Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	335									ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	247						ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Amniota	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Theria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000169601	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000169601	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413
Glires	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000169601	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00980000198692	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000156163.g.b
Pika	MODERN SPECIES	2115																PAK1 (ENSOPRG00000004353) #22
Rabbit	MODERN SPECIES		NARS2 (ENSOCUG00000017469)	GAB2 (ENSOCUG00000017463)	USP35 (ENSOCUG00000021262)	ENSOCUG00000005752	KCTD21 (ENSOCUG00000027266)	ALG8 (ENSOCUG00000011266)	THRSP (ENSOCUG00000000957)	KCTD14 (ENSOCUG00000005742)	INTS4 (ENSOCUG00000010638)	AAMDC (ENSOCUG00000025658)	RSF1 (ENSOCUG00000011923)	AQP11 (ENSOCUG00000003238)	ENSOCUG00000020951	CLNS1A (ENSOCUG00000024393)	ENSOCUG00000009905	PAK1 (ENSOCUG00000010538) #22	ENSOCUG00000007181	ENSOCUG00000030870	ENSOCUG00000029270	MYO7A (ENSOCUG00000023355)	CAPN5 (ENSOCUG00000025830)	B3GNT6 (ENSOCUG00000013809)	ACER3 (ENSOCUG00000021559)	TSKU (ENSOCUG00000021411)	LRRC32 (ENSOCUG00000015394)	EMSY (ENSOCUG00000017880)	ENSOCUG00000035359	THAP12 (ENSOCUG00000009178)	WNT11 (ENSOCUG00000001726)	UVRAG (ENSOCUG00000014223)	ENSOCUG00000033370
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	341	ENSDORG00000010504	ENSDORG00000009384	ENSDORG00000003131	Fam181b (ENSDORG00000010022)	Tenm4 (ENSDORG00000005982)	ENSDORG00000027485	Nars2 (ENSDORG00000014688)	Gab2 (ENSDORG00000009924)	Usp35 (ENSDORG00000009922)	Kctd21 (ENSDORG00000009921)	Alg8 (ENSDORG00000015672)	Ints4 (ENSDORG00000013202)	Aamdc (ENSDORG00000002703)	Rsf1 (ENSDORG00000015222)	ENSDORG00000011662	Pak1 (ENSDORG00000015484) #22	Myo7a (ENSDORG00000014955)	Capn5 (ENSDORG00000014952)	Tsku (ENSDORG00000005661)	ENSDORG00000028416	Lrrc32 (ENSDORG00000027997)	Emsy (ENSDORG00000008129)	ENSDORG00000030214	Wnt11 (ENSDORG00000005892)	Uvrag (ENSDORG00000015912)	Dgat2 (ENSDORG00000015911)	ENSDORG00000025798	ENSDORG00000002978	ENSDORG00000002976	Klhl35 (ENSDORG00000002975)	Rps3 (ENSDORG00000002974)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Lesser Egyptian jerboa	DUPLICATION
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	59	ENSJJAG00000022231	Fzd1 (ENSJJAG00000012179)	Tenm4 (ENSJJAG00000011108)	Nars2 (ENSJJAG00000015019)	ENSJJAG00000011765	Gab2 (ENSJJAG00000020223)	Usp35 (ENSJJAG00000013300)	Alg8 (ENSJJAG00000018486)	Ndufc2 (ENSJJAG00000014939)	Kctd14 (ENSJJAG00000022138)	Ints4 (ENSJJAG00000018661)	ENSJJAG00000011302	Rsf1 (ENSJJAG00000016956)	ENSJJAG00000006333	Aqp11 (ENSJJAG00000023969)	ENSJJAG00000013179 #22	Gdpd4 (ENSJJAG00000018120)	Myo7a (ENSJJAG00000013078)	Capn5 (ENSJJAG00000021999)	Acer3 (ENSJJAG00000016119)	Tsku (ENSJJAG00000012703)	ENSJJAG00000022648	Lrrc32 (ENSJJAG00000000443)	Emsy (ENSJJAG00000022026)	ENSJJAG00000013737	Wnt11 (ENSJJAG00000014979)	Uvrag (ENSJJAG00000004695)	Dgat2 (ENSJJAG00000019379)	Mogat2 (ENSJJAG00000023310)	Map6 (ENSJJAG00000014715)	Serpinh1 (ENSJJAG00000023536)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	89	Gkn1 (ENSJJAG00000021899)	Antxr1 (ENSJJAG00000011767)	Gfpt1 (ENSJJAG00000022727)	ENSJJAG00000012483	Nfu1 (ENSJJAG00000022262)	Aak1 (ENSJJAG00000011646)	ENSJJAG00000004937	Cpne8 (ENSJJAG00000015994)	Kif21a (ENSJJAG00000001646)	Abcd2 (ENSJJAG00000006865)	ENSJJAG00000000818	Slc2a13 (ENSJJAG00000021456)	Lrrk2 (ENSJJAG00000013233)	Cntn1 (ENSJJAG00000021782)	ENSJJAG00000015792	ENSJJAG00000013828 #22	Pdzrn4 (ENSJJAG00000000770)	ENSJJAG00000023385	ENSJJAG00000020445	Gxylt1 (ENSJJAG00000010228)	Yaf2 (ENSJJAG00000000324)	ENSJJAG00000023606	ENSJJAG00000021636	ENSJJAG00000014487	Prickle1 (ENSJJAG00000011701)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1254	Tenm4 (ENSNGAG00000018298)	Nars2 (ENSNGAG00000000914)	Gab2 (ENSNGAG00000001090)	Usp35 (ENSNGAG00000012907)	Kctd21 (ENSNGAG00000018996)	ENSNGAG00000019156	Alg8 (ENSNGAG00000020942)	Ndufc2 (ENSNGAG00000011240)	Thrsp (ENSNGAG00000012385)	Kctd14 (ENSNGAG00000014816)	Ints4 (ENSNGAG00000010580)	Aamdc (ENSNGAG00000005085)	Rsf1 (ENSNGAG00000019337)	ENSNGAG00000019313	Aqp11 (ENSNGAG00000000912)	Pak1 (ENSNGAG00000011050) #22	Gdpd4 (ENSNGAG00000008449)	Myo7a (ENSNGAG00000006076)	Capn5 (ENSNGAG00000015774)	Omp (ENSNGAG00000013730)	B3gnt6 (ENSNGAG00000014322)	Acer3 (ENSNGAG00000018623)	Tsku (ENSNGAG00000015490)	Gucy2d (ENSNGAG00000020383)	Lrrc32 (ENSNGAG00000010300)	Emsy (ENSNGAG00000013674)	ENSNGAG00000013016	Wnt11 (ENSNGAG00000013425)	Uvrag (ENSNGAG00000018199)	Dgat2 (ENSNGAG00000012414)	Mogat2 (ENSNGAG00000015554)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.b	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877.d	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.b	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877.d	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		ENSPEMG00000018108	Usp35 (ENSPEMG00000016188)	ENSPEMG00000024646	Kctd21 (ENSPEMG00000024492)	Alg8 (ENSPEMG00000020484)	Ndufc2 (ENSPEMG00000020962)	Thrsp (ENSPEMG00000020398)	Kctd14 (ENSPEMG00000020478)	Aamdc (ENSPEMG00000014432)	ENSPEMG00000024853	Rsf1 (ENSPEMG00000014926)	Clns1a (ENSPEMG00000009380)	ENSPEMG00000030074	Aqp11 (ENSPEMG00000000856)	ENSPEMG00000026666	Pak1 (ENSPEMG00000008661) #22	Gdpd4 (ENSPEMG00000017863)	Myo7a (ENSPEMG00000015770)	Capn5 (ENSPEMG00000008442)	B3gnt6 (ENSPEMG00000016161)	ENSPEMG00000028950	Acer3 (ENSPEMG00000020360)	Tsku (ENSPEMG00000028771)	ENSPEMG00000024681	ENSPEMG00000028876	ENSPEMG00000026314	Lrrc32 (ENSPEMG00000024699)	Emsy (ENSPEMG00000023648)	Thap12 (ENSPEMG00000013204)	Wnt11 (ENSPEMG00000021569)	Uvrag (ENSPEMG00000028043)
Prairie vole	MODERN SPECIES	9	Prss23 (ENSMOCG00000022033)	ENSMOCG00000007773	Tenm4 (ENSMOCG00000007967)	Nars2 (ENSMOCG00000004938)	Gab2 (ENSMOCG00000016973)	Usp35 (ENSMOCG00000015178)	Kctd21 (ENSMOCG00000009332)	Alg8 (ENSMOCG00000018035)	Ndufc2 (ENSMOCG00000014768)	Thrsp (ENSMOCG00000014398)	Ints4 (ENSMOCG00000015641)	Aamdc (ENSMOCG00000013242)	Rsf1 (ENSMOCG00000018606)	ENSMOCG00000015937	Aqp11 (ENSMOCG00000015165)	Pak1 (ENSMOCG00000012909) #22	Gdpd4 (ENSMOCG00000019089)	Myo7a (ENSMOCG00000009126)	Capn5 (ENSMOCG00000015250)	B3gnt6 (ENSMOCG00000010357)	Acer3 (ENSMOCG00000014380)	Tsku (ENSMOCG00000007489)	Gucy2d (ENSMOCG00000003117)	Lrrc32 (ENSMOCG00000017378)	Emsy (ENSMOCG00000008098)	Thap12 (ENSMOCG00000021908)	Wnt11 (ENSMOCG00000021029)	Uvrag (ENSMOCG00000016758)	Dgat2 (ENSMOCG00000012378)	Mogat2 (ENSMOCG00000007716)	Map6 (ENSMOCG00000021641)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.b	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877.d	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	101	ENSCGRG00001010169	Nars2 (ENSCGRG00001014939)	Gab2 (ENSCGRG00001012091)	Usp35 (ENSCGRG00001015950)	Kctd21 (ENSCGRG00001007277)	Alg8 (ENSCGRG00001012346)	Ndufc2 (ENSCGRG00001017125)	Thrsp (ENSCGRG00001006063)	ENSCGRG00001018658	Ints4 (ENSCGRG00001017981)	ENSCGRG00001012029	Aamdc (ENSCGRG00001016432)	Rsf1 (ENSCGRG00001008301)	Clns1a (ENSCGRG00001015805)	Aqp11 (ENSCGRG00001017793)	Pak1 (ENSCGRG00001022975) #22	Myo7a (ENSCGRG00001014824)	Capn5 (ENSCGRG00001021666)	B3gnt6 (ENSCGRG00001000647)	Acer3 (ENSCGRG00001013571)	ENSCGRG00001024060	Tsku (ENSCGRG00001012773)	Gucy2d (ENSCGRG00001012034)	Lrrc32 (ENSCGRG00001007026)	ENSCGRG00001019331	Thap12 (ENSCGRG00001021774)	Wnt11 (ENSCGRG00001022788)	Uvrag (ENSCGRG00001006874)	Dgat2 (ENSCGRG00001020895)	Mogat2 (ENSCGRG00001004764)	Map6 (ENSCGRG00001012636)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	660	ENSMAUG00000020090	ENSMAUG00000019787	Tenm4 (ENSMAUG00000019277)	Nars2 (ENSMAUG00000002138)	ENSMAUG00000008257	Usp35 (ENSMAUG00000003032)	Alg8 (ENSMAUG00000012899)	Ndufc2 (ENSMAUG00000009562)	Thrsp (ENSMAUG00000013848)	Kctd14 (ENSMAUG00000015696)	Ints4 (ENSMAUG00000007877)	Aamdc (ENSMAUG00000001048)	Rsf1 (ENSMAUG00000009412)	Clns1a (ENSMAUG00000019637)	Aqp11 (ENSMAUG00000010913)	Pak1 (ENSMAUG00000010646) #22	Gdpd4 (ENSMAUG00000014553)	Myo7a (ENSMAUG00000002971)	Capn5 (ENSMAUG00000017431)	Omp (ENSMAUG00000017325)	B3gnt6 (ENSMAUG00000016711)	Acer3 (ENSMAUG00000021627)	Tsku (ENSMAUG00000014311)	Gucy2d (ENSMAUG00000010563)	ENSMAUG00000017794	Emsy (ENSMAUG00000017757)	ENSMAUG00000013228	Thap12 (ENSMAUG00000000897)	Wnt11 (ENSMAUG00000008427)	Uvrag (ENSMAUG00000022039)	Dgat2 (ENSMAUG00000009895)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mus	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Mouse	MODERN SPECIES	16	Fam181b (ENSMUSG00000051515)	Tenm4 (ENSMUSG00000048078)	Nars2 (ENSMUSG00000018995)	Gab2 (ENSMUSG00000004508)	Usp35 (ENSMUSG00000035713)	Kctd21 (ENSMUSG00000044952)	Alg8 (ENSMUSG00000035704)	Ndufc2 (ENSMUSG00000030647)	Thrsp (ENSMUSG00000035686)	Kctd14 (ENSMUSG00000051727)	Ints4 (ENSMUSG00000025133)	Aamdc (ENSMUSG00000035642)	Rsf1 (ENSMUSG00000035623)	Clns1a (ENSMUSG00000025439)	Aqp11 (ENSMUSG00000042797)	Pak1 (ENSMUSG00000030774) #22	Gdpd4 (ENSMUSG00000035582)	Myo7a (ENSMUSG00000030761)	Capn5 (ENSMUSG00000035547)	Omp (ENSMUSG00000074006)	B3gnt6 (ENSMUSG00000074004)	Acer3 (ENSMUSG00000030760)	Tsku (ENSMUSG00000049580)	Gucy2d (ENSMUSG00000074003)	Lrrc32 (ENSMUSG00000090958)	Emsy (ENSMUSG00000035401)	Thap12 (ENSMUSG00000030753)	Wnt11 (ENSMUSG00000015957)	Uvrag (ENSMUSG00000035354)	Dgat2 (ENSMUSG00000030747)	Mogat2 (ENSMUSG00000052396)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00900000143755	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3349								Kctd14 (ENSMSIG00000025623)	Ints4 (ENSMSIG00000025677)	Aamdc (ENSMSIG00000025743)	Rsf1 (ENSMSIG00000025856)	ENSMSIG00000025898	ENSMSIG00000025904	Clns1a (ENSMSIG00000025912)	Aqp11 (ENSMSIG00000025922)	Pak1 (ENSMSIG00000025929) #22	ENSMSIG00000025967	ENSMSIG00000026060	Myo7a (ENSMSIG00000026065)	Capn5 (ENSMSIG00000026611)	B3gnt6 (ENSMSIG00000026629)	Acer3 (ENSMSIG00000026641)	Tsku (ENSMSIG00000026651)	ENSMSIG00000026660	Gucy2d (ENSMSIG00000026666)	Lrrc32 (ENSMSIG00000026734)	ENSMSIG00000026793	Emsy (ENSMSIG00000026804)	Thap12 (ENSMSIG00000027087)	Wnt11 (ENSMSIG00000027102)	Uvrag (ENSMSIG00000027125)
spretus	MODERN SPECIES	16	Prcp (MGP_SPRETEiJ_G0031104)	Tenm4 (MGP_SPRETEiJ_G0031105)	Nars2 (MGP_SPRETEiJ_G0031106)	Gab2 (MGP_SPRETEiJ_G0031107)	Usp35 (MGP_SPRETEiJ_G0031108)	Kctd21 (MGP_SPRETEiJ_G0031109)	Alg8 (MGP_SPRETEiJ_G0031110)	Ndufc2 (MGP_SPRETEiJ_G0031111)	Thrsp (MGP_SPRETEiJ_G0031112)	MGP_SPRETEiJ_G0031113	Ints4 (MGP_SPRETEiJ_G0031114)	Aamdc (MGP_SPRETEiJ_G0031115)	Rsf1 (MGP_SPRETEiJ_G0031116)	Clns1a (MGP_SPRETEiJ_G0031117)	Aqp11 (MGP_SPRETEiJ_G0031118)	Pak1 (MGP_SPRETEiJ_G0031119) #22	Gdpd4 (MGP_SPRETEiJ_G0031120)	Myo7a (MGP_SPRETEiJ_G0031121)	Capn5 (MGP_SPRETEiJ_G0031122)	Omp (MGP_SPRETEiJ_G0031123)	B3gnt6 (MGP_SPRETEiJ_G0031124)	Acer3 (MGP_SPRETEiJ_G0031125)	Tsku (MGP_SPRETEiJ_G0031126)	Gucy2d (MGP_SPRETEiJ_G0031127)	Lrrc32 (MGP_SPRETEiJ_G0031128)	Emsy (MGP_SPRETEiJ_G0031129)	MGP_SPRETEiJ_G0031130	Wnt11 (MGP_SPRETEiJ_G0031131)	Uvrag (MGP_SPRETEiJ_G0031132)	Dgat2 (MGP_SPRETEiJ_G0031133)	Mogat2 (MGP_SPRETEiJ_G0031134)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	16	Prcp (MGP_CAROLIEiJ_G0029994)	Tenm4 (MGP_CAROLIEiJ_G0029995)	Nars2 (MGP_CAROLIEiJ_G0029996)	Gab2 (MGP_CAROLIEiJ_G0029997)	Usp35 (MGP_CAROLIEiJ_G0029998)	Kctd21 (MGP_CAROLIEiJ_G0029999)	Alg8 (MGP_CAROLIEiJ_G0030000)	Ndufc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0030001)	Thrsp (MGP_CAROLIEiJ_G0030002)	MGP_CAROLIEiJ_G0030003	Ints4 (MGP_CAROLIEiJ_G0030004)	Aamdc (MGP_CAROLIEiJ_G0030005)	Rsf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0030006)	Clns1a (MGP_CAROLIEiJ_G0030007)	Aqp11 (MGP_CAROLIEiJ_G0030008)	Pak1 (MGP_CAROLIEiJ_G0030009) #22	Gdpd4 (MGP_CAROLIEiJ_G0030010)	Myo7a (MGP_CAROLIEiJ_G0030011)	Capn5 (MGP_CAROLIEiJ_G0030012)	Omp (MGP_CAROLIEiJ_G0030013)	B3gnt6 (MGP_CAROLIEiJ_G0030014)	Acer3 (MGP_CAROLIEiJ_G0030015)	Tsku (MGP_CAROLIEiJ_G0030016)	Gucy2d (MGP_CAROLIEiJ_G0030017)	Lrrc32 (MGP_CAROLIEiJ_G0030018)	Emsy (MGP_CAROLIEiJ_G0030019)	Thap12 (MGP_CAROLIEiJ_G0030020)	Wnt11 (MGP_CAROLIEiJ_G0030021)	Uvrag (MGP_CAROLIEiJ_G0030022)	MGP_CAROLIEiJ_G0030023	Mogat2 (MGP_CAROLIEiJ_G0030024)
Shrew mouse	MODERN SPECIES		Tenm4 (MGP_PahariEiJ_G0013215)	MGP_PahariEiJ_G0013216	Nars2 (MGP_PahariEiJ_G0013217)	Gab2 (MGP_PahariEiJ_G0013218)	Usp35 (MGP_PahariEiJ_G0013219)	Kctd21 (MGP_PahariEiJ_G0013220)	Alg8 (MGP_PahariEiJ_G0013221)	Ndufc2 (MGP_PahariEiJ_G0013222)	Thrsp (MGP_PahariEiJ_G0013223)	MGP_PahariEiJ_G0013224	Ints4 (MGP_PahariEiJ_G0013225)	Aamdc (MGP_PahariEiJ_G0013226)	Rsf1 (MGP_PahariEiJ_G0013227)	Clns1a (MGP_PahariEiJ_G0013228)	Aqp11 (MGP_PahariEiJ_G0013229)	Pak1 (MGP_PahariEiJ_G0013230) #22	Gdpd4 (MGP_PahariEiJ_G0013231)	Myo7a (MGP_PahariEiJ_G0013232)	Capn5 (MGP_PahariEiJ_G0013233)	Omp (MGP_PahariEiJ_G0013234)	B3gnt6 (MGP_PahariEiJ_G0013235)	Acer3 (MGP_PahariEiJ_G0013236)	Tsku (MGP_PahariEiJ_G0013237)	Gucy2d (MGP_PahariEiJ_G0013238)	Lrrc32 (MGP_PahariEiJ_G0013239)	Emsy (MGP_PahariEiJ_G0013240)	Thap12 (MGP_PahariEiJ_G0013241)	Wnt11 (MGP_PahariEiJ_G0013242)	Uvrag (MGP_PahariEiJ_G0013243)	Dgat2 (MGP_PahariEiJ_G0013244)	Mogat2 (MGP_PahariEiJ_G0013245)
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES		Bloc1s2 (ENSRNOG00000012684)	Cwf19l1 (ENSRNOG00000012763)	Chuk (ENSRNOG00000022485)	Erlin1 (ENSRNOG00000012911)	Cyp2c23 (ENSRNOG00000013291)	Cpn1 (ENSRNOG00000013439)	Dnmbp (ENSRNOG00000050742)	Abcc2 (ENSRNOG00000046727)	Cutc (ENSRNOG00000017298)	Cox15 (ENSRNOG00000017230)	Entpd7 (ENSRNOG00000016883)	Slc25a28 (ENSRNOG00000016751)	Nkx2-3 (ENSRNOG00000016656)	Got1 (ENSRNOG00000016356)	Cnnm1 (ENSRNOG00000016302)	ENSRNOG00000065211 #22	Hpse2 (ENSRNOG00000064037)	Hps1 (ENSRNOG00000045838)	Pyroxd2 (ENSRNOG00000015807)	Loxl4 (ENSRNOG00000015727)	R3hcc1l (ENSRNOG00000051256)	Crtac1 (ENSRNOG00000015220)	Golga7b (ENSRNOG00000015051)	AABR07006871.1 (ENSRNOG00000053536)	Sfrp5 (ENSRNOG00000014940)	Zfyve27 (ENSRNOG00000014903)	Marveld1 (ENSRNOG00000042620)	Avpi1 (ENSRNOG00000014828)	Pi4k2a (ENSRNOG00000014675)	Morn4 (ENSRNOG00000027156)	MGC93861 (ENSRNOG00000069762)
Rat	MODERN SPECIES		Tenm4 (ENSRNOG00000011151)	Nars2 (ENSRNOG00000011476)	Gab2 (ENSRNOG00000011882)	Usp35 (ENSRNOG00000024961)	Kctd21 (ENSRNOG00000024793)	ENSRNOG00000071147	Alg8 (ENSRNOG00000012292)	Ndufc2 (ENSRNOG00000012383)	Thrsp (ENSRNOG00000012404)	Kctd14 (ENSRNOG00000012494)	Ints4 (ENSRNOG00000012552)	Aamdc (ENSRNOG00000012584)	Rsf1 (ENSRNOG00000024194)	Clns1a (ENSRNOG00000012788)	Aqp11 (ENSRNOG00000013358)	Pak1 (ENSRNOG00000029784) #22	Gdpd4 (ENSRNOG00000028470)	ENSRNOG00000064082	Myo7a (ENSRNOG00000013641)	Capn5 (ENSRNOG00000014251)	Omp (ENSRNOG00000068492)	B3gnt6 (ENSRNOG00000014471)	Acer3 (ENSRNOG00000036866)	ENSRNOG00000065313	Tsku (ENSRNOG00000027784)	Gucy2e (ENSRNOG00000015058)	Lrrc32 (ENSRNOG00000015310)	Emsy (ENSRNOG00000015560)	Thap12 (ENSRNOG00000053923)	Wnt11 (ENSRNOG00000015982)	RGD1561870 (ENSRNOG00000042782)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.ab	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.ab.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	48	FAM181B (ENSUPAG00010011665)	TENM4 (ENSUPAG00010011689)	NARS2 (ENSUPAG00010011853)	GAB2 (ENSUPAG00010011896)	USP35 (ENSUPAG00010011912)	KCTD21 (ENSUPAG00010011947)	ALG8 (ENSUPAG00010011952)	NDUFC2 (ENSUPAG00010011983)	THRSP (ENSUPAG00010011995)	KCTD14 (ENSUPAG00010012000)	INTS4 (ENSUPAG00010012011)	AAMDC (ENSUPAG00010012036)	RSF1 (ENSUPAG00010012048)	ENSUPAG00010012077	AQP11 (ENSUPAG00010012087)	PAK1 (ENSUPAG00010012099) #22	GDPD4 (ENSUPAG00010012115)	MYO7A (ENSUPAG00010012134)	CAPN5 (ENSUPAG00010012806)	ACER3 (ENSUPAG00010012835)	B3GNT6 (ENSUPAG00010012889)	TSKU (ENSUPAG00010012903)	ENSUPAG00010012917	LRRC32 (ENSUPAG00010012993)	ENSUPAG00010013002	EMSY (ENSUPAG00010013019)	GVQW3 (ENSUPAG00010013303)	ENSUPAG00010013311	THAP12 (ENSUPAG00010013320)	WNT11 (ENSUPAG00010013326)	UVRAG (ENSUPAG00010013333)
Squirrel	MODERN SPECIES	98	TENM4 (ENSSTOG00000020637)	NARS2 (ENSSTOG00000019758)	GAB2 (ENSSTOG00000003173)	USP35 (ENSSTOG00000019692)	KCTD21 (ENSSTOG00000022775)	ALG8 (ENSSTOG00000008108)	NDUFC2 (ENSSTOG00000008104)	THRSP (ENSSTOG00000023796)	KCTD14 (ENSSTOG00000031614)	INTS4 (ENSSTOG00000023096)	AAMDC (ENSSTOG00000012329)	RSF1 (ENSSTOG00000004021)	ENSSTOG00000009982	ENSSTOG00000027980	ENSSTOG00000004006	PAK1 (ENSSTOG00000012786) #22	ENSSTOG00000034844	GDPD4 (ENSSTOG00000002750)	MYO7A (ENSSTOG00000002703)	CAPN5 (ENSSTOG00000022877)	B3GNT6 (ENSSTOG00000027714)	ACER3 (ENSSTOG00000002656)	TSKU (ENSSTOG00000021957)	ENSSTOG00000023620	LRRC32 (ENSSTOG00000007128)	ENSSTOG00000027244	EMSY (ENSSTOG00000001193)	WNT11 (ENSSTOG00000029064)	UVRAG (ENSSTOG00000016316)	DGAT2 (ENSSTOG00000012018)	MOGAT2 (ENSSTOG00000012010)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	3	TENM4 (ENSMMMG00000006609)	NARS2 (ENSMMMG00000006830)	ENSMMMG00000006848	GAB2 (ENSMMMG00000006851)	ENSMMMG00000006859	KCTD21 (ENSMMMG00000006872)	ALG8 (ENSMMMG00000006888)	NDUFC2 (ENSMMMG00000006915)	THRSP (ENSMMMG00000006924)	KCTD14 (ENSMMMG00000006927)	INTS4 (ENSMMMG00000006934)	ENSMMMG00000006961	RSF1 (ENSMMMG00000006970)	CLNS1A (ENSMMMG00000007023)	AQP11 (ENSMMMG00000007031)	PAK1 (ENSMMMG00000007056) #22	ENSMMMG00000008545	GDPD4 (ENSMMMG00000008571)	MYO7A (ENSMMMG00000008595)	CAPN5 (ENSMMMG00000009202)	B3GNT6 (ENSMMMG00000009247)	ACER3 (ENSMMMG00000009260)	TSKU (ENSMMMG00000009316)	ENSMMMG00000009326	LRRC32 (ENSMMMG00000009408)	EMSY (ENSMMMG00000009455)	GVQW3 (ENSMMMG00000009582)	WNT11 (ENSMMMG00000009631)	UVRAG (ENSMMMG00000009669)	DGAT2 (ENSMMMG00000009694)	MOGAT2 (ENSMMMG00000009708)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	2	ENSSVLG00005015001	NARS2 (ENSSVLG00005014874)	GAB2 (ENSSVLG00005014816)	USP35 (ENSSVLG00005014736)	KCTD21 (ENSSVLG00005014693)	ALG8 (ENSSVLG00005014631)	NDUFC2 (ENSSVLG00005014553)	THRSP (ENSSVLG00005014533)	ENSSVLG00005014498	ENSSVLG00005014481	INTS4 (ENSSVLG00005014058)	AAMDC (ENSSVLG00005013937)	RSF1 (ENSSVLG00005013858)	CLNS1A (ENSSVLG00005013729)	AQP11 (ENSSVLG00005013502)	PAK1 (ENSSVLG00005013431) #22	ENSSVLG00005013294	GDPD4 (ENSSVLG00005013184)	MYO7A (ENSSVLG00005012423)	CAPN5 (ENSSVLG00005012247)	B3GNT6 (ENSSVLG00005012209)	ACER3 (ENSSVLG00005023904)	TSKU (ENSSVLG00005023871)	ENSSVLG00005023846	ENSSVLG00005023498	LRRC32 (ENSSVLG00005023371)	EMSY (ENSSVLG00005023093)	GVQW3 (ENSSVLG00005022970)	THAP12 (ENSSVLG00005022917)	WNT11 (ENSSVLG00005022863)	UVRAG (ENSSVLG00005022785)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	ENSHGLG00000003188	GAB2 (ENSHGLG00000002641)	USP35 (ENSHGLG00000019526)	KCTD21 (ENSHGLG00000032398)	ALG8 (ENSHGLG00000019304)	NDUFC2 (ENSHGLG00000042879)	THRSP (ENSHGLG00000013110)	ENSHGLG00000018875	ENSHGLG00000041450	ENSHGLG00000019142	ENSHGLG00000005234	AAMDC (ENSHGLG00000003585)	RSF1 (ENSHGLG00000002695)	ENSHGLG00000002326	AQP11 (ENSHGLG00000003550)	PAK1 (ENSHGLG00000046220) #22	ENSHGLG00000019999	GDPD4 (ENSHGLG00000003760)	MYO7A (ENSHGLG00000011345)	CAPN5 (ENSHGLG00000002816)	OMP (ENSHGLG00000046318)	ENSHGLG00000037392	ACER3 (ENSHGLG00000010087)	ENSHGLG00000017959	ENSHGLG00000007972	ENSHGLG00000043666	ENSHGLG00000046387	ENSHGLG00000040669	ENSHGLG00000046732	ENSHGLG00000019448	ENSHGLG00000019386
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Guinea pig	MODERN SPECIES	40	PRCP (ENSCPOG00000030619)	TENM4 (ENSCPOG00000002931)	NARS2 (ENSCPOG00000002639)	GAB2 (ENSCPOG00000012380)	USP35 (ENSCPOG00000021879)	KCTD21 (ENSCPOG00000000382)	ALG8 (ENSCPOG00000012398)	NDUFC2 (ENSCPOG00000012395)	THRSP (ENSCPOG00000012393)	KCTD14 (ENSCPOG00000037873)	INTS4 (ENSCPOG00000012466)	AAMDC (ENSCPOG00000004417)	RSF1 (ENSCPOG00000005261)	CLNS1A (ENSCPOG00000005260)	AQP11 (ENSCPOG00000005258)	PAK1 (ENSCPOG00000000164) #22	GDPD4 (ENSCPOG00000008503)	MYO7A (ENSCPOG00000026904)	CAPN5 (ENSCPOG00000004296)	B3GNT6 (ENSCPOG00000040405)	ACER3 (ENSCPOG00000036907)	TSKU (ENSCPOG00000036466)	ENSCPOG00000000712	LRRC32 (ENSCPOG00000004677)	EMSY (ENSCPOG00000010198)	THAP12 (ENSCPOG00000013167)	WNT11 (ENSCPOG00000009182)	UVRAG (ENSCPOG00000010164)	DGAT2 (ENSCPOG00000004409)	MOGAT2 (ENSCPOG00000037142)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.t	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	121	ENSCLAG00000015167	TENM4 (ENSCLAG00000013721)	NARS2 (ENSCLAG00000012233)	ENSCLAG00000013569	GAB2 (ENSCLAG00000015175)	USP35 (ENSCLAG00000015220)	KCTD21 (ENSCLAG00000015125)	ENSCLAG00000013655	ALG8 (ENSCLAG00000014914)	NDUFC2 (ENSCLAG00000016641)	INTS4 (ENSCLAG00000015884)	AAMDC (ENSCLAG00000013898)	RSF1 (ENSCLAG00000014769)	CLNS1A (ENSCLAG00000014638)	AQP11 (ENSCLAG00000016580)	PAK1 (ENSCLAG00000013320) #22	GDPD4 (ENSCLAG00000016359)	MYO7A (ENSCLAG00000013818)	CAPN5 (ENSCLAG00000016170)	B3GNT6 (ENSCLAG00000018076)	ACER3 (ENSCLAG00000014899)	ENSCLAG00000015013	TSKU (ENSCLAG00000016143)	ENSCLAG00000014932	LRRC32 (ENSCLAG00000016535)	EMSY (ENSCLAG00000015699)	THAP12 (ENSCLAG00000014847)	WNT11 (ENSCLAG00000014333)	UVRAG (ENSCLAG00000016075)	DGAT2 (ENSCLAG00000015138)	ENSCLAG00000015204
Degu	MODERN SPECIES	90	ENSODEG00000019138	TENM4 (ENSODEG00000004981)	NARS2 (ENSODEG00000004856)	ENSODEG00000019084	GAB2 (ENSODEG00000004754)	USP35 (ENSODEG00000004671)	KCTD21 (ENSODEG00000004645)	ALG8 (ENSODEG00000004601)	NDUFC2 (ENSODEG00000004580)	ENSODEG00000004566	INTS4 (ENSODEG00000004555)	AAMDC (ENSODEG00000004504)	RSF1 (ENSODEG00000004471)	ENSODEG00000004427	AQP11 (ENSODEG00000004417)	PAK1 (ENSODEG00000004405) #22	ENSODEG00000004389	GDPD4 (ENSODEG00000004342)	MYO7A (ENSODEG00000004096)	CAPN5 (ENSODEG00000005118)	B3GNT6 (ENSODEG00000005108)	ENSODEG00000005077	ENSODEG00000005063	ACER3 (ENSODEG00000005051)	PGM2L1 (ENSODEG00000004995)	KCNE3 (ENSODEG00000019113)	LIPT2 (ENSODEG00000004972)	ENSODEG00000019096	ENSODEG00000004965	POLD3 (ENSODEG00000004735)	CHRDL2 (ENSODEG00000004877)
Tree shrew	MODERN SPECIES	5395																PAK1 (ENSTBEG00000003418) #22	ENSTBEG00000002904
Primates	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Mouse lemur	MODERN SPECIES	27	GAB2 (ENSMICG00000015054)	NARS2 (ENSMICG00000015093)	TENM4 (ENSMICG00000015118)	PRCP (ENSMICG00000011983)	DDIAS (ENSMICG00000033865)	RAB30 (ENSMICG00000012002)	PCF11 (ENSMICG00000008986)	ANKRD42 (ENSMICG00000009004)	CCDC90B (ENSMICG00000038111)	ENSMICG00000027095	RSF1 (ENSMICG00000014613)	CLNS1A (ENSMICG00000047894)	AQP11 (ENSMICG00000043193)	ENSMICG00000037612	ENSMICG00000046772	PAK1 (ENSMICG00000015365) #22	GDPD4 (ENSMICG00000046391)	MYO7A (ENSMICG00000013944)	CAPN5 (ENSMICG00000013928)	ACER3 (ENSMICG00000013908)	LRRC32 (ENSMICG00000026468)	EMSY (ENSMICG00000006143)	THAP12 (ENSMICG00000006139)	WNT11 (ENSMICG00000015306)	UVRAG (ENSMICG00000015281)	DGAT2 (ENSMICG00000015277)	MOGAT2 (ENSMICG00000015272)	MAP6 (ENSMICG00000015256)	SERPINH1 (ENSMICG00000015249)	GDPD5 (ENSMICG00000011193)	KLHL35 (ENSMICG00000045018)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	338															ENSPCOG00000024182	PAK1 (ENSPCOG00000015010) #22	GDPD4 (ENSPCOG00000026020)	MYO7A (ENSPCOG00000001371)	CAPN5 (ENSPCOG00000021800)	ACER3 (ENSPCOG00000013273)	LRRC32 (ENSPCOG00000028697)	EMSY (ENSPCOG00000020972)	ENSPCOG00000027615	WNT11 (ENSPCOG00000014058)	UVRAG (ENSPCOG00000020635)	DGAT2 (ENSPCOG00000019069)	MOGAT2 (ENSPCOG00000017739)	MAP6 (ENSPCOG00000028415)	SERPINH1 (ENSPCOG00000016388)	GDPD5 (ENSPCOG00000023523)	KLHL35 (ENSPCOG00000012453)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	970	NARS2 (ENSPSMG00000013898)	GAB2 (ENSPSMG00000013794)	USP35 (ENSPSMG00000013781)	ENSPSMG00000013755	KCTD21 (ENSPSMG00000013751)	ALG8 (ENSPSMG00000013689)	NDUFC2 (ENSPSMG00000013598)	THRSP (ENSPSMG00000013585)	KCTD14 (ENSPSMG00000013579)	ENSPSMG00000013577	INTS4 (ENSPSMG00000013557)	AAMDC (ENSPSMG00000013511)	RSF1 (ENSPSMG00000013477)	CLNS1A (ENSPSMG00000013404)	AQP11 (ENSPSMG00000013331)	PAK1 (ENSPSMG00000013092) #22	ENSPSMG00000012895	GDPD4 (ENSPSMG00000012887)	MYO7A (ENSPSMG00000012875)	CAPN5 (ENSPSMG00000012780)	B3GNT6 (ENSPSMG00000012738)	ACER3 (ENSPSMG00000012733)	ENSPSMG00000012716
Bushbaby	MODERN SPECIES	116	TENM4 (ENSOGAG00000011916)	ENSOGAG00000031293	NARS2 (ENSOGAG00000011914)	GAB2 (ENSOGAG00000013101)	USP35 (ENSOGAG00000013098)	KCTD21 (ENSOGAG00000005206)	ALG8 (ENSOGAG00000030703)	ENSOGAG00000005017	THRSP (ENSOGAG00000000005)	KCTD14 (ENSOGAG00000004626)	INTS4 (ENSOGAG00000008618)	AAMDC (ENSOGAG00000008615)	RSF1 (ENSOGAG00000002473)	CLNS1A (ENSOGAG00000009170)	AQP11 (ENSOGAG00000009169)	PAK1 (ENSOGAG00000008289) #22	GDPD4 (ENSOGAG00000016874)	MYO7A (ENSOGAG00000016862)	CAPN5 (ENSOGAG00000016859)	B3GNT6 (ENSOGAG00000027236)	ACER3 (ENSOGAG00000016854)	TSKU (ENSOGAG00000016850)	ENSOGAG00000029463	LRRC32 (ENSOGAG00000010967)	EMSY (ENSOGAG00000011434)	GVQW3 (ENSOGAG00000027877)	ENSOGAG00000001569	WNT11 (ENSOGAG00000001568)	UVRAG (ENSOGAG00000025371)	DGAT2 (ENSOGAG00000000330)	MOGAT2 (ENSOGAG00000000329)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162817	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a	ENSGT00940000158413
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a	ENSGT00940000158413
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	63		ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.q.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00390000011249	ENSGT00940000158149	ENSGT00940000153498.A	ENSGT00530000063405.a	ENSGT00940000156562	ENSGT01100000263497.A	ENSGT00940000153201.j.k.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000156359	ENSGT00940000156318	ENSGT00940000153986.b.a	ENSGT00390000007753.a	ENSGT00390000001136	ENSGT00950000182805.a.a.a.b.i.b.b.b	ENSGT00940000155727
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1148		ENSRBIG00000043707	NARS2 (ENSRBIG00000040493)	GAB2 (ENSRBIG00000031806)	USP35 (ENSRBIG00000040631)	KCTD21 (ENSRBIG00000025743)	ALG8 (ENSRBIG00000035473)	NDUFC2 (ENSRBIG00000009625)	THRSP (ENSRBIG00000024986)	KCTD14 (ENSRBIG00000042721)	INTS4 (ENSRBIG00000042236)	AAMDC (ENSRBIG00000044663)	RSF1 (ENSRBIG00000043374)	ENSRBIG00000035450	AQP11 (ENSRBIG00000013902)	PAK1 (ENSRBIG00000034335) #22	ENSRBIG00000036379	GDPD4 (ENSRBIG00000037924)	MYO7A (ENSRBIG00000036813)	CAPN5 (ENSRBIG00000041321)	B3GNT6 (ENSRBIG00000039681)	ENSRBIG00000036893	ENSRBIG00000018440	ACER3 (ENSRBIG00000037201)	TSKU (ENSRBIG00000019981)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1247	NARS2 (ENSRROG00000044898)	ENSRROG00000029807	GAB2 (ENSRROG00000037838)	USP35 (ENSRROG00000015796)	KCTD21 (ENSRROG00000015553)	ALG8 (ENSRROG00000037352)	NDUFC2 (ENSRROG00000028423)	THRSP (ENSRROG00000011313)	ENSRROG00000003031	KCTD14 (ENSRROG00000030587)	INTS4 (ENSRROG00000033522)	AAMDC (ENSRROG00000038727)	RSF1 (ENSRROG00000041658)	ENSRROG00000044618	AQP11 (ENSRROG00000044105)	PAK1 (ENSRROG00000045159) #22	ENSRROG00000036425	GDPD4 (ENSRROG00000023992)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a	ENSGT00940000158413
Vervet Monkey	MODERN SPECIES		FAM181B (ENSCSAG00000000614)	TENM4 (ENSCSAG00000003773)	NARS2 (ENSCSAG00000003793)	GAB2 (ENSCSAG00000003797)	USP35 (ENSCSAG00000003800)	KCTD21 (ENSCSAG00000000615)	ALG8 (ENSCSAG00000003802)	NDUFC2 (ENSCSAG00000003804)	THRSP (ENSCSAG00000000616)	KCTD14 (ENSCSAG00000003806)	INTS4 (ENSCSAG00000003811)	AAMDC (ENSCSAG00000003812)	RSF1 (ENSCSAG00000003816)	CLNS1A (ENSCSAG00000003818)	AQP11 (ENSCSAG00000003819)	PAK1 (ENSCSAG00000003823) #22	GDPD4 (ENSCSAG00000003828)	MYO7A (ENSCSAG00000003861)	CAPN5 (ENSCSAG00000003875)	B3GNT6 (ENSCSAG00000000617)	ACER3 (ENSCSAG00000003878)	TSKU (ENSCSAG00000000618)	LRRC32 (ENSCSAG00000003880)	EMSY (ENSCSAG00000003885)	THAP12 (ENSCSAG00000003894)	WNT11 (ENSCSAG00000003899)	UVRAG (ENSCSAG00000003902)	DGAT2 (ENSCSAG00000003904)	MOGAT2 (ENSCSAG00000003906)	MAP6 (ENSCSAG00000003908)	SERPINH1 (ENSCSAG00000003909)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Drill	MODERN SPECIES	1018	TENM4 (ENSMLEG00000034676)	ENSMLEG00000037365	NARS2 (ENSMLEG00000029559)	GAB2 (ENSMLEG00000038890)	USP35 (ENSMLEG00000038344)	KCTD21 (ENSMLEG00000019386)	ENSMLEG00000026673	ALG8 (ENSMLEG00000025271)	NDUFC2 (ENSMLEG00000039299)	KCTD14 (ENSMLEG00000030473)	INTS4 (ENSMLEG00000040512)	AAMDC (ENSMLEG00000040894)	RSF1 (ENSMLEG00000038363)	CLNS1A (ENSMLEG00000040581)	AQP11 (ENSMLEG00000028777)	PAK1 (ENSMLEG00000033376) #22	ENSMLEG00000039171	GDPD4 (ENSMLEG00000044208)	MYO7A (ENSMLEG00000000314)	CAPN5 (ENSMLEG00000043868)	ACER3 (ENSMLEG00000027480)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	545	ENSCATG00000045182	TENM4 (ENSCATG00000045269)	ENSCATG00000044075	NARS2 (ENSCATG00000031854)	GAB2 (ENSCATG00000034189)	USP35 (ENSCATG00000034027)	KCTD21 (ENSCATG00000007922)	ALG8 (ENSCATG00000044265)	NDUFC2 (ENSCATG00000039655)	KCTD14 (ENSCATG00000007749)	INTS4 (ENSCATG00000039621)	AAMDC (ENSCATG00000032345)	RSF1 (ENSCATG00000041020)	CLNS1A (ENSCATG00000043634)	AQP11 (ENSCATG00000012294)	PAK1 (ENSCATG00000032259) #22	ENSCATG00000032730	GDPD4 (ENSCATG00000038800)	MYO7A (ENSCATG00000037969)	CAPN5 (ENSCATG00000044156)	B3GNT6 (ENSCATG00000031669)	ACER3 (ENSCATG00000024996)	TSKU (ENSCATG00000018628)	LRRC32 (ENSCATG00000039757)	EMSY (ENSCATG00000033145)	ENSCATG00000006180	GVQW3 (ENSCATG00000035253)	THAP12 (ENSCATG00000024587)	WNT11 (ENSCATG00000035881)	UVRAG (ENSCATG00000039451)	DGAT2 (ENSCATG00000001407)
Olive baboon	MODERN SPECIES	3	ENSPANG00000011885	NARS2 (ENSPANG00000025887)	GAB2 (ENSPANG00000014350)	USP35 (ENSPANG00000006477)	KCTD21 (ENSPANG00000043382)	ENSPANG00000012861	ALG8 (ENSPANG00000014351)	NDUFC2 (ENSPANG00000004040)	THRSP (ENSPANG00000039953)	KCTD14 (ENSPANG00000032429)	INTS4 (ENSPANG00000016287)	AAMDC (ENSPANG00000016126)	RSF1 (ENSPANG00000017793)	CLNS1A (ENSPANG00000019127)	AQP11 (ENSPANG00000014352)	PAK1 (ENSPANG00000018291) #22	GDPD4 (ENSPANG00000011944)	MYO7A (ENSPANG00000008342)	CAPN5 (ENSPANG00000010115)	ENSPANG00000050104	B3GNT6 (ENSPANG00000006331)	ACER3 (ENSPANG00000024908)	ENSPANG00000046867	TSKU (ENSPANG00000018404)	ENSPANG00000049669	LRRC32 (ENSPANG00000015382)	EMSY (ENSPANG00000007638)	ENSPANG00000007883	ENSPANG00000003101	WNT11 (ENSPANG00000014353)	UVRAG (ENSPANG00000012471)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	423	FAM181B (ENSMNEG00000003392)	TENM4 (ENSMNEG00000042610)	ENSMNEG00000033890	NARS2 (ENSMNEG00000036144)	GAB2 (ENSMNEG00000040872)	USP35 (ENSMNEG00000040956)	KCTD21 (ENSMNEG00000009764)	ALG8 (ENSMNEG00000033047)	NDUFC2 (ENSMNEG00000027120)	KCTD14 (ENSMNEG00000042231)	INTS4 (ENSMNEG00000044252)	AAMDC (ENSMNEG00000029653)	RSF1 (ENSMNEG00000043815)	CLNS1A (ENSMNEG00000036050)	AQP11 (ENSMNEG00000044078)	PAK1 (ENSMNEG00000044840) #22	ENSMNEG00000028157	GDPD4 (ENSMNEG00000038159)	MYO7A (ENSMNEG00000030597)	CAPN5 (ENSMNEG00000037879)	B3GNT6 (ENSMNEG00000035934)	ACER3 (ENSMNEG00000030819)	TSKU (ENSMNEG00000013194)	LRRC32 (ENSMNEG00000041843)	EMSY (ENSMNEG00000041511)	ENSMNEG00000025096	GVQW3 (ENSMNEG00000035110)	ENSMNEG00000014529	WNT11 (ENSMNEG00000042384)	UVRAG (ENSMNEG00000036116)	DGAT2 (ENSMNEG00000045455)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Rhesus	MODERN SPECIES	5	NARS2 (ENSMMUG00000004649)	GAB2 (ENSMMUG00000017477)	USP35 (ENSMMUG00000017476)	ENSMMUG00000051695	KCTD21 (ENSMMUG00000017473)	ALG8 (ENSMMUG00000017472)	THRSP (ENSMMUG00000017470)	NDUFC2 (ENSMMUG00000050672)	KCTD14 (ENSMMUG00000017471)	ENSMMUG00000063047	INTS4 (ENSMMUG00000010120)	AAMDC (ENSMMUG00000010119)	RSF1 (ENSMMUG00000017355)	CLNS1A (ENSMMUG00000018945)	AQP11 (ENSMMUG00000018944)	PAK1 (ENSMMUG00000001387) #22	GDPD4 (ENSMMUG00000018188)	MYO7A (ENSMMUG00000018178)	OMP (ENSMMUG00000055575)	CAPN5 (ENSMMUG00000018174)	B3GNT6 (ENSMMUG00000050318)	ENSMMUG00000050497	ACER3 (ENSMMUG00000018168)	TSKU (ENSMMUG00000058889)	LRRC32 (ENSMMUG00000022403)	EMSY (ENSMMUG00000022401)	GVQW3 (ENSMMUG00000059619)	THAP12 (ENSMMUG00000048604)	WNT11 (ENSMMUG00000051614)	UVRAG (ENSMMUG00000000187)	DGAT2 (ENSMMUG00000000185)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162817	ENSGT01090000260123.a	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Gibbon	MODERN SPECIES	5	NARS2 (ENSNLEG00000016643)	ENSNLEG00000030860	GAB2 (ENSNLEG00000016667)	USP35 (ENSNLEG00000028871)	KCTD21 (ENSNLEG00000030708)	ENSNLEG00000030722	ALG8 (ENSNLEG00000027080)	ENSNLEG00000032308	THRSP (ENSNLEG00000036237)	KCTD14 (ENSNLEG00000026663)	INTS4 (ENSNLEG00000026995)	ENSNLEG00000033096	RSF1 (ENSNLEG00000016681)	CLNS1A (ENSNLEG00000016699)	AQP11 (ENSNLEG00000016709)	PAK1 (ENSNLEG00000016711) #22	ENSNLEG00000030724	GDPD4 (ENSNLEG00000016736)	MYO7A (ENSNLEG00000016747)	CAPN5 (ENSNLEG00000016775)	OMP (ENSNLEG00000016787)	B3GNT6 (ENSNLEG00000016789)	ACER3 (ENSNLEG00000034984)	TSKU (ENSNLEG00000033845)	LRRC32 (ENSNLEG00000016810)	EMSY (ENSNLEG00000016812)	ENSNLEG00000028651	ENSNLEG00000033823	ENSNLEG00000032732	WNT11 (ENSNLEG00000016841)	UVRAG (ENSNLEG00000027301)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00910000147490	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Orangutan	MODERN SPECIES	2	NARS2 (ENSPPYG00000003725)	GAB2 (ENSPPYG00000003723)	USP35 (ENSPPYG00000003722)	ENSPPYG00000003721	KCTD21 (ENSPPYG00000003720)	ALG8 (ENSPPYG00000003719)	NDUFC2 (ENSPPYG00000036421)	THRSP (ENSPPYG00000003717)	KCTD14 (ENSPPYG00000003716)	INTS4 (ENSPPYG00000003715)	ENSPPYG00000003714	RSF1 (ENSPPYG00000003713)	CLNS1A (ENSPPYG00000003712)	AQP11 (ENSPPYG00000003711)	ENSPPYG00000003709	PAK1 (ENSPPYG00000003708) #22	ENSPPYG00000035320	ENSPPYG00000003707	MYO7A (ENSPPYG00000003706)	CAPN5 (ENSPPYG00000003705)	B3GNT6 (ENSPPYG00000003704)	ACER3 (ENSPPYG00000003703)	TSKU (ENSPPYG00000003702)	LRRC32 (ENSPPYG00000003700)	EMSY (ENSPPYG00000003699)	ENSPPYG00000003698	THAP12 (ENSPPYG00000003697)	ENSPPYG00000040892	WNT11 (ENSPPYG00000003696)	UVRAG (ENSPPYG00000003695)	DGAT2 (ENSPPYG00000003694)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554.p	ENSGT00910000147490	ENSGT00390000009554.o	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413
Gorilla	MODERN SPECIES	2	GAB2 (ENSGGOG00000010086)	USP35 (ENSGGOG00000010079)	ENSGGOG00000037208	KCTD21 (ENSGGOG00000010076)	ALG8 (ENSGGOG00000011611)	THRSP (ENSGGOG00000003652)	NDUFC2 (ENSGGOG00000041901)	KCTD14 (ENSGGOG00000013554)	ENSGGOG00000043528	ENSGGOG00000001515	ENSGGOG00000013088	ENSGGOG00000023151	RSF1 (ENSGGOG00000001833)	CLNS1A (ENSGGOG00000003091)	AQP11 (ENSGGOG00000011985)	PAK1 (ENSGGOG00000003150) #22	ENSGGOG00000043330	ENSGGOG00000008102	MYO7A (ENSGGOG00000008082)	CAPN5 (ENSGGOG00000008071)	B3GNT6 (ENSGGOG00000000016)	ACER3 (ENSGGOG00000003818)	TSKU (ENSGGOG00000008670)	LRRC32 (ENSGGOG00000001727)	EMSY (ENSGGOG00000012926)	GVQW3 (ENSGGOG00000027994)	THAP12 (ENSGGOG00000006152)	WNT11 (ENSGGOG00000015024)	UVRAG (ENSGGOG00000002911)	DGAT2 (ENSGGOG00000002910)	MAP6 (ENSGGOG00000005400)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554.p	ENSGT00910000147490	ENSGT00390000009554.o	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413
Human	MODERN SPECIES	2	TENM4 (ENSG00000149256)	NARS2 (ENSG00000137513)	GAB2 (ENSG00000033327)	USP35 (ENSG00000118369)	KCTD21 (ENSG00000188997)	ALG8 (ENSG00000159063)	NDUFC2 (ENSG00000151366)	THRSP (ENSG00000151365)	NDUFC2-KCTD14 (ENSG00000259112)	KCTD14 (ENSG00000151364)	INTS4 (ENSG00000149262)	AAMDC (ENSG00000087884)	RSF1 (ENSG00000048649)	AQP11 (ENSG00000178301)	CLNS1A (ENSG00000074201)	PAK1 (ENSG00000149269) #22	GDPD4 (ENSG00000178795)	MYO7A (ENSG00000137474)	OMP (ENSG00000254550)	CAPN5 (ENSG00000149260)	B3GNT6 (ENSG00000198488)	ACER3 (ENSG00000078124)	TSKU (ENSG00000182704)	LRRC32 (ENSG00000137507)	EMSY (ENSG00000158636)	GVQW3 (ENSG00000179240)	THAP12 (ENSG00000137492)	WNT11 (ENSG00000085741)	UVRAG (ENSG00000198382)	DGAT2 (ENSG00000062282)	MOGAT2 (ENSG00000166391)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.n	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00390000011698.c.a.c.b	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554.p	ENSGT00910000147490	ENSGT00390000009554.o	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.y.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877
Bonobo	MODERN SPECIES	2	GAB2 (ENSPPAG00000029980)	USP35 (ENSPPAG00000038381)	ENSPPAG00000002837	KCTD21 (ENSPPAG00000000521)	ALG8 (ENSPPAG00000029627)	THRSP (ENSPPAG00000023087)	NDUFC2 (ENSPPAG00000039205)	KCTD14 (ENSPPAG00000042258)	ENSPPAG00000035381	ENSPPAG00000026625	ENSPPAG00000022805	ENSPPAG00000043844	RSF1 (ENSPPAG00000020888)	CLNS1A (ENSPPAG00000035940)	AQP11 (ENSPPAG00000030812)	PAK1 (ENSPPAG00000042768) #22	ENSPPAG00000033073	GDPD4 (ENSPPAG00000033740)	MYO7A (ENSPPAG00000035116)	CAPN5 (ENSPPAG00000034162)	B3GNT6 (ENSPPAG00000004892)	ACER3 (ENSPPAG00000015516)	TSKU (ENSPPAG00000025259)	LRRC32 (ENSPPAG00000028327)	ENSPPAG00000027471	THAP12 (ENSPPAG00000005479)	ENSPPAG00000028053	ENSPPAG00000038460	ENSPPAG00000030327	WNT11 (ENSPPAG00000010959)	UVRAG (ENSPPAG00000027735)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	2	TENM4 (ENSPTRG00000004118)	NARS2 (ENSPTRG00000004117)	GAB2 (ENSPTRG00000004115)	USP35 (ENSPTRG00000051443)	ENSPTRG00000046421	KCTD21 (ENSPTRG00000044559)	ALG8 (ENSPTRG00000004112)	THRSP (ENSPTRG00000004110)	NDUFC2 (ENSPTRG00000047123)	KCTD14 (ENSPTRG00000004109)	INTS4 (ENSPTRG00000004108)	AAMDC (ENSPTRG00000004106)	RSF1 (ENSPTRG00000004105)	CLNS1A (ENSPTRG00000048842)	AQP11 (ENSPTRG00000004103)	PAK1 (ENSPTRG00000004101) #22	ENSPTRG00000048327	GDPD4 (ENSPTRG00000004100)	MYO7A (ENSPTRG00000004098)	CAPN5 (ENSPTRG00000049993)	B3GNT6 (ENSPTRG00000023606)	ACER3 (ENSPTRG00000004096)	TSKU (ENSPTRG00000028468)	LRRC32 (ENSPTRG00000004094)	EMSY (ENSPTRG00000004093)	ENSPTRG00000049644	ENSPTRG00000028470	THAP12 (ENSPTRG00000004091)	WNT11 (ENSPTRG00000004090)	UVRAG (ENSPTRG00000004088)	DGAT2 (ENSPTRG00000004087)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008403.ab	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00940000155959.n	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Mas night monkey	MODERN SPECIES	575	GAB2 (ENSANAG00000033147)	USP35 (ENSANAG00000023780)	KCTD21 (ENSANAG00000008887)	ALG8 (ENSANAG00000028151)	ENSANAG00000035549	NDUFC2 (ENSANAG00000032706)	KCTD14 (ENSANAG00000032585)	ENSANAG00000037311	INTS4 (ENSANAG00000005253)	AAMDC (ENSANAG00000031884)	RSF1 (ENSANAG00000024984)	ENSANAG00000010001	AQP11 (ENSANAG00000032006)	ENSANAG00000031650	ENSANAG00000029802	PAK1 (ENSANAG00000019562) #22	GDPD4 (ENSANAG00000030211)	MYO7A (ENSANAG00000023144)	CAPN5 (ENSANAG00000032657)	ACER3 (ENSANAG00000031758)	TSKU (ENSANAG00000028760)	LRRC32 (ENSANAG00000036098)	EMSY (ENSANAG00000037605)	GVQW3 (ENSANAG00000033324)	THAP12 (ENSANAG00000034553)	WNT11 (ENSANAG00000023221)	UVRAG (ENSANAG00000037389)	DGAT2 (ENSANAG00000033159)	MOGAT2 (ENSANAG00000030684)	ENSANAG00000025561	ENSANAG00000028881
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008403.ab	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00940000155959.n	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Marmoset	MODERN SPECIES	2	KCTD21 (ENSCJAG00000043935)	ALG8 (ENSCJAG00000014792)	NDUFC2 (ENSCJAG00000066176)	ENSCJAG00000014820	THRSP (ENSCJAG00000022085)	ENSCJAG00000021760	KCTD14 (ENSCJAG00000014824)	INTS4 (ENSCJAG00000014825)	ENSCJAG00000077936	ENSCJAG00000014890	RSF1 (ENSCJAG00000014899)	CLNS1A (ENSCJAG00000014927)	AQP11 (ENSCJAG00000014939)	ENSCJAG00000073608	ENSCJAG00000070241	PAK1 (ENSCJAG00000014954) #22	GDPD4 (ENSCJAG00000015002)	ENSCJAG00000077361	MYO7A (ENSCJAG00000015009)	ENSCJAG00000081839	CAPN5 (ENSCJAG00000015126)	B3GNT6 (ENSCJAG00000048141)	ACER3 (ENSCJAG00000015179)	TSKU (ENSCJAG00000015198)	LRRC32 (ENSCJAG00000041496)	EMSY (ENSCJAG00000015204)	GVQW3 (ENSCJAG00000015286)	THAP12 (ENSCJAG00000012300)	WNT11 (ENSCJAG00000015296)	UVRAG (ENSCJAG00000015319)	DGAT2 (ENSCJAG00000015337)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	10																ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	212														ENSSBOG00000025989	ENSSBOG00000022878	PAK1 (ENSSBOG00000035209) #22	GDPD4 (ENSSBOG00000030967)	MYO7A (ENSSBOG00000022003)	CAPN5 (ENSSBOG00000025919)	B3GNT6 (ENSSBOG00000023913)	ACER3 (ENSSBOG00000024052)	TSKU (ENSSBOG00000028360)	SPATA19 (ENSSBOG00000026868)	IGSF9B (ENSSBOG00000025414)	JAM3 (ENSSBOG00000020318)	NCAPD3 (ENSSBOG00000031207)	VPS26B (ENSSBOG00000029454)	THYN1 (ENSSBOG00000027498)	ACAD8 (ENSSBOG00000029736)	GLB1L3 (ENSSBOG00000023285)	GLB1L2 (ENSSBOG00000020582)
Capuchin	MODERN SPECIES	79						ANGPTL5 (ENSCCAG00000026522)	CEP126 (ENSCCAG00000033127)	CFAP300 (ENSCCAG00000033252)	YAP1 (ENSCCAG00000035003)	BIRC3 (ENSCCAG00000026847)	ENSCCAG00000036738	ENSCCAG00000034552	ENSCCAG00000037949	ENSCCAG00000037522	ENSCCAG00000008865	PAK1 (ENSCCAG00000027918) #22	GDPD4 (ENSCCAG00000025757)	MYO7A (ENSCCAG00000035696)	CAPN5 (ENSCCAG00000032879)	ACER3 (ENSCCAG00000022320)	LRRC32 (ENSCCAG00000036797)	EMSY (ENSCCAG00000033043)	GVQW3 (ENSCCAG00000017675)	THAP12 (ENSCCAG00000030247)	WNT11 (ENSCCAG00000006507)	UVRAG (ENSCCAG00000004406)	DGAT2 (ENSCCAG00000025871)	MOGAT2 (ENSCCAG00000033399)	ENSCCAG00000019602	MAP6 (ENSCCAG00000038045)	SERPINH1 (ENSCCAG00000036630)
Tarsier	MODERN SPECIES	5561																PAK1 (ENSTSYG00000005124) #22	ENSTSYG00000032878	GDPD4 (ENSTSYG00000014245)	MYO7A (ENSTSYG00000026178)	CAPN5 (ENSTSYG00000028898)	ENSTSYG00000010273	ACER3 (ENSTSYG00000012393)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	4536																PAK1 (ENSEEUG00000006111) #22
Common shrew	MODERN SPECIES	3484																PAK1 (ENSSARG00000003580) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128.n	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	32	ENSCWAG00000000452	NARS2 (ENSCWAG00000000469)	GAB2 (ENSCWAG00000000513)	USP35 (ENSCWAG00000000554)	KCTD21 (ENSCWAG00000000591)	ENSCWAG00000000598	ALG8 (ENSCWAG00000000606)	NDUFC2 (ENSCWAG00000000628)	THRSP (ENSCWAG00000000643)	KCTD14 (ENSCWAG00000000654)	INTS4 (ENSCWAG00000000693)	AAMDC (ENSCWAG00000000780)	RSF1 (ENSCWAG00000000803)	CLNS1A (ENSCWAG00000000875)	AQP11 (ENSCWAG00000000925)	PAK1 (ENSCWAG00000000943) #22	ENSCWAG00000000976	ENSCWAG00000001004	MYO7A (ENSCWAG00000001099)	CAPN5 (ENSCWAG00000001339)	B3GNT6 (ENSCWAG00000001354)	ACER3 (ENSCWAG00000001370)	TSKU (ENSCWAG00000001407)	ENSCWAG00000001431	LRRC32 (ENSCWAG00000001490)	EMSY (ENSCWAG00000001547)	GVQW3 (ENSCWAG00000001671)	THAP12 (ENSCWAG00000001677)	WNT11 (ENSCWAG00000001687)	UVRAG (ENSCWAG00000001705)	DGAT2 (ENSCWAG00000001740)
Pig	MODERN SPECIES	17	NARS2 (ENSSSCG00000014893)	ENSSSCG00000048333	GAB2 (ENSSSCG00000014891)	USP35 (ENSSSCG00000014892)	ENSSSCG00000042960	KCTD21 (ENSSSCG00000033506)	ALG8 (ENSSSCG00000014887)	NDUFC2 (ENSSSCG00000039494)	THRSP (ENSSSCG00000033822)	ENSSSCG00000031979	ENSSSCG00000014884	ENSSSCG00000037251	RSF1 (ENSSSCG00000014882)	CLNS1A (ENSSSCG00000014881)	AQP11 (ENSSSCG00000014880)	PAK1 (ENSSSCG00000014878) #22	ENSSSCG00000055558	ENSSSCG00000058608	ENSSSCG00000053774	ENSSSCG00000014877	MYO7A (ENSSSCG00000014876)	CAPN5 (ENSSSCG00000014875)	B3GNT6 (ENSSSCG00000014874)	ENSSSCG00000053515	ACER3 (ENSSSCG00000032723)	ENSSSCG00000014872	TSKU (ENSSSCG00000014871)	ENSSSCG00000055915	LRRC32 (ENSSSCG00000014869)	EMSY (ENSSSCG00000014868)	GVQW3 (ENSSSCG00000062483)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b	ENSGT00810000125439.A	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00950000182989.D.a.a.g.b	ENSGT00810000125439.A	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00940000156251.f.e.a	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184	ENSGT00390000016292.i.b
Goat	MODERN SPECIES	21	USP35 (ENSCHIG00000022000)	KCTD21 (ENSCHIG00000010283)	ENSCHIG00000012136	ALG8 (ENSCHIG00000015388)	NDUFC2 (ENSCHIG00000024981)	THRSP (ENSCHIG00000010391)	KCTD14 (ENSCHIG00000010510)	INTS4 (ENSCHIG00000016677)	AAMDC (ENSCHIG00000016553)	RSF1 (ENSCHIG00000024983)	ENSCHIG00000014742	CLNS1A (ENSCHIG00000022408)	AQP11 (ENSCHIG00000013621)	ENSCHIG00000008822	ENSCHIG00000020809	PAK1 (ENSCHIG00000003071) #22	ENSCHIG00000012938	ENSCHIG00000012289	ENSCHIG00000011542	ENSCHIG00000018981	ENSCHIG00000026019	ENSCHIG00000012126	SVIP (ENSCHIG00000018647)	GAS2 (ENSCHIG00000024172)	FANCF (ENSCHIG00000007412)	SLC17A6 (ENSCHIG00000018728)	ANO5 (ENSCHIG00000009295)	NELL1 (ENSCHIG00000022956)	SLC6A5 (ENSCHIG00000012442)	PRMT3 (ENSCHIG00000016465)	HTATIP2 (ENSCHIG00000024838)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	13	USP35 (ENSOARG00020025158)	KCTD21 (ENSOARG00020025178)	ENSOARG00020025186	ENSOARG00020025198	ALG8 (ENSOARG00020025204)	NDUFC2 (ENSOARG00020025217)	THRSP (ENSOARG00020025234)	KCTD14 (ENSOARG00020025241)	INTS4 (ENSOARG00020025265)	AAMDC (ENSOARG00020025329)	RSF1 (ENSOARG00020025337)	ENSOARG00020025348	CLNS1A (ENSOARG00020025356)	AQP11 (ENSOARG00020025375)	ENSOARG00020025384	PAK1 (ENSOARG00020025388) #22	ENSOARG00020025417	ENSOARG00020025490	ENSOARG00020025509	LUZP2 (ENSOARG00020025537)	ENSOARG00020025562	ENSOARG00020025569	NELL1 (ENSOARG00020025588)	SLC6A5 (ENSOARG00020025638)	PRMT3 (ENSOARG00020025645)	HTATIP2 (ENSOARG00020025666)	ENSOARG00020025672	ENSOARG00020025676	ENSOARG00020025682	DBX1 (ENSOARG00020025685)	NAV2 (ENSOARG00020025736)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000002918.a.a.j.c.a	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825	ENSGT00390000008184	ENSGT00390000016292.i.b
Bos	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000002918.a.a.j.c.a.a.a	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000007015.q.b	ENSGT00390000013180	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755.f	ENSGT00940000155755.e.a	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000002918.a.a.j.c.a.a.a	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000007015.q.b	ENSGT00390000013180	ENSGT00970000198347	ENSGT00660000097475	ENSGT00390000007067.c	ENSGT00940000155755.f	ENSGT00390000005623	ENSGT00940000155891	ENSGT00940000155692	ENSGT00810000125439.A.rc	ENSGT00810000125439.A.qc.a	ENSGT00940000154963	ENSGT00940000156825
Cow	MODERN SPECIES	21	ENSBTAG00000051637	KCTD21 (ENSBTAG00000054429)	ENSBTAG00000045601	ALG8 (ENSBTAG00000018192)	NDUFC2 (ENSBTAG00000018188)	THRSP (ENSBTAG00000011666)	KCTD14 (ENSBTAG00000011668)	INTS4 (ENSBTAG00000010505)	AAMDC (ENSBTAG00000017298)	RSF1 (ENSBTAG00000020268)	ENSBTAG00000049245	ENSBTAG00000051290	CLNS1A (ENSBTAG00000019930)	AQP11 (ENSBTAG00000019928)	ENSBTAG00000009268	PAK1 (ENSBTAG00000010191) #22	ENSBTAG00000000886	ENSBTAG00000034536	LUZP2 (ENSBTAG00000001043)	ENSBTAG00000053211	ENSBTAG00000054222	GAS2 (ENSBTAG00000021654)	FANCF (ENSBTAG00000007230)	SLC17A6 (ENSBTAG00000038347)	ANO5 (ENSBTAG00000019394)	ENSBTAG00000050228	ENSBTAG00000048576	SLC6A5 (ENSBTAG00000014300)	PRMT3 (ENSBTAG00000013421)	HTATIP2 (ENSBTAG00000013419)	ENSBTAG00000008684
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	21	ENSBIXG00005003394	KCTD21 (ENSBIXG00005007835)	ENSBIXG00005007674	ALG8 (ENSBIXG00005020344)	THRSP (ENSBIXG00005020366)	ENSBIXG00005020379	KCTD14 (ENSBIXG00005020393)	INTS4 (ENSBIXG00005020611)	AAMDC (ENSBIXG00005020691)	ENSBIXG00005007728	ENSBIXG00005020733	RSF1 (ENSBIXG00005003521)	CLNS1A (ENSBIXG00005020933)	AQP11 (ENSBIXG00005020997)	ENSBIXG00005021010	PAK1 (ENSBIXG00005021064) #22	ENSBIXG00005021277	ENSBIXG00005021308	ENSBIXG00005021330	LUZP2 (ENSBIXG00005003622)	ENSBIXG00005006604	CCDC179 (ENSBIXG00005021565)	ENSBIXG00005000008	GAS2 (ENSBIXG00005021605)	FANCF (ENSBIXG00005021632)	SLC17A6 (ENSBIXG00005021666)	ANO5 (ENSBIXG00005021754)	NELL1 (ENSBIXG00005021911)	SLC6A5 (ENSBIXG00005006663)	PRMT3 (ENSBIXG00005022211)	ENSBIXG00005022254
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00540000070023.c.b.a.a.a.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00390000016904.a.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000156251.f.f	ENSGT00390000007015.q.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	21	GAB2 (ENSBGRG00000020464)	ENSBGRG00000020442	USP35 (ENSBGRG00000020391)	KCTD21 (ENSBGRG00000020357)	ALG8 (ENSBGRG00000020232)	NDUFC2 (ENSBGRG00000020103)	THRSP (ENSBGRG00000020064)	KCTD14 (ENSBGRG00000020044)	INTS4 (ENSBGRG00000019630)	AAMDC (ENSBGRG00000019457)	ENSBGRG00000019411	RSF1 (ENSBGRG00000019124)	CLNS1A (ENSBGRG00000018759)	AQP11 (ENSBGRG00000018686)	ENSBGRG00000018633	PAK1 (ENSBGRG00000018531) #22	ENSBGRG00000018068	ENSBGRG00000017769	ENSBGRG00000017741	ENSBGRG00000017635	ENSBGRG00000017480	ENSBGRG00000017317	ENSBGRG00000017300	ENSBGRG00000017237	OR8D4 (ENSBGRG00000017223)	ENSBGRG00000024380	ENSBGRG00000024364	OR10S1 (ENSBGRG00000024345)	OR10G6 (ENSBGRG00000024329)	ENSBGRG00000024323	ENSBGRG00000024294
Wild yak	MODERN SPECIES	2457															ENSBMUG00000023575	PAK1 (ENSBMUG00000023592) #22
American bison	MODERN SPECIES	3238	USP35 (ENSBBBG00000019234)	ENSBBBG00000019225	KCTD21 (ENSBBBG00000008170)	ENSBBBG00000004952	ALG8 (ENSBBBG00000007272)	NDUFC2 (ENSBBBG00000019182)	KCTD14 (ENSBBBG00000019169)	INTS4 (ENSBBBG00000019159)	ENSBBBG00000004915	AAMDC (ENSBBBG00000004908)	RSF1 (ENSBBBG00000004893)	ENSBBBG00000019059	CLNS1A (ENSBBBG00000019050)	AQP11 (ENSBBBG00000018990)	ENSBBBG00000018987	PAK1 (ENSBBBG00000018980) #22	ENSBBBG00000018951	ENSBBBG00000018916	ENSBBBG00000007625
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	113	GAB2 (ENSMMSG00000004659)	USP35 (ENSMMSG00000004718)	KCTD21 (ENSMMSG00000004784)	ENSMMSG00000004807	ALG8 (ENSMMSG00000004825)	NDUFC2 (ENSMMSG00000004904)	THRSP (ENSMMSG00000004930)	KCTD14 (ENSMMSG00000004944)	INTS4 (ENSMMSG00000004977)	AAMDC (ENSMMSG00000005194)	RSF1 (ENSMMSG00000005280)	ENSMMSG00000005371	AQP11 (ENSMMSG00000005614)	ENSMMSG00000005636	ENSMMSG00000005665	PAK1 (ENSMMSG00000005702) #22	GDPD4 (ENSMMSG00000005765)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	11	ENSCHYG00000003661	GAB2 (ENSCHYG00000003673)	USP35 (ENSCHYG00000003699)	KCTD21 (ENSCHYG00000003720)	ENSCHYG00000003733	ALG8 (ENSCHYG00000003751)	NDUFC2 (ENSCHYG00000003780)	THRSP (ENSCHYG00000003785)	KCTD14 (ENSCHYG00000003792)	INTS4 (ENSCHYG00000003807)	ENSCHYG00000003859	ENSCHYG00000003886	RSF1 (ENSCHYG00000003899)	CLNS1A (ENSCHYG00000003949)	AQP11 (ENSCHYG00000003991)	PAK1 (ENSCHYG00000004009) #22	ENSCHYG00000004057	ENSCHYG00000008843	ENSCHYG00000009058	ENSCHYG00000009185	ENSCHYG00000009321	ENSCHYG00000009355	CCDC179 (ENSCHYG00000009380)	ENSCHYG00000009425	GAS2 (ENSCHYG00000009479)	FANCF (ENSCHYG00000009636)	SLC17A6 (ENSCHYG00000009689)	ANO5 (ENSCHYG00000009862)	ENSCHYG00000010427	NELL1 (ENSCHYG00000010475)	SLC6A5 (ENSCHYG00000010711)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00980000198692	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Blue whale	MODERN SPECIES	19	FAM181B (ENSBMSG00010005075)	ENSBMSG00010005082	TENM4 (ENSBMSG00010005114)	NARS2 (ENSBMSG00010005167)	GAB2 (ENSBMSG00010005186)	USP35 (ENSBMSG00010005214)	KCTD21 (ENSBMSG00010005236)	ALG8 (ENSBMSG00010005254)	NDUFC2 (ENSBMSG00010005272)	KCTD14 (ENSBMSG00010005287)	INTS4 (ENSBMSG00010005324)	ENSBMSG00010005359	RSF1 (ENSBMSG00010005407)	CLNS1A (ENSBMSG00010005431)	AQP11 (ENSBMSG00010005455)	PAK1 (ENSBMSG00010005469) #22	GDPD4 (ENSBMSG00010005481)	MYO7A (ENSBMSG00010005524)	CAPN5 (ENSBMSG00010005617)	ACER3 (ENSBMSG00010005659)	TSKU (ENSBMSG00010005685)	ENSBMSG00010005705	LRRC32 (ENSBMSG00010005727)	EMSY (ENSBMSG00010005898)	GVQW3 (ENSBMSG00010006350)	THAP12 (ENSBMSG00010006359)	WNT11 (ENSBMSG00010006371)	UVRAG (ENSBMSG00010006403)	DGAT2 (ENSBMSG00010006424)	MOGAT2 (ENSBMSG00010006441)	MAP6 (ENSBMSG00010006468)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00980000198692	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.e	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	7	TENM4 (ENSPCTG00005010687)	NARS2 (ENSPCTG00005010794)	GAB2 (ENSPCTG00005010907)	USP35 (ENSPCTG00005010965)	KCTD21 (ENSPCTG00005011096)	ALG8 (ENSPCTG00005011136)	NDUFC2 (ENSPCTG00005011217)	KCTD14 (ENSPCTG00005011283)	INTS4 (ENSPCTG00005011313)	ENSPCTG00005011813	ENSPCTG00005011852	ENSPCTG00005011994	RSF1 (ENSPCTG00005012040)	CLNS1A (ENSPCTG00005012102)	AQP11 (ENSPCTG00005012243)	PAK1 (ENSPCTG00005008855) #22	GDPD4 (ENSPCTG00005008885)	MYO7A (ENSPCTG00005009160)	CAPN5 (ENSPCTG00005010782)	ACER3 (ENSPCTG00005010914)	TSKU (ENSPCTG00005011078)	LRRC32 (ENSPCTG00005011094)	EMSY (ENSPCTG00005011180)	GVQW3 (ENSPCTG00005011668)	ENSPCTG00005011685	WNT11 (ENSPCTG00005011701)	UVRAG (ENSPCTG00005011757)	ENSPCTG00005011854	DGAT2 (ENSPCTG00005011874)	MOGAT2 (ENSPCTG00005012047)	ENSPCTG00005012145
Sperm whale	MODERN SPECIES	10	C22orf31 (ENSPCTG00005006661)	KREMEN1 (ENSPCTG00005006568)	EMID1 (ENSPCTG00005006308)	RHBDD3 (ENSPCTG00005006213)	NEFH (ENSPCTG00005006128)	THOC5 (ENSPCTG00005005997)	NIPSNAP1 (ENSPCTG00005005945)	NF2 (ENSPCTG00005005917)	CABP7 (ENSPCTG00005005877)	ZMAT5 (ENSPCTG00005005853)	ENSPCTG00005005837	ASCC2 (ENSPCTG00005005539)	ENSPCTG00005005453	ENSPCTG00005005436	ENSPCTG00005005414	ENSPCTG00005005391 #22	LIF (ENSPCTG00005005366)	OSM (ENSPCTG00005005339)	CASTOR1 (ENSPCTG00005005294)	TBC1D10A (ENSPCTG00005005227)	SF3A1 (ENSPCTG00005005169)	ENSPCTG00005005142	MTFP1 (ENSPCTG00005005096)	ENSPCTG00005005062	GAL3ST1 (ENSPCTG00005005038)	PES1 (ENSPCTG00005004967)	TCN2 (ENSPCTG00005004928)	SLC35E4 (ENSPCTG00005004906)	DUSP18 (ENSPCTG00005004889)	ENSPCTG00005004857	OSBP2 (ENSPCTG00005004791)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00980000198692	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352.q	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.i.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01010000227694
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01010000228968	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352.q	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183087.A.b.b.j	ENSGT00940000168561	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.i.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01010000227694
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01010000228968	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352.q	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183087.A.b.b.j	ENSGT00390000003860.cb.b	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958.i.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT00610000086173.a.b	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT01010000227694
Beluga whale	MODERN SPECIES	2	ENSDLEG00000004540	TENM4 (ENSDLEG00000004417)	NARS2 (ENSDLEG00000004391)	GAB2 (ENSDLEG00000004384)	USP35 (ENSDLEG00000004381)	KCTD21 (ENSDLEG00000004374)	ALG8 (ENSDLEG00000004365)	ENSDLEG00000004361	KCTD14 (ENSDLEG00000004354)	ENSDLEG00000004342	INTS4 (ENSDLEG00000004326)	AAMDC (ENSDLEG00000004318)	RSF1 (ENSDLEG00000004307)	CLNS1A (ENSDLEG00000004301)	AQP11 (ENSDLEG00000004294)	PAK1 (ENSDLEG00000004277) #22	MYO7A (ENSDLEG00000003449)	CAPN5 (ENSDLEG00000003342)	ACER3 (ENSDLEG00000003334)	TSKU (ENSDLEG00000003327)	ENSDLEG00000003321	ENSDLEG00000003313	LRRC32 (ENSDLEG00000003305)	EMSY (ENSDLEG00000003214)	GVQW3 (ENSDLEG00000003193)	THAP12 (ENSDLEG00000003173)	WNT11 (ENSDLEG00000003165)	LSM4 (ENSDLEG00000003159)	DGAT2 (ENSDLEG00000003119)	MOGAT2 (ENSDLEG00000003103)	ENSDLEG00000003098
Narwhal	MODERN SPECIES	314	ENSMMNG00015017594	NARS2 (ENSMMNG00015017636)	GAB2 (ENSMMNG00015017697)	USP35 (ENSMMNG00015017738)	KCTD21 (ENSMMNG00015017806)	ALG8 (ENSMMNG00015017839)	ENSMMNG00015017877	KCTD14 (ENSMMNG00015017911)	INTS4 (ENSMMNG00015018001)	ENSMMNG00015018307	ENSMMNG00015018333	ENSMMNG00015018363	RSF1 (ENSMMNG00015018385)	CLNS1A (ENSMMNG00015018424)	AQP11 (ENSMMNG00015018453)	PAK1 (ENSMMNG00015018474) #22	MYO7A (ENSMMNG00015018569)	CAPN5 (ENSMMNG00015018893)	ACER3 (ENSMMNG00015018948)	TSKU (ENSMMNG00015018998)	ENSMMNG00015019014	LRRC32 (ENSMMNG00015019035)	EMSY (ENSMMNG00015019155)	GVQW3 (ENSMMNG00015019432)	ENSMMNG00015019441	WNT11 (ENSMMNG00015019462)	UVRAG (ENSMMNG00015019516)	LSM4 (ENSMMNG00015019548)	DGAT2 (ENSMMNG00015019561)	MOGAT2 (ENSMMNG00015019582)	ENSMMNG00015019612
Vaquita	MODERN SPECIES	19	ENSPSNG00000004054	NARS2 (ENSPSNG00000004074)	GAB2 (ENSPSNG00000004098)	USP35 (ENSPSNG00000004108)	KCTD21 (ENSPSNG00000004126)	ALG8 (ENSPSNG00000004160)	ENSPSNG00000004194	KCTD14 (ENSPSNG00000004214)	INTS4 (ENSPSNG00000004296)	ENSPSNG00000004436	ENSPSNG00000004460	ENSPSNG00000004492	RSF1 (ENSPSNG00000004527)	CLNS1A (ENSPSNG00000004596)	AQP11 (ENSPSNG00000004655)	PAK1 (ENSPSNG00000004688) #22	MYO7A (ENSPSNG00000004811)	CAPN5 (ENSPSNG00000005069)	ACER3 (ENSPSNG00000005102)	TSKU (ENSPSNG00000005155)	ENSPSNG00000005176	ENSPSNG00000005198	LRRC32 (ENSPSNG00000005215)	EMSY (ENSPSNG00000005336)	GVQW3 (ENSPSNG00000005560)	ENSPSNG00000005572	WNT11 (ENSPSNG00000005604)	UVRAG (ENSPSNG00000005649)	LSM4 (ENSPSNG00000005672)	DGAT2 (ENSPSNG00000005697)	MOGAT2 (ENSPSNG00000005741)
Dolphin	MODERN SPECIES	998																PAK1 (ENSTTRG00000008763) #22
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.f	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT00970000197259
Arabian camel	MODERN SPECIES	1	PRCP (ENSCDRG00005000165)	TENM4 (ENSCDRG00005005968)	NARS2 (ENSCDRG00005005899)	GAB2 (ENSCDRG00005005876)	USP35 (ENSCDRG00005005740)	KCTD21 (ENSCDRG00005005709)	ALG8 (ENSCDRG00005005652)	NDUFC2 (ENSCDRG00005005626)	THRSP (ENSCDRG00005005606)	KCTD14 (ENSCDRG00005005593)	INTS4 (ENSCDRG00005005479)	AAMDC (ENSCDRG00005005416)	RSF1 (ENSCDRG00005005378)	CLNS1A (ENSCDRG00005005266)	AQP11 (ENSCDRG00005005237)	PAK1 (ENSCDRG00005005198) #22	GDPD4 (ENSCDRG00005005146)	MYO7A (ENSCDRG00005005065)	CAPN5 (ENSCDRG00005005010)	B3GNT6 (ENSCDRG00005004982)	ACER3 (ENSCDRG00005004836)	TSKU (ENSCDRG00005004808)	ENSCDRG00005004792	ENSCDRG00005004762	LRRC32 (ENSCDRG00005004741)	EMSY (ENSCDRG00005004068)	GVQW3 (ENSCDRG00005003950)	THAP12 (ENSCDRG00005003929)	WNT11 (ENSCDRG00005003887)	UVRAG (ENSCDRG00005003820)	DGAT2 (ENSCDRG00005003787)
Alpaca	MODERN SPECIES	2232											INTS4 (ENSVPAG00000010395)	AAMDC (ENSVPAG00000010394)	RSF1 (ENSVPAG00000010392)	CLNS1A (ENSVPAG00000010391)	AQP11 (ENSVPAG00000010390)	PAK1 (ENSVPAG00000010389) #22	ENSVPAG00000010388
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Donkey	MODERN SPECIES	12	TENM4 (ENSEASG00005012922)	NARS2 (ENSEASG00005013867)	GAB2 (ENSEASG00005013868)	USP35 (ENSEASG00005013870)	KCTD21 (ENSEASG00005026196)	ENSEASG00005013872	ALG8 (ENSEASG00005013874)	NDUFC2 (ENSEASG00005013875)	THRSP (ENSEASG00005035411)	KCTD14 (ENSEASG00005026841)	INTS4 (ENSEASG00005013878)	AAMDC (ENSEASG00005013879)	RSF1 (ENSEASG00005013881)	CLNS1A (ENSEASG00005013883)	AQP11 (ENSEASG00005013884)	PAK1 (ENSEASG00005013886) #22	ENSEASG00005013887	MYO7A (ENSEASG00005013920)	CAPN5 (ENSEASG00005014205)	B3GNT6 (ENSEASG00005038371)	ENSEASG00005014209	ENSEASG00005037031	TSKU (ENSEASG00005028507)	ENSEASG00005014216	LRRC32 (ENSEASG00005014217)	EMSY (ENSEASG00005014219)	GVQW3 (ENSEASG00005026325)	THAP12 (ENSEASG00005014222)	WNT11 (ENSEASG00005014224)	UVRAG (ENSEASG00005014226)	ENSEASG00005014228
Horse	MODERN SPECIES	28	TENM4 (ENSECAG00000008038)	GAB2 (ENSECAG00000020164)	USP35 (ENSECAG00000021733)	KCTD21 (ENSECAG00000038949)	KCTD21 (ENSECAG00000005835)	ALG8 (ENSECAG00000022682)	NDUFC2 (ENSECAG00000039611)	THRSP (ENSECAG00000055545)	INTS4 (ENSECAG00000002281)	AAMDC (ENSECAG00000010625)	ENSECAG00000050740	RSF1 (ENSECAG00000010685)	ENSECAG00000045122	CLNS1A (ENSECAG00000015043)	AQP11 (ENSECAG00000017607)	PAK1 (ENSECAG00000017840) #22	GDPD4 (ENSECAG00000023157)	ENSECAG00000047740	MYO7A (ENSECAG00000024143)	CAPN5 (ENSECAG00000015125)	OMP (ENSECAG00000057103)	B3GNT6 (ENSECAG00000019463)	ACER3 (ENSECAG00000026842)	TSKU (ENSECAG00000005924)	ENSECAG00000038312	LRRC32 (ENSECAG00000019895)	EMSY (ENSECAG00000020064)	GVQW3 (ENSECAG00000046273)	THAP12 (ENSECAG00000021982)	WNT11 (ENSECAG00000022188)	UVRAG (ENSECAG00000023818)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Microbat	MODERN SPECIES	1023	NARS2 (ENSMLUG00000030064)	GAB2 (ENSMLUG00000015964)	USP35 (ENSMLUG00000015951)	KCTD21 (ENSMLUG00000014632)	ALG8 (ENSMLUG00000014622)	ENSMLUG00000014617	THRSP (ENSMLUG00000014613)	KCTD14 (ENSMLUG00000014611)	INTS4 (ENSMLUG00000005683)	ENSMLUG00000025569	AAMDC (ENSMLUG00000005674)	ENSMLUG00000029974	RSF1 (ENSMLUG00000005657)	CLNS1A (ENSMLUG00000024623)	AQP11 (ENSMLUG00000009739)	PAK1 (ENSMLUG00000013311) #22	GDPD4 (ENSMLUG00000016657)	MYO7A (ENSMLUG00000016621)	CAPN5 (ENSMLUG00000001183)	TSKU (ENSMLUG00000001174)	ENSMLUG00000001171	LRRC32 (ENSMLUG00000010094)	EMSY (ENSMLUG00000012303)	ENSMLUG00000000564	WNT11 (ENSMLUG00000016319)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	2	ENSRFEG00010021143	NARS2 (ENSRFEG00010021106)	GAB2 (ENSRFEG00010021071)	USP35 (ENSRFEG00010021047)	ENSRFEG00010021031	ENSRFEG00010021023	ALG8 (ENSRFEG00010020987)	NDUFC2 (ENSRFEG00010020959)	THRSP (ENSRFEG00010020945)	KCTD14 (ENSRFEG00010020932)	INTS4 (ENSRFEG00010020849)	AAMDC (ENSRFEG00010020818)	RSF1 (ENSRFEG00010020771)	ENSRFEG00010020718	AQP11 (ENSRFEG00010020682)	PAK1 (ENSRFEG00010020635) #22	GDPD4 (ENSRFEG00010020561)	MYO7A (ENSRFEG00010019800)	CAPN5 (ENSRFEG00010019733)	ACER3 (ENSRFEG00010019610)	TSKU (ENSRFEG00010019575)	LRRC32 (ENSRFEG00010019506)	EMSY (ENSRFEG00010019268)	GVQW3 (ENSRFEG00010019199)	THAP12 (ENSRFEG00010019170)	WNT11 (ENSRFEG00010019130)	ENSRFEG00010019083	ENSRFEG00010019042	UVRAG (ENSRFEG00010018929)	DGAT2 (ENSRFEG00010018775)	MOGAT2 (ENSRFEG00010018707)
Megabat	MODERN SPECIES	3242																PAK1 (ENSPVAG00000001150) #22	GDPD4 (ENSPVAG00000001149)	MYO7A (ENSPVAG00000001148)	CAPN5 (ENSPVAG00000001147)	ACER3 (ENSPVAG00000001146)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
American black bear	MODERN SPECIES	1478																PAK1 (ENSUAMG00000006166) #22	GDPD4 (ENSUAMG00000006164)
Polar bear	MODERN SPECIES	302	NARS2 (ENSUMAG00000011459)	GAB2 (ENSUMAG00000011445)	ENSUMAG00000011439	KCTD21 (ENSUMAG00000011431)	ENSUMAG00000011427	ENSUMAG00000011419	ENSUMAG00000011409	THRSP (ENSUMAG00000011404)	KCTD14 (ENSUMAG00000011398)	INTS4 (ENSUMAG00000011388)	AAMDC (ENSUMAG00000011384)	ENSUMAG00000011381	RSF1 (ENSUMAG00000011375)	ENSUMAG00000011366	AQP11 (ENSUMAG00000011361)	PAK1 (ENSUMAG00000011349) #22	GDPD4 (ENSUMAG00000011316)	MYO7A (ENSUMAG00000011108)	CAPN5 (ENSUMAG00000011009)	ACER3 (ENSUMAG00000010990)	ENSUMAG00000010978	ENSUMAG00000010965	ENSUMAG00000010963	EMSY (ENSUMAG00000010950)	GVQW3 (ENSUMAG00000010946)	ENSUMAG00000010943	UVRAG (ENSUMAG00000010891)	DGAT2 (ENSUMAG00000010859)	MOGAT2 (ENSUMAG00000010842)	SERPINH1 (ENSUMAG00000010838)	GDPD5 (ENSUMAG00000010823)
Giant Panda	MODERN SPECIES	18	TENM4 (ENSAMEG00000002255)	GAB2 (ENSAMEG00000028338)	USP35 (ENSAMEG00000002210)	KCTD21 (ENSAMEG00000019900)	ENSAMEG00000029890	ALG8 (ENSAMEG00000002183)	NDUFC2 (ENSAMEG00000025302)	THRSP (ENSAMEG00000019892)	KCTD14 (ENSAMEG00000019889)	INTS4 (ENSAMEG00000002133)	AAMDC (ENSAMEG00000002128)	RSF1 (ENSAMEG00000002111)	ENSAMEG00000029619	ENSAMEG00000002097	AQP11 (ENSAMEG00000005651)	PAK1 (ENSAMEG00000005584) #22	GDPD4 (ENSAMEG00000005563)	MYO7A (ENSAMEG00000009185)	CAPN5 (ENSAMEG00000009127)	B3GNT6 (ENSAMEG00000018928)	ACER3 (ENSAMEG00000009111)	TSKU (ENSAMEG00000020283)	ENSAMEG00000016872	LRRC32 (ENSAMEG00000016910)	EMSY (ENSAMEG00000016911)	GVQW3 (ENSAMEG00000020284)	THAP12 (ENSAMEG00000016926)	WNT11 (ENSAMEG00000016932)	UVRAG (ENSAMEG00000016944)	DGAT2 (ENSAMEG00000016958)	MOGAT2 (ENSAMEG00000016976)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000166485.a	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.h.a	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
American mink	MODERN SPECIES	6	SYNM (ENSNVIG00000001138)	GAB2 (ENSNVIG00000001084)	USP35 (ENSNVIG00000001044)	ENSNVIG00000001038	KCD21 (ENSNVIG00000001036)	ALG8 (ENSNVIG00000001004)	NDUFC2 (ENSNVIG00000000977)	THRSP (ENSNVIG00000000973)	KCTD14 (ENSNVIG00000000969)	INTS4 (ENSNVIG00000000934)	ENSNVIG00000000917	ENSNVIG00000000909	RSF1 (ENSNVIG00000000888)	ENSNVIG00000000865	AQP11 (ENSNVIG00000000855)	PAK1 (ENSNVIG00000000824) #22	ENSNVIG00000000803	MYO7A (ENSNVIG00000000684)	CAPN5 (ENSNVIG00000000641)	ENSNVIG00000000632	ACER3 (ENSNVIG00000000606)	TSKU (ENSNVIG00000000600)	ENSNVIG00000000591	ENSNVIG00000000562	ENSNVIG00000000546	LRRC32 (ENSNVIG00000000538)	EMSY (ENSNVIG00000000431)	GVQW3 (ENSNVIG00000000425)	ENSNVIG00000000416	WNT11 (ENSNVIG00000000391)	UVRAG (ENSNVIG00000000349)
Ferret	MODERN SPECIES	537											INTS4 (ENSMPUG00000015931)	AAMDC (ENSMPUG00000015932)	RSF1 (ENSMPUG00000015940)	CLNS1A (ENSMPUG00000015944)	AQP11 (ENSMPUG00000015947)	PAK1 (ENSMPUG00000015949) #22	ENSMPUG00000015954
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128.o	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.b	ENSGT00390000010063.c.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00550000074832.ab	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000003682.v	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128.o	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063.c.a	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00550000074832.ab	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b
Dog	MODERN SPECIES	13	ENSCAFG00845006195	TENM4 (ENSCAFG00845006537)	NARS2 (ENSCAFG00845007387)	GAB2 (ENSCAFG00845007967)	USP35 (ENSCAFG00845008133)	KCTD21 (ENSCAFG00845008208)	ENSCAFG00845008222	ALG8 (ENSCAFG00845008295)	ENSCAFG00845008468	NDUFC2 (ENSCAFG00845008528)	THRSP (ENSCAFG00845008564)	ENSCAFG00845008643	AAMDC (ENSCAFG00845008924)	CLNS1A (ENSCAFG00845009011)	AQP11 (ENSCAFG00845009094)	PAK1 (ENSCAFG00845009162) #22	ENSCAFG00845009261	GDPD4 (ENSCAFG00845009487)	MYO7A (ENSCAFG00845009933)	CAPN5 (ENSCAFG00845010073)	B3GNT6 (ENSCAFG00845010131)	ACER3 (ENSCAFG00845010185)	ENSCAFG00845010388	TSKU (ENSCAFG00845010425)	ENSCAFG00845010554	ENSCAFG00845010588	ENSCAFG00845010608	LRRC32 (ENSCAFG00845010636)	GVQW3 (ENSCAFG00845010675)	THAP12 (ENSCAFG00845010711)	WNT11 (ENSCAFG00845010773)
Dingo	MODERN SPECIES	245	GAB2 (ENSCAFG00020000415)	USP35 (ENSCAFG00020000434)	KCTD21 (ENSCAFG00020000509)	ENSCAFG00020000514	ALG8 (ENSCAFG00020000527)	ENSCAFG00020000537	NDUFC2 (ENSCAFG00020000561)	THRSP (ENSCAFG00020000573)	KCTD14 (ENSCAFG00020000578)	ENSCAFG00020000588	AAMDC (ENSCAFG00020000697)	RSF1 (ENSCAFG00020000720)	ENSCAFG00020000978	AQP11 (ENSCAFG00020001010)	ENSCAFG00020001015	PAK1 (ENSCAFG00020001022) #22	GDPD4 (ENSCAFG00020001036)	MYO7A (ENSCAFG00020001093)	CAPN5 (ENSCAFG00020001423)	B3GNT6 (ENSCAFG00020001446)	ACER3 (ENSCAFG00020001459)	ENSCAFG00020001463	TSKU (ENSCAFG00020001488)	ENSCAFG00020001492	ENSCAFG00020001515	LRRC32 (ENSCAFG00020001532)	EMSY (ENSCAFG00020001634)	GVQW3 (ENSCAFG00020001914)	THAP12 (ENSCAFG00020001916)	WNT11 (ENSCAFG00020001959)	UVRAG (ENSCAFG00020001967)
Red fox	MODERN SPECIES	81	NARS2 (ENSVVUG00000022842)	GAB2 (ENSVVUG00000022852)	USP35 (ENSVVUG00000022858)	KCTD21 (ENSVVUG00000022861)	ENSVVUG00000022864	ALG8 (ENSVVUG00000022867)	ENSVVUG00000022871	NDUFC2 (ENSVVUG00000022872)	THRSP (ENSVVUG00000022874)	KCTD14 (ENSVVUG00000022877)	ENSVVUG00000022914	AAMDC (ENSVVUG00000023530)	RSF1 (ENSVVUG00000023532)	CLNS1A (ENSVVUG00000023537)	AQP11 (ENSVVUG00000023552)	PAK1 (ENSVVUG00000023555) #22	GDPD4 (ENSVVUG00000023559)	MYO7A (ENSVVUG00000023681)	CAPN5 (ENSVVUG00000024255)	ENSVVUG00000024257	ACER3 (ENSVVUG00000024261)	ENSVVUG00000024265	TSKU (ENSVVUG00000024274)	ENSVVUG00000024288	ENSVVUG00000024295	LRRC32 (ENSVVUG00000024297)	ENSVVUG00000024300	EMSY (ENSVVUG00000024307)	GVQW3 (ENSVVUG00000024331)	THAP12 (ENSVVUG00000024332)	WNT11 (ENSVVUG00000024336)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Cat	MODERN SPECIES	241	TENM4 (ENSFCAG00000004322)	NARS2 (ENSFCAG00000007984)	GAB2 (ENSFCAG00000007459)	USP35 (ENSFCAG00000007458)	KCTD21 (ENSFCAG00000042697)	ENSFCAG00000034388	ALG8 (ENSFCAG00000025308)	ENSFCAG00000029444	THRSP (ENSFCAG00000039734)	KCTD14 (ENSFCAG00000043035)	INTS4 (ENSFCAG00000022698)	AAMDC (ENSFCAG00000007450)	RSF1 (ENSFCAG00000007449)	CLNS1A (ENSFCAG00000026321)	AQP11 (ENSFCAG00000007447)	PAK1 (ENSFCAG00000004158) #22	GDPD4 (ENSFCAG00000004157)	MYO7A (ENSFCAG00000014446)	CAPN5 (ENSFCAG00000014444)	B3GNT6 (ENSFCAG00000014442)	ACER3 (ENSFCAG00000031003)	TSKU (ENSFCAG00000041968)	ENSFCAG00000025549	LRRC32 (ENSFCAG00000012007)	EMSY (ENSFCAG00000012003)	GVQW3 (ENSFCAG00000025300)	THAP12 (ENSFCAG00000006764)	WNT11 (ENSFCAG00000025418)	UVRAG (ENSFCAG00000022180)	DGAT2 (ENSFCAG00000040215)	MOGAT2 (ENSFCAG00000004632)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00440000033232.d	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
lion	MODERN SPECIES	10	TENM4 (ENSPLOG00000021056)	NARS2 (ENSPLOG00000021176)	GAB2 (ENSPLOG00000021206)	USP35 (ENSPLOG00000021253)	ENSPLOG00000021291	ENSPLOG00000021312	ALG8 (ENSPLOG00000021363)	ENSPLOG00000021443	THRSP (ENSPLOG00000021468)	KCTD14 (ENSPLOG00000021478)	INTS4 (ENSPLOG00000021499)	AAMDC (ENSPLOG00000021529)	RSF1 (ENSPLOG00000021573)	CLNS1A (ENSPLOG00000004913)	AQP11 (ENSPLOG00000004938)	PAK1 (ENSPLOG00000004964) #22	MYO7A (ENSPLOG00000005121)	CAPN5 (ENSPLOG00000005252)	B3GNT6 (ENSPLOG00000005267)	ACER3 (ENSPLOG00000005289)	TSKU (ENSPLOG00000005323)	ENSPLOG00000005339	ENSPLOG00000005358	ENSPLOG00000005376	LRRC32 (ENSPLOG00000005396)	EMSY (ENSPLOG00000005554)	GVQW3 (ENSPLOG00000005758)	THAP12 (ENSPLOG00000005843)	WNT11 (ENSPLOG00000005866)	UVRAG (ENSPLOG00000005912)	DGAT2 (ENSPLOG00000005990)
leopard	MODERN SPECIES	17	NARS2 (ENSPPRG00000001838)	ENSPPRG00000003277	GAB2 (ENSPPRG00000004004)	USP35 (ENSPPRG00000004495)	ENSPPRG00000017162	KCTD21 (ENSPPRG00000017214)	ALG8 (ENSPPRG00000005691)	ENSPPRG00000007066	THRSP (ENSPPRG00000017258)	KCTD14 (ENSPPRG00000017268)	INTS4 (ENSPPRG00000008445)	AAMDC (ENSPPRG00000008947)	RSF1 (ENSPPRG00000009730)	CLNS1A (ENSPPRG00000012218)	AQP11 (ENSPPRG00000012766)	PAK1 (ENSPPRG00000017647) #22	GDPD4 (ENSPPRG00000023602)	MYO7A (ENSPPRG00000008347)	CAPN5 (ENSPPRG00000009255)	B3GNT6 (ENSPPRG00000017917)	ACER3 (ENSPPRG00000011781)	TSKU (ENSPPRG00000017969)	ENSPPRG00000012568	ENSPPRG00000013613	LRRC32 (ENSPPRG00000014260)	EMSY (ENSPPRG00000004765)	GVQW3 (ENSPPRG00000018362)	THAP12 (ENSPPRG00000005378)	WNT11 (ENSPPRG00000006331)	UVRAG (ENSPPRG00000007658)	DGAT2 (ENSPPRG00000009451)
Tiger	MODERN SPECIES	123	ENSPTIG00000009402	NARS2 (ENSPTIG00000008940)	GAB2 (ENSPTIG00000008792)	USP35 (ENSPTIG00000008738)	ENSPTIG00000009874	KCTD21 (ENSPTIG00000009866)	ALG8 (ENSPTIG00000008488)	ENSPTIG00000008425	THRSP (ENSPTIG00000009858)	KCTD14 (ENSPTIG00000009850)	INTS4 (ENSPTIG00000008116)	AAMDC (ENSPTIG00000007970)	RSF1 (ENSPTIG00000007738)	CLNS1A (ENSPTIG00000007611)	AQP11 (ENSPTIG00000007423)	PAK1 (ENSPTIG00000006531) #22	GDPD4 (ENSPTIG00000005676)	MYO7A (ENSPTIG00000000193)	CAPN5 (ENSPTIG00000019765)	ACER3 (ENSPTIG00000019527)	TSKU (ENSPTIG00000009783)	ENSPTIG00000019438	LRRC32 (ENSPTIG00000019326)	EMSY (ENSPTIG00000018392)	GVQW3 (ENSPTIG00000009766)	THAP12 (ENSPTIG00000018125)	WNT11 (ENSPTIG00000018045)	ENSPTIG00000018040
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.b	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000156163
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00940000163174	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Tenrec	MODERN SPECIES	7080																PAK1 (ENSETEG00000005004) #22	ENSETEG00000004996
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	120	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Elephant	MODERN SPECIES	486	ENSLAFG00000026823	TENM4 (ENSLAFG00000007840)	NARS2 (ENSLAFG00000008484)	GAB2 (ENSLAFG00000015015)	USP35 (ENSLAFG00000015007)	KCTD21 (ENSLAFG00000030533)	ALG8 (ENSLAFG00000018266)	NDUFC2 (ENSLAFG00000001271)	THRSP (ENSLAFG00000022714)	KCTD14 (ENSLAFG00000017412)	INTS4 (ENSLAFG00000017400)	AAMDC (ENSLAFG00000000518)	RSF1 (ENSLAFG00000003194)	CLNS1A (ENSLAFG00000003193)	AQP11 (ENSLAFG00000003192)	PAK1 (ENSLAFG00000017795) #22
Hyrax	MODERN SPECIES	3664																PAK1 (ENSPCAG00000003673) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	746												ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350
Armadillo	MODERN SPECIES	2306										INTS4 (ENSDNOG00000016949)	ENSDNOG00000035292	AAMDC (ENSDNOG00000001246)	CLNS1A (ENSDNOG00000040279)	AQP11 (ENSDNOG00000009191)	RSF1 (ENSDNOG00000040916)	PAK1 (ENSDNOG00000012400) #22	GDPD4 (ENSDNOG00000010411)	MYO7A (ENSDNOG00000025971)
Sloth	MODERN SPECIES	4005																PAK1 (ENSCHOG00000003777) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.e.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000162288	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a.e.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT01100000263754
koala	DUPLICATION
koala	MODERN SPECIES	35			KCTD21 (ENSPCIG00000009181)	ENSPCIG00000009182	ALG8 (ENSPCIG00000016750)	NDUFC2 (ENSPCIG00000034850)	ENSPCIG00000035362	THRSP (ENSPCIG00000016747)	INTS4 (ENSPCIG00000016702)	AAMDC (ENSPCIG00000016695)	RSF1 (ENSPCIG00000032364)	ENSPCIG00000036516	CLNS1A (ENSPCIG00000012722)	AQP11 (ENSPCIG00000012721)	ENSPCIG00000031577 #22	ENSPCIG00000033835 #22	ENSPCIG00000012712	MYO7A (ENSPCIG00000011525)	CAPN5 (ENSPCIG00000011406)	ACER3 (ENSPCIG00000011402)	TSKU (ENSPCIG00000011401)	ENSPCIG00000011400	LRRC32 (ENSPCIG00000011397)	EMSY (ENSPCIG00000011389)	ENSPCIG00000011376	ENSPCIG00000011379	WNT11 (ENSPCIG00000011373)	UVRAG (ENSPCIG00000009778)	DGAT2 (ENSPCIG00000009770)	MOGAT2 (ENSPCIG00000009767)	ENSPCIG00000009766
koala	MODERN SPECIES	35				KCTD21 (ENSPCIG00000009181)	ENSPCIG00000009182	ALG8 (ENSPCIG00000016750)	NDUFC2 (ENSPCIG00000034850)	ENSPCIG00000035362	THRSP (ENSPCIG00000016747)	INTS4 (ENSPCIG00000016702)	AAMDC (ENSPCIG00000016695)	RSF1 (ENSPCIG00000032364)	ENSPCIG00000036516	CLNS1A (ENSPCIG00000012722)	AQP11 (ENSPCIG00000012721)	ENSPCIG00000031577 #22	ENSPCIG00000033835 #22	ENSPCIG00000012712	MYO7A (ENSPCIG00000011525)	CAPN5 (ENSPCIG00000011406)	ACER3 (ENSPCIG00000011402)	TSKU (ENSPCIG00000011401)	ENSPCIG00000011400	LRRC32 (ENSPCIG00000011397)	EMSY (ENSPCIG00000011389)	ENSPCIG00000011376	ENSPCIG00000011379	WNT11 (ENSPCIG00000011373)	UVRAG (ENSPCIG00000009778)	DGAT2 (ENSPCIG00000009770)	MOGAT2 (ENSPCIG00000009767)
Common wonbat	MODERN SPECIES	342	ENSVURG00010016515	NARS2 (ENSVURG00010016527)	GAB2 (ENSVURG00010016550)	USP35 (ENSVURG00010016572)	KCTD21 (ENSVURG00010016589)	ALG8 (ENSVURG00010016605)	NDUFC2 (ENSVURG00010016626)	THRSP (ENSVURG00010016632)	KCTD14 (ENSVURG00010016638)	INTS4 (ENSVURG00010016654)	AAMDC (ENSVURG00010016675)	ENSVURG00010016678	RSF1 (ENSVURG00010016689)	CLNS1A (ENSVURG00010016703)	AQP11 (ENSVURG00010016710)	PAK1 (ENSVURG00010016719) #22	ENSVURG00010016729	MYO7A (ENSVURG00010016744)	CAPN5 (ENSVURG00010016832)	ACER3 (ENSVURG00010016843)	TSKU (ENSVURG00010016852)	ENSVURG00010016858	ENSVURG00010016875	LRRC32 (ENSVURG00010016917)	EMSY (ENSVURG00010016923)	ENSVURG00010016926	ENSVURG00010016929	WNT11 (ENSVURG00010016934)	UVRAG (ENSVURG00010016946)	DGAT2 (ENSVURG00010016956)	MOGAT2 (ENSVURG00010016965)
Wallaby	MODERN SPECIES	5596																PAK1 (ENSMEUG00000002092) #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	APOA5 (ENSSHAG00000029383)	ENSSHAG00000026300	ENSSHAG00000013306	ENSSHAG00000013226	SIK3 (ENSSHAG00000012560)	ENSSHAG00000022660	SIDT2 (ENSSHAG00000011203)	TAGLN (ENSSHAG00000011128)	PCSK7 (ENSSHAG00000010944)	RNF214 (ENSSHAG00000010827)	BACE1 (ENSSHAG00000010636)	ENSSHAG00000010066	DSCAML1 (ENSSHAG00000008967)	ENSSHAG00000004432	ENSSHAG00000025068	ENSSHAG00000006255 #22	ENSSHAG00000031069	ENSSHAG00000007754	MYO7A (ENSSHAG00000008693)	CAPN5 (ENSSHAG00000010007)	ACER3 (ENSSHAG00000028417)	TSKU (ENSSHAG00000022495)	ENSSHAG00000021264	ENSSHAG00000025079	LRRC32 (ENSSHAG00000007473)	ENSSHAG00000009255	ENSSHAG00000031959	THAP12 (ENSSHAG00000027613)	WNT11 (ENSSHAG00000010411)	UVRAG (ENSSHAG00000029637)	DGAT2 (ENSSHAG00000031450)
Opossum	MODERN SPECIES	3	ENSMODG00000039785	ENSMODG00000049406	GAB2 (ENSMODG00000004729)	USP35 (ENSMODG00000004750)	KCTD21 (ENSMODG00000024059)	ALG8 (ENSMODG00000004770)	NDUFC2 (ENSMODG00000039255)	THRSP (ENSMODG00000024057)	KCTD14 (ENSMODG00000049333)	INTS4 (ENSMODG00000004889)	AAMDC (ENSMODG00000004901)	ENSMODG00000048703	RSF1 (ENSMODG00000004917)	ENSMODG00000005025	ENSMODG00000005033	PAK1 (ENSMODG00000005078) #22	ENSMODG00000005090	ENSMODG00000043534	ENSMODG00000005168	CAPN5 (ENSMODG00000005198)	ACER3 (ENSMODG00000005216)	ENSMODG00000005223	TSKU (ENSMODG00000024044)	ENSMODG00000005266	LRRC32 (ENSMODG00000005278)	EMSY (ENSMODG00000005305)	ENSMODG00000027530	THAP12 (ENSMODG00000005315)	ENSMODG00000037256	WNT11 (ENSMODG00000005538)	FOLH1 (ENSMODG00000002667)
Platypus	MODERN SPECIES	12	PCF11 (ENSOANG00000006552)	RAB30 (ENSOANG00000014498)	PRCP (ENSOANG00000011106)	ENSOANG00000036733	TENM4 (ENSOANG00000050564)	NARS2 (ENSOANG00000001381)	GAB2 (ENSOANG00000045791)	ENSOANG00000038394	ENSOANG00000045583	ENSOANG00000047225	INTS4 (ENSOANG00000041934)	ENSOANG00000038615	RSF1 (ENSOANG00000050976)	ENSOANG00000009523	ENSOANG00000009868	PAK1 (ENSOANG00000009867) #22	ENSOANG00000009866	MYO7A (ENSOANG00000030202)	CAPN5 (ENSOANG00000041577)	B3GNT6 (ENSOANG00000044430)	ACER3 (ENSOANG00000001122)	ENSOANG00000040240	ENSOANG00000001116	LRRC32 (ENSOANG00000047117)	EMSY (ENSOANG00000013569)	THAP12 (ENSOANG00000000831)	WNT11 (ENSOANG00000049556)	UVRAG (ENSOANG00000014556)	DGAT2 (ENSOANG00000014557)	MOGAT2 (ENSOANG00000009381)	ENSOANG00000045504
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000159306	ENSGT00940000153761.A	ENSGT00610000086191	ENSGT00940000161326	ENSGT00940000161510	ENSGT00940000156796.l	ENSGT00940000162032	ENSGT00940000163623
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000159306	ENSGT00940000153761.A	ENSGT00610000086191	ENSGT00940000161326	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1765	TENM4 (ENSPSIG00000003653)	ENSPSIG00000003812	NARS2 (ENSPSIG00000003892)	GAB2 (ENSPSIG00000003979)	USP35 (ENSPSIG00000004110)	KCTD21 (ENSPSIG00000001339)	ALG8 (ENSPSIG00000004217)	NDUFC2 (ENSPSIG00000004249)	THRSP (ENSPSIG00000001362)	KCTD14 (ENSPSIG00000001388)	INTS4 (ENSPSIG00000004261)	AAMDC (ENSPSIG00000004604)	RSF1 (ENSPSIG00000004628)	CLNS1A (ENSPSIG00000004706)	AQP11 (ENSPSIG00000004713)	PAK1 (ENSPSIG00000004781) #22	ENSPSIG00000001404	GDPD4 (ENSPSIG00000005088)
Testudinoidea	DUPLICATION
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a.u #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a.u #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT01060000248528.b.jh.a.b	ENSGT01100000263559.A.f	ENSGT00940000153092.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.k	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.a.a	ENSGT01100000263474.a.b.b.j.b.b.b.a.b	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT01060000248528.b.kh	ENSGT01100000263559.B	ENSGT01100000263474.a.b.b.j.a.b.a.a
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2829																ENSCABG00000015865 #22	GDPD4 (ENSCABG00000015836)	MYO7A (ENSCABG00000015804)	OMP (ENSCABG00000015791)	CAPN5 (ENSCABG00000015783)	ACER3 (ENSCABG00000015777)	ENSCABG00000015773	TSKU (ENSCABG00000015772)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		TENM4 (ENSGEVG00005001737)	ENSGEVG00005001716	NARS2 (ENSGEVG00005001682)	GAB2 (ENSGEVG00005001656)	USP35 (ENSGEVG00005001635)	KCTD21 (ENSGEVG00005001618)	ENSGEVG00005001605	ALG8 (ENSGEVG00005001411)	NDUFC2 (ENSGEVG00005001319)	THRSP (ENSGEVG00005001313)	KCTD14 (ENSGEVG00005001299)	INTS4 (ENSGEVG00005001269)	AAMDC (ENSGEVG00005001244)	RSF1 (ENSGEVG00005001189)	AQP11 (ENSGEVG00005001145)	PAK1 (ENSGEVG00005001045) #22	ENSGEVG00005000949	MYO7A (ENSGEVG00005000901)	CAPN5 (ENSGEVG00005000863)	ENSGEVG00005000839	ENSGEVG00005000823	ENSGEVG00005000810	TSKU (ENSGEVG00005000802)	ENSGEVG00005000789	ENSGEVG00005000778	EMSY (ENSGEVG00005000727)	THAP12 (ENSGEVG00005000657)	WNT11 (ENSGEVG00005000625)	UVRAG (ENSGEVG00005000579)	DGAT2 (ENSGEVG00005000559)	MOGAT2 (ENSGEVG00005000505)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a.u #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690
painted turtle	MODERN SPECIES	792				GAB2 (ENSCPBG00000027803)	USP35 (ENSCPBG00000027802)	KCTD21 (ENSCPBG00000027801)	ALG8 (ENSCPBG00000027799)	NDUFC2 (ENSCPBG00000027798)	THRSP (ENSCPBG00000027797)	KCTD14 (ENSCPBG00000027796)	INTS4 (ENSCPBG00000027794)	AAMDC (ENSCPBG00000027793)	RSF1 (ENSCPBG00000027792)	CLNS1A (ENSCPBG00000027791)	AQP11 (ENSCPBG00000027790)	PAK1 (ENSCPBG00000027789) #22	GDPD4 (ENSCPBG00000027787)	MYO7A (ENSCPBG00000027740)	CAPN5 (ENSCPBG00000027729)	ENSCPBG00000027727	ACER3 (ENSCPBG00000027726)	TSKU (ENSCPBG00000027723)	ENSCPBG00000027719	EMSY (ENSCPBG00000027714)	THAP12 (ENSCPBG00000027710)	WNT11 (ENSCPBG00000027708)	UVRAG (ENSCPBG00000027703)	DGAT2 (ENSCPBG00000027699)	MOGAT2 (ENSCPBG00000027691)	MAP6 (ENSCPBG00000027688)	KLHL35 (ENSCPBG00000027686)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	41	ENSTMTG00000016180	ENSTMTG00000016175	TENM4 (ENSTMTG00000015955)	ENSTMTG00000014577	ENSTMTG00000014460	GAB2 (ENSTMTG00000014446)	USP35 (ENSTMTG00000014409)	KCTD21 (ENSTMTG00000014391)	ALG8 (ENSTMTG00000014366)	ENSTMTG00000014350	KCTD14 (ENSTMTG00000014344)	INTS4 (ENSTMTG00000014327)	AAMDC (ENSTMTG00000014308)	RSF1 (ENSTMTG00000002477)	CLNS1A (ENSTMTG00000002472)	PAK1 (ENSTMTG00000002411) #22	GDPD4 (ENSTMTG00000002370)	ENSTMTG00000002352	MYO7A (ENSTMTG00000002331)	CAPN5 (ENSTMTG00000002326)	ENSTMTG00000002321	TSKU (ENSTMTG00000002316)	ENSTMTG00000002314	EMSY (ENSTMTG00000002301)	THAP12 (ENSTMTG00000002293)	WNT11 (ENSTMTG00000002286)	UVRAG (ENSTMTG00000002107)	DGAT2 (ENSTMTG00000002074)	MOGAT2 (ENSTMTG00000002054)	MAP6 (ENSTMTG00000002044)	ENSTMTG00000002033
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.a.v #22
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000182988.a.b.a.v #22
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2786						KCTD21 (ENSCABG00000000667)	ALG8 (ENSCABG00000000675)	NDUFC2 (ENSCABG00000000818)	THRSP (ENSCABG00000000819)	KCTD14 (ENSCABG00000000823)	INTS4 (ENSCABG00000000838)	AAMDC (ENSCABG00000001198)	RSF1 (ENSCABG00000001219)	CLNS1A (ENSCABG00000001639)	AQP11 (ENSCABG00000001641)	ENSCABG00000001647 #22	ENSCABG00000001651	SLC30A1 (ENSCABG00000001652)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000161326	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	27	TENM4 (ENSCPRG00005016289)	ENSCPRG00005016320	NARS2 (ENSCPRG00005016483)	GAB2 (ENSCPRG00005016506)	USP35 (ENSCPRG00005016511)	KCTD21 (ENSCPRG00005016523)	ALG8 (ENSCPRG00005016526)	NDUFC2 (ENSCPRG00005016533)	THRSP (ENSCPRG00005016537)	KCTD14 (ENSCPRG00005016541)	INTS4 (ENSCPRG00005016547)	AAMDC (ENSCPRG00005016554)	RSF1 (ENSCPRG00005016559)	CLNS1A (ENSCPRG00005016564)	AQP11 (ENSCPRG00005016566)	PAK1 (ENSCPRG00005016581) #22	MYO7A (ENSCPRG00005016611)	CAPN5 (ENSCPRG00005016650)	OMP (ENSCPRG00005016654)	ACER3 (ENSCPRG00005016661)	TSKU (ENSCPRG00005016664)	ENSCPRG00005016671	ENSCPRG00005016675	ENSCPRG00005016678	ENSCPRG00005016690	EMSY (ENSCPRG00005016708)	THAP12 (ENSCPRG00005016723)	WNT11 (ENSCPRG00005016733)	UVRAG (ENSCPRG00005016749)	ENSCPRG00005016765	XNDC1N (ENSCPRG00005016770)
Aves	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000183127.b.h.a.b	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
African ostrich	MODERN SPECIES	1067										KCTD14 (ENSSCUG00000017439)	INTS4 (ENSSCUG00000017442)	AAMDC (ENSSCUG00000017468)	RSF1 (ENSSCUG00000017470)	ENSSCUG00000017474	AQP11 (ENSSCUG00000017480)	PAK1 (ENSSCUG00000017487) #22	GDPD4 (ENSSCUG00000017489)	MYO7A (ENSSCUG00000017496)	CAPN5 (ENSSCUG00000017512)	ACER3 (ENSSCUG00000017514)	ENSSCUG00000017515	TSKU (ENSSCUG00000017517)	ENSSCUG00000017518	ENSSCUG00000017520	ENSSCUG00000017521	ENSSCUG00000017524	EMSY (ENSSCUG00000017525)	THAP12 (ENSSCUG00000017528)	WNT11 (ENSSCUG00000017530)	UVRAG (ENSSCUG00000017535)	DGAT2 (ENSSCUG00000017540)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093
Golden eagle	MODERN SPECIES	10	NARS2 (ENSACCG00020009489)	GAB2 (ENSACCG00020009521)	USP35 (ENSACCG00020009536)	KCTD21 (ENSACCG00020009555)	ALG8 (ENSACCG00020009570)	NDUFC2 (ENSACCG00020009583)	ENSACCG00020009591	ENSACCG00020009607	ENSACCG00020009616	KCTD14 (ENSACCG00020009629)	INTS4 (ENSACCG00020009671)	AAMDC (ENSACCG00020009724)	RSF1 (ENSACCG00020009744)	CLNS1A (ENSACCG00020009776)	AQP11 (ENSACCG00020009797)	PAK1 (ENSACCG00020009813) #22	GDPD4 (ENSACCG00020009848)	MYO7A (ENSACCG00020009902)	CAPN5 (ENSACCG00020009954)	ACER3 (ENSACCG00020009979)	TSKU (ENSACCG00020009994)	ENSACCG00020010011	ENSACCG00020010023	ENSACCG00020010032	EMSY (ENSACCG00020010145)	THAP12 (ENSACCG00020010205)	WNT11 (ENSACCG00020010218)	UVRAG (ENSACCG00020010234)	DGAT2 (ENSACCG00020010246)	MOGAT2 (ENSACCG00020010260)	MAP6 (ENSACCG00020010276)
Kakapo	MODERN SPECIES	11	TENM4 (ENSSHBG00005016336)	NARS2 (ENSSHBG00005019116)	GAB2 (ENSSHBG00005019121)	USP35 (ENSSHBG00005019128)	KCTD21 (ENSSHBG00005019132)	ALG8 (ENSSHBG00005019138)	NDUFC2 (ENSSHBG00005019140)	ENSSHBG00005019141	ENSSHBG00005019143	KCTD14 (ENSSHBG00005019145)	ENSSHBG00005019147	AAMDC (ENSSHBG00005019150)	RSF1 (ENSSHBG00005019153)	CLNS1A (ENSSHBG00005019157)	AQP11 (ENSSHBG00005019160)	PAK1 (ENSSHBG00005019173) #22	GDPD4 (ENSSHBG00005019210)	MYO7A (ENSSHBG00005019272)	CAPN5 (ENSSHBG00005019543)	ACER3 (ENSSHBG00005019550)	TSKU (ENSSHBG00005019555)	ENSSHBG00005019559	ENSSHBG00005019561	ENSSHBG00005019563	ENSSHBG00005019566	EMSY (ENSSHBG00005019574)	THAP12 (ENSSHBG00005019587)	WNT11 (ENSSHBG00005019592)	UVRAG (ENSSHBG00005019598)	DGAT2 (ENSSHBG00005019605)	MOGAT2 (ENSSHBG00005019607)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.f	ENSGT00940000158779	ENSGT00940000154904.b.n.b.a	ENSGT00940000154904.b.n.b.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00940000163990.b.b
Great tit	MODERN SPECIES		ENSPMJG00000001878	TENM4 (ENSPMJG00000002222)	NARS2 (ENSPMJG00000002370)	GAB2 (ENSPMJG00000002591)	USP35 (ENSPMJG00000002606)	KCTD21 (ENSPMJG00000002622)	ALG8 (ENSPMJG00000002636)	NDUFC2 (ENSPMJG00000002647)	ENSPMJG00000002650	KCTD14 (ENSPMJG00000002652)	INTS4 (ENSPMJG00000002654)	AAMDC (ENSPMJG00000002671)	RSF1 (ENSPMJG00000002677)	CLNS1A (ENSPMJG00000002686)	AQP11 (ENSPMJG00000002710)	PAK1 (ENSPMJG00000002892) #22	GDPD4 (ENSPMJG00000002946)	MYO7A (ENSPMJG00000002956)	ENSPMJG00000003036	CAPN5 (ENSPMJG00000003043)	ACER3 (ENSPMJG00000003270)	TSKU (ENSPMJG00000003272)	ENSPMJG00000003275	ENSPMJG00000003300	ENSPMJG00000003305	ENSPMJG00000003369	ENSPMJG00000003383	ENSPMJG00000003387	ENSPMJG00000003393	KLRG1 (ENSPMJG00000003406)	M6PR (ENSPMJG00000003415)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.f	ENSGT00940000158779	ENSGT00940000154904.b.n.b.a.a	ENSGT00940000154904.b.n.b.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00940000163990.b.b
Flycatcher	MODERN SPECIES		TENM4 (ENSFALG00000007664)	NARS2 (ENSFALG00000026154)	GAB2 (ENSFALG00000007657)	USP35 (ENSFALG00000007648)	KCTD21 (ENSFALG00000015047)	ALG8 (ENSFALG00000007638)	ENSFALG00000015022	ENSFALG00000015008	ENSFALG00000022877	KCTD14 (ENSFALG00000024292)	INTS4 (ENSFALG00000007624)	AAMDC (ENSFALG00000027164)	RSF1 (ENSFALG00000007612)	CLNS1A (ENSFALG00000024366)	AQP11 (ENSFALG00000007604)	PAK1 (ENSFALG00000007597) #22	GDPD4 (ENSFALG00000007587)	MYO7A (ENSFALG00000007572)	CAPN5 (ENSFALG00000007567)	ENSFALG00000025819	ACER3 (ENSFALG00000007565)	TSKU (ENSFALG00000014969)	ENSFALG00000007535	ENSFALG00000026315	ENSFALG00000007514	ENSFALG00000007470	ENSFALG00000007399	ENSFALG00000007366	KLRG1 (ENSFALG00000007361)	M6PR (ENSFALG00000027874)	PHC1 (ENSFALG00000007352)
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.f	ENSGT00940000158779	ENSGT00940000154904.b.n.b.a.b	ENSGT00940000154904.b.n.b.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00940000163990.b.b
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000004056	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.f	ENSGT00940000158779	ENSGT00940000154904.b.n.b.a.b	ENSGT00940000154904.b.n.b.b	ENSGT00940000156296	ENSGT00390000002109	ENSGT00940000156612	ENSGT00940000163990.b.b
Common canary	DUPLICATION
Common canary	MODERN SPECIES	4	HIKESHI (ENSSCAG00000001551)	TENM4 (ENSSCAG00000001503)	NARS2 (ENSSCAG00000001306)	GAB2 (ENSSCAG00000001264)	USP35 (ENSSCAG00000001248)	ENSSCAG00000001238	KCTD21 (ENSSCAG00000001228)	ALG8 (ENSSCAG00000001149)	NDUFC2 (ENSSCAG00000001114)	KCTD14 (ENSSCAG00000001102)	INTS4 (ENSSCAG00000001084)	AAMDC (ENSSCAG00000001075)	RSF1 (ENSSCAG00000001065)	ENSSCAG00000001060	AQP11 (ENSSCAG00000001051)	ENSSCAG00000001042 #22	ENSSCAG00000001027 #22	ENSSCAG00000001012	MYO7A (ENSSCAG00000000597)	OMP (ENSSCAG00000000545)	CAPN5 (ENSSCAG00000000537)	ACER3 (ENSSCAG00000000529)	TSKU (ENSSCAG00000000516)	ENSSCAG00000000480	ENSSCAG00000000463	ENSSCAG00000000438	ENSSCAG00000000358	ENSSCAG00000000331	ENSSCAG00000000092	KLRG1 (ENSSCAG00000000062)	M6PR (ENSSCAG00000000059)
Common canary	MODERN SPECIES	4	TENM4 (ENSSCAG00000001503)	NARS2 (ENSSCAG00000001306)	GAB2 (ENSSCAG00000001264)	USP35 (ENSSCAG00000001248)	ENSSCAG00000001238	KCTD21 (ENSSCAG00000001228)	ALG8 (ENSSCAG00000001149)	NDUFC2 (ENSSCAG00000001114)	KCTD14 (ENSSCAG00000001102)	INTS4 (ENSSCAG00000001084)	AAMDC (ENSSCAG00000001075)	RSF1 (ENSSCAG00000001065)	ENSSCAG00000001060	AQP11 (ENSSCAG00000001051)	ENSSCAG00000001042 #22	ENSSCAG00000001027 #22	ENSSCAG00000001012	MYO7A (ENSSCAG00000000597)	OMP (ENSSCAG00000000545)	CAPN5 (ENSSCAG00000000537)	ACER3 (ENSSCAG00000000529)	TSKU (ENSSCAG00000000516)	ENSSCAG00000000480	ENSSCAG00000000463	ENSSCAG00000000438	ENSSCAG00000000358	ENSSCAG00000000331	ENSSCAG00000000092	KLRG1 (ENSSCAG00000000062)	M6PR (ENSSCAG00000000059)	PHC1 (ENSSCAG00000000052)
Zebra finch	MODERN SPECIES		ENSTGUG00000021851	KCTD21 (ENSTGUG00000028148)	ALG8 (ENSTGUG00000013014)	NDUFC2 (ENSTGUG00000022186)	ENSTGUG00000022842	ENSTGUG00000020689	ENSTGUG00000027862	ENSTGUG00000020386	ENSTGUG00000013017	KCTD14 (ENSTGUG00000013019)	INTS4 (ENSTGUG00000013020)	AAMDC (ENSTGUG00000013026)	RSF1 (ENSTGUG00000013027)	CLNS1A (ENSTGUG00000013030)	AQP11 (ENSTGUG00000013033)	PAK1 (ENSTGUG00000013034) #22	GDPD4 (ENSTGUG00000013039)	MYO7A (ENSTGUG00000013043)	OMP (ENSTGUG00000023275)	CAPN5 (ENSTGUG00000013052)	ACER3 (ENSTGUG00000024960)	TSKU (ENSTGUG00000029224)	ENSTGUG00000013060	ENSTGUG00000022219	ENSTGUG00000018189	ENSTGUG00000013069	ENSTGUG00000013071	ENSTGUG00000013087	KLRG1 (ENSTGUG00000020922)	M6PR (ENSTGUG00000013099)	PHC1 (ENSTGUG00000013100)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	147									ENSGFOG00000010394	KCTD14 (ENSGFOG00000010398)	INTS4 (ENSGFOG00000010406)	AAMDC (ENSGFOG00000010415)	RSF1 (ENSGFOG00000010427)	ENSGFOG00000010436	AQP11 (ENSGFOG00000010440)	PAK1 (ENSGFOG00000010446) #22	GDPD4 (ENSGFOG00000010467)	MYO7A (ENSGFOG00000010562)	CAPN5 (ENSGFOG00000010685)	ACER3 (ENSGFOG00000010704)	TSKU (ENSGFOG00000010714)	ENSGFOG00000010720	ENSGFOG00000010750	ENSGFOG00000010760	ENSGFOG00000010799	ENSGFOG00000010833	ENSGFOG00000010844	ENSGFOG00000010860	ENSGFOG00000010866	ENSGFOG00000010872	KLRG1 (ENSGFOG00000010878)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT01100000263477.D.c	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Duck	DUPLICATION
Duck	MODERN SPECIES		TENM4 (ENSAPLG00000004223)	ENSAPLG00000024442	NARS2 (ENSAPLG00000005256)	GAB2 (ENSAPLG00000005487)	USP35 (ENSAPLG00000005646)	KCTD21 (ENSAPLG00000001767)	ALG8 (ENSAPLG00000005720)	ENSAPLG00000027987	KCTD14 (ENSAPLG00000001786)	ENSAPLG00000029259	INTS4 (ENSAPLG00000006018)	AAMDC (ENSAPLG00000006327)	RSF1 (ENSAPLG00000018559)	ENSAPLG00000006540	AQP11 (ENSAPLG00000006765)	ENSAPLG00000028244 #22	ENSAPLG00000006771 #22	GDPD4 (ENSAPLG00000007426)	MYO7A (ENSAPLG00000007675)	OMP (ENSAPLG00000016937)	CAPN5 (ENSAPLG00000009147)	ACER3 (ENSAPLG00000009659)	TSKU (ENSAPLG00000001790)	ENSAPLG00000009760	ENSAPLG00000009988	EMSY (ENSAPLG00000010078)	THAP12 (ENSAPLG00000010379)	WNT11 (ENSAPLG00000010439)	UVRAG (ENSAPLG00000010570)	DGAT2 (ENSAPLG00000011172)	MOGAT2 (ENSAPLG00000011246)
Duck	MODERN SPECIES		ENSAPLG00000024442	NARS2 (ENSAPLG00000005256)	GAB2 (ENSAPLG00000005487)	USP35 (ENSAPLG00000005646)	KCTD21 (ENSAPLG00000001767)	ALG8 (ENSAPLG00000005720)	ENSAPLG00000027987	KCTD14 (ENSAPLG00000001786)	ENSAPLG00000029259	INTS4 (ENSAPLG00000006018)	AAMDC (ENSAPLG00000006327)	RSF1 (ENSAPLG00000018559)	ENSAPLG00000006540	AQP11 (ENSAPLG00000006765)	ENSAPLG00000028244 #22	ENSAPLG00000006771 #22	GDPD4 (ENSAPLG00000007426)	MYO7A (ENSAPLG00000007675)	OMP (ENSAPLG00000016937)	CAPN5 (ENSAPLG00000009147)	ACER3 (ENSAPLG00000009659)	TSKU (ENSAPLG00000001790)	ENSAPLG00000009760	ENSAPLG00000009988	EMSY (ENSAPLG00000010078)	THAP12 (ENSAPLG00000010379)	WNT11 (ENSAPLG00000010439)	UVRAG (ENSAPLG00000010570)	DGAT2 (ENSAPLG00000011172)	MOGAT2 (ENSAPLG00000011246)	MAP6 (ENSAPLG00000029565)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	81	ENSABRG00000005009	TENM4 (ENSABRG00000004910)	ENSABRG00000004892	GAB2 (ENSABRG00000004871)	USP35 (ENSABRG00000004859)	KCTD21 (ENSABRG00000004855)	ALG8 (ENSABRG00000004842)	NDUFC2 (ENSABRG00000004836)	ENSABRG00000004830	KCTD14 (ENSABRG00000004823)	INTS4 (ENSABRG00000004795)	AAMDC (ENSABRG00000004768)	RSF1 (ENSABRG00000004729)	CLNS1A (ENSABRG00000004719)	AQP11 (ENSABRG00000004675)	PAK1 (ENSABRG00000004635) #22
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942.c	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A.c	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00390000009554.k	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.b	ENSGT00960000189458	ENSGT00390000013075.a
Japanese quail	MODERN SPECIES		GAB2 (ENSCJPG00005004489)	ENSCJPG00005004490	KCTD21 (ENSCJPG00005004491)	ALG8 (ENSCJPG00005004492)	NDUFC2 (ENSCJPG00005004495)	ENSCJPG00005004497	ENSCJPG00005004498	ENSCJPG00005004500	ENSCJPG00005004501	KCTD14 (ENSCJPG00005004503)	INTS4 (ENSCJPG00005004504)	AAMDC (ENSCJPG00005004505)	RSF1 (ENSCJPG00005004525)	CLNS1A (ENSCJPG00005004527)	AQP11 (ENSCJPG00005004531)	PAK1 (ENSCJPG00005004534) #22	GDPD4 (ENSCJPG00005004539)	MYO7A (ENSCJPG00005004544)	CAPN5 (ENSCJPG00005005240)	ACER3 (ENSCJPG00005005247)	TSKU (ENSCJPG00005005251)	ENSCJPG00005005254	ENSCJPG00005005269	EMSY (ENSCJPG00005005271)	THAP12 (ENSCJPG00005005278)	WNT11 (ENSCJPG00005005289)	UVRAG (ENSCJPG00005005291)	ENSCJPG00005005295	ENSCJPG00005005298	ENSCJPG00005005300	RNF121 (ENSCJPG00005005304)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942.c	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A.c	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.e	ENSGT00500000044890.a.b.f	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554.l	ENSGT00390000009554.k	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.b	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.a.b	ENSGT01030000234601.c.a.a.g.a.a
Chicken	MODERN SPECIES		NARS2 (ENSGALG00010001903)	ENSGALG00010001905	GAB2 (ENSGALG00010003818)	USP35 (ENSGALG00010001911)	KCTD21 (ENSGALG00010001928)	ALG8 (ENSGALG00010001938)	NDUFC2 (ENSGALG00010001957)	THRSPB (ENSGALG00010003522)	THRSP (ENSGALG00010001976)	KCTD14 (ENSGALG00010001987)	INTS4 (ENSGALG00010001997)	AAMDC (ENSGALG00010002039)	RSF1 (ENSGALG00010002054)	CLNS1A (ENSGALG00010002065)	AQP11 (ENSGALG00010002090)	PAK1 (ENSGALG00010002102) #22	GDPD4 (ENSGALG00010002113)	MYO7A (ENSGALG00010002138)	CAPN5 (ENSGALG00010002160)	ACER3 (ENSGALG00010002211)	TSKU (ENSGALG00010002282)	ENSGALG00010002298	ENSGALG00010002312	ENSGALG00010002315	ENSGALG00010003822	ENSGALG00010003829	ENSGALG00010002328	THAP12 (ENSGALG00010002348)	WNT11 (ENSGALG00010002356)	UVRAG (ENSGALG00010002368)	ART7B (ENSGALG00010002377)
Turkey	MODERN SPECIES		ENSMGAG00000021073	ENSMGAG00000015623	ENSMGAG00000015273	ENSMGAG00000015272	ENSMGAG00000015269	ENSMGAG00000015268	ENSMGAG00000015267	ENSMGAG00000015318	ENSMGAG00000015265	ENSMGAG00000015640	ENSMGAG00000019989	ENSMGAG00000015263	ENSMGAG00000022413	ENSMGAG00000015262	ENSMGAG00000015261	ENSMGAG00000015260 #22	ENSMGAG00000015258	ENSMGAG00000015259	ENSMGAG00000015257	ENSMGAG00000015252	KCTD14 (ENSMGAG00000015253)	ENSMGAG00000015254	AAMDC (ENSMGAG00000019319)	ENSMGAG00000021463	ENSMGAG00000015251	ENSMGAG00000015250	ENSMGAG00000015249	KCTD21 (ENSMGAG00000017260)	ENSMGAG00000018248	GAB2 (ENSMGAG00000015248)	ENSMGAG00000015247
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
tuatara	DUPLICATION
tuatara	DUPLICATION
tuatara	MODERN SPECIES	891	TENM4 (ENSSPUG00000012736)	ENSSPUG00000012680	NARS2 (ENSSPUG00000012642)	GAB2 (ENSSPUG00000012624)	USP35 (ENSSPUG00000012584)	ENSSPUG00000012557	ENSSPUG00000012542	NDUFC2 (ENSSPUG00000012526)	KCTD14 (ENSSPUG00000012507)	INTS4 (ENSSPUG00000012396)	AAMDC (ENSSPUG00000012352)	ENSSPUG00000012237	ENSSPUG00000012176	CLNS1A (ENSSPUG00000012157)	AQP11 (ENSSPUG00000012154)	ENSSPUG00000012143 #22	ENSSPUG00000012120 #22	GDPD4 (ENSSPUG00000012097)	MYO7A (ENSSPUG00000011932)	CAPN5 (ENSSPUG00000011865)
tuatara	MODERN SPECIES	891	ENSSPUG00000012680	NARS2 (ENSSPUG00000012642)	GAB2 (ENSSPUG00000012624)	USP35 (ENSSPUG00000012584)	ENSSPUG00000012557	ENSSPUG00000012542	NDUFC2 (ENSSPUG00000012526)	KCTD14 (ENSSPUG00000012507)	INTS4 (ENSSPUG00000012396)	AAMDC (ENSSPUG00000012352)	ENSSPUG00000012237	ENSSPUG00000012176	CLNS1A (ENSSPUG00000012157)	AQP11 (ENSSPUG00000012154)	ENSSPUG00000012143 #22	ENSSPUG00000012120 #22	GDPD4 (ENSSPUG00000012097)	MYO7A (ENSSPUG00000011932)	CAPN5 (ENSSPUG00000011865)
tuatara	MODERN SPECIES	1138	ENSSPUG00000015869	ENSSPUG00000015904	ENSSPUG00000016036	ENSSPUG00000016116	ENSSPUG00000016126	ENSSPUG00000016152	ENSSPUG00000016169	ENSSPUG00000016185	ENSSPUG00000016230	ENSSPUG00000016327	ENSSPUG00000016342	ENSSPUG00000016394	ENSSPUG00000016537	ENSSPUG00000016681	ENSSPUG00000016688	ENSSPUG00000016700 #22	PCDHAC2 (ENSSPUG00000016706)	ENSSPUG00000016719	ENSSPUG00000016730	ENSSPUG00000016764	ENSSPUG00000016796	ENSSPUG00000016832	ENSSPUG00000016890	ENSSPUG00000016931	ENSSPUG00000016947	ENSSPUG00000017001	ENSSPUG00000017005	ENSSPUG00000017025	ENSSPUG00000017049	ENSSPUG00000000027	ENSSPUG00000000239
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00990000211477	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00990000211477	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00390000009497	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a
Lizard	MODERN SPECIES	951	KCTD21 (ENSACAG00000012466)	ALG8 (ENSACAG00000012469)	ENSACAG00000039971	ENSACAG00000012500	ENSACAG00000036288	ENSACAG00000022766	KCTD14 (ENSACAG00000007126)	INTS4 (ENSACAG00000001754)	AAMDC (ENSACAG00000001888)	RSF1 (ENSACAG00000001901)	ENSACAG00000035046	ENSACAG00000029679	ENSACAG00000001960	AQP11 (ENSACAG00000022958)	ENSACAG00000039546	PAK1 (ENSACAG00000001968) #22	ENSACAG00000040917	ENSACAG00000002220	MYO7A (ENSACAG00000002274)	ENSACAG00000002736
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00390000005673	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	33	TENM4 (ENSPTXG00000003182)	NARS2 (ENSPTXG00000003181)	GAB2 (ENSPTXG00000003179)	USP35 (ENSPTXG00000003178)	KCTD21 (ENSPTXG00000003177)	ALG8 (ENSPTXG00000003175)	ENSPTXG00000003173	ENSPTXG00000003172	KCTD14 (ENSPTXG00000003171)	INTS4 (ENSPTXG00000003170)	AAMDC (ENSPTXG00000003168)	RSF1 (ENSPTXG00000003165)	CLNS1A (ENSPTXG00000003163)	ENSPTXG00000003162	AQP11 (ENSPTXG00000003161)	PAK1 (ENSPTXG00000003159) #22	MOGAT2 (ENSPTXG00000003154)	DGAT2 (ENSPTXG00000003150)	UVRAG (ENSPTXG00000002550)	WNT11 (ENSPTXG00000002528)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000160906	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00390000010352	ENSGT00500000044890.a.b.j	ENSGT00500000044890.a.b.i	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00990000211477	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623	ENSGT00390000009554	ENSGT00530000063516.a.a	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093.g
Common wall lizard	MODERN SPECIES	12	ENSPMRG00000001762	ENSPMRG00000001740	KCTD21 (ENSPMRG00000001728)	ALG8 (ENSPMRG00000001672)	ENSPMRG00000001658	ENSPMRG00000001650	ENSPMRG00000001647	ENSPMRG00000001644	KCTD14 (ENSPMRG00000001636)	INTS4 (ENSPMRG00000001625)	AAMDC (ENSPMRG00000001616)	RSF1 (ENSPMRG00000001603)	CLNS1A (ENSPMRG00000001591)	ENSPMRG00000001579	ENSPMRG00000001565	PAK1 (ENSPMRG00000001542) #22	GDPD4 (ENSPMRG00000001524)	MYO7A (ENSPMRG00000001422)	CAPN5 (ENSPMRG00000001335)	TSKU (ENSPMRG00000001307)	ENSPMRG00000001299	ENSPMRG00000001232	ENSPMRG00000001213	EMSY (ENSPMRG00000001139)	THAP12 (ENSPMRG00000001070)	ENSPMRG00000001065	WNT11 (ENSPMRG00000001043)	ENSPMRG00000001026	ENSPMRG00000001018	UVRAG (ENSPMRG00000000985)	DGAT2 (ENSPMRG00000000955)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	24	ENSSMRG00000007527	TENM4 (ENSSMRG00000007475)	GAB2 (ENSSMRG00000007428)	USP35 (ENSSMRG00000007396)	KCTD21 (ENSSMRG00000007395)	ALG8 (ENSSMRG00000007393)	NDUFC2 (ENSSMRG00000007385)	ENSSMRG00000007384	KCTD14 (ENSSMRG00000007360)	INTS4 (ENSSMRG00000007351)	AAMDC (ENSSMRG00000007349)	RSF1 (ENSSMRG00000007345)	CLNS1A (ENSSMRG00000007338)	AQP11 (ENSSMRG00000007336)	ENSSMRG00000007332	PAK1 (ENSSMRG00000007311) #22	GDPD4 (ENSSMRG00000007296)	MYO7A (ENSSMRG00000007279)	ENSSMRG00000007194	CAPN5 (ENSSMRG00000007186)	ACER3 (ENSSMRG00000007174)	TSKU (ENSSMRG00000007173)	ENSSMRG00000007152	ENSSMRG00000007128	ENSSMRG00000007124	EMSY (ENSSMRG00000007092)	THAP12 (ENSSMRG00000007080)	WNT11 (ENSSMRG00000007054)	ENSSMRG00000007053	UVRAG (ENSSMRG00000007022)	DGAT2 (ENSSMRG00000007010)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000166008	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536	ENSGT00730000110920.a	ENSGT00940000160984	ENSGT00940000162702	ENSGT00940000163623.j	ENSGT00390000009554	ENSGT00940000158413	ENSGT00390000012877	ENSGT01030000234582.f.a.b	ENSGT01030000234582.e.b	ENSGT00530000063947.C	ENSGT00940000161093	ENSGT00940000159690
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	ENSLLEG00000004359	ENSLLEG00000004458	ENSLLEG00000004462	ENSLLEG00000004471	ENSLLEG00000004478	PCF11 (ENSLLEG00000004483)	ANKRD42 (ENSLLEG00000004507)	CCDC90B (ENSLLEG00000004537)	ENSLLEG00000004554	ENSLLEG00000004559	ENSLLEG00000004563	ENSLLEG00000004570	TMEM126A (ENSLLEG00000004577)	CREBZF (ENSLLEG00000004586)	ENSLLEG00000004610	PAK1 (ENSLLEG00000004734) #22	GDPD4 (ENSLLEG00000004849)	ENSLLEG00000004869	MYO7A (ENSLLEG00000004986)	CAPN5 (ENSLLEG00000006241)	ENSLLEG00000006318	ENSLLEG00000006442	TSKU (ENSLLEG00000006460)	C2CD3 (ENSLLEG00000006531)	UCP2 (ENSLLEG00000007164)	ENSLLEG00000007283	ENSLLEG00000007350	ENSLLEG00000007390	ENSLLEG00000007407	ENSLLEG00000007433	P2RY6 (ENSLLEG00000007461)
Frog	MODERN SPECIES	2	pcf11 (ENSXETG00000013634)	ankrd42 (ENSXETG00000033972)	ccdc90b (ENSXETG00000013639)	dlg2 (ENSXETG00000012737)	ENSXETG00000045322	ENSXETG00000041747	ENSXETG00000038687	tmem126a (ENSXETG00000012738)	CREBZF (ENSXETG00000037796)	ENSXETG00000045431	sytl2 (ENSXETG00000012793)	CCDC83 (ENSXETG00000010700)	ENSXETG00000042352	picalm (ENSXETG00000032563)	aqp11 (ENSXETG00000030889)	pak1 (ENSXETG00000010703) #22	XB877238 [provisional:gdpd5] (ENSXETG00000046669)	myo7a (ENSXETG00000010706)	p2ry2 (ENSXETG00000039207)	ENSXETG00000010725	rps3 (ENSXETG00000010729)	ENSXETG00000010732	fchsd2 (ENSXETG00000010734)	ENSXETG00000036724	gdpd5 (ENSXETG00000015053)	ENSXETG00000044887	ENSXETG00000025318	map6 (ENSXETG00000015061)	mogat2.2 (ENSXETG00000015062)	dgat2 (ENSXETG00000025317)	uvrag (ENSXETG00000015063)
Coelacanth	MODERN SPECIES	1526												AAMDC (ENSLACG00000001389)	RSF1 (ENSLACG00000002272)	CLNS1A (ENSLACG00000005275)	AQP11 (ENSLACG00000006500)	pak1 (ENSLACG00000007848) #22
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Reedfish	MODERN SPECIES	12	P2RY6 (ENSECRG00000001625)	P2RY2 (ENSECRG00000001636)	P2RY2 (ENSECRG00000001644)	ENSECRG00000001651	P2RY2 (ENSECRG00000001687)	FCHSD2 (ENSECRG00000001743)	ENSECRG00000001810	rps3 (ENSECRG00000001888)	KCTD14 (ENSECRG00000001975)	INTS4 (ENSECRG00000001992)	aamdc (ENSECRG00000002029)	RSF1 (ENSECRG00000002059)	clns1a (ENSECRG00000002093)	aqp11 (ENSECRG00000002116)	aqp11 (ENSECRG00000002139)	pak1 (ENSECRG00000002211) #22	GDPD4 (ENSECRG00000002290)	myo7aa (ENSECRG00000002333)	capn5a (ENSECRG00000002390)	ENSECRG00000002416	ompa (ENSECRG00000002422)	dcun1d5 (ENSECRG00000002439)	cul5a (ENSECRG00000002478)	ENSECRG00000002534	slc35f2 (ENSECRG00000002549)	elmod1 (ENSECRG00000002565)	KBTBD3 (ENSECRG00000002576)	ALKBH8 (ENSECRG00000002603)	ENSECRG00000002636	GUCY1A2 (ENSECRG00000002651)	aasdhppt (ENSECRG00000002677)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00390000005140.a	ENSGT00940000160350	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251	ENSGT00940000155350	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000018904	ENSGT00940000158132	ENSGT00940000165121	ENSGT00390000015655.a	ENSGT00940000159782	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000157765
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000157765
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a.s	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00940000160350	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497	ENSGT00940000156155.m	ENSGT00940000156648.a.b	ENSGT00940000159782.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627	ENSGT00940000157765	ENSGT00440000039469	ENSGT00940000155677.b.d	ENSGT00940000159575	ENSGT00940000154620
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	46	ENSPKIG00000024183	fam168a (ENSPKIG00000024158)	P2RY6 (ENSPKIG00000024152)	ARHGEF17 (ENSPKIG00000024134)	P2RY2 (ENSPKIG00000024120)	relt (ENSPKIG00000024107)	FCHSD2 (ENSPKIG00000024091)	ENSPKIG00000024081	KCTD14 (ENSPKIG00000024063)	rps3 (ENSPKIG00000024046)	INTS4 (ENSPKIG00000024017)	aamdc (ENSPKIG00000024002)	RSF1 (ENSPKIG00000023983)	clns1a (ENSPKIG00000023965)	aqp11 (ENSPKIG00000023955)	pak1 (ENSPKIG00000023941) #22	GDPD4 (ENSPKIG00000023910)	myo7aa (ENSPKIG00000023866)	ompa (ENSPKIG00000023839)	CAPN5 (ENSPKIG00000023819)	ENSPKIG00000023806	dcun1d5 (ENSPKIG00000023773)	CUL5 (ENSPKIG00000023730)	SLC35F2 (ENSPKIG00000023710)	KBTBD3 (ENSPKIG00000023695)	ALKBH8 (ENSPKIG00000023662)	cwf19l2 (ENSPKIG00000023622)	GUCY1A2 (ENSPKIG00000023593)	ENSPKIG00000023582	ENSPKIG00000023564	PDGFD (ENSPKIG00000023533)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	1	ENSSFOG00015002120	ENSSFOG00015002162	fam168a (ENSSFOG00015031466)	P2RY6 (ENSSFOG00015033260)	ARHGEF17 (ENSSFOG00015027586)	relt (ENSSFOG00015031194)	FCHSD2 (ENSSFOG00015002267)	ENSSFOG00015002286	rps3 (ENSSFOG00015002290)	KCTD14 (ENSSFOG00015002323)	INTS4 (ENSSFOG00015002354)	aamdc (ENSSFOG00015029619)	RSF1 (ENSSFOG00015002501)	clns1a (ENSSFOG00015002589)	aqp11 (ENSSFOG00015032092)	pak1 (ENSSFOG00015002635) #22	GDPD4 (ENSSFOG00015002682)	myo7aa (ENSSFOG00015002698)	CAPN5 (ENSSFOG00015002892)	ompa (ENSSFOG00015024542)	ENSSFOG00015002972	dcun1d5 (ENSSFOG00015002982)	ENSSFOG00015003009	elmod1 (ENSSFOG00015003065)	KBTBD3 (ENSSFOG00015003156)	ALKBH8 (ENSSFOG00015003173)	cwf19l2 (ENSSFOG00015003191)	GUCY1A2 (ENSSFOG00015030640)	MSANTD4 (ENSSFOG00015003258)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	190							ENSGT00390000004396.g.b	ENSGT00940000165592.b	ENSGT00940000159524	ENSGT00940000158090	ENSGT00390000012955	ENSGT00940000154769	ENSGT00390000013989.b	ENSGT00390000005140.a.t	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.b #22	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00940000156155.n	ENSGT00940000156648.b	ENSGT00390000015655.a.m.b	ENSGT00940000159782.a.b	ENSGT01030000234981.i	ENSGT00940000153576.c.b.w.f	ENSGT00940000157119.b	ENSGT00940000156538.a	ENSGT00940000157881	ENSGT00940000165695	ENSGT00940000165230.b	ENSGT00390000001735
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Asian bonytongue	MODERN SPECIES	19	ENSSFOG00015032081	ENSSFOG00015001641	ENSSFOG00015029911	ppme1 (ENSSFOG00015001652)	ucp3 (ENSSFOG00015001721)	ucp2 (ENSSFOG00015002031)	dnajb13 (ENSSFOG00015001981)	mrpl48 (ENSSFOG00015025747)	rab6a (ENSSFOG00015002077)	plekhb1 (ENSSFOG00015002139)	fam168a (ENSSFOG00015002173)	P2RY6 (ENSSFOG00015002205)	ENSSFOG00015002231	ENSSFOG00015002250	ENSSFOG00015002332	PAK1 (ENSSFOG00015002351) #22	GDPD4 (ENSSFOG00015026805)	MYO7A (ENSSFOG00015002460)	CAPN5 (ENSSFOG00015003501)	DCUN1D5 (ENSSFOG00015003542)	CUL5 (ENSSFOG00015003575)	RAB39B (ENSSFOG00015003628)	slc35f2 (ENSSFOG00015003641)	ELMOD1 (ENSSFOG00015003700)	ENSSFOG00015003746	SLC43A2 (ENSSFOG00015003813)	PITPNA (ENSSFOG00015003860)	INPP5K (ENSSFOG00015003905)	nle1 (ENSSFOG00015024221)	slc25a1a (ENSSFOG00015026547)	rap1gap2b (ENSSFOG00015004149)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000063816.c.a	ENSGT00940000156251.b	ENSGT00940000155350.h	ENSGT00390000009497.a	ENSGT00940000156536.e.a	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000158563	ENSGT00940000155627
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972	ENSGT00730000111263
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	134	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Channel catfish	MODERN SPECIES	23	ENSIPUG00000005416	P2RY3 (ENSIPUG00000005431)	arhgef17 (ENSIPUG00000005456)	relt (ENSIPUG00000005497)	P2RY2 (ENSIPUG00000005517)	P2RY2 (ENSIPUG00000005544)	fchsd2 (ENSIPUG00000005570)	ENSIPUG00000005660	rps3 (ENSIPUG00000005685)	KCTD14 (ENSIPUG00000005769)	ints4 (ENSIPUG00000005782)	aamdc (ENSIPUG00000005882)	RSF1 (ENSIPUG00000005914)	clns1a (ENSIPUG00000005935)	aqp11 (ENSIPUG00000005985)	pak1 (ENSIPUG00000006002) #22	ENSIPUG00000006039	tat (ENSIPUG00000006050)	zgc:56622 (ENSIPUG00000006082)	klhl36 (ENSIPUG00000006104)	COTL1 (ENSIPUG00000006136)	tldc1 (ENSIPUG00000006165)	PLCG2 (ENSIPUG00000006196)	cmip (ENSIPUG00000006302)	gan (ENSIPUG00000006434)	tmem243a (ENSIPUG00000006469)	elapor2a (ENSIPUG00000006479)	grm3 (ENSIPUG00000006501)	sema3d (ENSIPUG00000006546)	sema3ab (ENSIPUG00000006565)	sema3e (ENSIPUG00000006750)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	76		ENSGT00940000157637.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000157384.b	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.a.c	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	98	ENSPNAG00000018960	ENSPNAG00000018929	P2RY6 (ENSPNAG00000018920)	ARHGEF17 (ENSPNAG00000018902)	relt (ENSPNAG00000018870)	P2RY2 (ENSPNAG00000018838)	FCHSD2 (ENSPNAG00000018820)	ENSPNAG00000018673	rps3 (ENSPNAG00000018641)	KCTD14 (ENSPNAG00000018601)	INTS4 (ENSPNAG00000018579)	aamdc (ENSPNAG00000018443)	RSF1 (ENSPNAG00000018419)	clns1a (ENSPNAG00000018394)	aqp11 (ENSPNAG00000018325)	pak1 (ENSPNAG00000018299) #22	GDPD4 (ENSPNAG00000018223)	ENSPNAG00000018200	myo7aa (ENSPNAG00000018151)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	115	P2RY6 (ENSAMXG00000026325)	ARHGEF17 (ENSAMXG00000013562)	relt (ENSAMXG00000033275)	P2RY2 (ENSAMXG00000040207)	FCHSD2 (ENSAMXG00000013591)	ENSAMXG00000036448	ENSAMXG00000043130	rps3 (ENSAMXG00000013642)	KCTD14 (ENSAMXG00000030590)	ENSAMXG00000043500	INTS4 (ENSAMXG00000013679)	aamdc (ENSAMXG00000013718)	RSF1 (ENSAMXG00000013740)	clns1a (ENSAMXG00000013761)	aqp11 (ENSAMXG00000031970)	pak1 (ENSAMXG00000013796) #22	GDPD4 (ENSAMXG00000013818)	ENSAMXG00000030631	capn5a (ENSAMXG00000013893)	ompa (ENSAMXG00000026326)	dcun1d5 (ENSAMXG00000013901)	eif2a (ENSAMXG00000013924)	serp1 (ENSAMXG00000042435)	pcyt1ab (ENSAMXG00000013963)	mmp23bb (ENSAMXG00000032267)	ap2m1b (ENSAMXG00000014011)	DVL3 (ENSAMXG00000014040)	ENSAMXG00000031190	rnpepl1 (ENSAMXG00000029654)	abcc5 (ENSAMXG00000014147)	ENSAMXG00000041419
Electric eel	MODERN SPECIES	134	ENSEEEG00000023456	ENSEEEG00000023458	P2RY6 (ENSEEEG00000023459)	ARHGEF17 (ENSEEEG00000023460)	relt (ENSEEEG00000023462)	P2RY2 (ENSEEEG00000023463)	FCHSD2 (ENSEEEG00000023467)	ENSEEEG00000023507	ENSEEEG00000023509	KCTD14 (ENSEEEG00000023513)	INTS4 (ENSEEEG00000023515)	aamdc (ENSEEEG00000023516)	ENSEEEG00000023518	clns1a (ENSEEEG00000023523)	aqp11 (ENSEEEG00000023526)	pak1 (ENSEEEG00000023532) #22	GDPD4 (ENSEEEG00000023572)	myo7aa (ENSEEEG00000023580)	capn5a (ENSEEEG00000023586)	dcun1d5 (ENSEEEG00000023587)	eif2a (ENSEEEG00000023596)	serp1 (ENSEEEG00000023601)	pcyt1ab (ENSEEEG00000023605)	mmp23bb (ENSEEEG00000023630)	ap2m1b (ENSEEEG00000023634)	DVL3 (ENSEEEG00000023644)	ENSEEEG00000023646
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	138	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b.h	ENSGT01030000234621.C.a.a.b.g	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000180202	ENSGT00940000156155	ENSGT00730000111053	ENSGT00940000161729.m.b.e.b	ENSGT00940000158330
Cyprininae	DUPLICATION
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Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00940000157637.a	ENSGT00390000005140.a	ENSGT01030000234621.C.a.b	ENSGT00940000153798.B	ENSGT00940000160350	ENSGT01030000234621.C.a.a.b	ENSGT00510000046732.A.d	ENSGT00940000165320	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.a.i	ENSGT00940000166445	ENSGT00390000007046.b.a.b	ENSGT00390000012368	ENSGT00940000160033.c	ENSGT00940000162662	ENSGT00820000127055.a.a	ENSGT00940000161370	ENSGT00940000153571.a	ENSGT00390000014591	ENSGT00920000149180.b.g	ENSGT00940000154495.a.a
Atlantic herring	MODERN SPECIES	25	SAMD4B (ENSCHAG00000016717)	zgc:172323 (ENSCHAG00000016645)	ENSCHAG00000016638	zgc:172323 (ENSCHAG00000016570)	zgc:172323 (ENSCHAG00000016487)	zgc:172323 (ENSCHAG00000016429)	GMFG (ENSCHAG00000016414)	paf1 (ENSCHAG00000015847)	rps3 (ENSCHAG00000015551)	KCTD14 (ENSCHAG00000015537)	INTS4 (ENSCHAG00000014647)	aamdc (ENSCHAG00000014623)	RSF1 (ENSCHAG00000014555)	clns1a (ENSCHAG00000014547)	aqp11 (ENSCHAG00000014540)	pak1 (ENSCHAG00000014021) #22	ENSCHAG00000013967	GDPD4 (ENSCHAG00000013956)	myo7aa (ENSCHAG00000009132)	ompa (ENSCHAG00000008985)	capn5a (ENSCHAG00000008755)	ENSCHAG00000008734	snrpa (ENSCHAG00000008709)	zgc:153119 (ENSCHAG00000008699)	itpkcb (ENSCHAG00000008682)	ENSCHAG00000008616	ENSCHAG00000008594	ENSCHAG00000008527	crk (ENSCHAG00000008508)	LRRC75A (ENSCHAG00000008495)	poldip2 (ENSCHAG00000008195)
Denticle herring	MODERN SPECIES	10	ENSDCDG00000031259	fam168a (ENSDCDG00000031256)	P2RY6 (ENSDCDG00000031254)	ARHGEF17 (ENSDCDG00000031247)	relt (ENSDCDG00000031237)	P2RY2 (ENSDCDG00000031234)	FCHSD2 (ENSDCDG00000030668)	ENSDCDG00000030648	rps3 (ENSDCDG00000030642)	KCTD14 (ENSDCDG00000030639)	aamdc (ENSDCDG00000030638)	INTS4 (ENSDCDG00000030636)	ENSDCDG00000030635	clns1a (ENSDCDG00000030632)	aqp11 (ENSDCDG00000030631)	pak1 (ENSDCDG00000029768) #22	GDPD4 (ENSDCDG00000029741)	myo7aa (ENSDCDG00000028451)	ompa (ENSDCDG00000028404)	capn5a (ENSDCDG00000027848)	ENSDCDG00000027809	snrpa (ENSDCDG00000027805)	zgc:153119 (ENSDCDG00000027799)	itpkcb (ENSDCDG00000027789)	crk (ENSDCDG00000027784)	LRRC75A (ENSDCDG00000027781)	poldip2 (ENSDCDG00000027539)	tmem199 (ENSDCDG00000027530)	smtnl (ENSDCDG00000027528)	dhrs13b.2 (ENSDCDG00000027527)	usp2a (ENSDCDG00000027462)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	235					ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000165195	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000157247.b	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	208							ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000157247.b	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	119										ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000166878	ENSGT00940000157247.b	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	4	polr1g (ENSMMDG00005017108)	irf2bp1 (ENSMMDG00005017105)	foxa3 (ENSMMDG00005017101)	PLD3 (ENSMMDG00005017094)	HIPK4 (ENSMMDG00005017080)	ENSMMDG00005017074	kcnk6 (ENSMMDG00005017070)	ENSMMDG00005017068	blvrb (ENSMMDG00005017067)	SPTBN4 (ENSMMDG00005001948)	ENSMMDG00005001203	ENSMMDG00005001178	clns1a (ENSMMDG00005001164)	aqp11 (ENSMMDG00005010472)	ENSMMDG00005010469	pak1 (ENSMMDG00005009696) #22	myo7aa (ENSMMDG00005009670)	ompa (ENSMMDG00005009663)	CAPN5 (ENSMMDG00005007977)	SLC35F2 (ENSMMDG00005007945)	CUL5 (ENSMMDG00005007828)	dcun1d5 (ENSMMDG00005007816)	ACTN4 (ENSMMDG00005006914)	zgc:85932 (ENSMMDG00005006890)	eif3k (ENSMMDG00005006872)	ENSMMDG00005006866	ENSMMDG00005006862	DMWD (ENSMMDG00005006861)	hif1al (ENSMMDG00005006858)	zgc:152863 (ENSMMDG00005006856)	ENSMMDG00005006854
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	111										ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	517	irf2bp1 (ENSHCOG00000019150)	foxa3 (ENSHCOG00000019157)	PLD3 (ENSHCOG00000000506)	ENSHCOG00000019201	ENSHCOG00000019213	kcnk6 (ENSHCOG00000019218)	PANX1 (ENSHCOG00000019223)	fgf12b (ENSHCOG00000019239)	ENSHCOG00000019268	PARL (ENSHCOG00000019280)	cldn15lb (ENSHCOG00000019290)	ENSHCOG00000019312	ENSHCOG00000000511	ENSHCOG00000019342	clns1a (ENSHCOG00000019360)	pak1 (ENSHCOG00000019459) #22	ENSHCOG00000019532	ENSHCOG00000019577	ompa (ENSHCOG00000019591)	CAPN5 (ENSHCOG00000019697)	SLC35F2 (ENSHCOG00000019718)	ENSHCOG00000019735	ppp1r14ab (ENSHCOG00000019746)	ENSHCOG00000019769	rhbdd1 (ENSHCOG00000019868)	GALNT17 (ENSHCOG00000019876)	GALNT17 (ENSHCOG00000019900)	CALN1 (ENSHCOG00000019919)	tyw1 (ENSHCOG00000019949)	ilkap (ENSHCOG00000019969)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000163467.a.b.b.a.a	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00990000204173	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Barramundi perch	MODERN SPECIES	59	si:ch73-366l1.5 (ENSLCAG00010023323)	ST6GALNAC2 (ENSLCAG00010023319)	CASKIN2 (ENSLCAG00010023315)	mvp (ENSLCAG00010023292)	meis3 (ENSLCAG00010023261)	ENSLCAG00010023250	ENSLCAG00010023246	lpar5b (ENSLCAG00010023244)	ITM2C (ENSLCAG00010023241)	ENSLCAG00010023233	INTS4 (ENSLCAG00010023228)	aamdc (ENSLCAG00010023212)	panx1a (ENSLCAG00010023208)	clns1a (ENSLCAG00010023198)	aqp11 (ENSLCAG00010023196)	pak1 (ENSLCAG00010023183) #22
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000163467.a.b.b.a.a.h.a	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000159610	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a
Greater amberjack	MODERN SPECIES	14	si:cabz01090165.1 (ENSSDUG00000004519)	ENSSDUG00000004486	ENSSDUG00000004465	zgc:171927 (ENSSDUG00000004445)	ENSSDUG00000004426	ENSSDUG00000004417	rps3 (ENSSDUG00000004327)	KCTD14 (ENSSDUG00000004288)	INTS4 (ENSSDUG00000004164)	aamdc (ENSSDUG00000004148)	panx1a (ENSSDUG00000004139)	ENSSDUG00000004129	RSF1 (ENSSDUG00000004112)	clns1a (ENSSDUG00000004087)	aqp11 (ENSSDUG00000004063)	pak1 (ENSSDUG00000003997) #22	GDPD4 (ENSSDUG00000003964)	myo7aa (ENSSDUG00000003850)	ENSSDUG00000003826	ompa (ENSSDUG00000003820)	CAPN5 (ENSSDUG00000003779)	dcun1d5 (ENSSDUG00000003755)	CUL5 (ENSSDUG00000003721)	SLC35F2 (ENSSDUG00000003696)	rhbdd1 (ENSSDUG00000003679)	flot2b (ENSSDUG00000003641)	FAM222B (ENSSDUG00000003635)	ENSSDUG00000003610	ENSSDUG00000003588	med17 (ENSSDUG00000003561)	ech1 (ENSSDUG00000003479)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2532														clns1a (ENSSLDG00000021796)	aqp11 (ENSSLDG00000021807)	pak1 (ENSSLDG00000021823) #22	GDPD4 (ENSSLDG00000021835)	ENSSLDG00000021851
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	35											ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a
Turbot	MODERN SPECIES	15	ENSSMAG00000020457	ENSSMAG00000020463	ENSSMAG00000020466	PTX3 (ENSSMAG00000020473)	ENSSMAG00000020476	ENSSMAG00000029670	ENSSMAG00000022648	TIPARP (ENSSMAG00000020479)	ssr3 (ENSSMAG00000023871)	kcnab1a (ENSSMAG00000020485)	ENSSMAG00000020488	gmps (ENSSMAG00000020489)	ENSSMAG00000020495	clns1a (ENSSMAG00000020496)	aqp11 (ENSSMAG00000020497)	pak1 (ENSSMAG00000020499) #22	ENSSMAG00000020537	myo7aa (ENSSMAG00000020546)	CAPN5 (ENSSMAG00000020557)	ompa (ENSSMAG00000033320)	ENSSMAG00000020563	ENSSMAG00000020589	prss16 (ENSSMAG00000020598)	serpine2 (ENSSMAG00000020601)	wdfy1 (ENSSMAG00000020603)	dhrs12la (ENSSMAG00000020608)	ENSSMAG00000020660	kcne4 (ENSSMAG00000020661)	acsl3a (ENSSMAG00000020663)	farsb (ENSSMAG00000020668)	ENSSMAG00000020677
Tongue sole	MODERN SPECIES	14	NECTIN1 (ENSCSEG00000006820)	ENSCSEG00000006815	trpc6a (ENSCSEG00000006802)	pgr (ENSCSEG00000006795)	ENSCSEG00000006789	ARHGAP42 (ENSCSEG00000006717)	cntn5 (ENSCSEG00000006697)	epha4a (ENSCSEG00000006677)	pxylp1 (ENSCSEG00000006664)	SLC25A36 (ENSCSEG00000006649)	spsb4a (ENSCSEG00000006639)	panx1a (ENSCSEG00000006624)	ENSCSEG00000006620	clns1a (ENSCSEG00000006611)	aqp11 (ENSCSEG00000006605)	pak1 (ENSCSEG00000006576) #22	GDPD4 (ENSCSEG00000006568)	myo7aa (ENSCSEG00000006533)	ompa (ENSCSEG00000006525)	CAPN5 (ENSCSEG00000006517)	dcun1d5 (ENSCSEG00000006513)	CUL5 (ENSCSEG00000006499)	SLC35F2 (ENSCSEG00000006494)	flot2b (ENSCSEG00000006488)	FAM222B (ENSCSEG00000006481)	ENSCSEG00000006476	ENSCSEG00000006465	ENSCSEG00000006458	med17 (ENSCSEG00000006452)	ech1 (ENSCSEG00000006411)	ENSCSEG00000006394
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a
Zig-zag eel	DUPLICATION
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	ENSMAMG00000018290	ENSMAMG00000018275	ENSMAMG00000025327	ENSMAMG00000018262	ENSMAMG00000018253	ENSMAMG00000018182	ENSMAMG00000018154	ENSMAMG00000026761	ENSMAMG00000028396	ENSMAMG00000018117	ENSMAMG00000018111	ENSMAMG00000018108	ENSMAMG00000018095	clns1a (ENSMAMG00000018069)	aqp11 (ENSMAMG00000018089)	ENSMAMG00000018060 #22	pak1 (ENSMAMG00000018022) #22	GDPD4 (ENSMAMG00000017991)	myo7aa (ENSMAMG00000017522)	ompa (ENSMAMG00000017510)	ENSMAMG00000017488	dcun1d5 (ENSMAMG00000026934)	ENSMAMG00000017414	ENSMAMG00000017352	ENSMAMG00000017320	ENSMAMG00000017314	ENSMAMG00000028672	ENSMAMG00000017250	ENSMAMG00000017227	ENSMAMG00000017237	ENSMAMG00000017209
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	ENSMAMG00000018275	ENSMAMG00000025327	ENSMAMG00000018262	ENSMAMG00000018253	ENSMAMG00000018182	ENSMAMG00000018154	ENSMAMG00000026761	ENSMAMG00000028396	ENSMAMG00000018117	ENSMAMG00000018111	ENSMAMG00000018108	ENSMAMG00000018095	clns1a (ENSMAMG00000018069)	aqp11 (ENSMAMG00000018089)	ENSMAMG00000018060 #22	pak1 (ENSMAMG00000018022) #22	GDPD4 (ENSMAMG00000017991)	myo7aa (ENSMAMG00000017522)	ompa (ENSMAMG00000017510)	ENSMAMG00000017488	dcun1d5 (ENSMAMG00000026934)	ENSMAMG00000017414	ENSMAMG00000017352	ENSMAMG00000017320	ENSMAMG00000017314	ENSMAMG00000028672	ENSMAMG00000017250	ENSMAMG00000017227	ENSMAMG00000017237	ENSMAMG00000017209	ENSMAMG00000017197
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	4															aqp11 (ENSBSLG00000017677)	pak1 (ENSBSLG00000016540) #22	ENSBSLG00000016531	GDPD4 (ENSBSLG00000016520)	ompa (ENSBSLG00000016442)	CAPN5 (ENSBSLG00000016398)	FAM222B (ENSBSLG00000016394)	flot2b (ENSBSLG00000016335)	SLC35F2 (ENSBSLG00000016327)	CUL5 (ENSBSLG00000016205)	dcun1d5 (ENSBSLG00000016189)	ENSBSLG00000016181	med17 (ENSBSLG00000016138)	ENSBSLG00000016117	ech1 (ENSBSLG00000015752)	hnrnpl2 (ENSBSLG00000015246)	srsf7a (ENSBSLG00000015113)
Climbing perch	MODERN SPECIES	4	ENSATEG00000029865	ENSATEG00000003410	ENSATEG00000003430	ENSATEG00000003462	ENSATEG00000003476	rps3 (ENSATEG00000003502)	KCTD14 (ENSATEG00000003545)	ENSATEG00000003549	ENSATEG00000003556	aamdc (ENSATEG00000003660)	ENSATEG00000003698	ENSATEG00000003736	ENSATEG00000003745	clns1a (ENSATEG00000003771)	aqp11 (ENSATEG00000030022)	pak1 (ENSATEG00000003807) #22	GDPD4 (ENSATEG00000003826)	myo7aa (ENSATEG00000003932)	CAPN5 (ENSATEG00000004124)	ompa (ENSATEG00000004196)	dcun1d5 (ENSATEG00000004210)	ENSATEG00000004237	ENSATEG00000004310	ENSATEG00000004344	ENSATEG00000004378	ENSATEG00000029022	ENSATEG00000004449	ENSATEG00000004466	ENSATEG00000004510	ENSATEG00000004576	ENSATEG00000004599
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	291																ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000182558
Fugu	MODERN SPECIES	2	stard10 (ENSTRUG00000008506)	MECOM (ENSTRUG00000007998)	mrpl44 (ENSTRUG00000007892)	ENSTRUG00000026901	SLC19A3 (ENSTRUG00000007628)	pid1 (ENSTRUG00000030119)	dner (ENSTRUG00000007431)	trip12 (ENSTRUG00000006584)	rnf7 (ENSTRUG00000006552)	grk7b (ENSTRUG00000006176)	fzd9b (ENSTRUG00000026125)	baz1b (ENSTRUG00000005817)	bcl7bb (ENSTRUG00000022681)	hip1 (ENSTRUG00000005542)	ENSTRUG00000026034	pak1 (ENSTRUG00000004976) #22	ENSTRUG00000004581	ENSTRUG00000023776	NLRX1 (ENSTRUG00000002187)	efhd1 (ENSTRUG00000030460)	kcnj13 (ENSTRUG00000001814)	NGEF (ENSTRUG00000001518)	TAAR1 (ENSTRUG00000025464)	GAL3ST2 (ENSTRUG00000003461)	ENSTRUG00000017952	ENSTRUG00000032356	ccnp (ENSTRUG00000026544)	ccnp (ENSTRUG00000010982)	akt2 (ENSTRUG00000010540)	DHX40 (ENSTRUG00000010369)	igsf11 (ENSTRUG00000010310)
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	ARHGEF2 (ENSTNIG00000006093)	ENSTNIG00000006092	ENSTNIG00000006091	ENSTNIG00000006090	ENSTNIG00000002643	ENSTNIG00000000797	sall1a (ENSTNIG00000004257)	ENSTNIG00000004256	ENSTNIG00000004815	rnf7 (ENSTNIG00000005982)	grk7b (ENSTNIG00000019847)	baz1b (ENSTNIG00000014185)	bcl7bb (ENSTNIG00000000582)	hip1 (ENSTNIG00000014184)	ENSTNIG00000014183	pak1 (ENSTNIG00000003751) #22	NLRX1 (ENSTNIG00000006412)	efhd1 (ENSTNIG00000006411)	kcnj13 (ENSTNIG00000006410)	ENSTNIG00000018619	zgc:109889 (ENSTNIG00000018620)	htr2cl1 (ENSTNIG00000018621)	ENSTNIG00000018622	ccnb3 (ENSTNIG00000018623)	tnfsf10l3 (ENSTNIG00000005788)	CLCN5 (ENSTNIG00000005787)	ENSTNIG00000005786	bmp15 (ENSTNIG00000005785)	ENSTNIG00000005784	ENSTNIG00000005783	hdac8 (ENSTNIG00000005782)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	200	ompa (ENSLBEG00000008803)	dcun1d5 (ENSLBEG00000008824)	CUL5 (ENSLBEG00000008869)	SLC35F2 (ENSLBEG00000008933)	rhbdd1 (ENSLBEG00000008984)	flot2b (ENSLBEG00000009104)	FAM222B (ENSLBEG00000009142)	ENSLBEG00000009182	ech1 (ENSLBEG00000009395)	med17 (ENSLBEG00000009459)	ENSLBEG00000009526	panx1a (ENSLBEG00000009670)	ENSLBEG00000009701	clns1a (ENSLBEG00000009737)	aqp11 (ENSLBEG00000009767)	pak1 (ENSLBEG00000009841) #22	GDPD4 (ENSLBEG00000009985)	myo7aa (ENSLBEG00000010075)	MARK4 (ENSLBEG00000010272)	CKM (ENSLBEG00000010410)	klc3 (ENSLBEG00000010476)	ercc2 (ENSLBEG00000010573)	zgc:154093 (ENSLBEG00000010700)	ZC3H4 (ENSLBEG00000010735)	sae1 (ENSLBEG00000010775)	ccdc9 (ENSLBEG00000010829)	pak4 (ENSLBEG00000010883)	zgc:152863 (ENSLBEG00000010953)	hif1al (ENSLBEG00000010994)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560.a	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560.a	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000155987.b	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155478.ib	ENSGT00940000156844.a	ENSGT00670000099420	ENSGT00940000174800	ENSGT01000000214804
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00950000182843.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000155478.ib	ENSGT00940000156844.a	ENSGT00670000099420	ENSGT00940000174800	ENSGT01000000214804	ENSGT00940000159557
European seabass	MODERN SPECIES	3	ENSDLAG00005006082	ENSDLAG00005006108	rps3 (ENSDLAG00005006114)	KCTD14 (ENSDLAG00005006243)	ENSDLAG00005006256	ENSDLAG00005006285	ENSDLAG00005006323	ENSDLAG00005007136	RSF1 (ENSDLAG00005007153)	ENSDLAG00005030366	clns1a (ENSDLAG00005032077)	aqp11 (ENSDLAG00005031387)	ENSDLAG00005003383	ENSDLAG00005006820	ENSDLAG00005015787	pak1 (ENSDLAG00005007216) #22	GDPD4 (ENSDLAG00005007565)	myo7aa (ENSDLAG00005007604)	ENSDLAG00005028926	ENSDLAG00005034976	ENSDLAG00005012093	ENSDLAG00005012104	ENSDLAG00005030844	ENSDLAG00005034071	ENSDLAG00005034310	si:cabz01090165.1 (ENSDLAG00005012353)	ENSDLAG00005012380	ENSDLAG00005031305	zgc:101731 (ENSDLAG00005034013)	ENSDLAG00005026488	zgc:162698 (ENSDLAG00005012444)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	ENSLCRG00005002565	SLC35F2 (ENSLCRG00005002621)	CUL5 (ENSLCRG00005002641)	CAPN5 (ENSLCRG00005002764)	ompa (ENSLCRG00005003649)	dcun1d5 (ENSLCRG00005003651)	ENSLCRG00005003654	ENSLCRG00005003655	rps3 (ENSLCRG00005003658)	KCTD14 (ENSLCRG00005003749)	ENSLCRG00005003764	INTS4 (ENSLCRG00005003790)	panx1a (ENSLCRG00005004777)	clns1a (ENSLCRG00005004782)	aqp11 (ENSLCRG00005004785)	pak1 (ENSLCRG00005004795) #22	GDPD4 (ENSLCRG00005004869)	myo7aa (ENSLCRG00005004902)	ENSLCRG00005008126	zgc:171927 (ENSLCRG00005008127)	ENSLCRG00005008128	ENSLCRG00005008130	ENSLCRG00005008132	ENSLCRG00005008134	zgc:101731 (ENSLCRG00005008136)	CAPNS1 (ENSLCRG00005008137)	zgc:162698 (ENSLCRG00005008138)	ENSLCRG00005008139	ENSLCRG00005008141	dharma (ENSLCRG00005008144)	CLIP3 (ENSLCRG00005008149)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	ENSSAUG00010005721	ompa (ENSSAUG00010005720)	CAPN5 (ENSSAUG00010005676)	dcun1d5 (ENSSAUG00010005671)	rps3 (ENSSAUG00010005562)	KCTD14 (ENSSAUG00010005558)	ENSSAUG00010005556	INTS4 (ENSSAUG00010005143)	aamdc (ENSSAUG00010005135)	panx1a (ENSSAUG00010005133)	RSF1 (ENSSAUG00010005129)	clns1a (ENSSAUG00010005127)	aqp11 (ENSSAUG00010005126)	ENSSAUG00010005122	rhbdd1 (ENSSAUG00010005118)	pak1 (ENSSAUG00010004958) #22	ENSSAUG00010004943	myo7aa (ENSSAUG00010003617)	ENSSAUG00010003580	ENSSAUG00010003578	ENSSAUG00010003576	ENSSAUG00010003573	ENSSAUG00010003567	zgc:171927 (ENSSAUG00010003564)	ece2b (ENSSAUG00010003155)	ANO7 (ENSSAUG00010003089)	eif4h (ENSSAUG00010003080)	RFFL (ENSSAUG00010003058)	wdr62 (ENSSAUG00010003055)	RFFL (ENSSAUG00010003047)	ENSSAUG00010003002
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00940000163299.B.b.b.h.c.a	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b.d	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978	ENSGT00390000009409	ENSGT00940000160308	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000166085	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b.d	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00390000011958	ENSGT00390000010128	ENSGT00940000174101	ENSGT00940000160762	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000155076.b.a.a.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	17	DMWD (ENSCLMG00005004908)	hif1al (ENSCLMG00005004934)	ech1 (ENSCLMG00005005418)	ENSCLMG00005005491	med17 (ENSCLMG00005005498)	ENSCLMG00005005517	ENSCLMG00005005526	ENSCLMG00005005528	ENSCLMG00005005530	ENSCLMG00005005532	ENSCLMG00005005535	ENSCLMG00005005561	panx1a (ENSCLMG00005005567)	clns1a (ENSCLMG00005005569)	aqp11 (ENSCLMG00005005571)	pak1 (ENSCLMG00005005574) #22	GDPD4 (ENSCLMG00005005762)	myo7aa (ENSCLMG00005005767)	ompa (ENSCLMG00005005874)	CAPN5 (ENSCLMG00005005886)	dcun1d5 (ENSCLMG00005006221)	CUL5 (ENSCLMG00005006228)	SLC35F2 (ENSCLMG00005006549)	FLOT2 (ENSCLMG00005006552)	FAM222B (ENSCLMG00005006558)	rps3 (ENSCLMG00005006563)	KCTD14 (ENSCLMG00005006747)	ENSCLMG00005006749	INTS4 (ENSCLMG00005006751)	aamdc (ENSCLMG00005006752)	ENSCLMG00005006760
Stickleback	MODERN SPECIES		aplp2 (ENSGACG00000013115)	ACTN4 (ENSGACG00000013140)	zgc:85932 (ENSGACG00000013147)	eif3k (ENSGACG00000013152)	MAP4K1 (ENSGACG00000013172)	DMWD (ENSGACG00000013178)	hif1al (ENSGACG00000013185)	ech1 (ENSGACG00000013192)	ENSGACG00000013196	ENSGACG00000013197	ENSGACG00000013200	med17 (ENSGACG00000013203)	ENSGACG00000013226	panx1a (ENSGACG00000013228)	clns1a (ENSGACG00000013233)	pak1 (ENSGACG00000013257) #22	GDPD4 (ENSGACG00000013263)	myo7aa (ENSGACG00000013269)	CAPN5 (ENSGACG00000013281)	ompa (ENSGACG00000013293)	dcun1d5 (ENSGACG00000013296)	CUL5 (ENSGACG00000013311)	SLC35F2 (ENSGACG00000013315)	flot2b (ENSGACG00000013325)	FAM222B (ENSGACG00000013360)	b3galt10.2 (ENSGACG00000013361)	ENSGACG00000013364	INTS4 (ENSGACG00000013367)	KCTD14 (ENSGACG00000013383)	rps3 (ENSGACG00000013384)	ENSGACG00000013400
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00450000040324.a.a.b	ENSGT00940000174501	ENSGT00940000164973	ENSGT00940000167295	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00530000064359.c.a	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000156536.e.b.d	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00970000193454	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00940000159610
Pike perch	MODERN SPECIES	19	KCTD14 (ENSSLUG00000018797)	ENSSLUG00000018790	INTS4 (ENSSLUG00000018416)	aamdc (ENSSLUG00000018397)	ENSSLUG00000018393	flot2b (ENSSLUG00000018380)	ENSSLUG00000018373	SLC35F2 (ENSSLUG00000018367)	CUL5 (ENSSLUG00000018340)	ENSSLUG00000018324	dcun1d5 (ENSSLUG00000018317)	ENSSLUG00000018314	ompa (ENSSLUG00000018310)	CAPN5 (ENSSLUG00000017823)	ENSSLUG00000017806	pak1 (ENSSLUG00000017778) #22	ENSSLUG00000017766	gjc4b (ENSSLUG00000017764)	myo7aa (ENSSLUG00000017628)	ENSSLUG00000017567	ZNF229 (ENSSLUG00000017559)	aqp11 (ENSSLUG00000017552)	clns1a (ENSSLUG00000017545)	ENSSLUG00000017534	PANX1 (ENSSLUG00000017519)	ENSSLUG00000017451	med17 (ENSSLUG00000017389)	ENSSLUG00000017363	ech1 (ENSSLUG00000016754)	hnrnpl2 (ENSSLUG00000016429)	srsf7a (ENSSLUG00000016399)
Channel bull blenny	DUPLICATION
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	4	ENSCGOG00000009693	bcas3 (ENSCGOG00000009269)	si:cabz01090165.1 (ENSCGOG00000009245)	zgc:171927 (ENSCGOG00000009232)	ENSCGOG00000009229	ENSCGOG00000009226	rps3 (ENSCGOG00000009090)	KCTD14 (ENSCGOG00000009080)	ENSCGOG00000009075	INTS4 (ENSCGOG00000008524)	aamdc (ENSCGOG00000008509)	panx1a (ENSCGOG00000008497)	RSF1 (ENSCGOG00000008475)	clns1a (ENSCGOG00000008472)	aqp11 (ENSCGOG00000008470)	ENSCGOG00000008468 #22	pak1 (ENSCGOG00000008467) #22	ENSCGOG00000008466	GDPD4 (ENSCGOG00000008462)	myo7aa (ENSCGOG00000008392)	ompa (ENSCGOG00000008387)	CAPN5 (ENSCGOG00000007507)	dcun1d5 (ENSCGOG00000007492)	CUL5 (ENSCGOG00000007165)	SLC35F2 (ENSCGOG00000007156)	flot2b (ENSCGOG00000006759)	FAM222B (ENSCGOG00000006737)	ENSCGOG00000006584	med17 (ENSCGOG00000006060)	ENSCGOG00000006041	ech1 (ENSCGOG00000005890)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	4	bcas3 (ENSCGOG00000009269)	si:cabz01090165.1 (ENSCGOG00000009245)	zgc:171927 (ENSCGOG00000009232)	ENSCGOG00000009229	ENSCGOG00000009226	rps3 (ENSCGOG00000009090)	KCTD14 (ENSCGOG00000009080)	ENSCGOG00000009075	INTS4 (ENSCGOG00000008524)	aamdc (ENSCGOG00000008509)	panx1a (ENSCGOG00000008497)	RSF1 (ENSCGOG00000008475)	clns1a (ENSCGOG00000008472)	aqp11 (ENSCGOG00000008470)	ENSCGOG00000008468 #22	pak1 (ENSCGOG00000008467) #22	ENSCGOG00000008466	GDPD4 (ENSCGOG00000008462)	myo7aa (ENSCGOG00000008392)	ompa (ENSCGOG00000008387)	CAPN5 (ENSCGOG00000007507)	dcun1d5 (ENSCGOG00000007492)	CUL5 (ENSCGOG00000007165)	SLC35F2 (ENSCGOG00000007156)	flot2b (ENSCGOG00000006759)	FAM222B (ENSCGOG00000006737)	ENSCGOG00000006584	med17 (ENSCGOG00000006060)	ENSCGOG00000006041	ech1 (ENSCGOG00000005890)	ENSCGOG00000005871
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978	ENSGT00390000009409
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000165053	ENSGT00950000182970.C	ENSGT00940000167306	ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.b	ENSGT00940000159555.v.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.a.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.b	ENSGT00940000156343.lb.a	ENSGT00390000014810.a	ENSGT00940000168703	ENSGT00940000160509	ENSGT00940000165073.a.b.b.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000166085	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156155	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000153972.A.a
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	14													ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a.i	ENSGT00940000158512.a.j	ENSGT00940000160308	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000166085	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156155	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000175310
Indian medaka	MODERN SPECIES	12	ENSOMEG00000023331	ENSOMEG00000023348	ENSOMEG00000023361	blvrb (ENSOMEG00000023374)	ENSOMEG00000023386	kcnk6 (ENSOMEG00000023404)	ENSOMEG00000023431	ENSOMEG00000023453	ENSOMEG00000023462	ENSOMEG00000023472	ENSOMEG00000023487	ENSOMEG00000023492	SLC35F2 (ENSOMEG00000023501)	clns1a (ENSOMEG00000023661)	aqp11 (ENSOMEG00000023681)	pak1 (ENSOMEG00000023697) #22	GDPD4 (ENSOMEG00000023712)	myo7aa (ENSOMEG00000023739)	flot2b (ENSOMEG00000023743)	FAM222B (ENSOMEG00000023746)	ENSOMEG00000023757	ENSOMEG00000023766	ENSOMEG00000023804	DMWD (ENSOMEG00000023807)	hif1al (ENSOMEG00000001208)	ENSOMEG00000001213	CUL5 (ENSOMEG00000001217)	dcun1d5 (ENSOMEG00000001221)	ompa (ENSOMEG00000001224)	CAPN5 (ENSOMEG00000001227)	ENSOMEG00000001231
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	4	CKM (ENSOJAG00000014807)	MARK4 (ENSOJAG00000012712)	ENSOJAG00000012519	ENSOJAG00000012494	ENSOJAG00000012466	blvrb (ENSOJAG00000011961)	ENSOJAG00000011954	kcnk6 (ENSOJAG00000011948)	ENSOJAG00000011934	ENSOJAG00000011930	ENSOJAG00000011921	ENSOJAG00000011871	SLC35F2 (ENSOJAG00000011835)	clns1a (ENSOJAG00000011826)	aqp11 (ENSOJAG00000011818)	pak1 (ENSOJAG00000010240) #22	ENSOJAG00000010095	GDPD4 (ENSOJAG00000010079)	myo7aa (ENSOJAG00000009540)	flot2b (ENSOJAG00000008968)	FAM222B (ENSOJAG00000008924)	ENSOJAG00000008771	ENSOJAG00000008591	ENSOJAG00000008332	DMWD (ENSOJAG00000008302)	hif1al (ENSOJAG00000007882)	cul5a (ENSOJAG00000006958)	dcun1d5 (ENSOJAG00000006865)	ompa (ENSOJAG00000006859)	CAPN5 (ENSOJAG00000005778)	ENSOJAG00000005629
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000165053	ENSGT00950000182970.C	ENSGT00940000167306	ENSGT00950000182772.A.a.a.b.r.b	ENSGT01070000253869	ENSGT00940000159555.v.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.a.a	ENSGT00950000183052.b.c.b.a.c.b	ENSGT00390000014810.a	ENSGT00940000168703	ENSGT00940000160509	ENSGT00940000165073.a.b.b.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000166085	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000063174.b
Chinese medaka	MODERN SPECIES	538	sae1 (ENSOSIG00000013848)	zgc:154093 (ENSOSIG00000013850)	ercc2 (ENSOSIG00000013851)	klc3 (ENSOSIG00000013862)	CKM (ENSOSIG00000015130)	ENSOSIG00000015170	MARK4 (ENSOSIG00000015171)	ENSOSIG00000015396	blvrb (ENSOSIG00000015409)	ENSOSIG00000015412	kcnk6 (ENSOSIG00000015414)	ENSOSIG00000015421	SLC35F2 (ENSOSIG00000015424)	clns1a (ENSOSIG00000015425)	aqp11 (ENSOSIG00000015427)	pak1 (ENSOSIG00000015442) #22	GDPD4 (ENSOSIG00000015583)	myo7aa (ENSOSIG00000015631)	flot2b (ENSOSIG00000017009)	FAM222B (ENSOSIG00000017014)	ENSOSIG00000017028	ENSOSIG00000017144	DMWD (ENSOSIG00000017148)	hif1al (ENSOSIG00000017162)	cul5a (ENSOSIG00000017293)	dcun1d5 (ENSOSIG00000017311)	CAPN5 (ENSOSIG00000017328)	ompa (ENSOSIG00000017825)	ENSOSIG00000003765	panx1a (ENSOSIG00000003822)	bckdha (ENSOSIG00000003900)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	4	klc3 (ENSORLG00000001581)	CKM (ENSORLG00000030295)	ENSORLG00000001611	ENSORLG00000001615	ENSORLG00000022704	ENSORLG00000025963	ENSORLG00000001689	ENSORLG00000025195	ENSORLG00000025193	kcnk6 (ENSORLG00000001728)	ENSORLG00000001764	ENSORLG00000028971	ENSORLG00000001787	clns1a (ENSORLG00000001811)	aqp11 (ENSORLG00000028601)	pak1 (ENSORLG00000001860) #22	GDPD4 (ENSORLG00000001876)	myo7aa (ENSORLG00000001941)	ENSORLG00000001952	ENSORLG00000001959	ENSORLG00000029342	ENSORLG00000001987	DMWD (ENSORLG00000023682)	hif1al (ENSORLG00000002004)	CUL5 (ENSORLG00000002038)	dcun1d5 (ENSORLG00000002056)	CAPN5 (ENSORLG00000002081)	ompa (ENSORLG00000029919)	ENSORLG00000002117	PANX (ENSORLG00000002140)	ENSORLG00000027744
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00530000064359.c.a.n	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	85											ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT01090000261501	ENSGT00940000157823
Mummichog	MODERN SPECIES	533										ENSFHEG00000008403	dcun1d5 (ENSFHEG00000008344)	CUL5 (ENSFHEG00000008268)	ENSFHEG00000008260	clns1a (ENSFHEG00000000206)	aqp11 (ENSFHEG00000008231)	pak1 (ENSFHEG00000008225) #22	GDPD4 (ENSFHEG00000008205)	myo7aa (ENSFHEG00000008196)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	457							panx1a (ENSCVAG00000008753)	ENSCVAG00000008764	ompa (ENSCVAG00000008778)	CAPN5 (ENSCVAG00000008810)	dcun1d5 (ENSCVAG00000008851)	CUL5 (ENSCVAG00000008893)	SLC35F2 (ENSCVAG00000009002)	clns1a (ENSCVAG00000009019)	aqp11 (ENSCVAG00000009023)	pak1 (ENSCVAG00000009047) #22	GDPD4 (ENSCVAG00000009074)	myo7aa (ENSCVAG00000009198)	ENSCVAG00000009207	zgc:171927 (ENSCVAG00000009222)	rps3 (ENSCVAG00000009247)	KCTD14 (ENSCVAG00000009254)	ENSCVAG00000009262	INTS4 (ENSCVAG00000009362)	aamdc (ENSCVAG00000009374)	exosc5 (ENSCVAG00000009396)	ENSCVAG00000009406	ppp1r13l (ENSCVAG00000009418)	opa3 (ENSCVAG00000009429)	ENSCVAG00000009437	ENSCVAG00000009445
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015063	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000015063	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015063	ENSGT00940000159256.p	ENSGT00940000159112.b	ENSGT00390000005826.a.a	ENSGT00940000161895	ENSGT00530000063174.b	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00940000155076.b.a.a.b	ENSGT00940000167295	ENSGT00390000008610.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153348.C	ENSGT00950000183147.A.b.a	ENSGT00940000160551	ENSGT00390000009795	ENSGT00940000157823	ENSGT00940000159883
Amazon molly	MODERN SPECIES	300	nup88 (ENSPFOG00000011735)	EHD2 (ENSPFOG00000011756)	BICRA (ENSPFOG00000011821)	napab (ENSPFOG00000011869)	ENSPFOG00000020475	bckdha (ENSPFOG00000011923)	panx1a (ENSPFOG00000011966)	ENSPFOG00000012002	CAPN5 (ENSPFOG00000012108)	ompa (ENSPFOG00000012443)	dcun1d5 (ENSPFOG00000012446)	CUL5 (ENSPFOG00000012518)	SLC35F2 (ENSPFOG00000012711)	clns1a (ENSPFOG00000012765)	aqp11 (ENSPFOG00000012789)	pak1 (ENSPFOG00000012810) #22	GDPD4 (ENSPFOG00000013040)	myo7aa (ENSPFOG00000013226)	ENSPFOG00000013806	zgc:171927 (ENSPFOG00000013810)	rps3 (ENSPFOG00000013835)	KCTD14 (ENSPFOG00000013871)	ENSPFOG00000023884	INTS4 (ENSPFOG00000013927)	aamdc (ENSPFOG00000014143)	exosc5 (ENSPFOG00000014158)	ENSPFOG00000014214	ppp1r13l (ENSPFOG00000014217)	opa3 (ENSPFOG00000014228)	HNRNPUL1 (ENSPFOG00000014230)	rasgrp4 (ENSPFOG00000014332)
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1063														ENSPLAG00000020715	aqp11 (ENSPLAG00000020705)	pak1 (ENSPLAG00000020697) #22	GDPD4 (ENSPLAG00000020635)	ENSPLAG00000020585	myo7aa (ENSPLAG00000020549)	ENSPLAG00000020158
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Platyfish	MODERN SPECIES	9	atp1b3b (ENSXMAG00000013010)	ENSXMAG00000006952	FAM222B (ENSXMAG00000026087)	flot2b (ENSXMAG00000006956)	ENSXMAG00000006987	ENSXMAG00000028342	CAPN5 (ENSXMAG00000006995)	ompa (ENSXMAG00000029785)	ENSXMAG00000007014	panx1a (ENSXMAG00000004464)	dcun1d5 (ENSXMAG00000004471)	CUL5 (ENSXMAG00000004486)	SLC35F2 (ENSXMAG00000004522)	clns1a (ENSXMAG00000004537)	aqp11 (ENSXMAG00000021051)	pak1 (ENSXMAG00000004548) #22	GDPD4 (ENSXMAG00000029648)	myo7aa (ENSXMAG00000004628)	ENSXMAG00000004681	zgc:171927 (ENSXMAG00000004683)	rps3 (ENSXMAG00000004703)	KCTD14 (ENSXMAG00000027590)	ENSXMAG00000028328	INTS4 (ENSXMAG00000004746)	aamdc (ENSXMAG00000004784)	ENSXMAG00000022515	exosc5 (ENSXMAG00000004786)	ENSXMAG00000004802	ppp1r13l (ENSXMAG00000004805)	opa3 (ENSXMAG00000023043)	HNRNPUL1 (ENSXMAG00000004815)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	84	ENSGT00940000159792.C	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00990000210326	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	394							panx1a (ENSKMAG00000017522)	ENSKMAG00000017496	ompa (ENSKMAG00000017479)	CAPN5 (ENSKMAG00000017430)	dcun1d5 (ENSKMAG00000017388)	CUL5 (ENSKMAG00000017341)	SLC35F2 (ENSKMAG00000017319)	clns1a (ENSKMAG00000017291)	aqp11 (ENSKMAG00000017249)	pak1 (ENSKMAG00000017175) #22	GDPD4 (ENSKMAG00000017128)	myo7aa (ENSKMAG00000016911)	flot2b (ENSKMAG00000016841)	ENSKMAG00000016815
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1615	ENSNFUG00015008550	ENSNFUG00015008547	pak4 (ENSNFUG00015008541)	zgc:152863 (ENSNFUG00015008538)	hif1al (ENSNFUG00015008507)	ENSNFUG00015008498	ENSNFUG00015008497	ENSNFUG00015008477	ENSNFUG00015008462	OMPA (ENSNFUG00015008458)	DCUN1D5 (ENSNFUG00015008441)	ENSNFUG00015008438	SLC35F2 (ENSNFUG00015008427)	clns1a (ENSNFUG00015008422)	AQP11 (ENSNFUG00015008418)	pak1 (ENSNFUG00015008411) #22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160762	ENSGT00940000174101	ENSGT00390000010128	ENSGT00390000011958	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
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Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	143									ENSGT00390000004912	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000171017	ENSGT00940000155604	ENSGT00940000158330	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978	ENSGT00390000009409
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	97	ENSGT00940000161729.n	ENSGT00940000165683	ENSGT00940000159223.c	ENSGT00950000182903.a.b.j	ENSGT01020000230608	ENSGT00940000160400	ENSGT00940000155470.b	ENSGT00390000016972	ENSGT00390000004912	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000171017	ENSGT00940000155604	ENSGT00940000158330	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978	ENSGT00390000009409
Clown anemonefish	DUPLICATION
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2902																pak1 (ENSAOCG00000010813) #22	ENSAOCG00000010734
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	442																ENSAOCG00000022068 #22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	mmp23bb (ENSAPEG00000019113)	ap2m1b (ENSAPEG00000019075)	ENSAPEG00000018966	ENSAPEG00000018951	rnpepl1 (ENSAPEG00000018895)	abcc5 (ENSAPEG00000018801)	rpl35a (ENSAPEG00000018771)	ENSAPEG00000018728	polr2d (ENSAPEG00000018714)	ENSAPEG00000018652	ENSAPEG00000018642	ABCF3 (ENSAPEG00000018567)	LRCH3 (ENSAPEG00000018498)	clns1a (ENSAPEG00000018416)	aqp11 (ENSAPEG00000018404)	pak1 (ENSAPEG00000018331) #22	GDPD4 (ENSAPEG00000018279)	myo7aa (ENSAPEG00000018128)	flot2b (ENSAPEG00000018024)	FAM222B (ENSAPEG00000018015)	ech1 (ENSAPEG00000017991)	ENSAPEG00000017954	med17 (ENSAPEG00000017905)	ENSAPEG00000017888	ENSAPEG00000017837	srsf7a (ENSAPEG00000017818)	slc8a2b (ENSAPEG00000017777)	ENSAPEG00000017671	ACTN4 (ENSAPEG00000017602)	zgc:85932 (ENSAPEG00000017447)	eif3k (ENSAPEG00000017404)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1412												ENSAPOG00000019257	ENSAPOG00000019425	clns1a (ENSAPOG00000019476)	aqp11 (ENSAPOG00000019480)	pak1 (ENSAPOG00000019704) #22	GDPD4 (ENSAPOG00000019718)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1534	ap2m1b (ENSSPAG00000012833)	ENSSPAG00000012866	ENSSPAG00000012944	rnpepl1 (ENSSPAG00000012958)	abcc5 (ENSSPAG00000012992)	ENSSPAG00000013044	rpl35a (ENSSPAG00000013060)	LRCH3 (ENSSPAG00000013100)	ABCF3 (ENSSPAG00000013145)	ENSSPAG00000013269	ENSSPAG00000013290	polr2d (ENSSPAG00000013386)	clns1a (ENSSPAG00000013399)	aqp11 (ENSSPAG00000013426)	ENSSPAG00000013457	ENSSPAG00000013474 #22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00530000064411.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00990000204560.e.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159792.C	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00990000204560.e.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b	ENSGT00940000159343	ENSGT00940000165978
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	824												ENSHBUG00000022662	clns1a (ENSHBUG00000022647)	aqp11 (ENSHBUG00000022625)	ENSHBUG00000022620	pak1 (ENSHBUG00000022588) #22	GDPD4 (ENSHBUG00000022514)	myo7aa (ENSHBUG00000022404)	flot2b (ENSHBUG00000020937)	FAM222B (ENSHBUG00000020899)	ENSHBUG00000020883	ENSHBUG00000020868	ENSHBUG00000020853
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00530000063950.a.b	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000175310	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.g	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00940000163630.A.a.a	ENSGT00980000198791.c	ENSGT00940000158344.a.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	754																pak1 (ENSPNYG00000017957) #22	ENSPNYG00000017940	ENSPNYG00000017913	myo7aa (ENSPNYG00000017768)	flot2b (ENSPNYG00000017721)	FAM222B (ENSPNYG00000017716)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00530000063950.a.b	ENSGT00940000166340	ENSGT00940000166085	ENSGT00390000007686.a	ENSGT00940000160308	ENSGT00940000153972.A.a	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00390000010744.m.d	ENSGT00990000204560.e.b.a	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00560000077232.B.g.a	ENSGT00530000063811.A.a.b	ENSGT00940000158512.a	ENSGT00940000159610.g	ENSGT00940000159610.h	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000011810	ENSGT00970000193454	ENSGT01030000234642.a.b.b.d.b.c.a	ENSGT00910000144115.b	ENSGT00980000198791.c	ENSGT00940000158344.a.a	ENSGT00390000018436.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	ENSMZEG00005024632	srsf7a (ENSMZEG00005024627)	hnrnpl2 (ENSMZEG00005024585)	ENSMZEG00005024576	med17 (ENSMZEG00005024570)	ech1 (ENSMZEG00005024557)	ech1 (ENSMZEG00005024551)	ENSMZEG00005024549	ENSMZEG00005024541	FAM222B (ENSMZEG00005024538)	flot2b (ENSMZEG00005024534)	myo7aa (ENSMZEG00005024525)	ENSMZEG00005024519	ENSMZEG00005024514	ENSMZEG00005024512	PAK1 (ENSMZEG00005024502) #22	ENSMZEG00005024493	ENSMZEG00005024489	aqp11 (ENSMZEG00005024487)	clns1a (ENSMZEG00005024486)	ENSMZEG00005024485	rhbdd1 (ENSMZEG00005024483)	SLC35F2 (ENSMZEG00005024481)	CUL5 (ENSMZEG00005024478)	dcun1d5 (ENSMZEG00005024475)	ompa (ENSMZEG00005024473)	CAPN5 (ENSMZEG00005024470)	panx1a (ENSMZEG00005024469)	ENSMZEG00005024463	DMWD (ENSMZEG00005024462)	hif1al (ENSMZEG00005024460)
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	DMWD (ENSACLG00000017242)	ENSACLG00000017048	panx1a (ENSACLG00000016951)	ompa (ENSACLG00000016938)	CAPN5 (ENSACLG00000016887)	dcun1d5 (ENSACLG00000016814)	CUL5 (ENSACLG00000016737)	SLC35F2 (ENSACLG00000016705)	rhbdd1 (ENSACLG00000016679)	ENSACLG00000016676	ENSACLG00000016657	clns1a (ENSACLG00000016637)	aqp11 (ENSACLG00000016622)	TUBA1B (ENSACLG00000016619)	ENSACLG00000016499	pak1 (ENSACLG00000016299) #22	ENSACLG00000016218	myo7aa (ENSACLG00000016070)	flot2b (ENSACLG00000015985)	FAM222B (ENSACLG00000015970)	ENSACLG00000015919	ENSACLG00000015899	ENSACLG00000015881	ENSACLG00000015823	ech1 (ENSACLG00000015797)	ech1 (ENSACLG00000015758)	ENSACLG00000015597	med17 (ENSACLG00000015519)	ENSACLG00000015488	hnrnpl2 (ENSACLG00000014775)	srsf7a (ENSACLG00000014716)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	590																ENSNBRG00000024148 #22	ENSNBRG00000024144	ENSNBRG00000024140	flot2b (ENSNBRG00000024136)	FAM222B (ENSNBRG00000024132)	ENSNBRG00000024108	ENSNBRG00000024094	ENSNBRG00000024092	ENSNBRG00000024091
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	ENSONIG00000029177	ENSONIG00000034213	ENSONIG00000036242	ENSONIG00000034510	ENSONIG00000041162	ENSONIG00000027128	ENSONIG00000036315	FAM222B (ENSONIG00000033941)	flot2b (ENSONIG00000001396)	ENSONIG00000032173	ENSONIG00000042237	clns1a (ENSONIG00000017900)	aqp11 (ENSONIG00000028778)	ENSONIG00000030723	ENSONIG00000037197	pak1 (ENSONIG00000001430) #22	GDPD4 (ENSONIG00000001422)	myo7aa (ENSONIG00000001401)	ENSONIG00000033112	ENSONIG00000031889	ENSONIG00000029211	rhbdd1 (ENSONIG00000007794)	SLC35F2 (ENSONIG00000007791)	CUL5 (ENSONIG00000007790)	dcun1d5 (ENSONIG00000007785)	ompa (ENSONIG00000027393)	CAPN5 (ENSONIG00000007780)	ENSONIG00000007777	panx1a (ENSONIG00000007775)	ENSONIG00000007769	ENSONIG00000034463
Midas cichlid	MODERN SPECIES	190					panx1a (ENSACIG00000017011)	CAPN5 (ENSACIG00000017053)	ompa (ENSACIG00000017078)	dcun1d5 (ENSACIG00000017085)	CUL5 (ENSACIG00000017101)	SLC35F2 (ENSACIG00000017127)	rhbdd1 (ENSACIG00000017141)	ENSACIG00000017154	aqp11 (ENSACIG00000017164)	clns1a (ENSACIG00000017174)	ENSACIG00000017189	pak1 (ENSACIG00000017196) #22	ENSACIG00000017217	myo7aa (ENSACIG00000017244)	flot2b (ENSACIG00000017310)	FAM222B (ENSACIG00000017328)	vps53 (ENSACIG00000017348)	rflnb (ENSACIG00000017384)	dus4l (ENSACIG00000017392)	bcap29 (ENSACIG00000017407)	slco1c1 (ENSACIG00000017469)	PDE3A (ENSACIG00000017495)	ENSACIG00000017525	AIPL1 (ENSACIG00000017554)	TRARG1 (ENSACIG00000017568)	gosr1 (ENSACIG00000017579)	CPD (ENSACIG00000017598)
Cod	MODERN SPECIES	7	ENSGMOG00000025300	ENSGMOG00000036849	or15.37 (ENSGMOG00000030706)	ENSGMOG00000026448	ENSGMOG00000023536	ENSGMOG00000026422	ENSGMOG00000020086	ENSGMOG00000035702	ENSGMOG00000020557	ENSGMOG00000032916	hmgb1b (ENSGMOG00000019231)	ENSGMOG00000030051	ENSGMOG00000010676	b3glcta (ENSGMOG00000010699)	ENSGMOG00000010718	pak1 (ENSGMOG00000012273) #22	ENSGMOG00000014303	myo7aa (ENSGMOG00000014332)	ompa (ENSGMOG00000020395)	ENSGMOG00000014423	dcun1d5 (ENSGMOG00000014465)	ENSGMOG00000014480	ENSGMOG00000014520	ENSGMOG00000014534	ENSGMOG00000002474	ENSGMOG00000036044	ENSGMOG00000037111	ENSGMOG00000030287	ENSGMOG00000027146	ENSGMOG00000032237	irf2bp1 (ENSGMOG00000019134)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	81	ENSGT00950000182985.a.b.a	ENSGT00940000164418.a.b	ENSGT00940000166947	ENSGT00450000040324.a.a.a	ENSGT00940000155478.hb.b	ENSGT00510000048626	ENSGT00940000155573.g.b	ENSGT00390000002548	ENSGT00940000164977.a	ENSGT01100000263504.a.b.a.b.a.a	ENSGT00510000046732.A.c	ENSGT00390000008610.a.b.b.b	ENSGT00530000064411.b	ENSGT00390000010063	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a #22	ENSGT00940000156251.a	ENSGT00940000155350.g	ENSGT00390000009497.b	ENSGT00940000156536.e.b	ENSGT00940000156155	ENSGT00940000156648.c.b	ENSGT00390000015655.a.m.a	ENSGT00940000158415	ENSGT00940000171017	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00390000004912	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a	ENSGT00940000175843.b	ENSGT01050000244827.C.c.a.b
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00950000182970.A.a.j	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00940000155350.g.f	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00390000004912.b
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00950000182970.A.a.j	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00940000155350.g.f	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000008610.a.b.a.a.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183023.B.h.b.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00950000182970.A.a.j	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00940000155350.g.f	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00390000004912.b.b	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.c	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.f	ENSGT00940000154934.B.gb.a
River trout	MODERN SPECIES	4	tbx4 (ENSSTUG00000046844)	brip1 (ENSSTUG00000046703)	ENSSTUG00000046507	arfip2b (ENSSTUG00000046421)	ENSSTUG00000046406	TRIM3 (ENSSTUG00000046322)	ENSSTUG00000045972	frem2b (ENSSTUG00000045470)	trpc4b (ENSSTUG00000045130)	ENSSTUG00000045098	postnb (ENSSTUG00000044797)	ENSSTUG00000044779	ENSSTUG00000044762	clns1a (ENSSTUG00000044753)	aqp11 (ENSSTUG00000044749)	pak1 (ENSSTUG00000044264) #22	myo7aa (ENSSTUG00000042836)	ompa (ENSSTUG00000042678)	CAPN5 (ENSSTUG00000042435)	dcun1d5 (ENSSTUG00000042348)	CUL5 (ENSSTUG00000042001)	SLC35F2 (ENSSTUG00000041945)	KBTBD3 (ENSSTUG00000041914)	ENSSTUG00000041905	ENSSTUG00000041888	ENSSTUG00000041871	polr2d (ENSSTUG00000041843)	ENSSTUG00000040028	mab21l1 (ENSSTUG00000039954)	NBEA (ENSSTUG00000035161)	dclk1b (ENSSTUG00000033362)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	prpf8 (ENSSSAG00000063849)	bcas3 (ENSSSAG00000053793)	ENSSSAG00000086327	tbx4 (ENSSSAG00000053630)	ENSSSAG00000051481	ENSSSAG00000051381	ENSSSAG00000088807	ENSSSAG00000047165	ENSSSAG00000046962	frem2b (ENSSSAG00000046296)	trpc4b (ENSSSAG00000044670)	postnb (ENSSSAG00000043962)	RSF1 (ENSSSAG00000043901)	ENSSSAG00000043850	aqp11 (ENSSSAG00000099004)	pak1 (ENSSSAG00000043512) #22	GDPD4 (ENSSSAG00000043424)	myo7aa (ENSSSAG00000041134)	ompa (ENSSSAG00000092292)	ENSSSAG00000039372	dcun1d5 (ENSSSAG00000039214)	ENSSSAG00000098691	kbtbd3 (ENSSSAG00000038039)	ENSSSAG00000116236	ENSSSAG00000075712	dus14 (ENSSSAG00000114256)	ENSSSAG00000075709	ENSSSAG00000074842	mab21l1 (ENSSSAG00000074770)	NBEA (ENSSSAG00000068625)	dclk1b (ENSSSAG00000066796)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015210.t	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000008610.a.b.b.a.b.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183023.B.h.b.a	ENSGT00950000183048.b.b.a.b.a.b.b.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	16	ENSOMYG00000048416	bcas3 (ENSOMYG00000021401)	ENSOMYG00000021258	tbx4 (ENSOMYG00000021245)	ENSOMYG00000021188	ENSOMYG00000021101	ENSOMYG00000021050	ENSOMYG00000020906	ENSOMYG00000060933	frem2b (ENSOMYG00000020588)	trpc4b (ENSOMYG00000020525)	postnb (ENSOMYG00000020373)	ENSOMYG00000020303	ENSOMYG00000020291	aqp11 (ENSOMYG00000020274)	pak1 (ENSOMYG00000020105) #22	GDPD4 (ENSOMYG00000048005)	ompa (ENSOMYG00000020059)	ENSOMYG00000020043	dcun1d5 (ENSOMYG00000020008)	ENSOMYG00000019949	ENSOMYG00000019922	ENSOMYG00000019911	ENSOMYG00000019903	ENSOMYG00000019900	ENSOMYG00000019895	ENSOMYG00000019890	ENSOMYG00000060110	ENSOMYG00000019793	ENSOMYG00000075222	ENSOMYG00000070965
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000006454.l	ENSGT00940000158439.m.f	ENSGT00940000158882.c	ENSGT00940000163671.a.a.b.d	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.a	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.c	ENSGT00940000158173.f.m	ENSGT00940000155739.yb.a.b	ENSGT00940000155313.g.b.f.b	ENSGT01060000248594.e.b.a.c	ENSGT00530000063860.b.c.d	ENSGT00940000175310	ENSGT00530000064411.a.d	ENSGT00390000010063.ob.b	ENSGT00530000063816.c.b	ENSGT00950000182988.a.b.a.k #22	ENSGT00940000156251.a.k.b	ENSGT00390000009497.b.c	ENSGT00940000156536.e.b.a	ENSGT00940000156155.l	ENSGT00940000156648.c.b.a	ENSGT00390000015655.a.m.a.e	ENSGT00940000158415	ENSGT00530000063882.b.lb.b	ENSGT00940000171017.c	ENSGT00940000165563.b	ENSGT00940000167717	ENSGT00390000008610.a.b.b.a.b.a	ENSGT00940000160762	ENSGT00950000183023.B.h.b.a	ENSGT00950000183048.b.b.a.b.b.a.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	9	TBX2 (ENSOKIG00005012824)	tbx4 (ENSOKIG00005012877)	ENSOKIG00005012955	ARFIP2 (ENSOKIG00005013577)	ENSOKIG00005013653	TRIM3 (ENSOKIG00005013768)	ENSOKIG00005014676	ENSOKIG00005014710	frem2b (ENSOKIG00005014800)	trpc4b (ENSOKIG00005015018)	postnb (ENSOKIG00005015318)	ENSOKIG00005018515	ENSOKIG00005018526	clns1a (ENSOKIG00005018540)	aqp11 (ENSOKIG00005018552)	pak1 (ENSOKIG00005018630) #22	GDPD4 (ENSOKIG00005019461)	CAPN5 (ENSOKIG00005019501)	ompa (ENSOKIG00005019750)	dcun1d5 (ENSOKIG00005019767)	CUL5 (ENSOKIG00005019842)	SLC35F2 (ENSOKIG00005020003)	KBTBD3 (ENSOKIG00005020046)	ENSOKIG00005020127	ENSOKIG00005031013	ENSOKIG00005031028	ENSOKIG00005031048	ENSOKIG00005031158	ENSOKIG00005031617	NBEA (ENSOKIG00005032089)	mab21l1 (ENSOKIG00005038234)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	5	tbx2b (ENSOTSG00005002498)	tbx4 (ENSOTSG00005002497)	ENSOTSG00005001928	ARFIP2 (ENSOTSG00005001769)	ENSOTSG00005001751	TRIM3 (ENSOTSG00005001748)	ENSOTSG00005001735	ENSOTSG00005001732	frem2b (ENSOTSG00005001728)	trpc4b (ENSOTSG00005001716)	postnb (ENSOTSG00005001703)	ENSOTSG00005001694	ENSOTSG00005001691	clns1a (ENSOTSG00005001690)	aqp11 (ENSOTSG00005001633)	pak1 (ENSOTSG00005038117) #22	GDPD4 (ENSOTSG00005038115)	ompa (ENSOTSG00005038113)	CAPN5 (ENSOTSG00005038107)	dcun1d5 (ENSOTSG00005037874)	CUL5 (ENSOTSG00005037860)	SLC35F2 (ENSOTSG00005037853)	KBTBD3 (ENSOTSG00005037852)	ENSOTSG00005037847	mab21l1 (ENSOTSG00005037844)	NBEA (ENSOTSG00005037362)	dclk1b (ENSOTSG00005035911)	spartb (ENSOTSG00005035893)	panx1a (ENSOTSG00005035890)	aamdc (ENSOTSG00005035887)	INTS4 (ENSOTSG00005035857)
Huchen	MODERN SPECIES	2616							ENSHHUG00000015569	frem2b (ENSHHUG00000015561)	ENSHHUG00000015361	postnb (ENSHHUG00000015281)	ENSHHUG00000015232	ENSHHUG00000015230	ENSHHUG00000015228	clns1a (ENSHHUG00000015169)	aqp11 (ENSHHUG00000015158)	pak1 (ENSHHUG00000015072) #22	ENSHHUG00000015051
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	323		ENSGT00390000006454.k.a	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.a.b	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT00940000154934.A.db.b.a.b	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b
Huchen	MODERN SPECIES	796													ENSHHUG00000039460	RSF1 (ENSHHUG00000039443)	clns1a (ENSHHUG00000039429)	pak1 (ENSHHUG00000039374) #22	GDPD4 (ENSHHUG00000039357)	myo7aa (ENSHHUG00000038988)	ompa (ENSHHUG00000038979)	CAPN5 (ENSHHUG00000038906)	dcun1d5 (ENSHHUG00000038891)	CUL5 (ENSHHUG00000038696)	SLC35F2 (ENSHHUG00000038689)	ENSHHUG00000038683	ENSHHUG00000038667	ENSHHUG00000038662	polr2d (ENSHHUG00000038648)	ENSHHUG00000038604	ilkap (ENSHHUG00000038599)	ENSHHUG00000038404	ENSHHUG00000038403
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000006454.k.a	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b	ENSGT00940000154956.sb.a.c
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000006454.k.a	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b	ENSGT00940000154956.sb.a.c
River trout	MODERN SPECIES	18	bcas3 (ENSSTUG00000021635)	tbx2b (ENSSTUG00000021578)	tbx4 (ENSSTUG00000021548)	brip1 (ENSSTUG00000021508)	ENSSTUG00000021252	ARFIP2 (ENSSTUG00000021170)	ENSSTUG00000021160	TRIM3 (ENSSTUG00000020306)	ENSSTUG00000019783	frem2b (ENSSTUG00000019347)	trpc4b (ENSSTUG00000019246)	postnb (ENSSTUG00000018480)	ENSSTUG00000018427	clns1a (ENSSTUG00000018396)	ENSSTUG00000018391	pak1 (ENSSTUG00000018102) #22	GDPD4 (ENSSTUG00000018027)	myo7aa (ENSSTUG00000017100)	ompa (ENSSTUG00000017048)	CAPN5 (ENSSTUG00000016951)	dcun1d5 (ENSSTUG00000016896)	CUL5 (ENSSTUG00000016392)	SLC35F2 (ENSSTUG00000016359)	ENSSTUG00000016351	ENSSTUG00000016348	polr2d (ENSSTUG00000016330)	ilkap (ENSSTUG00000016314)	ENSSTUG00000014386	mab21l1 (ENSSTUG00000014276)	NBEA (ENSSTUG00000011067)	dclk1b (ENSSTUG00000008691)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	bcas3 (ENSSSAG00000051799)	tbx2b (ENSSSAG00000051709)	tbx4 (ENSSSAG00000051701)	brip1 (ENSSSAG00000051666)	ENSSSAG00000053291	ENSSSAG00000007914	ENSSSAG00000051355	ENSSSAG00000046769	ENSSSAG00000046194	ENSSSAG00000120815	frem2b (ENSSSAG00000081733)	trpc4b (ENSSSAG00000081732)	postnb (ENSSSAG00000081731)	RSF1 (ENSSSAG00000081730)	CLNS1A (ENSSSAG00000081729)	pak3 (ENSSSAG00000081727) #22	myo7aa (ENSSSAG00000081725)	ompa (ENSSSAG00000092569)	ENSSSAG00000081723	dcnl5 (ENSSSAG00000081722)	ENSSSAG00000117320	ENSSSAG00000121618	ENSSSAG00000081719	ENSSSAG00000081718	rpb4 (ENSSSAG00000081717)	ENSSSAG00000081716	ENSSSAG00000081711	mb211 (ENSSSAG00000071925)	NBEA (ENSSSAG00000081530)	dclk1b (ENSSSAG00000079468)	spartb (ENSSSAG00000078813)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000006454.k.b.b	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e	ENSGT00940000154934.B.gb.b	ENSGT00940000154956.sb.a.c
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000006454.k.b.b	ENSGT00940000158439.m.e	ENSGT00940000158882.d	ENSGT00950000182970.A.a.i	ENSGT00940000163671.a.a.b.c	ENSGT00950000183040.A.a.c.b.f.b	ENSGT00940000155128.a.a.a.a.d	ENSGT00940000158173.f.n	ENSGT00940000155739.yb.a.a	ENSGT00940000155313.g.b.f.a	ENSGT01060000248594.e.b.a.d	ENSGT00530000063860.b.c.c	ENSGT00530000064411.a.c	ENSGT00390000010063.ob.a	ENSGT01010000228532	ENSGT00950000182988.a.b.a.l #22	ENSGT00940000156251.a.k.a	ENSGT00970000196611	ENSGT00940000156251.a.l	ENSGT00940000155350.g.e	ENSGT00390000009497.b.d	ENSGT00940000156536.e.b.b	ENSGT00940000156155.k	ENSGT00940000156648.c.b.b	ENSGT00390000015655.a.m.a.f	ENSGT00530000063882.b.lb.a	ENSGT00940000171017.d	ENSGT00390000004912.b.a.a	ENSGT00940000157403	ENSGT00950000183061.a.b.a.a.d	ENSGT01050000244827.C.c.a.b.e
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	bcas3 (ENSOKIG00005016095)	tbx2b (ENSOKIG00005016045)	tbx4 (ENSOKIG00005016004)	brip1 (ENSOKIG00005015939)	ENSOKIG00005015755	arfip2b (ENSOKIG00005015671)	ENSOKIG00005015633	TRIM3 (ENSOKIG00005015376)	ENSOKIG00005015048	frem2b (ENSOKIG00005014908)	trpc4b (ENSOKIG00005014754)	postnb (ENSOKIG00005012456)	RSF1 (ENSOKIG00005012300)	clns1a (ENSOKIG00005012237)	ENSOKIG00005012164	pak1 (ENSOKIG00005012098) #22	GDPD4 (ENSOKIG00005012044)	ENSOKIG00005011873	ompa (ENSOKIG00005011851)	CAPN5 (ENSOKIG00005011517)	dcun1d5 (ENSOKIG00005011439)	CUL5 (ENSOKIG00005011208)	SLC35F2 (ENSOKIG00005011190)	ENSOKIG00005011186	ENSOKIG00005011177	polr2d (ENSOKIG00005011158)	ilkap (ENSOKIG00005011123)	ENSOKIG00005009205	mab21l1 (ENSOKIG00005009108)	NBEA (ENSOKIG00005007425)	dclk1b (ENSOKIG00005005078)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	58	ENSOTSG00005038106	ENSOTSG00005038130	ENSOTSG00005038132	serinc2 (ENSOTSG00005038138)	ENSOTSG00005038203	edn2 (ENSOTSG00005038204)	ENSOTSG00005038205	OPRD1 (ENSOTSG00005038207)	tent5bb (ENSOTSG00005038208)	zdhhc18b (ENSOTSG00005038209)	ARID1A (ENSOTSG00005038216)	tbxta (ENSOTSG00005040796)	nudc (ENSOTSG00005040797)	NR0B2 (ENSOTSG00005040800)	ENSOTSG00005040802	ENSOTSG00005040805 #22	CAPN5 (ENSOTSG00005040808)	ompa (ENSOTSG00005040809)	dcun1d5 (ENSOTSG00005040810)	CUL5 (ENSOTSG00005040811)	SLC35F2 (ENSOTSG00005040814)	ENSOTSG00005040818	ENSOTSG00005040819	polr2d (ENSOTSG00005040820)	ilkap (ENSOTSG00005040822)	ENSOTSG00005040824	ENSOTSG00005043207
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	tbx2b (ENSOMYG00000043357)	tbx4 (ENSOMYG00000043351)	brip1 (ENSOMYG00000043306)	ENSOMYG00000043195	ENSOMYG00000043167	ENSOMYG00000043156	ENSOMYG00000043131	ENSOMYG00000043016	frem2b (ENSOMYG00000042935)	trpc4b (ENSOMYG00000042741)	ENSOMYG00000052940	postnb (ENSOMYG00000042724)	RSF1 (ENSOMYG00000042705)	clns1a (ENSOMYG00000042686)	ENSOMYG00000077858	pak1 (ENSOMYG00000042621) #22	ENSOMYG00000042604	GDPD4 (ENSOMYG00000042597)	myo7aa (ENSOMYG00000042547)	ompa (ENSOMYG00000042520)	ENSOMYG00000042516	dcun1d5 (ENSOMYG00000042502)	ENSOMYG00000068885	ENSOMYG00000042480	ENSOMYG00000042497	ENSOMYG00000042469	ENSOMYG00000042465	polr2d (ENSOMYG00000042459)	ENSOMYG00000042444	ENSOMYG00000042126	ENSOMYG00000077816
Northern pike	MODERN SPECIES		ENSELUG00000006918	ENSELUG00000006903	ENSELUG00000006887	ENSELUG00000033648	arfip2b (ENSELUG00000006852)	ENSELUG00000006816	TRIM3 (ENSELUG00000001183)	ENSELUG00000006742	frem2b (ENSELUG00000006617)	trpc4b (ENSELUG00000006559)	postnb (ENSELUG00000006518)	ENSELUG00000006456	ENSELUG00000006420	clns1a (ENSELUG00000006405)	aqp11 (ENSELUG00000006371)	pak1 (ENSELUG00000006340) #22	ENSELUG00000027264	GDPD4 (ENSELUG00000000200)	myo7aa (ENSELUG00000006190)	CAPN5 (ENSELUG00000006067)	ompa (ENSELUG00000006051)	dcun1d5 (ENSELUG00000006028)	CUL5 (ENSELUG00000005991)	SLC35F2 (ENSELUG00000000190)	KBTBD3 (ENSELUG00000005963)	ENSELUG00000005955	ENSELUG00000001203	ENSELUG00000000180	polr2d (ENSELUG00000034039)	ilkap (ENSELUG00000005893)	ENSELUG00000005854
Spotted gar	MODERN SPECIES	669	rab6a (ENSLOCG00000006205)	plekhb1 (ENSLOCG00000006222)	fam168a (ENSLOCG00000006237)	relt (ENSLOCG00000006269)	ARHGEF17 (ENSLOCG00000006306)	P2RY2 (ENSLOCG00000018217)	FCHSD2 (ENSLOCG00000006328)	ENSLOCG00000006376	ENSLOCG00000006405	KCTD14 (ENSLOCG00000006426)	INTS4 (ENSLOCG00000006446)	aamdc (ENSLOCG00000006465)	RSF1 (ENSLOCG00000006488)	clns1a (ENSLOCG00000006519)	aqp11 (ENSLOCG00000006538)	pak1 (ENSLOCG00000006555) #22	GDPD4 (ENSLOCG00000006596)	myo7aa (ENSLOCG00000006622)	CAPN5 (ENSLOCG00000006677)	ompa (ENSLOCG00000018219)	ENSLOCG00000006704	dcun1d5 (ENSLOCG00000006719)	cul5a (ENSLOCG00000006732)	ENSLOCG00000006748	slc35f2 (ENSLOCG00000006766)	elmod1 (ENSLOCG00000006784)	KBTBD3 (ENSLOCG00000006804)	ALKBH8 (ENSLOCG00000006833)	cwf19l2 (ENSLOCG00000006855)	ENSLOCG00000006889	aasdhppt (ENSLOCG00000006918)