Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 ENSGT00390000006029 Arabian camel MODERN SPECIES 23 DCC (ENSCDRG00005021692) #7 MEX3C (ENSCDRG00005008924) #8 SMAD4 (ENSCDRG00005009019) #9 ELAC1 (ENSCDRG00005009129) #10 ME2 (ENSCDRG00005009190) #11 MRO (ENSCDRG00005009438) #12 MAPK4 (ENSCDRG00005009618) #13 SKA1 (ENSCDRG00005009696) #14 CXXC1 (ENSCDRG00005009892) #15 MBD1 (ENSCDRG00005010072) #16 CFAP53 (ENSCDRG00005010332) #17 MYO5B (ENSCDRG00005010461) #18 ACAA2 (ENSCDRG00005010799) #19 ENSCDRG00005010930 #20 LIPG (ENSCDRG00005010970) #21 RPL17 (ENSCDRG00005011453) #22 C18orf32 (ENSCDRG00005011639) #23 DYM (ENSCDRG00005011719) #24 ENSCDRG00005012031 #25 ENSCDRG00005012050 #26 CTIF (ENSCDRG00005012119) #27 ZBTB7C (ENSCDRG00005012395) #28 SMAD2 (ENSCDRG00005012465) #29 IER3IP1 (ENSCDRG00005012846) #30 HDHD2 (ENSCDRG00005012918) #31 KATNAL2 (ENSCDRG00005012992) #32 ENSCDRG00005013155 #33 PIAS2 (ENSCDRG00005013189) #34 LOXHD1 (ENSCDRG00005013391) #35 ENSCDRG00005014972 #36 ENSCDRG00005015011 #37 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Tiger MODERN SPECIES 578 C14orf119 (ENSPTIG00000000313) CIROP (ENSPTIG00000013858) CEBPE (ENSPTIG00000015005) SLC7A8 (ENSPTIG00000015656) RNF212B (ENSPTIG00000018534) HOMEZ (ENSPTIG00000019338) BCL2L2 (ENSPTIG00000000034) PABPN1 (ENSPTIG00000001063) SLC22A17 (ENSPTIG00000005634) EFS (ENSPTIG00000009251) IL25 (ENSPTIG00000011136) CMTM5 (ENSPTIG00000012480) MYH6 (ENSPTIG00000015600) MYH7 (ENSPTIG00000004948) ENSPTIG00000009823 ENSPTIG00000000944 #22 NGDN (ENSPTIG00000012462) ZFHX2 (ENSPTIG00000013814) THTPA (ENSPTIG00000014962) AP1G2 (ENSPTIG00000015262) DHRS2 (ENSPTIG00000019316) ENSPTIG00000005495 CARMIL3 (ENSPTIG00000010464) CPNE6 (ENSPTIG00000019986) NRL (ENSPTIG00000021828) PCK2 (ENSPTIG00000021982) DCAF11 (ENSPTIG00000000534) PSME1 (ENSPTIG00000010395) EMC9 (ENSPTIG00000013073) ENSPTIG00000014037 RNF31 (ENSPTIG00000017714) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b.gb #18 ENSGT01030000234626.D.k #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000265012 ENSGT00910000147179 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b.gb #18 ENSGT01030000234626.D.k #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000265012 ENSGT00910000147179 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Human MODERN SPECIES 9 MBD2 (ENSG00000134046) ##16 DCC (ENSG00000187323) #7 MEX3C (ENSG00000176624) #8 SMAD4 (ENSG00000141646) #9 ELAC1 (ENSG00000141642) #10 ME2 (ENSG00000082212) #11 MRO (ENSG00000134042) #12 MAPK4 (ENSG00000141639) #13 SKA1 (ENSG00000154839) #14 CXXC1 (ENSG00000154832) #15 MBD1 (ENSG00000141644) #16 CFAP53 (ENSG00000172361) #17 MYO5B (ENSG00000167306) #18 ACAA2 (ENSG00000167315) #19 LIPG (ENSG00000101670) #21 RPL17 (ENSG00000265681) #22 RPL17-C18orf32 (ENSG00000215472) C18orf32 (ENSG00000177576) #23 DYM (ENSG00000141627) #24 SMAD7 (ENSG00000101665) #26 CTIF (ENSG00000134030) #27 ZBTB7C (ENSG00000184828) #28 SMAD2 (ENSG00000175387) #29 SKOR2 (ENSG00000215474) IER3IP1 (ENSG00000134049) #30 HDHD2 (ENSG00000167220) #31 ELOA2 (ENSG00000206181) #33 KATNAL2 (ENSG00000167216) #32 PIAS2 (ENSG00000078043) #34 ST8SIA5 (ENSG00000101638) LOXHD1 (ENSG00000167210) #35 Pan ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b.gb #18 ENSGT01030000234626.D.k #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00390000013264.c.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000265012 ENSGT00910000147179 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00910000148711 ENSGT00390000016823.q ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 Chimpanzee MODERN SPECIES 9 DCC (ENSPTRG00000010031) #7 MEX3C (ENSPTRG00000010029) #8 SMAD4 (ENSPTRG00000010028) #9 ELAC1 (ENSPTRG00000010027) #10 ME2 (ENSPTRG00000010026) #11 MRO (ENSPTRG00000010025) #12 MAPK4 (ENSPTRG00000010024) #13 SKA1 (ENSPTRG00000010023) #14 CXXC1 (ENSPTRG00000010022) #15 MBD1 (ENSPTRG00000010021) #16 CFAP53 (ENSPTRG00000010020) MYO5B (ENSPTRG00000010019) #18 ACAA2 (ENSPTRG00000010016) #19 LIPG (ENSPTRG00000010015) #21 ENSPTRG00000043609 RPL17 (ENSPTRG00000010012) #22 C18H18orf32 (ENSPTRG00000033700) #23 DYM (ENSPTRG00000010011) #24 SMAD7 (ENSPTRG00000010010) #26 CTIF (ENSPTRG00000010009) #27 ENSPTRG00000045008 ENSPTRG00000050449 ZBTB7C (ENSPTRG00000010006) #28 SMAD2 (ENSPTRG00000043695) #29 ENSPTRG00000051707 ENSPTRG00000049336 ENSPTRG00000051288 SKOR2 (ENSPTRG00000033850) IER3IP1 (ENSPTRG00000010002) #30 HDHD2 (ENSPTRG00000010001) #31 ELOA2 (ENSPTRG00000029302) #33 Gorilla MODERN SPECIES 3 TPH2 (ENSGGOG00000012963) TBC1D15 (ENSGGOG00000013907) RAB21 (ENSGGOG00000015218) TMEM19 (ENSGGOG00000026275) THAP2 (ENSGGOG00000036967) ZFC3H1 (ENSGGOG00000025994) ENSGGOG00000002897 TSPAN8 (ENSGGOG00000016774) ENSGGOG00000022233 PTPRR (ENSGGOG00000014234) PTPRB (ENSGGOG00000006298) KCNMB4 (ENSGGOG00000012735) ENSGGOG00000023163 CNOT2 (ENSGGOG00000027402) MYRFL (ENSGGOG00000014863) RPL17 (ENSGGOG00000040412) #22 ENSGGOG00000044075 ##22 RAB3IP (ENSGGOG00000008395) BEST3 (ENSGGOG00000009266) LRRC10 (ENSGGOG00000026155) CCT2 (ENSGGOG00000006241) FRS2 (ENSGGOG00000005279) ENSGGOG00000023917 YEATS4 (ENSGGOG00000027391) LYZ (ENSGGOG00000011117) CPSF6 (ENSGGOG00000008211) CPM (ENSGGOG00000001238) MDM2 (ENSGGOG00000012907) ENSGGOG00000041194 ENSGGOG00000028239 SLC35E3 (ENSGGOG00000012605) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 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ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Capuchin MODERN SPECIES 60 ENSCCAG00000015175 MEX3C (ENSCCAG00000034228) #8 SMAD4 (ENSCCAG00000033380) #9 ELAC1 (ENSCCAG00000035586) #10 ME2 (ENSCCAG00000033776) #11 MRO (ENSCCAG00000035093) #12 MAPK4 (ENSCCAG00000030009) #13 SKA1 (ENSCCAG00000011220) #14 CXXC1 (ENSCCAG00000013415) #15 MBD1 (ENSCCAG00000034600) #16 CFAP53 (ENSCCAG00000037510) #17 MYO5B (ENSCCAG00000027793) #18 ACAA2 (ENSCCAG00000026857) #19 ENSCCAG00000001466 LIPG (ENSCCAG00000023643) #21 RPL17 (ENSCCAG00000024026) #22 ENSCCAG00000023815 #23 DYM (ENSCCAG00000032314) #24 ENSCCAG00000037376 SMAD7 (ENSCCAG00000033513) #26 CTIF (ENSCCAG00000022758) #27 ZBTB7C (ENSCCAG00000034868) #28 SMAD2 (ENSCCAG00000036243) #29 ENSCCAG00000037809 SKOR2 (ENSCCAG00000021025) IER3IP1 (ENSCCAG00000036067) #30 HDHD2 (ENSCCAG00000022419) #31 KATNAL2 (ENSCCAG00000027056) #32 ENSCCAG00000033839 #33 PIAS2 (ENSCCAG00000022843) #34 ST8SIA5 (ENSCCAG00000023326) Tarsier MODERN SPECIES 1877 RPL17 (ENSTSYG00000007402) #22 CUNH18orf32 (ENSTSYG00000033078) #23 DYM (ENSTSYG00000001929) #24 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 #36 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 329 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 Armadillo MODERN SPECIES 1817 ENSDNOG00000043279 MEX3C (ENSDNOG00000006544) #8 SMAD4 (ENSDNOG00000005063) #9 ME2 (ENSDNOG00000012199) #11 MRO (ENSDNOG00000033380) #12 MAPK4 (ENSDNOG00000017046) #13 SKA1 (ENSDNOG00000046917) #14 ENSDNOG00000046915 CXXC1 (ENSDNOG00000032991) #15 MBD1 (ENSDNOG00000015998) #16 CFAP53 (ENSDNOG00000040321) #17 ENSDNOG00000043862 ENSDNOG00000030882 #18 ACAA2 (ENSDNOG00000011968) #19 LIPG (ENSDNOG00000011829) #21 RPL17 (ENSDNOG00000037762) #22 Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 1295 DSC2 (ENSDNOG00000010723) DSC3 (ENSDNOG00000010690) ENSDNOG00000038066 ENSDNOG00000047471 ENSDNOG00000045070 ##22 CDH2 (ENSDNOG00000008250) CHST9 (ENSDNOG00000013571) AQP4 (ENSDNOG00000046121) Armadillo MODERN SPECIES 2423 ENSDNOG00000014764 ENSDNOG00000019528 ENSDNOG00000039696 ##22 ENSDNOG00000044714 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Caniformia DUPLICATION Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c ##22 Dingo MODERN SPECIES 307 ENSCAFG00020002641 ENSCAFG00020002615 ENSCAFG00020002584 CBX7 (ENSCAFG00020002567) PDGFB (ENSCAFG00020002561) ENSCAFG00020002524 SYNGR1 (ENSCAFG00020002516) TAB1 (ENSCAFG00020002497) MGAT3 (ENSCAFG00020002492) ENSCAFG00020002487 MIEF1 (ENSCAFG00020002464) ATF4 (ENSCAFG00020002461) RPS19BP1 (ENSCAFG00020002454) CACNA1I (ENSCAFG00020002384) ENTHD1 (ENSCAFG00020002369) ENSCAFG00020002362 ##22 GRAP2 (ENSCAFG00020002345) FAM83F (ENSCAFG00020002339) ENSCAFG00020002329 TNRC6B (ENSCAFG00020002189) ADSL (ENSCAFG00020002150) SGSM3 (ENSCAFG00020002141) MRTFA (ENSCAFG00020002129) MCHR1 (ENSCAFG00020002114) SLC25A17 (ENSCAFG00020002111) ENSCAFG00020002103 XPNPEP3 (ENSCAFG00020002086) RBX1 (ENSCAFG00020002079) ENSCAFG00020002075 ENSCAFG00020002042 L3MBTL2 (ENSCAFG00020002034) Caniformia_b DUPLICATION Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Ferret MODERN SPECIES 195 MYO5B (ENSMPUG00000000748) #18 ACAA2 (ENSMPUG00000000749) #19 LIPG (ENSMPUG00000000750) #21 ENSMPUG00000000801 ##22 ENSMPUG00000000819 ##22 DYM (ENSMPUG00000000838) #24 SMAD7 (ENSMPUG00000000842) #26 CTIF (ENSMPUG00000000844) #27 ZBTB7C (ENSMPUG00000000848) #28 SMAD2 (ENSMPUG00000000850) #29 ENSMPUG00000000851 HDHD2 (ENSMPUG00000000855) #31 KATNAL2 (ENSMPUG00000000857) #32 PIAS2 (ENSMPUG00000000861) #34 ST8SIA5 (ENSMPUG00000000867) LOXHD1 (ENSMPUG00000000881) #35 RNF165 (ENSMPUG00000000899) #36 C18orf25 (ENSMPUG00000000916) HAUS1 (ENSMPUG00000000919) American mink MODERN SPECIES 1 DCC (ENSNVIG00000002859) #7 MEX3C (ENSNVIG00000002828) #8 SMAD4 (ENSNVIG00000002745) #9 RNZ1 (ENSNVIG00000002709) #10 ME2 (ENSNVIG00000002617) #11 MSTRO (ENSNVIG00000002520) #12 MAPK4 (ENSNVIG00000002506) #13 SKA1 (ENSNVIG00000002493) #14 CXXC1 (ENSNVIG00000002380) #15 MBD1 (ENSNVIG00000001896) #16 ENSNVIG00000001883 CFAP53 (ENSNVIG00000001864) #17 MYO5B (ENSNVIG00000001798) #18 ACAA2 (ENSNVIG00000001712) #19 LIPG (ENSNVIG00000001676) #21 RPL17 (ENSNVIG00000001575) ##22 CR032 (ENSNVIG00000001568) #23 DYM (ENSNVIG00000001500) #24 SMAD7 (ENSNVIG00000001490) #26 CTIF (ENSNVIG00000001442) #27 ZBTB7C (ENSNVIG00000001419) #28 SMAD2 (ENSNVIG00000001323) #29 SKOR2 (ENSNVIG00000001287) IER3IP1 (ENSNVIG00000001270) #30 HDHD2 (ENSNVIG00000001251) #31 KATNAL2 (ENSNVIG00000001211) #32 PIAS2 (ENSNVIG00000001141) #34 B7Z1K9 (ENSNVIG00000001042) LOXHD1 (ENSNVIG00000000795) #35 RNF165 (ENSNVIG00000000779) #36 CR025 (ENSNVIG00000000751) Ursidae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Giant Panda MODERN SPECIES 5 MBD2 (ENSAMEG00000017208) ##16 DCC (ENSAMEG00000017215) #7 ENSAMEG00000002879 MEX3C (ENSAMEG00000002897) #8 SMAD4 (ENSAMEG00000002899) #9 ELAC1 (ENSAMEG00000002931) #10 ME2 (ENSAMEG00000002933) #11 MRO (ENSAMEG00000002971) #12 MAPK4 (ENSAMEG00000026715) #13 SKA1 (ENSAMEG00000000280) #14 CXXC1 (ENSAMEG00000000259) #15 MBD1 (ENSAMEG00000000238) #16 MYO5B (ENSAMEG00000009253) #18 ACAA2 (ENSAMEG00000009411) #19 LIPG (ENSAMEG00000009434) #21 RPL17 (ENSAMEG00000009498) ##22 ENSAMEG00000027976 #23 DYM (ENSAMEG00000006724) #24 SMAD7 (ENSAMEG00000031009) #26 CTIF (ENSAMEG00000029852) #27 ZBTB7C (ENSAMEG00000012857) #28 SMAD2 (ENSAMEG00000012816) #29 ENSAMEG00000012815 IER3IP1 (ENSAMEG00000023574) #30 HDHD2 (ENSAMEG00000012799) #31 KATNAL2 (ENSAMEG00000012794) #32 PIAS2 (ENSAMEG00000012748) #34 LOXHD1 (ENSAMEG00000012676) #35 RNF165 (ENSAMEG00000012667) #36 C18orf25 (ENSAMEG00000012662) ENSAMEG00000025621 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 337 FASTKD5 (ENSMPUG00000019143) UBOX5 (ENSMPUG00000008899) AVP (ENSMPUG00000008942) ENSMPUG00000008974 ENSMPUG00000009014 MRPS26 (ENSMPUG00000009018) PTPRA (ENSMPUG00000009021) VPS16 (ENSMPUG00000009037) PCED1A (ENSMPUG00000009061) TMEM239 (ENSMPUG00000009071) CPXM1 (ENSMPUG00000009076) EBF4 (ENSMPUG00000009093) ENSMPUG00000009107 NOP56 (ENSMPUG00000009118) TMC2 (ENSMPUG00000009125) ENSMPUG00000019147 ##22 SNRPB (ENSMPUG00000009283) TGM6 (ENSMPUG00000009294) TGM3 (ENSMPUG00000009511) STK35 (ENSMPUG00000009523) ENSMPUG00000009532 PDYN (ENSMPUG00000009541) ENSMPUG00000009561 ENSMPUG00000009575 ENSMPUG00000009580 ENSMPUG00000009591 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c.b ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.c.b ##22 American black bear MODERN SPECIES 8959 ENSUAMG00000002457 ##22 C18orf32 (ENSUAMG00000002472) #23 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.d ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.d ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.d ##22 Dingo MODERN SPECIES 80 NCK1 (ENSCAFG00020007999) ENSCAFG00020008010 IL20RB (ENSCAFG00020008018) ENSCAFG00020008023 SOX14 (ENSCAFG00020008039) CLDN18 (ENSCAFG00020008047) A4GNT (ENSCAFG00020008054) ENSCAFG00020008057 DBR1 (ENSCAFG00020008060) ARMC8 (ENSCAFG00020008068) ENSCAFG00020008081 MRAS (ENSCAFG00020008087) ENSCAFG00020008091 ESYT3 (ENSCAFG00020008113) CEP70 (ENSCAFG00020008176) ENSCAFG00020008186 ##22 FAIM (ENSCAFG00020008189) PIK3CB (ENSCAFG00020008199) ENSCAFG00020008227 ENSCAFG00020008230 ENSCAFG00020008234 ENSCAFG00020008235 ENSCAFG00020008237 COPB2 (ENSCAFG00020008249) RBP2 (ENSCAFG00020008262) RBP1 (ENSCAFG00020008276) NMNAT3 (ENSCAFG00020008280) CLSTN2 (ENSCAFG00020008307) TRIM42 (ENSCAFG00020008472) ENSCAFG00020008476 ENSCAFG00020008487 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.d ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.d ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.d ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 ENSGT00390000006029 Polar bear MODERN SPECIES 96 MBD2 (ENSUMAG00000003257) ##16 DCC (ENSUMAG00000003174) #7 ENSUMAG00000003148 MEX3C (ENSUMAG00000003137) #8 SMAD4 (ENSUMAG00000003120) #9 ELAC1 (ENSUMAG00000003132) #10 ME2 (ENSUMAG00000003096) #11 MRO (ENSUMAG00000003055) #12 MAPK4 (ENSUMAG00000003042) #13 SKA1 (ENSUMAG00000003034) #14 CXXC1 (ENSUMAG00000003014) #15 MBD1 (ENSUMAG00000002947) #16 MYO5B (ENSUMAG00000002812) #18 ACAA2 (ENSUMAG00000002792) #19 LIPG (ENSUMAG00000002779) #21 ENSUMAG00000002766 ##22 C18orf32 (ENSUMAG00000002755) #23 DYM (ENSUMAG00000002750) #24 ENSUMAG00000002746 #26 CTIF (ENSUMAG00000002735) #27 ZBTB7C (ENSUMAG00000002721) #28 SMAD2 (ENSUMAG00000002720) #29 IER3IP1 (ENSUMAG00000002717) #30 HDHD2 (ENSUMAG00000002716) #31 KATNAL2 (ENSUMAG00000002674) #32 PIAS2 (ENSUMAG00000002661) #34 ST8SIA5 (ENSUMAG00000002618) LOXHD1 (ENSUMAG00000002413) #35 RNF165 (ENSUMAG00000002386) #36 C18orf25 (ENSUMAG00000002382) HAUS1 (ENSUMAG00000002378) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.d ##22 Ferret DUPLICATION Ferret MODERN SPECIES 171 ARL4A (ENSMPUG00000019302) ETV1 (ENSMPUG00000014043) DGKB (ENSMPUG00000014037) AGMO (ENSMPUG00000014034) MEOX2 (ENSMPUG00000014031) CRPPA (ENSMPUG00000014028) SOSTDC1 (ENSMPUG00000014023) ENSMPUG00000014014 ANKMY2 (ENSMPUG00000014010) BZW2 (ENSMPUG00000014004) TSPAN13 (ENSMPUG00000013982) AGR2 (ENSMPUG00000013980) ENSMPUG00000013972 ENSMPUG00000013969 AHR (ENSMPUG00000013964) ENSMPUG00000019299 ##22 SNX13 (ENSMPUG00000013958) PRPS1L1 (ENSMPUG00000019297) ENSMPUG00000013956 HDAC9 (ENSMPUG00000013952) POLR1F (ENSMPUG00000013948) TMEM196 (ENSMPUG00000013945) MACC1 (ENSMPUG00000013939) ITGB8 (ENSMPUG00000013932) ABCB5 (ENSMPUG00000013926) SP8 (ENSMPUG00000013919) ENSMPUG00000013913 SP4 (ENSMPUG00000013911) DNAH11 (ENSMPUG00000013607) CDCA7L (ENSMPUG00000013603) RAPGEF5 (ENSMPUG00000013597) Ferret MODERN SPECIES 219 DNAJC28 (ENSMPUG00000019222) GART (ENSMPUG00000001284) SON (ENSMPUG00000001290) DONSON (ENSMPUG00000001294) CRYZL1 (ENSMPUG00000001310) ITSN1 (ENSMPUG00000001311) ENSMPUG00000001317 ATP5PO (ENSMPUG00000001319) MRPS6 (ENSMPUG00000001330) KCNE2 (ENSMPUG00000019225) C21orf140 (ENSMPUG00000019231) KCNE1 (ENSMPUG00000001333) RCAN1 (ENSMPUG00000001337) CLIC6 (ENSMPUG00000001338) RUNX1 (ENSMPUG00000001340) ENSMPUG00000001343 ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT01090000260040.a.a.a ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000018741.m #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Cat MODERN SPECIES 243 POLI (ENSFCAG00000039381) MBD2 (ENSFCAG00000022047) ##16 DCC (ENSFCAG00000012953) #7 ENSFCAG00000022420 MEX3C (ENSFCAG00000027546) #8 SMAD4 (ENSFCAG00000005257) #9 ELAC1 (ENSFCAG00000039876) #10 ME2 (ENSFCAG00000005659) #11 MRO (ENSFCAG00000030720) #12 MAPK4 (ENSFCAG00000012154) #13 SKA1 (ENSFCAG00000023341) #14 CXXC1 (ENSFCAG00000006135) #15 MBD1 (ENSFCAG00000015730) #16 MYO5B (ENSFCAG00000009880) #18 LIPG (ENSFCAG00000012354) #21 RPL17 (ENSFCAG00000011342) ##22 ENSFCAG00000022684 #23 DYM (ENSFCAG00000012954) #24 SMAD7 (ENSFCAG00000042475) #26 CTIF (ENSFCAG00000000664) #27 ZBTB7C (ENSFCAG00000030658) #28 SMAD2 (ENSFCAG00000013266) #29 SKOR2 (ENSFCAG00000045761) IER3IP1 (ENSFCAG00000032516) #30 HDHD2 (ENSFCAG00000002788) #31 KATNAL2 (ENSFCAG00000018778) #32 PIAS2 (ENSFCAG00000002787) #34 ST8SIA5 (ENSFCAG00000002786) LOXHD1 (ENSFCAG00000002785) #35 RNF165 (ENSFCAG00000002784) #36 CD3H18orf25 (ENSFCAG00000030676) Panthera ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157230 ENSGT00940000155655.B ENSGT00940000154574.d ENSGT00940000155773.b ENSGT00940000153988.A ENSGT00960000190219 ENSGT00940000160160 ENSGT00940000158842 ENSGT00530000063734.a ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b ENSGT00940000159241 ENSGT00390000001718 ENSGT00950000183038.a.b.b.b ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a ENSGT00940000158904 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000010523.c.b ENSGT00390000009987 ENSGT00930000150980.a ENSGT00940000155515.a.b.b ENSGT00940000157055 ENSGT00950000182837.b.b ENSGT00940000154714 ENSGT00940000154533.b.d.e ENSGT00390000012204 ENSGT01050000246169 ENSGT00910000144227.s.b ENSGT00940000157201 ENSGT00530000063686.a.a ENSGT00530000063686.a.b ENSGT00940000157541 Tiger MODERN SPECIES 117 BAZ2B (ENSPTIG00000007795) WDSUB1 (ENSPTIG00000008515) TANC1 (ENSPTIG00000008763) DAPL1 (ENSPTIG00000008896) PKP4 (ENSPTIG00000009059) CCDC148 (ENSPTIG00000009504) ACVR1 (ENSPTIG00000009840) ACVR1C (ENSPTIG00000010133) CYTIP (ENSPTIG00000010346) ERMN (ENSPTIG00000010446) GALNT5 (ENSPTIG00000010695) GPD2 (ENSPTIG00000010856) NR4A2 (ENSPTIG00000011197) KCNJ3 (ENSPTIG00000011787) GALNT13 (ENSPTIG00000011908) ENSPTIG00000010205 ##22 RPRM (ENSPTIG00000012190) ARL6IP6 (ENSPTIG00000012359) PRPF40A (ENSPTIG00000012673) FMNL2 (ENSPTIG00000013843) STAM2 (ENSPTIG00000014432) CACNB4 (ENSPTIG00000014914) ARL5A (ENSPTIG00000016763) NEB (ENSPTIG00000017078) RIF1 (ENSPTIG00000020652) ENSPTIG00000005642 ENSPTIG00000005894 TNFAIP6 (ENSPTIG00000006051) NMI (ENSPTIG00000006462) RBM43 (ENSPTIG00000006727) RND3 (ENSPTIG00000007120) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157230 ENSGT00940000155655.B ENSGT00940000154574.d ENSGT00940000155773.b ENSGT00940000153988.A ENSGT00960000190219 ENSGT00940000160160 ENSGT00940000158842 ENSGT00530000063734.a ENSGT01090000260082.d.a.a.a.b ENSGT00940000159241 ENSGT00390000001718 ENSGT00950000183038.a.b.b.b ENSGT01080000257365.b.a.a.b.a ENSGT00940000158904 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000010523.c.b ENSGT00390000009987 ENSGT00930000150980.a ENSGT00940000155515.a.b.b ENSGT00940000157055 ENSGT00950000182837.b.b ENSGT00940000154714 ENSGT00940000154533.b.d.e ENSGT00390000012204 ENSGT01050000246169 ENSGT00910000144227.s.b ENSGT00940000157201 ENSGT00530000063686.a.a ENSGT00530000063686.a.b ENSGT00940000157541 leopard MODERN SPECIES 1 BAZ2B (ENSPPRG00000000317) WDSUB1 (ENSPPRG00000001249) TANC1 (ENSPPRG00000002613) DAPL1 (ENSPPRG00000003172) PKP4 (ENSPPRG00000004622) ENSPPRG00000006959 CCDC148 (ENSPPRG00000008222) ACVR1 (ENSPPRG00000008596) ACVR1C (ENSPPRG00000010432) CYTIP (ENSPPRG00000011342) ERMN (ENSPPRG00000011665) GALNT5 (ENSPPRG00000011930) GPD2 (ENSPPRG00000014854) NR4A2 (ENSPPRG00000024776) KCNJ3 (ENSPPRG00000024706) ENSPPRG00000015500 ##22 GALNT13 (ENSPPRG00000023357) ENSPPRG00000000163 RPRM (ENSPPRG00000015575) ARL6IP6 (ENSPPRG00000000863) PRPF40A (ENSPPRG00000001035) ENSPPRG00000015709 FMNL2 (ENSPPRG00000002927) ENSPPRG00000003451 STAM2 (ENSPPRG00000003557) CACNB4 (ENSPPRG00000006549) ARL5A (ENSPPRG00000008024) NEB (ENSPPRG00000002959) RIF1 (ENSPPRG00000003618) ENSPPRG00000003817 ENSPPRG00000016498 lion MODERN SPECIES 8 WDSUB1 (ENSPLOG00000019560) TANC1 (ENSPLOG00000019620) DAPL1 (ENSPLOG00000019656) PKP4 (ENSPLOG00000019696) CCDC148 (ENSPLOG00000019795) ENSPLOG00000019977 ACVR1 (ENSPLOG00000020011) ACVR1C (ENSPLOG00000020053) CYTIP (ENSPLOG00000020216) ERMN (ENSPLOG00000020235) GALNT5 (ENSPLOG00000020263) GPD2 (ENSPLOG00000020340) NR4A2 (ENSPLOG00000020391) ENSPLOG00000020488 GALNT13 (ENSPLOG00000020521) ENSPLOG00000020601 ##22 RPRM (ENSPLOG00000020616) ARL6IP6 (ENSPLOG00000020626) PRPF40A (ENSPLOG00000020664) FMNL2 (ENSPLOG00000020750) STAM2 (ENSPLOG00000020809) CACNB4 (ENSPLOG00000020979) ARL5A (ENSPLOG00000021319) NEB (ENSPLOG00000021581) RIF1 (ENSPLOG00000022230) ENSPLOG00000022451 ENSPLOG00000022454 TNFAIP6 (ENSPLOG00000022459) NMI (ENSPLOG00000022481) RBM43 (ENSPLOG00000022483) RND3 (ENSPLOG00000022487) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000159819 ENSGT01030000234534.B.a.b ENSGT01030000234518.B.b ENSGT00940000158999 ENSGT00390000014309.cb ENSGT00940000154617.B ENSGT00940000165655.b ENSGT00940000153289.b.s.a ENSGT00940000159506 ENSGT00940000158389 ENSGT00940000159348 ENSGT00940000155164 ENSGT00530000063335.A ENSGT00940000158943 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000174015.b ENSGT00940000161911 ENSGT00980000199886 ENSGT00940000155024 ENSGT00940000156900 ENSGT00390000018637 ENSGT00390000011359.b.b ENSGT00940000153941.a.a ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000159159 ENSGT00940000156178.A ENSGT00390000018488 ENSGT00910000144335 ENSGT00390000000993 ENSGT00940000153636.a American bison MODERN SPECIES 3102 CIB2 (ENSBBBG00000010616) SH2D7 (ENSBBBG00000001862) TBC1D2B (ENSBBBG00000010632) ADAMTS7 (ENSBBBG00000010780) OTUD7A (ENSBBBG00000010808) ENSBBBG00000010811 CHRNA7 (ENSBBBG00000010844) ENSBBBG00000001903 ENSBBBG00000010864 PCSK6 (ENSBBBG00000010952) TM2D3 (ENSBBBG00000001955) TARS3 (ENSBBBG00000001971) TJP1 (ENSBBBG00000011074) ENTREP2 (ENSBBBG00000011093) APBA2 (ENSBBBG00000011142) ENSBBBG00000011152 ##22 ENSBBBG00000011154 ENSBBBG00000011156 ENSBBBG00000007589 TRPM1 (ENSBBBG00000011174) MTMR10 (ENSBBBG00000011191) FAN1 (ENSBBBG00000002035) ENSBBBG00000011224 MCEE (ENSBBBG00000011229) TMC3 (ENSBBBG00000011275) STARD5 (ENSBBBG00000011284) IL16 (ENSBBBG00000011313) CFAP161 (ENSBBBG00000011320) MESD (ENSBBBG00000011332) CEMIP (ENSBBBG00000002077) ABHD17C (ENSBBBG00000002018) Bos ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000159819 ENSGT01030000234534.B.a.b ENSGT01030000234518.B.b ENSGT00940000158999 ENSGT00390000014309.cb ENSGT00940000154617.B ENSGT00940000165655.b ENSGT00940000153289.b.s.a ENSGT00940000159506 ENSGT00940000168934.b ENSGT00940000158389 ENSGT00940000159348 ENSGT00940000155164 ENSGT00530000063335.A ENSGT00940000158943 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000174015.b ENSGT00940000161911 ENSGT00940000155024 ENSGT00940000156900 ENSGT00390000018637 ENSGT00390000011359.b.b ENSGT00940000153941.a.a ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000159159 ENSGT00940000156178.A ENSGT00390000018488 ENSGT00910000144335 ENSGT00390000000993 ENSGT00940000153636.a ENSGT00940000159424.n.a Bos_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000159819 ENSGT01030000234518.B.b ENSGT00940000158999 ENSGT00390000014309.cb ENSGT00940000154617.B ENSGT00940000165655.b ENSGT00940000153289.b.s.a ENSGT00940000159506 ENSGT00940000168934.b ENSGT00940000158389 ENSGT00940000159348 ENSGT00940000155164 ENSGT00530000063335.A ENSGT00940000158943 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000174015.b ENSGT00940000161911 ENSGT00940000155024 ENSGT00940000156900 ENSGT00390000018637 ENSGT00390000011359.b.b ENSGT00940000153941.a.a ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000159159 ENSGT00940000156178.A ENSGT00390000018488 ENSGT00910000144335 ENSGT00390000000993 ENSGT00940000153636.a ENSGT00940000159424.n.b Cow MODERN SPECIES 13 ENSBTAG00000049380 OTUD7A (ENSBTAG00000006868) ENSBTAG00000048580 ENSBTAG00000053412 CHRNA7 (ENSBTAG00000015775) ENSBTAG00000003957 SNRPA1 (ENSBTAG00000013593) PCSK6 (ENSBTAG00000006675) ENSBTAG00000053962 TM2D3 (ENSBTAG00000007649) TARS3 (ENSBTAG00000007651) ENSBTAG00000049368 TJP1 (ENSBTAG00000015398) ENTREP2 (ENSBTAG00000003435) APBA2 (ENSBTAG00000020413) ENSBTAG00000025764 ##22 ENSBTAG00000051487 KLF13 (ENSBTAG00000051090) ENSBTAG00000052208 TRPM1 (ENSBTAG00000001639) MTMR10 (ENSBTAG00000014422) FAN1 (ENSBTAG00000009855) MPHOSPH10 (ENSBTAG00000009854) MCEE (ENSBTAG00000035247) TMC3 (ENSBTAG00000012166) STARD5 (ENSBTAG00000010964) IL16 (ENSBTAG00000010963) ENSBTAG00000049620 CFAP161 (ENSBTAG00000011861) MESD (ENSBTAG00000001565) CEMIP (ENSBTAG00000007431) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Simiiformes DUPLICATION Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a ##22 Catarrhini DUPLICATION Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3288 ENSRROG00000031232 SLITRK1 (ENSRROG00000016609) ENSRROG00000026467 ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 1 UNC80 (ENSPANG00000024759) MAP2 (ENSPANG00000019944) ENSPANG00000051073 ENSPANG00000039642 PTH2R (ENSPANG00000002436) PIKFYVE (ENSPANG00000010442) C2orf80 (ENSPANG00000033159) IDH1 (ENSPANG00000005239) CRYGB (ENSPANG00000049951) CRYGC (ENSPANG00000051332) CRYGD (ENSPANG00000039491) ENSPANG00000040505 ENSPANG00000041891 PLEKHM3 (ENSPANG00000020994) ENSPANG00000049745 ENSPANG00000050051 ##22 FZD5 (ENSPANG00000004676) CCNYL1 (ENSPANG00000011206) ENSPANG00000050559 ENSPANG00000047863 METTL21A (ENSPANG00000024440) CREB1 (ENSPANG00000009083) KLF7 (ENSPANG00000005240) CPO (ENSPANG00000005004) FASTKD2 (ENSPANG00000012835) ENSPANG00000043039 MDH1B (ENSPANG00000022792) DYTN (ENSPANG00000011028) FAM237A (ENSPANG00000032174) ADAM23 (ENSPANG00000025872) ENSPANG00000032033 Catarrhini DUPLICATION Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Gorilla MODERN SPECIES 6 ARIH1 (ENSGGOG00000004230) ENSGGOG00000027721 TMEM202 (ENSGGOG00000012279) ENSGGOG00000022001 HEXA (ENSGGOG00000002909) CELF6 (ENSGGOG00000015463) PARP6 (ENSGGOG00000015451) PKM (ENSGGOG00000005062) GRAMD2A (ENSGGOG00000005059) SENP8 (ENSGGOG00000040484) ENSGGOG00000024376 MYO9A (ENSGGOG00000014766) ENSGGOG00000043004 ENSGGOG00000038708 NR2E3 (ENSGGOG00000004383) ENSGGOG00000028267 ##22 THSD4 (ENSGGOG00000001447) ENSGGOG00000022815 THAP10 (ENSGGOG00000013943) LRRC49 (ENSGGOG00000013950) LARP6 (ENSGGOG00000024151) UACA (ENSGGOG00000013910) TLE3 (ENSGGOG00000009717) RPLP1 (ENSGGOG00000003980) ENSGGOG00000023164 KIF23 (ENSGGOG00000003971) PAQR5 (ENSGGOG00000003967) GLCE (ENSGGOG00000016777) NOX5 (ENSGGOG00000010059) SPESP1 (ENSGGOG00000013653) CIAPIN1 (ENSGGOG00000039236) Orangutan MODERN SPECIES 1 AKR1C4 (ENSPPYG00000002053) AKR1C8 (ENSPPYG00000002054) AKR1C3 (ENSPPYG00000002052) ENSPPYG00000035168 AKR1C1 (ENSPPYG00000037741) AKR1E2 (ENSPPYG00000002049) KLF6 (ENSPPYG00000002048) PITRM1 (ENSPPYG00000002047) PFKP (ENSPPYG00000002046) ADARB2 (ENSPPYG00000002042) WDR37 (ENSPPYG00000002040) IDI1 (ENSPPYG00000002039) IDI2 (ENSPPYG00000030278) GTPBP4 (ENSPPYG00000002037) LARP4B (ENSPPYG00000002035) ENSPPYG00000032911 ##22 DIP2C (ENSPPYG00000002033) ZMYND11 (ENSPPYG00000002032) ENSPPYG00000041245 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 13 BEND4 (ENSPANG00000016087) SLC30A9 (ENSPANG00000024558) ENSPANG00000017113 DCAF4L1 (ENSPANG00000013516) TMEM33 (ENSPANG00000031907) PHOX2B (ENSPANG00000022050) LIMCH1 (ENSPANG00000025221) ENSPANG00000044183 UCHL1 (ENSPANG00000016830) APBB2 (ENSPANG00000012562) NSUN7 (ENSPANG00000001045) ENSPANG00000048835 ENSPANG00000014103 ENSPANG00000040494 RBM47 (ENSPANG00000005980) ENSPANG00000044258 ##22 CHRNA9 (ENSPANG00000040189) ENSPANG00000033774 RHOH (ENSPANG00000017744) N4BP2 (ENSPANG00000005533) PDS5A (ENSPANG00000001639) UBE2K (ENSPANG00000014212) SMIM14 (ENSPANG00000006965) UGDH (ENSPANG00000016219) LIAS (ENSPANG00000001640) RPL9 (ENSPANG00000017541) KLB (ENSPANG00000018421) RFC1 (ENSPANG00000016220) WDR19 (ENSPANG00000003767) KLHL5 (ENSPANG00000003768) TMEM156 (ENSPANG00000050889) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 9 CBLN1 (ENSPANG00000009450) C16orf78 (ENSPANG00000022694) ENSPANG00000038448 ZNF423 (ENSPANG00000022231) CNEP1R1 (ENSPANG00000016962) HEATR3 (ENSPANG00000024573) TENT4B (ENSPANG00000006934) ADCY7 (ENSPANG00000011498) BRD7 (ENSPANG00000024571) NKD1 (ENSPANG00000009782) SNX20 (ENSPANG00000000812) NOD2 (ENSPANG00000019150) CYLD (ENSPANG00000019153) SALL1 (ENSPANG00000024176) TOX3 (ENSPANG00000016176) ENSPANG00000034612 ##22 CHD9NB (ENSPANG00000047104) CHD9 (ENSPANG00000019307) RBL2 (ENSPANG00000021504) AKTIP (ENSPANG00000018701) RPGRIP1L (ENSPANG00000015743) FTO (ENSPANG00000016386) ENSPANG00000017095 IRX3 (ENSPANG00000041905) IRX5 (ENSPANG00000007155) IRX6 (ENSPANG00000024570) MMP2 (ENSPANG00000006408) LPCAT2 (ENSPANG00000006269) SLC6A2 (ENSPANG00000018478) ENSPANG00000030695 ENSPANG00000008680 Olive baboon MODERN SPECIES 4 ENSPANG00000025201 ENSPANG00000034870 DMAC1 (ENSPANG00000025209) PTPRD (ENSPANG00000025208) ENSPANG00000046642 ENSPANG00000039593 ENSPANG00000048068 ENSPANG00000050311 ENSPANG00000017355 ENSPANG00000040619 TYRP1 (ENSPANG00000025207) LURAP1L (ENSPANG00000025206) MPDZ (ENSPANG00000025205) NFIB (ENSPANG00000025203) ZDHHC21 (ENSPANG00000042206) ENSPANG00000031770 ##22 CER1 (ENSPANG00000025225) FREM1 (ENSPANG00000025228) ENSPANG00000038536 ENSPANG00000047398 SNAPC3 (ENSPANG00000025229) PSIP1 (ENSPANG00000025230) ENSPANG00000041882 CCDC171 (ENSPANG00000025236) ENSPANG00000025235 BNC2 (ENSPANG00000025234) ENSPANG00000045248 ENSPANG00000049593 CNTLN (ENSPANG00000025233) ENSPANG00000046683 SH3GL2 (ENSPANG00000025232) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES 11 RBSN (ENSMMUG00000005158) TRH (ENSMMUG00000046670) TMCC1 (ENSMMUG00000016793) PLXND1 (ENSMMUG00000012737) H1-8 (ENSMMUG00000012736) RHO (ENSMMUG00000055315) IFT122 (ENSMMUG00000012727) ENSMMUG00000062379 MBD4 (ENSMMUG00000012723) EFCAB12 (ENSMMUG00000012721) ENSMMUG00000063541 H1-10 (ENSMMUG00000043091) HMCES (ENSMMUG00000013167) COPG1 (ENSMMUG00000013163) CNBP (ENSMMUG00000058753) ENSMMUG00000047632 ##22 ISY1 (ENSMMUG00000011580) GP9 (ENSMMUG00000019799) ENSMMUG00000062320 EFCC1 (ENSMMUG00000047061) CFAP92 (ENSMMUG00000006343) ACAD9 (ENSMMUG00000006338) RAB7A (ENSMMUG00000001798) ENSMMUG00000020716 RPN1 (ENSMMUG00000018321) GATA2 (ENSMMUG00000021371) EEFSEC (ENSMMUG00000018663) RUVBL1 (ENSMMUG00000018662) SEC61A1 (ENSMMUG00000018661) KBTBD12 (ENSMMUG00000046638) MGLL (ENSMMUG00000000168) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a.b.b ##22 Orangutan MODERN SPECIES 19 PLAGL1 (ENSPPYG00000017067) SF3B5 (ENSPPYG00000017068) STX11 (ENSPPYG00000017069) UTRN (ENSPPYG00000017070) EPM2A (ENSPPYG00000017071) FBXO30 (ENSPPYG00000017073) SHPRH (ENSPPYG00000017074) GRM1 (ENSPPYG00000017075) RAB32 (ENSPPYG00000035306) ADGB (ENSPPYG00000017077) STXBP5 (ENSPPYG00000017079) SAMD5 (ENSPPYG00000017080) ENSPPYG00000013601 SASH1 (ENSPPYG00000017082) UST (ENSPPYG00000017083) ENSPPYG00000037910 ##22 TAB2 (ENSPPYG00000017085) ZC3H12D (ENSPPYG00000017087) PPIL4 (ENSPPYG00000029525) GINM1 (ENSPPYG00000017088) KATNA1 (ENSPPYG00000017090) LATS1 (ENSPPYG00000017091) NUP43 (ENSPPYG00000017092) PCMT1 (ENSPPYG00000032523) LRP11 (ENSPPYG00000017096) RAET1E (ENSPPYG00000017097) ENSPPYG00000017098 ENSPPYG00000017099 ULBP1 (ENSPPYG00000017100) ENSPPYG00000017101 ULBP3 (ENSPPYG00000017268) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a ##22 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 958 COQ8A (ENSANAG00000027573) CDC42BPA (ENSANAG00000030280) ENSANAG00000028192 RHOU (ENSANAG00000023279) ENSANAG00000020122 RAB4A (ENSANAG00000032124) CCSAP (ENSANAG00000002364) ACTA1 (ENSANAG00000033052) NUP133 (ENSANAG00000031425) ABCB10 (ENSANAG00000028541) TAF5L (ENSANAG00000030674) URB2 (ENSANAG00000033963) GALNT2 (ENSANAG00000023609) PGBD5 (ENSANAG00000037429) ENSANAG00000024312 ENSANAG00000028566 ##22 COG2 (ENSANAG00000023360) AGT (ENSANAG00000021401) CAPN9 (ENSANAG00000021609) C1orf198 (ENSANAG00000025811) TTC13 (ENSANAG00000023881) ARV1 (ENSANAG00000035550) FAM89A (ENSANAG00000036791) ENSANAG00000004938 ENSANAG00000003766 TRIM67 (ENSANAG00000022764) C1orf131 (ENSANAG00000025828) GNPAT (ENSANAG00000026069) EXOC8 (ENSANAG00000011856) SPRTN (ENSANAG00000034569) EGLN1 (ENSANAG00000029262) Mas night monkey MODERN SPECIES 974 ENSANAG00000034640 ADRA1A (ENSANAG00000022712) ENSANAG00000032951 STMN4 (ENSANAG00000021238) TRIM35 (ENSANAG00000034109) PTK2B (ENSANAG00000034147) CHRNA2 (ENSANAG00000023714) EPHX2 (ENSANAG00000006028) CLU (ENSANAG00000032018) SCARA3 (ENSANAG00000032323) ENSANAG00000027853 ESCO2 (ENSANAG00000021740) PBK (ENSANAG00000031844) SCARA5 (ENSANAG00000022183) NUGGC (ENSANAG00000022394) ENSANAG00000026004 ##22 ELP3 (ENSANAG00000037178) PNOC (ENSANAG00000005124) ZNF395 (ENSANAG00000035574) FBXO16 (ENSANAG00000010190) ENSANAG00000035511 FZD3 (ENSANAG00000034098) ENSANAG00000018007 EXTL3 (ENSANAG00000034591) ENSANAG00000031622 INTS9 (ENSANAG00000031763) HMBOX1 (ENSANAG00000023362) KIF13B (ENSANAG00000030480) MSRA (ENSANAG00000017040) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.a ##22 Capuchin MODERN SPECIES 369 NOL4 (ENSCCAG00000026226) ASXL3 (ENSCCAG00000010303) ENSCCAG00000031634 ##22 CCDC178 (ENSCCAG00000025447) KLHL14 (ENSCCAG00000010338) SNRPC (ENSCCAG00000022751) GAREM1 (ENSCCAG00000008741) MEP1B (ENSCCAG00000019914) RNF138 (ENSCCAG00000022918) RNF125 (ENSCCAG00000019470) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Catarrhini DUPLICATION Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 854 CAMLG (ENSRROG00000019981) SEC24A (ENSRROG00000045670) SAR1B (ENSRROG00000028843) JADE2 (ENSRROG00000032987) ENSRROG00000012329 UBE2B (ENSRROG00000041544) CDKL3 (ENSRROG00000036347) PPP2CA (ENSRROG00000036242) ENSRROG00000044330 TCF7 (ENSRROG00000042564) VDAC1 (ENSRROG00000025787) C5orf15 (ENSRROG00000039514) FSTL4 (ENSRROG00000042283) ENSRROG00000030119 HSPA4 (ENSRROG00000038754) ENSRROG00000022780 ##22 ENSRROG00000034804 ENSRROG00000032317 AFF4 (ENSRROG00000033812) LEAP2 (ENSRROG00000042130) UQCRQ (ENSRROG00000035832) GDF9 (ENSRROG00000034493) SHROOM1 (ENSRROG00000029747) SOWAHA (ENSRROG00000021650) SEPTIN8 (ENSRROG00000032709) CCNI2 (ENSRROG00000037110) KIF3A (ENSRROG00000031372) IL4 (ENSRROG00000042664) IL13 (ENSRROG00000038522) RAD50 (ENSRROG00000038469) IL5 (ENSRROG00000025726) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2467 ENSRROG00000038130 ENSRROG00000031684 PRKAB2 (ENSRROG00000019359) FMO5 (ENSRROG00000019672) CHD1L (ENSRROG00000041354) ENSRROG00000014400 BCL9 (ENSRROG00000035902) ACP6 (ENSRROG00000044098) GJA5 (ENSRROG00000026560) GJA8 (ENSRROG00000032017) ENSRROG00000036323 ENSRROG00000027930 ##22 ENSRROG00000037449 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT01020000230346.E.s.b.b ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000264016 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.t.a ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000264016 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.t.a ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C Olive baboon MODERN SPECIES 10 ENSPANG00000045144 ENSPANG00000037100 DCC (ENSPANG00000006451) #7 MEX3C (ENSPANG00000006226) #8 SMAD4 (ENSPANG00000024703) #9 ELAC1 (ENSPANG00000026392) #10 ME2 (ENSPANG00000016868) #11 MRO (ENSPANG00000011894) #12 MAPK4 (ENSPANG00000009483) #13 SKA1 (ENSPANG00000030336) #14 CXXC1 (ENSPANG00000009435) #15 MBD1 (ENSPANG00000010867) #16 MYO5B (ENSPANG00000022089) #18 ACAA2 (ENSPANG00000002878) #19 LIPG (ENSPANG00000024235) #21 ENSPANG00000031295 ##22 C18orf32 (ENSPANG00000040941) #23 ENSPANG00000037588 #24 ENSPANG00000046129 SMAD7 (ENSPANG00000025519) #26 CTIF (ENSPANG00000017087) #27 ZBTB7C (ENSPANG00000016942) #28 SMAD2 (ENSPANG00000025520) #29 SKOR2 (ENSPANG00000017535) IER3IP1 (ENSPANG00000041314) #30 HDHD2 (ENSPANG00000010312) #31 ELOA2 (ENSPANG00000049945) #33 KATNAL2 (ENSPANG00000017088) #32 PIAS2 (ENSPANG00000016213) #34 ST8SIA5 (ENSPANG00000024947) LOXHD1 (ENSPANG00000025288) #35 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D.k #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000265012 ENSGT00910000147179 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b.gb #18 ENSGT01030000234626.D.k #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000265012 ENSGT00910000147179 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.b #33 Gorilla MODERN SPECIES 9 DCC (ENSGGOG00000007343) #7 ENSGGOG00000025730 ENSGGOG00000014875 #8 ENSGGOG00000036220 SMAD4 (ENSGGOG00000013662) #9 ELAC1 (ENSGGOG00000002624) #10 ME2 (ENSGGOG00000010823) #11 MRO (ENSGGOG00000027618) #12 MAPK4 (ENSGGOG00000010469) #13 SKA1 (ENSGGOG00000016643) #14 CXXC1 (ENSGGOG00000016976) #15 MBD1 (ENSGGOG00000016966) #16 MYO5B (ENSGGOG00000008585) #18 ACAA2 (ENSGGOG00000012552) #19 LIPG (ENSGGOG00000000595) #21 RPL17 (ENSGGOG00000026697) ##22 ENSGGOG00000027474 #23 DYM (ENSGGOG00000028457) #24 ENSGGOG00000010554 #26 CTIF (ENSGGOG00000015204) #27 ENSGGOG00000037898 ENSGGOG00000022625 ZBTB7C (ENSGGOG00000008438) #28 SMAD2 (ENSGGOG00000004706) #29 ENSGGOG00000037285 SKOR2 (ENSGGOG00000006679) ENSGGOG00000022397 IER3IP1 (ENSGGOG00000027939) #30 HDHD2 (ENSGGOG00000016414) #31 ENSGGOG00000010534 #33 ENSGGOG00000044154 #33 Gibbon MODERN SPECIES 19 DCC (ENSNLEG00000011879) #7 ENSNLEG00000029756 #8 SMAD4 (ENSNLEG00000011859) #9 ELAC1 (ENSNLEG00000011855) #10 ME2 (ENSNLEG00000011833) #11 ENSNLEG00000011826 #12 MAPK4 (ENSNLEG00000011809) #13 SKA1 (ENSNLEG00000011804) #14 CXXC1 (ENSNLEG00000011746) #15 ENSNLEG00000011661 #16 CFAP53 (ENSNLEG00000011645) #17 MYO5B (ENSNLEG00000011609) #18 ACAA2 (ENSNLEG00000011576) #19 LIPG (ENSNLEG00000011556) #21 ENSNLEG00000034341 ENSNLEG00000029836 ##22 C18orf32 (ENSNLEG00000011553) #23 ENSNLEG00000011539 #24 ENSNLEG00000032202 #24 SMAD7 (ENSNLEG00000034951) #26 CTIF (ENSNLEG00000011503) #27 ENSNLEG00000030200 ENSNLEG00000011500 ZBTB7C (ENSNLEG00000011492) #28 SMAD2 (ENSNLEG00000011463) #29 ENSNLEG00000011462 ENSNLEG00000029516 ENSNLEG00000029297 IER3IP1 (ENSNLEG00000011450) #30 ENSNLEG00000029962 HDHD2 (ENSNLEG00000036069) #31 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D.k #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.a ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000265012 ENSGT00910000147179 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.b #33 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D.k #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000265012 ENSGT00910000147179 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 Bonobo MODERN SPECIES 9 DCC (ENSPPAG00000036460) #7 ENSPPAG00000038467 #8 SMAD4 (ENSPPAG00000027913) #9 ELAC1 (ENSPPAG00000036817) #10 ME2 (ENSPPAG00000036244) #11 MRO (ENSPPAG00000039840) #12 MAPK4 (ENSPPAG00000009556) #13 SKA1 (ENSPPAG00000035202) #14 CXXC1 (ENSPPAG00000028863) #15 MBD1 (ENSPPAG00000038886) #16 CFAP53 (ENSPPAG00000035491) #17 MYO5B (ENSPPAG00000042788) #18 ACAA2 (ENSPPAG00000039219) #19 LIPG (ENSPPAG00000034597) #21 ENSPPAG00000032490 ENSPPAG00000028848 ##22 C18orf32 (ENSPPAG00000027512) #23 DYM (ENSPPAG00000033907) #24 ENSPPAG00000031318 #26 CTIF (ENSPPAG00000023554) #27 ENSPPAG00000041550 ENSPPAG00000033132 ZBTB7C (ENSPPAG00000039903) #28 SMAD2 (ENSPPAG00000035419) #29 ENSPPAG00000032994 ENSPPAG00000030667 IER3IP1 (ENSPPAG00000029166) #30 HDHD2 (ENSPPAG00000028597) #31 ENSPPAG00000028060 #33 ENSPPAG00000027606 #33 KATNAL2 (ENSPPAG00000019290) #32 Gorilla MODERN SPECIES 16 ENSGGOG00000038907 RPL35A (ENSGGOG00000027749) IQCG (ENSGGOG00000037546) ENSGGOG00000026294 ##22 LRCH3 (ENSGGOG00000012799) FYTTD1 (ENSGGOG00000011665) RUBCN (ENSGGOG00000011498) ENSGGOG00000043225 ENSGGOG00000037406 BDH1 (ENSGGOG00000011171) DLG1 (ENSGGOG00000001688) MELTF (ENSGGOG00000014002) PIGZ (ENSGGOG00000006672) SENP5 (ENSGGOG00000007248) PAK2 (ENSGGOG00000007239) PIGX (ENSGGOG00000006859) CEP19 (ENSGGOG00000025058) NRROS (ENSGGOG00000008057) FBXO45 (ENSGGOG00000014199) Orangutan MODERN SPECIES 9 DCC (ENSPPYG00000009166) #7 MEX3C (ENSPPYG00000038962) #8 SMAD4 (ENSPPYG00000009165) #9 ELAC1 (ENSPPYG00000029936) #10 ME2 (ENSPPYG00000009163) #11 MRO (ENSPPYG00000030050) #12 ENSPPYG00000041514 MAPK4 (ENSPPYG00000009161) #13 SKA1 (ENSPPYG00000009159) #14 CXXC1 (ENSPPYG00000031882) #15 MBD1 (ENSPPYG00000009158) #16 CFAP53 (ENSPPYG00000009157) #17 MYO5B (ENSPPYG00000009155) #18 ACAA2 (ENSPPYG00000009154) #19 LIPG (ENSPPYG00000009153) #21 ENSPPYG00000009151 ##22 C18orf32 (ENSPPYG00000033389) #23 DYM (ENSPPYG00000009149) #24 SMAD7 (ENSPPYG00000009148) #26 CTIF (ENSPPYG00000009147) #27 ZBTB7C (ENSPPYG00000009145) #28 SMAD2 (ENSPPYG00000009144) #29 ENSPPYG00000037397 ENSPPYG00000030833 SKOR2 (ENSPPYG00000009142) IER3IP1 (ENSPPYG00000009140) #30 HDHD2 (ENSPPYG00000009139) #31 ENSPPYG00000009137 #33 KATNAL2 (ENSPPYG00000009138) #32 PIAS2 (ENSPPYG00000009136) #34 ST8SIA5 (ENSPPYG00000009135) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 Rhinopithecus DUPLICATION Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000156251 ENSGT00940000155350 ENSGT00940000156536 ENSGT00940000163174 ENSGT00730000110920.a ENSGT00940000160180.n ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b.a ##22 ENSGT00940000160984 ENSGT00940000162288 ENSGT00390000009554 ENSGT00910000147490 ENSGT00440000033232.d ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a ENSGT00940000158413 ENSGT00390000012877 ENSGT01030000234582.f.a.b ENSGT01030000234582.e.b ENSGT00530000063947.C ENSGT00940000156163.e ENSGT00940000159690 ENSGT00940000161093 ENSGT00390000008610.a.b.a.b Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1148 NDUFC2 (ENSRBIG00000009625) THRSP (ENSRBIG00000024986) KCTD14 (ENSRBIG00000042721) INTS4 (ENSRBIG00000042236) AAMDC (ENSRBIG00000044663) RSF1 (ENSRBIG00000043374) ENSRBIG00000035450 AQP11 (ENSRBIG00000013902) PAK1 (ENSRBIG00000034335) ENSRBIG00000036379 GDPD4 (ENSRBIG00000037924) MYO7A (ENSRBIG00000036813) CAPN5 (ENSRBIG00000041321) B3GNT6 (ENSRBIG00000039681) ENSRBIG00000036893 ENSRBIG00000018440 ##22 ACER3 (ENSRBIG00000037201) TSKU (ENSRBIG00000019981) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1304 MYO7A (ENSRROG00000032426) CAPN5 (ENSRROG00000040628) B3GNT6 (ENSRROG00000033910) ACER3 (ENSRROG00000034805) ENSRROG00000040805 ENSRROG00000012645 ##22 TSKU (ENSRROG00000032131) LRRC32 (ENSRROG00000028668) EMSY (ENSRROG00000039855) ENSRROG00000020533 GVQW3 (ENSRROG00000043820) THAP12 (ENSRROG00000026238) WNT11 (ENSRROG00000031068) UVRAG (ENSRROG00000038883) DGAT2 (ENSRROG00000029306) MOGAT2 (ENSRROG00000018289) ENSRROG00000033527 SERPINH1 (ENSRROG00000034821) GDPD5 (ENSRROG00000032119) KLHL35 (ENSRROG00000042922) RPS3 (ENSRROG00000009870) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 583 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D.m #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b.b ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3093 MYO5B (ENSRROG00000036865) #18 ACAA2 (ENSRROG00000034218) #19 LIPG (ENSRROG00000032692) #21 ENSRROG00000029369 ##22 ENSRROG00000041859 #23 DYM (ENSRROG00000011631) #24 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000154430.e.a ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654.c #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Mas night monkey MODERN SPECIES 426 MAPK4 (ENSANAG00000030817) #13 ENSANAG00000027371 #14 CXXC1 (ENSANAG00000026512) #15 MBD1 (ENSANAG00000036253) #16 CFAP53 (ENSANAG00000038121) #17 MYO5B (ENSANAG00000027712) #18 ACAA2 (ENSANAG00000033683) #19 LIPG (ENSANAG00000020805) #21 ENSANAG00000038237 ##22 ENSANAG00000032933 DYM (ENSANAG00000029190) #24 SMAD7 (ENSANAG00000028079) #26 CTIF (ENSANAG00000024925) #27 ZBTB7C (ENSANAG00000033116) #28 SMAD2 (ENSANAG00000031458) #29 ENSANAG00000030706 SKOR2 (ENSANAG00000030804) IER3IP1 (ENSANAG00000023921) #30 ENSANAG00000023759 HDHD2 (ENSANAG00000036024) #31 KATNAL2 (ENSANAG00000030359) #32 ENSANAG00000027601 PIAS2 (ENSANAG00000036127) #34 ST8SIA5 (ENSANAG00000020554) Cebidae ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000154430.e.a ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654.c #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b ##22 ENSGT00390000018741.ab #23 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741.`b.a #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000154430.e.a ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654.c #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b ##22 ENSGT00390000018741.ab #23 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741.`b.a #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 58 ENSSBOG00000025727 MEX3C (ENSSBOG00000024094) #8 SMAD4 (ENSSBOG00000029676) #9 ELAC1 (ENSSBOG00000019881) #10 ME2 (ENSSBOG00000021989) #11 ENSSBOG00000032219 MRO (ENSSBOG00000029231) #12 MAPK4 (ENSSBOG00000034699) #13 ENSSBOG00000029260 #14 CXXC1 (ENSSBOG00000020380) #15 MBD1 (ENSSBOG00000027169) #16 MYO5B (ENSSBOG00000024887) #18 ACAA2 (ENSSBOG00000029056) #19 ENSSBOG00000034832 LIPG (ENSSBOG00000017170) #21 ENSSBOG00000026485 ##22 C18orf32 (ENSSBOG00000027273) #23 DYM (ENSSBOG00000031374) #24 SMAD7 (ENSSBOG00000028839) #26 CTIF (ENSSBOG00000028468) #27 ZBTB7C (ENSSBOG00000027938) #28 SMAD2 (ENSSBOG00000036148) #29 ENSSBOG00000019181 ENSSBOG00000019888 IER3IP1 (ENSSBOG00000028824) #30 HDHD2 (ENSSBOG00000023121) #31 KATNAL2 (ENSSBOG00000024912) #32 ENSSBOG00000029772 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Marmoset MODERN SPECIES 17 RNF135 (ENSCJAG00000014210) TEFM (ENSCJAG00000014201) ATAD5 (ENSCJAG00000014179) ENSCJAG00000078212 CRLF3 (ENSCJAG00000039568) ENSCJAG00000085031 SUZ12 (ENSCJAG00000014133) UTP6 (ENSCJAG00000014115) COPRS (ENSCJAG00000014110) ENSCJAG00000014106 RAB11FIP4 (ENSCJAG00000014099) NF1 (ENSCJAG00000013924) EVI2A (ENSCJAG00000014096) EVI2B (ENSCJAG00000066576) OMG (ENSCJAG00000057468) ENSCJAG00000076568 ##22 ENSCJAG00000083741 ENSCJAG00000087132 ENSCJAG00000077182 GOSR1 (ENSCJAG00000013915) CPD (ENSCJAG00000013845) TMIGD1 (ENSCJAG00000013832) ENSCJAG00000080215 BLMH (ENSCJAG00000038993) SLC6A4 (ENSCJAG00000013726) ENSCJAG00000021934 NSRP1 (ENSCJAG00000013710) EFCAB5 (ENSCJAG00000013688) SSH2 (ENSCJAG00000013673) CORO6 (ENSCJAG00000013646) ANKRD13B (ENSCJAG00000013623) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 62 TPRG1 (ENSSBOG00000036102) TP63 (ENSSBOG00000033306) P3H2 (ENSSBOG00000035056) CLDN1 (ENSSBOG00000020833) CLDN16 (ENSSBOG00000029384) TMEM207 (ENSSBOG00000036118) IL1RAP (ENSSBOG00000032825) GMNC (ENSSBOG00000035297) ENSSBOG00000035925 OSTN (ENSSBOG00000032414) ENSSBOG00000032518 CCDC50 (ENSSBOG00000033037) ENSSBOG00000035617 ENSSBOG00000033371 FGF12 (ENSSBOG00000033018) ENSSBOG00000022053 ##22 MB21D2 (ENSSBOG00000021427) ENSSBOG00000024248 PLAAT1 (ENSSBOG00000030423) ATP13A5 (ENSSBOG00000030531) ATP13A4 (ENSSBOG00000032487) OPA1 (ENSSBOG00000021973) HES1 (ENSSBOG00000028215) ENSSBOG00000033814 CPN2 (ENSSBOG00000014283) LRRC15 (ENSSBOG00000031469) ATP13A3 (ENSSBOG00000005544) TMEM44 (ENSSBOG00000020794) LSG1 (ENSSBOG00000034938) FAM43A (ENSSBOG00000018424) XXYLT1 (ENSSBOG00000034641) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 1 ENSCSAG00000012294 MSTN (ENSCSAG00000012272) C2orf88 (ENSCSAG00000018660) HIBCH (ENSCSAG00000012264) INPP1 (ENSCSAG00000012254) MFSD6 (ENSCSAG00000012252) NEMP2 (ENSCSAG00000012242) NAB1 (ENSCSAG00000012226) GLS (ENSCSAG00000012201) STAT1 (ENSCSAG00000012191) STAT4 (ENSCSAG00000012146) MYO1B (ENSCSAG00000012057) NABP1 (ENSCSAG00000012038) CAVIN2 (ENSCSAG00000012033) TMEFF2 (ENSCSAG00000012029) ENSCSAG00000012018 ##22 SLC39A10 (ENSCSAG00000012006) DNAH7 (ENSCSAG00000011927) STK17B (ENSCSAG00000011683) HECW2 (ENSCSAG00000011673) CCDC150 (ENSCSAG00000011637) GTF3C3 (ENSCSAG00000011582) C2orf66 (ENSCSAG00000011573) PGAP1 (ENSCSAG00000011561) ANKRD44 (ENSCSAG00000011536) ENSCSAG00000011517 SF3B1 (ENSCSAG00000011505) COQ10B (ENSCSAG00000011483) HSPD1 (ENSCSAG00000011463) ENSCSAG00000011427 MOB4 (ENSCSAG00000011421) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Gibbon DUPLICATION Gibbon MODERN SPECIES 6 LY6L (ENSNLEG00000031924) ENSNLEG00000001383 GML (ENSNLEG00000001366) LY6D (ENSNLEG00000001345) LYNX1 (ENSNLEG00000028053) ENSNLEG00000036207 SLURP2 (ENSNLEG00000001320) LYPD2 (ENSNLEG00000001310) SLURP1 (ENSNLEG00000001300) THEM6 (ENSNLEG00000001298) ENSNLEG00000029363 PSCA (ENSNLEG00000001284) JRK (ENSNLEG00000001280) ADGRB1 (ENSNLEG00000001670) ENSNLEG00000001660 ENSNLEG00000034800 ##22 MROH5 (ENSNLEG00000001633) PTP4A3 (ENSNLEG00000001610) SLC45A4 (ENSNLEG00000001582) ENSNLEG00000001579 DENND3 (ENSNLEG00000001560) ENSNLEG00000033490 PTK2 (ENSNLEG00000001510) AGO2 (ENSNLEG00000001461) ENSNLEG00000030588 ENSNLEG00000029889 ENSNLEG00000018803 TRAPPC9 (ENSNLEG00000001396) KCNK9 (ENSNLEG00000001377) COL22A1 (ENSNLEG00000032227) FAM135B (ENSNLEG00000010778) Gibbon MODERN SPECIES 20 ENSNLEG00000028386 PCNX2 (ENSNLEG00000002367) MAP3K21 (ENSNLEG00000002463) ENSNLEG00000029888 SLC35F3 (ENSNLEG00000031022) ENSNLEG00000030108 COA6 (ENSNLEG00000002501) TARBP1 (ENSNLEG00000002518) ENSNLEG00000002590 TOMM20 (ENSNLEG00000029038) RBM34 (ENSNLEG00000002610) ENSNLEG00000032959 ARID4B (ENSNLEG00000002665) GGPS1 (ENSNLEG00000002808) TBCE (ENSNLEG00000002823) ENSNLEG00000032061 ##22 B3GALNT2 (ENSNLEG00000002950) ENSNLEG00000002971 ENSNLEG00000035816 LYST (ENSNLEG00000002982) NID1 (ENSNLEG00000003070) ENSNLEG00000036269 GPR137B (ENSNLEG00000003165) ERO1B (ENSNLEG00000003192) EDARADD (ENSNLEG00000003225) ENSNLEG00000032843 ENSNLEG00000018839 LGALS8 (ENSNLEG00000003250) HEATR1 (ENSNLEG00000003345) ACTN2 (ENSNLEG00000003539) MTR (ENSNLEG00000003551) Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Orangutan MODERN SPECIES 1 CYP2C19 (ENSPPYG00000002504) ENSPPYG00000036087 HELLS (ENSPPYG00000002502) TBC1D12 (ENSPPYG00000002501) NOC3L (ENSPPYG00000002500) PLCE1 (ENSPPYG00000002499) ENSPPYG00000002498 SLC35G1 (ENSPPYG00000002497) LGI1 (ENSPPYG00000002496) FRA10AC1 (ENSPPYG00000002495) PDE6C (ENSPPYG00000002494) RBP4 (ENSPPYG00000002493) FFAR4 (ENSPPYG00000002492) CEP55 (ENSPPYG00000002491) MYOF (ENSPPYG00000002490) ENSPPYG00000034054 ##22 CYP26A1 (ENSPPYG00000002489) CYP26C1 (ENSPPYG00000002488) EXOC6 (ENSPPYG00000002487) HHEX (ENSPPYG00000002486) ENSPPYG00000033680 KIF11 (ENSPPYG00000002484) IDE (ENSPPYG00000002483) MARCHF5 (ENSPPYG00000034208) CPEB3 (ENSPPYG00000002481) BTAF1 (ENSPPYG00000002480) FGFBP3 (ENSPPYG00000002479) TNKS2 (ENSPPYG00000036430) PPP1R3C (ENSPPYG00000002478) HECTD2 (ENSPPYG00000002477) ENSPPYG00000002476 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Gorilla MODERN SPECIES CRYZ (ENSGGOG00000034854) TYW3 (ENSGGOG00000013676) LHX8 (ENSGGOG00000026204) SLC44A5 (ENSGGOG00000007029) ENSGGOG00000038599 ACADM (ENSGGOG00000024342) ENSGGOG00000024667 RABGGTB (ENSGGOG00000004675) MSH4 (ENSGGOG00000044071) ASB17 (ENSGGOG00000003221) ST6GALNAC3 (ENSGGOG00000001465) TPI1 (ENSGGOG00000023036) ST6GALNAC5 (ENSGGOG00000005452) ENSGGOG00000036290 PIGK (ENSGGOG00000009240) ENSGGOG00000027673 ##22 AK5 (ENSGGOG00000014497) ZZZ3 (ENSGGOG00000009242) USP33 (ENSGGOG00000007543) MIGA1 (ENSGGOG00000017058) NEXN (ENSGGOG00000034812) ENSGGOG00000027554 DNAJB4 (ENSGGOG00000004719) GIPC2 (ENSGGOG00000004987) PTGFR (ENSGGOG00000014499) IFI44L (ENSGGOG00000013652) ENSGGOG00000039692 IFI44 (ENSGGOG00000013663) ADGRL4 (ENSGGOG00000026803) ENSGGOG00000025574 ENSGGOG00000028020 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182835.c.d ENSGT00390000008296.b.a.b.c.b ENSGT00390000012715.b ENSGT00390000012850 ENSGT00390000003710.c.a.b.a.a ENSGT00390000001709 ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a ENSGT00940000162557 ENSGT00520000060726.b ENSGT00940000160284 ENSGT00940000166259 ENSGT00940000164260 ENSGT00390000000410 ENSGT00390000005052.e ENSGT00940000160737 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.f ##22 ENSGT00940000164123 ENSGT00940000158279 ENSGT00940000156347 ENSGT00440000034270 ENSGT00390000011734 ENSGT00940000158130 ENSGT00940000157687 ENSGT00940000157026 ENSGT00940000158533 ENSGT00940000160086 ENSGT00940000158454 ENSGT00390000011619 ENSGT00940000158574 ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b ENSGT00940000163134 Chimpanzee MODERN SPECIES 16 PFKFB4 (ENSPTRG00000014889) SHISA5 (ENSPTRG00000014888) TREX1 (ENSPTRG00000033737) ATRIP (ENSPTRG00000014887) TMA7 (ENSPTRG00000041769) CCDC51 (ENSPTRG00000014885) PLXNB1 (ENSPTRG00000014884) FBXW12 (ENSPTRG00000014883) SPINK8 (ENSPTRG00000042337) NME6 (ENSPTRG00000014882) ENSPTRG00000044573 ZNF589 (ENSPTRG00000014881) CAMP (ENSPTRG00000014880) ENSPTRG00000050808 CDC25A (ENSPTRG00000014879) ENSPTRG00000049574 ##22 MAP4 (ENSPTRG00000014878) DHX30 (ENSPTRG00000014877) ENSPTRG00000048090 SMARCC1 (ENSPTRG00000014875) CSPG5 (ENSPTRG00000014874) ELP6 (ENSPTRG00000014873) SCAP (ENSPTRG00000014872) PTPN23 (ENSPTRG00000014869) KLHL18 (ENSPTRG00000014868) KIF9 (ENSPTRG00000014867) SETD2 (ENSPTRG00000014866) NBEAL2 (ENSPTRG00000014864) CCDC12 (ENSPTRG00000014862) PTH1R (ENSPTRG00000014861) MYL3 (ENSPTRG00000014860) Bonobo DUPLICATION Bonobo MODERN SPECIES 16 PFKFB4 (ENSPPAG00000040004) SHISA5 (ENSPPAG00000022466) TREX1 (ENSPPAG00000022909) ATRIP (ENSPPAG00000037275) TMA7 (ENSPPAG00000011519) CCDC51 (ENSPPAG00000013899) PLXNB1 (ENSPPAG00000038541) ENSPPAG00000026655 SPINK8 (ENSPPAG00000005562) NME6 (ENSPPAG00000036553) ENSPPAG00000027577 ENSPPAG00000027730 CAMP (ENSPPAG00000042262) ENSPPAG00000017036 CDC25A (ENSPPAG00000034700) ENSPPAG00000033774 ##22 MAP4 (ENSPPAG00000042257) DHX30 (ENSPPAG00000034330) SMARCC1 (ENSPPAG00000031011) CSPG5 (ENSPPAG00000041716) ELP6 (ENSPPAG00000039928) SCAP (ENSPPAG00000011239) PTPN23 (ENSPPAG00000042499) KLHL18 (ENSPPAG00000026841) KIF9 (ENSPPAG00000040979) SETD2 (ENSPPAG00000027015) NBEAL2 (ENSPPAG00000043702) CCDC12 (ENSPPAG00000028782) PTH1R (ENSPPAG00000036562) MYL3 (ENSPPAG00000038266) ENSPPAG00000042735 Bonobo MODERN SPECIES 6 HIGD2B (ENSPPAG00000012835) ARIH1 (ENSPPAG00000029632) TMEM202 (ENSPPAG00000032339) ENSPPAG00000035199 HEXA (ENSPPAG00000037219) CELF6 (ENSPPAG00000042321) PARP6 (ENSPPAG00000042901) PKM (ENSPPAG00000041061) GRAMD2A (ENSPPAG00000034526) SENP8 (ENSPPAG00000003990) ENSPPAG00000041256 MYO9A (ENSPPAG00000036622) ENSPPAG00000013619 ENSPPAG00000021142 NR2E3 (ENSPPAG00000042596) ENSPPAG00000034547 ##22 ENSPPAG00000039433 THSD4 (ENSPPAG00000038184) ENSPPAG00000031013 ENSPPAG00000042838 THAP10 (ENSPPAG00000009534) LRRC49 (ENSPPAG00000042602) LARP6 (ENSPPAG00000031247) UACA (ENSPPAG00000027889) TLE3 (ENSPPAG00000027158) ENSPPAG00000039263 ENSPPAG00000041698 KIF23 (ENSPPAG00000038174) PAQR5 (ENSPPAG00000043450) GLCE (ENSPPAG00000034026) NOX5 (ENSPPAG00000038195) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Carnivora DUPLICATION Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000155555 ENSGT00390000008212 ENSGT00940000158888 ENSGT00940000154239.a ENSGT00950000182772.A.a.b ENSGT00940000154862 ENSGT00950000185142 ENSGT00390000006113.t ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000154259.l.q.a.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.g.b ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a ENSGT00950000183173.O ENSGT00950000186089 Tiger MODERN SPECIES 490 RD3L (ENSPTIG00000019597) ATP5MJ (ENSPTIG00000019687) PPP1R13B (ENSPTIG00000019969) ZFYVE21 (ENSPTIG00000020854) XRCC3 (ENSPTIG00000021183) KLC1 (ENSPTIG00000021796) ENSPTIG00000012187 TRMT61A (ENSPTIG00000012664) CKB (ENSPTIG00000012834) MARK3 (ENSPTIG00000013919) ENSPTIG00000005685 EIF5 (ENSPTIG00000017471) TNFAIP2 (ENSPTIG00000017712) EXOC3L4 (ENSPTIG00000017928) LBHD2 (ENSPTIG00000018933) ENSPTIG00000020371 ##22 TRAF3 (ENSPTIG00000020503) RCOR1 (ENSPTIG00000004161) ENSPTIG00000005734 ENSPTIG00000005992 CINP (ENSPTIG00000006788) ENSPTIG00000007428 MOK (ENSPTIG00000008365) ENSPTIG00000009917 HSP90AA1 (ENSPTIG00000010091) ENSPTIG00000010382 ENSPTIG00000012841 PPP2R5C (ENSPTIG00000013615) DIO3 (ENSPTIG00000014966) ENSPTIG00000006032 ENSPTIG00000015283 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155555 ENSGT00390000008212 ENSGT00940000158888 ENSGT00940000154239.a ENSGT00950000182772.A.a.b ENSGT00940000154862 ENSGT00950000185142 ENSGT00390000006113.t ENSGT00390000016478.i.a ENSGT00940000154259.l.q.a.a ENSGT00940000164852 ENSGT01030000234613.b.a.a ENSGT01030000234613.b.a.b ENSGT00610000087423 ENSGT01030000234517.H.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000007463 ENSGT00940000160538 ENSGT00940000155654 ENSGT00390000018116 ENSGT00940000157283 ENSGT00390000015784 ENSGT00390000002751 ENSGT00940000159582 ENSGT00390000007686.b.d ENSGT01020000230401.a.a.b.b.t.b.g.b ENSGT01030000235064 ENSGT00520000057711 ENSGT00940000156103 ENSGT01030000234620.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154482.b.b.a leopard MODERN SPECIES 38 ENSPPRG00000020034 TNFAIP2 (ENSPPRG00000010623) EXOC3L4 (ENSPPRG00000011715) LBHD2 (ENSPPRG00000011985) CDC42BPB (ENSPPRG00000014066) ENSPPRG00000020487 ##22 TRAF3 (ENSPPRG00000025084) RCOR1 (ENSPPRG00000025057) ANKRD9 (ENSPPRG00000020673) TECPR2 (ENSPPRG00000024891) CINP (ENSPPRG00000024721) ZNF839 (ENSPPRG00000024466) MOK (ENSPPRG00000023887) WDR20 (ENSPPRG00000022986) HSP90AA1 (ENSPPRG00000000416) ENSPPRG00000000469 PPP2R5C (ENSPPRG00000009435) ENSPPRG00000009967 ENSPPRG00000010168 DLK1 (ENSPPRG00000016279) BEGAIN (ENSPPRG00000021199) lion MODERN SPECIES 6 KLC1 (ENSPLOG00000006195) COA8 (ENSPLOG00000006136) BAG5 (ENSPLOG00000006121) TRMT61A (ENSPLOG00000006104) CKB (ENSPLOG00000006084) MARK3 (ENSPLOG00000005746) ENSPLOG00000005629 ENSPLOG00000005614 EIF5 (ENSPLOG00000005586) ENSPLOG00000005488 ENSPLOG00000005470 TNFAIP2 (ENSPLOG00000005453) EXOC3L4 (ENSPLOG00000005398) LBHD2 (ENSPLOG00000005383) CDC42BPB (ENSPLOG00000005343) ENSPLOG00000010859 ##22 AMN (ENSPLOG00000010781) TRAF3 (ENSPLOG00000010717) RCOR1 (ENSPLOG00000010640) ANKRD9 (ENSPLOG00000010606) TECPR2 (ENSPLOG00000010430) CINP (ENSPLOG00000010365) ENSPLOG00000010344 MOK (ENSPLOG00000010303) WDR20 (ENSPLOG00000010212) HSP90AA1 (ENSPLOG00000010136) ENSPLOG00000010110 DYNC1H1 (ENSPLOG00000009726) PPP2R5C (ENSPLOG00000009399) ENSPLOG00000009327 RTL1 (ENSPLOG00000008680) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 85 ENSGT00940000160226 ENSGT00940000159837 ENSGT00390000017249 ENSGT00940000157667 ENSGT00940000158481 ENSGT00940000169558 ENSGT00940000159662 ENSGT00940000156620 ENSGT00940000161101 ENSGT00940000162841 ENSGT00910000148817 ENSGT00390000016821 ENSGT00940000157226 ENSGT00940000154860 ENSGT00390000006196 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00390000010991 Polar bear MODERN SPECIES 229 CHST1 (ENSUMAG00000015445) SYT13 (ENSUMAG00000015449) PRDM11 (ENSUMAG00000015467) TP53I11 (ENSUMAG00000015491) TSPAN18 (ENSUMAG00000015509) CD82 (ENSUMAG00000015516) ENSUMAG00000015524 ENSUMAG00000015538 EXT2 (ENSUMAG00000015542) ACCS (ENSUMAG00000015553) ENSUMAG00000015568 ENSUMAG00000015598 ALKBH3 (ENSUMAG00000015602) HSD17B12 (ENSUMAG00000015611) TTC17 (ENSUMAG00000015633) ENSUMAG00000015652 ##22 API5 (ENSUMAG00000015677) ENSUMAG00000015788 LRRC4C (ENSUMAG00000015809) American black bear MODERN SPECIES 5537 TTC17 (ENSUAMG00000019199) ENSUAMG00000019201 ##22 API5 (ENSUAMG00000019202) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 596 ENSMPUG00000010954 ENSMPUG00000010918 OR2AE1 (ENSMPUG00000019896) TRIM4 (ENSMPUG00000010906) ENSMPUG00000019894 ##22 AZGP1 (ENSMPUG00000010904) ZKSCAN1 (ENSMPUG00000010898) ZSCAN21 (ENSMPUG00000010896) ENSMPUG00000010891 COPS6 (ENSMPUG00000010887) MCM7 (ENSMPUG00000010881) AP4M1 (ENSMPUG00000010875) TAF6 (ENSMPUG00000010870) CNPY4 (ENSMPUG00000010847) MBLAC1 (ENSMPUG00000019892) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b ##22 Panthera_a DUPLICATION Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000155356 ENSGT00940000158083 ENSGT00940000157665 ENSGT00940000156361.B ENSGT00390000014494 ENSGT00950000182931.B.a.b ENSGT00950000183011.c.a.a ENSGT00940000158947.e ENSGT00390000016950 ENSGT00390000018003.a ENSGT00940000154158.l.c.a ENSGT00940000163318 ENSGT00390000003368 ENSGT00940000158152 ENSGT00940000157504 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b.a ##22 ENSGT00390000007725.A.b ENSGT00390000012496.a ENSGT00390000019377.b ENSGT00940000162602 ENSGT00940000160364 ENSGT01050000244827.B ENSGT00940000154840.b ENSGT00510000049596 ENSGT00940000155177.b ENSGT01030000234540.E ENSGT00940000158367 ENSGT00940000161722 ENSGT00940000164746 ENSGT00940000154334.k ENSGT00940000157300 leopard MODERN SPECIES 31 HIPK1 (ENSPPRG00000003595) OLFML3 (ENSPPRG00000017719) SYT6 (ENSPPRG00000014396) TRIM33 (ENSPPRG00000012753) BCAS2 (ENSPPRG00000012152) DENND2C (ENSPPRG00000011320) AMPD1 (ENSPPRG00000008277) ENSPPRG00000007102 CSDE1 (ENSPPRG00000006747) SIKE1 (ENSPPRG00000001473) ENSPPRG00000001280 ENSPPRG00000000888 SYCP1 (ENSPPRG00000023786) TSHB (ENSPPRG00000012835) TSPAN2 (ENSPPRG00000012267) ENSPPRG00000016776 ##22 NGF (ENSPPRG00000016689) VANGL1 (ENSPPRG00000010871) CASQ2 (ENSPPRG00000009697) NHLH2 (ENSPPRG00000016591) SLC22A15 (ENSPPRG00000008983) MAB21L3 (ENSPPRG00000008518) ATP1A1 (ENSPPRG00000008177) IGSF3 (ENSPPRG00000004364) CD2 (ENSPPRG00000003530) PTGFRN (ENSPPRG00000003305) CD101 (ENSPPRG00000003135) ENSPPRG00000002352 TRIM45 (ENSPPRG00000001987) VTCN1 (ENSPPRG00000001120) MAN1A2 (ENSPPRG00000000605) lion MODERN SPECIES 8 OLFML3 (ENSPLOG00000017170) SYT6 (ENSPLOG00000017004) TRIM33 (ENSPLOG00000016841) ENSPLOG00000016808 BCAS2 (ENSPLOG00000016764) DENND2C (ENSPLOG00000016707) AMPD1 (ENSPLOG00000016449) NRAS (ENSPLOG00000016315) CSDE1 (ENSPLOG00000015680) SIKE1 (ENSPLOG00000015473) ENSPLOG00000015461 ENSPLOG00000015234 SYCP1 (ENSPLOG00000014657) TSHB (ENSPLOG00000014568) TSPAN2 (ENSPLOG00000014519) ENSPLOG00000014415 ##22 NGF (ENSPLOG00000014389) VANGL1 (ENSPLOG00000014377) CASQ2 (ENSPLOG00000014262) NHLH2 (ENSPLOG00000014240) SLC22A15 (ENSPLOG00000014089) MAB21L3 (ENSPLOG00000014017) ATP1A1 (ENSPLOG00000013723) ENSPLOG00000013611 IGSF3 (ENSPLOG00000013549) CD2 (ENSPLOG00000013510) PTGFRN (ENSPLOG00000013463) CD101 (ENSPLOG00000013429) ENSPLOG00000013203 TRIM45 (ENSPLOG00000013060) VTCN1 (ENSPLOG00000012889) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.b.b ##22 leopard MODERN SPECIES 85 B3GAT1 (ENSPPRG00000001615) GLB1L2 (ENSPPRG00000002084) GLB1L3 (ENSPPRG00000002676) ENSPPRG00000003803 ENSPPRG00000021840 ##22 ACAD8 (ENSPPRG00000004280) ENSPPRG00000005182 VPS26B (ENSPPRG00000005365) NCAPD3 (ENSPPRG00000006156) JAM3 (ENSPPRG00000007242) IGSF9B (ENSPPRG00000008033) SPATA19 (ENSPPRG00000009378) OPCML (ENSPPRG00000010433) NTM (ENSPPRG00000011551) SNX19 (ENSPPRG00000012752) ADAMTS15 (ENSPPRG00000012990) ADAMTS8 (ENSPPRG00000016281) ZBTB44 (ENSPPRG00000024110) ST14 (ENSPPRG00000023767) APLP2 (ENSPPRG00000001219) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 7154 BATF3 (ENSTSYG00000034285) ENSTSYG00000026620 #10 ATF3 (ENSTSYG00000035219) ENSTSYG00000036299 ##22 NENF (ENSTSYG00000001880) TMEM206 (ENSTSYG00000013792) ENSTSYG00000013786 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.c ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.c ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.c ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 42 CYB5R2 (ENSSBOG00000022515) PPFIBP2 (ENSSBOG00000035770) OLFML1 (ENSSBOG00000023633) SYT9 (ENSSBOG00000032140) NLRP14 (ENSSBOG00000024873) ZNF214 (ENSSBOG00000030822) ZNF215 (ENSSBOG00000026706) OR6A2 (ENSSBOG00000019114) MRPL17 (ENSSBOG00000031626) DCHS1 (ENSSBOG00000023128) TPP1 (ENSSBOG00000021190) TAF10 (ENSSBOG00000033223) ILK (ENSSBOG00000027321) RRP8 (ENSSBOG00000035280) ENSSBOG00000032184 ENSSBOG00000031634 ##22 ENSSBOG00000019793 ARFIP2 (ENSSBOG00000029575) TRIM3 (ENSSBOG00000013612) APBB1 (ENSSBOG00000020344) SMPD1 (ENSSBOG00000026297) LATS2 (ENSSBOG00000019616) SAP18 (ENSSBOG00000031979) ENSSBOG00000029627 SKA3 (ENSSBOG00000010390) ZDHHC20 (ENSSBOG00000026798) ENSSBOG00000021865 MICU2 (ENSSBOG00000019033) FGF9 (ENSSBOG00000003885) SGCG (ENSSBOG00000029754) SACS (ENSSBOG00000035759) Mas night monkey MODERN SPECIES 344 ENSANAG00000032131 ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.d ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.d ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.d ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 112 HOXA1 (ENSSBOG00000022017) HOXA2 (ENSSBOG00000024057) HOXA3 (ENSSBOG00000031444) ENSSBOG00000026625 HOXA5 (ENSSBOG00000027127) HOXA6 (ENSSBOG00000026859) HOXA7 (ENSSBOG00000023282) HOXA9 (ENSSBOG00000033572) HOXA10 (ENSSBOG00000033844) HOXA11 (ENSSBOG00000020434) HOXA13 (ENSSBOG00000024071) EVX1 (ENSSBOG00000017478) HIBADH (ENSSBOG00000032980) TAX1BP1 (ENSSBOG00000021153) JAZF1 (ENSSBOG00000031260) ENSSBOG00000018196 ##22 CREB5 (ENSSBOG00000019829) TRIL (ENSSBOG00000017304) CPVL (ENSSBOG00000021419) CHN2 (ENSSBOG00000023305) WIPF3 (ENSSBOG00000022641) SCRN1 (ENSSBOG00000034510) FKBP14 (ENSSBOG00000032897) PLEKHA8 (ENSSBOG00000020795) MTURN (ENSSBOG00000033828) ENSSBOG00000029979 NOD1 (ENSSBOG00000032727) GGCT (ENSSBOG00000029340) GARS1 (ENSSBOG00000022287) CRHR2 (ENSSBOG00000015505) INMT (ENSSBOG00000032759) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000162767 ENSGT00390000005185 ENSGT00940000163110 ENSGT00390000008296.b.a.a.g ENSGT00390000017970 ENSGT00940000154499.h ENSGT00940000154930 ENSGT00390000003343 ENSGT00900000143826 ENSGT00940000153617.D ENSGT00940000155804 ENSGT00530000063790.b ENSGT00940000155586.B ENSGT00950000182916.a.b.a.b ENSGT00940000158006 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00530000063926.a ENSGT00940000156990 ENSGT00950000182917.a.a.b.a ENSGT00390000005708 ENSGT01100000266431 ENSGT00940000154706 ENSGT00390000007924 ENSGT00410000028916 ENSGT00390000005844.a.b ENSGT00440000034932 ENSGT00940000160529 ENSGT00940000156243 ENSGT00390000007252.c ENSGT01020000230346.E.s.a ENSGT00950000183031.B.e.b Macaca ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000011483 ENSGT00940000162767 ENSGT00390000005185 ENSGT00940000163110 ENSGT00390000008296.b.a.a.g ENSGT00390000017970 ENSGT00940000154930 ENSGT00390000003343 ENSGT00900000141074.f.b ENSGT00940000153617.D ENSGT00940000155804 ENSGT00530000063790.b ENSGT00940000155586.B ENSGT00950000182916.a.b.a.b ENSGT00940000158006 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00530000063926.a ENSGT00940000156990 ENSGT00950000182917.a.a.b.a ENSGT00390000005708 ENSGT01100000266431 ENSGT00940000154706 ENSGT00390000007924 ENSGT00410000028916 ENSGT00390000005844.a.b ENSGT00440000034932 ENSGT00940000160529 ENSGT00940000156243 ENSGT00390000007252.c ENSGT01020000230346.E.s.a ENSGT00950000183031.B.e.b Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000005185 ENSGT00940000163110 ENSGT00390000008296.b.a.a.g ENSGT00390000017970 ENSGT00940000154930 ENSGT00390000002127.sb ENSGT00390000009328.c.a ENSGT00390000003343 ENSGT00900000141074.f.b ENSGT00940000153617.D ENSGT00940000155804 ENSGT00530000063790.b ENSGT00940000155586.B ENSGT00950000182916.a.b.a.b ENSGT00940000158006 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00530000063926.a ENSGT00940000156990 ENSGT00950000182917.a.a.b.a ENSGT00390000005708 ENSGT00940000154706 ENSGT00390000007924 ENSGT00410000028916 ENSGT00390000005844.a.b ENSGT00440000034932 ENSGT00940000160529 ENSGT00940000156243 ENSGT00390000007252.c ENSGT00950000183031.B.e.b ENSGT00390000008250 ENSGT00950000182920.b.a.b.a.b.i Crab-eating macaque MODERN SPECIES 6 ENSMFAG00000014550 ENSMFAG00000014434 DMAC1 (ENSMFAG00000044806) ENSMFAG00000044606 PTPRD (ENSMFAG00000031323) ENSMFAG00000049031 ENSMFAG00000049672 ENSMFAG00000028377 ENSMFAG00000062292 TYRP1 (ENSMFAG00000046179) LURAP1L (ENSMFAG00000040734) ENSMFAG00000057135 MPDZ (ENSMFAG00000032679) NFIB (ENSMFAG00000037052) ZDHHC21 (ENSMFAG00000038466) ENSMFAG00000030041 ##22 CER1 (ENSMFAG00000037928) FREM1 (ENSMFAG00000002956) ENSMFAG00000059525 TTC39B (ENSMFAG00000002246) SNAPC3 (ENSMFAG00000039519) PSIP1 (ENSMFAG00000045606) CCDC171 (ENSMFAG00000007272) ENSMFAG00000036515 BNC2 (ENSMFAG00000036895) CNTLN (ENSMFAG00000038531) SH3GL2 (ENSMFAG00000043791) ADAMTSL1 (ENSMFAG00000042640) SAXO1 (ENSMFAG00000000158) RRAGA (ENSMFAG00000030433) HAUS6 (ENSMFAG00000000635) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 152 UHRF2 (ENSMNEG00000034080) GLDC (ENSMNEG00000032546) ENSMNEG00000033793 ENSMNEG00000031093 KDM4C (ENSMNEG00000029324) DMAC1 (ENSMNEG00000044495) ENSMNEG00000030132 PTPRD (ENSMNEG00000036506) ENSMNEG00000036773 TYRP1 (ENSMNEG00000035543) LURAP1L (ENSMNEG00000029041) ENSMNEG00000035930 MPDZ (ENSMNEG00000040228) ENSMNEG00000035388 NFIB (ENSMNEG00000039065) ENSMNEG00000005084 ##22 ZDHHC21 (ENSMNEG00000033895) CER1 (ENSMNEG00000034249) FREM1 (ENSMNEG00000034773) TTC39B (ENSMNEG00000029192) SNAPC3 (ENSMNEG00000002686) ENSMNEG00000014509 PSIP1 (ENSMNEG00000030633) CCDC171 (ENSMNEG00000042615) ENSMNEG00000043142 BNC2 (ENSMNEG00000040884) CNTLN (ENSMNEG00000040917) SH3GL2 (ENSMNEG00000032599) ENSMNEG00000042732 ADAMTSL1 (ENSMNEG00000039848) ENSMNEG00000044073 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000162767 ENSGT00390000005185 ENSGT00940000163110 ENSGT00390000008296.b.a.a.g ENSGT00390000017970 ENSGT00940000154499.h ENSGT00940000154930 ENSGT00390000003343 ENSGT00900000143826 ENSGT00940000153617.D ENSGT00940000155804 ENSGT00530000063790.b ENSGT00940000155586.B ENSGT00950000182916.a.b.a.b ENSGT00940000158006 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00530000063926.a ENSGT00940000156990 ENSGT00950000182917.a.a.b.a ENSGT00390000005708 ENSGT00940000154706 ENSGT00390000007924 ENSGT00410000028916 ENSGT00390000005844.a.b ENSGT00440000034932 ENSGT00940000160529 ENSGT00940000156243 ENSGT00390000007252.c ENSGT01020000230346.E.s.a ENSGT00950000183031.B.e.b ENSGT00390000008250 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000162767 ENSGT00390000005185 ENSGT00940000163110 ENSGT00390000008296.b.a.a.g ENSGT00390000017970 ENSGT00940000154499.h ENSGT00940000154930 ENSGT00390000003343 ENSGT00900000143826 ENSGT00940000153617.D ENSGT00940000155804 ENSGT00530000063790.b ENSGT00940000155586.B ENSGT00950000182916.a.b.a.b ENSGT00940000158006 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00530000063926.a ENSGT00940000156990 ENSGT00950000182917.a.a.b.a ENSGT00390000005708 ENSGT01100000266120 ENSGT00940000154706 ENSGT00390000007924 ENSGT00410000028916 ENSGT00390000005844.a.b ENSGT00440000034932 ENSGT00940000160529 ENSGT00940000156243 ENSGT00390000007252.c ENSGT01020000230346.E.s.a ENSGT00950000183031.B.e.b Sooty mangabey MODERN SPECIES 629 TPD52L3 (ENSCATG00000040180) UHRF2 (ENSCATG00000044392) GLDC (ENSCATG00000040028) ENSCATG00000041153 KDM4C (ENSCATG00000044738) DMAC1 (ENSCATG00000024312) PTPRD (ENSCATG00000011010) ENSCATG00000039554 ENSCATG00000040285 TYRP1 (ENSCATG00000044923) LURAP1L (ENSCATG00000042208) ENSCATG00000042089 MPDZ (ENSCATG00000030031) NFIB (ENSCATG00000035506) ENSCATG00000042024 ENSCATG00000019515 ##22 ZDHHC21 (ENSCATG00000041835) CER1 (ENSCATG00000012176) FREM1 (ENSCATG00000034977) TTC39B (ENSCATG00000032662) SNAPC3 (ENSCATG00000042572) ENSCATG00000018868 PSIP1 (ENSCATG00000037840) CCDC171 (ENSCATG00000039627) ENSCATG00000019771 BNC2 (ENSCATG00000039175) CNTLN (ENSCATG00000004826) SH3GL2 (ENSCATG00000004445) ADAMTSL1 (ENSCATG00000042482) ENSCATG00000030026 SAXO1 (ENSCATG00000034966) Drill MODERN SPECIES 1051 NFIB (ENSMLEG00000034055) ZDHHC21 (ENSMLEG00000035467) ENSMLEG00000027784 ##22 CER1 (ENSMLEG00000041007) FREM1 (ENSMLEG00000039451) TTC39B (ENSMLEG00000041037) SNAPC3 (ENSMLEG00000030316) ENSMLEG00000027945 PSIP1 (ENSMLEG00000001440) CCDC171 (ENSMLEG00000037661) ENSMLEG00000029849 BNC2 (ENSMLEG00000010467) Rhinopithecus DUPLICATION Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.e ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 132 OTOA (ENSRBIG00000035609) IGSF6 (ENSRBIG00000035504) METTL9 (ENSRBIG00000042190) CDR2 (ENSRBIG00000027617) POLR3E (ENSRBIG00000039412) ENSRBIG00000004271 ##22 EEF2K (ENSRBIG00000013277) SDR42E2 (ENSRBIG00000043406) VWA3A (ENSRBIG00000028400) ENSRBIG00000028655 PDZD9 (ENSRBIG00000036884) UQCRC2 (ENSRBIG00000001831) ENSRBIG00000006416 ENSRBIG00000041300 CRYM (ENSRBIG00000036381) ANKS4B (ENSRBIG00000030278) ZP2 (ENSRBIG00000034237) LDAF1 (ENSRBIG00000022654) DNAH3 (ENSRBIG00000027886) LYRM1 (ENSRBIG00000028963) ENSRBIG00000020376 Rhinopithecus DUPLICATION Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 407 ENSGT00940000159769.b ENSGT00940000155279.C ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00390000001376.ab.a ENSGT00940000154949.b ENSGT00940000162642 ENSGT00940000162335 ENSGT00940000162895 ENSGT00940000154888.i.a.b ENSGT00940000159753 ENSGT00940000154589.b ENSGT00390000002219.f ENSGT00940000154340.A Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2724 ANK2 (ENSRROG00000031624) ENSRROG00000004108 ##22 ENSRROG00000043060 LARP7 (ENSRROG00000033414) ENSRROG00000028090 ENSRROG00000042878 NEUROG2 (ENSRROG00000022032) ENSRROG00000038734 ALPK1 (ENSRROG00000033717) TIFA (ENSRROG00000026480) ENSRROG00000045683 FAM241A (ENSRROG00000043155) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 128 ARSJ (ENSRBIG00000038987) ENSRBIG00000019645 ENSRBIG00000027821 ENSRBIG00000024640 ##22 ANK2 (ENSRBIG00000043201) ENSRBIG00000030546 GPN3 (ENSRBIG00000028648) FAM216A (ENSRBIG00000011638) ENSRBIG00000009640 RAD9B (ENSRBIG00000035632) PPTC7 (ENSRBIG00000035647) TCTN1 (ENSRBIG00000038598) HVCN1 (ENSRBIG00000031708) PPP1CC (ENSRBIG00000030893) CCDC63 (ENSRBIG00000015288) MYL2 (ENSRBIG00000033329) CUX2 (ENSRBIG00000037165) PHETA1 (ENSRBIG00000042583) SH2B3 (ENSRBIG00000039617) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b.f.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1132 ENSRBIG00000031565 UBE2E1 (ENSRBIG00000034290) NKIRAS1 (ENSRBIG00000027456) ENSRBIG00000033415 NR1D2 (ENSRBIG00000032612) THRB (ENSRBIG00000012599) ENSRBIG00000038731 ENSRBIG00000023439 ##22 RARB (ENSRBIG00000029659) TOP2B (ENSRBIG00000023441) NGLY1 (ENSRBIG00000008998) OXSM (ENSRBIG00000033144) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2005 TLR4 (ENSDNOG00000032753) ENSDNOG00000015223 TRIM32 (ENSDNOG00000030704) ENSDNOG00000048672 PAPPA (ENSDNOG00000019437) ENSDNOG00000041206 ##22 ENSDNOG00000033204 ENSDNOG00000013511 TNC (ENSDNOG00000017690) TNLG3A (ENSDNOG00000032295) TNLG1B (ENSDNOG00000033887) ENSDNOG00000048398 TMEM268 (ENSDNOG00000000867) ENSDNOG00000008083 WHRN (ENSDNOG00000041182) AKNA (ENSDNOG00000008149) ENSDNOG00000017842 ENSDNOG00000030782 ENSDNOG00000038534 Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Armadillo MODERN SPECIES 592 ENSDNOG00000038327 ENSDNOG00000041746 ENSDNOG00000036860 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Tree shrew MODERN SPECIES 10460 ENSTBEG00000016998 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 Sema5a (ENSCGRG00001006570) ENSCGRG00001005665 ENSCGRG00001017092 Atpsckmt (ENSCGRG00001004624) Cct5 (ENSCGRG00001003625) Cmbl (ENSCGRG00001002936) Marchf6 (ENSCGRG00001001973) Ropn1l (ENSCGRG00001000818) Ankrd33b (ENSCGRG00001016919) Dap (ENSCGRG00001007075) ENSCGRG00001009079 Ctnnd2 (ENSCGRG00001012344) ENSCGRG00001009256 ENSCGRG00001008572 Dnah5 (ENSCGRG00001002726) ENSCGRG00001007408 ##22 Trio (ENSCGRG00001018514) Otulinl (ENSCGRG00001013918) Otulin (ENSCGRG00001009097) Ank (ENSCGRG00001007186) Fbxl7 (ENSCGRG00001002330) Marchf11 (ENSCGRG00001000995) Zfp622 (ENSCGRG00001024661) Retreg1 (ENSCGRG00001003409) Myo10 (ENSCGRG00001006922) Basp1 (ENSCGRG00001010849) Cdh18 (ENSCGRG00001012079) Cdh12 (ENSCGRG00001015709) Cdh10 (ENSCGRG00001001483) Cdh9 (ENSCGRG00001007635) ENSCGRG00001006251 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 Ppm1b (ENSCGRG00001000688) ENSCGRG00001016261 Abcg8 (ENSCGRG00001003896) Abcg5 (ENSCGRG00001022728) Dync2li1 (ENSCGRG00001023127) Plekhh2 (ENSCGRG00001007378) ENSCGRG00001017012 Thada (ENSCGRG00001019927) Zfp36l2 (ENSCGRG00001023281) Haao (ENSCGRG00001018533) Mta3 (ENSCGRG00001014465) Kcng3 (ENSCGRG00001022671) ENSCGRG00001013778 Eml4 (ENSCGRG00001000928) Pkdcc (ENSCGRG00001022104) ENSCGRG00001016352 ##22 ENSCGRG00001018825 ENSCGRG00001016334 Slc8a1 (ENSCGRG00001013311) Thumpd2 (ENSCGRG00001009939) Tmem178 (ENSCGRG00001017231) Map4k3 (ENSCGRG00001021583) Cdkl4 (ENSCGRG00001011508) Dsel (ENSCGRG00001009262) ENSCGRG00001001905 ENSCGRG00001024022 Cdh19 (ENSCGRG00001022811) Cdh7 (ENSCGRG00001022390) Serpinb8 (ENSCGRG00001020741) Serpinb10 (ENSCGRG00001018662) Serpinb2 (ENSCGRG00001014826) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 922 Fgf1 (ENSNGAG00000023588) ENSNGAG00000011614 Spry4 (ENSNGAG00000023023) Ndfip1 (ENSNGAG00000023008) ENSNGAG00000022512 Rnf14 (ENSNGAG00000011674) Pcdh12 (ENSNGAG00000010710) Dele1 (ENSNGAG00000018387) Pcdh1 (ENSNGAG00000015865) ENSNGAG00000014600 ##22 Arap3 (ENSNGAG00000023362) Fchsd1 (ENSNGAG00000019709) ENSNGAG00000018010 Hdac3 (ENSNGAG00000012179) ENSNGAG00000004201 Pcdhgc3 (ENSNGAG00000022970) Pcdhga11 (ENSNGAG00000011680) Pcdhgc4 (ENSNGAG00000007247) Pcdhga7 (ENSNGAG00000001146) Pcdhga5 (ENSNGAG00000022746) Pcdhgb2 (ENSNGAG00000022502) Pcdhga4 (ENSNGAG00000009895) Pcdhga3 (ENSNGAG00000022037) Pcdhga2 (ENSNGAG00000008996) Pcdhga1 (ENSNGAG00000010014) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 117 NR1D2 (ENSOGAG00000010721) RPL15 (ENSOGAG00000013056) NKIRAS1 (ENSOGAG00000007528) UBE2E1 (ENSOGAG00000007527) ENSOGAG00000029099 UBE2E2 (ENSOGAG00000008828) ENSOGAG00000025686 ENSOGAG00000031261 ZNF385D (ENSOGAG00000015958) ENSOGAG00000029509 SGO1 (ENSOGAG00000016786) KAT2B (ENSOGAG00000016781) PP2D1 (ENSOGAG00000007917) RAB5A (ENSOGAG00000003948) EFHB (ENSOGAG00000003944) ENSOGAG00000027211 ##22 KCNH8 (ENSOGAG00000000804) SATB1 (ENSOGAG00000015441) ENSOGAG00000025343 ENSOGAG00000030351 TBC1D5 (ENSOGAG00000016352) PLCL2 (ENSOGAG00000030914) ENSOGAG00000006983 RFTN1 (ENSOGAG00000014420) OXNAD1 (ENSOGAG00000014419) DPH3 (ENSOGAG00000034296) GALNT15 (ENSOGAG00000014413) ANKRD28 (ENSOGAG00000013981) BTD (ENSOGAG00000013977) HACL1 (ENSOGAG00000013969) COLQ (ENSOGAG00000013967) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 846 ZNF326 (ENSPCOG00000023736) BARHL2 (ENSPCOG00000021096) ZNF644 (ENSPCOG00000021784) ENSPCOG00000026252 CDC7 (ENSPCOG00000022992) TGFBR3 (ENSPCOG00000020128) BRDT (ENSPCOG00000009857) EPHX4 (ENSPCOG00000015391) ENSPCOG00000025445 ENSPCOG00000020190 BTBD8 (ENSPCOG00000012403) C1orf146 (ENSPCOG00000014518) GLMN (ENSPCOG00000026708) RPAP2 (ENSPCOG00000021860) GFI1 (ENSPCOG00000020540) ENSPCOG00000023529 ##22 EVI5 (ENSPCOG00000013584) ENSPCOG00000012924 DIPK1A (ENSPCOG00000022059) MTF2 (ENSPCOG00000021106) TMED5 (ENSPCOG00000024672) CCDC18 (ENSPCOG00000021464) DR1 (ENSPCOG00000025924) FNBP1L (ENSPCOG00000027233) BCAR3 (ENSPCOG00000022810) DNTTIP2 (ENSPCOG00000027395) GCLM (ENSPCOG00000000314) ABCA4 (ENSPCOG00000027304) ARHGAP29 (ENSPCOG00000013337) ABCD3 (ENSPCOG00000028862) F3 (ENSPCOG00000024393) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 50 MAGI1 (ENSPCOG00000016669) ADAMTS9 (ENSPCOG00000020855) PRICKLE2 (ENSPCOG00000014318) PSMD6 (ENSPCOG00000017855) ATXN7 (ENSPCOG00000021138) ENSPCOG00000022000 C3orf49 (ENSPCOG00000016558) ENSPCOG00000023618 SNTN (ENSPCOG00000016354) SYNPR (ENSPCOG00000022257) CADPS (ENSPCOG00000027683) FEZF2 (ENSPCOG00000020418) C3orf14 (ENSPCOG00000020405) ENSPCOG00000027667 PTPRG (ENSPCOG00000011073) ENSPCOG00000015146 ##22 ENSPCOG00000026096 CFAP20DC (ENSPCOG00000026642) FAM3D (ENSPCOG00000016154) FAM107A (ENSPCOG00000016417) ACOX2 (ENSPCOG00000027383) KCTD6 (ENSPCOG00000016167) PDHB (ENSPCOG00000018714) PXK (ENSPCOG00000023402) RPP14 (ENSPCOG00000027150) ABHD6 (ENSPCOG00000023970) DNASE1L3 (ENSPCOG00000014644) FLNB (ENSPCOG00000028790) SLMAP (ENSPCOG00000002153) DENND6A (ENSPCOG00000016384) ARF4 (ENSPCOG00000001896) Mouse lemur MODERN SPECIES 30 PPM1G (ENSMICG00000015895) NRBP1 (ENSMICG00000015904) KRTCAP3 (ENSMICG00000015922) IFT172 (ENSMICG00000033177) FNDC4 (ENSMICG00000047524) GCKR (ENSMICG00000015947) C2orf16 (ENSMICG00000037560) ZNF512 (ENSMICG00000014941) ENSMICG00000001920 GPN1 (ENSMICG00000042626) SUPT7L (ENSMICG00000014961) SLC4A1AP (ENSMICG00000014967) MRPL33 (ENSMICG00000043272) ENSMICG00000043937 RBKS (ENSMICG00000015009) ENSMICG00000028615 ##22 BABAM2 (ENSMICG00000015024) FOSL2 (ENSMICG00000028779) PLB1 (ENSMICG00000001426) PPP1CB (ENSMICG00000001446) SPDYA (ENSMICG00000047853) TRMT61B (ENSMICG00000014265) WDR43 (ENSMICG00000014276) TOGARAM2 (ENSMICG00000001254) PCARE (ENSMICG00000001260) CLIP4 (ENSMICG00000000629) ALK (ENSMICG00000000637) YPEL5 (ENSMICG00000038178) LBH (ENSMICG00000000643) ENSMICG00000047228 LCLAT1 (ENSMICG00000000644) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Tarsier DUPLICATION Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 476 ENSTSYG00000027387 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 485 ENSTSYG00000027231 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 6047 PLS1 (ENSTSYG00000013901) ATR (ENSTSYG00000002718) ENSTSYG00000014485 XRN1 (ENSTSYG00000002705) ENSTSYG00000033995 ##22 GK5 (ENSTSYG00000001954) TFDP2 (ENSTSYG00000009267) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 19 ENSPTRG00000047957 CEP162 (ENSPTRG00000018388) MRAP2 (ENSPTRG00000018387) CYB5R4 (ENSPTRG00000018385) RIPPLY2 (ENSPTRG00000029533) SNAP91 (ENSPTRG00000051078) PRSS35 (ENSPTRG00000018382) ME1 (ENSPTRG00000018381) ##11 RWDD2A (ENSPTRG00000049322) PGM3 (ENSPTRG00000018379) DOP1A (ENSPTRG00000018378) UBE3D (ENSPTRG00000018377) TPBG (ENSPTRG00000018376) IBTK (ENSPTRG00000018375) TENT5A (ENSPTRG00000047338) ENSPTRG00000046353 ##22 BCKDHB (ENSPTRG00000018372) ENSPTRG00000048236 ENSPTRG00000050076 ENSPTRG00000044375 TTK (ENSPTRG00000018371) ENSPTRG00000050523 ELOVL4 (ENSPTRG00000043548) SH3BGRL2 (ENSPTRG00000050701) LCA5 (ENSPTRG00000018367) ENSPTRG00000046338 HMGN3 (ENSPTRG00000018366) ENSPTRG00000044309 PHIP (ENSPTRG00000018365) IRAK1BP1 (ENSPTRG00000018363) MEI4 (ENSPTRG00000044078) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 173 ENSGT00940000163220.b.h ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Macaca DUPLICATION Macaca ANCESTRAL SPECIES 143 ENSGT00940000163220.b.h ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a.g ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a.g ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 175 P2RY10 (ENSMFAG00000065797) ENSMFAG00000058091 GPR174 (ENSMFAG00000048513) ITM2A (ENSMFAG00000037997) ENSMFAG00000050209 TBX22 (ENSMFAG00000000575) ENSMFAG00000058505 TENT5D (ENSMFAG00000059694) BRWD3 (ENSMFAG00000043437) ENSMFAG00000046303 ENSMFAG00000065005 HMGN5 (ENSMFAG00000043155) ENSMFAG00000064363 SH3BGRL (ENSMFAG00000031027) ENSMFAG00000057440 ENSMFAG00000003130 ##22 ENSMFAG00000064912 ENSMFAG00000052377 ENSMFAG00000057041 ENSMFAG00000035175 ENSMFAG00000053410 POU3F4 (ENSMFAG00000027128) ENSMFAG00000048140 CYLC1 (ENSMFAG00000044830) RPS6KA6 (ENSMFAG00000045848) HDX (ENSMFAG00000003281) ENSMFAG00000056508 ENSMFAG00000048579 ENSMFAG00000063039 APOOL (ENSMFAG00000042547) SATL1 (ENSMFAG00000042054) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 85 ENSMNEG00000034394 LPAR4 (ENSMNEG00000026886) ENSMNEG00000039449 P2RY10 (ENSMNEG00000001678) ENSMNEG00000004426 GPR174 (ENSMNEG00000015097) ITM2A (ENSMNEG00000028333) TBX22 (ENSMNEG00000002289) BRWD3 (ENSMNEG00000028960) ENSMNEG00000003904 ENSMNEG00000038133 HMGN5 (ENSMNEG00000029641) ENSMNEG00000036403 SH3BGRL (ENSMNEG00000032748) ENSMNEG00000039695 ENSMNEG00000040680 ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a.h ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 202 FAM83G (ENSMNEG00000041522) SLC5A10 (ENSMNEG00000042590) GRAP (ENSMNEG00000043944) ENSMNEG00000029305 ##22 EPN2 (ENSMNEG00000030616) ENSMNEG00000043551 MAPK7 (ENSMNEG00000041108) MFAP4 (ENSMNEG00000041809) RNF112 (ENSMNEG00000000099) SLC47A1 (ENSMNEG00000031913) ALDH3A2 (ENSMNEG00000029746) SLC47A2 (ENSMNEG00000040271) ALDH3A1 (ENSMNEG00000028466) ULK2 (ENSMNEG00000030857) AKAP10 (ENSMNEG00000026972) ENSMNEG00000032387 ENSMNEG00000043995 ENSMNEG00000029084 SPECC1 (ENSMNEG00000030780) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 191 ENSGT00940000163220.b.h ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 313 ENSGT00940000163220.b.h ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Drill MODERN SPECIES 1284 ENSMLEG00000037772 ENSMLEG00000037289 PRICKLE1 (ENSMLEG00000040875) PPHLN1 (ENSMLEG00000019889) ZCRB1 (ENSMLEG00000042951) ENSMLEG00000030453 YAF2 (ENSMLEG00000035641) GXYLT1 (ENSMLEG00000040017) PDZRN4 (ENSMLEG00000001274) ENSMLEG00000030728 ENSMLEG00000037850 ##22 Sooty mangabey DUPLICATION Sooty mangabey MODERN SPECIES 210 BRWD3 (ENSCATG00000038615) ENSCATG00000029713 ENSCATG00000029855 HMGN5 (ENSCATG00000018617) ENSCATG00000038731 SH3BGRL (ENSCATG00000031766) ENSCATG00000013910 ENSCATG00000036649 ENSCATG00000039091 ##22 POU3F4 (ENSCATG00000019383) CYLC1 (ENSCATG00000036867) RPS6KA6 (ENSCATG00000016428) HDX (ENSCATG00000038854) Sooty mangabey MODERN SPECIES 617 HNF1B (ENSCATG00000045086) DDX52 (ENSCATG00000041437) SYNRG (ENSCATG00000031190) DUSP14 (ENSCATG00000043837) TADA2A (ENSCATG00000030086) C17orf78 (ENSCATG00000037239) ENSCATG00000021273 ##22 ACACA (ENSCATG00000036167) AATF (ENSCATG00000043611) LHX1 (ENSCATG00000035824) ENSCATG00000044337 MRM1 (ENSCATG00000041516) DHRS11 (ENSCATG00000001680) GGNBP2 (ENSCATG00000030797) PIGW (ENSCATG00000007447) MYO19 (ENSCATG00000042003) ZNHIT3 (ENSCATG00000035385) CA4 (ENSCATG00000034309) ENSCATG00000040911 ENSCATG00000030236 CHCT1 (ENSCATG00000041845) APPBP2 (ENSCATG00000030340) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Capuchin MODERN SPECIES 23 ENSCCAG00000030474 FAM136A (ENSCCAG00000023520) TGFA (ENSCCAG00000032276) ENSCCAG00000018529 ADD2 (ENSCCAG00000021255) FIGLA (ENSCCAG00000021451) CLEC4F (ENSCCAG00000026145) CD207 (ENSCCAG00000029648) VAX2 (ENSCCAG00000036372) ATP6V1B1 (ENSCCAG00000028478) ANKRD53 (ENSCCAG00000022187) TEX261 (ENSCCAG00000026931) NAGK (ENSCCAG00000033331) MCEE (ENSCCAG00000022477) ENSCCAG00000037954 ENSCCAG00000032514 ##22 PAIP2B (ENSCCAG00000000020) ZNF638 (ENSCCAG00000028170) DYSF (ENSCCAG00000021995) CYP26B1 (ENSCCAG00000032938) EXOC6B (ENSCCAG00000030488) SPR (ENSCCAG00000028340) EMX1 (ENSCCAG00000035193) SFXN5 (ENSCCAG00000036686) RAB11FIP5 (ENSCCAG00000025378) NOTO (ENSCCAG00000029209) SMYD5 (ENSCCAG00000032948) PRADC1 (ENSCCAG00000028676) ENSCCAG00000027148 FBXO41 (ENSCCAG00000033266) EGR4 (ENSCCAG00000037704) Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 886 CDCP1 (ENSANAG00000034819) CLEC3B (ENSANAG00000027596) EXOSC7 (ENSANAG00000028607) ZDHHC3 (ENSANAG00000021495) TMEM42 (ENSANAG00000034383) ENSANAG00000036102 KIF15 (ENSANAG00000037629) ENSANAG00000028996 ZNF501 (ENSANAG00000018943) ZNF502 (ENSANAG00000021135) ENSANAG00000034886 ZNF35 (ENSANAG00000019550) ZNF197 (ENSANAG00000029713) ZNF660 (ENSANAG00000017064) ZKSCAN7 (ENSANAG00000025395) ENSANAG00000019389 ##22 ZNF445 (ENSANAG00000031872) ENSANAG00000022841 TCAIM (ENSANAG00000030490) TOPAZ1 (ENSANAG00000034745) ABHD5 (ENSANAG00000028422) ANO10 (ENSANAG00000020139) SNRK (ENSANAG00000035742) POMGNT2 (ENSANAG00000018903) GASK1A (ENSANAG00000020539) ENSANAG00000033547 ENSANAG00000022066 RNF168 (ENSANAG00000031722) Mas night monkey MODERN SPECIES 1027 PI15 (ENSANAG00000023987) CRISPLD1 (ENSANAG00000035675) HNF4G (ENSANAG00000024888) ENSANAG00000022591 ZFHX4 (ENSANAG00000034150) PEX2 (ENSANAG00000031161) ENSANAG00000025403 PKIA (ENSANAG00000035679) ZC2HC1A (ENSANAG00000026492) IL7 (ENSANAG00000018679) ENSANAG00000028133 STMN2 (ENSANAG00000019695) HEY1 (ENSANAG00000006781) TPD52 (ENSANAG00000020626) ENSANAG00000023108 ENSANAG00000008692 ##22 ZNF704 (ENSANAG00000020327) PAG1 (ENSANAG00000035690) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000006096.a.a ENSGT00940000155863.q ENSGT00820000127150 ENSGT00940000155444 ENSGT00390000018717.b.a.b ENSGT00940000153724.A ENSGT00940000159013 ENSGT00390000013693 ENSGT00940000153859.a ENSGT00940000156336 ENSGT00950000185829 ENSGT00940000158856 ENSGT00940000157498 ENSGT00950000185047.a.a ENSGT00940000157300 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000154334.k ENSGT00940000169805 ENSGT00940000161722 ENSGT00940000158367 ENSGT01030000234540.E ENSGT00940000155177.b ENSGT00510000049596 ENSGT00940000154840.b ENSGT00390000013931.a.a.a.a.b ENSGT01050000244827.B ENSGT00940000160364 ENSGT00940000162602 ENSGT00390000019377.b ENSGT00390000012496.a ENSGT00390000007725.A.b Dingo MODERN SPECIES 223 ENSCAFG00020020479 ZNF697 (ENSCAFG00020020535) ENSCAFG00020020537 HAO2 (ENSCAFG00020020545) WARS2 (ENSCAFG00020020570) TBX15 (ENSCAFG00020020577) ENSCAFG00020020597 WDR3 (ENSCAFG00020020610) ENSCAFG00020020626 GDAP2 (ENSCAFG00020020644) ENSCAFG00020020651 TENT5C (ENSCAFG00020020652) MAN1A2 (ENSCAFG00020020664) ENSCAFG00020020761 VTCN1 (ENSCAFG00020020764) ENSCAFG00020020767 ##22 TRIM45 (ENSCAFG00020020769) ENSCAFG00020020772 CD101 (ENSCAFG00020020782) PTGFRN (ENSCAFG00020020784) ENSCAFG00020020788 CD2 (ENSCAFG00020020793) IGSF3 (ENSCAFG00020020808) ENSCAFG00020020844 ATP1A1 (ENSCAFG00020020858) MAB21L3 (ENSCAFG00020020870) SLC22A15 (ENSCAFG00020020878) NHLH2 (ENSCAFG00020020915) CASQ2 (ENSCAFG00020020924) VANGL1 (ENSCAFG00020020963) NGF (ENSCAFG00020020970) Dog MODERN SPECIES 8 HMGCS2 (ENSCAFG00845006979) ENSCAFG00845006590 ENSCAFG00845006411 ZNF697 (ENSCAFG00845006387) HSD3B2 (ENSCAFG00845006351) HAO2 (ENSCAFG00845006278) WARS2 (ENSCAFG00845006189) TBX15 (ENSCAFG00845006079) SPAG17 (ENSCAFG00845005984) WDR3 (ENSCAFG00845005942) GDAP2 (ENSCAFG00845005877) TENT5C (ENSCAFG00845005783) MAN1A2 (ENSCAFG00845029509) ENSCAFG00845029463 VTCN1 (ENSCAFG00845029358) ENSCAFG00845029291 ##22 TRIM45 (ENSCAFG00845029248) ENSCAFG00845029143 CD101 (ENSCAFG00845029071) PTGFRN (ENSCAFG00845029002) CD2 (ENSCAFG00845028984) IGSF3 (ENSCAFG00845028936) ENSCAFG00845028795 ATP1A1 (ENSCAFG00845028456) ENSCAFG00845028320 MAB21L3 (ENSCAFG00845028265) SLC22A15 (ENSCAFG00845028198) ENSCAFG00845028114 CASQ2 (ENSCAFG00845028062) VANGL1 (ENSCAFG00845027910) NGF (ENSCAFG00845027859) Red fox MODERN SPECIES 28 TERB2 (ENSVVUG00000011641) TRIM69 (ENSVVUG00000011621) ENSVVUG00000011616 B2M (ENSVVUG00000011612) PATL2 (ENSVVUG00000011576) SPG11 (ENSVVUG00000010933) EIF3J (ENSVVUG00000010868) ENSVVUG00000010861 CTDSPL2 (ENSVVUG00000010847) ENSVVUG00000010843 CASC4 (ENSVVUG00000010830) ENSVVUG00000010823 ENSVVUG00000010815 ENSVVUG00000010802 FRMD5 (ENSVVUG00000010774) ENSVVUG00000010768 ##22 WDR76 (ENSVVUG00000010752) MFAP1 (ENSVVUG00000010651) ENSVVUG00000010633 SERF2 (ENSVVUG00000010617) SERINC4 (ENSVVUG00000010565) ELL3 (ENSVVUG00000010538) PDIA3 (ENSVVUG00000010527) CATSPER2 (ENSVVUG00000010512) STRC (ENSVVUG00000010410) ENSVVUG00000009966 ENSVVUG00000009944 PPIP5K1 (ENSVVUG00000009875) MAP1A (ENSVVUG00000009860) TP53BP1 (ENSVVUG00000009785) TUBGCP4 (ENSVVUG00000009758) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES ENSRFEG00010001013 ENSRFEG00010001022 NBDY (ENSRFEG00010001038) ENSRFEG00010001051 UBQLN2 (ENSRFEG00010001060) KLF8 (ENSRFEG00010001110) RRAGB (ENSRFEG00010001176) ENSRFEG00010001225 MAGEH1 (ENSRFEG00010001238) USP51 (ENSRFEG00010001250) ALAS2 (ENSRFEG00010001268) APEX2 (ENSRFEG00010001302) PFKFB1 (ENSRFEG00010001373) MAGED2 (ENSRFEG00010001490) ITIH6 (ENSRFEG00010001541) ENSRFEG00010001587 ##22 GNL3L (ENSRFEG00010001603) FGD1 (ENSRFEG00010001665) TSR2 (ENSRFEG00010001704) ENSRFEG00010001718 WNK3 (ENSRFEG00010001743) ENSRFEG00010001852 ENSRFEG00010001859 FAM120C (ENSRFEG00010001877) ENSRFEG00010001924 PHF8 (ENSRFEG00010001984) HUWE1 (ENSRFEG00010002183) HSD17B10 (ENSRFEG00010002239) RIBC1 (ENSRFEG00010002277) SMC1A (ENSRFEG00010002323) IQSEC2 (ENSRFEG00010002435) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 123 ACAA2 (ENSCWAG00000018572) #19 ENSCWAG00000018602 LIPG (ENSCWAG00000018628) #21 ENSCWAG00000018703 ##22 C18orf32 (ENSCWAG00000007861) #23 DYM (ENSCWAG00000007926) #24 ENSCWAG00000008076 ENSCWAG00000008125 SMAD7 (ENSCWAG00000008146) #26 CTIF (ENSCWAG00000008248) #27 ZBTB7C (ENSCWAG00000008442) #28 ENSCWAG00000008490 #29 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Blue whale MODERN SPECIES 15 AGTR1 (ENSBMSG00010000298) ZIC1 (ENSBMSG00010000272) ZIC4 (ENSBMSG00010000237) PLSCR5 (ENSBMSG00010000196) ENSBMSG00010000106 ENSBMSG00010000055 ENSBMSG00010000039 ENSBMSG00010003203 PLSCR4 (ENSBMSG00010003190) PLOD2 (ENSBMSG00010003166) ENSBMSG00010003145 ENSBMSG00010003139 ENSBMSG00010003130 DIPK2A (ENSBMSG00010003121) SLC9A9 (ENSBMSG00010003106) ENSBMSG00010003096 ##22 CHST2 (ENSBMSG00010003091) U2SURP (ENSBMSG00010003077) PAQR9 (ENSBMSG00010003062) PCOLCE2 (ENSBMSG00010003043) TRPC1 (ENSBMSG00010003018) PLS1 (ENSBMSG00010002998) ATR (ENSBMSG00010002907) XRN1 (ENSBMSG00010002838) GK5 (ENSBMSG00010002815) TFDP2 (ENSBMSG00010002750) ENSBMSG00010002724 ENSBMSG00010002711 GRK7 (ENSBMSG00010002693) RNF7 (ENSBMSG00010002685) RASA2 (ENSBMSG00010002664) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 25 AP3M2 (ENSCHYG00000026452) PLAT (ENSCHYG00000026485) IKBKB (ENSCHYG00000026569) ENSCHYG00000026675 ENSCHYG00000026702 DKK4 (ENSCHYG00000026756) ENSCHYG00000026765 SLC20A2 (ENSCHYG00000026772) SMIM19 (ENSCHYG00000026780) CHRNB3 (ENSCHYG00000026790) CHRNA6 (ENSCHYG00000026797) ENSCHYG00000026818 HOOK3 (ENSCHYG00000026837) FNTA (ENSCHYG00000026872) ENSCHYG00000026881 ENSCHYG00000026883 ##22 HGSNAT (ENSCHYG00000026891) INTS10 (ENSCHYG00000026898) CSGALNACT1 (ENSCHYG00000026922) SH2D4A (ENSCHYG00000026929) PSD3 (ENSCHYG00000026947) ENSCHYG00000027005 ENSCHYG00000027006 LRRC3B (ENSCHYG00000027009) OXSM (ENSCHYG00000008677) NGLY1 (ENSCHYG00000008725) TOP2B (ENSCHYG00000009238) RARB (ENSCHYG00000011336) THRB (ENSCHYG00000011439) NR1D2 (ENSCHYG00000011566) ENSCHYG00000011588 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000000687 ENSGT00940000156433.B ENSGT00390000001511 ENSGT00940000167380 ENSGT00940000156267 ENSGT00940000166205.a ENSGT00940000166205.b ENSGT00940000158305 ENSGT00940000159336 ENSGT00550000074855 ENSGT00390000005270 ENSGT00940000155328 ENSGT00940000154910.b.b ENSGT00390000006367.d ENSGT00390000018603 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00390000007975.a ENSGT00940000157523 ENSGT00950000182839.A.d ENSGT00950000182956.b.b.a.a.c.a.l ENSGT00950000183194.a.b ENSGT00940000162628 ENSGT00940000158780 ENSGT00390000000221.A ENSGT00940000157223 ENSGT00940000155456 ENSGT00940000162521 ENSGT00940000154675 ENSGT00390000005097 ENSGT00530000063722.b ENSGT00530000063822.a.b Goat MODERN SPECIES 6 ENSCHIG00000021622 ENSCHIG00000017738 ENSCHIG00000016702 CRSP-2 (ENSCHIG00000026890) CRSP-1 (ENSCHIG00000016334) ENSCHIG00000021176 CYP2R1 (ENSCHIG00000015003) PDE3B (ENSCHIG00000009677) PSMA1 (ENSCHIG00000019700) COPB1 (ENSCHIG00000016260) ENSCHIG00000012272 RRAS2 (ENSCHIG00000021550) SPON1 (ENSCHIG00000024597) FAR1 (ENSCHIG00000018043) PTH (ENSCHIG00000007602) ENSCHIG00000012359 ##22 BTBD10 (ENSCHIG00000026399) BMAL1 (ENSCHIG00000008573) RASSF10 (ENSCHIG00000006553) ENSCHIG00000013740 TEAD1 (ENSCHIG00000015300) PARVA (ENSCHIG00000024855) ENSCHIG00000011918 MICAL2 (ENSCHIG00000024501) DKK3 (ENSCHIG00000011378) USP47 (ENSCHIG00000009969) GALNT18 (ENSCHIG00000012207) ZBED5 (ENSCHIG00000011923) EIF4G2 (ENSCHIG00000017894) CTR9 (ENSCHIG00000011919) ENSCHIG00000024170 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 ZNF300 (ENSOARG00020014457) GPX3 (ENSOARG00020014488) TNIP1 (ENSOARG00020014574) ANXA6 (ENSOARG00020014885) CCDC69 (ENSOARG00020015595) SLC36A2 (ENSOARG00020015753) SLC36A1 (ENSOARG00020016094) FAT2 (ENSOARG00020016340) SPARC (ENSOARG00020017166) ATOX1 (ENSOARG00020017245) ENSOARG00020017316 GLRA1 (ENSOARG00020017407) ENSOARG00020017487 NMUR2 (ENSOARG00020017502) ENSOARG00020017549 ENSOARG00020017570 ##22 GRIA1 (ENSOARG00020017612) FAM114A2 (ENSOARG00020018007) MFAP3 (ENSOARG00020018373) GALNT10 (ENSOARG00020018437) SAP30L (ENSOARG00020019252) HAND1 (ENSOARG00020019349) LARP1 (ENSOARG00020019445) ENSOARG00020019710 CNOT8 (ENSOARG00020019840) GEMIN5 (ENSOARG00020020038) MRPL22 (ENSOARG00020020694) SGCD (ENSOARG00020020956) ENSOARG00020021010 ENSOARG00020021113 HAVCR2 (ENSOARG00020021141) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 6 ENSOARG00020007716 ENSOARG00020007733 ENSOARG00020007755 ENSOARG00020007780 ##22 ENSOARG00020007797 CALCB (ENSOARG00020007826) ENSOARG00020007898 CYP2R1 (ENSOARG00020008229) PDE3B (ENSOARG00020008382) PSMA1 (ENSOARG00020009114) COPB1 (ENSOARG00020009319) RRAS2 (ENSOARG00020009434) SPON1 (ENSOARG00020009467) FAR1 (ENSOARG00020009547) PTH (ENSOARG00020009626) ENSOARG00020009652 ##22 BTBD10 (ENSOARG00020009686) arntl (ENSOARG00020009923) RASSF10 (ENSOARG00020010999) TEAD1 (ENSOARG00020011068) PARVA (ENSOARG00020011875) MICAL2 (ENSOARG00020011978) DKK3 (ENSOARG00020012153) USP47 (ENSOARG00020012457) GALNT18 (ENSOARG00020013870) ZBED5 (ENSOARG00020014031) EIF4G2 (ENSOARG00020014062) CTR9 (ENSOARG00020014257) IRAG1 (ENSOARG00020014539) ENSOARG00020016111 RNF141 (ENSOARG00020016151) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 1620 GPM6B (ENSDNOG00000045860) ENSDNOG00000042584 ENSDNOG00000034139 ENSDNOG00000017066 RAB9A (ENSDNOG00000025749) ENSDNOG00000042375 TCEANC (ENSDNOG00000017064) EGFL6 (ENSDNOG00000016651) ENSDNOG00000010358 TLR8 (ENSDNOG00000036980) TLR7 (ENSDNOG00000034029) PRPS2 (ENSDNOG00000039288) FRMPD4 (ENSDNOG00000040542) ENSDNOG00000032796 ##22 MSL3 (ENSDNOG00000041161) ENSDNOG00000036223 AMELX (ENSDNOG00000031324) ARHGAP6 (ENSDNOG00000003142) HCCS (ENSDNOG00000003002) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 758 Klhl4 (ENSMAUG00000014371) ENSMAUG00000016494 ##22 Dach2 (ENSMAUG00000010782) Chm (ENSMAUG00000017065) ENSMAUG00000016526 Pof1b (ENSMAUG00000012853) Zfp711 (ENSMAUG00000012277) 2010106E10Rik (ENSMAUG00000012995) Satl1 (ENSMAUG00000016111) Apool (ENSMAUG00000014048) 4933403O08Rik (ENSMAUG00000009376) ENSMAUG00000016626 Tex16 (ENSMAUG00000006556) ENSMAUG00000018096 Hdx (ENSMAUG00000000922) Rps6ka6 (ENSMAUG00000001357) ENSMAUG00000007023 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 103 GPR151 (ENSSBOG00000018415) TCERG1 (ENSSBOG00000023707) POU4F3 (ENSSBOG00000030801) RBM27 (ENSSBOG00000034172) LARS1 (ENSSBOG00000026661) ENSSBOG00000027145 ENSSBOG00000035124 TGFBI (ENSSBOG00000033447) SMAD5 (ENSSBOG00000025913) SMIM32 (ENSSBOG00000017136) TRPC7 (ENSSBOG00000008290) SPOCK1 (ENSSBOG00000020569) ENSSBOG00000034420 KLHL3 (ENSSBOG00000020692) ENSSBOG00000034299 ENSSBOG00000019777 ##22 ENSSBOG00000027108 MYOT (ENSSBOG00000020860) PKD2L2 (ENSSBOG00000019985) FAM13B (ENSSBOG00000027231) WNT8A (ENSSBOG00000020138) NME5 (ENSSBOG00000028611) BRD8 (ENSSBOG00000030855) KIF20A (ENSSBOG00000022753) CDC23 (ENSSBOG00000001815) GFRA3 (ENSSBOG00000018545) CDC25C (ENSSBOG00000013303) FAM53C (ENSSBOG00000035207) KDM3B (ENSSBOG00000024332) REEP2 (ENSSBOG00000034757) EGR1 (ENSSBOG00000033520) Capuchin MODERN SPECIES 26 ENSCCAG00000030830 TMEM60 (ENSCCAG00000019468) PHTF2 (ENSCCAG00000021004) MAGI2 (ENSCCAG00000020634) GNAI1 (ENSCCAG00000031786) GNAT3 (ENSCCAG00000029068) CD36 (ENSCCAG00000032826) SEMA3C (ENSCCAG00000023014) HGF (ENSCCAG00000035279) CACNA2D1 (ENSCCAG00000031261) ENSCCAG00000035531 PCLO (ENSCCAG00000035496) ENSCCAG00000036742 SEMA3E (ENSCCAG00000028569) SEMA3A (ENSCCAG00000032683) ENSCCAG00000020468 ##22 ENSCCAG00000004235 SEMA3D (ENSCCAG00000031171) ENSCCAG00000032551 GRM3 (ENSCCAG00000037641) ELAPOR2 (ENSCCAG00000029424) DMTF1 (ENSCCAG00000030321) TMEM243 (ENSCCAG00000024863) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01100000263563.c.b ENSGT00390000015965 ENSGT00390000008128.c.a.b.a ENSGT00390000000214.a.b ENSGT00390000013931.a.b.b.`b.b ENSGT00940000157221 ENSGT01030000234945 ENSGT00910000147204 ENSGT00910000147191 ENSGT00860000135660 ENSGT00940000164947 ENSGT00390000014092.k.a ENSGT00940000160197 ENSGT00940000153404.b ENSGT00940000170408 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000153648.b ENSGT00390000013778 ENSGT00940000159709 ENSGT00940000156247 ENSGT00940000157949 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00910000147773 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157456 ENSGT00940000163662 ENSGT00940000162884 ENSGT00940000162201 ENSGT00390000010054.b ENSGT00390000017929 ENSGT00940000155358 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01100000263563.c.b ENSGT00390000015965 ENSGT00390000008128.c.a.b.a ENSGT00390000000214.a.b ENSGT00390000013931.a.b.b.`b.b ENSGT00940000157221 ENSGT01030000234945 ENSGT00910000147204 ENSGT00910000147191 ENSGT00860000135660 ENSGT00940000164947 ENSGT00390000014092.k.a ENSGT00940000160197 ENSGT00940000153404.b ENSGT00940000170408 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000153648.b ENSGT00390000013778 ENSGT00940000159709 ENSGT00940000156247 ENSGT00940000157949 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00910000147773 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157456 ENSGT00940000163662 ENSGT00940000162884 ENSGT00940000162201 ENSGT00390000010054.b ENSGT00390000017929 ENSGT00940000155358 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000164947 ENSGT00390000014092.k.a ENSGT00940000160197 ENSGT00940000153404.b ENSGT00940000170408 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000153648.b ENSGT00390000013778 ENSGT00940000159709 ENSGT00940000156247 ENSGT00940000157949 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00910000147773 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157456 ENSGT00940000163662 ENSGT00940000162884 ENSGT00390000010054.b ENSGT00390000017929 ENSGT00940000155358 ENSGT00590000083165 Sooty mangabey MODERN SPECIES 639 ENSCATG00000032648 ENSCATG00000005168 ARAP2 (ENSCATG00000039514) DTHD1 (ENSCATG00000034075) ENSCATG00000040284 ##22 NWD2 (ENSCATG00000017135) C4orf19 (ENSCATG00000032745) RELL1 (ENSCATG00000043220) PGM2 (ENSCATG00000031967) PTTG2 (ENSCATG00000040651) ENSCATG00000037748 TBC1D1 (ENSCATG00000008268) ENSCATG00000006552 KLF3 (ENSCATG00000013375) TLR10 (ENSCATG00000020190) TLR1 (ENSCATG00000018736) FAM114A1 (ENSCATG00000045008) TMEM156 (ENSCATG00000034175) KLHL5 (ENSCATG00000031256) WDR19 (ENSCATG00000038619) Macaca ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000014814.a.b.a.b.b ENSGT00390000005197.a ENSGT01100000263563.c.b ENSGT00390000015965 ENSGT00390000008128.c.a.b.a ENSGT00390000000214.a.b ENSGT00390000013931.a.b.b.`b.b ENSGT01030000234945 ENSGT00940000157221 ENSGT00910000147204 ENSGT00910000147191 ENSGT00940000164947 ENSGT00390000014092.k.a ENSGT00940000160197 ENSGT00940000153404.b ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000153648.b ENSGT00390000013778 ENSGT00940000159709 ENSGT00940000156247 ENSGT00940000157949 ENSGT00940000157456.a ENSGT00940000163662 ENSGT00940000162884 ENSGT00940000162201 ENSGT00390000010054.b ENSGT00390000017929 ENSGT00940000155358 ENSGT00590000083165 ENSGT00730000111066 ENSGT00940000157489 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 141 RBPJ (ENSMNEG00000037915) CCKAR (ENSMNEG00000038424) TBC1D19 (ENSMNEG00000031445) ENSMNEG00000032694 STIM2 (ENSMNEG00000032563) ENSMNEG00000029234 ENSMNEG00000038617 ENSMNEG00000034187 PCDH7 (ENSMNEG00000044686) ENSMNEG00000008266 ENSMNEG00000010411 ENSMNEG00000034911 ENSMNEG00000019076 ARAP2 (ENSMNEG00000033019) DTHD1 (ENSMNEG00000045184) ENSMNEG00000043393 ##22 NWD2 (ENSMNEG00000038103) C4orf19 (ENSMNEG00000032287) RELL1 (ENSMNEG00000030854) PGM2 (ENSMNEG00000014173) PTTG2 (ENSMNEG00000042141) TBC1D1 (ENSMNEG00000039653) TLR10 (ENSMNEG00000015099) TLR1 (ENSMNEG00000004407) FAM114A1 (ENSMNEG00000044049) TMEM156 (ENSMNEG00000027960) KLHL5 (ENSMNEG00000044719) WDR19 (ENSMNEG00000043290) RFC1 (ENSMNEG00000032597) KLB (ENSMNEG00000039728) ENSMNEG00000005467 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.o #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT01020000230346.E.s.b.b ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.b #22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01100000264016 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.t.a ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b.a.a.a #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 155 DCC (ENSMNEG00000044541) #7 MEX3C (ENSMNEG00000037450) #8 SMAD4 (ENSMNEG00000030827) #9 ELAC1 (ENSMNEG00000034310) #10 ME2 (ENSMNEG00000034912) #11 MRO (ENSMNEG00000033026) #12 ENSMNEG00000000269 MAPK4 (ENSMNEG00000038618) #13 SKA1 (ENSMNEG00000029687) #14 CXXC1 (ENSMNEG00000028715) #15 MBD1 (ENSMNEG00000038822) #16 CFAP53 (ENSMNEG00000015915) #17 MYO5B (ENSMNEG00000033529) #18 ACAA2 (ENSMNEG00000037789) #19 LIPG (ENSMNEG00000043610) #21 ENSMNEG00000035945 ##22 C18orf32 (ENSMNEG00000037414) #23 DYM (ENSMNEG00000030545) #24 SMAD7 (ENSMNEG00000039694) #26 CTIF (ENSMNEG00000039395) #27 ENSMNEG00000045230 ENSMNEG00000034460 ZBTB7C (ENSMNEG00000031886) #28 SMAD2 (ENSMNEG00000037330) #29 ENSMNEG00000038031 IER3IP1 (ENSMNEG00000030543) #30 ENSMNEG00000038574 #31 KATNAL2 (ENSMNEG00000029817) #32 ENSMNEG00000040070 #33 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 583 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D.m #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.b.a.a.e.b.b.b ##22 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 923 MYO5B (ENSRBIG00000038069) #18 ENSRBIG00000039813 #19 LIPG (ENSRBIG00000030348) #21 ENSRBIG00000041788 ##22 C18orf32 (ENSRBIG00000031626) #23 DYM (ENSRBIG00000033553) #24 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1676 PACC1 (ENSRROG00000033809) PPP2R5A (ENSRROG00000025443) DTL (ENSRROG00000029896) INTS7 (ENSRROG00000039254) LPGAT1 (ENSRROG00000036627) ENSRROG00000023261 ##22 NEK2 (ENSRROG00000030544) SLC30A1 (ENSRROG00000045714) RD3 (ENSRROG00000041409) ENSRROG00000033555 ENSRROG00000000056 TRAF5 (ENSRROG00000035255) RCOR3 (ENSRROG00000040449) KCNH1 (ENSRROG00000012202) ENSRROG00000043551 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 22 PTCH2 (ENSCHIG00000017723) EIF2B3 (ENSCHIG00000015663) HECTD3 (ENSCHIG00000025462) UROD (ENSCHIG00000026792) ZSWIM5 (ENSCHIG00000026563) ENSCHIG00000023611 HPDL (ENSCHIG00000010279) MUTYH (ENSCHIG00000011167) TOE1 (ENSCHIG00000026678) TESK2 (ENSCHIG00000024948) ENSCHIG00000006507 ENSCHIG00000009639 ENSCHIG00000023686 MMACHC (ENSCHIG00000026675) ENSCHIG00000009892 ENSCHIG00000016357 ##22 ENSCHIG00000006672 TMSB4X (ENSCHIG00000012574) AKR1A1 (ENSCHIG00000005900) NASP (ENSCHIG00000014381) ENSCHIG00000016081 ENSCHIG00000022480 ENSCHIG00000003469 TMEM69 (ENSCHIG00000022471) IPP (ENSCHIG00000023256) MAST2 (ENSCHIG00000022319) PIK3R3 (ENSCHIG00000015779) P3R3URF (ENSCHIG00000014270) TSPAN1 (ENSCHIG00000018316) POMGNT1 (ENSCHIG00000014882) LURAP1 (ENSCHIG00000013931) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1116 ENSBMUG00000012415 ##22 ENSBMUG00000012331 CMTM8 (ENSBMUG00000012300) CMTM7 (ENSBMUG00000012264) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000006705 ENSGT00940000160383 ENSGT00940000155759 ENSGT00490000043417 ENSGT00390000001170 ENSGT00940000153470.a.a.a.a ENSGT00390000011085.sb.a.a.a ENSGT00940000164579.f ENSGT00530000063607.b ENSGT00390000002215 ENSGT01100000263518.A.a.b ENSGT00390000007776.d ENSGT00390000005949 ENSGT00940000155065.mb ENSGT00940000154657.D ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00680000100037 ENSGT01010000229817 ENSGT00390000011294 ENSGT00580000081600.c.b ENSGT00940000160811 ENSGT00950000183074.C ENSGT00940000156913.b ENSGT00390000008042.A.b ENSGT00390000015352 ENSGT00940000154846.b.x ENSGT00940000159158 ENSGT00940000154817.b.b.b ENSGT00390000011515 ENSGT00940000153568.B ENSGT00940000157629.e.b Narwhal MODERN SPECIES 302 RAB3GAP1 (ENSMMNG00015006395) CCNT2 (ENSMMNG00015006480) ACMSD (ENSMMNG00015006514) TMEM163 (ENSMMNG00015006547) MGAT5 (ENSMMNG00015006577) ENSMMNG00015006617 ENSMMNG00015006627 ENSMMNG00015006640 NCKAP5 (ENSMMNG00015006713) ENSMMNG00015006851 LYPD1 (ENSMMNG00015006865) GPR39 (ENSMMNG00015006884) SLC35F5 (ENSMMNG00015006913) ACTR3 (ENSMMNG00015006959) DPP10 (ENSMMNG00015007053) ENSMMNG00015007279 ##22 DDX18 (ENSMMNG00015007294) ENSMMNG00015007310 CCDC93 (ENSMMNG00015007324) INSIG2 (ENSMMNG00015007370) EN1 (ENSMMNG00015007385) MARCO (ENSMMNG00015007408) C1QL2 (ENSMMNG00015007435) STEAP3 (ENSMMNG00015007462) C2orf76 (ENSMMNG00015007492) DBI (ENSMMNG00015007543) TFCP2L1 (ENSMMNG00015007621) CLASP1 (ENSMMNG00015007757) NIFK (ENSMMNG00015007818) TSN (ENSMMNG00015007849) TIPRL (ENSMMNG00015007877) Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 18 U2SURP (ENSDLEG00000003020) PAQR9 (ENSDLEG00000003008) PCOLCE2 (ENSDLEG00000002981) TRPC1 (ENSDLEG00000002901) PLS1 (ENSDLEG00000002877) ENSDLEG00000002868 ATR (ENSDLEG00000002842) XRN1 (ENSDLEG00000002314) GK5 (ENSDLEG00000002054) ENSDLEG00000002016 TFDP2 (ENSDLEG00000001700) ENSDLEG00000001620 ATP1B3 (ENSDLEG00000001587) GRK7 (ENSDLEG00000001565) RNF7 (ENSDLEG00000001551) ENSDLEG00000001540 ##22 RASA2 (ENSDLEG00000001473) ZBTB38 (ENSDLEG00000001456) PXYLP1 (ENSDLEG00000001445) SPSB4 (ENSDLEG00000001437) SLC25A36 (ENSDLEG00000001393) TRIM42 (ENSDLEG00000001364) CLSTN2 (ENSDLEG00000001185) ENSDLEG00000001151 NMNAT3 (ENSDLEG00000001136) RBP1 (ENSDLEG00000001122) RBP2 (ENSDLEG00000001101) COPB2 (ENSDLEG00000001067) MRPS22 (ENSDLEG00000001044) ENSDLEG00000001031 ENSDLEG00000001020 Beluga whale MODERN SPECIES 5 ENSDLEG00000016891 ENSDLEG00000016879 ENSDLEG00000016860 ENSDLEG00000016849 ENSDLEG00000016835 NCKAP5 (ENSDLEG00000016766) ENSDLEG00000016753 ENSDLEG00000016742 GPR39 (ENSDLEG00000016739) ENSDLEG00000016727 SLC35F5 (ENSDLEG00000016710) ACTR3 (ENSDLEG00000016689) DPP10 (ENSDLEG00000016504) ENSDLEG00000016473 ##22 DDX18 (ENSDLEG00000016447) CCDC93 (ENSDLEG00000016397) INSIG2 (ENSDLEG00000016370) EN1 (ENSDLEG00000016364) MARCO (ENSDLEG00000016344) C1QL2 (ENSDLEG00000016331) STEAP3 (ENSDLEG00000016318) C2orf76 (ENSDLEG00000016309) DBI (ENSDLEG00000016300) ENSDLEG00000016288 TFCP2L1 (ENSDLEG00000016257) CLASP1 (ENSDLEG00000015964) NIFK (ENSDLEG00000015915) TSN (ENSDLEG00000015902) ENSDLEG00000015893 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000015984 ENSGT00940000158117 ENSGT00940000159194 ENSGT00390000002661.b ENSGT00390000011922.f ENSGT01020000230401.a.a.a.i.b.g ENSGT00530000063880.b ENSGT01100000263484.B.b.b ENSGT00390000007776 ENSGT00390000011748.j.b ENSGT00940000157594 ENSGT00390000004040 ENSGT00520000055634.a ENSGT00940000155935.h ENSGT00940000159740 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155549.b ENSGT00950000183087.B ENSGT00940000157893 ENSGT00910000144211.n.b.c ENSGT00730000111042 ENSGT00940000153117.A ENSGT00940000154655.a ENSGT00940000160706 ENSGT00390000010887.a ENSGT00940000155321 ENSGT00910000148652 ENSGT00390000008161.a.b ENSGT00940000155167.b.b ENSGT00940000159374 ENSGT00940000159514 Dingo MODERN SPECIES 88 ANGPT1 (ENSCAFG00020003297) RSPO2 (ENSCAFG00020003341) EIF3E (ENSCAFG00020003350) ENSCAFG00020003360 ENSCAFG00020003374 TMEM74 (ENSCAFG00020003393) TRHR (ENSCAFG00020003402) NUDCD1 (ENSCAFG00020003417) ENY2 (ENSCAFG00020003420) PKHD1L1 (ENSCAFG00020003456) EBAG9 (ENSCAFG00020003724) SYBU (ENSCAFG00020003730) ENSCAFG00020003744 KCNV1 (ENSCAFG00020003748) ENSCAFG00020003768 ENSCAFG00020003786 ##22 CSMD3 (ENSCAFG00020003854) ENSCAFG00020004032 ENSCAFG00020004048 ENSCAFG00020004080 TRPS1 (ENSCAFG00020004107) ENSCAFG00020004144 EIF3H (ENSCAFG00020004169) UTP23 (ENSCAFG00020004174) RAD21 (ENSCAFG00020004189) SLC30A8 (ENSCAFG00020004204) MED30 (ENSCAFG00020004225) EXT1 (ENSCAFG00020004235) ENSCAFG00020004283 SAMD12 (ENSCAFG00020004321) TNFRSF11B (ENSCAFG00020004337) Dog MODERN SPECIES 4 RSPO2 (ENSCAFG00845010981) EIF3E (ENSCAFG00845011027) EMC2 (ENSCAFG00845011107) ENSCAFG00845011139 TMEM74 (ENSCAFG00845011167) TRHR (ENSCAFG00845011196) NUDCD1 (ENSCAFG00845011288) ENY2 (ENSCAFG00845011444) PKHD1L1 (ENSCAFG00845011869) EBAG9 (ENSCAFG00845013428) SYBU (ENSCAFG00845013598) ENSCAFG00845013714 KCNV1 (ENSCAFG00845013731) ENSCAFG00845013759 ENSCAFG00845013779 ENSCAFG00845013806 ##22 CSMD3 (ENSCAFG00845013880) ENSCAFG00845014042 TRPS1 (ENSCAFG00845014104) ENSCAFG00845014166 ENSCAFG00845014182 ENSCAFG00845014190 EIF3H (ENSCAFG00845014234) UTP23 (ENSCAFG00845014281) RAD21 (ENSCAFG00845014331) ENSCAFG00845014379 SLC30A8 (ENSCAFG00845014466) MED30 (ENSCAFG00845014503) EXT1 (ENSCAFG00845014539) SAMD12 (ENSCAFG00845014607) TNFRSF11B (ENSCAFG00845005623) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES LAS1L (ENSRFEG00010000497) ENSRFEG00010000464 ZC3H12B (ENSRFEG00010000441) ZC4H2 (ENSRFEG00010000420) ENSRFEG00010000382 ENSRFEG00010000366 MTMR8 (ENSRFEG00010000342) AMER1 (ENSRFEG00010000332) ENSRFEG00010000325 ARHGEF9 (ENSRFEG00010000258) ENSRFEG00010000214 SPIN4 (ENSRFEG00010000198) ENSRFEG00010000193 FGF16 (ENSRFEG00010000182) ATRX (ENSRFEG00010000118) ENSRFEG00010000095 ##22 ENSRFEG00010005487 MAGT1 (ENSRFEG00010005458) ENSRFEG00010005435 ATP7A (ENSRFEG00010005348) ENSRFEG00010005309 ENSRFEG00010005300 ENSRFEG00010005289 TAF9B (ENSRFEG00010005277) ENSRFEG00010005274 ENSRFEG00010005262 ENSRFEG00010005245 CYSLTR1 (ENSRFEG00010005241) ENSRFEG00010005233 RTL3 (ENSRFEG00010005225) LPAR4 (ENSRFEG00010005218) Microbat MODERN SPECIES 1365 KIF2B (ENSMLUG00000025002) ENSMLUG00000029253 ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Gorilla MODERN SPECIES 3 TBC1D15 (ENSGGOG00000013907) RAB21 (ENSGGOG00000015218) TMEM19 (ENSGGOG00000026275) THAP2 (ENSGGOG00000036967) ZFC3H1 (ENSGGOG00000025994) ENSGGOG00000002897 TSPAN8 (ENSGGOG00000016774) ENSGGOG00000022233 PTPRR (ENSGGOG00000014234) PTPRB (ENSGGOG00000006298) KCNMB4 (ENSGGOG00000012735) ENSGGOG00000023163 CNOT2 (ENSGGOG00000027402) MYRFL (ENSGGOG00000014863) RPL17 (ENSGGOG00000040412) #22 ENSGGOG00000044075 ##22 RAB3IP (ENSGGOG00000008395) BEST3 (ENSGGOG00000009266) LRRC10 (ENSGGOG00000026155) CCT2 (ENSGGOG00000006241) FRS2 (ENSGGOG00000005279) ENSGGOG00000023917 YEATS4 (ENSGGOG00000027391) LYZ (ENSGGOG00000011117) CPSF6 (ENSGGOG00000008211) CPM (ENSGGOG00000001238) MDM2 (ENSGGOG00000012907) ENSGGOG00000041194 ENSGGOG00000028239 SLC35E3 (ENSGGOG00000012605) NUP107 (ENSGGOG00000012583) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 190 MEX3C (ENSCATG00000031557) #8 SMAD4 (ENSCATG00000041132) #9 ELAC1 (ENSCATG00000036385) #10 ME2 (ENSCATG00000034688) #11 MRO (ENSCATG00000041212) #12 MAPK4 (ENSCATG00000016401) #13 ENSCATG00000017689 ENSCATG00000033940 SKA1 (ENSCATG00000039979) #14 CXXC1 (ENSCATG00000035708) #15 MBD1 (ENSCATG00000029959) #16 CFAP53 (ENSCATG00000026928) #17 MYO5B (ENSCATG00000038137) #18 ACAA2 (ENSCATG00000031450) #19 LIPG (ENSCATG00000033603) #21 ENSCATG00000043658 ##22 ENSCATG00000037257 #23 ENSCATG00000018328 DYM (ENSCATG00000031272) #24 ENSCATG00000037245 SMAD7 (ENSCATG00000037681) #26 CTIF (ENSCATG00000038134) #27 ENSCATG00000045052 ENSCATG00000005038 ZBTB7C (ENSCATG00000044413) #28 SMAD2 (ENSCATG00000003842) #29 SKOR2 (ENSCATG00000035815) IER3IP1 (ENSCATG00000035811) #30 HDHD2 (ENSCATG00000035277) #31 KATNAL2 (ENSCATG00000037094) #32 ELOA2 (ENSCATG00000032113) #33 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Marmoset MODERN SPECIES 4 SMAD4 (ENSCJAG00000001910) #9 ELAC1 (ENSCJAG00000001925) #10 MRO (ENSCJAG00000041277) #12 ME2 (ENSCJAG00000001929) #11 MAPK4 (ENSCJAG00000001974) #13 ENSCJAG00000086150 SKA1 (ENSCJAG00000084830) #14 ENSCJAG00000005044 #15 MBD1 (ENSCJAG00000004959) #16 CFAP53 (ENSCJAG00000004928) #17 MYO5B (ENSCJAG00000004857) #18 ACAA2 (ENSCJAG00000004820) #19 ENSCJAG00000073947 ENSCJAG00000078071 LIPG (ENSCJAG00000004803) #21 ENSCJAG00000004779 ##22 ENSCJAG00000076436 #23 DYM (ENSCJAG00000004754) #24 ENSCJAG00000060917 ENSCJAG00000067581 SMAD7 (ENSCJAG00000039611) #26 CTIF (ENSCJAG00000004729) #27 ZBTB7C (ENSCJAG00000004704) #28 ENSCJAG00000081448 SMAD2 (ENSCJAG00000004630) #29 ENSCJAG00000071063 SKOR2 (ENSCJAG00000048253) IER3IP1 (ENSCJAG00000072341) #30 HDHD2 (ENSCJAG00000004578) #31 ENSCJAG00000060346 KATNAL2 (ENSCJAG00000008107) #32 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT01090000260040.a.a.a ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741.m #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000153201.j.n ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Tiger MODERN SPECIES 143 DCC (ENSPTIG00000013104) #7 ENSPTIG00000021315 MEX3C (ENSPTIG00000004865) #8 SMAD4 (ENSPTIG00000005616) #9 ELAC1 (ENSPTIG00000006619) #10 ME2 (ENSPTIG00000007762) #11 MRO (ENSPTIG00000013632) #12 ENSPTIG00000015504 #13 SKA1 (ENSPTIG00000015731) #14 CXXC1 (ENSPTIG00000017258) #15 MBD1 (ENSPTIG00000021231) #16 CFAP53 (ENSPTIG00000018895) #17 MYO5B (ENSPTIG00000019987) #18 ACAA2 (ENSPTIG00000021827) #19 LIPG (ENSPTIG00000000449) #21 ENSPTIG00000007691 ##22 C18orf32 (ENSPTIG00000009698) #23 DYM (ENSPTIG00000011072) #24 ENSPTIG00000012715 ENSPTIG00000013182 #26 CTIF (ENSPTIG00000013761) #27 ENSPTIG00000014786 SMAD2 (ENSPTIG00000015931) #29 ENSPTIG00000019038 IER3IP1 (ENSPTIG00000019219) #30 HDHD2 (ENSPTIG00000019534) #31 KATNAL2 (ENSPTIG00000019828) #32 PIAS2 (ENSPTIG00000020076) #34 ST8SIA5 (ENSPTIG00000021493) LOXHD1 (ENSPTIG00000003929) #35 ENSPTIG00000018660 #36 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741.m #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000153201.j.n ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 leopard MODERN SPECIES 43 ENSPPRG00000015809 ENSPPRG00000013111 MEX3C (ENSPPRG00000012151) #8 SMAD4 (ENSPPRG00000010397) #9 ELAC1 (ENSPPRG00000009439) #10 ME2 (ENSPPRG00000008913) #11 MRO (ENSPPRG00000004466) #12 MAPK4 (ENSPPRG00000003118) #13 SKA1 (ENSPPRG00000002324) #14 CXXC1 (ENSPPRG00000001170) #15 MBD1 (ENSPPRG00000021387) #16 CFAP53 (ENSPPRG00000012971) #17 MYO5B (ENSPPRG00000012444) #18 ACAA2 (ENSPPRG00000009885) #19 LIPG (ENSPPRG00000009382) #21 ENSPPRG00000006166 ##22 ENSPPRG00000004942 #23 DYM (ENSPPRG00000004872) #24 ENSPPRG00000003458 SMAD7 (ENSPPRG00000002686) #26 CTIF (ENSPPRG00000002265) #27 ZBTB7C (ENSPPRG00000001432) #28 SMAD2 (ENSPPRG00000000616) #29 ENSPPRG00000000048 IER3IP1 (ENSPPRG00000022716) #30 HDHD2 (ENSPPRG00000022964) #31 KATNAL2 (ENSPPRG00000023079) #32 PIAS2 (ENSPPRG00000023399) #34 ST8SIA5 (ENSPPRG00000018954) LOXHD1 (ENSPPRG00000016773) #35 RNF165 (ENSPPRG00000006559) #36 lion MODERN SPECIES 12 ENSPLOG00000012308 ENSPLOG00000012345 MEX3C (ENSPLOG00000012379) #8 SMAD4 (ENSPLOG00000012428) #9 ELAC1 (ENSPLOG00000012525) #10 ME2 (ENSPLOG00000012643) #11 MRO (ENSPLOG00000012819) #12 ENSPLOG00000012947 #13 SKA1 (ENSPLOG00000013016) #14 CXXC1 (ENSPLOG00000013121) #15 MBD1 (ENSPLOG00000013232) #16 CFAP53 (ENSPLOG00000013386) #17 MYO5B (ENSPLOG00000013501) #18 ACAA2 (ENSPLOG00000013846) #19 LIPG (ENSPLOG00000014024) #21 ENSPLOG00000014279 ##22 ENSPLOG00000014438 #23 DYM (ENSPLOG00000014488) #24 ENSPLOG00000014599 SMAD7 (ENSPLOG00000014649) #26 CTIF (ENSPLOG00000014765) #27 ZBTB7C (ENSPLOG00000014833) #28 SMAD2 (ENSPLOG00000014910) #29 SKOR2 (ENSPLOG00000015171) IER3IP1 (ENSPLOG00000015259) #30 HDHD2 (ENSPLOG00000015310) #31 KATNAL2 (ENSPLOG00000015369) #32 PIAS2 (ENSPLOG00000015647) #34 ST8SIA5 (ENSPLOG00000015755) LOXHD1 (ENSPLOG00000016139) #35 RNF165 (ENSPLOG00000017833) #36 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1276 Rpl17 (ENSAMEG00000031030) ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 #36 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 #36 Elephant MODERN SPECIES 375 DCC (ENSLAFG00000001980) #7 MEX3C (ENSLAFG00000027818) #8 SMAD4 (ENSLAFG00000012595) #9 ELAC1 (ENSLAFG00000001538) #10 ME2 (ENSLAFG00000001536) #11 MRO (ENSLAFG00000013029) #12 MAPK4 (ENSLAFG00000013022) #13 ENSLAFG00000026060 SKA1 (ENSLAFG00000005238) #14 CXXC1 (ENSLAFG00000030706) #15 MBD1 (ENSLAFG00000031328) #16 ENSLAFG00000015611 MYO5B (ENSLAFG00000015591) #18 ACAA2 (ENSLAFG00000022796) #19 LIPG (ENSLAFG00000003595) #21 RPL17 (ENSLAFG00000005569) ##22 C18orf32 (ENSLAFG00000021351) #23 DYM (ENSLAFG00000017747) #24 SMAD7 (ENSLAFG00000008013) #26 CTIF (ENSLAFG00000016335) #27 ZBTB7C (ENSLAFG00000003436) #28 SMAD2 (ENSLAFG00000000143) #29 SKOR2 (ENSLAFG00000020778) HDHD2 (ENSLAFG00000004419) #31 KATNAL2 (ENSLAFG00000004417) #32 PIAS2 (ENSLAFG00000018135) #34 ST8SIA5 (ENSLAFG00000010716) LOXHD1 (ENSLAFG00000008500) #35 ENSLAFG00000030824 ENSLAFG00000008497 #36 C18orf25 (ENSLAFG00000013703) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Tenrec MODERN SPECIES 18818 ENSETEG00000017056 ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 3937 NDST3 (ENSDNOG00000005700) PRSS12 (ENSDNOG00000019225) METTL14 (ENSDNOG00000002149) SEC24D (ENSDNOG00000008271) SYNPO2 (ENSDNOG00000041225) MYOZ2 (ENSDNOG00000048160) USP53 (ENSDNOG00000003596) FABP2 (ENSDNOG00000036022) PDE5A (ENSDNOG00000010114) ENSDNOG00000031112 ENSDNOG00000039792 MAD2L1 (ENSDNOG00000013456) ENSDNOG00000045818 ##22 PRDM5 (ENSDNOG00000002009) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES LRRC53 (ENSPTRG00000000862) ERICH3 (ENSPTRG00000000863) CRYZ (ENSPTRG00000000865) TYW3 (ENSPTRG00000000867) LHX8 (ENSPTRG00000000868) SLC44A5 (ENSPTRG00000000869) ACADM (ENSPTRG00000000871) ENSPTRG00000040641 RABGGTB (ENSPTRG00000032439) MSH4 (ENSPTRG00000000873) ASB17 (ENSPTRG00000000874) ST6GALNAC3 (ENSPTRG00000000875) ENSPTRG00000041210 ST6GALNAC5 (ENSPTRG00000000877) PIGK (ENSPTRG00000000878) ENSPTRG00000050410 ##22 AK5 (ENSPTRG00000000880) ZZZ3 (ENSPTRG00000000881) USP33 (ENSPTRG00000000882) MIGA1 (ENSPTRG00000000884) ENSPTRG00000045301 NEXN (ENSPTRG00000000886) FUBP1 (ENSPTRG00000000888) DNAJB4 (ENSPTRG00000000889) GIPC2 (ENSPTRG00000051570) PTGFR (ENSPTRG00000000891) IFI44L (ENSPTRG00000000892) IFI44 (ENSPTRG00000000893) ENSPTRG00000052741 ADGRL4 (ENSPTRG00000000894) ENSPTRG00000039978 Gibbon MODERN SPECIES 18 RFX6 (ENSNLEG00000013258) VGLL2 (ENSNLEG00000013293) ROS1 (ENSNLEG00000013311) DCBLD1 (ENSNLEG00000013410) GOPC (ENSNLEG00000013426) NUS1 (ENSNLEG00000029327) SLC35F1 (ENSNLEG00000013471) ENSNLEG00000028147 CEP85L (ENSNLEG00000013486) PLN (ENSNLEG00000029331) ASF1A (ENSNLEG00000013535) ENSNLEG00000013543 ENSNLEG00000036236 FAM184A (ENSNLEG00000013554) MAN1A1 (ENSNLEG00000013642) ENSNLEG00000029620 ##22 TBC1D32 (ENSNLEG00000013663) ENSNLEG00000029174 HSF2 (ENSNLEG00000013721) SERINC1 (ENSNLEG00000013791) PKIB (ENSNLEG00000013817) ENSNLEG00000013832 SMPDL3A (ENSNLEG00000013840) ENSNLEG00000019149 ENSNLEG00000013862 CLVS2 (ENSNLEG00000013863) TRDN (ENSNLEG00000013875) NKAIN2 (ENSNLEG00000035566) RNF217 (ENSNLEG00000013922) TPD52L1 (ENSNLEG00000013932) HDDC2 (ENSNLEG00000013960) Cercopithecidae DUPLICATION Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a ##22 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163264.A.a ENSGT00940000161868 ENSGT00940000161976 ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.b.a ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.b.b ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.a ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.b ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.a.a ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.a.b ENSGT00950000182943.kb.b.b.b ENSGT00950000182943.jb ENSGT00390000013353 ENSGT00530000063691.a ENSGT00940000162631 ENSGT00390000014879.c.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00390000007919 ENSGT00950000183132.B ENSGT00940000161907 ENSGT01030000234543.E ENSGT00940000157396 ENSGT00940000161918 ENSGT00830000128368.a ENSGT00940000156844.b ENSGT00940000155669 ENSGT00390000005163.ib.b ENSGT00390000016757 ENSGT00940000154173.B ENSGT00940000155039.f ENSGT00390000011729 ENSGT00390000003178 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00910000145352 ENSGT00940000161868 ENSGT00940000161976 ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.b.a ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.b.b ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.a ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.b ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.a.a ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.a.b ENSGT00950000182943.kb.b.b.b ENSGT00950000182943.jb ENSGT00390000013353 ENSGT00530000063691.a ENSGT00940000162631 ENSGT00390000014879.c.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00390000007919 ENSGT00950000183132.B ENSGT00940000161907 ENSGT01030000234543.E ENSGT00940000157396 ENSGT00940000161918 ENSGT00830000128368.a ENSGT00940000156844.b ENSGT00940000155669 ENSGT00390000005163.ib.b ENSGT00390000016757 ENSGT00940000154173.B ENSGT00940000155039.f ENSGT00390000011729 ENSGT00390000003178 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 121 ENSGT00910000145352 ENSGT00940000161868 ENSGT00940000161976 ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.b.a ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.b.b ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.a ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.b ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.a.a ENSGT00950000182943.kb.b.b.a.a.b 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(ENSCATG00000037382) TTL (ENSCATG00000037532) ZC3H6 (ENSCATG00000036595) ZC3H8 (ENSCATG00000031295) FBLN7 (ENSCATG00000028759) TMEM87B (ENSCATG00000030327) MERTK (ENSCATG00000035216) ENSCATG00000030840 ANAPC1 (ENSCATG00000028722) BCL2L11 (ENSCATG00000043052) ACOXL (ENSCATG00000043108) ENSCATG00000032241 ENSCATG00000004527 BUB1 (ENSCATG00000000312) Drill MODERN SPECIES 1558 ENSMLEG00000034379 PSD4 (ENSMLEG00000042825) IL1RN (ENSMLEG00000019913) IL1F10 (ENSMLEG00000038141) IL36RN (ENSMLEG00000037763) IL36B (ENSMLEG00000011517) IL36A (ENSMLEG00000032993) IL36G (ENSMLEG00000037926) IL37 (ENSMLEG00000037668) IL1B (ENSMLEG00000036556) IL1A (ENSMLEG00000031807) CKAP2L (ENSMLEG00000028608) NT5DC4 (ENSMLEG00000029599) SLC20A1 (ENSMLEG00000033623) ENSMLEG00000032222 ##22 CHCHD5 (ENSMLEG00000032703) POLR1B (ENSMLEG00000030588) TTL (ENSMLEG00000037718) Macaca ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000163264.A.a ENSGT00940000161868 ENSGT00940000161976 ENSGT00950000182943.kb.b.a.b.b.a 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ENSGT00530000063691.a ENSGT00940000162631 ENSGT01100000263493.a.a.a.b.b.b.b.a.b.b.a.b.b.b ENSGT00390000014879.c.a ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00390000007919 ENSGT00980000203183 ENSGT00950000183132.B ENSGT01030000234543.E ENSGT00940000157396 ENSGT00940000161918 ENSGT00830000128368.a ENSGT00940000156844.b ENSGT00940000155669 ENSGT00390000016757 ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.b ENSGT00390000003178 ENSGT00940000161693 ENSGT00940000157865 ENSGT00390000007701 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 4 PSD4 (ENSMFAG00000040672) IL1RN (ENSMFAG00000031381) IL1F10 (ENSMFAG00000050256) IL36RN (ENSMFAG00000056041) IL36B (ENSMFAG00000031320) IL36A (ENSMFAG00000031039) IL36G (ENSMFAG00000042196) IL37 (ENSMFAG00000044707) IL1B (ENSMFAG00000043064) IL1A (ENSMFAG00000004069) CKAP2L (ENSMFAG00000028477) ENSMFAG00000056323 NT5DC4 (ENSMFAG00000024760) ENSMFAG00000065424 SLC20A1 (ENSMFAG00000006822) ENSMFAG00000036286 ##22 CHCHD5 (ENSMFAG00000044931) ENSMFAG00000051892 POLR1B (ENSMFAG00000032912) ENSMFAG00000056985 ZC3H6 (ENSMFAG00000036963) ZC3H8 (ENSMFAG00000031522) FBLN7 (ENSMFAG00000015043) TMEM87B (ENSMFAG00000000849) ENSMFAG00000054120 ENSMFAG00000059585 MERTK (ENSMFAG00000032328) ENSMFAG00000008223 ANAPC1 (ENSMFAG00000037630) ENSMFAG00000062246 ENSMFAG00000056725 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a.a.b ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 148 CREB3L2 (ENSCATG00000034474) DGKI (ENSCATG00000032594) PTN (ENSCATG00000000939) CHRM2 (ENSCATG00000023535) ENSCATG00000041456 MTPN (ENSCATG00000031920) FAM180A (ENSCATG00000026812) SLC13A4 (ENSCATG00000042011) STMP1 (ENSCATG00000012047) NUP205 (ENSCATG00000030033) CNOT4 (ENSCATG00000022607) STRA8 (ENSCATG00000032354) WDR91 (ENSCATG00000038018) CYREN (ENSCATG00000034772) ENSCATG00000026597 ENSCATG00000022237 ##22 AGBL3 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ENSGT00940000160003 ENSGT00390000017004.a.a ENSGT00390000008128.d ENSGT00950000183088.a.b.b Sooty mangabey MODERN SPECIES 348 C4orf17 (ENSCATG00000007938) ENSCATG00000031003 MTTP (ENSCATG00000034810) C4orf54 (ENSCATG00000045211) DAPP1 (ENSCATG00000039739) LAMTOR3 (ENSCATG00000037771) DNAJB14 (ENSCATG00000040344) ENSCATG00000034717 ENSCATG00000037554 DDIT4L (ENSCATG00000044014) EMCN (ENSCATG00000036310) PPP3CA (ENSCATG00000012154) BANK1 (ENSCATG00000030015) SLC39A8 (ENSCATG00000039737) NFKB1 (ENSCATG00000044952) ENSCATG00000011413 ##22 MANBA (ENSCATG00000039280) ENSCATG00000036123 ENSCATG00000029256 ENSCATG00000037960 CISD2 (ENSCATG00000040750) SLC9B1 (ENSCATG00000022744) SLC9B2 (ENSCATG00000035468) BDH2 (ENSCATG00000012596) CENPE (ENSCATG00000038459) TACR3 (ENSCATG00000036705) CXXC4 (ENSCATG00000036439) TET2 (ENSCATG00000044104) PPA2 (ENSCATG00000016898) ENSCATG00000028897 ARHGEF38 (ENSCATG00000043411) Drill MODERN SPECIES 1086 SLC39A8 (ENSMLEG00000022871) NFKB1 (ENSMLEG00000030561) 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BDH2 (ENSMNEG00000029165) CENPE (ENSMNEG00000040148) ENSMNEG00000018206 TACR3 (ENSMNEG00000033579) CXXC4 (ENSMNEG00000038974) ENSMNEG00000016504 TET2 (ENSMNEG00000032282) PPA2 (ENSMNEG00000043169) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.a ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1608 PPP2R5A (ENSRBIG00000038466) DTL (ENSRBIG00000039793) INTS7 (ENSRBIG00000029039) LPGAT1 (ENSRBIG00000014571) ENSRBIG00000029644 ##22 NEK2 (ENSRBIG00000028940) SLC30A1 (ENSRBIG00000037622) RD3 (ENSRBIG00000005095) ENSRBIG00000032375 TRAF5 (ENSRBIG00000028676) RCOR3 (ENSRBIG00000010046) ENSRBIG00000044233 ENSRBIG00000023591 KCNH1 (ENSRBIG00000039615) ENSRBIG00000035378 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1145 SRBD1 (ENSRROG00000041599) PRKCE (ENSRROG00000029195) EPAS1 (ENSRROG00000040968) TMEM247 (ENSRROG00000028710) ATP6V1E2 (ENSRROG00000014680) RHOQ (ENSRROG00000042208) PIGF (ENSRROG00000043302) CRIPT (ENSRROG00000039659) SOCS5 (ENSRROG00000011752) MCFD2 (ENSRROG00000032954) TTC7A (ENSRROG00000029928) ENSRROG00000043038 STPG4 (ENSRROG00000032949) ENSRROG00000033589 ENSRROG00000012737 ##22 EPCAM (ENSRROG00000005977) MSH2 (ENSRROG00000002126) KCNK12 (ENSRROG00000044464) ENSRROG00000034141 MSH6 (ENSRROG00000034827) FBXO11 (ENSRROG00000044862) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000162138 ENSGT01050000244891.C.c.a.g ENSGT00910000147190 ENSGT00940000160146.C ENSGT00440000038181.fb ENSGT00900000141094 ENSGT00440000033499 ENSGT00390000005823 ENSGT00390000016906 ENSGT00390000011127 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT00950000183762 ENSGT00390000000847 ENSGT00390000011700 ENSGT00530000063813.a ENSGT00530000063813.b ENSGT00550000074911 ENSGT00390000005023.b ENSGT00730000111251 ENSGT00940000154287.b ENSGT00940000163939 ENSGT00390000018660.e ENSGT01100000263515.a.b.a.a ENSGT00940000159135 ENSGT00940000162647 ENSGT00940000155368 Drill MODERN SPECIES 203 IL12A (ENSMLEG00000032877) SCHIP1 (ENSMLEG00000030705) ENSMLEG00000024030 ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 99 ARL14 (ENSCATG00000017494) KPNA4 (ENSCATG00000041511) TRIM59 (ENSCATG00000032073) ENSCATG00000042170 SMC4 (ENSCATG00000023485) IFT80 (ENSCATG00000009307) C3orf80 (ENSCATG00000016242) IL12A (ENSCATG00000041528) ENSCATG00000016311 ##22 ENSCATG00000021185 IQCJ (ENSCATG00000036638) MFSD1 (ENSCATG00000032129) RARRES1 (ENSCATG00000041879) LXN (ENSCATG00000044907) GFM1 (ENSCATG00000037622) MLF1 (ENSCATG00000041224) RSRC1 (ENSCATG00000036643) SHOX2 (ENSCATG00000036242) ENSCATG00000011015 PTX3 (ENSCATG00000039761) VEPH1 (ENSCATG00000029319) CCNL1 (ENSCATG00000035386) LEKR1 (ENSCATG00000045022) TIPARP (ENSCATG00000030375) Vervet Monkey MODERN SPECIES 6 SLITRK3 (ENSCSAG00000018889) SI (ENSCSAG00000012376) OTOL1 (ENSCSAG00000012350) SPTSSB (ENSCSAG00000012341) NMD3 (ENSCSAG00000012333) B3GALNT1 (ENSCSAG00000018890) PPM1L (ENSCSAG00000012321) ARL14 (ENSCSAG00000018891) KPNA4 (ENSCSAG00000012304) TRIM59 (ENSCSAG00000018892) SMC4 (ENSCSAG00000012248) IFT80 (ENSCSAG00000012233) C3orf80 (ENSCSAG00000018894) IL12A (ENSCSAG00000012218) SCHIP1 (ENSCSAG00000012193) ENSCSAG00000018896 ##22 MFSD1 (ENSCSAG00000012186) RARRES1 (ENSCSAG00000012175) GFM1 (ENSCSAG00000012162) LXN (ENSCSAG00000012154) MLF1 (ENSCSAG00000012151) RSRC1 (ENSCSAG00000012145) SHOX2 (ENSCSAG00000012131) ENSCSAG00000012112 VEPH1 (ENSCSAG00000012098) PTX3 (ENSCSAG00000012090) CCNL1 (ENSCSAG00000012077) LEKR1 (ENSCSAG00000012071) ENSCSAG00000012064 TIPARP (ENSCSAG00000012060) ENSCSAG00000012048 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b.b ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2764 ENSRROG00000035633 ENSRROG00000015887 ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 202 ENSSBOG00000010278 ##22 ATOH8 (ENSSBOG00000026608) ST3GAL5 (ENSSBOG00000029221) POLR1A (ENSSBOG00000030262) PTCD3 (ENSSBOG00000026455) IMMT (ENSSBOG00000021696) MRPL35 (ENSSBOG00000022291) REEP1 (ENSSBOG00000026659) KDM3A (ENSSBOG00000022833) ENSSBOG00000033860 ENSSBOG00000029158 RNF103 (ENSSBOG00000000040) RMND5A (ENSSBOG00000030029) CD8A (ENSSBOG00000011322) ENSSBOG00000029324 ENSSBOG00000028889 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Pika MODERN SPECIES 9476 ENSOPRG00000007577 ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 4 SPOCK3 (ENSDLEG00000020953) ANXA10 (ENSDLEG00000020963) DDX60 (ENSDLEG00000021066) PALLD (ENSDLEG00000021387) ENSDLEG00000021512 CBR4 (ENSDLEG00000021515) SH3RF1 (ENSDLEG00000021519) NEK1 (ENSDLEG00000021537) ENSDLEG00000021559 ##22 CLCN3 (ENSDLEG00000021568) HPF1 (ENSDLEG00000021583) MFAP3L (ENSDLEG00000021588) ENSDLEG00000021594 ENSDLEG00000021595 ENSDLEG00000021598 GALNTL6 (ENSDLEG00000021601) GALNT7 (ENSDLEG00000021605) HMGB2 (ENSDLEG00000021614) SAP30 (ENSDLEG00000021615) SCRG1 (ENSDLEG00000021619) HAND2 (ENSDLEG00000021620) FBXO8 (ENSDLEG00000021623) CEP44 (ENSDLEG00000021626) ENSDLEG00000021633 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Goat MODERN SPECIES 3 ARL11 (ENSCHIG00000004176) EBPL (ENSCHIG00000014488) KPNA3 (ENSCHIG00000020446) SPRYD7 (ENSCHIG00000015127) TRIM13 (ENSCHIG00000010839) KCNRG (ENSCHIG00000009570) RNASEH2B (ENSCHIG00000018220) ENSCHIG00000014579 ENSCHIG00000009486 FAM124A (ENSCHIG00000017545) SERPINE3 (ENSCHIG00000014421) ENSCHIG00000021224 INTS6 (ENSCHIG00000017223) WDFY2 (ENSCHIG00000022622) DHRS12 (ENSCHIG00000011286) ENSCHIG00000019809 ##22 CCDC70 (ENSCHIG00000019882) ATP7B (ENSCHIG00000024048) ALG11 (ENSCHIG00000024968) NEK5 (ENSCHIG00000017084) NEK3 (ENSCHIG00000021662) CKAP2 (ENSCHIG00000022915) VPS36 (ENSCHIG00000007557) THSD1 (ENSCHIG00000016392) ENSCHIG00000015922 SLC25A15 (ENSCHIG00000023922) MRPS31 (ENSCHIG00000012457) FOXO1 (ENSCHIG00000018191) COG6 (ENSCHIG00000006953) ENSCHIG00000015682 NHLRC3 (ENSCHIG00000022530) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183041.C ENSGT00950000182772.B.a.a ENSGT00940000155679 ENSGT00950000184259 ENSGT00550000074949 ENSGT00390000010283 ENSGT00940000161069.h ENSGT00390000012355.A.a ENSGT00530000063681.b.a ENSGT00940000163574 ENSGT00950000182767.a.b.b ENSGT01030000234623.a.b.a ENSGT00940000155227 ENSGT00950000182919.B.b ENSGT00940000159696 ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000156640 ENSGT00940000156354 ENSGT00510000046704.b.a ENSGT00390000003122.c.a ENSGT00390000003122.c.b ENSGT00940000158176 ENSGT00940000158270 ENSGT00390000009443.j ENSGT00990000203589.b.b ENSGT00940000157310 ENSGT00940000157603 ENSGT00390000009710 ENSGT00940000159952 ENSGT00390000017026 ENSGT00940000157817 leopard MODERN SPECIES 40 CKMT2 (ENSPPRG00000023587) RASGRF2 (ENSPPRG00000024375) ENSPPRG00000019187 MSH3 (ENSPPRG00000018081) ENSPPRG00000015793 ENSPPRG00000014559 ANKRD34B (ENSPPRG00000019199) FAM151B (ENSPPRG00000013219) ZFYVE16 (ENSPPRG00000012892) SPZ1 (ENSPPRG00000019097) SERINC5 (ENSPPRG00000012240) THBS4 (ENSPPRG00000011385) ENSPPRG00000010693 MTX3 (ENSPPRG00000010541) CMYA5 (ENSPPRG00000010137) ENSPPRG00000018657 ##22 TENT2 (ENSPPRG00000008396) HOMER1 (ENSPPRG00000006866) JMY (ENSPPRG00000004743) BHMT (ENSPPRG00000004028) BHMT2 (ENSPPRG00000003496) DMGDH (ENSPPRG00000002973) ARSB (ENSPPRG00000002867) ENSPPRG00000000967 LHFPL2 (ENSPPRG00000000681) SCAMP1 (ENSPPRG00000000330) ENSPPRG00000020501 AP3B1 (ENSPPRG00000019993) TBCA (ENSPPRG00000018237) OTP (ENSPPRG00000015334) WDR41 (ENSPPRG00000015058) lion MODERN SPECIES ACOT12 (ENSPLOG00000000044) ZCCHC9 (ENSPLOG00000000050) CKMT2 (ENSPLOG00000000058) RASGRF2 (ENSPLOG00000000068) MSH3 (ENSPLOG00000000131) ENSPLOG00000000207 ANKRD34B (ENSPLOG00000000219) FAM151B (ENSPLOG00000000229) ZFYVE16 (ENSPLOG00000000241) ENSPLOG00000000257 SPZ1 (ENSPLOG00000000337) SERINC5 (ENSPLOG00000000355) THBS4 (ENSPLOG00000000412) MTX3 (ENSPLOG00000000460) CMYA5 (ENSPLOG00000000485) ENSPLOG00000000504 ##22 TENT2 (ENSPLOG00000000530) HOMER1 (ENSPLOG00000000572) JMY (ENSPLOG00000000614) BHMT (ENSPLOG00000000665) BHMT2 (ENSPLOG00000000718) DMGDH (ENSPLOG00000000773) ARSB (ENSPLOG00000000803) ENSPLOG00000000818 LHFPL2 (ENSPLOG00000000832) SCAMP1 (ENSPLOG00000000849) AP3B1 (ENSPLOG00000000902) TBCA (ENSPLOG00000001046) OTP (ENSPLOG00000001071) WDR41 (ENSPLOG00000001110) PDE8B (ENSPLOG00000001335) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000012340 ENSGT00390000017317 ENSGT00940000161894 ENSGT00940000165363 ENSGT00390000016067 ENSGT00940000153491.b.b.a ENSGT00390000002453 ENSGT00940000160337 ENSGT00390000008688 ENSGT00940000156919 ENSGT00510000048311 ENSGT00390000001735 ENSGT00940000157855 ENSGT00940000154049.a ENSGT00940000160691.m ENSGT00950000183010.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000157430 ENSGT00940000159328 ENSGT00950000182928.A.a.a ENSGT00940000159604 ENSGT00390000008202 ENSGT00950000182902.b.b.a ENSGT00520000059663 ENSGT00940000155796 ENSGT00440000038328 ENSGT00940000159685 ENSGT00940000155768.B ENSGT00950000185134.b ENSGT00390000011000 ENSGT00940000156995 ENSGT00940000155713 Dingo MODERN SPECIES 327 GLOD4 (ENSCAFG00020010966) MRM3 (ENSCAFG00020010972) NXN (ENSCAFG00020010982) ENSCAFG00020010994 TIMM22 (ENSCAFG00020011001) ABR (ENSCAFG00020011015) BHLHA9 (ENSCAFG00020011059) GOSR1 (ENSCAFG00020011061) CPD (ENSCAFG00020011093) TMIGD1 (ENSCAFG00020011282) BLMH (ENSCAFG00020011283) SLC6A4 (ENSCAFG00020011289) NSRP1 (ENSCAFG00020011309) ENSCAFG00020011323 ENSCAFG00020011339 ENSCAFG00020011340 ##22 SSH2 (ENSCAFG00020011357) CORO6 (ENSCAFG00020011415) ANKRD13B (ENSCAFG00020011466) GIT1 (ENSCAFG00020011475) TP53I13 (ENSCAFG00020011480) ABHD15 (ENSCAFG00020011490) ENSCAFG00020011495 TAOK1 (ENSCAFG00020011508) NUFIP2 (ENSCAFG00020011598) CRYBA1 (ENSCAFG00020011603) MYO18A (ENSCAFG00020011619) ENSCAFG00020011660 PIPOX (ENSCAFG00020011664) SEZ6 (ENSCAFG00020011667) PHF12 (ENSCAFG00020011690) Dog DUPLICATION Dog MODERN SPECIES 6 NPY2R (ENSCAFG00845010147) RBM46 (ENSCAFG00845010074) LRAT (ENSCAFG00845010027) ENSCAFG00845009958 FGG (ENSCAFG00845009858) ENSCAFG00845009752 FGB (ENSCAFG00845009700) PLRG1 (ENSCAFG00845009646) ENSCAFG00845009626 DCHS2 (ENSCAFG00845009547) SFRP2 (ENSCAFG00845009450) RNF175 (ENSCAFG00845009415) TLR2 (ENSCAFG00845009391) TMEM131L (ENSCAFG00845009147) ENSCAFG00845009098 ENSCAFG00845009081 ##22 TRIM2 (ENSCAFG00845008493) FHDC1 (ENSCAFG00845008193) ENSCAFG00845008099 ARFIP1 (ENSCAFG00845007940) TIGD4 (ENSCAFG00845007856) TMEM154 (ENSCAFG00845007673) ENSCAFG00845007288 FBXW7 (ENSCAFG00845007020) ENSCAFG00845006957 GATB (ENSCAFG00845006707) ATP5J2 (ENSCAFG00845006554) FAM160A1 (ENSCAFG00845006461) ENSCAFG00845006404 PRSS48 (ENSCAFG00845006205) SH3D19 (ENSCAFG00845005957) Dog MODERN SPECIES 37 ENSCAFG00845013664 GLOD4 (ENSCAFG00845013647) MRM3 (ENSCAFG00845013626) ENSCAFG00845013589 TIMM22 (ENSCAFG00845013556) ABR (ENSCAFG00845013244) ENSCAFG00845013053 GOSR1 (ENSCAFG00845012980) CPD (ENSCAFG00845012753) TMIGD1 (ENSCAFG00845012606) BLMH (ENSCAFG00845012487) SLC6A4 (ENSCAFG00845012358) NSRP1 (ENSCAFG00845012253) ENSCAFG00845012188 EFCAB5 (ENSCAFG00845012075) ENSCAFG00845012020 ##22 SSH2 (ENSCAFG00845011817) CORO6 (ENSCAFG00845011653) ANKRD13B (ENSCAFG00845011563) GIT1 (ENSCAFG00845011450) TP53I13 (ENSCAFG00845011354) ENSCAFG00845011314 ABHD15 (ENSCAFG00845011269) TAOK1 (ENSCAFG00845011111) CRYBA1 (ENSCAFG00845011001) NUFIP2 (ENSCAFG00845010911) MYO18A (ENSCAFG00845010063) ENSCAFG00845009786 PIPOX (ENSCAFG00845009717) SEZ6 (ENSCAFG00845009454) PHF12 (ENSCAFG00845009308) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.b #22 koala MODERN SPECIES 66 ENSPCIG00000023159 #22 SGCG (ENSPCIG00000013780) SACS (ENSPCIG00000035553) TNFRSF19 (ENSPCIG00000033639) MIPEP (ENSPCIG00000016191) ENSPCIG00000016190 SPATA13 (ENSPCIG00000016188) AMER2 (ENSPCIG00000025961) ENSPCIG00000025960 MTMR6 (ENSPCIG00000025959) NUP58 (ENSPCIG00000025958) SHISA2 (ENSPCIG00000025956) ATP8A2 (ENSPCIG00000036982) RNF6 (ENSPCIG00000026870) CDK8 (ENSPCIG00000017352) WASF3 (ENSPCIG00000037264) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Testudinoidea DUPLICATION Testudinoidea DUPLICATION Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01060000248589.D ENSGT00950000182978.B ENSGT01090000260093.b ENSGT00950000183182.a.a ENSGT00390000010045 ENSGT00530000063770.c.a ENSGT00940000156115 ENSGT01000000214440.A.a.b.a ENSGT00530000063624.C ENSGT00910000144179.b.b ENSGT00410000025651.B ENSGT00940000157999 ENSGT00940000161401 ENSGT00950000183053.A ENSGT00940000157218.C ENSGT00950000183010.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000185703 ENSGT01030000234623.a.a.b ENSGT01030000235111 ENSGT00940000155104 ENSGT00510000047363 ENSGT00940000155058 ENSGT00940000159949 ENSGT00940000158079 ENSGT00940000160209 ENSGT00940000153446.a.b ENSGT00940000159638 ENSGT00940000157151 ENSGT00940000156592 ENSGT00940000156213.l ENSGT00940000158264.b Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT01060000248589.D ENSGT00950000182978.B ENSGT01090000260093.b ENSGT00950000183182.a.a ENSGT00390000010045 ENSGT00530000063770.c.a ENSGT00940000156115 ENSGT01000000214440.A.a.b.a ENSGT00530000063624.C ENSGT00910000144179.b.b ENSGT00410000025651.B ENSGT00940000157999 ENSGT00940000161401 ENSGT00950000183053.A ENSGT00940000157218.C ENSGT00950000183010.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000185703 ENSGT01030000234623.a.a.b ENSGT01030000235111 ENSGT00940000155104 ENSGT00510000047363 ENSGT00940000155058 ENSGT00940000158102.f ENSGT00940000159949 ENSGT00940000158079 ENSGT00940000160209 ENSGT00940000153446.a.b ENSGT00940000159638 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1232 ENSCABG00000017621 ##22 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 12 PTAFR (ENSGEVG00005012860) EYA3 (ENSGEVG00005012687) XKR8 (ENSGEVG00005012650) SMPDL3B (ENSGEVG00005012630) RPA2 (ENSGEVG00005012601) THEMIS2 (ENSGEVG00005012576) PPP1R8 (ENSGEVG00005012540) STX12 (ENSGEVG00005012511) CITED4 (ENSGEVG00005012494) CTPS1 (ENSGEVG00005012454) SLFNL1 (ENSGEVG00005012193) SCMH1 (ENSGEVG00005012060) FOXO6 (ENSGEVG00005011996) EDN2 (ENSGEVG00005011954) HIVEP3 (ENSGEVG00005011926) ENSGEVG00005011841 ##22 ENSGEVG00005011799 SERINC2 (ENSGEVG00005011239) ENSGEVG00005011122 FABP3 (ENSGEVG00005011101) ZCCHC17 (ENSGEVG00005011062) SNRNP40 (ENSGEVG00005011017) ENSGEVG00005010885 NKAIN1 (ENSGEVG00005010814) PUM1 (ENSGEVG00005010741) ENSGEVG00005010702 SDC3 (ENSGEVG00005010583) LAPTM5 (ENSGEVG00005010532) MATN1 (ENSGEVG00005010444) ENSGEVG00005010431 ENSGEVG00005010403 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01060000248589.D ENSGT00950000182978.B ENSGT01090000260093.b ENSGT00950000183182.a.a ENSGT00390000010045 ENSGT00530000063770.c.a ENSGT00940000156115 ENSGT01000000214440.A.a.b.a ENSGT00530000063624.C ENSGT00910000144179.b.b ENSGT00410000025651.B ENSGT00940000157999 ENSGT00940000161401 ENSGT00950000183053.A ENSGT00940000157218.C ENSGT00950000183010.a.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00950000185703 ENSGT01030000234623.a.a.b ENSGT01030000235111 ENSGT00940000155104 ENSGT00510000047363 ENSGT00940000155058 ENSGT00940000159949 ENSGT00940000158079 ENSGT00940000160209 ENSGT00940000153446.a.b ENSGT00940000159638 ENSGT00940000157151 ENSGT00940000156592 ENSGT00940000156213.l ENSGT00940000158264.b Three-toed box turtle MODERN SPECIES 111 PTAFR (ENSTMTG00000003931) EYA3 (ENSTMTG00000003943) XKR8 (ENSTMTG00000004014) SMPDL3B (ENSTMTG00000004022) RPA2 (ENSTMTG00000004049) THEMIS2 (ENSTMTG00000004070) PPP1R8 (ENSTMTG00000004082) STX12 (ENSTMTG00000004113) CITED4 (ENSTMTG00000004137) CTPS1 (ENSTMTG00000004156) SLFNL1 (ENSTMTG00000004197) SCMH1 (ENSTMTG00000004250) FOXO6 (ENSTMTG00000004359) EDN2 (ENSTMTG00000004374) HIVEP3 (ENSTMTG00000004389) ENSTMTG00000004422 ##22 SERINC2 (ENSTMTG00000004444) ENSTMTG00000004467 ENSTMTG00000004482 FABP3 (ENSTMTG00000004503) ZCCHC17 (ENSTMTG00000004522) SNRNP40 (ENSTMTG00000004552) NKAIN1 (ENSTMTG00000004582) PUM1 (ENSTMTG00000004615) SDC3 (ENSTMTG00000004720) LAPTM5 (ENSTMTG00000004850) MATN1 (ENSTMTG00000004875) PTPRU (ENSTMTG00000005283) MECR (ENSTMTG00000009571) ENSTMTG00000009603 ENSTMTG00000009632 painted turtle MODERN SPECIES 713 STX12 (ENSCPBG00000015655) CITED4 (ENSCPBG00000015653) CTPS1 (ENSCPBG00000015650) SLFNL1 (ENSCPBG00000015648) SCMH1 (ENSCPBG00000015645) FOXO6 (ENSCPBG00000015641) EDN2 (ENSCPBG00000015635) HIVEP3 (ENSCPBG00000015630) ENSCPBG00000015623 ##22 ENSCPBG00000015621 SERINC2 (ENSCPBG00000015618) ENSCPBG00000015615 DPM1 (ENSCPBG00000015612) ADNP (ENSCPBG00000015610) BCAS4 (ENSCPBG00000015609) PARD6B (ENSCPBG00000015608) RIPOR3 (ENSCPBG00000015606) PTPN1 (ENSCPBG00000015605) CEBPB (ENSCPBG00000015601) ENSCPBG00000015600 UBE2V1 (ENSCPBG00000015599) RNF114 (ENSCPBG00000015597) SPATA2 (ENSCPBG00000015596) ENSCPBG00000015595 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.a.b ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.a.b ##22 painted turtle MODERN SPECIES 716 SLC27A4 (ENSCPBG00000025193) COQ4 (ENSCPBG00000025188) TRUB2 (ENSCPBG00000025186) ENSCPBG00000025183 ENSCPBG00000025180 ENSCPBG00000025176 DNM1 (ENSCPBG00000024671) CIZ1 (ENSCPBG00000024640) BBLN (ENSCPBG00000024631) PTGES2 (ENSCPBG00000024615) ODF2 (ENSCPBG00000024574) GLE1 (ENSCPBG00000024524) SPTAN1 (ENSCPBG00000023766) DYNC2I2 (ENSCPBG00000023373) SET (ENSCPBG00000023372) ENSCPBG00000023369 ##22 ENSCPBG00000023366 ZDHHC12 (ENSCPBG00000023365) ZER1 (ENSCPBG00000023362) TBC1D13 (ENSCPBG00000023355) ENDOG (ENSCPBG00000023353) SPOUT1 (ENSCPBG00000023348) KYAT1 (ENSCPBG00000023339) LRRC8A (ENSCPBG00000023338) PHYHD1 (ENSCPBG00000023333) DOLK (ENSCPBG00000023330) NUP188 (ENSCPBG00000022859) SH3GLB2 (ENSCPBG00000022792) MIGA2 (ENSCPBG00000022784) DOLPP1 (ENSCPBG00000022775) CRAT (ENSCPBG00000022764) Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.b ##22 Testudinidae DUPLICATION Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.b.a ##22 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 2570 PEPD (ENSCABG00000006160) CHST8 (ENSCABG00000006155) KCTD15 (ENSCABG00000006153) LSM14A (ENSCABG00000006149) SS18L2 (ENSCABG00000006148) GARRE1 (ENSCABG00000006147) GPI (ENSCABG00000006145) ENSCABG00000006144 ##22 WTIP (ENSCABG00000006141) UBA2 (ENSCABG00000006112) PDCD2L (ENSCABG00000006108) ENSCABG00000006107 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 3 WDR88 (ENSGEVG00005009737) LRP3 (ENSGEVG00005009838) SLC7A10 (ENSGEVG00005009940) ENSGEVG00005010278 CEBPA (ENSGEVG00005010303) CEBPG (ENSGEVG00005010316) PEPD (ENSGEVG00005010344) CHST8 (ENSGEVG00005010392) KCTD15 (ENSGEVG00005010441) ENSGEVG00005010559 LSM14A (ENSGEVG00005010715) SS18L2 (ENSGEVG00005010754) GARRE1 (ENSGEVG00005010777) GPI (ENSGEVG00005010824) WTIP (ENSGEVG00005010949) ENSGEVG00005011206 ##22 UBA2 (ENSGEVG00005011268) ENSGEVG00005011513 PDCD2L (ENSGEVG00005012279) ENSGEVG00005012420 ENSGEVG00005013150 ENSGEVG00005013731 CIAO2B (ENSGEVG00005013796) RRAD (ENSGEVG00005013828) ENSGEVG00005013944 PDP2 (ENSGEVG00005014085) CA7 (ENSGEVG00005014133) NAE1 (ENSGEVG00005014412) TERB1 (ENSGEVG00005014450) DYNC1LI2 (ENSGEVG00005014562) CMTM4 (ENSGEVG00005014598) Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.b.b ##22 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 1958 ENSCABG00000016585 ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Caniformia DUPLICATION Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.a ##22 Caniformia_b DUPLICATION Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.a.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.a.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.a.a ##22 Polar bear MODERN SPECIES 223 ENSUMAG00000012094 ZNF2 (ENSUMAG00000012091) ZNF514 (ENSUMAG00000012083) MRPS5 (ENSUMAG00000012079) MAL (ENSUMAG00000012078) MALL (ENSUMAG00000012074) NPHP1 (ENSUMAG00000011858) ENSUMAG00000011807 BUB1 (ENSUMAG00000011620) ACOXL (ENSUMAG00000011570) ENSUMAG00000011540 ANAPC1 (ENSUMAG00000009055) MERTK (ENSUMAG00000008754) TMEM87B (ENSUMAG00000008712) FBLN7 (ENSUMAG00000008676) ENSUMAG00000008673 ##22 ZC3H8 (ENSUMAG00000008665) ZC3H6 (ENSUMAG00000008663) ENSUMAG00000008662 POLR1B (ENSUMAG00000008619) CHCHD5 (ENSUMAG00000008612) SLC20A1 (ENSUMAG00000008606) CKAP2L (ENSUMAG00000008573) IL1A (ENSUMAG00000008557) IL1B (ENSUMAG00000008551) IL36G (ENSUMAG00000008523) ENSUMAG00000008514 ENSUMAG00000008502 IL1F10 (ENSUMAG00000008488) IL1RN (ENSUMAG00000008485) PSD4 (ENSUMAG00000008469) Giant Panda MODERN SPECIES 15 GALNT7 (ENSAMEG00000014267) GALNTL6 (ENSAMEG00000024177) AADAT (ENSAMEG00000000909) MFAP3L (ENSAMEG00000000904) HPF1 (ENSAMEG00000013232) CLCN3 (ENSAMEG00000013246) NEK1 (ENSAMEG00000013287) ENSAMEG00000013347 SH3RF1 (ENSAMEG00000013355) CBR4 (ENSAMEG00000013400) PALLD (ENSAMEG00000013412) DDX60 (ENSAMEG00000013429) ANXA10 (ENSAMEG00000013452) ENSAMEG00000026069 SPOCK3 (ENSAMEG00000005030) ENSAMEG00000005035 ##22 TLL1 (ENSAMEG00000005039) CPE (ENSAMEG00000005123) MSMO1 (ENSAMEG00000005596) KLHL2 (ENSAMEG00000005550) TMEM192 (ENSAMEG00000005536) TRIM75 (ENSAMEG00000019737) TRIM60 (ENSAMEG00000005532) ENSAMEG00000025716 ENSAMEG00000031128 ENSAMEG00000027946 ENSAMEG00000025226 ENSAMEG00000030591 SMIM31 (ENSAMEG00000031344) MARCHF1 (ENSAMEG00000001142) TMA16 (ENSAMEG00000001147) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.a.a ##22 American mink MODERN SPECIES 227 ENSNVIG00000018505 ENSNVIG00000018499 ENSNVIG00000018492 ##22 COBL (ENSNVIG00000018385) GRB10 (ENSNVIG00000018327) DDC (ENSNVIG00000018036) FIGNL1 (ENSNVIG00000018013) IKZF1 (ENSNVIG00000017814) SPATA48 (ENSNVIG00000017792) ZPBP (ENSNVIG00000017769) VWC2 (ENSNVIG00000017764) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.a.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.a.b ##22 American mink MODERN SPECIES 157 ENSNVIG00000009724 NEXN (ENSNVIG00000009791) MIGA1 (ENSNVIG00000009835) USP33 (ENSNVIG00000009922) ZZZ3 (ENSNVIG00000010036) AK5 (ENSNVIG00000010119) PIGK (ENSNVIG00000010172) ST6GALNAC5 (ENSNVIG00000010229) ST6GALNAC3 (ENSNVIG00000010253) ASB17 (ENSNVIG00000010286) MSH4 (ENSNVIG00000010302) RABGGTB (ENSNVIG00000010334) ACADM (ENSNVIG00000010380) SLC44A5 (ENSNVIG00000010403) LHX8 (ENSNVIG00000010449) ENSNVIG00000010470 ##22 TYW3 (ENSNVIG00000010472) ENSNVIG00000010500 ENSNVIG00000010591 TNNI3K (ENSNVIG00000010632) ENSNVIG00000010656 FPGT (ENSNVIG00000010670) ENSNVIG00000010690 LRRIQ3 (ENSNVIG00000010715) NEGR1 (ENSNVIG00000010796) ENSNVIG00000010809 ZRANB2 (ENSNVIG00000010818) PTGER3 (ENSNVIG00000010874) CTH (ENSNVIG00000010934) AN13C (ENSNVIG00000011000) SRSF11 (ENSNVIG00000011028) Caniformia DUPLICATION Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.a ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.a ##22 Dog MODERN SPECIES 25 MEPE (ENSCAFG00845015931) IBSP (ENSCAFG00845015862) ENSCAFG00845015806 DMP1 (ENSCAFG00845015764) DSPP (ENSCAFG00845015696) SPARCL1 (ENSCAFG00845015583) NUDT9 (ENSCAFG00845015495) HSD17B13 (ENSCAFG00845015328) ENSCAFG00845015190 KLHL8 (ENSCAFG00845015090) AFF1 (ENSCAFG00845014804) C4orf36 (ENSCAFG00845024944) SLC10A6 (ENSCAFG00845024905) PTPN13 (ENSCAFG00845024290) ENSCAFG00845024181 ENSCAFG00845024149 ##22 MAPK10 (ENSCAFG00845023201) ENSCAFG00845022736 ARHGAP24 (ENSCAFG00845022578) WDFY3 (ENSCAFG00845022217) CDS1 (ENSCAFG00845022114) ENSCAFG00845022070 NKX6-1 (ENSCAFG00845022031) ENSCAFG00845022001 GPAT3 (ENSCAFG00845021887) ABRAXAS1 (ENSCAFG00845021759) MRPS18C (ENSCAFG00845021626) ENSCAFG00845021572 ENSCAFG00845021505 HPSE (ENSCAFG00845021381) COQ2 (ENSCAFG00845021322) Red fox MODERN SPECIES 189 DPYSL5 (ENSVVUG00000016028) CENPA (ENSVVUG00000016014) SLC35F6 (ENSVVUG00000016012) KCNK3 (ENSVVUG00000016010) ENSVVUG00000016007 CIB4 (ENSVVUG00000016001) DRC1 (ENSVVUG00000015954) SELENOI (ENSVVUG00000015951) ADGRF3 (ENSVVUG00000015946) HADHB (ENSVVUG00000015924) ##19 HADHA (ENSVVUG00000015907) GAREM2 (ENSVVUG00000015897) RAB10 (ENSVVUG00000015895) ENSVVUG00000015893 KIF3C (ENSVVUG00000015885) ENSVVUG00000015876 ##22 ASXL2 (ENSVVUG00000015856) DTNB (ENSVVUG00000015770) DNMT3A (ENSVVUG00000015409) POMC (ENSVVUG00000015392) EFR3B (ENSVVUG00000015262) DNAJC27 (ENSVVUG00000015241) CENPO (ENSVVUG00000015237) ADCY3 (ENSVVUG00000014909) NCOA1 (ENSVVUG00000013134) ITSN2 (ENSVVUG00000011007) FAM228B (ENSVVUG00000010899) PFN4 (ENSVVUG00000010887) TP53I3 (ENSVVUG00000010879) SF3B6 (ENSVVUG00000010874) FKBP1B (ENSVVUG00000010837) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.a ##22 American mink MODERN SPECIES 67 ENSNVIG00000006133 PCDH20 (ENSNVIG00000006121) TDRD3 (ENSNVIG00000006075) ENSNVIG00000006064 DIAPH3 (ENSNVIG00000005614) ENSNVIG00000005568 ##22 ENSNVIG00000005565 PCDH17 (ENSNVIG00000005550) ENSNVIG00000005531 ENSNVIG00000005503 OLFM4 (ENSNVIG00000005486) PCDH8 (ENSNVIG00000005480) ENSNVIG00000005476 NINJ2 (ENSNVIG00000005469) B4GALNT3 (ENSNVIG00000005448) CCDC77 (ENSNVIG00000005398) ENSNVIG00000005388 KDM5A (ENSNVIG00000005351) SLC6A13 (ENSNVIG00000005305) SLC6A12 (ENSNVIG00000005204) IQSEC3 (ENSNVIG00000005165) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.b ##22 Dingo MODERN SPECIES 342 PKD2 (ENSCAFG00020008069) SPP1 (ENSCAFG00020008078) MEPE (ENSCAFG00020008084) IBSP (ENSCAFG00020008106) DMP1 (ENSCAFG00020008108) DSPP (ENSCAFG00020008112) SPARCL1 (ENSCAFG00020008125) NUDT9 (ENSCAFG00020008135) HSD17B11 (ENSCAFG00020008138) HSD17B13 (ENSCAFG00020008141) ENSCAFG00020008146 KLHL8 (ENSCAFG00020008159) AFF1 (ENSCAFG00020008224) SLC10A6 (ENSCAFG00020008242) PTPN13 (ENSCAFG00020008350) ENSCAFG00020009916 ##22 MAPK10 (ENSCAFG00020009946) ARHGAP24 (ENSCAFG00020010087) WDFY3 (ENSCAFG00020010121) CDS1 (ENSCAFG00020010454) NKX6-1 (ENSCAFG00020010474) ENSCAFG00020010476 GPAT3 (ENSCAFG00020010481) ABRAXAS1 (ENSCAFG00020010484) MRPS18C (ENSCAFG00020010491) HELQ (ENSCAFG00020010495) HPSE (ENSCAFG00020010498) COQ2 (ENSCAFG00020010543) ENSCAFG00020010561 ENSCAFG00020010564 PLAC8 (ENSCAFG00020010575) Dog MODERN SPECIES 1 NPTXR (ENSCAFG00845022551) CBX6 (ENSCAFG00845022457) APOBEC3Z1 (ENSCAFG00845022387) APOBEC3Z1 (ENSCAFG00845022347) APOBEC3Z3 (ENSCAFG00845022251) CBX7 (ENSCAFG00845022140) PDGFB (ENSCAFG00845022039) RPL3 (ENSCAFG00845021864) SYNGR1 (ENSCAFG00845021779) ENSCAFG00845021674 TAB1 (ENSCAFG00845021610) MIEF1 (ENSCAFG00845021530) ATF4 (ENSCAFG00845021497) CACNA1I (ENSCAFG00845021242) ENTHD1 (ENSCAFG00845021136) ENSCAFG00845021105 ##22 GRAP2 (ENSCAFG00845021051) FAM83F (ENSCAFG00845021004) ENSCAFG00845020976 TNRC6B (ENSCAFG00845020617) ADSL (ENSCAFG00845020328) SGSM3 (ENSCAFG00845020097) MRTFA (ENSCAFG00845019751) MCHR1 (ENSCAFG00845019660) MDH2 (ENSCAFG00845019601) SLC25A17 (ENSCAFG00845019500) ST13 (ENSCAFG00845019349) XPNPEP3 (ENSCAFG00845019212) RBX1 (ENSCAFG00845019033) EP300 (ENSCAFG00845018383) L3MBTL2 (ENSCAFG00845017974) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a.b.b ##22 American mink MODERN SPECIES 500 ENSNVIG00000019346 ENSNVIG00000019267 TCF19 (ENSNVIG00000019233) CCHCR1 (ENSNVIG00000019148) PSORS1C2 (ENSNVIG00000019140) CDSN (ENSNVIG00000019068) C6orf15 (ENSNVIG00000019058) ENSNVIG00000019053 ENSNVIG00000019038 SFTA2 (ENSNVIG00000019030) VARS2 (ENSNVIG00000018942) GTF2H4 (ENSNVIG00000018877) DDR1 (ENSNVIG00000018545) ENSNVIG00000018506 ##22 ENSNVIG00000018500 IEX1 (ENSNVIG00000018493) FLOT1 (ENSNVIG00000018486) ENSNVIG00000018474 ENSNVIG00000018466 NRM (ENSNVIG00000018461) PPP1R18 (ENSNVIG00000018453) DHX16 (ENSNVIG00000018424) C6orf136 (ENSNVIG00000018408) ATAT1 (ENSNVIG00000018307) MRPS18B (ENSNVIG00000018287) PPP1R10 (ENSNVIG00000018250) ABCF1 (ENSNVIG00000018155) PRR3 (ENSNVIG00000018139) GNL1 (ENSNVIG00000018092) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.a ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 812 HECTD4 (ENSCWAG00000016429) TRAFD1 (ENSCWAG00000016318) NAA25 (ENSCWAG00000016168) ERP29 (ENSCWAG00000016131) TMEM116 (ENSCWAG00000015816) MAPKAPK5 (ENSCWAG00000015704) ALDH2 (ENSCWAG00000015605) BICDL1 (ENSCWAG00000015495) RAB35 (ENSCWAG00000015436) GCN1 (ENSCWAG00000014778) ENSCWAG00000014622 ENSCWAG00000014442 SIRT4 (ENSCWAG00000014375) PLA2G1B (ENSCWAG00000014263) MSI1 (ENSCWAG00000014121) ENSCWAG00000014090 ##22 COX6A1 (ENSCWAG00000014059) ENSCWAG00000014027 GATC (ENSCWAG00000013975) SRSF9 (ENSCWAG00000013938) ENSCWAG00000013914 DYNLL1 (ENSCWAG00000013874) COQ5 (ENSCWAG00000013808) RNF10 (ENSCWAG00000013724) POP5 (ENSCWAG00000013649) CABP1 (ENSCWAG00000013481) MLEC (ENSCWAG00000013410) UNC119B (ENSCWAG00000013356) ACADS (ENSCWAG00000013312) SPPL3 (ENSCWAG00000013187) HNF1A (ENSCWAG00000012950) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 452 ENSDNOG00000019439 SERPINI2 (ENSDNOG00000008864) WDR49 (ENSDNOG00000008877) PDCD10 (ENSDNOG00000042230) SERPINI1 (ENSDNOG00000015382) ENSDNOG00000043604 ENSDNOG00000033323 GOLIM4 (ENSDNOG00000038929) ENSDNOG00000048881 ENSDNOG00000044922 ENSDNOG00000032078 MECOM (ENSDNOG00000007746) ENSDNOG00000017489 ENSDNOG00000043319 ##22 ACTRT3 (ENSDNOG00000045149) MYNN (ENSDNOG00000004681) LRRC34 (ENSDNOG00000017242) LRRIQ4 (ENSDNOG00000015942) LRRC31 (ENSDNOG00000015945) SAMD7 (ENSDNOG00000006359) SEC62 (ENSDNOG00000014081) PHC3 (ENSDNOG00000042270) PRKCI (ENSDNOG00000008880) ENSDNOG00000008923 CLDN11 (ENSDNOG00000041782) SLC7A14 (ENSDNOG00000040425) ENSDNOG00000032636 ENSDNOG00000048637 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3246 ENSMSIG00000015835 Actbl2 (ENSMSIG00000015838) ENSMSIG00000015869 ENSMSIG00000015878 Plk2 (ENSMSIG00000015883) Gapt (ENSMSIG00000015941) Rab3c (ENSMSIG00000015958) ENSMSIG00000016016 Pde4d (ENSMSIG00000016032) ENSMSIG00000016180 ##22 Depdc1b (ENSMSIG00000016211) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 3 CRTAC1 (ENSCJAG00000016821) ENSCJAG00000087255 SFRP5 (ENSCJAG00000016808) ZFYVE27 (ENSCJAG00000016783) MARVELD1 (ENSCJAG00000016782) AVPI1 (ENSCJAG00000062664) PI4K2A (ENSCJAG00000016755) MORN4 (ENSCJAG00000016744) HOGA1 (ENSCJAG00000047404) ANKRD2 (ENSCJAG00000016726) UBTD1 (ENSCJAG00000016722) MMS19 (ENSCJAG00000016651) ZDHHC16 (ENSCJAG00000016605) EXOSC1 (ENSCJAG00000016586) PGAM1 (ENSCJAG00000069022) ENSCJAG00000079967 ##22 ENSCJAG00000022968 RRP12 (ENSCJAG00000016549) ENSCJAG00000058491 ENSCJAG00000042089 ARHGAP19 (ENSCJAG00000016514) SLIT1 (ENSCJAG00000036372) LCOR (ENSCJAG00000022966) PIK3AP1 (ENSCJAG00000016474) ENSCJAG00000071491 TM9SF3 (ENSCJAG00000016413) TLL2 (ENSCJAG00000016371) OPALIN (ENSCJAG00000047907) DNTT (ENSCJAG00000016325) BLNK (ENSCJAG00000016270) ZNF518A (ENSCJAG00000016267) Marmoset MODERN SPECIES 2 INSC (ENSCJAG00000009705) CALCB (ENSCJAG00000072821) ENSCJAG00000009757 ENSCJAG00000075982 CYP2R1 (ENSCJAG00000009776) PDE3B (ENSCJAG00000009800) ENSCJAG00000086676 ENSCJAG00000082675 PSMA1 (ENSCJAG00000009850) COPB1 (ENSCJAG00000038149) ENSCJAG00000046068 ##19 ENSCJAG00000040842 SPON1 (ENSCJAG00000010055) FAR1 (ENSCJAG00000010077) ENSCJAG00000070220 ENSCJAG00000076330 ##22 PTH (ENSCJAG00000010117) BTBD10 (ENSCJAG00000010121) BMAL1 (ENSCJAG00000010162) RASSF10 (ENSCJAG00000085759) ENSCJAG00000072498 TEAD1 (ENSCJAG00000010263) ENSCJAG00000052611 PARVA (ENSCJAG00000010314) ENSCJAG00000010368 DKK3 (ENSCJAG00000010506) USP47 (ENSCJAG00000010537) ENSCJAG00000072959 GALNT18 (ENSCJAG00000010607) ENSCJAG00000039717 ENSCJAG00000021962 Marmoset DUPLICATION Marmoset DUPLICATION Marmoset MODERN SPECIES 11 MTRR (ENSCJAG00000008934) SEMA5A (ENSCJAG00000008962) TAS2R1 (ENSCJAG00000077757) ATPSCKMT (ENSCJAG00000070705) ENSCJAG00000008977 ENSCJAG00000045979 MARCHF6 (ENSCJAG00000009091) ENSCJAG00000083278 ANKRD33B (ENSCJAG00000009224) ENSCJAG00000046611 ENSCJAG00000085149 CTNND2 (ENSCJAG00000009238) ENSCJAG00000004019 ENSCJAG00000080282 ENSCJAG00000074642 ENSCJAG00000071150 ##22 ENSCJAG00000076372 DNAH5 (ENSCJAG00000009326) ENSCJAG00000072293 TRIO (ENSCJAG00000010904) OTULINL (ENSCJAG00000010893) OTULIN (ENSCJAG00000010884) ANKH (ENSCJAG00000010839) FBXL7 (ENSCJAG00000010823) MARCHF11 (ENSCJAG00000047285) RETREG1 (ENSCJAG00000042515) MYO10 (ENSCJAG00000011831) ENSCJAG00000053651 BASP1 (ENSCJAG00000046235) ENSCJAG00000082447 ENSCJAG00000085722 Marmoset MODERN SPECIES 17 NOL11 (ENSCJAG00000008775) ENSCJAG00000012603 BPTF (ENSCJAG00000031506) C17orf58 (ENSCJAG00000041812) ENSCJAG00000075828 ENSCJAG00000073466 ENSCJAG00000081146 ENSCJAG00000065370 ENSCJAG00000083853 ENSCJAG00000045924 ENSCJAG00000084707 SMURF2 (ENSCJAG00000019260) CEP95 (ENSCJAG00000019293) DDX5 (ENSCJAG00000019310) POLG2 (ENSCJAG00000019350) ENSCJAG00000065145 ##22 MILR1 (ENSCJAG00000019250) ENSCJAG00000040527 PECAM1 (ENSCJAG00000019367) TEX2 (ENSCJAG00000019377) ERN1 (ENSCJAG00000019415) ICAM2 (ENSCJAG00000019438) PRR29 (ENSCJAG00000019442) SCN4A (ENSCJAG00000019443) CD79B (ENSCJAG00000019471) ENSCJAG00000043217 GH1 (ENSCJAG00000075159) ENSCJAG00000060314 SMARCD2 (ENSCJAG00000019528) PSMC5 (ENSCJAG00000019558) FTSJ3 (ENSCJAG00000019631) Marmoset MODERN SPECIES 15 ENSCJAG00000080058 ENSCJAG00000079130 C4orf33 (ENSCJAG00000068844) SCLT1 (ENSCJAG00000003278) ENSCJAG00000060761 JADE1 (ENSCJAG00000003295) ENSCJAG00000077978 PGRMC2 (ENSCJAG00000003328) ENSCJAG00000069652 ENSCJAG00000085399 LARP1B (ENSCJAG00000003338) ABHD18 (ENSCJAG00000003356) MFSD8 (ENSCJAG00000003382) ENSCJAG00000085986 PLK4 (ENSCJAG00000003403) ENSCJAG00000087156 ##22 ENSCJAG00000070187 ENSCJAG00000074409 HSPA4L (ENSCJAG00000003450) INTU (ENSCJAG00000003524) ENSCJAG00000065011 FAT4 (ENSCJAG00000003565) ENSCJAG00000043387 ANKRD50 (ENSCJAG00000003581) SPRY1 (ENSCJAG00000021817) SPATA5 (ENSCJAG00000004346) ENSCJAG00000070589 ENSCJAG00000081404 NUDT6 (ENSCJAG00000002741) ENSCJAG00000002744 BBS12 (ENSCJAG00000002751) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 15 CCDC192 (ENSPANG00000029832) SLC12A2 (ENSPANG00000007040) FBN2 (ENSPANG00000008220) SLC27A6 (ENSPANG00000004065) ISOC1 (ENSPANG00000011667) ADAMTS19 (ENSPANG00000020423) MINAR2 (ENSPANG00000032769) ENSPANG00000038214 CHSY3 (ENSPANG00000040658) ENSPANG00000014180 HINT1 (ENSPANG00000012466) LYRM7 (ENSPANG00000012368) CDC42SE2 (ENSPANG00000006469) RAPGEF6 (ENSPANG00000023266) FNIP1 (ENSPANG00000002759) ENSPANG00000045567 ##22 ACSL6 (ENSPANG00000014592) IL3 (ENSPANG00000011666) CSF2 (ENSPANG00000010837) P4HA2 (ENSPANG00000003024) PDLIM4 (ENSPANG00000011299) SLC22A4 (ENSPANG00000024866) SLC22A5 (ENSPANG00000010659) IRF1 (ENSPANG00000014875) IL5 (ENSPANG00000018674) RAD50 (ENSPANG00000003668) IL13 (ENSPANG00000005704) IL4 (ENSPANG00000004677) KIF3A (ENSPANG00000003996) CCNI2 (ENSPANG00000009548) SEPTIN8 (ENSPANG00000010836) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 565 BANK1 (ENSRBIG00000031251) SLC39A8 (ENSRBIG00000034345) ENSRBIG00000040857 NFKB1 (ENSRBIG00000030114) ENSRBIG00000032069 ##22 ENSRBIG00000034238 ENSRBIG00000026970 MANBA (ENSRBIG00000032492) UBE2D3 (ENSRBIG00000030683) CISD2 (ENSRBIG00000034388) SLC9B1 (ENSRBIG00000042031) SLC9B2 (ENSRBIG00000042416) BDH2 (ENSRBIG00000018405) CENPE (ENSRBIG00000035147) ENSRBIG00000038418 ENSRBIG00000038680 TACR3 (ENSRBIG00000037541) CXXC4 (ENSRBIG00000013827) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b ##22 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Canidae DUPLICATION Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000000583 ENSGT00950000183050.b.b.a ENSGT00940000155337 ENSGT00940000154186.a ENSGT00940000157081 ENSGT00810000125473.A ENSGT00940000154958 ENSGT00390000017004.a.a.q.a ENSGT00940000154556 ENSGT00910000147398 ENSGT00940000156841 ENSGT00950000183164.E.c.b.b ENSGT00940000156327 ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00390000009597 ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a.a ##22 ENSGT00390000015405 ENSGT00950000183091.A.b ENSGT00390000018052 ENSGT00940000156530.c ENSGT00390000004284 ENSGT00940000157885 ENSGT00390000012248 ENSGT00390000010591 ENSGT00940000154544.a ENSGT00950000183015.A ENSGT00940000156279 ENSGT00930000150969.A.c.a ENSGT00930000150969.A.c.b.a ENSGT00940000156522 ENSGT00940000158488 Dingo MODERN SPECIES 307 PELI1 (ENSCAFG00020026939) LGALSL (ENSCAFG00020026947) AFTPH (ENSCAFG00020026953) SLC1A4 (ENSCAFG00020026962) CEP68 (ENSCAFG00020026969) RAB1A (ENSCAFG00020026971) ENSCAFG00020026973 ACTR2 (ENSCAFG00020026978) ENSCAFG00020026981 SPRED2 (ENSCAFG00020026983) ENSCAFG00020026985 ENSCAFG00020026987 MEIS1 (ENSCAFG00020026989) ENSCAFG00020026992 ETAA1 (ENSCAFG00020026994) ENSCAFG00020026995 ##22 C1D (ENSCAFG00020026997) DNAAF10 (ENSCAFG00020026999) PNO1 (ENSCAFG00020027002) PPP3R1 (ENSCAFG00020027004) CNRIP1 (ENSCAFG00020000090) PLEK (ENSCAFG00020000109) FBXO48 (ENSCAFG00020000114) APLF (ENSCAFG00020000129) PROKR1 (ENSCAFG00020000143) ARHGAP25 (ENSCAFG00020000168) BMP10 (ENSCAFG00020000180) GKN2 (ENSCAFG00020000261) GKN1 (ENSCAFG00020000316) ANTXR1 (ENSCAFG00020000433) GFPT1 (ENSCAFG00020000705) Dog MODERN SPECIES 1 PELI1 (ENSCAFG00845020350) LGALSL (ENSCAFG00845020462) ENSCAFG00845020543 AFTPH (ENSCAFG00845020600) SLC1A4 (ENSCAFG00845020925) CEP68 (ENSCAFG00845021026) RAB1A (ENSCAFG00845021139) ENSCAFG00845021343 ENSCAFG00845021409 ACTR2 (ENSCAFG00845021843) SPRED2 (ENSCAFG00845022023) ENSCAFG00845022112 MEIS1 (ENSCAFG00845022164) ENSCAFG00845022346 ETAA1 (ENSCAFG00845022577) ENSCAFG00845022735 ##22 WDR92 (ENSCAFG00845022766) WDR92 (ENSCAFG00845022818) PNO1 (ENSCAFG00845022894) PPP3R1 (ENSCAFG00845022977) CNRIP1 (ENSCAFG00845023282) PLEK (ENSCAFG00845023363) FBXO48 (ENSCAFG00845023484) APLF (ENSCAFG00845023524) PROKR1 (ENSCAFG00845023574) ARHGAP25 (ENSCAFG00845023650) BMP10 (ENSCAFG00845023837) GKN2 (ENSCAFG00845023893) GKN1 (ENSCAFG00845024000) ANTXR1 (ENSCAFG00845024244) GFPT1 (ENSCAFG00845024744) Red fox MODERN SPECIES 11 ATG10 (ENSVVUG00000023291) SSBP2 (ENSVVUG00000023314) ACOT12 (ENSVVUG00000023325) ZCCHC9 (ENSVVUG00000023331) SEPT11 (ENSVVUG00000023346) ENSVVUG00000023386 SHROOM3 (ENSVVUG00000023389) CCDC158 (ENSVVUG00000023403) STBD1 (ENSVVUG00000023432) ENSVVUG00000023434 SCARB2 (ENSVVUG00000023440) NUP54 (ENSVVUG00000023444) ENSVVUG00000023448 ART3 (ENSVVUG00000023461) CXCL10 (ENSVVUG00000023469) ENSVVUG00000023471 ##22 CXCL9 (ENSVVUG00000023474) ENSVVUG00000023531 NAAA (ENSVVUG00000024151) PPEF2 (ENSVVUG00000024157) USO1 (ENSVVUG00000024163) G3BP2 (ENSVVUG00000024171) CDKL2 (ENSVVUG00000024175) ENSVVUG00000024181 ENSVVUG00000024183 ENSVVUG00000024186 THAP6 (ENSVVUG00000024190) RCHY1 (ENSVVUG00000024193) Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a.b ##22 Dog MODERN SPECIES 15 ENSCAFG00845022866 IL20RB (ENSCAFG00845022899) ENSCAFG00845022964 SOX14 (ENSCAFG00845023200) CLDN18 (ENSCAFG00845023238) ENSCAFG00845023325 A4GNT (ENSCAFG00845023425) ENSCAFG00845023449 DBR1 (ENSCAFG00845023502) ARMC8 (ENSCAFG00845023706) NME9 (ENSCAFG00845024321) MRAS (ENSCAFG00845024583) ESYT3 (ENSCAFG00845024743) CEP70 (ENSCAFG00845025346) ENSCAFG00845025659 ENSCAFG00845025691 ##22 FAIM (ENSCAFG00845025733) PIK3CB (ENSCAFG00845025921) PRR23A (ENSCAFG00845026853) ENSCAFG00845026883 ENSCAFG00845026940 ENSCAFG00845026965 MRPS22 (ENSCAFG00845027000) COPB2 (ENSCAFG00845027083) RBP2 (ENSCAFG00845027313) ENSCAFG00845027390 NMNAT3 (ENSCAFG00845027464) CLSTN2 (ENSCAFG00845027590) TRIM42 (ENSCAFG00845027689) SLC25A36 (ENSCAFG00845027764) SPSB4 (ENSCAFG00845027830) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 lion MODERN SPECIES 28 RBM24 (ENSPLOG00000017655) STMND1 (ENSPLOG00000017593) ATXN1 (ENSPLOG00000017539) GMPR (ENSPLOG00000017506) MYLIP (ENSPLOG00000017463) DTNBP1 (ENSPLOG00000017074) JARID2 (ENSPLOG00000016914) CD83 (ENSPLOG00000016791) RNF182 (ENSPLOG00000016761) MCUR1 (ENSPLOG00000016675) RANBP9 (ENSPLOG00000016382) NOL7 (ENSPLOG00000016262) SIRT5 (ENSPLOG00000016186) GFOD1 (ENSPLOG00000016140) TBC1D7 (ENSPLOG00000016036) ENSPLOG00000015988 ##22 PHACTR1 (ENSPLOG00000015813) EDN1 (ENSPLOG00000015758) ENSPLOG00000015715 ENSPLOG00000015652 ADTRP (ENSPLOG00000015607) TMEM170B (ENSPLOG00000015571) NEDD9 (ENSPLOG00000015418) SMIM13 (ENSPLOG00000015335) ELOVL2 (ENSPLOG00000015241) SYCP2L (ENSPLOG00000014969) GCM2 (ENSPLOG00000014873) MAK (ENSPLOG00000014775) TMEM14C (ENSPLOG00000014694) PAK1IP1 (ENSPLOG00000014566) ENSPLOG00000014487 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES ENSRFEG00010000025 ENSRFEG00010000026 PHKA1 (ENSRFEG00010000027) HDAC8 (ENSRFEG00010000028) ENSRFEG00010000029 ENSRFEG00010000030 PIN4 (ENSRFEG00010000031) ERCC6L (ENSRFEG00010000032) NHSL2 (ENSRFEG00010000033) RTL5 (ENSRFEG00010000034) ENSRFEG00010000035 ENSRFEG00010000036 CXCR3 (ENSRFEG00010000037) ENSRFEG00010000039 ENSRFEG00010000041 ENSRFEG00010000042 ##22 ENSRFEG00010000043 ITGB1BP2 (ENSRFEG00010000045) ENSRFEG00010000046 ZMYM3 (ENSRFEG00010000047) GJB1 (ENSRFEG00010000048) NLGN3 (ENSRFEG00010000049) MED12 (ENSRFEG00010000050) IL2RG (ENSRFEG00010000051) CXorf65 (ENSRFEG00010000052) FOXO4 (ENSRFEG00010000053) SNX12 (ENSRFEG00010000054) ENSRFEG00010000055 SLC7A3 (ENSRFEG00010000056) ENSRFEG00010000057 DLG3 (ENSRFEG00010000060) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.a ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 30 CDYL (ENSCHYG00000001347) RPP40 (ENSCHYG00000001289) PPP1R3G (ENSCHYG00000001273) ENSCHYG00000001244 FARS2 (ENSCHYG00000001148) NRN1 (ENSCHYG00000001106) F13A1 (ENSCHYG00000001064) LY86 (ENSCHYG00000001035) RREB1 (ENSCHYG00000000989) SSR1 (ENSCHYG00000000835) ENSCHYG00000000763 RIOK1 (ENSCHYG00000000714) DSP (ENSCHYG00000000616) SNRNP48 (ENSCHYG00000000577) ENSCHYG00000000567 ENSCHYG00000000559 ##22 BMP6 (ENSCHYG00000000551) TXNDC5 (ENSCHYG00000000515) ENSCHYG00000000494 EEF1E1 (ENSCHYG00000000476) SLC35B3 (ENSCHYG00000000422) ENSCHYG00000000381 TFAP2A (ENSCHYG00000000326) ENSCHYG00000000298 GCNT2 (ENSCHYG00000000267) PAK1IP1 (ENSCHYG00000000228) TMEM14C (ENSCHYG00000024918) MAK (ENSCHYG00000024598) GCM2 (ENSCHYG00000024560) SYCP2L (ENSCHYG00000024440) ELOVL2 (ENSCHYG00000024380) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 8 LEF1 (ENSCHYG00000025171) ENSCHYG00000025081 ENSCHYG00000025066 OSTC (ENSCHYG00000025020) ETNPPL (ENSCHYG00000024949) COL25A1 (ENSCHYG00000023049) SEC24B (ENSCHYG00000021070) MCUB (ENSCHYG00000020811) CASP6 (ENSCHYG00000020581) ENSCHYG00000020524 CFI (ENSCHYG00000018892) GAR1 (ENSCHYG00000018741) RRH (ENSCHYG00000018607) LRIT3 (ENSCHYG00000018518) ENSCHYG00000018402 ENSCHYG00000018367 ##22 ELOVL6 (ENSCHYG00000018333) ENPEP (ENSCHYG00000017750) PITX2 (ENSCHYG00000017532) ENSCHYG00000017419 ENSCHYG00000017401 FAM241A (ENSCHYG00000017369) AP1AR (ENSCHYG00000017199) TIFA (ENSCHYG00000017159) ALPK1 (ENSCHYG00000016924) NEUROG2 (ENSCHYG00000016884) ZGRF1 (ENSCHYG00000016563) LARP7 (ENSCHYG00000016420) ENSCHYG00000013660 CAMK2D (ENSCHYG00000021900) ENSCHYG00000021709 Yarkand deer MODERN SPECIES 11 SHANK2 (ENSCHYG00000000934) ENSCHYG00000001247 DHCR7 (ENSCHYG00000001261) NADSYN1 (ENSCHYG00000001306) ENSCHYG00000001517 MRGPRG (ENSCHYG00000001526) OSBPL5 (ENSCHYG00000001576) ENSCHYG00000001703 ENSCHYG00000001719 CARS1 (ENSCHYG00000001793) NAP1L4 (ENSCHYG00000001968) PHLDA2 (ENSCHYG00000002027) SLC22A18 (ENSCHYG00000002046) CDKN1C (ENSCHYG00000002075) KCNQ1 (ENSCHYG00000002120) ENSCHYG00000002194 ##22 TRPM5 (ENSCHYG00000002214) CD81 (ENSCHYG00000002329) ENSCHYG00000002365 TH (ENSCHYG00000002406) INS (ENSCHYG00000002508) ENSCHYG00000002520 ENSCHYG00000002574 ENSCHYG00000002638 PRR33 (ENSCHYG00000002988) TNNI2 (ENSCHYG00000002997) CTSD (ENSCHYG00000003030) ENSCHYG00000003170 ENSCHYG00000003183 BRSK2 (ENSCHYG00000003251) TOLLIP (ENSCHYG00000003447) Yarkand deer MODERN SPECIES 28 NHERF1 (ENSCHYG00000003364) RAB37 (ENSCHYG00000003432) ENSCHYG00000003568 ENSCHYG00000003597 CD300H (ENSCHYG00000003629) ENSCHYG00000003668 CD300LB (ENSCHYG00000003694) ENSCHYG00000003713 GPRC5C (ENSCHYG00000003760) GPR142 (ENSCHYG00000003802) BTBD17 (ENSCHYG00000003812) KIF19 (ENSCHYG00000003830) DNAI2 (ENSCHYG00000003874) TTYH2 (ENSCHYG00000003903) ENSCHYG00000003937 ENSCHYG00000003954 ##22 SDK2 (ENSCHYG00000003979) ENSCHYG00000004038 ENSCHYG00000004048 ENSCHYG00000004052 C17orf80 (ENSCHYG00000004074) FAM104A (ENSCHYG00000004095) COG1 (ENSCHYG00000004119) SLC39A11 (ENSCHYG00000004170) SSTR2 (ENSCHYG00000004231) SOX9 (ENSCHYG00000004243) KCNJ2 (ENSCHYG00000004266) KCNJ16 (ENSCHYG00000004281) MAP2K6 (ENSCHYG00000004301) ABCA5 (ENSCHYG00000004346) ABCA10 (ENSCHYG00000004384) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Blue whale MODERN SPECIES 12 ENSBMSG00010021723 MILR1 (ENSBMSG00010021717) POLG2 (ENSBMSG00010021711) ENSBMSG00010021683 CEP95 (ENSBMSG00010021632) SMURF2 (ENSBMSG00010021607) KPNA2 (ENSBMSG00010021590) C17orf58 (ENSBMSG00010021579) BPTF (ENSBMSG00010021472) NOL11 (ENSBMSG00010021388) PITPNC1 (ENSBMSG00010021350) PSMD12 (ENSBMSG00010021318) METRNL (ENSBMSG00010021306) ENSBMSG00010021295 ZNF750 (ENSBMSG00010021286) ENSBMSG00010021275 ##22 TBCD (ENSBMSG00010021261) FN3K (ENSBMSG00010021229) FN3KRP (ENSBMSG00010021209) RAB40B (ENSBMSG00010021192) WDR45B (ENSBMSG00010021164) FOXK2 (ENSBMSG00010021138) ENSBMSG00010021101 ENSBMSG00010021126 CYBC1 (ENSBMSG00010021067) HEXD (ENSBMSG00010021031) OGFOD3 (ENSBMSG00010021003) UTS2R (ENSBMSG00010020982) ENSBMSG00010020970 ENSBMSG00010020958 ENSBMSG00010020943 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 American mink MODERN SPECIES 168 PCNP (ENSNVIG00000017722) TRMT10C (ENSNVIG00000017717) ENSNVIG00000017704 SENP7 (ENSNVIG00000017530) IMPG2 (ENSNVIG00000017469) ENSNVIG00000017433 TFG (ENSNVIG00000017297) ADGRG7 (ENSNVIG00000017236) ENSNVIG00000017226 TMEM45A (ENSNVIG00000017210) LNP1 (ENSNVIG00000017190) TOMM70 (ENSNVIG00000017175) ENSNVIG00000017150 TBC1D23 (ENSNVIG00000017076) ENSNVIG00000017014 ENSNVIG00000017005 ##22 FILIP1L (ENSNVIG00000016962) CC026 (ENSNVIG00000016879) COL8A1 (ENSNVIG00000016844) ENSNVIG00000016833 DCBLD2 (ENSNVIG00000016789) ST3GAL6 (ENSNVIG00000016667) CPOX (ENSNVIG00000016650) GPR15 (ENSNVIG00000016647) CLDND1 (ENSNVIG00000016585) ENSNVIG00000016574 OR5K3 (ENSNVIG00000016563) OR5K4 (ENSNVIG00000016556) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.d.b ##22 lion MODERN SPECIES 5 PTP4A1 (ENSPLOG00000007765) ENSPLOG00000007739 LGSN (ENSPLOG00000007674) ENSPLOG00000007641 KHDRBS2 (ENSPLOG00000007607) ENSPLOG00000007594 ENSPLOG00000007575 PRIM2 (ENSPLOG00000007536) RAB23 (ENSPLOG00000007511) BAG2 (ENSPLOG00000007479) ZNF451 (ENSPLOG00000007397) KIAA1586 (ENSPLOG00000007341) BEND6 (ENSPLOG00000007281) DST (ENSPLOG00000006730) COL21A1 (ENSPLOG00000006412) ENSPLOG00000006363 ##22 BMP5 (ENSPLOG00000006334) HMGCLL1 (ENSPLOG00000006191) GFRAL (ENSPLOG00000006100) HCRTR2 (ENSPLOG00000006068) FAM83B (ENSPLOG00000004226) TINAG (ENSPLOG00000004202) MLIP (ENSPLOG00000004128) LRRC1 (ENSPLOG00000004053) KLHL31 (ENSPLOG00000004028) GCLC (ENSPLOG00000003932) ELOVL5 (ENSPLOG00000003839) GCM1 (ENSPLOG00000003807) FBXO9 (ENSPLOG00000003770) CILK1 (ENSPLOG00000003736) GSTA4 (ENSPLOG00000003698) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.e ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.e ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.c.b.e ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 216 BCL10 (ENSCWAG00000016929) C1orf52 (ENSCWAG00000016957) SYDE2 (ENSCWAG00000016990) DNAI3 (ENSCWAG00000017052) PCDH20 (ENSCWAG00000017337) TDRD3 (ENSCWAG00000017371) ENSCWAG00000017495 DIAPH3 (ENSCWAG00000017632) ENSCWAG00000019391 ENSCWAG00000019419 PCDH17 (ENSCWAG00000019432) ENSCWAG00000019461 ENSCWAG00000019477 ENSCWAG00000019495 OLFM4 (ENSCWAG00000019527) ENSCWAG00000019571 ##22 PCDH8 (ENSCWAG00000000054) CNMD (ENSCWAG00000000097) SUGT1 (ENSCWAG00000000140) ELF1 (ENSCWAG00000000184) WBP4 (ENSCWAG00000000246) KBTBD6 (ENSCWAG00000000273) KBTBD7 (ENSCWAG00000000301) MTRF1 (ENSCWAG00000000321) NAA16 (ENSCWAG00000000371) RGCC (ENSCWAG00000000406) VWA8 (ENSCWAG00000000455) DGKH (ENSCWAG00000000630) AKAP11 (ENSCWAG00000000801) TNFSF11 (ENSCWAG00000000851) FAM216B (ENSCWAG00000000885) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 7152 ENSEEUG00000004875 ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Blue whale MODERN SPECIES CHIA (ENSBMSG00010008641) ENSBMSG00010008572 DENND2D (ENSBMSG00010008496) CEPT1 (ENSBMSG00010008459) DRAM2 (ENSBMSG00010008440) LRIF1 (ENSBMSG00010008429) CD53 (ENSBMSG00010008411) KCNA3 (ENSBMSG00010008395) KCNA2 (ENSBMSG00010008384) KCNA10 (ENSBMSG00010008377) ENSBMSG00010008319 PROK1 (ENSBMSG00010008280) LAMTOR5 (ENSBMSG00010008260) SLC16A4 (ENSBMSG00010008140) RBM15 (ENSBMSG00010008103) ENSBMSG00010008095 ##22 KCNC4 (ENSBMSG00010008085) SLC6A17 (ENSBMSG00010008070) UBL4B (ENSBMSG00010008061) ALX3 (ENSBMSG00010008054) STRIP1 (ENSBMSG00010008007) AHCYL1 (ENSBMSG00010007982) CSF1 (ENSBMSG00010007970) ENSBMSG00010007961 EPS8L3 (ENSBMSG00010007907) GSTM3 (ENSBMSG00010007878) ENSBMSG00010007860 AMPD2 (ENSBMSG00010007797) GNAT2 (ENSBMSG00010007771) GNAI3 (ENSBMSG00010007747) GPR61 (ENSBMSG00010007737) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Vaquita MODERN SPECIES 11 SYNE3 (ENSPSNG00000003075) GLRX5 (ENSPSNG00000003132) ENSPSNG00000003164 TCL1B (ENSPSNG00000003192) TCL1A (ENSPSNG00000003201) ENSPSNG00000003224 ENSPSNG00000003262 BDKRB2 (ENSPSNG00000003286) BDKRB1 (ENSPSNG00000003305) ATG2B (ENSPSNG00000003367) GSKIP (ENSPSNG00000003452) AK7 (ENSPSNG00000003480) PAPOLA (ENSPSNG00000003512) VRK1 (ENSPSNG00000003557) BCL11B (ENSPSNG00000003608) ENSPSNG00000003647 ##22 SETD3 (ENSPSNG00000003667) CCNK (ENSPSNG00000003703) CCDC85C (ENSPSNG00000003734) ENSPSNG00000003763 CYP46A1 (ENSPSNG00000003814) EML1 (ENSPSNG00000003897) ENSPSNG00000003981 DEGS2 (ENSPSNG00000003999) YY1 (ENSPSNG00000004013) SLC25A29 (ENSPSNG00000004036) ENSPSNG00000004064 WARS1 (ENSPSNG00000004092) WDR25 (ENSPSNG00000004116) BEGAIN (ENSPSNG00000004165) DLK1 (ENSPSNG00000004221) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000155933.b.a ENSGT00940000162601 ENSGT00940000162097 ENSGT00940000163229 ENSGT01050000244827.E ENSGT00390000011297 ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ENSGT00940000160370 ENSGT00940000155926 ENSGT00940000158351.v.b.b ENSGT00910000148442 ENSGT00940000154923.C ENSGT00940000154550.a.e.a.a.b.b ENSGT00390000004660.C.a.a ENSGT00950000182852.A.a.a ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 ENSGT00940000155724.i ENSGT00940000156078 ENSGT00530000063503.a.b ENSGT00390000005254.i.a.a.a.b ENSGT01010000222287.B.b.a.b.b ENSGT00390000013856 ENSGT00940000154915.mb.a.a ENSGT00390000012588 ENSGT00950000183107.a.a ENSGT00950000182802.C ENSGT00560000077266.a ENSGT00940000159157 ENSGT01050000244838.D ENSGT00950000182984.a ENSGT00940000156533.b Cow MODERN SPECIES 28 KCNQ5 (ENSBTAG00000007791) KHDC3L (ENSBTAG00000034925) OOEP (ENSBTAG00000019600) ENSBTAG00000021814 CGAS (ENSBTAG00000000892) MTO1 (ENSBTAG00000016839) EEF1A1 (ENSBTAG00000014534) SLC17A5 (ENSBTAG00000044053) CD109 (ENSBTAG00000013222) ENSBTAG00000054709 ENSBTAG00000053911 COL12A1 (ENSBTAG00000020056) COX7A2 (ENSBTAG00000005096) TMEM30A (ENSBTAG00000005100) FILIP1 (ENSBTAG00000000053) ENSBTAG00000032382 ##22 SENP6 (ENSBTAG00000005869) MYO6 (ENSBTAG00000016751) IMPG1 (ENSBTAG00000021175) ENSBTAG00000016391 HTR1B (ENSBTAG00000037429) MEI4 (ENSBTAG00000054151) ENSBTAG00000034662 IRAK1BP1 (ENSBTAG00000020825) PHIP (ENSBTAG00000024688) ENSBTAG00000052031 ENSBTAG00000048976 LCA5 (ENSBTAG00000043950) SH3BGRL2 (ENSBTAG00000055014) ELOVL4 (ENSBTAG00000015498) TTK (ENSBTAG00000005456) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1465 ENSBMUG00000007928 COL12A1 (ENSBMUG00000008307) COX7A2 (ENSBMUG00000008381) TMEM30A (ENSBMUG00000008406) FILIP1 (ENSBMUG00000008437) ENSBMUG00000008446 ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Dog MODERN SPECIES 144 ENSCAFG00845027763 ADGRG4 (ENSCAFG00845029120) BRS3 (ENSCAFG00845029186) HTATSF1 (ENSCAFG00845029208) VGLL1 (ENSCAFG00845029257) ENSCAFG00845029269 CD40LG (ENSCAFG00845029290) ARHGEF6 (ENSCAFG00845029339) RBMX (ENSCAFG00845029404) GPR101 (ENSCAFG00845029453) ENSCAFG00845029466 ZIC3 (ENSCAFG00845029495) ATP5ME (ENSCAFG00845029517) ENSCAFG00845029526 FGF13 (ENSCAFG00845029595) ENSCAFG00845029688 ##22 F9 (ENSCAFG00845029706) MCF2 (ENSCAFG00845029804) ATP11C (ENSCAFG00845030103) ENSCAFG00845030392 SOX3 (ENSCAFG00845030422) ENSCAFG00845030462 ENSCAFG00845019387 SLITRK4 (ENSCAFG00845019492) ENSCAFG00845019585 ENSCAFG00845019607 ENSCAFG00845019668 SLITRK2 (ENSCAFG00845019739) ENSCAFG00845020221 ENSCAFG00845020271 ENSCAFG00845020302 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Ferret MODERN SPECIES 545 ENSMPUG00000018683 ##22 ARHGEF9 (ENSMPUG00000009906) AMER1 (ENSMPUG00000018682) ASB12 (ENSMPUG00000009895) Felidae DUPLICATION Felidae DUPLICATION Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d.a.a ##22 Cat MODERN SPECIES 247 ENSFCAG00000041147 PRM3 (ENSFCAG00000041604) TNP2 (ENSFCAG00000003606) SOCS1 (ENSFCAG00000041934) CLEC16A (ENSFCAG00000011670) DEXI (ENSFCAG00000044833) CIITA (ENSFCAG00000028848) TVP23A (ENSFCAG00000009893) NUBP1 (ENSFCAG00000009892) TEKT5 (ENSFCAG00000009891) EMP2 (ENSFCAG00000030923) ATF7IP2 (ENSFCAG00000038926) GRIN2A (ENSFCAG00000014299) ENSFCAG00000051933 ENSFCAG00000043677 ENSFCAG00000031442 ##22 HAPSTR1 (ENSFCAG00000044352) USP7 (ENSFCAG00000004089) LITAFD (ENSFCAG00000046455) CARHSP1 (ENSFCAG00000036654) PMM2 (ENSFCAG00000004086) TMEM186 (ENSFCAG00000003287) ABAT (ENSFCAG00000031419) METTL22 (ENSFCAG00000001434) TMEM114 (ENSFCAG00000042899) RBFOX1 (ENSFCAG00000025322) ENSFCAG00000024232 ENSFCAG00000024781 ENSFCAG00000004574 CE3H16orf89 (ENSFCAG00000022864) NAGPA (ENSFCAG00000004573) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d.a.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d.a.b ##22 Tiger MODERN SPECIES 313 ADAM23 (ENSPTIG00000011931) CMKLR2 (ENSPTIG00000008203) ENSPTIG00000011994 NDUFS1 (ENSPTIG00000012021) INO80D (ENSPTIG00000012089) NRP2 (ENSPTIG00000012139) PARD3B (ENSPTIG00000012297) ENSPTIG00000008211 ICOS (ENSPTIG00000012385) CTLA4 (ENSPTIG00000012408) CD28 (ENSPTIG00000012428) ENSPTIG00000012473 ABI2 (ENSPTIG00000012734) CYP20A1 (ENSPTIG00000012850) NBEAL1 (ENSPTIG00000012887) ENSPTIG00000008218 ##22 CARF (ENSPTIG00000012946) WDR12 (ENSPTIG00000013035) ICA1L (ENSPTIG00000013050) ENSPTIG00000008227 BMPR2 (ENSPTIG00000013082) NOP58 (ENSPTIG00000013131) SUMO1 (ENSPTIG00000013157) ENSPTIG00000008234 KIAA2012 (ENSPTIG00000013192) CDK15 (ENSPTIG00000013223) ALS2 (ENSPTIG00000013259) MPP4 (ENSPTIG00000013368) TMEM237 (ENSPTIG00000013692) ENSPTIG00000013739 STRADB (ENSPTIG00000013805) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d.a.b ##22 leopard MODERN SPECIES 196 ENSPPRG00000014526 ##22 CARF (ENSPPRG00000014454) WDR12 (ENSPPRG00000014037) ICA1L (ENSPPRG00000014024) FAM117B (ENSPPRG00000013956) BMPR2 (ENSPPRG00000013936) NOP58 (ENSPPRG00000013837) SUMO1 (ENSPPRG00000013405) ENSPPRG00000012375 KIAA2012 (ENSPPRG00000013282) FZD7 (ENSPPRG00000012355) CDK15 (ENSPPRG00000013166) ALS2 (ENSPPRG00000012887) MPP4 (ENSPPRG00000012822) TMEM237 (ENSPPRG00000012249) Cat MODERN SPECIES 239 ZDBF2 (ENSFCAG00000041779) CMKLR2 (ENSFCAG00000028762) EEF1B2 (ENSFCAG00000010239) NDUFS1 (ENSFCAG00000023344) INO80D (ENSFCAG00000022035) NRP2 (ENSFCAG00000000423) PARD3B (ENSFCAG00000025870) ICOS (ENSFCAG00000038001) CTLA4 (ENSFCAG00000014272) CD28 (ENSFCAG00000014271) ENSFCAG00000034107 RAPH1 (ENSFCAG00000019050) ABI2 (ENSFCAG00000012982) CYP20A1 (ENSFCAG00000022927) ENSFCAG00000048141 ENSFCAG00000027770 ##22 NBEAL1 (ENSFCAG00000025997) CARF (ENSFCAG00000046458) WDR12 (ENSFCAG00000026676) ICA1L (ENSFCAG00000008514) FAM117B (ENSFCAG00000046269) BMPR2 (ENSFCAG00000014094) NOP58 (ENSFCAG00000014093) ENSFCAG00000031005 KIAA2012 (ENSFCAG00000027667) FZD7 (ENSFCAG00000012609) CDK15 (ENSFCAG00000000530) ALS2 (ENSFCAG00000004007) MPP4 (ENSFCAG00000004006) TMEM237 (ENSFCAG00000004003) C2CD6 (ENSFCAG00000009008) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d.b ##22 leopard MODERN SPECIES 62 GBP3 (ENSPPRG00000024538) KYAT3 (ENSPPRG00000024297) GTF2B (ENSPPRG00000024228) PKN2 (ENSPPRG00000023367) LMO4 (ENSPPRG00000022948) ENSPPRG00000022731 ENSPPRG00000000985 HS2ST1 (ENSPPRG00000001594) SELENOF (ENSPPRG00000003036) SH3GLB1 (ENSPPRG00000005342) ENSPPRG00000008796 CLCA4 (ENSPPRG00000010047) CLCA1 (ENSPPRG00000010379) CLCA2 (ENSPPRG00000016194) ODF2L (ENSPPRG00000024565) ENSPPRG00000024439 ##22 COL24A1 (ENSPPRG00000024037) ZNHIT6 (ENSPPRG00000023340) CCN1 (ENSPPRG00000023322) ENSPPRG00000021077 DDAH1 (ENSPPRG00000000442) BCL10 (ENSPPRG00000000878) C1orf52 (ENSPPRG00000001522) SYDE2 (ENSPPRG00000002218) DNAI3 (ENSPPRG00000004873) MCOLN3 (ENSPPRG00000006193) MCOLN2 (ENSPPRG00000006914) LPAR3 (ENSPPRG00000006969) SSX2IP (ENSPPRG00000008492) ENSPPRG00000008708 CTBS (ENSPPRG00000008795) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3326 Mtx2 (ENSMSIG00000006053) Hoxd1 (ENSMSIG00000006137) Hoxd3 (ENSMSIG00000006158) ENSMSIG00000006186 Hoxd8 (ENSMSIG00000006283) Hoxd9 (ENSMSIG00000006304) Hoxd10 (ENSMSIG00000006313) Hoxd11 (ENSMSIG00000006326) Hoxd12 (ENSMSIG00000006333) Hoxd13 (ENSMSIG00000006348) Evx2 (ENSMSIG00000006361) Lnpk (ENSMSIG00000006386) ENSMSIG00000006495 Atp5g3 (ENSMSIG00000006512) Atf2 (ENSMSIG00000006546) ENSMSIG00000006659 ##22 Chn1 (ENSMSIG00000006692) Chrna1 (ENSMSIG00000006852) Wipf1 (ENSMSIG00000006899) Gpr155 (ENSMSIG00000006975) Scrn3 (ENSMSIG00000007111) Cir1 (ENSMSIG00000007130) Sp9 (ENSMSIG00000007182) Ola1 (ENSMSIG00000007200) ENSMSIG00000007302 ENSMSIG00000007310 Sp3 (ENSMSIG00000007322) ENSMSIG00000007399 Cdca7 (ENSMSIG00000007687) Map3k20 (ENSMSIG00000007713) Rapgef4 (ENSMSIG00000007773) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 28 MTR (ENSHGLG00000018165) ENSHGLG00000009800 ENSHGLG00000009879 ENSHGLG00000034223 ENSHGLG00000016129 HEATR1 (ENSHGLG00000016543) LGALS8 (ENSHGLG00000016074) EDARADD (ENSHGLG00000043766) ERO1B (ENSHGLG00000018091) GPR137B (ENSHGLG00000015957) NID1 (ENSHGLG00000017135) LYST (ENSHGLG00000015493) GNG4 (ENSHGLG00000037464) ENSHGLG00000039942 ENSHGLG00000016198 ENSHGLG00000006905 ##22 ENSHGLG00000019008 GGPS1 (ENSHGLG00000020898) ARID4B (ENSHGLG00000012546) RBM34 (ENSHGLG00000016495) ENSHGLG00000016770 ENSHGLG00000037951 ENSHGLG00000009866 TARBP1 (ENSHGLG00000011592) ENSHGLG00000012375 SLC35F3 (ENSHGLG00000049707) ENSHGLG00000034501 KCNK1 (ENSHGLG00000015891) ENSHGLG00000011707 MAP3K21 (ENSHGLG00000018159) PCNX2 (ENSHGLG00000013796) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 767 CRYL1 (ENSPSMG00000012898) GJB6 (ENSPSMG00000012910) ENSPSMG00000012916 GJB2 (ENSPSMG00000012922) GJA3 (ENSPSMG00000012927) ENSPSMG00000012935 GUCA2A (ENSPSMG00000012938) GUCA2B (ENSPSMG00000012946) ENSPSMG00000012960 ##22 HIVEP3 (ENSPSMG00000012971) EDN2 (ENSPSMG00000012980) FOXO6 (ENSPSMG00000012982) SCMH1 (ENSPSMG00000013066) ENSPSMG00000013181 SLFNL1 (ENSPSMG00000013189) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000156338 ENSGT00940000160747 ENSGT00390000017418 ENSGT00390000001376.bb.a.a ENSGT00390000016565 ENSGT00940000155361 ENSGT00390000015719.c ENSGT00390000004191 ENSGT00950000183172.B ENSGT01090000260040.b.b.b.a ENSGT00940000156585 ENSGT00390000013174 ENSGT00940000155194 ENSGT00940000159314 ENSGT00390000004871.b.m.b ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 ENSGT00390000007879 ENSGT00940000153295.a.m.a ENSGT00940000163172 ENSGT00940000157740 ENSGT00860000134004 ENSGT00520000055567.b ENSGT00940000157260 ENSGT00620000087993.a.b ENSGT00940000161879 ENSGT00940000159599 ENSGT01070000253847 ENSGT00390000004173 ENSGT00530000067301 ENSGT00950000183056.A.a ENSGT00940000158412 Bonobo MODERN SPECIES SLC9A1 (ENSPPAG00000043811) TENT5B (ENSPPAG00000035934) ENSPPAG00000041792 KDF1 (ENSPPAG00000030084) NUDC (ENSPPAG00000000217) NR0B2 (ENSPPAG00000039413) GPATCH3 (ENSPPAG00000032902) GPN2 (ENSPPAG00000039790) SFN (ENSPPAG00000013397) ZDHHC18 (ENSPPAG00000031507) PIGV (ENSPPAG00000033338) ARID1A (ENSPPAG00000035294) RPS6KA1 (ENSPPAG00000041102) ENSPPAG00000028434 ENSPPAG00000032129 ENSPPAG00000042179 ##22 DHDDS (ENSPPAG00000031128) LIN28A (ENSPPAG00000037906) ZNF683 (ENSPPAG00000038727) CRYBG2 (ENSPPAG00000021426) CD52 (ENSPPAG00000037302) ENSPPAG00000011359 UBXN11 (ENSPPAG00000031858) CEP85 (ENSPPAG00000035844) CATSPER4 (ENSPPAG00000001651) CNKSR1 (ENSPPAG00000042812) ZNF593OS (ENSPPAG00000038226) ZNF593 (ENSPPAG00000030063) C1orf232 (ENSPPAG00000031691) PDIK1L (ENSPPAG00000019009) TRIM63 (ENSPPAG00000042727) Chimpanzee MODERN SPECIES TENT5B (ENSPTRG00000000397) TRNP1 (ENSPTRG00000046384) ENSPTRG00000044717 KDF1 (ENSPTRG00000000396) NUDC (ENSPTRG00000000395) NR0B2 (ENSPTRG00000000394) GPATCH3 (ENSPTRG00000023419) GPN2 (ENSPTRG00000000392) SFN (ENSPTRG00000030723) ZDHHC18 (ENSPTRG00000051743) PIGV (ENSPTRG00000047988) ARID1A (ENSPTRG00000000388) RPS6KA1 (ENSPTRG00000000387) ENSPTRG00000048717 HMGN2 (ENSPTRG00000000386) ENSPTRG00000045505 ##22 DHDDS (ENSPTRG00000000385) LIN28A (ENSPTRG00000000384) ZNF683 (ENSPTRG00000000383) CRYBG2 (ENSPTRG00000000382) CD52 (ENSPTRG00000000381) UBXN11 (ENSPTRG00000000380) SH3BGRL3 (ENSPTRG00000047319) CEP85 (ENSPTRG00000000378) CATSPER4 (ENSPTRG00000000377) CNKSR1 (ENSPTRG00000048000) ENSPTRG00000050455 ZNF593 (ENSPTRG00000000375) C1H1orf232 (ENSPTRG00000050100) FAM110D (ENSPTRG00000022777) PDIK1L (ENSPTRG00000000374) Orangutan MODERN SPECIES ENSPPYG00000033121 TENT5B (ENSPPYG00000038825) TRNP1 (ENSPPYG00000036663) KDF1 (ENSPPYG00000001672) NUDC (ENSPPYG00000001673) NR0B2 (ENSPPYG00000001674) GPATCH3 (ENSPPYG00000001675) GPN2 (ENSPPYG00000001676) SFN (ENSPPYG00000001677) ZDHHC18 (ENSPPYG00000001678) PIGV (ENSPPYG00000001679) ARID1A (ENSPPYG00000001680) RPS6KA1 (ENSPPYG00000001681) HMGN2 (ENSPPYG00000001682) DHDDS (ENSPPYG00000001683) ENSPPYG00000014748 ##22 LIN28A (ENSPPYG00000001684) ZNF683 (ENSPPYG00000001685) CRYBG2 (ENSPPYG00000001686) CD52 (ENSPPYG00000001687) UBXN11 (ENSPPYG00000001688) SH3BGRL3 (ENSPPYG00000001689) CEP85 (ENSPPYG00000001690) ENSPPYG00000008742 CATSPER4 (ENSPPYG00000001691) CNKSR1 (ENSPPYG00000001692) ZNF593OS (ENSPPYG00000031753) ZNF593 (ENSPPYG00000001693) C1orf232 (ENSPPYG00000031495) FAM110D (ENSPPYG00000001694) PDIK1L (ENSPPYG00000035248) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 4 ENSPANG00000024833 STXBP1 (ENSPANG00000024829) NIBAN2 (ENSPANG00000024828) LRSAM1 (ENSPANG00000024820) ENSPANG00000024821 ZNF79 (ENSPANG00000024822) SLC2A8 (ENSPANG00000024823) GARNL3 (ENSPANG00000024824) ANGPTL2 (ENSPANG00000024826) ENSPANG00000024827 ZBTB34 (ENSPANG00000024819) RALGPS1 (ENSPANG00000024825) ZBTB43 (ENSPANG00000000295) LMX1B (ENSPANG00000024818) MVB12B (ENSPANG00000049397) ENSPANG00000050841 ##22 PBX3 (ENSPANG00000024812) ENSPANG00000051227 MAPKAP1 (ENSPANG00000024814) GAPVD1 (ENSPANG00000024816) HSPA5 (ENSPANG00000024811) ENSPANG00000024810 PPP6C (ENSPANG00000024802) SCAI (ENSPANG00000011266) GOLGA1 (ENSPANG00000017415) ARPC5L (ENSPANG00000044193) RPL35 (ENSPANG00000032631) WDR38 (ENSPANG00000007029) OLFML2A (ENSPANG00000025860) NR6A1 (ENSPANG00000025861) NR5A1 (ENSPANG00000025862) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a.d ##22 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 10256 ENSETEG00000000897 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 11957 ENSETEG00000019420 ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Chinook salmon MODERN SPECIES 33 ENSOTSG00005025444 ENSOTSG00005025441 nup155 (ENSOTSG00005025431) ENSOTSG00005025366 SLC1A3 (ENSOTSG00005025217) RANBP3L (ENSOTSG00005025207) skp2 (ENSOTSG00005025201) ENSOTSG00005024755 myo5b (ENSOTSG00005003595) #18 ENSOTSG00005003363 capslb (ENSOTSG00005003361) lmbrd2b (ENSOTSG00005001331) ppp1r3b (ENSOTSG00005001175) eri1 (ENSOTSG00005000916) ENSOTSG00005000796 ENSOTSG00005047487 ##22 nkx6.1 (ENSOTSG00005047486) gpat3 (ENSOTSG00005047195) abraxas1 (ENSOTSG00005047192) ENSOTSG00005047191 ENSOTSG00005047189 btc (ENSOTSG00005047188) slc45a2 (ENSOTSG00005047187) rxfp3 (ENSOTSG00005047185) rai14 (ENSOTSG00005047183) fgf10a (ENSOTSG00005047181) nnt (ENSOTSG00005046844) ENSOTSG00005046843 ENSOTSG00005046842 PDE6B (ENSOTSG00005046786) rbp4l (ENSOTSG00005046782) Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Atlantic salmon MODERN SPECIES 4 ENSSSAG00000063799 ENSSSAG00000068186 SLC1A3 (ENSSSAG00000068621) RANBP3L (ENSSSAG00000068697) NADK2 (ENSSSAG00000068701) SKP2 (ENSSSAG00000068716) ENSSSAG00000068795 myo5b (ENSSSAG00000069046) #18 ENSSSAG00000105075 ENSSSAG00000009350 lmbrd2b (ENSSSAG00000070502) ENSSSAG00000092956 ppp1r3b (ENSSSAG00000071303) thex1 (ENSSSAG00000094462) ENSSSAG00000071317 ENSSSAG00000071322 ##22 nkx6.1 (ENSSSAG00000120093) gpat3 (ENSSSAG00000071359) ccd98 (ENSSSAG00000072520) ENSSSAG00000072522 HELQ (ENSSSAG00000072527) hpse (ENSSSAG00000072530) btc (ENSSSAG00000072537) ENSSSAG00000110559 slc45a2 (ENSSSAG00000072541) rxfp3 (ENSSSAG00000072545) rai14 (ENSSSAG00000072556) fgf10a (ENSSSAG00000072596) nnt (ENSSSAG00000072639) ENSSSAG00000090561 fyb (ENSSSAG00000074513) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1456 MFHAS1 (ENSSPAG00000008233) rpl17 (ENSSPAG00000008247) ##22 nkx6.1 (ENSSPAG00000008326) gpat3 (ENSSPAG00000008367) abraxas1 (ENSSPAG00000008673) mrps18c (ENSSPAG00000008687) HELQ (ENSSPAG00000008705) ppp3ccb (ENSSPAG00000008755) Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Midas cichlid MODERN SPECIES 573 ENSACIG00000020015 ENSACIG00000020036 MFHAS1 (ENSACIG00000020042) rpl17 (ENSACIG00000020062) ##22 nkx6.1 (ENSACIG00000020153) gpat3 (ENSACIG00000020168) abraxas1 (ENSACIG00000020189) HELQ (ENSACIG00000020216) mrps18c (ENSACIG00000020253) hpse (ENSACIG00000020277) ppp3ccb (ENSACIG00000020334) dmtn (ENSACIG00000020357) pbdc1 (ENSACIG00000020377) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Electric eel MODERN SPECIES 34 spon2a (ENSEEEG00000014958) KDM3B (ENSEEEG00000014784) reep2 (ENSEEEG00000014767) egr1 (ENSEEEG00000014764) smim19 (ENSEEEG00000014762) si:ch211-175m2.5 (ENSEEEG00000014760) TMEM132C (ENSEEEG00000014738) ENSEEEG00000014736 smpd4 (ENSEEEG00000014671) med15 (ENSEEEG00000014633) crkl (ENSEEEG00000014627) ENSEEEG00000014615 pgam2 (ENSEEEG00000014613) neflb (ENSEEEG00000014611) nefma (ENSEEEG00000014609) rpl17 (ENSEEEG00000014601) ##22 nkx6.1 (ENSEEEG00000014599) gpat3 (ENSEEEG00000014590) abraxas1 (ENSEEEG00000014584) mrps18c (ENSEEEG00000014582) HELQ (ENSEEEG00000014526) hpse (ENSEEEG00000014517) MYL5 (ENSEEEG00000014516) btc (ENSEEEG00000014515) amacr (ENSEEEG00000014511) slc45a2 (ENSEEEG00000014510) rxfp3 (ENSEEEG00000014508) ENSEEEG00000014507 rai14 (ENSEEEG00000014500) fgf10a (ENSEEEG00000014495) nnt (ENSEEEG00000013559) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.a.a ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 4498 rpl17 (ENSSGRG00000003457) ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01100000266768 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b ##22 ENSGT00940000170114 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 68 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b ##22 ENSGT00940000170114 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 34 POLI (ENSSMRG00000016509) MBD2 (ENSSMRG00000016511) ##16 DCC (ENSSMRG00000016526) #7 ENSSMRG00000016529 MEX3C (ENSSMRG00000016531) #8 SMAD4 (ENSSMRG00000016533) #9 ELAC1 (ENSSMRG00000016541) #10 ME2 (ENSSMRG00000016542) #11 MAPK4 (ENSSMRG00000016550) #13 ENSSMRG00000016552 ENSSMRG00000016555 ENSSMRG00000016557 MYO5B (ENSSMRG00000016569) #18 ACAA2 (ENSSMRG00000016578) #19 LIPG (ENSSMRG00000016580) #21 RPL17 (ENSSMRG00000016581) ##22 C18orf32 (ENSSMRG00000016584) #23 DYM (ENSSMRG00000016587) #24 SMAD7 (ENSSMRG00000016590) #26 CTIF (ENSSMRG00000016591) #27 ENSSMRG00000016592 ZBTB7C (ENSSMRG00000016594) #28 SMAD2 (ENSSMRG00000016595) #29 SKOR2 (ENSSMRG00000000124) IER3IP1 (ENSSMRG00000000137) #30 HDHD2 (ENSSMRG00000000191) #31 KATNAL2 (ENSSMRG00000000219) #32 PIAS2 (ENSSMRG00000000256) #34 ENSSMRG00000000298 ST8SIA5 (ENSSMRG00000000377) LOXHD1 (ENSSMRG00000000443) #35 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Golden eagle MODERN SPECIES 91 MBD2 (ENSACCG00020009819) ##16 DCC (ENSACCG00020009773) #7 ENSACCG00020009660 MEX3C (ENSACCG00020009646) #8 SMAD4 (ENSACCG00020009624) #9 ELAC1 (ENSACCG00020009599) #10 ENSACCG00020009582 ME2 (ENSACCG00020009563) #11 MAPK4 (ENSACCG00020009547) #13 ENSACCG00020009534 ENSACCG00020009516 ENSACCG00020009495 MYO5B (ENSACCG00020016656) #18 ACAA2 (ENSACCG00020016573) #19 LIPG (ENSACCG00020016557) #21 RPL17 (ENSACCG00020016537) ##22 C18orf32 (ENSACCG00020016535) #23 DYM (ENSACCG00020016531) #24 SMAD7 (ENSACCG00020016530) #26 CTIF (ENSACCG00020016528) #27 ZBTB7C (ENSACCG00020016526) #28 SMAD2 (ENSACCG00020016518) #29 SKOR2 (ENSACCG00020016513) IER3IP1 (ENSACCG00020016510) #30 HDHD2 (ENSACCG00020016506) #31 KATNAL2 (ENSACCG00020016503) #32 PIAS2 (ENSACCG00020016500) #34 ENSACCG00020016495 ST8SIA5 (ENSACCG00020016492) LOXHD1 (ENSACCG00020016482) #35 RNF165 (ENSACCG00020016454) #36 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 362 Dcc (ENSDORG00000001861) #7 Mex3c (ENSDORG00000025473) #8 Smad4 (ENSDORG00000009089) #9 Elac1 (ENSDORG00000025215) #10 ENSDORG00000024602 Me2 (ENSDORG00000010848) #11 Mro (ENSDORG00000004230) #12 ENSDORG00000028529 #13 ENSDORG00000013704 Cxxc1 (ENSDORG00000000890) #15 Mbd1 (ENSDORG00000013917) #16 ENSDORG00000013915 #17 Myo5b (ENSDORG00000013047) #18 Acaa2 (ENSDORG00000012365) #19 Lipg (ENSDORG00000015147) #21 ENSDORG00000026216 ##22 BC031181 (ENSDORG00000000327) #23 Dym (ENSDORG00000029874) #24 Smad7 (ENSDORG00000001837) #26 Ctif (ENSDORG00000003221) #27 Zbtb7c (ENSDORG00000002188) #28 Smad2 (ENSDORG00000013015) #29 Skor2 (ENSDORG00000012420) ENSDORG00000027748 #30 Hdhd2 (ENSDORG00000012417) #31 Katnal2 (ENSDORG00000005500) #32 Coelacanth MODERN SPECIES 2149 RPL17 (ENSLACG00000008835) ##22 ENSLACG00000009142 #23 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000012082 ENSGT00390000016188 ENSGT00940000158864 ENSGT00940000160904 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 123 ENSGT00940000158907 ENSGT00390000004624.a.a ENSGT00940000153432.B ##27 ENSGT00940000175038 ENSGT01100000263544.c.a.a.b ENSGT00390000005102 ENSGT00940000156471.a ENSGT00510000047107.B ENSGT00390000015494 ENSGT00940000155983.a.b ENSGT00940000159066 ENSGT00940000156161.B ENSGT00940000159475.c ENSGT00530000063205.B ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000160508 ENSGT00940000156901.B ENSGT00510000048748 ENSGT00510000048556 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157438.c ENSGT00670000098179.d.b ENSGT00670000098179.d.a ENSGT00390000005102 ENSGT00940000156471.a ENSGT00510000047107.B ENSGT00390000015494 ENSGT01100000263544.c.a.a.b ENSGT00390000009453.gb ENSGT00940000155983.a.b ENSGT00940000159066 ENSGT00940000156161.B ENSGT00940000159475.c ENSGT00530000063205.B ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000160508 ENSGT00940000157215 ENSGT00950000182914.a.b ENSGT01030000234518.B.a.a ENSGT00960000187050 ENSGT00940000157400 ENSGT00940000158907 ENSGT00390000004624.a.a Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00390000015757 ENSGT00940000164013 ENSGT00670000098179.d.b ENSGT00670000098179.d.a ENSGT00390000005102 ENSGT00940000156471.a ENSGT00510000047107.B ENSGT01100000263544.c.a.a.b ENSGT00390000009453.gb ENSGT00940000155983.a.b ENSGT00940000159066 ENSGT00940000156161.B ENSGT00940000159475.c ENSGT00530000063205.B ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000160508 ENSGT00940000157215 ENSGT00950000182914.a.b ENSGT01030000234518.B.a.a ENSGT01030000234551.i ENSGT00910000144271.C ENSGT00940000157400 ENSGT00940000158907 Asian bonytongue MODERN SPECIES 21 ENSSFOG00015018872 ENSSFOG00015027919 ENSSFOG00015024946 hspb9l (ENSSFOG00015018907) atp5mea (ENSSFOG00015032769) PDE6B (ENSSFOG00015018946) rbp4l (ENSSFOG00015018987) slc26a1 (ENSSFOG00015033212) zgc:86764 (ENSSFOG00015019069) ENSSFOG00015019096 dusp4 (ENSSFOG00015019120) tnksb (ENSSFOG00015019144) ppp1r3b (ENSSFOG00015031266) eri1 (ENSSFOG00015031603) MFHAS1 (ENSSFOG00015019302) rpl17 (ENSSFOG00015019318) ##22 nkx6.1 (ENSSFOG00015019392) agpat9l (ENSSFOG00015019403) abraxas1 (ENSSFOG00015019434) mrps18c (ENSSFOG00015032365) HELQ (ENSSFOG00015019460) hpse (ENSSFOG00015019513) MYL5 (ENSSFOG00015019520) btc (ENSSFOG00015019539) amacr (ENSSFOG00015019554) slc45a2 (ENSSFOG00015019563) RXFP3 (ENSSFOG00015030645) ENSSFOG00015019596 rai14 (ENSSFOG00015019611) fgf10b (ENSSFOG00015030737) nnt (ENSSFOG00015019697) P. kingsleyae MODERN SPECIES 9 KCNV2 (ENSPKIG00000022294) pum3 (ENSPKIG00000022249) 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ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000160508 ENSGT00940000157215 ENSGT00950000182914.a.b ENSGT01030000234534.B.a.a.a.b ENSGT00940000161886 ENSGT00940000157400 ENSGT00940000158907.c ENSGT00390000004624.a.a Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00970000193642 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000156466 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00970000193642 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000156466 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 3 sptan1 (ENSMMDG00005024759) ODF2 (ENSMMDG00005024754) SCAI (ENSMMDG00005024753) ppp6c (ENSMMDG00005024752) ENSMMDG00005024751 smarcb1b (ENSMMDG00005024750) derl2 (ENSMMDG00005024749) ENSMMDG00005024748 ENSMMDG00005024747 cfap53 (ENSMMDG00005024746) myo5b (ENSMMDG00005023295) #18 ENSMMDG00005023113 capslb (ENSMMDG00005023108) lmbrd2b (ENSMMDG00005023002) ENSMMDG00005022986 rpl17 (ENSMMDG00005022980) ##22 nkx6.1 (ENSMMDG00005022979) gpat3 (ENSMMDG00005022976) abraxas1 (ENSMMDG00005022974) mrps18c (ENSMMDG00005022973) HELQ (ENSMMDG00005022960) hpse 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ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000155147 ENSGT00940000154399 ENSGT01020000232179 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000048500 ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000155147 ENSGT00940000154399 ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT01020000232179 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.a ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Zig-zag eel MODERN SPECIES 3 ENSMAMG00000026525 hsdl2 (ENSMAMG00000012828) PTBP3 (ENSMAMG00000012797) ugcg (ENSMAMG00000012770) ENSMAMG00000012753 ENSMAMG00000012737 ENSMAMG00000012728 ENSMAMG00000012715 ENSMAMG00000012623 #18 ENSMAMG00000012606 ENSMAMG00000012597 ENSMAMG00000012591 ENSMAMG00000012536 ENSMAMG00000012527 ENSMAMG00000012520 ENSMAMG00000012465 ##22 nkx6.1 (ENSMAMG00000012450) ENSMAMG00000012447 gpat3 (ENSMAMG00000012423) abraxas1 (ENSMAMG00000012397) mrps18c (ENSMAMG00000026215) HELQ (ENSMAMG00000012364) hpse (ENSMAMG00000012352) ENSMAMG00000012337 ENSMAMG00000012284 dmtn (ENSMAMG00000012271) pbdc1 (ENSMAMG00000012250) xpo7 (ENSMAMG00000012156) GFRA2 (ENSMAMG00000012126) ENSMAMG00000012090 ENSMAMG00000012062 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000154399 ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.a ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00940000161682.i ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c Climbing perch MODERN SPECIES 3 ENSATEG00000023224 ENSATEG00000023228 ENSATEG00000027059 ENSATEG00000023245 ENSATEG00000023251 ENSATEG00000023263 ENSATEG00000023290 ENSATEG00000023303 #18 ENSATEG00000023327 ENSATEG00000023331 ENSATEG00000023334 ENSATEG00000023346 ENSATEG00000023366 ENSATEG00000023381 ENSATEG00000023384 ENSATEG00000023387 ##22 nkx6.1 (ENSATEG00000023404) gpat3 (ENSATEG00000023407) abraxas1 (ENSATEG00000026181) mrps18c (ENSATEG00000027902) HELQ (ENSATEG00000023420) ENSATEG00000023434 hpse (ENSATEG00000023437) ENSATEG00000023445 ENSATEG00000023456 dmtn (ENSATEG00000023472) pbdc1 (ENSATEG00000025714) xpo7 (ENSATEG00000023484) GFRA2 (ENSATEG00000000060) ENSATEG00000000167 dusp11 (ENSATEG00000000234) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 3 ENSBSLG00000008822 hsdl2 (ENSBSLG00000008841) PTBP3 (ENSBSLG00000008884) ugcg (ENSBSLG00000009078) ENSBSLG00000009149 ENSBSLG00000009176 ENSBSLG00000009255 ENSBSLG00000010325 myo5b (ENSBSLG00000010335) #18 ENSBSLG00000010687 capslb (ENSBSLG00000010741) ENSBSLG00000010780 lmbrd2b (ENSBSLG00000010833) ppp1r3b (ENSBSLG00000010990) MFHAS1 (ENSBSLG00000010998) rpl17 (ENSBSLG00000011009) ##22 nkx6.1 (ENSBSLG00000011617) abraxas1 (ENSBSLG00000011978) mrps18c (ENSBSLG00000012122) HELQ (ENSBSLG00000012143) ENSBSLG00000012336 ppp3ccb (ENSBSLG00000012409) dmtn (ENSBSLG00000013003) pbdc1 (ENSBSLG00000013015) xpo7 (ENSBSLG00000013212) GFRA2 (ENSBSLG00000013611) ATP6V1B2 (ENSBSLG00000014065) dusp11 (ENSBSLG00000014263) ENSBSLG00000014278 ENSBSLG00000014293 tcf7l1a (ENSBSLG00000014304) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000154399 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000048500 ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000015874 ENSGT00940000155147 ENSGT00940000154399 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000048500 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b.l #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Turbot MODERN SPECIES 7 ENSSMAG00000008869 ENSSMAG00000008852 ENSSMAG00000008848 ENSSMAG00000008820 ENSSMAG00000008792 ugcg (ENSSMAG00000008731) PTBP3 (ENSSMAG00000008658) hsdl2 (ENSSMAG00000008441) ENSSMAG00000008409 ENSSMAG00000031401 ENSSMAG00000029577 ENSSMAG00000008284 #18 ENSSMAG00000031721 ENSSMAG00000008242 ENSSMAG00000008230 ENSSMAG00000008225 ##22 nkx6.1 (ENSSMAG00000008198) gpat3 (ENSSMAG00000035292) abraxas1 (ENSSMAG00000037441) mrps18c (ENSSMAG00000037445) HELQ (ENSSMAG00000031179) ENSSMAG00000038004 ENSSMAG00000031785 dmtn (ENSSMAG00000024114) pbdc1 (ENSSMAG00000029601) xpo7 (ENSSMAG00000032317) ENSSMAG00000036211 ENSSMAG00000009149 ENSSMAG00000021812 ENSSMAG00000009165 ENSSMAG00000009168 Tongue sole DUPLICATION Tongue sole MODERN SPECIES ENSCSEG00000005132 ENSCSEG00000005129 trpc5a (ENSCSEG00000005117) cnpy3 (ENSCSEG00000005112) dachb (ENSCSEG00000005103) ENSCSEG00000005073 stk26 (ENSCSEG00000005056) zgc:77880 (ENSCSEG00000005054) ENSCSEG00000005048 pip4p1b (ENSCSEG00000005042) ENSCSEG00000005021 ENSCSEG00000005015 dysf (ENSCSEG00000004989) cyp26b1 (ENSCSEG00000004973) camk2d1 (ENSCSEG00000004948) rpl17 (ENSCSEG00000004760) ##22 ARSJ (ENSCSEG00000004731) mad2l1 (ENSCSEG00000004726) pde5ab (ENSCSEG00000004689) ENSCSEG00000004679 ENSCSEG00000004675 zcchc4 (ENSCSEG00000004671) ABLIM2 (ENSCSEG00000004654) AFAP1 (ENSCSEG00000004634) STIM2 (ENSCSEG00000004617) tbc1d19 (ENSCSEG00000004592) CCKAR (ENSCSEG00000004584) RBPJ (ENSCSEG00000004581) smim20 (ENSCSEG00000004579) ENSCSEG00000004575 ENSCSEG00000004573 Tongue sole MODERN SPECIES 5 wdr36 (ENSCSEG00000020460) slc25a46 (ENSCSEG00000020462) slc31a1 (ENSCSEG00000020464) atp6v1g1 (ENSCSEG00000020466) ENSCSEG00000020470 ugcg (ENSCSEG00000020477) PTBP3 (ENSCSEG00000020483) hsdl2 (ENSCSEG00000020489) capslb (ENSCSEG00000020500) ENSCSEG00000020503 myo5b (ENSCSEG00000020510) #18 ENSCSEG00000020514 #18 ENSCSEG00000020516 lmbrd2b (ENSCSEG00000020521) MFHAS1 (ENSCSEG00000020534) rpl17 (ENSCSEG00000020536) ##22 ENSCSEG00000000698 gpat3 (ENSCSEG00000000703) abraxas1 (ENSCSEG00000000705) mrps18c (ENSCSEG00000000711) HELQ (ENSCSEG00000000724) hpse (ENSCSEG00000000739) MYL5 (ENSCSEG00000000748) ppp3ccb (ENSCSEG00000000754) PLPP1 (ENSCSEG00000000770) CSGALNACT1 (ENSCSEG00000000782) nxnl2 (ENSCSEG00000000798) gng10 (ENSCSEG00000000805) ENSCSEG00000000810 rxfp3 (ENSCSEG00000000813) slc45a2 (ENSCSEG00000000815) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000161682.i ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Barramundi perch MODERN SPECIES 671 ENSLCAG00010017920 ENSLCAG00010017922 ENSLCAG00010017923 ENSLCAG00010017927 ENSLCAG00010017929 lmbrd2b (ENSLCAG00010017947) ppp1r3b (ENSLCAG00010018006) MFHAS1 (ENSLCAG00010018007) rpl17 (ENSLCAG00010018008) ##22 nkx6.1 (ENSLCAG00010018021) Seriola ANCESTRAL SPECIES 163 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000161682.i ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b Greater amberjack MODERN SPECIES 224 ENSSDUG00000015917 lmbrd2b (ENSSDUG00000015850) ppp1r3b (ENSSDUG00000015830) MFHAS1 (ENSSDUG00000015819) rpl17 (ENSSDUG00000015761) ##22 nkx6.1 (ENSSDUG00000015738) gpat3 (ENSSDUG00000015712) abraxas1 (ENSSDUG00000015688) mrps18c (ENSSDUG00000015676) HELQ (ENSSDUG00000015665) hpse (ENSSDUG00000015608) ENSSDUG00000015581 ppp3ccb (ENSSDUG00000015519) dmtn (ENSSDUG00000015467) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2083 rpl17 (ENSSLDG00000014775) ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.a ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.b.a.a ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000165151.a ENSGT00390000003828 ENSGT00940000166276 ENSGT00730000111276 ENSGT00940000176908 ENSGT00940000161616.c ENSGT00940000156744.p ENSGT00390000004524 ENSGT00530000064123 ENSGT00940000165981 ENSGT00390000001761 ENSGT00440000039084.a.b ENSGT00940000155214.k.a ENSGT00530000062932 ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b Fugu MODERN SPECIES 18 bspry (ENSTRUG00000018663) coq4 (ENSTRUG00000026778) ENSTRUG00000018661 fbxw5 (ENSTRUG00000018660) ENSTRUG00000022499 prdm12b (ENSTRUG00000018659) fubp3 (ENSTRUG00000018658) ASS1 (ENSTRUG00000018657) surf4 (ENSTRUG00000018656) surf2 (ENSTRUG00000018655) bbln (ENSTRUG00000028996) ENSTRUG00000018653 dnm1a (ENSTRUG00000018652) golga2 (ENSTRUG00000018651) MFHAS1 (ENSTRUG00000018650) rpl17 (ENSTRUG00000025797) ##22 NKX6-1 (ENSTRUG00000026306) gpat3 (ENSTRUG00000018646) abraxas1 (ENSTRUG00000018645) mrps18c (ENSTRUG00000028095) HELQ (ENSTRUG00000018644) hpse (ENSTRUG00000018643) ppp3ccb (ENSTRUG00000018642) dmtn (ENSTRUG00000018641) pbdc1 (ENSTRUG00000027342) xpo7 (ENSTRUG00000001082) ENSTRUG00000032753 ENSTRUG00000030281 ENSTRUG00000033476 GFRA2 (ENSTRUG00000018638) ATP6V1B2 (ENSTRUG00000018637) Tetraodon MODERN SPECIES 19 zmynd19 (ENSTNIG00000009025) bspry (ENSTNIG00000009024) coq4 (ENSTNIG00000009023) ENSTNIG00000009022 fbxw5 (ENSTNIG00000009021) prdm12b (ENSTNIG00000009020) fubp3 (ENSTNIG00000009019) ASS1 (ENSTNIG00000009018) surf4 (ENSTNIG00000004786) surf2 (ENSTNIG00000009017) bbln (ENSTNIG00000009016) ENSTNIG00000009015 dnm1a (ENSTNIG00000009014) golga2 (ENSTNIG00000009013) MFHAS1 (ENSTNIG00000009012) rpl17 (ENSTNIG00000009011) ##22 nkx6.1 (ENSTNIG00000009010) gpat3 (ENSTNIG00000005676) abraxas1 (ENSTNIG00000005675) mrps18c (ENSTNIG00000005674) HELQ (ENSTNIG00000005673) hpse (ENSTNIG00000005672) ppp3ccb (ENSTNIG00000005671) dmtn (ENSTNIG00000005670) pbdc1 (ENSTNIG00000005669) xpo7 (ENSTNIG00000004671) GFRA2 (ENSTNIG00000013609) ENSTNIG00000000400 ENSTNIG00000013608 ENSTNIG00000013607 dusp11 (ENSTNIG00000013606) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153662.B ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.b.a.a.d ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Ballan wrasse MODERN SPECIES 94 ENSLBEG00000020263 capslb (ENSLBEG00000020249) ENSLBEG00000020087 lmbrd2b (ENSLBEG00000019883) ENSLBEG00000019807 ENSLBEG00000019795 ENSLBEG00000019719 myo5b (ENSLBEG00000019611) #18 ENSLBEG00000019590 capslb (ENSLBEG00000019559) ENSLBEG00000019533 hsdl2 (ENSLBEG00000019478) PTBP3 (ENSLBEG00000019422) ugcg (ENSLBEG00000019387) MFHAS1 (ENSLBEG00000019368) rpl17 (ENSLBEG00000019276) ##22 nkx6.1 (ENSLBEG00000019245) gpat3 (ENSLBEG00000019197) mrps18c (ENSLBEG00000019174) abraxas1 (ENSLBEG00000019087) HELQ (ENSLBEG00000019017) hpse (ENSLBEG00000018994) ppp3ccb (ENSLBEG00000018935) dmtn (ENSLBEG00000018887) pbdc1 (ENSLBEG00000018849) xpo7 (ENSLBEG00000018784) Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153662.B ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.b.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.b.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 European seabass MODERN SPECIES 18 ENSDLAG00005032024 ENSDLAG00005005667 ENSDLAG00005005593 GFRA2 (ENSDLAG00005027802) pbdc1 (ENSDLAG00005034167) xpo7 (ENSDLAG00005003106) ENSDLAG00005027132 ENSDLAG00005026881 ENSDLAG00005024328 HELQ (ENSDLAG00005024295) mrps18c (ENSDLAG00005024288) abraxas1 (ENSDLAG00005024284) gpat3 (ENSDLAG00005024256) ENSDLAG00005028985 ENSDLAG00005024227 ENSDLAG00005024234 ##22 ENSDLAG00005034189 ENSDLAG00005014478 ENSDLAG00005026354 ENSDLAG00005027118 ENSDLAG00005033707 meis2b (ENSDLAG00005020388) gjd2b (ENSDLAG00005020379) stxbp6l (ENSDLAG00005028205) ENSDLAG00005031790 ddhd1b (ENSDLAG00005020357) ENSDLAG00005027981 cgrrf1 (ENSDLAG00005020351) psmc6 (ENSDLAG00005020310) ptger2b (ENSDLAG00005020304) ENSDLAG00005030521 Large yellow croaker MODERN SPECIES 4 wdr36 (ENSLCRG00005010849) slc31a1 (ENSLCRG00005010843) atp6v1g1 (ENSLCRG00005010840) lmbrd2b (ENSLCRG00005010429) ENSLCRG00005010421 myo5b (ENSLCRG00005010248) #18 ENSLCRG00005010235 capslb (ENSLCRG00005010234) hsdl2 (ENSLCRG00005010231) PTBP3 (ENSLCRG00005009967) ugcg (ENSLCRG00005009826) ENSLCRG00005009819 ENSLCRG00005008449 MFHAS1 (ENSLCRG00005008444) ppp1r3b (ENSLCRG00005008443) rpl17 (ENSLCRG00005008438) ##22 nkx6.1 (ENSLCRG00005008436) ENSLCRG00005008435 abraxas1 (ENSLCRG00005008434) ENSLCRG00005008433 scarb1 (ENSLCRG00005008418) ENSLCRG00005008408 ENSLCRG00005008406 grk5 (ENSLCRG00005007823) ash2l (ENSLCRG00005007401) pnx (ENSLCRG00005007387) aebp1a (ENSLCRG00005007327) ddx56 (ENSLCRG00005006878) DUSP26 (ENSLCRG00005006873) ENSLCRG00005006869 ZMIZ2 (ENSLCRG00005006864) ##34 Perciformes ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.b ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.b.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT00940000165965 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT00940000165965 ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a ENSGT00390000011010.a.a Lumpfish MODERN SPECIES 3 dab2ipb (ENSCLMG00005012038) zgc:63972 (ENSCLMG00005012001) fibcd1b (ENSCLMG00005011669) ENSCLMG00005011667 ENSCLMG00005011666 ENSCLMG00005011665 aif1l (ENSCLMG00005011663) zgc:171695 (ENSCLMG00005011662) capslb (ENSCLMG00005011661) ENSCLMG00005011660 myo5b (ENSCLMG00005010955) #18 ENSCLMG00005010944 ENSCLMG00005010943 lmbrd2b (ENSCLMG00005010878) MFHAS1 (ENSCLMG00005010874) rpl17 (ENSCLMG00005010868) ##22 nkx6.1 (ENSCLMG00005010867) ENSCLMG00005010866 ENSCLMG00005010865 mrps18c (ENSCLMG00005010864) HELQ (ENSCLMG00005010853) hpse (ENSCLMG00005010845) PPP3CB (ENSCLMG00005006624) dmtn (ENSCLMG00005006579) pbdc1 (ENSCLMG00005006578) xpo7 (ENSCLMG00005006304) ENSCLMG00005006283 ENSCLMG00005006281 dusp11 (ENSCLMG00005006277) ENSCLMG00005006275 tcf7l1a (ENSCLMG00005006271) Stickleback MODERN SPECIES 214 ENSGACG00000013484 capslb (ENSGACG00000013479) ENSGACG00000013478 myo5b (ENSGACG00000013454) #18 lmbrd2b (ENSGACG00000013445) ppp1r3b (ENSGACG00000013442) MFHAS1 (ENSGACG00000013440) rpl17 (ENSGACG00000013435) ##22 nkx6.1 (ENSGACG00000013430) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 149 ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 Channel bull blenny MODERN SPECIES 145 MFHAS1 (ENSCGOG00000015833) rpl17 (ENSCGOG00000015837) ##22 nkx6.1 (ENSCGOG00000015847) nkx6.1 (ENSCGOG00000015851) Pike perch MODERN SPECIES 354 ENSSLUG00000024270 ppp1r3b (ENSSLUG00000024279) MFHAS1 (ENSSLUG00000024280) rpl17 (ENSSLUG00000024287) ##22 ENSSLUG00000024304 nkx6.1 (ENSSLUG00000024305) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000153662.B ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.a ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000153662.B ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00530000066485 ENSGT00510000047669 ENSGT00390000012898 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.a ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b Oryzias ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00940000153662.B ENSGT00390000015874 ENSGT00940000154399 ENSGT00940000155147 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01090000260978 ENSGT00940000159475.c ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00940000153662.B ENSGT00390000015874 ENSGT00940000154399 ENSGT00940000155147 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01090000260978 ENSGT00940000159475.c ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000156732.a.a Indian medaka MODERN SPECIES 30 ENSOMEG00000005407 ENSOMEG00000005378 ENSOMEG00000005366 wdr36 (ENSOMEG00000005342) slc25a46 (ENSOMEG00000005317) atp6v1g1 (ENSOMEG00000005297) slc31a1 (ENSOMEG00000005286) ENSOMEG00000005253 capslb (ENSOMEG00000005269) ENSOMEG00000005239 myo5b (ENSOMEG00000005222) #18 ENSOMEG00000005130 ppp1r3b (ENSOMEG00000005119) lmbrd2b (ENSOMEG00000005113) MFHAS1 (ENSOMEG00000005094) rpl17 (ENSOMEG00000005081) ##22 nkx6.1 (ENSOMEG00000005058) gpat3 (ENSOMEG00000005047) abraxas1 (ENSOMEG00000005029) mrps18c (ENSOMEG00000005009) HELQ (ENSOMEG00000004983) hpse (ENSOMEG00000004923) ppp3ccb (ENSOMEG00000004900) dmtn (ENSOMEG00000004866) pbdc1 (ENSOMEG00000004797) xpo7 (ENSOMEG00000004832) ENSOMEG00000004783 GFRA2 (ENSOMEG00000004769) ENSOMEG00000000874 ATP6V1B2 (ENSOMEG00000004736) ENSOMEG00000004713 Javanese ricefish MODERN SPECIES 3 hsdl2 (ENSOJAG00000016016) ugcg (ENSOJAG00000016010) MOCS2 (ENSOJAG00000015998) ENSOJAG00000015976 ENSOJAG00000015884 wdr36 (ENSOJAG00000015764) slc25a46 (ENSOJAG00000015735) atp6v1g1 (ENSOJAG00000015700) slc31a1 (ENSOJAG00000015685) capslb (ENSOJAG00000015672) ENSOJAG00000015658 myo5b (ENSOJAG00000015623) #18 ENSOJAG00000015608 ppp1r3b (ENSOJAG00000015591) MFHAS1 (ENSOJAG00000015475) rpl17 (ENSOJAG00000015430) ##22 nkx6.1 (ENSOJAG00000015395) abraxas1 (ENSOJAG00000015086) mrps18c (ENSOJAG00000015075) ENSOJAG00000014738 hpse (ENSOJAG00000014729) ppp3ccb (ENSOJAG00000012553) dmtn (ENSOJAG00000012376) pbdc1 (ENSOJAG00000012370) ENSOJAG00000012326 GFRA2 (ENSOJAG00000012287) dusp11 (ENSOJAG00000012276) ENSOJAG00000012269 tcf7l1a (ENSOJAG00000012257) ENSOJAG00000012239 ENSOJAG00000012228 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT01030000234638.b.b.d ENSGT00940000153662.B ENSGT00390000015874 ENSGT00940000154399 ENSGT00940000155147 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01090000260978 ENSGT00940000159475.c ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00990000208027 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 ENSGT00940000157038.a.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 3 ENSORLG00000028512 ENSORLG00000022307 ENSORLG00000024245 wdr36 (ENSORLG00000019652) slc25a46 (ENSORLG00000019508) atp6v1g1 (ENSORLG00000024931) slc31a1 (ENSORLG00000019615) capslb (ENSORLG00000028878) ENSORLG00000022007 myo5b (ENSORLG00000018326) #18 myo5b (ENSORLG00000028096) #18 ENSORLG00000028036 ppp1r3b (ENSORLG00000020468) lmbrd2b (ENSORLG00000022269) MFHAS1 (ENSORLG00000022182) rpl17 (ENSORLG00000028403) ##22 ENSORLG00000028484 nkx6.1 (ENSORLG00000019018) gpat3 (ENSORLG00000023001) abraxas1 (ENSORLG00000022037) ENSORLG00000027371 HELQ (ENSORLG00000022717) hpse (ENSORLG00000020343) ppp3ccb (ENSORLG00000026198) dmtn (ENSORLG00000030150) pbdc1 (ENSORLG00000019795) xpo7 (ENSORLG00000025259) GFRA2 (ENSORLG00000029388) ENSORLG00000022641 ATP6V1B2 (ENSORLG00000029718) dusp11 (ENSORLG00000023976) Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157419 ENSGT00940000159990 ENSGT00940000156261 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000157006 ENSGT00390000006096.a.b ENSGT00940000155826 ENSGT00390000018878 ENSGT01100000263514.B ENSGT00940000161047 ENSGT00940000155603.A.a.a.a ENSGT00950000183162.b ENSGT00390000005646 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00940000157419 ENSGT00940000159990 ENSGT00940000156261 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000157006 ENSGT00390000006096.a.b ENSGT00940000155826 ENSGT00390000018878 ENSGT01100000263514.B ENSGT00940000161047 ENSGT00940000155603.A.a.a.a ENSGT00950000183162.b ENSGT00390000005646 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b Mangrove rivulus MODERN SPECIES 101 VASH2 (ENSKMAG00000015521) NEK6 (ENSKMAG00000015555) DENND1A (ENSKMAG00000015603) tpm2 (ENSKMAG00000015667) tln1 (ENSKMAG00000015737) hmgcs1 (ENSKMAG00000015892) YTHDC2 (ENSKMAG00000015969) dcp2 (ENSKMAG00000016066) ENSKMAG00000016083 psmb10 (ENSKMAG00000016108) ENSKMAG00000016137 PURG (ENSKMAG00000016155) slc38a9 (ENSKMAG00000016172) ENSKMAG00000016214 MFHAS1 (ENSKMAG00000016229) rpl17 (ENSKMAG00000016257) ##22 nkx6.1 (ENSKMAG00000016346) gpat3 (ENSKMAG00000016366) ENSKMAG00000016409 abraxas1 (ENSKMAG00000016436) mrps18c (ENSKMAG00000016467) HELQ (ENSKMAG00000016486) tcf7l1a (ENSKMAG00000016503) ENSKMAG00000016521 dusp11 (ENSKMAG00000016529) ATP6V1B2 (ENSKMAG00000016556) GFRA2 (ENSKMAG00000016668) xpo7 (ENSKMAG00000016721) pbdc1 (ENSKMAG00000016856) dmtn (ENSKMAG00000016868) ppp3ccb (ENSKMAG00000016898) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1611 PURG (ENSNFUG00015001742) SLC38A9 (ENSNFUG00015001806) chd1 (ENSNFUG00015002385) SYK (ENSNFUG00015003624) auh (ENSNFUG00015003670) nfil3 (ENSNFUG00015003675) PAM (ENSNFUG00015003692) ENSNFUG00015003735 Nfu_g_1_010837 (ENSNFUG00015003737) ENSNFUG00015003739 ENSNFUG00015003740 ROR2 (ENSNFUG00015003741) ENSNFUG00015003745 NRG1 (ENSNFUG00015003752) MFHAS1 (ENSNFUG00015003754) rpl17 (ENSNFUG00015003759) ##22 NKX6-3 (ENSNFUG00015003764) ENSNFUG00015003765 ENSNFUG00015003766 gpat3 (ENSNFUG00015003772) ENSNFUG00015003774 abraxas1 (ENSNFUG00015003777) MRPS18C (ENSNFUG00015003779) HELQ (ENSNFUG00015003789) Nfu_g_1_010854 (ENSNFUG00015003828) ENSNFUG00015003835 DUSP11 (ENSNFUG00015003839) ATP6V1B2 (ENSNFUG00015003929) SEZ6L (ENSNFUG00015004382) SLC4A5 (ENSNFUG00015004910) tacr1b (ENSNFUG00015007292) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000157419 ENSGT00940000159990 ENSGT00940000156261 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000157006 ENSGT00390000006096.a.b ENSGT00940000155826 ENSGT00390000018878 ENSGT01100000263514.B ENSGT00940000161047 ENSGT00940000155603.A.a.a.a ENSGT00950000183162.b ENSGT00390000005646 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 267 ENSGT00940000155603.A.a.a.a ENSGT00950000183162.b ENSGT00390000005646 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a Mummichog MODERN SPECIES 623 ENSFHEG00000002075 PURG (ENSFHEG00000002088) slc38a9 (ENSFHEG00000002113) nrg1 (ENSFHEG00000002125) MFHAS1 (ENSFHEG00000000864) rpl17 (ENSFHEG00000002154) ##22 ENSFHEG00000000783 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 731 nrg1 (ENSCVAG00000020439) MFHAS1 (ENSCVAG00000020428) rpl17 (ENSCVAG00000020418) ##22 nkx6.1 (ENSCVAG00000020405) gpat3 (ENSCVAG00000020395) abraxas1 (ENSCVAG00000020355) mrps18c (ENSCVAG00000020169) HELQ (ENSCVAG00000020159) ENSCVAG00000020109 ENSCVAG00000020065 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000157419 ENSGT00940000159990 ENSGT00940000156261 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000157006 ENSGT00390000006096.a.b 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##22 nkx6.1 (ENSXMAG00000020939) gpat3 (ENSXMAG00000012498) mrps18c (ENSXMAG00000012555) ENSXMAG00000012563 tcf7l1a (ENSXMAG00000012205) ENSXMAG00000028643 dusp11 (ENSXMAG00000023145) ATP6V1B2 (ENSXMAG00000012143) GFRA2 (ENSXMAG00000023717) ENSXMAG00000010553 xpo7 (ENSXMAG00000000433) pbdc1 (ENSXMAG00000025033) dmtn (ENSXMAG00000029718) ppp3ccb (ENSXMAG00000000406) hpse (ENSXMAG00000000390) Poecilia ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b ENSGT00940000157419 ENSGT00940000156261 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000157006 ENSGT00390000006096.a.b ENSGT00940000155826 ENSGT00390000018878 ENSGT01100000263514.B ENSGT00940000161047 ENSGT00940000155603.A.a.a.a ENSGT00950000183162.b ENSGT00390000005646 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 111 ENSGT00940000153391.c.b.a.j.b ENSGT00940000157419 ENSGT00940000156261 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.a ENSGT00940000157006 ENSGT00390000006096.a.b ENSGT00940000155826 ENSGT00390000018878 ENSGT01100000263514.B ENSGT00940000161047 ENSGT00940000155603.A.a.a.a ENSGT00950000183162.b ENSGT00390000005646 ENSGT00940000157326 ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00940000157038.a.b ENSGT00940000164699 ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00390000016333 ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00390000004874.a.b Sailfin molly MODERN SPECIES 1980 slc38a9 (ENSPLAG00000023659) nrg1 (ENSPLAG00000023688) MFHAS1 (ENSPLAG00000023691) rpl17 (ENSPLAG00000023701) ##22 nkx6.1 (ENSPLAG00000023746) Amazon molly MODERN SPECIES 593 PSMB7 (ENSPFOG00000024696) DENND1A (ENSPFOG00000005530) tpm2 (ENSPFOG00000005448) tln1 (ENSPFOG00000004419) hmgcs1 (ENSPFOG00000004371) YTHDC2 (ENSPFOG00000003895) dcp2 (ENSPFOG00000003762) selenoh (ENSPFOG00000003754) psmb10 (ENSPFOG00000003600) ENSPFOG00000003395 PURG (ENSPFOG00000020349) slc38a9 (ENSPFOG00000003069) ENSPFOG00000002996 MFHAS1 (ENSPFOG00000002987) rpl17 (ENSPFOG00000002869) ##22 nkx6.1 (ENSPFOG00000002761) ENSPFOG00000022166 gpat3 (ENSPFOG00000002511) abraxas1 (ENSPFOG00000002401) mrps18c (ENSPFOG00000002351) HELQ (ENSPFOG00000002091) TCF7L1 (ENSPFOG00000001893) ENSPFOG00000001784 Guppy MODERN SPECIES 442 psmb7 (ENSPREG00000011799) DENND1A (ENSPREG00000011826) ENSPREG00000011923 tln1 (ENSPREG00000011950) ENSPREG00000012016 hmgcs1 (ENSPREG00000012056) YTHDC2 (ENSPREG00000012096) dcp2 (ENSPREG00000012185) ENSPREG00000012254 psmb10 (ENSPREG00000012274) ENSPREG00000012293 PURG (ENSPREG00000012322) slc38a9 (ENSPREG00000012343) ENSPREG00000012386 MFHAS1 (ENSPREG00000012401) rpl17 (ENSPREG00000012415) ##22 nkx6.1 (ENSPREG00000012467) ENSPREG00000012492 gpat3 (ENSPREG00000012518) abraxas1 (ENSPREG00000012574) mrps18c (ENSPREG00000012593) HELQ (ENSPREG00000012605) ENSPREG00000012639 ENSPREG00000012655 dusp11 (ENSPREG00000012668) ATP6V1B2 (ENSPREG00000012684) GFRA2 (ENSPREG00000012717) xpo7 (ENSPREG00000012766) pbdc1 (ENSPREG00000012829) dmtn (ENSPREG00000012844) ppp3ccb (ENSPREG00000012883) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a 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Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.b ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.b.b.a.a.a.b ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000157038.a.b.v ENSGT00940000164699.r ENSGT00940000164699.q Nile tilapia MODERN SPECIES 19 ppp1r3b (ENSONIG00000012496) ENSONIG00000041861 ENSONIG00000012497 ENSONIG00000021062 ENSONIG00000039262 ENSONIG00000012503 ENSONIG00000039751 ENSONIG00000041068 ENSONIG00000012500 ENSONIG00000038656 ENSONIG00000035780 ENSONIG00000027867 ENSONIG00000030099 ENSONIG00000036777 MFHAS1 (ENSONIG00000012507) rpl17 (ENSONIG00000012509) ##22 nkx6-1 (ENSONIG00000040109) gpat3 (ENSONIG00000012514) HELQ (ENSONIG00000012532) mrps18c (ENSONIG00000012527) hpse (ENSONIG00000012533) ppp3ccb (ENSONIG00000012541) dmtn (ENSONIG00000012554) pbdc1 (ENSONIG00000012558) xpo7 (ENSONIG00000012566) ENSONIG00000019086 ENSONIG00000003620 GFRA2 (ENSONIG00000012573) ATP6V1B2 (ENSONIG00000012574) TCF7L1 (ENSONIG00000012578) ENSONIG00000012584 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000002634.a.f.b.a.a.a.a ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT00940000156466 ENSGT01030000234908 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.b.b.a.a.a.b ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000157038.a.b.v ENSGT00940000164699.r ENSGT00940000164699.q.b Lyretail cichlid MODERN SPECIES 293 ENSNBRG00000005563 myo5b (ENSNBRG00000005626) #18 ENSNBRG00000005743 ENSNBRG00000005776 ENSNBRG00000005797 ENSNBRG00000005816 ENSNBRG00000005828 lmbrd2b (ENSNBRG00000005856) ppp1r3b (ENSNBRG00000005909) ENSNBRG00000005917 ENSNBRG00000005930 ENSNBRG00000005956 ENSNBRG00000005974 ENSNBRG00000006002 MFHAS1 (ENSNBRG00000006014) rpl17 (ENSNBRG00000006026) ##22 nkx6.1 (ENSNBRG00000006083) gpat3 (ENSNBRG00000006106) abraxas1 (ENSNBRG00000006147) mrps18c (ENSNBRG00000006182) hpse (ENSNBRG00000006197) ppp3ccb (ENSNBRG00000006251) dmtn (ENSNBRG00000006310) pbdc1 (ENSNBRG00000006350) xpo7 (ENSNBRG00000006360) ENSNBRG00000006452 GFRA2 (ENSNBRG00000006485) ENSNBRG00000006571 ATP6V1B2 (ENSNBRG00000006606) TCF7L1 (ENSNBRG00000006638) ENSNBRG00000006647 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000066485 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.b.b.a.a.a.b ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.a.a ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.b.s.a.b ENSGT00940000155987.b ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.b.t.b.a ENSGT01040000240400.c.a.b.a.b.a.a.b.a.b.b.k.b.a.a.a.b ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000157038.a.b.v ENSGT00940000164699.r ENSGT00940000164699.q.b Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 706 ENSHBUG00000002104 ENSHBUG00000002092 MFHAS1 (ENSHBUG00000002081) rpl17 (ENSHBUG00000002066) ##22 ENSHBUG00000002042 nkx6.1 (ENSHBUG00000002037) gpat3 (ENSHBUG00000002032) abraxas1 (ENSHBUG00000002018) mrps18c (ENSHBUG00000002008) HELQ (ENSHBUG00000001997) hpse (ENSHBUG00000001958) ppp3ccb (ENSHBUG00000001946) dmtn (ENSHBUG00000001936) pbdc1 (ENSHBUG00000001927) xpo7 (ENSHBUG00000001912) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156466 ENSGT00510000049239.b.a ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.b.s.a.b ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.a.a ENSGT00940000162139 ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.b.b.a.a.a.b ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000155987.b ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.b.t.b.a ENSGT01040000240400.c.a.b.a.b.a.a.b.a.b.b.k.b.a.a.a.b.b ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT01040000240400.c.a.b.a.b.a.a.b.a.b.b.k.b.a.a.a.b.a ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000157038.a.b.v ENSGT00940000164699.r P. nyererei MODERN SPECIES 516 ugcg (ENSPNYG00000011264) ENSPNYG00000011250 ENSPNYG00000011244 capslb (ENSPNYG00000011222) ENSPNYG00000011203 myo5b (ENSPNYG00000011105) #18 ENSPNYG00000011023 ENSPNYG00000010978 ENSPNYG00000010958 ENSPNYG00000010929 lmbrd2b (ENSPNYG00000010898) ppp1r3b (ENSPNYG00000010876) ENSPNYG00000010872 ENSPNYG00000010827 MFHAS1 (ENSPNYG00000010802) rpl17 (ENSPNYG00000010723) ##22 nkx6.1 (ENSPNYG00000010705) gpat3 (ENSPNYG00000010667) abraxas1 (ENSPNYG00000010639) mrps18c (ENSPNYG00000010654) HELQ (ENSPNYG00000010575) hpse (ENSPNYG00000010531) ppp3ccb (ENSPNYG00000010466) dmtn (ENSPNYG00000010425) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT00950000183234 ENSGT00940000162139 ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.b.b.a.a.a.b ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.b ENSGT00390000018651.a ENSGT00940000159475.c ENSGT00500000044904.a.b.e.a.k.a.a.a.a.a ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.b.s.a.b ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.b.t.a ENSGT01000000214408.a.b.a.a.a.c.a.b.e.a.a.b ENSGT00940000155987.b.h.a ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.b.t.b.a ENSGT01040000240400.c.a.b.a.b.a.a.b.a.b.b.k.b.a.a.a.b.b ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT01040000240400.c.a.b.a.b.a.a.b.a.b.b.k.b.a.a.a.b.a ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000157038.a.b.v Zebra mbuna MODERN SPECIES 1110 ENSMZEG00005023332 myo5b (ENSMZEG00005023325) #18 ENSMZEG00005023319 ENSMZEG00005023317 ENSMZEG00005023316 ENSMZEG00005023315 lmbrd2b (ENSMZEG00005023312) ppp1r3b (ENSMZEG00005023310) ENSMZEG00005023309 ENSMZEG00005023307 ENSMZEG00005023305 ENSMZEG00005023303 ENSMZEG00005023298 ENSMZEG00005023296 MFHAS1 (ENSMZEG00005023295) rpl17 (ENSMZEG00005023287) ##22 nkx6.1 (ENSMZEG00005023285) gpat3 (ENSMZEG00005023281) mrps18c (ENSMZEG00005023278) HELQ (ENSMZEG00005023270) hpse (ENSMZEG00005023262) ppp3ccb (ENSMZEG00005023257) dmtn (ENSMZEG00005023252) pbdc1 (ENSMZEG00005023249) xpo7 (ENSMZEG00005023246) GFRA2 (ENSMZEG00005023241) ENSMZEG00005023235 ATP6V1B2 (ENSMZEG00005023232) kcne4 (ENSMZEG00005023231) fezf1 (ENSMZEG00005023230) CADPS2 (ENSMZEG00005023215) Eastern happy MODERN SPECIES 19 myo5b (ENSACLG00000008924) #18 ENSACLG00000009218 ENSACLG00000009241 ENSACLG00000009261 lmbrd2b (ENSACLG00000009265) ppp1r3b (ENSACLG00000009327) ENSACLG00000009330 ENSACLG00000009333 ENSACLG00000009340 ENSACLG00000009348 ENSACLG00000009552 ENSACLG00000009555 ENSACLG00000009558 ENSACLG00000009571 MFHAS1 (ENSACLG00000009577) rpl17 (ENSACLG00000009583) ##22 nkx6.1 (ENSACLG00000009617) ENSACLG00000009622 gpat3 (ENSACLG00000010444) abraxas1 (ENSACLG00000010501) mrps18c (ENSACLG00000010521) HELQ (ENSACLG00000010558) hpse (ENSACLG00000010619) ppp3ccb (ENSACLG00000010653) dmtn (ENSACLG00000010704) pbdc1 (ENSACLG00000010774) xpo7 (ENSACLG00000010791) GFRA2 (ENSACLG00000010980) ENSACLG00000011135 ENSACLG00000011142 ENSACLG00000011433 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 84 ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT00390000008196 ENSGT00390000014471 ENSGT00530000063749.c.b ENSGT00940000157979 ENSGT00940000159623 ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350 ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c ENSGT00940000164699 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT00390000008196 ENSGT00390000014471 ENSGT00530000063749.c.b ENSGT00940000157979 ENSGT00940000159623 ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00530000063424.b ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350.i ENSGT00940000157350.j ENSGT00390000004874.a.b ENSGT00940000163023 ENSGT00940000154115.d ENSGT00950000182850.a.b.b.b.b ENSGT00390000016333 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000155068.a.a ENSGT00940000155847.c Spiny chromis MODERN SPECIES 1624 rpl17 (ENSAPOG00000018953) ##22 nkx6.1 (ENSAPOG00000018996) Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 250 ENSGT00940000156729 ENSGT01050000244924.a.a.a ENSGT00390000012898 ENSGT00510000047669 ENSGT00530000066485 ENSGT00390000008196 ENSGT00390000014471 ENSGT00530000063749.c.b ENSGT00940000157979 ENSGT00940000159623 ENSGT00940000159475.c ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES 7 atp6v1g1 (ENSAPEG00000024195) ENSAPEG00000024188 hsdl2 (ENSAPEG00000024172) PTBP3 (ENSAPEG00000024155) ugcg (ENSAPEG00000024140) ENSAPEG00000024137 ENSAPEG00000024134 ENSAPEG00000024130 UFC1 (ENSAPEG00000024125) fktn (ENSAPEG00000024117) ENSAPEG00000024109 ENSAPEG00000024073 ENSAPEG00000024060 ppp1r3b (ENSAPEG00000024052) MFHAS1 (ENSAPEG00000024047) rpl17 (ENSAPEG00000024012) ##22 MYL5 (ENSAPEG00000023657) HELQ (ENSAPEG00000023153) mrps18c (ENSAPEG00000023068) ENSAPEG00000023053 abraxas1 (ENSAPEG00000023045) gpat3 (ENSAPEG00000023036) hpse (ENSAPEG00000023005) HELQ (ENSAPEG00000022964) mrps18c (ENSAPEG00000022956) ENSAPEG00000022927 abraxas1 (ENSAPEG00000022912) gpat3 (ENSAPEG00000022834) ENSAPEG00000022795 ENSAPEG00000022783 nkx6.1 (ENSAPEG00000022770) Clown anemonefish MODERN SPECIES 1160 rpl17 (ENSAOCG00000014751) ##22 Cod MODERN SPECIES 17 ENSGMOG00000001667 ENSGMOG00000029289 myo5b (ENSGMOG00000019264) #18 ENSGMOG00000035554 ENSGMOG00000019290 lmbrd2b (ENSGMOG00000012999) ENSGMOG00000025798 ENSGMOG00000012984 nkx6.1 (ENSGMOG00000029517) gpat3 (ENSGMOG00000031783) ENSGMOG00000035135 ENSGMOG00000000023 mrps18c (ENSGMOG00000032590) HELQ (ENSGMOG00000000020) hpse (ENSGMOG00000000018) ENSGMOG00000012980 ##22 ENSGMOG00000000016 dmtn (ENSGMOG00000025083) pbdc1 (ENSGMOG00000019503) xpo7 (ENSGMOG00000019505) ENSGMOG00000008712 dusp11 (ENSGMOG00000028702) ENSGMOG00000034173 tcf7l1a (ENSGMOG00000006333) dbnla (ENSGMOG00000027970) ENSGMOG00000030473 npy8ar (ENSGMOG00000017513) ENSGMOG00000017491 ENSGMOG00000028456 kctd9b (ENSGMOG00000014201) ENSGMOG00000012944 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00390000016532 ENSGT00390000010427.c ENSGT00940000155464.a.a ENSGT00940000161387 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(ENSHHUG00000038362) cacng1a (ENSHHUG00000038467) CACNG4 (ENSHHUG00000038469) CACNG5 (ENSHHUG00000038475) prkcaa (ENSHHUG00000038480) ENSHHUG00000038815 ENSHHUG00000038821 myo5b (ENSHHUG00000038823) #18 ENSHHUG00000039046 capslb (ENSHHUG00000039063) lmbrd2b (ENSHHUG00000039076) ppp1r3b (ENSHHUG00000039179) eri1 (ENSHHUG00000039185) ENSHHUG00000039220 rpl17 (ENSHHUG00000039226) ##22 nkx6.1 (ENSHHUG00000039239) gpat3 (ENSHHUG00000039242) abraxas1 (ENSHHUG00000039370) ENSHHUG00000039390 HELQ (ENSHHUG00000039413) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00730000112225.e ENSGT00390000016532.k ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00940000161387.b ENSGT00390000006320.r ENSGT00390000007918.d ENSGT00390000002096.s.b ENSGT00940000155402.a.b.h #18 ENSGT01030000234908.c ENSGT00940000156466.tb.a.b ENSGT00390000018651.a.e ENSGT00940000159475.c.j ENSGT00530000063205.B.l ENSGT00940000158928.m ENSGT00950000183010.a.a.b.c ##22 ENSGT00940000160897.n ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a.g 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ENSGT00940000158907.c.d ENSGT00390000004624.a.a.a ENSGT00940000166240 ENSGT00530000063460.A.b.k.b ENSGT00390000005102.dd.b Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00730000112225.e ENSGT00390000016532.k ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00940000161387.b ENSGT00390000006320.r ENSGT00390000007918.d ENSGT00390000002096.s.b ENSGT00940000155402.a.b.h #18 ENSGT01030000234908.c ENSGT00940000156466.tb.a.b ENSGT00390000018651.a.e ENSGT00940000159475.c.j ENSGT00530000063205.B.l ENSGT00940000158928.m ENSGT00950000183010.a.a.b.c ##22 ENSGT00940000160897.n ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a.g ENSGT00530000063424.b.q ENSGT01000000220771 ENSGT00390000004874.a.b.i ENSGT00940000160508.d ENSGT00940000157215.r.b ENSGT00950000182914.a.b.d ENSGT01030000234534.B.a.a.a.b.b ENSGT00940000157400.f ENSGT00940000158907.c.d ENSGT00390000004624.a.a.a ENSGT00940000166240 ENSGT00530000063460.A.b.k.b ENSGT00390000005102.dd.b Coho salmon MODERN SPECIES 26 ENSOKIG00005021324 SLC1A3 (ENSOKIG00005021263) RANBP3L (ENSOKIG00005021233) nadk2 (ENSOKIG00005021162) skp2 (ENSOKIG00005021126) ENSOKIG00005020959 ENSOKIG00005020916 myo5b (ENSOKIG00005020119) #18 ENSOKIG00005019996 CAPSL (ENSOKIG00005019987) lmbrd2b (ENSOKIG00005019089) ppp1r3b (ENSOKIG00005018982) ENSOKIG00005018975 ERI1 (ENSOKIG00005018940) MFHAS1 (ENSOKIG00005018930) RPL17 (ENSOKIG00005018873) ##22 nkx6.1 (ENSOKIG00005018845) ENSOKIG00005018496 abraxas1 (ENSOKIG00005018393) btc (ENSOKIG00005018335) amacr (ENSOKIG00005018313) rxfp3 (ENSOKIG00005018300) rai14 (ENSOKIG00005018267) fgf10a (ENSOKIG00005018256) nnt (ENSOKIG00005015324) ENSOKIG00005015129 ENSOKIG00005015108 atp5mea (ENSOKIG00005015088) PDE6B (ENSOKIG00005014809) rbp4l (ENSOKIG00005014773) ENSOKIG00005014770 Rainbow trout MODERN SPECIES 3 ENSOMYG00000027976 ENSOMYG00000049772 ENSOMYG00000027674 SLC1A3 (ENSOMYG00000061009) RANBP3L (ENSOMYG00000027601) SKP2 (ENSOMYG00000027423) ENSOMYG00000026109 ENSOMYG00000073044 myo5b (ENSOMYG00000009470) #18 ENSOMYG00000004204 ENSOMYG00000004193 lmbrd2b (ENSOMYG00000003753) ppp1r3b (ENSOMYG00000003161) ENSOMYG00000028800 ENSOMYG00000028785 ENSOMYG00000028729 ##22 nkx6.1 (ENSOMYG00000028689) ENSOMYG00000028373 abraxas1 (ENSOMYG00000028158) ENSOMYG00000028141 hpse (ENSOMYG00000028106) btc (ENSOMYG00000049167) ENSOMYG00000028049 rxfp3 (ENSOMYG00000028041) rai14 (ENSOMYG00000028011) fgf10a (ENSOMYG00000073584) nnt (ENSOMYG00000027817) ENSOMYG00000027650 ENSOMYG00000027609 ENSOMYG00000027557 ENSOMYG00000026766 Salmo ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00730000112225.e ENSGT00390000016532.k ENSGT00390000010427.c.q.b ENSGT00940000155464.a.a.h ENSGT00940000161387.b ENSGT00390000006320.r ENSGT00390000007918.d ENSGT00390000002096.s.b ENSGT00940000155402.a.b.h #18 ENSGT01030000234908.c ENSGT00940000156466.tb.a.a.a ENSGT00390000018651.a.e ENSGT00940000159475.c.j ENSGT00530000063205.B.l ENSGT00940000158928.m ENSGT00950000183010.a.a.b.c ##22 ENSGT00940000160897.n ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a.g 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slc45a2 (ENSSTUG00000023049) rxfp3 (ENSSTUG00000023067) rai14 (ENSSTUG00000023082) fgf10a (ENSSTUG00000023127) nnt (ENSSTUG00000023200) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 289 ENSGT00940000165259.a ENSGT00970000193642 ENSGT00940000155402.a.b.g #18 ENSGT01030000234908.d ENSGT00940000156466.tb.b ENSGT00390000018651.a.f ENSGT00940000159475.c.i ENSGT00530000063205.B.k ENSGT00940000158928.n ENSGT00950000183010.a.a.b.d ##22 ENSGT00940000160897.m ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a.h ENSGT00530000063424.b.q ENSGT00940000157350.h ENSGT00390000004874.a.b.i ENSGT00530000063424.b.r ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350.g ENSGT00390000004874.a.b.j ENSGT00940000163023 ENSGT00940000160508.c ENSGT00940000157215.r.a ENSGT00950000182914.a.b ENSGT01030000234534.B.a.a.a.b.a ENSGT00940000161886 Huchen MODERN SPECIES 336 nup155 (ENSHHUG00000040054) ENSHHUG00000039753 SLC1A3 (ENSHHUG00000039718) ENSHHUG00000039713 nadk2 (ENSHHUG00000039657) skp2 (ENSHHUG00000039623) ENSHHUG00000039501 cfap53 (ENSHHUG00000039484) myo5b (ENSHHUG00000037123) #18 ENSHHUG00000037090 ENSHHUG00000037087 lmbrd2b (ENSHHUG00000036973) ppp1r3b (ENSHHUG00000036970) eri1 (ENSHHUG00000036962) MFHAS1 (ENSHHUG00000036958) rpl17 (ENSHHUG00000036924) ##22 nkx6.1 (ENSHHUG00000036919) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 87 ENSGT00390000010427.c.q.a ENSGT00940000155464.a.a.g ENSGT00940000161387.a ENSGT00390000006320.q ENSGT00390000007918.c ENSGT00390000002096.s.a ENSGT00940000165259.a ENSGT00970000193642 ENSGT00940000155402.a.b.g #18 ENSGT01030000234908.d ENSGT00940000156466.tb.b ENSGT00390000018651.a.f ENSGT00940000159475.c.i ENSGT00530000063205.B.k ENSGT00940000158928.n ENSGT00950000183010.a.a.b.d ##22 ENSGT00940000160897.m ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a.h ENSGT00530000063424.b.r ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350.g ENSGT00390000004874.a.b.j ENSGT00940000163023 ENSGT00940000160508.c ENSGT00940000157215.r.a ENSGT00950000182914.a.b.c ENSGT01030000234534.B.a.a.a.b.a ENSGT00940000161886 ENSGT00940000157400.e ENSGT00940000158907.c.c ENSGT00390000004624.a.a.b Salmo ANCESTRAL SPECIES 54 ENSGT00390000016532.j ENSGT00390000010427.c.q.a ENSGT00940000155464.a.a.g ENSGT00940000161387.a ENSGT00390000006320.q ENSGT00390000007918.c ENSGT00390000002096.s.a ENSGT00940000165259.a ENSGT00970000193642 ENSGT00940000155402.a.b.g #18 ENSGT01030000234908.d ENSGT00390000018651.a.f ENSGT00940000159475.c.i ENSGT00530000063205.B.k ENSGT00940000158928.n ENSGT00950000183010.a.a.b.d ##22 ENSGT00940000160897.m ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a.h ENSGT00530000063424.b.r ENSGT00940000165965 ENSGT00940000157350.g ENSGT00390000004874.a.b.j ENSGT00940000160508.c ENSGT00940000157215.r.a ENSGT00950000182914.a.b.c ENSGT01030000234534.B.a.a.a.b.a ENSGT00940000161886 ENSGT00940000157400.e ENSGT00940000158907.c.c ENSGT00390000004624.a.a.b ENSGT00530000063460.A.b.k.a River trout MODERN SPECIES 15 SLC1A3 (ENSSTUG00000039319) ENSSTUG00000039305 nadk2 (ENSSTUG00000039039) skp2 (ENSSTUG00000039007) ENSSTUG00000038043 ENSSTUG00000037985 cfap53 (ENSSTUG00000037964) myo5b (ENSSTUG00000036648) #18 ENSSTUG00000036607 ENSSTUG00000036602 capslb (ENSSTUG00000036581) lmbrd2b (ENSSTUG00000036178) ppp1r3b (ENSSTUG00000036162) eri1 (ENSSTUG00000036149) MFHAS1 (ENSSTUG00000036145) rpl17 (ENSSTUG00000036118) ##22 nkx6.1 (ENSSTUG00000036099) gpat3 (ENSSTUG00000035876) abraxas1 (ENSSTUG00000035844) mrps18c (ENSSTUG00000035834) HELQ (ENSSTUG00000035510) hpse (ENSSTUG00000035477) btc (ENSSTUG00000035464) amacr (ENSSTUG00000035448) slc45a2 (ENSSTUG00000035439) rxfp3 (ENSSTUG00000035429) GZMK (ENSSTUG00000035421) rai14 (ENSSTUG00000035373) fgf10a (ENSSTUG00000035358) nnt (ENSSTUG00000035331) ENSSTUG00000035294 Atlantic salmon MODERN SPECIES ENSSSAG00000089647 ENSSSAG00000000423 SLC1A3 (ENSSSAG00000000163) RANBP3L (ENSSSAG00000001289) NADK2 (ENSSSAG00000069298) SKP2 (ENSSSAG00000069118) ENSSSAG00000068165 ENSSSAG00000068114 cfap53 (ENSSSAG00000068107) myo5b (ENSSSAG00000009979) #18 ENSSSAG00000009360 lmbrd2b (ENSSSAG00000007614) ppp1r3b 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ENSGT00940000157400.e ENSGT00940000158907.c.c ENSGT00390000004624.a.a.b Coho salmon MODERN SPECIES 15 nup155 (ENSOKIG00005020587) ENSOKIG00005020398 SLC1A3 (ENSOKIG00005020166) ENSOKIG00005020130 NADK2 (ENSOKIG00005020080) ENSOKIG00005019937 ENSOKIG00005019847 cfap53 (ENSOKIG00005019831) myo5b (ENSOKIG00005019261) #18 ENSOKIG00005019223 capslb (ENSOKIG00005019214) lmbrd2b (ENSOKIG00005019146) ppp1r3b (ENSOKIG00005019138) eri1 (ENSOKIG00005019126) MFHAS1 (ENSOKIG00005019122) rpl17 (ENSOKIG00005019091) ##22 nkx6.1 (ENSOKIG00005019070) gpat3 (ENSOKIG00005017803) abraxas1 (ENSOKIG00005017677) mrps18c (ENSOKIG00005017640) HELQ (ENSOKIG00005017573) hpse (ENSOKIG00005017529) ENSOKIG00005017508 btc (ENSOKIG00005017498) ENSOKIG00005017494 amacr (ENSOKIG00005017487) slc45a2 (ENSOKIG00005017471) rxfp3 (ENSOKIG00005017461) GZMK (ENSOKIG00005017449) rai14 (ENSOKIG00005017420) fgf10a (ENSOKIG00005017413) Chinook salmon MODERN SPECIES 12 ENSOTSG00005042935 SLC1A3 (ENSOTSG00005042980) RANBP3L 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ENSGT00390000004624.a.a.d ENSGT00940000166240 ENSGT00530000063460.A.b.f.a.a Common carp reference MODERN SPECIES 45 brd3a (ENSCCRG00000051597) ENSCCRG00000048535 ENSCCRG00000030916 dnai1.2 (ENSCCRG00000047227) stx2a (ENSCCRG00000048584) ENSCCRG00000023964 ENSCCRG00000023977 ENSCCRG00000062413 smpd4 (ENSCCRG00000030618) med15 (ENSCCRG00000069677) ENSCCRG00000072989 ENSCCRG00000045323 ENSCCRG00000045333 pgam2 (ENSCCRG00000076384) nefma (ENSCCRG00000053665) rpl17 (ENSCCRG00000025631) ##22 nkx6.1 (ENSCCRG00000077610) gpat3 (ENSCCRG00000049286) abraxas1 (ENSCCRG00000022204) mrps18c (ENSCCRG00000049341) HELQ (ENSCCRG00000049351) hpse (ENSCCRG00000018956) btc (ENSCCRG00000070380) amacr (ENSCCRG00000021193) ENSCCRG00000021186 rai14 (ENSCCRG00000020713) fgf10a (ENSCCRG00000020695) nnt (ENSCCRG00000057395) ENSCCRG00000019874 ENSCCRG00000061180 ENSCCRG00000075254 Goldfish MODERN SPECIES 13 GCNT4 (ENSCARG00000012190) lhx5 (ENSCARG00000012184) ENSCARG00000012130 VAV2 (ENSCARG00000010911) ENSCARG00000010865 dnai1.2 (ENSCARG00000010308) stx2a (ENSCARG00000010257) RIMBP2 (ENSCARG00000010157) ENSCARG00000010135 TMEM132C (ENSCARG00000010129) smpd4 (ENSCARG00000008444) crkl (ENSCARG00000008369) pgam2 (ENSCARG00000008359) NEFL (ENSCARG00000008349) nefma (ENSCARG00000008332) rpl17 (ENSCARG00000008315) ##22 nkx6.1 (ENSCARG00000008308) gpat3 (ENSCARG00000007805) abraxas1 (ENSCARG00000007783) mrps18c (ENSCARG00000007773) HELQ (ENSCARG00000007636) hpse (ENSCARG00000007573) ENSCARG00000007546 ENSCARG00000007539 atp5mea (ENSCARG00000007526) PDE6B (ENSCARG00000007078) rbp4l (ENSCARG00000007026) slc26a1 (ENSCARG00000007013) zgc:86764 (ENSCARG00000006976) ENSCARG00000006960 dusp4 (ENSCARG00000006954) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT00940000159789.r.b ENSGT00940000154143.d.c ENSGT00940000162790.b.c.b ENSGT00940000159718.o.a ENSGT01040000240817.a ENSGT00940000156436.w.b ENSGT01030000234627.a.b.a.b.b.a ENSGT00950000183203.c.a.a ENSGT00940000166762.d ENSGT00940000154702.a.b.b ENSGT00390000006044.k ENSGT00820000127055.b.c ENSGT00950000182926.b.c.k ENSGT00940000156208.i.e.a ENSGT00940000161685.A.a.d.b ENSGT00950000183010.a.a.b.f ##22 ENSGT00940000160897.h Goldfish MODERN SPECIES 40 slc45a2 (ENSCARG00000025889) amacr (ENSCARG00000025874) btc (ENSCARG00000025870) hpse (ENSCARG00000025811) mrps18c (ENSCARG00000025796) abraxas1 (ENSCARG00000025778) gpat3 (ENSCARG00000025669) ENSCARG00000025650 ENSCARG00000025638 smpd4 (ENSCARG00000024004) med15 (ENSCARG00000023896) crkl (ENSCARG00000023888) pgam2 (ENSCARG00000023868) NEFL (ENSCARG00000023860) nefma (ENSCARG00000023855) rpl17 (ENSCARG00000023847) ##22 nkx6.1 (ENSCARG00000023839) nipal4 (ENSCARG00000023829) tlcd1 (ENSCARG00000023822) rpl23a (ENSCARG00000023797) ENSCARG00000069899 supt6h (ENSCARG00000069868) sdf2 (ENSCARG00000069856) ENSCARG00000069853 nf2b (ENSCARG00000069851) ENSCARG00000069850 RBFOX3 (ENSCARG00000069848) c1qtnf1 (ENSCARG00000069846) csnk1db (ENSCARG00000069829) slc16a3b (ENSCARG00000069821) ccdc57 (ENSCARG00000069769) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT00940000162790.b.c.b ENSGT00940000159718.o.a ENSGT01040000240817.a ENSGT00940000156436.w.b ENSGT01030000234627.a.b.a.b.b.a ENSGT00950000183203.c.a.a ENSGT00940000166762.d ENSGT00940000154702.a.b.b ENSGT00390000006044.k ENSGT00940000167368 ENSGT00730000111140.dc ENSGT00820000127055.b.c ENSGT00950000182926.b.c.k ENSGT00940000156208.i.e.a ENSGT00940000161685.A.a.d.b ENSGT00950000183010.a.a.b.f ##22 ENSGT00940000160897.h ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a.a ENSGT00530000063424.b.w ENSGT00940000165965.a.b ENSGT00940000157350.p ENSGT00390000004874.a.b.d ENSGT00940000160508.a ENSGT00940000157215.c ENSGT00950000182914.a.b.e ENSGT01030000234534.B.a.a.a.b.d ENSGT00940000157400.d ENSGT00940000158907.c.b ENSGT00390000004624.a.a.c ENSGT00940000173711 ENSGT00530000063460.A.b.f.a.b Common carp reference MODERN SPECIES 38 rxraa (ENSCCRG00000011147) wdr5 (ENSCCRG00000067522) brd3a (ENSCCRG00000049737) ENSCCRG00000029921 stx2a (ENSCCRG00000010609) ENSCCRG00000078045 ENSCCRG00000024984 ENSCCRG00000058288 ENSCCRG00000064563 smpd4 (ENSCCRG00000048346) med15 (ENSCCRG00000081800) crkl (ENSCCRG00000034747) ENSCCRG00000034745 ENSCCRG00000055031 nefma (ENSCCRG00000055322) ENSCCRG00000009887 ##22 ENSCCRG00000069417 nkx6.1 (ENSCCRG00000009898) gpat3 (ENSCCRG00000029084) abraxas1 (ENSCCRG00000074286) mrps18c (ENSCCRG00000056607) HELQ (ENSCCRG00000022228) hpse (ENSCCRG00000049378) btc (ENSCCRG00000072417) amacr (ENSCCRG00000073501) slc45a2 (ENSCCRG00000024947) rai14 (ENSCCRG00000041158) fgf10a (ENSCCRG00000041138) nnt (ENSCCRG00000077664) ENSCCRG00000019866 ENSCCRG00000070694 Zebrafish MODERN SPECIES 13 dnai1.2 (ENSDARG00000038788) VAV2 (ENSDARG00000044718) brd3a (ENSDARG00000006527) wdr5 (ENSDARG00000016903) DNAI1 (ENSDARG00000100081) RIMBP2 (ENSDARG00000104101) ENSDARG00000075837 TMEM132C (ENSDARG00000074863) si:dkey-65l23.2 (ENSDARG00000093234) smpd4 (ENSDARG00000020730) si:ch211-222n4.2 (ENSDARG00000093026) med15 (ENSDARG00000014292) crkl (ENSDARG00000028699) ENSDARG00000058477 MPP4 (ENSDARG00000009386) rpl17 (ENSDARG00000057556) ##22 pgam2 (ENSDARG00000057571) ENSDARG00000057568 nefma (ENSDARG00000021351) nkx6.1 (ENSDARG00000022569) gpat3 (ENSDARG00000016048) abraxas1 (ENSDARG00000043339) mrps18c (ENSDARG00000069624) helq (ENSDARG00000079818) hpse (ENSDARG00000063634) btc (ENSDARG00000098112) amacr (ENSDARG00000057435) slc45a2 (ENSDARG00000002593) rxfp3 (ENSDARG00000057410) ENSDARG00000028780 ENSDARG00000090380 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 199 ENSGT00940000160353 ENSGT00940000158101 ENSGT00940000162631 ENSGT00940000166787 ENSGT00940000166216 ENSGT00910000144252.d.b ENSGT00950000182904.a.b.a ENSGT00940000153340.B ENSGT00940000157856 ENSGT00390000014879.c.a.a.a ENSGT00390000011206.a ENSGT00390000006707 ENSGT00940000156185 ENSGT00530000063205.B ENSGT00940000158928 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00940000160897 ENSGT01030000234574.B.c.b.a.a.a ENSGT00940000156038.a.b.a.a.a.b Denticle herring DUPLICATION Denticle herring MODERN SPECIES 138 eri1 (ENSDCDG00000011248) MFHAS1 (ENSDCDG00000011276) rpl17 (ENSDCDG00000011297) ##22 nkx6.1 (ENSDCDG00000011328) Denticle herring MODERN SPECIES 13 slc2a11l (ENSDCDG00000001613) slc2a11l (ENSDCDG00000001609) ska1 (ENSDCDG00000001603) smarcad1b (ENSDCDG00000001560) KCNN2 (ENSDCDG00000001548) drg1 (ENSDCDG00000001546) STARD7 (ENSDCDG00000001529) slc20a1b (ENSDCDG00000001523) ENSDCDG00000001520 pcyox1 (ENSDCDG00000001519) pcyox1 (ENSDCDG00000001517) fam136a (ENSDCDG00000001515) gmcl1 (ENSDCDG00000001513) eri1 (ENSDCDG00000001512) MFHAS1 (ENSDCDG00000001510) rpl17 (ENSDCDG00000001503) ##22 nkx6.1 (ENSDCDG00000001501) gpat3 (ENSDCDG00000001496) ENSDCDG00000001489 ENSDCDG00000001470 ENSDCDG00000001459 nfil3-5 (ENSDCDG00000001458) ENSDCDG00000001457 ENSDCDG00000001454 ENSDCDG00000001452 PLPPR2 (ENSDCDG00000001447) myh9a (ENSDCDG00000000630) ENSDCDG00000000275 Atlantic herring MODERN SPECIES 3 hint1 (ENSCHAG00000012294) ENSCHAG00000012287 ttll11 (ENSCHAG00000012269) ENSCHAG00000012223 dab2ipb (ENSCHAG00000011875) zgc:63972 (ENSCHAG00000011860) fibcd1b (ENSCHAG00000011845) ENSCHAG00000011841 aif1l (ENSCHAG00000011793) gfm2 (ENSCHAG00000011498) hexb (ENSCHAG00000011143) fam136a (ENSCHAG00000011118) gmcl1 (ENSCHAG00000010832) eri1 (ENSCHAG00000010804) MFHAS1 (ENSCHAG00000010800) rpl17 (ENSCHAG00000010742) ##22 mef2ca (ENSCHAG00000010634) cetn3 (ENSCHAG00000010592) arrdc3b (ENSCHAG00000010510) nr2f1b (ENSCHAG00000010335) TLR8 (ENSCHAG00000010070) MCTP1 (ENSCHAG00000009821) ENSCHAG00000009797 septin5b (ENSCHAG00000009078) cldn5b (ENSCHAG00000009062) acads (ENSCHAG00000008810) crybb1 (ENSCHAG00000008790) cryba4 (ENSCHAG00000008761) ENSCHAG00000008281 npm2b (ENSCHAG00000008262) SEZ6L (ENSCHAG00000004829) Spotted gar MODERN SPECIES 658 ENSLOCG00000017548 paip1 (ENSLOCG00000012270) ##27 ENSLOCG00000012263 atp5meb (ENSLOCG00000012258) ENSLOCG00000012238 rbp4l (ENSLOCG00000012234) slc26a1 (ENSLOCG00000012231) IDUA (ENSLOCG00000012221) ENSLOCG00000012217 ENSLOCG00000012209 dusp4 (ENSLOCG00000012199) tnksb (ENSLOCG00000012168) ppp1r3b (ENSLOCG00000017547) eri1 (ENSLOCG00000012161) MFHAS1 (ENSLOCG00000012154) rpl17 (ENSLOCG00000012148) ##22 nkx6.1 (ENSLOCG00000012142) GPAT3 (ENSLOCG00000012133) abraxas1 (ENSLOCG00000012124) mrps18c (ENSLOCG00000012115) HELQ (ENSLOCG00000012099) MYL5 (ENSLOCG00000012090) hpse (ENSLOCG00000012076) btc (ENSLOCG00000012070) ENSLOCG00000012063 EREG (ENSLOCG00000012059) EPGN (ENSLOCG00000012056) mthfd2l (ENSLOCG00000012052) ptpn13 (ENSLOCG00000012036) mapk10 (ENSLOCG00000012028) ARHGAP24 (ENSLOCG00000012018) Reedfish MODERN SPECIES 15 MOB3B (ENSECRG00000008569) THAP1 (ENSECRG00000008562) june (ENSECRG00000008557) rnf170 (ENSECRG00000008551) HOOK3 (ENSECRG00000008508) TRABD2A (ENSECRG00000008488) ENSECRG00000008477 hpse (ENSECRG00000008394) HELQ (ENSECRG00000008340) mrps18c (ENSECRG00000008321) ENSECRG00000008308 abraxas1 (ENSECRG00000008293) GPAT3 (ENSECRG00000008282) cycsb (ENSECRG00000008271) nkx6.1 (ENSECRG00000008236) rpl17 (ENSECRG00000008193) ##22 C18orf32 (ENSECRG00000008179) #23 DYM (ENSECRG00000008045) #24 smad7 (ENSECRG00000008025) #26 CTIF (ENSECRG00000008014) #27 ENSECRG00000008006 ZBTB7C (ENSECRG00000007988) #28 SMAD2 (ENSECRG00000007967) #29 skor2 (ENSECRG00000007957) ier3ip1 (ENSECRG00000007948) #30 hdhd2 (ENSECRG00000007937) #31 katnal2 (ENSECRG00000007921) #32 sigmar1 (ENSECRG00000007911) galt (ENSECRG00000007892) ENSECRG00000007879 cntfr (ENSECRG00000007868) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01100000266768 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b ##22 ENSGT00940000170114 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 68 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b ##22 ENSGT00940000170114 ENSGT00950000183010.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 #36 Anura ANCESTRAL SPECIES 158 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Leishan spiny toad MODERN SPECIES ENSLLEG00000000828 ENSLLEG00000000804 EPG5 (ENSLLEG00000000678) ENSLLEG00000000648 PSTPIP2 (ENSLLEG00000000590) ENSLLEG00000000566 ENSLLEG00000000550 ENSLLEG00000000531 ENSLLEG00000000516 ENSLLEG00000000505 MYO5B (ENSLLEG00000000110) #18 ENSLLEG00000000021 ACAA2 (ENSLLEG00000000011) #19 LIPG (ENSLLEG00000004433) #21 ENSLLEG00000004416 ENSLLEG00000004390 ##22 C18orf32 (ENSLLEG00000004379) #23 ENSLLEG00000004377 ENSLLEG00000004373 ENSLLEG00000004369 DYM (ENSLLEG00000004334) #24 ENSLLEG00000004313 ENSLLEG00000004310 ENSLLEG00000004306 #26 ENSLLEG00000004298 CTIF (ENSLLEG00000004281) #27 ZBTB7C (ENSLLEG00000004273) #28 SMAD2 (ENSLLEG00000004265) #29 SKOR2 (ENSLLEG00000004251) IER3IP1 (ENSLLEG00000004247) #30 HDHD2 (ENSLLEG00000004239) #31 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Tenrec MODERN SPECIES 9165 ENSETEG00000004152 ##22 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 659 ENSPCOG00000025038 PCK1 (ENSPCOG00000028208) ZBP1 (ENSPCOG00000027415) PMEPA1 (ENSPCOG00000001406) C20orf85 (ENSPCOG00000016410) ANKRD60 (ENSPCOG00000017018) ENSPCOG00000025348 RAB22A (ENSPCOG00000019205) VAPB (ENSPCOG00000016680) APCDD1L (ENSPCOG00000026436) STX16 (ENSPCOG00000024711) NPEPL1 (ENSPCOG00000027083) ENSPCOG00000015620 GNAS (ENSPCOG00000028515) ENSPCOG00000005755 ##22 NELFCD (ENSPCOG00000017651) CTSZ (ENSPCOG00000024597) TUBB1 (ENSPCOG00000027478) ATP5F1E (ENSPCOG00000012175) ENSPCOG00000019614 ZNF831 (ENSPCOG00000021955) EDN3 (ENSPCOG00000025385) PHACTR3 (ENSPCOG00000014153) ENSPCOG00000021778 FAM217B (ENSPCOG00000016211) CDH26 (ENSPCOG00000022452) Bushbaby MODERN SPECIES 203 MICOS13 (ENSOGAG00000026645) HSD11B1L (ENSOGAG00000024555) ENSOGAG00000027049 LONP1 (ENSOGAG00000003930) CATSPERD (ENSOGAG00000011003) ENSOGAG00000029819 SPTLC1 (ENSOGAG00000014493) ROR2 (ENSOGAG00000026382) NFIL3 (ENSOGAG00000011750) ENSOGAG00000032987 AUH (ENSOGAG00000011749) SYK (ENSOGAG00000011743) DIRAS2 (ENSOGAG00000001184) ENSOGAG00000032500 GADD45G (ENSOGAG00000002142) ENSOGAG00000032473 ##22 SEMA4D (ENSOGAG00000000321) SECISBP2 (ENSOGAG00000000317) CKS2 (ENSOGAG00000028843) SHC3 (ENSOGAG00000011519) S1PR3 (ENSOGAG00000011514) NXNL2 (ENSOGAG00000002167) SPIN1 (ENSOGAG00000002166) CDK20 (ENSOGAG00000008726) ENSOGAG00000012304 ENSOGAG00000027205 ZNF169 (ENSOGAG00000001828) PTPDC1 (ENSOGAG00000006733) BARX1 (ENSOGAG00000003345) ENSOGAG00000028712 PHF2 (ENSOGAG00000025710) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 204 ZBTB8B (ENSODEG00000003151) ENSODEG00000018868 ENSODEG00000003899 ENSODEG00000003891 TSSK3 (ENSODEG00000003879) FAM229A (ENSODEG00000003872) MARCKSL1 (ENSODEG00000003851) ENSODEG00000003837 ##22 ENSODEG00000003773 LCK (ENSODEG00000003693) FAM167B (ENSODEG00000003663) EIF3I (ENSODEG00000003652) TMEM234 (ENSODEG00000003631) DCDC2B (ENSODEG00000003594) IQCC (ENSODEG00000003568) ENSODEG00000003557 TXLNA (ENSODEG00000003515) KPNA6 (ENSODEG00000003468) TMEM39B (ENSODEG00000003418) KHDRBS1 (ENSODEG00000003368) ENSODEG00000003337 ENSODEG00000018961 ENSODEG00000004690 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 ENSHGLG00000006998 SMIM45 (ENSHGLG00000020741) CENPM (ENSHGLG00000005039) TNFRSF13C (ENSHGLG00000005221) SHISA8 (ENSHGLG00000006306) SREBF2 (ENSHGLG00000010258) CCDC134 (ENSHGLG00000015870) MEI1 (ENSHGLG00000017177) SNU13 (ENSHGLG00000018808) ENSHGLG00000018078 DESI1 (ENSHGLG00000039030) PMM1 (ENSHGLG00000016980) CSDC2 (ENSHGLG00000016778) POLR3H (ENSHGLG00000014795) Aco2 (ENSHGLG00000015463) ENSHGLG00000041589 ##22 PHF5A (ENSHGLG00000042397) TOB2 (ENSHGLG00000009302) TEF (ENSHGLG00000050605) ZC3H7B (ENSHGLG00000012263) RANGAP1 (ENSHGLG00000015526) CHADL (ENSHGLG00000018119) L3MBTL2 (ENSHGLG00000018290) EP300 (ENSHGLG00000015586) RBX1 (ENSHGLG00000014822) XPNPEP3 (ENSHGLG00000013429) ENSHGLG00000013411 SLC25A17 (ENSHGLG00000013720) MCHR1 (ENSHGLG00000005319) MRTFA (ENSHGLG00000009723) SGSM3 (ENSHGLG00000018585) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES Actr10 (ENSMOCG00000001339) Frmd6 (ENSMOCG00000002317) Tmx1 (ENSMOCG00000010006) Trim9 (ENSMOCG00000017949) Pygl (ENSMOCG00000019214) Abhd12b (ENSMOCG00000004427) Mnat1 (ENSMOCG00000021804) Trmt5 (ENSMOCG00000020904) Slc38a6 (ENSMOCG00000012994) Tmem30b (ENSMOCG00000002996) Prkch (ENSMOCG00000001011) ENSMOCG00000006375 Snapc1 (ENSMOCG00000014225) Syt16 (ENSMOCG00000016610) Kcnh5 (ENSMOCG00000000656) ENSMOCG00000005268 ##22 ENSMOCG00000017494 Rhoj (ENSMOCG00000002647) Gphb5 (ENSMOCG00000020798) Ppp2r5e (ENSMOCG00000000642) Wdr89 (ENSMOCG00000018382) Sgpp1 (ENSMOCG00000003383) Syne2 (ENSMOCG00000018063) Esr2 (ENSMOCG00000020872) Tex21 (ENSMOCG00000012656) Mthfd1 (ENSMOCG00000019387) Akap5 (ENSMOCG00000021957) ENSMOCG00000005905 Zbtb1 (ENSMOCG00000006992) Ppp1r36 (ENSMOCG00000018162) Plekhg3 (ENSMOCG00000011351) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 46 Rnf112 (ENSMSIG00000020976) Mfap4 (ENSMSIG00000020948) Mapk7 (ENSMSIG00000020837) B9d1 (ENSMSIG00000020800) Epn2 (ENSMSIG00000020653) Grap (ENSMSIG00000020626) Fam83g (ENSMSIG00000020601) Slc5a10 (ENSMSIG00000020538) Prpsap2 (ENSMSIG00000020503) Ulk2 (ENSMSIG00000020256) Akap10 (ENSMSIG00000020118) Specc1 (ENSMSIG00000018651) Adora2b (ENSMSIG00000018628) ENSMSIG00000018616 Ttc19 (ENSMSIG00000018495) ENSMSIG00000018478 ##22 Ncor1 (ENSMSIG00000017542) Pigl (ENSMSIG00000017496) ENSMSIG00000017486 ENSMSIG00000017479 Trpv2 (ENSMSIG00000017440) Lrrc75a (ENSMSIG00000017410) Mmgt2 (ENSMSIG00000017400) Zfp287 (ENSMSIG00000017280) ENSMSIG00000017266 Zfp286 (ENSMSIG00000017187) Fbxw10 (ENSMSIG00000016995) Tvp23b (ENSMSIG00000016977) Cdrt4 (ENSMSIG00000016960) ENSMSIG00000016949 Tekt3 (ENSMSIG00000016911) Steppe mouse MODERN SPECIES 3030 Nuf2 (ENSMSIG00000012309) ENSMSIG00000012391 Rgs5 (ENSMSIG00000012409) Rgs4 (ENSMSIG00000012434) Ccdc190 (ENSMSIG00000012470) Hsd17b7 (ENSMSIG00000012507) Ddr2 (ENSMSIG00000012540) Uap1 (ENSMSIG00000012696) Uhmk1 (ENSMSIG00000012729) ENSMSIG00000012838 Sh2d1b2 (ENSMSIG00000012848) Sh2d1b1 (ENSMSIG00000012861) ENSMSIG00000012883 Spata46 (ENSMSIG00000012994) ENSMSIG00000013007 ##22 Olfml2b (ENSMSIG00000013009) Atf6 (ENSMSIG00000013034) Dusp12 (ENSMSIG00000013104) Gm26620 (ENSMSIG00000013120) Fcrlb (ENSMSIG00000013130) Fcrla (ENSMSIG00000013140) Fcgr2b (ENSMSIG00000013209) ENSMSIG00000013493 Fcgr4 (ENSMSIG00000013498) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 28 LIMD2 (ENSCHYG00000010730) MAP3K3 (ENSCHYG00000010469) TACO1 (ENSCHYG00000010392) DCAF7 (ENSCHYG00000010313) KCNH6 (ENSCHYG00000009877) ENSCHYG00000009719 ACE (ENSCHYG00000009236) CYB561 (ENSCHYG00000009003) TANC2 (ENSCHYG00000004610) MARCHF10 (ENSCHYG00000004558) MRC2 (ENSCHYG00000004402) TLK2 (ENSCHYG00000004227) ENSCHYG00000004151 ENSCHYG00000004126 EFCAB3 (ENSCHYG00000004116) ENSCHYG00000004110 ##22 ITGB3 (ENSCHYG00000004096) MYL4 (ENSCHYG00000004072) ENSCHYG00000004058 CDC27 (ENSCHYG00000004036) KANSL1 (ENSCHYG00000003972) MAPT (ENSCHYG00000003843) SPPL2C (ENSCHYG00000003777) CRHR1 (ENSCHYG00000003519) ENSCHYG00000003422 NSF (ENSCHYG00000003331) WNT3 (ENSCHYG00000003271) WNT9B (ENSCHYG00000003246) GOSR2 (ENSCHYG00000003205) RPRML (ENSCHYG00000003181) ENSCHYG00000003167 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Goat MODERN SPECIES 26 STARD4 (ENSCHIG00000026428) CAMK4 (ENSCHIG00000011930) WDR36 (ENSCHIG00000026685) ENSCHIG00000010264 ENSCHIG00000021399 SLC25A46 (ENSCHIG00000008235) TMEM232 (ENSCHIG00000026976) MAN2A1 (ENSCHIG00000011270) ENSCHIG00000007093 PJA2 (ENSCHIG00000009544) FER (ENSCHIG00000016417) FBXL17 (ENSCHIG00000022659) EFNA5 (ENSCHIG00000012820) ENSCHIG00000024166 NUDT12 (ENSCHIG00000023629) ENSCHIG00000010732 ##22 ENSCHIG00000018058 MACIR (ENSCHIG00000006328) PPIP5K2 (ENSCHIG00000025932) GIN1 (ENSCHIG00000014216) PAM (ENSCHIG00000022277) ENSCHIG00000007820 SLCO6A1 (ENSCHIG00000010171) SLCO4C1 (ENSCHIG00000022821) ENSCHIG00000025134 ST8SIA4 (ENSCHIG00000001988) FAM174A (ENSCHIG00000019281) CHD1 (ENSCHIG00000025395) RGMB (ENSCHIG00000022421) RIOK2 (ENSCHIG00000016709) LIX1 (ENSCHIG00000026823) Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 22 COPS4 (ENSOARG00020013112) PLAC8 (ENSOARG00020013230) ENSOARG00020013289 COQ2 (ENSOARG00020013352) HPSE (ENSOARG00020013610) HELQ (ENSOARG00020014284) MRPS18C (ENSOARG00020014621) ABRAXAS1 (ENSOARG00020014754) GPAT3 (ENSOARG00020014882) NKX6-1 (ENSOARG00020015056) CDS1 (ENSOARG00020015132) WDFY3 (ENSOARG00020015498) ENSOARG00020017855 ARHGAP24 (ENSOARG00020017927) MAPK10 (ENSOARG00020018223) ENSOARG00020019244 ##22 PTPN13 (ENSOARG00020019325) SLC10A6 (ENSOARG00020021292) C4orf36 (ENSOARG00020021226) AFF1 (ENSOARG00020021386) ENSOARG00020021968 ENSOARG00020022244 NUDT9 (ENSOARG00020022482) SPARCL1 (ENSOARG00020022579) DSPP (ENSOARG00020022784) DMP1 (ENSOARG00020022854) ENSOARG00020022892 ENSOARG00020022932 PPP2R2C (ENSOARG00020023090) WFS1 (ENSOARG00020023129) JAKMIP1 (ENSOARG00020023163) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 GRB14 (ENSOARG00020009236) FIGN (ENSOARG00020009364) KCNH7 (ENSOARG00020009443) GCA (ENSOARG00020010579) IFIH1 (ENSOARG00020010727) FAP (ENSOARG00020011213) GCG (ENSOARG00020012026) DPP4 (ENSOARG00020012079) SLC4A10 (ENSOARG00020012593) ENSOARG00020015326 ENSOARG00020015350 TBR1 (ENSOARG00020015404) ENSOARG00020015507 ENSOARG00020015571 RBMS1 (ENSOARG00020015696) ENSOARG00020016177 ##22 ITGB6 (ENSOARG00020016225) PLA2R1 (ENSOARG00020016908) LY75 (ENSOARG00020017401) CD302 (ENSOARG00020017815) MARCH7 (ENSOARG00020018026) BAZ2B (ENSOARG00020018501) WDSUB1 (ENSOARG00020019026) TANC1 (ENSOARG00020019416) DAPL1 (ENSOARG00020020413) PKP4 (ENSOARG00020020474) CCDC148 (ENSOARG00020020890) UPP2 (ENSOARG00020021088) ACVR1 (ENSOARG00020021241) ACVR1C (ENSOARG00020021468) CYTIP (ENSOARG00020021649) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 American bison MODERN SPECIES 3172 PTCH2 (ENSBBBG00000006999) EIF2B3 (ENSBBBG00000016683) HECTD3 (ENSBBBG00000016625) UROD (ENSBBBG00000016610) ZSWIM5 (ENSBBBG00000004081) ENSBBBG00000016539 HPDL (ENSBBBG00000004078) MUTYH (ENSBBBG00000016504) TOE1 (ENSBBBG00000016322) TESK2 (ENSBBBG00000016294) ENSBBBG00000016258 ENSBBBG00000016254 CCDC163 (ENSBBBG00000008918) MMACHC (ENSBBBG00000016244) PRDX1 (ENSBBBG00000016232) ENSBBBG00000016198 ##22 AKR1A1 (ENSBBBG00000016192) NASP (ENSBBBG00000016147) CCDC17 (ENSBBBG00000015992) GPBP1L1 (ENSBBBG00000015933) TMEM69 (ENSBBBG00000015914) IPP (ENSBBBG00000015907) MAST2 (ENSBBBG00000015890) PIK3R3 (ENSBBBG00000015789) P3R3URF (ENSBBBG00000015715) TSPAN1 (ENSBBBG00000015713) POMGNT1 (ENSBBBG00000003921) LURAP1 (ENSBBBG00000003915) RAD54L (ENSBBBG00000015678) LRRC41 (ENSBBBG00000015647) ENSBBBG00000003452 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 DYNLT4 (ENSBIXG00005010304) BTBD19 (ENSBIXG00005010326) PTCH2 (ENSBIXG00005000795) EIF2B3 (ENSBIXG00005010430) HECTD3 (ENSBIXG00005010469) UROD (ENSBIXG00005005475) ZSWIM5 (ENSBIXG00005010611) ENSBIXG00005010633 HPDL (ENSBIXG00005000651) MUTYH (ENSBIXG00005010713) TOE1 (ENSBIXG00005010766) TESK2 (ENSBIXG00005000947) ENSBIXG00005000952 MMACHC (ENSBIXG00005000959) ENSBIXG00005010891 ENSBIXG00005010914 ##22 NASP (ENSBIXG00005001013) ENSBIXG00005011146 GPBP1L1 (ENSBIXG00005011221) TMEM69 (ENSBIXG00005001050) IPP (ENSBIXG00005011243) MAST2 (ENSBIXG00005001084) PIK3R3 (ENSBIXG00005011410) P3R3URF (ENSBIXG00005011452) TSPAN1 (ENSBIXG00005011467) POMGNT1 (ENSBIXG00005011564) LURAP1 (ENSBIXG00005011609) RAD54L (ENSBIXG00005011638) LRRC41 (ENSBIXG00005001150) ENSBIXG00005011690 NSUN4 (ENSBIXG00005011707) Cow MODERN SPECIES 10 KRT20 (ENSBTAG00000007794) KRT23 (ENSBTAG00000040460) KRT39 (ENSBTAG00000020078) KRT40 (ENSBTAG00000017408) KRTAP3-3 (ENSBTAG00000054927) ENSBTAG00000054092 ENSBTAG00000054542 KRTAP3-1 (ENSBTAG00000052919) ENSBTAG00000050460 ENSBTAG00000024995 KRTAP1-1 (ENSBTAG00000030559) ENSBTAG00000049202 ENSBTAG00000038759 ENSBTAG00000037665 ENSBTAG00000039644 ENSBTAG00000024839 ##22 ENSBTAG00000046075 ENSBTAG00000051280 ENSBTAG00000050687 ENSBTAG00000049960 KRTAP4-7 (ENSBTAG00000038386) ENSBTAG00000054462 ENSBTAG00000052676 ENSBTAG00000049262 ENSBTAG00000048472 ENSBTAG00000053670 ENSBTAG00000054513 ENSBTAG00000054189 ENSBTAG00000054957 ENSBTAG00000040229 ENSBTAG00000050842 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 14 ENSDLEG00000005751 ZNF331 (ENSDLEG00000005743) ENSDLEG00000005625 ENSDLEG00000005600 ENSDLEG00000005594 MYADM (ENSDLEG00000005588) PRKCG (ENSDLEG00000005571) CACNG7 (ENSDLEG00000005559) CACNG8 (ENSDLEG00000005551) CACNG6 (ENSDLEG00000005545) ENSDLEG00000005528 NDUFA3 (ENSDLEG00000005523) TFPT (ENSDLEG00000005514) PRPF31 (ENSDLEG00000005495) CNOT3 (ENSDLEG00000005484) ENSDLEG00000005473 ##22 TMC4 (ENSDLEG00000005439) MBOAT7 (ENSDLEG00000005432) TSEN34 (ENSDLEG00000005427) RPS9 (ENSDLEG00000005422) ENSDLEG00000005414 CDC42EP5 (ENSDLEG00000005410) LENG9 (ENSDLEG00000005409) LENG8 (ENSDLEG00000005366) ENSDLEG00000005354 TTYH1 (ENSDLEG00000005344) ENSDLEG00000005305 NCR1 (ENSDLEG00000005229) ENSDLEG00000005171 ENSDLEG00000005149 RDH13 (ENSDLEG00000005143) Narwhal MODERN SPECIES 296 ZNF331 (ENSMMNG00015000400) ENSMMNG00015000497 ENSMMNG00015000696 ENSMMNG00015000713 PRKCG (ENSMMNG00015000735) CACNG7 (ENSMMNG00015000789) CACNG8 (ENSMMNG00015000817) CACNG6 (ENSMMNG00015000853) ENSMMNG00015000892 ENSMMNG00015000957 TFPT (ENSMMNG00015001008) PRPF31 (ENSMMNG00015001045) CNOT3 (ENSMMNG00015001071) LENG1 (ENSMMNG00015001166) TMC4 (ENSMMNG00015001123) ENSMMNG00015001181 ##22 MBOAT7 (ENSMMNG00015001200) TSEN34 (ENSMMNG00015001234) RPS9 (ENSMMNG00015001298) ENSMMNG00015001394 ENSMMNG00015001435 CDC42EP5 (ENSMMNG00015001450) LENG9 (ENSMMNG00015001465) LENG8 (ENSMMNG00015001488) TTYH1 (ENSMMNG00015001530) ENSMMNG00015001584 LAIR1 (ENSMMNG00015001606) ENSMMNG00015001655 ENSMMNG00015001753 FCAR (ENSMMNG00015001921) NCR1 (ENSMMNG00015002060) Vaquita MODERN SPECIES 10 ENSPSNG00000016416 ZNF331 (ENSPSNG00000016360) ENSPSNG00000015791 ENSPSNG00000015657 ENSPSNG00000015616 PRKCG (ENSPSNG00000015378) CACNG7 (ENSPSNG00000015236) CACNG8 (ENSPSNG00000015148) CACNG6 (ENSPSNG00000014960) ENSPSNG00000014824 ENSPSNG00000014691 TFPT (ENSPSNG00000014577) PRPF31 (ENSPSNG00000014461) CNOT3 (ENSPSNG00000014367) LENG1 (ENSPSNG00000014313) ENSPSNG00000014267 ##22 TMC4 (ENSPSNG00000014063) MBOAT7 (ENSPSNG00000014001) TSEN34 (ENSPSNG00000013898) RPS9 (ENSPSNG00000013697) ENSPSNG00000013555 ENSPSNG00000013203 ENSPSNG00000010155 CDC42EP5 (ENSPSNG00000009689) ENSPSNG00000009667 LENG8 (ENSPSNG00000009590) TTYH1 (ENSPSNG00000009367) ENSPSNG00000007993 FCAR (ENSPSNG00000007547) NCR1 (ENSPSNG00000007339) ENSPSNG00000007266 Blue whale MODERN SPECIES 12 KRT20 (ENSBMSG00010015759) KRT12 (ENSBMSG00010015720) KRT24 (ENSBMSG00010015682) KRT222 (ENSBMSG00010015655) ENSBMSG00010015441 CCR7 (ENSBMSG00010015376) TNS4 (ENSBMSG00010015347) IGFBP4 (ENSBMSG00010015319) TOP2A (ENSBMSG00010015282) RARA (ENSBMSG00010015127) CDC6 (ENSBMSG00010015096) WIPF2 (ENSBMSG00010015049) RAPGEFL1 (ENSBMSG00010015020) CASC3 (ENSBMSG00010014953) MSL1 (ENSBMSG00010014889) ENSBMSG00010014868 ##22 NR1D1 (ENSBMSG00010014854) THRA (ENSBMSG00010014824) MED24 (ENSBMSG00010022358) CSF3 (ENSBMSG00010022338) PSMD3 (ENSBMSG00010022333) ENSBMSG00010022328 ORMDL3 (ENSBMSG00010022323) ENSBMSG00010022317 ZPBP2 (ENSBMSG00010022295) IKZF3 (ENSBMSG00010022191) GRB7 (ENSBMSG00010022156) MIEN1 (ENSBMSG00010022149) ERBB2 (ENSBMSG00010022134) PGAP3 (ENSBMSG00010022119) PNMT (ENSBMSG00010022114) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bovinae DUPLICATION Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000000903.b ENSGT01050000244850.A.b ENSGT00390000016807 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000017131 ENSGT00390000011364 ENSGT00940000156836 ENSGT00390000003721.d.a ENSGT00940000153556.A ENSGT00940000158170 ENSGT00900000143259 ENSGT00940000162567 ENSGT00940000156315 ENSGT00390000009630.i.a ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00730000111536 ENSGT00390000018439 ENSGT00390000016313.a.b ENSGT00950000183041.A.e ENSGT00390000014109 ENSGT00940000161980 ENSGT00530000064244.a ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00390000007219 ENSGT00390000008330 ENSGT00940000157312 ENSGT00940000156915 ENSGT00390000009491.d ENSGT00940000156308 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000000903.b ENSGT01050000244850.A.b ENSGT00390000016807 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000017131 ENSGT00390000011364 ENSGT00940000156836 ENSGT00390000003721.d.a ENSGT00940000153556.A ENSGT00940000158170 ENSGT00900000143259 ENSGT00940000162567 ENSGT00940000156315 ENSGT00390000009630.i.a ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00730000111536 ENSGT00390000018439 ENSGT00390000016313.a.b ENSGT00950000183041.A.e ENSGT00390000014109 ENSGT00940000161980 ENSGT00530000064244.a ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00390000007219 ENSGT00390000008330 ENSGT00940000157312 ENSGT00940000156915 ENSGT00390000009491.d ENSGT00940000156308 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 14 ENSBIXG00005011053 PLXNA1 (ENSBIXG00005001001) ENSBIXG00005000580 MCM2 (ENSBIXG00005010892) PODXL2 (ENSBIXG00005010863) ENSBIXG00005010805 MGLL (ENSBIXG00005010790) KBTBD12 (ENSBIXG00005010709) SEC61A1 (ENSBIXG00005000921) RUVBL1 (ENSBIXG00005010629) EEFSEC (ENSBIXG00005010586) ENSBIXG00005000713 DNAJB8 (ENSBIXG00005010579) GATA2 (ENSBIXG00005010558) RPN1 (ENSBIXG00005001966) ENSBIXG00005005134 ##22 RAB7A (ENSBIXG00005029044) H1-10 (ENSBIXG00005005106) HMCES (ENSBIXG00005028993) COPG1 (ENSBIXG00005028959) CNBP (ENSBIXG00005028946) ISY1 (ENSBIXG00005028914) RAB43 (ENSBIXG00005005001) ENSBIXG00005028788 EFCC1 (ENSBIXG00005028776) ENSBIXG00005028742 ENSBIXG00005028728 ACAD9 (ENSBIXG00005028706) ENSBIXG00005028683 IQSEC1 (ENSBIXG00005004938) NUP210 (ENSBIXG00005028460) Cow MODERN SPECIES 14 CHCHD6 (ENSBTAG00000030855) PLXNA1 (ENSBTAG00000009159) TPRA1 (ENSBTAG00000022575) MCM2 (ENSBTAG00000014380) PODXL2 (ENSBTAG00000018031) ABTB1 (ENSBTAG00000018238) MGLL (ENSBTAG00000018248) KBTBD12 (ENSBTAG00000011547) SEC61A1 (ENSBTAG00000004937) RUVBL1 (ENSBTAG00000020998) EEFSEC (ENSBTAG00000030962) ENSBTAG00000051049 DNAJB8 (ENSBTAG00000006179) GATA2 (ENSBTAG00000019707) RPN1 (ENSBTAG00000005191) ENSBTAG00000030941 ##22 RAB7A (ENSBTAG00000010193) H1-10 (ENSBTAG00000040116) HMCES (ENSBTAG00000030930) COPG1 (ENSBTAG00000013212) CNBP (ENSBTAG00000012159) ISY1 (ENSBTAG00000030915) RAB43 (ENSBTAG00000053386) GP9 (ENSBTAG00000014666) EFCC1 (ENSBTAG00000005922) CFAP92 (ENSBTAG00000003244) ACAD9 (ENSBTAG00000003242) IQSEC1 (ENSBTAG00000003237) NUP210 (ENSBTAG00000003665) HDAC11 (ENSBTAG00000007208) FBLN2 (ENSBTAG00000004014) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159178 ENSGT00390000000903.b ENSGT01050000244850.A.b ENSGT00390000016807 ENSGT01050000244824.F ENSGT00730000111323 ENSGT00390000017131 ENSGT00390000011364 ENSGT00940000156836 ENSGT00390000003721.d.a ENSGT00940000153556.A ENSGT00940000158170 ENSGT00940000162567 ENSGT00940000156315 ENSGT00390000009630.i.a ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000155864.a.b ENSGT00730000111536 ENSGT00390000018439 ENSGT00390000016313.a.b ENSGT00950000183041.A.e ENSGT00390000014109 ENSGT00940000161980 ENSGT00390000008330 ENSGT00940000157312 ENSGT00940000156915 ENSGT00390000009491.d ENSGT00940000156308 ENSGT00940000156047 ENSGT00940000158523 ENSGT01030000234553.b.b.d.c.b.f Domestic yak MODERN SPECIES 14 TXNRD3 (ENSBGRG00000023918) CHCHD6 (ENSBGRG00000024662) PLXNA1 (ENSBGRG00000025111) ENSBGRG00000026549 MCM2 (ENSBGRG00000010580) PODXL2 (ENSBGRG00000010818) ENSBGRG00000011063 ENSBGRG00000011409 KBTBD12 (ENSBGRG00000011463) SEC61A1 (ENSBGRG00000011620) RUVBL1 (ENSBGRG00000012210) EEFSEC (ENSBGRG00000012475) ENSBGRG00000012674 ENSBGRG00000012704 RPN1 (ENSBGRG00000012844) ENSBGRG00000012940 ##22 RAB7A (ENSBGRG00000013027) ENSBGRG00000013189 HMCES (ENSBGRG00000013212) COPG1 (ENSBGRG00000013407) CNBP (ENSBGRG00000013907) ISY1 (ENSBGRG00000014042) ENSBGRG00000014265 ENSBGRG00000014318 ACAD9 (ENSBGRG00000014463) IQSEC1 (ENSBGRG00000015000) NUP210 (ENSBGRG00000016433) ENSBGRG00000016882 FBLN2 (ENSBGRG00000017885) WNT7A (ENSBGRG00000018308) ENSBGRG00000018348 American bison MODERN SPECIES 1631 ENSBBBG00000003763 ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000162368 ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000163184 ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.b.a ENSGT00730000111237.j ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.b.a Bos ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000162368 ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.a.b.c Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000004965 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000162368 ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.b.a ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.a.b.d ENSGT00940000153677.s.a.b.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 PCNA (ENSBIXG00005013593) ENSBIXG00005013556 SLC23A2 (ENSBIXG00005013512) RASSF2 (ENSBIXG00005013429) PRND (ENSBIXG00005001601) PRNP (ENSBIXG00005013353) ENSBIXG00005005486 ZMYND11 (ENSBIXG00005013294) DIP2C (ENSBIXG00005013044) ENSBIXG00005012919 GTPBP4 (ENSBIXG00005012740) IDI1 (ENSBIXG00005012691) WDR37 (ENSBIXG00005012625) ENSBIXG00005012492 ENSBIXG00005012469 ENSBIXG00005012450 ##22 PFKP (ENSBIXG00005012415) PITRM1 (ENSBIXG00005000352) KLF6 (ENSBIXG00005000389) ENSBIXG00005012253 AKR1E2 (ENSBIXG00005012240) ENSBIXG00005012216 ENSBIXG00005000402 ENSBIXG00005012023 ENSBIXG00005012012 ENSBIXG00005001226 ENSBIXG00005001216 ENSBIXG00005001199 ENSBIXG00005011851 ENSBIXG00005011836 ENSBIXG00005001174 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000004965 ENSGT00390000008694.b.b.c.a ENSGT00950000182953.C.c ENSGT00940000158546 ENSGT00390000017668 ENSGT00930000152756 ENSGT00510000049083.b ENSGT00940000156942 ENSGT00950000182997.a.a ENSGT00940000157755 ENSGT00390000018475 ENSGT00390000008527.k.a ENSGT00930000150950.a ENSGT00970000195402 ENSGT00940000157252 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00550000074964.i.b ENSGT00940000153272.a.a ENSGT00940000153677.s.b ENSGT00940000153677.s.a.a.a.a ENSGT00940000153677.s.a.a.a.b ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.a ENSGT00940000153677.s.a.a.b.b.b ENSGT00940000153677.s.a.b.a.a.a.a.a.b.c ENSGT00940000153677.s.a.b.b ENSGT00940000160568.m ENSGT00940000162594 ENSGT00940000155849 Wild yak MODERN SPECIES 1328 ZMYND11 (ENSBMUG00000003153) DIP2C (ENSBMUG00000003481) ENSBMUG00000003590 GTPBP4 (ENSBMUG00000003633) IDI1 (ENSBMUG00000003665) WDR37 (ENSBMUG00000003763) ENSBMUG00000003784 ENSBMUG00000003805 ENSBMUG00000003815 ENSBMUG00000003828 ##22 PFKP (ENSBMUG00000003866) PITRM1 (ENSBMUG00000003917) KLF6 (ENSBMUG00000003942) ENSBMUG00000003996 AKR1E2 (ENSBMUG00000004014) ENSBMUG00000004117 ENSBMUG00000004139 ENSBMUG00000004154 ENSBMUG00000004293 ENSBMUG00000004322 Domestic yak MODERN SPECIES 3 ENSBGRG00000006155 SLC23A2 (ENSBGRG00000006116) ENSBGRG00000006100 RASSF2 (ENSBGRG00000006081) PRND (ENSBGRG00000006063) ENSBGRG00000006049 PRNP (ENSBGRG00000006027) ZMYND11 (ENSBGRG00000005847) DIP2C (ENSBGRG00000005407) ENSBGRG00000005365 LARP4B (ENSBGRG00000005135) GTPBP4 (ENSBGRG00000005018) IDI1 (ENSBGRG00000004993) WDR37 (ENSBGRG00000004924) ADARB2 (ENSBGRG00000004784) ENSBGRG00000004758 ##22 PFKP (ENSBGRG00000004498) PITRM1 (ENSBGRG00000003730) KLF6 (ENSBGRG00000012023) ENSBGRG00000011965 AKR1E2 (ENSBGRG00000011892) ENSBGRG00000011600 ENSBGRG00000011503 ENSBGRG00000011358 ENSBGRG00000010844 UCN3 (ENSBGRG00000010758) TUBAL3 (ENSBGRG00000010624) NET1 (ENSBGRG00000010362) ASB13 (ENSBGRG00000010215) TASOR2 (ENSBGRG00000009524) ENSBGRG00000009364 American bison MODERN SPECIES 2997 SLC23A2 (ENSBBBG00000020326) RASSF2 (ENSBBBG00000005504) PRND (ENSBBBG00000006861) ENSBBBG00000020353 PRNP (ENSBBBG00000020389) ZMYND11 (ENSBBBG00000020595) DIP2C (ENSBBBG00000020715) ENSBBBG00000005586 LARP4B (ENSBBBG00000007385) GTPBP4 (ENSBBBG00000005599) IDI1 (ENSBBBG00000020773) WDR37 (ENSBBBG00000020851) ENSBBBG00000020859 ENSBBBG00000020867 ENSBBBG00000020878 ENSBBBG00000005617 ##22 PFKP (ENSBBBG00000020925) PITRM1 (ENSBBBG00000021062) KLF6 (ENSBBBG00000021095) ENSBBBG00000021105 AKR1E2 (ENSBBBG00000005660) AKR1C2 (ENSBBBG00000021145) ENSBBBG00000021183 ENSBBBG00000021202 ENSBBBG00000021322 AKR1C8 (ENSBBBG00000005699) ENSBBBG00000008786 ENSBBBG00000005724 ENSBBBG00000021569 ENSBBBG00000021582 ENSBBBG00000021755 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 22 MAP7D1 (ENSCHIG00000003118) TRAPPC3 (ENSCHIG00000015948) COL8A2 (ENSCHIG00000023849) ADPRS (ENSCHIG00000011636) TEKT2 (ENSCHIG00000026732) AGO3 (ENSCHIG00000011536) ENSCHIG00000011848 AGO4 (ENSCHIG00000026564) CLSPN (ENSCHIG00000023309) C1orf216 (ENSCHIG00000008904) PSMB2 (ENSCHIG00000016929) TFAP2E (ENSCHIG00000021809) NCDN (ENSCHIG00000026559) ENSCHIG00000016571 KIAA0319L (ENSCHIG00000020470) ENSCHIG00000026273 ##22 ZMYM4 (ENSCHIG00000027080) ENSCHIG00000012323 SFPQ (ENSCHIG00000023097) ZMYM1 (ENSCHIG00000025229) ZMYM6 (ENSCHIG00000027001) TMEM35B (ENSCHIG00000016269) DLGAP3 (ENSCHIG00000023308) SMIM12 (ENSCHIG00000010474) GJA4 (ENSCHIG00000005703) GJB3 (ENSCHIG00000001248) GJB4 (ENSCHIG00000009788) GJB5 (ENSCHIG00000010355) C1orf94 (ENSCHIG00000011528) HMGB4 (ENSCHIG00000009718) CSMD2 (ENSCHIG00000017752) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 MGST1 (ENSHGLG00000047521) LMO3 (ENSHGLG00000042625) RERGL (ENSHGLG00000010746) PIK3C2G (ENSHGLG00000006770) CAPZA3 (ENSHGLG00000020130) PLCZ1 (ENSHGLG00000007346) ENSHGLG00000038994 ENSHGLG00000021020 PLEKHA5 (ENSHGLG00000015699) AEBP2 (ENSHGLG00000017995) PDE3A (ENSHGLG00000009119) SLCO1C1 (ENSHGLG00000005494) ENSHGLG00000005542 ENSHGLG00000013677 ENSHGLG00000011711 ENSHGLG00000017581 ##22 ENSHGLG00000048919 ENSHGLG00000010013 RECQL (ENSHGLG00000009712) GOLT1B (ENSHGLG00000048680) ENSHGLG00000034379 GYS2 (ENSHGLG00000016654) ENSHGLG00000034958 Ldhb (ENSHGLG00000044218) KCNJ8 (ENSHGLG00000015650) ABCC9 (ENSHGLG00000014958) CMAS (ENSHGLG00000006107) ENSHGLG00000010665 ST8SIA1 (ENSHGLG00000009621) C2CD5 (ENSHGLG00000016366) ENSHGLG00000034168 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 26 ENSHGLG00000044534 ENSHGLG00000015484 ENSHGLG00000041318 ENSHGLG00000007617 ENSHGLG00000007578 ENSHGLG00000037237 ENSHGLG00000046958 PYURF (ENSHGLG00000040751) ENSHGLG00000008337 ENSHGLG00000049646 ENSHGLG00000044432 ENSHGLG00000008024 FAM13A (ENSHGLG00000008677) ENSHGLG00000036340 TIGD2 (ENSHGLG00000009014) ENSHGLG00000033154 ##22 ENSHGLG00000009359 ##22 GPRIN3 (ENSHGLG00000046655) Snca (ENSHGLG00000010096) MMRN1 (ENSHGLG00000003604) ENSHGLG00000003688 CCSER1 (ENSHGLG00000003812) ENSHGLG00000037139 ENSHGLG00000048185 ENSHGLG00000037793 GRID2 (ENSHGLG00000004059) ENSHGLG00000020623 ENSHGLG00000033791 ENSHGLG00000037196 ENSHGLG00000005070 HPGDS (ENSHGLG00000039097) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 153 PACRG (ENSODEG00000009517) PRKN (ENSODEG00000006701) AGPAT4 (ENSODEG00000007571) ENSODEG00000006672 ENSODEG00000006392 ENSODEG00000019262 ENSODEG00000006455 ENSODEG00000009894 SLC22A3 (ENSODEG00000006460) ENSODEG00000006583 ENSODEG00000007010 SLC22A2 (ENSODEG00000007315) SLC22A1 (ENSODEG00000007862) ENSODEG00000019312 IGF2R (ENSODEG00000007106) ENSODEG00000019599 ##22 MAS1 (ENSODEG00000019418) ENSODEG00000019381 PNLDC1 (ENSODEG00000008047) ENSODEG00000019385 ENSODEG00000007318 ENSODEG00000007990 ENSODEG00000008372 ACAT2 (ENSODEG00000008431) ##19 ENSODEG00000008023 ENSODEG00000019351 SOD2 (ENSODEG00000007052) ENSODEG00000019438 METRNL (ENSODEG00000008002) B3GNTL1 (ENSODEG00000011917) TBCD (ENSODEG00000009094) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 159 Pcsk2 (ENSJJAG00000014747) Bfsp1 (ENSJJAG00000009919) ENSJJAG00000012050 ##22 Dstn (ENSJJAG00000010476) Rrbp1 (ENSJJAG00000011577) Banf2 (ENSJJAG00000014091) ENSJJAG00000014376 ENSJJAG00000014561 Mgme1 (ENSJJAG00000014663) Ovol2 (ENSJJAG00000014942) Kat14 (ENSJJAG00000015569) ENSJJAG00000015853 Dzank1 (ENSJJAG00000016670) Polr3f (ENSJJAG00000017513) Rbbp9 (ENSJJAG00000017816) Sec23b (ENSJJAG00000018722) Dtd1 (ENSJJAG00000014379) Slc24a3 (ENSJJAG00000015385) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 11 ENSRNOG00000063700 Fam81b (ENSRNOG00000026845) Skic3 (ENSRNOG00000040297) Arsk (ENSRNOG00000026937) Gpr150 (ENSRNOG00000026944) Rfesd (ENSRNOG00000012810) Spata9 (ENSRNOG00000012770) Rhobtb3 (ENSRNOG00000012414) Glrx (ENSRNOG00000012183) ENSRNOG00000064002 ENSRNOG00000066816 Ell2 (ENSRNOG00000027089) Pcsk1 (ENSRNOG00000011107) Cast (ENSRNOG00000010286) Erap1 (ENSRNOG00000009997) LOC120100542 (ENSRNOG00000067789) ##22 LOC100911848 (ENSRNOG00000064672) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Gibbon MODERN SPECIES 10 ZSCAN9 (ENSNLEG00000004504) ZKSCAN4 (ENSNLEG00000029616) ZSCAN26 (ENSNLEG00000028973) PGBD1 (ENSNLEG00000036262) ZSCAN31 (ENSNLEG00000004512) ZKSCAN3 (ENSNLEG00000004558) ZSCAN12 (ENSNLEG00000004573) ZSCAN23 (ENSNLEG00000028711) ENSNLEG00000031271 GPX5 (ENSNLEG00000004583) SCAND3 (ENSNLEG00000004588) TRIM27 (ENSNLEG00000004590) ZNF311 (ENSNLEG00000004619) OR2W1 (ENSNLEG00000019206) ENSNLEG00000034562 ENSNLEG00000028051 ##22 ENSNLEG00000030680 UBD (ENSNLEG00000031787) ENSNLEG00000028679 ENSNLEG00000034442 MOG (ENSNLEG00000004664) ZFP57 (ENSNLEG00000004723) ENSNLEG00000029996 ENSNLEG00000028885 ENSNLEG00000004728 POLR1H (ENSNLEG00000004924) PPP1R11 (ENSNLEG00000004933) RNF39 (ENSNLEG00000004940) TRIM31 (ENSNLEG00000004946) ENSNLEG00000004972 TRIM10 (ENSNLEG00000004975) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 239 ENSOGAG00000029238 ##22 ETV6 (ENSOGAG00000011110) BCL2L14 (ENSOGAG00000007727) LRP6 (ENSOGAG00000007729) MANSC1 (ENSOGAG00000005125) BORCS5 (ENSOGAG00000028886) DUSP16 (ENSOGAG00000031532) CREBL2 (ENSOGAG00000030941) ENSOGAG00000026668 CDKN1B (ENSOGAG00000003749) APOLD1 (ENSOGAG00000033665) DDX47 (ENSOGAG00000003748) GPRC5A (ENSOGAG00000024272) GPRC5D (ENSOGAG00000010158) HEBP1 (ENSOGAG00000033976) FAM234B (ENSOGAG00000013046) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 131 CENPM (ENSPCOG00000014847) SMIM45 (ENSPCOG00000003245) ENSPCOG00000024794 ENSPCOG00000012300 NAGA (ENSPCOG00000028087) SMDT1 (ENSPCOG00000028742) ENSPCOG00000028700 ENSPCOG00000028795 TCF20 (ENSPCOG00000022152) NFAM1 (ENSPCOG00000018178) SERHL2 (ENSPCOG00000020237) RRP7A (ENSPCOG00000014018) POLDIP3 (ENSPCOG00000020271) CYB5R3 (ENSPCOG00000020961) ARFGAP3 (ENSPCOG00000028873) ENSPCOG00000013651 ##22 PACSIN2 (ENSPCOG00000024814) TTLL1 (ENSPCOG00000019799) BIK (ENSPCOG00000019271) ENSPCOG00000001221 TSPO (ENSPCOG00000018946) TTLL12 (ENSPCOG00000017269) SCUBE1 (ENSPCOG00000015764) MPPED1 (ENSPCOG00000028764) ENSPCOG00000017470 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 316 ENSMMNG00015020836 KRT24 (ENSMMNG00015020814) KRT222 (ENSMMNG00015020791) ENSMMNG00015020648 CCR7 (ENSMMNG00015020594) TNS4 (ENSMMNG00015020571) IGFBP4 (ENSMMNG00015020546) TOP2A (ENSMMNG00015020530) GJD3 (ENSMMNG00015020507) RARA (ENSMMNG00015020465) CDC6 (ENSMMNG00015020434) WIPF2 (ENSMMNG00015020404) RAPGEFL1 (ENSMMNG00015020323) CASC3 (ENSMMNG00015020273) MSL1 (ENSMMNG00015020237) ENSMMNG00015020224 ##22 NR1D1 (ENSMMNG00015020207) THRA (ENSMMNG00015020173) MED24 (ENSMMNG00015020035) CSF3 (ENSMMNG00015019963) PSMD3 (ENSMMNG00015019923) LRRC3C (ENSMMNG00015019900) ORMDL3 (ENSMMNG00015019876) ZPBP2 (ENSMMNG00015019656) IKZF3 (ENSMMNG00015019532) GRB7 (ENSMMNG00015019374) MIEN1 (ENSMMNG00015019331) ERBB2 (ENSMMNG00015019157) PGAP3 (ENSMMNG00015019051) PNMT (ENSMMNG00015019006) TCAP (ENSMMNG00015018985) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 24 TBC1D32 (ENSOARG00020021648) GJA1 (ENSOARG00020021600) HSF2 (ENSOARG00020021361) SERINC1 (ENSOARG00020021264) PKIB (ENSOARG00020021232) FABP7 (ENSOARG00020021196) SMPDL3A (ENSOARG00020021068) CLVS2 (ENSOARG00020021014) TRDN (ENSOARG00020020875) ENSOARG00020020804 NKAIN2 (ENSOARG00020020659) RNF217 (ENSOARG00020020542) TPD52L1 (ENSOARG00020019652) HDDC2 (ENSOARG00020019569) ENSOARG00020019540 ENSOARG00020019518 ##22 HEY2 (ENSOARG00020019458) NCOA7 (ENSOARG00020019081) HINT3 (ENSOARG00020018989) TRMT11 (ENSOARG00020018771) CENPW (ENSOARG00020018676) ENSOARG00020018629 RSPO3 (ENSOARG00020018570) ENSOARG00020018520 ECHDC1 (ENSOARG00020018346) ENSOARG00020018313 SOGA3 (ENSOARG00020018248) SNAP91 (ENSOARG00020017775) PRSS35 (ENSOARG00020017736) ME1 (ENSOARG00020017565) ##11 RWDD2A (ENSOARG00020017526) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 169 ENSMICG00000037905 SPIN4 (ENSMICG00000033616) BRS3 (ENSMICG00000047770) HTATSF1 (ENSMICG00000009348) CD40LG (ENSMICG00000017847) ARHGEF6 (ENSMICG00000017848) RBMX (ENSMICG00000006856) ENSMICG00000028289 ENSMICG00000029803 ZIC3 (ENSMICG00000042529) ENSMICG00000047186 ENSMICG00000042750 ENSMICG00000006392 ENSMICG00000005523 ENSMICG00000028954 ENSMICG00000027784 ##22 ENSMICG00000033041 F9 (ENSMICG00000016427) MCF2 (ENSMICG00000016443) ENSMICG00000037295 ATP11C (ENSMICG00000017620) CXorf66 (ENSMICG00000042583) ENSMICG00000043090 ENSMICG00000044078 ENSMICG00000043299 ENSMICG00000045052 ENSMICG00000028378 ENSMICG00000041505 ENSMICG00000031449 IKBKG (ENSMICG00000035937) G6PD (ENSMICG00000016481) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 335 Fbxo33 (ENSDORG00000007596) ENSDORG00000007595 ENSDORG00000006281 ENSDORG00000025772 Trappc6b (ENSDORG00000000828) Gemin2 (ENSDORG00000003814) Sec23a (ENSDORG00000012664) Sstr1 (ENSDORG00000015028) ENSDORG00000024437 Foxa1 (ENSDORG00000026795) Mipol1 (ENSDORG00000006394) ENSDORG00000028679 Pax9 (ENSDORG00000028039) Nkx2-1 (ENSDORG00000023229) Mbip (ENSDORG00000000347) ENSDORG00000024326 ##22 ENSDORG00000027989 Brms1l (ENSDORG00000005811) Ralgapa1 (ENSDORG00000001812) ENSDORG00000012862 Psma6 (ENSDORG00000010060) ENSDORG00000010059 ENSDORG00000026400 ENSDORG00000005159 Baz1a (ENSDORG00000008833) Cfl2 (ENSDORG00000006039) Snx6 (ENSDORG00000007000) Eapp (ENSDORG00000010166) Sptssa (ENSDORG00000030126) Egln3 (ENSDORG00000014235) Kangaroo rat MODERN SPECIES 338 Pirt (ENSDORG00000029225) Shisa6 (ENSDORG00000016678) Dnah9 (ENSDORG00000012356) Zkscan6 (ENSDORG00000012359) ENSDORG00000026283 Myocd (ENSDORG00000028541) Arhgap44 (ENSDORG00000005589) Elac2 (ENSDORG00000005592) Hs3st3a1 (ENSDORG00000029570) Cox10 (ENSDORG00000000616) Hs3st3b1 (ENSDORG00000028834) Pmp22 (ENSDORG00000023290) Tekt3 (ENSDORG00000023463) ENSDORG00000027368 Pik3r5 (ENSDORG00000005013) ENSDORG00000026762 ##22 Pik3r6 (ENSDORG00000004824) Ccdc42 (ENSDORG00000002745) Myh10 (ENSDORG00000004846) Ndel1 (ENSDORG00000004845) Rnf222 (ENSDORG00000001189) Rpl26 (ENSDORG00000001188) ENSDORG00000007135 Arhgef15 (ENSDORG00000010338) Slc25a35 (ENSDORG00000024443) Rangrf (ENSDORG00000007147) Pfas (ENSDORG00000007145) Ctc1 (ENSDORG00000011178) Aurkb (ENSDORG00000009467) ENSDORG00000009465 Tmem107 (ENSDORG00000015910) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 20 Cwc15 (ENSPEMG00000021432) Kdm4d (ENSPEMG00000001845) Alkbh8 (ENSPEMG00000022020) Cwf19l2 (ENSPEMG00000022399) Gucy1a2 (ENSPEMG00000021986) ENSPEMG00000025699 Aasdhppt (ENSPEMG00000016551) Kbtbd3 (ENSPEMG00000029070) Msantd4 (ENSPEMG00000029468) Gria4 (ENSPEMG00000005300) ENSPEMG00000025774 ENSPEMG00000025268 ENSPEMG00000026130 ENSPEMG00000008389 Casp12 (ENSPEMG00000022171) ENSPEMG00000021102 ##22 ENSPEMG00000028818 Pdgfd (ENSPEMG00000013246) Dync2h1 (ENSPEMG00000016383) Dcun1d5 (ENSPEMG00000020877) Mmp13 (ENSPEMG00000011633) Mmp12 (ENSPEMG00000020371) Mmp3 (ENSPEMG00000020327) ENSPEMG00000020690 Mmp10 (ENSPEMG00000021262) Mmp8 (ENSPEMG00000022864) Mmp27 (ENSPEMG00000024216) Mmp20 (ENSPEMG00000011175) Mmp7 (ENSPEMG00000021337) Tmem123 (ENSPEMG00000023085) Birc2 (ENSPEMG00000018476) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 13 Fshb (ENSRNOG00000004898) Arl14ep (ENSRNOG00000004891) Mpped2 (ENSRNOG00000004863) Dcdc1-ps1 (ENSRNOG00000022178) Dnajc24 (ENSRNOG00000004842) Immp1l (ENSRNOG00000004829) LOC108350427 (ENSRNOG00000031694) AABR07053185.1 (ENSRNOG00000004787) Pax6 (ENSRNOG00000004410) Rcn1 (ENSRNOG00000013452) LOC691083 (ENSRNOG00000013437) Wt1 (ENSRNOG00000013074) ENSRNOG00000067112 Eif3m (ENSRNOG00000012738) Ccdc73 (ENSRNOG00000022660) RGD1560017 (ENSRNOG00000029262) ##22 Prrg4 (ENSRNOG00000022710) Qser1 (ENSRNOG00000037514) Depdc7 (ENSRNOG00000012262) Tcp11l1 (ENSRNOG00000042576) Cstf3 (ENSRNOG00000012089) Hipk3 (ENSRNOG00000011358) LOC100362814 (ENSRNOG00000011132) RGD1563222 (ENSRNOG00000010963) Cd59 (ENSRNOG00000042821) Fbxo3 (ENSRNOG00000009549) Lmo2 (ENSRNOG00000009401) ENSRNOG00000063191 Caprin1 (ENSRNOG00000009152) Nat10 (ENSRNOG00000008663) Abtb2 (ENSRNOG00000008510) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 2994 Lama4 (ENSMSIG00000001276) Fam229b (ENSMSIG00000001215) Tube1 (ENSMSIG00000001171) Ccn6 (ENSMSIG00000001159) ENSMSIG00000001142 ENSMSIG00000001131 ##22 Fyn (ENSMSIG00000001064) Traf3ip2 (ENSMSIG00000001008) ENSMSIG00000000979 Rev3l (ENSMSIG00000000767) ENSMSIG00000000716 ENSMSIG00000000705 ENSMSIG00000000678 ENSMSIG00000000663 Mfsd4b5 (ENSMSIG00000000610) Mfsd4b1 (ENSMSIG00000000578) Slc16a10 (ENSMSIG00000000537) ENSMSIG00000000467 ENSMSIG00000000433 ENSMSIG00000000270 ENSMSIG00000000163 Steppe mouse MODERN SPECIES 3173 Vip (ENSMSIG00000029272) Myct1 (ENSMSIG00000029269) Syne1 (ENSMSIG00000029148) Esr1 (ENSMSIG00000029132) Ccdc170 (ENSMSIG00000029125) Armt1 (ENSMSIG00000029112) Rmnd1 (ENSMSIG00000029100) Zbtb2 (ENSMSIG00000029096) ENSMSIG00000029085 ##22 Akap12 (ENSMSIG00000029068) ENSMSIG00000029049 Mthfd1l (ENSMSIG00000029009) Plekhg1 (ENSMSIG00000028989) ENSMSIG00000028971 ENSMSIG00000028966 H60c (ENSMSIG00000028958) ENSMSIG00000028953 ENSMSIG00000028950 spretus MODERN SPECIES 9 Dcc (MGP_SPRETEiJ_G0023302) #7 Mex3c (MGP_SPRETEiJ_G0023303) #8 Mbd1 (MGP_SPRETEiJ_G0023304) #16 Smad4 (MGP_SPRETEiJ_G0023305) #9 Elac1 (MGP_SPRETEiJ_G0023306) #10 Me2 (MGP_SPRETEiJ_G0023307) #11 Mro (MGP_SPRETEiJ_G0023308) #12 Mapk4 (MGP_SPRETEiJ_G0023309) #13 MGP_SPRETEiJ_G0023310 Ska1 (MGP_SPRETEiJ_G0023311) #14 Cxxc1 (MGP_SPRETEiJ_G0023312) #15 Cfap53 (MGP_SPRETEiJ_G0023313) Myo5b (MGP_SPRETEiJ_G0023314) #18 Acaa2 (MGP_SPRETEiJ_G0023315) #19 Lipg (MGP_SPRETEiJ_G0023316) #21 MGP_SPRETEiJ_G0023317 ##22 BC031181 (MGP_SPRETEiJ_G0023318) #23 Dym (MGP_SPRETEiJ_G0023319) #24 Smad7 (MGP_SPRETEiJ_G0023320) #26 Ctif (MGP_SPRETEiJ_G0023321) #27 Zbtb7c (MGP_SPRETEiJ_G0023322) #28 Smad2 (MGP_SPRETEiJ_G0023323) #29 Skor2 (MGP_SPRETEiJ_G0023324) MGP_SPRETEiJ_G0023325 #30 Hdhd2 (MGP_SPRETEiJ_G0023326) #31 Katnal2 (MGP_SPRETEiJ_G0023327) #32 Pias2 (MGP_SPRETEiJ_G0023328) #34 MGP_SPRETEiJ_G0023329 St8sia5 (MGP_SPRETEiJ_G0023330) Loxhd1 (MGP_SPRETEiJ_G0023331) #35 8030462N17Rik (MGP_SPRETEiJ_G0023333) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Medium ground finch MODERN SPECIES 536 ENSGFOG00000009729 ##22 ENSGFOG00000009745 #23 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Common canary MODERN SPECIES 11 ENSSCAG00000011500 RPL8 (ENSSCAG00000011507) ENSSCAG00000011516 BCOR (ENSSCAG00000011536) MID1IP1 (ENSSCAG00000011544) TSPAN7 (ENSSCAG00000011549) ENSSCAG00000011558 RPGR (ENSSCAG00000011562) SRPX (ENSSCAG00000011573) SYTL5 (ENSSCAG00000011582) DYNLT3 (ENSSCAG00000011589) CYBB (ENSSCAG00000011590) XK (ENSSCAG00000011594) LANCL3 (ENSSCAG00000011596) PRRG1 (ENSSCAG00000011600) ENSSCAG00000011616 ##22 ENSSCAG00000011627 #23 ENSSCAG00000011633 TMEM47 (ENSSCAG00000011647) DMD (ENSSCAG00000011693) TAB3 (ENSSCAG00000011775) ENSSCAG00000011983 TASL (ENSSCAG00000013056) ENSSCAG00000013061 NR0B1 (ENSSCAG00000013062) IL1RAPL1 (ENSSCAG00000013073) PNPLA4 (ENSSCAG00000013086) ANOS1 (ENSSCAG00000013103) ENSSCAG00000013156 GPR143 (ENSSCAG00000013171) SHROOM2 (ENSSCAG00000013185) Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.a ##22 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 2 PRPF40A (ENSGEVG00005019971) ARL6IP6 (ENSGEVG00005019950) RPRM (ENSGEVG00005019943) GALNT13 (ENSGEVG00005019923) KCNJ3 (ENSGEVG00005019903) ENSGEVG00005019893 ENSGEVG00005019886 GPD2 (ENSGEVG00005019873) ENSGEVG00005019865 ENSGEVG00005019858 CYTIP (ENSGEVG00005019851) ACVR1C (ENSGEVG00005019840) ACVR1 (ENSGEVG00005019831) UPP2 (ENSGEVG00005019811) CCDC148 (ENSGEVG00005019792) ENSGEVG00005019785 ##22 PKP4 (ENSGEVG00005019763) DAPL1 (ENSGEVG00005019749) TANC1 (ENSGEVG00005018129) WDSUB1 (ENSGEVG00005017578) BAZ2B (ENSGEVG00005006977) MARCHF7 (ENSGEVG00005004908) ENSGEVG00005004868 CD302 (ENSGEVG00005004822) LY75 (ENSGEVG00005004714) PLA2R1 (ENSGEVG00005004339) ITGB6 (ENSGEVG00005004156) RBMS1 (ENSGEVG00005004086) TANK (ENSGEVG00005020325) PSMD14 (ENSGEVG00005020319) TBR1 (ENSGEVG00005020317) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 74 ENSGT00940000159660.e ENSGT00390000008294.e.b.a.a ENSGT00390000008294.f ENSGT00390000001376.db.g ENSGT00940000157910 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00940000158059 ENSGT00940000155140 ENSGT00390000008798.c ENSGT00930000151042.b ENSGT00730000111223 ENSGT01100000263524.I ENSGT00940000156627 ENSGT00940000158366 ENSGT01050000244965.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00940000156946 ENSGT00940000162789 ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154589.b ENSGT00940000159753 ENSGT00940000162335.d ENSGT00940000162642 ENSGT00940000154949.b ENSGT00940000155279.C ENSGT00940000159769.b ENSGT00940000159954 ENSGT01100000264156.b ENSGT00940000156545 ENSGT00940000157168 Polar bear MODERN SPECIES 159 HADH (ENSUMAG00000000448) LEF1 (ENSUMAG00000000609) ENSUMAG00000000631 OSTC (ENSUMAG00000000640) ETNPPL (ENSUMAG00000000654) SEC24B (ENSUMAG00000000694) MCUB (ENSUMAG00000000708) ENSUMAG00000000755 PLA2G12A (ENSUMAG00000000760) CFI (ENSUMAG00000000770) GAR1 (ENSUMAG00000000776) RRH (ENSUMAG00000000781) LRIT3 (ENSUMAG00000000802) EGF (ENSUMAG00000000821) ELOVL6 (ENSUMAG00000000832) ENSUMAG00000000844 ##22 ENPEP (ENSUMAG00000000955) PITX2 (ENSUMAG00000002143) ENSUMAG00000002171 AP1AR (ENSUMAG00000002175) TIFA (ENSUMAG00000002179) ENSUMAG00000002186 ENSUMAG00000002189 ENSUMAG00000002195 ENSUMAG00000002229 LARP7 (ENSUMAG00000002263) ENSUMAG00000002323 ENSUMAG00000002854 ENSUMAG00000003390 ARSJ (ENSUMAG00000003417) ENSUMAG00000003424 American black bear MODERN SPECIES 2063 EGF (ENSUAMG00000001125) ELOVL6 (ENSUAMG00000001055) ENSUAMG00000001046 ##22 ENSUAMG00000001041 Giant Panda MODERN SPECIES 2 LEF1 (ENSAMEG00000001768) RPL34 (ENSAMEG00000001758) OSTC (ENSAMEG00000001753) ETNPPL (ENSAMEG00000001726) COL25A1 (ENSAMEG00000001701) SEC24B (ENSAMEG00000001636) MCUB (ENSAMEG00000004507) CASP6 (ENSAMEG00000004526) PLA2G12A (ENSAMEG00000004540) CFI (ENSAMEG00000004559) ENSAMEG00000025418 ENSAMEG00000004608 LRIT3 (ENSAMEG00000004620) ENSAMEG00000004605 EGF (ENSAMEG00000014957) ENSAMEG00000030246 ##22 ELOVL6 (ENSAMEG00000014947) ENPEP (ENSAMEG00000014850) PITX2 (ENSAMEG00000014836) FAM241A (ENSAMEG00000014823) AP1AR (ENSAMEG00000014805) TIFA (ENSAMEG00000018870) ALPK1 (ENSAMEG00000014797) NEUROG2 (ENSAMEG00000015618) ENSAMEG00000025601 ZGRF1 (ENSAMEG00000015635) LARP7 (ENSAMEG00000015642) ANK2 (ENSAMEG00000009259) CAMK2D (ENSAMEG00000009200) ARSJ (ENSAMEG00000025956) ENSAMEG00000030424 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1255 ENSMMSG00000022370 ##22 STAB2 (ENSMMSG00000022247) NT5DC3 (ENSMMSG00000022199) ENSMMSG00000022158 HSP90B1 (ENSMMSG00000022123) UQCC6 (ENSMMSG00000022106) TDG (ENSMMSG00000021918) GLT8D2 (ENSMMSG00000021881) HCFC2 (ENSMMSG00000021847) NFYB (ENSMMSG00000021813) TXNRD1 (ENSMMSG00000021728) CHST11 (ENSMMSG00000021705) SLC41A2 (ENSMMSG00000021685) ENSMMSG00000021630 ALDH1L2 (ENSMMSG00000021599) WASHC4 (ENSMMSG00000021556) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1169 ENSMMSG00000010985 DKK3 (ENSMMSG00000010926) USP47 (ENSMMSG00000010640) GALNT18 (ENSMMSG00000010551) ZBED5 (ENSMMSG00000010540) EIF4G2 (ENSMMSG00000010289) CTR9 (ENSMMSG00000010186) IRAG1 (ENSMMSG00000009706) LYVE1 (ENSMMSG00000009629) RNF141 (ENSMMSG00000009603) AMPD3 (ENSMMSG00000009315) ADM (ENSMMSG00000009242) SBF2 (ENSMMSG00000008931) ENSMMSG00000008880 SWAP70 (ENSMMSG00000008825) ENSMMSG00000008793 ##22 ENSMMSG00000008766 WEE1 (ENSMMSG00000008696) ZNF143 (ENSMMSG00000008483) IPO7 (ENSMMSG00000008437) TMEM41B (ENSMMSG00000008362) ENSMMSG00000008340 DENND5A (ENSMMSG00000008275) SCUBE2 (ENSMMSG00000021089) NRIP3 (ENSMMSG00000020974) TMEM9B (ENSMMSG00000020939) ASCL3 (ENSMMSG00000020928) ENSMMSG00000020890 ENSMMSG00000020690 DENND2B (ENSMMSG00000020173) ENSMMSG00000020109 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Red fox MODERN SPECIES 21 RTCA (ENSVVUG00000022041) DBT (ENSVVUG00000022021) LRRC39 (ENSVVUG00000022016) TRMT13 (ENSVVUG00000021996) SASS6 (ENSVVUG00000021921) MFSD14A (ENSVVUG00000021919) AGL (ENSVVUG00000021913) FRRS1 (ENSVVUG00000021910) PALMD (ENSVVUG00000021908) ENSVVUG00000021907 PLPPR4 (ENSVVUG00000021899) ENSVVUG00000021897 PLPPR5 (ENSVVUG00000021896) SNX7 (ENSVVUG00000021892) ENSVVUG00000021884 ENSVVUG00000021883 ##22 DPYD (ENSVVUG00000021876) PTBP2 (ENSVVUG00000021875) RWDD3 (ENSVVUG00000021868) TLCD4 (ENSVVUG00000021866) ALG14 (ENSVVUG00000021865) ENSVVUG00000021862 CNN3 (ENSVVUG00000021861) SLC44A3 (ENSVVUG00000021857) F3 (ENSVVUG00000021851) ABCD3 (ENSVVUG00000021847) ARHGAP29 (ENSVVUG00000021844) ABCA4 (ENSVVUG00000021843) GCLM (ENSVVUG00000021841) DNTTIP2 (ENSVVUG00000021840) BCAR3 (ENSVVUG00000021837) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Donkey MODERN SPECIES 10 ZFAND2B (ENSEASG00005011813) RETREG2 (ENSEASG00005011827) CNPPD1 (ENSEASG00005011830) ENSEASG00005011833 NHEJ1 (ENSEASG00005011836) IHH (ENSEASG00005024990) CFAP65 (ENSEASG00005011849) CRYBA2 (ENSEASG00005011870) FEV (ENSEASG00005013506) CDK5R2 (ENSEASG00005033666) WNT10A (ENSEASG00005011873) WNT6 (ENSEASG00005011874) PRKAG3 (ENSEASG00005011895) CYP27A1 (ENSEASG00005011961) TTLL4 (ENSEASG00005012028) ENSEASG00005029569 ##22 STK36 (ENSEASG00005012230) RNF25 (ENSEASG00005012269) BCS1L (ENSEASG00005012277) ENSEASG00005012281 CNOT9 (ENSEASG00005012317) USP37 (ENSEASG00005012329) VIL1 (ENSEASG00005012350) CTDSP1 (ENSEASG00005012367) SLC11A1 (ENSEASG00005012373) CATIP (ENSEASG00005012386) PNKD (ENSEASG00005012391) TMBIM1 (ENSEASG00005033706) ENSEASG00005031536 AAMP (ENSEASG00005012433) GPBAR1 (ENSEASG00005012478) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1066 CELF2 (ENSMLUG00000005791) ENSMLUG00000028813 ##22 USP6NL (ENSMLUG00000009149) ENSMLUG00000003884 BDH2 (ENSMLUG00000007737) SLC9B2 (ENSMLUG00000007706) CISD2 (ENSMLUG00000006014) MANBA (ENSMLUG00000005998) NFKB1 (ENSMLUG00000005986) SLC39A8 (ENSMLUG00000011736) ENSMLUG00000028973 PPP3CA (ENSMLUG00000015446) ENSMLUG00000013368 DDIT4L (ENSMLUG00000009915) ENSMLUG00000029524 Microbat MODERN SPECIES 963 ASH2L (ENSMLUG00000003723) EIF4EBP1 (ENSMLUG00000007526) ADRB3 (ENSMLUG00000007514) GOT1L1 (ENSMLUG00000007485) RAB11FIP1 (ENSMLUG00000007472) BRF2 (ENSMLUG00000030280) ADGRA2 (ENSMLUG00000022283) PLPBP (ENSMLUG00000007448) ERLIN2 (ENSMLUG00000011778) ZNF703 (ENSMLUG00000011770) ENSMLUG00000025710 ENSMLUG00000026031 ENSMLUG00000028845 UNC5D (ENSMLUG00000005073) ENSMLUG00000024514 ENSMLUG00000027529 ##22 DUSP26 (ENSMLUG00000002772) RNF122 (ENSMLUG00000012520) TTI2 (ENSMLUG00000002764) MAK16 (ENSMLUG00000002758) FUT10 (ENSMLUG00000002754) ENSMLUG00000025759 ENSMLUG00000010211 ENSMLUG00000013804 WRN (ENSMLUG00000005863) PURG (ENSMLUG00000024424) ENSMLUG00000024122 ENSMLUG00000016793 ENSMLUG00000008035 TEX15 (ENSMLUG00000014276) PPP2CB (ENSMLUG00000012897) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 31 ENSCDRG00005003028 PLEKHB2 (ENSCDRG00005002996) FAM168B (ENSCDRG00005002966) ENSCDRG00005002932 AMER3 (ENSCDRG00005002904) ENSCDRG00005002851 ENSCDRG00005002822 PTPN18 (ENSCDRG00005002747) IMP4 (ENSCDRG00005002674) CCDC115 (ENSCDRG00005002649) TUBGCP5 (ENSCDRG00005002621) CYFIP1 (ENSCDRG00005002577) NIPA2 (ENSCDRG00005002554) NIPA1 (ENSCDRG00005002537) HERC2 (ENSCDRG00005002330) ENSCDRG00005002281 ##22 OCA2 (ENSCDRG00005002261) ENSCDRG00005002233 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.c ##22 Vaquita MODERN SPECIES 17 ENSPSNG00000017078 PDCL (ENSPSNG00000017032) RC3H2 (ENSPSNG00000016932) ZBTB6 (ENSPSNG00000016879) ZBTB26 (ENSPSNG00000016851) RABGAP1 (ENSPSNG00000016790) STRBP (ENSPSNG00000016661) ENSPSNG00000016590 CRB2 (ENSPSNG00000016494) ENSPSNG00000016443 DENND1A (ENSPSNG00000016381) LHX2 (ENSPSNG00000016296) NEK6 (ENSPSNG00000015982) PSMB7 (ENSPSNG00000015876) NR5A1 (ENSPSNG00000015697) ENSPSNG00000015665 ##22 NR6A1 (ENSPSNG00000015414) OLFML2A (ENSPSNG00000015295) RPL35 (ENSPSNG00000015051) ARPC5L (ENSPSNG00000014993) GOLGA1 (ENSPSNG00000014918) SCAI (ENSPSNG00000014857) PPP6C (ENSPSNG00000014742) RABEPK (ENSPSNG00000014628) HSPA5 (ENSPSNG00000014547) GAPVD1 (ENSPSNG00000014354) MAPKAP1 (ENSPSNG00000014088) PBX3 (ENSPSNG00000013926) MVB12B (ENSPSNG00000013790) LMX1B (ENSPSNG00000013539) ZBTB43 (ENSPSNG00000013499) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.c ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 19 OR5C1 (ENSDLEG00000000653) ENSDLEG00000000638 PDCL (ENSDLEG00000000624) RC3H2 (ENSDLEG00000000584) ZBTB26 (ENSDLEG00000000549) RABGAP1 (ENSDLEG00000000486) STRBP (ENSDLEG00000000427) CRB2 (ENSDLEG00000000376) ENSDLEG00000000352 ENSDLEG00000000331 DENND1A (ENSDLEG00000000198) LHX2 (ENSDLEG00000000097) NEK6 (ENSDLEG00000000066) PSMB7 (ENSDLEG00000000050) NR5A1 (ENSDLEG00000015804) ENSDLEG00000015771 ##22 NR6A1 (ENSDLEG00000015711) OLFML2A (ENSDLEG00000015685) RPL35 (ENSDLEG00000015667) ARPC5L (ENSDLEG00000015658) GOLGA1 (ENSDLEG00000015625) SCAI (ENSDLEG00000015503) PPP6C (ENSDLEG00000015466) RABEPK (ENSDLEG00000015453) HSPA5 (ENSDLEG00000015433) GAPVD1 (ENSDLEG00000015347) MAPKAP1 (ENSDLEG00000015293) ENSDLEG00000015268 MVB12B (ENSDLEG00000015237) LMX1B (ENSDLEG00000015166) ZBTB43 (ENSDLEG00000015157) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01100000263540.B.d ENSGT00940000158607 ENSGT00940000160930 ENSGT00940000162737 ENSGT00390000005989.b ENSGT00940000156716 ENSGT00900000141143 ENSGT00940000161406 ENSGT00940000161685.A.a ENSGT00940000156208 ENSGT00940000157734 ENSGT00390000008225 ENSGT00940000154314 ENSGT00940000154352.A ENSGT00950000182859.A.a.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.d ##22 ENSGT00950000182864.a.b.a ENSGT00390000013415.a.b ENSGT01030000234522.C.b.e.a.a.b ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00390000006350.m.a.c.b.a.b ENSGT00940000158614 ENSGT00510000049722 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01010000228881 ENSGT00940000158607 ENSGT00940000160930 ENSGT00940000162737 ENSGT00390000005989.b ENSGT00940000156716 ENSGT00900000141143 ENSGT00940000161406 ENSGT00940000161685.A.a ENSGT00940000156208 ENSGT00940000157734 ENSGT00390000008225 ENSGT00940000154314 ENSGT00940000154352.A ENSGT00950000182859.A.a.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.d ##22 ENSGT00950000182864.a.b.a ENSGT00390000013415.a.b ENSGT01030000234522.C.b.e.a.a.b ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00390000006350.m.a.c.b.a.b ENSGT00940000158614 ENSGT00510000049722 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380 Narwhal MODERN SPECIES 312 ENSMMNG00015019603 SLC25A37 (ENSMMNG00015019590) ENSMMNG00015019551 NKX2-6 (ENSMMNG00015019533) STC1 (ENSMMNG00015019502) ADAM28 (ENSMMNG00015019400) ADAMDEC1 (ENSMMNG00015019319) ENSMMNG00015019249 ENSMMNG00015019196 NEFL (ENSMMNG00015019153) DOCK5 (ENSMMNG00015019103) GNRH1 (ENSMMNG00015019060) KCTD9 (ENSMMNG00015019003) CDCA2 (ENSMMNG00015018900) EBF2 (ENSMMNG00015018863) ENSMMNG00015018827 ##22 PPP2R2A (ENSMMNG00015018714) BNIP3L (ENSMMNG00015018649) PNMA2 (ENSMMNG00015018639) DPYSL2 (ENSMMNG00015018544) ADRA1A (ENSMMNG00015018492) STMN4 (ENSMMNG00015018331) TRIM35 (ENSMMNG00015018089) PTK2B (ENSMMNG00015017976) CHRNA2 (ENSMMNG00015017861) ENSMMNG00015017835 EPHX2 (ENSMMNG00015017668) ENSMMNG00015017581 CLU (ENSMMNG00015017554) SCARA3 (ENSMMNG00015017508) CCDC25 (ENSMMNG00015017427) Beluga whale MODERN SPECIES 4 ENSDLEG00000006543 SLC25A37 (ENSDLEG00000006540) NKX3-1 (ENSDLEG00000006531) ENSDLEG00000006522 STC1 (ENSDLEG00000006517) ADAM28 (ENSDLEG00000006489) NEFM (ENSDLEG00000006476) NEFL (ENSDLEG00000006467) ENSDLEG00000006462 DOCK5 (ENSDLEG00000002343) GNRH1 (ENSDLEG00000001435) KCTD9 (ENSDLEG00000001415) CDCA2 (ENSDLEG00000001385) ENSDLEG00000001380 EBF2 (ENSDLEG00000001316) ENSDLEG00000001289 ##22 PPP2R2A (ENSDLEG00000001272) BNIP3L (ENSDLEG00000001250) PNMA2 (ENSDLEG00000001239) DPYSL2 (ENSDLEG00000001186) ADRA1A (ENSDLEG00000001167) STMN4 (ENSDLEG00000001142) TRIM35 (ENSDLEG00000001119) PTK2B (ENSDLEG00000001086) CHRNA2 (ENSDLEG00000001068) ENSDLEG00000001060 EPHX2 (ENSDLEG00000001005) ENSDLEG00000000969 CLU (ENSDLEG00000000957) SCARA3 (ENSDLEG00000000924) CCDC25 (ENSDLEG00000000874) Vaquita MODERN SPECIES 17 NKX3-1 (ENSPSNG00000003693) NKX2-6 (ENSPSNG00000003713) STC1 (ENSPSNG00000003726) ADAM28 (ENSPSNG00000003790) ADAMDEC1 (ENSPSNG00000003873) ENSPSNG00000003914 NEFL (ENSPSNG00000003946) ENSPSNG00000003965 ENSPSNG00000003996 GNRH1 (ENSPSNG00000004028) KCTD9 (ENSPSNG00000009803) CDCA2 (ENSPSNG00000009875) ENSPSNG00000010183 ENSPSNG00000010228 EBF2 (ENSPSNG00000010256) ENSPSNG00000010536 ##22 PPP2R2A (ENSPSNG00000010594) BNIP3L (ENSPSNG00000010778) PNMA2 (ENSPSNG00000010857) DPYSL2 (ENSPSNG00000010930) ADRA1A (ENSPSNG00000011198) STMN4 (ENSPSNG00000011305) TRIM35 (ENSPSNG00000011632) PTK2B (ENSPSNG00000011703) CHRNA2 (ENSPSNG00000011813) ENSPSNG00000011878 CLU (ENSPSNG00000011914) SCARA3 (ENSPSNG00000011999) CCDC25 (ENSPSNG00000012132) ESCO2 (ENSPSNG00000012224) PBK (ENSPSNG00000012263) Sperm whale MODERN SPECIES 14 TMEM39B (ENSPCTG00005000669) KPNA6 (ENSPCTG00005000641) ENSPCTG00005000623 ZBTB8B (ENSPCTG00005000609) ZBTB8A (ENSPCTG00005000595) ZBTB8OS (ENSPCTG00005000576) RBBP4 (ENSPCTG00005000559) SYNC (ENSPCTG00005000540) KIAA1522 (ENSPCTG00005000410) YARS (ENSPCTG00005000311) S100PBP (ENSPCTG00005000291) FNDC5 (ENSPCTG00005000274) AK2 (ENSPCTG00005000255) RNF19B (ENSPCTG00005000234) AZIN2 (ENSPCTG00005005944) ENSPCTG00005005935 ##22 ZNF362 (ENSPCTG00005005866) ENSPCTG00005005804 PHC2 (ENSPCTG00005005701) ZSCAN20 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(ENSBMSG00010011217) TMEM217 (ENSBMSG00010011206) TBC1D22B (ENSBMSG00010011188) RNF8 (ENSBMSG00010011155) CMTR1 (ENSBMSG00010011113) ENSBMSG00010011084 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 CACNA2D1 (ENSCHYG00000018295) HGF (ENSCHYG00000019398) SEMA3C (ENSCHYG00000019620) CD36 (ENSCHYG00000019791) GNAT3 (ENSCHYG00000020496) ENSCHYG00000020590 ENSCHYG00000020617 GNAI1 (ENSCHYG00000020676) ENSCHYG00000020911 MAGI2 (ENSCHYG00000021178) PHTF2 (ENSCHYG00000023683) ENSCHYG00000024021 ENSCHYG00000024038 ENSCHYG00000024090 PTPN12 (ENSCHYG00000024111) ENSCHYG00000024152 ##22 ENSCHYG00000024161 GSAP (ENSCHYG00000024234) CCDC146 (ENSCHYG00000024657) FGL2 (ENSCHYG00000024744) FAM185A (ENSCHYG00000024761) ENSCHYG00000024825 FBXL13 (ENSCHYG00000024841) ENSCHYG00000024862 ENSCHYG00000024895 NAPEPLD (ENSCHYG00000025014) ENSCHYG00000025058 DNAJC2 (ENSCHYG00000025102) PSMC2 (ENSCHYG00000025139) SLC26A5 (ENSCHYG00000025193) RELN (ENSCHYG00000025795) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 12 Ovar-DRA (ENSOARG00020022159) ENSOARG00020022099 ENSOARG00020022019 ENSOARG00020021487 ELOVL5 (ENSOARG00020021349) GCM1 (ENSOARG00020021293) FBXO9 (ENSOARG00020021181) CILK1 (ENSOARG00020021095) GSTA4 (ENSOARG00020021007) ENSOARG00020020938 ENSOARG00020020898 ENSOARG00020020785 ENSOARG00020020565 TMEM14A (ENSOARG00020020512) TRAM2 (ENSOARG00020020430) ENSOARG00020020412 ##22 EFHC1 (ENSOARG00020020221) PAQR8 (ENSOARG00020020203) MCM3 (ENSOARG00020019991) ENSOARG00020019944 IL17A (ENSOARG00020019903) PKHD1 (ENSOARG00020016458) TFAP2B (ENSOARG00020016055) TFAP2D (ENSOARG00020015981) ENSOARG00020015930 ENSOARG00020015886 ENSOARG00020015856 DEFB114 (ENSOARG00020015818) ENSOARG00020015759 CRISP1 (ENSOARG00020015573) PGK2 (ENSOARG00020015502) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 SNCAIP (ENSOARG00020006162) ENSOARG00020006334 ENSOARG00020006374 LOX (ENSOARG00020006459) SRFBP1 (ENSOARG00020006515) FTMT (ENSOARG00020006630) PRR16 (ENSOARG00020006682) ENSOARG00020006760 ##22 FAM170A (ENSOARG00020006839) HSD17B4 (ENSOARG00020006956) TNFAIP8 (ENSOARG00020008351) DMXL1 (ENSOARG00020008495) DTWD2 (ENSOARG00020009992) ENSOARG00020010205 ENSOARG00020010243 ENSOARG00020010300 ##22 ENSOARG00020010434 ENSOARG00020010454 ENSOARG00020010472 SEMA6A (ENSOARG00020010541) COMMD10 (ENSOARG00020010792) ENSOARG00020010871 ARL10 (ENSOARG00020009449) NOP16 (ENSOARG00020009469) HIGD2A (ENSOARG00020009523) CLTB (ENSOARG00020009553) FAF2 (ENSOARG00020009668) RNF44 (ENSOARG00020009698) CDHR2 (ENSOARG00020009765) GPRIN1 (ENSOARG00020010249) SNCB (ENSOARG00020010292) Goat DUPLICATION Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 9 ENSCHIG00000013672 ENSCHIG00000014994 ZNF772 (ENSCHIG00000020967) ZNF773 (ENSCHIG00000023261) ENSCHIG00000017808 ENSCHIG00000020149 ENSCHIG00000009766 ENSCHIG00000019927 ENSCHIG00000026681 ENSCHIG00000018821 ENSCHIG00000000492 ENSCHIG00000017999 ENSCHIG00000002778 ENSCHIG00000006509 ENSCHIG00000018469 ENSCHIG00000007367 ##22 ENSCHIG00000012177 ENSCHIG00000016427 ENSCHIG00000019265 ENSCHIG00000026812 ZNF606 (ENSCHIG00000021043) ENSCHIG00000023529 ZNF329 (ENSCHIG00000005735) ZNF274 (ENSCHIG00000016772) ZNF8 (ENSCHIG00000002909) A1BG (ENSCHIG00000026865) RPS5 (ENSCHIG00000019536) RNF225 (ENSCHIG00000022638) ZNF132 (ENSCHIG00000014115) ENSCHIG00000025732 ZNF446 (ENSCHIG00000026648) Goat MODERN SPECIES 17 ZDHHC4 (ENSCHIG00000011078) INTS15 (ENSCHIG00000023779) ZNF853 (ENSCHIG00000026318) ZNF316 (ENSCHIG00000024346) ZNF12 (ENSCHIG00000011026) ENSCHIG00000019239 RBAK (ENSCHIG00000026024) ENSCHIG00000009168 RNF216 (ENSCHIG00000020520) FSCN1 (ENSCHIG00000013676) ACTB (ENSCHIG00000013316) FBXL18 (ENSCHIG00000001815) TNRC18 (ENSCHIG00000015061) SLC29A4 (ENSCHIG00000013461) WIPI2 (ENSCHIG00000025379) ENSCHIG00000000713 ##22 MMD2 (ENSCHIG00000024011) RADIL (ENSCHIG00000024632) AP5Z1 (ENSCHIG00000016014) FOXK1 (ENSCHIG00000020886) SDK1 (ENSCHIG00000019963) CARD11 (ENSCHIG00000020978) GNA12 (ENSCHIG00000024235) AMZ1 (ENSCHIG00000015074) BRAT1 (ENSCHIG00000024721) IQCE (ENSCHIG00000017381) TTYH3 (ENSCHIG00000009899) LFNG (ENSCHIG00000023115) GRIFIN (ENSCHIG00000015408) CHST12 (ENSCHIG00000005612) ENSCHIG00000019418 Goat MODERN SPECIES 25 ENSCHIG00000012259 ENSCHIG00000013585 AASDH (ENSCHIG00000022349) CRACD (ENSCHIG00000010537) CEP135 (ENSCHIG00000020429) ENSCHIG00000009115 EXOC1 (ENSCHIG00000022016) EXOC1L (ENSCHIG00000009195) ENSCHIG00000021229 NMU (ENSCHIG00000012702) PDCL2 (ENSCHIG00000025455) CLOCK (ENSCHIG00000017027) TMEM165 (ENSCHIG00000026960) SRD5A3 (ENSCHIG00000019579) KDR (ENSCHIG00000006477) ENSCHIG00000007998 ##22 KIT (ENSCHIG00000022287) PDGFRA (ENSCHIG00000005194) GSX2 (ENSCHIG00000017735) CHIC2 (ENSCHIG00000002107) LNX1 (ENSCHIG00000017890) ENSCHIG00000025903 SCFD2 (ENSCHIG00000015721) RASL11B (ENSCHIG00000024365) USP46 (ENSCHIG00000019211) ENSCHIG00000025743 ENSCHIG00000015328 ENSCHIG00000008028 SPATA18 (ENSCHIG00000019427) SGCB (ENSCHIG00000025818) DCUN1D4 (ENSCHIG00000024006) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 American bison MODERN SPECIES 2973 SIM1 (ENSBBBG00000019562) ENSBBBG00000005306 ENSBBBG00000005309 MCHR2 (ENSBBBG00000005313) ENSBBBG00000019599 PRDM13 (ENSBBBG00000019612) ENSBBBG00000007045 ENSBBBG00000019737 TSTD3 (ENSBBBG00000008950) USP45 (ENSBBBG00000007013) PNISR (ENSBBBG00000019913) COQ3 (ENSBBBG00000005393) FAXC (ENSBBBG00000019944) FBXL4 (ENSBBBG00000019956) ENSBBBG00000005119 ENSBBBG00000019962 ##22 MMS22L (ENSBBBG00000020025) KLHL32 (ENSBBBG00000005436) NDUFAF4 (ENSBBBG00000020115) GPR63 (ENSBBBG00000020122) FHL5 (ENSBBBG00000020131) UFL1 (ENSBBBG00000005072) FUT9 (ENSBBBG00000020143) MANEA (ENSBBBG00000020146) ENSBBBG00000020157 ENSBBBG00000008391 ENSBBBG00000020181 ENSBBBG00000020189 ENSBBBG00000020198 MAP3K7 (ENSBBBG00000000569) BACH2 (ENSBBBG00000000547) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.a ##22 Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155564 ENSGT00940000154864.b ENSGT00390000005045 ENSGT00940000162821.h ENSGT00390000011103.A ENSGT00390000011433 ENSGT00390000007723 ENSGT00530000063603.B ENSGT00390000003855.a ENSGT00940000156532.l ENSGT00940000159080 ENSGT00940000153431.a.l.a ENSGT00940000163627 ENSGT00940000154292.a.b ENSGT00940000158952 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.a.a ##22 ENSGT00940000157364.C ENSGT00940000163055 ENSGT00940000158817 ENSGT00390000006820 ENSGT00940000159118 ENSGT00530000063425.a.b ENSGT00550000075024 ENSGT00940000161424 ENSGT00550000074867 ENSGT00390000018245.c ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00390000008095 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B.t.a ENSGT00940000154141.B.s.a.a Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 ENSBIXG00005018704 PSME4 (ENSBIXG00005018741) GPR75 (ENSBIXG00005018758) ERLEC1 (ENSBIXG00005018839) CHAC2 (ENSBIXG00005018860) ENSBIXG00005018883 ASB3 (ENSBIXG00005018919) ENSBIXG00005018960 ENSBIXG00005018968 ENSBIXG00005018993 ENSBIXG00005019024 ENSBIXG00005019035 ENSBIXG00005019055 NRXN1 (ENSBIXG00005020353) FSHR (ENSBIXG00005020542) ENSBIXG00005007156 ##22 ENSBIXG00005020568 LHCGR (ENSBIXG00005020676) GTF2A1L (ENSBIXG00005020773) STON1 (ENSBIXG00005020833) PPP1R21 (ENSBIXG00005020937) FOXN2 (ENSBIXG00005003545) FBXO11 (ENSBIXG00005021079) MSH6 (ENSBIXG00005021217) KCNK12 (ENSBIXG00005021241) MSH2 (ENSBIXG00005021319) EPCAM (ENSBIXG00005003602) CALM2 (ENSBIXG00005021412) STPG4 (ENSBIXG00005021460) TTC7A (ENSBIXG00005021493) ENSBIXG00005021629 Cow MODERN SPECIES 2 ENSBTAG00000046563 ACYP2 (ENSBTAG00000006852) ENSBTAG00000024019 PSME4 (ENSBTAG00000020262) GPR75 (ENSBTAG00000000102) ERLEC1 (ENSBTAG00000008068) CHAC2 (ENSBTAG00000019459) ENSBTAG00000051601 ASB3 (ENSBTAG00000019458) ENSBTAG00000002943 ENSBTAG00000027786 ENSBTAG00000052116 NRXN1 (ENSBTAG00000024021) NRXN1 (ENSBTAG00000046199) FSHR (ENSBTAG00000032424) ENSBTAG00000027015 ##22 LHCGR (ENSBTAG00000016573) GTF2A1L (ENSBTAG00000023999) STON1 (ENSBTAG00000004168) PPP1R21 (ENSBTAG00000002570) FOXN2 (ENSBTAG00000015151) FBXO11 (ENSBTAG00000001425) MSH6 (ENSBTAG00000001424) KCNK12 (ENSBTAG00000017500) MSH2 (ENSBTAG00000002742) EPCAM (ENSBTAG00000006474) CALM2 (ENSBTAG00000001575) STPG4 (ENSBTAG00000049698) TTC7A (ENSBTAG00000032558) MCFD2 (ENSBTAG00000003358) SOCS5 (ENSBTAG00000008987) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 24 NAGA (ENSBTAG00000009506) PHETA2 (ENSBTAG00000009507) SMDT1 (ENSBTAG00000009508) NDUFA6 (ENSBTAG00000009509) ENSBTAG00000038146 CYP2D43 (ENSBTAG00000026501) ENSBTAG00000037632 CYP2D14 (ENSBTAG00000026502) TCF20 (ENSBTAG00000000662) NFAM1 (ENSBTAG00000005018) SERHL2 (ENSBTAG00000016507) RRP7 (ENSBTAG00000016510) POLDIP3 (ENSBTAG00000016511) CYB5R3 (ENSBTAG00000016516) A4GALT (ENSBTAG00000026497) ENSBTAG00000030199 ##22 ARFGAP3 (ENSBTAG00000001057) ENSBTAG00000045575 PACSIN2 (ENSBTAG00000019290) TTLL1 (ENSBTAG00000012030) MCAT (ENSBTAG00000002413) TSPO (ENSBTAG00000018073) TTLL12 (ENSBTAG00000001708) SCUBE1 (ENSBTAG00000011275) MPPED1 (ENSBTAG00000053619) ENSBTAG00000053264 EFCAB6 (ENSBTAG00000030189) SULT4A1 (ENSBTAG00000006273) ENSBTAG00000045746 ENSBTAG00000003367 SAMM50 (ENSBTAG00000045957) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000153431.a.l.b ENSGT01020000230438.B.b.b.a ENSGT00950000183193.B ENSGT00910000147163 ENSGT00940000154553.a.b ENSGT00810000125473.B ENSGT00940000158051 ENSGT00940000158745 ENSGT00390000002766.b.b ENSGT00390000001332 ENSGT00940000154940.gb ENSGT00950000183000.c.b ENSGT00940000158135 ENSGT00390000012799 ENSGT00550000074824 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.a ##22 ENSGT00390000016736.a.h ENSGT00940000155583 ENSGT00390000002201 ENSGT00550000074807.d ENSGT00940000162733 ENSGT00940000162391 ENSGT00950000183139.B ENSGT00940000158921.f.b ENSGT00510000047831 ENSGT00940000161107 ENSGT00940000161610.b ENSGT00940000159896 ENSGT00730000111119 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a.b.b.b ENSGT00390000017800 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 13 ENSBIXG00005004787 ENSBIXG00005027817 ARHGAP5 (ENSBIXG00005027783) AKAP6 (ENSBIXG00005004751) ENSBIXG00005027635 NPAS3 (ENSBIXG00005004743) EGLN3 (ENSBIXG00005004670) SPTSSA (ENSBIXG00005027156) ENSBIXG00005027146 EAPP (ENSBIXG00005027140) SNX6 (ENSBIXG00005027072) CFL2 (ENSBIXG00005004635) BAZ1A (ENSBIXG00005026976) ENSBIXG00005004603 SRP54 (ENSBIXG00005004590) ENSBIXG00005004583 ##22 ENSBIXG00005026804 PPP2R3C (ENSBIXG00005026776) PRORP (ENSBIXG00005026751) PSMA6 (ENSBIXG00005004554) NFKBIA (ENSBIXG00005026599) INSM2 (ENSBIXG00005026558) RALGAPA1 (ENSBIXG00005026523) ENSBIXG00005026403 MBIP (ENSBIXG00005026348) NKX2-1 (ENSBIXG00005026186) NKX2-8 (ENSBIXG00005007637) PAX9 (ENSBIXG00005006187) SLC25A21 (ENSBIXG00005026075) MIPOL1 (ENSBIXG00005025965) ENSBIXG00005005896 Cow MODERN SPECIES 13 ENSBTAG00000038020 GPR33 (ENSBTAG00000010536) NUBPL (ENSBTAG00000044121) ENSBTAG00000055201 ARHGAP5 (ENSBTAG00000027024) AKAP6 (ENSBTAG00000017719) NPAS3 (ENSBTAG00000004462) EGLN3 (ENSBTAG00000008172) SPTSSA (ENSBTAG00000013981) EAPP (ENSBTAG00000003419) SNX6 (ENSBTAG00000012873) CFL2 (ENSBTAG00000015053) BAZ1A (ENSBTAG00000020164) ENSBTAG00000037938 SRP54 (ENSBTAG00000019085) ENSBTAG00000000425 ##22 FAM177A1 (ENSBTAG00000009680) PPP2R3C (ENSBTAG00000009681) PRORP (ENSBTAG00000009682) ENSBTAG00000049349 PSMA6 (ENSBTAG00000009683) NFKBIA (ENSBTAG00000016683) INSM2 (ENSBTAG00000027013) RALGAPA1 (ENSBTAG00000001282) BRMS1L (ENSBTAG00000018400) MBIP (ENSBTAG00000009941) NKX2-1 (ENSBTAG00000000541) NKX2-8 (ENSBTAG00000013352) PAX9 (ENSBTAG00000009186) SLC25A21 (ENSBTAG00000019350) ENSBTAG00000054035 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 KRT20 (ENSBIXG00005031321) KRT23 (ENSBIXG00005031323) KRT39 (ENSBIXG00005031324) KRT40 (ENSBIXG00005031328) ENSBIXG00005031329 ENSBIXG00005031330 ENSBIXG00005031331 ENSBIXG00005031332 ENSBIXG00005031333 ENSBIXG00005031334 ENSBIXG00005031336 ENSBIXG00005031339 ENSBIXG00005031341 ENSBIXG00005031342 ENSBIXG00005031344 ENSBIXG00005031345 ##22 ENSBIXG00005031347 ENSBIXG00005031351 ENSBIXG00005031354 ENSBIXG00005031356 ENSBIXG00005031357 ENSBIXG00005031361 ENSBIXG00005031370 ENSBIXG00005031371 ENSBIXG00005031373 ENSBIXG00005031375 ENSBIXG00005031378 ENSBIXG00005031382 ENSBIXG00005031386 ENSBIXG00005031390 KRTAP17-1 (ENSBIXG00005031391) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.a.b.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 570 ENSBMUG00000016192 MAP2K3 (ENSBMUG00000016241) TMEM11 (ENSBMUG00000016267) DHRS7B (ENSBMUG00000016324) ENSBMUG00000016337 ##22 USP22 (ENSBMUG00000016349) TNFRSF13B (ENSBMUG00000016403) ENSBMUG00000016438 PLD6 (ENSBMUG00000016452) FLCN (ENSBMUG00000016466) COPS3 (ENSBMUG00000016502) NT5M (ENSBMUG00000016519) MED9 (ENSBMUG00000016538) RASD1 (ENSBMUG00000016571) PEMT (ENSBMUG00000016583) RAI1 (ENSBMUG00000016624) SREBF1 (ENSBMUG00000017035) TOM1L2 (ENSBMUG00000017325) DRC3 (ENSBMUG00000017348) ATPAF2 (ENSBMUG00000017377) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000010827 ENSGT00390000009366 ENSGT00390000018829.g.b ENSGT00550000074866 ENSGT00880000138028.b.b ENSGT00940000155695 ENSGT00390000004766 ENSGT00940000154798.a.d.a ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.b.a ENSGT00530000063426.b.b ENSGT00390000002563.b.a.a ENSGT00390000002563.a ENSGT00940000153295.b ENSGT00940000155839 ENSGT00940000155610 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.i.b ##22 ENSGT00940000155377 ENSGT00940000156143 ENSGT00510000046985.h.b.a.a.b ENSGT00940000155206.c.b.b ENSGT00940000154272.A ENSGT00940000160200 ENSGT00940000154550.a.e.b.b ENSGT00940000155625 ENSGT00940000164932 ENSGT00940000157719 ENSGT00730000111138 ENSGT00390000007284 ENSGT00950000182919.A ENSGT00940000155184 ENSGT00940000162208 Domestic yak MODERN SPECIES 1 ENSBGRG00000006262 RTN4IP1 (ENSBGRG00000006146) CRYBG1 (ENSBGRG00000005685) ATG5 (ENSBGRG00000005379) PRDM1 (ENSBGRG00000005178) ENSBGRG00000005152 ENSBGRG00000005146 ENSBGRG00000005140 PREP (ENSBGRG00000005031) POPDC3 (ENSBGRG00000005006) BVES (ENSBGRG00000004850) LIN28B (ENSBGRG00000004803) ENSBGRG00000004777 HACE1 (ENSBGRG00000004127) ENSBGRG00000004076 ENSBGRG00000004053 ##22 GRIK2 (ENSBGRG00000003805) ASCC3 (ENSBGRG00000003723) SIM1 (ENSBGRG00000003658) ENSBGRG00000003627 ENSBGRG00000003604 ENSBGRG00000003594 ENSBGRG00000003580 PRDM13 (ENSBGRG00000026581) ENSBGRG00000026578 ENSBGRG00000026554 TSTD3 (ENSBGRG00000026535) USP45 (ENSBGRG00000026528) PNISR (ENSBGRG00000026524) COQ3 (ENSBGRG00000026518) FAXC (ENSBGRG00000026514) Wild yak MODERN SPECIES 1170 ENSBMUG00000004761 GRIK2 (ENSBMUG00000004173) ENSBMUG00000003380 ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.j ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.b.j ##22 Cow MODERN SPECIES 26 TBC1D9B (ENSBTAG00000015611) MRNIP (ENSBTAG00000015602) SQSTM1 (ENSBTAG00000015591) ENSBTAG00000052483 MGAT4B (ENSBTAG00000009738) LTC4S (ENSBTAG00000009737) MAML1 (ENSBTAG00000050347) CANX (ENSBTAG00000048107) CBY3 (ENSBTAG00000046663) HNRNPH1 (ENSBTAG00000009389) RUFY1 (ENSBTAG00000019868) ADAMTS2 (ENSBTAG00000014665) ZNF354C (ENSBTAG00000002281) ENSBTAG00000055301 ZNF879 (ENSBTAG00000038541) ENSBTAG00000034973 ##22 GRM6 (ENSBTAG00000016187) ZNF454 (ENSBTAG00000004262) ZFP2 (ENSBTAG00000007122) ENSBTAG00000052690 RNF187 (ENSBTAG00000019667) H2BC26 (ENSBTAG00000053467) H2AC25 (ENSBTAG00000037964) H3-4 (ENSBTAG00000055153) TRIM17 (ENSBTAG00000018673) TRIM11 (ENSBTAG00000039246) ENSBTAG00000007820 ENSBTAG00000040028 ENSBTAG00000051744 ENSBTAG00000049190 IBA57 (ENSBTAG00000014918) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 4 ENSMICG00000043717 ENSMICG00000044636 ABCC4 (ENSMICG00000003364) SOX21 (ENSMICG00000030929) GPR180 (ENSMICG00000007628) TGDS (ENSMICG00000007621) ENSMICG00000027259 DCT (ENSMICG00000007611) GPC6 (ENSMICG00000007601) GPC5 (ENSMICG00000030886) ENSMICG00000047849 ENSMICG00000003836 SLITRK5 (ENSMICG00000035892) SLITRK1 (ENSMICG00000005389) SPRY2 (ENSMICG00000008542) ENSMICG00000038396 ##22 NDFIP2 (ENSMICG00000026359) RBM26 (ENSMICG00000010350) OBI1 (ENSMICG00000031669) POU4F1 (ENSMICG00000011538) EDNRB (ENSMICG00000016941) SLAIN1 (ENSMICG00000002711) SCEL (ENSMICG00000002703) MYCBP2 (ENSMICG00000002673) FBXL3 (ENSMICG00000002671) CLN5 (ENSMICG00000036480) ACOD1 (ENSMICG00000027082) KCTD12 (ENSMICG00000002666) LMO7 (ENSMICG00000014340) UCHL3 (ENSMICG00000014333) COMMD6 (ENSMICG00000014323) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 787 HECTD2 (ENSPCOG00000020697) PCGF5 (ENSPCOG00000025053) ANKRD1 (ENSPCOG00000024392) RPP30 (ENSPCOG00000017865) HTR7 (ENSPCOG00000022548) KIF20B (ENSPCOG00000011378) PANK1 (ENSPCOG00000025267) SLC16A12 (ENSPCOG00000014212) IFIT5 (ENSPCOG00000016774) IFIT1 (ENSPCOG00000000411) IFIT3 (ENSPCOG00000000039) IFIT2 (ENSPCOG00000025792) ENSPCOG00000007526 ENSPCOG00000015339 LIPA (ENSPCOG00000015519) ENSPCOG00000013528 ##22 FAS (ENSPCOG00000004108) ACTA2 (ENSPCOG00000004723) ENSPCOG00000015760 STAMBPL1 (ENSPCOG00000015340) ANKRD22 (ENSPCOG00000019553) LIPM (ENSPCOG00000007567) LIPN (ENSPCOG00000021772) LIPK (ENSPCOG00000014470) LIPF (ENSPCOG00000027465) LIPJ (ENSPCOG00000021051) ENSPCOG00000027413 RNLS (ENSPCOG00000014278) ENSPCOG00000023071 PTEN (ENSPCOG00000004892) KLLN (ENSPCOG00000019117) Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 998 C1orf56 (ENSPSMG00000022123) BNIPL (ENSPSMG00000022120) PRUNE1 (ENSPSMG00000022096) MINDY1 (ENSPSMG00000022064) ANXA9 (ENSPSMG00000022049) CERS2 (ENSPSMG00000022037) SETDB1 (ENSPSMG00000022003) CTXND2 (ENSPSMG00000021975) ARNT (ENSPSMG00000021753) CTSK (ENSPSMG00000021532) CTSS (ENSPSMG00000021523) HORMAD1 (ENSPSMG00000021500) ENSPSMG00000021475 GOLPH3L (ENSPSMG00000021465) ENSA (ENSPSMG00000021455) ENSPSMG00000021426 ##22 ENSPSMG00000021413 ADAMTSL4 (ENSPSMG00000021345) ECM1 (ENSPSMG00000021284) TARS2 (ENSPSMG00000021195) RPRD2 (ENSPSMG00000021029) Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 472 MEI4 (ENSPSMG00000007505) HTR1B (ENSPSMG00000007498) IMPG1 (ENSPSMG00000007481) MYO6 (ENSPSMG00000007266) SENP6 (ENSPSMG00000006651) FILIP1 (ENSPSMG00000006471) TMEM30A (ENSPSMG00000006436) COX7A2 (ENSPSMG00000006397) COL12A1 (ENSPSMG00000005434) ENSPSMG00000004858 ENSPSMG00000004853 ENSPSMG00000004841 ENSPSMG00000004837 ##22 CD109 (ENSPSMG00000004758) SLC17A5 (ENSPSMG00000004561) ENSPSMG00000004539 MTO1 (ENSPSMG00000004516) CGAS (ENSPSMG00000004458) DDX43 (ENSPSMG00000004341) ENSPSMG00000004323 OOEP (ENSPSMG00000004311) KHDC3L (ENSPSMG00000004291) DPPA5 (ENSPSMG00000004280) ENSPSMG00000004267 ENSPSMG00000004262 ENSPSMG00000004251 ENSPSMG00000004217 ENSPSMG00000004214 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 765 LRRC3B (ENSPSMG00000012739) NEK10 (ENSPSMG00000012674) SLC4A7 (ENSPSMG00000012322) ENSPSMG00000012053 ##22 EOMES (ENSPSMG00000012049) Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 121 DMRT3 (ENSOGAG00000026565) DMRT1 (ENSOGAG00000001989) KANK1 (ENSOGAG00000001985) ENSOGAG00000031226 DOCK8 (ENSOGAG00000004639) ENSOGAG00000002011 ENSOGAG00000029277 PGM5 (ENSOGAG00000015121) TMEM252 (ENSOGAG00000015132) PABIR1 (ENSOGAG00000024522) PIP5K1B (ENSOGAG00000009431) ENSOGAG00000031105 TJP2 (ENSOGAG00000014757) ENTREP1 (ENSOGAG00000006806) APBA1 (ENSOGAG00000006812) ENSOGAG00000029654 ##22 PTAR1 (ENSOGAG00000009760) CFAP95 (ENSOGAG00000009764) MAMDC2 (ENSOGAG00000016899) SMC5 (ENSOGAG00000016900) KLF9 (ENSOGAG00000030356) TRPM3 (ENSOGAG00000006507) CEMIP2 (ENSOGAG00000012911) ENSOGAG00000028678 ABHD17B (ENSOGAG00000012920) C9orf85 (ENSOGAG00000011302) GDA (ENSOGAG00000011303) ZFAND5 (ENSOGAG00000025012) TMC1 (ENSOGAG00000014213) ALDH1A1 (ENSOGAG00000014218) CYP1D1 (ENSOGAG00000030842) Bushbaby MODERN SPECIES 124 C21orf91 (ENSOGAG00000013306) ENSOGAG00000013303 CXADR (ENSOGAG00000013301) ENSOGAG00000032134 USP25 (ENSOGAG00000013720) NRIP1 (ENSOGAG00000007232) SAMSN1 (ENSOGAG00000007033) HSPA13 (ENSOGAG00000024884) ENSOGAG00000029294 RBM11 (ENSOGAG00000005760) LIPI (ENSOGAG00000005758) ENSOGAG00000027120 ENSOGAG00000032694 ROBO2 (ENSOGAG00000011404) ENSOGAG00000009747 ENSOGAG00000029904 ##22 GBE1 (ENSOGAG00000000770) CADM2 (ENSOGAG00000010480) VGLL3 (ENSOGAG00000010364) POU1F1 (ENSOGAG00000004578) CHMP2B (ENSOGAG00000004577) HTR1F (ENSOGAG00000027352) CGGBP1 (ENSOGAG00000034139) ENSOGAG00000034600 ENSOGAG00000029395 C3orf38 (ENSOGAG00000028975) ENSOGAG00000029652 ENSOGAG00000028160 EPHA3 (ENSOGAG00000013293) ENSOGAG00000010941 ENSOGAG00000033367 Bushbaby MODERN SPECIES 332 ZNF488 (ENSOGAG00000001742) ENSOGAG00000030669 GDF2 (ENSOGAG00000030904) GDF10 (ENSOGAG00000001749) PTPN20 (ENSOGAG00000001986) FRMPD2 (ENSOGAG00000016849) MAPK8 (ENSOGAG00000008164) ARHGAP22 (ENSOGAG00000008170) ENSOGAG00000027732 ##22 WDFY4 (ENSOGAG00000006884) LRRC18 (ENSOGAG00000006889) VSTM4 (ENSOGAG00000006891) FAM170B (ENSOGAG00000001564) ENSOGAG00000024764 ENSOGAG00000027647 DRGX (ENSOGAG00000001567) ERCC6 (ENSOGAG00000001570) SLC18A3 (ENSOGAG00000001572) CHAT (ENSOGAG00000001575) OGDHL (ENSOGAG00000001581) PARG (ENSOGAG00000028075) ENSOGAG00000015393 ENSOGAG00000015386 Bushbaby MODERN SPECIES 132 NR2F1 (ENSOGAG00000007017) ENSOGAG00000026077 ARRDC3 (ENSOGAG00000003067) ADGRV1 (ENSOGAG00000012173) LYSMD3 (ENSOGAG00000005564) ENSOGAG00000005560 MBLAC2 (ENSOGAG00000005559) CETN3 (ENSOGAG00000002383) MEF2C (ENSOGAG00000028682) ENSOGAG00000034873 TMEM161B (ENSOGAG00000009547) ENSOGAG00000031737 ENSOGAG00000027160 CCNH (ENSOGAG00000010421) RASA1 (ENSOGAG00000000055) ENSOGAG00000029577 ##22 ENSOGAG00000032711 EDIL3 (ENSOGAG00000015620) HAPLN1 (ENSOGAG00000009053) VCAN (ENSOGAG00000034403) XRCC4 (ENSOGAG00000009045) TMEM167A (ENSOGAG00000009040) ENSOGAG00000008165 ENSOGAG00000008163 ATG10 (ENSOGAG00000008161) SSBP2 (ENSOGAG00000002548) ACOT12 (ENSOGAG00000002545) ENSOGAG00000002543 CKMT2 (ENSOGAG00000002541) RASGRF2 (ENSOGAG00000002537) MSH3 (ENSOGAG00000011410) Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 126 UBAP1L (ENSOGAG00000026705) PDCD7 (ENSOGAG00000028484) CLPX (ENSOGAG00000013626) CILP (ENSOGAG00000033324) PARP16 (ENSOGAG00000013641) ENSOGAG00000027481 IGDCC3 (ENSOGAG00000013646) IGDCC4 (ENSOGAG00000034827) DPP8 (ENSOGAG00000013651) HACD3 (ENSOGAG00000013661) INTS14 (ENSOGAG00000013667) SLC24A1 (ENSOGAG00000013674) DENND4A (ENSOGAG00000013678) RAB11A (ENSOGAG00000007642) MEGF11 (ENSOGAG00000007644) ENSOGAG00000034665 ##22 DIS3L (ENSOGAG00000024086) ENSOGAG00000028488 MAP2K1 (ENSOGAG00000015876) SNAPC5 (ENSOGAG00000015881) ENSOGAG00000015884 ZWILCH (ENSOGAG00000015886) LCTL (ENSOGAG00000015893) SMAD6 (ENSOGAG00000015387) ENSOGAG00000034467 ENSOGAG00000029245 SMAD3 (ENSOGAG00000014217) ##29 AAGAB (ENSOGAG00000014219) IQCH (ENSOGAG00000014224) ENSOGAG00000028206 C15orf61 (ENSOGAG00000027440) Bushbaby MODERN SPECIES 126 REC114 (ENSOGAG00000001896) HCN4 (ENSOGAG00000027137) NEO1 (ENSOGAG00000001958) ADPGK (ENSOGAG00000001956) BBS4 (ENSOGAG00000001950) ARIH1 (ENSOGAG00000012095) HEXA (ENSOGAG00000007361) CELF6 (ENSOGAG00000031801) PARP6 (ENSOGAG00000008939) PKM (ENSOGAG00000008934) GRAMD2A (ENSOGAG00000008931) SENP8 (ENSOGAG00000024793) MYO9A (ENSOGAG00000006133) NR2E3 (ENSOGAG00000006128) THSD4 (ENSOGAG00000033910) ENSOGAG00000031017 ##22 LRRC49 (ENSOGAG00000000523) LARP6 (ENSOGAG00000000522) UACA (ENSOGAG00000006940) TLE3 (ENSOGAG00000004789) RPLP1 (ENSOGAG00000029641) KIF23 (ENSOGAG00000034448) PAQR5 (ENSOGAG00000012036) GLCE (ENSOGAG00000029673) ENSOGAG00000003058 CORO2B (ENSOGAG00000026008) ITGA11 (ENSOGAG00000014144) FEM1B (ENSOGAG00000014143) CLN6 (ENSOGAG00000014142) CALML4 (ENSOGAG00000014140) PIAS1 (ENSOGAG00000014134) ##34 Bushbaby MODERN SPECIES 272 ENSOGAG00000025161 NAP1L3 (ENSOGAG00000025630) ENSOGAG00000000324 ENSOGAG00000031690 ENSOGAG00000024995 ENSOGAG00000031095 ENSOGAG00000026741 ##22 DIAPH2 (ENSOGAG00000013639) ENSOGAG00000032949 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Glires DUPLICATION Glires DUPLICATION Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 14 Duxbl1 (ENSMOCG00000009549) Tmem254 (ENSMOCG00000008162) Plac9 (ENSMOCG00000022874) Anxa11 (ENSMOCG00000022761) Zcchc24 (ENSMOCG00000022142) Ppif (ENSMOCG00000018006) Zmiz1 (ENSMOCG00000020382) ##34 Rps24 (ENSMOCG00000018968) Polr3a (ENSMOCG00000012185) Slmap (ENSMOCG00000022562) Dennd6a (ENSMOCG00000007569) ENSMOCG00000001505 Pde12 (ENSMOCG00000020734) ENSMOCG00000013173 ENSMOCG00000010627 ENSMOCG00000005104 ##22 ENSMOCG00000021714 Asb14 (ENSMOCG00000005229) Appl1 (ENSMOCG00000020080) ENSMOCG00000013571 Il17rd (ENSMOCG00000012945) ENSMOCG00000021783 Arhgef3 (ENSMOCG00000012890) Tasor (ENSMOCG00000008303) Ccdc66 (ENSMOCG00000021352) Erc2 (ENSMOCG00000022991) Wnt5a (ENSMOCG00000021601) Galnt15 (ENSMOCG00000006311) ENSMOCG00000020826 Ankrd28 (ENSMOCG00000019440) Btd (ENSMOCG00000007806) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 4 ENSHGLG00000049626 KAT6B (ENSHGLG00000016932) ADK (ENSHGLG00000016921) AP3M1 (ENSHGLG00000016902) VCL (ENSHGLG00000016883) PLAU (ENSHGLG00000018090) CAMK2G (ENSHGLG00000018079) NDST2 (ENSHGLG00000018051) ZSWIM8 (ENSHGLG00000014670) CHCHD1 (ENSHGLG00000037728) FUT11 (ENSHGLG00000014614) ENSHGLG00000014584 ENSHGLG00000042155 SYNPO2L (ENSHGLG00000036525) MYOZ1 (ENSHGLG00000014747) ENSHGLG00000041485 ##22 ENSHGLG00000049336 USP54 (ENSHGLG00000017101) PPP3CB (ENSHGLG00000017090) MSS51 (ENSHGLG00000035480) ENSHGLG00000018045 CFAP70 (ENSHGLG00000013200) MRPS16 (ENSHGLG00000049739) DNAJC9 (ENSHGLG00000012672) FAM149B1 (ENSHGLG00000012456) ECD (ENSHGLG00000012289) NUDT13 (ENSHGLG00000049514) P4HA1 (ENSHGLG00000011764) PLA2G12B (ENSHGLG00000048139) OIT3 (ENSHGLG00000011087) ENSHGLG00000048846 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 PDCD10 (ENSOCUG00000015413) WDR49 (ENSOCUG00000009788) SERPINI2 (ENSOCUG00000009783) ZBBX (ENSOCUG00000016778) ENSOCUG00000028097 BCHE (ENSOCUG00000008068) SLITRK3 (ENSOCUG00000003087) SI (ENSOCUG00000003878) ENSOCUG00000027574 ENSOCUG00000032782 ENSOCUG00000037303 OTOL1 (ENSOCUG00000027063) ENSOCUG00000021142 SPTSSB (ENSOCUG00000024536) NMD3 (ENSOCUG00000017454) ENSOCUG00000022150 ##22 ENSOCUG00000031531 ENSOCUG00000031137 PPM1L (ENSOCUG00000001173) ENSOCUG00000011861 ARL14 (ENSOCUG00000021985) KPNA4 (ENSOCUG00000001818) TRIM59 (ENSOCUG00000031294) SMC4 (ENSOCUG00000014835) IFT80 (ENSOCUG00000014825) ENSOCUG00000033720 ENSOCUG00000031459 IL12A (ENSOCUG00000010149) ENSOCUG00000011278 IQCJ (ENSOCUG00000022809) ENSOCUG00000023648 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.k.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 354 ENSMOCG00000022782 A630001G21Rik (ENSMOCG00000017114) ENSMOCG00000011941 Itm2c (ENSMOCG00000017316) Gpr55 (ENSMOCG00000007252) ENSMOCG00000011715 2810459M11Rik (ENSMOCG00000001808) Htr2b (ENSMOCG00000013792) Psmd1 (ENSMOCG00000005390) Armc9 (ENSMOCG00000002866) B3gnt7 (ENSMOCG00000020115) ENSMOCG00000016972 Nmur1 (ENSMOCG00000004878) Tex44 (ENSMOCG00000011907) ENSMOCG00000008697 ENSMOCG00000009470 ##22 Pde6d (ENSMOCG00000003337) Cops7b (ENSMOCG00000022426) Nppc (ENSMOCG00000012312) Dis3l2 (ENSMOCG00000017509) ENSMOCG00000018510 ENSMOCG00000004592 Alppl2 (ENSMOCG00000022976) Alpi (ENSMOCG00000011249) Akp3 (ENSMOCG00000012632) Ecel1 (ENSMOCG00000008186) Prss56 (ENSMOCG00000011758) Chrnd (ENSMOCG00000000799) Chrng (ENSMOCG00000018754) Eif4e2 (ENSMOCG00000008758) Efhd1 (ENSMOCG00000022970) Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 18 ENSOCUG00000031308 ENSOCUG00000037486 ENSOCUG00000031511 FN1 (ENSOCUG00000010104) ATIC (ENSOCUG00000001121) ABCA12 (ENSOCUG00000017926) BARD1 (ENSOCUG00000001552) VWC2L (ENSOCUG00000014302) ENSOCUG00000032906 SPAG16 (ENSOCUG00000014285) ENSOCUG00000037270 IKZF2 (ENSOCUG00000007309) ENSOCUG00000034291 ENSOCUG00000036328 ERBB4 (ENSOCUG00000009790) ENSOCUG00000021317 ##22 ENSOCUG00000034876 CPS1 (ENSOCUG00000017716) LANCL1 (ENSOCUG00000017711) MYL1 (ENSOCUG00000014182) KANSL1L (ENSOCUG00000017001) ENSOCUG00000016995 UNC80 (ENSOCUG00000016966) MAP2 (ENSOCUG00000005163) ENSOCUG00000010967 ENSOCUG00000037560 PIKFYVE (ENSOCUG00000002676) IDH1 (ENSOCUG00000002671) ENSOCUG00000034990 C2orf80 (ENSOCUG00000010976) CRYGA (ENSOCUG00000010973) Rabbit MODERN SPECIES 3 MRPL2 (ENSOCUG00000001586) CUL7 (ENSOCUG00000001578) RRP36 (ENSOCUG00000001568) KLHDC3 (ENSOCUG00000038167) MEA1 (ENSOCUG00000001565) PPP2R5D (ENSOCUG00000001560) PEX6 (ENSOCUG00000003860) GNMT (ENSOCUG00000003858) ENSOCUG00000003850 CNPY3 (ENSOCUG00000027862) ENSOCUG00000003844 BICRAL (ENSOCUG00000013438) ENSOCUG00000017964 ENSOCUG00000022401 PRPH2 (ENSOCUG00000017963) ENSOCUG00000027455 ##22 UBR2 (ENSOCUG00000017960) TRERF1 (ENSOCUG00000016703) MRPS10 (ENSOCUG00000016697) ENSOCUG00000038254 GUCA1B (ENSOCUG00000024944) GUCA1A (ENSOCUG00000016325) ENSOCUG00000025813 C6orf132 (ENSOCUG00000023491) TAF8 (ENSOCUG00000009876) CCND3 (ENSOCUG00000017573) ENSOCUG00000017567 MED20 (ENSOCUG00000017562) USP49 (ENSOCUG00000021251) TOMM6 (ENSOCUG00000022642) PRICKLE4 (ENSOCUG00000000509) Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat DUPLICATION Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1365 Tcerg1l (ENSNGAG00000013263) ENSNGAG00000000688 ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 565 Dmac1 (ENSNGAG00000021994) ENSNGAG00000013160 ENSNGAG00000011663 Cga (ENSNGAG00000022306) ENSNGAG00000009799 Lancl2 (ENSNGAG00000023153) Vopp1 (ENSNGAG00000007682) Nt5c3 (ENSNGAG00000003148) Fkbp9 (ENSNGAG00000018799) Kbtbd2 (ENSNGAG00000005350) ENSNGAG00000018445 ##22 Avl9 (ENSNGAG00000001626) ENSNGAG00000024142 ENSNGAG00000010136 Pde1c (ENSNGAG00000012440) Ppp1r17 (ENSNGAG00000024049) Itprid1 (ENSNGAG00000015927) Neurod6 (ENSNGAG00000002285) Adcyap1r1 (ENSNGAG00000019071) Ghrhr (ENSNGAG00000018741) Aqp1 (ENSNGAG00000003825) Mindy4 (ENSNGAG00000014680) Inmt (ENSNGAG00000023808) Crhr2 (ENSNGAG00000019386) Gars (ENSNGAG00000021844) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.a ##22 Squirrel MODERN SPECIES 120 PTER (ENSSTOG00000021437) C1QL3 (ENSSTOG00000027778) RSU1 (ENSSTOG00000022646) CUBN (ENSSTOG00000029820) VIM (ENSSTOG00000022289) ST8SIA6 (ENSSTOG00000013711) ENSSTOG00000034590 ##22 HACD1 (ENSSTOG00000020424) ENSSTOG00000020280 STAM (ENSSTOG00000021902) TMEM236 (ENSSTOG00000000192) MRC1 (ENSSTOG00000005205) SLC39A12 (ENSSTOG00000014809) CACNB2 (ENSSTOG00000004300) NSUN6 (ENSSTOG00000004317) ARL5B (ENSSTOG00000027859) MALRD1 (ENSSTOG00000034625) PLXDC2 (ENSSTOG00000005048) NEBL (ENSSTOG00000020521) SKIDA1 (ENSSTOG00000005865) MLLT10 (ENSSTOG00000016486) DNAJC1 (ENSSTOG00000002303) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1030 ENSNGAG00000009737 ##22 Atrn (ENSNGAG00000007431) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.c.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 625 Tox (ENSMAUG00000013035) ENSMAUG00000004276 Car8 (ENSMAUG00000016169) Rab2a (ENSMAUG00000017792) Chd7 (ENSMAUG00000001000) ENSMAUG00000016971 ENSMAUG00000018452 ENSMAUG00000021459 Dnajc5b (ENSMAUG00000014916) Trim55 (ENSMAUG00000012080) Crh (ENSMAUG00000016669) Rrs1 (ENSMAUG00000005392) Adhfe1 (ENSMAUG00000003980) Vxn (ENSMAUG00000012319) Mybl1 (ENSMAUG00000021844) ENSMAUG00000004121 ##22 Vcpip1 (ENSMAUG00000014309) Sgk3 (ENSMAUG00000017645) Mcmdc2 (ENSMAUG00000003912) Tcf24 (ENSMAUG00000011340) Ppp1r42 (ENSMAUG00000003029) Cops5 (ENSMAUG00000013804) Cspp1 (ENSMAUG00000019563) Arfgef1 (ENSMAUG00000013831) Cpa6 (ENSMAUG00000016804) ENSMAUG00000000680 ENSMAUG00000014752 A830018L16Rik (ENSMAUG00000000941) Sulf1 (ENSMAUG00000010916) Slco5a1 (ENSMAUG00000000380) Prdm14 (ENSMAUG00000003944) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 10 ZBTB7B (ENSCPOG00000019491) LENEP (ENSCPOG00000005114) FLAD1 (ENSCPOG00000036462) CKS1B (ENSCPOG00000038831) SHC1 (ENSCPOG00000024934) PYGO2 (ENSCPOG00000038298) PBXIP1 (ENSCPOG00000005112) PMVK (ENSCPOG00000006036) KCNN3 (ENSCPOG00000015718) ENSCPOG00000020156 ADAR (ENSCPOG00000005463) ENSCPOG00000013155 UBE2Q1 (ENSCPOG00000001472) SHE (ENSCPOG00000001163) IL6R (ENSCPOG00000033327) ENSCPOG00000037176 ##22 ATP8B2 (ENSCPOG00000014022) AQP10 (ENSCPOG00000039313) HAX1 (ENSCPOG00000007307) ENSCPOG00000021439 C1orf43 (ENSCPOG00000006131) CFAP141 (ENSCPOG00000039253) TPM3 (ENSCPOG00000032186) ENSCPOG00000007264 ENSCPOG00000024660 RAB13 (ENSCPOG00000011491) JTB (ENSCPOG00000012906) CREB3L4 (ENSCPOG00000034503) SLC39A1 (ENSCPOG00000039162) CRTC2 (ENSCPOG00000012884) DENND4B (ENSCPOG00000012910) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 186 ENSCLAG00000005074 GARIN1A (ENSCLAG00000005230) GARIN1B (ENSCLAG00000005300) CALU (ENSCLAG00000005800) OPN1SW (ENSCLAG00000006304) ENSCLAG00000006490 FLNC (ENSCLAG00000004512) ATP6V1F (ENSCLAG00000007944) ATP6V1FNB (ENSCLAG00000008131) KCP (ENSCLAG00000008238) IRF5 (ENSCLAG00000010292) TNPO3 (ENSCLAG00000016298) TSPAN33 (ENSCLAG00000015056) SMO (ENSCLAG00000012672) AHCYL2 (ENSCLAG00000010097) ENSCLAG00000005979 ##22 STRIP2 (ENSCLAG00000006452) NRF1 (ENSCLAG00000011653) UBE2H (ENSCLAG00000014785) ENSCLAG00000014939 ZC3HC1 (ENSCLAG00000008260) KLHDC10 (ENSCLAG00000008109) TMEM209 (ENSCLAG00000009413) SSMEM1 (ENSCLAG00000008476) CPA2 (ENSCLAG00000008527) CPA4 (ENSCLAG00000008944) CPA5 (ENSCLAG00000006107) CPA1 (ENSCLAG00000006324) CEP41 (ENSCLAG00000006602) MEST (ENSCLAG00000007263) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 121 ENSCLAG00000013392 GPR83 (ENSCLAG00000013629) ENSCLAG00000013252 IZUMO1R (ENSCLAG00000015110) PANX1 (ENSCLAG00000014612) HEPHL1 (ENSCLAG00000015721) VSTM5 (ENSCLAG00000016423) MED17 (ENSCLAG00000017202) C11orf54 (ENSCLAG00000017272) TAF1D (ENSCLAG00000014698) CEP295 (ENSCLAG00000014683) SMCO4 (ENSCLAG00000011932) DEUP1 (ENSCLAG00000013832) SLC36A4 (ENSCLAG00000015872) MTNR1B (ENSCLAG00000012055) ENSCLAG00000012677 ##22 FAT3 (ENSCLAG00000013669) ENSCLAG00000014963 NAALAD2 (ENSCLAG00000012474) FOLH1 (ENSCLAG00000014594) NOX4 (ENSCLAG00000014011) ENSCLAG00000013267 TYR (ENSCLAG00000016284) ENSCLAG00000014570 CTSC (ENSCLAG00000015662) RAB38 (ENSCLAG00000013006) TMEM135 (ENSCLAG00000012648) FZD4 (ENSCLAG00000013230) PRSS23 (ENSCLAG00000014382) ME3 (ENSCLAG00000014004) ##11 CCDC81 (ENSCLAG00000015703) Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 15 SLC8B1 (ENSHGLG00000013801) TPCN1 (ENSHGLG00000012159) IQCD (ENSHGLG00000015686) RITA1 (ENSHGLG00000011650) DDX54 (ENSHGLG00000014411) CFAP73 (ENSHGLG00000010195) RASAL1 (ENSHGLG00000013250) DTX1 (ENSHGLG00000035722) OAS2 (ENSHGLG00000016098) OAS1 (ENSHGLG00000016286) RPH3A (ENSHGLG00000015781) PTPN11 (ENSHGLG00000015906) ENSHGLG00000006501 HECTD4 (ENSHGLG00000010436) TRAFD1 (ENSHGLG00000016262) ENSHGLG00000016323 ##22 NAA25 (ENSHGLG00000017392) ERP29 (ENSHGLG00000014371) ENSHGLG00000048719 TMEM116 (ENSHGLG00000049039) MAPKAPK5 (ENSHGLG00000010883) ENSHGLG00000038988 ALDH2 (ENSHGLG00000010830) ACAD10 (ENSHGLG00000012632) BRAP (ENSHGLG00000011992) ATXN2 (ENSHGLG00000009812) SH2B3 (ENSHGLG00000036930) ENSHGLG00000035967 CUX2 (ENSHGLG00000010529) MYL2 (ENSHGLG00000033685) CCDC63 (ENSHGLG00000007761) Naked mole-rat female MODERN SPECIES HEBP2 (ENSHGLG00000015440) ENSHGLG00000017917 ARFGEF3 (ENSHGLG00000015503) ENSHGLG00000034232 PERP (ENSHGLG00000017932) ENSHGLG00000037648 ENSHGLG00000005679 OLIG3 (ENSHGLG00000020086) ENSHGLG00000047576 IL22RA2 (ENSHGLG00000001748) ENSHGLG00000036039 IL20RA (ENSHGLG00000002408) ENSHGLG00000038313 SLC35D3 (ENSHGLG00000000195) PEX7 (ENSHGLG00000000229) ENSHGLG00000035518 ##22 MAP3K5 (ENSHGLG00000000842) MAP7 (ENSHGLG00000000995) BCLAF1 (ENSHGLG00000001879) ENSHGLG00000000549 PDE7B (ENSHGLG00000048791) ENSHGLG00000002954 AHI1 (ENSHGLG00000003261) MYB (ENSHGLG00000000878) HBS1L (ENSHGLG00000000516) ALDH8A1 (ENSHGLG00000000876) SGK1 (ENSHGLG00000000909) ENSHGLG00000019010 SLC2A12 (ENSHGLG00000000953) ENSHGLG00000046831 TCF21 (ENSHGLG00000035092) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 321 Actr10 (ENSDORG00000008332) ENSDORG00000002167 Arid4a (ENSDORG00000002170) Timm9 (ENSDORG00000028490) ENSDORG00000024020 ##22 Daam1 (ENSDORG00000009794) Gpr135 (ENSDORG00000023535) L3hypdh (ENSDORG00000004259) ENSDORG00000004260 ENSDORG00000024605 Rtn1 (ENSDORG00000008249) Lrrc9 (ENSDORG00000005872) Pcnx4 (ENSDORG00000004066) Ppm1a (ENSDORG00000007776) ENSDORG00000026413 Six6 (ENSDORG00000007182) Six1 (ENSDORG00000013889) Six4 (ENSDORG00000023692) Mnat1 (ENSDORG00000015553) Trmt5 (ENSDORG00000015555) Kangaroo rat MODERN SPECIES 374 ENSDORG00000025076 ##22 Gbgt1 (ENSDORG00000011384) Ralgds (ENSDORG00000011383) Cel (ENSDORG00000011382) Gtf3c5 (ENSDORG00000011381) Gfi1b (ENSDORG00000000342) Tsc1 (ENSDORG00000012262) Spaca9 (ENSDORG00000012261) Ak8 (ENSDORG00000014202) Gtf3c4 (ENSDORG00000005077) Ddx31 (ENSDORG00000005071) ENSDORG00000025192 Cfap77 (ENSDORG00000008723) ENSDORG00000030223 Ntng2 (ENSDORG00000015371) Med27 (ENSDORG00000014279) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 71 Atp6v1g3 (ENSJJAG00000023533) ENSJJAG00000013420 Lhx9 (ENSJJAG00000000956) Dennd1b (ENSJJAG00000016854) Crb1 (ENSJJAG00000017453) Zbtb41 (ENSJJAG00000004740) ENSJJAG00000013326 F13b (ENSJJAG00000023721) ENSJJAG00000016992 Kcnt2 (ENSJJAG00000010822) ENSJJAG00000012019 B3galt2 (ENSJJAG00000010288) Cdc73 (ENSJJAG00000018799) Ro60 (ENSJJAG00000019489) Uchl5 (ENSJJAG00000018557) ENSJJAG00000003146 ##22 Rgs2 (ENSJJAG00000018402) Rgs1 (ENSJJAG00000022429) Rgs21 (ENSJJAG00000010689) ENSJJAG00000011654 Brinp3 (ENSJJAG00000014785) ENSJJAG00000014532 ENSJJAG00000016686 ENSJJAG00000003042 ENSJJAG00000013538 Pla2g4a (ENSJJAG00000023490) Ptgs2 (ENSJJAG00000009663) Pdc (ENSJJAG00000017261) Odr4 (ENSJJAG00000006358) ENSJJAG00000018435 ENSJJAG00000018090 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1409 Trpc4ap (ENSNGAG00000019616) Myh7b (ENSNGAG00000022693) Gss (ENSNGAG00000003898) Acss2 (ENSNGAG00000019593) Ggt7 (ENSNGAG00000020960) ENSNGAG00000001854 ENSNGAG00000022992 ##22 ENSNGAG00000007923 Trp53inp2 (ENSNGAG00000018941) Pigu (ENSNGAG00000002924) Map1lc3a (ENSNGAG00000019254) Dynlrb1 (ENSNGAG00000014248) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Rat MODERN SPECIES 11 Nln (ENSRNOG00000011561) Sgtb (ENSRNOG00000011937) Trappc13 (ENSRNOG00000012124) Shld3 (ENSRNOG00000066555) Trim23 (ENSRNOG00000012354) Ppwd1 (ENSRNOG00000012505) Cenpk (ENSRNOG00000039740) Adamts6 (ENSRNOG00000012655) ENSRNOG00000069632 Cwc27 (ENSRNOG00000013252) Srek1ip1-ps1 (ENSRNOG00000047506) Shisal2b (ENSRNOG00000013372) Rgs7bp (ENSRNOG00000013389) Rnf180 (ENSRNOG00000043329) Htr1a (ENSRNOG00000010254) LOC499522 (ENSRNOG00000064230) ##22 ENSRNOG00000062438 Lrrc70 (ENSRNOG00000064627) ENSRNOG00000062326 Dimt1 (ENSRNOG00000013596) Kif2a (ENSRNOG00000014000) RGD1564606 (ENSRNOG00000029670) Zswim6 (ENSRNOG00000014528) Smim15 (ENSRNOG00000031995) Ndufaf2 (ENSRNOG00000055079) Ercc8 (ENSRNOG00000009968) Elovl7 (ENSRNOG00000010450) Depdc1b (ENSRNOG00000010701) Pde4d (ENSRNOG00000042536) AABR07008066.2 (ENSRNOG00000047236) Rab3c (ENSRNOG00000011623) Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00510000047648.c #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 ENSGT00390000006029 ENSGT00550000074846 ENSGT00940000158788 ENSGT00390000007354 ENSGT01080000257333.E.o.a ENSGT00390000018729.a.a ENSGT00390000018729.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 ENSGT00940000158784 ENSGT00950000183211.a.b ENSGT01100000265037 ENSGT00530000063631.a ENSGT00390000011362 ENSGT00390000010779.a.a ENSGT00940000164242.b ENSGT00550000076117 ENSGT00390000002381.a ENSGT00940000160858 ENSGT00390000015641 ENSGT00940000157616 ENSGT00940000157071 ENSGT00940000159356.a.a ENSGT01050000244841.A.b.a.b.a.a Mouse MODERN SPECIES 9 Ier3ip1 (ENSMUSG00000090000) Hdhd2 (ENSMUSG00000025421) #31 Katnal2 (ENSMUSG00000025420) #32 Pias2 (ENSMUSG00000025423) #34 St8sia5 (ENSMUSG00000025425) Loxhd1 (ENSMUSG00000032818) #35 Rnf165 (ENSMUSG00000025427) #36 8030462N17Rik (ENSMUSG00000047466) Haus1 (ENSMUSG00000041840) Atp5a1 (ENSMUSG00000025428) Pstpip2 (ENSMUSG00000025429) Epg5 (ENSMUSG00000039840) Siglec15 (ENSMUSG00000091055) Slc14a1 (ENSMUSG00000059336) Slc14a2 (ENSMUSG00000024552) Gm6133 (ENSMUSG00000090451) ##22 Setbp1 (ENSMUSG00000024548) Pard6g (ENSMUSG00000056214) Adnp2 (ENSMUSG00000053950) Rbfa (ENSMUSG00000024570) Naa12 (ENSMUSG00000024571) Txnl4a (ENSMUSG00000057130) Hsbp1l1 (ENSMUSG00000078963) Slc66a2 (ENSMUSG00000034006) Kcng2 (ENSMUSG00000059852) Ctdp1 (ENSMUSG00000033323) Nfatc1 (ENSMUSG00000033016) Atp9b (ENSMUSG00000024566) Sall3 (ENSMUSG00000024565) Galr1 (ENSMUSG00000024553) Mbp (ENSMUSG00000041607) Mus_C ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00510000047648.c #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 ENSGT00390000006029 ENSGT00550000074846 ENSGT00940000158788 ENSGT00390000007354 ENSGT01080000257333.E.o.a ENSGT00390000018729.a.a ENSGT00390000018729.a.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 ENSGT00940000158784 ENSGT00950000183211.a.b ENSGT01100000265037 ENSGT00530000063631.a ENSGT00390000011362 ENSGT00390000010779.a.a ENSGT00940000164242.b ENSGT00550000076117 ENSGT00390000002381.a ENSGT00940000160858 ENSGT00390000015641 ENSGT00940000157616 ENSGT00940000157071 ENSGT00940000159356.a.a ENSGT01050000244841.A.b.a.b.a.a spretus MODERN SPECIES 9 MGP_SPRETEiJ_G0023325 #30 Hdhd2 (MGP_SPRETEiJ_G0023326) #31 Katnal2 (MGP_SPRETEiJ_G0023327) #32 Pias2 (MGP_SPRETEiJ_G0023328) #34 MGP_SPRETEiJ_G0023329 St8sia5 (MGP_SPRETEiJ_G0023330) Loxhd1 (MGP_SPRETEiJ_G0023331) #35 8030462N17Rik (MGP_SPRETEiJ_G0023333) Haus1 (MGP_SPRETEiJ_G0023334) Atp5a1 (MGP_SPRETEiJ_G0023335) Pstpip2 (MGP_SPRETEiJ_G0023336) Epg5 (MGP_SPRETEiJ_G0023337) Siglec15 (MGP_SPRETEiJ_G0023338) Slc14a1 (MGP_SPRETEiJ_G0023339) Slc14a2 (MGP_SPRETEiJ_G0023340) MGP_SPRETEiJ_G0023341 ##22 Setbp1 (MGP_SPRETEiJ_G0023342) Eola1 (MGP_SPRETEiJ_G0023343) MGP_SPRETEiJ_G0023344 Pard6g (MGP_SPRETEiJ_G0023345) MGP_SPRETEiJ_G0023346 Adnp2 (MGP_SPRETEiJ_G0023347) Rbfa (MGP_SPRETEiJ_G0023348) Naa12 (MGP_SPRETEiJ_G0023349) Txnl4a (MGP_SPRETEiJ_G0023350) Hsbp1l1 (MGP_SPRETEiJ_G0023351) Slc66a2 (MGP_SPRETEiJ_G0023352) Kcng2 (MGP_SPRETEiJ_G0023353) Ctdp1 (MGP_SPRETEiJ_G0023354) Nfatc1 (MGP_SPRETEiJ_G0023355) Atp9b (MGP_SPRETEiJ_G0023356) Steppe mouse MODERN SPECIES 2968 Pard6b (ENSMSIG00000031403) Ripor3 (ENSMSIG00000031399) Ptpn1 (ENSMSIG00000031396) ENSMSIG00000031393 ENSMSIG00000031391 Ube2v1 (ENSMSIG00000031383) Snai1 (ENSMSIG00000031381) ENSMSIG00000031380 ENSMSIG00000031378 Rnf114 (ENSMSIG00000031377) ENSMSIG00000031374 Slc9a8 (ENSMSIG00000031352) B4galt5 (ENSMSIG00000031348) Ptgis (ENSMSIG00000031341) Kcnb1 (ENSMSIG00000031340) ENSMSIG00000031338 ##22 ENSMSIG00000031334 Znfx1 (ENSMSIG00000031330) Ddx27 (ENSMSIG00000031324) Stau1 (ENSMSIG00000031320) Cse1l (ENSMSIG00000031308) Arfgef2 (ENSMSIG00000031303) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b.l.d ##22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 188 Slc39a13 (ENSCGRG00001003447) Spi1 (ENSCGRG00001009684) Mybpc3 (ENSCGRG00001006702) Madd (ENSCGRG00001024681) Nr1h3 (ENSCGRG00001022656) Acp2 (ENSCGRG00001022138) Ddb2 (ENSCGRG00001012939) Pacsin3 (ENSCGRG00001011840) Arfgap2 (ENSCGRG00001010700) Cstpp1 (ENSCGRG00001020042) Lrp4 (ENSCGRG00001018783) Ckap5 (ENSCGRG00001013368) F2 (ENSCGRG00001023426) Zfp408 (ENSCGRG00001023588) Arhgap1 (ENSCGRG00001023260) ENSCGRG00001022859 ##22 Atg13 (ENSCGRG00001022112) Harbi1 (ENSCGRG00001021313) Ambra1 (ENSCGRG00001020313) Chrm4 (ENSCGRG00001012019) Mdk (ENSCGRG00001022566) ENSCGRG00001011874 Dgkz (ENSCGRG00001021082) Creb3l1 (ENSCGRG00001011598) Phf21a (ENSCGRG00001007974) Large2 (ENSCGRG00001001247) Pex16 (ENSCGRG00001024899) Frey1 (ENSCGRG00001017596) Mapk8ip1 (ENSCGRG00001016399) Cry2 (ENSCGRG00001020400) Slc35c1 (ENSCGRG00001019726) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 285 Itgb1 (ENSCGRG00001011947) Nrp1 (ENSCGRG00001011493) Pard3 (ENSCGRG00001012331) Rbm34 (ENSCGRG00001018721) ENSCGRG00001004758 Irf2bp2 (ENSCGRG00001002471) Coa6 (ENSCGRG00001000203) Tarbp1 (ENSCGRG00001016690) Slc35f3 (ENSCGRG00001010139) Kcnk1 (ENSCGRG00001008192) Map3k21 (ENSCGRG00001000308) Pcnx2 (ENSCGRG00001021346) Ntpcr (ENSCGRG00001004980) Map10 (ENSCGRG00001014469) Sipa1l2 (ENSCGRG00001023394) ENSCGRG00001020535 ##22 ENSCGRG00001020276 Disc1 (ENSCGRG00001022006) Tsnax (ENSCGRG00001011132) Egln1 (ENSCGRG00001009766) Sprtn (ENSCGRG00001007490) Exoc8 (ENSCGRG00001015839) Gnpat (ENSCGRG00001023551) 2810004N23Rik (ENSCGRG00001023052) Trim67 (ENSCGRG00001019880) Fam89a (ENSCGRG00001018050) Arv1 (ENSCGRG00001017960) Ttc13 (ENSCGRG00001008501) 2310022B05Rik (ENSCGRG00001017375) ENSCGRG00001013431 Capn9 (ENSCGRG00001019055) Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 627 ENSMAUG00000010232 ENSMAUG00000008989 ENSMAUG00000010453 ENSMAUG00000010119 Or3a10 (ENSMAUG00000010222) ENSMAUG00000021086 Or3a1d (ENSMAUG00000008261) Rap1gap2 (ENSMAUG00000018368) Ccdc92b (ENSMAUG00000016987) Cluh (ENSMAUG00000021358) Pafah1b1 (ENSMAUG00000000928) Mettl16 (ENSMAUG00000014992) Mnt (ENSMAUG00000014644) Sgsm2 (ENSMAUG00000017273) ENSMAUG00000010706 ENSMAUG00000014862 ##22 Srr (ENSMAUG00000017135) ENSMAUG00000017203 Hic1 (ENSMAUG00000019881) Dph1 (ENSMAUG00000018315) Rtn4rl1 (ENSMAUG00000012849) Rpa1 (ENSMAUG00000010474) Smyd4 (ENSMAUG00000018960) Serpinf1 (ENSMAUG00000013027) Serpinf2 (ENSMAUG00000010228) Wdr81 (ENSMAUG00000001591) ENSMAUG00000020826 ENSMAUG00000014365 Scarf1 (ENSMAUG00000012062) Slc43a2 (ENSMAUG00000008412) Pitpna (ENSMAUG00000018989) Golden Hamster MODERN SPECIES 655 Vgll2 (ENSMAUG00000019922) Ros1 (ENSMAUG00000016942) Dcbld1 (ENSMAUG00000010738) Gopc (ENSMAUG00000007546) Nepn (ENSMAUG00000018286) Nus1 (ENSMAUG00000019803) Slc35f1 (ENSMAUG00000011113) Cep85l (ENSMAUG00000015193) Pln (ENSMAUG00000007750) ENSMAUG00000012325 Mcm9 (ENSMAUG00000015317) Asf1a (ENSMAUG00000014310) ENSMAUG00000016420 ENSMAUG00000021290 Man1a (ENSMAUG00000005709) ENSMAUG00000008410 ##22 Tbc1d32 (ENSMAUG00000010218) ENSMAUG00000008105 Gja1 (ENSMAUG00000006558) Hsf2 (ENSMAUG00000011405) Serinc1 (ENSMAUG00000013116) Fabp7 (ENSMAUG00000020171) Smpdl3a (ENSMAUG00000013580) ENSMAUG00000020333 Ing1 (ENSMAUG00000021473) Ankrd10 (ENSMAUG00000008891) Arhgef7 (ENSMAUG00000017686) Sox1 (ENSMAUG00000007129) ENSMAUG00000003554 Tubgcp3 (ENSMAUG00000020305) Atp11a (ENSMAUG00000008557) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 8896 SPARC (ENSETEG00000002555) ENSETEG00000002553 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 11022 ENSETEG00000015248 ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 3010 TACR3 (ENSDNOG00000009236) ENSDNOG00000042737 ENSDNOG00000042780 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 841 METTL15 (ENSDNOG00000000133) ENSDNOG00000049533 KCNA4 (ENSDNOG00000034177) ENSDNOG00000040977 ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 486 GUCY1A2 (ENSVURG00010013911) AASDHPPT (ENSVURG00010013905) KBTBD3 (ENSVURG00010013900) MSANTD4 (ENSVURG00010013897) GRIA4 (ENSVURG00010013871) ENSVURG00010013863 ENSVURG00010013860 ENSVURG00010013859 ENSVURG00010013851 ENSVURG00010013843 ENSVURG00010013838 ENSVURG00010013832 ENSVURG00010013829 ENSVURG00010013823 ENSVURG00010013820 ENSVURG00010013816 ##22 PDGFD (ENSVURG00010013466) DYNC2H1 (ENSVURG00010013327) DCUN1D5 (ENSVURG00010013299) MMP13 (ENSVURG00010013285) ENSVURG00010013278 MMP3 (ENSVURG00010013258) MMP1 (ENSVURG00010013247) MMP8 (ENSVURG00010013224) MMP27 (ENSVURG00010013217) ENSVURG00010013210 MMP20 (ENSVURG00010013183) ENSVURG00010013167 ENSVURG00010013157 ENSVURG00010013150 ENSVURG00010013133 koala MODERN SPECIES 17 DNAJC2 (ENSPCIG00000016503) PMPCB (ENSPCIG00000016502) NAPEPLD (ENSPCIG00000016501) ENSPCIG00000016500 LRRC17 (ENSPCIG00000016498) FAM185A (ENSPCIG00000016490) FGL2 (ENSPCIG00000016484) CCDC146 (ENSPCIG00000016458) GSAP (ENSPCIG00000016432) PTPN12 (ENSPCIG00000002493) RSBN1L (ENSPCIG00000006252) TMEM60 (ENSPCIG00000031442) PHTF2 (ENSPCIG00000006255) MAGI2 (ENSPCIG00000006256) ENSPCIG00000023380 ENSPCIG00000003700 ##22 GNAI1 (ENSPCIG00000003709) GNAT3 (ENSPCIG00000003719) CD36 (ENSPCIG00000003728) SEMA3C (ENSPCIG00000003756) HGF (ENSPCIG00000016316) CACNA2D1 (ENSPCIG00000024569) ENSPCIG00000036455 ENSPCIG00000032720 Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 FUNDC1 (ENSSHAG00000021844) EFHC2 (ENSSHAG00000008161) NDP (ENSSHAG00000031625) MAOB (ENSSHAG00000004738) MAOA (ENSSHAG00000005829) ENSSHAG00000025933 ENSSHAG00000002228 GPR82 (ENSSHAG00000006459) GPR34 (ENSSHAG00000025728) NYX (ENSSHAG00000024777) ENSSHAG00000007623 ENSSHAG00000008762 MED14 (ENSSHAG00000003470) ENSSHAG00000031563 ATP6AP2 (ENSSHAG00000005689) ENSSHAG00000028827 ##22 BCOR (ENSSHAG00000010865) ENSSHAG00000022083 MID1IP1 (ENSSHAG00000031170) TSPAN7 (ENSSHAG00000012655) OTC (ENSSHAG00000013760) ENSSHAG00000026580 ENSSHAG00000000010 SRPX (ENSSHAG00000001996) SYTL5 (ENSSHAG00000005032) DYNLT3 (ENSSHAG00000024546) CYBB (ENSSHAG00000008469) XK (ENSSHAG00000028050) LANCL3 (ENSSHAG00000024649) PRRG1 (ENSSHAG00000021020) ENSSHAG00000012460 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES 2285 ZPLD1 (ENSCABG00000004077) ENSCABG00000004075 ##22 NFKBIZ (ENSCABG00000004067) NXPE3 (ENSCABG00000003978) CEP97 (ENSCABG00000003963) RPL24 (ENSCABG00000003959) ZBTB11 (ENSCABG00000003955) PCNP (ENSCABG00000003951) TRMT10C (ENSCABG00000003948) TXNL4B (ENSCABG00000003946) ENSCABG00000003944 SENP7 (ENSCABG00000003925) IMPG2 (ENSCABG00000003899) Amniota ANCESTRAL SPECIES 406 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Tasmanian devil MODERN SPECIES ENSSHAG00000029668 ##16 DCC (ENSSHAG00000012360) #7 ENSSHAG00000024378 MEX3C (ENSSHAG00000009408) #8 SMAD4 (ENSSHAG00000010344) #9 ELAC1 (ENSSHAG00000028282) #10 ME2 (ENSSHAG00000014027) #11 ENSSHAG00000008004 #12 ENSSHAG00000013029 #13 ENSSHAG00000010788 ENSSHAG00000026350 ENSSHAG00000010062 ENSSHAG00000003364 #18 ACAA2 (ENSSHAG00000001241) #19 LIPG (ENSSHAG00000004911) #21 ENSSHAG00000003060 ##22 ENSSHAG00000030929 #23 DYM (ENSSHAG00000001181) #24 SMAD7 (ENSSHAG00000017444) #26 CTIF (ENSSHAG00000027815) #27 ZBTB7C (ENSSHAG00000024277) #28 SMAD2 (ENSSHAG00000012837) #29 ENSSHAG00000012107 SKOR2 (ENSSHAG00000025447) HDHD2 (ENSSHAG00000024217) #31 KATNAL2 (ENSSHAG00000003042) #32 PIAS2 (ENSSHAG00000005954) #34 ST8SIA5 (ENSSHAG00000021657) ENSSHAG00000017868 #35 RNF165 (ENSSHAG00000017805) #36 C18orf25 (ENSSHAG00000017414) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Tenrec MODERN SPECIES 19074 ENSETEG00000006741 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Canidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182810.A.a.b.c.a ENSGT00950000182810.A.a.b.d ENSGT00390000003058.a ENSGT00390000000781 ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686 ENSGT00940000153393.A ENSGT00390000007046.b.a.b.db.a ENSGT00510000048187 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00940000159850 #13 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182810.A.a.b.c.b ENSGT00950000182810.A.a.b.c.a ENSGT00390000003058.a ENSGT00390000000781 ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686 ENSGT00940000153393.A ENSGT00390000007046.b.a.b.db.a ENSGT00510000048187 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT01030000234570.d.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00940000159850 #13 Dingo MODERN SPECIES 271 SPIRE1 (ENSCAFG00020023989) CEP76 (ENSCAFG00020024079) PSMG2 (ENSCAFG00020024127) PTPN2 (ENSCAFG00020024132) ENSCAFG00020024140 SEH1L (ENSCAFG00020024143) CEP192 (ENSCAFG00020024154) ENSCAFG00020024265 CXXC1 (ENSCAFG00020024267) #15 MBD1 (ENSCAFG00020024272) #16 CFAP53 (ENSCAFG00020024273) #17 MYO5B (ENSCAFG00020024529) #18 ACAA2 (ENSCAFG00020026465) #19 ENSCAFG00020026466 LIPG (ENSCAFG00020026468) #21 ENSCAFG00020026471 ##22 C18orf32 (ENSCAFG00020026474) #23 DYM (ENSCAFG00020026475) #24 SMAD7 (ENSCAFG00020026477) #26 CTIF (ENSCAFG00020026482) #27 ENSCAFG00020026484 ZBTB7C (ENSCAFG00020026486) #28 SKA1 (ENSCAFG00020026487) #14 MAPK4 (ENSCAFG00020026489) #13 ENSCAFG00020026493 Dog MODERN SPECIES 35 ENSCAFG00845005053 PRELID3A (ENSCAFG00845005066) SPIRE1 (ENSCAFG00845005132) CEP76 (ENSCAFG00845005269) PSMG2 (ENSCAFG00845005310) PTPN2 (ENSCAFG00845005353) SEH1L (ENSCAFG00845005406) ENSCAFG00845005456 ENSCAFG00845005472 #15 MBD1 (ENSCAFG00845005631) #16 CFAP53 (ENSCAFG00845015787) #17 MYO5B (ENSCAFG00845015859) #18 ACAA2 (ENSCAFG00845016064) #19 ENSCAFG00845016172 LIPG (ENSCAFG00845016243) #21 RPL17 (ENSCAFG00845016396) ##22 C7H18orf32 (ENSCAFG00845016548) #23 DYM (ENSCAFG00845016757) #24 SMAD7 (ENSCAFG00845017036) #26 CTIF (ENSCAFG00845017217) #27 ENSCAFG00845017540 ZBTB7C (ENSCAFG00845017703) #28 SKA1 (ENSCAFG00845017807) #14 MAPK4 (ENSCAFG00845017990) #13 ENSCAFG00845018103 ENSCAFG00845018122 Red fox MODERN SPECIES 55 PRELID3A (ENSVVUG00000013561) SPIRE1 (ENSVVUG00000013570) CEP76 (ENSVVUG00000013591) PSMG2 (ENSVVUG00000013601) PTPN2 (ENSVVUG00000013607) SEH1L (ENSVVUG00000013613) CEP192 (ENSVVUG00000013660) ENSVVUG00000014183 CXXC1 (ENSVVUG00000014195) #15 ENSVVUG00000014264 #16 MYO5B (ENSVVUG00000014286) #18 ACAA2 (ENSVVUG00000014309) #19 ENSVVUG00000014311 ENSVVUG00000014316 LIPG (ENSVVUG00000014320) #21 ENSVVUG00000014327 ##22 CUNH18orf32 (ENSVVUG00000014335) #23 DYM (ENSVVUG00000014342) #24 SMAD7 (ENSVVUG00000014344) #26 CTIF (ENSVVUG00000014347) #27 ENSVVUG00000014363 ZBTB7C (ENSVVUG00000014375) #28 ENSVVUG00000014382 #14 MAPK4 (ENSVVUG00000014385) #13 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 6 PRPF40A (ENSSSCG00000015867) ARL6IP6 (ENSSSCG00000015868) RPRM (ENSSSCG00000052231) ENSSSCG00000052332 GALNT13 (ENSSSCG00000022671) ENSSSCG00000054934 KCNJ3 (ENSSSCG00000036078) ENSSSCG00000061865 NR4A2 (ENSSSCG00000015871) GPD2 (ENSSSCG00000015872) GALNT5 (ENSSSCG00000026146) ERMN (ENSSSCG00000034503) CYTIP (ENSSSCG00000029753) ACVR1C (ENSSSCG00000015873) ACVR1 (ENSSSCG00000015874) ENSSSCG00000032755 ##22 UPP2 (ENSSSCG00000021938) ENSSSCG00000015876 PKP4 (ENSSSCG00000015878) DAPL1 (ENSSSCG00000015879) TANC1 (ENSSSCG00000015880) WDSUB1 (ENSSSCG00000035702) BAZ2B (ENSSSCG00000015882) MARCHF7 (ENSSSCG00000015883) CD302 (ENSSSCG00000036050) LY75 (ENSSSCG00000021956) PLA2R1 (ENSSSCG00000015885) ITGB6 (ENSSSCG00000015886) RBMS1 (ENSSSCG00000015888) TANK (ENSSSCG00000015889) ENSSSCG00000061076 Pig MODERN SPECIES ELAC1 (ENSSSCG00000024479) #10 ME2 (ENSSSCG00000004522) #11 MRO (ENSSSCG00000004521) #12 ENSSSCG00000004520 #13 SKA1 (ENSSSCG00000004518) #14 CXXC1 (ENSSSCG00000004517) #15 MBD1 (ENSSSCG00000004516) #16 CFAP53 (ENSSSCG00000055973) #17 ENSSSCG00000041158 ENSSSCG00000061513 ENSSSCG00000045942 ENSSSCG00000049462 MYO5B (ENSSSCG00000004511) #18 ACAA2 (ENSSSCG00000004510) #19 LIPG (ENSSSCG00000004509) #21 ENSSSCG00000035007 ##22 C18orf32 (ENSSSCG00000034415) #23 DYM (ENSSSCG00000004508) #24 SMAD7 (ENSSSCG00000004507) #26 CTIF (ENSSSCG00000004506) #27 ZBTB7C (ENSSSCG00000028076) #28 SMAD2 (ENSSSCG00000004505) #29 SKOR2 (ENSSSCG00000005767) ENSSSCG00000039669 IER3IP1 (ENSSSCG00000060420) #30 HDHD2 (ENSSSCG00000005771) #31 KATNAL2 (ENSSSCG00000022643) #32 PIAS2 (ENSSSCG00000034730) #34 ST8SIA5 (ENSSSCG00000032053) LOXHD1 (ENSSSCG00000004503) #35 RNF165 (ENSSSCG00000004502) #36 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 19 ENSCHYG00000025969 ENSCHYG00000025984 ##22 ENSCHYG00000025987 MEX3C (ENSCHYG00000025999) #8 SMAD4 (ENSCHYG00000026027) #9 ELAC1 (ENSCHYG00000026085) #10 ME2 (ENSCHYG00000026116) #11 MRO (ENSCHYG00000026169) #12 MAPK4 (ENSCHYG00000026191) #13 SKA1 (ENSCHYG00000026215) #14 CXXC1 (ENSCHYG00000026245) #15 ENSCHYG00000026350 #16 MYO5B (ENSCHYG00000026574) #18 ACAA2 (ENSCHYG00000026661) #19 LIPG (ENSCHYG00000026718) #21 ENSCHYG00000026734 ##22 C18orf32 (ENSCHYG00000026758) #23 DYM (ENSCHYG00000026793) #24 SMAD7 (ENSCHYG00000026860) #26 CTIF (ENSCHYG00000026870) #27 ENSCHYG00000026884 ZBTB7C (ENSCHYG00000009960) #28 ENSCHYG00000010021 SMAD2 (ENSCHYG00000010054) #29 ENSCHYG00000010193 ENSCHYG00000010350 #30 HDHD2 (ENSCHYG00000010250) #31 KATNAL2 (ENSCHYG00000010401) #32 PIAS2 (ENSCHYG00000010761) #34 ENSCHYG00000010966 ST8SIA5 (ENSCHYG00000011028) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1221 ENSMMSG00000018917 FEZF2 (ENSMMSG00000018876) C3orf14 (ENSMMSG00000018848) ENSMMSG00000018833 ##22 PTPRG (ENSMMSG00000018405) FHIT (ENSMMSG00000018323) CFAP20DC (ENSMMSG00000018150) FAM3D (ENSMMSG00000018088) FAM107A (ENSMMSG00000017997) ACOX2 (ENSMMSG00000017804) KCTD6 (ENSMMSG00000017765) PDHB (ENSMMSG00000017687) PXK (ENSMMSG00000017258) HTD2 (ENSMMSG00000017200) ENSMMSG00000017169 ABHD6 (ENSMMSG00000017116) DNASE1L3 (ENSMMSG00000017047) FLNB (ENSMMSG00000016309) SLMAP (ENSMMSG00000015387) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 16 DCC (ENSCHIG00000025162) #7 MEX3C (ENSCHIG00000017962) #8 SMAD4 (ENSCHIG00000019181) #9 ELAC1 (ENSCHIG00000014278) #10 ME2 (ENSCHIG00000001144) #11 ENSCHIG00000016460 #12 MAPK4 (ENSCHIG00000013396) #13 SKA1 (ENSCHIG00000014694) #14 CXXC1 (ENSCHIG00000014305) #15 MBD1 (ENSCHIG00000021134) #16 CFAP53 (ENSCHIG00000001175) #17 MYO5B (ENSCHIG00000016585) #18 ACAA2 (ENSCHIG00000024466) #19 ENSCHIG00000003894 LIPG (ENSCHIG00000015994) #21 ENSCHIG00000011677 ##22 C18orf32 (ENSCHIG00000021354) #23 ENSCHIG00000004940 DYM (ENSCHIG00000001838) #24 SMAD7 (ENSCHIG00000019461) #26 CTIF (ENSCHIG00000014455) #27 ZBTB7C (ENSCHIG00000001635) #28 SMAD2 (ENSCHIG00000020206) #29 SKOR2 (ENSCHIG00000011642) IER3IP1 (ENSCHIG00000020552) #30 HDHD2 (ENSCHIG00000015973) #31 KATNAL2 (ENSCHIG00000021217) #32 ENSCHIG00000014561 #34 ST8SIA5 (ENSCHIG00000021775) LOXHD1 (ENSCHIG00000019780) #35 RNF165 (ENSCHIG00000009622) #36 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 ANO4 (ENSOARG00020005350) SLC5A8 (ENSOARG00020005486) UTP20 (ENSOARG00020005594) ARL1 (ENSOARG00020006041) SPIC (ENSOARG00020006153) MYBPC1 (ENSOARG00020006228) SYCP3 (ENSOARG00020008561) GNPTAB (ENSOARG00020008629) DRAM1 (ENSOARG00020009316) WASHC3 (ENSOARG00020009382) NUP37 (ENSOARG00020009419) PARPBP (ENSOARG00020009495) PMCH (ENSOARG00020009581) IGF1 (ENSOARG00020009650) PAH (ENSOARG00020010456) ENSOARG00020010707 ##22 ASCL1 (ENSOARG00020010725) STAB2 (ENSOARG00020010949) NT5DC3 (ENSOARG00020012234) ENSOARG00020012446 HSP90B1 (ENSOARG00020012684) C12orf73 (ENSOARG00020012868) TDG (ENSOARG00020012922) GLT8D2 (ENSOARG00020013012) HCFC2 (ENSOARG00020013130) ENSOARG00020013531 NFYB (ENSOARG00020013573) TXNRD1 (ENSOARG00020013624) CHST11 (ENSOARG00020013819) SLC41A2 (ENSOARG00020013952) ENSOARG00020014027 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000018351 ENSGT00940000162087 ENSGT00940000154612.m.a.d ENSGT00940000156515 ENSGT00940000154885.A ENSGT00940000158891 ENSGT00940000158897 ENSGT00390000017839.o.a ENSGT00940000153612.B ENSGT00940000158557 ENSGT00940000157442 ENSGT00940000156240 ENSGT00940000154089.b ENSGT00940000161891.l ENSGT00940000161891.k ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000003209 ENSGT00390000018566 ENSGT00950000183174.A ENSGT00530000063869.B ENSGT00910000144226 ENSGT00390000003682.gb.a.d.a.a ENSGT00940000153876.B ENSGT00940000157468.a.b ENSGT00510000046406.f.b.a.b.f.b ENSGT00510000046406.f.b.a.b.e ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d ENSGT00940000157433 ENSGT00940000158958 ENSGT00730000111354 ENSGT00390000013005 American bison MODERN SPECIES 3351 ENSBBBG00000012754 GATC (ENSBBBG00000012755) TRIAP1 (ENSBBBG00000012759) ENSBBBG00000007125 MSI1 (ENSBBBG00000002472) PLA2G1B (ENSBBBG00000007649) SIRT4 (ENSBBBG00000012800) PXN (ENSBBBG00000002491) RPLP0 (ENSBBBG00000002518) GCN1 (ENSBBBG00000009091) ENSBBBG00000002647 BICDL1 (ENSBBBG00000013161) ALDH2 (ENSBBBG00000013184) MAPKAPK5 (ENSBBBG00000013207) ENSBBBG00000013224 ENSBBBG00000013230 ##22 TMEM116 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ENSGT00510000046406.f.b.a.b.e ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d ENSGT00940000157433 ENSGT00940000158958 ENSGT00730000111354 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158853 ENSGT00390000011067.A ENSGT00940000157014.a ENSGT00390000014165.c.a.b.b.b ENSGT00950000182981.a ENSGT00940000154258.a ENSGT00390000001804 ENSGT00940000157601 ENSGT00940000154663.r.a ENSGT00390000000546 ENSGT00390000001562.a.a ENSGT00940000159472 ENSGT00950000183131.a ENSGT00940000162922 ENSGT00390000013020 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00950000183176.a.s.a ENSGT00950000182863.A.a.b ENSGT00940000160361 ENSGT00940000164301 ENSGT01100000263546.e.a.a.a.a ENSGT01100000263546.d.b.b ENSGT01100000263546.d.b.a.a.a.a ENSGT01100000263546.d.b.a.a.a.b ENSGT00510000049750 ENSGT01100000263546.d.b.a.b.a.b ENSGT00390000016972.a.b.a.b.b.b ENSGT01100000263546.d.b.a.b.b ENSGT01100000263546.d.b.a.b.a.a.b ENSGT01100000263546.d.b.a.b.a.a.a ENSGT01100000263546.e.a.a.a.b Cow MODERN SPECIES 4 MAP1LC3A (ENSBTAG00000006135) DYNLRB1 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ENSGT01100000263480.a.a.a.a.b.b.b.b ENSGT00950000183174.A ENSGT00530000063869.B ENSGT00910000144226 ENSGT00390000003682.gb.a.d.a.a ENSGT00940000153876.B ENSGT00940000157468.a.b ENSGT00510000046406.f.b.a.b.e ENSGT00510000046406.f.b.a.a.d ENSGT00940000157433 ENSGT00940000158958 ENSGT00730000111354 ENSGT00390000013005 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 12 TBCB (ENSBGRG00000019178) CAPNS1 (ENSBGRG00000019028) COX7A1 (ENSBGRG00000018940) ZNF565 (ENSBGRG00000018906) ZNF146 (ENSBGRG00000018899) ENSBGRG00000018868 ZNF567 (ENSBGRG00000018772) ZNF461 (ENSBGRG00000018755) ZNF382 (ENSBGRG00000018690) ZNF529 (ENSBGRG00000018660) ZNF260 (ENSBGRG00000018599) ZNF566 (ENSBGRG00000018489) ZFP82 (ENSBGRG00000018432) ZFP14 (ENSBGRG00000018350) ENSBGRG00000018337 ENSBGRG00000018194 ##22 ZNF829 (ENSBGRG00000018166) ZNF793 (ENSBGRG00000018005) ENSBGRG00000017927 ZNF383 (ENSBGRG00000017866) ENSBGRG00000017842 ENSBGRG00000017817 ENSBGRG00000017793 ENSBGRG00000017750 ZNF527 (ENSBGRG00000017666) ENSBGRG00000017518 ZNF570 (ENSBGRG00000017431) ENSBGRG00000017410 ZNF345 (ENSBGRG00000017132) ENSBGRG00000017112 ZFP30 (ENSBGRG00000017080) Domestic yak MODERN SPECIES 24 CELA1 (ENSBGRG00000005091) BIN2 (ENSBGRG00000004814) SMAGP (ENSBGRG00000004731) DAZAP2 (ENSBGRG00000004487) POU6F1 (ENSBGRG00000004365) TFCP2 (ENSBGRG00000004241) CSRNP2 (ENSBGRG00000004209) LETMD1 (ENSBGRG00000004075) SLC11A2 (ENSBGRG00000004038) HIGD1C (ENSBGRG00000004019) ENSBGRG00000004006 ENSBGRG00000003989 ENSBGRG00000003970 TMPRSS12 (ENSBGRG00000003922) ATF1 (ENSBGRG00000003877) ENSBGRG00000003849 ##22 DIP2B (ENSBGRG00000003661) LARP4 (ENSBGRG00000003121) ENSBGRG00000003038 LIMA1 (ENSBGRG00000002970) CERS5 (ENSBGRG00000002954) COX14 (ENSBGRG00000002947) GPD1 (ENSBGRG00000002916) SMARCD1 (ENSBGRG00000002849) ASIC1 (ENSBGRG00000002768) RACGAP1 (ENSBGRG00000002692) AQP6 (ENSBGRG00000002662) AQP5 (ENSBGRG00000002644) AQP2 (ENSBGRG00000002620) FAIM2 (ENSBGRG00000002579) BCDIN3D 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SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000015458 ENSGT00910000144305 ENSGT00940000154674 ENSGT00940000161551 ENSGT00940000157819 ENSGT01050000244888.b.a.c.b ENSGT00940000160269 ENSGT00940000154200.B ENSGT00940000161728 ENSGT00940000154435.i ENSGT00940000161947 ENSGT01030000234558.A.a.b ENSGT00930000151314.f ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714.f ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT00510000049510.j ENSGT01030000234579.A.b ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481 ENSGT00940000158201 Vaquita MODERN SPECIES 15 HLTF (ENSPSNG00000012734) GYG1 (ENSPSNG00000012650) CPA3 (ENSPSNG00000012509) CPB1 (ENSPSNG00000012386) AGTR1 (ENSPSNG00000012278) ZIC1 (ENSPSNG00000012231) ZIC4 (ENSPSNG00000012068) ENSPSNG00000012040 PLSCR5 (ENSPSNG00000011945) PLSCR1 (ENSPSNG00000011787) PLSCR4 (ENSPSNG00000011690) PLOD2 (ENSPSNG00000011568) ENSPSNG00000011500 DIPK2A (ENSPSNG00000011433) SLC9A9 (ENSPSNG00000011399) ENSPSNG00000011340 ##22 CHST2 (ENSPSNG00000011325) ENSPSNG00000009448 PAQR9 (ENSPSNG00000009187) PCOLCE2 (ENSPSNG00000009157) TRPC1 (ENSPSNG00000009055) PLS1 (ENSPSNG00000008996) ATR (ENSPSNG00000008915) XRN1 (ENSPSNG00000008771) GK5 (ENSPSNG00000008649) ENSPSNG00000008620 ENSPSNG00000008603 TFDP2 (ENSPSNG00000008314) ENSPSNG00000008244 ATP1B3 (ENSPSNG00000008203) GRK7 (ENSPSNG00000008164) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654.j #14 ENSGT00990000210587 ENSGT00390000011654.i #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000169764 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741.k #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00390000008808.k.a.a ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01000000220806 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 25 MEX3C (ENSDLEG00000004392) #8 SMAD4 (ENSDLEG00000004395) #9 ELAC1 (ENSDLEG00000004401) #10 ME2 (ENSDLEG00000004409) #11 MRO (ENSDLEG00000004425) #12 MAPK4 (ENSDLEG00000004428) #13 ENSDLEG00000004434 #14 ENSDLEG00000004437 CXXC1 (ENSDLEG00000004445) #15 MBD1 (ENSDLEG00000004462) #16 CFAP53 (ENSDLEG00000004488) #17 MYO5B (ENSDLEG00000004517) #18 ACAA2 (ENSDLEG00000004552) #19 ENSDLEG00000004561 LIPG (ENSDLEG00000004571) #21 ENSDLEG00000004581 ##22 CUNH18orf32 (ENSDLEG00000004598) #23 DYM (ENSDLEG00000004613) #24 SMAD7 (ENSDLEG00000004642) #26 ENSDLEG00000004646 CTIF (ENSDLEG00000004651) #27 ZBTB7C (ENSDLEG00000006486) #28 SMAD2 (ENSDLEG00000006490) #29 Beluga whale MODERN SPECIES 18 HPS3 (ENSDLEG00000003349) HLTF (ENSDLEG00000003285) GYG1 (ENSDLEG00000003273) CPA3 (ENSDLEG00000003258) CPB1 (ENSDLEG00000003229) AGTR1 (ENSDLEG00000003225) ZIC1 (ENSDLEG00000003218) ZIC4 (ENSDLEG00000003202) PLSCR5 (ENSDLEG00000003194) PLSCR1 (ENSDLEG00000003167) PLSCR4 (ENSDLEG00000003147) PLOD2 (ENSDLEG00000003108) ENSDLEG00000003088 CUNH3orf58 (ENSDLEG00000003079) SLC9A9 (ENSDLEG00000003069) ENSDLEG00000003055 ##22 CHST2 (ENSDLEG00000003050) U2SURP (ENSDLEG00000003020) PAQR9 (ENSDLEG00000003008) PCOLCE2 (ENSDLEG00000002981) TRPC1 (ENSDLEG00000002901) PLS1 (ENSDLEG00000002877) ENSDLEG00000002868 ATR (ENSDLEG00000002842) XRN1 (ENSDLEG00000002314) GK5 (ENSDLEG00000002054) ENSDLEG00000002016 TFDP2 (ENSDLEG00000001700) ENSDLEG00000001620 ATP1B3 (ENSDLEG00000001587) GRK7 (ENSDLEG00000001565) Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 295 MBD2 (ENSMMNG00015007380) ##16 ENSMMNG00015000016 DCC (ENSMMNG00015000224) #7 ENSMMNG00015000421 ENSMMNG00015000436 MEX3C (ENSMMNG00015000471) #8 SMAD4 (ENSMMNG00015000527) #9 ELAC1 (ENSMMNG00015000560) #10 ME2 (ENSMMNG00015000602) #11 MRO (ENSMMNG00015000680) #12 ENSMMNG00015000706 #13 ENSMMNG00015000736 #18 ACAA2 (ENSMMNG00015000776) #19 ENSMMNG00015000802 LIPG (ENSMMNG00015000826) #21 ENSMMNG00015000862 ##22 ENSMMNG00015000947 #23 DYM (ENSMMNG00015001014) #24 ENSMMNG00015001110 SMAD7 (ENSMMNG00015001136) #26 ENSMMNG00015001156 CTIF (ENSMMNG00015001193) #27 ZBTB7C (ENSMMNG00015001274) #28 SMAD2 (ENSMMNG00015001331) #29 SKOR2 (ENSMMNG00015001428) ENSMMNG00015001451 #30 HDHD2 (ENSMMNG00015001468) #31 KATNAL2 (ENSMMNG00015001513) #32 ENSMMNG00015001565 PIAS2 (ENSMMNG00015001607) #34 ST8SIA5 (ENSMMNG00015001685) Narwhal MODERN SPECIES 297 HPS3 (ENSMMNG00015004246) HLTF (ENSMMNG00015004292) GYG1 (ENSMMNG00015004320) CPA3 (ENSMMNG00015004348) CPB1 (ENSMMNG00015004361) AGTR1 (ENSMMNG00015004396) ZIC1 (ENSMMNG00015004415) ZIC4 (ENSMMNG00015004437) PLSCR5 (ENSMMNG00015000062) PLSCR1 (ENSMMNG00015000121) PLSCR4 (ENSMMNG00015000172) PLOD2 (ENSMMNG00015000282) ENSMMNG00015000418 DIPK2A (ENSMMNG00015000433) SLC9A9 (ENSMMNG00015000475) ENSMMNG00015000492 ##22 CHST2 (ENSMMNG00015000510) U2SURP (ENSMMNG00015000545) PAQR9 (ENSMMNG00015000630) PCOLCE2 (ENSMMNG00015000650) TRPC1 (ENSMMNG00015000693) PLS1 (ENSMMNG00015000766) ATR (ENSMMNG00015000820) XRN1 (ENSMMNG00015001039) GK5 (ENSMMNG00015001246) TFDP2 (ENSMMNG00015001329) ENSMMNG00015001532 ATP1B3 (ENSMMNG00015001546) ENSMMNG00015001573 GRK7 (ENSMMNG00015001595) RNF7 (ENSMMNG00015001619) Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 123 TET1 (ENSOGAG00000034454) SLC25A16 (ENSOGAG00000011191) DNA2 (ENSOGAG00000011182) RUFY2 (ENSOGAG00000012496) HNRNPH3 (ENSOGAG00000012493) PBLD (ENSOGAG00000000982) ATOH7 (ENSOGAG00000000980) MYPN (ENSOGAG00000012002) HERC4 (ENSOGAG00000012610) SIRT1 (ENSOGAG00000012609) DNAJC12 (ENSOGAG00000015733) CTNNA3 (ENSOGAG00000003115) LRRTM3 (ENSOGAG00000011031) ENSOGAG00000032925 REEP3 (ENSOGAG00000014187) ENSOGAG00000034707 ##22 JMJD1C (ENSOGAG00000014358) ENSOGAG00000030740 NRBF2 (ENSOGAG00000005856) EGR2 (ENSOGAG00000012939) ADO (ENSOGAG00000012935) ZNF365 (ENSOGAG00000010758) ENSOGAG00000030088 RTKN2 (ENSOGAG00000015941) ARID5B (ENSOGAG00000015939) CABCOCO1 (ENSOGAG00000007348) ENSOGAG00000026600 TMEM26 (ENSOGAG00000007346) RHOBTB1 (ENSOGAG00000000636) ENSOGAG00000009963 ENSOGAG00000031968 Bushbaby MODERN SPECIES 226 GRIK1 (ENSOGAG00000009665) CLDN17 (ENSOGAG00000003639) CLDN8 (ENSOGAG00000003643) KRTAP27-1 (ENSOGAG00000003652) ENSOGAG00000003655 ENSOGAG00000026011 ENSOGAG00000003669 ENSOGAG00000007031 ENSOGAG00000003429 ENSOGAG00000003432 ENSOGAG00000016316 KRTAP8-1 (ENSOGAG00000030140) KRTAP7-1 (ENSOGAG00000026158) KRTAP11-1 (ENSOGAG00000016317) TIAM1 (ENSOGAG00000004005) ENSOGAG00000029301 ##22 ENSOGAG00000014646 SCAF4 (ENSOGAG00000014653) ENSOGAG00000033329 HUNK (ENSOGAG00000010230) MIS18A (ENSOGAG00000017137) MRAP (ENSOGAG00000017139) URB1 (ENSOGAG00000017140) EVA1C (ENSOGAG00000009260) CFAP298 (ENSOGAG00000006008) SYNJ1 (ENSOGAG00000006010) PAXBP1 (ENSOGAG00000003344) C21orf62 (ENSOGAG00000027318) ENSOGAG00000032768 OLIG2 (ENSOGAG00000026818) OLIG1 (ENSOGAG00000033584) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1762 ZNF559 (ENSRROG00000028174) ZNF177 (ENSRROG00000044294) ENSRROG00000031827 ##22 ZNF266 (ENSRROG00000031956) ZNF560 (ENSRROG00000035182) ENSRROG00000042117 ZNF426 (ENSRROG00000003263) ZNF121 (ENSRROG00000043813) ZNF562 (ENSRROG00000033225) ENSRROG00000032336 ZNF846 (ENSRROG00000029751) FBXL12 (ENSRROG00000030208) ENSRROG00000038908 ENSRROG00000040022 OLFM2 (ENSRROG00000030712) COL5A3 (ENSRROG00000042842) RDH8 (ENSRROG00000035886) SHFL (ENSRROG00000036318) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.a ##22 Rat MODERN SPECIES Tmc4 (ENSRNOG00000059741) Leng1 (ENSRNOG00000061893) Cnot3 (ENSRNOG00000053234) Prpf31 (ENSRNOG00000061039) Tfpt (ENSRNOG00000056098) Ndufa3 (ENSRNOG00000060293) Oscar (ENSRNOG00000055716) LOC100359972 (ENSRNOG00000055796) Tarm1 (ENSRNOG00000055581) Vstm1 (ENSRNOG00000070245) Cacng6 (ENSRNOG00000063051) Cacng8 (ENSRNOG00000057848) Cacng7 (ENSRNOG00000056257) Prkcg (ENSRNOG00000054371) Myadm (ENSRNOG00000053450) ENSRNOG00000063395 ##22 Or6al1 (ENSRNOG00000066178) LOC103689958 (ENSRNOG00000066405) Or6al2 (ENSRNOG00000063370) Nlrp12 (ENSRNOG00000060745) LOC292543 (ENSRNOG00000054438) ENSRNOG00000067618 Vom2r27 (ENSRNOG00000048635) Nlrp4a (ENSRNOG00000042030) Nlrp4f (ENSRNOG00000027705) Vom1r31 (ENSRNOG00000068723) Vom2r-ps45 (ENSRNOG00000009146) Dcun1d3 (ENSRNOG00000014037) Vom2r28 (ENSRNOG00000002641) Zfp418 (ENSRNOG00000015271) LOC691135 (ENSRNOG00000066094) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 317 Map3k8 (ENSCGRG00001019251) Lyzl1 (ENSCGRG00001024217) Bambi (ENSCGRG00001004379) Cul2 (ENSCGRG00001010730) Crem (ENSCGRG00001013907) Potegl (ENSCGRG00001019810) Yme1l1 (ENSCGRG00001024397) Mastl (ENSCGRG00001012625) Acbd5 (ENSCGRG00001015527) Abi1 (ENSCGRG00001015687) Pdss1 (ENSCGRG00001001187) ENSCGRG00001021110 Apbb1ip (ENSCGRG00001024669) Gad2 (ENSCGRG00001016806) Myo3a (ENSCGRG00001010156) ENSCGRG00001008346 ##22 Gpr158 (ENSCGRG00001020901) ENSCGRG00001000506 Thnsl1 (ENSCGRG00001002158) Enkur (ENSCGRG00001019789) ENSCGRG00001021203 Arhgap21 (ENSCGRG00001016768) Etl4 (ENSCGRG00001017877) Otud1 (ENSCGRG00001005968) ENSCGRG00001010382 4921504E06Rik (ENSCGRG00001011440) Ptf1a (ENSCGRG00001018977) Msrb2 (ENSCGRG00001021607) Armc3 (ENSCGRG00001020234) Pip4k2a (ENSCGRG00001007191) Spag6 (ENSCGRG00001015624) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.j.b ##22 Rat MODERN SPECIES 1 Prr29 (ENSRNOG00000060193) Icam2 (ENSRNOG00000025143) Ern1 (ENSRNOG00000012864) Tex2 (ENSRNOG00000013659) Pecam1 (ENSRNOG00000066008) Milr1 (ENSRNOG00000042524) Polg2 (ENSRNOG00000013728) Ddx5 (ENSRNOG00000030680) Cep95 (ENSRNOG00000014354) Smurf2 (ENSRNOG00000014623) Kpna2 (ENSRNOG00000015329) C10h17orf58 (ENSRNOG00000043295) Bptf (ENSRNOG00000047296) Nol11 (ENSRNOG00000052934) Pitpnc1 (ENSRNOG00000069160) RGD1359290 (ENSRNOG00000027271) ##22 ENSRNOG00000065925 Psmd12 (ENSRNOG00000003117) Helz (ENSRNOG00000003213) Cacng1 (ENSRNOG00000003245) Cacng4 (ENSRNOG00000003262) Cacng5 (ENSRNOG00000003288) Prkca (ENSRNOG00000003491) Apoh (ENSRNOG00000003566) AABR07030630.1 (ENSRNOG00000052124) Cep112 (ENSRNOG00000024557) Axin2 (ENSRNOG00000055010) RGD1565459 (ENSRNOG00000033613) Rgs9 (ENSRNOG00000003800) AC106648.1 (ENSRNOG00000042252) Gna13 (ENSRNOG00000063135) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01100000265446 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Rabbit MODERN SPECIES 20 ENSOCUG00000038228 MEX3C (ENSOCUG00000012549) #8 SMAD4 (ENSOCUG00000003929) #9 ELAC1 (ENSOCUG00000009509) #10 ME2 (ENSOCUG00000012433) #11 MRO (ENSOCUG00000007663) #12 MAPK4 (ENSOCUG00000013016) #13 SKA1 (ENSOCUG00000007927) #14 CXXC1 (ENSOCUG00000025756) #15 MBD1 (ENSOCUG00000006554) #16 ENSOCUG00000017123 ENSOCUG00000037569 MYO5B (ENSOCUG00000009547) #18 ACAA2 (ENSOCUG00000016540) #19 LIPG (ENSOCUG00000013471) #21 ENSOCUG00000012485 ##22 ENSOCUG00000027094 #23 ENSOCUG00000038051 DYM (ENSOCUG00000015851) #24 SMAD7 (ENSOCUG00000024309) #26 CTIF (ENSOCUG00000024842) #27 ENSOCUG00000026631 ZBTB7C (ENSOCUG00000022348) #28 SMAD2 (ENSOCUG00000011290) #29 ENSOCUG00000027573 IER3IP1 (ENSOCUG00000012555) #30 HDHD2 (ENSOCUG00000006979) #31 ENSOCUG00000035984 #33 ENSOCUG00000006940 #33 KATNAL2 (ENSOCUG00000006971) #32 PIAS2 (ENSOCUG00000006900) #34 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 Psma6 (ENSCGRG00001001597) ENSCGRG00001003022 ENSCGRG00001006281 ENSCGRG00001007854 ENSCGRG00001009525 2700097O09Rik (ENSCGRG00001023053) ENSCGRG00001023351 Baz1a (ENSCGRG00001013418) Cfl2 (ENSCGRG00001014849) Snx6 (ENSCGRG00001015718) Eapp (ENSCGRG00001019760) Sptssa (ENSCGRG00001009767) Egln3 (ENSCGRG00001011120) Npas3 (ENSCGRG00001014006) Akap6 (ENSCGRG00001015059) ENSCGRG00001009818 ##22 Arhgap5 (ENSCGRG00001002196) Nubpl (ENSCGRG00001004006) ENSCGRG00001006641 Gpr33 (ENSCGRG00001011244) Dtd2 (ENSCGRG00001015902) Heatr5a (ENSCGRG00001017067) ENSCGRG00001024436 Hectd1 (ENSCGRG00001024884) Ap4s1 (ENSCGRG00001023362) Strn3 (ENSCGRG00001000550) Coch (ENSCGRG00001010363) Scfd1 (ENSCGRG00001013495) G2e3 (ENSCGRG00001015112) Prkd1 (ENSCGRG00001019739) Foxg1 (ENSCGRG00001009864) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Degu MODERN SPECIES 157 PPOX (ENSODEG00000007017) USP21 (ENSODEG00000010632) UFC1 (ENSODEG00000008078) DEDD (ENSODEG00000008446) NIT1 (ENSODEG00000008755) PFDN2 (ENSODEG00000007888) ENSODEG00000007376 KLHDC9 (ENSODEG00000008140) NECTIN4 (ENSODEG00000009227) ENSODEG00000012487 ENSODEG00000012848 TSTD1 (ENSODEG00000010923) ENSODEG00000008881 F11R (ENSODEG00000007564) ENSODEG00000008250 ENSODEG00000007329 ##22 ENSODEG00000007561 ENSODEG00000007745 ENSODEG00000008083 ENSODEG00000009437 ENSODEG00000008141 ENSODEG00000009874 ENSODEG00000008491 SLAMF1 (ENSODEG00000009203) CD84 (ENSODEG00000007652) ENSODEG00000019654 ENSODEG00000019372 VANGL2 (ENSODEG00000007301) NHLH1 (ENSODEG00000007624) NCSTN (ENSODEG00000007729) COPA (ENSODEG00000007358) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Rhesus MODERN SPECIES 9 MRO (ENSMMUG00000022472) #12 MAPK4 (ENSMMUG00000017290) #13 ENSMMUG00000063161 SKA1 (ENSMMUG00000000719) #14 ENSMMUG00000049659 CXXC1 (ENSMMUG00000009051) #15 MBD1 (ENSMMUG00000009050) #16 ENSMMUG00000064957 ENSMMUG00000052620 MYO5B (ENSMMUG00000003041) #18 ENSMMUG00000064909 ACAA2 (ENSMMUG00000003040) #19 LIPG (ENSMMUG00000019054) #21 ENSMMUG00000038584 ENSMMUG00000064858 RPL17 (ENSMMUG00000018837) ##22 DYM (ENSMMUG00000001760) #24 SMAD7 (ENSMMUG00000056276) #26 CTIF (ENSMMUG00000020898) #27 ZBTB7C (ENSMMUG00000015704) #28 SMAD2 (ENSMMUG00000007816) #29 ENSMMUG00000050569 SKOR2 (ENSMMUG00000048459) IER3IP1 (ENSMMUG00000059289) #30 HDHD2 (ENSMMUG00000010999) #31 KATNAL2 (ENSMMUG00000015952) #32 ELOA2 (ENSMMUG00000044172) #33 PIAS2 (ENSMMUG00000004498) #34 ENSMMUG00000050406 ST8SIA5 (ENSMMUG00000002742) LOXHD1 (ENSMMUG00000017246) #35 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 296 TLR1 (ENSOGAG00000003279) TLR6 (ENSOGAG00000016497) FAM114A1 (ENSOGAG00000012783) TMEM156 (ENSOGAG00000012262) KLHL5 (ENSOGAG00000012266) WDR19 (ENSOGAG00000012276) RFC1 (ENSOGAG00000012292) ENSOGAG00000030038 KLB (ENSOGAG00000034905) ENSOGAG00000004935 ENSOGAG00000027482 UGDH (ENSOGAG00000004941) SMIM14 (ENSOGAG00000007152) ENSOGAG00000030558 ##22 UBE2K (ENSOGAG00000008264) ENSOGAG00000032799 N4BP2 (ENSOGAG00000012333) RHOH (ENSOGAG00000005568) CHRNA9 (ENSOGAG00000005569) ENSOGAG00000029367 NSUN7 (ENSOGAG00000004278) APBB2 (ENSOGAG00000034915) UCHL1 (ENSOGAG00000010213) ENSOGAG00000028965 LIMCH1 (ENSOGAG00000003731) PHOX2B (ENSOGAG00000003736) TMEM33 (ENSOGAG00000000497) SLC30A9 (ENSOGAG00000000501) BEND4 (ENSOGAG00000000503) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b.k ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 17 DIP2C (ENSMICG00000005674) LARP4B (ENSMICG00000001301) GTPBP4 (ENSMICG00000013332) ENSMICG00000045735 WDR37 (ENSMICG00000032267) ADARB2 (ENSMICG00000047603) ENSMICG00000030269 ENSMICG00000042330 ITGB1 (ENSMICG00000008479) DHTKD1 (ENSMICG00000001727) UPF2 (ENSMICG00000001716) PROSER2 (ENSMICG00000032687) ECHDC3 (ENSMICG00000046064) USP6NL (ENSMICG00000014584) CELF2 (ENSMICG00000007867) ENSMICG00000026414 ##22 GATA3 (ENSMICG00000008284) TAF3 (ENSMICG00000008273) ENSMICG00000008263 KIN (ENSMICG00000008248) ITIH2 (ENSMICG00000008230) ITIH5 (ENSMICG00000008213) ENSMICG00000032631 SFMBT2 (ENSMICG00000029463) PFKP (ENSMICG00000006278) PITRM1 (ENSMICG00000006296) KLF6 (ENSMICG00000001283) AKR1E2 (ENSMICG00000014810) ENSMICG00000005746 AKR1C8 (ENSMICG00000016217) ENSMICG00000038357 Sauria ANCESTRAL SPECIES 353 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000004915.a ENSGT00940000157647 ENSGT00390000009543 ENSGT00940000159069 ENSGT00940000158932 ENSGT00940000156272 ENSGT00390000005809 ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.a ENSGT00390000002417 ENSGT00390000011759 ENSGT00390000011137 ENSGT00940000164859 ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00940000159198 ENSGT00940000155285.b ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000015159.b ENSGT00940000158547 ENSGT00940000158742 ENSGT00940000159042 ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159760 ENSGT00940000158506 ENSGT00940000154435.y.a.b.d ENSGT00940000154435.y.a.b.c ENSGT00940000156215 ENSGT00940000177637 ENSGT00940000159300 ENSGT00940000159104 ENSGT00940000158587 ENSGT00950000182872.f.a.b Eastern brown snake MODERN SPECIES 22 FBXO32 (ENSPTXG00000004169) KLHL38 (ENSPTXG00000004171) FAM91A1 (ENSPTXG00000004172) FER1L6 (ENSPTXG00000004720) RNF139 (ENSPTXG00000004721) TATDN1 (ENSPTXG00000004722) NDUFB9 (ENSPTXG00000004723) MTSS1 (ENSPTXG00000004724) BBS10 (ENSPTXG00000004725) SQLE (ENSPTXG00000004729) WASHC5 (ENSPTXG00000004731) ENSPTXG00000004733 TRIB1 (ENSPTXG00000004735) LRATD2 (ENSPTXG00000004737) MYC (ENSPTXG00000004738) ENSPTXG00000004739 ##22 CYRIB (ENSPTXG00000004740) ASAP1 (ENSPTXG00000004742) ADCY8 (ENSPTXG00000005944) HHLA1 (ENSPTXG00000005945) KCNQ3 (ENSPTXG00000005946) DNAAF11 (ENSPTXG00000005948) ENSPTXG00000005951 PHF20L1 (ENSPTXG00000005953) ENSPTXG00000005955 ENSPTXG00000005957 SLA (ENSPTXG00000005960) CCN4 (ENSPTXG00000005961) NDRG1 (ENSPTXG00000005962) ST3GAL1 (ENSPTXG00000005963) ZFAT (ENSPTXG00000005965) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 111 FAM91A1 (ENSNSUG00000001952) FER1L6 (ENSNSUG00000003164) ENSNSUG00000003168 RNF139 (ENSNSUG00000003171) TATDN1 (ENSNSUG00000003174) NDUFB9 (ENSNSUG00000003184) MTSS1 (ENSNSUG00000003187) BBS10 (ENSNSUG00000003708) SQLE (ENSNSUG00000003716) WASHC5 (ENSNSUG00000003752) ENSNSUG00000005487 TRIB1 (ENSNSUG00000005488) ENSNSUG00000005489 ENSNSUG00000005491 MYC (ENSNSUG00000005493) ENSNSUG00000005494 ##22 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 5803 ENSLLTG00000016592 ##22 Lizard MODERN SPECIES 1 ACAA2 (ENSACAG00000017990) #19 LIPG (ENSACAG00000017995) #21 ENSACAG00000017998 ##22 C18orf32 (ENSACAG00000028947) #23 DYM (ENSACAG00000018002) #24 ENSACAG00000045249 SMAD7 (ENSACAG00000040103) #26 CTIF (ENSACAG00000018006) #27 ZBTB7C (ENSACAG00000018007) #28 SMAD2 (ENSACAG00000018008) #29 GPBP1 (ENSACAG00000014605) MIER3 (ENSACAG00000028478) SETD9 (ENSACAG00000014688) MAP3K1 (ENSACAG00000014703) ANKRD55 (ENSACAG00000014766) IL6ST (ENSACAG00000014810) IL31RA (ENSACAG00000014938) DDX4 (ENSACAG00000014951) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 314 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 292 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Aves ANCESTRAL SPECIES 276 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 247 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 Turkey MODERN SPECIES 1299 ENSMGAG00000019594 ENSMGAG00000017737 NARS1 (ENSMGAG00000019288) ENSMGAG00000010041 ENSMGAG00000018982 ENSMGAG00000019892 ENSMGAG00000003266 ENSMGAG00000001102 ENSMGAG00000001140 NEDD4L (ENSMGAG00000000935) ENSMGAG00000021263 ALPK2 (ENSMGAG00000018725) ENSMGAG00000001342 ##22 MALT1 (ENSMGAG00000001082) ENSMGAG00000001162 SEC11C (ENSMGAG00000001165) ENSMGAG00000022342 CTIF (ENSMGAG00000021290) #27 ZBTB7C (ENSMGAG00000001366) #28 SMAD2 (ENSMGAG00000001351) #29 IER3IP1 (ENSMGAG00000020998) #30 HDHD2 (ENSMGAG00000004803) #31 KATNAL2 (ENSMGAG00000004476) #32 ENSMGAG00000001384 #34 ST8SIA5 (ENSMGAG00000016483) LOXHD1 (ENSMGAG00000016776) #35 RNF165 (ENSMGAG00000001405) #36 C18orf25 (ENSMGAG00000021854) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES 201 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES 239 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 245 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 234 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 238 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000170114 Zebra finch DUPLICATION Zebra finch MODERN SPECIES 104 ENSTGUG00000014263 SMAD2 (ENSTGUG00000000016) #29 ZBTB7C (ENSTGUG00000000028) #28 CTIF (ENSTGUG00000000030) #27 SMAD7 (ENSTGUG00000000034) #26 DYM (ENSTGUG00000000035) #24 ENSTGUG00000000043 RPL17 (ENSTGUG00000028072) ##22 ENSTGUG00000028962 ENSTGUG00000000071 ENSTGUG00000000072 ENSTGUG00000018125 MYO5B (ENSTGUG00000000053) #18 ACAA2 (ENSTGUG00000000058) #19 LIPG (ENSTGUG00000000061) #21 RPL17 (ENSTGUG00000000044) ##22 ENSTGUG00000015982 MAPK4 (ENSTGUG00000020659) #13 ENSTGUG00000020631 ENSTGUG00000024253 ENSTGUG00000022385 ENSTGUG00000028847 ME2 (ENSTGUG00000015853) #11 SMAD4 (ENSTGUG00000021139) #9 LMAN1 (ENSTGUG00000014591) CPLX4 (ENSTGUG00000017479) RAX (ENSTGUG00000017482) GRP (ENSTGUG00000023555) SEC11C (ENSTGUG00000019770) ZNF532 (ENSTGUG00000017487) MALT1 (ENSTGUG00000017488) Zebra finch MODERN SPECIES 104 ME2 (ENSTGUG00000015853) #11 ENSTGUG00000028847 ENSTGUG00000022385 ENSTGUG00000024253 ENSTGUG00000020631 MAPK4 (ENSTGUG00000020659) #13 ENSTGUG00000015982 RPL17 (ENSTGUG00000000044) ##22 LIPG (ENSTGUG00000000061) #21 ACAA2 (ENSTGUG00000000058) #19 MYO5B (ENSTGUG00000000053) #18 ENSTGUG00000018125 ENSTGUG00000000072 ENSTGUG00000000071 ENSTGUG00000028962 RPL17 (ENSTGUG00000028072) ##22 ENSTGUG00000000043 DYM (ENSTGUG00000000035) #24 SMAD7 (ENSTGUG00000000034) #26 CTIF (ENSTGUG00000000030) #27 ZBTB7C (ENSTGUG00000000028) #28 SMAD2 (ENSTGUG00000000016) #29 ENSTGUG00000014263 IER3IP1 (ENSTGUG00000028694) #30 HDHD2 (ENSTGUG00000028684) #31 KATNAL2 (ENSTGUG00000000013) #32 PIAS2 (ENSTGUG00000000006) #34 Great tit MODERN SPECIES 642 SMAD4 (ENSPMJG00000002065) #9 ELAC1 (ENSPMJG00000002077) #10 ME2 (ENSPMJG00000002100) #11 MAPK4 (ENSPMJG00000002569) #13 ENSPMJG00000002575 ENSPMJG00000002577 ENSPMJG00000002582 MYO5B (ENSPMJG00000002662) #18 ACAA2 (ENSPMJG00000002693) #19 LIPG (ENSPMJG00000002703) #21 ENSPMJG00000002708 ##22 C18orf32 (ENSPMJG00000002712) #23 DYM (ENSPMJG00000002819) #24 SMAD7 (ENSPMJG00000002909) #26 CTIF (ENSPMJG00000002914) #27 ZBTB7C (ENSPMJG00000002973) #28 SMAD2 (ENSPMJG00000002989) #29 SKOR2 (ENSPMJG00000003106) IER3IP1 (ENSPMJG00000003108) #30 HDHD2 (ENSPMJG00000003109) #31 KATNAL2 (ENSPMJG00000003284) #32 PIAS2 (ENSPMJG00000003313) #34 ST8SIA5 (ENSPMJG00000003351) ENSPMJG00000003355 LOXHD1 (ENSPMJG00000003381) #35 RNF165 (ENSPMJG00000003419) #36 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Rabbit MODERN SPECIES 15 PPP1R12A (ENSOCUG00000016701) ENSOCUG00000037584 OTOGL (ENSOCUG00000014963) PTPRQ (ENSOCUG00000011455) MYF6 (ENSOCUG00000001457) MYF5 (ENSOCUG00000025477) LIN7A (ENSOCUG00000004203) ACSS3 (ENSOCUG00000015752) PPFIA2 (ENSOCUG00000015770) ENSOCUG00000036764 CCDC59 (ENSOCUG00000017824) METTL25 (ENSOCUG00000017825) TMTC2 (ENSOCUG00000017847) SLC6A15 (ENSOCUG00000014066) TSPAN19 (ENSOCUG00000037319) ENSOCUG00000034706 ##22 LRRIQ1 (ENSOCUG00000017527) ALX1 (ENSOCUG00000009125) ENSOCUG00000036577 RASSF9 (ENSOCUG00000017872) NTS (ENSOCUG00000010336) MGAT4C (ENSOCUG00000017314) ENSOCUG00000034843 ENSOCUG00000034779 ENSOCUG00000023687 ENSOCUG00000038571 ENSOCUG00000027442 ENSOCUG00000027647 ENSOCUG00000037685 ENSOCUG00000037227 C12orf50 (ENSOCUG00000004280) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Hystricomorpha DUPLICATION Hystricomorpha DUPLICATION Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 131 EML6 (ENSCLAG00000012421) ENSCLAG00000011684 ENSCLAG00000011209 ##22 CLHC1 (ENSCLAG00000012126) ENSCLAG00000008521 MTIF2 (ENSCLAG00000007900) ENSCLAG00000007625 CCDC88A (ENSCLAG00000010133) CFAP36 (ENSCLAG00000016701) ENSCLAG00000007551 PNPT1 (ENSCLAG00000006240) EFEMP1 (ENSCLAG00000015816) CCDC85A (ENSCLAG00000015417) VRK2 (ENSCLAG00000016561) FANCL (ENSCLAG00000011359) BCL11A (ENSCLAG00000009184) PAPOLG (ENSCLAG00000008603) REL (ENSCLAG00000007490) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 124 EMC2 (ENSCLAG00000004492) EIF3E (ENSCLAG00000014021) RSPO2 (ENSCLAG00000013840) ANGPT1 (ENSCLAG00000014625) ENSCLAG00000007287 ##22 ABRA (ENSCLAG00000006852) OXR1 (ENSCLAG00000006103) ZFPM2 (ENSCLAG00000005797) LRP12 (ENSCLAG00000005081) DPYS (ENSCLAG00000010295) DCSTAMP (ENSCLAG00000010026) RIMS2 (ENSCLAG00000011574) DCAF13 (ENSCLAG00000006565) SLC25A32 (ENSCLAG00000005938) ENSCLAG00000004942 FZD6 (ENSCLAG00000004386) ATP6V1C1 (ENSCLAG00000007454) Azin1 (ENSCLAG00000006685) KLF10 (ENSCLAG00000006194) ODF1 (ENSCLAG00000009658) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 27 ENSHGLG00000019151 NRROS (ENSHGLG00000019215) CEP19 (ENSHGLG00000044715) PIGX (ENSHGLG00000049080) ENSHGLG00000017173 SENP5 (ENSHGLG00000017185) ENSHGLG00000019489 NCBP2AS2 (ENSHGLG00000045447) PIGZ (ENSHGLG00000017273) MELTF (ENSHGLG00000017290) DLG1 (ENSHGLG00000017301) ENSHGLG00000047974 ENSHGLG00000047472 BDH1 (ENSHGLG00000010935) ENSHGLG00000035548 ENSHGLG00000019980 ##22 PPP1R2 (ENSHGLG00000011888) ACAP2 (ENSHGLG00000012258) XXYLT1 (ENSHGLG00000012615) ENSHGLG00000032092 ENSHGLG00000033234 FAM43A (ENSHGLG00000049644) LSG1 (ENSHGLG00000017390) ATP13A3 (ENSHGLG00000017411) GP5 (ENSHGLG00000038390) LRRC15 (ENSHGLG00000017428) CPN2 (ENSHGLG00000045241) ENSHGLG00000040383 HES1 (ENSHGLG00000032453) OPA1 (ENSHGLG00000017084) ATP13A4 (ENSHGLG00000017044) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 17 ENSHGLG00000003916 ENSHGLG00000003008 ENSHGLG00000007875 ENSHGLG00000009221 PTPDC1 (ENSHGLG00000002865) ENSHGLG00000003466 ENSHGLG00000048848 ENSHGLG00000048279 ENSHGLG00000042300 ENSHGLG00000032949 FAM120A (ENSHGLG00000006314) ENSHGLG00000042241 ENSHGLG00000041637 ENSHGLG00000041105 WNK2 (ENSHGLG00000006602) ENSHGLG00000011629 ##22 NINJ1 (ENSHGLG00000046840) CARD19 (ENSHGLG00000036319) SUSD3 (ENSHGLG00000017913) FGD3 (ENSHGLG00000017946) ENSHGLG00000033729 ENSHGLG00000036816 ENSHGLG00000040445 ENSHGLG00000046071 ECM2 (ENSHGLG00000008935) ASPN (ENSHGLG00000010675) ENSHGLG00000011071 ENSHGLG00000006659 ENSHGLG00000047003 ENSHGLG00000046096 ENSHGLG00000038940 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 118 IL17F (ENSCLAG00000011803) MCM3 (ENSCLAG00000015905) PAQR8 (ENSCLAG00000017940) EFHC1 (ENSCLAG00000017038) TRAM2 (ENSCLAG00000012768) TMEM14A (ENSCLAG00000012364) ENSCLAG00000011460 ENSCLAG00000011232 ENSCLAG00000015569 ENSCLAG00000015281 SMOC2 (ENSCLAG00000014318) THBS2 (ENSCLAG00000015165) WDR27 (ENSCLAG00000008515) C6orf120 (ENSCLAG00000013630) PHF10 (ENSCLAG00000012283) ENSCLAG00000011269 ##22 ERMARD (ENSCLAG00000010666) DLL1 (ENSCLAG00000012564) FAM120B (ENSCLAG00000014467) PSMB1 (ENSCLAG00000010944) TBP (ENSCLAG00000010054) PDCD2 (ENSCLAG00000009531) ENSCLAG00000009706 ENSCLAG00000012277 CILK1 (ENSCLAG00000011418) FBXO9 (ENSCLAG00000008452) GCM1 (ENSCLAG00000010389) ELOVL5 (ENSCLAG00000010843) GCLC (ENSCLAG00000008717) KLHL31 (ENSCLAG00000009090) LRRC1 (ENSCLAG00000012395) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b.b ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 129 SYT13 (ENSCLAG00000014302) PRDM11 (ENSCLAG00000015369) TP53I11 (ENSCLAG00000013412) TSPAN18 (ENSCLAG00000013370) CD82 (ENSCLAG00000013557) ALX4 (ENSCLAG00000013928) EXT2 (ENSCLAG00000014428) C11orf96 (ENSCLAG00000018096) ALKBH3 (ENSCLAG00000016579) HSD17B12 (ENSCLAG00000016216) TTC17 (ENSCLAG00000012857) API5 (ENSCLAG00000013707) ENSCLAG00000015133 LRRC4C (ENSCLAG00000015479) ENSCLAG00000013706 ENSCLAG00000017889 ##22 IFTAP (ENSCLAG00000016504) RAG2 (ENSCLAG00000016493) RAG1 (ENSCLAG00000015510) TRAF6 (ENSCLAG00000015588) PRR5L (ENSCLAG00000015373) COMMD9 (ENSCLAG00000014761) LDLRAD3 (ENSCLAG00000013692) TRIM44 (ENSCLAG00000014212) FJX1 (ENSCLAG00000014978) PAMR1 (ENSCLAG00000014744) SLC1A2 (ENSCLAG00000014237) ENSCLAG00000015376 PDHX (ENSCLAG00000014466) APIP (ENSCLAG00000014703) EHF (ENSCLAG00000017235) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 56 PALS2 (ENSODEG00000007676) ENSODEG00000007712 OSBPL3 (ENSODEG00000008161) ENSODEG00000007611 C7orf31 (ENSODEG00000008263) ENSODEG00000011380 NPVF (ENSODEG00000009144) ENSODEG00000007198 ENSODEG00000007532 NFE2L3 (ENSODEG00000007181) ENSODEG00000008757 ENSODEG00000008405 SNX10 (ENSODEG00000007480) ENSODEG00000019395 SKAP2 (ENSODEG00000008150) ENSODEG00000009507 ##22 HOXA1 (ENSODEG00000008589) HOXA2 (ENSODEG00000009002) HOXA3 (ENSODEG00000009161) ENSODEG00000007568 HOXA5 (ENSODEG00000007850) HOXA6 (ENSODEG00000007928) HOXA7 (ENSODEG00000008762) HOXA9 (ENSODEG00000009347) ENSODEG00000009545 ENSODEG00000009794 HOXA11 (ENSODEG00000010282) HOXA13 (ENSODEG00000007693) EVX1 (ENSODEG00000007853) HIBADH (ENSODEG00000010442) ENSODEG00000007935 Degu MODERN SPECIES 120 WSCD2 (ENSODEG00000007251) FICD (ENSODEG00000006909) SART3 (ENSODEG00000008547) ENSODEG00000007790 ENSODEG00000007506 CORO1C (ENSODEG00000007444) ENSODEG00000019365 SSH1 (ENSODEG00000008770) DAO (ENSODEG00000006451) SVOP (ENSODEG00000008018) USP30 (ENSODEG00000007609) ALKBH2 (ENSODEG00000007069) UNG (ENSODEG00000006529) ENSODEG00000006277 ENSODEG00000006437 ENSODEG00000009630 ##22 ENSODEG00000006773 ENSODEG00000006798 ENSODEG00000006462 OASL (ENSODEG00000006970) C12orf43 (ENSODEG00000006506) HNF1A (ENSODEG00000007197) ENSODEG00000006851 SPPL3 (ENSODEG00000007014) ACADS (ENSODEG00000008710) UNC119B (ENSODEG00000006951) MLEC (ENSODEG00000006857) ENSODEG00000006509 ENSODEG00000006549 RNF10 (ENSODEG00000007815) COQ5 (ENSODEG00000006329) Degu MODERN SPECIES 44 DSC2 (ENSODEG00000018413) DSC1 (ENSODEG00000018325) DSG1 (ENSODEG00000018310) DSG4 (ENSODEG00000018468) DSG3 (ENSODEG00000018316) ENSODEG00000018312 TTR (ENSODEG00000018347) B4GALT6 (ENSODEG00000018324) ENSODEG00000018411 ENSODEG00000018406 ENSODEG00000018452 MEP1B (ENSODEG00000018454) GAREM1 (ENSODEG00000018355) ENSODEG00000018292 KLHL14 (ENSODEG00000018307) ENSODEG00000020529 ##22 ASXL3 (ENSODEG00000018431) NOL4 (ENSODEG00000018414) ENSODEG00000018326 DTNA (ENSODEG00000018476) MAPRE2 (ENSODEG00000018430) ZNF397 (ENSODEG00000018455) ENSODEG00000018301 ENSODEG00000018345 ZNF24 (ENSODEG00000018328) ENSODEG00000020539 ENSODEG00000018420 ENSODEG00000018453 ENSODEG00000018436 ENSODEG00000020532 GALNT1 (ENSODEG00000018395) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 371 ENSJJAG00000000230 ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 360 Ribc1 (ENSMOCG00000014134) Smc1a (ENSMOCG00000016110) Iqsec2 (ENSMOCG00000014030) Kdm5c (ENSMOCG00000012222) Tspyl2 (ENSMOCG00000017617) Gpr173 (ENSMOCG00000000318) Cldn34a (ENSMOCG00000006440) Gpr143 (ENSMOCG00000012839) ENSMOCG00000005167 Uba1 (ENSMOCG00000016465) Rbm10 (ENSMOCG00000022485) Ndufb11 (ENSMOCG00000013805) ENSMOCG00000010653 Rgn (ENSMOCG00000015014) Jade3 (ENSMOCG00000019995) ENSMOCG00000008729 ##22 ENSMOCG00000013860 Rp2 (ENSMOCG00000016566) ENSMOCG00000018475 Slc9a7 (ENSMOCG00000023006) Chst7 (ENSMOCG00000008581) ENSMOCG00000010437 ENSMOCG00000020253 ENSMOCG00000010334 ENSMOCG00000001151 Dipk2b (ENSMOCG00000000808) Kdm6a (ENSMOCG00000017535) ENSMOCG00000023016 Dusp21 (ENSMOCG00000003078) Fundc1 (ENSMOCG00000022023) Efhc2 (ENSMOCG00000021878) Prairie vole MODERN SPECIES 94 Srek1ip1 (ENSMOCG00000018975) Cwc27 (ENSMOCG00000001833) Adamts6 (ENSMOCG00000013917) Cenpk (ENSMOCG00000019943) Ppwd1 (ENSMOCG00000000551) Trim23 (ENSMOCG00000018771) Trappc13 (ENSMOCG00000016517) Sgtb (ENSMOCG00000019258) Nln (ENSMOCG00000002226) Erbin (ENSMOCG00000000147) ENSMOCG00000001536 ENSMOCG00000001818 ENSMOCG00000019711 Cd180 (ENSMOCG00000002057) Pik3r1 (ENSMOCG00000002843) ENSMOCG00000017918 ##22 Slc30a5 (ENSMOCG00000017446) ENSMOCG00000005601 Cenph (ENSMOCG00000013473) ENSMOCG00000004070 Cdk7 (ENSMOCG00000001992) ENSMOCG00000016763 ENSMOCG00000016275 ENSMOCG00000011786 Rad17 (ENSMOCG00000015264) Marveld2 (ENSMOCG00000014896) ENSMOCG00000003438 ENSMOCG00000000565 ENSMOCG00000016525 ENSMOCG00000012698 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 788 Fgf13 (ENSMAUG00000008666) Magea13 (ENSMAUG00000019340) Zic3 (ENSMAUG00000009402) Gpr101 (ENSMAUG00000000743) Tm9sf5 (ENSMAUG00000018307) Rbmx (ENSMAUG00000019654) ENSMAUG00000008083 Cd40lg (ENSMAUG00000019910) Vgll1 (ENSMAUG00000019769) Htatsf1 (ENSMAUG00000007235) Brs3 (ENSMAUG00000019309) ENSMAUG00000011586 ENSMAUG00000000915 Map7d3 (ENSMAUG00000000471) Fhl1 (ENSMAUG00000014161) ENSMAUG00000019556 ##22 ENSMAUG00000017424 ENSMAUG00000016024 ENSMAUG00000012472 Ints6l (ENSMAUG00000011393) ENSMAUG00000009462 Zfp449 (ENSMAUG00000018623) Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 160 Fam229b (ENSCGRG00001012149) Tube1 (ENSCGRG00001012631) Ccn6 (ENSCGRG00001011722) ENSCGRG00001014335 ENSCGRG00001012299 Fyn (ENSCGRG00001013292) Traf3ip2 (ENSCGRG00001022894) Rev3l (ENSCGRG00001006588) Mfsd4b4 (ENSCGRG00001018700) ENSCGRG00001019786 ENSCGRG00001021041 Mfsd4b5 (ENSCGRG00001023659) ENSCGRG00001000675 ENSCGRG00001001576 Slc16a10 (ENSCGRG00001004043) ENSCGRG00001014458 ##22 ENSCGRG00001007331 Gtf3c6 (ENSCGRG00001010188) ENSCGRG00001010501 Cdk19 (ENSCGRG00001013081) ENSCGRG00001006339 ENSCGRG00001008723 Slc22a16 (ENSCGRG00001010111) Ddo (ENSCGRG00001010313) Mettl24 (ENSCGRG00001012045) Cdc40 (ENSCGRG00001012490) Wasf1 (ENSCGRG00001013706) Gpr6 (ENSCGRG00001015004) Fig4 (ENSCGRG00001015893) ENSCGRG00001017899 Zbtb24 (ENSCGRG00001019499) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 184 Klhl2 (ENSCGRG00001024220) Tmem192 (ENSCGRG00001004418) ENSCGRG00001002342 Trim61 (ENSCGRG00001008597) Apela (ENSCGRG00001009208) Smim31 (ENSCGRG00001010073) Marchf1 (ENSCGRG00001015013) Tma16 (ENSCGRG00001017111) Tktl2 (ENSCGRG00001003220) Npy5r (ENSCGRG00001001699) Npy1r (ENSCGRG00001017400) Naf1 (ENSCGRG00001018484) Nat1 (ENSCGRG00001019576) Nat2 (ENSCGRG00001001166) Psd3 (ENSCGRG00001003130) ENSCGRG00001000640 ##22 Sh2d4a (ENSCGRG00001003728) Csgalnact1 (ENSCGRG00001009227) Ints10 (ENSCGRG00001014805) Lpl (ENSCGRG00001017386) Slc18a1 (ENSCGRG00001019831) Atp6v1b2 (ENSCGRG00001020889) Lzts1 (ENSCGRG00001000408) ENSCGRG00001001789 ENSCGRG00001004829 ENSCGRG00001012076 ENSCGRG00001012409 ENSCGRG00001000605 ENSCGRG00001002386 Zfp709 (ENSCGRG00001006005) ENSCGRG00001008064 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 44 MKLN1 (ENSSBOG00000033694) PODXL (ENSSBOG00000036080) PLXNA4 (ENSSBOG00000021720) CHCHD3 (ENSSBOG00000023082) EXOC4 (ENSSBOG00000029338) LRGUK (ENSSBOG00000026439) SLC35B4 (ENSSBOG00000021634) ENSSBOG00000032642 AKR1B10 (ENSSBOG00000029013) BPGM (ENSSBOG00000012638) CALD1 (ENSSBOG00000019974) AGBL3 (ENSSBOG00000003499) CYREN (ENSSBOG00000028875) WDR91 (ENSSBOG00000035597) STRA8 (ENSSBOG00000033188) ENSSBOG00000025530 ##22 CNOT4 (ENSSBOG00000020808) NUP205 (ENSSBOG00000034990) STMP1 (ENSSBOG00000022931) SLC13A4 (ENSSBOG00000023042) FAM180A (ENSSBOG00000020108) ENSSBOG00000020941 MTPN (ENSSBOG00000020347) Mas night monkey MODERN SPECIES 805 LIG3 (ENSANAG00000027289) RFFL (ENSANAG00000024559) RAD51D (ENSANAG00000026327) FNDC8 (ENSANAG00000038020) NLE1 (ENSANAG00000029916) UNC45B (ENSANAG00000029104) ENSANAG00000018728 ENSANAG00000020029 ##22 ENSANAG00000019510 SLFN5 (ENSANAG00000020516) SLFN11 (ENSANAG00000018777) ENSANAG00000038116 SLFN14 (ENSANAG00000038117) PEX12 (ENSANAG00000007379) ENSANAG00000019452 RASL10B (ENSANAG00000022158) GAS2L2 (ENSANAG00000029020) C17orf50 (ENSANAG00000033358) MMP28 (ENSANAG00000037562) TAF15 (ENSANAG00000020904) HEATR9 (ENSANAG00000034198) ENSANAG00000038037 RDM1 (ENSANAG00000032752) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2235 ENSRBIG00000028042 ENSRBIG00000033527 ##22 CNIH3 (ENSRBIG00000003860) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Gibbon MODERN SPECIES 4 RAB1A (ENSNLEG00000009944) ENSNLEG00000009939 SLC1A4 (ENSNLEG00000009927) SERTAD2 (ENSNLEG00000029151) ENSNLEG00000009923 AFTPH (ENSNLEG00000009902) LGALSL (ENSNLEG00000031680) ENSNLEG00000028443 PELI1 (ENSNLEG00000009891) VPS54 (ENSNLEG00000009859) UGP2 (ENSNLEG00000031494) ENSNLEG00000035245 MDH1 (ENSNLEG00000009823) WDPCP (ENSNLEG00000009810) OTX1 (ENSNLEG00000009808) ENSNLEG00000027460 ##22 EHBP1 (ENSNLEG00000009764) TMEM17 (ENSNLEG00000009759) B3GNT2 (ENSNLEG00000035442) COMMD1 (ENSNLEG00000033234) CCT4 (ENSNLEG00000009723) FAM161A (ENSNLEG00000009719) XPO1 (ENSNLEG00000009680) USP34 (ENSNLEG00000009598) ENSNLEG00000027829 ENSNLEG00000034163 C2orf74 (ENSNLEG00000009582) SANBR (ENSNLEG00000009560) PEX13 (ENSNLEG00000009552) PUS10 (ENSNLEG00000009527) ENSNLEG00000035207 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bonobo MODERN SPECIES ERICH3 (ENSPPAG00000032285) CRYZ (ENSPPAG00000042710) TYW3 (ENSPPAG00000043438) LHX8 (ENSPPAG00000036431) SLC44A5 (ENSPPAG00000029429) ENSPPAG00000027778 ACADM (ENSPPAG00000036005) ENSPPAG00000002504 RABGGTB (ENSPPAG00000033708) MSH4 (ENSPPAG00000036948) ASB17 (ENSPPAG00000039777) ST6GALNAC3 (ENSPPAG00000029808) ENSPPAG00000033182 ST6GALNAC5 (ENSPPAG00000025247) PIGK (ENSPPAG00000039870) ENSPPAG00000038452 ##22 AK5 (ENSPPAG00000033952) ZZZ3 (ENSPPAG00000039210) USP33 (ENSPPAG00000043017) MIGA1 (ENSPPAG00000034093) NEXN (ENSPPAG00000031451) ENSPPAG00000038243 DNAJB4 (ENSPPAG00000035241) GIPC2 (ENSPPAG00000038573) PTGFR (ENSPPAG00000034207) IFI44L (ENSPPAG00000032207) ENSPPAG00000008179 IFI44 (ENSPPAG00000043212) ENSPPAG00000043937 ADGRL4 (ENSPPAG00000044128) ENSPPAG00000036091 Chimpanzee MODERN SPECIES 6 BBS4 (ENSPTRG00000007255) HIGD2B (ENSPTRG00000007254) ARIH1 (ENSPTRG00000007253) TMEM202 (ENSPTRG00000007252) ENSPTRG00000047854 HEXA (ENSPTRG00000007249) CELF6 (ENSPTRG00000034360) PARP6 (ENSPTRG00000007247) PKM (ENSPTRG00000007246) GRAMD2A (ENSPTRG00000007245) SENP8 (ENSPTRG00000043107) ENSPTRG00000045341 MYO9A (ENSPTRG00000007243) ENSPTRG00000042780 NR2E3 (ENSPTRG00000007242) ENSPTRG00000046782 ##22 ENSPTRG00000047359 THSD4 (ENSPTRG00000007240) CT62 (ENSPTRG00000039639) ENSPTRG00000046296 THAP10 (ENSPTRG00000007235) LRRC49 (ENSPTRG00000007236) LARP6 (ENSPTRG00000007234) UACA (ENSPTRG00000007232) TLE3 (ENSPTRG00000007231) RPLP1 (ENSPTRG00000007228) ENSPTRG00000043652 KIF23 (ENSPTRG00000007227) PAQR5 (ENSPTRG00000040959) GLCE (ENSPTRG00000007224) NOX5 (ENSPTRG00000007222) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 12 ENSRFEG00010010950 PTPN12 (ENSRFEG00010010747) RSBN1L (ENSRFEG00010010498) TMEM60 (ENSRFEG00010021369) PHTF2 (ENSRFEG00010021314) MAGI2 (ENSRFEG00010020887) GNAI1 (ENSRFEG00010020744) GNAT3 (ENSRFEG00010020704) CD36 (ENSRFEG00010020627) SEMA3C (ENSRFEG00010020579) HGF (ENSRFEG00010020505) CACNA2D1 (ENSRFEG00010020354) PCLO (ENSRFEG00010020254) SEMA3E (ENSRFEG00010020186) SEMA3A (ENSRFEG00010020164) ENSRFEG00010020136 ##22 SEMA3D (ENSRFEG00010020106) GRM3 (ENSRFEG00010020073) ELAPOR2 (ENSRFEG00010019853) ENSRFEG00010019808 DMTF1 (ENSRFEG00010019725) TMEM243 (ENSRFEG00010019699) CROT (ENSRFEG00010019641) ABCB1 (ENSRFEG00010019441) RUNDC3B (ENSRFEG00010019270) SLC25A40 (ENSRFEG00010019219) ENSRFEG00010019125 ADAM22 (ENSRFEG00010018979) SRI (ENSRFEG00010018884) STEAP4 (ENSRFEG00010018812) TEX47 (ENSRFEG00010018787) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES ENSAMEG00000027782 BCHE (ENSAMEG00000007861) ENSAMEG00000025426 ZBBX (ENSAMEG00000006885) SERPINI2 (ENSAMEG00000002206) WDR49 (ENSAMEG00000002198) PDCD10 (ENSAMEG00000002181) SERPINI1 (ENSAMEG00000002160) GOLIM4 (ENSAMEG00000002129) MECOM (ENSAMEG00000002052) ACTRT3 (ENSAMEG00000002050) MYNN (ENSAMEG00000002034) LRRC34 (ENSAMEG00000002009) LRRIQ4 (ENSAMEG00000002005) LRRC31 (ENSAMEG00000004595) ENSAMEG00000024138 ##22 SAMD7 (ENSAMEG00000004606) SEC62 (ENSAMEG00000004609) ENSAMEG00000026594 GPR160 (ENSAMEG00000019438) PHC3 (ENSAMEG00000004625) PRKCI (ENSAMEG00000004662) SKIL (ENSAMEG00000004676) CLDN11 (ENSAMEG00000029228) SLC7A14 (ENSAMEG00000004703) ENSAMEG00000004730 EIF5A2 (ENSAMEG00000025642) SLC2A2 (ENSAMEG00000004758) TNIK (ENSAMEG00000004798) PLD1 (ENSAMEG00000000864) TMEM212 (ENSAMEG00000000944) Giant Panda MODERN SPECIES 1202 ENSAMEG00000027996 ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 195 ENSMPUG00000000923 HAUS1 (ENSMPUG00000000919) C18orf25 (ENSMPUG00000000916) RNF165 (ENSMPUG00000000899) #36 LOXHD1 (ENSMPUG00000000881) #35 ST8SIA5 (ENSMPUG00000000867) PIAS2 (ENSMPUG00000000861) #34 KATNAL2 (ENSMPUG00000000857) #32 HDHD2 (ENSMPUG00000000855) #31 ENSMPUG00000000851 SMAD2 (ENSMPUG00000000850) #29 ZBTB7C (ENSMPUG00000000848) #28 CTIF (ENSMPUG00000000844) #27 SMAD7 (ENSMPUG00000000842) #26 DYM (ENSMPUG00000000838) #24 ENSMPUG00000000819 ##22 ENSMPUG00000000801 ##22 LIPG (ENSMPUG00000000750) #21 ACAA2 (ENSMPUG00000000749) #19 MYO5B (ENSMPUG00000000748) #18 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Dog MODERN SPECIES 1 KCNMB4 (ENSCAFG00845019977) CNOT2 (ENSCAFG00845019498) MYRFL (ENSCAFG00845018692) RAB3IP (ENSCAFG00845018149) BEST3 (ENSCAFG00845017873) ENSCAFG00845017815 LRRC10 (ENSCAFG00845017783) CCT2 (ENSCAFG00845017606) FRS2 (ENSCAFG00845017484) YEATS4 (ENSCAFG00845017320) LYZ (ENSCAFG00845017223) ENSCAFG00845017170 ENSCAFG00845017068 ENSCAFG00845017015 CPM (ENSCAFG00845016944) ENSCAFG00845016874 ##22 MDM2 (ENSCAFG00845016387) NUP107 (ENSCAFG00845014063) RAP1B (ENSCAFG00845013952) ENSCAFG00845013885 MDM1 (ENSCAFG00845013780) IL22 (ENSCAFG00845013728) IL26 (ENSCAFG00845013704) IFNG (ENSCAFG00845013680) DYRK2 (ENSCAFG00845013634) CAND1 (ENSCAFG00845013572) ENSCAFG00845013550 GRIP1 (ENSCAFG00845013018) HELB (ENSCAFG00845012872) ENSCAFG00845012852 IRAK3 (ENSCAFG00845012698) Red fox MODERN SPECIES 158 SDSL (ENSVVUG00000007925) SDS (ENSVVUG00000007943) PLBD2 (ENSVVUG00000008008) SLC8B1 (ENSVVUG00000009938) TPCN1 (ENSVVUG00000010172) IQCD (ENSVVUG00000010207) RITA1 (ENSVVUG00000010210) DDX54 (ENSVVUG00000010212) CFAP73 (ENSVVUG00000010231) RASAL1 (ENSVVUG00000010257) DTX1 (ENSVVUG00000010313) OAS2 (ENSVVUG00000010321) OAS3 (ENSVVUG00000010348) OAS1 (ENSVVUG00000010357) RPH3A (ENSVVUG00000010363) ENSVVUG00000010391 ##22 ENSVVUG00000010399 HECTD4 (ENSVVUG00000010459) ENSVVUG00000012458 TRAFD1 (ENSVVUG00000012462) NAA25 (ENSVVUG00000012553) ERP29 (ENSVVUG00000013075) TMEM116 (ENSVVUG00000013081) ENSVVUG00000013109 ENSVVUG00000013120 MAPKAPK5 (ENSVVUG00000013166) ALDH2 (ENSVVUG00000014130) ACAD10 (ENSVVUG00000015271) BRAP (ENSVVUG00000015293) ATXN2 (ENSVVUG00000016107) SH2B3 (ENSVVUG00000016126) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 lion MODERN SPECIES 11 PPIF (ENSPLOG00000009388) ZCCHC24 (ENSPLOG00000009359) ANXA11 (ENSPLOG00000009306) ENSPLOG00000009261 TMEM254 (ENSPLOG00000009112) SFTPD (ENSPLOG00000008966) ENSPLOG00000008931 ENSPLOG00000008891 MAT1A (ENSPLOG00000008835) DYDC1 (ENSPLOG00000008784) DYDC2 (ENSPLOG00000008760) PRXL2A (ENSPLOG00000008707) TSPAN14 (ENSPLOG00000008575) SH2D4B (ENSPLOG00000008503) ENSPLOG00000008484 ENSPLOG00000008457 ##22 NRG3 (ENSPLOG00000008323) ENSPLOG00000008300 ENSPLOG00000008255 ENSPLOG00000008234 GHITM (ENSPLOG00000008205) GPR15LG (ENSPLOG00000008181) CDHR1 (ENSPLOG00000008089) LRIT2 (ENSPLOG00000008047) LRIT1 (ENSPLOG00000008018) RGR (ENSPLOG00000007861) CCSER2 (ENSPLOG00000007805) GRID1 (ENSPLOG00000007714) WAPL (ENSPLOG00000022015) OPN4 (ENSPLOG00000021883) LDB3 (ENSPLOG00000021595) leopard MODERN SPECIES 23 OR2A2 (ENSPPRG00000019138) ENSPPRG00000019126 ENSPPRG00000019111 ENSPPRG00000022167 ENSPPRG00000019094 ENSPPRG00000022140 NOBOX (ENSPPRG00000022086) TPK1 (ENSPPRG00000022033) ENSPPRG00000022002 ENSPPRG00000021978 CNTNAP2 (ENSPPRG00000021920) CUL1 (ENSPPRG00000021789) EZH2 (ENSPPRG00000021506) PDIA4 (ENSPPRG00000021383) ENSPPRG00000021368 ENSPPRG00000019071 ##22 ZNF425 (ENSPPRG00000021296) ENSPPRG00000021266 ENSPPRG00000021240 ZNF282 (ENSPPRG00000021214) ZNF212 (ENSPPRG00000021175) ZNF783 (ENSPPRG00000021148) ZNF777 (ENSPPRG00000021114) ZNF746 (ENSPPRG00000021087) ZNF467 (ENSPPRG00000020845) ZNF862 (ENSPPRG00000020422) ATP6V0E2 (ENSPPRG00000020377) LRRC61 (ENSPPRG00000019060) RARRES2 (ENSPPRG00000020325) REPIN1 (ENSPPRG00000020288) ZNF775 (ENSPPRG00000020256) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Alpaca MODERN SPECIES 4978 ENSVPAG00000003481 ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 305 IAH1 (ENSMMNG00015007332) ADAM17 (ENSMMNG00015007247) YWHAQ (ENSMMNG00015007193) TAF1B (ENSMMNG00015007142) GRHL1 (ENSMMNG00015007097) KLF11 (ENSMMNG00015007075) CYS1 (ENSMMNG00015007058) ENSMMNG00015007031 HPCAL1 (ENSMMNG00015007009) ENSMMNG00015006983 NOL10 (ENSMMNG00015006937) ATP6V1C2 (ENSMMNG00015006876) PDIA6 (ENSMMNG00015006773) KCNF1 (ENSMMNG00015006742) SLC66A3 (ENSMMNG00015006697) ENSMMNG00015006662 ##22 ROCK2 (ENSMMNG00015006633) E2F6 (ENSMMNG00015006595) ENSMMNG00015006580 GREB1 (ENSMMNG00015006496) NTSR2 (ENSMMNG00015006444) LPIN1 (ENSMMNG00015006305) ENSMMNG00015006235 TRIB2 (ENSMMNG00015006221) ENSMMNG00015006201 LRATD1 (ENSMMNG00015006182) NBAS (ENSMMNG00015005986) DDX1 (ENSMMNG00015005859) ENSMMNG00015005828 ENSMMNG00015005811 ENSMMNG00015005798 Beluga whale MODERN SPECIES 37 ADAM17 (ENSDLEG00000004858) YWHAQ (ENSDLEG00000004846) TAF1B (ENSDLEG00000004806) GRHL1 (ENSDLEG00000004790) KLF11 (ENSDLEG00000004778) CYS1 (ENSDLEG00000004756) ENSDLEG00000004724 HPCAL1 (ENSDLEG00000004713) ODC1 (ENSDLEG00000004685) NOL10 (ENSDLEG00000004668) ATP6V1C2 (ENSDLEG00000004632) PDIA6 (ENSDLEG00000004606) KCNF1 (ENSDLEG00000004602) PQLC3 (ENSDLEG00000004589) ENSDLEG00000004566 ENSDLEG00000004551 ##22 ENSDLEG00000004536 E2F6 (ENSDLEG00000004522) GREB1 (ENSDLEG00000004506) NTSR2 (ENSDLEG00000004495) LPIN1 (ENSDLEG00000004420) ENSDLEG00000004406 TRIB2 (ENSDLEG00000004400) ENSDLEG00000004393 ENSDLEG00000004388 FAM84A (ENSDLEG00000004385) NBAS (ENSDLEG00000004320) DDX1 (ENSDLEG00000004022) ENSDLEG00000003947 ENSDLEG00000003941 MYCN (ENSDLEG00000003931) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 17 CYTH4 (ENSPCTG00005006948) ELFN2 (ENSPCTG00005007175) MFNG (ENSPCTG00005007210) ENSPCTG00005007291 ENSPCTG00005007305 LGALS1 (ENSPCTG00005007326) NOL12 (ENSPCTG00005007352) ENSPCTG00005007373 ENSPCTG00005007394 ENSPCTG00005007427 ENSPCTG00005007579 KCNJ4 (ENSPCTG00005007882) KDELR3 (ENSPCTG00005007902) DDX17 (ENSPCTG00005007944) DMC1 (ENSPCTG00005007974) ENSPCTG00005008062 ##22 FAM227A (ENSPCTG00005008086) CBY1 (ENSPCTG00005008189) SUN2 (ENSPCTG00005008220) DNAL4 (ENSPCTG00005008327) ENSPCTG00005008353 ENSPCTG00005008379 ENSPCTG00005008449 SYNGR1 (ENSPCTG00005009002) TAB1 (ENSPCTG00005009063) MGAT3 (ENSPCTG00005009122) ENTHD1 (ENSPCTG00005009147) CACNA1I (ENSPCTG00005009256) TNRC6B (ENSPCTG00005009548) ADSL (ENSPCTG00005010119) SGSM3 (ENSPCTG00005010825) Sperm whale MODERN SPECIES 520 ENSPCTG00005018410 ##22 NR1D1 (ENSPCTG00005018363) THRA (ENSPCTG00005018305) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 31 ACSL3 (ENSCHYG00000022341) KCNE4 (ENSCHYG00000022309) SCG2 (ENSCHYG00000022276) AP1S3 (ENSCHYG00000022169) WDFY1 (ENSCHYG00000022020) MRPL44 (ENSCHYG00000021987) SERPINE2 (ENSCHYG00000021898) FAM124B (ENSCHYG00000021856) CUL3 (ENSCHYG00000021376) CCDC195 (ENSCHYG00000021314) DOCK10 (ENSCHYG00000020928) NYAP2 (ENSCHYG00000020801) ENSCHYG00000020734 ENSCHYG00000020698 IRS1 (ENSCHYG00000020656) ENSCHYG00000020613 ##22 RHBDD1 (ENSCHYG00000020452) COL4A4 (ENSCHYG00000018791) ENSCHYG00000018528 ENSCHYG00000017266 TM4SF20 (ENSCHYG00000017177) AGFG1 (ENSCHYG00000016822) ENSCHYG00000016720 ENSCHYG00000016686 ENSCHYG00000016605 ENSCHYG00000016581 SCYGR8 (ENSCHYG00000016560) CCL20 (ENSCHYG00000016439) ENSCHYG00000016318 SPHKAP (ENSCHYG00000016080) PID1 (ENSCHYG00000015891) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 11 MISFA (ENSCHYG00000017128) SPTY2D1 (ENSCHYG00000017059) TMEM86A (ENSCHYG00000017014) PTPN5 (ENSCHYG00000016835) ENSCHYG00000016803 ZDHHC13 (ENSCHYG00000016429) CSRP3 (ENSCHYG00000016300) E2F8 (ENSCHYG00000016190) NAV2 (ENSCHYG00000011779) DBX1 (ENSCHYG00000011489) ENSCHYG00000011455 ENSCHYG00000011190 PRMT3 (ENSCHYG00000010820) SLC6A5 (ENSCHYG00000010711) NELL1 (ENSCHYG00000010475) ENSCHYG00000010427 ##22 ANO5 (ENSCHYG00000009862) SLC17A6 (ENSCHYG00000009689) FANCF (ENSCHYG00000009636) GAS2 (ENSCHYG00000009479) ENSCHYG00000009425 CCDC179 (ENSCHYG00000009380) ENSCHYG00000009355 ENSCHYG00000009321 ENSCHYG00000009185 ENSCHYG00000009058 ENSCHYG00000008843 ENSCHYG00000004057 PAK1 (ENSCHYG00000004009) AQP11 (ENSCHYG00000003991) CLNS1A (ENSCHYG00000003949) Yarkand deer MODERN SPECIES 3 ENSCHYG00000006497 RPS6KL1 (ENSCHYG00000006336) DLST (ENSCHYG00000006173) PROX2 (ENSCHYG00000006125) YLPM1 (ENSCHYG00000005805) FCF1 (ENSCHYG00000005712) AREL1 (ENSCHYG00000005628) ENSCHYG00000005614 LTBP2 (ENSCHYG00000005208) ISCA2 (ENSCHYG00000004587) ENSCHYG00000004570 SYNDIG1L (ENSCHYG00000023714) VRTN (ENSCHYG00000023697) ABCD4 (ENSCHYG00000023537) VSX2 (ENSCHYG00000023493) ENSCHYG00000023471 ##22 LIN52 (ENSCHYG00000023413) ALDH6A1 (ENSCHYG00000023203) BBOF1 (ENSCHYG00000023091) ENTPD5 (ENSCHYG00000022954) COQ6 (ENSCHYG00000022859) FAM161B (ENSCHYG00000022799) ZNF410 (ENSCHYG00000022523) PTGR2 (ENSCHYG00000022406) MIDEAS (ENSCHYG00000022251) PNMA1 (ENSCHYG00000022219) DNAL1 (ENSCHYG00000022094) ACOT6 (ENSCHYG00000021951) RIOX1 (ENSCHYG00000021826) HEATR4 (ENSCHYG00000021581) NUMB (ENSCHYG00000021106) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 252 ENSMMSG00000014144 ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 26 UNC13A (ENSCHIG00000010742) MAP1S (ENSCHIG00000019831) FCHO1 (ENSCHIG00000018069) B3GNT3 (ENSCHIG00000025864) INSL3 (ENSCHIG00000020939) JAK3 (ENSCHIG00000009142) ENSCHIG00000025646 SLC5A5 (ENSCHIG00000020647) CCDC124 (ENSCHIG00000018622) KCNN1 (ENSCHIG00000014377) ARRDC2 (ENSCHIG00000007606) IL12RB1 (ENSCHIG00000027177) MAST3 (ENSCHIG00000026065) PIK3R2 (ENSCHIG00000005705) IFI30 (ENSCHIG00000005544) ENSCHIG00000010984 ##22 RAB3A (ENSCHIG00000007327) MPV17L2 (ENSCHIG00000025758) PDE4C (ENSCHIG00000020852) ENSCHIG00000008980 LSM4 (ENSCHIG00000010928) PGPEP1 (ENSCHIG00000026514) GDF15 (ENSCHIG00000027142) LRRC25 (ENSCHIG00000023973) SSBP4 (ENSCHIG00000021686) ISYNA1 (ENSCHIG00000023057) ELL (ENSCHIG00000018044) FKBP8 (ENSCHIG00000013446) KXD1 (ENSCHIG00000027154) ENSCHIG00000024401 REX1BD (ENSCHIG00000025942) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 16 MBD2 (ENSBTAG00000037457) ##16 DCC (ENSBTAG00000048378) #7 ENSBTAG00000049503 MEX3C (ENSBTAG00000014886) #8 SMAD4 (ENSBTAG00000006919) #9 ELAC1 (ENSBTAG00000005683) #10 ME2 (ENSBTAG00000016269) #11 MRO (ENSBTAG00000047635) #12 MAPK4 (ENSBTAG00000009907) #13 SKA1 (ENSBTAG00000018216) #14 CXXC1 (ENSBTAG00000021884) #15 MBD1 (ENSBTAG00000003801) #16 MYO5B (ENSBTAG00000019455) #18 ACAA2 (ENSBTAG00000002863) #19 LIPG (ENSBTAG00000048916) #21 RPL17 (ENSBTAG00000022902) ##22 C24H18orf32 (ENSBTAG00000021334) #23 DYM (ENSBTAG00000000024) #24 SMAD7 (ENSBTAG00000012441) #26 CTIF (ENSBTAG00000018901) #27 ZBTB7C (ENSBTAG00000013306) #28 SMAD2 (ENSBTAG00000039916) #29 SKOR2 (ENSBTAG00000032962) IER3IP1 (ENSBTAG00000032961) #30 HDHD2 (ENSBTAG00000011893) #31 KATNAL2 (ENSBTAG00000019331) #32 ENSBTAG00000047547 PIAS2 (ENSBTAG00000007833) #34 ST8SIA5 (ENSBTAG00000001770) LOXHD1 (ENSBTAG00000015210) #35 ENSBTAG00000048422 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2650 ATAD2 (ENSDNOG00000044383) ENSDNOG00000039877 NTAQ1 (ENSDNOG00000041867) FBXO32 (ENSDNOG00000012410) KLHL38 (ENSDNOG00000042298) ANXA13 (ENSDNOG00000012437) ENSDNOG00000040404 FAM91A1 (ENSDNOG00000031614) FER1L6 (ENSDNOG00000024981) ENSDNOG00000049776 ENSDNOG00000015725 ##22 ENSDNOG00000048580 ENSDNOG00000049373 ENSDNOG00000048521 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00950000183010.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 koala MODERN SPECIES 22 LIPG (ENSPCIG00000028229) #21 ENSPCIG00000028230 ##22 C18orf32 (ENSPCIG00000032291) #23 DYM (ENSPCIG00000031532) #24 SMAD7 (ENSPCIG00000019168) #26 CTIF (ENSPCIG00000026247) #27 ZBTB7C (ENSPCIG00000015685) #28 SMAD2 (ENSPCIG00000015690) #29 SKOR2 (ENSPCIG00000006700) IER3IP1 (ENSPCIG00000033187) #30 HDHD2 (ENSPCIG00000006706) #31 KATNAL2 (ENSPCIG00000006712) #32 PIAS2 (ENSPCIG00000006717) #34 ENSPCIG00000006722 ENSPCIG00000006735 #35 RNF165 (ENSPCIG00000006802) #36 C18orf25 (ENSPCIG00000006809) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Microbat MODERN SPECIES 950 ENSMLUG00000024130 TNMD (ENSMLUG00000015840) TSPAN6 (ENSMLUG00000008238) SRPX2 (ENSMLUG00000002315) ENSMLUG00000028335 SYTL4 (ENSMLUG00000002322) CSTF2 (ENSMLUG00000004598) NOX1 (ENSMLUG00000004839) XKRX (ENSMLUG00000001968) ENSMLUG00000017665 ENSMLUG00000027055 TRMT2B (ENSMLUG00000016928) TMEM35A (ENSMLUG00000016932) CENPI (ENSMLUG00000016934) DRP2 (ENSMLUG00000017463) ENSMLUG00000025821 ##22 TAF7L (ENSMLUG00000017465) ENSMLUG00000004335 BTK (ENSMLUG00000004336) GLA (ENSMLUG00000004352) HNRNPH2 (ENSMLUG00000022366) ENSMLUG00000011759 ARMCX6 (ENSMLUG00000011931) ARMCX3 (ENSMLUG00000022956) ARMCX2 (ENSMLUG00000008986) ENSMLUG00000001104 ZMAT1 (ENSMLUG00000004417) ENSMLUG00000022272 BEX5 (ENSMLUG00000010729) ENSMLUG00000011810 GPRASP2 (ENSMLUG00000008246) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Dingo MODERN SPECIES 277 RBM46 (ENSCAFG00020002468) LRAT (ENSCAFG00020002463) ENSCAFG00020002457 FGG (ENSCAFG00020002432) ENSCAFG00020002422 ENSCAFG00020002417 FGB (ENSCAFG00020002385) PLRG1 (ENSCAFG00020002361) DCHS2 (ENSCAFG00020002344) SFRP2 (ENSCAFG00020002334) ENSCAFG00020002333 RNF175 (ENSCAFG00020002322) TLR2 (ENSCAFG00020002318) TMEM131L (ENSCAFG00020001730) ENSCAFG00020001589 ENSCAFG00020001580 ##22 MND1 (ENSCAFG00020001543) TRIM2 (ENSCAFG00020001512) ENSCAFG00020001503 FHDC1 (ENSCAFG00020001445) ARFIP1 (ENSCAFG00020001430) TIGD4 (ENSCAFG00020001422) ENSCAFG00020026770 ENSCAFG00020026769 FBXW7 (ENSCAFG00020026731) ENSCAFG00020026719 GATB (ENSCAFG00020026686) FHIP1A (ENSCAFG00020026678) ENSCAFG00020026675 PRSS48 (ENSCAFG00020026672) SH3D19 (ENSCAFG00020026668) Red fox MODERN SPECIES 15 STK39 (ENSVVUG00000016764) B3GALT1 (ENSVVUG00000016791) ENSVVUG00000016812 ENSVVUG00000016892 SCN7A (ENSVVUG00000016900) SCN9A (ENSVVUG00000016916) SCN1A (ENSVVUG00000016933) ENSVVUG00000016952 TTC21B (ENSVVUG00000016961) GALNT3 (ENSVVUG00000016983) CSRNP3 (ENSVVUG00000017006) SCN2A (ENSVVUG00000017010) ENSVVUG00000017045 ENSVVUG00000017988 SLC38A11 (ENSVVUG00000018504) ENSVVUG00000018507 ##22 ENSVVUG00000018510 COBLL1 (ENSVVUG00000018514) GRB14 (ENSVVUG00000018522) ENSVVUG00000018527 ENSVVUG00000018533 KCNH7 (ENSVVUG00000018551) GCA (ENSVVUG00000018566) IFIH1 (ENSVVUG00000018569) FAP (ENSVVUG00000018581) GCG (ENSVVUG00000018587) DPP4 (ENSVVUG00000018592) SLC4A10 (ENSVVUG00000018604) TBR1 (ENSVVUG00000018643) PSMD14 (ENSVVUG00000018654) ENSVVUG00000018659 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cat MODERN SPECIES 239 HOOK1 (ENSFCAG00000018198) CYP2J2 (ENSFCAG00000011145) C1orf87 (ENSFCAG00000011149) NFIA (ENSFCAG00000005997) TM2D1 (ENSFCAG00000000772) PATJ (ENSFCAG00000005299) L1TD1 (ENSFCAG00000042658) KANK4 (ENSFCAG00000000371) USP1 (ENSFCAG00000023269) DOCK7 (ENSFCAG00000022720) ANGPTL3 (ENSFCAG00000011284) ATG4C (ENSFCAG00000027083) ENSFCAG00000052912 ENSFCAG00000043193 FOXD3 (ENSFCAG00000045701) ENSFCAG00000025108 ##22 ALG6 (ENSFCAG00000027407) ITGB3BP (ENSFCAG00000025609) EFCAB7 (ENSFCAG00000024580) ROR1 (ENSFCAG00000013779) UBE2U (ENSFCAG00000024149) CACHD1 (ENSFCAG00000010902) RAVER2 (ENSFCAG00000022781) JAK1 (ENSFCAG00000001953) AK4 (ENSFCAG00000033540) DNAJC6 (ENSFCAG00000008367) LEPR (ENSFCAG00000011703) PDE4B (ENSFCAG00000030002) SGIP1 (ENSFCAG00000011575) DYNLT5 (ENSFCAG00000038222) DNAI4 (ENSFCAG00000023522) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig DUPLICATION Pig MODERN SPECIES 13 WNT5B (ENSSSCG00000000759) ERC1 (ENSSSCG00000000755) RAD52 (ENSSSCG00000000754) WNK1 (ENSSSCG00000000753) B4GALNT3 (ENSSSCG00000033412) CCDC77 (ENSSSCG00000000751) KDM5A (ENSSSCG00000029464) SLC6A13 (ENSSSCG00000030076) SLC6A12 (ENSSSCG00000000749) ENSSSCG00000026545 IQSEC3 (ENSSSCG00000000748) ENSSSCG00000044015 WASHC1 (ENSSSCG00000000746) DDX11 (ENSSSCG00000000745) ENSSSCG00000045517 ENSSSCG00000000744 ##22 FKBP4 (ENSSSCG00000000743) ITFG2 (ENSSSCG00000000742) NRIP2 (ENSSSCG00000000741) TEX52 (ENSSSCG00000000740) FOXM1 (ENSSSCG00000000739) RHNO1 (ENSSSCG00000000738) TULP3 (ENSSSCG00000000737) TEAD4 (ENSSSCG00000000736) TSPAN9 (ENSSSCG00000000735) TSPAN11 (ENSSSCG00000000734) PRMT8 (ENSSSCG00000000730) CRACR2A (ENSSSCG00000000732) PARP11 (ENSSSCG00000000728) CCND2 (ENSSSCG00000038694) TIGAR (ENSSSCG00000024219) Pig MODERN SPECIES PCNX4 (ENSSSCG00000005082) DHRS7 (ENSSSCG00000005083) PPM1A (ENSSSCG00000005084) C14orf39 (ENSSSCG00000005085) SIX6 (ENSSSCG00000005086) SIX1 (ENSSSCG00000005087) SIX4 (ENSSSCG00000005089) MNAT1 (ENSSSCG00000005090) TRMT5 (ENSSSCG00000024529) SLC38A6 (ENSSSCG00000005092) TMEM30B (ENSSSCG00000061900) PRKCH (ENSSSCG00000005095) HIF1A (ENSSSCG00000005096) SNAPC1 (ENSSSCG00000005097) SYT16 (ENSSSCG00000005098) ENSSSCG00000041512 ##22 ENSSSCG00000037043 ENSSSCG00000005101 ENSSSCG00000049674 ISG20 (ENSSSCG00000024867) AEN (ENSSSCG00000005102) DET1 (ENSSSCG00000005103) MRPS11 (ENSSSCG00000037343) MRPL46 (ENSSSCG00000005105) ENSSSCG00000048650 NTRK3 (ENSSSCG00000005106) ENSSSCG00000063327 AGBL1 (ENSSSCG00000036551) ENSSSCG00000051349 ESR2 (ENSSSCG00000005109) SYNE2 (ENSSSCG00000005110) Pig MODERN SPECIES 14 ENSSSCG00000051968 ENSSSCG00000059404 ENSSSCG00000053819 ENSSSCG00000024911 ENSSSCG00000030300 MT3 (ENSSSCG00000024305) MT4 (ENSSSCG00000055674) BBS2 (ENSSSCG00000025417) ZFP90 (ENSSSCG00000032372) CDH3 (ENSSSCG00000023162) CDH1 (ENSSSCG00000025652) TANGO6 (ENSSSCG00000051585) HAS3 (ENSSSCG00000049263) DERPC (ENSSSCG00000034165) ENSSSCG00000048110 ENSSSCG00000018018 ##22 UTP4 (ENSSSCG00000028638) ENSSSCG00000042299 SNTB2 (ENSSSCG00000028109) VPS4A (ENSSSCG00000025151) PDF (ENSSSCG00000062424) COG8 (ENSSSCG00000002759) NIP7 (ENSSSCG00000033741) TMED6 (ENSSSCG00000002761) TERF2 (ENSSSCG00000002762) CYB5B (ENSSSCG00000033944) NFAT5 (ENSSSCG00000002755) NQO1 (ENSSSCG00000002754) NOB1 (ENSSSCG00000002753) WWP2 (ENSSSCG00000022609) PSMD7 (ENSSSCG00000032908) Pig MODERN SPECIES 5 GLUD1 (ENSSSCG00000010368) ENSSSCG00000026339 ENSSSCG00000051357 ADIRF (ENSSSCG00000037918) SNCG (ENSSSCG00000026850) MMRN2 (ENSSSCG00000024048) ENSSSCG00000059512 BMPR1A (ENSSSCG00000010360) ENSSSCG00000060206 ENSSSCG00000010359 OPN4 (ENSSSCG00000010358) WAPL (ENSSSCG00000010357) ENSSSCG00000044759 GRID1 (ENSSSCG00000010352) ENSSSCG00000059672 ENSSSCG00000027329 ##22 CCSER2 (ENSSSCG00000010351) RGR (ENSSSCG00000010350) LRIT1 (ENSSSCG00000034402) LRIT2 (ENSSSCG00000010347) CDHR1 (ENSSSCG00000010348) GPR15LG (ENSSSCG00000024634) GHITM (ENSSSCG00000010345) ENSSSCG00000049810 NRG3 (ENSSSCG00000010344) ENSSSCG00000051331 ENSSSCG00000010343 SH2D4B (ENSSSCG00000010342) TSPAN14 (ENSSSCG00000010341) PRXL2A (ENSSSCG00000010340) DYDC2 (ENSSSCG00000010339) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 11 MYOZ2 (ENSCDRG00005004113) SYNPO2 (ENSCDRG00005004165) SEC24D (ENSCDRG00005004247) METTL14 (ENSCDRG00005004354) PRSS12 (ENSCDRG00005004405) NDST3 (ENSCDRG00005004436) TRAM1L1 (ENSCDRG00005004454) NDST4 (ENSCDRG00005004464) UGT8 (ENSCDRG00005004475) ARSJ (ENSCDRG00005004557) ENSCDRG00005004623 ANK2 (ENSCDRG00005005796) ENSCDRG00005007533 ENSCDRG00005007568 ENSCDRG00005007588 ENSCDRG00005007603 ##22 LARP7 (ENSCDRG00005007625) ENSCDRG00005007686 ENSCDRG00005007817 NEUROG2 (ENSCDRG00005007881) ALPK1 (ENSCDRG00005007933) TIFA (ENSCDRG00005008057) AP1AR (ENSCDRG00005008074) FAM241A (ENSCDRG00005008182) PITX2 (ENSCDRG00005008309) ENPEP (ENSCDRG00005008426) ELOVL6 (ENSCDRG00005008682) EGF (ENSCDRG00005008742) LRIT3 (ENSCDRG00005009270) RRH (ENSCDRG00005009398) CFI (ENSCDRG00005009663) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 6 KCNJ11 (ENSOARG00020005759) ENSOARG00020005772 NUCB2 (ENSOARG00020005797) ENSOARG00020005854 PIK3C2A (ENSOARG00020005921) ENSOARG00020006224 PLEKHA7 (ENSOARG00020006298) C11orf58 (ENSOARG00020007043) HSP10 (ENSOARG00020007118) SOX6 (ENSOARG00020007177) INSC (ENSOARG00020007458) CALCA (ENSOARG00020007665) ENSOARG00020007716 ENSOARG00020007733 ENSOARG00020007755 ENSOARG00020007780 ##22 ENSOARG00020007797 CALCB (ENSOARG00020007826) ENSOARG00020007898 CYP2R1 (ENSOARG00020008229) PDE3B (ENSOARG00020008382) PSMA1 (ENSOARG00020009114) COPB1 (ENSOARG00020009319) RRAS2 (ENSOARG00020009434) SPON1 (ENSOARG00020009467) FAR1 (ENSOARG00020009547) PTH (ENSOARG00020009626) ENSOARG00020009652 ##22 BTBD10 (ENSOARG00020009686) arntl (ENSOARG00020009923) RASSF10 (ENSOARG00020010999) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 12 ZNF329 (ENSBGRG00000017063) ENSBGRG00000017010 ZNF606 (ENSBGRG00000016899) C19orf18 (ENSBGRG00000016823) ENSBGRG00000016789 ENSBGRG00000016690 ENSBGRG00000016613 ENSBGRG00000016551 ENSBGRG00000016523 ENSBGRG00000016438 ENSBGRG00000016379 ENSBGRG00000016364 ENSBGRG00000016345 ENSBGRG00000016326 ENSBGRG00000016303 ENSBGRG00000016160 ##22 ENSBGRG00000016139 ENSBGRG00000016035 ENSBGRG00000015967 ENSBGRG00000015921 ENSBGRG00000015870 ENSBGRG00000015851 ENSBGRG00000015710 ENSBGRG00000015559 ENSBGRG00000015507 ENSBGRG00000015478 ENSBGRG00000015377 ENSBGRG00000015335 ENSBGRG00000015310 ENSBGRG00000015264 ENSBGRG00000015242 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000158781 ENSGT00910000144184.r.a.a.a.a ENSGT00440000037606.b ENSGT00960000190610 ENSGT00940000160642 ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000153514.b ENSGT00940000157974 ENSGT00940000155270 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ENSGT00960000187394 ENSGT00390000000801 ENSGT00530000063873.B ENSGT00530000063873.A ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 ENSGT00940000156552 ENSGT00940000156089 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000013916 ENSGT00930000150950.b ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000154319.v ENSGT00860000133854 ENSGT00940000158239.b ENSGT00940000159606 ENSGT00940000155861.C Beluga whale MODERN SPECIES 84 ADAM23 (ENSDLEG00000009497) ZDBF2 (ENSDLEG00000009453) ENSDLEG00000009440 GPR1 (ENSDLEG00000009434) EEF1B2 (ENSDLEG00000009390) NDUFS1 (ENSDLEG00000009340) INO80D (ENSDLEG00000009298) NRP2 (ENSDLEG00000009192) PARD3B (ENSDLEG00000009127) ENSDLEG00000009108 ENSDLEG00000009090 ENSDLEG00000009073 ICOS (ENSDLEG00000009050) CTLA4 (ENSDLEG00000009020) ENSDLEG00000009004 ENSDLEG00000008980 ##22 RAPH1 (ENSDLEG00000008223) ENSDLEG00000008100 ENSDLEG00000020428 NBEAL1 (ENSDLEG00000018755) CARF (ENSDLEG00000018361) WDR12 (ENSDLEG00000018347) ICA1L (ENSDLEG00000018321) FAM117B (ENSDLEG00000018310) BMPR2 (ENSDLEG00000018287) ENSDLEG00000018249 ENSDLEG00000018236 KIAA2012 (ENSDLEG00000018200) FZD7 (ENSDLEG00000018188) CDK15 (ENSDLEG00000018138) ALS2 (ENSDLEG00000018091) Narwhal MODERN SPECIES 302 ADAM23 (ENSMMNG00015005478) ENSMMNG00015005570 ZDBF2 (ENSMMNG00015005582) ENSMMNG00015005593 CMKLR2 (ENSMMNG00015005602) EEF1B2 (ENSMMNG00015005617) NDUFS1 (ENSMMNG00015005695) INO80D (ENSMMNG00015005802) NRP2 (ENSMMNG00015005855) PARD3B (ENSMMNG00015005987) ENSMMNG00015006192 ENSMMNG00015006206 ICOS (ENSMMNG00015006232) CTLA4 (ENSMMNG00015006260) CD28 (ENSMMNG00015006278) ENSMMNG00015006290 ##22 RAPH1 (ENSMMNG00015006494) ABI2 (ENSMMNG00015006963) CYP20A1 (ENSMMNG00015007001) NBEAL1 (ENSMMNG00015007045) CARF (ENSMMNG00015007132) WDR12 (ENSMMNG00015007273) ICA1L (ENSMMNG00015007312) FAM117B (ENSMMNG00015007345) BMPR2 (ENSMMNG00015007390) NOP58 (ENSMMNG00015007487) SUMO1 (ENSMMNG00015007566) KIAA2012 (ENSMMNG00015007625) FZD7 (ENSMMNG00015007670) CDK15 (ENSMMNG00015007704) ALS2 (ENSMMNG00015007780) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Shrew mouse MODERN SPECIES 6 Hdhd2 (MGP_PahariEiJ_G0019142) #31 Katnal2 (MGP_PahariEiJ_G0019143) #32 Pias2 (MGP_PahariEiJ_G0019144) #34 MGP_PahariEiJ_G0019145 St8sia5 (MGP_PahariEiJ_G0019146) MGP_PahariEiJ_G0019147 #35 Rnf165 (MGP_PahariEiJ_G0019148) #36 8030462N17Rik (MGP_PahariEiJ_G0019149) Haus1 (MGP_PahariEiJ_G0019150) Atp5a1 (MGP_PahariEiJ_G0019151) Pstpip2 (MGP_PahariEiJ_G0019152) Epg5 (MGP_PahariEiJ_G0019153) Siglec15 (MGP_PahariEiJ_G0019154) Slc14a1 (MGP_PahariEiJ_G0019155) Slc14a2 (MGP_PahariEiJ_G0019156) MGP_PahariEiJ_G0019157 ##22 Setbp1 (MGP_PahariEiJ_G0019158) Pard6g (MGP_PahariEiJ_G0019159) Adnp2 (MGP_PahariEiJ_G0019160) Rbfa (MGP_PahariEiJ_G0019161) Naa12 (MGP_PahariEiJ_G0019162) Txnl4a (MGP_PahariEiJ_G0019163) Hsbp1l1 (MGP_PahariEiJ_G0019164) Slc66a2 (MGP_PahariEiJ_G0019165) Kcng2 (MGP_PahariEiJ_G0019166) Ctdp1 (MGP_PahariEiJ_G0019167) Nfatc1 (MGP_PahariEiJ_G0019168) Atp9b (MGP_PahariEiJ_G0019169) Sall3 (MGP_PahariEiJ_G0019170) Galr1 (MGP_PahariEiJ_G0019171) Mbp (MGP_PahariEiJ_G0019172) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 9 ENSHGLG00000045506 MEX3C (ENSHGLG00000004567) #8 DCC (ENSHGLG00000005265) #7 ENSHGLG00000033712 MBD2 (ENSHGLG00000039782) ##16 ENSHGLG00000008868 ENSHGLG00000004780 ENSHGLG00000045151 ENSHGLG00000048044 ENSHGLG00000037393 ENSHGLG00000008021 #19 ENSHGLG00000038847 ENSHGLG00000006292 LIPG (ENSHGLG00000010224) #21 ENSHGLG00000047452 ##22 ENSHGLG00000036153 ##22 ENSHGLG00000009081 #23 ENSHGLG00000015030 #24 ENSHGLG00000040505 ENSHGLG00000048272 ENSHGLG00000042101 #26 ENSHGLG00000031912 SMAD2 (ENSHGLG00000008711) #29 SKOR2 (ENSHGLG00000035792) ENSHGLG00000048898 #30 HDHD2 (ENSHGLG00000010130) #31 ENSHGLG00000034217 #32 ENSHGLG00000040167 PIAS2 (ENSHGLG00000015588) #34 ST8SIA5 (ENSHGLG00000040367) ENSHGLG00000006211 #35 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 30 TFPI (ENSMICG00000031560) GULP1 (ENSMICG00000016453) COL3A1 (ENSMICG00000014169) COL5A2 (ENSMICG00000014230) WDR75 (ENSMICG00000000797) SLC40A1 (ENSMICG00000000807) ASNSD1 (ENSMICG00000000812) ANKAR (ENSMICG00000000818) ENSMICG00000028485 ORMDL1 (ENSMICG00000031731) PMS1 (ENSMICG00000000830) MSTN (ENSMICG00000043371) HIBCH (ENSMICG00000010490) INPP1 (ENSMICG00000010497) MFSD6 (ENSMICG00000007291) ENSMICG00000034753 ##22 NEMP2 (ENSMICG00000007297) ENSMICG00000007306 GLS (ENSMICG00000033959) STAT1 (ENSMICG00000002941) ENSMICG00000026486 STAT4 (ENSMICG00000002951) MYO1B (ENSMICG00000003014) NABP1 (ENSMICG00000045078) CAVIN2 (ENSMICG00000034296) TMEFF2 (ENSMICG00000017769) ENSMICG00000043264 ENSMICG00000013462 ENSMICG00000044029 SLC39A10 (ENSMICG00000012402) DNAH7 (ENSMICG00000012420) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 1907 ENSTSYG00000026297 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Drill MODERN SPECIES 1067 ENSMLEG00000028620 ENSMLEG00000041327 GCLM (ENSMLEG00000035725) ENSMLEG00000033458 ABCA4 (ENSMLEG00000029658) ARHGAP29 (ENSMLEG00000033139) ABCD3 (ENSMLEG00000021786) F3 (ENSMLEG00000029893) ENSMLEG00000041660 SLC44A3 (ENSMLEG00000036163) CNN3 (ENSMLEG00000038151) ENSMLEG00000016533 ALG14 (ENSMLEG00000039772) TLCD4 (ENSMLEG00000038475) RWDD3 (ENSMLEG00000000097) ENSMLEG00000037902 ##22 PTBP2 (ENSMLEG00000031749) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 82 ENSSBOG00000011698 ANLN (ENSSBOG00000026014) MATCAP2 (ENSSBOG00000027873) EEPD1 (ENSSBOG00000004032) ENSSBOG00000024125 HERPUD2 (ENSSBOG00000020073) ENSSBOG00000034312 TBX20 (ENSSBOG00000024271) DPY19L2 (ENSSBOG00000020918) DPY19L1 (ENSSBOG00000024443) NPSR1 (ENSSBOG00000024695) BMPER (ENSSBOG00000025567) BBS9 (ENSSBOG00000019693) ENSSBOG00000034496 NT5C3A (ENSSBOG00000033883) ENSSBOG00000022257 ##22 FKBP9 (ENSSBOG00000020203) ENSSBOG00000025725 KBTBD2 (ENSSBOG00000023096) ENSSBOG00000032944 AVL9 (ENSSBOG00000030462) ENSSBOG00000012312 Marmoset MODERN SPECIES 2 LRP4 (ENSCJAG00000019944) CKAP5 (ENSCJAG00000019878) F2 (ENSCJAG00000019864) ZNF408 (ENSCJAG00000019859) ARHGAP1 (ENSCJAG00000019849) ATG13 (ENSCJAG00000019823) HARBI1 (ENSCJAG00000046232) AMBRA1 (ENSCJAG00000002155) CHRM4 (ENSCJAG00000011861) ENSCJAG00000011852 DGKZ (ENSCJAG00000011773) CREB3L1 (ENSCJAG00000011726) ENSCJAG00000051468 PHF21A (ENSCJAG00000011670) LARGE2 (ENSCJAG00000011627) ENSCJAG00000078830 ##22 PEX16 (ENSCJAG00000011594) FREY1 (ENSCJAG00000011591) MAPK8IP1 (ENSCJAG00000011571) CRY2 (ENSCJAG00000011551) SLC35C1 (ENSCJAG00000011547) CHST1 (ENSCJAG00000011537) SYT13 (ENSCJAG00000038216) PRDM11 (ENSCJAG00000011508) TP53I11 (ENSCJAG00000011462) TSPAN18 (ENSCJAG00000011479) CD82 (ENSCJAG00000011453) ALX4 (ENSCJAG00000011438) EXT2 (ENSCJAG00000011414) ACCS (ENSCJAG00000011398) ENSCJAG00000011384 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E.a ENSGT00940000155301 ENSGT00940000156170.b ENSGT00940000156873.f ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.ad.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000159146 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872.k #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a.d.a.b #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167.a Chicken MODERN SPECIES 131 ONECUT2 (ENSGALG00010011008) ST8SIA3 (ENSGALG00010010548) WDR7 (ENSGALG00010010252) TXNL1 (ENSGALG00010010288) NEDD4L (ENSGALG00010010322) ALPK2 (ENSGALG00010010330) PCASP1 (ENSGALG00010010352) ENSGALG00010010368 SEC11C (ENSGALG00010010382) GRP (ENSGALG00010010395) RAX (ENSGALG00010010409) CPLX4 (ENSGALG00010010415) LMAN1L (ENSGALG00010010445) ACAA2 (ENSGALG00010010463) #19 LIPG (ENSGALG00010009013) #21 RPL17 (ENSGALG00010011192) ##22 ENSGALG00010011203 #23 DYM (ENSGALG00010010922) #24 SMAD7 (ENSGALG00010009910) #26 CTIF (ENSGALG00010010007) #27 ZBTB7C (ENSGALG00010010049) #28 SMAD2 (ENSGALG00010010623) #29 SKOR2 (ENSGALG00010011268) IER3IP1 (ENSGALG00010011367) #30 HDHD2 (ENSGALG00010012845) #31 KATNAL2 (ENSGALG00010011422) #32 PIAS2 (ENSGALG00010009774) #34 ST8SIA5 (ENSGALG00010009858) LOXHD1 (ENSGALG00010012046) #35 RNF165 (ENSGALG00010012051) #36 CZH18ORF25 (ENSGALG00010012067) Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ##22 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 40 FBXO33 (ENSTMTG00000011241) ENSTMTG00000011248 ENSTMTG00000011257 FAM161B (ENSTMTG00000011292) COQ6 (ENSTMTG00000011354) ENTPD5 (ENSTMTG00000011385) BBOF1 (ENSTMTG00000011492) ALDH6A1 (ENSTMTG00000011517) LIN52 (ENSTMTG00000011525) VSX2 (ENSTMTG00000011538) ENSTMTG00000011595 ABCD4 (ENSTMTG00000011713) VRTN (ENSTMTG00000011752) SYNDIG1L (ENSTMTG00000011761) ENSTMTG00000011800 ##22 ENSTMTG00000011818 ##22 ISCA2 (ENSTMTG00000011837) NPC2 (ENSTMTG00000011846) LTBP2 (ENSTMTG00000011882) AREL1 (ENSTMTG00000012332) FCF1 (ENSTMTG00000014262) YLPM1 (ENSTMTG00000014275) PROX2 (ENSTMTG00000014292) DLST (ENSTMTG00000014310) RPS6KL1 (ENSTMTG00000014348) PGF (ENSTMTG00000014442) EIF2B2 (ENSTMTG00000014462) MLH3 (ENSTMTG00000014498) ENSTMTG00000014544 ZC2HC1C (ENSTMTG00000014553) NEK9 (ENSTMTG00000014568) Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00960000190719 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741.j #23 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000018741.i.b #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00960000190719 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00390000018741.i.b #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 DCC (ENSBIXG00005004333) #7 ENSBIXG00005025532 ENSBIXG00005025566 MEX3C (ENSBIXG00005025578) #8 SMAD4 (ENSBIXG00005025648) #9 ELAC1 (ENSBIXG00005025678) #10 ME2 (ENSBIXG00005025823) #11 MRO (ENSBIXG00005025968) #12 MAPK4 (ENSBIXG00005025994) #13 SKA1 (ENSBIXG00005004443) #14 CXXC1 (ENSBIXG00005026115) #15 ENSBIXG00005026615 #16 MYO5B (ENSBIXG00005026770) #18 ACAA2 (ENSBIXG00005026872) #19 LIPG (ENSBIXG00005004622) #21 ENSBIXG00005007771 ##22 ENSBIXG00005027155 #23 DYM (ENSBIXG00005027220) #24 SMAD7 (ENSBIXG00005004711) #26 CTIF (ENSBIXG00005007777) #27 ZBTB7C (ENSBIXG00005027504) #28 SMAD2 (ENSBIXG00005027591) #29 SKOR2 (ENSBIXG00005004756) IER3IP1 (ENSBIXG00005027693) #30 ENSBIXG00005027700 HDHD2 (ENSBIXG00005027742) #31 KATNAL2 (ENSBIXG00005004778) #32 ENSBIXG00005006537 PIAS2 (ENSBIXG00005027955) #34 ST8SIA5 (ENSBIXG00005028065) LOXHD1 (ENSBIXG00005028849) #35 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Horse MODERN SPECIES 29 ENSECAG00000055237 MEX3C (ENSECAG00000021727) #8 SMAD4 (ENSECAG00000017857) #9 ELAC1 (ENSECAG00000016230) #10 ME2 (ENSECAG00000005517) #11 MRO (ENSECAG00000002610) #12 MAPK4 (ENSECAG00000023749) #13 SKA1 (ENSECAG00000023484) #14 CXXC1 (ENSECAG00000017698) #15 MBD1 (ENSECAG00000011497) #16 CFAP53 (ENSECAG00000053670) #17 MYO5B (ENSECAG00000022515) #18 ACAA2 (ENSECAG00000019394) #19 ENSECAG00000059774 LIPG (ENSECAG00000015140) #21 ENSECAG00000011547 ##22 C18orf32 (ENSECAG00000046374) #23 DYM (ENSECAG00000001651) #24 SMAD7 (ENSECAG00000020583) #26 CTIF (ENSECAG00000020473) #27 ZBTB7C (ENSECAG00000020456) #28 SMAD2 (ENSECAG00000015132) #29 SKOR2 (ENSECAG00000040113) IER3IP1 (ENSECAG00000026829) #30 HDHD2 (ENSECAG00000012664) #31 ENSECAG00000010000 #33 KATNAL2 (ENSECAG00000010207) #32 PIAS2 (ENSECAG00000002816) #34 ST8SIA5 (ENSECAG00000023864) LOXHD1 (ENSECAG00000022216) #35 RNF165 (ENSECAG00000021547) #36 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES ENSMICG00000049443 CCDC14 (ENSMICG00000048984) ENSMICG00000048499 ENSMICG00000049575 ENSMICG00000049482 UMPS (ENSMICG00000049168) ENSMICG00000049354 ITGB5 (ENSMICG00000049531) ENSMICG00000049118 HEG1 (ENSMICG00000049378) SLC12A8 (ENSMICG00000049518) ZNF148 (ENSMICG00000048869) SNX4 (ENSMICG00000049026) OSBPL11 (ENSMICG00000049504) ENSMICG00000049464 ENSMICG00000049573 ##22 LMLN (ENSMICG00000049402) RPL35A (ENSMICG00000048983) IQCG (ENSMICG00000049263) LRCH3 (ENSMICG00000049503) FYTTD1 (ENSMICG00000049152) ENSMICG00000049510 ENSMICG00000048627 ENSMICG00000049552 TNK2 (ENSMICG00000049104) TFRC (ENSMICG00000048390) ENSMICG00000049408 ZDHHC19 (ENSMICG00000049177) SLC51A (ENSMICG00000049569) ENSMICG00000049044 DYNLT2B (ENSMICG00000049156) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.a ##22 Degu MODERN SPECIES 61 ENSODEG00000019894 PREPL (ENSODEG00000012834) SLC3A1 (ENSODEG00000011768) PPM1B (ENSODEG00000012106) ENSODEG00000011737 ENSODEG00000020039 ENSODEG00000019947 LRPPRC (ENSODEG00000011211) ABCG8 (ENSODEG00000012555) ABCG5 (ENSODEG00000010535) DYNC2LI1 (ENSODEG00000011054) PLEKHH2 (ENSODEG00000012982) ENSODEG00000010547 ENSODEG00000012111 HAAO (ENSODEG00000010886) ENSODEG00000019803 ##22 ENSODEG00000011091 ENSODEG00000012097 KCNG3 (ENSODEG00000014536) ENSODEG00000011166 COX7A2L (ENSODEG00000011433) EML4 (ENSODEG00000011507) PKDCC (ENSODEG00000014354) ENSODEG00000010490 ENSODEG00000019723 ENSODEG00000010136 ENSODEG00000019775 ENSODEG00000009978 SLC8A1 (ENSODEG00000010025) ENSODEG00000019855 ENSODEG00000010561 Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1106 RTN1 (ENSVURG00010018044) JKAMP (ENSVURG00010018038) ENSVURG00010018035 DAAM1 (ENSVURG00010018028) ENSVURG00010018023 ENSVURG00010018020 DACT1 (ENSVURG00010018006) KIAA0586 (ENSVURG00010017992) TIMM9 (ENSVURG00010017986) TOMM20L (ENSVURG00010017980) ARID4A (ENSVURG00010017963) PSMA3 (ENSVURG00010017951) ACTR10 (ENSVURG00010017945) ENSVURG00010017929 ENSVURG00010017925 ENSVURG00010017920 ##22 SLC35F4 (ENSVURG00010017916) CCDC198 (ENSVURG00010017910) NAA30 (ENSVURG00010017904) AP5M1 (ENSVURG00010017891) EXOC5 (ENSVURG00010017877) ENSVURG00010017871 TMEM260 (ENSVURG00010017838) PELI2 (ENSVURG00010017822) ENSVURG00010017651 ENSVURG00010017627 TBPL2 (ENSVURG00010017614) ATG14 (ENSVURG00010017599) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Tenrec MODERN SPECIES 18418 ENSETEG00000009753 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.a ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 19 LAMA1 (ENSCHYG00000024245) LRRC30 (ENSCHYG00000024222) PTPRM (ENSCHYG00000023397) RAB12 (ENSCHYG00000023329) MTCL1 (ENSCHYG00000023220) ENSCHYG00000023192 ANKRD12 (ENSCHYG00000023012) TWSG1 (ENSCHYG00000022972) RALBP1 (ENSCHYG00000022911) PPP4R1 (ENSCHYG00000022849) VAPA (ENSCHYG00000022578) ENSCHYG00000022539 APCDD1 (ENSCHYG00000022475) NAPG (ENSCHYG00000022395) PIEZO2 (ENSCHYG00000019969) ENSCHYG00000019818 ##22 GNAL (ENSCHYG00000019591) MPPE1 (ENSCHYG00000019317) IMPA2 (ENSCHYG00000019194) CIDEA (ENSCHYG00000019095) TUBB6 (ENSCHYG00000019004) AFG3L2 (ENSCHYG00000018603) PRELID3A (ENSCHYG00000018436) SPIRE1 (ENSCHYG00000017091) CEP76 (ENSCHYG00000016908) ENSCHYG00000016788 PTPN2 (ENSCHYG00000016527) ENSCHYG00000016387 CEP192 (ENSCHYG00000016202) ENSCHYG00000016072 LDLRAD4 (ENSCHYG00000015972) Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000005833 VSTM2A (ENSCHYG00000005870) ENSCHYG00000005934 ENSCHYG00000005983 ENSCHYG00000006019 ##22 COBL (ENSCHYG00000006121) GRB10 (ENSCHYG00000006428) DDC (ENSCHYG00000006678) FIGNL1 (ENSCHYG00000006868) IKZF1 (ENSCHYG00000006910) SPATA48 (ENSCHYG00000007188) ZPBP (ENSCHYG00000007248) VWC2 (ENSCHYG00000007286) ABCA13 (ENSCHYG00000007359) ENSCHYG00000008070 ENSCHYG00000008088 C7orf57 (ENSCHYG00000008147) SUN3 (ENSCHYG00000008183) CDK14 (ENSCHYG00000008319) ENSCHYG00000008788 Yarkand deer MODERN SPECIES 3 SLC22A17 (ENSCHYG00000013916) EFS (ENSCHYG00000013648) IL25 (ENSCHYG00000013553) ENSCHYG00000013291 ENSCHYG00000013203 MYH7 (ENSCHYG00000012682) NGDN (ENSCHYG00000012516) ZFHX2 (ENSCHYG00000012435) THTPA (ENSCHYG00000012365) AP1G2 (ENSCHYG00000012260) JPH4 (ENSCHYG00000012168) ENSCHYG00000012150 ENSCHYG00000012105 ENSCHYG00000012084 ENSCHYG00000012053 ENSCHYG00000012023 ##22 ENSCHYG00000011583 CARMIL3 (ENSCHYG00000011429) CPNE6 (ENSCHYG00000011191) NRL (ENSCHYG00000011152) PCK2 (ENSCHYG00000010885) DCAF11 (ENSCHYG00000010574) FITM1 (ENSCHYG00000010518) PSME1 (ENSCHYG00000010154) EMC9 (ENSCHYG00000010055) ENSCHYG00000009594 RNF31 (ENSCHYG00000009118) REC8 (ENSCHYG00000008911) IPO4 (ENSCHYG00000008496) TM9SF1 (ENSCHYG00000008403) TSSK4 (ENSCHYG00000008344) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 20 MTRES1 (ENSCHYG00000021800) ENSCHYG00000021838 QRSL1 (ENSCHYG00000021880) RTN4IP1 (ENSCHYG00000021960) CRYBG1 (ENSCHYG00000022057) ATG5 (ENSCHYG00000022719) PRDM1 (ENSCHYG00000022882) PREP (ENSCHYG00000023040) ENSCHYG00000023289 POPDC3 (ENSCHYG00000023314) BVES (ENSCHYG00000023334) LIN28B (ENSCHYG00000023383) HACE1 (ENSCHYG00000023545) ENSCHYG00000024260 ENSCHYG00000024278 ENSCHYG00000024291 ##22 GRIK2 (ENSCHYG00000024358) ASCC3 (ENSCHYG00000024791) SIM1 (ENSCHYG00000024834) ENSCHYG00000024861 PRDM13 (ENSCHYG00000024927) ENSCHYG00000024960 CCNC (ENSCHYG00000025007) TSTD3 (ENSCHYG00000025097) USP45 (ENSCHYG00000025122) PNISR (ENSCHYG00000025150) COQ3 (ENSCHYG00000025175) FAXC (ENSCHYG00000025221) FBXL4 (ENSCHYG00000025242) POU3F2 (ENSCHYG00000025261) MMS22L (ENSCHYG00000025279) Yarkand deer MODERN SPECIES MMP1 (ENSCHYG00000000723) ENSCHYG00000000747 MMP8 (ENSCHYG00000000770) MMP27 (ENSCHYG00000000792) MMP20 (ENSCHYG00000000837) MMP7 (ENSCHYG00000000857) TMEM123 (ENSCHYG00000000870) ENSCHYG00000000892 BIRC2 (ENSCHYG00000000902) BIRC3 (ENSCHYG00000000926) YAP1 (ENSCHYG00000000950) CFAP300 (ENSCHYG00000000983) CEP126 (ENSCHYG00000001029) ANGPTL5 (ENSCHYG00000001077) TRPC6 (ENSCHYG00000001196) ENSCHYG00000001237 ##22 ENSCHYG00000001249 PGR (ENSCHYG00000001265) ARHGAP42 (ENSCHYG00000001400) CNTN5 (ENSCHYG00000001656) ENSCHYG00000001741 JRKL (ENSCHYG00000001755) CCDC82 (ENSCHYG00000001774) MAML2 (ENSCHYG00000001814) ENSCHYG00000001826 MTMR2 (ENSCHYG00000001840) CEP57 (ENSCHYG00000001878) FAM76B (ENSCHYG00000001944) SESN3 (ENSCHYG00000002070) ENSCHYG00000002108 ENDOD1 (ENSCHYG00000002117) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 ENSBGRG00000006498 GBX1 (ENSBGRG00000006543) ASB10 (ENSBGRG00000006572) IQCA1L (ENSBGRG00000006649) ABCF2 (ENSBGRG00000006782) CHPF2 (ENSBGRG00000006836) SMARCD3 (ENSBGRG00000006961) NUB1 (ENSBGRG00000007414) WDR86 (ENSBGRG00000007613) CRYGN (ENSBGRG00000007698) RHEB (ENSBGRG00000007747) PRKAG2 (ENSBGRG00000007895) GALNTL5 (ENSBGRG00000008195) GALNT11 (ENSBGRG00000008338) KMT2C (ENSBGRG00000008413) ENSBGRG00000008491 ##22 CCT8L2 (ENSBGRG00000008514) XRCC2 (ENSBGRG00000008528) ENSBGRG00000008613 ENSBGRG00000008866 DPP6 (ENSBGRG00000008941) ENSBGRG00000010048 PAXIP1 (ENSBGRG00000010084) ENSBGRG00000010638 INSIG1 (ENSBGRG00000010766) EN2 (ENSBGRG00000010916) ENSBGRG00000010955 ENSBGRG00000011077 RBM33 (ENSBGRG00000011152) SHH (ENSBGRG00000011761) RNF32 (ENSBGRG00000011799) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 21 ARL10 (ENSOARG00020009449) ENSOARG00020010871 COMMD10 (ENSOARG00020010792) SEMA6A (ENSOARG00020010541) ENSOARG00020010472 ENSOARG00020010454 ENSOARG00020010434 ENSOARG00020010300 ##22 ENSOARG00020010243 ENSOARG00020010205 DTWD2 (ENSOARG00020009992) DMXL1 (ENSOARG00020008495) TNFAIP8 (ENSOARG00020008351) HSD17B4 (ENSOARG00020006956) FAM170A (ENSOARG00020006839) ENSOARG00020006760 ##22 PRR16 (ENSOARG00020006682) FTMT (ENSOARG00020006630) SRFBP1 (ENSOARG00020006515) LOX (ENSOARG00020006459) ENSOARG00020006374 ENSOARG00020006334 SNCAIP (ENSOARG00020006162) ENSOARG00020006104 SNX2 (ENSOARG00020006003) ENSOARG00020005946 PPIC (ENSOARG00020005926) PRDM6 (ENSOARG00020005846) ENSOARG00020005831 CEP120 (ENSOARG00020005625) CSNK1G3 (ENSOARG00020005431) Siberian musk deer MODERN SPECIES 278 ENSMMSG00000004465 EPHA6 (ENSMMSG00000004420) ARL6 (ENSMMSG00000004389) ENSMMSG00000004348 ##22 CRYBG3 (ENSMMSG00000012660) RIOX2 (ENSMMSG00000012631) GABRR3 (ENSMMSG00000012595) ENSMMSG00000012587 ENSMMSG00000012578 ENSMMSG00000012569 ENSMMSG00000012552 ENSMMSG00000012536 ENSMMSG00000012514 ENSMMSG00000012505 ENSMMSG00000012489 ENSMMSG00000012479 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Blue whale MODERN SPECIES 2 DLEC1 (ENSBMSG00010022536) PLCD1 (ENSBMSG00010022535) VILL (ENSBMSG00010022533) ITGA9 (ENSBMSG00010022532) ENSBMSG00010022531 ENSBMSG00010022530 ENSBMSG00010022529 DCLK3 (ENSBMSG00010022528) ENSBMSG00010022527 TRANK1 (ENSBMSG00010022526) EPM2AIP1 (ENSBMSG00010022525) MLH1 (ENSBMSG00010022524) LRRFIP2 (ENSBMSG00010022523) STAC (ENSBMSG00010022522) ARPP21 (ENSBMSG00010022519) ENSBMSG00010022517 ##22 ENSBMSG00010022515 ENSBMSG00010022514 CLASP2 (ENSBMSG00010013160) UBP1 (ENSBMSG00010011409) FBXL2 (ENSBMSG00010011377) SUSD5 (ENSBMSG00010011358) CRTAP (ENSBMSG00010011339) GLB1 (ENSBMSG00010011320) CCR4 (ENSBMSG00010011298) TRIM71 (ENSBMSG00010011287) CNOT10 (ENSBMSG00010011215) DYNC1LI1 (ENSBMSG00010011149) CMTM6 (ENSBMSG00010011130) CMTM7 (ENSBMSG00010011112) CMTM8 (ENSBMSG00010011090) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00900000142007 ENSGT00940000158658 ENSGT00500000044903 ENSGT00570000079101.a.a.d ENSGT01100000263542.C ENSGT00940000164312 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000158584 ENSGT00390000009395 ENSGT00940000160572 ENSGT00940000155493 ENSGT00390000008787.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000154965.A ENSGT00940000157322.a ENSGT00940000157331 ENSGT00390000007081.b ENSGT00390000007081.a ENSGT00390000013106 ENSGT00950000182926.b.d.c.a ENSGT00390000015287 ENSGT00940000155032 ENSGT00390000015583 ENSGT00940000158630 ENSGT00940000153956.b ENSGT00530000063604.A ENSGT00730000111173 ENSGT00390000010434.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00900000142007 ENSGT00940000158658 ENSGT00500000044903 ENSGT00570000079101.a.a.d ENSGT01100000263542.C ENSGT00940000164312 ENSGT00940000156590 ENSGT00940000156981 ENSGT00940000162006 ENSGT00940000155715 ENSGT00940000158584 ENSGT00390000009395 ENSGT00940000160572 ENSGT00940000155493 ENSGT00390000008787.b ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000154965.A ENSGT00940000157322.a ENSGT00940000157331 ENSGT00390000007081.b ENSGT00390000007081.a ENSGT00390000013106 ENSGT00950000182926.b.d.c.a ENSGT00390000015287 ENSGT00940000155032 ENSGT00390000015583 ENSGT00940000158630 ENSGT00940000153956.b ENSGT00530000063604.A ENSGT00730000111173 ENSGT00390000010434.b Beluga whale MODERN SPECIES 65 PDLIM1 (ENSDLEG00000017506) ENSDLEG00000017489 SORBS1 (ENSDLEG00000017253) ALDH18A1 (ENSDLEG00000016818) ENSDLEG00000016741 ENSDLEG00000016734 ENTPD1 (ENSDLEG00000016707) CCNJ (ENSDLEG00000016612) ZNF518A (ENSDLEG00000016610) BLNK (ENSDLEG00000016546) DNTT (ENSDLEG00000016501) OPALIN (ENSDLEG00000016472) TLL2 (ENSDLEG00000016094) TM9SF3 (ENSDLEG00000016045) PIK3AP1 (ENSDLEG00000015971) ENSDLEG00000015948 ##22 LCOR (ENSDLEG00000015892) SLIT1 (ENSDLEG00000015826) ENSDLEG00000015800 ARHGAP19 (ENSDLEG00000015778) FRAT1 (ENSDLEG00000015774) FRAT2 (ENSDLEG00000015766) RRP12 (ENSDLEG00000015698) PGAM1 (ENSDLEG00000015682) EXOSC1 (ENSDLEG00000015668) ZDHHC16 (ENSDLEG00000015638) MMS19 (ENSDLEG00000015591) UBTD1 (ENSDLEG00000015580) ANKRD2 (ENSDLEG00000015568) HOGA1 (ENSDLEG00000015555) MORN4 (ENSDLEG00000015545) Narwhal MODERN SPECIES 311 PDLIM1 (ENSMMNG00015017891) SORBS1 (ENSMMNG00015018111) ALDH18A1 (ENSMMNG00015018455) TCTN3 (ENSMMNG00015018494) ENTPD1 (ENSMMNG00015018548) ENSMMNG00015018619 ENSMMNG00015018647 CCNJ (ENSMMNG00015018729) ZNF518A (ENSMMNG00015018779) BLNK (ENSMMNG00015018860) DNTT (ENSMMNG00015018994) OPALIN (ENSMMNG00015019113) TLL2 (ENSMMNG00015019257) TM9SF3 (ENSMMNG00015019365) PIK3AP1 (ENSMMNG00015019455) ENSMMNG00015019535 ##22 LCOR (ENSMMNG00015019580) SLIT1 (ENSMMNG00015019679) ARHGAP19 (ENSMMNG00015019978) ENSMMNG00015020109 FRAT1 (ENSMMNG00015020130) FRAT2 (ENSMMNG00015020149) RRP12 (ENSMMNG00015020232) PGAM1 (ENSMMNG00015020334) EXOSC1 (ENSMMNG00015020372) ZDHHC16 (ENSMMNG00015020473) MMS19 (ENSMMNG00015020600) UBTD1 (ENSMMNG00015020639) ANKRD2 (ENSMMNG00015020671) HOGA1 (ENSMMNG00015020756) MORN4 (ENSMMNG00015020795) Vaquita MODERN SPECIES 7 ENSPSNG00000015056 PDLIM1 (ENSPSNG00000015140) SORBS1 (ENSPSNG00000015316) ALDH18A1 (ENSPSNG00000015808) TCTN3 (ENSPSNG00000015984) ENTPD1 (ENSPSNG00000016134) CC2D2B (ENSPSNG00000016378) CCNJ (ENSPSNG00000017172) ZNF518A (ENSPSNG00000017259) BLNK (ENSPSNG00000017379) DNTT (ENSPSNG00000018075) OPALIN (ENSPSNG00000018299) TLL2 (ENSPSNG00000018604) TM9SF3 (ENSPSNG00000018641) PIK3AP1 (ENSPSNG00000018719) ENSPSNG00000018934 ##22 LCOR (ENSPSNG00000019009) SLIT1 (ENSPSNG00000019181) ARHGAP19 (ENSPSNG00000019746) ENSPSNG00000019843 FRAT1 (ENSPSNG00000019873) FRAT2 (ENSPSNG00000019882) RRP12 (ENSPSNG00000020020) PGAM1 (ENSPSNG00000020181) EXOSC1 (ENSPSNG00000020223) ZDHHC16 (ENSPSNG00000020329) MMS19 (ENSPSNG00000020454) UBTD1 (ENSPSNG00000020532) ANKRD2 (ENSPSNG00000020585) HOGA1 (ENSPSNG00000020786) MORN4 (ENSPSNG00000020862) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 13 FHL1 (ENSPCTG00005020370) MAP7D3 (ENSPCTG00005020479) BRS3 (ENSPCTG00005020510) ENSPCTG00005020535 VGLL1 (ENSPCTG00005020593) CD40LG (ENSPCTG00005020626) ARHGEF6 (ENSPCTG00005020697) RBMX (ENSPCTG00005020781) ENSPCTG00005020826 ENSPCTG00005020876 GPR101 (ENSPCTG00005020924) ENSPCTG00005020935 ZIC3 (ENSPCTG00005020946) ENSPCTG00005020982 FGF13 (ENSPCTG00005021010) ENSPCTG00005021091 ##22 ENSPCTG00005021096 ENSPCTG00005021103 ENSPCTG00005012405 F9 (ENSPCTG00005012484) MCF2 (ENSPCTG00005012755) ATP11C (ENSPCTG00005015323) ENSPCTG00005015600 ENSPCTG00005015642 ENSPCTG00005015719 SOX3 (ENSPCTG00005015742) ENSPCTG00005015765 ENSPCTG00005015851 ENSPCTG00005015868 ENSPCTG00005015949 LDOC1 (ENSPCTG00005016029) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 3 IAH1 (ENSPCTG00005012450) ADAM17 (ENSPCTG00005012570) ENSPCTG00005012664 YWHAQ (ENSPCTG00005012710) TAF1B (ENSPCTG00005012791) ENSPCTG00005012849 RRM2 (ENSPCTG00005012888) HPCAL1 (ENSPCTG00005012942) ODC1 (ENSPCTG00005012986) NOL10 (ENSPCTG00005013060) ATP6V1C2 (ENSPCTG00005013317) PDIA6 (ENSPCTG00005013450) KCNF1 (ENSPCTG00005013707) PQLC3 (ENSPCTG00005013870) ROCK2 (ENSPCTG00005014000) ENSPCTG00005014060 ##22 ENSPCTG00005014135 ENSPCTG00005014216 LRATD1 (ENSPCTG00005014256) NBAS (ENSPCTG00005014284) DDX1 (ENSPCTG00005014405) ENSPCTG00005015309 ENSPCTG00005015328 ENSPCTG00005015376 ENSPCTG00005015400 FAM49A (ENSPCTG00005015455) RAD51AP2 (ENSPCTG00005015523) VSNL1 (ENSPCTG00005015591) SMC6 (ENSPCTG00005015640) GEN1 (ENSPCTG00005015707) MSGN1 (ENSPCTG00005015740) Sperm whale MODERN SPECIES 19 CLINT1 (ENSPCTG00005002580) LSM11 (ENSPCTG00005002548) THG1L (ENSPCTG00005002538) SOX30 (ENSPCTG00005002511) ADAM19 (ENSPCTG00005002484) NIPAL4 (ENSPCTG00005002440) FNDC9 (ENSPCTG00005002414) CYFIP2 (ENSPCTG00005002337) ITK (ENSPCTG00005002239) FAM71B (ENSPCTG00005002221) MED7 (ENSPCTG00005002212) HAVCR2 (ENSPCTG00005002189) ENSPCTG00005002169 TIMD4 (ENSPCTG00005002146) SGCD (ENSPCTG00005002114) ENSPCTG00005002098 ##22 ENSPCTG00005002091 MRPL22 (ENSPCTG00005002075) GEMIN5 (ENSPCTG00005001900) LARP1 (ENSPCTG00005001835) FAXDC2 (ENSPCTG00005001788) HAND1 (ENSPCTG00005001758) SAP30L (ENSPCTG00005001734) GALNT10 (ENSPCTG00005001705) MFAP3 (ENSPCTG00005001678) FAM114A2 (ENSPCTG00005001605) GRIA1 (ENSPCTG00005001422) NMUR2 (ENSPCTG00005001341) ENSPCTG00005001320 GLRA1 (ENSPCTG00005001273) G3BP1 (ENSPCTG00005001253) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 ENSOCUG00000035896 ENSOCUG00000036085 ENSOCUG00000037233 ENSOCUG00000013576 NSUN3 (ENSOCUG00000011677) ARL13B (ENSOCUG00000025555) STX19 (ENSOCUG00000001785) PROS1 (ENSOCUG00000025358) EPHA3 (ENSOCUG00000010465) ENSOCUG00000024255 ENSOCUG00000026380 ENSOCUG00000031707 C3orf38 (ENSOCUG00000014034) ZNF654 (ENSOCUG00000004967) ENSOCUG00000007037 ENSOCUG00000025046 ##22 HTR1F (ENSOCUG00000027917) POU1F1 (ENSOCUG00000017779) CHMP2B (ENSOCUG00000003985) VGLL3 (ENSOCUG00000020895) ENSOCUG00000038220 CADM2 (ENSOCUG00000001739) ENSOCUG00000037817 ENSOCUG00000022949 ENSOCUG00000024114 ENSOCUG00000026853 GBE1 (ENSOCUG00000005912) ENSOCUG00000037368 ROBO1 (ENSOCUG00000002537) ENSOCUG00000021998 ROBO2 (ENSOCUG00000004278) Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ENSSVLG00005019214 PTPN18 (ENSSVLG00005018932) ENSSVLG00005018739 ENSSVLG00005018675 ENSSVLG00005018536 ENSSVLG00005018440 ENSSVLG00005018284 ENSSVLG00005018242 ENSSVLG00005018180 ENSSVLG00005018128 ENSSVLG00005018082 ENSSVLG00005018047 ASIC2 (ENSSVLG00005017834) ENSSVLG00005017765 TMEM98 (ENSSVLG00005017715) ENSSVLG00005017677 ##22 MYO1D (ENSSVLG00005017566) CDK5R1 (ENSSVLG00005017534) ENSSVLG00005017498 ZNF207 (ENSSVLG00005017171) C17orf75 (ENSSVLG00005017088) RHBDL3 (ENSSVLG00005016946) RHOT1 (ENSSVLG00005016781) RNF135 (ENSSVLG00005016571) ADAP2 (ENSSVLG00005016368) TEFM (ENSSVLG00005016323) ATAD5 (ENSSVLG00005016127) CRLF3 (ENSSVLG00005016089) SUZ12 (ENSSVLG00005015781) UTP6 (ENSSVLG00005015715) COPRS (ENSSVLG00005015650) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.a ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 475 Nap1l3 (ENSPEMG00000021317) ENSPEMG00000020890 ENSPEMG00000031172 ENSPEMG00000015049 ENSPEMG00000030595 ENSPEMG00000030248 ENSPEMG00000024728 ENSPEMG00000029285 ENSPEMG00000022434 Rbm31y (ENSPEMG00000027407) ENSPEMG00000021363 ##19 ENSPEMG00000005666 ENSPEMG00000025494 Diaph2 (ENSPEMG00000019093) ENSPEMG00000019587 ENSPEMG00000004315 ##22 Pcdh19 (ENSPEMG00000020124) Tnmd (ENSPEMG00000011351) Tspan6 (ENSPEMG00000014695) Srpx2 (ENSPEMG00000019359) Sytl4 (ENSPEMG00000019947) Cstf2 (ENSPEMG00000019415) Nox1 (ENSPEMG00000020082) Xkrx (ENSPEMG00000029902) Arl13a (ENSPEMG00000019980) Trmt2b (ENSPEMG00000020113) Tmem35a (ENSPEMG00000031153) Cenpi (ENSPEMG00000019773) Drp2 (ENSPEMG00000019538) Taf7l (ENSPEMG00000020046) ENSPEMG00000027239 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 32 CDC37L1 (ENSMMMG00000002322) PLPP6 (ENSMMMG00000002356) SPATA6L (ENSMMMG00000002361) SLC1A1 (ENSMMMG00000002380) ENSMMMG00000002405 ENSMMMG00000002416 GLIS3 (ENSMMMG00000002430) ENSMMMG00000002504 PUM3 (ENSMMMG00000002513) KCNV2 (ENSMMMG00000002550) ENSMMMG00000002572 VLDLR (ENSMMMG00000002594) ENSMMMG00000002765 ENSMMMG00000002785 SMARCA2 (ENSMMMG00000002811) ENSMMMG00000003212 ##22 DMRT2 (ENSMMMG00000003238) DMRT3 (ENSMMMG00000003239) DMRT1 (ENSMMMG00000003270) KANK1 (ENSMMMG00000003281) ENSMMMG00000003301 ENSMMMG00000003304 DOCK8 (ENSMMMG00000003328) ENSMMMG00000003411 ENSMMMG00000003446 PGM5 (ENSMMMG00000003460) TMEM252 (ENSMMMG00000003476) PABIR1 (ENSMMMG00000003490) PIP5K1B (ENSMMMG00000003495) FXN (ENSMMMG00000003605) ENSMMMG00000003616 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 PSD3 (ENSSVLG00005006930) ENSSVLG00005007216 ENSSVLG00005000128 ENSSVLG00005000142 NAF1 (ENSSVLG00005000303) NPY1R (ENSSVLG00005000326) NPY5R (ENSSVLG00005000351) TKTL2 (ENSSVLG00005000366) ENSSVLG00005000429 MARCHF1 (ENSSVLG00005000488) ENSSVLG00005000541 ENSSVLG00005000557 SMIM31 (ENSSVLG00005000575) ENSSVLG00005000594 ENSSVLG00005000615 ENSSVLG00005000633 ##22 ENSSVLG00005000652 ENSSVLG00005000666 ENSSVLG00005000680 TRIM75 (ENSSVLG00005000696) ENSSVLG00005000719 KLHL2 (ENSSVLG00005000822) MSMO1 (ENSSVLG00005000949) CPE (ENSSVLG00005000975) ENSSVLG00005000996 TLL1 (ENSSVLG00005001039) ENSSVLG00005001107 SPOCK3 (ENSSVLG00005001298) ANXA10 (ENSSVLG00005001520) ENSSVLG00005001553 PALLD (ENSSVLG00005001640) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.e.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 31 BMX (ENSHGLG00000001385) PIR (ENSHGLG00000037625) VEGFD (ENSHGLG00000000833) PIGA (ENSHGLG00000001235) ASB11 (ENSHGLG00000000624) ASB9 (ENSHGLG00000001821) ENSHGLG00000000051 ENSHGLG00000019696 MOSPD2 (ENSHGLG00000000132) FANCB (ENSHGLG00000000155) ENSHGLG00000000430 GLRA2 (ENSHGLG00000000192) ENSHGLG00000036833 GEMIN8 (ENSHGLG00000001816) GPM6B (ENSHGLG00000000184) ENSHGLG00000002123 ##22 ENSHGLG00000045806 OFD1 (ENSHGLG00000002158) ENSHGLG00000042680 ENSHGLG00000001231 ENSHGLG00000050459 ENSHGLG00000032247 ENSHGLG00000044535 ENSHGLG00000000319 ENSHGLG00000050801 ENSHGLG00000041397 ENSHGLG00000000650 ENSHGLG00000000815 ENSHGLG00000001296 ENSHGLG00000032069 ENSHGLG00000001807 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 695 ENSUPAG00010005633 ENSUPAG00010005636 ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a.f ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 18 QPCT (ENSCPOG00000012212) CDC42EP3 (ENSCPOG00000033770) RMDN2 (ENSCPOG00000021133) CYP1B1 (ENSCPOG00000030721) ENSCPOG00000013597 HNRNPLL (ENSCPOG00000007588) GALM (ENSCPOG00000006536) SRSF7 (ENSCPOG00000033318) GEMIN6 (ENSCPOG00000034454) DHX57 (ENSCPOG00000009155) ENSCPOG00000034074 ARHGEF33 (ENSCPOG00000026296) SOS1 (ENSCPOG00000002487) CDKL4 (ENSCPOG00000007561) MAP4K3 (ENSCPOG00000012852) ENSCPOG00000034555 ##22 TMEM178A (ENSCPOG00000031174) THUMPD2 (ENSCPOG00000003368) SLC8A1 (ENSCPOG00000002233) ENSCPOG00000008206 PKDCC (ENSCPOG00000014946) EML4 (ENSCPOG00000014948) COX7A2L (ENSCPOG00000038148) KCNG3 (ENSCPOG00000012440) MTA3 (ENSCPOG00000005357) HAAO (ENSCPOG00000024944) ZFP36L2 (ENSCPOG00000022038) THADA (ENSCPOG00000000838) PLEKHH2 (ENSCPOG00000013966) DYNC2LI1 (ENSCPOG00000000202) ABCG5 (ENSCPOG00000025027) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000153998.a ENSGT00940000162847 ENSGT00960000189441 ENSGT00390000005575 ENSGT00390000004910 ENSGT00940000171984 ENSGT00940000153251.a ENSGT00940000162944 ENSGT00390000006307 ENSGT00390000007697 ENSGT00970000194160 ENSGT00940000158592 ENSGT00940000156631.B ENSGT00940000156881 ENSGT00940000156527 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 ENSGT00940000153695.B ENSGT00950000182866.D.d.a.d ENSGT00910000144283 ENSGT00950000183105.A ENSGT00900000141090 ENSGT00390000010218 ENSGT00530000063169.b.b ENSGT00390000010779.a.b.b ENSGT00530000063907.d ENSGT00940000157308 ENSGT00530000063503.a.a ENSGT00530000063558.A ENSGT00510000047809 ENSGT00940000159169 ENSGT00940000155530 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 272 ENSTMTG00000019765 TRAT1 (ENSTMTG00000019755) ENSTMTG00000019745 ENSTMTG00000019733 CIP2A (ENSTMTG00000019686) ENSTMTG00000019465 HHLA2 (ENSTMTG00000019397) IFT57 (ENSTMTG00000019378) CD47 (ENSTMTG00000019348) ENSTMTG00000019336 ENSTMTG00000019325 BBX (ENSTMTG00000019277) CBLB (ENSTMTG00000018863) ALCAM (ENSTMTG00000018764) ZPLD1 (ENSTMTG00000018724) ENSTMTG00000018709 ##22 NFKBIZ (ENSTMTG00000018686) NXPE3 (ENSTMTG00000018581) CEP97 (ENSTMTG00000018479) RPL24 (ENSTMTG00000018458) ZBTB11 (ENSTMTG00000018433) PCNP (ENSTMTG00000018404) TRMT10C (ENSTMTG00000018396) TXNL4B (ENSTMTG00000018389) ENSTMTG00000018385 SENP7 (ENSTMTG00000018310) IMPG2 (ENSTMTG00000018267) TFG (ENSTMTG00000018199) TMEM45A (ENSTMTG00000018184) ENSTMTG00000018173 TOMM70 (ENSTMTG00000017918) painted turtle MODERN SPECIES ENSCPBG00000005311 ENSCPBG00000005307 TRAT1 (ENSCPBG00000005299) ENSCPBG00000005293 ENSCPBG00000005288 CIP2A (ENSCPBG00000005195) ENSCPBG00000004865 HHLA2 (ENSCPBG00000004703) IFT57 (ENSCPBG00000004696) CD47 (ENSCPBG00000004681) ENSCPBG00000004657 BBX (ENSCPBG00000004643) CBLB (ENSCPBG00000004619) ALCAM (ENSCPBG00000004575) ZPLD1 (ENSCPBG00000004529) ENSCPBG00000004515 ##22 NFKBIZ (ENSCPBG00000004507) NXPE3 (ENSCPBG00000004491) CEP97 (ENSCPBG00000004478) RPL24 (ENSCPBG00000004458) ZBTB11 (ENSCPBG00000004441) PCNP (ENSCPBG00000004421) TXNL4B (ENSCPBG00000004410) ENSCPBG00000004402 SENP7 (ENSCPBG00000004364) IMPG2 (ENSCPBG00000004294) ABI3BP (ENSCPBG00000004109) TFG (ENSCPBG00000004037) ADGRG7 (ENSCPBG00000004017) TMEM45A (ENSCPBG00000004005) ENSCPBG00000003998 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.a ##22 Chicken MODERN SPECIES 130 ENSGALG00010012459 ENSGALG00010012437 ENSGALG00010012393 ENSGALG00010012380 ENSGALG00010012370 ENSGALG00010012357 ENSGALG00010012348 ENSGALG00010012342 ENSGALG00010012336 ENSGALG00010012332 SMAD7B (ENSGALG00010012323) #26 ENSGALG00010012316 ENSGALG00010012306 ENSGALG00010012294 ENSGALG00010012286 ##22 ENSGALG00010012282 ##22 ENSGALG00010013588 ENSGALG00010012272 ENSGALG00010012268 ENSGALG00010012243 ENSGALG00010012220 ENSGALG00010012211 ENSGALG00010012199 ENSGALG00010012187 ENSGALG00010012168 ENSGALG00010013565 ENSGALG00010013554 HINTW (ENSGALG00010011988) ENSGALG00010011978 ENSGALG00010011974 ENSGALG00010011964 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Duck MODERN SPECIES 4281 STARD6 (ENSAPLG00000021618) POLI (ENSAPLG00000010510) MBD2 (ENSAPLG00000010058) ##16 DCC (ENSAPLG00000009368) #7 MEX3C (ENSAPLG00000003916) #8 SMAD4 (ENSAPLG00000003924) #9 ELAC1 (ENSAPLG00000007218) #10 ME2 (ENSAPLG00000004164) #11 MAPK4 (ENSAPLG00000004651) #13 ENSAPLG00000004736 ENSAPLG00000004971 ENSAPLG00000005297 MYO5B (ENSAPLG00000005427) #18 ACAA2 (ENSAPLG00000006058) #19 LIPG (ENSAPLG00000008809) #21 ENSAPLG00000008451 ##22 C18orf32 (ENSAPLG00000017090) #23 DYM (ENSAPLG00000007759) #24 ENSAPLG00000022343 SMAD7 (ENSAPLG00000001268) #26 CTIF (ENSAPLG00000014486) #27 ZBTB7C (ENSAPLG00000016660) #28 SMAD2 (ENSAPLG00000004964) #29 SKOR2 (ENSAPLG00000022487) IER3IP1 (ENSAPLG00000018295) #30 HDHD2 (ENSAPLG00000004974) #31 KATNAL2 (ENSAPLG00000005005) #32 PIAS2 (ENSAPLG00000005190) #34 ENSAPLG00000022068 ST8SIA5 (ENSAPLG00000011069) LOXHD1 (ENSAPLG00000010718) #35 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Platypus MODERN SPECIES 14 POLI (ENSOANG00000001796) MBD2 (ENSOANG00000001797) ##16 DCC (ENSOANG00000008115) #7 ENSOANG00000008116 SMAD4 (ENSOANG00000008117) #9 ELAC1 (ENSOANG00000008118) #10 ME2 (ENSOANG00000008119) #11 ENSOANG00000008122 #12 ENSOANG00000045887 #13 ENSOANG00000008124 ENSOANG00000008125 ENSOANG00000008126 MYO5B (ENSOANG00000008127) #18 ACAA2 (ENSOANG00000002559) #19 LIPG (ENSOANG00000001131) #21 ENSOANG00000002910 ##22 DYM (ENSOANG00000007612) #24 ENSOANG00000007611 #26 CTIF (ENSOANG00000001337) #27 ZBTB7C (ENSOANG00000005929) #28 SMAD2 (ENSOANG00000001971) #29 SKOR2 (ENSOANG00000038832) IER3IP1 (ENSOANG00000045983) #30 ENSOANG00000042577 HDHD2 (ENSOANG00000012019) #31 KATNAL2 (ENSOANG00000012018) #32 PIAS2 (ENSOANG00000012017) #34 ST8SIA5 (ENSOANG00000014835) LOXHD1 (ENSOANG00000014833) #35 RNF165 (ENSOANG00000014831) #36 C18orf25 (ENSOANG00000004994) Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Opossum DUPLICATION Opossum DUPLICATION Opossum MODERN SPECIES 418 ENSMODG00000028106 ENSMODG00000045743 ##22 ENSMODG00000022736 ENSMODG00000022737 Opossum MODERN SPECIES 2 ENSMODG00000005872 ENSMODG00000046698 TOP1MT (ENSMODG00000029734) RHPN1 (ENSMODG00000011421) MAFA (ENSMODG00000011396) ENSMODG00000011385 ENSMODG00000011300 ENSMODG00000011297 MROH6 (ENSMODG00000011279) NAPRT (ENSMODG00000011244) EEF1D (ENSMODG00000011225) TIGD5 (ENSMODG00000011207) GFUS (ENSMODG00000011191) ENSMODG00000025630 ENSMODG00000011178 ENSMODG00000011184 ##22 ENSMODG00000011150 ENSMODG00000042574 ENSMODG00000024086 ENSMODG00000011130 ENSMODG00000040096 ARHGAP39 (ENSMODG00000011119) C8orf82 (ENSMODG00000044591) LRRC24 (ENSMODG00000011100) ENSMODG00000027311 ENSMODG00000011094 ENSMODG00000050338 ENSMODG00000011022 ENSMODG00000011014 MFSD3 (ENSMODG00000010983) GPT (ENSMODG00000010974) Opossum MODERN SPECIES POLR3A (ENSMODG00000001036) RPS24 (ENSMODG00000025091) ZMIZ1 (ENSMODG00000001116) ##34 PPIF (ENSMODG00000001128) ZCCHC24 (ENSMODG00000001134) ENSMODG00000001145 ENSMODG00000025082 TMEM254 (ENSMODG00000001146) ENSMODG00000038110 ENSMODG00000029013 BMS1 (ENSMODG00000001177) ENSMODG00000029654 RET (ENSMODG00000001212) CSGALNACT2 (ENSMODG00000001232) RASGEF1A (ENSMODG00000001262) ENSMODG00000025077 ##22 ENSMODG00000050542 ENSMODG00000001269 ENSMODG00000001304 ENSMODG00000025723 MBL2 (ENSMODG00000001491) ENSMODG00000037815 ENSMODG00000048633 ENSMODG00000001508 ENSMODG00000001524 DYDC1 (ENSMODG00000001532) ENSMODG00000028030 ENSMODG00000001545 TSPAN14 (ENSMODG00000001556) ENSMODG00000001571 SH2D4B (ENSMODG00000001611) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 240 RAB1A (ENSMMSG00000006809) CEP68 (ENSMMSG00000006928) SLC1A4 (ENSMMSG00000007010) ENSMMSG00000007124 SERTAD2 (ENSMMSG00000007146) AFTPH (ENSMMSG00000007162) LGALSL (ENSMMSG00000007219) PELI1 (ENSMMSG00000007255) VPS54 (ENSMMSG00000007345) UGP2 (ENSMMSG00000007620) MDH1 (ENSMMSG00000007784) WDPCP (ENSMMSG00000008007) OTX1 (ENSMMSG00000008093) EHBP1 (ENSMMSG00000008127) TMEM17 (ENSMMSG00000008258) ENSMMSG00000008292 ##22 B3GNT2 (ENSMMSG00000008312) COMMD1 (ENSMMSG00000008325) ENSMMSG00000008359 FAM161A (ENSMMSG00000008531) ENSMMSG00000008623 ENSMMSG00000008648 XPO1 (ENSMMSG00000008749) USP34 (ENSMMSG00000008868) ENSMMSG00000009275 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 24 MED21 (ENSCHIG00000017040) TM7SF3 (ENSCHIG00000010359) ENSCHIG00000001969 FGFR1OP2 (ENSCHIG00000020593) INTS13 (ENSCHIG00000002599) ITPR2 (ENSCHIG00000016600) SSPN (ENSCHIG00000024484) BHLHE41 (ENSCHIG00000024108) RASSF8 (ENSCHIG00000024588) LMNTD1 (ENSCHIG00000017319) ENSCHIG00000011443 KRAS (ENSCHIG00000026575) ETFRF1 (ENSCHIG00000023135) DNAI7 (ENSCHIG00000016268) IRAG2 (ENSCHIG00000006732) ENSCHIG00000000786 ##22 BCAT1 (ENSCHIG00000025125) SOX5 (ENSCHIG00000026249) ENSCHIG00000003098 ETNK1 (ENSCHIG00000010576) C2CD5 (ENSCHIG00000011005) ENSCHIG00000010485 ST8SIA1 (ENSCHIG00000022129) ENSCHIG00000015874 CMAS (ENSCHIG00000003246) ABCC9 (ENSCHIG00000026713) KCNJ8 (ENSCHIG00000023544) ENSCHIG00000010543 GYS2 (ENSCHIG00000020166) SPX (ENSCHIG00000014173) ENSCHIG00000026904 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 BMPR2 (ENSOARG00020006563) FAM117B (ENSOARG00020006688) ICA1L (ENSOARG00020006778) WDR12 (ENSOARG00020006896) CARF (ENSOARG00020006968) NBEAL1 (ENSOARG00020007440) CYP20A1 (ENSOARG00020007538) ABI2 (ENSOARG00020007596) RAPH1 (ENSOARG00020007863) ENSOARG00020008167 CD28 (ENSOARG00020008197) CTLA4 (ENSOARG00020008302) ICOS (ENSOARG00020008420) PARD3B (ENSOARG00020008587) NRP2 (ENSOARG00020013172) ENSOARG00020013371 ##22 INO80D (ENSOARG00020013391) NDUFS1 (ENSOARG00020013502) ENSOARG00020014163 GPR1 (ENSOARG00020014248) ZDBF2 (ENSOARG00020014286) ADAM23 (ENSOARG00020014405) FAM237A (ENSOARG00020014982) DYTN (ENSOARG00020015031) MDH1B (ENSOARG00020015160) FASTKD2 (ENSOARG00020015403) CPO (ENSOARG00020015466) KLF7 (ENSOARG00020015555) CREB1 (ENSOARG00020015664) METTL21A (ENSOARG00020015859) ENSOARG00020016023 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 18 SNX25 (ENSOARG00020014331) LRP2BP (ENSOARG00020014866) ANKRD37 (ENSOARG00020014995) UFSP2 (ENSOARG00020015057) C4orf47 (ENSOARG00020015119) ENSOARG00020015181 PDLIM3 (ENSOARG00020015386) SORBS2 (ENSOARG00020015782) CYP4V2 (ENSOARG00020018832) KLKB1 (ENSOARG00020018965) F11 (ENSOARG00020019114) MTNR1A (ENSOARG00020019337) FAT1 (ENSOARG00020019399) ENSOARG00020019457 ENSOARG00020019472 ENSOARG00020019504 ##22 ZFP42 (ENSOARG00020019525) TRIML1 (ENSOARG00020019575) FRG1 (ENSOARG00020019669) ASAH1 (ENSOARG00020019754) PCM1 (ENSOARG00020020248) ENSOARG00020021745 FGL1 (ENSOARG00020021774) PDGFRL (ENSOARG00020022593) SLC7A2 (ENSOARG00020022649) MTMR7 (ENSOARG00020022703) VPS37A (ENSOARG00020022844) ENSOARG00020023007 ENSOARG00020023022 CNOT7 (ENSOARG00020023034) ZDHHC2 (ENSOARG00020023072) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3093 EGFR (ENSBBBG00000019718) ENSBBBG00000005174 ##22 SEC61G (ENSBBBG00000005179) NEK10 (ENSBBBG00000019654) ENSBBBG00000007956 SLC4A7 (ENSBBBG00000005307) EOMES (ENSBBBG00000019404) CMC1 (ENSBBBG00000019389) AZI2 (ENSBBBG00000019377) ENSBBBG00000009179 ZCWPW2 (ENSBBBG00000019368) RBMS3 (ENSBBBG00000019356) ENSBBBG00000019347 THUMPD3 (ENSBBBG00000019338) SETD5 (ENSBBBG00000005015) LHFPL4 (ENSBBBG00000004962) MTMR14 (ENSBBBG00000004959) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000008828.h ENSGT00940000154517.gb.a.a.a ENSGT00940000155616.c.b ENSGT00530000063528.B ENSGT00390000004304 ENSGT00940000161545 ENSGT00940000160514 ENSGT00940000164483 ENSGT00990000203619.A.a ENSGT01060000248589.C ENSGT00940000155600.b ENSGT00940000160782 ENSGT00940000154443.b.a.jb ENSGT00940000165666 ENSGT00940000155375.c ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 ENSGT00390000001021 ENSGT00390000006290 ENSGT00940000163590 ENSGT00390000008856.k ENSGT00940000153737.b ENSGT00500000044890.a.a ENSGT00940000156153 ENSGT00510000047417.j ENSGT00940000159616 ENSGT00940000160302 ENSGT00940000158618 ENSGT00940000162492.w ENSGT00940000155009.i ENSGT00940000160244 ENSGT00530000063186.a Cow MODERN SPECIES 177 FUNDC1 (ENSBTAG00000001637) EFHC2 (ENSBTAG00000053072) NDP (ENSBTAG00000012623) ENSBTAG00000055248 MAOB (ENSBTAG00000001288) MAOA (ENSBTAG00000016206) PPP1R2C (ENSBTAG00000037883) CASK (ENSBTAG00000020136) GPR82 (ENSBTAG00000045934) GPR34 (ENSBTAG00000020144) NYX (ENSBTAG00000046407) DDX3X (ENSBTAG00000035907) ENSBTAG00000053853 USP9X (ENSBTAG00000006242) ENSBTAG00000049862 ENSBTAG00000030490 ##22 MED14 (ENSBTAG00000011790) CXHXorf38 (ENSBTAG00000011788) MPC1L (ENSBTAG00000011783) ATP6AP2 (ENSBTAG00000017801) BCOR (ENSBTAG00000047339) MID1IP1 (ENSBTAG00000011463) TSPAN7 (ENSBTAG00000008966) ENSBTAG00000053054 ENSBTAG00000046998 OTC (ENSBTAG00000001488) ENSBTAG00000045867 SRPX (ENSBTAG00000004280) ENSBTAG00000055069 SYTL5 (ENSBTAG00000004955) H2AL3 (ENSBTAG00000052113) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 ENSBIXG00005016036 EFHC2 (ENSBIXG00005016054) NDP (ENSBIXG00005016079) ENSBIXG00005016094 MAOB (ENSBIXG00005016178) ENSBIXG00005016263 ENSBIXG00005002595 GPR82 (ENSBIXG00005000078) GPR34 (ENSBIXG00005016346) CASK (ENSBIXG00005016500) NYX (ENSBIXG00005016606) ENSBIXG00005016992 ENSBIXG00005017050 ENSBIXG00005017068 USP9X (ENSBIXG00005017112) ENSBIXG00005017168 ##22 MED14 (ENSBIXG00005017250) CXorf38 (ENSBIXG00005017280) ENSBIXG00005017292 ENSBIXG00005017517 ENSBIXG00005017652 BCOR (ENSBIXG00005017741) MID1IP1 (ENSBIXG00005017816) ENSBIXG00005002892 TSPAN7 (ENSBIXG00005017860) OTC (ENSBIXG00005017899) ENSBIXG00005018003 ENSBIXG00005018049 SRPX (ENSBIXG00005002934) SYTL5 (ENSBIXG00005018140) DYNLT3 (ENSBIXG00005018193) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 206 ENSGT00940000155450 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1251 ENSBMUG00000018413 ENSBMUG00000018374 ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ADGRL2 (ENSBGRG00000001750) ENSBGRG00000001675 ENSBGRG00000001672 TTLL7 (ENSBGRG00000001582) ENSBGRG00000001547 PRKACB (ENSBGRG00000001167) ENSBGRG00000001096 DNASE2B (ENSBGRG00000001063) ENSBGRG00000001021 RPF1 (ENSBGRG00000000983) ENSBGRG00000000963 SPATA1 (ENSBGRG00000000917) CTBS (ENSBGRG00000000887) SSX2IP (ENSBGRG00000000833) LPAR3 (ENSBGRG00000000803) ENSBGRG00000000797 ##22 MCOLN2 (ENSBGRG00000000755) MCOLN3 (ENSBGRG00000000709) DNAI3 (ENSBGRG00000000494) SYDE2 (ENSBGRG00000000456) C1orf52 (ENSBGRG00000000411) BCL10 (ENSBGRG00000000384) DDAH1 (ENSBGRG00000000347) ENSBGRG00000000337 CCN1 (ENSBGRG00000000313) ZNHIT6 (ENSBGRG00000000263) ENSBGRG00000000235 COL24A1 (ENSBGRG00000006871) ODF2L (ENSBGRG00000006729) ENSBGRG00000006706 CLCA2 (ENSBGRG00000006661) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 32 ENSCHYG00000000522 ENSCHYG00000000513 ENSCHYG00000000505 ZNF317 (ENSCHYG00000000466) ENSCHYG00000000428 ENSCHYG00000000424 ENSCHYG00000000412 ENSCHYG00000000405 ENSCHYG00000000395 ENSCHYG00000000391 ENSCHYG00000000386 ENSCHYG00000000369 ENSCHYG00000000361 ENSCHYG00000021700 ENSCHYG00000021676 ENSCHYG00000021653 ##22 ENSCHYG00000021615 ENSCHYG00000021579 ENSCHYG00000021555 ENSCHYG00000021460 ENSCHYG00000021432 ENSCHYG00000021396 ENSCHYG00000021342 MAN2B1 (ENSCHYG00000021233) ENSCHYG00000021159 WDR83 (ENSCHYG00000021020) DHPS (ENSCHYG00000020871) ENSCHYG00000020822 FBXW9 (ENSCHYG00000020520) TNPO2 (ENSCHYG00000020399) TRIR (ENSCHYG00000020314) Yarkand deer MODERN SPECIES 10 KCNH8 (ENSCHYG00000017889) ENSCHYG00000017861 SATB1 (ENSCHYG00000017752) TBC1D5 (ENSCHYG00000017550) PLCL2 (ENSCHYG00000017252) ENSCHYG00000017075 RFTN1 (ENSCHYG00000016683) OXNAD1 (ENSCHYG00000016543) DPH3 (ENSCHYG00000016462) GALNT15 (ENSCHYG00000016130) ANKRD28 (ENSCHYG00000014677) BTD (ENSCHYG00000014404) ENSCHYG00000014376 HACL1 (ENSCHYG00000011632) COLQ (ENSCHYG00000011149) ENSCHYG00000011089 ##22 EAF1 (ENSCHYG00000011048) METTL6 (ENSCHYG00000010912) SH3BP5 (ENSCHYG00000010811) CAPN7 (ENSCHYG00000010535) ENSCHYG00000010481 COL6A5 (ENSCHYG00000009969) COL6A6 (ENSCHYG00000009757) PIK3R4 (ENSCHYG00000009005) ENSCHYG00000008930 ETS2 (ENSCHYG00000008759) ERG (ENSCHYG00000008261) KCNJ15 (ENSCHYG00000008186) ENSCHYG00000008174 KCNJ6 (ENSCHYG00000008127) DYRK1A (ENSCHYG00000008074) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 1 HELLS (ENSPTRG00000002778) TBC1D12 (ENSPTRG00000002777) NOC3L (ENSPTRG00000002776) PLCE1 (ENSPTRG00000002775) ENSPTRG00000045483 PIPSL (ENSPTRG00000046503) SLC35G1 (ENSPTRG00000002772) ENSPTRG00000047673 LGI1 (ENSPTRG00000002771) FRA10AC1 (ENSPTRG00000002770) PDE6C (ENSPTRG00000002769) RBP4 (ENSPTRG00000002768) FFAR4 (ENSPTRG00000002767) CEP55 (ENSPTRG00000002766) MYOF (ENSPTRG00000002765) ENSPTRG00000052387 ##22 ENSPTRG00000047997 CYP26A1 (ENSPTRG00000002763) CYP26C1 (ENSPTRG00000002762) EXOC6 (ENSPTRG00000002761) HHEX (ENSPTRG00000002760) ENSPTRG00000042999 KIF11 (ENSPTRG00000002758) IDE (ENSPTRG00000002757) ENSPTRG00000049256 MARCHF5 (ENSPTRG00000024274) ENSPTRG00000042284 CPEB3 (ENSPTRG00000002753) BTAF1 (ENSPTRG00000002751) FGFBP3 (ENSPTRG00000002750) TNKS2 (ENSPTRG00000002749) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Drill MODERN SPECIES 832 SLC9A1 (ENSMLEG00000014293) TENT5B (ENSMLEG00000042465) ENSMLEG00000026434 KDF1 (ENSMLEG00000041584) NUDC (ENSMLEG00000036923) NR0B2 (ENSMLEG00000030851) GPATCH3 (ENSMLEG00000033364) GPN2 (ENSMLEG00000025975) ENSMLEG00000006437 ENSMLEG00000003136 ZDHHC18 (ENSMLEG00000042906) PIGV (ENSMLEG00000034758) ARID1A (ENSMLEG00000022830) RPS6KA1 (ENSMLEG00000043206) ENSMLEG00000038780 ENSMLEG00000035869 ##22 DHDDS (ENSMLEG00000034617) LIN28A (ENSMLEG00000011746) ZNF683 (ENSMLEG00000037471) CRYBG2 (ENSMLEG00000014773) CD52 (ENSMLEG00000014796) UBXN11 (ENSMLEG00000038323) SH3BGRL3 (ENSMLEG00000029299) CEP85 (ENSMLEG00000040503) CATSPER4 (ENSMLEG00000041274) CNKSR1 (ENSMLEG00000044411) ZNF593OS (ENSMLEG00000031396) ZNF593 (ENSMLEG00000035715) C1orf232 (ENSMLEG00000000238) FAM110D (ENSMLEG00000001627) PDIK1L (ENSMLEG00000026898) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 332 ENSCPOG00000023476 ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 2 IL17D (ENSHGLG00000009735) IFT88 (ENSHGLG00000010561) CRYL1 (ENSHGLG00000013543) ENSHGLG00000032773 GJB6 (ENSHGLG00000014019) GJB2 (ENSHGLG00000017361) ENSHGLG00000017378 ENSHGLG00000044516 GJA3 (ENSHGLG00000038335) ZMYM2 (ENSHGLG00000014453) ZMYM5 (ENSHGLG00000017994) ENSHGLG00000043089 ENSHGLG00000018099 PSPC1 (ENSHGLG00000018811) ENSHGLG00000006845 ENSHGLG00000049700 ##22 ENSHGLG00000008309 ENSHGLG00000016438 ENSHGLG00000007270 ENSHGLG00000006734 ENSHGLG00000008585 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 1 ENSSVLG00005008160 TBL1XR1 (ENSSVLG00005008184) NAALADL2 (ENSSVLG00005008257) ENSSVLG00005008340 NLGN1 (ENSSVLG00005008366) SPATA16 (ENSSVLG00005008419) ECT2 (ENSSVLG00005008532) NCEH1 (ENSSVLG00005008940) ENSSVLG00005009000 TNFSF10 (ENSSVLG00005009030) ENSSVLG00005009074 GHSR (ENSSVLG00005009108) FNDC3B (ENSSVLG00005009155) TMEM212 (ENSSVLG00005009205) PLD1 (ENSSVLG00005009258) ENSSVLG00005009308 ##22 ENSSVLG00005009676 SLC2A2 (ENSSVLG00005012009) EIF5A2 (ENSSVLG00005012156) ENSSVLG00005012248 SLC7A14 (ENSSVLG00005012335) CLDN11 (ENSSVLG00005012422) SKIL (ENSSVLG00005012473) ENSSVLG00005012666 ENSSVLG00005012724 PHC3 (ENSSVLG00005012992) GPR160 (ENSSVLG00005013127) ENSSVLG00005013185 SEC62 (ENSSVLG00005013253) SAMD7 (ENSSVLG00005013435) LRRC31 (ENSSVLG00005013710) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 209 ZFHX3 (ENSUPAG00010014216) ENSUPAG00010014227 ENSUPAG00010014232 ENSUPAG00010014238 ##22 PMFBP1 (ENSUPAG00010014246) DHX38 (ENSUPAG00010014280) TXNL4B (ENSUPAG00010014339) ENSUPAG00010014354 DHODH (ENSUPAG00010014366) IST1 (ENSUPAG00010014404) ENSUPAG00010014442 ZNF821 (ENSUPAG00010014449) ATXN1L (ENSUPAG00010014478) ENSUPAG00010014485 AP1G1 (ENSUPAG00010014505) PHLPP2 (ENSUPAG00010014596) ENSUPAG00010014635 TAT (ENSUPAG00010014676) ENSUPAG00010014699 Alpin marmot MODERN SPECIES 47 OR1Q1 (ENSMMMG00000018554) ENSMMMG00000018552 ENSMMMG00000018548 OR1B1 (ENSMMMG00000018546) ENSMMMG00000018540 ENSMMMG00000018538 OR5C1 (ENSMMMG00000018535) OR1K1 (ENSMMMG00000018530) PDCL (ENSMMMG00000018517) RC3H2 (ENSMMMG00000018470) ZBTB6 (ENSMMMG00000018466) ZBTB26 (ENSMMMG00000018454) RABGAP1 (ENSMMMG00000018398) STRBP (ENSMMMG00000018353) CRB2 (ENSMMMG00000018308) ENSMMMG00000018296 ##22 DENND1A (ENSMMMG00000018266) ENSMMMG00000018209 NEK6 (ENSMMMG00000018189) PSMB7 (ENSMMMG00000018175) NR5A1 (ENSMMMG00000018155) NR6A1 (ENSMMMG00000018148) OLFML2A (ENSMMMG00000018107) WDR38 (ENSMMMG00000018077) RPL35 (ENSMMMG00000018074) ARPC5L (ENSMMMG00000018071) GOLGA1 (ENSMMMG00000018029) ENSMMMG00000018021 SCAI (ENSMMMG00000017999) PPP6C (ENSMMMG00000017971) ENSMMMG00000017965 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3142 Grid2 (ENSMSIG00000004685) Atoh1 (ENSMSIG00000004761) ENSMSIG00000004770 ##22 ENSMSIG00000004781 Smarcad1 (ENSMSIG00000004793) Hpgds (ENSMSIG00000004887) ENSMSIG00000004897 Steppe mouse MODERN SPECIES 2382 ENSMSIG00000018068 ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 1 ENSPEMG00000017153 ENSPEMG00000012423 ENSPEMG00000016903 Ythdc1 (ENSPEMG00000013850) Tmprss11e (ENSPEMG00000010598) Tmprss11b (ENSPEMG00000010122) Tmprss11f (ENSPEMG00000009823) Tmprss11g (ENSPEMG00000014250) Tmprss11a (ENSPEMG00000016148) Tmprss11d (ENSPEMG00000015013) Tmprss11c (ENSPEMG00000007704) ENSPEMG00000014013 Uba6 (ENSPEMG00000014913) Stap1 (ENSPEMG00000002135) Cenpc1 (ENSPEMG00000014768) ENSPEMG00000012537 ##22 ENSPEMG00000028061 Csn1s1 (ENSPEMG00000007203) Csn2 (ENSPEMG00000010030) Csn1s2a (ENSPEMG00000010301) Prr27 (ENSPEMG00000017370) ENSPEMG00000029905 Odam (ENSPEMG00000018624) Csn3 (ENSPEMG00000018161) 2310003L06Rik (ENSPEMG00000006070) Cabs1 (ENSPEMG00000024925) ENSPEMG00000028962 Amtn (ENSPEMG00000015495) Ambn (ENSPEMG00000018926) Enam (ENSPEMG00000016272) Jchain (ENSPEMG00000028523) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 60 Cpt1a (ENSJJAG00000019639) Mrpl21 (ENSJJAG00000018455) Ighmbp2 (ENSJJAG00000022964) Mrgprf (ENSJJAG00000017168) Tpcn2 (ENSJJAG00000019473) ENSJJAG00000000500 Mro (ENSJJAG00000018866) #12 ENSJJAG00000007096 #13 Ska1 (ENSJJAG00000008382) #14 Cxxc1 (ENSJJAG00000022206) #15 Mbd1 (ENSJJAG00000022859) #16 ENSJJAG00000023145 ENSJJAG00000012661 #18 Acaa2 (ENSJJAG00000023029) #19 Lipg (ENSJJAG00000021249) #21 ENSJJAG00000017312 ##22 BC031181 (ENSJJAG00000013965) #23 Dym (ENSJJAG00000000543) #24 ENSJJAG00000011899 ENSJJAG00000014372 ENSJJAG00000011224 Smad7 (ENSJJAG00000017342) #26 Ctif (ENSJJAG00000013706) #27 ENSJJAG00000000639 Zbtb7c (ENSJJAG00000005484) #28 ENSJJAG00000000783 Smad2 (ENSJJAG00000021902) #29 Skor2 (ENSJJAG00000013235) ENSJJAG00000009768 #30 Hdhd2 (ENSJJAG00000020515) #31 Katnal2 (ENSJJAG00000013360) #32 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 9 Mex3c (ENSRNOG00000015777) #8 Smad4 (ENSRNOG00000051965) #9 Elac1 (ENSRNOG00000000113) #10 Me2 (ENSRNOG00000015582) #11 LOC680512 (ENSRNOG00000033808) Mro (ENSRNOG00000024426) #12 Mapk4 (ENSRNOG00000015401) #13 Ska1 (ENSRNOG00000015275) #14 Cxxc1 (ENSRNOG00000014614) #15 Cfap53 (ENSRNOG00000014585) Mbd1 (ENSRNOG00000024104) #16 Myo5b (ENSRNOG00000014104) #18 Acaa2 (ENSRNOG00000013766) #19 Lipg (ENSRNOG00000018694) #21 Slc25a6 (ENSRNOG00000042387) Rpl17 (ENSRNOG00000018680) ##22 Dym (ENSRNOG00000018425) #24 Smad7 (ENSRNOG00000018359) #26 Ctif (ENSRNOG00000018342) #27 ENSRNOG00000067472 Zbtb7c (ENSRNOG00000047924) #28 Smad2 (ENSRNOG00000018140) #29 Skor2 (ENSRNOG00000018006) Ier3ip1 (ENSRNOG00000043171) #31 Katnal2 (ENSRNOG00000017788) #32 Pias2 (ENSRNOG00000017493) #34 St8sia5 (ENSRNOG00000022691) Loxhd1 (ENSRNOG00000017410) #35 Rnf165 (ENSRNOG00000048824) #36 RGD1308601 (ENSRNOG00000017215) ENSRNOG00000063575 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 170 ENSODEG00000004349 ACOT12 (ENSODEG00000004907) SSBP2 (ENSODEG00000004975) ATG10 (ENSODEG00000005078) RPS23 (ENSODEG00000005092) ENSODEG00000005103 ENSODEG00000005125 XRCC4 (ENSODEG00000005147) ENSODEG00000005159 ENSODEG00000005176 HAPLN1 (ENSODEG00000005201) EDIL3 (ENSODEG00000005260) ENSODEG00000005359 ENSODEG00000005376 ENSODEG00000005383 ENSODEG00000019183 ##22 RASA1 (ENSODEG00000005418) CCNH (ENSODEG00000005505) TMEM161B (ENSODEG00000005530) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 146 ENSOGAG00000008755 BLTP3A (ENSOGAG00000016353) TAF11 (ENSOGAG00000008522) ANKS1A (ENSOGAG00000008526) ENSOGAG00000028462 TCP11 (ENSOGAG00000031615) SCUBE3 (ENSOGAG00000002933) ZNF76 (ENSOGAG00000002935) DEF6 (ENSOGAG00000002936) PPARD (ENSOGAG00000000630) ENSOGAG00000024631 FANCE (ENSOGAG00000002939) TEAD3 (ENSOGAG00000002943) TULP1 (ENSOGAG00000029633) FKBP5 (ENSOGAG00000016164) ENSOGAG00000032836 ##22 ARMC12 (ENSOGAG00000025864) CLPSL2 (ENSOGAG00000006388) ENSOGAG00000009050 ENSOGAG00000024915 CLPS (ENSOGAG00000009742) LHFPL5 (ENSOGAG00000009744) SRPK1 (ENSOGAG00000009745) SLC26A8 (ENSOGAG00000002813) MAPK14 (ENSOGAG00000002814) MAPK13 (ENSOGAG00000002816) BRPF3 (ENSOGAG00000002560) PNPLA1 (ENSOGAG00000017067) BNIP5 (ENSOGAG00000031171) ENSOGAG00000017069 KCTD20 (ENSOGAG00000000496) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 15 MBD2 (ENSNSUG00000013112) ##16 ENSNSUG00000013111 DCC (ENSNSUG00000013107) #7 MEX3C (ENSNSUG00000013103) #8 SMAD4 (ENSNSUG00000013101) #9 ELAC1 (ENSNSUG00000013099) #10 ME2 (ENSNSUG00000013096) #11 MAPK4 (ENSNSUG00000013095) #13 ENSNSUG00000013094 ENSNSUG00000013093 ENSNSUG00000013092 ENSNSUG00000013091 #18 ENSNSUG00000013090 #18 ACAA2 (ENSNSUG00000013087) #19 LIPG (ENSNSUG00000012949) #21 ENSNSUG00000012945 ##22 C18orf32 (ENSNSUG00000012944) #23 DYM (ENSNSUG00000012943) #24 SMAD7 (ENSNSUG00000012942) #26 CTIF (ENSNSUG00000012893) #27 ENSNSUG00000012891 ##29 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183103.d.a.b ENSGT01030000234535.E.a ENSGT00940000155301 ENSGT00940000156170.b ENSGT00940000156873.f ENSGT00940000160524 ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000154437.ad.b ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154470.a ENSGT00940000162144 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000159146 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872.k #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a.d.a.b #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167.a Japanese quail MODERN SPECIES 699 ENSCJPG00005004843 ST8SIA3 (ENSCJPG00005004844) WDR7 (ENSCJPG00005004845) TXNL1 (ENSCJPG00005004863) NEDD4L (ENSCJPG00005004869) ALPK2 (ENSCJPG00005004887) MALT1 (ENSCJPG00005004888) ZNF532 (ENSCJPG00005004899) SEC11C (ENSCJPG00005004904) GRP (ENSCJPG00005004907) RAX (ENSCJPG00005004909) CPLX4 (ENSCJPG00005004910) LMAN1 (ENSCJPG00005004911) ACAA2 (ENSCJPG00005004912) #19 LIPG (ENSCJPG00005004913) #21 ENSCJPG00005004917 ##22 C18orf32 (ENSCJPG00005004922) #23 DYM (ENSCJPG00005004924) #24 SMAD7 (ENSCJPG00005004928) #26 CTIF (ENSCJPG00005004929) #27 ZBTB7C (ENSCJPG00005004933) #28 SMAD2 (ENSCJPG00005004935) #29 SKOR2 (ENSCJPG00005004937) IER3IP1 (ENSCJPG00005004943) #30 HDHD2 (ENSCJPG00005004947) #31 KATNAL2 (ENSCJPG00005004948) #32 PIAS2 (ENSCJPG00005004954) #34 ST8SIA5 (ENSCJPG00005005152) LOXHD1 (ENSCJPG00005005160) #35 RNF165 (ENSCJPG00005005197) #36 C18orf25 (ENSCJPG00005005205) Amniota ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008823 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000178986 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b Mammalia ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 #36 Theria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT01030000234969 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 #36 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01070000254624 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Opossum MODERN SPECIES 2 MBD2 (ENSMODG00000011041) ##16 POLI (ENSMODG00000011046) STARD6 (ENSMODG00000011055) ENSMODG00000025604 ENSMODG00000037484 ENSMODG00000003833 #12 MAPK4 (ENSMODG00000003819) #13 ENSMODG00000003805 ENSMODG00000003795 ENSMODG00000003773 ENSMODG00000043831 MYO5B (ENSMODG00000003753) #18 ACAA2 (ENSMODG00000003595) #19 ENSMODG00000039010 LIPG (ENSMODG00000003564) #21 ENSMODG00000003534 ##22 C18orf32 (ENSMODG00000003518) #23 ENSMODG00000050373 DYM (ENSMODG00000003506) #24 SMAD7 (ENSMODG00000039523) #26 CTIF (ENSMODG00000003464) #27 ENSMODG00000046916 ZBTB7C (ENSMODG00000003412) #28 ENSMODG00000042470 SMAD2 (ENSMODG00000003393) #29 SKOR2 (ENSMODG00000003381) IER3IP1 (ENSMODG00000037588) #30 HDHD2 (ENSMODG00000044379) #31 KATNAL2 (ENSMODG00000003358) #32 ENSMODG00000003324 #34 ENSMODG00000048012 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000164047.c.b ENSGT00940000156997 #36 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 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ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741.s #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 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ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654.e #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741.s #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 606 DCC (ENSPSMG00000020751) #7 MEX3C (ENSPSMG00000020603) #8 SMAD4 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#28 SMAD2 (ENSMICG00000007882) #29 SKOR2 (ENSMICG00000031129) IER3IP1 (ENSMICG00000043887) #30 HDHD2 (ENSMICG00000042121) #31 KATNAL2 (ENSMICG00000007857) #32 PIAS2 (ENSMICG00000013229) #34 ST8SIA5 (ENSMICG00000013224) ENSMICG00000017500 LOXHD1 (ENSMICG00000001316) #35 RNF165 (ENSMICG00000011741) #36 Mouse lemur MODERN SPECIES SPICE1 (ENSMICG00000049025) SIDT1 (ENSMICG00000049213) USF3 (ENSMICG00000049097) NAA50 (ENSMICG00000049133) ENSMICG00000049521 #9 ENSMICG00000049182 ENSMICG00000049492 ZDHHC23 (ENSMICG00000049429) QTRT2 (ENSMICG00000049101) DRD3 (ENSMICG00000049039) TIGIT (ENSMICG00000048887) ZBTB20 (ENSMICG00000049480) ENSMICG00000049016 GAP43 (ENSMICG00000049221) LSAMP (ENSMICG00000048878) ENSMICG00000049499 ##22 ENSMICG00000049006 IGSF11 (ENSMICG00000049356) ENSMICG00000049260 UPK1B (ENSMICG00000049009) B4GALT4 (ENSMICG00000049037) ARHGAP31 (ENSMICG00000049335) TMEM39A (ENSMICG00000049505) POGLUT1 (ENSMICG00000048901) TIMMDC1 (ENSMICG00000049136) CD80 (ENSMICG00000049031) 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ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Kangaroo rat MODERN SPECIES 428 Il7 (ENSDORG00000028304) Zc2hc1a (ENSDORG00000001862) Pkia (ENSDORG00000025538) ENSDORG00000023488 ENSDORG00000025479 ##22 Pex2 (ENSDORG00000016372) Zfhx4 (ENSDORG00000016167) ENSDORG00000024577 Hnf4g (ENSDORG00000014548) Crispld1 (ENSDORG00000007128) Pi15 (ENSDORG00000003978) Gdap1 (ENSDORG00000006224) Jph1 (ENSDORG00000028458) Ly96 (ENSDORG00000014550) ENSDORG00000027111 ENSDORG00000023483 Stau2 (ENSDORG00000014308) Rdh10 (ENSDORG00000024154) ENSDORG00000027501 4930444P10Rik (ENSDORG00000030113) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Lesser Egyptian jerboa DUPLICATION Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 78 Bend3 (ENSJJAG00000015264) Mtres1 (ENSJJAG00000023519) Qrsl1 (ENSJJAG00000012030) Rtn4ip1 (ENSJJAG00000016075) ENSJJAG00000017114 Atg5 (ENSJJAG00000015537) Prdm1 (ENSJJAG00000023075) Prep (ENSJJAG00000020209) Popdc3 (ENSJJAG00000014670) Bves (ENSJJAG00000012371) Lin28b (ENSJJAG00000011024) Hace1 (ENSJJAG00000013574) ENSJJAG00000000658 ENSJJAG00000023039 Grik2 (ENSJJAG00000019973) ENSJJAG00000009659 ##22 Ascc3 (ENSJJAG00000022570) ENSJJAG00000018345 Prdm13 (ENSJJAG00000017076) ENSJJAG00000014057 ENSJJAG00000011362 ENSJJAG00000012978 ENSJJAG00000006075 Usp45 (ENSJJAG00000014836) ENSJJAG00000010604 ENSJJAG00000022314 ENSJJAG00000021880 ENSJJAG00000014861 ENSJJAG00000013919 ENSJJAG00000022306 ENSJJAG00000013294 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 52 Casp8 (ENSJJAG00000014714) Cflar (ENSJJAG00000024196) Hycc2 (ENSJJAG00000022468) ENSJJAG00000010907 Orc2 (ENSJJAG00000011615) Nif3l1 (ENSJJAG00000012006) ENSJJAG00000013473 Clk1 (ENSJJAG00000024354) Bzw1 (ENSJJAG00000022065) Aox2 (ENSJJAG00000011668) Aox4 (ENSJJAG00000017799) Aox1 (ENSJJAG00000019598) ENSJJAG00000015058 Kctd18 (ENSJJAG00000016069) Spats2l (ENSJJAG00000019268) ENSJJAG00000010933 ##22 ENSJJAG00000012063 Maip1 (ENSJJAG00000023816) Tyw5 (ENSJJAG00000019361) 1700066M21Rik (ENSJJAG00000019976) ENSJJAG00000023987 Satb2 (ENSJJAG00000019883) ENSJJAG00000012932 Plcl1 (ENSJJAG00000024297) Boll (ENSJJAG00000015508) Mars2 (ENSJJAG00000023940) Rftn2 (ENSJJAG00000002223) ENSJJAG00000009865 ENSJJAG00000012025 ENSJJAG00000016713 Coq10b (ENSJJAG00000020646) Muroidea ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 615 Rpl17 (ENSNGAG00000013518) ##22 BC031181 (ENSNGAG00000013970) #23 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Murinae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT00940000168426 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Mus ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00860000135602 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT00940000168426 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648.c #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Shrew mouse MODERN SPECIES 6 Dcc (MGP_PahariEiJ_G0019118) #7 Mex3c (MGP_PahariEiJ_G0019119) #8 Smad4 (MGP_PahariEiJ_G0019120) #9 Elac1 (MGP_PahariEiJ_G0019121) #10 Me2 (MGP_PahariEiJ_G0019122) #11 MGP_PahariEiJ_G0019123 #12 Mapk4 (MGP_PahariEiJ_G0019124) #13 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(ENSPEMG00000020629) #28 Smad2 (ENSPEMG00000020383) #29 Skor2 (ENSPEMG00000022190) ENSPEMG00000026193 #30 Hdhd2 (ENSPEMG00000020912) #31 Katnal2 (ENSPEMG00000021096) #32 Pias2 (ENSPEMG00000022220) #34 St8sia5 (ENSPEMG00000022119) Loxhd1 (ENSPEMG00000022919) #35 ENSPEMG00000029031 #36 8030462N17Rik (ENSPEMG00000010341) Haus1 (ENSPEMG00000021388) Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 5 ENSMOCG00000002868 Dcc (ENSMOCG00000002873) #7 Mex3c (ENSMOCG00000012424) #8 Smad4 (ENSMOCG00000014880) #9 Elac1 (ENSMOCG00000013625) #10 ENSMOCG00000019370 #11 Mro (ENSMOCG00000001134) #12 Mapk4 (ENSMOCG00000017622) #13 Ska1 (ENSMOCG00000000860) #14 Cxxc1 (ENSMOCG00000018819) #15 ENSMOCG00000011976 #16 ENSMOCG00000008152 Myo5b (ENSMOCG00000022368) #18 Acaa2 (ENSMOCG00000004236) #19 Lipg (ENSMOCG00000020738) #21 Rpl17 (ENSMOCG00000012741) ##22 BC031181 (ENSMOCG00000012446) #23 Dym (ENSMOCG00000022593) #24 Smad7 (ENSMOCG00000001269) #26 Ctif (ENSMOCG00000020507) #27 Zbtb7c 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(ENSMOCG00000020741) 1700030J22Rik (ENSMOCG00000021044) Gcsh (ENSMOCG00000000583) Pkd1l2 (ENSMOCG00000017193) Bco1 (ENSMOCG00000015152) Gan (ENSMOCG00000022503) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 ENSSVLG00005024226 DCC (ENSSVLG00005023748) #7 ENSSVLG00005023623 #8 SMAD4 (ENSSVLG00005023577) #9 ELAC1 (ENSSVLG00005023532) #10 ENSSVLG00005022892 #11 MRO (ENSSVLG00005022669) #12 MAPK4 (ENSSVLG00005022625) #13 SKA1 (ENSSVLG00005022508) #14 CXXC1 (ENSSVLG00005021998) #15 ENSSVLG00005021347 #16 CFAP53 (ENSSVLG00005021141) #17 MYO5B (ENSSVLG00005020740) #18 ACAA2 (ENSSVLG00005020577) #19 LIPG (ENSSVLG00005020493) #21 ENSSVLG00005020364 ##22 ENSSVLG00005020326 #23 DYM (ENSSVLG00005019977) #24 SMAD7 (ENSSVLG00005019787) #26 CTIF (ENSSVLG00005019619) #27 ZBTB7C (ENSSVLG00005019433) #28 ENSSVLG00005019379 #29 SKOR2 (ENSSVLG00005019180) ENSSVLG00005019150 #30 HDHD2 (ENSSVLG00005019073) #31 ENSSVLG00005019019 #33 KATNAL2 (ENSSVLG00005018737) #32 ENSSVLG00005018588 #34 ST8SIA5 (ENSSVLG00005018346) LOXHD1 (ENSSVLG00005016724) #35 RNF165 (ENSSVLG00005016476) #36 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT01030000236530 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Alpin marmot MODERN SPECIES 10 ENSMMMG00000005475 DCC (ENSMMMG00000005526) #7 MEX3C (ENSMMMG00000005613) #8 SMAD4 (ENSMMMG00000005628) #9 ELAC1 (ENSMMMG00000005660) #10 ME2 (ENSMMMG00000005680) #11 MRO (ENSMMMG00000005705) #12 MAPK4 (ENSMMMG00000005718) #13 SKA1 (ENSMMMG00000005747) #14 CXXC1 (ENSMMMG00000005766) #15 MBD1 (ENSMMMG00000005802) #16 CFAP53 (ENSMMMG00000005890) #17 MYO5B (ENSMMMG00000005915) #18 ACAA2 (ENSMMMG00000006091) #19 LIPG (ENSMMMG00000006111) #21 ENSMMMG00000006135 ##22 C18orf32 (ENSMMMG00000006157) #23 DYM (ENSMMMG00000006170) #24 SMAD7 (ENSMMMG00000006202) #26 CTIF (ENSMMMG00000006232) #27 ZBTB7C (ENSMMMG00000006278) #28 SMAD2 (ENSMMMG00000006290) #29 ENSMMMG00000006338 HDHD2 (ENSMMMG00000006342) #31 KATNAL2 (ENSMMMG00000006351) #32 PIAS2 (ENSMMMG00000006515) #34 ST8SIA5 (ENSMMMG00000006633) LOXHD1 (ENSMMMG00000006669) #35 RNF165 (ENSMMMG00000006757) #36 C18orf25 (ENSMMMG00000006777) HAUS1 (ENSMMMG00000006810) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 Squirrel MODERN SPECIES 97 MBD2 (ENSSTOG00000011253) ##16 DCC (ENSSTOG00000003557) #7 MEX3C (ENSSTOG00000022325) #8 SMAD4 (ENSSTOG00000028580) #9 ELAC1 (ENSSTOG00000010591) #10 ME2 (ENSSTOG00000027218) #11 MRO (ENSSTOG00000009940) #12 MAPK4 (ENSSTOG00000022822) #13 SKA1 (ENSSTOG00000003367) #14 CXXC1 (ENSSTOG00000029092) #15 MBD1 (ENSSTOG00000007780) #16 CFAP53 (ENSSTOG00000007769) #17 MYO5B (ENSSTOG00000019663) #18 ACAA2 (ENSSTOG00000020792) #19 LIPG (ENSSTOG00000016012) #21 ENSSTOG00000005193 ##22 C18orf32 (ENSSTOG00000024071) #23 DYM (ENSSTOG00000021838) #24 SMAD7 (ENSSTOG00000020985) #26 CTIF (ENSSTOG00000001967) #27 ZBTB7C (ENSSTOG00000011681) #28 ENSSTOG00000030530 SMAD2 (ENSSTOG00000003788) #29 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 126 MEX3C (ENSUPAG00010015295) #8 SMAD4 (ENSUPAG00010015300) #9 ELAC1 (ENSUPAG00010015318) #10 ME2 (ENSUPAG00010015322) #11 MRO (ENSUPAG00010015355) #12 ENSUPAG00010015363 MAPK4 (ENSUPAG00010015372) #13 SKA1 (ENSUPAG00010015379) #14 CXXC1 (ENSUPAG00010015403) #15 MBD1 (ENSUPAG00010015449) #16 CFAP53 (ENSUPAG00010015532) #17 MYO5B (ENSUPAG00010015539) #18 ACAA2 (ENSUPAG00010015705) #19 LIPG (ENSUPAG00010015731) #21 ENSUPAG00010015756 ##22 C18orf32 (ENSUPAG00010015774) #23 DYM (ENSUPAG00010015792) #24 ENSUPAG00010015826 SMAD7 (ENSUPAG00010015842) #26 CTIF (ENSUPAG00010015848) #27 ZBTB7C (ENSUPAG00010015885) #28 SMAD2 (ENSUPAG00010015902) #29 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Guinea pig MODERN SPECIES 14 MBD2 (ENSCPOG00000006832) ##16 DCC (ENSCPOG00000002018) #7 MEX3C (ENSCPOG00000009646) #8 SMAD4 (ENSCPOG00000006470) #9 ELAC1 (ENSCPOG00000012588) #10 ME2 (ENSCPOG00000012583) #11 MRO (ENSCPOG00000005618) #12 MAPK4 (ENSCPOG00000010565) #13 SKA1 (ENSCPOG00000013281) #14 CXXC1 (ENSCPOG00000020250) #15 MBD1 (ENSCPOG00000001671) #16 CFAP53 (ENSCPOG00000001668) #17 MYO5B (ENSCPOG00000014213) #18 ACAA2 (ENSCPOG00000004734) #19 LIPG (ENSCPOG00000008890) #21 ENSCPOG00000019337 ##22 C18orf32 (ENSCPOG00000034745) #23 DYM (ENSCPOG00000013484) #24 SMAD7 (ENSCPOG00000030295) #26 CTIF (ENSCPOG00000001049) #27 ZBTB7C (ENSCPOG00000040464) #28 SMAD2 (ENSCPOG00000013398) #29 SKOR2 (ENSCPOG00000021920) IER3IP1 (ENSCPOG00000040200) #30 HDHD2 (ENSCPOG00000030325) #31 KATNAL2 (ENSCPOG00000008150) #32 ENSCPOG00000003067 #34 ST8SIA5 (ENSCPOG00000030161) LOXHD1 (ENSCPOG00000009824) #35 RNF165 (ENSCPOG00000009298) #36 HAUS1 (ENSCPOG00000012723) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01100000263809 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 109 ELAC1 (ENSCLAG00000008334) #10 ENSCLAG00000007635 #11 MRO (ENSCLAG00000007658) #12 ENSCLAG00000007082 MAPK4 (ENSCLAG00000007282) #13 SKA1 (ENSCLAG00000009485) #14 CXXC1 (ENSCLAG00000010473) #15 MBD1 (ENSCLAG00000007457) #16 ENSCLAG00000008426 MYO5B (ENSCLAG00000013994) #18 ACAA2 (ENSCLAG00000008998) #19 ENSCLAG00000008597 ENSCLAG00000007196 LIPG (ENSCLAG00000011863) #21 ENSCLAG00000010369 ENSCLAG00000008914 ##22 C18orf32 (ENSCLAG00000008711) #23 DYM (ENSCLAG00000008080) #24 SMAD7 (ENSCLAG00000007063) #26 CTIF (ENSCLAG00000008174) #27 ZBTB7C (ENSCLAG00000012082) #28 SMAD2 (ENSCLAG00000011258) #29 SKOR2 (ENSCLAG00000012544) IER3IP1 (ENSCLAG00000007652) #30 HDHD2 (ENSCLAG00000006391) #31 KATNAL2 (ENSCLAG00000013657) #32 ENSCLAG00000011621 #34 ST8SIA5 (ENSCLAG00000012639) LOXHD1 (ENSCLAG00000011718) #35 RNF165 (ENSCLAG00000009534) #36 C18orf25 (ENSCLAG00000008611) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 52 NRN1L (ENSODEG00000015052) PSKH1 (ENSODEG00000014963) CTRL (ENSODEG00000015418) PSMB10 (ENSODEG00000015334) LCAT (ENSODEG00000015459) SLC12A4 (ENSODEG00000014903) DPEP3 (ENSODEG00000015502) DPEP2 (ENSODEG00000015603) ENSODEG00000014981 NFATC3 (ENSODEG00000016236) ESRP2 (ENSODEG00000015321) PLA2G15 (ENSODEG00000014846) SLC7A6 (ENSODEG00000015017) SLC7A6OS (ENSODEG00000014723) PRMT7 (ENSODEG00000015936) ENSODEG00000020430 ##22 SMPD3 (ENSODEG00000015727) ZFP90 (ENSODEG00000015237) CDH3 (ENSODEG00000014774) CDH1 (ENSODEG00000014980) TANGO6 (ENSODEG00000015059) HAS3 (ENSODEG00000015380) DERPC (ENSODEG00000014715) UTP4 (ENSODEG00000014461) SNTB2 (ENSODEG00000015053) VPS4A (ENSODEG00000015260) PDF (ENSODEG00000014877) COG8 (ENSODEG00000015833) ENSODEG00000014849 TMED6 (ENSODEG00000014967) ENSODEG00000016696 Degu MODERN SPECIES 136 ENSODEG00000003619 ALDH1A1 (ENSODEG00000003505) ENSODEG00000003433 RORB (ENSODEG00000003372) TRPM6 (ENSODEG00000003284) CARNMT1 (ENSODEG00000003242) NMRK1 (ENSODEG00000003218) OSTF1 (ENSODEG00000003195) ENSODEG00000003169 ENSODEG00000003128 RFK (ENSODEG00000003081) GCNT1 (ENSODEG00000018998) ENSODEG00000003761 ENSODEG00000003738 ENSODEG00000018936 ##22 ENSODEG00000019009 FOXB2 (ENSODEG00000018997) VPS13A (ENSODEG00000003608) ENSODEG00000003546 GNA14 (ENSODEG00000003528) ENSODEG00000003499 GNAQ (ENSODEG00000003488) CEP78 (ENSODEG00000003443) ENSODEG00000003423 ENSODEG00000003369 ENSODEG00000018927 ENSODEG00000003341 ENSODEG00000018932 TLE4 (ENSODEG00000003247) ENSODEG00000003198 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 197 CYB5RL (ENSODEG00000013330) MRPL37 (ENSODEG00000013096) SSBP3 (ENSODEG00000011890) ENSODEG00000020148 ACOT11 (ENSODEG00000011967) FAM151A (ENSODEG00000011460) MROH7 (ENSODEG00000011770) TTC4 (ENSODEG00000012043) PARS2 (ENSODEG00000020020) TTC22 (ENSODEG00000012665) LEXM (ENSODEG00000011742) DHCR24 (ENSODEG00000011738) BSND (ENSODEG00000011192) PCSK9 (ENSODEG00000012063) USP24 (ENSODEG00000011440) ENSODEG00000020038 ##22 ENSODEG00000011734 ENSODEG00000020054 PLPP3 (ENSODEG00000012261) ENSODEG00000011431 PRKAA2 (ENSODEG00000011215) DAB1 (ENSODEG00000012928) ENSODEG00000011438 OMA1 (ENSODEG00000012135) MYSM1 (ENSODEG00000011625) JUN (ENSODEG00000020142) ENSODEG00000012032 ENSODEG00000011484 ENSODEG00000019940 ENSODEG00000011638 Degu MODERN SPECIES 171 DNALI1 (ENSODEG00000006719) ENSODEG00000005679 RSPO1 (ENSODEG00000005377) CDCA8 (ENSODEG00000005939) EPHA10 (ENSODEG00000005704) ENSODEG00000008311 MANEAL (ENSODEG00000007218) YRDC (ENSODEG00000007401) C1orf122 (ENSODEG00000006893) ENSODEG00000007031 INPP5B (ENSODEG00000007989) ENSODEG00000007470 FHL3 (ENSODEG00000006118) ENSODEG00000006050 POU3F1 (ENSODEG00000006688) ENSODEG00000019423 ##22 RRAGC (ENSODEG00000006831) ENSODEG00000007175 ENSODEG00000006834 ENSODEG00000019387 RHBDL2 (ENSODEG00000007151) ENSODEG00000006600 NDUFS5 (ENSODEG00000006145) ENSODEG00000006381 ENSODEG00000006963 ENSODEG00000006675 ENSODEG00000006592 ENSODEG00000019223 HEYL (ENSODEG00000006313) NT5C1A (ENSODEG00000008226) HPCAL4 (ENSODEG00000007714) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 130 ESPNL (ENSODEG00000008795) KLHL30 (ENSODEG00000010555) ERFE (ENSODEG00000009273) ILKAP (ENSODEG00000009636) HES6 (ENSODEG00000009169) PER2 (ENSODEG00000008617) ENSODEG00000019644 TRAF3IP1 (ENSODEG00000009879) ASB1 (ENSODEG00000009233) TWIST2 (ENSODEG00000019629) ENSODEG00000009580 ENSODEG00000009986 ENSODEG00000019773 ENSODEG00000008649 OTOS (ENSODEG00000009723) ENSODEG00000019717 ##22 ENSODEG00000019706 GPC1 (ENSODEG00000010463) ANKMY1 (ENSODEG00000012472) DUSP28 (ENSODEG00000008939) RNPEPL1 (ENSODEG00000009147) CAPN10 (ENSODEG00000008893) ENSODEG00000013071 KIF1A (ENSODEG00000009831) ENSODEG00000010118 AGXT (ENSODEG00000010326) MAB21L4 (ENSODEG00000009520) CROCC2 (ENSODEG00000013957) SNED1 (ENSODEG00000009052) MTERF4 (ENSODEG00000010009) PASK (ENSODEG00000011073) Degu MODERN SPECIES 44 ELAC1 (ENSODEG00000018368) #10 ME2 (ENSODEG00000018322) #11 MRO (ENSODEG00000018415) #12 ENSODEG00000018450 #13 ENSODEG00000018396 ENSODEG00000018389 CXXC1 (ENSODEG00000018469) #15 MBD1 (ENSODEG00000018451) #16 ENSODEG00000018463 MYO5B (ENSODEG00000018483) #18 ENSODEG00000018376 #19 LIPG (ENSODEG00000018437) #21 ENSODEG00000018445 ENSODEG00000018444 ENSODEG00000018441 ENSODEG00000018384 ##22 C18orf32 (ENSODEG00000018385) #23 ENSODEG00000020491 ENSODEG00000018460 ENSODEG00000018365 ENSODEG00000018393 DYM (ENSODEG00000018486) #24 SMAD7 (ENSODEG00000018424) #26 CTIF (ENSODEG00000018390) #27 ZBTB7C (ENSODEG00000018417) #28 SMAD2 (ENSODEG00000018373) #29 ENSODEG00000018377 ENSODEG00000018340 ENSODEG00000018367 SKOR2 (ENSODEG00000018363) IER3IP1 (ENSODEG00000018375) #30 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 8 SRP14 (ENSOCUG00000024384) EIF2AK4 (ENSOCUG00000006506) GPR176 (ENSOCUG00000002118) ENSOCUG00000031351 ENSOCUG00000023269 FSIP1 (ENSOCUG00000003804) THBS1 (ENSOCUG00000003792) ENSOCUG00000038486 ENSOCUG00000025034 RASGRP1 (ENSOCUG00000001788) FAM98B (ENSOCUG00000001786) SPRED1 (ENSOCUG00000009498) TMCO5A (ENSOCUG00000006820) MEIS2 (ENSOCUG00000009906) CDIN1 (ENSOCUG00000016099) ENSOCUG00000027082 ##22 DPH6 (ENSOCUG00000003945) ENSOCUG00000035424 ZNF770 (ENSOCUG00000024670) AQR (ENSOCUG00000003488) ENSOCUG00000031213 ACTC1 (ENSOCUG00000004074) GJD2 (ENSOCUG00000024560) ENSOCUG00000021585 ENSOCUG00000009489 GREM1 (ENSOCUG00000005596) FMN1 (ENSOCUG00000005597) ENSOCUG00000023099 RYR3 (ENSOCUG00000011459) ENSOCUG00000037182 ENSOCUG00000021852 Rabbit MODERN SPECIES 11 ENSOCUG00000022085 ENSOCUG00000033560 UGDH (ENSOCUG00000005531) LIAS (ENSOCUG00000009096) ENSOCUG00000009091 KLB (ENSOCUG00000009086) RFC1 (ENSOCUG00000004739) WDR19 (ENSOCUG00000004716) KLHL5 (ENSOCUG00000010438) TMEM156 (ENSOCUG00000000579) FAM114A1 (ENSOCUG00000009603) TLR6 (ENSOCUG00000006031) TLR1 (ENSOCUG00000001824) TLR10 (ENSOCUG00000003701) KLF3 (ENSOCUG00000003698) ENSOCUG00000022888 ##22 TBC1D1 (ENSOCUG00000012442) PGM2 (ENSOCUG00000013740) ENSOCUG00000036928 RELL1 (ENSOCUG00000003419) C4orf19 (ENSOCUG00000003831) NWD2 (ENSOCUG00000012238) DTHD1 (ENSOCUG00000001098) ARAP2 (ENSOCUG00000015669) ENSOCUG00000036228 ENSOCUG00000010124 ENSOCUG00000023563 PCDH7 (ENSOCUG00000000290) ENSOCUG00000035672 ENSOCUG00000030289 ENSOCUG00000039608 Rabbit MODERN SPECIES 15 ISM1 (ENSOCUG00000001309) SPTLC3 (ENSOCUG00000001306) BTBD3 (ENSOCUG00000016434) ENSOCUG00000017324 JAG1 (ENSOCUG00000002884) SLX4IP (ENSOCUG00000002878) MKKS (ENSOCUG00000002872) SNAP25 (ENSOCUG00000016119) ANKEF1 (ENSOCUG00000016111) ENSOCUG00000027526 PAK5 (ENSOCUG00000010770) LAMP5 (ENSOCUG00000010766) PLCB4 (ENSOCUG00000010755) ENSOCUG00000030542 PLCB1 (ENSOCUG00000007339) ENSOCUG00000038367 ##22 TMX4 (ENSOCUG00000007336) HAO1 (ENSOCUG00000011539) BMP2 (ENSOCUG00000011674) ENSOCUG00000021510 ENSOCUG00000030065 ENSOCUG00000038424 ENSOCUG00000008989 LYZG (ENSOCUG00000015834) KANSL2 (ENSOCUG00000007379) CCNT1 (ENSOCUG00000007383) ADCY6 (ENSOCUG00000007394) TEX49 (ENSOCUG00000007390) CACNB3 (ENSOCUG00000007401) DDX23 (ENSOCUG00000001414) RND1 (ENSOCUG00000025362) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Equus ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Donkey MODERN SPECIES 27 POLI (ENSEASG00005003488) ENSEASG00005003504 ##16 DCC (ENSEASG00005003571) #7 MEX3C (ENSEASG00005032865) #8 SMAD4 (ENSEASG00005003805) #9 ELAC1 (ENSEASG00005003810) #10 ME2 (ENSEASG00005003813) #11 MRO (ENSEASG00005003818) #12 MAPK4 (ENSEASG00005003821) #13 SKA1 (ENSEASG00005033486) #14 CXXC1 (ENSEASG00005003826) #15 ENSEASG00005003857 #16 MYO5B (ENSEASG00005004025) #18 ACAA2 (ENSEASG00005005395) #19 LIPG (ENSEASG00005005399) #21 ENSEASG00005025626 ##22 ENSEASG00005031152 #23 DYM (ENSEASG00005015845) #24 SMAD7 (ENSEASG00005016092) #26 CTIF (ENSEASG00005016094) #27 ZBTB7C (ENSEASG00005016097) #28 SMAD2 (ENSEASG00005016099) #29 SKOR2 (ENSEASG00005016101) IER3IP1 (ENSEASG00005037358) #30 HDHD2 (ENSEASG00005016104) #31 ENSEASG00005028481 #33 KATNAL2 (ENSEASG00005016106) #32 ENSEASG00005016132 PIAS2 (ENSEASG00005016126) #34 ST8SIA5 (ENSEASG00005016136) LOXHD1 (ENSEASG00005016151) #35 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00950000183010.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 953 MEX3C (ENSMLUG00000012585) #8 SMAD4 (ENSMLUG00000013944) #9 ENSMLUG00000022522 ELAC1 (ENSMLUG00000013941) #10 ME2 (ENSMLUG00000013932) #11 MRO (ENSMLUG00000014572) #12 MAPK4 (ENSMLUG00000014569) #13 SKA1 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ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000166688.b ENSGT00960000190376.b ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000161642 #12 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00390000011654 #14 ENSGT00730000111044 #15 ENSGT00950000183005.a.a #16 ENSGT01050000244995 #17 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00390000002428.a.g.b #33 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SPECIES 132 MEX3C (ENSMMSG00000004775) #8 SMAD4 (ENSMMSG00000005591) #9 ELAC1 (ENSMMSG00000005643) #10 ME2 (ENSMMSG00000005689) #11 MRO (ENSMMSG00000005884) #12 ENSMMSG00000005937 #13 SKA1 (ENSMMSG00000005964) #14 CXXC1 (ENSMMSG00000006036) #15 MBD1 (ENSMMSG00000006100) #16 CFAP53 (ENSMMSG00000006206) #17 MYO5B (ENSMMSG00000006238) #18 ENSMMSG00000006303 ACAA2 (ENSMMSG00000006348) #19 LIPG (ENSMMSG00000006397) #21 ENSMMSG00000006453 ##22 C18orf32 (ENSMMSG00000006526) #23 DYM (ENSMMSG00000006548) #24 SMAD7 (ENSMMSG00000006627) #26 CTIF (ENSMMSG00000006694) #27 ZBTB7C (ENSMMSG00000006737) #28 ENSMMSG00000006765 #29 SKOR2 (ENSMMSG00000006829) IER3IP1 (ENSMMSG00000006915) #30 HDHD2 (ENSMMSG00000006946) #31 KATNAL2 (ENSMMSG00000006988) #32 ENSMMSG00000007106 PIAS2 (ENSMMSG00000007137) #34 ST8SIA5 (ENSMMSG00000007341) LOXHD1 (ENSMMSG00000007604) #35 RNF165 (ENSMMSG00000011227) #36 Siberian musk deer MODERN SPECIES 220 ENSMMSG00000011653 ENSMMSG00000011672 ##22 ENSMMSG00000011681 DLGAP2 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ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 29 FECH (ENSCPRG00005014093) ONECUT2 (ENSCPRG00005014095) ST8SIA3 (ENSCPRG00005014098) WDR7 (ENSCPRG00005014111) TXNL1 (ENSCPRG00005014122) TCF4 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(ENSSCUG00000001562) #23 DYM (ENSSCUG00000001566) #24 ENSSCUG00000001573 SMAD7 (ENSSCUG00000001575) #26 CTIF (ENSSCUG00000001577) #27 ZBTB7C (ENSSCUG00000001580) #28 SMAD2 (ENSSCUG00000001582) #29 IER3IP1 (ENSSCUG00000001587) #30 HDHD2 (ENSSCUG00000001588) #31 KATNAL2 (ENSSCUG00000001589) #32 PIAS2 (ENSSCUG00000001592) #34 ENSSCUG00000001625 ST8SIA5 (ENSSCUG00000001666) LOXHD1 (ENSSCUG00000001676) #35 RNF165 (ENSSCUG00000001684) #36 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 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ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a.c #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Pink-footed goose MODERN SPECIES 124 STARD6 (ENSABRG00000020923) POLI (ENSABRG00000020917) MBD2 (ENSABRG00000020912) ##16 DCC (ENSABRG00000020894) #7 MEX3C 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ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167.c.a Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b.v #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872.j #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a.d #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b.hb.a #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167.c.a Medium ground finch MODERN SPECIES 68 ELAC1 (ENSGFOG00000013181) #10 ME2 (ENSGFOG00000013178) #11 ENSGFOG00000013172 ENSGFOG00000013168 ENSGFOG00000013164 MYO5B (ENSGFOG00000013103) #18 ACAA2 (ENSGFOG00000013087) #19 LIPG 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(ENSNNAG00000014324) #27 ZBTB7C (ENSNNAG00000014457) #28 SMAD2 (ENSNNAG00000014472) #29 ENSNNAG00000014533 #31 IER3IP1 (ENSNNAG00000014563) #30 ENSNNAG00000014575 #31 KATNAL2 (ENSNNAG00000014598) #32 PIAS2 (ENSNNAG00000014631) #34 ENSNNAG00000014747 ST8SIA5 (ENSNNAG00000014880) LOXHD1 (ENSNNAG00000014987) #35 RNF165 (ENSNNAG00000015582) #36 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973.h #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850.i #13 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 8915 ENSLLTG00000004163 ##22 ENSLLTG00000004191 #23 ENSLLTG00000004203 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161788 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973.h #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850.i #13 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 Eastern brown snake MODERN SPECIES 2 ENSPTXG00000017829 POLI (ENSPTXG00000017828) MBD2 (ENSPTXG00000017827) ##16 DCC (ENSPTXG00000017825) #7 MEX3C (ENSPTXG00000017824) #8 SMAD4 (ENSPTXG00000017823) #9 ELAC1 (ENSPTXG00000017822) #10 ME2 (ENSPTXG00000017821) #11 MAPK4 (ENSPTXG00000017820) #13 ENSPTXG00000017819 ENSPTXG00000017818 ENSPTXG00000017817 MYO5B (ENSPTXG00000006873) #18 ACAA2 (ENSPTXG00000006871) #19 LIPG (ENSPTXG00000006699) #21 ENSPTXG00000006694 ##22 C18orf32 (ENSPTXG00000006692) #23 DYM (ENSPTXG00000006583) #24 SMAD7 (ENSPTXG00000006582) #26 CTIF (ENSPTXG00000006581) #27 ZBTB7C (ENSPTXG00000006580) #28 SMAD2 (ENSPTXG00000006579) #29 SKOR2 (ENSPTXG00000006578) IER3IP1 (ENSPTXG00000006577) #30 HDHD2 (ENSPTXG00000006576) #31 KATNAL2 (ENSPTXG00000006575) #32 PIAS2 (ENSPTXG00000006574) #34 ENSPTXG00000006543 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 29 POLI (ENSTMTG00000000593) MBD2 (ENSTMTG00000000580) ##16 DCC (ENSTMTG00000000292) #7 MEX3C (ENSTMTG00000000104) #8 SMAD4 (ENSTMTG00000000068) #9 ELAC1 (ENSTMTG00000000045) #10 ME2 (ENSTMTG00000001747) #11 MAPK4 (ENSTMTG00000001722) #13 ENSTMTG00000001717 ENSTMTG00000001712 ENSTMTG00000001700 ENSTMTG00000001691 MYO5B (ENSTMTG00000001656) #18 ACAA2 (ENSTMTG00000001632) #19 LIPG (ENSTMTG00000001568) #21 ENSTMTG00000001521 ##22 C18orf32 (ENSTMTG00000001516) #23 DYM (ENSTMTG00000001505) #24 ENSTMTG00000001494 SMAD7 (ENSTMTG00000001490) #26 CTIF (ENSTMTG00000001480) #27 ZBTB7C (ENSTMTG00000001470) #28 SMAD2 (ENSTMTG00000001451) #29 SKOR2 (ENSTMTG00000001437) IER3IP1 (ENSTMTG00000001428) #30 HDHD2 (ENSTMTG00000001421) #31 KATNAL2 (ENSTMTG00000001412) #32 PIAS2 (ENSTMTG00000001368) #34 ENSTMTG00000001347 ST8SIA5 (ENSTMTG00000001323) LOXHD1 (ENSTMTG00000001168) #35 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000159487 ENSGT00950000183005.a.b ##16 ENSGT00940000158867 #7 ENSGT00940000160973 #8 ENSGT00940000157435 #9 ENSGT00730000111224 #10 ENSGT00950000183134.c.b #11 ENSGT00940000159850 #13 ENSGT01030000234969 ENSGT00940000166139 ENSGT00940000164634 ENSGT01030000235140 ENSGT00940000155402.a.b #18 ENSGT01030000234626.D #19 ENSGT00940000159394 #21 ENSGT00950000183010.a.b.b ##22 ENSGT00390000018741 #23 ENSGT00390000008772 #24 ENSGT00940000159872 #26 ENSGT00940000153432.A.b #27 ENSGT00940000159814 #28 ENSGT00940000153499.a #29 ENSGT00940000160474 ENSGT00510000047648 #30 ENSGT00940000155805 #31 ENSGT00940000157302 #32 ENSGT01030000234539.a.a.b.b #34 ENSGT01030000234535.C ENSGT00390000018830 #35 ENSGT00940000156997 #36 ENSGT00390000016167 Goode s thornscrub tortoise MODERN SPECIES 20 POLI (ENSGEVG00005019445) MBD2 (ENSGEVG00005019458) ##16 ENSGEVG00005019471 DCC (ENSGEVG00005019491) #7 MEX3C (ENSGEVG00005019557) #8 SMAD4 (ENSGEVG00005019562) #9 ELAC1 (ENSGEVG00005019575) #10 ME2 (ENSGEVG00005019582) #11 MAPK4 (ENSGEVG00005019610) #13 ENSGEVG00005019617 ENSGEVG00005019631 ENSGEVG00005019638 MYO5B (ENSGEVG00005019665) #18 ACAA2 (ENSGEVG00005019715) #19 LIPG (ENSGEVG00005019740) #21 ENSGEVG00005019793 ##22 C18orf32 (ENSGEVG00005019829) #23 DYM (ENSGEVG00005019836) #24 SMAD7 (ENSGEVG00005019841) #26 CTIF (ENSGEVG00005019849) #27 ENSGEVG00005019871 ZBTB7C (ENSGEVG00005019877) #28 ENSGEVG00005019880 SMAD2 (ENSGEVG00005019888) #29 SKOR2 (ENSGEVG00005019904) IER3IP1 (ENSGEVG00005019910) #30 HDHD2 (ENSGEVG00005019914) #31 KATNAL2 (ENSGEVG00005019929) #32 PIAS2 (ENSGEVG00005019940) #34 ENSGEVG00005019963 ST8SIA5 (ENSGEVG00005020035)