ENSODEG00000015502) DPEP2 (ENSODEG00000015603) ENSODEG00000014981 NFATC3 (ENSODEG00000016236) ESRP2 (ENSODEG00000015321) PLA2G15 (ENSODEG00000014846) SLC7A6 (ENSODEG00000015017) SLC7A6OS (ENSODEG00000014723) PRMT7 (ENSODEG00000015936) ENSODEG00000020430 #22 SMPD3 (ENSODEG00000015727) ZFP90 (ENSODEG00000015237) CDH3 (ENSODEG00000014774) CDH1 (ENSODEG00000014980) TANGO6 (ENSODEG00000015059) HAS3 (ENSODEG00000015380) DERPC (ENSODEG00000014715) UTP4 (ENSODEG00000014461) SNTB2 (ENSODEG00000015053) VPS4A (ENSODEG00000015260) PDF (ENSODEG00000014877) COG8 (ENSODEG00000015833) ENSODEG00000014849 TMED6 (ENSODEG00000014967) ENSODEG00000016696 Degu MODERN SPECIES 136 ENSODEG00000003619 ALDH1A1 (ENSODEG00000003505) ENSODEG00000003433 RORB (ENSODEG00000003372) TRPM6 (ENSODEG00000003284) CARNMT1 (ENSODEG00000003242) NMRK1 (ENSODEG00000003218) OSTF1 (ENSODEG00000003195) ENSODEG00000003169 ENSODEG00000003128 RFK (ENSODEG00000003081) GCNT1 (ENSODEG00000018998) ENSODEG00000003761 ENSODEG00000003738 ENSODEG00000018936 #22 ENSODEG00000019009 FOXB2 (ENSODEG00000018997) VPS13A (ENSODEG00000003608) ENSODEG00000003546 GNA14 (ENSODEG00000003528) ENSODEG00000003499 GNAQ (ENSODEG00000003488) CEP78 (ENSODEG00000003443) ENSODEG00000003423 ENSODEG00000003369 ENSODEG00000018927 ENSODEG00000003341 ENSODEG00000018932 TLE4 (ENSODEG00000003247) ENSODEG00000003198 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 197 CYB5RL (ENSODEG00000013330) MRPL37 (ENSODEG00000013096) SSBP3 (ENSODEG00000011890) ENSODEG00000020148 ACOT11 (ENSODEG00000011967) FAM151A (ENSODEG00000011460) MROH7 (ENSODEG00000011770) TTC4 (ENSODEG00000012043) PARS2 (ENSODEG00000020020) TTC22 (ENSODEG00000012665) LEXM (ENSODEG00000011742) DHCR24 (ENSODEG00000011738) BSND (ENSODEG00000011192) PCSK9 (ENSODEG00000012063) USP24 (ENSODEG00000011440) ENSODEG00000020038 #22 ENSODEG00000011734 ENSODEG00000020054 PLPP3 (ENSODEG00000012261) ENSODEG00000011431 PRKAA2 (ENSODEG00000011215) DAB1 (ENSODEG00000012928) ENSODEG00000011438 OMA1 (ENSODEG00000012135) MYSM1 (ENSODEG00000011625) JUN (ENSODEG00000020142) ENSODEG00000012032 ENSODEG00000011484 ENSODEG00000019940 ENSODEG00000011638 Degu MODERN SPECIES 171 DNALI1 (ENSODEG00000006719) ENSODEG00000005679 RSPO1 (ENSODEG00000005377) CDCA8 (ENSODEG00000005939) EPHA10 (ENSODEG00000005704) ENSODEG00000008311 MANEAL (ENSODEG00000007218) YRDC (ENSODEG00000007401) C1orf122 (ENSODEG00000006893) ENSODEG00000007031 INPP5B (ENSODEG00000007989) ENSODEG00000007470 FHL3 (ENSODEG00000006118) ENSODEG00000006050 POU3F1 (ENSODEG00000006688) ENSODEG00000019423 #22 RRAGC (ENSODEG00000006831) ENSODEG00000007175 ENSODEG00000006834 ENSODEG00000019387 RHBDL2 (ENSODEG00000007151) ENSODEG00000006600 NDUFS5 (ENSODEG00000006145) ENSODEG00000006381 ENSODEG00000006963 ENSODEG00000006675 ENSODEG00000006592 ENSODEG00000019223 HEYL (ENSODEG00000006313) NT5C1A (ENSODEG00000008226) HPCAL4 (ENSODEG00000007714) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 130 ESPNL (ENSODEG00000008795) KLHL30 (ENSODEG00000010555) ERFE (ENSODEG00000009273) ILKAP (ENSODEG00000009636) HES6 (ENSODEG00000009169) PER2 (ENSODEG00000008617) ENSODEG00000019644 TRAF3IP1 (ENSODEG00000009879) ASB1 (ENSODEG00000009233) TWIST2 (ENSODEG00000019629) ENSODEG00000009580 ENSODEG00000009986 ENSODEG00000019773 ENSODEG00000008649 OTOS (ENSODEG00000009723) ENSODEG00000019717 #22 ENSODEG00000019706 GPC1 (ENSODEG00000010463) ANKMY1 (ENSODEG00000012472) DUSP28 (ENSODEG00000008939) RNPEPL1 (ENSODEG00000009147) CAPN10 (ENSODEG00000008893) ENSODEG00000013071 KIF1A (ENSODEG00000009831) ENSODEG00000010118 AGXT (ENSODEG00000010326) MAB21L4 (ENSODEG00000009520) CROCC2 (ENSODEG00000013957) SNED1 (ENSODEG00000009052) MTERF4 (ENSODEG00000010009) PASK (ENSODEG00000011073) Degu MODERN SPECIES 44 ELAC1 (ENSODEG00000018368) ME2 (ENSODEG00000018322) MRO (ENSODEG00000018415) ENSODEG00000018450 ENSODEG00000018396 ENSODEG00000018389 CXXC1 (ENSODEG00000018469) MBD1 (ENSODEG00000018451) ENSODEG00000018463 MYO5B (ENSODEG00000018483) ENSODEG00000018376 LIPG (ENSODEG00000018437) ENSODEG00000018445 ENSODEG00000018444 ENSODEG00000018441 ENSODEG00000018384 #22 C18orf32 (ENSODEG00000018385) ENSODEG00000020491 ENSODEG00000018460 ENSODEG00000018365 ENSODEG00000018393 DYM (ENSODEG00000018486) SMAD7 (ENSODEG00000018424) CTIF (ENSODEG00000018390) ZBTB7C (ENSODEG00000018417) SMAD2 (ENSODEG00000018373) ENSODEG00000018377 ENSODEG00000018340 ENSODEG00000018367 SKOR2 (ENSODEG00000018363) IER3IP1 (ENSODEG00000018375) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 Rabbit DUPLICATION Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 8 SRP14 (ENSOCUG00000024384) EIF2AK4 (ENSOCUG00000006506) GPR176 (ENSOCUG00000002118) ENSOCUG00000031351 ENSOCUG00000023269 FSIP1 (ENSOCUG00000003804) THBS1 (ENSOCUG00000003792) ENSOCUG00000038486 ENSOCUG00000025034 RASGRP1 (ENSOCUG00000001788) FAM98B (ENSOCUG00000001786) SPRED1 (ENSOCUG00000009498) TMCO5A (ENSOCUG00000006820) MEIS2 (ENSOCUG00000009906) CDIN1 (ENSOCUG00000016099) ENSOCUG00000027082 #22 DPH6 (ENSOCUG00000003945) ENSOCUG00000035424 ZNF770 (ENSOCUG00000024670) AQR (ENSOCUG00000003488) ENSOCUG00000031213 ACTC1 (ENSOCUG00000004074) GJD2 (ENSOCUG00000024560) ENSOCUG00000021585 ENSOCUG00000009489 GREM1 (ENSOCUG00000005596) FMN1 (ENSOCUG00000005597) ENSOCUG00000023099 RYR3 (ENSOCUG00000011459) ENSOCUG00000037182 ENSOCUG00000021852 Rabbit MODERN SPECIES 11 ENSOCUG00000022085 ENSOCUG00000033560 UGDH (ENSOCUG00000005531) LIAS (ENSOCUG00000009096) ENSOCUG00000009091 KLB (ENSOCUG00000009086) RFC1 (ENSOCUG00000004739) WDR19 (ENSOCUG00000004716) KLHL5 (ENSOCUG00000010438) TMEM156 (ENSOCUG00000000579) FAM114A1 (ENSOCUG00000009603) TLR6 (ENSOCUG00000006031) TLR1 (ENSOCUG00000001824) TLR10 (ENSOCUG00000003701) KLF3 (ENSOCUG00000003698) ENSOCUG00000022888 #22 TBC1D1 (ENSOCUG00000012442) PGM2 (ENSOCUG00000013740) ENSOCUG00000036928 RELL1 (ENSOCUG00000003419) C4orf19 (ENSOCUG00000003831) NWD2 (ENSOCUG00000012238) DTHD1 (ENSOCUG00000001098) ARAP2 (ENSOCUG00000015669) ENSOCUG00000036228 ENSOCUG00000010124 ENSOCUG00000023563 PCDH7 (ENSOCUG00000000290) ENSOCUG00000035672 ENSOCUG00000030289 ENSOCUG00000039608 Rabbit MODERN SPECIES 15 ISM1 (ENSOCUG00000001309) SPTLC3 (ENSOCUG00000001306) BTBD3 (ENSOCUG00000016434) ENSOCUG00000017324 JAG1 (ENSOCUG00000002884) SLX4IP (ENSOCUG00000002878) MKKS (ENSOCUG00000002872) SNAP25 (ENSOCUG00000016119) ANKEF1 (ENSOCUG00000016111) ENSOCUG00000027526 PAK5 (ENSOCUG00000010770) LAMP5 (ENSOCUG00000010766) PLCB4 (ENSOCUG00000010755) ENSOCUG00000030542 PLCB1 (ENSOCUG00000007339) ENSOCUG00000038367 #22 TMX4 (ENSOCUG00000007336) HAO1 (ENSOCUG00000011539) BMP2 (ENSOCUG00000011674) ENSOCUG00000021510 ENSOCUG00000030065 ENSOCUG00000038424 ENSOCUG00000008989 LYZG (ENSOCUG00000015834) KANSL2 (ENSOCUG00000007379) CCNT1 (ENSOCUG00000007383) ADCY6 (ENSOCUG00000007394) TEX49 (ENSOCUG00000007390) CACNB3 (ENSOCUG00000007401) DDX23 (ENSOCUG00000001414) RND1 (ENSOCUG00000025362) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000161642 ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Opossum MODERN SPECIES 2 MBD2 (ENSMODG00000011041) POLI (ENSMODG00000011046) STARD6 (ENSMODG00000011055) ENSMODG00000025604 ENSMODG00000037484 ENSMODG00000003833 MAPK4 (ENSMODG00000003819) ENSMODG00000003805 ENSMODG00000003795 ENSMODG00000003773 ENSMODG00000043831 MYO5B (ENSMODG00000003753) ACAA2 (ENSMODG00000003595) ENSMODG00000039010 LIPG (ENSMODG00000003564) ENSMODG00000003534 #22 C18orf32 (ENSMODG00000003518) ENSMODG00000050373 DYM (ENSMODG00000003506) SMAD7 (ENSMODG00000039523) CTIF (ENSMODG00000003464) ENSMODG00000046916 ZBTB7C (ENSMODG00000003412) ENSMODG00000042470 SMAD2 (ENSMODG00000003393) SKOR2 (ENSMODG00000003381) IER3IP1 (ENSMODG00000037588) HDHD2 (ENSMODG00000044379) KATNAL2 (ENSMODG00000003358) ENSMODG00000003324 ENSMODG00000048012 Sauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973 ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 29 FECH (ENSCPRG00005014093) ONECUT2 (ENSCPRG00005014095) ST8SIA3 (ENSCPRG00005014098) WDR7 (ENSCPRG00005014111) TXNL1 (ENSCPRG00005014122) TCF4 (ENSCPRG00005014144) CCDC68 (ENSCPRG00005014153) RAB27B (ENSCPRG00005014155) ELAC1 (ENSCPRG00005014160) ME2 (ENSCPRG00005014168) ENSCPRG00005014216 ENSCPRG00005014610 ENSCPRG00005014614 ACAA2 (ENSCPRG00005014619) LIPG (ENSCPRG00005014622) ENSCPRG00005014628 #22 C18orf32 (ENSCPRG00005014637) DYM (ENSCPRG00005014651) SMAD7 (ENSCPRG00005014735) CTIF (ENSCPRG00005014748) ZBTB7C (ENSCPRG00005014760) SMAD2 (ENSCPRG00005014766) IER3IP1 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ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01030000234535.C Laterata ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167 Common wall lizard MODERN SPECIES 2 MBD2 (ENSPMRG00000010558) ENSPMRG00000010553 DCC (ENSPMRG00000010220) MEX3C (ENSPMRG00000010170) SMAD4 (ENSPMRG00000010161) ELAC1 (ENSPMRG00000010152) ME2 (ENSPMRG00000010147) MAPK4 (ENSPMRG00000010141) ENSPMRG00000010136 ENSPMRG00000010134 ENSPMRG00000010128 ENSPMRG00000010121 MYO5B (ENSPMRG00000009756) ACAA2 (ENSPMRG00000009605) LIPG (ENSPMRG00000009592) ENSPMRG00000009575 #22 C18orf32 (ENSPMRG00000009571) DYM (ENSPMRG00000009531) SMAD7 (ENSPMRG00000009512) CTIF (ENSPMRG00000009496) ZBTB7C (ENSPMRG00000009478) ENSPMRG00000009469 SMAD2 (ENSPMRG00000009455) SKOR2 (ENSPMRG00000009448) HDHD2 (ENSPMRG00000009442) KATNAL2 (ENSPMRG00000015210) PIAS2 (ENSPMRG00000015190) ENSPMRG00000015174 ST8SIA5 (ENSPMRG00000015167) LOXHD1 (ENSPMRG00000015049) RNF165 (ENSPMRG00000015013) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01030000234535.C Elapidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850.i ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154662 ENSGT01030000234535.C Indian cobra MODERN SPECIES 1 POLI (ENSNNAG00000012495) MBD2 (ENSNNAG00000012567) DCC (ENSNNAG00000012608) ENSNNAG00000013210 MEX3C (ENSNNAG00000013225) SMAD4 (ENSNNAG00000013239) ELAC1 (ENSNNAG00000013355) ME2 (ENSNNAG00000013386) MAPK4 (ENSNNAG00000013604) ENSNNAG00000013618 ENSNNAG00000013628 ENSNNAG00000013638 MYO5B (ENSNNAG00000013682) ACAA2 (ENSNNAG00000013909) LIPG (ENSNNAG00000013974) ENSNNAG00000014239 #22 C18orf32 (ENSNNAG00000014266) DYM (ENSNNAG00000014278) SMAD7 (ENSNNAG00000014299) CTIF (ENSNNAG00000014324) ZBTB7C (ENSNNAG00000014457) SMAD2 (ENSNNAG00000014472) ENSNNAG00000014533 IER3IP1 (ENSNNAG00000014563) ENSNNAG00000014575 KATNAL2 (ENSNNAG00000014598) PIAS2 (ENSNNAG00000014631) ENSNNAG00000014747 ST8SIA5 (ENSNNAG00000014880) LOXHD1 (ENSNNAG00000014987) RNF165 (ENSNNAG00000015582) Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850.i ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 8915 ENSLLTG00000004163 #22 ENSLLTG00000004191 ENSLLTG00000004203 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ENSGT00940000158867 ENSGT00940000160973.h ENSGT00940000157435 ENSGT00730000111224 ENSGT00950000183134.c.b ENSGT00940000159850.i ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b #22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872 ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b Eastern brown snake MODERN SPECIES 2 ENSPTXG00000017829 POLI (ENSPTXG00000017828) MBD2 (ENSPTXG00000017827) DCC (ENSPTXG00000017825) MEX3C (ENSPTXG00000017824) SMAD4 (ENSPTXG00000017823) ELAC1 (ENSPTXG00000017822) ME2 (ENSPTXG00000017821) MAPK4 (ENSPTXG00000017820) ENSPTXG00000017819 ENSPTXG00000017818 ENSPTXG00000017817 MYO5B (ENSPTXG00000006873) ACAA2 (ENSPTXG00000006871) LIPG (ENSPTXG00000006699) ENSPTXG00000006694 #22 C18orf32 (ENSPTXG00000006692) DYM (ENSPTXG00000006583) SMAD7 (ENSPTXG00000006582) CTIF (ENSPTXG00000006581) ZBTB7C (ENSPTXG00000006580) SMAD2 (ENSPTXG00000006579) SKOR2 (ENSPTXG00000006578) IER3IP1 (ENSPTXG00000006577) HDHD2 (ENSPTXG00000006576) KATNAL2 (ENSPTXG00000006575) PIAS2 (ENSPTXG00000006574) ENSPTXG00000006543 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1106 RTN1 (ENSVURG00010018044) JKAMP (ENSVURG00010018038) ENSVURG00010018035 DAAM1 (ENSVURG00010018028) ENSVURG00010018023 ENSVURG00010018020 DACT1 (ENSVURG00010018006) KIAA0586 (ENSVURG00010017992) TIMM9 (ENSVURG00010017986) TOMM20L (ENSVURG00010017980) ARID4A (ENSVURG00010017963) PSMA3 (ENSVURG00010017951) ACTR10 (ENSVURG00010017945) ENSVURG00010017929 ENSVURG00010017925 ENSVURG00010017920 ##22 SLC35F4 (ENSVURG00010017916) CCDC198 (ENSVURG00010017910) NAA30 (ENSVURG00010017904) AP5M1 (ENSVURG00010017891) EXOC5 (ENSVURG00010017877) ENSVURG00010017871 TMEM260 (ENSVURG00010017838) PELI2 (ENSVURG00010017822) ENSVURG00010017651 ENSVURG00010017627 TBPL2 (ENSVURG00010017614) ATG14 (ENSVURG00010017599) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Tenrec MODERN SPECIES 18418 ENSETEG00000009753 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.a ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 19 LAMA1 (ENSCHYG00000024245) LRRC30 (ENSCHYG00000024222) PTPRM (ENSCHYG00000023397) RAB12 (ENSCHYG00000023329) MTCL1 (ENSCHYG00000023220) ENSCHYG00000023192 ANKRD12 (ENSCHYG00000023012) TWSG1 (ENSCHYG00000022972) RALBP1 (ENSCHYG00000022911) PPP4R1 (ENSCHYG00000022849) VAPA (ENSCHYG00000022578) ENSCHYG00000022539 APCDD1 (ENSCHYG00000022475) NAPG (ENSCHYG00000022395) PIEZO2 (ENSCHYG00000019969) ENSCHYG00000019818 ##22 GNAL (ENSCHYG00000019591) MPPE1 (ENSCHYG00000019317) IMPA2 (ENSCHYG00000019194) CIDEA (ENSCHYG00000019095) TUBB6 (ENSCHYG00000019004) AFG3L2 (ENSCHYG00000018603) PRELID3A (ENSCHYG00000018436) SPIRE1 (ENSCHYG00000017091) CEP76 (ENSCHYG00000016908) ENSCHYG00000016788 PTPN2 (ENSCHYG00000016527) ENSCHYG00000016387 CEP192 (ENSCHYG00000016202) ENSCHYG00000016072 LDLRAD4 (ENSCHYG00000015972) Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000005833 VSTM2A (ENSCHYG00000005870) ENSCHYG00000005934 ENSCHYG00000005983 ENSCHYG00000006019 ##22 COBL (ENSCHYG00000006121) GRB10 (ENSCHYG00000006428) DDC (ENSCHYG00000006678) FIGNL1 (ENSCHYG00000006868) IKZF1 (ENSCHYG00000006910) SPATA48 (ENSCHYG00000007188) ZPBP (ENSCHYG00000007248) VWC2 (ENSCHYG00000007286) ABCA13 (ENSCHYG00000007359) ENSCHYG00000008070 ENSCHYG00000008088 C7orf57 (ENSCHYG00000008147) SUN3 (ENSCHYG00000008183) CDK14 (ENSCHYG00000008319) ENSCHYG00000008788 Yarkand deer MODERN SPECIES 3 SLC22A17 (ENSCHYG00000013916) EFS (ENSCHYG00000013648) IL25 (ENSCHYG00000013553) ENSCHYG00000013291 ENSCHYG00000013203 MYH7 (ENSCHYG00000012682) NGDN (ENSCHYG00000012516) ZFHX2 (ENSCHYG00000012435) THTPA (ENSCHYG00000012365) AP1G2 (ENSCHYG00000012260) JPH4 (ENSCHYG00000012168) ENSCHYG00000012150 ENSCHYG00000012105 ENSCHYG00000012084 ENSCHYG00000012053 ENSCHYG00000012023 ##22 ENSCHYG00000011583 CARMIL3 (ENSCHYG00000011429) CPNE6 (ENSCHYG00000011191) NRL (ENSCHYG00000011152) PCK2 (ENSCHYG00000010885) DCAF11 (ENSCHYG00000010574) FITM1 (ENSCHYG00000010518) PSME1 (ENSCHYG00000010154) EMC9 (ENSCHYG00000010055) ENSCHYG00000009594 RNF31 (ENSCHYG00000009118) REC8 (ENSCHYG00000008911) IPO4 (ENSCHYG00000008496) TM9SF1 (ENSCHYG00000008403) TSSK4 (ENSCHYG00000008344) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 20 MTRES1 (ENSCHYG00000021800) ENSCHYG00000021838 QRSL1 (ENSCHYG00000021880) RTN4IP1 (ENSCHYG00000021960) CRYBG1 (ENSCHYG00000022057) ATG5 (ENSCHYG00000022719) PRDM1 (ENSCHYG00000022882) PREP (ENSCHYG00000023040) ENSCHYG00000023289 POPDC3 (ENSCHYG00000023314) BVES (ENSCHYG00000023334) LIN28B (ENSCHYG00000023383) HACE1 (ENSCHYG00000023545) ENSCHYG00000024260 ENSCHYG00000024278 ENSCHYG00000024291 ##22 GRIK2 (ENSCHYG00000024358) ASCC3 (ENSCHYG00000024791) SIM1 (ENSCHYG00000024834) ENSCHYG00000024861 PRDM13 (ENSCHYG00000024927) ENSCHYG00000024960 CCNC (ENSCHYG00000025007) TSTD3 (ENSCHYG00000025097) USP45 (ENSCHYG00000025122) PNISR (ENSCHYG00000025150) COQ3 (ENSCHYG00000025175) FAXC (ENSCHYG00000025221) FBXL4 (ENSCHYG00000025242) POU3F2 (ENSCHYG00000025261) MMS22L (ENSCHYG00000025279) Yarkand deer MODERN SPECIES MMP1 (ENSCHYG00000000723) ENSCHYG00000000747 MMP8 (ENSCHYG00000000770) MMP27 (ENSCHYG00000000792) MMP20 (ENSCHYG00000000837) MMP7 (ENSCHYG00000000857) TMEM123 (ENSCHYG00000000870) ENSCHYG00000000892 BIRC2 (ENSCHYG00000000902) BIRC3 (ENSCHYG00000000926) YAP1 (ENSCHYG00000000950) CFAP300 (ENSCHYG00000000983) CEP126 (ENSCHYG00000001029) ANGPTL5 (ENSCHYG00000001077) TRPC6 (ENSCHYG00000001196) ENSCHYG00000001237 ##22 ENSCHYG00000001249 PGR (ENSCHYG00000001265) ARHGAP42 (ENSCHYG00000001400) CNTN5 (ENSCHYG00000001656) ENSCHYG00000001741 JRKL (ENSCHYG00000001755) CCDC82 (ENSCHYG00000001774) MAML2 (ENSCHYG00000001814) ENSCHYG00000001826 MTMR2 (ENSCHYG00000001840) CEP57 (ENSCHYG00000001878) FAM76B (ENSCHYG00000001944) SESN3 (ENSCHYG00000002070) ENSCHYG00000002108 ENDOD1 (ENSCHYG00000002117) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 ENSBGRG00000006498 GBX1 (ENSBGRG00000006543) ASB10 (ENSBGRG00000006572) IQCA1L (ENSBGRG00000006649) ABCF2 (ENSBGRG00000006782) CHPF2 (ENSBGRG00000006836) SMARCD3 (ENSBGRG00000006961) NUB1 (ENSBGRG00000007414) WDR86 (ENSBGRG00000007613) CRYGN (ENSBGRG00000007698) RHEB (ENSBGRG00000007747) PRKAG2 (ENSBGRG00000007895) GALNTL5 (ENSBGRG00000008195) GALNT11 (ENSBGRG00000008338) KMT2C (ENSBGRG00000008413) ENSBGRG00000008491 ##22 CCT8L2 (ENSBGRG00000008514) XRCC2 (ENSBGRG00000008528) ENSBGRG00000008613 ENSBGRG00000008866 DPP6 (ENSBGRG00000008941) ENSBGRG00000010048 PAXIP1 (ENSBGRG00000010084) ENSBGRG00000010638 INSIG1 (ENSBGRG00000010766) EN2 (ENSBGRG00000010916) ENSBGRG00000010955 ENSBGRG00000011077 RBM33 (ENSBGRG00000011152) SHH (ENSBGRG00000011761) RNF32 (ENSBGRG00000011799) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 ARL10 (ENSOARG00020009449) ENSOARG00020010871 COMMD10 (ENSOARG00020010792) SEMA6A (ENSOARG00020010541) ENSOARG00020010472 ENSOARG00020010454 ENSOARG00020010434 ENSOARG00020010300 ##22 ENSOARG00020010243 ENSOARG00020010205 DTWD2 (ENSOARG00020009992) DMXL1 (ENSOARG00020008495) TNFAIP8 (ENSOARG00020008351) HSD17B4 (ENSOARG00020006956) FAM170A (ENSOARG00020006839) ENSOARG00020006760 ##22 PRR16 (ENSOARG00020006682) FTMT (ENSOARG00020006630) SRFBP1 (ENSOARG00020006515) LOX (ENSOARG00020006459) ENSOARG00020006374 ENSOARG00020006334 SNCAIP (ENSOARG00020006162) ENSOARG00020006104 SNX2 (ENSOARG00020006003) ENSOARG00020005946 PPIC (ENSOARG00020005926) PRDM6 (ENSOARG00020005846) ENSOARG00020005831 CEP120 (ENSOARG00020005625) CSNK1G3 (ENSOARG00020005431) Siberian musk deer MODERN SPECIES 278 ENSMMSG00000004465 EPHA6 (ENSMMSG00000004420) ARL6 (ENSMMSG00000004389) ENSMMSG00000004348 ##22 CRYBG3 (ENSMMSG00000012660) RIOX2 (ENSMMSG00000012631) GABRR3 (ENSMMSG00000012595) ENSMMSG00000012587 ENSMMSG00000012578 ENSMMSG00000012569 ENSMMSG00000012552 ENSMMSG00000012536 ENSMMSG00000012514 ENSMMSG00000012505 ENSMMSG00000012489 ENSMMSG00000012479 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Blue whale MODERN SPECIES 2 DLEC1 (ENSBMSG00010022536) PLCD1 (ENSBMSG00010022535) VILL (ENSBMSG00010022533) ITGA9 (ENSBMSG00010022532) ENSBMSG00010022531 ENSBMSG00010022530 ENSBMSG00010022529 DCLK3 (ENSBMSG00010022528) ENSBMSG00010022527 TRANK1 (ENSBMSG00010022526) EPM2AIP1 (ENSBMSG00010022525) MLH1 (ENSBMSG00010022524) LRRFIP2 (ENSBMSG00010022523) STAC (ENSBMSG00010022522) ARPP21 (ENSBMSG00010022519) ENSBMSG00010022517 ##22 ENSBMSG00010022515 ENSBMSG00010022514 CLASP2 (ENSBMSG00010013160) UBP1 (ENSBMSG00010011409) FBXL2 (ENSBMSG00010011377) SUSD5 (ENSBMSG00010011358) CRTAP (ENSBMSG00010011339) GLB1 (ENSBMSG00010011320) CCR4 (ENSBMSG00010011298) TRIM71 (ENSBMSG00010011287) CNOT10 (ENSBMSG00010011215) DYNC1LI1 (ENSBMSG00010011149) CMTM6 (ENSBMSG00010011130) CMTM7 (ENSBMSG00010011112) CMTM8 (ENSBMSG00010011090) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00900000142007 ENSGT00940000158658 ENSGT00500000044903 ENSGT00570000079101.a.a.d ENSGT01100000263542.C ENSGT00940000164312 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000158584 ENSGT00390000009395 ENSGT00940000160572 ENSGT00940000155493 ENSGT00390000008787.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000154965.A ENSGT00940000157322.a ENSGT00940000157331 ENSGT00390000007081.b ENSGT00390000007081.a ENSGT00390000013106 ENSGT00950000182926.b.d.c.a ENSGT00390000015287 ENSGT00940000155032 ENSGT00390000015583 ENSGT00940000158630 ENSGT00940000153956.b ENSGT00530000063604.A ENSGT00730000111173 ENSGT00390000010434.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00900000142007 ENSGT00940000158658 ENSGT00500000044903 ENSGT00570000079101.a.a.d ENSGT01100000263542.C ENSGT00940000164312 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000158584 ENSGT00390000009395 ENSGT00940000160572 ENSGT00940000155493 ENSGT00390000008787.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000154965.A ENSGT00940000157322.a ENSGT00940000157331 ENSGT00390000007081.b ENSGT00390000007081.a ENSGT00390000013106 ENSGT00950000182926.b.d.c.a ENSGT00390000015287 ENSGT00940000155032 ENSGT00390000015583 ENSGT00940000158630 ENSGT00940000153956.b ENSGT00530000063604.A ENSGT00730000111173 ENSGT00390000010434.b Beluga whale MODERN SPECIES 65 PDLIM1 (ENSDLEG00000017506) ENSDLEG00000017489 SORBS1 (ENSDLEG00000017253) ALDH18A1 (ENSDLEG00000016818) ENSDLEG00000016741 ENSDLEG00000016734 ENTPD1 (ENSDLEG00000016707) CCNJ (ENSDLEG00000016612) ZNF518A (ENSDLEG00000016610) BLNK (ENSDLEG00000016546) DNTT (ENSDLEG00000016501) OPALIN (ENSDLEG00000016472) TLL2 (ENSDLEG00000016094) TM9SF3 (ENSDLEG00000016045) PIK3AP1 (ENSDLEG00000015971) ENSDLEG00000015948 ##22 LCOR (ENSDLEG00000015892) SLIT1 (ENSDLEG00000015826) ENSDLEG00000015800 ARHGAP19 (ENSDLEG00000015778) FRAT1 (ENSDLEG00000015774) FRAT2 (ENSDLEG00000015766) RRP12 (ENSDLEG00000015698) PGAM1 (ENSDLEG00000015682) EXOSC1 (ENSDLEG00000015668) ZDHHC16 (ENSDLEG00000015638) MMS19 (ENSDLEG00000015591) UBTD1 (ENSDLEG00000015580) ANKRD2 (ENSDLEG00000015568) HOGA1 (ENSDLEG00000015555) MORN4 (ENSDLEG00000015545) Narwhal MODERN SPECIES 311 PDLIM1 (ENSMMNG00015017891) SORBS1 (ENSMMNG00015018111) ALDH18A1 (ENSMMNG00015018455) TCTN3 (ENSMMNG00015018494) ENTPD1 (ENSMMNG00015018548) ENSMMNG00015018619 ENSMMNG00015018647 CCNJ (ENSMMNG00015018729) ZNF518A (ENSMMNG00015018779) BLNK (ENSMMNG00015018860) DNTT (ENSMMNG00015018994) OPALIN (ENSMMNG00015019113) TLL2 (ENSMMNG00015019257) TM9SF3 (ENSMMNG00015019365) PIK3AP1 (ENSMMNG00015019455) ENSMMNG00015019535 ##22 LCOR (ENSMMNG00015019580) SLIT1 (ENSMMNG00015019679) ARHGAP19 (ENSMMNG00015019978) ENSMMNG00015020109 FRAT1 (ENSMMNG00015020130) FRAT2 (ENSMMNG00015020149) RRP12 (ENSMMNG00015020232) PGAM1 (ENSMMNG00015020334) EXOSC1 (ENSMMNG00015020372) ZDHHC16 (ENSMMNG00015020473) MMS19 (ENSMMNG00015020600) UBTD1 (ENSMMNG00015020639) ANKRD2 (ENSMMNG00015020671) HOGA1 (ENSMMNG00015020756) MORN4 (ENSMMNG00015020795) Vaquita MODERN SPECIES 7 ENSPSNG00000015056 PDLIM1 (ENSPSNG00000015140) SORBS1 (ENSPSNG00000015316) ALDH18A1 (ENSPSNG00000015808) TCTN3 (ENSPSNG00000015984) ENTPD1 (ENSPSNG00000016134) CC2D2B (ENSPSNG00000016378) CCNJ (ENSPSNG00000017172) ZNF518A (ENSPSNG00000017259) BLNK (ENSPSNG00000017379) DNTT (ENSPSNG00000018075) OPALIN (ENSPSNG00000018299) TLL2 (ENSPSNG00000018604) TM9SF3 (ENSPSNG00000018641) PIK3AP1 (ENSPSNG00000018719) ENSPSNG00000018934 ##22 LCOR (ENSPSNG00000019009) SLIT1 (ENSPSNG00000019181) ARHGAP19 (ENSPSNG00000019746) ENSPSNG00000019843 FRAT1 (ENSPSNG00000019873) FRAT2 (ENSPSNG00000019882) RRP12 (ENSPSNG00000020020) PGAM1 (ENSPSNG00000020181) EXOSC1 (ENSPSNG00000020223) ZDHHC16 (ENSPSNG00000020329) MMS19 (ENSPSNG00000020454) UBTD1 (ENSPSNG00000020532) ANKRD2 (ENSPSNG00000020585) HOGA1 (ENSPSNG00000020786) MORN4 (ENSPSNG00000020862) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 13 FHL1 (ENSPCTG00005020370) MAP7D3 (ENSPCTG00005020479) BRS3 (ENSPCTG00005020510) ENSPCTG00005020535 VGLL1 (ENSPCTG00005020593) CD40LG (ENSPCTG00005020626) ##10 ARHGEF6 (ENSPCTG00005020697) RBMX (ENSPCTG00005020781) ENSPCTG00005020826 ENSPCTG00005020876 GPR101 (ENSPCTG00005020924) ENSPCTG00005020935 ZIC3 (ENSPCTG00005020946) ENSPCTG00005020982 FGF13 (ENSPCTG00005021010) ENSPCTG00005021091 ##22 ENSPCTG00005021096 ENSPCTG00005021103 ENSPCTG00005012405 F9 (ENSPCTG00005012484) MCF2 (ENSPCTG00005012755) ATP11C (ENSPCTG00005015323) ENSPCTG00005015600 ENSPCTG00005015642 ENSPCTG00005015719 SOX3 (ENSPCTG00005015742) ENSPCTG00005015765 ENSPCTG00005015851 ENSPCTG00005015868 ENSPCTG00005015949 LDOC1 (ENSPCTG00005016029) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 3 IAH1 (ENSPCTG00005012450) ADAM17 (ENSPCTG00005012570) ENSPCTG00005012664 YWHAQ (ENSPCTG00005012710) TAF1B (ENSPCTG00005012791) ENSPCTG00005012849 RRM2 (ENSPCTG00005012888) HPCAL1 (ENSPCTG00005012942) ODC1 (ENSPCTG00005012986) NOL10 (ENSPCTG00005013060) ATP6V1C2 (ENSPCTG00005013317) PDIA6 (ENSPCTG00005013450) KCNF1 (ENSPCTG00005013707) PQLC3 (ENSPCTG00005013870) ROCK2 (ENSPCTG00005014000) ENSPCTG00005014060 ##22 ENSPCTG00005014135 ENSPCTG00005014216 LRATD1 (ENSPCTG00005014256) NBAS (ENSPCTG00005014284) DDX1 (ENSPCTG00005014405) ENSPCTG00005015309 ENSPCTG00005015328 ENSPCTG00005015376 ENSPCTG00005015400 FAM49A (ENSPCTG00005015455) RAD51AP2 (ENSPCTG00005015523) VSNL1 (ENSPCTG00005015591) SMC6 (ENSPCTG00005015640) GEN1 (ENSPCTG00005015707) MSGN1 (ENSPCTG00005015740) Sperm whale MODERN SPECIES 19 CLINT1 (ENSPCTG00005002580) LSM11 (ENSPCTG00005002548) THG1L (ENSPCTG00005002538) SOX30 (ENSPCTG00005002511) ADAM19 (ENSPCTG00005002484) NIPAL4 (ENSPCTG00005002440) FNDC9 (ENSPCTG00005002414) CYFIP2 (ENSPCTG00005002337) ITK (ENSPCTG00005002239) FAM71B (ENSPCTG00005002221) MED7 (ENSPCTG00005002212) HAVCR2 (ENSPCTG00005002189) ENSPCTG00005002169 TIMD4 (ENSPCTG00005002146) SGCD (ENSPCTG00005002114) ENSPCTG00005002098 ##22 ENSPCTG00005002091 MRPL22 (ENSPCTG00005002075) GEMIN5 (ENSPCTG00005001900) LARP1 (ENSPCTG00005001835) FAXDC2 (ENSPCTG00005001788) HAND1 (ENSPCTG00005001758) SAP30L (ENSPCTG00005001734) GALNT10 (ENSPCTG00005001705) MFAP3 (ENSPCTG00005001678) FAM114A2 (ENSPCTG00005001605) GRIA1 (ENSPCTG00005001422) NMUR2 (ENSPCTG00005001341) ##11 ENSPCTG00005001320 GLRA1 (ENSPCTG00005001273) G3BP1 (ENSPCTG00005001253) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 ENSOCUG00000035896 ENSOCUG00000036085 ENSOCUG00000037233 ENSOCUG00000013576 NSUN3 (ENSOCUG00000011677) ARL13B (ENSOCUG00000025555) STX19 (ENSOCUG00000001785) PROS1 (ENSOCUG00000025358) EPHA3 (ENSOCUG00000010465) ENSOCUG00000024255 ENSOCUG00000026380 ENSOCUG00000031707 C3orf38 (ENSOCUG00000014034) ZNF654 (ENSOCUG00000004967) ENSOCUG00000007037 ENSOCUG00000025046 ##22 HTR1F (ENSOCUG00000027917) POU1F1 (ENSOCUG00000017779) CHMP2B (ENSOCUG00000003985) VGLL3 (ENSOCUG00000020895) ENSOCUG00000038220 CADM2 (ENSOCUG00000001739) ENSOCUG00000037817 ENSOCUG00000022949 ENSOCUG00000024114 ENSOCUG00000026853 GBE1 (ENSOCUG00000005912) ENSOCUG00000037368 ROBO1 (ENSOCUG00000002537) ENSOCUG00000021998 ROBO2 (ENSOCUG00000004278) Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ENSSVLG00005019214 PTPN18 (ENSSVLG00005018932) ENSSVLG00005018739 ENSSVLG00005018675 #33 ENSSVLG00005018536 ENSSVLG00005018440 #33 ENSSVLG00005018284 ENSSVLG00005018242 ENSSVLG00005018180 ENSSVLG00005018128 ENSSVLG00005018082 ENSSVLG00005018047 ASIC2 (ENSSVLG00005017834) ENSSVLG00005017765 TMEM98 (ENSSVLG00005017715) ENSSVLG00005017677 ##22 MYO1D (ENSSVLG00005017566) CDK5R1 (ENSSVLG00005017534) ENSSVLG00005017498 ZNF207 (ENSSVLG00005017171) C17orf75 (ENSSVLG00005017088) RHBDL3 (ENSSVLG00005016946) RHOT1 (ENSSVLG00005016781) RNF135 (ENSSVLG00005016571) ADAP2 (ENSSVLG00005016368) TEFM (ENSSVLG00005016323) ATAD5 (ENSSVLG00005016127) CRLF3 (ENSSVLG00005016089) SUZ12 (ENSSVLG00005015781) UTP6 (ENSSVLG00005015715) COPRS (ENSSVLG00005015650) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Nap1l3 (ENSPEMG00000021317) ENSPEMG00000020890 ENSPEMG00000031172 ENSPEMG00000015049 ENSPEMG00000030595 ENSPEMG00000030248 ENSPEMG00000024728 ENSPEMG00000029285 ENSPEMG00000022434 Rbm31y (ENSPEMG00000027407) ENSPEMG00000021363 ENSPEMG00000005666 ENSPEMG00000025494 Diaph2 (ENSPEMG00000019093) ENSPEMG00000019587 ENSPEMG00000004315 ##22 Pcdh19 (ENSPEMG00000020124) Tnmd (ENSPEMG00000011351) Tspan6 (ENSPEMG00000014695) Srpx2 (ENSPEMG00000019359) Sytl4 (ENSPEMG00000019947) Cstf2 (ENSPEMG00000019415) Nox1 (ENSPEMG00000020082) Xkrx (ENSPEMG00000029902) Arl13a (ENSPEMG00000019980) Trmt2b (ENSPEMG00000020113) Tmem35a (ENSPEMG00000031153) Cenpi (ENSPEMG00000019773) Drp2 (ENSPEMG00000019538) Taf7l (ENSPEMG00000020046) ENSPEMG00000027239 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 32 CDC37L1 (ENSMMMG00000002322) PLPP6 (ENSMMMG00000002356) SPATA6L (ENSMMMG00000002361) SLC1A1 (ENSMMMG00000002380) ENSMMMG00000002405 ENSMMMG00000002416 GLIS3 (ENSMMMG00000002430) ENSMMMG00000002504 PUM3 (ENSMMMG00000002513) KCNV2 (ENSMMMG00000002550) ENSMMMG00000002572 VLDLR (ENSMMMG00000002594) ENSMMMG00000002765 ENSMMMG00000002785 SMARCA2 (ENSMMMG00000002811) ENSMMMG00000003212 ##22 DMRT2 (ENSMMMG00000003238) DMRT3 (ENSMMMG00000003239) DMRT1 (ENSMMMG00000003270) KANK1 (ENSMMMG00000003281) ENSMMMG00000003301 ENSMMMG00000003304 DOCK8 (ENSMMMG00000003328) ENSMMMG00000003411 ENSMMMG00000003446 PGM5 (ENSMMMG00000003460) TMEM252 (ENSMMMG00000003476) PABIR1 (ENSMMMG00000003490) PIP5K1B (ENSMMMG00000003495) FXN (ENSMMMG00000003605) ENSMMMG00000003616 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 PSD3 (ENSSVLG00005006930) ENSSVLG00005007216 ENSSVLG00005000128 ENSSVLG00005000142 NAF1 (ENSSVLG00005000303) NPY1R (ENSSVLG00005000326) NPY5R (ENSSVLG00005000351) TKTL2 (ENSSVLG00005000366) ENSSVLG00005000429 MARCHF1 (ENSSVLG00005000488) ENSSVLG00005000541 ENSSVLG00005000557 SMIM31 (ENSSVLG00005000575) ENSSVLG00005000594 ENSSVLG00005000615 ENSSVLG00005000633 ##22 ENSSVLG00005000652 ENSSVLG00005000666 ENSSVLG00005000680 TRIM75 (ENSSVLG00005000696) ENSSVLG00005000719 KLHL2 (ENSSVLG00005000822) MSMO1 (ENSSVLG00005000949) CPE (ENSSVLG00005000975) ENSSVLG00005000996 TLL1 (ENSSVLG00005001039) ENSSVLG00005001107 SPOCK3 (ENSSVLG00005001298) ANXA10 (ENSSVLG00005001520) ENSSVLG00005001553 PALLD (ENSSVLG00005001640) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 31 BMX (ENSHGLG00000001385) PIR (ENSHGLG00000037625) VEGFD (ENSHGLG00000000833) PIGA (ENSHGLG00000001235) ASB11 (ENSHGLG00000000624) ASB9 (ENSHGLG00000001821) ENSHGLG00000000051 ENSHGLG00000019696 MOSPD2 (ENSHGLG00000000132) FANCB (ENSHGLG00000000155) ENSHGLG00000000430 GLRA2 (ENSHGLG00000000192) ENSHGLG00000036833 GEMIN8 (ENSHGLG00000001816) GPM6B (ENSHGLG00000000184) ENSHGLG00000002123 ##22 ENSHGLG00000045806 OFD1 (ENSHGLG00000002158) ENSHGLG00000042680 ENSHGLG00000001231 ENSHGLG00000050459 ENSHGLG00000032247 ENSHGLG00000044535 ENSHGLG00000000319 ENSHGLG00000050801 ENSHGLG00000041397 ENSHGLG00000000650 ENSHGLG00000000815 ENSHGLG00000001296 ENSHGLG00000032069 ENSHGLG00000001807 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 695 ENSUPAG00010005633 ENSUPAG00010005636 ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 18 QPCT (ENSCPOG00000012212) CDC42EP3 (ENSCPOG00000033770) RMDN2 (ENSCPOG00000021133) CYP1B1 (ENSCPOG00000030721) ENSCPOG00000013597 HNRNPLL (ENSCPOG00000007588) GALM (ENSCPOG00000006536) SRSF7 (ENSCPOG00000033318) GEMIN6 (ENSCPOG00000034454) DHX57 (ENSCPOG00000009155) ENSCPOG00000034074 ARHGEF33 (ENSCPOG00000026296) SOS1 (ENSCPOG00000002487) CDKL4 (ENSCPOG00000007561) MAP4K3 (ENSCPOG00000012852) ENSCPOG00000034555 ##22 TMEM178A (ENSCPOG00000031174) THUMPD2 (ENSCPOG00000003368) SLC8A1 (ENSCPOG00000002233) ENSCPOG00000008206 PKDCC (ENSCPOG00000014946) EML4 (ENSCPOG00000014948) COX7A2L (ENSCPOG00000038148) KCNG3 (ENSCPOG00000012440) MTA3 (ENSCPOG00000005357) HAAO (ENSCPOG00000024944) ZFP36L2 (ENSCPOG00000022038) THADA (ENSCPOG00000000838) PLEKHH2 (ENSCPOG00000013966) DYNC2LI1 (ENSCPOG00000000202) ABCG5 (ENSCPOG00000025027) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000153998.a ENSGT00940000162847 ENSGT00960000189441 ENSGT00390000005575 ENSGT00390000004910 ENSGT00940000171984 ENSGT00940000153251.a ENSGT00940000162944 ENSGT00390000006307 ENSGT00390000007697 ENSGT00970000194160 ENSGT00940000158592 ENSGT00940000156631.B ENSGT00940000156881 ENSGT00940000156527 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000153695.B ENSGT00950000182866.D.d.a.d ENSGT00910000144283 ENSGT00950000183105.A ENSGT00900000141090 ENSGT00390000010218 ENSGT00530000063169.b.b ENSGT00390000010779.a.b.b ENSGT00530000063907.d ENSGT00940000157308 ENSGT00530000063503.a.a ENSGT00530000063558.A ENSGT00510000047809 ENSGT00940000159169 ENSGT00940000155530 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 272 ENSTMTG00000019765 TRAT1 (ENSTMTG00000019755) ENSTMTG00000019745 ENSTMTG00000019733 CIP2A (ENSTMTG00000019686) ENSTMTG00000019465 HHLA2 (ENSTMTG00000019397) IFT57 (ENSTMTG00000019378) CD47 (ENSTMTG00000019348) ENSTMTG00000019336 ENSTMTG00000019325 BBX (ENSTMTG00000019277) CBLB (ENSTMTG00000018863) ALCAM (ENSTMTG00000018764) ZPLD1 (ENSTMTG00000018724) ENSTMTG00000018709 ##22 NFKBIZ (ENSTMTG00000018686) NXPE3 (ENSTMTG00000018581) CEP97 (ENSTMTG00000018479) RPL24 (ENSTMTG00000018458) ZBTB11 (ENSTMTG00000018433) PCNP (ENSTMTG00000018404) TRMT10C (ENSTMTG00000018396) TXNL4B (ENSTMTG00000018389) ENSTMTG00000018385 SENP7 (ENSTMTG00000018310) IMPG2 (ENSTMTG00000018267) TFG (ENSTMTG00000018199) TMEM45A (ENSTMTG00000018184) ENSTMTG00000018173 TOMM70 (ENSTMTG00000017918) painted turtle MODERN SPECIES ENSCPBG00000005311 ENSCPBG00000005307 TRAT1 (ENSCPBG00000005299) ENSCPBG00000005293 ENSCPBG00000005288 CIP2A (ENSCPBG00000005195) ENSCPBG00000004865 HHLA2 (ENSCPBG00000004703) IFT57 (ENSCPBG00000004696) CD47 (ENSCPBG00000004681) ENSCPBG00000004657 BBX (ENSCPBG00000004643) CBLB (ENSCPBG00000004619) ALCAM (ENSCPBG00000004575) ZPLD1 (ENSCPBG00000004529) ENSCPBG00000004515 ##22 NFKBIZ (ENSCPBG00000004507) NXPE3 (ENSCPBG00000004491) CEP97 (ENSCPBG00000004478) RPL24 (ENSCPBG00000004458) ZBTB11 (ENSCPBG00000004441) PCNP (ENSCPBG00000004421) TXNL4B (ENSCPBG00000004410) ENSCPBG00000004402 SENP7 (ENSCPBG00000004364) IMPG2 (ENSCPBG00000004294) ABI3BP (ENSCPBG00000004109) TFG (ENSCPBG00000004037) ADGRG7 (ENSCPBG00000004017) TMEM45A (ENSCPBG00000004005) ENSCPBG00000003998 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Chicken MODERN SPECIES 130 ENSGALG00010012459 ENSGALG00010012437 ENSGALG00010012393 ENSGALG00010012380 ENSGALG00010012370 ENSGALG00010012357 ENSGALG00010012348 ENSGALG00010012342 ENSGALG00010012336 ENSGALG00010012332 SMAD7B (ENSGALG00010012323) ENSGALG00010012316 ENSGALG00010012306 ENSGALG00010012294 ENSGALG00010012286 #22 ENSGALG00010012282 ##22 ENSGALG00010013588 ENSGALG00010012272 ENSGALG00010012268 ENSGALG00010012243 ENSGALG00010012220 ENSGALG00010012211 ENSGALG00010012199 ENSGALG00010012187 ENSGALG00010012168 ENSGALG00010013565 ENSGALG00010013554 HINTW (ENSGALG00010011988) ENSGALG00010011978 ENSGALG00010011974 ENSGALG00010011964 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Duck MODERN SPECIES 4281 STARD6 (ENSAPLG00000021618) POLI (ENSAPLG00000010510) MBD2 (ENSAPLG00000010058) DCC (ENSAPLG00000009368) MEX3C (ENSAPLG00000003916) SMAD4 (ENSAPLG00000003924) ELAC1 (ENSAPLG00000007218) ME2 (ENSAPLG00000004164) MAPK4 (ENSAPLG00000004651) ENSAPLG00000004736 ENSAPLG00000004971 ENSAPLG00000005297 MYO5B (ENSAPLG00000005427) ACAA2 (ENSAPLG00000006058) LIPG (ENSAPLG00000008809) ENSAPLG00000008451 ##22 C18orf32 (ENSAPLG00000017090) DYM (ENSAPLG00000007759) ENSAPLG00000022343 SMAD7 (ENSAPLG00000001268) CTIF (ENSAPLG00000014486) ZBTB7C (ENSAPLG00000016660) SMAD2 (ENSAPLG00000004964) SKOR2 (ENSAPLG00000022487) IER3IP1 (ENSAPLG00000018295) HDHD2 (ENSAPLG00000004974) KATNAL2 (ENSAPLG00000005005) PIAS2 (ENSAPLG00000005190) ENSAPLG00000022068 ST8SIA5 (ENSAPLG00000011069) LOXHD1 (ENSAPLG00000010718) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Platypus MODERN SPECIES 14 POLI (ENSOANG00000001796) MBD2 (ENSOANG00000001797) DCC (ENSOANG00000008115) ENSOANG00000008116 SMAD4 (ENSOANG00000008117) ELAC1 (ENSOANG00000008118) ME2 (ENSOANG00000008119) ENSOANG00000008122 ENSOANG00000045887 ENSOANG00000008124 ENSOANG00000008125 ENSOANG00000008126 MYO5B (ENSOANG00000008127) ACAA2 (ENSOANG00000002559) LIPG (ENSOANG00000001131) ENSOANG00000002910 ##22 DYM (ENSOANG00000007612) ENSOANG00000007611 CTIF (ENSOANG00000001337) ZBTB7C (ENSOANG00000005929) SMAD2 (ENSOANG00000001971) SKOR2 (ENSOANG00000038832) IER3IP1 (ENSOANG00000045983) ENSOANG00000042577 HDHD2 (ENSOANG00000012019) KATNAL2 (ENSOANG00000012018) PIAS2 (ENSOANG00000012017) ST8SIA5 (ENSOANG00000014835) LOXHD1 (ENSOANG00000014833) RNF165 (ENSOANG00000014831) C18orf25 (ENSOANG00000004994) Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 418 ENSMODG00000028106 ENSMODG00000045743 ##22 ENSMODG00000022736 ENSMODG00000022737 Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000005872 ENSMODG00000046698 TOP1MT (ENSMODG00000029734) RHPN1 (ENSMODG00000011421) MAFA (ENSMODG00000011396) ENSMODG00000011385 ENSMODG00000011300 ENSMODG00000011297 MROH6 (ENSMODG00000011279) NAPRT (ENSMODG00000011244) EEF1D (ENSMODG00000011225) TIGD5 (ENSMODG00000011207) GFUS (ENSMODG00000011191) ENSMODG00000025630 ENSMODG00000011178 ENSMODG00000011184 ##22 ENSMODG00000011150 ENSMODG00000042574 ENSMODG00000024086 ENSMODG00000011130 ENSMODG00000040096 ARHGAP39 (ENSMODG00000011119) C8orf82 (ENSMODG00000044591) LRRC24 (ENSMODG00000011100) ENSMODG00000027311 ENSMODG00000011094 ENSMODG00000050338 ENSMODG00000011022 ENSMODG00000011014 MFSD3 (ENSMODG00000010983) GPT (ENSMODG00000010974) Opossum MODERN SPECIES POLR3A (ENSMODG00000001036) RPS24 (ENSMODG00000025091) ZMIZ1 (ENSMODG00000001116) PPIF (ENSMODG00000001128) ZCCHC24 (ENSMODG00000001134) ENSMODG00000001145 ENSMODG00000025082 TMEM254 (ENSMODG00000001146) ENSMODG00000038110 ENSMODG00000029013 BMS1 (ENSMODG00000001177) ENSMODG00000029654 RET (ENSMODG00000001212) CSGALNACT2 (ENSMODG00000001232) RASGEF1A (ENSMODG00000001262) ENSMODG00000025077 ##22 ENSMODG00000050542 ENSMODG00000001269 ENSMODG00000001304 ENSMODG00000025723 MBL2 (ENSMODG00000001491) ENSMODG00000037815 ENSMODG00000048633 ENSMODG00000001508 ENSMODG00000001524 DYDC1 (ENSMODG00000001532) ENSMODG00000028030 ENSMODG00000001545 TSPAN14 (ENSMODG00000001556) ENSMODG00000001571 SH2D4B (ENSMODG00000001611) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 240 RAB1A (ENSMMSG00000006809) CEP68 (ENSMMSG00000006928) SLC1A4 (ENSMMSG00000007010) ENSMMSG00000007124 SERTAD2 (ENSMMSG00000007146) AFTPH (ENSMMSG00000007162) LGALSL (ENSMMSG00000007219) PELI1 (ENSMMSG00000007255) VPS54 (ENSMMSG00000007345) UGP2 (ENSMMSG00000007620) MDH1 (ENSMMSG00000007784) WDPCP (ENSMMSG00000008007) OTX1 (ENSMMSG00000008093) EHBP1 (ENSMMSG00000008127) TMEM17 (ENSMMSG00000008258) ENSMMSG00000008292 ##22 B3GNT2 (ENSMMSG00000008312) COMMD1 (ENSMMSG00000008325) ENSMMSG00000008359 FAM161A (ENSMMSG00000008531) ENSMMSG00000008623 ENSMMSG00000008648 XPO1 (ENSMMSG00000008749) USP34 (ENSMMSG00000008868) ENSMMSG00000009275 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 24 MED21 (ENSCHIG00000017040) TM7SF3 (ENSCHIG00000010359) ENSCHIG00000001969 FGFR1OP2 (ENSCHIG00000020593) INTS13 (ENSCHIG00000002599) ITPR2 (ENSCHIG00000016600) SSPN (ENSCHIG00000024484) BHLHE41 (ENSCHIG00000024108) RASSF8 (ENSCHIG00000024588) LMNTD1 (ENSCHIG00000017319) ENSCHIG00000011443 KRAS (ENSCHIG00000026575) ETFRF1 (ENSCHIG00000023135) DNAI7 (ENSCHIG00000016268) IRAG2 (ENSCHIG00000006732) ENSCHIG00000000786 ##22 BCAT1 (ENSCHIG00000025125) SOX5 (ENSCHIG00000026249) ENSCHIG00000003098 ETNK1 (ENSCHIG00000010576) C2CD5 (ENSCHIG00000011005) ENSCHIG00000010485 ST8SIA1 (ENSCHIG00000022129) ENSCHIG00000015874 CMAS (ENSCHIG00000003246) ABCC9 (ENSCHIG00000026713) KCNJ8 (ENSCHIG00000023544) ENSCHIG00000010543 GYS2 (ENSCHIG00000020166) SPX (ENSCHIG00000014173) ENSCHIG00000026904 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 BMPR2 (ENSOARG00020006563) FAM117B (ENSOARG00020006688) ICA1L (ENSOARG00020006778) WDR12 (ENSOARG00020006896) CARF (ENSOARG00020006968) NBEAL1 (ENSOARG00020007440) CYP20A1 (ENSOARG00020007538) ABI2 (ENSOARG00020007596) RAPH1 (ENSOARG00020007863) ENSOARG00020008167 CD28 (ENSOARG00020008197) CTLA4 (ENSOARG00020008302) ICOS (ENSOARG00020008420) PARD3B (ENSOARG00020008587) NRP2 (ENSOARG00020013172) ENSOARG00020013371 ##22 INO80D (ENSOARG00020013391) NDUFS1 (ENSOARG00020013502) ENSOARG00020014163 GPR1 (ENSOARG00020014248) ZDBF2 (ENSOARG00020014286) ADAM23 (ENSOARG00020014405) FAM237A (ENSOARG00020014982) DYTN (ENSOARG00020015031) MDH1B (ENSOARG00020015160) FASTKD2 (ENSOARG00020015403) CPO (ENSOARG00020015466) KLF7 (ENSOARG00020015555) CREB1 (ENSOARG00020015664) METTL21A (ENSOARG00020015859) ENSOARG00020016023 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 18 SNX25 (ENSOARG00020014331) LRP2BP (ENSOARG00020014866) ANKRD37 (ENSOARG00020014995) UFSP2 (ENSOARG00020015057) C4orf47 (ENSOARG00020015119) ENSOARG00020015181 PDLIM3 (ENSOARG00020015386) SORBS2 (ENSOARG00020015782) CYP4V2 (ENSOARG00020018832) KLKB1 (ENSOARG00020018965) F11 (ENSOARG00020019114) MTNR1A (ENSOARG00020019337) FAT1 (ENSOARG00020019399) ENSOARG00020019457 ENSOARG00020019472 ENSOARG00020019504 ##22 ZFP42 (ENSOARG00020019525) TRIML1 (ENSOARG00020019575) FRG1 (ENSOARG00020019669) ASAH1 (ENSOARG00020019754) PCM1 (ENSOARG00020020248) ENSOARG00020021745 FGL1 (ENSOARG00020021774) PDGFRL (ENSOARG00020022593) SLC7A2 (ENSOARG00020022649) MTMR7 (ENSOARG00020022703) VPS37A (ENSOARG00020022844) ENSOARG00020023007 ENSOARG00020023022 CNOT7 (ENSOARG00020023034) ZDHHC2 (ENSOARG00020023072) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3093 EGFR (ENSBBBG00000019718) ENSBBBG00000005174 ##22 SEC61G (ENSBBBG00000005179) NEK10 (ENSBBBG00000019654) ENSBBBG00000007956 SLC4A7 (ENSBBBG00000005307) EOMES (ENSBBBG00000019404) CMC1 (ENSBBBG00000019389) AZI2 (ENSBBBG00000019377) ENSBBBG00000009179 ZCWPW2 (ENSBBBG00000019368) RBMS3 (ENSBBBG00000019356) ENSBBBG00000019347 THUMPD3 (ENSBBBG00000019338) SETD5 (ENSBBBG00000005015) LHFPL4 (ENSBBBG00000004962) MTMR14 (ENSBBBG00000004959) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000008828.h ENSGT00940000154517.gb.a.a.a ENSGT00940000155616.c.b ENSGT00530000063528.B ENSGT00390000004304 ENSGT00940000161545 ENSGT00940000160514 ENSGT00940000164483 ENSGT00990000203619.A.a ENSGT01060000248589.C ENSGT00940000155600.b ENSGT00940000160782 ENSGT00940000154443.b.a.jb ENSGT00940000165666 ENSGT00940000155375.c ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 ENSGT00390000001021 ENSGT00390000006290 ENSGT00940000163590 ENSGT00390000008856.k ENSGT00940000153737.b ENSGT00500000044890.a.a ENSGT00940000156153 ENSGT00510000047417.j ENSGT00940000159616 ENSGT00940000160302 ENSGT00940000158618 ENSGT00940000162492.w ENSGT00940000155009.i ENSGT00940000160244 ENSGT00530000063186.a Cow MODERN SPECIES 177 FUNDC1 (ENSBTAG00000001637) EFHC2 (ENSBTAG00000053072) NDP (ENSBTAG00000012623) ENSBTAG00000055248 MAOB (ENSBTAG00000001288) MAOA (ENSBTAG00000016206) PPP1R2C (ENSBTAG00000037883) CASK (ENSBTAG00000020136) GPR82 (ENSBTAG00000045934) GPR34 (ENSBTAG00000020144) NYX (ENSBTAG00000046407) DDX3X (ENSBTAG00000035907) ENSBTAG00000053853 USP9X (ENSBTAG00000006242) ENSBTAG00000049862 ENSBTAG00000030490 ##22 MED14 (ENSBTAG00000011790) CXHXorf38 (ENSBTAG00000011788) MPC1L (ENSBTAG00000011783) ATP6AP2 (ENSBTAG00000017801) BCOR (ENSBTAG00000047339) MID1IP1 (ENSBTAG00000011463) TSPAN7 (ENSBTAG00000008966) ENSBTAG00000053054 ENSBTAG00000046998 OTC (ENSBTAG00000001488) ENSBTAG00000045867 SRPX (ENSBTAG00000004280) ENSBTAG00000055069 SYTL5 (ENSBTAG00000004955) H2AL3 (ENSBTAG00000052113) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 ENSBIXG00005016036 EFHC2 (ENSBIXG00005016054) NDP (ENSBIXG00005016079) ENSBIXG00005016094 MAOB (ENSBIXG00005016178) ENSBIXG00005016263 ENSBIXG00005002595 GPR82 (ENSBIXG00005000078) GPR34 (ENSBIXG00005016346) CASK (ENSBIXG00005016500) NYX (ENSBIXG00005016606) ENSBIXG00005016992 ENSBIXG00005017050 ENSBIXG00005017068 USP9X (ENSBIXG00005017112) ENSBIXG00005017168 ##22 MED14 (ENSBIXG00005017250) CXorf38 (ENSBIXG00005017280) ENSBIXG00005017292 ENSBIXG00005017517 ENSBIXG00005017652 BCOR (ENSBIXG00005017741) MID1IP1 (ENSBIXG00005017816) ENSBIXG00005002892 TSPAN7 (ENSBIXG00005017860) OTC (ENSBIXG00005017899) ENSBIXG00005018003 ENSBIXG00005018049 SRPX (ENSBIXG00005002934) SYTL5 (ENSBIXG00005018140) DYNLT3 (ENSBIXG00005018193) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 206 ENSGT00940000155450 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1251 ENSBMUG00000018413 ENSBMUG00000018374 ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ADGRL2 (ENSBGRG00000001750) ENSBGRG00000001675 ENSBGRG00000001672 TTLL7 (ENSBGRG00000001582) ENSBGRG00000001547 PRKACB (ENSBGRG00000001167) ENSBGRG00000001096 DNASE2B (ENSBGRG00000001063) ENSBGRG00000001021 RPF1 (ENSBGRG00000000983) ENSBGRG00000000963 SPATA1 (ENSBGRG00000000917) CTBS (ENSBGRG00000000887) SSX2IP (ENSBGRG00000000833) LPAR3 (ENSBGRG00000000803) ENSBGRG00000000797 ##22 MCOLN2 (ENSBGRG00000000755) MCOLN3 (ENSBGRG00000000709) DNAI3 (ENSBGRG00000000494) SYDE2 (ENSBGRG00000000456) C1orf52 (ENSBGRG00000000411) BCL10 (ENSBGRG00000000384) DDAH1 (ENSBGRG00000000347) ENSBGRG00000000337 CCN1 (ENSBGRG00000000313) ZNHIT6 (ENSBGRG00000000263) ENSBGRG00000000235 COL24A1 (ENSBGRG00000006871) ODF2L (ENSBGRG00000006729) ENSBGRG00000006706 CLCA2 (ENSBGRG00000006661) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 32 ENSCHYG00000000522 ENSCHYG00000000513 ENSCHYG00000000505 ZNF317 (ENSCHYG00000000466) ENSCHYG00000000428 ENSCHYG00000000424 ENSCHYG00000000412 ENSCHYG00000000405 ENSCHYG00000000395 ENSCHYG00000000391 ENSCHYG00000000386 ENSCHYG00000000369 ENSCHYG00000000361 ENSCHYG00000021700 ENSCHYG00000021676 ENSCHYG00000021653 ##22 ENSCHYG00000021615 ENSCHYG00000021579 ENSCHYG00000021555 ENSCHYG00000021460 ENSCHYG00000021432 ENSCHYG00000021396 ENSCHYG00000021342 MAN2B1 (ENSCHYG00000021233) ENSCHYG00000021159 WDR83 (ENSCHYG00000021020) DHPS (ENSCHYG00000020871) ENSCHYG00000020822 FBXW9 (ENSCHYG00000020520) TNPO2 (ENSCHYG00000020399) TRIR (ENSCHYG00000020314) Yarkand deer MODERN SPECIES 10 KCNH8 (ENSCHYG00000017889) ENSCHYG00000017861 SATB1 (ENSCHYG00000017752) TBC1D5 (ENSCHYG00000017550) PLCL2 (ENSCHYG00000017252) ENSCHYG00000017075 RFTN1 (ENSCHYG00000016683) OXNAD1 (ENSCHYG00000016543) DPH3 (ENSCHYG00000016462) GALNT15 (ENSCHYG00000016130) ANKRD28 (ENSCHYG00000014677) BTD (ENSCHYG00000014404) ENSCHYG00000014376 HACL1 (ENSCHYG00000011632) COLQ (ENSCHYG00000011149) ENSCHYG00000011089 ##22 EAF1 (ENSCHYG00000011048) METTL6 (ENSCHYG00000010912) SH3BP5 (ENSCHYG00000010811) CAPN7 (ENSCHYG00000010535) ENSCHYG00000010481 COL6A5 (ENSCHYG00000009969) COL6A6 (ENSCHYG00000009757) PIK3R4 (ENSCHYG00000009005) ENSCHYG00000008930 ETS2 (ENSCHYG00000008759) ERG (ENSCHYG00000008261) KCNJ15 (ENSCHYG00000008186) ENSCHYG00000008174 KCNJ6 (ENSCHYG00000008127) DYRK1A (ENSCHYG00000008074) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 1 HELLS (ENSPTRG00000002778) TBC1D12 (ENSPTRG00000002777) NOC3L (ENSPTRG00000002776) PLCE1 (ENSPTRG00000002775) ENSPTRG00000045483 PIPSL (ENSPTRG00000046503) SLC35G1 (ENSPTRG00000002772) ENSPTRG00000047673 LGI1 (ENSPTRG00000002771) FRA10AC1 (ENSPTRG00000002770) PDE6C (ENSPTRG00000002769) RBP4 (ENSPTRG00000002768) FFAR4 (ENSPTRG00000002767) CEP55 (ENSPTRG00000002766) MYOF (ENSPTRG00000002765) ENSPTRG00000052387 ##22 ENSPTRG00000047997 CYP26A1 (ENSPTRG00000002763) CYP26C1 (ENSPTRG00000002762) EXOC6 (ENSPTRG00000002761) HHEX (ENSPTRG00000002760) ENSPTRG00000042999 KIF11 (ENSPTRG00000002758) IDE (ENSPTRG00000002757) ENSPTRG00000049256 MARCHF5 (ENSPTRG00000024274) ENSPTRG00000042284 CPEB3 (ENSPTRG00000002753) BTAF1 (ENSPTRG00000002751) FGFBP3 (ENSPTRG00000002750) TNKS2 (ENSPTRG00000002749) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Drill MODERN SPECIES 832 SLC9A1 (ENSMLEG00000014293) TENT5B (ENSMLEG00000042465) ENSMLEG00000026434 KDF1 (ENSMLEG00000041584) NUDC (ENSMLEG00000036923) NR0B2 (ENSMLEG00000030851) GPATCH3 (ENSMLEG00000033364) GPN2 (ENSMLEG00000025975) ENSMLEG00000006437 ENSMLEG00000003136 ZDHHC18 (ENSMLEG00000042906) PIGV (ENSMLEG00000034758) ARID1A (ENSMLEG00000022830) RPS6KA1 (ENSMLEG00000043206) ENSMLEG00000038780 ENSMLEG00000035869 ##22 DHDDS (ENSMLEG00000034617) LIN28A (ENSMLEG00000011746) ZNF683 (ENSMLEG00000037471) CRYBG2 (ENSMLEG00000014773) CD52 (ENSMLEG00000014796) UBXN11 (ENSMLEG00000038323) SH3BGRL3 (ENSMLEG00000029299) CEP85 (ENSMLEG00000040503) CATSPER4 (ENSMLEG00000041274) CNKSR1 (ENSMLEG00000044411) ZNF593OS (ENSMLEG00000031396) ZNF593 (ENSMLEG00000035715) C1orf232 (ENSMLEG00000000238) FAM110D (ENSMLEG00000001627) PDIK1L (ENSMLEG00000026898) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 332 ENSCPOG00000023476 ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 2 IL17D (ENSHGLG00000009735) IFT88 (ENSHGLG00000010561) CRYL1 (ENSHGLG00000013543) ENSHGLG00000032773 GJB6 (ENSHGLG00000014019) GJB2 (ENSHGLG00000017361) ENSHGLG00000017378 ENSHGLG00000044516 GJA3 (ENSHGLG00000038335) ZMYM2 (ENSHGLG00000014453) ZMYM5 (ENSHGLG00000017994) ENSHGLG00000043089 ENSHGLG00000018099 PSPC1 (ENSHGLG00000018811) ENSHGLG00000006845 ENSHGLG00000049700 ##22 ENSHGLG00000008309 ENSHGLG00000016438 ENSHGLG00000007270 ENSHGLG00000006734 ENSHGLG00000008585 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 1 ENSSVLG00005008160 TBL1XR1 (ENSSVLG00005008184) NAALADL2 (ENSSVLG00005008257) ENSSVLG00005008340 NLGN1 (ENSSVLG00005008366) SPATA16 (ENSSVLG00005008419) ECT2 (ENSSVLG00005008532) #7 NCEH1 (ENSSVLG00005008940) #8 ENSSVLG00005009000 TNFSF10 (ENSSVLG00005009030) #10 ENSSVLG00005009074 GHSR (ENSSVLG00005009108) #11 FNDC3B (ENSSVLG00005009155) #9 TMEM212 (ENSSVLG00005009205) #12 PLD1 (ENSSVLG00005009258) #13 ENSSVLG00005009308 ##22 ENSSVLG00005009676 #14 SLC2A2 (ENSSVLG00005012009) #15 EIF5A2 (ENSSVLG00005012156) #16 ENSSVLG00005012248 #17 SLC7A14 (ENSSVLG00005012335) #18 CLDN11 (ENSSVLG00005012422) #19 SKIL (ENSSVLG00005012473) #20 ENSSVLG00005012666 ENSSVLG00005012724 #21 PHC3 (ENSSVLG00005012992) #23 GPR160 (ENSSVLG00005013127) #24 ENSSVLG00005013185 SEC62 (ENSSVLG00005013253) #25 SAMD7 (ENSSVLG00005013435) #26 LRRC31 (ENSSVLG00005013710) #27 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 209 ZFHX3 (ENSUPAG00010014216) ENSUPAG00010014227 ENSUPAG00010014232 ENSUPAG00010014238 ##22 PMFBP1 (ENSUPAG00010014246) DHX38 (ENSUPAG00010014280) TXNL4B (ENSUPAG00010014339) ENSUPAG00010014354 DHODH (ENSUPAG00010014366) IST1 (ENSUPAG00010014404) ENSUPAG00010014442 ZNF821 (ENSUPAG00010014449) ATXN1L (ENSUPAG00010014478) ENSUPAG00010014485 AP1G1 (ENSUPAG00010014505) PHLPP2 (ENSUPAG00010014596) ENSUPAG00010014635 TAT (ENSUPAG00010014676) ENSUPAG00010014699 Alpin marmot MODERN SPECIES 47 OR1Q1 (ENSMMMG00000018554) ENSMMMG00000018552 ENSMMMG00000018548 OR1B1 (ENSMMMG00000018546) ENSMMMG00000018540 ENSMMMG00000018538 OR5C1 (ENSMMMG00000018535) OR1K1 (ENSMMMG00000018530) PDCL (ENSMMMG00000018517) RC3H2 (ENSMMMG00000018470) ZBTB6 (ENSMMMG00000018466) ZBTB26 (ENSMMMG00000018454) RABGAP1 (ENSMMMG00000018398) STRBP (ENSMMMG00000018353) CRB2 (ENSMMMG00000018308) ENSMMMG00000018296 ##22 DENND1A (ENSMMMG00000018266) ENSMMMG00000018209 NEK6 (ENSMMMG00000018189) PSMB7 (ENSMMMG00000018175) NR5A1 (ENSMMMG00000018155) NR6A1 (ENSMMMG00000018148) OLFML2A (ENSMMMG00000018107) WDR38 (ENSMMMG00000018077) RPL35 (ENSMMMG00000018074) ARPC5L (ENSMMMG00000018071) GOLGA1 (ENSMMMG00000018029) ENSMMMG00000018021 SCAI (ENSMMMG00000017999) PPP6C (ENSMMMG00000017971) ENSMMMG00000017965 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3142 Grid2 (ENSMSIG00000004685) Atoh1 (ENSMSIG00000004761) ENSMSIG00000004770 ##22 ENSMSIG00000004781 Smarcad1 (ENSMSIG00000004793) Hpgds (ENSMSIG00000004887) ENSMSIG00000004897 Steppe mouse MODERN SPECIES 2382 ENSMSIG00000018068 ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 1 ENSPEMG00000017153 ENSPEMG00000012423 ENSPEMG00000016903 Ythdc1 (ENSPEMG00000013850) Tmprss11e (ENSPEMG00000010598) Tmprss11b (ENSPEMG00000010122) Tmprss11f (ENSPEMG00000009823) Tmprss11g (ENSPEMG00000014250) Tmprss11a (ENSPEMG00000016148) Tmprss11d (ENSPEMG00000015013) Tmprss11c (ENSPEMG00000007704) ENSPEMG00000014013 Uba6 (ENSPEMG00000014913) Stap1 (ENSPEMG00000002135) Cenpc1 (ENSPEMG00000014768) ENSPEMG00000012537 ##22 ENSPEMG00000028061 Csn1s1 (ENSPEMG00000007203) Csn2 (ENSPEMG00000010030) Csn1s2a (ENSPEMG00000010301) Prr27 (ENSPEMG00000017370) ENSPEMG00000029905 Odam (ENSPEMG00000018624) Csn3 (ENSPEMG00000018161) 2310003L06Rik (ENSPEMG00000006070) Cabs1 (ENSPEMG00000024925) ENSPEMG00000028962 Amtn (ENSPEMG00000015495) Ambn (ENSPEMG00000018926) Enam (ENSPEMG00000016272) Jchain (ENSPEMG00000028523) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 60 Cpt1a (ENSJJAG00000019639) Mrpl21 (ENSJJAG00000018455) Ighmbp2 (ENSJJAG00000022964) Mrgprf (ENSJJAG00000017168) Tpcn2 (ENSJJAG00000019473) ENSJJAG00000000500 Mro (ENSJJAG00000018866) ENSJJAG00000007096 Ska1 (ENSJJAG00000008382) Cxxc1 (ENSJJAG00000022206) Mbd1 (ENSJJAG00000022859) ENSJJAG00000023145 ENSJJAG00000012661 Acaa2 (ENSJJAG00000023029) Lipg (ENSJJAG00000021249) ENSJJAG00000017312 ##22 BC031181 (ENSJJAG00000013965) Dym (ENSJJAG00000000543) ENSJJAG00000011899 ENSJJAG00000014372 ENSJJAG00000011224 Smad7 (ENSJJAG00000017342) Ctif (ENSJJAG00000013706) ENSJJAG00000000639 Zbtb7c (ENSJJAG00000005484) ENSJJAG00000000783 Smad2 (ENSJJAG00000021902) Skor2 (ENSJJAG00000013235) ENSJJAG00000009768 Hdhd2 (ENSJJAG00000020515) Katnal2 (ENSJJAG00000013360) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 9 Mex3c (ENSRNOG00000015777) Smad4 (ENSRNOG00000051965) Elac1 (ENSRNOG00000000113) Me2 (ENSRNOG00000015582) LOC680512 (ENSRNOG00000033808) Mro (ENSRNOG00000024426) Mapk4 (ENSRNOG00000015401) Ska1 (ENSRNOG00000015275) Cxxc1 (ENSRNOG00000014614) Cfap53 (ENSRNOG00000014585) Mbd1 (ENSRNOG00000024104) Myo5b (ENSRNOG00000014104) Acaa2 (ENSRNOG00000013766) Lipg (ENSRNOG00000018694) Slc25a6 (ENSRNOG00000042387) Rpl17 (ENSRNOG00000018680) ##22 Dym (ENSRNOG00000018425) Smad7 (ENSRNOG00000018359) Ctif (ENSRNOG00000018342) ENSRNOG00000067472 Zbtb7c (ENSRNOG00000047924) Smad2 (ENSRNOG00000018140) Skor2 (ENSRNOG00000018006) Ier3ip1 (ENSRNOG00000043171) Katnal2 (ENSRNOG00000017788) Pias2 (ENSRNOG00000017493) St8sia5 (ENSRNOG00000022691) Loxhd1 (ENSRNOG00000017410) Rnf165 (ENSRNOG00000048824) RGD1308601 (ENSRNOG00000017215) ENSRNOG00000063575 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 170 ENSODEG00000004349 ACOT12 (ENSODEG00000004907) SSBP2 (ENSODEG00000004975) ATG10 (ENSODEG00000005078) RPS23 (ENSODEG00000005092) ENSODEG00000005103 ENSODEG00000005125 XRCC4 (ENSODEG00000005147) ENSODEG00000005159 ENSODEG00000005176 HAPLN1 (ENSODEG00000005201) EDIL3 (ENSODEG00000005260) ENSODEG00000005359 ENSODEG00000005376 ENSODEG00000005383 ENSODEG00000019183 ##22 RASA1 (ENSODEG00000005418) CCNH (ENSODEG00000005505) TMEM161B (ENSODEG00000005530) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 146 ENSOGAG00000008755 BLTP3A (ENSOGAG00000016353) TAF11 (ENSOGAG00000008522) ANKS1A (ENSOGAG00000008526) ENSOGAG00000028462 TCP11 (ENSOGAG00000031615) SCUBE3 (ENSOGAG00000002933) ZNF76 (ENSOGAG00000002935) DEF6 (ENSOGAG00000002936) PPARD (ENSOGAG00000000630) ENSOGAG00000024631 FANCE (ENSOGAG00000002939) TEAD3 (ENSOGAG00000002943) TULP1 (ENSOGAG00000029633) FKBP5 (ENSOGAG00000016164) ENSOGAG00000032836 ##22 ARMC12 (ENSOGAG00000025864) CLPSL2 (ENSOGAG00000006388) ENSOGAG00000009050 ENSOGAG00000024915 CLPS (ENSOGAG00000009742) LHFPL5 (ENSOGAG00000009744) SRPK1 (ENSOGAG00000009745) SLC26A8 (ENSOGAG00000002813) MAPK14 (ENSOGAG00000002814) MAPK13 (ENSOGAG00000002816) BRPF3 (ENSOGAG00000002560) PNPLA1 (ENSOGAG00000017067) BNIP5 (ENSOGAG00000031171) ENSOGAG00000017069 KCTD20 (ENSOGAG00000000496) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 15 MBD2 (ENSNSUG00000013112) ENSNSUG00000013111 DCC (ENSNSUG00000013107) MEX3C (ENSNSUG00000013103) SMAD4 (ENSNSUG00000013101) ELAC1 (ENSNSUG00000013099) ME2 (ENSNSUG00000013096) MAPK4 (ENSNSUG00000013095) ENSNSUG00000013094 ENSNSUG00000013093 ENSNSUG00000013092 ENSNSUG00000013091 ENSNSUG00000013090 ACAA2 (ENSNSUG00000013087) LIPG (ENSNSUG00000012949) ENSNSUG00000012945 ##22 C18orf32 (ENSNSUG00000012944) DYM (ENSNSUG00000012943) SMAD7 (ENSNSUG00000012942) CTIF (ENSNSUG00000012893) ENSNSUG00000012891 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E.a ENSGT00940000155301 ENSGT00940000156170.b ENSGT00940000156873.f ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.ad.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000159146 ENSGT01030000234626.D ENSGT00940000159394 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000018741 ENSGT00390000008772 ENSGT00940000159872.k ENSGT00940000153432.A.b ENSGT00940000159814 ENSGT00940000153499.a.d.a.b ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 ENSGT00940000155805 ENSGT00940000157302 ENSGT01030000234539.a.a.b.b ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 ENSGT00940000156997 ENSGT00390000016167.a Japanese quail MODERN SPECIES 699 ENSCJPG00005004843 ST8SIA3 (ENSCJPG00005004844) WDR7 (ENSCJPG00005004845) TXNL1 (ENSCJPG00005004863) NEDD4L (ENSCJPG00005004869) ALPK2 (ENSCJPG00005004887) MALT1 (ENSCJPG00005004888) ZNF532 (ENSCJPG00005004899) SEC11C (ENSCJPG00005004904) GRP (ENSCJPG00005004907) RAX (ENSCJPG00005004909) CPLX4 (ENSCJPG00005004910) LMAN1 (ENSCJPG00005004911) ACAA2 (ENSCJPG00005004912) LIPG (ENSCJPG00005004913) ENSCJPG00005004917 ##22 C18orf32 (ENSCJPG00005004922) DYM (ENSCJPG00005004924) SMAD7 (ENSCJPG00005004928) CTIF (ENSCJPG00005004929) ZBTB7C (ENSCJPG00005004933) SMAD2 (ENSCJPG00005004935) SKOR2 (ENSCJPG00005004937) IER3IP1 (ENSCJPG00005004943) HDHD2 (ENSCJPG00005004947) KATNAL2 (ENSCJPG00005004948) PIAS2 (ENSCJPG00005004954) ST8SIA5 (ENSCJPG00005005152) LOXHD1 (ENSCJPG00005005160) RNF165 (ENSCJPG00005005197) C18orf25 (ENSCJPG00005005205)